Βασίλειο της Νεαπόλεως

Προέλευση της εδαφικής ενοποίησης: Νορμανδοί και Σουηβοί

Το νησί της Σικελίας και ολόκληρη η νότια Ιταλία νότια του Τρόντο και του Λίρι αποτελούσαν τα εδάφη του Βασιλείου της Σικελίας, που είχε δημιουργηθεί de facto το 1127-1128 όταν ο Ρογήρος Β’ της Αλταβίλα ένωσε κάτω από την εξουσία του τα διάφορα νορμανδικά φέουδα της νότιας Ιταλίας. Ο αντιπάπας Ανάκλητος Β’ είναι ο εμπνευστής του τίτλου του «Βασιλείου της Σικελίας» (τέλη του 1130), που στη συνέχεια νομιμοποιήθηκε το  1139 και από τον πάπα Ιννοκέντιο Γ’. Στα τέλη του 12ου αιώνα, ως αποτέλεσμα της σύγκρουσής του με τον Φρειδερίκο Μπαρμπαρόσα, τα Παπικά Κράτη προώθησαν μια στρατηγική εξάπλωσης της εγκόσμιας εξουσίας τους. Έτσι ο πάπας Ιννοκέντιος Δ’, ακολουθώντας τα χνάρια του προκατόχου του, προέβαλε τα φεουδαρχικά δικαιώματα της Εκκλησίας πάνω στο Βασίλειο της Σικελίας δεδομένου ότι οι βασιλικοί τίτλοι είχαν αποδοθεί στους Νορμανδούς από τον πάπα Ιννοκέντιο Β’. Ωστόσο, όταν ο Ερρίκος Στ’, γιος του Μπαρμπαρόσα, νυμφεύτηκε την Κονστάντια της Αλταβίλα, τελευταία διάδοχο του Βασιλείου της Σικελίας, τα νορμανδικά εδάφη πέρασαν στα χέρια του Στέμματος της Σουηβίας και μετατράπηκαν σε ένα νευραλγικό κέντρο της αυτοκρατορικής πολιτικής των Χοενστάουφεν στην Ιταλία, ιδιαίτερα κατά την διάρκεια της βασιλείας του Φρειδερίκου Β’.
Ο Κορράδος Δ’, γιος του Φρειδερίκου Β’, τον διαδέχθηκε στον αυτοκρατορικό θρόνο της Γερμανίας ενώ ο αδερφός του, Μανφρέδος, ανέλαβε τον ρόλο του τοποτηρητή της Ιταλίας. Η διακυβέρνηση του Mezzogiorno (του ιταλικού Νότου) και της Σικελίας αποτελούσε ένα σημαντικό πλεονέκτημα για τους αυτοκρατόρες, στην προσπάθειά τους για νομιμοποιήση της γιβελινικής-αντιπαπικής στρατηγικής. Σε αυτήν εντασσόταν και η διαχείριση της «Αποστολικής Αποστολής της Σικελίας», το νομικο-πολιτικό σώμα που ανελάμβανε την εκκλησιαστική διοίκηση της περιοχής και που διοριζόταν απευθείας από τους αυτοκράτορες δίχως ουδεμία παπική παρέμβαση. Εκείνη την περίοδο, ο πάπας Ιννοκέντιος Δ’ υποστήριξε μια σειρά από εξεγέρσεις στην Καμπανία και την Απουλία που επέφεραν την άμεση επέμβαση του αυτοκράτορα Κορράδου Δ’ και την εντέλει υποβολή του Βασιλείου στην άμεσα δικαιοδοσία του αυτοκράτορα. 
Τον Κορράδο Δ’ τον διαδέχθηκε ο γιος του Κορραδίνος της Σουηβίας και, δεδομένης της μικρής του ηλικίας, η εξουσία της Σικελίας και της Αποστολικής Αποστολής κατελήφθη από τον Μανφρέδο, που έφτασε στο σημείο να ανακηρυχθεί Βασιλιάς της Σικελίας. Με τον θάνατο του Ιννοκέντιου Δ’, ο νέος γάλλος πάπας Κλήμης Δ’, επαναλαμβάνοντας τις απαιτήσεις του γύρω από τα παπικά φεουδαρχικά δικαιωμάτα στο νησί, κάλεσε στην Ιταλία τον Κάρολο τον Ανδεγαυό, που το 1266 ανακηρύχθηκε από τον πάπα Βασιλιάς της Σικελίας. Ο νέος γάλλος ηγεμόνας κατευθύνθηκε για την κατάληψη του βασιλείου, νικώντας πρώτα τον Μανφρέδο στην μάχη του Μπενεβέντο κι έπειτα τον Κορραδίνο της Σουηβίας στο Ταλιακότσο στις 23 Αυγούστου του 1268.
Οι Χοενστάουφεν, των οποίων ο βασιλικός οίκος από την ανδρική πλευρά τερματίστηκε με τον Κονραδίνο, σταδιακά εκδιώχθηκαν από την ιταλική πολιτική σκηνή και οι Ανδεγαυοί εξασφάλισαν τον έλεγχο του Βασιλείου της Σικελίας. Η πτώση του Κονραδίνου αποτέλεσε το προοίμιο σημαντικών εξελίξεων καθώς η σικελική κοινωνία, που είχε υποδεχθεί ένθερμα τον Κάρολο μετά την μάχη του Μπενεβέντο, άλλαξε πλευρά και τάχθηκε εκ νέου υπέρ του αυτοκράτορα. Η μεταστροφή αυτή εναντίον των Ανδεγαυών, που προκλήθηκε σε μεγάλο βαθμό από την υπερβολική φορολογική πίεση των Γάλλων, δεν είχε άμεσες πολιτικές συνέπειες αλλά αποτέλεσε το πρώτο βήμα προς τις πολεμικές συγκρούσεις των επερχόμενων Σικελικών Εσπερινών. Τα μεγάλα έξοδα που είχε προκαλέσει ο πόλεμος (οι Ανδεγαυοί ήταν χρεωμένοι στους γουέλφους τραπεζίτες της Φλωρεντίας) επέφερε μια σειρά από νέους φόρους σε όλο το βασίλειο, που προστέθηκαν σε αυτούς που χρησίμευσαν για να χρηματοδοτήσουν επισφαλείς εκστρατείες στην ανατολή με την επιθυμία της κατάκτησης τα εναπομείναντα εδάφη της πρώην Βυζαντινής Αυτοκρατορίας.

