מי התהום האגורים באקוויפר החוף, המהווים חמישית מכלל מי השתייה בישראל, חשופים מאוד לזיהום, עקב העובדה שהוא נמצא מתחת לאזור המיושב ביותר במדינת ישראל. מעליו יש יישובים רבים, מפעלים, תחנות-כוח, שדות חקלאיים, מזבלות ועוד, וכל אלה פולטים מזהמים, הזורמים אל מי התהום. כמו כן שאיבת יתר של מי תהום מאקוויפר החוף גורמת לחדירה של מי ים לתוכו, ולהמלחת מי התהום שבו. הנזק המיידי הוא למי השתייה, אך כתוצאה מהרעלים הנספגים בקרקע נגרם נזק לצמחייה ולבעלי החיים.
איכותם של מי התהום באקוויפר ההר טובה יותר מאשר באקוויפר החוף, אולם בשנים האחרונות הולכת וגדלה כמות השפכים הלא מטוהרים שזורמים מערים פלסטיניות, שבהן קיימים מתקנים לטיהור שפכים ברמה נמוכה, וגם מהתנחלויות גדולות כמו אריאל, ונגרם נזק למי התהום, על כל ההשלכות האקולוגיות הנובעות מכך.
בים המלח הנמצא בתחום השבר הסורי אפריקני על גבול ישראל ירדן, ושחופיו הם המקום היבשתי הנמוך ביותר בעולם, קיים מאזן אקולוגי עדין ביותר, ולו נשקפת סכנה שעלולה להביא לאסון אקולוגי חמור. במי הים, מלחים רבים, המומסים במימיו ומשמשים כמרכיב בתעשייה הכימית. תהליך הייצור בים המלח מבוסס על הפקת המלחים המצויים בו בבריכות אידוי גדולות, שנבנו באגן הדרומי הרדוד. מי הים נשאבים לתוך הבריכות, ובתהליכים של אידוי והתרכזות מופקים מהם המינרלים המבוקשים לייצור של אשלג, ברום, מגנזיום, מלח תעשייתי, מלח שולחן ומוצרי ההמשך שלהם. בריכות האידוי גורמות לאובדן של מי ים המלח, מבלי שיתקבל פיצוי מתאים במים מנהר הירדן שמאז הקמת המוביל הארצי ובניית הסכרים מזרים מעט מאוד מים לים. גם בצד הירדני נבנו סכרים ותפסו את מקורות המים, גם הנחלים הגדולים (הזרד, הארנון) כבר לא מזינים את ים המלח. מאזן המים של ים המלח הוא שלילי. ההפרש בין נפח המים הנכנסים לימה - 400 מיליון מטר מעוקב בשנה, לנפח המים המתאדים - 1,050 מיליון מ"ק בשנה, מהווה גירעון של 650 מיליון מ"ק בשנה. קצב ירידת המפלס הוכפל מכחצי מטר לשנה בין 1977 ל-1997 ליותר ממטר בשנה בין 1997 ל-2002.
נסיגת ים המלח משפיעה על הטבע סביבו ובפרט על שמורת עינות צוקים. עד לפני כעשור, הייתה גישה לחוף הרחצה מתוך השמורה אך בעקבות התייבשות הים נוצר בוץ טובעני, והגישה לים מסוכנת. התייבשות הים משפיעה גם על המעיינות, הנודדים לכיוון מזרח ודרום. לפי מחקרי המכון הגיאולוגי לישראל קיימת סכנה להמלחת מי התהום, ובגלל המלחת המעיינות, השתנתה גם הצמחייה וצמח הקנה המצוי משתלט על בית הגידול. בנאות המדבר חיים יצורים ייחודיים שהסתגלו למליחות של מי תהום אלו: תת-מין של אמנון הירדן ואמנון מצוי, נאווית המלחות ונאווית כחולה, סרטן הנחלים וסרטנים אנדמיים. כמו כן מי המעיינות מרווים את בעלי החיים היונקים שחיים בסביבה: יעלים, תנים, שועלים, צבועים, דורבנים, נמיות, נמר חברבורות, חתולי ביצות ועוד. על עצי האשל בשמורה חיים חרקים ייחודיים כמו ברקנית האשל והנמלה האורגת שזהו מקום תפוצתה הצפוני ביותר. נסיגת הים והמלחת המעיינות שבאה בעקבותיו גורמת להפרת האיזון ולפגיעה במרכיביו הרבים של בית הגידול.
