Παναθηναϊκός (ποδόσφαιρο)

Στο πρωτάθλημα του ΣΕΓΑΣ

Την 3η Φεβρουαρίου του 1908, ο Γιώργος Καλαφάτης και περίπου 35 ακόμα αθλητές του Πανελλήνιου Γυμναστικού Συλλόγου αποχώρησαν και ίδρυσαν σωματείο υπό την επωνυμία Ποδοσφαιρικός Όμιλος Αθηνών (ΠΟΑ), το οποίο θα καλλιεργούσε αποκλειστικά "την παιδιάν της ποδοσφαιρίσεως". Ο Πανελλήνιος είχε αποφασίσει τη διακοπή λειτουργίας του ποδοσφαιρικού τμήματός του, βρίσκοντας το ασύμβατο με τα υπόλοιπα παραδοσιακά αθλήματα του στίβου.
Στις 13 Ιουνίου η νέα ομάδα του Καλαφάτη ηττήθηκε με 0-2 από ομάδα αξιωματικών βρετανικού θωρηκτού στο Ποδηλατοδρόμιο του Νέου Φαλήρου. Κατά την εναρκτήρια εκείνη (ως καταγεγραμμένη, τουλάχιστον) συνάντηση στην ιστορία τους, η ενδεκάδα ήταν:
Γήπεδο και έδρα του ΠΟΑ αποτέλεσε το οικόπεδο ιδιοκτησίας Καραπάνου επί της οδού Πατησίων (μετέπειτα αριθμός 76), πρώην χώρος λούνα παρκ και από το 1935 του κτηρίου για το Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (τότε ΑΣΟΕΕ). Με προσωπική εργασία των μελών και χρηματοδότηση από το Μαρίνο Μαρινάκη, μετατράπηκε σε στίβο αγώνων και υποτυπώδη γραφεία/αποδυτήρια. Αρχικά η ομάδα είχε χρώματα κόκκινο-λευκό, ενώ η συνεισφορά του Γιώργου Καλαφάτη ήταν τέτοια, ώστε ο νεοσύστατος ΠΟΑ έγινε γνωστός σε Αθήνα και Πειραιά ως "το Σωματείον του Καλαφάτη", (πρώτος πρόεδρος διετέλεσε ο μεγάλος του αδελφός Αλέξανδρος). Προπονητής, παράλληλα με ποδοσφαιριστής, ήταν ο Άγγλος έποικος Τζον Σίριλ Κάμπελ και τερματοφύλακας επί κάποιο διάστημα ο τέσσερις φορές ολυμπιονίκης (1908 και 1912) Κωστής Τσικλητήρας, ο οποίος σε ηλικία 24½ ετών απεβίωσε το Φεβρουάριο του 1913 από (φυματιώδη) μηνιγγίτιδα κατά την περίοδο του Α' Βαλκανικού πολέμου.
Πρώτη επιτυχία σε επίπεδο τροπαίων, καταγράφεται στις 9 Σεπτεμβρίου 1908 η νίκη 9-0 επί του ΓΣ Βόλου, ενισχυμένου με ορισμένους παίκτες του Εθνικού ΓΣ, για κατάκτηση του "κυπέλλου μετά τρίποδος" που είχε αθλοθετήσει ο οικοδεσπότης δήμος Τρικκαίων στον αγώνα επίδειξης ποδοσφαίρου για τα πλαίσια των Πανθεσσαλικών αγώνων. Δύο μήνες αργότερα, ακολούθησε η επικράτηση στο πρωτάθλημα Νοεμβρίου 1908 με διοργανωτή τον ΣΕΓΑΣ (τότε ΣΕΑΓΣ).
Στις αρχές του 1910 ο Καλαφάτης και η πλειοψηφία των μελών του ΠΟΑ αποχώρησε, όμως ο ΣΕΓΑΣ δεν επέτρεπε αθλητική δραστηριότητα σε αποχωρήσαντες παρά μόνο με την πάροδο 14 μηνών. Ο ΠΟΑ το φθινόπωρο επικράτησε στους "ετησίους αγώνας ποδοσφαιρίσεως" του ΣΕΓΑΣ, ενώ η ομάδα του Καλαφάτη θεωρούταν παρακλάδι του. Το 1911 και όταν έληξε η απαγόρευση, το σωματείο έχοντας μετονομαστεί σε Πανελλήνιος Ποδοσφαιρικός Όμιλος (ΠΠΟ) συνέχισε την πορεία του.
Στις 4 Δεκεμβρίου 1911 ο ΠΠΟ με τη νίκη του 10-2 επί του Πειραϊκού Συνδέσμου, κατέλαβε την πρώτη θέση στους ετήσιους ποδοσφαιρικούς αγώνες διοργάνωσης από τον ΣΕΓΑΣ. Την 1 Μαΐου 1915 η Πειραϊκή Ένωσις διοργάνωσε πρωτάθλημα ποδοσφαίρου «υπό την προστασίαν της Α.Υ. του Διαδόχου». Ο Διάδοχος Γεώργιος ήταν ο πρόεδρος της Ελληνικής Ολυμπιακής Επιτροπής. Νωρίτερα, το Φεβρουάριο του ίδιου έτους, η Πειραϊκή Ένωση της οποίας «επίτιμος πρόεδρος τυγχάνει ο Διάδοχος» είχε διοργανώσει ποδοσφαιρικό τουρνουά μεταξύ ομάδων του Στρατού και των Προσκόπων υπό την προστασία της Επιτροπής Ολυμπιακών Αγώνων. Στις 17 Μαΐου του 1915 ο Πανελλήνιος Ποδοσφαιρικός Όμιλος επικράτησε με σκορ 2-1 επί της Πειραϊκής Ένωσης και κατέκτησε το διοργανωθέν πρωτάθλημα.

Στο πρωτάθλημα της ΕΠΣ Ελλάδος

Το 1919 ιδρύθηκε η Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ελλάδος αρχικά με την ονομασία ΕΠΣ Αθηνών-Πειραιώς, η πρώτη ποδοσφαιρική ομοσπονδία της χώρας. Με την ονομασία Πανελλήνιος Ποδοσφαιρικός και Αγωνιστικός Όμιλος η ομάδα κατέκτησε τα πρωταθλήματα Aθηνών-Πειραιώς του 1921 και του 1922. Βασικά στελέχη της ομάδας ήταν οι Καλαφάτης, Νικολαΐδης, Πανουργιάς. Το 1922 ο σύλλογος πήρε την τελική του ονομασία Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος (ΠΑΟ), αποτελώντας πλέον πολυαθλητικό όμιλο, ενώ το σήμα με το τριφύλλι είχε ήδη καθιερωθεί από το 1918.

Οι πρώτοι διεθνείς αγώνες

Στις 26 Απριλίου 1925 ο Παναθηναϊκός έδωσε τον πρώτο διεθνή αγώνα του απέναντι στη γιουγκοσλαβική Βιτόρια Ζάγκρεμπ και αναδείχθηκε ισόπαλος με 1-1. Η πρώτη νίκη σε διεθνή αγώνα σημειώθηκε το 1926 απέναντι στην αυστριακή Κάουφενμπεργκ με 1-0.

1927-1959: Στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα της ΕΠΟ

Από το 1926 η ΕΠΟ ανέλαβε τη διεξαγωγή του πρωταθλήματος Ελλάδας με τον τρόπο διεξαγωγής να ποικίλλει. Απαραίτητη σε αρκετές χρονιές για τη συμμετοχή ήταν η κατάκτηση του πρωταθλήματος του ανάλογου ποδοσφαιρικού συνδέσμου. Ως μέλος της ΕΠΣ Αθηνών ο Παναθηναϊκός κατέκτησε τα 17 από τα 30 πρωταθλήματα Αθήνας που διεξήχθησαν την περίοδο 1924-1959, αποτελώντας μακράν τον πιο επιτυχημένο αθηναϊκό σύλλογο. Το 1928 ο Παναθηναϊκός προσέλαβε τον Ούγγρο προπονητή Μίκλος Φόρνερ με στόχο τη δημιουργία ισχυρής ομάδας. Τη χρονιά εκείνη διεξήχθη το πρώτο πρωτάθλημα Ελλάδος υπό την ΕΠΟ όμως οι ομάδες του ΠΟΚ απείχαν. Το 1929 τον Φόρνερ διαδέχθηκε ο συμπατριώτης του Γιόζεφ Κίνσλερ, ο οποίος παρέμεινε στον πάγκο της ομάδας για τα επόμενα δέκα χρόνια.

