Euroopa Komisjon

Ajalugu

Euroopa Komisjon on välja kasvanud 1951. aastal asutatud Euroopa Söe- ja Teraseühenduse Ülemametist ehk ühest viiest põhiinstitutsioonist, mis loodi Prantsusmaa välisministri Robert Schumani 9. mail 1950 tehtud ettepaneku alusel moodustatud Euroopa ühenduste tarbeks. Komisjoni koosseis ja võimupiirid on eri presidentide all läbi aegade oluliselt muutunud.

Asutamine

Komisjoni eelkäijaks võib pidada 1951. aastal loodud Euroopa Söe- ja Teraseühenduse üheksaliikmelist Ülemametit, mille esimeseks presidendiks sai Jean Monnet. Ülemamet oli uue riikideülese organisatsiooni täitevorgan. Selle liikmed astusid ametisse 10. augustil 1952 Luxembourgis. 1958. aastal asutati Rooma lepingutega Euroopa Söe- ja Teraseühenduse kõrvale veel kaks organisatsiooni: Euroopa Majandusühendus ja Euroopa Aatomienergiaühendus. Nende täitevorganeid ei nimetatud enam ülemametiks, vaid komisjoniks. Nimemuutuse tingis täitevorganite teistsugune suhe nende organisatsioonide nõukogudega. Mitmed väiksemad liikmesriigid ei olnud rahul Ülemameti laialdaste võimupiiridega ja soovisid täidesaatva organi võimu kärpida, andes uutes organisatsioonides suurema otsustusõiguse nõukogudele. Nii kujutas uus struktuur endast kompromissi liikmesriikide soovide ja senise struktuuri vahel.
Walter Hallsteini juhitud Euroopa Majandusühenduse Komisjon kohtus esimest korda ametlikult 16. jaanuaril 1958 Brüsseli Château de Val-Duchesse'i palees. Komisjoni töö kulges edukalt: esimesel kohtumisel saavutati kokkulepe teraviljahindade osas, esimesel suuremal rahvusvahelisel üritusel, Üldise Tolli- ja Kaubanduskokkuleppe kuuendal istungjärgul (1964–1967) suudeti avaldada soodsat muljet kolmandate riikide esindajatele. Hallsteini komisjon alustas Euroopa Liidu õiguse koostamist ja hakkas esmakordselt avaldama mõju riikide seadusloomele. Esialgu pöörati tema administratsioonile vähe tähelepanu, kuid Euroopa Kohtu abil hakkas ta ennast kehtestama. Järgmistesse komisjoni koosseisudesse suhtusid riigid juba tõsisemalt. 1965. aastal tõid kasvavad vastuolud Prantsusmaa ja teiste liikmesriikide vahel (Suurbritannia liitumise, Euroopa Parlamendi otsevalimiste, Fouchet' plaani ja Euroopa Majandusühenduse eelarve küsimustes) kaasa niinimetatud tühja tooli kriisi, mis vallandus lõplikult seoses Euroopa ühtse põllumajanduspoliitikaga. Kuigi institutsionaalne kriis leidis järgmisel aastal lahenduse, läks see maksma ametikoha nii Aatomienergiaühenduse komisjoni esimehele Etienne Hirschile kui ka Majandusühenduse komisjoni esimehele Walter Hallsteinile, keda on tagantjärele peetud Euroopa Komisjoni kõige dünaamilisemaks juhiks enne Jacques Delors'i.

