בתקופה זו ניכרה ירידה חדה בתפוקה של קישון וברעב היצירתי שלו. כעדותו, הוא כתב על כל דבר שבעולם, פעמיים. בסוף שנות השבעים פרש קישון מכתיבת הטור שלו בעיתון מעריב. בעשרים וחמש השנים האחרונות לחייו חילק את חייו בין תל אביב לעיירה אפנצל שבצפון שווייץ. באותן שנים, הרבה קישון לקבול על יחס מזלזל כלפיו מצד האליטות בישראל. לטענתו, לאחר שהזדהה עם עמדות הימין בישראל, החרימה אותו התקשורת הישראלית והמבקרים כתבו ביקורות שליליות על יצירות שלו שקודם לכן כתבו עליהן ביקורות אוהדות. קישון נתן דוגמאות רבות לסופרים אשר התעלמו ממנו. לעומת זאת, קהל קוראים רחב ונאמן הפך שורה ארוכה של ספרים, שכולם התבססו על הומורסקות ותיקות שלו שנארזו בלקטים, לרבי מכר לאורך שנים ארוכות.
בעקבות טבח מעלות, הוא הצטרף לקריאה של חוגים נרחבים בעם, לתת עונש מוות למחבלים. את העונש הוא הציע שלא לתת מיידית, אלא להעמיד על תנאי (וכך למנוע פיגועי מיקוח): אם חוליית טרור לוקחת בני ערובה ודורשת שחרור מחבלים, ומאיימת בהריגת בני הערובה במקרה של אי היענות - ישראל, מצידה, מכריזה שאם בני הערובה יירצחו, היא תוציא להורג את כל המחבלים שדרשו את שחרורם.
משנות השמונים ועד פטירתו.
בשנת 1988 העלתה "הבימה" גרסת מחזמר של "סאלח שבתי" אותה ביים קישון. המחזמר, בכיכובו של זאב רווח זכה להצלחה עצומה בקרב הקהל, ולביקורות קשות מצד המבקרים, עובדה שהעמיקה את מרירותו של קישון. עם זאת, החל מאמצע שנות התשעים התרחשה 'רהביליטציה' הדרגתית של קישון בישראל, שסימן פרסומו של ספר השיחות שלו עם ירון לונדון, דו-שיח ביוגרפי, ב-1993. סרטיו זכו להערכה ואהבה מחודשת והקרנות תכופות במועדי חג בטלוויזיה הישראלית. כמו כן, הופקה סדרת טלוויזיה בשם "ייסורי אפרים" שהתבססה על הומורסקות מתוך "ספר משפחתי" של קישון (לקט הומורסקות שהופיעו קודם בספרים שונים).
בשנת ה'תשס"ב זכה קישון בפרס ישראל בקטגוריה של תרומה לחברה ויום הולדתו ה-80 נחגג בישראל בשנת 2004 בשורה של טקסים. בשנת 2003 החלה הוצאת הספרים "ידיעות אחרונות" בהוצאה מחדש של כל כתביו, תוך שהיא מוסיפה עליהם ספרים שטרם ראו אור בעברית. במסגרת זו יצאו לאור:
הגשש החיוור ביצעו ארבעה מערכונים שנוצרו במקור על ידי קישון: "תיבת הדואר" (לפי 'בולמוס') בעיבודו של שייקה אופיר; "אופסייד סטורי", "המוסך" (לפי 'לפי רצון') ו"קסיוס קליי נגד חלפון" (לפי 'הערצה גלויה') שעובדו על ידי יוסי בנאי.
אפרים קישון נחשב חבר במה שכונה בחיבה ה"מאפיה ההונגרית" בארץ, עמה נמנו גם יוסף (טומי) לפיד והקריקטוריסטים זאב ודוש.
חיים אישיים.
עם אשתו הראשונה חווה קלאמר עלה לארץ מהונגריה וממנה נולד ב-1957 בנו הבכור רפאל (כיום וטרינר). בשנת 1959 התגרש מחוה והתחתן עם שרה ליפוביץ, עמה התגורר בשכונת אפקה שבתל אביב, וממנה נולדו ילדיו עמיר (1964) ורננה (1968). בני משפחתו הרבו להופיע ביצירתו.
בשנת 1997 עבר להתגורר בשווייץ, אך המשיך להגיע לישראל לעיתים מזומנות. שרה נפטרה בשנת 2002. חווה נפטרה בשנת 2017. בשנת 2003 התחתן בשלישית, עם ליזה ויטאסק, אוסטרית לא-יהודייה שהייתה צעירה ממנו בשנים רבות. קישון כתב צוואה בה הוריש את רוב עיזבונו לאשתו השלישית, אך לאחר מאבק משפטי ארוך זכו ילדיו בזכויות היוצרים של כתביו.
