לפני עידן הקרח האחרון, ההיפופוטמים היו נפוצים בצפון אפריקה ובאירופה, ובאופן עקרוני הוא מסוגל לחיות באזורים קרים, בתנאי שהמים אינם קופאים בחורף. בעבר הוא היה נפוץ באזור הנילוס שבמצרים, אולם מאז הוא נעלם מהאזור. גם לאחר הכיבושים הערביים במאה השביעית לספירה עדיין נמצאו היפופוטמים בעיר הנמל המצרית דמיאטה. היפופוטמים נמצאים כיום בנהרותיהן ובאגמיהן של המדינות אוגנדה, סודאן, סומליה, קניה, צפון קונגו, אתיופיה, גאנה, גמביה, בוטסואנה, דרום אפריקה, זימבבואה וזמביה, וכן בטנזניה ובמוזמביק. במספר מקומות הוא נמצא גם במי הים, אך לא אוכל בהם.
ממצאים גנטיים מצביעים כי אוכלוסיית ההיפופוטמים המצויה באפריקה חוותה התרחבות משמעותית במהלך תקופת הפליסטוקן או אחריו, שמיוחסת לעלייה המקבילה בכמות מאגרי המים לקראת סוף התקופה. כיום, לעומת זאת, אוכלוסיות ההיפופוטמים מאוימות על ידי המחסור במים ביבשת. בנוסף, הציד שלהם אינו מוסדר במקומות רבים או שאינו נאכף באחרים. במאי 2006 ההיפופוטם הוגדר כמין "פגיע" (Vulnerable) על ידי ארגון השימור העולמי. אוכלוסייתו נאמדה בכ-125,000 עד 150,000 פרטים, ירידה של שבעה עד עשרים אחוזים מאז האומדן הקודם ב-1996.
הירידה החדה ביותר בגודל אוכלוסיית ההיפופטמים תועדה בקונגו. האוכלוסייה בפארק הלאומי וירונגה שבמדינה הצטמצמה לכדי 800 עד 900 פרטים, לאחר שבאמצע שנות ה-70 היא נאמדה בכ-29,000 פרטים; ההצטמצמות הנוראה מיוחסת למלחמת קונגו השנייה. הציידים הם כפי הנראה מורדים לשעבר מקבוצות ההוטו, חיילי קונגו ששכרם זעום ואנשי המיליציות המקומיות. ההיפופוטמים ניצודים בשל מספר סיבות, בהן האמונה כי הם בעלי חיים טיפשים, הטענה שהם פוגעים בחברה, וכן לשם מכירת חלקי גופם. מכירת בשר ההיפופוטמים אינה חוקית, אולם פקחי הקרן העולמית לשימור חיות הבר מתקשים לסכל מכירות שכאלו בשוק השחור.
בארץ ישראל.
לפי ממצאים ארכאוזואולוגיים, ההיפופוטם חי בנחלי מישור החוף של ארץ ישראל עד לתקופת הברזל ונכחד במהלכה, בתחילת האלף הראשון לפנה"ס. מתקבל על הדעת שמקורה של אוכלוסיית ההיפופוטמים של מישור החוף הישראלי בנדידה של אוכלוסיות היפופוטמים מהנילוס, בתור הפלייסטוקן התיכון, החל מלפני כ-800,000 שנה. ייתכן שישנן עדויות כתובות בתנ"ך לנוכחותו בתקופת המקרא בארץ ישראל בשם בהמות (; ; ), ואולי אף בכינוי "חית קנה" (). מינים נוספים של פרסתנים גדולים נכחדו בתקופת הברזל מנוף ארץ ישראל, ללא עדות לשינוי אקלימי משמעותי. בשל כך מוצע כי ההיפופוטם נכחד בגלל צפיפות האוכלוסייה האנושית הגוברת באותה תקופה, שצמצמה את שטחי המחיה המתאימים לו.
התנהגות.
ההיפופוטם מבלה את רוב זמנו בהתפלשות במים או בבוץ יחד עם יתר חברי להקתו. המים או הבוץ מסייעים בקירור הגוף ובשמירה על לחות העור. למעט אכילה, רוב חייהם של ההיפופוטמים - החל בלידה, המשך בלחימה וכלה ברבייה - מתנהלים במים. הם עוזבים את המים בשעות בין הערביים על מנת לטייל וללחך עשב, מקור מזונם הראשי.
