הציפיות שהמקום יתפקד כמוסד מתקדם נכזבו עד מהרה. במשך עשורים, מלבד שינוי השם בחזית, הוסיף המקום לתפקד כישיבה מסורתית ואפילו לשון ההוראה שונתה רק חלקית לצרפתית. לימודי חול כלל לא נלמדו באופן סדיר, אם בכלל. הקונסיסטוריה סוככה על בית-המדרש ומנעה ממשרד החינוך להשליט את מרותו אפקטיבית עליו. דרישות הקבלה, שהיו אמורות לכלול שליטה בצרפתית ובידע כללי, לא נאכפו כהוא זה. ביקורות שנערכו ב-1839 וב-1841 חשפו שהתלמידים עסקו כמעט כל הזמן בלימודי איסור והיתר ושאר דיונים הלכתיים, ולא היו בקיאים בנושאים שהממשלה ציפתה מהם. גם הניסיון של פרופ' אדולף פרנק מפריז להכניס פילוסופיה יהודית, כמו הגות רס"ג והרמב"ם, שהייתה זרה למסורת אשכנז, נכשל. הממשלה, שנואשה מהתנהלות בית המדרש, גמלה לבסוף שהצעד היחיד האפשרי היה ניתוקו מסביבתו – בקרב יהודי אלזס, אפילו בכירי רבני הקונסיסטוריה הוסיפו לערוך דרשותיהם ביהודית-גרמנית בשליש הראשון של המאה ה-19 – והעברתו לבירה פריז. הדבר עוכב עוד שנים בשל עיכובים בירוקרטיים והתנגדות הקונסיסטוריה במץ, שחששה מהיחלשות הדגש על לימודי קודש. ב-1847 מונו כמה פרופסורים לסגל המוסד כדי להורות לימודי חול. ב-1851 מונה הרב אלעזר ווג למופקד על לימודי תאולוגיה ופילוסופיה, ולתוכנית הוספו, לראשונה באופן קבוע, שיעורים בהומילטיקה (פילוסופיה של הדת ואמנות הדרשה), בגרמנית ובפרשנות המקרא.
המעבר לפריז.
ב-1 ביולי 1859, בימי הקיסר נפוליאון השלישי, התקבלה לבסוף ההכרעה על העברת בית המדרש לפריז. בהיעדרו, הצו נחתם על ידי הקיסרית אז'ני. המוסד שינה את שמו ל"בית המדרש לבני ישראל בצרפת". המעבר לבירה, קירב את בית המדרש ליהדות פריז המתבוללת ולאוניברסיטאותיה, והפך אותו למוסד מודרני.
בפריז התמקם בית המדרש תחילה במכון דרנבורג-ספרינגר ברחוב פארק רויאל 10 ברובע השלישי ועבר לאחר מכן לשדרות רישאר לנואר 57, ברובע האחד-עשר.
בעזרת הנדבן דוד בלוֹקה, נקנה שטח של 1.5 דונם ברחוב ווקלן 9 ברובע החמישי, בחלק התחתון של הר סנט ז'נבייב, לא רחוק מהרובע הלטיני. המוסד נפתח רשמית באכסניה החדשה ב-11 באפריל 1881. באותו רחוב, ווקלן, שוכנים בימינו בית הספר הגבוה לפיזיקה וכימיה תעשייתית של העיר פריז (מס.10), וספריית "זיגמונד פרויד" (מס.15)
בשנת 1883 בראש השנה נחנך גם בית התפילה של המוסד, הידוע בימינו כ"בית הכנסת ווֹקלן" או "הקהילה היהודית של הרובע הלטיני".
בבית המדרש הרבני התקבלו בדרך כלל רק בעלי תעודת בגרות. בסוף הלימודים נדרשו הסטודנטים לחבר עבודה בכתב. פרט לעברית, יוונית, לטינית, ערבית, נלמדו גם אנגלית וגרמנית, פילוסופיה, היסטוריה, גאוגרפיה, מדעים, מוזיקה והתעמלות. . כמקצועות דתיים נלמדו תנ"ך, תלמוד, ספרות חז"ל, שו"ת, דין עברי, תפילות, היסטוריה יהודית, אמנות הדרשה, מחשבת ישראל.
המנהל האחרון של בית הספר המרכזי לרבנים במץ (1859-1856), יצחק ליון טרנל, היה למנהל הראשון של בית המדרש הרבני בפריז, תפקיד בו החזיק עד שנת 1890.
