אחרי המאה ה-13 אין מידע על קיומם של בישופים קתולים בירזנקה-אקיליסנה והם אינם מוזכרים ב"רישומי הבישופויות". בימינו "אקיליסיני" רשומה כ"בישופות טיטולרית" (סמלית) של הכנסייה הרומית-קתולית.
ממלכות ואימפריות מוסלמיות בימי הביניים.
הערבים.
בעת מסעות הכיבוש של הערבים המוסלמים במאה ה-7, כבש המפקד הערבי חביב בן מסלמה את ארז בשנת 655. אחרי נפילת האימפריה הססנית פרצו במזרח אנטוליה קרבות בין הערבים ולביזנטים.
עדיין בשנת 859 המושל של מלטיה מטעם החאליפה העבסי, עומר בן עבדאללה כבש מחדש את ארז מידי הביזנטים.
הטורקים הסלג'וקים.
אחרי קרב מנזיקרט בשנת 1071 שבו הביסו הטורקים הסלג'וקים בראשות אלפ ארסלן את הקיסר הביזנטי רומנוס הרביעי, נכללה ארזינג'ן באימפריה המוסלמית שהקימו הראשונים. העיר הפכה לחלק מנסיכות הבייליקית מנגיצ'ק (מנגוצ'ק) (מנגיצ'ילי) אותה הקים מנגיצ'ק אהמט גאזי, אחד הגנרלים של ארפ ארסלן. בירת הבייליק הייתה העיר קמח.
הבייליק מנגיצ'ק התקיים עד שנת 1228. תחת שלטונם של בני מנגיצ'ק ובמיוחד בימי פהרטין בהרם שאה (1225-1165), החתן של הסולטן קיליץ' ארסלן השני, ידעה ארזינג'אן פריחה כלכלית ותרבותית. עם כיבושן של ארזינג'אן וקמח בשנת 1228 בידי ראש הסולטנות הסלג'וקית של רום, עלא-א-דין קאי קובאד הראשון, הביליק מנגיצ'ק הגיע לקיצו. בשנת 1230 ביישוב יאסי צ'מן על יד ארזינג'אן הביסו לוחמיו של קאי קובאד את אחד מצאצאיהם האחרונים של השאהים של ח'ווארזם, ג'לאל א-דין. שנמלט עם כוחותיו מפני המונגולים עד לאנטוליה. קאי קובאד בנה את חומות ארזינג'אן מחדש.
המונגולים.
בשנת 1240 פלשו המונגולים לארמניה ואנטוליה. אחרי שהשתלטו על ארזורום, ב-26 ביוני 1243 בפיקודו של באיג'ו ניצחו בקרב קסדה (קסה דא) את הסלג'וקים בראשות קא חיסרב השני (בנו של קאי קובאד) והחריבו את ארזינג'אן. כעבור עשור, בשנת 1254, מבקר מן המערב, ויליאם מרוברוק, ציין כי 10,000 מתושבי העיר נהרגו ברעידת אדמה. העיר הפכה בהמשך לחלק מאימפריית האילחאנים, עד שנת 1335 כשסופחה לבייליקות החדשה ארטנה שהוקמה על ידי אויגורים מצבא האילחאנים. בסביבות 1395 עברה העיר לידי קאזי בורחן א-דין מקייסרי. בימי השלטון המונגולי והאויגורי במאות-13–14 שוקמה העיר. באותם ימים נהנתה הקהילה הארמנית בראשות הארכיבישוף סרגיס ויורשיו, לאוטונומיה משמעותית וכלכלת העיר שגשגה. התפתחו, בין השאר יחסי מסחר עם ונציה. הסחורות מן הים התיכון הועברו דרך ערי הנמל מלטיה ואראפגיר. בעיר התיישבו לצד הרוב הארמני ותושבים מוסלמים גם מספר רב של אירופאים.
בשנת 1331 ביקר בעיר הנוסע הערבי אבן בטוטה שציין כי רוב אוכלוסיית העיר הייתה ארמנית, אם כי "מוסלמית". הוא ציין קיומן בעיר של ארגוני צעירים קרויות "אחים" או "אחוות".
במחצית השנייה של המאה ה-13 ביקר בעיר הנוסע הוונציאני מרקו פולו, שרשם:
בתחילת המאה ה-15 הדיפלומט הספרדי רוי גונסאלס דה קלאוויחו, שביקר בארזינג'אן בדרכו לסמרקנד, ציין ביומנו:
הטימורים, הטורקים קארה קויונלו ואק-קויונלו.
במהלך המאה ה-14 כמה אמירויות נאבקו באופן מתמיד על השליטה בעיר, חלקן בתמיכת מעצמות אחרות. מאוחר יותר התחרו עליה האימפריה העות'מאנית וטימור לנג.
