پیشینه باشگاه فوتبال استقلال تهران (۱۳۸۰–۱۳۵۷)

تاریخ باشگاه استقلال از فاصلهٔ سال‌های ۱۳۵۷ تا پایان نخستین دورهٔ لیگ برتر فوتبال ایران در سال ۱۳۸۱ را می‌توان به نام «دوران منصور پورحیدری» یاد کرد. اگر چه دوران سرمربی‌گری پورحیدری در این سال‌ها متوالی نبوده‌است و گهگاه مربیان دیگری نیز هدایت استقلال را بر عهده داشته‌اند، با این حال نقش او در بقا و ادامهٔ فعالیت باشگاه استقلال پررنگ‌تر از دیگران بوده‌است. پس از انقلاب ایران و دگرگونی‌هایی که در ابعاد اجتماعی و فرهنگی پدید آمد، ورزش و فوتبال نیز تحولات گسترده‌ای را شاهد بود. باشگاه تاج که پیش از انقلاب دارای امکانات و زیرساخت‌های بسیاری در تهران و دیگر نقاط کشور بود، به یک‌باره تمامی امکانات خود را از دست داد و در برهه‌ای ادامهٔ حیات تیم فوتبال باشگاه نیز به مخاطره افتاد. در این میان تلاش چند تن از بازیکنان قدیمی باشگاه و رایزنی‌هایی که با مقام‌های دولت موقت داشتند، موجب شد تا اساس باشگاه از گزند فروپاشی دور بماند و بستری برای ادامهٔ کار باشگاه با نام استقلال فراهم شود. منصور پورحیدری پیش‌آهنگ ورزشکارانی بود که برای برون‌رفت باشگاه از شرایط دشوار پیش‌آمده تلاش می‌کردند. او که در سال ۱۳۵۴ پس از ۹ سال بازی برای تاج کفش‌ها را آویخته بود، تا هنگام انقلاب در تیم اصلی باشگاه دستیار مربیان بود. او تا پیش از انقلاب دو سال دستیار رایکوف، مدتی دستیار علی دانایی‌فرد و سپس دستیار ولادیمیر جکیچ بود.
پورحیدری پس از انقلاب در دوره‌های مختلف سرمربی استقلال تهران بوده‌است. او فصل ۶۹–۱۳۶۸ نخستین لیگ سراسری فوتبال ایران در سال‌های پس از انقلاب را فتح کرد و سال بعد از آن نیز دومین قهرمانی تاریخ باشگاه استقلال را در آسیا به ارمغان آورد.

۵۸–۱۳۵۷: تغییر نام به استقلال

تیم فوتبال باشگاه تاج از سال ۱۳۵۶ و پس از جدایی یا بازنشستگی بخشی از بازیکنان بزرگ خود، راه جوان‌گرایی را در پیش گرفته بود و ترکیب تیم بسیار جوان شده بود. رهبری این تیم جوان با ولادیمیر جکیچ بود و منصور پورحیدری دستیار او بود. ششمین دورهٔ جام تخت جمشید با شانزده تیم از اسفند ماه سال ۱۳۵۶ گشایش یافت و در سال ۱۳۵۷ پیگیری شد. این دوره از لیگ تخت جمشید تحت تأثیر نخستین حضور تیم ملی فوتبال ایران در جام جهانی قرار داشت. تیم ملی که ماه‌ها مشغول آماده‌سازی و بازی‌های دوستانه بود، در میانهٔ بازی‌های لیگ رهسپار آرژانتین شد. تا اواخر تابستان ۱۳۵۷ دوازده هفته از رقابت‌های لیگ برگزار شد و تاج با یک امتیاز کمتر از شهباز، صدرنشین بازی‌ها، در تعقیب این تیم بود. این دوره از لیگ تخت جمشید در شهریورماه و پیش از آن‌که به نیم‌فصل برسد، با گسترده شدن دامنهٔ انقلاب ۱۳۵۷ ایران و برقراری مقررات حکومت نظامی نیمه‌کاره رها شد. گفته می‌شود در روز ۱۷ شهریور قرار بود دیدار رفت تاج و پرسپولیس برگزار شود که دو روز پیش از این مسابقه، اعلام حکومت نظامی در دولت جعفر شریف‌امامی لیگ را به تعطیلی کشاند. این در حالی است که روز ۱۵ شهریور تیم ملی ایران در ورزشگاه آریامهر (آزادی) با تیم ملی شوروی دیدار کرده بود.
پس از پیروزی انقلاب ضد سلطنتی در ایران، باشگاه تاج از نخستین مکان‌هایی بود که توسط کمیتهٔ انقلاب تسخیر گردید. بنا به گفتهٔ منابع انقلابی، در شب یک‌شنبه ۲۲ بهمن پس از تصرف پادگان باغ شاه انقلابیون با اسلحه و مهماتی که به دست آورده بودند به سوی کاخ مرکزی باشگاه تاج راه افتادند. نگهبانان باشگاه پس از گفت‌وگو خود را تسلیم کردند و کاخ تاج به تصرف درآمد. گردانندگان باشگاه هنگام بیرون آمدن از کاخ خواستند مقداری از اشیاء باشگاه را با خود بردارند اما اعضای کمیتهٔ انقلاب ممانعت کردند. شیخان، مدیر باشگاه تاج، در این روزها دو بار با مهاجمین تماس می‌گیرد و به آن‌ها می‌گوید اگر به غذا یا چیز دیگری نیاز دارند، باشگاه برای آن‌ها تأمین می‌کند. اما آن‌ها به او می‌گویند ما به کمک امپریالیسم نیازی نداریم. انقلابیون از ساختمان مرکزی باشگاه تاج به عنوان زندان و ستاد عملیات کمیته استفاده کردند.
روز ۲۸ بهمن ۱۳۵۷ کاخ باشگاه تاج و دیگر اماکن متعلق به این باشگاه مصادره گردید و ملی اعلام شد. جلالی، مدیر داخلی ساختمان مرکزی باشگاه که پیش از انقلاب به این سمت گمارده شده بود تا چند ماه پس از انقلاب نیز به کار خود ادامه داد.
در بارهٔ هویت افرادی که طی چند ماه باشگاه را به اشغال درآورده بودند از فردی به نام میرزایی نیز نام برده شده‌است. برخی منابع از این ماجرا به عنوان تسخیر دوم باشگاه یاد کرده‌اند. علی جباری اسطوره و کاپیتان تیم فوتبال تاج که پیش از انقلاب از فوتبال خداحافظی کرده بود، در یادآوری آن روزها گفته است که میرزایی با دار و دسته‌اش وارد موزهٔ باشگاه شدند و همه جام‌ها و نشان‌هایی که آن‌جا بود را با خود بردند. جباری پس از اطلاع از این موضوع به سوی ساختمان باشگاه می‌رود اما افراد مسلحی روی دیوار نشسته بودند و نمی‌گذاشتند کسی به ساختمان نزدیک شود. پس از تصرف ساختمان مرکزی تاج دیگر اماکن متعلق به باشگاه نیز به تدریج از دست گردانندگان باشگاه خارج گردید. مکان‌های ورزشی در اختیار سازمان تربیت بدنی قرار گرفت و اماکن اداری یا خدماتی دیگر همچون فروشگاه ورزشی باشگاه به ارگان‌هایی مانند سازمان تبلیغات اسلامی واگذار گردید.

