【원고, 상고인】
【피고, 피상고인】
금천세무서장
【원심판결】
서울고법 2008. 9. 4. 선고 2007누31746 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
【이 유】
상고이유를 판단한다.
1. 2002 사업연도 법인세 부과처분 취소청구 부분에 대하여
과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 증명책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다( 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).
원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여, 원고가 2002 사업연도 손금으로 산입한 비용 중 자재구입비 300,178,000원 상당액에 대한 소외 1 주식회사 발행의 세금계산서 3장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)은 허위로 작성된 사실, 과세관청이 이 사건 세금계산서상 자재구입비의 손금산입에 대하여 그 비용의 실제 지출에 관한 소명을 요구하자, 원고는 처음 소외 1 주식회사에 현금으로 지급하였다고 소명하였다가 소외 1 주식회사의 대표자가 원고와 거래한 바 없다는 내용의 자인서를 과세관청에 제출함으로써 소명이 거짓으로 드러났고, 다시 소외 2 주식회사로부터 자재를 구입하고 그 대금은 어음으로 지급하였다고 소명하였으나 그 어음 역시 융통어음으로 밝혀진 사실, 원고가 그 후에는 성명불상의 덤핑판매업자들로부터 자재를 공급받고 그 대금을 현금으로 지급하였다고 주장하고 있는 사실 등을 인정한 다음 많게는 9,000만 원이 넘는 고액의 자재를 구입하면서 판매자의 신원을 전혀 확인하지 않았다는 것은 납득하기 어려운 점 등에 비추어, 원고 주장의 사정만으로는 원고가 이 사건 세금계산서상의 자재를 실제로 구입하고 그 대금을 지급하였다는 점을 인정하기 어렵다는 이유로 피고가 이 사건 세금계산서에 따른 거래를 가공거래로 보아 그 공급가액 상당액을 손금부인하여 한 2002 사업연도 법인세 부과처분은 적법하다고 판단하였는바, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 실질과세의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
2. 2003 사업연도 법인세 부과처분 취소청구 부분에 대하여
2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정된 국세기본법에서 신설된 제22조의2는 ‘경정 등의 효력’이라는 제목으로 그 제1항에서 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는바, 증액경정처분은 당초 신고하거나 결정된 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가하는 것이 아니라 증액되는 부분을 포함시켜 전체로서 하나의 세액을 다시 결정하는 것인 점( 대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결, 대법원 2005. 6. 10. 선고 2003두12721 판결 등 참조), 부과처분취소소송 또는 경정거부처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정하거나 과세표준신고서에 기재된 세액의 객관적 존부로서 청구취지만으로 그 동일성이 특정되므로 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 점( 대법원 1992. 2. 25. 선고 91누6108 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고 96누8796 판결, 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조)과 국세기본법 제22조의2 제1항의 주된 입법 취지는 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고 또는 결정에서의 세액만큼은 그 불복을 제한하려는 데 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 된다고 해석함이 타당하다.
같은 취지에서 원심이 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고의 이 사건 소 중 2005. 8. 1.자 2003 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 2007. 2. 1.자 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된 처분을 쟁송의 대상으로 삼은 것으로 부적법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 국세기본법 제22조의2 소정의 경정 등의 효력에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
3. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 신영철(재판장) 박시환 박일환(주심) 안대희