Ιστορία της Κρήτης

Στο νησί της Κρήτης έχουν βρεθεί δείγματα πολιτισμού από την έβδομη χιλιετία π.Χ.. Το 3000 π.Χ. θεωρείται κατά προσέγγιση η αφετηρία του μινωικού πολιτισμού, ο οποίος είναι ο αρχαιότερος της Ευρώπης. Η μεσαιωνική και η σύγχρονη ιστορία της Κρήτης είναι συνυφασμένη με την ιστορία των κρατών των οποίων το νησί υπήρξε μέρος, με εξαίρεση ορισμένες περιόδους αυτονομίας όπως το ντε φάκτο αυτόνομο εμιράτο της Κρήτης, την βραχύβια δημοκρατία του αγίου Τίτου και την Κρητική πολιτεία των αρχών του 20ου αιώνα. Καθ’ όλη την βυζαντινή περίοδο και το πρώτο μισό της ενετικής περιόδου το νησί μετρά δεκάδες μικρές και μεγάλες εξεγέρσεις και αποστασίες. Από τα τέλη του 14ου αιώνα και έπειτα η Κρήτη μπαίνει μαζί με την δυτική Ευρώπη στην περίοδο της αναγέννησης και παρουσιάζει άνθηση των τεχνών και των γραμμάτων, η οποία θα τελειώσει με την κατάληψη της Κρήτης από τους τούρκους το 1669. Η τουρκοκρατία θα διαρκέσει σχεδόν δυο αιώνες έως την επανάσταση του 1866 και οριστικά το 1896 με την επέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων.

Προϊστορική εποχή

Oι ανασκαφές του 2008-2009 υπό τον T.F. Strasser (Providence College, R.I., USA) στον Πλακιά της νότιας Κρήτης έφεραν στο φως εργαλεία χειρός 130.000 ετών. Η ανακάλυψη αυτή δημιουργεί προβλήματα στην επικρατούσα θεωρία του pre-Homo sapiens ανθρώπου της Αφρικής, ο οποίος δεν θα έπρεπε να βρίσκεται στην Κρήτη την περίοδο αυτή, και όχι πριν το 12.000 π.Χ.
Υπάρχουν, επίσης, σημάδια ανθρώπινης παρουσίας στην Κρήτη, τα οποία ανάγονται στη λεγόμενη Προκεραμική περίοδο ([[6100-5700 π.Χ.). Οι περισσότερες μαρτυρίες προέρχονται από τα κατώτατα στρώματα στην Κνωσό -ίσως το χώρο με την αρχαιότερη συνεχή κατοίκηση στην Κρήτη. Παρότι δεν έχουν βρεθεί ίχνη κεραμικής από εκείνη την περίοδο, υπάρχουν ενδείξεις ότι είχαν αναπτυχθεί ορισμένες δεξιότητες, και επομένως οι κάτοικοι δεν ζούσαν αποκλειστικά από το κυνήγι και το ψάρεμα.
Πολύ περισσότερα είναι τα δείγματα πολιτισμού από την πρώιμη (5700-3800 π.Χ.) και τη μέση Νεολιθική περίοδο (3800-3500 π.Χ.). Ωστόσο, παραμένει άγνωστη η προέλευση και η καταγωγή των κατοίκων της Κρήτης εκείνης της περιόδου.
Η ύστερη Νεολιθική περίοδος (3500-2800 π.Χ.) σηματοδοτεί την επέκταση της κεραμικής (χρήση ψημένου πηλού) σε όλο το νησί, ενώ σαφείς είναι και οι ενδείξεις προχωρημένων μορφών γεωργίας και κτηνοτροφίας. Ορισμένα από τα υλικά των ευρημάτων (όπως ο οψιανός της Μήλου ή το ελεφαντόδοντο) δείχνουν ότι υπήρχαν -έστω και περιορισμένες- επαφές με την Αίγυπτο.
Γύρω στο 2800 π.Χ., στο τέλος της ύστερης Νεολιθικής εποχής, μια σημαντικότατη αλλαγή λαμβάνει χώρα: η χρήση του χαλκού. Αντίστοιχες αλλαγές συμβαίνουν και σε άλλες περιοχές της Ελλάδας, καθώς και στις Κυκλάδες. Στην Κρήτη, όμως, φαίνεται ότι έχουμε και άφιξη νέων κατοίκων, των Μινωιτών, φορέων ενός συνολικά νέου πολιτισμού.
Η ακριβής καταγωγή των Μινωιτών δεν έχει προσδιοριστεί. Κάποιοι ερευνητές υποθέτουν ότι μάλλον ήρθαν από τη Μικρά Ασία. Σε αυτό το συμπέρασμα, τουλάχιστον, οδηγεί η κοντινή σχετικά απόσταση και η εύκολη πρόσβαση, αλλά και αντίστοιχες αλλαγές που παρατηρούνται στην υπόλοιπη νησιωτική Ελλάδα.
Η άφιξη των νέων κατοίκων δεν φαίνεται να συνοδεύτηκε από εξόντωση των παλαιότερων, αλλά περισσότερο από μία διαδικασία αφομοίωσής τους, σε μια μακρά περίοδο κατά την οποία το εμπόριο και η ναυτιλία οδήγησαν σε σημαντική οικονομική και πολιτισμική ανάπτυξη.

Σκοτεινοί αιώνες

Γύρω στο 1100 π.Χ. καταγράφονται και στην Κρήτη σημαντικές αλλαγές που σχετίζονται με την Κάθοδο των Δωριέων: καταστρέφονται και εγκαταλείπονται μεγάλοι προηγούμενοι οικισμοί, ενώ σε ορεινά και προφυλαγμένα μέρη διαμορφώνονται οικισμοί φυγάδων ή προσφύγων, οι οποίοι προσπαθούν να προφυλαχθούν.
Για τους πρώτους αιώνες της δωρικής Κρήτης δεν υπάρχουν πολλές πληροφορίες με εξαίρεση ορισμένα αρχαιολογικά ευρήματα (άλλωστε, και για ολόκληρο τον ελλαδικό χώρο είναι η περίοδος των λεγόμενων "σκοτεινών χρόνων").
Πολύ περισσότερες πληροφορίες υπάρχουν για τη δωρική Κρήτη μετά τον 7ο αιώνα. Στην κορυφή βρίσκονταν οι κόσμοι, ανάλογοι με τους εφόρους της επίσης δωρικής Σπάρτης. Εν συνεχεία, υπήρχε η Γερουσία ή Βουλή, σώμα ισόβιων αρχόντων με μεγάλη πείρα, και τέλος η Εκκλησία, η συνέλευση των ελεύθερων πολιτών, που όμως κατά κύριο λόγο επικύρωνε απλώς τις αποφάσεις των άλλων οργάνων. Ακόμη, στην Κρήτη διατηρήθηκε και ένας άλλος αρχαίος θεσμός του Δωρικού κόσμου, τα συσσίτια, στα οποία συμμετείχαν οι πολίτες οργανωμένοι σε ομίλους. Όσο για την αγωγή των νέων, αυτή ήταν επίσης τυπικά δωρική, με τα αγόρια να οργανώνονται σε αγέλες και την έμφαση να δίνεται στη σκληραγώγηση, την πειθαρχία, το σεβασμό προς τους μεγαλύτερους και την πολεμική τεχνική.

Ελληνιστικοί χρόνοι

Η Ελληνιστική περίοδος, με τα βασίλεια των διαδόχων του Μεγάλου Αλεξάνδρου και τη μετατόπιση του ενδιαφέροντος προς τα νότια και τα ανατολικά, αναβάθμισε τη σημασία της Κρήτης, αλλά και την έκταση των επεμβάσεων στα εσωτερικά της. Χαρακτηριστικό αυτής της περιόδου είναι η διαμόρφωση ποικίλων ενώσεων (της Κνωσού, της Γόρτυνας, της Φαιστού), καθώς και οι κάθε είδους συγκρούσεις και διενέξεις ανάμεσα στις πόλεις του νησιού. Παράλληλα, η Κρήτη πλήρωνε και τις συνέπειες των ανταγωνισμών της Ελληνιστικής εποχής (λ.χ. μεταξύ Μακεδόνων και Ροδίων.