دگرگونی نام باشگاه

با وجود اشغال ساختمان مرکزی و سرقت اموال و نشان‌های باشگاه، ورزشکاران و پیشکسوتان این مجموعه تلاش داشتند تا مانع از فروپاشی باشگاه شوند. منصور پورحیدری، علی جباری و عنایت آتشی (از بسکتبال تاج) در این کار پیش‌گام بودند. حسین فکری که در دوره‌ای کوتاه در ابتدای انقلاب سرپرست سازمان تربیت بدنی شده بود، به دلیل اختلافاتی که از پیش از انقلاب با مجموعهٔ تاج داشت، روی تعطیلی باشگاه پافشاری می‌کرد. با روی کار آمدن حسین شاه‌حسینی به عنوان رئیس سازمان تربیت بدنی در دولت موقت بازرگان، ورزش کشور پس از چند ماه بی‌سامانی متولی پیدا کرد. بزرگان تاج پیش شاه‌حسینی رفتند و خواستار ادامهٔ کار باشگاه شدند. شاه‌حسینی از آن‌ها خواست چند روز صبر کنند تا تربیت بدنی مجموعه را پس بگیرد و به اعضای باشگاه بازگرداند. این چند روز به چند ماه تبدیل شد اما در نهایت مجموعهٔ کاخ تاج از دار و دستهٔ میرزایی گرفته شد و تحت سرپرستی عنایت آتشی قرار گرفت. او سه سال این پست را در اختیار داشت. تاج تا سال ۱۳۵۸ با همین نام باقی‌مانده بود. در این سال بازیکنان پیشین باشگاه به هم پیوستند تا در نخستین مسابقات فوتبال پس از انقلاب (جام شهید اسپندی) شرکت کنند. در آن‌جا برگزارکنندگان مسابقات از حضور این تیم با نام تاج جلوگیری کردند و اعلام کردند که تاج یک مجموعهٔ ورزشی مانند امجدیه است و به عنوان یک تیم ورزشی در مسابقات پذیرفته نمی‌شود. روشن بود که با دگرگونی‌های اجتماعی و سیاسی در ایران پس از انقلاب، باشگاه نمی‌تواند با نام گذشته‌اش فعالیت کند؛ بنابراین بزرگان باشگاه گردهم آمدند و مشورت کردند تا برای حفظ باشگاه، نام تازه‌ای را برای تیم انتخاب کنند. به نظر می‌رسد که از میان بازیکنان قدیمی باشگاه، کردنوری، جلالی و منصور پورحیدری بیشترین نقش را در این ماجرا داشته‌اند. در مورد این‌که نام «استقلال» پیشنهاد چه کسی بوده‌است روایت‌های گوناگونی وجود دارد. در یک روایت گفته می‌شود که عنایت آتشی که رابطهٔ نزدیکی با رئیس وقت سازمان تربیت بدنی داشت چند نام (آزادی، استقلال و...) را برای جایگزینی نام تاج پیشنهاد می‌دهد که سرانجام «استقلال» انتخاب می‌شود. با انتخاب نام «استقلال» مجوز حضور باشگاه در مسابقات پس از انقلاب صادر شد و این تیم توانست به حیات خود ادامه دهد. هر چند که ورزشگاه‌ها، زیرساخت‌ها و دیگر امکانات باشگاه مصادره گردید.
پس از تغییر نام باشگاه، عباس کردنوری مدیر باشگاه شد و تا سال‌های پایانی دههٔ ۱۳۶۰ به عنوان مدیر یا سرپرست در استقلال حضور داشت. رخداد دیگر سال ۱۳۵۸ درگذشت علی دانایی‌فرد یکی از بنیان‌گذاران باشگاه و نخستین مربی تیم فوتبال باشگاه بود. استقلال و پرسپولیس برای بزرگ‌داشت او دیداری دوستانه برگزار کردند که این بازی با هجوم تماشاگران حریف به زمین نیمه‌کاره ماند. در این سال‌ها، لیگ سراسری فوتبال ایران همچنان تعطیل بود و باشگاه‌ها در تورنمنت‌های دوستانه یا مسابقات درون‌شهری و منطقه‌ای شرکت می‌کردند. قرار بود با مدیریت ناصر نوآموز لیگ تازه‌ای با نام «لیگ انقلاب اسلامی» جایگزین لیگ تخت جمشید شود که فشردگی برنامه‌های تیم ملی ایران در بازی‌های مقدماتی المپیک ۱۹۸۰ مسکو و جام ملت‌های آسیا ۱۹۸۰ این طرح را با شکست روبه‌رو کرد. افزون بر نابه‌سامانی‌های فوتبال، شرایط پرتلاطم کشور و برخی تنگ‌نظری‌ها نیز ساماندهی کارها را دشوارتر می‌کرد. آنچنان که در این دوران گروهی بر این عقیده بودند که فوتبال یکی از نشانه‌های رژیم گذشته و نماد غرب‌زدگی است و نباید به آن پرداخت.
طی سال‌های ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۰ منصور پورحیدری و عباس رضوی به تناوب و گاهی همراه با هم، استقلال را روانه مسابقات می‌کردند و باشگاه را فعال نگاه می‌داشتند. نخستین تیم پس از انقلاب باشگاه در سال ۱۳۵۸ با هدایت مشترک منصور پورحیدری و عباس رضوی در مسابقاتی که میان باشگاه‌های شهر تهران برگزار شد به میدان رفت. سال ۱۳۵۹ نیز تیم فوتبال باشگاه در مسابقات قهرمانی باشگاه‌های تهران و جام حذفی تهران شرکت کرد. از آن‌جا که در زمان مربی‌گری جکیچ در باشگاه جوان‌گرایی شده بود، تیم فوتبال استقلال نسبت به تاج پیش از انقلاب تغییر چهرهٔ چندانی نداشت. اصغر حاجیلو، سعید مراغه‌چیان و رضا نعلچگر از جمله جوانانی بودند که از جام تخت جمشید به تیم اضافه شده بودند. همچنین جوانان کم سن و سالی هم‌چون شاهین و شاهرخ بیانی نیز از آخرین پرورش‌یافتگان تیم‌های پایهٔ تاج به تیم اصلی استقلال راه یافته بودند. در کنار این جوانان، از ستارگان مطرح و ملی‌پوش باشگاه در پیش از انقلاب نیز چند چهره مانند ایرج دانایی‌فرد، آندرانیک اسکندریان و حسن نظری که در جام جهانی آرژانتین به میدان رفته بودند، در ترکیب استقلال بودند. ناصر حجازی نیز که در سال ۱۳۵۴ تاج را به مقصد شهباز ترک کرده بود، در سال ۱۳۵۹ به خانه بازگشت.

