Muhammad Ali

Lapsuus

Cassius Marcellus Clay Jr. syntyi 17. tammikuuta 1942 Kentuckyn Louisvillessa. Vuonna 1975 julkaistujen muistelmien mukaan synnytyksen jälkeen Odessa-äidille tuotiin aluksi väärä vauva, minkä hän huomasi nimilapusta. Hän kutsui paikalle hoitajat, jotka pian toivat oikean vauvan hänen luokseen: "Tiesin heti, että jotakin oli vinossa, koska se toinen vauva oli niin hiljainen ja kiltti. Heti kun Cassius tuli, hän huusi niin kovasti, että sai osaston kaikki vauvat itkemään", kertoi Odessa myöhemmin.
Cassius Clayn perheeseen kuuluivat  Odessa-äidin lisäksi hänen isänsä Cassius Marcellus Clay Senior, joka elätti perheen työskentelemällä kylttimaalarina, sekä nuorempi veli Rudolph (myöhemmin Rahaman Ali). Cassius Sr. piti itseään taiteilijana ja maalasi myös seinämaalauksia Louisvillen baptistikirkkoihin. Perhe asui kaupungin länsipuolella. Cassius Sr:n mukaan heidän kotinsa sijaitsi parhaalla alueella johon hänellä oli varaa. Isän ammatti takasi perheelle kohtuullisen elintason, vaikka Ali väittikin vuonna 1975 julkaistuissa muistelmissaan kasvaneensa köyhissä oloissa ja erikseen kiisti perheensä kuuluneen niin kutsuttuun "mustaan keskiluokkaan".
Clayn äiti oli baptisti ja isä metodisti, mutta lapsista kasvatettiin äitinsä tavoin baptisteja. Clayn mukaan hänen äitinsä vei hänet joka sunnuntai kirkkoon, ja opetti hänelle kristillisiä arvoja, kuten että viha ja ennakkoluulot ovat väärin. Kun Cassius kääntyi myöhemmällä iällä islaminuskoon, äiti hyväksyi asian: "Tärkeintä oli, että hän uskoi Jumalaan". Clay itse sanoi elämäkerrassaan, että islamiin käännyttyään hän vaihtoi uskontoaan ja joitakin uskomuksiaan, mutta uskoi edelleen samaan Jumalaan kuin äitinsä.
Isä-Cassius ajautui muutamia kertoja kahnauksiin poliisin kanssa häiritsevän käytöksen, kiinnitetyn omaisuuden myymisen sekä päällekäymisen vuoksi. Vanhemmat riitelivät usein keskenään Cassius Sr:n naisseikkailujen vuoksi, ja isän tiedetään käyttäytyneen toisinaan humalassa väkivaltaisesti. Kärhämään Cassius Sr:n kanssa ajautuivat niin omat juomakaverit kuin myös puoliso sekä joskus myös omat pojat. Ali ei suostunut puhumaan näistä asioista elämäkerturilleen.
Rahamanin mukaan rasismi oli Louisvillessä arkipäivää, mutta siitä huolimatta pojat joutuivat kohtaamaan rasismia vain liikkuessaan tietyillä alueilla kaupungissa. Tuohon aikaan rotuerottelu oli edelleen sallittua Kentuckyssa. 13-vuotiaana Clay näki Life-lehden kannessa kuvan 14-vuotiaasta mustasta pojasta, joka oli murhattu, koska hän oli viheltänyt valkoisille tytöille. Kuvan muisto vainosi häntä vuosia.

Ensikosketukset nyrkkeilyyn

Cassius Clay Sr.:lla oli usein tapana viedä poikansa katsomaan lyhtypylvästä, johon entinen raskaan sarjan maailmanmestari Joe Louis oli legendan mukaan joskus nojannut jutellessaan ihmisten kanssa kadulla. Kerran isä pyysi Cassius-poikaansa koskettamaan pylvästä, minkä jälkeen hänen puhumisensa sanotaan lisääntyneen. Vastustajan verbaalisesta ärsyttämisestä (urheilutermein trash talk) tuli myöhemmin nyrkkeilyuralla oleellinen osa Clayn esiintymistä.
Nyrkkeilyn pariin Clay ajautui 12-vuotiaana, kun hänen polkupyöränsä varastettiin. Lokakuussa 1954 Clay polki ystävänsä kanssa mustien myyjäistapahtumiin, mutta kotiin lähtiessä Clay huomasi, että hänen pyöränsä on varastettu. Hän ilmoitti asiasta poliisi Joe E. Martinille, joka valmensi nuoria nyrkkeilijöitä markkinapaikan kellaritiloissa. Martinin mukaan itkevä Clay oli raivoissaan, ja halusi hakata pyörävarkaat, jolloin Martin kehotti, että hänen pitää opetella tappelemaan ensin. Aluksi Martin  ei pitänyt Clayta mitenkään erityisenä tapauksena, mutta jo vuoden harjoittelun jälkeen hän alkoi hän alkoi pitää nuoren pojan kykyjä huomattavina. Syynä tähän Martin piti Clayn päättäväisyyttä ja motivaatiota. "Poika oli valmis tekemään uhrauksia, joita menestyvältä urheilijalta vaaditaan, ja häntä oli lähes mahdoton lannistaa. Kaikista valmentamistani nuorukaisista hän oli ylivoimaisesti ahkerin". Clay harjoitteli omien sanojensa mukaan kuusi päivää viikossa ja pysytteli nyrkkeilyn ansiosta pääosin erossa päihteistä.
Martin opasti Clayn nyrkkeilyn pariin, mutta Clay harjoitteli välillä myös mustan valmentajan Fred Stonerin kanssa. Nyrkkeilysalin omistanut Stoner opetti Clayta liikkumaan kehässä kuin tanssija.

Amatöörinyrkkeily

Kun Cassius Clay oli otellut ensimmäisen ottelunsa amatöörinä, hänen isänsä julisti, että pojasta tulee seuraava raskaansarjan maailmanmestari ja "uusi Joe Louis". Amatööriurallaan Clay otteli 108 ottelua, joista hän voitti sata. Clayn saavutuksiin amatöörinä kuuluvat kuusi eri sarjojen Kentucky Golden Gloves -mestaruutta, kaksi valtakunnallista keskisarjan Golden Gloves -mestaruutta ja AAU:n keskiraskaan sarjan Yhdysvaltain-mestaruus.
Amatöörisarjojen toimitsijana toimineen Chuck Bodakin mukaan Clay teki häneen välittömän vaikutuksen, kun hän näki nuoren nyrkkeilijän ottelemassa ensimmäistä kertaa kansallisessa Golden Gloves -turnauksessa Chicagossa: "Täytyi olla sokea, jos ei huomannut pojan kykyjä". Myös Amatööriliiton tuomarina toiminut Bob Surkein on puhunut Clayn lahjakkuudesta samaan tapaan: "Katseltuani häntä kehässä muutamia kertoja tiesin, että tässä nuorukaisesta oli jotain erityistä".
Tuleva raskaansarjan maailmanmestari, louisvillelainen Jimmy Ellis ystävystyi amatööriuransa aikana Clayn kanssa. Hänen mukaansa Clay ei koskaan käyttäytynyt aggressiivisesti kehän ulkopuolella vaikka oli jo tuolloin taipuvainen äänekkääseen uhoamiseen ja itsekehuun. Ellisin mukaan Clay suhtautui harjoitteluun vakavasti. 
Syyskuussa 1958 Clay aloitti opiskelut Lousvillen Central High Schoolissa. Hän valmistui kesäkuussa 1960 heikoin arvosanoin ja sijoittui oman vuosikurssinsa häntäpäähän. Tarkalleen ottaen hän oli vuosikurssinsa 376:nneksi parhaimmilla arvosanoilla valmistunut oppilas kaikista 391:stä. Clay sai keskivertoa paremmat arviot ainoastaan terveydentilastaan.
Valmistuttuaan Clay osallistui Rooman olympialaisiin 1960. Joe Martinin mukaan Clay ei olisi halunnut lähteä, koska pelkäsi lentämistä. Clay yritti vielä viime tingassa perua koko reissun. Martin kuitenkin vakuutti Clayn siitä, että kultamitalin voittaminen auttaisi häntä nousemaan raskaansarjan maailmanmestariksi. Ennen kilpailuja yhdysvaltalainen urheilun aikakauslehti Sports Illustrated nimesi Clayn maan suurimmaksi kultamitalitoivoksi.
Odotukset palkittiin, sillä Clay voitti olympiakultamitalin nyrkkeilyn keskiraskaassa sarjassa. Hän voitti ensimmäiset kolme otteluaan, joista kaksi tuomaripistein ja yhden tyrmäyksellä toisessa erässä. Clay nousi yhdeksi turnauksen suosikeista voitettuaan keskisarjan hallitsevan olympiakultamitalistin, neuvostoliittolaisen Gennadi Šatkovin ylivoimaisesti pistein. Loppuottelussa hän löi kokeneen puolalaisen Zbigniew Pietrzykowskin, joka oli nyrkkeilyn kolminkertainen Euroopan-mestari. Clayn voitto ei saanut Yhdysvaltojen mediassa kovin suurta huomiota, mutta hänestä tuli tunnettu henkilö olympiakylässä, jossa kulkiessaan hänellä oli tapana käydä kättelemässä ja tutustumassa muihin urheilijoihin.
Clay oli niin ylpeä mitalistaan, että piti sitä jatkuvasti kaulassaan. Hän kulki mitalin kanssa Rooman kaduilla ja palattuaan Yhdysvaltoihin hän piti siä kaulassaan astuessaan lentokoneesta. "En ottanut sitä pois 48 tuntiin. Pidin sitä jopa sängyssä. En nukkunut kovin hyvin, koska minun piti nukkua selälläni, jotta mitali ei viiltäisi minua. Mutta en välittänyt, olin olympiavoittaja", sanoi Clay. Kun neuvostoliittolainen toimittaja kysyi Claylta, miltä hänestä tuntui voittaa mitali maalle, jossa hän ei voinut ihonvärinsä vuoksi mennä kaikkiin ravintoloihin, Clay vastasi: "Kerro lukijoillesi, että pätevät asiantuntijat ratkovat kyseistä ongelmaa paraikaa, enkä ole lopputuloksesta lainkaan huolissani. Yhdysvallat on parempi kuin yksikään muu valtio maailmassa, sinun kotimaasi mukaan lukien." Myöhemmin vuonna 1975 julkaistussa elämäkerrassaan Ali väitti heittäneensä mitalinsa Ohio-jokeen, kun louisvillelainen ravintola kieltäytyi tarjoilemasta hänelle rotuerottelun vuoksi. Myöhemmin Ali sanoi hukanneensa mitalin tai joku varasti sen.

