את מקומו של יונתן תפס אחיו שמעון, אשר פתח במלחמה עם טריפון, שנאלץ לסגת מיהודה. במהלך הנסיגה ניסה טריפון להשתמש ביונתן כקלף מיקוח, אך כאשר ניסיונות אלו נכשלו, הרג את יונתן. כאן בפעם הראשונה, מתמנה שמעון להנהגה על ידי אספה חגיגית, מעין ספונטנית, של העם. על פי ספר חשמונאים א' יג, ח-ט, קורא העם "אתה נשיאנו תחת יהודה ויהונתן אחיך. הילחם מלחמתנו וכל אשר תצוונו נעשה".
שמעון כרת ברית עם אויבו של טריפון, דמטריוס השני. עקב הברית הוכרזה יהודה לישות כמעט עצמאית וריבונית, שאינה משלמת מס לממלכה הסלאוקית. שנה זו (142 לפנה"ס), שבה קיבלה הממלכה את עצמאותה, נחשבה אז לשנה הראשונה לספירה החדשה, וממנה החלו למנות את השנים בימי ממלכת החשמונאים (שכוננה רשמית זמן מה לאחר מות שמעון. ראו בהמשך), אשר הייתה הממלכה העצמאית הראשונה מאז ימי צדקיהו אחרון מלכי בית דוד.
שמעון ניצל את מעמדו החדש והשיג הישגים צבאיים: כיבוש גזר (כיבוש שכלל מצור, הגליית המקומיים, טיהור העבודה הזרה מהעיר ויישוב מחדש על ידי יהודים), יפו (כנ"ל) ופתיחת פתח לים. הישג משמעותי נוסף היה כיבוש מצודת החקרא והכנעת חיל המצב הסלאוקי שישב בה. החקרא הייתה מטרד בלתי פוסק בימי יהודה ויונתן, שניסו לכבשה פעמים רבות ללא הצלחה, ומעוזם האחרון של המתייוונים. עם מעשיו החשובים של שמעון בתחום מדיניות החוץ נמנה גם חידוש הברית עם רומא.
בתחום מדיניות הפנים פעל שמעון למתן לגיטימציה לשלטון שושלת החשמונאים, מסוג זה שהייתה בעבר לשלטון בית דוד. בשנת 140 לפנה"ס כינס שמעון את "אספת העם". אספה זו הייתה מכונסת אך במקרים חריגים, בהן נדרשה החלטה קונסנסואלית בעניין הרה גורל. כך למשל כינסה עזרא הסופר על מנת להחליט בעניין "הנשים הזרות", ונחמיה כינסה על מנת להכריז על חתימת "האמנה". בעתיד תכונס האספה בימי המרד הגדול על מנת למנות את "ממשלת המרד". אספה זו כונסה על מנת לתת לגיטימציה לשלטונו של שמעון ושלטון יורשיו. שמעון הוכרז כ"נשיא וכוהן גדול" וכן "שר צבא". אספת העם אישרה איפוא לשמעון את ההנהגה והעניקה לו סמכויות שלטון ביהודה: בתחומי ההנהגה הפוליטית ("נשיא"), ההנהגה הדתית-פולחנית ("כהן גדול") וההנהגה הצבאית ("שר צבא"). סמכויות אלה, מתוך שעברו בירושה למשפחתו של שמעון ולבניו אחריו "לעולם" (כנוסח בעל מקבים א'), העניקו בסיס משפטי רשמי לשושלת בית חשמונאי. הייתה זו מעין מלוכה ללא כתר מלכות רשמי. כמו כן הוחלט שאין לבטל החלטה זו של אספת העם ואין לכנס אותה אלא בהסכמת שמעון. גם ללבושו של שמעון בטקס זה - "ארגמן וזהב" - יש משמעות המצביע על אדרת מלכות שנמסרה לו. תואר "מלך" (וביוונית - "באסיליאוס") לא הוענק לשמעון, מה שמצביע על כפיפותו למלך הסלאוקי.
