רבים מחבריה הגיעו ממשפחות יהודיות-גרמניות מתבוללות שניסו להסתיר ולמזער ככל הניתן את ההבדל ביניהן לבין תרבות הרוב הנוצרית. הדור היהודי הצעיר שלקח חלק באותה תנועה הרגיש כי הסתרת הזהות היהודית וההתבוללות היא מעין כריתה של הזהות העצמית, מבחינה אינטלקטואלית ורגשית. הם השתוקקו ליהדות "אותנטית", יהדות שאינה מוסתרת ושמאפשרת השתלבות בחברה הגרמנית תוך שמירה על הזהות העצמית. מרטין בובר ופרנץ רוזנצווייג (1886-1929), העיתונאי הציוני רוברט ולטש (1891-1982), הוגים שעסקו במשיחיות חילונית כדוגמת גוסטב לנדאואר (1870-1919), וולטר בנימין (1892-1940) וארנסט בלוך (1885–1977) הכירו את עבודתה ועסקו ברעיונותיה בכתביהם שלהם. חלקם נותרו חברים קרובים של זוסמן לאורך חייהם. זימל כינה אותה "מרכז ללא פריפריה". הוא בחר בה לתרגם את "מבוא למטאפיזיקה" (Einführung in die Metaphysik) של הנרי ברגסון מצרפתית לגרמנית, ואף הקדיש לזוסמן את ספרו "הדת" (Die Religion) משנת 1906. ארנסט בלוך כתב לה מכתבים נלהבים, המביעים את אהבתו והערכתו. בתנועת הרנסאנס היהודי, התבלטו כתביה וחיבוריה בין פרסומי חלוצי התנועה האחרים בכך שלא פנו לקוראים יהודים בלבד, אלא לקהל הקוראים הרחב בשפה הגרמנית. בכתיבתה עסקה רבות בפיתוח שיח דתי-פוליטי פתוח יותר בגרמניה.
ב-1912 עברה המשפחה להתגורר ברושליקון שבשווייץ, שם החלה לכתוב מאמרים בעלי אופי פילוסופי יותר מיצירותיה הקודמות. כמו כן, היא החלה בכתיבה ופרסום כתבות בעיתון 'פרנקפורטר צייטונג' (Frankfurter Zeitung). באותה שנה, הוציאה לאור את הספר על משמעות האהבה (Vom Sinn der Liebe), שהיה המסכת המטאפיזית הראשונה בתולדות הפילוסופיה שנכתבה על ידי אישה. בספר זה, היא דנה בקיומה או אי קיומה של 'דרך חשיבה נשית' מובהקת, ועסקה באמנציפציה של הנשים בחברה. היא טבעה את המושג "לידה אינטלקטואלית", הגורס כי מקומה של האישה היה "ללדת את האלוהים" או את ה"אחר". הייתה זו תגובתה לזימל, אשר הטיל ספק ביכולתן של הנשים לנקוט בצדק 'אובייקטיבי'. לפי טענתה של זוסמן, הפוטנציאל הנשי לצדק נובע מהעובדה שלידה היא מעשה של התרחקות מודגשת מהאחר, שהיה במקור חלק ממנה. ההוגה האנרכיסטי גוסטב לנדאואר הביע תמיכה ואהדה לעבודתה של זוסמן וכינה אותה "היוצרת הנשית של רעיונות ושל העולם". הוא השתמש בדוגמה שלה כדי להצדיק את קבלתן של נשים לחוג האנרכיסטי-הסוציאליסטי שלו. ארנסט בלוך שילב חלק גדול מ-'Vom Sinn der Liebe' בספרו שלו, "רוח האוטופיה" (Geist der Utopie). במהלך תהליך הכתיבה הוא אף עבר לשווייץ להתגורר בקרבת זוסמן כדי שיוכל לדון איתה ברעיונותיו על בסיס יומי.
כשפרצה מלחמת העולם הראשונה ב-1914 עדיין התגוררה זוסמן בשווייץ, בעוד שבעלה חזר לגרמניה כדי להתנדב בשורות הצבא הגרמני. כעבור מספר חודשים עברה עם בנה להתגורר בפרנקפורט, שם התאחדה המשפחה בתום המלחמה. בהמשך, העתיקה המשפחה את מגוריה לעיירה קטנה בדרום גרמניה, באד סאקינגן. בכל אותה העת, המשיכה לכתוב עבור ה-Frankfurter Zeitung, כאשר חיבורים רבים שכתבה עסקו בנושאים פילוסופיים או דתיים. זוסמן ובעלה התגרשו ב-1928.
