תנועת החירות טענה שלוחמי האצ"ל הם אלו שבזכותם קמה המדינה. מפ"ם וחירות האשימו את מפא"י בתבוסתנות במלחמה ובתככנות, וטענו שהקמת המדינה היא הזמן לנסות אלטרנטיבה חדשה. הגדיל לעשות בגין, שכינה את ממשלת בן-גוריון "ממשלת יודנראט" והבטיח שאם יבחר, יעמיד את בן-גוריון לדין. מפא"י וחירות תקפו את מפ"ם על הנאמנות הבלתי-מתפשרת שלה כלפי ברית המועצות, ואילו מפא"י ומפ"ם טענו שתנועת החירות היא פאשיסטית, תוך כדי השוואת בגין לאדולף היטלר. בבחירות זכתה חרות ל-11.52 אחוזים מכלל הקולות הכשרים, שהקנו לה 14 מושבים בכנסת. רשימת הרוויזיוניסטים נכשלה ולא נכנסה אל הכנסת. לפני הבחירות לכנסת השנייה התאחדו האיגוד העולמי של הציונים הרוויזיוניסטים ותנועת החרות תחת "ברית חרות הצה"ר".
בן-גוריון, אשר הקים את הקואליציה בראשות מפא"י, השאיר את המפלגה מחוץ לקואליציה, ומחוץ לקונצנזוס הלאומי. במכתב לנשיא המדינה חיים ויצמן כתב: "שתי סיעות בכנסת, חרות ומק"י, מלכתחילה לא באו בחשבון בהרכבת הממשלה מטעמים מובנים", תוך שהוא טובע את האמרה "בלי חרות ומק"י". בן-גוריון התייחס לבגין בזלזול. בנאומיו בכנסת נמנע מלקרוא לו בשמו והתייחס אליו כ"איש שיושב ליד חבר הכנסת בדר" או "המרטירר מ'חירות'".
למהלך הדה-לגיטימציה של בן-גוריון הייתה השפעה מיידית לא רק על הדרתה של תנועת החרות במשא ומתן הקואליציוני אלא גם בהרחקת המפלגה וחבריה מתפקידי ארגון וביצוע, שלא לומר תפקידי ניהול, במחנות העולים ובמעברות. רוב המפלגות הציוניות זכו, על פי מפתח מפלגתי קבוע מראש, בדריסת רגל במעברות, ורכשו דרכים ליצירת תלות של העולים בבעלי תפקידים מטעמן, אך תנועת החרות נדחקה אל מחוץ למשחק ולא הייתה מסוגלת לרתום תמיכה עקרונית לכלל דיבידנדים פוליטיים. לטווח הארוך, עמדה זו של גוף הנמצא מחוץ לגדר המשחק הפוליטי של הממסד הקולט והמפלה, סייעה לתנועת החרות לזכות בתמיכת העולים הוותיקים ולהפוך למייצגת של גוף בעל משקל אלקטורלי מכריע.
סיעת למרחב.
