שלטון האוסטאשה מינה שני שופטים מחוזיים כממונים על הקהילות היהודיות בסרייבו. השופטים: סְרֶצְ'קוֹ בּוּיָאס (בסרבו-קרואטית: Srećko Bujas) על הקהילה הספרדית ובְּרָאנְקוֹ מִילָאקוֹבִיץ' (בסרבו-קרואטית: Branko Milaković) על הקהילה האשכנזית. הם פעלו לשמירה על רכוש הקהילה וניסו לשחרר עצורים מקרבה בעת האקציות השונות, אך ללא הועיל. ב-26 ביוני 1941 פרסם אנטה פאבליץ' צו ובו הוראה לעצור את יהודי העיר ולרכזם במחנות מעצר. ב-30 ביולי, לאחר פעולת חבלה שבוצעה במתקני הרכבת בעיר, הוצאו להורג 20 מתושבי העיר, 12 סרבים ו-8 יהודים, ובהם בנו של הרב הספרדי הראשי של סרייבו ד"ר מוריץ לוי. לוי שהה באותה העת בבלגרד ושם נעצר.
באוגוסט הוחל באקציות בכל רחבי בוסניה ובראשית ספטמבר בסרייבו עצמה. ב-4 בספטמבר1941 לפנות בוקר נעצרו 500 מיהודי העיר וגורשו למחנה הריכוז קרושצ'יצה. ככל הנראה, מקצת מהגברים נורו בקרושצ'יצה והשאר הועברו ב-19 בספטמבר ליאסנובאץ. הנשים והילדים נשלחו למחנה הריכוז לובורגראד. מפקד האקציה היה יורה פראנצטיץ' הקומיסר של האוסטאשה בסרייבו אשר במקביל שימש כראש מיליציית "הלגיון השחור" שעל חבריה הוטל לבצע את המעצרים. ב-20 בספטמבר הנחה ראש שירותי הביטחון הקרואטיים אאוגן קווטרניק להמשיך ב"פתרון הבעיה היהודית בסרייבו". במחצית השנייה של ספטמבר הגיע לסרייבו איוואן טולי (בסרבו-קרואטית: Ivan Tolj, בסרבית קירילית: Иван Тољ) אשר מונה למפקד המשטרה בסרייבו, ונודע עוד קודם לכן באכזריותו כלפי האוכלוסייה הסרבית. טולי פיקד אישית על המשך האקציות בקרב הקהילה היהודית.
באוקטובר גורשו 1,400 יהודים ובנובמבר גורשו כ-3,000 מבני הקהילה. הגברים נשלחו למחנה ההשמדה יאסנובאץ, שם נרצחו מרביתם, והנשים והילדים נשלחו למחנה הריכוז ג'קובו שבקרואטיה. חלק מבני הקהילה נמלטו לאזור הנשלט על ידי האיטלקים, בתחילה למוסטאר ובהמשך נעצרו חלקם והועברו למחנה הריכוז ראב. המחנה שוחרר על ידי הפרטיזנים של טיטו, וכך ניצלו בני הקהילה אשר הועברו אליו. חלק מהניצולים הצטרפו לכוחות הפרטיזנים. מעריכים שכ-2,400 יהודים מתוך 9,000 בני הקהילה ניצלו ממחנות ההשמדה. כאמור, רבים מבני הקהילה הצטרפו לכוחות הפרטיזנים ומהם זכו נסים אלבחרי, אליאס אנגל, ופאבלה גוראנין לעיטור גיבור יוגוסלביה. מספר מתושבי העיר, מוסלמים ונוצרים סייעו לבני הקהילה היהודית במהלך השואה וחלקם כגון: זקירה בסרביץ' אחמד סדיק, מאוריס ומידחאט בגיץ' וזיינבה הרדגה זכו בהמשך לאות חסיד אומות העולם מטעם ארגון יד ושם.
לאחר השואה.
בשלהי 1945 שבו שרידי הקהילה לסרייבו וחידשו את הפעילות הקהילתית. ב-1946 אוחדו הקהילות הספרדית והאשכנזית בסרייבו לקהילה אחת. מבין ראשי הקהילה ניתן למנות את השופט אברהם ברוך והרב מנחם רומנו שכיהן כרב הראשי ליהודי העיר. ב-1948, לאחר הקמת מדינת ישראל היה גל עלייה מיוגוסלביה ובמהלכו עלו כ-500 מיהודי סרייבו. ב-1952 נערך בבית העלמין הספרדי הישן הסמוך לקובאצ'יצ'י טקס בהשתתפות נציגי ממשלת יוגוסלביה וישראל ובו נחנכה אנדרטה לזכר הנרצחים בשואה. מבנה בית הכנסת הספרדי "החדש" שנפגע קשות במהלך מלחמת העולם השנייה שופץ, הקהילה היהודית העניקה אותו כמתנה לעיר, הוא חדל לשמש בית כנסת והפך למבנה ציבור.
