במהלך תקופת כהונתו כתב ג'ונסון את פסק דין הרוב רק בשני תיקים מרכזיים: פסק הדין "ארצות הברית נגד הדסון" ב-1812 ו"בנק המכונאים של אלכסנדריה נגד בנק קולומביה" (Mechanics' Bank of Alexandria v. Bank of Columbia) ב-1820. ב"ארצות הברית נגד הדסון" קבע בית המשפט שלבתי המשפט הפדרליים אין את הסמכות לקבל החלטות הנוגעות לחוק הפלילי, החלטה שנשאה מאוד חן בעיני חסידיו של ג'פרסון. לעומת זאת, בתיק "בנק המכונאים", קבע בית המשפט תקדים שעל פיו יכול שופט פדרלי לשמוע עדויות להבהרת חלקים דו-משמעיים בחוזים. ג'ונסון גם כתב מאות פסקי דעת של הרוב בתיקי מקרקעין, משפט ימי וביטוח, תחומים שרזיהם לא היו נהירים לכל השופטים. לאחר 1820 הוא כתב פסקי דין מעטים של הרוב ויותר ויותר חוות דעת מיעוט. את הגידול הזה במספר חוות דעת המיעוט של ג'ונסון ניתן לייחס להשפעתו של הנשיא ג'פרסון, ששיבח את התנהלותו של ג'ונסון ועודד אותו לפרסם חוות דעת נוספות כאלו. בסך הכל, כתב ג'ונסון כמחצית מחוות דעת המיעוט במהלך תקופת נשיאותו של מרשל.
פסק הדין גילכרייסט נגד גובה המיסים של צ'ארלסטון.
בעקבות תקרית צ'ספיק-ליאופרד ב-1807, חתם הנשיא ג'פרסון על חוק האמברגו, ש"העניק במפורש לגובי המיסים בנמלי המדינות את הסמכות לעכב כל ספינה שהפרה או שניסתה להפר את האמברגו". ב-1808 הגיש אדם גילכרייסט, בעל ספינה, לקשה מבית משפט פדרלי לצו עשה לאחר שספינתו עוכבה עקב הוראתו של מזכיר האוצר אלברט גלטין. בפסק הדין "גילכרייסט נגד גובה המיסים של צ'ארלסטון" (Gilchrist v. Collector of Charleston), ג'ונסון, שישב בראש הרכב השופטים, פסק ש"צעדיו של גובה המיסים לא היו יכולות להיות מוצדקות על ידי מכתבו של גלטין בשל העובדה שבחוק האמברגו הקונגרס לא העניק לנשיא או למחלקת האוצר את הסמכות לעצור ספינות.
פסק דין זה הוביל לתגובה חריפה מידית. בעוד שהעיתונות הפדרליסטית חגגה את ההחלטה, היא נותרה חסרת פופולריות בקרב רוב אזרחי ארצות הברית. בין החודשים יולי ואוקטובר 1808 התעמת ג'ונסון באופן פומבי בנוגע לפסק הדין עם התובע הכללי של ארצות הברית סיזר אוגוסטוס רודני בסדרה של מכתבים שפורסמו בעיתוני צ'ארלסטון. בסופו של דבר האמין ממשל ג'פרסון שלבית המשפט הפדרלי לא הייתה את הסמכות להוציא צו עשה. עם זאת, המקרה נותר נקודת ציון משפטית חשובה, אם כי לעיתים נשכחת, וסייע למסד את העצמאות השיפוטית.
פסק דין זה, שהיה צעדו העצמאי הראשון של ג'ונסון, לא זכה להערכתו של הנשיא ג'פרסון. השניים חדלו להתכתב במשך מספר שנים לאחר פסק הדין וידידותם לא שבה על כנה עד שג'ונסון חידש את ההתכתבות בין השניים זמן רב לאחר מכן. בינואר 1819 הוצע לג'ונסון תפקיד גובה המיסים של נמל צ'ארלסטון, אך הוא סירב ובחר להמשיך בכהונתו השיפוטית.
פירוש סעיף החוזים.
