אלבוס דמבלדור, גדול הקוסמים של המאה, שהביס לא מזמן את הקוסם האפל גלרט גרינדלוולד ובנוסף לכך נודע גם בתור האדם היחיד שוולדמורט מפחד מפניו, החליט לפעול כנגד מעשיו המסוכנים. לשם כך הוא הקים את המסדר - אליו הוא אסף הילאים ממשרד הקסמים, אנשים שנפגעו מוולדמורט בעבר, או אנשים שהזדהו עם מטרותיו של דמבלדור. לצורך פעילות המסדר הוא פיתח שיטה שבה חברי המסדר יוכלו לתקשר אחד עם השני בעזרת פטרונוסים מדברים.
עם זאת המלחמה לא הייתה קלה. אוכלי המוות שעד כה הפנו את שרביטיהם כנגד מוגלגים ובני מוגלגים החלו לפעול גם נגד חברי המסדר אותם ראו כ"בוגדי דם". היתרון המספרי במאבק היה בבירור לצד אוכלי המוות: היחס היה 20 אוכלי מוות על חבר מסדר אחד לערך. למרות זאת המסדר המשיך להילחם בגבורה, חלק מחבריו הקריבו את חייהם בקרב, וחלק הצליחו לחמוק מוולדמורט ותומכיו - וחלקם עשו זאת מספר פעמים (דוגמת בני הזוג פוטר ובני הזוג לונגבוטום).
תבוסתו הראשונה של וולדמורט.
מפלתו הראשונה של וולדמורט הגיעה כתוצאה מכך שניסה לרצוח את בנם של בני הזוג פוטר - הארי, וקללת ההרג שבה השתמש חזרה אליו. וולדמורט ניסה לרצוח את הארי פוטר בהיותו תינוק, כיוון שנודע לו מפי אחד ממשרתיו, סוורוס סנייפ, על נבואה שבה נובא כי זה שיצליח להביס את אדון האופל ייוולד לאלה שחמקו מוולדמורט שלוש פעמים. וולדמורט, שחשב שמדובר בבני הזוג פוטר, שם אותם כמטרה, ולמרות לחש הפידליוס שהוטל כדי להגן עליהם, וולדמורט הצליח (בעזרת משתף פעולה: פיטר פטיגרו, חבר ילדות של בני הזוג פוטר ומרגל למען וולדמורט) למצוא את מקום מסתורם, רצח את בני הזוג, ושם התפרק לרסיסים ואיבד את גופו הגשמי כאשר קללת ההרג שאותה ניסה להטיל על הארי חזרה אליו. אירוע זה היה האירוע שסיים את מלחמת הקוסמים הראשונה. כשרוב תומכיו של הלורד וולדמורט לא ראו עניין להמשיך להילחם בהיעדרו.
בין שתי המלחמות.
סוורוס סנייפ, שבזמן שהעביר את הידיעה על הנבואה לוולדמורט, ביקש ממנו לרחם על לילי פוטר, שהייתה אהבת נעוריו בימי לימודיו בהוגוורטס. כיוון שוולדמורט רצח אותה בכל זאת, סנייפ בחר להצטרף למסדר ולפעול כנגד רוצחה של לילי פוטר. כשהוא מעמיד פנים לוולדמורט שהוא עושה זאת כדי לרגל אחרי דמבלדור, שימש סנייפ למעשה כסוכן כפול.
חבר הילדות של בני הזוג פוטר, סיריוס בלק, ששימש כשומר הסוד שלהם עד שהוחלף על ידי פיטר פטיגרו, יצא להתעמת עם חברו לשעבר ולנקום בו על בגידתו בפוטרים. במהלך העימות פיטר פוצץ רחוב מלא במוגלגים, הורג 12 מהם ומזייף את מותו תוך כדי. כיוון שהרוצח האמיתי זייף את מותו, רשויות אכיפת החוק של משרד הקסמים הטילו את האשמה על סיריוס, והוא נשלח ללא משפט למאסר עולם בכלא הקוסמים אזקבאן.
יחד עם סיריוס, הושלכו אל בית הסוהר אוכלי מוות רבים שביצעו פשעים איומים בשמו של אדון האופל. ביניהם היו ארבעה אוכלי מוות בשם בלטריקס, רודולפוס ורבסטאן לסטריינג', וברטי קראוץ' הבן, שחטפו את בני הזוג לונגבוטום ועינו אותם ממושכות בקללת קרושיאטוס במטרה להוציא מהם מידע על מקום הימצאו של אדונם לשעבר. בעקבות כך לבני הזוג נגרם נזק מוחי לצמיתות.
