באותו זמן, חקירת ה-DEA מגלה קשר בין גאס לבין חברת תעשייה גרמנית אשר הייתה הבעלים של רשת המסעדות של גאס, אך גם סיפקה לו בסודיות ציוד וחומרים לבישול קריסטל מת'. לידיה, עובדת החברה שסיפקה באופן אישי את המתילאמין עבור גאס, יוצרת קשר עם מייק ומבקשת ממנו להרוג את עובדיו ושותפיו הכלואים של גאס, מחשש שמישהו יחשוף עוד מידע. מייק, שבטוח שגאס שילם לאנשיו מספיק על מנת להשאירם בשקט, מגלה שהרשויות הקפיאו את חשבונות הבנק של גאס, מה שאומר שכל אנשיו יפסיקו לקבל תשלומים - כולל מייק עצמו. גילוי זה גורם לו לקבל את הצעת העבודה של וולט, והוא אף מצליח, באמצעות איומים, להפוך את לידיה לספקית המת'לאמין החדשה של וולט וג'סי.
ללא מעבדה לעבוד בה, וולט וג'סי מוצאים שיטה מקורית לבישול סמים: הם משתפים פעולה עם קבוצה של מדבירי מזיקים אשר בעצמם נוכלים שגונבים מוצרים מהבתים אותם הם מדבירים, ומקימים מעין מעבדה ניידת, כל פעם בבית אחר המכוסה באוהל של החברה, וכך מסווים את עצמם בתור מדבירי מזיקים. העסק של וולט וג'סי מתחיל לחזור לעצמו, עד שהם מגלים במקרה שעל אחת מחביות המתילאמין שלידיה סיפקה להם מודבק מכשיר GPS, ובעזרת האזנת סתר שהשתילו במשרדו של האנק הם מבינים שה-DEA התקין מכשירי מעקב על כל החביות שנמצאות במחסן של לידיה. בניסיון להוכיח לוולט, ג'סי ומייק שהיא אינה משתפת פעולה עם רשויות החוק, מספרת להם לידיה על משלוח מתילאמין עצום שאמור להגיע ברכבת מלונג ביץ', קליפורניה. וולט, ג'סי ומייק יוצאים לשדוד את הרכבת ביחד עם טוד, אחד מעובדי חברת ההדברה שמסייעת לוולט. לאחר מבצע מסובך וקשה, מצליחים הארבעה להוציא את המתילאמין מהרכבת בסודיות, אך מגלים שנער צעיר שרכב על אופנועו בסביבה היה עד לשוד. טוד, בתגובה ובחיפזון יתר, יורה בנער למוות.
שבור מהמוות הנוראי של הנער החף-מפשע, מחליט ג'סי לעזוב את העסק, ביחד עם מייק שעוזב עקב המעקב המלחיץ שה-DEA מפעיל עליו. הם מחליטים למכור את החלקים שלהם מהמתילאמין הגנוב לברון סמים מפניקס, שרוצה לקנות גם את השליש של וולט, כדי להוציא לגמרי את המוצר המתחרה משוק הסמים, ולכן משדל את ג'סי ואת מייק להביא לו גם את חלקו של וולט. וולט מסרב לעסקה, בטענה שהמתילאמין שווה הרבה יותר מהסכום המוצע, ומחשב שהוא ירוויח פי כמה וכמה יותר כסף אם הוא ימשיך לבנות אימפריית סמים משלו. לאחר שהוא משוחח עם ג'סי על נישואיו המתפוררים, הוא מצליח לשכנע אותו לחזור לעבוד יחד בטענה שהעסק הוא הדבר היחיד שנותר לו. בסופו של דבר, וולט, ג'סי ומייק סוגרים עסקה שונה עם הברון מפיניקס, על בסיס הצעתו של וולט, ולפיה במקום למכור לו את כל המתילאמין ולהוציא את הסמים של וולט מהשוק, הברון מפיניקס יפיץ את הסמים האיכותיים של וולט, בתמורה לאחוזים מהעסק ו-5 מיליון דולר עבור הטרחה של מייק. העסקה מתבצעת לאחר שכנועים ולחצים רבים בזכות שמו של וולטר (הייזנברג). מייק מתכוון להתחיל בחייו החדשים, ואילו ג'סי חוזר בו ומחליט לעזוב את העסק, תוך שהוא מסרב לקחת את החלק שלו מהכסף. בשל עזיבתו של ג'סי, הופך טוד להיות שותפו החדש של וולט לבישול, ועושה רושם שהוא ממלא אחר הפקודות הרבה יותר טוב מקודמו.
