Μαρία Α΄ της Σκωτίας

Παιδική ηλικία

Η Μαρία γεννήθηκε στα ανάκτορα του Λινλιθγκόου όπως ο πατέρας της, ακούγεται ότι γεννήθηκε πρόωρα και ήταν το μοναδικό νόμιμο παιδί του Ιακώβου Ε΄ που επέζησε.[4] Ήταν μικρανιψιά του Ερρίκου Η΄ της Αγγλίας καθώς η από πατέρα γιαγιά της Μαργαρίτα Τυδώρ ήταν αδελφή του. Στις 14 Δεκεμβρίου 1542 σε ηλικία μόλις έξι ημερών στέφτηκε βασίλισσα της Σκωτίας, ο πατέρας της πέθανε πρόωρα από νευρική κρίση μετά την συντριβή του στρατού του στο Σόλγουει ή από μολυσμένο νερό που ήπιε σε εκστρατεία.  
Ένας δημοφιλής θρύλος που διασώθηκε από τον Τζον Νοξ αναφέρει ότι όταν άκουσε ο πατέρας της στο νεκροκρέβατο του ότι το παιδί που γεννήθηκε ήταν κορίτσι είπε την φράση "ξεκίνησε με μια γυναίκα και τελειώνει με μια γυναίκα". Η φράση έχει σχέση με τον Οίκο των Στιούαρτ που ξεκίνησε με την Μάρτζορι Μπρους κόρη του Ροβέρτου Μπρους που παντρεύτηκε τον Γουόλτερ Στιούαρτ, 6ο Υψηλό Στιούαρτ της Σκωτίας και τελειώνει με την Μαρία. Ο θρύλος δεν διαδόθηκε όμως από την ίδια την Μαρία αλλά από την απόγονο της Άννα της Μεγάλης Βρετανίας. Η Μαρία βαπτίστηκε στην γειτονική εκκλησία του Αγίου Μιχαήλ αμέσως μετά την γέννηση της. Οι φήμες έλεγαν ότι ήταν πολύ αδύναμη και ετοιμοθάνατη αλλά ο Άγγλος διπλωμάτης Ραλφ Σάντλερ που την είδε από κοντά τον Μάρτιο του 1543 στα ανάκτορα του Λινλιθγκόου έγραψε : "είναι το πιο γερό παιδί που έχω δει, είναι βέβαιο ότι θα ζήσει". 
Η Μαρία λόγω πολύ μικρής ηλικίας κυβέρνησε με ένα συμβούλιο αντιβασιλέων, οι δυο βασικοί διεκδικητές ήταν : ο Καθολικός καρδινάλιος Μπήτον και ο Προτεστάντης κόμης του Άρραν που ήταν ο επόμενος στην σειρά διαδοχής. Τα δικαιώματα του Μπήτον βασίστηκαν σε ισχυρισμό του ίδιου ότι ήταν επιθυμία του βασιλιά αλλά απορρίφθηκαν σαν ανυπόστατα. Ο κόμης του Άρραν με την υποστήριξη των φίλων και των συγγενών του ανέλαβε τελικά την αντιβασιλεία και την διατήρησε μέχρι τότε που η μητέρα της Μαρίας τον ανέτρεψε και τον διαδέχθηκε.

Η Συνθήκη του Γκρίνουϊτς

Η μόλις έξι ημερών Μαρία διαδέχτηκε τον τριαντάχρονο πατέρα της, που απεβίωσε από χολέρα ή από νευρική κρίση που έπαθε μετά την συντριπτική ήττα του από τους Άγγλους. Ο Ιάκωβος Χάμιλτον, δούκας του Σατελλερώ  δεύτερος στην σειρά διαδοχής ήταν αντιβασιλιάς έως το 1554 και στη συνέχεια την αντιβασιλεία ανέλαβε η μητέρα της έως τον θάνατό της (1560). Τον Ιούλιο του 1543 με την συνθήκη του Γκρίνουϊτς, η νεογέννητη Μαρία θα παντρευόταν σε ηλικία 10 ετών τον Εδουάρδο ΣΤ΄ της Αγγλίας γιο του Ερρίκου Η΄ της Αγγλίας κληρονομώντας το Ηνωμένο βασίλειο της Αγγλίας και Σκωτίας για τους απογόνους τους, η Μαρία θα πήγαινε στο Λονδίνο για την ανατροφή της από τον Ερρίκο Η΄. Η ίδια συνθήκη καθόριζε ότι τα δυο βασίλεια θα ήταν διακριτές περιοχές και αν το ζευγάρι δεν μπορούσε να κάνει παιδιά θα ήταν άκυρη. Ο καρδινάλιος Μπήτον ανέβηκε στην εξουσία και άρχισε να πιέζει έντονα για συμμαχία με την Γαλλία, έστειλε την Μαρία μακριά από την ακτή στο ασφαλές κάστρο του Στέρλινγκ. Ο κόμης του Άρραν αντιστάθηκε αλλά αναγκάστηκε να υποχωρήσει όταν οι οπαδοί του καρδιναλίου συγκεντρώθηκαν στο Λινλιθγκόου. Ο κόμης του Λέννοξ συνόδευσε την Μαρία και την μητέρα της στις 27 Ιουλίου 1453 στο Στέρλινγκ με 3500 οπλισμένους άντρες, στέφτηκε στο παρεκκλήσι του κάστρου στις 9 Σεπτεμβρίου 1453. Οι ιστορικοί Ραλφ Σάντλερ (1507 - 1587) και Χένρυ Ρέι αναφέρουν ότι η στέψη έγινε με την "μεγαλύτερη δυνατή σοβαρότητα και δεν ήταν δαπανηρή." 
Λίγο πριν την στέψη της Σκωτσέζοι έμποροι που ταξίδευαν για την Γαλλία συνελήφθησαν από τον Ερρίκο Η΄ και έγινε κατάσχεση των αγαθών τους, οι πράξεις αυτές έφεραν οργή στην Σκωτία με αποτέλεσμα ο κόμης του Άρραν να ενωθεί με τον Μπήτον και να γίνει Καθολικός. Η Συνθήκη του Γκρίνουϊτς απορρίφθηκε από το Κοινοβούλιο τον Δεκέμβριο που ανανέωσε την "Παλαιά Συμμαχία", αυτό εξόργισε τον Ερρίκο Η΄ που αποφάσισε να την επιβάλει μαζί με τον γάμο του γιου του με την βία. Οι Αγγλικές δυνάμεις άρχισαν επιδρομές σε Σκωτσέζικες και Γαλλικές περιοχές, ο κόμης του Χέρτφορντ επιτέθηκε στο Εδιμβούργο τον Μάιο του 1544 και οι Σκωτσέζοι μετέφεραν την Μαρία στο Ντάνκελντ για ασφάλεια.   
Ο καρδινάλιος Μπήτον δολοφονήθηκε τον Μάιο του 1546 από Προτεστάντες και στις 10 Σεπτεμβρίου 1547, εννιά μήνες μετά τον θάνατο του Ερρίκου Η΄ οι Σκωτσέζοι συνετρίβησαν από τους Άγγλους στην μάχη του Πίνκι Κλέου. Οι φρουροί της Μαρίας τρομοκρατημένοι την έστειλαν στο κάστρο του Ίντσμαχομ  για περισσότερο από τρεις βδομάδες και στράφηκαν στους Γάλλους για βοήθεια. Ο Ερρίκος Β΄ της Γαλλίας πρότεινε να ενωθούν τα στέμματα της Γαλλίας και της Σκωτίας με τον γάμο του τρίχρονου γιου και διαδόχου του Φραγκίσκου με την Μαρία και μια σημαντική βοήθεια, ο Άρραν το δέχτηκε. Η Μαρία μετακινήθηκε τον Φεβρουάριο του 1458 ξανά για την ασφάλεια της στο κάστρο του Νταμπάρτον. Οι Άγγλοι άφησαν πίσω τους σημαντικές λεηλασίες και κυρίευσαν την στρατηγική πόλη του Χάντιγκτον, τον Ιούνιο έφτασε Γαλλική βοήθεια στην Λιθ με την βοήθεια τους κατάφεραν να ανακαταλάβουν την Χάντιγκτον. Το Κοινοβούλιο της Σκωτίας συνεκλήθη στις 7 Ιουλίου 1458 σε μια μονή κοντά στην πόλη και επικύρωσε την γαμήλια συνθήκη με τους Γάλλους.

