בתשובה לחיים כהן שאמר שבעקבות השואה איבד את האמונה באלוהים, ענה ליבוביץ שגם קודם לכן כהן לא האמין באלוהים, אלא בעזרת אלוהים.
דת ומדע.
הבחנתו של ליבוביץ בין ערכים לעובדות (כדלעיל), והגדרת הדת כערך, הופכת כל סתירה בין תורה ומדע לסתירה מדומה. לדוגמה, ליבוביץ התייחס אל תולדות התפתחות המינים על כדור הארץ, כפי שהיא מתגלה על ידי המדע המודרני, כאל עובדה ("אינני חושב, אני יודע שהייתה אבולוציה. כמו שאני יודע – לא מאמין – שקיימת יבשת אוסטרליה, אף שלא ראיתיה מעודי"). בתפקידו כעורך האנציקלופדיה העברית כתב את הערך "דרוויניזם", ועל תורת האבולוציה של זמנו בערך "התפתחות", וכן כתב הקדמה להוצאה בעברית של "מוצא המינים".
לדעת ליבוביץ, הידיעה אינה זו שמביאה את האדם לקיים מצוות, שהרי אדם יכול לבחור להיות "יודע את רבונו ומתכוין למרוד בו", כשם שאין לימודי המדעים משפיעים על רצון האדם או מונעים ממנו לקבל עליו עול תורה ומצוות (או כל ערך אחר). עוד אמר כי הוא אינו יודע מה היה בהר סיני, ולא מפני שהאל התגלה בסיני הוא מקבל עליו את המצוות, אלא מפני שהוא מקבל עליו את המצוות הוא מאמין שהאל התגלה בסיני.
לדעת ליבוביץ, מטרת התורה אינה סיפוק מידע לאדם, אלא הצגת דרישה ערכית בפניו. התורה היא הדרישה המוצגת לאדם לעבוד את ה', ודרישה זאת מנוסחת בצורות שונות: קודם כל במערכת המצוות, אבל גם בחלקיה הסיפוריים, השירים וההיסטוריים של התורה. האירוע ההיסטורי כשלעצמו אינו רלוונטי מבחינה דתית, כמו כל ההיסטוריה האנושית. השכינה לא "ירדה על הר סיני" כדי ללמד את בני האדם פיזיקה, כימיה, ביולוגיה ואסטרונומיה. זהו תפקידם של בני האדם עצמם לעסוק בתחומים המדעיים, ללא קשר לתורה.
לפיכך, לא תיתכן סתירה בין המדע לבין הדת משום שתוכניהם שונים בתכלית: המדע, הן מדעי הטבע והן מדעי החברה, תכליתם ללמדנו עובדות על העולם. ואילו הדת, שהיא ערך, עניינה במעמדו של האדם לפני האל.
יחסו לקבלה.
יחסו של ליבוביץ לתורת הסוד היה שלילי ביותר. את ספר הזוהר הוא הגדיר "ספר אלילי מוחלט".
דעתו של ליבוביץ על הקבלה הוצגה במכתב ששלח לגרשם שלום בשנת 1941:
בסוף המכתב הוא מסכם את דבריו כך:
יחסו לרפורמה.
כאמור, לשיטתו של ליבוביץ, מהותה של הדת היא קבלת עול מצוות ולא מתן סיפוק לאדם.
לכן, יחסו אל היהדות הרפורמית לא היה כאל תנועה דתית אלא כאל תנועה חילונית-הומניסטית. הוא הסביר זאת בכך שאת השינויים בצורת עבודת ה' הרפורמים חוללו על מנת לספק צרכים אנושיים, בין צרכים גשמיים ובין צרכים רגשיים ומוסריים, וכדי להתאים את ההלכה להשקפותיהם האישיות ולרוח הזמן.
הוא חזה שכמו כל הזרמים האנטינומיסטיים ביהדות (כגון הנצרות והשבתאות) גם הרפורמים עתידים לפרוש ממנה.
עם זאת, ליבוביץ גילה פתיחות יחסית כלפי הקונסרבטיבים ואמר עליהם: "במידה שהוא מבסס את הדבר הזה על הכרתו בהלכה, אז הדבר הזה הוא לגיטימי. ולדעתי השאלה, באיזו מידה הוא מבסס את זה על הכרתו בהלכה. וזה מה שהרפורמים בפירוש אינם עושים. אלא הם עומדים מול ההלכה ובוחרים מקרבה את מה שמתאים להם ולא מתוך הכרה שמבחינת ההלכה יש לקבל את הדברים האלה, אלא מנימוקים אחרים. ואצל הקונסרבטיבים, אי אפשר למצוא להם מכנה משותף בעניין זה, בינם לבין עצמם. אם יש כאלה שמערערים על דברים שנקבעו בהלכה ומבססים את הערעור הזה על הבנתם בהלכה, אז זאת היא מחלוקת לגיטימית בעולמה של היהדות. ויש כאלה ביניהם. אבל יש אחרים שאמנם טוענים שהם רוצים בהמשכה של ההלכה, אבל הם כאילו לא נמצאים בהלכה אלא נמצאים מחוץ לה והם בוחנים את ההלכה כפי שהיא נראית להם מן החוץ. אולי זהו הניסוח: השאלה היא האם אני בוחן את ההלכה מתוך ההלכה עצמה, או שאני בוחן אותה מתוך איזשהו אספקט חיצוני". ברוח זו, ליבוביץ עצמו סבר כי יש לבצע רפורמות מסוימות בהלכה מצד כללי ההלכה עצמם.
יחסו לציונות הדתית.
בצעירותו השתייך ליבוביץ לחוגי הציונות הדתית. טרם עלייתו לישראל היה פעיל בחוגי תנועת המזרחי. עם עלייתו לישראל, הטיף ליבוביץ להתחדשות של השיח ההלכתי ולעיצוב החיים הפוליטיים והחברתיים תוך פירושה של התורה בהתאם למציאות המודרנית. בשנות ה-40 טען כלפי הציונות הדתית שהיא מסתגרת. עם זאת, בשלב זה פעל ליבוביץ עדיין במסגרותיה של הציונות הדתית, והייתה לו השפעה בחוגים כמו הקיבוץ הדתי.
בשלבים מאוחרים יותר ובפרט לאחר מלחמת ששת הימים, ליבוביץ היה ממתנגדיה החריפים ביותר של הציונות הדתית, והאשים אותה שביטלה את ההבדלה בין קודש לחול. בהגותו של ליבוביץ, בניגוד לזו של הראי"ה קוק – מאבות הציונות הדתית – המציאות כולה היא חול. רק אלוהים קדוש, והאדם יכול לשאוף לקדושה על ידי קיום מצוותיו. לשיטתו אין שום קדושה למדינה. ליבוביץ נהג לבסס את יחסו השלילי לקידוש כל מה שאינו אלוהים על דברי רבי מאיר שמחה הכהן בפירושו לתורה.
בעיתון הארץ צוטט ליבוביץ ביחס למתנחלים:
בפרט התנגד ליבוביץ למושגים "קדושת העם" ו"קדושת הארץ". לדעת ליבוביץ, רבי יהודה הלוי, רוב המקובלים, המהר"ל מפראג והרב קוק הם "תלמידיו של קורח", מפני שהאמינו בקדושתם הבלתי-תלויה של עם ישראל וארץ ישראל. בזאת, ומחמת ששלל חלק מי"ג העיקרים, עורר את חמתם של רוב החוגים הדתיים בישראל (ובפרט בקרב הציונות הדתית), אשר ראו בו אפיקורס.
כמו כן, בדומה לחרדים ובניגוד לדתיים לאומיים, טען ליבוביץ כי להקמת מדינת ישראל אין כל משמעות דתית, כיוון שמנהיגיה ואזרחיה הם "פורקי עול תורה ומצוות", אין קשר בין הבטחת הארץ לאברהם לבין הקמת המדינה, שכן לדידו של ליבוביץ קיום ההבטחה האלוהית מותנה בכך שעם ישראל יקיים את חלקו בברית – קיום המצוות. במיוחד התקומם ליבוביץ על שהקשר ההיסטורי של עם ישראל עם יהודה ושומרון שימש נימוק של הציונות הדתית ושל הימין הפוליטי החילוני, להצדקת השליטה בשטחים אלו וההתיישבות בהם.
המשמעות המשיחית שמייחסים רבים מאנשי הציונות הדתית לשיבת עם ישראל לארץ ולהקמת המדינה ("אתחלתא דגאולה") נתפסה בעיניו כאמונה שקרית, והוא הרבה להשוות אותה לתנועה השבתאית, אשר אמונתם בשבתי צבי נתבדתה וסופם היה לעזוב את היהדות ולהתאסלם, כיוון שאמונתם התבססה על משיח שקר, ולא על מה שליבוביץ ראה כמהות הדת היהודית – קיום המצוות המעשי.
בראיון איתו אף הקביל ביחס שבין הלאומית הדתית לדת, ליחס שבין הנאציונל-סוציאליזם לסוציאליזם.
יחסו למדינת ישראל.
