Kütle spektrometrisi yazılımları listesi

Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama, analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır. == Proteomik yazılımı == Protein kütle spektrometrisinde, protein/peptit tanımlaması için ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS veya MS2 olarak da bilinir) deneyleri kullanılır. Peptit tanımlama algoritmaları iki geniş sınıfa ayrılır: veritabanı araması ve de novo arama. İlk arama, analiz edilen örnekte mevcut olduğu varsayılan tüm amino asit sekanslarını içeren bir veri tabanına karşı gerçekleştirilirken, ikincisi, genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarını ortaya çıkarır. === Veritabanı arama algoritmaları === İsim Tip Açıklama ProSightPC ve ProSightPD Tescilli ProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır. TopPIC Açık kaynak TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post- translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır. TopMG Açık kaynak TopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst- alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır. Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak) Freeware Andromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi. Byonic Tescilli Byonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır. Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır. Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir. Comet Açık kaynak Washington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır. Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali) Açık kaynak Tide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi. Greylag Açık kaynak Stowers Institute for Medical Research'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır. InsPecT Açık kaynak Kaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki Center for Computational Mass Spectrometry' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritması Mascot Tescilli Gözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir. MassMatrix Freeware MassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır. MassWiz Açık kaynak Institute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur. MS-GF + Açık kaynak MS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler. MSFragger Freeware Verimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veri tabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi. MyriMatch Açık kaynak Vanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır. MS-LAMP Açık kaynak Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım. OMSSA Freeware OMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur. PEAKS DB Tescilli Bu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır. pFind Freeware pFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür. Phenyx Tescilli Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir. ProbID Açık kaynak PI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır. ProLuCID Freeware ProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır.. ProteinPilot Software Tescilli Protein Prospector Açık kaynak Protein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir. RAId Robust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir. SEQUEST Tescilli Ardışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veri tabanlarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar. SIMS Açık kaynak SIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır. SimTandem Freeware LC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir. SQID Açık kaynak SeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır. X!Tandem Açık kaynak Ardışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir. WsearchVS2020 Freeware Ticari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir === De novo dizileme algoritmaları === De novo peptit dizileme algoritmaları, genel olarak, Bartels ve ark. (1990) eserinde önerilmiş olan yaklaşımın üzerine kuruludur. İsim Tür CycloBranch açık kaynak DeNovoX Tescilli DeNoS Lutefisk açık kaynak Novor Tescilli akademik araştırma için ücretsiz PEAKS Tescilli Supernovo Tescilli === Homoloji arama algoritmaları === İsim Tür Açıklama MS-Homology açık kaynak MS-Homology, Protein Prospector paketindeki bir veritabanı arama programıdır. SPIDER Tescilli SPIDER algoritması, protein ve peptit tanımlama amacıyla veri tabanı dizileri ile hatalı dizi etiketlerini eşleştirir ve PEAKS kütle spektrometresi veri analiz yazılımı ile birlikte kullanılabilir. == MS/MS peptit kuantifikasyonu == İsim Tür MarkerView Software Tescilli Mascot Distiller Tescilli Mascot Server Tescilli MassChroQ açık kaynak MaxQuant ücretsiz yazılım MultiQuant Software Tescilli OpenMS/TOPP açık kaynak OpenPIP web sitesi açık erişim ProtMax ücretsiz yazılım Spectronaut Tescilli Skyline açık kaynak SWATH Software 2.0 Tescilli BACIQ açık kaynak == Diğer yazılımlar == Name Type HIquant Açık kaynak TopFD Açık kaynak ArtIST by Clover Biosoft Tescilli Advanced Chemistry Development Tescilli Analyst Tescilli AnalyzerPro Tescilli CFM-ID Açık kaynak Chromeleon Tescilli Crosslinx Açık kaynak DeNovoGUI Açık kaynak Easotope Açık kaynak [El-MAVEN] Açık kaynak ESIprot Expressionist Tescilli KnowItAll Spectroscopy Software & Mass Spectral Library Tescilli LabSolutions LCMS Tescilli Mass++ Açık kaynak MassBank.jp Website MassBank.eu Website MassBank Açık kaynak MassCenter Tescilli Mass Frontier Tescilli MassLynx Tescilli MassMap Tescilli Mass-Up Açık kaynak massXpert Açık kaynak GPL METLIN Database and Technology Platform Tescilli mineXpert Açık kaynak GPL mMass Açık kaynak MolAna ms2mz Freeware MSGraph Açık kaynak MSight Freeware MSiReader Freeware mspire Açık kaynak MSqRob Açık kaynak Multimaging multiMS-toolbox Açık kaynak mzCloud Website MZmine 2 Açık kaynak OmicsHub Proteomics OpenChrom Açık kaynak ORIGAMI Açık kaynak PatternLab Freeware pyOpenMS Açık kaynak SIM-XL Freeware Peacock Açık kaynak PeakInvestigator Tescilli Pinnacle Tescilli PIQMIe Web POTAMOS Açık kaynak ProMass Tescilli PROTRAWLER ProteoIQ Tescilli Proteomatic Freeware ProteomicsTools Açık kaynak ProteoWizard Açık kaynak ProteoWorker Tescilli Provision Açık kaynak pymzML Açık kaynak Pyteomics Açık kaynak Quantem Quantinetix Rational Numbers Excel Add-In Tescilli Rational Numbers Search Tescilli REGATTA RemoteAnalyzer Tescilli Scaffold Tescilli SCIEX OS Tescilli SCiLS Lab SimGlycan Tescilli SIMION Tescilli Spectrolyzer Spectromania Tescilli StavroX Freeware Swiss Mass Abacus Açık kaynak TOF-DS Tescilli TurboMass Tescilli Trans-Proteomic Pipeline (TPP) Açık kaynak Universal Mass Calculator VIPER Xcalibur Tescilli XCMS Online (Cloud-Based) Tescilli == Kaynakça == == Dış bağlantılar == * Kategori:Yazılım listeleri