【원고, 피상고인】
동아제약 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【피고, 상고인】
동대문세무서장 (소송대리인 변호사 김영태)
【원심판결】
서울고법 2012. 9. 26. 선고 2012누5451 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
【이 유】
상고이유를 판단한다.
1. 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제52조 제1항은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 정하면서, 그 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 정하고 있다. 그리고 이에 따른 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제88조 제1항은 “법 제52조 제1항에서 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라고 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 하면서 그 제1호에서는 “자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우”를 정하고 있고, 그 제8호에서는 “다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우”를 들고 그 나목에서 “법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우”를 정하고 있다.
이러한 법령규정의 내용, 그리고 자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 아니하도록 정하고 있는 구 법인세법 제15조, 제17조, 제19조, 제20조의 각 규정 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 주주인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이를 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’ 또는 ‘그에 준하는 경우’에 해당한다고 보아 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호(또는 제1호에서 정하는 행위에 준하는 행위에 관한 제9호)를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없고, 다만 신주의 고가 인수로 인하여 이익을 분여받은 다른 주주가 특수관계자인 경우에 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목을 적용하여 부당행위계산부인을 할 수 있을 뿐이라고 보아야 할 것이다.
2. 이러한 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 이유로 원고가 구 법인세법 제52조 제1항에서 정한 특수관계자에 해당하는 주식회사 보고투자개발로부터 이 사건 신주를 시가보다 높은 액면가로 인수하였다고 하더라도 이러한 원고의 행위는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에서 정한 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’에 해당하지 아니한다고 보아, 이와 다른 전제에서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용한 피고의 이 사건 처분이 위법하다고 하여 이를 취소한 것은 정당하다. 거기에 상고이유의 주장과 같이 자본거래로 인한 부당행위계산부인에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결은 그 적용법령 등이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 김창석(재판장) 양창수(주심) 고영한 조희대