ההצלחה של הובס בניסיונו לפתח פילוסופיה, מכנית מטריאלית של האדם הייתה תלויה ביכולתו לתאר את הפסיכולוגיה האנושית כמונחים פיזיים. ב"האלמנטים של החוק" ובפרק 6 ב"לויתן", הובס מספק מעין מילון מונחים עם הגדרות של תשוקות כגון אהבה ושנאה, אדישות, הנאה וכאב, תקווה וייאוש. הובס מגדיר תשוקות אלה כתנועות פנימיות ("מאמץ") המוכוונות לעבר דבר המעורר אותן. תנועות אלה מכונות תאווה (appetite) כאשר הן מוכוונות לעבר הדבר, ודחייה (aversion) כאשר הן מכוונות להתרחקות מהדבר. חלק מהרגשות הם צירופים של תאווה או דחייה וסברה או מחשבה כלשהי. כך למשל, "פחד", שהוא רגש התופס מקום מרכזי בכתיבתו של הובס, הוא "דחייה, בצירוף סברה בדבר נזק מהמושא".
הובס ניסה ליצור את הרושם של קשר הדוק בין תפיסתו את מדע הטבע לבין תפיסתו הפוליטית, אולם אין הסכמה בין חוקרים בני זמננו לגבי מידת וטיב הקשר הזה. ההנחה כי שני התחומים קשורים בעבותות זה לזה הביאה חוקרים רבים לטענה כי הובס הוא ממייסדיו של מדע המדינה המודרני ואף נציג מוקדם של הפוזיטיביזם החברתי, גישה שהתפתחה מאוחר יותר במדע המדינה ובסוציולוגיה. אולם רבים החוקרים כיום שטוענים לקשר חלש יותר בין שני סוגי המדע אשר שונים במושא המחקר שלהם, ודומים במתודה שלהם. גם אם הקשר בין שני המדעים הוא חלש, אין ספק שתפיסתו המדעית של הובס השפיעה על האופן בו הבין מושגים מתחום הפוליטיקה והמוסר. כך למשל, הובס טען כי המושג "רצון חופשי" הוא אבסורד, כיוון שמלבד אלוהים אין בעולם דבר שאינו תולדה סיבתית של גורם פיזי אחר.
תאוריה פוליטית.
התאוריה הפוליטית של הובס מוצגת בעיקר בספרים "האלמנטים של החוק", "לויתן" ו"על האזרח" (De cive). על אף שכיום לויתן הוא ספרו הידוע ביותר, בימי חייו של הובס ולאחר מכן במאות ה-18 וה-19, ספרו De cive, שנכתב בלטינית ותורגם לצרפתית, היה זמין יותר ומשפיע יותר באירופה. קיימת כיום מחלוקת בין פרשנים שונים לגבי הייחודיות של לויתן, מבחינת החשיבות והתוכן של היצירה, ביחס לשאר העבודות של הובס.
הובס טען בספריו הפוליטיים בזכות שלטון אבסולוטי בידי ריבון (אדם אחד או אספה ריבונית) שאינו כפוף לחוק ואשר מחזיק בסמכות לשלוט בכל תחומי החיים, כולל תחום הדת והפרשנות לעקרונות המוסר. בבסיס הטיעון של הובס עומד הניגוד בין המצב המדיני לבין מצב הטבע – מצב בו לא קיים שלטון מדיני. הובס טוען כי מצב הטבע הוא מצב אומלל של מלחמת הכול בכול. בהינתן שזהו המצב ללא שלטון מדיני, בני אדם תבוניים צריכים לכרות ביניהם ברית לכינון מדינה ובראשה ריבון.
תפיסת החירות של הובס.
הובס מגדיר "חירות" כהיעדר גורמים חיצוניים אשר עשויים לעכב או ליטול מהאדם חלק מכוחו לעשות כחפצו על פי שיפוטו ותבונתו. הגדרתו של הובס נחשבת לדוגמה פרדיגמאטית לחירות שלילית, כיוון שההגדרה של אדם כחופשי במצב מסוים אינה תלויה במימוש (חיובי) של פוטנציאל מוסרי או חברתי כלשהו, אלא אך ורק בהיעדר (שלילה) גורמים חיצוניים העשויים לעכב אותו מלפעול על פי רצונו.
