לאחר עונה הפכפכה, דלגליש הודיע על התפטרותו מתפקיד המאמן בפברואר 1991. רוני מוראן מונה כמאמן זמני, ובהמשך הוחלף על ידי שחקן העבר גריים סונס, אך הקבוצה לא הצליחה לסגור את הפער מארסנל שזכתה בתואר האליפות. בעונת 1991/1992. גארי גילספי וסטיב מקמהן נמכרו, וליברפול סיימה במקום השישי, הפעם הראשונה בה סיימה מחוץ לשתי הראשונות מאז 1981, חרף זכייה בגביע לאחר ניצחון 0–2 על סנדרלנד. זו הייתה העונה הראשונה שליברפול התחרתה באירופה מאז אסון אצטדיון הייזל ב-1985, לאחר 7 שנים של הרחקה, והגיעה לרבע גמר גביע אופ"א, שם הפסידה לגנואה האיטלקית 4–1 בשני המשחקים יחד.
עידן הפרמייר ליג.
בעונת הפתיחה של הפרמייר ליג ליברפול סיימה שוב במקום השישי, כשהפסידה בחמישה עשר מתוך ארבעים ושניים משחקיה. בעונה שלאחר מכן סיימה במקום השמיני. ליברפול החלה לפגר אחרי יריבותיה מחוץ למגרש. מנצ'סטר יונייטד הרוויחה 93 מיליון ליש"ט לאחר שהונפקה לבורסה, בעוד ליברפול הרוויחה 22 מיליון ליש"ט כשחברת המדיה גרנדה רכשה 9.9% מהמועדון.
בעונתו המלאה הראשונה של רוי אוונס כמאמן סיימה ליברפול במקום הרביעי, המיקום הטוב ביותר שלה מאז עזיבתו של דלגליש. הקבוצה הגיעה לסיבוב השישי בגביע האנגלי, בטרם הפסידה 2–1 לטוטנהאם הוטספר והגיע גם לגמר גביע הליגה מול בולטון וונדררס, ושני שערים של סטיב מקמנמן עזרו לליברפול לנצח 2–1 כשהיא זכתה בגביע הליגה החמישי שלה. בעונת 1995/1996 העונה כללה ניצחון 4–3 נגד ניוקאסל יונייטד באנפילד באפריל 1996 כאשר סטן קולימור הבקיע שער ניצחון בזמן פציעות - משחק שנחשב לאחד הגדולים בתולדות הפרמייר ליג. ליברפול סיימה במקום השלישי, הגיעה לגמר הגביע האנגלי אך נכנעה לשער בדקה ה-85 של אריק קאנטונה.
שנות ה-2000.
בעונת 2000/2001 זכתה ליברפול בשלושה גביעים והשלימה טרבל היסטורי. הגביע הראשון היה גביע הליגה, כאשר ניצחה את ברמינגהאם סיטי 5–4 בדו-קרב פנדלים לאחר שהמשחק הסתיים בתיקו 1–1. לאחר מכן הם זכו בגביע האנגלי, כאשר מייקל אואן כבש שני שערים בעשר הדקות האחרונות ומחק פיגור של שער אחד והעניק ניצחון על ארסנל 2–1. הגביע האחרון בו זכתה הקבוצה באותה העונה היה גביע אופ"א. שער עצמי בדקה האחרונה של תוספת הזמן של דלפי ז'לי הבטיח ניצחון 5–4 על דפורטיבו אלאבס. ליברפול סיימה את הליגה במקום השלישי, והבטיחה חזרה לגביע אירופה (כיום ליגת האלופות של אופ"א) לראשונה מאז אסון אצטדיון הייזל. השתתפותה של ליברפול בליגת האלופות של אופ"א בעונת 2001/2002 הביאה אותה עד לשלב רבע הגמר, שם הודחה על ידי באייר לברקוזן בתוצאה 4–3 בסיכום שני המשחקים. העונה הייתה הטובה ביותר של ליברפול בליגה בשנים האחרונות, כשהיא מסיימת במקום השני, שבע נקודות אחרי ארסנל.
הקבוצה זכתה בגביע אנגלי נוסף בעונה שלאחר מכן, כשהיא מנצחת את מנצ'סטר יונייטד במשחק הגמר. לאחר שסיימה במקום הרביעי בעונת 2003/2004 והבטיחה מקום בליגת האלופות לעונת 2004/2005, הקבוצה הודחה בשלב מוקדם מכל הגביעים בהם השתתפה, ובסיום העונה מונה רפאל בניטס לתפקיד המאמן.
