זה לא היה מסע עונשין, אלא מסע כיבוש של ממש והיוונים התייחסו אליו בהתאם. כונסה ועידת פסגה גדולה בקורינתוס והוסכם על הקמת ברית הגנה כלל יוונית נגד האיום הפרסי. תמיסטוקלס היה בין יוזמי הברית ומקדמיה. הברית, המכונה הליגה ההלנית, כללה את כל הפולייס החשובות של יוון העתיקה באותה תקופה ובראש כוחותיה הצבאיים הועמד מפקד ספרטני. הייתה זאת הפעם הראשונה והאחרונה שבה כמעט כל היוונים שילבו כוחות יחד נגד פולש זר. למרות האיחוד, כוחות הברית היו קטנים בהרבה מהכוח הפרסי ולא עלו בהרבה על 100,000 לוחמים.
הפרסים נחלו הצלחות אחדות והצליחו לפרוץ את דרכם במרכז יוון אחרי ניצחונם בקרב תרמופילאי ובקרב ארטמיסיון. הפרסים אף הצליחו לשרוף את אתונה, אך ניגפו בקרב ימי ליד סלמיס ליד אתונה. לאחר הפסדם בקרב, הסיג חשיארש את מרבית צבאו חזרה לפרס, תוך כדי שהוא משאיר צבא גדול בראשותו של מרדוניוס. צבא זה הובס בקרב פלטאיה בשנת 479 ובכך תמה הפלישה היבשתית ליוון.
התבוסה הפרסית לא סיימה את המלחמה. אתונה הקימה ברית גדולה ויצאה לבדה בלי עזרתה של ספרטה, להילחם בפרסים. מעשי האיבה האחרונים תמו בשנת 449 לפנה"ס.
עליית אתונה וכינון הברית האטית דלית.
הברית האטית דלית, נוסדה במקור בשנת 478/477 לפנה"ס כדי להילחם בפרסים ולשחרר את היוונים באסיה הקטנה מעול השלטון הפרסי. מרכז הברית היה באתונה וחברות הברית העיקריות היו איי הים האגאי והחוף המערבי של אסיה הקטנה. הברית אכן המשיכה את המלחמה בפרסים, פולייס רבים באסיה הקטנה שוחררו, משלחות צבאיות נשלחו עד מצרים בשנת 460 לפנה"ס כדי לתמוך במרד המצרי נגד הפרסים.
בהתחלה הייתה הברית שוויונית, אך עד מהרה השתלטה אתונה על הברית. גם קופת הברית שנשמרה באי דלוס הועברה על ידי פריקלס לאתונה בשנת 454 לפנה"ס. אפילו תום המאבק נגד פרס, הסיבה הרשמית לכינון הברית, לא סיים את השליטה האתונאית. פולייס שביקשו לפרוש נענשו קשות על ידי אתונה.
הכספים הרבים שהתקבלו כמס שהוטל על חברות הברית נוצלו לא רק למלחמה נגד הפרסים, אלא בעיקר לביצור מעמדה של אתונה. מיזמי בנייה ענקיים שיזמו האתונאים מומנו על ידי כספי הברית.
מלחמות בין אתונה לספרטה.
המלחמה הפלופונסית הראשונה.
האחדות היוונית הייתה קצרת ימים. פחות מ-20 שנים לאחר תבוסת הפלישה הפרסית פרצה מלחמה גדולה בין בעלי הברית לשעבר. היחסים בין ספרטה לאתונה היו טובים והאתונאים אפילו הגלו את תמיסטוקלס באוסטרקיזם ובמקומו עלה קימון, הפרו-ספרטני, לקדמת הבמה הפוליטית באתונה. עם זאת, ביטלה אתונה את הברית שלה עם ספרטה ואף חברה לארגוס, יריבתה הוותיקה של ספרטה. רעידת האדמה בלאקוניה בשנת 464 לפנה"ס גרמה למרד גדול של הלוטים נגד ספרטה. קימון שכנע את האתונאים לשלוח כוח גדול לעזרת הספרטנים, אך הספרטנים לא רצו את עזרתם והחזירו את החיילים בחזרה לאתונה. האתונאים רתחו על קימון והגלו אותו באוסטרקיזם. אירועים אלה ואחרים היו הגורמים לפרוץ המלחמה בשנת 460 לפנה"ס.
