בשנת 1780 סיימה את עבודתה וחזרה לביתה, כדי לטפל באימה הגוססת. היא עברה להתגורר בבית משפחת בלאד ובמהלך הזמן הגיעה לתובנה כי המשפחה שמרנית בהשקפותיה, בעיקר בכל הקשור לתפקידיהן המסורתיים של הנשים. עם זאת, הפגינה וולסטונקראפט מסירות ונאמנות לפאני בלאד ולמשפחתה במשך כל חייה.
וולסטונקראפט ופאני בלאד ערכו תוכניות לשכור מקום מגורים משותף ולתמוך זו בזו מבחינה רגשית וכלכלית. היא, אחיותיה ובלאד הקימו בית ספר בניואינגטון גרין, עבור הקהילה הפרוטסטנטית שפרשה מהכנסייה האנגליקנית. זמן קצר לאחר מכן, התארסה בלאד ולאחר נישואיה, נסעה עם בעלה יו סקייס לאירופה, בשל מצבה הבריאותי הרופף. בריאותה של בלאד המשיכה להתדרדר במיוחד לאחר כניסתה להריון. בשנת 1785 עזבה וולסטונקראפט את בית הספר, על-מנת לסעוד את חברתה, אך ללא הועיל. מותה של בלאד השפיע רבות על וולסטונקראפט והיווה חלק מהשראתה לכתיבת הרומן הראשון שלה שיצא לאור בשנת 1788 - 'מרי: בדיוני (Mary: A Fiction).
הראשונה מסוג חדש.
לאחר מותה של פאני בלאד, ולאחר שבית הספר שהקימה כשל, החלה לעבוד כאומנת באירלנד לבנותיה של משפחה אנגלו-אירית בשם קינגסבורו שראו בה מדריכה מעוררת השראה. מרגרט קינג (אחת מבנות המשפחה) אמרה כי וולסטונקראפט "שחררה אותה מכל האמונות הטפלות שדבקו בה". חלק מחוויותיה של וולסטונקראפט במהלך שנה זו מצאו ביטוי בספר הילדים היחיד שכתבה בשנת 1788: 'סיפורים מקוריים מחיים אמיתיים' (Original Stories From Real Life).
את תסכוליה מאפשרויות העבודה המוגבלות הפתוחות עבור אשה "מכובדת אך ענייה" תיארה וולסטונקראפט ברהיטות בפרק "מחשבות על חינוך בנות", תחת הכותרת "מצב אומלל של נקבות אופנתית משכילות הנותרות ללא הון".
בתום שנה בתפקיד אומנת, החליטה לפתח קריירה ספרותית. זו הייתה בחירה קשה, שכן מעט נשים יכלו להתפרנס מכתיבה באותה עת. ברוח זו כתבה בשנת 1787 לאחותה אברינה כי היא ניסתה להיות האישה "הראשונה מסוג חדש" ("The first of a new genus"). כדי לקדם את שאיפותיה, עברה ללונדון, נעזרה במו"ל הליברלי ג'וזף ג'ונסון ומצאה מקום בו תוכל להתגורר ולעבוד. היא למדה גרמנית וצרפתית ותרגמה טקסטים, שהידועים בהם הם: "על חשיבותן של דעות דתיות" פרי עטו של ז'אק נקר ו"עקרונות המוסר: לשימושם של ילדים" מאת כריסטיאן גוטהילף זלצמן. היא כתבה גם ביקורות ספרים, בעיקר על רומנים בכתב העת של ג'ונסון: "הסקירה האנליטית".
החוג האינטלקטואלי שסבב את חייה של וולסטונקראפט התרחב באותה עת. היא השתתפה בארוחות הערב המפורסמות של ג'וזף ג'ונסון ופגשה דמויות בולטות בעולם הפילוסופיה והספרות, ביניהם הסופר הרדיקלי תומאס פיין והפילוסוף ויליאם גודווין. בפעם הראשונה שוולסטונקראפט וגודווין (שהיה לבעלה מאוחר יותר), נפגשו הם התאכזבו זה מזה. גודווין ביקר למעשה את חברה פיין, אך וולסטונקראפט חלקה על דעותיו במהלך הביקור כמעט בכל נושא שעלה לדיון. בניגוד לגודווין, את ג'ונסון תיארה במכתביה כאח וכאב.
