עוד לפני מותו של אריסטובולוס לא טמנה אשתו את ידה בצלחת. אנטיגונוס הראשון, האח היחיד שאריסטובולוס השאיר חופשי ממאסר (כלא את אימו ואת שלושת אחיו האחרים), חזר לרגל חג סוכות "בהדר ניצחון" לירושלים. אריסטובולוס, ששכב חולה ב"בירה", המצודה הסמוכה להר הבית מצפון (מאוחר יותר "מצודת אנטוניה"), שמע כי אחיו עלה להתפלל במקדש בלווית אנשי צבא, כשהיו שטענו כי בכוונתו להרוג אותו ולקחת ממנו את המלוכה. אף שלא האמין להאשמות נגד אחיו, הזמין את אנטיגונוס אליו, אולם הודיע לו שיבוא בלי נשק וליתר ביטחון הורה לשומרי ראשו שיהרגו אותו אם יבוא חמוש. בשלב זה התחברה המלכּה עם הקושרים להתנקשות באנטיגונוס והסיתה את שליחי אריסטובולוס לומר לאחיו בשמו, שישמח לראותו עם "כלי הנשק היפים" שהכין לו בגליל. כשבא אנטיגונוס בתמימותו עם כלי נשקו, נהרג על ידי שומרי ראש המלך.
כעבור זמן לא רב נפטר אריסטובולוס, כשתקופת שלטונו ארכה פחות משנה (103-104 לפנה"ס). אלמנתו שחררה את אחיו ממאסרם "והקימה למלך" את אלכסנדר ינאי, המבוגר שבהם.
אשת אלכסנדר ינאי.
תקופת שלטונו של אלכסנדר ארכה 27 שנים והתאפיינה במלחמות תכופות, שהביאו בעקבותיהן מלחמות גם מבית. מלבד הסכסוך המתמשך עם הפרושים, מספר החללים העצום במלחמות עם הערבים (היטורים והנבטים) הביא למרד גלוי, בסופו צלב אלכסנדר בירושלים 800 איש מבין המורדים לאחר ששחט את משפחותיהם לנגד עיניהם, וכל זאת בזמן ש"שתה יין והתהולל עם פילגשיו". ההוצאה ההמונית להורג גרמה ל-8,000 איש מבין המורדים לברוח מחוץ לגבולות יהודה ולשקט פנימי במדינה.
ככל הנראה, לשלומציון הייתה מעורבות כלשהי בענייני המדינה בתקופת שלטון בעלה. יוסף מציין ש"המלך אלכסנדרוס ואשתו" מינו את אנטיפס האדומי, סבו של הורדוס, למושל אדום, מינוי שעתיד היה להביא את סופה של שושלת בית חשמונאי.
שלומציון אלכסנדרה ילדה שני בנים לאלכסנדר ינאי: הורקנוס ואריסטובולוס. למרות קיומם של בנים יורשים, הוריש אלכסנדר את המלוכה לאשתו, מכיוון שהיה בטוח כי בניגוד אליו, היא תזכה לתמיכת העם, כי התנגדה לשיטות הדיכוי האכזריות שלו וכך "קנתה את לב העם לאהבה אותה".
בזמן שצר על רגב, מבצר בתחום ג'רש בעבר הירדן, היה כבר אלכסנדר ינאי על ערש דווי ושלומציון בכתה והביעה את דאגתה לגורל המלוכה, כשהשנאה אליו כל כך גדולה. ינאי יעץ לה להעלים את דבר מותו עד שייכבש המקום, וכשתחזור לירושלים כמנצחת, להעניק כוח לפרושים וכך לזכות לחיבת העם. אלכסנדר מת בזמן המצור בשנת 76 לפנה"ס, בגיל 51.
אלכסנדרה המלכה.
שלומציון עשתה כעצת בעלה. היא השלימה את החרבת המבצר ועל ידי הענקת סמכויות רשמיות לפרושים, הפכה אותם לתומכיה - קואופטציה. הפרושים שינו את גישתם ובדרשותיהם אל העם שיבחו את אלכסנדר כ"מלך צדיק" והפכו את הלוויה שלו למפוארת ביותר מכל הלוויות של המלכים הקודמים. אלכסנדרה התחבבה על העם, כי הראתה שהיא חולקת על דרכו של בעלה.
