【원고, 항소인】
쌍용양회공업 주식회사 (소송대리인 변호사 김수형 외 1인)
【피고, 피항소인】
남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호)
【제1심판결】
서울행정법원 2009. 8. 28. 선고 2009구합9000 판결
【변론종결】
2010. 5. 20.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2008. 5. 30. 원고에 대하여 한 2005 내지 2007 사업연도 각 법인세의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【청구취지 및 항소취지】
주문 제1, 2항과 같다.
【이 유】
1. 처분의 경위
가. 원고는 양회 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2001년경 기업구조조정촉진법에 의한 부실징후기업으로 지정된 후, 2003. 8. 5. 채권금융기관과 사이에 원고 회사의 채무를 2005년 말까지 액면가액(1주당 5,000원)으로 출자전환하는 내용이 포함된 경영정상화 약정을 체결한 다음, 위 약정에 따라 2005. 2. 4.부터 2005. 11. 30.까지 사이에 아래 표와 같이 그 채무의 출자전환(이하 ‘이 사건 출자전환’이라고 한다)을 완료하였다.
일자발행주식수시가액면가액발행가액2005. 2. 4.8,460,000주1,230원5,000원 5,000원2005. 3. 29.1,897,701주1,465원5,000원 5,000원2005. 11. 23.105,000주15,800원5,000원40,000원2005. 11. 25.2,589,000주15,800원5,000원40,000원2005. 11. 28.29,896,895주15,800원5,000원40,000원2005. 11. 30.53,650주15,800원5,000원40,000원
나. 원고 회사는 2005 내지 2007 사업연도 각 법인세의 세무조정을 하면서 이 사건 출자전환 과정에서 2005. 11. 23.부터 2005. 11. 30.까지 사이에 발행된 주식의 발행가액과 시가와의 차액(이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라고 한다)을 채무면제이익으로 보아 익금산입하고 이를 결손금과 상계 처리하였다.
다. 원고 회사는 2008. 5. 6. 피고에 대하여 “이 사건 쟁점금액은 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라고 한다) 제17조 제1호에서 정한 주식발행액면초과액이므로, 익금산입 대상에 해당하지 않는다”고 주장하며 2005 내지 2007 사업연도 각 법인세의 경정청구를 하였으나, 피고는 2008. 5. 30. 원고 회사에 대하여 “이 사건 쟁점금액은 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되고, 2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라고 한다) 제15조 제1항 후문에 비추어 익금산입 대상인 채무면제이익에 해당됨이 명백하다”는 이유로 원고 회사의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다).
라. 원고 회사는 이에 불복하여 2008. 6. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 12. 11. 원고 회사의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
가. 원고 회사의 주장
(1) 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문은 법률의 위임 없이 법인세법 제17조 제1호에 규정된 주식발행액면초과액의 범위를 함부로 제한하고 있어 조세법률주의의 원칙에 위배되고 위임입법의 한계를 일탈함으로써 위헌·위법하여 무효임에도 불구하고, 피고는 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문이 유효함을 전제로 이 사건 거부처분을 하였으므로, 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.
(2) 원고 회사가 채권금융기관과 사이에 2001. 11. 20. 최초로 경영정상화 약정을 체결할 당시 재정경제부는 1999. 12. 6.자 예규를 통하여 ‘법정관리법인이 법정관리계획에 따라 채무를 출자전환하는 경우, 주식의 액면가액을 초과하는 금액은 채무면제이익이 아니라 주식발행액면초과액에 해당한다’고 유권해석을 한 바 있으므로, 이는 유권해석(예규)으로 인한 비과세관행으로서 피고를 기속한다고 할 것이고, 설령 1999. 12. 6.자 예규가 2003. 3. 5.자 예규에 의하여 변경되었다고 하더라도, 이 사건 출자전환은 기본적으로 예규변경 전인 2001. 11. 20.자 경영정상화 약정 및 이에 근거한 2003. 8. 4.자 추가 경영정상화 약정을 기초로 이루어진 것이므로, 원고의 신뢰보호, 예측가능성 및 법적 안정성의 보호, 부실기업에 대한 출자전환의 허용취지 등에 비추어 2003. 3. 5.자 예규가 이 사건에 적용될 수 없다고 할 것이어서, 피고의 이 사건 거부처분은 신의성실의 원칙 또는 국세기본법 제18조 제3항에 위배되어 위법하다.
