Μοχαμάντ Νατζιμπουλάχ

Πρώτα χρόνια και σταδιοδρομία

Ο Νατζιμπουλάχ γεννήθηκε τον Φεβρουάριο του 1947 στην Καμπούλ, πρωτεύουσα του Βασιλείου του Αφγανιστάν. Η καταγωγή του ήταν από το χωριό Μεχλάν, που βρίσκεται ανάμεσα στις πόλεις Σαΐντ Καράμ και Γκαρντέζ στην επαρχία Πακτιά. Σπούδασε στο Λύκειο Χαμπιμπιά στην Καμπούλ, τη Σχολή Σαιντ Τζόζεφς στην πόλη Μπαραμούλα της Ινδίας και το Πανεπιστήμιο της Καμπούλ, από όπου αποφοίτησε με διδακτορικό στην ιατρική το 1975. Ανήκει στην υποφυλή Αχμαντζάι των Γκιλτζί Παστούν του Γκαρντέζ. 
Το 1965, ο Νατζιμπουλάχ προσχώρησε στη συνιστώσα Παρτσάμ του κομμουνιστικού Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος του Αφγανιστάν (ΛΔΚΑ). Εργάστηκε ως στενός συνεργάτης και σωματοφύλακας του Μπαμπράκ Καρμάλ κατά τη διάρκεια της θητείας του τελευταίου στην κάτω βουλή (1965-1973). Ο Νατζιμπουλάχ απέκτησε το ψευδώνυμο Νατζίμπ-ε-Γκάου (Νατζίμπ ο Ταύρος) λόγω της ιδιοσυγκρασίας του. Το 1977 εξελέγη στην Κεντρική Επιτροπή του ΛΔΚΑ. 
Τον Απρίλιο του 1978, το ΛΔΚΑ ανέλαβε την εξουσία στο Αφγανιστάν, με τον Νατζιμπουλάχ να είναι μέλος του κυβερνώντος Επαναστατικού Συμβουλίου. Ωστόσο, η συνιστώσα Χαλκ του ΛΔΚΑ υπερίσχυσε επί του Παρτσάμ, και μετά από σύντομο χρονικό διάστημα ως πρέσβης στο Ιράν, απολύθηκε από την κυβέρνηση και εξορίστηκε στην Ευρώπη.

Υπουργός Δημόσιας Ασφάλειας: 1980-1985

Επέστρεψε στην Καμπούλ μετά από τη σοβιετική παρέμβαση το 1979. Το 1980, διορίστηκε επικεφαλής της Κρατικής Υπηρεσίας Πληροφοριών, ισοδύναμης με τη σοβιετική KGB και προήχθη στον βαθμό του υποστρατήγου. Διορίστηκε μετά από πίεση των Σοβιετικών. Η πλέον εξέχουσα μορφή που πίεσε για τον διορισμό του ήταν ο Γιούρι Αντρόπωφ, πρόεδρος της KGB. Κατά τη διάρκεια των έξι ετών του ως επικεφαλής της Υπηρεσίας Πληροφοριών είχε δύο έως τέσσερις εκπροσώπους υπό τον έλεγχό του, οι οποίοι με τη σειρά τους ήταν υπεύθυνοι για περίπου 12 τμήματα. Σύμφωνα με στοιχεία, ο Νατζιμπουλάχ στηριζόταν στην οικογένειά του και το επαγγελματικό του δίκτυο και τους διόριζε συχνότερα από ότι άτομα που δεν γνώριζε, σε κορυφαίες θέσεις της Υπηρεσίας Πληροφοριών. Τον Ιούνιο του 1981, ο Νατζιμπουλάχ, μαζί με τον Μοχαμάντ Ασλάμ Βαταντζάρ, πρώην διοικητή τεθωρακισμένων και τότε Υπουργό Επικοινωνιών τον υποστράτηγο Μοχαμάντ Ραφί, Υπουργό Άμυνας διορίστηκαν στο Πολιτικό Γραφείο του Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος του Αφγανιστάν. Κατά τη διοίκηση του Νατζιμπουλάχ, το προσωπικό της Υπηρεσίας Πληροφοριών αυξήθηκε από 120 σε 25.000 με 30.000. Οι εργαζόμενοι της Υπηρεσίας Πληροφοριών συγκαταλέγονταν μεταξύ των καλύτερα αμειβομένων κυβερνητικών γραφειοκρατών στο κομμουνιστικό Αφγανιστάν και γι' αυτό, η πολιτική κατήχηση των αξιωματούχων της Υπηρεσίας Πληροφοριών ήταν κορυφαία προτεραιότητα. Κατά τη διάρκεια μιας διάσκεψης του ΛΔΚΑ ο Νατζιμπουλάχ, μιλώντας για το πρόγραμμα κατήχησης του προσωπικού της Υπηρεσίας Πληροφοριών, είπε «Όπλο στο ένα χέρι και βιβλίο στο άλλο». Οι τρομοκρατικές δραστηριότητες που δρομολογήθηκαν από την Υπηρεσία Πληροφοριών κορυφώθηκαν κατά τη διοίκηση του Νατζιμπουλάχ. Ο ίδιος αναφερόταν απευθείας στη σοβιετική KGB και ένα μεγάλο μέρος του προϋπολογισμού της Υπηρεσίας προερχόταν από την ίδια τη Σοβιετική Ένωση. 
Όπως αποδείχθηκε αργότερα, ο Νατζιμπουλάχ ήταν πολύ αποτελεσματικός και κατά τη διάρκεια της θητείας του ως επικεφαλής της Υπηρεσίας Πληροφοριών, χιλιάδες συνελήφθησαν, βασανίστηκαν και εκτελέστηκαν. Υπάρχουν αναφορές από επιζώντες οι οποίοι δήλωσαν ότι ο Νατζιμπουλάχ θα συμμετείχε προσωπικά στα βασανιστήρια των γνωστών αντικομμουνιστών πολιτών. Η Υπηρεσία Πληροφοριών στόχευε αντικομμουνιστές πολίτες, πολιτικούς αντιπάλους και μορφωμένα μέλη της κοινωνίας. Αυτή η αποτελεσματικότητα προκάλεσε το ενδιαφέρον των Σοβιετικών για το πρόσωπό του. Εξαιτίας αυτού, η Υπηρεσία Πληροφοριών έγινε γνωστή για την ασπλαχνία της. Κατά την άνοδό του στην εξουσία, αρκετοί Αφγανοί πολιτικοί δεν επιθυμούσαν τον Νατζιμπουλάχ ως διάδοχο του Μπαμπράκ Καρμάλ λόγω του γεγονότος ότι ήταν γνωστός για την εκμετάλλευση των δυνάμεών του προς όφελός του. Δεν βοήθησε ούτε ότι, κατά τη διάρκεια της θητείας του ως επικεφαλής της Υπηρεσίας Πληροφοριών, το Πουλ-ι-Τσαρκί είχε γίνει καταφύγιο για πολλούς πολιτικούς του Χαλκ. Ένα άλλο πρόβλημα ήταν ότι ο Νατζιμπουλάχ επέτρεψε τις καταχρήσεις, τις κλοπές, τη δωροδοκία και τη διαφθορά σε κλίμακα που δεν είχε φανεί προηγουμένως. Όπως φάνηκε αργότερα από τη μάχη για την εξουσία που είχε με τον Καρμάλ αφού έγινε Γενικός Γραμματέας του Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος, παρά το γεγονός ότι ο Νατζιμπουλάχ ήταν επικεφαλής της Υπηρεσίας Πληροφοριών για πέντε χρόνια, ο Καρμάλ είχε ακόμα μεγάλη υποστήριξη στο κόμμα.

