בשנות ה-80 אירע אירוע חמור בגזרת הגדוד, עת החזיק קו בצפון - אירוע ליל הגלשונים (25 בנובמבר 1987). על אף שהגדוד עצמו תפקד כראוי באירוע, התוצאות המביכות הכתימו את החטיבה הצעירה ואת הגדוד למשך שנים רבות. עם פרוץ האינתיפאדה הראשונה ביצע הגדוד, כרוב יחידות צה"ל, פעילות מבצעית ברצועת עזה ובאיו"ש משך חודשים ארוכים. בשנות ה-90 עסק הגדוד בפעילות שגרתית של קו ואימון וכן אימץ את הסיסמה: "שחם - היתרון האנושי". בשנים שלאחר מכן אימצה החטיבה את סיסמת הגדוד לעצמה. באותה התקופה הוקמה בגדוד "פלוגת החוד" - הראשונה בחטיבה ומבין הראשונות בצה"ל. במהלך השנים הראשונות שימשה הפלוגה לבחינה של מודלים שונים לפלוגה מסוג זה ולבסוף קמו פלוגות דומות בכל גדודי החי"ר בסדיר ובמילואים על פי הדגם שהציגה.
עם פרוץ האינתיפאדה השנייה עסק הגדוד בפעילות רבה למניעת טרור והגנה על היישובים בגזרת איו"ש. בנובמבר 2000 נקלע כוח של הגדוד לקרב בכפר אל חאדר בגזרת בית לחם. בקרב נפלו שני לוחמים. לאחר רצח השר רחבעם זאבי, הוביל הגדוד עם חטיבת הנחל את הכניסה לבית רימא בגיזרת חלמיש, ממנה יצאו רוצחי השר. בקרב נהרגו 5 פלסטינים. לאחר הפיגוע בחדרה באוקטובר 2001 השתתף הגדוד בכיבוש ראשון של עיר פלסטנית על ידי חטיבת הנחל. בקרב נכבשה העיר טול כרם. קרב מפורסם של הגדוד היה הפיגוע בציר המתפללים בחברון בו נהרגו 12 ישראלים, ביניהם 3 לוחמי הגדוד (סגן דני כהן, איגור דורביצקי ודוד מרכוס).
במלחמת לבנון השנייה לחם הגדוד בין היתר בכפרים א-טייבה, חולא, ולאחר מכן בקרב על הסלוקי בכפר ע'נדוריה. בקרבות אלה חיסל הגדוד מחבלים רבים מארגון החזבאללה וחשף אמצעי לחימה רבים, אך ספג גם אבדות: שני הרוגים ועשרות פצועים. מפקד פלוגת החוד של הגדוד עוטר בצל"ש מפקד חטיבה על לחימתו בקרב. ואילו שניים מחיילי הפלוגה עוטרו לאחר המלחמה, אלון רוטמנש עוטר בעיטור העוז ומיכאל היבנר עוטר בעיטור המופת.
עם פרוץ מבצע צוק איתן הכוח הראשון שנכנס לרצועת עזה היה גדוד 931 בפיקודו של סא"ל שרון אסמן.
בקרבות הקשים בבית חאנון נפלו שלושה מלוחמי גדוד 931.
הגדוד עוטר בצל"ש מפקד אוגדה על לחימתו במבצע.
ולא פחות מחמישה צל"שים הוענקו ללוחמים בגדוד על גבורתם בקרבות, בהם ליוגב אופיר.
ב-25 בנובמבר 2021 הוענק לגדוד אות הערכה מבצעי מטעם הרמטכ"ל על פעילותו במבצע שומר החומות.
גדוד 932 (גרניט).
גדוד 932 הוקם גם הוא ביוני 1976, ועד למלחמת שלום הגליל תפקד כגדוד ביטחון שוטף שהיה שייך לפיקוד המרכז. עיקר פעילותו לפני מלחמת של"ג הייתה בבקעת הירדן.
במלחמת שלום הגליל היה שטח הלחימה המיועד של הגדוד בדרום הגזרה המזרחית. קרב מפורסם במלחמה זו בו השתתף הגדוד הוא קרב עין זחלתא, מול גדוד קומנדו ושריון סורים. פרסום אחר קיבל הגדוד בשל שביית שמונת חיילי הנח"ל בלבנון.
עד לנסיגה מלבנון בשנת 2000 ביצע הגדוד תעסוקה במוצבים וזכה להצלחות מרובות בהובלת המג״דים דרור פלטין ונדב פדן ביניהן פעולות חודרות מעבר לקו האדום, חיסול 6 מחבלים באזור מוצב רותם וחיסול 4 מחבלים בקרב שאחר כך זכה לכינוי "כרכום 3".
