לאחר שעבד קשה להביא את זאכרי טיילור לנשיאות, באופן טבעי ציפה לינקולן לקבל עמדה מנהלית בעת הפצת המשרות הממשלתיות - אשר, על פי המערכת הפוליטית הקיימת, ניתנו לרוב ללחברי מפלגה נאמנים. הציפייה הגדולה ביותר של לינקולן הייתה מינויו הנשיאותי לנציב משרד הקרקעות בוושינגטון. עמדה זו פיקחה על סקרי קרקעות, מכירת קרקעות פדרליות לגופים פרטיים, מענקי ביצות ואישור בניית מסילות ברזל, ואף קבעה את גבולות הטריטוריות החדשות שסופחו בהסכם גואדלופה אידלגו. זה היה תפקיד בעל השפעה שעמד בראש סדר ענייניו של לינקולן. עם זאת, הוא לא היה הפוליטיקאי היחיד מטעם המפלגה הוויגית שחשק בתפקיד ואפשרות המינוי זלגה מידיו בתוך מספר שבועות. אל מול זאת, ללא תוצאות מיטיבות, החל לינקולן לחפש תמיכה בקרב חברי מפלגה שונים. חבר הקונגרס מוזס המפטון מפנסילבניה, שאיתו כיהן לינקולן בקונגרס השלושים, היה מבין חברי המפלגה אליו פנה. במכתבו, ביקש לינקולן מהמפטון לפנות לנשיא עצמו בדבר שקילת המינוי שלו לנציב משרד הקרקעות. הנשיא טיילור הציע ללינקולן את מושלות טריטוריית אורגון שחולקה בידי ממשל פולק בין ארצות הברית והאימפריה הבריטית (קולומביה הבריטית). עקב הריחוק של אורגון ממרכזי האוכלוסין של ארצות הברית וההשפעה המינורית שלה על הפוליטיקה הלאומית, לינקולן סירב להצעת המינוי.
לאחר שהמליץ על מועמדים שונים למשרות בממשלה והמלצותיו לא התקבלו, הוא נוכח בהשפעתו המעטה. בעקבות כך חזר לעבודתו המשפטית בספרינגפילד שבאילינוי. בהמשך, השטחים שסופחו מידי מקסיקו גררו מאבקים פנימיים בתוך הקונגרס כאשר עלו מצד הדרישות להפוך אותם למדינות חופשיות מחד והטענות להפוך אותם למדינות עבדים מאידך. מצב פוליטי מעורער זה גרר אחריו את פשרת 1850, שקבעה את גבולותיה של טקסס ואת היותה מדינת עבדים וקבע את גבולותיה של קליפורניה ואת היותה מדינה חופשית.
בעקבות הסערה הגדולה שהתעוררה לאחר שהתקבל חוק קנזס נברסקה, שביטל את פשרת מיזורי והתאים לעניינם של תומכי העבדות, החלו המפלגות הגדולות להתפורר. אלפי דמוקרטים עזבו את מפלגתם באכזבה, והמפלגה הוויגית חדלה כמעט להתקיים כגוף כל ארצי. באופן טבעי החלו מתנגדי העבדות להתאחד, ובפברואר 1854 התכנסה קבוצת וויגים, דמוקרטים, ואנשי שחרור בוויסקונסין שהכריזו על הקמת מפלגה חדשה שתתנגד להתפשטות העבדות אם החוק החדש יקבל תוקף. ביולי התקבל השם "המפלגה הרפובליקנית" על ידי אספת המונים במישיגן. מצעה התבסס על עקרונותיו של תומאס ג'פרסון ושמה של המפלגה נבע משם מפלגתו של ג'פרסון; "המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית".
