כבר בשלב מוקדם החלה מלחמת מוחות בין המסתננים, הפדאיונים והמבריחים לבין אנשי היחידה ובראשם עמוס וסאלח אל הייב. בשלב די מוקדם הבינו אותם גורמים שניסו לחדור שמתקיימים סיורים שתפקידם לאתר ולתפוס אותם.
על מנת להתגבר ולבלבל את אנשי היחידה נקטו אותם חודרים בתרגילים שונים. כך לדוגמה הם היו מנסים לטשטש את העקבות שהשאירו על ציר הטשטוש בעזרת ענפים. היו מדלגים מעליו תוך ניסיון להשאיר כמה שפחות סימנים מזהים. היו משתדלים ללכת על סלעים בכל מקום שניתן. לפעמים היו מרכיבים אחד על השני כדי לגרום להשארת מספר עקבות נמוך מהאמיתי. לעיתים הלכו אחורנית בעברם את ציר הטשטוש. לעיתים על מנת לטשטש היו החודרים מחברים לתחתית נעליהם עורות כבשים על מנת להגדיל את שטח המגע של הנעל עם הקרקע, להקטין את השקיעה שלה באדמה ולטשטש ביתר הצלחה.
מצד שני למדו גששי היחידה לזהות גמלים של רועים לעומת אלה של מבריחים או אנשי מודיעין לפי סוג הגללים שהשאירו כאשר גמלי המבריחים היו אוכלים שעורה, לעומת עשב רגיל שאכלו גמלים אחרים. המבריחים נהגו לעשן סיגריות יקרות כמו פליירס. סוליות הנעלים שלהם היו שונות מאלה של סתם גנבים ורועים.
הגששים למדו להעריך אם החודר נושא עליו נשק וציוד רב לפי עומק העקבות שהשאיר.
מרגע גילוי הכניסה ניסו אנשי היחידה להעריך את מטרת החדירה. לעיתים יכלו אנשי היחידה להעריך את מטרת החודרים לפי המסלול שלהם: האם למטרות גנבה, מודיעין, הברחות או שילוב של כמה מטרות כאלה.
כוח אדם אמצעים וציוד.
כוח אדם.
צוותי הסיור כללו לפחות חמישה לוחמים: מפקד הצוות בדרגת סג"ם או סגן, סמל הצוות, נהג, קשר וגשש. לפעילויות קרובות יצא בדרך כלל צוות אחד ואילו לפעילויות באזורים מרוחקים יצאו בדרך כלל לפחות שני צוותים בשני קומנדקרים (אלה היו כלי רכב מתוצרת "Dodge" או-"Power Wagon" מתקופת מלחמת העולם השנייה).
היחסים ביחידה הושתתו על אמון הדדי ועל הערכה לפי המקצועיות של כל אחד ללא התייחסות מיוחדת לדרגות, זאת בדומה ליחידות הפלמ"ח. החל מסוף שנות החמישים וראשית השישים כל חייל עבר קורס צניחה, קורס נהגות, ורוב החיילים גם קורס מ"כים. חלק מהסמלים נשלחו גם לקורסי חבלה. כל זאת במטרה להגדיל את הידע ואת הפוטנציאל של הלוחמים ביחידה.
כראוי ליחידה התנדבותית התפתח גם בשקד הווי מיוחד. הווי זה התבסס על סטטוס מיוחד. להתפתחות הווי זה תרמו מספר גורמים:
גורמים אלה ואחרים יצרו את הרקע להווי המיוחד שנוצר עם לכידות חברתית גבוהה.
קשר.
על כל קומנדקר היה מותקן במרכז ומלפנים מאחורי מושב הנהג מכשיר קשר מסוג מק. 19. כדי לאפשר פעילות רגלית היה לכל צוות גם מכשיר קשר נייד מסוג מק. 300 שהוחלף בהמשך הזמן במכשיר מתקדם וקל יותר מסוג מק. 10.
בראשית שנות ה-70 הוחלף המק. 10 במכשיר מתקדם יותר מסוג מ.ק. 77.
בתקופת המעבר ממכשירי ה- מק. 19 למכשירים המתקדמים יותר, נשאו הרכבים את שני סוגי המכשירים בו זמנית. כך לקראת אמצע שנות ה-60 הוחלפו בהדרגה מכשירי ה-מק. 19 במכשיר מתקדם יותר מסוג VRC. בשלב ראשון הותקנו מכשירי ה- VRC על אחד הספסלים בצידי הרכב ופעלו כאמור במקביל למכשירי ה - מק. 19 במשך תקופה של מספר שנים.
