בשנת 614 כבשו הסאסאנים את ארץ ישראל, ויהודי נצרת סייעו להם במעשי הטבח באוכלוסייה הנוצרית המקומית. כאשר שבו הביזנטים וכבשו את ארץ ישראל בשנת 630, הורה הקיסר הרקליוס על גירוש יהודי העיר, והיישוב היהודי במקום פסק.
עם הכיבוש הצלבני בשנת 1100 לערך, עלתה קרנה של נצרת, ובשנת 1108 הקים בה בלדווין הראשון דיוקסיה קתולית עצמאית והפך אותה לעיר-מחוז. הארכיבישוף של נצרת חלש על העיר ועל עשרה מכפרי הסביבה, בין ציפורי לכפר כנא.
באתר בזיליקת הבשורה הוקם מבנה חדש ומפואר מקודמו, והנוצרים האורתודוקסים נושלו ממעמדם והתיישבו באזור כנסיית בית הכנסת. נצרת התפשטה לכיוון צפון וכנסיית גבריאל הקדוש בסמוך למעיין מרים נבנתה גם היא מחדש. אך למרות חשיבותה של העיר, נותרה נצרת קטנה והיא לא בוצרה.
בעקבות קרב קרני חיטין ב-1187 כבש צלאח א-דין את נצרת ללא התנגדות, והורה על גירוש הכמורה הקתולית מהעיר, אך ב-1192 היא הורשתה לשוב אליה בעקבות הסכם יפו. לאחר מכן התחדשה גם תנועת הצליינים אל העיר, ובשנת 1229 הושבה נצרת לשלטון הצלבנים מכוח הסכם יפו בין פרידריך השני לסולטאן המצרי אל כאמל. עם זאת העיר הוגדרה כאזור מפורז מנוכחות צבאית ורוב תושביה היו נוצרים בני העדות המזרחיות. העלייה לרגל אל העיר החלה נושאת אופי טקסי והכנסייה הקתולית העניקה מחילת עוונות למשתתפים בה.
ב-1263 נכבשה נצרת על ידי הסולטאן הממלוכי ביברס, אשר הורה להרוס את כנסיית הבשורה ואת כנסיית גבריאל הקדוש. תנועת עולי הרגל אל נצרת התמעטה, והעיר ירדה מגדולתה והייתה לכפר עני.
התקופה העות'מאנית.
התקופה העות'מאנית בארץ ישראל החלה ב-1517, וסימנה שינוי לטובה בארץ ישראל כולה וגם בנצרת. כאשר כבש הנסיך הדרוזי פחר א-דין השני את הגליל ב-1610, החלה תקופת שגשוג בנצרת. פחר א-דין נודע באהדתו לאוכלוסייה הנוצרית, ואפשר לה חופש פולחן מלא. הוא מסר לחזקת המסדר הפרנציסקני את מערת הבשורה, והתיר לנזירים להקים במקום כנסייה ומנזר. בתקופה זו התיישבו בעיר מארונים מלבנון ובעיר נוסדה קהילה מארונית. בעקבותיהם הגיעה לנצרת משפחה נוצרית יוונית אורתודוקסית מירדן. לאחר מותו של פחר א-דין ב-1635 שוב התדרדר מצבה של העיר עד שכבש אותה דאהר אל-עומר ב–1735. יחסו של עומר אל הנוצרים היה דומה לזה של פחר א-דין, והוא ראה בהם גורם נאמן למשטרו. הוא סיים את המחלוקת בין העדות הנוצריות בעיר וחילק ביניהן את כנסיותיה, מצב שהשתמר עד היום. הקתולים שמרו על חזקתם בכנסיית הבשורה, האורתודוקסים זכו בכנסיית גבריאל הקדוש, ליוונים-הקתולים נמסרה כנסיית בית הכנסת ולמארונים ניתנה הרשאה להקים כנסייה משל עצמם.
דאהר אל-עומר הקים את בית הסראייה בעיר בסביבות שנת 1740, ובו שכנו דירתו של אל-עומאר, אורוות ובית מעצר. מאחר שבעת הקמת המבנה טרם היה בעיר מסגד, שימש חלק ממנו כמקום תפילה מוסלמי. בתקופה זו הייתה לעיר עדנה והיא זכתה להגנה מפני מסעות הביזה של הבדואים ואנשי הר שכם. את מקומו של אל-עומר תפס אחמד אל-ג'זאר בשנת 1775. תחילה נותר מצבה של נצרת ללא שינוי, ואל-ג'זאר אף התיר לפרנציסקנים להקים קפלה באתר שבו הוקמה לימים כנסיית מנזה כריסטי, אולם בעקבות סכסוכו עם הסוחרים הצרפתים בעכו ב-1791, הכביד את זרועו על נתיניו האירופים ועל הנוצרים בכלל. תושבי העיר צידדו בנפוליאון כאשר ניסה לכבוש את עכו מידיו של אל-ג'זאר ב-1799, והראשון אף שהה בעיר לאחר קרב תבור. כשנפוליאון נסוג ביקש אל-ג'זאר לטבוח בתושבי העיר, ורק התערבות בריטית מנעה זאת. תחת זאת העלה אל-ג'זאר את המיסים ודילדל את כלכלת העיר. תקופת שלטונו של סולימאן פאשה (1805-1819) שוב עמדה בסימן של שגשוג לעיר, ובניית המסגד הלבן הסתיימה ב-1812. אולם בימיו של השליט הבא עבדאללה פאשא שוב סבלה העיר הנוצרית.