תזונה ומבנה חברתי.
ההיפופוטם ניזון מכמויות עצומות של מזון צמחי מדי יום ביומו. משום שבמים בהם הוא שוהה כמות הצומח דלה, אין לו ברירה אלא לעזוב אותם לטובת איתור צמחים על פני היבשה, בעיקר צמחיית גדות. ברם, ההיפופוטם סובל מן החום הרב ולפיכך מבכר לצאת מהמים רק עם רדת החמה ולא לפני כן. לעיתים, לצורך אכילה, מתרחק ההיפופוטם קילומטרים רבים מהבריכה בה טבל, וחוזר אליה רק בבוקר. בלילה אחד צורך היפופוטם עד 70 קילוגרמים של עשב. במהלך ליחוך העשב הם יאכלו גם צמחים אחרים, אולם אלו הם רק מרכיב משני בתזונתם.
מערכת העיכול של ההיפופוטם אינה יעילה כל כך, ובחלק ניכר בגלליו קיים חומר שעוכל חלקית ואשר מאפשר ליצורים רבים להסתמך על הגללים כמזונם העיקרי. למעשה יוצר ההיפופוטם סביב הפרשותיו מעין שבה מתקיימים מיני דגים ויצורי מים אחרים או עופות שונים המגיעים לנבור בגללים. מערכת העיכול שלו איננה מותאמת לאכילת בשר, ולכן התנהגויות מן הסוג של אכילת פגרים, טריפה ואף קניבליזם הן די נדירות.
ההיפופוטם חי בעדרים בני כעשרה פרטים בממוצע, אך גם בקבוצות גדולות יותר. בקבוצה הבסיסית יש זכר המחזיק בנחלה ועמו מספר נקבות בוגרות וצאצאיהן. במרחב המימי שוכנות הנקבות בנחלת הזכר השליט. מחוץ למים הן משוטטות בשדות עם צאצאיהן. הזכר השליט מסמן את נחלתו באמצעות גלליו שאותם הוא מפזר על קרקעית המים בעזרת זנבו. הוא שומר על נחלתו ועל נקבותיו בתקיפות מפני זכרים פולשים. התוקפנות מביאה לא פעם לעימותים קשים הכוללים פעירות פה בצד ניסיונות נשיכה באזור הצוואר העבה של כל אחד מהזכרים הנלחמים. התקשורת בקבוצה היא קולית ותת-מימית. רפרטואר הקולות של ההיפופוטם כולל בעיקר נהימות ושאגות. לעיתים הוא יחזיק את ראשו בגובה המים בדיוק, כך שהקריאה שישמיע תישמע מתחת למים ומעליהם גם יחד. ההיפופוטם יכול להבחין באמצעות הקולות אם מדובר בקריאה של בן מינו מוכר או של זר, ותגובתו תהיה תוקפנית פחות כלפי קולות מוכרים.
ההיפופוטמים מקיימים יחסי גומלין עם מינים נוספים: דגי לבאו אדום-עין מנקים את עורו ואת פיו מחיידקים ואנפית הבקר וזרזיר הבקר פועלים באותו אופן על גבו. ההיפופוטמים יתקפו חיות מסיגות גבול ויהרגו חיות קטנות יותר כמו אנטילופות, זברות או גנו שיפריעו להם או ייכנסו לתוך השטח שלהם. לפעמים הם גם הורגים את טורפיהם: אריות או תניני יאור.. היפופוטמים מפריעים במתכוון לעיתים לתנינים לצוד חיות קטנות יותר ויוציאו את קרבנותיהם מהמים.
סוג נוסף של יחס גומלין הוא קומנסליות- כאשר היפופוטם עושה את צרכיו במים, דגים קטנים וחלזונות אוכלים את צרכיו העשירים בחומרים מזינים כדי לשרוד (Frisch, 2007). על כן הם נהנים, ואילו ההיפופוטם אדיש לכך.