۶۸–۱۳۵۸: بازگشت به جام باشگاه‌های تهران

در سال ۱۳۵۹ و با درگیر شدن ایران در جنگ تحمیل‌شده از سوی عراق، بیشتر توان و امکانات کشور معطوف به جنگ و پشتیبانی از جبهه‌ها شد و برگزاری مسابقات ورزشی و لیگ‌های سراسری در اولویت‌های نخست کشور نبود. ضمن این‌که درگیر شدن بخش‌های جنوبی و باختری ایران در جنگ، برگزاری لیگ سراسری را ناممکن می‌کرد. رئیس وقت سازمان تربیت بدنی در هنگام حضور تیم ملی در جام ملت‌های آسیا ۱۹۸۰ گفت که در حال حاضر مسابقه در سطح پایین را خواستاریم که برای مردم تفریح و سرگرمی باشد و نه بیشتر. به این ترتیب جام باشگاه‌های تهران که پس از برگزاری لیگ سراسری تخت جمشید در دههٔ ۱۳۵۰ به حاشیه رانده شده بود، با تعطیلی طولانی‌مدت لیگ سراسری دوباره در کانون توجه قرار گرفت و تیم‌های مطرح تهران طی یک دهه در این جام به میدان رفتند. استقلال نیز که تا پیش از آغاز لیگ سراسری فوتبال ایران، نزدیک به سه دهه از سال‌های نخست تأسیس خود را در جام باشگاه‌های تهران سپری بود، بار دیگر به مسابقات باشگاهی شهر تهران پیوست و خاطرات گذشته را برای هواداران قدیمی‌اش زنده کرد.
سال ۱۳۵۹، ۱۱۲ باشگاه تهران از دستهٔ ۱ تا دستهٔ ۴، در ۱۴ گروه به پیکار پرداختند تا تیم‌های نخست هر گروه مسابقات دستهٔ ۱ سال ۱۳۶۰ تهران را برگزار کنند. استقلال در گروه هفتم این بازی‌ها اول شد و به مسابقات ۱۴ تیمی باشگاه‌های تهران سال ۱۳۶۰ راه یافت. استقلال در این سال با ترکیبی از ستارگان پیش از انقلاب و بازیکنان جوان خود هم‌چنان تیمی پرمهره بود، اما اسیر دگرگونی‌های پیاپی شد و در پایان بازی‌ها در ردهٔ چهارم جای گرفت.
نخستین قهرمانی باشگاه با نام استقلال در سال ۱۳۶۲ با هدایت پورحیدری و سرپرستی کردنوری در جام باشگاه‌های تهران به دست آمد. این مسابقه‌ها از مرداد ۱۳۶۲ آغاز شد و در دی ماه همان سال با قهرمانی استقلال به پایان رسید. در سال ۱۳۶۳ استقلال به عنوان مدافع عنوان قهرمانی بازی‌ها را با شش برد پیاپی آغاز کرد، اما این دوره از بازی‌های باشگاه‌های تهران در پی شورش تماشاگران پرسپولیس در دیدار با پاس در ورزشگاه امجدیه، تعطیل شد و نیمه‌کاره رها گردید. لیگ باشگاه‌های تهران در سال ۱۳۶۴ برای نخستین بار در دو گروه برگزار شد. در آن سال گفته می‌شد سازهٔ ورزشگاه آزادی در ضلع غربی، جایی میان سقف طبقهٔ نخست و پی طبقهٔ دوم، دچار شکاف شده و حضور پرتعداد تماشاگران می‌تواند به رخداد ناگواری بینجامد. برگزارکنندگان می‌خواستند با قرار دادن استقلال و پرسپولیس در دو گروه جداگانه، تا جای ممکن از بازی رودرروی این دو تیم جلوگیری کنند. این اتفاق در حال شکل‌گیری بود و استقلال با دو باخت در برابر پیام و شاهین در آستانهٔ ناکامی قرار گرفته بود. اما سه برد پیاپی در برابر صدا و سیما، بانک ملی و نفت، استقلال را به عنوان تیم دوم گروه به بازی نیمه پایانی رساند. به نظر می‌رسید استقلال و پرسپولیس باید در نیمه پایانی برابر هم قرار بگیرند اما پرسپولیس به دلیل استفاده از بازیکن غیرمجاز با کسر امتیاز روبه‌رو شد و هما به جای این تیم بالا آمد. استقلال با برتری برابر هما، در فینال دوباره به دیدار شاهین رفت تا خاطرهٔ چندین دهه رقابت با شاهین در ذهن هواداران باشگاه زنده شود. دو تیم در مرحلهٔ گروهی نیز به مصاف هم رفته بودند که با پیروزی شاهین به پایان رسیده بود. در آخرین گام بازی‌ها اما استقلال توانست در ضربه‌های پنالتی رقیب قدیمی خود را از پیش رو بردارد و جام را به دست آورد.
استقلال در سال ۱۳۶۶ با رفتن حجازی، مراغه‌چیان، نعلچگر، چنگیز و شاهین بیانی، بخشی از توان خود را از دست داده بود و صلابت گذشته را نداشت. تیم منصور پورحیدری در این سال در جام باشگاه‌های تهران سوم شد و با شکست در جام‌های حذفی تهران و حذفی ایران در رقابت‌های حذفی این سال نیز ناکام ماند. هدایت استقلال را در سال ۱۳۶۷ غلام‌حسین مظلومی بر عهده داشت و محمد رنجبر ملقب به رئیس مدیر تیم فوتبال بود. در پایان آبی‌پوشان برای سومین سال پیاپی در مسابقات شهر تهران سوم شد.

