לאחר מות אשתו הראשונה, מרנה נורטון, נישא בולדווין בשנית לסאלי אליקוט. ב-1816 נבחר בולדווין כחבר בית הנבחרים של ארצות הברית כנציג המחוז ה-14 של פנסילבניה מטעם המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית. הוא נבחר מחדש לשתי תקופות כהונה נוספות, אך התפטר במאי 1822 בשל בריאותו הלקויה. לפני התפטרותו זרע בולדווין את זרעי הברית הפוליטית העתידית שלו עם הגנרל אנדרו ג'קסון כאשר ייעץ לו שהקונגרס יוותר על חקירה על פעילות צבאית תוקפנית בלתי מאושרת בפלורידה. ב-1828 גמל לו ג'קסון על שירותיו הפוליטיים במסעות הבחירות בבחירות לנשיאות של 1824 ושל 1828, כשהציג את מועמדותו של בולדווין לתפקיד מזכיר האוצר. ניסיונו הראשון של ג'קסון למנות את בולדווין לתפקיד נחסם על ידי הסנאט כאשר סגן הנשיא ג'ון קלהון התנגד לכך, בעיקר בשל עמדתו התקיפה של בולדווין בעד מדיניות להעלאת מיסים. כחבר בית הנבחרים היה בולדווין תומך בולט בהטלת מכסי מגן. הוא קיבל תמיכה מרפובליקנים עצמאיים ומפדרליסטים על עמדתו זו כצעד לאומי.
לאחר מותו של בושרוד וושינגטון, שכיהן כשופט במשך 32 שנים, החליט ג'קסון למנות את בולדווין במקומו. ב-6 בינואר 1830 אישר הסנאט את המינוי ברוב של 41 תומכים מול שני מתנגדים, על אף מאמציו של קלהון, ששני המתנגדים היו ממדינתו, קרוליינה הדרומית. ב-18 בינואר הושבע בולדווין לכהונתו והיה לשופט בבית המשפט העליון של ארצות הברית.
ב-1831 שקל בולדווין להתפטר. במכתב ששלח לנשיא ג'קסון, הוא הלין על הרחבת הסמכויות של בית המשפט. כמה היסטוריונים מאמינים שבולדווין סבל אז ממחלת נפש. בכל אופן, הוא המשיך לכהן על כס השיפוט עד למותו.
השקפותיו.
בולדווין היה מעורב אישית בתיקים שעסקו בעבדות. בפסק הדין "ג'ונסון נגד טומפקינס" (Johnson v. Tompkins) הוא הנחה את חבר המושבעים שאף על פי שקיומה של העבדות "הוא תיעוב לכל הרעיונות של זכויות טבעיות וצדק", על חבר המושבעים לכבד את המעמד המשפטי של העבדות. הוא היה השופט העליון היחידי שהגיש חוות דעת מיעוט בפסק הדין ארצות הברית נגד לה אמיסטאד, שבו כתב השופט ג'וזף סטורי את החלטת בית המשפט לשחרר 36 בגירים וילדים אפריקאים שהיו על סיפון הספינה לה אמיסטאד. בפסק הדין "גרובס נגד סלאוטר" (Groves v. Slaughter) הוא הביע בתקיפות את דעתו, שכסוגיה חוקתית, עבדים הם רכוש, לא בני אדם.
בפסק דין פדרלי אחר, פירש בולדווין את סעיף "הזכויות והחסינויות" של החוקה. בתיק זה, "מגיל נגד בראון" (Magill v. Brown), טען בולדווין: "אנו חייבים איפוא לקבל זאת כזכות שניתנה לאזרחי המדינה בוועידה, לאזרחי כל שאר מדינת האיחוד, את הזכויות והחסינויות של אזרחי מדינה זו". בסופו של דבר התקבלה דעה זו על ידי בית המשפט העליון, והיא נותרה על כנה. הוא גם פירש את הסעיף הזה בחוקה באופן זה כאשר דבר בדיון בתיק "רוד איילנד נגד מסצ'וסטס", כל מדינה "הסכימה בחוקה שהמדינות האחרות ייהנו מהזכויות ומהחסינויות בכל אחת מהן כפי שהיא בעצמה נהנית".
