עם תחילת שלטונה של ממשלה חדשה בראשותו של ויליאם פיט הבן בשנת 1804, קודם קוקרן לפקד על הפריגטה בעלת 32 התותחים, אה"מ פאלאס (Pallas). קוקרן פיקד על פאלאס משך שמונה-עשר חודשים במהלכם ביצע אחדים ממעלליו הנודעים.
באוגוסט 1806 מונה קוקרן לפקד על הפריגטה בת 38 התותחים אה"מ אימפריוס (Imperieuse) שהייתה קודם לכן הפריגטה הספרדית איפיחניה (Iphigenia). אחד מפרחי הקצונה ששרתו תחת פיקודו על סיפון אימפריוס היה פרדריק מריאט (Marryat), שלימים היה לסופר ממבשרי סוגת סיפורי ההרפתקאות הימיים ואשר כתב רומן בדיוני אודות חוויותיו עם קוקרן. בעת שפיקד על אימפריוס פשט קוקרן על חופי הים התיכון הצרפתיים. בשנת 1808 תפס קוקרן, בסיוע כוחות גרילה ספרדיים את מבצר מונגה (Mongat), ששלט על הדרך בין ז'ירונה וברצלונה וכתוצאה עוכב צבאו הצרפתי של גנרל דואם (Duhesme) בחודש ימים. בפשיטה אחרת הועתק ספר צפנים צרפתי, אולם המקור הושאר מאחור, כך שהצרפתים יאמינו שהקוד לא נפרץ. במהלך תקופה זו הצטיידה אימפריוס במים חיים בשפך נהר הרון. כאשר צבא צרפתי צעד לקטלוניה וצר על העיר רוסאס (Rosas), סייע קוקרן בהגנת העיר בכך שאייש את מבצר השילוש (Castell de la Trinitat) למשך מספר שבועות.
יש הרואים בקוקרן, כמפקדן של ספידי, פאלאס ואימפריוס, את אחד מהקצינים היעילים ביותר בצי הבריטי, שיישם בצורה טובה מאוד טקטיקות של לוחמת חוף. לא רק שתקף מתקני חוף, אלא גם שעלה בידו לתפוס ספינות אויב בעודן עוגנות בנמל, על ידי פשיטה עליהן בסירות. הצלחות אלו הושגו בזכות תכנונו הקפדני, שסייע גם להפחתת אבדות בקרב אנשיו.
קרב מעגן הבסקים.
בתחילת אפריל 1809 התרכז חלק גדול של הצי הצרפתי במעגן הבסקים (Basque Roads)שלחוף מפרץ ביסקאיה. הצי הצרפתי התכוון לפרוץ לכיוון מרטיניק, ועגן ברושפור (Rochefort) שבקצה המעגן, אך הצי הבריטי הצליח להטיל עליו מצור ולמנוע ממנו את היציאה. האדמירליות הבריטית חששה מקיומו של צי צרפתי כה גדול, והורתה למפקד השייטת הבריטית, אדמירל גמבייה (Gambier), להשמיד את האוניות הצרפתיות באמצעות ספינות תבערה. גמבייה סירב, בטענה שזהו אמצעי לא אנושי ולא נוצרי. המשימה הוטלה על פקודו של גמבייה, קוקרן. קוקרן הוסיף לצי ספינות התבערה שהועמד לרשותו גם ספינות נפץ, ובליל 11 באפריל הסתער על הצרפתים. רוב האוניות לא פגעו במטרתן, אך הצוותים הצרפתיים נבהלו מאוד מצי אוניות התבערה המתקרב, ובמהומה שהשתררה התנגשו האוניות הצרפתיות זו בזו, חלק גדול מהן עלו על שרטון או נתקעו ביבשה. עם שחר הסתבר שהצי הצרפתי למעשה חסר יכולת להתגונן; קוקרן הפציר בגמבייה להתקרב עם שאר הצי ולהשמיד את הצי הצרפתי כולו. גמבייה סירב; קוקרן עשה כמיטב יכולתו לפגוע בצרפתים בכוחות עצמו, אך הזדמנות הפז להשמיד את עיקר הצי הצרפתי הוחמצה.
קוקרן חזר לבריטניה כגיבור, אך היה מלא מרירות על ניהול הקרב, והאשים את גמבייה בפחדנות אל מול האויב. גמבייה תבע שייערך לו משפט צבאי, כדי להוכיח את חפותו; קוקרן לא העריך נכונה את יחסי הכוחות הפוליטיים, ולא הבין שקשריו הפוליטיים של גמבייה יסייעו לו. כאב בית הדין מונה אחד מידידיו הטובים של גמבייה, והוא זוכה במשפט. האדמירליות זקפה את הניצחון בקרב לטובת גמבייה, וקוקרן הודח מפיקוד.
קריירה פוליטית.
ביוני 1806 התמודד קוקרן על ייצוג מחוז הבחירה של הוניטון (Honiton) בבית הנבחרים הבריטי על בסיס תמיכתו ברפורמה פרלמנטרית (שתביא, בשנת 1832, לחוק הרפורמה שכונה גם "חוק הרפורמה הגדולה"). מחוז הוניטון היה "מחוז רקוב" מהסוג שקוקרן ביקש לשנות מן היסוד. במחוז זה היו קולות המצביעים נמכרים לכל המרבה במחיר; קוקרן, שלא הציע תמורה בעבור התמיכה בו, לא נבחר. באוקטובר אותה שנה התמודד שוב קוקרן, באותו מחוז, והפעם נבחר. קוקרן הכחיש כי שילם שוחד על מנת להיבחר, ואולם עשר שנים לאחר מכן גילה בעצמו, בזמן דיון בפרלמנט, שאכן שילם עשרה גיני לבוחר בתיווכו של בנקאי מקומי.
במאי 1807 נבחר קוקרן, בצורה דמוקרטית יותר, במחוז וסטמינסטר, והחזיק בכסאו עד לשנת 1818. במהלך התקופה הוא הודח ל-11 יום, בין ה-5 ל-16 ביולי 1814, בשל הרשעתו בפרשת הונאת בורסת ניירות הערך הגדולה של שנת 1814, אולם נבחר בשנית בבחירות הביניים בידי מחוז הבחירה שלו (ראו בהמשך). במהלך כהונתו תמך קוקרן ברפורמה פרלמנטרית לצידם של רדיקלים נוספים. ביקורתו המוחצנת על אופן ניהול המלחמה ועל השחיתות בצי הקימה לו אויבים רבי עוצמה בקרב הממשל. ביקורתו החריפה על התנהלותו של אדמירל גמבייה בקרב מעגן הבסקים הביאה את גמבייה לדרוש לנקות את שמו במשפט צבאי, כאמור, והפרשה הקימה לו אויבים גם בקרב האדמירלות. על אף הפופולריות לה זכה בקרב הציבור לא מצא קוקרן שפה משותפת עם בעלי בריתו הפוליטיים ועל אחת כמה וכמה עם הממשלה. מכיוון שכך זכה להצלחה מועטה בלבד בקידום מטרותיו, בדרך כלל.
בשנת 1818 תמה כהונתו של קוקרן בבית הנבחרים. בשנת 1831 נפטר אביו וקוקרן הפך לרוזן העשירי של דנדונלד (Earl of Dundonald). בתארו החדש זכאי היה קוקרן למושב בבית הלורדים.
חיי משפחה.
בשנת 1812 נישא קוקרן לקתרין פרנסס קורבט בארנס, יפהפייה יתומה, שהייתה צעירה ממנו ביותר מ-20 שנה. בני הזוג נישאו בחשאי בטקס אזרחי עקב התנגדותו של דודו האמיד של קוקרן, באזיל קוקרן, לנישואים. כתוצאה מכך נישל באזיל קוקרן את תומאס קוקרן מירושתו. קתרין קוקרן התלוותה לבעלה בים לעיתים קרובות במהלך שירותו באמריקה הדרומית וביוון. בשנת 1818 נישאו בני הזוג בשנית בכנסייה האנגליקנית ובשנת 1825 - בכנסייה של סקוטלנד. לבני הזוג נולדו ארבעה בנים ושתי בנות; בת אחת נפטרה כשהייתה כבת שנה בלבד. שניים מבניו של קוקרן שירתו בצבא הבריטי, ושני האחרים בצי. אחד מהם הגיע לדרגת אדמירל ועוטר כאביר מפקד (Knight Commander) של מסדר האמבט.
הונאת בורסת ניירות הערך הגדולה.
ב-21 בפברואר 1814 פשטה בלונדון שמועה על מותו של נפוליאון בונפרטה ועל סיום המלחמה. השמועה גרמה לעלייה תלולה בבורסה הלונדונית, ולאחר מכן לנפילה חדה, מאוחר יותר באותו היום, כאשר התברר שהשמועה שקרית. ועדת חקירה קבעה כי מדובר היה בהונאה מכוונת, ותומאס קוקרן הורשע כאחד האחראים לה. קוקרן טען לחפותו במשך כל חייו, ובהמשך המאה ה-19, במהלך התקופה הוויקטוריאנית, מקובל היה להאמין בחפותו.
