سید علی خامنه‌ای

خانواده

جد بزرگ وی سید محمد حسینی تفرشی از سلسله سادات افطسی است. شجره وی به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف علی بن الحسین، امام چهارم شیعیان، است.
پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین خامنه‌ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش از تفرش به آذربایجان هجرت کرده‌بود. سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته حوزه علمیه نجف به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه علمیه طالبیه تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است. پدر وی سید جواد خامنه‌ای زاده نجف است. وی در کودکی از نجف به تبریز آمده‌است. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه در نجف، در بازگشت به ایران در مشهد اقامت می‌گزیند و در کنار تدریس، به عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد فعالیت می‌کند. وی امام جماعت مسجد گوهرشاد نیز بود. عموی وی، سید محمد خامنه‌ای، و شوهر عمه‌اش، محمد خیابانی، از طرفداران جنبش مشروطه ایران بوده‌اند.
مادرش خدیجه میردامادی (۱۲۹۱–۱۳۶۸)، تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی دربارهٔ مادرش چنین گفته‌است: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملاً آشنا بود». او دختر هاشم میردامادی بود، که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود. سید هاشم نجفی میردامادی از مفسران قرآن و امام جماعت مسجد گوهرشاد بوده‌است، که در زمان رضا شاه به علت اعتراض به کشتار مردم در واقعه مسجد گوهرشاد، به سمنان تبعید می‌شود. به گفته علی اکبر ولایتی در دائرةالمعارف بزرگ اسلامی سلسله نسب سید علی خامنه‌ای از سوی مادر به امام جعفر صادق، پیشوای ششم شیعیان، می‌رسد. بنابر گفته برخی منابع، پدر بزرگ مادری وی، زاده و بزرگ‌شدهٔ نجف و دانش‌آموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف و نیز از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجف‌آبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. وی سالیان بسیار امام جماعت مسجد جامع گوهرشاد بود و به تفسیر قرآن اشتغال داشت و کتاب تفسیر قرآن خلاصةالبیان را نوشت. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد.
سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر به نام‌های علویه، بتول و فاطمه داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر (بدری) شد.
سید محمد، فرزند ارشد سید جواد، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بود و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. سیدهادی، برادر کوچکتر سیدعلی، نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد، که بعداً به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد. خواهر تنی او بدری همسر علی تهرانی است. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. کوچکترین برادر او، سید حسن، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت، و عضو شورای پروانه نمایش است.
سید علی خامنه‌ای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی ،مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است. بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزند محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است. هدی، همسر مصباح‌الهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است. مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده‌است. مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده‌است. میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است. به گفته احمد مروی، معاون ارتباطات حوزه‌ای دفتر سید علی خامنه‌ای، هر چهار پسر وی تحصیلات حوزوی دارند و پدر آن‌ها را از فعالیت اقتصادی منع کرده‌است. سید مصطفی به تدریس سطوح عالیه حوزوی نظیر مکاسب و کفایه در قم اشتغال دارد.

دوران کودکی و تحصیل

او از دوران کودکی در خانواده‌ای فقیر پرورش یافت. وی می‌گوید که دوران کودکی‌اش در فقر گذشت و تا چهار پنج سالگی در خانه‌ای نسبتاً کوچک در محله‌ای فقیرنشین در مشهد ساکن بود که فقط یک اتاق و یک زیرزمین داشت. بعداً جمعی از ارادتمندان به سیدجواد خامنه‌ای زمین کوچکی را در کنار آن خانه خریدند و هدیه کردند و خانه دارای سه اتاق شد.
وی تحصیل را از چهار سالگی به همراه برادر بزرگش سید محمد در مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن شروع کرد؛ و پس از مدتی دورهٔ دبستان را در نخستین مدرسهٔ اسلامی مشهد، به نام دارالتعلیم دیانتی گذراند. در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد.

تحصیلات حوزوی

هم‌زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دورهٔ دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهٔ سلیمان‌خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهٔ نواب رفت و دورهٔ سطح را در آن به پایان برد. هم‌زمان با تحصیلات حوزوی دورهٔ دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد.
پس از گذراندن دوره مقدمات، و خواندن جامع المقدمات و صرف و نحو، وارد حوزه علمیه مشهد شد و توانست تحصیلات خود در علوم دینی را در مدرسه سلیمان خان ادامه دهد و پس از رفتن به مدرسه نواب، دروس سطح را در آنجا به پایان برساند.
وی کتب ادبی از قبیل جامع المقدمات، سیوطی، مغنی را نزد مدرّسان مدرسهٔ سلیمان خان و نوّاب خواند. پدر نیز بر درس فرزندانش نظارت می‌کرد. کتاب معالم را نزد سید جلیل حسینی سیستانی در همان دوره خواند. سپس شرایع الاسلام و شرح لمعه را مشترکاً نزد پدر و آقا میرزا مدرس یزدی آموخت و رسائل و مکاسب را در حضور هاشم قزوینی. بقیهٔ دروس سطح فقه و اصول را نزد خود پدر خواند و دورهٔ مقدمات و سطح را در پنج سال و نیم به اتمام رساند. در دروس خارج فقه سید محمد هادی میلانی نیز شرکت جست.
در زمینهٔ منطق و فلسفه، کتاب منظومهٔ سبزواری را ابتدا از میرزا جوادآقا تهرانی و بعدها نزد رضا ایسی خواند.
همچنین خامنه‌ای در سال ۱۳۸۸ پیشنهاد اخذ مدرک دکترای افتخاری را که از طرف استادان و رئیس دانشگاه تهران مطرح شد را رد کرد
سیدعلی خامنه‌ای، از شاگردان سید محمدهادی میلانی بود. وی از طرف سید محمد هادی میلانی اجازه روایت نیز دریافت کرده‌است.
سید علی خامنه‌ای از سن هجده‌سالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد سید محمدهادی میلانی از مراجع وقت آغاز کرد. در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم و ابوالقاسم خویی و سید محمود حسینی شاهرودی بهره برد. او با مشاهدهٔ وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت، ولی به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت. از دیگر اساتیدی که وی توانست پس از رفتن به نجف از محضرشان استفاده کند، می‌توان به افرادی همچون میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی اشاره کرد.
پس از آن از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه مشغول شد. وی همچنین در قم نزد استادانی همچون سید محمدحسین طباطبایی، سید روح‌الله خمینی، سید محمد محقق داماد و مرتضی حائری یزدی کسب علم کرده‌است.
در سال ۱۳۴۳ یک چشم پدرش براثر بیماری آب مروارید نابینا شد. پس از آن به‌رغم علاقه‌اش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت و تا سال ۱۳۴۷، در همان‌جا درس‌آموزی خود را با شرکت در دروس استادانی چون میلانی ادامه داد. در کنار آن به کتاب‌های فقه و اصول و معارف دینی به طلاب و دانشجویان می‌آموخت.
به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن «حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای» به عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و همکارش «حجت‌الاسلام علی اکبر هاشمی رفسنجانی» را به عنوان آیت‌الله معرفی کردند. وبگاه صالحات ادعا می‌کند که اجتهاد وی در سال ۱۳۶۹ یک سال پس از درگذشت خمینی و انتصاب وی به عنوان رهبری، توسط ۷ آیت‌الله به‌طور رسمی و عمومی تأیید شد.

