כתוצאה מהתבוסה הטריטוריאלית, ביולי 2020 ההנהגה החדשה של מחוז ח'וראסאן החליטה על מעבר מלא לטקטיקת גרילה בננגרהאר וכונר והורתה ללוחמים ופעילים המפוזרים להתכנס במרכזים העירוניים ברחבי אפגניסטן כדי להקים רשתות טרור חדשות מלבד הרשתות הוותיקות בקאבול, ג׳לאלאבד, ח׳וסת, קונדוז והראת שהמשיכו את פעילותם הקבועה. כדי להתמודד עם מחסור חמור בכוח אדם, ההנהגה הכריזה על מדיניות חנינה עבור 1,400 לוחמי דאעש שנכנעו לרפובליקה האפגנית בכונר וננגרהאר ועודדה אותם לחזור ולהשתלב בארגון ופתחה במסע תעמולה נרחב שנועד למשוך לוחמים זרים; בנוסף, היא תכננה התקפה מורכבת על כלא ג'לאלאבד באוגוסט 2020 שבמהלכה שוחררו כ-280 לוחמי דאעש,
עם תחילת הנסיגה האמריקנית מאפגניסטן ב-2021 וניצני הקריסה של הרפובליקה האפגנית, תאי הטרור הוותיקים הגבירו את פעילותם, בעוד שתאי הטרור הרדומים החלו לצוץ בזה אחר זה במחוזות שונים במערב, במזרח ובצפון תוך כדי ביצוע פעילות טרור בעצימות נמוכה או בינונית; במקביל, מחוז ח׳וראסאן קיבל תגבור דרסטי בעקבות בריחה המונית של אלפי אסירים מבתי הכלא של הרפובליקה הקורסת - ביניהם על פי הערכות 3,000-2,000 אסירי דאעש. ההתעוררות המחודשת של דאעש קיבלה תשומת לב בינלאומית בעקבות פיגוע התאבדות בנמל התעופה חאמיד כרזאי שבו נהרגו כ-180 אנשים, בהם 13 חיילים אמריקנים.
לאחר ההשתלטות המלאה של הטליבאן על אפגניסטן, דאעש שמר על דממה מוחלטת במשך כחצי חודש כדי להעריך את המצב החדש, ואז פתח בלוחמת גרילה רחבה ברחבי אפגניסטן נגד מטרות של הטליבאן תוך שהוא הופך ליריב העיקרי שלו ומנצל את חוסר יכולתו המודיעינית; דאעש ניצל גם את החששות בקרב האוכלוסייה הט׳גיקית והאוזבקית ובקרב הקהילה הסלפית מפני הטליבאן הפשטוני כדי להגביר את מאמצי הגיוס שלו, ואף החל לגייס לשורותיו חיילים ושוטרים לשעבר של הרפובליקה האפגנית שחששו לחייהם משלטון הטליבאן. האסטרטגיה של דאעש הייתה לערער את שלטון הטליבאן ואת יכולתו לספק ביטחון למיעוטים שיעים וסיקים ולמתג את עצמו כתנועת התנגדות חדשה ונאמנה לאסלאם הטהור.
הטליבאן הגיב להתקוממות הדאעשית בדיכוי חסר הבחנה של הקהילה הסלפית באפגניסטן - כולל סגירת מסגדים ומדרסות בולטות, עצירת אנשי דת בולטים והריגת עשרות סלפים שחשודים בקשרים לדאעש ביניהם איש הדת הסלפי הבולט אבו אובאידיאללה מוטוואקיל. כוחות הטליבאן פתחו במבצעים מיוחדים של טיהור אזורים עירוניים שבהם יש נוכחות של תאי דאעש, ואלו הובילו לירידה חדה בפעולותיו עד סוף 2021. דאעש בתגובה הוריד שוב פרופיל ונקט באסטרטגיה של לוחמת גרילה עירונית וכפרית בעצימות נמוכה נגד הטליבאן, והתמקד יותר בפריסת רשתות טרור קטנות ובינוניות ברחבי אפגניסטן ובמסע תעמולה נרחב נגד הטליבאן בקרב האוכלוסייה הסלפית תוך מיתוג הטליבאן כארגון כופר שנלחם באסלאם ומשתף פעולה עם אויבי האסלאם: סין, ארצות הברית, הודו ורוסיה.
