【원고】
엥스티튀 나시오날 드 라 르세르쉬 아그로노미끄 (소송대리인 변리사 김승호 외 1인)
【피고】
특허청장
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【청구취지】
특허심판원이 2000. 12. 30. 99원1918호 사건에 관하여 한 심결을 취소한다.
【이유】
1. 기초 사실
갑 제1, 26호증, 을 제1 내지 3호증에 의하면, 다음의 사실이 인정된다.
가. 이 사건 출원발명
(1)명 칭：세포질적 웅성－번식 불능성을 부여하는 DNA 서열, 이 서열을 포함하는 미토콘드리아 게놈, 핵 게놈, 미토콘드리아 및 식물 및 잡종 제조 방법
(2) 출원일/출원번호：1993. 3. 22./1993-700857호
우선권 주장일：1990. 9. 21./프랑스공화국 90-11670호
(3) 출원인：원고
(4) 특허청구범위(1999. 6. 30. 보정된 내용)
1. a) 제1도의 뉴클레오티드 번호 928 내지 2273의 DNA 서열을 갖거나, 또는 b) 상기 서열과 90% 이상의 상동성을 갖는 서열을 가지며, 식물의 미토콘드리아 게놈 내에 존재시 그 식물에 세포질적 웅성－번식불능성을 부여하는 오구라(Ogura) 번식불능성 DNA 서열.
2. 제1항에 있어서, 제1도의 뉴클레오티드 번호 928 내지 1569의 DNA 서열을 갖거나, 또는 상기 서열과 90% 이상의 상동성을 갖는 서열을 가지며, 웅성－번식불능성 식물의 미토콘드리아 내에서 RNA로 전사되는 DNA 서열.
3. a) 제1도의 뉴클레오티드 번호 928 내지 1569의 서열, 또는 b) a)에서 언급된 상기 서열과 90% 이상의 상동성을 갖는 서열로 이루어진 오구라 번식불능성 DNA 서열을 함유하고, 식물의 세포질 내에 존재시 그 식물에 세포질적 웅성－번식불능성을 부여하는 것을 특징으로 하는 재조합 식물 미토콘드리아 게놈.
4. 제3항에 있어서, 제1도의 뉴클레오티드 번호 928 내지 1569의 서열을 갖거나, 또는 상기 서열과 90% 이상의 상동성을 갖는 서열을 갖는 오구라 번식불능성 DNA 서열을 함유하는 것을 특징으로 하는 재조합 식물 미토콘드리아 게놈.
5. 제3항 또는 제4항에 있어서, 상기 재조합 게놈에서, 해독(translation) 개시에 사용되는 두 개의 포르밀 메티오닌 전달(transfer) RNA 유전자의 라파누스(Raphanus) 서열과, 시토크롬 산화효소의 제1 서브유니트를 암호화하는 Cox1 유전자가, 대응하는 브라시카(Brassica) 서열에 의해 치환된 미토콘드리아 게놈.
6. ∼7. (삭제)
8. 제5항에 있어서, NcoI 분해 후에는 2.5-kb 단편을 산출하고, NruI 분해 후에는 6.8-kb 단편을 산출하며, SalI 분해 후에는 4.4-kb 단편을 산출하는 서열을 함유하는 것을 특징으로 하는 미토콘드리아 게놈.
9. ∼10. (삭제)
11. 제3항 또는 제4항에 따른 게놈을 함유하는 것을 특징으로 하는 미토콘드리아.
12. ∼27. (삭제)
28. 세포질적 웅성－번식불능성 형질을 나타내도록 하는 것으로, 방사성 또는 비－방사성 수단에 의해 표지된, 제1도에 제시된 뉴클레오티드 번호 928 내지 1569의 서열 중 10개 이상의 염기서열을 함유하는 것을 특징으로 하는 핵산 프로브.
29. ∼32. (삭제)
33. 제5항에 따른 게놈을 함유하는 것을 특징으로 하는 미토콘드리아.
34. 제8항에 따른 게놈을 함유하는 것을 특징으로 하는 미토콘드리아.
35. ∼38. (삭제)
나. 절차의 경위
(1) 거절사정
특허청은 1999. 2. 27. 이 사건 출원발명이 "∼ 이상의 상동성을 가지며"라는 광범위한 표현을 사용하고 있어 구성이 불명확하므로 명세서의 기재가 불비하다는 이유를 들어 이 사건 출원발명에 대한 특허등록을 거절사정하였다.
(2) 원고의 거절사정불복심판청구(특허심판원 99원1918)
(가) 심판결과：2000. 12. 30. 심판청구기각
(나) 심결 이유의 요지
유전자에 관한 특허청구범위는 원칙적으로 염기서열로 특정하여 기재하여야 하는 것인데, 이 사건 출원발명의 특허청구범위 제1 내지 4항(이하 '이 사건 제1 내지 4항 발명'이라 한다)은 대상 유전자를 특정함에 있어, '제1도의 뉴클레오티드 번호 928 내지 2273 또는 928 내지 1569의 DNA 서열과 각 90% 이상의 상동성을 갖는 서열'이라는 표현을 쓰고 있으면서도, 그와 같은 상동성의 비율을 한정하는 근거를 명세서 어디에도 제시하지 않고 있을 뿐더러, 그나마 발명의 상세한 설명에는 청구항과는 달리 '50% 이상의 상동성을 갖는 DNA서열'로 기재하고 있으므로, 결국 이 사건 출원발명은 청구범위 기재가 불명확할 뿐 아니라, 발명의 상세한 설명에 의하여 뒷받침되지 아니한 것이어서 특허법 제42조 제4항의 요건을 충족하지 못하므로 등록을 거절한 원사정은 정당하다.
2. 원고가 주장하는 심결 취소 사유
가. 이 사건 제1 내지 4항 발명은, 특정된 기준 서열과 90% 이상의 상동성을 가짐과 동시에 '웅성번식 불능성 부여'라는 기능을 가지는 DNA 서열로 청구범위를 한정하고 있는 것이므로, 청구범위가 불명확하지 않다.
나. DNA에 있어 '코돈의 축퇴성'과 '아미노산의 치환 유연성'이라는 특성 때문에 DNA관련 발명에서는 서열이 특정되어 명시된 DNA뿐 아니라 원래의 서열과 상동성을 가지면서 원래의 DNA의 기능을 그대로 보유하는 서열 역시 발명의 범위에 포함시켜야 발명자를 실질적으로 보호할 수 있고, 이러한 경우 '∼의 염기서열과 ∼% 이상의 상동성을 가지는'이라는 형식으로 청구항을 기재하는 것은 불가피한 표현방식이며, 예컨대, 이 사건 제1항 발명에서 "제1도의 뉴클레오티드 번호 928∼2273(1346개)의 서열과 90% 이상의 상동성을 갖는 서열'이란, '1346개의 뉴클레오티드 중 90%인 1211개 이상이 동일하다."는 것을 의미하는 것으로서, 당업자가 그 의미를 이해하는 데 아무런 어려움이 없을 뿐 아니라, 위 1346개 뉴클레오티드의 어느 것에도 돌연변이 등에 의한 서열변화가 일어날 수 있는 것이므로, 이들 모두에 대한 실험을 통해 서열변화가 일어날 수 있는 부분을 구별하여 발명의 상세한 설명에 기재한다는 것은 불가능하다.
다. 이 사건 출원발명에 대한 미국 및 일본의 대응특허출원이 "도 1의 DNA 서열 외에 이들 DNA 서열에 의해 암호화되는 것과 동일한 단백질 번역 생성물을 암호화하는 DNA 서열"이라는 표현을 특허청구범위에 사용하여 특허된 바 있고, 이는 이 사건 출원발명의 '90% 이상의 상동성을 갖는 서열'이라는 기재보다 더욱 넓은 청구범위이므로 이 사건 출원발명 역시 등록되어야 한다.
3. 이 사건 심결의 적법 여부
가. 이 사건 제1 내지 4항 발명의 기재불비 여부
(1) 특허법 제42조 제4항에 의하면, 청구항은 발명의 상세한 설명에 의하여 뒷받침되어야 하고, 발명이 명확하고 간결하게 기재되어야 하며, 발명의 구성에 없어서는 아니되는 사항만으로 기재되어야 하므로, 특허청구범위에는 발명의 구성을 불명료하게 표현하는 용어는 허용되지 아니하고( 대법원 1998. 10. 2. 선고 97후1337 판결 등 참조), 하나의 DNA 서열이 바뀜에 의해 기능이 상이한 단백질이 생성될 수도 있음을 특징으로 하는 유전자 관련 발명에 있어, 유전자는 염기서열로 특정하여야 하며, 막연히 특정의 기준서열과 '∼%의 상동성을 갖는 염기서열'과 같은 표현을 청구항에 사용하는 것은 원칙적으로 허용되지 아니한다. 다만, 새로운 유용성을 가지는 DNA 서열을 발견한 경우, 그 변이체가 가지는 DNA 서열이 위 특정 서열과 어느 정도의 상동성을 가지고 있을 때 동일한 기능을 보유하는지에 관한 구체적 근거를 발명의 상세한 설명에서 제시한다면 청구항에 특정서열과 '∼%의 상동성을 갖는 서열'이란 표현을 사용하여 특허청구의 범위를 확장하더라도 청구항의 기재가 불명확하다고 할 수는 없다 할 것이다.
(2)살피건대, 이 사건 제1 내지 4항 발명은 식물에 세포질적 웅성－번식불능성을 부여하면서 제1도의 뉴클레오티드 번호 928 내지 2273(1346개) 또는 928 내지 1569(642개)의 DNA 서열을 가지는 오구라(Ogura) 번식 불능성 DNA 서열과 함께 이들 서열과 '90% 이상의 상동성을 갖는 서열' 또는 이들 서열을 함유한 재조합 식물 미토콘드리아 게놈을 특허청구하고 있는바, '90% 이상의 상동성을 갖는 서열'이란 위 1346(또는 642)개의 뉴클레오티드와 숫자에 있어 90% 이상이 동일하다는 것을 의미함은 알 수 있으나, 구체적으로 어떠한 염기서열이 동일한 경우를 의미하는 것인지, 혹은 동일한 염기서열의 비율을 90%로 한정한 근거가 무엇인지 불분명하다. 따라서 기본 서열과 동일한 기능을 가지면서 염기서열 상동성의 수치범위를 만족하는 다양한 변이체의 예시 등을 통해, 상동성의 수치를 90% 이상으로 한정한 근거가 제시되어야만 비로소 이 사건 출원발명의 특허청구범위가 명확해진다고 할 수 있을 것인데, 앞서 든 을 제3호증에 의하면, 이 사건 출원발명의 상세한 설명에는 "a) 본 발명은 제1도의 뉴클레오티드 928 내지 2273의 DNA 서열에 의해 운반되거나, 또는 b) a)에서 언급된 상기 서열과 50% 이상의 상동성을 갖는 것을 특징으로 하며, 식물의 미토콘드리아 게놈 내에 존재시 그 식물에 세포질적 웅성－번식불능성을 부여하는 DNA 서열로서, 오구라 번식불능성 DNA 서열로 언급되는 DNA 서열에 관한 것이다. 특히 본 발명은 c) 제1도의 뉴클레오티드 928 내지 1569의 서열에 의해 운반되거나, 또는 d) c)에서 언급된 상기 서열과 50% 이상의 상동성을 갖는 것을 특징으로 하며, 웅성－번식불능성 식물의 미토콘드리아에서 RNA로 전사되는 오구라 번식불능성 DNA 서열에 관한 것이다.", "제1도의 뉴클레오티드 928 내지 2273의 서열과 50% 이상의 상동성을 갖는 DNA 서열을 함유하는 세포질 또는 CMS 형질을 부여하는 제1도의 뉴클레오티드 928 내지 1569의, RNA로 전사되는 서열과 50% 이상의 상동성을 갖는 DNA 서열을 함유하는 세포질에 관한 것이다.", "본 발명은 a) 제1도의 뉴클레오티드 928 내지 2273의 DNA 서열에 의해 운반되거나, 또는 b) a)에서 언급된 상기 서열과 50% 이상의 상동성을 갖는 오구라 번식불능성 DNA 서열을 함유하며, 식물의 세포질에 존재시 그 식물에 세포질적 웅성－번식불능성을 부여하는 것을 특징으로 하는 재조합 식물 핵 또는 미토콘드리아 게놈에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 c) 제1도의 뉴클레오티드 928 내지 1569의 서열에 의해 운반되거나, 또는 d) c)에서 언급된 상기 서열과 50% 이상의 상동성을 갖는 오구라 번식불능성 DNA 서열을 함유하며, 식물의 세포질에 존재시 RNA로 전사되고 그 식물에 세포질적 웅성－번식불능성을 부여하는 것을 특징으로 하는 재조합 식물 핵 또는 미토콘드리아 게놈에 관한 것이다."라는 기재가 있는 사실이 인정될 뿐이고, 달리 기본 서열과 90% 이상 상동성을 가지면서 동일한 기능을 유지하는 변이체의 대한 예시 등 상동성의 한계를 90%로 설정한 근거를 밝히고 있지 아니할 뿐 아니라 심지어 '90% 이상의 상동성'이란 기재조차 찾을 수 없으므로, 결국 이 사건 제1 내지 4항 출원발명은 청구항이 명확하게 기재된 것으로 볼 수 없고, 아울러 상세한 설명에 의하여 뒷받침되지도 아니하였다 할 것이다.