Varane ajalugu

Kolm täitevorganit eksisteerisid kõrvuti kuni 1. juulini 1967, mil need liitusid vastavalt 1965. aastal allkirjastatud Brüsseli lepingule üheks institutsiooniks president Jean Rey' juhtimise all. Ühinemise tulemusel tõusis Rey' komisjoni liikmete arv ajutiselt 14 inimeseni, kuid komisjoni järgmised koosseisud olid taas üheksaliikmelised, lähtudes valemist, et väiksematele liikmesriikidele oli ette nähtud 1 ja suurematele liikmesriikidele 2 esindajat. Rey' komisjon viis 1968. aastal lõpule tolliliidu loomise ning toetas jõuliselt Euroopa Parlamendi otsevalimisi ja laiemaid volitusi. Kuigi ametlikult oli esimene ühendatud komisjoni president Rey, loetakse tänase Euroopa Komisjoni presidente siiski alates Walter Hallsteinist.
Malfatti komisjon (1970–1972) ja Mansholti komisjon (1972–1973) jätkasid rahanduskoostöö edendamist ning viisid 1973. aastal läbi Euroopa Majandusühenduse esimese laienemise põhja suunas. Selle laienemise tulemusel suurenes komisjoni liikmete arv Ortoli komisjoni ametiajal (1973–1977) 13 volinikuni (uutest liikmetest sai Suurbritannia suurriigina kaks volinikku). See komisjon seisis silmitsi 1970. aastate keskpaiga majandusliku ja geopoliitilise ebastabiilsusega. Komisjoni roll rahvusvahelises elus tõusis kui jaanuaris 1977 komisjoni juhtima asunud endine Suurbritannia siseminister Roy Jenkins osales mais 1977 Euroopa Majandusühenduse esindajana G7 tippkohtumisel. Jenkinsi komisjonile järgnes aastatel 1981–1985 Thorni komisjon, mille ajal toimus Euroopa Majandusühenduse laienemine lõunasse ning Ühtne Euroopa Akti ettevalmistamine.

Volitused ja ülesanded

Komisjon loodi kohe alguses riikideülese võimuorganina, mis ei sõltuks liikmesriikide valitsustest. Seda on kirjeldatud kui "ainsat institutsiooni, millele makstakse palka Euroopa huvidele mõtlemise eest". Komisjoni liikmekandidaadid esitavad liikmesriikide valitsused, kuid nad on kohustatud ja volitatud tegutsema sõltumatult. Neid ametisse nimetanud valitsused ei tohi neid mõjutada. See põhimõte eristab komisjoni Euroopa Liidu Nõukogust, mis esindab liikmesriikide valitsusi; Euroopa Parlamendist, mis esindab Euroopa Liidu kodanikke; Euroopa Majandus- ja Sotsiaalkomiteest, mis esindab majanduslikke ja kodanikuühiskonna organisatsioone.
Euroopa Liidu lepingu 17. artikli kohaselt on komisjonil mitmesugused ülesanded: jälgida aluslepingute ja neil põhinevate meetmete täitmist, teostada koostöös Euroopa Kohtuga järelevalvet Euroopa Liidu õiguse kohaldamise üle, koostada Euroopa Liidu eelarve, hallata ja algatada programme, esindada Euroopa Liitu välissuhetes, valmistada ette õigusakte.

Täidesaatev võim

Enne Lissaboni lepingu jõustumist kuulus Euroopa Liidu täidesaatev võim Euroopa Liidu Nõukogule, mis oli osa volitusi üle andnud komisjonile. Teoreetiliselt oli Nõukogul alati võimalus need volitused tagasi võtta ja neid ise rakendada, või siis kehtestada komisjonile nende rakendamiseks täiendavaid tingimusi. Lissaboni leping muutis seda aspekti, sätestades komisjoni volitused ja võimupiirid lepinguga. Komisjoni volitused on piiratumad kui riikide täidesaatva võimu institutsioonidel, eelkõige seetõttu, et komisjonil puudub kontroll Euroopa Liidu ühise välis- ja julgeolekupoliitika üle. See võim kuulub Euroopa Ülemkogule, mida mõned analüütikud on kirjeldanud Euroopa Liidu teise täitevvõimu organina.
Kui võtta arvesse, et Lissaboni lepingu kohaselt on Euroopa Ülemkogust saanud ametlik institutsioon, mis määrab komisjoni liikmekandidaadid, siis võib küll öelda, et mõlemad organid teostavad Euroopa Liidus täidesaatvat võimu. Selle võimu igapäevane teostamine on praegu siiski peaasjalikult Euroopa Komisjoni ülesanne. Komisjoni kui valitsuse volitused on nii suured, et näiteks Belgia endine peaminister Guy Verhofstadt on teinud ettepaneku nimetada organ ümber "Euroopa valitsuseks" ja leidnud, et selle komisjoniks nimetamine on "naeruväärne".

Seadusloome algataja

Euroopa Komisjon erineb teistest Euroopa Liidu institutsioonidest selle poolest, et temal ainsana on Euroopa Liidu tasandil seaduste algatamise õigus. Euroopa Liidu seadusandlikel organitel see õigus puudub. Ainsana ei saa Euroopa Komisjon Lissaboni lepingu kohaselt algatada Euroopa Liidu ühist välis- ja julgeolekupoliitikat puudutavaid seadusakte. Muudes valdkondades võivad Euroopa Liidu Nõukogu ja Euroopa Parlament seadusandluse algatamiseks komisjoni poole pöörduda, enamasti tuleb aga initsiatiiv komisjonilt endalt. Selle monopoolse õiguse eesmärk on kindlustada Euroopa Liidu õiguse koordineeritud ja järjekindel kujundamine. Mõned on seda monopoolset seisundit kritiseerinud ja nõudnud ka parlamendile seadusloome algatamise õigust, eriti võttes arvesse seda, et riiklikul tasandil on parlamentidel teatud ulatuses vastav õigus olemas. Nõukogu ja Parlamendi ettepanekule seadusaktide algatamiseks võib komisjon soovi korral ka eitavalt vastata, nii nagu komisjon tegi 2008. aastal riigiüleste kollektiivlepingute küsimustes. Lissaboni lepingu kohaselt on Euroopa Liidu kodanikel samuti õigus pöörduda komisjoni poole palvega üht või teist valdkonda seaduslikult reguleerida, esitades vähemalt 1 miljoni allkirjaga petitsiooni, kuid see kohustus pole komisjonile siduv. 
Komisjon on seadusloome algatamise õigust kasutanud peamiselt majanduse alal ja esitanud suure hulga ettevaatuspõhimõttele tuginevaid eelnõusid. See tähendab ennetavat seaduslikku regulatsiooni valdkondades, kus keskkonnale või inimeste tervisele võib esineda tõsine oht – näiteks kliimamuutusega võitlemisel või geenmuundatud organismide leviku piiramisel. Oma eelnõude puhul ei kaalu komisjon seetõttu alati nende mõju majandusele ja esitab tihti riikide valitsustest rangemaid seaduseelnõusid. Euroopa turu suuruse ja tähtsuse tõttu on see andnud Euroopa Liidu seadusandlusele olulise kaalu ülemaailmses majanduses. 
Viimastel aastatel on Euroopa Komisjon astunud samme Euroopa Liidu kriminaalõiguse loomiseks. 2006. aastal Elevandiluurannikul Euroopa laevalt Probo Koala alguse saanud reostus mõjutas komisjoni võtma päevakorda mürgiseid jäätmeid puudutava seadusandluse. Mõne Euroopa riigi õiguse järgi ei olnud mürgiste jäätmete transport isegi mitte kuritegu, mis inspireeris volinikke Franco Frattinit ja Stavros Dimast välja pakkuma "ökoloogiliste kuritegude" mõiste. Nende volitused teha ettepanekuid kriminaalõiguse alal vaidlustati Euroopa Kohtus, kuid kohus andis neile õiguse. 2007. aasta seisuga olid ainsad lisandunud eelnõud kriminaalõiguse valdkonnas intellektuaalomandi õiguste direktiiv ning lisa 2002. aasta terrorismivastase võitluse deklaratsioonile, mis keelas terrorismile õhutamise, terroristide värbamise (eelkõige interneti vahendusel) ja ettevalmistamise.

