【원고,상고인】
주식회사 새길엔지니어링
【피고,피상고인】
창원세무서장
【원심판결】
부산고법 2000. 3. 24. 선고 99누3553 판결
【주문】
원심판결을 파기하고, 이 사건을 부산고등법원에 환송한다.
【이유】
1. 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조감법'이라 한다) 제9조 제1항은 제조업, 광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 '기술·인력개발비'라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일로부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고, 제2항은 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 적용하지 아니한다고 규정하며, 제4항은 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다고 규정하고 있다.
원심판결 이유에 의하면, 원심은 기술·인력개발비 세액공제제도에 관한 법률규정의 개정연혁과 규정형식에 비추어 볼 때, 두 가지 세액공제방법의 상호 적용관계는 납세의무자의 신청에 따른 선택적 적용관계로서 과세관청으로서는 원고가 선택하지 않은 구 조감법 제9조 제1항에 의한 공제방법을 선택할 수 없다고 판단하였다.
그러나 구 조감법 제9조 제4항의 세액공제신청은 그 규정방식에 비추어 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 기술·인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것인 점, 한편, 구 조감법시행규칙(1997. 4. 14. 총리령 제628호로 개정되기 전의 것) 별지 8호 서식에 의하면, 당해 연도 총지출액에 의한 공제세액과 증가지출금액에 의한 공제세액 모두를 기재한 다음 당해 연도에 공제받을 세액을 기재하도록 되어 있어서 과세관청으로서는 위 제1항과 제2항의 각 공제방법에 의한 공제세액 모두를 바로 알 수 있는 점, 구 조감법 제9조의 입법 취지가 기술 및 인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있는 점 등을 종합하면, 과세관청은 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어, 납세의무자가 구 조감법 제9조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 구 조감법 제9조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우에는 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 할 것이다.
원심이 이와 다른 전제에서, 원고가 선택하지 않은 다른 공제방법에 의하여 피고가 세액공제액을 결정할 수는 없다고 판단한 데에는 구 조감법 제9조 소정의 기술·인력개발비의 세액공제에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이다(한편, 구 조감법상의 기술·인력개발비의 세액공제제도의 입법 취지와 구 조감법 제9조 제1항, 제2항의 규정형식 등에 비추어 보면, 기술·인력개발비가 당해 과세연도의 직전 2년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 구 조감법 제9조 제1항의 공제방법에 의한 세액공제를 허용하여야 할 것이다).
이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
2. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 박재윤(재판장) 서성 이용우(주심) 배기원