האלבום הגיע בשיאו למקום ה-5 במצעד הבילבורד 200 ופתח עם מכירות של כ-128 אלף עותקים בשבוע הראשון ליציאתו. בסופו של דבר למרות הפתיחה הפושרת שלו, הוא מכר כ-1.8 מיליון עותקים בארצות הברית, ו-8 מיליון עותקים בעולם. לאחר שההצלחה של "Don't Bother" אכזבה את חברת התקליטים, הם החליטו להוציא מהדורה מחודשת לאלבום שכללה את השיר: "Hips Don't Lie". השיר יצא כסינגל השני מהאלבום בפברואר 2006, והוא שיתוף פעולה בינה לבין הזמר וייקלף ז'אן. השיר מושפע מסגנונות מוזיקליים קולומביאנים, האיטיינים, מזרחיים וקאריביים. השיר זכה להצלחה עצומה ברחבי העולם, כאשר הגיע למקום הראשון במצעד הבילבורד האמריקאי, ובכך הפך לשיר הראשון שלה לעשות זאת. בנוסף, השיר הצליח להגיע למקום ה-1 במצעד הבריטי, ובמצעד של גלגלצ. בסך הכל הסינגל הגיע השיר למקום הראשון בכ-55 מדינות שונות בעולם. כמו כן, השיר הגיע למקום הראשון בקטגוריית "שיר השנה" במספר מדינות בעולם. עם מעל 10 מיליון עותקים שנמכרו ממנו, הוא הפך לאחד מהסינגלים הנמכרים ביותר בהיסטוריה, והנמכר ביותר של שאקירה ושל ז'אן. השיר היה מועמד לפרס גראמי. בנוסף, לסינגל עצמו יצאה גרסה נוספת אשר שימשה כשיר הנושא של מונדיאל 2006. ב-14 בנובמבר 2006, יצא לאור הסינגל השלישי והסוגר מן האלבום, "Illegal". בשיר משתתף הגיטריסט קרלוס סנטנה. לשיר יצא וידאו קליפ שצולם במקסיקו באוקטובר 2006.
בסוף 2006 התארחה שאקירה בשיר "Te lo Agradezco, Pero No" של אלחנדרו סאנס ובכך שיר זה, הפך לשיתוף הפעולה השני בין השתיים. השיר זכה להצלחה רבה כאשר הגיע לעשירייה הפותחת במצעד שירי הבילבורד הלטיניים. בנוסף, באותה שנה שיתפה פעולה עם מיגל בוס בשירו "Si Tú No Vuelves". ב-20 במרץ 2007, יצא לאור הסינגל "Beautiful Liar". הסינגל הוא דואט עם ביונסה. השיר זכה להצלחה גדולה בעולם והגיע למקום הראשון במצעדים בכ-16 מדינות, בהם המצעד הלועזי של גלגלצ. השיר יצא בגרסה מיוחדת של האלבום B'Day, של ביונסה. בנוסף השיר שבר שיא בכך שקפץ מהמקום ה-94 למקום השלישי במצעד הבילבורד, ובכך זו הייתה הקפיצה הגדולה ביותר במצעד נכון לאותה תקופה, ובנוסף השיר היה מועמד לפרס גראמי.
באותה שנה שאקירה כתבה והלחינה שני שירים לפסקול Love in the Time of Cholera, של הסרט רב השבחים "אהבה בימי כולרה". הסופר שכתב את הספר עליו מבוסס הסרט, ביקש בעצמו משאקירה להיות זו שתכתוב ותלחין שירים לפסקול. השירים אותם כתבה והלחינה שאקירה היו: "Hay Amores", ו-"Despedida". השירים היו מועמדים לפרס גלובוס הזהב בקטגוריית השירים המקוריים הטובים ביותר.
לאחר מכן ב-2008, הוציאה מיני-אלבום, באותו השם Love in the Time of Cholera, שבו נכללו שני השירים שאותם כתבה, ואחד נוסף בשם "Pienso en Ti", שנלקח מאלבומה השלישי, Pies Descalzos.