(3) 원고의 주장에 대한 판단
원고는 이 사건 제1 내지 4항 발명이 제1도에 기재된 뉴클레오티드 번호 928 내지 2273(1346개) 또는 928 내지 1569(642개)의 염기서열과 90% 이상의 상동성을 가지더라도 웅성－번식불능성이라는 기능을 갖지 않는 경우 청구대상에서 제외되는 것이고, '90% 이상의 상동성을 갖는 서열'이란 위 1346개 또는 642개의 뉴클레오티드 중 90%인 1211개 또는 578개 이상이 동일하다는 의미로서 당업자에게 명확하게 이해될 수 있는 것이므로 그 청구하는 바가 불명확하지 않다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 상동성을 갖는 유전자 서열이란 변이체와 융합유전자 등을 포괄하는 것으로서 위 1346개 또는 642개의 뉴클레오티드와 90% 상동성을 갖는 서열의 조합은 매우 많을 것임에도 이들 조합 중 어느 경우에 웅성－번식불능성이란 기능을 갖는지 알 수 있는 대표적인 변이체에 관한 기재조차 없이 당업자가 이 사건 제1 내지 4항 발명이 청구하고자 하는 바를 명확히 이해하거나 반복, 실시하기는 어렵다 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
원고는, 예컨대 이 사건 제1항 발명 제1도의 뉴클레오티드 번호 928∼2273 (1346개)의 서열과 '90% 이상의 상동성을 갖는 서열'에서, 1346개의 뉴클레오티드의 어느 것에도 돌연변이에 의한 서열변화가 일어날 수 있는 것이므로, 이들 모두에 대하여 실험을 거쳐 서열변화가 일어나는 부분을 구별하여 상세한 설명에 기재하도록 요구하는 것은 부당하다고 주장하나, 명세서상 위 1346개에 이르는 뉴클레오티드와 90% 상동성을 가지면서 웅성－번식불능성을 갖는 모든 실시례의 기재가 요구되는 것은 아니나 적어도 이 사건 발명에서 특정한 90% 상동성의 임계적 의미를 충족하는 대표적인 변이체의 예는 요구된다 할 것이므로 원고의 위 주장 역시 이유 없다.
원고는, 미국, 일본 등에서 이 사건 출원발명의 특허청구범위보다 더 넓은 특허청구범위의 출원이 등록을 받은 바 있으므로 이 사건 출원발명 역시 등록되어야 한다고 주장하나, 특허의 부여 여부는 법제와 관습을 달리하는 외국의 심사례에 구애받을 것이 아닐 뿐 아니라, 미국 및 일본의 대응특허(갑 제7호증 및 을 제4호증)에 의하더라도, 대응특허들은 이 사건 제1 내지 4항 발명의 "위 DNA 서열과 90% 이상의 상동성을 갖는 유전자"라는 표현 대신에 "위 DNA 서열과 동일한 단백질 번역생성물을 암호화(encoding)하는 DNA 서열"을 청구하고 있음을 알 수 있고, 이는 동일한 아미노산 서열을 갖는 동일한 단백질만을 생성하는 DNA 서열을 청구하고 있는 것으로서, 이 사건 제1 내지 4항 발명과 달리 그 청구하고 있는 바가 스스로 명확한 바, 원고의 위 주장역시 이유 없다.
나. 소결론
따라서 이 사건 제1 내지 4항 발명은 청구범위의 기재가 불명확할 뿐 아니라, 발명의 상세한 설명에 의해 뒷받침되지 아니하여 특허법 제42조 제4항에 의하여 특허등록받을 수 없는 것이므로 위와 같은 원사정의 결론을 유지한 이 사건 심결은 정당하다.
4. 결 론
그렇다면 이 사건 심결의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김치중(재판장) 최정열 조영선