Ammattilaisuran alku ja taustavaikuttajien kokoaminen

Voitettuaan olympiamitalin Clay palasi Louisvilleen tarkoituksenaan ryhtyä ammattilaisuralle. Hän neuvotteli sponsorisopimuksesta Reynolds Metals Companyn vastaavan varajohtajan Billy Reynoldsin kanssa, mutta neuvottelut katkesivat Clayn isän puututtua niihin. Reynolds oli ehdottanut, että Clayn entinen valmentaja, poliisi Joe E. Martin voisi olla mukana hänen valmentamisessaan. Poliiseja vihannut Cassius Clay Sr. ei voinut kuitenkaan tätä hyväksyä. Clay teki lopulta sopimuksen Bill Favershamin johtaman sijoittajaryhmän kanssa. Faversham oli innokas nyrkkeilyn seuraaja, joka oli huomannut Clayn ensimmäisen kerran, kun tämä voitti amatöörien Golden Gloves -palkinnon raskaassa sarjassa vuonna 1960. Hän päätti koota yhdentoista sijoittajan ryhmän nuoren ammattilaisen tukemiseksi kuultuaan neuvottelujen Billy Reynoldsin kanssa katkenneen.
Sijoittajaryhmä tunnettiin nimellä Louisville Sponsoring Group. Siihen kuului yksitoista valkoista miestä, joista kymmenen oli miljonäärejä. Kaikki yhtiön osakkaat Favershamia lukuun ottamatta sijoittivat toimintaan 2 800 dollaria. Faversham maksoi 1 400 dollaria vähemmän, koska hän oli tehnyt töitä yhtiön organisoimiseksi. Clay tienasi 10 000 dollarin allekirjoitusbonuksen. Muiden palkkioiden lisäksi Claylle taattiin 333 dollarin kuukausipalkka. Ensimmäisten neljän vuoden ajan tuotot jaettiin tasan, mutta sen jälkeen Clay saisi sopimuksen mukaan 60 prosenttia ja sijoittajat 40 prosenttia hänen voitoistaan. Sopimusta pidettiin omana aikanaan oikeudenmukaisena, ja se oli yhtä suuri kuin Reynoldsin tarjoama.
Jo kolme päivää sopimuksen allekirjoittamisen jälkeen 29. lokakuuta 1960 Clay otteli ensimmäisen kerran ammattilaisena. Hän voitti kuusieräisessä ottelussa poliisina työskennelleen Tunney Hunsakerin pistein. Clay harjoitteli otteluun Fred Stonerin valmennuksessa, mutta Clayn taustavaikuttajat halusivat tilalle jonkun kokeneemman ja valitsivat tilalle nyrkkeilijä Archie Mooren. Liikemiesryhmä lähetti sijoituksensa nyrkkeilijä Mooren vetämälle harjoitusleirille Kaliforniaan San Diegon lähelle. Leiriä kutsuttiin puhekielessä "suolakaivoksiksi", ja Dick Sadlerin (joka myöhemmin nousi kuuluisuuteen George Foremanin managerina) piti toimia apulaisvalmentajana. Clay ei viihtynyt alkeellisella leirillä ja lähti pois kyllästyttyään pesemään lattioita ja tiskaamaan astioita. Valmentaja Angelo Dundeen mukaan ratkaiseva käänne oli, kun Moore käski Clayn siivota keittiön. Clay ei suostunut, koska hän ei omien sanojensa mukaan auttanut keittiössä edes omaa äitiään. Mooren mukaan hänellä ei ollut resursseja järjestää harjoitusleirille henkilökuntaa, joka olisi huolehtinut askareista, joten jokainen leiriläinen joutui hoitamaan vuorollaan osansa taloustöistä. Clayn kotiinlähtö jäi harmittamaan häntä: "Yritin painostaa häntä kurinalaisuuteen, mutta se oli asia, jota Ali ei koskaan suostunut hyväksymään: hän pyrki aina komentelemaan ylempiään, ihmisiä joiden kanssa työskenteli. Suoraan sanottuna se penska olisi tarvinnut kunnon selkäsaunan, mutten tiedä, kuka sellaisen olisi hänelle antanut."
Epäonnistuneen harjoitusretken jälkeen Faversham soitti Madison Square Gardeniin ja pyysi sen nyrkkeilytoiminnasta vastaavalta Harry Marksonilta suosituksia valmentajista. Markson suositteli Angelo Dundeeta. Dundee oli tavannut Clayn ensimmäisen kerran jo vuonna 1957 valmentaessaan Willie Pastranoa ja toisen kerran vuonna 1959, jolloin 17-vuotias Clay oli pyytänyt lupaa sparrata Pastranoa vastaan ja voitti erän tulevaa keskiraskaansarjan maailmanmestaria vastaan. Dundee suostui, ja Clay saapui pian sopimuksen allekirjoittamisen jälkeen 19. joulukuuta treenaamaan Dundeen salille Floridan Miamiin. Jo kahdeksan päivää myöhemmin Clay voitti ammattilaisuransa toisessa ottelussa Herb Silerin tyrmäyksellä neljännessä erässä.
Angelo Dundee pyrki Clayn uran alussa valitsemaan vastustajia, jotka eivät olleet liikaa hänen suojattiaan edellä kypsyyden, voiman tai nopeuden alueilla. Kolmannessa ottelussaan Clay tyrmäsi Tony Espertin kolmannessa erässä, sitten Jim Robinsonin ensimmäisessä. Samoihin aikoihin Clay sparrasi entisen raskaansarjan maailmanmestarin Ingemar Johanssonin kanssa, joka oli Miamissa valmentautumassa otteluunsa Floyd Pattersonia vastaan. Promoottori Harald Conradin mukaan Clay tanssahteli kehässä kömpelösti liikkuneen Johanssonin ympärillä ja haukkui häntä "pelkuriksi": "Minun tässä pitäisi otella Pattersonia vastaan, ei sinun". Harjoitussessio lopetettiin toisen erän jälkeen Johanssonin väsytettyä itsensä. Myös Sports Illustratedin toimittaja Gilbert Rogin oli seurannut Clayn ja Johanssonin sparraamista ja vakuuttui nuoren nyrkkeilijän taidoista niin, että hän hehkutti New Yorkiin palattuaan vasta neljä ammattilaisottelua voittanutta Clayta lehden päätoimittajalle tulevana maailmanmestarina.

