בתקופה העצמאית שלו, כתב מור בנוסף שתי סדרות לאנתולוגיית האימה Taboo אשר נערכה על ידי Stephen R. Bissette. הראשונה, ממעמקי הגיהנום, (From Hell) בוחנת את הרציחות של ג'ק המרטש כמיקרוקוסמוס של שנות השמונים של המאה התשע עשרה ואת היותם, למעשה, שורשי המאה העשרים. את ההשראה לסיפור, הוא לקח מהנובלה של דגלאס אדמס, דירק ג'נטלי, סוכנות בילוש הוליסטית. מור נימק את הדבר בכך שאמר כי על מנת לפתור פשע בצורה הוליסטית, החוקר צריך לפתור את כל החברה אשר בה התרחש הפשע ולתאר את הפשע כתוצאה של הפוליטיקה והכלכלה של אותו הזמן. בשל גישה זו, כמעט כל דמות ידועה מאותה התקופה, קשורה בדרך זו או אחרת לעלילת הסיפור. בין דמויות אלו, איש הפיל, אוסקר ויילד, הסופר האמריקאי הילידי, הדישון השחור. ויליאם מוריס, וולטר סיקרט ואליאסטר קרוו'לי אשר מופיע בקצרה כנער צעיר. ג'ק המרטש מבצע את רציחותיו כפולחן תורת הנסתר בצורה המיועדת לאכוף את ההגמוניה של הרציונלי והגברי על התת מודע והנשי. הספר גם מראה את רעיונתיו של מור אודות תפיסת הזמן, נושא אשר בו נגע לפני ב"Watchmen". הסיפור צויר על ידי אדי קמפבל בסגנון מפויח ודיו אשר הולמים את עלילת הסיפור. למור לקח כמעט עשר שנים לסיים את הסיפור פרק זמן אשר גרם לאנתולוגיה להאריך ימים ולעבור מספר הוצאות ספרים עד אשר אוגדה בספר אחד על ידי Eddie Campbell Comics. הספר קיבל ביקורות חיוביות. מחבר הקומיקס וורן אליס, קרא לו, .
עיבוד לסרט יצא ב-2001 ובוים על ידי האחים Hughes, הסרט קיבל ביקורות מעורבות.
A Small Killing.
הוא כתב ב-1991 את ספר הקומיקס "הריגה קטנה" (A Small Killing) להוצאת "Victor Gollancz Ltd". הספר צויר על ידי אוסקר זרטה (Oscar Zarate). עלילת הספר עוסקת בפרסומאי אידיאליסט לשעבר, בעולמו הפנימי, ובאידיאל תרבות שנות ה-80 כפי שמשתקפים באישיותו.
סגירת Mad Love Publishing.
למרות הציפיות הרבות של מור להמשיך לכתוב את מספרים גדולים, הפסיק לצאת הקומיקס אחרי שני גליונות, ומערכת היחסים שלו עם המאהבת שלו ועם אשתו הגיעו לסופם. (הוא התגרש מאשתו והמאהבת המשיכה הלאה בחייה). חברת הקומיקס אשר הקים עם אשתו Mad Love Publishing התפרקה.
חזרתו למיינסטרים.
אחרי מספר שנים אשר היה מחוץ לזרם המרכזי בקומיקס, החל מור לחזור לקומיקס גיבורי העל בשעה שכתב מספר קומיקסי סופר גיבורים לכמה סדרות של Image Comics ומספר חברות קומיקס אשר התפצלו ממנה.
1963 (סדרת קומיקס).
באותה תקופה קיבל את ההרגשה כי השפעתו על עולם הקומיקס הייתה במובנים רבים מזיקה. במקום לקחת השראה מההבטים החדשניים של עבודותיו, יוצרים אשר המשיכו את דרכו, חיקו את האלימות ואת הקדרות. כתגובת נגד לנטישת התמימות בז'אנר גיבורי העל, מור והאומנים Stephen R. Bissette, Rick Veitch ו John Totleben הגו את 1963, סדרת קומיקס אשר חיקתה (פסטיש) את סגנון העבודה המוקדם של מארוול.
