היבט מהפכני ויסודי אחר של התפישה הפרוטסטנטית היה ראייתה את תהליך הצידוק של האדם החוטא בפני האל (יוּסטיפיקציה) כפועל יוצא של "חסד אלוהים לבדו" (sola gratia) ובאמצעות "האמונה לבדה" (sola fide) מצד האדם. הרעיון פותח על ידי לותר ונמשך אצל כל הרפומטורים המרכזיים. הגישה הקלאסית בכנסייה הקתולית, שיוצגה על ידי הסכולסטים מאז סט. תומאס אקווינס, הייתה שלמעשים טובים יש חשיבות ניכרת בצידוק. הפרוטסטנטים, לעומת זאת, קבעו כי מעשים טובים אמנם ראויים ובעלי-ערך כשלעצמם אך אין להם שום משקל בתהליך זה, המתקבל אך ורק מכוח חסד האל ובאמצעות טהרת האמונה בכך – propter Christum per fidem, "על ידי המשיח, בעזרת האמונה". הצעד היחיד שהאדם החוטא והשפל היה יכול לעשות לקראת האל היה לקבל בכנות כי הבורא הוא זה שמושיע אותו, וכל היתר לא היה אלא תוצאה. נושא זה היה עניין לדקויות פרשניות מופלגות: הממסד הקתולי הדגיש בוועידת טרנטו שוב את עמדתו כי הצידוק אכן נובע אך ורק מחסד האל אך מעשים טובים מתחייבים לשם כך, וכי מי שטוען שהוא יכול להיוושע על ידי האמונה לבדה או לחלופין רק באמצעות מעשים וללא אמונה הוא כופר. גם הפרוטסטנטים נאלצו להבהיר כי יש חשיבות למעשים טובים ולמוסר (אם כי לא מבחינת תהליך הצידוק) ולגנות את אלו שסברו שדי באמונה בחסד המושיע כדי להיחשב נוצרים טובים.
הציר סביבו ניבעו ההבדלים היה בשאלת היכולת האנושית להגיע לצדקות פנימית ועל טבעו של החסד. ההשקפה הקתולית הבסיסית הייתה שבעזרת החסד האלוהי, האדם ספוג החטא משתנה בפנימיותו ונעשה טוב יותר, אך לותר והפרוטסטנטים דחו זאת. לשיטתם, החטא הקדמון השחית את הטבע האנושי עד כדי כך שכל מעשיו היו בחזקת חטא והמקור היחיד לטוב היה האל. הצדקות שבאדם יכלה לנבוע אך ורק מהבורא והייתה זרה וחיצונית (iustitia aliena) במהותה; החסד היה שייך כל כולו לשמים ולא יצר שום טוב פנימי בתוך הנבראים, עניין שהרבו להדגיש. רעיון זה השתלב עם דחיית כל ההבנה הקתולית לגבי טבע הצידוק בחיים ובמוות. הכנסייה ראתה את האדם כצובר נקודות זכות במעשים טובים ובציות לאורך שנותיו ומתמרק בהדרגה מחטאיו, המולדים והנרכשים – ואם היה בכך צורך, גם סובל ומתענה לזמן קצוב בפורגטוריום לאחר מותו, אם לא התנקה מהם בחייו – עד שהיה טהור מספיק להיות מוכר כראוי להיכנס לגן העדן. לותר וממשיכיו ראו את בן האנוש כבעל מהות דואליסטית: ספוג לבלי כפרה בחטא מטבע היותו וללא יכולת להשתחרר מכך בשום מעשה מצדו, ומאידך יכול ונצרך להיצדק מלכתחילה מתוקף חסדו המיטיב של ישו, אם האמין בו. עבור הפרוטסטנטים, הצידוק לא התרחש בסוף החיים או לאחריהם אלא היה תנאי מוקדם ומתת אל שניתנה מראש. מעשים טובים לא היו תנאי או אמצעי להשיגו, אלא פועל יוצא שהתאפשר רק כי האל חמל על מאמיניו ומתוך חסדו שבא עדיהם יכלו בכלל להיטיב.
הסתכלות זו הייתה גם מלאת תקווה, שכן בניתוח הפרוטסטנטי של תהליך הישועה, מסורת הכנסייה קבעה שטוב אלוהי חודר אל הנשמה ומתערבב בה. לכן, לפחות בראיית הרפורמטורים, נותר ספק באפשרות להיצדק שכן רוע האדם ושפלותו לא אפשרו לו להשיג את הכרת האל ויראתו בשלמות. דווקא ההפרדה בין הטבע האנושי הפסול ללא תקנה והחסד האלוהי המתקן והזר לו אפשרו להבטיח כי גם החוטא הנקלה ביותר (ובעיניהם, כל אדם היה כזה במעמקי ישותו) יוכל להיוושע אם יפנה אל האל. לותר עצמו גיבש השקפה זו מתוך מצוקתו האישית, כשהגיע למסקנה שלעולם לא יוכל לכפר על כל חטאיו המרובים במעשים טובים, בתפילות ובסיגופים וכל היוצא בזה, וכי אף בן-אנוש לא היה מסוגל לכך.
לרעיון הצידוק באמצעות האמונה לבדה היו השלכות מעשיות ורוחניות נרחבות. כבר בתחילת הרפורמציה, הקביעה שמעשים טובים ופעולות גשמיות למיניהם אינם אלא מחווה אנושית ריקה מתוכן אפשרה לקרוא לפירוק המנזרים – ששוכניהם היו נתונים באורח חיים מחמיר שהוקדש לעשייה כזו – ולביטול רבים מהליכי הכפרה שהיו שגורים עד אז כמו וידויים וצומות. לדוקטרינה הייתה השפעה עמוקה ומתמשכת על הפילוסופיה האירופית, והיא תרמה תרומה מרכזית לדגש המתחזק על היחיד הסובייקטיבי, שאמונתו כלפי פנים ולא מעשיו המדידים הושמו במרכז. מהלך זה הוביל בעקיפין גם לנאורות עצמה ולתפישות מודרניות שצמחו אתה ואחריה. ז'אן קלווין ותלמידיו הקצינו עוד יותר מלותר וקבעו שגם האמונה עצמה היא מתת אלוה ולא יכולה לנבוע מתוך בחירה חופשית והטבע האנושי. מכך ובניגוד מסוים ללותרניזם נבע עקרון הגזרה הקדומה והבחירה מראש החמור במשנת הקלוויניזם, לפיו האדם אמנם אחראי ומחויב להאמין אך אלוהים בחר ממילא את אלה שיושיע בטרם היות העולם ורק בהם תתעורר האמונה הראויה.
כהונת כל המאמינים.
ההדגשה על הישועה באמצעות החסד, המגע הישיר עם ישו עצמו וסמכות הכתבים לבדם כולם היוו הצדקה לאחד מהעקרונות המארגנים המרכזיים של הפרוטסטנטיות – שלילת ההבחנה בין הכמרים שנסמכו להמון המאמינים והקביעה כי לפחות ברמה האידיאלית, כל נוצרי היה יכול וראוי להיות שווה לכל היתר ומעין איש דת לעצמו. ללא מסורת ותקדימים מחייבים ועם ההצהרה שניתן היה לפרש את המקרא מתוכו, לא היה צורך במבנה כנסייתי מוסדר שיספק ביאור מוסמך לכתבים; מאחר שהצידוק בפני האל נקנה בזכות החסד ומעשים טובים לא הועילו בעדו, אורח החיים של הנזירים ואנשי הכמורה היה חסר תועלת ומיותר; ובברית החדשה, כפי שציינו הרפורמטורים, היו יחסים חופשיים בין ישו לשליחיו ותלמידיו ולא הוזכרו נדרים, מסדרים והיררכיה. לבסוף, לותר, קלווין והאחרים לא הכירו בטרנסובסטנציאציה ובכך שהלחם והיין בסעודת האדון הופכים באמת לבשרו ודמו של ישו, והשתתפות הכומר בטקס מרכזי כל כך המגלם את הקרבן הפכה לסמלית יותר מאשר לחיונית. בהשראת ציטוטים מן הברית החדשה כמו (הראשונה לפטרוס, ב' ט') קבעו הרפורמטורים כי מכל הנוצרים צופה להשתתף באופן מלא בחיי הדת וליטול אחריות על עצמם וחבריהם. הכנסייה הקיימת הייתה, לכן, השחתה וסילוף.
לרעיונות אלה היו השלכות מרחיקות לכת באופן פוטנציאלי, ונגנזה בהם האפשרות להעביר לידי האדם הפרטי את ההכרעה בחיי הדת בפועל. אך הן ראשוני הרפורמציה והן ממשיכיהם בדורות הבאים לא חשבו כלל במונחים כאלה והוסיפו לעמוד על הצורך בהנהגה רוחנית ובהיררכיה מסוימת. אף הכיתות הפרוטסטנטיות הקיצוניות ביותר, בהן בוטל בלהט קנאי כל דבר שדמה לטקס סמיכה לכמרים ובידול כלשהו בינם למאמינים, נדרשו למשמעת וסדר כדי לקיים חיי קהילה והעבירו את ממשלתם לידי מועצות זקנים קרואים. ברבות מהכנסיות הממסדיות יחסית, בייחוד הלותרניות, נותרה על כנה אף דרגת הבישוף כערכאה שהסכמתה נדרשה למינוי ואשרור אנשי דת – אם כי לעיתים קרובות הופקע הצורך בשימור שלשלת הסמיכה מן השליחים עליה מתבססת הלגיטימציה של ההיררכיה הקתולית, לפעמים מטעמים אידאולוגיים (במסורת הקלוויניסטית נשללה הבישופות עקרונית באופן נחרץ) ותכופות בשל הדחת הכמרים הסמוכים שכיהנו טרם הרפורמציה.
ההשקפה הלותרנית פתרה את המתח המובנה בין צורך במשמעת וסדר לבין יסודות הפרוטסטנטיות כשקבעה כי המבנה הכנסייתי המשוכלל הישן אמנם נעדר ביסוס בכתבי הקודש, אך הם כן ציינו בבירור כי יש צורך במי שעליהם לְהַשְׁמִיעַ אֶת־הַבְּשׂוֹרָה ולהטיף; גם קלווין, עוד בספרו "מוסדות הדת הנוצרית", קבע כי הכרח שיהיו אדוקים מלומדים שיפיצו את האמונה וידחקו באחיהם לשמור עליה. רוב הזרמים הפרוטסטנטיים הלכו בעקבותיהם. אך תוארם והגדרת תפקידם של הסמוכים לשירות כזה שונו תכלית שינוי: במסורת הקתולית הכומר הוא "כוהן" (presbyter) שתפקידו חיוני ונובע מסמיכת הממסד, ובפרוטסטנטיות הוא "קרוא" או "משרת העדה" (minister) שנצרך מכוח למדנותו והכריזמה שלו ותפקידו בעיקר לפנות אל הקהל. אחד הצעדים השטחיים אך המפורסמים והבולטים שנבעו מכך היה ביטול האיסור על אנשי דת להינשא שהכנסייה ניסתה לאכוף (במידות שונות של הצלחה) מאז ועידת לטראנו הראשונה ב-1123. צופה מכמרים פרוטסטנטיים להתחתן ולהקים משפחות. כמו כן, הדרשה היא הפעילות החשובה ביותר שנועדו לבצע.
באופן כללי, הרפורמציה וענפיה יצרו שוויון רב יותר בין הכמרים לעדתם, נתנו לאחרונה משקל גדול הרבה יותר בהתנהלות הכנסייה והכירו בחשיבות התודעה הדתית הפרטית, אך בכל זאת שימרה בידול בין אנשי דת מלומדים ליתר. בזרמים הרדיקליים צומצם זה למינימום, בעוד שבשמרניים קיימת היררכיה מפותחת. ברמה המעשית והפוליטית, רעיון "כהונת כל המאמינים" אפשר את פירוק הממסד הכנסייתי מעושרו וכוחו וביטול הכפיפות לאפיפיור ולרומא לטובת ציבור המאמינים מחד ורשויות המדינה החילוניות מאידך. השלכה אפשרית נוספת של עקרון "כהונת הכל" שלא עלתה בראשיתו הייתה יישומו גם לגבי נשים, נקודה שתאולוגיות פמיניסטיות עמדו עליה רבות במאה ה-20. עוד במאה ה-17 התירו הקווייקרים לנשים להטיף ובמהלך המאה ה-19 החלה הסמכת נשים לכמורה. הנושא היה ועודנו שנוי במחלוקת עזה, אך כיום רוב קטן מקרב הזרמים הפרוטסטנטיים מסמיך נשים.