PiRNA

Piwi etkileşimli RNA (piRNA), hayvan hücrelerinde eksprese edilen küçük kodlamayan RNA moleküllerinin en büyük sınıfıdır.Molecular Biology Select. Cell, 2006. 126(2): p. 223, 225-223, 225.Seto, A.G., R.E. Kingston, and N.C. Lau, The Coming of Age for Piwi Proteins. Molecular Cell, 2007. 26(5): p. 603-609. piRNA, piwi proteinleri ile etkileşerek RNA-protein komplekleri oluştururlar. Bu kompleksler, germ çizgi hücrelerinde, özellikle de spermatogenezdeki retrotranspozonların ve diğer genetik elementlerin epigenetik ve transkripsiyon sonrası gen sessizleştirilmesiyle bağlantılıdır. microRNA’lardan büyüklük, dizi koruma eksikliği ve artan karmaşık yapı bakımından farklıdırlar. piRNA’ların nasıl üretildiği belirsizliğini korumaktadır, ancak biyogenez yolağı miRNA ve siRNA’dan farklıdır. rasiRNA’lar piRNA’ların alt türleridir.Klattenhoff, C. and W. Theurkauf, Biogenesis and germline functions of piRNAs. Development, 2008. 135(1): p. 3-9. == Özellikler == frame|sağ|Önerilen piRNA Yapısı piRNA’lar hem omurgasızlarda hem de omurgalılarda tespit edilmiştir. Biyogenez ve etki şekilleri türler arasında biraz farklılık göstermesine rağmen bir takım özellikler korunmuştur. piRNA’ların net bir sekonder yapısı yoktur, uzunlukları 26 ila 31 nükleotid arasındadır ve 5’ uridin hem omurgasızlarda hem de omurgalılarda görülür. Caenorhabditis elegans (yuvarlak solucanlardan olup serbest yaşayan bir nematod) ’daki piRNA’lar 2’ ve 3’ oksijeni bloke eden 5’ monofosfat ve 3’ modifikasyonuna sahiptir.Ruby, J.G., et al., Large-Scale Sequencing Reveals 21U-RNAs and Additional MicroRNAs and Endogenous siRNAs in C. elegans. 2006. 127(6): p. 1193-1207. Bu modifikasyonun Drosophila melanogaster (meyve sineği), zebra balığı,Houwing, S., et al., A Role for Piwi and piRNAs in Germ Cell Maintenance and Transposon Silencing in Zebrafish. Cell, 2007. 129(1): p. 69-82. ., fareKirino, Y. and Z. Mourelatos, Mouse Piwi-interacting RNAs are 2[prime]-O-methylated at their 3[prime] termini. Nat Struct Mol Biol, 2007. 14(4): p. 347-348. ve sıçan larda da var olduğu onaylanmıştır. 3’ modifikasyonun nedeni açık değildir ancak piRNA stabilitesini arttırdığı öne sürülmüştür.Vagin, V.V., et al., A Distinct Small RNA Pathway Silences Selfish Genetic Elements in the Germline. Science, 2006. 313(5785): p. 320-324. Memelilerde bulunan yüz binlerce farklı piRNA türünün bulunduğu düşünülmektedir ve şimdiye kadar farelerde 50,000’nin üzerinde farklı piRNA dizisi keşfedilmiştir.Lin, H., et al., The role of the piRNA pathway in stem cell self-renewal. Developmental Biology, 2008. 319(2): p. 479-479. == Konum== piRNA’lar genom boyunca kümelerde bulunurlar. Bu kümeler ondan az ya da binlerce piRNA’yı bulundurabilir ve boyutları bir ila yüz kata kadar değişebilir. Biyoinformatik yöntemlere dayanan genomlardaki piRNA kümelerinin algılanması ve açıklanması son yıllarda giderek sofistike hale geldi. piRNA’lar kümelenmesi türler arasında korunmuş diziler değildir.Malone, C.D. and G.J. Hannon, Small RNAs as Guardians of the Genome. Cell, 2009. 136(4): p. 656-668. Drosophila melanogaster ve omurgalılardaki piRNA’lar herhangi bir protein kodlayan gen bulunmayan bölgelerde bulunurken,Brennecke, J., et al., An Epigenetic Role for Maternally Inherited piRNAs in Transposon Silencing. Science, 2008. 