יריב נוסף מתגלה בברין - מעצמה מרביע אלפא, אשר כורתת ברית עם הדומיניון (בפרק ""Til' Death Do Us Part"). עבור הפרק "The Changing Face of Evil"" התסריטאים איירה סטיבן בהר והאנס ביימלר כתבו תסריט הכולל מכה שנייה נגד הפדרציה באמצעות תקיפת כדור הארץ על ידי הברין, תקיפה שבמהלכה תיהרס הדיפאיינט. רונלד ד. מור הצהיר כי "רצינו להרוג את הדיפאיינט כהצהרה על כמה חזקים הם הברין. חשבנו שהדבר יזעזע את הדמויות ואת הקהל". בהר הסביר הספינה הפכה לדמות שנתפסה בלבבם ובתודעתם של אנשים... כאשר הדיפאיינט התרסקה - זה כאב".
ההתעוררות המחודשת בסכסוך סיפקה אפשרויות לתאר בעיות חדשות, כגון (כפי שמתואר בפרק ""The Siege of AR-558")" - "הלם קרב", או פציעה (בפרק "It's Only a Paper Moon"), כאשר נוג עובר קטיעת רגל. מור אמר כי הוסכם על העלילה של פרק זה רק לאחר "ויכוח ממושך" בין בהר וריק ברמן, וכי דיונים כאלה היו תופעה שכיחה, כאשר נושא פצועי והרוגי מלחמה עלו לדיון.
הרעיון של שילוב מרד בעלילה נפתח מחדש, בהקשר של קרדאסיה במקומה של באג'ור. לגאט דמאר הופך מתוסכל יותר ויותר מהמבוי הסתום שאליו נקלעה המלחמה ומצבו כ-"בובה" של הדומיניון. ככל שמצטברים הפסדיהם הצבאיים של הקרדאסים, וככל ששליטת הדומיניון על קרדאסיה מתחזקת, הוא הופך לאלכוהוליסט ומבקר את כוחו של הדומיניון. דמאר, בתחילה, תוכנן לשמש כסוכן כפול של הפדרציה, אבל אז מור הציע את מרד העבדים של ספרטקוס כמודל. בפרק "When It Rains...", דמאר מקים תנועת מחתרת, מוכרז כמורד ויורד למקום מסתור. קירה, גארק ואודו נשלחים אליו כ-"יועצים טכניים" מטעם הפדרציה, כדי לסייע לו.
הקשר בין הקרדאסים והבאג'ורנים, לשעבר אויבים אך כעת בעלי ברית, מתואר בפרק ""Tacking Into the Wind". תא המחתרת של דמאר ושל קירה נוטש את הדעות הקדומות ומשתף פעולה כדי לתפוס את כלי הנשק של הברין. בפרק ההמשך, "The Dogs of War", דמאר נאלץ לבחור בין חבריו לנשק- הקרדאסים העיקשים באמונותיהם, לבין תמיכתם של קירה ושל אחרים אשר הוא החשיב אויבים בעבר. ככל שהמלחמה מתפתחת לרעתם של הדומיניון, המוצאים עצמם מנותקים מרביע גמא וללא יתרונות טכנולוגיים, הקרב האחרון מוכן. המשתנה הנקבה מצווה על השמדת מטרופולין על כוכב הבית של הקרדאסים, על מנת לכפות על הקרדאסים המורדים לחדול, אך במקום זאת - הצי הקרדאסי עורק, ומעניק את היתרון לבעלות הברית של רביע אלפא. כתוצאה מכך, הפגזות הדומיניון מביאות למותם של 800 מיליון קרדאסים.
בפרק "Extreme Measures"", הדן ברצח עם, מתקיים דיון אתי בדבר "מחלת המייסדים" המהונדסת ובדבר תרופה אפשרית. ד"ר באשיר וצ'יף או'בריאן מאתרים טיפול, בתוך מוחו של סוכן "מדור 31"- לות'ר סלואן. ויכוח מוסרי מתנהל על מה מהווה רצח עם. בעוד שבאשיר תומך בהצעת התרופה למייסדים, קפטן סיסקו טוען שיש להמשיך ולהתיר למחלה לשתק את היריב החזק. עם זאת, בפרק ""The Dogs of War"", אודו מצהיר כי הדבר מהווה רצח עם של בני-עמו, וד"ר באשיר מעניק לו את התרופה. בתמורה לכניעה של הדומיניון, ומעצר המשתנה הנקבה בגין פשעי מלחמה, בנות הברית של רביע אלפא מאפשרות לאודו לרפא את יתר בני-עמו.
