במירוץ לנשיאות שהתקיים בשנת 2004, התייצב הסנאטור ג'ון קרי, חבר המפלגה הדמוקרטית ממסצ'וסטס, מול בוש, הנשיא המכהן. מערכת הבחירות כללה השמצות אישיות משני הצדדים ומסרים מקוטבים. המלחמה האמריקנית בעיראק, שבה נפלו כבר למעלה מאלף חיילים אמריקאים, הצטיירה בעיני הציבור כהסתבכות והפחיתה מהפופולריות של הנשיא. מספר חודשים טרם הבחירות, לאחר שבית המשפט העליון של מדינת מסצ'וסטס התיר באופן תקדימי נישואין בין בני אותו מין במדינה זו, ניסה בוש ליזום הוספת תיקון לחוקת ארצות הברית שיאסור זאת. בוש התעקש על הצגת התיקון בקונגרס על אף שהיה ברור שאין לו את הרוב הדרוש להעברת התיקון. מבקריו טענו כי יוזמה זאת נעשתה במטרה לעורר את הנושא לפני הבחירות לנשיאות ולעודד את אנשי הימין הדתי, להגיע לקלפיות. סקרי דעת הקהל הראו שהעמדות שהביע בוש בנושא היו בלתי פופולריות ושרוב הציבור נטה להשקפה ליברלית. יועצו הפוליטי הבכיר של בוש היה קרל רוב, והקמפיין שלו כלל, לצד קריאה לתיקון בחוקה שתאסור נישואים חד מיניים, גם הצעת תיקון דומה שתאסור ביצוע הפלות מלאכותיות, וכן רפורמה בביטוח הלאומי שתכניס לשוק גורמים פרטיים. עם זאת, האג'נדה המרכזית שהציג בוש הייתה מחויבות להמשיך במאמצים הצבאיים באפגניסטן ובעיראק. מנגד, הודיע ג'ון קרי במסע הבחירות שלו, כי הוא תומך במלחמה באפגניסטן, אך מתנגד לזו שבעיראק. בוש תקף את קרי על חוסר העקיבות שלו בעמדותיו כלפי המלחמה בעיראק (קרי תמך ביציאה למלחמה זו). במישור הכלכלי הותקף ג'ון קרי כרדיקלי שיביא להגדלת הממשלה ולהעלאות מיסים. לעומת זאת, קרי טען כי בוש נכשל בהצמחת הכלכלה וגרם לאיבוד מקומות עבודה.
בשבועות האחרונים שקדמו לבחירות, נשחק מעמדו של בוש בסקרים. על רקע הנתונים הצמודים בסקרים ושיעור ההצבעה הגבוה בליל הבחירות, העריכו רוב הפרשנים שסיכוייו של ג'ון קרי טובים יותר. אך למחרת בוקר התברר כי בוש ניצח ברוב קטן אך ברור בקרב הציבור הכללי עם 50.7% מקולות הבוחרים לעומת 48.3% קולות שזכה בהם קרי. בקרב חבר האלקטורים זכה בוש לרוב משמעותי של 286 לעומת 251. בוש היה לנשיא הראשון מזה 16 שנה שזכה ברוב מוחלט מקולות המצביעים (רוב שאף קלינטון הפופולרי לא הצליח להשיגו. הנשיא האחרון שהצליח לגרוף רוב מוחלט מהקולות היה ג'ורג' בוש האב ב-1988). נראה היה כי המפתח לניצחונו הורכב מתחושת האימה שאפפה עדיין את הציבור האמריקאי שלוש שנים לאחר הפיגועים במגדלי התאומים, והערכתו כי בוש מתאים יותר מיריבו לנהל את המלחמה בטרור. תרם לכך גם סרטון של אוסאמה בן לאדן ששודר ברשת אל ג'זירה כמה ימים לפני הבחירות, ב-29 באוקטובר, שבו דיבר על הפיגועים בבנייני התאומים ונראה כמתגרה בבוש. בימים שלאחר פרסום הסרטון הראו הסקרים כי בוש מוביל במספר אחוזים. לניצחונו של בוש תרמה גם התגייסות מלאה של האוונגליסטים, שהתנגדו להתרת הפלות ולהענקת זכויות להומוסקסואלים. ההישגים המרשימים שנחלה המפלגה הרפובליקנית בבחירות לקונגרס העניקו לבוש תנאי פתיחה נוחים לתקופת כהונתו השנייה.
