המחלוקת בדבר קדמות ספר הזוהר התנהלה גם בתוך חוגי המקובלים עצמם. הספר התחיל לקבל מעמד של קדושה במאה ה-15, אך בעיקר במאות ה-16 וה-17, לאחר גירוש ספרד. אז התקבל הזוהר בקרב המקובלים, שראו בו פרי יצירתו של התנא רבי שמעון בר יוחאי ודחו כל ביקורת על זמנו ולשונו של הספר.
בשנת ה'תקט"ו (1755) הביע רבי יעקב עמדין ספיקות בעניין קדמות ספר הזוהר. בחיבורו "עדות ביעקב" הוא כתב .
בזמנו של המחבר, לימוד הקבלה וספר הזוהר היה מחזה נפוץ.
השבתאות.
בעת החדשה המוקדמת, בעקבות פרעות רבות שבוצעו ביהודי אירופה, כשהמרכזיות שבהן הן גזירות ת"ח ת"ט באוקראינה ובמזרח אירופה, גברה הציפייה לגאולה שתוציא את עם ישראל משלל הצרות שנחתו עליו. מצב זה יצר כר פורה לצמיחה של תנועת השבתאות, תנועה משיחית-קבלית שקמה סביב המקובל המיסטיקן היהודי שבתי צבי. צבי הכריז על עצמו כמשיח כבר בשנת 1648, אך רק בשנת 1665 כשפגש את נתן העזתי, מקובל תושב עזה שסיפק גושפנקא נבואית למשיחיותו, החלה תנועת השבתאות לצבור תאוצה. בקרב יהדות אירופה התפשטה התנועה במהירות רבה, כשהיא מסתמכת רבות על קטעים בספר הזוהר המורים לכאורה כי שבתי צבי הוא המשיח. הם כונו "זוהריסטן" - אנשי הזוהר, והביאו ממנו ראיות לאמיתות תנועתם.
לאחר ההתאסלמות של שבתי צבי החלה התנועה לדעוך, אך עדיין נותרו לה מאמינים רבים שטענו שלפי ספר הזוהר ההתאסלמות היא חלק מתהליך הגאולה. נתן העזתי אף נימק את התאסלמות שבתי צבי בעמדה שלפיה הוא "נבלע באורות העליונים", כלומר הפך לחלק מהאלוהות. לעומתו, הרופא והמקובל אברהם מיכאל קרדוזו סירב לגישה הסוברת שהמשיח הוא חלק מהאלוהות וטען כי היה צורך הכרחי לרדת לקליפות האסלאם כדי להעלות מתוכן ניצוצות של קדושה.
חלקי הספר.
בספר ישנם שני חלקים. בחלק הראשון נמצאות 281 הערות על כל חלקי ספר הזוהר.
חלקו הראשון של הספר מחולק לשבעה פרקים: בפרק הראשון מפרט עמדין את הסיבות שהובילו אותו לפרסום חיבור זה;
מתחילת הפרק השלישי עד לסוף החלק הראשון, הספר "מטפחת ספרים" בנוי כהערות על ספר הזוהר, כאשר רבי יעקב עמדין מעביר תחת שבט ביקורתו את כל חלקי הספר. בפרק השני הוא מונה את הבעייתיות שבייחוס ספר הזוהר לרבי שמעון בר יוחאי; בפרק השלישי הוא מביא את החשד כי רבי משה די לאון הוסיף חלקים רבים לספר הזוהר ותלה אותם ברבי שמעון בר יוחאי כדי להחשיבם; בפרקים הרביעי והחמישי הוא מביא ראיות שישנם קטעים שנוספו בזמנים מאוחרים לספר הזוהר, לכל המוקדם בזמן הגאונים; ובפרקים השישי והשביעי טוען המחבר כי חטיבת רעיא מהימנא שבספר הזוהר ותיקוני הזוהר נוספו בזמנים מאוחרים על ידי מחבר אחד.
חלקו השני של הספר מחולק לחטיבות: ראשית הוא מקדיש פרק לספרו של הרב אביעד שר שלום באזילה בשם "אמונת חכמים". הוא מקדיש פרקים גם לספרו של רבי יוסף ג'יקטיליה "גינת אגוז", ספר "ברית מנוחה" שמיוחס לרב אברהם מרימון (=גרנדה) הספרדי ו"יושר לבב" שנכתב על ידי רבי עמנואל חי ריקי.
