לשיטתה, להעפלה היה תפקיד רב חשיבות בליכוד היישוב סביב נושא פוזיטיבי, שלגביו קיימת הייתה הסכמה רחבה בציבור, סביב מאבק שהתבצע בהתאם להחלטות ההנהגה הנבחרת, שגבולותיו היו ברורים ומוגדרים, ושגם הצד השני - הבריטי - שמר בו על כללי משחק מסוימים. זאת בשעה שעיקר המאמץ הופנה - בגלוי - לזירה המדינית, ובסתר נבנה הכוח לקראת המערכה המכרעת הבאה - המלחמה עם הערבים. בהיותה נושא שזכה לתמיכה רחבה מצד הציבור היהודי בארץ (ובעולם), הביאה ההעפלה להתלכדותו של היישוב סביב ההנהגה ולקבלת מרותה, ובכך תרמה להוכחת בגרותו האזרחית ובשלותו לעצמאות.
אקסודוס - הסיפור האמיתי.
ספרה זה של חלמיש ראה אור ב-1990, עובד ותורגם לאנגלית והתפרסם בו זמנית באנגליה ובארצות-הברית תחת הכותרת The Exodus Affair: Holocaust Survivors and the Struggle for Palestine, עוסק בפרשת אקסודוס, אניית הדגל של מפעל ההעפלה. הספר דן בכל ההיבטים של הפרשה ושם לראשונה את המעפילים במרכז הסיפור. הספר מגולל את השלבים האחרונים של המאבק להקמת המדינה בהקשרם הרחב על ציר הזמן של השנים 1945–1947 ומראה את ההשפעה ההדדית של כל האירועים המרכזיים בקיץ 1947:
הספר מנסה להראות שפרשת אקסודוס לא השפיעה על המסקנות של אונסקו"פ, וכי פעילות הטרור של הארגונים הפורשים הפריעה לציונות לקטוף את הפירות המדיניים של פרשת אקסודוס. אבל פרשת הסרג'נטים לא השפיעה על גורלם של מעפילי אקסודוס עצמם ולא היא שהביאה להחלטה לגרשם לגרמניה.
לדעת חלמיש מאבקו של היישוב לא מילא תפקיד מרכזי בהחלטה של ממשלת בריטניה להעביר את שאלת ארץ-ישראל לאו"ם (פברואר 1947) ובהחלטתה להחזיר לו את המנדט על ארץ-ישראל. גם אלה שמייחסים משקל לצורות המאבק השונות של היישוב המאורגן וארגוני הפורשים בהחלטה הבריטית, הרי זה במובן של חיזוק ואולי זירוז ההכרעה בכיוון שאליו נטתה בריטניה ממילא, כתוצאה משיקולים כלכליים, אסטרטגיים ואימפריאליים.
בעניין החלטת האו"ם על חלוקת הארץ והקמת מדינה יהודית בחלק ממנה, מראה חלמיש שלהעפלה, ובכללה פרשת אקסודוס, לא היה תפקיד של ממש. היא מאששת טענה זו וממחישה אותה באמצעות התנהגותו של הנציג היוגוסלבי באונסקו"פ, ולדימיר סימיץ, שנכח בנמל חיפה בעת הורדת מעפילי "אקסודוס" ב-18 ביולי 1947, וציטוט שהביא אחד העיתונאים מפיו היה למשפט מפתח ולקו מנחה כמעט בכל הסקירות והפרשנויות שנכתבו על פרשת "אקסודוס" מאז ועד היום: "זוהי העדות הטובה ביותר שאפשר היה להביא בפנינו". אולם סימיץ תמך בסופו של דבר בתוכנית המיעוט של אונסקו"פ, כלומר - נגד הקמת מדינה יהודית בארץ-ישראל (ב-29 בנובמבר 1947 יוגוסלביה נמנעה). חלמיש מדגישה שחברי אונסקו"פ פעלו לפי קווי המדיניות של ממשלותיהם ובצמוד לסמכויות הוועדה כפי שהוגדרו בכתב המינוי שלה. שיקולים שברגש חיזקו, קרוב לוודאי, את עמדתם של אלה מבין חבריה שגישתם למפעל הציוני הייתה חיובית מלכתחילה, בלי שהדבר עמד בסתירה למדיניות ממשלתם, דוגמת נציג גואטמלה, גרסיה גרנאדוס. אונסקו"פ הורכבה על-פי חישובים זהירים של יחסי הכוחות בארגון הבינלאומי וחלוקה גאופוליטית דקדקנית, ושומה היה על 11 חבריה לנהוג על פי האינטרסים של ממשלותיהם.
