בעקבות כישלון ניסיון ההפיכה שלו, השאה נסוג לזמן מה ממעורבות פעילה בפוליטיקה, אך בעיות השלטון הוחמרו על ידי פילוג בין הרפורמים הקיצוניים, המורכב בעיקר מצירים מאזרבייג'ן, לבין המתונים בתוך המג'לס עצמו. נשיא המג'לס, מחמוד ח'אן אתטסאם אל-סלסאנה, נתפס בין הקבוצות הללו לבין דרישותיו של השאה. עמדתו הייתה חלשה משום שמשרדו דרש ממנו לנסות להשיג צורה כלשהי של פשרה עם השאה. כתוצאה מכך, טאקי האירי, הרפורמיסטים האזרים הקיצוניים והאנג'ומנים הקיצוניים התאחדו נגד הנשיא. תמיכתם של צירים רבים, כולל הסוחרים המובילים, לא הצליחה להגן עליו, ובסוף מרץ 1908 הוא נאלץ להתפטר. את מקומו ירש מירזא איסמעיל ח'אן שתאם יותר את רצונם של הרדיקלים הפרו-רפורמיסטים ולכן הביא למאבקים עם השאה, שהתמרמר גם על כישלונם של המג'לס בזיהוי האשם בניסיון רצח פוליטי עליו שאירע בפברואר 1908.
בסוף אפריל החשדנות ההדדית בין השאה לאנג'ומנים גברה שוב; סמכותם של המג'לס, שהייתה בפשיטת רגל ומאוימת יותר ויותר על ידי כוחות חיצוניים, הייתה מינימלית. האריסטוקרטיה של שושלת קאג'אר קיימה סדרת פגישות כדי לגרום לשאה לשתף פעולה עם המג'לס. הגיעו אליהם חברי עולמא, נכבדים, חברי מג'לס ונציגי האנג'ומנים. היו שמועות שמאבקים פנימיים בשושלת הקאג'ארית פועלים להדיח את מוחמד עלי שאה מהשלטון. היה בתוך השושלת הקאג'ארית חשש כי ללא צבא, משטרה או כסף, השאה יתקשה להילחם באנג'ומנים בעת ידרשו ממנו לוותר על יותר ויותר סמכויות. כתוצאה מפגישות בטהראן נאמר לשאה מידי שר החוץ הרוסי לשתף פעולה עם המג'לס או להתמודד עם מאבק פנימי בתוך משפחתו ללא תמיכה. השאה נכנע לדרישות המג'לס, וב-1 ביוני, פוטרו כל יועציו השמרנים ורובם מצאו מקלט בציר הרוסי. השאה חשש מאיבוד כוחו, המגן הביורוקרטי שלו והתמיכה של הצבא והמשפחה בהמשך שלטונו.
ב-4 ביוני עזב מוחמד עלי שאה את ארמונו לבאג-י שאה, בית מגורים מחוץ לבירה שם היה בטוח בהגנת כוחות מבריגדת הקוזאקים. שלושה ימים אחר כך נעצרו ג'לאל אל-דולה ושני נסיכים קאג'ארים אחרים עקב ניסיון להביא להפיכה נגד השאה ובסופו של דבר הם הוגלו. יועצו המפוטר של השאה, אמיר בהאדור, הצטרף למוחמד עלי שאה בבאג-י שאה, וקווי הטלגרף בין המעון המלוכני לטהראן נותקו. מאבק שפרץ בין חברי מג'לס לפלג האנג'ומנים שימש פרצה בשביל השאה להשיב את סמכותו. המג'לס ראו את מעצר הנסיכים כמנוגד לחוקה. האנג'ומנים התאספו כאות מחאה במסגד ספה-סאלאר, סמוך לבניין המג'לס, והשאה דרש לפיזורם. רבי מהם החליטו לציית לדרישתו, אף שטאקי האירי התנגד לאות כזה של חולשה. חברי המג'לס שייצגו את הסוחרים ניסו לנטרל את המצב; שלושה מהם לקחו את הנשק שהם מצאו והסתירו אותם. השאה, שהעביר אקדחים ותחמושת לבאג-י שאה, חימש את חייליו ב-14 ביוני ודרש ששמונה יועצים שמרנים שלו יישלחו לגלות נגד דרישת המג'לס. בשעה שש בבוקר שלמחרת נשלחו עשרים חיילי בריגדת הקוזאקים לעצור את מנהיגי המחאה האנג'ומים, אך נהדפו באש שנורתה בידי האנג'ומנים בתוך המסגד. תגבורת של קצינים רוסים פינתה את המוחים שבמסגד ובמהומה שפרצה יצאה תוכניתו של מוחמד עלי שאה לפועל. בניין המג'לס הופגז בעזרת תותחים. מספר חברי מג'לס ויועצים שמרנים נעצרו ומתמודדים לכס הקאג'ארי הוצאו להורג. הירידה החדה בפופולריות של המג'לס תרמה רבות לנפילתם. המערכת הפרלמנטרית הואשמה בהידרדרות המצב הכלכלי במדינה, ירידת החוק והסדר והפרקטיקות המושחתות של חלק מחבריה.
הצדדים במאבק.
הפעולה הצבאית שאירעה ב-14 ביוני 1908, נפילת המג'לס לידי השאה, החלה רשמית מלחמת אזרחים בפרס. הכוחות השונים שפעלו במלחמת האזרחים היו:
הקרב על תבריז.
זמן קצר לאחר כיבוש טהראן והשבת הכוח לידי השאה, מוצבים צבאיים ברחבי פרס הפילו את המועצות המקומיות והשיבו את השלטון האוטוקרטי על גבי אספהאן, שיראז, רשת, זנג'אן וכרמאן. מוצב הכוח העיקרי שאליו נסוגו כוחות הממשלה הפך לתבריז, שם נקבע אחמד מושיר אל-סלטנה להיות ראש הממשלה החדש מטעם המג'לס. הכוחות הפרו-חוקתיים בתבריז קראו לתמיכה צבאית מצד המפלגה הסוציאל-דמוקרטית האזרית של באקו בבקשה לעזרה; כתוצאה מכך הגיעו 100 מהפכנים חמושים מעבר הקווקז, תומכי האנג'ומן, בעיקר מנהיגים שבטיים ערבים וארמנים שנפגשו בהתנגדות קשה מצד הצבא הפרסי. השאה שלח כוח לתבריז בהנהגתו של און א-דולה. בינתיים, ב-8 בספטמבר, הבריטים והרוסים, שיחסיהם נפגעו לזמן קצר מההפיכה בשנת 1908, דרשו מהשאה להשיב את המג'לס לסדרו כדי להביא להסדר בחלוקת הסמכויות על כספי המדינה ולסיים את המאבק בתבריז, שמנע פעילות רוסית בעיר ומכאן פגע באזור ההשפעה של האימפריה הרוסית בצפון פרס. בתגובה שייח' פזאל אללה הכריז על המג'לס, ובמיוחד על תפישות החקיקה והייצוג הפרלמנטרית, כמנוגדים לדין האסלאמי וטען כי המלוכנות של השאה היא אחד מעמודי התווך של האסלאם. מועצת מנהיגי דת שיעים מעיראק, בראשותו של מונד מוחמד - ח'אן, שתמך בתנועה החוקתית עוד מימיה הראשונים, תמך גם הוא בביצוע התעמולה נגד המלוכה הפרסית ושלח לשאה מברק שהצביע על היותו עריץ ועל ממשלתו כנוגדת את האסלאם.
הדעה האזרחית הכללית בטהראן, שאהדה את ההפיכה של השאה בקיץ 1908, השתנתה עד הסתיו, בעיקר בגלל כישלונו להשיב את הסדר הכלכלי. המדינאים השמרנים, ובראשם חאני אל-דולה ואחרים, עלו מחדש בדרגות המדינה, וב-20 בדצמבר 1908 ארבעים בני אדם התנפלו על השגרירות העות'מאנית. כעבור יומיים מספרם עלה ל-250 והם עתרו לשאה להחזרת החוקה. ב-28 בדצמבר נסגרו השווקים ברחבי העיר, וינואר ופברואר התאפיינו במאבק ממושך להשפעה על קול האזרחים שבסופם רבים החליטו לתמוך בהשבתה של החוקה. בינתיים הכוח ששלח השאה להפיל את תבריז התגבר בהדרגה על ההתנגדות של החמושים מאזרבייג'ן והטיל מצור על העיר תבריז עצמה החל מינואר ועד אפריל, כאשר השאה, שזקוק מאוד לכספים, נכנע לבסוף ללחץ הבריטי והרוסי ואפשר לרכבת תבואה רוסית להקל על אוכלוסיית העיר. ביום הולדתו, 5 במאי 1909, הכריז השאה על השבת עקרונות החוקה וקבע את 19 ביולי כמועד לבחירות כלליות. בצפון פרס, בעבר האלבורז החל מרד ב-7 בפברואר, שאורגן על ידי כוחות מוג'אהדין מהפכנים, ששיתפו כוחות עם הפדרציה המהפכנית הארמנית. נגד המיליציות הטורקמניות פלש הצבא הרוסי לתוך ח'וראסאן רזאווי, צפון ח'וראסאן וגולסתאן, והשתלט על העיר משהד.