כקודמיו, ובעיקר כבימי יונתן, נהנה שמעון מהמאבקים בחצר המלוכה הסלאוקי ומהשינויים שחלו בתוכה. בשנת 139 לפנה"ס נפל דמטריוס השני בשבי הפרתים ובמקומו עלה אחיו, אנטיוכוס השביעי "סידטס" לכס המלוכה. מתוך שרצה לזכות בתמיכתו של שמעון אישר המלך את מעמדו וזכויותיו ואף העניק לו את הרשות לטבוע מטבעות. באיגרת שכתב סידטס לשמעון הוא מציין כי "וירושלים והמקדש יהיו חופשיים, וכל הנשק אשר בנית, אשר תמשול בהם יישארו לך ..." (מקבים א' יד, ז). רשות ההטבעה הייתה מסימני הריבונות של יהודה, אף על פי ששמעון אולי לא ניצל אותה (טרם נתגלה אפילו מטבע אחד אשר ניתן לייחס אותו לשמעון החשמונאי).
במרוצת הזמן הסתכסך שמעון עם יורשו של דמטריוס השני, הוא אנטיוכוס סידטס, אשר שלח צבא כנגדו, צבא שהובס על ידי בניו של שמעון, יוחנן הורקנוס הראשון ויהודה במערכת עקרון שליד אשדוד ב-137 לפנה"ס. כעבור שלוש שנים נרצחו שמעון ובניו מתתיהו ויהודה במזימה שחרש אנטיוכוס בעזרת חתנו של שמעון, תלמי בן חבוב מיריחו, בחודש שבט 134 לפנה"ס.
שלטונם של יונתן ושמעון הוביל את החשמונאים ממעמד של משפחת כוהנים מאזור הררי ונידח של הארץ, המובילה מרד כנגד השלטון החוקי, למעמד של שליטי הארץ (אם כי עדיין נרתעו משימוש בתואר "מלך"), המקובלים הן על השלטון החיצוני והן על העם בכללותו.
יוחנן הורקנוס.
בקשתו של תלמי בן חבוב להשתלט אחר הרצח על יהודה סוכלה, ואת כס הנהגת העם ירש יוחנן הורקנוס, בנו של שמעון, וזאת באישור אספת העם. עקרון ירושת בית חשמונאי, שעליו הוסכם באספת העם של שנת 140 לפנה"ס, התממש אפוא במלואו.
בתחילה נלחם הורקנוס כנגד פלישתו של אנטיוכוס סידטס אשר פרץ בראש צבא גדול ליהודה, ונאלץ להיכנע לו בתנאים משפילים. אולם לאחר מותו של אנטיוכוס סידטס במלחמה עם הפרתים (129 לפנה"ס) השתחרר יוחנן מעולו, ביסס את ממלכת יהודה החשמונאית והרחיב במסעות כיבוש את גבולותיה לכל העברים. יוחנן הכניע תחתיו את העמים השכנים (כגון האדומים, הנבטים והיטורים), והנהיג מדיניות חדשה של גיור בכפייה. אין מדובר על גיור של יחידים אלא על גיור של אומה שלמה, וגישה זו הפכה לדפוס הפעולה הקבוע של בית חשמונאי. בכל הקשור לזירה הבינלאומית, יוחנן חידש את הברית של קודמיו עם הרומאים ואף קשר קשרים עם בית תלמי המצרי ועם עמים רחוקים אחרים.
החברה ביהודה בימי הורקנוס.
ככל שהלכה הממלכה הסלאוקית ושקעה בשחיתות ובסכסוכים פנימיים, כך עלתה קרנה של ממלכת החשמונאים וגדל כוחה. ימי יוחנן הורקנוס היו ימי תהילה צבאית וכיבושים חיצוניים, אך גם של התפתחות רוחנית חשובה.
לאחר שעול הגזירות החיצוניות הוסר, החל בעם תהליך של מחשבה דתית והגות פנימית, שבא ללבן את שאלות היסוד של הקיום היהודי. בית חשמונאי, שנראה בתחילתו כהתגשמות המאוויים הדתיים, הפך לשלטון כמעט חילוני, בנוסח מלכי האזור. עוד בימי יונתן הפכה להבת אש המרד לחישוב פוליטי ותמרון בין שליטים זרים. שלטונו של יוחנן, על אף שנאמר עליו כי הוא ניחן בנבואה ושבת קול נגלתה אליו וסיפרה לו על ניצחון בניו על אנטיוכוס, לא מילא אחר מאוויי חלק מן העם אשר שאף לקיומה של מלוכה דתית, אשר שלטונו הארצי של יוחנן הלך והתרחק ממנה.
