באוקטובר הכריזה ממשלת המנדט על הוועד הערבי כארגון בלתי חוקי, ועצרה בירושלים את מנהיגי הוועד. אולם המנהיג המופתי אמין אל-חוסייני הסתתר בהר הבית, ולאחר שבועיים הצליח לברוח לנמל יפו ומשם אל מחוץ לארץ ישראל. באותו חודש הותקפו מכוניות בדרכן ליישוב היהודי במוצא וביום 15 באוקטובר הותקף קיבוץ רמת רחל. ב-21 באוקטובר 1937 הותקף ביריות ד"ר אבינועם ילין ונפטר מפצעיו ב-22.
ביום 9 בנובמבר 1937, נרצחו 5 יהודים חברי גרעין "במעלה" של תנועת גורדוניה במהלך סלילת דרך בהר הרוח על שמם הוקם בשנת 1938 קיבוץ מעלה החמישה.
ב-17 באוקטובר 1938 תקפו ערבים את תחנות המשטרה בעיר העתיקה, גירשו את הבריטים, נעלו את שערי העיר והניפו את דגלם מעל שער שכם ומגדל דוד. ביום 19 באוקטובר תקף הצבא הבריטי את עמדות המורדים ולאחר קרבות עזים הצליח לתפוס מחדש את העיר העתיקה ולהדוף את המורדים.
מלחמת העולם השנייה.
מארץ ישראל וירושלים נחסכו - באופן ישיר - מוראות מלחמת העולם השנייה. מטה ומרכז המאמץ המלחמתי הבריטי היה בקהיר וארץ ישראל שימשה בסיס עורפי. בירושלים עברו אנשי צבא בריטי רבים, מכל רחבי האימפריה הבריטית, בדרכם לשדה הקרב. חלק מאנשי הצבא שוכנו במחנה אלנבי אשר הוקם בצד דרך חברון בדרום העיר ובמחנה נוסף שנקרא אל עלמיין ונבנה בסמוך על דרך בית לחם.
למרות השלטת משטר צנע על ידי השלטונות הבריטיים, זכתה העיר בתקופת מלחמת העולם השנייה לפריחה כלכלית, וזאת בגלל הביקוש לידיים עובדות, לשירותים ולמוצרים. כך למשל, הושקע הון רב בהקמת המחנות, בבניית ביצורים ובניהול תנועה הבלתי פוסקת של חיילים דרך העיר, הלבשתם והזנתם.
המושבה הגרמנית שינתה את פניה בשנות התקופה. ערב מלחמת העולם השנייה גילו רבים מצאצאי הטמפלרים הגרמנים, מייסדי המושבה, אהדה למשטר הנאצי, וממילא נחשבו בעיני השלטונות הבריטיים כנתיני אויב וגיס חמישי. הם הושמו בהסגר, ומאוחר יותר הוגלו לאוסטרליה ובבתיהם התגוררו משפחות של פקידים וקצינים בריטיים. הבריטים גם תפסו מבנים בבעלות איטלקים וגרמנים, הכריזו עליהם רכוש אויב והחרימו אותם לטובת המאמץ המלחמתי. כך הפך בית החולים האיטלקי למפקדה של חיל האוויר המלכותי. במקום הוקמו משרדים ובצמוד אכסניה לחיילי היחידה ובית חולים צבאי. במגרש שמאחורי הבניין (במקום בו בנוי בניין לב רם), הוקמו מגרשי טניס לשימוש מפקדת חיל האוויר. מתחם בית היתומים שנלר הוחרם אף הוא והפך למחנה הצבא הבריטי המרכזי בירושלים.
לאחר מותו של ראש העיר מוסטפא אל-ח'אלידי ב-1944, חברי המועצה היהודים תבעו את מינויו של ממלא-מקומו דניאל אוסטר לראשות העיר. אולם החברים הערבים דרשו שתישמר ערביותה של ירושלים. הם דחו את ההצעה הממשלתית לחילופים בראשות העיר, ולעיר מונתה ועדה קרואה.
מאבק המחתרות היהודיות.
בירושלים שכנו מרכזי השלטון הבריטי ומספר רב של מטרות מושכות למחתרות היהודיות במאבקם כנגד ממשלת המנדט הבריטי ומדיניות הספר הלבן. פעולות המחתרות היהודיות בירושלים כללו, בין השאר, מתקפות כנגד משרדי הבולשת בירושלים, את פיצוץ מלון המלך דוד, שהיווה סמל לשלטון המנדט, תקיפת האצ"ל את בניין הצבא ומשרדי המפקדה במחנה שנלר בירושלים, ופיצוץ מועדון הקצינים (בית גולדשמידט), אשר שכן באחד מאזורי "בווינגראד" השמורים שבירושלים, בה נהרגו 17 איש, בהם קצינים בכירים בבולשת.
פעולות אלו של המחתרות היהודיות הביאו להקמתן של אזורי ממשל מבוצרים בירושלים. ב-27 בנובמבר 1945, הוקם בווינגרד שהפך לשממה את האזור המסחרי השוקק ביותר של ירושלים היהודית. אזור מסחרי חלופי התפתח במהרה במעלה רחוב יפו.
לאחר מכן, ובעקבות המשך המתקפות של האצ"ל והלח"י עליהם, הקימו הבריטים בפברואר 1947 מספר אזורי ביטחון נוספים:
תחילת מלחמת העצמאות.
מיד עם החלטת העצרת הכללית של האו"ם ב־29 בנובמבר 1947 ("כ"ט בנובמבר") על תוכנית החלוקה, החלה תסיסה ברחבי כל הארץ, וירושלים בכלל זה. ב-30 בנובמבר פרצו מהומות דמים. החללים הראשונים בצד היהודי, היו 5 מנוסעי אוטובוס 2094 שעשו דרכם מנתניה לירושלים. בערבו של אותו יום, נערכה התקפה הראשונה בירושלים, בשכונת שייח' ג'ראח על אוטובוס בקו מס' 9 ובו תשע אחיות ונהג של חברת המקשר שנסע מירושלים להר הצופים. למחרת, ב-1 בדצמבר, הכריז הוועד הערבי העליון על שביתה כללית ברחבי הארץ, ומנגד, בפיקוד "ההגנה", שקיבל ידיעות על תוכניות לפגוע ביהודים באזור שער יפו, הכריזו על מצב כוננות כללי בעיר. ההיתקלות הראשונה בין יהודים לערבים בעיר התרחשה למחרת, בעת ההתקפה על המרכז המסחרי בממילא. מכאן ואילך, התנהלה הלחימה בעיקר בהתקפות ירי וצליפות ובהחדרת מטעני נפץ והיא שיתקה את המסחר, החינוך ואת החיים התקינים בירושלים, כדברי זאב וילנאי: "ירושלים הפכה לשדה קרבות וגיא הריגה". מסיבות שונות איבדו הבריטים עניין בגורל התושבים, וכל מעייניהם היו נתונים לביצוע נסיגה מסודרת. ירושלים גלשה לתוהו ובוהו של מלחמת אזרחים. אספקת המים התדלדלה ולבסוף הופסקה, ואספקת החשמל הופסקה אף היא מחמת מחסור בדלק.
הכוחות הערבים הבלתי סדירים ניסו להשתלט על צירי התנועה, לשם מניעת מעבר מזון ותרופות ליישובים. הדרך לירושלים וממנה נחסמה ונפרצה לסירוגין על ידי לוחמי חטיבת הראל של הפלמ"ח ואחר כך צה"ל. נשלחו שיירות אל העיר שהביאו אספקה ומזון והותקפו על ידי כנופיות חמושות מאזור שער הגיא. הותקפו גם שיירות שיצאו מהעיר, ובהן שיירת העשרה, שהובילה אספקה מירושלים ליישובי גוש עציון ב-11 בדצמבר 1947, ועשרה מאנשיה נרצחו במארב. בתוך העיר נותקו אזורים ושכונות יהודים בירושלים המערבית. כך נותק הקשר עם הר הצופים לאחר ההתקפה על שיירת הדסה ב-13 באפריל 1948.
ב-2 בפברואר 1948, התפוצצה ליד מערכת העיתון פלסטיין פוסט ברחוב הסולל 9 (רחוב "חבצלת") מכונית תופת שאותה הובילו, ככל הנראה, שוטרים בריטים. שלושה אנשים נרצחו ושלושים נפצעו, ולבניין העיתון נגרם נזק רב, אולם הוא לא התמוטט. זאת משום שהקבלן שבנה אותו, שש שנים לאחר רעידת האדמה של שנת 1927 (תרפ"ז), שהייתה בעוצמה של 6.25 בסולם ריכטר, חיזק אותו במיוחד ביסודות ובקירות. חרף הנזק הרב הצליח העיתון לצאת לאור למחרת.
ב-22 בפברואר 1948, כחלק מהפיגוע ברחוב בן יהודה, נכנסו משאיות עמוסות בחומר נפץ, נהוגות בידי עריקים של הצבא הבריטי אל רחוב בן-יהודה, ולאחר נטישתם הופעלו המטענים. פיצוץ התרחש בשעה 6:30, ונפגעו המבנים הבאים: מבנה ארבע קומות של "מלון אטלנטיק", נזק כבד נגרם למלון אמדורסקי, לבית בנק קופת עם ולבית וילנצ'וק הסמוך. מהדף הפיצוץ נמעך גג "קולנוע אוריון" וזכוכיות נופצו בכל רחבי העיר, בשכונות רחביה, גאולה, מקור ברוך ומחנה יהודה. לאחר 36 שעות של פינוי ההריסות, נאספו למעלה מ-140 פצועים ו-49 חללים.
ב-11 במרץ 1948, נכנס נהג הקונסוליה האמריקאית בירושלים, לחצר בית המוסדות הלאומיים ונטש את הרכב לאחר הפעלת מנגנון השהיה. בפיצוץ התמוטטה הקומה השנייה של אגף קרן היסוד, 12 מעובדי הבניין נרצחו, ובהם גם מנהל קרן היסוד לייב יפה, ו-44 נפצעו. לאחר הפיגוע שוקם המבנה, וסביבו הוקמו גדרות ברזל וחומות ברזל. הרחבה הפכה למגרש חנייה סגור.
האלימות ומעשי האיבה לא פסחו על ירושלים הערבית וב-5 בינואר 1948 פוצצו אנשי ההגנה את מלון סמירמיס, מלון בן שלוש קומות שפעל בתקופת המנדט בשכונת קטמון בירושלים, בפיצוץ נרצחו 26 איש וכ-60 נפצעו, רובם בני משפחת אבו סואן הנוצרים בעלי המלון וקרובי משפחתם, נשים וילדים, וכן סגן הקונסול הספרדי בירושלים שהתגורר במלון.
בעקבות שמועות שהבריטים מתכוונים לפנות את ירושלים מוקדם מהצפוי, הוציאה ההגנה לפועל את מבצע יבוסי בין 22 באפריל ו-4 במאי 1948, במטרה להשתלט על ירושלים וסביבותיה. רב פעולות המבצע נכשלו, אולם בעקבות קרב סן סימון השתלט ההגנה על שכונת קטמון ודרום ירושלים ותושביה הערבים נמלטו ממנה. ב-13 במאי השתלט ההגנה על האזורים הבריטיים של ירושלים, במבצע קלשון.
עזיבת הנציב העליון את ירושלים.
ביום ה' באייר תש"ח, (14 במאי 1948) יצאה שיירה צבאית גדולה מארמון הנציב, מלווה במטוסי ספיטפייר של ה R.A.F ונעה על כביש ירושלים רמאללה לעבר שדה התעופה עטרות. בשיירה היו פקידים רמי דרג של המנדט ובראשם הנציב העליון הבריטי האחרון סר אלן קנינגהאם עלה על מטוס נוסעים, וטס לחיפה. שם עלה על ספינה וסיים את שלטון המנדט הבריטי על ארץ ישראל.
סדרי שלטון.
הממשל הצבאי (1917–1920).
עם תום מלחמת העולם הראשונה התמנה סר רונלד סטורס, פקיד קולוניאלי בריטי בכיר, כמושל הבריטי הראשון של ירושלים במסגרת ממשל צבאי שהוכרז לאחר תום המלחמה. עם כניסתו של סטורס לתפקידו הוא הופתע ממצבה הפיזי של ירושלים, ובעיקר הביע תסכול ממצב הבנייה סביב חומות העיר העתיקה בפרט, ולחוסר התכנון והאנרכיה שאפיינה את הבניה בירושלים בשנות השלטון העות'מאני בכלל. לפיכך הוציא סטורס מספר פקודות, צווים מנהליים ותקנות הנוגעות לבנייה בירושלים, ועל מנת לסייע בגיבוש תוכנית מקיפה לבנין העיר יזם את הקמת האגודה למען ירושלים (Pro Jerusalem Society). מטרותיה היו שימור ערכיה המיוחדים של העיר, הגנה על מבנים היסטוריים ועתיקות וכן הקמת מבני ציבור, מוזיאונים, ספריות וגלריות. באגודה השתתפו נציגים מכל העדות הדתיות בירושלים.
עם צאתו מן הארץ בשנת 1926 כתב סטורס על רגשותיו:
הממשל האזרחי (1920 ואילך).
עיריית ירושלים.