המשלחת הירדנית־פלסטינית החזיקה מעמד עד אוגוסט 1993, אז גילתה ירדן שישראל ואש"ף מנהלות משא ומתן ללא ידיעתה. המשלחת המשותפת חייבה את ירדן לתת לגיטימיות לפלסטינים כמו גם זכות הטלת וטו בנושאים הקשורים למשא ומתן הישראלי־ירדני.
בשנת 1992 עלה לשלטון בישראל יצחק רבין. הסכמי אוסלו, שנחתמו בשנת 1993 בין ישראל ובין הפלסטינים, נתנו תנופה למשא ומתן עם ירדן. לאחר משא ומתן חשאי ממושך, נפגש רבין עם חוסיין ב־25 ביולי 1994 בוושינגטון, ובנוכחות הנשיא ביל קלינטון הודיעו השניים על סיום מצב הלוחמה בין ישראל לירדן. ההכרזה לוותה בצעדים סמליים כגון מטס של מטוסו המלכותי של חוסיין בשמי ישראל ב־3 באוגוסט 1994 (המלך היה טייס מוכשר ומנוסה), כשהוא מלווה בשלושה מטוסי קרב ישראלים, ומשט של רבין ביאכטה המלכותית של חוסיין.
מהסכם השלום ועד מות המלך חוסיין.
ב־26 באוקטובר 1994 נחתם הסכם השלום בין ישראל לירדן בטקס במעבר ערבה, בנוכחות נשיא ארצות הברית. ההסכם כלל תיקוני גבול קלים, הסכמים בדבר השימוש במים, והסכמה על נורמליזציה מלאה בין הצדדים. במהלך השנתיים שלאחריו נחתמו עוד שישה-עשר הסכמים מפורטים בין הצדדים בנושאים שונים.
בעקבות הסכמי השלום נפתחו הגבולות, עשרות אלפי ישראליים ביקרו באתרים שונים בירדן, ואף הועברו מפעלים לירדן שם כוח העבודה זול יותר.
ב־4 בנובמבר 1995 נרצח יצחק רבין וחוסיין מלך ירדן השתתף בהלווייתו. כמו כן, נחתם הסכם סחר ב-1996 וישראל עזרה רבות בהקמת מרכז רפואי משוכלל בעמאן. ב־29 במאי 1996 עלה לשלטון בנימין נתניהו. נתניהו ראה עצמו מחויב להסכם עם ירדן, וביקש לשפר את היחסים עמה, אך אירועי אותו הזמן כגון מאורעות מנהרת הכותל, ובניית השכונה בהר חומה העכירו את היחסים.
ב־13 במרץ 1997 אירע הטבח בנהריים, בו חייל ירדני פתח באש על קבוצת ילדות שביקרו במובלעת הירדנית ב"אי השלום" בנהריים. שבע ילדות מבית שמש נהרגו באירוע. עם לכידת החייל, הודיע הצבא הירדני שמדובר בחולה נפש. מספר ימים לאחר מכן קטע חוסיין ביקור בספרד והגיע לביקור בישראל, במהלכו ביקר את משפחות ההרוגות וניחם אותן באופן אישי. בנוכחות כלי תקשורת הביע המלך התנצלות בשם ממלכת ירדן, כשהוא כורע על ברכיו. כן ביקר את הפצועות בבית החולים, והורה על מתן פיצוי כספי למשפחות הנפגעות, צעד יוצא דופן בסכסוך הערבי-ישראלי. הרוצח נידון בבית דין צבאי ירדני למאסר עולם, שבירדן משמעותו בדרך כלל 25 שנות מאסר עם עבודת פרך. עונש המוות הקיים בחוק הירדני לא הושת עליו, בנימוק שבריאותו הנפשית הייתה מעורערת בעת ביצוע המעשה. חוגים בירדן המתנגדים להסכם השלום יצאו להגנתו של הרוצח, בטיעונים שונים, וביקרו את התנהלותו של המלך חוסיין.
בספטמבר 1997 אירע אירוע נוסף אשר העכיר את היחסים עם ישראל. היה זה ניסיון ההתנקשות הכושל בחייו של ח'אלד משעל, יושב-ראש הלשכה המדינית של חמאס, שבוצע על ידי סוכני המוסד על אדמת ירדן. שני סוכנים נמלטו לשגרירות ישראל בעמאן והשגרירות הוקפה בכוחות מיוחדים ירדנים, חוסיין ראה במעשה משום מעילה באמונו ואיים לפרוץ לשגרירות אם לא יוסגרו הסוכנים לידיו. כישלון זה הטיל כתם על תפקודו של ראש המוסד, דני יתום. בתיווכם של שר החוץ, אריאל שרון ושל אפרים הלוי, שליח מיוחד של ראש הממשלה נתניהו לירדן, הוסגרו הסוכנים לידי הירדנים. לאחר משא ומתן שוחררו הסוכנים בתמורה למתן סם הנגד לזריקת הרעל שהוזרקה למשעל, ושחרור שייח' אחמד יאסין מכלאו.
