לדברי ההיסטוריון בני מוריס, מפקד חזית הדרום, יגאל אלון, ככל הנראה הורה לגרש את התושבים שנותרו בעיירה, אולם ההוראה לא בוצעה על ידי המפקדים בשטח. באותו חודש הועברה האחריות על העיר ליחידה של הממשל הצבאי ולמושל העיר מונה עשהאל צוקרמן, שכיהן בתפקידו עד קיץ 1949. בשבועות הראשונים של הממשל הצבאי גדלה אוכלוסיית העיירה, ובתחילת ינואר 1949 דווח על 2,600 נפש. נראה כי חזרו אליה פליטים רבים שהסתתרו בחורשות ובכפרי הסביבה וכן פליטים שהסתננו מרצועת עזה.
כיום מג'דל היא שכונת מגדל באשקלון ובה שוכן המרכז המסחרי העיקרי בעיר. כמו כן נמצא בה מוזיאון במבנה הח'אן והשוק העירוני.
מגדל־גד תחת ממשל צבאי 1948–1950.
ב-1 בדצמבר 1948 ערך צה"ל סריקה בעיירה וגירש כ-500 ערבים שלא נפקדו במפקד בעת כיבוש העיירה ולכן נחשבו לתושבים בלתי חוקיים. בהמשך גורשו מסתננים ותושבים שנחשדו בסיוע להם.
ההסתננות מעזה למג'דל החלה בסוף 1948 ונמשכה למעשה עד לפינוי העיר. חלק מהמסתננים הגיע להתיישב מחדש בעיר ואחרים עסקו בגניבות.
ב-31 בדצמבר 1948 החליטה ועדת השרים לענייני רכוש נטוש, ליישב את מג'דל ביהודים. במחצית הראשונה של מרץ 1949 הגיעו הגברים החלוצים ובסוף אפריל כבר היו בעיר כ-200 משפחות יהודיות שרוכזו בשני רחובות. בסוף השנה כבר התגוררו בעיר כ-2,500 יהודים ושמה הוסב ל"מגדל־גד". לצדם התגוררו בסוף 1949 כ־2,500 ערבים, עבורם הקימו השלטונות בית ספר ומרפאה. הממשל סיפק מורה וספרי לימוד באנגלית ובערבית. בתחילת 1950 עוד שבו למקום ערבים מעזה במסגרת איחוד משפחות. הערבים במגדל גד היו בעיקר מדלת העם, לאחר שהשכבות המשכילות ברחו במהלך המלחמה. התושבים הערבים רוכזו בצפון העיר, במתחם שכונה על ידי הפקידים והחיילים הישראלים "הגטו", והם חיו תחת הממשל הצבאי על ערביי ישראל שהיה בפיקודו של דוד איל.
המתחם היה מגודר בגדרות תיל ונתון תחת שמירה של שתי מחלקות מגדוד 141. כל יציאה ממנו וכניסה אליו הייתה טעונה אישור של צה"ל. הפועלים הערבים הפשוטים עבדו והשתכרו, אולם בעלי הקרקעות נותקו מאדמותיהם ומפרנסתם. הממשל הצבאי רשם את התושבים הערבים, חילק להם תעודות זהות ודאג לאספקת מצרכים עבורם. הוא דאג לתעסוקתם, בעיקר בקטיף, וכך יכלו התושבים לשלם עבור המצרכים שקיבלו. בנוסף לכך, טיפל במקרי סעד. בדצמבר 1949 פונתה הפינה הדרום-מערבית של "הגטו" מתושביה הערבים והמתחם צומצם כדי לפנות בתים ליהודים.
בינואר 1950 הגיעה למג'דל יחידה של כ-30 חיילים מצריים, שהוציאו את שאריות חללי הצבא המצרי מבית הקברות המוסלמי שבעיר כדי לקבור אותם בשטח המצרי.
בפברואר 1950 כבר יישבו מוסדות המדינה כ־3,500 עולים חדשים: כשליש מתימן, 15% מטורקיה, 10% מצפון אפריקה וכ־40% מדינות מרכז אירופה. באותו חודש החלו להישלח תושבי מג'דל לרצועת עזה.
