בשנת 1994 החלה בערוץ רצועת השידור "6+", אשר שודרה בשעות הערב וכללה בעיקר סדרות מיובאות מארצות הברית שהיו מזוהות עם הערוץ בתקופה זו כגון: "אריזה משפחתית", "אבא חורג, אמא חורגת", "הצלצול הגואל" ו"נשואים פלוס"; סדרות ששודרו לפני כן בערוצים אחרים, כגון: "משפחת סימפסון", "צער גידול בנות", "קרובים רחוקים מאוד", "מי הבוס?", "על טעם ועל ריח", "שלושה בדירה אחת", "משפחת קוסבי", "רוזאן", "הנסיך המדליק מבל אייר" ועוד. כמו כן החל הערוץ לשדר סדרות פעולה לילדים ונוער כגון: "פאוור ריינג'רס", "ביטלבורגס", "עולמה הסודי של אלכס מאק" ו"גולשים בזמן"; וגם דרמות לנוער כגון "בוורלי הילס 90210" ו"שולחן לחמישה". רצועת השידור "6+" שודרה עד אפריל 2001.
ב-1994 עלה לאוויר משחק טלוויזיה אינטראקטיבי בשם "הוגו", שהפך ללהיט והוליד לימים תוכנית מורחבת בבקרי שבת בשם "עולמו של הוגו". בין המנחים היו גיל ססובר, נועה דיין, טל ברמן, ארז בן הרוש, נמרוד רשף ודידי דוקסין.
בקיץ 1995 החלו להתקיים מופע "עיר ערוץ הילדים", אשר נדדו בכל שבוע לעיר אחרת והועברו בשידור ישיר, בדרך כלל בימי חמישי בשעות אחר הצהריים. המופעים כללו בימות ענק שעליהן הופיעו המנחים (שבשלב זה כבר הפכו לכוכבי ילדים), רחבות משחקים, והפעלות אחרות בסימן תוכניות שונות של הערוץ.
שנות ה-90 המאוחרות.
בחודש אוגוסט 1996 הועברה השליטה על תוכני הערוץ מחברת הכבלים (ICP) לידי נגה תקשורת, ובעקבות כך נעשה ניסיון לעדכן את גישת הערוץ ולפתח פורמט אינטראקטיבי יותר. שידורי "הכיתה המעופפת" הורדו מהמסך, ובמקומם עלו שידורים בשם "מרכז העניינים" אשר ניסו להתאים עצמם לתופעת האינטרנט שהחלה לתפוס תאוצה באותו זמן. במקביל, שולבו תוכניות אישיות של כוכבי הערוץ כגון: תוכנית מוזיקלית בשם "קצפת" עם מיכל ינאי (1997–1998); "ססובר 007 וחצי" עם גיל ססובר; "איתי ורבותיי" עם איתי שגב ועוד. הפורמט "מרכזעניינים" לא צלח כמצופה, וב-1997 חזרה "הכיתה המעופפת" לעונה נוספת ואחרונה. באותה שנה שודרה בערוץ גם תוכנית המערכונים "פרה פרה", מעין תוכנית המשך של "הקומדי סטור", אשר ירדה מהמסך לאחר עונה אחת.
בשנת 1998 עבר הערוץ מיתוג מחדש תחת הסלוגן "המקום האמיתי". כמו כן, באותה שנה שונתה בשנית מתכונת האולפן החי ונקראה "המגנט". שידורים אלה דמו במובנים רבים לשידורי "מרכזעניינים", ומטרתם הייתה ליצור קשר קרוב יותר אל הצופים. במקביל, הפיק הערוץ תוכניות וסדרות מקור רבות ובהן "בעקבות הסיפורים הקסומים" (בהשתתפות איתי שגב ואברהם מור), "בנדנה ג'ונס" (בכיכובה של דנה דבורין) ,"על הדרך" בהנחיית מיכל ינאי, "מוטרף" עם גיל ססובר, "7 בול" ו"גבולות בר זוהר" בהנחיית יעל בר זוהר ו"בלבלב" עם אפרת רייטן.
בשנת 1999 שודר בערוץ "הכבש השישה עשר" בהשתתפות כוכבי ערוץ הילדים: מיכל ינאי, טל מוסרי, דנה דבורין, נמרוד רשף, דורי טפר, עודד מנשה, ליאת אחירון, עדי עזרוני ואפרת רייטן. בנוסף גם יהונתן גפן שיחק את האבא ודניאל מגון שיחק את הילד.
2000–2009.
