Fredrik II (keisari)

Fredrik II (26. joulukuuta 1194 – 13. joulukuuta 1250) oli Sisilian kuningas (1198–), Saksan kuningas (1212/1215–), Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisari vuodesta 1220 ja Jerusalemin kuningas 1225–1228. Fredrik II:n nuoruusvuosia leimasivat kiistat Saksan kuninkuudesta, myöhempiä vaiheita kiistat paavi Gregorius IX:n kanssa. Fredrik II kuului kuudennen ristiretken johtajiin. Hänet tunnetaan myös oppineisuudestaan ja laajasta kielitaidostaan.
Fredrik valittiin ensi kerran vuonna 1196 isänsä Henrik VI:n toiveesta Rooman kuninkaaksi. Saksalaisruhtinaat valitsivat hänet Nürnbergissä 1211 uudestaan kuninkaaksi. Hänet kruunattiin 1212 ja toistamiseen 1215 vastakuninkaana Saksan kuninkaaksi. Keisari Otto IV:n kuoltua 1218 Fredrikillä ei enää ollut haastajia ja myös Welfien suku tunnusti hänet kuninkaaksi.

Nuoruus

Fredrik II syntyi vuonna 1194 isänsä Sisilian kuninkaaksi kruunausta seuranneena päivänä. Joulukuussa 1195 Wormsin valtakunnanpäivillä Henrik VI nimesi poikansa seuraajakseen Saksan kuningaskunnan valtaistuimella. Seuraavan vuoden tammikuussa kuningas esitti Mainzin hovipäivillä ruhtinaille perintövaltakuntasuunnitelmansa. Suunnitelman mukaan ruhtinaat olisivat menettäneet oikeutensa kuninkaanvaaliin ja kuninkuudesta olisi tehty perinnöllinen. Vastineeksi ruhtinaiden suosiosta heidän suoraan valtakunnan alaisista läänityksistään olisi tehty niin ikään perinnöllisiä. Aluksi ruhtinaat vastustivat suunnitelmaa, mutta hyväksyivät sen huhtikuussa Würzburgin valtakunnanpäivillä. Samanaikaisesti Henrik neuvotteli paavi Celestinus III:n kanssa saadakseen tämän luopumaan perinteisestä oikeudestaan kruunata keisari. Paavi ei kuitenkaan suostunut tähän. Joulupäivänä 1196, kaksivuotispäivänsä aattona, Fredrik valittiin Frankfurtissa roomalais-saksalaisen kuningaskunnan kuninkaaksi.
Henrik VI kuoli vuonna 1197 kesken ristiretkisuunnitelmien valmistelua. Tuolloin nuorta Fredrikiä ei ikänsä perusteella tunnustettu valtakunnan hallitsijaksi. Ainoastaan eräät Pyhällä maalla oleskelevat ruhtinaat uudistivat uskollisuudenvalansa Fredrikille. Henrik VI:n veli, Filip Schwabenilainen, ei aluksi osallistunut kamppailuun kuninkuudesta, vaan halusi pitää kuninkuutta veljenpojalleen varattuna. Hän oli yrittänyt noutaa Fredrikin Italiasta Saksaan, mikä ei kuitenkaan onnistunut. Welf-sukuinen Otto IV onnistui saamaan samoihin aikoihin kannatusta kuninkaaksi. Tällöin myös Filip antoi maaliskuussa 1198 valita itsensä kuninkaaksi. Pian tämän jälkeen myös Otto valittiin kuninkaaksi: näin Saksan kuningaskunnassa oli kaksi kilpailevaa kuningasta, joista kumpikaan ei aluksi pystynyt vakiinnuttamaan asemaansa.
Sisilian kuningaskunnassa Fredrikin äiti Constanza otti vallan käsiinsä, vannoi läänitysvalan paaville ja luopui poikansa oikeudesta Saksan kuninkuuteen. Näin Sisilian ja Saksan kuningaskunnat erosivat jälleen toisistaan. Toukokuussa 1198 Fredrik kruunattiin Palermossa Sisilian kuninkaaksi. Saman vuoden marraskuussa kuningatar kuoli. Testamentin määräyksen mukaisesti paavi Innocentius III määrättiin Fredrikin holhoojaksi. Innocentius käytti 1208 säilynyttä asemaansa rajoittaakseen keisarin oikeuksia Italiassa ja vahvistaakseen paavin valta-asemaa.
Vuonna 1208 paavi toimi myös välittäjänä tuolloin 14-vuotiaan kuninkaan ja 25-vuotiaan Constanzan avioliiton solmimiseksi. Constanza oli Aragonian kuninkaan sisar ja Unkarin kuninkaan leski. Fredrikin tuli tässä yhteydessä vakuuttaa, että Sisilia liitettäisiin Aragoniaan, mikäli hän ei saisi miespuolista perillistä. Vuonna 1209 solmitusta avioliitosta syntyi jo 1211 Fredrikin ensimmäinen poika Henrik. 
Saavutettuaan itsenäisyytensä Fredrik pyrki vuonna 1208 katalonialaisten ritareiden avulla saamaan jälleen haltuunsa kuninkaanmaat Sisiliassa. Holhoojakaudella paikalliset aateliset olivat ottaneet ne haltuunsa. Seurauksena oli sisilialaisaateliston kapina. Samanaikaisesti Saksassa Otto IV oli vakiinnuttanut asemansa kuninkaana Filipin kuoltua 1208. Paavin mielipide Saksan kuninkuuden suhteen vaihteli Oton ja Fredrikin välillä. Hänen tavoitteenaan oli kuitenkin erottaa Sisilia pysyvästi Saksan kuningaskunnasta. Hän kruunasikin Oton keisariksi vuonna 1209 tämän luvattua valtakuntien pysyvän erillisinä. Otto rikkoi kuitenkin lupauksensa ja alkoi valmistella maihinnousua Sisiliaan. Tällöin Innocentius III julisti keisarin kirkonkiroukseen ja siirtyi kannattamaan entistä holhokkiaan Fredrikiä.

