אליצור, שבסוף העונה הקודמת יצא לשליחות ריגול מסוכנת, נלכד ונאסר על ידי רעמסס, ומועמד למשפט כשעל ראשו מרחף עונש מוות. בעוד כל הנערים העבריים אוספים כסף על מנת לפדות את אליצור, פרץ משוכנע שאליצור נתפס בגלל הלשנה מתוך בני ישראל, ומנסה לגלות את הדרך בה אליצור התגלה. לבסוף מתגלה שלצורך הצפנת התוכניות, אליצור שאל את יוחנן האם ישנה "חריטה נעלמת", כלומר כתב בלתי נראה, ויוחנן שלא ידע על המטרה, שאל את רעמסס כיצד אפשר לעשות זאת. חשדו של רעמסס התעורר, והוא הבין שאליצור החביא את תיק התוכניות בביתו של עירא בן לוי, משום שעל פי חוק פרעה אסור למצרים להיכנס לבתי שבט לוי. בעזרתו של פפירוס הצליח רעמסס למשוך את עירא מביתו, ושלח את נחשון השוטר העברי להוציא את התיק מביתו של עירא, בטענה שמדובר בתיק של אבקת שרפה מסוכנת. פרץ מבין שאין אשמים בלכידתו של אליצור, ולבסוף הוא מתעשת ומארגן הפגנה יחד עם כל החברים מהסניף, שמפריעה למהלך המשפט ומשגעת את רעמסס. הסיפור מסתיים בכך שרעמסס אומר "תעיפו את השלט הזה מכאן", ובגלל רעש ההפגנה נשמע "תשלחו אותו לארץ כנען". אליצור מוגלה לארץ כנען, הארץ המובטחת שהוא כ"כ קיווה וציפה להגיע אליה, ופרץ הופך להיות המדריך הרשמי של סניף "בני בני".
ההפוגה בין המכות גורמת לרעמסס ופפירוס לחשוב שאלהי ישראל נכנע לפרעה ולמצרים. פרץ מתעצבן ואומר לפפירוס, שיש בידו מקורות לכך שהמכה הבאה שמשה ינחית על המצרים תהיה מכת ממותות אמתניות שידרסו את המצרים ויהרגו אותם. פפירוס מאמין ובונה לעצמו סולם כדי להינצל מהממותות, אך פרץ ממשיך להפחיד אותו באומרו שלמכה יצטרפו גם נשרים אימתניים, קרנפים, היפופוטמים, וגם אריות ונמרים. פפירוס ממשיך לבנות מגינים וכלים שבעזרתם הוא ינצל מהחיות שעליהם פרץ מספר, מה שגורם לפרץ להמציא את ה"קרצילפצת", מפלצת אימתנית יורקת אש ואוכלת אדם. הוא מבקש ליעקב מרתון להציע למשה להביא את על המצרים, אך יעקב מרתון מדווח על כך שהמכה שאלוהים מנחית על המצרים היא מכת כינים. אהרן מכה את אדמת מצרים, היא מתמלאת בכינים, והמצרים מתגרדים ומבקשים מפרעה להיכנע. פרץ מתאכזב, אך מתפלא לגלות שהכינים משגעות את המצרים, ושהכינים הם היצורים היחידים שהחרטומים לא יכולים לשלוט עליו, מחמת מידותיו הזעירות.
הכינים המגרדות משגעות את פפירוס, והוא מנסה לארגן בריחה של בני ישראל ממצרים, כדי להוציא את הכינים מהארץ. הוא מתחזה למגיש חדשות, ומודיע לפרץ ויוחנן שפרעה נכנע, ובני ישראל יוצאים ממצרים. מיד לאחר מכן הוא חוזר לבגדיו הרגילים ועוזר לפרץ וליוחנן לארוז ולצאת מהבית, אך עד מהרה רעמסס עוצר את פרץ ויוחנן ומתכנן להשליך אותם ליאור. פפירוס נבהל, ומנסה לשכנע את עירא להתחפש לעץ מדבר שיטען בפני רעמסס שהוא אליל, וידרוש ממנו לשחרר את פרץ ויוחנן, מה שגורם לעירא להיאסר גם הוא. בסוף פפירוס מודה באמת ואומר לרעמסס שהוא הסית את העבריים למרוד, ורעמסס, במחווה פתאומית, שמח על מידותיו הרעות, מחבק אותו, ואומר לו בשמחה: "יצאת מצרי"!
החרטומים, מכשפי מצרים, שבמכות הקודמות לא נכנעו והראו גם הם את כוחם בהפיכת מים לדם והוצאת צפרדעים מהיאור, הוציאו הודעה רשמית שאין בכוחו של בן אנוש להוציא כינים בעזרת כישוף, ומכת הכינים . פפירוס מתלהב מדברי החרטומים ומחליט להיות עברי. הוא לובש בגדים עבריים, חובש כיפת נ נח עם הסיסמה "א אצ אצב אצבע אלהים", תולה על צווארו תליון בצורת אצבע, ומתחיל ללמוד את האלפבית העברי. הוא גורר אחריו את פרץ ושאר הנערים העבריים, והם רוקדים ושרים "איזה כף להיות עברי", ורק יוחנן רואה בעין רעה את סגידתו של פפירוס לאצבע. לבסוף לפפירוס נמאס מהאוכל הדל שאוכלים העבריים מחמת עניותם, והוא חוזר לאמונתו המצרית.
לבסוף מגיע הקץ לסבלו של פפירוס, כשמתחילה להימכר תרופה להקלת הגירודים, אך בעלת ריח מסריח ביותר. עירא מתחיל להתגרד, ומספר מאורעות נוספים גורמים לפרץ להיות משוכנע שעירא הוא שתול מצרי בין בני ישראל, ולכן יש לו רעמת תלתלים גדולה המסתירה את הכינים שבראשו. יוחנן לא משתכנע מ"הראיות" של פרץ, אך פתאום פרץ רואה את עירא לבוש בבגדים מצריים ומשחק עם פפירוס. הוא מתעמת עם עירא, שמסביר שהוא לבש בגדים מצריים בשביל לקבל את התרופה נגד הכינים שמשווקת רק למצרים. פרץ שואל אותו מדוע הוא מתגרד, ועירא מפנה את תשומת ליבו לכך שהוא בעצמו מתגרד. פרץ מופתע, ולבסוף מתברר שהגירודים נגמרו מכך שבפעולה שהייתה בסניף, אספו הנערים בטעות עלי סרפדים, על מנת להתאמן בבניית סוכות כהכנה למסע במדבר.
בינתיים ממציא יוחנן את משקה הקפה, לאחר שפרץ שרף בטעות את פולי הקפה הטורקי שנחשון לועס בכל בוקר. הקפה מתגלה במהרה כמשקה מעורר ומוצלח, ופרץ ויוחנן מקימים דוכן לחלוקת קפה לעבדים לפני יום העבודה. שיטות הכנת הקפה והתוספות מתשכללות, ופרץ ויוחנן נהנים מהעבודה ועל תרומתם לבני ישראל. בהמשך העבודה נהיית קשה והם מתחילים לדרוש כסף על עבודתם, כשהם טוענים שחצי מהרווחים נתרמים לקכק"ל. הם מעלים את המחירים בצורה מוגזמת, שגורמת לעירא ועבריים נוספים להפגין נגד דוכן מכירות הקפה שלהם ולדרוש לפנות אותו. לבסוף יצחק, זקן עברי שנהג לשתות קפה בכל בוקר, מתעלף מפני שלא היה לו כסף לקנות את הקפה היומי. פרץ ויוחנן מבינים שטעו ומחלקים קפה בחינם, ולבסוף הם מוסרים ליצחק את הדוכן על מנת שיחלק קפה לעבדים בפירמידות.
בפרק האחרון בעונה נחשון נעדר מהבית לשלשה ימים במסגרת עבודתו, ופרטושקה סבתם של פרץ ויוחנן, פעילת מחתרת "המילדות העבריות", מגיעה להחזיק את הבית ולשמור על פרץ ויוחנן. היא דורשת מפרץ ויוחנן לעשות ריצה בכל בוקר, דואגת שיאכלו בריא, ומזלזלת בחדגא ואוסרת עליו לדבר. כשהיא מגלה שיוחנן לומד ב"מצרים אלפים", היא אוסרת עליו ללכת לשם, וליוחנן נמאס והוא עוזב את הבית כשפרץ אחריו. כשהיא מגלה שהם ברחו, היא יוצאת לחפש אותם, כשבדרך היא פוגשת את רעמסס שמזהה אותה כפעילת המתחתרת, ורוצה לעצור אותה, אך היא משתמשת בתחפושת של גורילה כדי לברוח. באותו זמן מתחילה מכת ערוב, ובעזרת תחפושתה מצליחה פרטושקה להסתתר ולהיטמע בין חיות הטרף הרבות שממלאות את מצרים.
עונה 5 (מכת ערוב).