Οι Ανδεγαυοί

Με την δολοφονία του Κονραδίνου από του Ανδεγαυούς, τα σουηβικά κυριαρχικά δικαιώματα στον θρόνο της Σικελίας πέρασαν σε μία από τις κόρες του Μανφρέδου, την Κωνσταντία Χοενστάουφεν, η οποία στις 15 Ιουλίου του 1262 είχε παντρευτεί τον βασιλιά της Αραγωνίας, Πέτρο Γ’. Το πολύ δυσαρεστημένο λόγω της γαλλικής κυριαρχίας στο νησί γιβελινικό κόμμα της Σικελίας, που συγκεντρωνόταν κυρίως γύρω από τους Σουηβούς Χοενστάουφεν, αναζήτησε την υποστήριξη της Κωνσταντίας και των αραγονέζων για να οργανώσει μια αντιανδεγαυική εξέγερση. Με την υποστήριξη των βυζαντινών κατασκόπων και τα χρήματα του μεγάλου εχθρού του Καρόλου, Μιχαήλ Παλαιολόγου, η αντιγαλλική εξέγερση ξεκίνησε στις 31 Μαρτίου 1282 από το Παλέρμο και εξαπλώθηκε σε όλη τη Σικελία. Το Σικελικό Κοινοβούλιο παρέδωσε το στέμμα στον Πέτρο Γ’ της Αραγωνίας και την σύζυγό του Κοστάντια. Στις 26 Σεπτεμβρίου του ίδιου έτους ο Κάρολος εγκατέλειψε οριστικά την Καλαβρία, όπου είχε το στρατόπεδό του, και κινήθηκε βόρεια. Παρόλη την υποστήριξη του πάπα Μαρτίνου Δ’, που αφόρισε τον αραγονέζο βασιλιά, ο Κάρολος δεν κατάφερε ποτέ πια να επιστρέψει στο νησί, με την βασιλική του αυλή να περιοδεύει μεταξύ Καπούας και Απουλίας για αρκετά χρόνια. Ο διάδοχος του Καρόλου, Κάρολος Β’ ο Ανδεγαυός, επέλεξε τελικά την Νάπολη ως νέα έδρα της μοναρχίας του και των διαφόρων διοικητικών της θεσμών.
Ενώσω οι φιλοδοξίες των Ανδηγαυών στη Σικελία δέχονταν ισχυρά χτυπήματα από τις συνεχείς τους ήττες, ο Κάρολος Α’ έβαλε ως στόχο να σταθεροποιήσει την εξουσία του στο ηπειρωτικό κομμάτι του βασιλείου, στηριζόμενος σε μια στρατηγική που είχε ως βάσει τους γουέλφους βαρόνους με σκοπό να ενισχύσει την ενότητα του Νότου. 
Ήδη από τις πρώτες λογγοβαρδικές επιδρομές, μεγάλο κομμάτι την οικονομίας του βασιλείου, στο πριγκιπάτο της Καπούης, στο Αμπρούτσο και στην κομητεία του Μολίζε, την διαχειρίζονταν τα βενεδικτινιακά μοναστήριο (Καζάουρια, Σαν Βιτσέντσο στο Βολτούμο, Μοντεβερτζίνε, Μοντεκασίνο) και σε πολλές περιπτώσεις είχαν μεγεθύνει τόσο πολύ τα προνόμιά τους που είχαν δημιουργήσει δικές τους τοπικές κυριότητες με διαχωριστή εξουσία από τα γειτονικά τους μη-εκκλησιαστικά φέουδα. Ωστόσο, μετά το 1138 και τον θάνατο του Ανάκλητου Β’, ο Ιννοκέντιος Β’ και οι νορμανδικές δυναστείες προώθησαν στην νότια Ιταλία τον κιστερκιανό μοναχισμό σε αντίθεση με την βενεδικτιανή φεουδαρχική παράδοση. Πολλά βενεδικτιανά μοναστήρια μετατράπηκαν σε κιστερκιανά, κάτι που είχε ως αποτέλεσμα τον άμεσο περιορισμό της υλικής τους περιουσίας λόγω των διδαγμάτων του νέου τάγματος, που περιόριζε την κατοχή αγροτικών αγαθών κι εργαλείων στα αναγκαία για την επιβίωση ενός μοναστηριού. Το νέο μοναστικό τάγμα επένδυσε τους πόρους του σε γεωργικές μεταρρυθμίσεις, τεχνικά και κοινωνικά έργα, ιδρύοντας ξενώνες, φαρμακεία και εκκλησίες στην ύπαιθρο. Ο γαλλικός μοναστισμός έλαβε την υποστήριξη και των ντόπιων νορμανδών φεουδαρχών, που με αυτόν τον τρόπο κατάφεραν να αντισταθμίσουν τις φιλοδοξίες των τοπικών μοναχών για εγκόσμια εξουσία. Ο ίδιος ο Κάρολος Α’ υποστήριξε ένθερμα την νέα αυτή κατάσταση και ίδρυσε ο ίδιος μια σειρά από κιστερκιανά αββαεία. 
Στις 7 Ιανουαρίου 1285 πέθανε ο Κάρολος Α’ ο Ανδεγαυός και τον διαδέχθηκε ο γιος του, Κάρολος Β’. Παράλληλα στη Σικελία, με τον θάνατο του Πέτρου Γ’, η αραγονική εξουσία μοιράστηκε μεταξύ των δυο του γιων, του Αλφόνσου (τρίτος στη σειρά με αυτό το όνομα για το Στέμμα της Αραγώνας) και του Ιακώβου (στη συνέχεια Ιακώβου Α’ της Σικελίας). Ο τελευταίος υπέγραψε την συνθήκη του Ανάνι στις 12 Ιουνίου του 1295, με την οποία παραχωρούσε τα φεουδαρχικά δικαιώματα της Σικελίας στον πάπα Βονιφάτιο Θ’. Ως αντάλλαγμα ο πάπας του παραχώρησε την Κορσική και τη Σαρδηνία, προσφέροντας την κυριαρχία της Σικελίας στον Κάρολο Β’ τον Ανδεγαυό. Ωστόσο η συνθήκη του Ανάνι δεν επέφερε κάποια διαρκή ειρήνη διότι όταν ο Ιάκωβος αποχώρησε από τη Σικελία για να κατευθυνθεί προς τα κατεξοχήν βασίλεια του Στέμματος της Αραγώνας στην Ιβηρική, ο σικελικός θρόνος δόθηκε στον αδερφό του, Φρειδερίκο, που ηγήθηκε μιας νέας εξέγερσης για την ανεξαρτησία του νησιού και τελικά ορίστηκε από τον πάπα Βονιφάτιο βασιλιάς της Τρινάκριας (rex Trinacriae) ως Φρειδερίκος Γ’. Ο νέος βασιλιάς, αν κι έχασε την υποστήριξη ορισμένων ευγενών, υπέγραψε το 1302 με τον Κάρολο Βαλουά την συνθήκη της Καλταμπελότα, με το οποίο αναγνωρίστηκε κι επίσημα ο διαχωρισμός των δύο βασιλείων: Βασίλειο της Τρινάκριας υπό τον οίκο της Βαρκελώνης με πρωτεύουσα το Παλέρμο και Βασίλειο της Σικελίας υπό τον οίκο των Ανδεγαυών με πρωτεύουσα τη Νάπολη. Ο Κάρολος, μετά από παραινέσεις του πάπα Μαρτίνου, παραιτήθηκε από τα σχέδιά του για ανάκτηση της Σικελίας και προχώρησε στις κατάλληλες διαδικασίες για να προσαρμόσει την Νάπολη στο νέο της ρόλο ως πρωτεύουσα του βασιλείου. 
Το 1309 ο γιος του Καρόλου Β’, Ροβέρτος Ανδεγαυός, στέφθηκε από τον πάπα Κλήμη Ε’ εκ νέου βασιλιάς της Σικελίας και των Ιεροσολύμων. Το 1372 η ανιψιά του Ροβέρτου, Ιωάννα Ανδεγαυή υπέγραψε με τον Φρειδερίκο Δ’ της Σικελίας μια νέα συνθήκη ειρήνης που αναγνώριζε τις εκατέρωθεν μοναρχίες. Ο βασιλιάς Ροβέρτος είχε ήδη χρήσει διάδοχο πρώτα τον γιο του Κάρολο της Καλαβρίας και μετά τον θάνατό του, την ίδια την κόρη του, Ιωάννα Ανδεγαυή.
Εκείνα τα χρόνια η πόλη της Νάπολης ενίσχυσε το πολιτικό της βάρος στην ιταλική χερσόνησο με την καλλιέργεια των ανθρωπιστικών τάσεων. Ο Ροβέρτος έχαιρε μεγάλης εκτίμησης από ιταλούς διανοούμενους όπως τον Πετράρχη, τον Βιλιάνι και τον Βοκάκιο. Ο μονάρχης ΧΧΧ σε μια σχολή, ανοικτή στις επιρροές του αβερροϊσμού, μιας σημαντικής ομάδας σχολαστικών θεολόγων. Εμπιστεύτηκε στον Νικολά Ντεοπρέπιο από την Καλαβρία την μετάφραση των έργων του Αριστοτέλη και του Γαληνού για την βιβλιοθήκη της πόλης. Άλλοι σπουδαίοι διανοούμενοι από την Καλαβρία ήταν ο Λεόντιος Πιλάτος και ο Βαρλαάμ, διάσημος θεολόγος που αντιμετώπισε εκείνα τα χρόνια τις δογματικές διαμάχες περί του filioque και του Συμβόλου της Πίστεως της Νίκαιας. Ο ίδιος ήρθε σε επαφή με τον Βοκάκιο και υπήρξε αυτός που του δίδαξε ελληνικά. 
Η διάδοχος του Ροβέρτου, Ιωάννα Α’ της Νεαπόλεως, παντρεύτηκε τον Ανδρέα, δούκα της Καλαβρίας και αδερφό του βασιλιά της Ουγγαρίας Λουδοβίκου Α’, απόγονοι και οι δύο των Ανδηγαυών της Νεαπόλεως. Ωστόσο, μετά από μια μυστηριώδη συνωμοσία, ο Ανδρέας δολοφονήθηκε, κάτι που προκάλεσε την αντίδραση του αδερφού του ο οποίος στις 3 Νοεμβρίου 1347 εισήλθε στην Ιταλία με σκοπό να ανατρέψει την Ιωάννα της Νεαπόλεως. Παρότι ο βασιλιάς της Ουγγαρίας είχε ζητήσει πολλές φορές από τον πάπα την αποπομπή της Ιωάννας από τον θρόνο της Νεαπόλεως, ο Πάπας, που τότε διέμενε στην Αβινιόν κι επομένως βρισκόταν κάτω από την άμεση επιρροή των γάλλων βασιλιάδων, επιβεβαίωσε τον τίτλο της παρά την στρατιωτική εισβολή των Ούγγρων στην Ιταλία. Από την πλευρά της, η βασίλισσα Ιωάννα υιοθέτησε αρχικά ως διάδοχο στον θρόνο τον Κάρολο του Δυρραχίου (ανεψιού του ούγγρου βασιλιά) για να αλλάξει γνώμη και να δώσει τα δικαιώματα στον θρόνο στον Λουδοβίκο Ανδεγαυό, αδερφό του βασιλιά της Γαλλίας. Ο τελευταίος στέφθηκε βασιλιάς της Νεαπόλεως («rex Siciliae») από τον Κλήμη Ζ’ το 1381 για να βρεθεί αντιμέτωπος του Καρόλου του Δυρραχίου που εν τω μεταξύ είχε δολοφονήσει την Ιωάννα το 1382. Ο θάνατος του Λουδοβίκου το 1384 άφησε τον Κάρολο ως μοναδικό μονάρχη ο οποίος ωστόσο άφησε τον θρόνο στα παιδιά του, Λαδισλάο και Ιωάννα για να διεκδικήσει τον θρόνο της Ουγγαρίας. Εκεί δολοφονήθηκε από αντιπάλους του.
Προτού να ενηλικιωθούν οι δύο διάδοχοι, η Νάπολη έπεσε στα χέρια του Λουδοβίκου Β’, γιου του Λουδοβίκου Ανδεγαυού, που στέφθηκε βασιλιάς από τον Κλήμη Ή την 1η Νοεμβρίου 1389. Οι ντόπιοι ευγενείς αντιστάθηκαν στον νέο μονάρχη κι έτσι, το 1399, ο Λαδισλάος μπόρεσε να διεκδικήσει στρατιωτικά τα δικαιώματά του στον θρόνο, εκθρονίζοντας τον γάλλο. Ο νέος μονάρχης κατάφερε να αποκαταστήσει την ναπολιτανική ηγεμονία στην νότια Ιταλία, παρεμβαίνοντας σε διάφορες πολεμικές εμπλοκές σε όλη τη χερσόνησο. Το 1408, κλήθηκε από τον πάπα Ινοκέντιο Ζ’, λαμβάνοντας από αυτόν την διοίκηση της επαρχίας της Καμπανίας. Στη συνέχεια, υπό τον πάπα Γρηγόριο ΙΒ’ έφτασε να καταλάβει τη Ρώμη και την Περούτζα. Το 1414 στην εκστρατεία που διεύθυνε εναντίον του Λουδοβίκου Β’ Ανδεγαυού και του αντιπάπα Αλεξάνδρου Ε’, προέλασε μέχρι τις πύλες της Φλωρεντίας. Με τον θάνατό του δεν βρέθηκε κάποιος διάδοχος να συνεχίσει τις επιχειρήσεις του και τα σύνορα του βασιλείου επέστρεψαν στα παραδοσιακά τους όρια. Η κόρη του, Ιωάννα Β’ της Νεάπολης, με το τέλος του σχίσματος της Δύσης, έλαβε την οριστική αναγνώριση του βασιλικού τίτλου για την οικογένειά της.
Η Ιωάννα Β’ διαδέχθηκε τον Λαδισλάο το 1414 και νυμφεύθηκε τον Ιάκωβο Β’ των Βουρβόνων. Αυτός προσπάθησε να αποκτήσει μόνο για τον εαυτό του τον βασιλικό τίτλο, προκαλώντας μια εξέγερση το 1418 που έληξε όμως άδοξα, με αυτόν να αναγκάζεται να επιστρέψει στη Γαλλία και να κλειστεί σε ένα μοναστήρι. Οι προσπάθειες των Ανδεγαυών να αποκτήσουν ερείσματα στο βασίλειο δεν σταμάτησαν και το 1419 ο πάπας Μαρτίνος Ε’ προσκάλεσε τον Λουδοβίκο Γ’ Ανδεγαυό να εισβάλει στην Ιταλία για να αποθέσει την Ιωάννα λόγω της άρνησής της να αναγνωρίσει τα φεουδαρχικά δικαιώματα του πάπα στην Νεάπολη. Η εκ νέου γαλλική απειλή ώθησε το βασίλειο να ψάξει την βοήθεια εξ Αραγώνας, με την βασίλισσα να υιοθετεί το Αλφόνσο Ε’ ως γιο και διάδοχό της, όσο η Νάπολη πολιορκείτο από τους Ανδεγαυούς. Οι αραγωνέζοι αντεπιτέθηκαν και απελευθέρωσαν την πόλη το 1423, καταλαμβάνοντας το βασίλειο και εξαφανίζοντας την γαλλική απειλή. Παρ’ όλα αυτά, εν τέλει η Ιωάννα άφησε τα δικαιώματα  του βασιλείου στα χέρια του Ρενάτου Ανδεγαυού.

Εκ νέου υπό το Στέμμα της Αραγώνας

Η Ιωάννα Β’ Ανδεγαυή-Δυρραχίου δεν άφησε φυσικό διάδοχο και με τον θάνατό της οι δύο πλευρές, ο Ρενάτος Ανδεγαυός και ο Αλφόνσος Ε΄ της Αραγωνίας διεκδίκησαν τον θρόνο. Στον πόλεμο που ακολούθησε συμμετείχαν και άλλα κράτη της Ιταλίας, όπως το Μιλάνο του Φίλιπο Μαρία Βισκόντι, αρχικά σύμμαχο των Γάλλων (μάχη της Πόντσα) και στη συνέχεια των αραγονέζων. Το 1441 ο Αλφόνσος Ε’ κατέκτησε τη Νάπολη και υιοθέτησε το στέμμα της ως Αλφόνσος Α’ της Νεαπόλεως. Για πρώτη φορά μετά από τρεις αιώνες, τα δύο αρχικά κομμάτια του Βασιλείου της Σικελίας επαναενώθηκαν (καθώς ο Αλφόνσος ήταν ήδη βασιλιάς της Σικελίας που ανήκει ακόμη στο Στέμμα της Αραγώνας), με την πρωτεύουσα ωστόσο να μεταφέρετε στη Νάπολη από το Παλέρμο. Ο τίτλος που καθιέρωσε τότε ο Αλφόνσος ήταν αυτός του rex Utriusque Siciliae («Βασιλεύς Εκατέρων Σικελιών»). 
Το 1447 ο δούκας του Μιλάνου τον όρισε διάδοχό του, προσθέτοντας έτσι ένα ακόμη έδαφος στο ευρύτατο Στέμμα της Αραγώνας. Εν τούτοις, η μιλανέζικη ευγενική τάξη, φοβούμενη την απορρόφηση της από το βασίλειο της Νεαπόλεως, ανακήρυξε το Μιλάνο «ελεύθερη κομμούνα» και εγκαθίδρυσε δημοκρατία. Οι ναπολιτανικές και αραγονικές διεκδικήσεις αντισταθμίστηκαν από τη Γαλλία, που το 1450 έδωσε πολιτική υποστήριξη στον Φραγκίσκο Σφόρτσα που επιβλήθηκε στρατιωτικά στο δουκάτο. Εκείνη τη στιγμή όμως, ένα άλλο μέτωπο άνοιγε για την βασιλεία του Αλφόνσου: η αστραπιαία επεκτεινόμενη Οθωμανική αυτοκρατορία έφτασε στις πύλες του βασιλείου. Τέτοια περιφερειακή εξέλιξη απέτρεψε τον αραγονέζο βασιλιά από το να επέμβει στο Μιλάνο και η εκ των προτέρων αναγνώριση του Σφόρτσα ως δούκα από τον πάπα Νικόλαο Ε’ τον ώθησε στην ένταξή του στη λεγόμενη Ιταλική Λίγκα (Lega Italica), μια συμμαχία που είχε ως σκοπό την σταθεροποίηση της νέα πολιτικής πραγματικότητας της χερσονήσου.