בשל היותה אשה, לא יכלה שלומציון לשמש בתפקיד כפול, כקודמיה שהחזיקו גם בתפקיד הכהן הגדול. לתפקיד זה מינתה את בנה הורקנוס, כי היה הבכור, אך יותר מכך מפני ש"חיבב יותר חיים שקטים" והיה חלש מכדי לתבוע ממנה את הזכות לרשת את המלוכה, וממילא חלש מדי להיות שליט על מדינה. מסיבה זאת, את הבן הצעיר אריסטובולוס, "איש-פעלים ואמיץ־רוח" "אשר הייתה לו נפש לוהטת", השאירה ללא תואר.
השפעת הפרושים.
שלומציון שינתה את מדיניותו של בעלה, שהיה ממתנגדי הפרושים החריפים ביותר. היא השאירה בידה את תואר המלוכה, אבל הכוח עבר לידיהם. היא העניקה להם סמכויות רשמיות בכל תחומי החיים בממלכה והחזירה את החוקים שהותקנו על ידם לפי המסורת ובוטלו בעבר על ידי חמיה יוחנן הורקנוס. הפרושים התערבו בשלטון עד שהשיגו את היכולת לאסור אנשים, לשחרר אסירים ולהחזיר מגורשים כרצונם. הפרושים, ש"לא היו שונים במאומה משליטים גמורים", נהנו מהכנסות המלוכה ומטובות ההנאה הנלוות אליה, ואילו "את ההוצאות והפגעים השאירו לאלכסנדרה המלכה".
הסמכויות בכל הקשור לענייני חוץ וביטחון נשארו בידיה. היא הכפילה את גודל הצבא וגייסה חיל שכירים גדול מאוד "עד שהפילה פחד על השליטים מסביב ולקחה מהם בני־תערובות".
תקופת מלכותה נחשבת לתקופת שיא בימי החשמונאים. היא שמרה על גבולות הממלכה היהודית ובארץ היו רגיעה ושגשוג כלכלי. שלטונה אמנם היה יציב, אבל "הארץ כולה שקטה, חוץ מהפרושים". הם דרשו שתוציא להורג את האחראים בממשל אלכסנדר על הוצאתם להורג של 800 המורדים בזמן שלטונו. הפרושים לא חיכו לפעולה רשמית מטעם המלכה והחלו לבצע את ההוצאות להורג בעצמם. הקורבן הראשון היה דיוֹגֶנֶס, מהחשובים במקורביו של אלכסנדר. הפרושים "הסיתו את אלכסנדרה" לרדוף את שאר האנשים שהסיתו את אלכסנדר נגדם. "המלכה מלאה את חפצם, ביראתה את האלהים" והם הוציאו להורג את מתנגדיהם.
מעמד הצדוקים.
לפני תקופת שלטונה של שלומציון, הפרושים מרדו באלכסנדר ינאי והיו נגדו, ואילו הצדוקים תמכו בו. אלכסנדר ינאי העניק יחס מועדף לצדוקים ומעמד הצדוקים באותה תקופה היה גבוה מזה של הפרושים. כלומר, השפעת הצדוקים על ענייני הדת הייתה גדולה וניכרת, הם היו בעלי תפקידי כהונה מכובדים והכהנים בבית המקדש היו אך ורק צדוקים או בייתוסים. כלומר, הצדוקים חלשו באופן מוחלט על תחום הכהונה. בנוסף, אנשי הצבא הצדוקים ששירתו את ינאי היו בעלי בריתו וראשי צבאו בעת מלחמת האזרחים שהייתה בתקופה זו.
כאשר שלומציון עלתה לכס המלכות לאחר מותו של אלכסנדר ינאי בעלה, הכת הפרושית התקרבה למלוכה ועקב זאת קיבלה יותר השפעה על ענייני הדת מאשר הצדוקים. משימתה הראשונית של שלומציון הייתה לפייס את הפרושים, שכן בעלה אלכסנדר ינאי התעלל בהם והתייחס אליהם בצורה רעה בתקופת שלטונו. מילותיו האחרונות של ינאי היו לפייס את הפרושים בהבטחה כי לא ייעשה דבר בממלכה מבלי לשמוע את חוות דעתם בעניין זה או אחר. כלומר, הוא הבטיח לשלב אותם בהחלטות הסנהדרין. אך שלומציון היא זו שמסרה לפרושים את השליטה על הפולחן בבית המקדש.
השפעת הפרושים באה על חשבון השפעת הצדוקים. בתקופת שלומציון המלכה, מעמדם של הפרושים השתפר משמעותית והם קיבלו תפקידים מכובדים, הן בפן הדתי והן בפן המדיני. לעומת זאת, מעמדם של הצדוקים הידרדר באותה תקופה לעומת מעמדם בתקופת ינאי, והם קיבלו פחות שליטה על נושאים חשובים במדינה.
האליטה הצבאית מתארגנת.
