Φούρνοι Κορσεών

Φυσικό περιβάλλον - Γεωμορφολογία

Οι Φούρνοι είναι μία συστάδα νησιών (πάνω από 20). Το χαρακτηριστικό των νησίδων αυτών είναι η πολύ μεγάλη ακτογραμμή (120 χλμ.) που ξεπερνά σε μήκος και αυτή της Σάμου (η οποία συγκριτικά έχει πολύ μεγαλύτερο μέγεθος). Τα μεγαλύτερα από τα νησιά είναι οι Φούρνοι, η Θύμαινα και ο Άγιος Μηνάς.
Οι Φούρνοι είναι το μεγαλύτερο νησί της συστάδας με έκταση 30,5 τ.χλμ. Επίσης στο νησί βρίσκεται και η ομώνυμη πρωτεύουσα της συστάδας, αλλά και της νήσου με 1.033 κατοίκους.
Η Θύμαινα είναι το δεύτερο μεγαλύτερο νησί του συμπλέγματος με έκταση 10,071 τ.χλμ. Ο πληθυσμός της, σύμφωνα με την απογραφή του 2001, είναι 151 κάτοικοι που διαμένουν στους δύο οικισμούς του νησιού, την Θύμαινα (140 κάτοικοι) και την Κεραμειδού (11 κάτοικοι). Το υψηλότερο σημείο του νησιού είναι 470 μ.
Ο Άγιος Μηνάς  έχει έκταση 2,1 km² και σύμφωνα με την απογραφή του 2001 έχει 3 κάτοικους.
Το νησί ανήκει γεωλογικά στην κυκλαδική ενότητα. Τα πετρώματά του είναι σχιστολιθικά συνήθως στα χαμηλότερα μέρη των λόφων και ασβεστολιθικά στα υψηλότερα. Οι ακτές είναι απόκρημνες, χαρακτηριστικές του αιγαιακού τοπίου, γεμάτες κόλπους και κολπίσκους προστατευμένους από τα έντονα καιρικά φαινόμενα. Σε αυτή την ποικίλη  γεωμορφολογία οφείλεται η δυσανάλογα μεγάλη ακτογραμμή του νησιού, αλλά και ολόκληρου του συμπλέγματος γενικότερα. Η θαλάσσια περιοχή χαρακτηρίζεται από μικρά βάθη και σχετικά μικρές κλίσεις. Ο ορυκτός πλούτος περιορίζεται στο μάρμαρο των τριών λατομείων, που όμως δε χρησιμοποιούνται σήμερα.
Η χλωρίδα και η πανίδα του νησιού, αν και ελλιπώς μελετημένες, παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον. Για το λόγο αυτό οι Φούρνοι έχουν ενταχθεί στο πρόγραμμα «Natura 2000». Πολλά είδη αρωματικών φυτών, με κυρίαρχα το θυμάρι, το θρούμπι, τη φασκομηλιά και το ρείκι, αφθονούν στα σχιστολιθικά εδάφη, ενώ στα ασβεστολιθικά ο σχίνος, η κουμαριά και ο φίδας. Δε λείπουν βέβαια και οι ελαιώνες. Πληθωρική είναι η παρουσία του μανδραγόρα, ο οποίος σπάνια παρατηρείται σε άλλα μέρη της Ελλάδας. Πρόκειται για φυτό ποώδες με πλατιά φύλλα, οι καρποί του οποίου, αν φαγωθούν, προκαλούν αντισπαστικές και υπνωτικές ιδιότητες. Παλαιότερα υπήρχαν σε βορινές, ως επί το πλείστον, περιοχές μερικά δασύλλια από κουμαριές, χαρουπιές και σχίνους, αλλά η αλόγιστη υλοτομία στα χρόνια του Μεσοπολέμου και η εντατική βόσκηση, που συνεχίζεται και σήμερα, έχουν προκαλέσει μεγάλη υποβάθμιση και έντονα φαινόμενα διάβρωσης.
Η πανίδα των Φούρνων είναι εξίσου σημαντική. Η θαλάσσια περιοχή στηρίζει πληθυσμούς της μεσογειακής φώκιας monachus monachus, οι οποίοι απειλούνται από την ανθρώπινη παρέμβαση, αλλά και διάφορα είδη δελφινιών και θαλάσσιων χελωνών. Το νησί συμπεριλαμβάνεται και στις 196 σημαντικές για τα πουλιά περιοχές της Ελλάδας (Σ.Π.Π.Ε.), καθώς είναι τόπος αναπαραγωγής πουλιών όπως ο μαυροπετρίτης (είδος γερακιού), ο σπιζαετός και η νησιωτική πέρδικα. Αποτελεί επίσης περιοχή ιδιαίτερης σημασίας για τα μεταναστευτικά είδη, ιδιαίτερα τους ερωδιούς.

Ιστορία

Οι Φούρνοι είναι μια συστάδα άγονων μικρών νησιών και βραχονησίδων στις ανατολικές Σποράδες, μεταξύ Ικαρίας και Σάμου στο Βορρά και Πάτμου στο Νότο. Κατά το μεγαλύτερο μέρος της ιστορίας τους, τα νησιά ήταν ακατοίκητα ή λημέρια πειρατών. Το λιγοστό αρχαιολογικό υλικό υποδηλώνει ότι στην αρχαιότητα οι Φούρνοι ίσως να κατοικήθηκαν κατά την αρχαϊκή και κλασσική εποχή, ενώ είναι βέβαιη η κατοίκηση κατά την ελληνιστική και τη ρωμαϊκή εποχή. Στη σύγχρονη εποχή η κατοίκηση τους ξεκινά μετά τα μέσα του 18ου αιώνα.
Στην αρχαία και μεσαιωνική γραμματεία διασώζονται επιγραμματικές αναφορές για τους Φούρνους, κυρίως σε έργα γεωγραφικού ενδιαφέροντος, όπου απλά επισημαίνεται η θέση των νησιών και κάποια από τις παραλλαγές του ονόματος των Φούρνων. Οι μόνες γραπτές μαρτυρίες για τη ζωή στα νησιά είναι οι λιγοστές επιγραφές που βρέθηκαν στη μικρή αρχαία ακρόπολη των Φούρνων και στα υπολείμματα ενός αρχαίου οικισμού στη θέση Καμάρι. 
Από την περίοδο της ύστερης Τουρκοκρατίας (2ο μισό του 18ου αιώνα) κι έπειτα, διασώζεται προφορική παράδοση κι αρχειακό υλικό που μαρτυρεί ότι οι Φούρνοι κατοικήθηκαν εκ νέου, αρχικά από Πάτμιους και Δωδεκανήσιους, στους οποίους πολύ γρήγορα προστέθηκαν νέοι κάτοικοι από Ικαρία, Σάμο, Κυκλάδες, Μικρά Ασία, Κρήτη και ηπειρωτική Ελλάδα.
Η ιστορία των νησιών θα πρέπει να εξεταστεί κυρίως σε συνάρτηση με την ιστορία της γειτονικής Ικαρίας και της Σάμου, αλλά και της ιωνικής Μικράς Ασίας, παρατηρώντας κυρίως το τι συνέβαινε εκεί στις αντίστοιχες χρονικές περιόδους. 
Το όνομα των Φούρνων
Τα νησιά ήταν γνωστά στους αρχαίους γεωγράφους με διάφορες παραλλαγές του ονόματος τους, ενώ παρατηρείται και κάποια σύγχυση στο Στράβωνα και στον Πλίνιο (ή ίσως στους αντιγραφείς των έργων τους), όπου απαντάται διπλή ονομασία μέσα στα ίδια τα συγγράμματα:
Κορασσίαι (Στράβων, Χ 5, 13 σ.488): "Πλησίον δ’ έσί και η Πάτμος, και [αι] Κορασσίαι, προς  δύσιν κείμεναι τη Ικαρία’ αύτη δε Σάμο…..” 
Κορσίαι (  Στράβων, ΧΙV 1,13 σ.636): "Τῆς δὲ Τρωγιλίου πρόκειται νησίον ὁμώνυμον· ἐντεῦθεν δὲ τὸ ἐγγυτάτω δίαρμά ἐστιν ἐπὶ Σούνιον σταδίων χιλίων ἑξακοσίων͵ κατ᾽ ἀρχὰς μὲν Σάμον ἐν δεξιᾶι ἔχοντι καὶ Ἰκαρίαν καὶ Κορσίας͵ τοὺς δὲ  Μελαντίους σκοπέλους ἐξ εὐωνύμων...”
Κορσίαι (stad. mar. magni 284; Αγαθήμερος 18 ( ....επί Κορσίας ρ....) ; IG XII, 6, 2 1203)
Κορσεαί: Εκαταίος ο Μιλήσιος (FGrHist 1 F 143 από Στέφανο Βυζάντιο σ. 376, 10)
Κορσία: (Ηρωδιανός Ι 285, 1 ed Lentz, από Στέφανο Βυζάντιο σ. 376, 11, annotans: δια του ι, stad. Mar. magni 283).
Corassiae (Pliny, Hist Nat 4.12.23): "After we pass these, no regular order can be well observed; the rest must therefore be mentioned indiscriminately. There is the island of Scyros...Patmos...................the Corassiæ, Lebinthus, Leros, Cinara, Sicinus...’’ 
Corseae (Pliny, Hist Nat 5.37): "The coast of Ionia has the islands of Trageæ, Corseæ, and Icaros, which has been previously mentioned” 
Όνομα κατοίκων στην αρχαιότητα: Κορσεάτης (Στέφ. Βυζάντιος σ. 376,12) και Κορσιñται (t. 1213 XI)
Φούρνοι: Η πρώτη φορά που απαντάται  το σύγχρονο όνομά των νησιών είναι στο βυζαντινό Σταδιοδρομικόν  του 10ου αιώνα μΧ, που περιέχεται στο έργο του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Πορφυρογέννητου "Εκθεσις της Βασιλείου Τάξεως". Το Σταδιοδρομικόν παραθέτει τις αποστάσεις μεταξύ των νησιών που πρέπει να διανύσει ο αυτοκρατορικός στόλος και βρίσκεται στο τέλος του καταλόγου των πλοίων και του εξοπλισμού που συγκεντρώθηκε για την αυτοκρατορική εκστρατεία του 949 π.Χ, για την αποτυχημένη προσπάθεια ανάκτησης της Κρήτης από τους Σαρακηνούς Άραβες:
“Από της θεοφυλάκτου Πόλεως εις Ηράκλειαν μίλια ξ΄. από Ηρακλείας έως Προικονήσσου μιλ. μ’. από Προικονήσσου έως Αβύδου μιλ. ρ’. από Αβύδου έως Ταπευκία μιλ. ιβ’. από Ταπευκία έως Τενέδου μιλ. η’. από Τενέδου έως Μιτυλίνης μιλ. ρ’. από Μιτυλίνης έως Χίου μιλ. ρ’. από Χίου έως Σάμου μιλ. ρ’. από της Σάμου έως τους Φούρνους μιλ. λ’. από τους Φούρνους έως Ναξίας μιλ. ο’…..”
