התביעה ערכה משפט חוזר נגד שאקור וסדיקי. במהלך בחירת חבר המושבעים ביקשה ויליאמס להשתחרר מתפקידה כבאת כוחה של שאקור, מכיוון שהשתיים לא הסכימו לגבי אסטרטגיית המשפט. השופט במשפט זה – ארנולד באומן – לא התיר לה לפרוש מייצוג, אך הורה לעורך דין נוסף, הווארד ג'ייקובס, לנהל את הגנתה של שאקור בפועל. שאקור שוב הוצאה מאולם המשפט בעקבות ויכוח עם ויליאמס, וסדיקי יצא יחד איתה, ובחירת המושבעים המשיכה בלעדיהם. תהליך הבחירה לקח יחסית הרבה זמן, 60 מושבעים פוטנציאלים נדחו עד ששנים עשר נבחרו. לאחר סיום התהליך, הורשתה ויליאמס לפרוש מהמשפט, ושאקור ייצגה את עצמה בסיועה של עורכת הדין והפעילה השחורה פלורנס קנדי. במשפט, וייט העיד שהיו שישה שודדים שהסוו את עצמם כדי למנוע זיהוי, וזיהה בצילום חצי ראש מוסתר חלקית כראשה של שאקור. קנדי התנגדה לזיהוי זה, בטענה כי התובע הפדרלי, פיטר טרובנר, הציע קודם לכן להסכים מראש ששאקור אינה מופיעה באף אחת מהתמונות. אף על פי שגם וייט וגם ריברס העידו ששאקור לבשה סרבל לבן במהלך השוד, הדמות שזוהתה על ידי וייט בצילום לבשה ז'קט. ההגנה ניסתה לקעקע את אמינותו של וייט על סמך העובדה שאושפז במשך שמונה חודשים בבית חולים פסיכיאטרי לחולי נפש קרימינליים, ב-1968. אך וייט טען שזייף את מחלת הנפש שלו (בכך שטען שהוא אללה) כדי להימנע ממאסר בבית כלא.
שאקור ניהלה בעצמה את החקירה הנגדית של וייט, וגרמה לו להודות שהוא היה מאוהב בה, ושהיא לא נענתה לחיזוריו. באותו יום, אחד המושבעים שנמצא מנמנם לעיתים קרובות במהלך המשפט, הוחלף במושבע אלטרנטיבי. כמו במשפט הראשון, הנאשמים הוצאו מן האולם תכופות. בסוף, חבר המושבעים זיכה את שניהם, ובכך הצטרפו לארבעת הנאשמים הקודמים שנשפטו וזוכו, ביניהם לואי צ'סימרד, בעלה לשעבר של שאקור. שישה מושבעים שהתראיינו אמרו שהם לא האמינו לעדי התביעה. שאקור מיד הוחזרה למעצר בניו ג'רזי, כדי להמתין למשפט הבא בעניין הירי בניו ג'רזי.
פסילת משפט הירי בניו ג'רזי.
השופט ג'ון א. בכמן שמע את משפט הירי בניו ג'רזי במחוז מידלסקס, וחבר המושבעים נבחר מהמחוז השכן, מחוז מוריס, בו האוכלוסייה השחורה הייתה קטנה. בטענה שזה יגרום הטיה בלתי חוקית, שאקור ביקשה להעביר את המשפט לבית משפט פדרלי, אך נדחתה.
אקולי ושאקור היו אמורים להישפט יחדיו, אך ההליכים בדברם פוצלו לפני סיום בחירת המושבעים בשל הריונה של שאקור, והמשפט שלה נפסל מחשש שתפיל כאשר אושפזה בבית החולים ב-1 בפברואר 1974.
ביטול האשמת ניסיון לרצח.
שאקור וארבעה אחרים (ביניהם פרד הילטון/קמאו סדיקי, אייבון וייט ואנדרו ג'קסון) הואשמו בבית המשפט של מדינת ניו יורק ב-31 בדצמבר 1973 בניסיון להרוג שני שוטרים – מייקל אוריילי ורוי פוליאנה, אשר נפצעו אך בינתיים כבר חזרו לתפקיד – במארב בינואר באותה השנה. ב-5 במרץ 1974, צורפו שני נאשמים חדשים – ג'נט ג'פרסון ורוברט הייס. באפריל, כששאקור הייתה בהריון, מושל ניו ג'רזי ברנדן ברן חתם על צו הסגרה כדי להעביר את שאקור לניו יורק להישפט, אך שאקור סירבה לוותר על זכותה לשימוע מלא. השימוע הנדרש אירע במאי 1974, וקבע שההסגרה תתקיים.
שאקור הועברה לניו יורק ורק בנובמבר 1974 הגיע המקרה בפני שופט, ובינתיים שאקור ישבה בכלא. השופט דחה את ההאשמות נגדה, בקביעה כי אין זה מן הצדק שתשב שנה בכלא בהמתנה למשפט כאשר אין ביד התביעה ראיות מספקות בידה.
משפט בגין חטיפה.
בינתיים, במאי 1974, הואשמה שאקור, יחד עם רונלד מאיירס, בחטיפת הברמן ג'יימס א. פרימן במהלך שוד. על פי התביעה, השניים נכנסו לבר בברוקלין חמושים ברובים ואקדחים, לקחו $50 מהקופה, וחטפו את פרימן, כשהם משאירים פתק הדורש כופר בסכום $20,000 מבעל המקום. פרימן, על פי הדיווח, נמלט מהם ללא פגע. שאקור ייצגה את עצמה, והיא ומאיירס זוכו מכל ההאשמות נגדם ב-19 בדצמבר 1975.
משפט שוד הבנק בקווינס.
ביולי 1973 הואשמה שאקור בבית המשפט הפדרלי בשוד סכום של $7,700 מבנק Bankers Trust שבקווינס, ניו יורק, באוגוסט 1971. שאקור כפרה באשמה. ההליכים נדחו שוב ושוב, והגיעו בפני שופט רק ב-1976. לרשותה של שאקור היו שני עורכי דין, אך החליטה לייצג את עצמה לצידם, בו זמנית. בדברי הפתיחה שלה, אמרה שאקור:
במשפט, עובד בנק אחד העיד ששאקור הייתה בין השודדים, אך שלושה אחרים הביעו אי ודאות. התביעה הציגה לעדים צילומי אבטחה מהבנק של ארבעה מתוך ששת השודדים, וטענו שדמות אחת היא שאקור חובשת פאה. באחת מהליכי הביניים, ה-FBI קיבלו רשות משופט לכפות על שאקור להצטלם עבורם באמצעות הפעלת כוח; שאקור מתארת באוטוביוגרפיה שלה כיצד חמישה מארשלים התקילו אותו לרצפת אולם המשפט, בעוד עורכת דינה ויליאמס מדקלמת ומתארת את הקורה, כדי שייכנס לפרוטוקול הדיון. שופט אחר, מאוחר יותר, קבע שזכויותיה של שאקור הופרו, ולכן פסל את התמונות כראיות. חבר המושבעים ביקש לראות את כל הצילומים הקיימים מהבנק, והחליטו שהדמות בצילום אינה שאקור.
שאקור זוכתה שבע שעות לאחר התדיינות של חבר המושבעים, ומיד הוחזרה לכלא בניו ג'רזי כדי לעמוד למשפט בשל הירי בכביש האגרה. היא הייתה היחידה מבין ששת החשודים להגיע להישפט: אנדרו ג'קסון ושניים אחרים הודו באשמה במסגרת עסקאות טיעון, חשוד נוסף נהרג בתקרית ירי בפלורידה בדצמבר 1971, והאחרון לא נתפס על ידי הרשויות בעת המשפט של שאקור.
המשפט המחודש בעניין הירי בניו ג'רזי.
כשהגיעה עת המשפט השני של שאקור בעקבות הירי בשנת 1977, אקולי כבר הורשע בגין רצח השוטר פורסטר. התביעה טענה ששאקור הייתה זו שירתה את הכדורים שפגעו בשוטר הרפר, בעוד ההגנה טענה שזייד היה היורה. על פי חוק ניו ג'רזי באותה תקופה, עצם הנוכחות של שאקור במסגרת התקרית יכלה להיחשב כסיוע לדבר עבירה ברצח של פורסטר, וניתן היה להרשיעה גם ללא שירתה בעצמה.
שאקור עתרה לבית המשפט להעביר את ההליכים לבית המשפט הפדרלי, בגין פרסום יתר של המקרה בתקשורת המקומית. בית המשפט הפדרלי דחה את עתירתה, וכן דחו את בקשתה למניעת קיום ההליכים בימי שישי, יום הקודש של האסלאם האפרו-אמריקאי.
המשפט ארך תשעה שבועות, וסוקר רבות בארצות הברית ואף בעולם. כל יום במהלכו הפגינו מאות פעילי זכויות אזרח מחוץ לבית המשפט.
מספר עתירות של ההגנה נדחו על הסף, כולל דרישה לפסול את המשפט בשל התנהלות התובע, וכן בקשה לזמן כעדים את מנהל ה-FBI, סנאטור ממדינת ניו יורק פרנק צ'רץ', ועוד מספר בכירי אכיפת חוק פדרליים ומדינתיים. העתירה הזו גם ביקשה המצאת תזכירים, הקלטות, מסמכים, וצילומים בנוגע לפעילות COINTELPRO בין השנים 1970–1973, וגם בקשה זו נדחתה.
חקירתה של שאקור במשפט.
שאקור עצמה זומנה להעיד ב-15 במרץ, העדה הראשונה מטעם ההגנה. היא הכחישה שירתה בהרפר או פורסטר, וגם הכחישה שהייתה חמושה במהלך התקרית. בחקירה נגדית, שאקור לא יכלה להסביר כיצד הגיעו מספר פריטי תחמושת לתוך תיקה, והיא גם הודתה שהיא ידעה שזייד חמוש כל הזמן, ואף שראתה שאקולי נושא אקדח כשהם נסעו ביחד במכונית. היא גם הודתה שהייתה בארנקה תעודת זהות בשם הבדוי "ג'סטין הנדרסון", אך הכחישה את רשימת השמות הבדויים הארוכה שהקריא בפניה התובע.
עורכי דינה של שאקור.
עורכי דינה של שאקור היו: ויליאם קונצלר, שעמד בראש צוות סנגוריה, סטוארט בול, רוברט בלום, עורך הדין לזכויות אזרח ריימונד א. בראון, סטנלי כהן (אשר נפטר מסיבות לא ידועות בשלבים מוקדמים של המשפט), לנוקס היינדס, פלורנס קנדי, לואי מאיירס, לורנס שטרן ואוולין ויליאמס, דודתה של שאקור. קונצלר, בול, כהן, מאיירס, ויליאמס ושטרן הופיעו כבאי כוחה בבית המשפט.
עורכי דינה הואשמו תכופות בביזיון בית המשפט במהלך המשפט, ובמיוחד לנוקס היינדס; האיגוד הלאומי של עורכי דין שחורים ציינו עובדה זו כהוכחה להטיית המערכת נגד שחורים. גם ועדת האתיקה המשפטית של ניו ג'רזי חקרה את היינדס, לאור טענותיו של שהמשפט של שאקור מתנהל כ"לינץ' חוקי", ב"בית משפט קיקיוני". הדיון בו הגיע עד בית המשפט העליון של ארצות הברית, בתי המשפט לבסוף קבעו שאין לנקוט בפעולה משמעתית נגדו.
השופט אפלבי גם איים על קונצלר בדחיית המשפט ובביזיון בית המשפט מכיוון שהוא דיבר על פרטי המשפט בנאום בפני סטודנטים באוניברסיטת רטגרס, ב-21 באוקטובר 1976. התביעה עתרה שלא יורשה לייצג את שאקור בתנאים אלו, אך בית המשפט אישר זאת. כשבא קונצלר לבקר את מרשתו, היה עובר חיפוש גופני פולשני מלא, ושאקור הייתה כבולה בשלשלאות על קרסוליה למיטתה. צוות ההגנה דיווח שהייתה פריצה ללשכתם, בה נגנבו כמחצית מתיקי המשפט. אפלבי סירב להורות על חקירה למקרה. ההגנה גם סברה שהושתלו במשרדם מכשירי ציתות.
עדים במשפט.
העדים היחידים לתקרית הירי ששרדו להעיד במשפט היו סונדיאטה אקולי, אסאטה שאקור, השוטר הרפר, ונהג שראה חלק ממה שקרה באותו לילה. אקולי לא העיד במשפט זה, או במשפטו, וגם לא נתן תצהיר בעניין. הנהג העיד שהוא ראה גבר שחור נאבק עם שוטר, לאור אורות הניידת המסתובבים.
שאקור העידה שהשוטר הרפר ירה בה אחרי שהרימה ידיה לפי הוראותיו. היא אמרה שהכדור השני פגע בגבה כשהסתובבה להימנע מפגיעה אחרי הירייה הראשונה, ושהיא נפלה על הקרקע ונשארה שם למשך כל חילופי הירי, ואז זחלה למכונית בה ישב אקולי, ונכנסה למושב האחורי. אקולי נסע מרחק קצר משם, ועצר.