זיהום עקב פסולת.
שטחה הקטן של ישראל וגידול האוכלוסייה בה משפיעים באופן ישיר על כמויות הפסולת, ופתרונות פינוי והטמנת הפסולת אינם מספקים. קיימים כמה קטגוריות-על של סוגי פסולת: ביתית, תעשייתית, ומוצרי לוואי של ענפי החקלאות. תופעה נוספת המביאה לזיהום קשה היא הפסולת שבשולי יישובים במדינת ישראל, בנחלים ובואדיות, המושלכת על ידי גורמים שונים; לרוב מדובר בפסולת מוצקה כגון פסולת בניין, שרידי כלי רכב, ריהוט ישן ופסולת ביתית.
הגידול באוכלוסייה, ברמת החיים ובתעשייה, יוצר כמויות גדולות של "שפכים ביתיים ותעשייתיים". מקורם של השפכים הוא בפסולת אורגנית אנושית כגון צואה, שתן, נייר טואלט משומש ונוזלי גוף אחרים; גם דליפות של בורות ספיגה ומערכות ביוב, פליטה ממפעלי טיהור שפכים, מי רחצה (הכוללים גם מי כביסה), מי שטיפת כלים ואחרים. גם מי גשמים שנאספים בגגות וחצרות מזוהמים בכתמי שמן ודלק, ולאחר מכן מסתננים אל מי התהום. מי התהום מזדהמים גם במי שופכין ובנוזלים תעשייתיים כגון: צבע, קוטלי חרקים, שמן בישול וגם בפסולת תעשייתית לא נוזלית כגון חול, מתכות אלקליות ונפט. השפכים הביתיים מכילים בעיקר חיידקים ובקטריות, והשפכים התעשייתיים מכילים בעיקר חומרים כימיים רעילים ומתכות כבדות. שפכים אלו מוזרמים לאפיקי נחלים וואדיות וכן אל הים ובכך גורמים לזיהומם - תוך פגיעה קשה בחי ובצומח שבסביבתם, ומניעת הרחצה והשימוש במימיהם.
זיהום חקלאי.
עם הפיכת החקלאות בישראל לאינטנסיבית, החלה גם זו לתרום להפרת המאזן האקולוגי; הרפתות והלולים המודרניים מאפשרים תפוקה גדולה של חלב וביצים מחד, אך גם גורמים לזיהומים קשים של שפכים. גם ענף גידולי השדה בו מרובה השימוש בדשנים ובחומרי הדברה מוסיף לזיהום החקלאי. חומרים רעילים אלה, שברובם אינם מתפרקים, פוגעים בשרשרת המזון כולה, למן החרקים והמכרסמים, ועד לעופות הדורסים ולטורפים.
הרעלות עשויות להיות גם הרעלות מכוונות. החל משנות ה-60 נערכו ביוזמת משרד החקלאות הרעלות רחבות היקף. הרעלות אלו נועדו לפגוע במינים שנחשדו כמזיקים לחקלאות, ובתנים שהואשמו בנשיאת נגיף הכלבת. הרעלת התנים הייתה על ידי פיזור פתיונות מורעלים בשטחים פתוחים, אך פתיונות אלו נאכלו גם על ידי מינים רבים של טורפים אחרים. אחת הקבוצות העיקריות שנפגעה מכך הייתה אוכלוסיית העופות הדורסים.
עבודות תשתית.
עבודות תשתית גורמות לפגיעה קשה בבתי גידול, ולהפרת המאזן האקולוגי בהם - עד כדי הכחדת מינים שלמים של בעלי חיים וצמחים.
ייבוש החולה.
ייבוש החולה היה מבצע הנדסי בעמק החולה בשנות ה-50 של המאה ה-20, שבמהלכו יובשו אגם החולה והביצות סביבו, בשטח של כ-62,000 דונם, וזאת לצורך הגדלת שטחי הקרקע החקלאית באזור.
עקב הייבוש אבד מאגר מים מתוקים חשוב, והצטמצמו מאוד בתי הגידול הייחודיים לאגם ולביצות סביבו. אוכלוסיות צמחים ובעלי חיים נדירים התמעטו, וכמה מינים שארץ ישראל הייתה אזור המחיה היחיד שלהם - נכחדו מהארץ לחלוטין; ביניהם העיטם לבן-הזנב והעגולשון שחור-הגחון - מין חסר זנב קטן שכנראה נכחד כליל מהעולם. כן פגע ייבוש החולה בפרנסתו של קיבוץ חולתה שאחד מענפי המשק בו היה דיג באגם החולה. מעבר לאובדן צמחים ובעלי חיים, הכבול היבש החל מתכווץ וגרם לשקיעת פני הקרקע, הרוחות המזרחיות הסיעו כמויות גדולות של כבול והשקיעו אותן במקומות מרוחקים, קרקעות הכבול לא אחת בערו במשך שבועות, ועיבודן הערים קשיים בפני החקלאים. כבר בראשית שנות ה-70 מצאו מחקרים שהאגם שימש אגן השהייה ("סינק"), בו שקעו חומרים אורגניים רבים שנישאו במי הנגר של הירדן העליון. משיובש אגן זה השתחררו תרכובות חנקן מהקרקע ונסחפו לכנרת, שם גרמו לגידול מוגבר של אצות ולפגיעה בדגה ובאיכות מי השתייה.
חולות מישור החוף.
לאורך מישור החוף משתרעים חולות המופיעים בצורת רכסי גבעות (חוליות או דיונות) או בצורת משטחי-חול מישוריים. באזורים אלו מתבצעות עבודות תשתית נרחבות כמו בנייה למגורים, מלונות וכפרי נופש, סלילת כבישים ומסילות רכבת, כל אלו נעשים מבלי ליצור מעברים אקולוגיים מתחתם. בנוסף, עבודות אלו גורמות לשטחי החול להצטמצם עד לכדי רבע משטחם המקורי, ובמקומות מסוימים המצב חמור אף יותר. עבודות אלו, הפיתוח הנילווה אליהן וצימצום השטח, גורמים לכך שאזורי החולות מתרחקים זה מזה, ובשטחים קטנים עולה סכנת ההכחדה בשל צמצום מרחבי המחיה. כמו כן ההשפעה האורבאנית מורגשת בצורות שונות כמו פלישה של מינים זרים, תאורה וזיהום אוויר, וכתוצאה מכך מתחסלים בתי הגידול החוליים. בעקבות עבודות אלה כבר נעלמו מינים שונים, ואחרים נמצאים בסכנת היעלמות. לדוגמה: קיפוד החולות נכחד, ונחש החולות, שנונית החולות והכוח האפור הולכים ונעלמים. ירבוע החולות, גרביל החולות, צב היבשה המצוי, צב הים הירוק וחתול החולות מצויים אף הם בסכנת הכחדה. הכרייה והפגיעה בנוף החולות המקורי, מקנה יתרון אקולוגי למיני צמחים פולשים כדוגמת טיונית החולות ושיטה מכחילה, המשתלטים על השטחים שנותרו.
כביש 6.
בסיום סלילתו של כביש 6 (המוכר כ"כביש חוצה ישראל"), הוא יחצה את מדינת ישראל מצפונה לדרומה. בסלילת הכביש מתוכננת השגת מטרות חשובות כמו עידוד התפרסות האוכלוסייה, הקלה על עומסי התנועה בכבישי האורך האחרים (כביש 2 וכביש 4), ועידוד הסטת האוכלוסייה באזור המרכז מזרחה, וזאת על ידי חיבור הערים המזרחיות אל שאר חלקי המדינה. סביב הקמת הכביש קיימת מחלוקת, כאשר המתנגדים לסלילתו מעלים, בין השאר, את הנימוק של הפרת המאזן האקולוגי.
סלילת הכביש גורמת לקיטוע של שטחים טבעיים ושדות חקלאיים ממזרח וממערב לכביש - מצב הגורם לקשיי מעבר של בעלי חיים מצא שטח אחד למשנהו ואי הפצת צמחים (קטיעת אוכלוסיות), כן קיימת סכנת דריסת בעלי חיים, צמצום והקטנת שטחי מחיה והרס שטחים פתוחים. בעקבות סלילת הכביש נוצר גם קיטוע בין חבלי ארץ שונים, המשמשים אזורי מחיה של בעלי חיים (לדוגמה: בין הגליל התחתון לכרמל). מי נגר עילי מהכביש, ואיתם רעלים מסוכנים הנפלטים מכלי תחבורה, עלולים לחלחל אל הקרקע בשולי הכביש, לזהם את מי התהום ולגרום לנזקים לאתרי ושמורות טבע, לצמחייה ולבעלי החיים החיים בהם.