בספר הזוהר קיימי שני חיבורים המהווים חטיבה בפני עצמה, רעיא מהימנא (דרשנות קבלית על מצוות התורה) ותיקוני הזוהר (מדרשים על ספר בראשית). הם נכתבו בסגנון ולשון דומה, ולכן רבי יעקב עמדין ייחס אותם למחבר אחד, חכם ספרדי, שחי מאוחר יותר ממחבר הזוהר עצמו, ואף מאוחר יותר מחתימת התלמוד הבבלי, בסוף המאה השלוש-עשרה או בתחילת המאה הארבע-עשרה. ראיה לכך הוא הביא את מזה שמחבר הרעיא מהימנא הביא אמרה הלקוחה מהתלמוד בבלי במסכת ברכות פרק הרואה, אמרות מרבי אלעזר בן פדת וסיפורי מעשיות על האמורא רבה בר בר חנה. על ראיות אלו, טען רבי מנחם נחום מצ'רנוביל כי על ידי תורתם באו למקום רוחני ששם אין מושג גשמי של זמן. גם בחוגי המקובלים יצאו רבים כנגד טענה זו, וטענו שבמשך הדורות נספחו לקונטרסי הזוהר מאמרים מחכמים מאוחרים.
רבי יעקב עמדין טען כי בנוסף לזה, כותב החיבור הכניס גם אמרות רבות שמקורן בחכמים חיצונים, הטוענים שהטבע מתקיים ללא התערבות אלוהית. כמו כן טען רבי יעקב עמדין כי יש ברעיא מהימנא קטעים מספר הכוזרי. גם מתיקוני הזוהר נראה שהוא נכתב בזמן מאוחר, מכך שקיימת בו מחלוקת פוסקים בפירוש סוגיית התלמוד, בעניין סדר הנחת פרשיות התפלין בבתיהם, והנחת שני זוגות של תפילין. כמו כן בעניין חילוק ברכות הנחת תפילין שנחלקו בהן המפרשים והפוסקים.
אדרות.
מאמרי ה"אדרות" שבספר הזוהר כוללים שלושה מאמרים, "אידרא דבי משכנא" העוסק בסודות המשכן שעשה משה רבנו, "אדרא רבא" המתאר את התאספות חבורתו של רבי שמעון בר יוחאי, לשם גילויים של סודות קבלה שלא התגלו עד אז, ו"אידרא זוטא" המתאר את התאספות חבורתו של רבי שמעון בר יוחאי סביב רבה ביום פטירתו. רבי יעקב עמדין טען כי אדרות אלו מבוססות על אמוראים שהיו מאוחרים בכמה דורות מהתנא רבי שמעון בר יוחאי, כמו רב המנונא סבא ורב ייבא סבא שהיו תלמידים של רב, וכמו כן מובא שם בן של רב ספרא. אמנם יש הטוענים כי קיימים גם תנאים בשם זהה (רב המנונא סבא (זוהר)) אך רבי יעקב עמדין דחה דעה זו בטענה כי התלמוד לא הזכיר בשום מקום תנאים בשמות אלו, רק אמוראים, וקשה להניח כי בנוסף לדור האמוראים חיו אנשים בשמות אלו בדיוק גם בדור התנאים, דור אחד לפני רבי שמעון בר יוחאי שהוא יכול להביא אמרות בשמם, במיוחד שלא ידועים לנו מספרות חז"ל תנאים בשמות אלו.
בעקבות דברים אלו הגיע רבי יעקב עמדין למסקנה שלפיה קיימות שתי אפשרויות: האחת – שהיו קיימים שני רבי שמעון בן יוחאי ושני רבי אלעזר בנו, אחד בתקופת האמוראים ואחד בתקופת התנאים, וספר הזוהר נכתב על ידי השני, ורב אבא כותב האדרא, אינו רב המובא בתלמוד, כמו שמקובל לומר, אלא אדם שחי בסוף תקופת האמוראים לאחר כל אמוראים אלו. האפשרות השנייה היא שרבי שמעון בן יוחאי של הזוהר ובנו רבי אלעזר וחבריהם היו "נשמות מגן עדן" שכתבו חיבור זה, כמו שמשמע בכמה מקומות בזוהר. השערות תמוהות אלו מעידות לדעתו של ישעיה תשבי על הסתירה הפנימית שעמדין היה נתון בה בעקבות הקונפליקט בין האמת הביקורתית שלו להערצתו את הזוהר כספר קדוש. עקב ריחוק השערות אלו מהדעת הם לא התקבלו אפילו אצל מגיני קדמות הזוהר. הם טענו שהאמוראים המאוחרים המובאים בספר הזוהר אכן נכנסו לשם בתקופה מאוחרת, אך אין הבדל בין זה לבין התלמוד בבלי שאליו הוכנסו אמרות מסבוראים שחיו לאחר חתימת התלמוד. תשבי הצביע על הבעייתיות שבעמדה זו, שהרי לא מדובר על פעמים בודדות בלבד אלא במספר רב של אמרות כאלו.