אותם תלמידים שהיו מועמדים ללמוד בבית המדרש הרבני ושלא היו להם תעודות בגרות, יכלו להירשם למכינה שהייתה ידועה כ""תלמוד תורה של פריז" ויותר מאוחר כונה גם "בית המדרש הקטן"
(Petit Séminaire).
מכינה זו נפתחה כמוסד נפרד בשנת 1853 ובראשה עמדו בשנים 1866-1862 הרב צדוק כהן ואחר כך הרב לזר ווג. אחרי מלחמת צרפת–פרוסיה היא סופחה לבית המדרש הרבני מיוזמת הרב הראשי של צרפת, לזר איזידור והרב צדוק כהן שכיהן אז כרב הראשי של פריז. בשנת 1889 נפתח מסלול נוסף במסגרת בית המדרש הקטן -בית ספר להוראה וחזנות École de pédagogie et liturgie, École cantoriale שנועדה להכין חזנים (ministres-oficiants) ומורים. מסלול זה מצריך רק שלוש שנות לימודים, להבדיל מן המסלול הרבני הדורש חמש שנים. בתחילת המאה ה-20 סגל המורים של בית המדרש הרבני ושל התלמוד תורה של פריז היה ברמה גבוהה מאוד. באותה תקופה ניהל אותם הרב ז'וזף להמן וסגנו היה הרב אברהם כהן. עם המורים נמנו ישראל לוי, ז'אק כהן, ז'וזף הלוי, ז'וליין וייל וסימון דברה (שהיה אביו של רופא הילדים והחוקר רובר דברה וסבו של מישל דברה).ישראל לוי היה לימים הרב הראשי של צרפת בשנים 1939-1920. הוא היה עורך של כתב העת ללימודים יהודיים Revue des études juives וירש בשנת 1892 מאיזידור לב שנפטר, את ניהול החוג לספרות והיסטוריה יהודית.
אחרי ההפרדה בין דת למדינה.
בעקבות חוק ההפרדה בין דת למדינה ב-9 בדצמבר 1905, בית המדרש הרבני, שנהיה מוכר גם בשם École rabbinique de France (בית הספר או בית המדרש לרבנים של צרפת) נשאר באחריות הקונסיסטוריה המרכזית של פריז בלבד שנאלצה לספק גם את מימון המוסד. עד שנת 1905 נהגו הקהילות היהודיות לממן את לימודיהם של תלמידים יחידים מקרבן. אחרי 1908 התעוררו קשיים בסבסוד הלימודים על ידי הקהילות, למשל בבורדו ובאיון.
בימי מלחמת העולם הראשונה הושבתה פעילות המוסד במידה רבה, כאשר רוב רובם של התלמידים ומורים אחדים התגייסו לצבא. מרביתם שירתו ככלי קודש צבאיים. הונהגו גם בבית המדרש שעות של אימונים צבאיים שנועדו לתלמידים שמעל גיל 16. בסתיו 1917 רק שני סטודנטים ואחר כך ארבעה השתתפו בקורסים. היו גם כמה תלמידים ממדינות העולם, כמו אחד בשם ברקוביץ' (שנפצע בשנת 1916) ששירתו בלגיון הזרים.
בשנות ה-1930 היה נהוג שהתלמידים יסיימו גם תואר ראשון באחד המקצועות הכלליים.
בנוסף חלק מהסטודנטים לרבנות או לחזנות למדו גם מקצועות מעשיים -כמו שוחטים, משגיחי כשרות או מוהלים.
בימי השואה.
אחרי פינויים מפריז המותקפת של מוסדות הרפובליקה הצרפתית, ב-10 ביוני התפנה גם בית המדרש הרבני בניהולו של הרב הראשי מוריס ליבר לווישי, בה נשאר למשך חודשים אחדים. אחר כך הועבר ב 1941- יולי 1942 לשאמאלייר על יד קלרמון פראן והחל מאוקטובר 1942 לליון. בשנת 1943 הוא נסגר רשמית בליון על ידי השלטונות הפרו-נאציים הצרפתיים. עם זאת המשיך בפעילות חצי-מחתרתית עד לשנת 1945.
כשמכינת "התלמוד התורה של פריז" נסגרה, מיוזמת הרב אברהם דויטש של לימוז' הוקם בעיר הזאת "בית מדרש רבני קטן" שפעל בה בשנים 1942–1945. השיעורים של הכיתה המסיימת התקיימו בביתו של הרב דויטש, עד למעצרו ולירידתם של כמה מתלמידיו למחתרת ה"מאקי" של הצופים היהודים E.I בטארן.