Η εσωτερική πολιτική του Αλφόνσου Ε’: ανθρωπισμός και συγκεντρωτισμός

Η βασιλική αυλή της Νεαπόλεως στα χρόνια του Αλφόνσου Ε’ ήταν μία από τις πιο εκλεπτυσμένες και πρόσφορες για την Αναγέννηση. Φιλοξένησε προσωπικότητες όπως τον Λορέντσο Βάλα, ο οποίος κατά την διάρκεια της διαμονής του στην πόλη απέδειξε την πλαστότητα της Δωρεάς του Κωνσταντίνου, τον ανθρωπιστή Αντόνιο Μπεκαντέλι και τον Έλληνα Μανουήλ Χρυσολωρά. Ο βασιλιάς επίσης ανέλαβε την ανακατασκευή του Καστέλ Νουόβο.
Ο διοικητικός μηχανισμός του βασιλείου παρέμεινε χονδρικά ο ίδιος με αυτόν των Ανδεγαυών αν και ανακατανεμήθηκαν οι εξουσίες των παλαιών επαρχιών, οι οποίες διατήρησαν κυρίως πολιτικές και στρατιωτικές λειτουργίες. Η δικαιοσύνη επέστρεψε στα χέρια των βαρόνων, σε μια προσπάθεια να επαναενταχθούν οι παλαιές φεουδαρχικές ιεραρχίες στο κεντρικό κράτος. Άλλο σημαντικό βήμα προς την εμβάθυνση της ενοποίησης των δύο βασιλείων θεωρούνται τα μέτρα που πάρθηκαν για την ενθάρρυνση της βοσκής εποχιακής μετακίνησης. Το 1447 ο Αλφόνσος πέρασε μια σειρά από νόμους με τους οποίους υποχρέωνε τους βοσκούς από το Αμπρούτσο και τη Μολίζε να διαχειμάζουν στα όρια του βασιλείου αποτρέποντάς τους με αυτόν τον τρόπο το να περνούν τα σύνορα (προς τα Ποντιφικά Κράτη). Οι οικονομικές συνδιαλλαγές που προέκυπταν από την βοσκή εποχιακής μετακίνησης να έμεναν πλέον στο βασίλειο, ενισχύοντας τις σχετικές οικονομικές δραστηριότητες. Το νομικό έργο περί της  βοσκής, που βασίστηκε στο ιβηρικό μοντέλο του Concejo de la Mesta, αποτέλεσε τον πρώτο σταθερό λαϊκό συγκεντρωτικό θεσμό, με ξεκάθαρο κοινωνικό χαρακτήρα, του βασιλείου της Νεαπόλεως. Το ίδιο σύστημα επηρέασε, σε μικρότερο βαθμό, και την αδριατική ακτή του βασιλείου. 
Με τον θάνατό του, ο Αλφόνσος ξαναμοίρασε το ενοποιημένο του βασίλειο μεταξύ του Φερδινάνδου, που έλαβε ολόκληρο το βασίλειο των Δύο Σικελιών, και του Ιωάννη Β´ της Αραγωνίας, δεύτερου στη σειρά του Στέμματος της Αραγώνας, που έλαβε τις υπόλοιπες κτήσεις.

Η βασιλεία του Φεράντε Α’

Ο θάνατος του Αλφόνσου βρήκε το βασίλειο πλήρως ενταγμένο στην ιταλική περιφερειακή τάξη. Ο διάδοχός του, Φερδινάνδος Α’ της Νεαπόλεως, γνωστός κυρίως ως Φεράντε (Ferrante), έλαβε την υποστήριξη του Φραγκίσκου Σφόρτσα, σε τέτοιο σημείο που και οι δύο επενέβησαν στην δημοκρατία της Φλωρεντίας εναντίον του στρατού του Μπαρτολομέο Κολεόνι. Τα ναπολιτανικά στρατεύματα επενέβησαν άλλη μια φορά στην Τοσκάνη ενώ το 1484, σε συμμαχία με το Μιλάνο και την Φλωρεντία επέβαλαν στην Βενετία την Ειρήνη του Μπανιόλο. 
Η εξουσία ωστόσο του Φεράντε βρέθηκε σε σοβαρό κίνδυνο, όταν το 1485 αναγκάστηκε να αντιμετωπίσει μια εξέγερση δύο σημαντικών ευγενών, του Φραντσέσκο Κόπολα, κόμη του Σάρνο, και του Αντονέλο Σανσεβερίνο, πρίγκιπα του Σαλέρνο. Η εξέγερση αυτή, γνωστή ως congiura dei baroni («συνωμοσία των βαρόνων»), είχε λάβει την υποστήριξη του Παπικού Κράτους και της Βενετίας και ήταν έκφραση κυρίως των αγροτικών φεουδαρχικών ελίτ, που έβλεπαν τον συγκεντρωτισμό των Αραγωνέζων να υποσκάπτει την εξουσία τους. Παρά ταύτα, η συνδρομή της Φλωρεντίας και του Μιλάνου το 1487 δεν άφησε κανένα περιθώριο στους επαναστάτες. Μια άλλη, φιλοανδεγαυή συνωμοσία έλαβε χώρα στο Αμπρούτσο από τον Τζοβάνι ντέλα Ροβέρε μα περιορίστηκε χάρις στην επέμβαση του πάπα Αλεξάνδρου Στ’. 
Παρ’ όλες τις πολιτικές εξελίξεις, ο Φεράντε ακολούθησε το παράδειγμα του πατέρα του και υπήρξε σημαντικός μαικήνας των τεχνών. Το 1458 υποστήριξε την ίδρυση της Ποντανιανής Ακαδημίας και φιλοξένησε προσωπικότητες όπως τον έλληνα ανθρωπιστή Κωνσταντίνο Λάσκαρη, τον μουσικό Αντόνιο ντ’Αλεσάντρο και τον Βησσαρίωνα. Παράλληλα, στις αυλές των παιδιών του ο ουμανισμός απέκτησε περισσότερο πολιτική διάσταση, οδηγώντας στην υιοθέτηση των τοσκανικών ως γλώσσα της λογοτεχνίας.

Η ανάταση της οικονομίας

Οι νότιες περιοχές του ηπειρωτικού σκέλους του βασιλείου, παρότι είχαν αποτελέσει από την εποχή του ελληνικού αποικισμού μια από τις πιο παραγωγικές περιοχές της Μεσογείου, είχαν συγκλονιστεί τρομερά από την επιδημία πανώλης που ενέκυψε στην Ευρώπη κατά τον 14ο αιώνα κι έκτοτε δεν είχαν ανακάμψει. Όσον αφορά την πολιτική, ο γάμος της Ισαμπέλα ντι Κιαρομόντε με τον Φεράντε έφερε το πριγκιπάτο του Τάραντα στους κόλπους του βασιλείου της Νεαπόλεως (που μέχρι τότε δεν της ανήκε). 
Το 1458, με την Οθωμανική αυτοκρατορία να έχει κυριεύσει όλη τη Βαλκανική, ο αλβανός ηγέτης Γεώργιος Καστριώτης άρχισε να συναλλάσσεται με το βασίλειο. Η στρατιωτική υποστήριξη που χάρισε στον Φεράντε κατά την συνωμοσία των βαρόνων, του χάρισε ναπολιτανικούς τίτλους ευγενείας κι επετράπη η εγκατάσταση Αλβανών στις έρημες περιοχές του νότου (Καλαβρία, Μολίζε).
Η απόδοση του δουκάτου του Μπάρι στον Σφόρτσα Μαρία Σφόρτσα, γιο του δούκα του Μιλάνου, ως επιβεβαίωση της συμμαχίας τους, είχε επίσης θετικές οικονομικές συνέπειες για την ταλαιπωρημένη περιοχή. Ωστόσο, με την παράνομη ανάληψη της εξουσίας από τον Λουδοβίκο τον Μαύρο η προσοχή του δούκα στράφηκε αποκλειστικά στην Λομβαρδία, με αποτέλεσμα να παραχωρήσει το δουκάτο στην Ισαβέλα της Αραγώνας, νόμιμη διάδοχο του Μιλάνου, ως αντάλλαγμα της αποδοχής της του σφετερισμού του θρόνου από τον Λουδοβίκο.  Η νέα δούκισσα ακολούθησε μια πολιτική αστικής βελτίωσης της πόλης, την οποία ακολούθησε μια ελαφριά οικονομική ανάταση που διήρκησε μέχρι την διακυβέρνηση της κόρης της Μπόνα Σφόρτσα και τον Κάρολο Ε’. Το τελευταίο κτύπημα για το νότιο τμήμα του Βασιλείου της Νεάπολης επήλθε το 1542 όταν ο Πέδρο δε Τολέδο δημοσίευσε την διαταγή περί διωγμού των Εβραίων του βασιλείου, που αποτελούσαν το βασικό στήριγμα του εμπορίου και της οικονομίας των πόλεων της Καλαβρίας και του Μπρίντιζι.

