【원고, 피상고인】
장호원농업협동조합 (소송대리인 법무법인 화평 담당변호사 이현성 외 1인)
【피고, 상고인】
이천시장
【원심판결】
서울고법 2014. 10. 1. 선고 2014누53904 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이 유】
상고이유를 판단한다.
1. 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되어 2012. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 ‘지특법’이라 한다) 제14조 제3항, 제94조는 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다) 등이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하되(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다), 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징한다(이하 ‘이 사건 추징조항’이라 한다)고 규정하고 있다.
2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 지역농업협동조합인 원고가 미곡종합처리장의 용도로 사용하기 위하여 이 사건 각 건물을 신축하여 2011. 1. 24. 사용승인을 받고 그에 따른 취득세 등을 면제받은 후 그때부터 2년 이내인 2011. 12. 31. 이 사건 각 건물을 조합공동사업법인인 이천남부농협쌀조합공동사업법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)에 현물출자한 사실, 이에 피고는 ‘원고가 이 사건 각 건물의 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다’고 보아 면제된 취득세 등을 추징하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
그런 다음 원심은, 이 사건 면제조항과 추징조항의 입법 취지, 조합공동사업법인의 목적과 사업 범위, 설립 요건, 회원의 자격 등 농업협동조합법상의 지위, 이 사건 법인은 원고와 2개의 지역농업협동조합이 공동으로 추진해 온 미곡종합처리장 운영 등 양곡경제사업 및 이와 관련된 인적·물적 조직을 통합·승계하기 위하여 설립된 점, 이 사건 각 건물은 이 사건 법인에 출자된 이후에도 그 회원인 원고 등 지역농업협동조합들을 위한 미곡종합처리장으로 계속 사용되고 있는 점, 이 사건 법인에게도 이 사건 면제조항이 적용되어 이 사건 각 건물의 취득에 대하여 취득세가 면제되는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 고유업무를 수행하기 위하여 이 사건 법인에 현물출자한 이 사건 각 건물을 원래의 목적대로 계속 사용하고 있는 이상 이 사건 추징조항에서 정한 ‘사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.
가. 이 사건 면제조항과 추징조항의 문언과 입법 취지, 이 사건 면제조항과 추징조항은 농업협동조합 등 공익적 업무를 수행하는 특정한 법인들을 대상으로 하여 해당 법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 하면서도 임대용 부동산을 면제대상에서 제외하는 등 그 사용방법을 제한하고 있고 아울러 매각·증여와 같이 유상 또는 무상으로 소유권이 이전된 경우를 추징사유의 하나로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 농업협동조합이 어느 부동산을 ‘고유업무에 직접 사용’한다고 함은 농업협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 농업협동조합의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다. 그리고 이 사건 면제조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 이 사건 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 한다.
나. 원심이 인정한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 각 건물을 이 사건 법인에 현물출자하여 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 이 사건 각 건물이 원고의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 원고가 이 사건 각 건물을 그 사용일부터 2년 이내에 현물출자한 이상 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하고, 이 사건 법인이 이 사건 면제조항에서 정한 취득세 면제대상 법인에 해당한다거나 이 사건 각 건물이 이 사건 법인에 현물출자된 이후에도 미곡종합처리장의 용도로 사용되고 있다고 하여 달리 보기는 어렵다.
다. 그런데도 원심은 이와 달리, 이 사건 각 건물에 대하여 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하지 아니하였다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 추징조항의 해석·적용에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 권순일(재판장) 민일영 박보영(주심) 김신