עם צאתו לגמלאות בשנת 2003 הוא הקים, על פי פניית האוניברסיטה, את התוכנית ללימודי תואר שני ביישוב סכסוכים וגישור (תוכנית "אוונס"), בראשה הוא עומד גם כיום. בשנת 2008 הקים לצידה תוכנית אחות - התוכנית הבינלאומית ליישוב סכסוכים וגישור – המתנהלת באנגלית ומיועדת לסטודנטים מחו"ל.
במהלך השנים יער היה מעורב בפעילות ציבורית מגוונת במסגרת הקהילה האקדמית ומחוצה לה. בין השאר, הוא כיהן כיו"ר האגודה הסוציולוגית הישראלית, יו"ר האגודה הישראלית לקרנות מחקר מיסודה של קרן פורד, חבר הוועדה העליונה מטעם המל"ג למינויים והעלאות בדרגה במכללות, חבר ועדת המינויים העליונה באוניברסיטת ת"א, יו"ר הוועדה לקביעת קוד אתי לנבחרת ישראל בכדורגל, חבר במועצות האקדמיות של מכללות עמק יזרעאל ווינגייט, חבר הוועדה האקדמית במרכז לחיזוי טכנולוגי שליד אוניברסיטת תל אביב, יו"ר ועדת ההיגוי לחקר הנוער הישראלי מטעם קרן אברט, חבר בוועדה המייעצת לתכנון מדעי החברה במשרד המדע, וחבר הוועדה לייעוץ מדעי במשרד החינוך.
אפרים יער נשוי לגילה (לשעבר יקיר) ולהם 3 ילדים.
פעילות מחקרית.
מיון המועמדים לקורס הטיס בחיל האוויר הישראלי.
מחקרו הראשון של אפי יער נעשה במסגרת עבודת הגמר שלו לתואר השני שהוגשה בשנת 1963 לאוניברסיטה העברית. במסגרת העבודה הוא בנה מודל שנועד לשכלל את מיון המועמדים לקורס הטיס בחיל האוויר הישראלי כך שניתן יהיה לאמוד את סיכויי ההצלחה שלהם בקורס. המודל הועמד למבחן מעשי ולאחר שהוכיח את תקיפותו הוא שולב כאחד מכלי המיון המרכזיים למועמדים לקורס הטיס. בשנים בהן שירת במילואים הוא המשיך ושכלל את המודל. הרציונל העומד ביסוד העבודה ומסקנותיה הכלליות התפרסמו כמאמר שנכתב בשיתוף עם פרופ' משה ליסק, שהיה אחד ממנחי העבודה.
מחקריו על ארגונים, מקצועות ועבודה.
בעבודת הדוקטור אותה כתב באוניברסיטת מישיגן, הציג אפי יער גישה תאורטית חדשה למושג יעילות ארגונית (organizational effectiveness) ודרכי מדידתו. חלקה העיוני של העבודה פורסם בשלהי 1967 בAmerican Sociological Review, שהוא אחד מכתבי העת היוקרתיים ביותר בתחום הסוציולוגיה.
למאמר היה הד רב בדיסציפלינה ובמהלך השנים הופיע במספר רב של אסופות מדעיות בארצות ובשפות שונות. ב-2010 ראה אור כרך מיוחד המוקדש למאמרים החשובים ביותר שנכתבו בנושא של יעילות ארגונית מאז אמצע המחצית השנייה של המאה הקודמת והמאמר של יער הופיע בראש רשימת המאמרים המוקדשת לגישה שפיתח בנושא.
חלקו האמפירי של הדוקטורט התפרסם גם הוא בכתב עת מרכזי בתחום של ניהול (Administrative Science Quarterly).
בשנים שלאחר מכן המשיך יער לעסוק בחקר היבטים שונים של ארגונים תוך הרחבת נושאי המחקר שלו לעולמות הקרובים של תעשייה, מקצועות ועבודה.
מחקריו על הקיבוץ.
