בעקבות מאבקים אלימים בין פועלים חברי ההסתדרות שפתחו בשביתות, לבין פועלים חברי בית"ר שהפרו אותן, נערכו ב-27 ו-28 במרץ 1933 שני דיונים בנושא בוועד הפועל של ההסתדרות, בהם קרא כצנלסון להקים לשכת עבודה נייטרלית ולנסות ולהגיע להסכם עם הפועלים הרוויזיוניסטים. ב-17 באפריל, השביעי של פסח, נערכה בתל אביב תהלוכה של בית"ר. ערב התהלוכה, נודע לכצנלסון על הכנות פעילי מועצת פועלי תל אביב לפגוע בה. ניסיונותיו למנוע את הפגיעה המתוכננת נכשלו, ובעקבות תקיפות מצד מפגיני הנגד הסוציאליסטים, שלח ב-20 באפריל למרכז המפלגה מכתב התפטרות מכל מוסדות התנועה. אלא שהוא לא עמד בדיבורו והחליט שלא לפרוש. ב-1 במאי נאם באספה פומבית גדולה וגינה את ההשוואות בין הפאשיסטים לרוויזיוניסטים. ב-16 ביוני נרצח חיים ארלוזורוב. בעקבות שמועות בדבר אשמתם של הרוויזיוניסטים, ניסה כצנלסון לבלום התפרצות אלימה וניסח לשם כך מספר כרוזים (הידוע שבהם "אחים לכאב"), בהם קרא להתאפקות. באוגוסט 1933 נסע לגרמניה הנאצית ושהה מספר ימים בברלין. משם המשיך לקונגרס הציוני ה-18 בפראג. כצנלסון ניסה לגרש את הרוויזיוניסטים מהקונגרס ולהוציא אותם מהתנועה הציונית, ובישיבת הפתיחה של מושב הוועד הפועל הציוני ב-17 באוגוסט, דרש מינוי ועדת חקירה, שתבדוק את קיומן של קבוצות טרוריסטיות בתוך המפלגה הרוויזיוניסטית. הרוויזיוניסטים לא גורשו, אך הוקמה ועדת חקירה וכצנלסון העיד בפניה. לפני מליאת הקונגרס, נשא את נאום ההספד על ארלוזורוב.
לאחר הקונגרס נסע עם ברכה חבס למעיינות מרפא בכפר קטן בצ'כוסלובקיה וכעבור עשרה ימים (ב-25 בספטמבר 1933) יצא לסיור בן חודש ימים במקומות יישוב של יהודים בפולין. הוא ביקר באזור הגבול בין יהדות טרנסילבניה ליהדות גליציה, במונקאטש וסביבתה, בלבוב, בוורשה, בלודז' ובווהלין, ואף טס לווינה. את רוב הסיור הקדיש לביקורים בקיבוצי הכשרה. ב-26 באוקטובר סיים את סיורו וחזר לוורשה, שם השתתף בשיחה קשה עם השליחים במרכז "החלוץ". מוורשה נסע ללונדון לוועידה בענייני יהודי גרמניה הנאצית ומשם המשיך לפריז, שם ביקר אצל פליטים יהודים מגרמניה. מצרפת נסע לברלין, כדי לבחון את מצב "החלוץ" שם ולאחר מכן חזר לשיחה נוספת במרכז "החלוץ" בוורשה. לאחר שובו לארץ ישראל, השתתף בנובמבר בכפר סבא בישיבת המזכירות הרחבה של הקיבוץ המאוחד (ששלט ב"חלוץ"), ובה סיפר על התרשמותו הקשה מן הנעשה בפולין. סיורו בפולין נועד להכשירו לקראת משימה חינוכית גדולה שנטל על עצמו – הקמת המרכז לתרבות ולנוער. מיד עם שובו לארץ, החליט הוועד הפועל של ההסתדרות על הקמת מחלקה לחינוך הנוער בהנהלתו, וגם מרכז מפא"י נענה לקריאתו של כצנלסון והחליט גם הוא על הקמת המחלקה לענייני נוער ותרבות בהנהלתו. הייתה זו הפעם הראשונה שקיבל על עצמו מינוי רשמי מטעם ההסתדרות או המפלגה, מאז נתמנה לעורך "דבר".