היא חשה את איום האנטישמיות על יהודי גרמניה בשלב מוקדם והיגרה לשווייץ באביב שנת 1933. במהלך חייה, לא שבה עוד לגרמניה. בשווייץ התגוררה באזור בו דיברו את השפה הגרמנית. היא מתארת בכתביה כיצד עם עלייתה של המפלגה הנאצית לשלטון, הפכה השפה הגרמנית המוכרת והאהובה עליה למקור אימה: "בקושי אפשר להעלות על הדעת את הזוועה: השפה שאני עצמי דיברתי הפכה לי לאימה".
זוסמן דאגה לגורלו של העם היהודי ושקעה בדיכאון עמוק למשך מס' שנים. בשנת 1942, אחותה של זוסמן, פאולה, וחברתה גרטרוד קנטורוביץ' ניסו להמלט בחשאי מאוסטריה לשווייץ, אך נתפסו בגבול. לאחר שנתפסו, פאולה שמה קץ לחייה, ואילו גרטרוד נשלחה לטרזינשטאט. זוסמן תיארה בכתביה שבעקבות אירועים אלה ­פנתה לספר איוב בניסיון להבין את האסונות הפוקדים את העם היהודי בכל רחבי אירופה בשואה. ב-1945 זוסמן הוציאה לאור את ספר איוב וגורל העם היהודי ("Das Buch Hiob und das Schicksal des jüdischen Volkes"), אחד מהספרים הראשונים שנכתבו על השואה אחרי סיומה, אשר היווה למעשה מעין קדיש לבני העם היהודי שנרצחו בשואה וניסיון להתמודד עם זוועותיה.
בתיאורה את 'זעמה המר' על המתרחש באירופה, היא מצאה משפט במכתביה של רוזה לוקסמבורג (1871-1919) שסייע לה להתמודד עם הקושי: "כאלה הם החיים, וכך עלינו לקבל אותם - באומץ, בלי פחד וחיוך - למרות הכל". על אף תחושותיה הקשות, המשיכה לכתוב ספר על פרשיית האוהבים בין וולפגנג וון גתה ושרלוט וון שטיין ופרסמה אותו ב-1951 בשם פירוש לאהבה גדולה ("Deutung einer großen Liebe"). ברומן זה השתמשה כמטאפורה ליחסיהם העכורים של היהודים והגרמנים. בסוף חייה כתבה: "התרבות שבה גדלתי שוכנת מאחוריי כמו אי מרוחק וזעיר".
הקהילה היהודית בשווייץ כיבדה את זוסמן, אך גם נהגה בחשדנות כלפיה, בשל קשריה לעולם הנוצרי והשפעתו עליה. היו שהביעו חוסר שביעות רצון משימושה במונחים נוצריים בכתביה על היהדות לאחר המלחמה. גרשם שלום (1897-1982) פרסם בספר יובל התשעים של זוסמן רשימה קצרה ורבת תהודה, "בגנות המיתוס על דו-שיח גרמני-יהודי”, בו ביקר אותה בחריפות (תרגום עברי ראה אור ב-גרשם שלום, דברים בגו. פרקי מורשה ותחיה, כרך א'). בנוסף, ביקרה אותה הקהילה היהודית על כך שכתבה על הרומן בין גתה לשרלוט פון שטיין, כיוון שניתן לקרוא ספר זה כאוהד ונאמן לתרבות הגרמנית ועוסק בדמויות חשובות בה. מנגד, ניתן לקרוא ספר זה גם כסיפור של בגידה, כמו זו שהורגשה בקרב יהודי גרמניה עקב אסונות השואה, על אף אהבתם למולדתם.
זוסמן הייתה שותפה מבוקשת בקרב נוצרים שרצו לקיים דיאלוג בין-דתי וללמוד על היהדות. הרמן לוין גולדשמידט (1914–1998), פילוסוף יהודי מברלין שחי בציריך, עסק לצד אינטלקטואלים יהודים אחרים בהפצת עבודתה של זוסמן בשנים שלאחר המלחמה. בגרמניה, החל מנפרד שלוסר לפרסם את עבודתה בשנות ה-60. התאולוג השווייצרי וולטר ניג (Walter Nigg, 1903-1988) כתב עליה בספרו קדושים ומשוררים (Heilige und Dichter, 1982).
