בשל הטופוגרפיה ההררית המורכבת שלו, גבול אפגניסטן-פקיסטן המכונה קו דוראנד שימש כבר מאמצע המאה ה-20 כמקלט בטוח לארגונים, קבוצות ומיליציות רבות שלחמו נגד ממשלות אפגניסטן ופקיסטן כמו גם לקבוצות אופוזיציה שפעלו נגד מדינות אחרות במרכז אסיה; לקבוצות ולמיליציות שהשתקעו באזור היו אידאולוגיות שונות זו מזו, וחרף תמיכתן במשטר הטליבאן האפגני, הן מעולם לא הזדהו עם האידאולוגיה שלו המבוססת על זרם הדיאובנדי מההאסכולה החנפית. בעקבות פיגועי 11 בספטמבר ב-2001 שבוצעו על ידי ארגון אל-קאעדה שפעל באפגניסטן בחסות משטר הטליבאן, ארצות הברית פלשה לאפגניסטן באוקטובר 2001 במטרה למוטט את משטר הטליבאן וללכוד את אוסמה בן-לאדן, ומתנדבים רבים מהמיליציות האיסלאמיסטיות בקו דוראנד נחלצו לעזרתו ובאו להילחם באמריקנים בתור מלחמת ג'יהאד. לאחר כיבוש מרבית אפגניסטן על ידי נאט"ו, כוח הסיוע הביטחוני הבינלאומי והברית הצפונית, לוחמי מוג'אהדין ומפקדים בכירים של הטליבאן ואל-קאעדה מצאו מקלט באזור טורה בורה - רשת מערות מבוצרות על מורדות ההרים הלבנים במחוז ננגרהאר שנבנו בסיוע ה-CIA במסגרת מבצע ציקלון במהלך שנות ה-80 כנגד הפלישה הסובייטית לאפגניסטן. הכוחות האמריקנים ובעלי בריתם פתחו בדצמבר 2001 בקרב טורה בורה שבמהלכו נכבשו ההרים, אולם בן-לאדן ובכירים נוספים באל-קאעדה והטליבאן הצליחו להימלט מעבר לגבול לפקיסטן השכנה, וחמושים פשטונים מקומיים שלחמו לצידם באפגניסטן סייעו להם להשתקע באזורים השבטיים הפדרליים - אוטונומיה שבטית פשטונית בפקיסטן לאורך קו דוראנד.
ההתבססות של אל-קאעדה ומוג'אהידין זרים ממרכז אסיה, ארצות ערב וצ'צ'ניה באזור השבטים הפדרלי, הפכה את המחוז הפשטוני למקלט טרוריסטי חדש בחסות השבטים והטופוגרפיה ההררית המורכבת, וממשלת פקיסטן שחששה מאיבוד שליטה במחוז הורתה לצבא הפקיסטני ביולי 2002 להיכנס לראשונה מזה 55 שנה לנפות המחוז שנשלטו על ידי השבטים הפשטונים המקומיים במטרה להילחם נגד המוג'אהידין מאפגניסטן. הכניסה הצבאית לאוטונומיה התאפשרה לאחר משא ומתן ארוך עם מנהיגי השבטים שהסכימו לכך לבסוף בעל כרחם, ונתפסה על ידי השבטים הפשטונים כהתערבות בוטה של הממשלה באוטונומיה השבטית שלהם. שבטי הווזירים בנפות ווזיריסטן היו הראשונים שהתנגדו לנוכחות הצבאית בשטחם, וסירבו להסגיר מוג'אהידין זרים לצבא בהתאם לקוד הפשטונוואלי . בתהליך הדרגתי, המלחמה של פקיסטן נגד אל-קאעדה והמוג'אהידין נתפסה בעיני הפשטונים המקומיים כמלחמה לא-מוכרזת נגד השבטים וניסיון להכפיף אותם למרות הממשלה. בין 2002 ל-2004 התרחשו בעיקר קרבות בין הצבא הפקיסטני לבין אל-קאעדה ומוג'אהידין זרים עם מעורבות מצומצמת יחסית של השבטים המקומיים כתוצאה מהסכמי שלום שנחתמו שוב ושוב בינם לבין הממשלה. נקודת מפנה במיליטנטיות השבטית באזור הייתה ב-2006 בעקבות תקיפות שגויות של מל"טים אמריקנים על מקומות שנחשדו כמקלטים של אל-קאעדה בהן נהרגו כ-100 אזרחים פשטונים; התקיפות האוויריות שעוררו זעם ציבורי גדול בפקיסטן הובילו להפגנות של אלפים מבני השבטים נגד הממשלה ולהקמת מיליציות פשטוניות חמושות על ידי בוגרי מלחמת אפגניסטן שפעלו יחדיו תחת התאגדות חדשה שנקראה הטליבאן הפקיסטני (TPP); למרות השם הזהה והנאמנות המוצהרת למולה מוחמד עומאר, הטליבאן הפקיסטני מזוהה אידאולוגית עם אל-קאעדה וארגוני טרור סלפים מאשר עם הטליבאן האפגני שהוקם בסיוע פקיסטן ונחשב לבן-בריתה. הטליבאן הפקיסטני הוביל יחד עם ארגוני טרור נוספים את ההתנגדות המזוינת נגד צבא פקיסטן שהפכה להתקוממות בח'ייבר פח'טונח'ווה והגיעה לשיאה בין 2007 ל-2009.
