בספר זה נכללות כ-900 מערות קבורה חצובות בסלע, סביב העיר מכל עבריה, עד מרחק של כארבעה קילומטרים מחומות העיר העתיקה. המערות הללו שימשו מימי מרד החשמונאים ועד חורבן בית שני (התקופות ההלניסטית המאוחרת והרומית הקדומה). כמה עשרות מהמערות הללו קלונר חפר בעצמו ופרסם במאמרים ובספרים נוספים. המונח נקרופוליס משמעו עיר קברים ואלו הקיפו את ירושלים סביב ושימשו בעיקר לקבורה משפחתית, כאשר המיוחד בבית הקברות הזה הוא שימוש בקבורה בשני שלבים: לראשונה הניחו את הנפטרים סמוך למותם בכוכי קבורה (כוכים הם משכבים החצובים בסלע, הניצבים לקירות חדר הקבורה) ולאחר שנעלמים המרכיבים האורגניים: שרירים, בשר ועור, כעבור כשנה או יותר, אוספים את העצמות ומניחים אותן בחדר צדדי בתיבות המכונות גלוסקמות, אשר עיקר שימושן מימי הורדוס ואילך.
החפצים שנמצאו במערות נעשו מחרס, וכוללים נרות שמן ששימשו לתאורה וכן כלי זכוכית ומחומרים אחרים, הם בעיקרם תשמישים של הקוברים ולא של הנקברים. אצל היהודים אין ולא הייתה כוונה לצייד את הנקברים במזון ובציוד אחר לצרכים של העולם הבא, בחינת "בל תשחית". היהודים לא שמו דברי ערך במערות הקבורה ולכן הקבורה היהודית צנועה מבחינת חפציה. היו במקום סירים שהכילו מים לרחיצת הנפטרים, בקבוקי שמן איתו סכו את הגוויות, פעולה הקודמת לרחיצה במים. מכיוון שהחפצים במערות הקבורה נטמאו טומאת מת, המונעת לעלות להר הבית לפחות שבעה ימים הייתה הקפדה רבה על דיני טומאה וטהרה בימי הבית השני.
מתוך מערות הקבורה של ירושלים קלונר יצר תמונה רחבה של קבורת כל שכבות הציבור הירושלמי, לדעתו אפילו של קבוצות מעטות אמצעים, כי הקבורה מאוד חסכונית ויעילה: מפנים את הנפטרים מכוכי קבורה ואוספים את העצמות לגלוסקמה (בעברית ארון) וכך היו שומרים את העצמות מהקבורה הראשונה ומחזיקים את הגלוסקמות של דורות קודמים מבני המשפחה.
סקר ארכאולוגי של ירושלים.
קלונר ריכז וערך מחקר של איסוף ותיעוד הממצא הארכאולוגי סביב ירושלים, שהתפרסם בשלושה כרכים של סקר ירושלים, בשנים 2000–2003
הספרים נותנים את תמונת המצב היישובי בכל התקופות, על בסיס סקר וריכוז מידע קודם של כל האתרים בתחום העירוני של ירושלים אחרי 1967. שלושת הכרכים כתובים בעברית ובאנגלית, כולל איורים רבים שנתפרסמו כאן לראשונה, ובהם ריכוז כל המידע הארכאולוגי סביב חומות העיר. כרכים אלה מסכמים מאות חפירות ואלפי נקודות סקר ארכאולוגי (סקר, להבדיל מחפירה, זה ביקור באתר ורק התרשמות ממה שקיים על פני השטח ללא עבודת חפירה מסובכת ויקרה). המחקר של שרידי ירושלים וסביבתה נדון גם בעשרות מאמרים העוסקים במערך הקבורה סביב העיר, בעיקר בתקופה ההלניסטית והרומית והכרת כל מרכיבי הקיום החקלאי והאחר שסביב חומות העיר העתיקה. במקביל ובעיקר בעשר השנים האחרונות בודק קלונר גם הממצא בתוך העיר עצמה. כך נבדקות שאלות בהקשר לבינוי העיר עצמה, חומותיה, מונומנטים בתוכה, רחובות ושימושים ציבוריים. כך נחקרת איליה קפיטולינה, היא העיר של התקופה הרומית המאוחרת, במאות ה-2 וה-3 לספירה. הוא שואל למשל מתי נבנתה קשת וילסון ונבנו רחובותיה. בהקשר לכך מתבקשת השאלה של הבנייה במאה השנייה הספירה וכן מה קרה בהר הבית עצמו באותה התקופה. קיימות שתי דעות עיקריות: דעה אחת אומרת שהר הבית היה ריק במכוון עד התקופה האומאית. קלונר מתנגד לדעה זו וסבור בדומה למתואר אצל קסיוס דיו
שהיו מבואות ודרכים שמובילות להר הבית והוא עצמו לא היה נטוש.
