מחקריו הראשונים של טוב בתרגום השבעים עסקו בעיבודים (רוויזיות) הקדומים של תרגום זה, שמטרתם הייתה לקרב את הנוסח היווני לטקסט העברי שהיה רווח בארץ ישראל במאה הראשונה לפנה"ס עד למאה השנייה לספירה. טוב השתית חקירה זו על עקרונות יציבים, בקבעו את אמות המידה להגדרת העיבודים ואפיונם. עיסוקו בטכניקת התרגום ובשחזור המצע העברי של תרגום השבעים הושפע מעבודתו המעשית במפעל המקרא של האוניברסיטה העברית. בחקירה זו שילב את עבודת השדה בניסוח כללים מופשטים להערכת הפרטים בתרגום השבעים בהפריה מתמדת. כללים אלה נוסחו בספרו על תרגום השבעים שצמח מתוך שיעוריו באוניברסיטה העברית – כל שנה על ספר אחר בתרגום השבעים.
מכאן עבר מרכז הכובד של התעניינותו של טוב בתרגום השבעים למהות של חקירת תרגום זה לחוקר המקראי, דהיינו חשיבות התרגום לחקירה הטקסטואלית ואף לחקירה הספרותית. אף כי לא היה החוקר הראשון ששיקע מאמצים בתחום זה, הוא הצעיד אותו קדימה באופן משמעותי. בספרי מקרא אחדים תרגום השבעים משקף מצע עברי שיש לקחתו בחשבון במלאכת הפרשנות מעבר לפרטים הקטנים, הן כאשר מצע עברי זה קדם לתוכנו של נוסח המסורה (יהושע, שמואל א טז-יח, ירמיהו, יחזקאל, ועוד), והן כאשר הוא בבחינת פירוש על נוסח המסורה (מלכים א, אסתר, ודניאל). לדידו, בכל הספרים הללו, לאחר שניתוח טכניקת התרגום כמתואר לעיל העלה שתרגום השבעים הוא עד מהימן לנוסח העברי שעמד לפניו, על פרשן הספר העברי להתייחס לתרגום השבעים. מבין כל העדים הקדומים של נוסח המקרא, המידע החשוב ביותר על שלבי ההתפתחות הספרותית גלום בנוסח המסורה ותרגום השבעים, מעט מגילות קומראן והנוסח השומרוני של התורה. טוב סבור אפוא שהעיסוק במקורות הקדומים של נוסח המקרא, כמו תרגום השבעים, מפרה את מלאכת פרשנות המקרא ואף מסייע בידינו להבין את השלבים האחרונים של התפתחות ספרות המקרא, בספרי מקרא מסוימים. טוב השפיע על התפתחות החקירה העכשווית של המקרא בארץ ובעולם המיטיבה להכיר עתה בחשיבות העיון במקורות הקדומים. במחקריו החדשים טוב מאפיין את המקור של תרגום השבים לתורה כמייצג תכונות הרמוניסטיות המשותפות עם התורה השומרונית.
התפתחות נוסח המקרא.
טוב אינו מתאר את התפתחות נוסח המקרא מתוך תאוריות מופשטות, כמו חוקרים אחרים, אלא הוא יוצא מתוך הממצא בכתבי היד העבריים והתרגומים הקדומים. מעל לכל ברור שבימי בית שני התהלכו בעם נוסחים רבים של המקרא כפי שניכר מתוך הרב-גוניות הטקסטואלית של מגילות קומראן. כל מגילה הייתה שונה מרעותה, אבל בתוך רב-גוניות זאת אפשר להכיר קבוצות (משפחות) של מגילות. טוב הכניס גורם של יציבות בתוך החקירה על ידי חלוקה סטטיסטית של סוגי המגילות שנמצאו בקומראן. הוא גם חידש בהציגו את המגילות שנמצאו במקומות שונים כמשקפות מציאות חברתית-דתית שונה, מגילות מדבר יהודה (מלבד מגילות קומראן) משקפות את המציאות של חוגי החכמים (אחר כך: חוגי חז"ל) המתמקדים בנוסח המסורה, בעוד מגילות קומראן מסוימות משקפות מציאות אחרת, של חופש וחוסר-קביעות.