Kääntyminen muslimiksi, nimen vaihtaminen ja uusintaottelu

Muhammad Ali kertoi eläessään useita eri versioita siitä, mikä sai hänet kääntymään islaminuskoon. Toiselle vaimolleen joskus 1960-luvun lopulla kirjoittamassaan kirjeessä hän kertoi lukeneensa Nation of Islam -järjestön julkaisemaa Muhammad Speaks -lehteä, ja kuvaili sarjakuvaa, joka julkaistiin lehden joulukuun 1961 numerossa. Sarjakuvassa mustat orjat pakotettiin hylkäämään alkuperäinen uskontonsa ja palvomaan Jeesusta. "Pidin sarjakuvasta. Se teki jotain minulle. Ja siinä oli järkeä", kirjoitti Ali. Myöhemmin Ali kertoi elämäkerturilleen: "Satuin vilkaisemaan NOI:n sanomalehteä ennen kuin matkustin olympialaisiin. En kiinnittänyt siihen vielä silloin erityistä huomiota, mutta mielessäni alkoi liikkua monenlaisia asioita".
Cassius Clay meni ensimmäistä kertaa moskeijaan vuonna 1961 Miamin Overtownissa Nation of Islam -järjestöön (nk. Mustat muslimit) kuuluneen Sam Saxonin (myöhemmin Adbul Rahaman) kutsumana. Clay vaikuttui näkemästään ja kuulemastaan. Järjestön muslimisaarnaajien mukaan kristinusko oli valkoisten uskonto, jonka orjanomistajat olivat pakottaneet mustille orjilleen, joiden alkuperäinen uskonto oli islam. Sen jälkeen Clay luki säännöllisesti järjestön lehteä ja alkoi osallistua kokoontumisiin. Vuonna 1962 Saxon kutsui Clayn ja hänen Rudolph-veljensä Detroitissa järjestettyyn kokoontumiseen, jossa Clay tapasi ensimmäistä kertaa Malcolm X:n. Malcom X:n lesken Betty Shabazzin mukaan Malcolm rakasti Clayta kuin omaa veljeään, ja opetti hänelle itsekunnioitusta. Myöhemmin ystävykset ajautuivat erilleen Elijah Muhammadin ja Malcolm X:n erimielisyyksien vuoksi, kun nuori maailmanmestari päättikin jatkaa Elijah Muhammadin seuraajana.
Clay piti jäsenyytensä salassa kolmen vuoden ajan ennen maailmanmestaruusottelua, koska sekä Nation of Islam että Clay itse tiesivät, että jäsenyys voisi haitata titteliottelun saamista. Huhut Clayn liittymisestä lähtivät liikkeelle jo ennen ensimmäistä Liston-ottelua. Vuonna 1963 Philadelphia Daily News uutisoi ensimmäisenä, että Clay oli osallistunut Nation of Islamin järjestämään mielenilmaukseen Philadelphiassa. Uutinen sai vain vähäistä huomiota, koska tässä vaiheessa Clay ei ollut vielä otellut Listonia vastaan eikä Nation of Islam ollut kovin tunnettu. Asiasta nousi suurempi kohu kun Clay osallistui puhujana järjestön kokoontumiseen 21. tammikuuta 1964 New Yorkissa, jonne hän matkusti yhdessä Malcolm X:n kanssa. Kokoontumisen jälkeen Clay myönsi Louisville Courier-Journal -lehdelle olleensa tekemisissä muslimijärjestön kanssa ja pitävänsä siitä, mutta omaa uskonnollista vakaumustaan hän ei kommentoinut. Toimittaja Pat Putnam sai kuitenkin kuulla Clayn isältä, että hänen poikansa on kääntynyt muslimiksi ja aikoo vaihtaa nimensä titteliottelun jälkeen. Putnam väitti saaneensa tappouhkauksia kirjoittamansa jutun vuoksi. Ensimmäisen Liston-ottelun promoottori Bill MacDonald uhkasi peruuttaa koko ottelun huhujen vuoksi, jos Clay ei sanoutuisi irti Nation of Islamista, mihin Clay ei suostunut. Lopulta kiista ratkesi, kun Malcolm X suostui lähtemään Miamista ottelua edeltäväksi ajaksi rauhoittaen tilanteen.
Clay ilmoitti liittyneensä virallisesti järjestöön mestaruusottelun jälkeisenä päivänä antamassaan radiohaastattelussa. Lisäksi hän ilmoitti vaihtaneensa nimensä Cassius X:ksi osoittaakseen halveksuntansa entistä ”orjanimeään” kohtaan. 6. maaliskuuta 1964 Nation of Islamin johtaja Elijah Muhammad ilmoitti radiossa, ettei nimellä Cassius Clay ollut pyhää merkitystä, ja antoi hänelle uuden nimen Muhammad Ali. Muhammad tarkoitti "ylistämisen arvoista" ja Ali puolestaan oli viittaus profeetta Muhammedin serkuun, kalifi Ali ibn Abi Talibiin, selitti Ali nimeään elämäkerturilleen. Hän piti nimen vaihtamista yhtenä elämänsä tärkeimmistä käännekohdista.
Ali alkoi myös antaa lehdistölle lausuntoja, joista kävi ilmi, että hän oli omaksunut Nation of Islamin radikaalin rotunäkemyksen. Hän uskoi mustien ja valkoisten yhdentymisen olevan väärin eikä hyväksynyt seka-avioliittoja. Hän kertoi myös kannattavansa oman valtion perustamista mustille.  Elämänsä ensimmäisen, Afrikan-matkan aikana Ali sanoi Ghanassa vieraillessaan kaiken Amerikassa olevan niin valkoista, että hän on iloinen ”täällä todellisen kansani kanssa”. 
3. heinäkuuta 1964 Ali tapasi tarjoilijana ja valokuvamallina työskennelleen Sonji Roin, jonka kanssa hän meni naimisiin jo kaksi viikkoa myöhemmin 21. elokuuta 1964. Roin mukaan Ali kosi häntä jo heidän ensitapaamisensa aikana. Avioliitto päättyi eroon jo yhdentoista kuukauden kuluttua. Ali teki Floridassa Daden piirikunnan oikeuteen valituksen, jonka mukaan Roi oli muun muassa kieltäytynyt noudattamassa Nation of Islamin sääntöjä, joita hän oli avioliiton alkaessa vannonut noudattavansa. Roi ei esimerkiksi suostunut noudattamaan järjestön pukeutumiskoodia. Lopullinen ero astui voimaan 10. tammikuuta 1966. Ali määrättiin maksamaan Roille 15 000 dollaria vuodessa 10 vuoden ajan sekä korvaamaan 22 500 dollarin edestä Roin oikeudenkäyntikuluja. Ennen eron voimaan astumista Ali lähetti Roille viestin, jossa hän kertoi naisen vaihtaneen taivaan helvettiin. Myöhemmin Roi kuvaili Alia "erinomaiseksi aviomieheksi" ja sanoi eron johtuneen siitä, että hän kyseenalaisti Elijah Muhammadin opetuksia eikä suostunut tottelemaan muslimijärjestön valtaapitäviä, joilla oli vaikutusta Aliin.
Alin Nation of Islam -jäsenyydellä oli merkittävä vaikutus hänen imagoonsa, sillä elämäkerturi Thomas Hauserin mukaan Clayn julkisuuskuva ennen uskonnonvaihdosta "miellytti maan valkoihoista väestöä". Myös nyrkkeilypromoottori Harold Conradin mukaan Ali tunnettiin aiemmin "hyvänä mustana", jota valkoiset pystyivät kannustamaan. Jäsenyyden julkistamisen ja nimenvaihdoksen jälkeen urheilutoimittaja Jimmy Cannon kirjoitti "halveksuvansa" Alia ja "kammoavansa" sitä, mitä hän edustaa. Promoottori Harry Markson puolestaan piti Alin tempauksia valitettavina: "Olemme tehneet valtavasti työtä päästäksemme eroon rotujen välisistä raja-aidoista, joten on sääli katsoa, kuinka raskaansarjan mestari saarnaa vihauskonnon puolesta." Mestaruuden jälkeen myös Nation of Islamin johtajan Elijah Muhammadin suhtautuminen Clayhin muuttui aiempaa myönteisemmäksi. Aiemmin hän oli syyttänyt Clayn käännyttämiseen osallistuneita "pelleilystä nyrkkeilijöiden kanssa" ja kehotti Malcolm X:ää pitämään etäisyyttä Clayhin, koska hän uskoi Listonin voittavan ottelun. Kaksi päivää Clayn voiton jälkeen Elijah Muhammad hehkutti Clayn saavutusta Nation of Islamin vuosikokouksessa Chicagossa. Nimenvaihdostakaan ei otettu vastaan ymmärtävästi, sillä suurin osa mediasta ja jotkut julkisuuden henkilöt kieltäytyivät käyttämästä uutta nimeä. Virallisissa yhteyksissä Alista käytettiin kuitenkin nimeä Cassius Clay vielä vuosia.
19. kesäkuuta 1964 Ali menetti toisen hallitsemistaan maailmanmestaruusvöistä, kun nyrkkeilyliitto WBA ei hyväksynyt hänen päätöstään suostua uusintaotteluun Listonia vastaan. Ensimmäisen ottelun jälkeen Alin paino oli noussut 105 kiloon, ja hänen piti tehdä töitä päästäkseen ottelussa vaadittavaan kuntoon. Harjoittelun myötä Alin paino putosi kymmenen kiloa ja hänen hauistensa ympärysmitta kasvoi useita senttejä. Ottelun piti tapahtua jo 16. marraskuuta 1964, mutta kolme päivää ennen sovittua kohtaamista Alin saatua sairauskohtauksen, joka johtui synnynnäisestä kuroutuneesta nivustyrästä. Ali joutui välittömästi leikkaukseen, jonka vuoksi maailmanmestaruusottelua jouduttiin siirtämään puolella vuodella. Ottelupaikkaakin jouduttiin vaihtamaan Massachusettsin Bostonista Mainen Lewistoniin.
Ottelu käytiin 25. toukokuuta 1965. Ottelu oli edellistä suoraviivaisempi mutta myös kyseenalaisempi, sillä Ali voitti Listonin tyrmäyksellä jo ensimmäisessä erässä. Ottelun aikana Ali osui Listoniin kolmella voimakkaalla lyönnillä, joista viimeisenä lyöty oikea suora kasvoihin kaatoi Listonin kanveesiin. Tyrmäyksen jälkeen Ali ei kuitenkaan mennyt puolueettomaan kulmaukseen vaan jäi lyödyn vastustajansa viereen uhoamaan. Kehätuomari Jersey Joe Walcott hämmästyi tilanteesta niin, että unohti aloittaa laskemisen. Walcott yritti työntää Alin pois Listonin luota vaikka hänen olisi pitänyt kieltäytyä aloittamasta luvunlaskentaa ennen kuin mestari on mennyt puolueettomaan kulmaukseen. 17 sekunnin kanveesissa makaamisen jälkeen Liston nousi ylös ja ottelua jatkettiin hetken aikaa, kunnes Ring-lehden kustantaja Nat Fleischer huusi Listonin tulleen tyrmätyksi. Keskustelun jälkeen Walcott julisti Alin ottelun voittajaksi tyrmäyksellä. Kaksi vuotta ottelun jälkeen Liston selitti, ettei hän noussut kanveesista, koska Ali jäi hänen viereensä seisomaan: "Kaikki tietävät, että Ali on kahjo. Normaalin henkilön liikkeet voi ennustaa, mutta hullusta ei koskaan tiedä". Liston oli jälleen ollut vedonlyöjien suosikki.

