על אף שרבים מתומכי המפלגה צפו כי תצליח לגרוף קולות רבים, הם נחלו אכזבה מתוצאות הבחירות לכנסת השישית. רפ"י זכתה בעשרה מנדטים והייתה לסיעת אופוזיציה. ערב מלחמת ששת הימים הצטרפה הסיעה לקואליציה, ומשה דיין מונה לשר הביטחון בממשלתו של לוי אשכול. בינואר 1968 התאחדה רפ"י עם מפא"י ועם אחדות העבודה - פועלי ציון במסגרת מפלגה חדשה, "מפלגת העבודה". בכך חזרו רוב חברי רפ"י למסגרת מפלגתית משותפת עם חברי מפא"י. דוד בן-גוריון לא הצטרף לאיחוד, והקים את "הרשימה הממלכתית", שלאחר מותו נמנתה עם המפלגות שהקימו את הליכוד (חירות, הליברלים, הרשימה הממלכתית, המרכז החופשי והתנועה (הבלתי מפלגתית) למען א"י השלמה).
על אף שתקופת קיומה של רפ"י כמפלגה עצמאית הייתה קצרה, עם הפעילים בה נמנו דמויות בולטות בתולדות מדינת ישראל כדוד בן-גוריון, שמעון פרס, משה דיין ויצחק נבון. יש הרואים במפלגה "מפלגת אווירה", אשר כמפלגות דומות - ד"ש ומפלגת המרכז, גוועה זמן קצר לאחר הקמתה, עם שוך הסערה שהביאה לייסודה. נראה כי בשנת 1965, עת נוסדה המפלגה קצרת הימים, לא היה הציבור בשל עדיין לסיום ההגמוניה של מפא"י במוסדות המדינה, הגמוניה שהחלה בשנות השלושים. כתריסר שנים לאחר מכן חל השינוי הזה עם המהפך, אשר הדיח מן השלטון את מפלגות הפועלים ההיסטוריות, ובהן את שרידי רפ"י, והעלה לשלטון את הליכוד, ובתוכו שרידים אחרים של רפ"י.
רקע היסטורי – המאבק הבין דורי במפא"י ו"העסק הביש".
המאבק הבין דורי במפא"י.
בחמש עשרה שנות קיומה הראשונות של מדינת ישראל, היה דוד בן-גוריון הדמות הדומיננטית ביישוב העברי ובמדינה. בן-גוריון כראש מפא"י שלט במדינה ביד רמה. גם בתקופה שבה פרש מן החיים הפוליטיים, היווה ביתו בשדה בוקר מקום עלייה לרגל לפוליטיקאים והאמונה שרווחה באותם ימים (כמו גם אצל חוקרי התקופה) הייתה שחלק ניכר מן ההחלטות הפוליטיות והמדיניות במדינה התקבלו בשדה בוקר ולא בירושלים.
לקראת סוף שנות החמישים החלו להתגבש במפא"י שתי קבוצות, אשר חזו את היום שבו יפרוש בן-גוריון באופן סופי וניסו לשפר את מעמדן במפלגה ובממשלה, על מנת לקבל את חלק הארי בירושתו של בן-גוריון. קבוצות אלו נחלקו באופן גס לפי גיל. ה"ותיקים", בעיקר אנשי "העלייה השלישית" ושרידי "העלייה השנייה", ניצבו מול "הצעירים", תומכי בן-גוריון ברובם. הדעות חלוקות בנוגע לעומק ההבדלים האידיאלוגיים בין ה"וותיקים" ל"צעירים". ה"צעירים" נטו פחות להשקפות הסוציאליסטיות המסורתיות ונקטו בדרך כלל בעמדה "אקטיביסטית" יותר (אם כי היו בין ה"וותיקים" נצים כפנחס לבון וגולדה מאיר ובין ה"צעירים" היו גם בעלי נטיות פחות נציות).
אנשי העלייה השלישית – דור הביניים.
בן-גוריון היה איש העלייה השנייה. במהלך שנותיה הראשונות של המדינה צמחה תחת הנהגתו קבוצה של אנשי העלייה השלישית, אשר שלטה בעמדות מפתח, ובתהליך ארוך הפכה להנהגה אלטרנטיבית להנהגתו של בן-גוריון. בין בן-גוריון לבין חברי הקבוצה התפתחה טינה רבת שנים, אם בשל יחסו של בן-גוריון למשה שרת, שאת רגליו דחק מן הממשלה, ואם בשל העסק הביש שעירב את אחד החברים הבולטים בקבוצה, והוביל אותו שוב ושוב למסלול התנגשות אישי עם בן-גוריון.
