ב-1798, בגיל עשרים ושש, ניצח הריסון את ארתור סנט קלייר הבן, בנו של המושל של הטריטוריה, בהפרש של קול אחד כדי להפוך לנציג הראשון של הטריטוריה בקונגרס. הוא שירת בקונגרס מ-4 במרץ 1799, עד ל-14 במאי 1800. כנציג הטריטוריה בקונגרס, הוא לא יכול היה להצביע בנושא חוקים, אולם הורשה להיות בוועדה, להגיש חוקים ולהשתתף בדיונים.
הריסון הפך ליושב ראש הוועדה לקרקעות ציבור וקידם את חוק הקרקעות שהקל על המתיישבים לרכוש קרקע בטריטוריה ואישר לשטחי קרקע קטנים להימכר במחיר זול. מחיר קרקעות הציבור נקבע על שני דולרים לאייקר. הוזלת רכישת הקרקעות הובילה לגדילה של הטריטוריה.
הריסון היה גם בוועדה שהחליטה כיצד לחלק את הטריטוריה הצפון מערבית. היא המליצה לחלק את הטריטוריה לשני אזורים: האזור המזרחי, שימשיך להיות הטריטוריה הצפון מערבית, והכיל את אוהיו ומזרח מישיגן, והאזור המערבי, טריטוריית אינדיאנה, שהכילה את אינדיאנה, אילינוי, ויסקונסין, מערב מישיגן, ומזרח מינסוטה. שתי הטריטוריות החדשות הוקמו ב-1800.
ב-13 במאי 1800, מינה אותו הנשיא ג'ון אדמס למושל טריטוריית אינדיאנה, בגלל קשריו במערב וחושיו הפוליטיים. הריסון, שהופתע, סירב לקבל את העמדה עד שקיבל הבטחה מצד המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית תומכי תומאס ג'פרסון שלא יפטרו אותו אם ינצחו בבחירות. לאחר שהסנאט של ארצות הברית אישר את המינוי, התפטר הריסון מהקונגרס והפך למושל הראשון של טריטוריית אינדיאנה ב-1801.
מושל טריטוריית אינדיאנה.
הריסון הגיע אל וינסנס, הבירה של טריטוריית אינדיאנה, ב-10 בינואר 1801, כדי להתחיל בתפקידו. הנשיאים תומאס ג'פרסון וג'יימס מדיסון, שהיו חברים במפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית, מינו את הריסון מחדש כמושל ב-1803, 1806 ו-1809. הריסון היה פדרליסט, והיה אחד מהמעטים ששמרו על תפקידם לאחר היבחרם של ג'פרסון ומדיסון. ב-28 בדצמבר 1812, התפטר הריסון מתפקידו כמושל כדי לחזור לצבא במהלך מלחמת 1812.
ב-1804, בתקופתו כמושל, קיבל הריסון סמכויות לארגן ממשלה אזרחית של מחוז לואיזיאנה, חלק מטריטוריית לואיזיאנה. באוקטובר 1804, כשהממשלה האזרחית הוקמה, שירת הריסון כמנהיג הביצועי של המחוז. הריסון ניהל את ענייני העיר במשך חמישה שבועות, עד שטריטוריית אינדיאנה הוקמה ב-4 ביולי 1805.
ב-1805, בנה הריסון בית עם מטעים ליד וינסנס, שקרא לו גרוסלנד, על שם הציפורים באזור. הבית בן שלושה-עשר החדרים היה אחד ממבני הלבנים הראשונים בטריטוריה. בכהונתו כמושל, ביתו של הריסון היה מרכז החיים הפוליטיים והחברתיים בטריטוריה. החווה שוקמה והיא אטרקציה תיירותית. לאחר העברת הבירה אל קורידון ב-1813, בנה הריסון בית שני קרוב לעמק הריסון.
בנוסף לסמכויותיו כמושל טריטוריה, הקים הריסון את אוניברסיטת ג'פרסון ב-1801. בית הספר הפך לאוניברסיטת וינסנס ב-29 בנובמבר 1806, והוא אחת משתי מכללות שהוקמו בידי נשיא אמריקני, לצד אוניברסיטת וירג'יניה שהקים תומאס ג'פרסון.
