חלום קוסמי הייתה להקה משמעותית נוספת, שהקליטה חומרים רבים בסגנון להקות ה'קוסמישה' הגרמניות (עם מעט השפעות של להקות כמו פינק פלויד והצ'רצ'ילים גם כן), אך לא הוציאו אותם על אלבום מעולם. מנהיג הלהקה היה אדר אבישר ובין חברי הלהקה היה גם ברי סחרוף, שמאוחר יותר יהיה דמות משמעותית במוזיקה המחתרתית והמתקדמת בשנות ה-80 וה-90 ובסופו של דבר יגיע לפופולריות גדולה.
הצלע המפורסמת השלישית בין הלהקות האלה הייתה להקת אטמוספירה. כמו שתי הלהקות האחרות גם היא לא זכתה להוציא את הקלטותיה בזמן אמת אלא רק שנים אחרי. הצליל שלה היה מאוד סימפוני, והיא יצרה מספר יצירות ארוכות שמבוססות על טקסטים של משוררים בריטים קאנוניים.
להקה נוספת, מוכרת הרבה פחות מהשלושה, הייתה 'אואזיס', של שני חברי להקת ברוש באותו זמן (איקי לוי מששת ויוסי מנחם מ'שלישיית מישה סגל') ומנהיג הלהקה אברי שרון. הם הוציאו אלבום אחד עם צליל פיוז'ני.
בנוסף על הארבע האלה פעלו להקות נוספות כמו כדור שלג, אנסמבל הרוק החדש, קסדה ועוד, חלקן השאירו מעט הקלטות אחריהן וחלקן בכלל לא.
שנות השמונים: הגל החדש.
הזרם המרכזי החדש (בעיקר עד 1985).
גם בעשור החדש המשיכו מספר מוזיקאים ותיקים ובעלי מעמד, לרוב כאלו שהיו פעילים בשנות ה-70 ואף בשנות ה-60, ליצור מוזיקה מתקדמת. אבנר קנר חזר למרכז הבמה עם ההרכב המצליח 'פרמיירה', שהראה השפעות מורכבות ומתקדמות בכמה מהקלטותיו, על אף שהוא נטה יותר לפאנק ומוזיקה שחורה. שלמה גרוניך ושם טוב לוי המשיכו לחקור טריטוריות חדשות במוזיקה המתקדמת, באמצעות שימוש בכלים של שנות ה-80. האלקטרוניקה (במיוחד באלבומם המשותף "אלבום משפחתי") והמוזיקה הכבדה (כמו ב"צמר גפן מתוק" של גרוניך) של התקופה נוצלה באלבומיהם ליצור צלילים חדשים במוזיקה המתקדמת הישראלית. גם להקת דודה של דני סנדרסון וגידי גוב נתנה מעט יותר במה להשפעות מורכבות מההרכב הקודם של סנדרסון. אהרן עמרם הגיע לשיא המתקדם שלו עם הקלטות אוונגרדיות שמנצלות את המקצבים המורכבים במוזיקה התימנית והצליל של שנות ה-80, והצליל המתקדם חדר לכמה הקלטות פופ מתחילת התקופה כמו אלו של ג'קי מייקה. לורד פלימנאפ הוקמה ב-1989 על ידי שני בני 16 מראשון לציון ובן 15 מבאר שבע והיו למעשה להקה של יוצרים בתחילת דרכם, אך היצירה שלהם היוותה חזרה לתקופת מועדון הרוק של בית לסין ולמוזיקה הבריטית המתקדמת של תחילת שנות ה-70.
בדומה לשם טוב לוי וגרוניך, גם מוזיקאים שהיו פחות פעילים במוזיקה המתקדמת של שנות ה-70 כמו אריק רודיך ורביב גזית החלו להתעניין במוזיקה האלקטרונית המתקדמת, ויצרו יחד מין אופנה אלקטרונית זעירה במוזיקה המתקדמת של שנות ה-80. אדר אבישר, מנהיג להקת 'חלום קוסמי', המשיך ליצור מוזיקה מתקדמת בעצמו ואיחד את הלהקה שלו ליצירת אלבום משותף עם הלהקה הבריטית ואן דר גראף ג'נרייטור.
המוזיקה האלטרנטיבית (לאורך כל העשור).
