【원 고】
재단법인 대한기독교 나사렛교회 유지재단
【피 고】
서대문세무서장
【주 문】
1. 피고가 1982. 9. 7. 자로 원고에 대하여 한 1982. 수시분 방위세금 215,481,843원(1979년 귀속분) 및 금 8,748,360원(1980년 귀속분)의 부과처분중 금 33,528,083원(1979년 귀속분) 및 금 3,902,065원(1980년 귀속분)을 초과한 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 5등분하여 그중 1을 원고의, 나머지를 피고의 각 부담으로 한다.
【청구취지】
피고가 1982. 9. 7.자로 원고에 대하여 한 1982. 9. 수시분 방위세금 8,748,360원 및 금 215,481,843원의 부과처분은 이를 취소한다.
소송비용은 피고의 부담으로 한다.
【이 유】
1. 본안전항변에 관한 판단
피고는, 원고가 1983. 4. 8. 이 사건 전심인 심판청구를 하였고, 그후 국세심판소로부터 30일간의 보정기간을 요구받은 바 있으므로 위 심판청구에 관한 기각 간주일은 같은해 8. 8.(8. 7.이 되나 그날이 일요일이므로 8. 8.이 된다)이 되는 바, 원고가 위 기각 간주일로부터 2개월의 제소기간이 경과된 1983. 10. 24. 자로 이 사건 제소를 하고 있으므로 이 사건 소는 제소기간이 경과된 후에 제소된 부적법한 소라고 주장하고 있으므로 살피건대, 성립에 다툼이 없는 갑 제3호증의 1(이의신청서), 2(결정서), 갑 제4호증의 1(심사청구서) 2(결정서), 갑 제5호증의 1(심판청구서), 2(통지서), 4(보정요구서), 5(보정서류제출), 6(보정요구서), 7(보정요구서 제출), 8(심판결정통지), 9(결정서), 기명날인 부분의 확인 공증(인증)에 의하여 그 성립의 진정함이 인정되는 갑 제6호증 (공증확인서)의 각 기재와 증인 여창복의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 보면 원고는 1982. 9. 7. 이 사건 과세처분에 관한 고지를 받고 같은해 10. 4. 피고에게 이의신청을 하였다가 같은달 30.자 위 이의신청에 대한 기각결정을 같은해 11. 2. 송달받게 된 사실, 원고는 같은해 12. 22. 국세청장에게 심사청구를 하고 1983. 2. 19. 국세청장으로부터 심사청구 기각결정 (기각결정일 같은해 2. 11.)을 송달받게 되자 같은해 4. 9. 국세심판소장에게 심판청구를 한 사실, 위 국세심판소는 위 심판사건의 심리도중인 같은해 7. 1.에 같은해 7. 3.부터 8. 1.까지 30일간의 기간을 정하여 심판자료(토지양도에 관계된 토지대장, 등기부등본등)의 보정을 요구하고, 같은해 8. 6.에 또다시 같은해 8. 8.부터 같은해 9. 6.까지 30일간의 기간을 정하여 심판자료(토지양도에 관계된 매매계약서 등)의 보정을 요구하였으므로 원고의 위 7. 1.자 보정요구는 우편송달에 의하여, 위 8. 6.자 보정요구는 전화연락에 의하여 원고의 재단사무국장 여창복이 직접 송달받고서(위 8. 6.자 보정요구는 위 송달 이외에 별도로 우편송달 되었다. 갑 제5호증의 6) 같은해 7. 12.과 8. 12. 보정요구된 자료를 제출하였으나 위 국세심판소는 같은해 9. 3. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였으므로 원고가 같은해 10.24. 이 사건 제소에 이른 사실을 인정할 수 있고 달리 반증없는 바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 제소의 전치절차는 적법한 기간내에 적법히 이루어진 사실이 명백하므로 피고의 본안전 항변은 그 이유가 없다.