Apulian pojasta keisariksi

Kun Filip IV oli kuollut ja Otto IV julistettu kirkonkiroukseen, Welfien vastaiset ruhtinaat valitsivat Fredrikin Bambergissa paavin vaikutuksesta keisariksi. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun vaalissa valittiin tuleva keisari eikä tavalliseen tapaan saksalais-roomalaisen valtakunnan kuningasta.
Fredrik hyväksyi valintansa huolimatta monien liittolaistensa vastakkaisista suosituksista. Oletettavasti hän pyrki ensi sijassa estämään Oton suunnitteleman maihinnousun Sisiliaan. Näytti epätodennäköiseltä, että Fredrik kuitenkaan kykenisi saamaan tosiasiallisesti haltuunsa Oton hallitsemaa valtakuntaa. Myös paavi suhtautui Fredrikin mahdollisuuksiin epäillen. Tämän vuoksi paavi myös halusi, että Fredrikin poika Henrik kruunattiin helmikuussa 1212 Sisilian kuninkaaksi, ennen Fredrikin lähtöä Saksaan. Roomassa hänet otettiin juhlallisesti vastaan. Ranskalaisista lähteistä peräisin olevien rahojen avulla Fredrik jatkoi matkaansa kohti pohjoista ilman suuria joukkoja. Vasta Churista alkaen hänellä oli sotilasseurue mukanaan. 
Ylitettyään Alpit hän vihdoin saapui Konstanziin Bodenseen rannalla. Kaupunki valmistautui tuolloin ottamaan Otto IV:n vastaan, eikä Fredrikiä haluttu päästää kaupunkiin. Vasta kun paavin legaatti, Barin arkkipiispa Berard luki paavin ekskommunikaatiobullan, avattiin Fredrikille kaupungin portit. Kolme tuntia myöhemmin Otto IV saapui läheisestä Überlingenistä Konstanziin, jonne häntä ei kuitenkaan päästetty. Konstanzista alkoi Fredrikin menestyksekäs eteneminen Reinin yläjuoksulla. Anteliain lupauksin ja lahjoituksin hän varmisti valtakunnan eteläosien ylimystön tuen. Loppukesästä 1212 Otto vetäytyi Kölniin keräämään lisävoimia.
5. joulukuuta 1212 suuri joukko ruhtinaita uudisti Frankfurtissa Fredrikin valinnan kuninkaaksi. Neljä päivää myöhemmin hänet kruunattiin Mainzin tuomiokirkossa – kuitenkin ilman aitoja kuninkaallisia insignioita. Jatkossa Fredrikiä pidettiin paavista riippuvaisena hallitsijana, olihan hän myös luvannut paaville palauttavansa ja säilyttävänsä kirkon oikeudet. Vastineeksi paavi lupasi tukea Fredrikin valtapyrkimyksiä alueilla, jotka olivat vielä Welfien kannalla.
Bouvinesin taistelu vuonna 1214 oli valtataistelun kannalta ratkaiseva. Tuolloin Welfien ja englantilaisten sotajoukot hävisivät ranskalaisjoukkoja vastaan käymänsä taistelun. Englantilaisten ja ranskalaisten sekaantuminen tilanteeseen johtui Innocentius III:n ja Englannin kuningas Juhana Maattoman välisestä kiistasta. Paavi oli antanut Ranskan kuninkaalle tehtäväksi valloittaa Englanti, minkä vuoksi Juhana liittoutui Welfien kanssa lyödäkseen Ranskan kuninkaan kanssa liittoutuneen Fredrikin. Oton tappion jälkeen Fredrik jatkoi valtapiirinsä laajentamista käymällä Reinin laakson kaupunkeja vastaan. Osa näistä ei vieläkään tunnustanut Fredrikiä hallitsijaksi. Heinäkuun 23. päivänä 1215 Fredrik kruunattiin jälleen, tällä kertaa Aachenissa. Tässä yhteydessä Fredrik lupasi myös lähteä ristiretkelle alkuvuodesta 1219.
