אזור יהודה ושומרון היה ערש התרבות היהודית והישראלית ומרכז הכובד של ממלכת יהודה וממלכת ישראל בתקופת בית ראשון וממלכת החשמונאים בתקופת בית שני, ולכן מטבע הדברים הוא עשיר במספר רב של אתרים ארכאולוגים בהם המיוחסים לקברי אבות האומה המקראיות כמו מערת המכפלה, קבר רחל וקבר יוסף, דרך אתרים מתקופת בית ראשון כמו עיר דוד, הר הבית, בית אל המקראית והעיר שומרון ושילה המקראית (שבה מוקם המשכן) ועד לאתרים מתקופת בית שני כמו ארמונות החשמונאים ביריחו, ביתר, הרודיון, סרטבה ומצדה.
קברים.
במערת המכפלה שבחברון קבורים על פי המסורת אברהם ושרה, יצחק ורבקה ויעקב ולאה. כמו כן, על פי המסורת היהודית אף אדם וחוה. למקום מאפיינים רוחניים נוספים על היותו אזור קבורה. המערה מהווה מקום קדוש גם למוסלמים ויש בצמוד אליה גם מסגד.
ישנם מספר קברים המיוחסים על פי המסורת לאישים תנ"כיים:
אתרים ארכאולוגיים.
ביהודה ושומרון נמצאים עשרות רבות אתרים ארכאולוגיים רבי חשיבות. בהם ניתן למנות את:
השפעות אקולוגיות.
זיהום מים.
לפי דו"ח של מבקר המדינה משנת 2016, מרבית השפכים ביהודה ושומרון אינם עוברים טיפול נאות להסרת מזהמים והם מוזרמים לנחלים ולבורות ספיגה. מערך איסוף השפכים והטיפול בהם וכן ניצול מים מטופלים מפגר בצורה ניכרת לעומת המצב במדינת ישראל. נחלים שאליהם מוזרמים שפכים כוללים את נחל הקישון, נחל חדרה, נחל שילה, נחל מודיעים, נחל קדרון ועוד. זיהום המים פוגע בעתודות מי התהום של ישראל וירדן, ופוגע בבריאות הציבור ובאיכות חייו. בשל המצב הגאופוליטי בשטחי יו"ש, נושא זה משפיע גם על מצבה המדיני-ביטחוני של ישראל ועל מעמדה בעולם.
יש מספר מאפיינים המשפיעים על המצב הסביבתי: רגישות הידרולוגית גבוהה לזיהום מי תהום בשל השפעת האזור על אקוויפר ההר, היעדר גבולות ברורים, היעדר רצף טריטוריאלי מדיני, צפיפות אוכלוסין גבוהה בצד הפלסטיני והבדלים גדולים ברמת החיים וביכולת הניהול הסביבתי בין הפלסטינים לבין הישראלים. ניהול סביבתי מחייב שיתופי פעולה בין גורמים פלסטינים וישראלים. הסכסוך המדיני המתמשך בין ישראל לפלסטינים, פיצול השליטה בשטח, והתפיסה כי המצב הנוכחי הוא זמני, מקשים על מתן טיפול יסודי וארוך טווח במפגעים סביבתיים ולקיים שיתוף פעולה בתחום זה.
נכון לשנת 2016 ממשלת ישראל לא גיבשה מדיניות לניהול סביבתי עם שכנותיה, לרבות בתחום המים, ואין לה מדיניות בדבר מפגעים סביבתיים החוצים את הקו הירוק. הממשלה גם לא הגדירה גורם אחד, בעל ראייה כוללת, שיוביל את הנושא. לפי מבקר המדינה הדבר גורם לכך שפתרונות למפגעי סביבה מתעכבים במשך שנים ארוכות, לעיתים תוך הפרת הדין ופגיעה בבריאות הציבור ובאינטרסים מדיניים החשובים לישראל.
האינתיפאדה השנייה
האינתיפאדה השנייה (הקרויה בפי הפלסטינים אינתיפאדת אל-אקצא בערבית: انتفاضة الأقصى; תעתיק מדויק: אנתפאצ'ת אלאקצא) הייתה התקוממות פלסטינית אלימה נגד מדינת ישראל, שהחלה בסוף ספטמבר 2000. היא פרצה בתום שלוש שנים של שקט יחסי בין ישראל והפלסטינים, שהופר באירועי מנהרת הכותל ובאירועי יום הנכבה 2000. הכינוי שניתן על ידי צה"ל לאירועים אלה (עוד לפני פריצתם) היה "'אירועי גאות ושפל". כינוי זה נותר קוד פנימי במערכת הביטחון; השם הנהוג בישראל כיום הוא "האינתיפאדה השנייה", להבדיל מהאינתיפאדה הראשונה.
