בשנות ה־20 יזם המופתי את שיפוץ המסגדים על ההר. משימה זו הייתה גם אמצעי לגיוס תשומת לבם של מיליוני מוסלמים לבעיה הפלסטינית. ב־1923 ו־1924 הוציאה המועצה המוסלמית העליונה משלחות לחג'אז, הודו, עיראק, כווית ובחריין, כדי לאסוף כספים לשיפוץ המסגדים. המשלחות הדגישו בארצות הללו גם את היותם בסכנה, כביכול, מצד הציונים שמתכוונים להשתלט עליהם. ההיענות הייתה רבה ועד סוף 1924 נתרם סכום עתק, 95-85 מיליון ליש"ט. השיפוצים נמשכו עד סוף שנות ה־20, וגולת הכותרת של המפעל היה ציפוי בזהב של מסגד כיפת הסלע. מלבד השיפוץ היסודי של המסגדים, הוקמו בסמוך להם ספרייה דתית ומוזיאון האסלאם.
המופתי שאף להקים בהר הבית "פנתיאון" לגדולי האסלאם, האומה הערבית והעם הפלסטיני, ובמסגרת זו פעל להבאתו לקבורה במקום של מאולנה מוחמד עלי, מנהיג המוסלמים בהודו שמת בלונדון ב־1931. בהמשך אותה שנה איפשר מחווה דומה כלפי מלך חג'אז ואבי השושלת ההאשמית, חוסיין בן עלי, שמת בגלות בעמאן. ב־1934 הובא לקבורה במקום דודו של המופתי, מנהיג התנועה הלאומית הפלסטינית וראש עיריית ירושלים מוסא כאט'ם אל־חוסייני.
התיקונים שנעשו בתקופה זו במסגד אל־אקצא, נעשו על חשבון ממשלת מצרים ומלכה.
התקופה הירדנית.
במהלך מלחמת העצמאות ב־1948 השתלט הלגיון הירדני על מתחם הר הבית והעיר העתיקה כולה. בעקבות כישלון כיבוש העיר העתיקה בידי צה"ל, נותרה העיר העתיקה בשליטת הלגיון ועברה לתחום שליטתה של ממלכת ירדן. השליטה המעשית בהר הבית עברה לווקף המוסלמי, שנשלט בידי אנשי דת פלסטינים.
ב־20 ביולי 1951 נרצח עבדאללה הראשון מלך ירדן ביריות בעת ביקור בהר הבית לעיני נכדו חוסיין, בעת שעמד להיכנס לתפילה במסגד אל־אקצא. ההתנקשות בוצעה בידי קבוצת מתנקשים פלסטיניים קיצוניים, שהיו בקשר עם מופתי ירושלים לשעבר חאג' אמין אל־חוסייני, על רקע תרעומת הפליטים הפלסטינים ותושבי הגדה המערבית על מצבם.
בין השנים 1958–1962 בוצעו עבודות שיפוץ נרחבות בכיפת הסלע שבמרכז הר הבית, בתמיכה כוללת של העולם המוסלמי. במסגרת עבודות השיפוץ הוחלפה כיפת העופרת האפורה של המבנה בכיפת אלומיניום מוזהב, מה שהעניק למבנה ולהר הבית כולו את החזות הזוהרת.
בתחילת מלחמת ששת הימים הקים הלגיון הירדני עמדת צלפים בצריח מסגד אל־אקצא, ממנה בוצע ירי לעבר חיילי צה"ל.
תקופת השלטון הישראלי.
במלחמת ששת הימים כבשו כוחות הצנחנים של צה"ל את הר הבית, ומפקדם, מוטה גור, הכריז על כך באמירה שנצרבה בזיכרון הלאומי: "הר הבית בידינו". כיבוש הר הבית עורר סערה בעולם המוסלמי. לאחר ההכרזה "הר הבית בידינו" הורה מוטה גור לשני קצינים (אריק אכמון ועזרא אורני) להניף את דגל ישראל על מסגד כיפת הסלע. ישראל הראל, שנמנה עם כוח צה"ל הראשון שנכנס להר הבית, מתאר כי "דיין פגש שם את נציגי הוואקף, שהצהירו בפניו שהם מקבלים בהכנעה את השלטון הישראלי ומבקשים שהחיילים לא יפגעו בקדושת המקום." במהלך קיץ 1967 נוהל המתחם בידי הרבנות הצבאית, שבראשה עמד הרב שלמה גורן. במהלך תקופה זו החליטה ממשלת ישראל, בהמלצתו של שר הביטחון משה דיין ובעקבות לחצים שונים, על העברת השליטה במתחם לווקף (הירדני) המוסלמי, ועל הסרת סמלי ריבונות ישראליים במקום (כדוגמת מדרשה שהוקמה במקום על ידי הרבנות הצבאית). הרב גורן ניסה לנהל מאבק ציבורי נגד החלטה זו, אך ללא הצלחה.