Mestaruuden puolustaminen

Muhammad Ali puolusti mestaruuttaan kaksinkertaista maailmanmestaria, 30-vuotiasta Floyd Pattersonia vastaan Las Vegasin Convention Hallissa 22. marraskuuta 1965. Ottelun markkinointi sai ikävän käänteen, kun Patterson ilmoitti aikeistaan "palauttaa mestaruusvyö amerikkalaisille". Patterson kirjoitti Sports Illustrated -lehteen artikkelin, jossa hän kertoi halveksuvansa Nation of Islamia ja totesi ”mustiin muslimeihin” kuuluvan maailmanmestarin häpäisevän puheillaan sekä maansa että lajinsa. Ali ei tuntenut kunnioitusta Pattersonia kohtaan, joka oli hänen mielestään pettänyt rotunsa muuttamalla etnisesti valkoiseen kaupunginosaan.
Ottelijoiden välit kiristyivät entisestään, kun Patterson jatkoi Cassius Clay -nimen käyttöä. Ali ei voinut sietää Pattersonin käytöstä, koska hän oli vaatinut kaikkia kutsumaan häntä uudella nimellään. Viikko ennen ottelua Ali uhkasi rangaista Pattersonia hänen kirjoituksessa esittämiensä syytösten vuoksi ja sanoi lyövänsä häntä ”niin pahasti, että hän tarvitsee kenkälusikan pannakseen hatun päähänsä”. Ali jatkoi Pattersonin pilkkaamista läpi koko pitkän ottelun, joka ratkesi Alin hyväksi 12. erässä teknisellä tyrmäyksellä. On väitetty, että Ali olisi pitkittänyt ottelua tahallaan eikä olisi yrittänytkään saada nopeaa tyrmäysvoittoa. Media ei pitänyt ottelusta, ja esimerkiksi New York Timesin toimittaja Robert Lipsyte rinnasti Alin pikkupoikaan, joka repii perhoselta siivet kappale kerrallaan irti.
Vuonna 1966 Alin ja hänen managereinaan toimineiden lousvillelaisten miljonäärien välinen sopimus umpeutui. Sopimuksen päättymisen syynä on pidetty Alin Nation of Islam -jäsenyyttä, mitä vanhojen liikemiesten oli todennäköisesti vaikea suvaita. Alin uudeksi manageriksi valittiin Nation of Islamin johtaja Elijah Muhammadin poika Jabir Herbert Muhammad. Ali oli tavannut tulevan managerinsa ensimmäistä kertaa vuonna 1964 maailmanmestaruusottelunsa jälkeen käydessään valokuvauttamassa itsensä chicagolaisessa liikkeessä. Herbert Muhammadin liikevaisto ja ymmärrys nyrkkeilijän kunnianhimosta tekivät Aliin vaikutuksen ja sopimus syntyi. Herbert Muhammad maksoi Alin harjoittelukulut ja sai 40% otteluiden tuotoista.
Seuraavaksi Alin piti kohdata Ernie Terrell, joka hallitsi Alilta vietyä WBA:n maailmanmestaruutta. Alun perin Chicagossa järjestettäväksi tarkoittu ottelu jouduttiin kuitenkin perumaan. Ali puolusti mestaruuttaan Torontossa 29. maaliskuuta 1966, kun hän voitti pistein kanadalaisen George Chuvalon. Ottelun jälkeen Alin asepalveluskiista jatkoi paisumistaan ja hänen seuraavat kolme otteluaan päätettiin järjestää Euroopassa. Haastaja Henry Cooperin Ali tyrmäsi kuudennessa erässä ja Brian Londonin kolmannessa. Karl Mildenbergerin Ali voitti 10. erässä tyrmäyksellä 10. syyskuuta 1966 Frankfurt am Mainissa. Mildenberger oli nyrkkeilyhistorian ensimmäinen vasenkätinen (nyrkkeilytermein southpaw) haastaja, ja hänen tyylinsä tuotti Alille muutamia ongelmia. Seuraavat kaksi haastajaansa Ali kohtasi Houstonissa. 14. marraskuuta 1966 hän tyrmäsi Cleveland Williamsin 3. erässä. Alin taustajoukot eivät olisivat halunneet hänen ottelevan voimakkaista iskuistaan tunnettua Williamsia vastaan, mutta Ali sanoi, ettei hän voi pitää itseään mestarina, jos ei voita Williamsia. Williams oli kuitenkin vain varjo entisestään, sillä hän oli joutunut muutamaa vuotta aiemmin ampumavälikohtaukseen ja käynyt läpi neljä leikkausta. Urheilutoimittaja Jerry Izenbergin mukaan Ali tiesi Williamsin olevan huonossa kunnossa ja hänellä oli tästä syystä omat epäilyksensä ottelun suhteen. Izenberg kehotti Alia tyrmäämään Williamsin mahdollisimman nopeasti. Ottelua oli katsomassa 35 460 ihmistä, mikä oli omana aikanaan ennätys sisätiloissa käydylle nyrkkeilyottelulle. Ottelun jälkeen Ali ilmaisi halunsa lopettaa uransa voitettuaan seuraavan vastustajansa, WBA-liiton maailmanmestari Ernie Terrellin. Hän aikoi lopettamisensa jälkeen omistaa elämänsä Nation of Islamin hyväksi.
Terrelia pidettiin Sonny Listonin jälkeen kovimpana vastustajana, jonka Ali oli siihen astisella urallaan kohdannut. Siitä huolimatta Ali oli ottelun ennakkosuosikki. 6. helmikuuta 1967 Ali kohtasi vihdoin Terrellin. Ottelussa ratkaistiin WBA-liiton maailmanmestaruus, jonka voittaminen nostaisi Alin painoluokkansa kiistattomaksi mestariksi. Ottelu muistetaan erityisesti siitä, miten Terrell itsepintaisesti jatkoi Alin kutsumista Cassius Clayksi. Ali suuttui nimittelystä ja ottelusta tuli raaka. Ali ei saanut Terreliä tyrmättyä, vaan iski tätä kasvoihin ja sai ison haavan aukeamaan hänen vasemman silmänsä yläpuolelle 6. erässä. Tämän jälkeen Terrel ei enää hyökännyt yhtä aggressiivisesti. Kahdeksannessa erässä Ali alkoi ärsyttää loukkaantunutta Terreliä huutamalla iskuetäisyyden päässä: ”Mikä on nimeni?” Viimeisen erän aikana hän kaatoi Terrelin kerran maahan, mikä ratkaisi selvän pistevoiton hänelle. Jo ennen ottelua Ali oli antanut ennakkovaroituksen tulevasta: "Aion murjoa ja nöyryyttää häntä aina vain uudestaan ja samalla annan suuni käydä. Pam! Kysyn häneltä yhä uudestaan, mikä minun nimeni on. Pum! Jatkan tätä, kunnes hän kutsuu minua Muhammad Aliksi. Haluan, että hän kituu kehässä. Hän ei ansaitse siistiä tyrmäystä." Terrell, joka tunsi Alin entuudestaan amatööriuran ajalta, on myöhemmin sanonut kutsuneensa Alia Clayksi aluksi vahingossa ja jatkaneensa sitä sen jälkeen vain viihdyttääkseen yleisöä.
Ali puolusti mestaruuttaan yhdeksättä ja viimeistä kertaa Zora Folleyta vastaan 22. maaliskuuta 1967 New Yorkissa. Kahden ensimmäisen erän ajan Ali tarkkaili vastustajaansa ja tutki hänen liikkeitään, minkä jälkeen hän hallitsi ottelua. Folley onnistui lyömään Alia useammin kuin kukaan hänen aiemmista vastustajistaan. Ali tyrmäsi vastustajansa seitsemännessä erässä, minkä jälkeen Folleyn nuori poika tuotiin kehään katsomaan isäänsä. Nähtyään pojan alakuloisen ilmeen Ali käski häntä olemaan ylpeä isästään, joka oli järjestänyt hienon ottelun.