ניתן להסביר את ההבדלים הפרסונליים בין בן-גוריון ובין אנשי "העלייה השלישית" כנובעים מההבדלים בין הפרופיל של איש העלייה השנייה והפרופיל של איש העלייה השלישית. אנשי העלייה השנייה, נולדו ברובם בשנות השמונים המאוחרות של המאה ה-19, ובאו ברובם מבלארוס וצפון אוקראינה. הם היו ברובם בעלי השכלה אקדמית, ונטו לעיסוקים שברוח. מעת שהגיעו לארץ היו הגורם הדומיננטי בשליטה במוסדות תנועת העבודה, במוסדות היישוב ולבסוף במדינת ישראל.
לעומתם, אנשי העלייה השלישית, נולדו כעשור ואף למעלה מכך לאחר חברי העלייה השנייה, ובאו ממקומות שונים, לעיתים מפולין או ממזרח האימפריה האוסטרו הונגרית, מגליציה. הישגיהם כקבוצה היו מרשימים, ועלו אף על הישגי קודמיהם, אנשי העלייה השנייה. ייסוד גדוד העבודה וייסוד ההסתדרות הם שניים מן הבולטים בשורת הישגים. אנשים אלו לא היו אנשי רוח בולטים כקודמיהם, ולא הצליחו להצמיח מתוכם הוגי דעות מרכזיים כדוגמת ברל כצנלסון. אפיונם הכללי הוא כאנשי מעשה שלא ניחנו ביכולת דיבור מרשימה, או באינטלקט חד, אך כיחידים וכקבוצה נחנו ביכולת ארגון וביכולת פוליטית, שהיו לסימן ההיכר שלהם. עם קבוצה זו נמנו, בשנות החמישים, גולדה מאיר, מרדכי נמיר, זלמן ארן, פנחס ספיר ופנחס לבון. אנשים אלו ראו בעיניים כלות כיצד מחזיק בן-גוריון במוסרות השלטון זה למעלה מעשור, ומטפח לצידו קבוצת "צעירים" המיועדים לרשת את ההנהגה, כאשר כוחה של הביולוגיה, כמו גם ההתפרקות מהערכים שבהם החזיקו בתקופה שקדמה לקום המדינה ובתקופת ראשית ימי המדינה, יביאו לכך שאיש מהם לא יגיע להנהגת המדינה. לקבוצה זו לא היה מנהיג טבעי. פנחס לבון, אשר סיפק לקבוצה את הברק האינטלקטואלי ואת המניע האישי, לא יכול להנהיג את הקבוצה בשל "העסק הביש", ואילו השאר, גם בשנות השישים לחייהם, נחשבו כ"צעירים" ו"בלתי מנוסים".
הצעירים.
אל מול אנשי העלייה השלישית, עמד דור "הצעירים". המדובר באנשים שנולדו בשנות העשרה ובשנות העשרים של המאה ה-20, ואשר היו בני גיל עשרים עד שלושים כאשר קמה המדינה, ובסוף שנות החמישים היו בתחילת שנות הארבעים לחייהם. דמויות בולטות בקרב ה"צעירים" היו שמעון פרס, אשר שימש בכהונת סגן שר הביטחון לאחר שהיה שנים רבות מנכ"ל משרד הביטחון, והיה נתון בסכסוך עם גולדה מאיר וקבוצתה, משה דיין, רמטכ"ל מבצע קדש וכן טדי קולק, אבא אבן, יצחק נבון ואחרים.
תחושתם של "הצעירים" היא כי הם הדור שחושל בקרב, הם הדור שהקים בדמו את המדינה, וכי השולטים במנגנון המפלגתי הם "ירחמיאלים" (כלשון התקופה) שעבר זמנם. בוועידה של "הצעירים" בדצמבר 1958, מעט לפני מסע הבחירות לכנסת הרביעית, נשא דיין נאום, ובו פירש באופן בלתי משתמע לשתי פנים, את עמדת "הצעירים" כנגד "דור הביניים":
הנאום חולל סערה. פנחס לבון השיב לדיין במילים חריפות, גינה את הנאום שנשא דיין כנאום מיליטריסטי ותאב שלטון, ועל הצעירים אמר:
קווי המאבק.
