פעולות האיבה החלו ב-12 באפריל 1861, כאשר כוחות הקונפדרציה תקפו את המצודה של צבא ארצות הברית בפורט סאמטר שבמדינת דרום קרוליינה. תגובתו של לינקולן הייתה גיוס של צבא מתנדבים מכל מדינה באיחוד כדי לכבוש מחדש את השטח הפדרלי. תגובה זו הביאה להכרזת פרישה של ארבע מדינות עבדות נוספות (וירג'יניה, ארקנסו, טנסי וצפון קרוליינה). שני הצדדים גייסו צבאות, כאשר האיחוד תפס את השליטה במדינות הגבול בתחילתה של המלחמה והטיל סגר ימי שלמעשה סיים בפועל את מכירות הכותנה שעליהן נשענה כלכלתו של הדרום, וחסם את רוב הייבוא. במזרח, נותרה הלוחמה היבשתית ללא הכרעה בשנים 62–1861, כאשר הקונפדרציה הצליחה להדוף את התקפותיו של האיחוד, שנועדו לכבוש את בירת הקונפדרציה, ריצ'מונד שבווירג'יניה. בספטמבר 1862, הפכה הכרזת האמנציפציה של הנשיא אברהם לינקולן את סיום העבדות במדינות הדרום לאחת ממטרות המלחמה, והניאו את הבריטים מלהתערב בנעשה.
מפקד הקונפדרציה, רוברט לי, ניצח בקרבות בווירג'יניה, אך בשנת 1863 נעצרה התקדמותו צפונה והוא החל לסגת דרומה, תוך כדי אבדות כבדות, לאחר קרב גטיסברג. במערב, השיג האיחוד שליטה על נהר המיסיסיפי, לאחר תפיסתה של ויקסבורג, ובשל כך חילק את הקונפדרציה לשניים, תוך שהוא מנתק את ארקנסו ולואיזיאנה משאר המדינות. האיחוד הצליח להפיק תועלת לאורך זמן מיתרונו בציוד ובכוח אדם בשנת 1864, כשיוליסס סימפסון גרנט נלחם בסדרה של קרבות לאורך היבשת נגד גנרל רוברט לי, בעוד הגנרל ויליאם שרמן כבש את העיר אטלנטה וצעד אל הים. התנגדותה הצבאית של הקונפדרציה נעצרה לאחר כניעתו של לי בפני גרנט בבית המשפט באפומטוקס ב-9 באפריל 1865.
המלחמה ריסקה את הדרום, היא נערכה על אדמות הדרום והותירה בהן הרס וחורבן. הגנרל שרמן נקט בשיטת "אדמה חרוכה" והותיר את החקלאות במצב שממנו לא תוכל להתאושש במשך שנות דור. שוויים של העבדים, שהיו נכס כלכלי, התאפס בן לילה, ובערים רבות לא נותרו כמעט מבנים שלמים.
מתקופת השיקום עד סוף המאה ה-19.
בתקופה שאחרי המלחמה, בין השנים 1865 ל-1877, ניסתה ממשלת ארצות הברית לפתור את הבעיות ארוכות הטווח שהתעוררו כתוצאה מהמלחמה ובעיקר חזרת מדינות הקונפדרציה לברית, גורלם של מנהיגי הקונפדרציה ומפקדי צבאה ומצבם החוקתי והחוקי של העבדים המשוחררים. הממשל לא היה החלטי ונע בין פייסנות ותוקפנות ולבסוף נטש כל ניסיון מרכזי לאכוף מרות פדרלית על מדינות הדרום. בתום הלחימה היו מדינות הדרום הרוסות, השדות נזרעו במכשולים והערים נהרסו ונבזזו, חלק ניכר מהעילית החברתית נפגעה. התמוטטות השיטה הכלכלית הדרומית העבירה את השליטה בהון מידי בעלי המטעים לידי בעלי הון מהצפון, בעלי בתי חרושת ואילי רכבות. גם מעמדם החוקי של העבדים המשוחררים בתום המלחמה נותר מעורפל ביותר. התיקון השלושה עשר אמנם שחרר את העבדים, אך לא קבע בדיוק מה מעמדם, ולא היה ברור אם העבדים המשוחררים הם אזרחי המדינה והאם יש להם למשל זכות הצבעה.
