Charles Darwin

Darwinien suku

Darwinien sukupuu tunnetaan 1500-luvulle asti. Ensimmäinen tunnettu suvun edustaja on vuonna 1542 kuollut William Darwin, joka oli Charles Darwinin isoisän isoisä. Darwinin äidin puoleinen sukuhaara, Wedgwoodit, tunnetaan huomattavasti pidemmälle. Darwinin tiedetään olleen äitinsä kautta kaukaista sukua Englannin kuningas Henrik I:lle.
Darwinien suku on ollut perinnöllisyystieteilijöiden tutkimusten kohteena, sillä suvun useat jäsenet ovat olleet erityisen lahjakkaita eri tieteen aloilla. Darwineihin on joissakin yhteyksissä viitattukin todisteena älykkyyden perinnöllisyydestä, sillä suvussa on ollut paljon serkusavioliittoja.

Lapsuus

Darwin syntyi perheensä omistamassa talossa The Mountissa, Shropshiren kreivikunnassa sijaitsevassa Shrewsburyn kaupungissa, Yhdistyneessä kuningaskunnassa 12. helmikuuta 1809 eli samana päivänä kuin Yhdysvaltain presidentti Abraham Lincoln. Hän oli varakkaan lääkärin ja liikemiehen Robert Waring Darwinin ja Susannah Darwinin (omaa sukua Wedgwood) lapsi, viides kuudesta sisaruksesta. Darwin oli isänsä puolelta Erasmus Darwinin ja äidin puolelta Josiah Wedgwoodin lapsenlapsi. Molemmat suvut olivat suurelta osin uskonnolliselta vakaumukseltaan unitarianisteja, mutta osa Wedgwoodeista oli omaksunut anglikaanisen uskon. Charles ja hänen sisaruksensa kasvatettiin unitarianistisen uskon mukaisesti, sillä he kävivät jumalanpalveluksissa unitarianistisessa kappelissa.
Keväällä vuonna 1817 Darwin aloitti koulunkäynnin kappelin saarnaajan, herra Casen vetämässä koulussa. Darwin ei tuntenut äitiään erityisen hyvin, sillä tämä kuoli samana vuonna. Darwin kertoo omaelämäkerrassaan, ettei muista äidistään muuta kuin tämän kuolinvuoteen. Robert-isä laittoi poikansa opiskelemaan tohtori Samuel Butlerin johtamaan Shrewsburyn sisäoppilaitokseen, jossa Darwin opiskeli 16-vuotiaaksi saakka.

Vuodet Edinburghissa

Kesän 1825 Darwin vietti lääkäriharjoittelijana auttaen isäänsä hoitamaan kreivikunnan köyhiä. Lokakuussa hän matkusti Erasmus-veljensä kanssa Skotlantiin opiskelemaan lääketiedettä Edinburghin yliopistoon, joka oli aikansa parhaimpia lääketieteen opiskelupaikkoja Euroopassa. Darwin kuitenkin kammoksui verta ja piti lääketieteen opiskelua tylsänä, ja siksi hän myöhemmin lopetti opinnot.
Darwinin opintojen edelle nousivat luonnonhistorian harrastukset, kuten eläinten täyttäminen. Sitä hänelle opetti guyanalainen vapautettu orja John Edmonstone. Edmonstonella oli myös tapana kertoa Darwinille jännittäviä tarinoita Etelä-Amerikan sademetsistä. Myöhemmin Darwin käytti Edmonstonen kokemuksia apuna osoittaessaan teoksessa Ihmisen polveutuminen ja sukupuolivalinta, että ”mustaihoiset ja eurooppalaiset” olivat hyvin samankaltaisia, vaikkakin myönsi pinnalliset eroavuudet ulkonäössä.
Toisena yliopistovuotenaan Darwin liittyi Plinian Society -nimiseen luonnonhistoriaan suuntautuneeseen opiskelijaryhmään. Ryhmässä hän sai kokemuksia tieteellisistä väittelyistä ja kristinuskon vastaisuudesta. Darwinista tuli innokas Robert Edmond Grantin oppilas, ja opiskellessaan hän innostui Grantin tavoin Jean-Baptiste Lamarckin ja Charlesin isoisän Erasmuksen hankittuja ominaisuuksia koskevista teorioista. Vuoden 1827 maaliskuussa Darwin esitelmöi Plinian Societylle löydöistään, joiden mukaan ostereiden kuorista usein löydetyt mustat pisteet olivat erään juotikaslajin (engl. skate leech) munia. Hän osallistui myös luonnonhistorian kurssille, jossa oppi muun muassa stratigrafista geologiaa. Hän auttoi sivutöinä Euroopan laajimpiin kuuluvan Skotlannin kuninkaallisen museon kokoelmien järjestämisessä.

Papinopinnot Cambridgessa

Darwinin isä päätti lähettää lääketieteen opinnoissa hyvin vähän edistyneen poikansa suorittamaan kandidaatin tutkintoa humanistiseen tiedekuntaan Cambridgen yliopiston Christ's Collegeen vuonna 1827. Tarkoituksena oli, että Charles lukisi itsensä papiksi. Alan vaihto oli luonnollinen aikana, jolloin työ anglikaanisen kirkon palveluksessa takasi kohtuullisen toimeentulon. Suurin osa Englannin luonnontutkijoista oli pappeja, jotka katsoivat tehtäviinsä kuuluvaksi Jumalan luomakunnan tutkimisen. Cambridgessa Darwin viihtyi edelleen paremmin muiden puuhien kuin opiskelun parissa. Serkkunsa William Darwin Foxin kanssa hän keräsi kovakuoriaisia. Fox esitteli Darwinin kasvitieteen professori John Stevens Henslow'lle, minkä jälkeen Darwin osallistui Henslow'n luonnonhistorian kurssille. Darwinista tuli opettajansa lempioppilas. Hänet tunnettiin ”miehenä, joka kulkee Henslow'n kanssa”.
Loppukuulustelujen lähestyessä Darwin keskittyi opintoihinsa ja kiinnostui samalla William Paleyn teksteistä, jotka sisälsivät ajatuksen korkeamman voiman osallisuudesta luonnon suunnitteluun. Tämän lisäksi Darwin sai yksityisopetusta Henslow'lta. Loppukokeissa tammikuussa 1831 hän loistikin teologian vastauksillaan, mutta pääsi vaivoin läpi klassisista aineista kuten matematiikasta ja fysiikasta. Lopputuloksissa hän oli kymmenes 178 läpäisseen joukossa.
John Henslow'n neuvoa noudattaen Darwin ei pitänyt minkäänlaista kiirettä pappisvihkimyksensä kanssa. Alexander von Humboldtin Personal Narrativen inspiroimana Darwinin päässä pyöri ajatus luonnonhistorian opiskelusta tropiikissa. Hän suunnitteli valmistuttuaan matkustavansa Teneriffalle kurssitovereidensa kanssa. Darwin osallistui myös kuuluisan geologin Adam Sedgwickin kurssille, jolla hän kartoitti maakerrostumia Walesissa. Palattuaan eräältä matkalta kotiin Darwin löysi Henslow'n lähettämän kirjeen, jossa tämä pyysi Darwinia lähtemään palkattomalle matkalle Robert FitzRoyn kanssa. HMS Beaglen kapteeni FitzRoy oli lähdössä joulukuussa 1831 kaksivuotiseksi suunnitellulle tutkimusmatkalle kartoittamaan Etelä-Amerikan rantoja. Henslow'n mielestä matka tarjosi Darwinille tilaisuuden harjoittaa luonnontieteilijän kykyjään tropiikissa. Darwinin isä suhtautui matkaan kielteisesti. Hänen mukaansa se oli vain ajan tuhlausta, mutta Josiah Wedgwood sai hänet silti rahoittamaan poikansa matkan.

