העיר אֶבְּלָה, שנמצאת בשטחי סוריה של ימינו, ידועה מעדויות רבות כעיר ממלכה חשובה לאורך האלף השלישי לפנה"ס ועד קרוב לאמצע האלף השני לפנה"ס. בחפירות שנערכו בה בשנות ה-70 של המאה ה-20 נמצא ארכיון ובו למעלה מ-20,000 לוחות-חמר ועליהן כתובות בכתב היתדות, בשפה השומרית ובשפה נוספת, ייחודית לאתר. בין שלל הממצאים נמצאו השמות עבר-אום (עבר?), אב-ר-אום (=אברם/אברהם?), איס-ר-איל(-ום) (=ישראל?), א-ס-או (=עשו?), וכן שמות של אתרים גאוגרפיים, המוכרים מן המקרא: כנען, חרן, גבל, חצור ועוד. ממצא בולט נוסף הוא שני לוחות ובהם רשימה גאוגרפית ורשימת-ציפורים (שתי רשימות אלו נכנסו מאוחר יותר ל"אנציקלופדיה הגדולה" של המזרח, שכל אדם משכיל היה מודע לה). לדעת החוקרים באתר, בהיות ממצא זה שווה לתגליות באתרים שונים ורחוקים, הרי שיש כאן הוכחה לשיטת לימוד, חינוך להשכלה והכשרת סופרים וחכמים ברחבי-המזרח, שאבלה לקחה חלק חשוב בו: "הלקסיקונים, כמוהם כטקסטים אחרים בעלי אופי דידקטי או ספרותי, נכתבו בידי סופרים מומחים כחלק מתוכניות הלימודים בבתי-הספר שהכשירו צעירים מבני העשירים להיות סופרים, מקצוע שהיה המפתח למשרות ציבוריות חשובות".
על סמך ממצאים אלו, הציע זאב ארליך כהשערה, כי המרכז הלימודי באבלה הוא המכונה על ידי חז"ל "בית המדרש של שם ועבר" (בראשית רבה סג, תלמוד בבלי מסכת מגילה יז. ועוד הרבה). השערה זו משתלבת עם השערותיו של בן-ציון לוריא לעיל על יישוב עברי קדום באזור סוריה, וכן עם ההשערה שהוצגה לעיל לפיה עבר היווה "אב רוחני" לתלמידיו ממשיכי דרכו.
עם זאת, לא כל שם עברי שייך רק לאוצר השמות העבריים. העברית היא חלק מהענף המערבי של משפחת השפות השמיות, שכללה גם את הפיניקית, הארמית, המואבית והעמונית. על כן, שמות כמו 'יעקב' הופיעו גם בקרב עמים אחרים ולא רק בקרב בני ישראל. בנוסף, קשה לקבל את עדותו של חכם מהאלף הראשון לספירה לגבי "בית מדרש" מהאלף השני לפסה"נ, למעלה מאלפיים שנה קודם לזמנו.
חוקר המקרא, משה ענבר, מאוניברסיטת תל אביב, הביא בספרו 'נבואות, בריתות ושבטים בתעודות מארי' וכן 'תעודות מארי וההתנחלות' עדויות לשמות אמוריים ממארי באזור צפון סוריה, מהאלף השני לפני הספירה, הזהים לשמות מתקופת האבות: אברהם, יעקב ועוד, שמות שלא מופיעים במקרא לאחר תקופת האבות אך זכרם נשתמר אצל הסופר המקראי. זוהי עדות לאותנטיות של השמות המקראיים מתקופת האבות.
ראשית ההתנחלות בעבר הירדן המזרחי.
עדויות לראשית התנחלות בני ישראל נתגלו בחפירות ארכאולוגיות שנערכו במסגרת 'פרויקט מישור מידבא', בירדן, בראשותו של הארכאולוג הקנדי פרופסור לארי הר (LARRY G. HERR). הר חשף מקבץ של יישובים קטנים שקמו בדרום עבר הירדן המזרחי בסוף המאה ה-13, תחילת המאה ה-12 לפני הספירה, אשר תרבותם החומרית הייתה זהה לתרבות החומרית של היישובים הישראלים בגב ההר המרכזי בכנען כמו שילה, שכם והר עיבל: קנקני שפת הצווארון, בית ארבעת המרחבים, חומת סוגרים, תרבות חומרית ענייה של נוודים, כלכלה שמבוססת על גידול מקנה וצאן וכן היעדר של עצמות חזיר. הר העריך כי מדובר בהתנחלות שבט ראובן.
