בגין התקשה בניווט מדיניותו הכלכלית, ולאורך הקדנציה הראשונה שלו בראשות הממשלה החליף בזה אחר זה שלושה שרי אוצר. כולם התפטרו מקץ זמן קצר, משכשלו ליישם את המדיניות המוצהרת של הבראת המשק. בגין לא שעה לעצותיהם של שרי האוצר, שמחה ארליך שהתפטר ומחליפו יגאל הורביץ שכיהן זמן קצר והתפטר אף הוא, ולא העניק להם גיבוי בדרישתם לקיצוץ תקציבי והנהגת מדיניות מרסנת, משום שסבר שיש "להיטיב עם העם". לקראת סוף הקדנציה הראשונה שלו בראשות הממשלה, מינה כשר אוצר את יורם ארידור, שלו העניק גיבוי מלא בהנהגת מדיניות של הפחתת מכסים על מוצרי חשמל ביתיים, מוצרי צריכה מיובאים ומכוניות, במה שארידור קרא לו "הכלכלה הנכונה", אך בדעת הציבור והתקשורת נתפסה כ"כלכלת בחירות" טהורה. תוצאת המדיניות הייתה חגיגת צריכה חסרת תקדים של מוצרי יבוא, מלווה בהמשך ההידרדרות האינפלציונית לשיעור של מאות אחוזים בשנה, ובהידלדלות מסוכנת של יתרות המט"ח של המדינה. כלכלת ישראל עמדה באותה שעה על סף תהום. רוב הציבור היה מוגן יחסית מפני האינפלציה המשתוללת על ידי מנגנוני ההצמדה של השכר שהיו נהוגים אז. במקביל, הנהיג בגין לאורך תקופת כהונתו שורת צעדים שנועדו להילחם בעוני ולהקטין את הפערים בחברה, אך הפערים רק גדלו. היות שמדיניותו התנגדה לקיצוצים בתקציב או להטלת מיסוי על הציבור, מומנו הצעדים הללו באמצעות "הדפסת כסף".
פרויקט שיקום שכונות.
עם הצטרפות יגאל ידין לממשלה, ב-24 באוקטובר 1977, החליטה הממשלה להעמיד את ידין בראש פרויקט בין משרדי שאפתני לפתרון מצוקת הדיור בישראל, והנחתה את משרד השיכון להכין תוכנית מפורטת לביצוע. עלות המיזם הוערכה ב-1.2 מיליארד דולרים, כאשר חלק מהסכום מומן מתרומות יהודים מחוץ לישראל. באותו החודש פרסם משרד השיכון תוכנית לשיקום 160 שכונות, כולל שתי שכונות עם אחוז גבוה של אוכלוסייה ערבית. התוכנית שמה דגש על בנייה ושיקום, אך כללה גם תוכניות חינוכיות וחברתיות. בינואר 1979 החליטה הממשלה לאשר את התוכנית של הפרויקט, ברוב של 6 נגד 4 וארבעה נמנעים. מימונה אמור היה להגיע מתקציב המדינה ומתרומות של יהודי התפוצות. לתוכנית היו שלושה חלקים: שיקום מבנים ותשתיות, בניית מבני ציבור חינוכיים וחברתיים ושירותים חברתיים בתחומי חינוך, הכשרה מקצועית, בריאות ורווחה. במסגרת הפרויקט שופצו בין השנים 1977–1985 כ-45,000 יחידות דיור, כ-35% מיחידות הדיור שהוגדרו כדורשות שיקום. כ-13,000 יחידות דיור הורחבו. שנה לאחר קבלת ההחלטה על ביצוע הפרויקט, תיאר יגאל ידין את התוכנית במילים "המפעל החברתי הגדול ביותר שתוכנן אי פעם בישראל. ראשיתה ביוזמתו של ראש הממשלה לפתרון בעיות הדיור בשכונות המצוקה... מדובר כאן בשיקום אוכלוסייה של מאה ושישים שכונות ואזורי מצוקה בישראל בהיקף כספי גדול... הפרויקט הזה של שיקום השכונות... הוא מהפכה שלמה בכל דפוסי השיקום השכונתי". בין השנים 1977–1981 הוקמו במשרדי הממשלה ובסוכנות היהודית מספר גופי שיקום שכונות מתחרים שפעלו למימוש התוכנית. התושבים, בניגוד לתוכנית המקורית, שותפו מעט מאוד בניהול הפרויקט.
התיישבות.