Ο διάσημος Τούρκος κουρσάρος, ναύαρχος και χαρτογράφος του 16ου αιώνα, Πιρί Ρέϊς, στο έργο του Kitab-I Bahriye (Βιβλίο Ναυσιπλοΐας) αναφέρεται το 1521 μΧ με τη σειρά του στους Φούρνους και στα καλά τους αγκυροβόλια, αλλά δημιουργεί σύγχυση για την ονομασία του κάθε ενός νησιού χωριστά, αφού αναφέρεται στους σημερινούς Φούρνους με το όνομα Huršyd ( προφανώς εκ του Curshia των Μεσαιωνικών χαρτών, από το αρχαίο Κορσία/Κορσίαι), ενώ ονομάζει Furnaz (προφανώς εκ του λατινικού Fornoli) τη Θύμαινα, λέγοντας ότι οι άπιστοι την ονομάζουν Lipis:
«Τα παλιά χρόνια, τα νησιά ήταν τόπος κατοικίας μοναχών, αλλά τώρα είναι εγκαταλελειμένα. Είναι γνωστό ότι υπάρχουν αρχαία ερείπια σ’αυτά τα νησιά. Το νησί που εμείς ονομάζουμε Huršyd, οι άπιστοι το λένε Qursije. Το νησί Furnaz εκείνοι το λένε Lipis. Σε περίπτωση που θέλει κάποιος να πλεύσει σε αυτά τα νησιά με μεγάλα πλοία, το βάθος ανάμεσα στα δύο νησιά είναι 40 οργιές(;)»
Fornoli: σε χάρτες της Νεότερης Εποχής
Curshia: σε χάρτες της Νεότερης Εποχής 
Κρουσσοί: Νεότεροι Χρόνοι, προφανώς εκ του Curshia < Κορσίαι
Η ταυτοποίηση των σημερινών Φούρνων με τις αρχαίες Κορασσίαι/Κορσεαί/Κορσίαι, έγινε με βάση το γκραφίτι ενός φρουρού, πάνω σε βράχο στην αρχαία ακρόπολη των Φούρνων, όπου ο ίδιος αναφέρει ότι φυλάσσει την ακρόπολη των Κορσιητών.
Αρχαιολογικές θέσεις και ευρήματα στους Φούρνους
Στο μεγάλο νησί των Φούρνων έχουν εντοπιστεί οι εξής αρχαιολογικές θέσεις:
Ακρόπολη: μάλλον της Ελληνιστικής εποχής, στο λόφο του Άη Γιώργη πάνω από τον κύριο οικισμό των Φούρνων. Έχει έκταση περίπου 36 στρεμμάτων και περιβάλλει την βραχώδη κορυφή του λοφου. Τα τείχη πάχους 2 m σώζονται μέχρι ύψος δυο μέτρων.  Η Ακρόπολη έχει οπτική επαφή με το Δράκανο της Ικαρίας.
Από βάσεις αγαλμάτων και άλλων μνημείων, εικάζεται ότι υπήρχαν και δημόσια κτίρια μέσα στην ακρόπολη. 
Μαρμάρινη σαρκοφάγος της ρωμαϊκής εποχής: 2ος αιώνας μ.Χ. Βρέθηκε συλλημένη σε ανασκαφή στον κύριο οικισμό των Φούρνων κι εκτίθεται στην κεντρική πλατεία των Φούρνων. Ήταν το ταφικό μνημείο κάποιου Επαμείνωνος, γιού του Τήλωνος και της Φίλτης, που πέθανε στα 25 του χρόνια. Η σαρκοφάγος είναι όμοια με άλλες δύο που βρίσκονται στη Συλλογή του Κάμπου της Ικαρίας, της αρχαίας Οινόης. Είναι αλεξανδρινού τύπου και έχει σχηματοποιημένη διακόσμηση ανθοπλοκάμων με φύλλα κισσού και ρόδακες. 
Υπολλείματα ναού στον οικισμό της Χρυσομηλιάς, πιθανώς της κλασσικής εποχης, διπλα στον οποίο είναι χτισμενο το συγχρονο νεκροταφειο της Χρυσομηλιας και ο χριστιανικος ναισκος της Αγιας Τριαδας.
Ερείπια αρχαίου μισοβυθισμένου οικισμού στο Καμάρι, μάλλον της ύστερης αρχαιότητας και πρώιμης χριστιανικής εποχής
 Τρία αρχαία λατομεία: το μεγαλύτερο στον κόλπο του Πετροκοπιού και τα άλλα στις θέσεις Ελιδάκι και Τσιγκαναριό. Στο Πετροκοπιό υπάρχουν εγκαταλελειμμενα ημίεργα υπερμεγέθη αρχιτεκτονικά μέλη, όπως σπόνδυλοι κιόνων που οι μεγαλύτεροι έχουν διάμετρο 1,90 μ. κι ένα αρχαϊκό κιονόκρανο ιωνικού ρυθμού διαστάσεων 2,20x1,20 μ. , όπως και ημιτελείς σαρκοφάγοι που παραπέμπουν τουλάχιστον σε δύο εποχές εκμετάλλευσης, την αρχαϊκή και τη ρωμαϊκή.
Οι Φούρνοι κατά τις διάφορες ιστορικές περιόδους
Μυκηναϊκοί χρόνοι
Τα νησιά του Αιγαίου κατοικούνταν από προελληνικούς πληθυσμούς,  τους Πελασγούς, τους Λέλεγες και τους Κάρες. Σύμφωνα με τον Θουκυδίδη (1.8), το Αιγαίο μαστίζονταν από την πειρατεία με πρωταγωνιστές κυρίως τους Κάρες και τους Φοίνικες, οι οποίοι εκτός από τις επιθέσεις σε εμπορικά πλοία διοργάνωναν κι επιδρομές στα παράλια των νησιών. Ως αποτέλεσμα, οι κάτοικοι των νησιών αλλά και της ηπειρωτικής Ελλάδας έχτιζαν  τους οικισμούς τους μακριά από τις ακτές, προς την ενδοχώρα  και αργότερα όταν απόκτησαν  μεγαλύτερη ευημερία έχτισαν τείχη γύρω από τις πόλεις τους. Η πρώτη δύναμη που επιχείρησε να επιβάλει τάξη στο Αιγαίο και να καταστείλει την πειρατεία φέρεται να είναι η μινωική Κρήτη.
Οι Κάρες συνέχισαν την πειρατεία και φαίνεται να κυριαρχησαν στο Αιγαίο μετά την πτώση του Μινωικού πολιτισμού. Η δράση τους στο Αιγαίο πιθανολογείται ότι φτάνει μέχρι και τον 6ο πΧ αιώνα, από επιγραφές σε διάφορα νησιά σε μια γλώσσα που δεν έχει αποκρυπτογραφηθεί. Θεωρείται ότι διατηρούσαν κάποιους θύλακους σε απομονωμένα νησιά, ενώ οι αρχαίοι Έλληνες είχαν πλήρη συνείδηση ότι ζούσαν ανάμεσά τους. Ο Παπαλάς πιστεύει ότι κάποιοι από αυτούς τους θυλάκους βρίσκονταν στην Ικαρία και τους Φούρνους που είχαν ιδανική θέση για πειρατικές επιδρομές στο Ικάριο πέλαγος. Σύμφωνα πάλι με τον ίδιο, η ύπαρξη μιας πειρατικής κοινότητας στην Ικαρία και στους Φούρνους, θα μπορούσε να είναι ένας από τους λόγους για τους οποίους η δυτική πλευρά της Σάμου παρέμεινε υπανάπτυκτη,  σε σχέση με το ανατολικό τμήμα της Σάμου όπου αναπτύχθηκε και ήκμασε η αρχαία πόλη της Σάμου.
Σκοτεινοί Αιώνες και Αρχαϊκή εποχή
Κατά το πρώτο κύμα του Ελληνικού αποικισμού, μεταξύ 11-9ου αιώνα πΧ , οι Φούρνοι βρίσκονται στο γεωγραφικό χώρο προς τον οποίο κατευθύνονται οι Ίωνες άποικοι.  Οι τελευταίοι στοχεύουν τα εύφορα εδάφη της Μικράς Ασίας και τα παρακείμενα μεγάλα νησιά όπως η Χίος κι η Σάμος, ενώ μάλλον παρακάμπτουν τα άγονα ορεινά νησιά όπως η Ικαρία ή τα μικρά νησιά των Φούρνων με την ελάχιστη και βραχώδη γη. 
Οι προελληνικοί πληθυσμοί αυτών των περιοχών χάνουν την αντιπαράθεση με τους Ίωνες κι είτε εκτοπίζονται, είτε αφομοιώνονται από τους νεοφερμένους.   
Οι Ίωνες χτίζουν 10 πόλεις, οι οποίες μαζί με τις 2 νησιωτικές πόλεις της Σάμου και της Χίου, σχηματίζουν το Κοινό των Ιώνων, ένα είδος κοινοπολιτείας που διατηρεί τους δεσμούς και τις κοινές παραδόσεις μεταξύ των μελών του. Η Ιωνική Κοινοπολιτεία είναι μια χαλαρή πολιτιστική ένωση, καθώς οι ιωνικές πόλεις διατηρούν την αυτονομία τους και βρίσκονται σε διαρκή αντιπαράθεση μεταξύ τους, που συχνά οδηγεί σε πολεμικές συγκρούσεις. Αυτές οι συγκρούσεις κι οι αντιπαραθέσεις έχουν σαν αιτία , κατά τους αρχαίους συγγραφείς την εμπλοκή των Ιωνικών πόλεων σε διαφορετικά στρατόπεδα στον πόλεμο μεταξύ Ερέτρειας και Χαλκίδας για το Ληλάντιο πεδίο, στα τέλη του 8ου αιώνα  π.Χ., που λέγεται ότι χώρισε τον ελληνικό κόσμο σε δύο αντίπαλα στρατοπεδα και πυροδότησε στη συνέχεια πολλές τοπικες συρράξεις, μεταξύ των αντιπάλων.  
Οι Φούρνοι βρίσκονται κοντά στις δυο από τις σημαντικότερες Ιωνικές πόλεις: τη Μίλητο και τη Σάμο, καταλαμβάνοντας στρατηγική θέση στο θαλάσσιο δίαυλο μεταξύ Ικαρίας και Σάμου. Πρόκειται για ένα νοητό σταυροδρόμι μεταξύ της διαδρομής που ένωνε το θαλάσσιο εμπόριο του Εύξεινου Πόντου και των νησιών του βορείου Αιγαίου, με τα νησιά του Νότιου Αιγαίου, τα παράλια της Μικράς Ασίας, την Κύπρο, τη Συρία και την Αίγυπτο, αφενός και της διαδρομής που ένωνε την ηπειρωτική Ελλάδα με την Ιωνία. Η σημασία αυτού του διαύλου έγινε σχετικά πρόσφατα γνωστή, όταν μετά από τριετή ενάλια έρευνα, ανακαλύφθηκε στο βυθό του αρχιπελάγους των Φούρνων μεγαλος αριθμός ναυαγίων από την αρχαιότητα έως σήμερα. Η δαντελωτή ακτογραμμή με τους πολλούς κολπίσκους ανάμεσα στους θαλάσσιους άξονες Δύσης – Ανατολής και Βορρά-Νότου, μπορούσε να προσφέρει ασφαλή στάση στα διερχόμενα εμπορικά ή πολεμικά πλοία, αλλά και ορμητήριο για πειρατικές επιδρομές σε διερχόμενα πλοία ή στα γύρω νησιά. 