בציריך, זוסמן המשיכה לארח חברים רבים, כמו מרטין בובר, גם לאחר המלחמה. היא פגשה את פול צלאן ב-1963, והוא ביקר אותה כמה פעמים בציריך (1920–1970). צלאן כתב עבורה שני שירים לציון יום הולדתה ה-90, מה שעוד ניתן לכתוב עליו שירים ("Singbarer Rest") ועל הגדולים ("Vom grossen"). המשורר הישראלי אלעזר בניועץ (נולד 1937) ראה בה את סבתו הרוחנית וכינה אותה "מלכת הגלות".
לאחר מלחמת העולם השנייה, סירבה זוסמן לדרוך שוב על אדמת גרמניה. כאשר הוענק לה תואר דוקטור לשם כבוד מטעם האוניברסיטה החופשית בברלין בהוראת הפילוסוף מיכאל לנדמן, הוענקה התעודה בהיעדרה. בשנותיה האחרונות החלה להתעוור, אך המשיכה לכתוב עד יומה האחרון.
מרגרטה זוסמן נפטרה בציריך ב-16 בינואר 1966, כמעט עיוורת לחלוטין, זמן קצר לאחר שסיימה לכתוב את זיכרונותיה בספר אוטוביוגרפי חייתי חיים רבים (Ich habe viele leben gelebt). היא נקברה בבית הקברות היהודי בציריך. וולטר ניג והרמן לוין גולדשמידט נשאו דברים בהלווייתה. מנפרד שלוסר עיצב את המצבה, עליה רשום: 'MARGARETE SUSMAN - DICHTERIN, DENKERIN, DEUTERIN' (מרגרטה זוסמן - משוררת, הוגת דעות, פרשנית).
הגות וכתיבה ביקורתית.
זוסמן פרסמה את ספרה הראשון, ספר שירה בשם ארצי. שירים "(Mein Land. Gedichte)", בשנת 1901. כך החלה קריירת הכתיבה שלה, במהלכה כתבה מגוון של שירים, מאמרים בעיתונים ובכתבי עת, ספרים, מכתבים, מחזה ואוטוביוגרפיה. תרומתה המרכזית של כתיבתה הייתה בכתיבה על האמנויות והשירה של זמנה, מחשבה יהודית פוליטית ועל תפקידה של המחשבה הפילוסופית לשינוי חברתי. בנוסף לחמשת אוספי השירה שפרסמה, כתבה ספר על שירה עכשווית בשנת 1910, ששמו מהות הליריקה הגרמנית המודרנית (Das Wesen der modernen deutschen Lyrik). ב-1912 כתבה בשווייץ את מאמרה הפילוסופי הראשון, שפינוזה וחוש העולמיות היהודי (‘Spinoza und das (’jüdische Weltgefühl, שהופיע בתקציר המאמרים 'Vom Judentum', לצד מרטין בובר וכותבים ידועים אחרים. כמו כן, כתבה חיבורים על פרנץ קפקא (1883-1924), ז'אן פול (1762–1825) ואדלברט סטיפטר (1805-1868). ב-1929 פרסמה ספר על נשות תנועת הרומנטיקה, כגון דורותיאה שלגל ורחל לוין ורנהגן, בשם 'Die Frauen der Romantik'. מלבד אלו, כתבה כתבות לעיתון "Frankfurter Zeitung".
היא עסקה במגוון רחב של נושאים: מביקורת ספרות, דיאלוג בין-דתי, מחקר הרומנטיקה ועד לתיאור של אישים גדולים מהעבר ומתקופתה. בכתיבתה, שילבה ספרות ותיאוריה והושפעה מתיאוריטיקנים מכוננים של המודרנה כגון ניטשה ופרויד, הוגים אליהם התייחסה רבות בכתביה. רבות מסקירות הספרות שלה עוסקות בטקסטים מכוננים של התיאוריה המודרנית: "הנשמה והצורות" (Die Seele und die Formen) של גאורג לוקאץ', "רוח האוטופיה" של ארנסט בלוך (Geist der Utopie) ו"כוכב הגאולה" של פרנץ רוזנצוויג (Der Stern der Erlösung). מתוך הנושאים הרבים והמגוונים בהם עסקה, שמה דגש על תפקידה הפוליטי של המחשבה הדתית, זכויות נשים, סוגיות פוליטיות וקונפליקטים בחברה.