במבצע קדש ב-1956, נכבשה עזה ב-2 בנובמבר על ידי כוח ישראלי שכלל את חטיבת החי"ר 11, בפיקוד אהרון דורון, שתוגברה בצוות גדודי משוריין מחטיבה 37. כוח זה החל בפעולתו בשעות הבוקר המוקדמות ובצהרי אותו יום נכנעה העיר. אותו כוח השתלט גם על צפון רצועת עזה ואז נע דרומה לכיוון ח'אן יונס. את מקומה של חטיבה 11 תפסה חטיבה 12 שעסקה בהחזקת רצועת עזה ובהשלטת סדר בה. על החטיבה פיקד דוד אלעזר שאף קיבל את כתב הכניעה לעיר מהגנרל המצרי פואד דיגווי שהיה מושל רצועת עזה. כוחות צה"ל נסוגו מהעיר בעת הנסיגה מסיני בתחילת 1957.
במלחמת ששת הימים ב-1967, כבשה ישראל שנית את רצועת עזה מידי המצרים. על מבואותיה הדרומיים של עזה נערך ב-5 ביוני קרב קשה בין מגני העיר שנמנו על הדיוויזיה ה-20 "הפלסטינית" של הצבא המצרי ובין חטיבה 11 וגדוד 202 של חטיבת הצנחנים. בשעות בוקר 6 ביוני, לאחר שחיל האוויר הישראלי הפציץ מטרות בעיר, תקפו הכוחות מחטיבה 11 ומגדוד 202 ממזרח. במקביל, לאחר שנתקל בהתנגדות קשה באזור ח'אן יונס, נע צפונה גדוד צנחנים נוסף בפיקוד מפקד החטיבה רפאל איתן, מתוגבר בפלוגת טנקים. כוח הצנחנים הרכוב נע במהירות, שטף מצפון לדרום וחזרה את רחוב צלאח א-דין לכל אורכו, תוך ירי בלתי פוסק ונע חזרה דרומה לאזור ח'אן יונס. בעיר עצמה החלו להופיע דגלים לבנים מונפים ונערכו קרבות מועטים בלבד. בצהרי היום הושלם כיבוש העיר ומושלה הצבאי המצרי חתם על כניעת העיר בטקס שנערך בבית החולים שיפא.
לאחר מלחמת ששת הימים.
עזה שימשה כמפקדה הראשית עבור כוחות צה"ל שהחזיקו את רצועת עזה בין השנים 1967 ל-1994. בשנת 1969 חוברה העיר לרשת החשמל של ישראל על בסיס הזיכיון ההיסטורי של חברת החשמל. ביולי 1969 חתם המושל הצבאי של עזה, מוטה גור, על צווי גירוש לפייסל חוסייני, אברהים אבו סיטה וחיידר עבדול שאפי.
בשנת 1971 החליטה ממשלת ישראל לפעול לשיקום מחנות הפליטים שברצועת עזה, מתוך מחשבה שמהלך זה יעזור להרגעת המתיחות הביטחונית ושינוי דעת הקהל לטובת ישראל, לאחר שתחת השלטון המצרי לא נעשה מאמץ לשקם את הרצועה. כחלק מהתוכנית הוקמה שכונות חדשות לפליטים בעזה, כשמע"ץ מבצעת את עבודת התשתית. בין השאר הוקמה בדרך זו שכונת קנדה ברפיח שנמצאת כיום בצידו המצרי של הגבול. מתחילת שנות ה-70 החלו עימותים תכופים בין כוחות הביטחון הישראלים לבין הפלסטינים. ב-1971, בעת שאריאל שרון היה אלוף פיקוד הדרום פעל צה"ל בצורה נרחבת למיגור הטרור ברצועת עזה, והביא לשקט יחסי שנמשך מספר שנים. בדצמבר 1987 פרצה האינתיפאדה הראשונה והעיר עזה הייתה אחד ממוקדי העימות. בעקבות האינתיפאדה והגבלת חופש התנועה של עובדים עזתיים אל מעבר לקו הירוק התדרדר המצב הכלכלי בעזה.
ב-1994, כתוצאה מהסכמי אוסלו, נסוג צה"ל מהעיר עזה והשליטה בעיר עברה לידי הרשות הפלסטינית. מנהיג הרשות הפלסטינית, יאסר ערפאת, קבע את מפקדתו בעזה וישיבתה הראשונה של המועצה הלאומית הפלסטינית נערכה בעזה במרץ 1996. בשנת 2005 פונו היושבים היהודיים ברצועת עזה, בנסיגה חד צדדית. לאחר יציאת צה"ל מעזה, התגבר ירי רקטות קסאם משטח רצועת עזה, כאשר הירי מהעיר עזה והעיירות הסמוכות אליה כוון בעיקר אל העיר שדרות וליישובים סביבה.
