שיאה של המגמה בא ב-2003 בפרסום מוסף שלם שהוקדש לצד החיובי של ההתנחלויות. בעקבות כך התפטרה ברעש גדול אורית שוחט מהעיתון: "משהו רע מאוד עובר על הארץ", כתבה במכתב שהופץ בין העיתונאים, "משהו משמים, בינוני, ממסדי, רדום, מובן מאליו, מתחבא מאחורי גרפים ודיאגראמות ומפות בלתי קריאות, משהו שמזכיר את הערוץ הראשון, כשההסבר למה שקורה אינו ברור. האם זה פחד? האם עצלות? חוסר כישרון? חוסר התלהבות? או מדיניות חדשה שלא הוגדרה עדיין?".
במקביל, הביע המו"ל עמוס שוקן אי נחת מהעלייה החדה בתפוצת העיתון הכלכלי "גלובס", על רקע השגשוג בהיי-טק הישראלי, והוא דרש מעורכי "הארץ" לשפר את המוסף הכלכלי של "הארץ". משלא נענו, וכאשר דחו את הצעתו להחליף את העורך נחמיה שטרסלר בעיתונאי הצעיר גיא רולניק, אישר שוקן לרולניק להקים אתר אינטרנט כלכלי עצמאי מהעיתון, TheMarker.
בעקבות הצלחת TheMarker ביקש שוקן שוב ממרמרי ומאסתרון לשלב את המערכת החדשה במערכת "הארץ", ולהוציא את תוכני האתר כמוסף יומי של העיתון. מרמרי ואסתרון התנו זאת בהעברתה של מערכת TheMarker לבניין "הארץ" המרכזי, ואילו המו"ל היה מוכן רק להעביר אותה לבניין שכן. על רקע זה התפטר מרמרי מתפקיד העורך בינואר 2004, אך נשאר לעבוד בעיתון בחדר צדדי, עד לעזיבתו הסופית בסוף 2004. הוא גולל ארוכות את מאבק הסמכויות עם עמוס שוקן בהרצאה ובמאמר בעיתונו-שלו.
בתקופת דייוויד לנדאו.
ב-12 בפברואר 2004 מינה הדירקטוריון של קבוצת הארץ את דייוויד לנדאו לעורך העיתון. לנדאו היה מקים ועורך המהדורה האנגלית של העיתון. בתקופתו בוצעו קיצוצים משמעותיים, שאותם כינה העיתונאי נחום ברנע "לא פחות ממסע טיהור". בין השאר עזבו את העיתון אמיר בן דוד, ברוך קרא, איתי כ"ץ, אביב לביא, נירה רוסו, עוזי בנזימן ויובל דרור; כותבים ועורכים מונו והוחלפו במהירות, בהם עורך המוסף רוגל אלפר וראש מערכת החדשות מירון רפופורט.
אולם הבעיה העיקרית בניהול כוח-האדם ב"הארץ" הייתה עזיבה מאסיבית של עיתונאים ועורכים צעירים, שלא האמינו בעתיד של העיתון והעדיפו לעבור לאמצעי תקשורת אחרים. שחר אילן, סגן ראש מערכת הכתבות של לנדאו, צוטט כמי שאמר בדיון פנימי: "אנחנו עומדים בפני מצב שעוזבים כל הזמן אנשים טובים, ונוצרת אווירת 'האחרון יכבה את האור'. גידלנו אנשים והשקענו בהם - והם קמים והולכים. אין מצב בעייתי יותר למצב הרוח של ארגון מאשר מצב שבו עוזב אותך הדור הבא".
בראיון שהעניק שנה אחרי שמינה את דייוויד לנדאו, אישר מו"ל "הארץ" עמוס שוקן שהוא מעורב יותר בניהול המערכת: "דייוויד נכנס לתפקיד הזה בלי הרבה ניסיון אקזקוטיבי, ואני חושב שזה בא לביטוי, ונראה לי שזה בכל זאת משתפר", אמר בראיון, "בגלל מה שאמרתי לך, שלנדאו לא בא עם ניסיון אקזקוטיבי - מה שלחנוך וליואל היה - אז אני נדרש קצת יותר להיות מעורב".
בפברואר 2006, זמן קצר לפני הבחירות לכנסת השבע עשרה פרסם "הארץ" כתבת פרופיל על אהוד אולמרט מאת אורי בלאו בשם "ראש ממשלה מחוסר ראיות" הייתה התייחסות כמעט יחידה בתקשורת החילונית לפני הבחירות לפרשיות השחיתות שיוחסו לאולמרט (פרט לתחקיריו של יואב יצחק). באוגוסט 2006 פרסם "הארץ" תחקיר של בלאו וגידי וייץ על יחסיו של אולמרט עם עורך הדין אורי מסר, שתרם להעמדתו לדין של אולמרט.