אף על פי שדעותיו של בולדווין בבית המשפט וחוות הדעת שכתב היו מנוגדות מבחינה פוליטית ושיפוטית להשפעתו של ג'ון מרשל על בית המשפט, הוא היה ידיד ומעריץ של מרשל. הוא כתב על מרשל ש"אף פרשן מעולם לא עקב אחר הטקסט בצורה נאמנה יותר, או שנתן פרשנות בצורה תואמת יותר עם הכוונה המדויקת של הכתוב". בולדווין היה בסמוך לערש הדווי של מרשל כאשר זה הלך לעולמו ב-1835.
פסקי דין מרכזיים.
ווסטר נגד ג'ורג'יה.
פסק הדין "ווסטר נגד ג'ורג'יה" מ-1831 המחיש את חוסר העקביות של בולדווין בכתיבת פסקי הדין, את אומץ הלב הפוליטי שלו ואת סגנון השיפוט הייחודי שלו. השאלה המשפטית בתיק זה הייתה אחד מ"חוקי האינדיאנים" שהועברו על ידי בית המחוקקים של ג'ורג'יה שאסרו על לבנים להתגורר בטריטוריה של הצ'רוקי ללא רשות מהמדינה. סמואל ווסטר ואליצור באטלר, שני מיסיונרים שחיו בקרב אומת הצ'רוקי, נעצרו במרץ 1831 על הפרת חוק זה. בית המשפט של מחוז גווינט שבג'ורג'יה, שקבע שהם היו עובדי הממשלה הפדרלית, ולפיכך החוק לא חל עליהם, שחרר אותם לבסוף. השניים נעצרו שוב, הורשעו על הפרת חוק זה, ונשפטו לארבע שנות מאסר. הם קיבלו הצעה לקבל חנינה, אך הם סירבו ועתרו בעניינם לבית המשפט העליון. בית המשפט העליון קיבל את התיק בשל העובדה שפקיד בית המשפט הגיב ערעור, אף על פי שהוא לא נחתם מעולם על ידי שופט. מדינת ג'ורג'יה מעולם לא יוצגה בבית המשפט, והיא הכריזה בפומבי שהיא תתעלם מכל צו של בית המשפט שיבטל את ההרשעה.
ההחלטה בתיק התקבלה בדעת הרוב של חמישה שופטים (כולל מרשל), בנוסף לחוות הדעת המשלימה של ג'ון מקלין וחוות דעת המיעוט של בולדווין. ויליאם ג'ונסון נעדר בשל מצב בריאותו הלקוי. תמיכתם של סטורי ושל סמית' תומפסון בצ'רוקי הופיעה בפסק הדין ועמדתו האוהדת של מרשל הקבילה לחוות דעתו בתיק קודם שעסק בצ'רוקי. בית המשפט מסר את החלטתו ב-3 במרץ 1832, ובו הוא קבע שהחוקים של ג'ורג'יה נגדו את החוקה כאשר יושמו בנוגע לשבטי הצ'רוקי. מרשל כתב את פסק דין הרוב בשמו, ובשם דובאל, סטורי ותומפסון. בולדווין ביסס את חוות דעת המיעוט שלו על מסקנתו שלבית המשפט לא הייתה הסמכות השיפוטית לדון בעניין, שכן התיק הוחזר על ידי פקיד בית המשפט ולא על ידי בית המשפט עצמו. הוא הסכים עם מרשל אך ורק על קביעתו שהצ'רוקי היו אומה ריבונית, "שבית משפט זה חייב לדעת אם יש לו סמכות שיפוטית על האדמות שהם מחזיקים". בהמשך חוות דעתו, קבע בולדווין ש"הקיום הלאומי של שבטי האינדיאנים", על פי החוקה, היה נתון לסמכותה של ג'ורג'יה "בתוקף זכותה ועל פי הסכם 1802 ". עם זאת, בולדווין לא העביר את חוות דעתו לרשם בית המשפט. ביום בו מסר בית המשפט את החלטתו, היא פורסמה על ידי עיתונים רבים. כחלק מהמערכה נגד ווסטר, העיתונים העיקריים שייצגו את ממשל ג'קסון פרסמו את חוות הדעת המשלימה של ג'ונסון נגד הצ'רוקי והבטיחו ללכת בעקבות חוות דעת המיעוט של בולדווין.