ב-1401 הטיל הסולטן העות'מאני באיזיט הראשון מצור על ארזינג'אן וכבשה. אך בשנת 1402 הוא נוצח על ידי טימור לנג בקרב אנקרה. צבאו של טימור הצליח להשתלט על חלק גדול מאנטוליה. גם ירזנקה-ארזינג'אן נשלטה על ידי אנשי טימור בשנים 1410-1402. בשנת 1419 היא נכבשה על ידי שושלת קארה קויונלו, ב-1455 על ידי אוזון חסן ושבטי אק קויונלו. בעקבות ניצחון העות'מאנים של מהמט השני בקרב אוטלוקבלי, על יד טרג'אן, ב-1473 סולקה שליטת פרס על ארזינג'אן. השלטון עבר למשך כמה עשורים לידי כמה מנהיגים מקומיים.
הפרסים הספווים והאימפריה העות'מאנית.
בשנת 1502 קבע השליט הראשון של פרס הספווית, השאה אסמאעיל הראשון את המטה הכללי שלו בארזינג'אן. אולם אחרי הקרב צ'לדיראן שבו הובסו על ידי הסולטן סלים הראשון, נאלצו הספווים לעזוב בשנת 1514 את מזרח אנטוליה. ארזינג'אן הפכה לבירת מחוז - איילט - של האימפריה העות'מאנית. הסולטן סולימאן הראשון ביקר בעיר פעמיים, לראשונה ב-1534 כשפנה נגד טבריז, בירת הספווים, ושוב ב-1540 במסע צבאי נוסף נגד פרס.
במאה ה-17 הייתה ארזינג'אן אחד ממרכזי המרד של הג'לאלים. בשלהי המאה ה-17 הועתקה הדרך המסחרית שחיברה את אסיה הקטנה עם פרס יותר צפונה. לכן איבדה ארזינג'אן את חשיבותה וחלק גדול מתושביה עזבו.
במאה ה-19 התפשטה בעיר הרפורמה הסופית נאחסבנדיה. בשנת 1784 החריבה רעידת אדמה קשה את כל המונומנטים של העיר ומתו בה כאלפיים תושבים.
בשנת 1828 פלשו כוחות רוסיה הצארית לחלק מארמניה. בהתאם לחוזה טורקמנצ'אי הח'אנויות יירבן ונחיצ'באן סופחו לרוסיה. הצבא הרוסי התקבל בשמחה על ידי הארמנים שדוכאו על ידי הטורקים והכורדים. בסופו של דבר הכוחות הרוסים לא הגיעו לארזינג'אן.
ב-1864–1865 הייתה העיר שוב לבירת סנג'ק שכללה חמש "קאזה".
בסוף המאה ה-19 ידעה העיר תנופה מחודשת, בעקבות העברתו לארזורום השכנה של פיקוד אחד הקורפוסים הצבאיים החשובים של האימפריה.
לפי ויטל קינה, בשלהי המאה ה-19 הייתה אוכלוסיית העיר 23,000 תושבים, מתוכם 15,000 מוסלמים. קצת יותר מאוחר באותה תקופה, לינץ' העריך שבכל הסנג'ק ארזינג'אן חיו כ-156,000 בני אדם, מתוכם 31,000 נוצרים, כמעט כולם ארמנים. באזור הכפרי המקיף את ארזינג'אן חיו גם הרבה כורדים מוסלמים.
בימי שלטון הסולטן עבדול חמיד השני בשנת 1891 הוצבה בארזינג'אן מפקדת 30 גדודי פרשים "חמידיה", רוב רובם כורדים, שנועדו לבצע מעשי טבח ביישובים הארמנים. מעשי הטבח התרחשו בעיקר בשנים הבאות ב-1896-1894.
בארזינג'אן בוצע טבח בספטמבר 1895.
מלחמת העולם הראשונה. רצח העם הארמני.
בתחילת המאה ה-20 היה האזור עדיין מאוכלס גם בארמנים. האנציקלופדיה ברוקהאוס-אפרון ציינה שבארזינג'אן חיו כ-30,000 תושבים, בעיקר "טורקים". לפיה היו בעיר כ-20 מסגדים ו-4 כנסיות ארמניות.