Merimatka Beaglella

Matka HMS Beaglella kesti yhteensä viisi vuotta, josta kaksi kolmasosaa Darwin vietti maissa. Hän pani merkille geologisten muodostumien, fossiilien ja elävien eliöiden moninaisuuden sekä keräsi suuren määrän eliönäytteitä, joista useat olivat tieteelle aiemmin tuntemattomia. Matkalla pidettyjen taukojen aikana Darwin lähetti keräämänsä näytteet postitse Cambridgeen kertoen samalla löydöksistään. Hänen maineensa luonnontieteilijänä sai alkunsa näiden kerättyjen näytteiden ansiosta.
Matkan aikana Darwin ehti kirjoittaa matkakertomuksen, joka tunnetaan nimellä Beaglen matka. Siinä hän summaa yhteen sekä löytämiään näytteitä että sosiaalisia, poliittisia ja antropologisia näkemyksiä ihmisistä, joita hän matkan aikana tapasi, niin alkuperäisasukkaista kuin länsimaalaisista uudisasukkaistakin.
Merellä Darwin kärsi usein pahasta merisairaudesta. Lokakuussa 1833 häneen sai kuumetaudin Argentiinassa. Matkatessaan Andien rinnettä alas Valparaísoon heinäkuussa 1834 hän sairastui niin pahasti, että joutui viettämään kuukauden vuodelevossa.
Ennen lähtöä FitzRoy antoi Darwinille Charles Lyellin Principles of Geology -teoksen ensimmäisen osan, jossa Lyell selittää maanpinnalla tapahtuvia prosesseja ja niiden tasapainoa. Ensimmäinen pysähdys tehtiin Afrikan länsirannikon läheisyydessä sijaitsevalle Kap Verden saariryhmän suurimmalle saarelle Santiagoon. Siellä Darwin huomasi vulkaniittirinteen laella, noin 13 metrin korkeudella, valkoisen juovan. Hän totesi sen koostuvan simpukankuorten palasista ja korallista. Darwin katsoi tämän sopivan Lyellin ajatukseen, että maanpinta nousee ja laskee hitaasti. Se puolestaan inspiroi Darwinin ajattelemaan saaren geologista historiaa ja kirjoittamaan asiasta myös tulevissa geologiaa käsittelevissä teoksissaan.
Darwin teki matkansa aikana useita muita löytöjä, joista osa oli erityisen tärkeitä. Hän esimerkiksi näki Patagonian arotasangoilla maankohoamisen seurauksena siirtyneitä pikkukiviä ja simpukoita sekä havaitsi Chilessä simpukankuoria vuoroveden korkeutta ylempänä, mikä ei ollut selitettävissä kuin maankohoamisella. Andeilla hän puolestaan huomasi muutamia fossilisoituneita puita, jotka olivat aiemmin kasvaneet rannan läheisyydessä. Todisteena tästä olivat fossiilien läheltä löydetyt simpukankuoret. Darwin päätteli myös, että korallista muodostuvat atollit ovat yksi vaihe vulkaanisen saaren kehityksessä. Hänen mukaansa atolli on lopputulos merellisen tulivuoren vajoamisesta. Teorian hän pääsi vahvistamaan rantautuessaan Kookossaarille. Darwinin ajatuksia pidetään perusteiltaan edelleen oikeina.

Etelä-Amerikassa Darwin kaivoi esiin jättimäisten nisäkkäiden fossiileja maakerroksesta, jossa esiintyi paljon nykyaikaisia simpukankuoria. Tämä viittasi siihen, että ”lähiaikoina” oli tapahtunut sukupuutto, jonka oli todennäköisimmin aiheuttanut ilmaston muuttuminen, ruoan hupeneminen tai vihollisten lukumäärän kasvu. Yhden fossiilin hän tunnisti oikein jättiläislaiskiaiseksi ja erään suojakilven palasen Darwin arveli kuuluneen vyötiäisenkaltaiselle eläimelle. Lisäksi hän löysi useita näytteitä tuntemattomista eliöistä. Matkan jälkeen hän sai tietää, että Richard Owen oli havainnut useimpien näytteiden olevan kokoerosta huolimatta hyvin samankaltaisia kuin yhä Amerikassa tavattavat eliöt. 
Lyell kritisoi Principles of Geology -teossarjansa toisessa osassa voimakkaasti evoluutiota. Hän selitti lajien levinneisyyden ”luomiskeskusten” avulla. Kyseinen teos lähetettiin myös Darwinille. Darwin huomasi, että hänen tekemänsä havainnot olivat ristiriidassa Lyellin argumenttien kanssa. Darwin oli elokuussa 1833 Argentiinassa ollessaan kuullut siellä elävistä kahdesta eri nandulajista. Nandut ovat strutsien tapaan lentokyvyttömiä lintuja. Suuremman nandulajin tiedettiin elävän pohjoisessa ja pienemmän lajin taas etelässä. Ensin Darwin arveli lintujen olevan vain muunnos yhdestä lajista, muttei uskonut niiden olevan kokonaan eri lajeja, kuten myöhemmin ilmeni. Ongelman aiheutti kuitenkin se, että lajit eivät olleet täysin toisistaan eristäytyneitä. Löytyi nimittäin alue, jossa molempien lajien edustajia löydettiin. Nandujen löytö sai Darwinin pohtimaan eläinlajien mahdollisuutta kehittyä uusiksi lajeiksi. Ajatus poikkesi radikaalilla tavalla vallalla olevasta uskomuksesta, että Jumala olisi luonut kaikki maailman lajit.
Kierrellessään Galápagossaarilla vuoden 1835 syys-lokakuussa Darwin havaitsi eri saarten matkijalintulajien nokissa eroavaisuuksia, mutta niiden muut ulkonäölliset piirteet olivat yhdenmukaisia mantereella eläviin matkijalintuihin verrattuna. Vastoin yleistä luuloa, Darwin ei kiinnittänyt huomiota darwininsirkuiksi myöhemmin nimettyjen lintulajien nokkien erilaisuuteen saarilla ollessaan. Tämän huomion hän teki vasta matkan jälkeen Britanniassa. Galápagosilla hän kylläkin kiinnitti huomion eri saarten kilpikonnalajien kilven muotoihin; yhdellä saarella kilpi oli täysin pyöreä, mutta toisella kilvessä oli kaulan kohdalla korkea piikki, joka mahdollisti kaulan kurkottamisen korkealle. Näistä kummastuneena Darwinin päähän juolahti ajatus lajien muuttumisesta pitkien ajanjaksojen aikana. Australiassa Darwin näki rottakengurun ja vesinokkaeläimen. Australian eläimet poikkesivat ulkonäkönsä puolesta niin paljon muista maailman eläimistä, että Darwinin mielestä näytti ikään kuin kaksi erillistä luojaa olisi luonut Maan eliöt.
Järjestellessään muistiinpanojaan paluumatkalla hän kirjoitti, että jos hänen epäilyksensä matkijalinnuista ja kilpikonnista ovat oikeassa, ”se horjuttaa käsitystä lajien muuttumattomuudesta”. Merkinnän jälkeen Darwin pehmensi lausetta lisäämällä ”would” -sanan (se horjuttaisi käsitystä lajien muuttumattomuudesta). Lopulta Darwin päätyi kirjoittamaan lauseen Lajien syntyyn: ”Nämä tulokset näyttivät minusta antavan hieman lisävalaistusta lajien alkuperästä.”
Aiemmalla Beaglen matkalla Tulimaasta oli otettu matkalle mukaan neljä alkuperäisasukasta. Yksi heistä kuoli Englannissa, loput kolme vietiin toisella matkalla takaisin asuinsijoilleen. Heitä oli ”sivistetty” Englannissa noin kahden vuoden ajan. Yksi heistä, Jemmy Button, kertoi avoimesti Darwinille pitävänsä aikaisemmasta elämäntavastaan ja ettei haluaisi enää palata Englantiin. Darwin havahtui näkemään ihmisten väliset erot kulttuureista eikä niinkään roduista johtuvina. Darwin vihasi orjuutta, jota hän näki paljon Etelä-Amerikassa, ja poti huonoa omaatuntoa eurooppalaisten aikaansaamista vaikutuksista Australian aboriginaaleihin ja Uuden-Seelannin maoreihin.

