【원 고】
한려개발주식회사
【피 고】
광화문세무서장
【주 문】
피고가 1988.5.14. 원고에 대하여 한 법인세분 방위세 금 67,659,340원의 부과처분은 이를 취소한다.
소송비용은 피고의 부담으로 한다.
【청구취지】
주문과 같다.
【이 유】
1. 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(납세고지서), 갑 제2호증(심사결정서), 갑 제3호증의 2(결정서), 갑 제4호증의 1(재개발사업시행인가), 2(인가증), 갑 제5호증(재개발사업시행인가), 갑 제6호증(준공검사필증교부), 갑 제7호증(관보), 갑 제8호증(재개발사업완료공고), 갑 제11호증의 4(법인세과세표준 및 세액신고서, 을 제4호증의 2 내지 8과 같다), 갑 제12호증(부동산매매계약서, 갑 제21호증과 같다), 갑 제13호증(회사등기부등본), 을 제1호증의 1(법인세과세표준금액 및 세액결정결의서), 2(법인세분방위세경정결의서), 3(특별부가세과세표준 및 세액계산서), 4(방위세과세표준 및 세액계산서), 5(조사서), 을 제2호증(건설공사도급계약서), 을 제3호증(등기부등본)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 관광숙박업, 여객정기항로사업, 봉제업, 부동산매매 및 임대업 등을 영위하는 법인으로서, 1983.9.13. 서울특별시로부터 서울 종로구 서린동 88일대 28필지 도합 3,015.8평방미터의 서린구역 제11지구에 대하여 대지면적 2,579.2평방미터 지상에 지하 5층 지상 20층의 연면적 28,115.26평방미터의 건물을 건축하는 도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가를 받고, 소외 삼환기업주식회사로 하여금 위 건물의 건축공사를 시공하도록 하여 위 건물이 완공되자 1986.11.13. 준공검사를 받은 다음 같은 해 12.27. 원고의 명의로 소유권보존등기를 경료한 사실, 그리고 원고는 위 건물준공전인 1986.4.9. 소외 한국개발리스주식회사에게 위 대지 2,579.2평방미터 중 2,579.2분의 1,130.86의 대지권과 위 건물 중 10층부터 19층까지 및 이에 수반되는 공유시설 등 건평 12,372,75평방미터(이하 이 부분을 이 사건부동산이라 한다)를 금 12,910,000,000원에 매도하였기에 같은 해 12.30. 위 부동산에 대하여 위 한국개발리스주식회사 명의로 소유권 이전등기를 경로하여준 사실, 그후 원고는 1987.3.30. 피고에게 1986년도(1986.1.1.-1986.12.31.) 법인세 및 특별부가세와 그 방위세를 별지세액산출내역표 원고신고란 기재와 같이 자진신고하고 그세액을 자진납부하였는데, 이때 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어 이 사건 부동산을 포함하여 당해 양도한 부동산 전부의 양도가액으로 실거래가액인 금 12,940,000,000원에서 당해 양도한 부동산 전부의 취득가액으로 실거래가액 금 9,626,038,401원에 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액이 이자인 금 601,416,422원을 합한 금 10,227,454,823원과 양도비용으로 이 사건 부동산을 제외한 나머지 부동산의 양도소득특별공제액 금 4,519,818원을 공제하고 금 2,708,025,359원(12,940,000,000원-10,227,454,823원-4,519,818원)을 그 특별부가세의 과세표준으로 신고하였고, 이에 따라 방위세의 과세표준으로 법인세산출세액 상당액인 금 53,625,584원과 특별 부가세산출세액 상당액인 금 677,006,339원을 합한 금 730,631,923원을 신고한 사실, 그런데 그후 피고가 국세청의 감사를 받으면서 이 사건 부동산은 원고의 사업용 고정자산이 아닌 매매용 재고자산이므로 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제하여야 할 취득가액에 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자인 위 금 601,416,422원을 포함시킨 것은 잘못이라는 지적을 받자 1988.5.14. 이 사건 부동산을 원고의 사업용 고정자산이 아닌 매매용 재고자산으로 보고 매매용 재고자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자는 법인세법 제59조의2 제3항, 동법시행령 제124조의2 제2항, 제33조 제1항에 의하여 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액에 포함되지 아니한다는 이유로 원고의 1986년도 특별부가세의 가세표준을, 위 양도가액 금 12,940,000,000원에서 취득가액으로 위 실지거래가액 금 0,626,038,401원(이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자인 위 금 601,416,422원을 제외함)과 양도비용으로 위 금 4,519,818원을 공제한금 3,309,441,781원(12,940,000,000원-9,626,038,401-4,519,818원)으로 하고, 이에 따라 방위세의 과세표준을 법인세산출세액상당액인 위 금 53,625,584원과 특별부가세산출세액 상당액인 금 827,360,445원을 합한 금 880,986,029원으로 하여 원고에게 별지 세액산출내역표 피고결정란 기재와 같이 법인세분 방위세 금 67,659,340원을 부과고지함으로써(특별부가세의 산출세액도 원고가 자진신고, 납부한 세액보다 증가되나 그 증가분 모두가 조세감면규제법 제58조에 의하여 면제되었다) 이 사건 과세처분에 이른 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
2. 피고는 위 처분사유와 관련법규를 들어 이 사건 과세처분은 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제하여야 할 취득가액에는 그 부동산이 사업용 고정자산이거나 판매용 재고자산이거나를 막론하고 그 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자가 포함되는 것이고 가사 그렇지 아니하다 하더라도 이 사건 부동산은 사업용 고정자산이므로 피고가 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자인 위 금 601,416,422원을 그 취득가액에 포함시키지 아니하고 한 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다.
그러므로 살피건대, 법인세법 제59조의2 제1항, 제3항, 동법시행령 제124조의 2 제2항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 하고 그 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 하며 그 취득가액은 동법시행령 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액, "건설자금에 충당한 금액의 이자"와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고 있어, 위 규정들은 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액에 포함되는 "건설자금에 충당한 금액의 이자"를 특별히 "법인의 사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자"로 제한하고 있지 아니하고 있고, 비록 법인세법 제16조 제11호, 동법시행령 제33조 제1항, 제2항이 법인의 고정자산건설자금에 소요된 차입금의 이자에 대하여 당해 사업년도의 손금으로 전액 산입되는 것을 부인하고 이를 자본적 지출로 하여 취득원가에 산입하여 감가상각의 방법으로 손금처리하도록 규정하고 있어 법인세의 과세표준계산에 있어서 고정자산에 대해서만 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 취득원가에 산입하도록 되어 있지만, 특별부가세는 토지등의 자산의 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세법의 일반 규정의 원리가 그대로 적용될 수는 없는 것이므로 위 규정들이 특별부가세의 과세표준(양도차익)의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 "건설자금에 충당한 금액의 이자"를 "사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자"로 축소해석할 근거는 되지 못한다 할 것이며, 오히려 사업용 고정자산의 양도의 경우에 있어서 법인세법시행령 제48조 제2항의 규정에 의한 취득가액과 동법시행령 제33조 제2항, 제1항에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자가 그 중 일부는 동법시행령 제12조 제2항 제5호 소정의 감각상각비로서, 나머지는 같은 제1호 소정의 양도당시의 장부가액으로서 이미 법인세의 과세표준계산에 있어서 전액 손금에 산입되었음에도 불구하고 동법시행령 제124조의2 제2항이 특별부가세의 과세표준의 계산에 있어서도 전액 양도가액에서 공제하도록 규정하고 있음에 비추어 보면 매매용 재고자산의 양도의 경우에도 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 과세표준계산에 있어서 양도가액에서 공제되어야 할 것인바, 피고는 앞서 본 바와 같이 원고의 1986년도 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 당해연도의 총 양도가액 금 12,940,000,000원에서 이 사건 부동산의 건설자금에 충당한 금액의 이자인 위 금 601,416,422원을 위 부동산이 판매용 재고자산이라는 이유로 공제하지 아니하고 계산한 뒤 이에 의하여 산출된 특별부가세산출세액을 방위세의 과세표준의 일부로 삼아 원고에게 별지 세액산출내역표 피고결정란 기재와 같이 법인세분 방위세 금 67,659,340원을 부과하는 이 사건 과세처분을 하였으므로 위 처분은 이 사건 부동산이 업무용 고정자산인지 또는 판매용 재고자산인지를 살펴 볼 필요 없이 위법하다 할 것이다.
그렇다면 피고의 이 사건 과세처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김종화(재판장) 김건흥 김택수