۷۰–۱۳۶۸: قهرمانی در ایران و آسیا

در کنار مسابقات باشگاهی در تهران و شهرهای دیگر ایران، از تابستان سال ۱۳۶۴ لیگ استان‌ها به راه افتاد که نخستین دورهٔ آن با شرکت ۱۴ تیم از استان‌های کشور با نام لیگ قدس برگزار شد. از تهران دو تیم «تهران الف» و «تهران ب» در این مسابقه‌ها شرکت جستند. تهران الف تیمی برگزیده از گروه الف لیگ باشگاه‌های تهران در همان سال بود و از بازیکنان استقلال، شاهین و بانک ملی سازمان یافته بود. «تهران ب» هم برگزیدگان تیم‌های گروه ب جام باشگاه‌های تهران (پرسپولیس، هما، تکاور و...) بودند. در پایان لیگ استانی یکم تیم تهران الف با هدایت امیر حاج رضایی قهرمان شد. از میان بازیکنان استقلال چهره‌هایی چون اصغر حاجیلو، بهتاش فریبا، عبدالعلی چنگیز، جعفر مختاری‌فر و رضا احدی در ترکیب این تیم بودند. در دو دورهٔ بعدی لیگ قدس تیم اصفهان (دو دورهٔ پیاپی) اول شد و در دورهٔ چهارم تیم تهران الف برای بار دوم به قهرمانی رسید. در ۴ دورهٔ نخست این مسابقات تیم‌هایی با نام استان‌ها در آن حاضر می‌شدند و خبری از باشگاه‌های فوتبال نبود. اما پس از پایان جنگ و از تیر ماه ۱۳۶۸ تا خرداد ۱۳۶۹ (فصل فوتبالی ۶۹–۱۳۶۸) لیگ قدس برای نخستین بار به صورت کشوری و با حضور ۲۲ باشگاه فوتبال ایران (چهار تیم تهرانی و ۱۸ تیم شهرستانی) در دو گروه یازده تیمی برگزار شد. ۱۰ سال پس از تعطیلی جام تخت جمشید، این نخستین دیدار و رویارویی باشگاه‌های تهران با تیم‌های نام‌دار شهرستانی هم‌چون سپاهان، ملوان، تراکتورسازی و صنعت نفت آبادان بود. استقلال در گروه دوم بازی‌ها با ۶ امتیاز فاصله با تیم دارایی (بردها ۲ امتیاز داشتند) به عنوان سرگروه پای به نیمه پایانی گذاشت. در آن مرحله ملوان انزلی را در مجموع دو بازی رفت و برگشت (۰–۰ در انزلی و ۴–۰ در تهران) از پیش رو برداشت و در بازی پایانی به پرسپولیس رسید؛ روز ۴ خرداد ۱۳۶۹، سی‌ودومین شهرآورد تهران. نیمهٔ نخست این بازی با یک گل به سود پرسپولیس به پایان رسید اما در نیمهٔ دوم گل زودهنگام عباس سرخاب و گل دقیقهٔ ۷۲ صمد مرفاوی ورق را به سود استقلال برگرداند. به این ترتیب استقلال برندهٔ نخستین لیگ قهرمانی باشگاه‌های ایران پس از انقلاب شد. هدایت استقلال را در مسابقه‌های این فصل را ابتدای فصل محمد صلاحی، سپس کامبیز جمالی، و در نهایت منصور پورحیدری بر عهده داشتند.
لیگ قدس نخستین آزمون فدراسیون فوتبال ایران برای راه‌اندازی دوبارهٔ لیگ فوتبال در ایران بود. پس از پایان لیگ باشگاهی قدس در خرداد ۱۳۶۹، مسابقات لیگ سراسری در فصل ۷۰−۱۳۶۹ برگزار نشد. در عوض در استان‌های کشور مسابقه‌هایی برگزار شد تا ۱۲ تیم برتر کشور برای برگزاری دورهٔ بعدی لیگ سراسری شناخته شوند. ضمن اینکه عمده زمان تایستان سال ۱۳۶۹ را تیم ملی برای آماده‌سازی برای بازی‌های آسیایی پکن در اردو بود و مسابقات باشگاهی برگزار نمی‌شد. استقلال در این فصل در جام باشگاه‌های تهران و جام حذفی ایران به میدان رفت و در هر دو جام به نایب قهرمانی بسنده کرد. آبی‌ها در فینال نفس‌گیر جام حذفی ایران ۷۰–۱۳۶۹ در ضربه‌های پنالتی بازی را ۵–۶ به ملوان واگذار کردند. آن‌ها در جام باشگاه‌های تهران هم بدون باخت و با تفاضل دو گل کمتر از پیروزی نایب قهرمان شدند.