באותו זמן, ה-DEA תופס את עורך הדין של מייק מעביר כסף עבור עובדיו הכלואים של גאס. כשוולט מגלה על כך בביקורו המקרי בהחלט במשרד של האנק, עורך הדין של גאס מנסה להפליל את מייק בכך שאומר לו שהוא רוצה להיפגש איתו, אך אינו מספיק מכוון שוולטר מתקשר מיד למייק ואומר לו לברוח מהשוטרים שתיכף יבואו לעצור אותו בהסתמך על עדותו של עורך הדין, ומייק עושה זאת בלב כבד משום שהוא לא מספיק להיפרד מנכדתו (לה שמר חצי מכספו). מייק פוגש את וולט על מנת שהאחרון ימסור לו את תיק המילוט שמייק הכין מבעוד מועד לפני שיעזוב את המדינה, אך וולט מתנה זאת בכך שמייק ימסור לו את שמותיהם של תשעת עובדיו הכלואים של גאס, אותם הוא מתכנן לחסל, עכשיו כשהתשלומים הפסיקו להגיע אליהם ואין להם יותר סיבה לשתוק. מייק מתרגז וטוען שכל המצב הזה מתרחש רק בגלל האגו והטיפשות של וולט, מתגרה בו, ומתחצף אליו ישירות. מרוב זעם על דבריו של מייק, יורה וולט בבטנו של מייק ברגע של אובדן עשתונות. רק כשמייק על ערש דווי מבין וולט שהוא היה יכול לבקש את שמותיהם של האסירים מלידיה. הוא מביע חרטה והתנצלות בפני מייק, רגע לפני שזה נופל ומת.
לאחר שנפטר מגופתו של מייק, נפגש וולט עם לידיה ודורש ממנה את שמותיהם של העובדים הכלואים של גאס. לידיה מסכימה, אך רק לאחר שוולט מסכים לעסקה עמה, לפיה הוא ימשיך לבשל קריסטל מת' אשר יופץ ברובו דווקא מעבר לים, בצ'כיה (שם ישנם אחוזים רבים הצורכים קריסטל ובנוסף רמת הדיוק של הקריסטל שם נמוכה מאוד). מאוחר יותר, בעזרתו של ג'ק, דודו של טוד בעל הקשרים לאחווה הארית, מצליח וולט לגרום לרציחתם בו זמנית של כל תשעת העובדים לשעבר של גאס, וגם של עורך הדין של מייק. וולט, ביחד עם טוד, מתחיל בייצור קריסטל מת' עבור לידיה, וההפצה שלו בצ'כיה מניבה לו כסף רב. לאחר מספר חודשים, טוענת סקיילר שכמות הכסף שהרוויחו כבר הרבה יותר מדי גדולה בשביל שהיא תמשיך להלבין אותו. וולט מסכים עמה, ומכריז בפניה שהוא יוצא מהעסק, אחת ולתמיד. רגע לפני שהוא פורש, מגיע וולט לביתו של ג'סי ומשלים עמו, אבל גם משאיר אצלו שני תיקים מלאים בכסף.
בסופו של דבר, משקם וולט את יחסיו עם משפחתו וחוזר לחיים נורמליים עם עתיד בהיר. אלא שבזמן ארוחה משפחתית בביתו של וולט, נכנס האנק לשירותים ומוצא שם את הספר "עליי עשב" מאת המשורר וולט ויטמן ובה הקדשה ל־"W.W.". הוא נזכר שהקדשה כמעט זהה נמצאה באחת ממחברותיו של גייל באטיקר כביטוי הערצה לוויטמן, וברגע שהוא רואה שחתימתו של גייל נמצאת בספר של וולט, הוא מבין שהספר הוענק לוולט על ידי גייל, ושוולט הוא למעשה המנטור שלו - הייזנברג.
חלק שני.