אחרי שהתקבל החוק ובתקופת המאבקים על החוקה בקנזס הרבה לינקולן לחשוב ולעסוק בסוגיית העבדות, הוא קרא ביסודיות את הוויכוחים בקונגרס, בדק בספרים, ורשם רשימות שנועדו לשימוש מאוחר יותר. הוא חזר לפוליטיקה במטרה לעודד ולחזק את כוחות הוויגים והעמיד את עצמו כמועמד לבחירות הקונגרס. עתה משכו נאומיו תשומת לב יותר מאי פעם, והוא נעשה נואם מבוקש. הסנאטור סטיבן דאגלס, שתמך בעבדות, חזר לאילינוי על מנת לחזק את עמדתו ולהגדיל את תומכיו, אך הוא נתקל בהתנגדות ובהאשמות. הוא יצא לנאום בספרינגפילד כדי להסביר את עמדתו, ולינקולן, שהתנגד לחוק, נאם שם למחרת בתשובה לנאומו, דאגלס עצמו השתתף בנאום התשובה. אחר כך נאם לינקולן עוד נאום בפאוריה ובמקומות נוספים. נימוקיו, יושרו ויישוב דעתו גרמו לו להיעשות בעיני בני אילינוי מועמד טבעי להחליף את הסנאטור שילדס בוושינגטון הבירה. במערכת הבחירות לסנאט בשנת 1855 היו סיכוייו להיבחר מצוינים אך הוא נכשל, והוא שב לעבודתו המשפטית.
ב-1856 סייע לינקולן לארגון כנס של כל מתנגדי חוק קנזס נברסקה. חששו שמא יבואו רק מעטים מקרב המתונים שבמתנגדי העבדות – עליהם נמנה, התבדה, והתברר שכל הזרמים המתנגדים לעבדות יוצגו שם כראוי – וויגים, דמוקרטים, אנשי שחרור, ואחרים. הוא נאם שם את אחד הגדולים בנאומיו בדבר חשיבותה של אחדות הסיעות השונות למפלגה חזקה. דבריו היוו יסוד למצע המפלגה. כך נוסדה המפלגה הרפובליקנית באילינוי, כאשר לינקולן הוא מראשיה.
זמן מה אחר כך בחרו הרפובליקנים בג'ון פרימונט כמועמדם לנשיאות, אך לינקולן, שניסה להתמודד על משרת סגנו של פרימונט, לא נבחר, ולמועמד נבחר ויליאם דייטון. בבחירות נבחר יריבם הדמוקרטי ג'יימס ביוקנן. מאז 1854 הלך ונתפרסם שמו של לינקולן, והוא נעשה הפוליטיקאי הבכיר באילינוי, ועם התמודדותו למועמדות המפלגה לסגן הנשיאות נתפרסם שמו יותר ויותר.
במערכת הבחירות לסנאט יצא לשורת ויכוחים בסוגיית העבדות עם הסנאטור סטיבן דאגלס שהתמודד מולו, כשזה האחרון תומך בה ולינקולן מתנגד לה. ויכוחים אלו, שכונו עימותי לינקולן-דאגלס, פרסמו אותו ועשו אותו לפוליטיקאי ידוע ברמה הארצית, כס הנשיאות נעשה עתה בר השגה.
הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1860.
לקראת הבחירות לנשיאות בשנת 1860 הייתה המפלגה הדמוקרטית מפולגת. נציגי התנועה הרדיקלית בתוך המפלגה שאיימו בבדלנות אילולא תבוצע פשרה בנוגע לעבדות הקימו את "המפלגה הדמוקרטית הדרומית" בראשות ג'ון ברקינרידג', סגן הנשיא תחת ג'יימס ביוקנן. הדמוקרטים הנותרים, רובם מטעם הצפון, מינו את סטיבן דאגלס למועמד מטעמם לנשיאות. דאגלס תמך בעבדות אך הציע פשרה כדי להרגיע את הרוחות בין הצפון לדרום. תחת ברקינרידג' תחילה מונה בנג'מין פיצ'פטריק, סנאטור מאלבמה, למועמד המפלגה הדמוקרטית לסגן הנשיא. לאחר שפיצ'פטריק סירב לקבל על עצמו את המועמדות הוא הוחלף בהרשל ג'ונסון, לשעבר מושל ג'ורג'יה. ג'ונסון ודאגלס עמדו בראש "המפלגה הדמוקרטית הצפונית".
