לאחר התפרקות ברית המועצות חיפשה רוסיה הזדמנות לחזור לעמדת השפעה ברמה הבינלאומית. בין השאר ניסתה רוסיה לחזור לעמדת השפעה גם במזרח התיכון אך הבינה כי לא תוכל לעשות זאת אם לא תיתפס כצד אובייקטיבי בקונפליקט הישראלי-פלסטיני. לפיכך, מיד עם חידוש היחסים הדיפלומטיים בשנת 1991, החלה רוסיה בהידוק היחסים עם ישראל על מנת להפוך לשותף אסטרטגי של ארצות הברית בחיפוש אחר פתרון לסכסוך הישראלי-פלסטיני. כחלק מפעילות זו, בשנת 2002 הוקם "הקווארטט" במסגרתו הוסיפה רוסיה לפעול בנושא ולנסות להשפיע על הצדדים. אך גם במסגרת זו היו יכולותיה של רוסיה מוגבלות למדי בהשוואה לשותפות האחרות. רוסיה ניסתה לתווך בין ישראל לערפאת בניסיון לעצור את האינתיפאדה השנייה, אך ללא הועיל.
אינטרס נוסף של רוסיה ביחסיה עם ישראל הוא הניסיון הרב שצברה ישראל בלחימה מול ארגוני טרור אסלאמיים. לאחר פרוץ מלחמת צ'צ'ניה השנייה פנתה רוסיה לישראל בבקשה לחלוק עמה מידע וניסיון בתחום זה. בשנת 2000 ביקר חבר הכנסת נתן שרנסקי ברוסיה והביע את תמיכתה של ממשלת ישראל בפעילותה של רוסיה נגד הטרור הצ'צ'ני. כך הפכה ישראל לאחת המדינות היחידות במערב אשר הביעו תמיכה ברוסיה בעניין זה.
בכלי תקשורת דווח על נכונותה של רוסיה להשתמש בשנת 2016 בזכות הטלת ווטו למען מניעה של הקמת מדינה פלסטינית בקווי ה-1948.
ב-4 באפריל 2019, הוחזרו חפצים של חלל צה"ל זכריה באומל. לאחר המפגש בין נתניהו לפוטין, נערך טקס שבמהלכו מסר רמטכ"ל צבא רוסיה ולרי גרסימוב לנתניהו, ארון עטוף בדגל ישראל ובתוכו שרידי חפציו של באומל – סרבל ונעליים.
ב-23 בינואר 2020 הגיע פוטין לישראל כדי להשתתף בפורום השואה העולמי החמישי, הנערך ביד ושם, ולחנוך אנדרטה בירושלים לזכר המצור על לנינגרד, ונפגש עם נתניהו ועם נשיא המדינה, ראובן ריבלין.
בין אפריל 2019 לינואר 2020, התקיימה פרשת נעמה יששכר ובמהלכה נעצרה ברוסיה אזרחית ישראלית-אמריקאית, בשם נעמה יששכר, בגין אחזקת 9.5 גרם חשיש, ובית המשפט הרוסי הרשיעה בעבירת הברחת סמים וגזר עליה שבע וחצי שנות מאסר. מדינת ישראל פעלה לשחרורה המוקדם. ב-29 בינואר 2020 הוענקה לה חנינה והיא שבה לישראל. מחוות כלפי רוסיה נקשרו סביב הפרשה והוכחשו. אחד מהם היה מועורבות ישראלית במחלוקת בין גופים רוסיים על מעמד חצר אליזבטה וחצר אלכסנדר (ירושלים). רוסיה רצתה שהצד הישראלי יסייע בהעברת המתחם לרוסיה. הנושא אף הוגדר בשנת 2022 כנושא ש"בראש סדר היום של יחסי רוסיה–ישראל כבר תקופה ארוכה".
משבר ביחסים בעקבות הפלישה הרוסית לאוקראינה.
ב-5 במרץ 2022 נפגש ראש ממשלת ישראל נפתלי בנט במוסקבה עם פוטין, על מנת לדון על הפלישה הרוסית לאוקראינה. הפגישה נעשתה בתיאום עם ארצות הברית, צרפת וגרמניה. מהקרמלין נמסר כי בנט הציע לתווך במגעים מול נשיא אוקראינה, וולודימיר זלנסקי. בהמשך היום המריא בנט לברלין, בירת גרמניה, לפגישה עם קנצלר גרמניה, אולף שולץ. לפני הפלישה ואחריה, מצד אחד ישראל הביעה עמדה עקרונית זהה לזו של מדינות המערב בנושא הסכסוך האוקראיני-רוסי והתנגדה לפלישה, אך מצד שני בישראל נזהרו שלא להתעמת עם הרוסים. זאת בשל הנוכחות הרוסית בסוריה, שם נאבקה ישראל בהתבססות איראן בסוריה.