אברהם לינקולן הכריז מיד עם תום המלחמה על "השיקום הנשיאותי". הוא הוביל קו פייסני ולגליסטי שהתבסס על הנמקות חוקתיות ולפיו כיוון שפרישת המדינות מהברית לא הייתה חוקית יש להחזיר את המדינות לברית תוך חיובן לאשר את החוקים שנחקקו בעת "היעדרותן", כלומר התיקון השלושה עשר – שחרור העבדים. מול לינקולן ניצבו הרפובליקנים הרדיקלים, לפיהם יש להעניש קשות את מדינות הדרום ומנהיגיהן ולהקשות על חזרתן לאיחוד. לפי פרשנותם הפכו שטחי המדינות לטריטוריות חופשיות (כמו הטריטוריות במערב), הכפופות לקונגרס ולא לנשיא (פרשנות זו נוצרה כדי לנצל את הרוב הרפובליקני בקונגרס). המאמינים בדעה זו דרשו אזרוח מלא של עבדים המשוחררים תוך מתן זכויות כתנאי להחזרת המדינות.
לינקולן לא ביקש להתוות תוכנית שיקום אחידה לכל מדינות הדרום, הוא ביקש להשיג מטרה אחת בכל פעם. את מדיניות השיקום הבלתי עקבית שלו הסביר במשל מניסיון נעוריו: "נווטי הנהרות במערב חותרים מנקודה לנקודה, כפי שהם קוראים לכך – קובעים את מסלולה של הסירה לנקודה שאינה רחוקה יותר מכפי שהם יכולים לראות; וזה כל מה שאני מציע לעצמי, בבעיה גדולה זו". בכך הרגיז רבים בממשלו, שבלבלו קביעה זו עם הדעה שאין ללינקולן גם עקרונות. נכונותו של לינקולן לא להיצמד לדגם נוקשה של שיקום סייעה להשבה מהירה של מדינות הדרום לברית. הוא דרש שבית המחוקקים של כל מדינה שפרשה יאמץ חוקת חירות שתזכה לתמיכתם של 10% בלבד מבעלי זכות ההצבעה באותה מדינה ב-1860 – גם אם כולם הצביעו בעד פרישה. הוא נמנע ממשפטים צבאיים לחיילים ולקצינים זוטרים של הדרום, אף על פי שמעמדת הכוח שהחזיק בה, ועל פי הגדרת המלחמה כ"מרד", היה מוסמך לעשות זאת. תוכניתו זו נחשבה כמתונה מדי על ידי הרפובליקנים הרדיקלים בקונגרס, ואימוצה יצר סכנת קרע בין הרשות המבצעת לרשות המחוקקת. הסנטורים וייד ודייוויס הציעו תוכנית שיקום נוקשה (The Wade-Davis Bill): קביעת שיעור המצביעים הדרוש לשם השבת מדינה לברית, ל-50% ממצביעי 1860, ועד אז - שלטון צבאי. לינקולן עיכב את הגשתה של הצעתם לקונגרס, על ידי יצירת קואליציה של דמוקרטים ורפובליקנים מתונים שתתמוך בתוכנית השיקום המתונה-יחסית שלו.
לאחר רצח לינקולן אימץ הנשיא ג'ונסון תוכנית דומה, שלא הייתה חריפה מזו של לינקולן. עד סוף 1865, כל מדינות הדרום חזרו לאיחוד במסגרת תוכנית זו. אולם מהלך השיקום הזהיר וההדרגתי הפך למסע נקמה של הרפובליקנים הרדיקלים. הם השתלטו על הקונגרס, העמידו לדין את הנשיא המתון ג'ונסון בהליך הדחה (impeachment) וכמעט הצליחו להדיחו, והשליטו בדרום משטר צבאי, בניגוד מוחלט לכוונות השיקום הליברליות של לינקולן וג'ונסון. בתגובה קמו במדינות הדרום "מועצות אזרחים" שהובילו יוזמות חקיקה גזענית במטרה להגביל את החירויות של העבדים המשוחררים, לייצר מדיניות הפרדה גזעית וכלים לאכיפתה. במקביל החל לפעול ארגון הקו קלוקס קלאן שפעל כארגון טרור שנועד במפורש להטיל אימה על שחורים, על ידי מעשי לינץ' כנגד שחורים שהואשמו בעברות (בעיקר עברות מין אמיתיות או מומצאות של שחורים כנגד לבנות שעונשן היה מוות בלינץ').
