כמה תופעות בולטות בחינוך היהודי בעיראק בתקופה זו, והראשונה בהן – היעלמותו הכמעט מוחלטת של ה"חדר" הפרטי, בייחוד במרכז עיראק ובדרומה. כמו כן, הצטמצם מספר הילדים שלמדו בתלמודי תורה, החינוך המסורתי היה בתהליך של ירידה, ואף שיעורי העברית והדת בבתי הספר היהודיים הלכו ופחתו. דומה שיהדות עיראק שאפה בתקופה זו יותר ויותר לתת לבניה השכלה כללית מודרנית, שתעזור להם ללמוד בבתי ספר תיכוניים וגבוהים. כך קרה, שבתקופה זו גדל מספר היהודים שסיימו בתי ספר עממיים יהודיים וממשלתיים, שמספרם הלך והתרבה בערי עיראק השונות, עד שדומה היה כי מספר האנאלפביתים בדור הצעיר קרוב לאפס בין הבנים ונמוך מאוד בקרב הבנות, אשר למענן נפתח מספר רב של בתי ספר עממיים. כתוצאה מן הגידול במספר מסיימי בתי הספר העממיים, ומפתיחת בתי ספר תיכוניים נוספים, גדל מספר מסיימי בית ספר תיכון מבין היהודים. בייחוד לאחר שנת 1934, כאשר התפרסם חוק גיוס חובה לצבא העיראקי, שלפיו מסיימי בית ספר תיכון ישוחררו משירות סדיר.
בנוסף, התרופפות מעמד הדת גרמה לתמורות חשובות בחיים החברתיים של היהודים המשכילים. החברה היהודית, כמו החברה כללית בעיראק, הייתה חברה שמרנית, כאשר המשפחה היוותה בה יחידה חברתית יסודית. בחברה המזרח תיכונית ישנה חשיבות מכרעת למשפחה, אשר אינה נחלשת כתוצאה מאורבניזציה, מתמורות כלכליות והרחבת החינוך. כאשר נחלשה המסורת הדתית ונפתחו הזדמנויות חדשות בפני הצעירים המשכילים, נוצרו ניגודים בתוך המשפחה, והדור הצעיר שאף לעצמאות ולפריצת המסגרת הפטריארכלית. ראשוני החלוצים לפריצת המסגרות הקיימות היו אנשי חינוך מחוץ ומבית, שרצו לערער על המסגרת השמרנית ולשנות ערכים מקובלים במשפחה ובציבור. התמורות החברתיות שהתחוללו בקרב הקהילה היהודית בעקבות התרחבות מוסדות החינוך הכללי, היו בתחילה חיקוי לתרבות הזרה. למרות הצלחת מוסדות החינוך, תהליך שינוי אורחות חיים ויישומם הלכה למעשה היה איטי יותר ורבו בו הסתירות. השכבה המשכילה שאפה להסתגל לצורת החיים המערבית ולהיפטר מן המנהגים העממיים, האמונות והלבוש המסורתי. הם גם ראו במעמדה של האישה המערבית חלק אינטגראלי מאותה תרבות שאליה שאפו להסתגל. פריצת דרך זו לא הייתה קלה, ועצם רכישת ההשכלה לא שחררה את הצעירים מהלך הרוח השמרני. לדוגמה: בנות למדו במוסדות החינוך, אך משסיימו את חוק לימודיהן ישבו בבית ולא הורשו לצאת לעבודה. הנישואין המשיכו להיקבע לרוב על פי השדכנים וההורים. זוגות צעירים ואף המשכילים ביניהם המשיכו לגור בבית משפחת הבעל עד לתקופה מאוחרת. תופעות אלו היוו סתירה גמורה לתוכן ההשכלה שרכש הדור הצעיר.
בית הספר המודרני הראשון בעיראק, אשר נוסד בבגדאד על ידי חברת כי"ח בשנת 1864, נתקל בהתנגדות המנהיגות הדתית, ומעטים שלחו אליו את ילדיהם. קשה היה לגשר בין מנהיגי האוכלוסייה היהודית לבין המנהיגים האירופאיים הראשונים. המנהל הראשון של בית הספר, נרסון, נכשל בתפקידו בשל יחסים השלילי של הרבנים אל בית הספר. "הועד המקומי והרבנים לא יכלו לסבול הרבה דברים שהיו מוזרים בעיניהם". מורי העברית בבגדאד כינו את בית הספר בשם "היכל אלילי השקר". הם היו מוחים נגד הביאורים שהמורה היה נותן לשיטת הכוכבים, לחומה הפנימי של הארץ, לימיה, לחורבן ירושלים, וכמו גם נגד כל השיעורים המערערים את יסודות האמונה היהודית.
