MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis

Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Ver. 1.0, The Pennsylvania State University, University Park, PA. Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde). Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30:2725-2729. == Sürüm geçmişi == Başlıca MEGA versions Versiyon Yayyınlanma tarihi 1.0 1993 1.1 1994Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1994) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. CABIOS 10:189-191. 2.0 2000 2.1 2001 3.0 2004Kumar, S., Tamura, K., and Nei, M. (2004) MEGA3: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Brief. Bioinformatics 5:150-163. 4.0 2006Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Mol. Biol. Evol. 24(8):1596-1599. 4.1 2008 5.0 2011Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. Evol. 28:2731-2739. 5.1 Ekim 2012 5.2 Nisan 2013 6.0 Aralık 2013 7.0 Ocak 2016Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33(7):1870–1874. 10.0 (X) 2018 == Özellikleri == === Sekans hizalama yapılandırması === * Hizalama editörü * Çoklu dizi hizalaması * Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi * Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları === Veri eldesi === * Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs. * Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı * Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması * Veri keşifçisi * Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi === Genetik kod tablo bölümü === * Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap * Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla * Bildiğim bütün kod tablolarını içer === Gerçek zamanlı başlık uzman motoru === * Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur. * Başlıkları dış bir programa kopyala === Entegre metin dosyası editörü === * Kolonal blok seçebilme ve düzenleme * Satır numarası * Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri === Dizi veri görüntüleyici === * Veri çıkartma * Vurgulama * İstatiksel büyüklüklerin sunma === Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL- tabanlı belirlenmesi === * 4x4 oran matriksi * Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2 * TGeçiş-transversiyon hız sapması: R === Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi === * İçerik uzaklığı * Eşitsizlik indeksi * Monte-carlo testi === Uzaklığı belirleme metodları === * Nükleotid-Nükleotid * Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon * Protein uzaklığı * Uzaklık hesaplamaları * Dizi çeşitliliği hesaplamaları * Varyans hesaplamaları === Seçilim testleri === * Çok numune Z-testi * Fisher’ın kesin testi * Tajima’ın nötrallik testi === Moleküler saat testi === * Tajima’nın yaklaşık oran testi === Ağaç oluşturma metodları === * Komşu birleştirme * Minimum evrim metodu * UPGMA * Maksimum bencillik * Maksimum benzerlik * Çizme atkısı filogeni testi * Güven olasılığı testi * Uzaklık matriksi görüntüleyicisi === Ağaç keşifçileri === * Filogeni ekranı * Ayrılma zamanının belirlenmesi * Ağaç düzenleme * Ağaç boyutunu değiştirme * Çoklu ağaç görüntüleyebilme == Dış bağlantılar == * * MEGA sitesi (Japon kullanıcılar için) * MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. (2008) Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K. Briefings in Bioinformatics Vol.9, pages 299-306 == Kaynakça ==