למושל הריסון היה כוח רב בטריטוריה החדשה, כולל הסמכות למנות נציגים למועצה, וסמכות לחלק אותה למחוזות פוליטיים קטנים. הוא היה צריך לשמור על השטחים של האינדיאנים כדי להרשות התיישבות עתידית שתגדיל את האוכלוסייה באזור ותקדם את הטריטוריה לקראת מעמד של מדינה. הריסון רצה להרחיב את הטריטוריה כדי לזכות בהון פוליטי. ב-8 בפברואר 1803, הנשיא ג'פרסון מינה את הריסון מחדש לתפקיד המושל, והעניק להריסון סמכות לנהל משא ומתן ולחתום על הסכמים עם האינדיאנים.
בין 1803 ל-1809, חתם הריסון על אחד עשר הסכמים עם מנהיגים אינדיאנים שהעניקו לממשלה יותר מ-240,000 קילומטרים רבועים של קרקעות, כולל השליש הדרומי של אינדיאנה ורוב אילינוי. הסכם סנט לואיס מ-1804 דרש משבטים לפנות את רוב מערב אילינוי וחלקים ממיזורי לטובת הממשלה. השבטים התנגדו לכך ותמכו בממלכה המאוחדת במהלך מלחמת 1812. הריסון חשב שיוכל לרצות את האינדיאנים בהסכם נוסף, אולם המתיחות נותרה גבוהה. הסכם חדש, בו רכש הריסון עוד קרקע, שהכילה יותר מ-10,000 מטרים רבועים של אדמות, בעיקר משבט השוני. הריסון הציע מימון לשבטים ולמנהיגיהם כדי לאשר את ההסכם לפני תום תקופת ממשל ג'פרסון. השבטים ניסו לבטל את ההסכם אולם לא הצליחו.
אף על פי שעמדתו תומכת העבדות של הריסון גרמה לכך שלא היה אהוד בקרב מתנגדי העבדות באינדיאנה, הוא השתמש במעמדו כדי להביא את העבדות לטריטוריה. התנועה שהתנגדה לעבדות הייתה חזקה ומנעה זאת. ב-1803, לחץ הריסון בפני הקונגרס להשעות את איסור העבדות בטריטוריה לעשר שנים. לאחר ההשעיה, האזרחים יוכלו להחליט בעצמם אם להתיר את העבדות. ב-1803 וב-1805, הריסון והשופטים הטריטוריאליים העבירו חוקים שהסמיכו הבאת עבדים לטריטוריה וגרמו לתסיסה.
ב-1809, לאחר הפרדת החלק המערבי מטריטוריית אינדיאנה ויצירת טריטוריית אילינוי, התקיימו בחירות כדי לבחור בחברי המועצה המחוקקת בפעם הראשונה (לפני כן, חברי הבית התחתון נבחרו אולם המושל מינה את חברי הבית העליון). הריסון נכנס לעימותים עם המועצה כשמתנגדי העבדות זכו להישגים במזרח הטריטוריה. כשהאספה הכללית של הטריטוריה התכנסה ב-1810, מתנגדי העבדות ביטלו את החוקים מ-1803 ומ-1805. לאחר 1809, סמכותו הפוליטית של הריסון הידרדרה כשהמועצה המחוקקת קיבלה יותר ויותר סמכות לקראת הפיכת הטריטוריות למדינות. ב-1812 החליט הריסון להתפטר ולחזור לצבא.
הנשיא ג'פרסון ניסה לפגוע בתנועת העבדים של הריסון. אף על פי שהיה בעל עבדים, ג'פרסון לא רצה להרחיב את העבדות אל הטריטוריות באמונה שיש לבטל את המוסד בבוא העת. ג'פרסון תרם כסף לכנסיות באזור שיעצרו את העבדות. באינדיאנה, הקמת כנסייה נגד העבדות הובילה לכך שהאזרחים חתמו על עצומה והתארגנו כדי למנוע את אישור העבדות בטריטוריה.
גנרל בצבא.
טקומסה וטיפקאנו.
תנועת התנגדות אינדיאנית להתרחבות האמריקנית גדלה בעזרת מנהיגותם של האחים משבט השוני, טקומסה וטנסקואטאוה (הנביא). העימות הפך למלחמת טקומסה. טנסקואטאוה שכנע את השבטים שהרוח הגדולה תגן עליהם ושלא יפגעו אם ילחמו במתיישבים הלבנים. הוא עודד התנגדות ואמר לשבטים לשלם לסוחרים הלבנים רק חצי ממה שדרשו, ולוותר על כל דרכיו של האדם הלבן, כולל בגדים, רובים, ובעיקר הוויסקי.