התקוממות אלימה זו כללה בתחילתה מהומות ופעולות מחאה בדרגות אלימות שונות, אך במהרה הפכו פעולות טרור ולוחמת גרילה לביטויה המרכזי. מאפיין מובהק של הפעילות הפלסטינית במאבק זה היה שימוש נרחב בפיגועי התאבדות נגד אזרחי מדינת ישראל, שהחלו כבר באוקטובר 2000, כחודש לאחר תחילתה והתגברו ככל שנמשכה. תחילתה של האינתיפאדה הובלה על ידי ארגון הפת"ח בהמשך הצטרפו ארגון הג'יהאד האסלאמי והחמאס שהובילו את הפעילות האלימה. את פעולות הטרור נגד הישראלים ביצעו כלל הארגונים הפלסטינים כאשר החמאס היה הדומיננטי שבהם.
האינתיפאדה השנייה מוטטה כמעט לחלוטין את הסכם אוסלו מ־1993, והסלימה את הסכסוך לרמה שלא נראתה זה עשרות שנים. במהלכה נמנו אלפי קורבנות בשני הצדדים, הן בקרב הלוחמים והן בקרב האזרחים. האינתיפאדה גרמה גם למיתון בישראל, אשר שיאו היה בשנים 2002 ו-2003 ולפגיעה קשה בכלכלה הפלסטינית.
נקודת המפנה באינתיפאדה השנייה הייתה מבצע חומת מגן באביב 2002 בו צה"ל השתלט מחדש על מרכזי הערים הפלסטיניות ומחנות הפליטים ביהודה ושומרון, תוך מעצרם וחיסולם של מאות מחבלים, והחל בפעילות יומיומית לסיכול הטרור הפלסטיני, בסיוע השב"כ והימ"מ (היחידה המיוחדת ללוחמה בטרור של משטרת ישראל). הפעילות הביטחונית, בשילוב בניית גדר ההפרדה ומותו של יאסר ערפאת בסוף 2004, הביאו לדעיכת גל הטרור ביהודה ושומרון.
רקע והסיבות לפרוץ האינתיפאדה.
בעקבות יישום הסכמי אוסלו, נסוג צה"ל מאזורי יישוב פלסטיניים ביהודה, שומרון וחבל עזה, שעברו לשליטת הרשות הפלסטינית. במסגרת הרשות הפלסטינית הוקמו מנגנוני ביטחון שהיו אחראים על הביטחון ושמירת הסדר בשטחים שבשליטת הרשות הפלסטינית. בספטמבר 1996 פרצו מהומות מנהרת הכותל, שהיו סדרת קרבות קשים בין חיילי צה"ל לשוטרים פלסטינים בנקודות שונות, ובהם נהרגו 17 חיילי צה"ל וכ־100 פלסטינים. המהומות הראו כי צה"ל לא היה ערוך לאפשרות של עימות רחב היקף עם פלסטינים חמושים. בעקבות האירועים החליט הרמטכ"ל שאול מופז על הכנות מקיפות לקראת עימות עתידי דומה עם הפלסטינים, כאשר על ההכנות הופקד גל הירש כקצין אג"ם באוגדת איו"ש. גל מהומות קצר התרחש ב-15 במאי 2000, שבו היו אירועי ירי פלסטינים בחסות הפרות סדר, וניסיון לפגוע בגל הירש, שהיה אז מח"ט בנימין. האירועים שבישרו את האינתיפדה שככו לאחר יום קרב והבאת מסוקי קרב וכוחות שריון. בעימותים נהרגו 8 פלסטינים, ונפצעו מספר חיילי צה"ל.
בין ה-11 ל-25 ביולי 2000, כחודשיים לפני פרוץ האינתיפאדה, נערכו שיחות קמפ דייוויד בתיווכו של נשיא ארצות הברית ביל קלינטון; בין משלחת ישראלית בראשות ראש הממשלה אהוד ברק לבין משלחת פלסטינית בראשות יו"ר הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת, בניסיון להגיע להסדר קבע בין ישראל לפלסטינים. הצד הישראלי, בעידוד אמריקאי, הציע הסכם שבמסגרתו תוקם מדינה פלסטינית על 90% משטחם של יהודה, שומרון ורצועת עזה. הצד הפלסטיני בראשותו של ערפאת דחה הצעה זו, וגרס כי הצעותיו של ברק לא היו רציניות ולא פתרו בעיות מהותיות בסכסוך, כגון בעיית הפליטים ומחלוקות טריטוריליות. העמדה הישראלית גרסה כי הפלסטינים לא רצו להגיע לוויתורים בנושאים מרכזיים, כדוגמת מעמדה של ירושלים והר הבית, זכות השיבה והכרזה על סיום הסכסוך הישראלי-פלסטיני. הנשיא ביל קלינטון, שהיה השותף המרכזי לשיחות, צידד בעמדה הישראלית והאשים את ערפאת בכישלון השיחות.
