התיעוד הראשון של ורגארה הוא משנת 1050 במסמך שבו סנצ'ו הגדול, מלך נווארה העניק למנזר סן חואן דה לה פנייה אמה אדמות שהשתייכו ליישוב, שהיו עד אז בבעלות המנזר סן מיגל דה אריסטה.
בשנת 1200 אדמות חבל גיפוסקואה סופחו לכתר קסטיליה ולאורך הדרכים המחברות את חוף קנטבריה עם הרמה הקסטיליאנית הוקמו ערים והתפתח המסחר. עמק הנחל דווה הוא מעבר טבעי בין החוף למישור אלאווה ולרמה הקסטיליאנית. בדרך זו יוצא לאנגליה הצמר של עדרי קסטיליה הגדולים ויובא הברזל בנחוץ לנפחיות. בהקשר היסטורי הזה ב-30 ביולי 1268 ייסד המלך אלפונסו "החכם" של קסטיליה, את העיר "ויליאנואבה דה ורגארה" במקום שנקרא סן פדרו דה אריסנואה. המלך העניק ליישוב את הזכות לקיים ירידים בדומה להעיר ויטוריה.
במטרה לעודד את צמיחת העיירה כגרעין מסחרי וביטחוני, היא זכתה בהמשך לפריבילגיות נוספות. ב-27 במאי 1273 העניק המלך אלפונסו בעיר אבילה למספר ערים כולל ורגארה, פטור ממספר מיסים כמו "פצ'ו" ("מס החזה" למלך) ו"יאנטאר" (מס המזון)
ב-20 במאי 1344 המלך אלפונסו האחד עשר החליט בסביליה לאפשר לאותם תושבים של ורגארה המתגוררים מחוץ להעיר לשמור על מעמדם כתושבי העיר אם יש להם בתים ונכסים בוורגארה.
בעידן האורות החברה המלכותית הבסקית של ידידי הארץ פתחו מדרשה מלכותית. במעבדה הכימית שלה האחים חואן חוסה ופאוסטו אלואר גילו בשנת 1783 את הטונגסטן (וולפראם). ב-20 באוקטובר 2018 החברה הפיזית האירופית הכירה במעבדה זו כאתר היסטורי בחסותה.
העידן המודרני.
למשך תקופה ארוכה היה המסחר למנוע כלכלי של ורגארה. בעיר התחוללו שלושה ירידי חיטה בשבוע, שעודדו את הגעתם של בעלי בתים רבים והתלוו בהתפתחות ענף האירוח. בנוסף התפתחה תעשיית המתכות עם הרבה בתי חרושת לעיבוד הברזל. תעשיית הברזל נעזרה בדלק המבוסס על עץ מהיערות, השתמשה באנרגיית מי הנהרות והנחלות, במאגרי הברזל בסביבה ובדרכי הובלת הברזל עלדוברות עד לדווה ואחר כך בעגלות עד ורגארה. הברזל המעובד שימש לייצור כלי עבודה, כלי שולחן, כלי נשק חם נשק לבן . בעיר קמה גילדת מייצרי הסכינים. (cuchilleros)
שגשוג העיר השתקף בבניית בתי מגורים מפוארים, וילות של אצילים, סוחרים ופקידים, וראשי כנסייה. במאה ה-17 הוקם בית העירייה (casa consistorial) לפי תוכניתו של לוקס דה לונגה, ,נבנו אז כנסיית סנטה מרינה וכנסיית סן פדרו, שנתרם לה בשנת 1626 פסל של חואן דה מסה, "ישו של הייסורים" (Cristo de la Agonía), מענק של משפחת מנהל ספרים המלכותי חואן דה איראסאבל מסביליה. שתוכננה על ידי חואן דה מסה מקורדובה, כנסיית מרינה הקדושה והוחרבה הככר סן מרטין דה אגירה.
בשנת 1629, ורורחבה ככר סן מרטין דה אגירה. העיירה אנסואולה נפרדה מוורגארה . המועצה (ה"אליסאטה") אושירונדו ניסתה ללכת בעקבותיה אך לא צלחה.
המאה ה-18.
במאה ה-18 צוינה פריחה תרבותית עם הקמת "האגודה המלכותית הבסקית של ידידי החבל" שקבעה את מושבה במכללה הישנה של הישועים, אחרי שאלו גורשו מספרד בפקודת המלך קרלוס השלישי. האגודה נועדה ליישם את רעיונות הנאורות ומשכה בעיקר בתחום הכימיה והמינרלוגיה, מדענים כמו ז'וזף לואי פרוסט ופייר-פרנסואה שאבאנו. ב-1783 האחים חואן חוסה ופאוסטו דלאויאר אי זוביקה גילו במעבדות את יסוד טונגסטן או וולפרם. ב-1799 הוקמה מכללה מיסודה של קומפניית מרים.( Compañía de María)
באותה תקופה שופצה דרך המלך (Camino Real) כך שתוכל לשמש למרכבות. דרך זו הייתה חלק מהחיבור הראשי בין ספרד לצרפת ושאר אירופה.
