הוא היה שר המדינה לענייני מלחמה והמושבות בין השנים 1834-1835 ושוב שר החוץ בין השנים 1841-1846 בממשלתו של רוברט פיל. תקופת כהונתו זו כשר חוץ הייתה התקופה הפורייה ביותר בקריירה הפוליטית שלו. במהלכה הוא הסדיר שתי סוגיות שעמדו במחלוקת בין בריטניה לבין ארצות הברית: נחתם ההסכם בדבר הגבול הצפון-מזרחי ב-1842 וההסכם בנוגע לאורגון ב-1846. כמו כן הוא הצליח לשפר את היחסים עם צרפת ופרנסואה גיזו, שהיה אז שר החוץ הצרפתי ובהמשך ראש הממשלה, נעשה לידידו האישי. הוא זכה לאמונה של המלכה ויקטוריה, שבתקופה זו היה עדיין חיוני לתפקודו של שר החוץ. בפעם השנייה הוא הלך בעקבות מנהיגו והתפטר מהממשלה יחד עם רוברט פיל על רקע ביטולם של חוקי הדגן.
לאחר מותו של פיל היה אברדין למנהיגם של חסידיו של פיל. ביולי 1852 נערכו בחירות כלליות שבעקבותם נכנסו לפרלמנט 325 חברי המפלגה הטורית-שמרנית. מספר זה ייצג 42.7% מהמושבים בבית. האופוזיציה העיקרית הייתה המפלגה הוויגית שמטעמה נבחרו 292 חברים. למרות ההפרש הקטן בין שתי המפלגות, הצליחו הוויגים להשיג את תמיכתם של המפלגות הקטנות ושל חברי פרלמנט עצמאיים.
יתר על כן, 63 מחברי הפרלמנט נמנו על "הבריגדה האירית" שהצביעה יחד עם חסידיו של פיל ועם הוויגים על ביטולם של חוקי הדגן עקב רצונם לשים קץ לרעב תפוחי האדמה הגדול באירלנד על ידי הוזלת מחירי החיטה. בשלב זה האירים ותומכי הסחר החופשי לא הצליחו להגיע להסכמה עם הוויגים לגבי כניסתם לממשלה. עקב כך, התבקש מנהיגם של הטורים-שמרנים, הלורד דרבי להקים ממשלת מיעוט והוא מינה את בנג'מין דיזראלי כשר האוצר שלו.
בדצמבר 1852 הגיש ד'יזראלי את התקציב הראשון שלו לפרלמנט בשם ממשלת המיעוט. הצעת התקציב נתקלה בהתנגדותם של חסידי פיל, של תומכי הסחר החופשי ושל אנשי הבריגדה האירית. ההצבעה על התקציב הסתיימה ב-286 תומכים וב-305 מתנגדים. הצבעה זו נחשבה להצבעת אי אמון בממשלת המיעוט והיא נאלצה להתפטר. עקב כך התבקש הלורד אברדין להרכיב ממשלה חדשה.
ראש ממשלה.
בעקבות נפילתה של ממשלת המיעוט הטורית-שמרנית בהנהגתו של הלורד דרבי בדצמבר 1852, הרכיב הלורד אברדין ממשלה חדשה על בסיס קואליציה של תומכי הסחר החופשי, חסידיו של פיל ווויגים שהצביעו אי אמון בממשלת המיעוט. אברדין הצליח לקבץ תמיכה לממשלה מקבוצות שהיוו 53.8% מהמושבים בפרלמנט.
אף שהממשלה הייתה מאוחדת בגישתה לסוגיות סחר בינלאומי ובנושאי רפורמות פנים, היו בין חבריה של הממשלה הלורד פלמרסטון והלורד ראסל שהיו חלוקים ביניהם בשאלות מדיניות החוץ. לרבים מחברי הממשלה היו יומרות להיות בכירים יותר מראש הממשלה ודעותיהם היו לעיתים שונות משלו. היה צורך בכוח מנהיגותי חזק שיוביל את האנשים הללו ואת זה אברדין לא היה מסוגל לעשות. ויכוחים רבים נתגלעו במהלך תקופת כהונתה של הממשלה בין גריי לבין פלמרסטון וזה האחרון הצליח להתייצב במקום עמיתו כמנהיג הוויגים. כמו כן כיהן בממשלה סיר ויליאם מולסוורת' (Molesworth) הרדיקאלי.
