מראשית קיומו היה "בצלאל" נתון בקשיים כספיים תמידיים. נוסף על כך, בוריס שץ ניהל סביב בית הספר מאבקים שונים. מן הצד האחד הם היו שקועים במאבקים משפטיים כנגד סוחרים ובעלי בתי מלאכה על השימוש המסחרי בשם "בצלאל", ומן הצד האחר נאבקו שץ ותומכיו עם הוועד בברלין על השליטה האמנותית והמנהלתית בבית הספר. פריצת מלחמת העולם הראשונה בשנת 1914 הקשתה עוד יותר על בית הספר בשל הניתוק מברלין והקושי הגובר בגיוס תרומות ותלמידים לבית הספר. בשנת 1915 קיבלו חלק מן התלמידים והמורים אזרחות של האימפריה העות'מאנית. ב-1916 אף נשלחו תלמידי בית הספר לשירות צבאי במסגרת הצבא העות'מאני, בעוד תלמידים אחרים שהיו תושבי מדינות נייטרליות עבדו במושבות שונות בשרון בחקלאות, ביקב "כרמל מזרחי" בראשון לציון או במחנות עבודה כגון מחנה "עֵמֵלִיה" בבאר שבע. חלק משכרם של אותם תלמידים נועד למימון פעילותו של בית הספר. שיאו של משבר זה היה ב-1917, אז נסגר בית הספר לכמה חודשים ושץ עצמו הוגלה לדמשק ואחר כך ישב בטבריה ובצפת.
עם סיומה של המלחמה ותחילת המנדט הבריטי חזר בית הספר לפעילות גם ללא שץ, שחזר לבית הספר ב-1919. התגייסותם של חלק מן התלמידים ל"גדודים העבריים" הקשתה על פעילותו הסדירה של בית הספר.
1929–1919.
שנים שלאחר מלחמת העולם הראשונה היוו שנות משבר מתמשך ב"בצלאל". מן הצד האחד נפסקה התמיכה של יהדות גרמניה, ששקעה במשבר כלכלי גדול, מן הצד השני לא הצליח שץ לגייס תרומות חדשות בקרב יהודי ארצות הברית. גם מצב מכירות המוצרים השונים היה רע, וחלק מן המחלקות, הקבוצות ובית-המלאכה השונים שפעלו תחת חסותו נסגרו במהלך חצי העשור הראשון של שנות ה-20 של המאה ה-20.
ביטוי למצבו הכספי הקשה של בית-הספר ניתן למצוא בשורה של משברים שעברו בתי המלאכה וכללו שביתות פועלים, לצד סגירת שעריהם. ב-1 באפריל 1921 נסגרו כל בתי המלאכה של בצלאל, שהעסיקו באותה עת 70 עובדים. כעבור כחודשיים חודשה העבודה עם 25 פועלים. סגירה נוספת התרחשה ב-1 בינואר 1922.
למרות המשברים הרבים, המשיך שץ בניסיון להגשים את חלומותיו להגדלת בצלאל, שכללו כעת גם הקמת מרכז חנויות להשכרה ושכונת מגורים, שתשמש את אמני בצלאל.
ביוני 1921 התפרסם מאמר ביקורת מאת שמואל הוגו ברגמן נגד בית-הספר בעיתון "דאס אידשע פאלק" בניו יורק.
ב-6 בנובמבר 1925 התפרסמה בעיתון "דואר היום" ביקורת חמורה על בית הספר ושץ.
בצלאל החדש, 1935 ואילך.
לאחר סגירת "בצלאל" בראשותו של בוריס שץ, בשנת 1929, עמדו חלקים מן המבנים בשיממונם. אחרים שימשו כסדנאות עבודה לאמנים שהמשיכו לפעול בשמו של בית הספר. בשנת 1934 החלה לפעול המחלקה הגרמנית של הסוכנות היהודית במטרה להקים מחדש את המוסד הציוני. פעילותם הציונית נועדה בראש ובראשנה לעזור בקליטתם של עולים מגרמניה, שרבים מהם הגיעו ב"עלייה החמישית" לארץ ישראל. בשונה מבצלאל ה"ישן", הלימודים בבצלאל ה"חדש" היו חפים מאסתטיקה מזרחית. גם האווירה הפרועה של נשפי בצלאל וההווי המיוחד נעלמו לטובת השפעות מודרניסטיות, בייחוד של ערכי הבאוהאוס הגרמני בכל הקשור לפונקציונליות של הצורה.
ארתור רופין שעמד בראשותו של ועד ההקמה של בית הספר, שמנה מלבדו גם את אנה טיכו, אלברט טיכו, יוסף לוריא, פרופ' ל"א מאיר, ה' ח.א. סטיוארט (האחראי על המסחר והמלאכה במסגרת המנדט הבריטי, ורנר סנטור, גאורג לנדואר, זלמן שוקן והרמן שטרוק פעל נמרצות להקמת בית הספר. במסגרת הקונגרס הציוני ה-י"ט, שנערך ב-1935 בלוצרן, הכריז רופין על הקמת בית הספר. בנוסף הוקמה גם "חברת בצלאל החדש", שנועדה לגייס כספים עבור הקמת בית הספר. רופין אף פנה בשנת 1934 אל הקק"ל וקיבל מהם הסכם חכירה של מבני בצלאל. הדבר גרם לתרעומת בקרב האמנים ששכרו עד אז חלקים ממבנה בית הספר.
ב-30 במאי התכנס ועד חברת בצלאל בראשות ד"ר מקס אייטינגון ובו היו חברים מירה אטינגון, אליהו ברלין, יצחק גרינבאום, בן-ציון דינור, עו"ד ש. הורוביץ, אנה טיכו, הלנה כגן, ד"ר לוריא, מרדכי נרקיס, מ. קרינין ומ. שניאורסון.
הלימודים בבית הספר החלו ב-22 באוקטובר וסגל המורים כלל את יוסף בודקו כמנהל בית הספר ומחזור הלימודים הראשון כלל 22 תלמידים. טקס הפתיחה הרשמי נערך בד' בחשוון ה'תרצ"ו, ב-22 באוקטובר 1935. בשנת 1950, הוקם סניף של בצלאל בהר ציון, בבנין בית הספר גובאט שנשכר מהכנסייה הפרוטסטנטית. בסניף לימדו בין השאר ליטוגרפיה, תחריט ופיסול הצייר דוד בן-שאול, הצייר והפסל אברהם אופק והפסל והצייר דוד פלומבו שעבר להתגורר בהר בשנת 1961. הסניף פעל עד סוף שנות ה-60 של המאה ה-20.
המחלקה הגדולה ביותר בבצלאל החדש הייתה מחלקת הגרפיקה השימושית. מרדכי ארדון, שמונה למנהל בית הספר לאחר מותו של בודקו ב-1940, וראובן (דויטש) דיין, מנהל המחלקה בין השנים 1937–1965, ביססו אותה כבעלת שליחות חברתית ואמנותית גם יחד. תלמידי המחלקה עיצבו סמלים וחומר פרסומי עבור מבחר גופים ציוניים ארצישראלים. ב-1940 נפתחה במחלקה סדנה לליתוגרפיה בראשות משה כהן המדפיס הראשי של דפוס "גרפיקה". סגנון העיצוב שהשליט דיין במחלקה התמקד בדימוי מרכזי פיגורטיבי, בהשפעת "כרזת-האובייקט" (Sachplakat) הגרמנית. בשנת 1936 ייסד דיין את "אגודת הציירים העבריים לגרפיקה שימושית בארץ ישראל".
במהלך מלחמת העצמאות גויסו רוב תלמידי "בצלאל החדש" לשירות צבאי. רבים מהם הועסק כמשרטטי מפות ובעיצוב מתקני הסוואה שונים. בבית הספר, שלא סגר את שעריו, נותרו כ-20 תלמידות. כמו כן נפגעו חלקים ממבנה בית הספר (בעיקר סדנת המתכת). למרות המצור על ירושלים, עם התקדמות המלחמה חזר בית הספר לפעילות רגילה. רבים מן התלמידים חזרו ללימודים מלאים או חלקיים ואף התקבלו 16 תלמידים חדשים לבית הספר, מרביתם עולים חדשים. בנוסף, שימש בית הספר אכסניה לשיעורים של האוניברסיטה העברית, שבניניה בהר הצופים נסגרו.
בצלאל במאה ה-21, יחידות ומחלקות.
בשנת 2006 נחגג בבצלאל יום השנה המאה של המוסד. המוסד ממוקם במתחם האוניברסיטה העברית בהר הצופים שבירושלים ולומדים בו מעל ל-2,300 תלמידים במחלקות הלימודים הבאות: אמנות, אדריכלות, עיצוב קרמי וזכוכית, עיצוב תעשייתי, צורפות ואופנה, צילום, תקשורת חזותית, אמנויות המסך (אנימציה ווידאו) והמחלקה לתרבות חזותית וחומרית. המחלקה לאדריכלות ממוקמת במרכז ירושלים, בבניין בצלאל ההיסטורי אשר ברחוב שמואל הנגיד.
המוסד מכיל לימודים לתואר ראשון B.F.A באמנות, תואר ראשון B.Arch באדריכלות, תואר ראשון B.Des בעיצוב, תוכנית לתואר שני M.F.A באמנויות וכן חמש תוכניות שונות לתואר שני M.Des ב-עיצוב אורבני, אמנויות, תקשורת חזותית, עיצוב תעשייתי ומדיניות ותיאוריה של האמנויות.
משנת 2005 בצלאל מפרסם כתב עת אקדמי לאמנות בשם "".
מדי שנה נערכת בבצלאל תערוכת בוגרים בה מוצגים פרויקטי גמר של סטודנטים בשנה ד' ו-ה' בכלל המחלקות, כמו כן מוצגות עבודות נבחרות של סטודנטים מכלל המחלקות והשנים. התערוכה מתחדשת מדי שנה באופיה ובעיצובה.
בשנת 2010 יצאה לראשונה האקדמיה את גבולות ירושלים עם העברתה של התוכנית לתואר שני באמנויות לת"א.
בזמן המהומות בירושלים (2021) ומבצע שומר החומות שלחו מרצים רבים מכתב תמיכה בסטודנטים הפלסטינים "לנוכח אלימות המתנחלים", כדבריהם. במכתב נאמר כי הם מבינים את הקושי ללמוד במוסד של עם כובש ומדכא, והובעה תמיכה במאבק הפלסיטיני. הנהלת המוסד הבהירה כי מדובר בעמדות אישיות של החתומים.
בצלאל x.
בצלאל X, המרחב לטכנולוגיות חדשות במוסד, חוקר את השינויים בתפקידם של יוצרות ויוצרים בעולם משתנה ודינאמי, המונע מתוך התפתחויות טכנולוגיות וכלכלה מבוססת רעיונות. המרחב עוסק במחקר שוטף של טכנולוגיות וכלים חדשים ובפיתוח מיומנויות מתוך כוונה להרחיב את תחומי הידע ושדות הפעולה הנלמדים בבצלאל. במסגרת פעילות המרכז מקודמים שיתופי פעולה עם התעשייה כדי לייצר חשיפה ונגישות לטכנולוגיות חדשות עבור הסטודנטים וסגל ההוראה.
רשות המחקר והחדשנות.
הרשות היא הסמכות המקצועית בכל הקשור לקידום המחקר, מגייסת משאבים אקדמיים, ויוצרת שיתופי פעולה.
בין פעילות הרשות: איתור קולות קוראים למחקרים, בישראל ומחוצה לה, והפצתם בקרב חברי הסגל הרלוונטיים; סיוע בהגשת בקשות לקרנות מחקר, בדגש על היבטי תכנון, כתיבה ותקצוב; וייעוץ מקצועי בתחום האתיקה במחקר.
הרשות כוללת גם את מאגד JLM Impact, שיתוף פעולה בין מרכזי החדשנות והיזמות של שלושה מוסדות אקדמיים בירושלים: בצלאל (212 – מעבדת החדשנות של בצלאל), האוניברסיטה העברית, ועזריאלי - מכללה אקדמית להנדסה.
המרכז לחקר הביטוי החזותי של השואה.
המרכז מציע פלטפורמה אקדמית המתמקדת בבחינת מופעיו השונים של הביטוי החזותי הקשורים בשואה, כגון ציור, פיסול, קולנוע, צילום, קומיקס ואיור המייצרים שפה של סימנים וסמליים, המשמשים כתשתית ההפצה המרכזית של ידע היסטורי על אודות השואה. המרכז פועל בשיתוף פעולה עם חוקרים מהארץ ומחוץ לה, שבמסגרתו מתקיימים מפגשי לימוד ומחקר.
ספריה וארכיון בצלאל.
ארכיון בצלאל כולל מאגר ממוחשב שבו תיעוד דיגיטלי של ההיסטוריה של המוסד, עבודות סטודנטים, פרויקטי גמר, תערוכות בוגרים ואוספים של עבודות בצלאל ממקורות שונים. המאגר הממוחשב, "בצלאל קטלוג", כולל גם את הספרייה. בנוסף, בארכיון הציוני המרכזי מצוי הארכיון ההיסטורי של האקדמיה מאז שנותיה הראשונות ועד לימים שלאחר קום המדינה.