Ιστορία του ποδοσφαιρικού τμήματος του Άρη Θεσσαλονίκης (2000-09)

Η δεκαετία του 2000 ήταν μία από τις δυσκολότερες στην ιστορία του Άρη. Η ομάδα αντιμετώπισε σοβαρά διοικητικά και οικονομικά προβλήματα, τα οποία κατάφερε να ξεπεράσει με την υπαγωγή της ΠΑΕ στο άρθρο 44. Αγωνιστικά η ομάδα κατέληξε να υποβιβαστεί στα μέσα της δεκαετίας, αλλά προς το τέλος της κατάφερε τελικά να ανακάμψει και να επιστρέψει στην Α΄Εθνική και στις υψηλές θέσεις του πρωταθλήματος. 
Στον διοικητικό τομέα η δεκαετία ήταν πολυτάραχη για τον Άρη. Από το 1998 μεγαλομέτοχος της ομάδας είχε γίνει ο επιχειρηματίας Δημήτρης Κοντομηνάς, 
η παρουσία του οποίου δημιούργησε πολλές προσδοκίες για βελτίωση της αγωνιστικής εικόνας της ομάδας, οι οποίες όμως τελικά δεν επαληθεύτηκαν. Ο Κοντομηνάς αποχώρησε από τον Άρη το 2001 και το πλειοψηφικό πακέτο των μετοχών πέρασε στον ελληνοαμερικανό επιχειρηματία Γιάννη Ζαχουδάνη. 

Η περίοδος που ακολούθησε ήταν περίοδος μεγάλης κακοδιαχείρισης και η κατάσταση της ομάδας επιδεινώθηκε. Όταν ο Άρης βρισκόταν στα πρόθυρα οικονομικής καταστροφής ο Ζαχουδάνης αποχώρησε με κατηγορία για υπεξαίρεση χρημάτων, βάση της οποίας καταδικάστηκε το 2008 σε πενταετή φυλάκιση. 

Τα τεράστια χρέη που είχαν συσσωρευτεί από την διαχείριση των τελευταίων διοικήσεων απείλησαν την ομάδα με διάλυση. Τελικά ο Άρης σώθηκε καθώς το 2004 κατάφερε να υπαχθεί στο άρθρο 44. Με την ρύθμιση αυτή ο Άρης απαλλάχτηκε από χρέος 15 εκατομμυρίων ευρώ, το οποίο η ομάδα αδυνατούσε να εξυπηρετήσει, ενώ οι μετοχές που κατείχε στο παρελθόν ο Δημήτρης Κοντομηνάς, πέρασαν σε εννέα φυσικά πρόσωπα. 
Πρόεδρος στο διάστημα αυτό είχε αναλάβει ο Νικήτας Ματθαίου ο οποίος παρέμεινε μέχρι το 2006 οπότε ανέλαβε ο Λάμπρος Σκόρδας. 

Την ίδια χρονιά (2006) δημιουργήθηκε η Λέσχη Φίλων Άρη, ένας φορέας στον οποίο συμμετέχουν οπαδοί της ομάδας. Στον φορέα αυτόν εκχωρήθηκε από τους εννέα βασικούς μετόχους της ομάδας το δικαίωμα εκπροσώπησής τους στις γενικές συνελεύσεις του συλλόγου, με αποτέλεσμα η Λέσχη να αποκτήσει δικαίωμα ψήφου που αντιπροσώπευε το 83% του διοικητικού συμβουλίου. Η Λέσχη κάθε διετία διεξήγαγε εκλογές για την τοποθέτηση προέδρου της ομάδας. Στις εκλογές που πραγματοποίησε το 2009 τερματίστηκε η θητεία του Λάμπρου Σκορδά και πρόεδρος ανέλαβε ο Θανάσης Αθανασιάδης. 

Από το 2009 μεταβιβάστηκε στη λέσχη ποσοστό μεγαλύτερο από το 20% του μετοχικού κεφαλαίου. Στις αρχές του 2011 είχε φτάσει να αριθμεί περισσότερα από 8.000 μέλη. 
Στο αγωνιστικό μέρος, η καλύτερη πορεία που σημείωσε ο Άρης αυτή τη δεκαετία ήταν την περίοδο 2007-08, όταν με προπονητή τον Ντούσαν Μπάγεβιτς, τερμάτισε στην 4η θέση του πρωταθλήματος, έφτασε μέχρι τον τελικό του κυπέλλου και πέτυχε σημαντική πρόκριση στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέναντι στην ισπανική Ρεάλ Σαραγόσα. Χειρότερη χρονιά του αντιθέτως ήταν η περίοδος 2004-05 κατά την οποία υποβιβάστηκε στη Β΄Εθνική όπως και η περίοδος 2003-04 στην οποία ο Αρης τερμάτισε μόλις μία θέση πάνω από τη ζώνη του υποβιβασμού.

Προπονητές

Κανείς από τους προπονητές που ανέλαβαν την τεχνική ηγεσία του Άρη, κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 2000, δεν παρέμεινε παραπάνω από ένα χρόνο στην ομάδα. Την πιο πετυχημένη παρουσία από τους προπονητές που πέρασαν από τον Άρη αυτή τη δεκαετία είχε ο Ντούσαν Μπάγεβιτς που υπήρξε προπονητής του Άρη την αγωνιστική περίοδο 2007-08, στην οποία ο Άρης πραγματοποίησε καλή πορεία στο πρωτάθλημα οπού τερμάτισε 4ος , έφτασε στον τελικό του κυπέλλου και πέτυχε ιστορική πρόκριση στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέναντι στην ισπανική Ρεάλ Σαραγόσα.
Ολόκληρη σεζόν ολοκλήρωσε στον Άρη και ο Νίκος Αναστόπουλος που διετέλεσε προπονητής στην ομάδα την περίοδο 2005-06 οπού αγωνιζόταν στην Β΄Εθνική. Προπονητές στον Άρη διετέλεσαν επίσης, χωρίς να συμπληρώσουν ολόκληρη σεζόν οι: Μίλε Πέτκοβιτς την περίοδο 1999-2000, Μπάμπης Τεννές την περίοδο 2000-01, Μπερντς Κράους την περίοδο 2001-02, Γιώργος Φοιρός την περίοδο 2002-03, Μάκης Κατσαβάκης την περίοδο 2003-04, Γιώργος Χατζάρας την περίοδο 2004-05, Γκιγέρμο Όγιος την περίοδο 2006-07 τον οποίο διαδέχτηκε ο Κίκε Ερνάντεθ. Ο Ερνάντεθ επέστρεψε το 2008 διαδεχόμενος τον Μπάγεβιτς αλλά αντικαταστάθηκε από τον Μαζίνιο ο οποίος παρέμεινε μέχρι το τέλος της περιόδου 2008-09.