Ιστορία του ποδοσφαιρικού τμήματος του Παναθηναϊκού (2000-2009)

Η δεκαετία του 2000 ήταν από τις χειρότερες στην ιστορία του ποδοσφαιρικού Παναθηναϊκού από πλευράς συγκομιδής τίτλων. Το 2000 αποχώρησε από την προεδρία και τη διοίκηση του συλλόγου ο Γιώργος Βαρδινογιάννης. Η ομάδα τα επόμενα χρόνια κατέκτησε μόνο το νταμπλ την περίοδο 2003-04. Παρά την κακή πορεία του στις εγχώριες διοργανώσεις, ο Παναθηναϊκός παρέμεινε ο καλύτερος εκπρόσωπος του ελληνικού ποδοσφαίρου στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις όπου είχε τις περισσότερες επιτυχίες από τις ελληνικές ομάδες και συνέχισε την καλή παράδοση που έχει δημιουργήσει στις ευρωπαϊκές του εμφανίσεις από τη δεκαετία του 1970. 
Την δεκαετία αυτή σημαντικό ζήτημα που απασχόλησε τον Παναθηναϊκό ήταν η κατασκευή του νέου γηπέδου της ομάδας. Στο τέλος της δεκαετίας αποφασίστηκε να ανεγερθεί νέο γήπεδο στην περιοχή του Ελαιώνα. Κατά την διάρκεια της δεκαετίας ο Παναθηναϊκός αγωνίστηκε στο γήπεδο της Λεωφόρου Αλεξάνδρας (Γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης) από το 2000 έως το 2005 καθώς και την αγωνιστική περίοδο 2007-08.
Τις υπόλοιπες χρονιές αγωνιζόταν στο ΟΑΚΑ. Στα διοικητικά τον έλεγχο της ομάδας διατηρούσε ο Γιάννης Βαρδινογιάννης, ενώ το 2008  ανακοινώθηκε αύξηση μετοχικού κεφαλαίου και η είσοδος στην Π.Α.Ε. και άλλων μετόχων.

Πορεία στο πρωτάθλημα

Ο Παναθηναϊκός κατέκτησε μόνο ένα πρωτάθλημα στη διάρκεια της δεκαετίας, την αγωνιστική περίοδο 2003-04. Τις υπόλοιπες χρονιές, στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος, τερμάτισε πέντε φορές δεύτερος (τις δύο από αυτές μετά την διαδικασία των play off) και τρεις τρίτος. Από αυτές τις χρονιές καλύτερη ήταν η περίοδος 2002-03 που ισοβάθμησε στο τέλος του πρωταθλήματος με τον Ολυμπιακό αλλά έχασε το πρωτάθλημα γιατί υστερούσε στους μεταξύ τους αγώνες και χειρότερη ήταν η περίοδος 2006-07 που τερμάτισε 17 βαθμούς πίσω από τον πρωταθλητή Ολυμπιακό. Ο Παναθηναϊκός σημείωσε την καλύτερη επίθεση στο πρωτάθλημα την περίοδο 1999-2000 με 92 γκολ ενώ η καλύτερη αμυντική του επίδοση ήταν 18 γκολ, κάτι που πέτυχε τέσσερις φορές.

Κύπελλο Ελλάδας

O Παναθηναϊκός κατέκτησε μόνο ένα κύπελλο τη δεκαετία του 2000. Αυτό ήταν την περίοδο 2003-04, νικώντας στον τελικό τον Ολυμπιακό με σκορ 3-1. Στον τελικό κατάφερε να φτάσει άλλη μία φορά, την περίοδο 2006-07 όπου ηττήθηκε από την Λάρισα με σκορ 2-1. Τις υπόλοιπες χρονιές δεν κατάφερε να προχωρήσει πέρα από τα προημιτελικά. Μέχρι τα προημιτελικά έφτασε την περίοδο 2000-01 που αποκλείστηκε από τον Ολυμπιακό, την περίοδο 2002-03 που αποκλείστηκε από το Αιγάλεω, και την περίοδο 2008-09 που αποκλείστηκε από τον Πανσερραϊκό. Προώρους αποκλεισμούς από την φάση των 16 είχε την περίοδο 1999-2000 που αποκλείστηκε από τον Άρη, την περίοδο 2001-02 που αποκλείστηκε από τον Ηρακλή, την περίοδο 2004-05 που αποκλείστηκε από την ΑΕΚ και την περίοδο 2007-08 που αποκλείστηκε από τον Ολυμπιακό. Χειρότερη ήταν η πορεία του την περίοδο 2005-06 που αποκλείστηκε από την φάση των 32 από τον Εργοτέλη.

Προπονητές

Από τους πολλούς προπονητές που πέρασαν από τον Παναθηναϊκό την δεκαετία του 2000 όλοι είχαν σύντομη παρουσία που σπάνια ξεπερνούσε την μία σεζόν. Οι μόνοι που κατάφεραν να παραμείνουν για περισσότερο από ένα χρόνο στον πάγκο του Παναθηναϊκού ήταν ο Ιτζάκ Σουμ και Αλμπέρτο Μαλεζάνι που παρέμειναν για διάστημα λίγο μεγαλύτερο του ενός έτούς. Ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε την αγωνιστική περίοδο 1999-2000 με προπονητή τον Γιάννη Κυράστα, τον οποίο διαδέχτηκε ο Άγγελος Αναστασιάδης την περίοδο 2000-01. Ο τελευταίος δεν παρέμεινε όλη την χρονιά και αντικαταστάθηκε από τον Στράτο Αποστολάκη. Ο Κυράστας επανήλθε στις αρχές της περιόδου 2001-02 αλλά αντικαταστάθηκε στα μέσα της χρονιάς από τον Σέρτζιο Μαρκαριάν. Την περίοδο 2002-03 ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε με προπονητή τον Φερναντο Σάντος ο οποίος αποχώρησε από τις αρχές της χρονιάς μετά από ένα πολύ κακό ξεκίνημα και τον διαδέχτηκε ο Σέρτζιο Μαρκαριάν που κάθησε για δεύτερη φορά στον πάγκο του Παναθηναϊκού. Την επόμενη χρονιά ανέλαβε προπονητής ο Ιτζάκ Σουμ που κατάφερε να κατακτήσει του μοναδικούς τίτλους του Παναθηναϊκού μέσα στην δεκαετία. Την επόμενη χρονιά ο Σουμ λόγω διαφωνίας με την διοίκηση αποχώρησε από τις πρώτες αγωνιστικές και το πρωτάθλημα ολοκλήρωσε ο Αλμπέρτο Μαλεζάνι.
Ο τελευταίος παρέμεινε προπονητής του Παναθηναϊκού και την επόμενη χρονιά την οποία ολοκλήρωσε. Την περίοδο 2006-07 ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε με προπονητή τον Χανς Μπάκε και ολοκλήρωσε την χρονιά με τον Βίκτορ Μουνιόθ ενώ τις επόμενες δύο χρονιές κάθησαν στον πάγκο του Παναθηναϊκού οι Ζοσέ Πεσέιρο και Χενκ Τεν Κάτε.