Επαρχία Κρήτης και Κυρηναϊκής

Μετά την υποταγή της ηπειρωτικής Ελλάδας το 146 π.Χ., η Κρήτη βρέθηκε στο στόχαστρο της επεκτατικής πολιτικής των Ρωμαίων στην περιοχή. To 88 π.Χ. o περσικής καταγωγής βασιλιάς του Πόντου Μιθριδάτης Στ, κήρυξε πόλεμο για να σταματήσει την προέλαση της ρωμαϊκής ηγεμονίας στο Αιγαίο. Οι δύο ισχυρότερες πόλεις της Κρήτης διχάζονται, η Κνωσός θα υποστηρίξει τον Μιθριδάτη, ενώ η Γόρτυνα θα ταχθεί εναντίον του και στο πλευρό της Ρώμης. Το 74 π.Χ ο ρωμαίος στρατηγός Μάρκος Αντώνιος θα αναλάβει να καταστείλει την πειρατεία στην ανατολική μεσόγειο επιχειρώντας να καταλάβει το νησί της Κρήτης. Ωστόσο οι ρωμαϊκές δυνάμεις υπέστησαν ολική καταστροφή ενώ ο Μάρκος Αντώνιος φυλακίστηκε από Κρήτες πειρατές και πέθανε λίγα χρόνια αργότερα.Το 67 π.Χ. ο Κόιντος Καικίλιος Μέτελλος καταλαμβάνει την Κρήτη, με την Ιεράπυτνα να είναι η τελευταία πόλη που πρόβαλε αντίσταση. Η Κρήτη γίνεται έτσι ρωμαϊκή επαρχία με πρωτεύουσα την Γόρτυνα για τους επόμενους εννέα αιώνες.
Για περισσότερο από τρεις αιώνες -από το 20 π.Χ. έως το 297 μ.Χ.- η Γόρτυνα αποτέλεσε πρωτεύουσα και κυβερνητικό κέντρο της συγκλητικής επαρχίας Κρήτης και Κυρηναϊκής που περιελάμβανε εκτός από το νησί της Κρήτης και ένα μέρος της υπερσαχάριας Αφρικής.
Ο Δίων ο Κάσσιος στο έργο του Η ιστορία της Ρώμης μας δίνει μια εικόνα για την Κυρηναϊκή, -για τις θρησκείες, τους πληθυσμούς και τα προβλήματα της- την εποχή που αποτελούσε κοινή επαρχία με την Κρήτη.  Το 115 μ.Χ ξεσπά στην Κυρήνη εξέγερση εβραίων κατά της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας ως αντίδραση στην καταπίεση που ασκούσε οι πολυθεϊστική κουλτούρα της αυτοκρατορίας στις εβραϊκές θρησκείες . Αρχηγός της εξέγερσης ήταν  ένας εβραίος ονόματι Λουκούας, ο οποίος αφού αυτοανακηρύχθηκε βασιλιάς των εβραίων - μεσσίας κατά την εβραϊκή πίστη- οδήγησε τους εξεγερμένους σε μακελειό.   Σύμφωνα με τον Δίων τον Κάσσιο, ο εξεγερμένος όχλος φορούσε τα εντόσθια των Ελλήνων και Ρωμαίων θυμάτων του για ζώνες και τα δέρματα τους για ρούχα. Κατά την εξέγερση καταστραφήκαν όλοι οι πολυθεϊστικοί ναοί της Κυρήνης, συγκεκριμένα του Δία, της Εκάτης, του Απόλλωνα και της Άρτεμις, και ισοπεδώθηκαν όλα τα δημόσια κτίρια, ενώ τα θύματα της εξέγερσης μονό στην Κυρηναϊκή εκτιμούνται στου 220.000 Έλληνες και Ρωμαίους. Τον επόμενο χρόνο τα αντίποινα των ρωμαϊκών λεγεώνων θα είναι βαριά, με γενοκτονίες και μαζικούς διωγμούς κατά των εβραίων στην Κυρηναϊκή και στις άλλες επαρχίες όπου σημειώθηκαν εξεγέρσεις. Τρεις αιώνες αργότερα επί βασιλείας του Θεοδοσίου του πρώτου, οι εβραϊκές θρησκείες θα επικρατήσουν τελικά εκ των έσω στην ρωμαϊκή αυτοκρατορία έως και την πτώση της το 1453, διαμορφώνοντας μια ιστορική περίοδο χιλίων και πλέον χρόνων γνωστή ως ‘’μεσαίωνας‘’.

Η θρησκευτική και πολιτισμική μετάβαση της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας 325

Το 325 η Πρώτη Οικουμενική Σύνοδος σηματοδοτεί την πρώτη θρησκευτική και έπειτα πολιτισμική μετάβαση στο σύνολο της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, ακολουθεί η άνοδος των εβραϊκών θρησκειών και η δύση των αρχαίων θρησκειών που επικρατούν αυτή την περίοδο στο νησί της Κρήτης και σε μεγάλο βαθμό κατάγονται από αυτό. Χαρακτηριστικά για το πως αντιμετώπισαν οι Κρήτες τον χριστιανισμό τα πρώιμα χρόνια του είναι η παντελής απουσία Κρητών από την σύνοδο σε αντίθεση με γειτονικά νησιά του Αιγαίου και κυρίως τα λόγια του απόστολου Παύλου στην επιστολή προς Τίτο της Καινής Διαθήκης 1:10–13 η οποία εγκρίθηκε σαν ιερό βιβλίο, ή δημιουργήθηκε  από την σύνοδο αυτή. 
"ανάμεσα τους (Κρήτες) υπάρχουν πολλοί ανυπότακτοι, ματαιολόγοι και απατεώνες … Ένας από αυτούς (Επιμενίδης), ένας προφήτης τους, είπε, «Οι Κρήτες είναι πάντα ψεύτες, κακά θηρία, αργές κοιλιές». Αυτή η μαρτυρία είναι αληθής."'
— Απόστολος Παύλος, Καινή Διαθήκη
Το 381 ο Θεοδόσιος Α΄, ο τελευταίος αυτοκράτορας του ενιαίου ρωμαϊκού κράτους, καταπατώντας το διάταγμα των Μεδιολάνων, ξεκινά διώξεις κατά των πιστών των αρχαίων θρησκειών. Μεταξύ 389-392 δημοσίευσε το διάταγμα του Θεοδοσίου το οποίο προέβλεπε, μεταξύ άλλων, απαγόρευση άσκησης των αρχαίων θρησκειών με την ποινή του θανάτου, αντικατάσταση των αργιών των αρχαίων θρησκειών με αργίες εορτασμών αγίων, κλείσιμο πολυθεϊστικών ναών και διάλυση των Εστιάδων. Μετά από διαταγές του ή με την ανοχή του, καταστράφηκαν πολλοί ναοί και ιερά αντικείμενα από τους χριστιανούς σε ολόκληρη την αυτοκρατορία. Μετά το θάνατο του Θεοδόσιου (395), η αυτοκρατορία χωρίζεται σε δυτική και ανατολική με πρωτεύουσες την Ρώμη και την Κωνσταντινούπολη αντίστοιχα, η διοίκηση της Κρήτης περνά στο ανατολικό ρωμαϊκό κράτος λόγο γεωγραφικής θέσης, αλλά θρησκευτικά παραμένει στην δικαιοδοσία του Πάπα. 
Με εξαίρεση μια επίθεση από τους Βάνδαλους το 457 και τους μεγάλους σεισμούς του 365, 415, 448 και 531, οι οποίοι κατέστρεψαν πολλές πόλεις, το νησί παρέμεινε ειρηνικό και εύπορο τους επόμενους αιώνες, όπως μαρτυρούν τα πολυάριθμα μεγάλα και καλά χτισμένα μνημεία της περιόδου που επιβιώνουν. Ο πληθυσμός κατά την περίοδο αυτή εκτιμάται στους 250.000.

Από την δικαιοδοσία του Πάπα στο Πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης 732

Ο αυτοκράτορας Λέων Γ´ ο Ίσαυρος  μεταφέρει το νησί από την δικαιοδοσία του Πάπα σε εκείνη του πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης, καθώς τα πρώτα σημάδια του σχίσματος των εκκλησιών αρχίζουν να φαίνονται. 
Για να γίνει πιο εύκολα αποδεκτός ο χριστιανισμός στην ελληνική και την ιταλική χερσόνησο, αναπτύχτηκε εξ αρχής η αγιογραφία και η γλυπτική σαν μέρος της λατρείας, καθώς οι λαοί των περιοχών αυτών είχαν ειδωλολατρικές καταβολές και τα τυπικά των αρχαίων θρησκειών περιελάμβαναν λατρεία αγαλμάτων και παραστάσεων μέσα σε ναούς. Ο καταγόμενος από τον Καύκασο Λέων -το πραγματικό του όνομα ήταν Konon- όντας γεννημένος σε μια περιοχή της ανατολής όπου οι καθαρά εβραϊκές θρησκείες με το ανεικονικό τυπικό επικρατούσαν, έβλεπε την λατρεία των εικόνων της δύσης σαν ένα κατάλοιπο των αρχαίων θρησκειών που έπρεπε να εκριζωθεί.    
Ο Λέων απέτυχε να επιβάλλει την εικονομαχία στην ιταλική χερσόνησο και οι σχέσεις Κωνσταντινούπολης-Ρώμης επιδεινώθηκαν. Μετά τη δημοσίευση του εικονοκλαστικού διατάγματος, που κατέστησε την εικονομαχική διδασκαλία επίσημο δόγμα του κράτους και της Εκκλησίας, ήταν πλέον αναπόφευκτη η ανοικτή ρήξη. Ο Πάπας Γρηγόριος Β΄ παρότρυνε τους πιστούς σε επανάσταση κατά της βυζαντινής αρχής με χαρακτηριστική εκείνη της Βενετίας το 726 όπου ο βυζαντινός Έξαρχος της πόλης δολοφονήθηκε και εκείνη του Κοσμά κατά της Κωνσταντινούπολης ένα χρόνο αργότερα. 
Ο Κρητικός οπλαρχηγός Κοσμάς όπως τον αναφέρει ο Θεοφάνης ο Ομολογητής στην χρονογραφία του, με την βοήθεια του τουρμάρχη του ελληνικού θέματος Αγαλλιανού, επιτίθεται στην Κωνσταντινούπολη με στόλο από την Κρήτη και τις Κυκλάδες. Ο στόλος καταστράφηκε ολοσχερώς με υγρό πυρ ανοικτά της Κωνσταντινούπολης στις 18 Απριλίου του 727, ενώ οι οπλαρχηγοί εκτελέστηκαν.
Το 732 ο Πάπας Γρηγόριος Γ΄ καταδίκασε σε σύνοδο τις εικονομαχικές απόψεις του Λέοντα και ο Λέων φυλάκισε τους απεσταλμένους του Γρηγορίου Γ' και δήμευσε όλα τα κινητά και ακίνητα περιουσιακά στοιχεία της ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας στην Κρήτη και αλλού, έτσι η Κρήτη πέρασε θρησκευτικά στο πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης το 732. Τη θρησκευτική διαφωνία ακολούθησε η πολιτική αποξένωση. Πρώτες πολιτικές συνέπειες της εικονομαχίας ήταν η διεύρυνση του χάσματος ανάμεσα στην Κωνσταντινούπολη και τη Ρώμη και η αποδυνάμωση της θέσης του ανατολικού ρωμαϊκού κράτους στην ιταλική χερσόνησο.

