Άρης Βελουχιώτης

Τα πρώτα χρόνια

Ο Βελουχιώτης, ένα ψευδώνυμο που έλαβε πολύ αργότερα, γεννήθηκε ως Αθανάσιος Κλάρας στη Λαμία στις 27 Αυγούστου του 1905 από εύπορη και ευυπόληπτη οικογένεια της ρουμελιώτικης αυτής πόλης. Ο πατέρας του, Δημήτριος, ήταν δικηγόρος που είχε διατελέσει πρόεδρος του Δικηγορικού Συλλόγου της Λαμίας, ενώ ο παππούς του ήταν στο σώμα του Πανουργιά. Η μητέρα του, Αγλαΐα, το γένος Ζέρβα (με πιθανή μακρινή συγγένεια με τον Ναπολέοντα Ζέρβα), ήταν από οικογένεια συμβολαιογράφου. Ο Κλάρας δεν ολοκλήρωσε τις σπουδές του στο γυμνάσιο, όπου λόγω διαγωγής τον απέκλεισαν. Σπούδασε οικότροφος στην Αβερώφειο Μέση Γεωργική Σχολή της Λάρισας στην οποία εισήχθη το 1919 σε ηλικία δεκατεσσάρων ετών. Μετά την αποφοίτησή του το 1922, επέστρεψε στη Λαμία αλλά αρνήθηκε να ασχοληθεί με τα κτήματα του πατέρα του και επέλεξε να δουλέψει δημόσιος υπάλληλος στη Γεωργική Υπηρεσία. Υπηρέτησε πρώτα στη Δράμα, αλλά επειδή αρνήθηκε να «συμμετάσχει στα ρουσφέτια της εποχής» μετατέθηκε στα Τρίκαλα. Ούτε όμως εκεί μπόρεσε να σταθεί και απογοητευμένος παραιτήθηκε.

Στη Δικτατορία της 4ης Αυγούστου

Η έναρξη της Δικτατορίας της 4ης Αυγούστου του 1936 υποχρέωσε τον Κλάρα να επιστρέψει στην Αθήνα. Στα τέλη του 1936 συνελήφθη για διανομή αντιφασιστικού υλικού από την Ειδική Ασφάλεια και φυλακίστηκε στις φυλακές της Αίγινας. Στις αρχές του 1937 τον μετέφεραν στα κρατητήρια της Ασφάλειας Αθηνών, όπου βασανίστηκε. Έπειτα από λίγες μέρες επέστρεψε στην Αίγινα, απ' όπου θα τον μεταφέρουν ξανά στην Αθήνα για να δικαστεί στα δικαστήρια του «Αρσακείου». Εκεί βρήκε την ευκαιρία να δραπετεύσει μαζί με άλλους συγκρατούμενους. Ελεύθερος πια ανέλαβε κομματικά καθήκοντα στη Δράμα αλλά γρήγορα συλλαμβάνεται εκ νέου, καταδικάζεται σε 3 μήνες φυλάκιση και μεταφέρεται ως υπόδικος του Μεταξικού νόμου 117/1936, που είχε αντικαταστήσει το Ιδιώνυμο, στην Αίγινα. Το Πλημμελειοδικείο των Αθηνών καταδίκασε τον Κλάρα σε 4 χρόνια φυλακή.
Στις φυλακές της Αίγινας ο Κλάρας προσπάθησε να διαφωτίσει ιδεολογικά και να εξυψώσει το μορφωτικό επίπεδο των φυλακισμένων. Επιπλέον, ανέλαβε με μεγάλο ζήλο τη διερεύνηση των συνθηκών κάτω από τις οποίες είχαν συλληφθεί οι σύντροφοί του, με σκοπό να εντοπίσει τους πιθανούς δωσίλογους. Όμως, η έρευνα αυτή θα διακοπεί προσωρινά τον Ιούνιο του 1939, γιατί τον μεταφέρουν στις φυλακές της Κέρκυρας, στην απομόνωση της περιβόητης «Ακτίνας Θ´». Εκεί είναι φυλακισμένος και ο Γενικός Γραμματέας του ΚΚΕ, Νίκος Ζαχαριάδης, με τον οποίο ο Βελουχιώτης πιθανόν ήρθε σε επαφή. Τον Ιούλιο του 1939 αποφυλακίστηκε, αφού προηγουμένως είχε υπογράψει τη δήλωση μετανοίας, δηλαδή την επίσημη βεβαίωση δημόσιας απόρριψης του κομμουνισμού και του ΚΚΕ. Αυτή η αμφιλεγόμενη πράξη πιθανολογείται ότι έγινε λόγω της ψυχικής και σωματικής καταπόνησης από τα βασανιστήρια, ή για άλλους γιατί θεωρούσε πως ήταν σημαντικότερο να συνεχίσει τον αγώνα του εκτός φυλακής.
Επέστρεψε στην Αθήνα και για τα επόμενα δύο χρόνια βρίσκεται στο περιθώριο του κόμματος, με αποτέλεσμα να καταρρεύσει ψυχολογικά και να καταφύγει στην οινοποσία. Παράλληλα, μετά την αποφυλάκισή του, μαζί με τον Ορφέα Οικονομίδη, θα οργανώσουν ένα παράνομο τυπογραφείο, που θα το παραδώσουν στη λεγόμενη «Νέα Κεντρική Επιτροπή», που συγκροτήθηκε τον Μάιο–Ιούνιο του 1941 από εξόριστα μέλη του ΚΚΕ. Επίσης, ο Κλάρας μετά την αποφυλάκισή του, πέρασε από τους κόλπους της Προσωρινής Διοίκησης του ΚΚΕ και κατήγγειλε τον ρόλο της.

Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος - Κατοχή - Αντίσταση

Η έναρξη του Ελληνοϊταλικού πολέμου θα δώσει την ευκαιρία στον Κλάρα να επανέλθει στη δράση, αφού καλείται να υπηρετήσει στο Μακεδονικό Μέτωπο, ως στρατιώτης της 10ης Πυροβολαρχίας του 3ου Συντάγματος του αντιαεροπορικού πυροβολικού. Η πυροβολαρχία αυτή διακρίθηκε για την ευστοχία, την πειθαρχεία και το θάρρος των ανδρών της. Όταν τον Απρίλιο του 1941, το μέτωπο κατέρρευσε από τη γερμανική εισβολή, επέστρεψε με τη μονάδα του στην Αθήνα, πριν μπουν εκεί τα γερμανικά στρατεύματα, και ζήτησε από τους συνστρατιώτες του να συνεχίσουν τον πόλεμο. Λίγο μετά μίλησε σε μια συγκέντρωση αποστρατευμένων φαντάρων, ζητώντας τους να μην παραδώσουν τα όπλα τους, γιατί ο αγώνας για την πατρίδα τώρα αρχίζει. Λίγες μέρες μετά, στις 15 Μαΐου, μίλησε σε μια συγκέντρωση κομμουνιστών σε δασύλλιο μεταξύ Ζωγράφου–Καισαριανής–Κουπονίων στην Αθήνα, επιμένοντας «πως ο πόλεμος συνεχίζεται. [...] Μην αμφιβάλλετε πως γρήγορα θα το σκάσουν και τα παλικάρια του κόμματος από τα ξερονήσια και τις φυλακές και θα βρεθούν στις πρώτες γραμμές του εθνικολαϊκού αγώνα που θα αρχίσουμε».
Την ίδια εποχή έφτασαν στην Αθήνα, αφού δραπέτευσαν από τους τόπους εξορίας τους, μερικά μέλη της προπολεμικής Κεντρικής Επιτροπής (ΚΕ) του ΚΚΕ, από το 6ο Συνέδριο του κόμματος το 1935. Ο Κλάρας, μέσω του Ανδρέα Τζήμα, ο οποίος ήταν μέλος του Πολιτικού Γραφείου και «Υπεύθυνος για την ανάπτυξη του Αντάρτικου», ήρθε σε επαφή με την ΚΕ, ζητώντας να εργασθεί ως τυπογράφος, εκμεταλλευόμενος τα τυπογραφικά στοιχεία που είχε κλέψει από ένα τυπογραφείο όπου είχε δουλέψει παλιότερα. Πίστευε, όμως, ότι θα μπορούσε να προσφέρει περισσότερα στο κόμμα, αν ξεκινούσε αντάρτικο αγώνα κατά των δυνάμεων κατοχής. Την πρόταση αυτή του Κλάρα απέρριψε ομόφωνα η ΚΕ, η οποία τον αντιμετώπιζε με δυσπιστία και επιφυλακτικότητα λόγω της δήλωσης μετάνοιας που είχε κάνει, άλλα και το ότι είχε συγκρουστεί στο παρελθόν σχεδόν με όλα τα μέλη της. Τον Νοέμβριο, όμως, ο Τζήμας παρέκαμψε την ΚΕ και, εκμεταλλευόμενος τη θέση του ως γραμματέα της Κομματικής Οργάνωσης Αθήνας (ΚΟΑ), τον έστειλε στη Ρούμελη για να διερευνήσει τις δυνατότητες ανάπτυξης αντάρτικου και δευτερευόντως να εξασφαλίσει τρόφιμα για τον παράνομο μηχανισμό και την ηγεσία του ΚΚΕ. Έτσι, ο Κλάρας ξεκίνησε την επαφή με κομματικά στελέχη από τη Λαμία και στη συνέχεια σε άλλα χωριά της περιοχής, όπως και στην υπόλοιπη Φθιώτιδα και την Ευρυτανία. Έχοντας ολοκληρώσει την αποστολή του με επιτυχία επέστρεψε στην Αθήνα στις αρχές Ιανουαρίου 1942 και ενημέρωσε το κόμμα.
Η απόφαση της 8ης Ολομέλειας στις αρχές Ιανουαρίου του 1942 για την «οργάνωση ειδικών μαχητικών τμημάτων σε όλα τα βασικά κέντρα της χώρας, ικανών να αντιμετωπίσουν την ένοπλη βία του κατακτητή», ως βασικό καθήκον στον εθνικοαπελευθερωτικό αγώνα και η ανάληψη της Γραμματείας της ΚΕ από τον Γιώργη Σιάντο, του μοναδικού μέλους της που είχε πολεμική πείρα, στρέφουν το ΚΚΕ προς τον ανταρτοπόλεμο. Λίγο καιρό μετά την ολομέλεια, ο Σιάντος, μετά από επίμονη παρότρυνση του Τζήμα θα δώσει τη συγκατάθεσή του για την ανάπτυξη αντάρτικης ομάδας στη Ρούμελη από τον Κλάρα. Και πάλι όμως αντέδρασαν ορισμένα μέλη της ΚΕ θεωρώντας πως ο Κλάρας δεν ήταν το κατάλληλο πρόσωπο που έπρεπε να είναι ο ηγέτης του Αντάρτικου. Τελικά, μετά από επίπονες προσπάθειες, κατάφερε να μεταπείσει την ηγεσία του ΚΚΕ και τον Μάρτιο ή τον Απρίλιο έλαβε τη συγκατάθεση της ΚΕ και του ΕΛΑΣ.

Υπόθεση Μαραθέα

Ένας «εθνοπροδότης» και «εκμεταλευτής του λαού» ήταν ο μεγαλοκτηματίας του Νέου Μοναστηρίου Δομοκού, Νίκος Μαραθέας. Έχοντας σχέσεις με τον κατοχικό πρωθυπουργό Τσολάκογλου αλλά και τις ιταλικές στρατιωτικές αρχές της περιοχής, ο Μαραθέας εκμεταλλεύονταν με σκληρό τρόπο τους κολίγους, φθάνοντας ακόμη και στην εκτέλεσή τους. Γνωρίζοντας όλα αυτά ο Βελουχιώτης, επικεφαλής μιας ομάδας ανταρτών, επιτέθηκε την νύχτα της 9ης Ιουλίου 1942 στο κτήμα του Μαραθέα και τον σκότωσε. Επιπλέον, απήγαγε τον δεκαπεντάχρονο γιο του και τον γιο του επιστάτη, ζητώντας από την χήρα του Μαραθέα την καταβολή αποζημιώσεων στις οικογένειες των κολίγων που με ευθύνη του άντρα της είχαν εκτελεστεί από τους κατακτητές, όπως και να αποτρέψει τα αντίποινα των Ιταλών,. Αυτή η «επιχείρηση τιμωρίας» του Μαραθέα, που αποσκοπούσε στην τρομοκράτηση των πλούσιων κτηματιών της Θεσσαλίας, με στόχο την υποχρεωτική τροφοδοσία του ΕΛΑΣ προκάλεσε ενθουσιασμό και ανακούφιση στα γύρω χωριά. Η ενέργεια αυτή επιδοκιμάστηκε ακόμη και από τις ακροδεξιές οργανώσεις. Αποσπάσματα χωροφυλάκων και ιταλικού στρατού κατεδίωξαν τους αντάρτες χωρίς να καταφέρουν να τους συλλάβουν.
Όμως, ένα μεγάλο τμήμα του πολιτικού κόσμου κατηγόρησε τον ΕΛΑΣ ότι απέβαλε το «εθνικό προσωπείο» και έκανε «ταξικό αγώνα», με αποτέλεσμα να επηρεαστούν πολλοί που ήθελαν να προσχωρήσουν στο ΕΑΜ και το κίνημα να έχει μεγάλο πολιτικό κόστος. Η επιμονή του Βελουχιώτη να απαγάγει και να κρατά τον γιο του Μαραθέα, τον έφερε αντιμέτωπο με την περιφερειακή οργάνωση της Λαμίας, η οποία ανησυχούσε για τον πολιτική ζημιά τέτοιων ενεργειών. Τις ίδιες έντονες ανησυχίες εξέφρασε και το, ανεπαρκώς και μονόπλευρα πληροφορημένο για το γεγονός, Πολιτικό Γραφείο του ΚΚΕ που αποφάσισε να πλαισιώσει τον Βελουχιώτη με κομματικά στελέχη ώστε να περιορίσει την ελευθερία επιλογών του, και με εντολή του Σιάντου του ζητήθηκε να απελευθερώσει αμέσως τα παιδιά. Όταν στα μέσα Αυγούστου η διαταγή του Σιάντου έγινε γνωστή στον Βελουχιώτη ο γιος του Μαραθέα είχε φονευθεί. Αυτό προκάλεσε την αγανάκτηση της ηγεσίας του ΚΚΕ, η οποία ζήτησε από τον Βελουχιώτη να επιστέψει αμέσως στην Αθήνα και ξεκίνησαν συζητήσεις για να αντικατασταθεί στην αρχηγία του αντάρτικου στη Ρούμελη. Πλέον όμως η παρουσία του ΕΛΑΣ στα ορεινά της Ρούμελης, με την συμβολή του Βελουχιώτη, είχε παγιωθεί και όλα ήταν έτοιμα για την ένοπλη αντιπαράθεση με τους κατακτητές.

Μάχες σε Ρεκά και Κρίκελλο

Όταν ο Βελουχιώτης έφτασε στα Βαρδούσια, αποφάσισε να αφήσει την μισή περίπου δύναμη της ανταρτοομάδας, που τότε έφτανε τους 40 άντρες, στην Ευρυτανία υπό ένα τοπικό αρχηγείο με επικεφαλής τον έφεδρο ανθυπολοχαγό Σωκράτη Γκέκα (Άθω Ρουμελιώτη). Μαζί με τους υπόλοιπους άνδρες ο Βελουχιώτης κινήθηκε προς την Παρνασσίδα, όπου στα μέσα Σεπτεμβρίου συνενώθηκε  με την 8η Απελευθερωτική Ομάδα και σχημάτισε αρχηγείο με καπετάνιο τον ίδιο, στρατιωτικό διοικητή τον Φώτη Μαστροκώστα (Θάνο) και πολιτικό καθοδηγητή τον Γιώργο Χουλιάρα (Περικλή) με δύναμη περίπου 35 ανδρών. Ένα τμήμα υπό τον Βελουχιώτη κατευθύνθηκε στο χωριό Δρέμισσα όπου αιφνιδίασε και αφόπλισε ένα απόσπασμα χωροφυλάκων. Έπειτα, διέταξε τον επικεφαλής τους ενωμοτάρχη να καλέσει άλλα τρία αποσπάσματα να προστρέξουν σε βοήθεια, διότι δήθεν οι χωροφύλακες είχαν περικυκλώσει αντάρτες και χρειαζόταν βοήθεια. Στήνοντας ενέδρες σε κατάλληλα σημεία, οι αντάρτες κατάφεραν να συλλάβουν και τα τρία αποσπάσματα, αφοπλίζοντας, ουσιαστικά χωρίς αντίσταση, συνολικά 40 χωροφύλακες.
Το ίδιο διάστημα οι Βρετανοί είχαν προγραμματίσει ρίψεις πολεμοφοδίων στην περιοχή της Γκιώνας για τον εξοπλισμό ομάδων που θα ενεργούσαν σαμποτάζ στις συγκοινωνίες των κατακτητών. Τότε, αντάρτες και Ιταλοί κινήθηκαν να αποκτήσουν τα φορτία, τα οποία είχαν σκορπίσει σε διάφορα σημεία. Μια διμοιρία 36 Ιταλών στρατιωτών του 44ου Συντάγματος της 36ης Μεραρχίας Forli που έψαχνε τα δέματα στρατοπέδευσε την νύχτα της 8ης Σεπτεμβρίου σε έναν παλιό μύλο στη χαράδρα Ρεκά. Όταν ο Βελουχιώτης αντιλήφθηκε την παρουσία τους πλησίασε αθόρυβα τις ιταλικές θέσεις και τα χαράματα της 9ης Σεπτεμβρίου επιτέθηκε αιφνιδιαστικά. Στην σύντομη μάχη που ακολούθησε σκοτώθηκαν 23 Ιταλοί, 7 παραδόθηκαν και ένας κατάφερε να διαφύγει, ενώ οι αντάρτες δεν είχαν καμία απώλεια. Έπειτα από μία ανεπιτυχή προσπάθεια για ανταλλαγή με Έλληνες κρατούμενους, αλλά και για αποφυγή δυσκολιών στην μετακίνηση, οι Ιταλοί αιχμάλωτοι εκτελέστηκαν. Η σύγκρουση στην Ρεκά ήταν η πρώτη μάχη του ΕΛΑΣ με τα στρατεύματα των κατακτητών και σηματοδότησε το πέρασμα του Αντάρτικού από την ιδεολογική προετοιμασία στην ένοπλη αντιπαράθεση.
Αφήνοντας ένα τμήμα 5 ανδρών στη Γκιώνα, ο Βελουχιώτης κατευθύνθηκε στα Βαρδούσια και αφόπλισε την Υποδιοίκηση Χωροφυλακής Υπάτης. Ύστερα, κινούμενος στις βουνοκορφές επέστρεψε στο Βελούχι, όπου διέδωσε την νίκη του κατά των Ιταλών. Η συνεχής προσέλευση νέων ανταρτών είχε σαν αποτέλεσμα οι δυνάμεις του ΕΛΑΣ στην Στερεά να φτάσουν στα τέλη Οκτωβρίου τους 100 άνδρες, αποτελώντας την ισχυρότερη δύναμη στην Ελλάδα. Εκείνο το διάστημα (νύχτα της 27ης προς 28ης Οκτωβρίου) είχε πέσει έξω από το Καρπενήσι μια ομάδα τεσσάρων αλεξιπτωτιστών. Μια ιταλική φάλαγγα ξεκίνησε από το Καρπενήσι για να τους εντοπίσει. Στις 29 Οκτωβρίου ο Βελουχιώτης έστησε ενέδρα στο Κρίκελλο και όταν εμφανίστηκε η οπισθοφυλακή της φάλαγγας, δύναμης 25 με 30 ανδρών, τους υποδέχτηκε με πυκνά πυρά.  Επτά ή οκτώ Ιταλοί σκοτώθηκαν, ενώ οι υπόλοιποι παραδόθηκαν και λίγο αργότερα εκτελέστηκαν. Οι αντάρτες είχαν μόνο ένα νεκρό.
Στο χωριό Παπαρούσι, στις 6 Νοεμβρίου, ο Βελουχιώτης έλαβε μέρος σε σύσκεψη μεταξύ του Γενικού Αρχηγείου Ρούμελης και του Αρχηγείου Ευρυτανίας, στο οποίο ήταν αρχηγός ο Άθως Ρουμελιώτης. Ο Ρουμελιώτης ζήτησε ανεξάρτητη δράση και την αρχηγία του αντάρτικού στη Ρούμελη. Τότε ο Βελουχιώτης του πρότεινε την θέση του στρατιωτικού στο Γενικό Αρχηγείο. Μη μπορώντας να επιβάλει την άποψή του, και παίρνοντας μαζί του μερικούς αντάρτες, ο Ρουμελιώτης έφυγε από το Παπαρούσι διαχωρίζοντας την δράση του από τον ΕΛΑΣ. Η φυγή του δεν επηρέασε τον ΕΛΑΣ, καθώς πολύ γρήγορα εντάχθηκαν στα τμήματά του νέοι άνδρες.

