משאיבדה גרמניה את סבלנותה, איים שר החוץ הגרמני יואכים פון ריבנטרופ ב-23 בנובמבר "לבטל את הכיבוש הידידותי" אם דנמרק לא תסכים לתנאיה של גרמניה. באותו יום הועמדו כוחות הורמאכט בדנמרק בכוננות ובבוקרו של יום נפגשו רנטה-פינק, סטאונינג ושר החוץ ובפגישה ציין רנטה- פינק כי לא יהיה מקום ל"תירוצים פרלמנטריים". אם תביעותיה של גרמניה לא יענו, היא "לא תוכל להיות מחויבת יותר להבטחות שנתנו ב-9 באפריל 1940" (איום במלחמה, ממשלה נאצית והעברת שטחים לגרמניה). בישיבת ממשלה שהתקיימה בצהרים הוחלט שלא להיעתר לדרישות הגרמניות. סקווניוס נסע ברכבת לברלין ולאחר לחצים רבים מצדם של הגרמנים חתם על ההסכם. השגריר האיטלקי שנכח במעמד החתימה ציין כי סקווניוס נראה כמו "דג מחוץ למים" ולא הבין כיצד הגיע למעמד זה. בשובו לקופנהגן וכשנודע על דבר החתימה, התעורר זעם בציבור והפגנות נערכו מול בניין הפרלמנט והגיעו הדברים לידי כך ששר המשפטים ציין כי לא היה רוצה לראות את שוטרי משטרת דנמרק מכים סטודנטים ששרים שירים פטריוטיים. בישיבת ממשלה שכונסה ביקש סקווניוס שתיפול החלטה אחת ולתמיד מהם הקווים האדומים של ממשלת דנמרק בנוגע ליחסיה עם גרמניה. לאחר ויכוח ארוך הוחלט שקיימים שלושה קווים אדומים: לא יחוקקו חוקים מפלים כנגד היהודים, דנמרק לא תצטרף למדינות הציר ואף אחת מיחידותיו של הצבא הדני לא תשתתף בלחימה כנגד צבא זר כל שהוא. למרבית ההפתעה הסכים סקווניוס לתנאים אלה ללא היסוס.
תקרית המברק.
בשנת 1942 שלח אדולף היטלר מכתב ברכה למלך כריסטיאן ליום הולדתו. המלך השיב במברק קצר בלשון : "רוב תודות, המלך כריסטיאן" (Spreche Meinen besten Dank aus. Chr. Rex). היטלר יצא מדעתו מרוב עלבון. הוא ציווה על ורטה-פינק לשוב מברלין והכריז על שגריר דנמרק בגרמניה כעל אישיות בלתי רצויה. תקרית זו הייתה אחד הגורמים למינויו של סקווניוס כראש ממשלה מתוך תקווה של הגרמנים שהוא יוביל מדיניות של שיתוף פעולה עם הגרמנים. כמו כן הצטוו שארית כוחות הצבא הדני לפנות את יוטלנד.
המחתרת הדנית.
עם התקדמות המלחמה נעשה הציבור הדני יותר ויותר עוין את הגרמנים. החיילים הגרמנים שהוצבו בדנמרק מצאו את רוב רובה של האוכלוסייה קרירים ומרוחקים כלפיהם מתחילת הכיבוש, אך רצונם לשתף פעולה גרם למערכת היחסים להיות יעילה. הממשלה עשתה מאמצים להרתיע את אזרחיה מלבצע מעשי התנגדות אלימה וחבלה כלפי הכיבוש, אך בסתיו 1942 מספר פעולות ההתנגדות האלימה גדל בהתמדה עד לנקודה שבה בפעם הראשונה הכריזו הגרמנים על דנמרק כעל "טריטוריה עוינת". לאחר הקרב על סטלינגרד ולאחר קרב אל-עלמיין השלישי, פעולותיה של המחתרת, האלימות והסמליות, נעשו תדירות יותר ויותר.
