על אף יכולתו של הממשל לגבש קואליציה בינלאומית באמצעות שורה של החלטות במועצת הביטחון של האומות המאוחדות ולנקוט נגד עיראק בהנהגת סדאם חוסיין מהלכים צבאיים ודיפלומטיים, לא הצליח הממשל למנף את הישגיו במפרץ הפרסי בזירת הסכסוך הישראלי-פלסטיני. עם זאת, על רקע תלותה הבלתי-פוסקת של מדינת ישראל בסיוע אמריקאי במהלך מלחמת המפרץ, הצליח בוש וממשלו להגיע להישג פרוצדורלי, אם כי לא מהותי, במרחב הפלסטיני. ראש ממשלת ישראל, יצחק שמיר, התנגד באופן נחרץ לועידת מדריד כמכשיר ליישוב הסכסוך הישראלי-ערבי, כאשר הוצעה ב-1987 על ידי שר החוץ וממלא מקומו שמעון פרס ושנה לאחר מכן על ידי מזכיר המדינה של ארצות הברית ג'ורג' שולץ. שמיר נאלץ לשנות את עמדתו לאחר פרוץ מלחמת המפרץ ולנוכח המלחמה הבינלאומית במזרח התיכון והסכים ליטול חלק בוועידת מדריד שהתכנסה בספרד ב-30 באוקטובר 1991.
תלותה של ישראל בסיועהּ של ארצות הברית, שנחשפה הן במהלך המלחמה והן לאחר תומה, היווה נדבך מרכזי בקשריו של ממשל בוש עם מדינת ישראל. לאורך ימי קיומה של ברית המועצות, היוותה ישראל עבור ארצות הברית נכס אסטרטגי, שכן תרמה למאבקה של האחרונה נגד חתרנות סובייטית במזרח התיכון. משהתפרקה ברית המועצות ועמה גם איומים סובייטים על אינטרסים אמריקאים בפרט ומערביים בכלל במזרח התיכון, ממשל בוש לא ראה סיבה מיוחדת לקיים את יחסי ארצות הברית–ישראל בהיקפם ההדוק. במהלך המשבר ומלחמת המפרץ באה תמורה זו במעמדה של ישראל כנכס אסטרטגי אזורי לידי ביטוי במדיניות של נקיטת פרופיל נמוך כתוצאה ישירה של הלחץ האמריקני. כאשר הסוגיה שעמדה על הפרק לא הציבה נכסים או אינטרסים אמריקאיים או מערביים תחת איומה של ברית המועצות ולא נגזרה מן המלחמה הקרה, צומצם באופן ניכר התפקיד שנועד לישראל במסגרת מאבקה הבינלאומי של ממשל בוש נגד ממשלו של סדאם חוסיין.
ממשל בוש חתר להפרדת הסכסוך הישראלי-ערבי ממאמצי הקואלציה הבינלאומית בעיראק, שהובלו בהנהגתו. הממשל ראה בגלישת סכסוך זה איום על אחדות הקואליציה הבין-ערבית שהקים ובכך לשים לאל את חזונו לייסוד סדר עולמי חדש ויציב. סדאם חוסיין ניסה לערער את הקואליציה ולערב את ישראל במלחמה כאשר כאשר שיגר טילים אל עבר ישראל. השקפה זו של ממשל בוש נבעה משום שתגובה צבאית מצד צה"ל הייתה מעיבה על החברות הערביות בקואליציה, שבין כה וכה פגעו ביחסיהן עם עיראק. על רקע זה, הופעלו בוושינגטון די. סי. משאבים רבים בכל שלבי המלחמה במטרה להבטיח את מידורה של ישראל מהלחימה, ושהסכסוך הישראלי-ערבי לא ישפיע על זירת המפרץ. מדיניות זו של ממשל בוש צלחה, וישראל נשארה מחוץ למלחמה בכל המישורים תוך שהיא משקיפה מנגד על ההתרחשויות וארצות הברית דואגת שלא תנסה להשפיע במישרין על מהלכן, על אף הפגיעה בריכוזי אוכלוסיית ישראל.
לנוכח הפרובוקציות העיראקיות שנועדו להתגרות בישראל ולגרום לערעור אחדות הקואליציה, נקט הבית הלבן של בוש "מדיניות הבלגה" כלפי ישראל. המדיניות התבטאה באספקה מואצת של MIM-104 פטריוט ליירוט טילי קרקע-קרקע עיראקיים מדגם סקאד, ופריסתם בישראל בצוותא עם צוותי הכוחות המזוינים של ארצות הברית לראשונה בתולדות ישראל; ההבטחה לפצות את ישראל בהיקף של כ-650 מיליון דולר אמריקני; והנכונות לשתף את ישראל במידע לווייני התרעתי אודות שיגורי הטילים. ממשל בוש הוסיף לאיים על עיראק, בתגובה לכך שתקפה את ישראל בנשק כימי, בתקיפה ישראלית לא-קונבנציונלית נגדה. איומים אלו נשמעו מפיו של מזכיר ההגנה של ארצות הברית, דיק צ'ייני, ב-2 בפברואר 1991.