מערכות המסתור בשפלת יהודה.
מחקר מערכות המסתור ביהודה התנהל בעיקר בשנים 1978 – 1985 עם המשך ועדכון בשנים שלאחר מכן.
על קיומה של התופעה עמד לראשונה דוד אלון, שעבד עם קלונר. תופעה זו קיימת בכל ארץ יהודה ולא רק בשפלת יהודה. בנושא זה התקיימו דיונים מחקריים כמו זה שהתפרסם בקתדרה 26 ובבמות נוספות. הנושא הוצג בספר שכתב קלונר ביחד עם יגאל טפר ויצא לאור בשנת 1987 הספר עוסק במערכות תת-קרקעיות שקיומן הועלם במכוון ממי שמסתובב על פני השטח והן נועדו להיות מקומות המסתור של אוכלוסיות בתקופה הרומית בעיקר. החוקרים הללו מייחסים תופעה זו בעיקר למרד בר כוכבא בשנים 132–135 לספירה. המערכות הללו הותקנו חלקן קודם למלחמה, חלקן כאפשרות למילוט יחידה במהלכה, מתוך הנחה שהצבא הרומי עלול היה לנצח ולכבוש את השטח.
תופעת המסתור התת-קרקעי נפוצה בעיקר בשפלת משום הריכוז היישובי היהודי באותה עת ומשום תפוצת הסלע העשוי גיר רך מאוד, שקל לחצוב בו חללים תת-קרקעיים. החללים נשמרים כפי שנחצבו אפילו אחרי אלפיים שנה. התופעה נמצאה בכ-130 אתרים בכל ארץ יהודה ומספר המערכות התת-קרקעיות הקרויות "מערכות מסתור" עולה על 350 אתרים. יש אתרים שיש בהם מערכת אחת או שתיים, אבל יש אתרים שבהם 11 מערכות מסתור. קלונר ובועז זיסו, שחבר לו מאז 2000, חילקו אותם לכמה טיפוסים, שהבולטים בהם הן מערות מסתור משפחתיות ומערות מסתור גדולות ליישובים שלמים; כך יש מערכות מסתור שנועדו לשמירת מזון ואחרות שנועדו לשהות אוכלוסייה למשך שבועות ואפילו חודשים. כל התופעות הללו הן מתחת לפני הקרקע, המערות התת-קרקעיות הללו מחוברות באמצעות מחילות שנחצבו בסלע בין חללים שקדמו להם מבחינה כרונולוגית כמו בורות מים, בתי בד, קולומבריה (שובכי יונים תת-קרקעיים) ואפילו מקוואות. המחילות מחברות בין החללים ובהן בור מים לאספקת שתייה וכן לאוורור. יש מערות שמורכבות מחללים קדומים יותר, שחיברו אותם במחילות ויש מערות שגם החללים לאורכן נחצבו בזמן המסתור בלבד. מסתבר שמערכות המסתור הללו נמצאות בכל ארץ יהודה מבקעת באר שבע בדרום ועד האזור השומרוני בצפון ומסתבר שישנה התאמה מובהקת בין מערות המסתור בארץ יהודה ובין הממצא של מטבעות בר כוכבא על פני השטח. זוהי עוד סיבה לתארך את המערות למאה השנייה לספירה, פרק הזמן של מלחמת בר-כוכבא. עיקר הפרוט של התופעה נעשה לראשונה בספר הנזכר ועדכונים נוספים פורסמו במאמרים בעברית ובאנגלית משנות ה-90 והאלפיים.
החפירות הארכאולוגיות רחבות ההיקף בתל מרשה.
