יצורים מעופפים ומאיימים אשר טורפים כל יצור חי בסביבתם כאשר מתקיים פרדוקס. דרך התגוננות מהם היא הסתתרות בתוך מבנה ישן, שיותר קשה להם לחדור אותו (או ביטול הפרדוקס, מה שיגרום להיעלמותם). היו המפלצת בפרק השמיני של העונה הראשונה – "יום האב", והופיעו בפרק האחרון של העונה השישית – "החתונה של ריבר סונג", כאשר הזמן עצר והעבר, העתיד והווה החלו להתקיים יחד.
ננוגנים.
מכשירים מהמאה ה-51 אשר מסוגלים לתקן בעיות ב-DNA, ולהפוך אותו לכזה בריא. בעונה 1 בפרקים 9-10 "הילד הריק", "הדוקטור רוקד", הם נתקלו בילד גוסס עם מסכת אב"כ אשר מחפש את אימו, ומכך הבינו שזוהי התבנית שבה כל בן אדם צריך להיות.
קיסר הדאלקים.
ניצול ממלחמת הזמן, שנראה בפרק האחרון של העונה הראשונה – "התפצלות הדרכים", שם התגלה שהצליח לפתח צבא שלם של דאלקים.
חשב את עצמו לאל של כל הדאלקים בעונה הראשונה בפרקים 12-13.
מפלצות העונה השלישית.
הג'דון.
חייזרים שהם חצי בן-אדם וחצי קרנף. עבודתם של יצורים אלו היא בארגון "הצהרת הצללים" – המשטרה של היקום. הם מדברים בכל שפה אפשרית (שפתם שלהם מורכבת מהברות בודדות בלבד). הם נחשבים ללוחמים קשוחים וחסרי כל רגישות, וכל משימה שיציבו להם הם יבצעו, בלי קשר לחיי יצורים שיילקחו או לכל פגיעה שהיא. הופיעו בפרק הראשון של עונה 3 – "סמית' וג'ונס", ובפרק ה-12 של עונה 4 – "כדור הארץ הגנוב".
הפלסמה.
רוצחת שניזונה מדם, ומקבלת את התכונות החיצוניות והפנימיות (לא מופיעה בסדרה מראה עצמאי שלה) של בעליו – ובכך נמלטת מרשויות החוק של החלל. הופיעה בפרק הראשון של עונה 3 – "סמית' וג'ונס".
הקריונייט.
זן מכשפות שפעילותו העיקרית היא באמצעות מילים. בעזרת מילים, המכשפות חודרות לאנשים ומשפיעות עליהם מרחוק. דגימת DNA מבן אדם יכולה לעזור להן ליצור בובת וודו שלו, והן יכולות לעשות בה כרצונן (וההשפעה על הבובה תחול גם על הבן אדם – הטבעת הבובה תגרום לטביעת הבן אדם וכדומה). המילים הן הנשק העיקרי שלהן, אך הן גם הדרך היחידה להפילן. [אמירת שמם פוגעת בהם] הקריונייט יכולות להיראות בשתי צורות: האחת כבן אדם רגיל לחלוטין, והשנייה כמכשפה (צורתן הטבעית). הופיעו בפרק "צופן שייקספיר" – מספר 2 בעונה השלישית.
המאקרה.
טורפים שבמהלך השנים עברו תהליך מוטציה, וניזונים מגז מלוכלך, שליצורים אחרים יכול להיות רעיל. התפתחותם איטית, והם מבצעים אותה באמצעות גזילת חיים של יצורים אחרים. הופיעו בפרק 3 בעונה 3 – "פקק תנועה".
עבדי חזיר.
הכלאה בין בני אדם לחזירים, שבוצעה על ידי הדאלקים, והביאה ליצור גזע חדש של עבדים. לאחר הכלאה שכזו, היצור שורד רק שבועות בודדים, וברוב המקרים נמחקים ממנו כל רגשותיו. הופיעו בצמד הפרקים 4-5 "דאלקים במנהטן", "אבולוציית הדאלקים" בעונה 3.
הדאלק האנושי.
הכלאה בין האדם לבין הדאלק שבוצעה על דאלק סק ואדריכל ה"אמפייר סטייט". המטרה הייתה לשלב בין החוכמה של הדאלקים לבין הצורה והרגשות של בני האדם, וליצור יצור עילאי – שבסופו של דבר נראה כבן אדם שעבר תהליך מוטציה. הופיעה בצמד הפרקים 4-5 "דאלקים במנהטן", "אבולוציית הדאלקים" בעונה 3.
