במסגרת בדיקת כוונתו של הבא להתגייר, חובה לבדוק, שאין הוא חפץ בגיור מסיבה חיצונית, כמו שררה, פחד או אישות. שכן אם בדקו ונוכחו לדעת, שרצונו להצטרף לעם ישראל נובע מאחת הסיבות הללו, לכתחילה אין מגיירים אותו. משום כך לא קיבלו בית דין גרים כל ימי דוד המלך, מחשש שמא נתגיירו מחמת פחד. ובימי שלמה המלך, חששו שבאו להתגייר כדי לזכות בגדולה של עם ישראל. מסיבה זו נאמר גם שאין מקבלים גרים לימות המשיח, שכן באותם ימים שיעלה עם ישראל לגדולה, קיים חשש שיבואו להתגייר בשביל ליהנות מאותה הגדולה. למרות הנאמר לעיל, שהרוצה להתגייר שלא לשם שמים, אלא מסיבה חיצונית, אין מקבלים אותו לכתחילה, מכל מקום, אם לפי ראות עיני בית הדין, סופו להתגייר לשם שמים, מותר לגיירו.
דין זה עומד בסתירה לדברי הגמרא במסכת שבת, מן האמור שם לומדים שמותר לגייר גוי, שחפץ להתגייר מנימוקים שאינם לשם שמים. וכן מותר לגייר גוי שמקבל עליו את מצוות התורה באופן חלקי, אם ברור לבית הדין, שבסופו של דבר ישמור תורה ומצוות וגיורו יהיה לשם שמים.
קבלת מצוות בגיור.
קבלת המצוות על ידי הגר נחשבת לדעת רבים יסוד מרכזי בגיור. דרישה זו נזכרת בגמרא בבריתא במסכת יבמות (מז ע"ב),
מהגמרא עולה שמזכירים לגר את קבלת המצוות פעמיים: פעם אחת כשבא להתגייר, כדי לבדוק את נכונותו ואת מודעותו למשמעות ההתקשרות לעם היהודי; פעם שנייה בשעת הטבילה, כחלק מתהליך הגירות. ואילו בגמרא בבכורות נאמר שאם הבא להתגייר מסרב לקבל עליו חלק מהמצוות, אינו יכול להתגייר:
לפי אחת הגישות, הגירות מתחילה "לצאת לפועל" עם קבלת המצוות, והיא מושלמת על ידי אקטים פורמליים כמו מילה (לגברים) וטבילה (לגברים ונשים), ובזמן שבית-המקדש קיים – גם על ידי הבאת קרבן. יש להבחין בין קבלת המצוות בפה ("קיבל- מלין אותו מיד"), לבין קבלת המצוות בלב, שהיא התחייבותו של המתגייר וגמירת דעתו לקבלת הגיור. האחרונה היא שמהווה, לדעת חלק מהפוסקים, את עיקרו של הגיור. על פי גישה אחרת, הגיור תקף במילה וטבילה בלבד, גם ללא אקט פורמלי של קבלת מצוות. למסקנת השולחן ערוך:
למעשה, אחרוני דורנו נוטים לפסוק שקבלת מצוות מעכבת בדיעבד. יש להזכיר את הרב בן-ציון מאיר חי עוזיאל, הראשון לציון והרב הראשי הספרדי הראשון, הוביל גישה מקילה בעניין וטען שקבלת מצוות אינה נחוצה אף לכתחילה (ולכתחילה צריך להודיע לו מהן המצוות, אך לא שיסכים לקיימן):
יש חוקרים שכתבו כי "קבלת מצוות" קיבלה הדגשה בעת החדשה עקב גורמים פנימיים וחיצוניים שהשפיעו על העם היהודי – חילון, מודרניזציה, אמנציפציה ולאומיות. הגיור נתפס בעקבות כך כהצטרפות לדת ישראל, ולפיכך, קבלת המצוות היא עיקר הגיור, ובלעדיה אין למילה ולטבילה משמעות כלשהי. לעומת זאת, הגישה האחרת רואה את הגיור כהצטרפות לאתנוס היהודי וכתהליך של "לידה מחדש".
ביטול גרות.