تدریس

سید علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در سطوح عالی یعنی رسائل، مکاسب و کفایه را انجام می‌داده‌است. وی پس از انقلاب نیز در طول دوره ریاست جمهوری‌اش درس تفسیر را ادامه می‌داد. از سال ۱۳۶۹ به این سو وی تدریس دروس خارج فقه را تا کنون ادامه داده‌است.

فعالیت‌های انقلابی

سابقه کنش‌های سیاسی وی برگرفته از سابقه خاندان اوست که زمینه‌ای سیاسی و مذهبی را فراهم ساخته بودند. اولین بارقه برای ورود وی به فعالیت سیاسی با دیدن نواب صفوی در مشهد آغاز شده‌است. سیدعلی خامنه‌ای خود را «از شاگردان فقهی، اصولی، سیاسی، انقلابی سید روح‌الله خمینی» می‌داند. گرچه اولین دیدار وی با روح‌الله خمینی در ۱۳۳۶ صورت پذیرفته اما شخصیت سیاسی روح‌الله خمینی در جریان طرح انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای سید علی هویدا می‌شود.
همان وقت جرقه‌های انگیزش انقلاب اسلامی به وسیله نوّاب صفوی در من به وجود آمد و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد.
در سال ۱۳۳۱ هنگامی که نوّاب صفوی با عدّه‌ای از فدائیان اسلام به مشهد رفته‌بود و در مدرسهٔ سلیمان خان، سخنرانی کرد در موضوع احیای اسلام و حاکمیت احکام الهی، مخالفت با شاه و انگلیس و ادعای دروغگویی آنان به ملت ایران، سید علی یکی از طلبه‌های جوان همان مدرسه بوده‌است.
علی خامنه‌ای در سال ۱۳۴۱ با پیوستن به نهضت خمینی، به مبارزه با حکومت پهلوی می‌پردازد. علی اکبر ولایتی وی را از نخستین افرادی می‌داند که قبل از قیام پانزده خرداد سال ۱۳۴۲ با خمینی همراه شده‌است.

نخستین دستگیری‌ها (ایام ۱۵ خرداد)

خامنه‌ای اولین بار در بیرجند دستگیر شد که این دستگیری منجر به ۱۰ روز بازداشت وی در بازداشتگاهی در مشهد شد. پس از اجرای همه‌پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، سید علی خامنه‌ای به همراه برادرش سید محمد، گزارشی از جانب سید هادی میلانی دربارهٔ واکنش مردم مشهد به همه‌پرسی برای خمینی می‌برد. از این پس، خمینی وظیفه رساندن پیام‌هایش به روحانیون خراسان و مردم مشهد را به خامنه‌ای محول می‌کند. وی در منابر و مجالس برخی شهرهای خراسان همچون بیرجند، دربارهٔ مسائلی همچون حادثه حمله به مدرسه فیضیه قم و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی می‌کند. به دنبال این سخنرانی‌ها وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ش توسط حکومت پهلوی بازداشت و زندانی می‌شود. با پیش آمدن حوادث ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، او را از بیرجند به مشهد آورده تحویل بازداشتگاه نظامی دادند و ۱۰ روز آنجا زندانیش کردند. وی پس از آزادی از زندان، ارتباط خود را با سید هادی میلانی حفظ کرده و راهی قم می‌شود و در آنجا فعالیت‌های سیاسی اش را ادامه می‌دهد. وی به طرفداری از سیدمحمود طالقانی، یدالله سحابی و مهدی بازرگان، که به دلیل حمایت از سید روح‌الله خمینی زندانی بودند، تلگرامی برای این افراد می‌فرستد. او طلاب خراسانی را برای اعتراض به حصر خمینی هدایت کرد و نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشت.

دومین بازداشت (سفرهای انقلابی)

بهمن ۱۳۴۲ (رمضان ۱۳۸۳ قمری) او با عده‌ای از دوستانش به کرمان رفت و پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانی و منبر و دیدار با عالمان و طلاب شهر، عازم زاهدان شد. در آن جا نیز به دلیل سخنرانی‌ها و فعالیت سیاسی بازداشت و راهی زندان قزل قلعه می‌شود. در اسفند همان سال با قرار التزام به عدم خروج از تهران آزاد می‌شود و تا زمان انقلاب ۵۷ همواره تحت کنترل نیروهای امنیتی حکومت وقت قرار دارد.

