אזור המחקר היה בשולי התל, בקרקעית מעגן ובסביבת מי ים רדודים. בחפירה הוגדרו ארבע שכבות נפרדות: Va-Vd. כל שכבה כללה אופק של קרקעית ים רדוד, עשירה בממצא, והמילויים הקשורים אליה. בשכבות הקדומות Vc-Vd נמצאו באתרן קונכיות של מים רדודים. בשכבה Vd הן נמצאו מעל הארכיטקטורה, ולכן הן מעידות על עלייה במפלס פני הים באתר. בין שכבה Va לשכבה Vb שתחתיה, נמצא סלע חוף המעיד שמפלס פני הים היה גבוה ממפלסו בשנות האלפיים, והגיע עד מרגלות התל. השכבות נמצאו נוטות בשיפוע לכיוון דרום-מזרח. שיפוע זה היה הפוך וחריף בהרבה מהשיפוע שתיעד טרידל במפתו. אינטרפולציה של שכבה Vd מראה כי היה במקום אגן או אפילו חפיר. כמויות הקרמיקה המועטות בשכבה Va מייצגות צמצום בשטח המעגן. ניתוח סטרטיגרפי של החפירה, גילה כי הצפות ימיות והשקעת סחף על ידי הקישון הציפו את היישוב בתקופת הברונזה המאוחרת, וגרמו לנסיגה של היישוב לראש התל.
רוב ריבועי החפירה העלו ממצא אדריכלי מועט וכמות רבה מאוד של ממצא קטן, רובו מתקופת הברונזה המאוחרת ב. ריבועי החפירה הצביעו על הרבדה גאומורפולוגית שנבעה משינויים ביחסי ים-יבשה והצפות חוזרות ונשנות של האתר. מהחפירות עולה כי תושבי המקום ניסו בחלק מהאזורים לייצב את הקרקע בעזרת שכבות אבנים שביניהן התגלו מצבורים רבים של חרסים. חלק מהחרסים היו מקומיים לתל ולאזור. כלים רבים שנמצאו הם בעלי טיפולוגיה וחומר לא מקומי. חלקם כלים מיובאים באיכות גבוהה, וחלקם כלים פשוטים לשימוש יומיומי, אשר, לפי השערת החופרים, נזרקו בזמן העגינה על ידי הספנים. בחלק מהלוקוסים שבאתר נמצאה שכבה של 20 ס"מ שברי ארגמונים (כ-12,400 פריטים) המהווים עדות לתעשייה חופית, וכן כמויות אבנים אשר שימשו כנראה כאבני ניטלה (מטען אבנים ששימש לייצוב ספינות), ומוצאן כנראה מקפריסין במזרח, דרך חופי לבנון וסוריה, ועד ארצות הים האגאי במערב.
תקופת הברונזה המאוחרת בתל.
הממצא הארכיטקטוני כלל קיר בעובי של כשני מטרים הבנוי אבני גוויל גדולות וביניהן חצץ. קיר זה זוהה על יד המילטון כחומה, בחפירות מאוחרות יותר זוהה הקיר כקיר תמך. באזורים מסוימים עובה קיר התמך לעובי של ארבעה מטרים. קיר זה נהרס בתקופת הברונזה המאוחרת, ולא נמצאו לו שרידים בשכבות שמעל שכבה זו.
באתר נמצאו מבני ציבור בלבד. בצידו המזרחי של התל, נמצא מבנה ציבור (מבנה 50) אשר זוהה על ידי המילטון כמקדש. המבנה הוא מבנה אורך רַבוע, שמידותיו 11X7.5 מטר, וכלל אולם יחיד עם תוספת קטנה לכיוון מזרח ושימש כאזור המקודש. בכניסה למבנה נמצאה אבן מפתן. רצפת המבנה הייתה רצפת עפר עם עמוד במרכזה. מעל מקדש זה (בשכבה שמעליו) נמצא מקדש נוסף (מבנה 30), שהמשיך את האוריינטציה הכללית של הבניין שמתחתיו, תוך ניצול חלקי של הקירות כבסיס לבנייה. סמוך לחדר זה בפינה הצפון-מזרחית של הבניין, התגלה עמוד אבן עגול ונמוך ועליו כותרת מלבנית.
בתל נמצאו מספר מבנים נוספים. מבנה 66 זוהה על ידי המילטון כלטרינה או בור אחסון. בנוסף נמצאו בארות שאחת מהן הגיעה לעומק של שלושה מטרים. כן נמצאו תנורים גדולים ובהם שברי קרמיקה רבים.
