הרצל מעולם לא ניסה להסתיר את מוצאו היהודי. ביומניו, במאמריו ובנאומיו הוא מזכיר בטבעיות מלאה מושגים מסורתיים ("גאולה", "גלות", "מארבע כנפות הארץ", "יציאת מצרים", "עגל הזהב", "ערב ראש השנה", "שופר", "טלית", "תפילין"), וכן טקסטים על חשיבות המסורת היהודית: "רק בדת אבותינו עוד נכיר כי בנים אנו לעם אחד... האמונה היא הקשר המאחדנו", "אלוהים לא היה מקיים את עמנו זמן רב כל כך, לולא נועד לנו ייעוד כלשהו בתולדות האנושות", "באמרי אלוהים אין ברצוני להעליב את החופשיים בדעותיהם [= חילוניים]", "גיליתי אגב את השקפתי על האלוהות. רוצה אני לחנך את ילדי על האלוהים ההיסטורי, כביכול. אלהים, זוהי בשבילי מילה עתיקה, יפה וחביבה, שאני רוצה לשמור עליה".
הרב משה אביגדור עמיאל, רבה של תל אביב, קבע כי "היהדות תמיד ידעה לקרב את בעלי התשובה, ואפילו לתת להם מקום בראש...והרצל בעצמו הלא היה בעל תשובה".
יחסו כלפי המתבוללים.
לאחר התגבשותו של הרעיון הציוני, גברה שנאתו כלפי המתבוללים ואפילו אלו מבני משפחתו. הוא ראה בדרכם כטמיעה בארצותיהם, בגידה בדת היהודית וגם בעם היהודי, ומכשול להקמתה של המדינה היהודית בארץ ישראל. הוא תיעב אותם, התרחק מהם ודיבר בעוינות גלויה כלפיהם: "היהודים, מוגי הלב שהתבוללו והתנצרו, ישארו כאן [ולא יעלו לארץ]", "איתנו ילכו רק אלה שאינם רוצים להתבולל במקומות מושבותיהם – כלל זה נקוט בידנו". על נורדאו שהתנצר, הרצל כתב ביומנו: "והשגחתי שהוא מעלים איזה רגש בושה, כמדומה, שהוא בוש על שהמיר את דתו, בראותו ובשומעו כמה מחזיקים אנו ביהדותנו". נחום סוקולוב סיכם את התרשמותו מהספר אלטנוילנד שכתב הרצל: "השרטוט הכי אופייני של הסיפור הזה הוא שלילת ההתבוללות". הרב יצחק יעקב ריינס תיאר את התנועה הציונית כתנועה ש"יצאה להילחם בגבורה בשאיפת ההתבוללות וההתבטלות". ההסתדרות הציונית לא הסכימה לקבל יהודים שהתנצרו או המירו את דתם מיהדות לדת אחרת כלשהי כ"חברים" בה.
המדינה והדת.
הרצל טבע את המונח "מדינה יהודית" בכותרת ספרו בכל השפות שתורגם ושלט בהם, וכן השתמש במונח זה בעקביות מלאה לאורך כל השנים. כותרת ספרו שתורגמה לעברית נכתב: "מדינת היהודים", וייתכן שזה על דעת המתרגם עצמו מבלי ידיעתו של הרצל (שהכיר רק מילים ספרות בעברית), או שהרצל נתן למתרגם לבחור בכותרת הנשמעת יפה יותר.תוכניתו של הרצל הייתה להקים מדינה מודרנית עם אורח חיים חופשי, ללא אף כפייה בנושאי אמונות דתות ודעות, ומעמד שווה לחילונים ולדתיים: "שאין אנו מייסדים תיאוקרטיה [=שלטון הדת], אלא מדינה אזרחית מודרנית וסובלנית". מאידך, בהצעת הצ'רטר שהגיש הרצל לממשלת בריטניה ב-13 ביולי 1903, הוא קבע שהמדינה תדאג לשמירתו ולטיפוחו של הרעיון הלאומי היהודי, ותהיה יהודית באופייה. המדינה לא נועדה להיות מדינת האזרחים היהודים (מה שמכונה היום "מדינת כל אזרחיה") אלא מדינה שתאופיין בייעוד יהודי במהותו, שהרי "אנחנו מזהים את עצמנו כאומה על פי הדת" ולא על פי רק שפתה או ארצה.