(3) 이 사건 출자전환은 원고 회사가 기존에 발행한 전환사채를 주식으로 전환하는 방식으로 이루어졌는데, 이와 같은 방식의 출자전환은 기본적으로 자본항목에 속하는 거래로서 전환사채의 발행가액이 모두 신주의 발행가액으로 전환되어 원고 회사에 귀속되므로 원고 회사에게 채무면제이익이 발생하지 않고, 원고 회사는 2001. 11. 22. 및 2002. 3. 27., 2003. 8.경 세 차례에 걸쳐 채권금융기관과 사이에 원고 회사 발행 전환사채에 대하여 전환의무약정을 체결하였으므로, 채권금융기관이 보유하고 있는 전환사채는 원고에 대한 원리금청구권을 상실하여 사채로서의 성질을 상실하고 이미 자본으로서의 성격으로 전환되어 채무면제이익이 발생하지 않으며, 또한 법인세법 시행령 제15조 제1항 후단에서 구체적인 채무면제이익을 산정함에 있어 ‘당해 주식의 시가’를 기준으로 주식발행액면초과액을 산정하는 것은 그 기준시점에 따라 주식의 가액 및 주식발행액면초과액이 변동되기 때문에 부당하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.
(4) 만약 이 사건에 있어서 먼저 채무의 출자전환을 한 다음 감자절차를 밟았다면, 주식 액면미달의 할인발행이 되어 법인세법 시행령에 따라 채무면제이익이 발생하지 않게 되고, 이러한 경우 감자차익은 발생하나 주식할인발행차금으로서 자본금의 차감항목으로 회계처리될 뿐 익금에 산입하지 않게 되므로, 원고 회사는 추가로 법인세를 부담하지 않게 됨에도 불구하고, 원고 회사가 먼저 감자절차를 밟은 다음 이 사건 출자전환을 하였다고 하여 출자전환으로 인한 채무면제이익을 계상하여 익금에 산입하는 것은 동일한 경제적 실질에 대하여 달리 과세하는 것이므로, 피고의 이 사건 처분은 과세형평의 원칙 및 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
(1) 첫 번째 주장에 대한 판단
(가) 법인세법 제15조 제1항은 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 법인세법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법 제17조 제1호는 주식발행액면초과액의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제15조 제1항은 법인세법 제17조 각 호의 규정에 의한 수익은 각각 상법 제459조 제1항 제1호 내지 제3호 및 제3호의2에 해당하는 금액으로 하되(전문), 법인세법 제17조 제1호의 주식발행액면초과액에 있어서 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우로서 당해 주식의 시가가 액면가액 이상이고, 발행가액 이하에 해당하는 경우에는 액면가액을 차감한 금액을 말한다(후문)고 규정하고 있고, 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되고, 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라고 한다) 제44조 제2항은 회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정이나 화의법에 의한 화의인가의 결정 또는 파산법에 의한 강제화의인가의 결정을 받은 법인 및 기업구조조정촉진법에 의한 경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 2005년 12월 31일까지 채무를 출자로 전환받음에 따라 채권자로부터 채무의 일부를 면제받는 경우로서 정리계획인가, 화의인가 또는 강제화의인가의 결정 및 경영정상화계획의 이행을 위한 약정에 채무를 출자로 전환하는 조건에 의한 채무의 면제액이 포함되어 있는 경우에는 그 면제받은 채무에 상당하는 금액(출자전환채무면제익, 대통령령이 정하는 결손금을 초과하는 금액에 한함)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니할 수 있으며, 이 경우 출자전환채무면제익은 당해 사업연도 및 그 이후의 사업연도에 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생하는 경우 그 결손금의 보전에 충당하여야 하고, 충당된 결손금은 법인세법 제13조 제1호, 제18조 제8호 및 제72조의 규정을 적용함에 있어서 과세표준계산상 공제된 금액으로 본다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되고, 2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제41조 제2항은 조세특례제한법 제44조 제2항을 적용받고자 하는 법인은 각각 채무면제일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 채무면제명세서 또는 출자전환채무면제명세서를 제출하도록 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행규칙 제61조 제1항 제39호는 채무면제명세서를, 같은 항 제39의2호는 출자전환채무면제명세서를 각 규정하는 한편 별지 서식 38의2로 첨부된 출자전환채무면제명세서에는 주식의 발행가액에서 주식의 시가를 차감한 금액을 채무면제금액으로 기재하고 있다.