המילטון זיהה בשכבה V שני שלבים. שלב VA תוארך לשנת 1315 לפנה"ס בתקופת מסעו של סתי הראשון ממצרים לעכו. שלב זה נבנה ישירות על דיונת החול אשר מהווה את תשתית התל. בחלקים מסוימים זוהתה שכבה דקה של אפר, שפורשה כשרידי התיישבות ארעית של בקתות - "כפר דייגים". שלב VB מזוהה עם המבנים הקטנים יותר בארכיטקטורה. סוף שלב זה וסוף שכבה V, נקשרים עם הגעת גויי הים לפני תחילת השושלת העשרים במצרים.
הממצא הקרמי בתל.
הממצא הקרמי כולל מגוון של כלים מיובאים הנקראת "קרמיקת יבוא", המאפיינים את תקופת הברונזה המאוחרת ב. כלים אלה כללו כלי בסיס טבעת, כלים מחופים לבן (White Slip Ware), קערות מונוכרום (Monochrom), קרמיקה מיקנית IIIA/B, ומספר "בקבוקים סוריים" (Red Lustrous Wheel-Made) ועוד. בחפירות שנת 2002/2001 נמצאו אלפי שברי כלי חרס, רובם המכריע קרמיקת ייבוא מקפריסין, בעיקר כלי בסיס טבעת (בילביל) וכלים ממשפחת מחופה לבן (קערות חלב), ויחסית, מעט שברי כלי מונוכרום. בנוסף כמות קטנה יחסית של שברי קרמיקה מיקנית, כמות קטנה של משפחת כלי Grey &amp; Tan Ware מטרויה, וכן מספר בקבוקים סוריים שהמסחר בהם הגיע לשיא בימי שלטונו של תחותמס השלישי.
בנוסף לכלים המיובאים נמצאה בחפירת 2002/2001, גם כמות גדולה של כלים שניתן למצוא להם מקבילות (הן בחומר והן בטיפוס), באתרים נוספים באזור החוף ועמק יזרעאל כמו תל מגידו, תל נאמי (יישוב חופי מדרום לעתלית), עכו ועוד. רוב הכלים היו "סירי בישול". כלים אלה נמצאו באזור המעגן הקדום, נקודה המחזקת את ההשערה שמדובר בכלים שיצאו מכלל שימוש והושלכו לחוף מספינות שעגנו במקום. הכלים האינדיקטיביים שנמצאו מנו כמה מאות פריטי שפות כלי. זהו מספר גדול לשטח כה מצומצם. בלמעלה ממחציתם נמצאה שכבת פיח בצידם החיצוני, אלה סימני שרפה, המחזקים את זיהויים כסירי בישול. בסירים אלה היו כלים "זרים" (בחומר ובטיפוס) שהביאו את החוקרים למסקנה שכלים אלה מקורם בסוחרים שפקדו את התל, והביאו אותם מארץ מוצאם או מיישובים שעברו בהם לשימושם הפרטי. כלים בשימוש יומיומי נוטים להישבר ומכיוון שלא היה להם ערך, הם נזרקו ולא תוקנו. המחקר העלה שרוב הכלים היו עשויים מחומר שמקורו באזור התל וצפונה לו עד חופי לבנון וסוריה. נמצאו מקבילות לכלים אלה בעיקר באתרים בצפון ששיירות סחר עברו בהם, כמו עכו, מגידו, חצור ובית שאן. קבוצה ייחודית בעלת צורה וחומר לא נפוצים, הגיעה כנראה מאזור ביירות, כ-2%–3% מהכלים הגיעו מאזור אנטוליה או מהעולם האגאי. הקשר החזק לאזור לבנון מעלה את ההשערה שהסוחרים הגיעו לחופי כנען דרך לבנון, כשבדרכם עצרו להצטייד במזון ושתייה בנמלים קטנים, ולא הגיעו ישירות מאיי הים התיכון. בנוסף נמצאו כ-58 שברי כלים שיוחסו לקובעות וגביעים, שברי הקובעות חולקו לארבעה טיפוסים, חלקם היו מעוטרים.
בנוסף, נמצאו שברי פיטסים רבים, שהגיעו על גבי הספינות שעגנו בנמל, שמקורם בקפריסין, חופי לבנון וסוריה. כמו כן נמצאו כמויות גדולות של שברי קנקנים שמקורם מאותם אזורים. ממצא נוסף כלל גם כמויות גדולות של שברי משפחת כלים Plain White Wheel made Ware. השברים שנמצאו מקורם היה מייבוא קיפרי, והעתק מקומי של כלים אלה שיוצרו באזור התל.