سومین و چهارمین بازداشت (کلاس‌های درس)

به دلیل کلاس‌های تفسیر و حدیث و اندیشهٔ اسلامی وی در مشهد و تهران مورد تعقیب ساواک قرار گرفت.
در پاییز سال ۱۳۴۳ پس از بازگشت به مشهد، در کنار مراقبت از پدر فعالیت سیاسی خویش را ادامه داد. در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به تبعید سید روح‌الله خمینی در ضمن نامه‌ای خطاب به امیر عباس هویدا اعتراض کرد. وی به همراه عده‌ای دیگر از حوزویان گروه یازده نفره‌ای را شکل دادند که فعالیت شان مبارزه با رژیم پهلوی بود. این تشکیلات در اواخر سال ۴۵ توسط ساواک کشف می‌شود و سید علی خامنه‌ای نیز مورد تعقیب قرار می‌گیرد. در همین دوران سید علی به ترجمه کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام می‌کند. ساواک این کتاب را توقیف می‌کند ولی سید علی را نمی‌تواند بازداشت کند. وی مدتی پس از آن امامت جماعت مسجد امیرالمؤمنین را بر عهده داشت. به دنبال دستگیری سید حسین قمی و اعتراض سید علی، ساواک در چهارده فروردین ۱۳۴۶ وی را در مراسم تشییع مجتبی قزوینی دستگیر می‌کند و در ۲۶ تیرماه آزاد می‌شود.
از نگاه ولایتی شیوه مبارزاتی سید علی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی گرایانه و مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت سید علی خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت سید روح‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند.
در نهم شهریور ۱۳۴۹ سید علی به عنوان سرپرست گروه امداد راهی مناطق زلزله زده جنوب خراسان یعنی فردوس می‌شود. وی در این مدت نیز به فعالیت تبلیغی و سیاسی خویش ادامه می‌دهد.
وی تا اواخر دوران حکومت پهلوی، به سبب ممانعتی که از خروج وی برای زیارت عتبات و دیدار با سید روح‌الله خمینی صورت گرفت از خروج از کشور ممنوع شد.

پنجمین بازداشت

وی دربارهٔ پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک می‌نویسد:
از سال ۴۸ زمینهٔ حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاه‌های جاری رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانی نمی‌تواند با افرادی از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال ۵۰ مجدداً و برای پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهای خشونت‌آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان می‌داد که دستگاه از پیوستن جریان‌های مبارزهٔ مسلحانه به کانون‌های تفکر اسلامی به‌شدت بیمناک است و نمی‌تواند بپذیرد که فعالیت‌های فکری و تبلیغاتی من در مشهد و تهران از آن جریان‌ها بیگانه و به‌کنار است. پس از آزادی، دایرهٔ درس‌های عمومی تفسیر و کلاس‌های مخفی ایدئولوژی و… گسترش بیشتری پیدا کرد.
در سال ۱۳۴۸ سخنرانی‌هایی در مسجد الجواد تهران و حسینیه ارشاد تهران به دعوت مرتضی مطهری و انجمن اسلامی مهندسین برای دانشجویان و دانش آموزان داشت. وی همچنین در بهار سال ۱۳۴۹ سلسله جلساتی را برگزار کرد که ایده مبارزاتی آن مبتنی بر تدوین جهان بینی و ایدئولوژی اسلامی بوده‌است. پس از در گذشت سید محسن حکیم و حساس شدن موضوع مرجعیت در خرداد ۱۳۴۹، سید علی خامنه‌ای تلاش بسیاری برای تحکیم مرجعیت سید روح‌الله خمینی کرد. پس از درگذشت محمد رضا سعیدی، طلاب علوم دینی تحت هدایت وی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در انتقاد از رژیم پهلوی و حمایت از سید روح‌الله خمینی پرداختند. در دوم مهر ماه ۱۳۴۹، ساواک مشهد وی را در زندان لشکر خراسان بازداشت می‌کند. وی پس از آزادی در سال ۱۳۴۹ شمسی باز هم سخنرانی‌هایی در مخالفت با رژیم در هیئت انصار الحسین تهران ایراد کرد.

بازداشت ششم (ادامهٔ درس‌ها)

به دنبال تحریم جشن‌های ۲۵۰۰ سال از سوی سید روح‌الله خمینی و تشدید مراقبت‌های امنیتی ساواک، سید علی خامنه‌ای ابتدا در مرداد ۱۳۵۰ بازداشت شد و در همان زندان لشکر خراسان زندانی شد. وی در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد. یکی در آبان ماه و دیگری در آذرماه که جرم وی اقدام علیه امنیت ملی عنوان شده‌است؛ و ی پس از آزادی باز فعالیت‌های سیاسی خودش را در پیش گرفت و جلساتی را در هیئت انصار الحسین و مسجد نارمک برگزار می‌کرد.
در خلال سال‌های ‎۱۳۵۰-۱۳۵۳ درس‌های تفسیر و ایدئولوژی سید علی خامنه‌ای در سه مسجد کرامت و امام حسن و میرزا جعفر در مشهد تشکیل می‌شد.
این فعالیت‌ها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ساواک به خانه‌اش در مشهد هجوم برده، او را دستگیر و بسیاری از یادداشت‌ها و نوشته‌هایش را ضبط کند.
در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ سید علی عازم نیشابور می‌شود و جلساتی را در مساجد شهر نیشابور برگزار می‌کند. در خرداد ۱۳۵۲ جلسات تفسیر وی توسط ساواک در مسجد امام حسن و منزل وی تعطیل می‌شود. در آذر ۱۳۵۲ به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت مشهد، فعالیت خود را در آن جا دنبال می‌کند ولی توسط ساواک بازداشت می‌شود. در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح به سخنرانی در مسجد جاوید تهران می‌پردازد. وی در دی ماه ۱۳۵۳ برای ششمین بار بازداشت می‌شود و به زندان کمیته مشترک ضد خراب کاری در تهران منتقل می‌شود. بنابر گفته وی، دشوارترین و سخت‌ترین دوران حبس همین دوران بوده‌است؛ ولی در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد می‌شود.
پس از آزادی از زندان، به مشهد برگشت و بازهم همان برنامه ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاس‌های سابق را به او ندادند.