Υπάρχουν αρχαιολογικές ενδείξεις παρουσίας οικισμών στους Φούρνους, ίσως από την αρχαϊκή εποχή, χωρίς όμως να έχει αποδειχθεί με ασφάλεια η σύνδεσή τους με κάποια από τις γύρω Ιωνικές πόλεις. Τα λατομεία των Φούρνων φέρονται να έχουν προμηθεύσει μάρμαρο για την κατασκευή των Ιωνικών ναών της Άρτεμης Ταυροπόλου στην Ικαρία, του Ηραίου στη Σάμο και του Απόλλωνα των Διδύμων στη Μίλητο. 
Φούρνοι και Μίλητος 
Η Μίλητος είναι η σημαντικότερη Ιωνική πόλη και ανθεί οικονομικά από την αρχαϊκή εποχή, αναπτύσσοντας σημαντικό θαλάσσιο εμπόριο και αποικίες σε νησιά του Αιγαίου, στην Προποντίδα και τον Εύξεινο Πόντο. 
Ο Haussoulier  (1902) εντάσσει τους Φούρνους στα νησιά που ανήκαν στη σφαίρα επιρροής της Μιλήτου. Θεώρησε ότι ο έλεγχος των νησιών ήταν ένα μέρος της αμυντικής στρατηγικής της Μιλήτου,  με τη Λάδη, το Αγαθονήσι και το Φαρμακονήσι να αποτελούν την πρώτη γραμμή άμυνας, ενώ η Ικαρία, οι Φούρνοι, οι Λειψοί, η Λέρος κι η Πάτμος αποτελούσαν την δεύτερη γραμμή άμυνας. 
Ο συλλογισμός της δημιουργίας αποικιών στα γύρω νησιά για καθαρά αμυντικούς σκοπούς  είναι μάλλον προβληματικός κι απορρίφθηκε από την πλειοψηφία των μεταγενέστερων ερευνητών:
-       η Μίλητος κατά τον 8-7 αιώνα π.Χ. απειλείται κυρίως από τη μικρασιατική  ενδοχώρα της και τους διαρκείς πολέμους με το Λυδικό κράτος,  ενώ δεν φαίνεται να αντιμετωπίζει κάποια θαλάσσια απειλή. Σταδιακά οι Λυδοί  αποκόπτουν την Μίλητο από την ενδοχώρα,  με αποτέλεσμα οι Μιλήσιοι αναγκαστικά να περιοριστούν στους θαλάσσιους δρόμους και το εκεί εμπόριο για την επιβίωση της πόλης τους. 
-       Οι αποικίες των Μιλησίων στα νησιά του Αιγαίου θα πρέπει να θεωρηθούν ως σταθμοί του εμπορικού δικτύου που οργάνωσε η Μίλητος για να εξασφαλίσει την έξοδο της προς το δυτικό και το βόρειο Αιγαίο και παράλληλα ως καταφύγιο των πληθυσμών της που ήθελαν να διαφύγουν από τη Λυδική επέκταση. Η εγκατάσταση των Μιλησίων στην σχετικά απομακρυσμένη Ικαρία (Στράβων 14.1.6), ήταν μάλλον αδύνατο να έχει αμυντικό χαρακτήρα. Το λογικότερο είναι να αποτελούσε κρίκο στη μακρά αλυσίδα φιλικών ναυτικών σταθμών στο ταξίδι προς το βορά και τον Εύξεινο Πόντο στην προσπάθειά τους να αποφύγουν το στενό της Μυκάλης που ελεγχόταν από την εχθρική Σάμο. 
-       Εγκατάσταση Μιλησίων στους Φούρνους δεν έχει τεκμηριωθεί από το υπάρχον έως τώρα αρχαιολογικό υλικό. Τα λιγοστά αρχαιολογικά ευρήματα υποστηρίζουν μια μάλλον Σαμιακή παρουσία κατά τους ελληνιστικούς και ρωμαϊκούς χρόνους. 
Η εγκατάσταση των Μιλησίων στην Ικαρία χρονολογείται πριν από τον περίφημο Ληλάντιο Πόλεμο. Η Μίλητος κι η Χίος πολέμησαν στο πλευρό της Ερέτριας, ενώ η Σάμος κι η Ερυθρέα – στο πλευρό της Χαλκίδας. Κατά τη διάρκεια του πολέμου η Μίλητος έχασε τη δυνατότητα να χρησιμοποιεί την ασφαλή παράκτια διαδρομή προς τον Πόντο, που περνούσε μέσα από τα εχθρικά χωρικά ύδατα της Σάμου και της Ερυθραίας. Το ταξίδι προς το Βορρά θα έπρεπε να γίνει είτε διαμέσου Ικαρίας και Σάμου, στο δίαυλο που ελέγχουν οι Φούρνοι, είτε πλέοντας πρώτα προς τα δυτικά προς Λέρο και Πάτμο και μετά βόρεια, περιπλέοντας το δυτικό άκρο της Ικαρίας προς το Να και την Οινόη, πριν συνεχίσουν προς τη φιλική Χίο. 
Η χρήση του δρομολογίου για το Βορά, αρχικά μέσω Λέρου-Πάτμου και στη συνέχεια μέσω του διαύλου ανάμεσα σε Μύκονο και Ικαρία, πρέπει να ήταν η λιγότερο επιθυμητη και ασφαλής επιλογή, λόγω των δυνατών ανέμων που πνέουν στην περιοχή, στο μεγαλύτερο μέρος του χρόνου.  Η χρήση αυτού του δρομολογίου θα επιλεγόταν μόνο αν η δίοδος μέσω των στενών των Φούρνων ήταν αδύνατη ή ανεπιθύμητη, είτε λόγω του ελέγχου των Φούρνων από πειρατές, είτε από την ανερχόμενη δύναμη της Σάμου.
Η Ικαρία αναπτύχθηκε γρήγορα κατά τον 6ο αιώνα πΧ, καθώς ωφελήθηκε από την αυξανόμενη ανάγκη της Μιλήτου από το εμπόριο με τις αποικίες της. Όμως, μέχρι το τέλος του 6ου αιώνα η Ικαρία πέρασε στη σφαίρα επιρροής της Σάμου, που είχε αρχίσει να αποκτά σημαντική δύναμη από το 800 πΧ.
Πιθανώς αρχικά η Μίλητος να ήλεγχε τους Φούρνους, λόγω της σημαντικής τους θέσης και στη συνέχεια έχασε τα νησιά αυτά όταν η Σάμος ανέπτυξε ισχυρή ναυτική δύναμη επί Πολυκράτη, ικανή να διεκδικήσει τον έλεγχο των Φούρνων και του Ικάριου Πελάγους από τη Μίλητο. 
Φούρνοι και Σάμος
Η άνοδος της Σάμου μετά το 800 πΧ, οδήγησε στην ανάγκη αναζήτησης νέων εδαφών για τον αυξανόμενο πληθυσμό κι εμπορικών σχέσεων εκτός του νησιού. Οι Σάμιοι δεν στράφηκαν προς τη δυτική πλευρά του νησιού της, για λόγους που δεν είναι πλήρως κατανοητοί. Αρχικά αναζήτησαν καλλιεργήσιμη γη στην απέναντι πλευρά της Μικρασιατικής ακτής (περαία), όπου εγκατέστησαν εποίκους. Παράλληλα  ανέπτυξαν στόλο που θα διεκπεραίωνε το εμπόριό τους κυρίως με το νότιο Αιγαίο, την Κυρηναϊκή και την Αίγυπτο.
Γύρω στο 640 π.Χ. οι Σάμιοι κι οι λοιποί Ίωνες δέχτηκαν επίθεση από τους Κιμμέριους βάρβαρους που εισέβαλαν στη Μικρά Ασία από τη νότια Ρωσία κι επιτέθηκαν στα ιωνικά εδάφη και στη Σαμιακή περαία, αναγκάζοντας τους Σάμιους εποίκους να καταφύγουν πίσω στη Σάμο.  Κατά το 620 π.Χ. οι Σάμιοι, που τώρα χρειαζόταν ένα νέο μέρος για τους πρόσφυγες τους, δημιούργησαν αποικία στην Αμοργό. Η Αμοργός χρησίμευσε ως σταθμός στον ταξίδι προς το νότιο Αιγαίο, όπου η Σάμος ανέπτυσσε  εμπορικές σχέσεις.  Παράλληλα η Αμοργός βοήθησε τους Σαμιώτες στο ταξίδι τους προς το Νότο, να παρακάμψουν με τη σειρά τους την ίδια την εχθρική  Μίλητο και τις  βάσεις της στην Καριακή ακτή της Μ. Ασίας. Στο ταξίδι προς την Αμοργό, οι Φούρνοι φαντάζουν ως η πρώτη και πιο λογική στάση. 
Ο Shipley θεώρησε ότι η Σάμος ήλεγχε ανέκαθεν τους Φούρνους, κάτι που δεν είναι καθολικά αποδεκτό. Κατά τον ίδιο, οι Σάμιοι μάλλον εκμεταλλευόταν τους Φούρνους ως βοσκοτόπια και για προμήθεια ξυλείας και μαρμάρου, καθώς και για αγροτικές εργασίες που δεν απαιτούσαν συνεχή επιτήρηση. 
Στα μέσα του 6ου πΧ αιώνα, ο τύραννος της Σάμου Πολυκράτης κατασκεύασε ισχυρό στόλο, επιδόθηκε στην πειρατεία και κυριάρχησε στα γύρω νησιά, φτάνοντας μέχρι τη Ρήνεια, την οποία αφιερώσε στο Δήλιο Απόλλωνα. (Θουκυδίδης 1.13) 
Στη σύγκρουση με τη Μίλητο, που είχε καταπονηθεί από τους πολέμους με το Λυδικό κράτος, ο Πολυκράτης βγήκε νικητής κάνοντας τους αρχαίους Έλληνες να μιλάνε για Σαμιακή θαλασσοκρατορία. Με τα δεδομένα της ναυσιπλοίας κατά την αρχαιότητα, είναι απίθανο ο στόλος του Πολυκράτη να επιχειρούσε μόνο από το λιμάνι της αρχαίας Σάμου, στο σημερινό Πυθαγόρειο, χωρίς να χρησιμοποιεί ενδιάμεσους  σταθμούς στα γύρω νησιά.  Οι περιορισμοί των πλοίων εκείνης της εποχής, επέβαλαν στους ναυτικούς να πλέουν κοντά στην ακτή,  αποφεύγοντάς την ανοικτή θάλασσα. Τα πλοία έκαναν συχνές στάσεις από νησί σε νησί για ασφάλεια, διανυκτέρευση και ανεφοδιασμό. Οι Φούρνοι, έχουν την ιδανική θέση ως ναυτική βάση, για τον έλεγχο του Ικάριου Πελάγους. Από αυτή τη χρονική περίοδο κι έπειτα είναι πιθανότερο οι Φούρνοι να περνάνε στον έλεγχο της Σάμου.
Ελληνιστική και Ρωμαϊκή εποχή
Ο Α. Rehm υποστήριξε ότι οι Φούρνοι ήταν στη σφαίρα επιρροής της Σάμου, τουλάχιστον από τους Ελληνιστικούς χρόνους και μεταγενέστερα, ενώ η Μίλητος θα έπρεπε να είχε αρκεστεί στην κατοχή της Λέρου και της Πάτμου και τη χρήση των εκεί θαλάσσιων διαύλων για την έξοδο της προς το Αιγαίο.
Τα συμπεράσματά του προέχονται από την επίσκεψή του στους Φούρνους το 1924 και την μελέτη των επιγραφών που βρήκε πρώτος ο ίδιος στην ακρόπολη των Φούρνων, στην κορυφή του λόφου του Άη Γιώργη. Η μικρή αυτή οχυρωμένη θέση χρονολογήθηκε από τον ίδιο στους Ελληνιστικούς χρόνους κι επιβλέπει τον κύριο κόλπο του μεγάλου νησιού των Φούρνων και τη σύγχρονη , ομώνυμη πρωτεύουσα των νησιών. Ο Rehm θεώρησε ότι η ακρόπολη επιβίωσε  αρκετά μέσα στους χρόνους της ρωμαϊκής εποχής και πρέπει να είχε λειτουργική σχέση με τον πύργο του Δρακάνου στην ανατολική άκρη της Ικαρίας, αφού οι δύο θέσεις έχουν οπτική επαφή. Υπολλείμματα ενός άλλου ελληνιστικού πύργου παρόμοιου με το Δράκανο και σε οπτική επαφή με το τελευταίο υπάρχουν στη ΒΔ ακτή των Φούρνων, στη Χρυσομιλιά. 
Πολλές από τις επιγραφές που βρέθηκαν σκαλισμένες πάνω στους βράχους της ακρόπολης, είναι γκραφίτι που έγιναν από τους στρατιώτες ή μισθοφόρους μιας, μάλλον Σαμιακής φρουράς, για να διασκεδάσουν την πλήξη τους. Εάν υπήρχε συνεχής ή διακεκομμένη ανθρώπινη παρουσία στους Φούρνους λόγω της ταραχώδους ιστορίας της Ελληνιστικής εποχής και των χρόνων της Ρωμαϊκής δημοκρατίας είναι δύσκολο να αποδειχθεί. Για τη Σαμιακή κυριαρχία στο νησί συμφωνούν όλοι οι μεταγενέστεροι ερευνητές.
Ο πύργος του Δράκανου στην ανατολική άκρη της Ικαρίας, έχει οπτική επαφή με αντίστοιχο πύργο στο Καρλόβασι στη δυτική άκρη της Σάμου, με την ακρόπολη των Φούρνων και τα υπολείμματα ελληνιστικού πύργου στη Χρυσομηλιά στο ΒΔ τμήμα των Φούρνων. Αυτές οι οχυρώσεις  πρέπει να εντάσσονται σε ένα σύνολο οχυρώσεων-φρυκτωριων, που χρησιμοποιήθηκαν στην αρχαιότητα για τον έλεγχο του Αιγαίου μέσω ενός ολοκληρωμένου σύστηματος έγκαιρης προειδοποίησης για τις κινήσεις στόλων στο Αιγαίο, συμπεριλαμβανομένων και των πειρατών. 
Η κατασκευή του πύργου του Δρακανου θα μπορούσε να έχει σχετιστεί με τη Δεύτερη  Αθηναϊκή Συμμαχία στο Αιγαίο, κατά τον 4ο αιώνα π.Χ. ή με  την κυριαρχία των Πτολεμαίων κατά τον 3ο-2ο αιώνα π.Χ., ενώ είναι πιθανό και τα αντίστοιχα οχυρωματικά έργα των Φούρνων (η ακρόπολη κι ο πύργος στη Χρυσομιλιά) να εντάσσονται στο ίδιο χρονικό και πολιτικό πλαίσιο.
Η Σάμος φαίνεται να εποπτεύει τους Φούρνους αρχικά για λογαριασμό της και αργότερα κατά τους ελληνιστικούς χρόνους, πιθανότατα για λογαριασμό των Πτολεμαίων της Αιγύπτου αρχικά και μετά της Ρώμης.
Στον αιώνα που ακολούθησε το θάνατο του Μ. Αλεξάνδρου, οι Διάδοχοί του διεξήγαγαν σκληρούς αγώνες μεταξύ τους για την κυριαρχία στα εδάφη της αυτοκρατορίας. Το Αιγαίο έγινε θέατρο αδιάκοπων συγκρούσεων. Τα νησιά των ανατολικών Σποράδων και κυρίως η Ικαρία,οι Φούρνοι και η Πάτμος βασίζονταν στην Πτολεμαϊκή βάση της Σάμου για προστασία και σταθερότητα. Παρά την έξαρση της πειρατείας και τον ανταγωνισμό μεταξύ των Πτολεμαίων της Αιγύπτου, των Αντιγονιδών της Μακεδονίας, των Σελευκιδών της Συρίας, του βασιλείου της Περγάμου και του νησιού της Ρόδου, οι ανατολικές Σποράδες ευημέρησαν υπό την κυριαρχία των Πτολεμαίων για έναν περίπου αιώνα μεταξύ 284-188 π.Χ. Η οικονομία της Σάμου ανθίζει και σημάδια ευημερίας παρατηρήθηκαν στην Ικαρία και στους Φούρνους.
Προς το τέλος του 3ου αιώνα πΧ και με την Πτολεμαϊκή παρουσία στο  Αιγαίο να εξασθενεί,  η Ρόδος προσπάθησε χωρίς μεγάλη επιτυχία να διατηρήσει την ασφάλεια στο Αιγαίο. Η Ικαρία έχασε το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού της.
Το 205 π.Χ. Ο Φίλιππος Ε' της Μακεδονίας αφού έκανε ειρήνη με τη Ρώμη εισέβαλε στο Αιγαίο με το στόλο του και προσπάθησε ανεπιτυχώς να καταλάβει τη Ρόδο. Στην προσπάθειά του αυτή  στρατολόγησε και πειρατές οι οποίοι ενεργούσαν στο όνομα του και μεταξύ άλλων λεηλάτησαν και τις Κυκλάδες. Ο Φίλιππος χρησιμοποιούσε τη Σάμο ως η ναυτική βάση και την Έφεσο ως βάση στην ξηρά. Οι Ρόδιοι προσπάθησαν με το στόλο τους και τις φρουρές στα νησιά να καταστείλουν την πειρατεία, αλλά σύμφωνα με το Διόδωρο (36.42) νικήθηκαν από τον πιο ευέλικτο πειρατικό στόλο. 
Μετά το 2ο μισό του 2ου π.Χ. αιώνα οι πειρατές έγιναν πραγματικά επικίνδυνοι κι άρχισαν να αποσταθεροποιούν τη Μεσόγειο.  Δύο παράγοντες συνέβαλαν στην εξάπλωση της πειρατείας. Αρχικά, η άλλοτε ισχυρή αυτοκρατορία των Σελευκιδών που έλεγχε τις θάλασσες άρχισε να  αποσταθεροποιείται μετά το 150 π.Χ, όταν ένας σφετεριστής του θρόνου ο Αλέξανδρος Μπάλλας έγινε βασιλιάς. Ο δεύτερος λόγος ήταν η ρωμαϊκή αριστοκρατία που χρειαζόταν σκλάβους για τη δουλειά στα μεγάλα αγροκτήματα τους στην Ιταλία.  Αν και η Ρώμη είχε ήδη στείλει στόλο υπό την ηγεσία του πραίτορα Μάρκου Αντωνίου, γύρω στο 104 πΧ, στην πραγματικότητα αρνήθηκε να πάρει δραστικά μέτρα γιατί χρειαζόταν τους πειρατές.
Ως αποτέλεσμα, οι Βαλεαρίδες νήσοι κι η  Κρήτη έγιναν κέντρα πειρατών και αργότερα το ίδιο και η Δυτική Κιλικία.  Τυχοδιώκτες από όλες τις χώρες συνέρρεαν σε αυτές τις περιοχές για να ξεκινήσουν μια νέα ζωή ως πειρατές.  
Με τους Κρήτες πειρατές να λυμαίνονται το Αιγαίο οι παραθαλάσσιες πόλεις είτε εγκαταλήφθηκαν από τους κατοίκους τους που αναζήτησαν ασφάλεια σε ορεινές περιοχές ή οχυρωμένες θέσεις στην ενδοχώρα, είτε προσπάθησαν να ενισχύσουν τις οχυρώσεις τους και τα συστήματα έγκαιρης ειδοποίησης. Άλλα νησιά προσπάθησαν να συνάψουν συμφωνίες με τις Κρητικές πόλεις με διαφορετικά αποτελέσματα. Το πιθανότερο είναι ότι τα μικρότερα νησιά, όπως οι Φούρνοι, ερημώθηκαν. Τα Θέρμα στην Ικαρία εγκαταλήφθηκαν από τους κατοίκους τους και πιθανόν χρησιμοποιήθηκαν σαν βάση από τους Κρήτες πειρατές, όπως κι οι Φούρνοι. 
Στις αρχές του 2ου αιώνα πΧ οι Ρωμαίοι εισήλθαν στο Αιγαίο χειριζόμενοι έξυπνα τις διαμάχες των ελληνιστικών βασιλείων προς όφελός τους. Στο όνομα της διαφύλαξης της ελευθερίας των Ελληνικών πόλεων, εξουδετέρωναν τον πιο επικίνδυνο αντίπαλο κάθε φορά, μέχρι την οριστική επικράτησή τους στην περιοχή. Πρώτα νίκησαν το Φίλιππο E’ της Μακεδονίας (201-197 πΧ), στη συνέχεια τον Σελευκίδη βασιλιά Αντίοχο το 190 πΧ στη Μαγνησία, μετά τον Περσέα, το διάδοχο του Φίλιππου Ε’ (171-168 πΧ) οπότε και τιμώρησαν την πρώην σύμμαχό τους Ρόδο για την ουδέτερη σταση της. Το 133-130 πΧ η Ρώμη κατέστειλε την εξέγερση του Αριστόνικου, ενός νόθου γιου του βασιλιά της Περγάμου Ευμένη Β’, που είχε εξαπλωθεί σε όλο το ανατολικό Αιγαίο και το 129 πΧ προσάρτησε την Σάμο και κατ’επέκταση την Ικαρία στην ρωμαϊκή επαρχία της Ασίας.
Ο Λίβιος (37.11.6) παραθέτει ένα ενδιαφέρον περιστατικό από τον Πρώτο Συριακό Πόλεμο (192-189 πΧ), όπου η Σάμος ήταν ένα μείζον θέατρο πολεμικών επιχειρήσεων ανάμεσα στους Ρωμαίους και το βασίλειο των Σελευκιδών. Πρόκειται για μια ναυτική επιχείρηση που δείχνει γλαφυρά τις συνθήκες ναυσιπλοίας στο δίαυλο των Φούρνων και τη στρατηγική σημασία του ελέγχου του. Ο ναύαρχος των Σελευκιδών Πολυξενίδας, που στάθμευε στην Έφεσο με 70 πλοία, απέπλευσε για την Ικαρία όπου προσπάθησε να στήσει ενέδρα  στο ρωμαϊκό στόλο, ο οποίος προσπαθούσε από τη Χίο  να πλεύσει προς τη Σάμο για να συναντήσει το σύμμαχο Ροδιακό στόλο. Όταν ο διασκορπισμένος από τον δυνατό άνεμο ρωμαϊκός στόλος πλησίασε την Ικαρία,  ο Πολυξενίδας προσπάθησε να επιτεθεί, αλλά ο άνεμος που δυνάμωσε ακόμη περισσότερο παρέσυρε τα πλοία του προς το ακατοίκητο νησί της Αιθαλίας, το οποίο πρέπει να είναι κάποιο από τα νησιά του συμπλέγματος των Φούρνων. 