הר הבית נחשב לאחד המתחמים הרגישים ביותר בארץ והממשלה מתייחסת אליו כאל "חבית חומר נפץ" מבחינה פוליטית, מאחר שדי בשמועות או חלקי מידע בנושא הר הבית כדי להצית תבערה גדולה באזור. מפאת רגישות הנושא, השב"כ עוסק באופן מתמיד במעקב אחרי אישים וארגונים שונים העוסקים בנושא הר הבית.
במשך השנים היו מספר ניסיונות לפגוע במבנים המוסלמים בהר. ב־1969 הצית מייקל רוהאן, תייר אוסטרלי נוצרי משיחי את מסגד אל־אקצא וגרם נזק כבד למינבר העתיק שהובא אליו על ידי צלאח א-דין. המחתרת היהודית של שנות ה־80 של המאה העשרים תכננה לפוצץ את כיפת הסלע ומסגד אל־אקצא. הר הבית היה מוקד לאירוע טרור כאשר ב־11 באפריל 1982 ישראלי בשם אלן גודמן, שהיה חייל באותה תקופה, פרץ להר הבית, החל לירות לכל עבר מרובה M-16, רצח שומר של הוואקף, פצע שוטרים, פרץ לכיפת הסלע וירה בתוכה.
ב־1990 התחוללו מהומות של מפגינים מוסלמים במתחם שהובילו להרג 17 פלסטינים מירי שוטרי משטרת ישראל. בתקופת כהונתו הראשונה של בנימין נתניהו כראש ממשלה, בשנת 1996, הובילה פתיחת פתח ממנהרת הכותל לרובע המוסלמי, לפריצת מהומות מנהרת הכותל. העילה הפלסטינית הרשמית לפרוץ האינתיפאדה השנייה הייתה ביקור אריאל שרון בהר הבית בקיץ 2000, אף כי נטען כנגדה כי המהומות תוכננו מראש. מכל מקום, אחרי הביקור החלו מהומות הר הבית (2000), בהן נהרגו 4 פלסטינים בהר הבית, ו־3 נוספים במזרח ירושלים, מה שגרם להתדרדרות שהובילה לגל הפגנות נרחב ברחבי יהודה ושומרון, ולאירועי אוקטובר 2000, גל הפגנות נרחב בקרב ערביי ישראל. בהמשך החל גל פיגועי ההתאבדות של האינתיפאדה השנייה, אשר הרשות הפלסטינית שעמדה מאחוריו, כינתה בשם "אינתיפאדת אל־אקצא", על שם המסגד בהר הבית.
בתחילת המאה ה־21 הושמעו תלונות רבות מצד היהודים על הבנייה והחפירות שמבצע הווקף תחת הר הבית, ומנגד גם תלונות מצד המוסלמים על החפירות הארכאולוגיות שמבצעת ישראל בסביבות ההר. בשנת 1996 פתח הוואקף בעבודות להקמת מסגד תת־קרקעי בתוך אורוות שלמה שבהר הבית והוגשה עתירה לבג"ץ מטעם תנועת נאמני הר הבית שביקשה לצוות על הרשויות לאכוף את חוקי הבנייה בהר. השופטים אהרן ברק, מנחם אלון וגבריאל בך דנו בסוגיה ואף ביקרו בהר הבית אך דחו את העתירה לאחר שרשויות החוק החלו לטפל בנושא. ארכאולוגים ישראליים שבראשם אילת מזר העריכו שבמסגרת העבודות בהר הושמדו ממצאים ארכאולוגיים יהודיים ואחרים מתקופות קדומות. בגילוי־דעת שהתפרסם בסוף 2001 הזהירו אישי ציבור רבים (ובהם הסופרים עמוס עוז, ס. יזהר, א. ב. יהושע ונשיא בית המשפט העליון לשעבר, מאיר שמגר), מפני הריסת ומחיקת העבר היהודי של הר הבית. בעקבות המחאה הציבורית הוקם "הוועד למניעת הרס עתיקות בהר הבית". במקביל, החלו הארכאולוגים יצחק דבירה וגבריאל ברקאי בפרויקט סינון העפר שהושלך בעת עבודות הבנייה בהר. הסינון מתבצע במצפה המשואות ומשתף מתנדבים רבים ביניהם תנועות נוער ותלמידים מרחבי הארץ. התגלו ממצאים רבים מתקופות שונות כאשר הבולט שבהם הוא בולה עם כתובת עברית מימי הבית הראשון.
