התיעוד הקדום ביותר הידוע לגבי נתוני אדמת האזור ומאורעות שונים בו, הוא מתקופת שושלות מינג ו-טאנג. התיעוד המערבי הידוע הראשון הוא משנת 1883 על ידי המיסיונר החוקר והבוטנאי הצרפתי פר ז'אן מארי דלאווי אשר שהה תחילה בדרום-מזרח סין במחוז גְוָאנְגְדונג ולאחר מכן עבר לעיר קונמינג במחוז יונאן, והיה המערבי הראשון שחקר את התחום, וכן לאבחן ולאסוף בו אלפי מיני צמחים כאשר ביניהם רבים אשר הציג לראשונה בצרפת ותרמו בכך לחקר מוזיאון הטבע בפריז. בעקבות דלאווי באו מספר בוטנאים נוספים לתור וללקט באזור. מחקרים רבים של האזור מסוף המאה העשרים ועד היום נעשו על ידי האקדמיה הסינית למדעים, אוניברסיטת בייג'ינג ומכון קונמינג לאקולוגיה, לצד חוקרים רבים אחרים לרבות משלחות ממכוני מחקר במדינות אחרות.
ניהול.
התחום כולו מוגן בשלוש מסגרות מנהלתיות: מחוזית, לאומית ועולמית. זאת כאשר התחום הוא באחריות "משרד ההנהלה של אתר הנוף והתרבות של שלושת הנהרות המקבילים במחוז יונאן" אשר כפוף ל-"משרד השיכון והפיתוח העירוני-כפרי של סין" לצד תוכניות שימור ומעורבות של ארגון אונסק"ו העולמי. מועצת מחוז יונאן החלה במהלך שנות השמונים של המאה העשרים לתחום שמורות וגנים מחוזיים תחת דרגות שונות של כללי שימור בהתאם לרגישות הטבעית והביולוגית של אזורי הנוף השונים בתחום. ממשלת סין החלה להיות מעורבת בהמשך שנות השמונים עם הגדרת הגנים והשמורות כלאומיים. ארגון אונסק"ו הצטרף בתחילת העשור הראשון של המאה ה-21 לצד הרחבת תוכניות עם הגברת פעילויות להגנת הסביבה הטבעית וגם התרבותית, בבחינת דאגה לבני המיעוטים בתחום. בנוסף נכללים בתחום שלושה אזורי שיפוט מינהלי של מועצות עירוניות, לענייני תושביהן: הנציבות העירונית דִּיצִ'ינְג אשר מתפרשת בצפון-מרכז-מזרח התחום, הנציבות העירונית נוג'יאנג בדרום-מערב וחלק מעיר המחוז ליג'יאנג בדרום-מזרח.
מעמד.
תתי הרכס יוּ'נְלִינְג וגַּאולִיגּונְגּ, המהווים את תוואי מרכז ומערב התחום בהתאמה, היו הראשונים אשר בהם הוכרזו שמורות טבע וגנים מחוזיים ולאומיים. בתחילת שנות האלפיים החלה להתגבש תוכנית לתחימה כללית מוגנת של האזורים עם שטחי החיץ אשר ביניהם, אם כי עדיין ברמות הגנה שונות בהתאם לייחודיות ולרגישות השטחים השונים אשר נקבעו קודם לכן. במקביל להגנת האזור הכללית, הוכרז התחום במעמד אתר מורשת עולמית על ידי ארגון אונסק"ו בעיקר בהכרת ייחודיות נוף קניוני הנהרות החורצים את פני ההרים במקביל על פני ובינות כל האזורים המוגנים אשר גם בעלי מגוון טבעי וביולוגי ייחודי, כפי שהסביר בהתאם לארבע דרישות המאפיינים אשר קבע להכרה באתרי מורשת עולמית טבעיים: פני התחום מבחינת מגוון גבהיו, מגוון סוגי האקלים שבו, היותו מפגש וגורם בהיווצרות צורות נוף המכתיבות שטחים המתפרשים ברחבי אסיה יחד עם מינרלים ומחצבים רבים, ומגוון החי המתקיים בו. כל מאפיין נקשר במאפיינים האחרים. בנוסף תיאר אונסק"ו בסעיף יושרה להכרת כל יחידות הנוף כאתר אחד, את פעילויות האדם הדומות והמשותפות ברחביהן מעל לאלף שנים אשר ליכדו אותן בתרבות אזורית אחת, תוך התייחסות ליכולת לחזק ולבסס אזורי גישור טבעיים באמצעות העברה והעשרה של אוכלוסיות בעלי חיים בנקודות הגבולות והחיץ שבין שתי יחידות נוף שונות, להגברת לכידות מערכת טבעית משותפת לאזור כולו וכן להגברת היושרה בהכרת אפיון מגובש של התחום.