נשק.
בשנות השישים היו לרוב החיילים ביחידה רובים צה"ליים תקנים מסוג רובה FN. לגששים ולקשרים היו תמ"קים עוזי עם קתות מעץ וקתות מתקפלות. חלק ממפקדי הצוותים העדיפו נשק ארוך טווח כמו רובה על העוזי קצר הטווח, אולם בחרו להשתמש ברובה AK-47 האוטומטי שהיה עדיף על רובה ה-FN הכבד והמסורבל שסבל מבעיות תפעול בעקבות הצטברות אבק ובוץ.
אמנם בנשקיית היחידה היו מספר תת-מקלעים מסוג קרל גוסטב שנתפסו באירועים שונים והיו בשימוש נפוץ על ידי אנשי המודיעין המצריים, אולם אנשי היחידה לא השתמשו בהם. כך גם מקלע בינוני 03 ומקלע כבד 05.
לאחר מכן, בשנות השישים המאוחרות ובשנות השבעים, בין כלי הנשק הבולטים שהיו ללוחמי הסיירת, היה הקלצ'ניקוב (קלצ') שנתפסו בכמויות גדולות אצל האויב, נשק שהיה גם בשימוש הקומנדו הימי, והמאג. במלחמת יום הכיפורים ולאחריה נכנס לשימוש הנשק האמריקאי מסוג M16.
בין אמצעי הלחימה המיוחדים היו גם אמצעים אלקטרוניים לזיהוי מחבלים בלילה.
מטול בזוקה ומטול RPG. מרגמות ורימונים מכל הסוגים.
רכב.
רוב רכבי הסיור היו קומנדקרים מתוצרת דודג' מתקופת מלחמת העולם השנייה. היו גם בודדים מסוג POWER WAGON מתוצרת FARGO. בהתחלה היו קומנדקרים בודדים. מספר כלי הרכב היה תמיד כפועל יוצא מכמות המשימות. ברגע שהמשימות הוגדרו כפי שמופיע לעיל, גדל המספר וכך מאמצע שנות החמישים ועד אמצע שנות השישים, היו ביחידה כ 6–7 קומנדקרים. באמצע שנות השישים הוכפל המספר והגיע ל-12 כלי רכב. מספר חדשים לפני מלחמת ששת הימים הגיעו ליחידה ג'יפי סיור. ג'אפ"סים, ג'יפי סיור ששודרגו והותאמו על ידי לוחמי היחידה באופן מיוחד. הותאמו ללוחמת סער, זאת בנוסף להתאמתם לנסיעה בדיונות המדבר ובואדיות.
מפות.
המפות שעמדו לרשות היחידה היו ברובן בקנה מידה של 1:100,000. חלק מהמפות היו עדיין עם הדפסה מנדטורית ללא עדכונים וחלקן רק עם תוספות של יישובים חדשים ללא עדכוני דרכים, כבישים, בסיסים צה"ליים חדשים וכדומה.
היו מקרים בהם צוותים שפעלו בנגב המרכזי נכנסו לפעילות לילה עם מפות בקנה מידה כזה שהקשה מאוד להזדהות בשטח ולנווט, במיוחד בלילה. הצוותים היו נוהגים לעדכן בעצמם את המפות ולסמן עליהן פרטים שונים וחשובים כמו בורות מים שהיוו ציון דרך ותחנה חשובה עבור אנשי המודיעין המצריים ועבור המבריחים.
הפעלת אמצעים אוויריים.
במסגרת הפעולות לפינוי סיני לאחר מבצע קדש, יצאו ב-12 בדצמבר 1956 שני צוותים בפיקודו של בן חור מאל-עריש לניצנה לאמת ולעדכן מפות צבאיות של המצרים ולסמן שדות מוקשים. לפתע עלה הרכב השני על מוקש נגד רכב והתברר להם שנכנסו לתוך שדה מוקשים שהבדווים גנבו את גדרותיו וסימוניו.
שני חיילים נהרגו ושלושה נפצעו קשה. מטוס פייפר שהוזעק לא הצליח לאתר את כלי הרכב וחזר כלעומת שבא. לאחר זמן מה הגיע מסוק שנחת והעמיס את הפצועים ופינה אותם לבית חולים תל השומר. היה זה הפינוי המבצעי המוסק הראשון בצה"ל.
