כאמור לעיל, ההחלטה לפוצץ את מבני בתי הכנסת עוררה ביקורת קשה, במיוחד בקרב גורמים בציונות הדתית. דובר מועצת חבל עזה ערן שטרנברג אמר כי: "בית המשפט העליון, שהרים את ידו על יישובים פורחים ועל בתי הכנסת פוגע בזכויות העם היהודי ובקודשיו בצורה שלא הייתה מביישת אף בית משפט אנטישמי בעולם. דומה שטיטוס ונבוכדנאצר, מחריבי המקדש, לא היו יכולים לדמיין לעצמם יורשים טובים יותר". בסופו של דבר, בלחץ הרבנים, שינתה הממשלה את החלטתה ברגע האחרון בטרם פינוי הרצועה והותירה את המבנים על כנם. מבנים אלו הושחתו ונשרפו על ידי פלסטינים לאחר יציאת כוחות צה"ל.
פינוי התשתיות והצבא.
לפני יציאתו דאג צה"ל לפנות את כל התשתיות הצבאיות ברצועה ולהרוס בפיצוצים את מה שאי-אפשר לפנות. הבתים הפרטיים בהתנחלויות נהרסו על ידי כלי צמ"ה אזרחיים ששכר משרד הביטחון. ההריסות הושארו לפינוי הרשות הפלסטינית, בתמורה לתשלום שסוכם עמה מראש.
בצפון השומרון לא פונתה הנוכחות הצבאית מחשש ליצירת חלל ריק שיאפשר את הפיכת צפון השומרון למרכז טרור ויגרום לערי השרון לחיות תחת איום של רקטות קסאם ונשק תלול-מסלול אחר.
ב-11 בספטמבר 2005 פינה צה"ל את רצועת עזה ובכלל זה את ציר פילדלפי במסגרת מבצע "אשמורת אחרונה". הציר פונה בהתאם להחלטת הכנסת לאשר הכנסת מספר מוגבל של חיילים מצריים למקום. בחצות עבר השלטון לפלסטינים, אם כי בשל המחלוקת על השליטה במעברים, הם סירבו לקיים טקס רשמי של העברת סמכויות. עם חצות, ב-12 בספטמבר, החלו חגיגות המוניות של פלסטינים בהתנחלויות שפונו. בכמה בתי כנסת שילחו ההמונים אש. הרשות לא הצליחה לעצור את האנרכיה ודווח על ביזה.
לאחר סיום הפינוי הצבאי מרצועת עזה החל הפינוי מצפון השומרון. הפינוי שזכה להתעלמות תקשורתית כמעט מוחלטת הסתיים ב־22 בספטמבר בפינויו של מחנה דותן ובסיסים קטנים נוספים על ידי צה"ל. בניגוד למצב ברצועת עזה, בצפון השומרון צה"ל נשאר השולט בשטח גם לאחר ביצוע התוכנית.
אחרי ההתנתקות.
שיקום מפוני גוש קטיף וצפון השומרון.
על אף הבטחותיה של ממשלת ישראל ומנהלת סל"ע בקמפיין תקשורתי רחב היקף כי "יש פתרון לכל מתיישב", שיקומם של מתיישבי גוש קטיף לאחר ההתנתקות לקה במחדלים רבים, ונמתחה עליו ביקורת קשה.
מנהלת סל"ע פעלה להעברה פרטנית של התושבים והכינה מאגר של דירות שכורות בערים לשלב המעבר הראשוני. רבים מן המפונים עמדו על כך כי יישארו יחדיו ולכן נותרו להתגורר זמן רב בבתי מלון, ערי אוהלים בתי הארחה ומוסדות חינוכיים. השאלה מדוע לא הוכנו פתרונות קהילתיים מראש נתונה במחלוקת. היו שטענו שהדבר היה באשמת התושבים שסירבו לשתף פעולה עם מנהלת סל"ע משום שהתמקדו בניסיון לבטל את התוכנית ולא בחיפוש חלופה. לעומת זאת, טענו חלק ממנהיגי הגוש, בהם צבי הנדל, שהם פנו למנהלת ודרשו העברה קהילתית, אך נתקלו בהתעלמות. כן נטען שגם יישובים שתיאמו מראש עם מנהלת סל"ע על מעבר קהילתי נתקלו בסחבת ארוכה.
