Viirused

Viiruse mõiste

Viirused kujutavad endast üht või mitut DNA või RNA molekuli, mida ümbritseb valkudest kapsiid, mõnel juhul sisaldavad ka lipiide. Seega erinevad nad "klassikalistest" elusorganismidest suuresti, ja nende elusolendiks pidamine või mittepidamine sõltub sellest, kuidas elu defineerida. Üks võimalikest definitsioonidest väidab, et elusorganismid on objektid, mis suudavad toota endasarnaseid järglasi, neile endas sisalduvat pärilikku informatsiooni edasi andes. Sel juhul tuleks ka viirusi elusolenditeks pidada. Selle definitsiooni järgi kuuluks elusolendite hulka ka ainult valgu molekulist koosnevad priionid ja ainult nukleiinhappe molekulist koosnevad viroidid, mistõttu selline elu definitsioon on vastuolus enamiku inimeste intuitiivse arusaamaga elust.
Viirusteks ei loeta tavaliselt ka üksikorganismi genoomi piires paljunevaid DNA järjestusi – transposoone, kuigi selget piiri nende vahele tõmmata on raske.

Viiruste algne definitsioon oli seotud nende väiksusega (läbimõõt 15–400 nm), mistõttu nad olid valgusmikroskoobis nähtamatud ja läbisid väikeste avadega filtreid (mis pidasid kinni ka väikseimaid tuntud baktereid); sellest tuletati ka nende algne nimetus "filtreeruv mürk" (virus filtrans).

Viiruste tekkimine

Viiruste tekke kohta puudub ühtne seisukoht, ning on tõenäoline, et erinevad viiruste rühmad pole ka ühesuguse päritoluga. Et paljud viiruste osad meenutavad elusorganismide rakkude osi, on levinud oletus, et viirused on tekkinud mingi DNA või RNA "iseseisvumisel" ja järgneval evolutsioonil peremeesrakust sõltumatult, kasutades ära peremeesraku "molekulaarset masinavärki". Bakterite puhul on vaadeldud analoogset nähtust, kus kromosoomi mingi osa eraldudes moodustub plasmiid, mis võib ühelt rakult teisele üle kanduda.
Viiruste põhimõtteline (ja mõnikord ka struktuuriline) sarnasus transposoonidega viib mõttele, et mõned viirused on end genoomist "lahti rebinud" transposoonid. Samas võib olla asi ka vastupidi, ning transposoonid tekkinud hoopis viirustest.
On avaldatud ka arvamust, nagu võiks mõned viirused endast parasiitse eluviisi tõttu kujutada äärmuslikult lihtsustunud baktereid, või oleks ürgookeanis tekkinud paralleelselt rakulise eluga. Tõendid nende teooriate kinnituseks aga seni puuduvad.

Viiruste süstemaatika

Kuna viirused pole ilmselt ühisest "alg-viirusest" põlvnevad olendid, samuti mitte suguluses teiste elusolenditega, on kaheldud viiruste jaoks klassikalise bioloogilise taksonoomia reeglite kasutamise võimalikkuses ja mõttekuses. Mitmesugused vähem või rohkem kunstlikud viiruste süsteemid (klassifitseerimine virioni kuju järgi, peremeesorganismi järgi, tekitatava haiguse väliste tunnuste järgi jm) valitsesid kuni 1966. aastani, mil Rahvusvaheline Viiruste Nomenklatuuri Komitee (ICNV) määras kindlaks viiruste taksonoomia soovituslikud põhimõtted.
Tänapäevase viiruste nomenklatuuri järgi jaotatakse viirused neis sisalduva nukleiinhappe tüübi järgi RNA-viirusteks ja DNA-viirusteks. Need suured rühmad jagunevad omakorda seltsideks, sugukondadeks, perekondadeks, liikideks ja tüvedeks, kusjuures nende taksonite definitsioonid ei lange kokku mujal bioloogias kasutatavatega. Peamiseks erinevuseks on vastava taksoni monofüleetilisuse nõude puudumine, välja arvatud tüvede puhul. Sugukonna tasandini määramisel kasutatakse laialdaselt Baltimore'i klassifikatsiooni, mille kohaselt jagunevad viirused järgnevalt: 1) dsDNA viirused, 2) ssDNA viirused, 3) dsRNA viirused, 4) (+)-ahela ssRNA viirused, 5) (-)-ahela ssRNA viirused, 6) RNA pöördtranskribeerivad viirused ja 7) DNA pöördtranskribeerivad viirused.
Viiruste taksonitele omistatakse ladinakeelsed nimetused, kusjuures seltside nimed saavad lõpu -virales, sugukondade nimed lõpu -viridae, ja perekonnad lõpu -virus. Liikide puhul ei rakendata ladinakeelset binaarset nomenklatuuri (liigi nime, mis koosneb perekonna nimest ja liigiepiteedist). Nimedes võib kasutada ka kreeka tähti ja numbreid (nt λ faag, SV40).