רוב מוזיקאי המחתרת החדשים סלדו מההגדרה 'מתקדם'. הם זיהו את המונח עם מוזיקה מנופחת יתר על המידה ושכלתנית, ועם הלהקות הבריטיות של שנות ה-70, אך רבים מהם נמשכו במקביל למורכבות וניסיוניות מוזיקלית מכיוון אחר, אימצו השפעות מתקדמות (בעיקר של החלק הניסיוני יותר במוזיקה הזו, במיוחד זה של להקות ה'קוסמישה' הגרמניות) ויצרו בעצמם מוזיקה מתקדמת, אף על פי שלא הייתה להם 'מחויבות' לסגנון המורכב ולעיתים עברו בין קטעי פופ קליטים לבין קטעים מורכבים וניסיוניים.
המשיכה של המוזיקה האלטרנטיבית אל זו המורכבת התחילה בארץ כבר מתחילתה של זו הראשונה בסוף שנות ה-70: פלונטר, אלבום הבכורה של רמי פורטיס מ-1978, כלל לא מעט השפעות מתקדמות ולמעשה הופק על ידי אחד הגיטריסטים המוכרים במוזיקה המתקדמת הישראלית - חיים רומנו. במהלך שנות ה-80 הקים פורטיס מספר לא קטן של הרכבים שנמשכו אל המוזיקה המתקדמת והניסיונית, כמו Seven codes, כרומוזום וז'אן קונפליקט. בסוף שנות ה-80 ובשנות ה-90 פורטיס הפך למוזיקאי מרכזי במוזיקה הישראלית וזנח את ההשפעות המתקדמות, אך הוא חזר אליהן מאוחר יותר ב-2009 עם היצירה 'חימושניגיגי' מתוך האלבום 'פורטיס משולש'.
אורי דושי ואבי בללי (מאוחר יותר מנקמת הטרקטור, אז בתחילת דרכו) חברו אל המתופף מי-אל-מה מלהקת אטמוספירה וזינגלה (אז נקרא עמי ליפנר) והקימו את שלישיית 'אקאן'. מי-אל-מה עיבד והפיק את הקלטותיהם, להן היה צליל אפל וניסיוני. גם להקת מע"צ יצרה מוזיקה עם צליל אפל שהושפע לעיתים קרובות ממוזיקה ניסיונית ומתקדמת, כמו גם הגלגול שלה, להקת ישראל. להקת D.X.M. הייתה אחת הלהקות האפלות ביותר בתקופה ההיא, והמוזיקה שלה נעה בין פופ קליל וקודר לבין אוונגארד. See them smile שילבו בין עיבודי מיתרים דרמטיים טיפוסיים למוזיקה המתקדמת של שנות ה-70 למוזיקה אפלה ולרעש הניסיוני של שנות ה-80.
במקביל להרכבים ה'אפלים' המתקדמים, התקיימה קבוצה של להקות אוונגרדיות שיצרו מה שניתן לכנות 'מוזיקה מתקדמת', כמו למשל ההרכב 'שרמוטה מעופפת בהרים'.
לקראת סוף שנות ה-80 האלטרנטיבה המתקדמת הגיעה גם לאלטרנטיבה העברית. אהוד בנאי יצר באלבומי הסולו שלו בשנות ה-80 מוזיקה אלטרנטיבית שהושפעה ממוזיקה מתקדמת מזרחית, במיוחד באלבומו השני מ-1989- 'קרוב'. המוזיקה המתקדמת המשיכה להיות השפעה בולטת במוזיקה שלו עד לשנות ה-2000, אם כי לא בכל אלבום.
נושאי המגבעת באלבומם הראשון מ-1988 כללו הרבה השפעות ניסיוניות ומתקדמות (הדוגמה הבולטת היא הקטע 'יום הולדת'). באלבומיהם המאוחרים יותר המבנה המוזיקלי של שיריהם הפך לקליל יותר.
שנות התשעים: פופולריות מחודשת.
שנות ה-90 הביאו עימם פתיחות לתרבות המוזיקלית הישראלית ועניין גדול יותר בקרב המאזינים, הן האלטרנטיביים והן הממוצעים, כלפי מוזיקה ישראלית שונה. באותה תקופה ניתן היה למצוא מספר גדול של הרכבים מסגנונות שונים, שלרוב פנו בעברית ללב הקהל הישראלי, מבלי לנסות לכוון לחו"ל. הרכבים רבים יותר החלו לשלב השפעות מתקדמות במוזיקה שלהם, הראשונה שבהם הייתה נקמת הטרקטור שהוציאה כבר ב-1990 אלבום בכורה. היצירות המתקדמות ביותר של הלהקה היו בדרך כלל במוזיקה שכתבה לתיאטרון, מחול וקולנוע, כמו למשל באלבום הפסקול מ-1992 'הקיר', אך היא שילבה השפעות מתקדמות גם באלבומים היותר קלילים שלה.