Mestaruuden menettäminen ja lisenssin vieminen

18-vuotias Ali oli rekisteröitynyt armeijan kutsuntoja varten Louisvillessa 18. huhtikuuta 1960 ja 9. maaliskuuta 1962 hänet luokiteltiin kutsuntakelpoiseksi. 24. tammikuuta 1964 hänet määrättiin armeijan kelpoisuuskokeisiin, jotka hän reputti. Hän reputti myös kaksi kuukautta myöhemmin järjestetyn uusintakokeen, jota valvoi kolme armeijan psykologia. 26. maaliskuuta 1964 Ali luokiteltiin kuntoisuusluokkaan 1 Y, mikä tarkoitti asepalveluksesta hylkäämistä. Alin kutsuntatiedot siirrettiin tämän jälkeen Louisvillesta Houstoniin, missä viranomaiset 17. helmikuuta 1966 muuttivat hänen kuntoisuusluokkansa 1 A:ksi, koska Vietnamin sodan pitkittymisen takia sotilaiden valintakriteereistä jouduttiin tinkimään. Alin asianajaja vetosi rotusyrjintään, ja mestari itse anoi lykkäystä uskontoonsa vetoamalla, sillä Koraanin mukaan muslimi ei saa osallistua sotaan, ellei se ole Jumalan tai hänen sanansaattajansa (jolla Ali viittasi Nation of Islamin johtajaan Elijah Muhammadiin) tahto. Päätöstä ei kuitenkaan muutettu ja Ali määrättiin osallistumaan kutsuntoihin Houstonissa. Muutamia tunteja määräyksen jälkeen Ali antoi medialle useita lausuntoja asiasta. Näistä tunnetuin oli Alin vastaus, kun toimittaja kysyi, mitä mieltä hän on Vietkongista, johon Ali vastasi, ettei hänellä ole kaunaa Vietkongin kanssa. Sodanvastaisten ja epäisänmaallisten lausuntojensa takia Alilta vaadittiin julkista anteeksipyyntöä. Hän kuitenkin seisoi mielipiteidensä takana ja kertoi katuvansa vain sitä, että oli kertonut ne lehdistölle.
17. maaliskuuta 1966 Ali vaati kutsuntalautakunnalta vapautusta asepalveluksesta vedoten taloudellisiin vaikeuksiin, joita palvelus aiheuttaisi hänelle ja hänen perheelleen, sekä uskonnolliseen vakaumukseensa. Vetoomus hylättiin. Ali valitti päätöksestä. Valituslautakunnan erikoisistunnossa Ali perusteli uskonnollista vakaumustaan 21-sivuisessa muistiossa, jonka johdosta istunnon vastaava virkamies vakuuttui siitä, että Ali oli vilpitön vedotessaan omantunnon syihin. Hän suositti Alin vapauttamista palveluksesta, mutta oikeusministeriö vastusti suositusta vedoten FBI:n tekemiin tutkimuksiin, joiden mukaan Alin sodanvastaisuus perustui poliittisiin ja rodullisiin näkemyksiin, ja uskonto oli pelkkä tekosyy.
Kutsuntatilaisuudessa 28. huhtikuuta 1967 Ali kieltäytyi kolme kertaa vastaamasta kutsuntaviranomaisten nimenhuutoon, ja häntä varoitettiin kieltäytymisestä rangaistuksen uhalla. Kun Ali ei neljännelläkään kerralla vastannut, hänet pidätettiin. Ali pääsi vapaaksi maksettuaan 5 000 dollarin takuut, joiden ehtona oli, ettei hän saanut poistua Yhdysvalloista. Vain tuntia kutsuntatilaisuuden jälkeen New Yorkin urheilukomissio peruutti Alin nyrkkeilylisenssin ja kieltäytyi tunnustamasta häntä maailmanmestariksi. Muut osavaltiot seurasivat esimerkkiä, jolloin Ali menetti maailmanmestaruutensa. Myöhemmin kesäkuussa Ali tuomittiin viiden vuoden vankeusrangaistukseen ja maksamaan kymmenentuhannen dollarin sakot, mikä oli kovin mahdollinen tuomio. Passin takavarikoiminen käytännössä lopetti Alin nyrkkeilyuran, koska kotimaan nyrkkeilykomissiot eivät antaneet hänelle ottelulupaa. Hän joutui pitämään kolmen vuoden tauon nyrkkeilystä. Ali sai olla vapaana takuita vastaan.
Kun Ali antoi ensimmäiset Vietkong-kommenttinsa, Yhdysvallat ei ollut vielä yleisesti kääntynyt sotaa vastaan. Monet ihmiset ja järjestöt ottivat kantaa Alin ratkaisuun. Entinen nyrkkeilymaailmanmestari Billy Conn kutsui Alia nyrkkeilyä seuraavan maailman häpeätahraksi. Pennsylvanian edustaja Frank Clark kertoi pitävänsä Alia kuvottavana. Chicago Tribune järjesti kiivaan kampanjan, jotta Clayn ottelu Ernie Terreliä vastaan siirrettäisiin pois Chicagosta. Kuvernööri Otto Kerney määräsi nyrkkeilykomissiota tutkimaan asiaa ja kun Ali kieltäytyi pyytämästä Vietkong-lausuntojaan anteeksi, oikeuskansleri William Clark kielsi ottelun järjestämisen vedoten epämääräisesti osavaltion urheilulainsäädäntöön. Ottelua yritettiin siirtää Louisvilleen, Miamiin, Pittsburghiin ja useisiin muihin kaupunkeihin, mutta kaikkialla paikalliset poliitikot estivät tapahtuman. Lopulta Terrell vetäytyi kamppailusta ja Ali joutui ottelemaan Kanadan Torontossa George Chuvaloa vastaan. Koska Alin tuomio nähtiin myös uskonnollisena kysymyksenä, monet muslimit asettuivat tukemaan häntä. Esimerkiksi kairolaisten virkamiesten seurue ilmaisi vetoomuksessaan presidentti Lyndon B. Johnsonille toivovansa, että Ali vapautettaisiin palveluksesta. Kolme päivää ennen kutsuntoja Ali kutsui tilannettaan Jumalan tavaksi testata kannattajiensa uskoa: ”Allah haluaa koetella minua. Jos läpäisen testin, olen entistäkin vahvempi.”

Aika ottelukiellossa 1967–1970

Ottelukieltonsa aikana Ali perehtyi syvemmin Elijah Muhammadin opetuksiin, osallistui Nation of Islamin tapahtumiin ja vieraili moskeijoissa eri puolilla maata. Hän hankki elantonsa tekemällä televisiomainoksia, luennoimalla korkeakouluissa sekä esiintymällä television keskusteluohjelmissa. Lisäksi hän teki 225 000 dollarin sopimuksen elämäkertansa oikeuksista ja esiintyi Broadway-musikaali Buck Whiten pääosassa. Musikaali sai ensi-iltansa 2. joulukuuta 1969 George Abbot -teatterissa, mutta sitä ehdittiin esittää vain neljä päivää ennen kuin se lopetettiin. Ali osallistui myös elämästään kertovan dokumentin A.K.A. Cassius Clay tekemiseen. Elokuva ilmestyi vähän ennen kilpailukiellon päättymistä.
17. elokuuta 1967 Ali meni naimisiin 17-vuotiaan Belinda Boydin kanssa, joka työskenteli yhdessä Nation of Islamin leipomoista. He saivat avioliittonsa aikana neljä lasta. Häiden jälkeen Ali ilmoitti jättävänsä nyrkkeilyn ja ryhtyvänsä muslimisaarnaajaksi, mutta yritti tästä huolimatta saada lisenssinsä takaisin vielä useita kertoja, kunnes ilmoitti vuonna 1970 luopuvansa nyrkkeilystä lopullisesti.
4. huhtikuuta 1969 Elijah Muhammad ilmoitti Nation of Islamin lehdessä erottaneensa Alin järjestöstä ja kieltävänsä häntä käyttämästä enää nimeä Muhammad Ali. Syynä oli se, että Ali "haluaa kunniaa urheilumaailmassa", ja haluaa näin toimia "vastoin pyhän Koraanin määräyksiä".

The Super Fight

Ottelukieltonsa aikana Ali suostui tietokoneella käytyyn otteluun eläkkeellä olevaa Rocky Marcianoa vastaan. Ottelun promoottorina toimi Murray Woroner, joka oli aiemminkin ”juontanut” tietokoneen suunnittelemia nyrkkeilyotteluita tunnetussa radio-ohjelmassaan. Woroner oli syöttänyt tietokoneelleen tietoja kuudestatoista raskaansarjan maailmanmestarista ja luonut niiden pohjalta turnauksen, jonka Marciano voitti; Ali puolestaan hävisi James J. Jeffriesille. Tuloksen vuoksi yksi Alin asianajajista uhkasi haastaa Woronerin oikeuteen, jolloin Woroner sai idean näytellystä ottelusta. Ali tienasi ottelusta kymmenentuhatta dollaria ja osuuden tuotoista. Vastakkain olivat maailman ainoat voittamattomina säilyneet raskaansarjan maailmanmestarit. Ottelua kutsuttiin nimellä The Super Fight. Sadat urheilutoimittajat ja entiset nyrkkeilijät antoivat ottelua varten tiedot kummankin nyrkkeilijän ominaisuuksista kuten nopeudesta ja voimasta. Tiedot syötettiin tietokoneeseen ja kone laski mallin siitä, miten ottelu olisi voinut edetä.
Woroner oli luonut idean radiota varten, mutta hän päätti kehittää sitä nyt pidemmälle ja tehdä ottelusta elokuvan. Ali ja Marciano sparrasivat toisiaan vastaan kehässä ja esittivät kaikki mahdolliset iskut ja sarjat; myös kaikki mahdolliset ratkaisut (tyrmäys, tekninen tyrmäys, pisteet ja tasapeli) kuvattiin. Marciano kuoli lentokoneonnettomuudessa vuonna 1969, eikä hän ehtinyt nähdä elokuvaa, joka sai ensi-iltansa 20. tammikuuta 1970 Yhdysvalloissa 850 elokuvateatterissa. Tietokoneen suunnitteleman ottelun kulku pidettiin suurena salaisuutena ennen elokuvan ensi-iltaa. Yhdysvalloissa saatujen tulosten perusteella Marciano sai Alista tyrmäysvoiton 13. erässä Alin käytyä kanveesissa sitä ennen kolme kertaa, mutta eurooppalaisessa versiossa Ali voitti. Tämä johtui urheilutoimittaja ja -historioitsija Bert Sugarin mukaan siitä, että "eurooppalaiset raivostuivat" Marcianon voitosta, ja tästä syystä BBC esitti Englannissa viikkoa ensi-illan jälkeen version, jossa Ali voitti Marcianon teknisellä tyrmäyksellä.

