ב-3, ב-9 וב-10 ביוני הותקפה איסדוד בשלושה גלים מרכזיים על ידי צה"ל. למחרת הגל האחרון נכנסה לתוקפה ההפוגה הראשונה, אשר במהלכה גמאל עבד אל נאצר, אשר שירת כקצין בצבא המצרי במהלך המלחמה (ולימים הפך לנשיא מצרים), הוצב באיסדוד לשם מעקב אחר הפעילות הישראלית באזור. בין שתי ההפוגות תקפו הכוחות הישראליים את הכניסות ליישוב וניסו לכבוש את העמדות בחזרה מידי המצרים.
עם סיום ההפוגה השנייה, במהלך מבצע יואב, כותרה העיירה הערבית, וב-18 באוקטובר הופגזה מהאוויר ומהים על ידי צה"ל. הכוחות המצריים נסוגו דרומה לאורך החוף ואיתם הרוב המכריע של תושבי העיירה. ב-28 באוקטובר נכנס צה"ל לאיסדוד. ביישוב נותרו כ-300 תושבים שהניפו דגלים לבנים, אך הם גורשו לרצועת עזה זמן קצר לאחר מכן.
לאחר הקמת המדינה.
שנות החמישים והשישים.
בשנים הראשונות להקמת המדינה, נשלחו קבוצות של מודדים ומתכננים לאזור סוכריר כדי לבחון אתר להקמת תחנת כוח ונמל חדשים בדרום המדינה. ב-1954 שלח ראש הממשלה דוד בן-גוריון מכתב למיליונר עובד בן עמי, ראש עיריית נתניה וממקימיה, ובו כתב: , בהתייחסו להקמת עיר נמל חדשה בדרום הארץ. בעקבות קריאה זו בן עמי סיפר: . כשבא בן-גוריון לשר האוצר לוי אשכול עם ההצעה, אשכול טען כי אין בידיו את המימון הדרוש להקמת הנמל, אך .
בן עמי חבר למיליונר היהודי-אמריקאי פיליפ קלוצניק, שכיהן כנשיא ארגון בני ברית, ואלו הצליחו בעסקה סיבובית להבטיח מימון להקמת הנמל על ידי הבנק העולמי. בשנים הראשונות להקמת המדינה, ישראל הייתה זקוקה לאדמות חקלאיות, ולכן נשללה האפשרות להשתמש באדמות אלה לבניית העיר. כתוצאה מכך, הוחלט לנצל את שטחי החולות שלחוף הים התיכון, בסמוך לתחנת הכוח ולנמל העתידיים, ובהם להקים את העיר החדשה. ב-1 במאי 1956 נתן אשכול אישור לתוכנית הקמת העיר אשדוד. לקראת סוף אותה השנה הוקמה חברת אשדוד בע"מ – חברת בת של קבוצת בוני ערים בע"מ – על ידי בן עמי וקלוצניק. בתמורה למימון הנמל קיבלה חברת אשדוד הבטחה לשטח של כ-42 אלף דונם, כ-32 ק"מ בקו אווירי מתל אביב, והוטלה עליה האחריות לתכנון העיר ובנייתה.
ב-25 בנובמבר 1956 הגיעו למקום המתיישבים הראשונים - 22 משפחות עולים ממרוקו, אשר התגוררו במעברה. בתחילת 1957 הצטרפו אליהם קבוצות עולים ממצרים ורומניה, והיישוב החדש שנקרא אז "אשדוד ים" מנה 370 נפש. ביולי 1957 הוענק הזיכיון לחברת אשדוד להקים את העיר. בעקבות ביקורת ציבורית חריפה נגד העסקה בין המדינה לחברת אשדוד, הוכללו בזיכיון רק חלק מהשטחים שהוקצו במקור לחברה.
ב-1958, למרות קשיים כלכליים, החלה תחנת הכוח באשדוד לפעול עם שתי יחידות של 50 מגה-ואט, ונקראה לימים תחנת הכוח אשכול. עובדי התחנה התגוררו ביישובי הסביבה, ובראשית שנות ה-60 הוקם למענם באשדוד שיכון עובדי חברת החשמל, אחת משכונות הקבע הראשונות של העיר (כיום, ברובע א'). ב-1959 פורקה מעברת אשדוד ים. ביולי 1960 מונתה על ידי משרד הפנים המועצה המקומית הראשונה של העיר, בראשות דב גור.