Järelevalvefunktsioon

Kui õigusakt on Euroopa Liidu Nõukogus ja Euroopa Parlamendis vastu võetud, siis on Euroopa Komisjoni kohustus tagada selle ellurakendamine. Komisjon teeb seda liikmesriikide vahendusel või kasutades selleks Euroopa Liidu agentuure. Vajalike tehniliste meetmete kasutuselevõtmisel nõustavad komisjoni liikmesriikide esindajatest ning avaliku ja erasektori lobistidest koosnevad komiteed (slängis nimetatakse seda protsessi komitoloogiaks). Lisaks vastutab komisjon ka Euroopa Liidu eelarve rakendamise eest, tagades koostöös Euroopa Kontrollikojaga, et eelarvelisi vahendeid kasutataks korrektselt.
Samuti on komisjonil oluline kohustus tagada lepingutest ja seadustest kinnipidamine, kaevates vaidluste tekkides vajadusel liikmesriike või teisi institutsioone Euroopa Kohtusse. Selles rollis on Euroopa Komisjon ka lepingute tagaja. Koostöös liikmesriikidega ning vastavuses ühise välis- ja julgeolekupoliitikaga aitab Euroopa Komisjon esindada Euroopa Liitu välissuhtluses, näiteks rahvusvahelistes organisatsioonides nagu Maailma Kaubandusorganisatsioon. Komisjoni president osaleb tavaliselt ka grupi G8 kohtumistel.

Volinike kolleegium

Euroopa Komisjoni moodustab 27-liikmeline volinike kolleegium, kuhu kuuluvad ka komisjoni president ja asepresidendid. Igal riigil on komisjonis üks esindaja. Kuigi liikmed nimetatakse riikide valitsuste poolt, ei esinda nad komisjonis oma riike (tegelikkuses kipuvad nad siiski vahel edendama rahvuslikke ja riiklikke huvisid). Kui kandidaadid on esitatud, jagab president nende vahel portfellid. Voliniku mõjukus sõltub talle antud portfellist, kuid samas võib portfelli tähtsus ajas muutuda. Näiteks hariduse ja kultuuri voliniku portfelli tähtsus on kasvanud, nii nagu on suurenenud hariduse ja kultuuri roll Euroopa Liidu poliitikas. Teine sobiv näide on konkurentsi volinik, kelle positsioon on ühtaegu nii rahvusvaheliselt mõjukas kui ka tähelepanuväärne. Enne kui komisjoni koosseis saab ametisse astuda, peab selle tervikuna heaks kiitma Euroopa Parlament. Volinikku toetab töös tema isiklik kabinet, kes annab talle poliitilist nõu, ja Euroopa Komisjoni avalik teenistus, mis tegeleb tehniliste küsimuste ettevalmistamisega.

