אמו של יצחק נבון הייתה ממשפחה ספרדית יוצאת מרוקו שעלתה לארץ ישראל בשנת 1884. אביה, רבי יעקב בן-עטר, היה חסיד ומקובל, ואחיה היה העיתונאי חיים בן-עטר, עורך העיתונים "אל ליבראל" בספרדית ו"החרות" בעברית. ב-1902 השתדכו שתי המשפחות המכובדות באמצעות אירוסיה של מרים לבית בן-עטר, אמו של נבון, ליוסף נבון, אביו. סבו מצד אמו שהה אז בשליחות ארוכת-ימים בצפון אפריקה, בליסבון ובגיברלטר על מנת לגייס כספים לבניית בתי מחסה לדרי רחוב בשכונת מחנה ישראל. אמו של נבון בחרה שלא לחכות לשובו של אביה משליחותו בחוץ לארץ, והזוג נישא ב-1902 והשתקע ברחוב יפו. בירושלים ילדה אמו את תשעת ילדיה, בהם נבון. חמישה מהם הלכו לעולמם בגיל צעיר עקב מחלות (שכיום נחשבות קלות וניתנות לטיפול ולהחלמה מהירה).
ילדותו ונעוריו.
נבון נולד ב-א' בניסן ה'תרפ"א. כאשר התקבל ללימודים ב"תיכון בית הכרם" (כיום: התיכון ליד האוניברסיטה), נשאל נבון לראשונה על תאריך לידתו הלועזי ואביו קבע בטעות שמדובר ב-19 באפריל 1921. רק שנים רבות לאחר מכן, זמן קצר לאחר בחירתו לנשיאות, התברר שתאריך לידתו הנכון הוא 9 באפריל 1921.
כשהיה בן שלוש, עקרה משפחתו לשכונת אהל משה, שם חיו שמונה שנים. ב-1927, כשנבון היה בגיל שש, הוא נלקח בידי אביו לבית המדרש "דורש ציון". בספר זיכרונותיו מספר נבון כי המורה המועדף עליו היה מורה לעברית בשם אדון גולדשטיין, אשר האהבה ביניהם הייתה הדדית. התלמידים האחרים בכיתתו החלו להקניטו, מתוך קנאה, ובעקבות כך ביקש נבון את רשות אביו לעזוב את בית המדרש בטענה כי אין מלמדים שם די אנגלית, שהייתה נחוצה בימי המנדט הבריטי על ארץ ישראל.
בשנת 1932 עברה משפחת נבון להתגורר בשכנות לערבים בשייח' באדר באזור בנייני האומה דהיום. משפרצו מאורעות תרצ"ו ב-1936 עברה המשפחה לשכונת מקור ברוך, שם למד נבון בבית הספר תחכמוני במשך שנה אחת. בתחכמוני כתב נבון את יצירתו הראשונה שהופיעה בדפוס, בעיתון בית הספר. היצירה הייתה הספד על חיים נחמן ביאליק. כשנצטרך לעבור לבית ספר תיכון, הלך למבחני קבלה עבור "תיכון בית הכרם", שנחשב אז לתיכון יוקרתי.
בימי המדינה שבדרך (1937 - 1948).
חברותו במחנות העולים ובאצ"ל.
בין שכניו של נבון בשכונת שייח' באדר נמנה עקיבא עצמון, איש תנועת המחנות העולים ולימים מפקד הגדנ"ע. ב-1937, בעידודו של עצמון, לקח נבון חלק בפעילות של מחנות העולים. אולם בחלוף הזמן לא הרגיש שייך לערכי ורוח התנועה ואף לא התחבר אל אנשיה, שחלק ניכר מהם היו "ילדי שמנת", בנים למשפחות מבוססות ואמידות, בניגוד לנבון. בעקבות זאת, הצטרף עם אחיו הבכור ויקטור לפעולות תנועת בית"ר, בה מצא נבון את מקומו ופגש בחבריו משכונת אהל משה. המפורסמים שבהם היו חיים קורפו ודוד הורן. ב-1937, בגיל 16, בעיצומו של המרד הערבי הגדול, הצטרף נבון באופן טבעי אל "הארגון הימני", שקדם לאצ"ל.