בשנים הראשונות לקיומו של בית הספר קמו לו מתנגדים מבין הקהילה היהודית והאשימו את חברת אליאנס בחילול המסורת היהודית. החכם שמעון אגסי קובע בדרושו "לאיזה תכלית נברא האדם" שהתכלית אשר למענה נברא האדם היא לעסוק בתורה ובמצוות. "והנה אנחנו בני הדור הקודם אשר חונכו על ברכי הדת והאמונה על ידי מורים יראי ה', מאמינים בני מאמינים, אין אנו צריכים לחקירה ודרישה כדי שיתאמת אצלנו דבר זה.. אבל לבני הנעורים המחונכים בבתי ספר "האשכולות מרורות" (יהודי בגדאד קראו לבית הספר של חברת כי"ח אסכול והחכם הפכו לשם הגנאי "אשכולות מרורות") על ידי מורים לא אמון בם וריח תורה נראה לא עדת בהון - מגמתינו כי הם (בני נעורים אלו) לא חונכו על ברכי האמונה הנאמנה, ולא ידעו ולא יבינו מה חובת האדם בעולמו ומה תכליתו... להם אשא דעי למרחוק, למועצות ודעת להוכיח להם בראיות ברורות וטענות שכליות מה היא חובת האדם בעולמו ומה היא סיבת ביאתו, ומה תכליתו..." חכם שמעון אגסי ראה בחינוך המודרני איום על החינוך המסורתי והזהיר מפני חורבן העלול לבוא כתוצאה מחינוך זה. בשנת 1886 ניסה ישראל לוריאן לפתוח בית ספר למלאכה לבנות בבגדאד. חכמי הקהילה בראותם את יחס העוין לדת יצאו במלחמת חורמה נגדו ופרסמו "הסכמה", בלשון סגי נהור, לאמור: "מסכימים הסכמה גמורה ושלמה על עניין מה שרוצים איזה אנשים לעשות אסכול (בית ספר) של בנות לקבץ בנות למקום מיוחד ללמדן אומניות, ויענו שהדבר הזה הוא מתנגד לשורת דרך למנוע את הדבר הזה, ואם המצא ימצא איזה אנשים שיעיזו לעשות את הדבר הזה, מחויבים אנחנו לעמוד כנגדם להפר עצתם ולקלקל מחשבתם …" מאות אנשים חתמו על "הסכמה" זו, וביום שבת הוקרא כרוז נוסף באותה הרוח בכל בתי הכנסיות: "מטעם הרבנים וחכמי העדה, בהיות כי איזה אנשים יסדו בית הספר ללמד בנות ישראל מלאכה, ויסכימו החכמים ויחידי הקהל למנוע ולבטל הדבר, כי ממנו תצא פריצות. לכן נודיעכם כי לא יהיו איש לשלוח ביתו לבית הספר הזה, ואשר יזיד וישלח, לבד אשר ידון כעובר על הסכמת הקהל, ועוונו ישא, גם אנחנו מצידנו נעשה את אשר ביכולתינו להענישו, וכל נערה אשר תלך לבית הספר הזה נמנע אירוסיה ונישואיה, ולא נכתוב לה כתובה ותשאר עגונה כל ימי חייה. ובוודאי ישראל קדושים הן ולא יעברו על הסכמת הקהל". בית ספר זה נסגר ובית ספר כללי לבנות נפתח בשנת 1893. אף לפתיחת בית הספר הכללי התנגדו וראו בו שהוא "מצודד נפשות יקרות תמות ותמימות. המורות בבתי הספר הן נשות המורים, עושות כמעשה בעליהן להדיח את בנות ישראל מעל אלוהיהם ומעל מנהגי חוקי הדת של אמותיהם הכשירות והצנועות".
עם זאת, לא הייתה בבגדאד קנאות דתית, וההתנגדות לחברת כי"ח לא האריכה ימים. לצד המתנגדים נמצאו רבנים שעודדו את פעולותיה של חברת כי"ח, השתתפו בחגיגות בית הספר ושלחו אליו תלמידים. מבין אלה היו עבדאללה סומך המקובל כסמכות דתית בקרב יהודי בגדאד.
