مكتب التحقيقات الفيدرالي (المحقق كونان)

مكتب التحقيقات والمنظمة السوداء

من المعروف أن كل من مكتب التحقيقات الفيدرالي والمنظمة السوداء أعداء لمدة لا تقل عن عشرين عاماً، عندما قتلت بلموت والدي جودي ستارلينغ عميل  مكتب التحقيقات الفيدرالي. أما سبب نشوء هذه العدواه والصراع بينهم، غير معروف تماماً، لكن يغترض أن بداية الصراع كان بسبب عمليات قامت بها المنظمة في الولايات المتحدة الأمريكية. وقد أدت الاشتباكات المتكررة بين الطرفين إلى نشوء صراعات شخصية  بين الأفراد المنظمتين، مثل جودي ستارلينغ و بلموت، وبين جين وأكاي شويتشي. على الرغم من تلك الصراعات الشخصية، يبقى هناك نوع من الاحترام السائد بين الخصوم بسبب اعجاب الطرف بمناورات و تحركات الطرف الأخر. يذكر أن عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي قد انضم للمنظمة كعميل مزدوج تحت الاسم الرمزي راي، وقد كان قريباً جداً من الامساك بجين، لولا خطاً ساذج من العميل أندريه كاميل، مما تسبب في خروج أكاي شويتشي بدون تحقيق أهدافه. تطلق المنظمة السوداء على أكاي شويتشي الذي تخشاه و يخشاه زعيمهم لقب الرصاصة الفضية، حيث يأمنون بقدرته على الإطاحة بالمنظمة السوداء.

مكتب التحقيقات ووكالة المخابرات المركزية

على الرغم من كون يعملان من أجل هدف واحد، فإن كل مكتب التحقيقات الفيدرالي ووكالة المخابرات المركزية لديها مهمات سرية منفصلة تتعلق بالمنظمة السوداء. عدم وجود اتصال بين المؤسستين تسبب في كارثة المؤسفة عندما أراد مكتب التحقيقات الفيدرالي الإيقاع بعضوة المنظمة السوداء بلموت، لكن حدث ما لم يكن في الحسبان عندما تسببوا بإصابة هيديمي هوندو عميلة وكالة المخابرات المركزية التي تتجسس على المنظمة السوداء والتي تعرف باسم كير.
في بادئ الأمر اعتقد مكتب التحقيقات الفيدرالي أنه تمكن من القبض على عضو من أعضاء المنظمة السوداء، لكن بعد عليات تحري و بحث مكثف من قبل كونان إيدوغاوا وعضو مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي، عُرقت حقيقة كير، وأنها ما هي إلا عميلة مندسة من قبل وكالة المخابرات المركزية. نجحت هيديمي هوندو من الرجوع للمنظمة السوداء، بعدما توصل الطرفان باتفاق يقضي بحماية هوندو ايسوكي أخو هيديمي هوندو من خطر المنظمة بوضعه تحت برنامج حماية الشهود، في المقابل تقوم هيديمي هوندو بتزويد مكتب التحقيقات الفيدرالي بالمعلومات عن المنظمة و تحركاتها. ونجحت الخطة نجاهاً كبيراً، لكن ثقة المنظمة قد اهتزت جرآء الحادثة. لذلك ومن أجل استعادة هيديمي هوندو لثقة المنظمة، طلب جين من كير (هيديمي هوندو) بالاتصال بعميل مكتب التحقيقات الفيدرالي أكاي شويتشي، واقناعه انها تريد الهروب من المنظمة السوداء، وتقوم بقتله عندما تلتقي به.
لكن بفعل الخطة التي وضعها كونان إيدوغاوا و اختراعات الدكتور هيروشي أغاسا، اتقن أكاي شويتشي دوره ببراعه وأوهم المنظمة بموته برصاصة أُطلقت على الرأس من قبل هيديمي هوندو، وبعدها تنكر أكاي شويتشي بشخصية سوبارو أوكيا ليواصل هدفه نحو القضاء على المنظمة السوداء.

مكتب التحقيقات والشرطة السرية

في بادئ الأمر أرادت الشرطة السرية القبض على أعضاء مكتب التحقيقات الفيدرالي بعد أن قاموا بالعمل بشكل غير قانوني في اليابان. حيث وصل ري فورويا عضو الشرطة السرية (يعمل جاسوساً في المنظمة السوداء تحت الاسم الرمزي بوربون) إلى حقيقة سوبارو أوكيا و أنه بالأصل أكاي شويتشي عميل مكتب التحقيقات  الفيدرالي، لكن بمساعدة كونان إدوغاوا، تم إيهام ري فورويا أن سوبارو أوكيا لا علاقة له بأكاي شويتشي. في تلك اللحظات كانت جموع من الشرطة السرية تلاحق جودي سانتيميليون و أندريه كاميل عضوا مكتب التحقيقات الفيدرالي، ظهر أكاي شويتشي و انقذهم من الموقف المحرج، وتحدث مع ري فورويا عبر الهاتف، وأخبره أنه بأنه آسف بشأن ذلك الشخص، قاصداً بذلك سكوتش عميل الشرطة السرية الذي قتل من قبل المنظمة السوداء بعد معرفتهم بتجسسه على المنظمة. بعدها صرح أكاي شويتشي بضرورة نسيان الخلافات وتوحيد الجهود من أجل الوصول للهدف المشترك وهو القضاء على المنظمة السوداء.

مكتب التحقيقات والسلطات اليابانية

لم توافق السلطات اليابانية على عمل مكتب التحقيقات في اليابان، لذلك فهم يعملون دون إذن منهم مما يمنعهم من بعض الامتيازات المهمة مثل التحقق من بيانات المجرمين الموجودة لدى السلطات اليابانية. تلاقت العميلة جودي سانتيمليون وغيرها من العملاء أكثر من مرة مع أفراد الشرطة اليابانية، وعند علمهم بكونهم عملاء للـ FBI كانوا يلجؤون لكذبة أنهم في عطلة بعد الفشل في إحدى المهمات في الولايات المتحدة.