ב-1911 הגיעה למאצ'ו פיצ'ו משלחת מחקר שבראשה עמד היירם בינגהאם השלישי, חוקר מטעם אוניברסיטת ייל. בינגהאם חיפש באותה תקופה את העיר ויטקוס, שהייתה אחת מנקודות המפלט וההתנגדות האחרונות לכיבוש הספרדי של פרו. מספר תושבים מקומיים, שהכירו היטב את האתר, הובילו אותו לשם. כשהגיע למאצ'ו פיצ'ו, בינגהאם טעה וחשב שמדובר בעיר וילקבמבה, שהייתה מעוזם האחרון של בני האינקה ושמיקומה נשכח לאחר הכיבוש הספרדי ב-1572. מסיבה זו כונתה מאצ'ו פיצ'ו בתואר "העיר האבודה". בינגהאם ואחרים שיערו שהמצודה הייתה מקום הלידה המסורתי לאנשי האינקה והמרכז הרוחני של "בתולות השמש", בעוד שאחרים שיערו שהמקום היה מקום נופש או התבודדות עבור אצולת האינקה.
לאחר שהגיע לשם החל בינגהאם בסדרת מחקרים ארכאולוגיים והשלים סקירה מדעית מקיפה של האזור. בינגהאם טבע את השם "העיר האבודה של האינקה", שהיה הכותרת של ספרו הראשון. הוא מעולם לא נתן קרדיט למקומיים שהובילו אותו למאצ'ו פיצ'ו, ורשם בהקדמה לספרו שהוא הסתמך על "שמועה מקומית". לאחר 1911 ערך בינגהאם מספר מחקרים נוספים באזור, ואף ביצע חפירות ארכאולוגיות במהלך 1915. בעקבות זאת הוא כתב מספר ספרים ומאמרים נוספים על מאצ'ו פיצ'ו שהביאו להפניית תשומת לב עולמית אל מאצ'ו פיצ'ו. כאשר שב בינגהאם לאוניברסיטת ייל הוא לקח איתו אוסף של כ-5,000 פריטים ארכאולוגיים אשר הבעלות עליהם נתונה במחלוקת בין האוניברסיטה וממשלת פרו (על המחלוקת ראו בהמשך).
סימון וייסברד, חוקרת ותיקה של קוסקו, טוענת שאנריקה פאלמה, גאבינו סאנצ'ס ואגוסטין ליסאראגה חרטו את שמותיהם על אחד הסלעים במאצ'ו פיצ'ו ב-14 ביולי 1901, ולפיכך גילו הם את המקום מחדש, ולא בינגהאם. כמו כן, ישנן ראיות שמהנדס בשם פרנקלין הצליח להבחין במאצ'ו פיצ'ו ב-1904, לאחר שערך תצפית מאחד ההרים שבאזור. פרנקלין סיפר על תגליתו לתומס פיין, שהיה מיסיונר בריטי שחי באזור. ב-1906 העפילו פיין וסטיוארט א. מקניירן (1956–1867), מיסיונר נוסף, במעלה ההר והגיעו למאצ'ו פיצ'ו. חמש שנים לאחר מכן, ב-1911, שוחח פיין עם בינגהאם וסיפק לו מידע שסייע לו להגיע למאצ'ו פיצ'ו.
אף על פי שבינגהאם לא היה הראשון ש"גילה" מחדש את מאצ'ו פיצ'ו, הוא זכה להיחשב לראשון הואיל והוא היה מי שגרם למיקוד מחדש של תשומת הלב העולמית באתר.
ב-1913 זכה האתר לפרסום משמעותי לאחר שהחברה הלאומית לגאוגרפיה הקדישה לו את כל גיליון אפריל של ביטאונה.
ב-7 ביולי 2007 נבחרה מאצ'ו פיצ'ו כאחד משבעת פלאי תבל החדשים.
מיקום וגאוגרפיה.
מאצ'ו פיצ'ו נמצאת במרחק של כ-70 ק"מ צפונית לקוסקו, על פסגת ההר מאצ'ו פיצ'ו, בגובה של כ-2,350 מטרים מעל גובה פני הים. מאצ'ו פיצ'ו היא אחד מהמרכזים הארכאולוגיים החשובים ביותר באמריקה הדרומית ואטרקציית התיירות המבוקשת ביותר בפרו.
מערכת הדרכים של האינקה.
מבין אלפי הדרכים שנבנו על ידי התרבויות הקדם-קולומביאניות בדרום אמריקה, מערכת הדרכים של האינקה נחשבת לאחת המעניינות ביותר. כל הדרכים במערכת נפגשות בקוסקו, עיר הבירה של אימפריית האינקה, ואחת מהן הגיעה למאצ'ו פיצ'ו. בני האינקה עשו הבחנה בין דרך שנבנתה על חוף הים לבין דרך הררית, כאשר הראשונה נקראת Camino de los llanos (דרך המישורים) והאחרונה נקרא Qhapaq Ñan.