גזר דינו של קוקרן כלל הוקעה על עמוד הקלון, מאסר לשנה, וקנס כספי. חשש למהומות מצד תומכיו הביאו לביטול עונש הסד אולם קוקרן הודח מבית הנבחרים (וכאמור, נבחר מחדש בשנית 11 ימים לאחר מכן) וסולק מהצי. נוסף על כך נלקח מקוקרן תואר האבירות שלו, ודרגותיו הצבאיות נשללו ממנו בטקס השפלה צבאי פומבי.
בשנים שלאחר מכן נלחם קוקרן על זיכויו ועל השבת תאריו. הוא זכה לחנינה מלכותית ב-1832, דבר שאפשר את השבתו לרשימת הצי בה מופיעים כלל קציני הצי ומינוייהם. בשנת 1847 השיבה המלכה ויקטוריה לקוקרן את תואר האבירות שלו.
שירותו בציים זרים.
בצי הצ'יליאני.
לאחר פרשת הונאת בורסת ניירות הערך הגדולה עזב קוקרן את בריטניה כשאות קלון תלוי מעליו, אולם הדבר לא קטע את הקריירה הימית שלו. במאי 1817 נענה קוקרן לפנייתו של ברנרדו או'היגינס והתמנה למפקד הצי הצ'יליאני במהלך מלחמת העצמאות הצ'יליאנית במאבקה להשתחרר מעול הכיבוש הספרדי. קוקרן היה למפקדו הראשון של הצי הצ'יליאני והראשון לשאת את התואר אדמירל המשנה של צ'ילה.
ב-28 בנובמבר 1818 הגיע קוקרן, מלווה באשתו ושני ילדיו, לנמל ולפראיסו. לאחר שקיבל את תאריו ומינויו למפקד הצי החל בארגון מחדש של הצי בהתבסס על מנהגי הצי הבריטי. הוא פיקד על הפריגטה "או'היגינס" ופשט של חופי צ'ילה ופרו כפי שעשה בעבר בצרפת וספרד. בנוסף, ארגן את כיבושה של ולדיביה, ופיקד על מתקפה נועזת של שתי ספינות וכ-300 מלחים כנגד 7 מבצרים רבי עוצמה. בשנת 1820 הצליחו כוחותיו לקחת בשבי את ה"אסמרלדה", הספינה הספרדית החזקה ביותר באמריקה הדרומית, אולם הוא כשל בניסיונות כיבוש האי צ'ילואה. לאחר מכן הורה או'היגינס לקוקרן להוביל את הצי הצ'יליאני לשחרור פרו מעול ספרד במקביל למסעו היבשתי של חוסה דה סן מרטין, מהלך שהוביל לעצמאות פרו והבטיח את עתידה העצמאי של צ'ילה.
קוקרן סיים את שירותו תחת דגל צ'ילה ב-29 בנובמבר 1822. חמש ספינות בצי הצ'יליאני נקראו "קוקרן" או "אלמירנטה קוקרן". הראשונה שרתה במלחמת האוקיינוס השקט ואילו החמישית החלה בשרותה בשנת 2006.
בצי הברזילאי.
לאחר שירותו בצי הצ'יליאני עבר קוקרן לשרת בצי הברזילאי; ברזיל הייתה בעיצומה של מלחמת העצמאות שלה משלטון האימפריה הפורטוגזית. המורדים שלטו בדרום, והפורטוגלים שלטו בצפון, ובעיר החשובה סאו לואיס. ב-21 במרץ 1823 קיבל קוקרן את הפיקוד על הצי הברזילאי ועל אוניית הדגל שלו "פדרו הראשון". הוא חסם את דרכם של הפורטוגלים בבאהיה ואילץ אותם להתפנות למרניאו בעודו תופס חלק ניכר משיירת הנמלטים. לאחר מכן מיהר והקדים את המפונים בדרכם למרניאו; על ידי שימוש בתרגיל הונאה גרם קוקרן לפורטוגלים במקום להיכנע. הוא שלח את אחד מפקודיו לפארה, שם חזר פקודו על אותה הונאה, וגם שם זכה בכניעת הפורטוגלית. ב-1824, לאחר שזכתה ברזיל בעצמאותה, פרש קוקרן מפיקודו על הצי הברזילאי.
כתוצאה ממרידות וניסיונות הפיכה מצא עצמו קוקרן מושל פרובינציית מרניאו. קיסר ברזיל פדרו הראשון יצר עבורו את התואר המרקיז ממרניאו והכתיר אותו לראשון הנושא בתואר זה. אולם קוקרן לא חפץ להמשיך ולאחוז במשרה וב-10 בנובמבר 1825 עזב את ברזיל ושם פעמיו לאנגליה.
בצי היווני.