ביוני 1957 ניצחונו של דיפנבייקר במפתיע בבחירות הכלליות, נישא על גל רצון לשינוי ותוך הצטיינותו בנשיאת נאומים. הרוב לו זכה היה דחוק ביותר ולמעשה, בשל שיטת הבחירות, נבחר על ידי מיעוטם של האזרחים. עם למעלה מ-60 חברים שמרנים חדשים בבית הנבחרים, דיפנבייקר בחר בקבינט שלו לגמרי מתוך חברי הפרלמנט. בחודש שלאחר הקמת הקבינט דיפנבייקר מינה את השר הראשון שלו שמקורו מחוץ לבית הנבחרים כשסידני ארל סמית', אז נשיא אוניברסיטת טורונטו, הפך לשר לענייני חוץ. ג'ורג' אלכסנדר דרו מונה לנציב העליון הקנדי בלונדון. בימיו הראשונים של ממשלו התחייב דיפנבייקר להפנות 15 אחוזים מכלל מסחר החוץ של קנדה מארצות הברית לבריטניה. ההבטחה תישאר בלתי ממומשת למרות מאמצי הממשלה המתמשכים להפחית את התלות בשוק האמריקאי ולקדם את הסחר עם חבר העמים הבריטי. הממשלה החדשה המשיכה באומץ עם תוכנית חקיקה שאפתנית של תמיכה ממשלתית במחירי ייצור חקלאי, הלוואות לדיור, סיוע לפרויקטים לפיתוח ברחבי הארץ, הפחתות מיסים והעלאת פנסיות הזקנה ומשכורות עובדי המדינה. סקרי דעת הקהל הראו תמיכה חזקה בממשלה החדשה בתחילת דרכה.
דיפנבייקר הואשם במהרה בניהול ממשלה של איש אחד. האשמה הזו הייתה נכונה במובן זה שניצחונותיו בבחירות והמערכת הפוליטית מיקדו את תשומת הלב הציבורית להנהגתו, מצב שאיפשר האשמות של האופוזיציה בפופוליזם, אך לא נכונה כתיאור של תהליך השלטון. בתקופת פעילותו באופוזיציה הוא היה מתבודד בוועידות השמרניות ובהיותו בהנהגה התגאה בנוכחותו השולטת. הוא נטה לחוסר אמון ביועצים קרובים ולא היה בנוח עם הממונים האינטלקטואליים שלו - אם כי הסתמך רבות על פקיד המועצה הסמויה, רוברט ברוטון ברייס. לא הייתה לו כל נטייה לקדם במערכת הפוליטית יורשים פוטנציאליים. לאורך כהונתו הוא קיים ישיבות קבינט אינסופיות בחיפוש אחר קונצנזוס עם שאר חברי הממשלה, עיכב החלטות מחוסר וודאות (בהיעדר משבר או מצב חירום שדחק אותו למהר) והותיר את שריו לנהל את מחלקותיהם בחופש פעולה יוצא דופן. דיפנבייקר לא היה מעצב מדיניות נרחבת ולא מתפשר מיומן, והעדיף את הוויכוחים הממושכים שפיתחו הצעות חוק בפרלמנט בבית על כל קידום ותיווך ארוך טווח של רעיונותיו.
בחירות הבזק 1958.
כאשר המנהיג הליברלי, לסטר בולס פירסון, העביר להצבעה הצעת אי אמון שהציעה לשמרנים להחזיר את השלטון לליברלים, דיפנבייקר ניצל את ההזדמנות לבקש את פירוק הפרלמנט לבחירות במרץ 1958. דיפנבייקר הצליח להקים ממשלת-מיעוט אך ביקש לגיטימציה של ממש ורוב מוצק. לפיכך הכריז על בחירות בזק והשתמש בהצעת אי-האמון כתירוץ לכך. ב-1958 התקיים מסע בחירות בו הציג את תוכניתו להשקעה ופיתוח בצפון המדינה. הקמפיין של דיפנבייקר משנת 1958 היה לגרסה פשוטה ושופעת יותר של קמפיין המפלגה מ-1957, הכוללת חזון חדש של האומה הכלכלית והרוחנית. הרטוריקה של דיפנבייקר תפסה את הלך הרוח הציבורי. הקמפיין שלו סחף את המדינה בגל התלהבות אופורית. הכרזות קראו לבוחרים "לעקוב אחר ג'ון". הוא זכה להצלחה הן בפרובינציות דוברות האנגלית והן בקוויבק, דוברת הצרפתית, שבה זכתה המפלגה השמרנית לראשונה לרוב מזה כמאה שנה. בבחירות אלה זכה דיפנבייקר לרוב הגדול ביותר בבחירות כלליות במדינה מאז ומעולם.
בסיומן של הבחירות השיגו השמרנים 97 מושבים נוספים, ובסך הכל ניצחו ברוב מוחץ של 208 מושבים מתוך 265 מושבים סך הכל. בין לבין השיגו השמרנים 50 מושבים בקוויבק. בנאום הניצחון שלו דיפנבייקר הכריז כי "המפלגה השמרנית הפכה למפלגה לאומית באמת המורכבת מכל תושבי קנדה מכל הגזעים המאוחדים בתפיסה של קנדה אחת." חזונו של דיפנבייקר העלה את ציפיות הציבור מעבר לאפשרות של סיפוק. היה זה באותה העת, שהיה דיפנבייקר בשיא התמיכה העממית שלו והציפיות לגביו היו בשיאן. אחת מפעולותיו הראשונות של דיפנבייקר הייתה מינויו של ג'יימס גלדסטון (בשמו המקורי אקאי-מה-מוקה), יליד-קנדי, לחבר הסנאט הקנדי. היה זה היליד הקנדי הראשון שמונה לסנאטור. אולם עיתונאי בן הזמן, פיטר ניומן כתב: "הוא הגיע לתפקיד הקשה ביותר במדינה בלי לעבוד כשכיר או כמעסיק, בלי שנאלץ לפטר או לשכור לעבודה ולו אדם אחד ובלי שניהל שום ארגון הגדול ממשרד עורכי דין למעוטי יכולת."
מדיניות חוץ.
במאי 1961 אירח את ראש ממשלת ישראל, דוד בן-גוריון. לפי דיווח העיתון "דבר" גילה דיפנבייקר התעניינות רבה בנעשה בישראל וגילה גם התמצאות בפרטים. הפגישה הייתה חלק ממהלך בו ביקש דיפנבייקר להפוך את קנדה לבעלת מעמד של מדינה פעילה בתחום המשא ומתן הבינלאומי. עוד באותו החודש נפגש דיפנבייקר גם עם יעקב הרצוג, שגריר ישראל בקנדה.
כראש ממשלה, דיפנבייקר היה להוט להשפיע על הזירה הבינלאומית באופן השווה למעורבותו של יריבו הפוליטי פירסון. בקיץ 1958 הוא אירח את ראש ממשלת בריטניה, הרולד מקמילן, ואת הנשיא האמריקני אייזנהאואר בביקורם של השניים באוטווה ובסתיו אותה שנה הוא סייר באירופה ובארצות חבר העמים באסיה. באירופה הוא זכה לפגוש בנשיא צרפת שארל דה גול, הקנצלר קונראד אדנאואר מגרמניה המערבית, וראש הממשלה עמינטור פאנפאני מאיטליה. באסיה הוא העריץ את המדיניות האנטי-קומוניסטית של מנהיג פקיסטן, איוב ח'אן ואת הריאליזם הפוליטי של ראש הממשלה ג'ווהרלל נהרו מהודו, תוך שהוא מתריע מפני הנייטרליות של ראש הממשלה סולומון בנדרנאיקה מסרי לנקה. דיפנבייקר נשא נאום מרכזי בפני האספה הכללית של האומות המאוחדות ב-26 בספטמבר 1960, והוקיע את ברית המועצות על עריצותה הפנימית, על הקולוניאליזם הגס שלה במזרח ומרכז אירופה ואיומיה על הגוש המערבי. הנאום עורר שבחים מצד מנהיגים מערביים אחרים.
ארצות הברית: אייזנהאואר וקנדי.
ההחלטות הראשוניות של ראש הממשלה במדיניות החוץ והביטחון, לעומת זאת, התקבלו בביטחון ובהחלטיות. הם היו מעורבות ביחסי ההגנה והביטחון המשותף של קנדה עם ארצות הברית, ונוצרו באווירה של לבביות עם הממשל האמריקני של הנשיא דווייט אייזנהאואר. דיפנבייקר היה שותף לאייזנהאואר והדגיש את האיום מצד ברית המועצות במהלך המלחמה הקרה. ההחלטות צמחו באופן טבעי משיתוף הפעולה בין הממשלה הליברלית הקודמת לבין ארצות הברית והגבירו את המעורבות הקנדית במערכת הצבאית האמריקאית. ביולי 1957 דיפנבייקר ושר הביטחון פירקס - שפעלו ללא התייעצות הקבינט - חייבו את קנדה להשתתפות בהסכם ההגנה האווירי של אמריקה הצפונית, המכונה NORAD. ממשלו של דיפנבייקר החל כאשר כבר היו איתותים על משבר כלכלי, שנבע לטענתו מן הממשל הקודם, המשבר החריף והעמיק בשנתו הראשונה כראש ממשלה. אחת מההחלטותיו השנויות ביותר במחלוקת הייתה ההחלטה לקצץ בתקציב הביטחון והמחקר ולבטל את פרויקט הדגל של התעשייה האווירית הקנדת, מטוס ה-אוורו קנדה CF-105 ארו שהיה לא רק הישג טכנולוגי מרשים אלא גם בעל סמליות לאומית. הביטול שנכנס לתוקפו ב-20 בפברואר 1959 נקרא על ידי רבים עד היום "יום השישי השחור" של התעשייה בקנדה. עשרות מדענים, מהנדסים ומומחים עברו לארצות הברית שם התקבלו בזרועות פתוחות לתוכנית החלל האמריקאית ולתעשיות הביטחוניות שם.
כנשיא ארצות הברית, אייזנהאואר גילה כבוד והתחשבות מתמדת כלפי עמיתו הצפוני. נקודות חיכוך אפשריות במדיניות ההגנה המשותפת ובעניינים אחרים טופלו בוושינגטון בכבוד רצונותיה של קנדה ולעיתים באיחור קצר. בתור הפעולה הרשמית האחרונה שלו לפני שעזב את תפקידו, אייזנהאואר הזמין את דיפנבייקר לבית הלבן לחתימה חגיגית על חוזה נהר קולומביה השנוי במחלוקת ב-17 בינואר 1961. יחסיו של דיפנבייקר עם ממשלו של ג'ון פ. קנדי היו מעורערים. למורת רוחו העזה של דיפנבייקר, קנדי ​​כינה אותו "דיפנבאווקר" כשהפך לראשונה לנשיא. אף על פי שהפגישה הראשונית שלהם בוושינגטון ב-20 בפברואר הייתה לבבית באופן שטחי, קנדי ​​הביע בפני אחיו רוברט קנדי את הסתייגויותיו מפני דיפנבייקר, והממשל האמריקני התחיל כמעט בבת אחת לגלות קוצר רוח כלפי קנדה.
דרום אפריקה.
עוד באותה שנה היה מבין ראשי התוקפים את דרום אפריקה על מדיניות האפרטהייד שלה והוביל התנגדות לכניסתה לחבר העמים הבריטי. למרות דחייתו הנחרצת את מדיניות האפרטהייד בדרום אפריקה, דיפנבייקר היסס לשקול את הדרת דרום אפריקה מחברות בחבר העמים הבריטי בטענה כי אסור לחבר העמים להתערב בענייני הפנים של חבריה. הלחץ הפוליטי לפעולה התגבר לאחר הפרעות וטבח משטרתי במפגינים שלווים בשארפוויל במרץ 1960. בפגישה של ראשי ממשלת חבר העמים במאי עבד דיפנבייקר עם ראש הממשלה מקמילן כדי למנוע פיצול בין המנהיגים על רקע קווים גזעיים. הוועידה הציעה לדרום אפריקה זמן לשנות את מדיניותה על ידי הסכמה כי במקרה שהיא תבחר להיות רפובליקה במקום איחוד דרום אפריקה הנתון למלוכה הבריטית, היא תצטרך לבקש הסכמה מחברי חבר העמים האחרים לקבלה מחדש לחבר. כאשר האוכלוסייה הלבנה בדרום אפריקה הצביעה באותו אוקטובר לטובת רפובליקה, הודיע ​​ראש הממשלה הנדריק פרוורד כי יבקש להמשיך בחברות בקהילת חבר העמים בפגישה במרץ 1961. דיפנבייקר הגיע לאותה פגישה כשהוא נושא דעות חלוקות על דרום אפריקה, חלק מיועציו קראו להדיר אותה, חלקם קראו לחידוש חברותה יחד עם הצהרת חבר העמים על שוויון גזעי, ואחרים תמכו בעיכוב נוסף. כאשר פרוורד קרא לניסוח הצהרה שתוציא את כל ההאשמות על ארצו, דיפנבייקר התייצב לצד המנהיגים הלא לבנים בדחיית ההצעה. פרוורד משך את הבקשה לעירוב דרום אפריקה בחבר העמים ועזב את הפגישה.