تبعید به ایرانشهر

در اواخر سال ۱۳۵۶، نیروهای امنیتی پهلوی وی را دستگیر و به مدت ۳ سال به ایرانشهر تبعید شد. در اواسط سال ۱۳۵۷ با اوج‌گیری مبارزات انقلاب ایران، از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد بازگشت. به سبب فعالیت‌های مبارزاتی و سیاسی در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت‌وآمد قشرهای مختلف به منزل وی شدیداً نیروهای امنیتی وی را تحت نظر داشتند. به دنبال کشتار مردم در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در یزد، نامه‌ای در محکومیت این حرکت منتشر کرد که در سراسر کشور به صورت اعلامیه پخش شد.
در ۲۸ تیر ماه ۱۳۵۷ در پی اعتراض طلاب حوزه علمیه مشهد به تبعید سید علی خامنه‎ای، مأموران انتظامی این حرکت را سرکوب کردند.
به نظر ولایتی در دائرةالمعارف، فعالیت‌های انقلابی و مردمی سید علی خامنه‌ای سبب آن شده بود که محل تبعید وی به جیرفت نقل مکان پیدا کند. وی در ۲۲ مرداد به جیرفت تبعید شده‌است. وی در جیرفت نیز به فعالیت خود بر ضد رژیم ادامه داد و سخنرانی‌هایی در مسجد جامع ایراد کرد از جمله سخنرانی که در پانزدهم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت. وی علاوه بر نوشتن نامه به سید علی‌محمد دستغیب پیرامون حوادث کشور و مبارزه با رژیم پهلوی، راهکارهایی نیز ارائه می‌داد. وی در همین دوره برای فعالیت مبارزاتی علیه رژیم مخفیانه راهی کهنوج شد.
در اول مهر ۱۳۵۷ از کهنوج راهی مشهد شد و روند ساماندهی امور انقلابی و مبارزه را ادامه داد. در هنگام اقامت سید روح‌الله خمینی در فرانسه، اقامت وی را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم در دل مردم دانست و در نهایت خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی از فرانسه بود.
هنگام اقامت در مشهد فعالیت مبارزاتی وی شدت بیشتری به خود گرفت و سخنرانی‌هایی افشاگرانه را ایراد می‌نمود. سید روح‌الله خمینی نیز با وی در ارتباط بود و خواستار ملاقات با وی و آیت‌الله صدوقی شده بود. سید علی خامنه‌ای در سخنرانی که در ورزشگاه سعد آباد مشهد ایراد کرد خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی شد. به خاطر تشدید فعالیت‌های سیاسی در مشهد، قوچان، شیروان و بجنورد بار دیگر مأموران امنیتی وی را دستگیر کردند. از وی در اسناد ساواک به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده‌است. در خطبه شب عاشورا در حرم علی ابن موسی الرضا، بر خلاف سنت قبلی که دعایی برای محمد رضا پهلوی خوانده می‌شد وی خطبه را به نام سید روح‌الله خمینی خواند و تظاهرات روز عاشورا در مشهد را نیز سامان دهی کرد. وی همچنین از جمله افراد معترض و متحصن به حمله مأموران رژیم وقت به بیمارستان شاهرضای مشهد یا امام رضای کنونی بود. وی همچنین در تظاهراتی که برای همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان در جلوی جمعیت حضور داشت و سعی کرد تا از کشتار مردم در ۱۰ دی ماه ۱۳۵۷ جلوگیری به عمل آورد. در ۲۲ دی ماه ۱۳۵۷ با فرمان سید روح‌الله خمینی به عنوان یکی از اعضای شورای انقلاب اسلامی انتخاب شد لذا مشهد را ترک کرد و راهی تهران شد. وی پس از استقرار در مدرسه رفاه در آغاز پیروزی انقلابی اسلامی ایران، مسئول کمیته تبلیغات برای استقبال از سید روح‌الله خمینی بود. وی همچنین در تحصن‌ها و نشر اعلامیه و قطعنامه‌هایی که علیه بسته شدن فرودگاه توسط بختیار صورت گرفته بود نقشی بسیار پر رنگ داشت. محل این تحصن‌ها عمدتاً دانشگاه تهران بود. وی پس از آن عمدتاً مسئول کمیته دفتر تبلیغات سید روح‌الله خمینی بود و انتشار نشریه‌ای به نام امام را بر عهده گرفت و در آن نیز مقالاتی نگاشت.

شورای انقلاب

پس از انقلاب ۱۳۵۷، سید روح‌الله خمینی در ۱۵ بهمن ۱۳۵۷ مهدی بازرگان را به نخست‌وزیری دولت موقت انتقالی برگزید. پس از تسخیر سفارت آمریکا در تهران در آبان ۱۳۵۸ دولت موقت استعفا کرد.
با پذیرش این استعفا از آبان ۱۳۵۸ تا بهمن همان سال (روی‌هم‌رفته به مدت سه ماه) ادارهٔ کشور را به شورای انقلاب سپردند. در این سه ماه سید علی خامنه‌ای سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت. او سپس برای کاندیداتوری در انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.

نمایندگی مجلس ۱۳۵۹–۱۳۶۰

در اردیبهشت ۱۳۵۹ با کسب ۶۵٫۸۰ درصد از مجموع ۲٬۱۳۴٬۴۳۴ رای بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان، علی اکبر معین فر، در حوزهٔ انتخابیهٔ تهران پنجم شد و به اولین دورهٔ مجلس شورای ملی پس از انقلاب راه یافت.

ترور ناموفق

در ضبط صوتی بزرگ که بر میز سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران بمب کار گذاشتند. به واسطه نوشته داخل ضبط صوت، رهروان فرقان که بازماندهٔ گروه فرقان بودند را عامل این بمب‌گذاری دانسته‌اند، این بمب ۶ تیر ۱۳۶۰ هنگام سخنرانی او منفجر شد. البته بمب کامل عمل نکرد. امام جمعهٔ تهران و نمایندهٔ خمینی در شورای‌عالی دفاع، از این سوءقصد که ممکن بود به مرگ وی بینجامد، جان سالم به در برد ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشره در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.
احمد قدیریان این ترور را کار جواد قدیری و سازمان مجاهدین خلق می‌داند. البته گزارش روزنامهٔ کیهان در شماره فردای ترور در داخل ضبط صوت نوشته شده‌بود: «هدیهٔ گروه فرقان». اعضای گروه فرقان پس از ترورهای سال ۱۳۵۸ دستگیر و اعدام شده‌بودند اما برخی از پیروان آن‌ها گروه رهروان فرقان را تأسیس کردند و قاسم اسلامی و سید علی خامنه‌ای را ترور کردند. ایرج مصداقی عاملان ترور را ایرج افشاری و اروج امیرخان‌زاده معرفی کرده‌است. مرکز اسناد انقلاب اسلامی نیز این ترور را کار بازماندگان گروه فرقان می‌داند با این تفاوت که نام عامل اصلی را امیرمسعود تقی‌زاده می‌داند.

رهبری

پس از درگذشت خمینی، خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را به‌عهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» برگزیدند.

برگزیدگی به رهبری

پیش از درگذشت خمینی، حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده‌بود. در ۶ فروردین سال ۱۳۶۸ و همزمان با درگیری منتظری با نظام، روح‎الله خمینی وی را از این سمت عزل کرد و سپس وی نیز استعفا داد. به گفته محمدرضا مهدوی کنی در کتاب خاطراتش، مسئلهٔ قائم مقامی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود. اما به دلیل مریضی و سالخوردگی خمینی، مجلس خبرگان پیش‌دستی کرد و موضوع قائم مقامی رهبری را پیش‌بینی نمود تا اگر حادثه‌ای برای خمینی پیش بیاید کشور با خلأ روبه‌رو نشود.
پس از درگذشت روح‎الله خمینی، در ۱۵ خرداد ۱۳۶۸، مجلس خبرگان جلسه فوق العاده ای تشکیل داد. در این جلسه نخست با اکثریت مطلق آرا به استعفای حسینعلی منتظری رسمیت داده شد. سپس، در خصوص انتخاب یک مرجع تقلید بالفعل، که در آن زمان تنها گلپایگانی مطرح بود، بحث شد و توافق حاصل نگردید. نظر اکثریت آن بود که توان مدیریت سیاسی بر مرجعیت دینی اولویت دارد. قانون اساسی در آن زمان مرجعیت را از شرایط رهبری می‌دانست. خبرگان در این موضوع از شورای بازنگری قانون اساسی و استفساریه روح‎الله خمینی مبنی بر ضروری نبودن شرط مرجعیت پیروی کرد. در ادامه، موضوع شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد، که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. نهایتاً اغلب اعضا رأی به رهبری سید علی خامنه‌ای دادند، هرچند که خود وی صراحتاً مخالف بود و خود را شایسته این مقام نمی‎دانست. سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که ۷۲ درصد کل اعضا را تشکیل می‎دادند، به رهبری سید علی خامنه‌ای رای دادند. در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای‌گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت. 
در پی بازنگری قانون اساسی، در ۶ مرداد ۱۳۶۸ متن جدید از طریق همه‌پرسی به تصویب عمومی رسید و مرجعیت را از شروط رهبری حذف گردید. سپس، خبرگان رهبری مجدداً جلسه فوق العاده ای را در ۱۵ مرداد ماه آن سال تشکیل داد و با رأی موافق ۶۰ تن از ۶۴ تن از اعضای حاضر، رهبری سید علی خامنه‌ای را طبق قانون اساسی جدید مجدداً تصویب و تأیید کرد.

نقدها

انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت.
بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت. هاشمی رفسنجانی به نقل از خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.
خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:
معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند.
در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است.

سیاست خارجی و روابط دیپلماتیک

اعتقاد به لزوم گسترش روابط دیپلماتیک با شرق و غرب دارد البته آمریکا را از این موضوع استثناء می‌کند. به اعتقاد وی پس از جنگ جهانی دوم دنیا دو قطبی بود یعنی کمونیزم در مقابل سرمایه‌داری و با پیروزی انقلاب اسلامی ایران جهان سه قطبی شد چرا که ایران الگوی متفاوت از بلوک غرب و شرق مطرح می‌کرد و با فروپاشی شوروی دوباره جهان دو قطبی شده یعنی اسلام در مقابل جهان غرب و سرمایه‌داری، و به اعتقاد وی به همین دلیل غرب به مبارزه با جمهوری اسلامی ایران می‌پردازد چرا که وی الگوی قدرتمندی از یک قطب جدید در جهان ارائه می‌دهد. بر اساس گفتارهای خامنه‌ای در جمع سفرا و نمایندگان ایرانی در جهان، کتابی با عنوان راهبرد سیاست خارجی، در سال ۱۳۹۰ منتشر شد، این کتاب حاوی دیدگاه‌های خامنه‌ای در زمینه دیپلماسی هم در دوران ریاست جمهوری و هم رهبری وی می‌باشد.

عراق

برهم صالح که ۱۰ مهر ۱۳۹۷ دوره ریاست جمهوری وی در عراق شروع شد در ۲۶ آبان همان سال با سید علی خامنه‌ای در تهران دیدار کرد. در این دیدار رهبر ایران با اشاره به عزم ایران برای گسترش روابط با عراق افزود «عراقِ عزیز، قوی، مستقل و پیشرفته برای ایران بسیار مفید است و ما در کنار برادران عراقی خود خواهیم بود.» در این دیدار رئیس‌جمهور عراق نیز یادآور شد که «من با یک پیام آشکار به تهران آمده‌ام مبنی بر اینکه عوامل و عناصر پیونددهندهٔ دو ملت ایران و عراق، ریشه در تاریخ دارد و غیرقابل تغییر است.»
نخست‌وزیر عراق عادل عبدالمهدی در ۱۷ فروردین ۱۳۹۸ با رهبر ایران دیدار کرد، در این دیدار خامنه‌ای تأکید کرد که روابط ایران و عراق فراتر از دو همسایه است، چرا که دولت و ملت ایران سعادت و پیشرفت عراق را به نفع خود می‌دانند. نخست‌وزیر عراق نیز تأکید کرد که روابط عراق با ایران روابط ویژه‌ای است و عراق هیچ‌گاه به تحریم‌های آمریکا علیه ایران نخواهد پیوست.

مرجعیت

محمد یزدی، به گفته خودش، اولین شخصی بود که مرجعیت خامنه‌ای را طرح کرد چون بر اساس جلساتی که در زمان ریاست جمهوری و رهبری با وی داشت معتقد بود که وی حائز پایه علمی و قدرت استنباط و اجتهاد می‌باشد. لذا این مطلب را در خطبه‌های نماز جمعه تهران اعلام کرد. در آذر سال ۱۳۷۳، با درگذشت محمدعلی اراکی، مرجع تقلید وقت، موضوع مرجعیت تقلید بعدی مطرح شد. در این زمان برخی از علما نظیر سیدمحمود هاشمی شاهرودی، محمدعلی تسخیری، سید جلال الدین طاهری رضا استادی، سید محمدباقر حکیم حسین راستی کاشانی و هادی روحانی بر مرجعیت وی گواهی دادند. همچنین جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعه روحانیت مبارز تهران فهرستی از افراد صاحب صلاحیت برای مرجعیت را منتشر کردند که یکی از این افراد سید علی خامنه‌ای بود. 
در مقابل برخی از علما نیز وی را حائز صلاحیت مرجعیت نمی‌دانستند. در سال ۱۳۷۶، حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن انتخاب خامنه‌ای را مطرح کرد. وی به فهرست مراجع منتشر شده از سوی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بعد از فوت محمدعلی اراکی اعتراض کرد و گفت که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. احمد آذری قمی نیز با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد. مهدی خزعلی در این زمینه می‌گوید: ابوالقاسم خزعلی، پدرش، مخالف مرجعیت خامنه‌ای بود و زیر فشار دفتر رهبری از شورای نگهبان استعفا داد. به گفته وی خزعلی به فرزندانش توصیه کرده که از سید علی سیستانی تقلید کنند و این انتخاب را تضعیف رهبری ایشان می‎دانستند، چرا که حکم حکومتی رهبر بر مراجع هم نافذ است.

در رسانه

در سریال معمای شاه به کارگردانی محمدرضا ورزی در بخش‌هایی از داستان، به مبارزات سیدعلی خامنه‌ای در جریان‌های مربوط به حکومت پهلوی و انقلاب اسلامی پرداخته شده‌است. در این سریال علیرضا مهران، نقش سید علی خامنه‌ای در آن دوران را بازی می‌کند. این سریال محصول شبکهٔ یک صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران است.

انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸

سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای سخنرانی خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد.
اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.
دیری نبایست که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.
او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:
شما در زمان امام راحل عظیم الشان، رئیس شورای عالی قضائی بودید و من رئیس‌جمهور. در آن زمان که متولی قوهٔ قضائیه شما بودید به دستور رهبر فقید انقلاب، مخالفان نظام اعدام می‌شدند. اکنون من دستور نداده‌ام مخالفان نظام را اعدام کنند، آن‌ها را فقط زندانی کرده‌اند، حالا شما به این هم اعتراض می‌کنید؟!
در پی حوادث سال ۸۸ دانشگاه اسلو او را در سال ۲۰۰۹ دیکتاتور سال شناخت.
در سال ۱۳۹۰ پس از انتشار اسنادی که جزئیات آن پس از یک سال و نه ماه پس از دیداری با نمایندگان مجلس داشته‌است، به مجلس توصیه کرده‌است که قوهٔ قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آن‌ها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.

حادثهٔ کهریزک

پس از انتخابات، چند تن از دستگیرشدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجهٔ زندانیان نیز شده‌است. پس از این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.

حمله به کوی دانشگاه

در دومین حمله به کوی دانشگاه (حملهٔ نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد.
وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.

دیدگاه‌ها و ارزیابی‌ها

طبق بررسی‌های نشریهٔ فوربیس، سیدعلی خامنه‌ای هجدهمین فرد قدرتمند دنیا در سال ۲۰۱۵ و تنها فرد ایرانی است که جزو صد مرد قدرتمند دنیا قرار گرفته‌است. قبل از این، او ۲۶اُمین انسان قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و ۲۱اُمین در سال ۲۰۱۲ میلادی بوده‌است.
موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور منتشر کرد. مقاله اینچنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ سیدعلی خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود مؤسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند، در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است.
در مستندی از بزرگمهر شرف الدین در شبکه بی‌بی‌سی فارسی، آنچه خامنه‌ای را از اکثر رهبران و حاکمان تاریخ معاصر ایران متمایز کرده‌است، نگاه منطقی او به سیاست است.

اعتقاد به تئوری توطئه و روحیه ضد آمریکایی

در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، سیدعلی خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.»
سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های سید علی خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر تئوری توطئه و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود.
خامنه‌ای معتقد است که توهم توطئه، خود یک توطئه است. به عقیدهٔ خامنه‌ای انکار دشمنی‌های آشکار آمریکا با نظام و ملت ایران، توطئه‌ای است برای کاهش حساسیت‌ها در مقابل شیطان بزرگ. وی در خصوص مذاکره با آمریکا می‌گوید که بر اساس تجربه، ایالات متحده با استفاده از قدرت رسانه ای، اقتصادی و نظامی اش، کشور طرف مذاکره را وادار به پذیرش مطالبات این کشور می‌کند و در شرایطی که مطالبات خود را نقد می‌گیرد، در برابر وعده‌هایی زیبا می‌دهد که عمدتاً در عمل محقق نمی‌شود؛ بنابراین، تا زمانی که کشور تا حدی قوی نشده که در برابر فشارهای آمریکا حین مذاکرات، یارای مقاومت داشته باشد، مذاکره با آمریکا ممنوع است.

اعتقاد به مبانی سکولار در رابطه حکومت با مردم

به نظر سعید برزین، خامنه‌ای رابطه حکومت و مردم را اساساً غیر مذهبی و بر اساس یک «قرارداد اجتماعی» تعریف کرده‌است. هر چند روحانیان دست راستی در ایران قائل به چنین قراردادی نیستند.

اعتقاد به حاکمیت امر فقیه بر مردم از جهت قانونی و شرعی

سید علی خامنه‌ای، رهبر کنونی نظام جمهوری اسلامی ایران، معتقد است:
اختیارات ولی فقیه در صورت تعارض با اراده و اختیار مردم، بر اختیارات و تصمیمات مردم، مقدم و حاکم است.
او عقیده دارد در نظام «ولایت مطلقه فقیه» ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند.
از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست، بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایره این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش رود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آنرا مخالف با آنچه که او «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامند، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است:
همچنین بر حاکم مسلمین پس از عهده‌دار گردیدن وظیفه مهم رهبری واجب است، که عنداللزوم دست به اقدامات مناسب بزند و باید خواسته و صلاحدید حاکم مسلمین در مواردی که به مصالح عامه اسلام و مسلمین مربوط می‌شود، برخاسته و صلاحدید عامه مردم، مقدم گردد.
او معتقد است «ولایت مطلقه فقیه یعنی انعطاف‌پذیری دستگاه ولایت» بدین معنی که مجموعه دستگاه‌هایی که رهبری در رأس آنها قرار دارد به‌طور دائم با انتخاب آنچه درست‌تر و کامل تر است، خود را به‌طور مدام متحول کنند. او به تناقض ذاتی در فهم «دشمنان» از مفهوم ولایت فقیه اشاره داشته و گفته‌است که آنها می‌گویند «آنها می‌گویند ولایت فقیه یعنی عمل کردن به فهم فقیه عادل، درحالی که فقیهی که عادل است نمی‌تواند به میل خود عمل کند». ولی نظر سید علی خامنه‌ای در این زمینه در تناقض با نظرات حسینعلی منتظری است. به گفته حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ از مسوولان حکومتی جهت عمل نکردن به سحنان او گلایه کرد.