קטעים שנויים במחלוקת בספר הזוהר.
רבי יעקב עמדין עורר פולמוס בעקבות דבריו השנויים במחלוקת של ספר הזוהר על הפסוק שנאמר בעניין עלייה לרגל "". כלומר יש להגיע אל רבי שמעון בר יוחאי כעלייה לרגל. משפט זה מתפרש לכאורה כהעלאת רבי שמעון בר יוחאי למעמד אלוהי. רבי יעקב עמדין תקף מאמר זה בחריפות וטען שמדובר בכפירה "לשון חרוף וגידוף הוא בוודאי" וטען שגם אם הגדול שבנביאים יגיד משפט זה אסור לשמוע לו. רעיונות מעין אלה פסולים בעיני רבי יעקב עמדין, ולכן לשיטתו לא יעלה על הדעת שהם יצאו מתחת ידיו של רבי שמעון בר יוחאי ההיסטורי. ובלשונו: "חס ושלום לחשדו בכך". רעיונות כעין אלו המופיעים בספר הזוהר עשויים לדעתו של רבי יעקב עמדין להוות משען לאמרה כזו בהקשר למעמדו האלוהי של שבתי צבי, הלקוחה מן התקדים של ספר הזוהר. אמנם גם רבי יעקב עמדין הציע פתרון לאמרה זו לפיה מחבר ספר הזוהר דיבר על המילה "את" שבפסוק (ויש לשנות את הגרסה בספר הזוהר ל"מי זה את פני האדון ה'"), שלפי רבי עקיבא (בעניין יראת השם) באה לרבות תלמידי חכמים. רבי יעקב עמדין חתם את הצעתו הדחוקה במילים "ועם כל זה שאיני מרחקו, איני מקרבו בשתי ידיים... ליבי מהסס בו". מגיני ספר הזוהר טענו כי גם בתלמוד ירושלמי מופיעה אמרה דומה, ולפיה הפסוק מדבר על בית המדרש של קיסרין.
בדומה לדברים אלו העמיד מחבר ספר הזוהר את רבי שמעון בר יוחאי במעלה גבוהה כמשה "". גם נגד דברים אלו יצא רבי יעקב עמדין בנימוק ש"היאומן שלא הגיעו למדה זו" כל הנביאים עד זמנו של רבי שמעון בר יוחאי? "מי האמין לשמועתנו זו החדשה, שלא ידענו כל עיקר מי המביאה לנו". גם אמרה זו יכלה להוות בסיס לאמונה השבתאית בשבתי צבי. תפיסה שלפיה אין יכולת להשתוות למשה, שהרמב"ם אף קבע אותה בי"ג עיקרי האמונה, חייבת להוות בסיס ביהדות, שהרי בלעדיה מי שבכוחו להשתוות למשה במעלת הנבואה בכוחו גם לשנות או לבטל את תורת משה.
בספר הזוהר מובא כי שלושה נביאים שימשו ככהנים, ואחד מהם הוא שמואל ששימש ככהן בימי עלי הכהן. רבי יעקב עמדין יצא נגד קביעה זו בחריפות רבה "חלילה להאמין ואסור לשמוע דברים כאלה" שהרי שמואל נמנה עם בני שבט לוי, ולוי שטען כי מגיע לו כהונה הוא בדיוק כקורח. לטענת עמדין הפסוק שכותב מדבר בבמת יחיד, בזמן שהותר להקריב בה קרבנות, ואם את זה מחשיב הזוהר הוא היה צריך להוסיף את יהושע בן נון שהקריב בגלגל.
סתירות בין ספר הזוהר לתלמוד.
