בתחילת האינתיפאדה מרבית הפעילות נעשתה באמצעים מאולתרים: עשרות צעירים פלסטינים בני-עשרה ארבו לסיורים קטנים של חיילי צה"ל, והמטירו עליהם אבנים גדולות תוך ניסיון לפגוע בכוח הזרוע וביתרון מספרי אדיר. כמו כן נערכו הפגנות רבות. בתקופה זו נעשה ניסיון להימנע מהפעלת נשק חם כלפי צה"ל והמתנחלים וזאת למרות הוראות סותרות שהגיעו מהנהגת אש"ף. בעוד שבתחילה הצליח ניסיון זה הרי ככל שעבר הזמן התמוססה הצלחתו.
הממשל האזרחי הישראלי בשטחים קרס למעשה בחודש הראשון לאינתיפאדה. אזורים נרחבים ביהודה, שומרון ועזה הכריזו על עצמם כ"משוחררים" וסירבו לשתף פעולה עם הממשל האזרחי. הרוב המוחלט של השוטרים הפלסטינים וכן רבים מפקידי הממשל התפטרו. במקביל נערכו שביתות כלליות רבות (1–3 בשבוע) וכן הוכרזה שביתת מסחר מלאה (שהחזיקה 40 יום) ולאחר מכן שביתת מסחר חלקית שקבעה שעות מסוימות בלבד לפתיחת החנויות.
החל מפברואר 1988 נעשו ניסיונות רבים למרי אזרחי, עם או בלי תמיכה באלימות מקבילה, מרבית ניסיונות אלו נעשו על סמך הרעיונות של מוברק עווד שגורש על ידי ישראל ב-6 במאי. ניסיונות אלו צלחו יחסית בתחילה אולם עם התמוטטות הארגון המקומי והעברת מרכז הכובד להנהגת החוץ הם התמוססו ו"כוחות ההלם" הצבאיים הפכו לגורם המשמעותי.
ב-15 בפברואר 1988 פוצצה שייטת 13 את ספינת השיבה של אש"ף שעגנה בלימסול, קפריסין. ספינה זו נועדה למשוך תשומת לב בינלאומית לאינתיפאדה על ידי הגעתה (בליווי עיתונאים רבים) לנמל חיפה וקליטתה על ידי נציגים מערביי ישראל.
ב-1988 סוחרים נוצרים ממעמד הביניים יזמו (או, כפי שמומחים אחדים טוענים, אולצו בידי אש"ף ליזום) מחאה לא-אלימה של אי-תשלום מסים, שנאספו בידי ישראל ושימשו למימון ניהול יהודה, שומרון ועזה. כשמעצרים לא הובילו לסיום מרד המיסים, ישראל חיסלה אותו על ידי הטלת קנסות כבדים והחרמת רכוש, ציוד, סחורה ורהיטים מחנויות, מפעלים ואף בתים פרטיים.
ככל שהתמשכה האינתיפאדה הלכו וגברו ההוצאות להורג של משתפי פעולה (אמיתיים ומדומים) עם ישראל והתגבר הכאוס ביהודה, שומרון ועזה. תופעות אלו וכן צורת הארגון (ועדות עממיות מקומיות, שהוצאו אל מחוץ לחוק על ידי ישראל ב-1 ביולי 1988) היו דומות למרד הערבי הגדול (כך למשל נרצחו 90 פלסטינים שנחשדו בשיתוף פעולה עד ספטמבר 1989), דבר שאף הביא את המפקדה הלאומית להודיע ב-15 באוגוסט 1989 על דרישה להימנע מהרג של משתפי פעולה ללא אישור מההנהגה העליונה.
בסוף 1988 החל אש"ף לארגן את כוחות ההלם לכדי ארגונים צבאיים ממשיים כתוצאה מכך השתנתה הטקטיקה מאמצע 1988 לאלפי תקריות של שימוש בבקבוקי תבערה, מעל 100 השלכות רימוני יד, ומעל 500 התקפות עם רובים וחומרי-נפץ. למרות זאת, הפלסטינים המשיכו להציג את האירועים כהתקוממות לא אלימה. השינוי לא נעשה אמנם באופן מיידי אולם היה רציף למעט ההפגנות שמיד לאחר מהומות הר הבית ב-1990.
תגובה ישראלית.
