Εκκλησιαστική ιστορία της Ελλάδας (1821-1827)

Η σχέση με το Οικουμενικό Πατριαρχείο

Ο διάδοχος του Γρηγόριου Ε' , Ευγένιος Β΄ , προσπάθησε να κατασιγάσει την οργή των Τούρκων σε βάρος των Ελληνικών πληθυσμών της πρωτεύουσας και των Οθωμανοκρατούμενων περιοχών. Στους μήνες Μάιο και Ιούνιο του 1821 ήλθε σε επαφή με αξιωματούχους της Πύλης διαβεβαιώνοντάς τους για αποκατάσταση των σφαλμάτων όσων ξεσηκώθηκαν και υποσχόμενος απεριόριστη υπακοή και υποταγή στο μέλλον. Τον Αύγουστο του ίδιου έτους κλήθηκε ο Ευγένιος από την Πύλη να εκδώσει καταδίκη κατά της ελληνικής επανάστασης. Στην εγκύκλιο του αυτή ο Ευγένιος Β΄ μεταξύ άλλων υποσχόταν άρση του αφορισμού σε εκείνους που θα εγκατέλειπαν τον αγώνα. Η εγκύκλιος αυτή καταδικάστηκε από τους ιεράρχες της Πελοποννήσου οι οποίοι αναθεμάτισαν τον Πατριάρχη: το καταδικαστικό κείμενο υπόγραψαν εικοσιοκτώ επίσκοποι και χίλιοι ιερείς. Ο μετά τον Ευγένιο Πατριάρχης Άνθιμος Γ’ παύτηκε από τον Σουλτάνο και εξορίσθηκε, διότι αποδείχθηκε αδρανής και ανάξιος προς κατευνασμόν των εξεγερθέντων Ελλήνων. Ο διαδεχόμενος αυτόν Χρύσανθος (1824-1826) με την εκλογή του δημοσίευσε εγκύκλιο προτρεπτική προς τους Έλληνες για ειρήνευση, γράφοντας ειδικώς προς τους Κρήτες και τους μοναχούς του Αγίου Όρους 
Κατά τη διακοπή των μεταξύ τους σχέσεων οι Ελλαδίτες αρχιερείς μνημόνευαν στις ιεροτελεστίες τους πάσης Επισκοπής ορθοδόξων Η μη μνημόνευση των διαδόχων του Γρηγορίου Ε' δεν μπορεί να εννοηθεί πως κινείται «προς την κατεύθυνση της αυτονομήσεως της Εκκλησίας των απελευθερωμένων περιοχών» από την Κωνσταντινούπολη.
Η συνείδηση των επαναστατημένων Ελλήνων ήταν προσανατολισμένη στην εθνική ολοκλήρωση με την ενσωμάτωση και της Κωνσταντινούπολης,άρα και της έδρας του Οικουμενικού Πατριαρχείου, στο Ελληνικό κράτος. Έτσι σε συνεδρίαση του Βουλευτικού (Μάρτιος 1822) προκρίθηκε η σύσταση Αρχιερατικής συνέλευσης από έξι ή οκτώ Αρχιερείς της ελεύθερης Ελλάδας για την πλήρωση κενών επισκοπικών εδρών και την αντιμετώπιση διαφόρων επισυμβασών καταχρήσεων. Προφορικώς αποφάσισαν τα μέλη της Β΄ Εθνοσυνέλευσης του Άστρους να μην δέχονται όσο διαρκεί η Επανάσταση αρχιερείς από την Κωνσταντινούπολη ή καμία έγγραφη πράξη από αυτήν. Όμως ταυτόχρονα είχε συνειδητοποιηθεί το γεγονός πως κάθε απόπειρα ανάλογης ρύθμισης συνδεόταν με τη διατήρηση των κανονικών σχέσεων με τον Οικουμενικό θρόνο. Το υφιστάμενο δικαιοδοσιακό καθεστώς του Πατριαρχείου γινόταν σεβαστό. Έτσι οι δύο πρώτες εθνοσυνελεύσεις απέφυγαν να ρυθμίσουν ανάλογα θέματα.
Όσον αφορά το Πατριαρχείο «στο ζήτημα του κανονικού καθεστώτος, δεν μπορούσε να εκφρασθεί επίσημα ή ανοικτά,διότι θα προκαλούσε την οργισμένη τουρκική αντίδραση, αφού η Πύλη θεωρούσε τις επαναστατημένες περιοχές έδαφος της Οθωμανικής αυτοκρατορίας».
Στις 25 Οκτωβριου 1824 υποβλήθηκε σχετικό αίτημα προς τη Διοίκηση για να ζητηθεί άγιο Μύρο λόγω έλλειψής του από την Ελλαδική εκκλησία. Αυτή ανέθεσε στον Γεράσιμο Πανά να το φέρει στην Ελλάδα από την Κωνσταντινούπολη.

Θανατώσεις και  φυλακίσεις

Οι επίσκοποι που πήγαν στην Τρίπολη συνελήφθησαν από τους Τούρκους και φυλακίστηκαν. Ήταν οκτώ: Κορίνθου Κύριλλος, Μονεμβασίας Χρύσανθος, Δημητσάνας Φιλόθεος, Ναυπλίου και Άργους Γρηγόριος, Χριστιανουπόλεως Γερμανός, Ολένης Φιλάρετος, Ανδρούσης Ιωσήφ και Τριπόλεως Δανιήλ. Από αυτούς οι πέντε πέθαναν στη φυλακή. Οι υπόλοιποι, Κύριλλος, Ιωσήφ και Δανιήλ, ελευθερώθηκαν όταν η Τρίπολη έπεσε στα χέρια των Ελλήνων, το Σεπτέμβριο του 1821.
Από τον Απρίλιο μέχρι τον Ιούνιο του 1821 υπέστησαν μαρτυρικό θάνατο οι: Εφέσου Διονύσιος, Νικομηδείας Αθανάσιος, ο Αγχιάλου Ευγένιος, ο Θεσσαλονίκης Ιωσήφ, ο Αδριανουπόλεως Δωρόθεος, ο Σωζοπόλεως Παΐσιος, ο Γάνου και Χώρας Γεράσιμος, ο Θεοδωροπόλεως, ο Κίτρους Μελέτιος, ο Κρήτης Γεράσιμος, ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Κυπριανός, ο Κιτίου Μελέτιος, ο Πάφου Χρύσανθος, ο Κηρύνειας Λαυρέντιος, ο Μυριουπολεως, ο Τυρνόβου Ιωαννίκιος, ο Δέρκων Γρηγόριος και ο διατριβών στην Κωνσταντινούπολη πρώην Οικουμενικός Πατριάρχης Κύριλλος.
Κάποιοι εξ αυτών κλήθηκαν να διαμεσολαβήσουν μεταξύ Τούρκων και επαναστατημένων Ελλήνων, όπως ο Κυδωνίας που μετά την αποφυλάκισή του πέθανε από τις κακουχίες.
Από τους 200 αρχιερείς επώνυμα έλαβαν μέρος 73, δηλαδή 36,5%. Βασανίσθηκαν, φυλακίσθηκαν 42, δηλαδή 21,0% και θανατώθηκαν στα πεδία της μάχης 45, δηλαδή 22, 5% Συνολικά 80% των αρχιερέων συμμετείχαν στην Ελληνική Επανάσταση.

Στην ηγεσία της Επανάστασης

Στο πρώτο έτος των συγκρούσεων στην Πελοπόννησο,οι επίσκοποι συχνά καλούνταν να αναλάβουν την ηγεσία στο πολιτικό και στο πολεμικό πεδίο. Οι διάφορες διακηρύξεις που έκαναν οι επαναστάτες περιείχαν τα ονόματα τουλάχιστον ενός ή δύο επισκόπων και μερικών κληρικών.
Στη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης αναφέρονται χαρακτηριστικά ο Ρώγων Ιωσήφ στο Μεσολόγγι, ο Αθανάσιος Διάκος στην Αλαμάνα, ο Ησαΐας Σαλώνων στην μάχη της Αλαμάνας, ο Έλους Άνθιμος με τον Βρεσθένης Θεοδώρητο οι οποίοι πολέμησαν στην πολιορκία της Τριπόλεως, ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος ή Παπαφλέσσας που θανατώθηκε στο Μανιάκι, ο Παπαγιώργης από το Περθώρι με δικό του μικρό σώμα πολεμιστών θανατώθηκε επίσης στο Μανιάκι, ο Άνθιμος Γαζής αρχηγός της Επανάστασης στο Πήλιο, ο Θεόφιλος Καΐρης που ύψωσε τη σημαία της Επανάστασης στην Άνδρο και μετείχε στην αποτυχημένη εκστρατεία στον Όλυμπο, ο Νεόφυτος Καρύστου στον οποίο ο Δημήτριος Υψηλάντης ανέθεσε την κατά της Καρύστου εκστρατεία, τον Νεόφυτο Ταλαντίου και τον Δημήτριο Παπατσώρη
Ο Κερνίτσης Προκόπιος στέλνεται στη Γαστούνη να ξεσηκώσει τους Ηλειώτες
Αλλά και ο απλός κλήρος συμμετέχει με διάφορους τρόπους: οι ιερείς της Εύβοιας παρευρίσκονται και εμψυχώνουν τους συμπατριώτες τους στη μάχη των Βρυσακίων κατά του Ομέρ Βρυώνη.
Αρκετοί από αυτούς μετεπαναστατικώς τιμήθηκαν
και έγινε προσπάθεια να λάβουν τιμητικές συντάξεις.

Ο κλήρος και η πολιτική οργάνωση των επαναστατημένων Ελλήνων

Κληρικοί οι οποίοι μετείχαν στα κοινοβούλια του Αγώνος ήταν ο Βρεσθένης Θεοδώρητος στη Συνέλευση των Καλτετζών-Γερουσία Πελοποννήσου και αργότερα στην Πελοποννησιακή γερουσία, ο Ταλαντίου Νεόφυτος και ο αρχιμανδρίτης Άνθιμος Γαζής στον Άρειο Πάγο της Ανατολικής Χέρσου Ελλάδος,  στην Πελοποννησιακή Γερουσία επίσης οι Κορίνθου Κύριλλος Ροδόπουλος, αρχιμανδρίτης Αμβρόσιος Φραντζής και ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος.
Στις εργασίες της Α’ Εθνοσυνέλευσης οι Παλαιών Πατρών Γερμανός, Ταλαντίου Νεόφυτος, Λίτζας και Αγράφων Δοσίθεος, ο Άνθιμος Γαζής, ο ιεροδιάκονος Γρηγόριος Κωνσταντάς και ηγούμενος της Μονής Αγίων Ασωμάτων Ταξιαρχών Διονύσιος Πετράκης.
Μέλη του Βουλευτικού Σώματος στην Α’ περίοδο (Ιανουάριος1822-Απρίλιος 1823) διετέλεσαν οι Π.Π.Γερμανός (βουλευτής Πελοποννήσου), ο Γρηγόριος Κωνσταντάς (βουλευτής Δημητριάδος), ο ιερομόναχος Βενιαμιν ο Λέσβιος (βουλευτής Πελοποννήσου), Στην β’ περίοδο (Απρίλιος 1823-Οκτώβριος 1824) μέλη του: ο Βρεσθένης Θεοδώρητος (βουλευτής Μυστρά και αντιπρόεδρος του σώματος), ο Γρηγόριος Μεθώνης, Ναυαρίνου και Νεοκάστρου (βουλευτής Νεοκάστρου), ο Πορφύριος Άρτας και Ναυπάκτου (βουλευτής Ζυγού-Αιτωλίας), ο αρχιμ. Γεράσιμος Παγώνης (βουλευτής δυτικής Σπάρτης), ο ιερέας Θεόδωρος Οικονόμος Κανελλόπουλος (βουλευτής Μεθώνης), ο ιερέας Νικόλαος Οικονόμου (βουλευτής Ανατ. Σπάρτης), ο Θεόφιλος Καΐρης βουλευτής Άνδρου. Στην γ’ περίοδο (Οκτώβριος 1824-Απρίλιος  1826): ο Βρεσθένης Θεοδώρητος (βουλευτής Μυστρά), ο Νεόφυτος Καρύστου (βουλευτής Καρύστου), ο Θεόφιλος Καΐρης (βουλευτής Άνδρου), ο ιερέας Δημήτριος Γρίβας (βουλευτής Άνδρου) 
Στην Γ’ εν Τροιζήνι Εθνική Συνέλευση προτάθηκε η μη ανάμειξη στα πολιτικά και στρατιωτικά υπουργήματα του κλήρου, ενώ στο άρθρο 24 του Πολιτικού Συντάγματος της Ελλάδος προβλεπόταν ο αποκλεισμός από κάθε δημόσιο υπούργημα των κληρικών. Οι πρεσβύτεροι διατηρούσαν το δικαίωμα του εκλογέως πάντως. Ωστόσο μετά την ψήφιση του Συντάγματος στην Βουλή που συγκροτήθηκε την Δ’ περίοδο κατά παράβαση του Πολιτικού Συντάγματος συμμετείχαν : ο Βρεσθένης Θεοδώρητος (βουλευτής Μυστρά), ο Καρύστου Νεόφυτος (βουλευτής Καρύστου), ο Άρτης και Ναυπάκτου Νεόφυτος(βουλευτής Βενετικού), ο αρχιμανδρίτης Λεόντιος Καμπάνης (βουλευτής Άνδρου), ο ιερέας Ελευθέριος Πανούσης (βουλευτής Δερβενοχωρίων),ο ιερομόναχος Νεόφυτος Οικονόμος (βουλευτής Κρήτης) Κάποιοι εξ αυτών συμμετείχαν στις πολιτικές αντιθέσεις της εποχής: ο Ανδρούσης Ιωσήφ επιτιμά τον Ρέοντος και Πραστού Διονύσιο,ο οποίος μαζί με κάποιους άλλους αρχιερείς, είχε σταματήσει να μνημονεύει κατά τις ιερές ακολουθίες τη Διοίκηση και τα λοιπά συντεταγμένα σώματα του έθνους. Επίσης πολλοί εξ αυτών υπέγραψαν την Πράξη της υποτέλειας προς τη Μεγάλη Βρετανία το 1825, ο Π. Π. Γερμανός συμμετείχε στην ‘’Επιτροπή της Συνελεύσεως’’ του 1826 που αποσκοπούσε στην σύναψη συμβιβασμού με την Πύλη για να καταβάλει σε αυτήν φόρο υποτέλειας το Ελληνικό κράτος, ο Βρεσθένης Θεοδώρητος συμμετείχε ως Αντιπρόεδρος του Βουλευτικού Σώματος στον πολιτικό διχασμό των ετών 1823-1824, ο μητροπολίτης Πορφύριος ως συνήγορος της Διοικήσεως δίκαζε τον Γεώργιο Καραϊσκάκη.
Υπήρχαν επίσης επίσκοποι που ζητούσαν να τοποθετηθούν σε έδρες της προτιμήσεώς τους και όταν το αίτημά τους δεν ικανοποιείτο ζητούσαν τη μεσολάβηση άλλων παραγόντων: έτσι ο αρχιμανδρίτης Λεόντιος Καμπάνης γνωρίζοντας την απουσία του μητροπολίτη Σίφνου από την έδρα του αποφάσισε να διεκδικήσει την τοποθέτησή του σε αυτή,  απευθύνθηκε στο Υπουργείο της θρησκείας  και  αφού καθυστερούσε η απάντηση ζήτησε τη μεσολάβηση του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, με το οποίο διατηρούσε σχέσεις και τον παρακάλεσε να συνηγορήσει υπέρ του αιτήματός του. Ο Κολοκοτρώνης μεσολάβησε και ο το αίτημα του Λεόντιου ικανοποιήθηκε 
Τα κίνητρα όλων των εκπροσώπων της Εκκλησίας δεν ήταν πάντα ανιδιοτελή και πατριωτικά. Τυxοδιωκτισμός και ιδιοτέλεια χαρακτήριζε τις πράξεις ορισμένων εξ αυτών, όπως ο Αμβρόσιος Χελιδώνης, ο οποίος λόγω της αρχομανίας τους θέλησε να εξαργυρώσει την εθνική προσφορά του με αντάλλαγμα την τοποθέτησή του ως ηγουμένου σε μοναστήρι.