גם לעדותו של רבי יצחק דמן עכו, שנסע לספרד במטרה לחקור את מוצאו של ספר הזוהר, מקדיש רבי יעקב עמדין פרק בחלק השני של הספר.
את הספר חתם רבי יעקב עמדין בפרק לסיכום עמדתו לגבי חיבור ספר הזוהר, וכן סיפק בו הבהרה לגבי אמונתו בקבלה בכללותה.
תוכן הספר.
את הספר "מטפחת ספרים" חיבר רבי יעקב עמדין במטרה להילחם בשאריות תנועת השבתאות. אנשי התנועה הסתמכה על ספר הזוהר בכדי להוכיח את טענותיהם, ובהתנגדותו לספר הזוהר קיווה רבי יעקב עמדין לערער את דבריהם.
רבי יעקב עמדין פותח את הספר בתקיפה ישירה נגד מנהיג התנועה ההיסטורי, שבתי צבי, אותו הוא מכנה "שם רשעים ירקב". הוא תיאר את הצורך שלו לצאת נגד התנועה במספר המאמינים הענק לו היא זכתה: . את נביאו של שבתי צבי, נתן העזתי, מכנה רבי יעקב עמדין "השקרן עז הפנים". לדבריו, הוא משמיץ אותם כך משום שתלו את כל "קלקלתם" בספר הזוהר.
גם המקובל ואחד ממפיצי השבתאות באירופה, חיים מלאך, מכונה על ידו בכינוי גנאי: "ארור... האפיקורס המפורסם בעולם". בספר מתאר עמדין את חיים מלאך כחכם גדול, מקובל וידען עצום, שהביך את המקובלים בני זמנו. הוא מספר כי אחד מראשי הלוחמים בחיים מלאך, הרב אברהם ברודא, לימים אב בית דין בעיר פרנקפורט שימש באותה תקופה כראש ישיבה בפראג. מלאך שלח אליו מכתב ממקום שהותו בווינה ובו הוא מציע לו שישלח אליו שניים מבחירי תלמידיו שהיו בקיאים בחוכמת הקבלה כדי שהוא יוכיח להם את אמיתות טענותיו בדבר משיחיותו של שבתי צבי. הרב ברודא נענה לבקשה ושלח אליו שניים מתלמידיו, רבי יונה לנדסופר והרב משה חסיד. הם ישבו בחברת מלאך במשך מספר ימים, ובחוכמתו הרבה הרצה להם את דבריו והוכיח להם את אמיתות משיחיותו של שבתי צבי ללא שהצליחו לסתור אותו. כששבו לפראג סיפרו לרבם על המפגש, והוא ציווה עליהם לפרוש למשך תקופה מכל לימודיהם האחרים ולעיין בדברי מלאך, עד שיתבהרו להם הדברים. הם עשו כמצוותו ולאחר זמן מצאו תירוצים לדברי חיים מלאך ועמדו על טעותם כשלא השיבו לדבריו.
רבי יעקב עמדין התייחס גם למאמצים נוספים להוציא מספר הזוהר ראיות נגד היהדות המסורתית. מאמצים אלו לא היו שונים לדעתו ממאמצי השבתאים. מדפיס ספר הזוהר, אדם בשם מענדלין מפרנקפורט דמיין, כונה על ידו "המשתגע". את הסיבה לכך הוא תולה בכך שמענדלין כינה בספר הזוהר שבהדפסתו מספר פעמים את רבי שמעון בר יוחאי "נוצרי", ואף אמר שעל פי ספר הזוהר יש להתנצר.
הבעיה של רבי יעקב עמדין עם ספר הזוהר אינה אך ורק השבתאות, אלא גם עצם הפצתו והלימוד בו. בעקבות כך יצא עמדין נגד הפצת ספר הזוהר והמקובלים שעיקר עיסוקם הוא לימוד הקבלה והזוהר, ומזניחים את התלמוד ושאר חלקי התורה, ואף טען כי אסור לשמוע להם. כראיה הוא הביא את דברי רב האי גאון: .
ספר הזוהר.