קבוצת הטקסטים המכונות - "התורה המשוכתבת" משמשת חוליה חשובה בטיעון זה. עשר שנים אחרי שפרסם חיבור זה, הכיר טוב בכך שהוא אינו כולל חיבור לא-מקראי שיש בו תורה משוכתבת, כי אם קבוצת טקסטים בעלי נוסח מקראי הכוללים רכיבים פרשניים רבים. גם טקסט זה משקף אפוא שלב משלבי התפתחות המקרא.
עיסוקו של טוב בתרגום השבעים ובחיבור "המקרא המשוכתב" הוביל אותו לחשיבה מחודשת על השלבים האחרונים של התפתחות ספרי המקרא ושאלת הנוסח הקדמון של ספרים אלה. לדעתו, השלבים הקדומים של ספרי המקרא המשתקפים בתרגום השבעים של שמואל א, ירמיהו ויחזקאל מראים שהניסוחים של ספרי המקרא התפתחו שלב אחר שלב. מציאות משוערת זאת מקשה עלינו לקבוע מה היה הנוסח המקורי של ספרי המקרא במובן המקובל של המילה. לדעת טוב, לא היה נוסח מקורי אחד, כי אם שורה של "נוסחים קדמונים". ראייה זאת פותחה במחקריו אחרי הופעת המהדורה השנייה של ספר המבוא לביקורת הנוסח בגרסתו האנגלית (2001) ויותר מזה במהדורה האנגלית השלישית (2012) ובמהדורה העברית השנייה (2013).
התפתחות נוסח התורה.
במחקרים שבוצעו בעיקר החל ב-2010 עמנואל טוב התמקד בהתפתחות נוסח התורה. לדעתו נוסח התורה התפתח באופן שונה מזה של יתר ספרי המקרא, כנראה בשל הפופולריות שלו. נוסח המסורה משמר את הנוסח המקורי המשוער יותר טוב מאשר יתר הנוסחים, המכילים כולם רכיבים משניים שונים, במיוחד המסורת שהייתה פעם משותפת לתורה השומרונית ולתרגום השבעים. כמו כן, מספרם של ענפי הנוסח בתורה גדול יותר מאשר ביתר ספרי המקרא.
מגילות קומראן וסופרי קומראן.
טוב עסק בהיבטים שונים של מגילות קומראן, אך מחקריו המרכזיים עוסקים בסופרי קומראן. בשנת 2004 פרסם מחקר מפורט על מנהגי הסופרים המשתקפים במגילות קומראן, אשר מסייע להבין טוב יותר את מגילות קומראן. מחקר זה מתאר את ההיבטים הטכניים של כל מגילות מדבר יהודה, כגון מידות הטורים והיריעות, התחלות המגילות וסופיהן, שיטות של תיקוני השגיאות, שיטות הכתיב, ומיון המגילות לפי פרמטרים אלה.
מרכיב חשוב בתיאור זה נמצא בתאוריה של טוב על סופרי קומראן. מאז שנת 1986 סובר טוב כי יש לחלק את מגילות קומראן לשתי קבוצות המובחנות על ידי בחנים חיצוניים. קבוצה א' מתאפיינת בכתיב מיוחד (צורות כגון ״כיא״ במקום ״כי״), בצורות לשון מיוחדות (כגון ״אביכמה״ במג׳ יש-א במקום ״אביכם״ בנה״מ ביש׳ נא, 2, וכן ״מואדה״ באותה מגילה במקום ״מאד״ ביש׳ מז, 6) ובמנהגי סופרים מיוחדים (כתיבת שם יהוה בכתב העברי העתיק , מחיקת מילים על ידי קווים ונקודות מבטלות מעל האותיות ותחתיהן, נקודות בשוליים כהנחיות לשרטוט השורות). הרוב המכריע של המגילות הכיתתיות הקומראניות שייכות לקבוצה זאת, ומכאן סבר טוב שמגילות אלה הועתקו על ידי סופרים כיתתיים, אולי בקומראן. סופרים אלה העתיקו מגילות מקראיות ולא-מקראיות, והן מהוות שליש של מגילות קומראן, בעוד המגילות האחרות (קבוצה 2) הובאו לקומראן מבחוץ, ממקום אחד או ממקומות שונים. תפילין שונות שנמצאו בקומראן נכתבו אף הן לפי מנהגי כתיבה אלה, מה שמוסיף מימד חברתי להבחנת מנהגי הכתיבה שכן תוכנן של תפילין אלה נבדל מן התפילין ה״רבניות״ שנמצאו באתרים האחרים במדבר יהודה. בדיקת פחמן-14 בלתי תלויה של העורות שעליהם נכתבו מגילות הכתיבה הקומראנית (2020) גילתה שעורות אלה נבדלים מיתר העורות מקומראן.
