בעקבות לחץ הימין נחקק בישראל ב־1985 חוק האוסר מפגשים עם אש"ף, אשר זכה לגינוי מצד מפלגות השמאל, וכן מצד משפטנים אחדים. החוק לא חל על עיתונאים במסגרת עבודתם, כך שריאיונות עם אישים באש"ף הוסיפו להתפרסם מפעם לפעם בתקשורת הישראלית. חוק זה היה אחד הגורמים לפירוק ממשלת האחדות הלאומית ב־1990 בשל מפגשים של עזר ויצמן עם אנשי אש"ף.
אייבי נתן ואורי אבנרי, שניהם פעילים בתנועות שמאל, הפרו את החוק פעמים אחדות. על אייבי נתן גזר בית המשפט חצי שנת מאסר בכל פעם שהפר את החוק. החוק בוטל זמן קצר לפני חתימת הסכם אוסלו בשנת 1993, בשעה שהמגעים בין ישראל לאש"ף היו עדיין חשאיים. ביטול החוק נבע הן מהבעיות החוקתיות שעורר, והן מרצונה של הממשלה להיכנס למגעים דיפלומטיים עם הארגון.
האינתיפאדה הראשונה והכרזת העצמאות 1987–1990.
ב-29 בנובמבר 1987 נפתח מחדש משרד אש"ף בקהיר באופן רשמי, לאחר שנסגר בעקבות התקפות אש"ף על סאדאת עקב נסיעתו לירושלים.
אף על-פי שאש"ף לא יזם את האינתיפאדה הראשונה ב-1987, הרי יכולתו לשלוט בה במידה רבה חיזקה את מעמדו העולמי ובקרב הפלסטינים. מצד שני, נאלץ אש"ף להתמודד עם שתי בעיות מרכזיות: הופעת גורם פלסטיני ראשון משמעותי מחוצה לו (החמאס) ועליית כוחם של ערביי השטחים.
ב־15 בנובמבר 1988, כשנה לאתר פרוץ האינתיפאדה ולאחר הודעת חוסיין ב-31 ביולי 1988 על ניתוק הזיקה של ירדן עם הגדה המערבית, הודיע אש"ף (בפעם הראשונה) על הקמת מדינה פלסטינית, על בסיס החלטת החלוקה מ-1947. בכך הכיר אש"ף לראשונה ובאופן רשמי בזכות קיומן של שתי מדינות על אדמת ארץ ישראל המנדטורית.
לאחר לחץ אמריקאי, הצהיר ערפאת ב-14 בדצמבר 1988 על הכרה בזכות מדינת ישראל להתקיים ועל דחייה מוחלטת של "כל סוג של טרור". בעקבות הצהרה זו, הודיע מזכיר המדינה האמריקאי ג'ורג' שולץ על פתיחת דיאלוג רשמי עם אש"ף, אך הדגיש כי אין בכך "הכרה" מצד ארצות הברית במדינה פלסטינית עצמאית. ב-16 בדצמבר החלו שיחות רשמיות בין חברי הוועד הפועל של אש"ף לבין שגריר ארצות הברית בתוניס. דיאלוג זה הושעה על ידי הממשל האמריקאי ביוני 1990, בעקבות סירוב אש"ף לגנות ניסיון לפיגוע ימי שביצע ארגונו של אבו עבאס בחופי ישראל. הוא חודש רשמית ב-12 בספטמבר 1993 בעקבות חתימת הסכם העקרונות בין אש"ף וישראל.
אש"ף הצליח להשתלט על האינתיפאדה במידה רבה, ואבו ג'יהאד הפך בפועל למי שעומד מאחוריה, דבר שהביא את ישראל להחליט על חיסולו. כמו כן, במהלך האינתיפאדה הוציא אש"ף מאות פלסטינים להורג בטענה של שיתוף פעולה עם ישראל.
ועידת מדריד, הסכמי אוסלו והאינתיפאדה השנייה 1990–2000.
מעמדו הבינלאומי של אש"ף הידרדר משמעותית בעקבות תמיכתו בסדאם חוסיין במהלך מלחמת המפרץ. יאסר ערפאת הוכרז כאישיות בלתי רצויה ברוב מדינות העולם, עשרות אלפי עובדים פלסטינים גורשו ממדינות המפרץ ואף היה איום לגרש את אש"ף מתוניסיה. בעקבות מצב זה נאלץ אש"ף להסכים לכינוס ועידת מדריד ללא השתתפותו.