Διενέξεις της Κρήτης με την Βυζαντινή αυτοκρατορία

Το 843  ο ευνούχος στρατηγός Θεόκτιστος αποβιβάζεται στην Κρήτη και ξεκινά να την οργανώνει ως θέμα χωρίς όμως να επιχειρήσει στον Χάνδακα όπου βρίσκονταν οι Σαρακηνοί. Κατά την διάρκεια της εκστρατείας άκουσε φήμες ότι η τότε αυτοκράτειρα Θεοδώρα σκόπευε να ανεβάσει στον θρόνο τον αδελφό της τον Βάρδα. Έτσι εγκατέλειψε το εκστρατευτικό σώμα στην Κρήτη και επέστρεψε εσπευσμένα στην Κωνσταντινούπολη, μόνο για να βεβαιωθεί ότι η φήμες ήταν λανθασμένες. Εντωμεταξύ στην Κρήτη ο βυζαντινός στρατός είχε καταστραφεί ολοσχερώς από τους Σαρακηνούς.  
Το 872 ο Έλληνας ναύαρχος Φώτιος, απέπλευσε από την Κρήτη με πάνω από 50 πλοία και κατέστρεψε τις ακτές του Αιγαίου από τον νότο της Πελοποννήσου και τις Κυκλάδες ως τη θάλασσα του Μαρμαρά στα ανοικτά της Κωνσταντινούπολης, τελικά όμως νικήθηκε στην μάχη της Καρδίας το 873 και επέστρεψε στην Κρήτη. Λίγα χρόνια αργότερα, γύρο στο 879 ξεκινά νέα εκστρατεία, αυτή τη φορά καταστρέφοντας τις ακτές του Ιονίου πελάγους. Ο Κρητικός στόλος τελικά καταστράφηκε απο τούς βυζαντινούς σε ναυμαχία στον Κορινθιακό κόλπο και ο Φώτιος σκοτώθηκε.  
Το 904 στόλος από την Κρήτη υπό τον Έλληνα ναύαρχο Λέοντα τον Τριπολίτη, λεηλατεί την Θεσσαλονίκη, την δεύτερη σε μέγεθος πόλη της βυζαντινής αυτοκρατορίας. Δέσμευσαν όλο τον πλούτο της πόλης και πήραν 22.000 χιλιάδες αιχμαλώτους νεαρής ηλικίας. Κάποιοι από αυτούς ανταλλάχτηκαν με Σαρακηνούς και άλλοι πουλήθηκαν ως σκλάβοι. Η επιστροφή της αρμάδας του Λέoντα στην Κρήτη θεωρήθηκε βυζαντινή επιδρομή όταν εμφανίστηκε στα ανοικτά, καθώς τα περισσότερα καράβια ήταν βυζαντινά. Κατά την λεηλασία της Θεσσαλονίκης επιτάχθηκαν από τους Σαρακηνούς 60 Βυζαντινά καράβια διαφόρων τύπων.  
Το 911 ο βυζαντινός ναύαρχος Ιμέριος θα αποπειραθεί να καταλάβει το νησί της Κρήτης με 177 πλοία και 43.000 στρατιώτες. Μετά την αποβίβαση στην ακτογραμμή του Χάνδακα, το κάστρο θα τεθεί σε πολιορκία για 6 μήνες, έως ότου φτάσει η είδηση ότι ο βυζαντινός αυτοκράτορας Λέων ο Σοφός ασθένησε και πρόκειται να πεθάνει, οπότε εγκαταλείφθηκε η πολιορκία και ο βυζαντινός στόλος αναχώρησε εσπευσμένα. Κατά την επιστροφή στην Κωνσταντινούπολη ο βυζαντινός στόλος θα καταστραφεί ολοσχερώς ανοικτά της Χίου από τις αρμάδες του Λέοντα του Τριπολίτη και του επισης Έλληνα ναυάρχου  Δαμιανού της Τάρσου τον Απρίλιο του 912 μ.Χ. Ο Λέων και ο Δαμιανός συνεργάστηκαν στενά στις επιθέσεις κατά των βυζαντινών  ορμώμενοι από το ασφαλές λιμάνι του Χάνδακα.
Το 949 ο βυζαντινός αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Ζ' o Πορφυρογέννητος επιχειρεί μια ακόμα εκστρατεία στην Κρήτη με επικεφαλής του στόλου τον ευνούχο ναύαρχο Κωνσταντίνο Γογγύλη από την Παφλαγονία, ο οποίος απέπλευσε με δύναμη 100 πλοίων και αρκετών χιλιάδων στρατιωτών, κυρίως αρμένιους και σλάβους. Ωστόσο το φρούριο πιθανότατα να μην τέθηκε ποτέ σε πολιορκία, καθώς το εκστρατευτικό σώμα των βυζαντινών καταστράφηκε ολοσχερώς στο σημείο όπου στρατοπέδευσε κατά την απόβαση του στο νησί, σε νυχτερινή επιδρομή Σαρακηνών.

Η πρώτη άλωση του Χάνδακα 961

Το 961 ο βυζαντινός αυτοκράτορας Ρωμανός ο δεύτερος, της αποκαλούμενης μακεδονικής δυναστείας (867 - 1056) -στην πραγματικότητα επρόκειτο για αρμένιους- θα επιχειρήσει μια τεράστια εκστρατεία κατά της Κρήτης υπό τον επίσης αρμένιο στρατηγό Νικηφόρο Φωκά. Ο Ρωμανός το 959 χώρισε το βυζαντινά τάγματα σε δυο τομείς, τον ανατολικό και τον δυτικό, ο Φωκάς έχοντας το αξίωμα του ‘’δομέστικου της ανατολής’’ -δηλαδή διοικητής των ταγμάτων της Μικράς Ασίας - διατάχθηκε να ξεκινήσει την εκστρατεία στην Κρήτη. Ο παραδοσιακά κοσμοπολίτικος βυζαντινός στρατός, που τον 10ο αιώνα απαρτιζόταν  κυρίως από Σλάβους, Αρμένιους, Ρώσους,  Τούρκους, Πετσενέγους, Τατάρους,  Ούννους,  Αλανούς, Χαζάρους και Κουμάνους, (φυλές τούρκων) μεταξύ άλλων, αποβιβάζεται στην Κρήτη και ξεκινά την πολιορκία του κάστρου η οποία διήρκησε όλο το χειμώνα του 960-961.
Ο Θεοδόσιος ο διάκονος, προσωπικός κόλακας του Φωκά και αυτόπτης μάρτυρας της λεηλασίας του Χάνδακα, αποτύπωσε το μέγεθος των επιχειρήσεων στο ποίημα του ‘’Η άλωση της Κρήτης’’.  Χαρακτηριστικά αναφέρει ότι ο Όμηρος έγραφε για ασήμαντα γεγονότα σε σύγκριση με αυτά που περιέγραφε ο ίδιος, οι ήρωες και οι στρατηγοί του Τρωικού πολέμου ήταν τιποτένιοι μπροστά στον Νικηφόρο Φωκά και οι στρατοί τους μικροί και ασήμαντοι σε σύγκριση με στον βυζαντινό στρατό.
Κατά τη διάρκεια της πολιορκίας στη μέση του χειμώνα, Κρήτες από την ορεινή ενδοχώρα, περίπου 10.000, με τον οπλαρχηγό τους τον Καραμούντη (με βεβαιότητα Κρής ), όπως αναφέρει ο Θεοδόσιος ο Διάκονος: «Ο αιματοβαμμένος γέρος, των παλαιών ημερών νέος δράκος, αυτός που αφιέρωσε την ζωή του για να ορίζει τους Κρήτες.» επιτίθενται στο βυζαντινό στρατόπεδο όπου είχε καταφύγει μέρος των ορδών των σλάβων, των τούρκων και των άλλων βαρβάρων του βυζαντινού στρατού εξαιτίας της σφοδρότητας του χειμώνα. Ο βυζαντινός στρατηγός Νικηφόρος Παστιλάς κλήθηκε να αντιμετωπίσει την επίθεση και στις πρώτες μάχες οι βυζαντινοί φαινόταν να απωθούν τους Κρήτες στα ορεινά, στην συνέχεια όμως καθώς αναπτύσσονταν στην ενδοχώρα, καταστράφηκαν ολοσχερώς και ο Παστιλάς εκτελέστηκε. Νέα όμως αντεπίθεση των υπεράριθμων βυζαντινών ανάγκασε τους Κρήτες του Καραμούντη να καταφύγουν οριστικά στα ορεινά την άνοιξη του 961, έτσι η πολιορκία του κάστρου μπήκε στην τελική της φάση.
Την πτώση του κάστρου την άνοιξη του 961 Ακολούθησαν σφαγές βρεφών, ηλικιωμένων και γυναικών, εκτεταμένος προσηλυτισμός με την δράση του Νίκων του "Μετανοείτε" στο νησί, ο οποίος ήταν επίσης αρμένιος, και σχολαστική καταστροφή τον πολιτισμικών στοιχείων του εμιράτου. 700 χρόνια αργότερα οι ίδιοι ουσιαστικά λαοί θα λεηλατήσουν για δεύτερη φορά τον Χάνδακα, κατά το μεγάλο κρητικό πόλεμο, κάτω όμως από οθωμανικά λάβαρα αυτή τη φορά.