אווירת שיתוף הפעולה שהלכה והתחזקה לקראת סוף המאה ה-19, אפשרה לחברת כי"ח להרחיב את רשת מוסדותיה. נפתחו בתי ספר נוספים לבנים ולבנות בבגדאד ובראשית המאה העשרים נוספו בתי ספר מחוץ לבגדאד. בתחילת המאה ה-20, התקבל בברכה הסיוע שהגישה חברת כי"ח למדרש תלמוד תורה. אך עם זאת חוסר האמון של חלק מן הרבנים בתרבות זו לא נעלם כליל. חברת כי"ח והנהלות בתי הספר מטעם הקהילה היהודית לא שאפו לבטל את מסורת ישראל, אך התלמידים הצעירים לא מצאו בלימודי הדת תשובות לשאלות ובעיות שהעסיקו אותם, ורבים הפסיקו להתעניין בקיום מצוות הדת. על אף ההתרחקות מן הדת, מעטים הגיעו לניתוק גמור מן היהדות ולהתבוללות מוחלטת. אפילו בשנות הארבעים נשמר לרוב אורח חיים יהודי, והיהודים המשיכו להקפיד על צום ביום כיפור ועל דיני כשרות בבתיהם. העצמאיים לא עבדו בשבתות, ודיני מילה, נישואין, גירושין וקבורה קיומו לפי ההלכה. לא התפתחה אווירה אנטי-דתית קיצונית ולא נוצרה מתיחות בין הדור הצעיר והדור המבוגר. המשכילים הצעירים, נוכח הרגשת המשבר, הטיפו לידיעת המקורות וההיסטוריה של העם היהודי. מנהגים שונים הקשורים במסורת היהודית נשתמרו בצד המנהגים המודרניים. אחד האירועים המרכזיים בחיי הדת והחברה של יהודי בבל היה העלייה לרגל לקברי צדיקים ונביאים (בין השאר לקבר יחזקאל הנביא) הנמצאים בבבל.
העובדה שדור האבות לא שמר בקיצוניות על המסורת, מנעה חיכוך והתגברות המתח בינם לבין דור הבנים. אלה מצידם לא גילו נטייה להיטמע בקרב האוכלוסייה הלא יהודית שהייתה עדיין מסורתית, וכך לא נוצרו בה התנאים לקליטת מתבוללים, וכן השרתה היא אווירה מסורתית ומנעה תהליך חילון מהיר. לא נוצר הרקע המתאים לתופעה ההתבוללות כפי שנודעה באירופה.
בנוסף, החינוך המקצועי הרשמי לא היה מפותח דיו בעיראק. נהוג היה שילד לומד מסחר או מלאכה מאביו וכך הוא ממשיך במסורת המקצוע המשפחתי. אם ילד רצה ללמוד מלאכה אחרת, או שאביו לא היה בעל מלאכה, היה הוא עובד כשוליה אצל בעל מלאכה ולומד את המקצוע תוך כדי עבודה. החינוך המקצועי המסודר הראשון בעיראק הונהג עם ייסוד בית הספר המקצועי הראשון בבגדאד בשנת 1869 על ידי המושל העות'מאני מדחת פאשא. בית ספר זה נועד ללמד מלאכה לצעירים עניים, ואף על פי שלכאורה נראה היה שהכוונה הייתה לכלל הצעירים ללא הבדל דת, יש רמזים המצביעים כי יהודים לא יכלו לנצל את הזדמנות זו. המקצועות שנלמדו בבית הספר זה היו: נגרות, נפחות, סנדלרות, מכניקה, אריגה, אריגת שטיחים ומוזיקה. לאחר מכן נפתחו בתי ספר כאלה במוסול ובכרכוכ. נראה שבתי ספר אלה זכו להצלחה ונעשו למקובלים בקרב הציבור העיראקי. אמנם אין בידינו ידיעות כמה בתי ספר כאלה נפתחו עד סיום השלטון העות'מאני בעיראק, אולם ניתן ללמוד על התפשטות המגמה הזאת בתוך כך שגם היהודים הקימו באותה תקופה מוסדות מסודרים לחינוך מקצועי. אולם כל המוסדות האלה נסגרו בימי מלחמת העולם הראשונה, כשם שנסגרו מוסדות חינוך אחרים בגלל מצב המלחמה.