על פי הובס, "רצון" הוא המאווה (appetite) האחרון או הדחייה (aversion) האחרונה בתהליך שיקול דעת (deliberation), שהוא חישוב של סך כל התשוקות, הדחיות, התקוות והפחדים בהקשר לדבר מסוים. הבנה זו של הרצון שוללת את הגישה הסכולסטית לפיה רצון הוא איווי מושכל או רציונלי. בהתאם להגדרה זו הובס שולל את המונח "רצון חופשי" כביטוי ריק מתוכן. כל רצון הוא תולדה סיבתית של גורמים אחרים, ומלבד אלוהים אין דבר בעולם שאינו תוצאה של גורמים אחרים.
על פי הובס פעולות שנעשות מתוך פחד או מתוך הכרח אינן מעידות על היעדר חירות. כיוון שכל בחירה בפעולה מסוימת היא תוצאה של שרשרת גורמים המביאים לבחירה מסוימת, כל פעולה היא למעשה ביטוי הכרחיות. אדם הפועל מתוך פחד, כגון אדם שבוחר להשליך מטען מספינה מחשש שיטבע, בוחר באופן חופשי לעשות זאת והיה יכול גם לבחור אחרת ולשאת בתוצאות. באותו האופן, אף פעולה שאדם בוחר לעשותה מתוך פחד או איום אינה ביטוי של היעדר חופש.
היעדר כוח או יכולת לעשות פעולה אינם מעידים על היעדר חופש, כיוון שהם אינם מהווים מגבלה חיצונית על כוחו של האדם. כך למשל, אדם חולה המרותק למיטתו אינו יכול ללכת, אך הוא חופשי ללכת אם כוחו היה מאפשר זאת ולכן אין מגבלה על חירותו. בניגוד לכך אדם הכלוא בבית כלא אינו אדם חופשי כיוון שכוחו מאפשר לו לנוע אם ירצה בכך, אך מגבלה חיצונית מונעת ממנו מלממש את רצונו.
הגדרה זו של החירות משמשת את הובס כדי להראות מדוע הבחירה לכונן ברית, בחירה שמונעת מתוך פחד, אינה סותרת את עובדת היותה בחירה חופשית.
הובס מבחין בין החירות של הנתין במצב המדיני לבין חירות האדם במצב הטבע. במצב הטבע לאדם יש חירות לעשות כל דבר שכוחו מאפשר לו. במצב המדיני, בו הריבון משמש מעצור אפקטיבי בפני פעולות מסוימות, הנתינים חופשיים לעשות רק מה שהריבון מאפשר במסגרת החוק.
מצב הטבע ומשפט הטבע.
מצב הטבע הוא מצב בו לא קיימת מדינה (commonwealth) ולא קיים ריבון אפקטיבי. כיוון שבמצב זה אין חוקי מדינה, בני האדם יכולים להישמע רק לחוקי הטבע שהם צווים שמגלה התבונה למי שיכול ומשכיל להשתמש בה. אולם, בהיעדר ריבון המחזיק בכוח כופה ובסמכות שיפוטית, חוק הטבע אינו יעיל בשמירה על השקט והשלום הרצויים בחברה, ובני האדם נמצאים במלחמה מתמדת.
מצב הטבע.
ההבדלים הפיזיים בין בני האדם אינם משמעותיים מספיק ולכן, על פי הובס, בני האדם במצב הטבע הם יחסית שווים זה לזה. כיוון שכך, כל בן אדם במצב הטבע מקווה ומצפה להיות מסוגל להילחם בכל אחד אחר על כל תכלית ששניהם מעוניינים בה, אך רק אדם אחד יכול ליהנות ממנה. טיעון זה חשוב להגדרתו של הובס את מצב הטבע כמצב של מלחמת כל בכל, ועל כן נהוג לתאר את מצב הטבע של הובס כמצב של מחסור במשאבים, אולם הובס לא מציין מחסור כתנאי לקיומה של מלחמה. תחת זאת, הובס מדגיש את חשיבותה של גאוות השווא – אנשים נוטים להפריז בהערכת כוחם וזאת עלולה להוביל אותם למאבקים שאין הם מסוגלים לצפות את תוצאותיהם.
מהשוויון במצב הטבע נגזר כי מצב זה מתאפיין במלחמה של כל אחד בכל אחד. מלחמה זו מונעת גם משלושה מניעים המאפיינים את האדם: תחרות, שגורמת לבני האדם לפגוע באחרים על מנת להשיג רווחים; חוסר אמון המוביל את בני האדם לפגוע באחרים למען ביטחונם; ותאוות תהילה (גיאיון) המניעה את בני האדם לפגוע באחרים על מנת להשיג מוניטין.
