בראשית המאה ה-17 חלה התרחבות בסחר מאירופה לארץ ישראל. מספר האוניות שפקדו את חיפה הלך וגדל. המיסיונר אוזן רוז'ה מתאר בשנת 1632 כנמל מארב של אוניות שודדי ים ממלטה האורבות מתוכו לספינות השטות לאורך החוף. בתיאור זה חיפה תוארה כעיר נמל. במפת ארץ ישראל שצוירה בשנת 1651 חיפה מופיעה כ"נמל חיפה". בסוף שנות ה-60 של המאה ה-17 מתאר הנזיר אנטון גונזלס את נמל חיפה, ומציין שראה בו שלושה עד ארבעה כלי שיט השייכים כנראה לתושביה. אוניות זרות נכנסו לנמל רק כאשר נאלצו לעשות זאת מחמת הסערה. תיאור נוסף של הנמל הוא של כומר איטלקי המציין שנמל עכו הוא גרוע ובלתי בטוח ולכן נוהגות ספינות לפקוד את נמל חיפה. ההיסטוריון הצרפתי פול מסון חקר את תולדות המסחר הצרפתי במאה ה-17 בהתבסס על תעודות לשכת המסחר במרסיי. הוא פרסם את ספרו בשנת 1896. במחקרו הוא מציין שבגלל מצבו המסוכן של נמל עכו נאלצות הספינות לעגון בחיפה. הוא גם מציין את הסכנה הנשקפת לספינות במעגן זה ששימש בסיס ראשי לאוניות שודדי ים. עד לראשית המאה ה-18 לא הצליחה חיפה למנוע את חדירתן של אוניות שודדי הים ממלטה למעגן. ובכך עכבו את התפתחות הנמל. במחצית הראשונה של המאה ה-18 נבנו בחיפה שתי מצודות וזאת כדי למנוע את התקרבותן של אוניות השודדים. בשנת 1752 תיאר הנזיר לאונרדו את התקפות השודדים כאירוע של העבר הרחוק.
חיפה החדשה.
במהלך המאה ה-18 עלה לגדולה שליט מקומי בצפון ארץ ישראל, ד'אהר אל-עומר אל-זידאני, והפך למושל חזק ובעל כוח צבאי, פוליטי וכלכלי בעל משקל רב. הוא קבע את בירתו בעכו, ביצר את חומותיה ובערך בשנים 1753-1752 סיפח אליו גם את חיפה והחוף שמדרום לה.
בשנת 1761, בעקבות ניסיון תקיפה של אויביו דרך מעגנה של חיפה, החליט ד'אהר לשנות את מיקומה של העיר ולשפר את ביצוריה. במהלך מהיר הרסו אנשיו את העיר הקיימת, הקרויה כיום חיפה אל עתיקה והעתיקו את משכנם לאתר חדש - מדרום מזרח על קו החוף - ברצועה הצרה ביותר שבין הים ובין ההר. "חיפה החדשה" - שהיא הגרעין לעיר של ימינו, השתרעה באזור שבין "כיכר פריז" ובין סמטת אל-מוכתארי ("בית הפאשה") של ימינו, בין קו החוף לבין מדרגת ההר - היא הוקפה בחומה דקה ונקבעו בה שני שערים ומספר מגדלי שמירה. מעל העיר, באזור "גן הזיכרון" של ימינו, ניבנתה מצודה בשם "בורג' א-סלאם" ובקיצור "הבורג'", שלימים נחרב, כמו גם החומה ההיקפית שהלכה ונעלמה. "חיפה העתיקה" נחרבה לחלוטין.
חיפה החדשה שכנה עוד שנים רבות בצילה של עכו בירת המחוז, והיוותה מעגן משני לספינות שחיפשו חוף שקט יותר לעת סערה. על החוף נבנה מזח קטן, והוא שימש בעיקר מעגן לסירות דייגים. לעיתים התקרבו אליו ספינות ואוניות, החוף היה בטוח יותר מהחוף הקודם כי היה מוגן יותר מסערות. מספר קטן של מבני ציבור בלטו בה: בית המושל - סראיה ששימש גם כבית מכס, אשר שכן על חוף הים בקו החומה הצפונית (כיום נמצא בקרבת מקום 'מגדל המפרש' של קריית הממשלה המחוזית), מסגד א-זע'יר ורחבת שוק בקרבת בית המושל. תייר איטלקי שעבר בחיפה בשנת 1760 מתאר את נמל עכו שהיה סתום ולכן בחרו לעגון מול חיפה החדשה. הוא מתאר את חיפה שבעבר הייתה כפר עלוב ועכשיו היא עיר חדשה עם נמל טוב מבוצרת על ידי מצודה. המבנים מסביב היו בעיקר סוכות פזורות.