Στην Γαλλική αυλή

Με την σύναψη της Γαλλικής συνθήκης η πεντάχρονη Μαρία στάλθηκε τα επόμενα 13 χρόνια στην Γαλλική αυλή, ο Γαλλικός στόλος του Ερρίκου Β΄ υπό τον Νίκολας ντε Βιλλεγκάν απέπλευσε με την Μαρία από το Νταμπάρτον στις 7 Αυγούστου 1548 και έφτασε σε λιγότερο από μια βδομάδα στο Σαιν-Πολ-ντε-Λεόν στην Βρετάνη. Η Μαρία συνοδεύτηκε στην Γαλλική αυλή από δυο νόθους ετεροθαλείς αδελφούς της και τέσσερις ευγενείς κοπέλες στην ηλικία της με το όνομα Μαρία από τις οικογένειες Μπήτον, Σέτον, Φλέμινγκ, και Λίβινγκστον. Η Τζάνετ, λαίδη του Φλέμινγκ μητέρα της Μαρίας και ετεροθαλής αδελφή του Ιακώβου Ε΄ διορίστηκε κυβερνήτης. 
Η Μαρία σαν πολύ όμορφη και έξυπνη είχε αρκετά προνομιακή παιδική ηλικία στην Γαλλική αυλή, ήταν αγαπητή σε όλους εκτός από την βασίλισσα Αικατερίνη των Μεδίκων. Έμαθε να παίζει δημοφιλή παιχνίδια όπως λάουτο και παρθένες, εξασκήθηκε στην ποίηση, την ιππασία, την μαγειρική και τα κεντήματα, έμαθε Γαλλικά, Ιταλικά, Λατινικά, Ισπανικά και Ελληνικά. Η μελλοντική της κουνιάδα Ελισάβετ των Βαλουά έγινε τόσο στενή μαζί της που της άφησε "νοσταλγικές αναμνήσεις σε μεγάλη ηλικία". Η γιαγιά της από μητέρα Αντουανέτα των Βουρβόνων είχε επίσης ισχυρή επιρροή στην παιδική της ηλικία και ήταν μια από τις συμβούλους της.  
Η Μαρία είχε ένα μικρό ωοειδές πρόσωπο με μακρύ λαιμό, λαμπερά και καστανά μαλλιά, καστανά μάτια με βαριά βλέφαρα και τοξωτά φρύδια, απαλό ανοιχτό δέρμα χαρακτηριστικά που θεωρήθηκαν εντυπωσιακά, σαν παιδί ήταν όμορφη και σαν γυναίκα εντυπωσιακή. Την περίοδο της εφηβείας της κόλλησε κάποια στιγμή ιλαρά αλλά αυτό δεν επηρέασε καθόλου τα χαρακτηριστικά της. Η Μαρία ήταν ασυνήθιστα ψηλή γυναίκα για την εποχή της, το ύψος της έφτανε περίπου το 1.80, ο τραυματισμένος γιος του Ερρίκου Β΄ ήταν αντίθετα ασυνήθιστα κοντός. Ο Ερρίκος Β΄ σημειώνει : "η συμπεριφορά του γιου μου και της νύφης μου από την πρώτη μέρα ήταν σαν να γνωρίζονται μεταξύ τους πολλά χρόνια ". Η Μαρία υπέγραψε μυστική συνθήκη στις 4 Απριλίου 1558 με την οποία θα παραχωρούσε τα Αγγλικά της δικαιώματα στην Σκωτία στο Γαλλικό στέμμα σε περίπτωση που πέθαινε χωρίς απογόνους. Σε 20 μέρες παντρεύτηκε τον δελφίνο Φραγκίσκο στην Παναγία των Παρισίων και έγινε βασίλισσα της Σκωτίας.

Βασίλισσα της Γαλλίας

Την μεγαλύτερη κόρη του Ερρίκου Η΄ Μαρία Α΄ της Αγγλίας διαδέχθηκε η αδελφή της Ελισάβετ Α΄ της Αγγλίας, σύμφωνα με την "Γ΄ πράξη διαδοχής" στο Αγγλικό Κοινοβούλιο (1543) η Ελισάβετ αναγνωρίστηκε διάδοχος επειδή ο πατέρας της είχε αποκλείσει τους Στιούαρτ. Οι περισσότεροι Καθολικοί στην Αγγλία ωστόσο θεωρούσαν την Ελισάβετ νόθη και η Μαρία Στιούαρτ σαν κόρη της μεγαλύτερης αδελφής του Ερρίκου νόμιμη διάδοχο. Ο Ερρίκος Β΄ κήρυξε τον μεγαλύτερο γιο του και την νύφη του νόμιμους βασιλείς της Αγγλίας, τα Αγγλικά βασιλικά σύμβολα που κυκλοφόρησαν στην Γαλλία είχαν στο ένα τεταρτημόριο τα σύμβολα του Φραγκίσκου και της Μαρίας. Οι διεκδικήσεις της Μαρίας στον Αγγλικό θρόνο ήταν πεδίο σύγκρουσης ανάμεσα στην ίδια και την Ελισάβετ που κράτησε πολλά χρόνια.
Ο Ερρίκος Β΄ πέθανε από τα τραύματα του στις 10 Ιουλίου 1559, τον διαδέχτηκε ο 15χρονος Φραγκίσκος και η 16χρονη νύφη του Μαρία. Οι δυο θείοι της βασίλισσας ο δούκας του Γκις και ο καρδινάλιος της Λωρραίνης ήταν κυρίαρχοι στο βασίλειο της Γαλλίας, η πολιτική τους σύμφωνα με μερικούς ιστορικούς έμεινε γνωστή σαν τυραννία των Γκις. Η δύναμη των Προτεσταντών λόρδων στην Σκωτία ανέβηκε χάρη στην μητέρα της Μαρίας που είχε διατηρήσει τον έλεγχο στην χώρα με τα Γαλλικά στρατεύματα. Οι Προτεστάντες λόρδοι κάλεσαν τα Γαλλικά στρατεύματα και ένας Ουγενότος στην Γαλλία ο Τουμούλτ του Αμπουάζ δήλωσε τον Μάρτιο του 1560 ότι οι Γάλλοι δεν μπορούσαν να στείλουν περισσότερους, οι αδελφοί Γκιζ έστειλαν απεσταλμένους να κλείσουν ειρήνη. Η μητέρα της Μαρίας και αδελφή των Γκις πέθανε στις 11 Ιουνίου του 1560 με αποτέλεσμα οι σχέσεις ανάμεσα στην Γαλλία και την Σκωτία να περάσουν κρίση. Με τους όρους της Συνθήκης του Εδιμβούργου που υπογράφηκε στις 6 Ιουλίου 1560 από τους απεσταλμένους της Μαρίας η Αγγλία και η Γαλλία θα έπρεπε να αποσύρουν τον στρατό τους από την Σκωτία και η Γαλλία θα έπρεπε να αναγνωρίσει τα δικαιώματα της Ελισάβετ στην Αγγλία. Η 17χρονη Μαρία που βρισκόταν εκείνη την εποχή στην Γαλλία και θρηνούσε τον θάνατο της μητέρας της αρνήθηκε να επιβεβαιώσει την συνθήκη.

