תוצאות הסקרים שנערכו בח'רבת רפיד הסמוכה לשילה מלמדות בין השאר על יישוב שהתקיים באתר בתקופות הברונזה הקדומה והתיכונה. במהלך הסקר הנוכחי תיעדנו במקום קטעי חומה וסוללת עפר במדרונות הצפוני והמערבי של גבעת האתר. שרידים אלו מזכירים את חומות ערי הברונזה התיכונה באזור ההר (כדוגמת שילה הסמוכה) ובארץ-ישראל בכלל.
דוגמאות נוספות לשרידי בנייה מרשימים שנחשפו לא מכבר בחפירת שוד ותועדו בסקר הנוכחי יש בח'רבת קרניעה שמצפון לבית חורון ובח'רבת אבו רווע הסמוכה לאריאל. תוצאות הסקרים שנערכו בח'רבת קרניעה מצביעות על יישוב יהודי מבוצר שהתקיים במקום במהלך ימי הבית השני ועד מרד בר כוכבא. האתר מוקף בחומה מסיבית ברוחב 2–3 מ' הבנויה אבני שדה ואבנים מהוקצעות גדולות. בצדו המזרחי זוהו בקדמת החומה קיר קדמי וריכוז של קירות בנויים היטב, העשויים להצביע על מיקומו של שער בחומה. במרכז האתר תועדו שרידי מבנה גזית מרשים, שנחשפו לא מזמן במהלך חפירת שוד. שרידים אלו כוללים שלושה קטעי קירות ניצבים זה לזה היוצרים מעין תוכנית אולם צר ומאורך. הקירות בנויים אבני גזית גדולות (באורך 1.2–1.9 מ') שלמקצתן סיתות שוליים עדין. שרידים אלו עשויים ללמד על מבנה ציבור שעמד במקום בתקופה הרומית הקדומה וייתכן שמדובר בבית כנסת. ח'רבת אבו רווע היא אתר יישוב כפרי מסוף ימי הבית השני עד ראשית המאה הב' לספירה בגבולה הצפוני של יהודה. במקום תועדו מבנים רבים. בחלקו המערבי של האתר נמצאו שני בסיסי עמודים, שנחשפו לא מזמן בחפירת שוד, המצביעים על מבנה מפואר שהיה במקום וייתכן שמדובר בשרידי וילה רומית או בית כנסת.
פעולות השוד הנרחבות מאפשרות להעריך מחדש וביתר דיוק את שטחם של האתרים ואת תקופות שיא יישובם.
חללים תת-קרקעיים.
אחד החידושים העיקריים בסקר זה הוא הדגש שהושם על בדיקת חללים תת-קרקעיים באתר ובסביבתו. התייחסות זו הביאה לגילויָם של עשרות מערכות מסתור, מקוואות טהרה, מערות קבורה ובורות אחסון. במקרים רבים הניבה בדיקת חללים תת-קרקעיים אף ממצאים המסייעים בתיארוך שלבי השימוש בהם.
דוגמה לכך היא המערכת התת-קרקעית שתועדה בח'רבת אל-מרג'ים שבשוליו המזרחיים של אזור הסקר, לצד כביש אלון ומדרום לכפר א-דומא. המערכת כוללת ארבעה בורות פעמון קטנים, סמוכים זה לזה, שחוברו ביניהם על ידי חציבת מעברים צרים והסרת דפנות משותפות. פתחי הבורות נסתמו באבנים ובדופנותיהם נחצבו מחילות מסתור קצרות. בקרקעית המערכת התגלו שברי כלי חרס מתקופת הברזל II ומהתקופה הרומית הקדומה וביניהם נר דיסקוס. תוכנית המערכת וממצאיה מצביעים כי שימשה למסתור בימי מרד בר כוכבא. גילוי כלי החרס מתקופת הברזל עשוי ללמד על כך שחלק ממרכיבי המערכת, כפי הנראה בורות הפעמון, נחצבו ושימשו עוד במהלך תקופה זו (כבורות אחסון). תוצאות הסקרים בח'רבת אל-מרג'ים מלמדות כי תקופת היישוב העיקרית במקום הייתה הברזל II ואילו תקופות אחרות, ובכלל זה התקופה הרומית, כמעט שאינן מיוצגות בממצא. מערכת המסתור שבמקום, המשויכת לימי בר כוכבא, מצטרפת לעשרות מערכות נוספות שתועדו בכל רחבי אזור הסקר הנוכחי. חלקן, כדוגמת זו שבח'רבת אל-מרג'ים, התגלו באתרים שעל גבול המדבר. מערכות אלו עשויות ללמד על תופעה ייחודית לאזור ספר המדבר – חציבת מערכות מסתור באתרי יישוב קדומים שהיו עזובים בתקופה הרומית.
