Ηράκλεια Λυγκηστίς

Ρωμαϊκή περίοδος

Κατά τη ρωμαϊκή κυριαρχία ονομάστηκε Ηράκλεια Πελαγονίας. 
O Ρωμαίος αυτοκράτορας Αδριανός κατασκεύασε ένα θέατρο στο κέντρο της πόλης, πάνω σε ένα λόφο, όταν έγιναν πολλά κτίρια στη ρωμαϊκή επαρχία της Μακεδονίας, το οποίο άρχισε να χρησιμοποιείται κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Αντωνίνου Πίου. Ανακαλυφθέν το 1931, ένα μικρό οστέινο εισιτήριο για μια θέση στη 14η (από τις 20) σειρά είναι η αρχαιότερη γνωστή απόδειξη της ύπαρξης του θεάτρου. Το θέατρο το ίδιο ανακαλύφθηκε το 1968. Μέσα στο θέατρο υπήρχαν τρία κλουβιά ζώων και στο δυτικό τμήμα μια σήραγγα. Το θέατρο σταμάτησε να χρησιμοποιείται στα τέλη του 4ου αιώνα μ.Χ., όταν οι αγώνες μονομάχων στη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία καταργήθηκαν, λόγω της εξάπλωσης του Χριστιανισμού, της δημιουργίας της Ανατολικής Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και της εγκατάλειψης όσων θεωρούντο ειδωλολατρικές τελετουργίες και ψυχαγωγίες.

Υστερη αρχαιότητα και Βυζαντινή περίδος

Κατά την πρωτοβυζαντινή περίοδο από τον 4ο έως τον 6ο αιώνα η Ηράκλεια έγινε σημαντικό επισκοπικό κέντρο. Μερικοί από τους επισκόπους της μνημονεύονται στα πρακτικά των Οικουμενικών Συνόδων, όπως ο επίσκοπος Ευάγριος της Ηράκλειας στη Σύνοδο της Σαρδικής του 343 μ.Χ. Μια μικρή και μια μεγάλη βασιλική, η κατοικία του επισκόπου και μια βασιλική κοντά στην νεκρόπολη είναι ορισμένα από τα υπολείμματα της περιόδου. Ο κύριος ναός στη μεγάλη βασιλική είναι καλυμμένος με Ψηφιδωτά πλούσιας φυτικής και παραστατικής εικονογράφησης και θεωρούνται εξαιρετικά δείγματα της πρώιμης περιόδου της χριστιανικής τέχνης. Αλλοι επίσκοποι της Ηράκλειας είναι γνωστοί από τον 4ο έως τον 6ο αιώνα, όπως ο επίσκοπος Κουιντιλίνος, που αναφέρεται στα πρακτικά της Δεύτερης Συνόδου της Εφέσου του 449 μ.Χ.. Η πόλη λεηλατήθηκε από τις δυνάμεις των Οστρογότθων υπό τον Θεοδώριχο το 472 παρά τα πλούσια δώρα που τού απέστειλε προσωπικά ο επίσκοπος της πόλης. Η πόλη λεηλατήθηκε και δεύτερη φορά από τους Οστρογότθους το 479. Η πόλη αναστηλώθηκε στα τέλη του 5ου και τις αρχές του 6ου αιώνα, αλλά μετά από ένα σεισμό το 518 μ. Χ. οι κάτοικοι της Ηράκλειας σταδιακά εγκατέλειψαν την πόλη. Τελικά στην αρχή του 7ου αιώνα οι Δραγοβίτες, Σλαβική φυλή, εγκαταστάθηκαν στην περιοχή, απωθούμενοι από το βορρά από τους Αβάρους. Το τελευταίο νόμισμα χρονολογείται από το 585, που σημαίνει ότι η πόλη καταλήφθηκε τελικά από τους Σλάβους, με αποτέλεσμα στη θέση του εγκαταλειμμένου θεάτρου της πόλης να στηθούν πολλές καλύβες.
Στα τέλη του 6ου αιώνα  από σλαβικές φυλές άρχισαν επιδρομές στην περιοχή και υπέστη πολλές διαδοχικές επιθέσεις. Σύμφωνα με τον Φλόριν Κούρτα η ομοιόμορφη παρουσία πολύ λεπτής λάσπης, σε βάθος αρκετών ποδιών σε όλη την περιοχή, δείχνει ότι κατά τη διάρκεια του 6ου αιώνα στους Στόβους επικράτησαν ακραίες καιρικές συνθήκες ψύχους και ξηρασίας τις οποίες ακολούθησαν αμμοθύελλες και συνάμα επιδείνωσαν το υφιστάμενο πρόβλημα διάβρωσης του εδάφους. Στη Μπίτολα (Ηράκλεια Λυγκηστίδα), τον 5ο αιώνα εγκαταλείφθηκε και το θέατρο.