להלן חלוקת יחידות הנוף לפי שטחי ניהול של שמורות וגנים בהתאם לסדר הכרזתם עד לפיתוח שימור התחום כולו:
פעילויות.
לצד מחקרי התרבות והטבע אשר החלו במאה ה-19 על ידי מערביים ונמשכים כיום בעיקר במחקרי הנתונים הטבעיים על ידי ממשלת סין, מתבצעים דיווחים ועדכונים טכניים מנהלתיים, דיווחים על שטחי המרעה ומיני החי המקומי והפולש לאזור עם נתוני אלו אשר בסכנת הכחדה ודיווחים על החומרים והמנהגים אשר משמשים את תושבי המקום כאמצעי רפואה מסורתית. דיווחים אלו נעשים על ידי מועצת סין לשיתוף פעולה בינלאומי בנושא פיתוח סביבתי ועל ידי קבוצת עבודת הביולוגיה-המגוונת הסינית. ממשלת סין השקיעה ומתכננת להמשיך להשקיע מיליארדי דולרים בהגנה ובפיתוח האזור.
מרבצי המינרלים והמתכות העשירים בקרקעות האזור המגוונות הביאו לפעילות כרייה נרחבת אשר הזיקה רבות לטבע באזור, והובילה להחלטת הממשל לסגירת מכרות. הזרימה השופעת ומקווי המים המרובים של שלושת הנהרות הביאו להצעות של חברות מקומיות לשלטונות בסין לפעילות יצירת אנרגיה הידרואלקטרית בהפקת חשמל מתנועת המים עם בניית סכרים. "IUCN"-"האיגוד הבינלאומי לשימור הטבע ומשאבי הטבע" סקר את האזור בשנת 2002 ללא ידיעה על תוכניות לפעילות זו. בשנת 2004 גילו IUCN ואונסק"ו על הצעות תכנון לבניית 13 סכרים לאורך יובל הנהר "נוּ-גְּ'יַאנְגּ" אשר תואר "כנהר הגדול האחרון הזורם בחופשיות" של סין ושל כלל דרום-מזרח אסיה, כאשר כמה מהסכרים בקו הזרם העובר בתחום השמור או בסמוך לו, ובעוד שפעילות זו תורמת לאוויר נקי יותר באמצעות הפקת חשמל שאינה מזהמת, דיווחו הארגונים המפקחים הבינלאומיים על נזקי הבנייה העתידיים לרבות פגיעה בקצב ובאיכות זרימת המים בתחום לצד פגיעה גדולה בדריסת שטחי הצמחייה ושטחי החי עם בניית כבישים, דליפה של חומרי בנייה כגון שמני דלק לקרקע המערכת הטבעית הרגישה, נוכחות גדולה של אנשים עובדים ועקירת תושבים מקומיים של קבוצות מוצא ייחודיות כדבר אשר יפגע גם בתרבות האזור. בנוסף לכך התריעה על פגיעה בסביבות הטבעיות של המדינות הגובלות בסין מדרום אשר אליהן ממשיך הזרם. בשנת 2005 גברו חששות הגופים הבינלאומיים בעקבות חששות ודיווחי תושבים, פעילי סביבה ואנשי אקדמיה בסין על התקדמות פעילות הסכרים וכן מידע שטרם אומת לגבי בנייה נוספת גם בערוץ הטיגריס המזנק בצפון-מזרח התחום, בעוד ממשלת סין טרם מסרה למזכירות אונסק"ו דיווח ועמדה ברורים שלה בנושא. ואולם, אומת ביצוע והתקדמות בניית הסכר "לְיוֹ קוּ" על יובל נוּ-גְּ'יַאנְגּ בתוך התחום השמור. שלטונות סין נתבקשו למסור דיווח מפורט על הפעילות בתחילת שנת 2006 לצד החלטה לקדם מעורבות פיקוח-משלחת של IUCN ואונסק"ו בדבר יישום ההמלצות אשר נתנה הוועדה מטעמן לגבי פיתוח ושמירת האזור עוד בשנת 2003, עם תחילת מעורבותם הרשמית.