ועידת מדריד.
מאמציו הראשוניים של ממשל בוש לחתירה להסדר הסכסוך הישראלי-פלסטיני, שהראו ניצנים ראשונים בקיץ 1989, נקלעו למבוי סתום במרץ 1991 בשל התנגדותו של ראש ממשלת ישראל, יצחק שמיר להשתתפות נציגים ממזרח ירושלים בבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית. מאמציי ממשל בוש לקידום תהליך השלום הישראלי-פלסטיני הביאו לקרע גלוי ובוטה בין הבית הלבן לממשלת ישראל העשרים וארבע. עם שוך הקרבות במלחמת המפרץ, במרץ 1991, הבית הלבן יזם מהלך מקיף בתכלית לנצל את עמדת המיקוח של ארצות הברית כמעצמת העל היחידה בעולם ובזכות מדיניות ההבלגה שהפגינה במהלך המלחמה, כקרש קפיצה לקידומו של הסדר מדיני כולל בחסות ועידת פסגה בינלאומית.
מלחמת המפרץ העצימה את היוקרה וההשפעה של ארצות הברית, ובאופן סימולטני החלישה את הארגון לשחרור פלסטין, שצידד במשטרו של סדאם חוסיין. סוריה נחלשה עוד קודם לכן, בעקבות התפרקות ברית המועצות, שהייתה לה מקור מרכזי לתמיכה ולאספקת מערכות נשק מתקדמות. התפתחויות אלו העניקו לנשיא בוש פתח הזדמנויות להתקדמות לקראת היעד הנכסף של יישוב הסכסוך הישראלי-ערבי על כל נדבכיו. לשם כך, פרס הממשל האמריקאי את הרעיון לקיום ועידת פסגה בינלאומית, רעיון שהפך למציאות ב-30 באוקטובר 1991. הדך להצלחתה של הוועידה נראתה סלולה ובטוחה. הארגון לשחרור פלסטין לא לקח בוועידה חלק פעיל או ישיר וגם בתהליך המשא ומתן שאמור היה לבוא בעקבותיה (אם כי הממשל הבטיח שיתחשב בעמדותיו), נוסף על כך שהחסות הרוסית בוועידה - שבעביר אפשרה לשמיר לתרץ את התנגדותו לוועידה - לא נראתה עוד מאיימת לאחר נפילת מסך הברזל.
סוריה, שסירבה להשתתף בוועידת ז'נבה ב-1973, ומאוחר יותר אף דרשה כי מליאת הוועידה הבינלאומית תהא גוף בעל סמכויות אכיפה שיפעל ליישומו של מתווה ההסדר הכפוי ויוכל להטיל וטו על הסכמות דו-צדדיות במסגרת ועדות המשנה, ריככה את תביעותיה ועמדותיה בכך שהסכימה לשליטה אמריקאית בתהליך. גם עובדה זו תרמה לתחושת האופוריה הגואה ערב התכנסות הוועידה.
ב-30 באוקטובר 1991 התכנסה לאחר דיונים חוזרים ונשנים וועידה בינלאומית לשלום במזרח התיכון במדריד בירת ספרד, כ-18 שנים לאחר כינוס ועידת ז'נבה בשווייץ אחרי מלחמת יום הכיפורים. מעבר לנאומי הפתיחה החגיגיים שנישאו בה, מיסדה הוועידה שתי מסגרות בה נשאו ונתנו. הראשונה הייתה מסגרת בילטרלית למשא ומתן ישראלי-ערבי במסלולים נפרדים. השנייה הייתה מסגרת מולטיטרלית למשא ומתן בחמישה נושאים אזוריים: מים, פליטים, בקרת נשק וביטחון אזורי, איכות הסביבה ושיתוף פעולה כלכלי. חרף ההתחלה המבטיחה ויצירת ערוצי המשא ומתן השונים, עלתה במהרה יוזמת מדריד על שרטון ונקלעה למבוי סתום. כל אחד מן הצדדים התבצר בעמדתו, הן במשא ומתן הישראלי-סורי והן במסלול הישראלי-ירדני-פלסטיני, ובכך קפא התהליך.
משבר הערבויות לקליטת העלייה מברית המועצות.
מאז הציגו הנשיא דווייט אייזנהאואר ומזכיר המדינה שלו, ג'ון פוסטר דאלס, את "תבנית היחסים המיוחדים" עברו יחסי ארצות הברית–ישראל כברת דרך ארוכה. תבנית היחסים המיוחדים שהציג אייזנהאואר סתרה במהותה את האינטרסים הלאומיים של שתי המדינות. במהלך העשורים שחלפו מאז הצגת תבנית היחסים המיוחדים של אייזנהאואר כביטוי לאינטרסים פוליטיים צרים וסקטוריאליים, המתעלמים מהצרכים הממלכתיים והיעדים האסטרטגיים הרחבים אותם ניסתה וושינגטון לקדם, נהפכה ישראל לנכס אסטרטגי מוערך ומוכח בעיני הבית הלבן. אחדים מנשיאי ארצות הברית מאז הצגת תבנית היחסים המיוחדים, ובהם לינדון ג'ונסון ורונלד רייגן, נתנו לתבנית לגיטימציה רחבה והעמיקו את היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות. אך, עם זאת, נעשה ניסיון מצד ממשלו של בוש להשיב את היחסים בין שתי המדינות לתבנית המקובעת והצרה של שנות ה-50 של המאה ה-20. ניסיון זה היווה את אחד משיאיו של "משבר הערבויות", שהעיב על השנתיים האחרונות של בוש בבית הלבן ושדעך עם עלייתו של יצחק רבין לראשות ממשלת ישראל בבחירות לכנסת השלוש עשרה.
היעד המרכזי והבלתי-מוצהר של הדיפלומטיה האמריקאית במהלך המשבר הושג במלואו ב-23 ביוני 1992, כאשר מפלגת הליכוד בהנהגתו של שמיר נחלה תבוסה למפלגת העבודה בהנהגתו של רבין. ראשיתו של משבר הערבויות הצטלבה עם המשבר המחריף בתחום הסכסוך הישראלי-פלסטיני, שהעכיר את יחסיו של ממשל בוש עם ממשלת שמיר והעלה את מפלס החשדנות והטינה שרכשו הנשיא בוש ומזכיר המדינה שלו, ג'יימס בייקר כלפי ישראל בהנהגת שמיר. שורשיו של העימות בסוגיית הערבויות לבניית דירות עבור העולים החדשים חבר המדינות נעוצים בתלותה הבלתי-פוסקת של ישראל בסיוע ותמיכה מצד ארצות הברית מחד, ובמעמדו המחוזק של בוש כמנהיג מעצמת העל היחידה שנותרה במערכת הגאופוליטית עם תום המלחמה הקרה מאידך. ניצנים ראשוניים של המשבר נצפו עוד בטרם הפלישה העיראקית לכווית ובכך העניקה לארצות הברית להוכיח את מנהיגותה והשפעתה בעולם החד-קוטבי החדש, אך הצלחתו של בוש כמנהיג הקואליציה הבינלאומית והתוצאות החיוביות שהניבה מלחמת המפרץ ניתבו את הבית הלבן של בוש לעימות עם ישראל מתוך תחושת עֹצמה וביטחון עצמי מוגברים.
מקורו המידי של משבר הערבויות היה בפנייתה של ממשלת שמיר לקבינט של ארצות הברית של בוש, במרץ 1990, בבקשה לקבל ערבויות אמריקאיות להלוואה בסך 400 מיליון דולר אמריקני, אותה ביקשה מדינת ישראל מבנקים מסחריים בארצות הברית על מנת לממן בניית שיכונים לעולים שעלו לישראל במסגרת העלייה מברית המועצות לשעבר בשנות ה-90. כאשר ערבויות מסוג זה ניתנות, הן מאפשרות להלוואות להתקבל בתנאים נוחים יותר ובשיעור ריבית נמוך יחסית. אמנם הממשל נענה לבקשה באורח עקרוני, אך בפועל התנה את מתן הערבויות בהתחייבויות מצד ישראל שלא לבנות את השיכונים בשטחי הגדה המערבית ורצועת עזה, נוסף על העברת דיווח תקופתי על היקף פעילות הבנייה בשטחים. לאחר שישראל נתנה את הסכמתה לתנאי הממשל, נחתם ב-2 באוקטובר 1990 הסכם בסוגיה זו בין מזכיר המדינה בייקר לשר החוץ דוד לוי (הסכם זה נחתם ללא ידיעתו של ראש הממשלה שמיר ובניגוד לעמדתו).