בגיל 16 הוא פרסם את ספרו הראשון, שהיה מהדורה מדעית אודות עבודתו של הסופר הלטיני ואיש שלהי העת העתיקה, מרטיאנוס קפלה בשבע האמנויות החופשיות. באותה שנה הוא מונה לתפקיד עורך דין בהאג, וב-1601, בגיל 18 בלבד, הוא מונה כהיסטוריוגרף הרשמי של הולנד. ההזדמנות הראשונה שלו לכתוב באופן שיטתי על נושאים של צדק בינלאומי הגיעה ב-1604, כאשר נעשה מעורב בהליכים המשפטיים שבאו בעקבות תקרית ובה תפסו מספר סוחרים הולנדיים ספינת קאראק פורטוגזית במצר סינגפור.
תפיסתו המשפטית.
ההולנדים היו במלחמה עם ספרד ופורטוגל כאשר ספינת הסוחר הטעונה "סנטה קטרינה", ספינת קאראק פורטוגזית, נתפסה על ידי הקפטן יאקוב ואן הֵמסקרק (Jacob van Heemskerk) במצר סינגפור ב-1603. ואן המסקרק הועסק על ידי "חברת אמסטרדם המאוחדת" (שהייתה חלק מחברת הודו המזרחית ההולנדית), ועל אף שלא היה לו אישור מהחברה בה הועסק או מהממשלה ההולנדית ליזום שימוש בכוח, בעלי מניות רבים של החברה היו להוטים לקבל את העושר שהוא הביא להם מתפיסת הספינה הפורטוגזית.
לא רק שחוקיות שמירת תוכן מטען הספינה שנתפסה על ידי ואן הימסקרק הייתה מפוקפקת על פי החוק ההולנדי, אלא שגם קבוצה מתוך בעלי המניות של החברה (שהיו בעיקרם מנוניטים) התנגדה לשימוש בכוח בתפיסת הספינה על בסיס מוסרי, וכמובן שהפורטוגזים דרשו את החזרת מטען הספינה לידיהם.
השערורייה הובילה לדיון משפטי וציבורי נרחב, היה זה בהקשר נרחב זה שנציגי החברה קראו לגרוטיוס לנסח הגנה משפטית להתקפה זו של ואן הימסקרק.
גרוטיוס השקיע בסוגיה מאמצים רבים ועבד על הנושא במשך כשנה עד 1605, התוצאה הייתה מסה ארוכה תחת השם "De Indis" ("על איי הודו"). גרוטיוס ביקש לבסס את הגנתו על ההתקפה של "סנטה קטרינה", תוך שימוש בכללי הצדק הטבעי. בכך, הוא הכיל בחיבורו מגוון נרחב יותר של מקרים מאשר המקרה הנידון. הוא התרכז בחיבורו במקור ובתשתית של חוקיות המלחמה באופן כללי. המסה מעולם לא פורסמה במלואה במהלך חייו של גרוטיוס, אולי מפני שפסיקת בית המשפט לטובתה של החברה, הקדימה את הצורך של החברה לגייס תמיכה ציבורית באמצעות המסה.
כתב היד לא פורסם עד שנחשף מעיזבונו של גרוטיוס ב-1864 ופורסם תחת הכותרת "De Jure Praedae" (או בעברית: על הזכות לשלל). העקרונות שגרוטיוס פיתח בחיבור זה, היוו את הבסיס לעבודתו המאוחרת יותר על המשפט הבינלאומי "De jure belli ac pacis" ("על חוק המלחמה והשלום"). למעשה, פרק אחד מעבודתו המוקדמת "De Indis" הגיע לכדי פרסום בדמות החוברת רבת ההשפעה "Mare Liberum" ("ים חופשי").
ב"ים חופשי", שפורסם ב-1609, ניסח גרוטיוס את העיקרון החדש שהים הוא שטח בינלאומי, ושכל האומות חופשיות להשתמש בו לצורכי מסחר ימי. באמצעות טענתו זו כי המים הם חופשיים, סיפק גרוטיוס הצדקה אידאולוגית מתאימה להולנד כדי לשבור מונופולי מסחר ימי שונים באמצעות הכוח הימי האדיר של המדינה (ולאחר מכן להקים מונופול משלה).
