בשלהי 1989 הבינה ארזי כי עליה לקחת פסק זמן קצר על מנת שלא ליצור עומס על הקהל ו"ישבה על הגדר" כהגדרתה למשך שלוש שנים. באותה תקופה שברה את שתיקתה התקשורתית כשנבחרה כזמרת העשור של "קול ישראל" וכשהושקה בובת שעווה בדמותה במוזיאון השעווה הישראלי. כל אותה העת לא הפסיקה ארזי להופיע ברחבי הארץ.
ב-1990 הופיעה ארזי בתוכנית "מסיבת גן" עם בתה אלונה, וכן הופיעה בפעם השלישית בתוכנית "הופה היי" וביצעה את השירים "דבקה מדורה" ו"כאבים רחוקים".
באוקטובר 1991 יצא לרדיו סינגל ראשון מתוך אלבום חדש - "ילדה יחפה" אשר בישר את שובה לפעילות. רבים ראו בשיר ילדה יחפה רמז לירדנה ארזי עצמה כילדה יחפה ששרה שירי מולדת. האלבום "אנשים זרים" בהפקתו המוזיקלית של יעקב גלעד ובהשתתפות יהודה פוליקר עורר ציפיות גדולות. הוא התבסס בין היתר על שירי משוררות כגון יונה וולך, תרצה אתר ולאה גולדברג וכלל שירים שזכו להצלחה ברדיו ובהם "ילדה יחפה", "שיר אישה בחורף" (יהונתן גפן-יהודה פוליקר), "ארמון הקרח", "מתוך הנשכחות" ו"הבובה של גוגול". האלבום היה לאלבום זהב, שניים משיריו הגיעו לצמרת מצעד הפזמונים השנתי וארזי הגיעה למקום השני בקרב על תואר זמרת השנה.
ב-1994 הוזמנה ארזי על ידי ראש הממשלה יצחק רבין לביקור הרשמי הראשון של ראש ממשלה ישראלי ברוסיה. היא הופיעה בפני קהל אלפים וכיכבה בערוצי הטלוויזיה במדינה. בהמשך הוזמנה על ידי רבין לטקס חתימת הסכם השלום עם ירדן ויומיים לפני הירצחו הופיעה ארזי בטקס חנוכת תחנת הכוח של חברת החשמל בחדרה במעמד רבין. זו הייתה הופעתו הפומבית האחרונה לפני עצרת השלום. בטקס הרשמי במלאת שבוע לרצח ביצעה ארזי את שירה "אתה לי ארץ" ובעצרת הזיכרון שנערכה שנה לאחר מכן ביצעה את השיר "ושמה לא תבוא" (אהוד מנור-אביהו מדינה) שהוקדש לרבין ולשמעון פרס בעקבות הפסדו בבחירות. באותה שנה הצטרפה לאיחוד חד פעמי של להקת הנח"ל לביצוע שיר הרעות בתוכנית הטלוויזיה "לילה גוב".
ארזי חוותה טרגדיה אישית בשנת 1994 כששני הוריה נפטרו ממחלת הסרטן בהפרש של חמישה ימים זה מזה. לזכרם ביצעה את שירם של רחל שפירא ונחום היימן "כמו מים שקטים" אשר ראה אור באלבומה הבא "מתוך שאהבתי". בין שירי האלבום "חדש באוויר" שנכתב בעקבות הסכמי השלום, "שלושה דורות" שהוקדש לזכרו של בן-דודה ישראל ארזי שנהרג במבצע כראמה, "מכתב" שכתבה רחל שפירא בעקבות מכתבי מעריצים שקיבלה ארזי ממצרים, והדואט "חברות הכי טובות" עם שולה חן. האלבום לווה במסע יחסי ציבור רחב ובסיבוב הופעות שנפתח בפסטיבל ערד האלבום זכה להצלחה פחותה בהשוואה לאלבומים שהוציאה ארזי בשנות השמונים ונמכר בכ-15,000 עותקים.
בהמשך שנות התשעים הקליטה ארזי עם הזמר אבי פרץ גרסת כיסוי ל"שיר של יום חולין" מתוך אלבום שהוקדש לשירי המלחין יאיר רוזנבלום ואת השיר "אור שבעת הימים". לצד סולן להקת "סהרה" חנניה אברג'יל הקליטה גרסת כיסוי לשיר "בחלומי עודני" (סמי שלום שטרית-שמעון בוסקילה) לפרויקט "עבודה עברית" ועם גידי גוב ביצעה בתוכניתו לילה גוב גרסת כיסוי לשיר "דון קישוט". בשנת 1998 הוציאה אלבום אוסף כפול משיריה - "יש ונדמה" - ובו ארבעים מלהיטיה הגדולים. באותה תקופה חידשה את הקשר המקצועי עם גברי מזור אשר מוסיף ללוות אותה כיועץ אמנותי עד היום.
בשנים 1996–2005 הנחתה את מגזין הבוקר "קפה טלעד" בערוץ 2. בשנת 1999 נבחרה להוביל את קמפיין חברת האלקטרוניקה "אמקור" לסדרת מקררים חדשה.
העשור הראשון של המאה ה-21.
בתחילת שנות האלפיים התמקדה ארזי בקריירה טלוויזיונית אך מפעם לפעם הוסיפה להקליט שירים חדשים. בין שיריה באותה תקופה: גרסת כיסוי לשיר "הפרח בגני" יחד עם אנריקו מסיאס שהוקלטה במיוחד לפסטיבל הזמר והפזמון 2001, השיר "כשהארץ תרגע" (איתן נחמיאס גלס-יוני רועה) שנכתב בעקבות האינתיפאדה השנייה, גרסת כיסוי לשיר "לא דיברנו עוד על אהבה" שהוקלטה לאלבום הדואטים של מתי כספי, השיר "שיר ישראלי זה השיר שלי" שליווה את אירועי שבוע הזמר העברי ובו השתתפו לצדה יוני רועה, אלי לוזון ומיקה קרני, גרסת כיסוי לשיר "לאחד החיילים" יחד עם להקת חיל האוויר מתוך תוכנית הטלוויזיה "יורים ושרים" בהנחייתה, השיר "יש לי שכן" שתרגם עבורה אהוד מנור ללחן מצרי ובתים חדשים בשניים משיריה הקלאסיים: "דרישת שלום" ו"הביתה". לשיר "דרישת שלום" הוסיפה המשוררת רחל שפירא בית נוסף במיוחד למופע יום העצמאות של ערוץ 2 (רשת) ולשיר "הביתה" הוסיף אהוד מנור בית נוסף לבקשתה של ארזי המתאר את ישראל בפרספקטיבה של עשרים שנה מהתקופה בה נכתב השיר. השיר הביתה ליווה את סיבוב ההופעות החדש של ארזי בליווי משפחת אלייב שהחל בשנת 2003 ונמשך שש שנים. במהלך מלחמת לבנון השנייה הפך השיר רלוונטי מתמיד וזוהה במיוחד עם המאבק להשבת החיילים החטופים ובהמשך - המאבק למען שחרורו של גלעד שליט. ארזי הופיעה בעצרות רבות וביצעה את השיר.
במהלך אותו סיבוב הופעות התאחדה פעם נוספת שלישיית שוקולד מנטה מסטיק להופעות במה ולהקלטת גרסת רמיקס לשיר "זה טוב זה טוב". השיר הופיע באוסף כפול משירי השלישייה.
בשנת 2006 חברה ארזי אל אילנית, שלומית אהרון, מרגלית צנעני ורותי נבון במסע הופעות לקהילות היהודיות בקנדה ובארצות הברית בשם "חמש הדיוות". מופע זה נחל הצלחה גדולה. עוד באותה שנה יצאה לרדיו גרסת רמיקס לשיר "עוד נגיע", אותו ביצעה בתחרות קדם אירוויזיון 1985. הגרסה החדשה, אותה ערך המוזיקאי דור דקל מהצמד חובבי ציון, זכתה להצלחה והוגדרה לאחר מספר ימים כשיר המושמע ביותר בתחנות הרדיו.
בראש השנה 2007 החלה ארזי לפרסם סדרת כתבות באתר ynet בהן סקרה את השירים הגדולים של 60 שנות המדינה. סדרת הכתבות התבססה על תוכנית רדיו שהגישה ברדיו חיפה במקביל. במסגרת חגיגות השישים נבחרה בסקר מקיף של מינה צמח לידיעות אחרונות למקום השני ברשימת הנשים האהובות בישראל. שירה "אתה לי ארץ" נבחר כאחד מחמשת ההמנונים הישראלים הגדולים של כל הזמנים. בנוסף זכתה בתואר זמרת ה-60 של אתר וואלה. עוד בשנת 2008 הקליטה גרסת כיסוי לשירה של שושנה דמארי "כלניות" עבור הפרויקט "עבודה עברית 2".
בשנת 2009 ראה אור אלבום אולפן חדש של ארזי בהפקתו המוזיקלית של יהודה פוליקר. האלבום, "בושם על עורי" התקבל בחום על ידי הקהל והרדיו ובלטו מתוכו שיר הנושא שכתבה רחל שפירא, "מה קורה אחי" שהתבסס על מאמר של פרופ' עוז אלמוג, "הודעה נמסרה למשפחות" שכתב יואב גינאי לזכרו של אורי גרוסמן, בנו של הסופר דויד גרוסמן שנפל במלחמת לבנון השנייה ו"הייתה לי ארץ" - משיריו האחרונים של אהוד מנור. בעקבות האלבום יצאה ארזי לסיבוב הופעות חדש בהפקתו המוזיקלית של אורי זך. במופע ההשקה החגיגי אירחה את פוליקר. הצלחת האלבום הובילה לכך שבסיכום אותה שנה הייתה ארזי הזמרת המושמעת ביותר ברדיו בישראל.
העשור השני של המאה ה-21.
בינואר 2011 הוציאה ארזי אלבום אוסף משולש בשם "שהשמש תעבור עלי", המאגד שירים מהתחנות השונות בקריירה. לכבוד אוסף זה הוקלטו שני רמיקסים לשיריה של ארזי, "שוב בתמונה" על ידי דור דקל, ו"באתי אליך" על ידי תמיר צור. כמו כן חידשה את ההקלטה הישנה של השיר "הביתה" בגרסתו המלאה, כך שלצד הבתים שהושרו בעבר נוספו בתים נוספים. בעקבות האלבום יצאה לסיבוב הופעות חדש. ביולי אותה שנה יצא DVD מסדרת "שרים קריוקי" בשם "שרים ירדנה ארזי" ובו מספר גרסאות קריוקי ללהיטים שנכללו באוסף המשולש. באותו חודש יצא אלבום כפול בשם "שני צדדים למטבע". זה היה פרויקט מוזקלי רחב היקף בו אמנים שונים ביצעו גרסאות כיסוי לשירים ישראלים במגוון סגנונות. במסגרת הפרויקט ביצעה ארזי את שירה של עליזה עזיקרי "לא לוקחת ללב". בתום אותה שנה הגיעה ארזי למקום השישי ברשימת הזמרות המושמעות בישראל של מדיה פורסט. בספטמבר 2011, לציון יום הולדתה ה-60 של ארזי, נערך לה מופע הצדעה של תזמורת צה"ל במסגרת פסטיבל ראשון לציון. עוד באותה שנה זכתה ארזי בפרס מפקד גל"צ על תוכנית שהגישה לצד דב גילהר והוקדשה לשירי הלהקות הצבאיות.
בדצמבר 2011 שודר בערוץ 2 (בשידורי רשת) סרטם התיעודי של יואב ודורון פז "ירדנה ארזי - הסיפור שלא סופר", המגולל את סיפורה המשפחתי ומלווה אותה במסע אל נקודות משמעותיות בחייה. את הסרט ליווה שיר חדש שנכתב במיוחד על ידי רחל שפירא וקובי אפללו, "חלום וגעגוע".
בראשית 2012 הוענק לארזי "שער הזהב" של השבועון "לאשה" על היותה הדמות שהופיעה על הכמות הגדולה ביותר של עמודי השער של העיתון לאורך השנים. באותה שנה שוחרר לרדיו הדואט "כשהגברים רוקדים", אותו ביצעה ארזי עם דנה אינטרנשיונל. השיר זכה להצלחה גדולה, הגיע למקום הראשון במצעד הפזמונים של רשת ג', שהה תקופה ארוכה בפלייליסט של גלגלצ והיה ברשימת 50 השירים המושמעים ברדיו באותה שנה. ארזי הגיעה למקום השמיני ברשימת הזמרות המושמעות בישראל. בדצמבר 2012 הוציאה לאור את השיר "זמן של אולי" שכתב יוסי גיספן והלחין בנו, ניסים גיספן.