Ο ρωμαϊκός στόλος αναγκάστηκε να καταφύγει σε κάποιο εγκαταλειμμένο λιμάνι της Ικαρίας ή της δυτικής πλευράς της Σάμου, όπου, χωρικοί από τα υψώματα όπου είχαν άριστη θέα στα τεκταινόμενα στο Ικάριο πέλαγος,  κατέβηκαν στην ακτή κι ειδοποίησαν τους Ρωμαίους για την παρουσία του στόλου των Σελευκιδών στην περιοχή. Οι Ρωμαίοι συνειδητοποίησαν ότι αν επιχειρούσαν να συνεχίσουν το ταξίδι τους προς την πόλη της Σάμου, θα έπεφταν στην παγίδα του Πολυξενίδα,  που προφανώς συνέχιζε να ενεδρεύει με τα πλοία του κρυμμένος στα νησιά των Φούρνων. Έτσι αναγκάστηκαν να γυρίσουν πίσω προς την Κώρυκο, ενώ ο Πολυξενίδας γύρισε στη ναυτική του βάση στην Έφεσο. 
Οι πόλεμοι μεταξύ των Ρωμαίων και του βασιλιά Μιθριδάτη ΣΤ’ του Πόντου μετά το 88 π.Χ. αποσταθεροποίησαν τη μικρά Ασία και έδωσαν στους πειρατές από την Κρήτη και την Κιλικία επιπλέον  δύναμη.Όταν μάλιστα το 69 π.Χ. οι Ρωμαίοι πήραν τις δυνάμεις στους από το Αιγαίο για να πολιορκήσουν το βασιλιά της Αρμενίας Τιγράνη στην πρωτεύουσα του,  οι πειρατές εκμεταλλεύτηκαν την απουσία στρατιωτικής δύναμης στο Αιγαίο και στα επόμενα τρία χρόνια έφτασαν στο απόγειο της θαλασσοκρατορίας τους. Σύμφωνα με τον Πλούταρχο (Πομπήιος 24),  οι πειρατές δεν αρκέστηκαν σε επιθέσεις σε πλοία μόνο, αλλά άρχισαν να λεηλατούν τα νησιά και τις παραθαλάσσιες πόλεις.  Οχύρωσαν λιμάνια κι είχαν στη διάθεσή τους δίκτυο φρυκτωριών για έγκαιρη ειδοποίηση. Τα πληρώματά τους περιελάμβαναν άντρες αριστοκρατικής καταγωγής, καλούς ναυτικούς και άριστους πλοηγούς.Τα 1000 πλοία τους ήταν εξοπλισμένα θαυμάσια. Λεηλάτησαν πολλά ιερά, συμπεριλαμβανομένου του διάσημου Ηραίου στη Σάμο και κατέλαβαν 400 πόλεις. Αν κι οι πειρατές δεν εξαφάνισαν τις μεγάλες Ιωνικές πόλεις, ούτε ερήμωσαν τα μεγάλα νησιά της Ιωνίας, εντούτοις ο Πλούταρχος ισχυρίζεται ότι πολλές μικρότερες κοινότητες αφανίστηκαν κυριολεκτικά. Ο πληθυσμός της Ικαρίας μειώθηκε σημαντικά, οι παραθαλάσσιοι οικισμοί εγκαταλήφθηκαν για την ασφάλεια των ορεινών χωριών της ενδοχώρας που συνέχιζαν να απολαμβάνουν κάποια σταθερότητα, ενώ η πρωτεύουσα Οινόη μετατράπηκε από πόλη σε απλό οικισμό, με περίπου 20 οικίες. Κατά τη διάρκεια αυτών των χρόνων η Ικαρία ξέπεσε στις συνθήκες στις όποιές ο Στράβωνας την βρήκε προς το τέλος του 1ου αιώνα π.Χ. κι οι οποίες προσομοίαζαν αρκετά στις συνθήκες που επικρατούσαν στο νησί κατά τις αρχές του 19ου αιώνα μΧ. Ο Στράβωνας αναφέρει ότι η Ικαρία ήταν ακατοικητη, ενώ Σάμιοι κτηνοτρόφοι χρησιμοποιούσαν τη γη της ως βοσκοτόπια.
Η ερήμωση του Αιγαίου και η διατάραξη του εμπορίου σε όλη τη Μεσόγειο οδήγησε τη Ρώμη στο να επέμβει δραστικά με τον Πομπήϊο, που νίκησε τους πειρατές κι εκκαθάρισε τις θάλασσες. Στα νησιά δώθηκαν κίνητρα για ανάπτυξη, αλλά σύντομα πάλι ο ρωμαϊκός κόσμος αποσταθεροποιήθηκε από τους ρωμαϊκούς εμφυλίους πολέμους. Οι φόροι που επέβαλαν οι αντιμαχόμενοι Ρωμαίοι στρατηγοί στα νησιά για να καλύψουν τις ανάγκες των στρατευμάτων τους επιβάρυναν σημαντικά τις οικονομίες του Αιγαιακού κόσμου κατά τον 1ο αιώνα πΧ. 
Το 31 πΧ ο Οκταβιανός Αύγουστος νίκησε τον Μάρκο Αντώνιο στο Άκτιο και τερμάτησε τον εμφύλιο πόλεμο φέρνοντας ειρήνη στο ρωμαϊκό κόσμο. O Οκταβιανός επισκέφθηκε τη Σάμο το 30/29 πΧ όπου είχε μιας πρώτης τάξης ευκαιρία να διαπίστωσει την κατάσταση στα νησιά. Οι Σάμιοι έκαναν έκκληση στον Αύγουστο για φορολογικές ελαφρύνσεις έχοντας μάλιστα την υποστήριξη της γυναίκας του αυτοκράτορα, Λιβίας. Ο Αύγουστος απέρριψε την αίτηση των Σαμίων, αν και ο φόρος που αναλογούσε στο νησί ήταν ασήμαντος για τα μεγέθη της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Πιθανότατα φοβήθηκε ένα γενικευμένο κύμα αιτήσεων για απαλλαγή από τους φόρους, από τον σκληρά δοκιμαζόμενο Αιγαιακό χώρο. Ο Δίων Κάσσιος (54.9.7) αναφέρει ότι ο Αύγουστος κατά τη δεύτερη επίσκεψη του στη Σάμο το 20/19 π.Χ. χάρισε τελικά στους Σάμιους αυτό που τους είχε αρνηθεί νωρίτερα:  την ελευθερία τους, που στην πραγματικότητα ήταν εξαίρεση από την καταβολή φόρων. 
Είναι πιθανότατα σε αναγνώριση αυτού του δώρου που οι Σάμιοι κι οι Λέριοι κάτοικοι της Οινόης στην Ικαρία και οι πιθανότατα Σάμιοι έποικοι των Φούρνων στον οικισμό στη θέση Καμάρι, οι οποίοι ευεργετηθήκαν από την εξαίρεση,  έστησαν επιγραφές για να τιμήσουν τον αυτοκράτορα.
Κάποια στιγμή μετά το πρώτο ταξίδι του Ρωμαίου αυτοκράτωρα Αυγούστου στη Σάμο περί το 30 π.Χ., οι Σάμιοι άρχισαν να ξαναχτίζουν την Οινόη στην Ικαρία, πιθανώς μετά από παρότρυνση του Αυγούστου. Ο επανοικισμός όλων των ερημωμένων νησιών ήταν προς το συμφέρον της Ρωμαικής πολιτικής. Οι Ρωμαίοι προσέφεραν κίνητρα, όπως απαλλαγή από φόρο για 5 ή 10 έτη σε εποίκους που θα επιθυμούσαν να εγκατασταθούν στα ερημωμενα νησιά. Οι Σαμιακές κοινότητες στην Οινόη, στους Φούρνους και στην Αμοργό συνεισέφεραν στην αποτροπή της χρήσης αυτών των νησιών από τους πειρατές ως βάσεις. 
Κατά τη διάρκεια του 1ου αιώνα πΧ οι Ρωμαίοι άρχισαν να χρησιμοποιούν τα νησιά του Αιγαίου ως τόπους εξορίας για επιφανείς Ρωμαίους, που είχαν διαπράξει σημαντικά εγκλήματα ή απλώς ήταν ανεπιθύμητοι στον εκάστοτε αυτοκράτορα. Πιθανότατα η Ικαρία και η Σάμος να επωφελήθηκαν οικονομικά από τη φιλοξενία τέτοιων πλουσίων εξορίστων, ενώ οι Φούρνοι είναι μάλλον αμφιβολο να δέχτηκαν τέτοιους επισκέπτες που ακόμη κι ως εξόριστοι ζούσαν στη χλιδή. Άλλες πάλι φορές στα ιερά των νησιών κατέφευγαν ως ικέτες και ζητούσαν άσυλο δούλοι που είχαν δραπετεύσει, οφειλέτες που δεν μπορούσαν να αποπληρώσουν τα χρέη τους ή ακόμη και κακοποιοί. Η ευημερία της Ικαρίας κράτησε, έστω και φθίνουσα, μέχρι το τέλος του 3ου μ.Χ. αιώνα, μετά τον οποίο η Ικαρία σχεδόν παύει να αναφέρεται στις πηγές. Για τους Φούρνους η χρονολογία ορόσημο είναι η σαρκοφαγος του 2ου μ.Χ. αιώνα. Δεν υπάρχουν άλλα αρχαιολογικά ευρήματα που να μαρτυρούν κατοίκηση στους Φούρνους μετά από αυτή τη χρονολογία.
Οι Φούρνοι αποτελούν ένα μυστήριο σχετικά με την υπόστασή τους κατά την αρχαϊκή, κλασσική και ελληνιστική εποχή. Η μαρτυρία του φρουρού για την ακρόπολη των Κορσιητών, προϋποθέτει κατά τους ερευνητές, την ύπαρξη του αντίστοιχου πληθυσμού που διαβιούσε στο νησί. Το αν αυτοί ήταν οργανωμένοι σε αυτόνομη πόλη ή έστω εξαρτώμενη από κάποιο ισχυρό γείτονα πόλη ή οικισμό, δεν μπορεί να απαντηθεί με βεβαιότητα με βάση τα έως τώρα στοιχεία. Μια κατά γράμμα ανάγνωση της επιγραφής θα σταματούσε ως εδώ. Η επιγραφή του φρουρού θα μπορούσε όμως να είναι καθαρά ειρωνική βασιζόμενη ακριβώς στην ανυποληψία ή ανυπαρξία μιας τέτοιας πόλης, το μικρό μέγεθος της οχυρής θέσης που δεν συγκρινόταν με άλλες ακροπόλεις επιφανέστερων πόλεων και στην ατυχία του συγκεκριμένου ατόμου να φυλάει ένα ερημονήσι, μακριά από τις απολαύσεις της ζωής στις ελληνιστικές πόλεις της εποχής του. 