קישון היה גם צורף של תכשיטים, צייר ושחקן ביליארד ופינג פונג. על שמו עורך איספא - איגוד ישראלי לספורט ביליארד את אליפות ישראל בביליארד. כמו כן היה קישון שחמטאי מחונן ואף היה מעורב בפיתוח תוכנת מחשב למשחק השחמט. כישורי השחמט שלו הצילו אותו בימי השואה, כאשר הצליח לעורר את תשומת לבו של מפקד המחנה בו היה כלוא.
אפרים קישון נפטר ב-29 בינואר 2005 בביתו שבשווייץ בגיל 80 בעקבות דום לב. גופתו הובאה לישראל והוא נקבר בבית הקברות טרומפלדור בתל אביב.
התקבלות ופולמוס.
בחייו היה קישון אדם שנאבק על מקומו בתרבות הישראלית. במשך שנים ניסו כמה יוצרים מן החוגים שנחשבו צעירים וצבריים להציגו כ"עולה חדש נצחי", הנטוע עמוק בתרבות האירופית ותלוש מן המציאות הישראלית, והעלו על נס סופרים דוגמת דן בן אמוץ כסמלים ליצירה ישראלית צברית "חצופה" ואנטי-ממסדית. קישון נעלב מאוד מתיאורים אלה. מעריציו חזרו וטענו כי בפועל הוא עצמו היה אנטי-ממסדי הרבה יותר מן היוצרים התל אביביים הצברים, ואדרבה, הם אלה שהיוו את "הממסד" משום שבפועל שלטו בקרב "קובעי הטעם" התקשורתיים של אז. הוא עצמו הלין על כך שבתיאורים שונים שלו באנציקלופדיות, לקסיקונים ובמות תקשורתיות בארץ הוא תמיד הוצג כ"הומוריסט" או כ"סאטיריקן" שעה שבכל העולם התייחסו אליו כאל סופר ומחזאי. היו שתלו את קיפוחו של קישון בדעותיו הימניות (הגם שקישון לא הרבה להתבטא בנושאים של שלום וביטחון, וכאשר נחתמו הסכמי אוסלו הוא הביע תמיכה זהירה בהם). כאשר עבר לגור בשווייץ בבית שהקצתה ממשלת שווייץ במיוחד עבורו - הרבו חוגי השמאל הישראלי ללגלג על הפטריוטיזם הצבוע שלו כביכול, אך קישון הגיע תכופות לביתו שבישראל ואף רמז לא אחת כי התרחקותו מחוץ לישראל נבעה לא במעט מתחושת העלבון עקב היחס כלפיו. מחוץ לישראל הוא אף הופיע בבמות טלוויזיוניות רבות והגן על ישראל ועל מהלכיה מפני מאשימים ומלעיזים בתקשורת האירופית. כאשר זכה בפרס ישראל, היה זה עבור "מפעל חיים", ולא פרס ישראל לספרות, וגם בכך ראו מעריציו טעם לפגם (טומי לפיד התרעם על כך). היו מי שהסבירו זאת בכך שהפרס ניתן לא רק על יצירתו הכתובה אלא גם על יצירתו הקולנועית ועל מפעלו בהגנה על שמה של ישראל, אך רבים אחרים סברו כי היה כאן ביטוי נוסף לאי-ההכרה המתמשכת בערכו כסופר. שנים אחדות לאחר מותו הלכה החברה הישראלית והכירה בתרומתו העצומה, ומחזותיו מועלים שוב ושוב בתיאטראות ישראל.
באוקטובר 2014 נקבעה לוחית זיכרון בכניסה לביתו ברחוב המתנדב 48 בשכונת אפקה בתל אביב. בינואר 2016 אישרה מועצת עיריית נתניה קריאת רחוב על שמו בשכונת "עיר ימים" במערב העיר. שמו הונצח ברחובות בהרצליה ובבאר יעקב ובכיכר במעלות-תרשיחא.
יצירתו.
