בנוסף לפועלו להשלמת סלילת הקו, טאפר גם ניהל את קווי הרכבת בכל הפרובינציות. זמן קצר לאחר שמונה לתפקידו ב-1879, הוא אילץ את חברת הרכבת האינטר-קולוניאלית להוריד את מחירי הובלת הסחורות שלה עקב תרעומת שהושמעה מצידם שהגורמים העסקיים בפרובינציות הימיות. לאחר מכן הוא הכריח את חברת "רכבת המטענים הגדולה" למכור את הקו שלה לריווייר דו לופ (Rivière-du-Loup) לחברת הרכבת האינטר-קולוניאלית כדי להשלים את הקישור בין הליפקס לבין נתיב המים סנט לורנס. הוא גם סירב לתת לחברת הרכבת הקנדית הפסיפית את זכויות ההפעלה של הרכבת האינטר-קלוניאלית, אם כי הוא שכנע אותם לבנות קו קצר בין הליפקס לבין סנט ג'ון.
בתחום התעלות, תקופת כהונתו של טאפר בשר הרכבות והתעלות בולטת בשל סכומי הכספים הרבים שהוצאו על הרחבת תעלת ולנד ועל העמקת נתיב המים סנט לורנס.
התדרדרות היחסים עם מקדונלד ומינויו כנציב העליון.
ב-1879 התפתח קרע ביחסים בין טאפר לבין מקדונלד בנוגע לסנדפורד פלמינג שטאפר תמך בו, אך מקדונלד ביקש להעבירו מתפקידו כמהנדס הראשי של חברת קו הרכבת הקנדית פסיפית. המחלוקת בין השניים יושבה באופן חלקי והם הצליחו לעבוד בשיתוף פעולה במהלך המשא ומתן עם הסינדיקט של ג'ורג' סטפן ב-1880, אך השניים לא היו עוד קרובים זה לזה כמו לפני כן וטאפר כבר לא סומן כיורשו בכוח של מקדונלד. בראשית 1881 היה טאפר נחוש בדעתו לפרוש מהקבינט. במרץ אותה שנה הוא ביקש ממקדונלד למנותו לתפקיד הנציב העליון (שגריר) קנדה בלונדון. בתחילה סירב מקדונלד לבקשה ולתפקיד מונה אלכסנדר טילוק גאלט.
במערכת הבחירות של 1882 ניהל טאפר את המערכה רק בנובה סקוטיה, בניגוד למערכות בחירות אחרות בהן הוא היה פעיל בכל רחבי קנדה. בבחירות אלו הוא נחל שוב הצלחה והשמרנים זכו ב-14 מתוך 21 המושבים של נובה סקוטיה. בחירות אלו היו גם משמעותיות במיוחד עבורו באופן אישי, שכן הוא זכה לראות את בנו צ'ארלס היברט טאפר, נבחר מטעם מחוז הבחירה של פיקטו.
הנציב העליון של קנדה בבריטניה.
שנותיו הראשונות בלונדון.
במאי 1883 יצא טאפר ללונדון כדי לכהן כנציב העליון של קנדה שם ללא שכר, אם כי הוא עדיין לא התפטר מתפקידו המיניסטריאלי. אך עד מהרה הוא ספג ביקורת על כך שקיים ניגוד אינטרסים בין שתי המשרות ובמאי 1884 הוא התפטר מהקבינט ומבית הנבחרים והיה לנציב עליון במשרה מלאה ובשכר.
במהלך תקופת כהונתו כנציב העליון הגן טאפר במרץ על זכויותיה של קנדה. אף על פי שהוא לא היה נציגה של קנדה במלוא מובן המילה, הוא ייצג אותה בוועידת פריז של 1883, שם הוא היה במחלוקת גלויה עם המשלחת הבריטית. ב-1884 הותר לו לנהל משא ומתן לחתימת הסכם מסחרי בין קנדה לבין ספרד.
טאפר עסק בקידום תנועת ההגירה לקנדה וקיים מספר סיורים בכמה מארצות אירופה כדי לעודד את אזרחיהן להגר לקנדה. בדוח שפורסם ב-1883 הובעו דברי תודה על פועלו:
ב-1883 שכנע טאפר את ממשלתו של ויליאם גלאדסטון לאפשר יבוא בקר מקנדה לבריטניה, למרות האיסור לייבא בקר מיבשת אמריקה עקב חשש למחלות, וזאת מתוך ידיעה שהבקר הקנדי לא היה נגוע במחלות.