1949-1959

Το 1949 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το πρώτο μεταπολεμικό του πρωτάθλημα, ενώ την επόμενη περίοδο (1949-50) αποκτήθηκαν οι Βαγγέλης Πανάκης και Κώστας Λινοξυλάκης, οι οποίοι ήταν στυλοβάτες στη δημιουργία αξιόμαχης ομάδας. Την ίδια περίοδο ο Αντώνης Μηγιάκης, ως προπονητής πλέον, οργάνωσε τα τμήματα υποδομής του συλλόγου.
Ο Παναθηναϊκός αναδείχθηκε πρωταθλητής το 1953 κατά το πρώτο πέρασμα του Χάρι Γκέιμ από τον πάγκο της ομάδας. Το 1959 ακολούθησε και ο Μίμης Δομάζος και ο Παναθηναϊκός πρωταγωνίστησε στο πρωτάθλημα και το κύπελλο. Ήδη είχε επιτευχθεί η κυριαρχία της ομάδας στην Αθήνα καθώς κατέκτησε 7 από τα 8 τελευταία πρωταθλήματα Αθηνών με προπονητές τους Γκέιμ, Γκλίσοβιτς και Ζολντάι. Η αλλαγή του συστήματος διεξαγωγής του πρωταθλήματος έτσι ώστε να διεξάγεται και πρακτικά σε πανελλήνια βάση το 1959 θα έδινε την ευκαιρία στον Παναθηναϊκό να πρωταγωνιστήσει.

1959-1979: Στην Α΄ Εθνική

Το 1960-61 ο Παναθηναϊκός συμμετείχε για πρώτη φορά στο κύπελλο Πρωταθλητριών. Η δεκαετία 1960-1970 υπήρξε η πιο παραγωγική σε τίτλους από τον Παναθηναϊκό καθώς είχε συγκεντρώσει μεγάλους ποδοσφαιριστές και στέφθηκε πρωταθλητής το 1960, 1961, 1962, 1964, 1965, 1969, 1970.
Υπήρξε σημαντικό επίτευγμα καθώς στα μέσα της δεκαετίας αποχώρησαν από τον ΠΑΟ διακεκριμένοι αθλητές όπως οι Λουκανίδης, Λινοξυλάκης, Παπαεμμανουήλ, Πανάκης και η ομάδα προχώρησε σε ανανέωση (την περίφημη "ανανέωση του Μπόμπεκ") με αθλητές όπως οι Αντωνιάδης, Ελευθεράκης, Καψής, Οικονομόπουλος, οι οποίοι όχι μόνο προσαρμόστηκαν άμεσα αλλά και διεύρυναν τις επιτυχίες του συλλόγου.

Το αήττητο πρωτάθλημα (1963-64)

Από το 1963, ο Παναθηναϊκός είχε προσλάβει τον σπουδαίο Γιουγκοσλάβο προπονητή και πρώην ποδοσφαιριστή Στέφαν Μπόμπεκ, ενώ στη θέση του προέδρου βρισκόταν ο άλλοτε άσος του συλλόγου Λουκάς Πανουργιάς, στην οποία διατηρήθηκε επί μία τετραετία (από το 1962 έως το 1966). Ο Μπόμπεκ εφάρμοσε νέο σύστημα παιχνιδιού στην ομάδα (4-3-3) και δημιούργησε έναν ισχυρό Παναθηναϊκό, βασιζόμενο κυρίως σε νέους παίκτες, ο οποίος έγινε η πρώτη ομάδα που κατακτάει αήττητη το πρωτάθλημα (για το σύστημα της Α' Εθνικής, δίχως την διεξαγωγή προκριματικών τοπικών πρωταθλημάτων). Κατέκτησε το πρωτάθλημα του 1964 με 24 νίκες και 6 ισοπαλίες. Παίκτες όπως οι Δομάζος, Παπαεμμανουήλ, Λουκανίδης, Οικονομόπουλος, Καμάρας, Πυτιχούτης, Σούρπης, Φυλακούρης, Πανάκης, ήταν ορισμένοι από τους διακριθέντες. Με τον Μπόμπεκ στον πάγκο ο Παναθηναϊκός κατέκτησε και το πρωτάθλημα του 1965.
Το 1967 ο Μπόμπεκ αποχώρησε από τον Παναθηναϊκό ύστερα από διαμάχη που ξέσπασε μέσα στους κόλπους της ομάδας, ενώ δεν ανανεώθηκε και η άδεια παραμονής του στη χώρα από την ΓΓΑ ( αργότερα ανέλαβε τον Ολυμπιακό για μία και μοναδική περίοδο και ξανά τον Παναθηναϊκό).  Το 1968 ο Απόστολος Νικολαΐδης παραπέμφθηκε σε δίκη για να αποξενωθεί από τα αθλητικά και διοικητικά του πόστα. Στο πλευρό του βρέθηκε ο ιδρυτής του Ολυμπιακού και επίσης προδικτατορικός ποδοσφαιρικός παράγοντας Γιώργος Ανδριανόπουλος, ο οποίος επίσης είχε αποπεμφθεί από αντίστοιχη διοικητική θέση, καθώς στη διάρκεια της επταετίας ήταν σύνηθες άνθρωποι του καθεστώτος να πλαισιώνουν τις διοικήσεις των ομάδων.

Το πρώτο νταμπλ (1968-69)

Το 1969 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το πρωτάθλημα και το κύπελλο με προπονητή τον Λάκη Πετρόπουλο, ο οποίος κατάφερε να επαναφέρει στην ομάδα πολλά από τα τεχνικά χαρίσματα του Στέφαν Μπόμπεκ. Οι Γονιός και Φραντζής σημείωσαν τα περισσότερα γκολ της ομάδας στο πρωτάθλημα, ενώ τα γκολ του Δομάζου ήταν καθοριστικά για τα ημιτελικά και τον τελικό του κυπέλλου απέναντι στον Ολυμπιακό, όπου μετά από έναν ισόπαλο αγώνα (1-1), ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το τρόπαιο στο στρίψιμο του νομίσματος (δεν είχε καθιερωθεί ακόμη η διαδικασία των πέναλτι). Την ίδια χρονιά, αποκλείστηκε στο Κύπελλο Πρωταθλητριών από τη Φόρβερτς (Λαοκρατική Δημοκρατία της Γερμανίας). Την επόμενη χρονιά (1970) ο Παναθηναϊκός κατέκτησε εύκολα το πρωτάθλημα, ενώ αγωνίστηκε ενάντια στον ΑΠΟΕΛ κατακτώντας και το Κύπελλο Μεγάλης Ελλάδος.

Τελικός κυπέλλου Πρωταθλητριών 1970-71 στο Γουέμπλεϊ

Το 1971 o Παναθηναϊκός πραγματοποίησε τη μεγαλύτερη μέχρι σήμερα επιτυχία του ελληνικού ποδοσφαίρου σε επίπεδο συλλόγων, καθώς έγινε η πρώτη και μοναδική μέχρι σήμερα ελληνική ομάδα η οποία αγωνίστηκε σε τελικό ευρωπαϊκής διοργάνωσης. Με προπονητή τον Φέρεντς Πούσκας και ηγέτες το δίδυμο Μίμη Δομάζου - Αντώνη Αντωνιάδη (κορυφαίος σκόρερ στο κύπελλο Πρωταθλητριών της περιόδου 1970-71, 5 φορές πρώτος σκόρερ στο πρωτάθλημα), έφθασε στον τελικό του κυπέλλου Πρωταθλητριών στις 2 Ιουνίου του 1971 στο Στάδιο Γουέμπλεϊ του Λονδίνου, όπου αντιμετώπισε τον Άγιαξ από την Ολλανδία, από τον οποίο και ηττήθηκε με 2-0.
Για να φτάσει στον τελικό κατά σειρά απέκλεισε τις πρωταθλήτριες Λουξεμβούργου Ζενές Ες με 5-0 και 2-1, Τσεχοσλοβακίας και κυπελλούχο Ευρώπης του 1969 Σλόβαν Μπρατισλάβας με 3-0 και 1-2, Αγγλίας Έβερτον με 0-0 και 1-1 και τον πρωταθλητή Γιουγκοσλαβίας Ερυθρό Αστέρα με 3-0 και 1-4.