בהמשכה של המאה ה-19 השתפר המצב בעיר לאין ערוך, היא גדלה והתרחבה ושמשה כבירת נפה בסנג'ק עכו. חדירת המעצמות האירופיות לארץ ישראל חיזקה את מעמד נתיניהן אשר זכו לזכויות יתר (קפיטולציות). בעיר קמו 12 כנסיות ומספר מנזרים, ולצידם קמו מוסדות חינוך, שני בתי חולים (בית החולים הצרפתי סן ונסן דה פול ובית החולים האיטלקי המשפחה הקדושה שהוקם ב-1882), בתי יתומים, בתי-מלון ואכסניות לשירות הצליינים (בהן ה"קאזה נובה" שליד המנזר הפרנציסקני וה"מוסקוביה" הרוסית שנבנתה החל ב-1904).
הקונסול הבריטי בירושלים באמצע המאה ה-19, ג'יימס פין, תיאר בספרו את הנשים בעיר: "נצרתיות אלו בריאותן איתנה כל כך עד כי לא די שהן עושות את המלאכה המוטלת על נשים בכל מקום במזרח, מלאכת שאיבת המים ונשיאתם, אלא אפשר גם לראותן מהלכות בחבורות ובידיהן גרזנים כבדים, לשעות את עבודתם השנייה...בחטיבת עצים ביערות הירוקים שסביב התבור".
בין 1873–1875 נסלל כביש חיפה-נצרת, והעיר הפכה למוקד מסחרי וכלכלי ליישובי האזור. אוכלוסיית העיר גדלה מכאלף תושבים בתחילת המאה ה-19 לכ-8,000 איש בסופה. בעיר התגבשו שלושה רבעים - הרובע היווני (חרת א-רום) בצפונה, הרובע הלטיני (חרת אל-לטין) בצידה הדרום-מערבי והרובע המוסלמי (חרת אל-אסלאם) במזרחה (כיום מכונה "השכונה המזרחית").
במלחמת העולם הראשונה שכנה בנצרת המפקדה המשולבת של צבא גרמניה והצבא העות'מאני. העיר נכבשה בידי הצבא הבריטי ב-20 בספטמבר 1918.
המנדט הבריטי.
בשנת 1926 התגוררו בנצרת כ-8,000 תושבים, כשליש מהם מוסלמים, והיתר נוצרים. יהודים בודדים בלבד גרו בעיר, ועפולה שנוסדה ב-1925, שימשה כמרכז העירוני היהודי באזור. העיר נקלעה לקיפאון וקצב הגידול שלה היה איטי ביחס לערים ערביות אחרות בארץ ישראל. למרות זאת קמו בעיר מספר מבנים חדשים ובהם בית החולים האנגלי שנחנך ב-1924 והכנסייה הסלזיאנית שבנייתה הסתיימה ב-1923, והיא חוברה בכביש לעפולה. בשנות ה-30 התחדשה צמיחתה של נצרת והשלטון הבריטי הפך אותה לבירת נפה וב-1944 לבירת מחוז הגליל. ב-1947, ערב מלחמת העצמאות, התגוררו בעיר כ-17,000 תושבים.
לאחר עצמאות ישראל.
במלחמת העצמאות שכנה מפקדתו של פאוזי קאוקג'י בתחנת המשטרה מדרום לעיר. במסגרת מבצע דקל ב-16 ביולי 1948 כבש כוח צה"ל של חטיבה 7 בפיקודו של בן דונקלמן את העיר בסיוע חטיבת כרמלי וחטיבת גולני. כיבוש העיר מוטט את מערך ההגנה הערבי בגליל התחתון והביא לכניעת כפרים ערבים רבים ללא קרב.