בוועידת מדריד שנערכה בשנת 1991 הכירה ישראל בנציגים פלסטינים (במסגרת משלחת משותפת עם ירדן) אך לא באש"ף עצמו (עם זאת, לאש"ף הייתה השפעה עקיפה נכבדה על המשלחת הפלסטינית). בשנת 1992 החל משא ומתן חשאי בין רון פונדק וד"ר יאיר הירשפלד לנציגי אש"ף. המשא ומתן עלה בהדרגתיות ליוסי ביילין (שהיה אז סגן שר החוץ) ובסופו של דבר גם לשר החוץ שמעון פרס ולראש הממשלה יצחק רבין.
ב־9 בספטמבר החליפו יצחק רבין ויאסר ערפאת מכתבים שבהם הכיר יו"ר אש"ף במדינת ישראל, והגדיר את סעיפי האמנה הפלסטינית השוללים את קיומה כ"בלתי-תקפים ובלתי ישימים". במכתב תשובה קצר, הכיר יצחק רבין בשם מדינת ישראל באש"ף "כנציג העם הפלסטיני". במכתב נוסף שנשלח על ידי ערפאת לשר החוץ הנורווגי קרא ערפאת לעם הפלסטיני לחדול מן האלימות. הצהרת העקרונות של הסכם אוסלו שנחתמה בראשי תיבות בחשאי באוסלו ב־20 באוגוסט, נחתמה בטקס פומבי בוושינגטון ב־13 בספטמבר 1993. בעקבות הסכם זה והסכמים עוקבים, הוקמה הרשות הפלסטינית. אש"ף אייש את רוב המשרות בהנהגת הרשות הפלסטינית (החל מ־1994) תוך שהוא דוחק את תושבי השטחים שפעלו באינתיפאדה הראשונה לשוליים. חלק גדול מההנהגה הפלסטינית המקומית התנגד להסכמי אוסלו. ב־1996, זכה הפתח, הארגון הגדול באש"ף, לרוב במועצה המחוקקת הפלסטינית ויאסר ערפאת הפך ליו"ר הרשות הפלסטינית (ערבית: رئيس "ראיס", תואר שמשמעותו "ראש" או "נשיא"). עם הקמת הרשות הפלסטינית היא הפכה למוקד הפוליטי הפלסטיני, והיוותה את הזירה העיקרית לריבונות הפלסטינית המתהווה. עם זאת, יש לזכור שבניגוד לאש"ף, אין ברשות הפלסטינית ייצוג לתפוצה הפלסטינית במדינות ערב.
חלק מהארגונים המרכיבים את אש"ף התנגדו בחריפות להסכמי אוסלו ולמדיניות הרשות הפלסטינית. הסכמי אוסלו גרמו למעשה לפילוג באש"ף בין הפתח וארגונים קטנים התומכים בו לבין ארגוני האופוזיציה. מצב זה הביא למעשה לשיתוקה המוחלט של המועצה הלאומית הפלסטינית (התכנסה רק פעם אחת מאז הסכמי אוסלו ב־1996) ולהפחתה משמעותית בפעילותו של הוועד הפועל של אש"ף.
בשנת 1996, על רקע משבר אמון בין ישראל לפלסטינים, משבר שעמד במוקד מערכות הבחירות בישראל וארצות הברית, נעשה ניסיון לבטל רשמית את הסעיפים הקוראים להשמדת ישראל באמנה הלאומית הפלסטינית כפי שהתחייב אש"ף בהסכמי אוסלו (כלומר, להותיר בה רק את הסעיפים העוסקים בהגדרת העם הפלסטיני ומטרותיו הפוליטיות). ישראל אפשרה לכל חברי המועצה הלאומית הפלסטינית להיכנס לשטחים, דבר שנמנע עד אז, כיוון שחלקם הוגדרו על ידי ישראל כ"מבוקשים". על אף לחץ כבד מצד ישראל וארצות הברית - הניסיון כשל. אף על פי שההחלטה הוצגה כביטול הסעיפים האמורים, למעשה ניתן להתייחס אליה רק כהצהרת כוונות לבחון אותם מחדש. לאחר לחץ כבד של ישראל וארצות הברית, בוטלו לבסוף הסעיפים הקוראים להשמדת ישראל במהלך ביקור קלינטון בעזה בדצמבר 1998, בהצבעה של המועצה המחוקקת, אך יש החולקים על תקפותה של ההצבעה.
במהלך השנים בין הסכמי אוסלו לבין פרוץ האינתיפאדה השנייה בשנת 2000, נדחק אש"ף לשוליים הבינלאומיים תוך שהרשות הפלסטינית תופסת במידה רבה את מקומו. הזהות שנוצרה בין שני הגופים מכך שראש אש"ף עמד בראש הרשות ושצמרת הרשות הורכבה מצמרת הפת"ח הקלה על המעבר.
העשור הראשון של המאה ה-21.