לאחר שובו לארץ ישראל, לא עשה כצנלסון שום ניסיון להפעיל את ועדת החקירה של הקונגרס. במרכז המפלגה נערך ויכוח לגבי השימוש באלימות. כצנלסון נשאר במיעוט במפלגה בהתנגדותו לשימוש בה. בסיום הוויכוח ניסח את המסקנות: מלחמה פוליטית נגד הרוויזיוניסטים, אך עמידה על זכותם לעבודה והבעת רצון בהסכם עם כל ארגון פועלים שיבטיח עבודה עברית והגנה על תנאי העבודה. סעיף נוסף קרא להקמת לשכת עבודה נייטרלית שתבטל את טענות פועלי בית"ר על קיפוח. בנוגע לאלימות, דרש את הסכמת הוועד הפועל של ההסתדרות לכל שביתה הקשורה ברוויזיוניסטים וכן את הקמתו של מוסד במפלגה שיהיה אחראי על שימוש מאורגן ומבוקר באלימות, אם אין מנוס בשימוש בה. המפלגה קיבלה את מסקנותיו, מלבד הקמת הלשכה הנייטרלית. ביוני 1934 נמצא אברהם סטבסקי אשם ברצח ארלוזורוב ונדון לתלייה. כצנלסון, רובשוב ובילינסון החליטו לבקש במאמר מערכת ב"דבר" חנינה לנאשם. בעקבות זאת, פלש זיאמה אהרונוביץ' בראש חמישים איש למערכת העיתון ואיים לשבור את המכונות. מעשה זה הביא להחלטת הוועדה הפוליטית של מרכז המפלגה, בניגוד לדעת כצנלסון, להימנע מבקשת החנינה. לאחר שחרורו מחוסר הוכחות, עלה סטבסקי לתורה בבית הכנסת הגדול, שם פתחו עשרות פועלים במהומה אלימה, מבלי שכונסה המפקדה שהוקמה כדי להחליט על פעולות מסוג זה. בעקבות זאת, שוב הודיע כצנלסון על התפטרותו ושוב חזר בו, אולם נטש את הנהגת המוסד "לאלימות מבוקרת". לדברי הביוגרפית אניטה שפירא, בשנת 1934 החל "תהליך ניכור בין ברל ובין חלקים נכבדים בתנועתו". בנובמבר אותה שנה תמך בהסכמי בן-גוריון - ז'בוטינסקי למניעת אלימות וחלוקת העבודה, אולם בשל האיום בפילוג, הסכימו בן-גוריון וכצנלסון להעביר את ההכרעה מהמפלגה להסתדרות ושם נדחה הסכם העבודה במשאל בין חברי ההסתדרות. כישלונו של כצנלסון להשפיע על ההחלטה היה ביטוי לכך שלא חיבר את עצמו למנגנוני-כוח בהסתדרות, במפלגה, בקיבוץ או בהסתדרות הציונית.
בשנת 1934 עברו ברל ולאה להתגורר בדירה ב"מעונות עובדים" שבנתה ההסתדרות ברחוב מזא"ה. בדירה זו הותקן עבורו מכשיר טלפון, שהיה חיוני עבורו, משום שהרבה לעבוד בבית.
עשרה חודשים לאחר ההחלטה על הקמתו, החלה פעולתו של המרכז לנוער. בסוף 1934 הקדיש לו כצנלסון את מרב זמנו, לצדם של ישראל גלילי וברכה חבס. באפריל 1935 יצא עם אליהו גולומב ובן-גוריון למסע בעבר הירדן. הם חצו את הירדן ליד א-סאלט, ביקרו ברבת עמון, ירדו דרומה למעאן, נסעו לפטרה והמשיכו לעקבה. באוגוסט 1935 השתתף כצנלסון בקונגרס הציוני ה-19 בלוצרן ובוועידות שנלוו אליו, ותמך בצירוף "המזרחי" להנהלה הציונית – צירוף שהיה תחילתה של "הברית ההיסטורית" בין מפא"י ל"מזרחי", שנמשכה 42 שנים. בסופו של דבר, המרכז לנוער נחל כישלון. בספטמבר 1935, לאחר שתי שנות עבודה שהשקיע בו כצנלסון, הצטמצמה פעולתו של המרכז בעיקר בהוצאת סדרת חוברות הדרכה, שלא נעשה בהן שימוש רב, ובמספר פעולות ההדרכה.
כישלונו של המרכז לנוער הבהיר לכצנלסון את עוצמת שליטתו של הקיבוץ המאוחד בנוער וברזרבה החלוצית, והוא נואש מפעולה במסגרות הקיימות. בעקבות זאת, קרא באוקטובר 1935 לאיחודה של התנועה הקיבוצית. בפסח תרצ"ו כתב סדרת מאמרים בשם "ערעורים על המצב הקיים", בהם טען כי הפירוד בין הגושים ההתיישבותיים והפטריוטיות הגושית (שאינה מסתפקת בהאדרת הגוש, אלא גם פונה להשחרת פני הגוש האחר) עלולים להביא להריסתה של התנועה הקיבוצית ושל תנועת הפועלים הארצישראלית. כצנלסון קרא לאיחוד כל הזרמים בתנועה, אולם שאף בשלב זה לאיחוד בין התנועות שבתוך מפא"י וכיוון את דבריו לאנשי הקיבוץ המאוחד וחבר הקבוצות. מכיוון שהקיבוץ המאוחד היה הגוף הגדול מביניהם, תמיכתו באיחוד הייתה תנאי להגשמתו. אולם תגובת הנהגת ה"קיבוץ" על קריאתו של כצנלסון ולביקורתו כלפיו הייתה עוינת, ומספר ימים לאחר פרסום מאמריו, פרצו מאורעות תרצ"ו, שהסיחו את דעת הציבור ומנהיגיו מפולמוס האיחוד.
1936–1940.
באוגוסט 1936 חתם כצנלסון עם הרב מאיר ברלין על הסכם איחוד בין ארגון "ההגנה" ו"ארגון ב'". אולם בשל התנגדות הרוויזיוניסטים, יצא האיחוד אל הפועל ב-1937 רק בחלקו.
ב-20 בספטמבר 1936 הגיע כצנלסון בשליחות מדינית ללונדון. בין היתר, ביקר בקברו של קרל מרקס ובחוות "החלוץ" שבה הדריך לסיה גלילי, נסע לוועידת ה"לייבור" באדינבורו ונפגש עם קלמנט אטלי. בזמן ששהה בלונדון, החמיר מצבו הבריאותי. ב-3 בנובמבר נבדק על ידי רופא ונמצא חולה בתת-פעילות של בלוטת התריס (Hypo-thyroidism), שכתוצאה ממנה חסר הורמון התירואיד. הוא החל ליטול טבליות של ההורמון החסר ומצבו השתפר, וב-19 בנובמבר שב לארץ ישראל. ב-16 בדצמבר חדל ליטול את התרופה ומאז החלה הרעה במצבו. בעדותו בפני ועדת פיל, האשים את הממשלה בחלוקת נחלות גדולות מאדמות בית שאן ליחידים, אולם לא הכין הוכחות לכך והותקף בשל כך על ידי חברי הוועדה. כנגד התלהבותו של בן-גוריון מהצעת חלוקת ארץ ישראל, טען ברל שאל ליהודים להציע זאת מיוזמתם, מאחר שכך תזוהה התוכנית עם שאיפותיהם והיא תידון לכישלון. הוא דרש להמשיך להיאבק על קיום כתב המנדט, ואם תוצע מדינה בגבולות סבירים – להסכים לדון בכך. בשל מצבו הבריאותי המעורער, יצא ב-12 בפברואר 1937 לתקופת ריפוי במצרים, שם שהה בפנסיון ולאחר מכן בסנטוריום. עם גבור הלחצים המדיניים בלונדון, נסע לשם שוב בתחילת אפריל. הוא נבדק על ידי שני מומחים, שביטלו את חוות הדעת שקיבל מרופאי קופת חולים בתל אביב, וחידש את נטילת טבליות התירואיד, מה שהביא לשיפור ניכר במצבו. בלונדון היה היחיד מכל הפעילים הציונים שהתנגד לחלוקה. לדעתו, התנאים לא היו בשלים להקמת מדינה יהודית. בתחילת יולי חזר לארץ ישראל למספר שבועות, ודיבר נגד החלוקה בדיון מועצת מפא"י בשאלה לקראת פרסום דו"ח ועדת פיל.
באוגוסט 1937 השתתף כצנלסון בקונגרס הציוני ה-20 בציריך, שם סירב לדחות על הסף את רעיון החלוקה והוביל את ההחלטה לייפות את כוחה של ההנהלה הציונית לנהל עליו משא ומתן. במציאת נוסחה משותפת למחייבי החלוקה ולשולליה, הצליח לשמור על אחדות תנועת הפועלים ואחדות התנועה הציונית. בחודש שלאחר הקונגרס, נסע לאיטליה, לצ'כוסלובקיה, להולנד ולצרפת. הוא נשאר באירופה בשל חברותו בוועדה הפוליטית שנבחרה בקונגרס, כמחווה לשוללי החלוקה, כדי לפקח על המשא ומתן של ויצמן עם הממשלה הבריטית על תוכנית החלוקה. אולם בעקבות מינויה של ועדת וודהד, נדחה המשא ומתן. באוקטובר הפליג לניו-יורק והשתתף בוועידת פועלי-ציון, בוועידת נשות הדסה ובמועצת עסקני הקרן הקיימת. הוא שהה בארצות הברית כמעט חודשיים. עד דצמבר אותה שנה.