Παναθηναϊκός (ποδόσφαιρο ερασιτεχνών)

Προπολεμικά

Το διάστημα 1928 με 1931 ο προπονητής της α΄ ομάδας Γιόζεφ Κιούνσλερ επιχείρησε να ανανεώσει την ομάδα του Παναθηναϊκού, προωθώντας ταλαντούχους νεαρούς αθλητές από τη β΄ ομάδα του συλλόγου. Σύμφωνα με την εφημερίδα της εποχής Αθλητισμός, "διεκδικεί την τιμή να ονομάζεται ιδρυτής του συστήματος των τσικό στα ποδοσφαιρικά σωματεία του κέντρου. Το ελληνικό ποδόσφαιρο, ο Παναθηναϊκός, πολλοί σημερινοί άσσοι του τελευταίου που φόρεσαν την στολή της εθνικής ομάδας, χρωστούν την εξέλιξή τους σε αυτόν τον άνθρωπο".

1955-1960

Στα μέσα της δεκαετίας του '50 οι Αντώνης Μηγιάκης, Οδυσσέας Τσούτσος και Νίκος Σίμος οργάνωσαν τα τμήματα υποδομής του ποδοσφαιρικού τμήματος του Παναθηναϊκού και δημιούργησαν αξιόλογη ερασιτεχνική ομάδα. Προπονητές της διετέλεσαν αργότερα οι τεχνικοί του ανδρικού τμήματος Χάρι Γκέιμ και Σβέτισλαβ Γκλίσοβιτς. Έως τα τέλη της δεκαετίας του '60, οι αγώνες των ερασιτεχνών διεξάγονταν πριν την έναρξη των αντίστοιχων για το πρωτάθλημα Ελλάδας σε επίπεδο ανδρών, οπότε τους νεαρούς αθλητές είχαν την ευκαιρία να παρακολουθήσουν οι φίλοι του συλλόγου.

1961-1980

Από το 1956 έως το 2000 έφορος των τμημάτων υποδομής υπήρξε ο Χάρης Παπασταύρου και καταλυτική ήταν η συμβολή του Βαγγέλη Πανάκη, ο οποίος ανέλαβε προπονητής τα διαστήματα 1967-69, 1971-74 και 1981-85 και οργάνωσε τα τμήματα παίδων και τζούνιορ. Αξιόλογη συνεισφορά είχαν επίσης οι Ανδρέας Παπαεμμανουήλ, Δημήτρης Θεοφάνης, Νίκος Τζουνάκος και Γιάννης Μανωλάς. Προερχόμενοι από τις ακαδημίες του συλλόγοι, οι Σπύρος Λιβαθηνός και Κώστας Αντωνίου προωθήθηκαν στα μέσα της δεκαετίας του '70 για την α΄ ομάδα, όπου διέγραψαν πολυχρονη σταδιοδρομία. Το 1980 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το διεθνές τουρνουά της Ίντερ.

1981-1990

Μετά την ανάληψη της προεδρίας του Παναθηναϊκού από το Γιώργο Βαρδινογιάννη, προσελήφθη ως τεχνικός διευθυντής ο Άγγλος προπονητής Αλφ Ράμσεϊ για να σχεδιάσει την οργάνωση των ακαδημιών σε ευρωπαϊκά πρότυπα. Παράλληλα, τα τμήματα υποδομής απέκτησαν έδρα στο Αθλητικό Κέντρο Παιανίας. Κατά τη δεκαετία του 80, αξιόλογη υπήρξε η συνεισφορά του προπονητή Κώστα Τσάκου.

