אחד המניעים העיקריים להצגת השערות הפתולוגיה השונות היה התיארוך המאוחר יחסית של שרידי מערת ליאנג בואה, החופף ברובו לתקופה הפלאוליתית העליונה, שבה ידוע על קיומם של בני-אדם מודרניים אנטומית מן המין ספיינס בדרום מזרח אסיה ובאוסטרליה. ואולם על-פי התיארוך המעודכן שפורסם על ידי חוקרי המערה בשנת 2016, השרידים הם מן התקופה הפלאוליתית התיכונה, ולפיכך קדומים מתקופת ההגירה הידועה של ספיינס לדרום מזרח אסיה. לכן התפתחות זו מחלישה את השערות הפתולוגיה, ומחזקת את מעמדו של פלורסיינסיס כמין בפני עצמו ממוצא עתיק. גם גילוים של מאובנים הומינינים קטני-גוף אך עתיקים בהרבה באתר אחר בפלורס תומכת במוצאו העתיק של פלורסיינסיס.
בשנת 2013 כתבו ארכאולוגים בריטים במאמר סקירה, שבדק את ההבטים הביוגאוגרפיים והאקולוגיים של קיום בני-אדם קדומים בפלורס, כי "מרבית החוקרים כעת מסכימים שההומינינים בליאנג בואה לא היו אוכלוסייה פתולוגית או גמדית של המין ספיינס". בראשית 2016 כתב הפלאואנתרופולוג האמריקאי ברנרד ווד מאוניברסיטת ג'ורג' וושינגטון במאמר כללי, שסקר את טיב הראיות להבדלים האנטומים בין מיני הומינינים נכחדים, כי הקונצנזוס בתחום רואה את הפירוש הטוב ביותר לממצאי ליאנג-בואה במין קדום קטן-גוף מסוג האדם, וכי "פחות מקומץ של חוקרים עדיין נאחז בפירוש" של אוכלוסיית ספיינס פתולוגית. במאמר זה העריך ווד את מידת הביטחון בהבדלים שבין כל שני מיני הומינינים המתוארכים לאותה תקופה על פי שלוש רמות: "ביטחון גבוה", "ביטחון בינוני" ו"ביטחון נמוך". את ההבדל בין פלורסיינסיס לספיינס, וכן את ההבדלים בין פלורסיינסיס לארקטוס ולהיידלברגנסיס, הוא העריך כ"ביטחון גבוה".
דין פאלק ציינה שגם השלדים הראשונים של האדם הניאנדרטלי נחשדו מיד לאחר גילויים במאה ה-19 כבני אדם מודרניים שסבלו מפתולוגיות, אף שכיום אין ספק בייחודם כאוכלוסייה קדומה או אף מין נפרד.
השערת המוצא מהומו ספיינס.
בין אם פלורסיינסיס זכאי להיחשב כמין בפני עצמו ובין אם לאו, אפשרות אחת היא כי מוצאו ממין האדם המודרני (ספיינס). השערה זו נראתה סבירה על פי התיארוך הישן של שרידי ליאנג בואה, שכן מקובל כיום כי שבטי ספיינס שיצאו מאפריקה עשו את דרכם לאוסטרליה לפני כ-50 אלף שנה. לכן השערה זו הייתה מקובלת על החוקרים שהעדיפו את פירוש הממצאים כאוכלוסייה פתולוגית.
יתרון אחד של השערה זו הוא שאין צורך להתחבט בסוגיה כיצד הגיעו ההומינידים לאי פלורס. מקובל כיום שלבני אדם מן המין ספיינס הייתה טכנולוגיה בסיסית של רפסודות או סירות פרימיטיביות לפני עשרות אלפי שנים, שבה השתמשו על מנת ליישב את איי דרום מזרח אסיה ואוסטרליה. בין ג'אווה לאי פלורס נמתחים כמה מאיי סונדה הקטנים, מופרדים במצרי ים צרים שהגדול ביניהם הוא מצר לומבוק ברוחב מזערי של 18 ק"מ. בשל עומקו הרב נראה כי מצר זה, בניגוד למצרים בין יבשת אסיה, סומטרה וג'אווה, מעולם לא התייבש לחלוטין אפילו בתקופות של ירידת מפלס מי האוקיינוס כתוצאה מתקופות קרח. ואולם אבותיהם של ילידי אוסטרליה עברו מרחקים אף יותר גדולים בים על מנת להגיע לשם.