חוזה השלום הבאג'ורי נחתם על תחנת החלל "חלל עמוק 9", בפרק סיום העונה השביעית - "What You Leave Behind, Part II". הסיום לרצף הפרקים המתאר את מלחמת הפדרציה-דומיניון יצר את סיום הסדרה, והיה הזמן בו צוות ההפקה יישב את סוגיית הגורל של הדמויות הראשיות. ברמן ובהר סיכמו עם סרטי פרמאונט כי הפרק האחרון של הסדרה צריך להתמקד בדרמה אנושית, ולא במהלכים האחרונים של מלחמת הפדרציה-דומיניון. מור החווה את דעתו כי צוות ההפקה הצליח להבטיח כי מלחמת הפדרציה-דומיניון שימשה כאמצעי להעמקת האפיון של הדמויות. אף על פי שנכתבו תסריטים של עלילות נוספות הממשיכות לעונה השמינית של "", בהר קיבל את סיומה של מלחמת הפדרציה-דומיניון בסוף העונה השביעית.
תגובות וביקורות.
יוצרים ושחקנים.
בריאיון למגזין "iF" משנת 2007, אמר ג'ורג' טאקיי, ששיחק את היקארו סולו ב-" וסרטיה, כי " מייצגת את "ההפך הגמור" מהחזון והפילוסופיה של העתיד של ג'ין רודנברי. התסריטאית די.סי. פונטנה הצהירה בראיון כי רודנברי היה מעריץ את הסדרה בעונותיה המאוחרות יותר, העוסקות בנושאים קודרים יותר, נוכח שירותו הצבאי של רודנברי במהלך מלחמת העולם השנייה.
רודנברי עצמו הטיל ספק כי סדרה העוסקת בנושאים שאינם חקר החלל יכולה לשרוד לאורך זמן, והביע את התנגדותו לרעיונות ראשוניים עבור " אשר הוצגו בפניות בשנת 1991. ריק ברמן הסביר כי רודנברי, למרות היותו חולה סופני, נתן לו את ברכתו לפיתוח הסדרה, אבל לא הייתה לו ההזדמנות לדון בכל אחד ואחד מהרעיונות עם רודנברי.
מבקרים.
ג'ון ג'יי אוקונור, שכתב לעיתון הניו יורק טיימס בינואר 1993, ציין כי טרם עלייתה לשידור, הפרסומות של " רמזו כי הסדרה מהווה "עידן חדש של מסע בין כוכבים", והוסיף: "ברוכים הבאים לצד האפל. האופטימיסט הנחוש מר רודנברי היה שותף לעלילות מוסריות שגרמו להתרוממות רוח. היוצרים והמפיקים החדשים, ריק ברמן ומייקל פילר, מכוונים, כביכול, למשהו יותר אמביוולנטי, פחות מושלם ". בחודש ספטמבר 1996, בטרם תחילתה של העונה הרביעית, או'קונור לא היה בטוח שהסדרה מתמודדת עם נושאים עכשוויים במידה מספקת. הוא כתב: "באופן בלתי נמנע, יש אלמנט של תשישות שחלחלה. עם תום המלחמה הקרה, אולי האופטימיות הרודנברית נראיתה רק תמימה, בעוד כותרות העיתונים דיווחו על פלגנות רצחנית, בין הסרבים למוסלמים, הכורדים והטורקים, הישראלים והפלסטינים, האירים-קתולים והפרוטסטנטים, וכן הלאה, באופן מדכא יותר ויותר, על פני הגלובוס כולו. "מסע בין כוכבים" הציע חזון המזנק 300 שנים אל העתיד. ליותר מדי אנשים, שלוש שנים נראות יותר מדי".
סינתיה ליטלטון, אשר כתבה עבור וראייטי בשנת 1998, ניתחה את המדרוג (רייטינג) שהסדרה קיבלה בסוף עונתה השישית: " אולי תגיע למקום גבוה במדד נילסן כמו שהגיעה ה-"", שהסתייה בהצלחה עצומה בשנת 1994, אבל איננה מפרפרת. הסדרה, אשר יצאה לדרך בינואר 1993, מדורגת בעקביות בין שלוש הסדרות המובילות (מבין הסדרות המשודרות לראשונה בסינדיקציה)".