בקטע המפורסם שלו על התיאוקרטיה בספרו מדינת היהודים (בתרגום העברי), הרצל הישווה את הרבנות לקצונה הצבאית, וטוען שלשתיהן יהיו תפקידים מכובדים וחשובים אך תמנע מהן אפשרות לכפות את סמכותן בתחום החברתי והמדיני על מנהיגי המדינה. לדת הממוסדת יתנו מקום של כבוד במדינה "שהרי האמונה העתיקה לבדה היא שליכדה אותנו יחד". יתמנו דמויות רבניות חשובות לרבני ערים או מחוזות, והקהילות הדתיות יפעלו באופן אוטונומי. ירושלים "עיר הקודש" (כלשונו) תיבנה ותשוב לתפארתה ותשמש כמרכז דתי יהודי. בית המקדש ייבנה מחדש "כמזכרת מאירה לאמונת אבותינו". הרצל הכריז בקונגרס הציוני הראשון: "יכול אני להבטחתכם שציונות אינה מתכוונת לשום דבר שיש בו כדי לפגוע באמונתו הדתית של כל כיוון שהוא בתוך היהדות", וקיבל תשואות סוערות על כך.
תגובתו של הרצל על מאמרו של מקס נורדאו שכתב ש"הציונות אין לה דבר עם הדת" ושהציונות שואבת את השראתה "מצוק העיתים" ולא מהתורה ומהמשנה, הוא הגיב בכתב ידו על המאמר שאין קושי לפשר בין המהלכים הפרקטיים של הציונות לבין היחס העקרוני לדת, ואין להרפות ולהרחיק את הרבנים הציונים אף על פי שהמדינה לא תהיה תחת שלטונם של הרבנים.
יחסו לארץ ישראל.
הרצל ביומנו (13 ביוני 1895) התלבט לגבי בחירת הארץ המיועדת להקמת המדינה היהודית, ארץ ישראל או ארגנטינה, וכן כתב על כך ב-14 בפברואר 1986 בספרו מדינת היהודים תחת הכותרת "פלשתינה או ארגנטינה?". הבחירה בארגנטינה איננה מקרית, ונבעה מתוכניתו של הברון מוריס דה הירש משנת 1891, בהקמת מפעל התיישבותי חקלאי גדול בארגנטינה לטובת פליטי יהודי רוסיה הצארית. תוכנית זו התחילה את פעולתה כבר בשטח, ועתידה הייתה להפוך להיות כפרובינציה, ולהוות מעין מדינה יהודית.
בעיני הרצל, ארגנטינה עדיפה על ארץ ישראל בגלל שטחיה הגדולים לחקלאות, האקלים הממוצג, וכן היא רחוקה מאירופה "ומסיבוכיה המלחמתיים והחברתיים". מאידך, בספרו מדינת היהודים הוא גם מדגיש ש"פלשתינה היא מולדתנו ההיסטורית לא תישכח, השם הזה לבדו יהיה לעמנו קריאת-מאסף תוקפת באדיר", ו"לא חדלו היהודים לחלום חלום-מלכות זה 'לשנה הבאה בירושלים!', הוא פסוקנו הישן. עתה שומה להראות כי יכול החלום להיות לרעיון בהיר-יום". הבחירה בין הארצות תינתן על ידי הגוף המיועד ("האגודה") שתנהל את הקמת המדינה.
בנאומו בפני מועדון הפועלים היהודי במזרח לונדון ב-13 ביולי 1896, הרצל חזר בו מהקמת מדינה בארגנטינה כי "נתברר מיום ליום, כי ארץ ישראל, וארץ-ישראל בלבד, היא המקום הנכסף. ולכן צריכים אליה לפנות כולנו... כן חייבים אנחנו להוסיף ולהחזיק באמונתנו, כשם שהוספנו לומר בשפתותינו: "לשנה הבאה בירושלים". הוספנו לומר זאת שנה אחר שנה, מתוך הכרה כי במוקדם או במאוחר יהיה הדבר לעובדה מוגמרת... ואם נשפיע לה באורח מדעי את תנאי הפוריות, היא תשוב להיות ארץ זבת חלב ודבש", וכן גם בקונגרס הציוני הראשון (בסוף אוגוסט 1897) הוא הכריז: "הציונות מבקשת להבטיח בשביל העם היהודי בית מוכר פומבית ומובטח חוקית בארץ-ישראל", וכל בחירה של ארץ אחרת ירדה מהפרק. הרצל אף מגדיר את המונח ציונות: "השאיפה להקים בית-מולדת מובטח במשפט הכלל בשביל עם ישראל בארץ מישראל (התוכנית הבזלאית משנת 1897). המשאלה לשיבה אל המולדת ההיסטורית הייתה למעשה מיום חורבן מלכותינו, רדומה במעמקי נפשו של העם. את הקריאה רווית הכיסופים: "לשנה הבאה בירושלים!" מסר דור לדור".
