בראשות בנימין נתניהו: כהונה ראשונה.
לאחר התפטרותו של שמיר התמודד נתניהו על תפקיד יו"ר המפלגה מול דוד לוי, משה קצב ובני בגין. מערכת הבחירות לוותה בחילופי האשמות והשמצות קשות בין נתניהו ללוי, שיאן בפרשת הקלטת הלוהטת, בה טען נתניהו בשידור ישיר בטלוויזיה כי "בכיר בליכוד המוקף חבורת פושעים" מנסה לסחוט אותו באמצעות קלטת בה הוא נראה בוגד באשתו. למרות הפרשה, שהדיה ירדפו את שני האישים למשך שנים ארוכות, נבחר נתניהו ברוב גדול להנהגת הליכוד.
נתניהו הנהיג את הליכוד באופוזיציה לממשלת רבין ובהתנגדות להסכמי אוסלו, וביסס את מעמדו בראשותו.
לאחר רצח רבין התנגד נתניהו להקדמת הבחירות משום שסבר שהדבר יתפרש כניצול לא ראוי של הרצח.
במהלך כהונת הכנסת הגיעו יחסיהם של נתניהו ולוי, שדומה היה שלא יכלו להחמיר עוד, לשפל חדש כאשר זה האחרון פרש מהליכוד והקים את מפלגת גשר. ערב הבחירות לכנסת ה-14 הצליח נתניהו לצרף את לוי ומפלגתו, כמו גם את צומת של רפאל איתן, לרשימה משותפת בראשותו. יותר משנעשה הדבר על מנת להגדיל את כוחו של הליכוד, הייתה מטרת האיחוד למנוע מהשניים להתמודד מול נתניהו בבחירות האישיות לראשות הממשלה שהתקיימו אז לראשונה, ויעיד על כך השריון הלא פרופורציונלי לכוחן האמיתי שניתן למפלגותיהם: שבעה נציגים במקומות שנחשבו ריאליים לכל אחת מהן.
בבחירות זכה נתניהו בראשות הממשלה ברוב דחוק מול שמעון פרס, אך הרשימה המשותפת זכתה רק ל-32 מנדטים, מהם 22 לליכוד. נתניהו לא הצליח לשמור על יחסים טובים עם שריו והביא לפרישת מספר שרים מהממשלה ולאחר מכן מהליכוד. תנועת "גשר" של דוד לוי פרשה מהשותפות עם הליכוד וחברה לקראת הבחירות לכנסת החמש עשרה ולראשות הממשלה בשנת 1999, לעבודה במסגרת ישראל אחת. נתניהו ניסה בעת ובעונה אחת להמשיך בתהליך אוסלו שאליו הייתה מחויבת הממשלה בהסכמים בינלאומיים, ולנקוט קו תקיף יותר נגד הפלסטינים בהתאם לעמדתו הניצית המסורתית של הליכוד, אך לא הצליח להביא את שריו לתמוך בדרכו. בני בגין פרש מהממשלה בעקבות הסכם חברון ולאחר חתימת הסכם ואי שהביא להקדמת הבחירות, הקים את חרות ב-23 בפברואר 1999. מנגד, קבוצת חברי כנסת שהיו ממוקמים משמאלו, בראשות יצחק מרדכי, חברו להקמת מפלגת המרכז. צומת החליטה גם היא שלא להתמודד בבחירות ביחד עם הליכוד.
בבחירות 1999 הפסיד נתניהו לברק בבחירות האישיות לראשות הממשלה, והליכוד בראשותו השיג 19 מנדטים בלבד, שיא שלילי כמוהו לא נראה מאז הקמתו. בעקבות התבוסה פרש נתניהו מהנהגת הליכוד ומהכנסת.
בראשות אריאל שרון.