Η καταστροφή της γέφυρας του Γοργοποτάμου

Οι αλεξιπτωτιστές που έψαχναν οι Ιταλοί και έγιναν η αφορμή για την μάχη στο Κρίκελλο, ήταν μία από τις τρεις ομάδες της Επιχείρησης Χάρλινγκ (Operation Harling) που είχε αναλάβει την εκτέλεση δολιοφθοράς σε μια από τις γέφυρες Παπαδιάς, Ασωπού και Γοργοποτάμου πάνω από τις οποίες διέρχεται η σιδηροδρομική γραμμή Θεσσαλονίκης–Αθηνών. Από τον Σεπτέμβριο το βρετανικό Στρατηγείο Μέσης Ανατολής (ΣΜΑ) ενδιαφέρονταν για την διακοπή της γραμμής ανεφοδιασμού των γερμανικών δυνάμεων που διέρχονταν από την Ελλάδα και κατέληγε στην βόρειο Αφρική. Για τον σκοπό αυτό η βρετανική Υπηρεσία Ειδικών Επιχειρήσεων, γνωστή ως SOE, απέστειλε στην Ελλάδα 11 Βρετανούς και έναν Έλληνα, με αρχηγό τον συνταγματάρχη Έντμουντ Μάιερς (Edmund C. W. Myers) και υπαρχηγό τον ελληνομαθή ταγματάρχη Κρίστοφερ Γουντχάουζ (Christopher M. Woodhouse). Οι επικεφαλής της επιχείρησης, μαζί με 6 άνδρες, είχαν πέσει με αλεξίπτωτα στη Γκιώνα την νύχτα της 30ής Σεπτεμβρίου προς 1η Οκτωβρίου. Ο Μάιερς αποφάσισε ότι η γέφυρα του Γοργοποτάμου ήταν η πιο προσιτή για επίθεση, με την προϋπόθεση όμως ότι θα είχε την βοήθεια ανταρτών. Για αυτό αναζήτησε βοήθεια από τον ηγέτη του ΕΔΕΣ Ναπολέων Ζέρβα και από τον Βελουχιώτη. Ο αρχικαπετάνιος του ΕΛΑΣ, όμως, ήταν ιδιαίτερα επιφυλακτικός απέναντι στους Βρετανούς, βλέποντας τους ως αντικαταστάτες των Γερμανών. Παρ' όλα αυτά δέχτηκε να συμμετάσχει στην επιχείρηση διότι αφενός μεν είχε εντολή από το Πολιτικό Γραφείο του ΚΚΕ να συνεργαστεί με τον Ζέρβα και τους Άγγλους, αφετέρου γνώριζε ότι η επιτυχής ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοποτάμου, χωρίς την υποστήριξη του ΕΛΑΣ, θα είχε αρνητικές επιπτώσεις στο κίνημα του ΕΑΜ.
Η συνάντηση του Βελουχιώτη με τον Ζέρβα και τον Γούντχαουζ έγινε στις 14 Νοεμβρίου στο χωριό Βίνιανη. Εκεί ενημερώθηκε για πρώτη φόρα αναλυτικά για την σχεδιαζόμενη Επιχείρηση Χάρλινγκ και συμφώνησε να συνεργαστεί μαζί τους, υπό την προϋπόθεση έγκρισης από την ηγεσία του ΚΚΕ. Αφήνοντας στη Βίνιανη το Αρχηγείο Ευρυτανίας, δύναμης 60 ανδρών, υπό τον Βασίλη Πριόβολο (Ερμή), ο Βελουχιώτης κινήθηκε προς το Μαυρολιθάρι για να συναντήσει τον Μάιερς. Όταν έφτασε στο Μαυρολιθάρι συναντήθηκε με τον Ζέρβα και τον Μάιερς, με τον τελευταίο να του εξηγεί το σχέδιό του. Ο Βελουχιώτης του επισήμανε ότι ήταν έτοιμος να λάβει μέρος στην επιχείρηση, εάν όμως στο μεταξύ έρχονταν εντολή από την ηγεσία του ΕΑΜ που του απαγόρευε να συμμετάσχει, τότε θα ακολουθούσε τις οδηγίες του κινήματος. Γνωρίζοντας τις δυνατότητες των ανδρών του σε αυτό το πρώιμο στάδιο του αγώνα και βλέποντας πιο ρεαλιστικά την κατάσταση ήξερε πως μια πιθανή αποτυχία θα σήμαινε το τέλος της ένοπλης εαμικής αντίστασης. Η επιχείρηση γίνονταν στην περιοχή δράσης του ΕΛΑΣ και τα αναμενόμενα αντίποινα θα κλόνιζαν τις εύθραυστες οργανώσεις του ΕΑΜ. Άλλωστε η ολομέτωπη σύγκρουση με τους κατακτητές δεν ανταποκρίνονταν, αυτή την στιγμή, με τις δυνατότητες και τον προγραμματισμό του ΕΛΑΣ.
Τις επόμενες μέρες εκπονήθηκε το σχέδιο μάχης και ορίστηκε η 25η Νοεμβρίου και η 23:00 ως ημερομηνία και ώρα ενάρξεως του εγχειρήματος. Σύμφωνα με το επιχειρησιακό σχέδιο, οι άνδρες χωρίστηκαν σε επτά τμήματα. Η επιχείρηση οργανώθηκε με τέτοιο τρόπο ώστε να προστατευθεί το συνεργείο ανατίναξης, το οποίο αποτελούνταν από 17 άνδρες με τον Μάιερς να υπολογίζει ότι για να αχρηστευθεί η γέφυρα χρειάζονταν δύο ανατινάξεις ώστε να καταστραφούν δύο μεταλλικά στηρίγματα, που βρίσκονταν εγγύτερα στην νότια πλευρά, όπως και η σιδηροδρομική γραμμή, που στηριζόταν πάνω τους. Τα δύο πολυπληθέστερα θα επιτίθονταν στις ιταλικές φρουρές που υπήρχαν στο νότιο και στο βόρειο βάραθρο της γέφυρας. Η κύρια προσπάθεια θα γίνονταν στο νότιο άκρο της γέφυρας, γιατί εκείνο ήταν ισχυρά προστατευόμενο, και για την κατάληψη του οποίου διατέθηκε ένα μικτό τμήμα  ανταρτών. Στο βόρειο άκρο θα ενεργούσαν  άνδρες του ΕΔΕΣ, ενώ δύο ομάδες του ΕΛΑΣ με την συμμετοχή Βρετανών αξιωματικών θα απέκοπταν τη σιδηροδρομική γραμμή βόρεια και νότια για την αποτροπή αφίξεως ιταλικών δυνάμεων. Την κάλυψη από τη Λαμία ανέλαβε μια ομάδα του ΕΛΑΣ. Στα βορειοανατολικά, σε ένα κοντινό με την γέφυρα ύψωμα, θα παρέμενε ο Σταθμός Διοίκησης (Βελουχιώτης, Ζέρβας, Μαιερς, Γούντχαουζ) και ένα τμήμα ανταρτών σαν εφεδρεία.
Υπό το αμυδρό φως του φεγγαριού όλες οι ομάδες ήταν έτοιμες στις θέσεις τους αναμένοντας με αγωνία το σύνθημα πυρός. Λίγα λεπτά μετά την καθορισμένη ώρα ξέσπασε καταιγισμός πυρών στα δύο άκρα τις γέφυρας. Περίπου μισή ώρα αργότερα κατελήφθη το νότιο βάθρο, τα πράγματα όμως δεν πήγαν το ίδιο καλά στο βόρειο, με τους αντάρτες να καθηλώνονται από τα ιταλικά πυρά. Στον Σταθμό Διοικήσεως επικράτησε ανησυχία, με τον Ζέρβα να υποθέτει ότι οι αντάρτες θα εξαντλούσαν σύντομα τα πυρομαχικά τους. Τότε αποφασίστηκε να συνδράμουν το βόρειο άκρο εφεδρικές δυνάμεις. Παράλληλα ο Μαιερς, παρά το αρχικό σχέδιο και υπό του κινδύνου αποστολής ιταλικών ενισχύσεων, διέταξε το συνεργείο ανατίναξης να προχωρήσει στην υπονόμευση των μεταλλικών στηριγμάτων της γέφυρας. Ενόσω συνεχιζόταν η μάχη στο βόρειο άκρο, το συνεργείο τοποθέτησε τα εκρηκτικά και λίγο μετά ακούστηκε το συνθηματικό σφύριγμα της υπονόμευσης. Ακολούθησε μια τρομερή έκρηξη που κατέστρεψε ένα σιδερένιο στήριγμα και δύο τόξα της γέφυρας. Την ίδια περίπου στιγμή κατελήφθη και το βόρειο άκρο. Ύστερα από μια επιθεώρηση στα αποτελέσματα της έκρηξης, ο Μάιερς έδωσε οδηγίες για την ανατίναξη του δεύτερου στηρίγματος, παρά τους φόβους του Ζέρβα για την χρονική επιμήκυνση του εγχειρήματος που έθετε τους αντάρτες σε κίνδυνο από τις ιταλικές ενισχύσεις που αναμένονταν. Σχεδόν την ίδια στιγμή ακούστηκε μία έκρηξη από την βόρεια πλευρά που τίναξε στον αέρα τις σιδηροδρομικές γραμμές, προσπαθώντας να εκτροχιάσει το τρένο με Ιταλούς στρατιώτες που είχε ξεκινήσει από την Λαμία και έφτασε κοντά στη γέφυρα. Ιταλοί και οι αντάρτες αντάλλαξαν πυρά, αλλά γρήγορα και οι δύο αντιμαχόμενοι υποχώρησαν. Παρότι πλέον η μάχη είχε σταματήσει και η κατάσταση ήταν ελεγχόμενη, ο Ζέρβας επέμενε πως έπρεπε να αποχωρήσουν, όμως ο Βελουχιώτης και ο Γούντχαουζ τον παρακάλεσαν να παραμείνει ψύχραιμος και να περιμένει την δεύτερη έκρηξη. Σε λίγη ώρα οι σαμποτέρ κατάφεραν να τοποθετήσουν τα εκρηκτικά και η δεύτερη έκρηξη ολοκλήρωσε την καταστροφή. Αμέσως μετά όλοι οι αντάρτες αποχώρησαν έχοντας απώλειες μόνο δύο τραυματίες. Οι Ιταλοί είχαν 7 νεκρούς, 3 τραυματίες και 2 αιχμαλώτους. 
Η καταστροφή της γέφυρας του Γοργοποτάμου διέκοψε την μοναδική σιδηροδρομική σύνδεση Βορρά–Νότου για 39 ημέρες. Παρότι αυτό δεν είχε επιπτώσεις στο εφοδιασμό των Γερμανικών δυνάμεων που μάχονταν στη Βόρεια Αφρική, η Επιχείρηση Χάρλινγκ είναι μια από τις μεγαλύτερες και σημαντικότερες επιχειρήσεις δολιοφθοράς του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Μεγαλύτερη σημασία είχε για τους Έλληνες, διότι για πρώτη φορά συνεργάστηκαν δύο αντίπαλες οργανώσεις, καθιστώντας την καταστροφή της γέφυρας του Γοργοποτάμου κορυφαίο γεγονός και σημείο καμπής για την εξέλιξη του εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα. Ο ΕΛΑΣ, έχοντας προσφέρει περισσότερο σε άντρες, οπλισμό και αγωνιστικότητα, αύξησε την αξιοπιστία του ως αντάρτικος στρατός που μπορούσε να χτυπήσει με επιτυχία τους Ιταλούς και ο Βελουχιώτης κέρδισε την εμπιστοσύνη της ηγεσίας του ΚΚΕ. Πλέον όμως, η ανικανότητα των Ιταλών είχε σαν συνέπεια να αναλάβουν τον έλεγχο της Ρούμελης γερμανικές δυνάμεις.

Μετά τον Γοργοπόταμο

Την επόμενη μέρα, 27 Νοεμβρίου, όλοι οι συμμετέχοντες έφτασαν θριαμβευτικά στο Μαυρολιθάρι. Εκεί ο Μάιερς δήλωσε στον Βελουχιώτη και τον Ζέρβα ότι θα προταθούν για απονομή ενός μεγάλου βρετανικού παρασήμου και επιπλέον εφοδίασε τον καθένα με 250 χρυσές λίρες για τις ανάγκες των ανταρτών τους. Ο Βελουχιώτης αδιαφόρησε και για τα δύο και ζήτησε να του δοθούν όπλα και τα πολύτιμα για τους σχεδόν ξυπόλυτους αντάρτες του άρβυλα. Παρόλα αυτά δέχτηκε ως δώρο τις λίρες λέγοντας στον Μάιερς να μην τα καταγράψει στα τοκογλυφικά δάνεια όπως είχαν κάνει παλιότερα οι Μεγάλες Δυνάμεις. Επίσης ζήτησε να αφήσουν έναν Βρετανό σύνδεσμό στον ΕΛΑΣ, όμως ο Μάιερ αρνήθηκε λέγοντάς του ότι δεν υπήρχαν διαθέσιμοι αξιωματικοί, καθώς θα γυρνούσαν πίσω στην Μέση Ανατολή, εκτός από το Γουντχάουζ με τρεις βοηθούς που θα παρέμεναν στον ΕΔΕΣ. Το γεγονός αυτό δυσαρέστησε τον Βελουχιώτη . Στην συνέχεια ο Βελουχιώτης με τον Ζέρβα συμφώνησαν  να μην στρατολογεί αντάρτες ο ένας στην περιοχή δράσης του άλλου - θέτοντας ως σύνορο τον ποταμό Αχελώο- όπως επίσης η μία οργάνωση να μη δέχεται αποστάτες της άλλης. 
Εκείνες τις μέρες είχε φτάσει στην Ρούμελη το αναπληρωματικό στέλεχος της ΚΕ του ΚΚΕ και διορισμένος διάδοχος του Βελουχιώτη, Βαγγέλης Παπαδάκης (Τάσος Λευτεριάς). Έχοντας εντολή από Σιάντο να αντικαταστήσει στην αρχηγεία του ΕΛΑΣ τον Βελουχιώτη και να τον στείλει πίσω στην Αθήνα, ο Λευτεριάς απέφυγε να του την αναφέρει, διότι στην επιτόπια έρευνά του αντελήφθη πως η κατάσταση στο βουνό ήταν εντελώς διαφορετική από την εικόνα που είχε σχηματίσει η ηγεσία του ΚΚΕ. Επιπλέον αμφέβαλε αν θα μπορούσε να ανταποκριθεί στα καθήκοντα του καπετάνιου του ΕΛΑΣ και ήταν σκεπτικός στο κατά πόσο θα πειθαρχούσε ο Βελουχιώτης στην εντολή του κόμματος. Γι' αυτούς τους λόγους, ο Λευτεριάς σχημάτισε στο Αρχηγείου Ρούμελης μια «κομματική επιτροπή» που απάλλαξε τον Βελουχιώτη από τα πολιτικά καθήκοντα και τον υποχρέωσε να γίνει μετριοπαθέστερος στις αποφάσεις του.
Ο Βελουχιώτης έφτασε στις αρχές Δεκεμβρίου στη Νέα Γιαννιτσού, όπου έγινε μια σύσκεψη μεταξύ Πολιτικών Οργανώσεων και αντάρτικων τμημάτων του ΕΛΑΣ . Στις συζητήσεις που έγιναν δέχτηκε σφοδρή κριτική από τον Ηλία Μανιάτη, υπεύθυνο του ΚΚΕ στη Στερεά Ελλάδα. Ο Μανιάτης κατηγόρησε τον Βελουχιώτη ότι έφτιαξε προσωπικό καπετανάτο και όχι κομματικό στρατό. Ο Βελουχιώτης του απάντησε πως με ενέργειες των πρώτων ανταρτών και λίγων κομμουνιστών κατάφερε ο ΕΛΑΣ να φτάσει τους 500 περίπου αντάρτες, ενώ κανείς δεν πίστευε, ούτε το ΚΚΕ, πως μπορούσε να δημιουργηθεί τέτοιο αντάρτικο. Τέλος, μετά από πρότασή του αποφασίστηκε η κατανομή της αντάρτικης δύναμης σε τοπικά αρχηγεία, ενώ πολιτικός επίτροπος του Αρχηγείου του ΕΛΑΣ ανέλαβε ο Λευτεριάς .