DNA-viirused

DNA-viirused on suurim ja mitmekesiseim viiruste rühm. Kõik nad sisaldavad valgulises kapsiidis paiknevat ühte või mitut DNA molekuli. Need võivad koosneda üksikust DNA ahelast, või olla kaksikahelalised, nagu enamikul elusorganismidest. Peremeesorganismi rakku siseneb kas viirus tervikuna või ainult tema DNA (sageli bakterite viiruste puhul). Levinuimateks DNA viiruste virionide kujudeks on filamentsed, ikosaeedrilised, spiraalsed kui ka faagi kujulised viirused.
DNA viiruste hulka loetakse ka retroviirused, kes küll algselt DNAd ei sisalda, kuid kelles sisalduva RNA järgi rakus DNA sünteesitakse.

RNA-viirused

RNA replikatsioon on ühelt poolt väga efektiivne ja kiire, aga teisalt ka ebatäpne. Seetõttu on RNA-viirustele omane suur muutlikkus ja kiire evolutsioneerumine.
Enamiku RNA-viiruste infektsioonitsükkel toimub raku tsütoplasmas, kuid on ka erandeid (näiteks gripiviirus).

Viiruste ökoloogiast

Kõik viirused on elusorganismide siseparasiidid. Nad sisenevad peremeesorganismi rakku, või sisestavad sinna oma nukleiinhappe. Viiruslik nukleiinhape (DNA) integreerub peremeesraku kromosoomi, või ka transleeritakse otse, mõnede RNA-viiruste RNA põhjal valmistatakse rakus sellele vastav DNA, mis kromosoomi integreerub (pöördtranskriptsioon; vt retroviirused).
Nakatumise esimest staadiumit, kus viirus end n-ö rakus "sisse seab" ja oluliselt viimase normaalset talitlust ei mõjuta, nimetatakse lüsogeenseks faasiks. See võib sõltuvalt tingimustest ja viirusest kesta mõnest minutist paljude aastateni. Nakatumise teine staadium kannab nime lüütiline faas, mille käigus raku normaalne elutegevus katkestatakse, ning kujundatakse ümber uute viirusosakeste tootmiseks. Uued virionid väljuvad rakust (sellega võib kaasneda raku surm) ning üritavad nakatada uusi rakke. Selline viiruste paljunemine ja organismi normaalse talitluse häirimine kutsub enamasti esile vähem- või rohkem tõsise viirushaiguse. Viiruste sisenemine peremeesraku genoomi võib esile kutsuda ka muid raku talitluse häireid, millest tähtsaimaks võib pidada raku muutumist kasvajarakuks (vt tuumorviirused). Raku talitluse häirimine ja raku või peremeesorganismi tapmine pole viirusele tegelikult enamasti kasulikud, kuna võtavad viiruselt võimaluse edasi paljuneda. Nii ongi levinuimad ja ökoloogiliselt edukaimad need viirused, mis peremeesorganismi normaalset elutegevust vähe mõjutavad.