Ylirasitusta ja sairastelua

Aloittaessaan lajien muuttumisen tutkimisen Darwin alkoi hiljalleen hukkua töihinsä. Jatkaessaan vielä Journalin kirjoittamista hän kirjoitti ja julkaisi raportteja kokoelmistaan. Henslow'n ansiosta Darwin sai 1 000 punnan suuruisen avustuksen moniosaisen Zoology of the Voyage of H.M.S. Beagle -teoksen kirjoittamista ja julkaisua varten. Darwin alkoi ottaa tavoitteekseen epärealistisia julkaisupäiviä teoksilleen. Darwin viimeisteli Journalin noin 20. kesäkuuta 1837, samoihin aikoihin kuin kuningatar Viktoria tuli valtaan Britanniassa. Hän joutui kuitenkin korjaamaan ilmenneitä puutteita julkaisun jälkeen.
Työstä johtuvat paineet varjostivat Darwinin terveyttä. Syyskuun 20. päivänä hän sai ”sydämentykytyksiä”, joiden vuoksi Darwinia hoitanut lääkäri määräsi hänet sairauslomalle. Saatuaan kuukauden mittaisen loman Darwin lähti Shrewsburyyn ja sen jälkeen tapaamaan Maer Hallissa asuvia Wedgwoodin puoleisia sukulaisiaan. Nämä olivat tosin niin kiinnostuneita kuulemaan Darwinin matkan käänteistä, etteivät ymmärtäneet antaa Darwinin levähtää. Darwinia yhdeksän kuukautta vanhempi serkku Emma Wedgwood, joka hoiti vammaista tätiään, oli myös paikalla. Emmaan Darwin kiinnitti erityistä huomiota juuri tuolla kerralla. Darwinin setä Josiah Wedgwood II halusi näyttää Darwinille maapalaa, jossa tuhkaa oli hävinnyt savimaan alle. Hän arveli kastematojen olevan tämän taustalla, ja ajatteli ilmiön kiinnostavan luonnontieteilijän uran luonutta Darwinia. Tämä todella kiinnostui aiheesta jopa niin paljon, että ilmoitti pitävänsä luennon siitä Lontoon geologiselle yhdistykselle. Se oli samalla ensimmäinen esitelmä kastematojen vaikutuksesta maaperän muotoutumiseen. Lomansa jälkeen Darwin palasi työnsä ääreen ja julkaisi Zoology-kirjasarjan ensimmäisen osan helmikuussa 1838.
William Whewell ehdotti Darwinille, että hän ottaisi Lontoon geologisen yhdistyksen sihteerin tehtävät vastaan. Darwin tiesi, ettei hänen kannattaisi ottaa kontolleen enää lisätöitä, olihan hän jo ryhtynyt Lontoon entomologisen seuran varapuheenjohtajaksi. Vähän ajan kuluttua Darwin tuli toisiin ajatuksiin ja otti viran vastaan. Tehtävät alkoivat maaliskuussa 1838.
Darwinilla oli paljon tehtävää matkaraporttien kirjoittamisessa, mutta hän oli samalla onnistunut etenemään tutkimuksissaan lajien muuttumisesta. Tässä vaiheessa tieto Darwinin ajatuksista eliöiden muuntumisesta tuli hieman laajempaan tietoon. Toiset luonnontieteilijät hyljeksivät tämän takia häntä. Darwin spekuloi kirjoituksissaan myös ajatuksella, että ihminenkin kuuluisi muiden eliöiden tavoin yhtenä osana hänen teoriansa piiriin. Ajatus sai nostetta, kun hän huomasi käydessään 28. maaliskuuta 1838 eläintarhassa erään apinan käyttäytyvän lapsimaisesti. Tämäkin ajatus, että kaikki eliölajit ovat tasavertaisia keskenään – niin madot kuin ihminenkin – poikkesi dramaattisella tavalla muiden aikalaisten näkemyksestä ihmisestä ”luomakunnan kuninkaana”. Tämä osoittaa, että Darwin ymmärsi jo tuossa vaiheessa, ettei kehittymistä ohjaavalla luonnonlailla ollut mitään erityistä päämäärää, joten muita paremmasta eliölajista olisi mieletöntä puhua. Ongelma oli vain, mikä tämä luonnonlaki oli.
Maaliskuussa 1838 Darwin aloitti ”C-vihkonsa”, jossa hän jalosti B-vihossaan esittämiä ajatuksia ja pani muistiin tekemiään uusia havaintoja. Tutkimusten edetessä myös Darwinin sukulaiset ja heidän lapsensa, perheen hovimestari, naapurit, entiset retkiystävät, luonnontieteilijät ja käytännön kokemusta omaavat henkilöt, kuten esimerkiksi maanviljelijät sekä pulun- ja koirienkasvattajat, pääsivät mukaan. Maineensa menettämisen pelossa Darwin teki keväällä 1838 päätöksen, ettei julkaisisi ajatuksiaan vielä pitkään aikaan. Tämä päätös myös piti, sillä vasta 21 vuotta myöhemmin Lajien synty julkaistiin. 
Rasituksen vuoksi Darwinin terveys heikkeni uudelleen, mutta nyt entistä pahemmin. Kesällä hän vietti sairasvuoteella useita päiviä päänsäryn, sydänoireiden ja mahakipujen takia. Koko Darwinin loppuelämän ajan kivut toistuivat yhä uudelleen ja uudelleen tehden hänestä ajoittaisesti työkyvyttömän. Sairastelua esiintyi erityisesti stressitilanteissa, esimerkiksi kun hän myöhemmässä elämässään joutui puolustelemaan teoriaansa. Darwinin potemasta sairaudesta ei koskaan pystytty tekemään kunnollista diagnoosia, ja yritykset hoitaa sitä jäivät heikonlaisiksi. Myöhemmin sairautta on yritetty selvittää, ehdokkaina ovat olleet Chagasin tauti, joka voisi olla peräisin Etelä-Amerikan ajoilta, ja Ménièren tauti. Myös psykologisia tauteja on ehdotettu. Kesäkuun 23. päivänä vuonna 1838 hän vihdoin otti lomaa ja matkusti Skotlantiin. Siellä hän ei vain makoillut vaan vietti runsaasti aikaa geologisten tutkimusten parissa. Näitä tutkimuksia hän suoritti esimerkiksi Glen Royssa, jossa hänen kiinnostuksensa kohteeksi nousivat kuuluisat tien kaltaiset muodostumat (Parallel Roads).