חלק מתלמידי בית המדרש הקטן הפכו למנהיגים קהילתיים יהודים אחרי המלחמה.
בעת האקציות של משטרת וישי ושל הגסטפו נגד יהודי בפריז, קבוצה של ילדות יתומות שמצאה מקלט בבניין בית המדרש הרבני נעצרה באחד הבקרים ונשלחה למחנה הריכוז בדראנסי.
אחרי מלחמת העולם השנייה.
בשנות ה-1960 בהשפעת גל ההגירה הגדול של יהודי צפון אפריקה וההתעוררות הלאומית שלאחרי מלחמת ששת הימים, ידע בית המדרש התפתחויות חדשות לכיוון התחזקות לימוד התלמוד, בהתאם לדרישות ולמסורות המאמינים, בעוד שרמת הוראת המקצועות הכלליים נותרה טובה.
החל משנת 2013 מנהל בית המדרש הרבני של צרפת הוא הרב אוליבייה קופמן (נ' 1967). לפניו כיהן בתפקיד הרב מישל גוגנהיים (2012-1992), שנבחר בהמשך לרב הראשי של פריז.
תוכנית הלימודים בימינו כוללת:, תלמוד, משפט עברי, תנ"ך, מחשבת ישראל, עברית מודרנית, ספרות עברית, היסטוריה יהודית, דרשות, תפילות, לימודי מנהיגות רוחנית-חברתית-קהילתית. המקצועות הכלליים כוללים ספרות צרפתית ופילוסופיה. היוונית והלטינית יחד עם ההיסטוריה הקדומה והמודרנית הוצאו מתוכנית הלימודים, במקביל לרפורמות במערכת החינוך הלאומית של צרפת.
במסגרת הלימודים מעודדים את התלמידים ללמוד למשך שנה בישיבות בישראל.
כמו כן הם עוברים תקופות סטאז' כמורים בתלמודי תורה, בבתי דין רבניים ובקהילות,
בראש הוועד המנהל של בית המדרש יושב הרב הראשי של יהדות צרפת.
בית המדרש מאפשר מסגרת של מעון סטודנטים עם 15–20 מקומות.
בחינת הגמר כוללת מבחנים בכתב ובעל פה, לרבות הכנת עבודה בכתב של כ-60 עמודים ("ממואר") המוקדשת לנושאים מתחום הדת, הפולחן, היסטוריה דתית, ביוגרפיות, הגות בנוגע ליישום ההלכה (למשל לגבי זכות השביתה או מעמד העובר), היסטוריה של קהילות יהודיות וברוב המקרים -מוקדשת לפירושים של התורה או לשאלות ותשובות
. בסיום המוצלח של הבחינה מוענק התואר רב.
שלושה רבנים בממוצע מסיימים בכל שנה את חוק לימודיהם,
בוגרים מצטיינים של ישיבה ממקום אחר, למשל מישראל, יכולים לזכות בדיפלומה של בית המדרש הרבני אחרי שנה או שנתיים לימודים.
תלמידים.
במהלך השנים שעברו מאז 1830 יצאו את שערי בית המדרש כ-400 בוגרים, מהם - כ-300 בעלי תעודות רבנים, חזנים או מורים, חלק מהתלמידים היו חזנים ומורים לעברית. מתוך 18 הרבנים הראשיים של צרפת תשעת האחרונים היו בוגרי בית המדרש של פריז.
בסוף המאה ה-20 ותחילת המאה ה-21 עומד בית המדרש הרבני של היהדות הקונסיסטוריאלית בפריז בתחרות הולכת וגוברת מצד מוסדות החינוך הפחות פתוחים לעולם מסביב -של חב"ד, הקהילות החרדיות והישיבות האורתודוקסיות בישראל,
ספריית בית המדרש הרבני.
ספריית בית המדרש הרבני בפריז נהרסה במידה רבה בימי הכיבוש הנאצי.
היא שוקמה בשנת 2004 וכוללת בימינו כ-60,000 כרכים. כתבי היד שבה מאוחסנים בספריית "כל ישראל חברים",
מנהליו.
מנהלי בית המדרש הרבני לדורותיו היו הרבנים:
קישורים חיצוניים.
Henri Schilli, ed 1, Jean-Pierre Rothschild ed.2 ,2008
?"Serge Golan Quel avenir pour le Séminaire israélite de France"
נו דין דיים