במרץ 1943 התירו הגרמנים לקיים בחירות כלליות. אחוז ההצבעה עמד על 89.5%, הגבוה ביותר בכל ההיסטוריה של דנמרק ו-94% מהמצביעים נתנו את קולם לאחת מהמפלגות הדמוקרטיות שדגלו במדיניות שיתוף הפעולה, בעוד ש-2.2% הצביעו עבור "מפלגת האחדות הדנית" (Dansk Samling), שהתנגדה לשיתוף הפעולה עם הגרמנים. 2.1% הצביעו עבור המפלגה הנאצית הדנית, אחוז דומה ל-1.8% האחוזים שזכתה המפלגה בבחירות של שנת 1939. קיומן של הבחירות, אי-שביעות רצון כללית והתחושה והתקווה שגרמניה תובס במלחמה, גרמו לפריצתן של שביתות והפרות סדר בקיץ 1943. ממשלת דנמרק סירבה לדון בנושא באופן שיספק את הגרמנים, שב-28 באוגוסט 1943 הטילו אולטימטום על הממשלה, שכלל את הדרישות הבאות: איסור על התכנסויות, איסור על שביתות, הטלת עוצר, צנזורה שתבוצע על ידי הגרמנים, הפעלתם של בתי דין צבאיים גרמנים והטלת עונש מוות במקרה של מעשי חבלה. בנוסף, הוטל על העיר אודנסה לשלם קנס של מיליון קרונות בשל הריגתו של חייל גרמני שמצא את מותו בעיר, וכדי להבטיח את התשלום הוחזקו תושבי העיר כבני ערובה.
הממשלה סירבה לדרישות אלה וב-29 באוגוסט, במסגרת מבצע ספארי, פיזרו הגרמנים באופן רשמי את ממשלת דנמרק והטילו ממשל צבאי על המדינה. הממשלה הגישה את התפטרותה למלך וכיוון שהמלך מעולם לא קיבל את ההתפטרות באופן רשמי, הממשלה תפקדה דה יורה עד תום המלחמה.
בידיעתם שצפויה התקפה גרמנית על רציפי נמל קופנהגן, הנחה הצי המלכותי הדני את קברניטי הספינות שלו להתנגד לכל ניסיון גרמני להשתלט על הספינות. הצי הצליח להטביע 32 מהספינות הגדולות שלו, בעוד שהגרמנים הצליחו לשים את ידם על 14 מהספינות הגדולות ועל 50 מהקטנות יותר. בהמשך הצליחו הגרמנים למשות מהמים ולהשמיש 15 מהספינות הטבועות. במהלך הטבעת הספינות הצטוו כמה מהספינות לנסות ולהימלט למימיה של שוודיה ו-13 ספינות הצליחו בכך, כשארבע מתוכן היו ספינות גדולות. שתי ספינות נשארו במים הבטוחים של גרינלנד. בסתיו 1944, היוו ספינות אלה את שייטת הצי הדני בגלות. ב-1943 התירו הרשויות השוודיות ל-500 חיילים דנים ששהו בשוודיה להתאמן ככוח משטרתי. בסתיו 1944 העלתה ממשלת שוודיה את מספר החיילים ל-4,800 והכירה ביחידה כבריגדה דנית בגלות שנקראה "הבריגדה הדנית בשוודיה". שיתוף הפעולה עם הגרמנים המשיך ברמה האדמיניסטרטיבית, והפקידות הדנית המשיכה לתפקד תחת הממשל הגרמני.
בספטמבר 1943 התאגדו מספר קבוצות התנגדות יחדיו לתיאום פעולות התנגדות. אחד ממנהיגי ההתנגדות הבולטים היה השר לשעבר ג'ון כריסמס מולר (John Christmas Møller) שב-1942 הפליג לאנגליה ונעשה לאחד מקובעי דעת הקהל הפופולריים ביותר כאשר שידר לדנמרק באמצעות ה-BBC.
הצלת יהודי דנמרק.
לאחר נפילת הממשלה נחשפה דנמרק למידה נרחב של אימת השלטון הנאצי. באוקטובר החליטו הגרמנים לפנות את כל היהודים מדנמרק, אך הודות למידע שדלף בסיועו של הנספח הימי הגרמני בדנמרק גאורג פרדיננד דוקוויץ, שנודע לו מפי בסט על הכוונה לגרש למחנות ריכוז את כל יהודי דנמרק, הסתתרו היהודים אצל ידידים דנים ובמבצע מאורגן של המחתרת הדנית פונו כמעט כל היהודים לשוודיה הנייטרלית.