עם שובו ארצה ב-1967 לאחר סיום לימודיו בארצות הברית, פנה יער לחקר התנועה הקיבוצית אותה הכיר מקרוב. במסגרת מחקריו בתחום זה הוא בחן את הוויכוח שהתנהל באותה תקופה סביב העיקרון של "צדק הקצאתי" (distributive justice). על פי עיקרון זה צדק חברתי קיים כאשר תגמולים מחולקים בהתאם לתרומות של אנשים לחברה במסגרת התפקידים שהם ממלאים. השאלה שיער העמיד למבחן היא האם המקרה של הקיבוץ הוא חריג בכך שהוא פועל על פי העיקרון של חלוקת תגמולים שוויונית, בניגוד לעיקרון האוניברסלי לכאורה של צדק הקצאתי. המחקר שביצע העלה כי במישור של הקצאת תגמולים כלכליים, הקיבוץ אכן פעל לרוב בהתאם לעיקרון השוויון. עם זאת, במישורים של כוח וסטטוס חברתי, חלוקת התגמולים בקיבוץ תאמה את העיקרון של צדק חלוקתי. עם זאת, יער טען כי יכולתו של הקיבוץ לפעול ביעילות יחסית על בסיס של חלוקת תגמולים שוויונית במישור הכלכלי מותנית בכך שהוא יצליח לשמור על האופי ה"משפחתי" שלו, שכן רק במצב כזה הקצאה דיפרנציאלית של תגמולים חברתיים שאינם חומריים יכולה לשמש תמריץ יעיל למילוי תפקידים. מאידך, ככל שהקיבוץ יאבד את תכונותיו הקהילתיות, וישתלב יותר בכלכלה הישראלית, הוא יאלץ לאמץ את העיקרון של צדק חלוקתי גם במישור הכלכלי. עיקריו של מחקר זה פורסמו גם הם בAmerican Sociological Review.
במחקרים מאוחרים יותר נמצא כי השינויים המפליגים שחלו לאורך הזמן בחלוקת התגמולים ובמבנה הריבוד של הקיבוץ, כמו גם במעמדו בחברה הישראלית, עלו בקנה אחד עם השערותיו.
דפוסי מוביליות בחברה הישראלית.
במהלך שנות השבעים והשמונים הקדיש חלק ניכר מפעילותו המחקרית לבחינת דפוסי המוביליות של קבוצות מוחלשות בחברה הישראלית דוגמת יוצאי עדות המזרח. המחקר הראשון בנושא זה, בשיתוף עם פרופ' יצחק סמואל, בחן סוגיה זאת על בסיס השוואת מערכות החינוך בישראל וארצות הברית. ממצאי המחקר הראו כי למרות קיומם של הבדלים בדפוסי המוביליות שלהן, בשתי החברות יש למערכת החינוך השפעה שלילית על סיכויי המוביליות של הקבוצות המוחלשות בתוכן (מאמר זה פורסם גם הוא בAmerican Sociological Review).
על רקע המחקר דלעיל פנה יער לשאלה האם יוצאי עדות המזרח פונים למסלולי ניעות המאפשרים להם "לעקוף" את המכשולים העומדים בפניהם במערכת החינוך וההשכלה. בשלב הראשון בחן יחד עם תלמידו דאז, פרופ' משה סמיונוב, האם גם בישראל, כמו בארצות הברית, הספורט המקצועני משמש כמסלול ניעות חלופי לקבוצות אתניות המתקשות להשתמש בהשכלה כאמצעי לניעות חברתי. תוצאות המחקר הראו שהמקרה האמריקאי אכן תופס גם במציאות הישראלית, כאשר ענף הספורט שנבחר כמקרה בוחן היה הכדורגל, שהוא הספורט הפופולרי והמתגמל ביותר מבין ענפי הספורט בישראל.
בעקבות מחקר זה פנה יער לבחינה רחבה יותר של השימוש במסלולי ניעות חלופיים בקרב יוצאי עדות המזרח. תוצאות המחקר הראו כי בענפי המסחר והקבלנות, להם לא נדרשות בהכרח רמות גבוהות של השכלה פורמלית, לא זו בלבד שיש בהם ייצוג גבוה יחסית של מזרחים, אלא שהם מצליחים יותר מבחינה כלכלית מאשר עמיתיהם האשכנזים.
כשני עשורים מאוחר יותר יער שב ובדק, יחד עם עמיתו פרופ' יוסי שביט, האם דפוס זה של מוביליות חוזר על עצמו למרות השינויים המפליגים שחלו בחברה ובכלכלה הישראלית מאז תקופת המחקר הראשון. הממצאים הפעם הראו כי התופעה של מסלולי ניעות חלופיים היא הרבה יותר מורכבת מכפי שנמצא במחקר הקודם, אם כי השימוש במסלולים מסוג זה על ידי קבוצות מוחלשות עדיין שריר וקיים.
הקונפליקט הישראלי-ערבי והישראלי-פלסטיני.