آزادی بیان

در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد. در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود. این طرح چندی پیش در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.
تا کنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیرشده و به زندان افتاده‌اند. مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.
خامنه‌ای تا کنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران توسط دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌شوند. بعضی مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها نورالدین کیانوری، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش مریم فیروز پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به «خانه امن» منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند.
پس از فوت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، حسینعلی منتظری که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت:
آقای خامنه‌ای شما که در شان و حد مرجعیت نیستید… محمد مؤمن (عضو شورای نگهبان) به من گفت یکی از این آقایان (نماینده سیدعلی خامنه‌ای در دفتر استفتائات) می‌رود در دفتر ایشان در قم می‌نشیند و مسائل را مطابق نظر آقای خامنه‌ای جواب می‌دهد به ایشان گفتم ایشان که رساله ندارد، شما چگونه فتوا را بر طبق نظر ایشان جواب می‌دهید؟ گفت ما روی تحریر امام [خمینی] جواب می‌دهیم! گفتم مردم آخر مسئله ایشان را می‌خواهند، گفت: می‌گویند ایشان فتوایش مثل فتوای امام است، ما روی تحریر امام جواب می‌دهیم! خوب این معنایش مبتذل کردن مرجعیت شیعه نیست؟
این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در اواسط دوره دوم دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های رسمی ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «ساده‌لوح» و عامل غرب و ضدانقلاب می‌نامیدند. حسینعلی منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری سید علی خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت.
پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سؤال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نوری‌زاد و خزعلی هر دو بارها توسط نیروهای اطلاعاتی دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار گرفتند. در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد.

فرهنگ ایرانی

سید علی خامنه‌ای، پیرامون علاقه به ایران بر این باور است که به جای تأکید بر ایران قبل اسلام، باید بر ایران بعد از اسلام تأکید شود، زیرا به عقیدهٔ او، افتخارات ایران بعد از اسلام در هیچ دوره‎ای از تاریخ ایران وجود نداشته است. او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های دیلمی، سلجوقی و صفوی با پیشرفت‌های ایران قبل اسلام، قابل مقایسه نیست.

شعر و ادبیات

خامنه‌ای تعداد زیادی رمان و شعر خوانده‌است. وی به شعر و ادبیات روسی علاقه‌مند است. میخاییل شولوخف و الکسی تولستوی از نویسندگان مورد توجه وی هستند. وی سعی داشته همه ساله گپ و گفتی دوستانه با شاعران داشته باشد، برگزاری شب شعرهای نیمه رمضان که توسط خامنه‌ای برگزار می‌شود، تبدیل به یک آیین فرهنگی شده‌است که احتمالاً حاکی از علاقه وی به شعر و ادبیات است. ولی برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که به موجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند. گاهی در این جلسات شاعرانی از تاجیکستان، هند و افغانستان نیز حضور یافته‌اند.
او از نوجوانی کتاب‌های مختلف و رمان‌های ایرانی و خارجی بسیاری مطالعه کرده‌است. و نگاه بسیار حرفه‌ای به رمان دارد.
او در هنگامی که در شهر مشهد حضور داشته در انجمن‌های ادبی حاضر می‌شده و اشعاری نیز دارد. تخلص وی در اشعاراش امین است.
او اعتقاد دارد انقلاب، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.»

موسیقی

معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است. خامنه‌ای همچون خمینی و منتظری تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. عرف عام دربارهٔ موسیقی معیاری مبهم و متغیر است. چون تأثیر یک قطعه موسیقی بر شنوندگان مختلف و حتی بر شنونده واحد همیشه ثابت و یک دست نیست. وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائه معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده که این‌گونه تفکیک نیز ناممکن است چون آنچه محتوا و شکل و در نتیجه، تأثیر یک اثر موسیقایی را تعیین می‌کند، آهنگسازان و نوازندگان هستند و نه سازها.

زنان

خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود دربارهٔ زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او دربارهٔ زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده‌است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد.
در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند. به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به‌شمار می‌رود. او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است.
ارزش راستین زن با این سنجیده می‌شود که او چه میزان محیط خانواده را برای همسر و فرزندانش همانند بهشت می‌کند.
همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و جداسازی جنسیتی می‌شود. سرکوب زنان از راه کنترل پوشش هر سال توسط گشت‌های ارشاد اعمال می‌شود و زنان ناچار به بر سر گذاشتن حجاب می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد. در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون مجله زنان بود.

انتقاد از سفرهای خارجی

او در خطبه‌های نماز عید فطر سال ۱۳۹۷ شمسی، در انتقاد از سفرهای خارجی مردم گفت:
کسانی که عادت کرده‌اند به سفرهای خارجی بروند، این سفرها را ترک کنند البته غیر از سفرهای زیارتی و حج و عتبات که مورد نظر نیست و این قدر خرج و هزینه هم ندارد و برکاتی هم دارد اما سفرهای تفریحی زائد را کنار بگذارند.