Σχετικά με τις πηγές Λέοντα και Θεοδοσίου του διάκονου

Μελετώντας κανείς τη χρονογραφία του Λέοντα του διακόνου και την Άλωση της Κρήτης του Θεοδόσιου του διάκονου διαπιστώνει ότι οι χαρακτηρισμοί: Κρήτες, βάρβαροι και σαρακηνοί χρησιμοποιούνται διαδοχικά για τον εχθρό, χωρίς να γίνεται κανένας διαχωρισμός μεταξύ των ιθαγενών Κρητών και των εξόριστων της Ανδαλουσίας, γεγονός που οδηγεί  στο συμπέρασμα ότι η Κρήτη εκείνη την εποχή ήταν σύσσωμη εχθρός του Βυζαντίου και δεν υπήρχε στο νησί κανένας προσφιλής στους βυζαντινούς πληθυσμός για να απελευθερώσουν. Δημιουργεί όμως και το ερώτημα, σε ποιους πραγματικά αναφέρονται οι συγγραφείς κάθε φορά. Ωστόσο όταν φτάσει κανείς στο μέρος 3 ς' του Α βιβλίου της ιστορίας του Λέοντα του διακόνου, όπου ο συγγραφέας μεταφέρει το λόγο του Νικηφόρου Φωκά προς το στράτευμα, τα πράγματα γίνονται ξεκάθαρα.
«δι' ἃ οὐκ ἠνέσχετο πάντως ἡ πρόνοια μέχρι καὶ τοῦ παντὸς, τοὺς ψεύστας. τὰ θηρία τὰ κάκιστα. τὰς ἀργὰς γαστέρας, καταθοινεῖσθαι λαὸν τὸν Χριστώνυμον»
Εδώ ο Φωκάς χρησιμοποιεί τα στερεότυπα που αναφέρονται στην Καινή Διαθήκη 1:12 για τους Κρήτες, (βλέπε κεφάλαιο Η θρησκευτική και πολιτισμική μετάβαση της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας 325 αυτού του λήμματος), χαρακτηρισμοί που ακολουθούσαν τούς ιθαγενείς Κρήτες καθ' όλη τη διάρκεια του μεσαίωνα.

Βυζαντινή Περίοδος

Διάφοροι ιστοριογράφοι αντλώντας ο ένας από τον άλλο, ισχυρίζονται ότι μετά την άλωση του Χάνδακα το 961, ακολούθησε εποικισμός της Κρήτης με Αρμένιους και Ρωμαίους (με ότι μπορεί να σημαίνει αυτός ο όρος), καθώς το νησί είχε ''αφελληνιστεί'' κατά την περίοδο του εμιράτου, παραβλέποντας την ειρωνεία που περιέχει το να ''εξελληνίζεις'' με Αρμένιους και βυζαντινούς, και συνολικά βασίζονται στο χωρίο του Λέοντα του διακόνου στο η' P7 του Β βιβλίου: 
«Τέμενος τὸ ἄστυ ὠνόμασε, καὶ τὴν νῆσον ἐξημερώσας ἅπασαν, Ἀρμενίων τε καὶ Ῥωμαίων καὶ συγκλύδων ἀνδρῶν φατρίας ἐνοικισάμενος»
Το οποίο χωρίο αποτελεί και το μοναδικό τους επιχείρημα. Ωστόσο ο Νικόλαος Τωμαδάκης, ένας εξέχων μελετητής της Κρητικής ιστορίας, θεωρεί ότι ο Λέων εδώ μνημονεύει κάποιους φρουρούς και κρατικούς υπαλλήλους που ήρθαν από την Κωνσταντινούπολη για την ασφάλεια του νησιού και δεν μιλάει για εποικισμό. Και επιχειρηματολογεί λέγοντας:
« Ου μόνον σλαβικά ή αρμενικά στοιχεία είναι ανύπαρκτα εις την κρητικήν διάλεκτον, αλλά, ματαίως θ’ ανεζήτει τις ίχνος της αραβοκρατίας εν τη γλώσση»
Σχεδόν αμέσως μετά την άλωση του Χάνδακα από τους βυζαντινούς έχουμε αναφορές για ελεύθερους αγρότες στην κρητική ενδοχώρα, και συγκεκριμένα στην Μεσσαρά, που ιστορικά υπήρξε η σημαντικότερη καλλιεργήσιμη περιοχή στην Κρήτη. Όπως προκύπτει από τη διαθήκη του άγιου Ιωάννη του Ξένου (γέννηση 970 μ.Χ), ελεύθεροι αγρότες δώριζαν ή πουλούσαν τις ιδιοκτησίες τους στα μοναστήρια που είχε ιδρύσει, είτε μεμονωμένα, είτε ομαδικά, κάτοικοι των γύρω χωριών.

Τέταρτη σταυροφορία 1201

Η Τέταρτη σταυροφορία αποτελεί ένα κομβικό γεγονός στην ιστορία της Κρήτης καθώς η μοίρα του νησιού διαχωρίζεται από τη μοίρα της βαλκανικής χερσονήσου τους επόμενους αιώνες. Το νησί της Κρήτης παραχωρήθηκε σους σταυροφόρους από τον βυζαντινό αυτοκράτορα  Ισαάκιο Β΄ Άγγελο  ως ανταμοιβή για την συνδρομή των σταυροφόρων στην επαναφορά του στον θρόνο, από όπου είχε εκθρονιστεί λίγα χρόνια νωρίτερα από τον αδελφό του. Μετά από διαπραγματεύσεις η δημοκρατία της Βενετίας θα πάρει υπό τον έλεγχο της το νησί της Κρήτης από το 1211 έως και την πτώση του Χάνδακα το 1669. 
Η δημοκρατία της Βενετίας αποτελούσε μια συνάθροιση πολιτών του δυτικού ρωμαϊκού κράτους που έχει πάψει να υπάρχει από το 476 μ.Χ. με την λεηλασία της Ρώμης από τους Γότθους και ως το 726 μ.Χ, κατά την έκδοση του εικονοκλαστικού διατάγματος του Λέοντα Γ του Ίσαυρου, αποτελούσε την τελευταία κτήση του ανατολικού ρωμαϊκού κράτους στην Ιταλική χερσόνησο. Έκτοτε αυτονομήθηκε απολαμβάνοντας προνόμια από τους βυζαντινούς λόγο της τακτικής στρατιωτικής συνδρομής που προσέφερε.  
Η ιστορική αυτή συγκυρία θα αποδειχθεί πολύτιμη στο μέλλον για το νησί της Κρήτης, καθώς η παρουσία των Ενετών στο Αιγαίο και τα εκτεταμένα οχυρωματικά έργα που έγιναν στο νησί την περίοδο αυτή, θα κρατήσουν την Κρήτη ανεπηρέαστη από τις εξελίξεις στην ανατολή τους επόμενους αιώνες, και τα πρώιμα χρόνια της οθωμανικής αυτοκρατορίας που ήταν τα σκοτεινότερα. Οι αναγκαστικές μετακινήσεις των πληθυσμών και το παιδομάζωμα που αποτελούσαν συνήθεις πρακτικές της οθωμανικής αυτοκρατορίας τα πρώιμα χρόνια, δεν εφαρμόστηκαν ποτέ στο νησί της Κρήτης καθώς από τις αρχές του 17ου αιώνα οι πολιτικές είχαν αλλάξει. Μετά τις μετακινήσεις φυλών από το Αζερμπαϊτζάν στο Ερζινκάν και Πασίν της σημερινής Τουρκίας επί Mουρατ ΙV  το 1635 μ.Χ. δεν απαντώνται άλλες μετακινήσεις πληθυσμών στα οθωμανικά αρχεία, ενώ μετά την αποτυχημένη απόπειρα πραξικοπήματος των γενίτσαρων επίσης επί Μουράτ IV το 1632 μ.Χ. η πρακτική του παιδομαζώματος φτάνει επίσημα στο τέλος της.

