Endofüüdid

Endofüüdid (kreeka keeles ἔνδον  "sees" + φυτόν  "taim") on mikroorganismid, üldjuhul seened või bakterid, kes elavad taimekudedes rakkude vahel ja sees ega põhjusta taimel nähtavaid haigussümptomeid.
 Endofüütseid seeneliike arvatakse olevat üle miljoni , kuid oma varjatud elukoha tõttu on nad avastatud suhteliselt hilja ja seetõttu ka vähe uuritud. Hinnanguliselt on praeguseks teada vähem kui 1% kõigist endofüütsetest liikidest. Looduslikes ökosüsteemides on tõenäoliselt enamik taimi, kui mitte kõik, sümbiootilistes suhetes endofüütsete mikroorganismidega.
Vanim tõend endofüütide kohta on leid ühest 400 miljoni aasta vanusest maismaataime fossiilist.

Levimine

Endofüütide liigiline mitmekesisus kasvab liikudes Maa poolustest ekvaatori suunas ja võib ühe taime piires olla küllaltki suur – näiteks troopilistelt puudelt on leitud ühest lehest üle 20 liigi endofüüte.
On liike, kes koloniseerivad suhteliselt vabalt mitmeid taimeliike (nt Epicoccum nigrum), aga ka selliseid, keda võib leida ainult ühelt teatud taimeliigilt (liigispetsiifilised).
Endofüütide taimelt taimele edasikandumisel eristatakse horisontaalset levikut (ühelt taimelt teisele läbi väliskeskkonna) ja vertikaalselt levikut (vanemalt järglastele, koos taime seemnetega).
Horisontaalse levikuga endofüütsed seened omavad oma elutsüklis sugulise paljunemise staadiumi ja levivad eostega ühelt taimelt teisele näiteks tuule või putukvektorite abil. Selline levimismoodus on omane patogeensetele seentele, mis viitab horisontaalse levikuga endofüütide võimalikule sugulusele patogeensete seentega.
Vertikaalse levikuga endofüütsed seened on aseksuaalsed: nad ei moodusta viljakeha ega spoore, vaid kanduvad edasi seene hüüfidega, mis on tunginud peremeestaime seemnetesse.
Kuna nii levivate seente reproduktiivsus on tihedalt seotud peremeestaime reproduktiivsusega, on nad üldjuhul taimedega mutualistlikes suhetes.
Taime seemnetega (vertikaalselt) levivad endofüüdid üldiselt nakatavad taimi süsteemselt (kogu taime piires), horisontaalselt edasikanduvate endofüütide nakkused jäävad tihti ainult taime mingi osa piiresse – kujuneb lokaalne nakkus.

Endofüütsed seened

Taimedest isoleeritavate endofüütide hulgas on tavaliselt kõige rohkem endofüütseid seeni. Nad on taimedes tavalised ja väga suure liigilise mitmekesisusega. Igast olemasolevast taimeliigist võiks leida vähemalt ühe endofüütse seeneliigi, kuid tõenäoliselt ka rohkem. Erinevalt mükorriissetest seentest, keda leidub vaid taimede juurtes, koloniseerivad endofüütsed seened peamiselt taime maapealset osa. Endofüüdid erinevad mükorriissetest seentest veel selle poolest, et nad ei moodusta taimede juurtes olles juureväliseid struktuure, vaid elavad üleni taime sees. 
Endofüütsed seened saab jagada kahte suurde gruppi: endofüüdid sugukonnast tungalteralised (Clavicipitaceae) ja mitte-tungalteralised (mitte-Clavicipitaceae) endofüüdid. 
Lähtuvalt morfoloogiast, levimise moodusest, taimekudede nakatamise ulatusest ja eelistatavast kasvukohast taimes (juur või maapealsed osad) saab endofüütsed seened jagada veel nelja eraldiseisvasse klassi.

Klass I

Tungalteraliste (Clavicipitaceae) sugukonda kuuluvad kõrreliste heintaimede endofüüdid kottseente (Ascomycota) perekondadest Epichloë ja Neotyphodium. Kanduvad edasi põhiliselt vertikaalselt ja nakatavad taimi süsteemselt. Siia klassi kuuluvaid endofüüte on kõige rohkem uuritud. Toodavad toksilisi ühendeid (tungaltera alkaloide) ja võivad herbivoorsetel imetajatel põhjustada ergotismi – sellest tulenevalt on neid peetud taimi herbivoorluse eest kaitsvateks mutualistideks. Imetajatele mittetoksilised tüved on kasutuses põllumajanduses, suurendades nakatatud taimede vastupidavust herbivoorsete putukate ja ka abiootiliste stresside suhtes.