במהלך שנות הארבעים התגבשה תנועה של פעילים של תנועת בית"ר בארצות הברית לכלל גרעין קשה ומיליטנטי בשם "ועד החירום להצלת יהודי אירופה". הפעילים העיקרים היו הלל קוק, ערי ז'בוטינסקי, ירמיהו הלפרן ואחרים, בעלי זיקה וקשר אידאולוגי לתנועת "הכנענים" בהשפעת עדיה חורון. את קבלת תוכנית החלוקה של ועדת אונסקו"פ ראה "הוועד" כ"בגידה לאומית" של הסוכנות היהודית ושל ההסתדרות הציונית העולמית, טען שהם מעלו בתפקידם, וקרא לאצ"ל לשתף פעולה בהקמת אלטרנטיבה בדמות ממשלה גולה זמנית בראשות "הוועד", שתקבל ייפוי כוח מהציבור ותנהל משא ומתן על ענייני גבולות הארץ. האצ"ל מצידו אמנם פרסם מפעם לפעם כרוזים בהם האשים את הסוכנות ב"קוויזלינגיות" בשל ההסכמה לתוכנית החלוקה, אך מנחם בגין הבהיר לחברי הוועד, שגם אם אינו מתנגד באופן עקרוני לתוכניתם, לא הגיעה העת לממשה בשל הסכנה האפשרית ביצירת "מלחמת אחים" בעקבות צעד כזה. כמו כן, מהלך כזה היה הופך, הלכה למעשה, את האצ"ל מכוח פוליטי מחתרתי, ללא יותר מאשר הזרוע הצבאית של הממשלה הגולה ופוגע במנהיגותו של בגין. תוצאות הבחירות לכנסת היוו אכזבה לחברים בתנועה שציפו שתהיה לסיעה שנייה בגודלה למפא"י, וחשפו קרעים פנימיים בתנועה, בעיקר בין חברי "הוועד" לשעבר וחברים בעלי נטיות כנעניות, לבין רוב חברי מפקדת האצ"ל בארץ. בוועידה הראשונה של התנועה, ביוני 1949, הצליח שמואל מרלין להתמנות למזכ"ל התנועה, ובנוסף להביא לבחירתם של שלושה מאנשי אמונו למזכירות בת שבעת החברים, ובכך ליצור רוב אופוזיציוני למנחם בגין במזכירות התנועה.
בינואר 1950 הדף בגין במעט את האופוזיציה הפנימית, דחק את מרלין מתפקידו כמזכ"ל ומתפקידו כעורך ביטאונה של התנועה, והעביר את המזכירות לשליטתו עם רוב התומך בו, כשרק מרלין הוא הנותר בה מבין חבריו. חברי האופוזיציה הפנימית בראשותו של מרלין התנגדו להתמסדותה של חירות ולהשתלבותה במוסדות התנועה הציונית, הסוכנות היהודית וקרן קיימת לישראל. האכזבה עקב תוצאות הבחירות, והחשש מפני הישנות התוצאה המאכזבת בבחירות לכנסת השנייה שיועדו ל-1951, הובילו להקמתה המפורשת של סיעה אופוזיציונית בתוך חרות, תחת הנהגתו של מרלין, בשם סיעת "למרחב", שהאשימו את בגין ואת ההנהגה במצב הירוד של המפלגה, בקיפאון רעיוני ובהיעדר אקטיביזם.
הוועידה השנייה של חרות נפתחה ב-26 בפברואר 1951, התנהלה בשני מושבים והסתיימה ב-5 באפריל. במועצה הארצית שהתקיימה כחודש לפני כן, דאגו בגין ומקורביו לשנות את חוקת הבחירות לוועידה, והמירו את שיטת הבחירות היחסיות, לפי רשימות ארציות, לבחירות מקומיות ואישיות, נוהל שנועד לפרק או למצער להחליש את כוחן של קבוצות מאורגנות נגד בגין, בהן "למרחב" ו"הסתדרות העובדים הלאומית". סיעת "למרחב" הובסה בוועידה, ומיד לאחר מכן ביקשו חברי הכנסת ערי ז'בוטינסקי והלל קוק לפרוש מן הסיעה, ולהכיר בכל אחד מהם כסיעת יחיד. חברי "למרחב", כולל מרלין, שנמנו על חברי מרכז התנועה לפני הוועידה לא נבחרו לתפקיד זה לאחריה, וגם הוא התמלא בתומכי בגין.
בחירות לכנסת השנייה.