한편, 상법 제459조 제1항 제1호는 주식발행액면초과금을 ‘액면 이상의 주식을 발행한 때에는 그 액면을 초과한 금액’으로 규정하고 있고, 법인세법 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다고 규정하고 있으며, 기업회계기준(갑 제19호증) 제31조 제1항은 ‘주식발행초과금’을 ‘주식발행가액(증자의 경우에 신주발행수수료 등 신주발행을 위하여 직접 발생한 기타의 비용을 차감한 후의 가액을 말한다)이 액면가액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액’이라고 규정하고 있다.
(나) 법인세법 제17조 제1호의 개정과정에 대하여 살펴 보면, 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 법인세법 제15조 제1항 제1호는 주식발행액면초과액을 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있었고, 그 후 이 사건에 적용된 법인세법 제17조 제1호로 개정되었다가, 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법 제17조 제1항 제1호는 주식발행액면초과액의 수익을 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니하되, 다만, 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우에는 당해 주식 등의 시가를 초과하여 발행된 금액을 제외한다고 규정하고 있으며, 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 다시 개정된 법인세법 제17조 제1항 제1호는 주식발행액면초과액의 수익을 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니하되, 다만, 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우에는 당해 주식 등의 법인세법 제52조 제2항{건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함)을 기준으로 한다고 규정하고 있다}에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액을 제외한다고 규정하고 있다.
그리고, 법인세법 시행령 제15조 제1항의 개정과정을 살펴보면, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제10조 제1항은 법인세법 제15조 제1항 제1호에서 ‘주식발행액면초과액’이라 함은 액면을 초과하여 주식을 발행한 경우 그 액면가액을 초과하는 금액을 말한다고 규정하고 있었고, 2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제15조 제1항은 법인세법 제17조 각호의 규정에 의한 수익은 각각 상법 제459조 제1항 제1호 내지 제3호 및 제3호의2에 해당하는 금액으로 한다고 규정하고 있었으며, 이 사건에 적용된 법인세법 시행령 제15조 제1항으로 개정되었다가, 2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정된 법인세법 시행령 제15조는 법인세법 제17조 제1항 각 호의 규정에 의한 수익은 각각 상법 제459조 제1항 제1호· 제1호의2· 제1호의3· 제2호· 제3호 및 제3호의2에 해당하는 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(다) 헌법 제38조는 '모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다'고 규정하고, 헌법 제59조는 '조세의 종목과 세율은 법률로 정한다'고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다고 할 것이다( 대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 등 참조).
또한, 헌법 제75조에 의하면 대통령은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항과 법률을 집행하기 위하여 필요한 사항에 관하여만 대통령령을 발할 수 있으므로, 법률의 시행령은 모법인 법률에 의하여 위임받은 사항이나 법률이 규정한 범위 내에서 법률을 현실적으로 집행하는 데 필요한 세부적인 사항만을 규정할 수 있을 뿐, 법률에 의한 위임이 없는 한 법률이 규정한 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률에 규정되지 아니한 새로운 내용을 규정할 수는 없다고 할 것이고( 대법원 1995. 1. 24. 선고 93다37342 전원합의체 판결 등 참조), 다만, 법률의 시행령이나 시행규칙의 내용이 모법의 입법 취지 및 관련 조항 전체를 유기적·체계적으로 살펴 보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수는 없다고 할 것이다( 대법원 2009. 6. 11. 선고 2008두13637 판결 참조).