בתחילת יולי 1950 כ־400 ערבים שהיו פליטים בעיר עברו לאזור רמלה. באותו חודש פוצץ צה"ל את מסגד מקאם א־נבי חוסיין, מבנה מהמאה ה־11, ובעקבות מחאתו של שמואל ייבין, ראש מחלקת העתיקות, נטל משה דיין, אלוף פיקוד דרום, את האחריות למעשה. בהמשך הקיץ, בעקבות תלונות של הקומוניסטים, הבהירו בממשל הצבאי שהערבים המועברים מהעיר הם פליטים שהגיעו אחרי המלחמה ומועברים לגליל לכפרי פליטים, או ערבים שביקשו מרצונם לעבור לרצועת עזה. על פי הודעת הממשל, ביקשו הערבים לעבור לעזה לקרוביהם, לאחר שבהיעדר שלום אפסו הסיכויים שקרוביהם יוכלו לחזור למגדל גד. בקשות אלו לעבור לעזה נתקבלו לאחר שערביי מגדל גד הוזמנו אל מרכז השלטון ושם הוצגו להם אפשרויות המעבר והם נשאלו באיזו אופציה הם מעוניינים. כלפי המסרבים הופעלו פעולות שכנוע שכללו אזהרות מצרות שעלולות לבוא על אלו שלא יעברו.
מלבד הלחץ שהופעל על התושבים הערבים שנותרו על ידי השלטון הישראלי, גם התעמולה המצרית בדבר עריכת "סיבוב שני" למלחמה תרמה לרצונם להגר לרצועת עזה ולהתאחד עם בני משפחותיהם. ערביי מג'דל כנראה חששו שילכדו במתקפה המצרית הצפויה או שבמקרה של ניצחון מצרי, הם ייחשבו כבוגדים. אלא שהוצאת שרידי החללים המצריים התפרשה על ידם כהוכחה לכך שאין בכוונת המצרים לערוך "סיבוב שני" ומכך הסיקו כי אם ברצונם להתאחד עם משפחותיהם תחת שלטון ערבי, עליהם לעקור לעזה. לכך נוספו הידיעות על גורלם הקשה של בני עירם שבחרו להישאר בתחום מדינת ישראל ועברו לרמלה. התושבים גם ידעו כי כאשר יעברו לעזה, יקבלו מעמד של פליטים ויזכו לתמיכה של מוסדות האו"ם. כאמצעי כלכלי לעידוד ההגירה לעזה ולא למקום אחר בתחומי המדינה, החלו השלטונות, במדיניות חד פעמית, להחליף כל לירה ישראלית בידי התושבים המתפנים בלירה ארץ ישראלית (מנדטורית) שהייתה בשימוש ברצועה, כאשר שער החליפין בה היה בין 3 ל-4.5 לירות ישראליות ל"י ללא"י אחת. במהלך הקיץ הפך ה"גטו" ליריד בו מכרו הערבים העוזבים את רכושם ליהודי הסביבה. בשל המחסור בישראל במוצרים שונים, מכרו המתפנים את מיטלטליהם לשכניהם–יורשיהם היהודים במחירים מופקעים. כסף זה הצטרף לסכומים בלירות ישראליות שחסכו התושבים הערבים בעבודתם, ובסיום מבצע ההעברה, לקחו עמם היוצאים למעלה מ-170,000 לא"י.
ב-14 בפברואר 1950, במסגרת "תוכנית איחוד המשפחות", חזרו למג'דל 102 מפליטיה ששהו בעזה, והתקבלו בה בהתלהבות. אלא שהעברה זו הייתה חד-פעמית ויומיים אחר כך התבצעה ההעברה הראשונה של תושבי מג'דל לעזה. במרץ-אפריל נעשו העברות נוספות. ביום העצמאות פתח הממשל את מחסומי ה"גטו" והתושבים הערבים הצטרפו לחגיגות התושבים היהודים. ב-14 ביוני החל מבצע הפינוי הרשמי. המפונים הוסעו לגבול במשאיות צבאיות. המשלוח הראשון נעשה ללא תיאום עם שלטונות מצרים, אולם המשלוחים בחודשים הבאים כבר היו מתואמים. ביולי הועברו לרמלה 200 ערביי קטרה ששכנו זמנית במג'דל. מספר דומה בחר לעבור לירדן. כמעט כל המתפנים הוחתמו על הצהרה שהם עוזבים מרצון ושהם מוותרים על בעלותם על נכסיהם ועל זכות השיבה. המשאיות יצאו מרחבה ליד בית העירייה, הגיעו למחסום ארז, משם הובלו על ידי המצרים במשאיות למחנות הפליטים. אדמותיהם ובתיהם עברו לידי האפוטרופוס לרכוש נטוש.
בסוף אוגוסט 1950 נותרו בעיר כ־1,300 ערבים.
ב-21 בספטמבר 1950 פרסם ראש מטה משקיפי האו"ם ויליאם אדוארד ריילי דו"ח על גירוש ערבים מישראל, ובין השאר כתב על מעבר ערביי מגדל גד, שיש שמועות שהכוונה היא לגרש את כל התושבים הערבים. משרד החוץ הישראלי דחה את האשמותיו וטען כי "לא הופעל שום לחץ על שום ערבי" לעזוב את מג'דל, וגם בעיתונות הישראלית הכחישו את הטענות על גירוש.