כיום מטיילים במערכת הדרכים אלפי תיירים בכל שנה, ולפני שהם יוצאים למסע מעמק אורובמבה לכיוון הרי האנדים, הם שוהים זמן מה בקוסקו ובמאצ'ו פיצ'ו על מנת להסתגל לתנאי הסביבה.
שמורת הטבע מאצ'ו פיצ'ו.
ב-1981 האזור שמסביב למאצ'ו פיצ'ו, ששטחו הוא 325.92 קמ"ר, הוכרז על ידי פרו כשמורת טבע. אזור זה, שאינו מוגבל להריסות עצמן, כולל לא רק את פני השטח, כי אם גם את הפלורה והפאונה הטבעיות.
אחת התאוריות טוענת שמאצ'ו פיצ'ו הייתה "llacta" של האינקה, כלומר, נקודת יישוב שנבנתה על מנת לשלוט בכלכלה של האזורים הכבושים. התאוריה מוסיפה וטוענת שמאצ'ו פיצ'ו נבנתה מתוך מטרה להגן על אריסטוקרטיית האינקה, אם וכאשר תתרחש התקפה.
רוב הארכאולוגים מתנגדים להשערה שמאצ'ו פיצ'ו הייתה נקודת התכנסות עבור צבא האינקה הנסוג, וסוברים שהיא הייתה אחוזת מותרות של קיסר האינקה פאצ'אקוטי. דעות אלו מתבססות על המחקר שנערך על ידי מספר מומחים בתחום כגון ג'ון רואו וריצ'רד ברגר.
הארכאולוג ג'ון ריינהארד הציג ראיה לכך שהאתר הוקם על הר מאצ'ו פיצ'ו בגלל מיקום האתר ביחס לתבנית נוף שנחשבה מקודשת, ובייחוד ההרים הממוקמים באופן המתאים לאירועים אסטרונומיים חשובים.
חלוקה אזורית.
לפי הארכאולוגים, האזור העירוני של מאצ'ו פיצ'ו חולק לשלושה מחוזות גדולים: המחוז המקודש, מחוז המגורים (הנקרא גם המחוז הפופולרי) והמחוז המלכותי (במחוז זה התגוררו אנשי הדת והאצולה של האינקה).
באזור העירוני ממוקמים מספר ממצאים ארכאולוגיים קדומים: האינטיהואטאנה, מקדש השמש וחדר שלושת החלונות. ממצאים אלו הוקדשו לאינטי (אל השמש והישות האלוהית הבכירה של האינקה). מחוז המגורים היה המקום שבו חיו אנשים ממעמד חברתי נמוך יותר והיו בו מספר בנייני אחסון ובתי מגורים פשוטים.
באזור המלכותי, שהוקדש לאצולה, הייתה קבוצת בתים שנבנתה בשורות מעל מדרון ההר; בתי המגורים של האמאאוטאס (אנשים שנחשבו לחכמים) אופיינו בקירות אדומים, ובאזור הנוסטאס (נסיכות) היו חדרים בצורת טרפז. המאוזוליאום הוא פסל שנבנה כך שיש לו חלל פנימי קמור, בנוסף לציורי חריטות רגילים. הפסל שימש כמקום לטקסים או להקרבת קורבנות.
אדריכלות.
כל המבנים במאצ'ו פיצ'ו בנויים על פי סגנון אדריכלי המבוסס על קיר אבנים יבש בעל צורה רגילה. בני האינקה היו מומחים בשיטת הבנייה הזאת, הנקראת אשלאר, שבה נחתכו הלבנים בצורה כזאת שהן התאימו זו לזו במדויק וללא מרווחים. אחת התוצאות המפתיעות של שיטת הבנייה הזאת היא שלעיתים לא ניתן היה לראות את המרווח בין האבנים או להחדיר ביניהן סכין.
לא נמצאו עדויות לכך שבני האינקה עשו שימוש כלשהו בגלגל. עד היום קיימת תעלומה באשר לדרך שבה שינעו ומיקמו גושי אבן ענקיים. הסברה המקובלת היא שהם השתמשו במאות אנשים על מנת לדחוף את האבנים במעלה מישורים משופעים.
במאצ'ו פיצ'ו יש 140 מבנים הכוללים מקדשים, מקלטים, פארקים ובתי מגורים בעלי סכך. כמו כן, ישנם למעלה ממאה גרמי מדרגות מאבן – שלעיתים נחצבו בגוש יחיד של גרניט – ומספר גדול יותר של מזרקות מים, המחוברות ביניהן על ידי תעלות ואגני ניקוז שנחצבו בסלע, שהיוו חלק ממערכת ההשקיה. נמצאו עדויות המצביעות על כך שמערכת ההשקיה שימשה להובלת מים ממעיין מקודש לכל אחד מהבתים.
בעיות בעקבות התיירות.
מאצ'ו פיצ'ו היא אתר מורשת עולמית לפי החלטה של אונסק"ו. בתור האטרקציה התיירותית ביותר ומקור הכנסת כספים חשוב, ישנם איומים מתמשכים על האתר מסיבות כלכליות ומסחריות. בשלהי שנות ה-90 של המאה ה-20 העניקה ממשלת פרו היתר שאפשר את הקמתו של רכבל המוביל להריסות, ואת בנייתו של בית מלון מפואר הכולל בתוכו מתחם חנויות כגון בוטיקים ומסעדות. תוכניות אלה נתקלו בהתנגדות עזה מצד הממסד המדעי, אקדמאים והציבור הפרואני שהיו מודאגים מכך שהגדלה לא מבוקרת של מספר המבקרים תגרום לנזקים באתר.
מספר הולך וגדל של אנשים מבקרים במאצ'ו פיצ'ו (כ-400,000 ב-2003), ומסיבה זאת ישנן מחאות נגד התוכנית לבנות גשר נוסף שיגיע לאתר והאזור הוכרז כאזור אסור לטיסה. אונסק"ו שוקל להוסיף את מאצ'ו פיצ'ו לרשימת אתרי המורשת העולמית שבסכנה.
בספטמבר 2000 נגרם נזק לשעון שמש עתיק באתר על ידי עובדי חברת פרסום, בשעה שצילמו במקום פרסומת לבירה, ובכך התממשו החששות מפני ההשפעות של ניצול יתר של האתר.
המחלוקת בין ממשלת פרו לאוניברסיטת ייל.
בשני מסעות המחקר של היירם בינגהאם השלישי למאצ'ו פיצ'ו הוא לקח איתו בחזרה לאוניברסיטת ייל ממצאים ארכאולוגיים שהוא מצא. לטענת האוניברסיטה, החוק הפרואני בעת המחקר הראשון בשנת 1912 התיר לבינגהאם לקחת את החפצים וצו נשיאותי שהתיר את החפירות הארכאולוגיות התיר לו לקחת עמו ממצאים לאוניברסיטה לצורכי מחקר, תוך מתן אפשרות לפרו לדרוש חזרה ממצאים ייחודיים או כפולים. הממצאים שנלקחו במשלחת השנייה נלקחו לטענת האוניברסיטה בהשאלה והושבו כולם לפרו בשנות ה-20 של המאה ה-20, באיחור בגלל מלחמת העולם הראשונה.
ב-14 במרץ 2006 דיווח העיתון הרטפורד קוראנט (היומון הגדול ביותר בקונטיקט) שאשתו של אלחנדרו טולדו, נשיא פרו, האשימה את אוניברסיטת ייל בגנבת למעלה מ-250 חפצים מהעם הפרואני. טולדו טענה שחפצים אלה נלקחו ממאצ'ו פיצ'ו על ידי בינגהאם ב-1912, והיו בתצוגה במוזיאון פיבודי לידיעת הטבע של האוניברסיטה מאז. החברה הלאומית לגאוגרפיה של ארצות הברית צידדה בעמדתה של פרו וקראה להחזרת החפצים לפרו. הנשיא טולדו הודיע שהוא שוקל להגיש תביעה נגד ייל על מנת שזו תחזיר את החפצים למדינתו.
ב-14 באוגוסט 2007 דיווח ההרטפורד קוראנט שייל הסכימה להחזיר לפרו למעלה מ-300 חפצים שהיו ברשותה. ההתקדמות במשא ומתן בין ייל וממשלת פרו אמורה להוביל בסופו של דבר להחלטה על הגורם שישמור על החפצים. אלאן גארסיה פרס, הנשיא החדש של פרו, מינה משלחת שממשיכה בשיחות עם ייל ונכון להיום הוא מעוניין ליישב את הסכסוך ללא שימוש באמצעים משפטיים. המקור לטענה זו הוא דבריו של דובר שגרירות פרו בוושינגטון הבירה שאמר "למה אנחנו צריכים להמשיך בתביעה?". כמו כן, הדובר הוסיף ואמר "העניינים מתקדמים. אנחנו מדברים איתם. הם מדברים איתנו".
יורגן הברמאס