Το ζήτημα των χειροτονιών και των μεταθέσεων

Όταν ξέσπασε η επανάσταση υπήρχαν τριάντα οκτώ μητροπολίτες, αρχιεπίσκοποι και επίσκοποι, στο τμήμα που θα αποτελούσε το νεοσύστατο ελληνικό κράτος. Δέκα έξι από αυτούς ήταν στην Πελοπόννησο,έντεκα στην Στερεά Ελλάδα και έντεκα στα νησιά. Όλοι είχαν τοποθετηθεί κανονικά από τον Πατριάρχη Κωνσταντινούπολης. Η εκκλησιαστική διοίκηση των κενών επισκοπών ανατέθηκε στους πρωτοσύγγελους μέχρι την αλλαγή της κατάστασης.
Οι πολεμικές συνθήκες, φυλακίσεις, θάνατοι, εξορίες, συμμετοχή σε ένοπλα σώματα, είχαν σαν αποτέλεσμα την αποδιοργάνωση της εκκλησιαστικής ζωής. Μια τέτοια περίπτωση ήταν του Καλλίνικου Ηλιάδη, αρχιεπισκόπου Μήλου και Κιμώλου, ο οποίος ήταν ένας εξ όσων υπέγραψε τον αφορισμό της Ελληνικής Επανάστασης και ενώ διορίστηκε πατριαρχικός έξαρχος Σποράδων ερχόμενος για περιοδεία στην περιοχή ευθύνης του, συνελήφθη, φυλακίσθηκε για δυο χρόνια στις φυλακές του Ευρίπου απελάθηκε στην Κωνσταντινούπολη. Το Βουλευτικό με θέσπισμά του (Μάρτιος 1822) ανάθεσε σε συνέλευσιν Αρχιερατικήν να εξετάσει τα χρέη και δικαιώματα του Κωνσταντινουπόλεως σχετικά με το δίκαιο των χειροτονιών επί των χηρευόντων θρόνων. Λόγω όμως των συνθηκών αναβλήθηκε προσωρινά η επίλυση του θέματος. Όμως λόγω του ότι ο Χρύσανθος Λακεδαίμονος είχε προβεί σε χειροτονία άλλου επισκόπου χωρίς την άδεια της Διοικήσεως εγκλήθηκε από τον Ανδρούσης Ιωσήφ στην Εκτελεστική Επιτροπή της Κυβέρνησης. Εκείνος δικαιολογήθηκε ότι χρειαζόταν έναν βοηθό επίσκοπο λόγω της κακής του υγείας.
Ο Ανδρούσης Ιωσήφ προς θεραπεία της όλης κατάστασης πρότεινε τον διορισμό επιτροπών με σκοπό την αναφορά των όποιων αντικανονικών πράξεων στη Διοίκηση δια του Υπουργείου της θρησκείας και τον περιορισμό της αντικανονικής ανάμιξης των Εφόρων, των περιφερειακών οργάνων της Διοίκησης.
Το Εκτελεστικό με απάντησή του στον Μινίστρο της Θρησκείας προέκρινε ως λύση τη σύσταση κεντρικού διοικητικού οργάνου για την επίλυση του θέματος, χωρίς όμως να αποκλείει την κατ' οικονομίαν επίλυση του ζητήματος με προσωρινό διορισμό επιτροπών, αλλά έδειχνε και την απροθυμία του να υιοθετήσει την πρόταση του Ανδρούσης και τελικά την επιθυμία του να είναι αυτό που θα ελέγχει πλήρως τις πράξεις των εκκλησιαστικών οργάνων.
Επειδή όμως δεν είχε συγκληθεί σύνοδος αρχιερέων για την εξέταση των κανονικών δικαίων του Φαναρίου, τα αιτήματα του ποιμνίου ήταν συνεχόμενα για κάλυψη των χηρευόντων θρόνων, και η ανάγκη για είσπραξη των εκκλησιαστικών εισοδημάτων προς όφελος του Εθνικού Ταμείου ήταν επιβεβλημένη, η απόφαση για μη διορισμό επιτροπών εγκαταλήφθηκε: έτσι διορίστηκε επίτροπος στην επαρχία Σαντορίνης, Ωλένης, Κέας, Έλους, Χριστιανουπόλεως, Μονεμβασιάς. Εκτός της χειροτονίας επισκόπων ένα άλλο ευαίσθητο ζήτημα ήταν η χειροτονία διακόνων και ιερέων, κάτι για το οποίο το Εκτελεστικό αξίωνε να είναι  αρμόδιο για την εποπτεία των διαδικασιών: η προσπάθεια ελέγχου δικαιολογείτο από την έλλειψη προσόντων των υποψηφίων, από την πληθώρα των ιερέων και την ανάγκη περιορισμού τους για οικονομικούς λόγους. Σε αυτήν την πρόταση αντέδρασε το Βουλευτικό επικαλούμενο του ιερούς κανόνες. Όμως και τα δύο σώματα υιοθετούσαν την άποψη για πλήρη έλεγχο εκ μέρους της πολιτείας  της εκλογής των κληρικών προς αποφυγήν ενδεχομένων καταχρήσεων  Έτσι σε βούλευμά του το Βουλευτικό ζητά την προηγούμενη έγκριση του Υπουργείο για κάθε νέα χειροτονία κληρικών και μοναχών με απώτερο στόχο τον έλεγχο της μοναστηριακής περιουσίας. Το ίδιο ίσχυσε και για τις σταυροπηγιακές μονές τον διορισμών των ηγουμένων τους διεκδίκησε η Διοίκηση.
Στις περιοχές που δεν επικράτησε η επανάσταση οι χειροτονίες ήταν ομαλές και η διαδοχή των επισκόπων επίσης: στα επισκοπή Ιωαννίνων με τον θάνατο του Γαβριήλ το 1826 τον διαδέχεται ο Βενέδικτος

Η συνοδική λειτουργία της ιεραρχίας των απελευθερωμένων επαρχιών

Με πρωτοβουλία της Διοίκησης παρουσιάζεται για πρώτη φορά η τάση μεταρρύθμισης των εκκλησιαστικών πραγμάτων, για τις αρμοδιότητες της οποίας ανατέθηκε στον Υπουργό της Θρησκείας, ενώ σε τοπικό επίπεδο υπεύθυνος ορίστηκε ο Έφορος της Λατρείας (θεσμός στην Ανατολική Χέρσο Ελλάδα). Οι διοριζόμενοι επιστάτες των επαρχιών ήταν συναρμόδιοι με τους κατά τόπους αρχιερείς κυρίως στις χηρεύουσες επαρχίες.