Άνοδος στην εξουσία: 1985-1986

Διορίστηκε στη Γραμματεία του ΛΔΚΑ τον Νοέμβριο του 1985. Η άνοδος του Νατζιμπουλάχ στην εξουσία αποδείχθηκε από τη μετατροπή της Υπηρεσίας Πληροφοριών από κυβερνητικό όργανο σε υπουργείο τον Ιανουάριο του 1986. Με την επιδείνωση της κατάστασης στο Αφγανιστάν και τη σοβιετική ηγεσία να αναζητά τρόπους απόσυρσης, ο Μιχαήλ Γκορμπατσώφ ήθελε να οδηγήσει τον Καρμάλ σε παραίτηση από τη θέση του Γενικού Γραμματέα του ΛΔΚΑ. Το ζήτημα του ποιος έπρεπε να διαδεχθεί τον Καρμάλ συζητήθηκε έντονα, αλλά ο Γκορμπατσώφ υποστήριξε τον Νατζιμπουλάχ. Ο Γιούρι Αντρόπωφ, ο Μπόρις Πονομάρεφ και ο Ντμίτρι Ουστίνοφ θεωρούσαν ιδανικό τον Νατζιμπουλάχ και οι διαπραγματεύσεις για το ποιος θα διαδεχόταν τον Καρμάλ μπορεί να ξεκίνησαν ήδη από το 1983. Παρόλα αυτά, ο Νατζιμπουλάχ δεν ήταν η μόνη επιλογή που είχαν οι Σοβιετικοί. Μια έκθεση της Γενικής Διεύθυνσης του Επιτελείου των Ενόπλων Δυνάμεων της Σοβιετικής Ένωσης υποστήριξε ότι ήταν εθνικιστής Παστούν, κάτι που μπορεί να μείωνε τη δημοτικότητα του καθεστώτος ακόμη περισσότερο. Οι ένοπλες δυνάμεις των Σοβιετικών προτιμούσαν τον Ασαντουλάχ Σαρβαρί, επικεφαλής της μυστικής αστυνομίας του Αφγανιστάν, τον οποίο θεωρούσαν ως καλύτερο για να ισορροπήσει μεταξύ των Παστούν, των Τατζίκων και των Ουζμπέκων. Ένας άλλος πιθανός υποψήφιος ήταν ο Αμπντούλ Καντίρ, ο οποίος συμμετείχε στην Εξέγερση του Σαούρ. Ο Νατζιμπουλάχ διαδέχτηκε τον Καρμάλ ως Γενικό Γραμματέα του Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος στις 4 Μαΐου 1986 κατά την 18η συνέλευση του κόμματος, αλλά ο Καρμάλ εξακολούθησε να κατέχει τη θέση του ως Επικεφαλής του Προεδρείου του Επαναστατικού Συμβουλίου. 
Στις 15 Μαΐου, ο Νατζιμπουλάχ ανακοίνωσε την ίδρυση συλλογικής ηγεσίας, η οποία καθοδηγούταν από τον εαυτό του ως επικεφαλής του κόμματος, τον Καρμάλ ως αρχηγό του κράτους και τον Σουλτάν Αλί Κεστμάντ ως Πρόεδρο του Υπουργικού Συμβουλίου. Όταν ο Νατζιμπουλάχ ανέλαβε το αξίωμα του Γενικού Γραμματέα του ΛΔΚΑ, ο Καρμάλ διέθετε ακόμα αρκετή υποστήριξη στο κόμμα για να επικρατήσει του Νατζιμπουλάχ. Ο Καρμάλ διέδιδε φήμες ότι η διοίκηση του Νατζιμπουλάχ ήταν κάτι περισσότερο από ένα διάλειμμα και ότι σύντομα θα ο ίδιος θα επανερχόταν και πάλι στη γενική γραμματεία. Όπως αποδείχθηκε, η βάση εξουσίας του Καρμάλ αυτήν την περίοδο ήταν η Υπηρεσία Πληροφοριών. Η σοβιετική ηγεσία ήθελε να αποσύρει τον Καρμάλ από την πολιτική, αλλά όταν ο Νατζιμπουλάχ άρχισε να διαμαρτύρεται ότι τα σχέδιά του για εθνική συμφιλίωση παρεμποδιζόταν, το σοβιετικό Πολιτικό Γραφείο αποφάσισε να απομακρύνει τον Καρμάλ. Αυτή η πρόταση υποστηρίχθηκε από τον Αντρέι Γκρόμικο, τον Γιούλι Βορόντσοφ, τον Έντβαρντ Σεβαρντνάτζε, τον Ανατόλι Ντόμπρινιν και τον Βίκτορ Τσέμπρικοφ. Μια συνεδρίαση του ΛΔΚΑ τον Νοέμβριο απάλλαξε τον Καρμάλ από την προεδρία του Επαναστατικού Συμβουλίου και τον έστειλε εξόριστο στη Μόσχα, όπου του δόθηκε κρατικό διαμέρισμα και ντάτσα (εξοχική κατοικία). Διάδοχός του στη θέση του προέδρου του Επαναστατικού Συμβουλίου αναδείχθηκε ο Χατζί Μοχαμάντ Τσαμκανί, ο οποίος δεν ήταν μέλος του Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος του Αφγανιστάν.