בשנת 2006 דיווחה ממשלת סין כי אין פעילות בניית סכרים בתחום השמור אך כי בסביבתו מתוכננות להיבנות 17 תחנות הפקה הידרואלקטרית עם פירוט מיקומיהן על פני שלושת הנהרות. במקביל יישמו IUCN ואונסק"ו את תוכניתם באמצעות משלחת שהגיעה לאזור למספר ימים, אשר לאחר מכן הגיעה למסקנות בדבר הגברת פיקוח פרטני - לכל אחד משמונה יחידות הנוף המוגנות, פעילות במספר מכרות קטנים המצויים בהר האדום אשר בצפון-מזרח התחום, נזק של מפעל לחציבת שיש, שיתוף פעולה עם סיוע של ארגונים חוץ-ממשלתיים וייעור אזורים. בנוסף דיווחה על הצורך לשנות את גבולות התחום כולל פיצול השטח השמור של הרי גאוליגונג במערב התחום על גבול מדינת מיאנמר, וכי באופן כללי הגבולות הנוכחיים של התחום אינם ברורים יחד עם חוסר בתיחום של שילוט ואמצעים אחרים, תוך בקשה משלטונות סין להגיש בשנת 2007 דו"ח על המשך פעילות בניית הסכרים, על גבולות טבעיים בין שטחים מסוימים, על פעילות מכרות וצורך בהגברת תקציב ממשלת סין לממשל מחוז יונאן וגופי פיקוח השמורות המקומיים בהגנת ופיתוח האזור. בשנת 2007 דיווחו הגופים המפקחים בסין כי הם עוד בוחנים את פני השטח לקביעת גבולות התחום. ממשלת סין דיווחה כי מדענים מצאו משאבי מינרלים רבים על שטחים גדולים עד בינוניים בתחום ובסביבתו, עם איסורה על פעילות כרייתם בתחום וכן קיום חוקי פיקוח לגבי פעילות זו בסביבתו כך שלא תסב לו נזק, אולם כי גם בתחום קיים שטח גדול תחת זכויות בעלות מסוימות של קבוצות תושביו המקומיים עם פעילויות כרייה בלתי חוקיות בסדרי גודל קטנים, אשר השלטונות המקומיים מטפלים בסגירתן.
בשנת 2008 כבר דיווחו השלטונות על סגירת 146 ממכרות קטנים אלו בתוך התחום, ובשנת 2010 דווח על איתור וסגירת כל המכרות בתוך התחום. באותה שנה הציגו שלטונות סין מסמך-ניסוח שלהם להצהרה על האתר כבעל ערך עולמי יוצא דופן והגיעו למסקנות המתבקשות בבחינת השטח הטבעי עם הצעה לשינויים קלים בגבולות שמורות רכסי ההרים כגבול התחום לרבות הגדרת אזורי חיץ ואכלוסם בחי וצומח אשר יגשרו ביניהן. רוב ההצעות לשינויי הגבול, פרט להצעה להוסיף שלושה אזורים להרחבה, אושרו על ידי אונסק"ו. אולם, כך גם הודגשו כעת מכרות נוספים בסביבה - גדולים וחוקיים עם פעילותם אשר החלה והתאפשרה טרם הגדרת האזור כאתר מורשת ובהיותם מחוץ לתחום, אשר כעת ניכרו כקרובים יותר לאזורים הרגישים. IUCN סייר עוד בשנת 2009 בכמה ממפעלי כרייה אלו ודיווח עליהם כמזיקים לתחום וכי יש לזרז את הטיפול בבעיה.
תוכניות הגנה נוספות מבוצעות במניעת נזקי מחיית האדם באזור - אוכלוסייה ותיירות. ממשלת סין וממשלת מחוז יונאן החלו ביישום תוכניות עקירת תושבי אזורי הליבה המוגנים בשנת 2000. עד לשנת 2003 הועברו משבעה אזורים עיקריים בתחום כ-36,000 אנשים מ-9,000 בתי משפחות לערך, כאשר 1,500 מהבתים נעקרו מאזורי הליבה המוגנים והשאר מאזורי החיץ בתחום. למרות ריחוקו היחסי של התחום מדרכים ראשיות, מגוון נופיו מושך יותר ויותר תיירים בחלוף הזמן כמו גם לפי נתונים שנאספו בין השנים 1999-2001, וממשלות סין ויונאן סגרו מפני תיירים אזורים רגישים ביותר ומגבילות בצורה מחמירה את מספר המבקרים המותר ואת שעות הביקור לצד איסור פעילויות רבות בשמורות נוספות. במקביל קיימות תוכניות לשימורי כפרים מסוימים כמוקדי תיירות נוספים למבקרים ולרווחת ופרנסת המקומיים.
האספה המכוננת הרוסית