ماجرای کرخه کور

بنا بر ادعای ابوالحسن بنی‌صدر که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در جریان جنگ ایران و عراق و در نبرد کرخه کور در جبهه جنگ حضور یافته ولیکن فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است. خود خامنه‌ای در جلسه مجلس شورای اسلامی می‌گوید: «شانزدهم [دی ماه] هم تا حدود ساعت سه تا سه و نیم بعد از ظهر من بودم که آقای بنی صدر هم بود و نیروهای ما به تدریج شروع کردند به ضربت خوردن. یعنی نیروهای عراقی، نیروی کمکی بزرگی به کمکشان آمد و نیروهای ما را از پهلو مورد هدف قرار دادند که این برای ما قابل محاسبه نبود، و محاسبه نشده بود برای نیروهای ما و دستگاه اطلاعاتی ما، این بود، که نیروهای ما شروع کردند به عقب‌نشینی کردن… و همه آن ساعت بینی و بین الله تلاش می‌کردند، یعنی من آن کسانی را که مسئولان سطح بالا هستند، نظامی یا غیرنظامی نیافتم که تلاش نکنند. البته در آن ساعت که من آمدم آقای بنی صدر نبود. یا غذا می‌خورد یا نماز می‌خواند یا خوابیده بود، به هر حال نبود. یکی دو ساعتی، لکن بعد که آمدیم، ایشان بوده آنجا حدود چند ساعت هم آنجا بود و نیروهای ما وقتی منهدم شدند، ایشان آنجا بود، شاهد بود و بعداً آمده بود برای ما نقل می‌کرد. علی‌أی‌حال، در هویزه که بچه‌های ما شهید شدند، من به‌طور قطع نفی نمی‌کنم، ولی من به هیچ وجه از کسانی یک تعلل عمدی، سستی عمدی، خیانت خدای نکرده مشاهده نکردم.»
از سوی دیگر سایت مشرق نیوز ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است. همچنین سخنان خامنه‌ای علیه بنی‌صدر در مجلس نه در پاسخ نمایندگان سؤال‌کننده از وی در مورد فرار از جنگ، بلکه در جریان جلسه رای عدم کفایت در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ می‌باشد.
حسین علایی بی‌تجربگی و عدم برنامه‌ریزی درست برای رزمندگان سپاه پاسداران و نیز ناهماهنگی در عقب‌نشینی نیروها را عامل شکست می‌داند و می‌گوید: «عقب‌نشینی سریع واحدهای لشکر ۱۶ در این عملیات، آسیب روحی زیادی به رزمندگان وارد نمود و آن‌ها را دچار یأس و سردرگمی کرد.» در خاطرات علی صیاد شیرازی، فرمانده نیروی زمینی ارتش در زمان جنگ، نیز ذکر شده در سال نخست جنگ قرارگاه مشترکی برای هماهنگی نیروهای عملیاتی ارتش و سپاه وجود نداشته‌است.

ترور میکونوس

در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در آلمان، که به پرونده ترور میکونوس رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی کمیته امور ویژه جمهوری اسلامی را، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد. مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.»
پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند.
ایران نیز در پاسخ به این حرکت اتحادیه اروپا، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد. که تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت. این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت. صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابانهای آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.

بمب‌گذاری آمیا

نشریه نیویورک تایمز، مدعی است، که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایه وزارت اطلاعات ایران که درسال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب‌گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی دربارهٔ خامنه‌ای صادر نکرد
... و نیز مقامات ایرانی مدعی هستند که، تا کنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی «صهیونیستها» و «آمریکا» تلقی می‌کنند.

اینترنت و حضور در شبکه‌های اجتماعی مجازی

در دوران رهبری خامنه‌ای بر ایران، این کشور شاهد ورود فناوری‌های نوین ارتباطی همانند اینترنت بود. با اینکه جمعیت زیادی از جوانان ایران به اینترنت دسترسی دارند، خدمات اینترنت در این کشور با محدودیت‌هایی روبرو است که اغلب از سوی نهادهای مرتبط با رهبر اعمال می‌شوند. به گفته احمد علم‌الهدی، خامنه‌ای مخالف بالا بردن سرعت اینترنت در ایران است و برای مقابله با آن دستور داده‌است. با این حال دفتر خامنه‌ای در فضای مجازی فعالیت دارد و علاوه بر اداره یک سایت اینترنتی بسیار فعال و به لحاظ فنی پیشرفته، بر روی شبکه‌های اجتماعی فیس بوک، توییتر و اینستاگرام نیز حضور دارد. به باور خامنه‌ای استفاده از فیس بوک در شرایطی که موجب «مفسده، تقویت دشمنان اسلام یا خوف ارتکاب گناه» نباشد بلامانع است.

نامه‌های سرگشاده خطاب به غرب

سید علی خامنه‌ای در طی سال‌های ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۴ نامه‌هایی را برای جوانان جهان غرب و به‌طور خاص جوانان اروپا و آمریکای شمالی فرستاد. خطاب به جوانان اروپا و آمریکای شمالی و عموم جوانان در کشورهای غربی سر تیتر نامه‌های وی بودند که به ۵۲ زبان دنیا ترجمه شد.

جراحی پروستات

در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبسایت رسمی سید علی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند … رهبری پس از هفت روز درتاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شدند.» عمل جراحی پروستات رهبر ایران با موفقیت انجام شد.

تقریظ‌ها

سید علی خامنه‌ای که خود دارای تالیفاتی می‌باشد، ضمن تأکید بر ضرورت مطالعه و کتابخوانی، بر کتابهای بسیاری به ویژه کتاب‌هایی که در زمینه جنگ ایران و عراق نگاشته شده‌اند، تقریظ نوشته و آن‌ها را مورد توجه قرار داده‌است که این امر موجب معرفی این کتاب‌ها به اجتماع و بالارفتن تیراژ آن‌ها نیز شده‌است. از جمله کتاب‌هایی که مورد تمجید وی قرار گرفته و او بر آن‌ها تقریظ نوشته‌است، می‌توان به موارد ذیل اشاره کرد:
آب هرگز نمی‌میرد، همپای صاعقه، دا، تن‌تن و سندباد، جنگ پابرهنه، آن بیست و سه نفر، من زنده ام، لشکر خوبان، گلستان یازدهم، وقتی مهتاب گم شد، دختر شینا، سرباز کوچک امام، پنجره‌های تشنه، پایی که جا ماند، آتش به اختیار، از الوند تا قراویز، خاک‌های نرم کوشک، عباس دست طلا، یاور صادق، فرنگیس و کتاب‌های دیگر. وی همچنین به تقریظ یا تمجید برخی از کتاب‌های خارجی نیز پرداخته‌است، همانند "بینوایان (ویکتور هوگو)"، "مهاتما گاندی (رومن رولان)"، لذات فلسفه (ویل دورانت)، دن آرام (میخائیل شولوخوف)، و غیره.