בפיצוץ שאירע בחוף סודנייה ברצועת עזה באותו יום נהרגו 7 אזרחים פלסטינים. צה"ל הביע צער על התקרית והפסיק את ירי התותחים עד לסיום תחקיר בנידון. ב-11 ביוני טען אלוף פיקוד הדרום יואב גלנט שתחקיר אשר ביצע צה"ל העלה שהוא אינו קשור לאירוע והפיצוץ לא נגרם מירי ארטילרי, אך לא פירט בנושא. מנגד, הפלסטינים ורוב התקשורת העולמית המשיכו לראות בישראל כאשמה בתקרית. מאוחר יותר פרסם צה"ל הוכחה לטענתו שההרג לא נגרם מירי צה"לי והיא ניתוח של הרסיס מגופה של אחת הפצועות - רסיס שאינו רסיס של פגז 155 מ"מ. בתגובה לאירוע, החמאס, לראשונה מזה 16 חודשים, הכריז על סיום הפסקת האש מצדו והחל לקחת אחריות על ירי קסאמים אל ישראל. בנוסף, כתגובה לאירוע, שהתקבל בזעזוע רב ברצועת עזה והוציא עשרות אלפי אנשים להלוויית שבעת קרובי המשפחה, ב-10 וב-11 ביוני נורו על שדרות ויישובי עוטף עזה למעלה מ-50 קסאמים, מהם נפצעו מספר אנשים, אחד מהם קשה. בסיכול ממוקד שביצע צה"ל יומיים לאחר מכן, נהרגו 11 פלסטינים, 8 מהם אזרחים ורק 3 מהם פעילי טרור, בהתקפה על מכונית מסחרית שהובילה רקטות גראד ונאלץ מאוחר יותר להתנצל על התקרית.
חטיפת גלעד שליט ומבצע גשמי קיץ.
ב-25 ביוני 2006, שנה לאחר החייל ההרוג האחרון ברצועת עזה ו-10 חודשים לאחר תוכנית ההתנתקות, תקפו מחבלים מהחמאס וועדות ההתנגדות העממית בירי נ"ט מוצב צה"ל, נגמ"ש וטנק ליד מעבר סופה וקיבוץ כרם שלום. בהתקפה נהרגו 2 חיילי צה"ל וחייל שלישי, רב"ט גלעד שליט, נחטף. שלושה מחבלים נהרגו בתקרית. כוחות צה"ל נכנסו לרצועה והחלו בחיפוש אחר החטוף. באותו הזמן נחטף אזרח ישראלי נוסף בשומרון, ושלושה ימים לאחר מכן התגלה ירוי סמוך לרמאללה.
בעקבות חטיפת החייל גלעד שליט והמשך ירי הקסאמים אל עבר ישראל, פתח צה"ל במבצע גשמי קיץ להשבת החייל החטוף והפסקת ירי הקסאמים. המבצע נפתח ב-28 ביוני 2006 בסדרת תקיפות אוויריות על רצועת עזה וכניסה מוגבלת של כוחות יבשה לפאתי הרצועה. לאחר ירי קסאם לעבר מרכז אשקלון פתח צה"ל במבצע אלוני הבשן בצפון הרצועה. ב-6 ביולי נכנסו כוחות יבשה לאזור בית חאנון, בית להיא ואל-עטטרה וניהלו חילופי אש כבדים עם המחבלים. לכל אורך המבצע, נכנס ויצא צה"ל מן הערים למבצעים ממוקדים יחד עם התקפות חיל האוויר. ב-17 באוקטובר פתח צה"ל במבצע פרי סחוט בו נכנסו כוחות צה"ל לציר פילדלפי וחשפו 13 מנהרות להברחת נשק. ב-1 בנובמבר פתח צה"ל במבצע ענני סתיו בבית חאנון בו נהרגו 68 פלסטינים. ב-8 בנובמבר פגע מטח פגזי ארטילריה תועה בבית חנון והרג 19 פלסטינים. ב-26 בנובמבר 2006 הסכימו שני הצדדים על הפסקת אש הדדית שכללה הפסקת ירי קסאמים ונסיגת צה"ל מרצועת עזה. השקט היחסי נשמר, אך ירי הקסאמים לא הופסק.
חודש יולי היה החודש הקטלני ביותר עבור הפלסטינים מאז מבצע חומת מגן באפריל 2002. לטענת "בצלם", 163 פלסטינים נהרגו ברצועת עזה בחודש זה, מתוכם 78 פלסטינים שלא השתתפו בלחימה בזמן שנהרגו, ובהם 36 קטינים ו-20 נשים. על פי צה"ל, עד ספטמבר נהרגו 208 מחבלים ורק 16 עוברי אורח שלא השתתפו בלחימה. במבצע נהרגו 3 חיילים ישראלים, 2 אזרחים ישראלים (מרקטות קסאם), 270 מחבלים פלסטינים ו-116 אזרחים פלסטינים לא מעורבים.