Neljännen lateraanikonsiilin yhteydessä vuonna 1215 paavi vahvisti Fredrikin valinnan keisariksi. Fredrik haki vaimonsa ja poikansa Saksaan ja otti itselleen Sisilian kuninkaan arvon. Tuolloin viisivuotias Henrik (VII) sai Schwabenin herttuakunnakseen sekä Burgundin rektoraatin.
Vuonna 1219 paavi Honorius III aloitti neuvottelut Fredrikin kanssa tämän lykkäytyneestä ristiretkihankkeesta. Toimeen päätettiin ryhtyä 21. maaliskuuta 1220. Fredrik ei kuitenkaan pysynyt aikataulussa, mihin vaikuttivat pitkäksi venyneet neuvottelut Sisilian kuningaskunnan asemasta. Huhtikuussa 1220 Fredrik valitutti poikansa Henrikin Frankfurtissa ruhtinasopposition vastustuksesta huolimatta Rooman kuninkaaksi. Vastineeksi hänen täytyi myöntää Saksan piispoille joukko kuninkaalle kuuluvia etuoikeuksia (regalia). Honorius III ei kuitenkaan hyväksynyt vaalia ja kielsi Henrikiltä myös aseman Sisilian kuninkaana. 
Saman vuoden elokuussa Fredrik lähti Italiaan. Keisariksi kruunauksen hän saavutti lupaamalla, että hallitsisi Sisiliaa ainoastaan perintöoikeutensa perusteella eikä osana keisarikuntaa. Kruunajaiset pidettiin 22. marraskuuta 1220 Roomassa. Fredrikin oleskellessa pitkään Italiassa valtakunnan hallinnosta huolehtivat Saksassa hänen poikansa, tämän holhoojat sekä keisarin epävapaat palvelusmiehet (ns. ministeriaalit).
Jo ensimmäisen Saksan-kautensa aikana Fredrik II pyrki palauttamaan valtakunnan maat kruunun haltuun. Ne olivat kutistuneet merkittävästi monivuotisten valtataisteluiden aikana. Tätä politiikkaa hän jatkoi myös myöhemmin. Hän saikin suuria alueita haltuunsa, erityisesti merkittävän eteläsaksalaisen Zähringer-aatelissuvun miesperillisten ketjun katkettua. Tällöin kuninkaan haltuun tulivat merkittävät Italian ja Saksan väliset alppisolat. Lisäksi Fredrik perusti 39 kaupunkia, erityisesti Lounais-Saksassa. Perustamalla kaupunkeja myös kirkon hallitsemille alueille hän pyrki samalla heikentämään hengelliseen säätyyn kuuluvien maanherrojen asemaa.

Sisilian kuningaskunnan uudelleenjärjestely

Fredrik II vietti suurimman osan elämästään valtakuntansa eteläosissa, Apuliassa ja Sisiliassa (1221–1235, 1237–1250). Tuolloin hänen poikansa edustivat keisaria Saksassa. Sisiliassa ja Apuliassa Fredrik organisoi Sisilian kuningaskunnasta ensimmäisen modernin virkamiehistön avulla hallitun valtion, jonka hallinto keskitettiin Bysantin esikuvan mukaisesti.
 
