התנועה חסרה כל הנהגה מרכזית מאז מות המגיד, ועם גדילתה עברה פיצול הולך וגובר והקמה של חצרות מרובות. אם קודם לכן ניתן היה להיות "חסיד" סתם, הרי שמשם והלאה צורפה לתווית זו תמיד שמה של עיירה מסוימת בה התגורר האדמו"ר. התפתחה גם חלוקה הולכת ומתחדדת בין המעגל הפנימי של החצרות, על החסידים המקורבים ביותר ששכנו בהן קבע ("יושבים"), לשכבה רחבה בהרבה שביקרה בהן רק מדי פעם ולמעגל נוסף של ציבור שהתגורר בעיירות שהחסידות שלטה בהן והתפלל בנוסח ספרד כמעט ללא קשר לחצר ממוסדת. סביב אמצע המאה ה-19, קרוב למאה שושלות אדמו"רים שהתייחסו זו לזו בקשרי נישואין היו הכוח החזק ביותר במרחב הגאוגרפי שבין רוסיה הפנימית (ממזרח לתחום המושב), פרוסיה, ליטא-לשעבר וממלכת הונגריה, ולתנועה הייתה נוכחות ניכרת בשתי האחרונות. מרבית החצרות המפורסמות נוסדו בתקופה זו. דוד אסף וחוקרים אחרים הצביעו על ארבעה טיפוסי מנהיגות שהתגבשו במהלך העידן: הרבני-למדני, שכאמור התבסס על גדלות בתורה ושמייצגיו היו מוכרים כתלמידי חכמים בזכות עצמם ושימשו כרבני קהילה וכפוסקים בנוסף; הקבלי-מיסטי, הקטן מכולם, שהוסיף לדבוק באתוס הישן ולהדגיש את לימוד תורת הסוד; המלכותי, שרומם את האדמו"ר כמנהיג נערץ ושהיה כרוך בהפגנת עושר ויוקרה, ושזוהה עם בית רוז'ין; והפופוליסטי, שהתמקד בעשיית מופתים, צדקה וקירוב הציבור הרחב. סגנונות אלו לא היו בלעדיים והיו שילובים ביניהם. ככל שהופיעו יותר חסידויות למדניות עם "אדמו"רים-רבנים" בראשן, כמו צאנז – שמנהיגה הדברי חיים היה האדמו"ר המוביל בגליציה בימיו, והמייצג המובהק ביותר של מגמת הצדיקות הלמדנית – ובעלזא, והתנועה עמעמה את המסר המיסטי שלה, כך הלך ופחת המתח עם המתנגדים.
מה שאיחד עוד יותר את שני הציבורים היה הופעת אויב משותף, תנועת ההשכלה. משכילי מזרח אירופה שטמו כולם את החסידים ככת אנטי-רציונליסטית ושונאת קדמה, הציגו אותה כהיפוך ותשליל של עצמם ולעגו, כמחיי השפה העברית, לעילגות של חבריה בלשון. ראייה דומה הייתה מנת חלקם של יהודי המערב בכלל, כחלק מהיחס למזרח כנחשל (דוד אסף עמד על כך שהחסידות פשטה רק באזורים שבהם יידיש היוותה לשון חיה): אורתודוקסים מערביים מובהקים כרב עזריאל הילדסהיימר תיעבו את החסידות. בגליציה במיוחד הייתה העוינות לחסידות המכנה המשותף למשכילים המתונים ולרדיקלים ביותר, ממהר"ץ חיות עד יהושע השל שור. החסידים גמלו ליריביהם ורדפו את הנוטים להשכלה ואת מפיצי ספרותה. המאבק מיצב את החסידות כגורם השמרני ביותר בזירה היהודית, רק קצת יותר מדור לאחר שנרדפה כאנטי-ממסדית; המתנגדים, לעומתם, היו פתוחים חלקית להשכלה. בהונגריה, החת"ם סופר הסתייג מן החסידות ואסר לשנות את נוסח התפילה מאשכנז לספרד, אך נמנע מלצאת נגדה והעדיף להתמקד במלחמה ברוחות המודרניזציה; כעבור כמה עשורים, הדברי חיים וצבי הירש פרידמן מליסקא הובילו את החסידים בתמיכה באגף הקיצוני ביותר של האורתודוקסיה בממלכה, אם כי רבים מהאדמו"רים סירבו להצטרף לארגון הקהילות האורתודוקסי הנפרד והעדיפו להשאיר את קהילותיהם במעמד סטטוס קוו עצמאי.
