【원고,피상고인】
합자회사 철원건설
【피고,상고인】
의정부세무서장
【원심판결】
서울고법 1999. 12. 16. 선고 99누6929 판결
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이유】
원심판결 이유에 의하면, 원심은, 소외 철원군에서는 1996년 7월 하순경 철원군 일대에 내린 집중호우로 농경지 유실 등의 피해가 발생하자 국고보조금을 사용하여 이를 복구하는 사업을 시행하기로 하면서, 사업의 효과적인 수행을 위하여 마을별로 농경지복구추진위원회를 일시적으로 구성하여 그 복구사업을 수행하도록 한 사실, 그에 따라 공사업자인 원고는 1996년 11월 하순경 강원 철원군 (주소 생략) 등에 거주하는 주민들의 대표들로 구성된 농경지복구추진위원회와 그 피해복구를 위한 공사도급계약을 체결하고, 1997. 5. 20.까지 모든 공사를 완료한 다음 위 추진위원회 위원장들로부터 총 공사대금 1,589,621,000원을 지급받은 사실, 위 대금은 그 전액이 국고보조금에서 나온 것으로 해당 읍·면장으로부터 해당 농경지복구추진위원회를 거쳐 원고에게 지급된 사실, 원고는 1997년 제1기 부가가치세 과세표준과 세액을 신고·납부함에 있어, 위 공사대금을 부가가치세 과세표준에서 제외하였는데, 피고는 위 공사대금은 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당되지 않는다는 이유로 1998. 1. 16. 이를 과세표준에 포함시켜 산정한 세액을 부과한 사실을 인정한 다음, 국고보조금이 국가 또는 그 지급사무를 위탁받은 지방자치단체로부터 공사업자에게 직접 지급되지 아니하고 형식상 그 국고보조금으로 수행되는 사업의 효과적 수행을 위해 일시적으로 구성된 농경지복구추진위원회를 거쳐 공사업자인 원고에게 교부되었다고 하더라도 이는 국고보조금으로 수행되는 복구사업을 추진한 철원군이 실질적으로 원고에게 직접 지급한 것과 같다 할 것이므로 원고가 수령한 위 농경지복구공사의 대금은 부가가치세법에 규정된 과세표준에 산입하지 아니하는 국고보조금에 해당한다고 봄이 상당하고, 따라서 이를 과세표준에 산입하여서 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다고 판단하였다.
부가가치세법 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는바, 위 규정은 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것으로 해석된다.
이 사건에서 보면, 원고는 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업(수해복구사업)의 수행자인 농경지복구추진위원회로부터 농경지복구공사를 도급받아 공사용역을 제공하고 그 대가를 지급받은 자에 불과하므로, 원고가 받은 위 대금이 국고보조금으로 마련된 자금에서 지급된 것이라는 이유만으로 그 금액을 원고의 용역 제공에 따른 부가가치세 과세표준에서 제외할 수는 없다 할 것이다.
그럼에도 원심이 이 사건 공사대금은 국고보조금으로 지급된 것으로서 실질적으로 철원군이 직접 원고에게 지급된 것과 마찬가지라는 이유로 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다고 판단하였으니, 원심판결에는 부가가치세 과세표준의 제외대상인 국고보조금에 관한 법리오해로 인하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유가 있다.
그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 박재윤(재판장) 서성 유지담(주심) 배기원