כשעלתה קרנו בקרב השכבות הנחשלות ביותר, היה בלתי נמנע שיהפוך יעד לתגובה אלימה מצד המשטר. הוא שרד ארבעה ניסיונות רצח. הניסיון המפורסם ביותר היה הטבח של ז'אן בוסקו הקדוש ב-11 בספטמבר 1988, כשמאה אנשים חמושים של מיליציית "טונטון מאקוט", לבושים באדום, חדרו לכנסייה בזמן שאריסטיד החל לשרת את המיסה של יום ראשון. בעוד חיילים ושוטרים עמדו מן הצד, הבריונים ירו בקהל המתפללים ותקפו אותם במצ'טות. 13 אנשים נרצחו ו-77 נפצעו. אריסטיד ניצל והסתתר.
פעם נוספת הורתה הנהגת מסדר הסלזיאנים לאריסטיד לעזוב את המדינה, אבל עשרות אלפי אזרחים האיטיים מחו וחסמו את הגישה לנמל התעופה. בדצמבר 1988 סולק אריסטיד משורות המסדר הסלזיאני. קולות מרומא גינו גם הם את פעילותו הפוליטית כ"הסתה לשנאה ולאלימות" וכבלתי הולמת את תפקידו כאיש כמורה. אריסטיד ערער על טענה זו באומרו: "החטא שבו מאשימים אותי הוא זה שהטפתי למען אוכל לכל גבר ולכל אשה". בראיון בינואר 1988 הוא אמר: "הפתרון הוא מהפכה, מעל לכל ברוח הברית החדשה; ישו לא הסכים שבני אדם יהיו רעבים. זהו סכסוך בין מעמדות, עשירים ועניים. תפקידי הוא להטיף ולארגן". מאוחר יותר, בשנת 1994 עזב אריסטיד את הכמורה ושם קץ לשנים של מתח בין הכנסייה ובין ביקורתו כלפי מנהיגיה בשם "תאולוגיית השחרור". ב-1995 הוא התחתן עם מילדרד טרויו, שילדה לו בהמשך שתי בנות.
נשיאותו הראשונה 1991-1990.
אחרי הבחירות הנשיאותיות משנת 1987 שלהן התלוותה אלימות רבה, הבחירות משנת 1990 עוררו תשומת לב רבה. אריסטיד הציג את מועמדותו לנשיאות מטעם "החזית הלאומית לשינוי ודמוקרטיה" ואחרי מערכת בחירות בת שישה שבועות, נבחר לנשיא עם 67% מן הקולות. כך הוא הפך לנשיא הראשון של האיטי שנבחר בבחירות דמוקרטיות וחופשיות.
אולם שמונה חדשים אחרי בחירתו הודח על ידי הפיכה צבאית.
כבר לפני השבעתו של אריסטיד כנשיא, ב-6 בינואר 1991 התרחש ניסיון הפיכה, כשרוז'ה לאפונטאן, מנהיג לשעבר של טונטון מאקוט, חטף את הנשיאה הזמנית ארת'ה פסקל-טרוליו, והכריז על עצמו נשיא. אחרי הפגנות גדולות של תומכי אריסטיד וניסיון של לאפונטאן להכריז על מצב חירום, הצבא דיכא את הקשר.
בעת הקדנציה הקצרה של אריסטיד בראש המדינה, הוא ניסה לבצע רפורמות מהותיות שעוררו התנגדות נסערת של אליטת העסקים והצבא במדינה. ניסה להביא את הצבא תחת שליטה אזרחית, הוציא לגמלאות את מפקד הצבא, אראר אברהם, התחיל חקירות של הפרות זכויות אדם והביא מספר אנשים מצמרת ה"טונטון מאקוט" שלא הצליחו להימלט, בפני בתי משפט. כמו כן עצר את הגירתם של אנשים ידועים רבים, לפני שייבדקו היטב חשבונות הבנק שלהם. יחסיו עם האספה הלאומית הידרדרו במהרה והוא ניסה לעקוף אותה על ידי מינויים של שופטים, חברי ממשלה ושגרירים.
מינוי ידידו הקרוב ובן בריתו הפוליטי, רנה פרבאל, כראש ממשלה, עורר ביקורת חריפה מצד דמויות פוליטיות אחרות של תנועת ההתנגדות שהרגישו מקופחים. כשהאסיפה הלאומית התכוננה באוגוסט 1991 להצבעת אי-אמון בראש הממשלה החדש, כ-2,000 אנשים הצטופפו ליד הארמון הלאומי תוך איומים באלימות. הימנעותו של הנשיא לגנות את אלימות ההמונים היווה בסיס לטענת הכת הצבאית שהדיחה אותו כי הפר את זכויות האדם.
