ב-18 בינואר 2022 טען העיתונאי תומר גנון ב"כלכליסט", שמשטרת ישראל השתמשה בתוכנה כדי לפרוץ מרחוק לטלפונים של אזרחים ישראלים, שאינם עבריינים או חשודים, ללא צווי חיפוש או צווי האזנה, ובאמצעותה בוצעו מעקבים אחרי פעילים ב, עובדים בחברה ממשלתית וראש עיר במסגרת חקירה סמויה. לאחר שהושגו ראיות באופן לא חוקי, טענה משטרת ישראל, כי יש בידה 'מידע מודיעיני' שמצדיק חקירה גלויה. במצב זה ביקשה המשטרה אישור חיפוש במכשירי הטלפון ומהם הוציאה את המידע, והפעם, באופן חוקי. על פי התחקיר, השימוש בתוכנה היה ממודר במשטרת ישראל, ואת האישור להפעלת התוכנה כנגד אזרח נתנו קציני משטרה ללא כל אישור משופט או רשות חיצונית.
משטרת ישראל הכחישה וטענה, כי "פעילות המשטרה בתחום זה נמצאת תחת פיקוח ובקרה באופן רציף, על ידי היועץ המשפטי לממשלה וגורמים משפטיים חוץ ארגוניים נוספים". כעבור יומיים הקים היועץ המשפטי לממשלה צוות לבדיקת הטענות.
ב-23 בינואר 2022 פרסם העיתונאי יואב יצחק כי משטרת ישראל השתמשה בתוכנת פגסוס גם נגד מעורבים במשפט נתניהו.
בין האנשים שפירט היו ג'יימס פאקר, יאיר נתניהו, עוזריו של נתניהו עופר גולן, יונתן אוריך, ושאול אלוביץ'. לאחר מכן, פורסמו חלקים נוספים בתחקיר וכן דיווחים נוספים מכתבים אחרים.
לאחר כמה ימים נאמר מטעם המשטרה: "לאור הפרסומים בנושא, משטרת ישראל ביצעה בדיקות בנוגע למקרים בהם נטען כי המשטרה ביצעה פעולות החורגות מסמכויותיה בעת הפעלת האזנת סתר באמצעות אמצעים טכנולוגיים המאפשרים קליטת תקשורת בין מחשבים. לאחר בדיקה ראשונית העברנו ממצאים אלה אל היועץ המשפטי לממשלה, ועל בסיסם יצאה הודעתו מ-20 בינואר". באותה הודעה אמר היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, כי לפי המידע שהוצג על ידי המשטרה עד אז, היא נהגה על פי חוק, ורק על פי צו של בית משפט. במשטרה הודו ב-2 בפברואר כי "בבדיקה נוספת מאוחרת יותר, שנעשתה עוד טרם הקמת צוות הבדיקה, התגלו ממצאים נוספים המשנים בהיבטים מסוימים את מצב הדברים. נוכח האמור הנחה היועמ"ש לנקוט מהלכים מידיים כדי למנוע אפשרות לחריגה מסמכות - והמשטרה תפעל בהתאם".
בהמשך נטען, כי במסגרת האירוע השתמשה המשטרה בתוכנת הריגול על מנת לעקוב גם אחרי חשודים בתיק 4000. בתגובה פנו פרקליטיהם של בני הזוג אלוביץ' ובנימין נתניהו לבית המשפט, בדרישה להורות לפרקליטות לחשוף את החומרים שנחשפו בחקירותיו באמצעות תוכנת פגסוס. נטען גם, כי שימוש בתוכן הטלפון הותר בצו בחקירה ב"פרשת בזק", שנחקרה ברשות ניירות ערך וממנה נולד לימים תיק 4000 ובה הוגשו כתבי אישום נפרדים. במהלך התיק ניתן צו נוסף. בית המשפט הורה לפרקליטות להגיב על הפרסומים ולהבהיר האם נעשה שימוש בתוכנה במסגרת חקירת הפרשות, וביטל יום דיונים שנקבע בכדי להמתין לקבלת עמדת הפרקליטות.
