אירועי 11 בספטמבר שינו לחלוטין את התפיסה של הטרור האסלאמי בעיני מדינות העולם ורשויות הביטחון שלהן, והן הגבירו את המלחמה בהתארגנויות הטרור המקומיות וכן את אמצעי האבטחה (במיוחד בשדות התעופה), וכן הגבלות נרחבות יותר על כניסת אזרחים זרים לארצות הברית, במיוחד מאזור מערב אסיה והמזרח התיכון. דרישת הממשל למלחמה בטרור נתנה גיבוי לאמצעים שפגעו בזכויות האדם שעד אז לא היו מקובלים בארצות הברית הדמוקרטית. ב-25 בנובמבר 2002 נכנס לתוקפו חוק שעבר בקונגרס, ואושר על ידי בוש, להקמת המחלקה לביטחון המולדת. הקמת המחלקה הביאה לארגון מחדש הגדול ביותר שעבר הממשל הפדרלי של ארצות הברית מאז הקמת מחלקת ההגנה. הקונגרס העביר גם את חוק הפטריוט שהגביר את סמכויותיהן של רשויות החוק לחדור לרשומות הפרטיות של האזרחים, בטענה שהחוק יאפשר לאתר ולהעמיד לדין טרוריסטים ופושעים אחרים. מספר ארגוני זכויות אזרח במדינה מתחו ביקורת על החוק בטענה שהוא מאפשר חדירה קשה לפרטיותם של האזרחים ומבטל למעשה את פיקוח הרשות השופטת על המעשה.
ב-1 במאי 2011, במהלך מבצע חנית נפטון שנערך בפקיסטן, חוסל אוסאמה בן לאדן, מנהיג ארגון אל-קאעידה והאחראי לתכנון פיגועי 11 בספטמבר. החיסול נחשב כנקמה על הפיגועים שתכנן ויזם, וכן כהשגת אחד היעדים המרכזיים של ארצות הברית במלחמה באפגניסטן, וכעשיית הצדק במלחמה העולמית בטרור.
השפעות הפיגועים.
השלכות על תעשיית התעופה.
אחת השאלות שעלו בימים שלאחר הפיגועים נגעה לטיב האבטחה בנמלי התעופה בעולם. השאלה שעמדה בבסיס הדיון הייתה, כיצד הצליחו כל 19 החוטפים לעבור את כל נקודות הביקורת השונות בנמלים, לעלות על המטוסים ולהשתלט עליהם בקלות רבה כל כך. בשנים שלאחר הפיגועים ובעקבות הפקת לקחים, הועלתה משמעותית רמת האבטחה בנמלי תעופה ובטיסות רבות בארצות הברית וברחבי העולם.
כבר יומיים לאחר הפיגועים, הוציאה רשות התעופה הפדרלית האמריקאית (Federal Aviation Administration) הוראה שהטילה איסור גורף על הכנסת כל סוגי הסכינים למיניהם לתוך המטוסים. ההוראה ניתנה לאחר שהתברר שהמחבלים הורשו לעלות למטוסים אף על פי שהם נשאו על גופם סכינים יפניות שכן לא היה איסור על הדבר באותה עת. המחבלים ניצלו עובדה זו והשתמשו בסכינים ככלי נשק בעת החטיפה.
נושא נוסף שנבחן הוא כיצד הצליחו המחבלים להתפרץ לתוך תא הטייס באין מפריע. אחת המסקנות שהתקבלו הביאה לחיזוק דלתות תא הטייס עד כדי כך שבמטוסים רבים הפכו הדלתות למשוריינות וחסינות ירי. במטוסים רבים הותקנו גם מצלמות טלוויזיה במעגל סגור על מנת שהטייסים יוכלו לצפות במתרחש בתא הנוסעים. חלק מהטייסים (בעלי רישיון מתאים) קיבלו אפשרות לשאת אקדח בזמן הטיסה לצורך הגנה עצמית, ומספר הולך וגדל של מאבטחי טיסה החלו להיות מוצבים ביותר ויותר טיסות.
בחודשים שלאחר הפיגוע, הגיעו מאות אנשי תעופה, נציגים של חברות תעופה גדולות ומומחים לתעופה מכל רחבי העולם לישראל, לחזות וללמוד על נוהלי האבטחה של חברות תעופה ישראליות ובראשן חברת אל על.