1991-2000

Το 1993 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το Κύπελλο ΕΠΣ Αθηνών. Την επόμενη χρονιά αναδείχθηκε και πάλι Κυπελλούχος ΕΠΣ Αθηνών, ενώ παράλληλα κατέκτησε και το Κύπελλο ερασιτεχνών Ελλάδας. Το 1995 αναδείχθηκε για δεύτερη φορά Κυπελλούχος Ερασιτεχνών Ελλάδος. Το 1999 κατέκτησε το Διεθνές τουρνουά της Φρανκφούρτης.
Το 1998 η Εθνική Ελπίδων αγωνίστηκε στον τελικό του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος έχοντας στη σύνθεση 4 αθλητές που αναδείχθηκαν από την ομάδα νέων του Παναθηναϊκού (Γιάννης Γκούμας, Γιώργος Καραγκούνης, Γιώργος Αλεξόπουλος, Άγγελος Μπασινάς).
Κατά τη δεκαετία αυτή αναδείχθηκαν αθλητές που ακολούθησαν αξιόλογη σταδιοδρομία με κορυφαίους τους Γιώργο Καραγκούνη, Άγγελο Μπασινά, Γιάννη Γκούμα, Κώστα Χαλκιά που αναδείχθηκαν πρωταθλητές Ευρώπης το 2004 με την Εθνική, καθώς και άλλους διακεκριμένους διεθνείς παίκτες όπως οι Σωτήρης Κυργιάκος, Λάμπρος Χούτος, Αλέξανδρος Τζόρβας, Γιώργος Αλεξόπουλος, Στέφανος Κοτσόλης, Γιώργος Βακουφτσής.

2001-2010

Το 2005 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το διεθνές τουρνουά Κόπα Άμστερνταμ, το οποίο διοργανώνει η ομάδα του Άγιαξ, απέναντι στις ομάδες των Μπαρτσελόνα, Άγιαξ, Ρέιντζερς, Άντερλεχτ, Σπάρτα Πράγας και Κρουζέιρο. Την ίδια χρονιά η ομάδα Κ-21 του Παναθηναϊκού κατέκτησε το Πρωτάθλημα Ελλάδος Κ-21. Το 2006 ο Σωτήρης Νίνης προωθήθηκε από τις ακαδημίες του Παναθηναϊκού στην πρώτη ομάδα σε ηλικία 16 ετών, ενώ το 2007 αγωνίστηκε με την Εθνική Ελλάδος Κ-19 στον τελικό του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος. Το 2009 η ομάδα Κ-18 κατέκτησε το Πρωτάθλημα Ελλάδος Κ-18. Το 2013 η ομάδα των εφήβων του Παναθηναϊκού συμμετείχε στο τελικό της διοργάνωσης Πούσκας Καπ.
Ο Παναθηναϊκός υπήρξε η πρώτη ομάδα στην Ελλάδα με ακαδημία στο εξωτερικό. Εκτός από τις 55 ακαδημίες με τις οποίες συνεργάζεται στην Ελλάδα, η ομάδα διατηρεί 6 ακαδημίες εκτός Ελλάδας στην Κύπρο, ΗΠΑ (Saint Louis), Αυστραλία, Καναδά, Ισραήλ και Αίγυπτο (υπό ίδρυση η σχολή στην Ν. Αφρική).

2011-

Το 2012 η ομάδα Κ-20 κατέκτησε το Πρωτάθλημα Ελλάδος Κ-20 για 2η φορά στην ιστορία της. Το 2012 η Εθνική Ελλάδος Νέων αγωνίστηκε στον τελικό του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος Νέων, έχοντας στο δυναμικό της 5 αθλητές της ομάδας νέων του Παναθηναϊκού (Καπίνο, Μαυρίας, Φουρλάνος, Τριανταφυλλόπουλος, Μαρινάκης). 
Το 2013 η ομάδα των εφήβων έφθασε ξανά στο τελικό του Πούσκας Καπ. Την ίδια χρόνια όλα τα τμήματα υποδομής απέκτησαν έδρα στο Αθλητικό Κέντρο Γιώργος Καλαφάτης, που αποτελεί το νέο προπονητικό κέντρο της ποδοσφαιρικής ομάδας.