עמדתה השמרנית המובהקת התבטאה גם במישורים פרוזאיים יותר. במרוצת המאה ה-19, החסידים התעקשו על שימור הביגוד המסורתי הארוך שהיה משותף ליהודי האזור בעבר (הגם שהתווספו אליו פריטים או סגנונות ייחודיים לחצרות), בעוד שהמתנגדים עברו ברובם בהדרגה ללבוש מודרני יחסית. השטריימל, שנחבש מאות שנים לפני הבעש"ט, נעשה מזוהה ככובע חסידי. בגליציה במיוחד, שבה השלטון האוסטרי לחץ ועודד את היהודים לעבור תמורה כלכלית ותרבותית, נעשתה התנועה מזוהה עם שימור המסורות העממיות ואורח החיים הישן. אביה-מייסדה של גישה מסורְתָּנית זו היה הצדיק מנחם מנדל מרימנוב, ששמרנותו המופלגת בכל פרט ועוינותו למודרנה הייתה לשם דבר. אדמו"רים שונים אף העניקו ערך רוחני למאכלות המקובלים, ולקוגל בייחוד נקשרו סגולות רבות. כל אלו ביצרו את דימויה של החסידות כמבצרה של העממיות היהודית האותנטית, אף בעיני גויים (בעתיד הרחוק, בשלהי המאה ה-20, בידודן של קהילותיה אף הפך אותן למשמרותיה הכמעט-בלעדיות של שפת היידיש כלשון חיה).
תנועת ההשכלה הייתה מאז ומתמיד כוח בעל השפעה מועטה יחסית, אך התמורות הגדולות שהחלו לפקוד את יהודי מזרח אירופה בשנות ה-1880 (בעיקר עליית התנועות הלאומיות היהודיות וההגירה ההמונית מעבר לים) היו איום גדול בהרבה על החסידות. היא עצמה אותתה על הבנת המצב החדש: ב-1881, שנת הסופות בנגב, ייסד רבי שלמה הלברשטאם את הישיבה החסידית הראשונה בווישניצה. מוסדות דומים שימשו קודם את המתנגדים – שלנוכח הלחץ הסובב, העימות בינם לחסידות נשכח כמעט לגמרי – כדי לחסן את ילדיה מפני החסידות דווקא, ועתה התנועה נאלצה לאחוז באמצעים דומים כדי לחברת ולשמר את צעיריה כשהחברה המסורתית הלכה וקרסה. ישיבות הוקמו במהרה בחצרות רבות. בעת שהיהודים עברו חילון איטי אך יציב, השכבות המתקדמות בזו לחסידים כשריד מנוון שהיה אמנם עדיין רב-עצמה אך נידון להכחדה עם הזמן. החשש מהתבוללות וטמיעה גורפות, שעדיין היו תופעות שוליים אבל החלו לכרסם בקרב הצעירים, הביא לראשונה כותבים משכילים ולאומיים להפגין אהדה לחסידות כתנועה עממית ושורשית, חלק מנכסי הרוח של האומה המתעוררת לשיטתם, שאל היה להשליך אלא לנצור ולתעל לאפיקים חדשים. הערכה-מחדש זו החלה בשדה הספרות הנמוכה, כשמיכאל לוי פרומקין רודקינסון פרסם ב-1863 את האנתולוגיה "קהל חסידים". היא הציגה את מושאיה בנימה נוסטלגית ומתרפקת, רחוקה מהדימוי הקנאי והחשוך שדבק בהם עד אז ביצירה היהודית המודרנית. המשכיל והמחנך אליעזר צבי צווייפל ביסס גישה כזו באופן עיוני בחיבורו "שלום על ישראל" מ-1868, שבו טיהר את ממשיכי הבעש"ט מתדמיתם השלילית וכתב עליהם באופן חיובי. סופרי תקופת התחייה כמו י"ל פרץ ויהודה שטיינברג ואחרים, תיארו את החסידות בצבעים סנטימנטליים ורומנטיים. גם כמה מחוקרי תולדותיה, בייחוד שמואל אבא הורודצקי, עמלו על ליטוש תדמיתה, עד כדי היגררות לאפולוגטיקה.