2. 본안에 관한 판단
성립에 다툼이 없는 갑 제8호증(법인등기부등본), 갑 제10호증(토지등급확인서), 갑 제11호증의 1, 2(각 기본재산 전환인가), 갑 제12호증(환지예정지 지정증명), 갑 제13호증의 1 내지 6(각 토지임야대장), 갑 제14호증의 1 내지 8(각 등기부등본), 갑 제15호증의 1 내지 8(각 구 토지대장), 갑 제16호증의 1 내지 3(각 관보), 갑 제17호증의 1(과세시가표준액표), 2(계산요령), 3(토지등급별임대가격표), 4(과세시가표준액표), 5(과세시가표준액표), 6(임야의 부), 7(시가계산액 계산요령), 을 제1호증의 1(법인세분 방위세 결정결의서), 2(양도차익계산내역), 3(부동산매매계약서), 4 내지 14(각 토지대장), 15 내지 18(등기부등본), 을 제2호증의 1(법인세분 방위세 결정결의서), 2(양도차익계산서), 3(부동산매매계약서), 4 내지 9(각 토지대장), 을 제3호증의 1 내지 7(각 토지대장), 을 제4호증(환지확정조서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 원고는 대한기독교 나사렛교회의 예배, 전도, 교육, 구호 기타 자선, 선도 등에 필요한 토지, 건물 및 설비품 등을 유지 관리함을 목적으로 설립된 비영리법인으로서 그 기본재산의 하나로 별지 제1목록기재 토지를 소유하고 있다가 1979. 7. 9. 그중 제(1)항 기재 토지 5필지(위 토지 11,290평은 토지구획정리사업지구에 편입되어 위 사업지구 60구획 환지예정지 13,347. 6평 권리면적 9,082. 8평으로 되었다가 1978. 11. 30. 구획정리사업완료로 서울 강서구 등촌동 482의 1 대 13,084. 2평으로 환지확정되고 같은해 12. 증평된 부분에 관하여 환지청산금 77,121,919원을 납부하였다)를 소외 동신주택개발주식회사에 대금 2,489,735,000원에 매도하고, 1980. 1. 20. 제(2)항 기재 토지 3필지(위 토지는 같은 토지구획정리사업에 편입되어 위 정리사업지구 61구획 환지예정지 639. 5평 권리면적 435평으로 환지예정지가 지정되었다가 환지확정과 행정구역 변경으로 서울 강서구 목동 551 대 561평이 되었다)를 소외 유재성에게 대금 102,320,000원에 매도하여 1979. 7. 18. 과 1980. 3. 6.에 주무관청인 문화공보부장관으로부터 기본재산 전환에 관한 인가를 받아 처분하자 피고가 1982. 9. 7. 위 토지의 양도에 관하여 위 동산주택건설주식회사에게 양도된 별지 제1목록 제(1)항 기재 부동산에 관하여는 양도가격은 실거래가격에 따르고 취득가격은 시가표준액에 따라 1979년도 법인세 특별부가세 상당 과세표준액으로 금 2,394,242,720원을, 위 유재성에 양도된 제(2)항 기재 부동산에 관하여는 양도가격은 실거래가액에 따르고 취득가액은 지가지수에 의한 환산가액에 따라 1980년도 법인세 특별부가세 상당 과세표준액으로 금 97,204,000원을 산출하고, 이에 대하여 1979년도 귀속 방위세 금 179,568,204원, 동 가산세 금 35,913,640원, 1980년도 귀속 방위세 금 7,290,300원, 동 가산세 금 1,458,060원을 부과한 사실(세액산출근거는 별표 2와 같다)을 인정할 수 있고 달리 반증없다.