הצדדים הלוחמים היו הליגה הפלופונסית בראשותה של ספרטה ובעלות ברית נוספות והליגה האטית דלית בראשותה של אתונה. הספרטנים נהנו מעדיפות בצבא היבשה ואילו האתונאים היו בעלי הצי החזק יותר. המלחמה החלה בהצלחה אתונאית, אך התבוסה של חיל המשלוח האתונאי למצרים בשנת 454 לפנה"ס הייתה מהלומה קשה לאתונה. לפחות 40 אוניות על צוותיהן - כ-8,000 אנשים אבדו בקרב. אירועים אלה גרמו לאתונאים לפנות לקימון, שהגלייתו הסתיימה, כדי שינהל משא ומתן לשביתת נשק עם ספרטה. קימון הצליח להגיע לשביתת נשק לחמש שנים ובכך תמו מעשי האיבה בין הצדדים. אתונה ניצלה את ההפוגה לחיזוק כוחה בים האגאי, אך נאלצה לוותר על החזקותיה במרכז יוון אחרי תבוסתה בידי תבאי בשנת 447 לפנה"ס בקרב קורונאה. שביתת הנשק שהשיג קימון אושררה על ידי הצדדים ונחתם חוזה שלום בין אתונה לספרטה ל-30 שנים.
המלחמה הפלופונסית השנייה.
המלחמה הפלופונסית השנייה, הידועה יותר בשם המלחמה הפלופונסית (431 לפנה"ס - 404 לפנה"ס) נפתחה, על פי עדותו של תוקידידס, בעיקר בגלל חששה של ספרטה מעליית כוחה של אתונה והיסטוריונים מודרניים מקבלים את הערכתו.
נהוג לחלק את המלחמה לשלושה שלבים: המלחמה הארכידמית (431 לפנה"ס - 421 לפנה"ס), המשלחת האתונאית לסיציליה (415 לפנה"ס - 413 לפנה"ס) ומפלתה של אתונה (413 לפנה"ס - 404 לפנה"ס).
המלחמה הארכידמית.
השלב הראשון, שנמשך עשר שנים ומכונה "המלחמה הארכידמית" על שמו של מלך ספרטה ארכידאמוס, התנהל בפשיטות ספרטניות לאטיקה ופעולות נגד של הצי האתונאי נגד בעלות בריתה של ספרטה ופשיטות על חופי לאקוניה. בשיטת הלוחמה הזאת, הספרטנים לא הצליחו לגרום לנזק ממשי לכלכלה האתונאית. הם הצליחו אמנם לפגוע באופן חלקי בספר החקלאי האתונאי, אך חיל הפרשים האתונאי מנע מהספרטנים את ההרס המוחלט של השדות. יתרה מכך, צי הסוחר הגדול של אתונה אפשר לה לייבא את כל צורכי המזון שלה מבחוץ, כך שלא היה די בפשיטות אלה כדי להכניעה.
גם האתונאים מצדם נכשלו בניסיונם לגבור על הליגה הפלופונסית. חרף ניצחונותיהם הימיים, כגון קרב ריון וקרב נאופקטוס, לא נגרמה פגיעה משמעותית בספרטה או בבעלות בריתה.
עם זאת, אילצו הפשיטות התכופות על אטיקה את האתונאים להסתופף בתוך אתונה עצמה והצפיפות הרבה סייעה להתפשטות מגפות. באחת המגפות נפטר המנהיג הפוליטי הבולט ביותר של אתונה - פריקלס. פריקלס, שהיה בין המדינאים החשובים של אתונה, הצליח לשכנע את העם להגיע להחלטות סבירות שלא סיכנו את עצם קיום הברית האטית דלית. לאחר מותו, נוצר חלל גדול שלא מולא די צורכו עד סוף המלחמה. התוצאה הייתה החלטות פזיזות רבות שקיבלה אספת העם שהביאו בסופו של דבר להפסד אתונאי במלחמה.
בסופו של דבר הסתיימה המלחמה לאחר ניצחון אתונאי בקרב פילוס. המצביא האתונאי, הצליח לכתר כמה מאות הופליטים מצבא הליגה הפלופונסית, מהם כ-200 בני ספרטה. הספרטנים לא יכלו להרשות לעצמם לאבד כמות גדולה כל כך של לוחמים (מספרם של כל בני ספרטה בשירות צבאי לא עלה על כמה אלפים) וביקשו שלום. שלום ניקיאס נכרת בשנת 421 לפנה"ס.
המסע לסיציליה.
