20,000 רפובליקנים נורו למוות בשבועות הראשונים שלאחר סוף מלחמת האזרחים. ההוצאות להורג לא הסתיימו שם, אלא המשיכו לאורך שנים רבות. בתי דין צבאיים הוקמו בכל רחבי המדינה ושפטו ללא הליך הוגן המוני רפובליקנים בעוון "בגידה". על המוקד עמדו קציני צבא רפובליקניים, פוליטיקאים מהשמאל וראשי איגודים מקצועיים, אך גם אזרחים מהשורה. רבים מהם נידונו למאסרים ממושכים וכל מי שהורשע ב"פשע דם", כזה שלכאורה היה כרוך בהרג, נידון למוות. היו רבים שבחרו להתאבד. חלקם חשבו שגם כך הם עתידים להיות מוצאים להורג, ואחרים העדיפו בכל מקרה לבחור במוות ולא לחיות בארצם תחת דיכוי ולחזות בניצחונו של פרנקו. קבוצות אחרות בחרו בדרך של התנגדות בצורות שונות. אחת מהדרכים הללו הייתה הצטרפות לשורות ה"מאקיז" (Maquis), אוסף של קבוצות מחתרת קומוניסטיות ואנרכיסטיות שפעלו בשיטות גרילה כנגד המשטר של פרנקו עד לשנות החמישים והשישים.
לצד 50,000 רפובליקנים שהוצאו להורג, כמאתיים אלף איש נאסרו. בתי הסוהר עלו על גדותיהם ורבים מהאסורים הוחזקו במחנות מעצר בתנאי מחיה קשים. מ-1941, כשנתיים לאחר המלחמה, החלו להתבצע שחרורים המוניים על מנת להקל על העומס בבתי הסוהר ולסייע לשיקום הכלכלי של המדינה. במקביל רבים מהאסורים הוחזקו במחנות עבודה והועסקו בעבודות כפייה שכללו בנייה מחדש של מקומות יישוב, סלילת כבישים, והקמת מסילות רכבת. לצד הרג ומאסר, הרפובליקנים גם היו נתונים לרדיפה כלכלית מתמשכת. כך למשל הממשלה החרימה רכוש רב של חברות ואישים רפובליקניים. בנוסף, ועדות מקצוע שהקימה המדינה אסרו על אנשים שזוהו עם השמאל לעסוק בעבודות שונות, בעיקר בחינוך, כביכול על מנת שלא "ישפיעו לרעה" על האוכלוסייה הצעירה.
המלחמה השאירה חותם כבד על ספרד, בגוף ובנפש. מאות אלפי ספרדים נהרגו במלחמה, בסה"כ כשני אחוזים מתוך אוכלוסייה של 24 מיליון תושבים טרם פריצתה. מאות אלפים נוספים סבלו מפציעות ומליקויים גופניים קשים. חורבן והרס היו מחזה נפוץ בכל רחבי המדינה. עיירות, שכונות וכפרים שלמים היו לעיי חורבות. למרות הפצרותיו של אדולף היטלר, השכיל פרנקו לשמור על ארצו נייטרלית במהלך מלחמת העולם השנייה, בין השאר על מנת לרכז את מאמציו לשיקום הכלכלה שהייתה במצב בכי רע. העיבו על המצב הכלכלי שילומים שספרד התחייבה להעביר לגרמניה ואיטליה על מנת לממן בדיעבד את מעורבותם במלחמה לטובת הלאומנים. שנות ה-40 זכורות בספרד כתקופה אומללה וקשה של עוני ומחסור. פרנקו פעל לקיום אוטרקיה שאמנם היטיבה עם התעשייה והחקלאות שהיו במצב קשה כתוצאה מהמלחמה, אך מנעה יבוא והביאה להעלאת מחירים. לצד מחירים מאמירים ומשכורות נמוכות לא היו במדינה איגודי עובדים עצמאיים או ביטוח לאומי. ספרד סבלה משוק שחור, פיחות מטבע וצמיחה כלכלית נמוכה.