Επιστροφή στην Σκωτία

Ο σύζυγος της Φραγκίσκος Β΄ πέθανε πρόωρα σε ηλικία 16 από μια λοίμωξη στο μεσαίο αυτί που εξελίχτηκε σε απόστημα στον εγκέφαλο, η Μαρία ήταν έντονα θλιμμένη. Η πεθερά της Αικατερίνη των Μεδίκων έγινε αντιβασίλισσα για λογαριασμό του νεώτερου δεκάχρονου κουνιάδου της Καρόλου Θ΄ της Γαλλίας που τον διαδέχθηκε. Η Μαρία επέστρεψε στην Σκωτία και έφτασε στο Λιθ στις 19 Αυγούστου 1561, ζούσε στην Γαλλία από 5 ετών με αποτέλεσμα να γνωρίζει ελάχιστα την πολιτική κατάσταση στην Σκωτία και τους κινδύνους. Η Μαρία ήταν πιστή Καθολική γι'αυτό την έβλεπαν με μεγάλη καχυποψία πολλοί από τους υπηκόους της όπως και η βασίλισσα της Αγγλίας. Η Σκωτία βρισκόταν στο κέντρο συγκρούσεων ανάμεσα στους Προτεστάντες και στους Καθολικούς και ο νόθος ετεροθαλής αδελφός της Ιάκωβος Στιούαρτ, 1ος κόμης του Μόρεϊ ήταν αρχηγός των Προτεσταντών. Ο Προτεστάντης μεταρρυθμιστής Τζον Νοξ την κατηγόρησε για ροπή στους χορούς, σε πολυτελή φορέματα και σε ανήθικο τρόπο ζωής. Η Μαρία τον κάλεσε να διαμαρτυρηθεί ανεπιτυχώς, αργότερα τον κατηγόρησε για προδοσία αλλά αθωώθηκε και ελευθερώθηκε. 
Mετά την κρίση των Καθολικών η Μαρία δέχτηκε το νέο Προτεσταντικό συμβούλιο και κράτησε τον ετεροθαλή αδελφό της κόμη του Μόρεϊ κύριο σύμβουλο. Το συμβούλιο διορίστηκε στις 6 Σεπτεμβρίου 1561 με 16 άντρες που ήταν επικεφαλής της Προτεσταντικής ομάδας και διατήρησαν τα αξιώματα τους από την κρίση του 1559 - 1560 όπως οι κόμητες του Άρτζιλ και του Μόρεϊ. Μόνο τέσσερις σύμβουλοι ήταν Καθολικοί οι κόμητες του Άθολ, του Έρολ, του Μοντρόζ και του Χάντλι που ήταν και ο καγκελάριος.
Η σύγχρονη ιστορικός Τζέννυ Ουόρμαλντ (1942 - 2015) σημειώνει ότι η αποτυχία της Μαρίας να διορίσει ένα συμπαθές συμβούλιο στην Καθολική εκκλησία και στα Γαλλικά ενδιαφέροντα δείχνει ότι βασικός της στόχος ήταν να ανέβει στον Αγγλικό θρόνο. Στο συμβούλιο προστέθηκε τον Δεκέμβριο του 1563 ο λόρδος του Ρούθβεν που ήταν φανατικός Προτεστάντης και η Μαρία μέχρι τότε αντιπαθούσε. Η Μαρία επιπλέον δεν ασχολήθηκε ποτέ σοβαρά με στρατιωτική εκστρατεία εναντίον των Προτεσταντών αντίθετα όταν εξεγέρθηκε ο καθολικός λόρδος του Χάντλι ενώθηκε αμέσως με τον κόμη του Μόρεϊ εναντίον του (1562).

Αναζήτηση νέου συζύγου

Η Μαρία έστειλε τον Ουίλιαμ Μάιτλουντ του Λέθινγκτον στην Αγγλική αυλή για να θέσει το ζήτημα της διαδοχής στον θρόνο της Αγγλίας, η Ελισάβετ απέφευγε με κάθε μέσο να ορίσει διάδοχο επειδή φοβόταν τις συνωμοσίες. Η Ελισάβετ τον διαβεβαίωσε ωστόσο ότι δεν έχει αναγνωρίσει κανέναν πιο κοντινό διάδοχο από την Μαρία. Στα τέλη του 1561 και στις αρχές του 1562 έγιναν διαπραγματεύσεις ανάμεσα στις δυο βασίλισσες να συναντηθούν στην Γιορκ ή στο Νότιγχαμ τον Αύγουστο ή τον Σεπτέμβριο του 1562 αλλά η Ελισάβετ έστειλε τον Χένρυ Σίντνεϊ (1529 - 1586) να ακυρώσει οποιαδήποτε συνάντηση λόγω του εμφυλίου στην Γαλλία.
Η Μαρία έστρεψε την προσοχή της να βρει νέο σύζυγο από τους βασιλικούς οίκους της Ευρώπης. Ο θείος της Κάρολος, καρδινάλιος της Λωρραίνης ξεκίνησε διαπραγματεύσεις να την παντρέψει με τον αρχιδούκα Κάρολο της Αυστρίας χωρίς να το γνωρίζει η ίδια η Μαρία, όταν το έμαθε διέταξε οργισμένη να διακοπούν οι διαπραγματεύσεις. Οι προσπάθειες της Μαρίας να παντρευτεί τον Ισπανό πρίγκιπα Κάρολο των Αστουριών γιο και διάδοχο του Φίλιππου Β΄ της Ισπανίας απερρίφθησαν από τον πατέρα του. Η ξαδέλφη της Ελισάβετ πρότεινε στην Μαρία γάμο με τον ευνοούμενο της Ρόμπερτ Ντάντλεϊ, 1ο κόμη του Λέστερ για να μπορέσει να την έχει υπό τον έλεγχο της. Η Ελισάβετ της έστειλε τον Τόμας Ράντολφ για να της πει ότι εάν παντρευτεί έναν Άγγλο ευγενή "θα έχει και η ίδια τα νόμιμα δικαιώματα σαν ξάδελφος της να είναι και κληρονόμος". Η πρόταση δεν έφερε τελικά κανένα αποτέλεσμα επειδή η Μαρία δεν ενδιαφέρθηκε.  
Ένας Γάλλος ποιητής που βρέθηκε στην αυλή της Μαρίας ο Πιερ ντε Μποσκονέλ ντε Τσάστερλαντ έδειχνε ότι ήταν γοητευμένος μαζί της. Στις αρχές του 1563 όταν βρέθηκε σε μια έρευνα κάτω από το κρεβάτι της Μαρίας ότι είχε σχέδια να της κάνει έκπληξη όταν βρεθούν μόνοι με πρόταση γάμου διέταξε την απέλαση του από την Σκωτία. Ο Τσάστερλαντ σε δυο μέρες επέστρεψε και έκανε έφοδο στην κρεβατοκάμαρα της Μαρίας, η βασίλισσα έξαλλη με φωνές διέταξε τον κόμη του Μόρεϊ να τον σκοτώσει αλλά εκείνος από σεβασμό το αρνήθηκε, ο Τσάστερλαντ συνελήφθη, δικάστηκε για προδοσία και αποκεφαλίστηκε. Ο Μαίτλαντ ισχυρίστηκε ότι η ιστορία με τον Τσάστερλαντ είναι ψευδής, δημιουργήθηκε από την προπαγάνδα των εχθρών της Ουγενότων που ήθελαν να αμαυρώσουν την φήμη της.