Η λιποταξία του Κωστορίζου και η εκστρατεία στην Ήπειρο

Λίγες μέρες αργότερα, περίπου 25 αντάρτες, με επικεφαλής έναν πρώην υπαξιωματικό της Πολεμικής Αεροπορίας, τον Νικόλαο Κωστορίζο (Γκέκα), εγκατέλειψαν τον ΕΛΑΣ. Θεωρώντας ως υπεύθυνο της φυγής του Γκέκα τον Ζέρβα, ο οργισμένος Βελουχιώτης συγκάλεσε γενική συνέλευση, στην όποια αποφασίστηκε να κατευθυνθούν αμέσως προς την Ήπειρο, όπου ήταν το πεδίο δράσης του ΕΔΕΣ, να συλλάβει τους λιποτάκτες και να τους περάσει στρατοδικείο. Στόχος του Βελουχιώτη ήταν να σταματήσει την αποχώρηση των ελασιτών προς τον ΕΔΕΣ. 'Εχοντας υπό τις διαταγές του 400 περίπου αντάρτες, ξεκίνησε την εκστρατεία του και στην διάρκεια της διαδρομής αποφάσισε να διαλύσει με βίαιο τρόπο τον ΕΔΕΣ. Περνώντας από το  Μικρό Χωριό  έστησε ενέδρα σε με μια φάλαγγα Ιταλών στρατιωτών, σκοτώνοντας μάλιστα τον επικεφαλής συνταγματάρχη, ενώ οι ελασιτες είχαν μόνο έναν νεκρό. 
Φτάνοντας στη Ήπειρο ο Βελουχιώτης διεπίστωσε ότι ο Κωστορίζος δεν βρίσκονταν εκεί, ενώ ο Ζέρβας δεν είχε κάποια σχέση με λιποταξία. Επιπλέον οι ελασίτες εξαντλήθηκαν από την κακοκαιρία και την έλλειψη ανεφοδιασμού, αδυνατώντας να συνεχίσουν την εκστρατεία. Μπροστά στα νέα δεδομένα, ο Βελουχιώτης άλλαξε τους στόχους του και με την μεσολάβηση του Γουντχάουζ και της τοπικής επιτροπής του ΕΑΜ συναντήθηκε με τον Ζέρβα την 31η Δεκεμβρίου στο μοναστήρι της Ροβέλιστας. Με την συμμετοχή του Γούντχάουζ, από τον ΕΔΕΣ των Ζέρβα και Πυρομάγλου και από τον ΕΛΑΣ των Λευτεριά και Βελουχιώτη, ο τελευταίος πρότεινε την συγχώνευση των δύο οργανώσεων υπό την ηγεσία ενός κοινού αρχηγείου, με τον ίδιο καπετάνιο, τον Ζέρβα στρατιωτικό διοικητή και τρίτο μέλος έναν πολιτικό καθοδηγητή κοινής εμπιστοσύνης. Ο Ζέρβας συμφώνησε στην ύπαρξη πολιτικού καθοδηγητή, υπό τον όρο να αναλάβει την θέση αυτή ο Γουντχάουζ. Αυτό όμως δεν έγινε δεκτό από τον ΕΛΑΣ, καθώς θεωρήθηκε ότι η πρόταση ήταν ασυμβίβαστη με το εθνικό φιλότιμο, αντιπροτείνοντας τον Ζέρβα γι αυτή την θέση. Στο τέλος, υπήρξε μια κοινή βάση συμφωνίας, αλλά οι προτάσεις θα έπρεπε να επεξεργαστούν και να επικυρωθούν από τις Κεντρικές Επιτροπές των δύο οργανώσεων.
Όταν οι προτάσεις και η προκαταρκτική συμφωνία έγιναν γνωστές στην ηγεσία του ΚΚΕ επικράτησε «αγανάκτηση» για την «αυθαιρεσία» του Λευτεριά και ιδιαίτερα του Βελουχιώτη που αγνόησαν το κόμμα. Άλλωστε, δεν είχαν καμία αρμοδιότητα να διαπραγματευθούν συνένωση των δύο οργανώσεων αφού η εξουσιοδότησή τους ήταν μόνο για την Ρούμελη. Ωστόσο, οι συζητήσεις στη Ροβέλιστα είχαν κάποια αποτελέσματα για τον ΕΛΑΣ, καθώς από τις αρχές του 1943 ξεκίνησε η εφαρμογή της τριπλής διοίκησης των μονάδων, όπως είχε προταθεί στην περίπτωση κοινού αρχηγείου ΕΛΑΣ-ΕΔΕΣ. Συνεπώς, στρατιωτικός, πολιτικός και καπετάνιος συμμετείχαν ισότιμα στην διοίκηση, με τον Βελουχιώτη να θεωρείται ανώτερος όλων των καπετάνιων, αναγνωριζόμενος από όλους ως «αρχικαπετάνιος» ή «πρωτοκαπετάνιος».

«Κατηγορούμενος» στην Αθήνα

Δεν ήταν, όμως, μόνο οι προτάσεις του Βελουχιώτη που προβλημάτισαν την ηγεσία του ΚΚΕ. Από την αρχή του αντάρτικου μια σειρά από γεγονότα που καταδείκνυαν την υπερβολική σκληρότητά του απέναντι όχι μόνο στους εχθρούς αλλά και στους ίδιους τους άντρες του, κι ακόμη οι συνοπτικές διαδικασίες που εφάρμοζε στην απονομή δικαιοσύνης, έφτασαν στην Αθήνα με αποτέλεσμα να αποφασιστεί η καθαίρεσή του. Τέτοια γεγονότα ήταν το περιλάλητο επεισόδιο με την καταδίκη σε θάνατο ενός αντάρτη για την κλοπή μιας κότας, η απειλή  με περίστροφο δύο ανταρτών να ομολογήσουν μέσα σε τρία λεπτά μία κλοπή που αποδείχτηκε ότι δεν έκαναν και η εκτέλεση στο Μαυρολιθάρι 5 ή 11 ελασιτών, οι οποίοι κατηγορήθηκαν ότι εκμεταλλεύονταν την ιδιότητά τους για να διαπράξουν κάθε είδους ποινικά αδικήματα. Αποκορύφωμα αυτής της συμπεριφοράς ήταν ένα γεγονός που έγινε στα τέλη Ιανουαρίου στο χωρίο Γαρδίκι, όταν ο Βελουχιώτης «τάπα στο μεθύσι» κατηγόρησε οχτώ άνδρες και έξι γυναίκες, ότι είχαν προδώσει στους Ιταλούς κρυψώνες όπλων. Με δική του διαταγή οδηγήθηκαν στην πλατεία μπροστά στους χωρικούς και απαίτησε συνολική ομολογία. Κανένας όμως από τους 14 κατηγορoύμενους δεν ήταν διατεθειμένος να δεχτεί τις κατηγορίες διαβεβαιώνοντας την αθωότητά τους. «Γεμάτος οργή και μανία ο Άρης χτυπούσε και μαστίγωνε τους δυστυχείς, μέχρι που έπεσαν ημιλυπόθιμοι και τελικά - λίγο πριν εκτελεστούν - έδωσαν μία ομολογία, χωρίς αξία». Λίγο αργότερα έφτασε εκεί ο Λευτεριάς και πριν ακόμη ξεμεθύσει του ανακοίνωσε την απόφαση του Πολιτικού Γραφείου να παρουσιαστεί αμέσως στην Αθήνα. 
Μεταμφιεσμένος σε παπά, ώστε να διαφύγει της προσοχής των αρχών κατοχής, ο Βελουχιώτης έφτασε στην Αθήνα στα μέσα Φεβρουαρίου. Η παρουσία του έγινε αισθητή και γι αυτό υποχρεώθηκε να ξυρίσει την γενειάδα του και να αφαιρέσει δύο χρυσά δόντια, διότι αυτά τα χαρακτηριστικά ήταν γνωστά στην Ασφάλεια. Στη συνέχεια παρουσιάστηκε, σχεδόν σαν κατηγορούμενος, στους Σιάντο, Ιωαννίδη και Τζήμα και απολογήθηκε για την έως τότε δράση του. Ο Γραμματέας της ΚΕ του ΚΚΕ τον επέκρινε για διάφορες άστοχες ενέργειές του χαρακτηρίζοντάς τες ως «εξτρεμισμούς» που «διαστρέβλωσαν την πολιτική γραμμή το κόμματος». Οι προδότες, συνέχισε, έπρεπε να εκτελούνται μόνο σε αναμφισβήτητες περιπτώσεις ενοχής. Του επισημάνθηκε επίσης ότι το κόμμα δεν θα έπρεπε να βασίζεται στην τρομοκρατία αλλά στην πειθώ και ότι η δράση του έδινε την εντύπωση ότι το ΕΑΜ ήθελε να μονοπωλήσει τον αντιστασιακό αγώνα. Όταν ο Σιάντος του υπενθύμισε ότι είχε προδώσει το κόμμα όταν είχε υπογράψει το 1939 δήλωση μετανοίας, ο Βελουχιώτης ξέσπασε σε κλάματα. 
Ωστόσο, τονίζοντας την επιχείρηση στον Γοργοπόταμο, αλλά και τις οργανωτικές και στρατιωτικές του επιτυχίες, ο Βελουχιώτης κατάφερε να ανατρέψει την εις βάρος του κατάσταση. Επισήμανε ότι παρόλα τα ελαττώματά του ήταν αυτός που μπορούσε να συνεχίσει το αντάρτικό στη Ρούμελη και πρότεινε στην ηγεσία του ΚΚΕ να βγει στο βουνό. Για την εκστρατεία στην Ήπειρο υποστήριξε ότι ο Ζέρβας ήταν φιλόδοξος και γι αυτό πρέπει να εξοντωθεί ή να ενσωματωθεί στον ΕΛΑΣ. Έτσι, χωρίς πάντως να έχει κερδίσει την απόλυτη εμπιστοσύνη του κόμματος, αλλά να έχει την στήριξη του Τζήμα, η Κεντρική Επιτροπή του επέτρεψε να επιστρέψει στο βουνό. Μάλιστα τον όρισαν καπετάνιο στο νεοσχηματίσθεν Γενικό Αρχηγείο Στερεάς (ή Ρούμελης), στο οποίο υπάγονταν τα Αρχηγεία Ανατολικής Στερεάς, Δυτικής Στερεάς και Αττικοβοιωτίας. Πιθανόν αποκαταστάθηκε στο κόμμα και έγινε ξανά μέλος του ΚΚΕ, ιδιότητα που είχε χάσει μετά την υπογραφή δήλωσης μετανοίας. Μαζί του ανέβηκαν και άλλα στελέχη, όπως οι αξιωματικοί Ευθύμιος Ζούλας και Φοίβος Γρηγοριάδης. Αλλά ο πιο σημαντικός ήταν ο Τζήμας, ο οποίος ορίστηκε αντιπρόσωπος της ΚΕ του ΕΑΜ στον ΕΛΑΣ, με εντολή να επιβλέπει κατά πόσο τηρεί ο αρχικαπετάνιος την κομματική γραμμή.

Επιστροφή στο βουνό

Την περίοδο της απουσίας του Βελουχιώτη στην Αθήνα, στην ελληνική κοινωνία υπήρξαν καταιγιστικές εξελίξεις. Στις πόλεις ξεκίνησαν μαζικές κινητοποιήσεις, κυρίως από νέους, μεγαλώνοντας και ενισχύοντας την Αντίσταση. Επίσης, λειτούργησε ο διεθνής ανεφοδιασμός της χώρας με τρόφιμα, με αποτέλεσμα οι πόλεις να μην έχουν απόλυτη ανάγκη προϊόντων τις υπαίθρου, αποδεσμεύοντας εργατικά χέρια, τα οποία έδωσαν την δυνατότητα στο ΕΑΜ να ενισχυθεί σε στελέχη και να δημιουργήσει, μαζί με τον ΕΔΕΣ, την Ελεύθερη Ελλάδα, που στα τέλη Μαΐου ξεκινούσε από την Καστοριά και έφτανε μέχρι τον Κορινθιακό κόλπο, συμπεριλαμβανομένων του Ολύμπου, τα βουνά τις Ηπείρου και τον Παρνασσό, δηλαδή σχεδόν το 1/3 του ελληνικού εδάφους. Στο διεθνές πολεμικό μέτωπο, οι γερμανικές δυνάμεις που υποχωρούσαν συνεχώς στην Βόρεια Αφρική και η σοβιετική νίκη στο Στάλινγκραντ προμήνυαν το τέλος του πολέμου.
Αυτό το διάστημα ο ΕΛΑΣ γνώρισε εκπληκτική ανάπτυξη. Το Φεβρουάριο και τον Μάρτιο του 1943 εξαπλώθηκε στην ύπαιθρο μια κατάσταση εξέγερσης, με τον ΕΛΑΣ να έχει εντυπωσιακές επιτυχίες ενάντια των ιταλικών δυνάμεων. Τον Απρίλιο οι επιθέσεις τον ανταρτών πολλαπλασιάστηκαν. Άλλωστε ο ΕΛΑΣ εφάρμοζε την τακτική που είχε σχεδιάσει ο Σιάντος: αρχικά εκκαθάριση από δωσίλογους και χωροφύλακες, έπειτα επιθέσεις εναντίον εύκολων στόχων, όπως εναντίων Ιταλών, και τέλος, αφού αποκτούσαν εμπειρία και κατάλληλο οπλισμό, επιθέσεις κατά γερμανικών δυνάμεων. Οι προϋποθέσεις για επίθεση κατά των Γερμανών, οι οποίοι ήταν ο κύριος εχθρός, είχαν εκπληρωθεί στα τέλη Μαρτίου. Με τις τοπικές οργανώσεις του ΕΑΜ να δημιουργούν νέες ομάδες ανταρτών, τον Απρίλιο ο ΕΛΑΣ έφτασε τους 10.000 ενόπλους. Η κατάλυση των κατοχικών αρχών στα ορεινά εξύψωσαν την ένοπλη αντίσταση στη συνείδηση των περισσότερων Ελλήνων, που σε σε συνδυασμό την βρετανική αναγνώριση, προσέλκυσαν αρκετούς επαγγελματίες αξιωματικούς οι οποίοι έως τότε ήταν διστακτικοί με τον αντάρτικο αγώνα.. Οι ομάδες των ανταρτών, λοιπόν, είχαν μεταβληθεί μέσα σε λίγες εβδομάδες σε μια στρατιωτική δύναμη, που όμως για να συντηρηθεί και να διατηρηθεί χρειάζονταν, εκτός από έναν ισχυρό πολιτικό μηχανισμό, υψηλόβαθμους επαγγελματίες στρατιωτικούς. Μπροστά στα νέα δεδομένα ο Βελουχιώτης δεν μπορούσε πλέον να είναι ο απόλυτος κυρίαρχος στις πολεμικές επιχειρήσεις του ΕΛΑΣ. 
Στην διάρκεια του ταξιδιού της επιστροφής ο Βελουχιώτης έτυχε θριαμβευτικής υποδοχής στα χωριά που περνούσε από τους αντάρτες που συναντούσε. Όταν έφτασε στην Δεσφίνα, γιόρτασε την ημέρα της εθνικής επετείου της 25ης Μαρτίου με μια εντυπωσιακή τελετή και ανακοίνωσε, παρουσία πολλών ηγετών του ΕΛΑΣ, την απόφαση του ΕΑΜ για την έναρξη επιθέσεων κατά των Γερμανών. Προς το τέλος του ταξιδιού ενημερώθηκε για την σύλληψη από τον ΕΛΑΣ του συνταγματάρχη Στέφανου Σαράφη και του ταγματάρχη Γεώργιου Κωστόπουλου. Στις 2 Απριλίου, στην Κολοκυθιά, συναντήθηκαν ο Βελουχιώτης και ο Τζήμας με τον Σαράφη, διαβεβαιώνοντάς τον τελευταίο ότι θα ελευθερωθεί σύντομα. Μετά από πρόταση του Τζήμα να αναλάβει ανώτερο αξίωμα στον ΕΛΑΣ, ο συνταγματάρχης δέχτηκε, υπό την προϋπόθεση απελευθέρωσης των κρατούμενων συντρόφων του. Όμως, όταν τα γεγονότα έφτασαν στην Αθήνα ο Σιάντος διέταξε την άμεση  απελευθέρωση των αιχμαλώτων, διότι το ΕΑΜ δέχονταν έντονες επικρίσεις και κατηγορίες για εμφυλιοπολεμικές διαθέσεις, ακόμα και από οργανώσεις που δεν συμπαθούσαν τον Σαράφη. Για να εγκριθεί από την ηγεσία του ΕΑΜ η προσχώρησή του στον ΕΛΑΣ, αλλά και να συναντηθεί με διάφορους πολιτικούς ηγέτες ώστε να επιβεβαιώσει την αλλαγή στάσης του, ο Σαράφης, συνοδευόμενος από τον Τζήμα, αναχώρησε για την Αθήνα. Προτού ξεκινήσει για την Αθήνα, ο Τζήμας όρισε τον Βελουχιώτη επικεφαλής του πενταμελούς Γενικού Αρχηγείου Στερεάς. 
Στο διάστημα που παρέμεινε στην Κολοκυθιά ο Βελουχιώτης συγκρότησε έναν έφιππο ουλαμό 25 ανδρών ως προσωπική φρουρά, που έγιναν γνωστοί ως μαυροσκούφηδες. Επιλεγμένοι από τον ίδιο οι άνδρες αυτοί τον ακολουθούσαν σε κάθε του βήμα. Στις 8 Απριλίου συμμετείχε σε ένα ανταρτοδικείο, όπου εισηγήθηκε την εκτέλεση Γερμανών κρατούμενων, εάν δε σταματούσαν οι κατοχικές δυνάμεις τις επιθέσεις εναντίον γυναικόπαιδων στην κοιλάδα του Σπερχειού. Πρότεινε επίσης σε έναν Γερμανό αιχμάλωτο αξιωματικό να πάει στην Λαμία και να διαπραγματευτεί μια ανταλλαγή αιχμαλώτων, όμως ο Γερμανός την απέρριψε . Την επόμενη μέρα ένα  απόσπασμα ανταρτών εκτέλεσε 32 Γερμανούς αιχμαλώτους. Στις 10 Απριλίου έλαβε μέρος σε μια μεγάλη γενική συνέλευση καπετάνιων και ανταρτών, όπου ο Τζήμας ανέπτυξε την πολιτική του ΕΛΑΣ τονίζοντας ότι το ΕΑΜ έκανε εθνικοαπελευθερωτικό αγώνα και δεν έπρεπε να εμποδιστούν εξωεαμικοί αξιωματικοί να δημιουργήσουν ανταρτοόμάδες. Στο άκουσμα αυτής της άποψης οι ελασίτες δυσανασχέτησαν, θεωρώντας ότι στις περιοχές τους δεν έπρεπε να ανέχονται άλλες οργανώσεις. Λαμβάνοντας τον λόγο ο Βελουχιώτης υπογράμμισε ότι θα έπρεπε να να πειθαρχήσουν και να εμπιστεύονται την γραμμή της ηγεσίας. Μετά την αναχώριση του Τζήμα για την Αθηνα (10 Απριλίου), ο Βελουχιώτης πήγε στην Δυτική Στερεά. Όταν έφτασε στην Χρυσοβίτσα συγκάλεσε συνέλευση των ανταρτών που δρούσαν στην περιοχή και τους εξήγησε την τακτική που έπρεπε να ακολουθήσουν απέναντι στους Ιταλούς και στον ΕΔΕΣ.