Εθνική Συμφιλίωση

Τον Σεπτέμβριο του 1986 ιδρύθηκε η Επιτροπή Εθνικού Συμβιβασμού με εντολή του Νατζιμπουλάχ. Ο στόχος της ήταν να έλθει σε επαφή με τους αντεπαναστάτες «προκειμένου να ολοκληρώσει την Εξέγερση του Σαούρ στη νέα της φάση». Σύμφωνα με ισχυρισμούς, περίπου 40.000 επαναστάτες ήρθαν σε επαφή με την κυβέρνηση. Στα τέλη του 1986, ο Νατζιμπουλάχ ζήτησε εξαμηνιαία κατάπαυση του πυρός και συνομιλίες μεταξύ των διαφόρων δυνάμεων της αντιπολίτευσης, μιας και αυτό ήταν μέρος της πολιτικής Εθνικής Συμφιλίωσης του. Οι συζητήσεις, εάν ήταν καρποφόρες, θα οδηγούσαν στη δημιουργία μιας κυβέρνησης συνασπισμού και θα σήμαιναν το τέλος της μονοκομματικής εξουσίας του ΛΔΚΑ. Το πρόγραμμα απέτυχε, αλλά η κυβέρνηση ήταν σε θέση να στρατολογήσει απογοητευμένους αγωνιστές μουτζαχεντίν ως κυβερνητικούς πολιτοφυλακές. Με πολλούς τρόπους, η Εθνική Συμφιλίωση οδήγησε σε έναν αυξανόμενο αριθμό κατοίκων στις πόλεις που χρησιμοποιήθηκαν για την στήριξη της διακυβέρνησής του και τη σταθεροποίηση των αφγανικών αμυντικών δυνάμεων. 
Τον Σεπτέμβριο του 1986 γράφτηκε νέο σύνταγμα το οποίο εγκρίθηκε στις 29 Νοεμβρίου 1987. Το σύνταγμα αποδυνάμωσε τις εξουσίες του αρχηγού του κράτους ακυρώνοντας την απόλυτη αρνησικυρία του. Ο λόγος αυτής της κίνησης, σύμφωνα με τον Νατζιμπουλάχ, ήταν η ανάγκη για τον διαμοιρασμό της πραγματικής εξουσίας. Στις 13 Ιουλίου 1987 η επίσημη ονομασία του Αφγανιστάν μεταβλήθηκε από Λαϊκή Δημοκρατία του Αφγανιστάν σε Δημοκρατία του Αφγανιστάν και τον Ιούνιο του 1988 το Επαναστατικό Συμβούλιο, τα μέλη του οποίου εκλεγόταν από την ηγεσία του κόμματος, αντικαταστάθηκαν από μια Εθνοσυνέλευση, όπου τα μέλη εκλέγονταν από το λαό. Η σοσιαλιστική στάση του ΛΔΚΑ αμφισβητήθηκε ακόμη περισσότερο από ότι στο παρελθόν, όταν το 1989 ο Υπουργός Ανώτατης Εκπαίδευσης άρχισε να εργάζεται για την «απο-Σοβιετοποίηση» των πανεπιστημίων και το 1990 ανακοινώθηκε από ένα μέλος του κόμματος ότι όλα τα μέλη της Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος του Αφγανιστάν ήταν μουσουλμάνοι και ότι το κόμμα είχε εγκαταλείψει τον μαρξισμό. Πολλά τμήματα του οικονομικού μονοπωλίου της κυβέρνησης του Αφγανιστάν επίσης διασπάστηκαν, και αυτό είχε να κάνει περισσότερο με τη στενή οικονομική κατάσταση παρά με οποιαδήποτε ιδεολογική πεποίθηση. Ο Αμπντούλ Χακίμ Μισάκ, δήμαρχος της Καμπούλ, δήλωσε ακόμη ότι οι διακινητές κλεμμένων αγαθών δεν θα διωχθούν από το νόμο, εφόσον τα αγαθά τους έχουν δοθεί στην αγορά. Ο Γιούλι Βορόντσοφ, με εντολή του Γκορμπατσώφ, μπόρεσε να έλθει σε συμφωνία με την ηγεσία του ΛΔΚΑ για να προτείνει άτομα για τις θέσεις του προέδρου του Γκοσοβιέτ (του οργάνου κρατικού σχεδιασμού), της προεδρίας του Υπουργικού Συμβουλίου, των υπουργείων άμυνας, κρατικής ασφάλειας, επικοινωνιών, οικονομικών, τις προεδρίες των τραπεζών και του Ανώτατου Δικαστηρίου. Πρέπει να σημειωθεί ότι η ΛΔΚΑ απαίτησε να διατηρήσει μέλη της σε όλους τις θέσεις υφυπουργών, να διατηρήσει την πλειοψηφία της στην κρατική γραφειοκρατία και να διατηρήσει όλους τους επαρχιακούς διοικητές. Η κυβέρνηση δεν ήταν διατεθειμένη να παραχωρήσει όλες αυτές τις θέσεις, και όταν η προσφορά παρουσιάστηκε δημοσίως, δε θέλησε να παραχωρήσει τα υπουργεία άμυνας και κρατικής ασφάλειας.

Εκλογές: 1987 και 1988

Το 1987 πραγματοποιήθηκαν τοπικές εκλογές. Ξεκίνησαν όταν η κυβέρνηση εισήγαγε νόμο που επέτρεπε τη σύσταση άλλων πολιτικών κομμάτων, ανακοινώνοντας ότι ήταν διατεθειμένη να μοιραστεί την εξουσία με εκπροσώπους ομάδων της αντιπολίτευσης σε περίπτωση κυβέρνησης συνασπισμού και εξέδωσε νέο σύνταγμα που προέβλεπε νέα Εθνοσυνέλευση με δύο βουλές (Μελί Σουρά), που αποτελούνταν από μια Γερουσία (Σενά) και μια Βουλή των Αντιπροσώπων (Βολεσί Τζιργκά), και έναν πρόεδρο που θα εκλεγόταν έμμεσα σε επταετή θητεία. Τα νέα πολιτικά κόμματα έπρεπε να αντιταχθούν στην αποικιοκρατία, τον ιμπεριαλισμό, τη νεο-αποικιοκρατία, τον σιωνισμό, τις φυλετικές διακρίσεις, το απαρτχάιντ και τον φασισμό. Ο Νατζιμπουλάχ δήλωσε ότι μόνο το εξτρεμιστικό τμήμα της αντιπολίτευσης δεν θα μπορούσε να ενταχθεί στην προγραμματισμένη κυβέρνηση συνασπισμού. Κανένα κόμμα δεν έπρεπε να υιοθετήσει την πολιτική ή την ιδεολογία του Λαϊκού Δημοκρατικού Κόμματος του Αφγανιστάν, αλλά δεν μπορούσε να αντιταχθεί στον δεσμό μεταξύ του Αφγανιστάν και της Σοβιετικής Ένωσης. Το 1988 διεξήχθησαν κοινοβουλευτικές εκλογές. Το ΛΔΚΑ κέρδισε 46 έδρες στη Βουλή των Αντιπροσώπων και είχε τον έλεγχο της κυβέρνησης με την υποστήριξη του Εθνικού Μετώπου, το οποίο κέρδισε 45 έδρες και από διάφορα πρόσφατα αναγνωρισμένα αριστερά κόμματα, τα οποία είχαν κερδίσει συνολικά 24 έδρες. Παρόλο που οι μουτζαχεντίν δε συμμετείχαν στις εκλογές, η κυβέρνηση άφησε 50 από τις 234 έδρες στη Βουλή των Αντιπροσώπων, καθώς και ένα μικρό αριθμό εδρών στη Γερουσία, κενές με την ελπίδα ότι οι αντάρτες θα τερματίσουν τον ένοπλο αγώνα τους και θα συμμετάσχουν η κυβέρνηση. Το μόνο ένοπλο κομμάτι της αντιπολίτευσης που ήλθε σε συμφωνία με την κυβέρνηση ήταν η Χεζμπολάχ, ένα μικρό κόμμα σιιτών, που δεν πρέπει να συγχέεται με το μεγαλύτερο κόμμα στο Ιράν ή την οργάνωση του Λιβάνου.

