Seinäjoen Jalkapallokerho

SJK:n perustaminen

Seuran perustava kokous pidettiin 5. marraskuuta 2007, mutta sen perustamisesta oli tehty päätös jo aiemmin. Yleisölle asia kerrottiin 10. lokakuuta. Seura syntyi TP-Seinäjoen ja Sepsin edustusjoukkueiden yhdistyttyä. Sepsi-78:n yleinen kokous pidettiin 24. lokakuuta ja TP-Seinäjoen seuraavana päivänä. Näissä kokouksissa molemmat seurat olivat yhdistymisen kannalla, mikä varmisti uuden seuran syntymisen. Sepsi ja TP luopuivat vanhoista sarjapaikoistaan Kakkosessa, jonne uusi joukkue haki paikkaa kaudeksi 2008. Seuran historian ensimmäisen pelaajasopimuksen kirjoitti Petri Huttu. Seurojen edustusjoukkueiden yhdistymisestä oli käyty neuvotteluja jo useasti vuosikymmenten aikana. Yhdistymisen syynä oli pääasiassa pelaajien riittämättömyys. Yhdistymisen jälkeen TP-Seinäjoki ja Sepsi-78 panostavat pääasiassa junioritoimintaan, mutta niillä voi olla myös omat joukkueet alemmissa sarjoissa. Seuran työnimi oli Seinäjoki Futis, ja virallisesta nimestä pidettiin kilpailu, jossa kuka tahansa saattoi ehdottaa seuralle nimeä. Lopulta seuran nimeksi valittiin kymmenien ehdotusten joukosta Seinäjoen Jalkapallokerho, jota useat henkilöt olivat ehdottaneet. Kilpailu järjestettiin myös seuran logosta ja peliasusta. Seuran rekisteröity nimi on Seinäjoen Jalkapallokerho ry, ja se rekisteröitiin 22. tammikuuta 2008. Seuran ensimmäiseksi puheenjohtajaksi valittiin Mikko Latomäki. Varapuheenjohtajaksi valittiin TP:n entinen puheenjohtaja Jukka Saarijärvi. TP-Seinäjoki sai paikan arvalla, ja seuraavana vuonna varapuheenjohtajana toimi Sepsin edustaja Jukka Pikkarainen.