Η  πρώτη διάλυση του 5/42 Συντάγματος

Τον Ιανουάριο του 1943 είχε φτάσει στα βουνά της Ρούμελης ο συνταγματάρχης Δημήτριος Ψαρρός, στέλεχος της αντιστασιακής οργάνωσης ΕΚΚΑ, με σκοπό να δημιουργήσει αντάρτικο τμήμα. Όμως ο Βελουχιώτης τον απείλησε ότι χωρίς προηγούμενη συμφωνία με την ηγεσία του ΕΑΜ δεν θα επέτρεπε την δημιουργία άλλης ανταρτοομάδας στα μέρη που ο ίδιος κυριαρχούσε. Έτσι ο Ψαρρός, εξασφαλίζοντας προηγουμένως την άδεια του ΚΚΕ/ΕΑΜ αλλά και την αναγνώριση και βοήθεια των Βρετανών, συγκρότησε στα τέλη Απριλίου κοντά στη Βουνιχώρα το 5/42 Σύνταγμα Ευζώνων και συμφώνησε με τον Βελουχιώτη να συνεργασθούν κατά των Ιταλών. Ωστόσο, οι καπετάνιοι και οι αντάρτες του ΕΛΑΣ είδαν με δυσαρέσκεια την δημιουργία ενός ξεχωριστού αντάρτικού που θα δρούσε σε μια περιοχή που οι ίδιοι είχαν τον πρώτο λόγο εδώ και αρκετό καιρό. Η ενόχληση έγινε ακόμα μεγαλύτερη όταν στις αρχές Μαίου οι άντρες του 5/42 εφοδιάστηκαν με βρετανικό εξοπλισμό. Παρότι οι Βρετανοί είχαν εφοδιάσει τον Βελουχιώτη με εξοπλισμό αρκετό για 500-600 αντάρτες, οι ελασίτες θεώρησαν πως οι σύμμαχοι έκαναν άδικη και άνιση μεταχείριση
Μετά την επιστροφή του από την Δυτική Στερεά, ο Βελουχιώτης συναντήθηκε στις 12 Μαΐου, στο Μαυρολιθάρι, με τον Ορέστη, καπετάνιο του Αρχηγείου Αττικοβοιωτίας. Ο Ορέστης τον ενημέρωσε ότι είχε την προφορική δήλωση του Σιάντου πως δεν θα έπρεπε να επιτραπεί σε καμιά άλλη ομάδα να συγκροτηθεί σε περιοχές ελεγχόμενες από τον ΕΛΑΣ. Όταν ο Βελουχιώτης ρώτησε επανειλημμένα αν αυτό ισχύει και για τον Ψαρρό, ο Ορέστης απάντησε καταφατικά. Νιώθοντας ικανοποίηση από την (υποτιθέμενη;) μεταστροφή της ηγεσίας και κρίνοντας πως είχε επιτέλους προσχωρήσει στις δικές του θέσεις- δηλαδή των «δυναμικών λύσεων»-, αμέσως ο αρχικαπετάνιος συνέταξε σχέδιο δράσης για την διάλυση του 5/42. Έτσι, το απόγευμα της ίδιας μέρας, ο Βελουχιώτης, μαζί με άλλους καπετάνιους, επισκέφθηκε τον Ψαρρό στην γειτονική Στρώμη. Αφού συζήτησαν σε φιλική ατμόσφαιρα για την συνεργασία των δύο οργανώσεων, οι ελασίτες αποσύρθηκαν για να διανυκτερεύσουν στο σχολείο του χωριού. Κατά την διάρκεια της νύχτας τμήματα του ΕΛΑΣ περικύκλωσαν την περιοχή και τα ξημερώματα αφόπλισαν τους άνδρες του 5/42. Στον κατάπληκτο Ψαρρό ο Βελουχιώτης απεύθυνε τελεσίγραφο, ή να προσχωρήσει αυτός και οι άνδρες του στον ΕΛΑΣ ή να διαλύσει το 5/42. Τότε ο Ψαρρός αντιπρότεινε την προσχώρηση του 5/42 ως ξεχωριστό τμήμα στον ΕΛΑΣ, αυτό όμως απορρίφθηκε. Τελικά, για να αποφύγει την εμφύλια σύγκρουση, ο Ψαρρός δέχτηκε τον αφοπλισμό και έπειτα όλοι οι άντρες του αφέθηκαν ελεύθεροι, εκτός από τον ίδιο.
Μόλις ο αρχηγός της Βρετανικής Στρατιωτικής Απόστολής (ΒΣΑ), ταξίαρχος πλέον, Μάιερς έμαθε το γεγονός έσπευσε στη Στρώμη. Στις απειλές του Βρετανού για διακοπή ανεφοδιασμού του ΕΛΑΣ, ο Βελουχιώτης έδειξε αδιαφορία. Όταν όμως λίγες μέρες αργότερα έφτασε ο Τζήμας και τον κατηγόρησε ανελέητα για την απρονοησία του να μην επαληθεύσει την (μάλλον ανύπαρκτη) εντολή του Σιάντου, ο αρχικαπετάνιος, παρά την ισότιμη θέση του στην ηγεσία του ΕΛΑΣ, αλλά κατώτερη στην κομματική ιεραρχία, δέχτηκε συντετριμμένος τις αυστηρές παρατηρήσεις. Πάντως, ο Βελουχιώτης δεν υπέστη καμιά κύρωση από την ηγεσία του ΕΑΜ/ΚΚΕ για τον αφοπλισμό του 5/42 Συντάγματος, ενώ λίγο αργότερα ο Ψαρρός απελευθερώθηκε και του δόθηκε η δυνατότητα να επανασυστήσει το τμήμα του.

Καπετάνιος στο Γενικό Στρατηγείο του ΕΛΑΣ

Με την επιστροφή του  από την Αθήνα στο βουνό, ο Τζήμας έφερε και την είδηση για την προαγωγή του Βελουχιώτη. Τον Μάιο του 1943 οι κεντρικές επιτροπές του ΕΛΑΣ και του ΕΑΜ αποφάσισαν την δημιουργία ενός Γενικού Στρατηγείου, το οποίο θα συντόνιζε τον ανταρτικό αγώνα στις ελασοκρατούμενες περιοχές. Η λειτουργία του ξεκίνησε στις 19 Μαΐου και διοικούνταν από τριμελή ηγεσία. Στρατιωτικός διοικητής ορίστηκε ο Σαράφης, εκπρόσωπος του ΕΑΜ (δηλαδή πολιτικός καθοδηγητής) ο Τζήμας και καπετάνιος ο Βελουχιώτης. Το Γενικό Στρατηγείο είχε υπό τις διαταγές του τα Στρατηγεία Μακεδονίας και Θεσσαλίας, και τα Γενικά Αρχηγεία Ηπείρου και Ρούμελης. Μόλις η τριμελής Διοίκηση συγκροτήθηκε οι Σαράφης και Τζήμας έφυγαν για το Λιάσκοβο όπου θα συναντήσουν τον Μάιερς, ώστε να συζητήσουν την συγκρότηση ενός Κοινού Γενικού Στρατηγείου Ανταρτών (ΚΓΣΑ). 
Στο μεταξύ, Ιταλοί και Γερμανοί ξεκίνησαν εκκαθαριστικές επιχειρήσεις στις ανταρτοκρατούμενες περιοχές. Κατάλληλα πληροφορημένος ο Βελουχιώτης είχε διατάξει την μερική εκκένωση των δυνάμεων της Ανατολικής Στερεάς και μετακίνησε τον κύριο όγκο των ανταρτών του προς τα Άγραφα. Μόνο στον άξονα Καρπενησίου-Άμφισσα τοποθέτησε ένα τμήμα προφυλακής υπό τον Φοίβος Φοίβο Γρηγοριαδη (Βερμαίο). Το ΓΣ του ΕΛΑΣ μεταφέρθηκε για λόγους ασφαλείας κοντά στο Καρπενήσι. Οι προσπάθειες των Ιταλών να διασπάσουν την άμυνα στην περιοχή Παρνασσός-Γκιώνα- Βαρδούσια ήταν αποτυχημένες, καθώς η αμυντική διάταξη των ανταρτών αποδείχτηκε αποτελεσματική. Ο Βελουχιώτης, παρακολουθώντας από το ΓΣ την εξέλιξη των μαχών και διευθύνοντας τα τμήματα του ΕΛΑΣ, έστελνε σημειώματα προς τους Τζήμα και Σαράφη ζητώντας τους να διευρύνει τις επιχειρήσεις. Απαντώντας οι δύο τους, αν και καταρχήν δεν είχαν αντίρρηση στις προτάσεις του, του συνέστησαν να επιδείξει αυτοσυγκράτηση, να είναι προσεκτικός και να αποφεύγει τις υπερβολές, ακολουθώντας πιστά την γραμμή της ΚΕ του ΕΑΜ . Τελικά, χωρίς να πετύχουν κάποιο αντικειμενικό σκοπό, οι ασθενικές προσπάθειες των Ιταλών απέτυχαν, όχι μόνο στη Ρούμελη, αλλά και στη Θεσσαλία και στην Ήπειρο, αναγκάζοντάς τους να επιστρέψουν στις βάσεις τους και να να μην επαναλάβουν στο μέλλον τέτοιου είδους επιχειρήσεις. 
Εκείνες τις μέρες οι Βρετανοί και το ΕΑΜ/ΕΛΑΣ έκαναν διεξοδικές συζητήσεις για τη συγκρότηση, μαζί με τον ΕΔΕΣ και την ΕΚΚΑ, του ΚΓΣΑ. Ο Μαίερς ήταν αναγκασμένος να έρθει όσο το δυνατόν συντομότερα σε συμφωνία με τον ΕΛΑΣ, διότι χωρίς την συνεργασία των ανταρτών του δεν θα μπορούσε να εκτελεστεί η επιχείρηση δολιοφθορών στην Ελλάδα με την ονομασία Animals (Ζώα). Βλέποντας με καχυποψία τους Βρετανούς, ο Βελουχιώτης διαφώνησε με την ηγεσία του ΚΚΕ για ένα κοινό στρατηγείο μαζί τους. Πίστευε πως δεν θα έπρεπε να γίνουν μεγάλες υποχωρήσεις και συμβιβασμοί έναντι των βρετανικών θέσεων. Οι έντονα αρνητικές απόψεις του για τους Βρετανούς επισημάνθηκαν από το μέλος της Κεντρικής Επιτροπής του ΚΚΕ Παντελή Σίμο-Καραγκίτση, ο οποίος του άσκησε αυστηρή κριτική. Ο Αρχικαπετάνιος τελικά συντάχθηκε με την γραμμή του κόμματος και υπέγραψε στις 5 Ιουλίου, μαζί με τους Τζίμα Σαράφη και Μάιερς, ένα Σύμφωνο Εθνικών Ομάδων και με την σύσταση του  ΚΓΣΑ έγινε ένα από τα πέντε μέλη του. Μάλιστα, λίγες μέρες μετά, σε μια συνδιάσκεψη των ανταρτών του ΕΛΑΣ που έγινε στην Θεσσαλία, δείχνοντας μετριοπάθεια και προσαρμογή στις επιθυμίες των πολιτικών του κόμματος, τόνισε : «Εμείς περισσότερο από κάθε άλλον θέλουμε την συμμαχία αυτή, αλλ΄ ως ίσοι προς ίσους. Είμαστε φτωχοί, αλλά διαθέτουμε το αίμα μας. Γι αυτό περιμένουμε την ενίσχυση των συμμάχων μας». 
Παράλληλα με τις συζητήσεις για το ΚΓΣΑ, ο Τζήμας έκανε συνεννοήσεις με απεσταλμένους των κομμουνιστικών κινημάτων της Γιουγκοσλαβίας και της Αλβανίας, με σκοπό την δημιουργία ενός Βαλκανικού Γενικού Στρατηγείου, με το οποίο επιδιώκονταν ο συντονισμός των ανταρτικών δυνάμεων στις επιχειρήσεις κατά των αξονικών δυνάμεων Ο Βελουχιώτης είδε θετικά μια τέτοια εξέλιξη, και σε μια (κοινή με τους Τζήμα-Σαράφη) διαταγή που εξέδωσε στις αρχές Ιουλίου σημείωνε ότι Η στρατιωτική αυτή συνεργασία θέλει επιπλέον συντελέσει εις την ανάπτυξιν ενός φιλικού πνεύματος απαραίτητου διά την φιλικήν επίλυσιν των τυχών υπαρχουσών διαφορών.... . Παρότι ο Τζήμας υπέγραψε με τους δύο απεσταλμένους ένα πρωτόκολλο συνεργασίας, αυτό δεν εφαρμόστηκε ποτέ. Ο Σιάντος και η πλειοψηφία της ΚΕ ήταν διστακτικοί, διότι υπήρχαν έντονες διαφορές του ΕΑΜ με τα Κομμουνιστικά Κόμματα των Βαλκανίων ως προς το Μακεδονικό Ζήτημα. Επίσης υπήρχε ο φόβος ότι θα είχε αρνητικές επιπτώσεις τόσο στην ελληνική κοινή γνώμη όσο και στις συμμαχίες του ΕΑΜ. 
Στην έδρα του Γενικού Στρατηγείου, στο χωριό Περτούλι, στις 27 Ιουλίου, συνεδρίασε για πρώτη και τελευταία φορά το Ανώτατο Πολεμικό Συμβούλιο του ΕΛΑΣ με θέμα την μετατροπή του ΕΛΑΣ σε τακτικό στρατό. Με την συμμετοχή της τριανδρίας του ΕΛΑΣ και πέντε συνταγματαρχών αποφασίστηκε να διατηρήσει ο ΕΛΑΣ την ελαφριά και ευκίνητη σύνθεση, τα στρατηγεία και γενικά αρχηγεία θα μετατρέπονταν σε μεραρχίες, τα περιφερειακά αρχηγεία  σε συντάγματα και τα υπαρχηγεία σε τάγματα. Επίσης ρυθμίστηκαν με κάθε λεπτομέρεια θέματα όπως η σύνθεση των μονάδων, η στελέχωση των υπηρεσιών, η αριθμητική δύναμη των μονάδων κ.α.. Οι αποφάσεις του διήμερου συμβουλίου φανέρωναν την κλιμάκωση του αντάρτικού αγώνα στην χώρα και την πιθανή εκκένωση της Ελλάδας από τις κατοχικές δυνάμεις, η οποία έπρεπε να βρει τον ΕΛΑΣ σε πλήρη ετοιμότητα. 
Μετά και την υπογραφή του Συμφώνου Εθνικών Ομάδων από τον ΕΔΕΣ, ο Βελουχιώτης και ο Ζέρβας έκαναν στις αρχές Αυγούστου μια κοινή περιοδεία στην Ήπειρο, ώστε να αρθούν οι αμοιβαίες επιφυλάξεις και να αντιμετωπιστούν τα προβλήματα στις σχέσεις των δύο οργανώσεων. Η περιοδεία τερματίστηκε στην έδρα του Κοινού Στρατηγείου Ηπείρου ΕΛΑΣ-ΕΔΕΣ, στο χωριό Άγναντα . Η επιτυχία της περιοδείας δεν ήταν αρκετή για να αλλάξει το κλίμα στις σχέσεις των δύο οργανώσεων. Η οξυμένη κατάσταση το φθινόπωρο του 1943 στην Ήπειρο, η αποτυχία των συζητήσεων των αντιπροσώπων στο Κάιρο για το ζήτημα του βασιλιά, η προσδοκία της επερχόμενης απελευθέρωσης μετά την ιταλική συνθηκολόγηση και η προσπάθεια των δύο οργανώσεων για κατάληψη καλύτερων θέσεων μετά το πέρας του πολέμου, βαθμιαία σκλήρυναν την στάση των εμπλεκόμενων και αύξησαν την δυσπιστία ανάμεσά τους ενισχύοντας το ενδεχόμενο ένοπλης εμφύλιας αντιπαράθεσης. 
Επιστρέφοντας στα τέλη Αυγούστου στο ΓΣ  του ΕΛΑΣ ο Βελουχιώτης συνάντησε τον Σιάντο. Σε συνομιλία τους ο Αρχικαπετάνιος του εξέφρασε την αντίθεση του στην αποστολή αντιπροσωπίας του ΕΑΜ στο Κάιρο και τόνισε ότι ο εμφύλιος επίκειται, διότι η ενότητα των αντιστατικών οργανώσεων ήταν επιφανειακή εξαιτίας της Βρετανικής πολιτικής, ενώ δεν εμπιστεύεται καθόλου τον Ζερβα και τον Ψαρρό. Οι προβληματισμοί του σχετικά με την τότε κατάσταση διατυπώνονται με περισσότερη σαφήνεια σε μια επιστολή έστειλε στα τέλη Σεπτεμβρίου στο Πολιτικό Γραφείο της ΚΕ του ΚΚΕ . Ανέφερε χαρακτηριστικά ότι οι στιγμές είναι κρίσιμες από κάθε άποψη. Φοβούμενος ότι οι Άγγλοι μια ωραία πρωία θα κάνουν εντελώς αναίμακτη «απόβαση» στη χώρα μας και θα βρεθούν ανάμεσά μας...Θα φέρουν τον βασιλιά και θα τον επιβάλουν με το ζόρι και «θα επιβάλουν την τάξη».... πριν τις αποφάσεις του λαού μας. Επισήμανε ότι Χειρότεροι από τους Άγγλους- μη βαυκαλιζόμεθα - δεν είναι ούτε οι ίδιοι οι Γερμανοί. Θα επιβάλουν ένα φασιστικό καθεστώς μ΄ άλλο όνομα αν επικρατήσουν αυτοί. Επέκρινε την λειτουργία του ΚΓΣΑ και θεωρούσε την πολιτική του ΓΣ του ΕΛΑΣ χαλαρή απέναντί του, από φόβο ότι θα σταματούσαν τις ρίψεις υλικών. Υποστήριξε ότι οι Βρετανοί θα έκαναν απόβαση στην Ελλάδα εναντίον του ΕΑΜ/ΕΛΑΣ και γι αυτό Επιβάλλεται δική μας αντίδραση σοβαρή. Δηλαδή : σύγκληση σύσκεψης από ΕΑΜ, ΕΛΑΣ, ΕΔΕΣ, ΕΚΚΑ, υπογραφή και ευρεία δημοσιότης, δηλώσεις ότι οι ένοπλες εθνικές δυνάμεις εν ουδεμιά περίπτωση θα δεχτούν επάνοδο του Βασιλιά-Κυβέρνησης προ δημοψηφίσματος και θ΄ αντισταθούν και βιαίως εναντίον πάσης τοιαύτης τυχόν απόπειρας. ....Διάλυση άμεση, έστω και αιματηρή, των οργανώσεων ΕΔΕΣ και ΕΚΚΑ αν αρνηθούν να υπογράψουν την ανωτέρω αναφερόμενη δήλωση. Τέλος τόνισε ότι είμαι και θα είμαι ο πιστότερος στρατιώτης και θα δουλέψω σκυλίσια και παλικαρίσια για οποιαδήποτε γραμμή και αν χαράξετε.