במצב מלחמת הכל בכל בני האדם לא מסוגלים לעסוק בשום פעילות הדורשת שיתוף פעולה ואמון הדדי. מכאן הובס גוזר את קביעתו המפורסמת כי חייו של האדם במצב הטבע הם "חיי בדידות, דלים, מאוסים, חייתיים, וקצרים".
על אף שמצב הטבע בתורתו של הובס משמש כמכשיר אנליטי ורטורי ולא כתיאור של מצב היסטורי, הובס מספק שתי דוגמאות לקיומו של מצב הטבע. הדוגמה הראשונה היא מצבם של הילידים באמריקה. הדוגמה השנייה היא המלחמה המתקיימת כל הזמן בין מדינות הנמצאות זו ביחס לזו במצב הטבע.
במצב הטבע אין חוק מדינה ולכן שום דבר לא יכול להיחשב לבלתי-צודק. על פי הובס "במקום שאין כוח כללי אין חוק, ובמקום שאין חוק אין אי-צדק" . כמו כן, אין במצב הטבע מוסד מוסדר של קניין ועל כן אין הבחנה ברורה בין מושגי קניין כמו "שלי" ו"שלך". ניתן לפרש את חוסר ההסכמה לגבי מושגים של מוסר וסדר כתוצאה של היעדר כוח ריבוני שבסמכותו להכריע לגבי מושגים אלה; לחלופין, ניתן לראות את היעדר השלטון הריבוני כתוצאה של התפרקות חברתית והיעדר הסכמה לגבי מושגים.
משפט הטבע.
בין המאה ה-12 לסוף המאה ה-18 מרבית התורות המוסריות בעולם המערבי נשענו על דוקטרינות של משפט הטבע (בלטינית, jus naturale). דוקטרינות אלה קבעו שקיים חוק קבוע ובלתי משתנה הנגזר, על פי גישות שונות, מהתבונה, מתכתיבי האל, או משניהם. דוקטרינות של משפט הטבע שימשו כבסיס להצדקה מוסרית של תפיסות מדיניות, של החוק, ושל יחסים בינלאומיים. בתקופתו של הובס, הגישות המשפיעות ביותר בתחום משפט הטבע היו זו של תומאס אקווינס, שהשפיעה על הסכולסטיקה באוניברסיטאות באנגליה, זו של הוגו גרוטיוס, וזו של פרנסיסקו סוארז. הובס היה חייב לספק הצדקה לתורתו על בסיס משפט הטבע, ראשית, כיוון שהוא רצה להוכיח שתפיסתו היא מוסרית ובתקופתו לא ניתן היה לעשות זאת מבלי להתייחס למשפט הטבע, ושנית, כיוון שההתנגדות למשטר באנגליה והוויכוחים על טיבו התייחסו למשפט הטבע כבסיס לדיון ולתוכחה.
במהלך ההתפתחות של מסורת משפט הטבע המילה יוס (jus) בביטוי jus naturale הפכה לדו-משמעית וסימנה הן את הביטוי "חוק טבע" (במקור lex naturalis) והן את הביטוי "זכות טבעית". בלויתן, ב-De cive ובמקומות אחרים הובס מבקר את הבלבול בין שני המושגים. על פי הובס, הביטוי זכות טבעית מתייחס לחירות של הפרט לעשות דבר מה או להימנע מעשייה, ואילו הביטוי חוק טבע כובל ומחייב עשייה, כך שהמושג חוק והמושג זכות הם שונים באותו האופן שבו המושגים חירות וחובה שונים זה מזה וסותרים זה את זה. בהתאם לגישה זו, הובס מגדיר בפרקים 14 ו-15 בלויתן זכות טבעית אחת שעניינה חירות האדם במצב הטבע ומפרט לגבי 19 חוקי טבע.
הזכות הטבעית של האדם במצב הטבע היא החירות לעשות כל שביכולתו על מנת לשמר את חייו, ובהסקה לעשות כל דבר שעל פי שיפוטו ותבונתו ישמש כאמצעי הטוב ביותר לשימור חייו. כיוון שבמצב הטבע יש מלחמת כל בכל, הזכות הטבעית במצב הטבע היא זכות לכל דבר שהוא, כולל לגופם של אחרים.