תחילה לא ידעה ישראל כיצד לטפל במשבר ואף זלזלה בו במכוון (דבר שהתבטא בין השאר ביציאה של יצחק רבין למשך שבועיים לארצות הברית מיד לאחר פרוץ המהומות). במשך החודש הראשון לאינתיפאדה ציפתה ישראל כי המהומות ידעכו מעצמן (כפי שהיה בגלי אלימות קודמים).
לאחר חודש, כאשר המהומות לא דעכו מעצמן, הזרימה ישראל כוחות צבא גדולים לאזורי יהודה ושומרון ורצועת עזה, אך בלי שהייתה תוכנית פעולה רצינית לפעילות הכוחות. ב-21 בדצמבר 1987 החליט הרמטכ"ל דן שומרון, לשנות את היערכות הכוחות ביהודה ושומרון. על גזרת שומרון הופקד מפקד אוגדה 162, תא"ל זאב ליבנה, ועל גזרת יהודה הופקד מפקד אוגדה 720, תא"ל בני טרן. מפקד חטיבת איו"ש נשאר לפקד על גזרת בנימין. גזרת מרחב שומרון חולקה לשלושה מרחבים חטיבתיים, כלהלן: על גזרת ג'נין הופקד אל"ם גבי אשכנזי, מפקד חטיבת גולני; על גזרת טול כרם-קלקיליה הופקד אל"ם משה גבעתי מפקד מחוז דן; ועל גזרת שכם הופקד מפקד המרחב הקבוע, סא"ל יהודה מאיר. מפקד אוגדה 162 קבע את מפקדתו בבניין הממשל בשכם. גזרת מרחב יהודה חולקה לשני מרחבי משנה. מפקד המרחב, סא"ל גבי אביב, הופקד על גזרת חברון, והוקם מַשלָ"ט (מֶרכז שליטה) סדיר בגזרת בית לחם. שניהם הוכפפו למפקד אוגדה 720, שקבע את מפקדתו בבניין הממשל בחברון. מאוחר יותר הוקמה אוגדת יהודה ושומרון, בפיקודו של תא"ל גבי אופיר, והוקמו שש חטיבות מרחביות חדשות: חטיבה 'יהודה', חטיבת 'שומרון', חטיבת 'מנשה', חטיבת בנימין' וחטיבת 'עציון'.
עם הזמן, התאוששה ישראל מההלם והגיבה במדיניות של יד קשה שנועדה לדכא את ההתקוממות בכוח. ההוראות הבלתי רשמיות שניתנו לחיילים היו, כפי שניסח זאת שר הביטחון, יצחק רבין, "לשבור ידיים ורגליים". ישראל נקטה במדיניות של הטלת עוצר המוני (60% מהאוכלוסייה הייתה נתונה בשלב כלשהו במהלך השנתיים הראשונות לעוצר ממושך), מאסרים המוניים, הכבדה של הממשל הצבאי המוטל על השטח, הרס ואטימת בתים (150 ב-1988 לבדה), אכיפה נוקשה של חוקי המס על התושבים (עד כדי עלייה בגביית המיסים ביחס לשנת 1986 בחלק מהמקומות) וכן סגירת בתי ספר (היו פתוחים רק 40 יום בשנת הלימודים 1988/89). בתחילת האירועים לא שונו אמנם הוראות פתיחה באש אולם הסמכות לתת היתרים לביצוע פעולות ענישה שונות (כמו הריסת בתים, גירוש, הטלת עוצר וכדומה) הועברו לדרגים נמוכים יותר מאשר קודם לכן.
המדיניות הישראלית תואמה על ידי "פורום השטחים" בראשות שר הביטחון ודווחה לקבינט. למרות ההשתתפות של כל הגורמים בפורום היו שינויים מקומיים (במיוחד בירושלים) בדרך הטיפול באירועים.
למרות צעדיה, ישראל לא הצליחה למנוע את התמוטטות הממשל האזרחי שלה ביהודה, שומרון ועזה.
בירושלים נקטה ישראל תחילה מדיניות של "סיוע" לחסימת השכונות הערביות שבודדו על ידי תושביהן, כענישה לתושבים. מדיניות זו החלה להשתנות באמצע ינואר 1988 כאשר משטרת ישראל החלה לשלוח כוחות גדולים לתוך השכונות הערביות. ב-5 בפברואר פתחה ישראל במבצע "במחשבה תחילה" במסגרתו בוצעה השתלטות מחדש על השכונות הערביות, הטלת עוצר על מרביתן וסגירה למעשה של הר הבית בפני מתפללים לא ישראלים.