באפריל 2022 לאחר הטבח בבוצ'ה, גינה שר החוץ יאיר לפיד בחריפות את רוסיה על הטבח ואף כינה אותו פשע מלחמה.
במאי 2022 נרשם משבר יחסים בין המדינות, לאחר ששר החוץ הרוסי, סרגיי לברוב טען שאדולף היטלר היה יהודי והשווה אותו לנשיא אוקראינה זלנסקי. בישראל גינו את התבטאותו והזמינו את השגריר הרוסי לשיחת הבהרה. מאוחר יותר נשיא רוסיה ולדימיר פוטין התנצל על דבריו. לאחר מכן ביום העצמאות נשיא רוסיה ולדימיר פוטין שלח איגרת ברכה שבו הוא איחל שגשוג למדינת ישראל וקיווה כי היחסים בין רוסיה לישראל ימשיכו להתפתח.
ביולי 2022 נרשם משבר חמור נוסף ביחסים בין המדינות כאשר רוסיה איימה כי תסגור את פעילות משרדי הסוכנות היהודית ברוסיה בעקבות עמדתה של ישראל לטובת אוקראינה במהלך המלחמה. על אף טענות הרוסים שהבעיה היא משפטית ולא מדינית, דוברת משרד החוץ במוסקבה תקפה את "המנהיגות הישראלית והמדיניות הפרו-אוקראינית שבה ישראל דוגלת". ישראל בתגובה ביקשה הבהרות מרוסיה לגבי ההליך המשפטי נגד הסוכנות היהודית ואף איימה שהאירוע ישליך על היחסים.
יחסי כלכלה ומסחר.
רוסיה היא הכלכלה ה-11 בגודלה בעולם. ישנו גידול מתמיד בהיקף המסחר בין ישראל לרוסיה. בשנת 2008 נרשם גידול של 28% בייצוא סחורות לרוסיה, לעומת זאת נרשמה ירידה בהיקף הייבוא ממנה בכ-4% לעומת שנת 2007. סה"כ היקף המסחר הסתכם בכ-1.5 מיליארד דולר.
מינהל סחר חוץ במשרד הכלכלה מפעיל נספחות כלכלית במוסקבה. בין תפקידיה: סיוע לתעשייה הישראלית מול השוק הרוסי ומשיכת השקעות והרחבת שיתוף פעולה אסטרטגי. הנספח הכלכלי ברוסיה הוא מארק קנר. רוסיה מייבאת גרעיני חמנייה וודקה לישראל.
סיוע אווירי בכיבוי שריפות.
בשנת 2010 בזמן אסון הכרמל ובשנת 2016 בזמן גל שרפות שהתרחש אז שלחה רוסיה מטוסי ענק לישראל על מנת לעזור לה בכיבוי שריפות.
שיתוף פעולה בתחום התרבות, המדע והחינוך.
היחסים בתחום התרבות והחינוך בין ישראל לרוסיה קיבלו מעמד רשמי בעקבות חתימה על "ההסכם לשיתוף פעולה בתחום התרבות והחינוך" (1994). כמו כן, באותה השנה נחתם הסכם המסדיר את שיתוף הפעולה בין המדינות בתחום המדע והמחקר.
העובדה שבישראל חיים מעל למיליון אזרחים דוברי השפה הרוסית, הופכת את ישראל ליעד טבעי לשיתופי פעולה עם רוסיה בתחומי החיים השונים. בשנת 2008 בעת ביקורו בישראל, הצהיר לאוניד מלמד, מנכ"ל חברת "רוס-נאנו" המתמחה בפיתוח נאנו-טכנולוגיות: "ישראל היא מהמובילות בעולם בתחום ההיי-טק בכלל ובתחום נאנו-טכנולוגיות בפרט, והעובדה שמחצית מהמומחים הישראלים בתחומים אלו הם דוברי השפה הרוסית, הרי שישראל הופכת מבחינתינו לשותף טבעי...".
בשנת 2006 ביקרו בישראל יותר ממאה הרכבים ואומנים המייצגים זרמים שונים של אומנויות הבמה הרוסית. תרומה נוספת לתחום התרבות בין המדינות באה מכיוונו של "הארגון הבין-פרלמנטרי לידידות רוסיה-ישראל" אשר מטרתו לקדם את השפה והתרבות הרוסית בקרב הציבור הישראלי.
