הצומח בבקע מחולק לרצועות אורך על פי ההבדלים בסוגי הסלע, האקלים, הגורם האנושי והתבליט של רצועות אלו.
כללית, ככל שהאזור מזרחי יותר, עולה אחוז האלמנטים הסהרו-ערביים ויורד אחוז האלמנטים הים תיכוניים בצמחייה.
המדרגה העליונה.
במורדות השומרון המזרחיים בהם עובר כביש אלון והיישובים מכורה גיתית ומעלה אפרים (בגובה 300–400 מ'), דרומה יותר המדרגה גבוהה יותר ובה נמצאים היישובים כוכב השחר ורימונים (660 מ').
באזור זה שולטים שיחים ובני שיח המאפיינים בתות ספר ים תיכוניות כגון סירה קוצנית וקידה שעירה הפורחת בחודש מרץ בפריחה צהובה וריחנית. כמו כן מכסים את השטח חד שנתיים ורב שנתיים, ביניהם שלהבית קצרת שיניים וקיפודן מצוי, ובמקומות המסולעים געדה מצויה, כתלה חריפה, ולענת המדבר. וגאופיטים כמו חצב מצוי ועירית גדולה. בין הדגניים נמצא שיבולת-שועל מצויה, בן שעורה מצוי, ברומית מאוגדת, שעורת התבור, מלעניאל מצוי וחיטת הבר. פה ושם ניתן לראות עצים בודדים כמו אלה אטלנטית וחרוב מצוי.
אזור כפיפת השכבות.
מדרונות הקירטון הפונים מזרחה ונופלים עד למישור הבקעה, והערוצים החוצים אותם.
כמות המשקעים של 150–200 מ"מ והגיר הקשה גורמים לתפוצה רבה של רותם המדבר וצומח סלעים כמו געדה מצויה וכתלה חריפה. כמו כן מצויים כאן קידה שעירה, אוג קוצני וקיצנית צפופת עלים. בדרום מופיע צומח מדברי כמו זוגן השיח וערטל מדברי (בסביבות נחל פרת).
מזרחית לשכבות הגיר הקשה מצויות גבעות קירטון נמוכות ומפאת כמות המשקעים הקטנה ( 200-300 מ"מ) נמצא כאן מלחית אשונה ונואית קוצנית, וגם אוכם מדברי. בתוך הערוצים ניתן למצוא מינים נדירם כמו לבנה רפואי בוואדי עוג'ה, ובואדי קיס הנשפך אליו פורחת בתחילת החורף חלמונית גדולה.
הבקעה.
המישור שבין גבעות הקירטון לבין ביתרונות החואר. חלק ממנו משמש לחקלאות ולמרעה.
במישור זה קרקע מלוחה והשיח המסוגל להתקיים כאן בזכות שורשיו העמוקים הוא מלחית אשונה, ואתו מינים חד שנתיים כגון חיעד ספרדי, עדעד תכול, מלחית עדינה ואספרגולריה דו אבקנית, וליד יריחו אהל מצוי.
במוצאי הנחלים נמצא עצים כמו שיזף מצוי ובדרום זקום מצרי ותפוח סדום.
מזרחית לפצאל מצויה מלחה שבה צומח מלחות: השיחים מלוח קיפח, ימלוח פגום ומיני אוכם. בני שיח כמו בן מלח מכחיל, ועצי אשל. מן העשבוניים נזכיר עדעדית משובלת עדעד הביצות ועדעד מאובק. מצוי כאן גם טפיל בשם טופל אדום.
באזור זה קיימת חורשת סלוודורה פרסית בגבולה הצפוני של תפוצתה.
בנאות המדבר קיימים זקום מצרי, מורינגה רותמית, פתילת המדבר הגדולה, סולנום החדק, בלוטנית אפריקנית ועוד.
ככר הירדן (ע'ור).
שולט כאן צומח של אדמות מלוחות בתנאי יובש: מצפון לארגמן שיחים כמו מלחית אשונה ומלוח קיפח, ודרומה יותר מלחית קשקשנית ואוכם ארץ ישראלי. בדרום הבקעה לעיתים אין כל צומח על הבתרונות עקב היות האזור יבש וצחיח, אך בשנים גשומות מופיעים בחורף חד שנתיים כגון אספרגולריה דו אבקנית, חיעד ספרדי, אהל מצוי, מלעניאל מצוי, לחך סגלגל, גרגרנית כוכבנית, אהרונסונית פקטורובסקי ועוד. ובתוך הערוצים מופיעים השיחים שהוזכרו.
גאון הירדן (זור).
זהו בית גידול לח ומלוח, לאורך הירדן גדלים בצפיפות עצים כמו צפצפת הפרת ואשל היאור. פה ושם ישנן נביעות מים מלוחים ולידם סמר ימי וקנה מצוי. בשטח מלחות שגדלים בהן בן מלח מכחיל ומיני אוכם.
החי.
מבין היונקים אוכלי העשב ניתן לראות עדרים של צבאים בכל חלקי הבקעה,
וגם הדורבן נפוץ בכל השטח. בגאון הירדן נמצאים גם חזירי בר, במקומות מסולעים מושבות של שפני סלע, וארנבות ישנן באזור כביש אלון ובביצת מלחה.
מבין הטורפים שכיח השועל בכל השטח, וכן זאבים וצבועים במידה מועטה יותר. בגאון הירדן ניתן למצוא חתול ביצות, גירית מצויה תן וסמור. בביצת מלחה נמצא קרקל ונמייה. ובאזור כביש אלון נמצא דלק. נמרים נצפו פעמים בודדות בביצת מלחה ובעין סמיה.
היסטוריה.
באזור בקעת הירדן נמצאו מספר אתרים פרה-היסטוריים ובהם אתר מהתקופה הנאוליתית שהתגלה בסמוך לגלגל וכן בסמוך ליריחו, מספר אתרים מהתקופה הכלקוליתית נמצאו בבקעת פצאל וכן מהתקופת הברונזה הקדומה. המחקרים מעידים כי בקעת הירדן הייתה מרכז התיישבותי חשוב והופיעו בה לראשונה טכנולוגיות חדשות כגון הלהב הכנעני וכן קיימת בה עדות לראשית תופעת העיור בארץ ישראל.
בספר יהושע מוזכר גלגל כמקום דרכו נכנסו בני ישראל אל ארץ ישראל. במחקרים עדכניים נמצאו מספר אתרים דומים ותכליתם ממשיכה להיחקר. בקעת הירדן מזוהה עם נחלות שבטי יהודה, גד, ראובן, מנשה ובנימין.
בתקופת בית שני נבנו באזור מספר מבצרים-הצפוני והחשוב שבהם הוא מבצר אלכסנדריון בפסגת הסרטבה. במהלך המרד הגדול, לאחר דיכוי המרידה בגליל, הצבא הרומי ערך מסע כיבושים במישור החוף ובהמשך התקדם דרך בקעת הירדן אל פראיה שהייתה ממוקמת בעבר הירדן המזרחי. לאחר כיבוש אזור בקעת הירדן, הכוחות הרומיים נערכו לכיבוש ירושלים, כאשר עדיין נותרו כיסי התנגדות במצדה ובמכוור שהחזיקו מעמד גם לאחר נפילת ירושלים. לאחר דיכוי המרד, הצבא הרומי המשיך להחזיק מחנות באזור בקעת הירדן.
בתקופה הרומית המאוחרת נקשר נהר הירדן עם עליית הנצרות כמקום שבו לפי האמונה הנוצרית פעל יוחנן המטביל. במהלך התקופה המוסלמית הקדומה ארץ ישראל נכבשה על ידי המוסלמים מידי הביזנטים ומנזרים רבים ננטשו אך בבקעת הירדן חלק מהמנזרים המשיכו לפעול. בניגוד לתקופת שגשוג שהאזור ידע במהלך התקופה המוסלמית, בעקבות קושי של השלטון העות'מאני לשמור על הביטחון באזורי הספר ובשל קרבת הבקעה למדבר, האזור סבל מהזנחה ופשיטות של שבטים נודדים-האחרונה שבהם בקיץ 1947.
ניסיונות לחידוש ההתיישבות היהודית באזור הבקעה החלו עוד בתקופת השלטון העות'מאני אך הוכתרו בהצלחה רק בתקופת המנדט הבריטי, כאשר הוקם קיבוץ בית הערבה על אדמות הזיכיון של חברת האשלג בים המלח. לאחר אישור תוכנית החלוקה בכ"ט בנובמבר הקיבוץ נותר מחוץ לגבולות המדינה היהודית ולמחרת הכרזת המדינה ניתנה הוראת פינוי לקיבוץ.מ-1948 ועד 1967 הייתה הבקעה תחת שלטון ירדן.
במלחמת ששת הימים נכבשה הבקעה על ידי ישראל, והיא הקימה בה יישובים חקלאיים, לפי תוכנית אלון. לאחר המלחמה החל באזור מאבק מתמשך במחבלים פלסטינים שחדרו דרך הגבול עם ירדן, שבעקבותיו הבקעה קיבלה את הכינוי ארץ המרדפים. בעקבות פעילות חטיבת הבקעה ולאחר שהצבא הירדני החל לפעול ביד חזקה כנגד המחבלים, השקט חזר.