באפריל 1961 החלה הקמתו של נמל אשדוד. הנמל נחנך בנובמבר 1963, ושנתיים לאחר מכן, ב-1965, הוא הופעל לראשונה לפריקה ולטעינה עם בואה של האונייה השוודית "וינגאלגד". ב-1963 נחנך גם בית משפט השלום בעיר. בינואר 1965 נחתם חוזה בין חברת אשדוד לבין מרכז קופת החולים הכללית לגבי הקמת בית חולים בן 500 מיטות על שטח 250 דונם באשדוד, אך בית חולים זה לא הוקם.
ב-14 בפברואר 1968 קיבלה אשדוד מעמד של עיר. באותו חודש נחנך גם הגשר מעל נחל לכיש שחיבר בין העיר לנמל (גשר שהיה בשעתו הארוך ביותר בישראל), והוקם בית הספר אורט ימי אשדוד. באותה שנה הורחבה העיר והועברו אליה 6,000 דונם ממועצה אזורית חבל יבנה. ב-1969 החלו לפעול באזור התעשייה מפעלי הטקסטיל "רוגוזין" אשר הועברו מארצות הברית על ידי התעשיין היהודי ישראל רוגוזין, במטרה לספק תעסוקה לתושבי העיר.
שנות השבעים והשמונים.
מראשית שנות ה-70 ואילך, עם התרחבות העיר, אופי התכנון המקדים לרבעים התבלט. כל רובע בעיר החל משמש כיחידה עצמאית הכוללת מרכז מסחרי, מתנ"ס, בית ספר תיכון, בתי ספר יסודיים, גנים ציבוריים, תחנה לבריאות המשפחה וקופת חולים. ברבעים המזרחיים (רובע ו', רובע ח'), נבנו בריכות שחייה עירוניות. גלי העלייה בשנים אלו שינו את מעמדה של אשדוד מעיירת פיתוח לעיר מתועשת עם אוכלוסייה שגדלה בקצב מהיר.
ב-1969 הוקמה ברובע ג' ישיבת גרודנא, וסביבה שכונה דתית גדולה שנקראה קריית פוניבז'. ב-1970 הגיע לשכונה זו הרבי מפיטסבורג, ואיתו קהילה נכבדת של עולים חרדים מארצות הברית. היה זה הגרעין לשכונות דתיות חדשות, שקמו מאוחר יותר סביב שכונה זו. ב-1972 הוכנסו לעיר הרמזורים הראשונים ונחנכה תחנת מגן דוד אדום. בקיץ של אותה שנה הגיעו לרובע ג' עולים רבים מגאורגיה. מאוחר יותר, כל העולים שלא היו מוכנים להתחייב על שמירת שבת ודת, המשיכו ועברו לרבעים חדשים (ד', ה', ו' וי"א). ב-1974 נחנך הכביש המהיר לתל אביב יחד עם מחלף אשדוד, אשר קיצר את זמן ההגעה למרכז הארץ באופן ניכר.
בקידוחי נפט בעיר בסוף שנות ה-70 הופק נפט לתקופה קצרה מקידוחי "אשדוד 2" ו"אשדוד 5", ובאתר נתגלה גם גז טבעי שלא הופק.
ב-1982 נפתח לציבור מוזיאון ראשון בעיר. במרץ 1984 אירע פיגוע טרור ראשון בעיר מאז הקמתה - שלושה מתושבי העיר נרצחו בהתפוצצות של רימון יד באוטובוס קו 9, שעשה דרכו מהשוק הפתוח בחוף הים. הפיגוע זעזע את אשדוד, שכן באותה תקופה עבדו בה מאות פועלים ערבים.
שנות התשעים.
מ-1990 החלה אשדוד להתפתח בתאוצה, בעיקר דרומה ומזרחה, לכיוון גשר עד הלום, ואוכלוסייה גדולה של עולים מברית המועצות לשעבר התיישבה בעיר (בעיקר ברבעים ט', י' וי"ג).
במהלך שנים אלו החל להיבנות המרכז העירוני הראשי (המע"ר) ברובע הקריה ("הסיטי"), ובו משרדי הממשלה, בית העירייה החדש, תחנת האוטובוסים המרכזית, היכל הספורט העירוני וקריית התרבות. מתחמי מסחר וקניונים גדולים נפתחו, ואזורי התעשייה של העיר התרחבו משמעותית. ב-1992 מספר התושבים בעיר חצה את ה-100 אלף. ב-1995 עברה רכבת ישראל התחדשות והתייעלות, והיא החלה להסיע נוסעים לתחנת הנוסעים החדשה באשדוד. עד לאותה עת שימשה מסילת הרכבת להובלת מכולות מהנמל בלבד.