Avioliitto

Darwin palasi lomaltaan Shrewsburyyn heinäkuussa. Kirjoittaessaan päivittäisiä muistiinpanojaan eläinten lisääntymisestä (D-vihko, lajien muuntumista hän jatkoi M-vihossa) hän raapusteli ylös ajatuksia tulevaisuuden suunnitelmistansa. Hän otti esiin kaksi paperia, joihin hän kirjoitti otsikoiksi ”Naimisiin” ja ”Ei naimisiin” (engl. Marry; Not Marry). Avioliiton etuihin Darwin katsoi kuuluvan ”jatkuva seura ja ystävä vanhuuden päiville … mikä on joka tapauksessa parempi kuin koira”. Avioliiton haittapuolina olivat taas, että ”rahaa jää vähemmän kirjoihin”, ja se on ”kamalaa ajanhaaskuuta”.
Darwin oli ihastunut serkkuunsa Emmaan. Hän kertoi ajatuksistaan isälleen, minkä jälkeen hän kävi vierailulla Emman luona 29. heinäkuuta vuonna 1838. Darwin ei löytänyt aikaa kosimiselle, vaikka serkukset viettivät paljon aikaa yhdessä ja kävivät erittäin läheisen keskustelun. Sen sijaan Darwin kertoi vastoin isänsä neuvoa omista tutkimuksistaan, joiden vuoksi hänen uskonnolliset näkemyksensä olisivat ”poikkeavat”. Robert Darwin tiesi, että Wedgwoodit olivat Darwineita huomattavasti uskonnollisempia – etenkin suvun naiset – joten hän pelkäsi Charlesin ja Emman erilaisten näkemysten nousevan niin suureksi esteeksi, ettei avioliitto olisi mahdollinen.
Darwin tutustui lokakuussa 1838 Lontoossa asuessaan Malthusin An Essay on the Principle of Population -teokseen. Siinä Malthus ennusti väestönkasvun johtavan ravinnon vähentymiseen henkeä kohden ja laski, että ihmispopulaatio voisi kaksinkertaistua 25 vuoden välein. Malthus huomautti kuitenkin, että käytännössä kasvunopeus ei voi olla näin suuri koska kuolema, taudit, sodat ja nälänhätä hidastavat tehokkaasti kasvunopeutta. Malthus uskoi, että kaikkein heikoimmat kuolivat taisteltuaan olemassaolonsa puolesta.
Darwin uskoi tämän pätevän myös kasveihin, jotka kilpailevat keskenään elintilasta. Tämä selitti sen, miksi kasvilajien lukumäärä pysyi jatkuvasti jotakuinkin vakaana. Darwin katsoi, että koska lajien lisääntyminen riippui käytettävissä olevista resursseista, niin parhaiten olosuhteisiin sopeutuneet lajit tuottaisivat enemmän jälkeläisiä kuin huonommin sopeutuneet. Tämä taas johtaisi tiettyjen ominaisuuksien yleistymiseen ja niiden yksilöiden vähenemiseen, joiden ominaisuudet ovat heikommat. Lopputuloksena tästä olisi uusi eliölaji. Syyskuun lopulla hän kirjasi tämän huomion ylös kuvaillen sitä tietynlaisena kiilana, joka pakottaa kelpoisimmat ominaisuudet yleistymään ja heikoimmat ominaisuudet lopulta häviämään. Tätä teoriaa hän kehitteli eteenpäin E-vihossaan, ja M-vihon aiheita hän jatkoi N-vihossaan.
Darwin palasi 11. marraskuuta takaisin Maeriin ja rohkeni nyt kosia Emmaa, joka vastasi myöntävästi. Molempien suvuissa oltiin iloisia tulevasta liitosta. Charles ja Emma saivat erittäin suuret myötäjäiset, Emman isä Josiah Wedgwood II antoi 5 000 punnan lahjan ja Charlesin isä Robert antoi 10 000 puntaa, joka oli tarkoitettu tuottavasti investoitavaksi hääparin hyväksi. Tuon ajan varakas pankkiiri ansaitsi vuodessa 10 000 puntaa ja lääkäri tai juristi 1 500 puntaa. Darwin sai siis nopeasti pienen omaisuuden, mikä mahdollisti antautumisen palkattomaan tieteellisen tutkimustyöhön.
Seuraavassa kirjeessään Emma kiittelee Darwinin avoimuutta, mutta esittää hurskaan anglikaanisen kasvatuksen johtaneen hänet pelkäämään, että hänen virheensä voisivat vaarantaa hänen mahdollisuutensa kuolemanjälkeiseen elämään. Darwin etsi nuorelle parille uutta kotia ja löysikin sellaisen 12 Upper Gower Streetiltä. Häitä suunniteltiin 24. päivälle tammikuuta 1839, mutta Wedgwoodit pyysivät lykkäystä. Darwinillekin löytyi tuolle päivälle muuta ohjelmaa, sillä hänet valittiin tuolloin brittiläisen tiedeyhteisön Royal Societyn jäseneksi.
Häät onnistuttiin pitämään viiden päivän lykkäyksen jälkeen Maerissa Pyhän Pietarin kirkossa anglikaanisin seremonioin, mikä sopi mainiosti Darwinin ja Wedgwoodien sukujen unitarianistisille jäsenille. Häiden jälkeen tuore aviopari kiirehti Lontooseen vievään junaan päästäkseen uuteen kotiinsa. Häävieraat oudoksuivat tällaista hätäilyä. Selityksenä saattaa olla, että Darwinille oli näihin aikoihin kehittynyt pelko olla pitkiä aikoja suuressa väkijoukossa.

Luonnonvalintateorian julkaiseminen

Darwin leikitteli teoriallaan asettamalla sen teollisen vallankumouksen metaforaksi. Hän näki, että eliölajipopulaatiot teollisuuden tapaan kasvoivat ja erikoistuivat. Siinä missä luonnossa työntävänä voimana oli luonnonvalinta, olivat teollisuudessa voimana markkinat. Darwin katsoi tähän perustuen luonnon olevan eräänlainen ”suuri tehdas”. Tätä metaforaa ei koskaan julkaistu, koska Darwinin mielestä se tukeutui enemmän taloustieteellisiin seikkoihin kuin puhtaaseen tieteeseen.
Eliölajien levittäytymisessä oli yhä ongelmia. Darwin pohti, miten jotkin eliölajit levittäytyvät mantereilta saarille tai jopa mantereelta toiselle. Enemmän häntä mietitytti ensin mainittu tilanne. Tuon ajan selitysehdotus tälle oli Edward Forbesin ”uponnut maasilta”. Darwinia tällainen hypoteesi ei miellyttänyt, joten hän otti ongelman ratkaistavakseen. Hän ehdotti kasvien ja eläinten pystyvän ”kellumaan” alueelta toiselle. Testatakseen ajatusta Darwin laittoi vesiastiaan kasvilajien siemeniä kuukausien ajaksi ja testasi, olisivatko siemenet vielä kasvukelpoisia. Brittiluonnontieteilijöiden yllätykseksi siemenet todella orastivat. 
Tuloksesta innostuneena Darwin lähetti kirjeitä saarilla asuville ihmisille kysyäkseen, havaitsivatko he merenrannan läheisyydessä mitään kasvilajeja, jotka eivät kuulu saaren alkuperäiseen kasvistoon. Yllätyksekseen hän sai vastauksia, joiden mukaan jotkin kasvilajit olivat vaeltaneet tuhansien kilometrien pituisia matkoja. Brittiläiset merimiehet onnistuivat vahvistamaan, että myös eläimet siirtyivät hieman vastaavalla tavalla merien halki. Ajan yleiseen näkemykseen oli kuulunut, että eliölajit pysyivät samalla elinalueella eikä muuttoliikettä juurikaan tapahdu.
