לצדם של הפרשים הפרסיים שירתו בצבא גם יחידות רבות של פרשים מאזורים אחרים של האימפריה. לוחמים בני סאקה (עם סקיתי) ולוחמים מבאקטריה (מזרח איראן ומערב אפגניסטן של היום) מוזכרים במקורות. הפרשים הבאקטרים היו ידועים באומץ לבם והיו המרכיב הלא פרסי החשוב ביותר בצבא הפרסי. פרשים אלה נלחמו עם כלי הנשק המסורתיים שלהם. הפרשים הסקיתים כללו מגוון רחב של סוגי לוחמים, החל מפרשים כבדים ועד לפרשים קלים. הבאקטרים שיתפו פעולה עם הסקיתים בקרבות והפעילו בעיקר קשתים רכובים ופרשים קלים אחרים.
אל הפרשים התווספו מדי פעם יחידות של מרכבות חרמש, אך יעילותם הקרבית הייתה נמוכה. המרכבות היו חשופות לפגיעה והצטיינו בקרב בעיקר אם שיתפו פעולה באופן יעיל עם הפרשים. תיאום זה היה מורכב, ללא אמצעי קשר מודרניים, ולפיכך פעמים רבות הסתיימו ההתקפות שיזמו מרכבות החרמש בתבוסת התוקפים.
רגלים.
לאחר קרב קונקסה השתמשו הפרסים בשכירי חרב יוונים רבים, בעיקר הופליטים. אלה גויסו במערב והוצבו לרוב במחוזות המערביים, כיוון שדי היה בחיילי הספרברה כדי לטפל במאבק מול חיל הרגלים האסיאתי, שלא כלל יחידות כבדות. הפרסים נקטו באמצעי זהירות והעדיפו שלא לגייס שכירי חרב מקרב בני העמים הכבושים, כדי להקטין את הסכנה למרד. לכן, הגיוס בוצע באזורים שטרם נכבשו על ידי האימפריה. במחוזות המזרחיים התבססו על גיוסם של בני סאקה ושבטים הודים לוחמניים. לצדם של שכירי החרב היוונים שירתו גם שכירי החרב האסיאתיים.
במקרים שבהם גויסו שכירי חרב מקרב בני העמים הכבושים, הם שירתו בחיל הטקברה (takabara). אלה נלחמו במערך המוכר האופייני לאזור שממנו גויסו הלוחמים, כלומר, היה להם ציוד שהכירו זה מכבר והם נקטו בשיטות המסורתיות שלהם, ללא ניסיון ליצור אינטגרציה בינם לבין הלוחמים מהמוצא הפרסי. כיוון שחימושם היה קל בדרך כלל, התקשו להתמודד עם הפלנקס היווני הכבד.
אליהם התווספו הקרדקים, שחומשו בדומה לחיל רגלים פרסי טיפוסי. על פי המקורות, תפקידיהם אינם נהירים דיים. אריאנוס ציין שהם היו דומים להופליטים, אם כי ניכר שחימושם היה קל יותר. חימושם ואימונם אינם ודאיים, אם כי סטראבון ציין שהם זכו לאימון מסודר וכן שהורכבו מצעירים בעלי כושר גופני גבוה. נראה כי היו חלק מהצבא הסדיר ולא חלק מגיוס אד הוק שבוצע לקראת מלחמה.
לאימפריה הפרסית היה צי חזק שהורכב מציים של העמים הכבושים. המרכיב החשוב ביותר בצי זה היו יורדי הים הפיניקים. בסיסם של אלה היה באזור לבנון של היום. מלבדם, תושבי אסיה הקטנה ותושבי האיים שהיו בשליטת הפרסים סיפקו אף הם אוניות לצי הפרסי. טיפוסי האוניות שהיו בשירות הצי הפרסי היו דומים לאלה של היוונים וכך גם הטקטיקה. הפיניקים היו יריביהם המסורתיים של היוונים ובדרך כלל נלחמו באומץ לצדה של פרס, אך בעשור שקדם לפלישה, דיכא ארתחששתא השלישי בצורה אכזרית את המרד בצידון, אחת הערים החשובות בחוף הפיניקי והיא עברה ברצון לצדו של אלכסנדר לאחר התבוסות הפרסיות הראשונות. ערים רבות הלכו בעקבותיה ורק צור שמרה על נאמנותה לכתר הפרסי.