עונת 2004/2005 הייתה אכזבה בליגה כאשר ליברפול סיימה במקום החמישי מחוץ למקומות המובילים לליגת האלופות. בנוסף הודחו מהסיבוב השלישי בגביע האנגלי על ידי ברנלי. הקבוצה הגיעה לגמר גביע הליגה, אך הפסידה 3–2 לצ'לסי. ליברפול הגיעה גם לגמר ליגת האלופות, במשחק שנודע בשם "הנס של איסטנבול", נראה היה שהמועדון יפסיד את הגמר השני שלו באותה העונה כשהקבוצה הייתה בפיגור 3–0 למילאן האיטלקית במחצית, אבל שלושה שערים בשש דקות במחצית השנייה אפשרו לליברפול להשוות ל-3–3, והקבוצה ניצחה 3–2 בדו-קרב הפנדלים.
בעונת 2005/2006 סיימה הקבוצה במקום השלישי. הם גם הגיעו לגמר הגביע האנגלי שבו התמודדו מול ווסטהאם יונייטד. ליברפול ניצחה 3–1 בדו-קרב פנדלים לאחר שהמשחק הסתיים בתיקו 3–3.
עונת 2006/2007 הייתה הראשונה של ליברפול לאחר שאנשי העסקים האמריקאים ג'ורג' גילט וטום היקס רכשו את המועדון, בעסקה שהעריכה אותו ואת החובות הבולטים שלו ב-218.9 מיליון ליש"ט. ליברפול הגיעה שוב למקום השלישי בליגה, הפעם בפיגור גדול של 21 נקודות ממנצ'סטר יונייטד. הם הודחו משתי תחרויות הגביע המקומי לאחר הפסדים לארסנל, אך הגיעו לגמר ליגת האלופות ב-2007, שם התמודדו שוב נגד מילאן. בניגוד ל-2005, ליברפול לא הצליחה להתאושש מפיגור, והפסידה במשחק 2–1. במהלך הקיץ, חיזק בניטס את הקבוצה על ידי החתמת פרננדו טורס עבור שיא מועדון של 24 מיליון פאונד, והקשרים ראיין באבל ויוסי בניון. הקבוצה סיימה 13 פעמים מתוך 38 המשחקים של העונה, וסיימה במקום הרביעי. ליברפול הודחה בשלבים מוקדמים מהגביעים המקומיים, אך בליגת האלופות הגיעה לחצי הגמר בפעם השלישית בארבע שנים, שם הפסידה 4–3 בסיכום לצ'לסי. טורס כבש 33 שערים בכל המסגרות, ובתוך כך שבר שני שיאי מועדון: הוא הפך לחלוץ ליברפול הראשון מאז רובי פאולר שכובש יותר מ-20 שערים בעונה בליגה, והשווה את רצף ההבקעות של רוג'ר האנט במשחקי ליגה רצופים באנפילד (8).
בעונת עונת 2009/2010 סיימה הקבוצה במקום השביעי בליגה. הם הפסידו אחד-עשר משחקים, תשעה יותר מהעונה הקודמת, וסיימו מחוץ לארבע הראשונות לראשונה מאז 2005. הקבוצה הגיעה עד לשלב חצי הגמר בליגה האירופית שם הודחה על ידי אתלטיקו מדריד. לאור האכזבה הוחלף רפאל בניטס בסיום העונה על ידי רוי הודג'סון.
המועדון נמכר ל-Fenway Sports Group במהלך עונת 2010/2011. חשבונות הראו שלליברפול יש חובות של 350 מיליון ליש"ט עם הפסדים של 55 מיליון ליש"ט. הפסד 3–1 לבלקבורן רוברס בינואר 2011, הותיר את הקבוצה במקום ה-12 בליגה עם תשעה הפסדים מעשרים משחקים. הודג'סון פוטר לאחר המשחק והוחלף על ידי מאמן העבר קני דלגליש. לאחר הפסד במשחקו הראשון מול מנצ'סטר יונייטד בגביע האנגלי, ליברפול סיימה בסופו של דבר את העונה במקום השישי. דלגליש רכש מספר שחקנים בתחילת עונת 2011/2012, ביניהם צ'רלי אדם, סטיוארט דאונינג וג'ורדן הנדרסון. הקבוצה סיימה במקום השמיני, המיקום הגרוע ביותר של המועדון זה שמונה עשרה שנים. גם בגביע הליגה וגם בגביע האנגלי, הם הגיעו לגמר. המועדון זכה בגביע הליגה השמיני שלו, שיא אנגלי, עם ניצחון 3–2 בפנדלים מול קארדיף סיטי לאחר שהמשחק הסתיים בתיקו 2–2. עם זאת, ליברפול הפסידה בגמר הגביע האנגלי 2–1 לצ'לסי. דלגליש פוטר בסיום העונה והוחלף על ידי ברנדן רוג'רס.