בכך סומנו קווי המאבק האידאולוגיים והאישיים, בין אלו שראו עצמם כשומרי הגחלת של ערכי תנועת העבודה ונתפסו על ידי הצעירים כעסקנים שזמנם חלף, לבין אלו שתפסו את עצמם כמייצגי הדור הצעיר וכמקימיה האמיתיים של המדינה (בדומה לסופרי דור תש"ח) ונתפסו כחבורת לובשי מדים, שברצונם להשתלט על המוסדות שהוקמו בעמל רב. הוויכוח הסתיים בשנת 1958 בכך ששני הצדדים נצרו את נשקם, וניגשו ביחד למערכת הבחירות, שהייתה מוצלחת ביותר. אך ברקע הדברים המשיכו ללחוש גחלי המחלוקת, ככל שהמאבק על משרות הנהגה החריף, וככל שגילו של בן-גוריון התקדם והלך.
אין לדעת לאן היה מגיע סכסוך זה, אלמלא אופיו העיקש של בן-גוריון, אשר טען כי הוא מנהל מאבק עקרוני ויש לברר עובדות במסגרת ועדת חקירה משפטית ולא בוועדת שרים, בעוד הציבור הרחב, כולל אנשים ממפלגתו, סבר כי הוא שם לו לדגל ולמטרה את חשיפת חלקו של לבון ב"עסק הביש". עניין זה, שאינו שולי כלל ועיקר, הפך אצל בן-גוריון לאובססיה אישית, אשר הייתה מניע עיקרי לפעולותיו ומהלכיו משנת 1960 ואילך. "הצעירים" הרתומים לעגלתו הפוליטית של בן-גוריון, נאלצו אף הם להפוך עניין זה לדגלם.
העסק הביש.
"העסק הביש" אירע בשנת 1954, בעת שבן-גוריון פרש לשדה בוקר, משה שרת כיהן כראש הממשלה ופנחס לבון - שר הביטחון. לצעירים יהודים שפעלו במחתרת במצרים ניתנה הוראה להטמין פצצות במוסדות מערביים על מנת ליצור סכסוך בין מצרים ובין ארצות הברית ובריטניה ולמנוע את הלאמת תעלת סואץ. הפעולה נסתיימה במעצרם של הצעירים - חלקם הוצאו להורג, וחלקם שהו שנים ארוכות במאסר. אף שפרטי הפרשה היו חסויים במשך שנים, השאלה "מי נתן את ההוראה?" ריחפה מעל הפוליטיקה הישראלית כצל מאיים. לבון התפטר מתפקיד שר הביטחון, אך המשיך לטעון בתוקף כי לא נתן את ההוראה. בן-גוריון, שהחליף את לבון כשר ביטחון, ולאחר מכן את שרת כראש הממשלה, הגיע בהדרגה (בעקבות ידיעות שקיבל על הוראות דומות אחרות של לבון שסוכלו על ידי דיין ופרס בטענה שאינן ניתנות לביצוע) ככל הנראה, למסקנה כי, לבון אכן נתן את ההוראה, אולם עמדתו המוצהרת הייתה כי אין לחייב (או לזכות) את לבון באחריות למתן ההוראה ללא חקירה משפטית.
הפרשה עברה מספר גלגולים ומספר חקירות. הכוח המניע מאחורי העלאת העניין שוב ושוב, היה, תביעתו החוזרת של לבון לקבל זיכוי מאחריות ל"עסק הביש". באוקטובר 1960 הגיעו העניינים לכלל משבר, לאחר שבן-גוריון תבע הקמת ועדת חקירה משפטית לבדיקת העניין. ביוזמת שר המשפטים פנחס רוזן, ובמעורבותו מאחורי הקלעים של לוי אשכול הוקמה ועדה של שבעה שרים, שכונתה "ועדת השבעה" בראשותו של רוזן. לדברי רוזן בישיבת הממשלה, הוועדה "תחליט, לעת עתה על הפרוצדורה" והוסיף כי ייתכן שתוכל לומר את המלה האחרונה. אומנם, רוזן מפקפק אם כך יהיה, אבל זה ייתכן. בן-גוריון ניהל את הישיבה בה הוחלט על הקמת הוועדה, אולם, לא השתתף בדיון ובהצבעה. ברור היה כי אם יטוהר לבון, יהיה זה ניצחון אנשי דור הביניים על הצעירים ויאפשר לדחוק אותם לפינה. מבחינה פוליטית, היה המראה של לוי אשכול, המעביר בממשלה הצעה בניגוד לדעתו של בן-גוריון, איתות להחלשות מעמדו של בן-גוריון במפא"י ולאפשרות סיום קרוב של ימיו בראשות הממשלה.