Charles Lyelliä kiehtoivat suuresti Darwinin spekulaatiot, joskaan hän ei tuntunut ymmärtävän asian todellista laajuutta. Hän huomasi myös yhtäläisyydet Darwinin teorian ja Alfred Russel Wallacen On the Law which has Regulated the Introduction of New Species -teoksessa esittämän teorian välillä. Lyell kehotti Darwinia julkaisemaan teoriansa pikimmiten, jotta hän säilyttäisi edelläkävijän aseman aiheessa. Darwin ei nähnyt Wallacessa todellista uhkaa, mutta alkoi kirjoittaa aiheesta lyhyehköä artikkelia. Tyydyttävien vastausten löytäminen vaikeisiin kysymyksiin keskeytti hänen työskentelynsä jatkuvasti. Samalla lyhyen artikkelin kirjoittaminen näytti erittäin vaikealta, joten suurehkon teoksen kirjoittaminen vaikutti paremmalta valinnalta. Toisaalta hän pelkäsi teoksen paisuvan niin suureksi, ettei kukaan jaksaisi kiinnittää siihen huomiota – saati sitten lukea sitä. Teoksen nimeksi hän kaavaili Natural Selection (suom. Luonnonvalinta).
Työssä auttoi suuresti Darwinin laaja kirjeenvaihtoverkosto, johon kuului myös Borneolla luonnontieteellisten näytteiden kerääjänä toiminut Wallace. Darwin sai Wallacelta kirjeen joulukuussa 1857. Siinä Wallace uteli Darwinilta, aikoisiko tämä tulevassa teoksessaan käsitellä ihmisen alkuperää laisinkaan. Darwin vastasi, että hän varoo koskemasta aiheeseen sitä verhoavien suurten ennakkoluulojen vuoksi. Kirjeessään Darwin rohkaisee kollegaansa teorisointiin, millä hän ilmeisesti tarkoitti rohkeaa oman ajatuksen käyttöä, vaikka ne olisivatkin yleisen käsityksen vastaisia. Darwin kuitenkin muistutti Wallacea siitä, että tulisi tutkimuksissaan menemään paljon syvemmälle kuin tämä(engl. ”I go much further than you”).
Darwin oli ehtinyt vasta puoleenväliin kirjoituksissaan, kun hän vastaanotti 18. kesäkuuta 1858 Wallacen hänelle arvioitavaksi lähettämän käsikirjoituksen luonnonvalinnasta. Darwin oli järkyttynyt. Huomion arvoista on, että vaikka teorioilla onkin keskenään useita samanlaisia piirteitä, niin joissakin kohdissa ne poikkesivat toisistaan paljonkin. Wallace esimerkiksi sekoitti moraalin osaksi luonnonvalintaa, ja hänen mukaansa yhteistyö auttoi lajeja kehittymään. Darwinin mielestä kehittymisen taustalla taas oli keskinäinen kilpailu. Samaan aikaan Darwin ja hänen perheensä olivat vaarassa, kun kylän lapsia kuoli tulirokkoon. Darwin antoi tämän vuoksi asiat Lyellin ja Hookerin kontolle. He olivat yksimielisiä siitä, että sekä Darwinin että Wallacen tekstien perusteella tulisi pitää yhteisesitys Linnean Societyssa kokouksessa 1. heinäkuuta 1858. Esitys kantoi nimeä On the Tendency of Species to form Varieties; and on the Perpetuation of Varieties and Species by Natural Means of Selection. Darwinin poika kuoli tulirokkoon, mistä järkyttyneenä hän kieltäytyi osallistumasta tilaisuuteen. Myöskään Wallace ei ollut paikalla vaan toisella puolella maapalloa eikä tiennyt tilaisuuden järjestämisestä mitään. Tilaisuudessa luettiin otteita Darwinin vuoden 1844 käsikirjoituksesta ja Darwinin kirje Asa Graylle syksyltä 1857, joissa hän hahmottelee luonnonvalintateorian, sekä Wallacen Darwinille lähettämä käsikirjoitus. Tässä tilaisuudessa kerrottiin ensi kertaa julkisesti Darwinin ja Wallacen ajatuksista luonnonvalinnasta. Tilaisuudessa tunnelma oli jännittynyt ja hiljainen. Tilaisuudessa luetut tekstit painettiin nopeasti, 20. elokuuta 1858, julkaisussa Journal of the Proceedings of the Linnean Society of London, Zoology 3.
Lajien muuntumisesta pidetty esitys sai loppujen lopuksi melko vähän huomiota osakseen. Linnean Societyn puheenjohtaja Thomas Bell, joka toimi myös 1. heinäkuuta 1858 pidetyn esitelmäkokouksen puheenjohtajana, totesi vuosiraportissaan toukokuussa 1859, "ettei menneenä vuonna ollut tapahtunut mitään suurempia tieteellisiä löydöksiä, jotka heti mullistavat, niin sanoakseni, sen tieteenalan jota ne koskevat". Dublinissa työskennellyt professori Haughton taas suhtautui uusiin ajatuksiin kriittisemmin. Hänen mukaansa Darwinin kyseisessä tekstissä ”kaikki uusi oli valetta ja se mikä oli totta, oli jo ennestään tiedossa.” Darwin ryhtyi 20. heinäkuuta 1858 kirjoittamaan lyhennelmää, "abstraktia" kuten hän sanoi, suunnittelemastaan suuresta kirjasta, mutta työntekoa häiritsi merkittävästi hänen potemansa sairaus. Tästä lyhennelmästä oli tuleva Lajien synty. Käsikirjoituksen 155 000 sanan ydin valmistui maaliskuussa 1859.  Lyell sai kustantaja John Murrayn lupautumaan julkaisemaan Darwinin käsikirjoituksen. Darwin päätti teoksen korrehtuurien oikolukemisen 1. lokakuuta 1858, alle 15 kuukautta varsinaisen kirjoitustyön aloittamisen jälkeen. 
On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or The Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life (eli The Origin of Species, suom. Lajien synty) osoittautui yllättävän suosituksi. Teosta painettiin 1 250 kappaletta ja se toimitettiin kauppoihin 22. marraskuuta 1859. Julkaisu tapahtui kaksi päivää myöhemmin, ja 15 šillingin hintaiset kirjat myytiin jo ensimmäisenä myyntipäivänä loppuun. Darwin käytti paljon tilaa teoksensa loppuosassa tekemiensä havaintojen ja päätelmiensä kuvailemiseen. Hänen tarkoituksenaan oli kumota mahdolliset vastaväitteet. Darwinin ainoa viittaus ihmisen kehitykseen teoksessa on varovainen ilmaisu ”light will be thrown on the origin of man and his history”. Jo teoksen toimituspäivänä Darwin aloitti teoksen toisen laitoksen kirjoittamisen. Joulukuun alussa Darwin sopi John Murrayn kanssa toisen laitoksen painattamisesta. Saksankielinen käännös oli myös työn alla. Toisesta laitoksesta oli tarkoitus painattaa suurempi erä, 3 000 kappaletta.
Vuoden 1859 joulukuun loppupuolella varakreivi Palmerston ehdotti kuningatar Viktorialle Darwinin lyömistä ritariksi. Ehdotus kumottiin pian esittämisen jälkeen, sillä Darwinin ajatusten kiivas vastustaja piispa Wilberforce ei halunnut Darwinin aatelointia.