Πρωτοβουλίες εκ μέρους αρχιερέων  για την οργάνωση της Εκκλησίας

Λόγω της εμπόλεμης κατάστασης είχε διακοπεί κάθε μορφής επικοινωνία με το εκκλησιαστικό κέντρο, Αυτό  δεν σήμαινε οριστική διακοπή της εξάρτησης από το Πατριαρχείο αλλά προσωρινή αδυναμία διακυβέρνησής τους Δεν ήταν αυτό ανωμαλία από κανονική άποψη.
Η μη μνημόνευση του Πατριάρχη θα μπορούσε να ληφθεί ως διακήρυξη ανεξαρτησίας από αυτόν, όμως αυτή ήταν περιστασιακή και προσωρινή. Η μη μνημόνευση του Πατριάρχη οφειλόταν και στην αδυναμία αποστολής από την Κων/πόλη των επιστολών ‘’της ειδήσεως’’ για την αναγγελία της εκλογής νέου Πατριάρχη. Επίσης πολλοί αγνοούσαν και το όνομα του Πατριάρχη, επειδή μέσα σε επτά χρόνια εξελέγησαν διαδοχικά 4 Πατριάρχες.
Η πολιτική εξουσία βρήκε μια προσωρινή λύση θεσπίζοντας το αξίωμα του Μνίστρου της θρησκείας, που θα δινόταν σε έναν ιεράρχη.
Δεν γνωρίζουμε αν είχε επιδράσει ο Κοραής στην ιδέα της Α’ Εθνοσυνέλευσης περί συγκρότησης μιας Διαρκούς Ιεράς Συνόδου ή αν είχε ομοιότητες με τη Ρωσική Σύνοδο. Η πρόταση του Βουλευτικού για συνέλευση αρχιερατική, που τελικά δεν έγινε, θα ήταν η πρώτη Σύνοδος της Ιεραρχίας της ελεύθερης Ελλάδας.
Σχέδια για την οργάνωση της Εκκλησίας κατά την Επανάσταση υπέβαλαν διάφοροι αρχιερείς: στη Β' Εθνοσυνέλευση ανεγνώσθη γνώμη περί εκκλησιαστικής ευταξιας και επροβλήθη περί εκκλησιαστικής κεφαλής εις την Ελλάδα -εννοώντας προφανώς για το τελευταίο τις σχέσεις με το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Ανατέθηκε στον Μινίστρο της Θρησκείας να δώση σχέδιον εις την Διοίκησιν περί εκκλησιαστικής διατάξεως. Το 1826 δόθηκαν οδηγίες στην Επιτροπή της Συνελεύσεως οι οποίες αφορούσαν τους όρους ειρήνευσης που ήταν αποδεκτοί από την Ελλάδα και που θα υποβάλλονταν στην Στράφορντ Κάννινγκ. Σε μια παράγραφο που έθιγε τις μελλοντικές σχέσεις του Πατριαρχείου με μια ανεξάρτητη ή αυτόνομη Ελλάδα, το έγγραφο έδινε εντολή στην Επιτροπή να μην δεχθή ώστε η Πόρτα να έχη μέρος ή επιρροήν, μήτε εκ πλαγίου μήτε κατ' ευθείαν,εις την Εσωτερικήν Κυβέρνησιν, είτε Πολιτικήν, είτε Εκκλησιαστικήν της Ελλάδος. Μια ακόμα πρωτοβουλία ελήφθη από τους Τριπολιτσάς Δανιήλ, Κορίνθου Κύριλλο, Βρεσθένης Θεοδώρητο, Ρέοντος και Πραστού Διονύσιο και Ανδρούσης Ιωσήφ. Αυτοί στις 21 Φεβρουαρίου 1827 υπέβαλαν αναφορά στην Γ' Εθνοσυνέλευση πρότειναν τη σύγκληση κανονικών αρχιερέων για να αποφασίσουν τα αναγκαία για τη διαφύλαξη των εκκλησιαστικών κανόνων. Η Εθνοσυνέλευση θα συγκροτούσε επιτροπή από εννέα μέλη, 7 λαϊκούς και 2 κληρικούς για να εκπονήσουν σχέδιο ανάλογο. Καλούσε ταυτόχρονα τους προηγούμενους πέντε αρχιερείς που υπέβαλαν το σχετικό υπόμνημά τους να καταθέσουν και τη δική τους πρόταση. Στις 9 Απριλίου 1827 κατέθεσαν το σχέδιό τους στην εννεαμελή επιτροπή. Το εν τάχει εκπονηθέν σχέδιό τους αποτελείτο από 24 άρθρα τα κυριώτερα σημεία του οποίου αναφέρονταν στα εξής: διορισμός τριμελούς ή πενταμελούς συνόδου με τον τίτλο Επιτροπή Εκκλησιαστική, καθορισμός των υποχρεώσεών της: αποκλεισμός από την πολιτική ζωή και απαγόρευση ανάληψης στρατιωτικών αρμοδιοτήτων, να μεριμνά για την κάλυψη των χηρευουσών επαρχιών, για το κήρυγμα, τις μονές, τη σύσταση σχολείων, την επίλυση των διαφορών μεταξύ κληρικών, τις κληρονομικές υποθέσεις, τα συνοικέσια, την επιβολή κυρώσεων, για τα οικονομικά της Εκκλησίας. Τέλος προβλεπόταν η μη απόσπαση της Εκκλησίας της Ελλάδος από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. ο τίτλος ‘’Επιτροπή Εκκλησιαστική’’ έδειχνε πως δεν θα διοικούσε με αυτοτέλεια ,αλλά ‘’επιτροπικώς’’ , προσωρινά, και με περιορισμένη δικαιοδοσία (δεν γίνεται λόγος για χειροτονίες).
Όπως σχολιάζει ο καθηγητής του Εκκλησιαστικού δικαίου Ιωάννης Κονιδάρης, «[...]απλή και μόνο ανάγνωση του σχεδίου [...] δεν αφήνει αμφιβολίες ότι η ουσιαστική διοίκηση της Εκκλησίας περιερχόταν στην Εκκλησιαστική Επιτροπή και μάλλον διακοσμητικός επρόκειτο να είναι ο ρόλος του Πατριαρχείου». Το σχέδιο αυτό δεν έμελλε να υλοποιηθεί. Η σημασία του προτεινόμενου σχεδίου έγκειτο στο ότι αποτύπωνε τον προσδοκώμενο από τον ανώτερο κλήρο ρόλο που θα έπαιζε ο ίδιος στο μετεπαναστατικό ελληνικό κράτος, ρόλο αυτόνομο. Επίσης αποτύπωνε την αντίδρασή τους στις πολιτικές και στις ιδέες που κόμιζαν οι εκσυγχρονιστές σε όλη τη διάρκεια της επαναστατικής περιόδου. Όπως καθοριζόταν το πλαίσιο των αρμοδιοτήτων αφορούσε το τετράπτυχο:δόγματα, κανόνες, ηθική διδασκαλία, λατρεία. Η Εκκλησία σταδιακά ταυτιζόταν με την Ιεραρχία, καθορίζονταν αντικείμενα ελέγχου που τόνιζαν την ελεγκτική  αρμοδιότητα της Εκκλησίας,  που με τη σειρά της αυτή η ελεγκτική αρμοδιότητα στήριζε την ιερατική δομή της Εκκλησίας.

Πειθαρχική εξουσία

Η διακοπή των σχέσεων με το Φανάρι, η απουσία συνοδικού οργάνου, και η τάση της Διοίκησης να ελέγχει τα εκκλησιαστικά ζητήματα είχε σαν αποτέλεσμα να ασκείται η πειθαρχική εξουσία δια του Υπουργείου της Θρησκείας. Έτσι  ο απομακρυσμένος από τις προηγούμενες τοπικές αρχές Σαντορίνης Ζαχαρίας Β', επειδή είχε κατηγορηθεί για μη απόδοση των συλλεγέντων φόρων στη διοίκηση,  επανήλθε από τους αρμοστές των νήσων του Αιγαίου. Ο Σάμου Κύριλλος κλήθηκε σε απολογία στο Υπουργείο της Θρησκείας με την κατηγορία του φατριασμού κατά της Διοικήσεως επειδή προέτρεπε τους Σαμιώτες να μην δεχθούν τον διορισμένο από την Διοίκηση έπαρχο. Ο Αιγίνης Γεράσιμος κατηγορήθηκε για παράβαση των νόμων όταν  μετέβει στα Ιόνια νησιά για λόγους υγείας παρά την ρητή απαγόρευση της Διοίκησης. Το Βουλευτικό ζήτησε την καθαίρεσή του από το Εκτελεστικό το οποίο τελικά τον απάλλαξε των κατηγοριών. Ο Παροναξίας Ιερόθεος κατηγορήθηκε από τη Διοίκηση για αντιπολιτευτικές ενέργειες υπέρ του Δημήτριου Υψηλάντη, συνελήφθη και το Βουλευτικό εισηγήθηκε την καθαίρεσή του  διά του Υπουργού της Θρησκείας. Γενικά στο θέμα της εκκλησιαστικής πειθαρχίας από τη  Διοίκηση παρατηρείται συνεργασία των κατά τόπους αρχιερέων με το Υπουργείο της Θρησκείας για την πιο αποτελεσματική απονομή της εκκλησιαστικής δικαιοσύνης, «κάτι που δεν αντέβαινε στην ορθόδοξη πολιτική θεολογία».