בעונתו הראשונה של רוג'רס בתפקיד, ליברפול סיימה במקום השביעי, אך עלתה על הציפיות בעונה שלאחר מכן. ניצחון על מנצ'סטר סיטי הרחיק אותה ארבעה ניצחונות מתואר האליפות הראשון שלה מאז 1990, אבל רצף של 11 ניצחונות רצופים נעצר בהפסד ביתי 0–2 לצ'לסי. במשחק הבא שלה - בחוץ בקריסטל פאלאס, ליברפול ספגה שלוש פעמים ב-15 הדקות האחרונות בדרך ל-3–3 ואפשרה למנצ'סטר סיטי לעקוף אותה בטבלה וזכתה בתואר. בסיום העונה נמכר לואיס סוארזס לברצלונה תמורת 75 מיליון פאונד, ובינואר שלאחר מכן סטיבן ג'רארד סיכם על מעבר ללוס אנג'לס גלאקסי בתום העונה, וסיים תקופה של 17 שנים במועדון. רוג'רס פוטר לאחר פתיחה גרועה של עונת 2015/2016.
ההצלחה בעידן קלופ.
לאחר פיטוריו של רוג'רס, ב-8 באוקטובר 2015 חתם יורגן קלופ לשלוש שנים במועדון. לאחר מינויו, הגיהע ליברפול לגמר גביע הליגה והליגה האירופית, כשהפסידה את הראשון 3–1 בדו-קרב פנדלים לאחר שהמשחק הסתיים ב-1–1, ואת האחרון 3–1 לסביליה. בעונה המלאה הראשונה של ליברפול תחת קלופ, הקבוצה סיימה במקום הרביעי., כמו גם בעונה שלאחריה, ובנוסף הוביל את הקבוצה לגמר ליגת האלופות 2017/2018, שם הפסידה ליברפול 3–1 לריאל מדריד. לאחר מכן ביצע קלופ מספר החתמות בפרופיל גבוה, כשהבולט שביניהם הוא הבלם וירג'יל ואן דייק בינואר 2018, תמורת 75 מיליון פאונד, דמי העברה הגבוהים בהיסטוריה עבור שחקן הגנה. עוד הוחתמו בקיץ 2018 נבי קייטה, פאביניו, והשוער אליסון בקר. פיליפה קוטוניו נמכר לברצלונה.
ליברפול פתחה את עונת 2018/2019 בצורה הטובה ביותר שלה, כשניצחה בשישה המשחקים הראשונים של העונה. עד לינואר נותרה ליברפול בלתי מנוצחת, הפעם הרביעית בלבד בפרמייר ליג לעשות זאת, כשהיא משווה את שיא כל הזמנים במספר השערים שספגה באמצע העונה. ליברפול ספגה 7 שערים ושמרה על 12 שערים נקיים ב-19 משחקים. בסופו של דבר, ליברפול סיימה את העונה כסגנית האלופה כשאיבדה אותה למנצ'סטר סיטי, לה היא הפסידה את המשחק היחיד אותו הפסידה בכל העונה כולה. ליברפול השיגה 97 נקודות, הכמות השלישית בטיבה של קבוצה שלא זכתה בתואר בליגה, ונותרה ללא הפסד באנפילד זו העונה השנייה ברציפות. שלושים ניצחונות הליגה שלהם תאמו את שיא המועדון של ניצחונות בעונה. ליברפול הגיעה לגמר ליגת האלופות זו השנה השנייה ברציפות לאחר שהתגברה על פיגור 3–0 במשחק הראשון בחצי הגמר מול ברצלונה לאחר שניצחה 4–0 במשחק השני באנפילד. בגמר ליברפול ניצחה את טוטנהאם הוטספר 2–0 כדי להבטיח את התואר האירופי השישי של המועדון ולסיים בצורת גביעים של שבע שנים.
בסופר קאפ 2019 ניצחה ליברפול את צ'לסי 5–4 בדו-קרב פנדלים. ליברפול זכתה בתואר בפעם הרביעית, מספר אשר הציב אותה מאחורי ברצלונה ומילאן בלבד, להן חמישה תארים כל אחת. לאחר שסיימה כסגנית בשלוש הזדמנויות קודמות, ליברפול זכתה בגביע העולם הראשון שלה למועדונים ב-2019 לאחר שניצחה את פלמנגו 1–0 בגמר לאחר הארכה, מה שהפך אותה לקבוצה האנגלית הראשונה שזוכה בטרבל הבינלאומי של ליגת האלופות, סופר קאפ וגביע העולם למועדונים.