אף על פי שהסדרה מתרחשת על גבי חללית בדיונית, רודנברי רצה להציג עלילה מתוחכמת אשר תשתמש בתפאורה העתידית הבדיונית כמשל לבעיות הנוכחיות בכדור הארץ ותנסה לספק פתרונות לסוגיות מסובכות באמצעות הומניזם ואופטימיות. משפט הפתיחה המפורסם "באופן נועז להגיע לאן שאף איש לא הגיע קודם לכן" נלקח כמעט מילה במילה מספרון של הבית הלבן אשר עסק בחקר החלל אשר הופק לאחר טיסת הבכורה של הספוטניק בשנת 1957.
רודנברי התכוון במפורש שהתוכנית תהיה בעלת אג'נדה פוליטית. כדור הארץ אמנם מוצג בסדרה כמקום נטול עוני ומלחמות, שמדינות נפרדות ממשיכות להתקיים בו באופן רשמי בלבד, אך ניתן למצוא דמיון בין החייזרים השונים לבין הלאומים המוכרים לנו בעולם האמיתי. תורמת לכך ההתייחסות התכופה אליהם כאל גזעים (Races), במקום כאל מינים (Species). רודנברי בחר בצוות שחקנים מרקעים אתנים שונים - אשה אפרו אמריקנית, סקוטי, יפני, והחל מהעונה השנייה גם רוסי. הסדרה הציגה גם את הנשיקה הבין-גזעית הראשונה בטלוויזיה האמריקאית (בין קירק לאוהורה, בפרק "ילדיו החורגים של אפלטון"). כמו כן, היא הציגה חזון של הכיוון אליו האנושות תגיע אם רק תלמד מלקחי העבר, בעיקר אם רק תבחר לשים קץ לאלימות. דוגמה קיצונית לכך היא גזע הוולקנים אשר היו בעלי עבר אלים במיוחד אבל למדו לשלוט ביצרים שלהם.
דמויות ראשיות.
הדמויות הראשיות בסדרה המקורית היו מוקצנות וסטריאוטיפיות אך עדיין בעלות נפח. ממשיכותיהן בסדרות ההמשך עודנו ועוגלו במידה רבה.
קפטן קירק - ג'יימס טיבריוס קירק הוא דמות שמייצגת את המיטב שבמין האנושי אליבא דרודנברי: הוא יצירתי, נועז, ואימפולסיבי, אבל גם רגשן ומתורבת. כל זאת מעבר לתכונות הנדרשות ממנו כמנהיג ללא חת - טקטיקן בחסד, קר רוח, בעל תושייה ומגלה יכולת מרשימה בקרב פנים מול פנים. דמותו נראית מושפעת מהדמויות הגבריות בספריו של רוברט היינליין משנות ה-60.
ספוק - קצין המדע הוא דמות המהווה ניגוד לדמותו של הקפטן. הוא בן תערובת לאב וולקני ואם אנושית, אך גדל וחונך בוולקן כוולקני, ועל כן הוא משתדל להדחיק לחלוטין את רגשותיו ולפעול על פי הגיון קר. הוא בעל יכולות קוגניטיביות גבוהות במיוחד ובר סמכא מדעי. המתח והחברות בין הקפטן החם והקצין הראשון הקר הם מוטיב ראשי לאורך הסדרה והסרטים. מלחמתו של ספוק ברגשותיו האנושיים המודחקים גם היא מוטיב חוזר.
הריסון של הדמות ולשון ההמעטה שלה סיפקה מחוות ייחודיות כגון הרמת גבה אחת בתגובה לאירועים יוצאי דופן, ושימוש בתארים "מעניין" ו"מרתק" לתופעות מאיימות ומסוכנות במיוחד.
דוקטור לאונרד מק'קוי - הצלע השלישית במשולש היא של רופא הספינה שניחן בפטאליזם, הומור יבש, חשדנות ובעיקר הגיון בריא שחסר לשתי הדמויות הראשיות, ומשמש לעיתים כ"מבוגר האחראי". מתחת למעטפת קרירה ועוקצנית, הדוקטור מאמין ברגשות על פני הגיון קר ומעביר ביקורת רבה על הקצין ספוק. בסדרות ההמשך תכונות אלו ממוזגות ברובן אל דמות הקפטן ועל כן דמות רופא הספינה מאבדת ממרכזיותה.
הקלינגונים.