Ametisse nimetamine

Euroopa Komisjoni presidendi kandidatuuri esitab Euroopa Ülemkogu, võttes arvesse Euroopa Parlamendi valimiste tulemusi. Seejärel võib Parlament ta ametisse valida või kandidatuuri tagasi lükata. Kui kandidaati ametisse ei valita, on Ülemkogu kohustatud ühe kuu jooksul esitama uue kandidaadi. Kandidaadid on sageli olnud riiklikul tasandil silma paistnud poliitikud, kuid see pole ametlik kriteerium. Kuna 2009. aastal ei olnud Lissaboni leping veel jõustunud, siis Barroso nimetati presidendiks Ülemkogu poolt ja Parlament teda ametisse valima ei pidanud. Euroopa Parlamendis olid enamuses paremtsentristlikud erakonnad, kes soovisid sellel ametikohal näha inimest oma ridadest. Nii lepitigi kokku Euroopa Rahvapartei liikme Barroso kandidatuuris.
Kandidaadi valikut mõjutavad veel muud kriteeriumid: millisest Euroopa piirkonnast ta pärineb (2004. aastal soositi Lõuna-Euroopat); kandidaadi poliitiline mõjuvõim (kas ta on usaldusväärne ega hakka samas teiste volinike üle domineerima); keeleoskus (Prantsusmaa peab vajalikuks presidendi prantsuse keele oskust); tema riigi eurointegratsiooni aste (riik peaks olema ühinenud nii euroala kui ka Schengeni leppega). 2004. aastal leiti mitmeid nendele kriteeriumitele vastavaid kandidaate ja mõned Euroopa Parlamendi liikmed kritiseerisid seda protsessi: pärast pikaleveninud valimisi nimetas ALDE juht Graham Watson kogu protseduuri "Justus Lipsiuse vaibaturuks", mille tulemusena leitakse "madalaim ühisnimetaja"; Roheliste/Euroopa Vabaliidu kaasesimees Daniel Cohn-Bendit küsis aga Barrosolt pärast tema esimest kõnet: "Kui Te olete parim kandidaat, siis miks Te ei olnud esimene kandidaat?"
Pärast presidendi valimist ning välis- ja julgeolekupoliitika kõrge esindaja nimetamist Euroopa Ülemkogu poolt esitab iga liikmesriik Euroopa Komisjoni presidendiga peetud konsultatsioonide järel oma voliniku kandidatuuri (välja arvatud need riigid, kust pärinevad juba president ja kõrge esindaja). Presidendil on siiski väga vähe võimalusi liikmesriigi mõjutamisel kandidaadi väljavahetamiseks. Mida võimekam on kandidaat, seda suurema tõenäosusega annab president talle mõjuvõimsama portfelli; portfellide jagamise üle otsustab ta ainuisikuliselt. Seejärel läheb president koos volinikukandidaatidega Euroopa Parlamendi ette, mis küsitleb neid ja siis hääletab korraga nende kõigi ametisse sobivuse üle. Kui kolleegiumi koosseisuga rahul ei olda, siis peab president portfellid ümber jagama, paluma konkreetsel liikmesriigil esitada uus kandidaat või riskeerima võimalusega, et kogu volinike kolleegiumi koosseis hääletatakse maha. Kuna Parlament ei saa volinikukandidaate eraldi hääletusele panna, siis tavaliselt jõutakse kompromissini, kus halvimad kandidaadid vahetatakse välja, väikestest puudustest aga vaadatakse mööda, et komisjonil oleks võimalik ametisse astuda. Kui Parlament on kolleegiumi heaks kiitnud, nimetab selle ametlikult ametisse Euroopa Ülemkogu.
Ametisse nimetamise järel määrab president volinike seast komisjoni asepresidendid. Ühise välis- ja julgeolekupoliitika kõrge esindaja on asepresident juba vastavalt oma ametikohale. Reaalselt annab asepresidendi amet volinikele vähe võimu juurde, välja arvatud esimesele asepresidendile, kes täidab komisjoni presidendi äraolekul tema kohuseid. Aastatel 2009–2014 oli esimene asepresident ühise välis- ja julgeolekupoliitika kõrge esindaja Catherine Ashton.

Juhtimisstiil

Barroso esimene komisjon astus ametisse 2004. aasta lõpul, Barroso teine komisjon aga veebruaris 2010. Mõlema koosseisu volituste algus venis Parlamendi vastuseisu tõttu, mis lõppes portfellide ümber jagamisega. 2007. aastal suurenes komisjoni koosseis seoses Bulgaaria ja Rumeenia liitumisega 25 volinikult 27 volinikule. Komisjoni liikmete arvu suurenemise tõttu on Barroso hakanud rohkem kasutama presidendi juhtimisstiili, mis on kaasa toonud ka kriitika tema aadressil.
Vaatamata Barroso kasvanud juhirollile ja eelkäijatest tihedamale esinemisele avalikkuses on komisjon samal ajal hakanud kaotama võimu suurematele liikmesriikidele nagu Prantsusmaa, Saksamaa ja Suurbritannia, mis püüavad ennast kehtestades komisjonist mööda minna. Need suundumused on kasvanud veelgi pärast Lissaboni lepingus ette nähtud Euroopa Ülemkogu alalise eesistuja ametikoha loomist. Samuti on Euroopa Komisjoni sees toimunud volinike senisest suurem politiseerumine.