לאחר פרישתו של נתניהו מונה אריאל שרון לשמש במקומו כיושב ראש זמני. ב-2 בספטמבר 1999 גבר שרון בפריימריז על אהוד אולמרט, מאיר שטרית ופרופ' ולדימיר הרצברג, ונבחר באופן רשמי לראשות המפלגה. שרון הנהיג את הליכוד בזמן תקופת כהונתו של אהוד ברק כראש הממשלה. כיו"ר הליכוד, יזם שרון תוכניות הבראה וייעול במנגנוני התנועה, צמצם את הגרעון התקציבי של המפלגה והחל במסע לראשות הממשלה. בחודש יולי 2000 הוביל הליכוד את בחירתו של חבר הכנסת מטעמו, משה קצב, לנשיא מדינת ישראל. ב-2001, על רקע כישלון ועידת קמפ דייוויד ופרוץ האינתיפאדה השנייה, התנהלו בחירות חדשות לראשות הממשלה. בנימין נתניהו סירב להתמודד ללא בחירות חדשות לכנסת והשאיר את הבמה לאריאל שרון שזכה ברוב מוחץ ונתמנה לראש הממשלה, לאחר שהקים ממשלת אחדות עם מפלגת העבודה. חודשים אחדים לאחר שנבחר שרון לראשות הממשלה הכריז בפני כנס מורות בלטרון, בניגוד למצע הליכוד, כי הוא מוכן לאפשר לפלסטינים הקמת מדינה עצמאית. על רקע כוונותיו אלו יזמה קבוצה של חברי מרכז הליכוד בשם "הפורום לשמירת ערכי הליכוד" שבראשה עמד ח"כ אלי כהן, הצעת החלטה הקובעת כי הליכוד מתנגד להקמתה של מדינה פלסטינית בין הירדן לים. הצעת החלטה זו התקבלה על ידי מרכז הליכוד, הגוף המחוקק והעליון של התנועה, ברוב מוחץ.
בנובמבר 2002 פרשה מפלגת העבודה מהממשלה, והובילה את המערכת הפוליטית לבחירות חדשות. בבחירות המקדימות שנערכו בליכוד לקראת הבחירות הכלליות, שנערכו לאחר שבנימין נתניהו קיבל את הצעתו של שרון לשמש כשר החוץ, התמודד נתניהו מול שרון על הנהגת הליכוד, אך הפסיד ושרון נבחר לעמוד בראש הליכוד. לאחר ההתמודדות הפנימית חבר נתניהו לשרון ובבחירות לכנסת השש עשרה ב-2003 ניצח שרון פעם נוספת ונבחר לראשות הממשלה, והליכוד קיבל 38 מנדטים, פי שניים מבכנסת הקודמת. זמן קצר לאחר מכן התאחדה מפלגת ישראל בעליה עם הליכוד, ומספר המנדטים שלו הגיע ל-40.
את מדיניותה הכלכלית של הממשלה החדשה הוביל נתניהו שמונה לשר אוצר, וזאת אף על פי שרצה תחילה להמשיך בתפקידו כשר חוץ. בתקופתו הובילה הממשלה רפורמות כלכליות ליברליות רבות, שכללו בין השאר קיצוץ חד בקצבאות הרווחה, הורדת מיסים (לצד ביטול פטורים והרחבת בסיס המס), והפרטת גופים ממשלתיים. השיפור במצבו של המשק שהיה נתון במשבר מאז פריצת האינתיפאדה, והצמיחה הגבוהה בשנים שלאחר מכן מיוחסים על ידי רבים למדיניות זו, אף על פי שיש הטוענים כי אמצעים חריפים אלו הובילו לפגיעה קשה מדי בשכבות החלשות, ואף פגעו בבסיס התמיכה של הליכוד.
בתקופה זו גברה הביקורת בציבור על כוחו העצום של מרכז הליכוד, שנבע משליטתו על בחירת הרשימה לכנסת, ומהגידול הפוליטי בכוחו של הליכוד כולו. בתקשורת הועלו טענות על סידור מכרזים לחברי מרכז ומינויים פוליטיים מתרבים במשרדי הממשלה שנשלטו על ידי התנועה, כמו גם על תופעות אזוטריות יותר כגון נוכחות ערה של חברי הכנסת של התנועה באירועים משפחתיים של חברי המרכז, מתוך רצון לשמור על יחסים טובים איתם. גם ריחוק גופים מקצועיים ממוקדי קבלת ההחלטות, שהתקבלו בתכיפות הולכת וגדלה ב"פורום החווה", והתחושה בקרב חלקים בציבור כי ויתוריו המדיניים המפתיעים של שרון נבעו מרצון להימנע מהעמדה לדין בשל החשדות הפליליים נגדו, גררו האשמות בדבר השחתת הנורמות הציבוריות.
תוכנית ההתנתקות והמחלוקות.