המחשבה הדתית בימי יוחנן הביאה להתפלגות העם לכמה כתות: כת האיסיים שהאמינה בחיי פרישות וטהרה; כת הצדוקים עליה נמנו המעמדות העליונים וחלק מן הכוהנים, שהאמינה בקיום מצוות התורה שבכתב אך לא בתורה שבעל פה, והייתה קרובה יותר לחוגים ההלניים ותרבותם, וכת הפרושים שהאמינה גם בקיום מצוות התורה שבעל פה וייצגה את המוני העם הפשוט, ודרשה כי ענייני המדינה יתנהלו על פי פרשנותם למצוות התורה. יוחנן הסתכסך עם הפרושים והחל לנטות אל הצדוקים, ובכך רואים את תחילת ירידת קרן בית חשמונאי בעיני העם.
יוחנן היה הראשון מבין המנהיגים החשמונאים שלצד שמו העברי מתנוסס שם יווני, מה שמצביע על תהליך של הלניזציה (התיוונות) בקרב המלוכה החשמונאית.
אריסטובולוס הראשון.
בשנת 104 לפנה"ס מת יוחנן הורקנוס והוא בן שישים, והותיר אחריו את בניו - אריסטובולוס הראשון (הוא יהודה אריסטובולוס), אנטיגונוס הראשון, אלכסנדר ינאי, ואבשלום.
יוחנן הורה בצוואתו שמישרת הכהונה הגדולה תימסר לבנו בכורו, אריסטובולוס, ושאר התפקידים והמישרות - השלטון הממלכתי - יעבור לידי אלמנתו. אולי חרד יוחנן מפני ריכוז הסמכויות בידי אדם אחד, בעיקר כשמדובר באישיות כמו אריסטובולוס, שהיה רודף שררה ואכזר, שעלול להרוס במחי יד אחת את כל המפעל שבנו החשמונאים מאז פרוץ המרד בשנת 167 לפנה"ס.
הורקנוס, כנראה, לא רצה לפגוע בעקרון השושלתיות של בית חשמונאי, ולכן הפקיד את המישרה החשובה בידי בנו בכורו, שעליו יכולה לפקח האם-המלכה, אלמנתו, אשר כאשה הייתה מנועה מלשמש ככוהנת גדולה.
אריסטובולוס לא הסתפק בתואר "נשיא", אלא שם כתר מלכות על ראשו. בתקופתו של אריסטובולוס הגיעה מידת ההתיוונות בחצר המלוכה לשיאים חדשים, והתבטאה בדימוי של מלוכה הלניסטית מקומית בתחום הפוליטי, כלכלי, חברתי, צבאי ואף תרבותי. אריסטובולוס כינה עצמו "פילהלנוס" (אוהב היוונים). כדי לסלק כל מתחרה מדרכו, כלא את אמו בבית הסוהר עד שגוועה שם ברעב, ואת אחיו אנטיגונוס, שחזר לירושלים מנצח מן המלחמה לכיבוש הגליל, רצח.
אריסטובולוס המשיך במדיניות קודמיו: הוא השתלט על הגליל, פרט לרצועת החוף המערבי, וכפה את הגיור על שבט היטורים הערבי לאחר שכבש את ארצם.
מקץ שנת שלטון אחת הלך אריסטובולוס לעולמו לאחר מחלה.
אלכסנדר ינאי ושלומציון המלכה.
אלכסנדר ינאי.
לאחר מותו של אריסטובולוס הראשון עלה על כיסאו אחיו, אלכסנדר ינאי, (שאף נשא לאישה כיבם את אלמנתו שלומציון המלכה). מבחינת מדיניות החוץ המשיך אלכסנדר ינאי במדיניות הכיבושים של אביו. עם מותו בשנת 76 לפנה"ס היו גבולות ממלכתו רחבים ביותר, וכללו אף שטחים נרחבים בעמק הירדן אותם כבש מן הנבטים, וכן את הגולן ועמק החולה, ושטחים נוספים כגדר, ועזה. במלחמותיו ידע ינאי עליות וירידות, ולעיתים נזקק לסיוע של זרים, אם ממצרים או שכירי חרב.
הצלחתו הצבאית של אלכסנדר ינאי טבעה בים הסכסוכים המהותיים-אידאולוגיים הפנימיים בין הפרושים והצדוקים. הפרושים תבעו מתן סמכויות רחבות יותר לסנהדרין והפרדה בין משרת הכהונה הגדולה לבין משרת המלוכה. ינאי ראה עצמו כשליט יחיד, ואף היה הראשון שטבע מטבעות בהם מופיע הביטוי "מלך" וללא ציון "חבר היהודים".