במקביל, נעשו מעשי החבלה של המחתרת תכופים יותר ורציניים יותר. אחת ההצלחות של המחתרת היו כאשר ביום הפלישה לנורמנדי, בוצעו הפרעות לפעולתה של רשת הרכבות בדנמרק ובכך עוכבה הגעתם של תגבורות גרמניות לנורמנדי. ממשלה מטעם המחתרת הוקמה והעיתונות המחתרתית החלה לפרוח. ממשלות בעלות הברית, שהיו עד אז ספקניות בנוגע לנכונותה של דנמרק להילחם בגרמניה, החלו להכיר בדנמרק כבעלת ברית אמיתית.
בינואר 1944 הציע מזכיר משרד החוץ הדני נילס סוונינגסן (Nils Svenningsen) שיוקם מחנה מעצר בתחומי דנמרק כדי למנוע את גירושם של אזרחים דנים לגרמניה. ורנר בסט הסכים להצעה אך התנה זאת בכך שהמחנה יבנה בקרבת הגבול. מחנה המאסר פרוסלב (Frøslev) נפתח באוגוסט 1944. המחנה נועד ליהודי דנמרק המעטים שנותרו ולאסירים אחרים. לגסטפו היה אמון מוגבל מאוד במשטרה הדנית שמנתה כ-10,000 איש. 1960 מתוכם נעצרו וגורשו לגרמניה ב-19 בספטמבר 1944.
כלכלה.
דנמרק סבלה מבעיות כלכליות קשות במהלך המלחמה. כלכלת המדינה נפגעה באופן יסודי עקב עליית מחירי חומרי הגלם המיובאים כמו פחם ונפט. יתר על כן, קשרי המסחר העיקריים שלה עם בריטניה נותקו. במהלך שנות הכיבוש יישרה הכלכלה הדנית קו יותר ויותר עם הצרכים של גרמניה, בעיקר בתחום הייצור החקלאי. הרשויות הדניות לקחו חלק פעיל בפיתוח ואף יזמו משא ומתן על איחוד מכסים. המשא ומתן נפסק כשעלתה השאלה אם הקרונה הדנית תבוטל.
הסגר שהוטל על גרמניה השפיע בצורה משמעותית גם על דנמרק. מאחר שלרשות המדינה לא עמדו מקורות נייטרליים, היא הייתה מושפעת מהמחסור ומעליות המחירים. הממשלה צפתה מראש את המחסור בנפט ובפחם ואגרה כמויות מסוימות לפני המלחמה ויחד עם הקיצוב שהונהג מנע בעיות רבות בזמן המלחמה. ההפרעות לסחר עם אירופה פגעו גם הן בכלכלה, אך באופן יחסי היה מצבה של דנמרק טוב בהשוואה למצבן של ארצות אחרות. עקב הצלחתם של מגזרים מסוימים בדנמרק לשרוד בזמן המלחמה, המדינה הואשמה שהיא עודדה ספסרות. לאחר המלחמה נעשו מאמצים למצוא ולהעניש ספסרים, אך התוצאות של המשפטים שהתקיימו היו חמורות הרבה פחות בהשוואה למשפטים דומים שנערכו במדינות אחרות.
סוף המלחמה.
רובה של דנמרק שוחרר מעול הגרמנים במאי 1945 על ידי כוחות בריטיים בפיקודו של הפילדמרשל ברנרד לו מונטגומרי. האי המזרחי בורנהולם שוחרר על ידי הסובייטים, שנשארו בו במשך שנה.
אף על פי שנחסכו מדנמרק רבים מהקשיים שחוו מדינות אחרות, עדיין חוותה אוכלוסייתה מצוקה, במיוחד לאחר שהגרמנים תפשו באופן מלא את השלטון ב-1943. יחד עם זאת ניתן לומר באופן כללי שדנמרק הייתה המדינה שסבלה הכי פחות מכל המדינות שהיו מעורבות במלחמה. רבים נהרגו ונאסרו בשל התנגדותם לשלטונות הכיבוש הגרמנים. מעט מאוד מטרות נבחרות הופצצו במהלך המלחמה, אך לא ניתן להשוות זאת לסבל שעברה שכנתה של דנמרק, נורווגיה או הולנד. אזור אחד שניזוק באופן מיוחד היה האי בורנהולם בעיקר עקב ההפגזות שבוצעו על ידי הסובייטים כנגד חיל המצב שם.