Η σύγκρουση με τον ΕΔΕΣ

Ο διοικητής των Γερμανικών στρατευμάτων Λάντς, προσπαθούσε να έρθει σε επαφή με τον ΕΔΕΣ. Για αυτό τον λόγο υπήρξε η απελευθέρωση αιχμαλώτων ως ένδειξη καλής συμπεριφοράς. Όμως στις 3 Οκτωβρίου 1943 ομάδα του ΕΔΕΣ υπό τον Κώτσο Τόλη που επιχειρούσε σαμποτάζ στο δίκτυο τηλεφωνίας εκτέλεσε τον γερμανό Αντισυνταγματάρχη Γιόζεφ Ζάλμιγνκερ μαζί με τον οδηγό του.Αμέσως εκδόθηκε διαταγή προς την 1η Ορεινή Μεραρχία να εκδικηθεί αυτή την ειδεχθή, συμμορίτικη δολοφονία ενός από τους λαμπρότερους διοικητές μας με μια αμείλικτη επιχείρηση αντεκδίκησης σε ακτίνα 20 χιλιομέτρων γύρω από το σημείο της δολοφονίας που μεταξύ άλλων οδήγησε και στο ολοκαύτωμα στους Λιγκιάδες.
Παράλληλα με αφορμή συγκρούσεις που έγιναν στις 7/8 Οκτωβρίου μεταξύ ΕΛΑΣ και ΕΔΕΣ στο Τσεπέλοβο Μετσόβου και μετά την σύλληψη από τον ΕΔΕΣ του Καραγκίτση, ο Σιάντος, που βρίσκονταν καθ οδόν για το στρατηγείο του ΕΛΑΣ για να αναλάβει την θέση του πολιτικού καθοδηγητή, έδωσε εντολή για επίθεση κατά του ΕΔΕΣ σε όλα τα μέτωπα. Το βράδυ, λοιπόν, της 9ης Οκτωβρίου Τζήμας και Βελούχιώτης έδωσαν εντολή στην XIIIη Μεραρχία (Στερεάς Ελλάδας) να εκκαθαρίσει τις δυνάμεις του ΕΔΕΣ στην περιοχή της και να συγκροτήσει το Εκστρατευτικό Σώμα Ηπείρου (ΕΣΗ), το οποίο θα εισέβαλε στον Βάλτο. Ανάλογες εντολές έλαβε η VIIIη Μεραρχία (Ηπείρου), ενώ η Χη Μεραρχία (Κεν. Μακεδονίας) και η IXη Μεραρχία (Δυτ. Μακεδονίας) έπρεπε να κινηθούν προς την κατεύθυνση του Μετσόβου. Η Ι Μεραρχία (Θεσσαλίας) έπρεπε να εκκαθαρίσει τις λιγοστές ομάδες του ΕΔΕΣ στην περιοχή της. Απέναντι στους 4.000 με 5000 αντάρτες των ΕΟΕΑ ο ΕΛΑΣ, με ενισχυμένες τις δυνάμεις του από τον οπλισμό που απέκτησε από την παράδοση και τον αφοπλισμό των Ιταλών στα μέσα Οκτωβρίου, κινητοποίησε διαδοχικά 15.000 έως 16000. Σε νέα του διαταγή της 10ης Οκτωβρίου, ο Σιάντος ισχυρίστηκε ότι η επίθεση του ΕΛΑΣ ήταν απότελεσμα της συνεργασίας του ΕΔΕΣ με τους Γερμανούς. Πράγματι, από την αρχή της σύγκρουσης η ηγεσία του ΕΑΜ/ΕΛΑΣ κατηγόρησε τον ΕΔΕΣ ότι συνεργάζονταν με τους Γερμανούς, ωστόσο αυτή η κατηγορία ειπώθηκε χωρίς απόδειξη, διότι, για τους ίδιους λόγους τότε, η τοπική VIIIη Μεραρχία του ΕΛΑΣ δέχτηκε την εκεχειρία, όμως λίγο αργότερα απορρίφθηκε από το ΓΣ. Πριν τη γενική επίθεση του ΕΛΑΣ, ο Ζέρβας, πιστεύοντας ότι θα ερημωθεί η 'Ηπειρος από τις επιχειρήσεις των ανταρτών και της Βέρμαχτ, ήταν θετικός σε πρόταση για δεκαήμερη εκεχειρία (4-14 Οκτωβρίου) με τους Γερμανούς, εφόσον όμως είχε φαινομενικά και την έγκριση των Συμμάχων. Η εκεχειρία που είχε συμφωνήσει ο Ζέρβας ξεκίνησε από την 4η Οκτωβρίου  έγινε μέσω του απεσταλμένου του Ερυθρού Σταυρού Μπίκελ και ίσχυε μέχρι τις 14 Οκτωβρίου, κάτι που διαπίστωσαν έκπληκτοι οι Γερμανοί στρατιώτες.  Ο Ζέρβας με τον Πυρομάγλου προσπάθησαν να πείσουν την αντιπροσωπεία του Ερυθρού Σταυρού να μην έρθει σε επαφή με τον ΕΛΑΣ γιατί φοβούμενος ότι θα έχει την ίδια μοιραία τύχη με τους εσωτερικούς αντιπάλους του ΕΛΑΣ, ο Ζέρβας, πιεζόμενος από διπλή επίθεση (ΕΛΑΣ και Βέρμαχτ), ζήτησε στις 19 Οκτωβρίου από την Γερμανική ηγεσία την βοήθειά της η οποία συνεργασία διαφημίστηκε από τις Γερμανικές δυνάμεις με προκηρύξεις για να εντείνει τις ενδοελληνικές αντιθέσεις.
Την ίδια μέρα (10η Οκτωβρίου) συνελήφθησαν όλοι οι εκπρόσωποι του ΕΔΕΣ στο ΚΓΣΑ και ο αρχικαπετάνιος γεμάτος οργή, δίνοντας μάλιστα «εντύπωση μανιακού» στους αξιωματικούς της ΒΣΑ, απείλησε τους οπαδούς του ΕΔΕΣ που βρίσκονταν στις ελασοκρατούμενες περιοχές, πως κανείς τους δεν θα κρατούσε το κεφάλι του στον ώμο του αν δεν απελευθερώνονταν ο Καραγκίτσης. Στο μεταξύ, η ανακωχή μεταξύ Γερμανών και ΕΔΕΣ παρατάθηκε και μετά τις 15 του μηνός με μια νέα συμφωνία κυρίων. Έτσι όταν σε ένα τμήμα του ΕΔΕΣ επιτέθηκε ο Γερμανικός στρατός με αποτέλεσμα τη διάλυση του, και τη σύλληψη πολλών αιχμαλώτων, αυτοί αποκάλυψαν των ονομάτων των μελών του ΕΛΑΣ καθώς και του οργανογράμματος του ΕΔΕΣ. Μετά από μια βδομάδα οι αιχμάλωτοι αφέθηκαν ελεύθεροι. Παράλληλα, από τις 19 Οκτωβρίου το ΓΣ του ΕΛΑΣ υποχρέωσε τους Βρετανούς αξιωματικούς να σταματήσουν κάθε επικοινωνία με την Ήπειρο. Ο Βελουχιώτης δείχνοντας την δυσπιστία του προς τους Βρετανούς, αφόπλισε όσους βρίσκονταν στην ζώνη επιχειρήσεων, στέλνοντάς τους στο ΓΣ. Όταν κάποιοι σύνδεσμοι παράκουσαν τις εντολές του δεν δίστασε να προβεί σε χειροδικίες. Όμως αυτή η συμπεριφορά δυσανασχέτησε το ΓΣ του ΕΛΑΣ το οποίο δεν επιθυμούσε ρήξη των σχέσεων με τους Βρετανούς την στιγμή μάλιστα που έκαναν την εμφάνισή τους γερμανικές δυνάμεις. 
Προσπαθώντας να δώσει ένα γρήγορο τέλος στην διαμάχες, ο Βελουχιώτης έστειλε ένα μυστικό μήνυμα προς τον καπετάνιο του 3/40 Συντάγματος της VIIΙης Μεραρχίας, υπολοχαγό Γεράσιμο Μαλτέζο (Τζουμερκιώτης), διατάζοντάς τον να επιτεθεί αιφνιδιαστικά στους Σκιαδάδες και να συλλάβει ζωντανό τον Ζέρβα. Όμως στις 16 Οκτωβρίου το σύνταγμα κυκλώθηκε από τον ΕΔΕΣ και διαλύθηκε ενώ συλληφθεί και ο Μαλτέζος. Λίγες μέρες αργότερα, στις 22 Οκτωβρίου, στο χωριό Πράμαντα ο υπαρχηγός το ΕΔΕΣ Κομνηνός Πυρομάγλου -ενώ ίσχυε η ανακωχή μεταξύ ΕΔΕΣ και Γερμανών- επικοινώνησε με τον καπετάν Κόζιακα ζητώντας του να συνενωθούν για να αντιμετωπίσουν τις γερμανικές δυνάμεις. Απoκάλυψε επίσης ότι ο ΕΔΕΣ είχε απελευθερώσει και επανεξοπλίσει τους άντρες του 3/40 Συντάγματός συμφωνώντας με τον Τζουμερκιώτη να συνεργαστούν κατά των Γερμανών. Ο Βελουχιώτης, που βρίσκονταν δίπλα στον Κόζιακα του υπαγόρευσε την απάντησή του στον Πυρομάγλου : Πριν από κάθε συζήτηση θα έπρεπε να εγκαταλείψουν τα Πράμαντα, διαφορετικά σε μία ώρα θα ξεκινούσε γενική επίθεση. Τελικά η προσπάθεια του Πυρομάγλου απέτυχε. 
Στις 17 Οκτωβρίου ο Βελουχιώτης αναχώρησε από το Περτούλι για την Ήπειρο, συνοδευόμενος από τους μαυροσκούφηδες και 400 αντάρτες, ώστε να ενισχύσει την Ιη και VIIΙη Μεραρχίες, οι οποίες αντιμετώπιζαν πολλές δυσκολίες στις συγκρούσεις. Εκλαμβάνοντας την εκστρατεία κατά του ΕΔΕΣ ως «προσωπικό ζήτημα» ανέλαβε την ηγεσία του ΕΣΗ (2/39 και 5/42 Συντάγματα της ΧΙΙΙης Μεραρχίας και το «Τάγμα Θανάτου»), ενός τμήματος που η δύναμη του κυμαινόταν από 1300 ως 2500 άνδρες με βαρύ οπλισμό, κατέφθασε στα Τζουμέρκα και προσπάθησε να αναδιοργανώσει τις εκεί δυνάμεις του ΕΛΑΣ. Μάλιστα θεώρησε την συμπεριφορά των τοπικών στελεχών του ΕΑΜ προς τους εδεσίτες αρκετά ελαστική, ενώ συμπεριφέρθηκε με εξαιρετική βιαιότητα κατά του Γρηγόρη Κοσσυβάκη, τον οποίο κατηγόρησε ως υπεύθυνο για την εδραίωση του ΕΔΕΣ. Στις μάχες που διεξήχθησαν στην Ήπειρο ο Βελουχιώτης ξεδίπλωσε τις ηγετικές του ικανότητες. Σε μια πορεία ανταρτών και γυναικόπαιδων στην οποία ηγείτο, βρέθηκαν σε μια ρεματιά και δέχτηκαν πυρά από γερμανικά αποσπάσματα και εδεσίτες. Τότε ο αρχικαπετάνιος, δείχνοντας γενναιότητα και ψυχραιμία, με δικές του ενέργειες κατηύθυνε την φάλαγγα σε ασφαλές σημείο. 
Τις ίδιες μέρες οι Γερμανοί ξεκίνησαν επιχείρησης με αντικειμενικό σκοπό την κατάληψη της κεντρικής οδικής αρτηρίας μεταξύ της ανατολικής και δυτικής Ελλάδας και την εκκαθάρισή της από τις αντάρτικες δυνάμεις. Χωρίς να αντιμετωπίσουν ιδιαίτερες δυσκολίες, λόγο του ότι ο ΕΔΕΣ και ο ΕΛΑΣ ασχολούνταν με το να πολεμούν μεταξύ τους οι γερμανικές δυνάμεις κατέλαβαν τους στόχους τους. Το τίμημα όμως που πλήρωσαν οι κάτοικοι οι αντάρτες (κυρίως του ΕΛΑΣ) ήταν μεγάλο, καθώς οι Γερμανοί ισχυρίστηκαν ότι οι Έλληνες είχαν έως τις 9 Νοεμβρίου 1.014 νεκρούς και 237 τραυματίες, ενώ οι ίδιοι 18 νεκρούς και 62 τραυματίες. Επιπλέον, έγιναν καταστροφές σε περίπου 130 χωριά . Συντριπτικά πλήγματα δέχτηκαν μονάδες του ΕΛΑΣ και κατά λάθος  κάποιες του ΕΔΕΣ, ενώ η πρώτη πρωτεύουσα της Ελεύθερης Ελλάδας, το Καρπενήσι, καταστράφηκε. Η γερμανική νίκη ήταν η μεγαλύτερη της κατοχικής περιόδου και παρ ολίγο να σημάνει το τέλος του Αντάρτικου. Κατά την διάρκεια αυτών των επιχειρήσεων ο Βελουχιώτης προέκρινε αμυντική στάση έναντι των Γερμανών και ταυτόχρονα επιθέσεις κατά του ΕΔΕΣ, επικρίνοντας μάλιστα - με επίσημη διαταγή που εξέδωσε στις 20 Οκτωβρίου- την απόφαση της VIIIης Μεραρχίας που είχε ακολουθήσει αντίθετη τακτική. Στις 28 Οκτωβρίου όμως το ΓΣ του ΕΛΑΣ εξέδωσε διαταγή να ανασταλούν όλες οι επιθέσεις κατά του ΕΔΕΣ επειδή η γερμανική επίθεση ήταν ιδιαίτερα σφοδρή, τονίζοντας ότι κύριος εχθρός ήταν οι Γερμανοί και σε εκείνον πρέπει να στραφούν οι ενέργειες.  Επιπλέον τάγμα του ΕΛΑΣ που πολεμούσε στις Γερμανικές επιχειρήσεις, αποκόπηκε και συνετρίβη από τον Ζέρβα.
Στα τέλη Οκτωβρίου ο Βελουχιώτης είχε πια αποκαταστήσει τον επιχειρησιακό έλεγχο των τμημάτων και έτσι συγκρότησε και ανέλαβε την ηγεσία του Κλιμακίου Ηπείρου - Δυτικής Στερεάς του Γενικού Στρατηγείου του ΕΛΑΣ, εντάσσοντας σε αυτό το ΕΣΗ και την VIIIη Μεραρχία. Με την λήξη της γερμανικής επίθεσης ο ΕΛΑΣ επιτέθηκε ξανά κατά του - ουσιαστικά διαλυμένου- ΕΔΕΣ στο μέτωπο των Τζουμέρκων και ως τις 23 Νοεμβρίου ο Ζέρβας υποχώρησε δυτικά του Άραχθου ποταμού. Στην σημαντική για τον ΕΔΕΣ, από άποψη γεωστρατηγικής, περιοχή των Τζουμέρκων ο ΕΛΑΣ έγινε κυρίαρχος και οι συγκρούσεις μεταξύ των δύο αντιπάλων περιορίστηκαν σε αψιμαχίες. Έχοντας εξασφαλίσει βρετανική βοήθεια και μια ευμενή γερμανική ουδετερότητα, οι αναδιοργανωμένες δυνάμεις του Ζέρβα επιτέθηκαν στις 4 Ιανουαρίου 1944 και ως της 10 Ιανουαρίου ο αιφνιδιασμένος ΕΛΑΣ υποχώρησε πίσω από τον Αχελώο ποταμό. Μόνο ο Βελουχιώτης κατάφερε να κρατήσει με μεγάλη δυσκολία ένα προγεφύρωμα στο Τετράκωμο . Αγανακτισμένος και εκτός εαυτού από τον αιφνιδιασμό που δέχτηκε , διότι το Δεκέμβριο την μεσολάβηση Βρετανών υπήρξαν κάποιες επαφές για ανακωχή μεταξύ ΕΛΑΣ και ΕΔΕΣ, ο Βελουχιώτης εξέλαβε την επίθεση του ΕΔΕΣ σαν προσωπική ταπείνωση και δείγμα της δολιότητας του Ζέρβα. Έδωσε μάλιστα διαταγή να συλληφθούν όλοι οι Βρετανοί σύνδεσμοι, θεωρώντας τους ως κατασκόπους του Ζέρβα, και εσπευσμένα επέστρεψε στο Γενικό Στρατηγείο όπου πέτυχε την αποστολή δυνάμεων από άλλες περιοχές για το μέτωπο της Ηπείρου.  
Ενισχυμένος με νέες δυνάμεις, ο Βελουχιώτης ξεκίνησε την αντεπίθεσή του και κατάφερε να διασπάσει τον κλοιό στο Τετράκωμο. Όμως στις 24 Ιανουαρίου ο Σιάντος διέταξε την ακινητοποίηση όλων των μονάδων που έσπευδαν προς το μέτωπο και κατάπαυση όλων των επιθετικών ενεργειών κατά του ΕΔΕΣ, διότι υπήρξαν συνεχείς εκκλήσεις από τις συμμαχικές δυνάμεις για συμφιλίωση και επιπλέον ο ίδιος ο Γραμματέας είχε δηλώσει στους ελασίτες ότι θα έπρεπε να κάνουν συμφωνία με τον Ζέρβα. Ο Αρχικαπετάνιος δέχτηκε με μεγάλη δυσφορία αυτήν την απόφαση καθώς πίστευε ότι η ηγεσία του ΚΚΕ έπεσε σε παγίδα των Βρετανών και έτσι δεν τον άφηναν να διαλύσει πλήρως και οριστικά τον ΕΔΕΣ. Συνοδευόμενος από τους Μαυροσκούφηδες πήγε ξανά στο ΓΣ όπου ζήτησε και επέμεινε με ένταση να ανακληθεί η διαταγή του Σιάντου. Τελικά κατάφερε να δοθεί εντολή στις μονάδες που είχαν σταματήσει την μετακίνηση τους να εκκινήσουν πάλι προς την Ήπειρο.  Έτσι, όταν ο Ζέρβας εξαπέλυσε νέα επίθεση στις 25 Ιανουαρίου, ο ΕΛΑΣ, προετοιμασμένος κατάλληλα, κατάφερε την 28η Ιανουαρίου να εκδιώξει δυτικά του Άραχθου τον ΕΔΕΣ, ο οποίος στο εξής έμεινε περιορισμένος στην περιοχή του Ξηροβουνίου. 
Την 1 Φλεβάρη του 1944 ο Ζέρβας πληροφόρησε τον ΕΛΑΣ και τη Συμμαχική Αποστολή ότι επίκειται Γερμανική επίθεση. Για αυτό το λόγο ζήτησε εδάφη που κατείχε ο ΕΛΑΣ και πολεμοφόδια ως ενίσχυση. Όμως ο ΕΔΕΣ επιτέθηκε συγχρονισμένα με τις Γερμανικές δυνάμεις ("Επιχείρηση Ξεφτέρι") και μισός λόχος Γερμανών έκανε με μη αληθινά πυρά επίθεση κατά του ΕΔΕΣ. Την ίδια στιγμή ο ΕΔΕΣ κατηγόρησε στους Βρετανούς τον ΕΛΑΣ για συνεργασία με τους Γερμανούς. Επιπλέον, πέρα από την συντονισμένη επίθεση είχε λάβει πολεμοφόδια από τους Γερμανους Ο ΕΛΑΣ αφού απέκρουσε την συντονισμένη επίθεση, τότε δέχτηκε κατάπαυση του πυρός τα μεσάνυχτα της 3ης προς 4η Φεβρουαρίου και ξεκίνησαν συνομιλίες για τον τερματισμό του τετράμηνου εμφυλίου. 
Στην διάρκεια αυτών των συνομιλιών που κατέληξαν στην Συμφωνία Μυρόφυλλου- Πλάκας, ο Βελουχιώτης δέχονταν επισημάνσεις της ηγεσίας του ΚΚΕ να μην δώσει ο ΕΛΑΣ αφορμή για επανέναρξη των εχθροπραξιών. Παράλληλα θα έπρεπε να λάβει όλα τα μέτρα για πιθανή αιφνιδιαστική ενέργεια του Ζέρβα. Ο Αρχικαπετάνιος βέβαια εξέφραζε στο στενό κύκλο του Κλιμακίου Ηπείρου την προτίμησή του για δυναμική λύση στο ζήτημα του ΕΔΕΣ. Ωστόσο στα μηνύματα που αντάλλαξε με τον Σιάντο δεν εξέφρασε ανοιχτά την άποψη αυτή. Μάλιστα, κάποια στιγμή φάνηκε πως προτιμούσε την ειρηνική λύση αλλά γρήγορα η διάθεσή του άλλαξε και στις 20 Φεβρουαρίου έγραψε ότι ο Ζέρβας και οι Άγγλοι κωλυσιεργούσαν τις συζητήσεις για επίτευξη συμφωνίας και υπήρχε ο φόβος από μέρους τους ότι τότε ο ΕΛΑΣ θα εφάρμοζε την «ορθή λύση», δηλαδή επανάληψη των επιχειρήσεων για την ολοκληρωτική συντριβή του ΕΔΕΣ. Παρ' όλα αυτά, μετά την υπογραφή της συμφωνίας την 29η Φεβρουαρίου, συμμορφώθηκε με την γραμμή συνεργασίας και διέταξε τα τμήματά του να την εφαρμόσουν πιστά και να τιμωρήσουν αυστηρά κάθε παράβασή της. Αντίθετα ο Ζέρβας διαβεβαίωνε την Γερμανική ηγεσία ότι δεν θα τηρούσε την συμφωνία ως προς τα σημεία που αφορούσαν τις επιθέσεις εναντίον των Γερμανών.