הבחירות לכנסת השנייה התקיימו על רקע משבר חמור בין מפלגת השלטון מפא"י ובין המפלגות הדתיות. המשברים הקואליציוניים הלכו והחמירו ובפברואר 1951 החליט בן-גוריון להגיש את התפטרותו לנשיא המדינה. תנועת החירות שהייתה האופוזיציה הימנית למפא"י בבחירות הקודמות, הייתה גם היא בפילוג עמוק, בין מנחם בגין לבין חברי סיעת למרחב, והתקשתה לנהל מערכת בחירות יעילה. סיבה נוספת לקשיי תנועת החרות היה הניתוק הכפוי ממאגר הבוחרים הטבעיים - עולים חדשים בכלל ועולים מקרב עדות המזרח בפרט. מאגר זה שעתיד להתגלות ככוח שיעלה את הליכוד לשלטון בעתיד, היה "שבוי" בעת הבחירות של 1951, שכן רובם הגדול של העולים שהו במעברות והיו נתונים לחלוטין לחסדי המנגנון הפקידותי שנשלט על ידי מפא"י, וכתוצאה מכך זכתה תנועת החרות לתמיכה זעומה במעברות.
בבחירות לכנסת השנייה ביולי 1951 זכתה רשימת חרות לשמונה מושבים בלבד, ובגין הודיע על פרישה מהחיים הפוליטיים והתבודד תקופה ארוכה.בחודשים העוקבים הוא התגורר בחדר שכור בירושלים והתכונן לבחינה במשפט פלילי.
ממשלת ישראל השלישית התקשתה להתמודד עם הקשיים והלחצים הפנימיים ובעיקר עם משבר כלכלי חריף שהתבטא בהידלדלות יתרות המט"ח. במהלך כהונת הממשלה התמוטטה לחלוטין מדיניות הקיצוב, ולפיכך, שר האוצר אליעזר קפלן החליט להנהיג את המדיניות הכלכלית החדשה, שהתחילה משא ומתן על הסכם השילומים עם ממשלת גרמניה, בקשת סיוע מארצות הברית, ומכירת איגרות חוב של המדינה מחוץ לישראל.
הסכם השילומים (1952).
על רקע הירידה ההדרגתית בתמיכה הציבורית במפלגת החרות חל משבר הנהגה במפלגה, שהונהגה על ידי דמויות אפורות ובראשן אריה בן-אליעזר ומזכיר התנועה יעקב רובין. מפלגת חרות נזקקה להתעוררות לאומית סביב נושא חשוב, והרגע הגיע עם הצהרת החרטה של קונראד אדנאואר, קנצלר גרמניה המערבית, בעקבות משא ומתן חשאי עם ישראל על תשלום פיצויים. מתנגדי המשא ומתן עם גרמניה חיפשו מנהיג, וחברי תנועת החרות פנו לבגין בבקשה שיחזור לזירה הפוליטית, כשהוא נישא על גלי תמיכה ציבורית חוצת קווים. בסוף שנת 1951 ביקר יוחנן בדר ממייסדי "תנועת החרות" בביתו של בגין בירושלים וקרא לו לחזור ולהנהיג את התנועה כדי למלא את חובתו המוסרית למשפחתו ולאמו שנרצחה.
בן-גוריון ראה בהסכם השילומים הזדמנות לקבל מימון למפעלים הגדולים של קליטת העלייה וביסוס המדינה הצעירה. בגין ראה בהסכם כזה מתן לגיטימציה וסליחה לגרועים שבאויבי עם ישראל מעולם, וכן בגידה בקורבנות השואה.
בעצרת-עם שנערכה בתל אביב ב-5 בינואר 1952, פנה בגין אל ראש הממשלה: "אני מזהיר אותך, אדון בן-גוריון... אם תעז לעשות את הדבר הזה – רשום לפניך את המסקנה שכל יהודי יהיה רשאי להסיק ממנו: אם זה מותר במדינת ישראל – הכל מותר במדינת ישראל!". ב-7 בינואר 1952 דנה הכנסת בהצעה לקיים משא ומתן עם גרמניה על ההסכם. בגין הגיע אל הכנסת לראשונה זה יותר מחמישה חודשים, וכדי שיוכל להשתתף בישיבה נשבע אמונים לכנסת. במהלך הישיבה יצא אל כיכר ציון, התייצב על מרפסת מלון "אביב" בראש הפגנת ענק נגד הסכם השילומים, שנערכה בקור ובגשם שוטף, ותקף בנאומו את כוונת הממשלה לקיים קשר עם גרמניה:
ועוד הוא אמר: