מאחר שלא קיבלו רשות מהממשלה העות'מאנית לבנות בתי מגורים, בנו בתחילת 1884, ארבעה בתים דו-קומתיים, בתור רפתות, כאשר הקומה הראשונה שמשה כרפת והשנייה חולקה ליחידות מגורים. אלו היו הבתים הראשונים של המושבה. עקב הצפיפות הרבה ופשטות הבתים כונו הבתים קזרמות, שמשמעותם ברוסית "בית מגורי חיילים". קירות הבתים נבנו מאבני כורכר, כמקובל באותם הימים, וקשתות מעץ, שעליהן הוקמה הקומה השנייה, שמרו על יציבות המבנה. בשנת 1888 הרפתות הועברו לקצה החצר והקומה הראשונה הוסבה למגורים. הרעפים למבנה הובאו ממרסיי שבצרפת. המחיצות בין החדרים נבנו בשיטה שהייתה נהוגה בזמנם "השיטה הבגדדית" - עם מסגרת עשויה לוחות עץ ומילוי של חומר בתוכה.
במהלך השנים 5–1884 עלו גם בני המשפחות של המייסדים, וכבר ב-1884 הצטרפו אליהם שבע משפחות נוספות ממקומות שונים. איסור הבניה התבטל, ונבנו בתי מגורים רגילים. משפחות בודדות מעטות, בעיקר של בעלי מלאכה, המשיכו להצטרף גם אחר כך.
המבנה המרשים במושבה הוא בית משק הברון, המהווה היום מרכז תרבותי. הוא נבנה בשנת 1892 כמרכז המנהל המשקי של פקידות הברון. שני שערים, מעוצבים בקפידה, הובילו לחצר. החצר הוקפה חומה מאבנים. בקומת הקרקע, האולם הגדול שימש לאחסון בהמות, כלי עבודה גדולים וכרכרות. בפנים היה אסם ויציע עץ וגלגלת עץ להעלאת יבול החיטה. בשני המגדלים בצדי המבנה התגוררו פקידי הברון, הגננים ושאר בעלי התפקיד במושבה. במבנה קיים מרתף.
בעת השיחזור של המבנה הסתבר כי הוא נבנה מחומרים מעולים: אבני כורכר מסותתות היטב, קורות עץ ולוחות עץ, חלקם מארזי הלבנון. זו הסיבה שהמבנה נשמר היטב מעל למאה שנה. רק פעולות קלות נדרשו לשם ביצוע השיחזור.
יחסי הברון והמושבה.
הברון רחש יחס של כבוד למייסדי מזכרת בתיה בשל חריצותם ודבקותם בדרך התורה ועל כן הסב את שמה מעקרון למזכרת בתיה לזכר נשמת אמו בעת ביקורו הראשון במושבה בשנת תרמ"ז (1887). תמונת מצב זו לא ארכה זמן רב ומערכת היחסים התערערה לקראת שמיטת תרמ"ט, היא השמיטה הראשונה למושבות הראשונות בארץ ישראל.
שמיטת תרמ"ט.
זמן מה לפני שמיטת תרמ"ט ניתן היתר המכירה הראשון שבין חותמיו היה הרב שמואל מוהליבר. רבני ירושלים התנגדו למתן ההיתר וסברו שיש לשמוט כליל מעבודת האדמה בשנת השמיטה. מייסדי מזכרת בתיה, לאחר לבטים לא מעטים, החליטו לנהוג כפסק רבני ירושלים, להבדיל מיתר המושבות בארץ שסמכו על היתר המכירה. החלטתם של מייסדי מזכרת בתיה הכעיסה את פקידי הברון אשר גזרו גזרות קשות על תושבי המושבה כגון סגירת באר המים, סילוק המורים, אי מתן הרשאה לרופא לטפל בחוליהם והפסקת התמיכה. למרות גזרות אלה, מייסדי המושבה היו איתנים בדעתם ולא נכנעו ללחצי פקידי הברון על לתום שנת השמיטה.
סכסוך הנטיעות.