۸۰–۱۳۷۰: دوران جام آزادگان

دوم تیرماه ۱۳۷۰ سوت نخستین دیدار جام آزادگان به صدا درآمد. در فاصلهٔ برگزاری لیگ قدس تا شروع لیگ تازه، سربازهای ایرانی که در جنگ با عراق اسیر شده بودند به میهن بازگشتند و لیگ نوین فوتبال ایران به افتخار آن سربازها لیگ آزادگان نام گرفت. در پایان این لیگ ۱۲ تیمی، استقلال با ۳۲ امتیاز، پس از پاس ۳۴ امتیازی (بردها ۲ امتیاز داشتند) در ردهٔ دوم جدول قرار گرفت. در پایان مسابقات این سال منصور پورحیدری از استقلال جدا شد و بیژن ذوالفقارنسب هدایت استقلال را بر عهده گرفت.

ماجرای سهمیه‌بندی تیم‌های تهران

دومین دورهٔ لیگ آزادگان در سال ۱۳۷۱ با ۱۶ تیم در دو گروه ۸ تیمی برگزار شد. برنامهٔ بازی‌ها به این ترتیب بود که در پایان مسابقات گروهی دو تیم اول هر گروه به نیمه پایانی راه یابند و برندهٔ بازی‌های نیمه پایانی، در فینال سرنوشت قهرمان بازی‌ها را مشخص کنند. استقلال در گروه یک بازی‌ها قرار داشت و در پایان مرحلهٔ گروهی پس از تراکتورسازی و کشاورز در ردهٔ سوم قرار گرفت؛ بنابراین آبی‌پوشان از راه‌یابی به مرحله نیمه پایانی بازماندند و در جدول نهایی لیگ دوم آزادگان (مجموع دو گروه) در ردهٔ پنجم قرار گرفتند. اما بر اساس قوانین فدراسیون فوتبال ایران در آن هنگام، تیم‌های حاضر در لیگ آزادگان سال بعد، بدون در نظر گرفتن رتبهٔ تیم‌ها در لیگ سال قبل و از راه مسابقات استانی مشخص می‌شدند. بر اساس سهمیه‌بندی فدراسیون فوتبال، استان تهران در دورهٔ سوم جام آزادگان، همچون دورهٔ دوم، تنها ۴ سهمیه داشت. فدراسیون بلافاصله پس از پایان دومین دورهٔ لیگ آزادگان، در دی و بهمن ۱۳۷۱ تورنمنتی موسوم به سوپر جام باشگاه‌های تهران را برگزار کرد تا ۴ سهمیهٔ تهران در لیگ آزادگان سال آینده شناخته شوند. ۸ باشگاه برتر این شهر (چهار تیم استقلال، پرسپولیس، پاس و کشاورز از لیگ آزادگان به همراه سایپا، بانک تجارت، پورا و گسترش که چهار تیم برتر جام باشگاه‌های تهران بودند) در این تورنمنت به میدان رفتند. در هنگام برگزاری این بازی‌ها گفته شد که پاس و پرسپولیس (تیم‌های اول و دوم لیگ آزادگان) به‌طور خودکار در لیگ سال بعد حاضر خواهند بود؛ بنابراین تورنمنت ۸ جانبهٔ تهران به رقابت ۶ باشگاه دیگر برای کسب دو سهمیهٔ باقی‌مانده بدل شد. استقلال با ۵ تساوی و ۲ شکست در ۷ دیدار خود، در تورنمنت «سوپرجام تهران» موفقیتی کسب نکرد و از راه‌یابی به لیگ آزادگان سال آینده بازماند. در آن سال ماجرای سهمیه‌بندی تیم‌ها توسط فدراسیون فوتبال تنها به لیگ آزادگان ختم نشد. بر اساس طرح ابتکاری فدراسیون، باشگاه‌های تهران حق حضور در دستهٔ دوم فوتبال ایران را هم نداشتند؛ بنابراین ۴ باشگاه استقلال، پورا، بانک تجارت و گسترش که از لیگ آزادگان کنار گذاشته شده بودند، باید از میان جام باشگاه‌های تهران و مسابقات انتخابی موسوم به لیگ ۳ یکی را انتخاب می‌کردند. بانک تجارت به مسابقات درون‌شهری تهران بازگشت و سه تیم دیگر به لیگ ۳ مهاجرت کردند. به این ترتیب استقلال که در رده‌بندی لیگ شانزده تیمی آزادگان سال ۱۳۷۱ (مجموع دو گروه) در ردهٔ پنجم جدول قرار گرفته بود، ناگزیر شد تا سال بعد را در مسابقات انتخابی سپری کند. بسیاری از تیم‌های لیگ آزادگان فصل ۱۳۷۱ که در جدول رده‌بندی پایین‌تر از استقلال قرار گرفته بودند، در لیگ آزادگان سال آینده نیز حاضر بودند. در فصل‌های بعد سهمیه‌بندی تیم‌های تهران متوقف شد. چنان‌که پس از برگزاری دورهٔ سوم جام آزادگان با این طرح، دورهٔ چهارم لیگ آزادگان در سال ۱۳۷۳ با حضور ۲۴ تیم در دو گروه برگزار شد که تهران به تنهایی ۸ نماینده داشت.