Επαρχιακή οργάνωση και εκκλησιαστικοί τίτλοι

Με την μεταβολή της εκκλησιαστικής επαρχιακής οργάνωσης ασχολήθηκε η Γερουσία της Δυτικής Ελλάδος όταν τοποθέτησε τον Πορφύριο στην Μητρόπολη Ναυπάκτου και Άρτης στη θέση του διορισμένου από τις Τουρκικές αρχές Άνθιμου, και ταυτόχρονα του ανάθεσε νέα καθήκοντα γινόμενος Αρχιεπίσκοπος της ελευθέρας Δυτικής Ελλάδος.
Ο αποδοθείς από την Γερουσία τίτλος μαρτυρούσε την άγνοια των εκκλησιαστικών διατάξεων εκ μέρους της αλλά και την τάση συγκεντρωτισμού της εκκλησιαστικής διοίκησης της περιφέρειας σε ένα κεντρικό όργανο άμεσα συνεργαζόμενο μαζί της. Επίσης η ενέργεια αυτή της Γερουσίας έχει μια ακόμα σημασία: αποτελεί τη μοναδική περίπτωση ίσως της επαναστατικής περιόδου, «παραθεώρησης των δικαίων των δικαίων της Κωνσταντινουπόλεως», αφού θα μπορούσε να διορισθεί προσωρινώς τοποτηρητής. Τέλος, συνιστούσε την πρώτη περίπτωση εκκλησιαστικού διορισμού που έγινε από την πολιτική εξουσία στην επαναστατημένη Ελλάδα.

Εκκλησιαστική περιουσία και συντήρηση του κλήρου

Σύμφωνα με έκθεση του Πατριάρχη Χρύσανθου του Απριλίου 1825, η οποία περιείχε κατάλογο των χρεών διαφόρων επισκοπών προς το Πατριαρχείο, οι επαναστατημένες εκκλησιαστικές επαρχίες Πελοποννήσου, Ρούμελης και Αιγαίου Πελάγους όφειλαν το συνολικό ποσό των 335.448 γροσίων.
Από το δεύτερο έτος της Ελληνικής Επανάστασης προβλέφθηκε η δήμευση των πολυτελών εκκλησιαστικών σκευών, εκτός των εικόνων και των των ιερών σκευών των προορισμένων για την τέλεση της θείας ευχαριστείας, για την κοπή νομισμάτων. Με την επιτυχία της ελληνικής επανάστασης τα αντικείμενα θα επιστρέφονταν είτε ίδια, είτε στο αντίτιμό της ως εθνικά κτήματα στην Εκκλησία. Η Διοίκηση επέβαλε δεκάτη επί των εσόδων των μονών και άλλες έκτακτες εισφορές σε αρχιερείς και λοιπούς κληρικούς: πρόταση δανεισμού 70.000 γροσίων από τα μοναστήρια του Αιγαίου, επιβολή νέας εισφοράς το 1824 σε Αρχιερείς του Αιγαίου για την κατασκευή πυρπολικών και στις αρχές του ίδιου χρόνου είχε ξεκινήσει έρανος 5000 γροσίων από τις μονές του Μυστρά. Σε κάποιες περιπτώσεις εράνων κληρικοί και μοναχοί δίνουν περισσότερα από τους προύχοντες Πέντε κιβώτια με  σκεύη και άμφια από μονές της Κρήτης διατάχθηκε από το Εκτελεστικό, τον Ιανουάριο του 1826, να εκποιηθούν για την ενίσχυση του Δημόσιου ταμείου.
Οι αρχιερείς που εισέπρατταν μέχρι την επανάσταση τα κανονικά τους δικαιώματα από το ποίμνιό της δικαιοδοσίας τους, άρχισαν να έχουν προβλήματα λόγω των εμπερίστατων συνθηκών του ποιμνίου τους: ο Λοιδωρικίου Ιωαννίκιος απευθύνεται στον απρόθυμο, τελικά, Μαυροκορδάτο και του ζητάει να παρέμβει για να πληρώσουν οι Κραβαρήτες τα αρχιερατικά του δικαιώματα. Ο Ανδρούσης Ιωσήφ μετά από εντολή του Εκτελεστικού αποστέλλει εγκύκλιο (1823) για να καταβάλει κλήρος και λαός τα κανονικά δικαιώματα των αρχιερέων, ενώ ο τοποτηρητής της μητρόπολης Αθηνών Ταλαντίου Νεόφυτος σε επιστολή του (1825) στο Υπουργείο της Θρησκείας μιλάει για αδυναμία συντήρησής του από το ποίμνιό του, όπως ο Άρτας Πορφύριος.
Δεν έλειψαν καταχρήσεις της εκκλησιαστικής και μοναστηριακής περιουσίας από λαϊκούς και κληρικούς  γι' αυτό η Διοίκηση προέβη σε διορισμό στους χηρεύοντες θρόνους κεχωρισμένως κληρικών ως επιστάτες των εκκλησιαστικών εισοδημάτων. Τέτοιες περιπτώσεις είχαμε στις μητροπόλεις Αθηνών (αρχιδιάκονος Δανιήλ Αναστασιάδης), Μονεβασίας (πρωτοσύγκελος Γεράσιμος), Ναυπλίου και Άργους (αρχιμανδίτης Διονύσιος), Δημητσάνης (αρχιμανδρίτης Γεννάδιος Οικονόμου), Χριστιανουπόλεως (πρωτοσύγκελλος Αμβρόσιος) Η μέριμνα για την τοποθέτηση τοποτηρητών στις χηρεύουσες εκκλησιαστικές έδρες αποσκοπούσε κυρίως στην συγκέντρωση εκκλησιαστικών φορολογιών και εισοδημάτων
Όσον αφορά την συντήρηση των απλών ιερέων και αρχιερέων ζητούσαν συχνά την βοήθεια της διοίκησης για τη συντήρησή τους: αυτή τους τοποθετούσε σε διάφορες εκκλησιαστικές επαρχίες για να συντηρούνται από τα κατά τόπους ποίμνια λαμβάνοντας τα λεγόμενα τυχηρά, ενώ οι αρχιερείς σε χειρεύουσες έδρες χωρίς δικαιοδοσία επί της περιουσίας τους. Τα εκκλησιαστικά εισοδήματα δίνονταν για τη συντήρηση ναών, κληρικών ή της όποιας εκπαιδευτικής δραστηριότητας της εποχής, ή για την κάλυψη των διοικητικών και στρατιωτικών αναγκών της εποχής. Όσον αφορά την περιουσία σταυροπηγιακών μονών που ανήκαν στο Πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης ή των μετοχίων της μονής Σινά, του Παναγίου Τάφου, ή του Αγίου Όρους (μετόχι αγίου Γεωργίου στη Σκύρο της Λαύρας Αγίου Όρους ) περιήλθαν όλες αυτές στο Εθνικό Ταμείο κατά τρόπο αυθαίρετο.
Η Διοίκηση στο Σχέδιο Συντάγματος του 1825 προέβλεπε την μέριμνα της Πολιτείας για τη μισθοδοσία του κλήρου απέβλεπε στον έλεγχο της εκκλησιαστικής περιουσίας. Για την Εκκλησία η διαχείριση της περιουσίας της από την ίδια αποτελούσε βασική επιδίωξή της ενώ ο Παλαιών Πατρών Γερμανός επεδίωκε να συσταθεί ιερόν ταμείον  με προαιρετικές εισφορές για την αρωγή κλήρου και λαού,διαχειριζόμενου από την Εκκλησία.