Klass II

Endofüüdid, kes kuuluvad enamuses kottseente (Ascomycota) hõimkonda, vähemuses kandseente (Basidiomycota) hõimkonda, kuid mitte kottseente perekondadesse Epichloë ja Neotyphodium
Erinevad klass I endofüütidest selle poolest, et koloniseerivad lisaks taime maapealsetele osadele ka maa-aluseid osi ehk risosfääri. Kanduvad edasi horisontaalselt või vertikaalselt koos taime seemnekestadega või risoomiga. Klass II endofüütide seas on seeni, kes suudavad parandada läbi oma keskkonnakohastumuslike omaduste ka peremeestaimede vastupidavust. Taimed, kes kasvavad ebasoodsates elupaikades (kõrge temperatuur, suur soolsus, põud jne), on tihti nakatunud selliste endofüütidega. Näiteks seeneliik Curvularia protuberata, kes koloniseerib geotermilistes piirkondades kasvavate taimede Dichanthelium lanuginosum kõiki mitteembrüonaalseid kudesid, annab taimedele suurema temperatuuritaluvuse. Kui nad kasvavad eraldi, mittesümbiootiliselt, siis ei saa ei taim ega ka seen kasvada temperatuuridel üle 40 °C, kuid olles sümbioosis, suudavad taluda koos temperatuure kuni 65 °C. 
Nakatades sama endofüüdiga teisi taimi, saab suurendada ka nende temperatuuritaluvust.

Klass III

Siia kuuluvad endofüüdid, kes koloniseerivad põhiliselt ainult taimede maapealseid osi, kanduvad edasi horisontaalselt ja põhjustavad tugevalt lokaaliseerunud infektsioone. Sarnaselt klass II endofüütidega, kuulub enamik klass III endofüütidest hõimkondadesse Ascomycota või Basidiomycota. Nad paljunevad suguliselt või mittesuguliselt surnud või vananevates taimekudedes eoste, koniidide või hüüfifragmentide abil, mis kanduvad edasi herbivooride, tuule või vihmaga.
Klass III endofüüte võib leida nii troopilistest, boreaalsetest kui ka arktilistest/antarktilistest bioomidest, nii troopiliste puude lehtedest, sammaltaimedest, osjadest, sõnajalgtaimedest, okaspuudelt, puit- ja rohttaimedest, puidust, õitest, viljadest (...).
 Nad on väga mitmekesine grupp nii peremeestaimede kui ka endofüütide liigilise koostise poolest. Näiteks Panama troopilistes metsades, kus tüüpiliselt 100% puittaimede lehtedest sisaldab endofüüte, võib ühes lehes olla isegi kuni 2 mm² kohta üks eraldi liik ja puuleht võib sageli sisaldada kümneid liike. Sama puu erinevad lehed võivad sisaldada üsna erinevaid endofüüdikooslusi. Ühes taimes võib olla sadu liike ja ühes taimeliigis kogu tema kasvupiirkonna ulatuses võib leida tuhandeid liike selle klassi endofüüte.

Endofüütsed bakterid

Taksonoomiliselt ja funktsionaalselt väga mitmekesine kuid samas vähe uuritud grupp. Endofüütseid baktereid võib leida taimedest nii rakkude vahelt, rakkude seest kui ka juhtkudedest. Mitmetel endofüütsetel bakteritel on omadus tõrjuda oma sekundaarsete metaboliitide abil taimedele patogeenseid mikroorganisme ning nad on ka leidnud rakendust agronoomias pestitsiidide alternatiivina. Vahel liigitatakse endofüütsete bakterite alla ka liblikõieliste lämmastikku fikseerijad mügarbakterid – kuigi nad elavad taime sees ehk endofüütselt, siiski mõned autorid ei pea neid endofüütideks, kuna nad moodustavad taimel juuremügaraid ehk seega – põhjustavad nähtavaid sümptomeid, mis ei sobi definitsioonilt endofüütide alla. 
Mõned bakterid toodavad ka taimekasvu ergutavaid hormoone – auksiine, tsütokiniine, 
giberelliine 
Endofüütsed bakterid sisenevad taimedesse peamiselt risosfääris ehk juurte kaudu, tihti tõenäoliselt juba idujuurte kaudu. Samuti võivad nad taime siseneda veel ka läbi idulehtede, õhulõhede või mehaanilisel vigastamisel tekkinud pindmiste kahjustuste kaudu. Bakterid, nagu seenedki, võivad kanduda edasi ka vertikaalselt: taime seemnetega vanemalt järglasele. Taime sisenenult, olenevalt bakteriliigist, jäävad nad seal kas lokaliseerituks või levivad kudedes kogu taime piires. 
On näidatud, et bakteripopulatsioonid taimedes võivad erineda väga suurel määral sõltuvalt taime kasvukohast, taime koe tüübist, taime vanusest ja muudest teguritest.
Üldiselt on bakteripopulatsioon taimes suurem taime juurtes ja väiksem varres ja lehtedes (populatsiooni tihedus väheneb taime ladva suunas).
Lisaks bakteritele on taimedest leitud ka arhebaktereid