322(5906): p. 1387-1392. Caenorhabditis elegans’daki piRNA’ların protein kodlayıcı gen bölgelerinde bulunduğu tespit edilmiştir. Memelilerde, piRNA'lar hem testisAravin, A., et al., A novel class of small RNAs bind to MILI protein in mouse testes. Nature, 2006. 442(7099): p. 203-207. lerde hem de yumurtalık, larda bulunur, ancak bunlar sadece erkekler için gerekli gibi gözükmektedir. Omurgasız hayvanlarda, erkek ve kadın bitkilerde tespit edilmiştir.Siomi MC, Sato K, Pezic D, Aravin AA: PIWI- interacting small RNAs: the vanguard of genome defence. Nat Rev Mol Cell Biol 2011, 12:246-258. Hücresel seviyede, hem hücre çekirdeğinde hem de sitoplazmada piRNAlar bulunmuştur, bu da piRNA yollarının bu alanların her ikisinde de işlev görebileceğini ve dolayısıyla birden fazla etkiye sahip olabileceğini düşündürmektedir. ==Biyogenez== Olası mekanizmalar önerilmiş olmasına rağmen, piRNA’ların biyogenezi henüz tam olarak anlaşılamamıştır. piRNA’lar yalnızca bir DNA sarmalından türetilirler, ve bu onların uzun tek iplikçikli öncü moleküllerin ürünü olduğuna işaret eder. Pakiten piRNA’ları üretmek için kullanılan tek yolun birincil işlem yolu olduğu öne sürülmüştür. Bu mekanizmada, piRNA öncülleri, 5 'uridinleri hedef alma eğilimi gösteren piRNA'lara dönüşür. Ayrıca birincil piRNA'larda tamamlayıcı hedeflerini tanıyan ve piwi proteinlerinin alınmasına neden olan bir 'Ping Pong' mekanizması önerildi. Primer piRNA'nın 5' ucundan on nükleotidlik bir noktada transkripsiyonun bölünmesine neden olur ve ikincil piRNA üretilir. İkincil piRNA’lar, onuncu konumda bir adenin dizisine sahiptirler. Ping pong çevriminde yer alan piRNA’lar, saldırılarını transposon transkriptlerine yönlendirdiğinden, ping pong çevrimi yalnızca transkripsiyon seviyesinde etkindir. Bu mekanizmalardan biri veya her ikisi farklı türlerde farklı şekilde bulunabilir. Örneğin; Caenorhabditis elegans piRNA’lara sahip olmasına rağmen ping pong mekanizmasını kullanmaz.Das, P.P., et al., Piwi and piRNAs Act Upstream of an Endogenous siRNA Pathway to Suppress Tc3 Transposon Mobility in the Caenorhabditis elegans Germline. Molecular Cell, 2008. 31(1): p. 79-90. Zebra balığı ve D.melanogaster ’de belirlenen önemli sayıda piRNA, onuncu konumda adenin içerir ve bu türler arası korunmuş bir biyosentetik mekanizmanın olası kanıtları olarak yorumlanmıştır.Faehnle, C.R. and L. Joshua-Tor, Argonautes confront new small RNAs. Current Opinion in Chemical Biology, 2007. 11(5): p. 569-577. ==İşlev== Türler üzerindeki piRNA dizilerindeki ve piwi işlevlerindeki geniş çeşitlilik, piRNA işlevselliğinin saptanmasında zorluk oluşturmaktadır.Wang, G. and V. Reinke, A C. elegans Piwi, PRG-1, Regulates 21U-RNAs during Spermatogenesis. Current Biology, 2008. 18(12): p. 861-867. Bununla birlikte, diğer küçük RNA'larda olduğu gibi, piRNA'ların gen susturulmasında, özellikle transpozonların susturulmasında rol aldığı düşünülmektedir. piRNA’ların çoğunluğu transpozon dizilerine karşı antisens olup transpozonların piRNA hedefi olduğu düşünülmüştür. Memelilerde transpozon susturulmasında piRNA’ların aktivitesinin embiriyo gelişimi boyunca önemli olduğu ve C.elegans ve insanda piRNA’ların spermatogenez için gerekli olduğu görülmektedir. RNA Susturma piRNA’lar, RNA ile indüklenen bir susturma kompleksinin (RISC) oluşumu yoluyla RNA sessizleştirmesinde