עוד בשנת 1910, עם הקמת ממשלת דרום אפריקה, הביע ראש הממשלה לואי בותה את תמיכתו בציונות, ובשוויון זכויות מלא ליהודי דרום אפריקה. בשנות מלחמת העולם השנייה נחשבה ממשלת דרום אפריקה לאחת הממשלות הידידותיות ביותר לתנועה הציונית. ראש ממשלתה יאן סמאטס היה אוהד של הציונות (על שמו קיבוץ רמת יוחנן). קשריו הקרובים עם התנועה הציונית המקומית הביאו את הסוכנות היהודית לנסות לגייס את הממשלה הדרום אפריקאית לחילוץ יהודים מאזור הכיבוש הנאצי אולם ניסיונות אלו נכשלו בשל חשש של הממשלה מגזענות ומהתנגדות הגורמים שמאוחר יותר הקימו את שלטון האפרטהייד.
בשנת 1948 הכירה דרום אפריקה במדינת ישראל.
יחסי ישראל עם שלטון האפרטהייד בדרום אפריקה.
בשנת 1950 ביקר בדרום אפריקה שר החוץ הישראלי, משה שרת. ב-1956 ביקר בה חבר הכנסת יגאל אלון.
בשנות ה-50 וה־60 העדיפה ישראל לבנות את קשריה עם מדינות חדשות שהוקמו לא מזמן באזור שמדרום למדבר סהרה. עקב מדיניות זאת, הצביעה ישראל בעצרת הכללית של האומות המאוחדות בעד החלטה 1598 שגינתה את הנאום של אריק לוא בעד שלטון האפרטהייד ב־11 באוקטובר 1961.
בשנת 1962 תמכה ישראל בהטלת סנקציות כלכליות על דרום אפריקה. תגובת השלטונות והתקשורת בדרום אפריקה, הייתה שישראל אינה נבדלת מדרום אפריקה במדיניותה. ראש הממשלה של דרום אפריקה, הנדריק פרוורד, כתב בהקשר זה כי "אנשים מתחילים לתהות מדוע, אם ישראל ורבניה מרגישים מחויבים לתקוף את מדיניות ההפרדה שלנו, מדיניות ההפרדה הנהוגה בישראל אינה נראית בעיניהם פסולה". עוד קבע פרוורד כי "הציונים לקחו את ישראל מן הערבים לאחר שאלה התגוררו בה אלף שנים, ובמובן זה ישראל, כמו דרום אפריקה, היא מדינת אפרטהייד". העיתונות באפריקאנס צידדה בפרוורד ואימצה את העמדה לפיה הציונות והאפרטהייד הן שתי צורות של לאומנות אתנית, וכי תהא זו צביעות לתמוך באחת ולהתנגד לאחרת.
בקרב יהודי דרום אפריקה לא הייתה תמימות דעים. היו שסברו כי ישראל הצביעה באופן שגוי וכי לממשלת דרום אפריקה ולעומד בראשה יש סיבה מוצדקת לטרוניה. גם ה-Zionist Record של הפדרציה הציונית של דרום אפריקה ביקר את ישראל. עם זאת, נשמעו גם קולות אחרים. היו שטענו כי בדבריו של פרוורד יש רמז לכך שעתידה של יהדות דרום אפריקה תלוי במידת תמיכתה במדיניות השלטון, לרבות ניתוק מישראל. העיתון South African Jewish Times כתב כי התבטאותו של פרוורד הופכת את יהודי דרום אפריקה לבני ערובה המשמשים מכשיר לכיפוף ידה של ישראל באומות המאוחדות. המדיניות הרשמית של יהדות דרום אפריקה הייתה שלקהילה היהודית אין עמדה ביחס למדיניות האפרטהייד וכי אין בכוחה וגם אין לצפות ממנה להשפיע על מדיניות ישראל. עם זאת, מוטב היה לו נמנעה ישראל בהצבעות נגד דרום אפריקה בעצרת הכללית.
ב-1963 ישראל הודיעה לוועדה המיוחדת של האומות המאוחדות בנושא האפרטהייד כי ישראל תנקוט צעדים כדי לאשר את החרם הצבאי על מדיניות האפרטהייד וכי החזירה את שגרירה מדרום אפריקה חזרה לישראל. במקום שגריר, הותירה "ממונה על העניינים". לפי כריס מקגריל, הכתב בנושאי המזרח התיכון של עיתון הגארדיאן, "ישראל עקבית נגד האפרטהייד בשנות ה־50 וה־60 ובכך כרתה בריתות עם מדינות אפריקאיות שהיו מושבות וקיבלו עצמאות. בשנת 1971, ישראל הציעה לארגון אחדות אפריקה סיוע על סך 2,850 דולר אשר נדחה על ידי הארגון, אבל לא לפני שהתרומה גרמה למתח בין דרום אפריקה לבין היהודים וממשלת ישראל."