כהונתו השנייה כנשיא (2005–2009).
הקדנציה השנייה של ג'ורג' בוש התאפיינה במידה רבה בהאטה כללית בפעילות הממשל בתחומים רבים ובמהלכה הצטייר בוש לא פעם כ"ברווז צולע". חלק ניכר מעיסוקו של בוש בקדנציה זו התמקד בניסיונותיו לייצב את עיראק ואת אפגניסטן לקראת העברתן בבטחה לנשיא הבא. במקביל ערך בוש מספר ניסיונות כושלים לביצוע רפורמות בתחומי הפנים, והתמודד עם שני משברים פנימיים גדולים שפקדו את ארצות הברית בשנים הללו: הוריקן קתרינה שהתרחש בשנת 2005, והמשבר הכלכלי העולמי שהתרחש בשנת 2008. במהלך קדנציה זו הספיק בוש למנות גם שני שופטים חדשים לבית המשפט העליון.
בראשית הקדנציה השנייה של בוש הוחלף מזכיר המדינה קולין פאוול ביועצת לביטחון לאומי קונדוליזה רייס ואת תפקידה קיבל סטיבן האדלי, מי שהיה מבכירי מחלקת ההגנה בתקופת כהונתו של בוש האב. סגן הנשיא דיק צ'ייני המשיך בכהונתו גם בקדנציה השנייה. אחרי בחירות אמצע הקדנציה ב-2006, בהן נחלה המפלגה הרפורבליקנית מפלה שחלק גדול ממנה יוחס להסתבכות בעיראק, הוחלף גם
מזכיר ההגנה דונלד רמספלד, ואת מקומו תפס רוברט גייטס.
ב-10 במאי 2005, בזמן ביקור בגיאורגיה, ניסה אזרח גיאורגי להתנקש בג'ורג' בוש, בזמן שהוא נשא נאום בכיכר החירות של טביליסי. המתנקש ידה רימון יד לעבר הבמה, במטרה לפגוע בבוש ובמיכאיל סאקשווילי, אך הרימון לא התפוצץ. המתנקש נעצר מאוחר יותר ונדון למאסר עולם.
הוריקן קתרינה.
פחות משנה לאחר שנבחר לנשיא בפעם השנייה, ספגה ארצות הברית את המשבר הפנימי הגדול ביותר שחוותה מאז פיגועי 11 בספטמבר 2001. בשלהי אוגוסט 2005, הכתה סופת ההוריקן קתרינה את דרום מזרח ארצות הברית וגרמה לאחד מאסונות הטבע ההרסניים ביותר שפקדו אי פעם את ארצות הברית. ב-27 באוגוסט, יומיים לפני שהגיעה הסופה לשיאה, הכריז הנשיא בוש על מצב חירום בלואיזיאנה, וביום המחרת במיסיסיפי ובאלבמה. בוש הורה להעביר את אזורי האסון הצפויים לטיפולם של המחלקה לביטחון המולדת ושל הסוכנות הפדרלית לניהול מצבי חירום, אך היו כאלה שטענו כי למרות הוראתו של בוש, הגופים הללו לא נקטו פעולות של ממש כדי להתכונן כראוי לאסון הצפוי. בשבועות שקדמו לבואה של הסופה, פונו רוב תושבי העיר ניו אורלינס שבלואיזיאנה, שמלכתחילה סומנה כחוליה החלשה. עם הגיעה של הסופה לעיר, קרסה מערכת הסכרים של ניו אורלינס וכ-80% משטח העיר הוצף. כתוצאה מכך, חוותה העיר נזקים קשים, מעשי שוד וביזה רבים ואובדן של חיי אדם שמספרם נאמד במאות הרוגים. מתוך 60,000 אלף תושבים שלא עזבו את העיר לפני בוא הסופה, פינה משמר החופים של ארצות הברית כמחציתם. ב-2 בספטמבר הגיעו לעיר עשרות אלפים מאנשי המשמר הלאומי של ארצות הברית על מנת לסייע בעבודות החילוץ ולהשיב לה את הביטחון והסדר. באותו יום ערך בוש סיורים במקומות שונים בלואיזיאנה, מיסיסיפי ואלבמה.