בין שאר משימותיו של טאפר כנציב העליון נמנו: יצירת קשר בין יצואנים קנדים לבין יבואנים בריטים; השגת הלוואות לממשלת בריטניה לצורך מימון סלילת הקו הקנדי פסיפי; סיוע בארגון התערוכה הקולוניאלית וההודית של 1886; הסדרת סובסידיה עבור ספינת דואר מוונקובר, קולומביה הבריטית אל המזרח הרחוק; שתדלנות לטובת הקמת כבל בריטי-פסיפי לאורך קווי כבל הטלגרף הטרנסאטלנטי והפעלת ספינות קיטור טרנסאטלנטיות מהירות יותר.
טאפר נכח בכנס הייסוד של "ליגת הפדרציה האימפריאלית" (Imperial Federation League) ביולי 1884, שם הוא טען כנגד ההחלטה שעל פיה האפשרויות היחידות שהיו פתוחות עבור האימפריה הבריטית הן פדרציה אימפריאלית או התפוררות. טאפר האמין שצורה של פדרציה מוגבלת היא אפשרית ורצויה.
הפוגה כשר האוצר.
ב-1884 נבחר כראש ממשלת נובה סקוטיה הליברל ויליאם סטיבנס פילדינג ובמערכת הבחירות בה הוא נבחר הוא הדגיש את שאיפתו להוביל את נובה סקוטיה אל מחוץ לאיחוד. בשל כך, ב-1886 פנה מקדונלד לטאפר וביקש ממנו לשוב לקנדה כדי להיאבק במתנגדי האיחוד. בינואר 1887 שב טאפר לקנדה כדי להצטרף לממשלתו של מקדונלד ומונה לתפקיד שר האוצר בעודו ממשיך לכהן כנציב העליון בלונדון.
במערכת הבחירות הכלליות של 1887 הציג טאפר שוב לתושבי נובה סקוטיה את הטיעונים בעד האיחוד ושוב השמרנים זכו ב-14 מתוך 21 המושבים של נובה סקוטיה בבית הנבחרים הפדרלי.
במהלך השנה בה שימש כשר האוצר המשיך טאפר להחזיק במחויבותה של הממשלה לפרוטקציוניזם ואף הרחיב את הגישה הזאת לתעשיות הברזל והפלדה. באותה עת היה טאפר משוכנע שקנדה ערוכה ומוכנה לעבור לשלב השני בהתפתחות התעשייתית שלה. כחלק מכך הוא הציע לפתח תעשיית ברזל גדולה כתמריץ למניעת פרישתה של נובה סקוטיה מהאיחוד.
מעמדו המיוחד של טאפר כשר האוצר תוך שבמקביל הוא ממשיך לכהן כנציב העליון בלונדון הועיל לו מאוד כאשר פרץ משבר ביחסי ארצות הברית-קנדה. ב-1885 ביטלה ארצות הברית את הפסגה הנוגעת לזכויות הדיג בהסכם וושינגטון משנת 1871 וממשלת קנדה התנקמה בדייגים אמריקאים על בסיס פירוש צר להסכם משנת 1818. כנציב העליון בלונדון הפעיל טאפר לחצים על ממשלת בריטניה (אז בראשותו של הלורד סולסברי) שתעמוד איתנה להגנת זכויותיה של קנדה. כתוצאה מכך מונתה ב-1887 ועדה משותפת כשטפאר היה אחד משלושת הנציגים הבריטים שניהלו את המשא ומתן עם האמריקאים. סולסברי בחר בג'וזף צ'מברלין כאחד הנציגים הבריטים. ג'ון תומפסון שימש כיועץ המשפטי של המשלחת הבריטית. במהלך הדיונים הלין מזכיר המדינה של ארצות הברית, תומאס בייארד, על כך ש"מר צ'מברלין ויתר על השליטה על הדיונים לטובתו של סר צ'ארלס טאפר, שהתייחס לשאלות שעלו על בסיס הדרישות של הפוליטיקה הקנדית". כתוצאה מדיוני הוועדה נחתם הסכם וושינגטון של 1888 שבו הוכנסו ויתורים לטובתה של קנדה שבסופו של דבר נדחו על ידי הסנאט של ארצות הברית. אף על פי כן, למרות שההסכם נדחה, עלה בידיה של הוועדה לפתור את הסכסוך.
עם תום דיוני הוועדה, החליט טאפר לשוב ללונדון כדי שיוכל שוב להיות נציב עליון במשרה מלאה. מקדונלד ניסה לשכנעו להישאר באוטווה. במהלך המשבר הפוליטי שהתרחש סביב למרד הצפון-מערבי של 1885, התחייב מקדונלד למנות את סר הקטור-לואי לונגויין כיורשו. כעת אמר מקדונלד לטאפר שהוא מוכן להפר את הבטחתו ולמנות אותו כיורשו. טאפר לא השתכנע וב-23 במאי 1888 התפטר מתפקידו כשר האוצר ושב ללונדון.
שנותיו האחרונות כנציב העליון.
בהשתדלותו של ג'וזף צ'מברלין הוענק לטאפר ב-13 בספטמבר 1888 התואר ברונט בשל עבודתו בוועדה המשותפת.
ב-1889 התגברו המתחים בין ארצות הברית לבין קנדה כאשר ארצות הברית אסרה על קנדים לצוד כלבי ים בים ברינג כחלק מהסכסוך בין ארצות הברית לבין בריטניה. טאפר נסע לוושינגטון די. סי. כדי לייצג שם את האינטרסים הקנדיים במהלך הדיונים ונוכחותו שם גרמה למבוכה לדיפלומטים הבריטים.
כאשר ב-1890 ניהל מזכיר המושבה של ניופאונדלנד, רוברט בונד, משא ומתן על שטחי הדיג עם ארצות הברית, שטאפר חש שהדבר מנוגד לאינטרסים של קנדה, הוא שכנע בהצלחה את ממשלת בריטניה (אז בראשותו של הלורד סולסברי בכהונתו השנייה) לדחות את ההסכם.
טאפר המשיך להיות פעיל בפוליטיקה במהלך כהונתו כנציב העליון בלונדון, מצב שהיה שנוי במחלוקת, שכן באופן מסורתי מצופה מדיפלומטים להיות בעלי עמדה נייטרלית. במערכת הבחירות של 1891 הוא שב לקנדה כדי לקדם את "המדיניות הלאומית" של השמרנים. יורשו בתפקיד הנציב העליון, דונלד סמית', הצליח להפוך את משרת הנציב העליון לבלתי מפלגתית.
טאפר המשיך להיות פעיל בליגה האימפריאלית הפדרלית, אם כי לאחר 1887 התפלגה הליגה על רקע סוגיית תרומתן הביטחונית של המושבות להגנת האימפריה. כתוצאה מכך פורקה הליגה ב-1893 והיו כאלה שהאשימו בכך את טאפר.
בנוגע לאימפריה הבריטית, קידם טאפר את מערכת הסחר ההדדי המועדף. בסדרה של מאמרים שפורסמו במגזין "המאה ה-19" (The Nineteenth Century) בשנים 1891 ו-1892, גינה טאפר את הגישה שקנדה צריכה להוריד באופן חד-צדדי את המכסים על סחורות בריטיות. תחת זאת, הוא טען שהפחתת מכסים שכזו צריכה להתבצע רק כחלק מהסכם סחר רחב יותר שבמסגרתו יופחתו גם המכסים על מוצרים קנדים.
ב-1891 מת סר ג'ון אלכסנדר מקדונלד ונפתחה האפשרות שטאפר יחליפו כראש ממשלת קנדה, אך טאפר נהנה מחייו בלונדון והחליט שלא לשוב לקנדה. תחת זאת הוא המליץ שלתפקיד ימונה ג'ון תומפסון.
שובו לקנדה.
בדצמבר 1894 מתן ג'ון תומפסון באופן פתאומי בעודו מכהן כראש הממשלה. רבים ציפו שהמושל הכללי של קנדה, הלורד אברדין, יזמין את טאפר לשוב לקנדה ולקחת על עצמו את תפקיד ראש הממשלה. עם זאת, אברדין לא חיבב את טאפר ותחת זאת הוא הזמין את סר מקנזי בוול להחליף את תומפסון כראש הממשלה.
האתגר הגדול ביותר שניצב לפני בוול כראש הממשלה היה שאלת בתי הספר במניטובה. המפלגה השמרנית הייתה מפולגת על השאלה כיצד לטפל בסוגיית בתי הספר במניטובה, וכתוצאה מכך, ב-1 בינואר 1896 התפטרו שבעה שרים מהקבינט ודרשו את שובו של טאפר. בשל כך נאלצו בוול ואברדין להזמין את טאפר להצטרף לקבינט וב-15 בינואר מונה טאפר כמזכיר המדינה של קנדה (השר הממונה על הקשר עם ממשלת בריטניה), מתוך הבנה שהוא יהיה ראש הממשלה עם פיזורו של הפרלמנט שכיהן אז.
בשובו לקנדה נבחר טאפר לפרלמנט כנציג מחוז הבחירה של קייפ ברטון בבחירות ביניים שנערכו בפברואר 1896. בנקודת זמן זו, טאפר היה טאפר ראש הממשלה דה פקטו, אם כי באופן רשמי היה בוול עדיין ראש הממשלה.