ב-19 במאי 1977, יומיים לאחר שהליכוד ניצח בבחירות לכנסת הכריז מנחם בגין, בעת שביקר את "גרעין אלון מורה" במחנה קדום, ש"בקרוב יהיו הרבה אלוני מורה". אף על פי כן, בשל לחצי הממשל האמריקני וכדי למנוע פגיעה בשיחות השלום עם מצרים, לא מיהרה הממשלה ליישם מדיניות כזו. אנשי גרעין אלון מורה, שביקשו לעבור ליישוב קבע, החלו בפעולות מחאה, וב-7 בינואר החליטה ועדת השרים לענייני ביטחון לראות בגרעין אלון מורה "מועמד להתנחלות בעתיד הקרוב". לאחר ויכוח בעניין אישרה הממשלה ב-3 ביוני 1979 את התיישבות הגרעין סמוך לכפר רוג'ייב, מדרום מזרח לשכם. ב-5 ביוני 1979 חתם מפקד אזור יהודה ושומרון, תת-אלוף בנימין בן אליעזר, על צווים לתפיסת שטח של כ-800 דונמים, ולאחר יומיים עלו המתיישבים למקום. בעיתונות התפתח ויכוח על נחיצות ההפקעה אל מול היתכנות הרכישה. בתחילת יוני 1979 בוצעה ההפקעה והיישוב הוקם. חלק מחברי הגרעין עברו לאתר אלון מורה המקורי (היום איתמר), וחלקם נשארו במחנה קדום שהפך ליישוב קדומים. בישיבת הקבינט הכריז בגין: .
בינואר 1978 (א' בשבט תשל"ח) התיישב בתל שילה "גרעין שילה" של גוש אמונים, כמחנה חפירות ארכאולוגיות. המעשה גרם למתיחות ביחסי ישראל וארצות הברית, ופגע במשא ומתן לשלום עם מצרים שהתנהל אז. הנשיא ג'ימי קרטר הודיע שההתנחלות נוגדת את החוק הבינלאומי. בפברואר 1978 אמר ראש הממשלה בגין לשגריר ארצות הברית בישראל, סמואל לואיס, שמדובר בחפירה ארכאולוגית. "גרעין שילה" נשאר באותו המקום, שהפך להתנחלות שילה.
כריתת הסכמי השלום עם מצרים תוך ויתור טריטוריאלי ופינוי יישובים בחצי האי סיני, עמדה במתח מול האידאולוגיה של "ארץ ישראל השלמה", אשר גרסה כי אין לוותר על חלקי מולדת ששוחררו על ידי צה"ל במלחמת ששת הימים. עמידתו של הליכוד מאחורי מנהיגו במהלך המשא ומתן שקדם להסכם השלום, כאשר ברור היה כי מדובר בוויתור טריטוריאלי, הביאה לשבר אידאולוגי. שניים מחברי הכנסת של הליכוד, גאולה כהן, אשר הייתה פעילה במחתרות הלח"י והאצ"ל, ומשה שמיר, הסופר ואיש התנועה למען ארץ ישראל השלמה, ייצגו את הקו הבלתי מתפשר. לאחר כריתת הסכמי קמפ דייוויד, אשר נכלל בהם מתן "אוטונומיה" לפלסטינים, והחתימה על חוזה השלום עם מצרים, שהפך את הוויתור הטריטוריאלי בסיני לעובדה, הלך השבר האידאולוגי בתוך הליכוד וגדל. רבים ממצביעי הימין האידאולוגי חשו כי בגין ותומכיו אינם מייצגים אותם יותר. ב-15 במאי 1979 פרש משה שמיר מן הליכוד, וב-17 ביולי 1979 פרשה גם גאולה כהן. השניים הקימו את תנועת בנא"י (ברית נאמני ארץ ישראל), אשר עד מהרה הסבה את שמה ל"התחיה - בנא"י" ולבסוף להתחיה. בסיכומו של דבר, ממשלתו הראשונה של מנחם בגין היססה והקימה התנחלויות מעטות. בשנים 1977–1978 הוקמו בית חורון, בית אל ושבי שומרון תוך שיכונן בתחילה בתוך מחנות צבא. הממשלה הייתה שותפה פעילה בבניית ההתנחלויות והיא תמכה בהן בהטבות כלכליות, בניית תשתיות והגנה משפטית, בניצוחו של שר החקלאות אריאל שרון. בשנת 1978 הוקמה תנועת אמנה כתנועה המיישבת של "גוש אמונים". בשנת 1979 אישרה ממשלת ישראל את "תוכנית שרון להתיישבות", שכללה הקמת יישובים עירוניים בגב ההר, כדי לשלוט במישור החוף, והקמת יישובים לאורך בקעת הירדן כדי להגן על גבולה המזרחי של ישראל.