Nousu Veikkausliigaan

SJK aloitti kaudella 2013 toisen kautensa Ykkösessä. Kaudella 2012 SJK oli sijoittunut tuoreena nousijana sarjassa toiseksi Veikkausliigaan nousseen RoPSin jälkeen. Kaudelle 2013 SJK hankki lisävahvistuksia, muun muassa kauden mittaan yhdeksi tärkeimmistä pelaajista nousseen espanjalaisen FC Barcelonan junioriakatemian läpikäyneen Josun sekä virolaisen maalivahdin Mihkel Aksalun. SJK aloitti kauden 2013 4. toukokuuta 2–1-voitolla PK-35 Vantaasta. Kauden alkupuoliskon SJK oli kiinni nousussa. Kauden murros tuli AC Kajaania vastaan 30. kesäkuuta pelatun 1–7 voiton jälkeen, mutta AC Kajaani teki Palloliitolle valituksen, että SJK:lla oli liikaa ulkomaalaisia pelaajia kokoonpanossa ja se rikkoi niin sanottua homegrown-sääntöä. SJK:n todettiin syyllistyneen sääntörikkomukseen, joten ottelun tulokseksi vaihdettiin 3–0 AC Kajaanin hyväksi. SJK teki päätöksestä valituksen, jonka seurauksena Palloliitto kumosi päätöksen. AC Kajaani teki vielä valituksen urheilun oikeusturvalautakuntaan, mutta perui sen myöhemmin. AC Kajaani -episodin jälkeen alkoi SJK hävisi viisi ottelua voitoitta. Vasta 3. elokuuta SJK:n onnistui katkaista voitoton putkensa 2–0 kotivoitolla JIPPOa vastaan. Tällöin SJK oli jo menettänyt runsaan piste-etunsa sarjassa ja taisteli tasaväkisesti pääasiassa Hakan kanssa noususta Veikkausliigaan. Tappioputkensa jälkeen SJK vahvisti kahdeksan ottelun voittoputkella nousumahdollisuuksiaan. Nousu Veikkausliigaan kaudeksi 2014 varmistui 29. syyskuuta pelatussa kotiottelussa sarjakakkosta Hakaa vastaan. Ottelua seurasi Seinäjoella ennätysyleisö 4 798 katsojaa, ja tiukka ottelu päättyi 1–1 tasapeliin.
SJK aloitti kauden 2014 voittamalla Liigacupin finaalissa Vaasan Palloseuran. Myös Veikkausliigassa monet pitivät joukkuetta jo ennen kauden alkua mitalisuosikkina. Kausi tosin alkoi heikosti, sillä Simo Valakarin valmentama joukkue oli toukokuun lopulla vasta sijalla 11. Sen jälkeiset seitsemän voittoa nostivat SJK:n liigan kakkospaikalle. HJK vei mestaruuden selvästi, mutta hopeataistelussa mukana ollut FC Lahti kaatui syksyn päätöskierroksilla. Lisäksi SJK aiheutti HJK:lle sen kauden ainoan tappion Mika Lehkosuon valmennuksessa. Viimeisestä 24 liigaottelustaan SJK hävisi vain kaksi. Joukkueen tärkeimpiä pelaajia olivat virolaismaalivahti Mihkel Aksalu, liigan parhaaksi puolustajaksi valittu Cedric Gogoua, vuoden liigatulokkaaksi nimetty keskikenttämies Johannes Laaksonen ja kotikaupunkiin palannut kärkipelaaja Toni Lehtinen.
Kaudelle 2015 SJK vahvistui entisestään. Edelliskauden runkomiehet jäivät joukkueeseen, ja uusista pelaajista merkittävimpiä olivat Mehmet Hetemaj ja Ariel Ngueukam. Joukkuetta pidettiin HJK:n suurimpana haastajana. HJK kuitenkin hyytyi loppukesästä, ja syyskuussa SJK siirtyi sarjan kärkeen. Keskinäisessä ottelussa Seinäjoella SJK voitti HJK:n 3–0. Kauden lopussa joukkueen suurimmaksi kilpailijaksi tuli kauden yllätysjoukkue RoPS. SJK menetti etulyöntiasemansa mestaruustaistossa, kun se hävisi neljänneksi viimeisellä pelikierroksella vieraissa HIFK:lle, mutta sai sen takaisin, kun RoPS hävisi seuraavan pelinsä IFK Mariehamnille. Viimeisillä kierroksilla SJK voitti ensin FC Interin Turussa 2–0 ja päätöskierroksella kotonaan FF Jaron samoin lukemin. SJK voitti siten Suomen-mestaruuden yhden pisteen erolla RoPSiin ja kahden pisteen erolla HJK:hon. Joukkueen tärkeimpiä pelaajia syksyn ratkaisuotteluissa olivat Roope Riski ja Liverpoolista lainattu 18-vuotias  Allan. Kauden muita avainpelaajia olivat maalivahti Mihkel Aksalu ja 14 maalia tehnyt Akseli Pelvas. SJK:n kauden 2015 edustusjoukkue valittiin äänestyksen tuloksena vuoden joukkueeksi Suomen urheilugaalassa.
Vuoden 2016 Suomen Cupin loppuottelussa SJK voitti HJK:n rangaistuspotkukilpailun jälkeen. Cup-mestaruus oli seuran historian ensimmäinen.
Päävalmentaja Simo Valakari vapautettiin tehtävästään 17. helmikuuta 2017, ja tilalle tuli Sixten Boström, joka myös sai potkut toukokuussa 2017, ja hänen tilalleen tuli José Manuel Roca. Roca puolestaan sai potkut syyskuussa 2017. Odotuksiin nähden surkeasti menneen kauden luotsasivat loppuun seurassa akatemiavalmentajina toimineet Brian Page ja Toni Lehtinen. Pagen ja Lehtisen alaisuudessa SJK hävisi kotikentällään pelatun Suomen Cupin finaalin HJK:lle 0-1. Lokakuussa 2017 seuran päävalmentajaksi palkattiin kolmivuotisella sopimuksella Tommi Kautonen. Kausi 2018 ei kuitenkaan alkanut SJK:n mielestä toivotunlaisesti, joten Kautonen erotettiin toukokuussa 2018, ja tilalle tuli Alexei Eremenko sr. Eremenkon mukana joukkueeseen tuli myös uusi apuvalmentaja, Umar Marhiev. Eremenko onnistui säilyttämään SJK:n liigassa.

Muut joukkueet

SJK:lla on farmijoukkue SJK Akatemia (aik. FC Kerho 07), joka pelaa Kolmosessa. Kausina 2013–2015 joukkueen sarjataso oli Kakkonen.
SJK:n alle 19-vuotiaiden joukkue nousi kaudeksi 2013 A-poikien SM-sarjaan kaatamalla FC Lahden nousukarsinnoissa yhteismaalein 3–2. Seura luopui joukkueen sarjapaikasta joulukuussa 2014. Muut juniorit toimivat erillisen yhdistyksen SJK-juniorien (ent. Törnävän Pallo-55) alaisuudessa.
SJK:lla on 2019 perustettu sähköpyörätuolijalkapallojoukkue SJK Powerchair.