במרץ-אפריל 2005 גובשה תוכנית להעתקת כל יישובי גוש קטיף כמקשה אחת אל אזור חולות ניצנים, על מנת לשמור על אחדות הקהילות, אך בעקבות מחאה עזה של ארגוני הירוקים, לא יצאה לפועל תוכנית זו לפועל. מיד לאחר הפינוי הועברו המתיישבים למלונות. התכנון היה להשאירם במלונות למשך 10 ימים, אך בפועל נשארו תושבים רבים בבתי המלון במשך חודשים, מכיוון שלא היו דירות המוכנות לקליטת המפונים. קבוצות גדולות של מפונים הקימו "ערי אוהלים" בתל אביב, יד מרדכי ונתיבות. המפונים שכן קיבלו מקום מגורים חלופי שוכנו לרוב בקרווילות באזור הנגב המערבי. מספר משפחות מועט זכו למגורי קבע סמוך לאחר הפינוי, ו-7 שנים לאחר הפינוי רק 35% מהמפונים הגיעו לבתי הקבע
הפינוי גרם למשבר כלכלי גדול בקרב המפונים. בשנים הראשונות שלאחר הפינוי רובם איבדו את מקום עבודתם והפכו למובטלים. 7 שנים לאחר הפינוי עמד אחוז האבטלה בקרב המפונים על 14%, ו-50 חקלאים (מתוך 400) עדיין מחכים לפתרון לקרקע חקלאית.
ב-30 ביולי 2008 החליטה הועדה לביקורת המדינה על הקמת ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת הטיפול במפוני גוש קטיף. הוועדה בראשותו של שופט בית המשפט העליון לשעבר אליהו מצא הגישה את מסקנותיה ב-15 ביוני 2010 לנשיאת בית המשפט העליון, דורית ביניש, וליו"ר הכנסת, ראובן ריבלין. הוועדה הגישה דו"ח חריף על התנהלות המדינה ומנהלת סל"ע ותפקודם לקראת ולאחר הפינוי, וקבעה כי "הממשלה כשלה כישלון שקשה להפריז בחומרתו בטיפולם במפונים", וכי היה פער גדול בין הרטוריקה של המדינה לבין מעשיה בשטח. חמש שנים אחרי הפינוי עדיין היו רוב המפונים משוכנים בקרווילות, מבני ציבור לא הוקמו כלל, והתקיים אחוז אבטלה גבוה בקרב המפונים. הקרווילות התגלו כקטנות מידי, הן עבור הרכוש והן עבור משפחות מרובות ילדים. כמבני גבס, הם סבלו מחוסר בידוד אקוסטי ותרמי ומפגעי מזג האוויר והזמן ולא היו מוגנות מפני התקפות טילים על האתר בניצן. הוועדה סיכמה כי "מלאכת שיקומם של המפונים רחוקה מסיומה". חבר הוועדה פרופ' ידידיה שטרן אמר כי "אירוע ההתנתקות גרם לפגיעה הגדולה ביותר בזכויות אדם בתולדות מדינת ישראל".
רצועת עזה אחרי תוכנית ההתנתקות.
בינואר 2006 זכתה תנועת החמאס בבחירות ברשות הפלסטינית, והקימה ממשלה בראשות אסמאעיל הנייה. ביוני 2006 נחטף גלעד שליט חייל צה"ל, לדברי פתחי חמאד שר הפנים של הרשות הפלסטינית, התנתקות ישראל מהרצועה סייעה בהסתרתו מישראל. ב-13 ביוני 2007 ביצע החמאס הפיכה צבאית והשתלט בכוח על הרצועה. בתגובה לכך הכריזה ישראל על הרצועה כ"ישות עוינת" והטילה על הרצועה מצור כלכלי, דבר שהוביל לפגיעה ברמת החיים של תושבי הרצועה, לצמצום באספקת הדלק והחשמל ולפריצת ציר פילדלפי ב-23 בינואר 2008.
התייחסות מאוחרת לתוכנית.
במשך השנים שלאחר ההתנתקות היו מהתומכים בתוכנית שחזרו בהם מתמיכתם, בטענה שהיא לא שיפרה את ביטחון המדינה ואף פגעה בו. תומכים אחרים לא חזרו בהם מתמיכתם מעצם המהלך אבל ביקרו את האופן שבו בוצע, ובפרט את אופן הפינוי של תושבי גוש קטיף או הטיפול בהם לאחר מכן. בין החוזרים או המסתייגים ניתן למנות פוליטיקאים כשמעון פרס, ציפי לבני, סילבן שלום, בנימין בן אליעזר, גיורא איילנד, עוזי דיין, יצחק הרצוג, מפקד אוגדה 36 שפיקד על חיילי המבצע גרשון הכהן, ואנשי תקשורת כדן מרגלית ואברי גלעד.
הטענות שההתנתקות הייתה טעות נובעות מכך שהיא לא השיגה את מטרותיה המדיניות והביטחוניות, וכן משום שהביאה לעליית החמאס לשלטון ולמלחמת לבנון השנייה.
