במהלך הקיץ שבא בתום עונת 1987, זיהה מליקוביץ' צורך בניסיון רב יותר בסגל השחקנים, על מנת להגיע להישגי פלייאוף מרשימים יותר. לשם כך הביא מליקוביץ' את דושקו איבאנוביץ', סמול פורוורד מנוסה מבודוצ'נוסט פודגוריצה, בן כמעט 30. כוכבי יוגופלסטיקה הצעירים, קוקוץ' וראדג'ה, נבחרו על ידי מאמן נבחרת יוגוסלביה בכדורסל קרסימיר קוסיץ' להשתתף באליפות אירופה בכדורסל 1987 בה זכתה יוגוסלביה במדליית ארד לאחר הפסד לנבחרת יוון בכדורסל בחצי הגמר. מאוחר יותר באותו הקיץ נקראו השניים להשתתף שוב בנבחרת הלאומית, הפעם לנבחרת הלאומית לבני 19 ומטה, שאומנה אז בידי סבטיסלב פשיץ' והשתתפה באליפות העולם לנבחרות עד גיל 19 שהתקיימה בבורמיו שבאיטליה. נבחרת הנוער היוגוסלבית העבירה את מתחרותיה תחת מכבש, בכלל זה את הנבחרת האמריקאית, מולה קלע קוקוץ' 11 שלשות מ-12 ניסיונות. בחזרה לספליט, עם פתיחת העונה בסתיו, קוקוץ' וראדג'ה שפעו ביטחון והפגינו כושר מצוין. יוגופלסטיקה התחילה את העונה בצורה מצוינת כאשר ניצחונותיה בליגה היוגוסלבית נערמים זה על גבי זה. במקביל, בגביע קוראץ' העפילה הקבוצה בקלות לבית רבע הגמר בו התמודדה מול Club Baloncesto Zaragoza, הפועל תל אביב ופלקנסטרו קאנטו. יוגופלסטיקה הפסידה בכל שלושת משחקי החוץ שלה, מה שהביא לכך שסיימה במאזן 3-3 שלא הספיק להעפלה לחצי הגמר. בחזרה לזירת הליגה המקומית, המשיכה יוגופלסטיקה את ריצתה בדרכה לסיים את הליגה במאזן של 21 ניצחונות למול הפסד בודד.
עונת 1989 - 1990.
במהלך הקיץ שבא לאחר סיום עונת 1989, מליקוביץ' ומנכ"ל המועדון, יוסיפ ביליץ', ניצבו בפני משבר ביחס למעמדו של דינו ראדג'ה, לאחר שהסנטר הצעיר נבחר בדראפט ה-NBA בסוף יוני, על ידי הבוסטון סלטיקס. לראדג'ה בן ה-22 היה חוזה עם יוגופלסטיקה עד שנת 1992, אך הוא הביע רצון לעזוב לבוסטון באופן מיידי, "אם ההצעה הכספית טובה", אך ראשי המועדון היו נחושים בדעתם שלא לשחרר אותו. מליקוביץ' אף קרא בפומבי להתאחדות הכדורסל היוגוסלבית לאמץ "מדיניות הגנתית" המונעת משחקנים בני פחות מ-26 לעבור לקבוצות NBA. לאחר מספר שבועות של התנצחויות על מעמדו, ניסה ראדג'ה לכופף את ידה של יוגופלסטיקה באופן חד צדדי - נסיעה לארצות הברית וחתימה על חוזה לשנה אחת עם הסלטיקס, תמורת 500 אלף דולר אמריקאי, על פי הדיווחים. כך או אחרת, מכיוון שיוגופלסטיקה ראתה את המצב כמקרה מובהק של הסגת גבול ו"ציד בלתי חוקי" מצד בוסטון סלטיקס ומנכ"לה יאן וולק, לא התכוונה הקבוצה היוגוסלבית לוותר על שירותיו של ראדג'ה ללא מאבק משפטי. יוגופלסטיקה לקחה את המקרה לבית משפט אמריקאי שבסוף ספטמבר פסק לטובת הקבוצה היוגוסלבית ואסר על ראדג'ה לשחק בסלטיקס ובכך אילץ אותו להשיג הסכם כלשהו עם יוגופלסטיקה. באמצע הסאגה עם ראדג'ה, ומבלי שיידע את תוצאותיה, הוציא מליקוביץ' לפועל תוכנית מגירה באמצעות הבאתו של זוראן סאביץ' בן ה-22, בעל היכולות לשחק הן כסנטר, הן כפאואר פורוורד, מקבוצתו, צ'ליק זניקה. כמו כן הביא מליקוביץ' את הרכז פטר נאומוסקי ואת הפאואר פורוורד אראמיס נאגליץ'.
בפתיחת העונה החדשה, כאלופת אירופה המכהנת, הוזמנה קבוצתו של מליקוביץ' להשתתף באליפות מקדונלד'ס שהתקיימה באותה השנה בסוף אוקטובר ברומא. לפני הטורניר הוצג מליקוביץ' כזוכה בתואר מאמן השנה. הטורניר הידידותי גם היווה את הזדמנותו הראשונה של מליקוביץ' לאמן נגד קבוצת NBA, כשיוגופלסטיקה מציגה עמידה עיקשת נגד דנוור נאגטס בראשותו של המאמן דאג מו ושחקניו, ביניהם הגארד פאט ליוור ווולטר דייוויס הוותיק, כשבסופו של דבר מפסידה יוגופלסטיקה 129-135.
ברצלונה.
לאחר ארבע עונות מרשימות בספליט הפך מליקוביץ' לאחד המאמנים המבוקשים באירופה. הוא קיבל את הצעתו של מועדון הכדורסל ברצלונה ובקיץ 1990 לקח לידיו את השליטה על המתרחש בקבוצה. לאחר זכיות רצופות בליגה הספרדית, בארסה חיפשה אחר הצלחה אירופאית שחמקה ממנה בעקביות. למעשה, הייתה זו ספליט של מליקוביץ' שהלמה בבארסה פעמיים ברציפות בשלב הפיינל פור - ב-1989 בחצי הגמר וב-1990 בגמר. עם הגעתו של מליקוביץ' עבר המאמן הקודם, אלחו גרסייה, לתפקיד ניהולי כשמונה לשמש מנכ"ל.
קבוצתו של מליקוביץ' הצליחה להעפיל לפיינל פור היורוליג, אך עם זאת כשלה בשלב זה מול קבוצתו הקודמת של מליקוביץ', ספליט.
מאוחר יותר באותה העונה נכשלה ברצלונה גם בליגה המקומית, כשלא הצליחה לזכות באליפות, אך התנחמה בזכייה בגביע המלך הספרדי בכדורסל.
מליקוביץ' התחיל את עונת 1991 - 1992 כמאמן ברצלונה, אך ב-22 בנובמבר 1991, לאחר 14 משחקי ליגה, החליט להתפטר מתפקידו.
לימוז'.
מליקוביץ' לא נשאר ללא משרת מאמן ראשי למשך יותר מכחודש, כשבינואר 1992 הוא קיבל לידיו, באמצע העונה, את מושכות האימון של קבוצת לימוז'. על המגרש הוביל את הקבוצה רישאר דאקורי הוותיק, בן ה-32, ובעזרתו העפילה הקבוצה לגמר הפלייאוף, שם הפסידה 0-2 לפו אורטז. בקיץ 1992 הצטרפו למועדון מייקל יאנג בן ה-31, הרכז יורי זדובץ' והפאואר פורוורד ג'ים בילבה. הקבוצה הכתיבה משחקים בעלי תוצאה נמוכה, כשהיא מפגינה משחק הגנה שחנק את הקבוצות היריבות ואשר הוביל אותה לזכות באותה העונה הן בתואר הצרפתי, הן ביורוליג. כשהיא מתמודדת מול אריות כדורסל בדמות פאוק סלוניקי בהובלת המאמן דושאן איבקוביץ' ובכיכובם של קליף ליווינגסטון שזה עתה הגיע מן ה-NBA, פנאיוטיס פסולאס שנשאר בקבוצה מהעונה שלפני כן וקני בארלו; וירטוס בולוניה הרעבה לתארים, בראשות המאמן אטורה מסינה ובהובלתו של הכוכב העולה שזה עתה הגיע, פרדראג דנילוביץ'; סגנית אלופת היורוליג, חובנטוד בדאלונה, שהובלה בידי ג'ורדי ויאקמפה ובידי האחים חופרסה; מכבי תל אביב בכיכובם של דייוויד אנקראם, לבן מרסר ודורון ג'מצ'י, וסקאבוליני פזארו בכיכובם של הכוכב העולה קרלטון מאיירס והוותיק וולטר מגניפיקו, מעטים נתנו לסגל הצנוע למראה של לימוז' סיכויים רבים לזכות בתואר האירופי. במהלך העונה ניפקה לימוז' צבירת נקודות בלתי מאוזנת, כאשר יאנג קולע לרוב מעל 30 נקודות למשחק, ואילו שחקנים רבים אחרים קולעים כחמש נקודות למשחק, פחות או יותר. מליקוביץ' ספג ביקורת מסוימת בגין סגנון המשחק של לימוז'; פטר סקנסי, המאמן הראשי של בנטון טרוויזו, הציג אותו כ"משחק אנטי-כדורסל", לאחר גמר היורוליג, באפריל 1993.
