גרסות שונות לגבי תאריך פטירתו ומקום קבורתו.
בשנת תקצ"ו (1836) פרסם הרב מרדכי שמואל גירונדי ביוגרפיה של הרמח"ל בכתב עת ב"כרם חמד" כרך ב'. במאמרו הביא עדות לכאורה הידועה בשם "איגרת רבני טבריה" שטוענת שהרמח"ל נקבר בטבריה. האיגרת אינה בנמצא והוכחה כמזויפת כיוון שנכתבה באירופה ולא על ידי רבני טבריה. כעבור 17 שנה מפרסום המאמר, בשנת 1853 פרסם גירונדי את ספרו הגדול "תולדות גדולי ישראל", הסוקר את כל "תולדות גדולי ישראל ובפרט גאוני אטליה ורבני פאדובה". בספרו שילב הרב את ספר "זכר צדיקים לברכה" למוהר"ר חננאל ניפי זצ"ל, "שהעתקתי מכתיבת יד הרב המחבר עצמו, וצרפתיו בכור שכלי למלאות את דבריו". הרב גירונדי עצמו מעיד שהביא את עדותו המשוכתבת של הרב ניפי. עדותו המקורית של הרב ניפי שרדה בכתיבת יד תלמידו בכתב היד "טובי אודיע" וזה לשונה:
הרב משה מלכי (מלאכי) הנזכר גר בצפת, שימש ברבנות והנהיג קהילה, יצא לשליחויות שד"ר מטעמה בערי אירופה, גייס וריכז את התרומות וחילץ את צפת מקשיה ושפלותה. בשנת ה'ת"ק, חלה הרב מלכי, חצי מגופו השתתק ונאלץ לפרוש מפעילותו הציבורית. כובד המיסים, מלחמות ומגפות גרמו לרבים מיהודי צפת לעזוב את העיר ובתוכם גם הרב מלכי שעבר בשנת תק"א לגור בעכו, ושם פגש את הרמח"ל שהגיע אליה בשנת תק"ד (1743). הרב מלכי העיד שקבר את רמח"ל, וכשנתיים ורבע לאחר מכן - בסוף חודש אלול תק"ו (1746) - הסתלק הרב מלכי לבית עולמו. מעדות הקבורה ומשאר העדויות עולה שרמח"ל נפטר בשנת תק"ד – ולא כפי שסברו עד עכשיו. העדר אגרות, עדות ראִיה אחרונה מחודש כסלו תק"ד ועדות הרב שקבר אותו תומכות בקביעה. כשנתיים לאחר פטירת הרמח"ל נפטר הרב מלכי ומצבתו מזוהה וברורה בבית העלמין היהודי בכפר יאסיף וצמודה למצבת קברו של הרמח"ל. הסיבה לקבורתם בבית הקברות היהודי העתיק בכפר יאסיף ולא בעכו, נבעה בשל הספק ההלכתי שהעיר עכו איננה בתחומי ארץ ישראל.
הטענה שהרמח"ל נקבר בטבריה ליד קברו של התנא רבי עקיבא הוכחה כחסרת בסיס ובדויה. ע"פ כל ספרי המסעות ועדויות הנוסעים עולה בבירור כי הציון בטבריה נבנה לראשונה בשנות השלושים של המאה הקודמת. בנוסף, נמצאה תמונת גלויה השוללת את טענת קבורתו בטבריה.
השפעתו לדורות.
במשך השנים שאחרי מותו והכרת גדולתו בתורה מתוך הכתבים ששרדו, גוועו לחלוטין ההאשמות נגדו והוא הפך לנערץ על כל פלגי היהדות. בן דורו הצעיר ממנו, הגר"א (שנולד כ-13 שנים אחריו והאריך חיים כ-50 שנה יותר ממנו), העריץ את שיטתו הקבלית ולמדהּ בשקידה. האגדות מספרות כי לבש בגדי חג כאשר הגיע אליו ספרו של הרמח"ל "אדיר במרום", אף החסידות ומאוחר יותר משנתו של הרב קוק ותלמידיו הושפעו ממנו, גם אם בצורה פחות מפורשת. בתולדות חייו שפורסמו בשנים מאוחרות, הושמטו לעיתים אזכורי המחלוקת הגדולה שהייתה בחייו לגביו, אם מתוך שגוועה ואיננה רלוונטית יותר, ואם מתוך רצון למנוע קטרוג אודות רודפיו.
למרות ההתנגדות העזה אליו בימי חייו ולמרות החרם של רבני ונציה, הכרת גדולתו וכתביו לאחר מותו השפיעו רבות על תנועות שונות ביהדות - מזמנו ועד היום:
על השפעתו כתב חיים נחמן ביאליק:
בדומה לכך כתב הרב דוד כהן, "הרב הנזיר", כי תנועת החסידות, המוסר וההשכלה "שהיו עוינות זו לזו, כולן שמו להן בראשן את הרמח"ל".