נוהלי בידוק הנוסעים בנקודות הביקורת השונות בנמלים עברו גם הם מספר שינויים משמעותיים. ביום הפיגועים, חלק מהמחבלים הפעילו את גלאי המתכות, אולם הם הורשו לעלות לטיסה לאחר שבדיקה עם גלאי מתכות ידני לא העלתה דבר חריג. בנמלי תעופה רבים בעולם כיום, הנוסעים עוברים חיפוש יסודי הכולל טפיחה על הגוף נוסף למעבר עם גלאי מתכות. ארצות הברית אף הקימה גוף ממשלתי מיוחד בשם רשות ביטחון התחבורה (Transportation Security Administration) שהוכפף למחלקה לביטחון המולדת. תחום אחריותו של הגוף החדש כולל אבטחה תקינה ומסודרת של כל סוגי התחבורה במדינה, ובפרט האבטחה בנמלי התעופה.
מאז 11 בספטמבר, לא בוצעו (או לפחות לא יצאו אל הפועל בהצלחה) עוד פיגועי ריסוק מטוס, אך החשש מהם ממשיך להכתיב נוהלי הגנה גם על הקרקע עד היום. לדוגמה: אחת מפעולות האבטחה הרבות שננקטו לקראת אולימפיאדת לונדון (2012) הייתה הצבת סוללות טילי נ"מ ברחבי העיר, על מנת שבמקרה של ניסיון לפיגוע כזה יוכלו ליירט את המטוס.
השלכות כלכליות.
הפיגועים זעזעו את המערכת הכלכלית בארצות הברית והשפיעו אף על שוקי העולם. הבורסה לניירות ערך בניו יורק לא נפתחה באותו בוקר ונשארה סגורה עד 17 בספטמבר. עם פתיחתה, נפל מדד הדאו ג'ונס ב-684 נקודות, או 7.1%, וקבע שיא של ירידה שלילית ביום אחד. עד לסוף השבוע ירד הדאו ב-14.3%, שהייתה בזמנו הירידה הגדולה ביותר בשבוע אחד בהיסטוריה. בתרגום לדולרים, מניות ארצות הברית הפסידו ערך של 1.4 טריליון דולר בשבוע אחד. הדולר האמריקאי איבד אחוז גדול מערכו ביחס למטבעות בולטים אחרים דוגמת האירו, הלירה שטרלינג והין היפני. גם בבורסות בעולם נרשמה צניחה חדה במדדים בעקבות הפיגועים.
בניו יורק, 430,000 חודשי עבודה ומשכורות בסך של 2.8 מיליארד דולר אבדו בשלושת החודשים שלאחר הפיגועים – משרדים נסגרו, יוזמות הוקפאו, והצמיחה האטה. ענפי הייצוא היו הנפגעים החמורים ביותר. התוצר המקומי הגולמי של העיר איבד 27.3 מיליארד דולר מערכו בשלושת החודשים האחרונים של 2001 ובמשך כל 2002. 18,000 עסקים קטנים במנהטן תחתית נהרסו או עברו מקום, בעיקר אלו שהיו קרובים למרכז הסחר העולמי. כתוצאה מכך, מקומות עבודה בעיר אבדו. 2,960,000 מטר רבוע של אזורי משרדים ועסקים במנהטן תחתית נפגעו או נהרסו.
השלטון הפדרלי העביר לעיריית ניו יורק 11.2 מיליארד דולר לסיוע מיידי כבר בספטמבר 2001, ובתחילת 2002 הועברו לעיר עוד 10.5 מיליארד דולר בשביל פיתוח כלכלי ובנייה מחדש של האתרים שנהרסו. כ-400,000 איש איבדו את מקום עבודתם בעיר ניו יורק כתוצאה מהפיגועים, ואף ענף התיירות נפגע קשות. פגיעה משמעותית נרשמה גם בענף הביטוח עקב הפיצויים העצומים שחברות הביטוח נאלצו לשלם, שהגיעו לעשרות מיליארדי דולרים. בעקבות הפיגועים האמירו מחירי הביטוח ברחבי העולם. ענף התעופה שחווה קשיים כלכליים לפני המתקפה נפגע עוד יותר לאחר שחברות התעופה נאלצו לשלם פיצויים למשפחות הקורבנות שהיו על המטוסים, ולהחזיר לנוסעים, שלא יכלו לטוס עקב סגירת המרחב האווירי של ארצות הברית, את כספם.
