מקובל לראות באיסוף המודיעיני פעולה חשאית בעיקרה אשר חלק מכריע מעיסוקה בנושאים שהשתיקה יפה להם. עם זאת, לאמיתו של דבר, חלק גדול מהמודיעין (בעיקר בתחום המדיני) מופק ממקורות מודיעין גלויים. האוסינט (OSINT, קיצור של Open Source Intelligence) הוא מודיעין המופק ממידע גלוי אשר לא ננקטו כל צעדים כדי למנוע הגעתו לידיים זרות, כגון שידורי רדיו וטלוויזיה, עיתונות כתובה ומקוונת ופרסומים אחרים, נאומי מנהיגים וכדומה. בהיבט הצבאי עשויה מידת מהימנותן של ידיעות ממקור מידע כזה להיות נמוכה, שכן יעד המודיעין מודע לכך שהמקור גלוי ועשוי לנצל אותו לשם הטעיה, אך במקרים רבים (בעיקר של מידע מדיני) נודעת חשיבות גדולה דווקא לפרסום עצמו, שכן נאומו של מנהיג זה או אחר, המיועד להישמע, מבטא במקרים רבים את כוונותיו של אותו מנהיג המעוניין לשדר מסרים כלשהם ליריביו, לעולם הרחב ואף לעמו שלו. מידע זה הוא מסווג במידת מה, וזאת מחמת חשיפתו של הצי"ח על פיו נאסף החומר. שיטות עבודה דומות נהוגות גם במודיעין עסקי.
על אף שקיים מידע, לעיתים בעל ערך רב, המופק ממודיעין גלוי, הרי שעיקר ייחודו של המודיעין הוא ביכולות מודיעין המופק ממקורות שאינם גלויים. מידת המהימנות של ידיעות מסוג כזה גבוהה יותר, שכן היעד אינו מודע לזמינות המקור. הסודיות של ידיעות ממקור מידע כזה גדולה יותר, מאחר שאם ילמד היריב על קיום המידע אודותיו, עשוי הוא להקיש מכך על יכולות איסוף המודיעין של היריב ולנקוט אמצעי הגנה אפקטיביים יותר או, לחלופין, לנצל זאת לצורך הטעיה.
בשנת 2013 חשף ה-NSA מדריך משנת 2007 אשר שימש אותו להכשרת סוכני הוובינט (אוסינט מבוסס אינטרנט) המופעלים על ידיו.
מודיעין אותות (סיגינט).
מודיעין אותות, או סִיגִינְט (SIGINT, קיצור של Signals Intelligence) הוא שם כולל למודיעין המבוסס על האזנה לאמצעי תקשורת ולגלים אלקטרומגנטיים המשמשים להעברת מידע או הפעלת מערכות צבאיות. במודיעין המערבי נודעת חשיבות הולכת וגדלה לאיסוף הסיגינטי ונראה כי זה מהווה בסיס עיקרי בפעולותיו של המודיעין המודרני. חסרונותיה המרכזיים של צורת איסוף זו הן בעלויות הגבוהות הנדרשות לצורך אחזקתה כמו גם בחוסר היכולות לתחקר את מבועי המידע.
תחום זה כולל שתי צורות איסוף עקריות:
איסוף מודיעין אותות יכול להיעשות ממגוון פלטפורמות:
במקרים רבים עשוי היריב להשתמש בתקשורת מוצפנת. ייעודה של ההצפנה, למנוע את יכולת פענוח ההודעות שנמסרות אף אם אלו יורטו (ביטחון מידע). לפיכך, ניסו גורמי מודיעין לאורך ההיסטוריה לפצח את הצופן על מנת למצוא את תרגומן הנכון של הודעות אלו (אשר הצפנתן עשויה להעיד על חשיבותם הגדולה בראייתו של היריב).
מודיעין חזותי (ויזינט).
מודיעין חזותי, או ויזינט (VISINT, קיצור של Visual Intelligence), הוא מודיעין המתמקד במידע חזותי. מקורות נפוצים למודיעין חזותי הם:
המודיעין החזותי מספק 'תמונה עדכנית מהשטח', מאפשר מעבר לניתוח הפריטים המופיעים בצילום, כולל הסקת מסקנות גאוגרפיות וגאולוגיות לגבי פני השטח, הקרקע וכדומה.
מודיעין חזותי בזמן אמת מאפשר גם איכון של המטרות וסגירה מהירה של מעגל ירי כאשר המודיעין מסמן את המטרה ואילו גורמי האש (בעיקר חיל האוויר, ארטילריה או צלפים) מבצעים תקיפה מדויקת שלה. דוגמה לשימוש בוויזינט וסגירת מעגל ירי בזמן אמת היא הסיכול הממוקד של מייסד חמאס, אחמד יאסין, שאותר על ידי כלי טיס בלתי מאויש בעת שיצא ממסגד וחוסל תוך דקות ספורות בידי מסוק אפאצ'י של חיל האוויר הישראלי שירה טיל מדויק אל עבר המטרה שסימן לו הכטב"ם.
מודיעין אנושי (יומינט).
מודיעין אנושי, או יוּמִינְט (HUMINT, קיצור של Human Intelligence), הוא שם כולל למודיעין אנושי. במסגרת זו נכללים:
תחום זה נחשב לרגיש ולבעייתי ביותר מבין כל תחומי המקורות, וההפעלה בו מורכבת ביותר. למרות זאת, התמורה שמקבלים מהפעלה נכונה של יומינט היא עצומה ועומק החדירה שאפשר להשיג הוא כמעט בלתי מוגבל. לכן, למרות הבעייתיות והסיכון, ארגוני ביון רבים בעולם משתמשים בטכניקה זו אימתי שאפשר.
דוגמה ליומינט הוא המרגל הישראלי אלי כהן שהופעל בדמשק ואסף מידע על ביצורי הסורים ברמת הגולן. מנגד, ישראל בר היה מרגל סובייטי שנהפך לאחד האנשים הקרובים ביותר לדוד בן-גוריון. דוגמה נוספת היא שירות הביטחון הכללי אשר התמחה בהפעלת סוכנים, מודיעים וסייענים - דבר שהתבטא במודיעין רב ואיכותי שאפשר סיכול של מספר רב של פיגועים במהלך האינתיפאדה השנייה, כמו גם סיכולים ממוקדים (כלומר: הריגתם וחיסולם) של בכירים רבים בארגוני הטרור.
המעגל המודיעיני.
תפיסה מקובלת לחיבור בין שתי דיסציפלינות: בין מחקר – תהליך המתבצע על ידי "חוקרים", לבין איסוף מידע מבצעי המתבצע על ידי 'קמנ"י הכוונה'. מטרת החיבור הוא יצירת שלם מודיעיני המכונה "מעגל המודיעין". מדובר בתהליך מחזורי ובעל מספר שלבים מובחנים, עליהם אחראי כל גוף בנפרד, ללא מקום למעורבות של גוף אחד בעולמו של האחר.
השמת התפיסה.
העבודה המודיעינית הוא תהליך החוזר על עצמו, אשר לו כמה שלבים ברורים ומובחנים זה מזה: איסוף ידיעות, עיבוד ידיעות (כלומר מחקר) והפצת המודיעין המוגמר לצרכנים השונים. המימוש המבני של תפיסה זו התבצע, עם הקמתו של אגף המודיעין בצה"ל, בהפרדת המפעל המודיעיני לגופי האיסוף וגופי המחקר, כאשר בין גופים אלה מתווך ענף איסוף המכוון את פעולות סוכנויות האיסוף, בלי לפקד עליהן במישרין, על ידי שהוא מרכז את צורכי מדורי המחקר ומעביר אותם בצורה מרוכזת לגורם האיסופי הרלוונטי. ההיגיון של "מעגל המודיעין" הוא ארגון העשייה המודיעינית לפי כללים ברורים, תוך זרימה חד-כיוונית של המידע: המחקר שולח לאיסוף את שאלות הצי"ח (ציון ידיעות חיוניות), האיסוף שולח חזרה למחקר את התשובות, ללא מקום רב למעורבות של אחד מהצדדים בעולמו של האחר, וכמעט ללא צורך באזורים משותפים של שיח לפיתוח ידע. המידור שבין גופי המחקר והאיסוף נועד להבטיח ש"כל אחד יעשה את העבודה שלו" ולא "יפריע" לעבודה של יתר מרכיבי המערכת או יוטה על ידם.