Välittömästi keisariksi kruunauksen jälkeen Fredrik II siirtyi Sisiliaan mukanaan vain pieni seurue. Näin hän piti lupauksensa olla tuomatta vierasperäisiä ylimyksiä kuningaskunnan johtoasemiin. Capuassa hän antoi asetuksia, joiden tuli lopettaa aatelisten väliset vihanpidot (yksityissodat) ja palauttaa maanrauha. Lisäksi hän julisti kaikki 1189 jälkeen annetut lahjoitukset ja erioikeudet pätemättömiksi. Kaikki muut etuoikeudet tuli niin ikään vahvistuttaa uudelleen kuninkaan kansliassa. Kaikki kahden vuosikymmenen aikana rakennetut linnat siirrettiin kuninkaan haltuun. Näin Fredrik sai haltuunsa joukon linnoitettuja tukikohtia ympäri kuningaskuntaansa sekä hyvän käsityksen kruunun oikeuksista eri puolilla Sisiliaa. Aatelisten vastarinta kukistui seuraavien kahden vuoden aikana maalaisaateliston tuella. Seuraavassa vaiheessa keisari rajoitti myös tämän alemman aateliston oikeuksia. Paavi Honorius III protestoi Fredrikin toimia vastaan, mutta ei voinut tosiasiallisesti vaikuttaa tilanteeseen.
Toukokuussa 1221 Fredrik antoi lisää asetuksia, joissa kiellettiin ulkomaalaisten kauppiaiden suosiminen. Nämä määräykset kohdistuivat varsinkin Genovan ja Pisan merivaltoja kohtaan. Hän käynnisti laivastonrakennusohjelman ja laajensi kuninkaan kontrollia kaupankäyntiin nähden. Seuraavien vuosien aikana hän kukisti viimeiset saarella vielä oleskelevat saraseenit. Nämä siirrettiin Pohjois-Apuliaan, missä heitä käytettiin kruunun mailla työvoimana ja otettiin armeijan palvelukseen paavia vastaan käydyissä konflikteissa.
Pohjois-Apuliassa Fredrik rakennutti kuuluisan Castel del Monte -linnan ja perusti 1224 Napolin yliopiston (nykyinen Università Federico II), jonka tehtävä oli kouluttaa viranomaisia valtiokoneiston käyttöön. Kuningaskunnan asukkaat määrättiin opiskelemaan yksinomaan Napolin yliopistossa. 1226 perustettiin myös Salernon lääketieteellinen yliopisto. Fredrik osoitti myös omaa kiinnostusta luonnontieteisiin: hän laati teoksen haukkametsästyksestä.
Fredrik II teki myös taloudellisia uudistuksia. Hänen aikanaan laskettiin liikkeeseen augustaalit, jotka olivat Euroopan ensimmäiset kultarahat moneen sataan vuoteen.
Keisarin pyrkimykset saada myös kirkko valtansa alaisuuteen jäivät vaille suurempaa menestystä. Siten hän epäonnistui myös pyrkimyksessään saada oikeus nimetä Sisilian 150 hiippakunnan piispat. Seuranneet vastakkainasettelut kärjistyivät jatkuvasti. Samoihin aikoihin osui myös riita ristiretken järjestämisestä. Lopulta Fredrik II julistettiin kirkonkiroukseen.