ליבוביץ ראה בעצמאותו המדינית המתחדשת של העם היהודי בבחינת הזדמנות היסטורית לעמת את ערכי המורשת היהודית מול מבחן המציאות - "הציבור של יהודים שומרי תורה שהשתתפו במפעל הציוני חולל בהקמת המדינה את המהפכה הדתית הגדולה ביותר בתולדות ישראל". השקפה זו הוצגה בחיבורו "לאחר קיביה", שפורסם בעקבות פעולת קיביה (14 באוקטובר 1953), שבה נהרגו למעלה מ-60 מתושבי הכפר:
ליבוביץ שב ומדגיש את היעדר הקדושה במדינה, שאינה אלא כלי חילוני להגשמת צרכיו השוטפים של העם. הוא טען כי הפעולה בקיביה מלמדת על בעיה דתית מובהקת; שורש הרע, לשיטתו, מונח בייחוס קדושה לענייני חולין, והוא ראה בו חילול השם.
עמדותיו וסגנונו.
לצד עבודתו באוניברסיטה העברית ועיסוקו בכתיבה, ניצל ליבוביץ את מעמדו כדי להביע בפומבי את דעותיו בעניינים שעמדו על סדר היום, ואף היה פעיל בעצמו במספר ארגונים פוליטיים. לליבוביץ היו דעות נחרצות בתחומים רבים של השיח הציבורי: פוליטיקה, מלחמה, שלום, אתיקה, דת, מדינה ועוד. בענייני פנים, ביקר ליבוביץ בחריפות את החברה הישראלית, על הפיכתה, לדעתו, לפשיסטית, לאומנית ומיליטריסטית. כמו כן הוא הרבה לבקר את שלטון מפא"י על שחיתותו. בענייני חוץ ליבוביץ מיקם את עצמו בקצה השמאלי של המפה הפוליטית בישראל, והזהיר מהתנוונותו המוסרית ההכרחית של צה"ל כתוצאה מהחזקה בכוח בשטחי יהודה ושומרון.
לאחר מלחמת ששת הימים היה ליבוביץ נרגש מכך שהעיר העתיקה בידי מדינת ישראל. עם זאת, מעט לאחר מכן הוא הביע את עמדתו נגד החזקת השטחים. כבר מימי פעולת קיביה מחה ליבוביץ נגד מה שלדעתו היה הפיכה של המדינה והצבא לערכים עליונים, ומפני שכרון הכוח שלדעתו הוביל את החיילים לבצע את הטבח. בתחילה התלבט ליבוביץ בנוגע לפתרון לשטחים שנכבשו במלחמה, אך מעט לאחר מכן היה ליבוביץ מהראשונים שקראו לנסיגה מכל השטחים שנכבשו גם ללא שלום, והזהיר מפני הבעיה הדמוגרפית והמוסרית שעלולה לצמוח כתוצאה מהשליטה על הפלסטינים. לדברי ליבוביץ, המשך התנהגות כמו זו של ישראל ביהודה ושומרון תוביל בהכרח למדיניות דומה לזו של הנאצים, ואפילו באשר להקמת מחנות השמדה נוסח אושוויץ אמר ליבוביץ כי "אין זה מן הנמנע". ב-20 ביוני 1982 כינה את מדיניות ישראל בלבנון "יהודו-נאצית". לאחר שחברי ועדת לנדוי התירו הפעלת "מידה מתונה של לחץ פיסי" על נחקרים לצורך סיכול פעולות טרור, הוא כינה אותם "יהודונאצים" משום שלדבריו התירו "להשתמש בעינויים כדי לסחוט הודאות משבויים ערבים".
ליבוביץ התבטא בפומבי בדבר הצורך במלחמת אזרחים במדינת ישראל, כדוגמת מלחמת האזרחים האמריקנית. בהקשר זה קרא להקים פלוגות אנשים אשר "ישברו את העצמות" ל"כנופיות הבנדיטים השורצות היום ברחובותינו".
ליבוביץ נתן פומבי לדעותיו, תוך שימוש בביטויים פרובוקטיביים. לפי עדותו של ליבוביץ, הוא אימץ לעצמו סגנון התבטאות חד, ולעיתים קיצוני, על מנת למשוך את תשומת לבם של השומעים.
ביקורת על ליבוביץ.
על רקע עמדותיו זכה ליבוביץ להערכה רבה ורחבה, אבל גם להתנגדות גדולה לא פחות. מחד גיסא, היו שראו בו את גדול הוגי-הדעות היהודיים בדורו, ומאידך גיסא ראו בו רבים "כופר שומר מצוות".