ביומנו האישי, הרצל הירבה להשתמש במילים ומשפטים מהמסורת המקראית, כגון: "בארץ הקדושה", "ארץ הבחירה", "יציאת מצרים", "ארץ הברכה".
בכתביו, נאומיו ופרסומיו הוא הדגיש את התחושה העמוקה לארץ ישראל, כגון: "ארץ-ישראל היא מולדתנו ההיסטורית הבלתי-נשכחת. השם הזה בלבד יהי לעמנו קול-קריאה מזעיק, אדיר ומרגש".
הרצל ניסה לקבל זכויות-עליה (צ'ארטר) של יהודים לארץ ישראל, אך הסולטאן הטורקי סירב לכך. בעקבות פרעות קישינוב ומצב היהודים בעולם, הבריטים הציעו להרצל חבל ארץ במזרח אפריקה – אוגנדה, לטובת ישוב יהודי אוטונומי תחת פיקוח ריבוני בריטי שתשמש כ"מקום מקלט". הרצל הביא את הצעה זו בקונגרס הציוני השישי, אך הדגיש "כי לא ייתכן, כמובן, שתהיה לעם ישראל שום מטרה סופית אחרת מלבד ארץ-ישראל, ואם כי, יהיה גורלה של ההצעה מה שיהיה. השקפותינו על ארץ אבותינו אינן ניתנות לשינוי ולא תשתנינה לעולם".
הרצל כתופעה משיחית.
הרצל סיפר לביוגרף הראשון שלו, ראובן בריינין, על חלום שחלם בגיל 12 בערב פסח:
סיפור יציאת מצרים קסם להרצל בגיל צעיר, וקיבל משמעות ריאלית ביומנו הפרטי בעת גיבוש רעיון הקמת מדינה ליהודים: "אני מתחיל מחדש את מסורת עמנו שנפסקה באמצע, אני מביאו לארץ הבחירה" (10 ביוני 1895). "העניין הישן והפשוט הזה הוא יציאת מצרים" (13 ביוני 1895).
הרצל כתב ביומנו שהמחשבות על מציאת פתרון לשאלת היהודים הטרידוהו באופן אובססיבי, ולא הייתה לו שליטה עליהן, וכינה מצב זה כ"השראת שכינה". אניטה שפירא מתארת את תופעת הרצל כמצב של "התגלות", ואילו אחרים השתמשו בכינויים: "גאונות נבואית" (אנרי ברגסון) או "רוח האלוהים" (נחום סוקולוב).
הרב אליהו עקיבא רבינוביץ' פתח את ספרו התורני 'ציון במשפט' בתיאור ההד העצום שעשה הספר מדינת היהודים: "בצאת לאור מחברתו של הד"ר הרציל, הנקובה בשם 'מדינת היהודים', נזדעזעה ארץ ישראל מקצה העולם עד קצהו. בכל עבר ופנה, כקטן כגדול, כעני כעשיר, כעבד כאדוניו, מן ראשי עמנו עד היושבים אחר התנור והכירים, הגו בה ויתווכחו ויתפלפלו ביניהם על אודותיה... בקצרה, המחברת הייתה שיחתם כל היום". מיד עם הופעת הספר הוא תורגם לכמה שפות, והרצל הצליח לרכז בתוך כשנה 196 צירים נציגי שש-עשרה ארצות, וקיבל מכתבי ברכה והערצה ל"משיח המדיני החדש". עד הרגע האחרון לא היה ידוע אילו ארצות ישתתפו בקונגרס הציוני הראשון, וכמה צירים יבואו.
הופעתו החיצונית של הרצל והקונגרסים הציונים עשו רושם רב, ודמותו הפכה למשאת נפשם של המוני יהודים נרדפים, שכינוהו וראוהו כמלך היהודים וכמשיח שיקבצם אל ארץ הקודש. דוד בן-גוריון זוכר בילדותו שמועה רחוקה שהגיעה אליהם: "כי בא המשיח, וכי הוא איש יפה תואר, עיניו יוקדות, זקנו שחור ופניו אומרות כבוד... שמו: תיאודור הרצל, 'והוא יוביל את עם ישראל לארץ האבות'". כשהרצל פרס את חזונו לפני הרב הראשי של וינה, הרב משה גידמן, הוא קיבל ממנו מענה: "אתה בעיני כמו משה". הרב הראשי של בולגריה החשיבו כמשיח.
בעשרות יצירות אמנות, בסיפורים, בתמונות, בגלויות, בספרי לימוד ובסרטים, הוצגה דמותו כמקבילה לדמותו של משה רבנו.
רבים ניסו לנשק את ידו כאדם קדוש.