ב-1965, הוסב מבנה בית הכנסת הספרדי הישן שהוקם ב-1580 למוזיאון לתולדות הקהילה היהודית בעיר. ב-1966 נערכו בסרייבו חגיגות רשמיות לציון 400 שנים ליסוד הקהילה היהודית. בית הכנסת האשכנזי שהוקם ב-1902 נותר פעיל והפך למרכז הפעילות הקהילתית בעיר. בני הקהילה היו מעורים בחיים הפוליטיים והחברתיים ביוגוסלביה ומהם ניתן למנות את ד"ר רוזה פאפו שהייתה האישה הראשונה שקיבלה דרגת גנרל בצבא יוגוסלביה וכיהנה בתפקידים בכירים במערך הרפואי הצבאי ואת התעשיין אמריק בלום אשר כיהן כראש עיריית סרייבו. בתקופה היוגוסלבית בלטו גם אנשי רוח ומדע ומהם ניתן למנות את הפיזיקאי יוסיף גולדברג, ואת הסופרים אריך קוש זוכה פרס נין ב-1967 ויצחק סמוקובליה. עד לניתוק היחסים הדיפלומטיים בין ישראל ויוגוסלביה לאחר מלחמת ששת הימים, נשמר קשר הדוק בין "התאחדות עולי יוגוסלביה בישראל" לבין "הפדרציה של הקהילות היהודיות ביוגוסלביה" ובכלל זה השתתפות בכנסים משותפים וחילופי משלחות. גם לאחר ניתוק היחסים הדיפלומטיים לא הורע מצבם של יהודי יוגוסלביה והם זכו ליחס אוהד מהשלטונות ולחופש פולחן ותרבות. עם זאת נרשמו תקריות אנטישמיות ובכלל זה חילול בית העלמין הספרדי העתיק.
ב-1981 נחנך בשיפולי הר טְרֶבֶּוִויץ' פארק ההנצחה וראצה ובו אנדרטאות ל-2,000 פרטיזנים מבוסניה ומהם 324 יהודים שנהרגו בקרבות לשחרור יוגוסלביה ולזכר 9,000 הנרצחים על ידי הנאצים ושלטון האוסטאשה ובכלל זה כ-7,500 מבני הקהילה היהודית. במהלך מלחמת בוסניה הוחרב האתר על ידי צבא רפובליקה סרפסקה. לאחר המלחמה שוקם ונפתח מחדש וב-2005 הוכרז אתר מורשת לאומית של בוסניה והרצגובינה.
מלחמת בוסניה ולאחריה.
על רקע התפרקות יוגוסלביה, פרצה באפריל 1992 מלחמת בוסניה. מראשית המלחמה ועד פברואר 1996 נתונה הייתה העיר סרייבו במצור. בתחילה על ידי הצבא העממי היוגוסלבי ובהמשך על ידי צבא רפובליקה סרפסקה. הכוחות הסרביים הוצבו על הגבעות הסובבות את העיר וצבא בוסניה אשר היה בשלבי התארגנות ומצויד באופן לקוי, התקשה להתמודד עם המצב. כ-8,500 חיילים וכ-5,500 אזרחים נהרגו במהלך שנות המצור. כתוצאה מהפגזות נפגעו מבני ציבור רבים ובכללם בית הכנסת האשכנזי הגדול ובית העלמין היהודי העתיק.
הקרבות באזור העיר העמידו את בני הקהילה היהודית בסכנה. ב-1994 חולצו כ-300 מבני הקהילה, בסיוע הסוכנות היהודית וארגון הג'וינט והועברו לזאגרב. בהמשך, במהלך המלחמה ולאחריה, חולצו או עזבו כ-400 נוספים יהודים מהעיר. חלקם לא הצהירו במפקדי האוכלוסין על היותם יהודים. כ-300 עלו לישראל והשאר היגרו לטורונטו שבקנדה, לספרד, לבריטניה ולשווייץ. כמה מאות יהודים, בעיקר מבוגרים או נשואים בנישואי תערובת, העדיפו שלא להתפנות ולהמשיך ולהתגורר בעיר.