חברי האליטה הבאים בתור ברשימת הפרושים נמלטו אל אריסטובולוס, שכבר הראה את כעסו על הנעשה והיה ברור שייקח מאמו את השלטון ברגע שתהיה לו הזדמנות לכך, ובאו איתו לארמון. מקורבי אלכסנדר הזכירו למלכה את הניצחונות שנחלו ואת נאמנותם המוחלטת למלך והביעו מורת רוח מכך, שלאחר שסיכנו את חייהם במלחמה נגד אויבים מבחוץ, "הם נטבחים בארצם כבהמות בידי שונאיהם, באין כל עונש". הם ביקשו את הגנת המלכה וטענו שתהיה זו בושה להם ולה אם יאלצו לערוק כשכירי חרב לצבאות אויבי אלכסנדר, כמו חרתת הערבי ושליטים אחרים, שקודם לכן היו מאוימים מהם.
גם אריסטובולוס עצמו הביע את דעתו והטיח את טענותיו כלפי אמו. הוא דרש שתגן עליהם כיאה למעמדם הקודם ואם היא "חושדת בהם" או החליטה להעדיף את הפרושים על פניהם, תיתן להם חנינה ותסתפק בגירושם מירושלים ותציב אותם במבצריה, אז יוכלו, למרות הוויתור על רמת החיים הגבוהה שהייתה להם, להגן על עצמם ועל הממלכה. המלכה נענתה לבקשה ואלה התפזרו ברחבי הארץ, כשבידם הופקדה השמירה על המבצרים, חוץ מהורקניה, מאלכסנדריון וממכוור, ששם היו רוב אוצרותיה.
לאחר זמן לא רב שלחה שלומציון את אנשי הצבא האלה למבצע צבאי בדמשק, שבראשו עמד אריסטובולוס עצמו, כדי להגן על תושבי העיר מפני תלמי בן מינאי (מניאוס), מלך היטורים, שהציק להם הצקות חוזרות ונשנות. כעבור זמן מה החזירה שלומציון את הצבא, לאחר שהמבצע לא הניב הישגים כלשהם.
סכנת פלישה ארמנית.
באותו הזמן הגיעה ידיעה שטיגראנס הגדול, מלך ארמניה, פלש לסוריה בראש צבא של 30 אלף חיילים, כבש את הממלכה הסלאוקית ומתכוון לתקוף את יהודה. האיום החדש "הפחיד את המלכה ואת העם" וכשצר טיגראנס על עכו, שם התבצרה קלאופטרה סלנה אשת אנטיוכוס העשירי ואם אנטיוכוס השלושה עשר שאותו רצתה להמליך על סוריה, שלחה אליו שלומציון שליחים עם "מתנות רבות ויקרות" לבקש ממנו לכרות ברית ולהימנע ממלחמה. המחווה של מלכת יהודה הצליחה לפייס את טיגראנס, ששמח על הכבוד שניתן לו על ידי כך שהשליחים הגיעו כל הדרך מירושלים ובתגובה, הפיס את דעתם לגבי חששם ממלחמה. זמן קצר לאחר שכבש את עכו, נעצר מסע המלחמה של טיגראנס, כשהחליט לחזור לארצו לאחר ששמע שלוקולוס "משחית את ארמניה" וצר על טיגראנוקרטה.
מאבק משפחתי על השלטון.
המלכה חלתה במחלה קשה, ואריסטובולוס, שראה את חולשתו של יורש העצר הורקנוס וחשש שעם מות אמו השפעת הפרושים על משפחת המלוכה תהיה מוחלטת, החליט לתפוס את השלטון במדינה. הוא לקח איתו את אחד ממשרתיו והגיע בלילה אל המבצרים ששם הוצבו חבריו של אביו. למחרת נודע למלכה על בריחת אריסטובולוס, אך היא לא חשדה שהוא מתכוון לבצע הפיכה. אלא שתוכניתו של אריסטובולוס החלה לצבור תאוצה. לאחר שהתקבל בגבע על ידי גאליסטס, הצטרפו אליו גם האחרים ובזה אחר זה נפלו לידיו כל מבצרי הארץ. בעזרת אנשי שלומו - ידידים רבים שהעריצו את אומץ רוחו, השתלט ב-15 יום בלבד על 22 מקומות ובידיו הצטברו אוצרות רבים שמצא במבצרים ושהתקבלו מההמונים שהצטרפו אליו. עם הכסף הזה שכר אנשי צבא מהלבנון ומטרכון והכריז את עצמו למלך. אנשים אלה נמשכו אחרי האיש החזק וחשבו שייהנו ממלכותו, היות שעזרו לכבוש אותה.