ב-7 בפברואר 2022 פרסם תומר גנון ב"כלכליסט" את הטענה שהיה שימוש ברוגלה גם בניידים של מנכ"לים, ראשי ערים, פעילי מחאות אחרות, מקורבי נתניהו ועוד. לפי הפרסום, בין האנשים שנפרצו הניידים שלהם היו קרן טרנר אייל, שי באב"ד, אמי פלמור, רמי לוי, יאיר כץ, אבירם אלעד, דודו מזרחי מנכ"ל בזק, סטלה הנדלר, ואנשים הקשורים לתיק 4000, בהם אבי ברגר, אילן ישועה, אבנר נתניהו, טופז לוק, יונתן אוריך, איריס אלוביץ', ושלמה פילבר, וראשי המועצות והעיריות יורם שמעון, מרים פיירברג, מוטי ששון ויעקב פרץ ובני משפחותיהם. לפי הפרסום, בכל המקרים שפורטו נעשה שימוש בתוכנה ללא צו בית משפט, לא לצורך איסוף ראיות, אלא לשם השגת מידע מודיעיני על ידי יחידת הסיגינט. המידע הועבר לשוטרי סיור תחת חיסיון על אופן השגתו. ההסבר המקובל היה "מידע אגבי" או "מקור חד פעמי". באותו יום פרסם גם יואב יצחק כי המשטרה האזינה לאלפי אנשים, וביניהם שלמה דרעי, אחיו של אריה דרעי, משה הבא, מיכאל מירלשווילי, דוד ביטן, דב צור, שורה של קבלנים וכן מקורבים לנוני מוזס.
למחרת פורסם שלפי ממצאי הבדיקה הראשונית, לאחר קבלת צו מבית המשפט, המשטרה ניסתה להתקין תוכנה בניידים של החשודים שלמה פילבר ואיריס אלוביץ'. פרסום אחר טען כי המשטרה ניסתה, באישור בית המשפט, לפרוץ לשלושה ראשי רשויות מקומיות: מרים פיירברג, יעקב פרץ והשלישי – או יורם שמעון ממבשרת ציון או מוטי ששון מחולון. לפי הפרסום רק אחד מהניסיונות צלח. במקרה של אישים אחרים, כמו מנכ"לים של משרדי ממשלה, נטען שיש הבדל בין היעד שנגדו פעלה המשטרה לבין הנספח. כלומר, היעד שאליו האזינו יוקלט לאחר מתן צו גם כאשר הוא שוחח עם אחרים, המוגדרים כנספחים (כמו מנכ"ל).
בעקבות "כלכליסט" עסקו בנושא אמצעי תקשורת נוספים, ולפיהם בשנת 2013, בתקופת כהונתו של המפכ"ל יוחנן דנינו, רכשה משטרת ישראל את התוכנה. הפעלתה החלה בתקופת כהונתו של רוני אלשיך כמפכ"ל, בחדר בקרה מיוחד. לדברי המשטרה, הגרסה שנרכשה אינה מוציאה את כל התכנים במכשיר, אלא רק את הנתונים מרגע הדבקת המכשיר ברוגלה. לפי דיווח עיתונאי, בשלוש שנות כהונת רוני אלשיך פעלה המשטרה באמצעות התוכנה נגד 90 יעדים ייחודיים, ובשנתיים של מוטי כהן כממלא מקום המפכ"ל – נגד 150 יעדים. כמו כן, ניתן לבחון את היסטוריית השימוש בתוכנה בקובץ הלוג שלה. ב"כלכליסט", לעומת זאת, נטען שקיימת יכולת למחוק או להעלים את המידע הזה מהפלטפורמה.
שי באב"ד, קרן טרנר אייל ואמי פלמור פנו לחברה פרטית במטרה לברר האם בוצעה פריצה לטלפונים שלהם. לפי החברה הפרטית, ZECOPS, אכן בוצעה פריצה לטלפונים הניידים שלהם, אך לא על ידי המשטרה ולא באמצעות תוכנת פגסוס. לפי הערכתם, הפריצה לטלפונים של המנכ"לים לשעבר נעשתה ממדינה זרה.
הפולמוס סביב תחקיר "כלכליסט".
העיתונאי ארי שביט גיבה את גנון והביע חשש מממצאי התחקיר.
בהמשך הדיון בחשיפות "כלכליסט" עלתה הטענה, בין השאר בעקבות הכחשת המשטרה, שגנון לא סיפק ראיות לביסוס הממצאים שפרסם ושייתכן שפרטים משמעותיים שפרסם אינם נכונים. העיתונאים מרדכי גילת ובן כספית אף טענו שטענותיו משוללות יסוד. כספית כתב על תחקיר "כלכליסט": "מישהו ערך כאן מבצע שיטוי מתוחכם, יקר ושאפתני. מישהו מאוד רצה שהציבור הישראלי יאמין שהמשטרה שלו שותלת רוגלות ריגול אצל אזרחים תמימים על פי גחמותיה. מישהו רצה שנחשוב שתפרו כאן תיקים. מישהו רצה לחולל כאן כאוס ולפרק את שאריות האמון שהאזרחים רוחשים למוסדות הממלכתיים החיוניים ביותר במדינה." גילת מנה סוגיות ש"כלכליסט" לא השיב עליהן: "הוא לא הסביר איך הפך את משטרת ישראל לאחות התאומה של השטאזי; על מה נסמך כאשר פרסם את סיפור הפריצה ללא צו לטלפונים הניידים של שי באב"ד, קרן טרנר ואמי פלמור — שלושת מנכ"לי משרדי ממשלה לשעבר; מאין שאב את הסיפור על פריצות דומות לניידים של פעילים במחאת בלפור ובמחאת האתיופים; ואיך הפך את אבנר נתניהו ליעד נוסף של המשטרה."
