【원 고】
학교법인 남문학원
【피 고】
의정부세무서장
【주 문】
1. 피고가 1991.10.17.자로 원고에 대하여 한 법인세 금 34,374,030원 및 방위세 금 2,642,780원의 부과처분 중 법인세 금 17,895,300원을 넘는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 2분하여 그 1은 피고의, 그 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.
【청구취지】
피고가 1991.10.17. 원고에 대하여 한 법인세 금 34,374,030원 및 방위세 금 2,642,780원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】
1. 피고의 부과처분
원고는 학교법인으로서 그 소유의 수익용 기본재산인 경기 양주군 남면 신산리 285의 20 외 21필지를 타에 임대하여 1989.3.1.부터 1990.2.28.까지의 사업연도 동안 임대료 합계 금 6,425,000원 상당의 수입을 얻었으나 그 임대수입에 대하여 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하지 아니하였고, 1989.6.30. 위 토지를 금 48,632,994원에 양도하여 금 47,520,066원 상당의 양도차익을 얻었다고 하여 피고가 법인세법 제32조, 제9조의 규정에 의하여 위 임대료수입과 양도차익을 위 사업연도의 법인세 과세표준에 익금가산하여 법인세액을 산출하고, 한편 원고가 위 양도차익에 대한 법인세 특별부가세의 면제신청을 법인세 과세표준신고와 함께 소정기한 내에 제출하지 아니하였다는 이유로 법인세 특별부가세액을 산출하여 법인세액의 경정결정을 한 후, 피고가 1991.10.17. 원고에 대하여 법인세 합계 금 34,374,030원(특별부가세 금 17,839,020원 포함) 및 방위세 금 2,642,780원이 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
2. 법인세 중 특별부가세 부과처분에 관한 판단
원고는, 사립학교법 제10조에 의하여 설립된 학교법인으로서 원고의 수익용 기본재산인 위 토지의 양도금액 전액을 학교교사와 기숙사 등을 설립하는 데 지출하였을 뿐만 아니라, 1990.5.15. 특별부가세의 면제신청을 법인세 과세표준의 신고와 함께 제출하였으므로, 위 토지의 양도는 구 법인세법 제59조의 3 제2항 및 같은법시행령 제124조의 8 제4항의 규정에 의하여 특별부가세의 면제대상으로서 피고가 한 이 사건 법인세 특별부가세의 부과처분은 위법하다고 주장한다.
위 토지의 양도 당시에 시행되던 구 법인세법 제59조의 3 제2,3항 및 같은법시행령 제124조의 8 제4항의 규정(위 규정은 1989.12.30. 법률 제4165호로 개정된 조세감면규제법 부칙에 의하여 삭제되면서 조세감면규제법에 같은 취지의 규정으로 편입되었다)에 의하면, 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득을 특별부가세의 면제 대상으로 하되, 다만 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세감면신청서를 제출하여야 한다고 규정되어 있고, 한편 법인세법 제26조 제1,2,5항에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확장한 날로부터 15일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하도록 되어 있으며(다만 제2항에 의하면, 각 사업연도 종료일로부터 60일 이내에 당해 사업연도의 결산을 확정하지 아니하는 경우는 그 60일이 되는 날을 결산이 확정되는 날로 보고 제1항의 규정을 적용한다), 신고에 있어서는 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서와 대차대조표 기타 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여야 하는데, 위 서류를 첨부하지 아니하는 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다고 규정되어 있는바, 일정한 경우에 세액감면의 혜택을 부여하는 위 구 법인세법의 규정은 일종의 예외규정이고, 또한 조세형평의 원칙상 엄격하게 해석되어야 할 것으므로, 위 규정취지에 비추어 보면, 이 사건에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인인 원고가 교육사업에 사용할 목적으로 기본재산인 위 토지를 양도하여 일응 위 면제규정의 실체적 요건에 해당한다고 하더라도, 법정의 신고기한 내에 적법한 법인세 과세표준신고와 함께 특별부가세의 면제신청을 함으로써 절차적 요건을 갖춘 경우에 한하여 특별부가세 면제의 혜택을 부여하는 것이라고 해석할 것이다.
