יחד עם מעשי האלימות וההשפלה, החלו תהליכים כלכליים שונים ולכאורה חוקיים, אשר נועדו לשדוד באופן שיטתי את כל היהודים ובתי העסק שלהם. ב־8 בספטמבר 1939 פורסמו חוקים במסגרתם הוטלו על כל בתי העסק היהודיים חובת סימון במגן דוד, כדי להבדיל בתי עסק אלו מבתי העסק הפולנים. דבר זה היווה למעשה את תחילת השוד המאורגן על בתי העסק היהודים של קרקוב. משאיות רבות של הנאצים היו מגיעות לעיתים לבתי עסק יהודים ודורשות מילוי סחורה. בלי לדעת למה ובלי לשאול, היו היהודים מעלים את הסחורה על גבי המשאית בלי תשלום ובלא תמורה. בנוסף, החל באותו זמן חיילים נאצים לבצע מעשי ביזה בבתים פרטיים.
ב־8 בספטמבר נדרש מרק ביברשטיין להקים את היודנראט בקרקוב, וב־10 בספטמבר אכן הוקם גוף זה, וביברשטיין עמד בראשו.
ב־26 באוקטובר 1939 פורסם צו של ממשלת הגנרלגוברנמן, המטיל עבודות כפייה על כל היהודים בני 12 עד 60. ביצוע הצו הוטל על האס אס. בצו לא דובר כלל על תנאי עבודה ותעסוקה, כל שכן לא על תגמול על העבודה או על משכורת. היהודים לא זכו לשום הטבה או זכויות רווחה הקשורות בעבודה, להן זכו דווקא העובדים הפולנים. כיוון שלא היו צריכים לשלם להם כלל, מעסיקים גרמנים רבים מן השוק הפרטי היו מעוניינים בכוח העבודה של היהודים בפולין, ולכן מעבידים רבים הגיעו מגרמניה כדי להעביד יהודים. בעקבות כך אנשי אס אס החלו לחטוף יהודים ברחוב כדי להטיל עליהם עבודות כפייה שונות.
ב־1 בדצמבר 1939 פורסם צו מיוחד שקבע כי כל יהודי האזור יחויבו בלבישת סימן הכר יהודי. בקרקוב נאלצו היהודים ללבוש סרט לבן עם מגן דוד כחול שבא להפריד בין האוכלוסייה הפולנית לבין האוכלוסייה היהודית. מאביב 1940 החלו גזירות אנטישמיות נוספות: עוצר לילה על היהודים, איסור נסיעה בחשמלית, איסור לבקר בבתי קפה, בתי קולנוע ותיאטראות שאינם יהודיים, איסור החלפת מקום המגורים ללא אישור, ואיסור לנסוע ברכבת.
בראשית מאי 1940 פרסם האנס פרנק הודעה אשר הכריעה את גורל יהדות קרקוב:
לכן, בשונה מאיגרת הבזק של היידריך, שדרשה לכנס קהילות יהודית קטנות לעיר הגדולה הקרובה ביותר (כדי שבהמשך יהיה אפשר לשלוח אותם להשמדה), פרנק שאף להפוך את קרקוב ל"יוּדֶנרָיין" – נקייה מיהודים. על כן הוא החליט לפנות את כל יהודי קרקוב (שמספרם גדל ל־80,000 עד מרץ 1940, עם הגעת אלפי פליטים), שהתגוררו בעיקר במרכז העיר ברובע קז'ימייז', לכפרים שבסביבה.
רבבות יהודים עזבו את קרקוב בין ה־18 במאי ל־15 באוגוסט 1940, בעקבות הזדמנות שניתנה להם לעזוב עם רכושם "מרצונם החופשי", עליה הודיע ראש העיר הגרמני. הם עזבו לפולין המזרחית, שהייתה שטח רוסי, וגם לעיירות קטנות וכפרים סביב העיר, שם קיוו להיות הרחק מעיני הגרמנים.
הקמת גטו קרקוב.
