ב-8 בדצמבר 1829, בנאומו הראשון בפני הקונגרס, תמך ג'קסון בהקצאת אדמות ממערב לנהר המיסיסיפי לשבטים האינדיאנים. הקונגרס הגיש חוק העברת אינדיאנים משלו, ולג'קסון היו תומכים רבים בסנאט ובבית הנבחרים שהסכימו עם החוק. ב-26 במאי 1830, עבר החוק וג'קסון חתם עליו. החוק הסמיך את הנשיא לנהל משא ומתן כדי לקנות אדמות של שבטים במזרח בתמורה לאדמות במערב, מחוץ לגבולות הקיימים. העברת החוק הייתה היוזמה החקיקתית המוצלחת הראשונה של ג'קסון, וסימנה את הגעתה של המפלגה הדמוקרטית אל תוך התרבות הפוליטית. הדרום תמך בחוק, בעיקר לאחר שהתגלה זהב בשטח של שבט הצ'רוקי.
מדינת ג'ורג'יה הייתה מעורבת בסכסוך משפטי עם השבט, שהסתיים בהחלטה של בית המשפט העליון ב-1832, בה פסק נשיא בית המשפט, ג'ון מרשל, שג'ורג'יה לא יכולה לכפות את חוקיה על השבטים. לג'קסון יוחסה בטעות התגובה "ג'ון מרשל החליט, כעת שיאכוף זאת". הציטוט הופיע ב-1863 מפיו של הוראס גרילי. ג'קסון השתמש במשבר בג'ורג'יה כדי להגיע להסכם בו מנהיגי הצ'רוקי הסכימו להעברת השבט. הנציגים איתם ניהל ג'קסון את המשא ומתן לא נחשבו לנציגים לגיטימיים של השבט, והשבט מחה על החוק.
ההסכם נאכף בידי ואן ביורן, ששלח 7,000 חיילים להעביר את האינדיאנים. 4,000 בני צ'רוקי מתו ב"נתיב הדמעות". בשנות השלושים, תחת לחץ מהמתיישבים, כל אחד מחמשת השבטים ויתר על רוב אדמותיו, אולם נותרו קבוצות בעלות אוטונומיה בג'ורג'יה, אלבמה, מיסיסיפי ופלורידה. כולן (פרט לסמינול) נחשבו ל"חמשת השבטים המתורבתים", שהיו ידידותיים ללבנים. יותר מ-45,000 אינדיאנים הועברו למערב במהלך נשיאותו של ג'קסון.
המוניטין של ג'קסון ספג פגיעה קשה בשל יחסו לאינדיאנים. יריביו הפוליטיים והמנהיגים הדתיים התנגדו אליו קשות. ההיסטוריונים המודרניים שמעריכים את כישרון המנהיגות של ג'קסון מדלגים בדרך כלל על נושא האינדיאנים. כמה מהם טענו שהעברת השבטים מהסביבה הלבנה העוינת הצילה אותם. בשנות השבעים, כותבים מהשמאל כהווארד זין תקפו את ג'קסון על הנושא. במאה ה-21, המוניטין של ג'קסון הפך ליותר שנוי במחלוקת. ב-2015, במהלך ויכוח על הסרת תמונתו של ג'קסון משטר של עשרים דולר, העברת האינדיאנים הוזכרה כסיבה לכך. כותבים טענו שביצע רצח עם.
טיהור השחיתות.
בניסיון לחסל את השחיתות בממשל, ביצע ג'קסון חקירות בכל המחלקות. במהלך כהונתו, סכומים גדולים של כסף ציבורי הופקדו בידי נציגי ציבור. ג'קסון האמין בהעסקת אנשים לפי כישוריהם, ופיטר מועמדים רבים שטען שלא השתמשו כראוי בכסף הציבורי. הוא ביקש מהקונגרס לשנות את חוקי המעילה, להקטין את הזיוף בבקשות לפנסיה ממשלתית, ולהעביר חוקים שימנעו התחמקות ממכס. חקירה של הקונגרס הובילה להתפטרות שר הדואר, שהואשם בניהול כושל של שירותי הדואר ובהענקת חוזים יקרים ללא פיקוח. מחליפו ביצע רפורמות רבות בשירות הדואר.
ג'קסון קרא לביטול חבר האלקטורים בעזרת תיקון חוקתי בנאומיו לקונגרס. בנאומו השלישי, המליץ על העברת הבחירה לעם, והגבלת כהונת הנשיא לכהונה אחת. (ג'קסון בעצמו כיהן בסופו של דבר 2 קדנציות).
