Kultainen kompassi

Juoni

Kirjan keskushenkilö Lyra Belacqua on 11-vuotias orpotyttö kuvitteellisen rinnakkaistodellisuuden Oxfordissa. Lyran maailmassa Magisteriumiksi kutsuttu kirkko on saavuttanut merkittävän valta-aseman myös maallisiin asioihin. Hänen maailmansa kenties perimmäisin ero meidän maailmamme verrattuna on kuitenkin se, että kaikilla maailman ihmisillä on daimoni, heidän rinnallaan kulkeva puhuva eläin, joka on ikään kuin heidän sielunsa tai sen ilmentymä.
Lyra asuu Jordan Collegessa, hänen maailmansa Oxfordin vanhimmassa opinahjossa. Tarina alkaa, kun Lyra hiipii salaa collegen oleskeluhuoneeseen, vaikka hänen daimoninsa Pantalaimon yrittää estellä häntä. Huoneessa he näkevät collegen rehtorin yrittävän myrkyttää lordi Asrielin, Lyran sedän, mutta ehtivät varoittaa tätä. Lordi Asriel näyttää collegen tutkijoille kuvan salaperäisistä alkeishiukkasista, joita kutsutaan Tomuksi. Pian tämän jälkeen lordi Asriel lähtee pohjoiseen, ja Lyra jatkaa elämäänsä tavalliseen tapaan.
Kun lapsia kaappaavat ”Kahmaisijat”, yleisten huhupuheiden kohteet, kidnappaavat Lyran ystävän Rogerin, Lyra vannoo pelastavansa tämän. Tilaisuus tarjoutuu, kun collegessa vieraileva rouva Marisa Coulter, merkittävä nainen, tarjoutuu viemään Lyran pois Jordan Collegesta ja tekemään hänestä oppilaansa. Lyra suostuu, mutta ennen lähtöä collegen rehtori antaa hänelle aletiometrin, mittaamattoman arvokkaan kultaista kompassia muistuttavan laitteen, jonka avulla voi selvittää vastauksen mihin tahansa kysymykseen. Vaikka Lyra ei kykenekään tulkitsemaan laitteen monimutkaisia merkityksiä, hän ottaa sen mukaansa rouva Coulterin asunnolle. Lyra alkaa epäillä rouva Coulterin vaikuttimia, kun tämän daimoni, kullanvärinen apina, etsii aletiometriä Lyran huoneesta.  
Rouva Coulterin emännöimässä juhlassa Lyra saa selville, että rouva Coulter on Uhraamislautakunta-nimisen organisaation johtaja, ja että tämä organisaatio on todellisuudessa sama kuin ”Kahmaisijat”, jotka ovat kaapanneet lapsia. Kauhistuneena tiedosta Lyra käyttää juhlan melskettä hyväkseen paetakseen rouva Coulterin asunnolta. 
Paon jälkeen Lyran pelastavat gyptit, joukko kiertäviä, kanaaleja myöten kulkevissa laivoissa asuvia ihmisiä, jotka myöhemmin paljastavat lordi Asrielin ja rouva Coulterin olevan tosiasiassa Lyran isä ja äiti. Lyra saa myös tietää, että Rogerin tavoin myös moni gyptilapsi on kadonnut, ja että gyptit suunnittelevat retkeä pohjoiseen pelastaakseen lapsensa. Viettäessään aikaa gyptien parissa Lyra oppii vaistonvaraisesti käyttämään aletiometria.
Lyra liittyy pohjoiseen menevään retkikuntaan, ja saa selville, että ”Kahmaisijoiden” kaappaamat lapset erotetaan väkivaltaisesti daimoneistaan kokeellisella menetelmällä. Pian tämän jälkeen ryhmä joutuu hyökkäyksen kohteeksi, ja Lyra viedään Bolvangariin, "Kahmaisijoiden" koelaitokseen.
Laitoksen sisällä Lyra löytää Rogerin ja kehittää pakosuunnitelman. Hän törmää rouva Coulteriin, joka estää viime hetkellä Uhraamislautakunnan miehiä erottamasta Lyraa daimonistaan, mutta yrittää sitten viedä aletiometrin häneltä. Paettuaan täpärästi Lyra johtaa muut lapset pois laitoksesta, ja Lyran pelastaa kuumailmapalloonsa Lee Scoresby, gyptien palkkaama aeronautti. Heidän mukaansa tulevat Roger ja Iorek Byrnison, panssarikarhujen, sepäntaidoistaan tunnettujen puhuvien jääkarhujen, maanpakoon karkotettu prinssi. Suomalaisten noitien avulla gyptit voittavat taistelun laitoksen tataarivartijoita vastaan ja vievät muut lapset turvaan.
Löydettyään Rogerin Lyra tahtoo viedä aletiometrin lordi Asrielille. Hänet on kuitenkin vangittu Svalbardiin, panssarikarhujen linnoitukseen, koska kirkko vastustaa hänen Tomua koskevia tutkimuksiaan – kirkon edustajat uskovat Tomun olevan kaiken synnin lähde ja haluaisivat tuhota sen. Noitien hinatessa kuumailmapalloa kohti Svalbardia suuret, lepakkomaiset, kalliohirmuiksi kutsut hirviöt hyökkäävät sen kimppuun. Lyra putoaa maahan, mutta selviää vahingoittumattomana. Panssarikarhut kuitenkin vangitsevat hänet. Hän onnistuu huijaamaan Iofur Raknisonin, vallan kaapanneen karhujen kuninkaan, taistelemaan Iorek Byrnisonin kanssa. Iorek tappaa Iofurin ja nousee kuninkaaksi. Tämän jälkeen Lyra matkustaa Iorekin ja Rogerin kanssa lordi Asrielin luokse.
Vaikutusvaltansa ansiosta lordi Asriel on onnistunut vankeudestaan huolimatta hankkimaan tarvittavat välineet jatkaakseen tutkimuksiaan Tomun parissa. Hän selittää Lyralle Tomun virtaavan toisesta maailmasta ja kertoo, että on olemassa monia rinnakkaisia universumeita. Lordi Asriel poistuu Lyralta salaa, mukanaan Roger ja runsaasti tieteellistä välineistöä. Lyra lähtee hänen peräänsä, mutta lordi Asriel ehtii irrottaa Rogerin ja tämän daimonin toisistaan. Tämän seurauksena vapautuu valtava määrä energiaa, joka lordi Asrielin instrumenttien ansiosta repii taivaaseen valtavan aukon, joka johtaa toiseen maailmaan. Lordi Asriel kävelee aukon läpi uuteen maailmaan, ja Pantalaimonin neuvosta Lyra päättää seurata häntä. Tähän päättyy ensimmäinen kirja, ja tarina jatkuu trilogian toisessa osassa Salaperäinen veitsi.