Κατάσταση ανάγκης

Αρκετές μορφές της ιντελιγκέντσια έλαβαν σοβαρά υπόψη την προσφορά του Νατζιμπουλάχ, είτε συμπαθούσαν ή ήταν αντίθετοι με το καθεστώς. Οι ελπίδες τους μετριάστηκαν όταν η κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ έλαβε μέτρα κατάστασης έκτακτης ανάγκης στις 18 Φεβρουαρίου 1989, τέσσερις ημέρες μετά την απόσυρση των σοβιετικών. 1.700 διανοούμενοι συνελήφθησαν μόνο τον Φεβρουάριο και μέχρι τον Νοέμβριο του 1991 η κυβέρνηση εξακολουθούσε να εποπτεύει και να περιορίζει την ελευθερία του λόγου. Ένα άλλο πρόβλημα ήταν ότι τα μέλη του κόμματος έλαβαν σοβαρά την πολιτική του Νατζιμπουλάχ. Ο Νατζιμπουλάχ αποκήρυξε ότι τα περισσότερα μέλη του κόμματος αισθανόταν «πανικό και απαισιοδοξία». Στη δεύτερη διάσκεψη του κόμματος, η πλειοψηφία των μελών, ίσως έως το 60%, ήταν ριζοσπαστικοποιημένοι σοσιαλιστές.  Σύμφωνα με τους σοβιετικούς συμβούλους (το 1987), ξέσπασε μια έντονη ενδοκομματική συζήτηση ανάμεσα σε εκείνους που υποστήριζαν τον εξισλαμισμό του κόμματος και εκείνους που ήθελαν να υπερασπιστούν τα κέρδη της Εξέγερσης του Σαούρ. Η αντίθεση προς την πολιτική της Εθνικής Συμφιλίωσης υπήρχε διάχυτη σε μέλη από ολόκληρο το κόμμα, αλλά κυρίως στους υποστηρικτές του Καρμάλ. Πολλοί δεν υποστήριξαν την παράδοση των ήδη μικρών κρατικών πόρων που διέθετε το αφγανικό κράτος. Από την άλλη πλευρά, αρκετά μέλη κήρυξαν αντισοβιετικά συνθήματα, καθώς κατηγορούσαν πως το πρόγραμμα Εθνικής Συμφιλίωσης υποστηρίχθηκε και αναπτύχθηκε από τη Σοβιετική Ένωση. Ο Νατζιμπουλάχ διαβεβαίωσε τη διακομματική αντιπολίτευση ότι δεν θα παρατήσει τα κέρδη της Εξέγερσης του Σαούρ, αλλά αντίθετα θα τα διαφυλάξει, χωρίς να εγκαταλείψει το μονοπώλιο του ΛΔΚΑ στην εξουσία ή να συνεργαστεί με τους αντιδραστικούς Μουλάδες.

Ένα ισλαμικό κράτος

Κατά τη διάρκεια των τελευταίων ετών του Μπαμπράκ Καρμάλ και κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησης του Νατζιμπουλάχ, το Λαϊκό Δημοκρατικό Κόμμα προσπάθησε να βελτιώσει τη σχέση του με τους μουσουλμάνους, μετακινούμενο ή προσποιούμενο τη μετακίνηση προς το πολιτικό κέντρο. Ήθελαν να δημιουργήσουν μια νέα εικόνα για το κόμμα και το κράτος. Το 1987 ο Νατζιμπουλάχ επανέφερε την κατάληξη Ουλάχ στο όνομα του για να κατευνάσει τη μουσουλμανική κοινότητα. Τα κομμουνιστικά σύμβολα είτε αντικαταστάθηκαν είτε αφαιρέθηκαν. Αυτά τα μέτρα δεν συνέβαλαν σε καμία αξιοσημείωτη αύξηση της υποστήριξης προς την κυβέρνηση, επειδή οι μουτζαχεντίν είχαν ισχυρότερη νομιμότητα για να προστατεύσουν το Ισλάμ παρά η κυβέρνηση. Είχαν επαναστατήσει εναντίον όσων θεωρούσαν ως αντι-ισλαμική κυβέρνηση, και αυτή η κυβέρνηση ήταν το ΛΔΚΑ. Οι ισλαμικές αρχές ενσωματώθηκαν στο Σύνταγμα του 1987, για παράδειγμα, το Άρθρο 2 του Συντάγματος ανέφερε ότι το Ισλάμ ήταν η κρατική θρησκεία και το Άρθρο 73 ανέφερε ότι ο αρχηγός του κράτους θα έπρεπε να γεννηθεί σε μουσουλμανική αφγανική οικογένεια. Το σύνταγμα του 1990 ανέφερε ότι το Αφγανιστάν ήταν ισλαμικό κράτος και οι τελευταίες αναφορές στον κομμουνισμό απομακρύνθηκαν. Το Άρθρο 1 του Συντάγματος του 1990 ανέφερε ότι το Αφγανιστάν ήταν ένα «ανεξάρτητο, ενιαίο και ισλαμικό κράτος».