Δεύτερος γάμος με τον λόρδο του Ντάρνλεϊ

Η Μαρία τον Φεβρουάριο του 1561 που θρηνούσε τον θάνατο του νεαρού Φραγκίσκου είχε μια σύντομη συνάντηση με τον πρώτο της ξάδελφο Ερρίκο Στιούαρτ, λόρδο του Ντάρνλεϊ και 1ο δούκα του Άλμπανι. Οι γονείς του Ντάρνλεϊ ο κόμης και η κόμισσα του Λέννοξ Σκωτσέζοι αριστοκράτες από πλάγιο κλάδο των Στιούαρτ και Άγγλοι γαιοκτήμονες τον έστειλαν στην Γαλλία με την ελπίδα να δημιουργηθεί μια ερωτική σχέση ανάμεσα στον ίδιο και την Μαρία. Η Μαρία και ο Ντάρνλεϊ ήταν πρώτα ξαδέλφια σαν εγγόνια της Μαργαρίτας Τυδώρ της αδελφής του Ερρίκου Η΄ της Αγγλίας. Ο Ντάρνλεϊ είχε επιπλέον στο γενεαλογικό του δέντρο καταγωγή και από τους πρόσφατους βασιλείς Στιούαρτ μέσω της οικογένειας του Χάμιλτον που καταγόταν από την Μαρία Στιούαρτ, κόμισσα του Αρράν κόρη του Ιάκωβου Β΄ της Σκωτίας. Συναντήθηκαν το Σάββατο 17 Φεβρουαρίου 1565 στο κάστρο του Ουέμις, εκεί η Μαρία ερωτεύτηκε τον "μακρύ κύριο" όπως τον έλεγε η βασίλισσα Ελισάβετ επειδή ήταν έξι πόδια ψηλός. Παντρεύτηκαν στις 29 Ιουλίου 1565 στα ανάκτορα του Χόλυρουντ, ήταν και οι δυο Καθολικοί γι'αυτό δεν χρειάστηκε παπική απαλλαγή για τον γάμο τους επειδή ήταν ξαδέλφια.
Ο Άγγλος πολιτικός Γουίλιαμ Σεσίλ και ο κόμης του Λέστερ εργάστηκαν σκληρά για να πάρει την άδεια ο Ντάρνλεϊ να ταξιδεύσει στην Σκωτία από το σπίτι του στην Αγγλία. Οι σύμβουλοι της Ελισάβετ είχαν προσεγγίσει το νεαρό ζευγάρι αλλά η ίδια είχε ενοχληθεί έντονα επειδή ήταν και οι δυο διεκδικητές του Αγγλικού θρόνου με αποτέλεσμα τα παιδιά τους να έχουν ισχυρότατα δικαιώματα. Η Μαρία τον παντρεύτηκε ωστόσο από μεγάλο έρωτα χωρίς να σκεφτεί αυτό το ενδεχόμενο. Ο Άγγλος διπλωμάτης Νίκολας Θροσμόρτον (1515 - 1571) σημειώνει ότι "η μικρή Μαρία ήταν μαγεμένη μαζί του" και ο γάμος θα μπορούσε να σταματήσει μόνο "με την βία". Η ένωση εξόργισε σε μεγάλο βαθμό την Ελισάβετ που ισχυριζόταν ότι επειδή ο λόρδος του Ντάρνλεϊ ήταν ξάδελφος της και Άγγλος υπήκοος θα έπρεπε να πάρει την δική της άδεια για τέτοιο γάμο.  
Ο γάμος της Μαρίας με έναν επιφανή Καθολικό έφερε μεγάλες αντιδράσεις στην Σκωτία από τους διαμαρτυρόμενους λόρδους, ο ετεροθαλής αδελφός της κόμης του Μόρεϊ ενώθηκε με άλλους προτεστάντες όπως ο λόρδος του Άρτζιλ σε ανοιχτή επανάσταση. Η Μαρία απέπλευσε από το Εδιμβούργο στις 26 Αυγούστου 1565 για να τους αντιμετωπίσει, στις 30 του μήνα ο Μόρεϊ πολιόρκησε το Εδιμβούργο αλλά απέτυχε να καταλάβει το κάστρο, η Μαρία επέστρεψε στο Εδιμβούργο τον επόμενο μήνα να συγκροτήσει τον στρατό της. Στην επιδρομή του Τζάζιμπου που ακολούθησε οι στρατοί της Μαρίας και του Μόρεϊ έκαναν συνεχείς λεηλασίες χωρίς να έρθουν σε ανοιχτή σύγκρουση μεταξύ τους. Ο στρατός της Μαρίας ενισχύθηκε μετά την απελευθέρωση του γιου του λόρδου του Χάντλι και μετά την επιστροφή του Ιακώβου Χέπμπορν, 4ου κόμη του Μπόθγουελ από την εξορία στην Γαλλία.
Ο κόμης του Μόρεϊ βρέθηκε σε αδιέξοδο και αναγκάστηκε να ζητήσει άσυλο στην Αγγλία. Η Μαρία στην συνέχεια ενίσχυσε το βασιλικό της συμβούλιο τόσο με Καθολικούς όσο και με Προτεστάντες.

Σύγκρουση με τον δεύτερο σύζυγο της

Ο λόρδος του Ντάρνλεϊ σταδιακά δυσαρεστήθηκε περισσότερο, δεν δέχτηκε τον τίτλο του βασιλικού συζύγου της Σκωτίας και διεκδίκησε τον τίτλο του βασιλιά, έκανε αίτημα στην Μαρία να γίνει ο ίδιος βασιλιάς αν εκείνη πεθάνει πριν από αυτόν αλλά το αρνήθηκε. Οι σχέσεις τους εξακολουθούσαν να είναι τεταμένες ενώ κύριος στόχος του Ντάρνλεϊ ήταν ο Καθολικός αυλικός Ντέιβιντ Ρίζιο (1533 - 1566) για τον οποίο είχαν κυκλοφορήσει φήμες ότι ήταν ο πατέρας του παιδιού της Μαρίας. Ο λόρδος του Ντάρνλεϊ συνωμότησε με Προτεστάντες λόρδους που ήταν εχθροί της Μαρίας και πολέμησαν εναντίον της στην επιδρομή του Τζάζιμπου. Στις 9 Μαρτίου 1566 μια ομάδα στασιαστών με αρχηγό τον ίδιο τον Ντάρνλεϊ δολοφόνησαν τον Ντέιβιντ Ρίζιο μπροστά στην έγκυο Μαρία σε δείπνο στα ανάκτορα του Χόλυρουντ. Τις επόμενες δυο μέρες ο απελπισμένος λόρδος του Ντάρνλεϊ αναγκάστηκε να αλλάξει συνεχώς πλευρές και η Μαρία δέχτηκε τον Μόρεϊ στο Χόλυρουντ. Την νύχτα της 11ης Μαρτίου ο Ντάρνλεϊ και η Μαρία δραπέτευσαν από τα ανάκτορα και βρήκαν προσωρινά καταφύγιο στο κάστρο του Ντάνμπαρ πριν επιστρέψουν στο Εδιμβούργο στις 18 Μαρτίου. Οι πρώην επαναστάτες λόρδοι του Μόρεϊ και του Άρτζιλ αποκαταστάθηκαν στο βασιλικό συμβούλιο.
Ο γιος της Μαρίας και του Ντάρνλεϊ Ιάκωβος γεννήθηκε στις 19 Ιουνίου 1566 στο κάστρο του Εδιμβούργου αλλά ο φόνος του Ρίτζιο είχε φέρει μεγάλη ένταση στις σχέσεις τους. Τον Οκτώβριο του 1566 ενώ η Μαρία έμενε στο Ζέντμπουρ στα Σκωτσέζικα σύνορα έκανε τετράωρο ταξίδι στο κάστρο του Ερμιτάζ για να επισκεφτεί τον κόμη του Μπόθγουελ που είχε τραυματιστεί μετά από αψιμαχίες στα σύνορα. Το ταξίδι αυτό χρησιμοποιήθηκε σαν πρόφαση από τους εχθρούς της Μαρίας για τους οποίους δεν υπήρχαν υποψίες την ίδια εποχή που η ίδια συνοδευόταν από τους σύμβουλους και φρουρούς της. Αμέσως μετά την επιστροφή της στο Ζέντμπου η Μαρία αρρώστησε βαριά, είχε συχνούς εμετούς, απώλειας όρασης, συνείδησης και ομιλίας και άρχισε να πιστεύει σοβαρά ότι πλησιάζει ο θάνατος της. Κατόρθωσε να αναρρώσει από τις 25 Οκτωβρίου χάρη στην πολύτιμη βοήθεια και ικανότητα Γάλλων γιατρών. Τα αίτια της ασθένειας σύμφωνα με τις ιατρικές διαγνώσεις ήταν έντονο άγχος ή πεπτικές διαταραχές ή πορφυρία.
Η Μαρία συγκέντρωσε πολλούς διακεκριμένους ευγενείς τον Νοέμβριο του 1566 στο κάστρο του Κραίγκμιλλαρ κοντά στο Εδιμβούργο να συζητήσουν για "το πρόβλημα του Ντάρνλεϊ." Η περίπτωση του διαζυγίου συζητήθηκε έντονα και έναν όρκος ανάμεσα στους ευγενείς για να διώξουν τον Ντάρνλεϊ από την εξουσία δέσμευσε τις πράξεις τους :
"Θα ήταν ωφέλιμο για το δημόσιο καλό αυτός ο νεαρός τρελός τύραννος να μην πάρει ποτέ εξουσία στα χέρια του, θα πρέπει να αναβληθεί αυτό το κακό με κάθε μέσο και ο καθένας μας πρέπει να πάρει την πρωτοβουλία να το αποτρέψει". Ο λόρδος του Ντάρνλεϊ φοβήθηκε για την ζωή του και λίγο μετά την βάπτιση του γιου του δραπέτευσε για την Γλασκώβη για να μείνει στα κτήματα του πατέρα του. Όταν ξεκίνησε το ταξίδι αρρώστησε βαριά από πυρετό ή ευλογία ή σύφιλη ή κατά άλλους είχε συμπτώματα δηλητηρίου, παρέμεινε άρρωστος μερικές βδομάδες.