לאחר מלחמת יום הכיפורים.
בעקבות מלחמת יום כיפור ב־1973 ניתקו רוב מדינות אפריקה את יחסיהם עם ישראל, שמצידה החלה לנקוט עמדה חיובית כלפי הממשלה הדרום אפריקאית המבודדת. את'ן א' נאדלמאן קבע כי הידוק היחסים בין דרום אפריקה לישראל הן תוצאה של העובדה שמדינות אפריקאיות רבות הפסיקו את הקשרים הדיפלומטים עם ישראל בעקבות המלחמות עם מדינות ערב בשנות ה-70 ובכך הייתה בשפל דיפלומטי.
באמצע שנות ה-70 התחממו יחסי שתי המדינות. ב־1975 עלתה רמת שיתוף הפעולה הכלכלי בין ישראל ודרום אפריקה, שכללה בניית תחנת רכבת חדשה בישראל ובנייה של מתקן להתפלת מים בדרום אפריקה. באפריל 1976, הוזמן ראש ממשלת דרום אפריקה ג'ון פורסטר לבקר במדינת ישראל ולפגוש את ראש הממשלה, יצחק רבין. שר החוץ יגאל אלון נפגש עם עמיתו, שר החוץ הילגרד מולר. במהלך הביקור, הבהיר אלון לתקשורת כי "ישראל מתנגד למדיניות האפרטהייד".
מאוחר יותר באותה שנה, בכנס החמישי של ארגון המדינות הבלתי-מזדהות שנערך בקולומבו שבסרי לנקה, הוחלט חרם נפט על צרפת וישראל משום שהן מכרו נשק לדרום אפריקה. ב־1977, שר החוץ הדרום אפריקאי פיק בותה ביקר בישראל כדי לשוחח על הבעיות של דרום אפריקה עם ראש ממשלת ישראל מנחם בגין ועם שר החוץ הישראלי משה דיין. הקרבה בין שתי המדינות התבטאה גם דרך יחסי הספורט. מוסדות ישראליים וספורטאים ישראלים לא הצטרפו לחרם הספורטיבי הבינלאומי של דרום אפריקה בשל מטרות מקצועיות אישיות, ציוניות ולאומיות.
ב־1981 ערך שר הביטחון הישראלי אריאל שרון ביקור של 10 ימים בכוחות דרום אפריקה בנמיביה, ואמר שדרום אפריקה צריכה עוד נשק כדי להילחם בחדירת השלטון הסובייטי באזור. ב־1984 ביקר שוב פיק בותה בישראל אך הפעם נועד הביקור לפגישה לא רשמית עם שר החוץ הישראלי יצחק שמיר.
ב־1987 מצאה את עצמה ישראל יחידה בין מדינות המערב ששומרת על קשריה עם דרום אפריקה (עם כמה ממדינות אפריקה, כמו מלאווי וחוף השנהב שעדיין שמרו על יחסים דיפלומטים עם דרום אפריקה). ב־18 במרץ 1987 גינתה ממשלת ישראל את משטרת האפרטהייד בדרום אפריקה והגבילה את היחסים עמה. ב־16 בספטמבר באותה שנה אישרה הממשלה שורה של אמצעים להגבלת המסחר, התרבות והספורט בין שתי המדינות.
שיתוף הפעולה הגרעיני.
קהילת המודיעין האמריקאית האמינה שישראל השתתפה עם דרום אפריקה במיזמי מחקר גרעינים מתקדמים וסיפקה לדרום אפריקה טכנולוגיה של נשק לא גרעיני מתקדם בשנות ה-70 בזמן שדרום אפריקה פיתחה פצצות אטום. דייוויד אלבריט מביטאון מדעני האטום אמר: "כדי להתמודד עם הסנקציות, דרום אפריקה החלה לרכוש בחשאי רשתות באירופה ובארצות הברית וזה היה שיתוף פעולה ארוך וסודי עם ישראל" וגם אמר כי "שאלה נפוצה היא אם ישראל סיפקה נשק לדרום אפריקה כסיוע אף על פי שהעדות טוענת שישראל הייתה נגד שיתוף פעולה משמעותי". לפי ה־NIT, ב־1977 ישראל מכרה לדרום אפריקה 30 גרם של טריטיום בתמורה ל־50 טונות של אורניום ובאמצע שנות ה-80 סייעה לה דרום אפריקה לפיתוח משגר הטילים שביט. בשנת 1977, היה חשש בקרב העולם שישראל חתמה על הסכם שכולל מעבר של טכנולוגיה צבאית ולפחות 6 פצצות אטום.