Ristiretkeilijä kirkonkirouksessa

Saksassa yksi Fredrikin toiminnan painopisteistä oli pohjoisessa. Tanskan kuningas Knut oli onnistunut laajentamaan valtapiiriään Baltian suunnalla. 1223 Schwerinin Henrik vangitsi Tanskan kuningas Valdemar II:n. Tämän jälkeen Fredrik II liittoutui Bremenin ja alueen aatelisten kanssa Tanskaa vastaan. Lisäksi hän otti 1224 vasta kristinuskoon kääntyneet baltit suojelukseensa huolimatta siitä, että myös paavi Honorius III vaati itselleen Baltian suojaherruutta. 1226 Fredrik valtuutti Saksalaisen ritari­kunnan toimimaan Baltiassa ja taistelemaan preussilaisia vastaan. Näin Fredrikin ja paavin tarkoitusperät Itämeren alueella olivat vastakkaisia.
Fredrik oli myös lupautunut lähtemään ristiretkelle Pyhälle Maalle. Marraskuussa 1225 hän oli avioitunut Brindisissä Jerusalemin kuningatar Isabella (Jolanda) II:n kanssa. Samana päivänä hän julistautui myös Jerusalemin kuninkaaksi. Isabella kuoli jo 1228 tulevan Konrad IV:n syntymän yhteydessä. Avioliiton myötä Hohenstaufien suvulle siirtyi kuitenkin Jerusalemin kuningaskunnan valtaistuin. 
1227 Fredrik lykkäsi jälleen kerran lähtöään ristiretkelle. Tuolloin paavi Gregorius IX julisti hänet kirkonkiroukseen. Kirkonkirouksen taustalla vaikutti paitsi ristiretken lykkäytyminen ja ristiriidat Itämeren alueella, myös keisarin pyrkimys hallita Sisilian kirkollisorganisaatiota. Lisäksi Fredrik pyrki ottamaan haltuunsa paavin hallitsemia alueita julistamalla ne valtakunnalta saaduiksi läänityksiksi. Myös hänen armeijansa toimivat Pohjois-Italiassa.
Kirkonkirouksesta huolimatta Fredrik käynnisti 1228 kuudennen risti­retken, mikä periaatteessa oli kirkonkiroukseen julistetulle kiellettyä. Paavi kiristi tällöin kirkonkirousta vapauttamalla Sisilian ja valtakunnan aateliston keisarille annetusta uskollisuudenvalasta. Kesällä 1228 Kyproksesta tuli jälleen valtakunnan läänitys. Pyhällä maalla Fredrik ei juurikaan saanut tukea. Samaan aikaan paavi valmistautui sotaretkeen Pohjois-Italiassa, mikä teki keisarille välttämättömäksi palata takaisin Italiaan. Fredrik ei näytä varsinaisesti pyrkineenkään sotilaalliseen yhteenottoon islaminuskoisten kanssa, vaan diplomaattisiin yhteyksiin sulttaani al-Kamilin kanssa. Viisi kuukautta kestäneiden neuvottelujen jälkeen Fredrik ja sulttaani solmivat Jaffan rauhansopimuksen, joka takasi kristittyjen vallan Jerusalemissa. Tähän Fredrik IV sai sulttaanin myöntymään selitettyään, että Jerusalem oli kristityille tärkeä, vaikkei sillä ollut suurta strategista merkitystä. Myös Nasaret ja Betlehem siirtyivät kristityille. Lisäksi sovittiin kymmenvuotisesta aselevosta. Rauhansopimuksen kummallakin puolella sopimusta vastustettiin laajasti. Paavi ei sitä hyväksynyt, koska hänen mukaansa vääräuskoisia vastaan oli taisteltava eikä tehtävä kauppoja heidän kanssaan.
Maaliskuussa 1229 Fredrik II kruunasi itsensä Jerusalemin kuninkaaksi patriarkka Geroldin kieltäydyttyä kruunaamasta häntä. Paikalliset paronitkaan eivät pitäneet kruunausta pätevänä; he pitivät Fredrikiä korkeintaan poikansa Konradin sijaishallitsijana. Keisari jätti kaupungin ja Pyhän Maan pian kruunajaisten jälkeen ja lähti Brindisiin.
Palattuaan Palestiinasta Fredrik kävi sotaa paavin sotajoukkoja vastaan. Nämä olivat tunkeutuneet Sisilian kuningaskuntaan. Suhteellisen pian keisari kykeni varmistamaan alueen hallinnan. Vielä taistelujen ollessa käynnissä alkoivat myös neuvottelut kirkonkirouksen kumoamiseksi. Kesällä 1230 Fredrik II tekikin paaville joukon myönnytyksiä, jotka koskivat kirkollisten vaalien vapautta, kirkollisten virkojenhaltijoiden palauttamista toimiinsa, hengellisen säädyn vapauttamista maallisten tuomioistuimien alaisuudesta, kirkon verovapautta ja Fredrikin luopumista vaatimuksistaan kirkkovaltion alueella. Vastineeksi Gregorius IX myöntyi kirkonkirouksen peruuttamiseen, mikä tapahtui vuonna 1231. Fredrik ei kuitenkaan noudattanut jatkossa lupauksiaan, mikä tuli johtamaan uuteen konfliktiin paavin kanssa.

Konfliktit Saksassa ja uudet kiistat paavin kanssa

1231 alkaen Fredrikin ja hänen poikansa Henrikin näkemyserot Saksassa noudatettavasta politiikasta voimistuivat. Henrik oli jatkanut isänsä jäljillä ruhtinaita vastaan. Nyt keisari tarvitsi kuitenkin liittolaisia paavia vastaan – siksi hän julisti usein poikansa antamia määräyksiä pätemättömiksi. Lopulta Henrik liittoutui Lombardian kaupunkien sekä useiden keisarinvastaisten saksalaisylimysten kanssa. Näiden joukossa merkittävimpiä olivat Augsburgin, Würzburgin, Wormsin, Speyerin ja Strassburgin piispat sekä Fuldan apotti. 
Paavi Gregorius IX julisti keisarin pojan kirkonkiroukseen ja keisari lähti Saksaan. Heti hänen saavuttuaan maahan keisarinvastainen nousu talttui lähes taisteluitta. 1235 Wormsissa Henrik joutui tuomiolle. Hänen liittolaisensa armahdettiin, kuninkaan poika sen sijaan tuomittiin viralta ja vankeuteen Sisiliassa. Saman vuoden elokuussa Fredrik julisti Mainzin valtakunnanpäivillä yleisen maanrauhan. Valtakunnanpäivien päätöksissä korostettiin kuninkaan asemaa ns. regalioiden, kuninkaallisten etuoikeuksien, haltijana. Lisäksi painotettiin Fredrikin asemaa ylimpänä tuomioherrana ja perustettiin valtakunnan hovituomarin virka. Uudelleenjärjestelyjen esikuvana olivat Fredrikin uudistukset Sisiliassa. Kuitenkin Fredrikin tavoitteet olivat vain osin toteutettavissa asemastaan tietoisten ruhtinaiden vastustuksen vuoksi. Seuraavana vuonna suunniteltua keskitettyä taloushallintoa ei koskaan saatu toteutettua. 1237 Fredrik valitutti poikansa Konrad IV:n Wienissä uudeksi kuninkaaksi ja tulevaksi keisariksi epäonnistuttuaan Mainzin valtakunnanpäivillä tässä suhteessa. 
Saksassa Fredrikin ja paavin intressit olivat yhteneväisiä – näkemykset joutuivat kuitenkin ristiriitaan etelässä. Gregorius IX suunnitteli yleisen asetuskokoelman laatimista Sisiliaa varten. Fredrik pyrki toimimaan nopeammin vahvistaakseen omaa asemaansa Sisiliassa ja profiloituakseen lainsäätäjänä. Siksi hänen aloitteestaan laadittiin pikaisesti lakikokoelma, joka tunnetaan Melfin konstituutioiden nimellä. Lainsäätäjänä Fredrik näki itsensä antiikin roomalaisen tradition jatkajana.
Fredrikin vaatimukset Lombardian ja Milanon suhteen käynnistivät konfliktin viimeisen kuuman vaiheen, johon yhdistyi voimakkaita eskatologisia piirteitä. 1236 keisari julisti sodan valtakunnan ja itsenäisten kaupunkien välille. Lombardialaiset eivät halunneet purkaa kaupunkiliittoaan, mitä keisari vaati. Syksyyn 1237 mennessä kumpikaan osapuolista ei kyennyt ratkaisemaan konfliktia sotilaallisesti. Vasta marraskuussa 1237 keisari ratkaisi Cortenuovan taistelussa sodan hyväkseen. Hän vaati Milanoa antautumaan ehdoitta, mihin ei suostuttu. Edes palkkasotilain vahvistettu armeija ei kyennytkään lopullisesti pakottamaan Milanoa ja muita kaupunkeja tahtoonsa.
Samanaikaisesti kiista paavin kanssa kiristyi edelleen. Enzio, Fredrikin vanhin avioton poika, avioitui lokakuussa 1238 Sardinian perijättären kanssa ja otti itselleen saaren kuninkaan arvonimen. Pyhä istuin piti itseään Sardinian lääninherrana eikä paavi tunnustanut Enzion asemaa. Vielä merkittävämpi oli kuitenkin eturistiriita Bysantin suunnalla. Paavin toiminta tähtäsi 1237 ristiretkeen, jonka oli tarkoitus tukea latinalaisen keisari Balduin II:n taistelua Bysantin keisari Johannes III:ta vastaan. Italian sodissa Fredrikillä oli ollut käytössään bysanttilaisia palkkasotilaita. Vastineeksi hän sulki useita satamia, mikä hankaloitti ristiretkelle lähtemistä. Paavi ryhtyi vastaiskuun: propagandakampanjassa Fredrik samastettiin Antikristukseen, hän välitti Genovan ja Venetsian välille liittosopimuksen. Liitto loi laivaston, jolle olisi mahdollista uhata myös Sisiliaa. Paavi onnistui myös kukistamaan Rooman kaupungissa keisarimielisen aateliston ghibelliinipuolueen.
Tässä jännittyneessä tilanteessa kuolivat alkuvuonna 1239 sekä saksalaisen ritarikunnan Hermann Salzalainen sekä  kardinaali Tuomas Capualainen, jotka olivat toimineet välittäjinä keisarin ja paavin välisissä neuvotteluissa. Vastakkainasettelu kiristyi vielä, kun Fredrik osoitti maaliskuussa 1239 kardinaalikollegiolle kirjeen, jossa hän syytti Gregorius IX:n liittoutuneen kapinallisten lombardikaupunkien kanssa. Paavi vastasi uudella pannajulistuksella kymmenen päivää myöhemmin. Keisaria suomittiin harhaoppisuudesta.