למרות שבאופן רשמי סיומה של מלחמת הקוסמים הראשונה הייתה גם סופה של פעילות המסדר, דמבלדור חשד שוולדמורט לא נעלם סופית, ויום יבוא והוא ישוב לגופו הגשמי וינסה להשלים את משימתו שבה כשל - הריגתו של אויבו הנצחי מאותה הנבואה, הארי פוטר. לשם כך הוא מינה קבוצה של חברי מסדר לשעבר לשים עין על הארי בילדותו, והם אכן עשו כך עד שהארי התחיל את לימודיו בהוגוורטס.
שובו של לורד וולדמורט.
בסופו של דבר, ובסיועם של זנב תולע וברטי קראוץ' הבן, וולדמורט הצליח לחזור אל גופו הגשמי. באותה ההזדמנות הוא לחם בהארי וניסה להרוג אותו, אבל כשל בכך, והארי נותר בחיים כדי להתריע על שובו של וולדמורט. כתוצאה מכך דמבלדור החליט להקים את המסדר מחדש, ובעזרתו של סיריוס בלק, שהצליח לברוח ממאסר השווא שלו באזקבאן, הצליח לגייס את מרבית חבריו תוך פחות משעה. סיריוס הוא גם זה שהציע את בית משפחתו הישן בכיכר גרימולד מספר 12, לונדון כמפקדה עבור חברי המסדר.
עם זאת, בניגוד לתקופת פעילותו הקודמת של המסדר, היחסים עם משרד הקסמים ירדו באותה תקופה לשפל המדרגה. הסיבה הייתה כיוון שקורנליוס פאדג', מי ששימש באותה העת שר הקסמים בבריטניה, סירב להאמין לדיווחיו של דמבלדור כיוון שחשב שכל זה הוא בעצם מזימה של דמבלדור להדיח אותו ממשרת השר ולהשתלט עליה בעצמו (למרות שדמבלדור כלל וכלל לא רצה בכך). בעקבות כך, משרד הקסמים וערוצי התקשורת החלו במסע הכפשה נגד דמבלדור (והארי פוטר) בניסיון להציג את דמבלדור כסנילי (ואת הארי כמטורף), דבר שהקשה על פעילות המסדר ואילץ רבים מחבריו לפעול במחתרת. הפעילות באותה העת הייתה בעיקר איסוף מידע על מעשיהם החשאיים של וולדמורט ותומכיו: גם הם לא העזו לפעול בציבור, לאחר שהארי פוטר חמק מצפורניו של וולדמורט בליל היוולדו מחדש והתריע את דמבלדור על שובו.
עם זאת, לאחר שוולדמורט וחסידיו פרצו בגלוי למשרד הקסמים במטרה לגנוב את רישום הנבואה שעסקה בהארי פוטר, שם לחמו כנגד קבוצה של תלמידי הוגוורטס נבחרים בראשות הארי פוטר ובחלק מחברי המסדר - אירוע שנודע בשם "הקרב במחלקת המסתורין" - משרד הקסמים לראשונה עומת עם העובדות שדמבלדור ניסה להציב בפניהם, והיה בהלם נוכח שובו של וולדמורט. גילוי עובדת שובו לפעילות של אדון האופל היה המאורע שהפך את הלחימה מסמויה לגלויה, והיה בעצם האירוע שפתח את מלחמת הקוסמים השנייה.
מלחמת הקוסמים השנייה.
לאחר הקרב, פאדג' אולץ להתפטר ממשרתו כשר הקסמים והוחלף על ידי רופוס סקרימג'ר, ראש לשכת ההילאים לשעבר, שהנהיג קו תקיף יותר כלפי פעולותיהם של אוכלי המוות - שהפכו מאותו הרגע לגלויות: זריעת הרס וחורבן ככל האפשר בעולם המוגלגים והקוסמים גם יחד. עם זאת, גם סקרימג'ר היה חשדן לגבי פעולות המסדר - ופעולותיו של דמבלדור בפרט - שבאותו זמן החל לחנוך אישית את הארי, וללמד אותו על ההורקרוקסים של וולדמורט: חפצי קסם אפלים שבאמצעותם וולדמורט השיג את סוד האלמוות. למרות זאת חלק מחברי המסדר המשיכו לקיים את פעולותיהם. רמוס לופין למשל, ירד למחתרת כדי להשיג מידע על אחיו, אנשי-הזאב, ולגייס אותם לפעולה כנגד וולדמורט. חלק מחברי המסדר השגיחו על הנעשה בבית הספר, ואף הגנו על בית הספר בזמן אירוע פלישת אוכלי המוות לטירה בסוף הספר השישי - ששיאה היה "הקרב במגדל האסטרונומיה", בו נהרג דמבלדור מידיו של עמיתו לעבודה ולמסדר, סוורוס סנייפ.
