【원고,상고인】
주식회사 신한은행 (소송대리인 변호사 김순)
【피고,피상고인】
남대문세무서장
【원심판결】
서울고법 1995. 12. 13. 선고 95구16532 판결
【주문】
원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이유】
원고 소송대리인의 상고이유를 본다.
원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 이 사건 토지를 1989. 6. 1. 금 4,510,000,000원에 취득하였다가 1992. 9. 16. 금 6,321,875,000원에 양도한 후, 1993. 3. 25. 1992 과세연도 법인세과세표준을 신고함에 있어 이 사건 토지가 비업무용 토지에 해당하게 되어 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 소정의 세율(150/1,000)에 의하여 납부한 취득세 중 같은법 제112조 제1항 소정의 세율(20/1,000)에 의한 세액을 초과하는 금액(이하 취득세 중과분이라고 한다)인 금 589,573,590원을 취득가액에 산입하지 아니하고 양도차익을 계산하여 특별부가세 금 234,785,460원을 신고납부하였다가, 1993. 9. 25. 위 취득세 중과분을 취득가액에 산입하고 양도차익을 계산하여 법인세과세표준 수정신고를 하였으나, 피고는 1993. 12. 9. 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분은 취득가액에 포함되지 않는다고 하여 위 수정신고를 받아들이지 아니하는 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 취득세 중과분은 일종의 제재적 성격이 있는 세금이고 법인세법 제16조 제16호에서 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분을 손금불산입하도록 규정하고 있으므로 특별부가세의 양도차익 계산에 있어서도 취득세 중과분은 취득가액에 포함될 수 없다고 하여, 원고의 위 수정신고를 받아들이지 아니한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
그러나 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항, 같은법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제124조의2 제2항은 특별부가세 과세표준 산정의 기초가 되는 양도차익을 계산함에 있어 양도가액에서 공제될 취득가액은 같은법시행령 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액, 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고, 같은법시행령 제48조 제2항 제1호는 매입한 고정자산의 경우 취득가액은 매입 당시의 그 대가(등록세·취득세 기타 부대비용을 포함한다)로 규정하여, 특별부가세의 양도차익 계산에 있어서 그 취득가액에 포함되는 취득세에 관하여 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분을 제외하고 있지는 않으며, 특별부가세는 토지 등 자산의 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세의 일반 규정의 원리가 그대로 적용될 수 없고( 당원 1989. 11. 14. 선고 86누787 판결, 1990. 11. 27. 선고 90누3607 판결 등 참조), 특별부가세 과세표준 산정의 기초가 되는 양도차익은 법인세의 과세대상이 되는 소득의 계산과 반드시 일치하여야 하는 것도 아니므로( 당원 1991. 1. 29. 선고 90누3614 판결 참조), 법인세법 제16조 제16호에서 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분은 내국법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다 하여 위 규정이 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서 취득가액에 포함될 취득세를 취득세 중과분을 제외한 취득세만을 의미하는 것으로 축소해석할 근거는 되지 못한다 할 것이고, 오히려 위 관계 법령의 규정내용과 특별부가세가 본질적으로 자산의 양도차익에 대한 과세로서 소득세법상의 양도소득세와 같은 성질을 갖는 점 등을 종합해 보면, 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서 공제되는 취득가액에 취득세 중과분을 제외시킬 이유는 없다 할 것이다.
그렇다면 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서 취득세 중과분이 취득가액에 포함되지 아니함을 전제로 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 원심판결에는 특별부가세의 과세표준 계산에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이므로, 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.
그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리 판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 천경송(재판장) 안용득 지창권(주심) 신성택