כהונתו של ג'קסון בנשיאות עמדה בסימן שיפור בהקצבות ליוצאי צבא. חוק הפנסיה של 1832 סיפק פנסיה ליוצאי צבא אפילו כשלא היה צורך כספי או פיזי בכך, וחוק מיולי 1836 אפשר לאלמנות של חיילי מלחמת העצמאות לקבל את הפנסיה של בעליהן.
החלפת בעלי התפקידים ומינויים פוליטיים.
לאחר שנכנס לתפקידו ב-1829, אכף את החוק שהגביל כהונה של בעלי תפקידים והסמיך את הנשיא למנות עמיתים פוליטיים לתפקידים. הוא האמין שהחלפת בעלי התפקידים הייתה רפורמה דמוקרטית שמנעה הורשת תפקידים וגרמה לכך שהשירות הציבורי היה אחראי בפני העם. ג'קסון הכריז שהחלפת בעלי התפקידים היה עיקרון חשוב ברוח הרפובליקנית. בנאומו בפני הקונגרס בדצמבר 1829 אמר שלאף אדם אין זכות לכהן יותר מאחר. ג'קסון האמין שהחלפת בעלי תפקידים תמנע ביורוקרטיה מושחתת. תומכיו רצו לחזק את הנאמנות המפלגתית ולהעניק את התפקידים לחברי מפלגה אחרים. ג'קסון לא היה זה שהמציא את השיטה בה ממנים ידידים וחברי מפלגה לתפקידים. מושלי ניו יורק עשו זאת בסוף המאה השמונה עשרה ובתחילת המאה התשע עשרה (בעיקר דוויט קלינטון וג'ורג' קלינטון). מספר בעלי התפקידים הממשלתיים שפיטר ג'קסון נופח בידי אויביו. הוא פיטר בערך עשרים אחוזים מבעלי התפקידים בכהונתו הראשונה, וחלקם בגלל זלזול בתפקידם.
ג'קסון כן השתמש בכוחו כדי למנות את תומכיו במפלגה לתפקידים בכירים. גישתו דרשה פטריוטיות כדרישה להענקת תפקידים. ג'קסון טען שחייל שאיבד את רגלו בשדה הקרב טוב מספיק כדי שימנה אותו לתפקיד אחראי על דואר.
הצורך לחזק את המפלגה ואת תומכיו, בגלל המציאות הפוליטית, הובילה לכך שג'קסון נאלץ לבצע מינויים פוליטיים. ההיסטוריונים מאמינים שתקופתו גרמה להתחלה של פגיעה באתיקה הציבורית. הפיקוח על מחלקות מחוץ לוושינגטון (מחלקת המכס בניו יורק, שירות הדואר, מחלקות הצי והמלחמה, והלשכה לענייני אינדיאנים, שתקציבה הוגדל) היה קשה. דברים כמו קניית תפקידים בכסף, אילוץ עובדים להשתתף במסעות בחירות ומעילה בכספי ציבור לא התרחשו עד לאחר תקופת ג'קסון. הוויגים כינו את ג'קסון "המלך אנדרו הראשון" ונתנו למפלגתם את שמם של הוויגים הבריטים שהתנגדו למונרכיה.
ג'קסון תמך בתומכיו, אולם גם הבטיח עבודות לאנשים שיצטרפו אליו.
משבר "זכות הביטול".
האומה הייתה בסיכון במהלך המשבר הכי רציני בתקופת ג'קסון. משבר "זכות הביטול" של 1828 כלל בעיות אזוריות, אי הסכמה על מכסים ואיומי פרישה בידי מדינה אחת ומעורבות צבאית של ג'קסון. הפוליטיקאים הדרומיים התלוננו שהמכסים הגבוהים שהוטלו על יבוא ועל סחורות מאירופה גרמו להם להיות יקרים יותר מאלו מצפון ארצות הברית, והעלו את המחירים שהחקלאים בדרום שילמו. הפוליטיקאים הדרומיים טענו שהמכסים הגבוהים עזרו לתעשיינים הצפוניים על חשבון החקלאים הדרומיים. המצב הפך למשבר חמור כשסגן הנשיא קלהון תמך במדינתו, קרוליינה הדרומית, וטען שהייתה לה הזכות לבטל את חוק המכס, ובאופן כללי זכות לבטל חוקים ממשלתיים שנגדו את האינטרסים שלה. ג'קסון אמנם תמך בדרום בנושא המכסים, אולם תמך באחדות חזקה, ובממשל מרכזי חזק. הוא ניסה להתעמת מול קלהון, ונאלץ להתעמת מול כל קרוליינה הדרומית.