בפסק הדין "פלטשר נגד פק" מ-1810 הצטרף ג'ונסון לדעת הרוב שקבעה שביטול הענקות הקרקע על ידי חוקי מדינת ג'ורג'יה, שניתנו שנה קודם לכן, נגדו את החוקה. הייתה זו הפעם הראשונה בה פסק בית המשפט פסיקה מעין זו על חוקי מדינה. בפסק דין זה כתב ג'ונסון חוות דעת עצמאית, אף על פי שהוא לא התנגד לחוות הדעת הכללית של בית המשפט, אך הוא חשש שהמקרה עלול להתפרש כקנוניה בין הצדדים כדי לקבוע תקדים. הוא גם חלק עד דעתו של מרשל שהחוק של ג'ורג'יה הפר את סעיף החוזים לחוקה. הוא האמין שהפירוש של מרשל של סעיף זה, שליקויים במחויבות חוזית הפרו אותו, כמגבילות יתר על המידה את סמכויות המדינה לטובת זכויות הפרט. תחת זאת, הוא האמין שהחוק הר את העיקרון הכללי של החוק שאדם לא יכול לבטל את בעלותו על משהו שכבר לא בבעלותו.
ב-1819 הצטרף ג'ונסון לדעת הרוב בפסק הדין "דארטמות' קולג נגד וודוורד" . בתיק זה פסק בית המשפט שסעיף החוזים נוגע לתאגידים פרטיים, שהענקת זכות פרטית מהווה חוזה דו-צדדי, ושהמדינה לא יכולה להתערב בחוזה כזה. בניגוד להרגלו, לא כתב ג'ונסון פסק דין נפרד בתיק זה.
עם זאת, כאשר פסק בית המשפט העליון ב-1823 בתיק "גרין נגד בידל" , כתב ג'ונסון חוות דעת נפרדת, שבחלק ממנה הוא התנגד לחוות דעת הרוב ולחלקה הוא הסכים. הוא הסכים עם דעת הרוב שחוק של מדינת קנטקי להגבלת זכויות בעלי הקרקעות לרכוש עצמו, אך שוב, כמו בפסק דין פלטשר נגד פק, האמין ג'ונסון שאי הלגיטימיות של החוק לא נבעה מההפרה הכללית של עקרונות החוק, ולא בשל הפרה של סעיף החוזים. הוא ויתר על ניתוח של סעיף החוזים, שכן הוא חש שהדבר לא נחוץ לשאלה המשפטית שעמדה על הפרק. פסק הדין גרין נגד בידל היה אחד מתיקי סעיף החוזים החשובים ביותר של בית המשפט העליון באותה תקופה, שבהמשך הרחיב את הסעיף כדי שיכלול הסכמים ציבוריים כמו ההסכם שנחתם בין וירג'יניה לבין קנטקי ב-1792.
ב-1827 הצטרף ג'ונוסן לדעת הרוב של השופט בושרוד וושינגטון בפסק הדין "אוגדן נגד סאונדרס" . בחוות דעת זו נקבע שסעיף החוזים פסל רק חוקים רטרוספקטיביים שהשפיעו על חוזים, ולא על חוזים שטרם נחתמו. היה זה פסק הדין החוקתי היחידי שבו פרסם נשיא בית המשפט העליון מרשל חוות דעת מיעוט.
פירוש העקרון הפדרליסטי.
ב-1813, סירב בית המשפט לערעורים של וירג'יניה, שהיה אז הערכאה המשפטית הגבוהה ביותר במדינה, ללכת בעקבות החלטת בית המשפט העליון של ארצות הברית בפסק הדין "יורשי פיירפקס נגד חוכרי האנטר" (תיק שבו היה ג'ונסון בדעת המיעוט), בטענה שסמכות הערעור לבית המשפט העליון של ארצות הברית לא חלה עליהם. בפסק דין זה, קבע בית המשפט העליון של ארצות הברית, בעשותו שימוש בסמכויות שניתנו לו על פי חוק השיפוט של 1789, שווירג'יניה שללה באופן בלתי ראוי בעלות ממשפחה בניגוד לדעת בית המשפט המדינתי. ב-1816 השיב בית המשפט העליון של ארצות הברית בקשר להתנגדות בית המשפט לערעורים של וירג'יניה בפסק הדין "מרטין נגד חוכרי האנטר" . בתיק זה כתב השופט ג'וזף סטורי פסק דין שהתקבל פה אחד על ידי כל השופטים ש"סמכות הערעור של ארצות הברית לחלה על מקרים הנוגעים לבתי המשפט של המדינות, ושסעיף 25 של חוק השיפוט, שמתיר להחיל את סמכות השיפוט על מקרים ספציפיים באמצעות הטלת צו, נתמכת על ידי הכתוב בחוקה ועל ידי רוח הדברים שבה".
