המושג בא מהמילים היוונית καθ'ὅλου (כלומר "בכלל")(שבהן המילה κατά = מטה, ὅλος = כל), שמשמעותה "אוניברסלי, כללי". במקורה המילה "קתוליקוס" ציינה נציג ממלכתי אחראי על אזור מסוים בפרובינקיות של האימפריה הרומית.
משמעות אחרת הייתה פקיד אחראי על האוצר. כשם של תפקיד מנהלי עבר לשימוש גם באימפריה הפרסית.
כנסיות מיאפיזיטיות (כנסיות של שלוש הוועידות).
הכנסייה האפוסטולית הארמנית.
הארמנים היו העם הראשון שקיבל את הנצרות בשלמותה והיא הפכה אצלם לדת המדינה.
לפי המסורת, הכנסייה הארמנית הוקמה על ידי השליחים יהודה תדי הקדוש ובר תלמי הקדוש עוד בשנת 43 כשהתנצרו בהשפעתם הארמנים הראשונים. אולם העם כולו התנצר בשנת 301 בהנהגת
גריגור המאיר, בימי המלך תירידט השלישי. לכן הכנסייה הארמנית נקראת גם "גרגוריאנית".
ישו התגלה לגרגור, לפי המסורת, במקום על יד ירבאן, הקרוי לאחר מכן אצ'מיאדזין, שפירוש שמו הוא "התגלות". שם נבנה מתחם הפטריארכיה של ארמניה. גריגור המאיר נחשב לקתוליקוס הראשון.
בשל קרב אווריאר שניהלו נגד האימפריה הסאסאנית, לא השתתפו הארמנים בוועידת כלקדון בשנת 451. בשנת 506 בסינוד שכונס על ידי הקתוליקוס בבקן, כסימן לעצמאותם כלפי האימפריה הביזנטית, החליטו לפרוש מהעיקרון הדיאפיזיטי (דיאפיזיסטי) שאומץ על ידי ועידת כאלקדון ולראות עצמם מונופיזיטים (או מונופיזיסטים). אמנם המונופיזיטיזם לבש אצלם צורה של מיאפיזיטיזם ולא של מונופיזיטיזם קיצוני (כפי שהטיף אויטיכס).
1. "הפטריארך העליון, הקתוליקוס של כל הארמנים" הוא התואר של המנהיג העליון של הכנסייה הזאת, שמושבו בעיירה אצ'מיאדזין, הפטריארכים האחרים - של ירושלים ושל קונסטנטינופול כפופים ל"קתוליקוס של כל הארמנים".
הקתוליקוס מאצ'מיאדזין ממנה את רוב הבישופים הארמנים גרגוראינים בעולם, כולל באוסטרליה ואמריקה. הם מקבלים ממנו את סמיכת הכפיים במושבו בארמניה..
הקתוליקוס עצמו נבחר לכל החיים על ידי קולגיום של בישופים ונחשב ל"ראשון שין שווים". את סמיכת הכפיים מקבל מידי 12 בישופים.
התואר "קתוליקוס" הונהג אצל הארמנים בשנת 363 .
לעומת זאת
הקתוליקוס הנוכחי "של כל הארמנים", המכהן החל מ-27 באוקטובר 1999 הוא קארקין השני (נרסיסיאן). לפני שם הקתוליקוס נהוג להשתמש בביטוי "הוד קדושתו".
תאריו הרשמיים הם:
2.בשנים 705–552 התקיימה גם "כנסייה אלבנית" באזור שנקרא בזמנו "אלבניה", במובן של "אלבניה הקווקזית". בארמנית האזור נודע כ"אחבאנק" .גם בראשה עמד קתוליקוס החל מן המאה השביעית. עם הפלישה האסלאמית ואחרי המיזוג בין הכנסייה האלבנית וזו הארמנית בשנת 705, המעמד של הקתוליקוס האלבני ירד בהדרגה עד לביטולו הסופי בשנת 1813. הנוצרים האלבנים הקווקזים שלא המירו את דתם לאסלאם, השתייכו בהמשך לכנסייה האפוסטולית הארמנית בהנהגת הקתוליקוס מאצ'מיאדזין.
3. בנוסף קיים קתוליקוס ארמני עצמאי מבחינה מנהלית - הקתוליקוס הארמני של הבית הגדול של קיליקיה' או הקתוליקוס של סיס הוא קתוליקוס אזורי שמושבו באנטליאס, על יד ביירות, בלבנון.
מוסד זה מקורו בהעברת הקתוליקוסות הארמנית לקיליקיה בשנת 1058.
בשנים 1375-1186 הייתה קיימת בקיליקיה מדינה ארמנית עצמאית הידועה כ"ארמניה הקטנה, ושבירתה הייתה סיס.
אחרי שהוחזרה הקתוליקוסות לאצ'מיאדזין בשנת 1441, המנהיג המקומי של הכנסייה, הקתוליקוס גריגור ה-9, שהיה קשיש וחולה, סירב לעבור לאצ'מיאדזין, אולם הורה על הוועידה הכנסייתית- עממית להתכנס באצ'מיאדזין ולבחור שם בקתוליקוס חדש (קיארקוס ויראפצי, 1443-1441).
לפי בקשת הארמנים בקיליקיה, שמר גריגור ה-9 על התואר קתוליקוס והקים לפיכך קתוליקוסות חדשה.
מאוחר יותר, בשנת 1921, עם עזיבת הכוחות הצרפתיים את קיליקיה העברת האזור לשלטון הטורקי, הארמנים ששרדו את רצח העם והגירושים בשנים 1920-1915, עברו ללבנון, סוריה ולצרפת.. מושב הקתוליקוס מקיליקיה עבר בתקופה זו נדודים רבים במשך 10 שנים עד בשנת 1930
התיישב באנליאס בלבנון.
מפני שהקתוליקוס של סיס איבד כמעט כל הדיוקסיות שלו, פרט לדיוקסיית חלב הוא נמצא אז בסכנת קץ קיומו.
על מנת לשמור עת מוסד היסטורי זה, בהוראת הקתוליקוס מאצ'מיאדזין, בשנת 1929, הפטריארך הארמני של ירושלים ויתר לעמית שלו מקיליקיה את הדיוקסיות דמשק וביירות והפטריארך הארמני של קונסטנטינופול ויתר לטובתו על הדיוקייסת קפריסין.
כיום כפופות לסמכות הקתוליקוס של סיס הדיוקסיות לבנון, סוריה וקפריסין.
החל מ-28 ביוני1995 מכהן בתפקיד הקתוליקוס של סיס ארם הראשון (קשישיאן).
4. בשנים 1895-1113 היה קיים קתוליקוס עצמאי גם באי אחטמר.
כשבשנת 1113 נבחר ב"מנזר האדום" (קרמיר ואנק) קתוליקוס חדש בן 20 בשם גריגור, הדבר עורר זעמו של הבישוף של אחטמר, דוד.
בנימוק שגריגור היה צעיר מדי, ושמושבו נמצא מחוץ לגבולות ארמניה, שאחטמר היה בעבר מושב הפטריארך בשנים 947-927 ובידי הכנסייה באחטמר נמצא שרביטו ושרידים אחרים של גריגור המאיר הקדוש, מועצה של חמישה בישופים הכריזו על דוד כקתוליקוס של כל הארמנים, כלומר כ-"אנטי-קתוליקוס".
יש לציין כי בשנות השלטון העות'מאני שתי הקתוליקוסויות של אחטמר ושל סיס היו כפופות בעניינים מנהליים לפטריארך הארמני של איסטנבול, בהתאם לרצון הסולטאנים..
הכנסייה האורתודוקסית האתיופית.
קיימת משנת 380 ובראשה הפטריארך של חבש והקתוליקוס של אתיופיה, איצ'גה של טקלה היימנות וארכיבישוף של אקסום.
כעת מושב הפטריארך באדיס אבבה הוא פנוי, בעקבות מותו של אבונה פאולוס גברה יוהנס ב-17 באוגוסט 2012.
הכנסייה האורתודוקסית הסורית (של אנטיוכיה ושל כל המזרח) ("יעקובית").
מאנטיוכיה לדייר זעפרן ועד דמשק.