במלחמה נהנה הצי הפרסי מיתרון מספרי גדול על הצי היווני-מוקדוני שגייס אלכסנדר הגדול (כ-400 אוניות לעומת 160). הפרסים עשו שימוש התקפי בצי שלהם, פלשו לאיים יוונים רבים וניסו לשתק את אספקת הדגן ליוון. כמו כן, השתמשו הפרסים בשליטתם בים כדי לנסות להפיח את רוח המרד ביוון כנגד השלטון המוקדוני. בנוסף, חרף הבעיות עם הפיניקים, הנאמנות של הצי לאימפריה הפרסית הייתה בכל זאת גדולה יותר מאשר הנאמנות היוונית לאלכסנדר – היוונים שולבו בכוח הזרוע זה מכבר באימפריה המוקדונית. באתונה, שסיפקה את רוב כוחו של הצי, היו הרגשות הפטריוטיים חזקים במיוחד ואלכסנדר לא יכול היה לסמוך על נאמנות בעלות בריתו הימיות, במיוחד שהוא לא פיקד עליהם בעצמו.
בהמשך המלחמה, איבוד בסיסי הצי באסיה הקטנה ויותר מכך בלבנון, סתמו את הגולל על הצי הפרסי והשליטה בים התיכון עברה באופן סופי לצי היווני-מוקדוני.
הלוחמה הפרסית.
הצבא הפרסי היה מאורגן בשיטה העשרונית. היחידה הגדולה ביותר הייתה קורפוס (baivarabam) בן 10,000 חיילים שחולק לעשר חטיבות (hazabaram) בנות 1,000 לוחמים כל אחת. כל חטיבה חולקה לעשר פלוגות (satabam) בנות 100 לוחמים כל אחת וכל פלוגה לעשר כיתות (dathaba) בנות 10 לוחמים כל אחת. לא תמיד הקפידו על מספרים אלה והיו מקרים רבים שבהם מספר החיילים בפועל נפל בהרבה מהמצבה המלאה. אמנם הצבא חולק ליחידות משנה, אך יחידות אלה לא היו בסיס לעוצבות טקטיות עצמאיות שיכולות לפעול במנותק מהצבא העיקרי. כך נמנעה מהפרסים גמישות טקטית חשובה שאפיינה את הצבא המוקדוני-יווני.
המערך הטקטי העיקרי של חיל הרגלים הפרסי התבסס על תיאום בין רגלים שנשאו מגן גדול שהיה קלוע מנצרים וכונה ספרברה, לבין הקשתים שהתמקמו מאחורי נושא המגן. מגן זה היה יעיל בבלימת חצים, אך לא היה מסוגל לעמוד בפני נעיצת החניתות הכבדות של היוונים. הלוחמים לבשו על גופם שריון בד מרופד בעור. גם שריון זה היה יעיל בעיקר נגד חצים והתקשה להתמודד עם שיטת הלוחמה היוונית שהתבססה על חניתות. שכירי החרב היוונים השתמשו בטקטיקת הלוחמה האופיינית להם ונערכו במערך הפלנקס.
יחידת העלית בצבא הפרסי הייתה מורכבת מפרשים כבדים. אלה נלחמו במערך צפוף ועטו שריון גוף כבד עשוי מתכת. טקטיקת ההתקפה שלהם התבססה בדרך כלל על שדרה, שיצרה תנופה בעת שהסתערו על חיילי האויב. בחלק מהמקרים, גם הסוסים היו מוגנים בשריון. הפרשים הכבדים שיתפו פעולה עם הפרשים הקלים, שהיו בין היתר ילידי האזורים המרוחקים של האימפריה הפרסית. אלה הביאו עמם שיטות לוחמה נוספות שהעצימו את כוחו של חיל הפרשים הכבד. שילוב פרשים קלים עם פרשים כבדים יצר יתרון מכריע, שבזכותו הצליחו הפרסים להביס פלישות יווניות קודמות לאימפריה.
פיקודו של הצבא הפרסי.
הפיקוד העליון על הצבא היה מופקד בידי המלך, אם הלה נכח בשדה הקרב. בעת ההיא מקובל היה שהמלך יצא בראש צבאותיו לעימותים גדולים ולא יאציל סמכות זו לאחד ממצביאיו. אם נבצר מהמלך לעמוד בראש צבאותיו מסיבה כלשהי, והמשימה הייתה חשובה די הצורך, נהוג היה למנות מצביא כלשהו למפקד העליון בשטח. לרוב, היו אלה אריסטוקרטים בכירים של הממלכה, שנמנו בדרך כלל על בית המלוכה עצמו. בקרבות נהגו מלכי פרס למקם את עצמם במרכז המערך (בניגוד למיקום באגף הימני כמקובל אצל היוונים).
הגנת הגבולות הופקדה בידי סאטרפים (מושלים), שנעזרו בקצין מקצועי בדרגת האזאראפ'אתיש (hazarpatiš - מפקד חטיבה) שפיקד על חיל המצב המוצב בסאטרפיה (aršibara). אליהם התווספו יחידות של פרשים כבדים שגויסו מקרב אריסטוקרטים פרסיים שקיבלו נחלות בסאטרפיה ושכירי חרב. מבצרים ומקומות אסטרטגיים היו תחת פיקודו של קצין בדרגת דידאפליש (didapališ), שהיה תחת הפיקוד הישיר של חצר המלוכה ולא הסאטרפ.
בתחילת העימות, נראה היה כי גבולות הממלכה בטוחים למדי ודריווש לא ראה צורך למנות מפקד עליון לזירת אסיה הקטנה. עם זאת, לאחר התבוסה בגרניקוס, דריווש פעל באופן נמרץ ומינה את ממנון למפקד העליון בזירה. לאחר מותו של ממנון, גייס במהירות רבה את צבאו ויצא בראשו לעימות יבשתי גדול נגד אלכסנדר. נראה כי האשמה בפחדנות המופיעה במקורות, הייתה תעמולה שהופנתה נגדו, כיוון שהוא עצמו היה מוכר כלוחם אמיץ, שגם במהלך העימות ניסה למצוא תשובות הולמות למהלכיו של אלכסנדר, שלרוע מזלו לא צלחו.
צבאות נוספים.
מלבד הצבא הפרסי המלכותי, נאלץ אלכסנדר הגדול להתמודד גם עם עמים ששליטת הפרסים עליהם הייתה נומינלית במקרה הטוב או לא קיימת כלל. לרוב היו אלה שבטים לוחמניים, ששכנו באזורים קשים למעבר ודלים באוצרות טבע. השלטון הפרסי לא ראה צורך לדכא אותם ולכבוש אותם בכוח הזרוע, כי לפעולה כזאת נדרש ממון רב והתועלת הייתה נמוכה. אלכסנדר, לעומת זאת, שאף לכבוש את האזורים האלה כדי להימנע מביצוע מעקפים גדולים מאוד בתוכנית המסע שלו. יתר על כן, הוא ראה חשיבות בכיבוש אזורים קשים כחלק מטיפוח תדמיתו. חימושם של הצבאות השבטיים, שגויסו מקרב הנוודים ומבני הערים, היה קל ולרוב פיקד עליהם ראש השבט או אריסטוקרט כלשהו מראשי העיר.
טקטיקת הלוחמה, שבה נקטו השבטים, התבססה על הטמנת מארבים ולא על טקטיקה מתוחכמת או שימוש בנשק מתקדם. הם נהגו להתבצר בעריהם או באזורים קשים למעבר והסתמכו בעיקר על אומץ לבם ועל היכרותם את השטח.
יוצאי דופן מבחינה זו היו תושבי העיר הפיניקית העתיקה צור – בעת ההיא, הייתה העיר החשובה ביותר בחוף הפיניקי (בשטחי לבנון המודרנית). צבאה היה גדול וממושמע. צור, שידעה בעבר תקופות של מצור, נהנתה מצי חזק שהגן עליה. בני צור שיתפו פעולה עם הפרסים והעמידו את הצי שלהם לשירות הפרסים, אך ניהלו את ענייניהם הפנימיים בעצמם. המצור על צור היה המצור הארוך והקשה ביותר מכל המצורים שערך אלכסנדר הגדול.
מהלך המלחמה.
הפלישה לאסיה הקטנה.
קרב גרניקוס.
קרב גרניקוס היה הקרב הראשון שנערך על אדמת האימפריה הפרסית, בין הצבא היווני-מוקדוני, שפלש לשטחיה בהנהגתו של אלכסנדר הגדול, לבין הצבא הפרסי. צבא הפלישה המוקדוני-יווני יצא מססטוס ונחת באבידוס. הצי הפרסי החזק לא התערב בנעשה. ככל הנראה פעולתו היעילה של פרמניון, שנחת באסיה הקטנה עוד בשנת 336 לפנה"ס, מנעה מהצי הפרסי את היתרונות החיוניים הכרוכים בעגינה ובקשר עם נמל ידידותי. אוניות הקרב העתיקות לא יכלו לשהות בים יותר מיממה או שתיים כיוון שלא הייתה להן אפשרות להצטייד במים, שכן הנמל הידידותי הסמוך ביותר היה בעיר למפסקוס (Lampsacus), שהייתה מרוחקת מדי. סיבה אפשרית נוספת לחוסר התערבות הצי בלוחמה, היא מעורבותו במרד מקומי שהתרחש במצרים.