אף על פי שרצח סמל גבעתי (נפצע אנושות ב-27 בספטמבר ומת מפצעיו למחרת, 28 בספטמבר 2000) נחשב לאירוע פתיחת האינתיפאדה, העילה הרשמית שהציגו הפלסטינים להתפרצות האירועים האלימים הייתה ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית, אירוע שקרה רק למחרת, ב-28 בספטמבר 2000. ישנן גם ראיות לכך שלאינתיפאדה היה תכנון פלסטיני מקדים. לדוגמה, עימאד אל-פאלוג'י, שהיה שר בממשלה הפלסטינית, צוטט באומרו כי האינתיפאדה תוכננה מיד לאחר כישלון שיחות קמפ-דייוויד ביולי באותה שנה. מאוחר יותר, הכחיש פאלוג'י את דבריו אלו. מחמוד א-זהאר, מבכירי חמאס, סיפר בריאיון לעיתון א-שרק אל-אווסט כי ערפאת נתן אור ירוק לחמאס לביצוע מספר פעולות טרור לאחר כישלון השיחות, והעביר נשק מהרשות הפלסטינית לחמאס לצורך כך. בראיון טלוויזיוני שנערך עמה בסוף שנת 2012, טענה סוהא ערפאת שבעלה, יאסר ערפאת תכנן את האינתיפאדה השנייה. לדבריה, מחשש שיאונה לה רע, הוא אף ביקש ממנה להישאר בפריז לאור זה שהאינתיפאדה עתידה לפרוץ.
על פי תחקירים מאוחרים שנעשו בקהילת המודיעין, העימותים הראשונים פרצו כמחאה עממית, בעקבות כישלון השיחות המדיניות, שחיתות וליקויי תפקוד פנימיים של הרשות הפלסטינית, וכן אירוע ביקור שרון בהר הבית, כאשר ערפאת אשר יזם את גל המחאה העממי גם ניצל אותו לצרכים מדיניים. צה"ל לא היה ערוך לטיפול בהפגנות הפלסטיניות עקב חוסר באמצעים לפיזור הפגנות, דבר שהוביל להרוגים פלסטינים רבים בעקבות שימוש באש חיה, ולהתרחבות העימות. בעקבות ההתדרדרות, איבדה הרשות הפלסטינית את השליטה על השטח, ובציבור הפלסטיני נוצרה אנרכיה, כאשר קבוצות חמושות שונות פועלות ביוזמות עצמאיות.
מנגד, דו"ח מיטשל, של הסנטור האמריקאי ג'ורג' מיטשל, שחקר את הנסיבות לתחילת האינתיפאדה, קבע: "אין לנו דרך להגיע למסקנות כי היה תכנון מכוון מראש של הרשות הפלסטינית לפתוח באלימות, או שהיה תכנון של ישראל להגיב בצורה שתביא לשפיכות דמים".
יש שטענו שהנסיגה מדרום לבנון במאי 2000, שנתפסה ככישלון ישראלי בעקבות הלחץ הצבאי שהפעיל החזבאללה, הייתה מהגורמים שסייעו לפרוץ האינתיפאדה, שמועד התפרצותה נחזה על ידי צה"ל בדיוק של רבעון.
אחרים טענו כי פעולות צה"ל קודם העימות הובילו במידה רבה להתפרצות. לטענה זו, שיחות קמפ דייוויד היו מוצלחות, שכן לאחריהן המשיך ברק במשא ומתן עם הפלסטינים ואף הציע להם הצעות נדיבות מאלה שהציע בוועידת הפסגה. אלא שההכנות שצה"ל ערך לקראת לחימה, בהתבסס על הערכת מודיעין שצפתה עימות עתידי מול הפלסטינים, העבירה לפלסטינים מסר לפיו ישראל מתכוננת לעימות צבאי, וכך הפכה הערכת המודיעין לנבואה המגשימה את עצמה. בספרו "בן החמאס", טוען מסעב חסן יוסף כי ערפאת התחיל את האינתיפאדה כדי שישראל תמוטט בשבילו את תנועת החמאס.