בשעה שחיקה מור את הגרסאות המוקדמות של ספיידרמן, דוקטור סטריינג', איירון מן, ארבעת המופלאים והאוונג'רס, שחזר את סגנון הקומיקס של התקופה. בין ההיבטים שמאפיינים ניתן לראות את הסקסיזם והגישה הפרו קפיטליסטית אשר שחקה תפקיד משמעותי באותה התקופה אך מתאימה גם לקהל של שנות התשעים. הסדרה גם כללה קידום עצמי בסגנון התקופה, קו של קידום עצמי, סאטירה על טורי העורך הבומבסטיים של מארוול וכן על המדיניות של סטן לי. הסדרה אמורה הייתה להסתיים עם גיליון שנתי אשר בו הגיבורים היו עוברים בזמן לשנות ה-90 על מנת לפגוש את אב הטיפוס הקודר והאלים במיוחד של חברת Image Comics. גיבורי 1963 היו אמורים להזדעזע מהצאצאים שלהם אף על פי שהשינוי מארבעה צבעים במקור של שנות השישים, לסגנון עם הצללות של שנות התשעים, אמור היה לעורר ביקורת גם על כך. השנתון מעולם לא הופיע בשל סכסוך עם חברת הקומיקס ועם היוצרים האחרים.
אחרי 1963, עבד מור על "Wildcats" של ג'ים לי ומספר כותרים של רוב לייפלד, בהם: "Supreme", "Youngblood" ו"Glory". בכותרים אלו, עבד מחדש על הדמויות, על הרקע הבסיסי שלהן ועל הדמויות החדשות שנגזרו מהן. מור גם מיקם את הדמויות בסדרות יישומיות יותר. בידיים של מור, "Supreme", המקבילה האלימה של לייפלד לסופרמן, נהייתה מחווה פוסט-מודרניסטית רבת תושייה לקומיקסי גיבורי העל משנות ה-40 ובמיוחד מקומיקס סופרמן מתקופתו של Mort Weisinger. פלשבקים להרפתקאות העבר של הדמות, היוו פרשנות להיסטוריית הקומיקס, סיפור סיפורים והמיתוס של סופרמן.
America's Best Comics.
אחרי שסיים לעבוד על WildC.A.T.s, של ג'ים לי יצר מור את הקו של America's Best Comics, קבוצה חדשה של דמויות אשר תפורסם על ידי חברתו של לי Wildstorm.
ליגה של ג'נטלמנים מובחרים.
ב"ליגה של ג'נטלמנים מובחרים", מספר דמויות מספרים בני התקופה הוויקטוריאנית (שזכויות היוצרים עליהם פגו) קובצו יחדיו על מנת לעבוד עבור האימפריה הבריטית, כדי להחזיר חפץ שבידיים הלא נכונות יכול לשמש כדי לתקוף את אנגליה. בין הדמויות שאיגד יחדיו מור בספר, כוללים אלן קווטרמיין הפרוטגוניסט ממכרות המלך שלמה של הנרי ריידר הגרד. הרואה ואינו נראה של הרברט ג'ורג' ולס, קפטן נמו של ז'ול ורן, ד"ר ג'קיל מספרו של רוברט לואיס סטיבנסון, ווילהלמינה מאריי מדרקולה של ברם סטוקר.
הקומיקס הזה היה הראשון שיצא תחת ABC. הוא צויר על ידי קווין אוניל (Kevin O'Neill).
באוגדן השני החבורה נלחמת בפלישת חייזרים לאנגליה, והחלק השלישי בסדרה נקרא "תיק המסמכים השחור" (The Black Dossier). בשל בעיות של זכויות יוצרים, הקומיקס לא הוצא לאור מחוץ לארצות הברית.
עיבוד לקולנוע של האוגדן הראשון יצא ב-2003 בכיכובו של שון קונרי.
סדרת קומיקס זו היא היחידה תחת סדרת ABC שמור (ביחד עם אוניל) מחזיק בזכויות היוצרים שלה, ובעקבות זאת ובעקבות בעיות עם ההוצאה לאור, הסדרה עברה להוצאה לאור חדשה עם החלק השלישי בסדרה ("תיק המסמכים השחור" לא נחשב לחלק רגיל מהסדרה, אלא לתוספת).
Tom Strong.
בליין של ABC יצר מור גם את Tom Strong, סדרת גיבור על פוסט מודרניסטית שבמידה שווה מהווה פארודיה וכן מחווה לז'אנר גיבורי העל. ההשראה לעיצוב כוכב הסדרה נלקחה מגיבורים מהעידן של לפני סופרמן כגון Doc Savage וטרזן. אריכות החיים של הדמות שמושגת בזכות סמים, נתנה למור אפשרות לכלול בסדרה פלשבקים מכל אורך המאה ה-20. בשעה שמצוירים הפלשבקים, סגנון ציור הסדרה הופך לסגנון תקופתי אשר מהווה פרשנות אודות תולדות הקומיקס וספרות הפאלף. מירב הסדרה צוירה על ידי Chris Sprouse.