סובלנותו של ד'אהר לעדות הנוצרים, שנבעה בעיקר מן האינטרסים הכלכליים של קיום קשרי מסחר עם ארצות אירופה, אפשרה גם לנזירים כרמליתים לשפר את מיקום המנזר העתיק שלהם, ששכן במערות בצלע הכרמל ('מערות פרוספר'). ד'אהר העניק להם את כל המרחב של 'ראש הכרמל' - וב־1767 הניחו שם את היסוד למנזר הכרמליתים הראשון - אשר הפך מקור משיכה לעולי רגל, לתיירים ולנוסעים אשר מצאו בו בית הארחה נוח ומכניס אורחים.
בשנת 1775 הסתיים שלטונו של דאהר אל-עומר על ידי אחמד אל-ג'זאר שהתמנה למושל עכו. בתוקף תפקידו שלט גם על חיפה. בתקופה זו החלו להגיע אליה מתיישבים רבים כולל יהודים. בין המבקרים בחיפה היה גם רבי נחמן מברסלב שביקר במערת אליהו הנביא בשנת 1798. בשנת 1799 הגיע לחיפה נפוליאון בונפרטה במסגרת מסעותיו לכיבוש ארץ ישראל. בדרכו ללכבוש את עכו עבר בחיפה. תושבי חיפה פתחו בפניו את שערי העיר ונאלצו לתת לו 20,000 מנות לחם ושקי אורז לכלכל את צבאו. הצרפתים הקימו בית חולים במנזר סטלה מאריס וחיילים שמתו בו נקברו מול פתח המנזר. לאחר נסיגת נפוליאון מעכו הוא נסוג דרך חיפה למצרים. פייר ז'אקוטן שהיה בצבאו של נפוליאון שרטט מפה של אזור חיפה שבה רואים את חיפה קטנה וסגורה בחומה, בקרבתה מצודה וצפונה לה חיפה העתיקה כמו גם את חורבות פורפיריון (העיר הסגולה) שם נהגו להפיק צבע ארגמן.
בתוך חומות העיר החדשה חיו בראשית המאה ה-19 לא יותר מ-1,000 נפשות, רובם היו מוסלמים. בחלקה המערבי של העיר הקטנה התרכזו גם משפחות נוצריות שבנו לימים שתי כנסיות: יוונית-קתולית שנקראה "אל-סיידה" ויוונית-אורתודוקסית. משפחות בודדות של יהודים התגוררו בחלק המזרחי - בקרב המוסלמים, ויצרו גרעין לשכונה יהודית קטנה. כך - משחר הקמתה - חיפה הייתה 'עיר מעורבת' כלשהי, בעלת הרכב אוכלוסין מגוון של רוב מוסלמי, ומיעוטים נוצרים ויהודים, אשר דרו בכפיפה בין החומות וחתרו כל אחת לביסוס כלכלי ולקיום משותף.
הנוסע הבריטי ג'יימס סילק בקינגהאם ביקר בחיפה בשנת 1816. הוא מתארהּ בספרו "Travels in Palestine" שיצא בשנת 1821 כעיר מוקפת חומה שביצורה במצב גרוע. על הסוללה היו מוצבים ששה תותחים, ללא כל חיילים משום שכולם עזבו לדמשק. בעיר שני שערים אחד לכיוון צפון והשני לכיוון דרום. אוכלוסיית העיר הוערכה כ-1,000 נפשות בעיקר מוסלמים, יתרם נוצרים קתולים ומארונים וכן דרוזים. בעיר היו שני מסגדים מתוכם אחד שהיה בעבר כנסייה. הקתולים והמארונים התפללו ביחד בחדר אחד וחיו בהרמוניה ביניהם.
ניצנים של שינוי.
ב-1831 הטיל הצבא המצרי בפיקודו של איברהים פחה מצור על עכו, בדרכו למסע מלחמה לתוככי אנטוליה. בזמן המצור, שימשה חיפה בסיס אסטרטגי ולוגיסטי לחיל המשלוח המצרי.