Julkaisun jälkeiset reaktiot

Suuri yleisö kiinnostui Darwinin teoriasta Lajien synnyn myötä. Mielenkiintoista kuitenkin oli se, etteivät tiedepiirien ulkopuoliset tahtoneet ymmärtää ollenkaan Darwinia. He eivät ymmärtäneet kuinka luonnonvalinta oikeastaan toimii, vaan uskoivat Jumalan tekevän ”valinnat”. Tiedepiireissä sen sijaan syntyi sitä vastoin kiivas taistelu. Darwinin terveys oli tuossa vaiheessa jo niin heikko, ettei hän halunnut itse osallistua kiistoihin. Darwin seurasi silti erittäin tarkasti kiistaa leikellen talteen lehtien arvostelut, artikkelit, satiirikirjoitukset, parodiat ja pilapiirrokset. Aktiivisin teorian puolestapuhuja oli Thomas Huxley. Hän jopa osoitti ihmisen polveutuvan apinasta, mikä oli ennenkuulumatonta tuohon aikaan. Tästä syystä kriittisimmät arvostelijat keksivät nopeasti käyttää apinasta polveutumista pilapiirroksissa ja satiirisissa kirjoituksissa. Darwin ei ollut julkaisuissaan kuitenkaan väittänyt ihmisen ja apinan välillä olevan yhteyttä. 
Darwinin näytteitä tutkinut Richard Owen asettui Darwinin teoriaa vastustavien puolelle, minkä johdosta hänkin sai kritiikkiä osakseen esimerkiksi Huxleyltä. Englannin anglikaanisen kirkon tieteellisten laitosten edustajat, mukaan luettuina Darwinin Cambridgen vuosien ohjaajat Sedgwick ja Henslow, asettuivat Darwinia vastaan. Nuorempi luonnontieteilijäsukupolvi sitä vastoin suhtautui myötämielisesti Darwinin teoriaa kohtaan. Planckin periaatteen mukainen tilanne oli siis vallalla. Englannin, ja muidenkin maiden, kirkko löysi helposti puolensa darwinismin vastustajana.
Kaikkein kuuluisin väittely darwinismin – termiä käytti ensimmäisenä Huxley huhtikuussa 1860 Westminster Journal -lehdessä – ja luomisopin välillä käytiin vuonna 1860 Oxfordissa British Association for the Advancement of Sciencen kokouksessa, jonka puheenjohtajana oli John Stevens Henslow. Newyorkilainen professori John William Draper avasi tilaisuuden pitämällä pitkän luennon darwinismista ja sen mahdollisesta vaikutuksesta yhteiskunnalliseen kehitykseen. Paikalle oli kerääntynyt arviolta 700–1 000-päinen yleisö. Draperin jälkeen Samuel Wilberforce, Oxfordin piispa, aloitti oman 30-minuuttisen Darwinin vastaisen puheensa. Kesken puheen Robert FritzRoy nousi pystyyn Raamattu kädessään ja käski yleisön seurata Raamatun sanaa. 
Tunnelma alkoi kiristyä, kun molemmat puolet saivat kannattajia. Seuraavaksi Joseph Dalton Hooker hyökkäsi Wilberforcea vastaan väittäen, ettei Wilberforce ollut koskaan edes lukenut Darwinin Lajien syntyä ja että hänen tietotasonsa kasvitieteestä oli täysin olematon. Hookerin tueksi nousi Thomas Huxley, jolla oli maine ”Darwinin bulldoggina”. Keskustelun edetessä kumpikaan puoli ei tuntunut pääsevän niskan päälle. Tilaisuudessa monet saivat puheenvuoron. Se venyikin nelituntiseksi ja ilmapiiri oli hyvin jännittynyt, erään naisen tiedetään pyörtyneen kesken kaiken. Väittely eteni kuuluisaan puheenvuoroon, jossa Wilberforce tiedusteli Huxleyltä: ”Katsooko herra Huxley olevansa enemmän isoisän vai isoäidin puolelta sukua apinalle?” Saman tarinan mukaan Huxley vastasi, että hän on ”mieluummin sukua apinalle, kuin sivistyneelle miehelle, joka käyttää kulttuurilliset ja kaunopuheiset lahjansa valheen palvelemiseen.” Tällä Huxley viittasi Wilberforcen piispuuteen. Tilaisuuden loputtua molemmat osapuolet väittivät selviytyneensä voittajana.
Huxley ja muutamat muut tieteilijät ostivat tammikuussa 1861 brittiläisen tiedelehti Natural History Review`n, josta he tekivät darwinismin äänitorven. Lehden ensimmäisessä numerossa Huxley kirjoittaa ihmisen ja apinoiden samankaltaisista piirteistä. Huxley lähetti kopion numerosta Wilberforcelle ihan vain päästäkseen piikittelemään. Seuraavien kuukausien aikana Huxley käytti aikansa ”darwinistisen ilosanoman” levittämiseen työväelle. Ihmisen ja apinan sukulaisuus vetosi hyvin työväenluokkaan. Huxley vaikutti myös siihen, että naturalistit tutkivat entistä kiinnostuneempina ihmisen historiaa ja alkuperää.
Darwinin vastustus ei jäänyt vain sanallisiin väittelyihin, vaan häntä vastaan löydettiin tieteellisiä todisteitakin. Vaikuttavimmasta todisteesta vastasi brittifyysikko lordi Kelvin, jonka termodynaamiset tutkimukset osoittivat maapallon olleen jossakin vaiheessa todella kuuma paikka, niin kuuma ettei elämää voisi muodostua. Aiemmin maapallon ikää oli laskettu Raamatusta saatujen tietojen pohjalta, mutta ensi kertaa vuonna 1862 lordi Kelvin päätti laskea sen riippumatta Raamatusta. Hän nojasi edellä mainittuun tulokseen ja siihen, että Maa viilenisi hiljalleen lämmön karatessa avaruuteen. Ratkaisuksi hän sai 24–400 miljoonaa vuotta. Se poikkesi huomattavasti Raamatusta ennustetusta 6 000 vuodesta mutta tuotti ongelmia myös Darwinin teorialle, sillä tämän mukaan Maan iän pitäisi olla huomattavasti suurempi. Lordi Kelvinin laskut olivat puutteelliset, sillä hän ei huomioinut maapallon sisällä tapahtuvaa radioaktiivista hajoamista, joka tuottaa jatkuvasti uutta lämpöenergiaa. Tuohon aikaan radioaktiivisuutta ei vielä tunnettu.
Darwinia huolestutti seikka, ettei hänen evoluutioteoriaansa tukevia fossiililöytöjä ollut löydetty. Hän kuitenkin jaksoi uskoa tällaisten välimuotofossiilien vielä jonakin päivänä löytyvän. Kauan Darwinin ei tarvinnut odottaa, sillä jo vuonna 1863 löytyi Saksasta yksi Archaeopteryx-lajin fossiili ja myöhemmin löytyi vielä toinen vastaava fossiili. Näillä linnunkaltaisilla eläimillä oli tiettyjä piirteitä, joita ei löydy linnuilta mutta liskoilta kylläkin. Tällaisia piirteitä ovat esimerkiksi hampaat ja luinen häntä.
Darwinin teoria herätti vastustusta etenkin uskonnollisissa piireissä paitsi Britanniassa niin myös ympäri maailmaa. Esimerkiksi Suomessa aiheesta keskusteltiin jo vuonna 1861. Kaikissa uskonnollisissa piireissä evoluutioteoriaa tai luonnonvalintateoriaa ei hyväksytä vieläkään, mutta esimerkiksi katolisen kirkon entinen paavi Johannes Paavali II ilmoitti vuonna 1996 hyväksyvänsä evoluutioteorian pääpiirteissään selittävänä tekijänä elämän muodostumiselle Maahan.
Vaikka Darwin ei suoranaisesti osallistunut kiistoihin sairautensa takia, tuki hän omia tukijoitaan laajan kirjeenvaihtoverkostonsa kautta. Yhdysvalloissa häntä tuki esimerkiksi kasvitieteilijä Asa Gray, joka omalta osaltaan oli kehittämässä Darwinin teoriaa.

Loppuvaiheet ja kuolema

Vaikka Darwin kärsi jaksoittaisesta sairastelusta viimeiset 22 elinvuottaan, ei se estänyt häntä jatkamasta työntekoa. Hän sai valmiiksi lyhennelmän teoriastaan, mutta erimielisyydet kirjan tiimoilta eivät ottaneet laantuakseen. Väittelyissä esille nousseet kysymykset ihmisen alkuperästä ja mielen kehityksestä olivat vielä vailla vastausta. Darwin jatkoi tutkimuksiaan näiden ongelmien parissa. 
Darwinin tyttären sairastuttua hän jätti taimien ja kotieläinten tutkimukset syrjään viedäkseen tyttärensä merikylpylään tervehtymään. Siellä hän kiinnitti huomionsa kämmekkäkasveihin. Hän vietti tunteja tutkien hyönteisten pölytystä. Pian hän keksi, että vain tietyt hyönteiset suostuvat pölyttämään vain tiettyjä kämmekkäkasvilajeja. Syytä hän ei vielä keksinyt, mutta sen selvittämiseksi hän aloitti kämmekkäkasvien kasvattamisen kotipuutarhassaan. Viktoriaanisella ajalla kämmekkäkasvit olivat todellinen muotivillitys Britanniassa. Kun sana kiersi Darwinin tutkivan kämmekkäkasveja, tuli ympäri maata niin paljon näytteitä, että Darwin oli hukkua niihin. Koko aihe oli Darwinin mielestä niin lumoava, ettei hän voinut olla kirjoittamatta siitä kirjaa. Sitä ennen hänen oli kuitenkin keksittävä yhteys hyönteisten ja kämmekkäkasvien välillä. Kirja julkaistiin nimellä On the Various Contrivances by which British and Foreign Orchids are fertilized by Insects. Siinä Darwin kertoo keksineensä kukkien kauniiden värien ja pölytyksen välisen yhteyden.
Variation of Plants and Animals Under Domestication oli ensimmäinen osa Darwinin ”isoa kirjaa”, jonka ”lyhennelmä” hänen 500-sivuinen Lajien synty -teoksensa oli ollut. Se kuitenkin paisui kaksiosaiseksi, mikä pakotti Darwinin jättämään ihmisen evoluution ja seksuaalivalinnan toistaiseksi vaille käsittelyä. Darwinin kasvitieteelliset tutkimukset huipentuivat The Power of Movement in Plants -teokseen, jossa hän tutkii viiniköynnöskasvien liikettä, lihansyöjäkasveja, risti- sekä itsepölytyksen vaikutuksia kasveihin sekä kasvien kukkien eri muotojen vaihtelevuutta saman lajin sisällä.
Darwinia tukeneet radikaalit luonnontieteilijät muodostivat ryhmittymän kirkon oppeja vastaan 3. marraskuuta 1864. Ryhmittymän nimeksi tuli X Club, ja sen jäseniin kuului yhdeksän henkilöä: Joseph Hooker, Thomas Huxley, William Spottiswoode, Edward Frankland, John Tyndall, George Busk, John Lubbock ja Herbert Spencer. Darwin itse ei osallistunut liikkeen toimintaan. Vielä saman kuun lopussa Darwin palkittiin Copley-mitalilla, joka on korkea-arvoisin Royal Societyn jäsenilleen myöntämä palkinto. Mitalin myöntäminen juuri Darwinille aiheutti paljon vihantunteita varsinkin vanhemmissa jäsenissä. X Clubilla oli kuitenkin paljon vaikutusvaltaa Royal Societyssä. 
Lajien synnyn julkaisun jälkeen niin Darwinin kannattajat kuin vastustajatkin kävivät laajaa keskustelua ihmisen evoluutiosta, mutta Darwin antoi oman panoksensa keskusteluun vasta kaksiosaisen Ihmisen polveutuminen ja sukupuolivalinta -teoksen julkaisun myötä vuonna 1871. Teos myytiin nopeasti loppuun Lajien synty -teoksen tapaan, mutta se ei herättänyt enää samanlaista kritiikkiä. Teoksen toisessa osassa Darwin selvittää seksuaalivalinnan käsitteen tarkoituksen sekä sukupuolten ja ihmisrotujen väliset eroavaisuudet. Seuraavana vuonna Darwin julkaisi viimeisen pääteoksensa The Expression of the Emotions in Man and Animals, jossa hän keskittyy käsittelemään ihmisen ja eläinten psykologian evoluutiota. Darwin ajatteli, että mieli ja kulttuuri olivat sidonnaisia luonnon- ja seksuaalivalintaan. Samankaltainen lähestymistapa on herännyt uudelleen psykologian piirissä evoluutiopsykologian synnyn myötä. Viimeiseksi jääneessä teoksessaan Darwin tutkii kastematojen vaikutusta maan muokkaukseen. Hänen kastematotutkimuksensa olivat uraauurtavia, joskin osa hänen näkemyksistään voidaan nykypäivänä jo sivuuttaa. Hän havaitsi esimerkiksi, että kastemadot reagoivat valoon ja musiikkiin, vaikkei niillä ole silmiä tai korvia.
Syyskuun 7. päivänä vuonna 1881 Darwin sai valmiiksi testamenttinsa. Puoli vuotta myöhemmin se tuli pantavaksi täytäntöön, kun Darwin kuoli kotikylässään Downessa, Kentin kreivikunnassa 19. huhtikuuta 1882. Hänet aiottiin aluksi haudata Downen St Mary -hautausmaalle, mutta Darwinin työtovereiden pyynnöstä hänelle järjestettiin valtiolliset hautajaiset. Darwin haudattiin lopulta Westminster Abbeyhyn James Maxwellin, John Herschelin ja Isaac Newtonin läheisyyteen.