בתחילת 2022, מחוז ח'וראסאן הפגין שוב את פריסתו הרחבה באפגניסטן, במהלך הקמפיין העולמי של המדינה האסלאמית לנקום את מותו של הח'ליפה השני אבו אבראהים אל-האשמי: תאי הטרור של הארגון ביצעו עשרות פעולות טרור בזמן קצר ברחבי המדינה נגד הטליבאן והאוכלוסייה השיעית, תוך שהם מפגינים לראשונה נוכחות גם במחוזות חדשים דוגמת בדחשאן, בלח' והלמנד ומבצעים התקפות חוצות גבולות נגד אוזבקיסטן וטג'יקיסטן. האסטרטגיה הנוכחית של מחוז ח'וראסאן היא להימנע מלהחזיק טריטוריות מוצהרות, ובמקום זאת להמשיך את ההתבססות במרכזים העירוניים תוך כדי ניסיון לערער את שלטון הטליבאן באמצעות התקפות חוצות גבולות ופיגועים נגד שיעים, וכן להשיג תמיכה רחבה בקהילות הסלפיות, האוזבקיות והטג׳יקיות שישמשו אותו בהתקוממות עתידית.
מבנה.
מחוז ח׳וראסאן הוא אחד ממחוזות החוץ של המדינה האסלאמית, וכפוף להנהגה המרכזית של הארגון בראשות מועצת השורא והח׳ליפה הנמצאים בעיראק וסוריה. בראש המחוז עומד המושל המקומי והנהגת המחוז כוללת מלבדו את סגן המושל, חברי מועצת השורא של המחוז ומספר אנשי דת בכירים. המושל ממונה בדרך כלל על ידי מועצת השורא של המחוז בכפוף להתייעצות והסכמה של ההנהגה המרכזית בעיראק וסוריה.
מבנה הארגון מבוסס על המבנה הכללי של המדינה האסלאמית, ובהתאם לכך, מתחת להנהגת המחוז יש את המחלקות שמטפלות במידת האפשר בנושאים שונים: מחלקת הצבא שאחראית על הכוח הצבאי, הגנה על הטריטוריות, גיוס חיילים ואימונם, מחלקת הביטחון שאחראית על ריגול נגדי, איסוף מודיעין והפעלת תאי טרור בעורף האויב, מחלקת החסבה (משטרה דתית) שאחראית על יישום השריע׳ה, מחלקת החינוך, מחלקת הדעווה והמסגדים שמכשירה מטיפים ואנשי דת ומתחזקת מסגדים, מחלקת החקלאות שמטפלת בנושא הגידולים בטריטוריות, מחלקת האוצר שדואגת למימון הכספי של הארגון ולתשלום משכורות ללוחמים ופעילים במידת האפשר, מחלקת המשפטים, מחלקת התקשורת שאחראית על הפקת תכנים מגוונים לצורכי פנים וחוץ, מחלקת הבריאות, מחלקת המחצבים (בעיקר סחר בעץ וכריית מינרלים), מחלקת השירותים לאוכלוסייה המקומית ומחלקת ההגירה שמטפלת בגיוס וקליטת לוחמים ופעילים זרים. בראש כל מחלקה עומד אמיר שכפוף להנהגת המחוז, ותחתיו מספר סגנים ועוזרים שתפקידם ליישם את ההחלטות או להעביר אותם לדרג שתחתיו.
הדרג הבא לאחר ההנהגה והמחלקות הוא דרג הפיקוד האזורי שמורכב מעשרות מפקדים בכירים; מחוז ח׳וראסאן מחולק למספר סניפים שאחראים על הפעילות באזורים גאוגרפים שונים באפגניסטן ובפקיסטן (סניף ננגרהאר, סניף כונר, סניף ח׳ייבר, ועוד). בדומה למבנה של המחלקות הכלליות של המחוז, גם בדרג האזורי המבנה משוכפל בכל אחד מהסניפים או הטריטוריות של דאעש, אם כי בצורה מצומצת יותר, לדוגמה: רכז כספים, רכז ביטחון, רכז חסבה, רכז חינוך, רכז משפטים, וכן הלאה. לאחר הדרג האזורי ישנו את דרג השטח שכולל מאות מפקדים זוטרים שאחראים על נפות/הרים/עמקים/כפרים ומגובים גם הם באנשי דת וברכזים מקומיים שאחראים בפועל על יישום הוראות ההנהגה בקרב האוכלוסייה המקומית. אובדן הטריטוריות של הארגון באפגניסטן והמעבר שלו ללוחמת גרילה מלאה, ייתר את מרבית המחלקות בכל הדרגים של הארגון והוביל להתמקדותו בעיקר בלחימה ובהתפשטות ברחבי אפגניסטן, כמו גם עידוד הגירה של לוחמים זרים ותעמולה איטנסיבית.