לאחר מותו של דמבלדור, ההילאי לשעבר אלאסטור "עין הזעם" מודי נטל את הפיקוד על המסדר. הוא שלח שניים מחברי המסדר, הסטיה ג'ונס ודדאלוס דיגל, למלט את הדרסלים קרוביו של הארי אל מקום מסתור, כדי שלא יהוו מטרה עבור אוכלי המוות, ולאחר מכן תכנן דרך פעולה למלט את הארי למקום בטוח יותר לפני שיגיע לבגרות, וכך תפוג ההגנה שהעניקה לו אמו לפני מותה. מודי, שלא סמך על משרד הקסמים עקב ריבוי העובדים המשתפים פעולה עם וולדמורט, תכנן למלט את הארי בעזרת אמצעי תחבורה שלא נתונים למעקב אחרי משרד הקסמים, כאשר חלק מחברי המסדר יהיו מחופשים להארי על ידי שיקוי פולימיצי כדי לבלבל את האויב. למרות זאת, הם נקלעו למארב מתוכנן של אוכלי המוות, ובמהלך המאורע, שזכה לכינוי "קרב שבעת הפוטרים", נהרג מודי על ידי אוכלי המוות.
כמה ימים לאחר מכן, נפל גם משרד הקסמים כולו לשליטתו של וולדמורט, לאחר שאוכלי מוות חטפו ורצחו את שר הקסמים סקרימג'ר, והעמידו בראש המשרד את אחד מעושי דברם: פאיוס ת'יקנס, שפועל תחת השפעת קללת אימפריוס. אירוע זה מתרחש במהלך חתונתם של ביל ויזלי ופלר דלאקור, והשליטה במשרד הקסמים מאפשרת לוולדמורט להסיר את הכישוף המגונן על בית משפחת ויזלי - כתוצאה מכך אוכלי המוות פושטים על החתונה במטרה לתפוס כמה שיותר חברי מסדר. הנהגתו של וולדמורט במשרד הקסמים מחוללת שינויים רבים. ראשית, בני מוגלגים (הקרויים "בוצדמים" בפי אוכלי המוות) לא נחשבים לקוסמים, והתפישה היא שאת שרביטם הם גנבו במזיד מקוסם או מכשפה אחרים ואת כוחות הקסם הם השיגו בדרכים לא כשרות. בתחילה הם נדרשו להירשם, וכעת הם עוברים משפטים לבירור מצב דמם. חברי מסדר רבים קיבלו מעמד של "בוגדי דם", דבר שאילץ את המסדר להפסיק את פעילותו הגלויה ולרדת למחתרת. הארי פוטר עצמו סומן כ"גורם שלילי מספר 1", ונאסר על פי חוק לעזור ולסייע לו.
למרות הכל, המשיכו חלק מחברי המסדר לפעול בצורה חתרנית. חלק מחברי המסדר ניהלו תחנת רדיו מחתרתית בשם "מבט לפוטר" שעידכנה את עולם הקוסמים בזוועות שאותן מחולל וולדמורט. באותו הזמן, הארי, רון והרמיוני מנהלים מסע ברחבי בריטניה לחיפוש והשמדת ההורקראקסים של וולדמורט, במטרה להחליש אותו ולהפוך אותו שוב לבן-תמותה.
המסע מוביל את שלושת החברים חזרה אל בית הספר הוגוורטס, שם הם מתוודעים לפלישה המונית אפשרית לבית הספר מצד אוכלי המוות. נוויל, שהנהיג בעצמו קבוצה מחתרתית כנגד שלטון אוכלי המוות בהוגוורטס, יצר קשר עם חברי המסדר בוגרי בית הספר, ואלו נערכו ביחד עם מורי בית הספר וחלק מתלמידי בית הספר שהורשו להשתתף בקרב, להגנה על בית הספר מפלישת אוכלי המוות. הקרב היה קשה ואכזרי, משום שוולדמורט ציווה על כל אחד ואחד מאוכלי המוות ועושי דברו להשתתף בפלישה. מגני הטירה, ביניהם חברי המסדר, נלחמו באומץ לב, וחלקם נפלו בקרב על הגנת בית הספר.
הקרב הסתיים כאשר הארי פוטר, שניצל בפעם השנייה מהקללה הממיתה של וולדמורט, איתגר את וולדמורט לדו-קרב פנים אל פנים והביס אותו. תבוסתו ומותו הסופי של וולדמורט הייתה האירוע שסיים את מלחמת הקוסמים השנייה.