پس از این ماجرا استقلال دست‌خوش دگرگونی شد. علی جباری پس از سال‌ها به استقلال بازگشت و سرپرستی تیم را بر عهده گرفت. بر روی نیمکت نیز یوگنی سکوموروخوف جانشین بیژن ذوالفقارنسب شد. گذشته از شرایط دشواری که به‌واسطهٔ قوانین برگزاری مسابقات به باشگاه تحمیل شده بود، استقلال با مشکلات مالی شدیدی نیز دست‌به‌گریبان بود و از نظر مالی و اقتصادی در یکی از سخت‌ترین سال‌های تاریخ خود به سر می‌برد. به گفتهٔ علی جباری باشگاه برای پرداخت ۱۵ هزار تومان در ازای ۳۰ پرس غذا برای بازیکنان خود ناتوان بود و به رستوران‌های دیگر می‌رفتند تا بهای ارزان‌تری را بپردازند. قرارداد بازیکنان استقلال در آن فصل ۳ میلیون تومان پیش‌پرداخت و ماهیانه ۱۸ هزار تومان بود که البته تنها شامل بازیکنان ملی‌پوش می‌شد و سایرین دست‌مزد کمتری می‌گرفتند. در این شرایط، استقلال با همه بزرگان خود جام آزادگان را ترک کرد و سال ۱۳۷۲ را در مسابقات انتخابی موسوم به لیگ ۳ گذراند. از استقلالی که دو سال پیاپی به عنوان‌های قهرمانی و نایب قهرمانی در آسیا رسیده بود، چهره‌هایی چون حمید بابازاده، احمدرضا عابدزاده، شاهین بیانی، عباس سرخاب، عبدالصمد مرفاوی و امیر قلعه‌نویی هم‌چنان در ترکیب استقلال حضور داشتند. جعفر مختاری‌فر و جواد زرینچه هم پس از یک فصل دوری به خانه بازگشتند و جوانانی چون محمود فکری، کورش تشت‌زر و محمدرضا مهران‌پور نیز به آبی‌ها پیوستند. این تیم استقلال در سال ۱۳۷۲ کار دشواری را پیش رو نداشت و با پشت سر گذاشتن همهٔ حریفان به عنوان تیم اول مسابقات انتخابی به لیگ آزادگان بازگشت. پس از این مسابقات سکوموروخوف از استقلال جدا شد و هدایت تیم تا مدتی بر عهدهٔ رضا نعلچگر بود. استقلال با هدایت نعلچگر در سال ۱۳۷۳ فاتح سوپر جام باشگاه‌های تهران شد. همچنین استقلال در فاصلهٔ یک سالهٔ دوری از لیگ آزادگان در مسابقات جام حذفی، جام نقش جهان اصفهان و بازی‌های دوستانه با تیم‌های خارجی حضور پیدا کرد. در سال ۱۳۷۳ فدراسیون فوتبال برای جلوگیری از اتفاقات سال گذشته، شکل برگزاری مسابقات را بار دیگر دگرگون کرد و تعداد تیم‌های شرکت‌کننده را افزایش داد. هر چند که استقلال به دلیل کامیابی در مسابقات انتخابی سال گذشته و نیز قهرمانی در جام برتر تهران، بدون نیاز به این تغییرات حضور خود را در لیگ آزادگان قطعی کرده بود.
چهارمین دورهٔ لیگ آزادگان از خرداد تا دی ۱۳۷۳ با حضور ۲۴ تیم در دو گروه ۱۲ تیمی برگزار شد. استقلال که در دورهٔ گذشتهٔ لیگ حضور نداشت، بلافاصله پس از بازگشت به لیگ آزادگان تا فینال بازی‌ها پیش رفت، اما در گام آخر با تیمی تضعیف‌شده (به‌واسطهٔ محرومیت‌ها) پای به فینال مسابقات گذاشت و در پایان به نایب قهرمانی رسید. در آن فصل آبی‌ها در مجموع دو بازی رفت و برگشت در نیمه‌نهایی لیگ آزادگان پرسپولیس را از پیش رو برداشتند. دیدار نخست که در روز ۳۰ دی ۱۳۷۳ برگزار شد، یکی از جنجال‌برانگیزترین شهرآوردهای تهران بوده‌است. استقلال در این بازی تا دقیقه ۸۰ با دو گل از حریف عقب بود اما طی ۶ دقیقه با گل‌های صادق ورمزیار و ادموند اختر موفق شد تا بازی را برابر کند. پس از گل تساوی، امیر قلعه‌نویی از استقلال و مجتبی محرمی از پرسپولیس با یک‌دیگر درگیر شدند و در ادامه تماشاگران به زمین چمن هجوم آوردند. بازی ناتمام رها شد و فدراسیون فوتبال پس از بازبینی مسابقه، استقلال را ۳−۰ برنده اعلام کرد. شماری از بازیکنان دو تیم با محرومیت‌های بلندمدت روبه‌رو شدند و تماشاگران تهرانی نیز از دیدن بازی برگشت دو تیم محروم شدند. بازی برگشت در شهر بندرعباس برگزار گردید که بدون حادثه و رد و بدل شدن گل به پایان رسید.
استقلال در فینال بدون بازیکنان محروم خود (قلعه‌نویی، ورمزیار، فکری و غفوری‌های اصل) برابر سایپا قرار گرفت و با یک گل بازی را واگذار کرد.
در طول این فصل نیمکت تیم چند بار دست‌خوش دگرگونی شد. استقلال این مسابقات را با رضا نعلچگر آغاز کرد اما در ادامه لئونید بیلفسکی جایگزین او شد. در میانه بازی‌های لیگ نیز نصرالله عبداللهی با کمک بهتاش فریبا هدایت استقلال را به دست گرفت و تیم را تا آستانهٔ قهرمانی پیش برد.
دگرگونی‌ها در استقلال همچنان ادامه داشت و در آغاز فصل بعد بار دیگر منصور پورحیدری به جای عبداللهی هدایت استقلال را بر عهده گرفت. لیگ پنجم آزادگان از اردیبهشت تا بهمن ۱۳۷۴ برگزار شد که در پایان استقلال در جایگاه سوم قرار گرفت. ستارهٔ آبی‌پوشان در این فصل علی‌رضا منصوریان بود که از پارس خودرو به استقلال آمده بود. استقلال سپس در مسابقات حذفی کشور با پیروزی برابر تیم برق شیراز در فینال بازی‌ها، برای دومین بار و پس از ۱۹ سال قهرمان جام حذفی ایران شد. قهرمانی نخست استقلال در فصل ۵۶−۱۳۵۵ به دست آمده بود و پس از آن با وقوع انقلاب، جام حذفی کشور برای ۱۰ سال برگزار نشده بود.