בעקבות סדרת קרבות ומבצעים של הצבא הפקיסטני כנגד הטליבאן הפקיסטני ובני בריתו באזורים השבטיים הפדרליים בין 2009 ל-2010, מאות חמושים של הטליבאן הפקיסטני מנפות אורקזאי, ווזיריסטן וח׳ייבר חצו את הגבול למזרח אפגניסטן והתיישבו בנפות הדרומיות של מחוז ננגרהאר שבהם יש טופוגרפיה הררית דומה. החמושים הגולים קיבלו תמיכה מהקהילות הפשטוניות האפגניות שראו חובה מוסרית לעזור לאחיהם הנרדפים מפקיסטן בהתאם לקוד הפשטונוואלי. הבחירה של הגולים בדרום ננגרהאר נבעה מהקרבה שלו לאזור השבטי, ובאמצעות צירי הברחה התאפשר להם לחצות את הגבול שוב ושוב ולבצע פעילות כנגד צבא פקיסטן. בהמשך, חמושי הטליבאן הפקיסטני שנהנו מתמיכת הממשלה האפגנית, החלו להעביר את משפחותיהם לאזור והתיישבו בכפרים ועיירות בדרום ננגרהאר; משפחות החמושים מפקיסטן שכונו ״המוהאגירין״, בנו לעצמם מסגדים ומדרסות סלפיות והתפשטו בהדרגה בנפות אצ׳ין, נאזיאן, דה באלה וקוט כשמספרם מגיע לכ-2,000 משפחות לפחות. המוהאגירין הביאו איתם מפקיסטן אמצעי לחימה רבים דרך צירי הברחה והפגינו נאמנות לקבוצות מיליטנטיות פקיסטניות שהיו חלק מארגון הטליבאן הפקיסטני. רבים מהמואהג׳ירין הפגינו עוינות גלויה כלפי הטליבאן האפגני שנתפס בעיניהם כבעל ברית של פקיסטן וכמתנגד הסלפיה, ומאידך היו ביחסים טובים עם האוכלוסייה המקומית ועם הממשלה האפגנית שאף תמכה בהם בגלוי וראתה בהם בני ברית אפשרים במאבק נגד הטליבאן האפגני.
המבנה השברירי של ארגון הטליבאן הפקיסטני החזיק מעמד כל עוד עמדו בראשו מנהיגים כריזמטיים דוגמת בייטוללה מחסוד וחכימוללה מחסוד. לאחר חיסולו של חכימוללה מחסוד ב-2013, החלו פיצולים בשורות הטליבאן הפקיסטני כתוצאה מהמאבק על הנהגת הארגון, ופלגים אוטונומיים של הארגון הופיעו בצד הפקיסטני ובצד האפגני כשהם פועלים על דעת עצמם עם נאמנות רופפת - עם בכלל - להנהגה החדשה של הטליבאן הפקיסטני. בין הפלגים האוטונומים הללו ניתן למנות את הטליבאן הווזירי בהנהגת חאלד מחסוד, אחראר אל-הינד של עומר קאסים, ג'מעת אל-אחראר בהנהגת עומר חאליד אל-ח'וראסאני, ארגון ג'ונדאללה הסלפי, הפלג הסלפי בנפת אורוקזאי בהנהגת מולה חאפז סעיד חאן, ועוד פלגים קטנים יותר; נוסף על אלו היה גם את לשכר א-אסלאם בהנהגת מנגל באג אל-אפרידי שהיה בן ברית של הטליבאן הפקיסטני ונחשב לעיתים לחלק ממנו. מולה חאפז סעיד חאן שהיה מפקד נפת אורוקזאי מטעם הטליבאן הפקיסטני ובין הבכירים בארגון, היה ידוע בהשקפותיו הסלפיות הקיצוניות עד כדי תקיפת מדרסות חנאפיות, והביע נאמנות אישית למדינה האסלאמית בעיראק וא-שאם כבר במאי 2013. ארגון ג'ונדאללה הסלפי שתקף מטרות שיעיות ונוצריות כבר מ-2012 הביע גם הוא הזדהות עם המדינה האסלאמית לאור ההשקפה האידאולוגית הדומה. לשכר א-אסלאם של מנגל באג היה בעל אידאולוגיה וואהבית מוצהרת, אולם הפך בפועל לרשת מיליטנטית-פלילית שעסקה בעיקר בהברחות נשק, לוחמים וסמים בקו דוראנד ובסחיטות וחטיפות למטרות כופר במסווה של אכיפת חוקי האסלאם, ואלו הובילו אותו לעימות הדרגתי עם הטליבאן האפגני שלא ראה בעין יפה את הפעילות שלו בשטחיו במזרח אפגניסטן. כתוצאה מכך, מנגל באג נזקק לבעל ברית חדש באזור הגבול שיאפשר לו לפעול באין מפריע.
הקמה.
ההכרזה של המדינה האסלאמית על הקמת ח'ליפות עולמית ביוני 2014, עוררה התעניינות גדולה בקרב חמושים ווהאבים וסלפים מפלגים ממורמרים בתוך הטליבאן הפקיסטני ובאל-קאעידה, ומשלחת מטעם המדינה האסלאמית הגיעה לאזור ונפגשה עם פלגים שונים במטרה לפעול להקמת שלוחה ראשונה של הארגון מחוץ לארצות ערב ובכך להרחיב את הח'ליפות הסלפית של המדינה האסלאמית מעיראק וסוריה מזרחה לעבר דרום ומרכז אסיה והמזרח הרחוק. במקביל, סלפים מקומיים בפשאוור ובקאבול החלו להפיץ כרוזים, דגלים וחומרי תעמולה של דאעש בפשטו ובדארי במדרסות ומסגדים סלפים בערים, ועד מהרה חומרי התעמולה הופיעו משני צידי קו דוראנד: באזור השבטים הפדרלי בפקיסטן ובקהילות המוהאג׳ירין הסלפיות בננגרהאר; האחרונים החלו לפרסם בגלוי את אהדתם או נאמנותם לדאעש והפיצו את חומרי התעמולה לעבר הקהילות הסלפיות הוותיקות באפגניסטן, ובכלל זה בננגרהאר, כונר, לוגר ונורסתאן ובמרכזים עירוניים. הקהילה הסלפית הגדולה ברחבי אפגניסטן שהייתה עוינת כלפי הטליבאן האפגני בעל האוריינטציה החנפית עוד מימי שלטונו באפגניסטן, גילתה התעניינות הולכת וגוברת בארגון הסלפי הפופולרי החדש והחלה להוות בסיס תמיכה משמעותי בדאע"ש וככר פורה לגיוס פעילים.
התסכול והאכזבה של חלק מהג'יהאדיסטים המקומיים מהטליבאן הפקיסטני והאפגני ומאל-קאעידה יצק ואקום מקומי ששיחק לטובת דאעש: הטליבאן הפקיסטני כאמור, היה כבר בעיצומו של משבר מנהיגותי מתמשך לאחר חיסולו של חכימוללה מחסוד, והיה למעשה התאגדות רופפת של קבוצות ופלגים אוטונומיים שפעלו על דעת עצמם, נלחמו זה בזה וחיפשו שייכות; מיולי 2014 ואילך, מספר פלגים דוגמת ג׳ונדאללה, גדוד אל-תוחיד ואבטאל אל-אסלאם, התנתקו סופית מהארגון בזה אחר זה לאחר פגישות עם המשלחת הדאעשית ונשבעו אמונים למדינה האסלאמית. בארגון הטליבאן האפגני שררה מתיחות מתמשכת עקב אי ודאות בנוגע למצבו של מולה מוחמד עומאר וניהול הארגון על ידי אח'תר מוחמד מנסור; המתיחות הוחמרה לאחר שנתגלה שמנסור הסתיר במכוון את מותו של עומאר במשך שנתיים כדי להשתלט על ההנהגה, והובילה לפיצולים נרחבים בארגון; בנוסף, מרמור רב שרר בקרב מפקדים טליבאנים ממוצא אוזבקי וטג׳יקי כנגד ההגמוניה הפשטונית בטליבאן שמנעה מהם לאייש תפקידים בכירים, וכן בקרב מפקדים סלפיים שהתנגדו לפרשנות החנפית של הטליבאן ומאסו בלחימה תחת הארגון שדחק אותם לתפקידים שוליים.