לוחמי שייטת 13 פעלו גם בלבנון. ליחידה היה תפקיד משני בחיסול עלי חסן סלאמה בביירות ב-1979. צוות של היחידה שכלל את הלוחם יואב גלנט חילצו את שני לוחמי המוסד בסוף פעולת החיסול המוצלחת והחזירום לישראל. באפריל 1980, במבצע מתח גבוה השמידו כוחות השייטת בסיס בדרום לבנון, ממנו עמדו לצאת מחבלים לפיגוע מיקוח בישראל והרגו תשעה עשר מהם. במבצע השתתף גם יואב גלנט ששב מקורס קצינים זמן קצר לפני כן, כמפקד צוות. משנפצע מפקדו לקח גלנט פיקוד על הכוח כולו והשלים את המשימה. במאי 1981 קיבלה השייטת צל"ש יחידתי מהרמטכ"ל, על כך ש"לוחמי שייטת 13 בין ינואר 1979 - אפריל 1981 ביצעו 22 פעולות התקפיות יזומות כנגד המחבלים בגזרת לבנון".
פעלו כוחות השייטת להכנה ואבטחה של חוף הנחיתה בשפך נהר אל-אוואלי, מבצע שהסתיים בהצלחה גדולה וללא נפגעים. בהמשך מלחמת לבנון הראשונה פעלו נגד מטרות מחבלים ומטרות סוריות. ביוני 1983 יצא כוח השייטת למבצע שנועד לפגוע בכוחות מחבלים תוך ניסיון לשייך את הפעולה לקבוצת מחבלים אחרת, אך המבצע הסתיים בכישלון לאחר שהכוחות פגעו בניגוד לתכנון בחיילי הצבא הסורי. ביוני 1984 השתתף כוח השייטת, בפיקודו של ידידיה יערי, בתקיפת אי הארנבות שמצפון לטריפולי. בפעולה שולבו גם הצוללת "אח"י תנין", ספינות טילים ומטוסי חיל האוויר.
במרץ 1985 הטביע כוח של שייטת 13 את הספינה "Moon Light" של ארגון פת"ח בנמל ענאבה באלג'יריה. המודיעין הישראלי סבר, בעקבות הטעייה מוצלחת שביצע הפת"ח, שספינה זו הייתה מיועדת לביצוע פיגוע בישראל.
בעקבות חטיפתה של אוניית הנוסעים האיטלקית "אקילה לאורו" באוקטובר 1985 פותחו בשייטת שיטות מיוחדות ללוחמה בטרור ימי והשתלטות גלויה וחשאית על ספינות בלב ים. יכולת זו אפשרה לשייטת לסכל הברחות דרך הים ולהשתלט על כלי שיט.
בפברואר 1988, בתחילת האינתיפאדה הראשונה, חיבל כוח של השייטת, בפיקוד יואב גלנט בספינה היוונית "סול פרין" באמצעות הצמדת מטען חבלה לתחתיתה כשעגנה בנמל לימסול. הספינה, שנרכשה בידי אש"ף וכונתה על ידו "ספינת השיבה", עמדה להפליג לרצועת עזה ולהביא לשם 131 מאנשי הארגון שגורשו מהשטחים.
ב-16 באפריל 1988 הובילה שייטת 13 את לוחמי סיירת מטכ"ל שהשתתפו במבצע הצגת תכלית בתוניס. הכוח הפושט של סיירת מטכ"ל הגיע ליעד מן הים באמצעות כלי שיט אותם הפעילו לוחמי שייטת 13, בפיקוד יואב גלנט, והיו אחראים גם לאבטחת חוף הנחיתה.
ב-26 באוקטובר 1995 סייעו לוחמי שייטת 13, עליה פיקד באותם ימים יואב גלנט, ללוחמי המוסד להיחלץ מן האי מלטה, לאחר ביצוע ההתנקשות בחיי פתחי שקאקי, מייסד תנועת הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני והמזכ"ל הראשון שלה.
פעילות שייטת 13 במהלך השנים הבאות לוותה במספר קטן, יחסית, של נפגעים. הפעולה הקשה ביותר, מבחינת מספר הנפגעים, ידועה בשם אסון השייטת: בלילה שבין 4 ל-5 בספטמבר 1997, יצא כוח של 16 לוחמים למבצע שטיבו עדיין לא פורסם. הכוח נתקל במארב מטענים שהניח החזבאללה שגרם ל-11 הרוגים, ולכוח החילוץ היה הרוג נוסף. בפעולה נהרג מפל"ג לוחמים, סא"ל .
האינתיפאדה השנייה.
במהלך האינתיפאדה השנייה, שפרצה בשנת 2000, החליטו מפקדי השייטת לשלב את היחידה בלוחמה היבשתית באזור יהודה ושומרון מתוך תפיסה שכיחידה מובחרת עלייה להוביל בגזרות הלחימה הרלוונטיות ולאו דווקא בתווך הימי בו מומחיותה. השייטת לקחה חלק פעיל בלחימה, דבר שעלה לה באבדות. לוחמי השייטת הרגו עשרות מחבלים ועצרו מאות. כוח גדול של כוחות סדיר ומילואים מהשייטת השתתף בקרב בג'נין במהלך מבצע חומת מגן. בשנת 2004 הושעתה השייטת זמנית מפעילות לאחר שארגון "בצלם" האשים את החיילים בכך שבמהלך פעולה בג'נין ירו במבוקש ששכב פצוע ולא היווה סכנה לחיילים. תחקיר שנערך על ידי אלוף פיקוד המרכז הצדיק את הירי אל עבר המבוקש בטענה שהייתה לחיילים סיבה מוצדקת לחשוד שהוא מסתיר רימון יד בידו, אך מתח ביקורת על "כשלים מקצועיים" שהיו בפעולה. לאחר התחקיר הוחזרה השייטת לפעילות ולמפקדה, נבו ארז, נרשמה בעקבות האירוע הערה פיקודית בשל פער בנהלים המקצועיים.
בינואר 2002, פשטו לוחמי שייטת 13 על נמל עזה, פוצצו את מפקדת משטרת החופים הפלסטינית ומחסנים שלה. בנוסף, פוצצו ספינת משמר וספינת משא.
לוחמי השייטת תפסו שלוש ספינות שהבריחו נשק לפלסטינים - "קארין איי" (הגדולה שבהן, שללכידתה הייתה משמעות אסטרטגית), "סנטוריני" ו"אבו חסן".
מלחמת לבנון השנייה.
במהלך מלחמת לבנון השנייה נטלה שייטת 13 חלק במספר רב של פעולות בעומק שטח לבנון.
במהלך פעולת יער הנגב שנערכה בצור נפצעו 8 לוחמים ובהם קצין וחייל שנפצעו קשה. בפעולה חוסלו לפחות 10 מחבלים, בהם פעילים במערך הרקטות לטווח בינוני-ארוך של חזבאללה. לרופא השייטת, סרן ד"ר תמיר, הוענק עיטור המופת על טיפולו בפצועים תחת אש.
צל"ש מפקד חיל הים הוענק למפקדי כוח השייטת רס"ן א' וסא"ל רפי מילוא.
לאחר מלחמת לבנון השנייה.
ב-3 בנובמבר 2009, במסגרת מבצע ארבעת המינים, השתלטה השייטת על ספינת הובלה חשודה בשם "פרנקופ" שהתבררה כנושאת לפחות חמש מכולות עם אמצעי לחימה ותחמושת, במסווה של משלוח אזרחי. בספינה נמצאו רקטות, נשק קל, רימונים, פצצות מרגמה וטילים. ההשתלטות אירעה מעט לפני חצות במרחק של כ-180 ק"מ מהחוף, סמוך לקפריסין.
ב-31 במאי 2010, במבצע רוחות שמים, השתלטו לוחמי השייטת על 6 אוניות שניסו לשבור את ההסגר הימי שהטילה ישראל על רצועת עזה, מאז עליית חמאס לשלטון. במהלך ההשתלטות על הספינה הגדולה ביותר, "מאווי מרמרה", התפתח עימות אלים בין החיילים לפעילים שהיו על סיפונה, וכתוצאה ממנו נהרגו 9 פעילים ונפצעו 20. מבין לוחמי השייטת נפצעו 10, בהם שניים באורח קשה. כשבוע לאחר תקרית המשט, סיכלו לוחמי השייטת פיגוע שתכנן חמאס כאשר הרגו 4 מחבלים שניסו לחדור לישראל מרצועת עזה דרך הים.
ב-15 במרץ 2011 השתלטו לוחמי השייטת על הספינה ויקטוריה שהובילה אמצעי לחימה בכמות של כ-50 טונות מאיראן דרך סוריה לרצועת עזה, בהם טילים נגד ספינות מדגם C-704, מערכות מכ"ם, פצמ"רים, כדורי רובה ועוד, במבצע השתלטות במרחק של כ-200 מיילים מחופי ישראל.
ב-5 במרץ 2014 השתלטו לוחמי השייטת, בסיוע שייטת ספינות הטילים, על הספינה "קלוס סי" שהובילה עשרות רקטות קרקע-קרקע מדגם M-302 מסוריה ואיראן לרצועת עזה. מבצע ההשתלטות נקרא מבצע חשיפה מלאה.
ב-12 ביולי 2014, במהלך מבצע צוק איתן, פשט כוח שייטת 13 על מתחם בצפון רצועת עזה שממנו נורו רקטות ארוכות טווח רבות. ארבעה מחיילי הכוח נפצעו קל. הכוח השלים את משימתו ופגע במספר משגרים. 3 מחבלים נהרגו.
לוחמי שייטת 13 השתתפו גם בהגנה על גבול ישראל במהלך העימותים בגבול ישראל-רצועת עזה (2018). ב-12 באוקטובר מנעו צלפי היחידה חטיפה של חייל כאשר מחבלים פלסטיניים פרצו את גדר המערכת ובחסות ההמון הסתערו על עמדת צלפים. שניים מהמחבלים נורו למוות על ידי הצלפים מטווח קרוב ואילו המחבל השלישי הצליח להגיע ממש לתוך העמדה וניסה לדקור לוחם ולחטוף את נשקו, ואז חוסל על ידי הצלף שנאבק בו מטווח אפס אחרי נוהל מעצר חשוד.
ציונים לשבח ופרסים.
בחודש יולי 1981, במהלך תקופה ממושכת של פעילות נגד המחבלים בלבנון, קבע הרמטכ"ל רפאל איתן לתת ליחידה ציון לשבח. היה זה בשלהי פיקודו של עמי אילון שהתייחס לכך:
על פעילותה כנגד הטרור זכתה השייטת להערכה רבה, בשנת 2002 קיבלה השייטת צל"ש הרמטכ"ל משאול מופז על פעילותה במשך השנה בכל זירות הלחימה. וזכתה פעמיים בפרס הרמטכ"ל ליחידות מצטיינות.
באפריל 2010 פורסם כי לשייטת יוענקו שני צל"שים מטעם הרמטכ"ל "על ביצועם המוצלח של רצף מבצעים מורכבים בשנה וחצי האחרונות".
ב-2010 הוענק לשייטת 13 פרס מנחם בגין "על פעילותה למען ביטחון המדינה ואזרחיה".
באוקטובר 2014 זכתה היחידה בצל"ש רמטכ"ל, חמישי במספר, על "רצף פעולות מבצעיות חשאיות בעומק שטח האויב, אשר נחלו הצלחה מרובה".
ב-14 ביוני 2018 העניק מפקד זרוע הים, האלוף אלי שרביט, תעודות הערכה לשייטת 13 עבור רצף מבצעים חשאיים מורכבים ומשמעותיים כנגד התעצמות אויבנו.
באותו מעמד הוענקה תעודת הערכה למפקד השייטת אל"ם טל, על רצף מבצעים חשאיים בשטחי אויב והצלחות מודיעיניות, 14 ביוני 2018.
ביולי 2019 העניק הרמטכ"ל אביב כוכבי צל"ש רמטכ"ל לשייטת 13 על "פעולות מבצעיות פורצות דרך, בהן הפגינו עוז, נחישות, יצירתיות וקור רוח עילאי."
בדצמבר 2020 העניק כוכבי לשייטת 13 אות הערכה מטעם הרמטכ"ל על "סדרת מבצעים פורצי דרך בסביבה משתנה ומאתגרת".
ביוני 2021 העניק כוכבי לשייטת את צל"ש הרמטכ"ל בפעם השביעית על שורת פעולות מבצעיות, וכן צל"שים ל-4 מלוחמיה.
מיון, קבלה והכשרה.
פרופיל נדרש - 97-82 ללא סעיפים פוסלים.
קב"א נדרשת - 52
דפ״ר נדרש - 50
מיון- גיבוש שאורכו 5 ימים (אחרי מעבר יום סיירות), שכולל מבדקי ים ויבשה, ולבוגרי כיתות י"א גיבוש דרך גדנ"ע צלילה.
רפאל איתן שהיה קצין חי"ר וצנחנים ראשי בסוף שנות ה-60 של המאה ה-20, קבע שהשייטת חייבת להתאמן במתווה דומה ליחידות הצנחנים, בעקבות כך שונה מסלול ההכשרה בשייטת, ובתחילתו רוכזו מרבית הכשרות החי"ר ולאחר מכן הכשרות מקצועיות ימיות. כמו כן נקבע שהן הלוחמים מיחידת הצוללים והן מיחידת הפושטים יהיו בעלי מכנה לחימה משותף, המסוגלים לבצע את כלל הפעולות. תפיסה זו האריכה מאוד את מסלול הכשרת הלוחם והיא השתנתה לאחר אסון השייטת בעקבותיו נוסחה מחדש תפיסת בניין הכוח ביחידה. צוותי היחידה פועלים באופן אורגני לאורך שירות הלוחמים, והם עוברים התמקצעות שונה בהתאם לייעודם.