ב-1912 השתתפו אדמו"רים רבים בוועידת קטוביץ שבה הוקמה אגודת ישראל, שניסתה להגן היהדות האורתודוקסית (מונח שהחל להיות רלוונטי אפילו במזרח המסורתי) המוחלשת, בעוד החסידויות הקנאיות בהונגריה וגליציה התנגדו לאגודה ממש כמו לציונות, שהחלה אף היא לעלות. היחס לתנועה הציונית החדשה בקרב החסידים נע בין עוינות קיצונית שתיארה אותה כמעשה שטן ממש, בייחוד בקרב חצרות כגון חסידות מונקאטש ולאחריה חסידות סאטמר; עבור בשלילה מתונה יותר או באדישות, שאפיינו את מרבית החצרות; וכלה בתמיכה בתנועת המזרחי, בקרב מספר אדמו"רים שהצטרפו למפלגה, מרביתם מבית רוז'ין, כמו רבי שלמה חיים פרידמן או רבי יעקב פרידמן.
מלחמת העולם הראשונה ומלחמת האזרחים ברוסיה, שעקרו מאות אלפים ממקומות מושבם, שמו קץ לעיירה היהודית הישנה שהייתה המצע עליו נשענה החסידות. הקמתה של ברית המועצות, שרדפה את הדתות כולן, גזרה כליה על התנועה במרבית שטחי רוסיה הפנימית, בלארוס ואוקראינה. רק חב"ד שימרה נוכחות משמעותית במחתרת. בין מלחמות העולם היה לחצרות השונות עדיין קהל תומכים עצום, בייחוד בפולין העצמאית, אך הוא הלך והזדקן בעוד הצעירים מתחלנים.
חורבן ותקומה.
השואה הכחידה באחת את העולם החסידי במזרח אירופה. החסידים, מזוהים בבירור ומבודדים תרבותית מסביבתם, היו מטרה קלה במיוחד לנאצים. מאות אדמו"רים מתו עם קהילותיהם וחצרות רבות הושמדו או קרוב לכך. הימלטותם אדמו"רים, כמו הרבנים יואל טייטלבוים מסאטמאר ואהרן רוקח מבעלזא, העלתה האשמות על הפקרת קהלם מאחור. בשנות ה-40 וה-50 נראתה החסידות כעומדת על סף הכחדה, כשילדי הניצולים המעטים שנותרו סביב החצרות הופכים במקרה הטוב לדתיים מודרניים.
שורת מנהיגים שעלתה באותה תקופה הצליחו לבלום את מגמת ההתפוררות ולבסס מחדש את החסידות ככוח חי. לצד כריזמטיות וכושר ארגוני, הם נשענו על רגשות האשם והנוסטלגיה שחש הציבור היהודי כלפיהם כמייצגי המורשת האבודה מן העבר, וגם על הסובלנות ומערכת הרווחה במדינות המערב שאפשרו התבודדות תרבותית ומשפחות גדולות ומרובות-ילדים. האדמו"ר יואל מסאטמאר הקים את חצרו בניו יורק ויצר מובלעת עם מערכות רווחה ותרבות פנימיות. בעודו מניף את דגל האנטי-ציונות והקנאות האידאולוגיות הצליח בתוך כמה עשורים להביא את קהילתו לדבר יידיש כשפה עיקרית ולקיים אורח חיים ייחודי: מכמה מאות ב-1948 צמחו ללמעלה מ-100,000 בראשית המאה ה-21. האדמו"ר ישראל אלתר התבסס מחדש בישראל ושיקם את חסידות גור מהגרעין הקטן ששרד, בעיקר על ידי קירוב מחדש של ליטאים ודתיים-לאומיים שהשתייכו אליה קודם וילדיהם, בעודו משליט נורמות קפדניות שבידלו ושמרו את אנשיו מהציבור הכללי. גם גור גדלה במהירות, ובסוף המאה כבר כללה רבבות. רבי חיים מאיר הגר ואדמו"ריה האחרים של וויז'ניץ קוממו את ענפיה השונים בישראל ובארצות הברית, ורבי אהרן רוקח אסף סביבו את חסידי בעלזא. באנטוורפן, רבי משה יצחק גווירצמן איגד את השרידים שהתיישבו בעיר וייסד את חסידות פשעווארסק החדשה. חצרות אחרות השתקמו לאטן. החצרות נותרו לשאת את שם העיירה במזרח אירופה שבה נוסדו וממנה צמחו.