אחד מחידושיו של הספר הוא שימת הדגש על המעפילים. בכתיבה שהייתה לפני כן על ההעפלה כתבו על המדיניות הבריטית, על ההנהגה הציונית, על המוסד לעלייה ב', על אנשי הפלי"ם אבל כמעט שלא התייחסו למעפילים עצמם. הספר מציג את התנהגותם של המעפילים לכל אורך הפרשה ובמיוחד את התארגנותם בשלוש אוניות הגירוש שלקחו אותם מחיפה לצרפת ואחר כך להמבורג שבגרמניה, ואת סירובם לרדת לחוף בצרפת על אף ההזמנה הנדיבה מצד ממשלתה. הוא מנתח ומשווה את מה שהתרחש בכל אחת מן האוניות ומגיע למסקנה שהמעפילים ראו עצמם שותפים מלאים למאבק הציוני.
מחקריה של חלמיש בנושא ההעפלה הצטרפו למגמה של החזרת המעפילים לסיפור ההעפלה, מחקרים המציגים את המעפילים - ושארית הפליטה בכלל - כסובייקט, כציבור בעל תודעה משלו, הראוי להתייחסות בזכות עצמו, וזאת בניגוד לכתיבה בעבר, שבה הם שימשו אובייקט שיש לבחון את יחס הציונות כלפיו ואת תרומתו למאבק הציוני; ובשונה מחיבורים פוסט-ציוניים שהתפרסמו מאוחר יותר על-פיהם ההנהגה הציונית עשתה שימוש אינסטרומנטלי ואף ציני במעפילים, בניגוד לרצונם, במאבק להקמת מדינה יהודית בארץ-ישראל.
במחקריה עושה חלמיש שימוש מועט ומבוקר בעדויות בעל פה ובזיכרונות ממרחק הזמן בשל החולשות האופייניות למקורות מעין אלה הנובעות ממגבלות הזיכרון האנושי והשפעותיו המתעתעות של הזמן שחלף בין האירועים למועד גביית העדויות או כתיבת הזיכרונות. במאמרה "אקסודוס: סרט ששינה את ההיסטוריה"
מנסה חלמיש להראות כיצד הסרט "אקסודוס" של אוטו פרמינגר, המבוסס על ספרו של ליאון יוריס, השפיע על האופן שבו זכרו גיבורי הפרשה אירועים שהתרחשו במהלכה ועל פרשנותם המאוחרת של היסטוריונים לקשר הנסיבתי בין אירועים שהתחוללו לפני הפרשה ותוך כדי התרחשותה.
במרוץ כפול נגד הזמן.
ספר זה, שהוא עיבוד והרחבה של עבודת הדוקטור, ראה אור בשנת 2006 וזכה בשני פרסים: פרס יונתן שפירא לספר הטוב ביותר בלימודי ישראל לשנת 2006 של האגודה הבינלאומית ללימודי ישראל ופרס הכט לספר מחקר בתולדות הציונות, היישוב ומדינת ישראל לשנת תשס"ח מטעם מוסד הרצל באוניברסיטת חיפה. הספר עוסק בפרק מרכזי של תולדות היישוב והציונות בשנות השלושים ומציג את מדיניות העלייה של ההסתדרות הציונית לכל שלביה ופרטיה על רקע התקופה.
הוא מנסה להראות שבשנות השלושים ניהלה הציונות מרוץ כפול נגד הזמן בשני מסלולים מקבילים ולא סינכרוניים - בארץ ישראל ובאירופה. בארץ ישראל המטרה הייתה ליצור רוב יהודי לפני שייחרץ גורלה המדיני של הארץ. ואולם התנאים הכלכליים, הביטחוניים והמדיניים הגבילו את ממדי העלייה ואיימו להנציח את מעמדם של היהודים כמיעוט. בסוף העשור נראָה שהציונות כשלה במסלול הארץ ישראלי והוחמץ הסיכוי להקמת מדינה יהודית. בדיעבד התברר שהכישלון היה זמני. במסלול השני, בגולה, ממדי העלייה היו רחוקים מלתת מענה למצוקה הגוברת של יהודי אירופה. אך רק תוך כדי מלחמת העולם השנייה התחוור מלוא משמעותו של ההפסד במסלול האירופי, והיותו בלתי-הפיך. השואה הוסיפה נופך טרגי למדיניות העלייה הציונית בשנות השלושים, משהתברר מר גורלם של מי שלא זכו לעלות בעוד מועד.