ב-2004 החל שרון לקדם תוכנית פרי יוזמתו, תוכנית ההתנתקות, שעיקרה פינוי רצועת עזה מהתנחלויות ישראליות ויציאת הצבא ממנה, וכן פינוי ארבעה יישובים בצפון השומרון. בשל התנגדות עזה נוספת מצד גורמים בתנועה החליט שרון להעמיד את התוכנית לאישור חברי הליכוד. תוצאות המשאל היו דחיית תוכנית ההתנתקות על ידי מתפקדי הליכוד, ברוב של 59.5%. חרף דחיית התוכנית הצהיר שרון שמנוי וגמור עמו לבצעה והוא הביא אותה למשאל נוסף בפני חברי מרכז הליכוד, תוך הבטחה כי תוצאות המשאל יחייבו אותו, על אף שאין למשאל זה תוקף חוקי מחייב. לאחר שהתוכנית נדחתה גם במשאל שנערך בקרב חברי המרכז אמר שרון "נכשלתי, אחשוב על תוכנית חדשה" והביא את התוכנית לאישור הממשלה, תוך שהוא מאיים כי שר שלא יתמוך בתוכנית יפוטר. התוכנית אושרה על ידי הממשלה ומאוחר יותר הובאה להצבעה בכנסת, שוב כששרון מאיים על חברי סיעת הליכוד כי ינקטו סנקציות נגד ח"כ שלא יצביע בעד ההצעה. התוכנית אושרה בכנסת בהצבעה שכונתה "ליל השפנים" וביצועה החל ב-15 באוגוסט 2005 והושלם ימים אחדים לאחר מכן. היו שאמרו כי בעקבות ההחלטה לבצע את התוכנית חל פילוג "דה-פקטו" בליכוד, כאשר שלושה-עשר מחברי-הכנסת של הסיעה, שכונו "המורדים" (על ידי נאמני שרון), הצביעו כנגד ממשלת שרון בשל הפרת החלטת משאל המתפקדים על-ידו. כשבוע לפני ביצוע התוכנית התפטר שר האוצר, בנימין נתניהו, מן הממשלה.
בהצבעה שנערכה בוועידת הליכוד על הקדמת הבחירות לראשות המפלגה, דחה המרכז את ההצעה ברוב של כחמישים ושניים אחוזים. תוצאה זו נחשבה לניצחון לשרון ולתבוסה קשה ליריבו הפוליטי, בנימין נתניהו.
שרון גם לא נענה להחלטת ועידת הליכוד לקיים משאל עם בנושא תוכנית ההתנתקות, אף שגם רוב גדול בסיעה – 27 חברי כנסת תמך בקיום משאל עם כזה. בהצבעה על הנושא בכנסת התפלגה הסיעה בהצבעה ו-13 שרים וח"כים הצביעו בכנסת כנגד משאל עם בניגוד לעמדת הסיעה, כתוצאה מכך נפלה ההצעה לקיים משאל עם בעניין תוכנית ההתנתקות. ימים אחדים לאחר מכן הביא שרון לכנסת לאישור את הצעתו למנות כשרים חדשים בממשלתו את רוני בר-און ואת זאב בוים והודיע לכנסת על מינוי סגני שרים שהתנגדו כמוהו למשאל העם. המינויים החדשים זכו לגינוי רחב של כל סיעות הבית, משום שנראו כמתן תמורה אישית על דרך ההצבעה של אותם ח"כים. שרון הסיר את הצעתו למינוי השרים מאחר שקבוצת חברי כנסת במפלגתו הודיעו שלא יתמכו בה ולא הובטח למינוי הרוב הדרוש. בעקבות כישלון המינויים אמר שרון "בסך הכל רציתי לעשות טובה לחברים, למה שקרה היום יהיו השלכות גדולות".
ימים ספורים לאחר פרשת מינוי השרים, בנובמבר 2005 פרש שרון מהליכוד על רקע ההתנגדות העזה במפלגה למהלכיו האחרונים ועל רקע כישלון מינוי השרים. יחד עם עוד שלושה-עשר חברי כנסת שפרשו מהליכוד הוא הקים את מפלגת קדימה. זמן קצר לאחר מכן הצטרפו למפלגה החדשה גם פורשים ממפלגת העבודה.
בראשות בנימין נתניהו: כהונה שנייה.
עם פרישת שרון החל מסע הבחירות לראשות הליכוד, כשהמתמודדים היו בנימין נתניהו, סילבן שלום, שאול מופז, משה פייגלין, עוזי לנדאו וישראל כץ. הבחירות המוקדמות התקיימו ב-19 בדצמבר. בתחילת דצמבר הודיע המועמד עוזי לנדאו על פרישתו מהמירוץ ותמיכתו בבנימין נתניהו על בסיס מצע מדיני משותף. כשבוע לאחר מכן, הודיע שר הביטחון שאול מופז במפתיע על הצטרפותו למפלגת קדימה בניגוד לעמדתו המוצהרת הקודמת. בנימין נתניהו זכה בבחירות אלו ברוב גדול, עם 44 אחוזי תמיכה, ושב לראשות הליכוד.