עם גל העלייה הגדול בשנים אלו, עודכנה תוכנית המתאר לעיר אשדוד במטרה להתמודד עם מסת העולים, לקראת בנייתם של רבעי המגורים י"ג, י"ד וט"ז בשמורת הדיונות מדרום לעיר (״פארק החולות״), ובייחוד בדיונה הגדולה. החברה להגנת הטבע ניסתה לסכל תוכנית זו, אך ללא הצלחה, ובתים רבים נבנו בחלקה הצפוני של השמורה. לאחר מכן התנהל מאבק חריף לשימור הדיונה הגדולה וסביבותיה מבניית הרבעים החדשים, אליו נרתמו רבים מתושבי העיר והסביבה. ביוני 1994 נערך הפנינג גדול בדיונה הגדולה בהשתתפות אלפים מתושבי העיר, אנשי אקדמיה וציבור, החברה להגנת הטבע ואיגוד ערים לאיכות הסביבה. המאבק הניב תוצאות בסופו של דבר, וב-1996 פורסמה תוכנית מתאר חדשה לעיר שנקראה "תוכנית הרוויזיה". התוכנית קיצצה שטחים מרובע י"ג כדי למנוע חסימה של הזנת החול מן הים אל הדיונה, שינתה את השטח העתידי עליו עמד לקום רובע ט"ז, והשהתה את בנייתו של רובע י"ד עד להודעה חדשה.
המאה ה-21.
החל מ-2001, בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, ההסתה האנטי-ישראלית על רקע האינתיפאדה השנייה, והתגברות האנטישמיות החדשה באירופה, החלה עלייה גדולה של יהודי צרפת לאשדוד. אלו התאכלסו בשכונות חדשות ומבוססות (בהן רובע המרינה, רובע י"ז ומע"ר דרום).
כחלק מתוצאות הבחירות לרשויות המקומיות של 2008, הוחלף ראש העיר הוותיק צבי צילקר ביחיאל לסרי. במהלך חודש נובמבר של אותה שנה נחנך מחלף עד הלום בכביש 4, ובכך נפתחה כניסה מהירה נוספת לעיר.
עם פריצתו של מבצע עופרת יצוקה ב-2008, התפוצצו לראשונה בעיר רקטות ששוגרו על ידי ארגוני טרור פלסטיניים מרצועת עזה. מאז הייתה אשדוד יעד לירי רקטי במספר הסלמות ומבצעים במהלכם נהרגו שני תושבי העיר ונפצעו עשרות כתוצאה מפגיעות ישירות - בהתלקחות שלאחר מתקפת הטרור בדרום ישראל (2011); בהסלמת מרץ 2012 (אז הוצבה לראשונה בסמוך לעיר מערכת כיפת ברזל); במבצע עמוד ענן ב-2012 (למעלה מ-190 רקטות); במבצע צוק איתן ב-2014 (כ-230 רקטות); בהסלמת מאי 2019 (מבצע גן סגור); במבצע חגורה שחורה בנובמבר 2019; ובמהלך מבצע שומר החומות ב-2021 (למעלה מ-250 רקטות).
הצטמצמות עתודות הקרקע הפנויות באשדוד הביאה לכך שהחל מהעשור השני של המאה ה-21 הבנייה העיקרית בעיר היא בנייה לגובה. לפי נתוני הלמ"ס נכון ל-2022, אשדוד היא העיר הגבוהה בישראל בחישוב מספר המבנים העולים על 10 קומות - 8.2% מכלל הבניינים בעיר. ב-2015, נכנסו לרשימת 20 גורדי השחקים הגבוהים בישראל מגדלי K (באנגלית: K Towers), וב-2020 נכנס לרשימת 30 גורדי השחקים הגבוהים בישראל מגדל דמרי. שלושת המגדלים ממוקמים ברובע הקריה והם הגבוהים ביותר בישראל מחוץ לגוש דן.
ביוני 2013 נערך לראשונה באשדוד מצעד גאווה בהשתתפות של כ-1,100 צועדים. ביוני 2017, לאחר מאבק ממושך של תושבי העיר, נפתח בית החולים אסותא אשדוד, בית החולים הציבורי הראשון שהוקם בישראל מזה למעלה מ-30 שנה. בחודש אוגוסט של אותה שנה, העיר חתמה על הסכם הגג הגדול במדינה. ההסכם כולל בנייתן של כ-45 אלף יחידות דיור בעיר, מתוכן כ-30 אלף יחידות במסגרת תוכנית מחיר למשתכן. כמו כן, יוקמו תשתיות תחבורה נרחבות (ביניהן שתי כניסות מהירות ושתי תחנות רכבת חדשות לעיר), מוסדות ציבור וחינוך, קריית ספורט גדולה, והשקעה בהתחדשות עירונית לרובעי העיר הוותיקים במימון המדינה.
סמל העיר.