אדם הדאלק.
איש שנראה כמו כל בן אדם רגיל, אך למעשה מוחו וכל תודעתו מרוקנים ממנו, ובמקומם נכנסת מחשבה דאלקית – רצחנית וחסרת רגשות. נרצחו על ידי הדאלקים. הופיעה בפרק 5 "אבולוציית הדאלקים" בעונה 3.
פרופסור לזרוס.
פרופסור זקן שבמהלך ניסוי שעשה להצערתו שהשתבש, עבר מוטציה והפך לחיה גדולה ונוראית שגוזלת את כל האנרגיה והנוזלים בגופו של בן אדם, בפרק זמן קצר. הופיע בפרק 6 בעונה 3 – "ניסוי לזרוס".
שמש הטוראג'י.
ישות חיה המצויה בתוך השמש. השתמשו בה בעבר לצריכת דלק לחלליות, אך חוקק חוק כנגד זה. השמש מסוגלת לחדור למוחות של יצורים חיים, ולשרוף אותם במבטה. קיימת אפשרות, במידה והיא חודרת לגופך, להקפיא אותה החוצה, אך מעטים הם השורדים תהליך שכזה. הופיעה בפרק "42" – מספר 7 בעונה השלישית.
משפחת הדם.
משפחה של יצורים גזיים וירוקים. הם מחדירים את עצמם אל תוך ישויות חיות, ובכך משיגים את זיכרונותיהם וחכמתם. מדברים אחד עם השני בקשר טלפתי. יכולים לחיות מספר שבועות בלבד, ובפעולותיהם הם מנסים לשנות את המצב הזה. הופיעו בצמד הפרקים 8-9 "טבע האדם", "משפחת הדם" בעונה 3. מנהיגי צבא של דחלילים שעבדים להם.
המלאכים הבוכים.
יצורים שאינם נראים באופן מובהק, המסתתרים בתוך פסלים – בדרך כלל דמויי מלאכים. הפסלים אמנם זזים, אך הם יכולים לעשות זאת רק כשאין יצור חי אחר שמביט בהם. תזוזתם היא כל כך מהירה, עד שאפילו מצמוץ יכול לסייע להם להיעלם. מסיבה זו, הם בדרך כלל מסתירים את עיניהם, על מנת שלא יסתכלו זה על זה ויתקעו במקומם לנצח. זן אחד של מלאכים – המתואר בעונה 3 בפרק 10 "מצמוץ" ובעונה 7 בפרק 5 "המלאכים לוקחים את מנהטן" – גורם למי שנוגע במלאך לחזרה בזמן, ומוות בטרם עת (הדבר יוצר אנרגיית זמן, שהיא מזונה של המלאכים, ופרדוקס מבטל אותה). זן אחר של מלאכים – המתואר בצמד הפרקים 4-5 בעונה 5 "זמן המלאכים", "בשר ואבן" מגיע אל הקורבן מאחורה, ושובר את מפרקתו. זן זה יכול לחדור אפילו אל תוך בן אדם, בעקבות מבט ממושך בעיניו – ולהשפיע על בריאותו הנפשית והפיזית. בנוסף, המלאכים האלו יכולים לנוע גם בתוך סרטי וידאו ותמונות (במידה ואף אחד לא מסתכל עליהם). מלבד שני אלו, מתוארים מלאכים בוכים כהולוגרמה בפרק ה-11 של העונה השישית - "תסביך אלוהות".
הטוקלופיין / דור העתיד.
שתי התפתחויות עתידניות של בני האדם. דור העתיד הם קבוצה של בני אדם שפיתחו תכונות ברבריות ומופיע בעונה 3 פרק 11 – "אוטופייה". הטוקלופיין הם רובוטים, שמכילים בתוכם מחשבה ופרצופים של אנשים, אשר הובאו להווה משנת 100 טריליון ומופיעים בצמד הפרקים "קול התופים", "אחרון אדוני הזמן" – 12-13 בעונה 3.
מפלצות מהעונה הרביעית.
וושטה נראדה.