המדיניות הבלתי רשמית של הכאת מתפרעים, מדיניות שבוצעה בהפרות פקודה רבות (רובן המכריע לחומרה), זכתה בביקורת נוקבת.
באוגוסט 1988 הוכנסו כדורי פלסטיק לשימוש ישראל, דבר שהביא לשינוי הוראות הפתיחה באש וליותר הרוגים אצל הפלסטינים.
ערביי ישראל.
ב-17 בדצמבר 1987 התכנסה ועדת המעקב העליונה של ערביי ישראל (לראשונה השתתפה בכינוס גם הנהגת התנועה האסלאמית) והחליטה על שביתה כללית בקרב ערביי ישראל ב-21 בדצמבר שכונתה "יום השלום". השביתה שהתקיימה הייתה כמעט מלאה ולוותה בפרצי אלימות (זריקות אבנים ובקבוקי תבערה, חסימות כבישים וכדומה) במקומות מעטים.
דינמיקה פנים-ערבית.
בין 3 בפברואר ל-15 בו 1988 הצליחה ישראל לעצור את ההנהגה הראשונה של המפקדה הלאומית ולעצור את מערכת ההפצה שלה. אף על פי שהדבר לא מנע את התאוששות המפקדה, הרי מתקפה זו ואלו שבאו בעקבותיה הצליחו לדחוק את המפקדה הלאומית למגננה, להביא אותה להקטנת פעילותה, ולהגביר את תלותה הארגונית והכספית באש"ף, בעיקר מאמצע 1988.
אף על פי כן, המשיכה המפקדה הלאומית להוות גורם מרכזי ביהודה והשומרון, הוראותיה בוצעו לרוב, בין השאר בשל הנכונות שלה לסגת מהוראות שהתגלו כבלתי ניתנות לביצוע וכן לימוד הלקחים של אנשיה מההתארגנות בבתי הסוהר הישראלים. לעומת זאת ברצועת עזה, נתקלה ההתארגנות במאבקי כוח עם התנועות האסלאמיות ולאחר מכן ישראל הצליחה למוטט את ההתארגנות בפברואר 1988.
ב-16 באפריל 1988 התנקשה ישראל באבו ג'יהאד, שהיה האחראי מטעם אש"ף על ארגון האינתיפאדה. התנקשות זו אמנם הועילה בטווח המיידי (בשל ניתוק קשרים מסוימים בין הנהגת החוץ של אש"ף לבין הנהגת הפנים) אולם התגלתה לאחר מכן כחסרת השפעה ממשית.
במאי 1988 הצליחה ישראל לשתק למעשה את תנועת הג'יהאד האסלאמי על ידי מעצר מרבית ראשיה.
ב-12 ביוני התדרדר המאבק בין חמאס לבין אש"ף לעימות גלוי כאשר בהפגנה במחנה ג'בליה נרמסו תמונותיו של יאסר ערפאת. מאבק זה התחדד בשל שמועות על סיוע ישראלי לחמאס, כישלון ניסיונות התיאום בין הארגונים ומאבקים פנימיים בתוך אש"ף. כישלון ניסיונות ההידברות הביא לחתימת אמנת חמאס ב-18 באוגוסט.
ביוני-יולי 1988 נעשו ניסיונות להשליט את שלטון הוועדות העממיות על השטח. בשלב זה היו מאות ועדות עממיות, חלק נפוצות (ועדות חינוך למשל) וחלקן ייחודיות (ועדת אדמות לדוגמה) ורובן קשורות ברשת של שיתוף פעולה, תוך כפיפות לוועדות אזוריות ולמפקדה הלאומית שעמדה בראשן.
התפתחויות אלו הרעו את המצב הכלכלי של משתתפי האינתיפאדה (כמו גם הפלסטינים בכלל), מצב שהביא את סרי נוסייבה ב-1 באוגוסט 1988 אף לפרסם מאמר הדורש מאש"ף להזרים כסף או לחדול ממתן הוראות.
החל מתחילת האינתיפאדה, הלכה וירדה התמיכה בירדן בשל הגאות הלאומית הפלסטינית, כתוצאה מכך הכריז חוסיין מלך ירדן ב-31 ביולי 1988 על "התנתקות מהגדה המערבית", קרי, ניתוק כל הקשרים בין ירדן והגדה המערבית. החלטה זו החמירה את התדרדרות השירותים ביהודה והשומרון משום שעד אותה עת סיפקה ירדן במידה רבה את השירותים האזרחיים באזור זה.