בעקבות הסכם אוסלו בשנות ה-90, הוכרזו קרוב ל-90% משטחי הבקעה כאזורים בשליטה ישראלית מלאה (שטחי C). שטחים אלו מהווים כ־40% מכללי שטחי C.
התיישבות ישראלית בבקעה.
החלק בין נהר הירדן לבין המורדות המזרחיים של יהודה ושומרון נכבש על ידי צה"ל במלחמת ששת הימים, והוקמו בו יישובים חקלאיים על פי "תוכנית אלון" בהתאם לתפיסה הביטחונית שמיקום היישובים הוא שיסמן גבולות בני הגנה ושמקומה הגאוגרפי של ירושלים, על מנת שתתפקד כבירה, במרכז הארץ ולא בגבולה המזרחי. יגאל אלון התווה תוכנית שעל פיה תוקם שדרה כפולה של יישובים בבקעה: קו יישובים אחד יימתח לאורך כביש הבקעה והאחר לאורך ציר שנקרא על שם תוכניתו "כביש אלון" במדרונות מזרח השומרון. התוכנית הביאה להקמת יישובים בעלי אופי חקלאי בבקעת הירדן.
גם האדריכל אברהם וכמן פרסם את אסטרטגיית ההתיישבות בבקעת הירדן שנקראת "תוכנית השדרה הכפולה" והגישה לשר ישראל גלילי. על פי תוכניתו זו בקעת הירדן כלולה בשטח השידרה המזרחית של מדינת ישראל מהחרמון בצפון, דרך בקעת הירדן ועד הערבה, אילת ואופירה.
היישובים הוקמו בשלושה שלבים:
במרץ 2011 ביקר ראש הממשלה בנימין נתניהו בבקעת הירדן והכריז שבכל הסדר עתידי תהיה נוכחות ישראלית בבקעת הירדן. נתניהו הוסיף ש"קו ההגנה של ישראל מתחיל בבקעת הירדן", אם הקו הזה ייפרץ יהיה ניתן להעביר טילים ליהודה ושומרון ומשם לירות על חיפה ותל אביב. בין 2016 ל-2018 הוקמו בבקעה מספר מאחזים בלתי חוקיים ובהם המאחז בתחומי שמורת הטבע אום זוקא. הקמת המאחזים הבלתי חוקיים הביאה לגידול ניכר במספר העימותים עם פעילי זכויות אדם ולהקמתה של "קואליציית הבקעה".
אוכלוסייה.
באזור בקעת הירדן חיים כ־65,000 פלסטינים וכ־22,500 ישראלים יהודים, מהם 14,300 ביישובים שבמועצה אזורית עמק הירדן, בצפון הבקעה, ו-6,100 בהתנחלויות במועצות האזוריות ערבות הירדן ומגילות השייכות למחוז יהודה ושומרון.
קצב גידול האוכלוסייה בשנות האלפיים איטי באופן יחסי בשל חוסר הוודאות המדיני אשר לעתיד האזור. עם זאת ניכרת יציבות בגידול היישובים בעיקר בגוש הצפוני - היישובים הדתיים מחולה, שדמות מחולה, חמדת ורותם, לקראת סוף העשור השני של המאה ה-21, קצב גידול האוכלוסייה החל לגדול בקצב מוגבר וב-2021, כמות התושבים חצתה את ה-6,000.
יישובים פלסטיניים בבקעה.
בתקופת השלטון הירדני 1948–1967 יושבו בבקעה עשרות אלפי פליטים פלסטינים. ב-1961 מנתה יריחו 10,441 תושבים, והבקעה כולה 64,000 תושבים, רובם פליטים. במלחמת ששת הימים ברחו עשרות אלפי פלסטינים אל מעבר לנהר הירדן, והבקעה התרוקנה ממרבית תושביה. בין היישובים הפלסטינים בבקעה: יריחו, פארעה אל-ג'יפתליק, עקבת ג'בר, עוג'ה א-תחתא, ברדלה, עין אל-בידה, פסאיל, זובידאת, מרג' נאג'ה, באב אל נקב, אל-עקבה, אבזיק וח'רבת חומסה.
חלקי בקעת הירדן המערבית.
בקעת הירדן המערבית שבשלטון ישראל מתחלקת לארבעה חלקים (מצפון לדרום):
חלקי בקעת הירדן המזרחית.
בקעת הירדן המזרחית שבשלטון ירדן מתחלקת ל-12 חלקים (מצפון לדרום):
1.ע'ור פרעה
2. ע'ור ו'חדנה
3. ע'ור בלוינה
4. ע'ור אבו עוביידה ( עמק סוכות )
5. ע'ור אל מסעיד
6. ע'ור דמיה (אדם העיר )
7. ע'ור אל כתר
8. ע'ור כביד