Endofüütsed vetikad ja vetikate endofüüdid

Taimekudedest võib leiduda ka endofüütseid vetikaid. Näiteks üks hõlmikpuust (Ginko biloba) leitud rohevetiktaimede (Chlorophyta) hõimkonda ja Trebouxiophyceae klassi kuuluv üherakuline vetikas. On leitud, et vetikad võivad olla endofüütideks ka teistele vetikatele, näiteks Acrochaete operculata (Chlorophyta), kes elab vetikas Chondrus crispus (Rhodophyta). Samuti mõned pruunvetikad, kes elavad vetikates Laminaria ssp. Endofüütidena teistest vetikatest on ka leitud ränivetikaid ehk diatomeesid
Vetikatest on leitud veel ka mitmeid endosümbiontseid baktereid  ja seeni.

Taime-endofüüdi suhted

Endofüüte nähakse tihti kui taimedele kasulikke, mutualistikke endosümbionte, kes kaitsevad taimi kahjurite ja ebasoodsate keskkonnatingimuste eest. On näidatud, et teatud endofüüdid suurendavad taimede põuataluvust, lisaks veel külma, kuuma, liigsoolsuse taluvust, suurendavad vastupanu võimet patogeenide suhtes, vähendavad herbivoorlust, suurendavad taimede üldist produktsiooni ja reproduktiivsust. Kuigi mitmel juhul see ongi nii, on pakutud välja et taime-endofüüdi suhted võiksid pigem olla kontiinum mutualismist neutraalseni kuni parasitismini ning suhte iseloom sõltub keskkonnatingimustest ja muudest teguritest (nt taime vanus, füsioloogilised muutused, toitained). 
Vertikaalselt edasikanduvad süsteemseid nakkusi põhjustavad endofüüdid kalduvad olema rohkem mutualistid, kuna nad sõltuvad suuresti oma peremeestaimest ning horisontaalse levikuga lokaalseid nakkusi põhjustavate hulgas võiks rohkem olla neutraalseid interaktsioone.

Kasutamine

Endofüüdid toodavad mitmesuguseid keemilisi ühendeid, millest paljudel on patogeene tõrjuv, antibiootiline toime. 
On leitud ka vähivastase toimega ühendeid: näiteks üks himaalaja jugapuult (Taxus wallachiana) leitud endofüütne seen, Pestalotiopsis microspora, toodab vähiravimina kasutatavat paklitakseeli (taksool). On näidatud, et sama seen suudab ka lagundada looduses raskesti lagunevat polüuretaani ning teisi tehislikke polümeere ja plastikuid, olles kasutatav bioremdiatsioonil.
Palju on uuritud endofüütide kasutusvõimalusi ka agronoomias, põhiliselt sünteetiliste pestitsiidide alternatiivina. On leitud, et taimede inokuleerimine teatud endofüütidega võib anda neile suurema vastupanuvõime haigustekitajate suhtes. Mitmed majanduslikult olulised sööda- ja heintaimed (aruhein, raihein) kannavad endas endofüüte (Neotyphodium spp., Claviciptaceaea), mis on näidatud parandavat nende vasupidavusvõimet põua, samuti ka kahjurputukate ja herbivooride suhtes.
Endofüütsed seened omavad perspektiivi ka biokütuste tootmisel. Näiteks ühe Patagoonia vihmametsades kasvava puu, tšiili kuisma (Eucryphia cordifolia) lehtedest leitud endofüütne seen (Gliocladium roseum) suudab tselluloosist ning teistest süsinikuallikatest hapnikuvähestes tingimustes toota tavaliselt diislikütuse koostises olevaid ühendeid – "mükodiislit".

Määramine

Endofüüte saab määrata mitmel viisil, tavaliselt amplifitseerides ja sekveneerides lühikest lõiku DNA-d. Parima tulemuse annab kombineerides morfoloogia põhjal määramist ja DNA analüüside tulemusi. Mõningaid endofüüte saab kasvatada taimetükist kultuurina kasvusubstraadil ja on ka neid mida kultuuri viia ei õnnestu. Kultuuri viidavad endofüüdid kasvavad kasvusubstraadil taimetükist välja ning liiguvad edasi substraadile, millest saab võtta tükikese endofüüdi liigi määramiseks.
Rohttaimede endofüüdid on vaadeldavad ~400 X suurendusega mikroskoobiga.