החלק השני של העונה מתחיל גם הוא בפלאש פורוורד, שמתרחש לאחר זה שפתח את החלק הראשון של העונה. בפתיח זה, וולט המזוקן ובעל השיער נראה נכנס לביתו הישן, שכעת נראה נטוש ומוזנח עד היסוד, ולוקח משם קפסולה קטנה של ריצין שאותה החביא מאחורי שקע חשמל בחדרו. כאשר הוא יוצא מהבית, מבחינה בו השכנה שלו, קרול, ומזדעזעת עד עמקי נשמתה למראה עיניה.
בחזרה בהווה, ג'סי שמצפונו מציק לו, מחליט לתרום את הכסף למשפחה של הילד החף-מפשע שרצחו ולנכדתו של מייק, אך וולטר ממהר להחזיר את כספו חזרה אליו. לאחר שהאנק מאמת את החשדות שלו לגבי הייזנברג, הוא נפגש עם וולט שהגיע לברר בנושא "איתורן" שהודבק לרכבו, האנק פוגע ופוצע את וולטר ולראשונה מטיח בו את ההאשמות בדבר היותו ברון סמים. וולט, על אף ניסיונו לשקר, מודה לבסוף שהאנק לא יוכל להביאו לדין משום שהסרטן שלו חזר, ומציע לו להיזהר ממנו. באותו זמן, נתפס ג'סי משליך את הכסף שנתן לו וולט ברחבי העיר, ועל כן תופס את תשומת לבה של המשטרה. האנק, שזוכר שלג'סי הייתה מעורבות בעולם הסמים, חושב לנצל את המצב לטובתו ולחקור אותו על מנת להשיג ראיות. החקירה של האנק מדאיגה את וולט וסול, והם מצליחים לשכנע את ג'סי להיעזר בשירותיו של אותו אדם שסול דיבר עליו בעבר, היכול להעניק זהות חדשה לאדם, על מנת להביא את החקירה של האנק למבוי סתום. בנוסף, מצליח וולט לגרום להאנק לסרב להעביר את החקירה לדרגים הגבוהים של ה-DEA, בכך שהוא מקליט הצהרה לפיה הוא עצמו עבד כמבשל סמים עבור האנק שהיה המפיץ ומאיים לשלוח אותה למשטרה אם האנק לא יחדל מהחקירה.
רגע לפני שג'סי אמור לנסוע לאלסקה במסגרת חילוף הזהות שלו, הוא שם לב שיול, אחד העוזרים של סול, כייס ממנו מנת מריחואנה שהייתה ברשותו קודם. ג'סי נזכר שיול ערך עליו חיפוש לפני שסיגריית הריצין שלו נעלמה וברוק הורעל. לאחר מחשבה קצרה, מבין ג'סי שוולט הרעיל את ברוק בתור מניפולציה, וכנקמה הוא מוותר על הנסיעה לאלסקה, ובמקום זאת שופך בביתו של וולט בנזין בכוונה לשרוף אותו. ברגע האחרון, מגיע האנק לבית ועוצר את ג'סי, ומצליח לשכנע אותו להתוודות על הכול ולהתאחד עמו כנגד וולט. בעצתו של סול, מבין וולט בשלב זה שעדיף בשביל כל הצדדים שג'סי ימות, ורוקם בצער רב מזימה להתנקש בו. ההתנקשות אמורה להתבצע על ידי כנופיית הנאו-נאצים בהנהגת דודו של טוד, ג'ק, שהשתלטה בהוראת לידיה על שאריות העסק שוולט הותיר אחריו. הכנופיה דורשת מוולט, בתמורה להתנקשות, בישול אחד אחרון על מנת שיוכלו להבין בעצמם את הנוסחה לקריסטל מת' המיוחד שלו.
ג'סי והאנק מצליחים להערים על וולט: הם גורמים לו לחשוב שהם איתרו את חביות הכסף שלו שקבר אי שם במדבר, ובכך גורמים לו לנסוע במהרה אל אותו מיקום, תוך כדי שהם עוקבים אחריו. כשוולט רואה את ג'סי, האנק וגומז (שותפו של האנק) מתקרבים לאזור, הוא מבין שהסוף בלתי נמנע ומסגיר את עצמו. אך באותו רגע כנופיית הנאו-נאצים שוולט הזמין קודם לכן מגיעה למקום, ובניגוד מוחלט להוראותיו של וולט פותחת באש על האנק וגומז.