Διηπειρωτικό Κύπελλο 1971

Την ίδια χρονιά ο Παναθηναϊκός έγινε και η μοναδική ελληνική ομάδα που αγωνίστηκε στον τελικό του Διηπειρωτικού Κυπέλλου, λόγω της άρνησης του Άγιαξ (επικαλέστηκε το αντιαθλητικό παιχνίδι των Ουρουγουανών), με αντίπαλο την πρωταθλήτρια Ουρουγουάης και Νότιας Αμερικής Νασιονάλ Μοντεβιδέο. Οι αγώνες όντως αποδείχθηκαν ιδιαίτερα σκληροί, καθώς πολλές φορές οι ποδοσφαιριστές της Νασιονάλ υπήρξαν αντιαθλητικοί με αποκορύφωμα τον τραυματισμό του Γιάννη Τομαρά με σπάσιμο του ποδιού του από τον Μοράλες. Ήδη από το 21ο λεπτό είχε αποχωρήσει τραυματίας ο Σάκης Κουβάς μετά από χτύπημα του Ουμπίνιας. Ο πρώτος αγώνας έληξε 1-1 στο Στάδιο Καραϊσκάκη και ο επαναληπτικός 2-1 υπέρ της Νασιονάλ. Σκόρερ και των τριών γκολ της Νασιονάλ υπήρξε ο Λουίς Αρτίμε, ενώ για τον Παναθηναϊκό σκόραρε δύο φορές ο Τότης Φυλακούρης.

1972-1976

Το 1972 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε ένα ακόμα πρωτάθλημα και ο Αντώνης Αντωνιάδης αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ με 39 γκολ, αριθμός που δεν έχει ξεπεραστεί έως σήμερα, ενώ παράλληλα και δεύτερος σκόρερ στην Ευρώπη, κατακτώντας το ασημένιο παπούτσι.
Την επόμενη χρονιά απέκτησε τον Χουάν Ραμόν Βερόν και τον Άρακεν Ντεμέλο και με μια δυνατή ομάδα προσπάθησε να διεκδικήσει ξανά το πρωτάθλημα. Έως την 22η αγωνιστική ήταν πρώτος και φαβορί για τον τίτλο. Το ντέρμπι όμως με τον Ολυμπιακό στο Καραϊσκάκη διακόπηκε στο 83' εις βάρος του Παναθηναϊκού. Η ΕΠΟ τιμώρησε με μηδενισμό για 3 συνεχόμενες αγωνιστικές τον Παναθηναϊκό, με συνέπεια να μείνει πλέον πίσω στη διεκδίκηση.
Το 1974 με την πτώση της δικτατορίας και στο πλαίσιο της "αποχουντοποίησης των σωματείων" αποκαταστάθηκαν τα παλαιά διοικητικά στελέχη της ομάδας. Πρόεδρος του συλλόγου ανέλαβε ο γηραιός Απόστολος Νικολαΐδης.
Το 1975 ο Παναθηναϊκός προσέλαβε τον Βραζιλιάνο Αϊμόρε Μορέιρα, ένα από τα μεγαλύτερα ονόματα της προπονητικής, ο οποίος είχε κατακτήσει με την εθνική Βραζιλίας το Μουντιάλ του 1962. Οι προσδοκίες όμως δεν εκπληρώθηκαν και στη δεύτερη χρονιά του στον πάγκο (1976-77) αντικαταστάθηκε από τον Κάζιμιρ Γκόρσκι.

Το τρεμπλ του 1976-77

Έχοντας τερματίσει 4ος την προηγούμενη περίοδο, η περίοδος 1976-77 φαινόταν χαμένη για τον Παναθηναϊκό έως την έλευση του Κάζιμιρ Γκόρσκι την 9η αγωνιστική και την ολοκληρωτική αναμόρφωση της ομάδας. Το τέλος της περιόδου βρήκε τον Παναθηναϊκό να έχει κατακτήσει πρωτάθλημα και κύπελλο. Κατά την ίδια αγωνιστική περίοδο αγωνίστηκε και στο Βαλκανικό Κύπελλο συλλόγων εξασφαλίζοντας τη συμμετοχή του στον διπλό τελικό, ο οποίος διεξήχθη την επόμενη περίοδο. Στις 15 Μαρτίου 1978 ο Παναθηναϊκός επικράτησε στον επαναληπτικό της Λεωφόρου με 2-1 επί της Σλάβια Σόφιας και κατέκτησε το τρόπαιο αήττητος. Κορυφαίος και πρώτος σκόρερ της ομάδας υπήρξε ο Όσκαρ Άλβαρες ενώ σημαντική ήταν και η προσφορά των Αντωνιάδη, Κωνσταντίνου, Τζόρτζεβιτς, Στεφανάκη, Δομάζου, Ασλανίδη.

1979-2000: Εποχή Γιώργου Βαρδινογιάννη

Το 1979 ψηφίστηκε ο νόμος 879 που απαιτούσε τα ποδοσφαιρικά τμήματα των συλλόγων που συμμετείχαν στην Α' Εθνική κατηγορία να μετατραπούν σε επαγγελματικές Ποδοσφαιρικές Ανώνυμες Εταιρείες. Την περίοδο εκείνη ο σύλλογος βρισκόταν σε άσχημη οικονομική κατάσταση. Με απόφαση έκτακτης ΓΣ στις 4 Ιουλίου του 1979 αποφασίστηκε να εκδοθούν 40.000 μετοχές των 2.000 δραχμών. Παρά την ανακοίνωση του Παύλου Γιαννακόπουλου πως σκόπευε να αγοράσει πλειοψηφικό πακέτο μετοχών τελικά το 54% αγοράστηκε από τρία μέλη της οικογένειας Βαρδινογιάννη και ο σύλλογος άλλαξε σελίδα στις 17 Ιουλίου 1979. Ο Γιώργος Βαρδινογιάννης υπήρξε για τα επόμενα 21 χρόνια πρόεδρος της ομάδας.

Η παρουσία του σερ Αλφ Ράμσεϊ

Με την ανάληψη της ομάδας ο Γιώργος Βαρδινογιάννης στόχευσε στο να καταφέρει να βρεθεί και πάλι η ομάδα στις κορυφαίες της Ευρώπης. Προσέλαβε το διακεκριμένο προπονητή Σερ Άλφ Ράμσεϊ για να οργανώσει όλα τα αγωνιστικά τμήματα σύμφωνα με τα αγγλικά πρότυπα. Ο Ράμσεϊ προχώρησε στη μεταγραφή κορυφαίων παικτών του πρωταθλήματος της Αργεντινής Λουίς Αντρεούτσι,  Ραούλ Αλφάρο αλλά και τους Ντόρου Νικολάε, Αγκουερόπολις, Καρούλια, Σημαιοφορίδη ενώ είχαν ήδη αποκτηθεί ονόματα όπως οι Ρότσα και Δελληκάρης. Παρά τα αρχικά καλά δείγματα η προσπάθεια απέτυχε πλήρως, ο προπονητής Ρόνι Άλεν και αρκετοί αθλητές σύντομα αποχώρησαν. Μοναδική αξιομνημόνευτη στιγμή υπήρξε η νίκη επί της Γιουβέντους με 4-2 για το κύπελλο ΟΥΕΦΑ η οποία όμως δεν ήταν αρκετή για την πρόκριση.