Εκκλησιαστική εκπαίδευση και η μέριμνα για τα εκπαιδευτικά

Η υλικοτεχνική υποδομή της εκπαιδευτικής προσπάθειας βασίσθηκε στα έσοδα από την εκκλησιαστική περιουσία και κυρίως τη μοναστηριακή. Οι επίτροποι των σχολείων της Αθήνας συστήνουν στο Βουλευτικό το 1825 την εκπαίδευση των κληρικών για την αναβάθμιση της από άμβωνος διδαχής. Έτσι συχνά επισημαίνεται η σύσταση από την πολιτεία και ο έλεγχος από αυτήν σχολείων ιεροκηρύκων και πνευματικών. Για τη μόρφωση του κλήρου προτεινόταν Ακαδημία Θεολογίας, κατά τα γαλλικά πρότυπα η οποία θα τελούσε υπό τον άμεσο πολιτειακό έλεγχο. Από τη δική της την πλευρά η Εκκλησία πρότεινε την εξ ιδίων μέσων διοργάνωση εκκλησιαστικής εκπαιδεύσεως.
Οι πολεμικές συνθήκες περιορίζουν τις πρωτοβουλίες χρηματοδότησης των σχολείων από την Εκκλησία. Στη Θεσσαλονίκη χρησιμοποιούνται έσοδα ενοριακών ναών και εκποιούνται αφιερώματα. Το 1825 από τα 1943, 4 γρόσια της επιτροπής της Ελληνικής Σχολής Θεσσαλονίκης τα 1578,1 καλύπτονται από τα εισοδήματα του ναού Αγίου Αντωνίου

H θέση της Εκκλησίας στα Συντάγματα της Επαναστατικής περιόδου

Ο από το Μεσολόγγι ψηφισθείς Οργανισμός της Δυτικής Χέρσου Ελλάδος δεν αναφερόταν στα εκκλησιαστικά πράγματα. Η Νομική Διάταξις της Ανατολικής Χέρσου Ελλάδος ή Οργανισμός του Αρείου Πάγου εισάγει τον νεοφανή νομικό όρο επικρατούσα θρησκεία και ορίζεται ως τέτοια η Ορθόδοξη. Θεσπίζεται η ελευθερία της λατρείας όλων των θρησκειών. Η διάταξη αυτή αναπαράχθηκε από τα ακολουθήσαντα συντάγματα: Προσωρινό Πολίτευμα ή Σύνταγμα της Επιδαύρου (1822), το Σύνταγμα του Άστρους (Νόμος της Επιδαύρου) και το Σύνταγμα της Τροιζήνος (1827). Είναι φανερό πως ο Συνταγματικός νομοθέτης με τη χρήση αυτού του όρου θέλησε να κατοχυρώσει τη δεσπόζουσα ιδεολογική και κοινωνικής θέσης της Ορθόδοξης Εκκλησίας, ενώ ταυτόχρονα αποτελεί απλή επιβεβαίωση μιας υφιστάμενης πραγματικότητας, δηλαδή η συντριπτική πλειονότητα των κατοίκων της απελευθερωμένης Ελλάδας πρεσβεύει το ορθόδοξο δόγμα.
Ο συνταγματικός νομοθέτης θεσπίζοντας τον όρο επικρατούσα θρησκεία ανταποκρινόταν σε μια μακρά και ήδη αποκρυσταλλωμένη πολιτειολογική παράδοση που είχε διαμορφωθεί στη Δύση από το πέρας των θρησκευτικών συγκρούσεων και μετά.
Ταυτόχρονα είχε και ιδεολογικές προεκτάσεις. Σήμαινε ότι το Κράτος θα έπρεπε να υιοθετήσει την ορθόδοξη παράδοση σε κεντρικό συστατικό στοιχείο της επίσημης ιδεολογίας.
Δείγμα της επικράτησης των κοσμικών εκσυγχρονιστικών  απόψεων είναι η καθιέρωση στο Σύνταγμα της Τροιζήνας  του 1827 διατάξεων αποκλεισμού του κλήρου από κάθε πολιτικό αξίωμα.

Ο Υπουργός της Θρησκείας ή Μινίστρος της Λατρείας

O θεσμός καθιερώθηκε στο πλαίσιο του Προσωρινού Πολιτεύματος και με πράξη της 15ης Ιανουαρίου 1822 διορίστηκε ο επίσκοπος Ανδρούσης Ιωσήφ. Ο διορισμός του ήταν αποτέλεσμα στην ισχυρή Πελοποννησιακή επιρροή και στον ενεργό ρόλο που είχε ο κλήρος στην άσκηση της εξουσίας καθώς ήταν μία από τις ηγετικές κοινωνικές ομάδες. Ο μη διορισμός άλλων σημαινόντων ιεραρχών θα πρέπει να αποδοθεί στον περιορισμένο πολιτικό ρόλο που διαδραμάτιζαν οι Υπουργοί γενικώς σε όλη την περίοδο της Επανάστασης, αφού ουσιαστική εξουσία ασκούσε το Εκτελεστικό. Επίσης στην επιτροπή της Θρησκείας για την επεξεργασία νόμων διορίστηκαν οι Πολυχρόνιος Τζαννέτος και Γιαννούλης Καραμάνος. Μεταξύ των αρμοδιοτήτων του ήταν η επιστασία των Εκκλησιαστικών και ιερών Μοναστηρίων[...] να φροντίση [...] ώστε ο κλήρος να διακηρύξη προς τους λαούς της Ελλάδος το σέβας, την υπακοήν και αγάπην , τα οποία οφείλουσι να έχωσι προς την εύνομον της Ελλάδος διοίκησιν. Ο Υπουργός της θρησκείας μετονομάσθηκε σε Μινίστρο της Λατρείας στο Σύνταγμα της Β' Εθνοσυνέλευσης.
H αλλαγή της επωνυμίας του Υπουργείου προκάλεσε την αντίδραση του Ανδρούσης Ιωσήφ, ο οποίος θεωρούσε πως ο νέος τίτλος περιόριζε τις αρμοδιότητές του σε ζητήματα καθαρώς διοικητικά ενώ ο ίδιος θεωρούσε πως ο προηγούμενος κάλυπτε ευρύτερες. Η αλλαγή της ονομασίας εκ μέρους της Πολιτείας έδειχνε πως αντιλαμβανόταν η ίδια τη θέση του θρησκευτικού φαινομένου στην κοινωνική δομή. Ο Ανδρούσης Ιωσήφ απομακρύνθηκε από τη θέση του στα τέλη του 1824 είτε γιατί κατηγορήθηκε, όπως πίστευε ο ίδιος για προσωπικές φιλοδοξίες και οικονομικές καταχρήσεις, είτε γιατί υπέπεσε  σε παράβαση καθήκοντος λόγω της συμμετοχής του σε τριμελή αποστολή για την κατάπαυση του εμφύλιου. Στη συνέχεια προτάθηκε στον Πανούτζο Νοταρά, αλλά αρνήθηκε. Γενικώς το Υπουργείο της Θρησκείας δεν λειτουργούσε ομαλά και μάλλον αδρανούσε, καθώς ο Ανδρούσης Ιωσήφ που βρέθηκε στη θέση του Υπουργείου από τις 15 Ιανουαρίου 1822 μέχρι τις 23 Μαΐου 1823, στη συνέχεια αντικαταστάθηκε από τον ιερομόναχο Δανιήλ Γεωργόπουλο.
O Παναγιώτης Κοδρικάς αντιτάχθηκε στον συγκεκριμένο θεσμό θεωρώντας τον επινόηση της δυτικής πολιτειολογίας οι εκπρόσωποι της οποίας ήθελαν δι' αυτού να ελέγξουν de jure τα εκκλησιαστικά πράγματα. Ο Κοραής πρότεινε την ενσωμάτωσή του στο Υπουργείο Δημοσίας Παιδείας ή ακόμα και στο εσωτερικών ή και το Οικονομίας. O Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος με τη σειρά του πρότεινε το 1823 ο Υπουργός του Δικαίου να είναι αρμόδιος και για τις υποθέσεις του Υπουργού της θρησκείας. Στο Σχέδιο που συντάχθηκε για τη μεταρρύθμιση του Προσωρινού Πολιτεύματος το 1823 στην Ύδρα, προβλεπόταν η κατάργηση του Υπουργού της Θρησκείας και αντιπροτεινόταν η διοίκηση των εκκλησιαστικών από πλήρως ελεγχόμενη από την Πολιτεία σύνοδο.