(라) 이 사건에 관하여 보건대, ① 법인세법 제17조 제1호는 자본거래로 인한 수익으로서 주식발행액면초과액을 익금에 불산입한다고 규정하여 주식발행액면초과액 전부를 비과세대상을 규정하고 있음에 반하여, 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문은 법인세법 제17조 제1호의 주식발행액면초과액에 있어서 채무의 출자전환으로 주식을 발행한 경우로서 당해 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 경우에는 시가에서 액면가액을 차감한 금액만을 비과세대상으로 규정함으로써, 발행가액에서 시가를 차감한 금액은 비과세대상에서 제외하여 비과세대상의 범위를 축소하고 과세대상의 범위를 확대하고 있으므로, 이는 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문이 익금 불산입의 범위의 제한을 통하여 법인세법 제17조 제1호 소정의 비과세요건을 변경하고 있는 것으로 보이는 점, ② 법인세법 제17조 제1호는 익금 불산입의 대상인 주식발행액면초과액의 범위에 대하여 법인세법 시행령에 위임하지 않았을 뿐만 아니라, 법인세법의 다른 규정에서도 위와 같은 위임규정을 두고 있지 않은 점, ③ 법인세법 제17조 제1호의 ‘주식발행액면초과액’에 대하여, 법인세법 시행령 제15조 제1항 전문에서 상법 제459조 제1항 제1호에 해당하는 금액으로 규정하고 있고, 상법 제459조 제1항 제1호는 ‘액면 이상의 주식을 발행한 때에는 그 액면을 초과한 금액’으로 규정하고 있으며, 기업회계기준 제31조 제1항도 ‘주식발행가액이 액면가액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액’으로 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 법인세법 제17조 제1호의 ‘주식발행액면초과액’이라 함은 발행가액에서 액면가액을 차감한 금액을 의미하는 것으로서 그 의미가 명확하여 달리 해석될 여지가 없을 것으로 보임에도 불구하고, 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문이 채무의 출자전환으로 그 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하인 주식을 발행한 경우에 있어서의 주식발행액면초과액의 의미를 발행가액에서 액면가액을 차감한 금액이 아닌 시가에서 액면가액을 차감한 금액으로 규정하고 있는 것은 시행령으로 법률에 규정된 내용을 함부로 축소하는 내용의 해석규정을 마련한 것이라고 할 것인 점, ④ 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법 제17조 제1항 제1호가 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문에서 규정하고 있던 주식발행액면초과액에서 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우에 있어서 당해 주식 등의 시가를 초과하여 발행된 금액을 제외한다는 내용을 새로이 추가하기 전까지는 법인세법 제17조 제1호( 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 법인세법 제15조 제1항 제1호도 마찬가지임)가 주식발행액면초과액 전부를 익금 불산입의 대상으로 하고 있었고, 이 사건에 적용된 법인세법 시행령 제15조 제1항으로 개정되기 전까지는 법인세법 시행령 제15조 제1항( 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 법인세법 시행령 제10조 제1항도 마찬가지임)이 액면을 초과하여 주식을 발행한 경우 그 액면가액을 초과하는 금액을 주식발행액면초과액의 의미로 직접 규정하거나 상법 제459조 제1항 제1호에 해당하는 금액을 주식발행액면초과액의 의미로 규정하고 있었던 점에 비추어 볼 때, 납세의무자로서는 법인세법 제17조 제1호의 주식발행액면초과액의 의미가 위와 같은 종전 시행령의 내용과 달리 법인세법 제15조 제1항 후문과 같은 내용이 변경될 것이라고 예측하기 어려울 것으로 보이는 점, ⑤ 채무의 출자전환 과정에서 발행된 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 경우 그 발행가액에서 시가를 차감한 금액은 법인이 주식 발행과 관련하여 주주로부터 실제 납입받는 금액이 아니라 실질적으로 채권자로부터 그 채무를 면제받는 