Απόσυρση των Σοβιετικών

Ενώ μπορεί να ήταν ο de jure ηγέτης του Αφγανιστάν, οι σοβιετικοί σύμβουλοι εξακολουθούσαν να ασκούν την πλειοψηφία των εργασιών όταν ο Νατζιμπουλάχ ανέλαβε τη διακυβέρνηση. Όπως παρατήρησε ο Γκορμπατσώφ: «Κάνουμε ακόμα τα πάντα μόνοι μας […]. Αυτό είναι κάτι που ολόκληρος ο λαός μας ξέρει να κάνει. Έχουν δεμένο χειροπόδαρα τον Νατζιμπουλάχ.» Ο Φικριάτ Ταμπέεφ, σοβιετικός πρέσβης στο Αφγανιστάν, κατηγορήθηκε ότι ενεργούσε ως γενικός κυβερνήτης υπό τον Γκορμπατσώφ. Ο Ταμπεέφ ανακλήθηκε από το Αφγανιστάν τον Ιούλιο του 1986, αλλά ενώ ο Γκορμπατσώφ ζήτησε το τέλος της σοβιετικής διαχείρισης του Αφγανιστάν, δεν θα μπορούσε παρά να κάνει κάποια διαχείριση μόνος του. Σε μια συνεδρίαση του Σοβιετικού Πολιτικού Γραφείου, ο Γκορμπατσώφ δήλωσε: «Είναι δύσκολο να οικοδομήσουμε ένα νέο κτίριο από παλιά υλικά […] Πιστεύω στον Θεό ότι δεν έχουμε κάνει κάποιο λάθος με τον Νατζιμπουλάχ.» Όπως αποδείχθηκε αργότερα, το πρόβλημα ήταν ότι οι στόχοι του Νατζιμπουλάχ ήταν αντίθετοι με αυτούς της Σοβιετικής Ένωσης. Ο Νατζιμπουλάχ ήταν αντίθετος σε απόσυρση των σοβιετικών στρατευμάτων, ενώ η Σοβιετική Ένωση επιθυμούσε αυτήν την απόσυρση. Αυτό δικαιολογούνταν, μιας και ο στρατός του Αφγανιστάν ήταν στο χείλος της καταστροφής. Ο μόνος τρόπος διατήρησής του σύμφωνα με τον Νατζιμπουλάχ ήταν η διατήρηση της σοβιετικής παρουσίας. Τον Ιούλιο του 1986 αποσύρθηκαν από το Αφγανιστάν έξι συντάγματα, τα οποία αποτελούνταν από περίπου 15.000 στρατιώτες. Στόχος αυτής της πρόωρης απόσυρσης ήταν, σύμφωνα με τον Γκορμπατσώφ, να δείξει στον κόσμο ότι η σοβιετική ηγεσία ήθελε πραγματικά να εγκαταλείψει το Αφγανιστάν. Οι Σοβιετικοί ανέφεραν στην κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών ότι σχεδιάζουν να αποσυρθούν, αλλά η κυβέρνηση των Ηνωμένων Πολιτειών δεν το πίστεψε. Όταν ο Γκορμπατσώφ συναντήθηκε με τον Ρόναλντ Ρήγκαν κατά την επίσκεψή του στις Ηνωμένες Πολιτείες, ο Ρήγκαν ζήτησε, περιέργως, τη διάλυση του αφγανικού στρατού. 
Στις 14 Απριλίου 1988, οι κυβερνήσεις του Αφγανιστάν και του Πακιστάν υπέγραψαν τις Συμφωνίες της Γενεύης και η Σοβιετική Ένωση και οι Ηνωμένες Πολιτείες υπέγραψαν ως εγγυητές. Η συνθήκη ανέφερε ρητά ότι ο σοβιετικός στρατός έπρεπε να αποχωρήσει από το Αφγανιστάν μέχρι τις 15 Φεβρουαρίου 1989. Ο Γκορμπατσώφ ανέφερε αργότερα στον Ανατόλι Τσερνιάεφ, προσωπικό σύμβουλό του, ότι η σοβιετική απόσυρση θα επικριθεί επειδή θα δημιουργήσει αιματοκύλισμα το οποίος θα μπορούσε να αποφευχθεί εάν οι Σοβιετικοί παρέμεναν στο Αφγανιστάν. Κατά τη διάρκεια συνεδρίασης του Πολιτικού Γραφείου, ο Έντβαρντ Σεβαρντνάτζε δήλωσε ότι «Θα αφήσουμε τη χώρα σε μια ελεεινή κατάσταση» και μίλησε για την οικονομική κατάρρευση και την ανάγκη διατήρησης τουλάχιστον 10 έως 15.000 στρατιωτών στο Αφγανιστάν. Απαντώντας σε αυτό ο πρόεδρος της KGB, Βλαντιμίρ Κρυουτσκόφ, τον υποστήριξε. Αυτή η στάση, αν εφαρμοζόταν, θα ήταν προδοσία των υπογραφόμενων Συμφωνιών της Γενεύης. Κατά τη διάρκεια της δεύτερης φάσης της σοβιετικής απόσυρσης, το 1989, ο Νατζιμπουλάχ δήλωσε ανοιχτά στον Βαλεντίν Βαρενίκοφ ότι θα έκανε οτιδήποτε για να επιβραδύνει τη σοβιετική αποχώρηση. Ο Βαρενίκοφ με τη σειρά του απάντησε ότι μια τέτοια κίνηση δε θα βοηθήσει και θα οδηγήσει σε διεθνή κατακραυγή κατά του πολέμου. Ο Νατζιμπουλάχ θα επαναλάβει τη θέση του αργότερα εκείνο το έτος, σε μια ομάδα ανώτερων σοβιετικών αντιπροσώπων στην Καμπούλ. Αυτή τη φορά ο Νατζιμπουλάχ δήλωσε ότι ο Αχμάντ Σαχ Μασούντ ήταν το κύριο πρόβλημα και ότι έπρεπε να σκοτωθεί. Σε αυτό, οι Σοβιετικοί συμφώνησαν αλλά επανέλαβαν ότι μια τέτοια κίνηση θα ήταν παραβίαση των Συμφωνιών της Γενεύης. Το κυνήγι του Μασούντ τόσο νωρίς θα διατάρασσε την απόσυρση και θα σήμαινε ότι η Σοβιετική Ένωση δεν θα εκπληρώσει την προθεσμία της για απόσυρση. 
Κατά τη διάρκεια της επίσκεψής του στον Σεβαρντνάτζε τον Ιανουάριο του 1989, ο Νατζιμπουλάχ ήθελε να διατηρήσει μια μικρή παρουσία σοβιετικών στρατευμάτων στο Αφγανιστάν και ζήτησε να μεταφερθούν σοβιετικά βομβαρδιστικά σε στρατιωτικές βάσεις κοντά στα σύνορα Αφγανιστάν και Σοβιετικής Ένωσης και να τεθούν σε μόνιμη κατάσταση συναγερμού. Ο Νατζιμπουλάχ επανέλαβε επίσης τους ισχυρισμούς του ότι η κυβέρνησή του δε θα μπορούσε να διατηρηθεί εάν ο Μασούντ παρέμεινε ζωντανός. Ο Σεβαρντνάτζε επανέλαβε ότι τα στρατεύματα δεν μπορούσαν να παραμείνουν, καθώς κάτι τέτοιο θα οδηγούσε σε διεθνή κατακραυγή, αλλά είπε ότι θα εξετάσει το ζήτημα. Ο Σεβαρντνάτζε ζήτησε από τη σοβιετική πρεσβεία να δημιουργήσει ένα σχέδιο στο οποίο τουλάχιστον 12.000 Σοβιετικοί στρατιώτες θα παρέμεναν στο Αφγανιστάν, είτε υπό τον άμεσο έλεγχο των Ηνωμένων Εθνών είτε ως «εθελοντές». Η σοβιετική στρατιωτική ηγεσία, όταν άκουσε το σχέδιο του Σεβαρντνάτζε, έγινε έξαλλη. Αλλά ακολούθησαν εντολές και η επιχείρηση ονομάστηκε Τυφώνας, ίσως ειρωνικά, δεδομένου ότι η Επιχείρηση Τυφώνας ήταν η γερμανική στρατιωτική επιχείρηση κατά της Μόσχας κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Ο Σεβαρντνάτζε επικοινώνησε με τη σοβιετική ηγεσία για τη μετακίνηση μιας μονάδας για να διασπάσει την πολιορκία της Κανταχάρ και για να προστατεύσει τις φάλαγγες που κινούνταν από και προς την πόλη. Η σοβιετική ηγεσία ήταν εναντίον του σχεδίου του Σεβαρντνάτζε και ο Τσερνιάεφ ακόμη πίστευε ότι ήταν μέρος του σχεδίου του Νατζιμπουλάχ για να διατηρήσει τα σοβιετικά στρατεύματα στη χώρα. Ο Σεβαρντνάτζε απάντησε σε αυτόν θυμωμένα: «Δεν ήσασταν εκεί, […] Δεν έχετε ιδέα για ότι έχουμε κάνει εκεί κατά τα τελευταία δέκα χρόνια.» Σε συνεδρίαση του Πολιτικού Γραφείου στις 24 Ιανουαρίου, ο Σεβαρντνάτζε υποστήριξε ότι η σοβιετική ηγεσία δε θα μπορούσε να αγνοεί τον Νατζιμπουλάχ και την κυβέρνησή του. Και πάλι, ο Σεβαρντνάτζε έλαβε στήριξη από τον Κρυουτσκόφ. Τελικά, ο Σεβαρντνάτζε έχασε την κόντρα και το Πολιτικό Γραφείο επιβεβαίωσε τη δέσμευσή του να αποχωρήσει από το Αφγανιστάν. Συνέχισε να υπάρχει μικρή παρουσία σοβιετικών στρατευμάτων μετά τη σοβιετική απόσυρση. Για παράδειγμα, οι αλεξιπτωτιστές που προστάτευαν το προσωπικό της σοβιετικής πρεσβείας, οι στρατιωτικοί σύμβουλοι και οι ειδικές δυνάμεις και τα σώματα αναγνώρισης εξακολουθούσαν να λειτουργούν στις «απομακρυσμένες επαρχίες», ειδικά κατά μήκος των αφγανοσοβιετικών συνόρων.