לפחות 1,833 בני אדם נהרגו בהוריקן הקטלני, ועלות הנזקים הוערכה בכ-108 מיליארד דולר (במונחי 2005). תפקודו של הנשיא בוש באותה עת גרר ביקורת חריפה כלפיו. נטען נגדו כי מינה אנשים בלתי מוכשרים לסוכנות הפדרלית לניהול מצבי חירום, וכי המלחמה שיזם בעיראק הקשתה על ריכוז המאמצים לטיפול במשבר. כמענה לביקורת, הודיע בוש כבר בעיצומם של האירועים כי הוא נושא באחריות למחדלים. תפקודו של בוש בכל הקשור להוריקן קתרינה הגביר את מגמת הירידה בפופולריות שלו, והיו מי שטענו כי הייתה זו נקודת מפנה פוליטית, שממנה לא יכול היה להתאושש עוד.
מינויים לבית המשפט העליון.
עם שוך הסערה, סבל בוש מחולשה פוליטית ניכרת. הביקורת שספג בעקבות טיפולו במשבר, והדשדוש במלחמה בעיראק, הקשו עליו לגייס תמיכה פוליטית ברפורמות השונות שביקש לקדם בענייני פנים. בקיץ 2005, עם הודעת הפרישה של השופטת סנדרה דיי אוקונור בחודש יולי, ועם פטירתו של נשיא בית המשפט ויליאם רנקוויסט בחודש ספטמבר, מינה בוש שני שופטים לבית המשפט העליון של ארצות הברית. המינוי הראשון, שהצלחתו נזקפה לזכותו של בוש, היה של ג'ון רוברטס שיועד תחילה להחליף את אוקונר כשופט, אך עם פטירתו של רנקוויסט הוא מונה לשופט במקומו. על אף שהיה ברור שהמועמד הוא שמרן מובהק, כישוריו המשפטיים וקסמו האישי סייעו לו לקבל את תמיכת רוב חברי הסנאט, מהם גם רבים מחברי המפלגה הדמוקרטית.
ניסיונו של בוש למנות את היועצת המשפטית האישית שלו הארייט מאיירס נכשל בשל הביקורת שהושמעה בקרב חברים משתי המפלגות. נטען שאין זה ראוי למנות מקורבת וכי אין די בניסיון שיש לה במשפט חוקתי. הימין השמרני הביע חשש שמאיירס לא תהיה מחויבת לנושאים הקרובים לליבו, כמו המאבק נגד התרת ביצוע הפלות מלאכותיות. בוש המשיך להתעקש על קידום המינוי בסנאט למרות הביקורת שספג, וכתוצאה מכך נגרם קרע בינו לבין רבים מתומכיו. רק לאחר סדרת פגישות בין מאיירס לבין חברי הסנאט שבהן התברר שהמינוי שלה לא מובטח, היא נאלצה לפרוש ובמקומה מינה בוש את השופט השמרן סמואל אליטו, שהיה אהוד על המפלגה הרפובליקנית. מינויו זכה לאישור הסנאט ב-31 בינואר 2006, בהצבעה שהתפלגה כמעט לחלוטין על פי סדר יומן של שתי המפלגות.
המשך המלחמות במזרח התיכון.
בדומה לכהונתו הראשונה, גם בזו השנייה, עמדו במרכז נשיאותו של בוש ענייני הביטחון הלאומי ומדיניות החוץ במזרח התיכון. במסע הבחירות לנשיאות בשנת 2004, הבטיח בוש כי אם ייבחר ימשיך לבטא מחויבות בלתי מתפשרת למלחמה בטרור, עד להשגת הכרעה. לאורך רוב שנות כהונתו הראשונה של בוש כנשיא, המצב הביטחוני בעיראק ובאפגניסטן היה יציב יחסית, אך עם תחילת כהונתו השנייה, התפרצה אלימות שהדרדרה למלחמת אזרחים כוללת. כוחות אל-קאעידה תפסו בעיראק אחיזה משמעותית במערב המדינה והצליחו להסב לכוחות האמריקניים אובדן של מאות הרוגים מדי שנה. תמונה דומה התפתחה גם באפגניסטן לאחר שבשנת 2006 התגברה פעילות הטליבאן באופן משמעותי.