על רקע זה מגולל הספר את מדיניות העלייה של ההסתדרות הציונית ועוקב אחר דרכו של יהודי מארץ מגוריו לארץ ישראל, דרך סבך הבירוקרטיה הבריטית, המנגנון הציוני וחבלי הקליטה.
הספר מציג מסקנות חדשניות ובהן הטענה, שמדיניות העלייה הציונית בשנות השלושים לא הייתה סלקטיבית, וכי העלייה התנהלה בעיקר על פי כללים אוניברסליים של תהליכי הגירה. משקלה של האידאולוגיה בעיצוב מדיניות העלייה הציונית ובביצועה, כמו גם בהחלטות של הפרט, העולה, לא היה רב, ועם זאת אי אפשר להבינם בלא הממד האידאולוגי.
באחד מפרקי הספר
ובמאמרה "'עלייה סלקטיבית' ברעיון, במעשה ובהיסטוריוגרפיה הציוניים",
מנסה חלמיש להוכיח שבשנות השלושים של המאה העשרים מדיניות העלייה הציונית לא הייתה סלקטיבית, ומסבירה מדוע השתרשה בהיסטוריוגרפיה האקסיומה הכפולה, שעד קום המדינה ניהלה ההסתדרות הציונית מדיניות עלייה סלקטיבית וכי העלייה הייתה מובחרת.
בעבר התייחסו המחקרים על העלייה בתקופת המנדט בעיקר ל"עלייה העובדת", אותם עולים שהגיעו על-פי סרטיפיקטים שהנפיקה ההסתדרות הציונית. עולים אלה היו רק כחמישים אחוז מכלל העלייה לארץ בתקופת המנדט, ומחקריה של חלמיש פורשים תמונה מלאה הכוללת גם את העולים שהגיעו בקטגוריות עלייה אחרות בתור בעלי הון, קרובי משפחה, או כאלה שהכנסתם בארץ הייתה מובטחת, כגון כלי קודש (רבנים, חזנים ושוחטים), או סטודנטים. עולים אלה קיבלו את רישיונותיהם הישר מן השלטונות, ללא תיווכה של ההסתדרות הציונית.
בספר זה, ובמאמרה המקיף "עלייה לפי יכולת הקליטה הכלכלית: העקרונות המנחים, דרכי הביצוע וההשלכות הדמוגרפיות של מדיניות העלייה בין מלחמות העולם", טוענת חלמיש שההסתדרות הציונית לא ערערה על הסדרת העלייה העובדת בהתאם ליכולת הקליטה הכלכלית של המשק היהודי, אך היא ניהלה עם הממשלה משא ומתן בלתי פוסק על פרשנותו ועל אופן יישומו של העיקרון הזה. בד בבד היא חיפשה כל סדק ופרצה למיצוי האפשרויות להגדלת האוכלוסייה היהודית. המגבלה היחידה שההסתדרות הציונית קיבלה על עצמה בנוגע לגודל העלייה לא הייתה יכולת הקליטה הכלכלית של הארץ ואף לא של המשק היהודי, אלא יכולתה הכלכלית שלה, של ההסתדרות הציונית, לקלוט את העולים-העובדים. בהתאם לכך נגזרו שתי שיטות פעולה שונות זו מזו. במה שנוגע לעלייה העובדת, שכלפיה הייתה לה אחריות פיננסית, פעלה ההסתדרות הציונית בזהירות, ואילו בנוגע לקטגוריות העלייה שקליטתן לא הייתה באחריותה – קרובים ובעלי הון – היא פעלה ברוח פתוחה וגמישה, אפילו כשהיה ברור לה שאין לעולים די אמצעים להיקלט כראוי. על עליית מי שלא עלולים ליפול למעמסה על התקציב הציוני היא לא הפעילה שום אמת מידה של ברִירה, לא כלכלית, לא תעסוקתית, לא רעיונית ולא מפלגתית.
מחקרים נוספים.