מצור הוסדר על תבריז כבר בחודש יוני עם תחילת מלחמת האזרחים. אפשר לחלק את אחד עשר החודשים הבאים של מלחמת אזרחים בתבריז ואת המצור על העיר על ידי כוחות הצבא הנאמנים לשאה לשלושה שלבים: השלב הראשון מאופיין בלחימה ברחובות העיר בין סוף יוני ועד תחילת יולי 1908, כאשר המוג'אהדין הצליח למנוע מהכוחות המלכותיים מלהשיג שליטה על העיר והדף את כוחותיהם שכבשו קודם לכן את דרום העיר. בחודשים הבאים מוג'הדין גבר על הכוחות האנטי-חוקתיים בתבריז והדיח את כוחות הממשלה של השאה מחוץ לעיר. משם, חייליו של און א-דולה תקפו באופן קבוע את תבריז וגם ערכו לחימה רחבה נגד המוג'אהדין בפאתי ובפנים העיר. במהלך השלב השני הוצבו כוחות הצבא הפרסי בפאתי העיר ותקפו אותה שוב ושוב, אך ללא הועיל. בריגדת הקוזאים הפרסית הייתה קשובה לדרישות האימפריה הרוסית ומכיוון שהמאבק פגע במסחר של רוסיה צפון פרס, נשלחה ההוראה לא להתערב בפעילות הצבאית במלחמת האזרחים כולל במאבק בתבריז. החל בתחילת פברואר 1909, השלב השלישי סומן במצור על תבריז, שהביא לרעב כבד על האוכלוסייה האזרחית של העיר, התפרצות מחלות ומגפות ומוות של תושבים רבים.
המצור הובא לסיום על ידי התערבות צבאית רוסית. עד אז מרכזי הפעילות של חברי המג'לס המדיני לשעבר הועברו מטהראן לתבריז. בריגדת חיל רגלים של צבא האימפריה הרוסית יצאה לעבר תבריז הנצורה במהלך אפריל 1909 ועליונותם של הכוחות הרוסים במיומנות וטכנולוגיה הביאה לניצחון מהיר על הכוחות המלוכניים של מוחמד עלי שאה, אשר נסוגו מהעיר והותירו אותה למוג'אהדין, הפרו-חוקתיים והכוחות הרוסים, שיישארו לפקח על המשך המסחר הסדיר בעיר עד למהפכת 1917 ותחילתה של מלחמת האזרחים ברוסיה. בשל האומץ והסיבולת של חלק גדול מאוכלוסיית תבריז, החוקה "הושמעה" ברחבי פרס. בשלושת השלבים הללו של מלחמת האזרחים התגלה סאתר ח'אן, מפקד מוג'אהדין פרו-חוקתי מתבריז, כגיבור מקומי וגם כגיבור לאומי.
הצעדה לעבר הבירה.
במאי 1909, כוחות שבטיים של מוג'אהדין לורים כבשו מחדש את העיר אספהאן מידי ממשל השאה לאחר שהעיר הייתה תחת הגנה חלשה. באפריל הגיעו משפחות היריבות רבות ההשפעה אלח'אני ו-ח'אגי אלח'אני להסכמה משותפת לשיתוף כוחות נגד המשך שלטונו של מוחמד עלי שאה. ככל שכוחות פרו-חוקתיים מתבריז ורשת התקדמו לעבר טהראן, הכוחות הפרו-חוקתיים הלורים התקדמו מאספהאן לעבר קום, כך שבתחילת יולי הכוחות נפגשו ואוחדו לכדי יותר מ-2,000 איש בקום. לאחר ניסיון פשרה לא מוצלח עם השאה נכנסו שני הכוחות לטהראן, ב-13 ביולי 1909, ושלושה ימים לאחר מכן השאה תפס מקלט בשגרירות הרוסית. כמה מתומכיו, בהם שייח' פזאל, נשפטו והוצאו להורג על ידי בית דין מיוחד שנועד לפושעי מלחמה. מג'לס עליון (מג'לס-אלילי) של יותר מ-300 חברים, השאובים מכל מעמדות החברה הפרסית, העביר הצעת חוק להדיח את מוחמד עלי שאה, והעמיד את בנו הקטין אחמד שאה קאג'אר על כס המלוכה. ספהאדר-י אזאם הפך לראש הממשלה ושר המלחמה וסרדאר אסד הבקטיארי הפך לשר הפנים.
המג'לס השני.