אביו של המילטון נטש אותו כשהיה בן 10, לכאורה כדי לחוס על האם מהאשמה בביגמיה. האם נאלצה לתמוך כלכלית בילדיה ונפטרה ממחלה קשה כשהמילטון היה כבן 12. לאחר מותה עבר רוב רכושה לידי בעלה החוקי. המילטון הפך לפקיד בחברה שסחרה עם ניו אינגלנד. הוא היה אחראי עליה במשך חמישה חודשים ב-1771 בעת הפלגה של הבעלים. הוא ואחיו, ג'יימס הבן, גדלו אצל בן דודם, עד שזה התאבד. האחים הופרדו. ג'יימס אומץ בידי נגר מקומי, ואילו אלכסנדר בידי משפחת אנשי צבא. הוא התחבר עם בן המשפחה, אדווארד סטיבנס, ושניהם התעניינו בצרפתית ובאותם תחביבים.
המילטון התעניין בכתיבה ובקריאה, ורצה לחיות מחוץ לעיר. הוא כתב מכתב לאביו בו תיאר את השפעתו של הוריקן על העיר. המאמר פורסם בעיתון מקומי, מה שיצר סנסציה כה גדולה עד שהעיירה אספה עבורו כסף על מנת לשלוח אותו לאמריקה הקולוניאלית.
לימודיו.
הכנסייה האנגליקנית מנעה משני הבנים להיכנס אליה, וללמוד בבתי הספר שלה, כיוון שהוריהם לא התחתנו באופן חוקי. הם למדו באופן פרטי בבית ספר שנוהל בידי יהודייה.
באוקטובר 1772, הוא הגיע אל שלוש עשרה המושבות והחל ללמוד נושאים חיוניים. הוא נכח בבית ספר בניו ג'רזי. ב-1773, למד המילטון בקינגס קולג' (כיום אוניברסיטת קולומביה). הוא קיבל תעודת בגרות ב-1774. הוא נחשב לנואם מבריק בזכות הפטריוטים מול הבריטים.
המילטון הגיב לעלונים שתמכו בכתר הבריטי בכתבות פוליטיות אנונימיות. המילטון תקף חוקים כנגד המושבות ותמך במהפכנות, אף על פי שלא תמך בהתקפות כנגד תומכי הבריטים. ב-10 במאי 1775, הציל את נשיא הקולג', שתמך בבריטים, מהמון זועם.
המילטון נאלץ להפסיק את לימודיו עם סגירת הקולג' כשהבריטים כבשו את העיר. כשהסתיימה המלחמה, לאחר כמה חודשים של לימודים עצמאיים ביולי 1782, עבר בחינה לעריכת דין והוסמך לעריכת דין בניו יורק. באוקטובר 1782 הפך באופן רשמי לעורך דין.
במהלך מלחמת העצמאות.
תחילת הקריירה הצבאית.
ב-1775, לאחר ההתנגשות הצבאית הראשונה של האמריקנית עם הבריטים בקרבות לקסינגטון וקונקורד, החליטו המילטון ותלמידים אחרים בקולג' להצטרף למיליציה בשם "לבבות האלון".
המילטון התאמן עם חבריו לפני השיעורים בבית קברות מקומי. הוא למד היסטוריה צבאית וטקטיקה צבאית ומהר מאוד זכה לקידום. הוא הוביל פשיטה מוצלחת על התותחים הבריטים, והשיג אותם עבור המיליציה שלו.
בעזרת קשריו עם פטריוטים ממחוז ניו יורק כג'ון ג'יי, גייס צבא ארטילרי של שישים אנשים ב-1776, ונבחר להוביל אותו. הוא נלחם במערכה על ניו יורק ב-1776, ובעיקר בקרב וייט פליינס. בקרב טרנטון הוצב גבוה מעל העיר כדי לפגוע בהסנים.
המילטון השתתף בקרב פרינסטון ב-3 בינואר 1777. לאחר מפלה ראשונית, אסף וושינגטון את החיילים והוביל אותם בהתקפה מוצלחת כנגד הבריטים. לאחר מאבק קצר, הבריטים החלו לסגת. המילטון ירה בעצמו בתותח לכיוון בניין שבו הסתתרו בריטים וגרם לכניעתם. חיילים בריטים יצאו מהבניין בידיים מורמות וכך הקרב הסתיים בניצחון אמריקני.
מטהו של ג'ורג' וושינגטון.
המילטון הוזמן לסייע לגנרלים חשובים. הוא סירב לעשות זאת והיה בטוח שהתהילה בשדה הקרב היא הסיכוי שלו לשפר את מעמדו. לאחר מכן קיבל הצעה לה לא יכול היה לסרב: לשרת כעוזרו של וושינגטון, בדרגת לוטננט קולונל. וושינגטון הרגיש שעוזרו חייב להיות איש אמונו, ולבצע משימות מורכבות.
המילטון שירת תחת וושינגטון במשך ארבע שנים. הוא שלח מכתבים לקונגרס, למושלים ולגנרלים החשובים של הצבא הקונטיננטלי. הוא כתב את פקודותיו של וושינגטון ומכתבים בשמו. המילטון היה מעורב במשימות חשובות, כולל השגת מוניטין צבאי, דיפלומטיה, ומשא ומתן עם קצינים צבאיים בכירים בפקודתו של וושינגטון.
במהלך המלחמה, התחבר המילטון עם כמה חיילים אחרים. מכתביו למרקיז דה לה פאייט דיברו על מיתולוגיה יוונית והיסטוריה, ורבים טענו שהתפתחה ביניהם מערכת יחסים.
כשהיה במטהו של וושינגטון, המילטון רצה לחזור לקרב פעיל. ככל שהמלחמה התקרבה אל סופה, הוא הבין שההזדמנות להשיג תהילה צבאית עמדה להיעלם. בפברואר 1781, וושינגטון נזף בו במקצת, והוא השתמש בכך כתירוץ להתפטר מתפקידו. הוא ביקש מוושינגטון ומאחרים תפקיד בשדה הקרב. בתחילת יולי 1781, שלח מכתב לוושינגטון בו איים להתפטר אם לא יקבל תפקיד ביצועי.
ב-31 ביולי 1781, הסכים וושינגטון ומינה אותו למפקד גדוד בניו יורק. בתוכנית לתקוף ביורקטאון, קיבל המילטון פיקוד על שלושה גדודים, שהיו אמורים להילחם יחד עם הצבא הצרפתי מול הגדודים הבריטים. המילטון והגדודים שלו לחמו בלילה, והצליחו להשתלט על האזור, וכך שברו את כוחה הצבאי של בריטניה בצפון אמריקה.
קונגרס הקונפדרציה.
לאחר הקרב על יורקטאון, התפטר המילטון מפיקוד. ביולי 1782 מונה לקונגרס הקונפדרציה כנציג מניו יורק עם תחילת המושב בנובמבר 1782, לכהונה בת שנה. לפני מינויו לקונגרס, הוא כבר החל לבקר אותו. הוא טען שיש לשנות את הקונפדרציה שלא מתאימה למלחמה או לשלום.
כשהיה במטה של וושינגטון, התייאש מהטבע המבוזר של הקונגרס הקונטיננטלי, ובעיקר בתלות שפיתח במדינות בעבור תמיכה כספית. לפי תקנון הקונפדרציה, לקונגרס לא הייתה סמכות לאסוף מיסים או לדרוש כסף מהמדינות. חוסר במקור הכנסה יציב הקשה על הצבא הקונטיננטלי להשיג אספקה ולשלם לחייליו. במהלך המלחמה, ומעט לאחריה, הקונגרס השיג כסף ממלך צרפת, מעזרה שביקש מהמדינות (שלא תמיד נתנו) ומהלוואות אירופאיות.
תיקון לתקנון הוצע בפברואר 1781, כדי לתת לקונגרס את הכוח לאסוף מס של 5% על כל המוצרים המיובאים, אולם כל המדינות נאלצו לאשר זאת. בנובמבר 1782, דחתה רוד איילנד את החוק, וכך מנעה את העברתו. מדיסון הצטרף להמילטון בשכנוע הקונגרס לשלוח משלחת שתשכנע את רוד איילנד להסכים לכך. טענתם הייתה שלממשל הפדרלי היה הצורך ליצור חוקים מעל למדינות הרגילות. המילטון העביר מכתב שבו טען שלקונגרס היה הכוח להטיל מיסים, כיון שניתנה לו מכמה מדינות סמכות לקביעת מחירים. אולם גם וירג'יניה דחתה את החוק, והחוק לא עבר.
הקונגרס והצבא.
כשהמילטון היה בקונגרס, החיילים המורדים החלו להוות סכנה למדינה. רוב הצבא היה בניו יורק, ולא קיבל מימון לאספקה שלו. בנוסף לכך, כבר ב-1778 הובטחה לקצינים קצבה של חצי ממשכורתם כשישוחררו (בהתחלה לשבע שנים, ולאחר בגידתו של בנדיקט ארנולד קצבה לכל החיים). בתחילת העשור, בגלל מבנה הממשלה, לממשלה לא היה כוח לגבות מיסים או לשלם לחיילים. לאחר כמה חודשים בלי תשלום, החיילים שלחו משלחת לקונגרס עם שלוש דרישות: תשלום לצבא, קצבאות ותשלום חד פעמי אם הקונגרס לא יוכל להרשות לעצמו תשלום קצבאות לכל החיים. הקונגרס דחה זאת.
המילטון ואחרים ניסו לנצל את החשש מהפיכה צבאית כדי לגייס תמיכה במימון הממשלה. הם לא הסכימו לשום דבר שלא אישר לממשלה להטיל מיסים: הם לא הסכימו שהמדינות ייטלו את החוב או להטיל מכס כדי לשלם את החוב. המילטון הציע להשתמש בכוחו של הצבא כדי לגרום למדינות להסכים למיסים. המילטון הציע לוושינגטון שהוא יתווך בינו לבין הממשל, אולם וושינגטון סירב. עם סיום המשבר, הזהירו אותו מפני הסכנות שבשימוש בצבא כדי להשיג תמיכה לתוכנית.
ב-15 במרץ, נאם וושינגטון בפני הקצינים והרגיע אותם. הקונגרס פירק את הצבא באפריל 1783, והטיל מכס של עשרים וחמש שנה, אליו המילטון התנגד, שדרש את אישור כל המדינות. בנוסף, הועבר חוק ששילם קצבאות מלאות לקצינים במשך חמש שנים. רוד איילנד התנגדה לחוקים גם הפעם.
ביוני 1783, קבוצה אחרת של חיילים כועסים שלחה עצומה לקונגרס בדרישה לתת להם החזרים. כשצעדו אל פילדלפיה, הקונגרס האשים את המילטון בשלהובם. המילטון ביקש מיליציה מהמועצה של פנסילבניה אולם היא סירבה לו. המילטון הנחה את ויליאם ג'קסון, מזכיר המלחמה, לעכב את החיילים, ללא הצלחה. כשהחיילים הגיעו לפילדלפיה, הם דרשו תשלום. חשש נשיא הקונגרס הקונטיננטלי, ג'ון דיקינסון, שהמיליציה המקומית אינה אמינה, וסירב לקבל ממנה עזרה. המילטון דרש מהקונגרס לעבור לפרינסטון בניו ג'רזי. הקונגרס הסכים. כשהוא כועס על חולשת הממשל המרכזי, המילטון הציג טיוטה לחידושים בתקנון הקונפדרציה. הטיוטה כללה סעיפים רבים שנכללו בחוקה העתידית, כולל ממשל מרכזי חזק עם היכולת לאסוף מיסים ולהחזיק צבא. בנוסף כללה הטיוטה הפרדת רשויות בין הרשות המחוקקת, המבצעת והשופטת.
חזרה לניו יורק.
המילטון התפטר מהקונגרס, וביולי 1782 חזר לעסוק בעריכת דין בניו יורק. הוא הגן על נתינים בריטים בעיקר.
ב-1784, הקים את הבנק של ניו יורק, שהפך לאחד מהבנקים הוותיקים בתולדות המדינה, והתאחד עם בנק נוסף ב-2007. המילטון הקים מחדש את קולג' קולומביה, לאחר שזה ניזוק במהלך המלחמה. הוא היה ציר בוועידת אנאפוליס ב-1786. הוא דרש ועידה חוקתית, וכך הצליח להתקרב אל חזונו, שכלל ממשל מרכזי חזק, ועצמאי מבחינה כלכלית.
ב-1786, הזמין את הנסיך היינריך מפרוסיה להיות נשיא המדינה או המלך, אולם ההצעה בוטלה לפני שהנסיך יכול היה להגיב.
החוקה ומאמרי הפדרליסט.
ועידת החוקה ואישור החוקה.
ב-1787, שימש כנציג מחוז ניו יורק במועצה המחוקקת של ניו יורק ונבחר כנציג לועידת החוקה. אף על פי שהמילטון הוביל את המאמצים לכינוס הוועידה, השפעתו הייתה די מוגבלת. המושל ג'ורג' קלינטון בחר נציגים ניו יורקרים אחרים שהתנגדו לממשל המרכזי החזק של המילטון. שניהם קבעו את הקולות של ניו יורק ומנעו שינויים לתקנון הקונפדרציה.