Struktuur

Euroopa Komisjon asub suuremas osas Brüsselis. Presidendi kabinet ja komisjoni koosolekute ruum paiknevad Berlaymonti hoone 13. korrusel. Komisjoni kasutuses on veel mitmed hooned nii Brüsselis kui ka Luxembourgis. Kui Euroopa Parlamendi istungid toimuvad parasjagu Strasbourgis, siis peab Euroopa Komisjon oma koosolekuid sealses Winston Churchilli hoones, et neil oleks võimalik osaleda ka Parlamendis aset leidvatel aruteludel. Komisjon on jagatud osakondadeks, mida nimetatakse peadirektoraatideks ja mida võib võrrelda ministeeriumitega. Igaüks neist vastutab kas konkreetse poliitikavaldkonna eest (näiteks põllumajandus, õigus, kodanike õigused, jms) või siis Komisjoni mõne sisetöövaldkonna eest (näiteks personaliküsimused, tõlked, jms). Iga peadirektoraati juhib peadirektor, kes allub vastava valdkonna volinikule. Ühe voliniku portfelli kuulub tavaliselt mitu peadirektoraati, mis koostavad volinikule õigusaktide ettepanekuid; volinike kolleegiumi enamuse toetuse pälvinud ettepanekud lähevad edasi arutamisele Parlamenti ja Euroopa Liidu Nõukogusse. Komisjoni on palju kritiseeritud seetõttu, et äärmiselt killustatud peadirektoraatide struktuur kulutab ülemääraselt aega struktuuriüksuste vahelistele võitlustele, sest nii volinikud kui ka peadirektoraadid kipuvad omavahel konkureerima. Pahaks on pandud ka seda, et peadirektoraatidel võib olla voliniku üle märkimisväärne võim, sest volinikul ei ole piisavalt aega kõiki valdkondi süvitsi tundma õppida ja kõigi arvukate üksuste üle täielikku kontrolli saavutada.
Euroopa Komisjoni avaldatud andmetel töötas komisjoni palgal 1. jaanuari 2013 seisuga 32 666 inimest. Suurim struktuuriüksus on arengu ja koostöö peadirektoraat, mille palgal oli 3734 töötajat. Teisel ja kolmandal kohal on töötajate arvu poolest teadusuuringute ühiskeskus (2718 inimest) ja kirjaliku tõlke peadirektoraat (2443 inimest). Päritolult on kõige enam töötajaid Belgiast – 5733 inimest ehk 17,6%, mis on ilmselt seotud sellega, et enamus komisjoni asutusi paikneb Belgia territooriumil. Teisel ja kolmandal kohal on vastavalt Itaaliast (3616 inimest, 11,1%) ja Prantsusmaalt (3246 inimest, 9,9%) pärit ametnikud. Euroopa Komisjoni avalik teenistus allub Euroopa Komisjoni peasekretärile, kelleks on praegu Catherine Day.

Suhtekorraldus

Euroopa Komisjoni avalikke suhteid korraldab teabevahetuse peadirektoraat. Komisjoni peamine kõneisik on Pia Ahrenkilde Hansen, kes annab iga tööpäeva keskpäeval ajakirjanikele lühikese ülevaate tähtsaimatest uudistest. Need kohtumised ajakirjanikega toimuvad Berlaymonti hoone pressikonverentside saalis. Ajakirjanikel on seal võimalus küsida kohalolevatelt komisjoni ametnikelt küsimusi ükskõik millistel teemadel ja neil on õigus saada ametlik vastus, mida võib edastada ka otse-eetris. Selles mõttes on komisjoni pressiüritused maailmas ainulaadsed.
Üks uurija on märkinud, et Euroopa Komisjoni pressiteated on ainulaadsed ka oma politiseerituse astmelt. Pressiteated läbivad sageli mitmeastmelise koostamise protsessi ning neid kasutatakse enamasti komisjoni rolli rõhutamiseks ja Euroopa Liidu olemasolu õigustamiseks, mis muudab nad sageli pikaks ja keeruliseks. Kui pressiteate väljastamisega on seotud mitu struktuuriüksust, võib protsessi veelgi raskendada komisjoni sisene konkurents. Kõik see tingib ka ülimalt suure pressiteadete arvu, näiteks 2006. aastal väljastati 1907 pressiteadet. Viimastel aastatel on pressiteadete arv hakanud küll langema: 2010. aastal avaldati 1768, 2011. aastal 1589 pressiteadet.
Brüsselis on rohkem ajakirjandusväljaannete esindajaid kui näiteks Ameerika Ühendriikide pealinnas Washingtonis. 2007. aastal oli kõigil Euroopa Liidu liikmesriikidel Brüsselis vähemalt üks korrespondent. 2008. aasta suur majanduslangus vähendas 2010. aasta lõpuks Brüsselis töötavate korrespondentide arvu siiski kolmandiku võrra. Lätist jäi alles ainult üks korrespondent ja Leedu rahvusringhääling likvideeris oma esindatuse täielikult. Kuna üle maailma on ajakirjanikke koondatud, loodavad paljud meediaväljaanded, et nad suudavad Euroopa Liidu teemasid ammendavalt katta, kasutades Euroopa Liidu telekanalite Europe by Satellite ja EuroparlTV ning uudisteagentuuride materjale.