לאחר פרוץ האינתיפאדה השנייה בספטמבר 2000, החלה התאוששות מסוימת באש"ף בעקבות הגברת שיתוף הפעולה בין המתנגדים להסכמי אוסלו לאלו שתמכו בהם. עם זאת נחלש במידה מעטה מעמדו הבינלאומי של אש"ף כחלק מהיחלשות התמיכה בארגוני טרור כתוצאה מפיגועי 11 בספטמבר (וזאת על אף שאל-קאעידה נמנית עם מתנגדיו).
עם מותו של יאסר ערפאת ב־11 בנובמבר 2004 נבחר מחמוד עבאס (אבו מאזן) ליו"ר הוועד הפועל של אש"ף. בעקבות חילופים אלו חלה התאוששות נוספת במוסדות הארגוניים של אש"ף. מצד שני, חלה ירידה בכוחו של אש"ף למול הארגונים האיסלמיים (בעיקר החמאס) במאבק על השליטה ברחוב הפלסטיני. בבחירות שהתקיימו בשנת 2006 גבר החמאס על הפת"ח והשיג רוב בפרלמנט, כשהנשיאות נשארת בשליטת אש"ף.
יעדי אש"ף.
בעבר נמנה גם ביטול הלגיטימציה של ישראל כיעד של הארגון, אך בוטל, עם ההכרה בישראל בשנת 1993.
זכות השיבה.
קיום זכות השיבה הפרטית נותר סלע המחלוקת העיקרי בין ישראל לבין אש"ף והרשות הפלסטינית עד היום. משמעותו לכאורה - חזרתם של פליטים פלסטינים ליישובים בתוך שטח מדינת ישראל שבהם גרו הם או הוריהם ערב הקמת המדינה. יש המציעים שזכות השיבה תוכר עקרונית, אולם מימושה בפועל יהיה בפיצוי כספי לפליטים, או ביישובם בשטחים שעליהם תוקם מדינה פלסטינית. עד כה שומרים אש"ף והרשות הפלסטינית על ערפול בנוגע לאופן מימוש זכות השיבה המקובל עליהם, ואילו ישראל מסרבת ליטול אחריות על בעיית הפליטים ואינה מוכנה לדון בקליטת פליטים פלסטינים בתחומי מדינת ישראל.
המבנה הארגוני של אש"ף.
אש"ף מורכב ממספר ארגונים שונים שמייצגים את רוב הארגונים הלאומיים (אך לא האיסלאמיים) הפלסטיניים.
המסמך העיקרי שלאורו אש"ף פועל, מעין "חוקה" של אש"ף, היא האמנה הפלסטינית (ראו לעיל).
פורמלית, השליטה היא בידי המועצה הלאומית הפלסטינית שמונה כ־300 חברים ובידי הוועד הפועל של אש"ף המונה 15 חברים. מעשית מאז הסכמי אוסלו גופים אלו, ובמיוחד המועצה, כמעט ואינם פועלים, והחלטות רבות שהתקבלו בעבר (למשל ההחלטה על הכללת ירדן כחלק מפלסטין) לא בוטלו אף על פי שלמעשה ההנהגה מתעלמת מהן. בנוסף, קיימת גם "המועצה המרכזית הפלסטינית" (Palestine Central Council-PCC), המשמשת כגוף-ביניים בין המועצה הלאומית והוועד הפועל. המועצה המרכזית מורכבת מחברי הוועד הפועל, חברי לשכת המועצה הלאומית, נציגי הסתדרויות העובדים העממיות, ראשי הוועדות הקבועות, נציגי תנועות וארגונים, ונציגים של המועצה המחוקקת הפלסטינית.
מבחינה מנהלית, אש"ף מחולק למחלקות, שבראש כל אחת עומד חבר הוועד הפועל. המחלקות הן: המחלקה המדינית (בראשות פארוק קדומי, יו"ר פת"ח), היא המחלקה הגדולה ביותר; מחלקת השבים (.Returnees Dept), האחראית על ענייני הפליטים; המחלקה לתרבות ומידע; מחלקת הארגונים העממיים (הסתדרויות העובדים); והמחלקה לענייני משא ומתן (בראשות סאיב עריקאת).
הכרה בינלאומית באש"ף.
הגוף הראשון שהכיר באש"ף היה הליגה הערבית שבחסותה הוא הוקם. ב־1975 הכירה בו צרפת והרשתה לו להקים שגרירות בפריז. לאחר ההכרזה על מדינה פלסטינית ב־15 בנובמבר 1988 הכירו מדינות רבות במדינה זו, ואש"ף מחזיק כיום שגרירויות בתחומיהם. בעקבות הסכמי אוסלו, הכירו אש"ף וישראל הדדית, אף על פי שהעימות האלים עם הפלסטינים בשנות האלפיים טשטש את היחסים האלו.