נבון מספר כי בעת חברותו באצ"ל, נאחז קנאה בערבים. הוא צפה בהם עובדים את האדמה ונטועים איתן בחקלאות, בניגוד ליהודים, שאותם ראה כחנוונים. הוא האמין בכיבוש העבודה ובעקבות זאת החל לפתח עמדות יוניות, והתרחק מהאידאולוגיה של בית"ר. העמדות הסוציאליסטיות של נבון, שאותן לא הסתיר בארגון הנצי שהיה חבר בו, הכניסו אותו לא פעם לתסבוכות. ביום מן הימים, נקרא לתחנת המשטרה. משחשש כי נודע לרשויות החוק על חברותו באצ"ל, השמיד כל זכר לחברותו בתנועה. כשהגיע לתחנה הסתבר שנחשד בהצתת מועדון של השומר הצעיר. נבון חשד כי הטילו עליו את האשמה על רקע דעותיו. לאחר שמצא אליבי, הסתיים העניין בלא כלום. לקראת סוף לימודיו התיכוניים סיפר נבון למפקדו באצ"ל שדעתו אינה כאידאולוגית הימין. בארגון לא הקשו על עזיבתו, אך ארגנו עבורו טקס "גירוש וסילוק" במסווה של טקס עזיבה. בטקס צוו שאר המשתתפים לא להתחבר אליו, ולאחר מכן גירשו אותו מאולם בית הספר שפיצר, שבו נערך הטקס.
הצטרפות להגנה.
נבון סיים את לימודיו התיכוניים, ופנה לאוניברסיטה העברית בירושלים ללימודים אקדמיים. במקביל הוא השלים את המהפך הפוליטי-אישי כאשר הצטרף אל שורות ההגנה ולנוער העובד, שם לימד. תוך לימודיו באוניברסיטה, שב נבון לתיכון בית הכרם, אך הפעם כמחנך וכמורה לתנ"ך, ספרות וערבית. בשעות הערב לימד מקצועות שונים בבית הספר של הנוער העובד.
ב-1942 עבר נבון קורס מפקדי כיתות בקריית ענבים, אך בבחינת ניווט לילי בסיום הקורס, שנערכה על ידי יגאל ידין, הוא נכשל ובמקום להמשיך בפיקוד נשלח להתייצב בביתו של הביוכימאי אפרים קצ'לסקי. משימתו הראשונה הייתה לפזר אספה של המפלגה הקומוניסטית הישראלית בקולנוע אדיסון בעזרת שתי פצצות סירחון. בהמשך, נשלח נבון בידי מפקדו, זיאמה דיבון, להקים רשת הערכת מודיעין בלבנון בכיסוי של סטודנט הלומד באוניברסיטה האמריקנית בביירות. מתוך הנחה שיקבלו אותו ללימודים באוניברסיטה בביירות, התפטר נבון מעבודתו בתיכון ליד האוניברסיטה. בארץ ישראל שהתה אז משלחת מטעם האוניברסיטה שבחנה בקשות של תלמידים פוטנציאליים, נבון ביקש להתקבל ללימודים גבוהים באוניברסיטה בספרות ערבית, אולם המשלחת סירבה לבקשתו ונבון נשאר קירח מכאן ומכאן. הוא איבד את משרתו כמורה ומחנך ולימודיו הגבוהים נגדעו, אך בשנות הארבעים המוקדמות היה בוגר אוניברסיטה בפדגוגיה, תרבות האסלאם, השפה הערבית וספרות עברית. בימים אלו שמע נבון לראשונה את דוד בן-גוריון, שבעתיד יהיה איש סודו. לאחר שהאזין לנאום בן-גוריון בבית הספר למל, שבו קרא להיאבק בכל הכוח במדיניות הספר הלבן של ממשלת בריטניה ולהמשיך את העלייה לארץ ישראל, התקרב נבון לאישיות ולאידאולוגיה של בן-גוריון.
ראש המודיעין הערבי של ההגנה.
ב-1946, כשמלאו לו 25 שנים, הוטל על נבון לשמש כראש המחלקה הערבית של הש"י בירושלים רבתי, שירות המודיעין והידיעות של ארגון ההגנה. האזור שעליו פיקד נבון השתרע מחברון בדרום עד רמאללה בצפון, ומיריחו במזרח עד לטרון במערב. נבון מילא תפקיד זה עד שנת 1948, ובכלל זה בזמן מלחמת העצמאות. המחלקה הערבית הייתה אחת משלוש מחלקות המודיעין של הש"י, לצד המחלקה האנגלית (בה שירתה אחותו של נבון, מזל, אולם הוא ידע על כך רק בדיעבד) והמחלקה היהודית. קודמו בתפקיד היה יעקב עיני.