Αθλητικό Κέντρο Παιανίας

Σημαντική επένδυση για την εξέλιξη της ομάδας αποτέλεσε η δημιουργία του πρωτοποριακού, για τα δεδομένα του ελληνικού ποδοσφαίρου εκείνης της εποχής, αθλητικού κέντρου της Παιανίας, το οποίο κατασκευάστηκε το 1981, σε έκταση 70 στρεμμάτων η οποία ανήκε στην οικογένεια Βαρδινογιάννη. Τα επίσημα εγκαίνια των εγκαταστάσεων έλαβαν χώρα στις 16 Δεκεμβρίου 1981, παρουσία του Βαρδή Βαρδινογιάννη και του, τότε, Υφυπουργού Προεδρίας, Γιώργου Κατσιφάρα. Εκεί, εφαρμόστηκαν σύγχρονες μέθοδοι προπόνησης και εκγύμνασης των ποδοσφαιριστών, με τη χρήση καινοτόμων μεθόδων ανάλυσης των επιδόσεων των παικτών, όπως το Panathinaikos Performance Lab, το οποίο ασχολείται με τη φυσική και ψυχολογική προετοιμασία του ποδοσφαιριστή. Παράλληλα, αναδιοργανώθηκε η ποδοσφαιρική Ακαδημία του συλλόγου, η οποία και αποτέλεσε σημαντικό τροφοδότη των εθνικών ομάδων, αλλά και της πρώτης ομάδας του Παναθηναϊκού, σε έμψυχο υλικό.

Ημιτελικά κυπέλλου Πρωταθλητριών 1984-85

Την περίοδο 1984-85 ο Παναθηναϊκός έχοντας αναδειχθεί πρωταθλητής και κυπελλούχος την προηγούμενη χρονιά, με προπονητή τον Γιάτσεκ Γκμοχ και πρωταγωνιστές τους Δημήτρη Σαραβάκο, Βέλιμιρ Ζάετς, Χουάν Ραμόν Ρότσα, Γιάννη Κυράστα έφτασε μέχρι τα ημιτελικά του κυπέλλου Πρωταθλητριών, όπου αποκλείστηκε από την αγγλική Λίβερπουλ με δύο ήττες (0-4 εκτός, 0-1 εντός). Νωρίτερα, είχε προκριθεί από τρεις διαδοχικές φάσεις αντιμετωπίζοντας κατά σειρά τις Φέγενορντ (0-0 εκτός, 2-1 εντός), Λίνφιλντ (2-1 εντός, 3-3 εκτός) και Γκέτεμποργκ (1-0 εκτός, 2-2 εντός).

Νταμπλ 1985-86

Το 1986 υπήρξε μια από τις πιο επιτυχημένες χρονιές του Παναθηναϊκού καθώς είχε συγκεντρώσει στις τάξεις του πλήθος αθλητών οι οποίοι ήταν στην πλειοψηφία τους διεθνείς, κατακτώντας το πρωτάθλημα αλλά και το κύπελλο, νικώντας τον Ολυμπιακό στον τελικό με 4-0 και μεγάλο πρωταγωνιστή τον Δημήτρη Σαραβάκο που σημείωσε δύο τέρματα.
Προπονητής ήταν ο Πιετρ Πάκερτ και πρωταγωνιστές οι Σαργκάνης, Καρούλιας, Βαμβακούλας, Ζάετς, Μαυρίδης, Κυράστας, Σαραβάκος, Αντωνίου, Ρότσα, Λιβαθηνός, Χαραλαμπίδης, Θ. Δημόπουλος, Χρ. Δημόπουλος, Γεωργαμλής, Βλάχος και Γεωργακόπουλος.

Προημιτελική φάση κυπέλλου ΟΥΕΦΑ 1987-88

Το 1988 ο Παναθηναϊκός έφτασε έως την προημιτελική φάση του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ έχοντας αποκλείσει στην πορεία σημαντικούς αντιπάλους, όπως τις Οσέρ, Γιουβέντους και Χόνβεντ. Έχοντας ξεπεράσει το εμπόδιο της Οσέρ του Ερίκ Καντονά, με νίκη 2-0 στην Αθήνα και ήττα 2-3 στη Γαλλία, ο Παναθηναϊκός απέκλεισε τη Γιουβέντους που ήταν ένα από τα μεγάλα φαβορί για την κατάκτηση του τροπαίου, χάρη στις εξαιρετικές εμφανίσεις του Δημήτρη Σαραβάκου (σκόρερ στη νίκη με 1-0 στον πρώτο εντός έδρας αγώνα και του πρώτου τέρματος στην εκτός έδρας ήττα με 2-3) και Χρήστου Δημόπουλου (σημείωσε το δεύτερο τέρμα του επαναληπτικού).
Ακολούθησε η πρόκριση επί της ουγγρικής Χόνβεντ με ανατροπή της ήττας με 5-2 στη Βουδαπέστη με το εντυπωσιακό 5-1 στο ΟΑΚΑ, με μεγάλο πρωταγωνιστή τον Βαγγέλη Βλάχο (σκόρερ δύο τερμάτων), για να αποκλειστεί τελικά στην προημιτελική φάση από τη βελγική Κλαμπ Μπριζ, έπειτα από την ισοπαλία 2-2 στην Αθήνα και την εκτός έδρας ήττα με 0-1. Ο Δημήτρης Σαραβάκος με έξι συνολικά τέρματα αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ της διοργάνωσης. Την ίδια χρονιά κατέκτησε το κύπελλο Ελλάδος, επικρατώντας με 4-3 στα πέναλτι του Ολυμπιακού (1-1 στην κανονική διάρκεια του αγώνα και 2-2 έπειτα από την ημίωρη παράταση), με τον Νίκο Σαργκάνη να αποκρούει δύο πέναλτι.

Προημιτελική φάση κυπέλλου Πρωταθλητριών 1991-92

Έχοντας αναδειχθεί πρωταθλητής Ελλάδας τις δύο προηγούμενες χρονιές, ο Παναθηναϊκός ήταν παρών στην πρώτη πειραματική χρονιά του Τσάμπιονς Λιγκ, όπου μετείχε στον έναν από τους δύο ομίλους των προημιτελικών, έχοντας αποκλείσει στην πρώτη φάση την ισλανδική Φραμ Ρέικιαβικ με δύο ισοπαλίες (2-2, 0-0) και στη δεύτερη τη σουηδική Γκέτεμποργκ (2-0, 2-2), με μεγάλο πρωταγωνιστή τον Δημήτρη Σαραβάκο, ο οποίος σημείωσε τα τρία από τα τέσσερα τέρματα των "πρασίνων".
Στη φάση των ομίλων σημείωσε 4 ισοπαλίες και 2 ήττες, αντιμετωπίζοντας κατά σειρά την Άντερλεχτ (0-0, 0-0), τον Ερυθρό Αστέρα Βελιγραδίου (0-2, 0-1) και τη Σαμπντόρια (αναδείχθηκε δύο φορές ισόπαλος, 0-0 στο στρωμένο από χιόνι ΟΑΚΑ και 1-1 στη Γένοβα), η οποία τερμάτισε στην πρώτη θέση του ομίλου και προκρίθηκε για τον τελικό της διοργάνωσης.
Την περίοδο 1992-93 με προπονητή τον Ίβιτσα Όσιμ, στο πρωτάθλημα τερμάτισε δεύτερος διεκδικώντας μέχρι τέλους τον τίτλο με την ΑΕΚ, η οποία όμως επικράτησε του Ολυμπιακού την τελευταία αγωνιστική και κατέκτησε τον τίτλο. Την ίδια χρονιά, ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το κύπελλο νικώντας στον τελικό τον Ολυμπιακό με 1-0, με σκόρερ τον Κριστόφ Βαζέχα.