פיקוד.
מייסדי הארגון ומנהיגיו הראשונים היו מולה חאפז סעיד חאן מהטליבאן הפקיסטני שמונה למושל המחוז, ומולה עבד א-ראוף ח׳אדים מהטליבאן האפגני שמונה לסגנו. לאחר חיסולו של ח׳אדים בתקיפת מל״ט אמריקני בהלמנד בינואר 2015, מונה במקומו לסגן המושל שיח׳ עבד אל-חסיב אל-לוגרי מאזור השבטים הפדרלי בפקיסטן שהיה חבר בעבר בטליבאן האפגני, והוא ניהל את הקמת המחלקות של המחוז. אל-לוגרי הפך בהמשך למושל המחוז לאחר חיסולו של סעיד חאן בתקיפה אווירית אמריקנית בנפת אצ׳ין בננגרהאר ב-26 ביולי 2016. אל-לוגרי הנהיג את המחוז כמעט שנה, עד שנהרג ב-27 באפריל 2017 בפשיטה קרקעית אמריקנית על מבצרו בעמק מוהמנד בקרב שנמשך כ-3 שעות. למחליפו נבחר אחד מסגניו אבו סעיד אל-באג׳אורי (עבדול רחמן גאלב) מהטליבאן הפקיסטני שחוסל חודש וחצי בלבד לאחר מינויו בתקיפת מל״ט אמריקני ב-11 ביולי 2017 בנפת וואטאפור במחוז כונר. המושל הבא היה סייפאללה אל-ארהאבי מהטליבאן הפקיסטני שהנהיג את המחוז כשנה עד שחוסל בתקיפת מל״ט אמריקני בכפר ג׳נגאל קלי בננגרהאר ב-25 באוגוסט 2018.
לאחר חיסולו של ארהאבי, זהות מחליפו לא הייתה כל כך ברורה: אבו עומר אל-ח׳וראסאני (זיא אל-חק) או עבדאללה אורוקזאי (אסלם פארוקי) שהיה חבר בעברו בטליבאן הפקיסטני ובלשכר א-טייבה. ייתכן שאבו עומר מונה בתחילה והודח באפריל 2019 על ידי הנהגת המדינה האסלאמית בשל ביצועים גרועים בקרבות ננגרהאר. כהונתו של עבדאללה אורקוזאי הייתה רצופת משברים, כשבתחילת כהונתו התחולל משבר אתני בין פשטונים לאוזבקים וטג׳יקים, לאחר שהאחרונים חשדו בו שהוא סייען של המודיעין הבין שירותי (ISI) של פקיסטן, והחלו לפעול בצפון אוטונומית תחת מפקדם מועוויה האוזבקי. עם זאת, משבר זה נפתר לבסוף על ידי התערבות של הנהגת המדינה האסלאמית בעיראק וסוריה. במהלך כהונתו של אורוקזאי התרחשה קריסת המחוז ואיבוד כל הטריטוריות במזרח אפגניסטן. עבדאללה אורוקזאי נעצר ב-4 באפריל 2020 על ידי כוחות הביטחון האפגנים בקנדהאר ונכלא בכלא בגראם. לאחר מעצרו של אורוקזאי, אבו עומר אל-ח׳וראסאני מונה שוב למושל המחוז אך נעצר גם הוא כ-6 שבועות לאחר מכן ב-11 במאי 2020 ונכלא בקאבול בעקבות מידע על מיקומו שחולץ מאורוקזאי בחקירתו.אבו עומר נהרג על ידי הטליבאן במהלך נפילת קאבול ב-16 באוגוסט 2021 בעוד שמזלו של אורוקזאי שפר עליו והוא הצליח להימלט מכלא בגראם. אורוקזאי נהרג בסופו של דבר בקרב יריות בצפון אפגניסטן בינואר 2022 בנסיבות לא ברורות.
המנהיג הנוכחי של מחוז ח'וראסאן הוא סנאוללה ג'פארי המכונה גם דוקטור שאהיב אל-מוהג'יר. סנאוללה היה מפקד בדרג בינוני ברשת חקאני ובאל-קאעידה עד שערק למדינה האסלאמית, ושימש קודם לכן כראש המבצעים של המחוז. הוא נחשב למומחה בלוחמה עירונית שמוביל את האסטרטגיה הנוכחית של הארגון להתבסס במרכזים עירוניים, ולמתכנן הפיגוע בנמל התעופה חאמיד כרזאי בו נהרגו 13 חיילים אמריקנים; בשל כך, ארצות הברית הציעה פרס של 10 מיליון דולר על ראשו.