Η πρόταση του Αδαμάντιου Κοραή για τη διοίκηση της Εκκλησίας

Το 1821 ο Αδαμάντιος Κοραής επιμελήθηκε στο Παρίσι την έκδοση του ‘’Αριστοτέλους πολιτικών τα σωζόμενα’’. Εκεί διατυπώνει προτάσεις για το επαναστατημένο Ελληνικό έθνος και μεταξύ αυτών για τη θέση που πρέπει να κατέχει η Εκκλησία στο νεοσύστατο Κράτος. Ο Κοραής προτείνει ,’’Του ελευθερωθέντος  μέρους της Ελλάδος ο κλήρος δεν χρεωστεί να γνωρίζη ως εκκλησιαστικόν αρχηγόν τον Πατριάρχην Κωνσταντινουπόλεως ενόσω η Κωνσταντινούπολις μένει μολυσμένη από την καθέδραν του τυράννο, αλλά να κυβερνάται από Σύνοδον ιερέων, εκλεγομένων ελευθέρως από ιερείς και κοσμικούς ,καθώς έπρασσεν η αρχαία Εκκλησία και πράσσει μέχρι σήμερον των ομοθρήσκων Ρώσων η Εκκλησία. Ο παραλληλισμός του Κοραή με τη Ρωσική Σύνοδο είναι μάλλον μερικός, και αφορά στη μορφή του θεσμού και όχι στον τρόπο εκλογής, αφού στη Ρωσία τα μέλη της Συνόδου εκλεγόταν αυταρχικώς από τον Τσάρο. Ο Κοραής πρώτος προτείνει να κυβερνάται η Εκκλησία από Σύνοδο επισκόπων και πρεσβυτέρων, όμοια με τη διαρκή Διοικούσα σύνοδο της ρωσικής Εκκλησίας. Ο Κοραής επηρεασμένος από τα ιδεώδη της δημοκρατίας και της Γαλλικής Επανάστασης, ήθελε να διοικεί την Εκκλησία ένα συλλογικό όργανο αντίστοιχο του δημοκρατικού κοινοβουλίου, παρά ένα πρόσωπο ως αρχηγό (Πατριάρχη ή Αρχιεπίσκοπο).

Το Άγιον Όρος

Το 1821 υπήρχαν στο Άγιο Όρος  2980 μοναχοί, το 1826 δεν ξεπερνούσε τους 590. Ο χαρτοφύλαξ Νικηφόρος Ιβηρήτης ήταν μυημένος στη Φιλική Εταιρεία. Τον Μάιο του 1821 στο ναό του Πρωτάτου πανηγυρικώς αποφασίσθηκε η ένταξη στο κίνημα του Εμμανουήλ Παπά, Ο Τούρκος διοικητής συνελήφθη και τέθηκε υπό περιορισμό στη μονή Κουτλουμουσίου, ενώ ένοπλοι μοναχοί αναπτύχθηκαν στα όρια του Αγίου Όρους. Αρκετά από τα μοναστήρια ήταν εφοδιασμένα με όπλα και κανόνια με σκοπό την απόκρουση πειρατικών επιδρομών. Καθώς όμως διαπίστωσαν πως η υπεσχημένη από τους Ρώσους βοήθεια δεν ερχόταν, το Πατριαρχείο αφόρισε την Επανάσταση και εκατοντάδες πρόσφυγες ζητούσαν καταφύγιο στη χερσόνησο του Άθωνα,  αδράνησαν και ήλθαν σε συμβιβασμό με τον Αβδούλ Αμπούδ Πασά, ο οποίος με αντάλλαγμα την παροχή αμνηστίας ζήτησε την καταβολή 150.000 πιάστρων και την εγκατάσταση μικρής φρουράς στις Καρυές.
Επίσης οι αγιορείτες θα έστελναν έγκριτους εξ αυτών ιερείς ως όμηρους στην Κωνσταντινούπολη ενώ θα παρέδιδαν και κάθε οπλισμό.
Τον Νοέμβριο του 1821 ο Εμμανουήλ Παππάς καταφεύγει στο Άγιο Όρος μετά την αποτυχημένη εξέγερσή του στη Χαλκιδική. Από εκεί μαζί με λίγους μοναχούς που είτε ήθελαν να σώσουν τη ζωή τους ή να διαφυλάξουν πολύτιμα κειμήλια διέφυγαν με τον Παπά στη νότια Ελλάδα.
Η σερβική μονή του Χιλανδαρίου διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο προσφέροντας δύο αρχηγούς, τον αρχιμανδρίτη Ησαΐα και τον προηγούμενο Μακάριο.

Ο ρόλος των μονών του Ελλαδικού χώρου στην Ελληνική επανάσταση

Ηγούμενοι μονών τίθενται επικεφαλής ένοπλων σωμάτων: ο ηγούμενος της μονής Πρέβελη Μελχισεδέκ Τσουδερός ηγήθηκε επαναστατικής ομάδας και σκοτώθηκε στο Πολεμάρχι Κισσάμου, ενώ άλλοι εξ ιδίων πόρων συντηρούν αυτά, όπως ο Ιωακείμ,ηγούμενος της μονής Γέροντος. O ηγούμενος της μονής Ταξιαρχών Αιγίου Σάββας Βερσοβίτης συμμετείχε στη σύσκεψη της Βοστίτσας και από την ίδια μονή προερχόταν ο αγωνιστής ιερομόναχος Παφνούτιος ΡούβαληςΣτο στρατιωτικό σώμα του Σωτήρη Χαραλάμπη υπηρετούσαν δέκα οπλοφόροι μοναχοί της μονής Φενεού, συντηρούμενοι με έξοδα της μονής.
Πολλές μονές συνδράμουν οικονομικά τον Αγώνα: η μονή Ταξιαρχών προσφέρει σε τακτά χρονικά διαστήματα χρήματα: το 1821: 4900 γρόσια, το 1822: 8000 γρόσια, το 1823: οκτώ οκάδες και εκατόν εβδομήκοντα δράμια ασήμι-σκεύη ιερά , το 1824: 2500 γρόσια. ενώ από άλλες αποσπώνται βιαίως τα εφόδια από τους αγωνιστές, όπως ο από τον Κολοκοτρώνη το 1824 από τη μονή Αγίας Ελεούσας στην Ηλεία και ο ηγούμενός της απουσίαζε για να μην τα δώσει.
Οι πολεμικές συνθήκες περιστέλλουν άλλες δραστηριότητες που έχουν αναπτύξει προεπαναστατικώς τα μοναστήρια, όπως η εκπαίδευση. Μια τέτοια περίπτωση είναι η Σχολή Μελέ της Μονής Τιμίου Προδρόμου Μεσσηνίας. Μοναστηριακοί πόροι αξιοποιούνται για τη συντήρηση σχολείων:το αθωνικό μετόχι του Αγίου Γεωργίου στην Σκύρο δίνει 1000 γρόσια το χρόνο για τα σχολεία του νησιού. χωρίς να λείπουν και τα εμπόδια για την εκποίησή τους
Πολλές μονές καταστράφηκαν ή λεηλατήθηκαν για αντίποινα στην βοήθεια που παρείχαν στην Ελληνική Επανάσταση:της μονής Τιμίου Προδρόμου Σερρών δύο μοναχοί  πέθαναν από ξυλοδαρμό, τρεις φυλακίσθηκαν και ο ηγούμενος απήχθη στην Κωνσταντινούπολη, η μονή Αγίας Ελεούσας της Ηλείας το 1826 από το Ιμπραήμ.

Οι Επαναστατημένοι Έλληνες και η σχέση τους με τους Καθολικούς της Ελλάδος και την Παπική Εκκλησία

Οι Ρωμαιοκαθολικοί αποτελούσαν τη μόνη ετερόδοξη θρησκευτική μειονότητα της επικράτειας, ο δε αριθμός των  Καθολικών των ελληνικών νησιών το 1821 δεν είναι ακριβής: 16.000 για τον Hofmann και 11.000 για τον Σπυρίδων Τρικούπη και τον Ιωάννη Φιλήμωνα. Η πλειοψηφία τους βρισκόταν στη Σύρο, την Τήνο, τη Σαντορίνη και τη Νάξο. Οι Γάλλοι διπλωματικοί εκπρόσωποι τους παρακινούσαν να διατηρήσουν ουδετερότητα.  Οι πληθυσμοί αυτοί ήταν πιο πολύ προσκολλημένοι στην θρησκεία τους παρά στην εθνικότητά τους. Υπήρχε ο φόβος να καταπιεστούν από την ορθόδοξη πλειοψηφία σε περίπτωση δημιουργίας ανεξάρτητου Ελληνικού κράτους. Αρνήθηκαν με επιμονή τη δικαιοδοσία των ελληνικών αρχών και την καταβολή φόρων προς αυτές. Για τον Σπυρίδωνα Τρικούπη ήθελαν να αποφύγουν αντίποινα των Τούρκων αλλά και δεν υπήρχαν ελπίδες εκ μέρους τους ευόδωσης της Επανάστασης. Δεν έλειψαν και μεμονωμένες επιδοκιμασίες της αίσιας έκβασης της Επανάστασης από καθολικούς όπως του επισκόπου Ζακύνθου. Όμως οι δυτικές καθολικές διπλωματικές αποστολές παρείχαν προστασία στους λατινικού δόγματος Ελληνες, ενώ έφταναν στο σημείο να απειλούν του Ορθόδοξους Έλληνες αν έβλαπταν του καθολικούς συντοπίτες τους: μια τέτοια περίπτωση αναφερόμενη από τον Σπυρίδωνα Τρικούπη ήταν του Αυστριακού ναυάρχου Παυλούκη που απείλησε σχετικά τους Ορθόδοξους Ναξιώτες.