שנת 2000 סימנה את תחילתו של שינוי תפיסתי רחב בשידורי הערוץ. החל משנה זו הושם דגש מרכזי על סדרות אנימה (כגון "דרגון בול Z", "פוקימון", "יו-גי-הו!", "סאקורה לוכדת הקלפים" ועוד) וטלנובלות לנוער ("קטנטנות", "פינת אור", "פטיטו", "כמעט מלאכים", "מפונקים", המורדים ברזיל, "אמיגוס", "חברים לנצח", "אמי", "פבלו ואנדריאה"). הפקות המקור התרבו החל משנה זו ועם השנים נוצרו סדרות דרמה וקומדיה מצליחות כמו "כל העולם במה", "כל שבת שנייה", "אדומות", "החבר'ה הטובים", "אין חיה כזאת", "הילדים מגבעת נפוליאון" ו"הפיג'מות", "השמיניה" ועוד. וכולן הפכו ללהיטים.
החל משנת 2000 התרבו הפקות מקוריות לחגי ישראל ומועדים לאומיים. שלוש הבולטות שבהן: "ארבעה בעקבות החג" (2001), "לחיי הערבה" (2002) ו"בית משותף" (2002).
במאי 2002 ירד משידור פורמט "המגנט" ובמקומו שידורי האולפן החלו להיקרא בפשטות "אולפן ערוץ הילדים". שידורים אלה המשיכו להוות רצף בין התוכניות, עד שבחודש מאי 2006 הפכו לתוכנית רציפה בת 25 דקות, כשבין תוכניות הרכש שודרו פריצות קצרות מן האולפן (החל מקיץ 2007 קיבלו את השם "האולפן בקטנות").
בקיץ 2003 עלתה מהדורת חדשות לילדים שנקראה "חמש וחצי", אשר שודרה מדי יום והונחתה על ידי מגיש מבוגר שלצידו מגיש ילד. בין המגישים במשך השנים ניתן למנות את ירון לונדון, אלכס אנסקי, אלי אילדיס ואברי גלעד והילדים עמליה דואק ולירון זייד. בתחילת 2006 הופקדה הפקת התוכנית בידי חדשות 10, ששינתה את שם התוכנית ל-"חמש וחצי – השבוע שהיה". את התוכנית הגיש גיא זהר, מגיש "היום שהיה" בערוץ 10.
בסוף 2003 החלו בערוץ לקיים את "טקס נבחרי הילדים" המציג את בחירות ילדי ישראל בתחומים שונים.
החל משנת 2005 החלו לחלק את הפקות המקור של הערוץ בין חברת הלוויין Yes וחברת הכבלים HOT. במהלך השנים שודרו ב-yes ההפקות "גבעת הירח", "עולם מושלם", "זומזום", "ראש גדול", "הנפילים", "אליפים", ו"דאוס". ב-HOT שודרו ההפקות "הצלצול הוא בשבילי", "24/7 - תום אבני", "חיי כלב", "השמיניה", "האי", "מנדלבאום בלש פרטי", "אלכס בעד ונגד", "גאליס", "חסמבה דור 3", ו"מה בכריש?".
במאי 2005 עזב את הערוץ עודד מנשה, המנחה הוותיק ביותר באותה עת, לאחר 14 שנים. בערוץ הופק ספיישל פרידה ממנשה בשם "לעודד באהבה", בו השתתפו רבים ממנחי הערוץ בעבר.
בשנת 2006 עלתה בערוץ התוכנית "היכל התהילה", אשר דירגה קטעי ארכיון מכל שנות הערוץ לפי נושאים שונים.
ביולי 2008 החל מחדש שידור התוכנית "מסע קיץ" בפורמט מעט שונה.
בשנת 2009 הכריז הערוץ על חגיגות 20 שנה להקמתו, ויצאו בפרויקט בחירת מנחה. בפרויקט זה הקהל עוקב אחרי מספר מתמודדים, ובוחר אחד מהם להיות המנחה החדש של הערוץ. בפרויקט זה זכה אור מאיר, שפרש לאחר חצי שנה מהערוץ. פרויקט דומה נעשה ב-2001 בו נבחרו מיקי גבע ודנה מרמור. כמו כן, במסגרת 20 שנה לערוץ, שודרו קליפים וקטעים חינוכיים שצולמו מאז תחילת פעילותו של הערוץ, וכוכבי "כמעט מלאכים" ביצעו את המנון ערוץ הילדים בעברית. עוד במסגרת 20 שנה לערוץ, עלתה באותה שנה עונה נוספת של התוכנית "היכל התהילה".
2010–2021.