Βοήθεια

Η σοβιετική στρατιωτική βοήθεια συνεχίστηκε μετά την απόσυρσή των στρατευμάτων και δόθηκαν στην κυβέρνηση μεγάλες ποσότητες τροφίμων, καυσίμων, πυρομαχικών και στρατιωτικού εξοπλισμού. Ο Βαρενίκοφ επισκέφθηκε το Αφγανιστάν τον Μάιο του 1989 για να συζητήσει τρόπους και μέσα για την παροχή βοήθειας στην κυβέρνηση. Το 1990 η σοβιετική βοήθεια ανήλθε σε περίπου 3 δισεκατομμύρια δολάρια ΗΠΑ. Όπως αποδείχθηκε, ο αφγανικός στρατός εξαρτιόταν εξ ολοκλήρου από τη βοήθεια των Σοβιετικών. Όταν η Σοβιετική Ένωση διαλύθηκε στις 26 Δεκεμβρίου 1991, ο Νατζιμπουλάχ στράφηκε προς την πρώην Σοβιετική Κεντρική Ασία για βοήθεια. Αυτά τα νέα ανεξάρτητα κράτη δεν είχαν καμία επιθυμία να δουν το Αφγανιστάν να κυβερνάται από θρησκευτικούς φονταμενταλιστές και έδωσαν στο Αφγανιστάν 6 εκατομμύρια βαρέλια πετρελαίου και 500.000 τόνους σιταριού για τον χειμώνα.

Μετά τους Σοβιετικούς

Με την αποχώρηση των Σοβιετικών το 1989, ο αφγανικός στρατός αφέθηκε μόνος του να πολεμήσει τους αντάρτες. Οι πιο αποτελεσματικές και μεγαλύτερες επιθέσεις στους μουτζαχεντίν πραγματοποιήθηκαν κατά την περίοδο 1985–86. Αυτές οι επιθέσεις εξανάγκασαν τους μουτζαχεντίν να αμύνονται κοντά στη Χεράτ και την Κανταχάρ. Οι Σοβιετικοί άρχισαν τους βομβαρδισμούς και διαπραγματεύτηκαν κατά τη διάρκεια του 1986. Σε μία μεγάλη επίθεση εκείνο το έτος περιλαμβανόταν 10.000 Σοβιετικοί και 8.000 Αφγανοί στρατιώτες. 
Ο λαός και οι αρχές του Πακιστάν εξακολούθησαν να υποστηρίζουν τους Αφγανούς μουτζαχεντίν, ακόμη και αν αυτό ήταν αντίθετο με τις Συμφωνίες της Γενεύης. Στην αρχή, οι περισσότεροι παρατηρητές ανέμεναν την άμεση κατάρρευση της κυβέρνησης του Νατζιμπουλάχ και την αντικατάστασή της από ισλαμική φονταμενταλιστική κυβέρνηση. Η CIA ανέφερε σε μια έκθεση ότι η νέα κυβέρνηση θα ήταν αντιμαχόμενη, ή ακόμα χειρότερα, εχθρική προς τις ΗΠΑ. Σχεδόν αμέσως μετά την απόσυρση των Σοβιετικών, ξέσπασε η μάχη της Τζαλαλαμπάντ ανάμεσα στις αφγανικές κυβερνητικές δυνάμεις και τους μουτζαχεντίν. Η επίθεση κατά της πόλης άρχισε όταν οι μουτζαχεντίν δωροδόκησαν αρκετούς κυβερνητικούς στρατιωτικούς αξιωματικούς, και από εκεί προσπαθούσαν να καταλάβουν το αεροδρόμιο, αλλά απωθήθηκαν με βαριές απώλειες. Η προθυμία του απλού Αφγανού κυβερνητικού στρατιώτη να πολεμήσει αυξήθηκε όταν οι μουτζαχεντίν άρχισαν να εκτελούν ανθρώπους κατά τη διάρκεια της μάχης. Κατά τη διάρκεια της μάχης, ο Νατζιμπουλάχ ζήτησε βοήθεια από τη Σοβιετική Ένωση. Ο Γκορμπατσώφ συγκάλεσε έκτακτη σύνοδο του Πολιτικού Γραφείου για να συζητήσει την πρότασή του, αλλά το αίτημα του Νατζιμπουλάχ απορρίφθηκε. Άλλες επιθέσεις κατά της πόλης απέτυχαν και τον Απρίλιο οι κυβερνητικές δυνάμεις ξεκίνησαν να επιτίθενται. Κατά τη διάρκεια της μάχης χρησιμοποιήθηκαν πάνω από 400 βλήματα Σκουντ, τα οποία εκπυρσοκροτθήκαν από σοβιετικό σώμα το οποίο είχε μείνει πίσω. Όταν η μάχη τελείωσε τον Ιούλιο, οι μουσουλμάνοι έχασαν περίπου 3.000 στρατιώτες. Ένας ηγέτης των μουτζαχεντίν ανέφερε θρηνώντας πως «η μάχη της Τζαλαλαμπάντ μας στοίχισε την πίστη που κερδίσαμε σε δέκα χρόνια μάχης». 
Ο σκληροπυρηνικός του Χαλκ, Σαχναβάζ Τανάι προσπάθησε να ανατρέψει τον Νατζιμπουλάχ σε μια αποτυχημένη απόπειρα πραξικοπήματος τον Μάρτιο του 1990. 
Από το 1989 έως το 1990, η κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ θεωρήθηκε μερικώς επιτυχημένη στην οικοδόμηση των αφγανικών αμυντικών δυνάμεων. Το Υπουργείο Κρατικής Ασφάλειας δημιούργησε μια τοπική δύναμη πολιτοφυλακής, η οποία ανερχόταν σε περίπου 100.000 άνδρες. Η 17η μεραρχία στη Χεράτ, ανερχόταν σε 3.400 τακτικούς στρατιώτες και 14.000 φυλετικούς πολεμιστές. Το 1988, ο συνολικός αριθμός δυνάμεων ασφαλείας που διέθετε η κυβέρνηση ανερχόταν σε 300.000. Αυτή η τάση δε συνεχίστηκε, και μέχρι το καλοκαίρι του 1990, οι αφγανικές κυβερνητικές δυνάμεις βρισκόταν και πάλι στην άμυνα. Στις αρχές του 1991, η κυβέρνηση έλεγχε μόνο το 10% του Αφγανιστάν, η ενδεκαετούς διάρκειας Πολιορκία του Χοστ είχε ολοκληρωθεί με νίκη των μουτζαχεντίν και το ηθικό του αφγανικού στρατού τελικά κατέρρευσε. Στη Σοβιετική Ένωση, ο Κρυουτσκόφ και ο Σεβαρντνάτζε υποστήριζαν αμφότεροι τη συνέχιση της παροχής βοήθειας προς την κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ, αλλά ο Κρυουτσκόφ συνελήφθη μετά την αποτυχημένη απόπειρα σοβιετικού πραξικοπήματος το 1991 και ο Σεβαρντνάτζε παραιτήθηκε από τις θέσεις που κατείχε στη σοβιετική κυβέρνηση τον Δεκέμβριο του 1990 – δεν υπήρχε πλέον κανένας υποστηρικτής του Νατζιμπουλάχ στη σοβιετική ηγεσία και η Σοβιετική Ένωση βρισκόταν στη μέση μιας οικονομικής και πολιτικής κρίσης η οποία οδήγησε άμεσα στη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης στις 26 Δεκεμβρίου 1991. Ταυτόχρονα, ο Μπορίς Γιέλτσιν έγινε η νέα ελπίδα της Ρωσίας και δεν ήθελε να συνεχίσει να βοηθά την κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ, την οποία θεωρούσε απομεινάρι του παρελθόντος. Το φθινόπωρο του 1991, ο Νατζιμπουλάχ έγραψε στον Σεβαρντνάτζε «Δεν ήθελα να είμαι πρόεδρος, μου μίλησες για αυτό, επέμεινα σε αυτό και υποσχέθηκα την υποστήριξη. Τώρα με απομακρύνετε και αφήνετε τη Δημοκρατία του Αφγανιστάν στη μοίρα της.»

Πτώση από την εξουσία

Τον Ιανουάριο του 1992, η ρωσική κυβέρνηση έδωσε τέλος στη βοήθειά της προς την κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ. Οι επιπτώσεις έγιναν αμέσως αισθητές: η Πολεμική Αεροπορία του Αφγανιστάν, το πιο αποτελεσματικό τμήμα του αφγανικού στρατού, ταλανιζόταν από την έλλειψη καυσίμων. Οι Αφγανοί μουτζαχεντίν συνέχισαν να υποστηρίζονται από το Πακιστάν και τις αρχές του. Οι μεγάλες πόλεις καταλήφθηκαν από τους αντάρτες και οι τρομοκρατικές επιθέσεις έγιναν συχνό φαινόμενο στην Καμπούλ. Την πέμπτη επέτειο της πολιτικής της Εθνικής Συμφιλίωσης, ο Νατζιμπουλάχ κατηγόρησε τη Σοβιετική Ένωση για την καταστροφή που έπληξε το Αφγανιστάν. Η ημέρα που η Σοβιετική Ένωση αποχώρησε από το Αφγανιστάν χαιρετίστηκε από τον Νατζιμπουλάχ ως Ημέρα Εθνικής Σωτηρίας. Ήταν όμως πολύ αργά και η κατάρρευση της κυβέρνησής του ήταν αναπόφευκτη. 
Στις 18 Μαρτίου 1992, ο Νατζιμπουλάχ πρότεινε την άμεση παραίτηση της κυβέρνησής του και ακολούθησε το σχέδιο των Ηνωμένων Εθνών για αντικατάστασή του από προσωρινή κυβέρνηση στην οποία θα συμμετείχαν όλες οι εμπλεκόμενες στη διαμάχη πλευρές. Στα μέσα Απριλίου, ο Νατζιμπουλάχ αποδέχθηκε σχέδιο των Ηνωμένων Εθνών ώστε να παραδώσει την εξουσία σε επταμελές συμβούλιο και μερικές μέρες αργότερα στις 14 Απριλίου, ο Νατζιμπουλάχ αναγκάστηκε να παραιτηθεί μετά από εντολές του κόμματος Βατάν λόγω της απώλειας της Αεροπορικής Βάσης Μπαγκράμ και της πόλης Τσαρικάρ. Ο Αμπντούλ Ραχίμ Χατέφ έγινε ο αρχηγός του κράτους μετά την παραίτηση του Νατζιμπουλάχ. Οι δυνάμεις των μουτζαχεντίν κατέλαβαν σύντομα την Καμπούλ και οι περισσότεροι υπέγραψαν τη Συμφωνία της Πεσαβάρ, δημιουργώντας το νέο Ισλαμικό Κράτος του Αφγανιστάν.