Toisen mestaruuden puolustukset

Ali ei kuitenkaan lopettanut uraansa vielä vaan puolusti mestaruuttaan tyrmäämällä helmikuussa 1976 belgialaisen Jean-Pierre Coopmanin viidennessä erässä. Tämän jälkeen Ali otteli ylipainoisena Jimmy Youngia vastaan. Young otteli kasvojaan suojaten ja perääntyi koko ajan, mikä pakotti Alin ajamaan häntä takaa. Koska Ali ei ollut tottunut iskemään vartaloiskuja, hän joutui usein odottamaan tilaisuutta iskeä Youngia kasvoihin, minkä takia ottelusta tuli hyvin hidastempoinen. Alle kuukautta myöhemmin hän voitti englantilaisen Richard Dunnin viidennen erän tyrmäyksellä.
Kun Ali oli vieraillut Japanissa, hän oli vitsaillut maksavansa miljoona dollaria japanilaiselle taistelijalle, joka voittaisi hänet. Niinpä japanilainen vapaapainija Antonio Inoki painosti Alin suostumaan ystävyysotteluun. Kun Ali astui kehään Tokiossa 16. kesäkuuta 1976, hän sai tietää, ettei ottelu olisikaan järjestetty perinteisten show-painiotteluiden tavoin, vaan siinä oteltaisiin tosissaan. Heitot, avokämmenellä lyönnit kasvoihin ja potkut vyötärön alapuolelle kiellettiin. Inokin taktiikkana oli koko ottelun ajan vahingoittaa Alin jalkoja, eikä nyrkkeilijä voinut muuta kuin väistellä hänen potkujaan. Ali antoi ottelussa vain kuusi iskua, ja tuomaristo tuomitsi ottelun tasapeliksi. Ottelun jälkeen Alin jaloissa olleet avohaavat tulehtuivat ja hän joutui viettämään kaksi viikkoa sairaalassa Los Angelesissa.
Ali otteli Ken Nortonia vastaan kolmatta kertaa syyskuussa 1976. Alin jalat olivat edelleen kipeät Inoki-ottelun jäljiltä, eikä hän liikkunut enää yhtä hyvin kuin ennen. Yleisö buuasi, kun tuomaristo julisti yksimielisesti Alin voittajaksi, ja hänen maineensa epäiltiin vaikuttaneen tiukkaan pistetuomioon. Ken Norton oli samaa mieltä ja sanoi pettyneenä tuomarien "antaneen voiton Alille, koska hän tuotti nyrkkeilylle paljon rahaa." Ali voitti pistein 8–7, 8–7, 8–6–1. Kamppailun jälkeen Sports Illustrated arvioi, ettei Ali enää tämän ottelun jälkeen olisi "kansan mestari", jollaisena häntä oli markkinoitu.
19. kesäkuuta 1977 Ali solmi kolmannen avioliittonsa Veronica Porchen kanssa, joka oli joitakin kuukausia aiemmin synnyttänyt Alille lapsen. Ali ja Porche olivat seurustelleet julkisesti jo pitkään, mutta avioliittoon astuminen mahdollistui vasta, kun Belinda Boydin kanssa solmittu avioliitto oli virallisesti päättynyt. 
29. syyskuuta 1977 Ali puolusti mestaruuttaan Earnie Shaversia vastaan. Hän voitti 15-eräisen kamppailun pistetuomiolla. Shavers luonnehti Alia ottelun jälkeen huonoksi mestariksi, joka vain "poseerasi, eikä otellut kunnolla". Hänen valmentajansa Frank Luca taas sanoi tuomarien ryövänneen mestaruuden myös hänen suojatiltaan, kuten he olivat aiemmin tehneet Alin ja Nortonin välisessä ottelussa. Ottelussa Eva Shain toimi historiallisesti ensimmäistä kertaa naispistetuomarina huipputason nyrkkeilyottelussa. Ottelun jälkeen Alin lääkäri Ferdie Pacheco näki New Yorkin nyrkkeilykomission lääkärin ottamat laboratoriotulokset, joiden mukaan Alin munuaiset olivat todella heikossa kunnossa nyrkkeilijänuran jäljiltä. Pacheco kirjoitti huolestuneena kirjeen Alin tilasta hänen managerilleen, vaimolleen ja valmentajalleen kuitenkaan saamatta vastausta. Hänelle kuitenkin luvattiin, että Shaversin jälkeen Ali tulisi ottelemaan enää helppoja vastustajia vastaan.

Kolmas maailmanmestaruus: Ottelut Spinksia vastaan

15. helmikuuta 1978 Las Vegasissa käydyssä mestaruusottelussa Ali menetti mestaruutensa pistein Montréalin olympialaisten kultamitalistille, vasta kahdeksan ammattilaisottelua (7 voittoa, yksi tasapeli) nyrkkeilleelle Leon Spinksille ottelussa, jota pidetään yhtenä nyrkkeilyhistorian suurimmista yllätyksistä. Ali ei ollut alun perin halunnut edes kohdata kokematonta Spinksia, koska pelkäsi yleisön reaktiota. Hän kuitenkin suostui, kun Spinks oli ensin otellut tasapelin Scott LeDoux'a vastaan. Ottelusopimus takasi Alille 3,5 miljoonaa ja Spinksille vain 320 000. 
Kamppailu oli Alin läsnäolosta huolimatta vaikea myydä, sillä ainoastaan CBS-televisiokanava oli kiinnostunut esitysoikeuksista. Kamppailun markkinointia häiritsi myös Alin "vaitiololupaus". Hän ei tavalliseen tapaansa yrittänytkään arvostella vastustajaansa julkisesti, koska ei uskonut voivansa huonontaa Spinksin jo ennestään huonoa mainetta. Koska Ali ei uskonut vastustajansa voiton mahdollisuuksiin, hän jätti harjoittelunkin vähemmälle, sparraten ainoastaan 25 erää harjoitusvastustajia vastaan.
Ali aloitti ottelun tavalliseen tapaansa tanssimalla vastustajan ympärillä ja antamalla vähän iskuja. Ottelun puolessa välissä hän päätti kokeilla rope-a-dope-taktiikkaansa ja jäi köysiin makaamaan. Spinks ei kuitenkaan alkanut lyödä Alia vartaloon vaan pyrki aina tilaisuuden tullen iskemään häntä olkapäihin ja hauiksiin, jotta Alin pelätty jabi muuttuisi tehottomaksi. Viimeisissä viidessä erässä Spinks pystyi hyökkäämään suoraan kohti Alin lyöntejä, jotka Sports Illustratedin toimittajan mukaan muistuttivat ”enemmän työntämistä kuin lyömistä”. Jo ottelun kahdeksannessa erässä Ali oli todennut valmentajalleen vastustajansa olevan liian nuori. Tappionsa jälkeen hän myönsi otelleensa huonosti, vaikkei halunnutkaan vähätellä Spinksin kykyjä. Alin mielestä Spinks sai "minut ja monet muut näyttämään törpöiltä".
Spinks suostui kohtaamaan Alin ensimmäisenä uusintaottelussa, mikä sai toisen merkittävän nyrkkeilyliiton WBC:n viemään häneltä mestaruuden, koska heidän listallaan ensimmäiseksi haastajaksi oli merkitty Ken Norton. Ali siis otteli Spinksiä vastaan ainoastaan WBA:n maailmanmestarin tittelistä. Uusintaottelu käytiin 15. syyskuuta 1978 New Orleansissa ja se tuotti järjestäjilleen 4 806 675 dollarin pääsylipputulot, mikä rikkoi Jack Dempseyn ja Gene Tunneyn välisen ottelun asettaman vuosia vanhan ennätyksen. 36-vuotias Ali voitti Spinksin selvästi pistein, ja hänestä tuli ensimmäinen nyrkkeilijä, joka on onnistunut voittamaan raskaan sarjan maailmanmestaruuden kolmesti. Vuotta myöhemmin kesäkuussa hän luopui mestaruudestaan ja ilmoitti lopettavansa nyrkkeilyn.
Jälkipolvien silmissä Alin tappiota Spinksille on perusteltu vastustajan aliarvioimisella ja myös hetkellisellä välinpitämättömyydellä. Ottelua on myös väitetty ennalta sovituksi, sillä sen jälkeen järjestetty uusintaottelu toi järjestäjille lähes viisi miljoonaa dollaria.

Viimeinen paluu ja kaksi tappiota

Kaksi vuotta viimeisimmän ottelunsa jälkeen lokakuussa 1980 Ali palasi vielä kerran ottelukehään ja kohtasi entisen harjoituskumppaninsa Larry Holmesin. Ottelun panoksena oli Holmesin WBC-liiton raskaansarjan maailmanmestaruus ja Alin tavoitteena oli tulla raskaansarjan historian ensimmäiseksi nelinkertaiseksi maailmanmestariksi. Kamppailua mainostettiin nimellä The Last Hurrah. Ottelusopimus takasi Alille kahdeksan ja maailmanmestari Holmesille viisi miljoonaa dollaria. Ali harjoitteli ottelua varten kovasti ja laihdutti päästäkseen ottelukuntoon. Kehään astuessaan hän painoi vähemmän kuin kuuteen vuoteen pudotettuaan painonsa 115 kilosta 98,5 kiloon. Lisäksi Ali värjäsi harmaantuneita hiuksiaan tummemmiksi ja uhosi tyrmäävänsä Holmesin. Näennäinen nuorekkuus ja itsevarmuus mahdollistivat sen, että vedonlyöntikertoimet olivat lopulta ainoastaan 13–10 Holmesin puolella. Kun kamppailu alkoi, 30-vuotias Holmes osoittautui kuitenkin 38-vuotiasta Alia nopeammaksi, ja haastaja joutui luovuttamaan ottelun ennen 11. erän alkua silmäkulmiensa auettua. Ensimmäisen kerran urallaan Muhammad Ali ei kyennyt jatkamaan aloittamaansa ottelua loppuun asti. Ottelun tuomari, Alin valmentaja ja jopa Holmes ovat myöhemmin sanoneet toivoneensa ottelun loppuvan jo aiemmin. Ottelun jälkeen Holmes meni Alin pukuhuoneeseen ja kertoi olevansa todella pahoillaan hänen hakkaamisestaan ja rakastavansa häntä. Voitostaan huolimatta Holmes oli masentunut ja on myöhemmin todennut olleensa ylpeämpi ”nuoren Alin kanssa sparraamisesta kuin vanhan Alin voittamisesta”.
Vaikka Holmes-ottelu oli ollut hänelle äärimmäisen vaikea, Ali kiisti uransa loppuneen ja sanoi jo seuraavana päivänä lehdille Larry Holmesin olevan raskaan sarjan maailmanmestari vain siihen asti, kunnes hän palaa. Hän ei suostunut hyväksymään väitettä, että tappio olisi johtunut hänen iästään, vaan uskoi hävinneensä liian tiukan ruokavalion ja harjoittelun aiheuttaman nestehukan takia. Hän halusi päättää uransa voittajana ja nousi kehään seuraavan kerran Trevor Berbickiä vastaan vuotta myöhemmin 11. joulukuuta 1981 Bahamalla Nassaussa huomattavasti lihoneena ja painavampana kuin koskaan. Hänen entinen lääkärinsä Ferdie Pacheco huomautti jo tuolloin, että Alin puhe oli hidastunut vuodesta 1970. Monet epäilivät Alin saaneen aivovaurion, mutta hän itse kiisti sen. Ali hävisi kymmeneneräiseksi suunnitellun kamppailun pisteillä. Ottelun jälkeen hän ilmoitti jälleen lopettavansa uransa, ja sanoi tuntevansa ensimmäistä kertaa elämässään todella olevansa 40-vuotias. Puoli vuotta myöhemmin Ali ehdotti valmentajalleen Angelo Dundeelle vielä paluuta nyrkkeilykehään, jolloin Dundee kuitenkin sanoi ”kaivon olevan tyhjiin imetty”. Berbick-ottelu Alin viimeiseksi.
Ammattilaisuransa aikana Muhammad Ali voitti 56 ottelua, joista 37 tyrmäyksellä. Hän hävisi ainoastaan 5 ottelua, joista kolme viidessä viimeisessä ottelussaan. Lisäksi Ali oli onnistunut voittamaan uusintaottelussa kolme vastustajaa, joille hän ensin oli hävinnyt.