ההפיכה ב-1991.
ב-29 בספטמבר 1991 הצבא בפיקודו של הגנרל ראול סדראס, שמונה על ידי אריסטיד למפקד-על של הצבא, הדיח את הנשיא. אריסטיד נעצר וכעבור ימים אחדים נשלח לגלות. חייו ניצלו הודות להתערבות דיפלומטים מארצות הברית, צרפת וונצואלה. בהתאם לסעיף 149 של החוקה, השופט העליון ז'וזף נרט התמנה לנשיא זמני עד לבחירות שהיו עשויות להתקיים 90 יום אחרי התפטרותו של אריסטיד. אך הכוח במדינה רוכז בידי הגנרל סדראס. הבחירות שתוכננו, בוטלו תחת לחצים של הממשל האמריקאי.
אריסטיד ומקורות אחרים טוענים שגם ההפיכה וגם ביטול הבחירות היו תוצאה של לחצים של ממשלת ארצות הברית. נטען על ידי אחדים שבהפיכה היו מעורבים חברים בעלי מעמד בשרות הלאומי למודיעין של האיטי, שהוקם ומומן על ידי הסוכנות למודיעין המרכזית של ארצות הברית - הCIA- כחלק מן המלחמה בסמים. לפי טענה זאת, הם עדיין בזמן ההפיכה, זכו לקבל מימון ואימונים. העיתון "ניו יורק טיימס" שלל בהמשך את הטענות הנ"ל.
אריסטיד שהה קודם בוונצואלה ואחר כך בארצות הברית ועשה מאמצים לגייס תמיכה בינלאומית. האומות המאוחדות קראו להחרמת הכת הצבאית. אולם בגלל המצוקה הכלכלית של האיטי הנשיאים בוש וקלינטון נאלצו להעניק פטורים מהחרם להרבה חברות אמריקאיות שעשו עסקים עם ארץ זו.
השיבה בשנת 1994.
תחת לחציהן של ארצות הברית ושל האו"ם (החלטת מועצת הביטחון של האו"ם מס' 940) ב-31 ביולי 1994 המשטר הצבאי הסכים לסגת מהשלטון. הנשיא קלינטון שיגר כוחות צבאיים להאיטי מסגרת המבצע "תמיכת הדמוקרטיה" (Uphold Democracy). ב-15 באוקטובר 1994 ממשל קלינטון אישר לאריסטיד לחזור להאיטי על מנת להשלים את הקדנציה שלו כנשיא, זאת בתנאי שיאמץ תוכנית כלכלית שהוצעה על ידי היריב שלו המובס בבחירות בשנת 1990. הבנק העולמי הודיע ששיקום המדינה "צריך להתמקד באנרגיה והיוזמה של החברה האזרחית, במיוחד המגזר הפרטי, הלאומי והזר".
אריסטיד פיזר את הצבא והקים כוח משטרתי אזרחי. הקדנציה שלו הרשמית עמדה להסתיים בפברואר 1996 ללא אפשרות להיבחר מחדש בהמשך. לא התאפשר לו לקבל פיצוי על ידי הארכת קדנציה בגלל שנות הגלות האבודות. רנה פרבאל, בן ברית שלו וראש ממשלה תחת שלטונו ב-1991, הציג את מועמדותו בבחירות הנשיאותיות החדשות ב-1995 וזכה ל-88% מהקולות, כשבערך 25% מבעלי זכויות ההצבעה השתתפו בבחירות.
באופוזיציה.
בסוף שנת 1996 פרש אריסטיד ממפלגת OPL בנימוק שהיא "התרחקה מהעם" והקים מפלגה חדשה- Fanmi Lavalas ("פאנמי לאוולאס" -כלומר "משפחה - מפולת שלגים"). מפלגת השלטון OPL בעלת הרוב בסנאט ובבית הנבחרים, שינתה את שמה ל"ארגון העם במאבק" (Organisation du Peuple en Lutte), תוך שמירה על ראשי התיבות OPL.
בבחירות לפרלמנט במאי 2000 ניצחה מפלגתו של אריסטיד, "פאנמי לאוולאס". הועלו טענות רבות על אי סדירויות, כמו אי קיום סיבובים שניים בשביל מספר מושבים בסנאט. באותה שנה ניצח גם אריסטיד עצמו בבחירות לנשיאות, בחירות שהוחרמו על ידי רוב סיעות האופוזיציה שהתארגנו ב"קונוורז'אנס דמוקרטיק" (Convergence Démocratique). הנתונים לגבי אחוזי השתתפותם של בעלי ההצבעה היו שנויים במחלוקת.