Λουδοβίκος ΙΒ’ της Γαλλίας, rex Neapolis, και η πρώτη ισπανική αντιβασιλεία

Ο διάδοχος του Φεράντε στο θρόνο του βασιλείου ήταν ο πρωτότοκος γιος του, Αλφόνσος Β’. Η διαδοχή έλαβε χώρα το 1494, τον ίδιο χρόνο που ο βασιλιάς της Γαλλίας, Κάρολος Η΄ εισερχόταν στην Ιταλία για να διασπάσει την εύθραυστη ισορροπία που είχαν εγκαταστήσει τα ιταλικά κράτη τα προηγούμενα χρόνια. Η εισβολή του γάλλου βασιλιά αφορούσε άμεσα την Νάπολη: ο Κάρολος αναφερόταν σε μια μακρινή συγγένεια με τον ανδεγαυό Λουδοβίκο Β’ μέσω της μητέρας του πατέρα του που ήταν κόρη του, αρκετό για να βρίσκεται σε θέση να διεκδικήσει τον βασιλικό της τίτλο. 
Ο δούκας του Μιλάνου, παρά την στενή του συμμαχία με τη Νεάπολη, επέτρεψε την είσοδο των Γάλλων, όπως έπραξε και η Φλωρεντία και με αυτόν τον τρόπο τα γαλλικά στρατεύματα προέλασαν μέχρι το Νότο όπου κατέλαβαν σε μικρό χρονικό διάστημα την Νεάπολη. Όλες οι επαρχίες αποδέχθηκαν το νέο κυρίαρχο, εκτός από τοις πόλεις της Γκαέτα, της Τροπέα, Αμαντέα και Ρέτζο ενώ οι αραγονέζοι με την αυλή τους διέφυγαν στην Σικελία. Από εκεί ζήτησαν την συνδρομή του βασιλιά της Αραγώνας, Φερδινάνδου του Καθολικού, ο οποίος απέστειλε μια σημαντική στρατιωτική δύναμη υπό τις διαταγές του σπουδαίου καστιλιάνου στρατηγού, Γκονθάλο Φερνάντεθ δε Κόρδοβα. Στην μάχη της Καλαβρίας, τα ισπανικά στρατεύματα κατανίκησαν τους Γάλλους. 
Ο γαλλικός επεκτατισμός οδήγησε παράλληλα τον Πάπα Αλέξανδρο ΣΤ΄ και τον αυτοκράτορα Μαξιμιλιανό των Αψβούργων να ιδρύσουν την Ιερή Λίγκα εναντίον του Καρόλου Η’, που αντιμετώπισε νικηφόρα τα γαλλικά στρατεύματα στη μάχη του Φιρνόβο. Με το τέλος των εχθροπραξιών, οι Ισπανοί κατέλαβαν την Καλαβρία και οι Βενετοί όλα τα σημαντικά λιμάνια της Απουλίας στην Αδριατική (Μανφρεντόνια, Τράνι, Μόλα, Μονοπόλι, Μπρίντεζι, Οτράντο, Πολινιάνο και Γκαλίπολι). Ο Αλφόνσος Β’ πέθανε σύντομα το 1495, κατά τη διάρκεια μιας πολεμικής επιχείρησης όπως και ο γιος του Φεραντίνος, που τον διαδέχθηκε αλλά έζησε μόνο έναν χρόνο παραπάνω, δίχως κατά τον θάνατό του να αφήσει διαδόχους. Ο στόλος ωστόσο που είχε καταφέρει να ανασυστήσει επέφερε το τελευταίο πλήγμα στους Γάλλους και τους έδιωξε οριστικά από το βασίλειο.
Το 1496 ανακηρύχθηκε βασιλιάς ο γιος του Φεράντε και αδερφός του Αλφόνσου Β’, Φρειδερίκος Α’ που είχε να αντιμετωπίσει εκ νέου τις γαλλικές επιδιώξεις πάνω στο βασίλειό του. Ο Λουδοβίκος ΙΒ’, δούκας του Οτράντο, κληρονόμησε το βασίλειο της Γαλλίας με τον θάνατο του Καρόλου Η΄ κι υπέγράψε τον Νοέμβριο του 1500 με τον Φερδινάνδο, κληρονόμο και του βασιλείου της Καστίλης, την συνθήκη της Γρανάδας με την οποία συμφώνησαν να εκδιώξουν τους τελευταίους αραγωνέζους της Νεάπολης και να μοιραστούν το βασίλειο. Ο Λουδοβίκος κατέλαβε το Δουκάτο του Μιλάνου, όπου και συνέλαβε τον Λουδοβίκο Σφόρτσα, και, πάντα σε συμφωνία με τον Φερδινάνδο, προέλασε εναντίον του Φρειδερίκου της Νεάπολης. Η συμφωνία αυτή προέβλεπε τον διαμελισμό του βασιλείου, με την απόδοση στους γάλλους του Αμπρούτσου και της Τέρα ντε Λαβόρο κάτω από τον, για πρώτη φορά επίσημο, τίτλο του Βασιλιά της Νεαπόλεως (μαζί και του καθαρά τιμητικού τίτλου του βασιλιά των Ιεροσολύμων) και στους Ισπανούς της Απουλίας και της Καλαβρίας ως δουκάτα. Στις 11 Νοεμβρίου του 1500, ο Πάπας έπαυσε τον τίτλο του rex Siciliae, ο οποίος εντάχθηκε στο Στέμμα της Αραγώνας και τον Αύγουστο του 1501 οι Γάλλοι εισήλθαν στη Νάπολη και οι Φρειδερίκος, αφού κατέφυγε στην Ισκία, τους παραχώρησε τον τίτλο του ως αντάλλαγμα μερικών φέουδων στην Ανδεγαυία. 
Παρόλη την αρχική συμφωνία τους και την ομαλή πορεία της κατάκτησης, οι δύο κατακτητές βασιλείς βρέθηκαν να διαφωνούν σε ορισμένα εδαφικά ζητήματα, όπως την κυριαρχία της Καπιτανάτα και της κομητείας της Μολίζε. Ο διάδοχος του βασιλείου της Καστίλης, Φίλιππος ο Όμορφος, έψαξε μια νέα συμφωνία με τον γάλλο βασιλιά, προτείνοντάς του την απονομή των τίτλων του Βασιλιά της Νεαπόλεως και δούκα της Απουλίας και Καλαβρίας στην κόρη του Λουδοβίκου, Κλαούντια, ταγμένη σύζυγο του Καρόλου, γιου του Φιλίππου. Εν τούτοις, τα σταθμευμένα ισπανικά στρατεύματα στην Καλαβρία και την Απουλία, πάντα υπό την αρχηγία του Γκονθάλο δε Κόρδοβα μα πιστά στον Φερδινάνδο τον Καθολικό (ο οποίος πλέον είχε ως μοναδικό τίτλο αυτόν του Στέμματος της Αραγώνας), δεν σεβάστηκαν την παραπάνω συμφωνία κι επιτέθηκαν τους Γάλλους. Με την μάχη του Γκαριλιάνο τον Δεκέμβριο του 1503 τα γαλλικά στρατεύματα ηττήθηκαν κι αποχώρησαν οριστικά από το βασίλειο. Η συνθήκη ειρήνης που ακολούθησε δεν ήταν ιδιαιτέρως ξεκάθαρη για το στάτους του βασιλείου, καθώς παρότι ο τίτλος του αποδόθηκε στον Κάρολο, ο Φερδινάνδος αρνήθηκε να αποχωρήσει, θεωρώντας τον εαυτό του νόμιμο διάδοχο του παλαιού μονάρχη Αλφόνσου Α’ της Νεάπολης και της παλαιού αραγονικού στέμματος και των Δύο Σικελιών (regnum Utriusque Siciliae).

Η ισπανική αντιβασιλεία

Ο ιθαγενής αραγωνικός βασιλικός οίκος της Νεάπολης εξαφανίσθηκε με τον Φρειδερίκο Α’ της Νεαπόλεως και τέθηκε κάτω από τον έλεγχο της μελλοντικής Ισπανικής Μοναρχίας, η οποία θέσπισε μια αντιβασιλεία για το πρώην βασίλειο. Η νέα διοίκηση, αν και αρκετά συγκεντρωτική, βασίστηκε στο παλαιό φεουδαρχικό σύστημα: οι βαρόνοι βρήκαν έτσι την ευκαιρία να ισχυροποιήσουν την προσωπική τους εξουσία και τα οικονομικά τους προνόμια ενώ παράλληλα ο κλήρος είδε να αυξάνεται τόσο η πολιτική όσο και πνευματική του εξουσία. 
Τα πιο σημαντικά διοικητικά όργανο είχανε ως θέση την Νεάπολη. Το πιο σημαντικό ήταν το Consiglio Collaterale («Βοηθητικό Συμβούλιο»), παρόμοιο με το Συμβούλιο της Αραγώνας (Consejo de Aragón, Consell d’Aragó), ανώτατο όργανο άσκησης των δικαστικών λειτουργιών που αποτελείτο από τον αντιβασιλέα και τρεις δικαστικούς συμβούλους. Έπειτα υπήρχε η Camera della Sommaria («Κάμαρα των ΧΧΧ»), το Tribunale della Vicaria («Εκκλησιαστικό Δικαστήριο του Βικαριάτου») και το Tribunale del Sacro Regio Consiglio («Δικαστήριο του Αγίου Βασιλικού Συμβουλίου»). 
Ως πρώτος αντιβασιλέας διορίστηκε από τον Φερδινάνδο τον Καθολικό ο στρατηγός Γκονθάλο ντε Κόρδοβα, που ανακηρύχθηκε ταυτόχρονα και Μέγας Στρατηγός (Gran Capitano) του ναπολιτανικού στρατου, αποκτώντας σχεδόν τις ίδιες εξουσίες με έναν κανονικό βασιλιά. Την ίδια ώρα χάρισε τον τίτλο του Gran Conestabile στον κόμη του Ταλιακότσο, Φαβρίτσιο ι Κολόνα, και έθετε ένα εκστρατευτικό σώμα κάτω από τις διαταγές του με σκοπό την απελευθέρωση των αδριατικών λιμένων που κατείχε η Βενετία. Η επιχείρηση αυτή ολοκληρώθηκε με επιτυχία και το 1509 τα λιμάνια της Απουλίας επέστρεψαν σε ναπολιτανικά χέρια.
Κατά τα άλλα, ο Φερδινάνδος επανέφερε την χρηματοδότηση του πανεπιστημίου της Νεάπολης, αποδίδοντάς της μια ετήσια οικονομική εισφορά της τάξης των 2000 δουκάτων από την προσωπική του περιουσία, προνόμιο που επιβεβαίωσε έπειτα και ο Κάρολος Ε’. Τον Γκονθάλο δε Κόρδοβα τον διαδέχθηκαν πρώτα ο Ιωάννης της Αραγώνας, που δημοσίευσε μια σειρά νόμων εναντίον της διαφθοράς, πολέμησε την πελατειοκρατία, απαγόρεψε τα τυχερά παιχνίδια και την ΧΧΧusuraXXX κι έπειτα ο Ραϊμούνδος της Καρδόνα, που το 1510 προσπάθησε να επανεισάγει την ισπανική Ιερά Εξέταση κι εφάρμοσε τα πρώτα περιοριστικά μέτρα κατά των Εβραίων.
Ο Κάρολος Ε’, γιος του Φιλίππου του Όμορφου και της Ιωάννας της Τρελής, κληρονόμησε πληθώρα εδαφών, συμπεριλαμβανομένου και του βασιλείου της Νεαπόλεως. Στις ιταλικές του κτήσεις ήρθε να προστεθεί και το δουκάτο του Μιλάνου, το οποίο αφαίρεσε το 1515 από τα χέρια των Γάλλων, οι οποίοι με τη σειρά τους το είχαν κατακτήσει από τον γιο του Λουδοβίκου του Μαύρου, Μαξιμιλιανό, λίγα χρόνια πριν. 
Η ισπανική κυριαρχία στην Ιταλία προκάλεσε μια νέα Αγία Λίγκα των Γάλλων, Βενετών και Φλωρεντιανών υπό τον πάπα Κλήμη Ζ’. Μετά από μια αρχική ήττα της Λίγκας στη Ρώμη, οι γάλλοι απάντησαν με την αποστολή στην Ιταλία του Οντέντ ντε Φουά, ο οποίος πολιόρκησε το Μέλφι, πολιορκία που πέρασε στην ιστορία ως "Pasqua di sangue" («Αιματηρό Πάσχα»), και την ίδια την πρωτεύουσα ενόσω η Γαληνότατη καταλάμβανε το Οτράντο και την Μανφρεντόνια. Ως τελευταίο προγεφύρωμα πιστό στον Κάρολο απέμεινε η πόλη του Καταντσάρο, η οποία υπέφερε σκληρή πολιορκία αλλά δεν έπεσε στα χέρια των γαλλόφιλων πολιορκητών της. Παράλληλα η πολιορκία της Νάπολης διασπάστηκε όταν η Γένοβα άλλαξε στρατόπεδο και νίκησε τον στόλο της Λίγκας που είχε αποκλείσει την πόλη. Αυτές οι δύο εξελίξεις επέφεραν την αναγνώριση από την πλευρά του πάπα Κλήμη, και την αναγνώριση του αυτοκρατορικού τίτλου του Καρόλου. Η Βενετία αποσύρθηκε από την εμπλοκή όταν έχασε και τις τελευταίες της κτήσεις στην Απουλία το 1528.
Από την άλλη, οι Γάλλοι δεν υποχώρησαν. Ο Ερρίκος Β’, γιος του Φραγκίσκου Α’, μετά από πρόσκληση του πρίγκιπα του Σαλέρνο Φεράντε Σανσεβερίνο, συμμάχησε με τους Οθωμανούς. Το καλοκαίρι του 1552 ο τουρκικός στόλος υπό τις διαταγές του Σινάν Πασά, εμφανίστηκε ξαφνικά μπροστά στον αυτοκρατορικό στόλο, υπό τις διαταγές του Αντρέα Ντόρια και του Χουάν ντε Μεντόθα, έξω από την Πόντσα και τον νίκησε. Ο γαλλικός στόλος ωστόσο δεν κατάφερε να ενωθεί με τον τουρκικό και η απόπειρα εισβολής της Νεαπόλεως απέτυχε.
Τέλος, όταν το 1555 ο Κάρολος αποσύρθηκε από τον θρόνο, άφησε ως κληρονομιά το βασίλειο της Νεάπολης, μαζί με τις υπόλοιπες ιταλικές κτήσεις στον γιο του, Φίλιππο Β’.

Οι αντιβασιλείες του Δούκα της Άλβα, του Ουρτάδο δε Μεντόθα και η πανώλη

Οι αντιβασιλείες που ακολούθησαν κατά την βασιλεία του Φιλίππου Β’ χαρακτηρίστηκαν από πολεμικές επιχειρήσεις που δεν προσέφεραν κανένα ουσιαστικό όφελος στο πρώην βασίλειο. Η κατάσταση χειροτέρευσε με το ξέσπασμα την πανώλης, που εξαπλώθηκε σε όλη την Ιταλία γύρω στο 1575, έτος ανάδειξης του Ίνιγο Λόπεθ δε Ουρτάδο δε Μεντόθα σε αντιβασιλέα. Η Νάπολη, ως πόλη-λιμάνι ήταν ιδιαίτερα εκτεθειμένη και υπέφερε τα μέγιστα από την πανδημία, που προκάλεσε σοβαρές ζημιές στις οικονομικές τις δραστηριότητες. Το ίδιο έτος, αποβιβάστηκαν στο βασίλειο, πρώτα στο Τρεβισάτσε της Καλαβρίας κι έπειτα στην Απουλία, οθωμανοί στρατιώτες που λεηλάτησαν τα λιμάνια της Αδριατικής και του Ιονίου. Αυτό το γεγονός είχε ως αποτέλεσμα την στρατικοποίηση των ακτών και την κατασκευή από τον αντιβασιλέα ενός νέου οπλοστασίου στην Σάντα Λουτσία.