רבים מהארגונים המודיעיניים, בישראל ומחוצה לה, אכן אורגנו על פי רעיון מכונן זה שבבסיסו תפיסה מבדלת, היוצרת לא רק התמחויות שונות, אלא גם הגיונות ודגשים שונים לכל אחד מהשלבים.
פרדיגמת המעגל המודיעיני.
פרדיגמה היא תפיסת עולם הקובעת את הפרספקטיבה המושגית, וממנה נגזרים המבנה וההיגיון של התפקוד הבסיסי של רכיבי המערכת. הפרספקטיבה מבוססת על מוסכמה חברתית וארגונית שקובעת את יחסי הגומלין בין הגורמים השונים, וכן מסבירה ומפרשת את הסביבה שבה הפרט והארגון פועלים.
על "מעגל המודיעין" נמתחת ביקורת כבר שנים ארוכות, בטענה כי לא רק שאינו מתאר את התהליך המודיעיני במציאות - הוא גם שגוי מבחינה תפיסתית. הטענה היא שההבחנה הבסיסית בין האיסוף לבין המחקר היא מלאכותית, וכי למעשה, כולם שותפים בפיתוח הידע על האויב והסביבה. צוותים משותפים לאיסוף ולמחקר, שהוקמו לאורך השנים והשיגו הישגים מוכחים, הובילו לתחושה כי ההפרדה העומדת בבסיס "מעגל המודיעין" שגויה מיסודה, וכי יש ערך רב לשילוב בין האיסוף לבין המחקר בפעילויות משותפות.
אתגרים במימוש תפיסת "המעגל המודיעיני" בעקבות הפרדיגמה.
בהקשר הצבאי מקובל להצביע על ה"מהפכה" בעניינים צבאיים (RMA) כמהפכה המרכזית של עידן המידע אשר שינתה מבחינה תפיסתית את האופן בו צבאות נלחמים. בהקשר המודיעיני, המודיעין בעולם הישן נוהל ישירות על ידי מצביאים. כך היה משה בפרשת המרגלים בתנ"ך וכך היה גם נפוליאון. במסגרת פרדיגמה זאת, המודיעין התבסס על יחסי אמון בין המנהיג ובין המרגלים האנושיים אותם הפעיל. פרדיגמה חדשה התבססה בעידן התעשייתי, שהביא, בין היתר, להמצאתם של הטלגרף ושל מכשירי הקשר האלחוטיים. פרדיגמה זאת שמה במוקד את היכולת לאסוף אותות ולפענח אותם (ה"אניגמה", כמפעל המודיעיני המרכזי במלחמת העולם השנייה, היא דוגמה מייצגת לכך). הפרדיגמה החדשה מחייבת הקמת ארגון מודיעיני מקצועי יותר, שלא יתבסס רק על קשר ישיר עם המצביא. כך התפתח מקצוע המודיעין ברמה המדינתית.
אתגר המתח שבין התמחות מקצועית דיסציפלינרית לבין שילוביות, שנוצל לאור התובנה כי "האופן המסורתי לשילוב המקורות שוב אינו מספיק", וכי ההסתרה, הביזור וההגנה על הסודות מצד האויב, לצד הדרישה לרזולוציה גבוהה ומידיות המודיעין, מחייבים פיתוח שיטה חדשה של "היתוך יעיל, מהיר ובהיקף נרחב של מקורות האיסוף השונים לתמונה כוללת". זאת, תוך שימור "המקצועיות העצומה של מערכי האיסוף הדיסציפלינריים" לצד "היתוך מידע ושבירת חומות ארגוניות".