Η ανεύρεση της σαρκοφάγου των ρωμαϊκών χρόνων κάνει περισσότερο πιθανή την ύπαρξη μιας αυτόνομης ή εξαρτώμενης (μάλλον από τη Σάμο) πόλης, κατά την εποχή του Αυγούστου και μεταγενέστερα, έπειτα από τον επανεποικισμό των Φούρνων, που είχε την ευχέρεια να παράσχει τέτοιες πολυτελείς ταφές στα εξέχοντα μέλη της.
Βυζαντινή περίοδος
 Η Ικαρία έδειχνε να είναι σχεδόν εγκαταλειμμένη κατά τους τελευταίους αιώνες της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, ενώ για τους Φούρνους η μόνη αναφορά που υπάρχει είναι στο σταδιοδρομικόν του Κωνσταντίνου Πορφυρογέννητου το 10ο αιώνα μ.Χ. Οι Φούρνοι είναι μάλλον ακατοίκητοι και λημέρι πειρατών. Μέσα στους επόμενους  αιώνες διαδοχικοί εισβολείς όπως οι Άραβες, οι Τούρκοι, οι Ενετοί, οι Νορμανδοί κι οι Γενουάτες επιδράμουν στο Αιγαίο και περιορίζουν όλο και περισσότερο τη βυζαντινή κυριαρχία, μέχρι την οριστική απώλεια των νησιών από τους Ενετούς και τους Γενουάτες κι αργότερα τους Οθωμανούς. Χαρακτηριστικά ο Ι. Μελλάς αναφέρει: 
"Η Πόλις είχε παρθεί από τον συρφετόν των Σταυροφόρων (1204). Τα νησιά εκληρώθησαν εις τους Βενετσάνους. Η Ικαρία όμως, είχε βρεθεί 13 χρόνια πριν την Άλωσιν εις τον εξουσιασμόν του Γενοβέζου Βενεδίκτου Α’ Ζαχαρία. Μετά το νέον πέρασμα της εις το βυζαντινόν κράτος (1329 έως 1346) κατακτήθηκε από την Μαόνα των Γενοβέζων Ιουστινιανών για να γίνει στη συνέχεια αποκλειστικό κτήμα των Ιουστινιανών Αραγκίων. Αυτή την εποχήν επεσκέφθη το Αιγαίον ο Φλωρεντινός ιερεύς Χριστόφορος Μπουοντελμόντι, ο οποίος περιγράφει το πέλαγος με τα μελανώτερα χρώματα. Εις τα περισσότερα, λέγει, από τα νησιά, δεν υπήρχαν άνδρες. Οι κάτοικοι που είχαν απομείνει ζούσαν δίκην κτηνών." 
Τουρκοκρατία 
Οι Φούρνοι και τα άλλα μικρότερα νησιά που δεν διέθεταν ψηλά βουνά, πυκνά δάση και καλά οχυρωμένες θέσεις για προστασία δεν θα μπορούσαν να προστατεύσουν και να κρατήσουν τον πληθυσμό τους, με αποτέλεσμα να είναι μάλλον ακατοίκητοι και να γίνουν λημέρια πειρατών. Ο Πιρί Ρεΐς, περιγράφει τους Φούρνους το 1521 ως έρημα νησιά, στα οποία τα προηγούμενα χρόνια κατοικούσαν μοναχοί. Ο Πιέρ Μπελόν στις αναμνήσεις του από τα ταξίδια του στην Ελλάδα το 1553, αναφέρει Τούρκους κυρίως πειρατές με βάση μάλλον στους Φούρνους, που δρούσαν στην περιοχή της Σάμου. Ο επίσκοπος της Σάμου, Γεωργειρήνης γύρω στο 1650 αναφέρει τους Φούρνους ώς εγκαταλελειμμένα νησιά που χρησίμευαν σαν λημέρια πειρατών από τη Μάλτα, τη Σαρδηνία και το Λιβόρνο, οι οποίοι επιτίθεντο στα εμπορικά πλοία που ταξίδευαν μεταξύ Χίου και Ρόδου.
Ο W. Hasluck θεωρεί ότι οι Φούρνοι λόγω της θέσης τους προσέλκυαν τους πειρατές σε περιόδους αστάθειας στο Αιγαίο, οι οποίοι επιτίθονταν στα διερχόμενα εμπορικά πλοία, αλλά επέδραμαν και στην ίδια τη Σάμο κάνοντας τη ζωή των κατοίκων της αβάσταχτη. Παρόμοια δράση λόγω γεωγραφικής θέσης είχαν πειρατές που ενέδρευαν στις Οινούσσες και στα Μοσχονήσια, οι οποίοι λυμαίνονταν τα στενά της Χίου και της Μυτιλήνης, αντίστοιχα. Κατά τα μέσα του 15ου αιώνα μ.Χ οι πειρατικές επιδρομές κι η επερχόμενη Οθωμανική απειλή, ανάγκασαν τους κατοίκους της Σάμου και της Ικαρίας να αποδεχτούν την πρόταση των Γενουατών για μεταφορά τους στη Χίο, όπου θα μπορούσαν να προτάξουν μαζί με τους Γενουάτες μια πιο οργανωμένη αντίσταση στους Τούρκους. Ως αποτέλεσμα η Σάμος ερημώθηκε για περίπου 100 χρόνια, μέχρις ότου ο οθωμανός ναύαρχος Κιλίτζ Αλί αναγκάστηκε λόγω καταιγίδας να σταματήσει στο Τηγάνι, όπου και θαύμασε την ομορφιά της Σάμου. Εντυπωσιασμένος από το γεγονός ότι το νησί ήταν έρημο, αλλά πιθανώς και προβληματισμένος από το γεγονός ότι η περιοχή ήταν γεμάτη από πειρατές που παρενοχλούσαν σημαντικά το θαλασσιο εμπόριο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με την Αίγυπτο, αποφάσισε να εποικίσει τη Σάμο με νέους κατοίκους από τα άλλα νησιά του Αιγαίου. Λέγεται ότι υποσχέθηκε στον πλοηγό του, Νικόλαο Σαρακίνη από την Πάτμο τη γη γύρω από το Ηραίο. Ένα σουλτανικό φιρμάνι που ακολούθησε, έδοσε διάφορα προνόμια στους νέους εποίκους, με αποτέλεσμα η Σάμος να επανεποικιστεί σύντομα κάπου μεταξύ 1571-1574.
Αντίθετα, η Ικαρία διατήρησε κάποιο μέρος του πληθυσμού της, που προτίμησε να αποσυρθεί στα βουνά και στα δάση του νησιού, ζώντας στην αφάνεια και δίνοντας την  εντύπωση ότι το νησί ήταν ακατοίκητο. Ο Ι. Μελλάς περιγράφει γλαφυρά την κατάσταση που ακολούθησε:
"Οι Μαονέζοι [Γενουάτες] της Χίου συλλογιζόμενοι ότι ύστερα από την άλωση της Πόλης ο Τούρκος θα περνούσε στο Αιγαίο, επρότειναν εις τους Σαμίους και τους Ικαρίους να εγκαταλείψουν τα νησιά των και να τους μεταφέρουν εις την Χίον προς κοινήν άμυναν. Οι Σάμιοι δέχθηκαν την πρότασιν και πήγαν, σχεδόν στο σύνολον τους εις την Χίον. Οι Ικάριοι, εμπιστευόμενοι εις την δυνατότηταν αποκρυβής των, που είχαν ήδη από καιρούς εξασφαλίσει με τους πρότυπους κρυψώνας των, δεν εξεπατρίσθησαν εις το σύνολον των. Επήραν την απόφασιν της ομαδικής αποκρυβής των, με τρόπον, που να δίνει την εντύπωσιν ότι η νήσος είχε εντελώς ερημωθεί. Όπως μαρτυρείται από σωσμένην παράδοσιν: οι πλούσιοι αφήκαν το νησίν κι, ηπήαν στην Χίον, την Κριμαίαν και την Αφρικήν. Ενώ οι αχαμνοί (οι φτωχοί) ηπήρασι τα βουνά. Οι αχαμνοί, που ήταν οι περισσότεροι, εγκαινιάζοντες νέαν τακτικήν κατήργησαν την ημέραν και απεφάσισαν να κυκλοφορούν και να ασχολούνται με τα βιοτικά των μόνον με το πέσιμον της νυκτός. Με την τακτικήν αυτήν και με την εξόντωσιν όλων των σκύλων κατάφεραν να στερεώσουν την εντύπωσιν ότι η Ικαρία είχε ερημωθεί. Έτσι διέφυγαν τον προσκυνισμόν των αθεοτάτων Τούρκων, αλλά και τας επιδρομάς του Μπαρμπαρόσα το 1537. Οι Ικάριοι ανεπρόβαλαν εις το φως, όταν επίσθησαν ότι αι υποσχέσεις που είχαν δοθεί από τους φιλεύσπλαχνους Σουλτάνους, τον Σουλεϊμάν τον Μεγαλοπρεπή και τον Μουράτ τον Γ’, αφορούσαν αξιόχρεην εγγύησιν δια φανερήν επιβίωσιν."
Φούρνοι και Πάτμος
Φαίνεται ότι κατά την Τουρκοκρατία η Μονή της Πάτμου είχε με κάποιο τρόπο την κυριότητα κι εκμετάλλευση των Φούρνων, ίσως υπενοικιάζοντας τα νησιά ως βοσκοτόπια σε Πάτμιους. Ο Αρχιμανδρίτης Πλάτων Κρικρής στο βιβλίο του τα Μετόχια της Μονής Πάτμου (2000) δίνει ορισμένες σημαντικές πληροφορίες. Οι Φούρνοι φέρονται να ανήκουν στην Ιερά Μονή της Πάτμου  σε αντίγραφο του χρυσόβουλλου λόγου του αυτοκράτορα Ανδρόνικου Γ’ του Παλαιολόγου του έτους 1329. Εκεί, ανάμεσα στις άλλες κτήσεις της Ιεράς Μονής, όπως η Πάτμος, οι Λειψοί, το Αγαθονήσι, τα τρία μετόχια της Κω, δύο της Λέρου και ένα στα Φύγελα, στο στίχο 18 του χρυσόβουλλου υπάρχει η προσθήκη των λέξεων «και Κρουσσίους». Η προσθήκη αυτή θεωρείται πλαστογραφημένη κάποια στιγμή κατά τους χρόνους της Τουρκοκρατίας. Με την άποψη αυτή συμφωνεί και ο Ιερομόναχος Γεράσιμος Σμυρνάκης, αφού δεν υπάρχουν άλλα έγγραφα που να το αποδεικνύουν.  Επιπλέον ο Σμυρνάκης δίνει την εξής πληροφορία: «Εκ τινός χοτζετίου εκδοθέντος εν έτει 1733, πληροφορούμεθα ότι η εκ του συμπλέγματος των Κρουσσών νήσος Φήμαινα ανήκεν εις τον Πάτμιον Χατζή Θεοδωρή Ηλιού και εις τους κληρονόμους αυτού σύζυγον Ειρήνην και τα  τέκνα Νικόλαον, Ιωάννην και θυγάτρυν κυρ Κύζενας ενώπιον του Τουρκικού Δικαστηρίου ή της ιεράς κρίσεως προς βεβαίωσιν της ιδιοκτησίας τούτων, παρέστησαν πέντε ιερείς, εννέα πρόκριτοι της νήσου Πάτμου, ο Γραμματεύς (Καντζιλέριος) της Κοινότητος και κατά καιρόν Βοεβόδας χριστιανός Πάτμιος».
Ωστόσο ο Κρικρής σημειώνει ότι «στο αρχείο της Ιεράς Μονής  υπάρχει αφ’ενός μεν έγγραφο της 19 Νοεμβρίου 1828 με το οποίο ο τοποτηρητής της ηγουμενίας Προηγουμένος Ιάκωβος παρακαλεί τη δημογεροντία Πάτμου να μεριμνήσει για τα καταπατηθέντα  υπό των περιοίκων κτήματα της ιεράς μονής,  αφετέρου δε Πρακτικόν της Δημογεροντίας της ίδιας ημερομηνίας και με την ίδιαν αναφορά,  στο οποίο αναφέρονται μεταξύ άλλων « Η γη δε των πέριξ νησίων πλην των Κρουσών (τους οποίους η άδικος χειρ του τυράννου αφήρπασεν εξ αυτής της Ιεράς ημών Μονής, εν η έως σήμερον σώζεται το περί αυτών χρυσόβουλλον του αοιδίμου Βασιλέως Ανδρονίκου) και της Φαρμάκου (δώρον ίσως και αυτής προς την Ιεράν Μονήν του ευσεβούς Βασιλέως Αλεξίου Κομνηνού, την οποίαν κατακρατεί η Λέρος των οποίων άμφω την ποιότητα και το ποσόν της γης αγνοούμεν) υπάρχει σκληρά πετρώδης τε και τραχεία και όλως άνικμος». Εις το Βραβείον της Μονής το 1585 αναγράφεται και τούτο ότι « εις το αυτό έτος έδωσεν το κοινόν χρέος νεόφυτος Ιερομόναχος ο κάπος εις τους κρουσσούς, και ο Θεός αναπαύση αυτώ. Μαΐου 5».
Στους Φούρνους καταφεύγει από τους Λειψούς, μετά το 1775, επειδή είχε συχνές ενοχλήσεις από τους πειρατές ο όσιος Νήφων ο Χίος από το κίνημα των Κολλυβάδων. Εκεί, μόνασε στη θέση Κουμαρά μαζί με τη συνοδεία του, όπου έχτισε ναΰδριο της Ευαγγελίστριας θολοσκέπαστο με κελλιά που διασώζεται έως σήμερα. Από τους Φούρνους ο Νήφων θα μεταβεί στην Ικαρία, όπου θα ιδρύσει τη Μονή του Ευαγγελισμού. Στο αρχείο της οικογένειας Μ. Βέστη που φυλάσσεται στη βιβλιοθήκη της Ιεράς Μονής Πάτμου, σώζεται γράμμα (1792-1797) του Καθηγούμενου Συμεών, όπου αναφέρει ότι ο Νήφων προτού μεταβεί στους Φούρνους, ζήτησε και πήρε τη σχετική άδεια από τους έχοντες την κυριότητα του νησιού:«...ο τε κυρ Νήφων δηλονότι και οι περί αυτόν....ερχόμενοι εδώ εις Πάτμον εμελέτησαν να υπάγουν εις το νησίον Κουρσούς, όθεν και παρακαλέσαντες τους νοικοκυρούς του αυτού νησίου, τους εδόθη η άδεια και τους εδιώρισαν να υπάγουν εις ειρημένον νησίον τους να ησυχάσουν εις ένα μέρος εκτελούντες το οικείον έργον αθορύβως...και με τας αυτάς συμφωνίας υπήγαν οι ρηθέντες σεβάσμιοι πατέρες εις τους Κουρσούς...»
Η προφορική παράδοση αναφέρει ότι οι Φούρνοι ήταν ακατοίκητοι κατά το μεγαλύτερο μέρος της Τουρκοκρατίας και χρησίμευαν ως καταφύγιο σε πειρατές, παρανόμους και φυγάδες από τα γύρω νησιά. Ως πρώτος κάτοικος αναφέρεται ο Μάρκος Καμίτσης, φυγάδας από την Πάτμο, που ασχολείται με την κτηνοτροφία. Ο ίδιος παντρεύεται μία κοπέλα από την Ικαρία και αλλάζει το επίθετό του σε Μαρκάκης, που είναι το πατρικό της συζύγου του, για να κρύψει το παρελθόν του. 
Η τοπική παράδοση αναφέρει ότι  οι Φούρνοι περιήλθαν στην κυριότητα ενός Πάτμιου ναυτικού για τις υπηρεσιες που προσεφερε στον οθωμανικο στολο, ως ένδειξη ευγνωμοσύνης του Σουλτάνου. Αργοτερα, μετά την εφαρμογή του νέου νόμου περί επαρχιακής διοίκησης (1864), εγκαταστάθηκε εκεί οθωμανική φρουρά.
Στα χρόνια που ακολουθούν έρχονται κι άλλοι κάτοικοι από τα νησιά του Αιγαίου,  την ηπειρωτική Ελλάδα και τη Μικρά Ασία κι ο πληθυσμός των Φούρνων αυξάνεται δυσανάλογα προς τη λίγη και άγονη γη των νησιών. Η προφορική παράδοση για την καταγωγή των Αμοργιανών, ενός από τα σόγια των Φούρνων, αναφέρει ότι γύρω στο 1770-80,  υπήρχαν τρία αδέρφια από την Αμοργό που ασχολούνταν με μικρής κλίμακας πειρατεία, κάνοντας κυρίως επιδρομές στα γύρω νήσια. Σε μία επιδρομή στον Άγιο Κήρυκο, τα πράγματα δεν πήγαν καλά και στη σύγκρουση που ακολούθησε οι πειρατές αναγκάστηκαν να διαφύγουν εγκαταλείποντας πίσω τους ένα μικρό παιδί που είχαν μαζί τους. Η σχέση τους με το παιδί δεν είναι γνωστή, αλλά ο μικρός στάθηκε τυχερός αφού τον υιοθέτησε μια ικαριώτικη οικογένεια  και τον ανέθρεψαν. Αργότερα όταν ενηλικιώθηκε και παντρεύτηκε απέκτησε τρεις γιους.  Από αυτούς, ο ένας παρέμεινε στην Ικαρία, ο άλλος πήγε στη Σάμο κι ο τρίτος εγκαταστάθηκε στην Χρυσομηλιά των Φούρνων. Το πραγματικό επίθετό του χάθηκε στο χρόνο, καθώς αντικαταστάθηκε από το Αμοργιανός, το δηλωτικό της καταγωγής του και αποτέλεσε τον πατριάρχη της ομώνυμης οικογένειας. 
Ο τελευταίος πειρατής που αναφέρεται στην ιστορία των Φούρνων είναι ο Εμμανουήλ Μύτικας από τη Θύμαινα, που ενεργούσε μόνος του κι έκανε επιθέσεις σε καΐκια και ψαροκάικα που περνούσαν από τα νερά των Φούρνων,  αλλά και επιδρομές στην Ικαρία. Οι οθωμανικές αρχές κατάφεραν να τον συλλάβουν με τη συνεργασία της οικογένειας του στους Φούρνους και να τον αποκεφαλίσουν δημόσια προς παραδειγματισμό στη Σάμο το 1861.
Οι Φουρνιώτες αρχικά βιοπορίζονται κυρίως με την κτηνοτροφία,  τη γεωργία και την αλιεία. Αρκετοί, ακολουθούν επίσης τη γνωστή στην Ικαρία παράδοση της  εποχικής μετανάστευσης στα δάση της Μικράς Ασίας, της Εύβοιας και της Χαλκιδικής, για την  παραγωγή ξυλοκάρβουνου προς πώληση, με την παραδοσιακή μέθοδο των καμινιών. Σταδιακά αναπτύσσονται τρεις οικισμοί: οι Φούρνοι και η Χρυσομηλιά στο μεγάλο νησί των Φούρνων κι η Θύμαινα, στο ομώνυμο, δεύτερο σε μέγεθος νησί του συμπλέγματος. Ο βασικός οικισμός ήταν στον Κάμπο των Φούρνων, ενώ η Χρυσομηλιά δημιουργήθηκε για να καλύψει τις ανάγκες των Φουρνιωτών που είχαν καλλιέργειες σ΄εκείνη την περιοχή κι ήθελαν να ζουν κοντά στα χωράφια τους κατά τις περιόδους των γεωργικών εργασιών.
Η αρχή του 20ου αιώνα βρίσκει τους Φούρνους ακόμη υπό οθωμανική κυριαρχία,  με μικρή τουρκική παρουσία εν είδει αστυνομικής δύναμης και διοικητικών υπαλλήλων. Στις 27 Ιουλίου 1912, οι Φούρνοι κήρυξαν την ανεξαρτησία τους από την Τουρκία. Ο σουλτάνος είχε ενοικιάσει τα νησιά για το ετήσιο ποσό των 500 τουρκικών λιρών σε κάποιον επιχειρηματία.  Ο τελευταίος έκανε απόσβεση των εξόδων του μέσω του λαθρεμπορίου και δίνοντας καταφύγιο σε φυγάδες. Υπήρχαν περίπου 250 οικογένειες στα νησιά,  από τις οποίες οι περίπου 230 στους Φούρνους και 20 στη Θύμαινα. Οι Ικαριώτες συνήθως αντιμετώπιζαν περιφρονητικά τους Φουρνιώτες επειδή ήταν φτωχότεροι από τους ίδιους. Τον 19ο αιώνα οι Φουρνιώτες ήταν ακόμα περισσότερο απομονωμένοι από τους Ικαριώτες,  όμως τωρά οι Φουρνιώτες εμψυχώθηκαν να πάρουν μέρος με την Ικαρία στην επανάσταση εξαιτίας ενός γεγονότος που είχε λάβει χώρα το προηγούμενο έτος. Το Δεκέμβριο του 1911 δύο λαθρέμποροι από τις Κυκλάδες έφτασαν στους Φούρνους με το εμπόρευμά τους. Ο ένας ήταν κάποιος Μανώλας από την Ηρακλειά. Κατά το παρελθόν οι οθωμανικές αρχές στους Φούρνους συνήθως έκαναν τα στραβά μάτια σε τέτοιες δραστηριότητες, όμως τώρα με τις μεταρρυθμίσεις των Νεότουρκων τα πράγματα είχαν αλλάξει. Όταν οι πέντε Τούρκοι χωροφύλακες του νησιού προσπάθησαν να συλλάβουν τους λαθρέμπορους, στη συμπλοκή που ακολούθησε δύο από τους χωροφύλακες σκοτώθηκαν και δύο τραυματίστηκαν. Ο μοναδικός επιζώντας χωροφύλακας κατάφερε να διαφύγει και να στείλει το μήνυμα στις αρχές. Όταν έφτασαν οι τουρκικές ενισχύσεις στο νησί, οι δράστες είχαν ήδη φύγει. Οι οθωμανικές αρχές θεώρησαν υπεύθυνες τις τοπικές αρχές για το περιστατικό κι αφού συνέλαβαν ορισμένους από τους προύχοντες του νησιού, τους έστειλαν στον Άγιο Κήρυκο για κράτηση. Όταν οι Φούρνιώτες ανακήρυξαν την ανεξαρτησία τους και ενώθηκαν με την Ικαρία,  οι Ικαριώτες απελευθέρωσαν τους κρατούμενους κι έδωσαν και τέσσερις θέσεις στο Διοικητικό Συμβούλιο των Επαναστατημένων για τους Φουρνιώτες.  