ברי סחרוף, לשעבר מלהקת חלום קוסמי ומאוחר יותר שותף מרכזי בכמה הרכבים אלטרנטיביים בשנות ה-80, יצא לקריירת סולו. אלבומיו בשנות ה-90 וה-2000 מתחלקים בין אלבומים 'קלים' יותר לבין כאלו שכללו מוזיקה מורכבת, מתקדמת וניסיונית, עם השפעות אלקטרוניות ומזרחיות חזקות (במיוחד החל מאלבומו השלישי של סחרוף 'חם על הירח'. דוגמאות בולטות נוספות -'מונסון' ו'אדומי השפתות').
רוקפור קמה בסוף שנות ה-80 ואלבומה הראשון יצא ב-1991. סגנון הלהקה היה פסיכדלי-מתקדם בהשראת הלהקות של סוף שנות ה-60, במיוחד החל מאלבומם השני והמצליח יותר 'האיש שראה הכל'. להקת 'בלאגן' הייתה הרבה פחות מתקדמת-במובהק, ושילבה עם האלמנטים המתקדמים שלה גם אלמנטים של פופ, ראפ ואלקטרוניקה. אביתר בנאי זכה לפופולריות עצומה עם אלבומו הראשון, שכלל השפעות מתקדמות רבות בהשראת מוזיקה קלאסית, שלמה גרוניך ורוברט וואיט, ופרץ את גבולות הסגנון המתקדם באלבומו השני, הפופולרי פחות, כשנכנס אל הפסיכדליה והאלקטרוניקה. להקות יותר אלטרנטיביות גם התעסקו במוזיקה מתקדמת, כמו למשל 'המהפכה המיותרת', שהתעסקה במוזיקה הזו מזווית רועשת יותר, והלהקות פרווה חמה ופלאפל אוונגארד שעיקר הפעילות שלהן הייתה בשנות ה-2000. הלהקות האלה סימנו את התפתחות המוזיקה המתקדמת ה'עצמאית' בשנות ה-2000, עם השפעות וסגנון אלטרנטיבי.
זרם שדרות.
משנות ה-90, במיוחד החל מ-1992 (השנה בה יצאו אלבומי הבכורה של שפתיים, טיפקס וכנסיית השכל), החלו התפתחויות במוזיקה הפופולרית הצפון אפריקאית - יוצרים בני מהגרים מארצות המגרב החלו לקחת את המוזיקה הזו לכיוונים שונים. הלהקה הראשונה לצאת מהעיר שדרות היא 'שפתיים', שהושפעה גם ממוזיקה צפון אפריקאית קלאסית אך גם ממוזיקה עממית, ושרה בעיקר במרוקאית, תוך כדי שימוש במקצבים המורכבים של המוזיקה הצפון אפריקאית. אחריה יצאו מהעיר יצאו מהעירמספר הרכבים אמנותיים שבין המורכבים שבהם היו כנסיית השכל, שפעילה עד היום, ואלג'יר, שהתפרקה באמצע שנות ה-2000 אחרי שני אלבומים מתקדמים. חברי להקת אלג'יר המשיכו להתעסק במוזיקה מתקדמת בקריירת הסולו שלהם, במיוחד אביב גדג' שיצירת הנושא באלבום הסולו הראשון שלו, 'תפילה ליחיד', היא יצירה מורכבת באורך של כ-17 דקות.
רוב הלהקות הגדולות של הזרם התפרקו עד 2006, אבל יוצרים שעבדו בלהקות האלה עדיין ממשיכים ליצור כאמור.
גם מחוץ לשדרות קמו להקות מתקדמות שהתעניינו בצליל העממי המזרחי ויצרו מוזיקה מתקדמת בהשראתו, כמו למשל אורפנד לנד. אורפנד לנד השפיעו על המוזיקה הכבדה בישראל ואחריהם קמו מספר להקות ששילבו בין מוזיקה מתקדמת כבדה ומוזיקה מזרחית, ויצרו מה שנקרא בחו"ל 'מטאל אוריינטלי'.
שנות ה-2000: אלטרנטיבה מול 'סצנה'.
החל מסוף שנות ה-90 החלו להתגבש בישראל שני זרמים עיקריים של מוזיקה מתקדמת - המוזיקה האלטרנטיבית, שבדרך כלל נוטה למוזיקה אינסטרומנטלית והשפעות מגוונות ואקלקטיות, וזרם נוסף שהוא 'מרכז' המוזיקה המתקדמת, וזה שסוחף אחריו את עיקר הקהל, ומושפע בעיקר מהמוזיקה המתקדמת הבריטית של שנות ה-70 והמוזיקה הכבדה האמריקאית של שנות ה-90.