במהלך 13 באפריל, בסעודה לזכרו של תומאס ג'פרסון, טען ג'קסון שיש לשמור על האיחוד הפדרלי. קלהון הגיב וטען שהאיחוד הוא הדבר היקר לו ביותר לאחר החירות.
בוועידה הדמוקרטית הלאומית הראשונה, שאורגנה בידי חבריו של ג'קסון, נפרדו דרכיהם של קלהון וג'קסון וג'קסון מינה את ואן ביורן לסגנו בבחירות הקרובות. בדצמבר 1832, התפטר קלהון מתפקידו והפך לסנאטור מטעם קרוליינה הדרומית.
בתגובה לרצונה של קרוליינה הדרומית לבטל את החוק, נשבע ג'קסון לשלוח חיילים שיאכפו את חוק המכס. בדצמבר 1832 הודיע על התנגדותו לתומכי "זכות הביטול", וטען שחוקת ארצות הברית מתנגדת לזכות המדינות לבטל חוקים, ובנוסף טען שביטול חוק ממשלתי הוא סכנה למדינה. הוא הזהיר את קרוליינה הדרומית שלא תחצה את הקו אל הבגידה, ודרש מתושביה לתמוך באיחוד שעבורו נלחמו אבותיהם. הוא הכחיש את זכותן של מדינות לפרוש מהאיחוד, כיוון שדבר זה מונע מארצות הברית להיחשב לאומה.
ג'קסון ביקש מהקונגרס להעביר חוק שיאשר לו שימוש בכוח צבאי לשם אכיפת המכס, אולם ההעברה שלו נדחתה עד שהפרוטקציוניסטים בהנהגת קליי הסכימו למכס פשרה קטן יותר. החוקים עברו ב-1 במרץ 1833, וג'קסון חתם על שניהם. קרוליינה הדרומית כינסה ועדה שביטלה את רצונה לבטל את החוק. ב-1 במאי 1833, כתב ג'קסון שהמכס הוא רק תירוץ, ושהמטרה האמיתית היא פילוג והקמת קונפדרציה דרומית. התירוץ הבא, ניבא ג'קסון, יהיה השחורים, או שאלת העבדות.
נושאי חוץ.
בשתי כהונותיו של ג'קסון מדיניות החוץ לא הייתה סוערת במיוחד. המשבר הרציני ביותר היה חוב שצרפת הייתה חייבת לארצות הברית על נזק שנפוליאון עשה לפני עשרים שנה. צרפת הסכימה לשלם, אולם דחתה את התשלום. ג'קסון אותת למלחמה, והוויגים צחקו על לוחמנותו. השגריר בצרפת, ויליאם ריבס, הצליח להשיג 25,000,000 פרנקים (כ-5,000,000 דולרים) ב-1836. מחלקת המדינה טיפלה בחובות קטנים יותר של דנמרק, פורטוגל וספרד.
הישג מרכזי היה עצירת המשברים של ממשל אדמס, והגעה להסכם סחר מוצלח עם בריטניה. ההסכם היה אפשרי בגלל שינוי המדיניות בלונדון, שהוביל לקראת מדיניות סחר חופשי. ההסכם פתח את מושבות הודו המערבית לספינות צי הסוחר האמריקניות. מחלקת המדינה גם הגיעה להסכמים עם רוסיה, ספרד, טורקיה וסיאם. תחת ההסכם, הסחר האמריקני נפתח מחדש באיי הודו המערבית. ייצוא הכותנה עלה ב-75% והיבוא עלה ב-250%.
ניסיונו של ג'קסון לשלם 5,000,000 דולרים למקסיקו כדי לרכוש את טקסס לא צלח. המתיישבים האמריקנים עברו אל הטריטוריה. ג'קסון סירב לפעול באופן צבאי בטקסס. אזרחי טקסס הכריזו על עצמאות וניצחו צבא פולש. הם דרשו סיפוח אמריקני, אולם ג'קסון הבין שהדבר יגרום לבעיות עם בריטניה ויפלג את העם. רק ביומו האחרון בתפקיד הכיר בעצמאותה של טקסס.
מלחמות הבנקים.