Indiana Jones ja kristallikallon valtakunta

Juoni

Yhdeksäntoista vuotta edellisen elokuvan tapahtumien jälkeen, nyt 58-vuotias Indiana Jones saa vastaansa neuvostoliittolaisia sotilaita etsiessään salaperäistä kristallikalloa ja Akatorin kaupunkia Etelä-Amerikan viidakoista.
Vuonna 1957 Indiana Jones ja George ”Mac” McHale ovat joutuneet eversti Irina Spalkon johtamien neuvostoliittolaisten agenttien kaappaamiksi. Venäläiset tunkeutuvat Area 51:llä sijaitsevaan valtion varastoon ja pakottavat Indianan etsimään sieltä laatikon, joka sisältää kymmenen vuotta aiemmin Roswelliin New Mexicoon pudonneen Maan ulkopuolisen elämänmuodon jäänteet. Laatikon löytymisen jälkeen Mac pettää Indianan, sillä venäläiset ovat lahjoneet hänet. Indianan onnistuu paeta autiomaahan, jossa hän kuitenkin joutuu keskelle ydinräjähdyksen vaikutuksien tutkimista varten rakennettua lavastekaupunkia. Indiana kuitenkin selviää räjähdyksestä. Myöhemmin FBI löytää ja tutkii hänet Macin venäläisyhteyksien takia. Marshall Collegeen palaamisen jälkeen Indiana saa vapautuksen työstään määrittelemättömäksi ajaksi.
Juna-asemalla Indianan pysäyttää motoristi Mutt Williams, joka kertoo Indianalle, että tämän vanha kollega Harold Oxley on kidnapattu sen jälkeen kun hän oli löytänyt kristallikallon Perusta. Indiana kertoo Muttille legendan kristallikallosta. Se oli löytynyt mystisestä Akatorin kaupungista, ja se joka palauttaisi tuon kallon takaisin kaupunkiin, saisi hallintaansa sen yliluonnolliset voimat. Mutt antaa Indianalle kirjeen äidiltään, joka on myös kidnapattu. Kirje sisältää Oxleyn muinaisella eteläamerikkalaisella kirjoituksella kirjoittaman arvoituksen, joka johtaa heidät Perun Nazcan linjoille. Siellä he saavat selville, että Oxley oli suljettu mielisairaalaan kristallikallon voimien aiheuttamien psyykkisten mielenhäiriöiden takia ennen kuin venäläisen kaappasivat hänet. Oxleyn sellistä he löytävät vihjeitä, jotka johdattavat heidät Francisco de Orellanan, Akatoria 1500-luvulla etsineen ja sille tielle jääneen konkistadorin haudalle. He löytävät haudasta kristallikallon, ja Indiana päättelee Oxleyn piilottaneen sen sinne.
Myöhemmin Indiana ja Mutt joutuvat venäläisten kaappaamiksi. Heidät viedään venäläisten leiriin Brasiliassa, missä he tapaavat Oxleyn ja Muttin äidin, joka osoittautuu Indianan vanhaksi rakastetuksi Marion Ravenwoodiksi ja paljastuu, että Mutt onkin Indianan poika. Irina Spalko uskoo että kallo kuuluu maan ulkopuoliselle elämänmuodolle ja että se sisältää suuria psyykkisiä voimia. Hän myös saa selville, että valtion varastosta varastetussa näytteessä on samanlainen kallo. Spalko uskoo, että palauttamalla kristallikallon Akatoriin venäläiset voisivat saada käyttöönsä psyykkisen sodankäynnin edun. Indiana, Marion, Mutt ja Oxley onnistuvat pakenemaan Amazonin sademetsään. Siellä Mac väittää olevansa oikeasti venäläisiä vastaan toimiva CIA:n kaksoisagentti, ja saa näin muut luottamaan häneen. Paetessaan venäläisiä seurue törmää sotilasmuurahaisten pesään. Muurahaiset alkavat lähestyä syöden kaiken tieltään, ja Indiana joutuu tappeluun eversti Dovchenkon kanssa. Oxley ottaa kristallikallon esiin ja muurahaiset säikähtävät sitä. Indy kaataa Dovchenkon ja muurahaiset syövät hänet. Indiana ja muut lähtevät kohti Akatoria.
Indiana kumppaneineen saapuu Akatorin temppelille, jossa he selviytyvät temppeliä vartioivien Ugha-soturien hyökkäyksestä. Kun he astuvat sisälle temppeliin, Mac, joka onkin vielä venäläisten puolella, jättää salaa heidän reitilleen jäljityslaitteita, joita venäläiset voivat seurata. Viisi seikkailijaa astuu kammioon, jossa on kolmetoista muukalaisen kristalliluurankoa istuu kehässä valtaistuimillaan. Yhdeltä niistä puuttuu pääkallo. Kun venäläiset saapuvat ja paljastavat jälleen Macin petollisuuden, Spalko asettaa kristallikallon päättömälle luurangolle. Muukalaiset alkavat kommunikoida ryhmän kanssa muinaisella mayakielellä, Oxleyn toimiessa tulkkina. Ne lupaavat palkita ihmiset ”suurella lahjalla”. Spalko vaatii palkkioksi muukalaisilta saada ”tietää kaiken”. Muukalaiset myöntyvät hänen pyyntöönsä ja siirtävät kollektiivisen tietoutensa Spalkon mieleen aktivoiden samalla portaalin toiseen ulottuvuuteen. Indiana, Marion, Mutt ja nyt täysijärkinen Oxley pakenevat temppelistä, kun taas Mac ja venäläiset imeytyvät portaaliin. Samalla luurangot yhdistyvät, muodostaen yhden kokonaisen muukalaisruumiin, joka musertaa Spalkon tiedollaan tuhoten hänen ruumiinsa. Spalkon jäänteet imeytyvät portaaliin. Temppeli sortuu, ja sen raunioista nousee lentävä lautanen, joka katoaa ”ulottuvuuksien väliseen avaruuteen”. Kotiin palattuaan Indiana palautetaan virkaansa ja hänestä tehdään apulaisdekaani Marshall Collegeen. Lopuksi Indiana ja Marion menevät naimisiin.