מאז שנת 2000, ומדי שנה, מתקיים בפארק הירקון פסטיבל "מרוסיה באהבה". הפסטיבל, אשר כבר מזמן הפך לאירוע המוזיקה המרכזי בקרב דוברי השפה הרוסית בישראל, מתקיים בהשתתפות רבים מהאומנים המובילים של רוסיה. כמו כן, זוכה הפסטיבל לחסות כלכלית של החברות הגדולות במשק הישראלי. העובדה שהכניסה למופע היא בחינם, גורמת לאירוע ליהנות מכמות גדולה מאוד של מבקרים מדי שנה.
באפריל 2021 חתמו שר ביטחון הפנים, אמיר אוחנה, ושר הפנים של רוסיה והמפקד הכללי של משטרת הפדרציה הרוסית, ולדימיר קולוקולצב, על הסכמי שיתוף פעולה בין המדינות בתחום ביטחון הפנים. בפרט, בתחומי מלחמה בטרור, מאבק במימון טרור, ומאבק בסחר בלתי חוקי בנשק.
משפט.
בין ישראל לרוסיה אין אמנה לאכיפת פסקי דין. לישראל ורוסיה אין הסכם הסגרה ישיר ביניהם, אולם עם הצטרפות רוסיה להסכם ההסגרה האירופי במרץ 2000, קיימים יחסי הסגרה בין המדינות מכח האמנה, עליה חתומה ישראל מאז 1967. בהתאם לכך הכריזה ישראל על אנשים שונים כברי הסגרה לרוסיה. ב-2019 פורסם כי ישראל דחתה בקשה של רוסיה להסגיר לידיה את ההאקר הרוסי אלכסיי בורקוב, ולקיים עסקת חילופי אסירים בינו לבין נעמה יששכר. לבסוף, רוסיה קיבלה מישראל את הבעלות על חצר אלכסנדר ועל חצר אליזבטה. החלטה שהפך בית המשפט.
אקטיביות ופסיביות (מיניות)
פסיבי ואקטיבי הם מונחים המשמשים לתיאור תפקיד במסגרת קיום יחסי מין. מונחים אלה משמשים לציון העדפה של תפקיד מסוים במסגרת קיום יחסי מין. הצד "הפסיבי" ייקח את תפקיד הנחדר. הצד ה"אקטיבי" הוא הצד שמבצע את החדירה. ורסטילי הוא כינוי לאדם ששני התפקידים תואמים את ההעדפות המיניות שלו. מעבר להגדרות אלו בהקשר ליחסי המין עצמם, המונחים יכולים לשמש במובן רחב יותר לתיאור זהות פסיכולוגית, חברתית או מינית.
המונח בשימוש בהקשרי קיום יחסי מין חד-מיניים בין גברים וגברים או נשים ונשים. בקרב גברים הומואים וביסקסואלים, משמשים המושגים אך ורק כדי לסמן את הגבר שנחדר ואת הגבר שחודר, במידה שיש חלוקת תפקידים ברורה, והם אינם מעידים על כוח, שליטה או גבריות. בהקשר זה משתמשים באנגלית במילים bottom ל"פסיבי" ו-top ל"אקטיבי".
מונחים קשורים ודומים.
המונחים המקבילים באנגלית הם, כאמור, "bottom" ו-"top". מונחים אלה הם בעלי משמעות רחבה יותר, בעיקר בתחום הבדס"מ, ואינם מתמצים לעצם החדירה. לדוגמה, אישה שמגדירה את עצמה "top", יכולה להורות לפרטנר שלה, ה"bottom", לחדור אליה, מתוך עמדה של כוח. עם זאת, המונחים "passive" ו-"active" עדיין משמשים בשפות רבות, כגון ספרדית, צרפתית, גרמנית, אנגלית בריטית, פורטוגזית ואיטלקית כמקבילים ל-"bottom" ול-"top".
סייד (side באנגלית) – מונח המשמש לתאר גברים המעדיפים לקיים יחסי מין ללא חדירה.
ורסטיליות.
מונח זה משמש בקרב הומואים וביסקסואלים לציון אנשים הנהנים הן מפרקטיקה "פסיבית" והן מפרקטיקה "אקטיבית", או לציון היעדר העדפה מוחלטת של תפקיד מסוים במסגרת קיום יחסי מין.
מעבר להגדרה הסטטית של "פסיבי" או "אקטיבי", נפוץ גם המונח "ורסטילי" (רב-גוני), המכונה לעיתים "סוויץ'" (חילוף), ומתאר מצב דינמי. הכוונה לצד הממלא את תפקיד הפסיבי או האקטיבי בהתאם לרצונו – נחדר או חודר, כנוע או דומיננטי.