בסופה של המערכה, חאנות הדְזוּנְגַרִים סופחה לתוך שושלת צ'ינג רשמית וחדלה להתקיים. שטח אדיר של מעל שני מיליון קילומטרים רבועים סופחו לתוך שושלת צ'ינג. אחדות הלוחמה בתוך צבא צ'ינג חיזקה את הקשרים בין ממשל צ'ינג לבין בני החְווֵי. במהלך המאבק התרחשו רדיפות המוניות של אנשים דְזוּנְגַרִים וכמעט כל אוכלוסייתם נכחדה עם מותם של כמעט חצי מיליון איש. האירוע קיבל מאוחר יותר את הכינוי רצח העם הדזונגרי, עקב האלימות ההמונית שבמסגרתה התרחש הטבח הנרחב ברחבי מזרח טורקסטן. אוכלוסיית המונגולים המערביים נכחדה כמעט לגמרי וכיום נותרו מהם רק תושבי קלמיקיה, רפובליקה בתוך הפדרציה הרוסית בצפון הקווקז. צְ'ייֵנְלוֹנְג נותר זועם על מרידות הדְזוּנְגַרִים, שפגעו קשות באוצר הלאומי והביאו להפרעה ביציבות של האימפריה הסינית, שהייתה אז בתוך תור הזהב של שושלת צ'ינג. במטרה להרתיע את הדְזוּנְגַרִים הנותרים בשטחים הכבושים ולמנוע מרד נוסף השתמש צְ'ייֵנְלוֹנְג בכוח צבאו. לאחר בריחתו של אָמוּר סָאֲנָה אל סיביר בשנת 1757, הוצא צו קיסרי מטעמו של צְ'ייֵנְלוֹנְג למשלחת הצבאית ובו נטען כך:
לא כל הדְזוּנְגַרִים שאבדו נהרגו עקב רדיפות של צבא צ'ינג. לפי הסופר װֵײ יוּ'אֶן 50 אחוז מכלל הדְזוּנְגַרִים מתו עקב התפרצות של אבעבועות שחורות באותה העת, 20 אחוז ברחו אל הקיסרות הרוסית וחאנות הקזחים (ממערב לחאנות הדְזוּנְגַרִים) ו-30 אחוז נותרים נהרגו בידי רדיפות של צבא צ'ינג לפי הוראות המועצה העליונה בבייג'ינג והקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג עצמו, שיצא בצווים מרחיקי לכת במטרה למנוע כל מרד חדש אפשרי נגד שלטון צ'ינג. דְזוּנְגַרִיה נכבשה וסופחה רשמית לתוך שושלת צ'ינג והקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג הוציא צו קיסרי רשמי לפיו ניתן חופש דת מלא בשטחים הכבושים, רב יותר מחופש הדת בתוך מרכז סין עצמה.
שלום עדיין לא הושג באזור הכבוש, שני אחים מוסלמים אויגורים רבי השפעה החלו במאבק משל עצמם נגד שושלת צ'ינג, אלו היו חוג'ה ג'האן ובורהאן א-דין. במקור הם היו אסירים של הדְזוּנְגַרִים אך שוחררו לאחר המשלחת הצבאית הראשונה של שושלת צ'ינג. במהלך המערכה השנייה הרימו את תומכיהם למאבק מזוין והשיגו שליטת יד ברזל על אזור אגן טארים, בחצי הדרומי של דְזוּנְגַרִיה. הם סירבו לקבל את ממשל שושלת צ'ינג וקיבלו תמיכה מצד הדְזוּנְגַרִים הנותרים ובעלי ברית קירגיזים, בכך החלו במרד מזוין נגד שלטון צ'ינג באזורים הכבושים. המרד המזוין החל בשנת 1758, כאשר המוצב מטעם שושלת צ'ינג לא צלחו בהחזקת המרד ושלחו דרישה לתגבורת, הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג מאס במאבק. במטרה להפיל אחת ולתמיד את המאבק הממושך, הקיסר החליט לאסוף 10,000 חיילים מתוך שמונה הבאנרים; אליטה צבאית מנצ'ורית שהיוותה את הבסיס של צבא שושלת צ'ינג והורכבה בהנהגתה מתוך בני האצולה הקיסרית. כמו כן הורה הקיסר על התערבות של יחידת ארטילריה מיוחדת; יחידת ארטילרית הגמלים, שהייתה תחת הנהגתו של הגנרל ג'וֹאוּ-חְװֵי. בתוך מספר חודשים, עד שנת 1759, האחים המוסלמים הובסו בידי צבא צ'ינג. אף על פי שהמרד המזוין הובס, הוא החל ג'יהאד (מלחמה קדושה) ממושך של המוסלמים באזור נגד שלטון צ'ינג אשר נמשך למעלה ממאה שנה. לשטחים הכבושים שסופחו לתוך שושלת צ'ינג ניתן השם שׂינְגְ'יָאנְג, משמע "הגדה החדשה". המערכה נגד האחים המוסלמים הייתה הרביעית בתוך עשר המערכות הגדולות. למרות המאבקים הללו, חופש הדת שאיפשר הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג הביא לקשרים חמים בין רוב המוסלמים ברחבי שושלת צ'ינג לבין הממשל שדגל בדת הסינית העממית.
