בהוצאת "הספרייה הציונית" ראה אור גם כתב העת שיבת ציון, שנתון שהתפצל מן הרבעון "ציון", אשר עסק בשנים אלה בחקר ההיסטוריה היהודית בטרם הציונות. "שיבת ציון" נערך על ידי דינור, ושימש בימה להצגת מחקרים בנושא הציונות מן ההיבטים החברתיים התרבותיים, הדיפלומטיים והכלכליים. רוב המאמרים בכתב העת זה שילבו בין כתיבה היסטורית לבין מחויבות אידאולוגית עמוקה לציונות ולתנועת העבודה. איש האקדמיה יעקב כ"ץ, שהיה מוסמך לרבנות, סוציולוג והיסטוריון הציג גישה שונה ואחרת. הוא השתמש במחקריו בשיטות שהובאו ממדעי החברה והציג עמדה לכאורה מרוחקת, שהושפעה כביכול פחות מאידאולוגיה ציונית.
לעומת ההיסטוריוגרפיה של ראשית היישוב ראתה במבשרי הציונות מנהיגים של זרמי מחשבה קובעים בתולדות העם היהודי; זרמים אשר הולידו את הציונות המודרנית. כ"ץ סבר, חלק מן המבשרים לא התברכו ב"פוריות חברתית"; כלומר דעותיהם לא השפיעו על השיח בעם היהודי, לכן אין לראותם כמבשרי הציונות.
שנות השישים ואילך.
הקמתה של מדינת ישראל והפיכתה לעובדה בזירה הבינלאומית, הקרינה על כתיבה היסטורית בשנות ה-60. המחקר ההיסטורי נגע בתחומים חדשים, שלא נחקרו על ידי החוקרים הוותיקים. פרט לחקר התנועה הציונית עצמה, הכיל המחקר נושאים כמו חקר היחסים בינלאומיים של היישוב היהודי והמעצמות הזרות, התפתחות האידאולוגיה הציונית על רקע תנועות הימין והשמאל באירופה והתפתחות התנועה הלאומית הערבית. מוקד המחקר התרכז במדינת ישראל ובתהליכם שהובילו ליצירתה; גם כאשר תהליכים אלו קרו בגולה היה הדגש המחקרי על הזיקה לארץ ישראל כישות טריטוריאלית. העיסוק בהיסטוריה מדינית הצריך רכישת כלים חדשים מעבר ללימודי היהדות – שליטה בהיסטוריה כללית ובמדעי המדינה.
בעשורים הראשונים של המדינה צמח דור חדש של היסטוריונים; חלקם היו פעילי מחתרות ולוחמים בקרבות מלחמת העצמאות. לפיכך הם הרגישו מחויבות רבה למדינה. אך בניגוד לקודמיהם, חלקם לא היו מחויבים לקו המפלגתי של תנועת העבודה ולא ראו צורך לשמש עסקני ציבור או תועמלנים, אלא ראו עצמם כאקדמאים ציוניים. כך למשל, ההיסטוריון יהודה באואר, שלאחר השתתפותו כחייל במלחמת העצמאות, היה סטודנט להיסטוריה בבריטניה ובאוניברסיטה העברית בירושלים. נושא עבודת הדוקטור שלו היה "הפלמ"ח וההגנה על רקע המדיניות הציונית במלחמת העולם הראשונה". בשנת 1960 פרסם באואר את ספרו הראשון דיפלומטיה ומחתרת במדיניות הציונית. הוא אף שילב את חקר השואה בהיסטוריה של הציונות, ועסק בנושאים חדשים במחקר כמו הבריחה ופעילות הג'וינט.
ההיסטוריון ישראל קולת, אשר בתחילת דרכו כתב עבודת דוקטור בשם "אידאולוגיה ומציאת בתנועת העבודה 1905–1919". היה מחויב לתפיסת העולם הציונית-הסוציאליסטית. הוא המשיך לעסוק לאורך שנות פעילותו בקשר שבין האידאולוגיה הציונית להגשמתה. קולת שאף להפוך את ההיסטוריה של היישוב לתחום מחקר העומד בסטנדרטים מדעיים "אובייקטיביים", ובראש ובראשונה להבדיל בין אידאולוגיה, גם של ההיסטוריון וגם של מושא המחקר לבין ההיסטוריה האובייקטיבית. במידה רבה הושפע קולת במחקריו ממורו, ההיסטוריון יעקב טלמון, שביקר את המשטרים המודרניים, אשר בביסודם האידאולוגיה המוחלטת, המצדיקה כל עוולה שנועדה להביא לעתיד אוטופי לכאורה, ואופיים הוא למעשה "דמוקרטיה טוטליטרית".
רוב ההיסטוריונים שהחלו את פעילותם בשנות ה-60 וה-70 היו ישראלים ילידי הארץ או כאלו שעלו בגיל צעיר; ולכן חשו במידה מסוימת ניתוק מנטלי מן הגולה, וחלקם לא ידעו מינקותם שפות רווחות אצל יהדות התפוצות. מחקריהם בתולדות הציונות בארץ ישראל, היו כבר מרוחקים דיים מן האירועים המכוננים של הציונות: העליות הראשונות, התגבשות תנועת העבודה והקמת המדינה. הריחוק אפשר להם אולי לבחון בראייה ביקורתית את האמיתות המקובלות שנושאים כגון הסכסוך הערבי-יהודי, יחסי החלוצים עם איכרי המושבות ויחסי "היישוב המאורגן" עם התנועה הרוויזיוניסטית. אחד הספרים הביקורתיים הראשונים בתחום תולדות היישוב הוא ספרו של יונתן שפירא: אחדות העבודה ההיסטורית- עצמתו של ארגון פוליטי, אשר בחן את מפלגת אחדות העבודה ואת חתירתה להגמוניה ביישוב היהודי ללא הסתמכות אידאולוגית.
במקביל התפרסמה בשנים אלה ספרות היסטוריוגרפית מעורבת בזכרונות ובטענות פוליטיות, על ידי מנהיגי מפלגות וארגונים ציונים מימין ומשמאל, כגון ספריהם של מנחם בגין, ישראל אלדד ונתן ילין-מור; ספרות זו העלתה על נס את תרומתם של הארגונים הלח"י והאצ"ל שהתמודדו עם שליטתה של מפא"י; וכן, הם טענו לבכורה ביעד שהושג: גירוש הבריטים מהארץ.
בשנות ה-60 ובהמשך בשנות ה-70 הוקמו מספר מכוני מחקר של הציונות ומדינת ישראל: באוניברסיטה העברית הוקם המכון ליהדות זמננו, ובאוניברסיטת תל אביב הוקם המכון לחקר הציונות וישראל; מכוני מחקר נוספים חוץ-אוניברסיטאיים כללו את יד יצחק בן-צבי, המכון למורשת בן-גוריון בשדה בוקר, ומרכז זלמן שזר.
מלחמת ששת הימים (1967) הביאה להתעניינות מחודשת במפעל הציוני בארץ ובעולם. עם הספרים שיצאו לאור באנגלית ותורגמו בהמשך לעברית נמנים תולדות הציונות מאת זאב לאקוויר, והמהפכה הציונית מאת דוד ויטל, שעסקו שניהם ביישוב טרום-המדינה. עם זאת, בשנים אלו הושמעו לראשונה קולות שוללים מרכיבי יסוד של תפיסת העולם הציונית ביישוב, תהא "ימנית" או "שמאלית" מתוך הממסד האקדמי הישראלי; כך למשל, ספרהּ של אניטה שפירא מאוניברסיטת תל אביב בשם: המאבק הנכזב – המאבקים לעבודה עברית 1929–1939.
מגמת הפקפוק בהנחות היסוד של הציונות עלתה בקנה אחד עם זרם השמאל החדש והפוסט מודרניזם שהחל מתגבש בסוף שנות ה-60 במערב אירופה ובארצות הברית. זרמים אלו ביקרו את החברה המערבית וערכיה הקפיטליסטיים, והאשימו אותה בניצול קבוצות מיעוט כגון תושבי העולם השלישי, עניים, נשים ומהגרים. את ראיית העולם הרואה במדע המדינה, בסוציולוגיה ובהיסטוריה אסכולות מחקר אמפיריות החליף הרלטיביזם התרבותי, הגורס כי אין אמת אחת מוחלטת, אלא יש נרטיבים שונים לכל קבוצה, שאין בהם אחד הצודק יותר מאחר.
בשנים שלאחר מלחמת ששת הימים חזר הסכסוך הישראלי-פלסטיני לסדר היום הציבורי הישראלי, לאחר שבמשך תשע-עשרה השנים הראשונות לקיומה של ישראל לכאורה הודרה הבעיה הפלסטינית מסדר היום. בין המחקרים העוסקים ביחסי יהודים ופלסטינים שזכו לתשומת לב רבה בעת ההיא היו של יהושע פורת מהאוניברסיטה העברית, אשר ראו אור בספרו צמיחתה של התנועה הערבית-הפלסטינית, 1918–1929, ובספרו ממהומות למרידה, התנועה הלאומית הערבית הפלסטינית 1929 - 1939. מחקרים אלו תרמו לראיה רב-צדדית של תולדות היישוב, בניית כח המגן היהודי ומהלכי המדינאים בשירות התנועה הציונית.
שנות השבעים.
בעשור זה התגברה חשיפתן והוצאתן לאור של תעודות ומקורות מימי ראשית הציונות בארץ ישראל והעליות הראשונות. כותבי ההיסטוריוגרפיה פנו למחקר מקורות שיטתי, לא רק מארכיונים של מוסדות הווה רשמיים, אלא גם ממחסניהם ומרתפיהם של ארגונים ואישים, לאחר פירוקם או פטירתם של אלה; וכאמצעי מתודולוגי בניסיון להציג את האמת ההיסטורית כפי שהייתה במלאתה. כך למשל, נהגה שולמית לסקוב בספרה: הביל"ויים של אשר בקשה להראות לא רק את הישגיהם של אנשי ביל"ו, אלא את סבלם, אי התקבלותם בראשית דרכם, ו"את חבלי ההתיישבות המחודשת בארץ-ישראל", ולאחר כעשור בספרה מרשומות אחד הביל"ויים, חיים חיסין, אשר כלל מכתבים ויומנים נשכחים.
במקביל, התגברה הוצאתם לאור של אוטוביוגרפיות אשר חשפו גנוזות ונסתרות בהיסטוריה הישראלית מאז העלייה הראשונה ותרמו להצגתה מנקודת מבטם ותודעתם העצמית של חלוצים ומנהיגים. כזה למשל, היה ספרו של דוד הורוביץ, ששימש נגיד בנק ישראל בשם האתמול שלי, אשר זכה לתהודה ציבורית והפך למקור עבור כותבי ההיסטוריוגרפיה. ביוגרפיות נחשבו בעבר לז'אנר בעייתי, כיוון שנחשדו במחויבות אידאולוגית ובחוסר מדעיות. הביוגרפיה, המעלה עצם טבעה על נס את פועלו של אדם מסוים על חשבון הקולקטיב, ולא הייתה נפוצה בעשורים הראשונים של מדינת ישראל. אולם בעשור זה השתנתה המגמה, והופיעו מספר ביוגרפיות של אישים ציוניים מרכזיים, בהם וביוגרפיה על ברל כצנלסון מאת אניטה שפירא, וביוגרפיות שכתבו אנשי ציבור ועיתונאים, על דוד בן-גוריון מאת מיכאל בר-זוהר ושבתי טבת, ביוגרפיה על הרצל מאת עמוס אילון.
שאלות הרצף והתמורה בין העליות לארץ ישראל ומהותן עד שנת תרמ"ב 1881 ואחריה. עלו מחדש לסדר היום המחקר והציבורי בשלהי העשור, אף שתחילתן כבר בשנות השישים. בהיסטוריוגרפיה של העלייה הראשונה, יש הרואים את ניצניו של המפעל הציוני בארץ במפעלים וביוזמות של אנשי היישוב בטרם תרמ"ב 1882; ולעומתם, יש הסוברים, אמנם מיעוט בין חוקרי היישוב, כי העולים מראשית המאה ה-19 הכינו את התשתית הרעיונית, החברתית, המוסדית והכלכלית לקליטת היהודים שהגיעו ארצה ברבע האחרון של המאה. ויש הסוברים, כי משנת תרמ"ב נפתחה הראשית של ההווייה העברית הריבונית בארץ ישראל. הדיון על כך בין החוקרים אריה מורגנשטרן, ישראל ברטל ואחרים אשר נמשכה גם בעשור הראשון של המאה ה-21.