בעקבות הסכם השלום בין ישראל למצרים פנה יער בראשית שנות השמונים לתחום מחקר חדש – הקונפליקט הישראלי-ערבי. המחקר, שנעשה עם פרופ' מיכאל ענבר ובשיתוף פעולה עם חוקרים מצריים – שיתוף שהיה ראשון מסוגו מבחינה היסטורית - בחן את עמדות הציבור הישראלי והמצרי כלפי הסכם השלום וכלפי טיב היחסים הרצויים בין שני העמים. תוצאות המחקר הצביעו, בין השאר, על א-סימטריות בשאיפות של הישראלים והמצרים לקיים יחסים קרובים במישורים החברתיים, כלכליים ופוליטיים, כאשר הישראלים שאפו לטפח יחסי קרבה הדדיים הרבה יותר מאשר מהשאיפות המקבילות של המצרים (פורסמו בכתבי העת Journal of Conflict Resolution ו-Comparative Political Studies).
בהמשך, בהשפעת החתימה על הסכם אוסלו, פנה יער לחקור את עמדות הציבור הישראלי כלפי הסכסוך הישראלי-פלסטיני. בהקשר זה הוא יזם יחד עם פרופ' תמר הרמן את פרויקט "מדד השלום" באמצעותו ניתן לעקוב באופן שיטתי אחרי התמורות בעמדותיו של הציבור הישראלי כלפי תהליך השלום והגורמים החיצוניים והפנימיים המשפיעים עליהן. המדד מתבסס על סקר שנערך מדי חודש בחודשו מאז יוני 1994 ועד הלום. על סמך סקרים אלה הם כותבים כל חודש את "טור מדד השלום" המתפרסם בשנים האחרונות ב"וואלה". בנוסף, כתבו יער והרמן על בסיס מדד השלום, בצוותא או בנפרד, ספרים ומאמרים רבים שהופיעו בכתבי עת ואסופות מדעיות.
מגמות בהתפתחות החברה הישראלית.
מאז ראשיתה של התנועה הציונית וההתיישבות היהודית שקמה בארץ בהשפעתה ובסיועה, חלו שינויים עמוקים במאפייניה של חברה הישראלית על היבטיהם השונים. יער ועמיתו ד"ר זאב שביט כתבו וערכו ספר שניתח מבחינה סוציולוגית-היסטורית את המגמות העיקריות המאפיינות שינויים אלה מראשיתה של התנועה הציונית ועד לראשית שנות האלפיים. הספר כולל 12 פרקים, שארבעה מהם נכתבו על ידי יער ושביט ושמונה מהם נכתבו בהנחייתם על ידי מומחים בתחומים שונים של החברה הישראלית.
בנוסף יער היה שותף לכתיבת שני ספרים שהוקדשו לבחינת עמדותיו של הציבור הישראלי כלפי הדמוקרטיה הישראלית וערכיה.
בחלק ממחקריו על המגמות הרווחות בחברה הישראלית עסק יער בשאלת "כור ההיתוך" העדתי. במחקר המרכזי שפרסם בנושא זה הוא ניתח את המאזן הכולל של תוצאות תהליך הקליטה של יוצאי ארצות המזרח התיכון מאז עלו ארצה בשנות ה-50 וה-60. המסקנה העיקרית העולה מהמחקר היא כי הטענה ש"רעיון כור ההיתוך" נכשל, כפי שהסיקו חוקרים רבים, נכונה רק בחלקה. במובנים מסוימים וחשובים אכן נראה שהרעיון לא הצליח ביותר. אולם במובנים אחרים, חשובים לא פחות, אפשר לקבוע, בפרספקטיבה של חמישים השנים שחלפו מאז אותה תקופה, כי "כור ההיתוך" נחל הצלחה רבה, ואולי אף רבה מאוד.
מחקרים בין-תרבותיים.
בעבודות מאוחרות יותר הרחיב יער את שדה המחקר שלו באמצעות ניתוח השוואתי של מערכת הערכים בחברה הישראלית ושל מערכות ערכים ב"אזורים תרבותיים" שונים ברחבי העולם בן זמננו. כך, לדוגמה, הוא בחן באיזו מידה ניתן לשייך את החברה הישראלית לקבוצת המדינות המערביות מבחינת מערכת הערכים המאפיינת אותה. את ממצאי המחקר, המראים שישראל אכן קרובה ביותר מבחינה זאת לחברות המערביות, הוא מייחס למורשת היהודית של החברה הישראלית, בעיקר האירופית, כמו גם למורשת של התנועה הציונית.