ספר מטפחת ספרים הוא החיבור הביקורתי היסודי והמקיף הראשון העוסק בחיבור ספר הזוהר. רבי יעקב עמדין טען כי אין שום חיוב על יהודי להיות משועבד לאמונה בכל ספר הזוהר המודפס, ומותר לפקפק בו. כאמור לעיל, עמדה זו הייתה שנויה במחלוקת. בהמשך לדעה זו עמדין עצמו מתח ביקורת רבה על ספר הזוהר. לדעתו קיימים בספר הזוהר רבדים ספרותיים שונים הנבדלים זה מזה במועד יצירתם, בזהות מחבריהם ובמעמדם הדתי.
נוסף על כך טען רבי יעקב עמדין כי אין חיוב להאמין בכל האמרות שהתקבלו בשם רבי יצחק בן שלמה לוריא (האר"י). הסיבה לכך היא לא הכחשת נכונות הדברים, אלא דברי האר"י עצמו שאמר בשעת פטירתו, שאפילו תלמידו המובהק רבי חיים ויטאל לא הבין באמת את דבריו בענייני קבלה, ומכיוון שכך אין לסמוך עליהם.
מקור וחיבור ספר הזוהר.
רבי יעקב עמדין האמין ב"תאוריית הרבדים" לגבי התפתחות ספר הזוהר לפיה ישנם חלקים בספר הזוהר שהגיעו במסורת קדומות ביותר, החל ב"תנאים ראשונים" עבור דרך ה"נביאים" וכלה ב"משה מסיני". את חלקים אלו הוא מכנה "גוף הזוהר", ולדעתו חלקים אלו הועלו על הכתב בסוף תקופת האמוראים או בזמן הגאונים על יסוד מסורות קדומות יותר. אם כי גם בנוגע לרובד זה הוא פקפק האם נכללו בו בכלל מסורות שיצאו מתחת ידו של רבי שמעון בר יוחאי ההיסטורי.
מלבד חלק זה, בעקבות השגותיו על ספר הזוהר, טען עמדין כי דברים רבים נוספים הוכנסו אליו בזמנים מאוחרים יותר ממקומות ספורים:
רבי יעקב עמדין טען כי אף על פי שספר הזוהר בכללותו, כולל גוף הזוהר, מיוחס לתנא רבי שמעון בר יוחאי, הרי שאף את גוף הזוהר עצמו לא הוא חיבר, אלא תלמידי תלמידי תלמידיו עשו זאת. כראיה הוא הביא את דברי ההיסטוריון רבי אברהם בן שמואל זַכּוּת שחי מעט אחרי פרסום ספר הזוהר, וכתב בספר "יוחסין השלם" כי ספר הזוהר חובר כשלוש מאות שנים לאחר מותו של רבי שמעון בר יוחאי. דברים אלו נמצאים בספר היוחסין במהדורת קושטאנדינא (איסטנבול) שנדפסה בשנת ה'שכ"ו (1566) על ידי רבי שמואל שולם הרופא, אותה העיד רבי יעקב עמדין כי השיג במאמצים מרובים, וצונזרו בכוונה תחילה על ידי מאמיני ספר הזוהר ממהדורת קראקא שנדפסה בשנת ה'ש"ם.
ראיה נוספת היא עדותו של רבי יצחק דמן עכו המובאת גם היא בספר יוחסין. לפי דבריו, במסגרת נסיעתו לספרד במטרה לחקור את מוצא ספר הזוהר, אשתו של רבי משה די לאון, בתו וקרובו רבי דוד דפאן, העידו כי רבי משה די לאון הוא מחברו האמיתי של ספר הזוהר. מגיני ספר הזוהר טענו כי עדות זו פסולה, ואי אפשר לסמוך עליה. טענתם העיקרית היא שעדות זו מזויפת, והיא לא נכתבה על ידי רבי יצחק דמן עכו. טענה נוספת היא שבסוף העדות מובאת אמרתו של תלמידו של רבי משה די לאון, אדם בשם רבי יעקב, שאמר שאת ספר הזוהר חיבר רבי שמעון בר יוחאי "מעיד עליו שמים וארץ שספר הזוהר אשר חיבר רשב"י". אמנם ראיותיו אינם ידועות, אך יש להניח שהיו כאלה. ישעיה תשבי הסכים שיש מקום לפקפק באמינותה של עדות זו.
רבי יעקב עמדין הביא מספר ראיות מספר הזוהר עצמו כי הוא אינו קדום:
רעיא מהימנא ותיקוני הזוהר.