פוקו היה עדיין בתוניס כאשר פרץ בצרפת מרד הסטודנטים במאי 1968. אחרי אירועי מאי החליטה הממשלה הצרפתית על הקמת ("Centre universitaire expérimental de Vincennes"). פוקו היה שותף להקמת המחלקה לפילוסופיה, ובדצמבר 1968 מונה לעמוד בראשה. יחד איתו הרצו במחלקה גם ז'יל דלז וז'אן פרנסואה ליוטר. רוב המרצים והסטודנטים היו שייכים לארגוני השמאל הרדיקלי, והפרובוקציות הבלתי פוסקות שעוררו חדשות לבקרים מנעו מהלימודים מלהתקיים כסדרם. כתוצאה מכך החליט משרד החינוך למנוע מהמחלקה להעניק תארים. פוקו השתתף באופן פעיל במאבקים, בהפגנות, התעמת לא אחת עם שוטרים, ואף נעצר. ב-23 בינואר 1969 חבר "רשמית" לשמאל הרדיקלי, כאשר הצטרף למחאה על הדיכוי האלים של הפגנת סטודנטים בסורבון, וסייע למרצים ולסטודנטים אשר כבשו את הקמפוס. פוקו, המזוהה כיום כפילוסוף פוליטי מרכזי, שהגותו השפיעה על המחשבה הרדיקלית, לא זוהה כלל עד אותם ימים עם מחנה השמאל; הוא הצטייר כהוגה שמרן ובורגני בעקבות הביקורת שהעביר על הפילוסופיה האקזיסטנציאליסטית, בשל העובדה שפרש בשלב מוקדם מהמפלגה הקומוניסטית - תוך הטחת ביקורת באידאולוגיה הקומוניסטית, משום ששימש במשך שנים כנציג הממסד התרבותי הגוליסטי ואף השתתף בגיבוש תוכנית הרפורמה הממשלתית במערכת החינוך בשנות ה-60 (תוכנית פוּשה), וכן בשל היעדרותו וחוסר מעורבותו באירועי מאי 1968.
כחודש אחרי ההשתלטות על הקמפוס בוונסן הרצה פוקו בפני האגודה הצרפתית לפילוסופיה, בבניין הקולז' דה פראנס, על השאלה מהו מחבר? ("?Qu'est-ce qu'un auteur"). בהרצאה בחן פוקו את תפקידיו של ה"מחבר" בתוך השיח, של הפונקציה הארגונית שלו כ"מסמן" ביחס לטקסטים: פוקו מראה עד כמה שברירית ונזילה מבחינה תאורטית וטכנית היא הקטגוריה של "מחבר" בתרבות המערבית; הפנייה למחבר, הוא טוען, הנה יותר מהפנייה אל אינדיבידואל פרטי; המחבר ממלא תפקיד ייחודי ביחס לטקסט - תפקיד מסווג; הוא מאפשר לאסוף ולקבץ יחד מספר טקסטים, מאפשר לתחום אותם; ובנוסף, שם המחבר מתפקד כמאפיין של צורת-קיום מסוימת של שיח: "העובדה שלשיח כלשהו יש שם של מחבר, שאפשר לומר 'זה נכתב בידי זה' או 'זה המחבר של זה', מצביעה על כך שהשיח הזה אינו דיבור יומיומי, זניח, דיבור שמסתלק, שצף ועובר, איננו דיבור שמתכלה מיד, אלא שהוא דיבור שחייב להיקלט ברמה מסוימת, וזכאי למעמד מסוים בתרבות נתונה". האירועים הפוליטיים שטלטלו את צרפת באותה תקופה הביאו את הנוכחים לפתוח בדיון סוער על יכולתה של תאוריה בכלל, והתאוריה הסטרוקטורליסטית בפרט, לפעול בזירה הפוליטית.
כהונתו של פוקו בוונסן הייתה קצרת ימים, שכן ב-1970 הוא נבחר לכהן בקולז' דה פראנס, המוסד האקדמי היוקרתי ביותר בצרפת, שם קיבל את הקתדרה להיסטוריה של מערכות חשיבה.
ארגון מידע על בתי-הסוהר.
