שלא כמו קודמו, שוואנדזאנג, שתיאר גם את הגאוגרפיה והתרבות של הודו מהמאה השביעית, תיאורו של ייג'ינג מתרכז בעיקר במנהגי הבודהיזם בהודו ותיאורים מפורטים של המנהגים, החוקים והתקנות של הנזירים במנזר. בכרוניקה שלו מציין ייג'ינג כי הוקצו ההכנסות מ-200 כפרים (בניגוד ל-100 בתקופתו של שוואנדזאנג) לתחזוקה של נלנדה. הוא תיאר שיש שמונה ויהארות עם עד 300 תאים. לדבריו, למנזר נלנדה יש מספר נהלים וכללים יומיים של לנזירים. הוא נותן דוגמאות רבות. בסעיף קטן אחד הוא מסביר כי במנזר עשר בריכות נהדרות. הבוקר מתחיל עם צלצול הגנטה (הפעמון). נזירים לוקחים את סדיני הרחצה והולכים לאחת הבריכות האלה. הם מתרחצים עם התחתונים, ואז יוצאים לאט כדי לא להפריע למישהו אחר. הם מנגבים את גופם, ואז נעטפים בסדין באורך 1.5 מטרים רגל וברוחב חצי מטר סביב המותניים, מחליפים את בגדיהם כשהעטיפה במקום. לאחר מכן שוטפים, סוחטים ומייבשים את הסדין. ההליך כולו, אומר ייג'ינג, מוסבר בנוהלי הבודהיסטים של ניקאיה. יש להתחיל את היום עם רחצה, אך הרחצה לאחר הארוחות אסורה. בנלנדה היו נהלים וטקסים יומיומיים של ניקאיה, כאלה שנקבעו לנזירים שחובה עליהם לקיים.
צליינים קוריאנים וטיבטים (650–1400).
בנוסף לעולי הרגל הסינים, גם עולי רגל בודהיסטים מקוריאה ביקרו בהודו בערך באותו הזמן כמו שוואנדזאנג וייג'ינג. סיפורי המסע הסיניים אודות הודו נודעו במאה ה-19 ופורסמו היטב. לאחר אמצע המאה ה-20, נחשפו מסעות הצליינים הקוריאנים. לדוגמה, נזירים, כמו קיום-איק (Kyom-ik), החלו לבקר במנזרים הודים באמצע המאה ה-6. גם הם הביאו איתם בחזרה טקסטים הודים ותרגמו אותם, והפיקו 72 צ'ואן של טקסטים מתורגמים. באמצע המאה השביעית ביקר הנזיר היון-ג'ו (Hyon-jo) מ בכמה מנזרים הודים, כולל שלוש שנים בנלנדה, את ביקורו אישר ייג'ינג. הוא שלח את תלמידיו היי-ריון (Hye-ryun) והיון-גאק (Hyon-gak) לנלנדה ללימודים, האחרון מת בנלנדה. הם אימצו שמות הודיים לאינטראקציה עם הסטודנטים האחרים; לדוגמה, היי-ריון היה ידוע בשם פראג'נווארמן וזה השם שנמצא ברשומות. על פי רישומים קוריאניים, נזירים ביקרו בהודו במהלך המאה התשיעית - למרות אתגרי המסע המפרך - כדי ללמוד במנזרים שונים, ונלנדה הייתה הנערצת ביותר.
במאה השביעית ואחריה הגיעו נזירים טיבטים כמו תונמי סמבהוטה לנלנדה ולמנזרים הודים אחרים כדי ללמוד, לא רק בודהיזם, אלא שפה, דקדוק וסנסקריט ונושאים אחרים. לזכות סמבהוטה יישום העקרונות של הסנסקריט ודקדוקו לשיפוץ השפה הטיבטית והכתב שלה. לאחר שובו הראשון של סמבהוטה מנלנדה, אימץ המלך הטיבטי את הבודהיזם והתחייב להפוך אותו לדת עמו. נזירים טיבטים גרו קרוב יותר לנפאל, סיקים ומזרח הודו, עם מסלול מסע פשוט יותר מהקוריאנים ומהאחרים. הטיבטים המשיכו לבקר במגדהה בתקופת שלטון שושלת פאלה, ומעבר לכך לאורך המאה ה-14, ובכך השתתפו בכור ההיתוך של הרעיונות בנלנדה ובמנזרים אחרים בביהר ובבנגל. עם זאת, לאחר המאה השמינית, שלט הבודהיזם של זרם הווג'ריאנה מונע האלים יותר ויותר בחילופי הרעיונות. לאחר הכיבוש האסלאמי, חורבנם וסופם של נלנדה, מנזרים אחרים והתרבות הבודהיסטית ממישורי ביהר ובנגל, זיכרון המותג של "נלנדה" נשאר הנערץ ביותר בטיבט. בשנת 1351 התחייבו הטיבטים לשחזר מנזר בלב טיבט, לאייש אותו עם נזירים מלומדים מבתי ספר בודהיסטים מגוונים, ולכנות אותו "מנזר נלנדה" לכבוד הנלנדה העתיקה, על פי הטקסט של הוקם מוסד זה צפונית ללהאסה בשנת 1436 באמצעות מאמציו של רונגטון מאווה סנגה, שלאחר מכן התרחב במאה ה-15. כיום הוא נקרא נלנדה הטיבטית, להבדיל אותה מהאתר המקורי.