לעומתם התייצב העיתונאי חיים לוינסון שתמך בפרסומי "כלכליסט" ובגנון. גם פרופ' מיכאל בירנהק ייחס חשיבות לחשיפת התחקיר ואמר "החשיפה על עצם השימוש בטכנולוגיות עם יכולות דרמטיות ללא הסדרה חוקית היא טלטלה גדולה. במיוחד כשהערפל עוד רב. וזה שווה לדעתי בדיקה חיצונית".
ב-14 במרץ 2022 פרסם "כלכליסט" תגובה מפורטת לביקורת שהופנתה כלפיו, ובפרט לממצאי דו"ח הביניים של ועדת מררי (ראו בפרק "ועדת מררי" להלן).
צבי דביר, ממייסדי התנועה לזכויות דיגיטליות, כתב כי "תחקיר 'כלכליסט' הוא תחקיר חשוב, למרות פגמיו. לראשונה הוצג בעיתונות השימוש שנעשה במערכת במסגרת חקירות פליליות, וזאת בניגוד להכחשות פומביות של חברת NSO ושל המשטרה. עתה ידוע שגם המשטרה וגם שב"כ עושים שימוש במערכת פגסוס/סייפן לצד מערכות נוספות". דביר אף הציע הסבר למקור הטעות בתחקיר "כלכליסט": "הדוגמאות שהוצגו בתחקיר – מעקבים אחר פעילי מחאת הנכים ופעילי מחאת יוצאי אתיופיה, מנהלי חברות, ראשי ערים, מנכ"לים לשעבר בשירות הציבורי ומכובדים אחרים – הן (ככל הנראה) דוגמאות להפקות מודיעיניות מתוך האזנות לגורמים שלישיים."
תגובת NSO Group.
ב-8 בפברואר 2022 שיגר מנכ"ל NSO, שלו חוליו, מכתב לכלל עובדי החברה, בו הבהיר כי החברה השעתה את המערכת שבשימוש משטרת ישראל עד לתום הבדיקה, והוסיף שהחברה תשתף פעולה עם כל חקירה בעניין. לדבריו, אם הדברים נכונים אז המשטרה הפרה את ההסכם עם החברה ואת תנאי הרישיון שניתנו לה. מערכות מסוג זה אמורות לשמש למניעת פשעים חמורים וטרור בלבד. כמו כן הוא הבהיר שהחברה פנתה למשרד המשפטים, והתחייבה לסייע בבדיקת העובדות.
ב-27 בפברואר הגישה החברה תביעת לשון הרע בסך מיליון ש"ח נגד "כלכליסט" וראשיו יואל אסתרון וגלית חמי. בכתב התביעה מכחישה החברה רבות מהטענות שעלו בעניינה בפרסומי "כלכליסט" וטוענת כי "דומה שלא מדובר בתחקיר עיתונאי אלא בפרסום חד צדדי, מוטה וכוזב". מערכת "כלכליסט" הגיבה על כך: "אמת דיברנו. התביעה לא תרתיע אותנו מהמשך הדיווחים על קבוצת NSO. אנחנו מתכוננים לניהול המשפט ללא פשרות עד להכרעת בית המשפט וחשיפת האמת."
תגובות והשלכות הפרשה.
רוני אלשיך, שהיה מפכ"ל המשטרה בשנים 2016–2018, אמר שלתמונה שצוירה באמצעי התקשורת אין אחיזה במציאות. ב-16 בפברואר מסרה הפרקליטות לבקשת בית המשפט את תוצאת הבדיקה שעשתה, וטענה שהחריגות נמצאו רק בפריצה לטלפונים ניידים אצל שלמה פילבר מנכ"ל משרד התקשורת לשעבר שנתונים מהטלפון שלו נלקחו, ונעשה ניסיון שלא צלח אצל איריס אלוביץ', כל זאת לאחר קבלת צו האזנה משופט.