【원 고】
재단법인 천주교성가회유지재단
【피 고】
성북세무서장
【주 문】
1. 피고가 1989.7.18. 원고에 대하여 한 1989년 7월 수시분 법인세 금 386,871,570원 및 그 방위세 금 59,883,370원의 부과처분 중 법인세 금 91,280,938원 및 그 방위세 금 14,129,264원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 4분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【청구취지】
피고가 1989.7.18. 원고에 대하여 한 1989년 7월 수시분 법인세 금 386,871,080원 및 그 방위세 금 59,883,370원의 부과처분 중 법인세 금 1,258,080원 및 방위세 금 14,129,260원을 초과하는 부분을 취소한다.
소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결.
【이 유】
각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(납입고지서), 갑 제2호증, 갑 제3호증의 2(각 결정서), 갑 제3호증의 1(결정통지), 갑 제4호증(법인등기부등본), 갑 제5호증의 1내지3, 갑 제6호증(각 부동산 등기부등본), 을 제1, 2호증의 각 1(각 세액결정서), 2(각 세액계산서), 3(각 가산세액계산서), 4(각 특별부가세세액계산서), 5(각 과세표준세액계산내용)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 천주교 성가회에서 설립운영하는 전도, 교육, 자선기관 등의 사업을 위하여 필요한 토지와 건물 등 자산을 소유관리하고 공급하는 한편, 이를 위하여 중.고등학교, 병원, 보육원, 양로원 등을 유지경영함을 목적으로 하여 설립된 비영리종교법인으로서, 그 활동을 위하여 1967.2.8. 부천시 소사동 5 대 1,057.9평방미터, 같은 동 5의1 대 2,228.6평방미터, 같은 동 5의12 대 1,683.2평방미터(이하, 이 사건 소사동 토지라고 한다)를 소외 유금지 등으로부터 증여받고, 또한 1977.10.12. 서울 성북구 하월곡동 88의499 대 162평방미터(이하, 이 사건 하월곡동 토지라고 한다)를 액수불명 대금에 매수하여 각 소유하고 있다가 위 소사동 토지는 1987.10.24. 소외 삼양건설산업주식회사에게 금 1,000,000,000원의 공사비채무에 대한 대물변제로서, 위 하월곡동 토지는 1987.9.3. 소외 김영웅에게 금 51,450,000원에 매도함으로써 각 이를 양도하였으나 위 양도에 따른 법인세(특별부가세, 이하 법인세라고만 한다)와 그 방위세의 과세표준 및 세액확정신고를 하지 아니한 사실, 그리하여 피고는 위 각 토지의 양도사실에 대하여 1989.7.18. 법인세법(개정 전의 1985.12.23.법률 제3794호) 제59조의2 제3항 단서, 동법시행령 제124조의2 제6항, 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 다목, 제170조 제1항 단서의 각 규정에 의하여 각 토지의 양도가액은 실지거래액을 확인할 수 있으므로 실지거래가액에 의하여 취득가액은 불분명하므로 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항의 규정에 의한 환산가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 한다고 보고 위와 같은 방법으로 양도차익을 계산하여 당초 원고에게 1987년도 7월 수시분 특별부가세 금 389,281,980원과 그 방위세 금 60,256,480원의 부과처분을 하였으나, 그 직후 위 각 토지의 면적계산에 있어 약간의 오류가 있음을 발견하고 다시 별지세액계산표 피고결정세액란 제(9)항 및 제(14)항 기재와 같이 이 사건 소사동 토지의 양도에 대한 법인세 및 그 방위세를 각각 금 380,256,362원 및 금 58,859,418원으로, 이 사건 하월곡동 토지의 양도에 대한 특별부가세 및 그 방위세를 각각 금 6,615,214원 및 금 1,023,960원으로 각 경정하여 최종적으로 위 각 토지의 양도로 인한 세액을 법인세 금 386,871,570원 및 그 방위세 금 59,883,370원으로 각 확정하였던 사실을 인정할 수 있고 그 밖에 달리 반증이 없다.