H οριστική διάλυση του 5/42 Συντάγματος και η δολοφονία του συνταγματάρχη Ψαρρού

Στα τέλη Μαρτίου ο Βελουχιώτης είχε μια συνάντηση με τους Σιάντο και Ιωαννίδη. Τον ενημέρωσαν ότι λόγω της άσχημης κατάστασης του ΕΑΜ /ΕΛΑΣ στην Πελοπόννησο έπρεπε να μεταβεί ο ίδιος εκεί ώστε να αναδιοργανώσει τα ελασίτικα τμήματα και να δώσει νέα πνοή στον αγώνα εναντίον της Βέρμαχτ και των Ταγμάτων Ασφαλείας. O Αρχικαπετάνιος, έτοιμος πάντα για δύσκολες αποστολές, ίσως ερμήνευσε την μετάβασή του στην Πελοπόννησο σαν απομάκρυνσή του από το κεντρικό στρατιωτικό και πολιτικό κέντρο και γι αυτό σε δημόσιες εμφανίσεις του εκείνη την εποχή εκδήλωνε την δυσαρέσκειά και την πικρία του με την φράση «καλή αντάμωση στα γουναράδικα»  
Συνοδευόμενος από περίπου 40 άνδρες, ο Βελουχιώτης περιόδευε στα χωριά της Φθιώτιδας και της Παρνασσίδας, όταν στις 7 Απριλίου έλαβε γνώση για την τεταμένη -σχεδόν εμφυλιοπολεμική-κατάσταση με το 5/42 Συντάγματος Eυζώνων της ΕΚΚΑ. Από τον Μάρτιο του 1944 ξεκίνησαν ανάμεσα στις δύο ανταρτικές οργανώσεις συνεχείς προστριβές. Για τους αντάρτες του 5/42 ο Δημήτρης Δημητρίου (Νικηφόρος) ήταν αντιπαθής, καθώς τον κατηγορούσαν για πλήθος αυθαιρεσιών, θρασύτατη και βίαια συμπεριφορά, όπως και φανερή υπεροψία . Από την άλλη πλευρά, ο ΕΛΑΣ κατηγορούσε τον λοχαγό του 5/42 Θύμιο Δεδούση σαν αρχηγό μιας «βασιλικής σπείρας» που υποκινούσε νέες εμφύλιες συγκρούσεις. Ο Δεδούσης έγινε επικεφαλής μιας κίνησης αμφισβήτησης του συνταγματάρχη Ψαρρού, ενώ ένας αντάρτης υπό τις διαταγές του σκότωσε τον υπεύθυνο του ΕΑΜ Κωνσταντίνο Βάρσο. Στα τέλη Φεβρουαρίου μαζί με 68 αξιωματικούς και υπαξιωματικούς είχε αποκηρύξει την ΕΚΚΑ και ζητούσε το 5/42 να λαμβάνει εντολές μόνο από το Στρατηγείο Μέσης Ανατολής, τον βασιλιά Γεώργιο Β΄ και την κυβέρνησή του. Άλλα και με τις ενέργειές του τάχθηκε ανεπιφύλακτα κατά του ΕΑΜ/ΕΛΑΣ. Παρά τις διαμαρτυρίες του ΕΛΑΣ ο Ψαρρός, υποσχόμενος το ότι θα περιόριζε τον Δεδούση, δεν μπορούσε να ελέγξει το Σύνταγμά του. Έτσι, για να ασκήσει πίεση στον Ψαρρό, η ελεγχόμενη από το ΕΑΜ Κυβέρνηση του Βουνού (ΠΕΕΑ) στις 7 Απριλίου διέταξε την ανώτατη διοίκηση του ΕΛΑΣ (Σαράφης) να του στείλει ένα τελεσίγραφο, ζητώντας από τον συνταγματάρχη να συλλάβει τον Δεδούση και άλλους αξιωματικούς και να συγκεντρώσει το 5/42 σε καθορισμένη περιοχή μέχρι να ρυθμιστούν τα «εκκρεμή ζητήματα». Στην περίπτωση που ο Ψαρρός αρνούνταν τους όρους ο ΕΛΑΣ έπρεπε να επιτεθεί και να διαλύσει το Σύνταγμα. Ο Ψαρρός συμφώνησε με όλους τους όρους, σημειώνοντας μόνο ότι ο Δεδούσης βρίσκονταν σε αποστολή και όταν μετά από 2 με 3 μέρες επέστρεφε θα συλλαμβάνονταν. Ωστόσο ο ΕΛΑΣ αύξησε την επιθετικότητά του έναντι του 5/42.
Πιστεύοντας ότι δεν μπορούσε να μείνει αδιάφορος, ο Βελουχιώτης, έχοντας μαζί του τους μαυροσκούφηδες, άλλαξε την πορεία του προς την Πελοπόννησο και στις 13 Απριλίου έφτασε στη Δωρίδα. Ως ανώτερος Καπετάνιος από όλους ανέλαβε την ηγεσία των τοπικών δυνάμεων του ΕΛΑΣ,  αποτελούμενων από περίπου 1.400 με 2.000 αντάρτες. Με την καταλυτική παρουσία του στη περιοχή, που ενίσχυσε τους οπαδούς της σύγκρουσης και από τις δύο πλευρές, οι εξελίξεις επιταχύνθηκαν. Αμέσως έστειλε ένα νέο τελεσίγραφο στον Ψαρρό, επισημαίνοντας ότι αφού δεν συνέλαβε τον Δεδούση οι σχεδόν 500 άνδρες του 5/42 θα έπρεπε να παραδώσουν τα όπλα τους, εγγυόμενος ότι θα προστάτευε όσους δεν ενέχονταν σε αντεθνικές ενέργειες. Ο Ψαρρός, παρότι είχε αποδεχθεί τους όρους της ΠΕΕΑ και του ΕΛΑΣ, μόλις έλαβε το μήνυμα του Βελουχιώτη κατάλαβε ότι δεν υπήρχε διάθεση συμβιβασμού και ο ΕΛΑΣ ήταν αποφασισμένος να διαλύσει το 5/42. Προσπαθώντας να αποφύγει την εμφύλια σύρραξη και την αιματοχυσία, την στιγμή μάλιστα που υπέρτερες δυνάμεις είχαν κυκλώσει τους άνδρες του, ο Ψαρρός απάντησε στις 15 Απριλίου υποχωρώντας ακόμα περισσότερο αποδεχόμενος πλήρως όλους τους όρους του ΕΛΑΣ και ζήτησε το τμήμα του να ενσωματωθεί ως ανεξάρτητη μονάδα στην ΠΕΕΑ. Ωστόσο, τα ξημερώματα της 16ης Απριλίου δυνάμεις του ΕΛΑΣ ξεκίνησαν μεμονωμένες επιθέσεις, οι οποίες αποκρούστηκαν. Χωρίς να λάβει απάντηση, ο Ψαρρός, το απόγευμα της ίδιας μέρας, απέστειλε ένα νέο μήνυμα, δηλώνοντας ότι ήταν αποφασισμένος να αγωνισθεί εναντίον της επίθεσης του ΕΑΜ/ΕΛΑΣ.
Υποθέτοντας ότι το ηθικό των αντιπάλων του ήταν μειωμένο, ο Βελουχιώτης εξαπέλυσε γενική επίθεση στις 02:30-03:00 της 17ης Απριλίου στη θέση Κλήμα, όπου κατόπιν σύντομης μάχης το 5/42 υποχώρησε. Τμήματα αυτού πέτυχαν τη διαφυγή τους προς την Πάτρα ή σημεία της Παρνασσίδας και οι υπόλοιποι, μεταξύ των οποίων αρκετοί αξιωματικοί και τραυματίες, συμπτύχθηκαν υπό τον Ψαρρό στο μικρό λιμάνι Σκάλα Καραΐσκου.  
Οι ηττημένοι αντάρτες συνελήφθησαν από τον Νικηφόρο, που με ρητή διαταγή του ζήτησε να μην ενοχληθεί κανείς κρατούμενος. Αμέσως μετά έστειλε τον Ψαρρό και μερικούς αξιωματικούς του προς τον σταθμό διοίκησης, οπού εκεί βρίσκονταν ο Βελουχιώτης. Στην διαδρομή όμως συνάντησαν τον αξιωματικό του ΕΛΑΣ Θύμιο Ζούλα, ο οποίος μετά από σύντομη λεκτική διαμάχη με τον Ψαρρό, διέταξε έναν ελασίτη να πυροβολήσει τον αιχμάλωτο συνταγματάρχη. Το πτώμα του φορτώθηκε σε ένα μουλάρι και περιόδευσε σε όλη την περιοχή. Δεκάδες αντάρτες του 5/42 προσχώρησαν υποχρεωτικά στον ΕΛΑΣ, ενώ τις επόμενες μέρες εκτελέστηκαν τουλάχιστον 66 αιχμάλωτοι. Πολλοί από αυτούς πέθαναν μετά από ανακρίσεις και βασανιστήρια που υπέστησαν, είτε για να αποκαλύψουν που έκρυψαν τις λίρες που απόκτησαν από την βρετανική βοήθεια είτε για λόγους αντεκδίκησης. Σε αυτές τις βίαιες ανακρίσεις έλαβε μέρος και ο Βελουχιώτης. Η διάλυση του 5/42 είχε σαν αποτέλεσμα ο ΕΛΑΣ να επιβάλει ένα κλίμα τρόμου για τους οπαδούς της ΕΚΚΑ που υπήρχαν στην περιοχή και να μείνουν απροστάτευτοι από πράξεις αντεκδίκησης ορισμένων ακραίων ελασιτών.
Ο Βελουχιώτης σε έκθεση που απέστειλε στην ΠΕΕΑ την 31 Μαΐου 1944, υποστήριξε ότι η επίθεση ήταν επιβεβλημένη γιατί, όπως πίστευε, το 5/42 συνεργάζονταν με τους κατακτητές και επομένως οποιαδήποτε αναμονή, μέχρις ότου έλθουν αι γερμανικαί ενισχύσεις ή διαφυγή διά μίαν ακόμη φοράν των καθαρμάτων του 5/42 και ιδιαίτερα του εθνοπροδότου Συνταγματάρχου Ψαρρού Δ., θα ήτο πράξις εγκληματικώς ασύμφορος. Ωστόσο συνεργασία του 5/42 με τις γερμανικές δυνάμεις δεν υπήρξε ποτέ. Επίσης στην ίδια έκθεση ανέφερε ότι ο Ψαρρός σκοτώθηκε στη μάχη και παραδέχτηκε ότι επέδρασε εξαιρετικά και ερυμούλκησα την Ταξιαρχίαν προς γραμμήν τοιαύτης ταχείας και ανηλεούς εξοντώσεως. Πιστεύω, όμως, ότι ενήργησα απολύτως προς το συμφέρον του αγώνος και αναλαμβάνω ακεραίαν την ευθύνην. Αν και σε ορισμένους ελασίτες η εκτέλεση του ηγέτη του 5/42 προκάλεσε αγανάκτηση, η ηγεσία του ΕΑΜ/ΕΛΑΣ υποστήριξε την εκδοχή του θανάτου στην μάχη. Αντίθετα, αρκετοί αυτόπτες μάρτυρες υποστηρίζουν την εκδοχή της δολοφονίας από τον Ζούλα. Καθώς το ΕΑΜ δεν παραδέχονταν ανοιχτά το γεγονός της δολοφονίας, οι Βρετανοί κατηγόρησαν τον ΕΛΑΣ ότι έκανε επίδειξη δύναμης ξεπερνώντας τα όρια και το καταχώρησε ως ένα ακόμη έγκλημα του Βελουχιώτη. Πράγματι, ο Αρχικαπετάνιος αγνοώντας συνειδητά την πολιτική του ΚΚΕ και εν αγνοία του ΓΣ του ΕΛΑΣ μετακίνησε μονάδες και να ενεπλάκη ενεργά στην επίθεση και διάλυση του 5/42 και έτσι κλήθηκε σε απολογία. Η ηγεσία της Αριστεράς όμως, προσπαθώντας να συγκαλύψει την εκτέλεση του Ψαρρού, δεν έκανε καμία έρευνα και δεν επέβαλε κάποια κύρωση στους εμπλεκόμενους, γιατί διαφορετικά θα αναγνώριζε έμμεσα ότι υπήρξε δολοφονία.