כריס מקגריל טען כי ישראל "סיפקה מומחים וטכנולוגיה שהיו הבסיס לפצצות האטום של דרום אפריקה". בשנת 2000, דיטר גרהארדט, מרגל סובייטי והמפקד הקודם של חיל הים הדרום אפריקאי, טען כי ישראל הסכימה ב-1974 לתת לדרום אפריקה 8 טילי יריחו 2 עם ראשי נפץ מיוחדים.
לאחר נפילת שלטון האפרטהייד.
נלסון מנדלה, מנהיג הקונגרס הלאומי האפריקני, ביקר לראשונה בישראל ב-1999. מנדלה אמר "למספר הרב של האנשים ששאלו מדוע באתי, אני אומר: ישראל עבדה קרוב מאוד למשטר האפרטהייד אבל אני עושה שלום עם אנשים רבים ששחטו את אנשינו כמו חיות. ישראל שתפה פעולה עם משטר האפרטהייד אך עדיין היא לא השתתפה בשום זוועה". כשאהוד אולמרט היה סגנו של ראש הממשלה הוא ביקר לראשונה בדרום אפריקה ב־2004, שם נפגש עם נשיא דרום אפריקה, תאבו מבקי, זה היה הביקור הראשון של מנהיג ישראלי בדרום אפריקה אחרי ביטול משטר האפרטהייד.
הסתדרות האיגודים המקצועיים של דרום אפריקה (Congress of South African Trade Unions) שמייצגת 1.2 מיליון עובדים דרום אפריקאים ביקרה את ישראל, השווה אותה למדינת דרום אפריקה בעת שלטון האפרטהייד ואף תמך בחרם של "Canadian Union of Public Employees" כנגד כל המוצרים הישראלים.
המסחר בין דרום אפריקה וישראל בשנת 2003 עמד על כ־500 מיליון דולר.
בין שנת 2002 לשנת 2006 היקף היצוא לדרום אפריקה גדל בכ-113% מ-120 מיליון דולר לכ-256 מיליון דולר ולעומת זאת היקף היבוא ירד באופן חד של כ-49% מ-235 מיליון דולר לכ-119 מיליון דולר.
ב-24 באפריל 2009, יום לאחר הבחירות בדרום אפריקה בה נבחר ג'ייקוב זומה לשלטון, אמר שגריר דרום אפריקה בישראל לכתב הארץ כי "דרום אפריקה תמשיך לבסס את היחסים המצוינים השוררים בין המדינות בחזיתות רבות: המסחר, הקשר בין העמים, הגדלת הייצוג הדיפלומטי, והמשך המחויבות לתרום מניסיונה העשיר של דרום אפריקה בתהליכים שהובילו לסיום הסכסוך בין אי-אן-סי לבין משטר האפרטהייד".
ב-23 בספטמבר 2009 חלה התחממות ביחסים בין המדינות כשסגן שר החוץ דני אילון נפגש עם ג'רי מג'ילה, אחד מבכירי משרד החוץ של דרום אפריקה. מדובר בביקור ראשון מסוגו זה שנים של בכיר דרום אפריקאי בישראל וביקור ראשון של נציג ממשלת פרטוריה בישראל מאז עליית הנשיא ג'ייקוב זומה לשלטון. בפגישה הדגיש סגן שר החוץ את רצונה של ישראל בהידוק היחסים עם דרום אפריקה שכן, לדברי דני אילון, "הפכה דרום אפריקה לאחת מהמדינות הביקורתיות, אם לא העוינות נגד ישראל בכל פורום בינלאומי אפשרי".
מינהל סחר חוץ במשרד הכלכלה מפעיל נספחות כלכלית בדרום אפריקה. הנספחות מקדמת יצוא מישראל למדינה והשקעות מדרום אפריקה בישראל, תוך ארגון משלחות ואירועים עסקיים. הנספח הכלכלי ביוהנסבורג הוא איתי מלכיאור.
לאחר תקופה של מתיחות בין שתי המדינות, ביקר מנכ"ל משרד החוץ דורי גולד עם בכירים בדרום אפריקה ובפגישה הוחלט לשפר את היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות.
היחס לסכסוך הישראלי-ערבי.