במהלך שנות שלטונו של צ'אושסקו היו מקרים של התנגדות לשלטון, אך מרביתם היו חסרי עוצמה של ממש ולא הצריכו תגובות חריפות מדי. באוגוסט 1977, באזור המכרות בעמק הז'יו, פרצה שביתה ספונטנית על רקע שינויי חקיקה שהקטינו את זכויות הכורים. עשרות אלפי כורים, בני משפחה וסקרנים התגודדו והפסיקו את העבודה במכרות וסירבו להפצרות ואיומי הנכבדים הקומוניסטים שנשלחו אליהם - הם דרשו לדבר עם צ'אושסקו, שהיה בנופש על חוף הים בנפטון, והוא נחלץ ובא אליהם. הוא הבטיח להם הטבות מסוימות, והם התרצו לחזור לעבודה. כעבור זמן מה, כשצ'אושסקו חיזק את אחיזתו באזור עם אנשי סקוריטטה ואנשי צבא, נחקרו אלפי כורים, חלקם באלימות; עשרות נשלחו לכלא או לבתי חולים לחולי נפש, ומאות הועברו עם משפחותיהם לאזורים אחרים.
עשר שנים לאחר שביתת הכורים בעמק הז'יו ושנתיים לפני המהפכה הרומנית, פרץ מרד עובדים בבראשוב. במפעל "הדגל האדום" לייצור משאיות קיבלו עובדי משמרת הלילה את תלושי המשכורת ונדהמו לראות שמשכורתם קוצצה בחצי לטובת סעיף תמוה, בו נכתבה רק מילה אחת: "סוציאלי". העובדים פנו לאחראי, שהתייחס אליהם בזלזול ואמר שבוודאי יבינו זאת בבוקר. בבוקר נפגשו העובדים עם משמרת הבוקר וכולם יחד החליטו לא לעבוד ולהשבית את המכונות. הם יצאו אל העיר, אל מושב המפלגה המקומי, לתבוע את משכורתם כשהם צועקים סיסמאות: "רוצים את הכסף שלנו!", "רוצים אוכל וחימום!", "רוצים אוכל עבור הילדים שלנו!", "רוצים לחם ללא הקצבה!" וכדומה. המורדים התפרעו במרכז המפלגה המקומי, אך המרידה דוכאה על ידי השלטונות. ראשי המורדים אותרו, נעצרו, נחקרו ונשפטו לעונשים שלא עברו את הרף של שלוש שנות מאסר, ופוזרו ברחבי רומניה.
המהפכה הרומנית.
המדיניות הליברלית שהפעיל מיכאיל גורבצ'וב לא השפיעה על הקו של צ'אושסקו, והוא המשיך במדיניות הדיכוי של האזרחים ברומניה. אזרחי רומניה ראו בעיניים כלות כיצד משתנים המשטרים במדינות הסובבות אותם ורק אצלם דבר לא משתנה. בשנת 1989 אירעה בטימישוארה תקרית שהציתה את ראשית המרד נגד השלטון. צ'אושסקו ועוזריו ניסו להכניע את המורדים בעזרת כוחות הביטחון וגיוס פועלים מיישובים אחרים ושילוחם נגד המורדים. מהלכיהם לא צלחו, והמהפכה הרומנית, שהחלה בטימישוארה, התפשטה על פני רומניה והגיעה לבוקרשט. המשטר ארגן כינוס תומכים המוני בבוקרשט, אך בשעה שצ'אושסקו נאם בפניהם, התחילו המהומות שהלכו וגברו.
ההימלטות, המעצר והמשפט.
בבוקרו של 22 בדצמבר 1989 נטה צ'אושסקו להאמין שמאמציו לייצב את המצב ולדכא את המהומות עולים יפה, אך בשעה 7:00 קיבלה אלנה, אשתו, ידיעות על המוני פועלים ממפעלים שונים, שמתקדמים לכיוון מרכז הבירה. מתרסי המשטרה, שנועדו למנוע את המעבר לכיכר האוניברסיטה ולכיכר ההיכל, לא עמדו במשימתם. בשעה 9:30 כיכר האוניברסיטה כבר הייתה גדושה. כוחות הביטחון, הצבא והמשטרה, הופיעו שוב, אך הפעם כדי להצטרף למהפכנים. בשעה 10:00 שודר ברדיו שנכנסו לתוקף חוקי החירום ואסורה התכנסות של יותר מחמישה אנשים. מאות אלפי המפגינים, שהתכנסו בפעם הראשונה בחייהם ביוזמתם, בזו להודעות. צ'אושסקו ניסה לפנות אל ההמון ממרפסת הוועד המרכזי של המפלגה הקומוניסטית, אך ההמון היסה אותו בזעם רב. מסוקים השליכו כרוזים אל המפגינים, שקראו להם ללכת הביתה וליהנות מחופשת חג המולד (שבדרך כלל היה יום עבודה רגיל ברומניה תחת השלטון הקומוניסטי), אך רוח חזקה העיפה את הכרוזים הלאה וההמונים המשיכו בשלהם.
נפוצו ידיעות על מותו של שר ההגנה, ואסילה מילאה. הוא מת בין השעות 9:00–11:00 בנסיבות חשודות. בהודעה שפרסם צ'אושסקו נמסר שהוא נמצא אשם בבגידה והתאבד לאחר שנחשפה בגידתו. התאוריה הפופולרית ביותר גרסה שהוא נרצח לאחר שסירב לבצע את הוראות הדיכוי של צ'אושסקו. בעקבות ניתוח שלאחר המוות, שבוצע בגופתו בשנת 2005, הגיעו למסקנה שאומנם ירה בעצמו באקדחו של אחד מפקודיו, אך התכוון רק לפצוע את עצמו ומת בגלל שטף דם כתוצאה מפגיעה בעורק.
צ'אושסקו ואשתו נמלטו מבוקרשט, אך אותרו ונעצרו. ב-25 בדצמבר 1989 כונס בית דין צבאי מיוחד, ובמשפט בזק שנמשך שעה ועשרים דקות בלבד נמצאו שניהם אשמים במספר עבירות, כולל רצח עם וארגון פעולות מזוינות נגד העם ועוצמת המדינה. בני הזוג נידונו שניהם למוות, וגזר הדין הוצא לפועל כעבור דקות אחדות מסיום המשפט.
אחרי מותו.
ב-26 בדצמבר 1989, יום לאחר ההוצאה להורג, התכנסה האקדמיה הרומנית והחליטה לבטל את כל אותות הכבוד והתארים שהוענקו לבני הזוג צ'אושסקו. תואר הכבוד שניתן לצ'אושסקו ב-1978 על ידי מלכת אנגליה (Knight Grand Cross of the Most Honourable Order of the Bath), הוסר כבר ב-24 בדצמבר, יום לפני הוצאתו להורג.
צ'אושסקו הואשם במשפטו בכך שהעביר מאות מיליוני דולרים לחשבונות פרטיים בחוץ לארץ, אך הוא הכחיש זאת בתוקף. לאחר מותו נעשו מאמצים כבירים לאתר את הכספים, אולם המומחים לא מצאו דבר והגיעו למסקנה שלא היו רגליים לשמועה, לצ'אושסקו לא היו חשבונות בחוץ לארץ וגם ברומניה לא היה בעל רכוש של ממש, אפילו לא היה לו חשבון בנק, לא לו ולא לרעייתו. מסקנות הוועדה התקבלו בפרלמנט הרומני וגם חברי הפרלמנט, שדיברו בדיון, התייחסו לצ'אושסקו כאל אדם חסר אמצעים והגון.
הפופולריות של צ'אושסקו בקרב הרומנים גדלה מאוד אחרי מותו, אולי מתוך געגועים לעבר, ואולי בגלל אכזבה מהמנהיגים הנוכחיים. בסקר שנערך באפריל 2014 ענו הרומנים שאם צ'אושסקו היה חי, הם היו שוקלים בחיוב הצבעה עבורו לתפקיד נשיא המדינה. מספר התומכים בצ'אושסקו עלה בהרבה על התומכים בכל יתר המועמדים, שהוצעו בסקר.
אמיל ברבולסקו, אחיינו של ניקולאה צ'אושסקו, לשעבר קצין משטרה שבעצמו היה עצור שמונה חודשים שלאחריהם שוחרר ללא אישום, פתח בסקורניצ'שט לציבור הרחב את בית סבו - הבית בו נולד וגדל צ'אושסקו, וב-2007 הציב בכניסה לבית פסל של צ'אושסקו שהרשויות סירבו להציב במרכז היישוב.
תאוריית הקשר.
אחרי המהפכה הרומנית של שנת 1989 צצו ופרחו תאוריות קונספירציה שונות, שבאו להסביר אותה כהתרחשות מתוכננת ולא ספונטנית. אחת התאוריות התבססה על העובדה שמרבית ההנהגה שלאחר המהפכה הגיעה משורות המפלגה הקומוניסטית. תומכי התאוריה הזאת גרסו שמדובר בקשר של הק.ג.ב., שהפעיל את הקומוניסטים הוותיקים כדי להפיל את המשטר של צ'אושסקו, העצמאי מדי, ולתפוס את מקומו. וריאנטים שונים של תאוריה זו דיברו על משמר שכירים ערבים שסבב את צ'אושסקו וגם על צבא יתומים שגידלו בני הזוג צ'אושסקו, יתומים שראו בזוג השליט את הוריהם והיו אמורים להגן עליהם מפני העם.
תאוריה אחרת התבססה על כך שהמהפכה ניצתה בטימישוארה, בעניינו של אדם הונגרי אתני, וטענה שמדובר משום כך בקשר הונגרי שנעזר בסוכנים מהמערב או מהק.ג.ב., תלוי באיזה נוסח מדובר. תאוריה זו מבליטה במיוחד פרשה סתומה מימי המהפכה בטימישוארה, בה נעלמו גופותיהם של כמה עשרות הרוגים, מה שפתח מבול של ניחושים לגבי מי היו ההרוגים (סוכנים חשאיים שהעלימו את גופותיהם) או אם היו קיימים בכלל (נטען שצילום הגופות בוים בעזרת גופות של מתים רגילים שהמתינו לקבורתן).
התאוריה הפופולרית ביותר טוענת שסוכנים של הסקוריטטה ואלמנטים מהצבא, שרצו מזמן להדיח את צ'אושסקו, ניצלו הזדמנות, הסיתו את ההמון בפעולות מכוונות והפילו את צ'אושסקו. מכאן התאוריה מתפצלת לכמה נוסחים, לפי האישים שעמדו בראש הקנוניה או שהקנוניה ניסתה לפגוע בהם. בין היתר נטען שניסו להרוג את יון איליאסקו או לעצור אותו. בכל התאוריות מככב גנרל ויקטור סטנקולסקו.
חודשיים אחרי הוצאתם להורג של בני הזוג צ'אושסקו, התאבד השופט הראשי שקבע את גזר דינם, קולונל ג'יקה פופה (Gică Popa). התאבדות זו, מטעמים לא ברורים (במכתב ההתאבדות טען שדי לו לחיות בפחד), הוסיפה דלק לתאוריות הקונספירציה.
הביקורת על משפטם של בני הזוג צ'אושסקו.
המשפט שנערך לבני הזוג צ'אושסקו, שהוביל להוצאתם להורג, לא עמד בקני המידה המקובלים של משפט צדק וזאת מסיבות רבות. המשפט נערך על ידי הרכב שיפוטי שרירותי, הנאשמים לא הכירו בסמכות בית המשפט המסוים לשפוט אותם, והסוגיה לא הובררה בפני פורומים מתאימים, הסנגורים נכפו על הנאשמים ולא שירתו את טובתם, לנאשמים לא ניתנה הזדמנות לפני המשפט לקרוא את כתב האישום ולהכין את הגנתם, הם לא נבדקו על ידי פסיכיאטרים, סעיפי האישום לא הוכחו בבית המשפט, ולבסוף, לנאשמים לא ניתנה הזדמנות לערער על פסק הדין. לכל מורשע ברומניה עמדה הזכות לבקש חנינה, גם מזכות זו התעלמו השופטים בחפזונם להוציא את בני הזוג להורג.
במהלך הזמן שחלף מאז המשפט, התברר שסעיפי האישום היו מופרכים. רצח עם, לפי הגדרתו, הוא ניסיון מכוון של שלטון להשמיד קבוצה חברתית מובחנת – עם, קבוצה לאומית, אתנית או קבוצה דתית – באמצעות רצח המוני. אפשר היה להטיל על צ'אושסקו אחריות על קורבנות הדיכוי בטימישוארה ואולי קורבנות נוספים, אך הם לא היו קבוצה חברתית מובחנת ומספרם אינו מצדיק תואר של רצח המוני - לכן לא היה מדובר ברצח עם, ומספר הקורבנות בו נקבו בכתב האישום היה מופרז מאוד ודמיוני לחלוטין.
בין סעיפי האישום נגד בני הזוג צ'אושסקו לא היו האשמות שגנבו כסף, אך בתקשורת ובהודעות לאחר הוצאתם להורג האשימו אותם בגנבת והברחת מיליארדי דולרים לחוץ לארץ. הם מצדם טענו שאין להם חשבונות בחוץ לארץ, ואומנם, חיפושים רבים ומדוקדקים לאחר מותם לא מצאו חשבונות על שמם.
זיהוי הגופות.