בשנת 1718 התקוממו תושבי ורגארה נגד כוונת המלך פילפה בחמישי להטיל מכסים. אולם ב-1766 תושבי העיר לא הצטרפו למרד ה"מצ'ינאדה" ובחרו לתמוך במלך.
בימי מלחמת הפירנאים או "מלחמת הקונוונט" (1795-1793), כוחות צרפתיים כבשו את העיר בנובמבר 1794. בדצמבר הם גורשו על ידי חיילים בפיקודו של תושב ורגארה, גבריאל מנדיזאבל. מנדיזאבל כונה "הגיבור של אלבה דה טורמס".
המאה ה-19.
במאה ה-19 אחרי מות המלך פרננדו השביעי (1833-1783), אשתו הרביעית, מריה כריסטינה הפכה בעזרת הכוחות הליברליים לעוצרת הממלכה בזמן שבתה איזבלה השנייה הייתה קטינה. הגיס שלה, אחי המלך, דון קרלוס דה מולינה (1788 - 1855) הכריז על עצמו יורש חוקי של כס המלכות. הוא בא להגן על מעמד הכנסייה הקתולית והתנגד לרוח הליברליות בארצו. בין שתי הסיעות היריבות - הכריסטינוס או איסבנינוס וזו הקרליסטית פרצה מלחמת אזרחים. הכריסטינוס תמכו בממשל של המלכה העוצרת ובליברלים. הקרליסטים תמכו בטענות לכתר של דון קרלוס דה מולינה. המלחמה הקרויה המלחמה הקרליסטית הראשונה (1840-1833) התרחשה באזור חבל הבסקים. הקרליסטים נחלו בה תבוסה אולם צאצאיו של דון קרלוס גררו את ספרד לעוד שתי מלחמות "קרליסטיות".
ב-31 באוגוסט 1839 נחתם בוורגארה הסכם שלום ששם קץ למלוחמ הקרליסטית הראשונה בצפון ספרד. ההסכם נחתם על ידי הגנרלים רפאל מרוטו ובלדומרו אספארטרו שהתחבקו בהזדמנות הזאת, אירוע הידוע כ"החיבוק בוורגארה" (El abrazo de Vergara). המקום שבו התרחש, אסאורונס-בידה אספיקו סולאסה (Aseurrunz-bide azpiko soluase) כונה "קמפו דה אבראסו" (Campo del Abrazo שדה החיבוק) או "קמפו דל קונווניו" Campo del Convenio- שדה ההסכם)
בשנת 1846 עם הקמת בתי החרושת לכותנה סן אנטוניו יצאה לדרך תעשיית הטקסטיל של העיר.
המאה ה-20.
במחצית השנייה של המאה ה-19 העיר הפכה לבירת מחוז משפטי (partido judicial), זכתה לבית משפט, בתי כלא, בתי ספר וגם בבית קברות חדש. הורחבו בו השדרות והככרות. ב-1 ביולי 1888 הוארכו פסי ברזל יד לוורגארה - בקו דוראנגו-סומראגה, בבעלות חברת הרכבות הבסקיות. ב-1918 החברה האנגלו-בסקו-נווארית חנכה את קו הרכבת ורגארה-ויטוריה הפוגש את הקו הקודם בתחנת הרכבת מקולאידה. בתחילת במאה ה-20 על יד מפעל המתכת שבעיר השכנה מונדרגון נבנו 14 כבשנים גבוהים יחד איתם שכונה חדשה.
בדצמבר 1925 הוסכם על סיפוחים לוורגארה העמק אנגיוסאר (רובע אנגיוסאר) והרובע אוברה (Ubera) שעד אז השתייכו לאלגטה. ב- 24 במרץ 1927 ההחלטה יצאה לפועל.