בנובמבר 1940 החל הגירוש בכוח של יהודי קרקוב לעיירות הסביבה. עתה הורשו היהודים לשאת עמם רק מטען של 50 קילוגרמים לנפש. עד מרץ 1941 גורשו בכוח כ־40,000 יהודים (נוסף על העוזבים עצמאית), ובעיר נשארו כ־21,000 יהודים רשומים, שלפי הגרמנים היו נחוצים למאמץ המלחמתי (בלי להביא בחשבון כ־6,000 יהודים משוערים ששהו בעיר באופן בלתי חוקי). בשלב זה נוכחו הגרמנים שעוד ישנם יהודים רבים בעיר הבירה ולא יהיה אפשר לטהר אותה לחלוטין מיהודים, ועל כן, בהתאם לאיגרת הבזק של היידריך, החליטו להקים גטו בקצה העיר.
גטו קרקוב הוקם רשמית ב־20 במרץ 1941 בשכונת העוני פודגוז'ה (Podgorze) שעל הגדה הדרום-מזרחית של נהר ויסלה. המושל הנאצי אוטו וכטר הכריז על הקמתו ודרש מכל היהודים להתרכז בו עד 20 באפריל 1941. 15,000 יהודים נדחסו לאזור שיושב בעבר על ידי 3,000 אנשים שגרו במחוז, שכלל 30 רחובות, 320 מבני מגורים, ו־3,167 חדרים. כתוצאה מכך, דירה אחת הוקצתה לכל ארבע משפחות יהודיות ורבים חיו ברחוב. עקב הצפיפות הרבה פרצו בגטו מגפות רבות ושיעור התמותה גדל.
הגטו היה מוקף בחומה שנבנתה זמן קצר לפני כן והפרידה אותו משאר חלקי העיר. גובהה של החומה היה בממוצע כ-3 מטרים, והיא עוצבה בראשה בסיומת המזכירה אותה עם צורת לוחות הברית. רעיון עיצוב זה נעשה על ידי רעייתו של הנס פרנק. בראש החומה הוצבו סימנים יהודיים שהיו נפוצים בבתי קברות, מה שהוסיף עוד על התחושה הקשה לשוהים בתוכו. רק ארבע כניסות אפשרו לתנועה לעבור (חלקים קטנים של הקיר נשארו עד היום כלוח זיכרון). על שערי הגטו שמרו שומרים גרמנים ופולנים, ומבפנים שמרו שוטרים יהודים.
בתחילה נשמר הקשר בין הגטו לבין סביבת העיר. יהודים שעבדו במפעלים באזור או שבתי המלאכה שלהם היו מחוץ לגטו, כמו גם עובדי בית החולים ובית היתומים יצאו מדי יום מהגטו באישור מיוחד. גם עובדים פולנים נכנסו לבתי חרושת בתוך הגטו ואף פעל בו בית דואר. מצב זה אִפשר להבריח קצת מזון אל הגטו. הגרמנים הקצו 250 קלוריות ליחיד ליום, אך ההקצבה המעטה לא חולקה באופן סדיר.
מאוקטובר 1941 הגרמנים החלו לנתק בהדרגה את הגטו מהעולם שבחוץ, פרסמו עונשי מוות על כל יהודי שייתפס מחוץ לגטו בלי רישיון, וסניף הדואר נסגר. בסוף אותה שנה נסגרו חנויות ובתי מלאכה של יהודים שעדיין פעלו בעיר.
היודנראט במהלך הקמת הגטו.
הקמת היודנראט.
רוב ההנהגה היהודית של קרקוב ברחה מהעיר עם פרוץ המלחמה, בעיקר לצידה המזרחי של פולין (שסופח לברית המועצות), לכן לא נותרה ליהודים הנהגה רשמית שתסייע להם להתאקלם לכיבוש ושתייצג אותם בפני השלטונות הגרמנים. מספר יהודים ניסו להתחיל לפעול בארגון פעולות סעד, אך הנאצים לא היו מעוניינים בכך, אלא בגוף כללי שייצג את כל יהודי העיר. בעקבות התייעצות עם ראשי עיריית קרקוב, החליטו ראשי המשטרה הנאצית (הסיפ"ו) להקים יודנראט ("מועצת יהודים") בעיר, ולמנות לראש היודנראט את מרק ביברשטיין, מורה ועסקן חברתי בעיר, שהיה מוכר היטב בקרב הציבור היהודי בניקיון כפיו.