בחודש אפריל 2010, לאחר סדרת פרישות של רוב מנחי הערוץ בטווח זמן קצר יחסית, חלו שינויים בצוות ההנחיה. דון לני-גבאי ועדי הימלבלוי קיבלו תוכנית בשם "המלאכיות של צ'ובה". רצועת השידור המרכזית שינתה את שמה ל"המקום האמיתי" ונוספו לה דמויות חדשות: שולמית היועצת החינוכית (שמגלם מושיק גלאמין), ירדן הבלוגרית (רז שפירא) ושראל המנחה המתלמד (שראל פיטרמן). כמו כן, שובצה ברצועת השידור פינה קומית חדשה בשם "סבבבנט", בכיכובם של אודי ואביעד. בהמשך "סבבבנט" הפכה לתוכנית בת 25 דקות ונמשכה שתי עונות עד לירידתה שהייתה לקראת סוף דצמבר 2011. עם תחילת החופש הגדול באותה שנה, ירדה התוכנית "המלאכיות של צ'ובה" עקב פרישתה של עדי הימלבלוי מערוץ הילדים. כמו כן, באותו החודש הצטרפה רוני דואני לצוות המנחים.
בתחילת 2011 הצטרפו עודד פז ודנה פרידר לצוות מנחי הערוץ. מחט גם פרש מהנחיה בערוץ זמן קצר לאחר מכן, לאחר כ-11 שנים. גם עבור מחט הופק ספיישל פרידה, בו התארחו רבים משאר מנחי הערוץ באותה עת ומהעבר.
בראשית 2012 עלתה רצועת שידור חדשה "3 בערוץ הילדים" שהחליפה את רצועת "המקום האמיתי", ובזאת למעשה, לאחר 19 שנים, הסתיים עידן השידורים החיים היומיים בערוץ הילדים. הרצועה כוללת בין היתר את השעשועון "ניפגש בסיבוב" שבתחילת דרכו שודר כשעשועון רק בימי חג החנוכה, וגם את התוכניות "'ממצחיק", "הקול נשאר במשפחה" ו"בית ספר למוסיקה - עולים כיתה". באותה עת פרשו מהערוץ דון לני גבאי, קובי מחט ואודי ואביעד.
בקיץ 2013 עלה שעשועון חדש "הבנים והבנות", אשר החליף את פורמט "מסע קיץ". בספטמבר 2013 התוכנית "המהדורה הצעירה" של חדשות ערוץ 2 עברה לערוץ.
בקיץ 2014, עם תחילתו של מבצע צוק איתן, החל שידורה של התוכנית בשידור חי "תנו לגדול בשקט", אשר עד מהרה הוחלפה ב"באים בטוב". את התוכניות הנחו דנה פרידר, אילן רוזנפלד, טל מוסרי ועודד פז. בשנה זו גם שודרה העונה האחרונה של השעשועון ששטוס, לאחר 21 שנות שידור.
ב-29 במאי 2015 עזב את הערוץ המנחה הוותיק ביותר, טל מוסרי, לאחר 18 שנות הנחיה והשתתפות בסדרות הערוץ, ולצמד המנחים דנה פרידר ועודד פז הצטרף טום באום.
באפריל 2016 הושק אתר אינטרנט נוסטלגי בחסות הערוץ. באתר זה משודרות מבחר תוכניות וסדרות ששודרו בעבר בערוץ הילדים. ב-26 בנובמבר אותה שנה יצא קליפ ערוץ הילדים 2016 לשירה של עדן בן זקן "תזיזו". לראשונה בתולדות ערוץ הילדים - הקליפ היה אינטראקטיבי בו הצופה החליט מה יראה בקליפ.
שידורי הערוץ הסתיימו ב-yes ב-1 בינואר 2017 וספריית ערוץ הילדים ירדה משירות yesVOD. כמו כן, הערוץ סיים את שידוריו במסגרת HOT ב-1 בינואר 2018.
בשנים שקדמו לירידת הערוץ מפלטפורמות אלו, הערוץ שידר הפקות מקור בלעדיות רבות - בשיתוף yes, כגון "שוברי גלים" ,"משפחה שולטת", "מריו", "סופשלי", ו"Oboy"; ובשיתוף HOT, כגון "החולמים", "לה לה לנד", "גאליס" ו"פלאשבק".
במאי 2017 פורסם כי חברת פרטנר תשדר את ערוץ הילדים ב"פרטנר tv". ב-24 בספטמבר 2017 עלה הערוץ לשירות סלקום tv.
ב-30 בדצמבר 2017 שודר אירוע מיוחד בשם "השיר האמיתי" בו בוצעו מחדש כל השירים של הערוץ מכל הזמנים על ידי כוכבי הערוץ מההווה ומהעבר.