הממצא המיוחד בתל כלל כרטוש של רעמסס השני, מספר חרפושיות ומסכת חרס. מסכה זו נמצאה סמוך למתחם פולחני במעגן שמתחת למקדש 50. מסכה דומה נמצאה בחצור ביחד עם קרמיקה מיקנית אשר תוארכה על ידי יגאל ידין למאה ה-14 לפנה"ס. גם מסכה זו נמצאה סמוך למקדש.
תיארוך התקופה.
הועלו מספר הצעות לתיארוך שכבה V היא שכבת הברונזה המאוחרת. המילטון העריך כי ההתיישבות על הגבעה החלה ב-1400 לפנה"ס. התיארוך נקבע על ידו על פי אוסף קרמיקת היבוא שנמצאה באתר והיא אופיינית לתקופה זו. זו הקרמיקה הקדומה ביותר שנמצאה באתר.
בלנסי ניתחה את המכלולים הקרמיים שנמצאו על ידי המילטון והגיעה למסקנה שיש לחלק את השכבה לשכבות ביניים. לדעתה, על פי פרסומה האחרון משנת 2005, שכבה V הוקמה בתקופת הברונזה המאוחרת ב'.
חפירות 2002/2001 שפכו אור נוסף, ותרמו להבנת הכרונולוגיה של השכבה. ארצי הציעה לתארך את שכבה V לפי סדר תתי-השכבות מאמצע המאה ה-14 לפנה"ס ועד שנת 1230 לפנה"ס לערך. מיכאל אבי יונה, העלה
השערה שחורבנו של היישוב, קשור בפעולות שבטי ישראל שהתפרצו לאזור החוף, במסגרת מסע כיבושיהם, כולל מאבקו של שבט מנשה להשתלט על הר הכרמל. השערה אחרת היא שהחורבן קשור לפלישת גויי הים, שהשתלטו על דור, ונעצרו ליד הכרמל.
בית הקברות.
בגדתו הצפונית של הקישון, כ-1 ק"מ מצפון לתל, התגלה בית קברות מתקופת הברונזה המאוחרת. בית קברות זה נחפר בשנת 1952 על ידי ענתי. רובו נסחף, ייתכן וגודלו המקורי הגיע ל-200 דונם. נחפרו 11 קברים, שרובם נכרו בשכבת החול העליונה. מיעוטם נכרו בשכבת הטין שמתחת לחול. הקברים נכרו בצורת תיבה מלבנית בגודל ממוצע של 2X1X0.5 מטר. להערכת הארכאולוג החופר, כוסו הקברים בשכבת עפר של חצי מטר. לא נמצאה אחידות בכיוון הקברים. כל הנקברים הושכבו עם פניהם כלפי מעלה, רגליהם פשוטות וידיהם מוצמדות ולעיתים צלובות על החזה. קבר אחד היה מצופה לוחות אבן דקים ומכוסה בחמישה לוחות אבן. קבר נוסף היה קבר כפול ובו שני נקברים שהונחו אחד על השני. הנקבר העליון הייתה אישה, מתחתיה גבר מבוגר ממנה.
הקברים הכילו כלי חרס שונים כגון קערות, נרות, סירי בישול, פכיות ועוד. כן נמצאה צלמית חרס בדמות עוף. כלי החרס היו מייצור מקומי ומייבוא, ביניהם כלים מקרמיקה קיפרית וקרמיקה מיקנית. הכלים הקטנים הונחו ליד ראשי הנקברים, הגדולים יותר למרגלותיהם. תיארוך הקברים נעשה על פי הממצאים הקרמיים למאה ה-14 לפנה"ס.
תקופת הברזל בתל.
תקופת הברזל בתל התגלתה בחפירות המילטון בשתי שכבות - שכבה IV המתוארכת לתקופת ברזל I ושכבה III המתוארכת לתקופת ברזל II.
בלנסי מאפיינת את תקופת הברזל I בתל בהתיישבות או בחידוש היישוב במאה ה-11 לפנה"ס בראשית הופעת הקרמיקה הפיניקית הדו-גונית. בלנסי העריכה שהיה פער יישובי במאה ה-12 לפנה"ס בשל היעדר קרמיקה האופיינית למאה זו באתר. שכבה זו כללה מבני "שלושה מרחבים" בעלי קירות עבים. מבחינה תרבותית מזכירים מבנים אלה תרבויות צפוניות יותר. היא הבחינה בהמשכיות מסוימת של שכבה זו לשכבה שקדמה לה. נמצאו באתר סימנים לשרפה גדולה במחצית המאה ה-11 לפנה"ס. חורבן שכבה IV מיוחס למסע המלחמה של שישק בשנת 926 לפנה"ס, לכיבוש ארץ ישראל, סוריה ולבנון.