Από την ειρήνη του Κατώ-Καμπρένσις στο τέλος της ισπανικής κυριαρχίας

Η παραδοσιακή ιστοριογραφία θέτει την συνθήκη ειρήνης του Κατώ-Καμπρένσις ως το όριο των γαλλικών φιλοδοξιών στην Ιταλία. Το θρησκευτικό μεταρρυθμιστικό κλίμα που επικράτησε στην Ρωμαιοκαθολική εκκλησία εναντίον του λουθηρανικού κινδύνου επηρέασε και το ίδιο το βασίλειο με την αύξηση της πολιτικής εξουσίας του κλήρου. Το 1524, ο Τζιαν Πιέτρο Καράφα, επίσκοπος του Κιέτι, είχε ιδρύσει την αδελφότητα των Τεατίνων (από το Τεάτε, παλαιό όνομα του Κιέτι), που εξαπλώθηκε σε όλο το βασίλειο ενισχυμένο στη συνέχεια από τα ίδια τα ιησουιτικά κολέγια, το μοναδικό πολιτισμικό θεσμό των νότιων ιταλικών επαρχιών για αιώνες.
Η Σύνοδος του Τρέντο επέβαλε νέους κανόνες στις επισκοπές, όπως την υποχρέωση της διαμονής στην ίδια τους την έδρα για τις κεφαλές των επισκοπών, των ενοριών, των αββαΐων, των εκκλησιαστικών δικαστηρίων της Ιεράς Εξέτασης ή των Επισκοπικών Σχολών. Αυτό μετέτρεψε την επισκοπή της Νάπολης σε ένα πραγματικό όργανο εξουσίας, με ισχυρούς δεσμούς με την περιοχή και τις επαρχίες δεδομένου ότι ήταν πλέον το σημαντικότερο μέσο υποστήριξης της κοινωνικής, πολιτισμικής και νομοθετικής τάξης.

Οι  αντιβασιλείς Ντε Κάστρο, Τέγιεθ-Χιρόν, Χουάν ντε Θουνίγα και η εξέγερση στην Καλαβρία

Στις 16 Ιουλίου 1599 έφτασε στη Νάπολη ο νέος αντιβασιλέας, Φερνάντο Ρουίθ ντε Κάστρο, του οποίου η διακυβέρνηση περιορίστηκε κυρίως στην αντιμετώπιση των τούρκικων επιδρομών στην Καλαβρία. 
Τον ίδιο χρόνο ο δομινικανός επίσκοπος Τομάσο Καμπανέλο, οργάνωσε μια συνωμοσία εναντίον του αντιβασιλέα με την ελπίδα να εγκαθιδρύσει μια μοναστική δημοκρατία με πρωτεύουσα το Στίλο. Φυλακίστηκε από την Ιερά Εξέταση στην Καλαβρία μα από εκεί κατάφερε να πείσει ορισμένους μοναχούς για το βέβαιο των εσχατολογικών του θεωριών και οργάνωσε μια νέα συνωμοσία που αναστάτωσε όχι μόνο την τοπική δομινικανική κοινότητα μα και άλλες μοναστικές τάξεις όπως αυτές των Αυγουστίνων και των Φραγκισκανών. Η κίνηση του Καμπανέλο, που τελικά απέτυχε και καταδικάστηκε σε εγκλεισμό, αποτέλεσε την πρώτη αντίδραση στην ολοένα και αυξανόμενη πολιτική και πνευματική κυριαρχία των Ιησουιτών στην Ευρώπη. Ένα χρόνο πριν, το 1576, στην Νάπολη είχε καταδικαστεί ένας άλλος δομινικανός, ο φιλόσοφος Τζορντάνο Μπρούνο, των οποίων οι θέσεις είχαν γίνει αντικείμενο θαυμασμού εκ μέρους διαφόρων μελετητών της λουθηρανικής Ευρώπης.
Ο Ντε Κάστρο εγκαινίασε μια νέα πολιτική επικεντρωμένη στην κρατική χρηματοδότηση διαφόρων δημοσίων έργων όπως του νέου Παλατιού της Νάπολης, κάτω από την επίβλεψη του αρχιτέκτονα Ντομένικο Φοντάνα. Αντίστοιχα ενεργός όσον αφορά στα δημόσια έργα ήταν κι ο επόμενος αντιβασιλέας, Τέγεθ-Χιρόν ι δε λα Κουέβα, που βελτίωσε την ποιότητα ζωής στην πρωτεύουσα και τις επαρχίες. Ο διάδοχός του, Χουάν ντε Θουνίγα ι Αβεγιανέδα, προσανατόλισε τις προσπάθειές του προς την επανάκτηση της δημόσιας τάξης στις επαρχίες ενώ το 1593 απέτρεψε μια οθωμανική απόβαση στην Σικελία.

Οι αντιβασιλείς του Φιλίππου Γ' της Ισπανίας

Όταν ο Φίλιππος Γ’ διαδέχθηκε τον πατέρα του Φίλιππο Β’ στον θρόνο της Ισπανικής Μοναρχίας, διορίστηκε ως αντιβασιλέας της Νεαπόλεως ο Ενρίκε δε Γκουθμάν, κόμης του Ολιβάρες. Τα έργα συνεχίστηκαν, με την συστηματοποίηση του αστικού σχεδίου της πόλης και την κατασκευή της Fontana del Nettuno κι ενός μνημείου του Καρόλου Α’ του Ανδεγαυού. Αντίστοιχα μετριοπαθή πολιτική και οικονομική δράση είχε και η αντιβασιλεία του Χουάν Αλόνσο Πιμεντέλ δε Ερέρα. 
Ο τουρκικός κίνδυνος δεν είχε πάψει για τον ιταλικό νότο και γι’ αυτό ο Φίλιππος Γ’, για να προλάβει τις οθωμανικές επιθέσεις, οδηγήθηκε στην καταστροφή του Δυρραχίου, παραδοσιακό λιμάνι όπου κατέφευγαν οι αλβανοί και οθωμανοί πειρατές. Η αντιμετώπιση της αυξημένης εγκληματικότητας στην πόλη της Νάπολης ήταν το επόμενο ανοικτό πρόβλημα, το οποίο όμως δυσκολεύτηκε να επιλυθεί λόγω του ασύλου των ιερών χώρων. Επίσης ο Πιμεντέλ διάνοιξε νέους δρόμους και διεύρυνε πολλούς ήδη υπάρχοντες ενώ σχεδίασε την κατασκευή του μεγαλοπρεπούς φρουρίου του Πόρτο Λεγκόνε.
Ο επόμενος αντιβασιλέας,ο Πέδρο Φερνάντεθ ντε Κάστρο, διέταξε την ανακατασκευή του πανεπιστημίου της Νάπολης, χρηματοδοτώντας ένα νέο χτίριο και εκσυγχρονίζοντας το σύστημα διδασκαλίας. Κατά την διάρκεια της αντιβασιλείας του άνθισε η Accademia degli Oziosi, ιδρύθηκε το ιησουιτικό κολέγιο του Σαν Φραντσέσκο Σεβέριο και ένα βιοτεχνικό σύμπλεγμα κοντά στην πύλη Νολάνα. Στην Τέρα ντι Λαβόρο, ξεκίνησε τα πρώτα εγγειοβελτιωτικά έργα της πεδιάδας του Βολτούρνο, αποξηραίνοντας τις διάφορες λιμνοθάλασσες κι έλη που είχαν μετατρέψει την «Ευτυχή Πεδιάδα» των Ρωμαίων σε μια ακατοίκητη και ανθυγιεινή περιοχή.

Υπό την κυριαρχία του ιρασιοναλισμού και των πολιτικών εξεγέρσεων

Η ανθρωπιστική και χριστιανική παράδοση αποτέλεσε το μοναδικό σημείο αναφοράς των πρώτων επαναστατών που προέκυψαν για πρώτη φορά στην Ευρώπη στη Ρώμη και τη Νάπολη εν μέσω του ιρασιοναλισμού του Μπαρόκ, των λαϊκών συνοικιών, του θρησκευτικού μυστικισμού και της πολιτικής και φιλοσοφικής πιθανολογίας. Στην Νάπολη γεννήθηκαν, κάτω από την πλήρη άγνοια της εξουσίας, τα πρώτα αντιδραστικά διανοητικά κινήματα εναντίον του πολιτισμικού κλίματος που είχε επιβάλει η Αντιμεταρρύθμιση. Οι λογοτέχνες Ατσέτο, Μαρίνο και Μπαζίλε για πρώτη φορά αντιτάχθηκαν στα ποιητικά πρότυπα των έργων του Τορκουάτο Τάσο κι απαρνήθηκαν τη μελέτη των κλασσικών ως μοντέλα αρμονίας και ομορφιάς και τις ιδέες περί αισθητικής και γλώσσας των καθαρολόγων. Είναι τα χρόνια κατά τα οποία επιβάλλεται στην ναπολιτανική κωμωδία η φιγούρα λαϊκής προέλευσης του Pulcinella. Από την άλλη, ο Τομάσο Κορνέλο εισήγαγε στη Νάπολη τις μαθηματικές και ιατρικές ιδέες του Γαλιλέου και του Καρτέσιου και την ατομική θεωρία του Γκασέντι, εναντίον των μέχρι τότε προτύπων του Θωμά του Ακινάτη και του Γαληνού, θέτοντας τις βάσεις για τις μετέπειτα σύγχρονες σχολές σκέψεις της Νάπολης.
Παρόμοιες φιλοδοξίες με αυτές του Καμπανέλα είχε και ο Μαζανιέλο, ο οποίος το 1647, κατά τη διάρκεια της αντιβασιλείας του Ροδρίγεθ Πόνθε δε Λεόν, ηγήθηκε μιας εξέγερσης εναντίον της φορολογικής πίεσης. Πέτυχε τη σύσταση μιας λαϊκής κυβέρνησης από τον αντιβασιλέα και, για τον εαυτό του, τον τίτλο του «γενικού αρχηγού του πολύ πιστού λαού» παρότι στη συνέχεια δολοφονήθηκε. Την θέση του την κατέλαβε ο Τζενάρο Ανέζε που με την υποστήριξη του Ερρίκου β’ της Γκουίζα, ανακήρυξε την «ΧΧΒασιλικήΧΧ Δημοκρατία της Νεάπολης». Η νέα κυβέρνηση έμεινα για σύντομο χρονικό διάστημα στην εξουσία καθώς το 1649 ο Χουάν ντε Άουστρια επανέφερε το προηγούμενο καθεστώς. Η σκληρή καταπίεση και η αποδιοργάνωση της ναπολιτανικής κουλτούρας, οι προηγούμενες ουμανιστικές και φιλοσοφικές εμπειρίες, έθεσαν τις βάσεις για την ανάπτυξη των οικονομικών και νομικών σπουδών που θα λάμβανε χώρα τον επόμενο αιώνα.

Η διαδοχή του Καρόλου Β’ και το τέλος της ισπανικής αντιβασιλείας

Ήδη από το 1693 συζητείτο στη Νάπολη το μέλλον του ανάπηρου βασιλιά της Ισπανίας Καρόλου Β’, ο οποίος διαφαινόταν ότι θα άφηνε τον θρόνο χωρίς διάδοχο. Εκείνη την περίοδο διαμορφώθηκε στον ιταλικό νότο μια αστική συνείδηση, πολιτικά οργανωμένη και αποτελούμενη τόσο από αριστοκράτες όσο και από μικροεμπόρους και τεχνίτες, που είχε ως βασικό της χαρακτηριστικό την εναντίωσή της στην φορολογική ασυλία του κλήρου και την θέλησή της να περιορίσει τους τοπικούς λήσταρχους. Αυτό το κίνημα, γνωστό ως anticurialismo («αντικουριαλισμός»), αντιτάχθηκε σφόδρα στη διαθήκη του ισπανού βασιλιά που έχριζε ως διάδοχο τον Φίλιππο των Βουρβόνων, δούκα της Ανδεγαυίας και υποστήριξε τον αυστριακό διεκδικητή του θρόνου, αρχιδούκα Κάρολο. Τέτοια θέση πλησίασε το φιλοαυστριακό κόμμα σε απολύτως αντι-ισπανικές θέσεις και οδήγησε στην αποτυχημένη συνωμοσία της Μάκια (congiura di Macchia). Η ισπανική κυβέρνηση προσπάθησε μέσω της καταπίεσης να επιβάλει την τάξη στο βασίλειο, ενώ η οικονομική κρίση προκάλεσε την πτώχευση της Τράπεζας της Ανουντσιάτα. Η επίσκεψη του Φιλίππου, πέμπτου στη σειρά για την ισπανική μοναρχία, το 1701 και η κάλυψη των χρεών του πανεπιστημίου δεν βοήθησε την κατάσταση, με τους δύο τελευταίους αντιβασιλείς, τον Λουίς Φρανθίσκο δε λα Θέρδα ι Αραγόν και τον Χουάν Μανουέλ Φερνάντεθ Πατσέκο Καβρέρα να αδυνατούν να αποφύγουν το αδιέξοδο που επιλύθηκε με την αυστριακή παρέμβαση το 1706.

