【원고, 피상고인】
한국중공업주식회사 소송대리인 변호사 이승제
【피고, 상고인】
동마산세무서장
【원심판결】
대구고등법원 1987.2.27. 선고 86구154 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다.
【이 유】
상고이유를 본다.
원심판결이유에 의하면, 원심은 원고는 1983.10.10. 소외 금성전선주식회사에 원판시 대지 및 건물 등 영업일체를 포괄적으로 양도하고 그중 특별부가세의 과세대상이 되는 자산에 관하여 취득가액과 양도비용의 합계액이 양도가액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액만을 차감하고, 취득가액과 양도비용의 합계액은 양도가액을 초과하지 아니하나 물가상승율공제액까지를 합하면 양도가액을 초과하는 경우에는 물가상승율공제액을 전액 차감하는 방법으로 계산한 과세표준을 기초로 하여 특별부가세액을 산출하고 위 산출세액을 과세표준으로 하여 원판시 방위세를 신고 납부한 사실, 이에 피고는 법인세법시행령 제124조의 2 제1항(1983.7.1. 대통령령 제11157호로 개정된 것)에 의하여 물가상승율공제액은 당해자산의 양도가액에서 취득가액 및 양도비용을 차감한 금액을 한도로 하는 것으로 보고 이 사건 양도자산 중 취득가액과 양도비용의 합계액은 양도가액을 초과하지 아니하나 물가상승율공제액까지를 합하면 양도가액을 초과하는 원판시 별지 제2양도 차익계산표기재의 각 자산에 관하여는 그 초과금액을 다른 자산의 양도차익에서 차감하지 아니하고 계산한 과세표준을 기초로 하여 특별부가세액을 산출한 다음 구 조세감면법 제46조 제2항에 의하여 특별부가세는 면제하고 위 산출세액을 과세표준으로 한 원판시 이 사건 방위세를 추가로 경정결정하여 부과고지한 사실을 인정한 다음 법인세법 제59조의 2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 토지 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있고, 제3항은 그 양도차익의 계산방법에 관하여 규정하고 있을뿐 물가상승율에 의한 공제액에 관하여 당해자산의 양도가액에서 취득가액 및 양도비용을 차감한 금액을 한도로 한다는 제한규정을 두고 있지 않으며 법인세법시행령 제124조의 2 제1항 후단은 취득가액과 양도비용의 합계액이 양도가액을 초과하는 자산의 경우만을 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 법인세법시행령 제124조의 2 제1항 전단은 법인의 각 사업년도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 "양도차익"은 양도차익합계액에서 양도차손합계액을 차감한 금액으로 한다는 취지를 규정한 것이고 후단은 취득가액과 양도비용의 합계액만으로도 양도가액을 초과하는 경우에는 예외적으로 그 초과하는 금액만을 차감하고 물가상승율공제액을 차감하지 않는다는 취지를 규정한 것이라고 보아야 할 것이므로 위와 같이 취득가액과 양도비용의 합계액은 양도가액을 초과하지 아니하나 물가상승율공제액까지를 합하면 양도가액을 초과하는 자산의 경우 그 초과부분을 차감하지 아니한 과세표준을 기초로 하여 산출한 이 사건 과세처분은 위법한 것이라고 판시하고 있다.
그러나 법인세법 제59조의 2 제1항은 "특별부가세의 과세표준은 토지 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다" 고 규정하고 제3항 본문은 "제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 (1) 취득가액(제1호), (2) 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용( 제2호) (3) 취득가액에 대통령령이 정하는율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액( 제3호 다만, 미등기전매는 제외)을 제공한 금액으로 한다"고 규정하고 있으므로 특별부가세의 과세대상은 위 법 제59조의 2 제3항 본문의 계산방법에 의하여 양도차익이 있는 경우에 한정하고 양도차손이 있는 경우에는 특별부가세 과세대상에서 제외하고 있으며, 다만 법인세법시행령 제124조의 2 제1항에서 "법인이 각 사업년도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제59조의 2 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업년도에 양도한 자산별로 법 제59조의 2 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제59조의 2 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다"고 규정하므로써 2 이상의 자산을 양도한 경우에 특별부가세의 과세표준을 계산함에 있어서는 자산별로 양도차익을 합산한 금액으로 하되 양도자산 중 그 자산의 취득을 위하여 실지 지급한 금액 즉 취득가액 및 양도비용이 양도가액을 초과하여 손해가 생긴 경우에는 그 손해액만을 다른 자산에서 공제해 주겠다는 취지라고 해석하여야 할 것이다. 그러므로 원심이 확정한대로 원고가 양도한 자산중 원 판시 별지 제2기재 각 자산이 취득가액과 양도비용의 합계액은 양도가액을초과하지 아니하나 물가상승율 공제액까지를 합하면 양도가액을 초과하는 것이라면 그 초과부분을 다른 부동산의 양도차익에서 차감하지 아니한 채 특별부가세의 과세표준으로 계산하였다 하여 그것을 위법한 것이라고 할 수는 없을 것이다.
원심이 이와 견해를 달리하여 위 초과부분을 차감하지 아니한 특별부가세과세표준을 기초로 한 피고의 이 사건 과세처분은 위법한 것이라고 판단하였음은 위 법 제59조의 2 및 위 시행령 제124조의 2 제1항 규정에 관한 법리를 오해한 위법이 있는 것이라 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유있다.
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
대법관 윤관(재판장) 김덕주 배만운 안우만