בשאלה אם בית דין יכול לקבוע בדיעבד שהגיור לא התקיים משנגלה שהגר לא התכוון לשמור מצוות מלכתחילה, יש מספר דעות. על פי פסק הרמב"ם אין כל אפשרות לבטל את גרותו של גר שהתגייר - "אפילו חזר ועבד עבודה זרה - הרי הוא כישראל משומד, שקידושיו קידושין, ומצוה להחזיר אבידתו, מאחר שטבל נעשה כישראל", וכך פסקו רבי יוסף קארו בשולחן ערוך והרמ"א. הרמב"ם מביא ראיה מהתנ"ך שנשותיהם של שמשון ושלמה לא בוטל גיורן אף על פי "שנגלה סודן" דהיינו שנודע שעבדו לאלילים.
הרב יואל בן נון טען שאם עבירה הייתה מבטלת את הגיור, הרי שחטא העגל במדבר היה צריך להביא לידי ביטול של מתן תורה. הרב חיים דרוקמן העיר על הפרדוקס שיכול להתרחש אם תהיה אפשרות של ביטול גיור, שאז עלול להיות מצב, שעדותו של גר שהעיד על מתן גט תתבטל, וילדיה של האישה שנישאה בשנית, יהפכו לממזרים. אף על פי שלא קיימת אפשרות לבטל גירות בדיעבד, עשוי להתברר שהיא הייתה פסולה מלכתחילה.
הרמב"ם עצמו הסביר כך את הרחקת הכותים מהיהדות: דוגמה לפסילת גיור למפרע המופיעה בשולחן ערוך היא של גוי קטן שבית דין גיירוהו עם אביו בהנחה ש-"זכות היא לו", שאז רשאי הוא להתנגד לגיור בשעה שהגדיל. דוגמה המעוררת פולמוס נרחב במדינת ישראל היא של מקרים שבהם נטען כי גר לא קיים מצוות אפילו בסמוך לאחר גיורו, ומכאן שלא התכוון לקבל עליו מצוות בשעת הגיור.
בשנת 1972, בפסק דין האח והאחות, פסק הרב שלמה גורן שהליך גיור שהתבצע שנים רבות לפני כן היה פסול, בנימוק שאין ראיות מספיקות לגביו ושאורח החיים של הגר אינו יוצר חזקת יהדות. בכך טיהר פסק הדין מממזרות בן ובת שילדה לאיש אחר, אישה שנפרדה מאותו גר ללא גט. פסק הדין, שניתן על ידי הרכב אנונימי בעניין שכבר הכריע בו בית הדין הרבני בכמה ערכאות, עורר עליו את קצפם של הרבנים החרדים, שטענו שהפסק שגוי ומגמתי, ובעקבות המעשה הרב יוסף שלום אלישיב התפטר מבית הדין הגדול. גם בציונות הדתית היו שיצאו נגד הפסק הזה, כמו הדיין הרב שאול ישראלי. בפסק הדין שכתב בעניין הרב אלישיב כדיין בבית הדין הרבני הגדול נכתב: . גם הרב משה פיינשטיין צידד, במקרים אחרים, להכיר בקבלת מצוות שהיא לפי מנהג 'שומרי התורה' המוכרים לגר ואף כתב "טעם שיש בה ממש" להכיר בקבלת מצוות לפי מנהג סתם יהודים המוכרים לגר גם כשהם מחללי שבת.
בשנת 1984 פורסמה אזהרה בחתימת גדולי התורה הליטאיים הרב יעקב קנייבסקי, הרב שלמה זלמן אוירבך, הרב שך והרב יוסף שלום אלישיב בה נכתב:
הראשון לציון הרב מרדכי אליהו כתב שאם הגר לא קיבל עליו אפילו מצוות מדרבנן, כגון איסור מוקצה, גירותו אינה גירות.
בשנת 2008 פסק הרכב של בית הדין הרבני הגדול, בראשותו של הרב אברהם שרמן, כי גיורים של הרכב מסוים בראשות הרב חיים דרוקמן שנעשו במערך הגיור בראשותו משנת 1999 פסולים, עקב היות חברי ההרכב פסולים, לדבריהם, לדון, על רקע של אי סדרים בסדר הדין ובכללם זיוף מסמכים. פסק הדין, שבוטל בידי בג"ץ, עורר פולמוס גדול בציבור הישראלי והותקף גם על ידי רבנים ואישים מהציונות הדתית בפסק גם נטען שרוב הגרים אינם שומרים מצוות לאחר גיורם, באופן המוכיח שקבלת המצוות שלהם הייתה משפה ולחוץ. אל מול טענה זו טען דיין בית הדין הרבני הגדול הרב שלמה דיכובסקי שלא ניתן להסיק מהתנהגותו של הגר לאחר זמן, שבשעת הגיור קבלת המצוות שלו לא הייתה אמיתית.
