Nicolaus II

Paavstiks saamine ja skisma

Stephanus IX kohustas märtsis 1058 Roomast lahkudes vaimulikke andma vannet, et tema surma korral ei valitaks uut paavsti enne, kui legaat Ildebrando (hilisem paavst Gregorius VII) jõuab Saksamaalt tagasi.
Stephanus IX suri 29. märtsil Firenzes. Tuscolo krahv Gregorio ja Galeria krahv Gerardo andsid roomlastele altkäemaksu, mistõttu 5. aprillil kuulutati paavstiks Velletri kardinalpiiskop Giovanni Mincio (Giovanni Mincius), kes võttis Benedictus X nime.
Reformimeelsed vaimulikud jäid oma vandele truuks, lahkusid Roomast ja läksid Sienasse. Kui Ildebrando jõudis Itaaliasse tagasi, valisid nad nigulapäeval 6. detsembril 1058 paavstiks Gérardi, kes võttis nime Nicolaus I järgi.
Nicolaus II pidas jaanuaris 1059 Sutris sinodi, kus ta ekskommunitseeris vastupaavsti. Lotringi hertsogi Gottfried III (Godefroid III) abiga saabus ta mõned päevad hiljem Rooma ja pühitseti 24. jaanuaril ametisse.
Benedictus X põgenes Galeria kindlusesse, kuid sügisel 1059 vallutasid selle viikingid Capua vürsti Richard Drengot' juhtimisel, kes andis vastupaavsti üle paavstile. Benedictus X viibis mõnda aega oma suguvõsa valdustes, kuid Ildebrando nõudel ta vangistati, tagandati aprillis 1060 peetud sinodil ametlikult ametist ja saadeti Sant'Agnese fuori le Mura kloostrisse pagendusse.

Paavsti valimise sätestamine

Nicolaus II sätestas 13. aprillil 1059 peetud Lateraani sinodil avaldatud dokumendis "In Nomine Domini", et edaspidi peavad kardinalpiiskopid leppima kokku uue paavsti nimes ja seejärel vaagitakse vastavat kandidaati koos teiste kardinalidega; paavst ei pea saama Saksa-Rooma keisrilt valituks osutumise järel vastavat kinnitust, paavsti valimine võib toimuda ka väljaspool Roomat, kui see pole Roomas teatud põhjustel võimalik ja paavstiks võib valida mitteitaallast, kui Rooma vaimulikkonna seas ei leidu sobivat kandidaati.

Suhted Saksamaaga

Saksa kuninga Heinrich IV õukonda ja Saksamaa vaimulikkonda ärritasid viikingitega sõlmitud rahuleping ning Nicolaus II eesistumisel toimunud Lateraani sinodi otsus, mille alusel ei vaja paavst enam valituks osutumisel Saksa-Rooma keisri kinnitust. Kui kardinal Stefano ilmus 1061 legaadina õukonda, ei võetud teda seal vastu ja legaat pidi viis päeva hiljem tagasi Rooma pöörduma. Saksa piiskopid pidasid sinodi, kus Nicolaus II otsused kuulutati tühisteks, kavatsedes ka eralduda osadusest paavstiga.

Suhted viikingitega

Nicolaus II sõlmis 23. augustil 1059 Melfis peetud sinodil viikingitega rahu. Ta läänistas Aversa krahvile Richard Drengot'le Capua vürstiriigi ning Robert Guiscardile Sitsiilia, Apulia ja Calabria hertsogiriigid.
Viikingid lubasid paavstile vajaduse korral anda sõjalist abi. Nad vallutasid Kirikuriigile tagasi Tuscolo, Palestrina (Præneste) ja veel ühe ala (Numentanum).

Reformid

Nicolaus II keelas 1059 Lateraani sinodil vaimulikel abiellumise ja konkubinaadi. Ta keelustas ilmikute investituuri.
Ta taunis 1060 ja 1061 Roomas peetud sinoditel simooniat.
Nicolaus II saatis Cluny abti Hugues' ja kardinal Stefano Prantsusmaale reforme läbi viima.

Suhted Itaalia piiskoppidega

Nicolaus II kutsus Milano peapiiskopi Guido da Velate 1060 Roomas peetud sinodile, kus piiskop pidi tunnistama, et tema ametisse määramine Saksa-Rooma keisri poolt oli kanoonilisele õigusele mittevastav. Ta pidi tunnustama enda määramist piiskopiks paavsti poolt.
Milano elanikele saadetud kirjas sätestas paavst, et ta võib ilmalikesse asjadesse sekkuda mitte administreeriva õiguse (ius administrationis), vaid jurisdiktsiooni õiguse (ius iurisdictionis) alusel.
Ta tagandas 1059 ametist Trani piiskopi Giovanni.

Liturgilised otsused

Nicolaus II kavatses tühistada mosaraabia ja ambrosiaani riitused.

Munklus

Nicolaus II määras Monte Cassino kloostri abti Desiderio (hilisem paavst Victor III) legaadiks Apulias, Beneventos, Calabrias ja Campanias.

Teoloogilised vaidlused

Berengar Toursist ilmus 1059 Lateraani sinodile, kus ta ütles avalikult lahti oma teoloogilistest vaadetest, tunnustades kardinal Humbert'i koostatud teoloogilist avaldust.
Ta saatis 1059 kardinal Petrus Damianuse ja Lucca piiskopi Anselmo da Baggio tutvuma pataria liikumise vaadetega.
Ta pidas 1061 Aafrikat maniluse taimelavaks.

Surm

Nicolaus II suri kas 19. juulil, 26. juulil või 27. juulil 1061 Firenzes ja maeti sealsesse Santa Reparata kirikusse.