באוגוסט 1810, הוביל טקומסה ארבע מאות לוחמים חמושים אל נהר ובאש, כדי לפגוש את הריסון בוינסנס. הלוחמים התלבשו בצבעי המלחמה שלהם, והופעתם הפתאומית הפחידה את החיילים. מנהיגי הקבוצה נפגשו עם הריסון בגראוסלנד. טקומסה התעקש שההסכם לא היה חוקי. הוא טען ששבט לא יכול למכור אדמה ללא אישור משאר השבטים, וביקש מהריסון לבטל את ההסכם ושהאמריקנים לא ינסו ליישב את השטחים. טקומסה יידע את הריסון שאיים להרוג את הצ'יפים שחתמו על ההסכם אם ימלאו אותה, ושקונפדרציית השבטים גדלה במהירות. הריסון אמר שהשבטים שמכרו לו את הקרקעות היו בעליהם החוקיים, ושמותר להם למכור את הקרקעות. הוא דחה את טענותיו של טקומסה בנוגע ליצירת אומה אינדיאנית אחת, ואמר שלכל שבט יהיו יחסים נפרדים עם המדינה. הוא טען שהרוח הגדולה הייתה גורמת לכולם לדבר בשפה אחת אם היו אומה אחת.
טקומסה התפרץ, אולם הריסון לא הצליח להבין את שפתו. אינדיאני שתמך בהריסון דרך את הרובה שלו כדי להזהיר את הריסון. עדי ראייה טענו שטקומסה איים להרוג את הריסון ואת אלף האזרחים בעיר. הריסון שלף את חרבו. לוחמיו של טקומסה נסוגו לאחר שהקצינים שלפו את רוביהם כדי להגן על הריסון. צ'יף ידידותי להריסון אמר לטקומסה שכיוון שבאו בשלום, עליהם לחזור הביתה בשלום. לפני שעזב, טקומסה אמר שללא ביטול ההסכם, יצור ברית עם הבריטים. לאחר הפגישה, טקומסה נסע לפגוש שבטים רבים, בתקווה ליצור קונפדרציה מול ארצות הברית.
ב-1811, במהלך סיורו של טקומסה, הסמיך מזכיר המלחמה את הריסון להפגין את כוחו מול הקונפדרציה. הריסון הוביל צפונה צבא של יותר מאלף אנשים, כדי לאיים על שבט השוני לחתום על הסכם שלום. במקום, החליטו האינדיאנים לתקוף את צבאו של הריסון ב-7 בנובמבר, במה שהפך לקרב טיפקאנו. הריסון ניצח את השבטים בפרופטסטאון, ליד הנהרות ובאש וטיפקאנו. הריסון נחשב לגיבור לאומי והקרב התפרסם. אולם חייליו היו רבים יותר מהתוקפים, וסבלו אבדות רבות במהלך הקרב.
הריסון יידע את מזכיר המלחמה בנוגע לקרב בנהר טיפקאנו (מה שהוביל לשם הקרב) ועל כך שחשש ממתקפת נגד. לאחר שלא התרחשה מתקפה שנייה, היה ברור ששבט השוני הובס. הריסון הסתכסך עם מחלקת המלחמה שטענה שלא הכין את המחנה שלו מספיק למלחמה. הסכסוך נמשך במלחמת 1812.
העיתונות לא דיברה בתחילה על הקרב, ורבים חשבו שהריסון הובס. בדצמבר, רוב העיתונים דיברו על הקרב והתעורר זעם ציבורי על המתקפה. בזמן של מתיחות גדולה עם הממלכה המאוחדת, אמריקנים רבים טענו שהבריטים חימשו את השבטים. בתגובה, העביר הקונגרס החלטה נגד הבריטים ונגד התערבותם בנושאי פנים אמריקניים. כעבור כמה חודשים, ב-18 ביוני 1812, הכריזה הממשלה מלחמה כנגד בריטניה. הריסון עזב את וינסנס וחזר לצבא.
מלחמת 1812.
פרוץ המלחמה מול הבריטים ב-1812 הובילה לעימות עם האינדיאנים בצפון מערב המדינה. הריסון שירת כמייג'ור גנרל במיליציה של קנטקי עד שהממשלה הסמיכה אותו לפקד על הצבא הצפון מערבי ב-17 בספטמבר 1812. אף על פי שהריסון קיבל תשלום ממשלתי על שירותו, הוא גם קיבל משכורת של מושל בין ספטמבר ל-28 בדצמבר 1812, כשהתפטר מתפקידו כמושל והמשיך את שירותו הצבאי.