ב-8 בספטמבר 1939 (יומיים לאחר כיבוש קרקוב), התפרצו שני קציני אס אס נאצים לביתו של ביברשטיין והודיעו לו בתקיפות שהם הגיעו בשליחות ראש משטרת הביטחון ושהוא מונה לראש מועצת היהודים בעיר. ניתנו לו יומיים להרכיב את הרשימה של חברי היודנראט, שהייתה צריכה למנות שנים עשר חברים. כשניסה למחות, הובהר לו כי זו עלולה להיות מחאתו האחרונה בחיים. ביברשטיין הבין כי הוא חייב לקבל את משרת יושב ראש היודנראט על מנת לעזור לקהילה היהודית לשרוד את המלחמה. בלית ברירה החל במשימה הקשה של הרכבת המועצה. הוא השתדל למצוא מועמדים שהיו ידועים בקרב הציבור היהודי של קרקוב בניקיון כפיהם, שיוכלו לייצג את היהודים בקרב השלטונות הגרמנים. מספר מועמדים הסכימו להצטרף ליודנראט רק לאחר שכנועים ומאמצים רבים, ולאחר שהובטח להם שיקבלו תפקידים שמיועדים לסייע לציבור היהודי ולא תפקידים שכוללים הוצאה לפועל של הפקודות הנאציות. בסופו של דבר הצליח ביברשטיין להרכיב את הרשימה בזמן, והיא כללה שנים עשר חברי מועצה וארבעה סגנים.
כבר בפגישה הראשונה של המועצה בבניין היודנראט, סטר קצין אס אס לפניו של סגנו של יושב ראש היודנראט, שרצה לקבל את פניו והבהיר כי הגרמנים לא כבשו את פולין כדי לסייע ליהודים, אלא להפך. הוא אף הודיע לחברי המועצה כי רק יושב ראש המועצה ביברשטיין יהיה אחראי באופן ישיר לקהילה היהודית של קרקוב, ורק הוא ייצג אותה בפני השלטונות הנאצים. בנוסף, המועצה כפופה אך ורק למשטרת הביטחון ואסור לחברי המועצה לפנות לשום גורם שלטוני גרמני אחר. כל תקווה שהייתה למישהו מחברי היודנראט, שיוכל במסגרת תפקידו לשפר את היחסים בין הקהילה היהודית לבין השלטונות הנאצים, או שיוכל לשפר את מצבם של היהודים בקרקוב בזמן המלחמה, נגוזה.
הקמת היודנראט בקרקוב נעשתה לפני פרסום איגרת הבזק של היידריך ב-21 בספטמבר 1939, כלומר לפני שגובשה מדיניות ראשונית לגבי היהודים בפולין. בשל כך, לקהילה היהודית בעיר עדיין היה רכוש רב ומוסדות רבים, וקיוו לשרוד בעזרתו את המלחמה, חרף הפעולות האנטישמיות הראשונות. לחברי היודנראט לא היה מושג בתחילה מה תכננו הנאצים בנוגע ליהדות פולין.
תפקידי היודנראט ומבנהו.
ב־17 בספטמבר 1939 פורסמה הודעה לקהילה היהודית על הקמת היודנראט ועל תפקידיו וסמכויותיו:
סמכויות היודנראט בעניין היהודים הן מוחלטות ובלתי מוגבלות. על הפקודות הגרמניות יהיה היודנראט בלבד (ולא השלטונות הנאצים). בשיטה זו יצרו השלטונות הנאצים מצב של הפרד ומשול, בו יהודי קרקוב לא הבינו שמאחורי הפקודות ששילח בהם היודנראט עמד השלטון הכובש. נוצר מצב בו היהודים שנאו יותר את חברי היודנראט מאשר את הנאצים, אף על פי שהדבר היה אמור להיות להפך. דבר זה גרם לכך שליהודים רבים היה ספק לגבי אמינותו של היודנראט, והם חששו מלשתף פעולה עמו באופן מלא.
לרוב התעלמו השלטונות הנאצים מבקשותיהם של היודנראט ושל היהודים.
השלטונות הנאצים נתנו לחברי היודנראט יד חופשית בנוגע לחלוקת התפקידים שניתנו למועצת היהודים.
בעת הקמת היודנראט ב־10 בספטמבר 1939 הוא מנה שנים עשר חברי מועצה ועוד ארבעה סגנים. עד סוף שנת 1939 גדל מספר החברים ביודנראט והגיע לעשרים וארבעה חברי מועצה. עם תחילת פעולות הגירוש והאקציות בתוך הגטו, ירד בהדרגה מספר החברים ביודנראט, עד שבזמן שדוד גוטר כיהן כיושב ראש היודנראט, מנתה המועצה שישה חברים בלבד.