בימי מלחמת האזרחים הספרדית באוקטובר 1936 נפלה העיר בידי המורדים הלאומנים והתעשייה שלה התחילה לשרת את מכונת המלחמה של צבא שבראשות פרנסיסקו פרנקו. בעיר הוצבו בטריות תותחים שהפגיזו את אלגטה. בחורף 1937-1936 העמק אנגיוסאר והרובע אוברה הפכו לקו ראשון של החזית
בשנות ה-1950 ובשנות ה-60 חלה התפתחות תעשייתית משמעותית שהביאה לגידול האוכלוסייה עם הגעתם לעיר של אנשים מאזורים אחרים של ספרד. תהליף פיתוח זה תורגם לבניית הרבעים החדשים של מרטוקואה, סאן לורנסו ומטשיאטגי. התרחב גם ענף השירותים בעיר.
ב-1976 הבניין הסמינר הישן נפתחה שלוחה בגיפוסקואה "האוניבריטסה הלאומית לחינוך מרחוק".
בשלהי המאה ה-20 ובתחילת המאה ה-21 אחרי פתרון המשבר בתעשייה מוחזרו בניינים קיימים לשימוש חדש. במגרש הגרואטות של הכבשנים הגבוהים Altos Hornos הוקם מרכז הספורטים ובארמון רוטאדה נפתח בית תרבות.
גאוגרפיה.
מיקום.
ורגארה נמצאת בעמק הנחל דבה, במרכז חבל הבסקים, בדרום מערב המחוז גיפוסקואה, בנפת אלטו דבה. היא הייתה מזה זמן רב צומת דרכים חשוב, כיום בין הכביש אייבאר-ויטוריה לציר החוצה באסאין-דוראנגו. היא נמצאת במרחק שווה מהערים הבסקיות החשובות בילבאו, סן סבסטיאן ו-ויטוריה.
ורגארה גובלת בצפון עם הרשויות העירוניות ברשויות העירוניות אייבר, סוראלוזה, אלגויבר, בדרום עם אוניאטה ואראסאטה, במערב עם אלגטה, במזרח עם אנצואולה ואסקואיטיה ובמערב עם אלגטה ואלוריו.
הידרוגרפיה.
הנחל דבה (Deba) חוצה את הרשות העירונית ורגארה מדרום צפונה ומקבל את היובלים: דסקרגה, אוברה (Ubera), אנגיוסר, אסלדיטה ואלוסואה.
תבליט הנוף.
העיר שוכנת במרגלות ההר טשיקגו (519 מ') בגובה 155 מ', בגדה בימנית של דבה.
היא נמצאת על קרקע מאופיינת בדיוריטים עם גיר המתחלפים מדי פעם באבני חול. מסביב גבעות רבות בגובה של בערך 700 מ' ומעט מישור.
רכסים חוצים את שטח הרשות בכיוון צפון-מערב ודרום-מערב, וכוללים את פסגת אלוסואה (709 מ') המתרוממת מעל מרכז העיר.
מדרוני הגבעות צוברים חומרי סחיפה היוצרים אדמות קולוביאליות משופעות מינרלים המפרים אותן. על קרקעות אלה הוקמו בתים כפריים מיועדים לחקלאות - caserios.בעמקים נמצאות כמויות קטנות של סחף והקרקע הוא מאבן גיר חומה עם הומוס עתיר חמרים אורגניים (parda caliza). הלחות הגבוהה של היערות מסיעת להתמרת החומר האורגני.
ישנם יערות של עצי ערמון, אלון ואשור וכן יערות גדולים של אורנים, המשמשים את תעשיית העץ.
אקלים.
מיקומה של ורגארה בצפון חצי האי האיברי ובקרבה לחוף גורם לכך שהאקלים הוא אקלים אוקיאני ממוזג. הטמפרטורות הן מתונות עם חורפים וקייצים מתונים, כשהטמפרטורות הקיצוניות הן לעיתים קרובות מתחת ל-0° ומנגד 35°. שפע המשקעים מתפרס באופן אחיד לאורך השנה. כמות המשקעים הממוצעת השנתית היא 1300 מ"מ.
בעמקים נוצר תכופות ההיפוך התרמי הגורם לערפילי הבוקר.
דמוגרפיה.
הרכב אתני ושפות.
בוורגארה מדברים את שתי השפות הרשמיות:ספרדית ובסקית
41,8% מהתושבים משתמשים לרוב בבסקית, 38,2% - בספרדית, -19.5% - בשתי השפות באותה מידה.
70.1% שולטים בבסקית, ו-100% שולטים בספרדית.
19,4% שולטים בספרדית בלבד. 10,5% שולטים בשתי השפות באותה מידה באופן פסיבי.
החל משנת 1986 נפתח בשירות בשפה הבסקית בעירייה. ב-1990 הופעלה התוכנית הראשונה לנירמול מעמד השפה הבסקית. החלמ -1995 אושר התוכנית נועדה להפוך את המנהל בעיר לדו-לשוני.
תרבות ומדע.