אימפריית פאלה (750–1200).
התבססה באזורים המזרחיים של הודו באמצע המאה השמינית ושלטה בהם עד לרבע האחרון של המאה ה-12. הם היו שושלת בודהיסטית. עם זאת, תחת אימפריית פאלה, הוחלף הבודהיזם המסורתי של המהאיאנה של נלנדה שהיווה השראה לצליינים במזרח אסיה דוגמת שוואנדזאנג, על ידי מסורת הווג'ריאנה שהתפתחה מאוחר יותר, גרסה אזוטרית של הבודהיזם שבלטו בה מסורות הטנטרה, ארוטיקה ופנתאון של אלים. נלנדה המשיכה לקבל תמיכה מקיסרי אימפריית פאלה, אך הם העדיפו את הבודהיזם של זרם הווג'ריאנה והם יזמו בנייה של מנזרים חדשים רבים המבוססים על רעיונות המנדלה של הווג'ריאנה כגון אלה בג'אגדאלה, אודנטאפורה, מקדש פאהארפור ו. אודנטאפורה נוסדה על ידי מייסד אימפריית פאלה 9.7 קילומטרים בלבד מנלנדה. מנזרים מתחרים אלה, המרוחקים כמה קילומטרים בלבד מנלנדה, משכו אליהם כנראה מספר נזירים מלומדים מנלנדה.
כתובות, עדויות ספרותיות, חותמים ויצירות אמנות הרוסות שנחפרו באתר נלנדה מעידים על כך שנלנדה נשארה פעילה והמשיכה לשגשג תחת שלטון אימפריית פאלה. המלכים ו היו פטרונים פעילים. בחורבות נמצאו מספר פסלי מתכת מהמאה ה-9 המכילים התייחסויות לדוופאלה, כמו גם שתי כתובות בולטות. הראשונה, כתובת לוחית נחושת שנחשפה בנלנדה, מפרטת תרומה של המלך שאילנדרה (מסומטרה באינדונזיה של ימינו). מלך זה מאימפריית , ש"נמשך על ידי המצוינות המרובות של נלנדה", בנה שם מנזר וביקש מדוופאלה להעניק הכנסה של חמישה כפרים לצורך אחזקתו, בקשה שהתקבלה. כתובת גוסראוואן היא כתובת נוספת מתקופתו של דוופאלה והיא מזכירה שהוא קיבל והפך לפטרון של חוקר ודות מלומד בשם ויראדווה שנבחר מאוחר יותר למנהל נלנדה.
כתובות שנוצרו בין המאות ה-9 וה-12 מעידות על מתנות ותמיכה לנלנדה בגין תחזוקת המנזר, כלכלת הנזירים, העתקת כתבי יד של מעלי דקל (הכרחיים לשימור בהתחשב באקלים הטרופי ההודי). כתובת אחת מזכירה גם את הרס ספריית כתבי היד של נלנדה בשרפה, ותמיכה בשיקום שלה. כתובת נוספת מהמאה ה-10 מצטטת את בהדרקרי ממסורת הסוטראנטיקס, המעידה על פעילותם של אסכולות בודהיזם מגוונות בנלנדה. כתובת נוספת של נלנדה מהמאה ה-11 מזכירה "כוננית ספרים מסתובבת".
כל עוד שקיסרי אימפריית פאלה המשיכו לתמוך בנלנדה, התהילה וההשפעה של נלנדה סייעו להם. ממלכת סריוויג'איה בדרום-מזרח אסיה שמרה על קשר ישיר עם נלנדה ועם אימפריית פאלה, ובכך השפיעה על אמנויות המאה ה-9 עד ה-12 בסומטרה, בג'אווה, בדרום תאילנד ובאזורים שסחרו באופן פעיל עם ממלכת סריוויג'איה. ההשפעה נמשכה גם ל האינדונזית. הלוחות מארד מאינדונזיה מתקופה זו מראים את היצירתיות של אנשיה, אך הנושאים האיקונוגרפיים חופפים לאלה שנמצאים בנלנדה ובאזור הסמוך. נזירים מאינדונזיה, מיאנמר וחלקים אחרים של דרום-מזרח אסיה הגיעו לנלנדה במהלך שלטון אימפריית פאלה.
הרס על ידי בחטיאר ח'לג'י (1200).
בסביבות שנת 1193 לספירה, היה בחטיאר ח'לג'י, מצביא ממוצא טורקי שרצה לעשות לעצמו שם, בשירותו של מפקד באזור אווד. ההיסטוריון הפרסי, מינהאג'-איי-סיראג' תיעד בספרו טאבקט-איי נסירי את מעשיו כמה עשורים לאחר מכן. לח'לג'י הוקצו שני כפרים בגבול ביהר שהפכו לשטח הפקר פוליטי. הוא חש שזו ההזדמנות שלו והתחיל בשורה של פשיטות שוד בביהר וזכה לתגמול על פעולותיו מהממונים עליו. מעודד מהצלחתו, החליט ח'לג'י לתקוף מבצר בביהר והצליח ללכוד אותו בהצלחה, והשיג שלל גדול. מינהאג'-איי-סיראג' כתב על ההתקפה הזו:
קטע זה מתייחס למתקפה על מנזר בודהיסטי (ה"ביהר" או ויהארה) ונזיריו (הברהמנים המגולחים). התאריך המדויק של אירוע זה אינו ידוע, כאשר הערכות החוקרים נעים בין 1197 ל-1206. בעוד שהיסטוריונים רבים סבורים כי מנזר זה המוגדר בטעות כמבצר היה אודנטאפורה, חלקם סבורים כי מדובר בנלנדה עצמה. עם זאת, בהתחשב בכך ששני מהאוויהארות אלו היו במרחק של קילומטרים ספורים זה מזה, סביר להניח ששניהן פגשו גורל דומה. האחרות הגדולות בנות אותה תקופה כמו ויקראמאשילה ומאוחר יותר, ג'אגדאלה, פגשו גם הן את סופן בידי הטורקים בערך באותו הזמן.
תיאור חשוב נוסף של התקופה הוא הביוגרפיה של הנזיר-הצליין הטיבטי, דהרמסוואמין, ששהה בהודו בשנים 1234–1236. כאשר ביקר בנלנדה בשנת 1235, הוא מצא שהיא עדיין שרדה, אך הייתה רק צל של קיומה בעבר. רוב הבניינים ניזוקו ומאז הלכו והתפוררו. אבל שתי ויהארות, שאותן כינה Dhanaba ו-Ghunaba, עדיין תיפקדו כאשר מורה בן 90 בשם רהולה שריבהדרה הדריך כיתה של כ-70 תלמידים במקום. דהרמסוואמין סבר כי המהאוויהארה לא נהרסה לחלוטין בשל אמונות טפלות כאשר אחד החיילים שהשתתפו בחילול מקדש ג'ננאנתה במתחם חלה מיד.
בזמן שהוא שהה שם שישה חודשים בהנחייתו של רהולה שריבהדרה, דהרמסוואמין אינו מזכיר את הספרייה האגדית של נלנדה שאולי לא שרדה את גל ההתקפות הטורקי הראשוני. עם זאת, הוא מתאר תקיפה של המהאוויהארה הנטושה על ידי החיילים המוסלמים המוצבים באודנטאפורה הסמוכה (כיום ) שהפכה למפקדה צבאית. רק הטיבטי והמדריך הישיש שלו נשארו מאחור והתחבאו בעוד שאר הנזירים נמלטו מנלנדה. מקורות בני תקופה זו מסתיימים בנקודה זו. אבל יצירות טיבטיות מסורתיות שנכתבו מאוחר יותר מרמזות שנלנדה אולי הצליחה להחזיק מעמד עוד זמן מה, אפילו אם המוסד היה רק צל חיוור של תהילתו הקודמת. הלאמה, טראנאתה, ציין כי מגדהה כולה נפלה בידי הטורקים שהרסו מנזרים רבים כולל נלנדה שספגו נזקים כבדים. עם זאת הוא גם מציין כי מלך בנגל בשם צ'אגאלרג'ה ומלכתו תמכו מאוחר יותר בנלנדה במאות הארבע עשרה והחמש עשרה, אם כי לא נעשתה שם עבודה גדולה.