מאז המאה ה-16, הייתה הילולת בר יוחאי מועד קבלי באופיו, שניתן לו על ידי יהודי ספרד שגרו בצפת. המאפיין הקבלי המיידי והבולט של ל"ג בעומר הוא דמותו של רבי שמעון בר יוחאי, שלפי המסורת הוא מחברו של ספר הזהר. פטירתו של רבי שמעון בר יוחאי, שמועדה מיוחד לל"ג בעומר, מתואר באידרא זוטא. עם התפשטות מנהגי ל"ג בעומר בגולה, בעקבות עליית חשיבותה של הילולת בר יוחאי, נוצרה גם מסורת של קריאה בקטעים מסוימים בספר, ובפרט באידרא זוטא.
במאה ה-17 היה תיעוד של הילולות ל"ג בעומר לכבוד הרשב"י בגלויות והמנהג התפשט בקרב החסידות ובקרב יהדות המזרח במאה ה-18. את מקום העלייה לקבר תפסה בחלק מן המקומות הקריאה הטקסית בספר הזהר, בזכות תפוצת העיון בו באותה התקופה וכן האמונה כי קריאה בו משמעותית גם בלא הבנת הכתוב.
טקס הקריאה כולל את הפיוט "בר יוחאי" של ר' שמעון לביא, שהוא בעל משמעויות קבליות, את המאמר "פתח אליהו" מתיקוני הזהר, ומאמרים מספר הזהר העוסקים ברשב"י. מסורת אחרת היא סיום מחזור הקריאה השנתי בספר הזהר. במאה ה-18 יצא לאור ספר ליקוטי מאמרי הזהר שיש ללמוד בל"ג בעומר, המכונה "תיקון לליל ל"ג בעומר", סדר ל"ג בעומר", "סדר לימוד ל"ג בעומר" או "הילולא רבא". במאה ה-19 כבר נחשב המנהג, לשמוח בל"ג בעומר, לקדום.
בפרס, בה ספר הזהר היה מקובל ביותר, היו עורכים סעודת חג גדולה, שרים, קוראים בזהר ושרים את תרגומו הפרסי של "בר יוחאי" (הגרסה העברית המקורית מושרת בכל שבת). מארח הסעודה היה אדם שנדר לרשב"י לארח אותה בעבור ריפוי חולים. עקב ריבוי בעלי הנדרים, עורכים את הסעודות מספר ימים לפני ואחרי ל"ג בעומר.
על פי שיטת הספירות שבאמצעותה מפרשים את ספירת העומר בקבלה, לכל יום בספירה יש כינוי ייחודי, ול"ג בעומר מכונה "הוד שבהוד". על פי מספר התייחסויות, יש לל"ג בעומר משמעות ייחודית בספירת העומר, הקשורה לתיקון ולהתעלות. לדוגמה, בספר הקבלי בני יששכר:
הדלקת אש.
מקורה של הדלקת האש בל"ג בעומר הוא בהילולת רבי שמעון בר יוחאי. בגולה התפתח מנהג, בעקבות הילולת הרשב"י, של הדלקת משואות או נרות על גגות בתי הכנסת ולעיתים גם בבתים או על גגותיהם, לזכר הרשב"י ולזכר צדיקים אחרים. מנהג זה הופץ גם לחגיגות ל"ג בעומר בירושלים ובחברון. אימוץ החג על ידי הציונות, והתכנים של מרד, גבורה ויציאה לטבע, הביאו למנהג בו יוצאים ילדים ונוער להדליק מדורות ולחגוג בל"ג בעומר. בשנות ה-20 התרבו מאוד המדורות ברחבי הארץ, בעקבות פעילות חינוכית אינטנסיבית.
הדלקה בל"ג בעומר במירון מוכרת מהמאה ה-19 לכל המאוחר. רבי ישראל פרידמן מרוז'ין קנה מאנשי צפת את זכות ההדלקה ונהג לשלוח מטפחת משי מדי שנה עבור ההדלקה. בהמשך עברה הזכות לצאצאיו, אדמו"רי חסידות בויאן.
בקרב ילדים, נוער ואף מבוגרים, נהוג לערוך מדורות גדולות, בהן מקובל להכין בצל ותפוחי אדמה אפויים (על ידי הטמנתם בגחלים של המדורה, לעיתים לאחר עטיפתם בנייר אלומיניום), המכונים "קרטושקעס" או "קרטופלך" (תפוחי אדמה ביידיש), וכן לערוך פיקניקים או "על האש". סביב חלק מהמדורות נערכות גם פעילויות חברתיות כגון משחקי חברה, שירה בציבור, סיפורי צ'יזבטים ושיחות חברים. לעיתים נמשכות המדורות עד שעות הבוקר המוקדמות (בעיקר אצל בני נוער וצעירים).