בשנת 1914 חיו בארזינ'אן בין 50-70,000 תושבים, מתוכם אולי כ-20,000 ארמנים. מסביב לעיר היו 197 כפרים, מתוכם 60 כפרים ארמנים. הכפרים הארמנים כללו את אחורג'וג, ברגוסר, דנגניג, גארמרי, גאריגין, גיוליצ'ה, חאראבדי, חרומוץ, מלמוציג, מגוציג, מרטגי, מטני, ורי צ'יפלטיג ואחרים. גרו בהם כ-45,000 ארמנים. - בממוצע כ-700 תושבים בכל כפר. בכל הכפרים פעלו כ-30 כנסיות. על ההרים מסביבם היו בתחילת המאה ה-20 מספר מנזרים ארמנים:בוגוס-סדרוס הקדוש, גיראגוס הקדוש, חגופ הקדוש, חיאבור גאראבד הקדוש, נרסס הקדוש, ניקוגוס הקדוש ושוגאגאר הקדוש.
בעיר פעלו עד למלחמת העולם הראשונה קונסולים של בריטניה, צרפת, גרמניה ופרס, סגן קונסול של ארצות הברית וכן נספח צבאי רוסי. כמו כן פעל בית חולים של מיסיון נוצרי אמריקאי. העות'מאנים החזיקו בה חיל מצב גדול.
הגירוש והטבח ההמוני בארמנים.
בסביבות שנת 1915 נרצחו וגורשו רוב רובם של הארמנים בארזינ'אן והסביבה בימי רצח העם הארמני.
לפי ספרו של רימונד קבורקיאן "רצח העם הארמני" (2009) (המצטט, בין השאר, עדותו של הגנרל והיב פאשה בפני ועדת מזהר) בראש מבצע הטיהור האתני בסנג'ק ארזינג'אן עמד המושל - ה"מותסריף" ממדוח ביי וד"ר באחאטין שקיר ביי, איש "הטורקים הצעירים", שהיה, ככל הנראה, מראשי "הארגון המיוחד" (טשקילת-אי-מחסוסה) שהתמחה ברציחות המגורשים הארמנים בעת צעידות המוות. כמו כן נמנה עם מארגני הטבח חבר הפרלמנט מטעם העיר קמח, האלט ביי. הגירושים התחילו ב-18 במאי 1915. שבוע לפני הגירוש נעצרו ונרצחו בקמח ובסאנסר דרה מספר נכבדים ארמנים. התושבים הארמנים קיבלו מספר ימים כדי לחסל את נכסיהם. קודם כל גורשו 16 המשפחות האמידות בעיר -דר סריאן, פפזיאן, בויטיאן, סוסיגיאן ואחרות. שלוש מתוך 4 הכנסיות הארמניות הופקעו על ידי השלטונות. נותרה בהתחלה בידי הארמנים קתדרלת סורפ פרגיץ'. בתי הספר והכנסיות נשדדו. בערב 22 במאי 1915 12,000 אנשים מזוינים - ז'נדרמים, צ'טה (קבוצות מזוינות של אזרחים, שכללו, יש אומרים, עבריינים פליליים) ואיכרים טורקים ובראשם ממדוח ביי, הקיפו את הכפרים והמנזרים הארמנים מסביב לעיר. הנשים והילדים הארמנים נשלחו לבית הקברות הארמני של ארזינג'אן. גברים הוצאו להורג בקבוצות קטנות באמצעות יריות או על ידי שחיטת גרונותיהם והושלכו לבורות.
ב-25 -27 במאי הארמנים של ארזינג'אן רוכזו בבית הקברות קויובאשי, הנמצא במרחק שעת הליכה מן העיר. מאוחר יותר הם הוצעדו משם אל הגאי קמח ("קמח בוגאז" או "קמח בואז"), בין נהר הפרת ולבין סלעי הרי סבוח, שם רוב המגורשים מצאו מהר את מותם. בדרך עוד הותקפו ונשדדו על ידי קבוצות בריונים (צ'טה) וכפריים כורדים. מספר נשים נחטפו לכפרים טורקים ושרדו. מעריכים כי בתוך יום אחד נטבחו בגאי 25,000 ארמנים מארזינג'אן והסביבה. יחידות "הארגון המיוחד" שביצעו כאן את הטבח היו תחת פיקודו של גא'פר מוסטפא אפנדי. מאות נשים וילדים השליכו את עצמם למוות לתוך התהום. מאות ילדים נחטפו אל הכפרים הטורקיים. תינוקות הושלכו לנהר. בשבוע אחרי הטבח עוד צדו הז'ינדרמים והשוטרים את האנשים שהסתתרו בפרדסים או בשדות הטירס בסביבה. ב-8 ביוני נותרו בארזינג'אן 800 מגויסים ארמנים שהועסקו בבית מלאכה של הצבא, ועוד 150 שעבדו בניקיון ברחובות העיר ו-3 אחים וכוחות עזר שעבדו בבית חולים. הם לא ידעו מה היה גורל משפחותיהם. נאמר להם שהן הגיעו בשלום למוסול.