Εξεγέρσεις των Κρητικών κατά της Βενετίας

Το 1212 οι αδελφοί Αγιοστεφανίτες εξεγέρθηκαν στο Οροπέδιο του Λασιθίου, πιθανώς λόγω της άφιξης των πρώτων Βενετών εποίκων και της απαλλοτρίωσης των περιουσιών των Κρητικών ευγενών και της Ορθόδοξης Εκκλησίας στο νησί. Η εξέγερση εξαπλώθηκε σύντομα σε όλη την ανατολική Κρήτη και καταστάλθηκε μόνο με την παρέμβαση του Μάρκου Α΄ Σανούδου, δούκα της Νάξου. Στη συνέχεια ο Σανούδος προσπάθησε να κατακτήσει το νησί για λογαριασμό του, έχοντας σημαντική τοπική υποστήριξη, συμπεριλαμβανομένου του ισχυρού άρχοντα Σεβαστόυ Σκορδύλη. Οι δυνάμεις του  Σανούδου, του Σκορδύλη και άλλων κρητικών, κατάφεραν ακόμη και να κυριεύσουν τον Χάνδακα. Ενώ ο Γιάκοπο Τιέπολο, ο πρώτος Βενετός Δούκας της Κρήτης, διέφυγε στο κοντινό φρούριο του Τεμένους μεταμφιεσμένος σε γυναίκα. Η άφιξη του ενετικού στόλου επέτρεψε στον Τιέπολο να ανακτήσει τον Χάνδακα και ο Σανούδος συμφώνησε να εκκενώσει το νησί με αντάλλαγμα χρήματα, τρόφιμα και άλλα αγαθά. Είκοσι Κρήτες άρχοντες που είχαν συνεργαστεί μαζί του τον ακολούθησαν στη Νάξο 
Το 1217, η κλοπή κάποιων αλόγων και η απαλλοτρίωση κάποιων βοσκότοπων που ανήκουν στην οικογένεια Σκορδύλη, από τον βενετσιάνικο ρετούρη Μονοπάρη, καθώς και η αποτυχία του Δούκα Παύλου Κουερίνι να αποκαταστήσει τον Σκορδύλη, οδήγησε σε μεγάλη εξέγερση, με επικεφαλής τους ευγενείς Κωνσταντίνο Σκορδύλη και Μιχαήλ Μελισσηνό. Με βάση δύο ορεινές τοποθεσίες, την Άνω Σίβρυτο και την Κάτω Σίβρυτο, οι επαναστάτες υποχρέωσαν σε διαδοχικές ήττες τα ενετικά στρατεύματα και η εξέγερση σύντομα εξαπλώθηκε σε ολόκληρη τη δυτική Κρήτη. Καθώς το ενετικό στράτευμα αποδείχθηκε ανίκανο να καταπνίξει την εξέγερση, οι Βενετοί κατέφυγαν σε διαπραγματεύσεις. Στις 13 Σεπτεμβρίου 1219, ο δούκας Δομήνικος Δελφίνος και οι ηγέτες των επαναστατών κατέληξαν σε συνθήκη που έδινε στους δεύτερους ιπποτικά φέουδα και διάφορα προνόμια. Επίσης απελευθερώθηκαν 75 αγρότες, επιβεβαιώθηκαν τα προνόμια στο μετόχι της Μονής του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στην Πάτμο και αποφασίστηκε οι Βενετοί υπήκοοι να υπόκεινται σε τιμωρία για οποιαδήποτε εγκλήματα κατά των ιθαγενών Κρητών . Σε αντάλλαγμα, οι Κρήτες ευγενείς ορκίστηκαν υπακοή στη Δημοκρατία της Βενετίας. Η συνθήκη αυτή είχε μεγάλες επιπτώσεις, καθώς άρχισε να διαμορφώνεται μια κληροδοτούμενη κρητική ευγενής τάξη, η οποία βρισκόταν σε ίση μοίρα με την βενετική αποικιακή αριστοκρατία . Ωστόσο, η άφιξη του δεύτερου κύματος Βενετών αποίκων το 1222 οδήγησε και πάλι σε εξέγερση, υπό τον Θεόδωρο και τον Μιχαήλ Μελισσηνό. Για μια ακόμη φορά, οι Ενετικές αρχές σύναψαν μια συνθήκη με τους ηγέτες των επαναστατών, παραχωρώντας τους δύο ιπποτικά φέουδα . 
Το 1228 ξεκίνησε νέα εξέγερση η οποία αφορούσε όχι μόνο τους Σκορδύλίδες και τους Μελισσηνούς, αλλά και τις οικογένειες των Αρκολέων και των Δρακοντόπουλων. Και οι δύο πλευρές ζήτησαν εξωτερική βοήθεια: ο Δούκας της Κρήτης Ιωάννης Στορλάντος, ζήτησε τη βοήθεια του Άγγελου Σανούδου, δούκα της Νάξου, γιου και διαδόχου του Μάρκου Α΄ Σανούδου. Ενώ οι Κρητικοί ζήτησαν βοήθεια από την αυτοκρατορία της Νίκαιας. Ένας στόλος 33ων πλοίων από την Νίκαια σύντομα έφτασε στο νησί, και μέσα στη δεκαετία του 1230 οι Νικαιώτες ήταν σε θέση να αμφισβητήσουν τον ενετικό έλεγχο στην Κρήτη διατηρώντας στρατεύματα στο νησί. Μια σειρά Συνθηκών το 1233, 1234 και 1236, έληξε την εξέγερση, με την παραχώρηση νέων προνομίων στην Κρητική αριστοκρατία. Μόνο οι Δρακοντόπουλοι, μαζί με κάποια κατάλοιπα των Νικαιωτών (οι λεγόμενοι «Ανατολίτες») συνέχισαν τον αγώνα, με βάση τους το φρούριο του Μιράμπελου (σύγχρονος Άγιος Νικόλαος). Μόνο με τη βοήθεια του αυτόνομου Έλληνα άρχοντα της Ρόδου, Λέοντα Γαβαλά, οι Βενετοί μπόρεσαν να αναγκάσουν τους ανατολίτες σε οπισθοχώρηση πίσω στη Μικρά Ασία το 1236. Ενώ οι Δρακοντόπουλοι δεν εμφανίζονται ξανά στις πηγές έκτοτε.
Το 1261 μετά την ανακατάληψη της Κωνσταντινούπολης και την αποκατάσταση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας υπό τη δυναστεία των Παλαιολόγων, ο αυτοκράτορας Μιχαήλ Η Παλαιολόγος προσπάθησε να ανακτήσει και την Κρήτη. Ένας απεσταλμένος του Παλαιολόγου φτάνει στο νησί και έρχεται σε επαφή με τους ευγενείς Γεώργιο Χορτάτση και Μιχαήλ Ψαρομελίκγο. Το γεγονός οδήγησε σε μια ακόμα εξέγερση το 1262, η οποία οδηγείται και πάλι από τις οικογένειες των Σκορδύλιδων, των Μελισσηνών και των Χορτάτσιδων και υποστηρίζεται επίσης από τον Ορθόδοξο κλήρο. Η εξέγερση μαίνονταν για τέσσερα χρόνια, αλλά οι προοπτικές της δεν ήταν ποτέ καλές. Όχι μόνο επειδή ο Παλαιολόγος δεν ήταν σε θέση να αποστείλει ουσιαστική βοήθεια, αλλά κυρίως γιατί ο επιφανής Κρητικός ευγενής Αλέξιος Καλλέργης αρνήθηκε να υποστηρίξει την εξέγερση. Τελικά, το 1265 μια άλλη συνθήκη έληξε την εξέγερση, επιβεβαιώνοντας τα προνόμια των κρητικών ευγενών και απονέμοντας στους αρχηγούς τους δύο ακόμα ιπποτικά φέουδα . Την επόμενη χρονιά όμως φήμες διαδόθηκαν ότι οι κρητικοί ευγενείς, συμπεριλαμβανομένων των αδελφών Γιώργου και Θεόδωρου Χορτάτση αλλά και του Αλέξιου Καλλέργη, σχεδίαζαν μια άλλη εξέγερση. Η δυναμική παρέμβαση όμως του δούκα Ιωάννη Βελένιο, άλλα και οι ενδοιασμοί του Καλλέργη, οδήγησαν στην αποτυχία αυτών των σχεδίων . Ο Παλαιολόγος Τελικά αναγνώρισε τον Ενετικό έλεγχο του νησιού με τις συνθήκες που συνήφθησαν το 1268 και το 1277. 
Το 1272 ή το 1273, ο Γιώργης και ο Θοδωρής Χορτάτσης ξεκίνησαν μια νέα εξέγερση στην ανατολική Κρήτη, με επίκεντρο το οροπέδιο του Λασιθίου. Το 1276 οι εξεγερμένοι σημείωσαν μεγάλη νίκη σε ανοιχτή μάχη στην πεδιάδα της Μεσσαράς, στην οποία ο Δούκας της Κρήτης, ο σύμβουλος του Δούκα, καθώς και το «λουλούδι της βενετικής αποικίας του Χανδακα» έπεσαν. Οι επαναστάτες πολιόρκησαν το Χάνδακα ακόμα μια φορά, αλλά στα πρόθυρα της επιτυχίας, η εξέγερση άρχισε να καταρρέει λόγω διαφωνιών μεταξύ των κρητικών ευγενών: οι Ψαρομελίνγκοι άρχισαν να πολεμούν με τους Χορτάτσιδες, γιατί ένας από τους δικούς τους σκότωσε έναν Χορτάτση στην κατανομή των λαφύρων, ενώ συγχρόνως ο Αλέξιος Καλλέργης συνεργάστηκε ανοιχτά με τους Βενετούς. Με την άφιξη σημαντικών ενισχύσεων από τη Βενετία, η εξέγερση τελικά καταστάλθηκε το 1278. Σε αντίθεση με προηγούμενες εξεγέρσεις, οι Βενετοί αρνήθηκαν διευθέτηση μέσω διαπραγματεύσεων και απείλησαν τους επαναστάτες με εκστρατεία τρομοκρατίας και μαζικά αντίποινα. Η οικογένεια των Χορτάτσιδων και πολλοί από τους υποστηρικτές τους έφυγαν στη Μικρά Ασία, όμως η ωμή καταστολή των Βενετών δημιούργησε ένα αγεφύρωτο χάσμα με τον τοπικό πληθυσμό .
Παρά το διπλό παιχνίδι και την αλλαγή στρατοπέδων μεταξύ της Βενετίας και των συμπατριωτών του, η ήττα και ο διωγμός των αδελφών Χορτάτση άφησε τον Αλέξιο Καλλέργη ως τον πιο εξέχοντα και σεβαστό από τους Κρητικούς ευγενείς. Ο τεράστιος πλούτος του, καθώς και η στρατηγική του θέση στο Μυλοπόταμο, του έδιναν επίσης μεγάλη δύναμη.  Αυτό έκανε τους Βενετούς καχύποπτους απέναντι του. Οι προσπάθειες τους όμως να ελέγξουν την εξουσία του προκάλεσαν την έναρξη της μεγαλύτερης και πιο βίαιης από όλες τις μέχρι τότε κρητικές εξεγέρσεις.
Το 1282 ο Καλλέργης ένωσε όλες τις εξέχουσες οικογένειες της κρητικής αριστοκρατίας: τους Γαβαλάδες, τους Βαρούχες, τους Βλαστούς, ακόμα και τον Μιχάλη Χορτάτση, ανιψιό του Θεοδώρου και του Γεωργίου. Η εξέγερση εξαπλώθηκε γρήγορα σε όλο το νησί. Οι Βενετοί προσπάθησαν να την καταστείλουν με αντίποινα: Ορθόδοξα μοναστήρια τα οποία συχνά χρησιμοποιούνταν ως βάσεις και καταφύγια από τους επαναστάτες, πυρπολήθηκαν και βασανιστήρια εφαρμόστηκαν στους κρατούμενους. Το 1284, η είσοδος και η εγκατάσταση στο οροπέδιο του Λασιθίου -το οποίο σε προηγούμενες εξεγέρσεις είχε χρησιμεύσει ως βάση- κηρύχθηκε απαγορευμένη, ακόμη και για τα βοοειδή.  Παρά τη συνεχή ροή των ενισχύσεων από τη μητρόπολη, η εξέγερση δεν μπορούσε να κατασταλεί. Οι ενετικές αρχές προσπάθησαν επίσης να συλλάβουν τον Καλλέργη και τους άλλους ηγέτες, όμως χωρίς επιτυχία.  Η κατάσταση έγινε τρομερή για τη Βενετία το 1296, μετά την εκδήλωση πολέμου με τη Γένοβα. Ο Γενουάτης ναύαρχος Λάμπα Ντορία κατέλαβε και πυρπόλησε τα Χανιά και έστειλε απεσταλμένους στον Καλλέργη προσφέροντας συμμαχία, μαζί με την αναγνώριση του ως κληρονομικού κυβερνήτη του νησιού. Ο Καλλέργης όμως αρνήθηκε. Αυτή η πράξη, σε συνδυασμό με την κούραση και τις εσωτερικές διαφωνίες των ηγετών της Κρήτης, άνοιξε το δρόμο για τον τερματισμό της εξέγερσης και την επίτευξη συμφωνίας με τη Βενετία .
Η εξέγερση τερματίστηκε με την «Ειρήνη του Αλεξίου Καλλέργη» (Λατινικά: Pax Alexii Callergi), που υπεγράφη στις 28 Απριλίου 1299 μεταξύ του δούκα Μιχαήλ Βιτάλη και των ηγετών της επανάστασης. Σε 33 άρθρα, η συνθήκη κήρυξε γενική αμνηστία και την επιστροφή όλων των κατασχεθέντων περιουσιακών στοιχείων και των προνομίων που είχαν προηγουμένως οι ηγέτες των επαναστατών, στους οποίους χορηγήθηκε επίσης φορολογική απαλλαγή δύο ετών για την αποπληρωμή οποιωνδήποτε χρεών. Οι αποφάσεις των δικαστηρίων που είχαν καθιερώσει οι επαναστάτες κατά τη διάρκεια της εξέγερσης αναγνωρίστηκαν και άρθηκε η απαγόρευση των μικτών γάμων μεταξύ Κρητών και Βενετών. Ο ίδιος ο Καλλέργης έλαβε εκτεταμένα νέα προνόμια: επιπλέον τέσσερα ιπποτικά φέουδα , το δικαίωμα να χορηγεί τίτλους και φέουδα ο ίδιος, το δικαίωμα κατοχής πολεμικών αλόγων, το δικαίωμα μίσθωσης των ιδιοκτησιών διαφόρων μοναστηριών και το δικαίωμα διορισμού ορθόδοξου επισκόπου στη μητρόπολη του Αρείου (που μετονομάστηκε σε Καλλεργιούπολη) και η ενοικίαση των γειτονικών επισκοπών Μυλοπάταμου και Καλαμώνα .
Η συνθήκη άφησε τον Καλλέργη ως κυβερνήτη του ορθόδοξου πληθυσμού της Κρήτης. ο χρονικογράφος Μιχαήλ Λουλούδης, ο οποίος κατέφυγε στην Κρήτη όταν η Έφεσος έπεσε στους Τούρκους, τον αποκαλεί «Κύριο της Κρήτης». Ο Καλλέργης τιμούσε σταθερά τους όρους της συνθήκης και παρέμεινε εμφανώς πιστός στη Βενετία στη συνέχεια. Η παρέμβασή του απέτρεψε μια άλλη εξέγερση το 1303, μετά τον καταστροφικό σεισμό εκείνου του έτους, που είχε αφήσει τις βενετσιάνικες αρχές σε αταξία. Αργότερα, το 1311, μια επιστολή του Δούκα της Κρήτης του ζητά να συγκεντρώσει πληροφορίες σχετικά με τις επαναστατικές δραστηριότητες στα Σφακιά . Όταν ξέσπασε μια άλλη εξέγερση στα Σφακιά το 1319, ο Καλλέργης παρενέβη με τους άνδρες του και τον Δούκα Ιουστιανιάνη για να τη σταματήσει. Την ίδια χρονιά, έπειτα από επέμβαση του Καλλέργη, έληξαν και κάποιες μικρότερες εξεγέρσεις από τους Βλαστούς και τους Βαρούχες. Οι Βενετοί τον αντάμειψαν με την καταγραφή της οικογένειάς του στο Libro d'Oro της βενετικής ευγενείας, δίνοντας το δικαίωμα στα μέλη της οικογένειας του ακόμα και στο αξίωμα του δούκα της Βενετίας. Όμως η πίστη του Καλλέργη στη Βενετία προκάλεσε την εχθρότητα των άλλων μεγάλων Κρητικών οικογενειών που προσπάθησαν να τον δολοφονήσουν στον Μυλοπόταμο. Έτσι ο Αλέξιος Καλλέργης πέρασε τα τελευταία χρόνια, μέχρι το θάνατό του το 1321, στον Χάνδακα. Οι εχθροί του συνέχισαν να προσπαθούν να τον δολοφονήσουν, αλλά  κατάφεραν μόνο να σκοτώσουν τον γιο του, τον Αντρέα, και πολλούς από τους συνοδούς του. 
Το 1333 η ειρήνη που καθιέρωσε ο Καλλέργης έφτασε στο τέλος της, όταν ο δούκας Βιάγκο Ζένο διέταξε επιπλέον φόρους για τη χρηματοδότηση της κατασκευής γαλέρων, για την καταπολέμηση της συνεχούς αυξανόμενης απειλής της πειρατείας και των επιδρομών κατά μήκος των ακτών της Κρήτης. Η εξέγερση ξεκίνησε ως διαμαρτυρία στον Μυλοπόταμο, αλλά σύντομα εξαπλώθηκε στις δυτικές επαρχίες το Σεπτέμβριο του 1333, υπό την ηγεσία του Βάρδα Καλλέργη, του Νικόλαου Πρικοσιρίδη από τον Κίσαμο, και των τριών αδελφών Συρόπουλου. Παρά τη συμμετοχή στην εξέγερση ενός συγγενή τους, οι γιοι του Αλεξίου Καλλέργη μεσολάβησαν ανοιχτά με τους Βενετούς, όπως και άλλοι Κρητικοί. Η εξέγερση καταστάλθηκε το 1334 και οι ηγέτες της συνελήφθησαν και εκτελέστηκαν με την κρίσιμη συνεργασία πολλών Κρητικών. Οι οικογένειες των εξεγερμένων εξορίστηκαν και τα αδέλφια και τα παιδιά του Βάρδα Καλλέργη καταδικάστηκαν σε ισόβια φυλάκιση. Επίσης η είσοδος μη Κρητικών Ορθοδόξων κληρικών στο νησί απαγορεύτηκε. 
Το 1341 ξεκίνησε μια ακόμη εξέγερση, από ένα ακόμα μέλος της οικογένειας Καλλέργη, τον Λέων. Ένας εγγονός ή ανιψιός του Αλεξίου, ο Λεόν ήταν δημόσια πιστός στη Βενετία, αλλά συνωμοτούσε με άλλους Κρητικούς ευγενείς, την οικογένεια του Σμυρίλιου απο τον Αποκόρωνα. Η εξέγερση ξέσπασε και σύντομα εξαπλώθηκε σε άλλες περιοχές, καθώς ακολούθησαν και άλλες ευγενείς οικογένειες, όπως οι Σκορδύλιδες, οι Μελισσηνοί, οι Ψαρομελίνκγοι και άλλοι. Ο Αλέξιος Καλλέργης, (ο ομώνυμος εγγονός) όμως, συνέδραμε και πάλι αποφασιστικά τους Βενετούς: συνέλαβε τους Σμυρίλιους, οι οποίοι με τη σειρά τους πρόδωσαν τον Λέων Καλλέργη, τον οποίο ο δούκας Αντρέας Κορνάρος έριξε ζωντανό στη θάλασσα, δεμένο σε σάκο . Παρά την απώλειά του, η εξέγερση συνεχίστηκε κάτω από τους Σκορδύλίδες και τους Ψαρομελίνκγους, που είχαν υπό τον έλεγχο τους τα βουνά των Σφακίων και της Σύβριτου. Οι επαναστάτες πολιόρκησαν ακόμα και τον Αλέξιο Καλλέργη τον νεότερο στο Καστέλι. Υπέστησαν όμως μεγάλη ήττα όταν ο Δούκας κατάφερε να αιφνιδιάσει τους Ψαρομελίνγκους και τις δυνάμεις τους και να τους καταστρέψει στην πεδιάδα της Μεσσαράς. Η απώλεια των Ψαρομελίνγκων ήταν το προοίμιο της καταστολής της εξέγερσης το 1347, που χαρακτηρίστηκε και πάλι από τη μεγάλη βία και την εξορία των οικογενειών των επαναστατών στη Βενετία .