בישראל הוקמו מספר תנועות התובעות שהשליטה על הר הבית תועבר לממשלת ישראל. בהן "נאמני הר הבית" בראשותו של גרשון סלומון. תנועה זו סוברת כי הר הבית הוא המפתח לריבונות על כל ארץ ישראל. תנועות אחרות הן: "מכון המקדש" שאותו הקים הרב ישראל אריאל, "התנועה לכינון המקדש". פעילותן המעשית העיקרית של תנועות אלו היא עידוד ביקורי יהודים באופן פרטי בהר הבית.
בנוסף לתפקידו הדתי, בשל הצפיפות הרבה בתחום העיר העתיקה והרובע המוסלמי והיעדר שטחים ציבוריים פתוחים, משמש מתחם הר הבית גם כמקום בילוי לתושבי האזור המוסלמים, כאתר פיקניק למשפחות ומשחקי כדור לילדים ונערים. בפסק דין לעתירה שהוגשה לבג"ץ בנושא ב־1993 וטענה כי שימושים אלו מנוגדים לחוק השמירה על המקומות הקדושים נקבע כי משחקי כדור פוגעים בקדושת המקום ועל משטרת ישראל לפעול להפסקתם.
ב־14 ביולי 2017 ביצעו שלושה מחבלים ערבים־ישראליים פיגוע בהר הבית, רצחו שני שוטרים ישראלים בשער הסליחה, ונורו למוות.
הר הבית ביהדות.
מקום העקידה ובית המקדש.
הר הבית עליו שכנו בתי המקדש הראשון והשני, הוא המקום הקדוש ביותר ליהדות. על פי המסורת היהודית, הר הבית הוא "המקום אשר יבחר ה'", המוזכר פעמים רבות בספר דברים. בספר דברי הימים, נקרא הר הבית בשם "הר המוריה", ולפיכך הוא מזוהה עם אותו הר ב"ארץ המוריה" עליו התרחשה עקידת יצחק, ואותו קרא אברהם בשם "ה' יראה". במסכת תענית בתלמוד הבבלי מופיע מדרש המבאר שם זה – הר שממנו תצא הוראה לישראל, כאשר הכוונה לסנהדרין אשר ישבה בלשכת הגזית בצמוד לבית המקדש. על אבן השתיה המצויה בהר הבית במקום קודש הקודשים, התבטאו חז"ל כי ממנה "הושתת העולם". כמו כן, מוזכר המקום כמקום ממנו נלקח העפר ליצירת האדם הראשון, בו בנה את מזבחו, בו הקריבו קין והבל את קורבנם, ובו בנה נח את מזבחו כשיצא מן התיבה, אם כי זו נחה בהרי אררט בתום המבול.
בית המקדש היה המקום אליו מכוונות תפילותיהם של ישראל, כמו שאמר שלמה המלך בתפילתו בחנוכת המקדש: גם לאחר חורבן המקדש, עיני העם היהודי נשואות בתפילתם אל מקום הר הבית עד ימינו, כפי שמורה ההלכה.
ספר ישעיהו () צופה להר הבית חשיבות בינלאומית: גם ספר מיכה () אומר זאת:
המחלוקת על הכניסה להר.
בתור האתר המקודש ביותר בעולם על פי היהדות, הלכות רבות עוסקות בעצם הכניסה אליו. על פי ההלכה על גויים, וכן על יהודים טמאי מת, חל איסור כניסה לחלקים מהר הבית שבזמן בית המקדש היו מעבר ל'סורג'. על יהודים שנטמאו ב'טומאה היוצאת מגופם', חל איסור כניסה לכל שטח הר הבית. לדעת רוב הפוסקים, גם בעת חורבן המקדש נותרה קדושה במקום, ובעקבות זאת נוצר ויכוח הלכתי ואידאולוגי אודות אפשרות העלייה להר. מחד עומדים אלו האוסרים על כניסת כל אדם לתחומי ההר, שמא יכנס למקום המקדש, או שמא ייכנס להר בהיותו טמא בטומאה היוצאת מן הגוף. ומאידך אלו שאינם רואים פסול בכניסת יהודים, תוך הקפדה על כללי הטהרה ומעבר רק באזורים מסוימים בהר, ורבים מהם אף רואים בדבר מצווה.