המעורבות הפוליטית של פוקו גברה לאחר הצטרפותו של דפר לתנועות שמאל מאואיסטיות. מעורבות זו חרגה מהשתתפות בהפגנות וחתימה על עצומות; בעקבות שביתת רעב של כמה מיליטנטים מהקבוצה, בניסיון להשיג מידע על מצבם של אסירים פוליטיים שנעצרו במהלך פעילויות השמאל השונות, ייסד פוקו את "ארגון מידע על בתי-הסוהר" שמשימתו הייתה להשיג ולהפיץ מידע על מצוקת האסירים הקשה בבתי-הסוהר הצפופים של צרפת, ולהעמיד את הנושא במרכז סדר היום הציבורי. פוקו ערך מסיבות עיתונאים, פרסם עלונים והודעות לציבור, ארגן הפגנות ופעולות מחאה וניסח שאלונים אותם חילק לבני משפחה של אסורים בשערי בתי סוהר בצרפת, כדי להשיג מידע על תנאי המאסר.
פוקו תרגם את התנסותו גם לתובנות הגותיות; פוקו הבין שהתאוריה החברתית שלו היא סוג של פעולה פוליטית כשלעצמה, באשר היא מערערת על הסדר הקיים, או לפחות חושפת את יסודותיו ומראה את נקודות התורפה שלו. התנסותו הפוליטית הישירה תורגמה לחשיבה על מנגנוני הפיקוח והענישה בחברה המודרנית בכלל, אותה סיכם בספרו לפקח ולהעניש ("Surveiller et punir") מ-1975. העניין שמצא בחקר מערכת הענישה והפיקוח היה דומה לעניין שמצא במחקריו על השיגעון; כמו בשיגעון, הקו המפריד בין האדם ה"נורמאלי" לאדם הכלוא אינו ברור כפי שניתן לחשוב. כמו בית המשוגעים והפסיכיאטריה, בית הכלא והקרימינולוגיה מפיקים ומגדירים - ולא רק תופסים וכולאים - את הסוטה והעבריין.
מעורבותו הפוליטית הישירה וחשיבתו הביקורתית על הפעולה הפוליטית הביאו את פוקו לנסח את מונח "האינטלקטואל הספציפי", לפיו תפקיד האינטלקטואל אינו לנסח תאוריות-על רחבות, אוטופיות וכוללות (כפי שהציעו תאוריות פוליטיות נוסח המרקסיזם, ובניגוד לדמות האינטלקטואל שייצג ז'אן-פול סארטר), אלא לפעול בתוך שדה המומחיות שלו, כדי לערער משטרים דכאניים מבפנים: "ניתוח הטכנולוגיות הפוליטיות, שבמסגרתו האינטלקטואל פועל בתוך מוסדות ומנסה לכונן אתיקה פוליטית חדשה על ידי קריאת תיגר על המשטר המוסדי של ייצור האמת. אקטיביזם פוליטי נעשה אפוא הניתוח הביקורתי של עימותים בתוך מגזרים חברתיים ספציפיים בלי להתיר לאינטלקטואל להתעסק בהרמנויטיקה אידאולוגית מגוחכת". הביקורת של פוקו אינה מכוונת כלפי פתרון-על מסוים, באשר הוא שגוי ודורש תיקון, אלא כלפי הרעיון של פתרונות-על בכלל. אי לכך אין ולא יהיה מצב אוטופי של שחרור או העלמות יחסי-כוח דכאניים בחברה, אלא רק מאבקים ספציפיים ותיקונים קמעוניים שישנו את מערך יחסי הכוחות בחברה נתונה.
פעילות פוליטית נוספת.
מעבר לעיסוקו בבתי-הסוהר היה פוקו מעורב בעוד מספר עניינים פוליטיים; בנובמבר 1971, בעקבות רצח של צעיר אלג'יראי בשכונת "גוט דור" (Goutte d'Or), ברובע ה-18 בפריז, הקים פוקו, יחד עם הפילוסוף ז'יל דלז, הסופר ז'אן ז'נה, הסופר והעיתונאי קלוד מוֹריָאק (Mauriac) והסוציולוג ז'אן-קלוד פאסֵרון, את "ועדת ג'לאלי" (על שם הצעיר שנרצח). אל פעולותיה חברו גם הפילוסוף ז'אן-פול סארטר, הזמר איב מונטאן וזוגתו השחקנית סימון סיניורה. הוועדה עסקה בעיקר בהגנה על זכויות המהגרים, ומעבר לארגון הפגנות, פתחה משרד בשכונה לשם מתן סיוע משפטי ומנהלי לתושבים.
בדצמבר 1972, בעקבות מותו בנסיבות חשודות של פועל אלג'יראי בתחנת המשטרה, הצטרף פוקו להפגנה בלתי-חוקית יחד עם עוד כמה עשרות אנשים. לאחר שהתעמת עם השוטרים נעצר פוקו ונלקח למסדר זיהוי בתחנת המשטרה. ב-1973 השתתף בייסוד היומון "ליברסיון", העיתון החדש של השמאל.