כמו כן, גם דעת הקהל הישראלית השתנתה לאחר יישום תוכנית ההתנתקות. בעוד שלפני ביצוע ההתנתקות זכתה התוכנית לתמיכה של 60% מהציבור, שנתיים לאחר ההתנתקות סבר רוב הציבור כי "ההתנתקות הייתה טעות".
היחס המשפטי לתוצאות התוכנית.
אף על פי שלאחר ההתנתקות לא נותרו אזרחים או חיילים ישראלים בשטחי רצועת עזה, נשמעו טענות, בישראל ובעולם, שישראל עודנה כובשת את רצועת עזה, בשל השליטה המשמעותית שלה על מגוון תחומי חיים ברצועת עזה.
הכנסת חוקקה חוק המקנה חנינה למשתתפי המחאה נגד תוכנית ההתנתקות שנעצרו בהפגנות. החוק אושר על ידי בית המשפט העליון בבג"ץ אייל ניר.
הנצחה והשפעה תרבותית.
הנצחת ההתיישבות בגוש קטיף ובצפון השומרון.
בתודעת הציבור שהתנגד לתוכנית ומציין את ימי בין המצרים, ביצוע ההתנתקות בסמוך לימי האבל המסורתיים גרם ליצירת זיקה תודעתית בין האבלות הישנה לחדשה. כ'יום גוש קטיף' נקבע ז' באב, יום השנה ל'מפגן השלשלת' שנערך כמחאה נגד התוכנית שנה לפני ביצועה. יש שהוסיפו קינה לזכר פינוי גוש קטיף כחלק מהקינות לתשעה באב.
לאחר ההתנתקות בוצעו פעולות שונות שנועדו להנציח את ההתיישבות בגוש קטיף ובצפון השומרון. אלו כללו הנפקת בול דואר לזכר ההתיישבות, והנצחת ההתיישבות בסרטים, באמנות ובמספר אתרי אינטרנט. ב-30 ביולי 2008 אישרה הכנסת את חוק המרכז להנצחת מורשת גוש קטיף וצפון השומרון, התשס"ח-2008, לפיו יוקם מרכז הנצחה שיכלול אתר הנצחה, מכון מחקר, וארכיון. המרכז פועל מאז הקמתו באתר הקרווילות בניצן ועורך סיורים לקהל הרחב.
באוגוסט 2008 הוקם מוזיאון גוש קטיף במרכז ירושלים על ידי עמותה פרטית. מטרת המוזיאון, לפי מפעיליו, היא "לייצר תודעת זיכרון, שימור והצדעה למפעל ההתיישבות היהודית בחבל עזה, ולעמוד על משמרת התודעה הלאומית בזיכרון עקירת היישובים בגוש קטיף וצפון השומרון, במסגרת מה שכונה 'תוכנית ההתנתקות'". בשנת 2017 נחנכה בסמוך כיכר גוש קטיף.
בשנת 2013 נחנך בקומפלקס בתי הכנסת של היישוב מורשת חלל הנצחה לישובי גוש קטיף וצפון השומרון.
בשנת 2015 התפרסם השיר "אמא אם הייתי" (מילים: חנן בן ארי, לחן: אלנתן שלום), המתאר את כאבם של המפונים.
היישוב הושעיה שבצפון מנציח את יישובי גוש קטיף בשמות רחובותיו.
נתונים סטטיסטיים.
הנתונים הסטטיסטיים על תושבי גוש קטיף:
מספר המפונים.
רצועת עזה.
על פי השנתון הסטטיסטי לישראל, התגוררו בחבל עזה בשנת 2005 כ-8,600 אזרחים ישראלים, מתוכם 3,500 ילדים עד גיל 14.
צפון הרצועה
מרכז הרצועה
גוש קטיף
סך הכול: 8,600 תושבים, 5,000 מסתננים = 13,600 נפש ב-22 יישובים.
צפון השומרון.
סך הכול: 680 תושבים ב-4 יישובים.
מספר מפנים.
במבצע הפינוי השתתפו כ-42,000 חיילים ושוטרים.
עלות כספית.
אומדן העלות הסופית של תוכנית ההתנתקות על פי משרד מבקר המדינה, בדו"ח שפורסם במאי 2007, היה 9 מיליארד ש"ח, מתוכם כ-2.5 מיליארד ש"ח להוצאות מערכת הביטחון והמשטרה, 4.1 מיליארד ש"ח פיצויים למפונים וכמיליארד ש"ח הוצאות לדיור זמני ואירוח בבתי מלון. על פי מחקר בכנסת שפורסם ב-2010 עמדה עלות ההתנתקות על 10.8 מיליארד ש"ח, לא כולל דמי אבטלה והבטחת הכנסה.