【원 고】
지에스칼텍스 주식회사 (소송대리인 법무법인 (유) 태평양 담당변호사 유철형)
【피 고】
역삼세무서장
【변론종결】
2008. 6. 24.
【주 문】
1. 피고가 2006. 5. 19. 원고에 대하여 한 15,311,945,550원의 환급가산금 부과처분 중 15,173,801,727원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【청구취지】
피고가 2006. 5. 19. 원고에 대하여 한 15,311,945,550원의 환급가산금 부과처분을 취소한다.
【이 유】
1. 부과처분의 경위
가. 원고는 1967. 5. 19. 설립되어 원유, 천연가스, 엘피지를 포함한 석유 및 석유화학제품의 제조, 수출입업 등을 영위하는 비상장법인으로서 1990. 10.경 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2의 규정에 따라 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시하였고, 재평가차액(이하 ‘이 사건 재평가차액’이라 한다) 및 재평가세액을 계산하여 자산재평가세로 1990. 12. 28. 6,300,000,000원, 1991. 11. 29. 6,213,027,680원 등 합계 12,513,027,680원(이하 ‘이 사건 재평가세’라 한다)을 신고·납부(이하 ‘이 사건 재평가세 부과’라 한다)하는 한편, 구 법인세법(1993. 6. 11. 법률 4561호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항 제5호에 의하여 이 사건 재평가차액을 익금에 산입하지 아니하였다.
나. 그런데 원고는 [별지 2] 관계 법령에서 보는 바와 같이 기업공개시 재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령 등 관련 법령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었음에도 불구하고, 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하기 어려운 사정이 발생하자 2003. 12. 30. 위 자산재평가를 취소하였다(이하 ‘이 사건 재평가취소’라 한다).
다. 피고는 2004. 4. 16. 원고에 대하여 조세감면규제법 부칙(제4285호, 1990. 12. 31.) 제23조 제2항의 규정에 따라 이 사건 재평가취소로 인하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고·납부하게 됨에 따라 이 사건 재평가세 부과를 직권취소하면서 원고가 납부한 이 사건 재평가세액에 해당하는 국세환급금(12,513,027,680원)과 이 사건 자산재평가세의 납부일 다음날부터 기산하여 환급결정일인 2004. 4. 29.까지의 기간에 해당하는 환급가산금 15,355,490,890원을 위 국세환급금에 가산하여 지급하였고, 이 사건 재평가차액을 법인세법상 임의평가차익으로 본 다음 원고의 1990~1999 사업연도의 익금에 산입하여 1990~1999 사업연도 법인세 등 156,843,073,190원을 경정고지하였다.
라. 원고는 2004. 7. 9. 국세심판원에 피고의 위 2004. 4. 16.자 법인세 등 경정처분의 취소를 구하는 국세심판을 제기하였는데 이에 대하여 국세심판원은 2005. 5. 10. 이 사건 가산세 부분을 취소하는 결정을 하였다.
마. 그런데 그 후 재정경제부는 2006. 3. 22. 재정경제부 예규 조세정책과-363호로써 자산재평가세 납부일 다음날부터 상장기한인 2003. 12. 31.이 속하는 법인세 납부시한인 2004. 3. 31.까지의 기간에 해당하는 환급가산금(2004. 4. 1.부터 2004. 4. 29.까지 기간에 해당하는 43,545,336원을 제외한 15,311,945,554원)은 전액 환수되어야 한다는 견해를 표명하였고, 이에 따라 피고는 2006. 5. 19. 원고에게 이 사건 환급가산금을 징수하기 위하여 15,355,490,890원 중 15,311,945,550원(이하 ‘이 사건 환급가산금’이라 한다)을 납부·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 갑 6호증의 1, 2, 을 1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
가. 당사자의 주장
(1) 원고
(가) 이 사건 재평가취소로 인하여 발생한 이 사건 재평가세액의 환급은 국세기본법 제52조 제1호의 규정(납부 후 그 납부의 기초가 된 신고의 취소)에 따른 것이므로, 이 사건 환급가산금의 기산일은 납부일 다음날이 되어야 한다.
(나) 이 사건은 법률개정으로 인한 국세환급금에 해당하지 않아 국세기본법 제52조 제5호가 적용될 사안이 아니고, 자산재평가세 환급가산금과 법인세 가산세는 법적인 성격과 부과근거가 전혀 다른 것이므로 법인세 가산세를 징수하지 못하였다는 이유로 이 사건 환급가산금의 기산일을 납부일 다음날부터 기산하지 아니하는 것은 부당하다.
(다) 따라서 어느 모로 보나 이 사건 환급가산금의 기산일은 이 사건 재평가세의 납부일 다음날로 보아야 함에도 불구하고, 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.
(2) 피고
(가) 이 사건 재평가세의 부과는 적법하므로 국세기본법 제52조 제1호가 적용될 수 없고, 피고가 이 사건 재평가세 부과를 직권취소한 것은 적법하게 납부된 후 자산재평가특례를 규정한 조세감면규제법 등 관계 법령의 개정에 기인한 것이므로 위 국세환급금은 국세기본법 제52조 제5호에 해당한다.
(나) 이 사건 재평가취소라는 사실이 발생할 때까지 피고가 이 사건 재평가세액을 보유한 것은 법률상 원인이 없다고 볼 수 없으므로, 이 사건 재평가세의 납부일 다음날부터 기산한 환급가산금을 가산하여 지급할 수는 없다.
(다) 동일한 자산재평가차액에 대하여 감면된 법인세 등을 과세하면서 납부한 재평가세액을 환급하는 경우 법인세 등과 재평가세는 서로 밀접한 관련이 있으므로, 2003. 12. 31.이 속하는 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한까지 미납부 가산세 등을 징수할 수 없다면, 동일한 자산재평가차익에 대하여 이미 납부한 재평가세액을 환급함에 있어서는 법인세 등 가산세를 징수하지 아니한 기간에 해당하는 환급가산금을 가산하지 않는 것이 당연하다.
(라) 따라서 이 사건 재평가세 납부일 다음날을 기산일로 하여 잘못 환급된 이 사건 환급가산금을 반환받기 위하여 한 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다.
나. 관계 법령
[별지 2] 기재와 같다.
다. 판 단
(1) 2003. 12. 30.까지 이 사건 재평가세액의 보유에 관하여
(가) 국세환급금이란 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고, 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 ‘부당이득’에 해당하는 것으로서, 환급금에 국세기본법 제52조에서 정한 기간 동안의 소정의 비율을 곱하여 산정되는 환급가산금은 부당이득에 대한 이자라고 할 것이므로, 환급가산금은 환급금과 별개의 독립한 것이 아니라 환급금 채권·채무에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있다고 할 것이다( 대법원 2002. 1. 11. 선고 2001다60767 판결 등 참조).
한편, 국세기본법 제51조 제1항, 제52조 및 같은 법 시행령 제30조의 규정에 의하면, 세무서장은 납세의무자가 국세, 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 오납액, 초과납부액 또는 환급세액이 있는 때에는 즉시 이를 국세환급금으로 결정하여야 하고, 아울러 법정기산일과 이율에 따른 국세환급가산금을 결정하여 국세환급금을 충당 또는 환급할 때에 이에 가산하도록 되어 있다. 위에서 오납액이라 함은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고(신고납세의 경우) 또는 부과처분(부과과세의 경우)이 부존재하거나 당연무효임에도 불구하고, 납부 또는 징수된 세액을 말하고, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하며, 환급세액은 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별세법에서 환부하기로 정한 세액을 말하므로, 오납액과 초과납부액 및 환급세액은 모두 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고, 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당한다. 그러므로 이러한 부당이득의 반환을 구하는 납세의무자의 국세환급청구권은 오납액의 경우에는 처음부터 법률상 원인이 없으므로 납부 또는 징수시에 이미 확정되어 있고, 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정되며, 환급세액의 경우에는 각 개별 세법에서 규정한 환급요건에 따라 확정되는 것이다. 그리고 환급가산금은 위 각 국세환급금이 확정되면 그 환급금액에 대하여 국세기본법 제52조 및 같은 법 시행령 제30조 제2항에서 정한 기산일과 이율에 따라 당연히 확정된다고 할 것이다( 대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 참조).
(나) 이 사건에 있어서, ① 자산재평가법에 의한 이 사건 재평가세부과처분은 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문의 규정에 근거한 것으로서 적법한 부과였으나 다만, 원고가 이 사건 재평가취소를 함으로써 부칙 제23조 제2항에 따라 법인세 등을 신고·납부하게 되었던바, 이로써 재평가세액의 환급문제가 발생함은 별론으로 하고 종전의 재평가세 부과가 소급적으로 위법하게 되는 법률효과가 발생된다고 볼 수는 없다. ② 또한, 이 사건 재평가취소를 해제조건이라고 볼 때 해제조건이 성취됨으로써 조세채권·채무관계는 ‘그 때부터’ 효력을 상실하게 되므로( 민법 제147조 제2항 참조), 피고가 이 사건 재평가세의 납부일 다음날부터 2003. 12. 30.까지 법률상 원인 없이 재평가세액을 보유하였다고 볼 수는 없고 다만, 해제조건의 성취시부터 법률상 원인이 없게 되는 것에 불과하다. 그러므로 이 사건 재평가취소라는 해제조건의 성취로 인하여 이 사건 재평가세 부과가 그 납부 당시로 소급하여 위법하게 된다고 볼 수도 없다. ③ 나아가, 국세기본법 제52조 제1호에서 정한 ‘착오납부·이중 납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금’은 국세기본법 제51조 제1항에서 정한 ‘과오납금에 의한 환급금’의 종류 내지 유형이라고 할 것인데, ‘납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소’하는 경우는 문언상 ‘착오 납부·이중 납부’에 준하는 경우로 볼 수 있고, 국세기본법 제52조 제5호에서는 ‘적법하게 납부된’이라고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, ‘납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소’하는 경우라 함은 납부 당시 위법사유가 존재하여 쟁송 등에 의하거나 과세관청이 직권취소하는 경우에 한하는 것으로 해석함이 타당하다고 할 것이다. 그런데 이 사건 재평가세 부과는 당초부터 위법하다거나 소급하여 위법하게 된다고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같다.