Yleistä

Darwin oli kookas, noin 182 cm, ja painoi Beagle-matkan jälkeen 67 kiloa. Iäkkäästä Darwinista otetuista kuvista tosin näkyy, että hän lihoi hieman. Hänen hiuksensa olivat tummanruskeat, ja otsan hiusraja oli vetäytynyt hieman taaksepäin. Pulisongit olivat sitä vastoin erittäin vahvat ja kihartuneet. Darwinin siniharmaita silmiä suojasivat paksut kulmakarvat. Iän myötä hänen hiusrajansa siirtyi entistä etäämmälle ja kasvot saivat punakan värityksen, jonka vuoksi ihmiset usein erehtyivät pitämään häntä hyväkuntoisena. Tammikuussa vuonna 1866 Darwin kasvatti pitkän vaaleanharmaan parran. Syynä oli mahdollisesti terveydentilan heikkeneminen tai muilta ihmisiltä piilottelu. Esimerkiksi yhdessä Royal Societyn tapaamisessa tuskin kukaan tunnisti Darwinia, ei edes hänen läheisin ystävänsä Joseph Hooker.
Darwinin päivärytmi oli hyvin säntillinen. Tärkein syy siihen oli se, että uudet ja yllättävät tilanteet saattoivat laukaista Darwinin poteman sairauden oireet. Darwin heräsi varhain aamulla jo ennen auringonnousua ja kävi pienellä aamukävelyllä. Sen jälkeen, noin kello 7.45–8.00 aikoihin, hän nautti kevyen aamupalan. Sitten hän syventyi työnsä ääreen ja luki saamiaan kirjeitä. Emma luki hänelle suvun lähettämät kirjeet, ja hän itse lepäili sohvalla. Emma saattoi joskus lukea aviomiehelleen myös romaania. Puoliltapäivin Darwin lähti valkoisen Polly-terrierin kanssa tunnin pituiselle lenkille. Lounaan hän söi yhdeltä, ja puoli tuntia myöhemmin hän luki sohvalla päivän lehden. Mieluisimpia hänelle olivat poliittiset uutiset. Loppupäivä kului pääosin siihen, että hän kirjoitti kirjeitä, kuunteli kun Emma luki romaania ja otti välillä päivätorkut. Tunnin tutkimusajan hän piti kello 16.30–17.30. Illalla puoli kahdeksan aikaan Darwin söi perheensä kanssa iltapalan, minkä jälkeen hän pelasi backgammonia Emma-vaimon kanssa. Hän piti kirjaa otteluista useita vuosia. Ilta päättyi puoli yhdeltätoista, jolloin hän kirjaa luettuaan meni nukkumaan.

Rasismi- ja sovinismiväitteet

Darwin vastusti ehdottomasti orjuutta, jota eurooppalaiset harjoittivat omissa siirtomaissaan. Matkustellessaan Etelä-Amerikassa hän kauhisteli siirtomaaisäntien julmuutta ja väkivaltaisuutta alueen alkuperäisväestöä kohtaan. Darwinin mielestä valkoihoisten, tummaihoisten, aasialaisten ja intiaanien välillä oli vain pieniä biologisia eroja. Toisin kuin muut aikalaisensa hän ajatteli, että poikkeamat olivat enemmän kulttuurillisia kuin biologisia. Hän ei myöskään pitänyt siitä, että ihmisrotujen piirteistä tehdään yleistyksiä. Darwin ei kuitenkaan ollut rotuegalitaristi, sillä hän kyllä jakoi ihmiset ylempiin ja alempiin rotuihin ja samaisti ”alemmat rodut” kehittyneisiin apinalajeihin. Monien muiden aikalaisten tapaan hän piti valkoihoisia kaikkein kehittyneimpänä ihmisrotuna. Teoksessa Ihmisen polveutuminen ja sukupuolivalinta Darwin kirjoitti: ”Saman rodun yksilöiden henkisten kykyjen vaihtelevuus ja erilaisuus, puhumattakaan eri rotujen välisistä vielä suuremmista eroista, on niin ilmeinen, että siihen tuskin tarvitsee puuttua.” Hän kuitenkin uskoi, että suurin osa eri rotujen välisistä älyllisistä eroista johtui sivistyksestä tai sen puutteesta. Hän puhui Euroopan kansoista ”sivistyskansoina” ja uskoi ”sivistyneiden rotujen tuhoavan ja korvaavan lähes varmasti kaikkialta maailmasta villirodut”. Darwinin mukaan mieleltään ja ruumiltaan sairaat yksilöt rappeuttavat ihmislajia, mutta hän ei missään vaiheessa tehnyt tästä johtopäätöstä, että ”heikompien” pitäisi antaa kuolla pois. Päinvastoin, Darwinin mielestä sympatian tunteminen ja toisista huolehtiminen ovat luonnon jaloimpia piirteitä, joiden rikkominen aiheuttaisi syvemmän rappeutumisen.
Kirjassaan Ihmisen polveutuminen ja sukupuolivalinta Darwin kirjoittaa, että ”mies on rohkeampi, taistelunhaluisempi ja energisempi kuin nainen, ja miehellä on enemmän luovaa nerokkuutta”. Darwin uskoi miesten olevan naisia parempia kaikilla elämän osa-alueilla: syvällisessä ajattelussa, päättelyssä ja mielikuvituksen käytössä sekä myös aistien ja käsien taitoja vaativissa tehtävissä. Darwinin mukaan voidaan myös päätellä (viitaten Francis Galtonin tutkimukseen), että ”jos miehet kykenevät tiettyyn ylemmyyteen monilla aloilla, miehen keskimääräiset henkiset kyvyt ovat naista suuremmat”. Darwinin näkemykset sukupuolieroista eivät olleet ajalleen poikkeuksellisia, vaan ne osoittavat pikemminkin Darwinin olleen aikansa lapsi. Darwin ei perustanut väitteitään tieteelliselle todistusaineistolle, vaan pikemminkin tuolloin yleisesti hyväksyttyihin väitteisiin, historian kulkuun ja järkeenkäypiin evoluutioteoreettisiin hypoteeseihin, jotka vahvistivat edellisiä. Darwin ajatteli, että naisten kilpailu älykkäimmistä miehistä oli saanut miehen älykkyyden kehittymään seksuaalivalinnan kautta ”ylivertaiseksi” naiseen nähden. Hän kuitenkin toteaa, että naiset pystyvät kaventamaan älyllistä kuilua koulutuksen avulla. Euroopan yliopistot olivat avanneet ovensa naisille vuosisadan puolessa välissä, mutta heitä oli vielä 1800-luvun lopullakin niissä melko vähän.