הנשיאות השנייה 2004-2001.
כנשיא, דרש אריסטיד מצרפת, המעצמה הקולוניאלית לשעבר, להחזיר לארצו 21 מיליארד דולר, כספים שהאיטי נדרשה בזמנו לשלם (90 מיליון פרנקים של זהב) בין השנים 1825–1947 לצרפת עבור הנכסים הצרפתיים שהופקעו על ידי המורדים האנטי-צרפתים בעבר.
ערעור היציבות במדינה וההפיכה ב-2004.
אחרי עלייתו החוזרת של אריסטיד לשלטון, ארצות הברית קיצצה מאות מיליונים דולר בסיוע הבינלאומי להאיטי. העיתון וושינגטון פוסט הציג ב-15 בנובמבר 2003 את המצב בהאיטי כדלקמן: "אריסטיד דחף תוך הצלחה מעורבת אג'נדה פופוליסטית של שכר מינימום גבוה, בניית בתי ספר, תוכניות לאוריינות, מיסים גבוהים על הכנסות העשירים, ואמצעים אחרים שעוררו תנועת התנגדות בהנהגת האליטה המולטית שבאופן מסורתי שלטה בכלכלה של המדינה".
ממשלו של אריסטיד קבל בפני ארצות הברית על ההתחזקותן במחצית מהמדינה של כנופיה מרדניות של סוחרי סמים ומנהיגים לשעבר של המיליציות הרצחניות של פעם וביקש שליחת כוח בינלאומי לשמירת השלום. המארינס שנמצאו בהאיטי לא עשו מאמץ כלשהו להחרים את הנשק מהכנופיות המורדות. מתוך ארצות הברית חוגים רפובליקנים עוינים למדיניותו של אריסטיד ושתמכו במעמדות ששלטו בעבר, הקימו את המכון הרפובליקני הבינלאומי שעזר למתנגדיו של הנשיא להתלכד ולהתחזק.
בפברואר 2004 רציחתו של אמיו מטאייה, מנהיג כנופיה, גרמה להתפרצות של מרד אלים שהביא להדחתו של אריסטיד בפעם השנייה משלטון. אחיו של אמיו, ביטר מטאייה, האשים את הנשיא ברצח אחיו וקרא להקמת "חזית לאומית מהפכנית לשחרור האיטי". המורדים השתלטו במהירות על צפון המדינה ובסופו של דבר הטילו מצור על עיר הבירה ופלשו אליה. בנסיבות אלה אריסטיד נמלט לארצות הברית.
לדברי אריסטיד, שלטונות ארצות הברית וצרפת החליטו ל"חוטפו" ולשלוח אותו לגלות דרום אפריקה דרך הרפובליקה המרכז-אפריקאית. ראש ממשלת ג'מייקה, פ. ג'. פטרסון שכיהן כיו"ר הקהילה הקריבית באותה עת, סבר שהדחתו של אריסטיד הייתה תקדים מסוכן והוביל החלטה שלא להכיר במשטר החדש.
הגלות 2011-2004.
באמצע 2004 הגיע אריסטיד עם משפחתו ושומרי ראשו לדרום אפריקה וזכה לקבלת פנים בהשתתפות כמה משרי המדינה המארחת, 20 דיפלומטים בכירים ומשמר כבוד. בשנות שהותו שם סופקו לו שכר ופרסונל על ידי ממשלת דרום אפריקה. הוא חי בווילה ממלכתית בפרטוריה. בעת שנות הגלות שם, עסק אריסטיד במחקר באוניברסיטה, למד את שפת הזולו וב-25 באפריל 2007 קיבל דוקטורט בשפות אפריקאית.
ב-21 בדצמבר 2007 בנאום ששודר באמצעי תקשורת, מתח אריסטיד ביקורת על הבחירות לנשיאות שהתקיימו בשנת 2006 בהם נבחר רנה פרבאל ותיאר אותם כ"סכין בגב העם ההאיטי".
בהמשך כמה מהפעילים החשובים של תנועתו של אריסטיד בהאיטי סבלו מרדיפות, לפעמים נחטפו או נעלמו (ד"ר מריז נרסיס שוחררה אחרי ששולם כופר, פייר-אנטואן לובינסקי נעלם ללא עקבות).
החזרה להאיטי - 2011.