מנגד, נשיא הסנאט הצ'כי, ד"ר פז'מיסל סובוטקה, אמר כי "המשט היה פרובוקציה מתוכננת שנועדה לגרור את ישראל למלכודת", וכי "רבים בקהילה האירופית סבורים כמוני, אולם חוששים להביע עמדתם בגלוי". גם סגן נשיא ארצות הברית ג'ו ביידן הצדיק לחלוטין את ישראל, ואמר כי "לישראל יש זכות לדעת מה נכנס לעזה".
ממשלת איטליה תמכה לחלוטין בתגובת ישראל ואף גינתה את המשט וטענה כי הוא מסייע לגורמי טרור שונים למלחמה בישראל ובכל העולם המתוקן.
בכירי החמאס ובהם חאלד משעל הציגו את אירועי המשט כחלק מהמאבק בקיומה של מדינת ישראל הכולל את שלילת הלגיטימיות שלה בעיני העולם.
תגובות הציבור.
בערים רבות ברחבי העולם נערכו הפגנות המוניות נגד ישראל. בין היתר התקיימו הפגנות בפריז, לונדון, דבלין, ברלין, אתונה, סידני, מלבורן וקהיר. המפגינים גינו את התנהלות ישראל בפרשה וקראו להסרת הסגר מעל רצועת עזה.
תגובות אמנים.
לאחר אירוע המשט נוצר גל ביטולים של אנשי תרבות ואמנים שהגעתם ארצה הייתה מתוכננת לתאריכים שאינם רחוקים מזמן המשט. אמנים רבים ביטלו את הגעתם, כאשר חלקם הצהירו על סיבה פוליטית ברורה לביטול ההופעה שקשורה במשט, וחלקם סיפקו הסברים שונים ולעיתים מעורפלים לביטול.
מספר אמנים אף טענו שביטלו את הגעתם עקב איומים ולחצים רבים שהופעלו עליהם מארגונים פוליטיים שונים.
בין הביטולים השונים הופעותיו של אלביס קוסטלו שתוכננו בקיסריה ופתחו את רצף הביטולים: הופעות להקת ארכייב, שתוכננו בסוף יולי, הפיקסיז ולהקות נוספות שהיו אמורות להגיע במסגרת פסטיבל פיק. ניק והודיעו על ביטולם ימים ספורים לפני מועד המופע ועוד.
השפעה על יחסי טורקיה–ישראל.
בעקבות הריגת תשעה אזרחים טורקיים במהלך ההשתלטות על הספינות, נוצר המשבר הדיפלומטי החמור ביותר, מאז כינון היחסים בין ישראל לטורקיה. טורקיה, ממנה יצא המשט והמדינה שממנה היה מספר הנוסעים הרב ביותר, החזירה את שגרירה מתל אביב לאנקרה, בוטלו משחקי ידידות בין שתי המדינות, וברחובות עריה התקיימו הפגנות רבות.
צמרת ההנהגה הטורקית התבטאה באופן חריף ביותר כלפי ישראל, וניסתה במישור הבינלאומי ליזום שורת החלטות שיפגעו בישראל, הן בקריאה לכינוס מועצת הביטחון ונאט"ו, והן בכינוסה של המועצה לזכויות אדם של האו"ם וההחלטה להקים ועדת חקירה. שר החוץ של טורקיה כינה את פעולותיה של ישראל "רצח על ידי מדינה". ארדואן הוביל את הטון כאשר הצהיר שישראל עשתה טעות היסטורית ואיים כי אם ישראל תמשיך בדרכה היא תאבד את הידידה הטובה ביותר שלה באזור. ברחוב הטורקי הורגשו גלי שנאה כלפי ישראל וישראלים. משפחות הדיפלומטים הישראליים הוברחו לישראל, ועל השגרירות הישראלית הושמה שמירה טורקית כבדה, כדי למנוע מהציבור לפגוע בשגריר שהסתגר בבניין.
נשיא טורקיה עבדאללה גול הצהיר כי "היחסים לעולם לא יהיו כבעבר". שר האנרגיה הטורקי טאנר יילדיז הודיע על השהיית פרויקטים של אנרגיה בין שתי המדינות, עד אשר היחסים בין שתי המדינות יחזרו להיות נורמליים.