הגיור בישראל.
סעיף 1 לחוק השבות, תש"י-1950 קובע כי "כל יהודי זכאי לעלות ארצה". קביעה זו העלתה את השאלה מיהו יהודי, שסביבה היו מחלוקות פוליטיות רבות. דוד בן-גוריון תמך בהגירתם לישראל של בני-זוג וצאצאים לא-יהודים, בעיקר ממדינות מזרח אירופה, ושלל גיור כלשהו עבורם, בנימוק שההזדהות הלאומית והמגורים במדינה הם שהופכים אדם ליהודי, ואל לה למדינה להתערב בענייני דת. הוא הצדיק רבנים שסירבו לגייר חלק מהעולים שפנו אליהם, באמרו שהללו אינם מתעתדים לקיים אורח חיים דתי. בשנת 1958 פרץ משבר קואליציוני סביב השאלה הזאת, ובן-גוריון ערך משאל בנושא אצל מי שהגדיר 'חכמי ישראל', חמישים אנשי רוח במגוון תחומים. ארבעים ושישה מהם השיבו על הפנייה. שלושים ושבעה מן המשיבים תמכו בהשארתה על כנה של ההגדרה ההלכתית למושג יהודי. בן-גוריון החליט לאמץ עמדה זו, והנחה כי לרישום האוכלוסין ייחשב יהודי "מי שנולד לאם יהודייה ואינו בן דת אחרת, או מי שנתגייר כהלכה." ההנחיות נשמרו בסודיות ולא הובאו לאישור הממשלה או הכנסת.
בשנת 1970, בעקבות בג"ץ שליט, תוקן החוק ונקבע בו (סעיף 4ב): "לעניין חוק זה, 'יהודי' - מי שנולד לאם יהודיה או שנתגייר, והוא אינו בן דת אחרת". התיקון לא ציין במכוון איזה גיור קביל, ונקבע רק ש"הרישום או התעודה האמורים לנחת דעתו של פקיד הרישום הראשי או כל עוד לא נקבע אחרת בפסק-הדין הצהרתי של בית משפט או בית דין מוסמך" (סעיף 3א).
במהלך השנים עלו לישראל, על פי חוק השבות, גויים רבים. חלקם לא היו מעוניינים בגיור אורתודוקסי, הדורש התחייבות לשמירת מצוות, והיו שפנו לגיור של היהדות הקונסרבטיבית או הרפורמית. שאלת ההכרה בגיורים אלו הייתה לנקודת מחלוקת בין התנועות האלה לבין המפלגות הדתיות בישראל. המפלגות הדתיות ביקשו לשנות את החוק כך שיציין במפורש שהגיור חייב להיות "כהלכה", בעוד התנועות הרפורמית והקונסרבטיבית ביקשו שמשרד הפנים ירשום גרים שגיירו כיהודים. משרד הפנים, שבראשו עמדו שרים דתיים, פירש את החוק כמתייחס רק לגיורים כהלכה וסירב לעשות זאת. שושנה מילר, גיורת רפורמית, עתרה בשנת 1986 לבג"ץ בדרישה להירשם כיהודיה. בג"ץ קיבל את העתירה וחייב את שר הפנים יצחק חיים פרץ לרשום אותה כבקשתה. פרץ סירב והתפטר מתפקידו. במהלך השנים עבר התיקון לחוק בקריאה טרומית, אך חקיקתו לא הושלמה.
בשנת 1989 פסק בג"ץ כי די במסמך המעיד על גיור בקהילה יהודית מחוץ לישראל על מנת שפקיד הרישום ירשום את המבקש כיהודי במרשם האוכלוסין. בעקבות זאת החליט שר הפנים אריה דרעי לשנות (תחילה באמצעות מדבקה ואחר כך בהערה בגוף התעודה) את חוק מרשם התושבים כך שהסעיפים של לאום, מצב אישי ושם לא יהיו ראייה לכאורה לנכונותם - מתוך כוונה שלא יוכרו מבחינת דיני אישות בבתי דין רבניים.