הבידוד המדיני בו ספרד הייתה מצויה תם בשנות ה-50 ככל שהמלחמה הקרה החריפה. ברקע המאבק בין מעצמות העל, ספרד האנטי-קומוניסטית הפכה באופן טבעי למעוז מערבי פרו-אמריקני. למרות הסלידה של כמה מדינות דמוקרטיות באירופה מהרודנות של פרנקו, הסכנה האדומה והפחד מהקומוניזם, שהיו לאחד מהגורמים שתרמו לעלייתו לשלטון בספרד פנימה, היו גם לאחד מהגורמים שהביאו לשיקום מעמדו הדיפלומטי כלפי חוץ. ב-1953 נחתם חוזה מדריד שנתן תוקף לסוף הבידוד של ספרד, ובמסגרתו העבירה ארצות הברית בהוראת הנשיא דווייט אייזנהאואר סיוע כספי נדיב לספרד, בתמורה להסכמת פרנקו להצבת כוחות צבא אמריקניים על אדמת ארצו. היציאה מהבידוד הדיפלומטי הביאה גם ליציאה מהמיתון הכלכלי, ובשנים הבאות המשיכה ספרד להיפתח לעולם, ופרנקו החיל כלכלה קפיטליסטית במדינה. שנות ה-60 היו בסימן "הנס הספרדי" (El Milagro español), הצמיחה הייתה מהגבוהות בעולם, התוצר לנפש זינק מ-2,000 דולר למעל 8,000, והכלכלה הספרדית הייתה לאחת הגדולות באירופה. התעשייה והתיירות התפתחו במהירות ותנאי החיים השתפרו.
ב-1975, כ-40 שנה לאחר פרוץ המלחמה, נפטר פרנקו לאחר ארבעה עשורים של שלטון בלתי מעורער. להפתעת רבים ספרד עברה במהירות מדיקטטורה לדמוקרטיה. רבים טוענים כי המודרניזציה והשגשוג הכלכלי של שנות ה-60 וה-70 הניחו את הבסיס לשינוי המשטר. חואן קרלוס הראשון, נכדו של המלך אלפונסו השלושה עשר שהודח עם הקמת הרפובליקה ב-1931, עלה למלוכה אך הפעם במסגרת מונרכיה חוקתית. ב-1978 נכנסה לתוקף חוקה חדשה שעיגנה את ספרד כדמוקרטיה, המתבססת על המורשת המלוכנית לצד זו הרפובליקנית, אך ללא המסורות המהפכניות משמאל והפאשיסטיות מימין שנתנו בה את הטון לאורך שנים כה רבות. האנרכיזם, הפאשיזם והקומוניזם הפכו לתנועות שוליים או שנעלמו מהנוף הפוליטי. למדינה החדשה לא הייתה כנסייה ממוסדת, אך כן הובטח בה חופש דת. היא התחייבה לקידום חברה פלורליסטית, סובלנית, פדרלית ורב-לשונית. היא התנכרה ליסודות הלאומניים והמיליטריסטיים של הדיקטטורה, אך גם לא היוותה הקמה מחדש של הרפובליקה, אלא תוצר של הניסיון ההיסטורי העקוב מדם שחוותה ספרד במאה ה-20.
מורשת וזיכרון.
לאחר המלחמה היו השכול והסבל נחלת כלל הציבור בספרד, רפובליקנים ולאומנים כאחד. אך בשנות הדיקטטורה מזור של ממש היה רק עבור הלאומנים. קרוביהם המתים תוארו כקדושים מעונים שמתו למען ספרד, וותיקי הקרבות הוכרו כגיבורים ומשפחות התאבלו על קרוביהם בכאב מהול בגאווה. לעומת זאת, הרפובליקנים סבלו מהצגתם והצגת קרוביהם כאוסף של מורדים קנאים ש"בגדו" באומה הספרדית. הקו של משטר פרנקו תחזק באופן שוטף את התפיסה כי הרפובליקה הייתה "סטייה" מההיסטוריה והמסורת של ספרד, שהיא הייתה "חסרת אלוהים" וסופה שהייתה מידרדרת למדינה קומוניסטית אכזרית. תפיסתו של המשטר באה לידי ביטוי בהנצחה ובחינוך במדינה הספרדית, שם לא היה אפשר למצוא זכר לפשעים כגון הפצצת גרניקה (שתוארה כתרמית של הרפובליקנים על מנת להשחיר את הלאומנים) או רצח פדריקו גארסיה לורקה. אירועים מעין אלו הודחקו וצנזורה הוטלה על עיסוק בהם. בשנות ה-60, כחלק מהיפתחות ספרד לעולם, הצנזורה במדינה צומצמה וגבולות השיח על המלחמה נפתחו במעט, אך עדיין הקו המרכזי של השלטון היה בלתי מעורער.