נצרת הייתה, ועודנה, העיר הערבית הגדולה במדינה, מיום הכרזתה כעיר. בשנת 1957 הוקמה בצמוד לנצרת העיר נצרת עילית (נוף הגליל), על מנת שתשמש לה כמשקל נגד יהודי. עיר זו אמורה הייתה להיות בירתו החדשה של המחוז, מבחינה מנהלית. הקמת העיר החדשה במזרח נצרת לוותה בהפקעת אדמות, שגרמה להתמרמרות בקרב תושבי העיר הנתונים בממשל צבאי. כחלק מכך הידרדרו הפגנות האחד במאי בשנת 1958 למהומות אלימות, בהן נפצעו שלושים שוטרים ואזרחים רבים נעצרו, ביניהם סמירה חורי, לימים חברת מועצת העיר.
הד למקומה המרכזי של העיר במגזר הערבי, ניתן לראות בעובדה שארבעה משבעת ראשי העיר שכיהנו בה מאז קום המדינה, כיהנו גם כחברי כנסת. ראש העיר השני של העיר, אמין-סלים ג'רג'ורה כיהן בכנסת הראשונה, לפני שנבחר למשרה. יורשו, סיף א-דין א-זועבי, כיהן בתשע הכנסות הראשונות, ובמקביל, משך שש שנים, שימש גם כראש העיר. קרוב משפחתו, העיתונאי עבד אל-עזיז א-זועבי, כיהן בכנסת השישית, השביעית והשמינית, ואילו המשורר וחבר הכנסת תאופיק זיאד, נבחר בשנת 1975 לתפקיד ראש העיר מטעם רק"ח, ושימש בתפקיד זה עד למותו בשנת 1994. בין היתר היה זיאד ממובילי הכרזת השביתה הכללית של ערביי ישראל בשנת 1976, ממנה התפתחו אירועי יום האדמה. ב-1974 נבחרה לראשונה אישה, סמירה חורי, למועצת העיר.
בשנת 1995 הוחלט על הקמת ועדת היגוי שתתכנן את תוכנית "נצרת 2000", שנועדה להכין את העיר לקראת אירועי שנת האלפיים להולדתו של ישו, ליצור תשתית מתאימה לבואם של תיירים רבים לאזור וליצור מקומות תעסוקה ומיזמים תיירותיים. האפיפיור יוחנן פאולוס השני ביקר בעיר בחג הבשורה, ב-25 במרץ 2000, והתפלל בבזיליקת הבשורה. על אירועי שנת ה-2000 העיב ויכוח שפרץ בין נוצרים למוסלמים בעיר, בשל כוונת המוסלמים לבנות מסגד במקאם שהאב א-דין השוכן מול בזיליקת הבשורה. הפרשה שזכתה לכינויים "מסגד המריבה" או "כיכר המריבה", הייתה מוקד לעימותים וחיכוכים בלתי פוסקים בין שני חלקי האוכלוסייה, החל באישור התוכנית על ידי הממשלה ב-1997, דרך ביטולה בשנת 2002 ואף לאחר מכן.
באירועי אוקטובר 2000 הייתה העיר זירה לאירועים קשים במהלכם נהרגו שלושה תושבים. האירועים החמורים ביותר התרחשו ב-8 באוקטובר בגבול שבין נצרת לנצרת עלית ובמהלכם נהרגו שניים מתושבי העיר. אתר הנצחה להרוגים הוקם בקרבת מקום, ברחוב א-שוהדאא שבמזרח העיר.
במלחמת לבנון השנייה בשנת 2006 נורו לעבר העיר מספר רקטות. מטח קטלני גרם למותם של שני ילדים בשכונת צפפרה בצפון העיר.
ב-3 במרץ 2006 הגיעו חיים אליהו חביבי, אשתו ובתו לבזיליקת הבשורה, ופוצצו נפצים במרכזה. האירוע עורר מהומה בעיר נצרת במיוחד עקב חשד שמדובר בניסיון פיגוע במקום כה מקודש לנצרות. חלק מתושבי העיר ניסו לערוך לינץ' כנגד משפחת חביבי, ובמהומה נפצעו כ-30 איש, מחציתם שוטרים ומחציתם אזרחים. לאחר כחצי שנה נשפטו בני-הזוג חביבי ונמצאו אשמים במעשה.
ב-14 במאי 2009 ביקר האפיפיור בנדיקטוס השישה-עשר בנצרת. הוא ערך מיסה המונית על הר הקפיצה וביקר בבזיליקת הבשורה. לקראת הביקור בוצעו ברחבי העיר עבודות בנייה ושיפוץ בהיקף נרחב, בעלות של 20 מיליון ש"ח.
ביולי 2016 פורסמו תוצאות מכרזים להקמת שכונה חדשה בעיר בה יוקמו כ-491 יחידות דיור במסגרת שיטת מחיר למשתכן.
פרשת הבחירות לעירייה בשנת 2013.