גרובס נגד סלאוטר.
בפסק הדין "קרובר נגד סלאוטר" (Groves v. Slaughter) מ-1841 כתב בולדווין חוות דעת מיעוט בנוגע לריבונות המדינות והסחר הבין-מדינתי. המקרה התבסס על העובדות שג'ון ו. בראון ממיסיסיפי רכש עבדים מסלאוטר מלואיזיאנה. גרובס וגרהאם חתמו כערבים על הרכישה בסכום של 7,000 דולר לטובתו של בראון, אך כאשר הגיעה העת לממש את הערבות, סירב בראון לשלם אותה. גרובס טען שחוקת מיסיסיפי מ-1832, שאסרה על יבוא עבדים בהיקף מסחרי לאחר 1 במאי 1833, ביטלה את כתב הערבות. סלאוטר הגיש תביעה בבית המשפט הפדרלי, והיותם של בעלי הדין אזרחי מדינות שונות וסכום העסקה אפשרו את הגשת הערעור לבית המשפט העליון של ארצות הברית. כאשר הפסיד גרובס בבית המשפט הפדרלי המחוזי, הוא עתר לבית המשפט העליון. השופט סמית' תומפסון כתב את דעת הרוב, והגיע למסקנה שחוק שבהכרח חוקק לפני כינון החוקה השל מיסיסיפי יהיה בר תוקף, והוא אישר את פסיקת בית המשפט בערכאה הנמוכה. תומפסון נמנע מלעסוק בשאלה אם חוקת מיסיסיפי הפרה את חוקת ארצות הברית כאשר פגעה בסמכות הקונגרס לפקח על הסחר הבין-מדינתי. לאחר שמקלין וטוני מסרו את חוות הדעת שלהם, מסר בולדווין את חוות דעתו שמא יתפרש שחוות דעתו תאמה לאלו של שאר השופטים. בולדווין, באחת מחוות הדעת המעטות שהוא כתב, ביטל את עמדתו המתונה לצורך ההגנה על סחר העבדים.
בחוות הדעת המשלימה שלו, דחה בולדווין את עמדתו הקלאסית של טוני בנוגע לזכויות המדינות ש"פעולתן של מדינות מסוימות בנוגע לסוגיה לא יכולה להיות מפוקחת על ידי הקונגרס...". טוני הגן על העבדות בדרום כאשר התרה בקונגרס, בעוד שבולדווין הגן על זכות הקניין של בעלי העבדים שהיו עלולים לנסוע למדינות חופשיות באמצעות הערכה מחוכמת של החוקה וסמכויות הקונגרס כפי שהותוו ב. בתגובה להצהרתו של מקלין ש"אוהיו לא יכלה להוציא מחוץ לחוק את התוצרים של תעשיית הדרום, ולא את האריגים שיוצרו בצפון, כך שאין חולק על סמכותה לאסור את העבדות". בולדווין הסכים שאוהיו (מדינתו של מקלין) יכלה לאסור על סחר העבדים ואף את העבדות עצמה, אך טען מנגד שהעברת רכוש הכוללת עבדים, "היא פעולת סחר חוקית במדינות מסוימות, שאף אחד לא יכול לאסור על קיומה או לפקח עליה, שהחוקה מגינה עליה, והקונגרס רשאי ועליו להגן עליה". בולדווין המשיך והגן על הזכות "לאסור את יבוא העבדים" מתוקף הזכות השלטונית. בניגוד לפירוש של מקלין שהתייחס לעבדים כבני אדם, בולדווין בדק ב"חוקי המדינות מלפני כינון החוקה ומימי ראשית קיומן של המושבות" כדי להראות שהם היו רכוש. חוות דעת המיעוט המחוכמת והמשכנעת של בולדווין בישרה את פסיקתו של טוני בפסק דין דרד סקוט נגד סנדפורד בהמשך, וחוות הדעת המשלימה שלו תהיה מודל חוקתי קפדני שבעקבותיו הלכו בתי משפט פדרליים בערכאות נמוכות ובית המשפט העליון בשנים הבאות.
מאמרו על החוקה והממשלה.