החקירה הממוחשבת של המקרא ומגילות מדבר יהודה.
טוב סבור כי החקירה של היבטים שונים של המקרא והמגילות חייב להיעזר בתוכנות מחשב, ועל כן יש לפתח מאגרי נתונים ותוכנות מחשב. הוא פיקח על צוות חוקרים שקבע את הנוסח האלקטרוני של כתב יד לנינגרד של המקרא בשנות השמונים. באותה עת הוא גם הקים מפעל מחקר יחד עם פרופסור רוברט קראפט מפילדלפיה בשם "כלים ממוחשבים לשם חקירת תרגום השבעים" (Computer-Assisted Tools for Septuagint Study). מפעל זה, הממוקם בירושלים ובפילדלפיה, יצר מאגר נתונים משווה של כל מלות נוסח המסורה ותרגום השבעים המאפשר חיפושים משווים של מילים ומבנים בשתי השפות. מאגר הנתונים יצא לאוויר העולם בעזרת תוכנת Accordance המאפשרת חיפושים וסוגי סטטיסטיקה מתקדמים והוא קיים גם בתוכנות Logos ו-Bible Works. בעזרת תוכנה זאת נכתבו מחקרים שונים הן משל טוב והן משל חוקרים נוספים (ראו ביבליוגרפיה באתר הבית של טוב). מאגר נתונים אחר המקדם את המחקר בצורה משמעותית אף הוא מכיל את כל מגילות קומראן הלא-מקראיות, תרגומיהן לאנגלית, וכל הצילומים. מאגר נתונים זה משמש את החוקרים והוא מהווה בסיס למחקרים שונים.
ספרי יובל לכבודו.
רשימה מעודכנת של פרסומיו עד לשנת 2002 פורסמה בתוך
ספרים שכתב.
1. The Book of Baruch Also Called I Baruch (Greek and Hebrew) (Texts and Translations 8, Pseudepigrapha Series 6; Missoula, Mont.: Scholars Press, 1975).
2. The Septuagint Translation of Jeremiah and Baruch: A Discussion of an Early Revision of Jeremiah 29–52 and Baruch 1:1–3:8 (HSM 8; Missoula, Mont.: Scholars Press, 1976).
3. The Text-Critical Use of the Septuagint in Biblical Research (Jerusalem Biblical Studies 3; Jerusalem: Simor, 1981).
3*. The Text-Critical Use of the Septuagint in Biblical Research
(Second Edition, Revised and Enlarged; Jerusalem Biblical Studies 8;
Jerusalem: Simor, 1997).
3**. The Text-Critical Use of the Septuagint in Biblical Research
(Third Edition, Completely Revised and Enlarged; Winona Lake, IN:
Eisenbrauns, 2015).
4. With J. R. Abercrombie, W. Adler, and R. A. Kraft: Computer Assisted Tools for Septuagint Studies (CATSS), Volume 1, Ruth (SCS 20; Atlanta, Georgia: Scholars Press,1986).
5. A Computerized Data Base for Septuagint Studies: The Parallel Aligned Text of the Greek and Hebrew Bible (CATSS Volume 2; JNSLSup 1; 1986).
6. With D. Barthélemy, D. W. Gooding, and J. Lust: The Story of David and Goliath,Textual and Literary Criticism, Papers of a Joint Venture (OBO 73; Fribourg/Göttingen: Éditions universitaires/Vandenhoeck &amp; Ruprecht, 1986
7. ביקורת נוסח המקרא – פרקי מבוא (ירושלים: מוסד ביאליק: תש"ן)
7*. ביקורת נוסח המקרא – פרקי מבוא (מהדורה שנייה מורחבת ומתוקנת ; ירושלים תשע"ד);
7a. Textual Criticism of the Hebrew Bible (Minneapolis and Assen/Maastricht: Fortress Press and Van Gorcum, 1992
7a*. Textual Criticism of the Hebrew Bible (2d rev. ed.; Minneapolis