גדוד גרניט זכה בצל"ש הרמטכ"ל בעקבות פעילותו באירועי מבצע חומת מגן ובמיוחד בקרב בג'נין, ובו זכו גם מספר לוחמים ביניהם מ"פ המסייעת בציונים לשבח. במסגרת המבצע השתתף הגדוד בכיבוש ובמעצרים בטולכרם, במחנה הפליטים בלאטה, בנור א-שמס, במחנה הפליטים אל אמערי ברמאללה ובמחנה הפליטים בג'נין.
במלחמת לבנון השנייה לחם גדוד 932 מול מחבלי החזבאללה בקרבות בכפרים מיס-א-ג'בל, רב-א-תלתין, קנטרה וכן בקרב העקוב מדם בנחל סלוקי ובכפר ע'נדוריה, לקראת סופה של המלחמה.
במהלך מבצע "צוק איתן" נטל הגדוד חלק בלחימה בצפון הרצועה בערים בית חאנון, מחנה הפליטים ג'אבליה ואל עטטרה.
גדוד סיור 934 (טופז).
גדוד 934 הוא גדוד סיור שהוקם בשנת 2002, כגדוד רביעי בחטיבה, מאיחוד הפלוגות החטיבתיות. אלו כללו את הפלס"ר צור, שהוקם על בסיס צוות סיור, ונוסד בשנת 1983 עקב הצורך בליווי כוחות בתוך לבנון, את הפלנ"ט גזית שהוקם בשנת 1991 כפלוגה מקצועית העוסקת בלוחמה נגד טנקים, ואת הפלחה"ן ספיר שהוקם באוגוסט 1992. בשנת 2004 נוספה לפלוגות אלו פלוגת תצפית וצלפים (פלת"צ).
בעקבות מבצע חומת מגן עוטר הגדוד בצל"ש אלוף ממפקד פיקוד המרכז. במלחמת לבנון השנייה לחם הגדוד בכפר "פרון" לאחר שהוטס במסוקים לנחל סלוקי.
סיירת הנח"ל 934 (טופז).
בספטמבר 2021, ביצע צה"ל שינוי דרסטי בגדוד הסיור של החטיבה ובפלוגותיו. שם הגדוד שונה מ"גדס"ר הנח"ל" ל"סיירת הנח"ל" וכעת הוא מוגדר כסיירת. הפלוגות הייעודיות מגדוד הסיור הוסבו לפלגות הנקראות באותן שמות שהיו להן קודם לשינוי: פלגה א' - צור. פלגה ב' - ספיר. פלגה ג' - גזית. הפלגות יתמחו בפשיטה, סיור, חבלה, לוחמה בשטח בנוי, לחימה בתוואי תת-קרקע, צלפים והפעלת טילים נגד טנקים.
פלס"ר נח"ל (צור) - פלגה א'.
פלס"ר (פלוגת סיור) של חטיבת הנח"ל, נקראה גם "סיירת נח"ל". הסיירת חדלה לתפקד כיחידה עצמאית בחטיבה לאחר ארגון מחדש של חטיבות החי"ר ויצירת גדוד סיור חטיבתי. בסיס היחידה היה מחנה בית ליד. ביוני 2002 עוטרה הסיירת בצל"ש מפקד פיקוד המרכז על פעילותה במהלך מבצע חומת מגן. מסלול ההכשרה של לוחם בסיירת נח"ל אורך כשנה וחודשיים וכולל בין היתר טירונות בבא"ח נח"ל, אימוני חי"ר מתקדמים, לוחמה בטרור, ניווטים, סיור, לוחמה תת-קרקעית, פריצה חמה וקרה ועוד. בוגרי היחידה במילואים מאיישים את פלוגות הסיור של חטיבות החי"ר במילואים.
פלחה"ן נח"ל (ספיר) - פלגה ב'.
פלוגה החבלה וההנדסה (פלחה"ן) של הנח"ל הוקמה, באוגוסט 1992. כפלוגת חי"ר מקצועית העוסקת בחבלה, מיקוש, והנדסה קרבית, בחטיבת הנח"ל. המחזור הראשון הגיע מהבא"ח לבית ליד, מקום מושבה של היחידה מראשית ימיה, מימי הקמת היחידה השתתפו לוחמיה בפעילות מבצעית רבה, ברחבי אזור יהודה ושומרון, רצועת עזה, וגזרת לבנון, בזמן שהיית צה"ל ברצועת הביטחון, בימי האינתיפאדה השנייה, ובמלחמת לבנון השנייה, בזמן מבצע עופרת יצוקה חטיבת הנח"ל ובכללה הפלחה"ן תפסו קו בגבול הצפון, בשנת 2001 הוקם גדס"ר הנח"ל, והפלחה"ן שולבה בתוכו, וחדלה להיות יחידה עצמאית. בזמן שהיית צה"ל ברצועת הביטחון תפסה הפלחה"ן בדרך קבע את מוצב דלעת, במוצב זה ובדרך אליו נהרגו לוחמים רבים מהפלוגה, בין השאר באסון המסוקים.