Δολοφονία του λόρδου του Ντάρνλεϊ

Στα τέλη Ιανουαρίου του 1567 η Μαρία δέχτηκε τον σύζυγο της στο Εδιμβούργο, ανέκαμψε από την ασθένεια σε ένα σπίτι που ανήκε στον αδελφό του Σερ Τζέιμς Μπάλφουρ στο πρώην αβαείο του Κερκ ο' Φίλντ μέσα στα τείχη της πόλης. Η Μαρία του έκανε καθημερινές επιθέσεις και το διάστημα αυτό σταδιακά συμφιλιώθηκαν. Η Μαρία επισκέφτηκε τον σύζυγο της στις 9 Φεβρουαρίου 1567 τις πρώτες απογευματινές ώρες και στην συνέχεια παρέστη στους γάμους του Μπαστιάν Παγκέζ ενός μέλους του βασιλικού της νοικοκυριού. Τις πρώτες πρωινές ώρες της 10ης Φεβρουαρίου μια δυνατή έκρηξη ακούστηκε στο αβαείο του Κερκ ο' Φίλντ και ο λόρδος του Ντάρνλεϊ βρέθηκε νεκρός στον κήπο. Δεν υπήρχαν στο σώμα του σημάδια στραγγαλισμού ή οποιασδήποτε άλλης κακοποίηση. Οι ύποπτοι για την δολοφονία ήταν ο Μπόθγουελ, ο Μόρεϊ, ο κόμης του Μόρτον και η ίδια η Μαρία. Η Ελισάβετ έγραψε τον ίδιο καιρό στην Μαρία σχετικά με τις φήμες : "Έχω υποχρέωση σαν ξαδέλφη και φίλη να σας αναφέρω σχετικά με τις φήμες που κυκλοφορούν εναντίον σας, οι περισσότεροι λένε ότι δεν κάνατε τίποτα να συλλάβετε τους δολοφόνους και τους αφήσατε να φύγουν μέσα από τα χέρια σας. Το γεγονός ότι δεν θέλετε να τους τιμωρήσετε μου φαίνεται ευχάριστο αλλά να γνωρίζετε ότι τα εγκλήματα πάντοτε τιμωρούνται, αυτά ήθελα να σας πώ και θέλω να πιστέψετε ότι δεν είχα κακό σκοπό".      
Στα τέλη του Φεβρουαρίου ο κόμης του Μπόθγουελ ήταν ο κύριος ύποπτος για την δολοφονία του Ντάρνλεϊ. Ο κόμης του Λέννοξ, πατέρας του Ντάρνλεϊ ζήτησε από το Κοινοβούλιο της Σκωτίας να περάσει ο Μπόθγουελ σε δίκη αλλά το αίτημα του να καθυστερήσει η δίκη για να συγκεντρωθούν περισσότερα ενοχοποιητικά στοιχεία απορρίφθηκε από την Μαρία. Η δίκη που έγινε με την απουσία του κόμητος του Λέννοξ είχε αποτέλεσμα μετά από 7ωρη δικαστική διαδικασία να αθωωθεί στις 12 Απριλίου. Σε μια βδομάδα μετά την αθώωση του ο κόμης του Μπόθγουελ κατάφερε να πείσει τους λόρδους και τους επισκόπους να υπογράψουν την "Έινσλι Ταβέρν Μπόντ" σύμφωνα με την οποία συμφωνούσαν να παντρευτεί την βασίλισσα.

Αιχμαλωσία στην Σκωτία και παραίτηση

Την περίοδο 21 - 23 Απριλίου 1567 η Μαρία επισκέφτηκε τον γιο της στο Στέρλινγκ, στο δρόμο της επιστροφής της για το Εδιμβούργο απήχθη στις 24 Απριλίου από τον λόρδο του Μπόθγουελ και μεταφέρθηκε στο κάστρο του Ντάνμπαρ, εκεί πολύ πιθανό βιάστηκε. Η Μαρία και ο Μπόθγουελ επέστρεψαν στις 6 Μαΐου στο Εδιμβούργο, στις 15 Μαΐου παντρεύτηκαν στο Χόλυρουντ σύμφωνα με τις Προτεσταντικές τελετές. Ο Μπόθγουελ και η πρώτη σύζυγος του Ιωάννα Γκόρντον που ήταν αδελφή του λόρδου Χάντλι είχαν χωρίσει πριν 12 μέρες. Η Μαρία στην αρχή πίστευε ότι οι ευγενείς υποστήριζαν τον τρίτο της γάμο αλλά σύντομα κατάλαβε ότι ο λόρδος του Μπόθγουελ και η σχέση τους είχαν γίνει μισητή από τους πρώην οπαδούς της. Οι Καθολικοί θεωρούσαν τον γάμο παράνομο επειδή δεν αναγνώρισαν το διαζύγιο του Μπόθγουελ με την πρώτη του σύζυγο που είχε εκδοθεί με Προτεσταντικές οδηγίες. Οι Προτεστάντες από την άλλη όπως και οι Καθολικοί δήλωσαν σοκαρισμένοι για την πράξη της Μαρίας να παντρευτεί έναν άνθρωπο που ήταν βασικός κατηγορούμενος για την δολοφονία του συζύγου της. 
Ο γάμος ήταν περιπετειώδης και η θέση της Μαρίας πολύ δύσκολη, 26 επιφανείς Σκωτσέζοι ευγενείς συγκέντρωσαν στρατό εναντίον της Μαρίας και του Μπόθγουελ , βρέθηκαν αντιμέτωποι στον λόφο του Καρμπέρυ στις 15 Ιουνίου αλλά οι δυνάμεις της Μαρίας οπισθοχώρησαν χωρίς μάχη στην διάρκεια των διαπραγματεύσεων. Ο Μπόθγουελ δραπέτευσε με ασφάλεια από την μάχη και οι λόρδοι πήραν την Μαρία στο Εδιμβούργο με τις κατηγορίες της μοιχείας και της δολοφονίας. Την επόμενη νύχτα η Μαρία φυλακίστηκε στο κάστρο του Λοχ Λέβεν σε ένα νησί στο μέσο του Λοχ Λέβεν, μεταξύ 20 - 23 Ιουλίου απέβαλε τα δίδυμα. Η Μαρία αναγκάστηκε να παραιτηθεί στις 24 Ιουλίου υπέρ του ενός έτους γιου της Ιακώβου, ο κόμης του Μόρεϊ έγινε αντιβασιλιάς και ο Μπόθγουελ εξορίστηκε στην Δανία όπου φυλακίστηκε, και πέθανε στην φυλακή παράφρων (1578).

Μετάβαση στην Αγγλία

Η Μαρία δραπέτευσε από το κάστρο του Λοχ Λέβεν με την βοήθεια του Τζωρτζ Ντάγκλας, αδελφού του Γουίλιαμ Ντάγκλας ιδιοκτήτη του κάστρου. Συγκέντρωσε στρατό 6.000 αντρών και αντιμετώπισε τον Μόρεϊ στις 13 Μαΐου στην μάχη του Λάνγκσαιντ που ηττήθηκε. Μετά την ήττα της δραπέτευσε νότια, πέρασε την νύχτα στο αβαείο του Νταντρινάν και πέρασε στην Αγγλία με αλιευτικό στις 16 Μαΐου. Στρατοπέδευσε στο Ουόρκινγκτον στα βόρεια της Αγγλίας και πέρασε την νύχτα στα ανάκτορα της πόλης, στις 18 Μαΐου κρατικοί υπάλληλοι την μετέφεραν για προστασία στο κάστρο του Καρλάιλ. Η Μαρία ζήτησε από την ξαδέλφη της Ελισάβετ να την βοηθήσει να πάρει πίσω τον θρόνο. Η Ελισάβετ ήταν όμως πολύ προσεκτική, διέταξε τους νομικούς της αυλής της να διεξάγουν έρευνα σχετικά με τον φόνο του λόρδου του Ντάρνλεϊ και την συμμετοχή της Μαρίας σε αυτόν. Τον Ιούλιο του 1568 οι Άγγλοι μετέφεραν την Μαρία στο κάστρο του Μπόλτον που βρισκόταν μακριά τόσο από τα σύνορα με την Σκωτία και από το Λονδίνο. Ανάμεσα στον Οκτώβριο του 1568 και τον Ιανουάριο του 1569 η έρευνα προχώρησε στην Γιορκ και στην συνέχεια στο Ουέστμινστερ, στην Σκωτία ξέσπασε εμφύλιος πόλεμος ανάμεσα στην αντιβασιλεία του Μόρεϊ και τους οπαδούς της Μαρίας.