הכנסייה האורתודוקסית הסורית היא יורשת הכנסייה העתיקה של אנטיוכיה שהוקמה
לפי המסורת, על ידי השליח פטרוס הקדוש. היא משתמשת במיסה הקדומה של יעקב הצדיק ושפת הפולחן שלה היא ארמית-סורית. בשנת 512 בסינוד שהתקיים בצידון נבחר לפטריארך מר סברוס, שהתנגד להחלטת ועידת כלקדון. הכנסייה שהכריזה על נאמנותה להחלטת ועידת כלקדון, או הכנסייה הכלקדונית הסורית בראשות הפטריארך היריב פלביאן הפכה לכנסייה היוונית אורתודוקסית של אנטיוכיה. בשנת 518 נאלץ מר סבריוס להימלט מאנטיוכיה לאלכסנדריה ומעמד המוסד שעמד בראשו התחיל להתערער.
מי שהצליח לשקם את הכנסייה הלא-כלקדונית זאת היה לבסוף הבישוף המיאפיזיטי של אדסה יעקב בראדאי, שכיהן ב-578-543. משום כך הזרים היו קוראים לכנסייה זו "יעקבית", כינוי שעד היום אינו מקובל עליה..
מושב הפטריארך הסורי אורתודוקסי של אנטיוכיה נדד בין מנזרים שונים - ביישובים כמו קרתמין, קנשרין (כלקיס) על יד חלב, מלטיה ואמיד (דיארבקיר), עד שבשנת 1293 השתקע בדיירא דמר חנניא ("דיירו דמור חנניו" או "דיירו דכורכמו") ,בערבית "דייר זעפרן", הידוע גם כטור עבדין שבעיר מרדין. הפטריארכים הסורים של אנטיוכיה ישבו במנזר זה עד שנת 1933 כשנאלצו לעקור מטורקיה לסוריה - לחומס, והחל משנת 1959 בדמשק.
הכנסייה הסורית האורתודוקסית בפרס.
הנסיבות ההיסטוריות יצרו מרכז נוסף של עדה זו, במזרח, תחת שלטון פרסי.
רוב הנוצרים בפרס אימצו בהתחלה את הגישה הנסטוריאנית המונופיזיטית שעזרה להם לטעון בפני השלטונות הפרסים שהם אינם שוב תלויים במוסדות הכנסייתיים שבאימפריה הרומית, אויבת של פרס. הקתוליקוס מסלבקיה הכריז עצמו לפטריארך והשווה את מעמדו לזה של הפטריארך מאנטיוכיה. לעומת זאת חלק מהנוצרים בערים מוסול, נינווה, ותיכרית (טיגריס) המשיכו עדיין להיות נאמנים לדת העתיקה הדו-פיזיטית ולהיות כפופים לפטריארך האורתודוקסי מאנטיוכיה. אולם, אחרי פיצול הפטריארכיה מאנטיוכיה בשנת 512 סיעה "אורתודוקסית" זו הכירה דווקא בסמכות אותם הפרטיארכים של אנטיוכיה שהוגלו בגלל בחירתם במיאפיזיטיזם. נוצרים אלה מפרס קיבלו עליהם את עול "הכנסייה הסורית אורתודוקסית", כפי שאורגנה על ידי יעקב בראדאי. יעקב בראדאי הכתיר בשנת 559 את הבישוף אהודמה (575-559) כ"מטרופוליט גדול של המזרח". יורשיו בתפקיד של אהודמה הקדוש השתמשו החל מן המאה השביעית בתואר "מפריאן" או "מרפריונו" - כלמור "אב", "מוליד" (דומה ללשון "הפרה" בעברית) כעדיף על זה של קתוליקוס נהוג יותר אצל הכנסיית המזרח של האשורים. עם זאת, החל מן המאה ה-13 גם ה"מפריאן" נקרא לפעמים "קתוליקוס של המזרח". מושב הבישופים הסורים בפרס היה בהתחלה בתיכרית ובמאה ה-12 עבר למנזר דיירו מור מתאי במוסול. המפריאנים שכנו לסירוגין במוסול עד אמצע המאה ה-19.
בשנת 1860 החליט הסינוד של הכנסייה הסורית האורתודוקסית שהתכנס בדייר אל זעפרן לבטל את התואר של מפריאן של המזרח.
הכנסייה הסורית האורתודוקסית בהודו.