בתלמוד מופיע שהאמורא אביי אמר שיש מצווה למנות ימים ומצווה למנות שבועות. הבסיס לדבריו הוא לשון התורה: "וספרתם... שבע שבתות", ושבת היינו שבוע, ולאחר מכן נאמר: "תספרו חמישים יום". עוד נאמר בתלמוד שם, שהאמורא אמימר מנה רק ימים ולא שבועות, והטעם כיוון שהספירה היא רק זכר למקדש. הלכה כאביי שצריך לספור גם ימים וגם שבועות. הראשונים פירשו שיש לציין בספירה את מספר השבועות רק בימים שבהם נגמר שבוע של ספירה, כלומר ביום השביעי, הארבעה עשר וכן הלאה, ובהם אומרים את מספר הימים ומוסיפים 'שהם שבוע אחד', 'שהם שני שבועות' וכן הלאה. הראבי"ה הביא מרבותיו פירוש הפוך, שיש לספור לפי השבועות ולהוסיף את היתרה בימים, כגון ביום התשיעי 'היום שבוע אחד ושני ימים'. כבר הר"ן בסוף פסחים כתב ש"ברוב המקומות החמירו על עצמם לומר בכל יום: 'היום כך וכך לעומר, שהם כך וכך שבועות [וכך וכך] ימים' ". כלומר, כל יום אומרים את סך הכול של הימים, ומוסיפים 'שהם', ואומרים את מספר השבועות ואת יתרת הימים, וכך המנהג היום.
המצווה לספור מוטלת על כל איש מישראל, הדבר נלמד מלשון הכתוב 'וספרתם לכם', שתהא ספירה לכל אחד ואחד. להבדיל ממצוות ספירת שנות היובל שכתוב 'וספרת לך', כלומר המצווה מוטלת על בית הדין בלבד.
נשים פטורות מהמצווה, לפי הכלל שנשים פטורות מכל מצוות עשה שהזמן גרמן, והיינו מצוות שתלויות בזמן. המגן אברהם חייב את הנשים מכח זה שהנשים נהגו לספור וקיבלו עליהן את הספירה כחובה. לעומתו, המשנה ברורה הסתמך על פוסקים אחרים והורה שנשים אינן חייבות.
יש לספור בעמידה, ודין זה נלמד מהפסוק "מהחל חרמש בקמה" שספירת העומר צריכה להיות בקמה, כלומר בקומה (בעמידה), אך גם מי שספר בישיבה יצא ידי חובתו.
לפי ההלכה זמן הספירה הוא בלילה, כיוון שהוא נחשב לתחילת היום. בספר חילוקי המנהגים שבין בני בבל לבני ארץ ישראל מופיע, שבני בבל אינם סופרים אלא בלילה, ובני ארץ ישראל סופרים בלילה וביום.
ההלכה דנה האם כל לילה ולילה זו מצווה בפני עצמה או ספירת כל הלילות היא מצווה אחת. לדיון זה ישנה השלכה משמעותית על דיני ספירת העומר למעשה, במקרה שאדם שכח יום אחד לספור, האם הוא יכול להמשיך לספור את הימים הבאים משום שהימים הבאים הם מצווה בפני עצמם ואינם קשורים ליום שנשכח, או מאחר שהכל מצווה אחת ממילא הוא הפסיד את המצווה. ואכן סוגיה זו היא מחלוקת בפוסקים, ובשולחן ערוך הכריע רבי יוסף קארו שיספור בשאר הימים (משום שחוששים לדעה שכל יום זה מצווה) אך בלא ברכה (משום שחוששים לדעה השנייה שהכל זה מצווה אחת). ואמנם המשנה ברורה מביא פתרון בשם הספר אליה רבה והפרי חדש שיכוון לצאת ידי חובת הברכה מחבירו על ידי דין שומע כעונה.
יש נוהגים לאחר את תפילת ערבית בליל חג השבועות או לכל הפחות את הקידוש, שהוא היום החמישים לספירה, על מנת לקיים את הפסוק 'שבע שבתות תמימות', פירוש המילה 'תמימות' הוא שלמות, ולכן ממתינים בהכנסתו של חג השבועות על מנת שיעברו 'שבע שבתות תמימות' כלשון הפסוק. מטעם זה יש נוהגים להקדים את ספירת העומר לפני אמירת עלינו לשבח, אך יש שאומרים אותה לאחר מכן.
הברכה.
לפני הספירה מברכים . ברכה זו שמברכים לפני קיום מצוות נקראת ברכת המצוות.
הכלל הוא שאחר שאדם יצא ידי חובת מצווה, אינו יכול לברך עליה 'ברכת המצוות', אפילו אם לא בירך לפני שקיים את המצווה. בשל כך מקובל שמי שלא זוכר את מספר הימים, שואל את חברו 'כמה ספרו אתמול'. אצל התימנים שליח הציבור מברך לכולם וסופר ביחד עימם, ולכן הוא מכריז לפני הברכה שאתמול ספרו כך וכך, כדי שכל אחד ידע כמה לספור. אך בשאר העדות שליח הציבור מברך וסופר, ואחריו הקהל מברך וסופר, וכיון שהוא סופר קודם, אין צורך להכריז כמה היו אתמול. להלכה זאת יש לציין כי המשנה ברורה כבר כתב כי אחר השבוע הראשון יש להקל באמירת מניין היום ולא צריך לומר כמה היה אתמול. שהרי כל שלא ספר גם שבועות לא יצא ידי חובה ועדיין יכול הוא לברך.
יש לספור בתחילת הלילה, ואף אם לא ספר בתחילת הלילה יכול לספור כל הלילה בברכה.
אם שכח לספור באחד הימים, יש אומרים שצריך לספור בשאר לילות, ויש אומרים שכבר אין משמעות לספירה שלו. ויש המבחינים בין אם לא ספר בלילה הראשון שאז אין טעם לספור יותר, לבין אם דילג יום בספירה שאז צריך להמשיך ולספור.
ההלכה על פי השולחן ערוך היא, שמספק צריך לספור, אך לברך מספק אסור כי אם אינו מקיים את המצווה תהיה ברכתו ברכה לבטלה.
אך מי שלא ספר בלילה, יש אומרים שיספור ביום בברכה, ויש אומרים שיספור בלא ברכה. ולמעשה הלכה נפסקה לדעת רוב הפוסקים שיספור בלא ברכה ובשאר הימים ימשיך לספור בברכה. וכמה טעמים בדבר: א. היות שכבר לא חסר לו בתמימות וכמו אונן שיספור בלא ברכה. ב. לפי הגמרא בסוכה שימים רצופים נחשבים מצווה אחת. ואז ממה נפשך, אם אי אפשר לספור ביום הרי שיכול לברך למחר כי זו מצווה נפרדת ואם אפשר לספור ביום הרי ספר ויוכל להמשיך לברך. ג. מדין תשלומין.
ברכת שהחיינו.
לא נהגו לברך את ברכת שהחיינו לפני הספירה בלילה הראשון, אף על פי שהכלל הוא שבמצוות שבאות לפרקים, בקיום הראשון של המצווה מברכים שהחיינו, שהיא ברכה לאלוהים שהחיה והגיע את המברך לזמן הזה. כגון, בהדלקת נר ראשון של חנוכה או בנטילת לולב ביום הראשון של סוכות.
ניתנו מספר הסברים לדבר.
הספירה למעשה.
המנהג לשלב את הספירה בבית הכנסת בסוף תפילת ערבית, לפני הקטע עלינו לשבח, או אחריו.
ר' יעקב עמדין בספרו 'מור וקציעה' משער שמקור המנהג לספור אחרי ערבית, הוא במנהג הקדום להתפלל ערבית לפני שקיעת החמה. וא"כ כאשר מתפללים אחרי צאת הכוכבים יש להקדים את ספירת העומר לתפילה, אך בפועל נהוג בכל מקרה לספור רק אחרי תפילת ערבית. אחרים מסבירים שמעיקר הדין יש להקדים את התפילה משום הכלל ש'תדיר ושאינו תדיר, תדיר קודם'.
מנהג נפוץ להקדים הצהרה זו, 'הנני מוכן ומזומן לקיים מצוות עשה כמו שכתוב בתורה: וספרתם לכם...'. אצל האשכנזים יוצאי מזרח אירופה נהוג בתפילות חגיגיות (למשל ערבית של שבת או מוצאי שבת) לשיר קטע זה. הקטע לקוח מתוך קטע על פי הקבלה שנקרא לשם ייחוד שאף הוא נפוץ.
לפני הספירה מברכים: 'ברוך אתה ה' אלוהינו מלך העולם אשר קידשנו במצוותיו וציונו על ספירת העומר'. כפי שהוזכר, המנהג הוא ששליח הציבור מברך את הברכה וסופר בקול, ואחריו הקהל מברך וסופר לעצמו. אך מנהג התימנים ששליח הציבור מברך לכולם, ואחרי הברכה, כולם כולל שליח הציבור, סופרים לעצמם.
האחרונים אומרים שמי שלא מבין עברית צריך לספור בשפה שמבין, ואם ספר בעברית לא יצא. אך בפועל, מקובל ברוב העדות לספור בעברית. התימנים שימרו מנהג עתיק לספור בארמית, שנזכר כבר בסידור רב סעדיה גאון ובסידור רבי שלמה בן נתן.
צורת הספירה: ביום הראשון אומרים היום יום אחד, ומוסיפים לפי נוסח הספרדים ונוסח ספרד 'לעומר' ולפי נוסח אשכנז 'בעומר'. התימנים סופרים בארמית ולכן אומרים 'בעומרא'. יש גם הבדל בין המנהגים אחרי השבוע הראשון, שכפי שהוזכר, נהוג לפרט את מספר הימים ואת מספר השבועות ואת יתרת הימים, היכן להוסיף את הציון 'בעומר' (או 'לעומר'). מנהג הספרדים והתימנים להוסיף אחרי מספר הימים 'לעומר' (או 'בעומרא'), ואחר כך להוסיף את מספר השבועות והיתרה בלי ציון נוסף. אך מנהג האשכנזים להוסיף את הציון 'לעומר' (או 'בעומר') בסוף הספירה, ומנהג האיטלקים להוסיפו לפני הספירה.
דוגמה לנוסח הספירה ביום ל"ג בעומר:
בעבר היו שספרו בלא לציין כלל שהמספר הוא לעומר או בעומר. הרשב"א נשאל אם הציון הכרחי והשיב שאינו נחוץ, אך הוא עדיף משום שהוא ברור יותר.
מסיימים בתפילה שיבנה בית המקדש. התפילה קיימת בנוסחאות שונות: 'יהי רצון שיבנה בית המקדש במהרה בימינו'. או: 'הרחמן יחזיר את עבודת בית המקדש למקומה במהרה בימינו'. או שתיהן גם יחד.
על פי הקבלה, נהוג להוסיף אחר תפילה זו את המזמור 'למנצח בנגינות' ואת הקטע 'אנא בכוח', בחלק מהקהילות, מוסיפים אף תפילה מיוחדת לפי הקבלה, הפותחת במילים: "ריבונו של עולם". בקרב יהודי גאורגיה נהוג שכאשר אומר החזן, את הקטע "ריבונו של עולם", ומציין את המידה הקבלית, הקהל חוזר על המידה בקול רם.
בחוץ לארץ מתחילים לספור בליל הסדר של יום טוב השני. המקובלים נוהגים לספור לאחר עריכת הסדר, יש נוהגים להתאסף אז בבית הכנסת כדי לספור בציבור על פי דברי השל"ה.
נשים בספירת העומר.
לפי דעת חלק מהראשונים, ספירת העומר היא מצוות עשה שהזמן גרמה ולכן על פי ההלכה נשים פטורות מלספור. דעת הרמב"ן היא שאין זו מצוות עשה שהזמן גרמה ונשים חייבות לספור.
אישה הרוצה לספור ספירת העומר – נחלקו הפוסקים האם מותר לה לברך על הספירה או לא: למנהג הספרדים (שולחן ערוך) אין לאישה לברך על מצוות עשה שהזמן גרמן ובכלל זה גם ספירת העומר. למנהג האשכנזים (רמ"א) מותר לאשה שמקיימת מצוות עשה שהזמן גרמה לברך על המצווה, אולם שונה מצוות ספירת העומר משאר מצוות עשה שהזמן גרמן, שבספירת העומר הורו מקצת הפוסקים האשכנזים (למשל: המגן אברהם והמשנה ברורה) שאין לאשה לברך על מצווה זו, ולפי הקבלה אין בכלל שיכות לנשים לספירת העומר, ולכן פסק האבני נזר שלא יספרו כלל.
חלק מן הפוסקים האשכנזים, סברו שאישה לא תספור בברכה שהרי "בוודאי" תטעה באחד הימים וממילא ברכותיה יהו לבטלה. לפי פוסקים אשכנזים רבים, אשה שיודעת בעצמה שיכולה לספור את כל הספירה ולא תשכח אף יום רשאית לספור בברכה. לפי חלק מהפוסקים בדור האחרון, נשים הלומדות לימודים תורניים, כגון בנות מדרשה, טוענות רבניות וכו', יכולות לספור בברכה.
הספירה בקבלה.