bir role sahiptir. piRNA, argonat protein ailesinden piwi proteinleri ile etkileşir. Bu proteinler memelilerin testislerinde etkindir ve omurgasız hayvanlarda germ hücresi ve kök hücre gelişiminde gereklidir. Farelerde spermatogenez için üç piwi alt proteini (MIWI, MIWI2 ve MILI) gerekli olduğu bulunmuştur. Pıwı proteinleri piRNA’ları transpozon hedeflerine yönlendirir. PIWI gen ekspresyonunun azalması veya yokluğu transpozonların artmış bir ifadesi ile korelasyon gösterir. Transpozonlar, konukçuları üzerinde zararlı etkilere neden olma potansiyeline sahiptir.O'Donnell, K.A. and J.D. Boeke, Mighty Piwis Defend the Germline against Genome Intruders. Cell, 2007. 129(1): p. 37-44. piRNA yolaklarındaki mutasyonların D.melanogaster’lerdeki doğurganlığı azalttığı bulunmuştur. Ayrıca piRNA ve endo-siRNA’nın memeli oositlerinde transpozon kontrolüne benzer işlevselliğe sahip olabileceği düşünülmektedir. PiRNA'lar, transpozonları tanımak ve susturmak için gerekli olan metilasyonu gerçekleştiren belirli metil transferazları etkilemektedir ancak bu ilişki iyi anlaşılmamıştır. Epigenetik Etkiler PiRNA'lar maternal olarak iletilebilir ve D. melanogaster'daki araştırmalara dayanarak, piRNA'lar maternal olarak türetilen epigenetik etkilerde rol oynar. Spesifik piRNA'ların epigenetik süreçteki etkinliği ayrıca piwi proteinleri ile HP1a arasındaki etkileşimleri ve diğer faktörleri gerektirir. ==piRNA Yolağının Yardımcı Proteinleri== Doğurganlık kusurlarını inceleyen genetik ekranları, Piwi kökenli ve Argonat olmayan, ancak Piwi mutantlarıyla aynı kısırlık fenotiplerini üreten birkaç protein tespit ettiler. ===Drosophila Tudor Etki Proteinleri=== Drosophila'daki piRNA yolu için gereken birçok faktör, Piwi proteinlerinin metilasyon motiflerinde simetrik olarak dimetilated arginin kalıntılarını (sDMA) bağladığı bilinen Tudor domainlerini içerir. Piwi proteinleri, Valois (MEP50) ve Capsulene'den (dart5; PRMT5) oluşan PRMT5 metilozom kompleksiyle simetrik olarak dimetilasyona tabi tutulur. * Tudor (Tud) * Qin/Kumo * Spindle-E (SpnE) * Krimper * Tejas (Tej) * Vreteno (Vret) * Papi * Yb (fs(1)Yb) * Brother of Yb (BoYB) * Sister of Yb (SoYB) ===Drosophila Tudor Olmayan piRNA Yolağı Proteinleri=== * Vasa * Maelstrom (Mael) ===Drosophila Nükleer piRNA Yolağı Proteinleri=== * Rhino (HP1D) * Deadlock * Cutoff * SetDB1 (Eggless) * SuVar3-9 ==Araştırma== piRNA alanındaki büyük ilerlemeler, Solexa, 454 ve Illumina gibi yeni nesil sıralama teknikleri sayesinde sağlanmıştır. Bu teknikler, piRNA'lar gibi çok karmaşık ve heterojen RNA popülasyonlarının analiz edilmesine izin vermektedir. Küçük boyutları nedeniyle, küçük RNA'ların ekspresyonu ve amplifikasyonu zor olabilir, bu nedenle zorluklara yanıt olarak özelleştirilmiş PCR tabanlı yöntemler geliştirilmiştir.Tang, F., et al., A sensitive multiplex assay for piRNA expression. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2008. 369(4): p. 1190-1194. ==Kaynakça== ==Ayrıca bakınız== * * * * * * ==Dış bağlantılar== * PingPongPro - a software for finding ping-pong signatures and ping-pong cycle activity * piRNA Bank A web resource on classified and clustered piRNAs * proTRAC - a software for probabilistic piRNA cluster detection, visualization and analysis * piRNA cluster - database Kategori:RNA Kategori:Non-coding RNA