אנגליה, אשר התחרתה בלהט עם ההולנדים על שליטה בסחר הימי העולמי, התנגדה לרעיון שניסח גרוטיוס, וטענה כי הים הצפוני הוא חלק בלתי נפרד מהאימפריה הבריטית ומהאי. ויליאם ולווד (William Welwod), משפטן סקוטי שהיה הראשון שניסח את חוקי הים בשפה האנגלית, טען נגד חיבורו של גרוטיוס "Mare Liberum" בחיבור משלו שיצא ב-1613 תחת השם "An Abridgement of All Sea-Lawes" ("תקציר כל חוקי הים"). חיבור זה של ולווד עורר תגובה מצדו של גרוטיוס שנתיים לאחר מכן ב-1615 בחיבור נוסף תחת השם "Defensio capitis quinti Maris Liberi oppugnati a Gulielmo Welwodo" ("ההגנה על הפרק החמישי של "הים החופשי", המנוגד על דעתו של ויליאם ולווד"). בחיבור "Mare clausum" ("ים סגור") מאת ג'ון סלדן, ניסה סלדן לטעון שהים שווה ערך לטריטוריות יבשתיות.
כשטענות סותרות צמחו כתוצאה ממחלוקת זו, החלו המדינות הימיות למתן את דרישותיהן ולבסס את זכויותיהן הימיות על העיקרון שניכוס חלקים טריטוריאליים ימיים מרחיקים את "הים החופשי" מאדמתם. נוסחה מעשית לעניין נמצאה על ידי קורנליוס ואן ביינקרסהוק (Cornelius Bynkershoek) בחיבורו מ-1702 תחת השם "De dominio maris" ("על השלטון בים"), המגבילה את השליטה הימית של מדינות למרחק הממשי שבמסגרתו טווח של תותח יכול להגן עליו. נוסחה זו אומצה באופן אוניברסלי וגורף, והפכה למה שידוע כ"גבול שלושת המיילים".
למחלוקת זו תהיינה בסופו של דבר השלכות כלכליות חשובות. הרפובליקה ההולנדית תמכה ברעיונות הסחר החופשי (למרות שהיא כפתה מונופול מיוחד על אגוז מוסקט וציפורן באיי מאלוקו). אנגליה אימצה את חוקי הסחר הימי ב-1651, האוסרים על כל סחורה מלהיכנס לאנגליה שלא על גבי ספינות אנגליות. חוקים אלו הובילו בהמשך למלחמת הולנד-אנגליה הראשונה.
בחיבורו עסק גרוטיוס בעקרונות הבסיסיים של משפט הטבע. לתפיסתו במצב הקדם-מדיני כל פרט רשאי לבצע פעולת ענישה על עוול שבוצע נגדו מכוח משפט הטבע וזכות זו נותרה למדינות ריבוניות זו כלפי זו. במישור הפרקטי, גרוטיוס סבר שאכיפת הסדר הבינלאומי צריכה להתבסס על ביזור סמכות האכיפה בין המדינות, וכפועל יוצא פעולת תגמול היא זכות חוקית ואף חובה מוסרית גם כלפי מדינה שאינה נפגעת ישירה: .
המחלוקת הארמינית, מאסר וגלות.
בזכות קשריו המתמשכים עם המדינאי ההולנדי החשוב יוהאן ואן אולדנברנפלט (Johan van Oldenbarnevelt), התקדם גרוטיוס בצורה משמעותית בקריירה הפוליטית שלו, הוא מונה כיועץ של אולדנברנפלט לענייני תושבים ב-1605, שנתיים לאחר מכן מונה לפרקליט הראשי של רשות המיסים המלכותית במחוזות זיילנד, פריסלנד והולנד וב-1613 מונה לתפקיד שווה ערך לראש העיר של רוטרדם. ב-1608 נישא למריה ואן רייכרסברגן (Maria van Reigersbergen), ונולדו להם 8 ילדים (ארבעה ששרדו מעבר לגילאי הנעורים).