כאמור, נהגו בישראל להוסיף למדורה דחליל, בדמות צורר אנטישמי. בעשורים האחרונים, קיום מנהג זה פחת.
תופעות לוואי.
היקף המדורות הגדול בל"ג בעומר מביא עמו מספר תופעות לוואי:
בהתאם לכך נעשות פעילויות הסברתיות שונות למזעור הסכנות והנזקים.
חץ וקשת ומחנאות.
בל"ג בעומר נוהגים לירות בחץ וקשת ולערוך תחרויות ספורט.
ל"ג בעומר קלט מנהגים כמו יציאה לטבע וחץ וקשת מחגיגות ה-1 במאי (המאיאלס) או מליל ולפורגה, מנהגים כפריים אירופאיים בימי הביניים שהיו קשורים במלחמה במזיקים בעונת הקציר. מנהגים אלו בחודש מאי כללו אירועי ספורט וקליעה בקשת.
בסוף המאה ה-14 המנהג לצאת לטבע ולערוך משחקי ספורט כבר היה קיים ומסורתי. המהרי"ל קבע כי זהו יום שמחה, ומסיבת סיום מסכת לימודים, ותלמידי החדר ומלמדיו היו יוצאים בצוותא לטבע. מנהג מרכזי היה אימוני חץ וקשת. מנהג זה הוסבר בציטוט מקינת דוד "ללמד בני יהודה קשת", שפורש בהקשר של מלחמות בר כוכבא או בהקשר של מלחמות ביצר הרע. הגרסה הקבלית מייחסת את הירי בחץ וקשת למסורת שבחייו של רשב"י לא הייתה קשת בענן, שהיא סימן קללה, וצדיקותו הבטיחה בעצמה את שלום העולם. מיתוס בר כוכבא כמנהיג ולוחם יהודי, שהצדיק את המנהגים הכמו-צבאיים, החל להתפתח מעט לפני גירוש ספרד, כמענה לטענות הנוצרים על חולשת העם היהודי.
מנהג זה אומץ על ידי הציונות, בזכות התכנים של גבורה, מרד וחיבור לטבע. בשנת 1893 נוסד הארגון אהבת ציון במסגרת טיול ל"ג בעומר. הארגון שינה את שמו ל"בר כוכבא" בהמשך, וחובבי ציון היו עורכים טיולים וחגיגות בטבע. לאחר הקמת צה"ל צוין ל"ג בעומר בתחרויות קליעה ומטווחים טקסיים בהשתתפות חיילים ונוער.
מנהגים נוספים הם עריכת משתה, שעשועים, ומשלוחי מנות לבני שישים באותה השנה, אכילת ביצים צבועות (בנימוק שביצה היא סימן לאבלות, וביצה צבועה היא סמל להפסקתה), ומנהג לפיו המלמד היה נותן לתלמידים ממתקים ושתייה על חשבונו.
עצרות וטקסים.
כנגזרת מהיציאה לטבע בל"ג בעומר בגולה, התפתחו גם תהלוכות בסגנון צבאי. במסגרת התהלוכות, היה מתמנה מפקד חד יומי, שתפקידו לארגן את התהלוכה הגאה. מנהגים אלו ידועים עוד מהמאה ה-17. גם מנהג זה היה מבין המנהגים שאומצו על ידי הציונות, בזכות התאמתו לצורכי התנועות.
עוד מלפני מלחמת העולם הראשונה היו עורכים בתנועת מכבי תהלוכות ל"ג בעומר. בשנת 1916 ההסתדרות הציונית בוורשה ערכה את הטיול המסורתי כתהלוכה המונית במדי תנועות הנוער, ובכך פתחו במסורת "יום תנועות הנוער הציוניות". את המפגן יזמו השומר הצעיר, אליהם הצטרפו מכבי, תלמידי בתי הספר ונציגי הארגונים הציוניים. כך נכתב בעיתון הצפירה:
תנועות הנוער הציוניות, לפני הקמת המדינה ואחריה, נהגו לערוך עצרות ומחנות וקיבלו מצטרפים חדשים בחג זה. ל"ג בעומר הוכרז כיום תנועת השומר הצעיר, והכיל מפקדים וטקסי הענקת סמלי התנועה. גם תנועת בני עקיבא קבעו את היום כיום טקסי לקבלת מצטרפים חדשים לתנועה. כמו כן, נערכו תהלוכות צבאיות במירון בל"ג בעומר בשנים הראשונות למדינה.
תהלוכות חב"ד לילדים.