מצדה של המפלגה הרפובליקנית היו ארבעה מועמדים מטעם המפלגה לנשיאות. ויליאם סיוארד, סנאטור מטעם מדינת ניו יורק, סלמון צ'ייס, סנאטור מטעם אוהיו, אדוארד בייטס, לשעבר מייצב מיזורי בבית הנבחרים ולינקולן. לינקולן ייצג את העמדה המתונה אך הישירה בפנייתה נגד העבדות אשר הקנתה לו את רוב התמיכה האזרחית והביאה אותו להיות המועמד לנשיאות. לצדו של לינקולן נבחר האניבל המלין, סנאטור מטעם מיין, למועמד לסגן הנשיאות. במקביל, תומכים לשעבר של המפלגה הוויגית בראשות ג'ון קריטנדן הקימו את "מפלגת האחדות החוקתית" שנועדה לשמור על אחדות לאומית ומינו מטעמם את ג'ון בל, סנאטור מטעם מסצ'וסטס. במצע הבחירות הרפובליקני, לינקולן הבטיח כי אילולא ינצח לא יבטל לגמרי את מוסד העבדות. רבים בדרום לא האמינו לדבריו ולהבטחותיו וחששו מה יעשה להם אילולא אכן ינצח לינקולן. בעשר מתוך חמש עשרה מדינות העבדות אי אפשר היה להצביע עבורו, ובכל הדרום הוא זכה רק בשני מחוזות מתוך 996. הבחירות הללו כללו נאומים נרחבים של מועמדים כלפי קהלים ציבוריים כמו גם תמונות שצולמו בעיתונים של המועמדים לנשיאות בפעם הראשונה בתולדות ארצות הברית.
הבחירות התקיימו ב-6 בנובמבר 1860. במסגרת ההצבעה העממית קיבל לינקולן 1,865,908 קולות אשר היוו 39.8 אחוזים מכלל קולות הבוחרים. רוב מדינות הצפון היו מאוחדות בהצבעתן בעד לינקולן והמפלגה הרפובליקנית. אף על פי זאת, יריביו הפוליטיים של לינקולן היו מפולגים בהרבה ופיזרו ביניהם את ההצבעות של מדינות העבדות. 1,376,957 לדאגלס, 849,781 לברקנרידג' ו-588,789 לבל. אחוז ההצבעה היה 82.2%, כשלינקולן ניצח במדינות הצפון, וגם בקליפורניה ובאורגון. דאגלס ניצח במיזורי, וחלק את האלקטורים של ניו ג'רזי עם לינקולן. בל ניצח בווירג'יניה, בטנסי ובקנטקי, וברקנרידג' זכה בשאר מדינות הדרום. לינקולן זכה ברוב של 180 אלקטורים ואף על פי שדאגלס היה במקום השני בהתחשב בהצבעה העממית, היה זה ברקינרידג' בעל כמות האלקטורים השנייה בגודלה; 72.
תקופת הנשיאות.
משבר פרישת הדרום.
לאחר שניצח לינקולן בבחירות לנשיאות בשנת 1860, הוא היה לנשיא הראשון מטעם המפלגה הרפובליקנית. ניצחונו התרחש בזכות כוחו בצפון ובמערב המדינה - בעשר מתוך חמש עשרה מדינות העבדות אי אפשר היה להצביע עבורו, ובכל הדרום הוא זכה רק בשני מחוזות מתוך 996.
לאחר שהתברר כי לינקולן ניצח, הבהירו מדינות הדרום שיפרשו מהאיחוד לפני שיכנס לתפקיד. ב-20 בדצמבר, בתקופה שבין בחירתו של לינקולן לכניסתו לתפקיד, הכריזה קרוליינה הדרומית על פרישתה מארצות הברית. מיסיסיפי, פלורידה, אלבמה, ג'ורג'יה ולואיזיאנה פרשו בעקבותיה. ב-1 בפברואר הצטרפה אליהם טקסס. שש מדינות אימצו חוקה והכריזו שהן מדינה ריבונית: קונפדרציית המדינות של אמריקה. מדינות הגבול והדרום העליון (דלאוור, מרילנד, וירג'יניה, קרוליינה הצפונית, טנסי, קנטקי, מיזורי וארקנסו) אמנם הזדהו עם הדרום אולם סירבו לפרוש בתחילה. הנשיא ביוקנן והנשיא הנבחר לינקולן סירבו להכיר בקונפדרציה והכריזו שהפרישה היא בלתי חוקית. הקונפדרציה בחרה בג'פרסון דייוויס כנשיאה ב-9 בפברואר 1861.
סנאטורים וחברי קונגרס ניסו למצוא נוסחה להסדר. נעשו ניסיונות פיוס, ואף כונסה ועידת שלום בוושינגטון אליה הגיעו כל מדינות הדרום, אך כל זה לא הביא לכדי תוצאה ממשית.
עוד לפני כניסתו לתפקיד, ניסו מתנקשים לרצוח את לינקולן בבולטימור. הוא הגיע לוושינגטון בתחפושת, והיה תחת משמר צבאי כבד.