אחד מנושאי מדיניות החוץ שגריי ופלמרסטון היו חלוקים עליהם היה אופי היחסים שבריטניה צריכה לקיים עם צרפת ובמיוחד עם השליט הצרפתי לואי בונפרטה, אחיינו של נפוליאון בונפרטה. ב-20 בדצמבר 1848 נבחר לואי כנשיאה של הרפובליקה הצרפתית השנייה לתקופת כהונה של שלוש שנים. חוקת הרפובליקה הגבילה את הנשיא לתקופת כהונה אחת. כך שלואי לא היה יכול להיות נשיא לאחר ה-20 בדצמבר 1851. זמן קצר לפני כן, ב-2 בדצמבר יזם לואי בונפרטה הפיכה כנגד הרפובליקה השנייה, פיזר את האספה הלאומית הנבחרת, עצר כמה מהמנהיגים הרפובליקנים והכריז על עצמו כנפוליאון השלישי, קיסר צרפת.
הפיכה זו זעזעה רבים מחסידי הדמוקרטיה בבריטניה ובצרפת. כמה מפקידי ממשלת בריטניה חשו שבונפרטה שואף להיכנס להרפתקה בינלאומית כמו דודו. בסופו של דבר הבינו פקידים אלה שאסוציאציה כזאת תוביל את בריטניה לסדרה נוספת של מלחמות בדומה למלחמות הנפוליאוניות שהתנהלו בין השנים 1793-1815. יחסיהן של בריטניה ושל צרפת השתפרו באופן משמעותי מאז 1815. כראש ממשלה לא היה אברדין בין פקידים אלה, אשר חששו מצרפת תחת הנהגתו של לואי בונפרטה. יחד עם זאת פקידי ממשלה אחרים החלו לדאוג יותר מעליית כוחה של האימפריה הרוסית במזרח אירופה ומשקיעתה במקביל של האימפריה העות'מאנית. לורד פלמרסטון כיהן כשר החוץ בממשלתו של הלורד ראסל בעת ההפיכה שביצע בונפרטה. מבלי ליידע את הקבינט או את המלכה, שלח פלמרסטון שדר אישי לשגריר הצרפתי המאשר את ההפיכה של לואי בונפרטה והמברך אותה. כתוצאה מכך דרשו המלכה וחברי הממשלה מפלמרסטון להתפטר מתפקידו כשר החוץ.
בפברואר 1852 התנקם פלמרסטון בראסל בהצטרפו להצבעת האי אמון של השמרנים כנגד ממשלתו. צעד זה הפיל את ממשלתו של ראסל וביולי נערכו בחירות כלליות שבסופו של דבר העלו את השמרנים לשלטון בממשלת מיעוט בהנהגתו של הלורד דרבי. בעיה נוספת שניצבה בפניו של הלורד אברדין בהרכבת ממשלתו החדשה בדצמבר 1852, היה הלורד ראסל עצמו. ראסל היה מנהיג המפלגה הוויגית, המפלגה הגדולה ביותר בקואליציה. כתוצאה מכך נאלץ אברדין למנות את ראסל כשר החוץ. יחד עם זאת אהב ראסל לנצל לעיתים את ההזדמנות כדי לדבר בשמה של הממשלה כאילו עמד בראשה. בעת הדיונים על חוק הרפורמה של 1832 הצהיר ראסל כי לאחר אישורו של החוק לא יהיו שינויים נוספים בשיטת ההצבעה בבריטניה. יחד עם זאת גרמו לחצים פוליטיים לביצוען של רפורמות נוספות לראסל לשנות את דעתו עשרים שנה מאוחר יותר ובינואר 1852 הוא הכריז על כוונתו להגיש לפרלמנט הצעת חוק שתיצור שוויון בין מחוזות הבחירה.
כנראה בשל הסכסוך ארוך הימים ביניהם, הכריז פלמרסטון שהוא יתנגד לרפורמה. כתוצאה מכך הצטמצם בסיס התמיכה הפרלמנטרית בהצעת החוק וראסל נאלץ לשנות את דעתו שוב ולמשוך את הצעת החוק מעל שולחן הפרלמנט. כדי להרכיב קואליציה ביקש הלורד אברדין למנות הן את ראסל והן את פלמרסטון כחברים בממשלתו. בשל הדחתו השנויה במחלוקת של פלמרסטון מתפקיד שר החוץ, הוא לא יכול היה להתמנות מחדש לאותו תפקיד זמן קצר לאחר ההדחה. לפיכך מינה אברדין את פלמרסטון כשר הפנים ואת ראסל כשר החוץ.
השאלה המזרחית.