מבצע ליטני.
בשנת 1978 הורה בגין לצה"ל לצאת למבצע ליטני, מבצע שכוון נגד מטרות מחבלים בלבנון. המבצע בא בתגובה לטבח באוטובוס אגד בכביש החוף, אירוע שכונה "אוטובוס הדמים", שבו נרצחו 37 ישראלים. המבצע היה למקיף ביותר בלבנון עד אז וזכה לתמיכת האופוזיציה. במבצע חדר צה"ל לחלקה הדרומי של לבנון עד לנהר הליטני, והחזיק בשטח זה במשך כשלושה חודשים, עד לנסיגתו חזרה לגבול הבינלאומי. לצה"ל היו 20 הרוגים במבצע וחייל שבוי ששוחרר בעסקת שבויים ב-14 במרץ 1979 תמורת 76 מחבלים שפוטים. לארגוני המחבלים הפלסטינים היו בין 200 ל-300 הרוגים. במהלך המבצע קיבלה מועצת הביטחון של האו"ם את החלטה 425, הקוראת לישראל להוציא את צבאה עד לגבול הבינלאומי, וכן הכריזה על הקמת כוח יוניפי"ל והצבתו בלבנון.
הפצצת הכור העיראקי.
בשנות ה-70 החלו מדענים עיראקים לבחון דרכים להפקת פלוטוניום, ועיראק חתמה על הסכם עם צרפת שבמסגרתו הבטיחה צרפת לספק לעיראק שני כורים גרעיניים - "תמוז 1" ו"תמוז 2". ישראל החלה לגלות עניין במאמצים העיראקיים במרץ 1975, והמודיעין הישראלי ניסה להשיג מידע על הכורים הגרעיניים ועל התקדמות בנייתם. באוגוסט 1980, בנאום תוקפני במיוחד, שב סדאם חוסיין ואיים בהשמדתה של ישראל ("יש לכתוש את תל אביב בפצצות").
ב-28 באוקטובר 1980 כינס מנחם בגין ישיבת ממשלה מיוחדת שדנה בהפצצת הכור בעיראק. בישיבה זו סיכם בגין את השקפתו על מצבה של ישראל לנוכח האיום הגרעיני:
במהלך 1980 ו-1981 גובשה בצה"ל תוכנית שאפתנית ונועזת להשמדת הכור שנדחתה מספר פעמים משיקולי ביטחון שדה ואחרים. מדען הגרעין פרופ' עוזי אבן הדליף ידיעה על התוכנית לשמעון פרס, ראש האופוזיציה. פרס התנגד לתוכנית במכתב ששלח לראש הממשלה ב-9 במאי: "...אני מרגיש שזוהי חובתי האזרחית העליונה לייעץ לך, בכל כובד-הראש והשיקול הלאומי, להימנע מהדבר [...] אני מצרף את קולי - ואין זה קולי בלבד - לאלה האומרים לך לא לעשות, ובוודאי שלא בעיתוי ובתנאים הנוכחיים." עם המתנגדים לתקיפה נמנו גם סגן ראש הממשלה, יגאל ידין, ושר הביטחון עד מאי 1980 עזר ויצמן. תאריך נוסף שנקבע היה 31 במאי, אלא שב-4 ביוני הייתה אמורה להתקיים פסגת בגין-סאדאת בשארם א-שייח', וכדי להימנע מפגיעה בפגישת הפסגה נדחתה הפעולה ל-7 ביוני 1981, ערב חג השבועות תשמ"א. התקיפה בוצעה על ידי רביעיית מטוסי F-16 מטייסת 117 ("טייסת הסילון הראשונה"), רביעייה נוספת של מטוסי F-16 מטייסת 110 ("טייסת אבירי הצפון") ומבנה של שישה מטוסי F-15 לחיפוי, שהמריאו מבסיס חיל-האוויר "עציון" וטסו 1,100 ק"מ מעל ערב הסעודית. בתום הפעולה הושמד הכור העיראקי לחלוטין. לאחר שפורסם בתקשורת דבר ההפצצה בעיראק, פרסם בגין את הודעת הממשלה שהסבירה את השיקולים שחייבו את הפצצת הכור והסתיימה בהצהרת מדיניות, שמאז מהווה את הבסיס למדיניות מדינת ישראל כלפי איום גרעיני וזכתה לשם דוקטרינת בגין: