בהמשך נמצא אולם המנחות שהוא אולם רוחבי המהווה מסדרון לאולם גדול "ההיכל המרכזי". על שני צידי הקירות של פתח הכניסה לאולם המנחות מתוארות בפירוט רב הסירות הקדושות של הורוס וחתחור. ממזרח לדלת הכניסה לדביר נמצאת דלת המובילה לחצר קטנה המובילה לחדר מדרגות המשמשות לעלייה לגג. גם בצידו המערבי של החדר יש מעבר לחדר מדרגות לגג. כמו במקדשים מצריים רבים נעשה גם במקדש אדפו שימוש בגג לצורך טקסים דתיים שונים. במהלך "פסטיבל השנה החדשה" פסלו של הורוס מלווה באלים קדמוניים, היה נישא על גבי מנשא מקודש במעלה המדרגות לגג שם התקיים הטקס. תבליטים על גבי הקירות של שני חדרי המדרגות מתארים את האירוע. בניגוד לשרידים במקדש דנדרה, השרידים היחידים על הגג הם חדרי אחסון הכוללים תאים נסתרים. בצמוד לאולם נמצאת חצר מנחות פתוחה שבתוכה נמצא מקדש קטן "המקום הטהור". על תקרת המבנה מופיעים תיאורים של אלת השמים נות.
ההיכל המרכזי.
מאולם המנחות נכנסים להיכל המרכזי שבתוכו נמצא הדביר וסביבו מסדרון המוביל לעשרה חדרי פולחן. באולם זה שכן פסלו של הורוס. לחדר זה רק הכוהן הגדול היה מורשה להיכנס. בתוך הדביר הנאוס העשוי אבן גרניט שחורה מונוליתית בגובה 4 מטר עליה חרות כרטוש של המלך נכתנבו השני. זהו האלמנט העתיק ביותר במקדש והוא שריד של המקדש הקדום ששכן במקום. נכתנבו השני מלך בין השנים 342-360 לפנה"ס, והיה המלך האחרון ממוצא מצרי, והמלך האחרון של השושלת ה-30 של מצרים. שריד זה מתקופה קדומה סיפק למקדש התלמיי המשכיות עם המקדש הקודם.
בחלקו התחתון של הקיר הימני של הדביר מתואר המלך תלמי הרביעי נכנס לדביר ועוד את האלים חתחור, הורוס ושני הוריו שעברו האלהה תלמי השלישי וברניקי השנייה. בתוך הדביר על כן נמוך שמקורו במבנה קדום יותר, נמצא העתק מודרני מעץ של סירה (barque), זהו מתקן נייד בצורת סירה ששימש ככלי פולחן שתפקידו היה לשאת את האל. ההעתק נותן מושג כיצד נראתה הסירה בעבר ומה היה גודלה.
חדר הדביר מוקף בעשרה חדרי פולחן של האלים מין, אוזיריס, ח'ונסו, חתחור, רע וחדרים נוספים כמו חדר הפשתן וחדר כס המלוכה של האלים. בחלק מחדרי הפולחן יש תאים פנימיים נסתרים.
הקיר החיצוני.
את המבנה הפנימי של המקדש מקיף קיר חיצוני התוחם אותו מסביב והוא המשכו של הקיר החיצוני של החצר הגדולה. על קיר מתוארות זה סצנות רבות וטקסטים כולל טקסטים המתארים את יסוד ובניית המקדש. בצידו הפנימי של הקיר המזרחי התוחם את המקדש מתוארת סצנה שבה המלך תלמי העשירי עומד על סירה והורוס תוקעים בסת חנית. בסצנה סת מתואר כהיפופוטם המסתתר מתחת לסירה. ביניהם נמצאת האלה איזיס. הסצנה הזאת מתארת טקס שנתי שהתקיים במקדש, שבו המלך בלווי האלים היה פוגע והורג את האל סת שיוצג על ידי היפופוטם חי או אולי מודל של היפופוטם. ייתכן וטקס זה התקיים באתר גם בתקופות קדומות. בצידו הפנימי של הקיר הצפוני מתוארת סצנה נוספת שנחגגה באדפו שבו הוכתר בז חי שייצג גם יחד את האל הורוס ואת המלך.
נילומטר.