כיבוש הארץ.
חפירתו החשובה ביותר של אולברייט הייתה בתל בית מירסים, תל ארכאולוגי בו חשף עיר מפוארת ומבוצרת אותה זיהה כעיר הכנענית דביר. מעל שכבת ההרס והשריפה של העיר הכנענית זיהה אולברייט התיישבות, שאותה כינה "התנחלות ישראלית". שני המאפיינים הבולטים ביותר היו "קנקני שפת הצווארון" ו"בורות ההתנחלות", מאפיינים שמצא אולברייט גם במקומות אחרים ביהודה. פרשנותו הארכאולוגית "התלכדה" עם התיאור המקראי: על חורבות העיר הכנענית המפותחת, בנו הישראלים המתנחלים, בעלי התרבות החומרית הפרימיטיבית, את בתיהם העלובים. בזיהוי דביר המקראית טען אולברייט לאמיתות כיבוש יהושע את העיר, ומכאן לאמינות המקור המקראי.
אותם אלמנטים ארכאולוגים נתגלו במספר גדול של תלים: בית אל, תל לכיש, ואף תל חצור. יגאל ידין, שחפר את תל חצור, היה אחד התומכים הנלהבים של מסורת "הכיבוש המהיר", מסורת המשתקפת בסיפורי כיבושיו של יהושע. התברר כי העיר הכנענית אמנם חרבה בשריפה, אך נושבה מחדש רק זמן רב לאחר מכן, לכאורה בניגוד למסופר בתנ"ך. חפירות בראשות אמנון בן-תור עדיין מתנהלות בתל חצור, בין השאר כדי למצוא את הקשר בין הרס העיר הכנענית המפוארת לבין הכפר המפורז שנבנה על חורבותיה, ואשר מתפרש כישראלי.
ביריחו עמד לבחינה סיפור נפילת חומותיה במלחמת יהושע. קתלין קניון, החוקרת העיקרית שחפרה ביריחו, טענה כי החומות ששרדו הן מתקופת הברונזה התיכונה, ושאם הייתה חומה בתקופה בה לפי המקרא בני ישראל כבשו את העיר - שרידיה נסחפו במשך הזמן, בדומה לחלק גדול מהאתר.
בחפירות בחרבת א-תל, אותה רוב החוקרים מזהים עם העי, אותם ערכה יהודית מרקה-קראוזה בשנות השלושים של המאה העשרים, נמצא כי העיר הייתה הרוסה מאות שנים לפני תקופת הכיבוש המשוערת של בני ישראל, וגדולה משמעותית מהמתואר במקרא.
התנחלות השבטים.
בזמן שהמשפיעים ביותר מבין הארכאולוגים תמכו בתאוריית "הכיבוש המהיר", החלה עבודת שטח ארכאולוגית מסוג שונה לגמרי: סקר ארכאולוגי. סקר כזה ערך יוחנן אהרוני בגליל העליון. הוא מצא מספר לא מועט של אתרי התיישבות מתקופת הברזל, במקומות שבהם לא היה יישוב קודם מתקופת הברונזה המאוחרת. סקרים דומים ערך זאב הרצוג מאוחר יותר גם בבקעת באר שבע, וגם בהם נמצאו אתרים עם מאפיינים דומים. בצפון נערכו סקרים באזור הגליל התחתון, בנוסף להרחבת הסקרים בגליל העליון. אזור הרי יהודה והרי השומרון נחקרו באופן זה רק לאחר מלחמת ששת הימים, על ידי משה כוכבי, ישראל פינקלשטיין, אבי עופר, ואדם זרטל - סקר הר מנשה.
הממצאים היו אחידים להפליא ברוב חבלי הארץ: נתגלו מאות אתרי התנחלות חדשים, במקומות שלא נושבו קודם לכן בתקופת הברונזה המאוחרת. האתרים, כפי שקבע כבר אולברייט, התאפיינו בקרמיקה דומה, ובייחוד בקנקני שפת הצווארון, בבורות התנחלות, בתכנון מבני היישוב בתבנית דומה, ובכך שרוב אתרים אלו המשיכו להיות מיושבים ברציפות עד למאה השמינית והשביעית. עובדה זו הובילה גם את הארכאולוגים הספקנים לכנות אתרים אלו בשם "ישראלים". מאפיין נוסף של החפירות בכפרים אלו, הוא שבניגוד לממצאים בקרב קבוצות אוכלוסייה אחרות באזור, לרוב לא נמצאו בהם עצמות חזיר.
חוקר המקרא הגרמני אלברכט אלט טען, בתחילת המאה ה-20, שמקור עם ישראל בהתנחלות של נוודים למחצה שהגיעו מעבר הירדן המזרחי באטיות, דרך צפון בקעת הירדן, והתנחלו בהדרגה בדרכי שלום. הסוציולוג האמריקאי ג'ורג' מנדהול, הציע שמוצא עם ישראל באיכרים כנענים מורדים שנמלטו לאזור ההר שהיה ריק יחסית באותה תקופה. תאוריות חדשות המבוססות על רעיונות אלו, שבתחילה נשמעו מופרכים, המשיכו לצוץ ועדיין לא הגיעו לכלל הכרעה.
מילה המזכירה את השם "ישראל" מופיע לראשונה באסטלה שהקים פרעה מרנפתח משנת 1209–1208 לפנה"ס, המזכירה ניצחון על קבוצה (ללא שליט) הנקראת "ישראל" והשמתה: . אולם לא ברור מהי קבוצה זו.
במספר ספרי תנ"ך מופיע הסיפור המוזר על הצרעה שפינתה את הדרך להתיישבות בני ישראל בכנען "לא בחרבך ולא בקשתך". במחקר הועלתה הצעה כי הצרעה, שהיא הסמל של מלך מצריים, היא פרעה מרנפתח, שכבש והרס את ערי-המדינה בכנען ובכך פתח את הדרך להתנחלות בני ישראל, על חורבות אותן ערים.
בהר עיבל שמעל לשכם נמצא על ידי אדם זרטל מזבח אותו הוא מזהה עם המסופר בפרק ח' בספר יהושע. למשל, שרידי הקרבנות שנמצאו שם מתאימים באופן כללי לדיני הקרבנות בתורה והחיות והבהמות שמותר להקריב על פיהם, מידות המזבח מתאימות למידות מזבח בהלכה כפי שמובאות במסכת מידות, ותיארוך הממצאים מתאים לתקופת ההתנחלות על ידי בני ישראל בהנהגת יהושע לפי המסורת המקראית. עם זאת, התאוריה של זרטל לא התקבלה בקרב חלק מהארכאולוגים.
התיישבות בשכם.
המקורות המצריים מזכירים את פעילותם של העפירוּ, שיש חוקרים המזהים אותם עם העברים, כבר במאה ה-14 לפסה"נ. כנען נשלטה באותם ימים על ידי מצרים, ובין מכתבי אל-עמארנה נמצא מכתב של לבאיו מלך שכם, ("לביא" בעברית), המודה כי בנו התחבר אתם והוא פעל בברית עם העפירוּ. ממלכות שכם, גזר, לכיש וקעילה כורתות ברית עם קבוצות אנשי העפירוּ, כוח חדש שעולה באותו זמן בכנען, ומאיימות גם על שלטונה של ירושלים וגם על צפון הארץ. עבדיחבה מלך ירושלים מבקש את עזרת אחנתון מלך מצרים כנגד ניסיונות ההתפשטות האלה של שכם. וכך כותב עבדיחבה לאחנתון: "הלא אלה מעשי מילכילו (מלך גזר) ובן לבאיו, שנתנו את ארץ המלך לעפירו". אדם זרטל טען כי לבאיו, שבירתו הייתה בתל בלאטה המבוצר (שכם העתיקה), פעל רבות, בדרכי עורמה ובהתנפלויות צבאיות, כדי להגדיל את הטריטוריה שלו, ולשם כך נעזר בע'פירוּ. אחרי מותו המשיכו בכך שני בניו של לבאיו.
ייתכן, כי שיתוף הפעולה של בני ישראל עם בית לבאיו בשכם משתקף בסיפור המקראי על דינה בת יעקב, שבנו של מלך שכם רצה להינשא לה והסכים בתמורה להתגיירותם של כל בני שכם (בראשית לד). על פי אדם זרטל: "ליעקב קשר הדוק עם שכם החוית, ובתוך זה מתרחשת פרשת דינה". כמו כן, הסיפור על אבימלך בן גדעון מלך שכם, שהוא בנם של גדעון ואחת מבנות העיר שכם (שופטים ח, לא; ט) מעיד גם הוא על ההתנחלות האיטית והמדורגת של השבטים בארץ, תוך נישואי תערובת. העדות התנ"כית מתיישבת גם עם כך ששכם לא מוזכרת כלל בסיפורי הכיבושים של יהושע בן נון בכנען אלא שמדובר על הגעה לשכם ללא לחימה (בראשית לג, יח-כ).
הממלכה המאוחדת.