Embrüogenees

Embrüogenees ehk organismi looteline areng on ontogeneesi esimene staadium. See algab munaraku viljastumisest ja lõpeb munast koorumisega (lindudel ja enamikul muudel loomadel), sünnimomendiga (imetajatel ja muudel elussünnitajatel loomadel) või idu moodustumisega seemnes (taimedel). 
Embrüogeneesi võib jaotada varaseks ja hiliseks embrüogeneesiks. Inimese puhul lõpeb varajane embrüogenees siis, kui embrüo on arenenud looteks.
Eri liikide loodete omavaheline võrdlus näitab, et imetaja embrüo sarnaneb algselt kala lootega, seejärel kahepaikse ja roomaja omaga ning alles lõpuks omandab imetajale omased tunnused. Seega läbitakse ontogeneesi alguses (embrüogeneesis) liigi evolutsioonilise arengu ehk fülogeneesi etapid.

Viljastumine ja sügoot

Munarakk on asümmeetriline, tal on animaalne poolus (tulevane ektoderm ja mesoderm) ja vegetatiivne poolus (tulevane endoderm). Munarakk on kaetud teda kaitsvate kihtidega. Esimene kiht on vitelliinmembraan (imetajatel zona pellucida), mis on seotud munaraku rakumembraaniga ja koosneb glükoproteiinidest. Erinevates taksonites esinevad erinevad rakulised ja mitterakulised kihid, mis ümbritsevad vitelliinmembraani.
Viljastumine on isas- ja emasgenoomi konjugatsioon kahe gameedi liitumise tagajärjel. Tänu kahe gameedi liitumisele taastatakse keharakkudele omane diploidne kromosoomistik ning aktiveeritakse munarakk arenema.
Loomadel toimub protsessi käigus spermatosoidi ühinemine munarakuga, mis viib embrüo arenema. Sõltuvalt loomaliigist võib viljastumine toimuda kas kehasiseselt või kehaväliselt. Viljastatud munarakku nimetatakse sügoodiks.

Lõigustumine ja moorula

Lõigustumine on loomade (sh ka inimese) viljastunud munaraku ehk sügoodi kiire mitootiline jagunemine, ilma et tütarrakud vahepeal kasvaksid. Lõigustumine lõpeb kobarloote ehk moorula moodustumisega.
Lõigustumise eesmärgiks on organismi hulkraksuse taastamine ja rakutuuma-tsütoplasma suhte normaliseerumine. 
Kui keharakkude tuuma-tsütoplasma suhe on tavaliselt 1:10, siis spermil on see suhe 1:1, munaraku puhul aga kaldub tugevasti tsütoplasma kasuks, 1:1000 või veelgi rohkem. Lõigustumine on jagunemine ilma kasvamiseta, mis on vajalik tuuma-tsütoplasma suhte normaliseerimiseks väga tsütoplasmarikka munaraku baasil. Lõigustumisel moodustuvaid tütarrakke nimetatakse blastomeerideks.
Lõigustumine võib olla sünkroonne või asünkroonne, st blastomeerid võivad jaguneda kas üheaegselt või teevad seda eri ajal. Enamikul loomarühmadel on lõigustumise algul sünkroonse lõigustumise periood, mis on mõõdetav 4–14 rakutsükliga ning läheb seejärel üle asünkroonseks perioodiks. Ainult imetajatel ei ole sünkroonset lõigustumist ja esimesed kaks blastomeeri alustavad kohe lõigustumist asünkroonselt. Intensiivne paljunemine, ajal nagu see viljastatud munaraku moorulaks kujunemine on, toimub nendesamade geenide abil, mis vähkkasvaja rakkude vohamist põhjustavad.

Närvisüsteemi areng

Närvisüsteem on esimene elundkond, mis hakkab arenema pärast gastrulatsiooni. Blastotsööli sisserullunud kordomesoderm indutseerib enda kohal ektodermis neuraalplaadi. Neuraalplaat süveneb esialgu neuraalvaoks ja sulgub seejärel neuraaltoruks. Närvitoru morfogeneesis on tähtis osa nii sisemistel (rakusisestel) kui ka välistel teguritel. Sisemisteks teguriteks, mis kujundavad närvitoru, on mikrotorukeste ja mikrofilamentide lokaalsed iseärasused. Esimeseks tõukeks närvivao kujunemisel on muutused ventraalsetes mediaansetes rakkudes, mis on kontaktis seljakeelikuga. Need rakud moodustavad närvivao mediaanse hinge (analoogia aknahingega). Sealsed rakud pikenevad esialgu mikrotorukeste paralleelsete kimpude koondumise abil ja seejärel omandavad nad kiilu kuju tipmiste rõngasjalt paiknevate mikrofilamentide kontraktsiooni tulemusel. Järgmine etapp närvitoru kujunemisel on lateraalsetes hingedes kiilukujuliste rakkude moodustumine. Kogu kesknärvisüsteemi edasine arenemine on seotud rakkude lokaalse vohamisega ja valikulise hukkumisega. Selle tulemusena moodustub närvitoru eesosas esialgu kolm ja seejärel viis ajupõiekest. Kolme ajupõiekese staadiumis on eristatavad eesaju (prosencephalon), keskaju (mesencephalon) ja rombaju (rhombencephalon). Eesaju jaguneb edaspidi kaheks: otsajuks (telencephalon) ja vaheajuks (diencephalon). Rombaju jaguneb omakorda tagaajuks (metencephalon) ja piklikajuks (myelencephalon s. medulla oblongata).

Seede- ja hingamiselundite kujunemine

Endoderm moodustab seedetrakti epiteliaalse voodri. Sooltoru jaguneb kolmeks osaks: ees-, kesk- ja tagasooleks. Eessool areneb kõige kiiremini ja moodustab oma lateraalses osas neelu- ehk lõpustaskud, millest imetajatel on selgelt eristatavad neli ja lindudel viis paari. Esimesest paarist lõpustaskutest kujunevad kuulmetõrved, teine paar lõpustaskuid kasvab kinni, täitub lümfaatilise koega ja moodustab kurgumandlid. Kolmanda ja neljanda lõpustasku dorsaalsed osad arenevad tüümuseks ja ventraalsed osad neljaks kõrvalkilpnäärme sagaraks. Viimased liituvad kilpnäärmega, mille alge sopistub välja kolmanda ja neljanda neelutasku paari vahel. Eessoole tagaosast sopistub bronhiaaljätke, millest arenevad kopsud. Kesksool jääb lindudel ja imetajatel ühendusse rebukotiga. Maks areneb kesksoolest ühe jätke kujul ventraalselt ja pankreas kahe jätke kujul nii kõhtmisest kui ka selgmisest piirkonnast. Tagasoolest sopistub välja allantois ja lindudel veel kloakaal- ehk Fabriciuse paun. Viimane on lümfaatiline elund. Imetajatel on homoloogiline kude hajutatud piki jämesoole seinu. Suu- ja anaalpiirkonnas puutub ektoderm kokku endodermiga, millest arenevad vastavalt suu- ja anaalava. Hüdra näitel on leitud, et tegelikult jääb ekto- ja endodermi vahele ühekihiline eriline rakkude populatsioon, mis suuava avanemisel venituvad ilma ühegi raku purunemiseta. Suuavast tungib ektoderm dorsaalselt Rathke tasku näol vaheaju ja endodermi vahele ja sellest piirkonnast areneb hüpofüüsi eessagar.