העימותים הפנים-פלסטיניים.
לאחר ניצחון חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני (ינואר 2006), הלכו והחריפו העימותים הפנימיים ברשות הפלסטינית. בחודשים הראשונים של אותה שנה המאבקים נותרו בעצימות נמוכה, ולאחר חטיפת גלעד שליט ומבצע גשמי קיץ הם פסקו כמעט כליל. עם זאת, אחרי סיום מבצע גשמי קיץ העימותים בין חמאס לפת"ח החריפו שוב, על רקע מאבקי סמכויות בין הנשיאות (המזוהה עם פתח) לממשלה (המזוהה עם חמאס), כישלון במגעים על הקמת ממשלת אחדות, וריבי חמולות מקומיים ברצועת עזה.
ב-29 בינואר 2007 ביצע הג'יהאד האסלאמי, שלא היה מעורב בעימותים, פיגוע התאבדות באילת בו נרצחו 3 ישראלים.
ב-8 בפברואר הוכרז על סיומם רשמי של העימותים האלימים, בוועידת פסגה במכה בהשתתפות המלך עבדאללה הסעודי, אבו מאזן וח'אלד משעל. בפגישה הוסכם על הקמת ממשלת אחדות פלסטינית. ממשלת האחדות הושבעה בפועל ב-17 במרץ 2007. למרות זאת, המשיכו העימותים, ברמת עצימות נמוכה יותר.
ב-15 במאי 2007 התחדשו העימותים בעצימות גבוהה. בלילה שבין 15 במאי ו-16 במאי ירו מחבלי חמאס כ-19 רקטות קסאם לעבר שדרות כדי לנסות ולהסיט את תשומת הלב מהעימותים הפנימיים. ב-16 במאי נורו למעלה מ-25 רקטות קסאם אל עבר שדרות וגרמו לפצועים. ב-19 במאי נורו 16 רקטות, וקצב דומה נשמר גם בימים שלאחר מכן. מירי הרקטות נהרגו 3 אזרחים. מאות מתושבי שדרות, שהביעו מחאה על חוסר תגובה מצד הממשלה, עזבו ל"התאווררות" במימונו של ארקדי גאידמק ומאוחר יותר של משרד הביטחון. בעקבות הירי הכבד החליטה הממשלה לשבור את מדיניות ההבלגה ולחזור לתקיפות אוויריות וסיכולים ממוקדים. חיל האוויר הישראלי תקף מבני חמאס, מכוניות קסאם וחוליות שיגור. לטענת צה"ל, בתקיפות האוויריות נהרגו 40 מחבלים מהחמאס ו-4 מחבלים בכירים מהג'יהאד האסלאמי. בליל 23-24 במאי עצרו כוחות צה"ל והשב"כ 33 מחבלים מהחמאס ביהודה ושומרון. לפי דובר צה"ל, מאז 17 במאי נורו למעלה מ-200 רקטות אל עבר ישראל.ב-1 ביוני חיסלו מסוקי קרב של צה"ל את דובר הג'יהאד האסלאמי.
ב-9 ביוני 2007 ניסו מחבלים מהג'יהאד האסלאמי וגדודי חללי אל-אקצא לחטוף חייל סמוך למעבר כיסופים, כאשר השתלטו על עמדה נטושה בתוך ישראל, אליה הגיעו בחסות ג'יפ לבן שעליו רשום TV. בקרב בין כוחות צה"ל למחבלים נהרג אחד המחבלים וכלב של יחידת עוקץ, וניסיון החטיפה נכשל.
ב-11 ביוני התחדשו הקרבות בין פת"ח לחמאס. במהלך העימותים השתלט חמאס על רוב הרצועה, ציר פילדלפי, וחלק ניכר ממפקדות מנגנוני הביטחון הפלסטינים. הקרבות הסתיימו כעבור שבוע ובסיומם נהפך חמאס לשליט דה-פקטו של הרצועה. בתגובה, פירק אבו מאזן את ממשלת האחדות, הקים ממשלת חירום והוציא את המיליציות של חמאס מחוץ לחוק. מדינות העולם וישראל הגיבו בהפסקת החרם על הרש"פ ובכינוס פסגה מרובעת בשארם א-שייח' בה לקחו חלק אהוד אולמרט, אבו מאזן, חוסני מובארכ ועבדאללה מלך ירדן.