חוות דעתו של סטורי גרמה תסכול לרצונו של ג'ונסון ל"עמידה על הזכות של הסמכות הפדרלית". בחוות דעתו בה הוא הסכים לדעת הרוב, כתב ג'ונסון שבית המשפט העליון "היה קולו של האיחוד, וכאשר התקבלו החלטות שרק רוח הדברים נותנת להם את הבסיס, [קולו של בית המשפט העליון] גובר על הטענה לסמכות בתי המשפט המדינתיים. בהמשך הרחיב ג'ונסון בסוגיית הפדרליזם, בציינו ש:
ג'ונסון גם הצטרף לשתי החלטות נוספות, שהיו נקודות ציון חשובות בסוגיית הפדרליזם. ב-1819 הוא הצטרף להחלטה פה אחד של בית המשפט בפסק הדין "מקולוק נגד מרילנד" , תיק שפסל ניסיון של האספה הכללית של מרילנד להטיל מס על . פסק דין זה ביסס את הקביעה שהמדינות לא יכולות להתערב ביישום הסמכויות החוקתיות של הממשלה הפדרלית וש מקנה לקונגרס סמכויות משתמעות שלא נמנו בחוקת ארצות הברית. שנתיים לאחר מכן, ב-1821, הצטרף ג'ונסון לפסק הדין "כוהנס נגד וירג'יניה" , שהתקבל פה אחד ונכתב על ידי מרשל. פסק דין זה קבע שלבית המשפט העליון של ארצות הברית יש את היכולת לקיים ביקורת שיפוטית על החלכים פליליים של המדינות.
משפט דנמרק וסי ופסק הדין אלקיסון נגד דליסליין.
ב-1822 הואשמו דנמרק וסי עבד משוחרר, ואנשים נוספים, בתכנון לכאורה של מרד עבדים בצ'ארלסטון. אישי הציבור בעיר האמינו שווסי וחסידיו תכננו להשתלט על העיר ולהרוג את בעלי העבדים הלבנים ואז להימלט להאיטי. הקשר לכאורה של וסי היה נקודת מפנה בחייהם של רבים מהלבנים בקרוליינה הדרומית. אך ג'ונסון פקפק באיום לכאורה ובעוצמתו, ובשל כך הוא הסתכסך עם רוב התושבים הלבנים של העיר, כולל בתו.|
ג'ונסון תהה בפתיחות על הגינותו של המשפט שהתנהל בעקבות הפרשה. ביוני אותה שנה הוא שלח מכתב לעיתון Charleston Courier, בו הוא פירט אודות מרד קודם שהתקיים כביכול על גבול ג'ורג'יה וקרוליינה הדרומית. המרד שהוא ציין במכתבו התברר בסופו של דבר כשמועה והוביל לרציחתו של אדם חף מפשע. ג'ונסון טען שהוא האמין לסיפור "שנשא בחובו לקח שימושי, ושבשלו ניתן יהיה לבדוק את הסיבות לתסיסה שהניעה את דעת הקהל" בצ'ארלסטון.
ג'ונסון לא היה היחיד שמתח ביקורת על הפרשה. מושל קרוליינה הדרומית, תומאס בנט מתח ביקורת על ההליכים על כך שהם לא היו הוגנים בשל העובדה שהמשפטים נערכו בדלתיים סגורות ושהנאשמים לא נכחו בהם כאשר העדים מסרו את עדויותיהם. הביקורת שנמתחה על ידי המושל בנט ועל ידי ג'ונסון הסעירה את שופטי בית המשפט ששפטו את הקושרים לכאורה. ביולי 1822 הם פרסמו הכחשה ב-Charleston Courier והמעצרים וההוצאות להורג אף הוכפלו.
בעקבות מעצרו ומשפטו של וסי, תיקן בית המחוקקים של קרוליינה הדרומית את "חוק הימאים השחורים" של 1820, כך שהם הסירו את החריג של "ימאים שחורים או מולאטים חופשיים" שייעצרו באופן זמני כאשר ספינתם עוגנת. ג'ונסון חשש שהמקרה יוביל את בעלי הספינות להשאיר בכלא ימאים חופשיים כדי להימנע מלשלם להם שכר. בתיק "אלקיסון נגד דליסליין" (Elkison v. Deliesseline),שנוהל ב-1822 על ידי ג'ונסון בתוקף היותו שופט בבית המשפט של מחוז קרוליינה הדרומית, הוא מצא ש"העברת הסמכותיות הסחר לממשלה הלאומית חיסלה את הסמכות המדינתית ליישם חקיקה סותרת", ולפיכך פסל את החוק. הייתה זו הפעם הראשונה מאז 1789 שבית משפט פדרלי פסל חקיקה מדינתית בשל סתירה שהתגלתה בה עם בחוקה. הפסיקה הובילה לזעמם של מחזיקי העבדים הלבנים במדינות הדרום.
פסק הדין גיבונס נגד אוגדן.