Legitiimsus

Mõned (teiste seas ka Euroopa Parlamendi saadik Indrek Tarand) väidavad, et Euroopa Komisjoni ametisse nimetamise viis kasvatab demokraatia defitsiiti Euroopa Liidus. Komisjon on täidesaatva võimu organ, mille liikmekandidaadid valitakse 27 riigi valitsuste poolt; nii ei ole võimalik ühtegi komisjoni liiget, kaasa arvatud presidenti, valimiskasti juures ametisse ega ametist maha hääletada. Komisjonile annab legitiimsuse Euroopa Parlamendi heakskiit, kusjuures Parlamendil on ka võim komisjon ennetähtaegselt ametist vabastada. Siin nähakse aga probleemi Euroopa Parlamendi enda väheses legitiimsuses, sest alates 1999. aastast on keskmine valimisaktiivsus Euroopa Parlamendi valimistel jäänud alla 50%. Kuigi see osalusprotsent võib ületada valimisaktiivsust nii mõnegi riigi parlamendivalimistel, siis asjaolu, et isegi Euroopa Komisjoni presidenti ei saa otse ametisse valida, heidab mõnede silmis kahtlust selle ametikoha ja laiemalt kogu komisjoni legitiimsusele. Kuna komisjon mõjutab otseselt Euroopa Liidu seadusandluse kujunemist ja sisu (olgugi, et tehes seda nõustavate erikomiteede järelevalve all), annab see veelgi enam põhjust komisjoni demokraatliku legitiimsuse pärast muretseda.
Teise probleemina on nähtud sidusa elektoraadi puudumist. Kuigi Euroopa Liidu tasandil on jõudsalt arenenud demokraatlikud struktuurid ja meetodid, ei ole välja kujunenud üleeuroopalist kodanikuühiskonda. Lissaboni leping on teatud määral neid puudusi vähendanud ja suurendanud demokraatlikku kontrolli komisjoni üle, sidudes näiteks komisjoni presidendi kandidaadi nimetamise Euroopa Parlamendi valimiste tulemustega. Vastuargumendina toodud etteheidetele on väidetud, et poliitikavaldkondi, milles komisjonil on õigus seadusandlust algatada, ei olegi mõistlik usaldada valimissurve all tegutseva institutsiooni hoolde. Sellest aspektist on komisjoni võrreldud iseseisvate asutustega, mis tegelevad ühe või teise poliitikavaldkonna tehniliste küsimuste lahendamisega, näiteks keskpangad. Lisaks on komisjoni kaitseks märgitud, et komisjoni algatatud ettepanekud peab kõigis valdkondades heaks kiitma Euroopa Liidu Nõukogu (mis koosneb liikmesriikide ministritest) ja teatud valdkondades ka Euroopa Parlament, seega on minimaalselt taolisi õigusakte, mis rakenduksid riikides ilma demokraatlikult valitud valitsuste nõusolekuta.
2009. aastal avaldas Euroopa Liidu õigusvahemees statistika kodanike kaebustest Euroopa Liidu institutsioonide vastu. Enamik kaebusi (66%) oli komisjoni kohta ja puudutas läbipaistvuse puudumist (36%). 2010. aastal kaevati komisjon kohtusse, sest see püüdis takistada juurdepääsu Euroopa Liidu biokütuste poliitikat käsitlevatele dokumentidele. See juhtus pärast ajakirjanduses avaldatud väiteid, et komisjon varjab teaduslikku tõendusmaterjali, mis räägib biokütuste subsideerimise kahjuks. Ka mitmete sõltumatute audiitorfirmade aruanded on heitnud komisjonile ette läbipaistvuse puudumist, ebaselgeid suhteid lobistidega, huvide konflikte ja ebaotstarbekat rahakasutust.