ההיפופוטם הוא מין מהנדס מערכת אקולוגית. בשל גודלו העצום, והרגלו לאכול עשב במסלולים ואזורים קבועים, להיפופוטם השפעה משמעותית על הימצאות מקורות מים ויצירה של מערכת אקולוגיות. הם רומסים את האדמה עליה פוסעים בחיפוש אחר מזון, ובשל כך לאורך זמן, היפופוטמים יכולים להסיט את נתיבי המים בהם מצויים, להרחיבם, ולהביא ליצירה ושגשוג של מקורות מים נוספים, אשר גם משמשים כתעלות ניקוז במהלך שיטפונות (McCarthy, Ellery &amp; Bloam,1988).
רבייה.
נקבות ההיפופוטם מגיעות לבגרות מינית בגיל חמש עד שש שנים. משך תקופת ההיריון הוא כשמונה חודשים. הזכרים מגיעים לבגרות מינית בגיל שבע שנים וחצי. עונת הרבייה מתרחשת בחודשים אפריל-אוגוסט. החיזור, ההזדווגות, ההמלטה וההנקה מתרחשים במים. במשך כל ההזדווגות הנקבה שקועה במים, ורק ראשה מגיח לעיתים על מנת לנשום. ההמלטה כאמור מתרחשת גם היא במים, ובכך מצטרף ההיפופוטם לשורת היונקים המצומצמת שממליטים את גוריהם במים, לצד הלווייתנאים והתחשאים. משקל הוולד נע בין 25 ל-45 קילוגרמים, ואורכו כ-130 סנטימטרים. על-פי רוב הנקבה ממליטה גור אחד בלבד, ולעיתים רחוקות יותר - שניים. לעיתים קרובות, במקרים שהמים עמוקים מדי עבורו, נח הגור על גבה של אימו ושוחה מתחת למים כדי לינוק. בימים הראשונים שלאחר ההמלטה הגור אינו מלווה את אימו ליבשה אלא נותר במים כאשר היא יוצאת לאכול. הקשר בין הגור לאם הדוק ביותר, גם לאחר גמילתו בגיל שמונה עד תריסר חודשים. הוא נלווה לאמו במשך מספר שנים. הנקבה מגדלת את צאצאה במקום מוגן ומוסתר אותו היא מכינה בטרם ההמלטה באמצעות רמיסת צמחייה בסבך קנים. הגור מסוגל לשחות בכוחות עצמו כעבור פרק זמן קצר.
בשל גודלו הרב אין להיפופוטם אויבים של ממש בטבע, ורק הגור חשוף בצעירותו לאיומים של טורפים, בעיקר של תניני היאור. הנקבה עלולה להגיב בתוקפנות אדירה אם תחוש בסכנה לצאצא שלה. היפופוטם צעיר לא יהסס להלך במים שורצי תנינים, ולעיתים אף יחכך את אפו בגופם.
ההיפופוטם והאדם.
ממצאים ארכאוזואולוגיים, כעצמות היפופוטם עם סימני חיתוך ושבירה מכוונת, מצביעים על ציד היפופוטמים בידי האדם הקדמון, בעיקר באפריקה, החל מכ-100,000 שנים לפני זמננו באתיופיה וביתר שאת בסוף התקופה הפלאוליתית, לפני כ-16,000 שנים בעמק הנילוס. תיעוד אמנותי מוקדם של אינטראקציה בין אדם להיפופוטם נמצא במרכז הסהרה בדמות גילופים וציורים על סלעים. ציור אחד שכזה, שמתוארך ללפני 4,000 - 5,000 שנים ונמצא בטאסילי נאג'ר שבאלג'יריה, מתאר ציד היפופוטם. במצרים העתיקה נחשב ההיפופוטם לחיה אכזרית החיה בנילוס. במיתולוגיה המצרית, האלה תאורת, שתפקידה היה להגן על ההיריון, הייתה בעלת ראש-היפופוטם. הסיבה לכך הייתה נעוצה בכך שנשות מצרים העתיקה הכירו באגרסיביות שמגלות נקבות ההיפופוטם כלפי אלו התוקפים את גוריהן.
ההיפופוטם ידוע להיסטוריונים מאז התקופה הקלאסית. ההיסטוריון היווני הרודוטוס תיאר את ההיפופוטם בספרו "היסטוריה" (The Histories) שנכתב בשנת 440 לפני הספירה לערך. ההיסטוריון הרומאי פליניוס הזקן כתב אודות ההיפופוטם באנציקלופדיה שערך, תולדות הטבע, שנכתבה בשנת 77 לספירה לערך.