ב-1836 חנכו הכרמליתים את המנזר החדש, שבא על מקומו של זה הראשון אשר נהרס ב-1821 בידי עבדאללה שליט עכו. בחסות השלטון המצרי נבנה עתה מנזר גדול ממדים ודמוי מבצר, ששוכנו בו גם בית מרקחת קטן ובית הארחה נקי ומסודר, וסביבו גנים, נטיעות וטרסות חקלאיות. הכרמליתים הפכו לגורם מרכזי במשיכת תיירות ונוסעים שרבים אף דילגו על העיירה בדרכם אל ראש הכרמל. הם שלחו ידם לפעילות קהילתית, והקימו בתוככי החומות כנסייה קטנה לעדה הלטינית שגדלה, ובית-ספר לילדיה. השפעתם של הכרמליתים על חיפה הייתה רבה לאורך המאה ה-19 כולה.
עד 1840 שרר בארץ ישראל שלטון מצרי, אשר הביא לשינויים משמעותיים בחשיפתה של הארץ לעולם המערבי, לסדרי שלטון חדשים, לשיפור מעמדם של מיעוטים דתיים ולפיתוח כלכלי כלשהו. ב-1840 ספגה עכו מהלומה כבדה עת הטילו ציי בריטניה ואוסטריה מצור נוסף עליה, הרעישו אותה והפכו את הקרב על העיר לקרב מפתח בסילוקו של הצבא המצרי מארץ ישראל. הרס רב נגרם לעיר, ותנועת המסחר בה שבתה. רבים מתושביה העדיפו את חיפה הקטנה יותר, סוחרים רבים הקימו בה את מחסניהם ולשכותיהם, ונציגים קונסולריים זרים העדיפו לעבור אליה מעכו המסוכנת. שגשוגה של חיפה התבטא בתופעת המסחר של דגנים וכותנה ממרחבי הלבנט אשר יוצאו ממעגנה, וסחורות אחרו שהובאו דרכה לארץ. גידול האוכלוסין צופף את השטח הבנוי, ושמה החל ללכת לפניה כעיר בטוחה יותר למגורים ולמסחר.
ניצני ההתעוררות הכלכלית של חיפה לא נבלו עם הסתלקות השלטון המצרי ב-1840. הם קיבלו משנה מרץ עם הופעתו של גורם חדש במימי הים-התיכון: ספינות הקיטור הגדולות והמהירות יותר שהחלו לפקוד את ערי החוף של הלבנט ומצרים. ספינות אלה הגדילו את כושר הנשיאה של נוסעים ומטענים, אך דרשו מתקנים ושטחי עגינה שונים מאלו המסורתיים. נמלה הקטן והסתום, עקוב הקרבות של עכו, שוב לא יכול היה להיענות לצרכים אלה.
בשנת 1848 ביקר בחיפה הכומר האנגלי ויליאם ג'ון וודקוק. הוא מתאר אותה כעיירת דייגים קטנה חרבה שרק ביתו של הקונסול הרוסי הוא במצב טוב. הוא ביקר בביתו של ראש הקהילה היהודית שהיה ממוצא אלג'יראי. לדבריו סיפרו לו אנשי הקהילה שהיא כוללת 30 משפחות שמוצאן בעיקר ממרוקו ואלג'יר, הוא תיאר את הרב כעני אבל משכיל. במקום היה בית כנסת קטן שכלל עשרים ילדים שידעו לקרוא עברית.
בראשית שנות ה-50 של המאה ה-19 קבעו חברות הספנות העיקריות - 'הלויד' האוסטרית ו'מסג'רי מריטים' הצרפתית את מטה הפעולה שלהן בחיפה, שעלתה באחת על מפת הספנות הים-תיכונית. שינוי זה הוא "נקודת המפנה" ההיסטורית החשובה ביותר במאה ה-19 בתולדות חיפה ועכו גם יחד. חיפה הפכה ל'שער של הצפון ושל דרום הלבנט' - ועכו החלה מאבדת את חשיבותה, עד שבהדרגה הפכה לעיר נטולת חשיבות כלכלית, ורק עברה המפואר, הותיר בידה את תואר בירת המחוז, שנשאר על כנו עד סוף ימי הטורקים. "מפרץ עכו" הפך בהדרגה ל"מפרץ חיפה" - והעיירה הקטנה הכפילה במהירות את אוכלוסייתה והעצימה את חשיבותה הימית והמסחרית.