הוושטה נראדה חיים בתוך צללים וחושך. הם חיים ביערות וניזונים מבע"ח, אנשים וחייזרים למיניהם אשר נכנסים לתוך צל ואוכלים להם את הבשר. לפי ההסבר של הדוקטור לכל היצורים החיים יש פחד לא מוסבר מהחושך וזאת בגלל הוושטה נראדה, הם חיים בכל הכוכבי הלכת באוכלוסיות קטנות כך שלא שמים לב אילהם. בפרק הכפול בעונה "שקט בספרייה" ו"יער המתים", הדוקטור, דונה נובל, ריבר סונג, ומספר ארכאולוגים נתקעים בכוכב שכולו ספרייה בו ישנה אוכלוסייה גדולה של וושטה נראדה ולכן אסור להם לדרוך בתוך צל, אוכלוסיית הוושטה נראדה גדלה כל כך בספרייה כיוון שביתם של הוושטה נראדה היה ביערות מהם הפיקו את הספרים.
מפלצות העונה החמישית.
אסיר אפס.
חייזר דמוי צלופח ארוך חללי ומפחיד עם שיניים חדות וגדולות. הופיע בפרק הראשון, "שעת ה-11". הוא אסיר בשביל האטרקסים וככל הנראה האסיר הכי מסוכן. הוא יכול לקחת גוף מאנשים אחרים ואז להיראות ולהישמע כמוהם תוך כדי מות הגופה שממנה לקח. בהתחלת הפרק הדוקטור פותח את הסדק בקיר של איימי ורואה שם כלוב ועין ענקית ושומע קול: "אסיר אפס נמלט, אסיר אפס נמלט...". התחפושת העיקרית של אסיר אפס היא איש עם כלב, שהיה חולה בבית החולים בו עובד רורי ויליאמס, ארוסה של איימי פונד.
האטרקסים.
האטרקסים הם עין ענקית עם חללית. כאשר הם מגיעים הם יכולים להיפרד מהחללית והעין מרחפת ויכולה להקרין הולוגרמות. אסיר אפס שהיה כלוא אצלם נמלט, והם נתנו אולטימטום להסגירו בתוך 20 דקות, אחרת ישמידו את כדור הארץ. הדוקטור קורא להם חזרה ושואל ארבע שאלות: 1. "האם הכוכב הזה מאיים על האטרקסים?" 2. "האם הכוכב הזה עבר על חוק אטרקסי?" 3. "האם הכוכב הזה מוגן?". שלוש השאלות האלו נענו בשלילה, והדוקטור המשיך לשאלה הרביעית "מה קרה להם [לקודמים שבאו לכדור הארץ]?" בתגובה הם מציגים הולוגרמות של כל הדוקטורים בסדר עולה עד הדוקטור הקודם לנוכחי, הדוקטור חוצה את ההולוגרמה ואומר "שלום. אני הדוקטור" מה שמוביל לבריחתם. הופיעו בפרק הראשון של העונה – "שעת ה-11".
החייכנים.
יצורים מפלסטיק ורובוטים. הם נמצאים בכל מקום עם חיוך, יכולים לסובב את הראש לפרצוף כועס ב-180 מעלות וב-360 מעלות לפרצוף מבעית. מטרתם היא לסלק ילדים שלוויתן הכוכבים או בכינוי שלו "החיה שבתחתית" יאכל אותם. לעיתים נדירות החייכנים יוצאים מהמכל ומתקיפים ואם פוגעים בהם הם מתקנים את עצמם מהר מאוד. מי שנוסע במעלית לאחר שנתנו לו פרצוף עצוב מורידים אותו ל"מפלצת שבתחתית". הופיעו בפרק השני בעונה – "המפלצת בתחתית".
לוויתן הכוכבים.
האחרון מזנו ונחמד כמו הדוקטור, המנוע של חללית בריטניה הופיע שם "כמו נס" אבל בעצם התנדב כי לא רצה לראות אימפריה מתפרקת. החייכנים מביאים לו ילדים בתור מזון אבל הוא לא מסכים לאכול אותם. הוא כלוא ועוברים עליו עינויים כדאי שימשיך להטיס את החללית. איימי מבינה שהוא התנדב בסוף הפרק וכולם ממשיכים בחייהם מלבד לוויתן הכוכבים שחופשי. הופיע בפרק השני בעונה – "המפלצת בתחתית".
דגים מהחלל.