לאחר שנת השמיטה התערבו רבני ירושלים וניסו להשכין שלום בין הברון ופקידיו לבין תושבי המושבה. ניסיון זה צלח אך לא לפרק זמן ארוך. בשנים 1893–1890, התעורר סכסוך חדש עם פקידות הברון אשר דרשה שכל אדמות המושבה ינטעו במרוכז תחת פיקוח הפקידות ובאופן זה לא תישמר הבעלות הפרטית כפי שהייתה מאז הקמת המושבה. במחאה לכך חלק מהמייסדים נטעו בעצמם על חלקותיהם נטיעות ועל רקע זה הפקידות תבעה לדין בבית הדין הרבני בירושלים את מייסדי המושבה. פסק הדין היה שעל המייסדים לעקור את הנטיעות. מצב דברים זה הביא למתח רב בין המייסדם לפקידות הברון עד שבסופו של דבר נאלצו מייסדי המושבה לחתום על כתב כניעה בו הצהירו כל אדמות המושבה שייכות לברון וכי עליהם לציית לכל הוראותיו. בעקבות הסכסוך חלק מהמשפחות גורשו מהמושבה.
שלטון הפקידות הסתיים (או התמתן) ב-1900, כאשר הברון העביר את ניהול התמיכה במושבות לחברת יק"א (ויותר מאוחר - פיק"א).
למרות זאת, בספטמבר 1911 התרחשו בעקרון התנגשויות בין האיכרים לפקידות.
מים וחקלאות.
מקור המים הראשון של המושבה הייתה באר שחפרו עם הקמת היישוב בשנת 1883 ונקראה "באר האנטיליה". מי התהום נתגלו בעומק של כ-30 מטרים והועלו על ידי מערכת של כלי קיבול, תיבות עץ במקרה זה, אשר הופעלו על ידי מערכת גלגלי שיניים שפעלו בכוח סיבוב בהמה, בדרך כלל סוסים. תיבות אלה העלו את המים אל גג המבנה וממנו הוזרמו המים בתעלה אל עבר הבריכה והובילו אותם לבתים במכלים, ביד או על גב בהמה.
אברהם משה לונץ כתב בשנת 1891: "ובאר גדולה אשר מימיה יעלו בכח סוסים". מ-1912 שאבו את המים מבאר שנייה, בכח מנוע דיזל, אל מגדל מים, ומתחו צנרת שהמים זרמו בה אל הבתים בכוח הכובד. הבאר עומדת על תילה משוחזרת, לעיתים אף פועלת.
הענף החקלאי הראשון והעיקרי של המושבה היה חיטה וגידולי שדה אחרים, וכוח העבודה לחרישה ולהובלה היה השור, עד שהטרקטור החליף אותו אחרי מלחמת העולם הראשונה. אדמות המושבה, גם אחרי שנקנו שטחים נוספים, לא הספיקו לקיום סביר מגידולי השדה, וכל השנים חיפשו וניסו ענפים מכניסים יותר, בעיקר מטעים. בשנות ה-20 התפתחו גידול הירקות ומשק החלב, והחל משנות ה-30, למרות הבארות מעוטות המים באופן יחסי – ההדרים. בסוף שנות ה-50 התחילו לנטוע כרמים. משנות ה-70, בהן התחילה המושבה להתרחב, עובדים רוב התושבים מחוץ לה.
חברת "לינת צדק".
במושבה לא היה רופא ובית החולים הקרוב ביותר היה ביפו והובלת חולה אליו בעגלה, בדרכים המשובשות שהיו אז, הייתה לוקחת יום שלם. בחורף, כשזרמו מים בערוצי הנחלים, המושבה נותקה לחלוטין מכל שכנותיה. כדי לתת תשובה לחולים, שלא הבריאו תוך שבוע, התארגנו כמה נשים צדקניות, בהנהגת חיה-רוחלה פרס (פרעס), כלתו של חיים משה פרס, והקימו את חברת "לינת צדק". בחדר חולים מאולתר זה טיפלו הנשים בחולים באמצעים שעמדו לרשותן, חוקן, כוסות רוח, סיר לילה ואבקת כינין. הן גם ניהלו יומן בו רשמו את התפתחות המחלה וההחלמה.
היחסים עם השכנים הערבים.
חומות עקרון.
במשך השנים, התקיימו לרוב יחסי שכנות טובה עם הכפר הערבי הסמוך, עאקיר. רבים מבני הכפר עבדו במושבה, והדרך אל המושבה עברה בכפר.
המושבה סבלה ממכת גנבות, נגנבו בהמות עבודה, שוורים, פרות, סוסים ותבואות, אף על פי שהוצבו שומרים רבים בלילות. ריבוי הגנבות אילץ את האיכרים להקיף בחומות גבוהות את חצר המשק, הרפת, האורווה והמתבן. גם החומות לא עצרו את הגנבות.
מאורעות ומלחמות.