בזמן שהותה בלונדון ניהלה וולסטונקראפט מערכת יחסים עם האמן הנרי פוסלי, על אף היותו נשוי. היא הציעה לזוג הסדר מגורים אפלטוני משותף, אך אשתו של פוסלי שנחרדה מהרעיון גרמה לבעלה לנתק את הקשר עם וולסטונקראפט. בעקבות זאת, החליטה וולסטונקראפט לנסוע לצרפת. היא הייתה בין התומכים האנגלים הבולטים במהפיכה הצרפתית וברעיונותיה. בשנת 1790 כתבה בהשפעת רוח התקופה את הספר "הגנה על זכויות האדם", בה הביעה את תמיכתה ברעיונות ההשכלה, האינטלקטואליות והרציונליות. פרסום זה היווה אף תגובה לביקורת השמרנית שהטיח אדמונד ברק כלפי המהפכה הצרפתית בספרו "הרהורים על המהפכה הצרפתית" (1790). בזכות הספר שכתבה, קנתה מוניטין בן לילה. היא הושוותה לכותבים מובילים, ביניהם התאולוג מעורר המחלוקת ג'וזף פרייסטלי ופיין. בשנת 1792, נתנה משנה תוקף לרעיונותיה שהותוו בספר 'זכויות האדם', בספר נוסף 'הגנה על זכויות האישה', שהיה למעשה עבודתה המפורסמת והחשובה ביותר.
צרפת וגילברט אימליי.
וולסטונקראפט נסעה לפריז בדצמבר 1792 והגיעה כחודש לפני הוצאתו להורג של לואי השישה עשר בגיליוטינה. צרפת הייתה אז כמרקחה. היא תרה בעיר אחר בני מולדתה והצטרפה למעגל הגולים ששהו בעיר. לאחר כתיבתה את "זכויות האשה", וולסטונקראפט הייתה נחושה בדעתה לבחון בפועל את רעיונותיה, ובאווירה האינטלקטואלית שהשרתה המהפיכה הצרפתית, חוותה את הקשר הרומנטי המשמעותי ביותר שלה. היא פגשה בגילברט אימליי, הרפתקן אמריקני שבו התאהבה. אימליי עורר בה את התשוקות הרדומות והעניין שלה במין. היא הרתה לו, וב-14 במאי 1794, נולדה בתם הבכורה פאני, שנקראה על שם חברתה הקרובה ביותר. את אושרה היא ביטאה במכתב שכתבה לידיד: "הילדה הקטנה שלי מתחילה לינוק כל כך בגבריות עד שאביה סבור בשובבות כי היא תכתוב את החלק השני של זכויות האשה". היא המשיכה לכתוב בשקיקה, למרות הריונה והמעמסה הכרוכה בהיותה אם טריה בארץ זרה החווה את האלימות הגוברת של המהפכה הצרפתית. בביתה באבר שבצפון צרפת, כתבה את "היסטוריה של המהפכה המוקדמת: מבט היסטורי ומוסרי של המהפכה הצרפתית", שראה אור בלונדון, בדצמבר 1794.
כאשר המצב הפוליטי הורע, הכריזה בריטניה מלחמה על צרפת והעמידה את נתיניה הבריטים בסכנה של ממש. כדי להגן על וולסטונקראפט, רשם אותה אימליי כאשתו בשנת 1793 אף על פי שלא היו נשואים. חלק מחבריה לא היו בני מזל כמוה ורבים מהם, כגון תומאס פיין, נעצרו וחלקם אף הוצא להורג בגיליוטינה. (אחיותיה של וולסטונקראפט האמינו שהיא נאסרה). לאחר שעזבה את צרפת, היא המשיכה לקרוא לעצמה גברת אימליי, על מנת להעניק לגיטימציה לבתה. אימליי, שמאס בשגרה הביתית, עזב אותה. ההיעדרויות הארוכות שלו שכנעו את וולסטונקראפט כי הוא העדיף אישה אחרת על פניה. היא שלחה לו מכתבים נואשים, אך ללא הועיל.
אנגליה וויליאם גודווין.