Ο Άρης στην Πελοπόννησο

Από τη Ρούμελη, την άνοιξη του 1944, με εντολή της ηγεσίας του ΚΚΕ (Σιάντος-Ιωαννίδης), ο Βελουχιώτης μαζί με τους καπετάνιους Πελοπίδα, Ερμή κ.α και τον έφιππο ουλαμό κατέβηκε στην Πελοπόννησο για να οργανώσει τον ΕΛΑΣ που δρούσε εκεί. Η παρουσία του στην Πελοπόννησο βοήθησε καταλυτικά στην υποδειγματική οργάνωση των μονάδων του ΕΛΑΣ που ανέλαβαν σημαντική δράση κατά των Γερμανών σε βαθμό ώστε το Γερμανικό επιτελείο που ηγείτο ο Σωματάρχης Χέλμουτ Φέλμυ να κηρύξει την Πελοπόννησο ως εμπόλεμη ζώνη, η μοναδική στην Ελλάδα. Ο ίδιος ο Φέλμυ σημείωνε ότι χρειάζονταν τουλάχιστον 3 μεραρχίες επιπλέον, μόνο για την Πελοπόννησο.
Το Σεπτέμβριο του 1944, μετά την αποχώρηση των Γερμανών, πολέμησε επικεφαλής του ΕΛΑΣ Πελοποννήσου εναντίον των Ταγμάτων Ασφαλείας που δεν δέχτηκαν να παραδοθούν. Ο ΕΛΑΣ διέλυσε τα Τάγματα Ασφαλείας που είχαν οχυρωθεί σε διάφορες πόλεις της Πελοποννήσου (Πύργος, Καλαμάτα, Γαργαλιάνοι, Μελιγαλάς, Πύλος). Ιδιαίτερα αιματηρές για τα Τάγματα Ασφαλείας, αλλά και για τον ΕΛΑΣ, ήταν οι συγκρούσεις που έγιναν, ειδικά στο Μελιγαλά. Οι 2000 περίπου ταγματασφαλίτες που ήταν οχυρωμένοι στην Τρίπολη υπό τον συνταγματάρχη Διονύσιο Παπαδόγκωνα παραδόθηκαν, αφοπλίστηκαν και μεταφέρθηκαν στις Σπέτσες, χωρίς να πάθει κανείς τίποτε. Ο Βελουχιώτης κατέστειλε τα καπετανάτα μέσα στον ΕΛΑΣ που συνέδεσαν τους σκοπούς της αριστεράς με τις προσωπικές εκδικήσεις και την ατομική τρομοκρατία. 
Στο τέλος Σεπτεμβρίου 1944, ο Βελουχιώτης, με τη μεσολάβηση του υπουργού της εξόριστης κυβέρνησης Εθνικής Ενότητας Παναγιώτη Κανελλόπουλου, δέχθηκε να αναστείλει τη λειτουργία των έκτακτων στρατοδικείων του ΕΛΑΣ στην Πελοπόννησο. Στις αρχές Οκτωβρίου ο Βελουχιώτης παρήλασε μαζί με τους Βρετανούς στην απελευθερωμένη Τρίπολη και η αποστολή του στην Πελοπόννησο μετά από 6 μήνες παραμονής έλαβε τέλος.

Απελευθέρωση

Στις αρχές Οκτωβρίου ο Βελουχιώτης, αφού αποχαιρέτησε τους Μωραΐτες καπετάνιους του ΕΛΑΣ με την ευχή «καλή αντάμωση στα γουναράδικα» (αγαπημένη φράση του Άρη προς τους συμπολεμιστές του όταν πήγαιναν στη μάχη και δεν γνώριζαν ποιοι και πόσοι θα γύριζαν ζωντανοί) και έκανε μια μικρή περιοδεία σε μερικές πόλεις της Πελοποννήσου όπου έβγαλε και προκήρυξη στο λαό, η οποία υπογράφηκε με το όνομα του και έφυγε για τη Ρούμελη. Το δρομολόγιο της επιστροφής ήταν πάλι από τον κορινθιακό κόλπο με πλωτό μέσο και πάντα κινούμενος με εντολή της ηγεσίας του ΚΚΕ μακριά από την Αθήνα.
Λίγες μέρες μετά από την αποχώρηση των Γερμανών από τη Λαμία μπήκε θριαμβευτικά στην πόλη. Κατέθεσε στεφάνι στον ανδριάντα του ήρωα Αθανάσιου Διάκου και έβγαλε τον διάσημο λόγο του (29 Οκτώβρη), όπου έκανε ιδιαίτερη αναφορά στον πολύχρονο αιματηρό αγώνα του ΕΛΑΣ, στο πολιτειακό, στην εθνική ανεξαρτησία και σε ενδεχόμενους αγώνες για την κατοχύρωσή της και μετά την απελευθέρωση.

Ο Λόγος της Λαμίας

Ο Λόγος της Λαμίας συνιστά ένα προγραμματικό κείμενο αναφορικά με τη διαχείριση των ζητημάτων εξουσίας όπως αυτά προέκυπταν μετά την αποχώρηση των κατακτητών. Ο Βελουχιώτης «επιχειρεί να νομιμοποιήσει[...] να εξορθολογίσει, τις πρακτικές πολιτικής ανατροπής που προωθεί η αριστερά στους κόλπους του εαμικού κινήματος, επιδιώκοντας την όσο τη δυνατόν, ευρύτερη λαϊκή συναίνεση». Ο Λόγος του αποτυπώνει την μαρξιστική παιδεία του, την ιστοριογνωσία του. Οι συγκυριακές εξελίξεις και αντιθέσεις της κοινωνίας ανάγονται στο παρελθόν. Η διήγηση της ιστορίας που επιχειρεί δομείται γύρω από δύο σταθμούς της νεότερης ιστορίας: το εικοσιένα και την εθνική αντίσταση. Υιοθετεί για τους κοτζαμπάσηδες μια ερμηνεία που στο πλαίσιο της μαρξιστικής ιστοριογραφίας τους θέλει συνεργούς των Τούρκων. Στον αντίποδά τους βρίσκεται ο λαός. Η πολιτική συγκυρία ωστόσο ευνοεί τέτοιες σχηματοποιήσεις. Ο κόσμος της αντίδρασης στον Λόγο του Βελουχιώτη αποχτά μια υπερβατική -οντολογική ανηθικότητα. Η ιστορία του ελληνικού κράτους γίνεται περίοδος έκπτωσης των κατακτήσεων του εικοσιένα. Η διήγησή του δεν περιλαμβάνει το Βυζάντιο: από την ευδαιμονία-αρμονία της αρχαίας Ελλάδας περνάμε στην οθωμανική κατάκτηση ,μετά στην επανάσταση του εικοσιένα και στην απελευθέρωση. Μετά ακολουθεί μια αταξία την οποία η εθνική αντίσταση θα ανατρέψει.
Ο Άρης Βελουχιώτης όντας στην Πελοπόννησο, μακριά από την έδρα της κυβέρνησης του βουνού (ΠΕΕΑ) στην ορεινή Ρούμελη, διαφώνησε με την ηγεσία του ΕΑΜ-ΚΚΕ για τη Συνθήκη του Λιβάνου και τη Συμφωνία της Καζέρτας, θεωρώντας ότι «παρέδιδαν το απελευθερωτικό κίνημα δεμένο χειροπόδαρα στους Άγγλους». Οι σχέσεις του Άρη Βελουχιώτη με τους Βρετανούς πράκτορες που δρούσαν στην Ελλάδα ήταν πάντα «επί ξυρού ακμής».
Ο Βελουχιώτης μαζί με τον Σαράφη, ενάντια στη συμφωνία της Καζέρτας, έδωσαν διαταγή στον ΕΛΑΣ να καταλάβει άμεσα την Θεσσαλονίκη, κάτι που έγινε, και για αυτό το θέμα συνάντησε τις κατηγορίες του Σιάντου.

Πριν και στα Δεκεμβριανά

Ο Ουίνστον Τσώρτσιλ στις 18/11/1944 ζητούσε να ληφθούν δραστικά μέτρα έναντι του Βελουχιώτη, ενώ τακτικές αναφορές στέλνονταν στον στρατηγό Ρόναλντ Σκόμπι πριν και κατά τη διάρκεια των Δεκεμβριανών, καθώς θεωρούσαν ότι η μετακίνηση του στην Αττική θα μπορούσε να ανατρέψει τις ισορροπίες.
Κατά τη διάρκεια των Δεκεμβριανών, η ηγεσία του ΚΚΕ ανασυγκρότησε την Κ.Ε του ΕΛΑΣ με μη κομματικά στελέχη (Μάντακας-Χατζημιχάλης), ενώ αντίθετα ο Άρης Βελουχιώτης και Στέφανος Σαράφης μαζί με τον επιτελικό Θεόδωρο Μακρίδη (όλοι οπαδοί της σύγκρουσης) βρισκόταν με το Γενικό Στρατηγείο του ΕΛΑΣ στη Λαμία και δεν έλαβαν μέρος στις μάχες της Αθήνας. Αντίθετα, με εντολή της ηγεσίας του ΚΚΕ, στα τέλη Δεκεμβρίου του 1944 στάλθηκαν στην Ήπειρο να διαλύσουν τις μονάδες του ΕΔΕΣ, πράγμα που κατάφεραν σε ελάχιστο χρόνο (τα υπολείμματα του ΕΔΕΣ μεταφέρθηκαν από τους Άγγλους στην Κέρκυρα). Στις αρχές Ιανουαρίου ο Άρης εσπευσμένα από την Ήπειρο ήρθε στη Θήβα στις  5/1/1945 όπου η Κ.Ε του ΕΛΑΣ του απαγόρευσε οποιαδήποτε περαιτέρω εμπλοκή στη μάχη των Δεκεμβριανών. Ο ΕΛΑΣ Αθηνών είχε αρχίσει να αποχωρεί από την Αθήνα, ενώ οι Άγγλοι είχαν μεταφέρει θωρακισμένες δυνάμεις σε πολύ προχωρημένες θέσεις, αξιόμαχες μονάδες του ΕΛΑΣ δεν υπήρχαν για εμπλοκή με τους Άγγλους, οπότε ο Άρης με την ηγεσία του ΕΑΜ και τους μαχητές του ΕΛΑΣ Αθήνας εγκαταστάθηκαν στη Λαμία, όπου στις 13-14 Ιανουαρίου εφαρμόστηκε η ανακωχή που είχε συμφωνηθεί στις 11 Ιανουαρίου 1945.

Υπογραφή της αποστράτευσης του ΕΛΑΣ

Ο Βελουχιώτης αρνήθηκε προτάσεις του Μακρίδη για σύλληψη των μελών της ηγεσίας του ΚΚΕ, και συνέχιση του αγώνα εναντίον των Βρεττανικών δυνάμεων καθώς θεωρούσε πως δεν διέθετε το απαραίτητο κομματικό και πολιτικό κύρος για να αρνηθεί τη παράδοση των όπλων του ΕΛΑΣ. Αντίθετα υπέγραψε με τον στρατιωτικό αρχηγό του ΕΛΑΣ, Στέφανο Σαράφη την πλήρη αποστράτευση του ΕΛΑΣ.
Η υπογραφή της Συμφωνίας της Βάρκιζας από το ΕΑΜ και η αποστράτευση του ΕΛΑΣ στις αρχές του 1945 οδήγησε στην παράδοση μεγάλου αριθμού όπλων και τη διάλυση του ΕΛΑΣ και σήμανε την έναρξη διώξεων και αντεκδικήσεων εναντίον όχι μόνο των κομμουνιστών, αλλά, και απλών μελών και συμπαθούντων του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ.

Μέτωπο Εθνικής Ανεξαρτησίας

Αργότερα όμως κατηγόρησε με δριμύτητα την πολιτική ηγεσία του ΕΑΜ για την εσφαλμένη τακτική της, που, κατά την άποψη του, οδηγούσε στην «εγκαθίδρυση των Άγγλων στην Ελλάδα και στη δίωξη των αγωνιστών του ΕΑΜ». Στις 24/3/1945 στέλνει γράμμα στα μέλη της ΚΕ του ΚΚΕ :
Η «διαφώτιση» του λαού, των οπαδών του ΕΑΜ και των οπαδών και μελών του ΚΚΕ επί της «αναγκαιότητας» της πολιτικής της Βάρκιζας είναι αστεία κυριολεκτικά και κανένα μέλος του ΚΚΕ δεν την πιστεύει. Μα και τι διαφώτιση να γίνει; Κατά ποιον ταχυδακτυλουργικό τρόπο θα μπορούσε το άσπρο να γίνει μαύρο; 
Ο Άρης Βελουχιώτης ήρθε τότε σε ανοιχτή σύγκρουση και ρήξη με το ΚΚΕ θεωρώντας τη συμφωνία «προδοσία των απλών ανταρτών». Ξανάρχισε την δράση του κινούμενος στην ορεινή κεντρική Ελλάδα, ιδρύοντας το Μέτωπο Εθνικής Ανεξαρτησίας (ΜΕΑ) και τον νέο ΕΛΑΣ με στόχο τον αγώνα εναντίον των Άγγλων, της νέας ελληνικής κυβέρνησης και τις παρακρατικές συμμορίες που δρούσαν στην ύπαιθρο. Μαζί του συμπαρατάχθηκαν στενοί του φίλοι, καπετάνιοι του ΕΛΑΣ, όπως ο Πελοπίδας, ο Θάνος, ο Χρυσιώτης, ο Νέστορας και μερικοί μαυροσκούφηδες με επικεφαλής τους Τζαβέλα και Έκτορα.
Έτσι, παρά την αρχική αποδοχή της Συμφωνίας της Βάρκιζας, διακήρυξε την ανάγκη να συνεχιστεί ο αγώνας εναντίον του νέου ζυγού. Η ενέργειά του όμως αυτή προκάλεσε την αντίδραση όχι μόνο της ελληνικής κυβέρνησης, αλλά και της ηγεσίας του ΚΚΕ, που τον αποκήρυξε. 
Η τότε ηγεσία του ΚΚΕ τον κατήγγειλε ανοιχτά με κατηγορίες όπως «τυχοδιωκτικό και ύποπτο στοιχείο». Στο τέλος το ΚΚΕ τον διέγραψε και από μέλος του. Η απόφαση του ΚΚΕ για διαγραφή του Βελουχιώτη ανακοινώθηκε την ίδια μέρα με την αυτοκτονία του στη Μεσούντα (περιοχή του Αχελώου) δηλαδή στις 15 Ιουνίου 1945. Η εφημερίδα "Ελευθερία" στηλίτευσε εκείνη τη στάση του Κ.Κ.Ε. απέναντι στον Βελουχιώτη, ως "μοναδικό παράδειγμα μικρότητας και ανανδρίας" Το Κ.Κ.Ε., ωστόσο, επιχείρησε να προστατεύσει την υστεροφημία του νεκρού, όσον αφορούσε στη συνεισφορά του στην Εθνική Αντίσταση αναφέροντας σε ανακοίνωσή του ότι δεν μπορούν "να επικρίνουν το Βελουχιώτη σήμερα, εκείνοι που έγλειφαν τα πόδια των κατακτητών"

Η διαγραφή από το ΚΚΕ

Φαίνεται ότι, τουλάχιστον αρχικά, η ηγεσία του Κ.Κ.Ε. επιχείρησε να καλύψει το Βελουχιώτη. Το ίδιο πιθανό είναι ότι και οι βρεττανοί ενδιαφέρθηκαν για την αναστολή της δράσης του. Την ίδια ημέρα του θανάτου του Άρη Βελουχιώτη, η εφημερίδα Ριζοσπάστης δημοσίευσε την απόφαση της Κεντρικής Επιτροπής του ΚΚΕ για τη διαγραφή του Βελουχιώτη από το κόμμα. Το κείμενο έχει ως εξής: 
Το ΠΓ ενέκρινε τη δημοσίευση στο "Ριζοσπάστη", της απόφασης της 1ης Ολομέλειας της ΚΕ για τον Άρη Βελουχιώτη (Θανάση Κλάρα ή Μιζέρια). Ο Κλάρας, αφού μια φορά πρόδωσε και αποκήρυξε το ΚΚΕ γιατί λύγισε μπροστά στην τρομοκρατία του Μανιαδάκη, ξαναζήτησε στον καιρό του εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα να αγοράσει ξανά με το αίμα του την προδοσία του εκείνη που αναγνώρισε και καταδίκασε. Το ΚΚΕ τού 'δωσε τη δυνατότητα αυτή. Σήμερα όμως σε μια δύσκολη και κρίσιμη στιγμή, από δειλία και φόβο, παρά τις υποσχέσεις και τη συμφωνία που στα λόγια έδειξε, απειθαρχεί πάλι, ξαναπροδίδει το ΚΚΕ με την τυχοδιωκτική και ύποπτη δράση του που μονάχα τον εχθρό ευνοεί. Στο ΚΚΕ δεν έχει θέση κανένας οσοδήποτε ψηλά κι αν στέκει και οσοδήποτε μεγάλος κι αν είναι, όταν οι πράξεις του δεν συμβιβάζονται με το κοινό συμφέρον και όταν παραβιάζεται η δημοκρατική εσωκομματική πειθαρχία..