פלנ"ט נח"ל (גזית) - פלגה ג'.
פלוגת הנ"ט (פלנ"ט) הידועה גם בשם "עורב" הוקמה ב-1991, כפלוגה מקצועית העוסקת בלוחמה נגד טנקים. ועסקה רבות בפעילות מבצעית יזומה ובט"ש באזור יהודה ושומרון ובגבול הצפון. ב-2001 חדלה להיות יחידה עצמאית ושולבה בגדוד הסיור שהוקם אז. בסיס היחידה הוא במחנה בית ליד.
במהלך מבצע צוק איתן, פעלה הפלוגה בעומק העיירה בית חאנון והרגה עשרות ממחבלי החמאס. לאחר כמה ימי לחימה נהרג בקרבות קשים לוחם היחידה סגן .
בא"ח נח"ל.
בסיס האימון החטיבתי של חטיבת הנח"ל שוכן בתל ערד, ובו מתקיימת ההכשרה, ההדרכה והאימונים של החטיבה. עד שנת 1993 התאמנו טירוני הנח"ל במחנה 80 טרם עלייתם לחטיבה. ב-1993 הועברו הטירונים לתל ערד, שם הוקם בא"ח 908 שפעל תחת פיקוד הנח"ל, בשנת 1997 בסיס טירונים ואימון מתקדם (908) עבר מפיקוד הנח"ל, ומוכפף לפיקוד חטיבת הנח"ל ושמו שונה לבא"ח נח"ל (933). בבסיס מתקיימים הכשרת טירונים, אימון בסיסי, ואימון מתקדם, של לוחמי חטיבת הנח"ל, טירוני מפקדת כוחות האוויר המיוחדים, טירוני שייטת 13, טירוני פלס"ר 401, תומכי לחימה ועוד. בנוסף מתקיימות בבסיס הכנות ייעודיות לקק"צ ולקורס מ"כים. אחת למחזור מתקיימות במקום גדנ"עות.
ההכשרה.
מסלול ההכשרה של לוחם בחטיבת הנח"ל מתחיל בבסיס האימון החטיבתי (בא"ח) בתל ערד. שם הוא עובר טירונות (הכשרה בסיסית) במשך 4 חודשים (בבסיס נחל-טוב) ולאחר מכן אימון מתקדם שאורכו כארבעה חודשים וחצי (בבסיס נחל-קריות). בסוף האימון המתקדם, לאחר שבוע מסכם הכולל תרגילי פלוגה בשטח פתוח ובשטח בנוי, ומסע למצדה - מקבלים הלוחמים את סיכת הלוחם, שמסמלת את עלייתם לגדודים ולתחילת הפעילות המבצעית.
לוחמי גדוד הסיור עוברים מסלול הכשרה ארוך יותר, האורך בין שנה וחודשיים לשנה וארבעה חודשים. לאחר סיום הטירונות והאימון המתקדם הם עוברים הכשרות מלחמה בטרור (הסיירת) ולוחמה זעירה (הפלחה"ן והפלנ"ט) וכן הכשרות הנוגעות לפעילותם הספציפית (פלחי"ק - חפ"ק מח"ט, פלס"ר - מודיעין, סיור ולחימה בשטח אויב, פלנ"ט - הפעלת טילי נ"ט, פלחה"ן - מיקוש וחבלה. כמו כן עוברים בערך 15 שבועות ניווט, אימוני קרב מגע רבים ואימוני לוחמה.
נשק ואמצעים.
הנשק האישי של חיילי חטיבת הנח"ל הוא המיקרו תבור על כלל גרסאותיו, נשקם כולל גם מטול רימונים מדגם M-203, רובי צלפים מדגמים רמינגטון M24 (ב-2020 נכנס לשירות בחטיבה ה-M24 הצה"לי המשודרג) וברק (HTR 2000), מטולי רקטות נגד טנקים מדגמי לאו M-72 ומטאדור, מקלע בינוני מאג, מקלע קל נגב, מקלע כבד מדגם M2 בראונינג, מקלע רימונים (מקל"ר) סאקו דיפנס Mk-19 בקליבר 40 מ"מ ומרגמה 60 מ"מ מתוצרת סולתם.
כמו כן, החטיבה מצוידת בנגמ"שי M-113 על שלל תצורותיהם ובג'יפים ממוגנים מדגמי "סופה" ו"האמר". בעתיד תצטייד החטיבה בנגמ"ש האופני "איתן".
בשנת 2011 עברה החטיבה לשימוש ברוס"ר מדגם תבור, לאחר מספר שנים הוא הוחלף בדגם המיקרו תבור וזה שודרג בשנת 2018 לתבור X-95 פלאט-טופ, לו יש קנה ארוך יותר. חטיבות נוספות שצוידו ברוס"ר מדגם זה הן גולני וגבעתי.
צבע הכומתה.