Paavin ja keisarin kamppailun loppuvaiheet

Fredrik reagoi ekskommunikaatioon jättämällä kaikki paavin Sisiliaa koskevat vaatimukset huomioimatta. Hän kokosi suuren armeijan ja antoi organisoida hallinnon perusteellisesti uudestaan sekä siviili- että sotilashallinnon osalta.  Keisari sulki rajat ja karkotti paavia lähellä olevat kerjäläisveljestöt maasta. Kotimaista papistoa kiellettiin noudattamasta interdiktiä. Lisäksi Fredrik päätti itse piispanistuimien täyttämisestä. Myös keisarille kuuluvat alueet Manner-Italiassa organisoitiin Sisilian mallin mukaisesti jakamalla ne kymmeneen kenraalivikariaattiin. Enzio nimitettiin käskynhaltijaksi. Hallinnosta vastasivat ensi sijassa eteläitalialaiset virkamiehet.
Keisarin kanslia toimi tässä tilanteessa poikkeuksellisen aktiivisesti ottaen yhteyttä kardinaaleihin, Rooman porvaristoon ja ennen kaikkea kristikunnan ruhtinaihin. Näissä yhteydenotoissa korostettiin toistuvasti keisarin pyrkimystä rauhaan. Kirjeissä käytettiin raamatullista kieltä ja esimerkiksi kirjeessä valtakunnan ylimystölle 1239 paavia syytetään konfliktista. Paavi puolestaan käytti vastineessaan Ilmestyskirjasta peräisin olevia ilmaisuja esittäen Fredrikin todellisena Antikristuksena, merestä nousevana raivoavana petona.
Tämänkaltaiset kirjeet ovat selitettävissä ajan kiliastisten käsitysten valossa. Joakim Fiorelainen oli ennustanut Antikristuksen edeltäjien tuloa maan päälle ennen vuotta 1260, jolloin itse Antikristus tulisi ilmestymään maailmaan. Toisaalta Fredrik esitettiin näissä kirjeissä messiaanisena keisarina ja paavi Babylonin huorana; paavillisissa kirjeissä konflikti esitettiin Antikristuksen ja enkelipaavin välisenä kamppailuna. Fredrik II itse suunnitteli jopa uuden uskonnon perustamista, jossa hän itse olisi ollut Messias ja hänen ministerinsä Pietro della Vigna Pyhää Pietaria vastaavassa asemassa. Myöhemmin hän kuitenkin syytti Pietro della Vignaa salahankkeista ja vangitsi hänet, minkä jälkeen tämä teki itsemurhan.
1241 Fredrik otti vangiksi useita piispoja, mikä esti Roomaan koollekutsuttua konsiilia tuomitsemasta hänet. Paavi Gregorius IX kuoli elokuussa 1241, mikä keskeytti konfliktin joksikin aikaa Fredrikin odottaessa uuden paavin valintaa. Paavin vaali lykkääntyi kesään 1243 saakka. Ghibelliiniperheeseen kuulunut uusi paavi Innocentius IV oli maineeltaan keisarillismielinen, mutta virkaan noustuaan hänestä tuli päättäväinen paavin valtapyyteiden edistäjä. Rauhanneuvotteluja kuitenkin jatkettiin, ja maaliskuussa 1244 ne johtivat alustavaan sopimukseen. Tällöin Fredrik lupasi vetäytyä Kirkkovaltiosta, paavi puolestaan lupasi peruuttaa kirkonkirouksen. 
Lopullinen rauhansopimus jäi kuitenkin solmimatta, sillä kiista lääninherruudesta Sisiliassa ja Lombardiassa sekä kysymys lombardialaiskaupunkien asemasta rauhassa osoittautuivat ratkaisemattomiksi. Siten Innocentius IV uudisti pannajulistuksen pääsiäisenä 1245. Mongolien lähestyminen 1245 johti vielä lyhytaikaiseen välien lämpenemiseen ennen kuin paavi julisti Lyonin kirkolliskokouksessa saman vuoden heinäkuussa keisarin ja Enzion viraltapannuiksi. Perusteluina olivat Fredrikin uskottomuus paavillisen läänityksen haltijana, rauhan rikkominen, jumalanpilkka sekä kerettiläisyys. Keisari ei luonnollisestikaan tunnustanut viraltapanoa.
Saksassa keisari pyrki parantamaan 1232 alkaen jännittynyttä suhdetta Wittelsbach-aatelissuvun kanssa. Samalla hän loukkasi Mainzin arkkipiispan territoriaali-intressejä. Aiemmin keisarimielinen arkkipiispa Siegfried III siirtyikin paavin kannattajaksi. Yhdessä Kölnin arkkipiispa Konrad Hochstadenilaisen kanssa hänestä tuli merkittävin paavin politiikan edustaja Saksassa.