Τα γράμματα της κασετίνας

Η Μαρία σαν εστεμμένη βασίλισσα αρνήθηκε να αναγνωρίσει την εξουσία σε οποιαδήποτε επιτροπή και αρνήθηκε να βρεθεί προσωπικά στην Γιορκ αλλά η Ελισάβετ είχε απαγορεύσει την συμμετοχή της. Ο κόμης του Μόρεϊ παρουσίασε σαν αποδεικτικά στοιχεία για την ενοχή της δυο υποσχέσεις γάμου και ένα τραγούδι αγάπης γραμμένα από την Μαργαρίτα σε μια κασετίνα μήκους 30 εκατοστών διακοσμημένη με το μονόγραμμα του Φραγκίσκου Β΄. Η Μαρία αρνήθηκε να το αναγνωρίσει σαν έγκυρο επέμενε σταθερά ότι τα έγγραφα ήταν πλαστά, για την Ελισάβετ το βασικό ήταν ο βαθμός συμμετοχής της Μαρίας στην δολοφονία του Ντάρνλεϊ. Ο δούκας του Νόρφολκ που ήταν και πρόεδρος της εξεταστικής ανέφερε στην Ελισάβετ ότι τα γράμματα ήταν φάρσα και της έστειλε πολλά αντίγραφα για να αποδείξει ότι ήταν πλαστά.
Η αυθεντικότητα των γραμμάτων έγινε αντικείμενο διαφωνίας ανάμεσα στους ιστορικούς αλλά δεν αποδείχτηκε ποτέ, τα αυθεντικά γράμματα πολύ πιθανό να γράφτηκαν στην Γαλλία και να καταστράφηκαν από τον γιο της Μαργαρίτας (1584). Οι Γαλλικές αντιγραφές και οι μεταφράσεις στα Αγγλικά δεν δημιούργησαν μια τέλεια σειρά, από τα τέλη της δεκαετίας του 1570 υπάρχουν πολλές άλλες ατελείς μεταφράσεις στα Σκωτσέζικα, Αγγλικά, Γαλλικά και Λατινικά. Άλλα έγραφα αφορούσαν το διαζύγιο του Μπόθγουελ με την Ιωάννα Γκόρντον, ο Μόρεϊ έστειλε τον Σεπτέμβριο απεσταλμένους στο Ντάνμπαρ να βρουν αντίγραφα στις καταγραφές της πόλης. Οι βιογράφοι της Μαρίας όπως η Αντόνια Φρέιζερ (γεν. 1932), η Άλισον Ουίϊρ (γεν. 1951), και ο Τζον Γκάι (γεν. 1949) έγραψαν με βεβαιότητα ότι τα γράμματα ήταν πλαστά ή ότι αφορούσαν κάποια άλλη Μαρία. Ο Γκάι τονίζει επιπλέον ότι η ακατάστατη σύνταξη δεν συμφωνεί καθόλου με τον τρόπο γραφής της Μαρίας και τα τραγούδια δεν είχαν καμιά σχέση με την εκπαίδευση της Μαρίας. Μερικές φράσεις ωστόσο ταιριάζουν άριστα με τα χαρακτηριστικά και τον τρόπο γραφής της Μαρίας.

Αμφιβολίες για την γνησιότητα

Τα γράμματα της κασετίνας δεν ήταν γνωστά μέχρι την Διάσκεψη του 1568 αν και το Σκωτσέζικο βασιλικό συμβούλιο τα είχε δει από τον Δεκέμβριο του 1567. Η Μαρία είχε πιεστεί να παραιτηθεί και έμεινε φυλακισμένη έναν χρόνο στην Σκωτία, τα γράμματα δεν διαδόθηκαν ποτέ για να μην γίνουν γνωστά τα γεγονότα στους Σκωτσέζους. Η ιστορικός Τζέννυ Ουόρμαλντ (1942 - 2015) σημειώνει ότι τμήμα των γραμμάτων της καταστράφηκαν από τους Σκωτσέζους (1584) και αυτό είναι απόδειξη της ενοχής της Μαρίας. Ο Ουίϊρ το δικαιολογεί στο ότι οι άρχοντες χρειάστηκαν χρόνο να τα κατασκευάσουν. Μερικοί σύγχρονοι της Μαρίας ανάμεσα τους και ο κόμης του Νόρφολκ τονίζουν με βεβαιότητα ότι ήταν γνήσια τα γράμματα, ακούστηκε ότι ο Νόρφολκ συνωμοτούσε κρυφά να παντρευτεί την Μαρία. Η βασίλισσα Ελισάβετ που γνώριζε τις φήμες το απέκλεισε από τον κόμη του Νόρφολκ με την φράση "μην είσαι τόσο σίγουρος ότι θα παντρευτείς αυτή που θέλεις". Η πλειοψηφία των απεσταλμένων ύστερα από μελέτη σχετικά με τον γραφικό χαρακτήρα της Μαρίας δέχτηκε τα γράμματα σαν γνήσια. Η Ελισάβετ όπως είχε σκοπό αποφάσισε ότι γράμματα δεν απέδειξαν τίποτα για την ενοχή ή την αθωότητα της Μαρίας και επιφυλάχτηκε για την στάση της. Η Ελισάβετ δεν είχε σκοπό από την αρχή ούτε να καταδικάσει ούτε να αθωώσει την Μαρία, η στάση της με τον διορισμό της δικαστικής επιτροπής δείχνει μονάχα προσωπικούς πολιτικούς ελιγμούς, στην Σκωτία παρέμεινε μια κυβέρνηση Προτεσταντών και η Μαρία έμεινε αιχμάλωτη στην Αγγλία. Η Φρέιζερ αναφέρει ότι η δίκη αυτή ήταν ένα από τα μεγαλύτερα δικαστικά αινίγματα στην ιστορία της Αγγλίας.