Επιστροφή στην κορυφή (1995 και 1996)

Ο Παναθηναϊκός τις δύο επόμενες χρονιές διατήρησε τον τίτλο του κυπελλούχου (1993-95), καθώς το 1994 κατέκτησε τον τίτλο για δεύτερη φορά με αντίπαλο την ΑΕΚ, που είχε αναδειχθεί πρωταθλήτρια για τρίτη συνεχόμενη χρονιά. Στον τελικό επιβλήθηκε με σκορ 4-2 στα πέναλτι, μετά από έναν αμφίρροπο αγώνα που έληξε 2-2 στην κανονική διάρκεια του και 3-3 έπειτα από την ημίωρη παράταση. Το 1995 αντιμετώπισε για δεύτερη συνεχή χρονιά στον τελικό την ΑΕΚ, επικρατώντας με 1-0 στην παράταση, με τον Κριστόφ Βαζέχα να σημειώνει το μοναδικό τέρμα της αναμέτρησης.
Με προπονητή τον Χουάν Ραμόν Ρότσα ο Παναθηναϊκός επανήλθε στην κορυφή και στο πρωτάθλημα, καθώς στη συνέχεια αναδείχθηκε πρωταθλητής τόσο την περίοδο 1994-95 όσο και την επόμενη (1995-96).

Ημιτελικά Τσάμπιονς Λιγκ 1995-96

Με τον Χουάν Ραμόν Ρότσα να παραμένει στην τεχνική ηγεσία και σημαντικότερους ποδοσφαιριστές, μεταξύ άλλων, τους Κριστόφ Βαζέχα, Γιόζεφ Βάντσικ, Στράτο Αποστολάκη, Γιώργο Χ. Γεωργιάδη, Χουάν Χοσέ Μπορέλι, Δημήτρη Μάρκο και Γιώργο Δώνη, ο Παναθηναϊκός έφθασε μια ανάσα από τον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ της περιόδου 1995-96, αρχικά αποκλείοντας στην προκριματική φάση την κροατική Χάιντουκ Σπλιτ με δύο ισοπαλίες (0-0 στο ΟΑΚΑ και 1-1 στον επαναληπτικό με σκόρερ τον Μπορέλι) και τερματίζοντας στη συνέχεια πρώτος στον όμιλό του απέναντι στις Ναντ, Πόρτο και Άαλμποργκ.
Στην προημιτελική φάση απέκλεισε τη Λέγκια Βαρσοβίας (0-0 στον πρώτο εκτός έδρας αγώνα και νίκη 3-0 στον επαναληπτικό με δύο τέρματα του Βαζέχα) και στον ημιτελικό αντιμετώπισε τον Άγιαξ, ο οποίος την προηγούμενη χρονιά (1994-95) είχε κατακτήσει το Τσάμπιονς Λιγκ αήττητος και παρέμενε αήττητος επί 22 διεθνείς αγώνες μέχρι τότε. Ο Παναθηναϊκός τον νίκησε με 0-1 στο Άμστερνταμ με γκολ του Βαζέχα και διέκοψε τις συνεχόμενες επιτυχίες του, όμως στον επαναληπτικό ηττήθηκε με 0-3 και αποκλείστηκε από τον τελικό.

Περίοδος Κυράστα και Τσάμπιονς Λιγκ 2000-01

Το 2000 ο Γιώργος Βαρδινογιάννης αποφάσισε την αποχώρησή του από την προεδρία και η διοίκηση πέρασε στον Γιάννη Βαρδινογιάννη, αν και ο ίδιος δεν ανέλαβε τη θέση του προέδρου. Με προπονητή τον Γιάννη Κυράστα, την περίοδο 1999-2000, ο Παναθηναϊκός διεκδίκησε μέχρι τέλους τον τίτλο, με την ομάδα να αποδίδει πολύ ωραίο ποδόσφαιρο, αλλά τελικά έμεινε δεύτερος.
Στο Τσάμπιονς Λιγκ της περιόδου 2000-01 απέκλεισε αρχικά στην προκριματική φάση την Πολόνια Βαρσοβίας (2-2 εκτός, 2-1 εντός), ενώ στη συνέχεια προκρίθηκε και από την πρώτη φάση των ομίλων, με αντιπάλους τις Ντεπορτίβο Λα Κορούνια (1-1 εντός, 0-1 εκτός), Γιουβέντους (1-2 εκτός, 3-1 εντός) και Αμβούργο (1-0 εκτός, 0-0 εντός). Κορυφαία στιγμή αποτέλεσε ο αποκλεισμός της Γιουβέντους καθώς η νίκη με 3-1 στον τελευταίο αγώνα έδωσε την πρόκριση στους "πράσινους", που είχαν πρωταγωνιστή τον Πάολο Σόουζα (σκόρερ του πρώτου τέρματος). Στη δεύτερη φάση των ομίλων αντιμετώπισε τις Βαλένθια, Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ και Στουρμ Γκρατς, δεν κατάφερε όμως να προχωρήσει περαιτέρω.
Ο Παναθηναϊκός ανακηρύχθηκε ως η κορυφαία ομάδα στον κόσμο για τον μήνα Σεπτέμβριο του 2001, από τη Διεθνή Ομοσπονδία Ιστορίας και Στατιστικής του Ποδοσφαίρου (IFFHS), μοναδικό επίτευγμα για ελληνικό σύλλογο.

Προημιτελική φάση Τσάμπιονς Λιγκ 2001-02

Την επόμενη χρονιά (2001-02) στο Τσάμπιονς Λιγκ ο Παναθηναϊκός αφού απέκλεισε τη Σλάβια Πράγας αναδείχθηκε πρώτος στον όμιλό του αφήνοντας πίσω τις Άρσεναλ, Μαγιόρκα και Σάλκε. Στη συνέχεια κατάφερε να προκριθεί και από τον επόμενο όμιλο απέναντι σε Ρεάλ Μαδρίτης, Πόρτο και Σπάρτα Πράγας. Στην προημιτελική φάση αντιμετώπισε την Μπαρτσελόνα και στον πρώτο αγώνα στην Αθήνα νίκησε 1-0 με σκόρερ τον Άγγελο Μπασινά, ενώ στον επαναληπτικό της Βαρκελώνης αν και προηγήθηκε 0-1 με μακρινό σουτ του Μιχάλη Κωνσταντίνου και χρειαζόταν να δεχθεί 3 γκολ για να μη βρεθεί στον ημιτελικό, η Μπαρτσελόνα κατάφερε τελικά να τα σημειώσει, σε έναν αγώνα που ο Παναθηναϊκός διεκδίκησε μέχρι τέλους την πρόκριση.
Την επιτυχία μοιράστηκαν οι Γιάννης Κυράστας και Σέρχιο Μαρκαριάν ως προπονητές της ομάδας, η οποία βασιζόταν στην πολύ συμπαγή αμυντική λειτουργία, στην καλή κυκλοφορία και στις γρήγορες αντεπιθέσεις. Καραγκούνης, Μπασινάς, Κωνσταντίνου, Χένρικσεν, Φύσσας, Λυμπερόπουλος, Σεϊταρίδης, Κυργιάκος, Βλάοβιτς, Πάολο Σόουζα, Ολισαντέμπε, Νικοπολίδης, Κόλκα και Μικάελσεν ήταν οι ποδοσφαιριστές που διακρίθηκαν.

Προημιτελική φάση κυπέλλου ΟΥΕΦΑ 2002-03

Την επόμενη περίοδο (2002-03), ο Παναθηναϊκός με την ίδια συνταγή σημείωσε μια ακόμη αξιόλογη ευρωπαϊκή πορεία, αυτήν τη φορά στον θεσμό του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ, φτάνοντας μέχρι την προημιτελική φάση της διοργάνωσης αποκλείοντας κατά σειρά τις Λίτεξ Λόβετς (με δύο νίκες, 1-0 εκτός και 2-1 εντός), Φενέρμπαχτσε (1-1 στην Πόλη και εντυπωσιακή νίκη με 4-1 στην Αθήνα), Σλόβαν Λίμπερετς (ισοπαλία 2-2 εκτός και νίκη 1-0 εντός) και Άντερλεχτ (3-0, 0-2). Οι "πράσινοι" αποκλείστηκαν στην προημιτελική φάση από την Πόρτο του Ζοσέ Μουρίνιο, μετέπειτα νικήτρια του θεσμού εκείνης της χρονιάς. Στον πρώτο αγώνα στην Πορτογαλία ο Παναθηναϊκός νίκησε 1-0 με γκολ του Εμμάνουελ Ολισαντέμπε, αλλά γνώρισε την ήττα στον επαναληπτικό της Αθήνας στην παράταση.
Στο ελληνικό πρωτάθλημα έφτασε πολύ κοντά στην κατάκτηση του τίτλου, τον οποίο όμως τελικά διατήρησε ο Ολυμπιακός μετά τη νίκη του με σκορ 3-0 επί του Παναθηναϊκού την προτελευταία αγωνιστική στο γήπεδο της Ριζούπολης, γεγονός που οδήγησε τη διοίκηση σε σημαντικές αλλαγές στο έμψυχο δυναμικό της ομάδας, την αποχώρηση βασικών μέχρι τότε ποδοσφαιριστών, όπως οι Γιώργος Καραγκούνης που συνέχισε στην ιταλική Ίντερ και Νίκος Λυμπερόπουλος που εντάχθηκε στην ΑΕΚ, σε αντικατάσταση των οποίων αποκτήθηκαν οι Λουτσιάν Σανμαρτεάν και Δημήτρης Παπαδόπουλος.