בספטמבר 1975 טס פוקו למדריד, יחד עם איב מונטאן, הבמאי קוסטה גברס, קלוד מוריאק ואחרים, כדי למחות בפומבי נגד גזר-דין מוות שנגזר על אחד-עשר איש, תחת שלטונו העריץ של פרנקו, ללא משפט הוגן וללא מתן אפשרות לנידונים להגן על עצמם. הקבוצה קיימה מסיבת עיתונאים בבית מלון במדריד, ובמהלכה התפרצו לחדר שוטרים בלבוש אזרחי שהורו למפגינים לא לזוז, אך לא עצרו אותם. פוקו התעמת בכוח עם השוטרים וסירב למסור להם את עלוני המחאה שהיו בידו. על העימות סיפר לאחר כמה ימים: "אני מניח שתפקיד השוטרים להשתמש בכוח פיזי. אל למי שמתנגד לשוטרים להניח להם לשמור בצביעות על הסתרת הכוח הזה מאחורי צווים להם צריך מיד לציית. עליהם להוציא אל הפועל את מה שהם מייצגים, להראות זאת עד הסוף". העיתונאים שהיו נוכחים נעצרו לבסוף, אך החבורה הצרפתית הוסעה לשדה התעופה, ולאחר חיפוש מקיף גורשה חזרה לפריז.
מחלוקת פוליטית בין פוקו ובין ידידו ושותפו לעשייה הפילוסופית והפוליטית, ז'יל דלז, הובילה להתרחקות ולניתוק הקשרים בין השניים. כאשר ביקש עורך הדין הגרמני של כנופיית באדר מיינהוף מקלט בצרפת ב-1977, לאחר שהואשם בארצו בשיתוף פעולה עם לקוחותיו, הגן פוקו על זכות ההגנה של עורך הדין והפגין נגד גירושו, אך סירב להגן על לקוחותיו, אותם ראה כטרוריסטים. זאת בעוד שדלז גינה את מערב גרמניה בכלל על פעולותיה ה"דיקטטוריות" נגד חברי הכנופיה. שני הפילוסופים כמעט ולא התראו עוד עד מותו של פוקו. כשהיה על ערש דווי ביקש פוקו לראות שוב את דלז, בו ראה את הפילוסוף המבריק ביותר בצרפת, אך הם לא הספיקו להיפגש.
לא אחת נכווה פוקו בשל פעילותו הפוליטית, כאשר עמדותיו לכאורה התבררו כמוטעות. במקרה אחד תמך במאבק שגוי נגד עורך דין ידוע שהואשם ברצח אכזרי של בת-פועלים ב-1972 (פרשת בּרוּיי-אַן-אַרְטוּאָה). פוקו לא הסתייג בצורה נחרצת מהמסע המתלהם שניהלו קבוצות שמאל מאואיסטיות נגד עורך-הדין, בו ראו אויב מעמד הפועלים שביצע "פשע בורגני". לבסוף דעך המאבק כשהתברר שעורך הדין חף מפשע.
המקרה הבולט ביותר שעליו הותקף פוקו לא אחת, היה תמיכתו הפומבית במהפכה האסלאמית האיראנית בשנת 1979. פוקו חתם מזה זמן רב על עצומות נגד הפרת זכויות האדם תחת שלטון השאה. היומון האיטלקי "Corriere della sera" הציע לפוקו ב-1977 לכתוב טור על המתרחש באיראן, ופוקו נסע בשליחות העיתון מספר פעמים לטהראן. קסמה לו האפשרות לצאת מהספריות ומהארכיונים אל המקום שבו מצטלבים אירועים ורעיונות. רוב האנשים עמם נפגש טרם נסע היו מקבוצות ההתנגדות החילוניות-ליברליות, אך באיראן גילה את הכמיהה לממשלה אסלאמית, אותה זיהה כרצון בפוליטיקה רוחנית, מהסוג שבאירופה היה קשה לדמיין באותה תקופה; פוליטיקה שמצליחה לחרוג מקטגוריות הפוליטיקה המערבית. ואולם, כאשר התברר כי המשטר הח'ומייניסטי העולה אכזרי ופוגע בזכויות האדם אף יותר מקודמו, הועלתה ביקורת נוקבת נגד פוקו. הפילוסוף ניסה לענות להתקפות נגדו במספר מאמרי-תשובה, אך לבסוף הביקורת והסרקזם שהופנו נגדו בעניין זה גרמו לו להימנע ממעורבות פוליטית ומכתיבה עיתונאית למשך מספר שנים.
קולז' דה פראנס.