Απόπειρες προσέγγισης με τη Ρώμη

Τον Απρίλιο του 1822 ο Μαυροκορδάτος προσκαλεί τον αρχιεπίσκοπο της Νάξου Ανδρέα Βεγγέτι να μεταβεί στην Κόρινθο για συνομιλίες σχετικά με υποθέσεις της Εκκλησίας της Ρώμης, πρόσκληση που επανέλαβε και ο Θεόδωρος Νέγρης. Ο Βεγγέτι βολιδοσκόπησε τη Ρώμη, αλλά εκείνη του σύστησε να παραμείνει στη Νάξο, αν η ελληνική πλευρά δεν ήθελε την ένωση στη βάση των αποφάσεων της Φερράρας Φλωρεντίας και δεν του παρείχε ασφάλεια και προστασία η Πύλη και ο Γάλλος πρέσβης. Τελικά η συνάντηση δεν πραγματοποιήθηκε λόγω και απροθυμίας των Καθολικών.
Η πρωτοβουλία των Μαυροκορδάτου και Νέγρη στην συγκεκριμένη περίοδο θα πρέπει να ενταχθεί στη γενικότερη προσπάθεια να προσεγγισθεί ο παπικός θρόνος για να πετύχουν τη μεσολάβησή του στις ρωμαιοκαθολικές ευρωπαϊκές δυνάμεις, αλλά και για να εξαλειφθεί η αναστάτωση που προκαλούσε στα νησιά η οξεία αντίθεση των ρωμαιοκαθολικών στις απόπειρες των ελληνικών αρχών να εδραιώσουν την εξουσία τους. H Προσωρινή Κυβέρνησις των Ελλήνων πληροφορούμενη εγκαίρως για επικείμενη συνδιάσκεψη στη Βερόνα, θέλησε να εκμεταλλευθεί την συγκυρία και απέστειλε τους Ανδρέα Μεταξά και τον Γάλλο Φιλίπ Ζουρνταίν. Η επιλογή των δύο αυτών προσώπων δεν ήταν τυχαία: επτανήσιος κόμης, γλωσσομαθής με πολεμική συμμετοχή και πολιτική πείρα ο πρώτος, γάλλος φιλέλληνας κόμης του Manipuello, καθολικός στο θρήσκευμα και  μέλος του τάγματος των ιπποτών του Αγίου Ιωάννη ο δεύτερος, συνδύαζαν ιδιότητες μη απωθητικές για τις συντηρητικές δυνάμεις της Ευρώπης. Η Ελληνική αντιπροσωπεία έφθασε στην Αγκώνα στις 22 Σεπτεμβρίου 1822 κομίζοντας τρία υπομνήματα: προς τον τσάρο, τους ευρωπαίους ηγεμόνες και τον Πάπα. Δεν κατόρθωσαν να φτάσουν στη Βερόνα επειδή ο Πάπας αρνήθηκε να χορηγήσει τις απαιτούμενες άδειες. Τελικά μέσω ελλήνων εμπόρων και παπικών αξιωματούχων έφθασαν οι επιστολές στον καρδινάλιο Spinola δύο μέρες μετά το πέρας των εργασιών της διάσκεψης.
Τον χειμώνα του 1822-1823 η ελληνική επαναστατική κυβέρνηση απέστειλε τον Παλαιών Πατρών Γερμανό στο Πάπα Πίο Ζ' με σκοπό να τον συναντήσει για την προώθηση της ελληνικής υποθέσεως. Φτάνοντας στην Αγκώνα το αίτημα διαβιβάστηκε στον καρδινάλιο Ηρακλή Consalvi αλλά απορρίφθηκε διότι η Ρώμη δεν ήθελε να παραβεί τις αποφάσεις που έλαβαν οι Ευρωπαίοι ηγεμόνες κατά της Ελληνικής Επανάστασης και δεν ήθελε να διακινδυνεύσει τη θέση των πολυάριθμων υπηκόων Οθωμανών του λατινικού δόγματος (Ελλήνων και μη). Ο Γερμανός ζητάει μέσω το παπικού λεγάτου συζήτηση περί ενώσεως των Εκκλησιών. Η συμμετοχή του Γερμανού ενός εκ των σημαντικότερων ιεραρχών του επαναστατημένου ελλαδικού χωρου  είχε ιδιαίτερη σημασία αφού η δήλωση αποδοχής της ένωσης από ένα υψηλό εκπρόσωπο της ανατολικής ορθόδοξης Εκκλησίας θα προσέδιδε τα αναγκαία εχέγγυα για τη σοβαρότητα και ειλικρίνεια των ελληνικών προθέσεων.
Μαζί του ήταν και ο Ανδρέας Μεταξάς ο οποίος απηύθηνε επιστολή στον Πάπα με την οποία εκφραζόταν η ευγνωμοσύνη του ελληνικού λαού για την παροχή περίθαλψης στους Έλληνες πρόσφυγες που κατέφυγαν στην επικράτεια της Αγίας Έδρας. Η όλη πρωτοβουλία  δεν κατέληξε πουθενά. Πάντως η κίνηση αυτή εκ μέρους της Διοίκησης «είναι ενδεικτική της πολιτικής του Μαυροκορδάτου να θεωρεί πως η κυβέρνηση είχε την αποκλειστική αρμοδιότητα να χειρίζεται [...]ακόμα και τα θρησκευτικά ζητήματα. Η πρωτοβουλία αυτή [...]υποδήλωνε ότια τα θρησκευτικά ζητήματα, εφόσον σχετίζονταν με τα συμφέροντα του κράτους, δεν αποτελούσαν απαγορευμένη περιοχή και μπορούσαν νόμιμα να γίνουν αντικείμενο χειρισμού » από την Ελληνική Κυβέρνηση, και επίσης «το εθνικό κράτος της Ελλάδας μπορούσε να ενεργεί ανεξάρτητα από το Πατριαρχείο στα θρησκευτικά ζητήματα».

Οι ξένες ιεραποστολές στον επαναστατημένο ελληνικό χώρο

Ήδη στις παραμονές της Ελληνικής Επανάστασης (1820) Άγγλοι μισσιονάριοι προγραμματίζουν σχέδια δράσης με κέντρο την Αθήνα και ακτινωτές προεκτάσεις σε γειτονικά κέντρα,όπως η Θήβα. Επίσης και Αμερικανοί ήθελαν να ιδρύσουν ιεραποστολικούς σταθμούς σε διάφορα μέρη της Ελλάδος. Επιχειρούν αναγνωριστικές επισκέψεις ,όπως στη Σάμο κατά τις παραμονές και την έναρξη της Επανάστασης. Ο Αμερικανός Pliny Fisk ,πίστευε πως, η Ελληνική Επανάσταση είχε προετοιμάσει το έδαφος για θρησκευτική μεταρρύθμιση Η έκρηξη όμως της Ελληνικής Επανάστασης ματαίωσε τα σχέδια των ιεραποστολικών ομάδων στον ελληνικό χώρο επειδή λόγω των πολεμικών δραστηριοτήτων δεν ήταν ασφαλές μέρος. Στις εργασίες της Β΄ Εθνοσυνέλευσης του Άστρους ο ιερέας Ν. Ζίας πληρεξούσιος Κέας έθεσε ζήτημα καταχρήσεων σε βάρος της Ορθόδοξης θρησκείας από την πλευρά ξένων ιεραποστολικών ομάδων οι οποίες ενδεχομένως θα δρούσαν στον Ελληνικό χώρο.