המושבה לא הותקפה במאורעות. היא פונתה ללילה אחד בעקבות ההתקפה על חולדה הסמוכה במאורעות תרפ"ט. במלחמת העצמאות, בעקבות חסימתן של דרכים ישירות יותר לירושלים הנצורה, עברה עיקר התנועה היהודית דרך הכביש שעבר בתוך עאקיר וממנו המשיכו למזכרת בתיה ולחולדה לעבר כביש מסמיה-לטרון. מאוחר יותר נחסם גם קטע כביש זה על ידי ערביי עאקיר ונוסעי השיירות נאלצו לעקוף את הכפר דרך פרדסי נען בדרכם למזכרת בתיה. בתחילת מאי נכבשה עאקיר והמחסום הוסר התחבורה לירושלים המשיכה לעבור במושבה עד שהשלימו את "כביש הגבורה" (מרמלה לצומת שמשון) בסוף 1948 (קטע כביש 411 העוקף את קריית עקרון ואת המושבה נסלל כעשרים שנה מאוחר יותר).
אוכלוסייה.
עד ראשית שנות ה-70 המושבה הייתה קטנה – כ-200 תושבים ב-1890, כ-500 ב-1940, ולא הרבה יותר מזה ב-1960. בשנים 1970–1969 נבנו השיכונים הראשונים, חלקם בתי דירות וחלקם דו-משפחתיים. עולים, בעיקר מצפון אפריקה, הובאו ושוכנו בהם, ואופי אוכלוסיית היישוב התחיל להשתנות. באותו זמן, בקירוב, התחילו לבנות במושבה בתים פרטיים, קרקע חקלאית הפכה למגרשים, והמושבה המשיכה לגדול בדרכה להפוך לעיירה הקטנה, רובה שכונות שינה, שהיא עכשיו.
מזכרת בתיה ושכנותיה.
מזכרת בתיה ממוקמת ליד קריית עקרון ושתיהן סמוכות לעיר רחובות ובשנת 2003 הועלתה הצעה לאחד את שלושת היישובים. ההצעה נדחתה והועלתה הצעה חדשה, לאחד רק את מזכרת בתיה עם קריית עקרון, אך גם הצעה זו לא יצאה לפועל.
מזכרת בתיה, יחד עם קריית עקרון ונס ציונה, מאוחדות מ-2013 בתאגיד מים וביוב בשם "מי ציונה".
תחבורה.
כבישים.
במלחמת העצמאות, בגלל קשיי התחבורה בכבישים שונים, התרכזה התעבורה ממישור החוף לירושלים בכביש 411 דרך מזכרת בתיה לכיוון חולדה.
כביש 6 עובר בקרבת היישוב ויש תוכנית לחבר את רשת הכבישים המקומית באמצעות מחלף יהלום באזור חולדה, שיחבר את כביש 411 לכביש 6. המחלף אושר סטטוטורית והליך התכנון הושלם.
רכבת.
במאי 2019 נחנכה תחנת הרכבת במזכרת בתיה. במתחם בו נבנתה תחנת הרכבת מתוכנן גם אזור מסחרי. מהתחנה יוצאות רכבות בקו תל אביב - באר שבע ובקו תל אביב - נהריה.
מרוץ מזכרת בתיה.
במזכרת בתיה מארגנים מרוץ עממי שנתי החל מ-2013.
"ציוני דרך" מרכז סיור ולימוד.
"ציוני דרך" מרכז סיור ולימוד הוא מרכז להדרכת טיולים הפועל מטעם ובפיקוח משרד החינוך, ואחד הגופים הפועלים מטעם "אשכולות". מדריכות מרכז "ציוני דרך" הן בעלות תו תקן להדרכת טיולים מטעם משרד החינוך. המרכז הוקם בראשית שנת תשנ"ז (1996), לאחר העלאת עצמותיו של הרב שמואל מוהליבר לארץ והטמנתן בבית העלמין במזכרת בתיה. המרכז עורך טיולים ברחבי הארץ בנושאי ראשית הציונות, מורשת קרב, סיורי טבע ותנ"ך.
מגרש הבית של ציוני דרך הוא במושבה מזכרת בתיה. המרכז עורך גם סיורים באתריה ההיסטוריים (בית הכנסת הגדול, בתי המייסדים (קזרמות), בית משק הברון, הבאר, גן הברון, אתר המשוריין, אוהל הרב מוהליבר), המלווים בהצגות רחוב ובצפיה במיצג אור-קולי במוזיאון הרב מוהליבר.
מוזיאונים.
מוזיאון המושבה.