【원고, 피상고인】
한국도로공사 (소송대리인 법무법인 정평 담당변호사 임재철 외 11인)
【피고, 상고인】
성남세무서장 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【원심판결】
서울고법 2008. 9. 23. 선고 2008누6952 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.
【이 유】
상고이유에 대하여 판단한다.
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 각 규정하고 있다.
그리고 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제2항의 위임에 의한 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항은 “자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용을 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일’을 규정하고 있으며, 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 제1호 내지 제4호에서 매입자산, 자가 제조·생산·건설 자산, 현물출자에 의한 자산·주식 등의 취득가액 산정방법을 규정한 다음, 제5호에서 “ 제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다.”고 규정하고 있다.
원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 행담도 휴게소 등 13개 고속도로 휴게소의 건설·운영사업에 관하여 원고와 주식회사 제주랜드를 비롯한 11개의 사업시행자(이하 ‘이 사건 각 사업시행자’라 한다)는 원고가 토지를 제공하고 이 사건 각 사업시행자가 그 지상에 휴게소, 주유소 등의 사업시설(이하 ‘휴게소 등’이라 한다)을 신축하여 운영하면서 그 대가로 월매출액에 일정한 사용료율을 곱한 금액(이하 ‘월사용료’라 한다)을 지급하고 그 사업기간(12년 내지 36년, 이하 ‘이 사건 사업기간’이라 한다)의 만료시점에 원고에게 휴게소 등을 무상으로 이전하기로 하는 내용의 협약을 체결한 다음 이 사건 각 사업시행자가 원고로부터 제공받은 토지 위에 휴게소 등을 신축하여 이를 운영한 사실, ② 원고는 휴게소 등을 무상으로 이전받기로 한 것은 토지의 제공과 대가관계가 없다고 보아 월사용료만을 임대수익으로 계상하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였으나, 피고는 휴게소 등의 신축원가도 원고가 제공한 토지의 임대료에 포함된다고 보아 그 중 2001년 제1기 내지 2005년 제1기 부가가치세 과세기간에 대응하는 부분을 해당 과세기간의 과세표준에 합산하여 이 사건 부가가치세 부과처분을 하고 아울러 그 신축원가 중 2002 내지 2004 사업연도에 대응하는 부분을 해당 사업연도의 익금에 산입하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.
이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 2001년 제1기 내지 2005년 제1기의 부가가치세 과세표준을 산정함에 있어서는 구 부가가치세법 제13조 제1항 제2호에 의하여 각 과세기간별로 당해 과세기간에 실제로 공급한 토지임대용역 중 휴게소 등과 대가관계가 있는 부분의 시가를 합산하여야 하고, 2002 내지 2004 사업연도의 법인세 과세표준을 산정함에 있어서는 구 법인세법 시행령 제71조 제1항 단서 및 제72조 제1항 제5호에 의하여 이 사건 사업기간 만료 시의 휴게소 등의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하여야 하므로, 이와 다른 취지에서 한 피고의 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 위법하다.
따라서 원심이 이 사건 사업기간 만료 시의 휴게소 등의 시가 중 부가가치세 과세기간에 대응하는 부분을 부가가치세 과세표준으로 삼을 수도 있다고 설시한 부분 등은 다소 부적절하지만 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 결국 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 부가가치세 및 법인세 과세표준 산정에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 신영철(재판장) 박시환(주심) 차한성 박병대