מתחת לקיר החיצוני בצידו הצפוני-מזרחי של המקדש נמצאת מערכת מדרגות המובילה לנילומטר של המקדש. הנילומטר שימש את כוהני המקדש למדוד את רמת ניקיון מי הנילוס ואת גובה פניו בתקופת ההצפות השנתית מדי קיץ.
בית הלידה - המאמיסי.
בפינה הדרום מערבית של המקדש, בקרבת המגדל המערבי של הפילון שמחוץ למתחם המקדש, שוכן מבנה "בית הלידה" הנקרא גם מאמיסי (Mammisi). זהו מבנה בעל קומה אחת שנבנה בתקופתו של תלמי השמיני כחלק ממתחם המקדש ושימש כבית לידה של השלישייה האלוהית הורוס, חתחור ובנם הילד Harsomtus . נראה שבתחילה היה חלק מהמבנה המרכזי ולאחריו הועבר למבנה נפרד. המבנה היה האתר המרכזי של "פסטיבל המפגש היפה" ושימש גם כמקום קדוש לנשים הרות. המאמיסי מורכב מחדר כניסה הבנוי משורת עמודים, חצר וחדר פולחן. העמודים מעוטרים בתערובת של מוטיבים האופייניים לאדריכלות המצרית ולאדריכלות הקלאסית, תערובת שניתן למצוא לעיתים במבנים מתקופה זו.
קירות המבנה מעוטרים בסצנות המציגות את סיפור לידתו האלוהית של הרסומטוס בנוכחות חתחור ח'נום ואלים נוספים העוסקים בהיריון ובלידה. בנוסף, מופיעים על קירות המבנה תבליטים המתארים את תלמי השמיני ביחד עם אמו, אשתו ובנו כשהם מלווים באל בס. בחלק ניכר מהתבליטים נשמרה הצביעה המקורית, במיוחד בצד הדרומי של המבנה. העיטורים כוללים את דמותו של האל הגמד בס שהיה האל המגן על הבית, ובייחוד על אימהות ועל לידה. דמותו מעטרת את העמודים והמשקופים. חדר הלידה מעוטר בסצנות פולחניות של המלך תלמי השמיני והאלים המגישים מנחות. בחלק העליון של הקיר הדרומי והצפוני של בית הלידה מופיעות סצנות בהן רואים את הרסומטוס מטופל על ידי אלות שונות.
בצידו האחורי של המבנה נמצאים תבליטים המתארים את הורוס היונק משדי אמו, האלה איזיס. חזית מבנה העמודים של בית הלידה באדפו הוא החלק השמור ביותר מבין מבנים דומים ששרדו.
מבנה המאמיסי שנבנה במקדש דנדרה עוצב על פי דגם מבנה זה.
האזור מחוץ למתחם המקדש.
מול בית הלידה נמצאים שרידים אדריכליים דלים, כנראה של המקדש לבז המקודש. בקרבת המגדל המזרחי של הפילון ליד החצר נמצאים שרידיו של פילון מתקופת הממלכה החדשה (המאות ה-16-ה-14 לפנה"ס). אלה שרידיו של מקדש קדום יותר ששכן באתר.
את מבנה המקדש הקיפה חומה, שבתוך שטחו שכנו מספר מקדשי משנה נוספים, חדרי פולחן, חדרי מלאכה, מחסנים, מגורים לכוהני המקדש, אגם קדוש ובית מטבחיים. רוב המבנים נהרסו או ששוכנים מתחת לבתי העיר המודרנית של אדפו.
ממערב למקדש נמצא "תל אדפו" תל ענק שבו שכנה העיר העתיקה. האתר שהחל להיחפר החל משנות ה-20 של המאה ה-20 מכיל שרידים מתקופת הממלכה הקדומה האלף ה-3 לפנה"ס ועד התקופה הביזנטית (המאות ה-5-ה-7). מדרום מערב לתל נמצאים בתי קברות מתקופת הממלכה הקדומה והממלכה התיכונה וכן כמה מסטבות כולל המסטבה של איזי מושל האזור בתקופת השושלת השישית (המאות ה-23-ה-24 לפנה"ס). הדרך התיירותית המובילה אל המקדש נמצאת באזור שהיה פעם חלק מהתל והוא נחצב על ידי תושבי האזור שהשתמשו באדמת התל לטיוב אדמותיהם.
הפסטיבלים במקדש.
