ביום שישי, כ"ו באדר ה'תרכ"ה (1865), כשהוא בגיל 33, התמנה ר' חיים ברלין לרבה של מוסקבה. הוא ייסד תלמוד תורה וארגוני גמ"ח. במסגרת תפקידו כרבה של מוסקבה, עסק בשתדלנות למען כלל יהודי רוסיה יחד עם עשירי הקהילה שהיו מקורבים לחצר הצאר.
בתקופתו ברבנות מוסקבה גייס כספים רבים עבור ישיבת וולוז'ין, ובעזרתו הוקם בניין אבן מפואר שהרחיב את גודלה של הישיבה במקום בניין עץ שקדם לו. עם עלותו של אלכסנדר השלישי על כיסא המלוכה, החלו פרעות, גזרות וגירושים על יהודי רוסיה. בשנת תרמ"ב (1882), יצאה הוראה לגרש את יהודי מוסקבה, הודיעו לר' חיים כי גם הוא לא יחונן ולא יוכל להישאר בעיר. באותה העת נפטרה זוגתו רבקה.
כשנה לאחר פטירת אשתו, עזב ר' חיים את קהילת מוסקבה ועבר לעיר ביאלא פודולסק, שהייתה עיר בעלת אופי חסידי מובהק. בביאלא פודולסק נישא בשנית למרת טילא - בת הגביר ר' יצחק אייזיק שחור ממיר. לר' יצחק שהיה חסיד קוצק וגור, תלמיד חכם ועשיר (בנו, ר' נח שחור, היה חותנו של האדמו"ר מגור - ר' אברהם מרדכי אלתר בעל אמרי אמת). בביאלה לא הסכים ר' חיים לקבל את משרת הרבנות, אף שהוצעו לו. בתקופה זו כתב חידושי תורה רבים ושאלות ותשובות בהלכה. והתקרב לרב אליהו דוד רבינוביץ' תאומים, והתכתב עמו רבות. חמש שנים ישב בביאלא, עד שנת תרמ"ט (1889) שבה נפטרה אשתו השנייה. אז עזב את ביאלא ועבר לוולוז'ין אל אביו הנצי"ב, שקרא לעזור בהנהלת הישיבה ובנשיאת העול הכספי.
בוולוז'ין.
אביו הנצי"ב שהרגיש כי כוחותיו פוחתים, תכנן לעלות לארץ-ישראל, ודאג לממלא מקום בעודו בחייו. הוא התפטר מראשות הישיבה וקבע את ר' חיים כיורשו. החלטה זו הייתה גורלית לקיום הישיבה: חלק מהתלמידים לא רצו לקבל את ר' חיים כר"מ (ראש מתיבתא), אם כי הודו בגדלותו, אבל טענו שלא כל רב גדול בתורה מסוגל להיות ראש ישיבת וולוז'ין; רוב הבחורים לא רצו שרבם הגדול והאהוב עליהם יעזבם, וניסו בכל כוחם להשפיע שיחזור בו מהתפטרותו. סיבה נוספת להתנגדות בני הישיבה היא, ר' חיים סולובייצ'יק (שנישא לנכדתו של הנצי"ב) ששימש כרב בישיבה, והיה מפורסם כחריף, והיו בחורים בישיבה שהיו כרוכים אחריו, דבר שגרם לבסוף לכך שר' חיים ברלין נעשה לרבה של וולוז'ין ולא שימש יותר בישיבה. השערורייה שהתחוללה בישיבה יצאה אל מחוץ לכתליה ושימשה נושא לדיון ציבורי. הוויכוחים בין ראשי הישיבה לתלמידיה גרמו לחיכוכים פנימיים., בני הישיבה בוולוז'ין לא היו שבעי רצון מראש הישיבה החדש ונהלו איתו מלחמה "בכלי זיינה של תורה", הקיפוהו בשאלות ובקושיות באמצע השיעור כדי להביא אותו במבוכה.
.בחודש שבט תרנ"ב (1892) נסגרה הישיבה בוולוז'ין בגזירת הממשלה, וכל התלמידים נשלחו לבתיהם. ראשי הישיבה, ר' חיים ברלין, ר' חיים סולובייצ'יק והנצי"ב, נצטוו לעזוב את וולוז'ין. מכיוון שהישיבה נשארה עמוסה בחובות, נדד ר' חיים באירופה לאסוף כסף ולפרוע את חובותיה.
קוברין - יליזבטגרד.
בשנת תרנ"ב (1892) נסגרה הישיבה בוולוז'ין, ור' חיים ברלין נתקבל כאב"ד בקוברין. על אף שבא ממשפחת 'מתנגדים מובהקת', היה נערץ אף בחוגי החסידים שבקוברין, שהייתה עיר חסידית ברובה. לדרשותיו יצא מוניטין בעיר, ובית הכנסת הגדול היה מלא מפה לפה כשהיה דורש. אף שקהילת קוברין הייתה חשובה, בכל זאת היא לא סיפקה את רוחו ואת רוח משפחתו. ולאחר ארבע שנים בלבד בקוברין, נתקבל להיות אב"ד ביליזבטגרד (כיום קירובוגרד). עיר זו נחשבה כשממה רוחנית, ואעפ"כ החליט ר' חיים להשפיע דווקא שם. הוא השתדל הרבה בחיזוק ושמירת חיי הדת בעיר - לסגור בתי מסחר של יהודים בשבת, לחזק נשים בהלכות טהרה, לתקן תקנות בענייני שחיטה בבית המטבחיים ועוד. בעיר לא היו הרבה יהודים שהיה בהם "ריח של תורה", ור' חיים לא שבע נחת מרבנותו בעיר זו. זו הסיבה שבשנת 1903 ניהל משא ומתן עם קהילת וולקוביסק על קבלת משרת הרבנות בעיר זו, אולם בשל התנגדות נמרצת של בני הקהילה המקומית, ובשל העובדה ש"הנני בידם גם בדברים שבממון", נאלץ להשיב את כתב הרבנות שקיבל.
לאחר כעשר שנים בעיר (תרנ"ו–תרס"ה), ולאחר פרעות שהחלו ברוסיה בערים שונות, החליט ר' חיים לעלות לארץ ישראל. כבר בשנת 1902 הוצע לו להיות רבה של יפו אך הוא סירב. התשוקה לעלות לארץ ישראל קוננה בלב משפחת ברלין מאז ומתמיד, וכפי שכבר סבו ר' יעקב ברלין עלה לארץ ישראל בשנת תרי"ג (1853). גם אביו הנצי"ב התכונן לעלות לא"י אחרי סגירת הישיבה, אולם חלה בדרכו לארץ ונפטר שם. ור' חיים החליט לעלות ולהשתקע בארץ ישראל.
בירושלים.
בגיל 75 עלה ר' חיים ברלין לירושלים. ביתו הפך כבר בראשית ישיבתו שם, לבית ועד לחכמים, אשר באו לשמוע מפיו תורה וחכמה. הוא הרבה להפיץ את תורת אביו הנצי"ב, ובלילות שבת היו רבים מבני ירושלים רגילים לבוא אליו לאחר סעודת שבת לשמוע מפיו באורים בפרשת השבוע. הוא היה קורא בחומש "העמק דבר", ומפרש את הדברים, בתוספת דברים משלו. את הנאתו מישיבתו בירושלים מתאר ר' חיים באחת מאגרותיו: "ממני אוכל להודיעו, כי הנני שבע רצון מהיותי פה במלא מובן המילה, מלבד אשר השלכתי מעלי עול עבודות הציבור, והנני מברך בכל יום בשמחה רבה שלא עשני אב"ד (עבד)". עם פטירת ר' שמואל סלנט בשלהי שנת תרס"ט, הטילו עליו ראשי העדה בירושלים את עולה של הרבנות, והוא נשאה עד יומו האחרון. ר' חיים היה לראש הרבנים ונציגם הראשי של עדת האשכנזים בירושלים. כן היה ראש הממונים בוועד הכללי כנסת ישראל (שהיה אחראי על כספי החלוקה), ראש הגבאים של תלמוד תורה וישיבת עץ חיים ובית החולים ביקור חולים, ראשי השלטון והקונסולים של המדינות הזרות ואף הקונסול הרוסי וראשי הדתות השונות בירושלים, אשר איתם בא במגע, התייחסו אליו ביראת כבוד, והחשיבוהו לנציגם הראשי של האשכנזים בכל ענייני הממשל. מתאר ר' בן ציון ידלר בספרו : . אחיו הצעיר ר' מאיר ברלין (בר-אילן) בספרו "מוולאוז'ין עד ירושלים" מעיד על אחיו: קרבה מיוחדת וקשרים הדוקים היו לר' חיים עם הרב אריה לוין. ברשימותיו כותב ר' אריה:
בי"ג לחודש תשרי ה'תרע"ג (1912), בגיל 81, נפטר ר' חיים ברלין. מטעם הראשון לציון ובתי הדין, הוכרז על מועד הלוויה ועל ביטול מלאכה מלא. בעודו חי בחר וקנה לו מקום מנוחה ליד קברו של האדר"ת. מקום מנוחתו בהר הזיתים בירושלים. השאיר אחריו בן (משה) ושש בנות. בצוואתו ציווה להוריש את ספרייתו לישיבת עץ חיים בה היה ר' אריה לוין משגיח.
על שמו רח' הרב ברלין בשכונת קריית שמואל בירושלים. אחיו (מצד אביו) היה הרב מאיר בר-אילן, ממנהיגי המזרחי, ומראשי הציונות הדתית.
חיבוריו.
הרב יעקב קוסובסקי-שחור, ממשפחתו, אסף את מכתביו ההלכתיים, דרשותיו וצוואתו וריכזם בשני ספרים תחת השם נשמת חיים. כמו כן, בספרים אלו רוכזו עשרות הסכמות לספרים שנתן במהלך חייו. כמו כן, התפרסמו כתבים שלו בקבצים וכתבי עת תורניים שונים.
כמו כן, כתב הגהות רבות על ספריו. הרב איסר זלמן מלצר (שגר בדירתו וירש את ספרייתו) התבטא לאחר שקרא את הגהותיו, שלו ראו בחורי וולאז'ין את הגהותיו הגאוניות, לא היו גורמים לו לפרוש מהישיבה.
בהגדה של פסח אמרי שפר של אביו הנצי"ב נדפס בסופו קונטרס בשם אמרי חיים מרבי חיים ברלין
ישיבת רבינו חיים ברלין.
ישיבת רבינו חיים ברלין, שהוקמה בברוקלין בשנת 1904, נקראה על שמו בשנת 1914 על פי הצעתו של אחיו, רב מאיר ברלין (בר-אילן), שהיה אז רב באמריקה.
ארנסט שמיץ
האב ארנסט יוהאן שמיץ (בגרמנית: Ernst Johann Schmitz; 18 במאי 1845 – 3 בדצמבר 1922) היה איש-דת קתולי וזואולוג גרמני, מחלוצי המחקר של הפאונה של ארץ ישראל. הקים אוסף זואולוגי הכולל ציפורים, יונקים וזוחלים שמקורם מארץ ישראל וסביבתה. אחדים מבעלי החיים המוצגים באוספו נכחדו לחלוטין מהאזור.
ביוגרפיה.
האב שמיץ נולד ברייט (כיום שכונה בעיר מנשנגלדבך) שבגרמניה ב-1845. משנת 1864 למד בבית הספר של המיסיון של ונסן דה פול, מן הלזריסטים, והוסמך ככוהן-דת.
בשנת 1873, במסגרת "מאבק התרבות" בגרמניה, החליט ביסמרק כי גרמניה תהיה פרוטסטנטית, ואז גורש האב שמיץ שהיה לזריסט-קתולי. הוא עבר לאיי מדיירה, שם ניהל הוספיס וקולג' לכוהני-דת, ויסד מוזיאון למדעי הטבע שהפך לאחת האטרקציות המרכזיות באיים. בשנת 1908 החליטו נציגי "האיגוד הגרמני למען ארץ הקודש" למנות אותו כמנהל המוסדות הקתוליים של האגודה בארץ ישראל, והאב שמיץ בן ה-63 נשלח לארץ.
עם הגיעו לירושלים, שם לו האב שמיץ למטרה להקים אוסף זואולוגי, אשר יכלול את פוחלציהם של כל בעלי החיים מארץ הקודש. הוא ארגן לעצמו רשת של ציידים בכל רחבי הארץ, על ידי כך שהפיץ בין הבדואים והפלאחים את הידיעה כי הוא מעוניין בכל בעל חיים שהוא, וכי הוא מוכן לשלם בעין יפה תמורת חיות נדירות. ואכן זכתה קריאתו של האב שמיץ למענה נרחב, וחיות החלו לזרום לאוספו. בין החיות שהגיעו אליו, וכיום כבר אינן קיימות בארץ, היו ראם, ברדלס, דב סורי, אייל הכרמל, הפרס ואף תנין מנחל תנינים.