Viimeiset vuodet: takaiskuja ja menestyksiä

Keisarin viraltapanon jälkeen valittiin 1246 Saksassa Henrik Raspe kuninkaaksi. Vastakuningas kuoli kuitenkin jo seuraavana vuonna. Tämän jälkeen oppositio valitsi kuninkaaksi Wilhelm Hollantilaisen. Valinta merkitsi samalla Reinin alajuoksun ruhtinaiden siirtymistä Hohenstaufien vastustajien leiriin. Toisaalta Baijerin Otto II antoi tyttärensä Konrad IV:lle, näin hänestä tuli keisarisuvun mahtavin tukija Saksassa.
Italiassa Fredrik jatkoi jälleen sotaretkiä kapinoivia kaupunkeja vastaan käyden samanaikaisesti neuvotteluja paavin kanssa. Oli ilmeistä, että keisaria ei voinut kukistaa sotilaallisesti. Keskitetty Sisilian hallintokoneisto tuotti keisarille tasaisesti tuloja ja kaupungit olivat keskenään kiistoissa jakautuen keisarin kannattajiin ja vastustajiin. Tässä tilanteessa keisarin vastustajat yrittivät 1246 attentaattia, joka kuitenkin epäonnistui. Tämän jälkeen useita keisarin luottomiehiä teloitettiin. Enzio puolestaan joutui toukokuussa 1249 bolognalaisten vangiksi.
Kun kaikki näytti viittaavan keisarin tappioon, muuttui tilanne jälleen alkuvuodesta 1250. Saksassa Konrad jatkoi sotaretkeä vastakuningas Wilhelm Hollantilaista vastaan. Useat pohjoisitalialaiset kaupungit siirtyivät puolestaan keisarin puolelle. Paavi joutui ahdinkoon ja tarjosi Ranskan Ludvig IX:n ehdotuksesta keisarille neuvotteluja. 
Fredrik kuitenkin kuoli joulukuussa 1250 Castel Fiorentinossa Apuliassa. Kuolinvuoteellaan hän avioitui Biancan kanssa tehdäkseen heidän yhteisestä pojastaan Manfredista legitiimin vallanperijän. Fredrikin porfyyrikivestä tehty sarkofagi sijaitsee nykyään Palermon tuomiokirkossa, jonne myös hänen vanhempansa Henrik VI ja Constanza sekä isoisä, normannikuningas Roger II on haudattu.

Skeptikko

Valtionpäämiehen ja sotilaan roolin ohella Fredrik II:lla oli tutkijan ja skeptikon mieli: hän ei uskonut asioihin, joita ei voinut järjellä selittää. Koska hän suhtautui uskon­toihin kriittisesti, hänen vastustajansa väittivät hänen kirjoittaneen kirjan nimeltä De tribus impostoribus (suom. kolme petkuttajaa), jotka olisivat olleet Mooses, Jeesus ja Muhammed Tällaista kirjaa ei ollut olemassa, mutta sen kirjoittamisesta syytettiin myöhemmin useita muitakin kirkon vastustajia.

Haukkametsästäjä

Fredrik II:n skeptisyyteen liittyy hänen intohimonsa haukkametsästykseen, josta aiheesta hän 1240-luvulla kirjoitti pojalleen Manfredille omistetun teoksen De arte venandi cum avibus. Teos on kirjoitettu latinaksi ja perustuu pitkälti Fredrikin itsensä tekemiin havaintoihin ja niiden selityksiin. Se oli paljon aikaansa edellä, ja vasta satoja vuosia myöhemmin lintutieteilijät pystyivät esittämään vastaavia tosiasioita lintujen elämästä. Fredrik hankki tunturihaukkoja aina Lyypekistä ja Grönlannista asti, ja hänen palveluksessaan oli viitisenkymmentä haukkametsästäjää.