הלורד אברדין הוביל את בריטניה למעורבות במלחמה חדשה כנגד האימפריה הרוסית לצדם של הצרפתים והעות'מאנים, מלחמה שנקראה בהמשך מלחמת קרים. העיסוק הבינלאומי במצבה של האימפריה העות'מאנית ימשיך עד לסוף המאה ה-19 ויזכה לכינוי השאלה המזרחית. אברדין רחש ביסודו אהדה לרוסיה ככוח היכול לעמוד כנגד השאיפות של צרפת. כך שהוא לא היה בעד כניסתה של בריטניה למלחמת קרים. יחד עם זאת הוא הובל על ידי הלחץ שהופעל עליו מצדם של חברי הקבינט, כולל פלמרסטון, שברגע נדיר זה זכה לתמיכה מצדו של ראסל ושניהם היו בעד מדיניות תקיפה יותר כנגד ההתפשטות הרוסית. אברדין שלא היה מסוגל לשלוט בפלמרסטון, הסכים למהלך. יחד עם זאת השאלה המזרחית ומלחמת קרים היו הגורמים לנפילתה של ממשלתו.
השאלה המזרחית החלה לצוץ בדצמבר 1852 בעת ההפיכה הנפוליאונית בצרפת. כשהרכיב את ממשלתו החדשה, שלח נפוליאון השלישי שגריר לאימפריה העות'מאנית עם הנחיות להכריז על זכותה של צרפת להגן על האתרים הקדושים לנצרות בירושלים ובארץ הקודש. העות'מאנים הסכימו לכך כדי להימנע ממלחמה אפשרית כנגד צרפת. בריטניה החלה להיות בהדרגה מודאגת מהמצב בטורקיה והלורד אברדין שלח את הלורד סטפורד, דיפלומט עם ניסיון בטורקיה, כשליח מיוחד שישמור על האינטרסים הבריטים באימפריה העות'מאנית. רוסיה מחתה על ההסכם הצרפתי-עות'מאני וראתה בו הפרה של הסכם קוצ'וק קאינרג'ה מ-1778, שסיים את המלחמה העות'מאנית-רוסית (1768–1774). על פי הסכם זה הוענקה לרוסים הזכות הבלעדית להגנה על המקומות הקדושים לנצרות בארץ הקודש. לפיכך, ב-7 במאי 1853, שלחו הרוסים את הנסיך אלכסנדר סרגייביץ' מנשיקוב, אחד מהמדינאים הראשיים שלהם, כדי לנהל משא ומתן על הנושא. הנסיך מנשיקוב הסב את תשומת לבם של העות'מאנים לעובדה שבמהלך המלחמה העות'מאנית-רוסית, הרוסים כבשו את הפרובינציות של ולאכיה ושל מולדובה על הגדה הצפונית של נהר הדנובה, שהיו אז בשליטה עות'מאנית, אך השטחים הללו הוחזרו לעות'מאנים על פי הסכם קוצ'וק קאינרג'ה בתמורה לזכותם של הרוסים להגן על המקומות הקדושים.
הצרפתים שלחו את אחת מאוניות הקו שלהם, ה"שארלמאן" (Charlemagne) לים השחור כדי לבצע הפגנת כוח. לאור הפגנת כוח צרפתית זו, הודיעו העות'מאנים על זכותם של הצרפתים להגן על המקומות הקדושים. לורד סטפורד היה היועץ של העות'מאנים באותו זמן והוא היה זה שיעץ להם לדחות את הטיעונים הרוסיים.
מלחמת קרים.
כתוצאה משינוי הדעה העות'מאנית האחרונה הזו, כבשו הרוסים ב-2 ביולי 1853 את מדינות החסות העות'מאניות של ולאכיה ומולדובה כפי שעשו במלחמה הרוסית-עות'מאנית ב-1768-1774. זמן קצר לאחר מכן כוחות רוסיים התפרסו לאורך הגדה הצפונית של הדנובה, בהצהירם על כוונתם לחצות את הנהר. אברדין הורה לצי המלכותי להגיע לאיסטנבול ומאוחר יותר להיכנס לים השחור. ב-23 באוקטובר הכריזה האימפריה העות'מאנית מלחמה על רוסיה. פלישה ימית רוסית על סינופ ב-30 בנובמבר הובילה להשמדתו של הצי העות'מאני בקרב סינופ. כאשר התעלמה רוסיה מהאולטימטום האנגלו-צרפתי לפנות את הפרובינציות שעל הדנובה, הכריזו בריטניה וצרפת על מלחמה כנגד רוסיה ב-28 במרץ 1854. בספטמבר 1854 נחתו כוחות צרפתים ובריטים בחצי האי קרים ביבפטוריה שמצפון לסבסטופול. הכוחות נעו לאורך נהר אלמה ב-20 בספטמבר והטילו מצור על סבסטופול.