שלום ניקיאס שהיה רווי במעשי איבה כמו קרב מנטינאה, שהיה בין הקרבות היבשתיים הגדולים ביותר בתולדות יוון, לא החזיק מעמד זמן רב. תוך שש שנים פרצה מלחמה כוללת. בשנת 415 לפנה"ס החליטו היוונים לתקוף את סירקוסאי, העיר החשובה ביותר בסיקיליה (בשטחי סיציליה המודרנית). אלקיביאדס, שהיה התומך הבולט ביותר בעד היציאה למסע סולק בסופו של דבר מהנהגת הצבא שנשלח לסיקיליה וסילוקו היה בעוכרי חיל המשלוח. ניקיאס, שבהתחלה התנגד ליציאה למסע זה, מונה בסופו של דבר למפקדו.
למרות ההכנות הקפדניות וצבא גדול שכלל כ-6,000 הופליטים, מהם כ-5,000 מאתונה והיתר מבנות בריתה ו-1,300 חי"ר קל, לא הצליחו האתונאים לגבור על סירקוסאי. היו לכך שתי סיבות: ראשית, האתונאים לא לקחו איתם פרשים כי סמכו על שיתוף פעולה של פולייס עוינות לסירקוסאי באי ושנית, המשלחת הייתה פשוט חלשה מדי. סירקוסאי הייתה פוליס גדולה מאוד במונחי יוון העתיקה תוקידידס טוען שהיה לה צבא של למעלה מ-5,000 הופליטים ועוד 1,200 פרשים (לעומת כ-16,000 הופליטים ועוד כ-1,200 פרשים בצבא האתונאי כולו בתחילת המלחמה הפלופונסית).
במקום לנטוש את המשימה ולשוב לביתם, החליטו האתונאים לשלוח עוד 5,000 הופליטים וחיילים רבים קלי חימוש. הסירקוסאים יצרו קשר עם ספרטה ואלה שלחו לסירקוסאי את אחד ממצביאיהם בשם גליפוס. גליפוס הצליח לארגן את ההגנה הסירקוסאית ולמרות התגבורות האתונאיות, הצליחה סירקוסאי לנצח את כוח המשלוח בשנת 413 לפנה"ס. הניצחון היה מוחץ וכל חיילי המשלחת נהרגו או נפלו בשבי ונמכרו לעבדות.
התאוששות אתונה ומפלתה.
המפלה האתונאית הפיחה רוח קרבית חדשה בספרטנים. הם בנו צי של 100 אוניות וחלק מבעלות בריתה של אתונה החלו לנטוש אותה. האתונאים נאלצו להשתמש בעתודה הכספית האחרונה שלהם שנשמרה לעת צרה לבניית צי חדש. גרוע מכך, ספרטה החלה להתקרב לפרס ובשנת 412 לפנה"ס כרתו הספרטנים ברית עם הפרסים. ברית זו זכתה לאשרור מחדש בשנת 411 לפנה"ס. הספרטנים הסכימו להחזרת המצב באסיה הקטנה לקדמותו, לפני שחרור הערים היווניות על ידי הברית האטית דלית. הפרסים הבטיחו עזרה צבאית (שלא הגיעה מעולם) ומימון כספי בהיקף ניכר.
התבוסה בסיציליה הייתה זרז לחידוש המאבק הפוליטי מבית באתונה. האוליגרכים, שמזה זמן רב טפחו תקווה לשוב לשלטון, הצליחו להשתלט על אתונה בשנת 411 לפנה"ס וכוננו משטר המכונה הארבע מאות. המשטר לא היה פופולרי ושרד רק חודשים אחדים.
בינתיים, התאוששו האתונאים והצליחו להדביר את המרידות בערים החשובות בברית האטית דלית ואף זכו במספר ניצחונות חשובים כמו קרב קיזיקוס (410 לפנה"ס) וקרב ארגינוסאי (406 לפנה"ס). עם זאת, בקרב ארגינוסאי ספגו האתונאים אבדות כבדות בשל טביעתם של מלחים רבים בים. האתונאים זעמו על המצביאים שלא עשו די להצלת הנפשות והוציאו אותם להורג. ההוצאה להורג הייתה מהלומה קשה למאמץ המלחמתי והתבוסה לא איחרה לבוא. יתרה מכך, האירועים גרמו לחזרתו של ליסנדרוס הפעלתן לעמדת בכורה. בעזרת תושייתו ניצחו הספרטנים בקרב אייגוספוטמוי (404 לפנה"ס). הצי האתונאי הושמד והאתונאים, שהיו נתונים במצור נאלצו להיכנע.