בתחילה ערך קלונר במרשה בדיקות וסקרים מצומצמים בשנים 1972, 1980, 1985-1984, ואחר כך ערך חפירות רחבות היקף מ-1989 עד 2001. מדי שנה בתקופה זו הוא ערך עונת חפירות שארכה לעיתים שישה חודשים, לעיתים קצרה יותר ואסף מידע רב על העיר בתקופות קיומה שהן תקופות הברזל (ימי הבית הראשון), התקופה הפרסית והתקופה ההלניסטית. בתקופה ההלניסטית העיר הייתה מורכבת משני חלקים עיקריים: התל הגבוה שנחפר כולו ב-1900 על ידי בליס ומקליסטר מטעם הקרן הבריטית לחקר ארץ ישראל (Palestine Exploration Fund). קלונר פרסם שני כרכים שהם תוצאות החפירות, שיצאו לאור בשנים 2003 ו-2008 (Maresha Excavations: Final Report).
בחפירות הוא עבד בעיקר בחלק של העיר התחתית, שמקיפה את התל הגבוה ומשתרעת על פני 320 דונמים. העיר התחתית הזאת (תחתית במשמעות של נמוכה, לעומת התל הגבוה) נמצאו בתי מגורים מהמאות ה-3 וה-2 לפני הספירה. בכל השטח של העיר התחתית חצובות בסלע כמאה וששים מערכות תת-קרקעיות מורכבות ביותר שהירידה אליהן הייתה מבתי מגורים שהיו בעיר. בסך הכל נמנים כ-2500 חללים תת-קרקעיים בסדרי גודל שונים ובתפקודים מגוונים בתת-הקרקע של העיר התחתית. העיר כולה הייתה בנויה מבתים ומתחת לבתים היו חצובות בסלע 160 המערכות
התת-קרקעיות. המושג "מערכת תת-קרקעית" פירושו שאפשר לזחול ולעבור מחדר לחדר בלי לצאת החוצה והן כוללות לפעמים 60 או 70 חדרים מסדרי גודל שונים. במערכות התת-קרקעיות נתגלו כל אמצעי היצור של תושבי מרשה בתקופה ההלניסטית, כולל כ-200 בורות מים, 85 מתקני קולומבריה, שהם שובכים לגידול יונים, 22 בתי בד ליצור שמן, 4 אורוות, כלומר מקומות שהחזיקו בהם בהמות ועשרות מחסנים, מחצבות, כלומר חללים שחצבו מהם אבן ולא ידוע לנו שימושים מאוחרים יותר. כל גושי האבן שהוצאו מהמערות שימשו לבניית הבתים שעל פני השטח. בין השאר נמצאו במרשה גם 3 בתי קברות שהקיפו את העיר התחתית בצד המזרחי, הדרומי–מערבי והצפוני.
בחפירות מרשה התאפשר להכיר את האוכלוסייה של האזור שנקראה אדומים, שהתיישבו במקום במהלך התקופה הפרסית ואליהם נוספים מרכיבים אוכלוסייתיים של צידונים ויוונים שייבאו את התרבות היוונית שהתלכדה עם הממצא של האדומים במקום וייצרה את המיזוג התרבותי המכונה הלניסטי. האדומים דיברו וכתבו בלשון הארמית והאוכלוסייה הפיניקית, בעיקר צידונית והיוונית השתמשה בשפה היוונית, שהייתה השפה הבינלאומית בעת ההיא.
החפירות במרשה הניבו כמות ממצאים שאין כדוגמתה לא רק בארץ ישראל אלא בכל הלבנט (הצד המזרחי של הים התיכון) מבחינת כלי חרס, נרות שמן לתאורה, אמפורות (כלים גדולים שהביאו בהם יין וייצאו בהם שמן), קערות מעשה דפוס שנקראות "קערות מגאריות", אוסטרקאות (חרסים כתובים בארמית וביוונית), צלמיות חרס ומתכת. אלו הן דוגמאות להשפעה יוונית שחדרה לאוכלוסייה האדומית שדרה במקום. אף על פי שהיה להם אל מקומי ששמו קוס, אודותיו אין לנו פרטים, כי דמותו היית סכמטית. החפירות של מרשה חושפות עיר מהתקופה ההלניסטית שאין כדוגמתה מבחינת ידיעתנו את חיי היום-יום בתקופה ההלניסטית, לא רק בישראל.
חפירות בית גוברין.