Parkinsonin tauti ja elämä nyrkkeilyuran jälkeen

Muhammad Alilla todettiin Parkinsonin tauti vuonna 1984. Häntä hoitanut lääkäri uskoi, etteivät Alin päähänsä saamat iskut voineet olla syynä sairauteen, koska Ali kykeni nopeutensa ansiosta välttämään avoimia iskunvaihtoja. Ali uskoi, että hänen 30 vuotta kestänyt nyrkkeilyuransa oli edistänyt sairautta. Sairaalan johtava neurologi ei kiistänyt sitä, etteikö sairaus voisi johtua iskuista, mutta lisäsi, ettei syytä voi kuitenkaan tietää varmasti. Ali sanoi itse sairaudestaan: ”Hän (Jumala) antoi minulle Parkinsonin taudin näyttääkseen, että Hän on minua suurempi ja minä olen heikko niin kuin muutkin ihmiset.” 
Sairauden tultua julkisuuteen Ali harkitsi hetken aikaa lääketieteellistä toimenpidettä, jossa hänen aivoihinsa olisi istutettu lisämunuaiskudosta. Aluksi hän hyväksyi ehdotuksen, mutta päätti lopulta luopua suunnitelmista. Kuoleman todennäköisyys operaation yhteydessä olisi ollut kymmenen prosenttia.
Vuonna 1985 Ali oli vierailevana tuomarina New Yorkin Madison Square Gardenissa järjestetyssä WrestleMania-painitapahtumassa. Hän toimi kehän ulkopuolisena tuomarina illan pääottelussa, joka oli joukkueottelu Mr. T:n ja Hulk Hoganin sekä Roddy Piperin ja Paul Orndorffin välillä. Yleisö kunnioitti Alin läsnäoloa WWE-kehässä nousemalla seisomaan ja taputtamalla.
19. marraskuuta 1986 Ali meni naimisiin Yolanda "Lonnie" Alin kanssa, jonka hän oli tavannut ensimmäisen kerran 21-vuotiaana Lonnien ollessa kuusivuotias. He olivat naimisissa Alin kuolemaan saakka. Lonnie oli nuorena roomalaiskatolilainen, mutta kääntyi islamiin 20-vuotiaana.
Viimeiset vuotensa Muhammad Ali asui Arizonassa ja vietti aikaansa rukoilemalla ja lukemalla Koraania. Hän levitti uskoaan allekirjoittamalla useita uskonnollisia pamfletteja päivittäin toimitettavaksi ympäri maailmaa. Lonnie Ali sanoi haastattelussa vuonna 2007 syyskuun 11. päivän iskuja seuranneen vihan islamia vastaan surettavan Alia, koska hänestä viha ei ratkaise mitään.
Alin tytär Laila Ali (s. 30. joulukuuta 1977) aloitti myös uransa nyrkkeilijänä. Lonnie Ali on sanonut olleensa ennen uran aloittamista huolissaan Muhammadin reaktiosta tyttärensä näkemiseen kehässä. Laila Ali voitti 11. kesäkuuta 2005 WBC-liiton jakaman ensimmäisen naisten maailmanmestaruustittelin. Voitto oli 21. Laila Alin siihen saakka tappiottomalla uralla. Lopettaessaan uransa hän oli voittanut kaikki 24 ammattilaisotteluaan.
Helmikuussa 2013 brittilehti The Sun uutisoi Alin veljen Rahmanin sanoneen Alin terveydentilan olevan erityisen heikko ja epäili hänen kuolevan lähipäivinä. Alin perhe kuitenkin kumosi lehden väitteet nopeasti perättöminä.
Muhammad Ali kuoli 3. kesäkuuta 2016 sairaalassa Arizonan Scottsdalessa, jonne hänet oli viety edellisenä päivänä hengitysongelmien takia. Kuolinsyyksi todettiin bakteeriperäinen verenmyrkytys eli septinen shokki. Hänet haudattiin 10. kesäkuuta kotikaupunkiinsa Kentuckyn Louisvilleen.

Tekniikka ja vahvuudet

Muhammad Alin nyrkkeilytyyli erosi vahvasti Joe Louisin edustamasta klassisesta nyrkkeilytyylistä. Ulottuvaa Alia onkin kuvailtu tyyliltään out-boxeriksi eli nyrkkeilijäksi, joka pyrkii pitämään tietyn etäisyyden vastustajaan. Alin tekniikka oli omaperäinen. Hän otteli usein kädet alhaalla ja jätti suojauksen kokonaan pois, mikä tuotti vaikeuksia hänen vastustajilleen.
Ali ei välittänyt suojauksesta, koska hän luotti nopeuteensa ja siihen, että hän pystyi väistämään iskuja niiden torjumisen sijaan. Alia onkin kuvailtu teknisesti huonoksi raskaansarjan nyrkkeilijäksi, jolla oli välisarjan nyrkkeilijän nopeus. "Ihmisten mielestä pidin käsiäni liian alhaalla ja tein muitakin asioita väärin, mutta nuorempana jalkani toimivat puolustuksenani", kertoi Ali elämäkerturilleen.  Nuorella Alilla oli jo amatöörinä otellessaan samat refleksit, joista hän tuli myöhemmin tunnetuksi: "Cassius vain seisoi paikoillaan, liikutti päätään muutamia senttejä, käänsi vartaloaan hieman ja liukui iskun ohi. Se oli aivan uskomatonta", sanoi Amatööriliiton tuomari Bob Surkein. Valmentaja Angelo Dundeen mukaan tyyli oli Alille ominainen, sillä kokeilut perinteisen suojauksen kanssa varhaisissa ammattilaisotteluissa eivät onnistuneet erityisen hyvin.
Menestyksestä huolimatta valmentaja Dundeen mukaan monet arvostelivat Alin nyrkkeilytyyliä hänen uransa alkuvaiheessa, koska he uskoivat, ettei Ali osaa lyödä. Urheilutoimittaja Billy Conn jatkoi Alin nyrkkeilytyylin arvostelemista vielä vuonna 1965, jolloin Ali oli jo noussut raskaansarjan maailmanmestariksi. Ali kuittasi kritiikin viittaamalla saavutuksiinsa: "Sanokaa mitä sanotte. En osaa lyödä, pidän suojaukseni liian alhaalla, nojaan taaksepäin. Mutta olen edelleen täällä". Nopeutensa, ulottuvuutensa ja kestävyytensä ansiosta Ali oli parhaimmillaan suurikokoisia ja voimakkaita nyrkkeilijöitä vastaan, jotka joutuivat usein ajamaan häntä takaa kehässä. Silloin Ali pystyi perääntyessään valitsemaan tarkkaan iskujensa paikat ja lyömään nopeita iskusarjoja kasvoihin. Tällaisia vastustajia olivat esimerkiksi Sonny Liston, Cleveland Williams, George Foreman ja Earnie Shavers.
Palattuaan takaisin nyrkkeilykehään ottelukiellon jälkeen huomattiin, että Ali oli poissaollessaan kasvattanut iskuvoimaa mutta hänen nopeutensa oli hidastunut. Lääkäri Ferdie Pachecon mukaan "Ali menetti jalkansa ottelukiellon aikana" ja alkoi tästä syystä luottaa entistä enemmän iskunkestävyyteensä. Muhammad Alin iskunkestävyyttä on pidetty yhtenä raskaansarjan parhaimmista, ja uransa huipulla 1970-luvun puolivälissä käymissään otteluissa ominaisuuden merkitys korostui. Ali alkoi käyttää voimakkaita nyrkkeilijöitä vastaan myös kehittämäänsä rope-a-dope-taktiikkaa. Hän ei yrittänyt liikkua karkuun vaan asettui makaamaan köysiin, suojasi päätään ja otti samalla iskuja vartaloonsa. Taktiikan tarkoituksena oli väsyttää vastustaja. Ali käytti taktiikkaa voittoisasti otteluissaan Foremania, Shaversia ja Ken Nortonia vastaan.