בשנים אלו פרצה מחלוקת תאולוגית גדולה בין חוקר תאולוגי הולנדי וראש המחלקה התאולוגית באוניברסיטת ליידן - יעקובוס ארמיניוס (Jacobus Arminius) וחסידיו (שנקראים "ארמינים") לבין התאולוג הקלוויניסט - פרנסיסקוס גומארוס (Franciscus Gomarus) וחסידיו (שנקראו "גומאריסטים"). אוניברסיטת ליידן הייתה תחת סמכות הרפובליקה ההולנדית - שהייתה אחראית, בין השאר, למדיניות המינויים האקדמיים במוסד זה, שנשלט בשמם על ידי מועצת מנהלים, וכן הייתה הרפובליקה ההולנדית אחראית לטפל במקרים של "כפירה" בקרב הפרופסורים. המחלוקת המקומית וההחלטה בדבר עתידו של ארמיניוס עמדה בצל המלחמה המתמשכת עם ספרד, והפרופסור מת ב-1609 בערב החתימה על הסכם שביתת הנשק הידועה בשם "הפוגת תריסר השנים". השלום החדש הפנה את תשומת לבם של ההולנדים למחלוקת ולחסידיו של ארמיניוס (הארמינים).
המחלוקת בתוך הפרוטסטנטיות ההולנדית.
ב-1610, חודשים ספורים לאחר מותו של מנהיגם, הוציאו הארמינים טקסט בשם "Vijf artikelen van de remonstranten " ("חמישה מאמרים של תוכחה"), ובו הכריזו על ההבדלים התאולוגיים שלהם לעומת הדוקטרינות הרפורמטיביות המרכזיות בדבר הגאולה, שעוצבו בעיקרן על ידי הרפורמטור הדתי ז'אן קלווין אך הוחזקו על ידי תאולוגים רפורמיים (פרוטסטנטים) ברחבי אירופה. הטקסט לא שלל את הדוקטרינות בדבר בחירה ו/או גזירת גורל, אלא הגדיר אותן מחדש, כך שהגורם המכריע בישועתו של האדם הוא לא גזירה אלוהית בלתי מובנית, אלא אמונתו של הפרט שהיא נצחית וידועה מראש על ידי האל. לדברי ארמיניוס והטקסט המכונן הזה, גזירותיו של האל נוגעות לכל מי שעומד בתנאי האמונה.
המחלוקת התרחבה כאשר התאולוג הארמיני - קונרד פורסטיוס (Conrad Vorstius) מונה להחליף את ארמיניוס כראש המחלקה לתאולוגיה באוניברסיטת ליידן. פורסטיוס נתפס מהר מאוד כמזיק והואשם על ידי גומאריסטים בהוראה של חוסר דת. מי שהוביל את הקריאה להדחתו של פורסטיוס היה פרופסור לתאולוגיה בשם סיברנדוס לוברטוס (Sibrandus Lubbertus.). מן העבר השני עמדו הכומר הארמיני יוהאן וטנבוקרט (Johannes Wtenbogaert), והמדינאי יוהאן ואן אולדנברנפלט, אשר קידמו בלהט רב את מינויו של פורסטיוס והחלו להגן עליו מפני הקוראים להדחתו. גומארוס התפטר ממשרת הפרופסורה שלו בליידן במחאה על אי-הדחתו של פורסטיוס. הגומאריסטים נתמכו בהתנגדותם לארמינים גם על ידי ג'יימס הראשון, מלך אנגליה שהתרעם בקול רם כנגד מינויו של פורסטיוס ותיאר אותו ככופר איום. המלך הורה לשרוף באופן פומבי את ספריו של פורסטיוס בלונדון, קיימברידג' ואוקספורד, והוא אף הפעיל לחץ מתמשך באמצעות שגרירו בהאג, רלף ווינווד (Ralph Winwood), כדי לבטל את מינויו של פורסטיוס, נוסף על כך - משך המלך את תמיכתו מהמדינאי ואן אולדנברנפלט.
גרוטיוס הצטרף למחלוקת זו בהגנתו על כוחן של הרשויות האזרחיות למנות (באופן עצמאי לרצונן של הרשויות הדתיות) את מי שהן חפצות בו לסגל האוניברסיטה. הוא עשה זאת באמצעות כתיבת חוברת, אשר הוזמנה על ידי ראשי המדינה, בשם "Ordinum Pietas" ("אדיקות השורות"), זו הייתה מכוונת כנגד הפרופסור הקלוויניסט לוברטוס. העבודה עצמה, הייתה בת 27 עמודים, פולמוסית וחריפה ורק שני שלישים ממנה דיבר ישירות על הפוליטיקה הכנסייתית. התגובה לעבודה מצד הגומאריסטים הייתה אלימה, וניתן לומר שכל העבודות של גרוטיוס מאז ועד מעצרו ב-1618 היו ניסיונות עקרים לתקן את הנזק שנעשה על ידי חוברת זו.
(Decretum pro pace ecclesiarum (1613-14.