Νταμπλ 2004

Την περίοδο 2003-04 ο Παναθηναϊκός επέστρεψε στους τίτλους στην Ελλάδα. Με προπονητή τον Γιτζάκ Σούμ και αρκετές νέες προσθήκες όπως, μεταξύ άλλων, τους Ζοέλ Επαλέ και Νασίφ Μόρις από τον Άρη, Μάρκους Μινχ και Έκι Γκονζάλες (ο τελευταίος αποκτήθηκε τον Ιανουάριο του 2004) κατέκτησε το πρωτάθλημα μετά από 7 χρόνια, καθώς και το κύπελλο Ελλάδας επικρατώντας στον τελικό του Ολυμπιακού με 3-1. Το νταμπλ αφιερώθηκε από τους ποδοσφαιριστές στη μνήμη του πρόωρα χαμένου και μέχρι πρότινος προπονητή του συλλόγου Γιάννη Κυράστα. Στο Τσάμπιονς Λιγκ κατάφερε να εξασφαλίσει την τρίτη θέση του ομίλου του απέναντι σε Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, Στουτγκάρδη και Ρέιντζερς Γλασκώβης και να συμμετάσχει στον τρίτο γύρο του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ όπου αποκλείστηκε από την Οσέρ του Τζιμπρίλ Σισέ.

2005-2008

Την επόμενη χρονιά (2004-05) διεκδίκησε ξανά το πρωτάθλημα μέχρι το τέλος τερματίζοντας έναν βαθμό πίσω από τον Ολυμπιακό. Την ίδια περίοδο (2004-05), στο Τσάμπιονς Λιγκ ήρθε τρίτος στον όμιλο απέναντι σε Ρόζενμποργκ, Αϊντχόφεν και Άρσεναλ, παρά τις πολύ καλές εμφανίσεις, όπως οι εντός έδρας νίκες επί των Αϊντχόφεν (4-1) και Ρόζενμποργκ (2-1). Στο κυπέλλο ΟΥΕΦΑ αποκλείστηκε από τη Σεβίλλη (1-0, 0-2).
Την περίοδο 2005-06 ο Παναθηναϊκός πραγματοποίησε ίσως τις χειρότερες εμφανίσεις στην ιστορία του στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, μένοντας με βαριές ήττες τελευταίος στον όμιλο του Τσάμπιονς Λιγκ, ενώ στο πρωτάθλημα τερμάτισε στην τρίτη θέση (ισοβάθμησε στη δεύτερη με την ΑΕΚ αλλά υστέρησε στους μεταξύ τους αγώνες). Στις 5 Μαρτίου του 2006, με γκολ του Ιγκόρ Μπίσκαν, ο Παναθηναϊκός έγινε η πρώτη ομάδα που συμπλήρωσε τα 3.000 γκολ στην Α' Εθνική.
Την επόμενη χρονιά (2006-07) τερμάτισε ξανά τρίτος στο πρωτάθλημα, ενώ στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ προκρίθηκε από τη φάση των ομίλων, φθάνοντας μέχρι τους 32 της διοργάνωσης. Την περίοδο 2007-08 τερμάτισε στην τρίτη θέση στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος και δεύτερος έπειτα από τους αγώνες πλέι οφ, ενώ στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις έφτασε για δεύτερη συνεχή χρονιά στους 32 του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (2007-08).

2008-2012: Πολυμετοχικός Παναθηναϊκός

Στις 17 Ιανουαρίου 2008 συστάθηκε η Παναθηναϊκή Ενωτική Κίνηση (ΠΕΚ). Στις 13 Απριλίου του 2008 πάνω απο 30.000 οπαδοί του Παναθηναϊκού διαδήλωσαν ειρηνικά ζητώντας την αποχώρηση του Γιάννη Βαρδινογιάννη από την ΠΑΕ. Το καλοκαίρι του 2008 ο Γιάννης Βαρδινογιάννης ανακοίνωσε την αύξηση μετοχικού κεφαλαίου και την είσοδο στην ΠΑΕ και άλλων μετόχων βασικότεροι εκ των οποίων ήταν οι Ανδρέας Βγενόπουλος, Παύλος Γιαννακόπουλος, Αδαμάντιος Πολέμης και Νίκος Πατέρας, ακολουθώντας το πολυμετοχικό μοντέλο διοίκησης, με πρόεδρο τον Νίκο Πατέρα. Ο Παναθηναϊκός κατέλαβε την 20ή θέση στην παγκόσμια κατάταξη των συλλόγων για το 2008 σύμφωνα με την προαναφερόμενη ομοσπονδία στατιστικής IFFHS.
Ο σύλλογος αξιοποιώντας την οικονομική του ενίσχυση, προχώρησε στην απόκτηση καταξιωμένων ποδοσφαιριστών όπως o Ζιλμπέρτο Σίλβα, που αγωνίστηκε δίπλα στους παλαιότερους Καραγκούνη, Σαλπιγγίδη, Νίνη, Ίβανσιτς και Βύντρα. Η πρώτη χρονιά (2008-09) της πολυμετοχικότητας βρήκε τον Παναθηναϊκό στις 16 καλύτερες ομάδες του Τσάμπιονς Λιγκ, καθώς τερμάτισε πρώτος στον όμιλό του μετά από 3 συνεχόμενες νίκες στον 2ο γύρο, με σημαντικότερες αυτές εκτός έδρας με 0-3 επί της Βέρντερ Βρέμης και 0-1 επί της Ίντερ, η οποία αναδείχθηκε τροπαιούχος του θεσμού την επόμενη αγωνιστική περίοδο (2009-10).

Νταμπλ 2010

Την επόμενη χρονιά (2009-10), εντάχθηκαν στην ομάδα οι Τζιμπρίλ Σισέ, Κώστας Κατσουράνης, Σεμπαστιάν Λέτο καλύπτοντας καίριες θέσεις και οδήγησαν τον Παναθηναϊκό, υπό την καθοδήγηση αρχικά του Χενκ Τεν Κάτε και εν συνεχεία του Νίκου Νιόπλια, στην κατάκτηση του πρωταθλήματος με διαφορά 6 βαθμών, καθώς και στην κατάκτηση του κυπέλλου δίχως ήττα. Στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις άξια αναφοράς ήταν η διπλή επικράτηση επί της ΑΣ Ρόμα με 3-2 εντός και εκτός έδρας, νίκες που έδωσαν στον Παναθηναϊκό την πρόκριση για τις 16 καλύτερες ομάδες του Europa League.
Την περίοδο 2010-11 ο Παναθηναϊκός τερμάτισε δεύτερος στο πρωτάθλημα, ενώ σημαντικοί ποδοσφαιριστές αποχώρησαν στο τέλος της χρονιάς, ανάμεσα στους οποίους και ο Σισέ. Το ίδιο διάστημα ήρθε στο φως το σκάνδαλο των στημένων αγώνων. Την επόμενη περίοδο (2011-12) η ομάδα τερμάτισε ξανά δεύτερη στο πρωτάθλημα, αλλά η ασυμφωνία μεταξύ των μετόχων είχε ως συνέπεια διοικητική, οικονομική και αγωνιστική αστάθεια.