2008–2010: She Wolf.
בשנת 2008 הכריז המגזין האמריקאי "פורבס", ששאקירה ממוקמת במקום הרביעי ברשימת הזמרות המצליחות ביותר בתעשיית המוזיקה. באותה שנה בחודש יולי, חתמה שאקירה על חוזה הקלטות בהיקף של כ-300 מיליון דולר עם חברת ההקלטות לייב ניישן. החוזה אמור היה להימשך בפרק זמן של כ-10 שנים. חוזה ההקלטות של שאקירה עם אפיק רקורדס, כלל בתוכו הוצאה של שלושה אלבומים נוספים. הראשון באנגלית, השני בספרדית, והשלישי נתון להחלטתם. אך חתימתה עם לייב ניישן, אושרה באופן מיידי והחוזה שלה עם אפיק רקורדס שולב ביחד איתו.
בינואר 2009, הופיעה שאקירה באנדרטת לינקולן במהלך פסטיבל "We Are One", שנערך לכבוד השבעתו של הנשיא ה-44 של ארצות הברית, ברק אובמה. במהלך הפסטיבל שרה שאקירה את השיר הידוע "Higher Ground", בשיתוף הזמרים האמריקאים סטיבי וונדר, ואשר.
אלבומה השמיני, She Wolf, יצא לאור ב-9 באוקטובר 2009 ברחבי העולם, וב-23 בנובמבר 2009 ברחבי ארצות הברית. במהרה קיבל האלבום ביקורות חיוביות מצד מבקרי המוזיקה, ובנוסף הצליח להיכנס למצעד האלבומים העולמיים, מצעד האלבומים הלטיניים, ומצעד אלבומי הפופ, השנתיים של Allmusic. האלבום הגיע למקום הראשון במצעדי האלבומים של ארגנטינה, אירלנד, איטליה, מקסיקו ושווייץ, ונכנס לחמישייה הפותחת במצעדי האלבומים של ספרד, בריטניה וגרמניה. במצעד הבילבורד 200, נכנס למקום ה-15. האלבום זכה בתואר פלטינה כפולה בקולומביה ומקסיקו, פלטינה באיטליה ובספרד, וזהב במדינות רבות, ביניהן צרפת ובריטניה. נכון להיום מכר האלבום, למעלה מ-2 מיליון עותקים ברחבי העולם.
מהאלבום יצאו ארבעה סינגלים אשר זכו להצלחה רבה, כאשר הראשון מביניהם יצא כבר ב-10 ביולי 2009. שמו ניתן לו כשם האלבום וגם הוא נקרא בשם: "She Wolf". עם יציאתו, זכה השיר לקבלות פנים חיוביות מצד מבקרי המוזיקה, כאשר רבים מהם שיבחו אותו על היותו שונה משאר השירים שיצאו באירופה באותה תקופה. מבחינה מסחרית, השיר מכר עותקים רבים במדינות רבות והוא אחד מהשירים הנמכרים ביותר של הזמרת. בארצות הברית לבד, מכר השיר למעלה מ-1.8 מיליון עותקים, ובבריטניה מכר השיר קרוב ל-400 אלף עותקים. שיר זה הגיע למקום ה-1 במצעדים רבים במדינות שונות ביניהן: קנדה, גרמניה, איטליה, ספרד ובריטניה. בארצות הברית, הגיע השיר למקום ה-11, והוא בין המקומות הגבוהים ביותר של הזמרת במצעד זה. לשיר יצא וידאו קליפ מצליח שנכון לנובמבר 2019, צבר מעל 267 מיליון צפיות. לאחר הצלחת הסינגל הראשון, יצאו שלושה סינגלים נוספים מהאלבום; "Give It Up to Me", "Gypsy", ו"Did It Again". שלושת הסינגלים זכו להצלחה בינונית ברחבי העולם, אך לא שיחזרו את הצלחת הסינגל הראשון. הסינגל המצליח ביותר מבין כל השלושה, היה "Gypsy", אשר זכה להצלחה רבה במצעדים, כאשר הגיע לעשירייה הפותחת בלמעלה מ-8 מדינות שונות ביניהן: גרמניה, הונגריה, מקסיקו, ספרד וכולי. במצעד הבילבורד הוט 100 שבארצות הברית, הגיע השיר למקום ה-65, ואילו גרסתו הלטינית, "Gitana" הגיעה למקום ה-6 במצעד שירי הבילבורד הלטיניים. השיר הגיע למעמד פלטינה וזהב בספרד ומקסיקו.
2010–2012: Sale el Sol.
במאי 2010, ביצעה שאקירה בשיתוף הלהקה הדרום אפריקאית פרשיגראונד, את שיר המונדיאל הידוע, "". השיר זכה במהרה להצלחה עולמית, ונכנס ל-30 מצעדים שונים. השיר הצליח להגיע למקום הראשון ב-18 מצעדים מתוך ה-30 ובנוסף, הצליח להיכנס למצעדי סוף שנה רבים במדינות שונות, שם התמקם במקום הראשון במדינות: ולוניה, דנמרק, צרפת, פינלנד, ספרד, ושווייץ. בפלנדריה נכנס השיר למצעד השירים הטובים ביותר בכל הזמנים, שם הגיע למקום ה-65. בגלגלצ שהה השיר במקום הראשון במשך שבוע אחד ובמצעד הפזמונים הבינלאומי השנתי באותה השנה התמקם במקום החמישי. השיר הוא שיר המונדיאל הנמכר ביותר בכל הזמנים, עם מכירות של למעלה מ-10 מיליון עותקים ברחבי כל העולם. כמה חודשים לאחר מכן, יצא לשיר וידאו קליפ מצליח שנכון לינואר 2020, נצפה למעלה מ-2.4 מיליארד פעמים והוא שיר המונדיאל הנצפה ביותר בכל הזמנים. בנוסף, השתתפה שאקירה באותה השנה בתור עצמה בפרק אורח של תוכנית הטלוויזיה "המכשפים מוויברלי פלייס".כמה חודשים לאחר שהוציאה את שיר המונדיאל שהעניק לה הצלחה רבה, ב-19 באוקטובר יצא אלבומה התשיעי, Sale el Sol. במהרה זכה האלבום להצלחה רבה מצד AllMusic, כאשר נכנס שם לשני מצעדי סוף השנה החשובים ביותר; מצעד ה-"אלבומים הטובים ביותר של 2010", ומצעד ה-"אלבומים הלטיניים הטובים ביותר של 2010". בשנת 2011 הועמד האלבום בשתי קטגוריות שונות בטקס פרסי גראמי הלטיני. המועמדות הראשונה הייתה בקטגוריית: "אלבום השנה", ואילו השנייה הייתה בקטגוריית "אלבום הפופ הוואקלי של השנה". האלבום זכה בקטגוריה השנייה בה הועמד. מבחינה מסחרית, האלבום זכה להצלחה רבה ברחבי אירופה ואמריקה הלטינית ובכך נכנס לצמרות המצעדים במדינות כגון: בלגיה, קרואטיה, צרפת, מקסיקו, פורטוגל וספרד. במצעד האלבומים שבארצות הברית, נכנס האלבום היישר למקום השביעי והיה לאלבום הלטיני המצליח ביותר של אותה השנה. במצעד האלבומים הלטיניים נכנס האלבום היישר למקום הראשון והיה השישי של הזמרת לעשות זאת. על פי מגזין הבילבורד, 35% ממכירות השבוע הראשון שלו, היו מכירות דיגיטליות. האלבום נמכר בלמעלה ממיליון עותקים ב-6 שבועות בלבד, ולמעלה מ-4 מיליון עותקים מאז השקתו.