הסדרה המקורית שודרה בימים של המלחמה הקרה, כשהפחד מהקומוניזם היה בשיאו. במערכות ההקבלות הזו עומדים בראש ובראשונה הקלינגונים כבבואה לרוסים וליפנים. הקלינגונים מוצגים כשוחרי-מלחמה חובבי שתייה, ולכן אין פלא שיש אפילו מי שיחדדו וידברו על קוזאקים. "הדור הבא" שודרה מיד לאחר תום המלחמה הקרה ובהתאם לכך הופשרו גם יחסי הפדרציה עם הקלינגונים: עדיין מדובר בשני גופים שונים, אך כאלו המשתפים פעולה במידת הצורך (סרט הקולנוע "מסע בין כוכבים: הארץ הלא נודעת" מתאר את הרקע להסכם השלום ביניהם). יתר על כן, סרגיי והלנה רוז'נקו, הוריו המאמצים של וורף, קלינגוני המשרת בצי הכוכבים, הם ממוצא רוסי.
הרומולאנים.
רבים מהמונחים בהם נעשה שימוש ביחס לרומולאנים, האויב השני העיקרי בסדרה המקורית, נגזרים מהמיתולוגיה הרומית ושיטת הממשל הרומית: רומולוס ורמוס הם שני האחים שייסדו את העיר רומא; הפרוקונסול והפראיטור היו פקידי ממשל בתקופת הרפובליקה הרומית, והסנאט הרומי היה הגוף השלטוני שלה.
הרומולנים, בניגוד לקלינגונים, אינם מייחסים חשיבות רבה לכבוד. בדומה לוולקנים, איתם הם חולקים מוצא משותף, הם פחות רגשניים, אם כי גם הם יודעים להיות חסרי-רחמים, במידת הצורך.
הוולקנים.
לפי אותו קו, הוולקנים, גזע שכלתני, מדחיק רגשות ובעל שורשים משותפים עם הרומולנים, מקבילים ליוונים וליפנים בין היתר בצורת משטרם ובמנהגיהם. כוכב הלכת וולקן נקרא על שמו של הפייסטוס, אל הנפחות והאש במיתולוגיה היוונית. באשר להקבלה ליפנים, ניתן למשל לייחס לצביטת הצוואר הוולקנית, פעולה המכניעה אדם ללא כל מאמץ, כסוג של אמנות לחימה.
השפעות.
לאורך השנים סדרת הטלוויזיה המקורית וסדרות הבת שלה צברו פופולריות רבה ברשתות הטלוויזיה האמריקאיות וברשתות הטלוויזיה השונות ברחבי העולם. ההשפעה התרבותית של התוכנית גדולה בהרבה מהרווחיות שלה ומאריכות הימים שלה - כנסי מעריצים של הסדרה נהפכו לפופולריים אף על פי שכיום, לעיתים קרובות, מאחדים אותם עם כנסים של ז'אנרים וסדרות אחרות. המעריצים של הסדרה טבעו את המונח "טרקי" (Trekkie) כדי לתאר את עצמם.
הזיכיון של "מסע בין כוכבים" השפיע על העיצובים של טכנולוגיות רבות הקיימות כיום כגון מחשב לוח, מחשב כף יד, טלפון סלולרי וה-MRI. הוא גם הפנה את תשומת לבו של הציבור הרחב למושג הטלפורטציה.
בשנת 1976 בעקבות קמפיין במהלכו מעריצי הסדרה שלחו מכתבי בקשה רבים לנאס"א, החליטה סוכנות החלל לקרוא למעבורת החלל שלה "אנטרפרייז" על שם הספינה הבדיונית.
לאורך השנים הופקו פרודיות רבות המבוססות על התוכנית שחלקן זכו לפופולריות רבה, ביניהם הסדרה המצוירת "Stone Trek" והסרט גלקסי קווסט (1999).
פרסים נבחרים.
בסך הכל, זכה זיכיון "מסע בין כוכבים" ב-33 פרסי אמי, 21 פרסי סאטורן ושלושה פרסי הוגו, נוסף לשלל מועמדויות נוספות. בין יתר המועמדויות הבולטות נמנים גם אמי לשחקן המשנה לנרד נימוי עבור השתתפותו ב"מסע בין כוכבים: הסדרה המקורית" במשך שנתיים רצופות, אמי בקטגוריות סדרת הדרמה הטובה ביותר, עיצוב אמנותי, צילום אמנותי, תלבושות, איפור, עריכת סאונד ועריכה עבור "הדור הבא", "חלל עמוק 9", "וויאג'ר" ו"אנטרפרייז", חמש מועמדויות רצופות לפרס סאטורן ל"חלל עמוק 9" עבור סדרת הדרמה הטובה ביותר (שנים 1996–2000), שלוש מועמדויות לסאטורן על סדרת הדרמה הטובה ביותר ל"וויאג'ר" (שנים 1998, 1999 ו-2001) וארבע מועמדויות רצופות ל"אנטרפרייז" על סדרת הדרמה הטובה ביותר (שנים 2002–2005).
סרט הקולנוע הראשון זכה בשלוש מועמדויות לפרס אוסקר וכן בפרס גלובוס הזהב לפסקול, "השיבה הביתה" היה מועמד לארבעה פרסי אוסקר, "הארץ הלא נודעת" היה מועמד לשני פרסי אוסקר, "המפגש" היה מועמד לאוסקר על האיפור, ו"סטארטרק" היה מועמד לארבעה אוסקרים מתוכם זכה באחד על ההישגים באיפור, לפרס גילדת שחקני המסך על אנסמבל פעלולנים ולשתי מועמדויות לפרס באפט"א בקטגוריות הסאונד והאפקטים המיוחדים. כל סרטי הקולנוע פרט לראשון, ל"גבול האחרון" ול"נמסיס" זכו במועמדויות לפרס הוגו עבור ההופעה הדרמטית הטובה ביותר. דאג ג'ונס, מישל יאו, ג'ייסון אייזקס, וילסון קרוז ואית'ן פק היו כולם מועמדים לפרסי סאטורן כשחקנים על תפקידיהם בסדרה .
הסטטוס הנוכחי ועתיד הזיכיון.
הפיצול.
בשנת 2005 החליט סאמנר רדסטון יושב ראש החברה האם, על פיצול ויאקום המקורית לשתי חברות בת, ויאקום בגלגולה החדש מחד, ו-CBS מאידך. במסגרת החלוקה עברו כל הזכויות על סדרות הטלוויזיה של הזיכיון, כמו גם זכויות המסחור שלו, לחברת CBS בעוד שהזכויות על סרטי הקולנוע הקיימים נשארו בידי ויאקום החדשה וחברת ההפקות סרטי פרמאונט שבבעלותה. במסגרת הסכם שערכו החברות הוסכם כי פרמאונט תוכל להפיק סרטים חדשים בזיכיון, ובלבד שיהיו שונים באופן מהותי (25% לפי הערכות שונות) מההפקות המקוריות.
בקולנוע.
לאחר שהסדרה "מסע בין כוכבים: אנטרפרייז" בוטלה ב-2005 לראשונה מאז 1987 לא הייתה הפקה פעילה של סרט או סדרה מהזכיון, וצירוף כישלונם של האחרונים בסרטי המותג בקופות הקולנוע - המשך עתידו של המותג הוטל בספק. מצב זה נשאר על כנו במשך זמן רב, עד ליציאת הסרט ה-11 בסדרה ב-2009, אשר זכה להצלחה רבה, ושימש גם כ"אתחול" לזיכיון, שכן עלילתו התמקדה בתחילת דרכם המשותפת של קירק, ספוק ושאר חברי הצוות המקורי (לראשונה - עם צוות שחקנים חדש, בתפקיד הדמויות של הסדרה המקורית). בעת הפקת הסרט , כריס פיין וזאכרי קווינטו חתמו על חוזה לגילום דמויותיהם גם בסרט רביעי בסדרה. וביולי 2016 המפיק ג'יי. ג'יי אברהמס אישר כי כריס המסוורת' יגלם את דמותו של ג'ורג' קירק, אביו של קפטן קירק. תפקיד שכבר גילם בסצנת הפתיחה של הסרט משנת 2009.
מאוחר יותר באותו החודש אולפני סרטי פרמאונט אישרו את הדיווח והצהירו גם כי מרבית שחקני הצוות ישובו להפקת הסרט הרביעי בסדרה, עם אברהמס ולינדסי וובר כמפיקים וג'יי.די. פיין ופטריק מק'יי כתסריטאים.
בתחילת שנת 2019 נודע כי הסרט הרביעי בסדרה בוטל, הן לאור הרווחים הנמוכים של הסרט השלישי והן לאור סירובם של כריס המסוורת' וכריס פיין לקיצוץ בשכרם.