Uskonnolliset näkemykset

Vaikka Charles Darwinin isä, isoisä ja veli olivat vapaa-ajattelijoita, ei hän aluksi kyseenalaistanut Raamatun kertomuksia. Hän kävi anglikaanista koulua, ja myöhemmin hänen isänsä laittoi hänet opiskelemaan anglikaanista teologiaa Cambridgen yliopistoon. Darwin myös uskoi William Paleyn teleologiseen argumenttiin, jonka mukaan luonto itsessään todisti Jumalan olemassaolon. Beaglella matkatessaan Darwin alkoi kuitenkin ihmetellä, miksi Jumala oli luonut syvänmeren eliöistä niin kauniita, vaikkei kukaan ole näkemässä niitä syvyyksissä, tai miksi luonnossa oli niin paljon pahaa, esimerkiksi loispistiäisiä, jotka munivat perhosen toukkiin ja joiden toukat kuoriuduttuaan syövät perhostoukan elävältä. Tämä oli Darwinin mielestä kaukana Paleyn näkemyksestä Jumalan hyväntahtoisesta luomisesta.
Darwin luonnehtii olleensa vielä Beaglen aikana puhdasoppinen ja siteeranneensa Raamattua joidenkin moraalikysymysten auktoriteettina, mutta suhtautuneensa kuitenkin kriittisesti Vanhaan Testamenttiin.
Darwin tiesi eliölajien transmutaatiota tutkiessaan, että hänen luonnontieteilijäystävänsä ajattelivat hänen ajatustensa olevan yhteiskuntajärjestyksen horjuttamiseen pyrkivää harhaoppisuutta. Eriuskoiset ja ateistit olivat aikaisemmin käyttäneet samankaltaisia perusteluita hyökätessään anglikaanikirkon valtionkirkkoasemaa vastaan.
Darwin piti uskontoa heimojen selviämistaistelun keinona, mutta uskoi silti Jumalaan perimmäisenä lainlaatijana. Hänen uskonsa Jumalaan alkoi heiketä selvästi Annie-tyttären kuoleman jälkeen vuonna 1851. Darwin auttoi paikallista kirkkoa seurakuntatöissä, mutta meni sunnuntaisin mieluummin kävelemään kuin perheensä kanssa kirkkoon. Kun Darwinilta kysyttiin hänen uskonnollisista näkemyksistään, hän kirjoitti, ettei ollut ateisti siinä mielessä, että suoranaisesti kieltäisi Jumalan olemassaolon, vaan agnostikko kuvaisi hänen näkemystään parhaiten. 
Perinteisen näkemyksen mukaan Karl Marx ihaili Darwinin työtä ja hän halusi omistaa teoksensa Pääoma yhden osan Darwinille. Saman näkemyksen mukaan Darwin kieltäytyi kunniasta, koska vierasti juuri Marxin uskontokielteisyyttä. Tarina ei kuitenkaan pidä paikkaansa. Darwin sai kyllä Marxilta omistuksella varustetun kirjan, muttei sitä koskaan lukenut.
Elizabeth Hope väitti vuonna 1915 julkaistussa ”Lady Hopen tarinassa” Darwinin palanneen kuolinvuoteellaan entiseen uskoonsa. Darwinin lapset ja historioitsijat ovat kieltäneet tämän kuitenkin jyrkästi. Darwinin viimeisten, vaimolleen osoittamien sanojen kerrotaan olleen: ”I am not the least afraid to die.” (suom. En ollenkaan pelkää kuolemaa).

Taidemaku

Darwinin kouluaikaisesta taiteellisesta suuntautuneisuudesta ei tiedetä mitään. Ilmeisesti Darwin ei tuntenut erityistä intohimoa musiikkia kohtaan, sillä hänen ei tiedetä soittaneen mitään instrumenttia. Cambridgessa opiskellessaan hän kuitenkin kuunteli mieluusti Mozartin sinfonioita ja alkusoittoja sekä Händelin ja Beethovenin musiikkia. Hän kävi King's Collegessa kuuntelemassa kirkkokuoron laulua, vaikka kärsi sävelkuuroudesta – toisin sanoen hänelle tuotti hankaluuksia muistaa sävelmiä tai hyräillä niitä. Hänen Emma-vaimonsa oli hyvä pianisti ja soitti miehelleen usein iltaisin.
Lapsuusiästä lähtien Darwin oli intohimoinen lukija. Tämä ominaisuus näkyi läpi hänen elämänsä. Lapsuuden lempilukemistoon lukeutuivat Shakespearen historialliset näytelmät ja Horatiuksen Oodit.

Darwinin lapset

Darwinien perheeseen syntyi kymmenen lasta, joista kolme kuoli varhaisiällä. Kymmenvuotiaana menehtyneen Annen kuolemalla oli musertava vaikutus vanhempiin. Darwin oli perheelleen omistautuva isä ja suhtautui poikkeuksellisen huolehtivaisesti lapsiinsa. Hän pelkäsi lasten sairauksien johtuvan sisäsiittoisuudesta, jota hän tutki myös kirjoituksissaan, sillä olihan hän avioitunut serkkunsa kanssa. Huolimatta Darwinin peloista suurin osa eloonjääneistä lapsista kunnostautui eri aloilla.
Darwinin lapsista George toimi tähtitieteilijänä, Francis  kasvitieteilijänä ja Horace insinöörinä. Heistä kaikista tuli Royal Societyn jäseniä. Leonard puolestaan loi uran sotilaana, poliitikkona ja taloustieteilijänä. Hänet tunnetaan myös eugeniikan kannattajana ja evoluutiobiologi Ronald Fisherin mentorina.

Yleistä

Darwinin mukaan nimettiin jo hänen elinaikanaan useita maantieteellisiä paikannimiä ja eliölajeja. Esimerkiksi Beaglen kanaalin läheisen vesialueen FitzRoy nimesi Darwin Soundiksi ja Andien vuoristoon kuuluva Darwin-vuori nimettiin Darwinin mukaan hänen 25-vuotissyntymäpäivänsä kunniaksi. Beaglen saapuessa kolmannella matkallaan Australian pohjoisosiin vuonna 1839 John Lort Stokes löysi Palmerstonen kaupungin kupeesta luonnonsataman, jonka laivan kapteeni John Clements Wickham halusi nimetä Darwinin mukaan Port Darwiniksi. Kaupunki nimettiin vuonna 1911 virallisesti Darwiniksi. Siitä tehtiin Pohjoisterritorion pääkaupunki ja sinne perustettiin Charles Darwin -yliopisto sekä Charles Darwinin kansallispuisto. Cambridgeen perustettiin Darwin College vuonna 1964. Laitoksen perustaminen on kunnianosoitus koko Darwinien sukua kohtaan, mutta toisaalta osa maa-alasta oli Darwinin toisen pojan George Darwinin omistuksessa.
Parhaiten tunnettu Darwinin mukaan nimetty eliölajiryhmä on darwininsirkut eli darwininpeipot, jonka edustajia Darwin keräsi ollessaan Galápagossaarilla. Michael H. Hartin tekemälle Ihmiskunnan 100 suurinta -listalle Darwin sijoittuu sijalle 16, ja BBC:n tuottamassa 100 Greatest Britons -ohjelmassa Darwin äänestettiin neljänneksi suurimmaksi britiksi. Englannin keskuspankki Bank of England vaihtoi vuonna 2000 kymmenen punnan setelissä aiemmin kuvituksena olleen Charles Dickensin Darwiniin.
Lontoon Royal Society jakaa Darwin-mitalia.
Darwin on ollut aiheena useissa elämäkertateoksissa ja tiedenäyttelyissä. Vuonna 2009 Darwinin kunniaksi perustetaan useita näyttelyitä ja tilaisuuksia, sillä tuolloin tulee kuluneeksi 200 vuotta Darwinin syntymästä ja 150 vuotta Lajien synty -teoksen julkaisusta.