피고는 원고가 기본재산인 위 토지를 양도하고 방위세법 소정의 신고, 납부의무를 이행하지 아니한 이상 위 과세처분은 정당하다고 주장함에 대하여 원고는 (1) 원고재단은 종교단체인 교회의 목적사업에 필요한 토지, 건물 등을 소유 관리함을 고유목적으로 하는 비영리단체로서 위 회사의 정관의 절차 및 문화공보부장관의 인가절차를 경유하여 선교사업에 대체사용하기 위하여 처분한 것이므로 법인세법 제59조의3 제1항 제17호에 의하여 그 양도에 관하여 발생한 소득은 비과세소득으로 처리되는 것이고 따라서 위 양도에 관한 소득에 대하여는 방위세법 제2조의 납세의무자로 될 수 없으며, 원고가 정당한 정관절차와 소관관청의 인가를 얻어 기본재산을 대체하는 목적으로 매도한 것이므로 실제로도 양도차익이 생길 수 없는 것이고, (2) 1975. 7. 16. 방위세법 시행이후 이 사건 부과처분에 이르기까지 과세관청이 위와 같은 방위세 납세의무자의 해석과 종교단체의 보호육성이라는 공익상의 필요에서 방위세를 부과한 사실이 없었으므로 비과세의 관행이 이루어져 있는 것인데 피고가 이제와서 위와 같은 비과세의 관행을 무시하고 소급하여 과세결정을 한 것은 위법부당한 것이며, (3) 가사 원고가 위 양도에 관하여 납세의무자가 된다고 할지라도 구 법인세법 제59조의2 제1항, 제2항, 동법시행령 제124조 제6항, 구 소득세법 제23조 제2항, 제5항, 제45조 제1항, 제60조 및 동법시행령 제115조의 취지를 종합하여 보면 양도차익의 계산은 실지거래가액에 의함을 원칙으로 하며 실지거래가액이 분명하지 아니한 때에는 시가표준액에 의하여야 할 것인데 피고가 이 사건 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액은 실질거래가액에 의하여 취득가액은 기준시가 또는 지가지수에 의한 환산가액을 기준으로 하였음은 위법 부당하다고 주장하고 있으므로 먼저 원고의 (1) 주장에 관하여 살피건대, 이 사건 사업연도에 적용되는 방위세법 제2조 제1항, 제2항은 법인세법상의 법인세 납세의무자를 일반적으로 방위세의 납세의무자로 규정하면서 조세감면규제법( 동법 제3조에 게기하는 법률을 포함한다) 또는 경제의 안정과 성장에 관한 긴급명령의 규정에 의하여 법인세가 부과되지 아니하거나 그 감면 또는 공제를 받은 자도 방위세 납부의무자로 본다고 규정하고 같은법 제4조 제2항은 제2조 제2항에 게기하는 납세의무자에 대하여는 법인세가 부과되지 아니하거나 감면 또는 공제된 부분에 대하여도 그 법인세가 부과된 것으로 보고 제1항 제3호의 과세표준을 계산한다고 규정하고 있으므로 법인세법 제59조의3 제1항 제17호에 의하여 종교의 보급과 교화를 목적으로 설립된 법인인 원고에 대하여 그 고유목적에 직접 사용되는 토지의 양도로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세가 비과세되는 경우에도 방위세의 납세의무가 있다고 할 것이고, 원고가 기본재산인 이 사건 부동산을 양도함으로써 양도차익이 현실적으로 발생한 이상 그것이 주무관청의 인가를 얻어 새로운 대체자산의 취득에 제공되었다고 하더라도 그 이익이 발생하지 아니한 것이라고는 볼 수 없는 것이므로 위 주장은 그 이유가 없고, 원고의 (2) 주장에 관하여 보건대 원고의 전거증에 의하더라도 종교단체가 직접 사용하던 토지의 양도에 관하여 방위세의 비과세관행이 있고 위 관행이 납세자에게 일반적으로 받아들여졌다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로 그 이유가 없다.