מכת הערוב מכה במצרים, ורעמסס בורח לאיים הקריביים מאימת חיות הטרף. אחיו פיתום, מחליף אותו בתפקיד הנוגש הראשי של ארץ גושן, ובניהול התוכנית "מצרים אלפיים". ביום שבו הוא מגיע, הוא מסביר לנערים המחוננים שביום הזה, שמגיע אחת ל-444 שנה, אפשר לבצע "סוד חרטומי עתיק", ולהעלים חפצים על ידי התרכזות באמירת לחש קסם מיוחד. רוב הנערים המצרים מצליחים לבצע את הכישוף, אך יוחנן נכשל במשימה. בדרך לבית הוא פוגש את עירא שטוען שיוחנן מתחבר לחברים המצרים יותר מלחבריו העברים ומזלזל בו. יוחנן שהיה מעוצבן מכך שלא הצליח במשימה, מתעצבן עוד יותר ומנסה להעלים את עירא בעזרת הכישוף, שלמרבה ההפתעה מצליח, ועירא נעלם. יוחנן חוזר לבית מבוהל, ותוך שעות ספורות כל שבט לוי וחבריו של עירא מחפשים את עירא בכל רחבי ארץ גושן. יוחנן רץ מיד לבית של פיתום ושואל אותו כיצד אפשר להחזיר את עירא, ופיתום אומר לו, שאם הוא יעלים את עצמו, הם יוכלו לחזור ביחד. מיד אחר כך הוא מעלים את עצמו בעזרת הכישוף, ומגיע ל"שום מקום" שבו נמצא עירא. הוא לא מצליח להחזיר את עירא, והם מתייאשים ומתחבקים במחוות חברות, שגורמת לביטול הכישוף ולחזרתם לארץ גושן.
עונה 6 (מכת דבר).
פרץ מתכונן לצאת עם פפירוס למסע למעיין המשאלות. פרץ מסתבך בלשונו ובמשאלותיו פעם אחר פעם וגורם להיעלמותם המסתורית של נחשון ויוחנן. כאשר הוא מבין את זה הוא מחליט לצאת למסע להשבת המילה שלו, בתקווה שזה לא מאוחר מדי.
פיתום ממציא חוקים כדי לקנוס את בני ישראל ולקחת מהם בהמות משק. פרץ משכנע את יוחנן ללכת 'ראש בראש' מול המצרים אבל רק גורם לכליאתו ופרץ נאלץ ללמוד שמלחמה נעשית בתחבולות.
מכת גניבות פושה בארץ גושן. פרץ מציע להקים ארגון שיצא להילחם במצרים ואילו עירא מציע שיקימו ארגון שישמור על הצאן. בני בני מצדדים בעירא ופרץ הנעלב מחליט ללמד את הארגון לקח.
חדגא נחטף! לאחר ניסיון כושל לשחרר אותו, פרץ נאלץ להודות שחדגא נחטף באשמתו וחברי הארגון מחליטים להרחיק אותו.
עתיד הארגון בסכנה, השומרים נרדמים בזמן שמישהו מצית להם את כל השדות. פרץ רוצה להגביר את המשמעת ומחוקק חוקים קשים מאוד, עירא מתנגד ואומר שהפתרון להירדמויות הוא דווקא לשעשע את השומרים בעזרת חברים ומוזיקה. כל אחת מהשיטות רק מביאה איתה צרות נוספות והארגון מאבד זמן יקר מאוד בזמן שהמצית מסתובב חופשי.
פרץ מוכן למכור אפילו את העוגיות של אמא שלו בשביל סוף סוף לאכול משהו חדש, במיוחד כשמדובר בחמגשיות המפורסמות של מטבח יוכבד. הבעיה היא שככל שהזמן עובר המחיר הולך ונהיה כבד יותר וגורם לפרץ להבין שהוא הולך להפסיד את כל הדברים הכי יקרים שיש לו.
יוחנן מתנדב לתחרות חידות חשיבה מול תחפנחס החכם המצרי, הוא בטוח ביכולותיו ולהוט לנצח כדי להציל את בית הספר וכבוד העם העברי, פרץ כועס על יוחנן ומשוכנע שהוא התנדב לתחרות מתוך שחצנות ובגלל התחרות מזניח את חובותיו ואף מסכן את הקרובים לו. יוחנן מאבד את הביטחון ביכולותיו ובמהלך התחרות הוא לומד שכשיש מי שמאמין בך, קל יותר להאמין בעצמך.
המצרים עורכים אירוע הוקרה גדול לכבוד חזרתו של רעמסס, כל זה קורה ימים בודדים לפני הגעתו של המפקח על הנוגסים שיכריע מי יהיה הנוגס הבא של גושן. פיתום מרגיש מאוים ומציע ליוחנן עסקה, אספקה בלתי נגמרת של המלונים המצריים היוקרתיים בתמורה לתמיכה שלו ושל החברים שלו מבלי שאף אחד ידע על זה. יוחנן הולך על העסקה אך מהר מאוד הוא מבין את התסבוכת שאליה נכנס.