במחצית השנייה של המאה העשרים זכתה תורתו של הרמח"ל לתפוצה רחבה ולהדפסות רבות. הרב אליהו דסלר עודד את לימוד כתביו, ותלמידו רבי חיים פרידלנדר הוציא את רוב כתבי הרמח"ל בשמונה חלקים. גם יוסף אביב"י הוציא מספר חיבורים של הרמח"ל וכתב עליו, ובפרט את מהדורתו לשרידי זוהר תנינא, שרובו נשמד בזמן הפולמוס. הרב מרדכי שריקי, ראש מכון הרמח"ל מוציא כיום לאור מחדש את החיבורים, בתוספת פירושים, הערות ומבואות, וכן הרב דויד שלם ראש ארגון "קהילת הרמח"ל" מנגיש את כתביו במהדורות דיגיטליות, וכן בחקירת כתביו בספרים ומאמרים מודפסים.
הגותו.
תורת האר"י עוסקת בפרוטרוט במבני המרכבה האלוהית, שהיא דרך הנהגת העולמות, על ידי משלים מן העולם התחתון (בפרט גוף האדם) וצירופי אותיות. אולם לא מבוארת הכוונה הפנימית בכל המבנים האלה. קבלת הרמח"ל מנסה לחשוף את הנמשל של קבלת האר"י, על ידי הסבר מהותו של כל רכיב בהנהגה ותפקידו במערכת הכללית (פירוט הדברים כתובים בפרט בספר קל"ח פתחי חכמה, ועיקרם כתובים בתחילת ספרו מסילת ישרים).
על פי הרמח"ל, אלוהים הוא במהותו הטוב הגמור, שאין טוב אחר כמוהו כלל, שולט יחיד, ואין רצון אחר בלעדיו. מכיוון שדרך הטוב היא להיטיב, ה' חפץ לגרום הנאה לזולתו, ולכן ברא את העולם, שיהיה מי שיהנה מטובו על ידי דבקות בו. אולם היות שהוא טוב אינסופי, הוא שואף להעניק טוב מוחלט, שהוא הטוב שלו עצמו, ולכן גזר שההטבה לנבראיו תהיה דבקותם בו והתענגותם עליו. לכך גם ברא את העולם הבא שבו מרגישה נפש האדם תענוג רוחני ודבקות בו.
על מנת שהטוב הזה יהיה שלם, ויהיה שייך לנברא בעצמו ולא רק לאלוהים, גזר שהנברא יקנה את השלמות בכוחות עצמו, על ידי בחירה אישית ומעשים. ולכן ברא עולם שיהיו בו גם טוב וגם רע, ואת המשיכה של האדם הן לטוב והן לרע, כך שיוכל על ידי בחירתו הטובה להגיע לשלמות ולהידבק בבורא. קיום המצוות מפיץ על האדם את אור פני ה' שהוא שלמותו, ואילו ביצוע עבירות מושך טומאה מכוחות הרוע שמאפיל וחוסם אור זה. מכיוון שכל תכלית בריאת האדם היא להידבק בה', ראוי שלא תהיה לאדם תכלית אחרת בחייו אלא זאת, ושיכלכל את כל מעשיו רק למטרת השגתה.
בספרים דעת תבונות וקל"ח פתחי חכמה מסביר הרמח"ל כי מכל היבטי שלמותו של אלוהים, השלמות שבחר לגלות היא דווקא שלמות הייחוד - שהבורא הוא היחיד ששולט בכל מאורעות העולם ושאין כוח אחר מלבדו. הסיבה לכך היא כיוון שמידת הייחוד היא המאפשרת את קיום הרע ולפיכך גם את הבחירה, וממילא את הטוב הנצחי.
זוהי הגדרה בדרך השלילה, מכיוון שלא ניתן לומר על הבורא שום דבר מלבד שהוא יחיד: הוא אינו חזק, חלש, גדול או קטן כי הוא מושגים אלו שייכים לעולם החומר. הוא אינו שמח ואינו כועס כי הוא לא תלוי בציר הזמן ולכן אין בו שינוי. בעצם מה כן ניתן לומר על הבורא ? שהוא כן קיים, אם כי באופן שאיננו מבינים, ושהוא לא כל ההגדרות ששנינו קודם, הגדרות תלויות חומר, זמן או מקום. כל שנותר לומר עליו זה שהוא יחיד. אם כן, זו הגדרה בדרך של שלילת כל השלמויות המוכרות לנו.