בשנות התשעים החל מצב בריאותו של חוסיין מדרדר. מזה שנים היה ידוע כי יורשו הוא הנסיך חסן, אחיו הצעיר. סמוך למותו הדיח חוסיין את אחיו מתפקיד יורש העצר, ומינה לתפקיד זה את בנו עבדאללה, אשר עלה לשלטון עם מותו של חוסיין, בשנת 1999. התפתחות זו הפתיעה את ישראל שיצרה קשרים קרובים עם חסן, אך היחסים בין המדינות לא נפגעו.
ירדן תחת שלטון המלך עבדאללה.
עם פריצת האינתיפאדה השנייה נמנעה ירדן מלשגר את שגרירה החדש לישראל והוא הגיע רק בתחילת 2005 (לקראת ההתנתקות).
ירדן הייתה בין הדוחפים העיקריים לקבלת יוזמת השלום הערבית על ידי הליגה הערבית בסוף מרץ 2002.
מתיחות נוספת נוצרה ביחסים בעקבות דברי אלוף פיקוד המרכז, יאיר נוה כי המלך עבדאללה עשוי להיות המלך האחרון בשושלת.
מתיחות נוספת נוצרה בעקבות מלחמת לבנון השנייה (בה הזהיר המלך את ישראל כי פעולותיה יגרמו לפעילות טרור כנגדה) וכן בזמן מבצע עופרת יצוקה במהלכו נעדר השגריר הירדני מישראל.
במרץ 2011 נערך תרגיל משותף להיערכות לרעידות אדמה, בניהול מגן דוד אדום והסהר האדום הירדני. בתרגיל השתתפו כ-200 איש, בהם אנשי מקצוע מיומנים משתי המדינות וחברי הסגל האקדמי וסטודנטים מהפקולטה למדעי הבריאות באוניברסיטת בן-גוריון בנגב.
הידרדרות היחסים תחת נתניהו.
ב-2017 חלה מתיחות ביחסים בין המדינות לאחר שמאבטח ישראלי ירה למוות בשני ירדנים. לאחר כמה ימים צוות השגרירות הישראלית בעמאן חזר לישראל. עם שובם, זימן ראש הממשלה בנימין נתניהו את המאבטח ללשכתו שבירושלים. סרטוני וידאו מהפגישה הופצו על ידי לשכת ראש הממשלה, ועוררו כעס חברים בממשלת ירדן, שמתחו ביקורת על יחס נתניהו למאבטח. בנובמבר 2017 ירדן הבהירה כי השגרירה הישראלית בעמאן לא רצויה וכי שגרירות ישראל בירדן לא תיפתח עד אשר ישראל תנקוט צעדים נגד המאבטח. ב-18 בינואר 2018 התנצלה ישראל בפני ירדן על התקרית והבטיחה לשלם פיצוי למשפחות ההרוגים.
ב-21 באוקטובר 2018 החליט מלך ירדן שלא לחדש את ההסכם שהעניק לישראל זכויות גישה לנהריים ולמובלעת צופר, לפיכך נמסרו אזורים אלה לריבונות ירדנית מלאה ב-10 בנובמבר 2019. בשבועיים לאחר מכן, אמר עבדאללה השני, מלך ירדן, כי "היחסים עם ישראל במצב הגרוע ביותר אי פעם", לטענתו בשל עניינים פוליטיים פנימיים בישראל. ב-29 באוקטובר 2019, לאחר מעצרם המנהלי בישראל של שני ירדנים, הוחזר השגריר הירדני לארצו להתייעצויות.
ב-8 באוקטובר 2020 ישראל וירדן חתמו על הסכם שיאפשר למטוסים משתי המדינות לחצות את המרחב האווירי של ישראל ושל ירדן בדרכן ליעדים אחרים.
ב-3 בדצמבר 2020 התקיימה פגישה ראשונה בין שר החוץ הירדני ושר החוץ ישראלי, גבי אשכנזי, דבר קיומה של הפגישה התפרסם מזה כמה שנים (פגישות רבות שנערכו בשנים האחרונות פורסמו רק על ידי מידע ממקורות זרים שבמרבית המקרים גם לא קיבלו התייחסות מגורמים ישראלים או ירדנים). כ-3 חודשים לאחר מכן נפגש שר הביטחון וראש הממשלה החלופי, בני גנץ עם המלך עבדאללה.