השערת המוצא מהומו ארקטוס.
זוהי ההשערה שהעדיף בתחילה מייק מורווד, אחד ממגלי פלורסיינסיס, בעיקר בגלל תכונות פרימיטיביות של LB1 כמו חוסר סנטר, האופייניות לארקטוס ושאר המינים שקדמו לספיינס.
ידוע כי ארקטוס יישב את דרום מזרח אסיה לפני יותר ממיליון שנה וחי שם עד לתקופה של כ-50 אלף שנה לפני זמננו. פרק זמן זה יתאים יפה לתארוך העתיק ביותר של פלורסיינסיס אפילו אם מוסיפים כמה מאות אלפי שנים לאבולוציה שלו. למעשה ממצא ארקטוס הראשון שהתגלה אי פעם הוא אדם ג'אווה המפורסם, רק 500 ק"מ מערבה לפלורס. עוד לפני גילוי פלורסיינסיס מצא הצוות של מייק מורווד כלי אבן מסותתים באתר מאטה מנגה באי פלורס, שתוארכו לגיל של לפחות 800 אלף שנים, ויוחסו אז להומו ארקטוס. כלי האבן העתיקים ביותר בפלורס, בני למעלה ממיליון שנה, נמצאו בשנת 2010 באתר המרוחק רק כחצי קילומטר ממאטה מנגה. ביוני 2016 פורסם כי באתר מאטה מנגה במרכז האי פלורס נמצאו בשנת 2014 מאובני מספר שיניים וחלק מלסת עליונה השייכים לשלושה פרטים הומינינים לפחות, ודומים במידותיהם הקטנות לשרידי פלורסיינסיס מליאנג בואה. פרטים אלו תוארכו לגיל של כ-700 אלף שנה לפני זמננו. למרות קוטנם, במורפולוגיה שלהם דומים מאובנים אלו לשיניים ולסתות של ארקטוס, ובכך תומכים במוצא עתיק של פלורסיינסיס מהומו ארקטוס.
מחקר משנת 2013 השווה את מורפולוגית הגולגולת של LB1 לזו של 13 מאובני הומו ארקטוס, מאובן אחד של הומו הביליס, 4 מאובני הומו היידלברגנסיס, 2 מאובני ניאנדרטלים, 4 מאובני הומו ספיינס מן התקופה הפלאוליתית העליונה, 192 בני אדם מודרניים בריאים, 17 בני-אדם מודרניים שסבלו ממיקרוצפליה קלה, 15 בני-אדם מודרניים שסבלו ממיקרוצפליה חמורה, 10 בני-אדם מודרניים שסבלו מתסמונת קרטינית ואדם מודרני אחד שסבל מתסמונת לרון. ההשוואה נערכה באופן כמותי, על ידי מדידת מרחקים בין נקודות ציון על הגולגולת בעזרת תוכנת מחשב לתלת-מימד, וכימותם בשיטת ניתוח גורמים ראשיים. המחקר מצא ש-LB1 דומה ביותר לגולגולות ארקטוס, ואחריהן לגולגולות היידלברגנסיס והביליס. דמיון גולגולת LB1 לגולגולות מיקרוצפליות היה חלש יותר, אך חזק מדמיונה לגולגולות בני אדם מודרניים בריאים. הגולגולות השונות ביותר מ-LB1 השתייכו לחולים בתסמונת קרטינית ותסמונת לרון. מבין גולגולות ארקטוס, הדומה ביותר ל-LB1 הייתה גולגולת D2700 מדמניסי.
השערת המוצא מארקטוס (כמו גם ממינים קדומים אף יותר, ראו להלן) נדרשת להסביר כיצד הגיע ארקטוס לאי פלורס, מכיוון שלא ידוע אצלו על טכנולוגית שיט בים. ואולם מציאותם של מאובני אדם באי מן התקופה הפלאוליתית התחתונה, כמו גם המאובנים של פילי הסטגודון ומינים יבשתיים אחרים שמוצאם מיבשת אסיה, מצביעה על כך שפעם בכמה אלפי שנים הם היו עשויים לעבור את מצרי הים לפלורס באקראי בציפה על "רפסודות טבעיות", למשל גזעי עצים שנסחפו לים בגלי צונאמי או סופות הוריקן. מקרים כאלה מתועדים בחיות יותר קטנות, למשל ביישובו מחדש של האי קרקטואה לאחר שעולם החי שבו הושמד בהתפרצות געשית בשנת 1883, ונחשבים למנגנון זואוגאוגרפי מבוסס של אכלוס איים. מורווד איזכר מקרה שדווח בעיתונות מן הצונאמי של 2004 באינדונזיה, כאשר אשה הרה נסחפה לאוקיינוס ונמצאה חמישה ימים לאחר מכן במרחק 150 ק"מ משם כשהיא צפה על עץ דקל. ההריון שלה נמשך באופן תקין. המסלול הקצר ביותר בים מג'אווה לפלורס עובר ממערב למזרח דרך המצרים שבין איי סונדה הקטנים, אך הזרם השליט במצרים אלו הוא מצפון לדרום ומקשה על המעבר. לפיכך יש חוקרים המשערים שאבות פלורסיינסיס ומרבית שאר המינים היבשתיים בפלורס נסחפו לשם מבורנאו, מאיי הפיליפינים או מאיים אחרים מצפון, אשר בתקופת הקרח של הפליסטוקן היו מחוברים לג'אווה ולשאר איי מדף סונדה. אף שהמרחק מאיים אלו הוא כמה מאות קילומטרים בים, הזרם יסחף את מרבית הרפסודות הטבעיות לפלורס או לאחד האיים הסמוכים אליו. הפלאואנתרופולוג כריס סטרינגר הציע לחפש שרידי התיישבות עתיקים גם באיי סולאווסי וטימור. בשנת 2016 דיווח צוות ארכאולוגים בראשות חריט ואן דן ברג על גילוי כלי-אבן מסותתים בסמיכות למאובני סטגודון באי סולאווסי, אשר תוארכו במספר שיטות, בכללן ארגון-ארגון וסדרות אורניום, לגיל שבין 200 אלף ל-100 אלף שנה לפני זמננו.
גמדות איים.
פירוש פלורסיינסיס כמין בפני עצמו ולא כפתולוגיה דורש להסביר כיצד ומדוע התרחשה אצלו אבולוציה של הקטנה דרסטית בגודל הגוף וגודל המוח. ההסבר שהציגו המגלים במאמר שהגדיר את המין הוא תופעה אבולוציונית נפוצה הידועה כגמדות איים (insular dwarfism). ידועים מקרים רבים, חלקם מתועדים היטב ברשומות המאובנים, של מינים שבודדו באיים קטנים ושם עברו הקטנה מואצת של מידות גופם. למעשה, אחת הדוגמאות הטיפוסיות לתופעה זו היא המאובנים של פילי הסטגודון הגמדיים שנמצאו במערת ליאנג בואה, הקטנים בהרבה מפילי יבשת אסיה שהיו אבותיהם. ההסברים לתופעה מתייחסים בדרך כלל ללחץ ברירה להקטנת גודל הגוף אשר חוסכת בהוצאת אנרגיה באיים עניים במקורות מזון, ולאפשרות של אבולוציה מהירה באוכלוסיות מבודדות וקטנות מאוד, שבהן מוטציה עשויה להשתלט על כל האוכלוסייה תוך מספר קטן של דורות. גמדות איים אצל מינים שמידותיהם המקוריות גדולות לעיתים קרובות מושלמת על ידי התופעה ההפוכה של ענקיות איים (insular gigantism) אצל מינים שמידותיהם המקוריות קטנות. תופעה זו אף היא נפוצה בעולם החי של פלורס, למשל אצל דרקון קומודו, חולדות הענק וחסידות הענק שחיו על האי ביחד עם פלורסיינסיס.
פלאונטולוגים ממוזיאון פילד בשיקגו בראשות רוברט מרטין מתחו ביקורת על היישום של גמדות איים למקרה של פלורסיינסיס. הם הצביעו על כך שבמיני יונקים אשר עברו תהליך אבולוציוני מתועד של גמדות איים, נמצא שהמוח אינו קטן יותר מהשיעור המתחייב על ידי הקטנת הגוף כולו, אבל מוחה של LB1 קטן ממוח ארקטוס אפילו באופן יחסי לגודל הגוף. ואולם בשנת 2009 דווח על מקרה נוסף של הקטנה יחסית של נפח המוח, במאובני היפופוטמים גמדיים שהתפתחו על האי מדגסקר לאחר שהיגרו לשם מיבשת אפריקה הסמוכה. מקרה זה מעיד כי אין מניעה עקרונית להקטנה יחסית של המוח בגמדות איים.