בחודש אפריל 1795, חזרה וולסטונקראפט ללונדון בתקווה כי אימליי יאות לשוב לחיים זוגיים עמה, אך תקוותה התבדתה. חודש מאוחר יותר ניסתה להתאבד, אך אימליי הצליח להציל את חייה. כניסיון אחרון להשיב לחיקה את אימליי, היא נסעה עם בתה ומשרתת לסקנדינביה כדי לערוך פגישות עסקיות עבורו במטרה להשיב חלק מהפסדיו. על חוויותיה ממסע זה, כתבה במכתבים ששלחה לאימליי, שרבים מהם התפרסמו בשנת 1796 כ"מכתבים שנכתבו במהלך מגורים קצרים בשוודיה, נורווגיה ודנמרק". עם שובה לאנגליה, הגיעה להכרה מלאה כי יחסיה עם אימליי הסתיימו, וניסתה להתאבד שוב, לאחר שכתבה לאימליי את הדברים הבאים: "הניחו לעוונותיי לנוח איתי. בקרוב, בקרוב מאוד, אמצא שלווה. כשתקבל את המילים הללו, הראש הבוער שלי יהיה קר...אני אצלול לתוך נהר התמזה שבו יש לי סיכוי רב יותר למצוא את המוות שאותו אני מחפשת. אלוהים יברך אותך! מי ייתן ולא תחווה את הסבל שגרמת לי. אם אי פעם רגישותך תתעורר, חרטה תמצא את דרכה ללבך, ובעיצומה של הנאה חושנית, אופיע בפניך, כקורבן של הסטייה שלך מההגינות".
וולסטונקראפט ניסתה לסיים את חייה בקפיצה לנהר התמזה, אך עובר אורח שהבחין בה הצליח למנוע ממנה את תוכניתה והציל את חייה. וולסטונקראפט ראתה בניסיונה להתאבד, אקט רציונלי, וכך כתבה לאחר הצלתה: "נותר לי רק לקונן. לאחר שמרירות המוות חלפה, הוחזרתי באופן לא הומני לחיים ולאומללות. אבל אל לה לנחישות קבועה להתבלבל על ידי האכזבה. אני לא אניח לה להיות ניסיון נואש, אלא אחד המעשים הרגועים ביותר של ההיגיון. במובן הזה אני אחראית רק לעצמי... נסיבות אחרות אמורות להמיט עליי קלון".
וולסטונקראפט שבה בהדרגה לעסוק בכתיבה, להיות מעורבת שוב במעגל החברתי של ג'וזף ג'ונסון ולהדק את קשריה עם מרי הייז, אליזבט אינצבלד ושרה סידונס. החיזור של גודווין אחר וולסטונקראפט החל באיטיות, אך הפך במשך הזמן לרומן סוער. גודווין קרא את: 'מכתבים שנכתבו בשוודיה, נורווגיה ודנמרק' ובעקבות זאת כתב כי: "אם אי פעם כתיבת ספר מכוונת לגרום לגבר להתאהב במחברו, הרי נראה כי זה הספר. היא שחה על צרותיה באופן שממלא אותנו במרה שחורה, וממיס אותנו בעדינות. היא מציגה גאונות שמגייסת בפקודה את כל הערצתנו". הם החליטו להתחתן לאחר שוולסטונקראפט הרתה, כדי להעניק לילדם מעמד חוקי. נישואיהם חשפו את העובדה שוולסטונקראפט מעולם לא נישאה לאימליי, וכתוצאה מכך היא וגודווין איבדו חברים רבים. גודווין ספג גם ביקורת על המסה הפילוסופית שכתב: "הצדק הפוליטי", שבה באו לידי ביטוי רעיונותיו שדגלו בביטול הנישואין. לאחר נישואיהם ב-29 במרץ 1797 עבר הזוג להתגורר בשני בתים סמוכים, הידועים בשם: 'מצולע', ובאופן הזה המשיכו לשמור על עצמאותם. מערכת היחסים שלהם הייתה יציבה ומאושרת, אם כי קצרה באופן טרגי.
מותה.
ב-30 באוגוסט 1797 ילדה וולסטונקראפט את בתה השנייה, מרי. אף על פי שהלידה נראתה תקינה בתחילה, לקתה וולסטונקראפט בקדחת הלידה, שהייתה תופעה שכיחה באותה עת ולעיתים אף קטלנית. ב-10 בספטמבר, לאחר מספר ימים של ייסורים, הלכה וולסטונקראפט לעולמה. בעלה שהיה במצב רגשי קשה לאחר מותה, כתב לידידו תומאס הולקרופט: "אני מאמין באמונה שלמה שלא קיימת עוד אישה המשתווה לה בעולם. מניסיוני אני יודע כי נוצרנו לגרום אושר זה לזה. אין לי ציפיות לדעת אושר שוב".
וולסטונקראפט נקברה בחצר סנט פנקראס, ועל מצבתה נחקק: "מרי וולסטונקראפט גודווין, מחברת הגנת זכויות האישה, ילידת 27 באפריל 1759 ,נפטרה ב-10 בספטמבר 1797". בשנת 1851, הועברו שרידיה על ידי נכדה פרסי פלורנס שלי, לקבר משפחתו בבורנמות'.
מורשת.