בתחילת שנות השישים כאשר החלו פיגועים והחלה התגברות פעילות מודיעינית מצרית במרכז הנגב, הופעלה היחידה והוקפצה מהבסיס אל המוקדים בעזרת מסוקים. היה בכך חידוש בדרך פעולת היחידה. כדי להתגבר על המרחק מהבסיס במשמר הנגב אל אזור האירוע בנגב המרכזי, להגיע מיידית ולנסות לתפוס ולפגוע במחבלים ובאנשי המודיעין, החל שימוש נסיוני (שנתן את פירותיו מיד) במסוקים.
תקופות ואירועים.
התפתחות והתבססות.
לקראת סוף מלחמת העצמאות הציע עבדו (ישראל בן-יהודה) מראשוני המסתערבים בצפון להקים יחידה בלתי סדירה שאנשיה יפוזרו לאורך הגבולות כאשר משימתה העיקרית היא לשלוט על שטחי ההפקר. כך הוקמו חוליות שכללו בדווים משבט אל-הייב, דרוזים, צ'רקסים ערבים נוצרים וערבים מוסלמים. בראש כל חוליה עמד קצין או סמל יהודי. אנשי החוליות לבשו תלבושת חפשית בדרך כלל ערבית מקומית. עבד אל מג'יד (עמוס) היה אחראי על חוליה שישבה במגידו.
עם הקמתה בתחילה השתייכה היחידה לפיקוד המרכז, מנתה בהקמתה 8 לוחמים ושכנה בבסיס קסטינה. באותה תקופה ראשונה פיקד עליה סגן צבי עופר. היחידה פעלה בבגדים אזרחים ועם כלי רכב בצבע אפור. היות שגם רכבי יחידת הממשל הצבאי שהתקיים עד אמצע שנות השישים היו בצבע אפור, היה די קשה לזהות את רכבי היחידה.
דוד בן חור כמפקד היחידה.
כעבור מספר חדשים ב-1955, עם שינוי פריסת הפיקודים הוכפפה היחידה לפיקוד הדרום. בהמשך גדלה ל-25 לוחמים, חלקם גששים דרוזים ובדווים. בכך הייתה סיירת שקד היחידה הראשונה ששילבה ערבים ויהודים. עם המעבר לפיקוד הדרום היה בסיס היחידה בתחילה בסמוך לחצרים. מפקדה הראשון היה רב-סרן דוד בן-חור. כסגנו פעל עודד ינאי שהכיר את עמוס מהצפון וגייסו ליחידה. עודד גייס והפעיל עוד קודם לכן שבע חוליות של גב"ס (גיוס בלתי סדיר) בצפון ובמרכז הארץ.
בעצם ימי מבצע קדש זיהה סיור של שקד עקבות כניסה רבים מחוף הים של זיקים. במרדף שנוהל על ידי בן חור איתרו הצוותים מספר חוליות פדאיונים בקרבת מסילת הברזל. בקרב שהתפתח נהרגו 15 מחבלים מצריים. הם הותירו כמות גדולה של חמרי נפץ שתכננו לפוצץ בהם את מסילת הברזל.
לאחר תקופה קצרה עברה היחידה לבסיסה הקבוע בבסיס משמר הנגב.
מלכתחילה גייסה היחידה את אנשיה מיחידות סדירות, כולל קצינים.
דב קלעי (סטרליץ) כמפקד היחידה.
בתקופת פיקודו של דב קלעי (סטרליץ) (לימים סא"ל) גויסו לראשונה שני בוגרי קורס קצינים, אליעזר "לייזר" רם (לימים תא"ל) שהגיע מהצנחנים וישעיהו "שייקה" ארז (לימים תא"ל) שהגיע מחטיבת גולני. שניהם העבירו את היחידה מפסים "פרטיזנים דמויי כוח לא סדיר" לאלה של יחידת סיור מובחרת. רבים אחרים מחייליה הגיעו מאז לדרגות בכירות בצבא.
עוד בשנת 1959 בתקופתו של אברהם יפה כמפקד פיקוד הדרום הוחלט שאנשי היחידה יעברו קורס צניחה. בהתאם לזאת קיבל כל חייל שבא ליחידה נעלי צנחנים. בכך הסתיימו הטענות על נעליים בלתי איכותיות שאינן נוחות להליכה ולמרדפים.
בשנת 1959 סופח ליחידה צוות הנדסה קרבית שהועבר מפיקוד הדרום. בראשית שנות ה-60 הועבר צוות קטן של ותיקי היחידה לפיקוד הצפון לפעילות ביטחון שוטף עם משמר הגבול, כולל מרדפים באזור הגליל התחתון. באוגוסט 1960 גייס דב עשרה חיילים לשקד. החיילים עברו טירונות בה"ד 4, והגיעו ליחידה בה עברו מסלול לוחם במשולב עם יציאה לסיורים.