먼저 본안에 앞서 피고는, 원고가 이 사건 하월곡동 토지의 양도로 인한 과세처분에 대하여는 행정소송법 제2조 제1항 소정의 전심절차를 거치지 아니하였으니 위 과세처분에 관한 이 사건 소는 부적법하다고 항변하므로 살피건대, 앞서 본 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 1989.7.21. 피고로부터 이 사건 소사동 및 하월곡동의 두 토지 양도로 인한 당초세액의 납부고지서(갑 제1호증)을 송달받고 이에 불복하여 제기한 심사청구 및 심판청구절차에서 그 청구원인으로 위 소사동 토지의 양도로 인한 과세처분에 관한 사유만을 주장하여 다투다가 이 사건 소송 도중 비로소 하월곡동 토지에 관한 과세처분도 그 세액계산이 잘못되었다고 주장하면서 이를 다투고 있는 사실을 일응 인정할 수 있으나, 한편 위 각 증거들에 위 갑 제1호증의 기재를 모아보면 피고는 1989.7.18. 원고에게 이 사건 과세처분을 고지하면서 위 두 토지의 양도로 인한 각 세액을 분리하지 아니하고 일괄하여 총세액을 기재한 납세고지서(갑 제1호증)를 발급 송달하였고 원고는 위 총세액에 대하여 모두 불복하면서 다만 소사동 토지에 관한 사유만을 전심절차에서 주장하다가 이 사건 소송절차에 이르러 하월곡동 토지에 관한 사유도 추가하여 주장하고 있는 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 이러한 사실관계하에서는 원고가 이 사건 전심절차에서 위 두 토지에 관한 총세액에 대하여 불복한 이상 비록 소송절차에 이르러 비로서 위 하월곡동 토지에 관한 새로운 주장을 추가하였다 하여 이 부분에 관한 전심절차를 거치지 않았다고는 볼 수 없으므로 피고의 위 항변은 이유없다 할 것이다.
다음 본안으로, 피고는 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 첫째 이 사건 소사동 토지는 그 양도 직전 원고법인이 운영하는 성가병원 등의 직원들을 위한 테니스코트 등 체육복지시설부지로 사용되던 토지이므로 이는 곧 위 법인세법 제59조의 제1항 제17호 소정의 종교법인이 그 고유목적에 직접사용하는 토지에 해당한다 할 것이어서 그 양도로 인한 소득에 대하여는 동법조항에 따라 법인세를 부과할 수 없고, 둘째 원고는 원래 답이었던 위 소사동 토지를 앞서 본 바와 같이 증여받은 이래 그때부터 1983년경까지 사이에는 원고법인소속의 수녀들로 하여금 위 토지에 벼를 심어 수확하게 하는 등 이를 경작에 제공하여 왔고 그 후에도 위 양도시까지 위 토지일부에 무, 배추 등 야채를 재배하여 왔으므로 위 법인세법 제53조의2 제1항 제4호의 규정에 따라 위 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 과세할 수 없으며, 셋째 가사 이 사건 각 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 과세함이 적법하다 하더라도 그 양도차익을 산정함에 있어서는 위 각 토지의 취득가액이 불분명하므로 취득 및 양도가액 모두를 기준시가에 의하여 계산하여야 할 것임에도 불구하고, 피고가 그 실지 양도가액이 확인되었다는 이유로 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항의 규정에 의한 환산가액으로 각 계산하여 이 사건 과세처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.
그러므로 먼저 원고의 위 첫째주장에 관하여 살피건대, 위 법인세법 제59조의3 제1항은 다음 각호의 소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다라고 규정하는 한편, 그 각호 중 제17호에서 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유의 목적에 직접사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득을 들고 있으므로 과연 위 토지가 위 법조 소정의 원고법인의 고유목적에 직접사용되던 토지에 해당하는가 하는 점에 관하여 보건대, 앞서 본 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1 내지 3, 성립에 다툼이 없는 을 제3호증(조사복명서), 을 제4호증(감정평가서),을 제5호증의 1(제증빙서류요구공문), 2(답변문)의 각 기재 (다만 위 갑 제5호증의 2는 그 중 뒤에서 믿지 않는 부분 제외) 및 증인 강한영, 노희원의 각 증언(다만 뒤에서 믿지 않는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 앞서 본 바와 같은 설립목적하에 천주교의 보급 기타 교화활동을 하여 오던 중, 이 사건 소사동 토지를 취득하여 1983년경 인근 부천시 소사동 2 지상에 카톨릭의과대학부속 성가병원을 신축하면서부터 위 토지의 일부에 테니스코트와 배구코트 등을 설치하여 위 병원에서 근무하는 수녀들의 체육복지시설로 이를 사용하는 한편, 나머지 부분은 나대지 상태로 방치하여 오다가 위 병원신축공사비채무에 대한 대물변제로서 소외 삼양건설산업주식회사에 위 토지를 양도한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 위 을 제5호증의 2의 일부 기재와 위 증인들의 각 일부 증언은 모두 이를 믿지 아니하고 그 밖에 달리 반증이 없는바, 위 인정사실에 의하면 원고는 위 토지를 비록 비영리법인이라 할지라도 그 소득에 대하여 법인세의 과세대상이 되는 위 위 법인세법 제1조 제1항 제2호 소정의 의료업에 종사하는 직원들의 복지시설에 제공하거나 나대지 상태로 방치한 것이므로 이를 원고법인의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화활동에 직접 사용된 토지로 보기는 어렵다 할 것이어서 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 그 이유가 없다.