השפעתו של קישון על התרבות הישראלית - עצומה, וניכרת בתרומותיו לשפה העברית בהמצאת מטבעות לשון, לא פחות מאשר בתרומותיו כמבקר חברתי ביצירותיו הכתובות, המומחזות והמוסרטות. סאלח שבתי, שם שהפך למושג, היה השתקפות סיפור קליטתם של עולים מארצות מצוקה. מצד אחד הסרט מציג סטראוטיפים שליליים על העלייה מארצות האסלאם כאשר גיבור הסרט מגלם דמות של עולה פרימיטיבי מארץ נחשלת של העולם השלישי. מנגד, הסרט מגלה אמפתיה רבה אל העולים וביקורת חריפה על הממסד שקלט אותם. סלאח שבתי מתגלה כאדם ערמומי אשר יכול להשיג את שלו מהממסד האטום והמטומטם, במיוחד בתקופת מלחמת בחירות. בסרט, מצליף קישון גם בצביעותו של הממסד, כמו למשל בסצנת החלפת השלטים ביערות, בכל פעם שבא תורם אחר. הסרט הוצג בהצלחה רבה גם בחו"ל.
גיבוריו של קישון: ארבינקא הפרוע והחינני, השוטר אזולאי התמים והמסורבל, שטוקס האינסטלטור, פליקס זליג החשמלאי, השחקן ירדן פודמניצקי, הבירוקרטים קונשטטר וד"ר בר-ביצוע, שולטהייס הממולח, בירנבוים בעל החשיבות העצמית, ראש העיר קויבישבסקי, ציגלר הפקיד הנמוך והנרמס, העוזרת התימניה אתרוגה, ועוד אחרים, הפכו לחלק בלתי נפרד מן הנוף התרבותי של ישראל הצעירה.
קישון התעמת עם המבקר הנודע חיים גמזו, על רקע ביקורותיו הנוקבות של זה האחרון על מחזותיו. גמזו, שהתפרסם כמבקר חריף ונוקב, זכה להיות למושג ולפועל מידי קישון, "לגמוז" שמשמעו להשמיד, להרוס או להרוג (הביטוי לא נכנס לסלנג העברי, שהעדיף בדרך כלל את הפועל 'לכסח' בשנות השבעים והשמונים ו'לקטול' בשנות התשעים ואילך). בעקבות הביקורת של גמזו על המחזה "סמי ימות בשש", שבה כתב "לדידי יכול היה למות בחמש", כתב קישון, בספרו הסאטירי על התיאטרון "חור במסך", כאשר דמותו של המבקר הנודע י.ל. קונשטטר כותבת על ההצגה "החלבן תלה עצמו בשש": "חבל שלא תלה את עצמו בחמש".
הביקורת של אפרים קישון כלפי הממסד הייתה חדה אך ההומור שעטף אותה הפכה לנטולת בוטות. למשל: בביקורתו על איכות הממסד השולט הוא קבע כלל באחת הסאטירות שלו "הרי זה מכבר ידוע שכל שר בממשלה מקבל תיק בו אין לו כל מושג". בכמה מן הסאטירות שלו השתעשע על דמויות פוליטיות (לעיתים מתוך לגלוג ולעיתים בחיבה ואף בהערכה): לנוכח יומרותיו של דוד בן-גוריון להבנה בתנ"ך ונטייתו לחשאיות, על טהרנות הלשון של משה שרת, על האנגלית הגבוהה לעילא של אבא אבן, ועוד.
חוש ההומור היה מופיע בעדינות, אפילו בפרט הבא: מקובל שלפני המצעד הצבאי ביום העצמאות ניגש מפקד המצעד לכבוד הנשיא ומבקש רשות לפתוח אותו. "ומה יהיה אם הנשיא יסרב לתת רשות כזאת?" שואל בנימה "מודאגת" קישון באחת ההומורסקות שלו.
בהומורסקה "הביתן הישראלי" כותב קישון כביכול מתוך יומנו של פקיד מכס שמונה, בזכות קשרים במפלגה, לארגן את הקמת הביתן הישראלי ביריד המסחרי הבינלאומי בלונדון. הפקיד אינו יודע מימינו ומשמאלו, מבזבז את תקציב העתק שקיבל על שטויות, ולבסוף מאלתר דברים עלובים. סאטירה זו הותירה שני קטעים בלתי נשכחים:
(א) "ביקשתי במברק דחוף 30 דולאר ממשרד הפנים, אך הם הטיסו מייד שליח כדי למסור לי תשובה שלילית".
(ב) "מחר אקבל את פני המלכה [אליזבת] ירום הודה, המכבדת בביקורה את הביתן הישראלי. אומרים שהיא אינה יודעת מילה יידיש".
סאטירת יומן אחרת היא "חייו הכפולים של שולטהייס", בה הוא מתאר פקיד ממשלה את מאמציו הקדחתניים לבזבז את תקציבו ולהישאר בגירעון לקראת סיום שנת התקציב, כי בלעדי זה לא יקבל העלאה בתקציבו.