בתגובה לחוקים הגזעניים שמיהרו ממשלות הדרום לחוקק, הוצעו בקונגרס חוק זכויות האזרח של 1866 וחוק לשכת העבד המשוחרר (שהעניקה סיוע חירום לשחורים בדרום). בצעד אגרסיבי ביותר, עקף הקונגרס את הווטו שהטיל ג'ונסון על שתי הצעות החוק ואישר אותן ברוב גדול. הרפובליקנים הציעו לאחר מכן את התיקון הארבעה עשר לחוקה. תיקון פורץ דרך ומהפכני זה אזרח את כל הנולד בתחומי ארצות הברית, העניש מדינות ששללו את זכות ההצבעה מעבדים משוחררים ונתן לממשלה הפדרלית סמכויות להגן על זכויות האזרח. בעוד מעשה מרחיק לכת, ביטל הקונגרס את חזרתן של מדינות הדרום לאיחוד והעמיד בפניהן תנאים קשים. לפי תוכנית הרוב הרפובליקני, מחצית מקהל הבוחרים ייאלצו להישבע אמונים, וכל מדינה חוזרת תצטרך לאשר גם את התיקון הארבעה עשר. נוסף על כך, חוקק חוק השיקום, שחילק את מדינות הדרום לחמישה מחוזות צבאיים. תחת השגחתו הקפדנית של צבא ארצות הברית נוצרו ממשלות חדשות ונערכו בחירות בכל מדינות הדרום – שחורים הצביעו, אך חיילים ופוליטיקאיים קונפדרטיים לא.
בבחירות לנשיאות ארצות הברית 1868, ניצח מועמד המפלגה הרפובליקנית, יוליסס גרנט ברוב קלוש. גרנט ויועציו הבינו שהשחורים עשויים היו להוות גוש תמיכה גדול עבור מפלגתם. לכן הם עודדו את התיקון החמישה עשר לחוקה, האחרון של תקופת השיקום. תיקון זה אוסר על שלילת זכות ההצבעה מכל אזרח על רקע גזעי או אתני. על אף כל זאת, כעבור כמה שנים החל השיקום לפי התפיסה הרפובליקנית הצפונית לגווע. עוז התנגדותם של הלבנים בדרום לחוקים ולתיקונים של התקופה הִקשה על אכיפתם, וזאת על אף חוקים נוספים שנחקקו כדי לחזק את הקודמים. עד תחילת שנות השבעים של המאה ה-19, הצפון כבר התפנה לעניינים אחרים מהתאוששות הדרום והתקדמות השחורים, שטחים חקלאיים גדולים במערב התיכון סיפקו לו עורף חקלאי חלופי, חיבור מדינות החוף המערבי לצפון העשיר אותו וקליטת מיליוני מהגרים אירופאים הפנתה את תשומת לבו לנושאים אחרים.
החל מ-1873 לבנים גזעניים, המכונים גואלים, השתלטו על הדרום. גואלים אלה השתמשו בכוח כדי למנוע משחורים להצביע ולנטרל פוליטיקאים רפובליקניים. אף על פי שפורמלית פורק ארגון הקו קלוקס קלאן, מועצות אזרחים המשיכו להתקיים ונקטו בשיטות אלימות ("הליגה הלבנה" של לואיזיאנה, "החולצות האדומות" של מיסיסיפי, ומועדוני נשק כמו "הקו הלבן"). עד 1877, אמצעי זה הצליח להחזיר ללבנים את כוחם הטרום-מלחמתי בכל מדינות הדרום. סופו הרשמי של השיקום התרחש באותה שנה. כדי להבטיח את תמיכתו של הדרום בבחירות לנשיאות, המועמד הרפובליקני, רתרפורד הייז הסכים להסיר את כל הכוחות הצבאיים השוהים בדרום לאחר השבעתו בעסקה שכונתה פשרת 1877. הדרום לא סלח למפלגה הרפובליקנית. בין 1865 ל-1964 כמעט לא הייתה בדרום תמיכה ברפובליקאים, רק לאחר שהנשיאים הדמוקרטים קנדי וג'ונסון הובילו חקיקה שתחזיר את זכויות האדם לשחורים הפכה המפלגה הרפובליקנית להיות כוח בעל השפעה בדרום בסוף המאה ה-19 סייע הדרום לצמיחת המפלגה הפופוליסטית.
על מנת לשקם את המטעים הגיעו לדרום החל מהעשור הראשון של המאה ה-20 מהגרי עבודה מסין ואיטליה. במקביל החלו לבנים ושחורים כאחד להגר ממדינות הדרום. שחורים נעו בעיקר צפונה, אל שיקגו ודטרויט, לבנים היגרו בעיקר לאזור בייקרספילד שבקליפורניה. במקביל חלה הגירה פנימית מן האזורים הכפריים ההרוסים אל הערים הגדולות (בפרט ניו אורלינס), תוך יצירת שכונות עוני. הגירות אלה הקדימו את ההגירות הגדולות שהתרחשו במאה ה-20.