הפיגועים גם הובילו בעקיפין למלחמותיה של ארצות הברית באפגניסטן ובעיראק, ולעוד הוצאות נוספות הקשורות לביטחון הפנים. כל הוצאות הביטחון מסתכמות בלפחות חמישה טריליון דולר.
השלכות בריאותיות.
למעלה מ-2,500 חומרים רעילים התפזרו באוויר בעקבות קריסת מגדלי מרכז הסחר העולמי. בחמשת החודשים שלאחר מכן המשיכו ענני האבק שנוצרו לזהם את האוויר באזור הקריסה. הנפגעים העיקריים מכך היו עובדי החילוץ וההצלה ואזרחים שגרו או עבדו בסמוך לאזור האסון.
מחקר שפורסם לאחר המתקפה תיאר שרבים מן הניצולים סובלים משיעול טורדני ומבעיות במערכת הנשימה.
לאורך השנים התברר כי ניצולי המתקפה ואנשי כוחות ההצלה שפעלו בזירה סובלים ממגוון של בעיות פיזיות ונפשיות כמו פוסט טראומה, חרדה, דיכאון ועוד.
בשנת 2017 פורסם כי מעל 7000 איש שנחשפו לחומרים הרעילים שהתפזרו באוויר כתוצאה מהאסון, חלו בסוגים שונים של מחלת הסרטן.
בשנת 2018 פורסמו שני מחקרים נוספים שמעידים על הקשר בין ענן האבק להתפתחות הסרטן אצל מי שהיה בסביבה.
אחרית דבר.
כבר ביום המתקפה, הבטיח ראש העיר של ניו יורק, רודולף ג'וליאני, לבנות את המגדלים מחדש באומרו "קו הרקיע (של העיר) יחזור להיות שלם שוב". איגוד מנהטן התחתונה ("Lower Manhattan Development Corporation – LMDC") הוקם בהוראת ג'וליאני ומושל מדינת ניו יורק, ג'ורג' פאטקי, והוטלה עליו המשימה לתכנן את בנייתו המחודשת של מרכז הסחר העולמי. עם השנים ספג האיגוד ביקורת על כך שביצע מעט מאוד על אף התקציב הגדול שקיבל. ביולי 2004 התקיים טקס הנחת אבן הפינה של פרויקט מגדל החירות. הקמתו של בניין המשרדים הראשון בפרויקט הסתיימה בשנת 2006. הבניין החדש החליף את בניין מס' 7 של מרכז הסחר העולמי שכמו רבים אחרים התמוטט ביום המתקפה. בניית מגדל החירות הושלם בשנת 2014 והוא המגדל הגבוה ביותר בארצות הברית כשהוא מתנשא לגובה של 1776 רגל (541.3 מטר), כשנת הכרזת העצמאות של ארצות הברית. שלושה מגדלים נוספים היו צפויים להיבנות באתר בין השנים 2007 ו-2012 אולם בעקבות המשבר הכלכלי העולמי שפרץ בסוף שנות ה-2000, תהליך הבנייה התעכב ועשוי להגיע לסיומו רק בשנת 2036.
האגף בפנטגון שהתמוטט ביום המתקפה, נבנה ואוכלס מחדש בתוך כשנה.
הנצחה.
אחת ההנצחות הראשונות לפיגועים הגיעה בדמותם של 88 זרקורים שהותקנו במקום בו עמדו מגדלי התאומים ויצרו שתי אלומות אור אנכיות שהופנו לשמיים. ההנצחה קיבלה את השם "מחוות האורות" והתקיימה לראשונה בין 11 במרץ 2002 ל-14 באפריל של אותה שנה. החל משנת 2003 מתקיימת הנצחה זו בכל יום השנה לפיגועים.
האנדרטה הלאומית והמוזיאון לפיגועי 11 בספטמבר - ממוקמת באתר בו עמדו מגדלי התאומים, האנדרטה נפתחה בשנת 2011 בעיצובו של האדריכל הישראלי-אמריקאי מיכאל ארד. המוזיאון נפתח בשנת 2014.
אנדרטת הזיכרון לפיגוע בפנטגון נחנכה ביום השנה השביעי לפיגועים, ב-11 בספטמבר 2008. האנדרטה כוללת פארק ובו 184 ספסלים (כמספר הקורבנות) שמופנים לעבר בניין הפנטגון.