금액으로서 수익에 해당한다고 하더라도, 이러한 수익은 모두 법인세법 제17조 제1호에 따라 익금 불산입의 대상이 되어야 하는 것이고, 이를 제한하는 특별 규정 없이 익금 불산입을 부인할 수 없다는 것은 조세법률주의 원칙상 당연한 귀결이므로, 다소 불합리하다고 볼 여지가 있어도 이는 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법 제17조 제1항 제1호와 같이 법률을 개정함으로써 원천적으로 해결할 일이지 법인세법 제17조 제1호에 근거하여 지금까지 익금 불산입을 해주던 과세관청이 갑자기 시행령만을 개정하여 이를 제한할 수 있도록 용인하는 것은 조세법률주의의 근간을 훼손하는 일이라고 할 것인 점, ⑥ 조세특례법 제44조 제2항은 회사정리법에 의한 정리계획인가 등의 결정을 받은 법인이나 기업구조조정촉진법에 의한 경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 일정한 시기까지 채무를 출자로 전환받음에 따라 채권자로부터 채무의 일부를 면제받는 경우 정리계획인가 등의 결정이나 경영정상화계획의 이행을 위한 약정에 채무를 출자로 전환하는 조건에 의한 채무의 면제액이 포함되어 있는 경우에 한하여 그 면제받은 채무에 상당하는 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 불산입할 수 있다고 규정하고 있는데, 이는 정리계획인가 등의 결정을 받은 법인이나 경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 일정한 시기까지 채무를 출자로 전환받는 경우에 채권자의 채무면제가 정리계획인가 등의 결정이나 경영정상화계획의 이행을 위한 약정에 의하여 명확하게 확인되는 경우에 한하여 그 채무면제액을 익금에 불산입할 수 있도록 과세특례를 두고 있는 것이므로, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우로서 당해 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 모든 경우에 있어서 익금 불산입의 대상인 주식발행액면초과액을 시가에서 액면가액을 차감한 금액으로 제한하고 있는 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문과는 익금 불산입의 요건이나 적용범위에서 현저한 차이가 있어 조세특례제한법 제44조 제2항이 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문을 포함하고 있다고 볼 수 없고, 비록 조세특례제한법 시행규칙 제61조 제1항 제39의2호 관련 별지서식 38의2로 첨부된 출자전환채무면제명세서에는 주식의 발행가액에서 주식의 시가를 차감한 금액을 채무면제금액으로 기재하고 있다고 하더라도, 이는 서식에 불과하여 구체적인 채무면제금액을 특정하는 것이라고 보기 어려운 점에 비추어 볼 때, 조세특례법 제44조 제2항은 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문의 위임근거인 모법이 될 수 없다고 할 것인 점, ⑦ 앞서 본 사정들에 의하면, 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문이 단지 법인세법 제17조 제1호의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 않거나 법인세법 제17조 제1호의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것이라고는 볼 수 없는 점 등을 종합해 보면, 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문은 법률의 위임 없이 위임입법의 한계를 벗어나 법인세법 제17조 제1호에 규정된 익금 불산입의 대상인 주식액면초과발행액의 범위를 함부로 제한하는 것으로서 무효라고 할 것이다.
(2) 소결론
따라서, 법인세법 시행령 제15조 제1항 후문은 법률의 위임 없이 위임입법의 한계를 벗어난 것으로서 무효라고 할 것이므로, 이에 근거한 이 사건 거부처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 위법하다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 거부처분을 모두 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]
판사 이대경(재판장) 정재오 김재형