הרצועה תחת שלטון חמאס.
ב-25 ביוני 2007 שחרר חמאס קלטת שמע של גלעד שליט.
ב-27 ביוני נהרגו 11 פלסטינים, רובם מחבלים ובהם בכיר בג'יהאד האסלאמי, בתקיפות צה"ל ברצועה.
ב-5 ביולי בפעילות של צה"ל במרכז עזה נהרגו 11 מחבלים. ב-6 ביולי חשף כוח גדס"ר גבעתי 7 משגרי רקטות במטעים בבית חאנון.
ב-14 באוגוסט נהרגו 11–12 מחבלים מחטיבת ח'אן יונס של ה"מורביתון" ("הצבא העממי" של חמאס) במבצע ריח אורנים בח'אן יונס. במבצע השתתפו גדוד 51 של גולני, כוחות שריון והנדסה. במבצע נהרסו מספר בתים, נתפסה חגורת נפץ וכ-120 פלסטינים נעצרו לחקירה. למחרת איתרו כוחות צה"ל מנהרת טרור בבית לאהיא שיועדה לביצוע פיגוע חדירה באזור נתיב העשרה.
ב-6 בספטמבר סוכל פיגוע חטיפה סמוך למעבר כיסופים. חיל האוויר הישראלי פגע במשאית ומכונית פלסטיניות עמוסות במחבלים ומטעני חבלה וחיילי גולני הסתערו עליהם. בפעולה נהרגו 6 מחבלים. קודם לכן ובאותו יום נהרגו 3 מחבלים בח'אן יונס. ב-8 בספטמבר טענו הפלסטינים כי מסתערבים חטפו ברפיח את "אבו ח'אלד", מוהאווש נועימאת אל-קאדי, בכיר ב"כוח המבצעי" של חמאס שהיה מעורב בחטיפת גלעד שליט ויודע גם היכן הוא מוחזק.
ב-11 בספטמבר נפצעו 69 חיילים מפגיעת רקטות קסאם בבסיס הטירונות זיקים.
ב-19 בספטמבר 2007, בעקבות ירי הקסאמים המתמשך, הכריזה ישראל על רצועת עזה כעל "יישות עוינת לישראל", דבר המאפשר פגיעה באספקת החשמל והדלק לרצועה ונקיטת צעדים נוספים. בכך הפרידה ישראל בין החלק של הרשות הפלסטינית ביהודה ושומרון שבשלטון הפת"ח, לבין החלק של הרשות הפלסטינית ברצועת עזה שבשלטון חמאס.
באוקטובר 2007 נמשך ירי הקסאמים ופצצות המרגמה (בין השאר, מתוך בית ספר) והתגברה פעילות צה"ל בתוך הרצועה. בלחימה נהרגו 2 חיילים ישראלים ולמעלה מ-20 מחבלים פלסטינים. במהלך הפעילות נחשפו 7 מנהרות להברחת אמל"ח באזור נמל התעופה הבינלאומי יאסר ערפאת על ידי כוח מגולני והנדסה.
נובמבר 2007 המשיך בסימן ירי קסאמים ופצצות מרגמה, ומנגד צה"ל החל בתקיפת עמדות חמאס. בכיר בצה"ל העריך שמאז תחילת השנה האזרחית נהרגו ברצועה כ-250 מחבלים. כמו כן, החליטה ישראל על קיצוץ באספקת החשמל והדלק לרצועה, וניהלה על כך מאבק משפטי עקב עתירות לבג"ץ.
ב-15 בינואר 2008 הרגו כוחות צה"ל 15 מחבלים בפעילות בצפון הרצועה, בהם בנו של בכיר החמאס מחמוד א-זהאר. באותו יום נרצח בעין השלושה מתנדב זר בפיגוע ירי. בימים שלאחר מכן ירו מחבלים עשרות רקטות קסאם.
ב-23 בינואר 2008 פוצץ החמאס את הגדר שבין הרצועה למצרים באזור רפיח, והמעבר בין רצועת עזה למצרים נפתח באופן זמני לתנועה חופשית. מאות אלפי פלסטינים נהרו מרצועת עזה לרפיח המצרית. בישראל הביעו חשש מהברחת נשק, חומר נפץ ומחבלים מסיני למצרים וממעבר מחבלים מרצועת עזה שינסו לחדור לישראל דרך ציר ה-ח'.
ב-15 בפברואר 2008 נהרגו איימן אבו פאיד, בכיר בג'יהאד האסלאמי, ועוד 5 מבני משפחתו בפיצוץ בביתו שבמחנה הפליטים אל בורייג'. צה"ל הכחיש קשר למקרה.
הסלמה ומבצע "חורף חם".