במרץ 2021, בשל מחלוקת על ענייני אבטחה שהביאה לביטול ביקורו של יורש העצר הירדני בהר הבית. לאור זאת הממלכה הירדנית סירבה לאשר לראש הממשלה בנימין נתניהו לטוס מעלה שטחה לאיחוד האמירויות הערביות. בשל האיסור הירדני בוטלה פגישת נתניהו עם יורש עצר של איחוד האמירויות הערביות.
התחממות היחסים.
ביולי 2021, לאחר נתק של 5 שנים, נפגש ראש הממשלה נפתלי בנט עם המלך עבדאללה בארמונו בעמאן. כמה ימים לאחר מכן שוחח עבדאללה גם הנשיא הנכנס, יצחק הרצוג, ובירך על חזרת היחסים למסלולם התקין. בספטמבר נפגש שר החוץ יאיר לפיד עם מלך ירדן. הממשלה הישראלית הנכנסת סיכמה עם ירדן על מכירת 200 מיליון מ"ק מים מותפלים בשנה ורכישת חשמל סולארי בהיקף של 600 מגה-וואט.
בינואר 2022 נפגש שר הביטחון בני גנץ עם המלך הירדני בארמונו. הפגישה עם גנץ הניבה התחממות ביחסי המדינות.
בעקבות גל הטרור 2022 ומבצע שובר גלים, הפגינו אלפים ברמת עמון בקריאה לבטל את הסכם השלום עם ישראל.
ב-18 באפריל 2022, בעקבות התפרעויות בהר הבית, כתב ראש ממשלת ירדן בישר אל-ח'סאונה כי הוא "מברך את הפלסטינים שעומדים בצורה נעלה כמו צריח ומשליכים אבנים על הפרו ציוניים המטמאים את מסגד אל-אקצא". מאוחר יותר, זימן משרד החוץ הירדני הממונה על שגרירות ישראל בעמאן, והעביר דרכו איגרת מחאה. בישראל ביקרו את הירדנים והאשימו ב"משחק כפול": פרסום התבטאויות שאינן מקובלות בין שותפים ובמקביל אמרו שזה ניסיון להרגיע את מתנגדי השלום בין המדינות.
קשרים כלכליים.
קיימות מספר יוזמות עסקיות כגון מפעלי טקסטיל ישראלים (דלתא גליל תעשיות) בירדן, התוכנית לעשות שימוש בשדה התעופה הבינלאומי בעקבה על ידי טיסות הנוחתות בישראל, ויוזמות נוספות באזור הסחר הישראלי - ירדני החופשי, בבקעת הירדן.
הסחר הישיר עם ירדן (ללא מעבר דרך מדינות שלישיות) הסתכם ב־2008 כ־400 מיליון דולר, חלק ניכר ממנו קשור לאזור הסחר החופשי. חלק נוסף מהסחר (לא ידוע בגודלו) מתבצע דרך מדינות שלישיות בשל העוינות של חלק מתושבי ירדן כלפי ישראל. עם התגלות מאגרי הגז של ישראל בים התיכון, ירדן הייתה אחת המדינות הראשונות שחתמו על חוזה לאספקת גז, עוד לפני אישור מתווה הגז במערכת הפוליטית בישראל. היקף החוזה נעמד בכ-15 מיליארד דולר.
פרויקט גדול שמתוכנן להיבנות בשיתוף עם ירדן הוא תעלת הימים. הפרויקט התעכב שנים רבות עקב התנגדויות שונות, בעיקר של ארגונים למען איכות הסביבה, אך בפברואר 2015, נחתם ההסכם הסופי לבנייתו, וירדן החלה בבניית החלק שמתחיל בשטחה.
המונופול שהחזיקה מצרים על הסחר הערבי-אירופי בתעלת סואץ הוביל את ירדן ליצירת נתיב סחר חדש במעבר טורקיה - סוריה - ירדן - מדינות ערב, אך פרוץ מלחמת האזרחים הסורית הובילה לחסימת נתיב זה. כמוצא חלק מהסוחרים עברו לעגינה בנמל חיפה, והעברת הסחורות לגבול ירדן דרך עמק יזרעאל. במסגרת חידוש מסילת העמק, הועברה תנועת המשאיות לירדן לתעבורה על רכבת העמק, ותוכנן לחבר את המשך המסילה אל ירדן. במסגרת התוכנית מסילות לשלום אזורי של ישראל כץ, כל נתיב הסחר יועבר לרכבות ותונח מסילת רכבת רציפה מחיפה, דרך ירדן לערב הסעודית ומדינות המפרץ.