Η πολιτισμική μετάβαση της Κωνσταντινούπολης 1453

Η δεύτερη πολιτισμική και θρησκευτική μετάβαση της πρώην ανατολικής ρωμαϊκής αυτοκρατορίας  το 1453 καθόρισε εν καιρό, για άλλη μια φορά την τύχη της Κρήτης. Είναι η σειρά του χριστιανισμού που αντικατέστησε τις αρχαίες θρησκείες κατά την πρώτη οικουμενική  σύνοδο, να αντικατασταθεί τώρα από το Ισλάμ σαν επίσημη θρησκεία του κράτους και η σειρά της ελληνιστικής επίσημης διαλέκτου που αντικατέστησε σταδιακά τα λατινικά, να αντικατασταθεί τώρα από την τουρκική γλώσσα. Η ανατολική εκκλησία δεν θα κατακτήσει πολιτισμικά τους λαούς της ανατολής όπως συνέβη με την δυτική ρωμαϊκή εκκλησία επί των Γότθων, των Νορμανδών και των άλλων λαών του βορά. Η ανατολική εκκλησία θα χάσει το συντριπτικό ποσοστό του ποιμνίου της στην περιοχή ήδη από τον πρώτο αιώνα μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης στην οποία ήταν σύμφωνη και αρωγός. Ενώ η εξέγερση του Μοργιά την ίδια χρονιά, μαρτυρά την αφόρητη διακυβέρνηση από τις έκφυλες πια κεφαλές της κάποτε ανατολικής Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας.  
Ο Γεώργιος Φραντζής στο χρονικό της άλωσης της Κωνσταντινούπολης δείχνει τους Κρήτες ως τους τελευταίους που εγκατέλειψαν τον αγώνα με αναγνώριση μάλιστα των προσπαθειών τους από τους Τούρκους.
Όταν μπήκαν οι εχθροί στην Πόλη, έδιωξαν τους Χριστιανούς που είχαν απομείνει στα τείχη με τηλεβόλα, βέλη, ακόντια και πέτρες.  Έτσι έγιναν κύριοι ολόκληρης της Κωνσταντινούπολης, εκτός των πύργων του Βασιλείου του Λέοντος και του Αλεξίου, τους οποίους κρατούσαν ναύτες από την Κρήτη που πολέμησαν από τις 6 μέχρι τις 8 το απόγευμα και σκότωσαν πολλούς Τούρκους, δεν ήθελαν να παραδοθούν, έλεγαν ότι προτιμούσαν να πεθάνουν. Κάποιος Τούρκος ειδοποίησε το Σουλτάνο για την ηρωική άμυνά κι εκείνος συμφώνησε να τους επιτρέψει να φύγουν με το πλοίο και όλα τα πράγματα που είχαν μαζί τους
Οι Οθωμανοί στο περιστατικό αυτό φαίνεται να επιβραβεύουν την αυτοθυσία στην μάχη ακόμα και όταν πρόκειται για τον αντίπαλο, ενώ αντίθετα φαίνεται να μην εκτιμούν την προδοσία ακόμα και όταν είναι προς όφελος τους όπως στην περίπτωση του βυζαντινού στρατηγού Λουκά Νοταρά που ενώ συνέδραμε τους τούρκους εκ των έσω κατά την άλωση, τελικά εκτελέστηκε.

Η Κρήτη μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης

Η Κρήτη είχε πάντα ιδιαίτερη σημασία για την Βενετία και η σημασία της αυξήθηκε ακόμα περισσότερο καθώς οι Οθωμανοί άρχισαν να κατακτούν τις ενετικές κτήσεις στην ανατολική Μεσόγειο, σε μια σειρά συγκρούσεων που ξεκίνησαν μετά την Πτώση της Κωνσταντινούπολης το 1453. Η Κρήτη άρχισε σταδιακά να εμπλέκεται όλο και περισσότερο σε αυτές τις συγκρούσεις. 
Η όξυνση της οθωμανικής απειλής συνέπεσε με μια περίοδο οικονομικής παρακμής της Ενετικής Δημοκρατίας, η οποία περιόρισε την ικανότητά της να ενισχύσει αποτελεσματικά την Κρήτη. Επιπλέον, οι εσωτερικές συγκρούσεις στο νησί, καθώς και η άρνηση της τοπικής αριστοκρατίας για μεταρρυθμίσεις, διόγκωναν το πρόβλημα . Η πτώση της Κωνσταντινούπολης επηρέασε ορισμένους κατοίκους του νησιού και ακολούθησε μια σειρά αντιβενετικών συνωμοσιών μικρής έκτασης. Η πρώτη ήταν μια προγραμματισμένη εξέγερση του Σίφη Βλαστού στο Ρέθυμνο, η οποία περιελάμβανε ακόμη και μια ψεύτικη επιστολή του τελευταίου βυζαντινού αυτοκράτορα. Η συνωμοσία προδόθηκε στις βενετικές αρχές από τους ορθόδοξους ιερείς Ιωάννη Λιμά και Αντρέα Νίγκρο, με αντάλλαγμα χρήματα και προνόμια. 39 άτομα κατηγορήθηκαν για συμμετοχή, μεταξύ των οποίων πολλοί ορθόδοξοι ιερείς. Τον Νοέμβριο του 1454, ως τιμωρία, οι αρχές απαγόρευσαν την χειροτονία ορθοδόξων ιερέων για πέντε χρόνια . Μια άλλη συνωμοσία προδόθηκε το 1460, κάνοντας τους Βενετούς να ξεκινήσουν διώξεις κατά ντόπιων άλλα και προσφύγων από την ηπειρωτική Ελλάδα. Ο πρωτόπαπας του Ρεθύμνου, Πέτρος Τζανγκαρόπουλος, ήταν ένας από τους ηγέτες της συνωμοσίας. Αν και η συνωμοτική δραστηριότητα υποχώρησε σταδιακά, οι αρχές παρέμειναν νευρικές. Το 1463, επιτράπηκε στον οικισμό του οροπεδίου του Λασιθίου να παράγει σιτηρά για να αντιμετωπιστεί ο λιμός, όμως αμέσως μόλις πέρασε ο άμεσος κίνδυνος το 1471, απαγορεύθηκε ξανά και παρέμεινε έτσι μέχρι τις αρχές του 16ου αιώνα 
Το 1471, κατά τον Πρώτο Βενετοτουρκικό πόλεμο, ο οθωμανικός στόλος λεηλατούσε τις ανατολικές επαρχίες του νησιού γύρω από τη Σητεία. Κατά τον Τρίτο Βενετοτουρκικό πόλεμο (1537 - 1540), οι Οθωμανοί ζήτησαν την αναγνώριση της κυριαρχίας του σουλτάνου στην Κρήτη και την καταβολή ετήσιου φόρου υποτέλειας, αξιώσεις οι οποίες αγνοήθηκαν. 
Τον Ιούνιο του 1538, ο Οθωμανός ναύαρχος Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα κατέλαβε τον Μυλοπόταμο, τον Αποκόρωνα και την Κεραμία, πολιόρκησε τα Χανιά χωρίς επιτυχία και έπειτα κατευθύνθηκε στο Ρέθυμνο και τον Χάνδακα. Ήταν μόνο η έκκληση βοήθειας των βενετικών αρχών προς τον τοπικό πληθυσμό που έσωσε το κάστρο, προσφέροντας αμνηστίες και φορολογικές απαλλαγές. Οι αδελφοί Καλλέργη, Αντώνης και Μαθιός, χρησιμοποίησαν την περιουσία τους για να στρατολογήσουν άντρες και να ενισχύσουν τις οχυρώσεις του νησιού. Εντωμεταξύ, οι Τούρκοι είχαν καταστρέψει την περιοχή γύρω από το Φόδελε και τα οχυρά του Μιράμπελλου, της Σητείας και του Παλαιόκαστρου. Οι οθωμανικές επιδρομές επανήλθαν το 1539, όταν το Σέλινο παραδόθηκε από τους κατοίκους του και η βενετική φρουρά αιχμαλωτίστηκε. Το φρούριο της Ιεράπετρας επίσης έπεσε, αλλά ο Κίσσαμος αντιστάθηκε με επιτυχία. 
Το 1571, κατά τη διάρκεια του πολέμου για την Κύπρο, ο Κιλίτζ Αλή Πασάς κατέλαβε για λίγο το Ρέθυμνο και επέδραμε στο νησί, οδηγώντας σε εκτεταμένο λιμό. Κάποιοι κάτοικοι του νησιου επιχείρησαν ακόμα και να έλθουν σε συμφωνία με τους Τούρκους, καθώς ο ορθόδοξος κλήρος αποτελούσε ήδη έναν αιώνα και πλέον όργανο των Οθωμανών, και απέβλεπε στην ένταξη του Κρητικού λαού στους δουλοπάροικους της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Όμως η παρέμβαση του Κρητικού ευγενούς Ματθαίου Καλλέργη κατάφερε να ηρεμήσει τα πνεύματα και να αποκαταστήσει την τάξη . Δύο χρόνια αργότερα, το 1573, η περιοχή γύρω από τα Χανιά λεηλατήθηκε ξανά από τους Οθωμανούς 
Η ενδοχώρα της Κρήτης στα τελη το 16ου αιωνα δεσπόζεται από οικογένειες -φατρίες όπως των Πάτερων, των Παπαδόπουλων και των Μουσούρων που λυμαίνονταν τα ορεινά, δημιουργώντας μια αφόρητη κατάσταση, όπως φαίνεται από τις εκλύσεις βοήθειας τον ντόπιων κατοίκων προς την Βενετία αλλά και από ριζίτικα τραγούδια εκείνης της εποχής.
…Είναι ακόμα οι Μουσούροι και οι Σγουράφοι, άνθρωποι με κακά φυσικά, που κατοικούν στον Ομαλό, στο Ορθούνι … Μα οι χειρότεροι από όλους αυτούς είναι σήμερα οι Πάτεροι που είναι περισσότεροι και ασύγκριτα πιο δυνατοί από τους άλλους, χάρις τόσο στον τόπο που κατοικούν όσο και στη φύση τους. Όλοι έχουν επιδοθεί σε κακές πράξεις και αν δεν αντιστάθμιζε την δύναμη τους η δύναμη των Παπαδόπουλων δεν θα μπορούσε να τους υποφέρει κανείς…
— Απόσπασμα από την αναφορά του προβλεπτή Φίλλιπου Πασκουαλίνγκο, 16ος αιώνας
…Αν δεν γίνει αυτή η θεραπεία, έχει να ερημωθεί σε λίγο ολόκληρος ο τόπος αυτός, για να μηνούν οι κακοί και να ξεριζωθούν οι καλοί, που είναι στην υπηρεσία του Άγιου Μάρκου, μαραγκοί καλαφάτες και μαστόροι…
— Απόσπασμα από την Έκλυση βοήθειας των κάτοικων των Σφακίων προς τις αρχές της Βενετίας, 16ος αιώνας
Ο Βενετός προβλεπτής Giacomo Foscarini σε έκθεση του το 1579 αναφέρεται στην κατάληξη των παλαιών Βενετών εποίκων στην ενδοχώρα της Κρήτης.
«Από τους ευγενείς Βενετούς πολλοί είναι που δεν έχουν ανάμνηση της ευγενικής τους καταγωγής και πάρα πολλοί τόσο φτωχοί, που εργάζονται με τα χέρια τους στις γεωργικές δουλειές και δεν διατηρούν τίποτε άλλο παρά το επίθετο και λίγο φέουδο που τους απέμεινε, ύστερα από το μοίρασμα και το ξαναμοίρασμα. Έχουν χάσει εντελώς τη γνώση της Ιταλικής γλώσσας και επειδή δεν υπάρχει δυνατότητα σε κανένα χωριό του νησιού να λειτουργούνται κατά το λατινικό δόγμα, είναι αναγκασμένοι να παρακολουθούν καμιά φτωχή θεία λειτουργία στις ορθόδοξες εκκλησίες, να βαφτίζουν τα παιδιά, να παντρεύονται και να θάβουν τους νεκρούς σύμφωνα με το ορθόδοξο δόγμα και τα ελληνικά έθιμα. Οικογένειες τέλεια ελληνικές, οι οποίες δεν πιστεύω πως μπορούν να υπόσχονται περισσότερα από ότι θα μπορούσαν να προσφέρουν οι Έλληνες».

H δεύτερη άλωση του Χάνδακα 1669

Μετά την πτώση του Χάνδακα το Σεπτέμβριο 1669 ξεκινά μια σκοτεινή περίοδος γεμάτη αναταραχές για την Κρήτη. Ενώ στον δυτικό κόσμο την αναγέννηση ακολούθησε ο διαφωτισμός, στην Κρητη την αναγέννηση ακολούθησε ξανά ο μεσαίωνας για σχεδόν δυο αιώνες. 
Η ύπαρξη του φρουρίου του Χάνδακα είναι ένας από τους λόγους που οι Οθωμανοί δεν επιτέθηκαν στην Κρήτη νωρίτερα από το 1644 και δεν μετέφεραν πληθυσμούς στο νησί μετά την πτώση του το 1669. Ο Χάνδακας ήταν το ισχυρότερο φρούριο της μεσόγειου της εποχής του, επέτρεπε να ελέγχεται το νησί της Κρήτης διατηρώντας ελάχιστα στρατεύματα, καθώς σε περίπτωση απειλής θα μπορούσε να αντέξει αρκετά έως ότου φτάσουν ενισχύσεις. Χαρακτηριστικό είναι ότι για να πέσει το φρούριο του Χάνδακα μετά την τελευταία ανακατασκευή των ενετών, χρειάστηκε μια οθωμανική αυτοκρατορία στην απόλυτη ακμή της, 25 χρόνια προσπαθειών και χιλιάδες νεκρούς. Η οθωμανική αυτοκρατορία μέτρησε 70,000 χιλιάδες νεκρούς στρατιώτες συνολικά στον κρητικό πόλεμο του 1644-1669, μεγάλο μέρος των οποίων έπεσε έξω από τα τείχη του Χάνδακα. 
Το νησί της Κρήτης από την κατάκτηση του ήταν η χειρότερα κυβερνούμενη επαρχία της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Την εξουσία κατά την διάρκεια της τουρκοκρατίας ασκούσαν οι λεγόμενοι τουρκοκρήτες.  Ήταν κρητικής καταγωγής και ομιλητές στις περισσότερες περιπτώσεις μόνο της κρητικής διαλέκτου που ασπάστηκαν το Ισλάμ για οικονομικούς και κοινωνικούς λόγους  αλλά κυρίως εξαιτίας του ρόλου που έπαιξε η ορθόδοξη εκκλησία κατά το μεγάλο Κρητικό πόλεμο. Αναφέρονται ως ασεβείς πιστοί του Ισλάμ και δυνάστες των χριστιανών, συχνά αυτόμολοι και σε διένεξη με την πύλη. Ο μουσουλμανισμός επιφανειακός ή μη, έφτασε σε κάποια περίοδο ακόμα και το 47% του συνολικού πληθυσμού του νησιού. Ο γάλλος περιηγητής Ζοζέφ Πιτόν ντε Τουρνεφόρ και ο Άγγλος περιηγητής Richard Pococke που επισκέφθηκαν την Κρήτη τον πρώτο αιώνα της τουρκοκρατίας αναφέρουν χαρακτηριστικά:
Τουρνεφόρ: Όλοι οι κάτοικοι της ενδοχώρας μιλούν την χαρακτηριστική διάλεκτο των χριστιανών του μεσαίωνα, όμως τα βιοποριστικά πλεονεκτήματα του ισλαμισμού, έχουν οδηγήσει πολλούς να εγκαταλείψουν την θρησκεία των προγόνων τους. 
Pococke: Eίναι μερικά χωριά που έχουν γίνει όλοι μουσουλμάνοι.

Κρητική επανάσταση 1770

Το 1770 σημειώθηκε στα Σφακιά η πρώτη μεγάλη επανάσταση κατά των Οθωμανών έναν αιώνα μετά την πτώση του Χάνδακα, ήταν μέρος του Ρωσοτουρκικού πόλεμου του 1768–1774, γεγονότα γνωστά και ως Ορλοφικά.  Η επανάσταση καταπνίγηκε από την υπεράριθμη τοπική οθωμανική φρουρά του νησιού καθώς η ρώσικη βοήθεια που είχαν υποσχεθεί οι αδελφοί Ορλόφ δεν έφτασε ποτέ στο νησί. Οι επαναστάσεις στην Πελοπόννησο και την στερεά Ελλάδα που σημειώθηκαν παράλληλα, έχοντας μικρή υποστήριξη από τους Ρώσους τελικά καταπνίγηκαν από Αλβανούς μισθοφόρους.

Η Περίοδος της Γραμβούσας

Κρήτες που συμμετείχαν στην επανάσταση του Μοργιά το 1821 επέστρεψαν στην Κρήτη το καλοκαίρι του 1825, όπου η επανάσταση που είχε ξεκινήσει παράλληλα, είχε σχεδόν κατασταλεί,  καθώς οι συνθήκες στην Κρήτη ήταν πολύ διαφορετικές από ότι στην Πελοπόννησο, κυρίως λόγο των εξαιρετικά οχυρών ενετικών θέσεων που κατείχαν τώρα οι τούρκοι. 
Με επικεφαλής τον Δημήτριο Καλλέργη και τον Εμμανουήλ Αντωνιάδη κατέλαβαν το παλιό ενετικό φρούριο της Γραμβούσας στις 9 Αυγούστου του 1825, το όποιο κατείχαν οι τούρκοι από το 1715. Οι προσπάθειες των τούρκων να ανακτήσουν το οχυρό απέτυχαν και έτσι άρχισε στην Κρήτη η λεγόμενη περίοδος της Γραμβούσας. Οι επαναστάτες ίδρυσαν οικισμό με μεγάλη προσέλευση από την Κρήτη, έκτισαν σχολείο και οργάνωσαν το ‘’Κρητικό συμβούλιο’’ που αποτελούσε την επίσημη επαναστατική αρχή της Κρήτης και επιδόθηκαν σε ανταρτοπόλεμο κατά των τούρκων. Την ίδια εποχή δρούσε στο Κρητικό πέλαγος και ο Μιχαήλ Κόρακας με 3 πειρατικά πλοία και ορμητήριο την Κάρπαθο.
Το 1828 ο Ιωάννης Καποδίστριας φτάνει στα Επτάνησα για να αναλάβει την αρχηγία του νεοσύστατου ελληνικού κράτους. Μια από τις πρώτες ενέργειες του την ίδια χρονιά, ήταν να στείλει στόλο υπό τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο εναντίον του φρουρίου της Γραμβούσας μετά από υποδείξεις των άγγλων, που ήθελαν την Κρήτη αναπόσπαστο μέρος της φίλης και συμμάχου Τουρκίας. Με πρόσχημα την καταστολή της πειρατείας κατέστρεψαν τα κρητικά πλοία, κατέλαβαν το φρούριο και διέλυσαν τον οικισμό και μαζί τον πυρήνα της επανάστασης στην Κρήτη προσωρινά.

Ένωση

Μετά τη λήξη του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου το Μάιο του 1913, η Κρήτη ενώθηκε με την Ελλάδα με τη Συνθήκη του Λονδίνου. Η ένωση έγινε με επίσημη τελετή στο φρούριο Φιρκά των Χανίων την 1 Δεκεμβρίου 1913.

Εγκατάσταση Μικρασιατών

Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή το 1922, πολλοί Έλληνες Μικρασιάτες πρόσφυγες εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη. Κατά την επακόλουθη ανταλλαγή πληθυσμών, με βάση τη συνθήκη της Λωζάνης το 1923, οι  Τούρκοι που κατοικούσαν στην Κρήτη, περίπου 33.000, αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την Κρήτη και Έλληνες Μικρασιάτες πρόσφυγες εγκαταστάθηκαν στο νησί, με αποτέλεσμα ο πληθυσμός της Κρήτης να καταστεί εθνικά και θρησκευτικά ομογενής. Οι Μικρασιάτες πρόσφυγες εμπλούτισαν τον τοπικό πολιτισμό και την οικονομία και δημιούργησαν συνοικισμούς που φέρουν τα ονόματα των πόλεων της Μικράς Ασίας από όπου προήλθαν, όπως Νέες Κλαζομενές, Νέα Αλικαρνασσός, Νέα Βρύουλα, Νέα Αλάτσατα . Η υποδοχή των προσφύγων από τους Κρήτες ήταν φιλόξενη και η συμβίωση μεταξύ τους ήταν ειρηνικότερη και πιο ομαλή σε σχέση με άλλες περιοχές της Ελλάδας.