Αμέσως με την απελευθέρωση της Ικαρίας προέκυψε πρόβλημα ανάμεσα στους Ικαριώτες της βόρειας και της νότιας πλευράς για το ποια θα είναι η πρωτεύουσα του απελευθερωμένου νησιού. Ιστορικά, η περιοχή του Ευδήλου είχε τα πρωτεία: η σημαντικότερη πόλη της Ικαρίας κατά την αρχαιότητα, η Οινόη, βρισκόταν στην  περιοχή του σημερινού Εύδηλου και πληρώνε χωριστή εισφορά στο ταμείο της Δηλιακής συμμαχίας, από τα Θέρμα, που ήταν η δεύτερη πόλη της Ικαρίας στην αρχαιότητα. Από την αρχαιότητα έως και την Τουρκοκρατία, ο Κάμπος κι ο Εύδηλος ήταν το κέντρο της Ικαρίας. Είναι περίεργο, γιατί κατά τον 19ο ένατο αιώνα οι οθωμανικές αρχές επέλεξαν τον Άγιο Κήρυκό ως την πρωτεύουσα της Ικαρίας. Πιθανώς αυτό έγινε λόγω του ότι η πρόσβαση στον Άγιο Κήρυκο από τη Μικρά Ασία ήταν ευκολότερη απ’ ότι στον Εύδηλο. Με την απελευθέρωση της Ικαρίας από το τουρκικό ζυγό, οι κάτοικοι της βόρειας πλευράς, οι Σωφράνοι, αξίωσαν η πρωτεύουσα να είναι ο Εύδηλος, όμως οι Νότιοι, οι Σταβέντοι, που έλεγχαν το εκτελεστικό συμβούλιο επέλεξαν τον Άγιο Κήρυκό.  Σε αυτό συνέβαλαν αποφασιστικά  και οι τέσσερις ψήφοι τον Φουρνιωτών αντιπροσώπων, που ψήφισαν υπέρ του Αγίου Κηρύκου.  Ο Παπαλάς θεωρεί ότι οι Φουρνιώτες υποστήριξαν τον Άγιο Κήρυκο γιατί ήταν υποχρεωμένοι στους κατοίκους του Αγίου Κήρυκου για την φιλοξενία και προστασία των Φουρνιωτών  προεστών, που είχαν συλλάβει και φυλακίσει στον Άγιο Κήρυκό το Δεκέμβριο του 1911 οι οθωμανικές αρχές . Μια πιο ρεαλιστική όμως εξέταση του ζητήματος κάνει φανερό ότι οι Φουρνιώτες επέλεξαν τον Άγιο Κήρυκο λόγω της ευκολίας πρόσβασης με τά πλοιάρια τους σε αυτόν,  ενώ το ταξίδι προς τον Εύδηλο ήταν πολύ πιο δύσκολο. 
Οι Φούρνοι ακολουθούν στενά τις τύχες της Ικαρίας στο πολιτικό επίπεδο και μετά την απελευθέρωση των νησιών ενώνονται με την Ελλάδα.   
Οι Φούρνοι μετά την απελευθέρωση και την ένωση με την Ελλάδα 
Στις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα και κατά το Μεσοπόλεμο παρατηρείται το πρώτο μεταναστευτικό ρεύμα για την Αμερική, που αποτελείται κυρίως από άντρες που δουλεύουν για να στηρίξουν τις οικογένειές τους πίσω στους Φούρνους και να επιστρέψουν αργότερα, όταν θα έχουν μαζέψει αρκετά χρήματα. Τα χρήματά τους επενδύονται κυρίως στην αγορά γης και δημιουργία κτημάτων  στους Φούρνους και στην αγροτική οικονομία του νησιού . Το νησί έχει ήδη μοιραστεί σε κτήματα και βοσκοτόπια μεταξύ των κατοίκων του, ανάλογα με τα μέλη της κάθε οικογένειας  και το ιδιότυπο αυτο κτηματολόγιο, καταγράφεται σε τετράδιο που ονομάζεται "Μάνα". Η καλλιέργεια της γης εντατικοποιείται με τη δημιουργία βαθμίδων (πεζούλες) στις πλαγιές των λόφων. Οι πεζούλες αφενός αυξάνουν την καλλιεργήσιμη επιφάνεια και αφετέρου ενισχύουν την προστασία του εδάφους από τη διάβρωση και την απώλεια χώματος με τις βροχές.  
Κατά το Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο οι Φούρνοι γνωρίζουν αρχικά την Ιταλική και στη συνέχεια τη Γερμανική Κατοχή. Οι κάτοικοι έρχονται αντιμέτωποι με την πείνα λόγω του ναυτικού αποκλεισμού των νησιών και της επίταξης από τις δυνάμεις κατοχής των πλοιαρίων των νησιών. Αρκετές οικογένειες καταφεύγουν με τις βάρκες τους στη Μικρά Ασία και στη συνέχεια στην Κύπρο και στα βρετανικά στρατόπεδα υποδοχής προσφύγων στην Παλαιστίνη,  για να επιστρέψουν στους Φούρνους μετά τη λήξη του πολέμου.  
Λόγω της μεγάλης απόστασης των Φούρνων από τα αστικά κέντρα και της άγονης φύσης του εδάφους, η ζωή μέχρι και τη δεκαετία του '60, είναι εξαιρετικά δύσκολη για τους κατοίκους και χαρακτηρίζεται από απομόνωση κι αδιαφορία από το επίσημο Ελληνικό Κράτος. Οι Ελληνικές κυβερνήσεις αγνοούν το νησί, στην καλύτερη των περιπτώσεων,  ενώ δεν διστάζουν να το χρησιμοποιούν σαν τόπο εξορίας πολιτικών κρατούμενων,  όπως και τη διπλανή Ικαρία. 
Στους Φούρνους πεθαίνει το 1947 ο Ευριπίδης Μπακιρτζής, στρατηγός  κι  εξέχουσα μορφή του εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα με το ΕΑΜ, στη διάρκεια της Κατοχής. Ο θάνατος του από σφαίρα στην καρδιά, αποδίδεται σε αυτοκτονία από τις αρχές. Η οικογένεια του Μπακιρτζή, οι συνεξόριστοί του κι οι Φουρνιώτες που γνώρισαν τον στρατηγό, μιλάνε για δολοφονία, αφού ο ίδιος παρέμενε ένα εξαιρετικά ενεργό άτομο που δεν είχε εκδηλώσει καμία τέτοια πρόθεση.
Στις δεκαετίες του '50-'60-'70 παρατηρείται νέο κύμα μετανάστευσης προς την Αμερική κυρίως και την Αυστραλία, ενώ ένα παράλληλο μεγάλο ρεύμα εσωτερικής μετανάστευσης κατευθύνεται προς την Αθήνα και τον Πειραιά και κορυφώνεται μετά τη δεκαετία του '90. 
Κατά τις δεκαετίες '60-'80 παρατηρείται έκρηξη των ναυτικών επαγγελμάτων και της αλιείας στους Φούρνους.  Οι Φουρνιώτες επανδρώνουν τους στόλους των Ελλήνων εφοπλιστών, ενώ παράλληλα ναυπηγούν ένα μεγάλο αλιευτικό στόλο από γρι-γρί και άλλα ψαροκάϊκα,  που ψαρεύει σε όλο το Αιγαίο. Τη δεκαετία του '80 η παράδοση αναφέρει ότι οι Φουρνιώτες έχουν τον τρίτο αλιευτικό στόλο στο Αιγαίο σε απόλυτο αριθμό και τον πρώτο στόλο κατά αναλογία πληθυσμού. Ένας μικρός στόλος από μικρά φορτηγά πλοία, τύπου μότορσιπ, που ανήκουν σε 4-5 φουρνιώτικες οικογένειες δραστηριοποιείται στη διακίνηση οικοδομικών υλικών κι εμπορευμάτων στο Αιγαίο. Μικρότερα, ξύλινα σκαριά όπως τρεχαντήρια και περάματα κάνουν μικρής κλίμακας εμπόριο με τη Σάμο,  την Ικαρία και τα Δωδεκάνησα κι επίσης εκτελούν την τακτική συγκοινωνία με την Ικαρία και Σάμο.  Η εισροή χρημάτων από τη ναυτιλία και την αλιεία, οδηγεί σε οικονομική ευημερία, μίνι πληθυσμιακή έκρηξη κι άναρχη οικοδομική ανάπτυξη. Στο ήδη υπάρχον Δημοτικό Σχολείο,  προστίθενται σταδιακά στη δεκαετία του ’80, Γυμνάσιο και Λύκειο. 
Η σύνδεση των νησιων μέσω τακτικότερων γραμμών ακτοπλοΐας, με τον Πειραιά,  την Ικαρία και τη Σάμο από τα τέλη της δεκαετίας του '70, βγάζουν τους Φούρνους από την απομόνωση και φέρνουν τους πρώτους τουρίστες στα νησιά. Αρχίζει σιγά-σιγά η ανάπτυξη τουριστικών επαγγελμάτων και υποδομών. Οι παραδοσιακές αγροτικές ασχολίες  ατονούν κι η εντατική καλλιέργεια του νησιού, που απαιτεί σκληρή χειρωνακτική εργασία, εγκαταλείπεται για χάρη της πιο προσοδοφόρου ναυτιλίας και  αλιείας. Η μόνη καλλιέργεια που συνεχίζεται με αμείωτο ενδιαφέρον είναι αυτή της ελιάς. Μαζί με το εξαιρετικό λάδι, οι Φουρνιώτες παράγουν και άριστης ποιότητας θυμαρίσιο μέλι. 
Στη δεκαετία του '90, οι πολιτικές της ΕΕ για την αλιεία οδηγούν την πλειοψηφία των ντόπιων ψαράδων -ιδιοκτητών γρι-γρι να αποσυρθούν από το επάγγελμα και να καταστρέψουν τα παραδοσιακά πλοία τους μετά από σχετικές επιδοτήσεις. Παράλληλα η ύφεση στο χώρο της ναυτιλίας μειώνει κατά πολύ τις θέσεις εργασίας και τα εισοδήματα του νησιού από τα θαλασσινά επαγγέλματα. Ως αποτέλεσμα, παρατηρείται νέο έντονο μεταναστευτικό ρεύμα προς τα μεγάλα αστικά κέντρα που συνεχίζεται μέχρι και σήμερα. 

Οι Φούρνοι σήμερα

Σήμερα οι Φούρνοι έχουν 1.313 μόνιμους κάτοικους (σύμφωνα με την απογραφή του 2015). Κατοικούνται μόνιμα μόνο το κεντρικό νησί και η Θύμαινα. Κύρια ασχολία των μονίμων κατοίκων είναι η πλούσια αλιεία που σημειώνεται στη περιοχή (πέρασμα ψαριών).
Ο πληθυσμός τους αυξάνεται κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού λόγω του τουρισμού, αλλά και λόγω της επιστροφής των Φουρνιωτών που ζουν σε άλλα μέρη. Παρ' όλα αυτά, το νησί προσφέρει ήρεμες και ξεκούραστες καλοκαιρινές διακοπές.
Διοικητικά οι Φούρνοι υπάγονται στο νομό Σάμου.