다음으로 원고의 위 둘째주장에 관하여 살피건대, 위 법인세법 제59조의3 제1항에 의하여 비과세되는 소득으로 동법조항 제4호에서 양도할 때까지 8년 이상 계속하여 당해 법인이 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득을 들고 있는바, 위 규정은 육농정책의 일환으로서 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주자는 데 그 취지가 있다 할 것이므로 어떠한 토지의 양도가 위 법조 소정의 비과세대상이 되기 위하여는 당해 토지가 양도일 현재 실제로 경작에 사용되는 토지로서 자경하는 경우라야 한다고 해석함이 상당하다 할 것이니, 그러므로 먼저 원고법인이 위 소사동 토지를 그 양도일 현재까지 자경하고 있었는가 하는 점에 관하여 보건대, 당원이 믿지 아니하여 배척하고 있는 위 증인들의 각 일부 증언을 제외하고는 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없는 반면, 위 토지의 양도일 훨씬 전인 1983년경부터 위 토지에는 테니스코트 등이 설치되어 그 양도 당시까지 위 성가병원 직원들의 체육시설로 사용되거나 나대지 상태로 방치되어 온 사실이 인정됨은 앞서 본 바와 같으므로 원고의 위 주장 역시 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유없음에 돌아간다.
마지막으로 원고의 위 셋째주장에 관하여 살피건대, 위 법인세법 제59조의2 제3항은 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각 양도가액과 취득가액으로 하도록 규정하는 한편, 동법부칙 제13조에서 1974.12.31.이전에 취득한 토지는 1975.1.1.에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 이에 근거한 동법시행령 제124조의2 제6항은 법 제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있는바, 위 법인세법 제59조의2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라, 형평상 위 두 가액 중 어느 한쪽만 이 불분명한 경우도 포함된다고 해석함이 상당하다 할 것이므로 그러한 경우 위 두 가액을 모두 위 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 가목 또는 나목 소정의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 동령조항 다목에 따라 동령 제170조 제1항 단서를 준용하여 실지거래가액이 밝혀지는 쪽의 가액은 위 가액에 의하여 실지거래가액이 불분명한 쪽의 가액은 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항에 따라 환산한 가액에 의하는 것은 조세법률주의의 원칙상 허용되지 아니한다고 보아야 할 것이므로( 대법원 1989.4.11.선고 88누6399 판결 참조), 이 사건 각 토지의 양도당시의 실지거래가액은 확인되나 취득 당시의 그것은 불분명한 이 사건에 있어서, 피고가 앞서 본 바와 같이 위 각 토지의 양도가액은 실지거래가액에 의하고 취득가액은 위 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항의 환산가액에 의하여 양도차익을 계산한 다음 이를 기초로 하여 산정된 법인세 및 그 방위세를 원고에게 부과한 이 사건 과세처분은 결국 양도 및 취득가액 모두를 위 기준시가에 의하여 계산한 아래 세금을 초과하는 범위에서 위법하다고 하겠다.
그러므로 나아가 원고가 이 사건 각 토지의 양도로 인하여 부담하여야 할 법인세 및 그 방위세의 각 액수에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 소사동 토지를 1967.2.8.에, 하월곡동 토지를 1977.10.12.에 각 취득하여 각각 1987.10.24. 및 같은 해 9.3.에 각 양도한 사실은 앞서 본 바와 같고, 한편 위에 나온 을 제1, 2호증의 각 1 내지 5의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 위 각 토지들은 그 취득 당시에는 물론 양도 당시에도 국세청장이 고시한 특정지역에 위치하고 있지 아니한 토지들로서, 위 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 나목에 따른 취득당시의 기준시가(다만 소사동 토지는 위 법인세법부칙 제13조에 의하여 의제되는 1975.1.1. 당시의 기준시가임) 및 위 양도당시의 기준시가가 각각 별지세금계산표 당원인정세액란 제(2)항 및 제(1)항 기재 금액인 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없으므로 위 각 기준시가를 기초로 하여 위 법인세법의 각 해당법조에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 세액을 계산하면 위 세금계산표 당원인정세액란 제(9)항 및 제(14)항 기재와 같이 위 소사동 토지의 양도로 인한 법인세는 금 90,022,851원, 그 방위세는 금 13,934,527원이 되고, 위 하월곡동 토지의 양도로 인한 법인세는 금 1,258,087원, 그 방위세는 금 194,737원이 되어 결국 법인세 총액은 금 91,280,938원, 그 방위세 총액은 금 14,129,264원이 된다고 할 것이다.
그렇다면, 피고의 이 사건 과세처분 중 위에서 인정한 법인세와 그 방위세를 초과하는 부분은 그 취소를 면하지 못한다고 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고 그 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제89조, 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.
판사 최공웅(재판장) 나천수 여상규