Τελευταία χρόνια και θάνατος

Πριν από την πτώση της Καμπούλ, ο Νατζιμπουλάχ έκανε έκκληση στον ΟΗΕ για αμνηστία, η οποία του αποδόθηκε. Αλλά η προσπάθειά του να διαφύγει στο αεροδρόμιο ανατράπηκε από τα στρατεύματα του Αμπντούλ Ρασίντ Ντοστούμ - ο οποίος κάποτε ήταν ακόλουθός του, αλλά πλέον συμμαχούσε με τον Αχμάντ Σαχ Μασούντ - ο οποίος είχε τον έλεγχο του αεροδρομίου. Στο στρατόπεδο των Ηνωμένων Εθνών στην Καμπούλ, περιμένοντας τον ΟΗΕ να διαπραγματευτεί την ασφαλή μετάβασή του στην Ινδία, ανέλαβε τη μετάφραση του βιβλίου του Πίτερ Χόπκερκ, The Great Game (Το Μεγάλο Παιχνίδι), στη μητρική του γλώσσα παστού. Η Ινδία βρισκόταν σε δύσκολη θέση όταν αποφάσισε να δώσει πολιτικό άσυλο στον Νατζιμπουλάχ και να τον συνοδεύσει με ασφάλεια έξω από τη χώρα. Οι υποστηρικτές του ισχυρίστηκαν ότι ήταν πάντα κοντά στην Ινδία και ότι θα πρέπει να του δοθεί άσυλο, αλλά άλλοι δήλωσαν ότι με αυτόν τον τρόπο θα διακινδυνευόταν η σχέση της Ινδίας με τη νέα κυβέρνηση των μουτζαχεντίν που διαμορφώθηκε στο πλαίσιο της συμφωνίας της Πεσαβάρ. Η Ινδία αρνήθηκε επίσης να τον αφήσει να καταφύγει στην ινδική πρεσβεία, καθώς διακινδύνευε τη δημιουργία «υποηπειρωτικών ανταγωνισμών» και αντιποίνων κατά της ινδικής κοινότητας της Καμπούλ, υποστηρίζοντας ότι ο Νατζιμπουλάχ θα ήταν πολύ πιο ασφαλής στο στρατόπεδο των Ηνωμένων Εθνών. Όλες οι απόπειρες του απέτυχαν και τελικά επιδίωξε να εγκατασταθεί στο τοπικό αρχηγείο των Ηνωμένων Εθνών όπου παρέμεινε μέχρι το 1996. 
Το 1994, η Ινδία απέστειλε στην Καμπούλ τον ανώτερο διπλωμάτη Μ. Κ. Μπαντρακουμάρ για να πραγματοποιήσει συνομιλίες με τον υπουργό Άμυνας Αχμάντ Σαχ Μασούντ για την εδραίωση σχέσεων με τις αφγανικές αρχές, το εκ νέου άνοιγμα της πρεσβείας και το δικαίωμα του Νατζιμπουλάχ να διαφύγει στην Ινδία. Ο Μπαντρακουμάρ έγραψε το 2016 ότι πίστευε ότι ο Μασούντ δεν ήθελε να φύγει ο Νατζιμπουλάχ καθώς ο Μασούντ θα μπορούσε να τον χρησιμοποιήσει στρατηγικά και ότι ο Μασούντ «πιθανόν είχε ελπίδες για συνεργασία με τον Νατζίμπ κάποια στιγμή επειδή αυτός ο εξαιρετικός Αφγανός πολιτικός ήταν στρατηγικό πλεονέκτημα για όποιον τον είχε στο μέρος του». Εκείνη την εποχή, ο Μασούντ διοικούσε τις δυνάμεις της κυβέρνησης οι οποίες μάχονταν κατά των πολιτοφυλάκων του Ντοστούμ και του Γκουλμπουντίν Χεκματιάρ κατά τη διάρκεια της Μάχης της Καμπούλ. 
Λίγους μήνες πριν από τον θάνατό του, ανέφερε, «οι Αφγανοί συνεχίζουν να κάνουν το ίδιο λάθος», απαντώντας σε έναν επισκέπτη. 
Τον Σεπτέμβριο του 1996, οι υποστηριζόμενοι από το Πακιστάν Ταλιμπάν ήταν έτοιμοι να εισέλθουν στην Καμπούλ, ο Μασούντ προσέφερε στον Νατζιμπουλάχ μια ευκαιρία να εγκαταλείψει την πρωτεύουσα. Ο Νατζιμπουλάχ αρνήθηκε. Οι λόγοι άρνησής του παρέμειναν ασαφείς. Ο ίδιος ο Μασούντ ισχυρίστηκε ότι ο Νατζιμπουλάχ φοβόταν ότι «αν διέφευγε με τους Τατζίκους, θα ήταν για πάντα καταραμένος στα μάτια των συντρόφων του Παστούν». Άλλοι, όπως ο στρατηγός Τοκχί, ο οποίος υποστήριζε τον Δρ. Νατζιμπουλάχ μέχρι τον βασανισμό και την εκτέλεση του, δήλωσαν ότι ο Νατζιμπουλάχ υποψιάστηκε τον Μασούντ αφού η πολιτοφυλακή του είχε επανειλημμένα ανοίξει πυρά κατά του στρατοπέδου των Ηνωμένων Εθνών και είχε ουσιαστικά εμποδίσει τον Νατζιμπουλάχ να εγκαταλείψει την Καμπούλ. «Αν ήθελαν ο Νατζιμπουλάχ να εγκαταλείψει την Καμπούλ με ασφάλεια», ανέφερε ο Τοκχί, «θα μπορούσαν να του δώσουν την ευκαιρία όπως έκαναν με άλλους υψηλόβαθμους αξιωματούχους του κομμουνιστικού κόμματος από το 1992 έως το 1996». Έτσι, όταν η πολιτοφυλακή του Μασούντ ζήτησε τόσο από τον Δρ. Νατζιμπουλάχ όσο και από τον στρατηγό Τοκχί να εγκαταλείψουν την Καμπούλ, αυτοί απέρριψαν την προσφορά. Ο Νατζιμπουλάχ βρισκόταν στα κεντρικά των Ηνωμένων Εθνών όταν ο στρατιώτης των Ταλιμπάν τον βρήκε το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου 1996. Ο Ταλιμπάν τον πυροβόλησε στο κεφάλι και στη συνέχεια το νεκρό, ακρωτηριασμένό και ευνουχισμένο του σώμα σύρθηκε από φορτηγό στους δρόμους της Καμπούλ. Ο αδελφός του Αχμαντζάι είχε την ίδια μεταχείριση. Τα σώματα των Νατζιμπουλάχ και Αχμαντζάι είχαν κρεμαστεί δημοσίως ώστε οι Ταλιμπάν να δείξουν στο κοινό ότι είχε αρχίσει μια νέα εποχή. Αρχικά, ο Νατζιμπουλάχ και ο Αχμαντζάι δεν είχαν το δικαίωμα για ισλαμική κηδεία λόγω των «εγκλημάτων» τους, αλλά τα σώματα τους μεταφέρθηκαν αργότερα στη Διεθνή Επιτροπή του Ερυθρού Σταυρού από όπου στάλθηκαν στην επαρχία Πακτιά όπου και οι τα δύο σώματα τάφηκαν με τον κατάλληλο τρόπο από τους συντρόφους τους της φυλής Αχμαντζάι.  
Υπήρξε εκτεταμένη διεθνής καταδίκη ιδίως από τον μουσουλμανικό κόσμο. Τα Ηνωμένα Έθνη εξέδωσαν ψήφισμα το οποίο καταδίκαζε την εκτέλεση του Νατζιμπουλάχ και ανέφερε ότι μια τέτοια δολοφονία θα αποσταθεροποιούσε περαιτέρω το Αφγανιστάν. Οι Ταλιμπάν απάντησαν με την έκδοση θανατικών ποινών στους Ντοστούμ, Μασούντ και Μπουρχανουντίν Ραμπανί. Η Ινδία, η οποία υποστήριζε τον Νατζιμπουλάχ, καταδίκασε έντονα τη δημόσια εκτέλεση του και άρχισε να υποστηρίζει το Ηνωμένο Μέτωπο/Βόρεια Συμμαχία του Μασούντ σε μια απόπειρα συγκράτησης της ανόδου των Ταλιμπάν. Στην 20η επέτειο του θανάτου του το 2016, το Κέντρο Ερευνών του Αφγανιστάν κατηγόρησε την Πακιστανική Υπηρεσία Πληροφοριών για το θάνατό του, λέγοντας ότι το σχέδιο για τη θανάτωση του Νατζιμπουλάχ εφαρμόστηκε από αυτή μέσω των Ταλιμπάν που υποστήριζε.

Κληρονομιά

Μετά τον θάνατό του, ο βίαιος εμφύλιος πόλεμος μεταξύ των φατριών των μουτζαχεντίν, ακολουθούμενος από το σκληρό καθεστώς των Ταλιμπάν, μετέβαλε δραματικά την εικόνα του Νατζιμπουλάχ σε μια πιο θετική οπτική. Ο Νατζιμπουλάχ θεωρήθηκε ισχυρός και πατριωτικός ηγέτης. Από το 2010, αφίσες και εικόνες του αναπαρίστανται δημοσίως σε πολλές αφγανικές πόλεις. 
Στις 28 Ιουλίου 2017, χιλιάδες συμμετείχαν σε εκδήλωση σε ξενοδοχείο της Καμπούλ για την τέταρτη «συμβουλευτική συνεδρίαση για νόμιμη επανεκκίνηση του κόμματος του Νατζιμπουλάχ.