2012-2014: Παναθηναϊκή Συμμαχία 2012

Στις 18 Ιουλίου 2012, ο Γιάννης Βαρδινογιάννης μεταβίβασε το σύνολο των μετοχών που είχε στην κατοχή του (54,27%) στην Παναθηναϊκή Συμμαχία 2012, η οποία είναι ένα σωματείο βάσης που αποτελείται από φίλους του συλλόγου, οι οποίοι μέσω εκλογών συγκροτούν διοικητικό συμβούλιο και εκλέγουν τον πρόεδρο της ΠΑΕ. Οι υπόλοιποι μέτοχοι διατήρησαν το ποσοστό τους. Το διοικητικό συμβούλιο της Παναθηναϊκής Συμμαχίας αντιπροσωπεύει το σωματείο στο διοικητικό συμβούλιο της ΠΑΕ Παναθηναϊκός. Για την αγωνιστική χρονιά 2012-13, το σωματείο αρίθμησε 8.606 μέλη και η ολική συνεισφορά αυτών ανήλθε στα 2.325.608 ευρώ. Την Κυριακή 18 Νοεμβρίου 2012 πραγματοποιήθηκαν οι πρώτες εκλογές από τα μέλη της Παναθηναϊκής Συμμαχίας για την ανάδειξη διοικητικού συμβουλίου. Στις 30 Νοεμβρίου 2012 το εκλεγμένο 9μελές διοικητικό συμβούλιο όρισε ομόφωνα τον Γιάννη Αλαφούζο πρόεδρο της ομάδας.
Την περίοδο 2012-13 η ομάδα ξεκίνησε με -2 βαθμούς τιμωρία από την προηγούμενη χρονιά. Ο Παναθηναϊκός έχοντας μια κακή χρονιά τερμάτισε τελικά στην έκτη θέση, πίσω από τον ΠΑΣ Γιάννινα. Η ομάδα των Ιωαννίνων όμως δεν έλαβε άδεια για συμμετοχή στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, με αποτέλεσμα ο Παναθηναϊκός να έχει μια δεύτερη ευκαιρία, όμως ούτε αυτός τελικά έλαβε τη σχετική άδεια συμμετοχής, καθώς ειδική επιτροπή της Ένωσης Ευρωπαϊκών Ποδοσφαιρικών Ομοσπονδιών (UEFA) απέρριψε τον φάκελό του και έμεινε εκτός ευρωπαϊκών διοργανώσεων για πρώτη φορά από το 1997. Η μη συμμετοχή σήμανε απώλεια 2-4 εκατομμυρίων ευρώ και την επακόλουθη μείωση του προϋπολογισμού.
Για την αγωνιστική χρονιά 2013-14, η Συμμαχία σημείωσε αύξηση στον αριθμό των μελών φτάνοντας τα 9.305 με τη συνολική εισφορά να ανέρχεται στα 2.580.836 ευρώ. Την ίδια χρονιά, η διοίκηση αποφάσισε τη μεταφορά της ομάδας σε ιδιόκτητο προπονητικό κέντρο στην περιοχή του Κορωπίου, το οποίο και ονόμασε "Γεώργιος Καλαφάτης", προς τιμήν του ιδρυτή της ομάδας.
Ξεκινώντας η περίοδος 2013-14, οι φίλοι του συλλόγου καθώς και ο Τύπος ήταν πολύ σκεπτικοί για τις πιθανότητες του Παναθηναϊκού για μια επιτυχημένη χρονιά. Τον Μάιο του 2013, ο Γιάννης Αναστασίου επιλέχθηκε ως προπονητής και σχεδίασε μια ομάδα που βασιζόταν σε νέους ποδοσφαιριστές (Νίκος Καρέλης, Βίκτωρ Κλωναρίδης), σε ορισμένους που προωθήθηκαν από τα τμήματα υποδομής του Παναθηναϊκού (Τάσος Λαγός, Κώστας Τριανταφυλλόπουλος), σε συνδυασμό με έμπειρους ξένους που ήθελαν να κάνουν ένα νέο ξεκίνημα στην καριέρα τους (Μάρκους Μπεργκ, Ντάνιελ Πράνιτς). Παρά τον αρχικό σκεπτικισμό, οι οπαδοί του Παναθηναϊκού στήριξαν την ομάδα και παρά το μέτριο ξεκίνημα η χρονιά εξελίχθηκε τελικά σε μια τεράστια επιτυχία, λαμβάνοντας υπόψιν την κατάσταση του συλλόγου και τους νέους και άπειρους παίκτες. Ο Παναθηναϊκός τερμάτισε στην 4η θέση στην κανονική περίοδο και στη 2η μετά τα πλέι-οφ, που σήμανε τη συμμετοχή του στην προκριματική φάση του Champions League. Κορυφαία στιγμή της περιόδου υπήρξε η κατάκτηση του κυπέλλου, καθώς ο Παναθηναϊκός στέφθηκε νικητής στον τελικό μετά το νικηφόρο 4-1 επί του ΠΑΟΚ.

