【원고,피상고인】
농업협동조합중앙회
【피고,상고인】
개포세무서장 (소송대리인 변호사 조헌발)
【원심판결】
서울고법 1996. 8. 29. 선고 96구2011 판결
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이유】
상고이유를 본다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 같은법시행령 제38조 제1항 제5호에 의한 정부업무대행단체인 원고 법인이 그 고유목적 사업으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 종래 부가가치세가 면제되어 왔으나 1993. 12. 31. 같은법시행규칙 제11조의5가 개정되면서 그 중 시(市) 이상의 지역에서 영위하는 소매업이 부가가치세의 과세대상으로 전환되자 원고가 관계 규정에 따라 1994. 7. 25. 같은 달 1. 현재의 재고품 가격을 금 275,523,979원으로 하여 피고에게 재고품신고서를 제출한 데 이어 1995. 1. 25. 전년도 제2기분(1994. 7. 1.­1994. 12. 31.)에 관하여 기간내 총매출세액을 금 126,847,550원으로, 총매입세액을 금 127,645,007원으로, 그 차액 금 797,457원과 위 재고품의 매입세액 금 27,552,400원의 합계 금 28,349,857원을 환급세액으로 한 부가가치세의 확정신고를 하였는바, 피고는 위 기간내 납부할 세액에서 공제받지 못하거나 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액은 이를 환급받을 수 없다는 이유를 들어 부가가치세의 신고납부불성실가산세 금 2,755,240원을 부과결정한 후 거기서 피고가 환급하여야 할 위 금 797,457원을 공제하여 1995. 4. 16. 원고에게 나머지 금 1,957,780원(2,755,240원­797,457원)을 납부고지한 사실을 각 인정한 다음, 이 사건의 원고와 같이 비록 일반 과세자로서 사업자등록을 하지 아니하였다고 하더라도 매입세액의 근거가 분명한 사업자의 매입세액은 법 제17조 제2항 제5호에서 예정하고 있는 매입세액을 공제하지 아니하는 경우에 해당하지 아니한다는 전제 아래 원고가 한 재고매입세액의 환급신청에 대하여 피고가 위와 같은 가산세를 부과한 것은 위법하다고 판단하였다.
2. 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 당해 과세기간 내에 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되 이 경우 매출세액을 초과하는 매입세액은 이를 환급받을 세액으로 하는 것이므로( 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항), 납부세액의 계산시 매입세액은 실제의 거래시기와 과세기간을 달리하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음이 원칙이라 할 것이나, 같은법시행규칙(1993. 12. 31. 재무부령 제1957호) 제11조의5의 개정으로 1994. 7. 1. 면세사업자에서 과세사업자로 전환되는 경우로서, 사업자가 당해 사업과 관련하여 취득한, 같은 날 현재 잔존하는 상품 등 재고품에 대한 매입세액의 공제를 받고자 그 부칙 제6조 제1항에 따라 같은 해 7. 25.까지 그 취지를 소관 세무서장에게 신고한 때에는, 예외적으로 같은 조 제2항에 따라 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 같은 해 7. 1. 이후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 이를 공제할 수 있다 고 할 것이다. 다만 여기서 "납부할 세액에서 공제한다"는 것은, 재고매입세액 공제 관련 규정의 내용에 비추어, 위 기간 동안의 거래에 대하여 납부할 세액이 있는 경우에 그 범위 내에서 이를 공제할 수 있다는 것을 뜻할 뿐, 납부할 세액이 없는 경우에도 통상의 매입세액과 같이 '매출세액'에서 이를 공제처리하여 그 결과 재고매입세액이 매출세액을 초과한다는 이유로 그 초과분을 피고가 사업자에게 환급하여야 하는 것은 아니라고 할 것이다.
그럼에도 불구하고, 원심이 이와 견해를 달리하여 같은 기간 동안의 거래에 대한 납부할 세액이 없는 경우에도 원칙적인 경우와 마찬가지로 납부할 세액을 초과하는 매입세액을 환급받을 수 있다는 취지로 판단한 것은 위와 같은 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저질렀다고 아니할 수 없다. 이 점을 지적하는 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 이돈희(재판장) 정귀호(주심) 이임수