בעקבות האירועים פרסם המטה ללוחמה בטרור אזהרת מסע לטורקיה בדרגה 4. חברות התעופה צמצמו את מספר הטיסות בקווים לאנטליה ומרמריס, וחברת אל על הקפיאה תוכנית להפעלת קו תעופה חדש לאיסטנבול. חברות הספנות הישראליות הסיטו את מסלולן של אוניות נוסעים מנמלי טורקיה לנמלי קפריסין ויוון. התקבלו דיווחים על ביטול חופשות מתוכננות בטורקיה מצד ישראלים, וכן היו ביטולי כרטיסי טיסה לטיסות שהיו מיועדות לעבור דרך טורקיה. אנשי עסקים ישראליים החליטו לעזוב את טורקיה עד יעבור זעם.
העוינות לטורקיה התבטאה גם בהפגנות, כולל הפגנה בת כ-2000 איש מול שגרירות טורקיה בתל אביב בה נשרף דגל טורקיה, ובהשחתת האנדרטה לחללי טורקיה במלחמת העולם הראשונה בבאר שבע.
גם תחום האינטרנט הושפע מהמשבר. כאלף אתרים ישראליים אזרחיים נפרצו והושחתו, ובתגובה נפרצו והושחתו גם אתרי ממשל טורקיים.
ב-17 ביוני 2010 דווח בעיתונות כי ממשלת טורקיה הקפיאה את כל ההסכמים הביטחוניים עם ישראל. מדובר בעסקאות בשווי של למעלה מ-8 מיליארד דולר, ובהם רכישת 1,000 טנקי מרכבה סימן 3, שדרוג עשרות רבות של מטוסי פנטום, ורכישת טילי אוויר אוויר, במקביל הזהירה טורקיה את ישראל מחרם מסחרי עליה
ב-2011 הודיעה ישראל, כי לא תתנצל בפני טורקיה על אירועי המשט, אך במרץ 2013, בעקבות שכנוע אישי של נשיא ארצות הברית ברק אובמה בביקורו בישראל, חזרה בה והתנצלה. ההתנצלות הובלטה באופן משמעותי בטורקיה, ותפסה כותרות באמצעי התקשורת השונים. בנוסף פורסמו מודעות ענק בשלטי חוצות, המבליטים את 'ניצחונו' של ארדואן על נתניהו.
ביוני 2016 הכריזו ישראל וטורקיה על הסכם פיוס ביניהן, במסגרתו תשלם ישראל פיצוי של 20 מיליון דולר לנוסעי המרמרה. בתמורה הופסקו ההליכים המשפטיים בטורקיה נגד קציני צה"ל. כמו כן מינו שתי המדינות שגרירים האחת אצל האחרת (איתן נאה וכמאל אוקם), לראשונה מאז פרוץ המשבר.
גורל המטען והספינות.
ספינות המשט נשאו על סיפונן ציוד ומטען אשר ביקשו להעביר לרצועה. עוד בטרם המבצע הודיעה ישראל כי תהיה מוכנה להעביר את הציוד לאחר בדיקה כי אין בו דבר המסוגל לשמש את תשתית הטרור ברצועה, אך רק אם יעבור דרך מסופי המעבר המוסדרים לרצועה, ולא דרך הים בספינות המשט.
מארגני המשט סירבו להצעת צה"ל, עד אשר זה השתלט על הספינות בכוח. לאחר שהספינות עגנו בנמל אשדוד צה"ל פרק תכולתן ובדק אותה. הציוד כלל בגדים, שמיכות, מזרנים, מושבי בטיחות וילקוטים לילדים, מכשירי רנטגן, כיסאות גלגלים רגילים וממונעים, תחבושות, מיטות בתי חולים ותרופות, חלקן פגות-תוקף. בנוסף נתגלו על הספינות ציוד הסוואה, אשר להערכת צה"ל יועד לחמאס, חומרי בנייה, מבנים יבילים וצינורות ברזל.
על פי גורמי משרד הביטחון שהופקדו על הפריקה המטען הועמס בחלקו שלא כהלכה על גבי הספינות, ועל כן חלקו נפגם ופריקתו נתקלה בסחבת. צה"ל ניסה להעביר מספר פעמים חלק מהמטען דרך מעבר כרם שלום, אך ארגון החמאס סירב לקבל את הציוד והתנה זאת בשיחרור כל עצורי המשט ובהכנסת הסיוע כולו. על אף שבאותה העת כבר הורו ואישרו את שחרור עצורי המשט, התמיד חמאס בסירובו. הציוד ממתין אפוא במחנה צריפין עד אשר יסכים לקבלו.
הספינות עצמן הועברו לנמל חיפה ועגנו שם, עד ששוחררו לידי נציגים טורקים רשמים, ב-5 באוגוסט 2010.