בתמיכתו האקטיבית של המו"ל, לנדאו הצליח לייצב את העמוד האדיטוריאלי, שחזר לקו שמאלני יותר. ללנדאו היו יחסים קרובים עם ראש הממשלה המכהן אהוד אולמרט: בעת חשיפת יומני שולה זקן במשפט אולמרט, התברר שפגישתו הראשונה של לנדאו ביום הראשון לכהונתו הייתה ישיבה עם אולמרט בסוויטה של מלון "דייוויד אינטרקונטיננטל" בתל אביב המאמרים הראשיים של "הארץ" בתקופתו של לנדאו נמנעו בעקביות מלבקר את התנהלותו האישית של אולמרט, גם אחרי שכתבי "הארץ" חשפו את פרשיות השחיתות שעליהן הועמד לבסוף ראש הממשלה לדין.
בינואר 2005 אישר לנדאו את צירופו של מוסף הכלכלה החדש של העיתון, "TheMarker", לעיתון האם, בלי ההתניות של קודמיו לתפקיד. ההצלחה הייתה מסחררת, והביאה לזינוק במספר המנויים, בחשיפה לקוראים ובהכנסות מפרסום. ההצלחה של המוסף, בעריכת סמי פרץ ובהנהגתו של גיא רולניק, הצילה למעשה את "הארץ" מגל קיצוצים, אך עוררה התמרמרות בקרב כתביו.
גיא רולניק מונה ב-2007 לסגן המו"ל בקבוצת הארץ, האחראי על הקשר עם המערכת. מינוי זה נועד להרגיע את העיתונאים ולשכך את הרושם שעמוס שוקן מתערב בענייני המערכת, אך בפועל עורר חששות חדשים, לפיהם דה-מרקר משתלט על עיתון האם.
תחושת הקיפוח של כתבי "הארץ" התעצמה כאשר לנדאו החליט, מטעמים מערכתיים, לבטל את חלק ב' של "הארץ" ולכלול את מאמרי הדעות בקונטרס החדשות. כאשר התוכנית יצאה אל הפועל, בדצמבר 2007, קמה זעקה גם בקרב המנויים הוותיקים. העיתון ידע גל קיצוצים נוסף, שעמוס שוקן ניהל בעצמו. בין השאר פוטרו כתבים ועורכים שעבדו בחלק ב', והמו"ל הוציא לחופשה ללא תשלום את עמירה הס, כתבת השטחים של העיתון.
בתקופת דב אלפון.
ב-12 בפברואר 2008 הודיע סגן המו"ל, גיא רולניק, על החלפת העורך הראשי של העיתון. בחירתו של דב אלפון, עיתונאי ועורך בולט בתחום התרבות והספרות, אך נטול ניסיון ממשי בתחום החדשות של עיתון יומי התקבלה בהפתעה ובחשש.
בעוד לנדאו נתפס כעורך חלש מול ההנהלה והכתבים, נחשד אלפון מלכתחילה שהוא יהיה עורך חזק מדי. ואכן, כבר בשבוע הראשון שלו בתפקיד זימן אלפון לשימוע לפני פיטורין את אחת מכוכבות המערכת, רותי סיני, בעקבות ביקורת פומבית שהשמיעה נגדו. הוא החליף שורה של עורכי מוספים ומדורים ותיקים בעורכים צעירים מחוץ לעיתון ושיחרר לפרסום תחקירים של הכתב גידי וייץ נגד ראש הממשלה אהוד אולמרט. בהתבטאות פומבית נדירה בעניין עיתונאי, אמר אולמרט שהוא "מודאג מהנעשה בעיתון הארץ"
בין מינויי המפתח של אלפון בשבועות הראשונים למינויו, בולטת החלפתו של שליח העיתון לארצות הברית שמואל רוזנר, מהסמנים הימניים ביותר של העיתון, בכתבת נטשה מוזגוביה מ"ידיעות אחרונות", החלפתה של עורכת "גלריה" הוותיקה איריס מור בליסה פרץ, עורכת המוסף "סגנון" של "מעריב", מינויו של אלוף בן לעורך העמוד האדיטוריאלי במקומה של תמי ליטני ומינוי שגיא גרין לעורך "ספרים" במקום דרור משעני. כעבור שלושה חודשים ביצע אלפון את המהלך המרכזי שלו, הבאתו של עורך "עובדה" אבי זילברברג לראש מחלקת החדשות של "הארץ". במפגש ראשון עם העיתונאים אמר אלפון שמחלקת החדשות "צריכה להנהיג את כל חלקי העיתון, כמו שהפילוסופיה היא אם כל המדעים".