Ψηφιδωτά στις βασιλικές

Η λεγόμενη Μικρή Βασιλική ανακαλύφθηκε σε ανασκαφές που έγιναν πριν από την έκρηξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου μεταξύ 1936 και 1938. Στην αρχή θεωρήθηκε ότι είναι ένα αρχαίο παλάτι, αλλά σε μεταγενέστερη έρευνα του 1960-1964, κατέστη σαφές ότι ήταν παλαιοχριστιανική βασιλική. Υπάρχει ένα διακοσμημένο ψηφιδωτό δάπεδο με την τεχνική της "οpus sectile" μέσα στη βασιλική και έχουν αποκαλυφθεί πολλές αίθουσες. Η πρώτη χρησιμοποιείτο για το βάπτισμα και η δεύτερο έχει ένα ψηφιδωτό δάπεδο με την τεχνική "opus tessellatum". Μετά τη δημιουργία του συγκροτήματος της Μεγάλης Βασιλικής, οι λειτουργίες αυτών των αιθουσών άλλαξαν. 
Η Μεγάλη Βασιλική είναι ένα μνημειακό κτίριο με μια ανοικτή αίθουσα-προπύλαιο με κιονοστοιχίες, μια αίθουσα του εξωνάρθηκα, μια του νάρθηκα, δύο βόρεια παραρτήματα και τρία νότια παραρτήματα. Τα δάπεδα των αιθουσών αυτών έχουν ψηφιδωτά με γεωμετρικά και άνθινα σχέδια. Το ψηφιδωτό στο νάρθηκα είναι της πρώιμης βυζαντινής τέχνης, μια μεγάλη σύνθεση σε μέγεθος 100 μ. Υπάρχουν πουλιά, δέντρα, θάμνοι, ένα κόκκινο σκυλί, που είναι σύμβολο του παραδείσου, και ζώα-θηρία, ως κυρίαρχα της γης. Το ψηφιδωτό χρονολογείται από τα τέλη του 6ου αιώνα. Η Μεγάλη Βασιλική είναι χτισμένη στην κορυφή μιας άλλης προϋπάρχουσας και πιστεύεται ότι κατασκευαστεί μεταξύ 4ου και 6ου αιώνα. 
Το ψηφιδωτό δάπεδο της Μεγάλης Βασιλικής απεικονίζεται στην οπίσθια όψη του χαρτονομίσματος των 5000 δηναρίων της χώρας, που εκδόθηκε το 1996.
Η Επισκοπική Κατοικία ανασκάφηκε μεταξύ 1970 και 1975. Πρώτο ανακαλύφθηκε το δυτικό τμήμα και η νότια πλευρά είναι κοντά στο τείχος της πόλης. Τα δωμάτια πολυτελείας βρίσκονται στο ανατολικό τμήμα. Το δεύτερο, τρίτο και τέταρτο δωμάτιο όλα έχουν ψηφιδωτά δάπεδα. Μεταξύ 3ου και 4ου δωματίου υπάρχει ένα άνοιγμα που οδηγούσε στην ανατολική είσοδο της κατοικίας. Το άνοιγμα δημιουργήθηκε  σκόπιμα μεταξύ 4ου και 6ου αιώνα.