Κάτω από τον αυστριακή έλεγχο

Η συνθήκη της Ουτρέχτης το 1713 έβαλε τέλος στον πόλεμο της Ισπανικής Διαδοχής. Ως αποτέλεσμα το βασίλειο της Νεαπόλεως με τη Σαρδηνία πέρναγαν υπό τον έλεγχο του (τέως αρχιδούκα και νυν αυτοκράτορα) Καρόλου Στ’ των Αψβούργων και η Σικελία ενωνόταν με την Σαβοΐα με την κορόνα της να επανέρχεται σε ισχύ, υπό την προϋπόθεση ότι εάν εξαφανιζόταν ο σαβοϊκός βασιλικός οίκος το νησί θα επέστρεφε στην Ισπανία. Με την ειρήνη του Ράστατ, ένα χρόνο μετά, ο Λουδοβίκος ο ΙΔ’ αναγνώριζε τις ιταλικές κτήσεις των Αψβούργων. 
Το 1718 ο Φίλιππος Ε’ της Ισπανίας προσπάθησε να επαναφέρει το βασίλειο κάτω από την ισπανική κυριαρχία όμως οι συνδυασμένες προσπάθειες της Αυστρίας, Μεγάλης Βρετανίας, Γαλλίας και Ηνωμένων Επαρχιών επέφεραν την ήττα στους ισπανούς στην ναυμαχία του Ακρωτηρίου Πασέρο. Η συνθήκη της Άζα που ακολούθησε (1720), επέστεψε την Σικελία στην Νάπολη, παύοντας άλλη μια φορά τον τίτλο της ως ξεχωριστό βασίλειο, και ενσωματώνοντάς την στο αυστριακό στέμμα. Αντίστοιχα, το βασίλειο της Σαρδηνίας γινόταν σαβοϊκή κτήση. 
Η έναρξη της αυστριακής κυριαρχίας χαρακτηρίστηκε από μια γενναία μεταρρύθμιση στις πολιτικές ιεραρχίες του ναπολιτανικού κράτους, που ακολουθήθηκε από ένα διάταγμα βασισμένο σε αναγεννησιακές και μεταρρυθμιστικές αρχές. Η αναγεννησιακή κουλτούρα εισήχθη στη Νάπολη, με την διάδοση διαφόρων έργων όπως αυτών του Σπινόζα ή του Πασκάλ, και διαμορφώθηκε μια κουλτούρα σε πλήρη αντίθεση με τον αστικό κλήρο, πάνω στην οδό που είχε χαράξει ο αντικουριαλισμός των Φραντσέσκο ντ’Αντρέα, Τζουζέπε Βαλέτα και Κονσταντίνο Γκριμάλντι. Κατά την διάρκεια της αυστριακής αντιβασιλείας, ο Πιέτρο Τζανόνε εξέδωσε το έργο του Istoria civile del Regno di Napoli («Αστική ιστορία του Βασιλείου της Νεαπόλεως»), ένα πολύ σημαντικό σημείο πολιτισμικής αναφοράς για το ναπολιτανικό κράτος, που έγινε γνωστό σε όλη την Ευρώπη για το πώς επαναπρότεινε με σύγχρονους όρους τον μακιαβελισμό και το πώς υπέτασσε το εκκλησιαστικό δίκαιο στο αστικό. Ο συγγραφέας αφορίστηκε από τον αρχιεπίσκοπο της Νάπολης και διέφυγε στη Βιέννη από όπου δεν κατάφερε να επιστρέψει ποτέ. Σε αυτό το περιβάλλον έζησε και ο Τζοβάν Βατίστα Βίκο, που το 1723 εξέδωσε το έργο του Principi di una scienza nuova («Αρχές για μια νέα επιστήμη») κσι ο Τζοβάνι Βιτσέντσο Γκραβίνα, μελετητής του εκκλησιαστικού δικαίου, που ίδρυσε στη Ρώμη την Ακαδημία της Αρκάντια, θεσμός που επαναπρότεινε την ανάγνωση των κλασσικών συγγραφέων. 
Οι πρώτοι αυστριακοί αντιβασιλείς ήταν οι Γκεόργκ Άνταμ φον Μαρτινίτς και ο Βιρίκο Ντάουν, που ακολουθήθηκαν από τον καρδινάλιο Βιτέντσο Γκριμάνι, ο οποίος εφάρμοσε την πρώτη πολιτική οικονομικής εξυγίανσης. 
Οι αντιβασιλείς που τον διαδέχθηκαν, ο Κάρολος Μπαρτομέο Αρέζε και ο Ντάουν για δεύτερη φορά), είχαν πλέον έναν ελαφρά πλεονασματικό προϋπολογισμό. Το 1728 ο αντιβασιλέας Μικέλε Φεντερίκο Άλταν ίδρυσε την τράπεζα του Σαν Κάρλο, ενώ κέρδισε επίσης την εχθρότητα των ιησουιτών λόγω της ανοχής που επέδειξε προς την έκδοση των αντικληρικαλικών έργων του Τζανόνε και του Γκριμάλντι. Μια νέα προσπάθεια εισβολής από πλευράς του Φιλίππου Ε’ της Ισπανίας, που απέτυχε με τη ναυτική ήττα του τελευταίου, επανέφερε τον προϋπολογισμό σε ελλειμματικά επίπεδα. Ο τελευταίος αυστριακός αντιβασιλέας. ο Τζούλιο Μπορομεό Βισκόντι, έζησε την βουρβονική εισβολή, μα κατάφερε να παραδώσει στους διαδόχους του μια αρκετά σταθερή οικονομική κατάσταση, χάρις σε μέτρα που είχαν ληφθεί πρωτύτερα.

Κάρολος των Βουρβώνων

Ως αποτέλεσμα των ελιγμών της Ισαβέλ Φαρνέζε, βασίλισσας της Ισπανίας και συζύγου του Καρόλου Ε’, που εκμεταλλεύτηκε τον Πόλεμο της Πολωνικής Διαδοχής και την αντιπαλότητα της Ισπανίας εναντίον της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας, διεκδίκησε με επιτυχία για τον γιο της το βασίλειο της Νεαπόλεως. Ο Κάρολος των Βουρβώνων, ήδη δούκας της Πάρμα και της Πιατσέντσα, μετά την μάχη του Μπιτόντο κατέκτησε την Νάπολη και υιοθέτησε αρχικά το τίτλο Neapolis rex για να στεφθεί στη συνέχεια ως rex utriusque Siciliae στις 10 Μαΐου 1734. Η μεταρρυθμιστική πολιτική κατά την διάρκεια του αυστριακού αντιβασιλείου συνεχίστηκαν και από τους Βουρβώνους, που ακολουθώντας τα ναπολιτανικά συμφέροντα, υιοθέτησαν μια σειρά από καινοτομίες στον πολιτικό και διοικητικό χώρο του βασιλείου. 
Το βασίλειο δεν απέκτησε μια εκ των πραγμάτων αυτονομία από την Ισπανία παρά μόνο μετά το τέλος των εχθροπραξιών και την συνθήκη ειρήνης της Βιέννης το 1738 που τερμάτισε τον πόλεμο. Λόγω των συνεχόμενων πολέμων και των κινδύνων που συνέτρεχε η Νεάπολη, ο Τανούτσι, υπουργός Δικαιοσύνης, υποστήριξε την μεταφορά της πρωτεύουσας στο Μέλφι, πρώτη πρωτεύουσα των Νορμανδών. Η στρατηγική θέση της πόλης ήταν πολύ καλύτερη από αυτή της Νάπολης καθώς, ευρισκόμενη στο κέντρο του ηπειρωτικού κορμού της χερσονήσου, είχε την προστασία των βουνών και απείχε πολύ από τους κινδύνους που έρχονταν από τη θάλασσα. Τον Αύγουστο του 1744, τα στρατεύματα του Καρόλου νίκησαν εκ νέου τους αυστριακούς στη μάχη του Βελέτρι. 
Στο εσωτερικό μέτωπο, ο Κάρολος ακολούθησε μια διφορούμενη πολιτική. Αρχικά ενίσχυσε την εκκλησία, ευνοώντας την ίδρυση ενός δικαστηρίου της Ιεράς Εξέτασης στο Παλέρμο και δεν επέβαλε αντίσταση στον αφορισμό του Πιέτρο Τζανόνε. Στη συνέχεια ωστόσο, με το τέλος των εχθροπραξιών και των κινδύνων για τον βασιλικό του τίτλο, διόρισε πρωθυπουργό τον Μπερνάρντο Τανούτσι, που ανέτρεψε την προηγούμενη στρατηγική του Καρόλου κι επιτέθηκε στα εκκλησιαστικά προνόμια. Το 1741, με μια συμφωνία μεταξύ των δύο πλευρών, μειώθηκε δραστικά το δικαίωμα ασύλου στις εκκλησίες και άλλου τύπου ασυλίες ενώ φορολογήθηκε η εκκλησιαστική περιουσία. Τότε ιδρύθηκε η Giunta di Commercio («Εμπορικό Συμβούλιο»), με σκοπό την απελευθέρωση του εμπορίου, που ωστόσο είχε μονάχα περιορισμένα αποτελέσματα καθώς συγκρούστηκε με την φεουδαρχική πραγματικότητα των αγροτικών περιοχών του βασιλείου. Οι μεταρρυθμίσεις επανέφεραν το παλαιό κτηματολόγιο και τα κρατικά ταμεία ενισχύθηκαν αρκετά.
Το 1755 ιδρύθηκε στο πανεπιστήμιο της Νάπολης η πρώτη έδρα οικονομικών στην Ευρώπη, με το τίτλο «έδρα του εμπορίου και της μηχανικής» με τα μαθήματα να γίνονται στα ιταλικά και όχι στα λατινικά. Τέτοιες εξελίξεις είχαν θετικό αντίκτυπο στα έργα που πραγματοποιήθηκαν στην ευρύτερη περιοχή της Τιέρα ντε Λαβόρο, όπως το παλάτι της Καζέρτα και του αστικού εκσυγχρονισμού της ομώνυμης πόλης βάσει σχεδίων του Λουίτζι Βανβιτέλι. Την ίδια εποχή, στην πρωτεύουσα του βασιλείου, ο Τζουζέπε Σαμαρτίνο πραγματοποιούσε στην Καπέλα Σανσεβέρο ένα από τα πιο γνωστά γλυπτικά σύνολα της Ιταλίας. Ο φορμαλισμός και ο στιλιστικός του μοντερνισμός προκάλεσαν διαμάχες στους, συνηθισμένους σε έργα του μανιερισμού και του μπαρόκ, καθολικούς της Νάπολης.
Δίπλα στο βασιλικό παλάτι του Πόρτιτσι, που προοριζόταν για προσωρινή κατοικία του Καρόλου πριν την Καζέρτα, ο βασιλιάς ίδρυσε ένα μεγάλο αρχαιολογικό μουσείο όπου συγκεντρώθηκαν τα ευρήματα των πρόσφατων ανασκαφών στο Ηράκλειο και την Πομπηία. Για πρώτη φορά από την ίδρυση του εβραϊκού γκέτο στη Ρώμη, πέρασε ένας νόμος που έδινε στους Εβραίους τα ίδια δικαιώματα με τους υπόλοιπους καθολικούς πολίτες, εκτός βέβαια του δικαιώματος να κατέχουν φεουδαρχικούς τίτλους.