그러나 을 제3호증의 1 내지 11, 을 제4호증의 1 내지 27(갑 제4호증의 1 내지 9와 일부 중복된다)의 각 기재에 변론의 전취지를 보태어 보면 1989.3.1.부터 1990.2.28.까지의 사업연도 중에 원고가 교육부장관으로부터 기본재산의 처분허가를 얻어 이 사건 토지를 양도한 후, 1990.5.15. 원고가 피고에게 위 양도로 인한 법인세 특별부가세의 면제신청을 제출하였다가, 다시 그 후 1990.5.30. 원고의 법인세 과세표준신고와 함께 같은 취지로 특별부가세에 관하여 세액감면신청을 하였는데, 원고가 위 과세표준신고를 함에 있어 기업회계기준에 따른 대차대조표나 손익계산서 등을 제출하지 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 위 법령의 해석결과 및 인정사실에 의하면, 원고의 1989년 사업연도의 종료일인 1990.2.28.로부터 60일이 되는 날을 결산을 확정한 날로 보아 다시 그로부터 15일이 되는 날인 1990.5.14.이 법인세과세표준의 신고기한이 됨에도 불구하고(이점 다툼이 없다), 원고가 그 기한이 지난 이후에 법인세과세표준을 신고하고 위 감면신청을 하였음이 명백하므로, 특별부가세를 면제받을 수 없을 뿐만 아니라, 원고가 위 법인세과세표준신고에 있어서 법인세법에 의한 서류를 첨부하지 아니하여 적법한 신고를 하지 아니한 것으로 보아야 할 것이므로, 어느 모로 보나 법인세 특별부가세를 면제하지 아니한 피고의 조치는 적법하다 할 것이고, 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
3. 나머지 법인세 및 방위세 부과처분에 관한 판단
우선 법인세법 제18조 제1항, 같은법시행령 제42조 제16호에 의하면, 비영리법인이 정관에 규정된 고유의 목적을 달성하기 위하여 당해 수익사업에서 생긴 소득을 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 금액은 지정기부금으로서 당해 사업연도의 소득금액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액만을 손금에 산입하도록 되어 있지만, 이에 대한 특례규정으로서 조세감면규제법 제49조 제3항에 의하면, 학교법인 등이 수익사업에서 발생한 소득을 그 법인이 운영하는 학교의 학교교육 또는 사회복지사업을 위하여 지출하는 기부금은 당해 사업연도의 소득금액의 범위 안에서 이를 그 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 규정되어 있는바, 갑 제4호증의 7, 갑 제5호증의 1 내지 12, 갑 제6호증의 1,2,3,4, 갑 제7,8호증의 각 1,2의 각 기재에 변론의 전취지를 보태어 보면, 원고는 그 법인의 장부상 수익 사업회계와 비영리사업회계를 구분하는 복식부기의 구분경리방식을 취하지 아니한 채 단식부기의 방법에 의하여 위 토지의 양도대금과 임대수입(대지료와 재산매각대)을 원고 법인의 세입항목에 해당하는 재산수입으로만 기장한 후, 그 수입금으로 원고가 설립, 운영하는 남문중학교의 체육장부지 매입비로서 금 27,174,000원, 운동부 기숙사의 매입비로서 금 6,186,060원, 학교교사의 계단공사비로서 금 16,500,000원 등을 지출하고는 당해 사업연도의 결산서상에 이를 원고의 재산조성비로만 기재하여 처리하였던 사실을 인정할 수 있고, 위 각 부지 및 기숙사의 취득원인일자가 1988.8.31.로서 당해 사업연도에 해당하지 않는다고 하더라도 중도금과 잔금의 지급이 당해 사업연도에 이루어졌다고 보이므로(갑 제5호증의 10,11,12 등 참조), 위 인정에 방해가 되지 아니하며, 그 밖에 위 인정을 뒤집을 증거가 없다.
위 법령규정 및 인정사실에 의하면, 사립학교법 제10조에 의하여 설립된 학교 법인인 원고가 당해 사업연도의 소득금액에 해당하는 위 임대수입과 양도금액 전액을 학교교육을 위하여 지출하였으므로, 이는 법인세의 산출에 있어서 기부금으로서 손금에 산입되어야함에도 불구하고, 피고가 이를 익금에 가산하여 법인세를 산출하였으니, 이러한 피고의 조치는 위법하다 할 것이고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다.
다만 피고는, 비영리법인으로서 학교법인인 원고가 법인세법시행령 제2조 제4항에 의하여 비영리법인의 수익사업과 비영리사업을 구분경리하는 등 적법한 회계처리를 하지 아니하였다고 하여 손금산입을 부인하고 익금가산한 후 이를 사외 유출로 처리한 것은 적법하다고 주장하므로 살피건대, 법인세법 제2조 제4항에 의하면, 비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산, 부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천(이하 수익사업이라 한다)에 속한 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(비영리사업이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다고 되어 있고, 이에 따라 같은법시행규칙 제24조 제1항에 의하면, 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다고 규정되어 있는데, 위 시행령과 시행규칙의 규정은 법인세법 제1조 제1항에서 비영리내국법인은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 과세하도록 되어 있는 것에 따라 비영리법인에 대한 과세의 편의를 위하여 세무회계원칙을 정한 집행명령적인 규정이라고 볼 것으로서 모법의 명시적 위임은 없지만 이를 무효라고 볼 것은 아니다.