Αιχμαλωσία

Η Μαρία μετακινήθηκε στις 26 Ιανουαρίου 1569 στο κάστρο του Τούτμπουρι και μπήκε στην συνοδεία του κόμη του Σρούσμπερυ και της συζύγου του Μπες του Χάρντγουικ. Η Ελισάβετ θεωρούσε τα σχέδια της Μαρίας για τον θρόνο σοβαρή απειλή γι'αυτό την περιόρισε στα εδάφη του Σρούσμπερυ ανάμεσα στα οποία βρισκόταν το Τούμπουρι, το κάστρο του Σέφιλντ, η βίλα του Γουίνγκφιλντ και ο οίκος του Τσάτσγουορθ, όλες οι περιοχές ήταν μεταξύ Σκωτίας - Αγγλίας και μακριά από την θάλασσα. Η Μαρία μπορούσε να έχει το προσωπικό της νοικοκυριό που ήταν λιγότεροι από 16 ευγενείς και περίπου τριάντα άμαξες για να μπορεί να μετακινήσει τις προμήθειες της. Οι θάλαμοι ήταν διακοσμημένοι με ταπεστρί, χαλιά και εκτυπώσεις με την Γαλλική φράση "εκεί που τελειώνω αρχίζω". Τα κρεβατοσκεπάσματα της άλλαζαν καθημερινά και οι μάγειροι της πρόσφεραν καθημερινά μια ποικιλία από 32 δίσκους σε ασημένια πιάτα. Μπορούσε περιστασιακά να αποκτήσει την ελευθερία της και πέρασε πολλά καλοκαίρια στο Μπάξτον, ασχολήθηκε μεγάλο μέρος του χρόνου της με κεντήματα. Η υγεία της άρχισε σταδιακά να παθαίνει κρίση λόγω της ακινησίας, υπέφερε από ρευματισμούς που της έφεραν μερική παράλυση. 
Τον Μάιο του 1569 η Ελισάβετ έκανε πρόταση στην Μαρία να την αποκαταστήσει, σε αντάλλαγμα έπρεπε να ασπαστεί την Προτεσταντική θρησκεία, ένα συμβούλιο που συνεκλήθη αμέσως μετά στο Περθ απέρριψε την πρόταση με συντριπτική πλειοψηφία. Ο κόμης του Νόρφολκ συνέχισε τις προσπάθειες να παντρευτεί την Μαρία και η Ελισάβετ τον φυλάκισε στον Πύργο του Λονδίνου ανάμεσα στον Οκτώβριο του 1569 και τον Αύγουστο του 1570. Στις αρχές της επόμενης χρονιάς ο Μόρεϊ δολοφονήθηκε σε μια εξέγερση στα βόρεια της Αγγλίας από Καθολικούς κόμητες, η εξέγερση έπεισε την Ελισάβετ ότι η Μαρία αποτελούσε μεγάλο κίνδυνο. Τα Αγγλικά στρατεύματα έκαναν επέμβαση στην Σκωτία εναντίον των Καθολικών δυνάμεων της Μαρίας. Οι γραμματείς της Ελισάβετ Φράνσις Ουαλσινγκχαμ και Γουίλιαμ Σεσίλ πήραν εντολές από την βασίλισσα να παρακολουθούν στενά την Μαρία και τοποθέτησαν κοριούς στο νοικοκυριό της.

Συνομωσία εναντίον της Ελισάβετ

Ο Ουαλσινγκχαμ και ο Σεσίλ ανακάλυψαν την "Συνομωσία του Ρίντολφι" σχέδιο ανατροπής της Ελισάβετ με την βοήθεια Ισπανικών στρατευμάτων και του δούκα του Νόρφολκ, οι στασιαστές είχαν στόχο να ανεβάσουν στον θρόνο της Σκωτίας την Μαρία (1571). Ο Νόρφολκ εκτελέστηκε και το Αγγλικό Κοινοβούλιο απέκλεισε την Μαρία από όλα τα κληρονομικά της δικαιώματα στον θρόνο της Αγγλίας. Η Μαρία δυσφημίστηκε ακόμα περισσότερο όταν δημοσιοποιήθηκαν στο Λονδίνο οι επιστολές της κασετίνας. Οι δολοπλοκίες συνεχίστηκαν, ο Πάπας Γρηγόριος ΙΓ΄ πρότεινε στην Μαρία το δεύτερο μισό της δεκαετίας του 1570 να την παντρέψει με τον Δον Χουάν της Αυστρίας κυβερνήτη των Κάτω Χωρών και ετεροθαλή αδελφό του Φιλίππου Β΄ της Ισπανίας και να επιτεθούν στην Αγγλία με βοήθεια από τις Ισπανικές Κάτω Χώρες. Μετά την "Εξέγερση του Θροσμόρτον" (1583) ο Ουαλσινγκχαμ εισήγαγε την "Πράξη της Σωτηρίας της βασίλισσας" σύμφωνα με την οποία οποιοσδήποτε ύποπτος για συνωμοσία εναντίον της βασίλισσας θα εκτελείται.
Η Μαρία πρότεινε στον γιο της Ιάκωβο την "Συσχέτιση" (1584) σύμφωνα με την οποία θα έμενε στην Αγγλία, θα παραιτηθεί από όλες τις διεκδικήσεις της στο Αγγλικό στέμμα, θα ενωνόταν και η ίδια εναντίον της Γαλλίας και θα συμφωνούσε τον γάμο του Ιακώβου με την έγκριση της Ελισάβετ. Το μοναδικό αντάλλαγμα που ζητούσε ήταν να βελτιωθούν οι συνθήκες αιχμαλωσίας του, ο Ιάκωβος απέρριψε την πρόταση και συμμάχησε με την Ελισάβετ εγκαταλείποντας την μητέρα του. Η Ελισάβετ απέρριψε επίσης την "Συσχέτιση"' επειδή όπως δήλωσε δεν έχει καμιά εμπιστοσύνη στην Μαρία να κρατήσει τον λόγο της.
Τον Φεβρουάριο του 1585 ο Ουίλιαμ Πάρι συνωμότησε να δολοφονήσει την Ελισάβετ χωρίς να το ξέρει η Μαρία, στην συνωμοσία είχε εμπλακεί ο αντιβασιλιάς Τόμας Μόργκαν. Η Μαρία τοποθετήθηκε τον Απρίλιο στην συνοδεία του Σερ Αμίάς Παολατ και τα Χριστούγεννα μετακινήθηκε στην ασφαλή βίλα του Τσάρτλει.

Καταδίκη

Μετά την εμπλοκή της στην Συνωμοσία του Μπαμπίνγκτον η Μαρία συνελήφθη στις 11 Αυγούστου 1586 ενώ έκανε ιππασία στο Τιξάλ. Ο Ουαλσινγκχαμ την εξαπάτησε και της ζήτησε να πάρει τα γράμματα και να τα καταστρέψει, η Μαρία τα έδωσε από αφέλεια νομίζοντας ότι δεν μπορεί να τα διαβάσει, ο Ουαλσινγκχαμ κατάφερε να τα αποκρυπτογραφήσει και να δει ότι σχεδίαζε με συνεργάτες να δολοφονήσουν της Ελισάβετ. Μεταφέρθηκε με τετραήμερο ταξίδι στο κάστρο του Φοθερίνγκο στις 25 Σεπτεμβρίου και τον Οκτώβριο δικάστηκε για εσχάτη προδοσία σύμφωνα με την "Πράξη της Σωτηρίας της βασίλισσας" σε ένα συμβούλιο από 36 ευγενείς ανάμεσα στους οποίους ο Σεσίλ, ο Σρούσμπερυ και ο Ουαλσινγκχαμ.  Η Μαρία αρνήθηκε κατηγορηματικά όλες τις κατηγορίες και είπε "Κοιτάξτε τον κόσμο γύρω σας, είναι πολύ ευρύτερος από τα στενά όρια του βασιλείου της Αγγλίας". Απορρίφθηκε το αίτημα της να καθυστερήσει η δίκη για να φέρει αθωωτικά στοιχεία και δεν της επέτρεψαν να έχει συνήγορο επειδή δεν ήταν Αγγλίδα υπήκοος, καταδικάστηκε σε θάνατο με την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας. Η καταδίκη της Μαρίας έγινε με έναν μόνο επίτροπο τον λόρδο Ζουτσ. 
Η Ελισάβετ δίστασε αρχικά να υπογράψει την καταδίκη, όπως δήλωσε ο φόνος μιας βασίλισσας ήταν πολύ βαρύ πράγμα και φοβήθηκε μήπως ο γιος της συμμαχήσει με τον Γάλλους Καθολικούς εναντίον της Αγγλίας. Η Ελισάβετ ζήτησε από τον Παολατ να την θανατώσει με κάποιο παράνομο τρόπο χωρίς να φανεί ότι υπέγραψε η ίδια αλλά εκείνος της απάντησε "δεν μπορώ να κηλιδώσω την φτωχή μου καριέρα με μια τόσο ατιμωτική πράξη". Η Ελισάβετ αναγκάστηκε να υπογράψει την θανατική καταδίκη της Μαρίας στις 1 Φεβρουαρίου 1587 και ανέθεσε στον Καγκελάριο Ουίλιαμ Ντέιβισον (1541 - 1608) να την εκτελέσει. Στις 3 Φεβρουαρίου 10 μέλη του βασιλικού συμβουλίου αποφάσισαν να εκτελέσουν την ποινή χωρίς να ενημερώσουν την Ελισάβετ.