بازگشت ناصر حجازی

در دورهٔ بعدی لیگ آزادگان که از تیر ۱۳۷۵ تا تیر ۱۳۷۶ و به مدت یک سال به درازا کشید، استقلال در ردهٔ ششم قرار گرفت که بدترین رتبهٔ این باشگاه در لیگ آزادگان تا آن هنگام بود. در نیم‌فصل نخست این مسابقات شکست ۰−۱ استقلال در برابر پرسپولیس که پس از ۷ سال شکست‌ناپذیری در شهرآورد تهران رقم خورد، پیامدهای بسیاری به همراه داشت. در پاییز ۱۳۷۵ علی فتح‌الله‌زاده مدیر باشگاه استقلال شد. او ناصر حجازی را به سرمربی‌گری منصوب کرد. با این حال استقلال که با مشکلات مالی فراوانی روبه‌رو بود، در ادامهٔ فصل نیز نمایش مطلوبی نداشت. در رقابت‌های آسیایی نیز استقلال پس از راه‌یابی به جمع چهار تیم برتر جام برندگان جام آسیا، در دیدار نیمه‌نهایی در ریاض عربستان برابر الهلال به میدان رفت که پس از تساوی ۰−۰ در پایان ۱۲۰ دقیقه وقت‌های معمول و اضافه، در ضربه‌های پنالتی با نتیجهٔ ۴−۵ بازی را واگذار کرد.
لیگ هفتم آزادگان از تیر ۱۳۷۶ با ۱۶ تیم آغاز شد اما به دلیل بی‌برنامگی‌ها با ۱۵ تیم به پایان رسید. در این فصل به دلیل درگیر بودن تیم ملی فوتبال ایران در بازی‌های مقدماتی جام جهانی ۱۹۹۸ فرانسه روند برگزاری بازی‌ها به کندی پیش رفت و ۱۳ ماه به طول انجامید. در میانهٔ بازی‌ها نیز تیم پرسپولیس به دلیل حضور بازیکنان‌اش در اردوی تیم ملی از لیگ آزادگان کنار کشید. ناصر حجازی در این فصل ترکیب استقلال را جوان‌تر کرد. بازیکنانی چون فرهاد مجیدی، علی‌رضا اکبرپور، سرژیک تیموریان، فرد ملکیان و... به تیم اضافه شدند و استقلال چهره‌ای جوان‌تر به خود گرفت. در این فصل امیر قلعه‌نویی پس از خداحافظی از فوتبال و آویختن کفش‌ها، به عنوان دستیار ناصر حجازی بر روی نیمکت استقلال نشست. در پایان این لیگ طولانی استقلال با ۱۷ برد، ۹ مساوی و ۲ باخت، جام قهرمان دورهٔ هفتم لیگ آزادگان را از آن خود کرد.
فصل بعد، فصل نایب قهرمانی‌های پیاپی برای استقلال بود. استقلال در این فصل در سه جبهه جام آزادگان، جام حذفی و جام باشگاه‌های آسیا به میدان رفت. در آذر ماه ۱۳۷۷ قلعه‌نویی از کادر فنی استقلال کناره‌گیری کرد و حجازی با اصغر حاجیلو کار را ادامه داد. آبی‌ها در جام باشگاه‌های آسیا نمایش درخشانی داشتند و توانستند برای چهارمین بار در تاریخ خود به فینال رقابت‌های آسیایی راه پیدا کنند. آن‌ها ابتدا تیم نیروی هوایی عراق را در دو بازی رفت و برگشت ۳−۱ از پیش رو برداشتند. در مرحله یک‌چهارم نهایی که به صورت گروهی و در امارات برگزار گردید، استقلال در برابر الهلال عربستان و العین امارات کار دشواری نداشت اما بر خلاف انتظار بازی را به تیم ناشناختهٔ کوپتداگ ترکمنستان واگذار کرد. دور نهایی مسابقات در اردی‌بهشت ۱۳۷۸ به میزبانی استقلال در تهران برگزار شد. استقلال در نیمه نهایی به دیدار دالیان چین رفت. یک دیدار مهیج و نفس‌گیر که طی آن چند بار پیروزی دست‌به‌دست شد اما سرانجام با گل طلایی دقیقهٔ ۱۰۷ علی موسوی استقلال راهی فینال شد. روز ۱۰ اردی‌بهشت ۱۳۷۸ استقلال در حضور بیش از یک‌صد هزار هوادار خود پای به چهارمین فینال آسیایی گذاشت؛ پیش از این بازی حاشیه‌هایی در اردوی تیم به وجود آمده بود و ناصر حجازی به همین دلیل محمدعلی یحیوی را جایگزین پرویز برومند در دروازهٔ تیم کرده بود. جوبیلو ایواتا در این بازی با دو گل مشابه در دقایق ۳۴ و ۴۵ از روی دو ارسال بلند و دو ضربهٔ سر، در میان ناباوری ۲−۰ جلو افتاد. استقلال در دقیقهٔ ۶۵ با شوت سیروس دین‌محمدی یکی از گل‌ها را پاسخ داد، اما درخشش تاماکی اوگامی دروازه‌بان جوبیلو ایواتا مانع از به ثمر رسیدن گل تساوی شد. بازی با نتیجهٔ ۲ بر ۱ به سود ژاپنی‌ها به پایان رسید و استقلال به نایب قهرمانی آسیا بسنده کرد. در روزهای بعد روزنامه‌ها به حاشیه‌هایی که در آستانهٔ فینال ایجاد شده بود پرداختند و افزون بر آن، برنامهٔ نقل و انتقالات باشگاه را نیز در این ناکامی تأثیرگذار دانستند. پیش از این بازی‌ها بازیکنانی چون علی‌رضا منصوریان، مهدی پاشازاده، سرژیک تیموریان، داریوش یزدانی و... از استقلال جدا شده بودند. این انتقال‌ها از نظر مالی برای باشگاه سودآور بود اما قدرت تیم را کاهش می‌داد.
حاشیه‌ها در ادامهٔ فصل نیز به تیم آسیب زد و چند روز پیش از پایان لیگ، باعث جدا شدن ناصر حجازی از استقلال شد. به‌طور مشخص، بازی با سایپا در روز ۱۹ اردی‌بهشت ۱۳۷۸ نقطهٔ اوج حاشیه‌ها و دسته‌بندی‌های درون تیم بود. در این بازی استقلال تا دقیقهٔ ۶۱ با نتیجهٔ ۳−۱ از حریف پیش بود، اما در ادامه با پذیرفتن سه گل بازی را ۳−۴ واگذار کرد و جای خود را نیز در ردهٔ سوم جدول به تیم سایپا داد. پس از این بازی فتح‌الله‌زاده با اشارهٔ تلویحی به اختلاف‌ها میان برخی بازیکنان و ناصر حجازی، کادر فنی تیم را برکنار کرد و جواد زرینچه کاپیتان تیم را به عنوان مربی موقت باشگاه منصوب کرد. استقلال لیگ هشتم آزادگان را با زرینچه به پایان رساند و به نایب قهرمانی رسید. پس از آن سکوموروخوف پس از شش سال بار دیگر برای هدایت باشگاه برگزیده شد و منصور پورحیدری که در آن هنگام سرمربی تیم ملی فوتبال ایران بود، مدیر فنی استقلال شد. سکوموروخوف چند روز پس از ورود به ایران با استقلال وارد مسابقات جام حذفی شد اما در دیدار پایانی برابر پرسپولیس تن به شکست ۱−۲ داد.
نهمین دورهٔ لیگ آزادگان از مرداد ۱۳۷۸ تا اردی‌بهشت ۱۳۷۹ با شرکت ۱۴ تیم برگزار گردید و استقلال در پایان فصل در ردهٔ دوم جدول مسابقات ایستاد. سکوموروخوف با کمک رضا نعلچگر تا میانه‌های فصل هدایت استقلال را بر عهده داشت. اما پس از حذف از مسابقات جام برندگان جام آسیا و کسب نتایج نامطلوب در لیگ، در اسفند ۱۳۷۸ منصور پورحیدری هم‌زمان با سرمربی‌گری در تیم ملی، سکان هدایت باشگاه استقلال را هم به دست گرفت. چند روز بعد و با شکست استقلال در شهرآورد تهران، پورحیدری از تیم ملی جدا شد و به‌طور تمام‌وقت مربی‌گری تیم استقلال را بر عهده گرفت. آبی‌پوشان که جام آزادگان را از دست رفته می‌دیدند، از اردی‌بهشت ۱۳۷۹ تلاش خود را در جام حذفی ادامه دادند. آن‌ها که در دور اول مسابقات حذفی مس کرمان را از پیش رو برداشته بودند، با پشت سر گذاشتن تیم‌های کشاورز، ایرسوتر و سایپا به فینال مسابقات راه یافتند. فینال بازی‌ها در روز ۲۷ خرداد ۱۳۷۹ برگزار شد و با برتری ۳−۱ استقلال برابر بهمن کرج به پایان رسید. این سومین قهرمانی استقلال در جام حذفی فوتبال ایران بود.