בחלק ניכר ממערכות המסתור נאספו ממצאים שעשויים ללמד על מועד התקנתן ועל תקופות השימוש בהן ובמרבית המקרים מדובר בימי מרד בר כוכבא. עיון במפת התפוצה העדכנית של מערכות המסתור שבתחום הסקר מלמד על השתתפותם הפעילה של תושבי צפון הר יהודה במרד השני נגד הרומאים.
האתר העשיר ביותר במערכות מסתור שתועד במחקר הנוכחי היא ח'רבת א-שונה, הממוקמת מדרום לכפר דיר עמר, בחלקו הדרום-מערבי של אזור הסקר. כאן תועדו שרידי יישוב גדול שהתקיים מתקופת הברזל ועד התקופה הביזנטית. בין השרידים שתועדו שמונה מערכות מסתור טיפוסיות מימי מרידות היהודים ברומאים וביניהן מערכת שאורכה למעלה מ-100 מ'. מערכת זו היא הגדולה מבין מערכות המסתור הידועות בצפון הרי יהודה. היא כוללת מרכיבים אדריכליים שונים האופייניים למערכות מסתור: מחילות בחתך טיפוסי של מחילה צרה ובעלת תקרה קשותה, המאפשר מעבר רק בזחילה, מתקני נעילה, שינוי מפלס לאורך המחילה, חדרי מסתור, שקעים לנרות בדפנות, שילוב חללים קדומים וסתימה מכוונת של פתחים. נוסף לאלו שולבו במערכת ארבעה אולמות ענק חצובים בסלע, שיכלו לשמש לאחסון מזון וציוד צבאי וכן לשהייה במקום ולהתארגנות מאות אנשים לפרקי זמן ממושכים. ברחבי המערכת נאספו מאות שברי כלי חרס, מרביתם מתוארכים לימי מרידות היהודים ברומאים.
בחינה שיטתית של החללים התת-קרקעיים באתרי הסקר הנוכחי הביאה לגילויָם של עשרות מקוואות טהרה טיפוסיים לסוף ימי הבית השני. לעיתים קרובות התגלו מתקני מים שבקרקעיתם הצטבר סחף רב, שכיסה את המדרגות, והם זוהו כמקוואות טהרה על-סמך תוכניתם האדריכלית. בין המקוואות שתועדו ראויים לציון תריסר מקוואות בעלי שני פתחים צמודים, כדי לאפשר הפרדה בין היורדים והעולים מהטבילה. מקוואות מעין אלו היו מוכרים עד כה בעיקר מירושלים ומסביבותיה ונמצאו רק דוגמאות בודדות במרחב הכפרי המרוחק מן העיר. ממצאי הסקר הנוכחי מצביעים על כך שסדרי הפרדה רווחו גם במרחב הכפרי של צפון יהודה. אחת הדוגמאות הבולטות למקווה מטיפוס זה תועדה בתל תמנה (ח'רבת תבנה), השוכן ממערב לנווה צוף ומצפון-מערב לכפר דיר נזם ומזוהה עם תמנה, בירת פלך בתקופות הרומית והביזנטית. למרגלות התל ולצד הדרך העתיקה אנטיפטריס–גופנא תועד מקווה טהרה ציבורי בעל שני פתחים שצורתו רבועה ומידותיו 5.5X6.5 מ'. יש להניח שהוא שימש את עולי הרגל שפקדו את המקום בדרכם לירושלים בשלהי ימי הבית השני. מקוואות דומים התגלו בין השאר לאורך הדרך המובילה מחברון לירושלים. דוגמה נוספת לאתר שהתגלו בו מקוואות מטיפוס זה היא ח'רבת קרניעה. במהלך הסקר הנוכחי תועדו במקום חמישה מקוואות טהרה, בשניים מהם הותקנו סדרי הפרדה.
קברים וקבורה.
תפוצתן הנרחבת של מערות קבורה חצובות, והאפשרות לתארך אותן על-סמך תוכניתן האדריכלית גם בלי חפירה, הופכות אותן לכלי מרכזי בהכרת אופיו ותולדותיו של היישוב הקדום שהן משתייכות אליו. בחינה מדוקדקת של נקרופוליס עשויה לתרום רבות להכרת תחום האתר וגבולותיו, תקופות היישוב בו, הזהות האתנית של תושביו וכן עוצמת היישוב בתקופות קיומו. בחינת תפרוסת מערות הקבורה לסוגיהן עשויה לאפשר להתחקות גם אחר תהליכים היסטוריים ודמוגרפיים שפקדו את האזור.