Top Ten.
Top 10, קומדיה משטרתית, חסרת הבעה אשר בה, לכל דמויות העלילה, מהשוטרים והאזרחים ועד לחיות המחמד, יש כוחות על, תלבושת וזהות סודית. הסדרה נכתבה כך שכל חלק עמד בפני עצמו ולא צריך היה לקרוא את כל הפרקים הקודמים על מנת להבין את התגלגלות העלילה. הסדרה צוירה על ידי Gene Ha אשר צייר את עיקר החומר ו-Zander Cannon אשר צייר את קווי הדמויות. הסדרה הסתיימה אחרי שנים עשר פרקים אבל המשיכה לארבע סדרות בת:
Promethea.
סדרה נוספת אשר כתב מור בקו של ABC הייתה Promethea. סדרה זו עסקה בסטודנטית ניו יורקית, גיבורת על אשר מגלמת בתוכה ישות בשם פרומיתי'אה אשר מטרתה להביא את האפוקליפסה. הסדרה צוירה על ידי J.H. Williams III. הסדרה מבטאת את רעיונותיו של מור אודות תודעה, מיסטיקה, כישוף, כתיבה נשית וקבלה. הסדרה קיבלה ביקורת אודות היותה שופר לדעותיו של מור אודות אמונותיו הדתיות אבל במקביל קיבלה ביקורות חיוביות אודות על יופייה של אומנות הסדרה והחדשנות של השימוש במדיום. בהתייחסו לנקודה הראשונה, אמר מור כי הסדרה היא לדעתו דידקטית:
סיפורי מחר.
סיפורי מחר (Tomorrow Stories) - סדרת אנתולוגיה של סיפורים קצרים שהושפעה מז'אנר הספרות הזולה. הסדרה נכתבה על ידי אלן מור, וכל חוברת בסדרה מתמקדת בדמות אחת או שתיים. הסדרה רצה בין אוגוסט 1999 ל-2002. בשנת 2000 היא זכתה בפרס איינר לאנתולוגיה הטובה ביותר.
כתיבתו בשנים האחרונות.
מור הגה את המיני סדרה אלביון לווילדסטורם, חברת בת של DC קומיקס. הסדרה נכתבת על ידי ביתו של מור, ליאה מור ובעלה ג'ון רפיון.
ב-2009, הוכרז כי מור הולך להוציא את המגזין המחתרתי הראשון למאה העשרים ואחת, אשר ייקרא "Dodgem Logic". על פי הפרסום, יכיל המגזין עבודות של מספר כותבים וכן יצירות מקוריות של מור עצמו. בנוסף על מגזין זה, כותב מור עם סטיב מור את "The Moon and Serpent Bumper Book of Magic". הספר אמור להתפרסם על ידי הוצאת Top Shelf Production בשנת 2013. בראשית 2009 יצא ספר הקומיקס "Light of thy Countenance" בהוצאת Avatar Press, ספר אשר מבוסס על סיפור קצר שכתב ויצא במקור ב-1995. סדרת אימה נוספת אשר יצאה ב-2009 הייתה "Neonomicon".
מור חזר ב-2009 גם ל"ליגה של ג'נטלמנים מובחרים" ובמאי 2009 הוציא את החלק השלישי. החלק הבא צפוי לצאת ב-2010 כשהאחרון יצא ב-2011. יצירה משמעותית נוספת מהתקופה האחרונה הייתה נערות אבודות.
Lost Girls.
עם האומנית מלינדה גבי הוא החל לכתוב את "נערות אבודות" (Lost Girls), סיפור ארוטי המגלה אפשרויות לכוונות מיניות ב"הרפתקאות אליס בארץ הפלאות", בין פיטר וונדי ב"פיטר פן" וב"קוסם מארץ עוץ". הספר הופיע באוגוסט 2006 בארצות הברית אך בשל סכסוך עם Great Ormond Street Hospital שהחזיקו את זכויות היוצרים לדמויות מפיטר פן, בשוק האירופי המשותף, עד 2008, נמנע פרסום היצירה בבריטניה במשך שנתיים.
עבודותיו במדיות אחרות.
נובלות, שירה וספרים אחרים.