ורשה, עיר הבירה של פולין, נכבשה על ידי הצבא הנאצי ב-28 בספטמבר 1939, אחרי קרוב לחודש של לחימה ושל מצור שאזרחים רבים נהרגו בהם. באותה עת נותרו בעיר כ-360,000 יהודים. מרבית מנהיגי הקהילה היהודית נמלטו מן העיר בתחילת ספטמבר 1939 ובהם גם ראש הקהילה מאוריצי מייזל. החיילים והשוטרים הנאצים החלו מיד לפגוע ביהודים ולהתעלל בהם, בייחוד ביהודים בעלי חזות דתית מובהקת או מי שלבושם העיד על מעמד חברתי גבוה. חנויות, בתי עסק ואוספי אמנות נשדדו. בתי מגורים של היהודים הוחרמו. ב-4 באוקטובר 1939, כחלק מהתארגנות הממשל האזרחי בעיר, הורו הנאצים לאדם צ'רניאקוב להקים יודנרט של 24 חברים ומינו אותו לעמוד בראשו.
בנובמבר 1939 החלו הנאצים לפרסם צווים נגד היהודים, כולל חובת ענידת סרט לבן ועליו מגן דוד כחול, הקפאת חשבונות בנקים, פיטורין ללא פיצויים ועוד. בתוך זמן קצר הידרדרו 95,000 מתוך 175,000 המפרנסים היהודים בוורשה לעוני ונאלצו למכור את רכושם כדי להתקיים. בינואר 1940 פרסמו הנאצים שהמזון יחולק בהקצבה על סמך כרטיסי מזון שיונפקו לכלל האוכלוסייה, כמות המזון שהוקצבה ליהודים, שהייתה קטנה מלכתחילה, הורדה עוד ועוד בהדרגה. צווים נוספים הגבילו את התנועה וההתכנסות של יהודים. ביוזמת הנאצים תקפו בתקופה זו כנופיות פושעים פולנים תקפו יהודים. שום מוסד פולני מאורגן לא הביע התנגדות לתקיפות אלה.
גטו ורשה היה הגדול בגטאות היהודיים בפולין בתקופת השואה. במרץ 1940 הוחל בהקמת חומות לאורך גבולות "אזור מוגבל הנגוע במחלות מידבקות". מימון הבנייה הוטל על היודנרט. בקיץ 1940 הוקדמה שעות העוצר ליהודים שגרו מחוץ לאזור זה לשעה שבע בערב. ביום הכיפורים תש"א, 12 באוקטובר 1940, שודרה ברדיו פקודה מטעם מפקד מחוז ורשה כי יהודי ורשה אינם רשאים לגור בעיר פרט למקום שיועד להם. הנאצים הקציבו ליהודים פחות משלושה שבועות כדי לעבור אליו. היהודים נאלצו לנטוש מאחור רכוש רב. הגטו נחתם ב-15 בנובמבר 1940 ואז גילו תושביו כי על רובם נאסר לצאת מתחומו, והם נותקו מכל פרנסה או קשר אישי עם העולם החיצוני.
כ-100,000 פולנים פונו מן האזור ובמקומם הגיעו כ-180,000 יהודים, שהצטרפו לכ-200,000 שכבר גרו במקום. אוכלוסיית היהודים, שמנתה 30% מאוכלוסיית העיר, הצטופפה בשטח של פחות מ-3.5 קילומטרים רבועים- שהיווה 2% בלבד משטחהּ. בשיאו מנה הגטו כ-450,000 נפש. בגטו היו פחות מ-1,700 בניינים, רק 1,380 מהם היו בנייני מגורים, והיו בהם פחות מ-14,000 דירות בסך הכל. על-פי נתוני הנאצים הצטופפו בכל חדר בגטו ורשה בין שש לשבע נפשות בממוצע.
הרעב, הקור ותנאי התברואה הקשים, גרמו להתפרצות של מגפות ואת מותם של רבים. בנובמבר 1940, החודש שבו נסגר הגטו, מתו בו קרוב ל-500 בני אדם; בינואר 1941 – קרוב ל-900; באפריל 1941 יותר מ-2,000; ביוני 1941 קרוב ל-4,300; ובאוגוסט 1941, שבו הגיע מספר המתים בגטו לשיא, נפטרו יותר מ-5,500 בני אדם. מסוף קיץ 1941 ועד אפריל 1942 מתו בגטו בכל חודש בין 4,000 ל-5,000 בני אדם, אך ממאי 1942 ירד שיעור התמותה החודשי ירידה ניכרת. בסך הכל גרמו תנאי החיים האיומים בגטו את מותם של כ-80,000 בני אדם.
ב-22 ביולי 1942, ערב תשעה באב החלה האקציה הגדולה בגטו ורשה. כוחות צבא רבים הקיפו את הגטו. הנאצים הודיעו ליודנראט על פינוי הגטו למזרח. המבצע נמשך עד ליום כיפור, 21 בספטמבר 1942. במועדים אלו, כמות המשלוחים שיצאה מהגטו הייתה גדולה באופן ניכר לעומת ימים רגילים. אסירי גטו ורשה נלקחו לאומשלגפלאץ ("מגרש המשלוחים") שבגטו ומשם הועלו בכוח על גבי רכבות מסע לבהמות. הנאצים שיקרו לקורבנותיהם וסיפרו להם שהם נלקחים מזרחה כדי "ליישב מחדש" שטחים באזורה המזרחי של פולין. הנאצים הורו שכל מפונה ייקח מטען של עד 15 ק"ג ומזון לשלושה ימים. ביומיים הראשונים התנהל הפינוי כפי שדרשו הנאצים. ב-23 ביולי נדרש היודנראט להגדיל את הכמות ל-7,000 איש ביום, ויומיים אחר-כך ל-10,000 איש ביום. יו"ר היודנראט אדם צ'רניאקוב ידע כי כל היהודים הללו מיועדים להשמדה. בהבינו כי כל הבטחות הנאצים שניתנו לו בעבר הן חסרות שחר, נטל את חייו. עם התחלת השילוחים מהגטו, פעילי תנועת ההתנגדות היהודית בגטו החליטו שלא לצאת כנגד הוראות האס-אס, מתוך אמונה שהיהודים נשלחים למחנות עבודה ולא אל מותם. במסגרת האקציה הגדולה, במשך חודשיים בקיץ של שנת 1942, נשלחו בין 254,000 ל-265,000 אסירי הגטו, גברים נשים וטף, למחנה ההשמדה טרבלינקה ונרצחו בו.
בשלבים המאוחרים של האקציה הגדולה הבינו היהודים שבגטו לאן נוסעות הרכבות ומה עלה בגורלם של המגורשים לפניהם. אנשי הגטו התלכדו והחלו לעסוק בפעילות מחתרתית תוך כדי שהם מקבלים סיוע מהמחתרת הפולנית. אל תוך הגטו הוברחו מצרכים, נשק ותחמושת לשימוש המחתרת בגטו.
ב-18 בינואר 1943 החל גירוש נוסף בגטו ורשה אליו התנגדו היהודים. החיסול הסופי של הגטו החל בערב פסח תש"ג, 19 באפריל 1943, ובתאריך זה החל מרד גטו ורשה בראשו עמד מרדכי אנילביץ'. מרד גטו ורשה היה המרי העירוני הראשון באירופה הכבושה ומעשה ההתנגדות הגדול ביותר של היהודים בימי השואה. הידיעות על המרד נפוצו בכל רחבי פולין הכבושה ובעולם כולו עוד בימי המלחמה, ועד עצם היום הזה הוא מהווה, ליהודים וללא-יהודים כאחד, סמל של גבורה נואשת. גטו ורשה נחרב סופית במאי 1943.
כמה מאות יהודים חיו בין חורבות הגטו אבל רק מעטים מהם הצליחו לשרוד. רבבות יהודים גורשו מוורשה למחנות בלובלין שם עבדו בתנאים קשים ורובם נרצחו בנובמבר 1943, ב"מבצע ארנטפסט" (Erntefest; "חג הקציר"). כמה אלפים מהמגורשים ששולחו לאושוויץ או למחנות עבודה במערב פולין לפני "מבצע ארנטפסט" נותרו בחיים לזמן מה. רובם נספו לקראת סוף המלחמה, בעבודת פרך, בסלקציות ובצעדות המוות. כ-20,000 יהודים, שרבים מהם התגוררו קודם לכן בגטו, נותרו אחרי חיסולו בצד הארי של ורשה, חלקם הסתתרו וחלקם התערבו באוכלוסייה הפולנית בזהות בדויה. יהודים אלו קיבלו סיוע מארגון מחתרת פולני בשם ז'גוטה. בתחילת 1944 הובאו לוורשה אסירים יהודים מיוון, מהונגריה ומאיטליה כדי להרוס את שרידי החורבות שנותרו בגטו.
בקיץ 1944 החל בוורשה המרד הפולני, ובו נהרגו יותר מ-23,000 לוחמים ויותר מ-150,000 אזרחים. עם ההרוגים נמנו יהודים רבים, ובהם לוחמים שהשתתפו בקרבות. חיילי הצבא האדום עמדו מנגד. על-פי פקודה ישירה של היטלר הוחרבה ורשה עד היסוד. ב-17 בינואר 1945 שוחררה ורשה. יותר מ-80 אחוזים מבתיה נהרסו, ותושביה גורשו ממנה. כ-685,000 מתושבי ורשה נספו במשך המלחמה, ובהם 370,000 יהודים. רק כמה מאות מיהודי ורשה שרדו את המרד הפולני, ופחות מ-2,000 חזרו מן המחנות.
יהודי לודז'.
ערב מלחמת העולם השנייה הגיעה הקהילה היהודית בלודז' לכ-225,000–233,000 נפשות, והייתה הקהילה היהודית השנייה בגודלה בפולין אחרי ורשה. היהודים היוו כשליש מאוכלוסיית העיר.
ב-8 בפברואר 1940 הגרמנים הגבילו את מגורי היהודים לרחובות מסוימים בעיר העתיקה של לודז' והרובע הסמוך (גיטו פתוח), האזורים שהפכו מאוחר יותר לגטו.
יהודים הוחתמו באופן רשמי גטו לודז' ב-1 במאי 1940. עד לזמן זה ברחו מהעיר כ 25% מהיהודים. גטו לודז' הכיל 165,000 אלף יהודים מהעיר לודז' וסביבתה. אליהם צורפו עוד כ-40,000 יהודים שגורשו מגרמניה, אוסטריה ואזורים אחרים וכן כ-7,000 צוענים. בסך הכל עברו בגטו כ-205,000 איש. שטח הגטו היה רק ארבעה קמ"ר, מתוכם רק 2.5 קמ"ר בנויים.
ב-20 בדצמבר 1941 הודיע רומקובסקי, ראש היודנרט בגטו, כי 20,000 יהודים יגורשו מהגטו, והם ייבחרו על ידי היודנראט מבין הפושעים, האנשים שסירבו לעבוד ועוד. ועדת פינוי הוקמה כדי לסייע בבחירת הקבוצה הראשונה של המגורשים. המגורשים נשלחו אל מותם במחנה ההשמדה חלמנו. ב-15 במאי 1942 גורשו מלודז' עוד כ-55,000 אנשים אל מותם. עד ספטמבר 1942, רומקובסקי ויהודי לודז' למדו שגירוש פירושו מוות, בעיקר כשראו שמטענם של המגורשים הוחזר לגטו לעיבוד מחדש. הם היו עדים לפשיטה הגרמנית על בית החולים לילדים, שבה כל החולים נלכדו, הוכנסו למשאיות ולא נראו שוב. אנשים החלו לחשוד בגורלם של חבריהם שגורשו. פקודה גרמנית חדשה דרשה כי 20,000 ילדים יהודים יימסרו לגירוש, דבר שעורר מהומה. רומקובסקי היה משוכנע כי הסיכוי להישרדות יהודית תהיה רק בעבודה פרודוקטיבית לרייך. הוא פנה להורי הילדים בגטו בפניה נרגשת למסור את הילדים וכך נעשה. חלק מהמשפחות בחרו בהתאבדות.
בשנת 1944 היווה גטו לודז', עם כ-70,000 תושביו, הריכוז הגדול ביותר של יהודים במזרח אירופה. הגטו הפך למחנה עבודה אחד גדול, שבו הישרדות תלויה אך ורק ביכולת לעבוד. בתי הספר ובתי החולים נסגרו, ומפעלים חדשים, כולל מפעלי חימוש, הוקמו. כוחות סובייטיים היו במרחק של 60 קילומטרים משם והתקדמו במהירות, והניצולים חיו על שמועות עקשניות של ישועה. ואז, לפתע, הסובייטים הפסיקו את התקדמותם.