פנאתינייקוס.
בקיץ 1995 קיבל מליקוביץ' את ההצעה של המועדון היווני הענק פנאתינייקוס, מועדון שמומן באמצעות העושר של חברת התרופות של האחים ג'יאנקופולוס, אשר השקיעו כספים רבים בחיפוש אחר זכייה ראשונה בתואר היורוליג החמקמק, כמו גם בהצלחה בליגת העל היוונית בכדורסל. מליקוביץ' הגיע לקבוצה לאחר עוד עונה מאכזבת בה סיימה פנאתינייקוס במקום השני והפסידה את אליפות ליגת העל היוונית בכדורסל ליריבתה המרה אולימפיאקוס, כשההפסד בחצי הגמר בפיינל פור היורוליג לאותה אולימפיאקוס, הגיע כגלולה מרה אף יותר. לפיכך, על עבודתו של מליקוביץ' בקבוצה נגזר להשיג או את הזכייה ביורוליג, או את אליפות ליגת העל היוונית בכדורסל, רצוי את שתיהן. מליקוביץ' תפס את מקומו של המאמן אפטימיס קיומורצוגלו, ומצא יחידה שהובלה בידי פנאיוטיס יאנאקיס, פראג'יסקוס אלוורטיס וסטויקו וראנקוביץ', כשמנהיג הקבוצה זארקו פספאלי עזב את הקבוצה יחד עם המאמן קיומורצוגלו, שניהם קורבנות של העונה חסרת התארים. אף על פי כן, הסגל עמד לקבל תנופה גדולה כשהצליחו האחים ג'יאנקופולוס להביא לקבוצה את אגדת ה-NBA, דומיניק וילקינס בן ה-35 והחתימו אותו על חוזה לשנתיים בשווי שבעה מיליון דולר אמריקני. הגעתו של וילקינס יצרה באזז חזק סביב המועדון, כאשר 5,000 אוהדים קיבלו את פניו עם נחיתתו בשדה התעופה באתונה, בספטמבר 1995. ביום שלמחרת הגיעו כ-13,000 אוהדים לצפות באימון הראשון של וילקינס בקבוצה. בעונתו הראשונה של מליקוביץ' במועדון זכתה הקבוצה ביורוליג, הזכייה הראשונה של המועדון בתואר זה בהיסטוריה.
מליקוביץ' אימן את פנאתינייקוס בעונת 1996–1997 והוביל אותה למאזן של 18 ניצחונות מול שמונה הפסדים בעונה הסדירה, מה שהספיק למקום השלישי בליגה ולהעפלה לפלייאוף. עם זאת, כשהפלייאוף עמד להתחיל, שוחרר המאמן מהמועדון ב-13 באפריל 1997, והוחלף בידי מיכאליס קיריטסיס.
פריז וספרד.
בשלב זה פנה מליקוביץ' לאמן בצרפת ובספרד; במדינות אלו אימן את הקבוצות פריז סן-ז'רמן, אוניקאחה מאלגה ואת מועדון הכדורסל ריאל מדריד.
לאחר שעזב מליקוביץ' את ריאל מדריד צצו ספקולציות רבות באשר ליעד האימון הבא שלו. בריאיון ל-Спортски журнал (מגזין ספורט) אמר מליקוביץ' כי הוצע לו תפקיד המאמן הראשי של קבוצת ז'לגיריס קובנה מליגת העל הליטאית, אך הוא ייקח על עצמו את התפקיד רק בקיץ, לאחר שהעונה תסתיים. עוד אמר מליקוביץ', כי הוא קיבל מספר הצעות אחרות, אך סירב לגלות מאילו מועדונים הגיעו פניות אלו. לבסוף, ב-9 במרץ 2007, נחשף שמליקוביץ' הוא המאמן הראשי החדש של קאחה לבורל ויטוריה, שם החליף את ולימיר פראסוביץ' שהתפטר בפתאומיות באמצע העונה בשל סיבות בריאותיות. בצירוף מקרים מעניין, מליקוביץ' אימן את פראסוביץ' במשך ארבע שנים ביוגופלסטיקה ספליט.
עם זאת, לאחר הפסד לפנאתינייקוס בפער של 14 נקודות בפיינל פור היורוליג ב-2007, נמתחה על מליקוביץ' ביקורת בעיתונות הספרדית, והופיעו ספקולציות רבות באשר לעתידו. לאחר סיום העונה, נפרדו דרכיהם של מליקוביץ' ושל המועדון.
ב-12 בדצמבר 2010 מונה מליקוביץ' למאמן נבחרת סלובניה בכדורסל.
לוקומוטיב קובאן.