(다) 결국, 피고가 2003. 12. 30.까지 보유한 이 사건 재평가세액은 ‘과오납부하거나 초과납부한 금액’에 해당하지 아니할 뿐 아니라 2003. 12. 30.까지는 ‘세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액’이 발생하였다고 할 수도 없으므로, 2003. 12. 30.까지 이 사건 재평가세액을 보유한 것에 관하여는 국세기본법 제51조 및 제52조에 규정된 국세환급금 및 국세환급가산금에 관한 법리가 적용될 수 없다고 할 것이다(부당이득이 성립하지 않는다면 당연히 부당이득에 대한 이자인 환급가산금이 발생한다고 볼 수 없다). 따라서 이와 달리 2003. 12. 30.까지의 기간 동안에도 국세기본법 제51조, 제52조 제1호가 적용됨을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.
(라) 그리고 이와 같이 피고가 환급가산금의 기산일을 납부일 다음날부터 기산하지 아니한 것은 납부일 다음날부터 2003. 12. 30.까지는 부당이득이 성립하지 않기 때문이지 법인세 가산세를 징수하지 못하였기 때문은 아니라 할 것이다. 따라서 자산재평가세 환급가산금은 법인세 가산세와 법적인 성격과 부과근거가 전혀 다른 것임은 당연하지만 피고가 법인세 가산세를 징수하지 못하였다는 이유만으로 환급가산금의 기산일을 납부일 다음날부터 기산하지 아니한 것이 아닌 이상 이를 전제로 하는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.
(2) 2003. 12. 31. 이후 이 사건 재평가세액의 보유에 관하여
(가) 한편, 2003. 12. 31. 이후 피고가 보유한 이 사건 재평가세액은 ‘적법하게 납부되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 세법에서 환부하기로 정한 세액으로서, 당초 존재하던 조세채무가 그 후 소멸되었음에도 불구하고, 국가가 법률상 원인 없이 보유하고 있는 부당이득’에 해당하므로, 조세감면규제법 제56조의2, 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 부칙 제23조 제2항, 같은 법 시행령 제138조 등에 의하여 ‘세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때’에 해당하여 부당이득에 대한 법정이자인 환급가산금이 발생한다고 할 것이다.
(나) 피고는 그 기산일에 대하여 국세기본법 제52조 제5호가 적용되어야 한다고 주장하나, 피고가 이 사건 재평가세액을 환급한 것은 이 사건 재평가취소라는 사실의 발생에 기인한 것이지 법률의 개정에 기인한 것이 아니므로, 이 사건에 국세기본법 제52조 제5호에서 정한 “……법률의 개정으로 인한 국세환급금……”에 관한 국세환급가산금의 기산일이 직접 적용된다고 볼 수는 없다.
다만, 국세기본법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급가산금 결정에 의하여 비로소 그 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로( 대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결참조), 이 사건과 같이 종국적으로 주식상장기한을 연장하는 법령의 개정과 이 사건 재평가취소로 인하여 환급가산금이 발생한 경우에는 국세기본법 제52조 제5호를 유추적용하여 사유발생일 다음날인 ‘2003. 12. 31.’을 그 환급가산금의 기산일로 함이 상당하다고 할 것이다.
(3) 소 결
위와 같은 법리 및 사실관계에 기하여 이 사건 환급가산금 중 피고가 보유할 정당한 권한이 있는 금액은 [별지 1] 기재와 같이 15,173,801,727원(15,311,945,550원-138,143,823원)이므로, 이 사건 부과처분 중 15,173,801,727원 부분은 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하다.
3. 결 론
그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 받아들이고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[[별 지 2] 관계 법령 : (생략)]
판사 김의환(재판장) 염우영 이은상