מאבק מדינות שאן נגד בורמה.
מדרום לשושלת צ'ינג שכנה בורמה (כיום מיאנמר) בדרום-מזרח אסיה, שמזה זמן רב הייתה מפולגת בין פלגים שונים. במזרח בורמה (מדרום לאזור יוּנַּאן בסין), הטופוגרפיה ההררית הייתה שונה בתכלית מאשר המפלסים הנרחבים במרכז בורמה. אזור זה שנודע בתור חבל שָׁאַן התפתח לתוך מספר ממלכות קטנות שהיו נתונות להשפעת שכניהם הגדולים (כיום בני שאן מוכרים בתור קבוצה אתנית שונה מהבורמזים במיאנמר). במהלך תקופת המאבקים הפנימיים בבורמה האזור ניתן להשפעתה של שושלת צ'ינג תחת הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג ורוב הממלכות הפכו למדינות חסות של שושלת צ'ינג. בשנת 1752 הרים אָלַאוּנְגפָּאַיה מרד מזוין בבורמה והקים את שושלת קונבאונג החדשה עם עצמו בתור מלכה. שושלת קונבאונג תחת אָלַאוּנְגפָּאַיה דגלה במדיניות של התפשטות וכיבושים לחיזוק מעמדה של בורמה בדרום-מזרח אסיה. לאחר כיבוש מזרח בנגל והפלת ממלכת איוטהאיה (תאילנד) לתוך מאבק פנימי ומחסור בממשל ריכוזי, הממשל הבורמזי נע לסיפוח ממלכות שָׁאַן לתוכו. לאחר שיצא בכיבוש צבאי של הממלכות הקטנות, שליטיהם נסוגו אל יוּנַּאן וביקשו תמיכה צבאית מידי החצר הקיסרית של צְ'ייֵנְלוֹנְג. המסר שנשלח בשנת 1759 לקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג, נענה לצו קיסרי שקרא לכיבוש חבל שָׁאַן מידי הבורמזים בידי צבא צ'ינג ובסופו של דבר סיפוחו לתוך שושלת צ'ינג עצמה.