Heikkoudet

Nopeudellaan Ali pystyi korvaamaan monia puutteitaan esimerkiksi voiman saralla. Raskaansarjan maailmanmestari Larry Holmes, joka toimi Alin harjoitusvastustajana ja otteli häntä vastaan kerran vuonna 1981 kuvaili Alia suureksi mieheksi, mutta yliarvostetuksi nyrkkeilijäksi. Hän on sanonut Alin lyöneen "kuin perhonen". Alille tuottivat vaikeuksia erityisesti lyhyet ja nopeat nyrkkeilijät, jotka pystyivät painostamalla tekemään hänen ulottuvuutensa ja nopeutensa hyödyttömiksi. Tällaisia vastustajia olivat esimerkiksi Joe Frazier ja Ken Norton, jotka kumpikin ottelivat Alia vastaan kolmesti ja voittivat hänet kerran. Molempien valmentajana toimi Eddie Futch. Hän ohjeisti Nortonia torjumaan Alin jabit ja lyömään vastaiskuja kasvoihin, jotta Alin rytmi häiriintyisi. Tämän mahdollisti Alin jatkuvasti toistama tekninen virhe: Ali pudotti oikean kätensä muodostaman suojan alas lyödessään jabia toisella kädellään. Nortonia vastaan käymissään kolmessa ottelussa Ali joutui jakamaan pisteet kahdesti, mikä ei ollut hänelle tyypillistä.
Myös puolustavat nyrkkeilijät, joita Ali kohtasi 1970-luvun lopulla, tuottivat hänelle vaikeuksia, koska hän ei ollut tottunut hyökkäämään vastustajaansa kohti. Lisäksi puolustavat nyrkkeilijät suojasivat vahvasti päätään, eikä vartaloiskujen iskeminen koskaan kuulunut Alin vahvuuksiin. Tällaisia nyrkkeilijöitä oli esimerkiksi Jimmy Young.

Nyrkkeilijänä ja urheilijana

Muhammad Alia arvostettiin ja kunnioitettiin jo hänen uransa aikana. Ali on esimerkiksi esiintynyt arvostetun Sports Illustrated -lehden kannessa ennätykselliset 37 kertaa. Ainoa henkilö, joka on tehnyt enemmän esiintymisiä lehden kannessa, on koripalloilija Michael Jordan. 
Alin arvostus nyrkkeilijänä ja urheilijana yleensäkin pysyi korkealla uran jälkeenkin. Arvostettu kamppailulajien erikoislehti The Ring arvioi Muhammad Alin ”parhaaksi nyrkkeilijäksi” ja ”parhaaksi taistelijaksi” vuonna 1997 ja Sports Illustrated valitsi hänet ”vuosisadan urheilijaksi” vuonna 1999. Kun Ali nousi lavalle hakemaan Illustratedin myöntämää palkintoa Madison Square Gardenissa järjestetyssä tilaisuudessa näennäisen vaivalloisesti ja hitaasti liikkuen, alkoi merkittävistä urheilijoista koostunut yleisö osoittaa suosiotaan ja huutaa hänen nimeään. Vuonna 1999 L’Equipe asetti Alin toiseksi, Helsingin Sanomat kolmanneksi ja Dagens Nyheter seitsemänneksi listoillaan vuosisadan urheilijoista. Vuonna 1999 kansainvälinen urheilujohtajaraati valitsi hänet vuosisadan parhaaksi urheilijaksi. Vuonna 2007 ESPN asetti hänet 1900-luvun parhaista pohjoisamerikkalaisista urheilijoista kootulla listallaan sijalle kolme; ainoastaan Michael Jordan ja baseball-pelaaja Babe Ruth sijoittuivat hänen edelleen.
Sekä BBC:n (2005) että ESPN:n (2009) toimittajat ovat asettaneet Muhammad Alin kaikkien aikojen toiseksi parhaimmaksi nyrkkeilijäksi Sugar Ray Robinsonin jälkeen. Vuonna 2012 WBC-liiton kokoama erityiskomitea nimesi Alin nyrkkeilyn kuninkaaksi liiton 50-vuotiasjuhlagaalassa. Juhlapuheen piti hänen puolestaan vaimo Lonnie.
Saavutustensa ansiosta Ali valittiin vuonna 1996 sytyttämään Atlantan olympialaisten olympiatuli. Edellisenä yönä Ali oli valvonut useita tunteja pitäen soihtua kädessään. Hänen vaimonsa Lonnie sanoi, että ”Alista tuntui kuin hän olisi voittanut MM-tittelin neljännen kerran”. Sytyttäjän henkilöllisyys pidettiin viimeiseen asti salaisuutena, eikä Alia otettu monissakaan veikkauksissa vakavasti hänen Parkinsonin tautinsa takia. Samana vuonna Alille annettiin myös uusi olympiakultamitali Rooman olympialaisissa 1960 voittamansa tilalle, sillä hän oli omien sanojensa mukaan heittänyt alkuperäisen mitalin jokeen.

Omat työt

Ali esiintyi myös laulajana ja näyttelijänä. Jo vuonna 1963, ennen maailmanmestaruutta ja nimen vaihtoa, Ali levytti LP-levyn I Am the Greatest, jossa on cover-versioita sellaisista kappaleista kuin Ben E. Kingin ”Stand By Me” ja Sam Cooken ”The Gang’s All Here”. Levy sisälsi myös monologeja ja runoja, joissa Ali hehkutti omia kykyjään. Kirjailija Tom Wolfe kirjoitti levystä Esquire-lehdessä lokakuussa 1963: "Ei tunnu erityiseltä sanoa, että nyrkeilijän pitäisi nähdä urheilu myös viihteenä, mutta harva osasi tehdä sitä kunnolla ennen Alia". Vuonna 1969 ottelukieltonsa aikana Ali esiintyi Broadway-musikaalissa Buck White, joka kuitenkin lopetettiin jo seitsemän esityksen jälkeen.
Vuonna 1977 Ali antoi äänen häntä itseään esittävälle hahmolle NBC:n tuottamassa animaatiosarjassa I Am the Greatest, jota tuotettiin 13 jakson verran. Ali esitti itseään myös ensimmäisessä elämästään kertovassa elokuvassa, Suurin (The Greatest, 1977), jonka tekijäluetteloon hänet on merkitty myös toisena käsikirjoittajana. Elokuva käy läpi Alin uran vaiheita Rooman olympialaisten kultamitalista aina Rumble in the Jungle -otteluun ja mestaruuden uusimiseen asti. Vuonna 1979 Ali näytteli Gideon Jacksonia TV-elokuvan Vapaustaistelija pääosassa. Toista pääroolia näytteli Kris Kristofferson.
26. syyskuuta 1997 sai ensi-iltansa Rumble in the Jungle -ottelusta kertova arvostettu dokumenttielokuva Kehäkuninkaat (When We Were Kings), joka kertoo ottelun lisäksi Alin ja Foremanin valmentautumisesta kyseiseen kohtaamiseen, sekä käy läpi analyysejä kamppailusta. Kehäkuninkaat voitti Parhaan dokumentin Oscar-palkinnon, jota noutamassa olivat elokuvantekijöiden lisäksi myös Ali ja Foreman.

Muut esiintymiset

Vuonna 1978 DC Comics -sarjakuvakustantamo julkaisi tarinan Teräsmies vastaan Muhammad Ali. Siinä scrubbien avaruuskansa hyökkää Maahan ja uhkaa tuhota sen, jos planeetan paras taistelija ei kykene voittamaan heidän mestariaan. Sekä Teräsmies että Muhammad Ali ilmoittautuvat vapaaehtoisiksi, ja Maan mestari ratkaistaan heidän välisessään ottelussa. Alin hahmo sai tarinassa myös perinteistä poiketen kuulla Teräsmiehen salaisen henkilöllisyyden. 
Vuonna 1995 EA Sports julkaisi Foes of Ali -nimisen nyrkkeilypelin. Pelille ei tehty jatko-osaa, mutta sen jälkeen Ali on esiintynyt EA Sportsin tuottamissa Knockout Kings ja Fight Night -sarjan nyrkkeilypeleissä.

Huomionosoitukset

Vuonna 1978, jo ennen kuin Ali oli lopettanut uransa, hänen kotikaupunkinsa Louisvillen koulutoimikunta esitti, että Jefferson County Public School nimettäisiin uudelleen Alin mukaan. Idea ei saanut kannatusta, mutta myöhemmin samana vuonna kaupungin johto päätti pitkän väittelyn jälkeen nimetä Walnut Streetin uudelleen Muhammad Ali Boulevardiksi. Kaupunki teetti sitä varten 70 katukylttiä, joista kaksitoista varastettiin ensimmäisen viikon aikana. Vuonna 2005 Louisvillessä avattiin Muhammad Ali Center, joka on omistettu sovittelulle ja maailmanrauhalle. Vuonna 2009 Ali nimettiin irlantilaisen Ennisin kaupungin kunniakansalaiseksi, koska hänen isoisänsä isä Abe O’Grady oli kotoisin paikkakunnalta. O’Grady oli lähtenyt siirtolaisena Yhdysvaltoihin ja mennyt siellä naimisiin orjan kanssa.
Vuonna 1970, kun Ali oli otellut nyrkkeilykehässä ensimmäistä kertaa kolmeen ja puoleen vuoteen, hänelle myönnettiin Martin Luther King Freedom Medal -kunniamitali. Martin Luther Kingin leski Coretta Scott King sanoi palkinnon myöntämisen yhteydessä, ettei Ali ole vain nyrkkeilyn vaan myös rauhan ja yhtenäisyyden mestari. Vuonna 2005 Ali sai presidentti George W. Bushilta Presidential Medal of Freedom -kunniamitalin, joka on korkein Yhdysvaltain hallinnon siviilille myöntämä kunniamerkki.
Muhammad Alin takki ja käsineet, joita hän oli käyttänyt vuonna 1975, lahjoitettiin Smithsonian-instituutin kokoelmiin vuonna 1976. Lahjoitustilaisuudessa Ali totesi, että hänen Everlast-merkkisistä käsineistään tulee todennäköisesti näyttelyn kuuluisin nähtävyys. Vuonna 2002 hän sai oman tähtensä Hollywood Walk of Famelle. Kunnianosoitusta perusteltiin hänen elämällään, joka oli ”elävää teatteria”. Tähti on ainoa Hollywood Walk of Famen laatta, jota ei ole sijoitettu jalkakäytävälle vaan Dolby-teatterin seinään – Ali ei halunnut kenenkään kävelevän ylitseen.