אלא שבמהלך ספטמבר ואוקטובר לחצו שלטונות הצבא על הערבים הנותרים לצאת, באמצעות איומים, "נגישׂות" והפסקות באספקת המזון. ב-8 באוקטובר יצאה הוראה לסגור את בית הספר. ב-12 באוקטובר יצא המשלוח האחרון לעזה, שכלל 229 נפשות, ובעיר נותרו עתה 17 משפחות בלבד. ב-13 באוקטובר הועברו 15 משפחות ללוד ושתי משפחות לעזה, ובכך התרוקנה העיר לגמרי מערבים.
בעקבות תלונה של מצרים על ה"גירוש" ממג'דל, ב-17 בנובמבר 1950 ניתנה החלטה 89 של מועצת הביטחון של האו"ם. ב-30 במאי 1951 דרשה ועדת שביתת הנשק ישראל–מצרים שישראל תאפשר את שובם של המפונים, אולם ישראל דחתה את ההאשמות ואת הדרישה. רבים מהמפונים התחרטו זמן-מה לאחר הגיעם למחנות הפליטים בעזה וביקשו לחזור, אולם ישראל לא הסכימה לכך.
שנות ה-50.
בשנים הראשונות ליישוב העולים במג'דל נקרא היישוב החדש במספר שמות. בתחילה נקרא מגדל־עזה, אחר כך מגדל־גד ולאחר מכן מגדל־אשקלון. ביולי 1950 הוקמה הוועדה העירונית של מגדל־גד. יושב ראש הוועדה (ראש העיר בפועל) היה אפרים צור. בשבועות הבאים חולקו הבתים הנטושים של הערבים המפונים לעובדי ציבור.
היישוב היהודי תוכנן כיישוב חקלאי ועורף לוגיסטי ליישובים החקלאיים שעתידים היו לקום באזור. עד מהרה קיבל היישוב החקלאי צביון עירוני ובשנת 1951 הוכרזה מגדל־אשקלון כעיר. אליעזר מילרוד מונה לשמש כראש העירייה הראשון.
באותה שנה החלה ביוזמת ההסתדרות הציונית בדרום אפריקה הקמת שכונת מגורים בסמוך למגדל־אשקלון בשם אפרידר. השם נגזר מהמילים אפריקה ועמידר.
ב־1953 הוכרזה השכונה כמועצה מקומית בשם אשקלון וכונתה לעיתים אשקלון החדשה. כמו כן, נבנתה בשנים אלו על ידי היזם צבי סגל שכונת ברנע על אדמות הכפר אלג'ורה שחרב ב-1948. ד"ר יחזקאל זונאבנד מונה כראש המועצה המקומית.
ב־1955 החליט משרד הפנים לאחד את שני היישובים לעיר אחת בשם "אשקלון". ד"ר זונאבנד מונה כראש העיר המאוחדת.
בין 1949 לתחילת שנות השישים של המאה הקודמת היה ניסיון שלא צלח, להקמת עיר הסרטים ברנע באשקלון על ידי צבי סגל.
בשנת 1956 הקים יעקב זלקין, עולה חדש מצרפת, את "קולנוע רחל", שנקרא על שם אמו. את בית הקולנוע תכננו בני הזוג שולמית ומיכאל נדלר, שתכננו במשרדם התל אביבי באותה תקופה עוד מספר בתי תרבות ברחבי הארץ, בעיקר ביישובי הפריפריה.
ירי רקטות במאה ה-21.
בתחילת שנות ה-2000 חלה תפנית לרעה במצב הביטחוני בעיר לנוכח העובדה שהעיר נמצאת קילומטרים ספורים מרצועת עזה, צפונית לה בקו החוף, עובדה אשר גרמה לעיר להיות המטווחת ביותר ומספר רקטות רב נורו אליה מרצועת עזה. ירי הרקטות מהרצועה הוביל את צה"ל לבצע מבצעים על מנת לצמצם את הירי, כדוגמת מבצע גשמי קיץ, שהחל ביוני 2006. בנובמבר 2006, לאחר תקופה של ירי הושגה הפסקת אש בין ישראל לחמאס וירי הקסאם צומצם אם כי לא הופסק כליל. באפריל 2007 החלה הידרדרות מחודשת בגזרת גבול הרצועה כאשר עשרות רקטות נורו אל העיר וסביבתה. ההסלמה נמשכה לתוך חודש מאי, אז גבר מאוד ירי הרקטות.