【원고, 피상고인】
씨제이대한통운 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 유철형 외 2인)
【피고, 상고인】
남대문세무서장
【원심판결】
서울고법 2015. 4. 17. 선고 2014누58893 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항은 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자를 한 금액의 일정 부분을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 임시투자세액공제를 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항, 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제14조 제2호와 [별표 3]은 대통령령으로 정하는 투자의 하나로 ‘물류산업을 영위하는 내국인이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 창고시설 등 유통산업합리화시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자’를 들고 있다.
2. 가. 원심은 그 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
(1) 원고는 해상운송사업, 항만운송사업 등을 영위하는 법인으로서 동해항을 통한 석회석 해상수송을 위하여 2011. 3. 18. 동해지방해양항만청(이하 ‘항만청’이라고 한다)으로부터 구 항만법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항에 따라 항만청의 구 청사부지 및 인근 배후지에 하역시설, 석회석 반입 및 저장설비 및 부대시설(이하 ‘이 사건 물류시설’이라고 한다)을 설치하는 ‘동해항 석회석 물류시설 조성공사’(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)의 시행허가를 받았다.
(2) 항만청은 위 공사를 허가하는 과정에서 항만청의 구 청사부지를 원고가 사용하는 대신 새로운 청사를 신축하여 기부채납할 것을 허가조건으로 명시하였다. 이에 원고는 청사이전 및 임시청사임차비용, 청사신축비용 등 기부채납을 이행하기 위한 비용(이하 ‘이 사건 기부채납 관련비용’이라고 한다)을 지출하였다.
(3) 원고는 2013. 3. 12. 피고에게 이 사건 물류시설 설치비와 이 사건 기부채납 관련비용을 2010, 2011 사업연도 법인세에서 임시투자세액으로 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 이에 대하여 피고는 2013. 5. 9. 이 사건 물류시설 설치비에 대한 임시투자세액공제는 허용하면서 이 사건 기부채납 관련비용은 임시투자세액공제 대상이 아니라는 이유로 2010 사업연도 법인세 55,537,896원, 2011 사업연도 법인세 305,907,261원에 대한 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
나. 그런 다음 원심은 아래와 같은 사정들을 들어, 이 사건 기부채납 관련비용은 사업용자산에 해당하는 이 사건 물류시설을 새로이 취득하기 위한 인·허가와 관련하여 지출된 비용으로서 사업용자산을 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자비용에 포함되므로 임시투자세액공제의 대상이 된다고 봄이 타당하고, 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
(1) 이 사건 공사와 같은 항만시설공사는 항만청으로부터 허가를 받아야 시행할 수 있고, 이 사건 기부채납은 이 사건 공사의 허가를 위한 조건으로 부가되었다. 따라서 이 사건 기부채납을 이행하지 아니하는 경우 이 사건 공사를 진행할 수 없으므로, 이 사건 기부채납 관련비용은 원고가 이 사건 물류시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위하여 지출한 비용에 해당한다고 봄이 타당하다.
(2) 이 사건 물류시설 부지는 국유지이고, 원고는 이 사건 물류시설을 설치한 때부터 항만청에 이 사건 물류시설 부지에 관한 사용대가로 사용료를 지급해 오고 있음을 알 수 있으므로, 이 사건 기부채납 관련비용을 이 사건 물류시설 부지의 사용대가로 볼 수 없다.
(3) 원고가 이 사건 물류시설을 구 항만청사 부지에 설치하려고 함에 따라 이 사건 기부채납 관련비용이 소요되었다고 하더라도 최적의 장소에서 사업용자산을 취득하여 사업에 사용하기 위하여 부담하게 된 것이므로, 이러한 비용 또한 임시투자세액공제 대상이 되는 투자비용에 포함된다고 보는 것이 임시투자세액공제제도의 취지에도 부합한다.
3. 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 임시투자세액공제 대상에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 박보영(재판장) 김창석 이기택(주심) 김재형