قهرمانی در آخرین دورهٔ جام آزادگان

در فصل ۸۰−۱۳۷۹ استقلال در سیستم فروش بازیکنان خود تجدید نظر کرد. پس از حضور تیم ملی فوتبال ایران در جام جهانی ۱۹۹۸ فرانسه، روند انتقال بازیکنان ایرانی به لیگ‌های اروپایی آغاز شده بود و طی چند فصل، بازیکنانی چون علی‌رضا منصوریان، علی موسوی، فرهاد مجیدی، مهدی پاشازاده، سرژیک تیموریان، سیروس دین‌محمدی و... از استقلال جدا شده بودند. رفتن بازیکنان کارآمد و پر نشدن جای آن‌ها با بازیکنان هم‌تراز، موجب ناکامی استقلال در میدان‌ها داخلی شده بود. در بهار سال ۱۳۷۹ علی فتح‌الله‌زاده مدیر باشگاه اعلام کرد که هدف استقلال قهرمانی در آخرین دورهٔ لیگ آزادگان است و به همین دلیل، دیگر بازیکنان اصلی باشگاه فروخته نخواهند شد. استقلال در بهار و تابستان ۱۳۷۹ علی سامره، یدالله اکبری و فرزاد مجیدی را به خدمت گرفت و سیروس دین‌محمدی و فرهاد مجیدی نیز برای همراهی استقلال از اروپا به ایران فراخوانده شدند. پُرسروصداترین انتقال اما انتقال مهدی هاشمی‌نسب از پرسپولیس به استقلال بود.
دهمین دورهٔ لیگ آزادگان از مرداد ۱۳۷۹ آغاز شد و در فروردین ۱۳۸۰ به پایان رسید. این آخرین فصلی بود که مسابقات لیگ دستهٔ یک (جام آزادگان) بالاترین سطح مسابقات فوتبال ایران را به خود اختصاص می‌داد و از فصل بعد لیگ برتر فوتبال ایران در سطحی بالاتر از جام آزادگان برگزار گردید. فدراسیون فوتبال ایران به منظور زمینه‌سازی برای ایجاد لیگ حرفه‌ای، تعداد تیم‌های حاضر در لیگ آزادگان را در دوره‌های نهم و دهم کاهش داد تا جایی که تعداد تیم‌های حاضر در لیگ آزادگان در این فصل به ۱۲ تیم رسید و مسابقات در ۲۲ هفته برگزار گردید. استقلال با هدایت منصور پورحیدری و با دگرگونی در آرایش بازیکنان‌اش، تیم نیرومندی شد و با ۱۵ برد از ۲۲ بازی، به‌آسانی جام قهرمانی را تصاحب کرد. زد و خورد بازیکنان در شهرآورد دور رفت لیگ آزادگان، از رویدادهای این فصل بود. در این بازی مهدی هاشمی‌نسب در پیشانی خط حملهٔ استقلال قرار گرفته بود و گل دقیقهٔ ۸۵ او تنش‌ها را افزایش داد. از استقلال پرویز برومند و محمد نوازی در متن این درگیری‌ها بودند و با محرومیت روبه‌رو شدند. استقلال در جام حذفی این فصل با تیم امید خود شرکت کرد. تیم امید استقلال تا مرحلهٔ نیمه‌نهایی مسابقات بالا آمد و در آن‌جا با شکست ۲−۳ در مجموع دو بازی رفت و برگشت برابر فجر سپاسی شیراز، از رسیدن به سومین فینال پیاپی جام حذفی بازماند.