Θάνατος

Σύμφωνα με ορισμένα δημοσιεύματα ο Βελουχιώτης επιχείρησε στα μέσα Μαρτίου να περάσει στην Αλβανία. Προς τα τέλη Μαρτίου, η κυβέρνηση δήλωσε ότι εάν δεν κατέθετε τα όπλα του θα επικηρυσσόταν από τις αρχές και θα άρχιζε αμέσως η καταδίωξή του, "ως επικινδύνου εις την δημοσίαν ασφάλειαν". Στα τέλη Μαΐου 1945 ο Βελουχιώτης έχει εντείνει τη δράση του στην κεντρική Ελλάδα, ανακοινώνοντας προς τους χωρικούς της περιφέρειας Τρικάλων και άλλων περιοχών την αναδημιουργία του Ε.Λ.Α.Σ., με στόχο την εκδίωξη των Άγγλων Η καταδίωξη της ομάδας του Βελουχιώτη -που αποτελείτο από περίπου 80 άνδρες μεταξύ των οποίων βρισκόταν τουλάχιστον μια γυναίκα- ξεκίνησε αρχικά από  την περιοχή Βαγενά του δήμου Απεραντίων και συνεχίσθηκε στον Ξηρόκαμπο για να καταλήξει στο Πετρωτό Καρδίτσας Στις 15 Ιουνίου 1945 ο Άρης Βελουχιώτης με την ομάδα του είχε κυκλωθεί στη Χαράδρα του Φάγκου (Αχελώος Ποταμός) στο χωριό Μεσούντα του Νομού Άρτας, δυτικά από ομάδες της Εθνοφυλακής (δυο τάγματα υπό αριθμούς 118 και 206), που είχαν σταλεί για να τον συλλάβουν με επικεφαλής τον οπλαρχηγό Βόιδαρο (120 άτομα), και ανατολικά τον καταδίωκε τμήμα του Ελληνικού Στρατού με επικεφαλής τον υπολοχαγό Α. Μουρελάτο, στο οποίο συμμετείχε ο Ρίζος Μπόκοτας. Το απόγευμα της 15ης Ιουνίου, κατά την επικρατούσα εκδοχή, ο Άρης αυτοκτόνησε δίπλα σε άνδρες του τμήματός του. Στην ιστοριογραφία αλλά και στον Τύπο της εποχής υπάρχουν πολλές εκδοχές τόσο για το θάνατο του Άρη Βελουχιώτη όσο και για τα αίτια που τον προκάλεσαν. Αρχικά πάντως, υιοθετήθηκε η εκδοχή της αυτοκτονίας
Σύμφωνα με τον Δημήτρη Καραθάνο που συνέταξε για το ΚΚΕ την ομώνυμη έκθεση για το θάνατο του Άρη και μίλησε στις φυλακές που κρατιόνταν με τους Θάνο (Φώτης Μαστροκώστας), Έκτορα (Γιάννης Μαδωνής) και Λέοντα (Γιάννης Νικολόπουλος), που ήταν παρόντες στις τελευταίες στιγμές του Άρη, αυτοκτόνησε με το περίστροφό του και στη συνέχεια ο Τζαβέλας αγκαλιάζοντας τον Άρη αυτοκτόνησε με χειροβομβίδα.
Στο βιβλίο του Λευτέρη Αποστόλου για τον Άρη Βελουχιώτη  παρατίθεται ξεχωριστό κεφάλαιο με τίτλο "Η Φρίκη" στηριζόμενο στη συνέντευξη του τότε αντάρτη του ΕΔΕΣ Άγγελου Λύκκα, ο οποίος αναφέρει ότι "ο Άρης και ο Τζαβέλας αυτοκτόνησαν με χειροβομβίδα στην κοιλιά". Πάντα σύμφωνα με τον Λύκκα, οι εθνοφύλακες του Βόϊδαρου υποχρέωσαν τον συλληφθέντα αντάρτη του τμήματος με το ψευδώνυμο Δράκο να κάνει τους αποκεφαλισμούς των πτωμάτων.
Άλλες πηγές αναφέρουν ότι ο Βελουχιώτης αυτοκτόνησε με περίστροφο. Επίσης ανακοινώσεις του Εθνικού Στρατού ανέφεραν τότε ότι ο Άρης σκοτώθηκε από πυρά των στρατιωτών που τον κατεδίωκαν. Σύμφωνα με τον Τριανταφυλλίδη, η σύγχυση σχετικά με τα αίτια θανάτου του Βελουχιώτη προκλήθηκε επειδή ο Τζαβέλας αυτοκτόνησε ο ίδιος με χειροβομβίδα αγκαλιάζοντας τον ήδη νεκρό Βελουχιώτη. Επίσης εξέταση της κεφαλής του Άρη μετά από ημέρες στα Τρίκαλα, έδειξε θανάσιμο τραύμα από σφαίρα στο δεξί αυτί. Την επόμενη μέρα 16 Ιουνίου το τάγμα εθνοφυλάκων του Βόιδαρου βρήκε τα δύο πτώματα και τα αποκεφάλισε. Τους αποκεφαλισμούς έκανε ο αντάρτης του Άρη με το ψευδώνυμο Δράκος. Μετά το θάνατο του Άρη, τμήματα της ομάδας του εμφανίσθηκαν σε διάφορες γειτονικές περιοχές, αλλά σύντομα εξουδετερώθηκαν από την εθνοφυλακή.  Σχετικά με το θάνατο του Βελουχιώτη ο ανταποκριτής στην Αθήνα του ειδησεογραφικού πρακτορείου "Ηνωμένου Αμερικανικού Τύπου" μετέδωσε τα εξής: "Ο 40ετής Άρης Βελουχιώτης, ο οποίος πρώτος εσχημάτισε συμμορίας ατάκτων εναντίον των Ιταλών και Γερμανών κατά τας αρχάς του 1942, εφονεύθη προ τριημέρου ως κοινός ληστής εις μάχιν μετά του τακτικού ελληνικού στρατού ... Πέντε ημέρες προ του φόνου του είχεν εκδοθεί ανακοινωθέν του κομμουνιστικού κόμματος, το οποίο ανήγγειλεν ότι ο Βελουχιώτης είχε εκβληθεί του κόμματος του οποίου τα παλαιά μέλη κατήγγειλαν αυτόν ως 'πράκτορα προκλήσεων εξυπηρετούντα τα συμφέροντα της αντιδράσεως' "

Η βεβήλωση του πτώματος

Τα κεφάλια του Άρη Βελουχιώτη και του Τζαβέλα τα μετέφεραν και τα επέδειξαν με γλέντια σε κατοίκους πρώτα στο χωριό Μυρόφυλλο και κατόπιν τα πήγαν στα Τρίκαλα. Εκεί κρεμάστηκαν σε κεντρικό φανοστάτη της πλατείας Ρήγα Φεραίου.  «Το κρέμασμα των κεφαλιών ακολουθεί μια γιορτή ζούγκλας που διαρκεί ως το ξημέρωμα της άλλης μέρας, με πίπιζες, νταούλια, ζουρνάδες, βασιλικά θούρια και με το "Ζέρβα μ', σε θέλει ο βασιλιάς..."». Στη συνέχεια πήγε στα Τρίκαλα ο Υπουργός Δημόσιας Τάξης Ναπολέων Ζέρβας για να επιβεβαιώσει την ταυτότητα, και στη συνέχεια τα κεφάλια μεταφέρθηκαν στην Αθήνα και είναι άγνωστο τι απέγιναν. Για το γεγονός αυτό πέραν της φωτογραφίας που είναι διαθέσιμη, κάνει αναφορά με ειδική σκηνή ο σκηνοθέτης Θεόδωρος Αγγελόπουλος στην ταινία του «Ο Θίασος» (1976).

Η πολιτική αποκατάσταση από το ΚΚΕ

Το ΚΚΕ αποφάσισε να αποκαταστήσει πολιτικά τον Βελουχιώτη, κατά την πανελλαδική συνδιάσκεψη που έγινε στις 16 Ιουλίου 2011. Ενώ στην απόφαση τονίζεται ότι ο Βελουχιώτης «είχε δίκιο ως προς την εκτίμηση που έκανε για τη Συμφωνία της Βάρκιζας», ωστόσο δεν αποκαταστάθηκε η κομματική του ιδιότητα. Η κομματική του ιδιότητα δεν αποκαταστάθηκε διότι, όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά στην ίδια Πανελλαδική Συνδιάσκεψη, παραβίασε την κομματική πειθαρχία, καθώς και ότι αξιοποίησε τη φήμη και τον σεβασμό που είχε κατακτήσει την προηγούμενη περίοδο ως καπετάνιος του ΕΛΑΣ και στέλεχος του ΚΚΕ. Η στάση του αυτή, που αποτέλεσε ρήξη με τη θεμελιώδη αρχή του δημοκρατικού συγκεντρωτισμού, δεν καθιστά δυνατή τη μετά θάνατο αποκατάσταση και της κομματικής του ιδιότητας. Η επίσημη τελετή πραγματοποιήθηκε στη Λαμία, στις 9 Οκτωβρίου 2011.

Χαρακτήρας

Μέχρι σήμερα δεν έχει γραφτεί μια επιστημονική βιογραφία για τον Βελουχιώτη που θα ξεκαθάριζε την χαρισματική και αμφιλεγόμενη προσωπικότητά του. Αρκετοί ιστορικοί και μελετητές επισημαίνουν την προσφορά του στην εθνική αντίσταση και στη συμβολή του στη δημιουργία του μεγαλύτερου αντάρτικου στρατού στην ελληνική ιστορία, ενώ άλλοι ιστορικοί αμφισβητούν τα κίνητρα της αντιστασιακής του δράσης και τονίζουν τη σκληρότητα με την οποία αντιμετώπιζε τους αντιπάλους του. Λόγω της πολύπλοκης προσωπικότητάς του μπορούσε κανείς να τον θαυμάζει ή να τον μισεί, να τον σέβεται ή να τον αντιπαθεί, σπάνια όμως απλά να τον συμπαθεί. Οι απόψεις για το πρόσωπό του κυμαίνονται από τον θαυμασμό έως τον αποτροπιασμό.
Ευφυΐα, θάρρος, αντοχή στις κακουχίες, στρατηγικό αισθητήριο, έμφυτη ηγετική και οργανωτική ικανότητα ήταν αρετές που διέκριναν τον Βελουχιώτη. Συμπαθούσε τα παιδιά, τους συναγωνιστές του, τους ηλικιωμένους και σεβόνταν τον κλήρο τονίζοντας πάντα τη σημασία της Εκκλησίας.  Ήταν σκληρός προς τον εαυτό του και δεν ζητούσε ιδιαίτερη μεταχείριση για το κατάλυμα ή το φαγητό του. Μάλιστα το άλογο που κέρδισε από την μάχη στο Κρίκελλο, το χρησιμοποιούσαν περισσότερο όσοι δεν μπορούσαν να περπατήσουν, παρά ο ίδιος . Κατά την διάρκεια των μαχών βρίσκονταν πολύ συχνά κοντά στα τμήματα που διοικούσε ελέγχοντας ακόμα και την βολή των βαρέων όπλων δίνοντας προφορικές εντολές. Οι αρετές του αυτές, σε συνδυασμό με την προσήνειά του, ερμηνεύουν την σχεδόν μαγνητική επιρροή που ασκούσε σε πολλούς που τον συναντούσαν για πρώτη φορά. Ήταν φιλόμουσος και στα νεανικά του χρόνια διάβαζε ανελλιπώς κάθε είδους βιβλία. Του άρεσε το δυνατό ποτό και έπινε με την ψυχή του, σπάνια όμως αυτό είχε αρνητικές επιπτώσεις στην συμπεριφορά του. Όταν έπινε υπερβολικά γινόταν περισσότερο προσιτός και εγκάρδιος. Πίστευε ότι η πολιτική ήταν ταυτισμένη με την διγλωσσία, τις ίντριγκες και τους συμβιβασμούς γι αυτό απαξίωνε τους περισσότερους πολιτικούς άνδρες που γνώριζε. Εκτιμούσε τους θαρραλέους, βασιζόταν στην μπέσα και ήταν δύσπιστος εώς έντονα αρνητικός σε κάθε ξένο. Σύμφωνα με τον Χαριτόπουλο, μπορούμε να χαρακτηρίσουμε τον Βελουχιώτη με τη λέξη πατριδολάτρης.
Οι αναρχικές τάσεις του, ο προκλητικός και ατίθασος χαρακτήρας του, όπως και η σκληρή και βίαιη συμπεριφορά του απέναντι σε όσους θεωρούσε «εχθρούς του λαού» ή σε όσους είχαν καταχραστεί της εμπιστοσύνης του, αλλά και η τυφλή υπακοή του στο ΚΚΕ, ήταν τα αίτια που ο Βελουχιώτης μισήθηκε θανάσιμα από τους αντιπάλους του και «κατέστησαν το όνομά του συνώνυμο του εξτρεμισμού». Στο πρώτο διάστημα του αντάρτικού αγώνα «παρασύρεται επανειλημμένα σε βιαιοπραγίες ενάντια σε υποτιθέμενους ή πραγματικούς προδότες». Ήταν ένας πραγματικά «άξιος ηγέτης, ικανός να επενδύει τη φήμη του με τρόμο και δέος». Χαρακτηριστικό είναι ένα γεγονός που έγινε τον Οκτώβριο του 1942, όταν συνέλαβε τέσσερις αξιοσέβαστους οικογενειάρχες από το Κλειτσό, «με την κατηγορία της κλοπής λίγου σταριού από την αποθήκη του χωριού. Σχεδόν για μία εβδομάδα τους βασάνιζε ανελέητα και ακατάπαυστα. Αρκετά χρόνια αργότερα ένας από τους φύλακες της αποθήκης εξομολογήθηκε στον παπά του χωριού ότι οι τέσσερις άνδρες ήταν αθώοι και ότι εκείνος είχε διαπράξει την κλοπή». Ο παρορμητισμός του τον οδηγούσε εύκολα και «συχνά άκριτα σε εξαιρετικά βίαιες αντιδράσεις», με αποτέλεσμα να σπιλώνεται τόσο η προσωπική του αίγλη όσο και εκείνη του ΕΛΑΣ . Ο Ζαούσης αναφέρει ότι ο «Άρης είχε στιγμές σκληρότητας που έφταναν στα όρια του σαδισμού» ενώ όπως υποστηρίζει ο Μαζάουερ, «ο μορφωμένος Βελουχιώτης ήταν ένας σαδιστικά βίαιος άνθρωπος» και ο ίδιος, όπως και οι μαυροσκούφηδές του, μπορούσαν να επιδείξουν «τρομακτική ωμότητα» . Ένας μάλιστα από τους μαυροσκούφηδες, ο Τζαβέλλας, ο πλέον έμπιστος και το alter ego του κατά τον Χαριτόπουλο, ήταν «διαβολικός, αδίστακτος και απάνθρωπα σκληρός....το όνομα του θα γίνει συνώνυμο της κόλασης για όσους είχαν κάτι να κρύψουν» .  Ιδιαίτερα αυστηρός στεκόταν σε θέματα ηθικής, όπως με την περίπτωση του μαυροσκούφη Οκτωβριανού, που κατηγορήθηκε για βιασμό μιας γυναίκας, καταδικάστηκε σε θάνατο μετά από ανταρτοδικείο και ο Βελουχιώτης αρνήθηκε να  του χαρίσει την ποινή .

Αντάρτικο τραγούδι

Ο Άρης Βελουχιώτης εξυμνείται συχνά στα αντάρτικα τραγούδια,  όπως και στα αντιστασιακά ρεμπέτικα τραγούδια του Δημήτρη Γκόγκου (Μπαγιαντέρα). Το 1942 γράφτηκε το τραγούδι του Καπετάν Άρη η του Μικρού Χωριού από τον Αλέκο Ξένο, ο οποίος γύριζε μαζί με τον Θίασο του βουνού τα χωριά της ελεύθερης Ελλάδας. Αναφέρεται στη μάχη του Μικρού Χωριού:
Βαριαστενάζουν τα βουνά κι ο ήλιος σκοτεινιάζει,

το δόλιο το Μικρό Χωριό και πάλι ανταριάζει.

Λαμποκοπούν χρυσά σπαθιά, πέφτουν ντουφέκια ανάρια

ο Άρης κάνει πόλεμο μ' αντάρτες παλικάρια.

Έλα βρε άπιστε Ιταλέ, κορόιδο Μουσολίνι,

να μετρηθούμε οι δυο μαζί να ιδείς το τι θα γίνει.

Δεν έχεις γέρους κι άρρωστους, μικρά παιδιά να σφάξεις,

μηδέ κορίτσια ντροπαλά, ούτε χωριά να κάψεις,

παπάδες για να τυραννάς, στη μέση στο παζάρι,

έχεις μπροστά σου σήμερα τον καπετάνιο Άρη,

που γρήγορος σαν τον αητό, σαν το γοργό τ' αγέρι,

προδότες ξέκανε πολλούς με δίκοπο μαχαίρι.
Το τραγούδι έχουν ερμηνεύσει επίσης ο Μίκης Θεοδωράκης, ο Πέτρος Πανδής και ο Πάνος Τζαβέλλας.
Ο Άρης Βελουχιώτης αναφέρεται και στο γνωστό αντάρτικο τραγούδι Σαν ατσάλινο τείχος ή Στους αρχηγούς του ΕΛΑΣ:
Σαν ατσάλινο τείχος, που αλύγιστο ορμάει,

στα πεδία των τίμιων μαχών,

με αρχηγούς Σαμαρινιώτη, τον Σαράφη, τον Άρη,

που είν' οι μάνες του Λαϊκού Στρατού.

.... 

Με καθοδήγηση λαμπρή του αρχηγού μας Βελουχιώτη,

ξεψυχάει ο αγκυλωτός του φασισμού.
Στη διάρκεια του Εμφυλίου, ο Μανώλης Χιώτης συνέθεσε το τραγούδι Ένας λεβέντης έσβησε για το θάνατο του Άρη Βελουχιώτη, μελοποιώντας στίχους του Νίκου Μάθεση σε συνεργασία με το Μιχάλη Γενίτσαρη. Η σύνθεση του 1945 ηχογραφήθηκε το 1980 από το Γιώργο Νταλάρα στα Ρεμπέτικα της Κατοχής.