במסגרת הסקר הנוכחי תועדו מאות מערות קבורה מתקופות שונות ונמדדה תוכניתן של עשרות מערות נבחרות. טיפוסי הקברים העיקריים שהובחנו הם קברי אצטבאות, קברי כוכים, קברי מקמרים וקברי ארגז. קברי האצטבאות הם הקברים המזוהים ביותר עם תקופת הברזל, אף שיש גם קברים מטיפוס זה המוכרים מהתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה. קיים דמיון רב בין קברי האצטבאות של תקופת הברזל לאלו של ימי הבית השני, אולם ממצאים שפורסמו מקברים חתומים ודוגמאות מאתרים חד-תקופתיים מאפשרים להבחין כרונולוגית בין שתי הקבוצות. קברי האצטבאות מתקופת הברזל מוכרים בעיקר בהר יהודה והיו עד כה נדירים בשומרון. במסגרת הסקר הנוכחי תועדו עשרות קברי אצטבאות משתי התקופות.
אחד האתרים הבולטים שתועדו בהם קברי אצטבאות מתקופת הברזל הוא ח'רבת עררה. באתר זה נמצאו חמישה קברי אצטבאות (מלבד שלושה קברי כוכים), אחד מהם בייחוד מרשים בצורתו ובאיכות חציבתו. קבר זה כולל חדר קבורה ובו שלוש אצטבאות החצובות סביב בור עמידה. בקצה כל אצטבה חצובה כרית להנחת ראשי הנקברים ומתחת לאחת האצטבאות חצוב כוך גדול לליקוט עצמות. תיארוך קברים אלו לתקופת הברזל II מתבסס על מאפייניהם האדריכליים וכן על שברי כלי חרס בני התקופה שנמצאו בכמה מהם. ממצאי הנקרופוליס בח'רבת עררה מצטרפים לנתונים אחרים שעלו בסקר, המצביעים על עוצמתו של היישוב במקום בתקופת הברזל.
במהלך הסקר נמצא קבר אצטבאות מטיפוס יוצא דופן, אשר טרם זכה לדיון במחקר. טיפוס זה שונה מקבר האצטבאות השכיח בכך שהאצטבאות לא נחצבו לאורך דפנותיו של חדר רבוע אלא בתוך נישות מלבניות (מעין מקמרים רבועים) החצובות בדפנות החדר. במחקר ידוע על קברים כאלה באתרים שונים באזור יהודה, כדוגמת תל א-נצבה, קלנדיה, תל עיטון וחורבת זעק. מסתבר שקבר מטיפוס זה הוכנס לשימוש עוד בתקופת הברזל ושימושו נמשך גם בימי הבית השני. על-סמך ניתוח ראשוני של הקברים מטיפוס זה שנמצאו בסקר, יש לשער כי חלקם נחצבו בתקופת הברזל וחלקם במהלך ימי הבית השני, ככל הנראה בטרם נפוץ השימוש בקברי כוכים.
מרבית הקברים שנמצאו בסקר הם קברי כוכים. קברים אלו מתוארכים לתקופות ההלניסטית המאוחרת והרומית הקדומה ואופייניים, בין היתר, להתיישבות היהודית ביהודה. מבין מאות קברי הכוכים שתועדו, בולט הנקרופוליס של תל תמנה (ח' תבנה). מאז המאה הי"ט נסקר האתר בידי חוקרים רבים, שהתמקדו על פי-רוב בתיאור שרידי הנקרופוליס שמדרום לתל. במסגרת הסקר הנוכחי נערך מיפוי מפורט של שרידי היישוב והנקרופוליס. בסביבת התל אותרו עשרים ושניים קברים מטיפוסים שונים, מרביתם בעלי כוכים. תשעה מבין הקברים הם יוצאי דופן בגודלם, ויש להוסיף עליהם קבר בעל אומנות חצובות מצפון-מערב לתל. בחמישה מן הקברים נמצאו שברי גלוסקמאות ובארבעה מהם התגלו חרסים מן התקופה הרומית, כולל שברי נרות מקורצפים, נרות דיסקוס ונר דרום. אופיו של הנקרופוליס, הכולל כאמור קברי כוכים רבים וביניהם קברים מרשימים בגודלם, מלמד על חשיבותו של היישוב תמנה הסמוך בפרק זמן זה.