מאז ה'תש"ג (1943), בשנים שבהן ל"ג בעומר יוצא ביום ראשון בשבוע (היום החופשי בארצות הברית), מתקיימת תהלוכה גדולה של ילדים במטרה לחזק את האמונה בקב"ה ואת האחדות של ילדי ישראל. התהלוכה מתקיימת בחזית מרכז חב"ד העולמי – 770 שבברוקלין, בה השתתף גם רבי מנחם מנדל שניאורסון מלובביץ'.
מאז שנת תש"ם (1980) קרא הרב שניאורסון לקיים תהלוכות בכל מקום בעולם. בעקבות כך מארגנים שלוחי חב"ד תהלוכות דומות במקומות רבים בישראל ובעולם. התהלוכות בישראל צועדות תחת הסיסמה "יחד כל ילדי ישראל". בתהלוכות בישראל משתתפים, לפי הערכת המארגנים, כ-250,000 ילדים ומתקיימות בהן חלאקות, הגרלות ומופעי בידור. הילדים חוזרים על פסוקים ושומעים דרשות בנושאים אקטואליים.
לימוד, תפילה ושירה.
ּאין אומרים תחנון בל"ג בעומר, אולם אין תוספת מיוחדת לתפילת היום. רבים נוהגים לומר את "תיקון ל"ג בעומר", כגון זה המובא בספר הלולא רבא, והחבי"ף כתב שעל תלמידי חכמים ללמוד ספרי בל"ג בעומר, שכן רשב"י הוא מחברהּ. ישנם שלומדים בל"ג בעומר בספר הזוהר, המיוחס לרבי שמעון בר יוחאי.
בבתי כנסת רבים נוהגים לשיר בל"ג בעומר פיוטים, בחלקם שרים פיוטים אלו גם בשבת שלפני ל"ג בעומר. דוגמאות לפיוטי ל"ג בעומר:
ל"ג בעומר הוא יום חופשה בבתי הספר בישראל. בתקופה בה הוא נחוג, נהוג ללמוד אודות מרד בר כוכבא, רבי עקיבא ורבי שמעון בר יוחאי. כמו כן, נהוג לשיר שירי ילדים ייחודיים לל"ג בעומר, לדוגמה:
הילולות ועלייה לקברי צדיקים ברחבי העולם.
בישראל.
רבי מאיר בעל הנס.
בסוף המאה ה-19 נוספה הילולה בטבריה לזכר רבי מאיר בעל הנס בפסח שני, כחיקוי של הילולת הרשב"י במירון בל"ג בעומר. ההילולה כללה זיירא (תהלוכה), הדלקת נרות, שירה, הדלקה מרכזית, שריפת חפצים, הבאת ספר תורה מהעיר לקבר וקניית זכות ההדלקה. יהודי ספרד היו המשתתפים העיקריים בהילולה ובמקביל אליה התקיימה הדלקה לאשכנזים. קדמה להילולה זו הילולה בל"ג בעומר בקבר רבי עקיבא. המסורת של רבי מאיר בעל הנס בטבריה היא מהמאה ה-13, וזהותו אינה ידועה בבירור.
שמעון הצדיק.
ישנם הנוהגים לעלות לקבר שמעון הצדיק בירושלים ולחגוג שם באופן דומה לחגיגות שבמירון. בעלייה לקבר נוהגים אנשי העיר להשתטח על הקבר, להתפלל, להדליק נרות, לערוך סעודה ושירה, ולבצע חלאקה. הילולה זו כבר הייתה קיימת באמצע המאה ה-19, וכנראה התחילה בסוף המאה ה-18.
בית כנסת אלגריבה.
מסורת ההילולה והתהלוכה המתקיימת בבית הכנסת אלגריבה שבטוניס הועתקה בשלמותה לישראל והיא נהוגה בבית כנסת "אלגריבה" באופקים, שנבנה במתכונת בית הכנסת המקורי.
הילולת יוצאי לוב.
בל"ג בעומר מתקיימת הילולה דתית של יוצאי לוב בבית הכנסת בושאייף שבמושב זיתן. בבית הכנסת בושאייף יש במה עם תזמורת נגני העדה הלובית אליה מגיעים ח"כים, שרים, רבנים ואישי ציבור, דוכני מזון של העדה הלובית, חדר הדלקת נרות ושמן. מנהג ההילולה התחיל כבר בבית הכנסת בושאייף בזליתן שבלוב ומתקיימות עד היום בבניין שהוקם בישראל עם קום המדינה.
הבאבא סאלי.
בימינו נהוגה גם הילולה בקבר הבאבא סאלי בנתיבות.
בגולה.