בני הקהילה היהודית שהמשיכו להתגורר בסרייבו ואשר נעזרו בארגון הג'וינט, העניקו סיוע במזון ותרופות לבני הקהילות הנוצרית והמוסלמית ואף סייעו בפינויים של כ-2,000 מהם למקום מבטחים עד שוך הקרבות. כמה עשרות פליטים מוסלמים הגיעו לישראל.
לאחר התערבות כוחות נאט"ו בלחימה תוך הפצצות על הכוחות הסרביים בבוסניה, נחתם ב-14 בדצמבר 1995 הסכם דייטון אשר שם קץ למלחמת בוסניה וקבע את קווי הגבול בין המדינות השונות שהשתתפו בלחימה. ב-29 בפברואר 1996 הכריזה רשמית ממשלת בוסניה והרצגובינה על סיום המצור. כ-70,000 אזרחי סרייבו ממוצא סרבי עזבו את העיר ועברו לשטחי רפובליקה סרפסקה, רובם לסרייבו המזרחית. בני הקהילה היהודית אשר חולצו מהעיר לא שבו אליה והשתקעו במדינות השונות. במקביל, החלה תנועת הגירה פנימית של כמה עשרות יהודים מקהילות קטנות בבוסניה אל סרייבו והם הצטרפו לקהילה המקומית.
ב-2007 התגוררו בסרייבו כ-700 יהודים. בעיר קיימת פעילות קהילתית ומ-1997 מכהן אליעזר פאפו כרב שאינו תושב של הקהילה. בית העלמין שהוקם ב-1630 עדיין קיים ומתוחזק ובמקום הוקמו שתי אנדרטאות לזכר הנספים בשואה, האחת לקהילה הספרדית והשנייה לאשכנזית. בן הקהילה סוון אלקלעי כיהן כשר החוץ של בוסניה והרצגובינה בין 2007 ל-2012.
דמוגרפיה.
בסוף המאה ה-16 הייתה הקהילה ספרדית מובהקת. עם זאת מתועדות גם מספר משפחות ממוצא אשכנזי. לאחר סיפוח בוסניה על ידי האימפריה האוסטרו-הונגרית היה גל הגירה של משפחות יהודיות ממוצא אשכנזי לסרייבו. ממפקד האוכלוסין שנערך ב-1885 עלה, כי בסרייבו התגוררו 26,268 נפשות. 60 אחוזים היו מוסלמים, 17 אחוזים היו נוצרים אורתודוקסים, 13% היו קתולים ו-10 אחוז יהודים. ב-1895 מבין 4,058 היהודים שהתגוררו בסרייבו, 3,159 היו ספרדים ו-899 אשכנזים. ב-1910 עמד מספר התושבים על 51,919 ומהם 36 אחוזים היו מוסלמים, 35 אחוזים קתולים, 17 אחוזים נוצרים אורתודוקסים וכ-12 אחוזים יהודים. עד לתום התקופה האוסטרו-הונגרית נשמר היחס המספרי בין הקהילות, כאשר הקהילה האשכנזית מונה בין חמישית לרבע מכלל יהודי העיר. שיעור היהודים בעיר סרייבו עמד על 57.55 אחוזים מכלל היהודים בבוסניה והרצגובינה.
לאחר מלחמת העולם הראשונה התחולל ביוגוסלביה משבר כלכלי וחברתי אשר הואץ בשל המשבר הכלכלי העולמי של 1929. תהליך זה לווה בהגירה פנימית אל הערים הגדולות והמבוססות יותר בממלכה ולא פסח על הקהילות היהודיות. לסרייבו הגיעו משפחות יהודיות, בעיקר ספרדיות, מקהילות קטנות כגון טראווניק אשר נתונות היו במצב כלכלי קשה. תהליך הגירה זה שינה את המאזן הדמוגרפי בין שתי הקהילות. ב-1939 התגוררו בסרייבו 8,114 יהודים (87% ספרדים ו-13% אשכנזים). ב-1940 מנתה הקהילה 9,000 נפשות, ומתוכם 8,000 היו ספרדים ו-1,000 אשכנזים. לאחר מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה 1,400 נפשות ובהמשך, עלו חלקם לישראל. בתקופה היוגוסלבית העדיפו חלק מבני הקהילה שלא להצהיר על עצמם כיהודים במפקדי האוכלוסין וכך מספרם הרשמי של בני הקהילה היה נמוך ממספרם בפועל.