במידת הייחוד ניתן לחשוף את הטוב רק באמצעות נתינת מקום להיפוכו, כלומר לכוחות הרע, וביטול האפשרות הזאת מגלה את ייחודו. זאת מכיוון שהרוע הוא העדר גילוי ייחודו, וככל שיותר טוב כך ייחודו מתגלה יותר.
עם זאת, הייחוד הוא המעלה היקרה ביותר שבו, שתלויה בהכרח מציאותו. אם כן כל תהפוכות ההיסטוריה ("הגלגל הסובב" בלשון הרמח"ל) מוליכות אל גילוי הייחוד הזה, לעיתים דווקא על ידי הגברת הרע. וסופו להתגלות בימות המשיח כשאז יתענגו הנשמות על השלמות שהתגלתה.
מכאן הרמח"ל מסביר כי יש שתי הנהגות שפועלות במקביל - הנהגת הייחוד הנצחית המגלה את שלמות הבורא ובאמצעותה מגיעים לתכלית הדבקות בו, והנהגת המשפט הזמנית המענישה וגומלת לפי מעשי בני האדם כדי לזככם ולהכינם לגילוי הנהגת היחוד. הוא מסביר כי הנהגת המשפט היא אמנם הכרחית לעולם שיש בו טוב ורע, אבל היא בעצמה רעה ונבראה כתוצאה מקלקולי הבריות, ע"כ אינה נצחית ועתידה להתבטל, כי אלוהים חפץ בשלמות כל נבראיו ולא שיהיו חוטאים ונשכרים. כמו כן הוא מסביר שהנהגת המשפט נובעת מהנהגת האהבה, כאב האוהב את בנו ולכן מייסרו, ולכן היא ממותקת.
על אף הגותו הקבלית היה הרמח"ל בצעירותו מגולח זקן (ככל מקובלי איטליה), ולבוש בבגדי רקמה כמקובל בתקופת הרנסאנס, כפי שעולה מהכפשות טענות מתנגדיו באגרות.
יצירתו הספרותית.
הרמח"ל חיבר שירים עם תכנים יהודיים בצורות של השירה האיטלקית, ק"ן מזמורי תהלים בעקבות ספר תהלים, אולם עיקר השפעתו הייתה במחזותיו, אשר שימשו כמודל לחיקוי עבור משוררי הדורות הבאים (פרנקו מנדס, יוסף האפרתי, שלום הכהן, אד"ם הכהן, יל"ג, ואחרים). אפילו "אהבת ציון" מאת אברהם מאפו, הרומן העברי הראשון, פסגת ספרות ההשכלה, נכתב בהשראת מחזותיו. גם לאחר שהספרות העברית פנתה לכיוונים אחרים, נערים המשיכו לקרוא ולהתבשם ממחזותיו. כך כתב ביאליק: "מי אשר לא מילא בנעוריו את אזניו ואת נפשו משפת חזיונות הרמח"ל ומתרועת בקרה - הוא לא ידע מה קול עברי נקי וזך מימיו". לפיכך, פישל לחובר, חוקר תולדות הספרות העברית בצדק החשיב את הרמח"ל לאבי הספרות העברית החדשה. חוקר תולדות הספרות העברית, אהרון בן אור, כתב:
"מעשה שמשון", יצירתו הראשונה של הרמח"ל, עוקבת אחרי דמותו התנ"כית של שמשון ועל מאבקיו ביצרים ובתשוקה שמקרבים אותו אל דלילה.
מחזהו השני נקרא "מגדל עוז" או "תומת ישרים". זו יצירה פסטורלית, דומה בצורתה ובסגנונה לפסטורליות האיטלקיות של גואריני וטאסו, ואף מושפעת מהמשורר הפורטוגזי קמואש, אולם מלאה בחן עברי ותוכנה מבוסס על משל קבלי. הרועה איש הטבע "דל הוא ואך שמח" אין הוא מעוניין בכספי העשירים, אשר "ברבות זהבם, ירב אויב בקרבם", ואין הוא משועבד לחוקי המעמדות החברתיים המפריעים למימושה של אהבה: "עלמה אשר תיטב בעיניו שמה, עלמה אשר תיתן לחלקו חשק, בה יעלוז ליבו, כי זה לעומת זה, ומפריד אין. יתעלסו יתענגו לבטח". המחזה עוסק באהבתם של שלום ושלומית, בת המלך, שהמלך הבטיח שתנשא למי שיצליח להגיע אל ראש מבצר ללא פתח, ואל ראשו הגיע שלום. מול האהבה עומדים חורשי המזימות והמקנאים המנסים להתנכל לה. יש שמצאו במחזה נמשל, אף שחובר עוד לפני הפולמוס הגדול: בת המלך היא הקבלה, ושלום הוא אולי הרמח"ל עצמו. המחזה נגנז והוצא לאור רק מאה שנה אחר כך.