Εκτέλεση

Το απόγευμα της 7ης Φεβρουαρίου 1587 η Μαρία ειδοποιήθηκε στο Φοθερινγκώ ότι θα εκτελεστεί το επόμενο πρωί. Τις τελευταίες ώρες της ζωής της προσευχήθηκε και έγραψε στον βασιλιά της Γαλλίας για την τελευταία της επιθυμία. Το ικρίωμα που στήθηκε στην μεγάλη αίθουσα είχε δυο πόδια ύψος και ήταν ντυμένο στα μαύρα, έφτανε τα 2 - 3 σκαλιά, ένα μαξιλάρι για να γονατίσει και τρία σκαμνιά για την ίδια και για τους κόμητες του Σρούσμπερυ και του Κεντ που θα παρακολουθούσαν την εκτέλεση. Οι εκτελεστές γονάτισαν μπροστά της και της ζήτησαν συγχώρεση, ήταν συνηθισμένο γεγονός τότε για τον εκτελεστή να ζητήσει την συγχώρεση από τον άνθρωπο που θα θανατώσει, η Μαρία του απάντησε "σε συγχωρώ με όλη μου την καρδιά, ελπίζω ο θάνατος να είναι το τέλος των προβλημάτων μου".
Οι υπηρέτριες Τζέιν Κένεντι και Ελισάβετ Καρλ και οι εκτελεστές βοήθησαν την Μαρία να βγάλει τα εξωτερικά της ενδύματα αποκαλύπτοντας μια βελούδινη φούστα και ένα ζεύγος από μανίκια σε βυσσινί σκούρο που ήταν το χρώμα του μαρτυρίου για την Καθολική εκκλησία με μια μαύρη σατέν ποδιά με μαύρες τομές. Στην συνέχεια χαμογέλασε και είπε "ποτέ δεν είχα τέτοιους γαμπρούς όπως ποτέ πριν δεν πέταξα τα ρούχα μου έτσι". Δέθηκε από τον Κένεντι με ένα ύφασμα κεντημένο σε χρυσό με το τρίχωμα μπροστά που τοποθέτησε το κεφάλι της, στην συνέχεια τέντωσε τα χέρια της μπροστά και είπε : "Στα χέρια σου Θεέ παραδίδω το πνεύμα μου".
Η Μαρία δεν αποκεφαλίστηκε με μια μόνο κίνηση : στο πρώτο χτύπημα ο δήμιος χτύπησε το πίσω μέρος της κεφαλής, στο δεύτερο χτύπημα της έκοψε το λαιμό εκτός από ένα μικρό κομμάτι κρανίου που το έκοψε με το τσεκούρι. Ο δήμιος στην συνέχεια κράτησε το κεφάλι της Μαρίας και φώναξε "Ο Θεός σώζει την βασίλισσα", τότε το κεφάλι της Μαρίας έπεσε κάτω και αποκαλύφτηκε ότι τα μαλλιά της ήταν πολύ κοντά σκούρα γκρι και φορούσε περούκα. Ένα μικρό σκυλί που ανήκε στην βασίλισσα βγήκε μέσα από τις φούστες της αν και ο μάρτυρας Μανουέλ Τόμασκον δεν το αναφέρει στην έκθεση του. Τα αντικείμενα που φορούσε στην εκτέλεση της ήταν αμφίβολης προέλευσης, κάηκαν όλα στην εστία της μεγάλης αίθουσας για να μην γίνουν αντικείμενα λαθρεμπορίας κειμηλίων.

Ταφή

Όταν η Ελισάβετ έμαθε τα νέα για την εκτέλεση της Μαρίας εξοργίστηκε επειδή ο καρδινάλιος Ουίλιαμ Ντέιβισον δεν ακολούθησε τις οδηγίες της και το βασιλικό συμβούλιο αποφάσισε να ενεργήσει αυτόνομα χωρίς να την ενημερώσει. Η Ελισάβετ ήθελε να αποφύγει την προσωπική της συμμετοχή στον αποκεφαλισμό της Μαρίας αλλά η δυσπιστία της και οι κακές οδηγίες δεν της το επέτρεψαν. Ο Ντέιβισον συνελήφθη, φυλακίστηκε στον Πύργο του Λονδίνου και απελευθερώθηκε 19 μήνες αργότερα με την παρέμβαση του Σεσίλ και του Ουαλσινγκχαμ. 
Το αίτημα της Μαρίας να ταφεί στην Γαλλία δεν έγινε δεκτό από την Ελισάβετ. Το σώμα της βαλσαμώθηκε και τοποθετήθηκε σε ένα φέρετρο μέχρι να γίνει η ταφή της με Προτεστάντες ιερείς στα τέλη του Ιουλίου του 1587 στον Καθεδρικό ναό του Πίτερμπρο. Τα εντόσθια της αφαιρέθηκαν και τάφηκαν μυστικά στο κάστρο του Φοθέρινγκο. Το σώμα της εξήχθη (1612) όταν ο γιος της Ιάκωβος Α΄ διέταξε την εκταφή της στο αβαείο του Ουέστμινστερ σε ένα παρεκκλήσι δίπλα από τον τάφο της Ελισάβετ Α΄. Ο τάφος της ανοίχτηκε (1867) για να εντοπιστεί η ακριβή θέση ταφής του Ιακώβου Α΄, η σωρός της βρέθηκε μαζί με αυτήν του Ερρίκου Ζ΄ και πολλών άλλων απογόνων της όπως της Ελισάβετ Στιούαρτ, του πρίγκιπα Ρούπρεχτ του Παλατινάτου και των παιδιών της Άννας της Μεγάλης Βρετανίας.

Ιστορικές γνώμες

Οι εκτιμήσεις για την Μαρία τον 16ο αιώνα χωρίστηκαν ανάμεσα στους Προτεστάντες μεταρρυθμιστές όπως οι Τζωρτζ Μπιουκάναν και Τζον Νοξ οι οποίοι την κακοποίησαν ανελέητα και Καθολικοί απολογητές όπως ο Άνταμ Μπλάκυουντ (1539 - 1613) που προσευχήθηκαν στην μνήμη της και την ευλόγησαν. Μετά την άνοδο στον θρόνο του Ιακώβου Α΄ ο ιστορικός Ουίλιαμ Κάμντεν έγραψε μια μεγάλη βιογραφία της με βάση έγγραφα της εποχής της. Κατηγορεί το έργο του Μπιουκάναν σαν προσωπική εφεύρεση και τονίζει "την κακή τύχη της Μαρίας, όχι τον κακό χαρακτήρα της". Οι γνώμες διαφέρουν σε συγγραφείς τον 18ο αιώνα : ο Ουίλιαμ Ρόμπερτσον (1721 - 1793) και Ντέιβιντ Χιουμ την κατηγορούν για προδοσία και μοιχεία ενώ ο Ουίλιαμ Τίτλερ (1711 - 1792) υπερασπίζεται την αθωώτητα της. Το τελευταίο μισό του 20ου αιώνα το έργο της Αντόνια Φρέιζερ (γεν. 1932) θεωρήθηκε πιο αντικειμενικό χωρίς τις "σκληρές και άδικες προσωπικές επιθέσεις των προηγούμενων", στην ίδια μορφή ακολούθησαν και τα έργα των σύγχρονων συγγραφέων Γκόρντον Ντόνάλντσον (1913 - 1993) και Ίαν Κόουαν. Η ιστορικός Τζέννυ Ουόρμαλντ (1942 - 2015) σημειώνει ότι η Μαρία ήταν μια τραγική μορφή που δεν κατάφερε να ανταποκριθεί στις συνθήκες της εποχής της ενώ παρουσιάζει πρωτότυπη άποψη ότι η Μαρία έγινε πιόνι στα χέρια των σχισματικών ευγενών. Δεν υπάρχουν αποδείξεις για συμμετοχή της στον φόνο του λόρδου του Ντάρνλεϊ ούτε η συμμετοχή της σε συνωμοσία με τον Μπόθγουελ, οι κατηγορίες αυτές όπως και η βιογραφία του Μπιουκάναν θεωρήθηκαν "εντελώς φανταστικές". Το θάρρος της Μαρίας και η στάση που έδειξε στην εκτέλεση της την μετέτρεψαν σε λαϊκή ηρωίδα και έγινε το ηρωικό θύμα σε πολλές τραγωδίες.