כחלק מניסיון לשלוט בזיכרון הקולקטיבי הספרדי, בכל רחבי ספרד נבנו אנדרטאות, כמו שער הניצחון במדריד, שפיארו את המאבק ההרואי של הלאומנים במלחמה. אתר ההנצחה הבולט מכולם היה עמק הנופלים: אנדרטה אדירת ממדים שהוקמה בלב יער ים-תיכוני ברכס הסיירה דה גואדרמה, כארבעים קילומטר צפונית מערבית למדריד בסמוך לאל אסקוריאל. המתחם המונומנטלי בעיצוב נאו-קלאסי כולל בזיליקה קתולית גדולה החצובה בסלע גרניט ומנזר בנדיקטיני. מעליהם מתנשא לגובה של 150 מטר צלב אבן, הגבוה מסוגו בעולם, הנראה ממרחקים. בניית עמק הנופלים החלה ב-1940 ובנייתו הושלמה בטקס רב רושם ב-1 באפריל 1959, עשרים שנה לאחר תום המלחמה. פרנקו קבע כי בניית האנדרטה היא "מעשה של כפרה לאומית" ופיוס, והנצחה נאותה ל"מסע הצלב המפואר". במקום נקברו 33,847 מחללי מלחמת האזרחים, לאומנים ורפובליקנים כאחד, והוקם בו מוזוליאום שם קברו את חוסה אנטוניו פרימו דה ריברה הפאשיסט, שהפך לקדוש מעונה בספרד שלאחר המלחמה. ב-1975 מת פרנקו, ספרד הפכה לדמוקרטיה והוא עצמו נקבר גם כן במקום.
עם המעבר המוצלח של ספרד מדמוקרטיה לדיקטטורה, הצדדים הפוליטיים בספרד החליטו כי מוטב יהיה לשים את משקעי העבר מאחור ולשאת את מבטם קדימה אל עתיד משותף. לימים כינו את ההסכמה הזאת "חוזה השכחה" (Pacto del olvido), שביטויו היה בכך שמימין אך במיוחד משמאל, הציבור ומנהיגיו ויתרו לכאורה על זכותם לקרוא לחקירת פשעי מלחמה שבוצעו בתקופת מלחמת האזרחים והדיקטטורה, לדרישה להעמדת האחראים לדין או להאשמת המחנה הפוליטי היריב באחריות לאירועים הקשים. מקובל היה בספרד כי עיסוק במלחמת האזרחים הוא בבחינת תיבת פנדורה שמוטב לא לפתוח אותה. הנושא לא נלמד באריכות בבתי הספר, והאוכלוסייה העדיפה להדחיק את הידיעה כי הוריהם והורי הוריהם בילו את מיטב שנותיהם בלחימה אכזרית האחד בשני. היסטוריונים הרבו לתאר את "השכחה הגדולה" (el gran olvido) שספרד בחרה בה במודע בתור "אמנזיה מוזרה".
בשנות האלפיים החל קשר השתיקה בספרד להתפורר. צעירים רבים החלו לרכוש עניין מחדש במלחמה ורבים החלו לחקור את שעלה בגורל קרוביהם ולדרוש צדק עבור הקרבנות. ארכאולוגים, עיתונאים ואזרחים מהשורה החלו העלות את המודעות להתרחשויות ההיסטוריות ולאתר קברי אחים המוניים שהיו פזורים ברחבי המדינה, כעדות לאירועי טבח שרבים העדיפו לשכוח. העיסוק המחודש במלחמת האזרחים הפך עד מהרה לסוגיה פוליטית שנויה במחלוקת. בשמאל היו שתבעו צדק מחודש לקרבנות והכרה בעוולות הדיקטטורה, ובימין היו שראו בהפרת "חוזה השתיקה" שימוש פוליטי בסוגיה היסטורית לשם השחרת מחנה פוליטי. ב-2007 העבירה ממשלת ספרד הסוציאליסטית את "חוק הזיכרון ההיסטורי" (Ley de Memoria Histórica) שנועד לשים סוף להשכחת והדחקת המלחמה מהזיכרון הקולקטיבי הספרדי. בדברי ההסבר לחוק נקבע כי "הגיע הזמן, שהדמוקרטיה הספרדית והדורות החיים כיום יכבדו ויכירו את אלו שסבלו באופן ישיר מעוולות... בתקופות כואבות בהיסטוריה שלנו". בהמשך מבואר כי מטרת החוק היא "לתרום לריפוי הפצעים שעדיין פתוחים בחברה הספרדית ולתת נחת לאזרחים שסבלו... מהשלכות מלחמת האזרחים והדיכוי של הדיקטטורה". החוק התקבל למורת רוחו של הימין, וקבע כי הממשלה תפעל לקידום המחקר והחינוך על תקופת המלחמה, ותפצה את אלו שהיו נתונים ל"אלימות ודיכוי על רקע פוליטי, דתי ואידאולוגי". אם העברת החוק ניתן תוקף חוקי ניתן לגינוי משטר פרנקו וההפיכה של שנת 1936 שהחלה את המלחמה.