그런데 원고의 장부상에 수익사업과 비영리사업의 계정을 구분경리하는 위 규정 소정의 세무회계원칙에 따라 적법하게 장부상에 기장하였다고 인정할 자료는 전혀 없지만, 이러한 경우에 납세자인 원고에게 세무상 불리한 조치를 취하려면 법령상 근거가 있어야 할 것이라고 보아야 할 것임에도 불구하고(법인세의 손금산입 등으로 인한 결과적인 세액의 면세나 비과세의 효과가 발생한다고 하더라도, 이는 세액 자체에 대한 면제나 비과세를 정하는 예외규정이 아니므로, 이를 엄격히 해석하지 않으면 조세형평의 원칙에 어긋날 수 있다는 피고의 주장은 근거 없고, 또 위 기부금의 손금산입규정은 위 특별부가세의 경우와 같이 감면신청사항도 아니다), 이와 같이 세무회계원칙을 지키지 아니한 경우에 손금산입을 부인하거나 익금에 가산한다는 취지의 명시적 규정을 찾아볼 수 없으며 만일 원고와 같이 사립학교를 설립, 운영하는 법인이 경리상의 잘못이나 미숙 때문에 그 기대에 반하여 다액의 법인세를 부담하게 된다면 사립학교의 육성을 위하여 수익사업이나 수입에 의한 기부금에 대하여 법인세를 실질적으로 감면하는 혜택을 주는 조세감면규제법의 입법취지가 몰각될 것이므로, 비영리법인으로서 학교법인인 원고가 장부상 구분경리를 하여야 하는 세무회계원칙을 지키지 아니하였다고 하더라도, 장부나 실지조사에 의하여 그 법인이 수익사업에서 발생한 소득을 교육사업을 위하여 지출한 것이 확인된다면, 그 실질에 부합하도록 법인세과세표준을 산출함에 있어서 위 금액을 손금에 산입하는 것이 실질과세의 원리에도 부합한다고 볼 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
그러나 원고가 위와 같이 구분경리를 이행하지 아니한 것은 상업장부의 비치, 기장의무를 이행하지 아니한 경우에 해당하므로, 법인세법 제41조 제1항(1990.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것)에 의하여 무기장가산세(무기장가산세는 세액이 산출되지 않는 경우에도 부과될 수 있고, 이때에는 수입금액의 1/1000이다)를 법인세로서 부과할 수 있는 것이다.
결국 원고의 이 사건 양도소득이나 임대수입을 교육목적에 사용한 기부금으로 처리하여 원고의 법인세과세표준을 산정함에 있어서 위 금액을 손금에 산입하여 과세표준을 산출하면 결국 0이 되어 법인세는 부과할 수 없는 것이 되고, 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있지만, 원고가 위 법인세법의 규정에 의하여 무기장가산세는 부담하여야 할 것인데, 그 금액을 산출하면, 금 56,280원 {소득금액×1/1000:(임대료 6,425,000+양도금액 49,860,060)×1/1000:국고금 단수계산법에 의하여 10원 미만은 버림}이 된다.
한편 을 제1호증의 3의 기재의 의하면, 피고가 원고에 대하여 부과한 방위세는 특별부가세를 제외한 일반 법인세의 산출세액을 과세표준으로 한 것인데, 위 법인세의 부과처분이 위법하다고 인정하였으므로, 그에 부수되는 위 방위세 부과처분 역시 위법하여 취소되어야 할 것이다(다만 위 특별부가세에 대한 방위세액은 누락된 것으로 보이므로, 피고가 이 부분 방위세는 별도로 부과할 수 있을 것이다).
4. 결론
그렇다면 원고가 부담하여야 할 법인세는 위 특별부가세와 무기장가산세를 합한 금 17,895,300원(17,839,020+56,280)이 된다 할 것이어서, 피고가 원고에 대하여 한 위 법인세 등의 부과처분 중 위 인정의 정당한 법인세액을 넘는 부분과 방위세의 부과처분은 위법하여 취소되어야 할 것인 즉, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 정당하여 이를 인용하기로 하고, 나머지 청구는 부당하므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김영일(재판장) 김대휘 박용규