זמן קצר אחרי המשט עלו תלונות של כמה ממשתתפי המשט כי נגנב מהם רכוש. הטענה העיקרית, עליה דיווח ב-19 ביוני העיתון הבריטי "הגרדיאן", הייתה כי נעשה שימוש בכרטיסי אשראי ובטלפונים ניידים שהוחרמו מהם לאחר מעצרם. הטענות הללו הובילו לתגובות אחדות במערכת הצבאית והפוליטית בישראל. חוקרי מצ"ח קיבלו מידע מודיעיני לפיו נגנבו מחשבים ניידים מהספינה בעת עגינתה בנמל אשדוד. באוקטובר 2010 הורשע חייל על פי הודאתו בגנבה של מחשב נייד אחד, שתי עדשות מצלמה ומצפן, ונדון לחמישה חודשי מאסר בפועל.
ב-2011 הגישו עו"ד ניצנה דרשן-לייטנר וארגון שורת הדין שבניהולה, תביעה בארצות הברית, בשם ד"ר אלן באוור, יהודי - אמריקאי נפגע טרור, כנגד המאווי מרמרה ואחרים, שהשתתפו במשט. התביעה דורשת להשתמש בתקנה אמריקאית שהותקנה עוד ב-1794 ולהחרים לטובת האוצר האמריקאי את כל 14 הספינות שהשתתפו במשט ואשר מימון ציודן נעשה בעזרת תרומות אמריקאיות.
תחקירי האירוע.
תחקיר שייטת 13.
תחקיר פנימי שנערך ביחידת שייטת 13 הצביע על ליקויים בהיערכות לפעולה, בעיקר בתחום המודיעין, ועל פגמים בדרך הפעלת הכוח. התחקיר קבע כי לא הובאה בחשבון התקפה המונית על הלוחמים, וכי אלה פעלו נכון במצב שנוצר. בחיל ציינו כי יהיה צורך לבדוק האם ההכנה המנטלית של הכוח בטרם המבצע לא שמה דגש רב מדי על תרחיש קל מדי שלא התממש לבסוף.
ועדת איילנד.
וועדה שמונתה על ידי הרמטכ"ל בראשותו של גיורא איילנד בדקה את התנהלות הדרג הצבאי בפרשה. בדוח שהוגש ב-12 ביולי קבעה הוועדה כי נעשו שגיאות, גם מצד הדרגים הבכירים, באופן ניהול האירוע וההכנות אליו, אך לא הייתה תקלה או התרשלות בנושאים מהותיים.
ועדת טירקל.
ביוני 2010 הקימה ממשלת ישראל ועדה ציבורית בראשות שופט ביהמ"ש העליון בדימוס יעקב טירקל, לבדיקת אירועי המשט. בוועדה היו חברים גם פרופ' שבתאי רוזן (נפטר במהלך דיוני הוועדה ב-21 בספטמבר 2010), האלוף (מיל') עמוס חורב, המשנים ליועץ משפטי לממשלה עו"ד רז נזרי וד"ר רועי שיינדורף, ושני משקיפים זרים - הלורד דייוויד טרימבל, חתן פרס נובל לשלום מצפון אירלנד, וקן ווטקין, מי שהיה הפרקליט הצבאי הראשי של קנדה. ביולי 2010 הרחיבה הממשלה את סמכויות הוועדה כך שתוכל לזמן כל עד שתחפוץ, והעדים יעידו בשבועה ואף צירפה שני חברים נוספים ראובן מרחב, מנכ"ל משרד החוץ לשעבר, ומיגל דויטש פרופסור למשפטים מאוניברסיטת תל אביב.
לאחר צירופם של שני החברים הנוספים הוגשה עתירה לבג"ץ על ידי ארגוני נשים בדרישה למנות נשים לוועדת טירקל. העתירה התקבלה ובג"ץ הורה לממשלה לדון בצירוף אישה אחת לפחות לוועדה.
בינואר 2011 פרסמה הוועדה את חלקו הראשון של הדו"ח שלה, ובו מסקנות לפיהן חיילי השייטת פעלו באופן סביר, ישראל פעלה בהתאם לחוק הבינלאומי, פעילי ה-IHH הם שאשמים באלימות הקשה על המרמרה, והטלת הסגר הימי על רצועת עזה נעשתה בהתאם לדין הבינלאומי ולהנחיות אמנת סן רמו הנוגעות להטלת מצור ימי. הוועדה קבעה שהפעלת הכוח הייתה מוצדקת שכן פעילי הטרור שעל המרמרה הפעילו אלימות קטלנית כנגד החיילים, כולל ירי אש חיה מנשק חם: