לאפורטה הפך לנשיא ברצלונה ב-15 ביוני 2003 והוביל את ברצלונה לתור הזהב הגדול בתולדותיה. מיד עם כניסתו לתפקיד, החליט לאפורטה לא לחדש את חוזהו של אנטיץ', ובמקומו מונה המאמן ההולנדי בן ה-40 פרנק רייקארד, כוכב מילאן לשעבר. כמו כן מינה לאפורטה את שחקן העבר צ'יקי בגיריסטיין למנהל הטכני. לאפורטה ניפה את הסגל, פרנק דה בור והשוער רוברטו בונאנו עזבו וריקלמה הושאל, ורכש ב-27 מיליון אירו את רונאלדיניו, הכוכב הברזילאי של פריס סן-ז'רמן (לאחר שדייוויד בקהאם סירב להצטרף לברצלונה וחתם בריאל מדריד). רונאלדיניו כבש בעונתו הראשונה 22 שערים, וזכה על עונה זו בפרס כדורגלן השנה בעולם לשנת 2004. ברצלונה סיימה את העונה במקום השני בליגה, בגביע המלך הגיעה ברצלונה לרבע הגמר, ובגביע אופ"א הודחה בשמינית הגמר. בעונה זו הפך ויקטור ואלדס לשוער הראשון באופן רשמי. עונה זו הייתה עונת מעבר, שעמדה בסימן של החזרה של ברצלונה לקדמת הכדורגל העולמי, תוך סגנון ניהול חדש, החזר חובות ומעבר למאזן כלכלי חיובי. האוהדים וכלי התקשורת דרשו את התפטרותו של רייקארד אך לאפורטה התעקש להעניק לו המשכיות ויציבות שחסרה למועדון בשנים הקודמות, מה שהשתלם בסופו של דבר.
בעונה זו, ב-16 באוקטובר 2003, בעת משחק ידידות מול פורטו של ז'וזה מוריניו, הכניס רייקארד שחקן ארגנטינאי צעיר בשם ליונל מסי. מסי, שהיה אז בן 16 וארבעה חודשים, נולד ב-1987 ברוסאריו, ארגנטינה. הוא סבל ממחלת גדילה, ובשנת 2000 הוא הצטרף לאקדמיית הנוער של ברצלונה תוך הסכמה שהמועדון יממן את טיפולי הגדילה. מסי התקדם במהירות בין שבעת קבוצות הנוער של המועדון וכבש 105 שערים ב-107 משחקים. באותו יום, ערך מסי את הבכורה הלא רשמית שלו בקבוצת הבוגרים, והוא הרשים את צוות האימון שהחל לזמן אותו לאימוני הקבוצה הבוגרת אחת לשבוע. מסי עתיד להיות מלך השערים והבישולים ושיאן ההופעות של המועדון בכל הזמנים, לצד היותו אחד השחקנים הגדולים בהיסטוריה.
אחת ההחלטות הראשונות שקיבל לאפורטה, הייתה הרחקתם של חברי קבוצת האוהדים האלימה Boixos Nois לצמיתות מן המגרשים. חברי הקבוצה היו אחראים לזריקת ראש החזיר על פיגו, ולהטרדות אנטישמיות שספג מועמד יהודי שהתמודד מול לאפורטה בבחירות האחרונות לנשיאות המועדון. לאפורטה ספג איומים על חייו והמשטרה אף חשפה שהוא היה יעד לחטיפה מצד חברי Boixos Nois, אך תכנון זה מעולם לא יצא לפועל.
עונת 2004/05.
בקיץ 2004 עמד לרשות לאפורטה תקציב גדול יותר לרכישת שחקנים. בין היתר הוא רכש את החלוץ הקמרוני בן ה-23 סמואל אטו ממיורקה תמורת 24 מיליון אירו ואת הקשר הפורטוגלי בן ה-26 דקו מפורטו תמורת 21 מיליון אירו. כמו כן, ליונל מסי בן ה-16 נרשם לקבוצה הבוגרת וקיבל את החולצה מס' 30. לצד זאת, לאפורטה המשיך בשחרור שחקנים, ושחרר בעונה זו לא פחות מ-13 שחקנים, ביניהם פטריק קלייברט שכבש 122 שערים בשש שנותיו במועדון, פיליפ קוקו, מיכאל רייזיחר, לואיס גרסיה ומארק אוברמארס. גם הקפטן לואיס אנריקה פרש בגיל 34, לאחר 8 עונות במדי ברצלונה בהן הבקיע 109 שערים. במקומו מונה לקפטן הקבוצה הבלם קרלס פויול. אינייסטה הפך לשחקן קבוע בהרכב הפותח ויחד עם צ'אבי הנהיג את הקישור. בעונה זו הפסידה ברצלונה רק 4 משחקים (הנתון הנמוך ביותר מאז עונת 1986/87) וזכתה באליפות עם 84 נקודות, תואר ראשון לאחר חמש שנות בצורת. למרות זאת, הודחה ברצלונה מגביע המלך כבר בסיבוב הראשון (נגד לבאנטה) בפעם השלישית בתוך ארבע שנים. בליגת האלופות הודחה הקבוצה בשמינית הגמר מול צ'לסי.
באוקטובר 2005 זכה רונאלדיניו בפרס כדור הזהב, ובדצמבר זכה בפעם השנייה ברציפות בפרס כדורגלן השנה בעולם. רייקארד מיעט לשתף את מסי בעונה זו, והוא שיחק תשעה משחקים בלבד בהם כבש שער בודד. הופעת הבכורה שלו בליגה הייתה ב-16 באוקטובר 2004 נגד אספניול. שער הבכורה היה כשנכנס כמחליף נגד אלבסטה וכבש מבישול של רונאלדיניו, והפך לכובש הצעיר ביותר בתולדות המועדון (שיא שנשבר מאז כמה פעמים). בעונה זו שיחק מסי בעיקר בברצלונה אתלטיק בה הבקיע 6 שערים ב-17 משחקים.
עונת 2005/06.
לקראת עונת 2005/06 לא בוצעו שינויים משמעותיים בסגל, שני שחקנים הובאו בהעברה חופשית (סנטיאגו אסקרו ומארק ואן בומל), מספר שחקנים שוחררו, ביניהם ג'רארד לופס שעזב לאור הדומיננטיות של צ'אבי ואינייסטה, ריקלמה שנמכר לויאריאל תמורת 7 מיליון אירו, וסביולה שהושאל לסביליה. ב-24 ביוני 2005, ביום הולדתו ה-18, חתם מסי על החוזה המקצועני הראשון שלו, חוזה עד 2014 עם סעיף שחרור של 150 מיליון יורו. מסי הפך לשחקן הרכב ויצר שלישייה התקפית יעילה ביותר יחד עם רונאלדיניו ואטו. אך ב-7 במרץ 2006 נפצע מסי בשריר הירך האחורי במשחק שמינית גמר ליגת האלופות נגד צ'לסי, וסיים את העונה. הוא הספיק לכבוש עד אז 8 שערים ב-25 הופעות.
עונה זו הייתה המוצלחת בתולדות המועדון מאז 1992. באוגוסט זכתה ברצלונה בסופר קאפ ספרדי לאחר ניצחון 4–2 על בטיס. בליגה, הובילה ברצלונה לאורך רוב העונה וזכתה באליפות בפעם השנייה ברציפות. בקלאסיקו שאירחה ריאל מדריד, ניצחה ברצלונה 3–0 את קבוצת הגלקטיקוס של ריאל מדריד (שכללה אגדות כמו רונאלדו, זידאן, רוברטו קרלוס, ראול, בקהאם, סרחיו ראמוס, איקר קסיאס) משער של אטו וצמד של רונאלדיניו, ורייקארד הפך למאמן הראשון של ברצלונה שמנצח פעמיים בסנטיאגו ברנבאו. הופעתו של רונאלדיניו הייתה כה מרשימה, שאוהדי ריאל מדריד מחאו לו כפיים לאחר שערו השני, מחווה לה זכו רק מראדונה לפניו ואינייסטה אחריו. אטו סיים עונה זו עם 26 שערי ליגה וזכה בפרס הפיצ'יצ'י.
בליגת האלופות, העפילה ברצלונה לגמר לאחר שסיימה ראשונה בשלב הבתים וניצחה את צ'לסי, בנפיקה ליסבון ומילאן בשלבי הנוקאאוט. בגמר שנערך ב-17 במאי 2006, התמודדה ברצלונה נגד ארסנל שנחשבה לאחת הקבוצות הטובות באירופה. ארסנל עלתה ליתרון למרות מיעוט מספרי (השוער ינס להמן הורחק לאחר שהכשיל את אטו בתוך הרחבה), ו-15 דקות לפני סיום המשחק, הנריק לארסון שעלה כמחליף, בהופעתו האחרונה במועדון, בישל שערים לאטו (שנבחר לשחקן המצטיין בגמר) ובלטי (שעלה גם הוא מהספסל), וברצלונה ניצחה 2–1 וזכתה בגביע בפעם השנייה בתולדותיה.
עונת 2006/07.
בקיץ 2006 נרכשו מיובנטוס המגן־הימני בן ה-29 ג'אנלוקה זמברוטה והבלם בן ה-34 ליליאן תוראם תמורת 14 מיליון ו-5 מיליון אירו בהתאמה. כמו כן, החלוץ האיסלנדי בן ה-27 איידור גודיונסן נרכש מצ'לסי ב-12 מיליון אירו. הקבוצה ערכה מסע טרום עונה בארצות הברית, ובמהלכו נפצעו אטו ומסי, שהחמיצו בשל כך את המשחקים הראשונים של העונה.
אף על פי שברצלונה התחילה את העונה כפייבוריטית בכל המסגרות, היא כשלה ולא זכתה באף גביע מלבד הסופר קאפ הספרדי בו זכתה באוגוסט 2006. שבוע לאחר הזכייה, הפסידה ברצלונה את הסופר קאפ האירופי לסביליה. בדצמבר הפסידה ברצלונה 0–1 לאינטרנסיונל בגמר גביע העולם למועדונים 2006. בליגה, הובילה ברצלונה את הטבלה לאחר שני משחקי ה'קלאסיקו', אך מעדה במחזורי הסיום וסיימה עם מספר נקודות זהה לריאל מדריד (76) ועם יחס שערים עדיף בהרבה (26:45), אך ריאל מדריד זכתה באליפות בשל יחס השערים העדיף במפגשים הישירים ביניהן (5:3 לריאל מדריד). אחד המשחקים הזכורים ביותר בעונה זו היה הקלאסיקו שנערך בקאמפ נואו ב-10 במרץ 2007, ובו עלתה ריאל מדריד שלוש פעמים ליתרון (משעריהם של רוד ואן ניסטלרוי וסרחיו ראמוס) אך מסי, שקיבל בעונה זו את החולצה מס' 19, השווה את התוצאה שלוש פעמים בשלושער מרהיב.
בגביע המלך, הגיעה ברצלונה לחצי הגמר ובסיבוב הראשון ניצחה את חטאפה 5–2 (כולל שער מדהים של מסי, שהעלה השוואות לשער המאה של מראדונה במונדיאל 1986), אך בגומלין הובסה 0–4 והודחה מהמפעל. בליגת האלופות הודחה ברצלונה בשמינית הגמר על ידי ליברפול בשל חוק שערי חוץ.
בדיעבד, הוכרה פציעתם של אטו ומסי בראשית העונה כאחת הסיבות לעונה הרעה. רונאלדיניו אמנם כבש 24 שערים, אך טען שלא היה בכושרו הטוב. בנוסף, אטו מתח ביקורת באופן פומבי על רייקארד ורונאלדיניו, מה שגרם לקרע ביניהם. לצד זאת, מסי סיים עונה זו עם 17 שערים ב-35 הופעות, וסיים במקום השלישי בפרס כדור הזהב לשנת 2007 (לאחר קאקה וכריסטיאנו רונאלדו) בגיל 19 בלבד, שיא שטרם נשבר.
עד לעונה זו, במשך יותר ממאה שנות קיומו, מעולם לא הופיע לוגו מסחרי על חולצות השחקנים, בשונה מרוב מועדוני הכדורגל. בקיץ 2006 חתמה ברצלונה על הסכם עם יוניסף, קרן החירום הבינלאומית של האו"ם לילדים, ולפיו יופיע הלוגו של יוניסף למשך 5 שנים בחזית חולצות השחקנים ובנוסף המועדון יתרום ליוניסף 0.7 אחוזים מכלל הכנסתו (1.9 מיליון דולר לשנה). גישה לא כלכלית זו, מיצבה את מעמדה של ברצלונה כמועדון בעל ערכים הקודמים לחישובים מסחריים. גישה זו הוזנחה בהמשך על ידי יורשיו של לאפורטה.
עונת 2007/08.