במהדורת 1999 של מגזין המדע בדיוני האוסטרלי "Frontier", אנתוני לאונג הציע ש-"" לא תוכנן מלכתחילה שיכלול בתוכו רצף עלילתי ארוך של מלחמה. הוא הפגין העדפה לאופן שבו העלילה של "בבילון 5" תוכננה כבר מההתחלה, תוך הכרה באופן שבו כותבי "" פיתחו עלילה ממשיכה: "... זה נדיר ליוצר סדרה לדמיין איך הסדרה תתפתח לאורך זמן. יתר על כן, תהליך היצירה בכתיבת טלוויזיה דרמטית נוטה להיות אורגני, אירועים בסדרה מתפתחים ומבוססים על האירועים שקדמו להם. לדוגמה, האם המלחמות עם הקלינגונים והדומיניון ב תוכננו על ידי יוצריה כבר בעונה הראשונה? כמובן שלא... אירועים כאלו מתפתחים לאורך זמן באמצעות תגובות והצעות של צוות הכותבים".
בשנת 2008, נאדר אלהפנאווי, תורם ל-"The Internet Review of Science Fiction", טען כי בעוד היא פחות מוערכת מסדרות מדע בדיוני אחרות של שנות ה-90, "" פיתחה אוסף דמויות מעניינות, "הודות למלחמה בדומיניון, הדרמה העשירה והמרגשת ביותר בהיסטוריה של זיכיון מסע בין כוכבים".
אוון ויליאמס, הכותב למגזין אמפייר, החווה את דעתו כי "מסע בין כוכבים" בכללותו היה איטי בהסתגלותו למגמות חדשות ולהתפתחותו בהתאם, בעוד את "" יש לציין באופן נפרד ומיוחד: "... ניתן לטעון כי אפילו רק הפכה לטובה יותר, בתגובה לבבילון 5...". אדם סמית, כתב בכיר עבור "אמפייר ", במאמרו משנת 2009, כתב כי: "זה קשה לבחור את הפרקים הטובים ביותר של מבלי להזכיר את הסיפורים הקשורים למלחמת דומיניון". הוא ציין את ""The Search", "In the Pale Moonlight"" ו-"Far Beyond the Stars" כפרקים האהובים ביותר על צוות הכותבים של העיתון, בשל האופן שבו הם מתארים נושאים אפלים יותר, ויוצרים שינוי כיוון.
" הייתה מועמדת האקדמיה לסרטי מדע בדיוני, פנטזיה ואימה לפרס סאטורן, בשנים 1997–2000, בקטגוריית סדרת-ז'אנר הטובה ביותר בכבלים או בסינדיקציה. כמו כן, הסדרה הייתה מועמדת לפרס אמי בקטגוריות טכניות ואמנותיות בכל עונה. אנדרו הרשברגר, בעל הטור "Cinescape"", העיר ב-2003 על חוסר ההצלחה של המדע הבדיוני הטלוויזיוני בקרב המבקרים: "אף אחד מגניב לא יעיז להצביע עבור סדרת מדע בדיוני [כסדרת הדרמה הטובה ביותר] ששמותיהם של קובריק או כריס קרטר לא קשורים אליה... אם הייתה מעורבת, היית שומע כמה תלונות אמיתיות על כך".
נקודת מבט אקדמית.
אנשי אקדמיה ציינו כיצד את חוט קווי העליל אודות מלחמת הפדרציה-דומיניון חקרו את הנפש האנושית, באותה מידה שחקרו את החלל החיצון. לינקולן ג'ראטי שיבח את הסיום של קו העלילה ושל הסדרה, וסבר כי הדבר מעיד על האופן שבו הסדרה מתפעלת את האתוס של "מסע בין כוכבים", זיהוי נושא עמום כחלק מהנרטיב המתמשך שלה. קארין בלייר כתבה בשנת 1997, במהלך שידורה של העונה החמישית, שהרגישה כי הסדרה משקפת מגמות בתרבות האמריקאית, השוקלת מחדש את מקומה בקהילה הבינלאומית. בספרם - "Star Trek: The Human Frontier" - מישל דאנקן בארט כתבו על "הירידה באמונה ברציונליזם רודף את ".