עם הזמן הקים נבון יחידת מסתערבים. הוא עבר בכל יחידות ההגנה על מנת לחפש את הטובים ביותר להתחזות לערבים ולהיטמע באוכלוסייה הפלסטינית. לאחר שלבי מיון ארוכים, יחידת המסתערבים בפיקודו כללה שמונה אנשים. בכ"ט בנובמבר 1947, היום בו התקבלה באומות המאוחדות תוכנית החלוקה, התגורר נבון ברחוב הפלמ"ח בירושלים. עד לכ"ט בנובמבר הוא תפעל מודיעים ערבים מהימנים ביותר. אולם עם פרוץ הקרבות, שהתגלגלו למלחמת העצמאות, נסתם לחלוטין מאגר המידע שהגיע מידי המודיעים הערבים, מאחר שאלה חששו להגיע לפגישות עם היהודים. המחלקה הערבית בפיקודו של נבון התרכזה אז בהאזנה לאנשי מפתח בהנהגה הפלסטינית, כדוגמת אמין אל-חוסייני, ושידור תשדורות רדיו בשפה הערבית אל האויב, בעזרת אישים דוברי שפות ערביות, במסגרת לוחמה פסיכולוגית. בין השאר, הביא נבון את אליהו נאוי, דובר ערבית, לשכנע את הלוחמים הלבנונים והסורים בחוסר הטעם שבמאבקם.
בימים שלאחר קבלת תוכנית החלוקה פגש נבון לראשונה את דוד בן-גוריון פנים אל פנים. בעזרתו של יעקב ליסר, קצין מודיעין בהגנה, הצליח נבון להשיג הבטחה מהבריטים שתמורת תשלום יוסדר כי תחנת משטרת המנדט באבו גוש, שהייתה נקודה חשובה מבחינה צבאית על הדרך לירושלים, תימסר למדינה היהודית. הם פנו אל בן-גוריון, שהיה עדיין יושב ראש הסוכנות היהודית, כדי לבקש תקציב לכך, אולם בן-גוריון לא מסר תשובה, ומשטרת אבו גוש לא נרכשה אלא נכבשה.
בשירות מדינת ישראל (1948 - 1965).
שירותו הדיפלומטי באמריקה הדרומית.
עם ייסודו של משרד החוץ ב-1948, לאחר הקמת מדינת ישראל, נקרא נבון להצטרף למחלקת המזרח התיכון של המשרד ובעקבות זאת עבר לתל אביב-יפו. לאחר זמן קצר, נענה להצעת אנשי שירות הידיעות לשעבר, יעקב שמעוני ועזרא דנין, שבקשו ממנו, כדובר לדינו הקרובה לשפה הספרדית, לכהן כמזכיר שני בצירות ישראל באורוגוואי. כאשר נודע דבר מינויו של נבון לנציג ישראל באורוגוואי, פנה אליו מנהל המחלקה המדינית במשרד החוץ, אלקנה גלי, וביקש שייצג שם גם את מערכת הביטחון הישראלית. גלי הסביר לו שבאמריקה הדרומית ריכוז לא מבוטל של ערבים, וביקש שיברר את יחסם לגבי ישראל והאם הם מתכננים לפעול נגדה. משימה מודיעינית נוספת שהטיל עליו גלי, הייתה לאסוף מידע על פושעי מלחמה נאצים, קרואטים-פשיסטים, בלגים-מלוכנים ומשתפי פעולה עם השלטון הנאצי שנמלטו לאמריקה הדרומית בתום מלחמת העולם השנייה.
בשלהי 1948, התארגן צוות הצירות הישראלית: הציר, יעקב צור ויועצו מרדכי שניאורסון, יהודית מלמד-ברגמן, ששימשה כמזכירה שנייה וכקונסול דיפלומטי ונבון, ששימש מזכיר שני. כשהגיעו למונטווידאו המתינו להם אלפי יהודים נרגשים בנמל, אשר צבאו סביב רכב השרד שהמתין להם וקראו קריאות ברוכים הבאים בעברית ובספרדית. מהנמל נסעו לבית המלון "פָּארקֶה הוטל", שם התגורר נבון במשך שהותו באורוגוואי.
מעבר לעבודה הדיפלומטית השגרתית, הוטל על נבון לבחון את האפשרות ליישב פליטים פלסטינים במושבות יהודיות ותיקות שהוקמו על ידי הברון מוריס הירש במדינות כמו ארגנטינה, שיתרוקנו עם עליית תושביהם לישראל. נבון בדק את הנושא וחיווה את דעתו כי "פתרון" זה חסר שחר.