התוכנית המקורית של ממשל צ'ינג הייתה לתמוך במאבק ממלכות שָׁאַן נגד הבורמזים, אך עם הזמן המאבק הסלים והביא להתערבות ישירה של צבא צ'ינג. לאחר שמספר שנים של תמיכה בהתנגדות של ממלכות שָׁאַן נגד הבורמזים לא הביאו לכל הישגים, בשנת 1765 נפתח חלון הזדמנויות שאפשר התערבות סינית צבאית כאשר הכוחות הבורמזים בקנטונג, מזרח שָׁאַן, עזבו את העיר במטרה להילחם נגד צבאו של טקסין הגדול, מלך תאילנד והותירו רק מוצב קטן במקום. צבא צ'ינג שמנה 3,500 איש תחת פיקודו של הגנרל לְיוֹ דְזַאו ותומכיו מחבל שָׁאַן יצא במתקפה רגלית על המוצב בקנטונג. המוצב הבורמזי הקטן היה מורכב בעיקר מחיילים מנוסים ומיומנים אשר למרות ההפרש המספרי הצליחו למנוע את הכיבוש הסיני של העיר והניסו את כוחות צ'ינג חזרה ליוּנַּאן. בשביל להימנע מהבושה שבלמסור את הידיעה על ההפסד לקיסר, לְיוֹ דְזַאו טען בפני המועצה העליונה בבייג'ינג כי המערכה הייתה מוצלחת והעיר נכבשה בדיווח הרשמי. הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג היה חשדן בנוגע לדיווחו של לְיוֹ דְזַאו ועל כן קרא לו לדיון ובירור בבייג'ינג. כדי להימנע מהעונש הקיסרי, לְיוֹ דְזַאו התאבד ונמנע בכך מדרישתו של הקיסר. לאחר האירוע הפך הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג מעורב ישירות בנוגע למאבק עם בורמה שהפך לבעל עדיפות ראשונה. הוא מינה את הגנרל יַאנְג יִינְגגּ'וּ', שהיה מפקד מיומן ממאבקי גבול קודמים, למפקד החזית נגד בורמה. יַאנְג יִינְגגּ'וּ' מצדו, היה מצביא שאפתן ורב הערכה, ותכנן לא רק לכבוש ולספח את חבל שָׁאַן, אלא לכבוש את כל בורמה ולהסדיר ממשלת בובות בממלכה שתהיה נאמנה לשושלת צ'ינג.
התוכנית האסטרטגית הייתה לכבוש את העיר בהאמו האסטרטגית, בצפון חבל שָׁאַן, ומשם לנוע דרומה דרך הנהר ולכבוש את אבה, בירת שושלת קונבאונג. הבורמזים, אף על פי שרוב צבאם היה עסוק במערכה בתאילנד, גילו על תוכניתו של יַאנְג יִינְגגּ'וּ' ותכננו להותיר את העיר בהאמו ללא הגנה ולהסדיר הגנה מחוזקת ככל האפשר על העיר קאונגטון, שממוקמת בהמשך הנהר מספר עשרות קילומטרים מבהאמו. ההגנות שלהם כללו גם נשק חם מערבי שתפסו מאוניית מלחמה של ממלכת צרפת. בשנת 1766, כאשר יצאו למתקפה, נפלו כוחות צבא צ'ינג למלכודת הבורמזית ואיבדו חלק נרחב מאנשיהם במתקפה כושלת על קאונגטון. לאחר מכן, רוב כוחות המשלחת של צבא צ'ינג אז מתו עקב התפרצות של מלריה במחנה הפנימי שלהם. בדומה לקודמו יַאנְג יִינְגגּ'וּ' רשם בדיווחו הרשמי לבייג'ינג כי מסע הכיבוש היה מוצלח, האוכלוסייה המקומית מקבלת את שלטון צ'ינג החדש והממשל הבורמזי מבקש הפסקת אש. גם את תרמיתו של יַאנְג יִינְגגּ'וּ' גילה הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג ולאחר בירור יִינְגגּ'וּ' הוצא להורג. מכיוון שגם אנשי שָׁאַן המקומיים וגם הצבא הירוק (חלק מצבא צ'ינג שהוצב למערכה בבורמה) לא היו אפקטיביים אל מול הבורמזים, החליט הקיסר צְ'ייֵנְלוֹנְג לקרוא לגיוס נרחב של כוחות לקראת מערכה מרכזית. צְ'ייֵנְלוֹנְג סיכן בכך אפשרות של תבוסה לבורמזים שתפגע קשות ביוקרתה של שושלת צ'ינג לולא תפסיד למדינה קטנה בהרבה לעומתה. הקיסר החליט לגייס את האליטה המנצ'ורית. תחת פיקודו של חתנו, מִינְג זְ'װֵי, גויס צבא של 50,000 מונגולים ומנצ'ורים אשר נתמך בידי כוחות הצבא הירוק ומיליציות של אנשי שָׁאַן.