במספר מקומות ספר הזוהר סותר את דברי התלמוד בבלי. דוגמה לסתירה הלכתית ניתן לראות בדברי ספר הזוהר שמאריך בחומרת הסכנה בנשיאת אלמנה. אמנם הוא אינו אוסר עליה לינשא, אך לפי דבריו חמירא סכנתא מאיסורא ועדיף שתשב אלמנה. לאחר גילוי ספר הזוהר נהגו כך בטורקיה. רבי יעקב עמדין יצא נגד עמדה זו בטענה כי דבר זה סותר את הנאמר בתלמוד, שהאיסור חל רק על אישה קטלנית, שהתאלמנה פעמיים. התלמוד הבבלי אף נהג במגמה הפוכה, הוא מביא מספר הקלות שנעשו כדי להוציא אשה ממעמד עגינות ובשביל שתוכל ותרצה לינשא, אף שהיא אלמנה, כמו הפקעת קידושין וחינא. רק על מלך מובא במשנה שלדעת תנא קמא אין נושאים אלמנתו, משום כבודו של המלך.
דוגמה נוספת היא מסיום הקדמת ספר הזוהר, שבו נזכרים שלושה אנשים ש"גורמים בושה" לעצמות שלהם, והשלישי הוא מי שהדליק אש במוצאי שבת לפני שהקהל אמרו קדושה דסידרא (קטע תפילה מסדר היום היהודי של מוצאי שבת) – עליו מאריך הזוהר בעונש העצום המצפה לו. רבי יעקב עמדין כתב שזה סותר את התלמוד שכתב - אמרו בצאת השבת המבדיל בין קודש לחול ומיד עשו מלאכה האסורה בשבת, גם לפני קדושה דסידרא.
רבי יעקב עמדין הצביע על כל שגם בענייני אגדה קיימות סתירות. לדוגמה, לפי ספר הזוהר תורה שנלמדת בלילה צחה יותר מתורה שנלמדת ביום. זאת בניגוד לתלמוד בבלי שקבע כי הלילה נברא רק לשינה. אמנם, גם בתלמוד בבלי יש אמורא שטוען כי הלילה נברא ל - ללימוד תורה.
גניזת ספר הזוהר.
רבי יעקב עמדין טען כי בכל מקרה, יהיה מי שיהיה מחבר ספר הזוהר, רובו של ספר הזוהר בעיקרון אינו מזיק, והתועלת בו עולה על ההפסד. אך לאחר התקלה שיצאה מחלק ממנו בעניין השבתאות, יש לגונזו, מפני שהדברים המוכיחים את השבתאות "אפילו אמרם יהושע בן נון לא ". כראיה הוא הביא את חזקיהו המלך שגנז את נחש הנחושת שעשה משה לאחר שהפך למושא לפולחן ויצאה ממנו תקלה. ראיה נוספת הביא רבי יעקב עמדין מספר "שימושא רבא", חיבור קצר על הלכות תפילין שחובר בזמן הגאונים, ונזכרו בו דברים בשם חכמי התלמוד - האמוראים. פוסקים רבים התנגדו לאמור ב"שימושא רבא", במיוחד בדברים הנוגדים את התלמוד, שאותו קבלו כל ישראל. גם כשהביא ה"שימושא רבא" את בעל הלכות גדולות שהיה גאון בן זמנו, עדיין לא קיבלו את דעתו כשנראתה להם כסותרת את שיטת התלמוד. אכן רוב פוסקי ההלכה לא קיבלו את עמדות הספר "שימושא רבא" כאשר הן סותרות את התלמוד, אך רבנו תם ראה בו ספר מחייב להלכה, והרבה לצטט אותו בכל הנוגע להלכות תפילין.
הקבלה בכללותה.
על אף עמדתו בעניין ספר הזוהר, רבי יעקב עמדין חתם את ספר מטפחת ספרים בהבהרה לגבי אמונתו בקבלה בכללותה. הוא כתב כי הוא אינו מכחיש את הקבלה, והעושה כך הוא "מין ואפיקורס גמור". אולם, קבלה, לפי דעתו של עמדין, היא אך ורק מה שאינו סותר את חלק ה"נגלה" שבתורה. הוא הרבה לשבח את הקבלה והאמין במספר מושגים בסיסיים של תורת הקבלה, כמו גלגולי נשמות. אף ספר הזוהר עצמו מצוטט רבות בספריו השונים.
רבי יעקב עמדין חיבר מספר ספרי קבלה. ביניהם ספר ציצים ופרחים וסידור עמודי שמים.
חיבור ספר מורה הנבוכים.