【원고, 상고인】
코오롱글로텍 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 조영식 외 4인)
【피고, 피상고인】
북대구세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 김용택 외 2인)
【원심판결】
대구고법 2008. 12. 19. 선고 2008누656 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 내용은 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 가. 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제51조에서 과오납부한 금액, 세법에 의하여 환급하여야 할 세액 등을 국세환급금으로 결정하고 이를 다른 국세 등에 충당하거나 납세자에게 지급하여야 함을 규정하면서, 제52조 본문에서는 “세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. (이하 생략)”라고 규정하고, 그 제1호 본문은 “착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일”이라고 규정하고, 그 제5호는 “적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일” 이라고 규정하고 있다.
그러므로 구 국세기본법 제52조 제1호는 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소한 경우에 적용되고, 제5호는 국세의 납부는 적법하게 이루어져 경정 또는 취소될 여지가 없으나 법률의 개정으로 비로소 그 근거를 상실하게 되는 경우에 적용되는 것임이 그 법문상 명백하다.
나. 그런데 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2 제1항은 “ 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.”라고 규정하였는데, 1990. 12. 31 법률 제4285호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항은 “이 법 시행 전에 종전의 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 종전의 동조 동항 단서의 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.”라고 규정하고, 이에 관한 같은 법 시행령의 규정은 여러 차례 개정되다가 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조는 그 기간을 “2003. 12. 31.”까지로 규정하고 있다.
한편 구 자산재평가법(1998. 4. 10. 법률 제5531호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조는 “재평가를 한 자는 이 법이 정하는 바에 의하여 재평가세를 납부하여야 한다.”라고 규정하고, 제33조 제1항은 “재평가차액은 법인세법 또는 소득세법의 규정에 의한 소득계산상 익금 또는 수입금액에 산입하지 아니한다.”라고 규정하며, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항 제5호는 ‘자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액’을 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니 한다고 규정하고 있다.
이들 규정에 의하면, 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 하고 그 신고를 함에 따라 구 자산재평가법에 따라 그 재평가차액에 대하여 자산재평가세가 부과·납부되었으나, 법정기간 내에 주식이 상장되지 아니한 경우에는 1990. 12. 31 법률 제4285호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항의 규정에 따라 이미 행한 재평가를 구 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하는 결과, 이미 이루어진 자산재평가세 부과처분은 처음부터 그 근거를 상실하여 위법한 것으로 돌아가므로 취소되어야 하고, 자산재평가차액은 다시 법인세법의 규정에 의한 소득계산상 해당 연도의 익금에 산입되어 법인세 등이 경정·부과처분되어야 한다. 이와 같이 자산재평가세 부과처분이 취소됨에 따라 납세자가 이미 납부하였던 자산재평가세액을 납세자에게 환급하는 것은 구 국세기본법 제52조 제1호에 해당하는 것임이 분명하고, 따라서 그 환급금에 대하여는 그 납부일의 다음날부터 국세환급가산금을 가산하여야 할 것이고, 이를 법률의 개정으로 인한 것이라고 볼 수는 없으므로 구 국세기본법 제52조 제5호가 적용될 것은 아니라고 할 것이다.
2. 원심은, 원고가 1990. 10. 1. 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가(이하 ‘이 사건 재평가’라 한다)를 실시하였고, 이에 대하여 피고는 1990. 12. 8. 원고에게 그 재평가차액에 대한 재평가세 91,308,996원(이하 ‘이 사건 재평가세’라 한다)의 부과처분을 한 사실, 원고는 피고에게 이 사건 재평가세 중 46,308,990원은 1990. 11. 24. 납부하고, 나머지 45,000,000원은 1991. 11. 29. 납부한 사실, 그러나 원고는 그 후 관련 법령에 따른 최종적인 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 사실, 이에 피고는 2004. 1. 17. 이 사건 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하는 결과 이 사건 재평가차액을 원고의 1990 사업연도의 익금에 산입하여 1990 사업연도 귀속 법인세 및 방위세를 경정 ·고지함과 동시에 이 사건 재평가세 부과처분을 직권취소하고, 2004. 1. 27. 원고에게 이 사건 재평가세를 환급하면서 그 각 납부일 다음날부터 2004. 1. 27.까지의 기간에 대한 환급가산금 111,538,000원을 그 환급금에 가산한 사실, 피고가 2006. 6. 9. 위 환급가산금이 착오에 의한 것이라는 이유로 그 전액에 대한 환수처분을 하였다가, 2008. 10. 23. 환급가산금의 기산일을 2004. 1. 1.로 보아 환수처분할 환급가산금을 위 각 납부일 다음날부터 2003. 12. 31.까지의 기간에 해당하는 111,231,200원으로 감액경정한 사실(이하 111,231,200원에 대한 환수처분을 ‘이 사건 환수처분’이라 한다) 등을 인정하였다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고에게 환급되는 이 사건 자산재평가세액에 대하여는 구 국세기본법 제52조 제1호가 적용되어 그 납부일의 다음날부터 국세환급가산금을 가산하여야 할 것이고, 따라서 피고의 이 사건 환수처분은 위법하다고 할 것이다.
그럼에도 불구하고 원심은, 원고가 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니함에 따라 2004. 1. 1. 비로소 이 사건 재평가세 부과처분이 위법하게 되었으므로 구 국세기본법 제52조 제5호에 따라 2004. 1. 1.부터 환급가산금이 발생하는 것으로 보아야 하고 따라서 피고의 이 사건 환수처분은 적법하다고 판단하고 말았으니, 원심판결에는 구 국세기본법 제52조의 환급가산금 기산일에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 민일영(재판장) 이인복 김능환(주심)