2014-σήμερα: Περίοδος Αλαφούζου

Το 2014, η Παναθηναϊκή Συμμαχία, μεταβίβασε το μεγαλύτερο μέρος των μετοχών της στην κυπριακή off-shore εταιρεία Sortivo International Ltd, της οποίας ο ιδιοκτήτης είναι ο ιδρυτής της ΠΑΝ.ΣΥ. Γιάννης Αλαφούζος. Έτσι ο τελευταίος έγινε και επίσημα μεγαλομέτοχος της ΠΑΕ Παναθηναϊκός.
Στο πρωτάθλημα της περιόδου 2014–15, η ομάδα πορεύθηκε με το ίδιο πρότζεκτ της προηγούμενης περιόδου. Ο Παναθηναϊκός τερμάτισε δεύτερος τόσο στην κανονική διάρκειά του όσο και στη διαδικασία των πλέι οφ που ακολούθησαν, εξασφαλίζοντας ξανά τη συμμετοχή του στην προκριματική φάση του Τσάμπιονς Λιγκ.
Την επόμενη χρονιά (2015–16), ο Παναθηναϊκός αποκλείστηκε νωρίς από την Ευρώπη. Συγκεκριμένα, η Κλάμπ Μπρυζ απέκλεισε τον Παναθηναϊκό από το Τσάμπιονς Λιγκ και η Γκαμπάλα από το Αζερμπαϊτζάν, τον απέκλεισε από το Γιουρόπα Λιγκ. Την αποτυχία αυτή την πιστώθηκε ο Γιάννης Αναστασίου, ο οποίος απολύθηκε και αντικαταστάθηκε από τον Ιταλό πρωην προπονητή της Ίντερ, Αντρέα Στραματσόνι. Εγχώρια, ο Παναθηναϊκός τερμάτισε ξανά δεύτερος στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος, υποχώρησε όμως στην τρίτη θέση μετά την ολοκλήρωση των πλέι οφ.
Η περίοδος 2016-17, αποδείχθηκε καταστροφική για τον σύλλογο. Οι περισσότεροι Έλληνες ποδοσφαιριστές, αποχώρησαν και αντικαταστάθηκαν από ξένους ποδοσφαιριστές που είχαν κάνει καριέρα στο εξωτερικό ή διέπρεψαν στην Ελλάδα (Κρίστιαν Λεντέσμα, Βίκτορ Ιμπάρμπο, Λούκας Βιγιαφάνιες, Ουσμάν Κουλιμπαλί, Ιβάν Ιβανόφ, Ολιβιέ Μπουμάλ) και από λίγες προσθήκες Ελλήνων ποδοσφαιριστών (Οδυσσέας Βλαχοδήμος, Παναγιώτης Βλαχοδήμος). Παρά το εντυπωσιακό του ξεκίνημα στην αρχή της σεζόν (πρόκριση στους ομίλους του Γιουρόπα Λιγκ) ο Παναθηναϊκός στο πρωτάθλημα τερμάτισε τρίτος (ήταν τέταρτος μετά τα πλέι οφ και τρίτος στην κανονική διάρκεια, όμως κατετάγη τρίτος έπειτα από την τιμωρία του ΠΑΟΚ) ενώ στην Ευρώπη αποκλείστηκε στην φάση των ομίλων του Γιουρόπα Λιγκ έχοντας συγκομιδή στον όμιλο με Άγιαξ, Θέλτα και Σταντάρ Λιέγης έναν μόλις βαθμό και τρεις ήττες μέσα στη Λεωφόρο. Έπειτα από τα απογοητευτικά αποτελέσματα της ομάδας στο πρώτο μισό της σεζόν, εντός και εκτός Ελλάδας, ο Αντρέα Στραματσόνι απολύθηκε και αντικαταστάθηκε από τον Μαρίνο Ουζουνίδη, παλαίμαχο ποδοσφαιριστή του συλλόγου. Στο κύπελλο ο Παναθηναϊκός έφτασε μέχρι την ημιτελική φάση, όπου αποκλείστηκε από τον ΠΑΟΚ, μετέπειτα νικητή του θεσμού.
Στις αρχές της περιόδου 2017-18, η κατάσταση στον σύλλογο ήταν χειρότερη και από εκείνη στην περίοδο 2012-13. Οι περισσότεροι πρωτοκλασάτοι ποδοσφαιριστές αποχώρησαν, ο Παναθηναϊκός αντιμετώπισε και προβλήματα προσφυγών από απλήρωτους πρωην παίκτες του, ενώ θα ξεκινούσε το πρωτάθλημα με τιμωρία -2 βαθμών για υπαιτιότητά του στην διακοπή του αγώνα Παναθηναϊκός-ΠΑΟΚ. Η κατάσταση έγινε ακόμα χειρότερη, όταν τον Σεπτέμβριο του 2017 ο Γιάννης Αλαφούζος ανακοίνωσε την αποχώρηση του από τον σύλλογο, διακόπτοντας άμεσα την χρηματοδότησή του. Έκτοτε, ο Παναθηναϊκός, γνώρισε την απόλυτη απαξίωση. Τα χρέη του Παναθηναϊκού είχαν διογκωθεί από τα ποσά της καλοκαιρινής μεταγραφικής περιόδου του 2016, τα οποία αδυνατούσε να πληρώσει ο σύλλογος, όπως και τους μισθούς των ποδοσφαιριστών που αποκτήθηκαν. Το τελευταίο προκάλεσε διακοπή της μισθοδοσίας όλων των εργαζομένων του συλλόγου, όπως και των ποδοσφαιριστών. Για πρώτη φορά στην ιστορία του, ο Παναθηναϊκός αντιμετώπισε τον κίνδυνο του υποβιβασμού. Αποκλείστηκε από το Κύπελλο Ελλάδας, στο γύρο των 16 από την Λαμία, στις τρεις πρώτες αγωνιστικές βρισκόταν στην 16η και τελευταία θέση του ελληνικού πρωταθλήματος, του επιβλήθηκε τριετής αποκλεισμός από όλες τις ευρωπαϊκές διοργανώσεις από την UEFA ενώ κόντεψε να αποβληθεί απο την Σούπερ Λιγκ, λόγω συνεχόμενων αφαιρέσεων βαθμών για χρέη σε πρώην ποδοσφαιριστές του συλλόγου. Μάλιστα και τα τελευταία μεγάλα συμβόλαια ποδοσφαιριστών που είχαν μείνει, λύθηκαν. Εν τέλει, ο Παναθηναϊκός τερμάτισε στην 11η θέση του ελληνικού πρωταθλήματος, που είναι και η χειρότερη στην ιστορία του, ενώ απέφυγε παρα τρίχα τον εξωαγωνιστικό υποβιβασμό με αλλαγή της ποινής για χρέη προς πρώην παίκτες. Αντί υποβιβασμού, η Σούπερ Λιγκ του επέβαλε ποινή απαγόρευσης μεταγραφών και αφαίρεσης έξι βαθμών από το επόμενο πρωτάθλημα.

Έμβλημα και εμφανίσεις

Τα πρώτα χρώματα που χρησιμοποίησε η ποδοσφαιρική ομάδα το 1908 ήταν το κόκκινο και το λευκό. Το σήμα της ομάδας απεικόνιζε μια μπάλα ποδοσφαίρου της εποχής.
Το ίδιο έτος το πράσινο της υγείας, της νεότητας και της φύσης, και το λευκό της ηθικής, καθιερώθηκαν ως τα χρώματα του συλλόγου, τα οποία και ακολουθούν όλα τα αθλητικά τμήματα έκτοτε. Το 1918 η ομάδα υιοθέτησε ως έμβλημα το τριφύλλι, σύμβολο ενότητας, ισορροπίας και καλοτυχίας.

Εξέλιξη του εμβλήματος

Τη δεκαετία του 1930, ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε να αγωνίζεται με τις χαρακτηριστικές (οριζόντιες αρχικά, κάθετες αργότερα) ρίγες, ένα μοτίβο που χρησιμοποιήθηκε και τις επόμενες δεκαετίες, είτε ως πρώτη είτε ως δεύτερη επιλογή.
Τη δεκαετία του 1970, ως δεύτερη εμφάνιση για την ομάδα επιλέχθηκε μια απόχρωση του μπλε/γαλάζιου. Το ίδιο χρώμα επιλέχθηκε ξανά ως δεύτερο τη δεκαετία του 2000.

Ιστορικές εμφανίσεις

Παρακάτω παρουσιάζονται ορισμένες ιστορικές εμφανίσεις του συλλόγου.

Το νέο στάδιο του Παναθηναϊκού

Το πρότζεκτ της δημιουργίας νέου σταδίου για τον Παναθηναϊκό αποτελεί ένα μη υλοποιημένο ως σήμερα πρότζεκτ, το οποίο απασχολεί την κοινή γνώμη του ελληνικού ποδοσφαιρικού κοινού την τελευταία δεκαετία. Το έργο έδειχνε ότι θα υλοποιηθεί, καθώς κάποια έργα είχαν ξεκινήσει το φθινόπωρο του 2008 στον Βοτανικό. Παρόλα αυτά λόγω ασυμφωνιών μεταξύ της διοίκησης του Παναθηναϊκού και της τοπικής αυτοδιοίκησης, αλλά και λόγω του ότι η περιοχή είχε κηρυχτεί υδροβιότοπος που φιλοξενούσε κορμοράνους, το έργο ματαιώθηκε. Το μη υλοποιηθέν στάδιο, είχε σχεδιάσει ο Ισπανός αρχιτέκτονας Μανουέλ Σαλγάδο, και στην σχεδίασή του προέβλεπε 45.000 θέσεις, γήπεδο βόλεϊ, εγκαταστάσεις κολύμβησης, πόλο και αντισφαίρισης, ενώ το 2012 προβλεπόταν και η δημιουργία γηπέδου μπάσκετ.
Λόγω της μη υλοποίησης του σταδίου, υπήρξαν πολλά σενάρια για τη τοποθεσία στέγασης της ομάδας με επικρατέστερη την πρόταση του ενδιαφερόμενου για αγορά της ΠΑΕ Παναθηναϊκός και προέδρου της ΚΑΕ Παναθηναϊκός, Δημήτρη Γιαννακόπουλου, ο οποίος πρότεινε ως λύση την αποκλειστική χρήση ολόκληρου του ΟΑΚΑ για χρονική περίοδο 20 ετών.
Το 2013 ξεκίνησαν συζητήσεις για την ανάπλαση του πρώην γηπέδου του Παναθηναϊκού «Απόστολος Νικολαΐδης». Τον Μάιο του 2016 ο πρόεδρος της ΠΑΕ Γιάννης Αλαφούζος, ανακοίνωσε πως η ανακατασκευή του γηπέδου στην Λεωφόρο Αλεξάνδρας θα ξεκινούσε μετά τα πλέι-οφ της Σούπερ Λίγκα 2015–16. Αν και το πρώτο στάδιο είχε ολοκληρωθεί, λόγω της μη εξασφάλισης των απαιτούμενων αδειών και της επανεμφάνισης των οικονομικών προβλημάτων, το σχέδιο ακυρώθηκε.