Kingdom Hearts II

Juoni

Vuosi Kingdom Heartsin jälkeen, Sora, Aku Ankka ja Hessu ovat olleet unessa, jotta heidän muistonsa saataisiin korjattua. Samaan aikaan Roxas, Soran Nobody, viettää kesälomansa ystäviensä Haynerin, Pencen ja Oletten kanssa Twilight Townissa, joka on pelkkä DiZin ja "Ansemiksi" itsensä muuttaneen Rikun simuloima versio oikeasta Twilight Townista. Kuitenkin Organisaatio XIII:n Nobodyt yrittävät Axelin, Organisaation jäsenen VIII ja Roxasin entisen parhaan ystävän, johdolla pilata DiZin aikeet. Roxasin oltua simuloidussa kaupungissa 6 päivää, hän saa tietää totuuden itsestään ja että hänen yhdistyttävä takaisin Soraan voidakseen saada tämän muistot täysin palautumaan. Lopulta Roxas suostuu ja saa Soran heräämään. 
Todellisessa Twilight Townissa Sora, Aku ja Hessu tapaavat kuningas Mikin, joka lähettää heidät entisen opettajansa, Mestari Yen Sidin luokse. Yen Sid kertoo Nobodyjen olevan pelkistä ruumiista ja sieluista koostuvia olentoja, joita syntyy vahvan sydämen omaavista Sydämettömiksi (engl. the Heartless) muuttuneista henkilöistä. Lisäksi hän kertoo Organisaatio XIII:sta, joka kontrolloi heikompia Nobodyja. Sora ja kumppanit lähtevät jälleen pelastamaan maailmoja ja Organisaation lisäksi saavat vastaansa kuolleista palanneen Pahattaren ja tämän apuriksi värväytyneen Mustan Pekan.
Viidennellä vierailullaan Hollow Bastionissa, jota Squall ”Leon” Leonheart ja muut Traverse Townista tutut henkilöt, olivat kunnostamassa entiseen muotoonsa Radiant Gardeniksi, he jälleen tapaavat Kuningas Mikin, joka paljastaa Soran aiemmin kukistaman ”Ansemin” olevan pelkkä Sydämettömmäksi muuttunut huijari. Huijarin oikea nimi on Xehanort ja hän oli oikean Ansemin oppipoika. Hänen Nobodynsa puolestaan oli Xemnas, Organisaatio XIII:n johtaja. Organisaation Nobodyt paljastavat aikovansa käyttää Soran tuhoamien Sydämettömien viemiä sydämiä luodakseen omat Valtakunnan Sydämensä (Kingdom Hearts) tullakseen oikeasti eläviksi.
Vapautettuaan yhä useamman maailman, Sora ja kumppanit saapuvat kolmatta kertaa Twilight Towniin, josta he löytävät DiZin simulaatioversion Twilight Townista. Siellä Axel uhraa itsensä auttaakseen heitä pääsemään Maailmaan jota ei koskaan ollut, joka toimi Organisaation tukikohtana. Siellä Sora löytää sekä Rikun että Kairin, tuhoaa kaikki Xemnasta alemmat Organisaation jäsenet ja saa kuulla kaiken Roxasista. Lisäksi Mikki tapaa DiZin, joka paljastuu itse oikeaksi Ansem Viisaaksi, joka käyttää kehittämäänsä laitetta viedäkseen osan keinotekoisten Valtakunnan Sydänten voimista. Mutta laite ylikuormittuu ja sen räjähtäessä Ansem katoaa ja Riku palautuu entiselleen.
Xemnas imee itseensä jäljelle jääneiden sydämien voimat ja taistelee usean taistelun, jotka hän häviää. Mutta Kairin palattua Kohtalon saarille (Destiny Islands) Mikin, Akun ja Hessun mukana, Sora ja Riku kohtaavat vielä kerran Xemnasin, jonka he onnistuvat tuhoamaan. He päätyvät Pimeyden maailmaan, jossa oltuaan hetken aikaa he löytävät, pullon, jossa on viesti Kairilta. Heidän eteensä ilmestyy ovi Valon maailmaan ja he palaavat lopulta takaisin kotisaarilleen. Lopputekstien jälkeen näytetyssä kohtauksessa Sora, Riku ja Kairi saavat Mikiltä kirjeen, jonka sisältöä ei vielä näytetty.

Final Mix

Pelistä on myös tehty Japanin markkinoille ”viimeistelty” versio, Kingdom Hearts 2: Final Mix, jota myytiin osana Kingdom Hearts 2: Final Mix+ -pelipakettia. Paketti sisältää Final Mixin lisäksi Kingdom Hearts Re: Chain of Memoriesin, joka on uudistettu PlayStation 2 -versio Game Boy Advancen Chain of Memories -pelistä.

Salainen loppu

Pelissä on myös salainen loppu, jos pelaaja läpäisee pelin vaikeimmalla vaikeusasteella. Salaisen lopun alussa nähdään katkelmia Ansemin reporteista ja kuvaan alkaa ilmestyä salaperäinen hahmo (Terra), jolla on avainmiekka. Paikalle saapuu toinen haarniskahenkilö, joka on naispuolinen (Aqua) ja nuorempi (Ventus). Kolmikko löytää kolme avainmiekkaa, jotka näyttävät täysin samanlaiselta mitkä olivat Soralla, Rikulla ja Mikillä. Samalla näkyy paljon avainmiekkoja jotka ovat jäänöksiä Avainmiekkasodasta. Loppu päättyy siihen kun paikalle ilmestyy salainen henkilö, joka lähestyy kolmikkoa päin. 
Final Mixissä kun pelaaja suorittaa Proud-moodin nähdään jatkoa salaiselle lopulle. Lähestyvä henkilö on vanha mies (mestari Xehanort) ja hänen sisältään ilmestyy naamioitunut poika (Vanitas). Terra hyökkää Xehanortin kimppuun mutta Xehanort estää Terran aikeen ja Xehanort kohoaa entistä ylemmäksi. Terra, Aqua ja Ventus käyvät taistelua Vanitasin kanssa. Terra ja Xehanort käyvät lyhyen miekkataistelun, joka päättyy siihen, kun Xehanort jäädyttää Terran käden. Ventus yrittää yllättää Xehanortin, mutta joutuu tämän kynsiin. Terra yrittää pelastaa Ventusin, mutta Vanitas viskoo hänet vuorelta alas. Aqua näkee kuinka Xehanort jäädyttää Ventusin kokonaan ja tiputtaa tämän vuorelta alas. Xehanort nostaa kätensä ilmaan ja taivaalle alkaa ilmestyä sydämenmuotoinen kuu, joka on Valtakunnan Sydämet. Lopussa Mikki Hiiri ilmestyy paikalle. Salainen loppu oli viittaus PSP:lle julkaistuun peliin Kingdom Hearts: Birth by Sleep.