במקדש התקיימו מספר פסטיבלים שנתיים. בעונה הראשונה בחודש השלישי התקיים פסטיבל חתחור. בעונה השנייה בחודש הראשון התקיים פסטיבל השנה החדשה. שנקרא גם פסטיבל ההכתרה של הבז הקדוש, ובחודש השני לעונה השנייה, פסטיבל הניצחון. בעונה השלישית בחודש השלישי "פסטיבל המפגש היפה".
פסטיבל השנה החדשה - חג זה נחגג בחמשת הימים הראשונים של החודש הראשון בעונה השנייה. במהלך הטקס פסלו של הורוס מלווה באלים קדמוניים, היה נישא על גבי מנשא מקודש במעלה המדרגות לגג. לאחר טקס ההתאחדות עם גלגל השמש שכלל תפילה מיוחדת, נישא הפסל בחזרה במורד המדרגות לדביר. במהלך הפסטיבל נבחר והומלך גם הבז הקדוש שסימל את האל והמלך.
בפסטיבל הניצחון חגגו את ניצחונו של הורוס על סת. בטקס הוצג מחזה דרמטי שמהלכו הורוס והמלך בלווי אלים נוספים היה פוגע והורג את האל סת. במחזה הוצג סת בדמות היפופוטם חי או אולי מודל של היפופוטם. הבחירה בחיה זאת נעשתה משום שחיה זאת נחשבה לחיה עוינת כלפי המצרים. במהלך הטקס הורוס שיוצג במחזה על ידי המלך או כהן, היה פוגע והורס את סת על ידי שתקע בו 10 חניתות. החנית הראשונה הוכנסה בחוטמו של ההיפופוטם. דמותו של ההיפופוטם מופיעה בתיאורים השונים כדמות זעירה, וזאת על פי שיטת האמנים המצריים בהם גובה ייצג כוח. ייצוגו בדמות זעירה הורידה את הפוטנציאל המיתי של הדמות. הטקס הסתיים על ידי אכילת עוגה בצורת היפופוטם וזאת כדי לסמל את השמדתו הכללית.
הפסטיבל השנתי פסטיבל המפגש היפה התקיים כדי להנציח את הזיווג האלוהי בין האל הורוס ששכן במקדש אדפו לבת זוגו האלה חתחור ששכנה במקדש דנדרה מצפון לאדפו. הטקס התקיים כל שנה ביום הראשון של זריחת הלבנה בחודש השלישי של הקיץ כשהנילוס החל לעלות על גדותיו. בטקס זה הובא פסלה של האלה חתחור לאדפו על גבי סירה כדי להתאחד עם הורוס. לאחר מספר טקסים הובא פסלה של חתחור לבית הלידה במקדש והונח שם עם פסלו של הורוס ביחד עם שני פסלי אלים נוספים. הפסלים שכנו שם בלילות הבאים עד לסיומו של הפסטיבל שהתרחש כשהירח הפך לירח מלא. מטרת הפסטיבל הייתה לסמל את הפוריות והלידה מחדש. אירוע זה בפסטיבל היווה חגיגה גדולה ואירוע עלייה לרגל למקדש.
המחקר על כתובות המקדש.
על קירות המקדש חרותות אלפי כתובות. הכתובות חרותות בכל מקום: קירות, עמודים, תקרות, ואפילו על מקומות כמו גומחות תרני הדגלים. כתובות אלה נחשבות כאחד המקורות החשובים למידע על התקופה התלמיית במצרים. הכתובות כוללות מידע על הדת המצרית, היסטוריה פוליטית, מנהלה ונושאים נוספים. הכתובות גם מעבירות רעיונות שרווחו במצרים הפרעונית בתקופות קדומות יותר, ולדעת החוקרים הן מהוות גם את הפרשנות של התלמיים למקורות הקדומים שעמדו לרשותם.
המחקר על הכתובות החל בשנת 1867 מיד לאחר שמארייט השלים את חפירת המקדש. טקסטים רבים פורסמו על ידי חוקרים שונים ביניהם: היינריך קרל ברוגש (Heinrich Karl Brugsch), יוהאנס דימישן (Johannes Dümichen), אדוארד נוויל (Édouard Naville) ונוספים. פרסומים אלה כוללים שגיאות העתקה שנבעו מהתנאים הקשים והגרועים אתם נאלצו החוקרים להתמודד, שכללו מחסור בציוד טכני, בעיית תאורה בחלקי המקדש הפנימיים שאינם מוארים, צואת עטלפים וקיני צרעות.