תחת שלטון החמאס.
לאחר ניצחון החמאס בבחירות שנערכו ברצועת עזה ב-2006 ועימות חמאס-פת"ח ברצועת עזה בו הורחקו פעילי הפת"ח, החמיר המצב הביטחוני בעיר. ישראל הפעילה סגר על רצועת עזה ומנגד התגבר ירי הרקטות ופצצות המרגמה על יישובי עוטף עזה, שהפכו את העיר ליעד עיקרי של הפצצות חיל האוויר הישראלי. בדצמבר 2008 פתח צה"ל במבצע עופרת יצוקה שבו פעלו כוחות יבשה, אוויר וים כנגד מטרות פלסטיניות ברצועת עזה. עיקר המאמץ הישראלי היה סביב העיר עזה: בעיר ג'באליה, במחנה הפליטים שאטי ובשכונות המזרחיות והדרומיות של העיר עצמה. הכוחות הישראלים נסוגו לאחר כשלושה שבועות. במהלך המבצע נגרם הרס רב בעיר, כתוצאה מתקיפות של צה"ל ונהרגו מאות מתושבי העיר, חלקם חמושים וחלקם אזרחים.
בנובמבר 2012 פתח צה"ל במבצע עמוד ענן ברצועת עזה, בתגובה לירי המתמשך על יישובי דרום בשבועות שקדמו לו. ביולי 2014 פתח צה"ל במבצע צוק איתן ברצועת עזה, בתגובה לירי המתמשך על יישובי הדרום בשבועות שקדמו לו, במבצע שכלל גם כוחות אוויר וים, וב-17 ביולי 2014 נכנס צה"ל קרקעית לרצועת עזה בעקבות חדירה תת-קרקעית לשטח ישראל. במהלך המבצע הושמדו אלפי רקטות מסוגים שונים, נגרם הרס רב בעיר ונהרגו 2,203 פלסטינים במהלך המבצע. מתוכם, בין 1,068 ל-1,408 פעילי טרור ובין 805–1473 אזרחים הרוגים, ומעל ל-11,000 פלסטינים פצועים, מעל ל-200 פעילי טרור נשבו בידי ישראל.
היישוב היהודי בעזה.
תקופת בית שני וימי המשנה והתלמוד.
יונתן החשמונאי, אחיו של יהודה המכבי כבש את עזה בשנת 145 לפנה"ס ושמעון אחיו יישב בה קהילה יהודית, שהתקיימה עד שנת 61 לפנה"ס אז גירש את המתיישבים נציב סוריה הרומי אולוס גביניוס. בתקופת המשנה והתלמוד הייתה בעזה קהילה יהודית גדולה למדי. היה ניתן לראות על אחד העמודים במסגד הגדול בעזה את הכתובת "חנניה בר יעקב" בעברית וביוונית ומעליה חקוקה מנורה עם שופר בצידה האחד ואתרוג בצידה האחר עד להשחתתה בתחילת האינתיפאדה.
התקופה הביזנטית.
סמוך לנמל עזה התגלו שרידי בית הכנסת העתיק בעזה הימית שנבנה בסביבות שנת 508 לספירה, בתקופה הביזנטית. על רצפת הפסיפס של בית הכנסת ניתן להבחין בבעלי חיים אפריקאים שונים עדויי מדליונים ובכניסה מתוארת דמות פורטת בנבל המקסימה את החיות, ומעליה מופיע השם "דויד". בכתובת המרכזית של הפסיפס מופיעות המילים הבאות ביוונית: "אנחנו מנחם וישוע בני ישי המנוח סוחרי עצים כאות הערצה לאתר הקדוש ביותר תרמנו את הפסיפס הזה בחודש לואוס שנת 569" (ספירת יהודי עזה החלה מהגירוש של גביניוס). קהילת עזה מוזכרת גם בכתבי גניזת קהיר.
התקופה הערבית הקדומה.
ישנן עדויות על יישוב יהודי בעזה הן בסמוך לכיבוש הערבי המוקדם של ארץ ישראל והן במהלכו. כגון בעדותו של הקראי סהל בן מצליח הכהן: "עת עדיין נאסר רשמית על יהודים לעלות לרגל לירושלים היו נוהגים יהודי הפזורה להתקבץ בשלוש הרגלים מארבע כנפות שמיים, מדרום לצוער, ממזרח לטבריה וממערב לעזה, לשוח את שיחם בפני הבורא תחת לבוא אל עיר הקודש". אישוש נוסף לקיומו של יישוב יהודי בעזה במהלך הכיבוש הערבי המוקדם ולאחריו הוא אזכורם של אישים כמשה הנקדן העזתי שחי בעזה סביב שנת ד´תק"ס, (800 לספירת הנוצרים). וכן של אפרים בן שמריה, מנהיגם של יהודי פוסטאט במחצית הראשונה של המאה האחת-עשרה, שהיה בן עזה והוא היה נוהג לחתום על מכתביו כך: "אפרים... בן שמריה המלמד בן יחיה העזתי". נראה שאביו או סבו הגיעו למצרים מעזה. בגניזה הקהירית ישנם כתבים רבים המזכירים את היישוב היהודי בעזה באותן שנים. יישוב יהודי בעזה עולה גם על פי הוויכוח שנתגלע בין דוד בן דניאל מזרע ראשי הגולה בבבל ובין משפחת הגאונים לבית הכוהנים אודות השאלה האם עזה ואשקלון נכללות בגבולות ארץ ישראל או מחוץ לה.
התקופה הממלוכית והעות'מאנית.
ייתכן שהיישוב היהודי במקום חרב שוב, אולם עם הכיבוש הממלוכי הגיעו אליה יהודים ובעיר קמה קהילה יהודית שוקקת.
נוסעים נוצרים דיווחו על קיומה של קהילה יהודית בעיר כבר בסוף המאה ה-14. היהודים התגוררו באותו רחוב, וברחוב סמוך התגוררו השומרונים. בני העדות השונות חבשו כיסויי-ראש בצבעים שונים: המוסלמים במטפחת לבנה, הנוצרים במטפחת בצבע כחלחל, השומרונים במטפחת לבנה בגוון אדום בהיר ואילו היהודים במטפחת צהובה.
משולם מוולטרה מתאר במסעו לארץ ישראל בשנת 1481 את העיר עזה: "ארץ טובה ושמנה ופרותיה משובחים מאד. יש שם לחם ויין, שרק היהודים מכינים. היא בעלת אוכלוסייה גדולה. יש בה כ-70 משפחות יהודיות וכן ארבע משפחות של שומרונים. הוא מספר כי היהודים יושבים בחלק העליון של העיר - "בראש (נמצאת) הייודיקה ובה הבית של דלילה (הפלישתית), והיה דר בתוכה שמשון הגיבור". כמו כן הוא ראה את "החצר הגדול אשר הפיל בחוזקתו ובתוקפו" והוא מוצא כי הבתים ההם עדיין חרבות ושוממות "כי יראה כי החצר ההוא היה דבר גדול לפי מה שיראה עד היום הזה".
על קהילת היהודים הוא מספר כי יש בית כנסת יפה וקטן. יש להם שדות וכרמים. הנוסע הזכיר שמות של שני יהודים מעזה: ר' משה ב"ר יהודה ספרדי וחותנו ר' מאיר ספרדי צורף.
בתחילת המאה ה-17 כיהן המקובל והפייטן ר' ישראל נג'ארה כרבה של הקהילה עד לפטירתו ב-1628 וקבורתו בבית העלמין היהודי שבה לאחריו כיהן בנו ר' משה בן ישראל נג'ארה.
בתקופת האימפריה העות'מאנית יצא מעזה נתן העזתי שהכריז על שבתי צבי כעל משיח בליל חג השבועות בשנת 1660.
בשנת 1674 דיווח כומר ישועי שהגיע אל העיר, שליהודים יש רובע משלהם. כומר נוצרי אחר שהגיע לעזה בשנת 1726 דיווח על קהילה יהודית בעיר, שבניה עוסקים במסחר ומשמשים כמתורגמנים.
בפברואר 1799 עם כיבוש הכוחות הצרפתיים בראשות נפוליאון את העיר, פרצה בה מגפת דבר והיהודים נטשו את העיר.
העת החדשה.
בשנת 1885 קרא זאב קלונימוס ויסוצקי, מראשי חובבי ציון, להקים התיישבויות יהודיות בלב ערים ערביות (עזה, לוד ושכם) כדי לתת מענה נוסף, מלבד המושבות שקמו אז, לפרנסת העולים. בשנת 1886 כבר גרו 30 משפחות יהודיות בעזה, אם כי קודם לכן, בשנת תר"ל 1869, התגוררו בה שתי משפחות מיוצאי מרוקו שהיו הגרעין המייסד להתיישבות היהודית החדשה.
החל מ-1907 כיהן הרב ניסים אוחנה כרב קהילת עזה, ייסד בה בית ספר ללימוד תנ"ך ותלמוד בשפה העברית, ואליעזר בן-יהודה נכח בפתיחה שלו. בנוסף, הוא התקין שם מקווה טהרה לנשים, ויזם הקמה של בית עלמין.