בדצמבר 2008 ביצע שורה של שינויים בהתאם, ובראשם החזרתו של חלק ב' והוצאת המאמרים מעמודי החדשות. אלפון גם יצר עמוד של חדשות תרבות ואמנות ושיכלל את העמוד הראשון, בין השאר על ידי העברת ההפניות העליונות שהגבילו את הכותרת הראשית ויצירת פורמט חדש, שבו מאמר דעה תופס את כל החלק העליון. אולם השינוי החד ביותר היה בקוהרנטיות של עמודי החדשות והדעות, תיאום שלטוב או לרע יצר רושם ברור של חזית דעתנית אחידה בכל העיתון.
שינוי ברור חל גם בקו המערכתי של מוסף הכלכלה דה-מרקר, שזנח את הכיסוי של הצלחות כלכליות תחת הסיסמה "זה הכל כסף, הגיע הזמן שתבין את זה" לטובת עיתונות של תחקירים וקמפיינים ציבוריים. בין השאר ניהל דה-מרקר מסע ציבורי להפחתת דמי הקישוריות בחברות התקשורת הסלולרית, תבע להחליף את יו"ר בנק הפועלים דני דנקנר בשל חשד לאי סדרים בבנק והדגיש את הסכנה של עודף הריכוזיות במשק הישראלי.
הגופים הגדולים שחשו מותקפים מעל דפי הארץ, בהם בנק הפועלים, ערכו חרם מודעות נגד העיתון. אולם המו"ל עמוס שוקן עמד בלחץ, בין השאר בזכות המשך העלייה במספר המנויים של "הארץ", לפחות על-פי נתונים שהעיתון עצמו פרסם ובעיקר בזכות ההכנסות שהניב בית הדפוס של העיתון מהדפסתו והפצתו של העיתון "ישראל היום". על-פי פרסומים שונים, ההכנסות של "הארץ" מהדפסת "ישראל היום" (בתקופה הרלוונטית) עלו על הכנסותיו ממנויים ופרסום.
ב-25 בדצמבר 2008 העביר כתב "הארץ" אורי בלאו ידיעה בלעדית למערכת, ובה פירוט ההיערכות של צה"ל למקרה שהדרג המדיני יחליט לתקוף ברצועת עזה. המערכת שלחה את הידיעה לצנזורה הצבאית שם היא אושרה בטעות. הגיליון ירד לדפוס עם התוכנית בעמודו הראשון, אז גילתה הצנזורית הראשית את הטעות. אחרי דין ודברים איתה, השתכנע אלפון שהפרסום עלול לסכן חיי אדם והורה לגנוז את המהדורה האנגלית שכבר הודפסה.
פרסום זה של בלאו, ופרסומים נוספים שהסתמכו על מסמכים מסווגים, הביאו לפתיחת חקירת שב"כ. בספטמבר 2009 הסכים בלאו להחזיר לצה"ל מסמכים מסווגים שברשותו, בהסכם מיוחד לפיו אלה לא ישמשו ראיה נגד מקורותיו העיתונאיים. אולם חודשיים לאחר מכן עצר השב"כ את החיילת לשעבר ענת קם, שהודתה שהעבירה לבלאו אלפי מסמכים מסווגים מלשכתו של האלוף יאיר נוה. בלאו, שהיה בירח דבש בסין כאשר קם נעצרה, החליט לא לחזור לארץ בעקבות מה שראה כהפרת ההסכם איתו. העיתון תמך בבלאו ומימן את שהותו בחו"ל, ואלפון אף הופיע בחדשות ערוץ 2 ואמר שבלאו "ישאר בחו"ל כל זמן שיידרש".
אחרי מעצרה של ענת קם, ועוד לפני שובו של בלאו לישראל, הוחלף עורך מוסף "הארץ" ניר בכר בשי גולדן. כמו כן, הודיע אלפון על הקמת מחלקת תחקירים, בראשותו של גידי וייץ ובניהולו של אבי זילברברג, ואסר על עורכים לפרסם תחקירים בלי בדיקתם קודם במחלקה. בין הכתבות שיזמה המחלקה, תחקירים רבים אודות עסקיו של אביגדור ליברמן, וכן תחקיר של 24 עמודים על התרומות הפוליטיות של מרטין שלאף.