Ο βασιλιάς Φερδινάνδος

Το 1759 πέθανε ο Βασιλιάς Φερδινάνδος ΣΤ’ της Ισπανίας, αδερφός του Καρόλου, χρίζοντάς τον αυτόματα διάδοχο του θρόνου. Για τον θρόνο της Νεαπόλεως και της Σικελίας, αφού απορρίφτηκαν τόσο ο πρωτότοκος του Καρόλου, Φίλιππος, λόγω διανοητικής ανεπάρκειας και ο δευτερότοκος, Κάρολος Αντώνιος, που προοριζόταν για την διαδοχή του θρόνου της Ισπανίας, επιλέχθηκε τελικά ο τριτότοκος και γεννημένος στις 12 Ιανουαρίου 1751, Φερδινάνδος, τέταρτος στη σειρά για το βασίλειο της Νεαπόλεως. 
Το νεαρό της ηλικίας του νέου μονάρχη, που ήταν μόλις οκτώ χρονών όταν ανακηρύχθηκε βασιλιάς, ανάγκασε τον πατέρα του να συστήνει ένα Συμβούλιο της Αντιβασιλείας, με ηγέτη τον Τανούτσι, ο οποίος ήταν και αυτός που ουσιαστικά ανέλαβε τις τύχες του βασιλείου και τη συνέχιση των μεταρρυθμίσεων του Καρόλου. Σε νομοθετικό επίπεδο, μεγάλο μέρος της προόδου που επετεύχθη έγινε δυνατή χάρη στην υποστήριξη του Τανούτσι από τον Γκαετάνο Φιλαντζέρι, ο οποίος με το έργο του Scienza della legislazione («Νομοθετική επιστήμη»), μπορεί να θεωρηθεί ένας από τους προδρόμους του σύγχρονου δικαίου. Το 1767 ο βασιλιάς δημοσίευσε την διαταγή διωγμού των Ιησουιτών από το βασίλειο, με την αντίστοιχη παύση των πολιτιστικών τους θεσμών και την ιδιοποίηση της περιουσίας τους από το βασίλειο, έξι χρόνια πριν την αντίστοιχη ενέργεια του πάπα Κλιμένη ΙΔ’ που επέφερε την κατάργηση του τάγματος. Το 1767 ο Φερδινάνδος, όντας πλέον 16 ετών, έγινε βασιλιάς με πλήρεις εξουσίες και το Συμβούλιο της Αντιβασιλείας μετατράπηκε σε Συμβούλιο του Κράτους. Παρ’ όλα αυτά ο Τανούτσι συνέχιζε να κυβερνά εκ των πραγμάτων και να αναζητεί την μελλοντική σύζυγο του Φερδινάνδου στην αυστριακή αυλή.
Το 1768 ο βασιλιάς νυμφεύθηκε την Μαρία Καρολίνα του Αψβούργου-Λωρένης, κόρη της αυτοκράτειρας Μαρίας Θηρεσίας και αδελφή της βασίλισσας της Γαλλίας, Μαρίας Αντουανέτας. Ως όρος στο γαμήλιο συμβόλαιο είχε τεθεί η ανάθεση στην νέα βασίλισσα μιας θέσης στο Συμβούλιο του Κράτους από τη στιγμή που θα γεννούσε έναν άρρενα διάδοχο. 
Εκείνη την εποχή είχε αρχίσει η διάδοση των μασονικών οργανώσεων. Οι ιδέες τους περί ελευθερίας του ατόμου δεν εύρισκαν αντίθετη την νέα βασίλισσα, η οποία δεν συμμεριζόταν την κυρίαρχη άποψη περί Θεϊκού Δικαιώματος των βασιλέων αλλά αντίθετα θεωρούσε ότι πίσω από την διακυβέρνησή της έπρεπε να είναι η ευτυχία του λαού της, ιδέες που προκάλεσαν την αντίδραση των συντηρητικών όπως του Τανούτσι. Ο τελευταίος είδε την επιρροή του να πέφτει ακόμη περισσότερο όταν το 1775 η Μαρία Καρολίνα γέννησε τον Κάρολο Τίτο και ξεκίνησε να συμμετέχει στο Συμβούλιο του Κράτους. Η συμμετοχή της στα κοινά ήταν πολύ εντονότερη από αυτή του Φερδινάνδου, κι έφτασε σε σημείο ουσιαστικά να τον αντικαθιστά. Το 1776 ο Τανούτσι προχώρησε στην τελευταία πολιτική του κίνηση, καταργώντας την θεωρητική εξάρτηση του βασιλείου από τα Παπικά Κράτη, και τον επόμενο χρόνο αντικαταστάθηκε από τον Μαρκήσιο της Σαμπούκα, πρόσωπο πολύ πιο αρεστό στη βασίλισσα από τον πρώην υπουργό. Αντίστοιχα ο Φερδινάνδος κατήργησε το 1796 το δουκάτο της Σόρα, εξαφανίζοντας οριστικά τα τελευταία ίχνη της αναγεννησιακής κρατικής δομής και παράλληλα συνέχισε την πολιτική μεταρρυθμίσεων στην περιφέρεια με την εγκαθίδρυση της βιοτεχνικής αποικίας του Σαν Λεούτσιο το 1789.
Το 1778 έφτασε στη Νάπολη ο Τζον Άκτον, υπεύθυνος του στόλου του Μεγάλου Δουκάτου της Τοσκάνης με σκοπό την αναγκαία θεσμοθέτηση συμφωνιών περί των δικαιωμάτων αλιείας κι εμπορικής και πολεμικής ναυτιλίας και την παύση του μεσαιωνικού αραγωνικού νομικού πλαισίου.
Στην εσωτερική πολιτική σκηνή, τις χρονιές 1783 και 1784 προκλήθηκαν σκάνδαλα γύρω από το πρόσωπο του πρωθυπουργού Μαρκήσιου της Σαμπούκα, πρώτον λόγω κερδοσκοπίας από την δήμευση της ιησουιτικής περιουσίας και δεύτερον λόγω των φημών που είχε διασκορπίσει περί της υποτιθέμενης ερωτικής σχέσης της βασίλισσας με τον Τζον Άκτον. Ο ναύαρχος στη συνέχεια έγινε βασιλικός σύμβουλος ενώ στη θέση του Μαρκήσιου ανέβηκε ο Ντομένικο Καρατσόλο. 
Όλη αυτή η αναταραχή προετοίμασε το έδαφος για την επερχόμενη Ναπολιτανική Δημοκρατία του 1799. Η πολιτική καταπίεση που εφάρμοσε η βασίλισσα μετά τον αποκεφαλισμό του Λουδοβίκου ΙΕ’ κατά την Γαλλική Επανάσταση και η προέλαση των γαλλικών στρατευμάτων στην Ιταλία που είχε ως αποτέλεσμα την είσοδο της Νεάπολης στο πλευρό της δεύτερης συμμαχίας και μια σειρά ηττών και την είσοδο του γαλλικού στόλου στο βασίλειο.

Η Δημοκρατία της Νεαπόλεως

Στις 22 Δεκεμβρίου του 1789 ο βασιλιάς Φερδινάνδος Δ’ διέφυγε στο Παλέρμο, αφήνοντας την κυβέρνηση στα χέρια του Μαρκήσιου του Λαΐνο, Φραντσέσκο Πινιατέλι και στη Νεάπολη μια ισχνή λαϊκή άμυνα εναντίον των γάλλων. Ο μαρκήσιος δεν αντιμετώπισε ιδιαίτερη αντίσταση από τους εξεγερμένους, που εν τω μεταξύ είχαν εξαπλωθεί μέχρι το Αμπρούτσο, και τον Ιανουάριο του 1799 υπέγραψε την εκεχειρία του Σπαρανίζε με του γάλλους, που είχαν καταλάβει την Κάπουα.
Δεκατρείς μέρες μετά, στις 22 Ιανουαρίου, οι ναπολιτανοί πατριώτες κήρυξαν την γέννηση ενός νέου κράτους, της Δημοκρατίας της Νεαπόλεως, προλαβαίνοντας το γαλλικό σχέδιο περί εγκατάστασης στον ιταλικό νότο μιας κυβέρνησης κατοχής. Ο γάλλος διοικητής Ζαν Ετιένε Σαμπιονέ επιβεβαίωσε τους νέους θεσμούς των επαναστατών και αναγνώρισε τον φαρμακοποιό Κάρλο Λάουμπεργκ ως αρχηγό της δημοκρατίας. Αυτός, μαζί με την Ελεονόρα Πιμεντέλ Φονσέκα, ίδρυσε την εφημερίδα Monitore Napoletano, γνωστό μέσο διάδοσης της ρεπουμπλικανικής κι επαναστατικής προπαγάνδας.
Η νέα κυβέρνηση συμμετείχε άμεσα στην γαλλική επαναστατική εμπειρία, στέλνοντας εκπρόσωπό της στο Παρίσι κι εφάρμοσε άμεσα τις καινοτομίες που η Επανάσταση πρότεινε, όπως την απαλοιφή της φεουδαρχίας, τη δημιουργία μιας εθνικής ναπολιτανικής εκκλησίας ανεξάρτητης από τον πάπα και την συγγραφή σχεδίου συντάγματος της Δημοκρατίας, που αν κι έμεινε ανεφάρμοστο, θεωρείται ένα σημαντικό προηγούμενο των βασικών ιδεών του σύγχρονου ιταλικού αντιστοίχου του.
Ήδη από τις 23 Ιανουαρίου εκδόθηκαν οι πρώτες οδηγίες της προσωρινής κυβέρνησης της Δημοκρατίας στους Πατριώτες. Ωστόσο τα πολιτικά σχέδια των επαναστατών δεν κατάφεραν να εφαρμοστούν κατά τη διάρκεια των πέντε μηνών που έζησε η δημοκρατία. Τον Ιούνιο του ίδιου έτους, στρατεύματα υπό τον καρδινάλιο Φαμπρίτσιο Ρούφο ανέκτησαν τον ιταλικό νότο, επαναπροσφέροντας τα εδάφη αυτά στην βουρβονική μοναρχία του Παλέρμο. Η έδρα της κυβέρνησης παρέμεινε στην σικελική πρωτεύουσα. Τους επόμενους μήνες ο Φερδινάνδος εξέδωσε τις διαταγές εναντίον των ρεπουμπλικάνων επαναστατών, που καταδικάστηκαν σε θάνατο.

Η βασιλική αντίδραση και η πρώτη βουρβωνική παλινόρθωση

Με την παλινόρθωση της ναπολιτανικής μοναρχίας, η εξουσία του βασιλιά βασίστηκε πολύ στην υποστήριξη που έλαβε από τον καρδινάλιο Ρούφο, πλέον τοποτηρητή του Φερδινάνδου στο βόρειο βασίλειο της Σικελίας (Regno di Sicilia citeriore, όνομα που προϊδέαζε για την μελλοντική χρήση του όρου Βασιλείου των Δύο Σικελιών από τον Μυράτ και τον Φερδινάνδο στο Συμβούλιο της Βιέννης). Η ίδια η μοναρχία, βρέθηκε ξαφνικά να απειλείται από τις καινοτομίες που οι ίδιοι οι Βουρβόνοι είχαν εισάγει στη Νεάπολη τον 18ο αιώνα. Σε συνδυασμό με την αναζήτηση της εκκλησιαστικής υποστήριξης προκάλεσε μια σκοταδιστική στροφή. Οι ίδιοι οι κληρικοί που κείτονταν θετικά προς την επανάσταση υπέστησαν αυστηρούς ελέγχους από τους ανωτέρους τους.
Στις 27 Σεπτεμβρίου του 1799, ο ναπολιτανικός στρατός κατέκτησε τη Ρώμη, βάζοντας τέλος στην επαναστατική ρεπουμπλικανική εμπειρία κι ανασύστησε τα Παπικά Κράτη. Το 1801 προχώρησαν εναντίον της Δημοκρατίας των Άλπεων όπου ηττήθηκε από τον γάλλο στρατηγό Μυράτ έξω από τη Σιένα. Η ανακωχή του Φολίνιο και η συνθήκη ειρήνης της Φλωρεντίας μεταξύ του Ναπολέοντα και του Φερδινάνδου, επέφερε μια προσωρινή ειρήνευση της περιοχής και την αποφυλάκιση των ναπολιτανών επαναστατών. Με την συνθήκη ειρήνης της Αμιάν το 1802, το ναπολιτανικό κράτος απελευθερώθηκε προσωρινά από την ξένη στρατιωτική παρουσία και η βασιλική αυλή επαναγκαταστάθηκε στην πρωτεύουσα. Δύο χρόνια αργότερα το βασίλειο ξαναδέχθηκε του Ιησουίτες, ενώ το 1805 οι γάλλοι επανεκατέλαβαν μέρος του βασιλείου, εγκαθιστώντας φρουρά στην Απουλία.