나아가 원고의 (3) 주장에 관하여 살피건대, 이 사건 방위세액의 산출근거의 전제가 되는 부동산양도차익계산에 관하여 위 각 토지 양도당시 시행되던 법인세법(1980. 12. 13. 법률 제3270호로써 개정되기 전의 법률) 제59조의2 제3항은 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 대통령령이 정하는 비용을 공제한 금액으로 한다. 다만 양도가격과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준싯가에 의한 금액과 취득당시의 기준싯가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있는 바, 이는 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 위 규정에 따라 두 가액을 모두 기준싯가에 의하여야 할 것이고 이와 달리 불분명한 쪽의 가액만을 기준싯가에 따라 산정하고 다른쪽의 가액은 실지거래가액에 따라 산정함은 허용할 수 없는 것이라고 해석되고( 대법원 1983. 4. 26. 선고, 82누557 판결 등 참조) 위 법시행령 제124조의2 제6항, 소득세법시행령(1978. 12. 30. 개정 대통령령 제9229호) 제115조 제1항, 제2항을 종합하여 보면 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 토지의 양도취득당시의 지방세법상의 과세시가표준액에 지역마다 그 지역에 있는 가격사정이 유사한 토지 및 건물의 매매실례가액을 기준으로 하여 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액에 의하여 평가하는 방법 즉 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 하도록 규정되어 있으나 위 배율방법에 의한 기준시가를 양도차액계산의 산출근거로 하려면 당해 부동산이 특정지역으로 국세청장에 의하여 지정된 지역내에 소재하고 그 부동산의 양도시는 물론 취득당시에도 당해지역에 적용될 국세청장이 정하는 배율이 있어야 함이 분명하므로 만일 그 부동산을 양도한 자가 그 부동산을 취득할 당시에 적용할 당해 지역의 배율이 없는 경우에도 양도가액과 취득가액을 모두 지방세법상의 과세시가표준액에 의하여 산출할 수 밖에 없다 할 것인 바( 대법원 1984. 5. 29. 선고, 84누63 판결 및 1984. 9. 25. 선고, 84누196 판결 등 참조), 위에 나온 갑 제16호증의 1 내지 3(각 관보)의 기재에 의하면 위 부동산에 관하여는 원고가 그 부동산을 취득할 당시에는 특정지역의 고시가 되어 있지 아니하였다가 1978. 2. 10. 비로소 부동산 투기지역으로 지정고시된 사실을 인정할 수 있으므로 취득가액이 불분명한 이 사건에 있어서는 부동산의 양도차익산출에 있어 그 취득가액 및 양도가액을 모두 싯가표준액에 의하여 산출하여야 할 것인 바 위에 나온 이 사건 부동산에 관한 각 임야, 토지대장 토지등급확인원(갑 제10호증), 각 과세싯가표준액표 및 계산요령(갑 제17호증의 1 내지 7), 환지확정조서(을 제4호증)에 의하여 인정되는 이 사건 부동산의 양도취득당시의 토지의 등급, 평당싯가표준액, 환지전후의 증감평수 및 그 청산금 납부상황 등 사실관계를 기초로 위 각 토지양도에 관하여 부과될 각 방위세 및 동 가산세를 산출하면 별표 3과 같다.
3. 결론
그렇다면 피고가 1982. 9. 7. 자로 원고에 대하여 한 1982년 수시분방위세 금 215,481,843원(1979년 귀속분) 중 위 방위세 및 동 가산세 합계 금 33,528,083원, 금 8,748,360원(1980년 귀속분)중 위 방위세 및 동 가산세 합계 금 3,902,065원을 각 초과하는 부분은 동세액산출근거가 양도가액은 실지거래가액에 의하여, 취득가액은 지방세법상의 시가표준액 또는 배율방법에 의하여 산출된 위법한 것이므로 원고의 청구는 위 각 초과부분에 한하여 그 이유가 있어 이를 인용하고 그 나머지 청구는 이유가 없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제14조, 민사소송법 제89조, 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 목록 각 생략]
판사 이한구(재판장) 박주봉 김인수