Η ναπολεόντεια περίοδος

Για την επόμενη πενταετία το βασίλειο της Νάπολης ακολούθησε μια διφορούμενη πολιτική σε σχέση με την ναπολεόντεια Γαλλία. Η γεωγραφική του θέση στη μέση της Μεσογείου σήμαινε πολλά για τους Γάλλους, που παρόλη την υπεροχή τους στην ξηρά, είχαν χάσει τον έλεγχο της θάλασσας από τον αγγλικό στόλο. Με τη σειρά τους, οι ίδιοι οι Άγγλοι απειλούσαν με εισβολή την Σικελία. Ωστόσο, μετά τη νίκη του Άουστερλιτς στις 2 Δεκεμβρίου του 1805, ο στρατός του Ναπολέοντα εισέβαλε στο βασίλειο και το κατέλαβε. Οι στρατηγοί του, Γκουβιόν-Σεν Σιρ και Ρενιέ ανακήρυξαν έκπτωτη την βουρβωνική δυναστεία που από εκείνη τη στιγμή εισήλθε στην Τρίτη Συμμαχία. Όσο ο Ναπολέοντας όριζε τον αδερφό του, Ιωσήφ Βοναπάρτη, βασιλιά στη Νάπολη, στις επαρχίες της Μπαζιλικάτα και της Καλαβρίας οργανωνόταν η φιλοβουρβονική αντίσταση. Η καταπίεση των αντιγαλλικών κινητοποιήσεων αφέθηκε αρχικά στους στρατηγούς Μασενά και Ζαν Μαξιμιλιάν Λαμάρκ, που κατάφεραν να σταματήσουν την εξέγερση με ιδιαίτερα σκληρά μέσα που προκάλεσαν ωμότητες όπως τη λεγόμενη σφαγή της Λαούρια. Η νέα διοίκηση, που αποτελούταν κυρίως από ξένους, προσπάθησε να εφαρμόσει για μία ακόμη φορά, με σχετικά μεγάλη επιτυχία όμως πλέον, ριζοσπαστικές αλλαγές, όπως την απαλοιφή του φεουδαρχισμού και των μοναστικών ταγμάτων. Επιπλέον συστήθηκε φόρος εισοδήματος και απογραφές ΧΧonciarioXX ενώ αναδιατάχθηκε και η επαρχιακή διοικητική δομή του βασιλείου.

Όταν ο Ιωσήφ Βοναπάρτης ορίστηκε το 1808 βασιλιάς της Ισπανίας από τον αδερφό του, στην θέση του στο βασίλειο της Νεάπολης τον αντικατέστησε ο Ιωακείμ Μυράτ, που στέφθηκε από τον Ναπολέοντα την πρώτη Αυγούστου του ίδιου έτους με το όνομα Ιωακείμ Βοναπάρτης, Βασιλιάς των Δύο Σικελιών, Θεού και Συντάγματος Χάρητι. Ο νέος μονάρχης απελευθέρωσε το Κάπρι από τους Άγγλους και προχώρησε σε μια σειρά από δημόσια έργα. Το πρόσφατα δημιουργηθέν σώμα των Μηχανικών Γεφυρών και Οδοποιίας έκτισε νέες γέφυρες στη Νεάπολη, έφερε εις πέρας τον δημόσιο φωτισμό στο Ρέτζο της Καλαβρίας, το σχέδιο του Μπόργκο Νουόβο στο Μπάρι, την ίδρυση του νοσοκομείου του Σαν Κάρλο στην Ποτέντσα και την βελτίωση της βιωσιμότητας στα βουνά του Αμπρούτσο. Υπήρξε υποστηρικτής του Ναπολεόντειου Κώδικα, του νομικού κώδικα που επέτρεπε για πρώτη φορά τον πολιτικό γάμο και το διαζύγιο και που τέθηκε σε ισχύ στο βασίλειο την πρώτη Ιανουαρίου του 1809, εν μέσω αντιδράσεων του συντηρητικού κλήρου. Το 1812 χάρις στις πολιτικές του Μυράτ, ιδρύθηκε η πρώτη σύγχρονη βιομηχανία χάρτου του βασιλείου στο νησί Λίρι. 
Το 1808, ο μονάρχης έθεσε τον στρατηγό Σαρλ Αντουάν Μανιές υπεύθυνο να καταστείλει την εκ νέου ανάδειξη της ληστείας στα εδάφη του βασιλείου. Λόγω των τρομερά σκληρών μεθόδων του, ο στρατηγός έμεινε γνωστός από τους Καλαβρέζους ως «ο Εξολοθρευτής». Αφού επιβλήθηκε σχετικά εύκολα στις εξεγέρσεις στο Κλιέντο και στο Αμπρούτσο, συνέχισε την ειρηνοποίηση του βασιλείου στο νότο, καταπνίγοντας την αντίσταση στην Μπαζιλικάτα και την Καλαβρία, που λάμβανε βοήθεια από την εξόριστη στη Σικελία. βουρβονική αυλή.Το καλοκαίρι του 1810 ο Μυράτ έκανε μια απόπειρα απόβασης στη Σικελία με σκοπό να επαναενώσει πολιτικά το βασίλειο που ωστόσο απέτυχε. 
Ο Μυράτ προσπάθησε σταθερά να απεμπλακεί από τις σχέσεις του με το Ναπολέοντα και τους γάλλους υπαλλήλους του Ιωσήφ Βοναπάρτη, και βάσισε την εξουσία του κυρίως στη σχέση του με τον ναπολιτανικό λαό. Αν κι έλαβε μέρος στις εκστρατείες του αυτοκράτορα μέχρι το 1813, από τη στιγμή που ξέσπασε η κρίση στο γαλλικό στρατόπεδο άλλαξε πλευρά κι έφτασε στο σημείο να υποστηρίξει τα αυστριακά στρατεύματα στην προέλασή τους στην Ιταλία ή να απαλάξει από τον γαλλικό ζυγό τις περιοχές της Ούμπρια και της Εμίλια-Ρομάνια. Κατάφερε να διατηρήσει για μερικό καιρό ακόμη το ναπολιτανικό στέμμα μα η εχθρότητα τόσο της νέας Γαλλίας υπό τον Λουδοβίκο ΙΗ’ όσο και της Αγγλίας, απέτρεψαν την αποδοχή της παρουσίας ναπολιτανικής αποστολής στο Συμβούλιο των Συμμάχων. Τέτοια απόρριψη τον οδήγησε να επικοινωνήσει με τον εξόριστο Ναπολέοντα λίγο πριν τις Εκατό Ημέρες του κι επιτέθηκε στην Αυστρία. Με αφορμή αυτή την εξέλιξη, ο Μυράτ δημοσίευσε την περίφημη Διακήρυξη του Ρίμινι, ένα κάλεσμα στην ενότητα των ιταλικών λαών που θεωρείται και η έναρξη του ιταλικού Ρισορτζιμέντο. Παραταύτα, η ενωτική καμπάνια απέτυχε και οι αυστριακοί τον κατανίκησαν στη μάχη του Τολεντίνο στις 3 Μαΐου του 1815. Με τη συνθήκε της Καζαλάντσα συμφωνήθηκε η επιστροφή του βασιλείου στα χέρια των Βουρβόνων. Η πολεμική δραστηριότητα του Μυράτ ολοκληρώθηκε με την τελευταία ναυτική ήττα του στόλου του στρατηγού που από την Κορσική προσπάθησε να εισβάλει στη Νάπολη ενώ ο ίδιος εκτελέστηκε.

Η παλινόρθωση και το Βασίλειο των Δύο Σικελιών

Με την παλινόρθωση του 1815 και την επιστροφή των Βουρβόνων στον θρόνο της Νεάπολης, τα δύο βασίλεια της Νεάπολης και της Σικελίας επαναενώθηκαν σε μία κοινή κρατική οντότητα, που επέζησε μέχρι το 1861, όταν και εντάχθηκαν στο βασίλειο της Ιταλίας. Το βασίλειο των Δύο Σικελιών διατήρησε το ναπολεόντειο διοικητικό σύστημα, ακολουθώντας ωστόσο αυστηρά συντηρητικές πολιτικές.  Για πρώτη φορά ο βασιλιάς, που πλέον ονομαζόταν Φερδινάνδος Α’ των Δύο Σικελιών, έδειξε διάθεση συνομιλίας με την Αγία Έδρα, με την οποία υπέγραψε το Σύμφωνο της Τερατσίνα που απεμπόλησε κάθε νομικό προνόμιο του κλήρου στη Νεάπολη, παραχωρώντας του όμως αυξημένα περιουσιακά δικαιώματα.

Οικονομία

Το βασίλειο της Νεαπόλεως γεννήθηκε σε μια πολύ κρίσιμη εποχή για την οικονομία της Μεσογείου. Εάν κατά την κλασσική περίοδο τα εδάφη της νότιας Ιταλίας αποτέλεσαν μάλλον τα πιο πλούσια και ανθηρά που γνώρισε ο αρχαίος κόσμος, με την πτώση της Δυτικής Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και την διάσπαση της εδαφικής ενότητας της αυτοκρατορίας, ο ιταλικός νότος πέρασε μια αρκετά μακρά περίοδο παρακμής. Κατ’ αρχήν οι εκστρατείες εναντίον των Αράβων, οι οποίοι είχαν διαμορφώσει στις κατεκτημένες περιοχές της Καλαβρίας, της Μπαζιλικάτα και της Σικελίας ένα ευνοϊκό οικονομικό κλίμα, κι έπειτα η διάσπαση του βασιλείου του Φρειδερίκου Β’ σε δύο μέρη, καθιέρωσαν στις ναπολιτανικές επαρχίες τους, αρκετά αποτελεσματικούς για τότε, διοικητικούς μηχανισμούς των Νορμανδών. Αυτοί επέβαλαν τον φεουδαρχισμό ως το κύριο οικονομικό και παραγωγικό μοντέλο και κατέστησαν το βασίλειο της Σικελίας, που κατείχε και ναπολιτανικά εδάφη, παρέμεινε το πλουσιότερο βασίλειο της Ευρώπης για όσο διάστημα κυβερνήθηκε από τους Ανδεγαυούς.
Παρά την σημαντικότατη απώλεια της Σικελίας μετά τους Σικελικούς Εσπερινούς και των εσόδων που επέφερε στους Ανδεγαυούς και των άστοχων πολιτικών του Καρόλου του Ανδηγαυού, η σταθερότητα που επήλθε κατά την αραγωνική περίοδο, επέτρεψε στο βασίλειο την σύναψη πολλών διεθνών εμπορικών επαφών και συνέβαλε σε μια αξιοπρόσεκτη οικονομική ακμή. Το βασίλειο εμπορευόταν με την Ιβηρική χερσόννησο (Στέμμα της Αραγώνας), την Αδριατική, τη Γαλλία ακόμη και με την Βόρεια Θάλασσα και τη Βαλτική, χάρις σε προνόμια που απολάμβανε από την Χανσεατική Λίγκα. Η Γκαέτα, η Νάπολη, ο Ρέτζο και τα λιμάνια της Απουλίας είχαν στραφεί προς την Δύση ενώ αντίστοιχα, τα λιμάνια του Μπάρι, του Τράνι, του Μπρίντιζι και του Τάραντα εμπορεύονταν με την Ανατολή, τα βενετικά εδάφη και τους Αγίους Τόπους. Με αυτόν τον τρόπο, η Απουλία μετατράπηκε στο σημαντικότερο εμπορικό κέντρο από το οποίο προμηθεύονταν οι αγορές του βορά μεσογειακά προϊόντα όπως λάδι και κρασί, ενώ παράλληλα στο Ρέτζο της Καλαβρίας μπόρεσε κι επιβίωσε η καλλιέργεια του μεταξιού, που την είχαν εισάγει οι Άραβες.
Κατά την αραγωνική περίοδο, η κτηνοτροφία μετατράπηκε σε μία ακόμη βασική πλουτοπαραγωγική πηγή για το βασίλειο. Η παραγωγή μαλλιού στην περιοχή από το Αμπρούτσο μέχρι την Καπιτανάτα διοχετευόταν στις αγορές τις Φλωρεντίας ενώ η επεξεργασία σιδήρου στο Μολίζε αποτέλεσε  τη σημαντικότερη τοπική βιομηχανία που σταθερά μέχρι την νεωτεριστική εποχή εξήγαγε στην Ευρώπη. Στη συνέχεια, η απειλή των Οθωμανών οδήγησε στην ενδυνάμωση του εμπορικού και πολεμικού στόλου του βασιλείου ενώ με την διάδοση της βιομηχανοποίησης, το βασίλειο της Νάπολης έζησε τον εκσυγχρονισμό του παραγωγικού του συστήματος και τις αλλαγές στο εμπόριο με την ίδρυση νέων βιομηχανιών.
Παρ’ όλες τις δύσκολες ιστορικές συνθήκες, που απέτρεψαν την ένταξη του βασιλείου στην οικονομική πρωτοπορία, το λιμάνι και η ίδια η πόλη της Νεάπολης, λόγω της κομβικής της θέσης στο κέντρο της Μεσογείου, υπήρξε για αιώνες ένα από τα πιο ενεργά οικονομικά κέντρα της Ευρώπης.