היה ברור שמועמד רפובליקני יהיה הנשיא הבא. מקינלי, בעזרת האנה, החליט לפעול מוקדם בשנת 1895. השאלה הייתה במי יתמכו מנהיגי המפלגה לאחר שישלחו את ציריהם לוועידה. מקינלי והאנה הריצו מסע בחירות לאומי כדי לנסות להשיג תמיכה. מסע הבחירות נחשב למסע הבחירות המודרני הראשון.
מקינלי היה מגובה בכוחו הארגוני והפיננסי של האנה, והצליח לבנות תמיכה שקטה במהלך 1895 ותחילת 1896. כשאחרים ניסו לארגן תמיכה, התברר להם שהאנה הקדים אותם.
האנה נסע למזרח להיפגש עם מנהיגי המפלגה. הוא חזר כדי לדווח שמנהיגי המפלגה מוכנים לתמוך במקינלי בתמורה לכך שיקבלו שליטה על מינויים מקומיים ומינויו של תומאס פלאט מניו יורק לתפקיד מזכיר האוצר. מקינלי התנגד לכך, ופרסם את הסיסמה "העם נגד הבוסים". האנה היה מוכן לכך. מקינלי נפגש עם רפובליקנים דרומיים. אף על פי שאלו לא הצליחו בדרום הדמוקרטי, הם שלחו צירים רבים לוועידה הלאומית. האנה רכש בית בדרום ג'ורג'יה בו פגש מקינלי פוליטיקאים רפובליקנים מהאזור. הוא היה זקוק ל-453.5 קולות כדי להיבחר, וחצי מהם באו ממדינות הדרום וממדינות הגבול. בעזרת תמיכה במנהיגי המפלגה בדרום, השיג מקינלי את תמיכתם בוועידה. הוא אף דיבר בכנסייה של אפרו-אמריקנים, מעשה חריג באותה התקופה. מקינלי גם הצליח ליצור בריתות עם מתנגדיו במפלגה באוהיו.
מקינלי הריץ מועמדים למוסדות המפלגתיים כדי שיוכלו לתמוך בו בוועידה. אחד מהם היה צ'ארלס דוז, בנקאי ויזם צעיר שעבר לשיקגו מנברסקה.
מקינלי סיים את תפקידו כמושל בינואר 1896 ולא רץ לכהונה שלישית. האנה המשיך לארגן מדינות שיתמכו במקינלי, והוא השתלט על כל המדינות ללא מועמדים רציניים. באותה תקופה, המינויים שארגן לאישים קתוליים הובילו לשמועות שהוא עצמו קתולי.
הצירים של מדינות גדולות הונחו להצביע למקינלי. התחרות עדיין הייתה צמודה, והשאלה הייתה מי יבחר בוועידה המפלגתית.
השגת המועמדות.
למרות הניצחונות, קיוו עדיין מנהיגי המפלגה למנוע ממקינלי להיבחר בסיבוב הראשון בעזרת תמיכה במועמדים מקומיים. אילינוי הייתה שטח קרב רציני, כשצ'ארלס דוז חייב צירים להצביע למקינלי. מקינלי הצליח לזכות בכמעט כל הצירים מאילינוי. הנשיא לשעבר הריסון נחשב למועמד רציני. לאחר שהכריז שלא ינסה להתמודד בפעם השלישית, השתלטו תומכי מקינלי על אינדיאנה במהירות מדהימה. היה ברור שמקינלי הוא הפוליטיקאי האהוד בקרב תומכי המפלגה.
הוועידה הרפובליקנית הלאומית של 1896 התרחשה בסנט לואיס, ב-16 ביוני. רוב הצירים היו לצידו של מקינלי, ובהצבעות חשובות הוא ניצח, בתמיכת האנה. המושל לשעבר היה זמין בטלפון ושמע את נאומו של פורקר שהכריז על תמיכתו במקינלי. רוב המערביים תמכו ברעיונות הכסף החופשי. יועציו של מקינלי חזו את חשיבות שאלת הצמדת הדולר, ולחצו שיחליט על מצע המפלגה בנושא. מקינלי העדיף להימנע מכך. למזרח אמר שתמך בתקן הזהב, ובמערב נאמר שתמך בתקן דו-מתכתי. רק לאחר התייעצות עם האנה, מקינלי החליט לתמוך בתקן הזהב. הרפובליקנים המערביים שתמכו בכסף החופשי הובסו, ותקן הזהב נכנס למצע. הם עזבו את המפלגה, והאנה עצמו סילק אותם.
כשהמדינות עברו להצביע, ברגע שאוהיו הכריזה על תמיכתה במקינלי, הצליח מקינלי להשיג את התמיכה הדרושה על מנת להשיג את המועמדות, והוא חגג בביתו כשחבריו פרצו אל ביתו בחגיגות. אלפי פעילים באו אל העיר באותו הערב כדי לשמוע את מקינלי נואם ממרפסת ביתו.
רבים שאלו מי יהיה סגנו של מקינלי. מקינלי הציע את התפקיד לתומאס ריד, שהיה במקום השני בוועידה, אולם הוא סירב. פלאט תמך בלוי פ. מורטון, שכבר היה סגן נשיא תחת הריסון, אולם גם הוא סירב. בדרך כלל, מועמד מאוהיו גיבה את עצמו במועמד מניו יורק, וכך נבחר גארט הוברט מניו ג'רזי. הוא היה איש עסקים, עורך דין ומחוקק, והיה מקובל על רוב הפלגים במפלגה.
מסע הבחירות.
המועמד הדמוקרטי.
לאחר הוועידה, מקינלי נשאר בביתו. האנה נבחר לראש מטה הבחירות שלו והקים מטה בחירות בשיקגו. במערב התיכון, שהיה קריטי להצלחה אלקטורלית, האנה התחיל להכין את מסע הבחירות. מקינלי פיקח על פעולותיו, בזמן שנפגש עם עובדים ופעילי מפלגה בביתו. מקינלי טען, במהלך ההמתנה ליריבו, שנושא הצמדת הדולר אינו משמעותי. לטענתו, בעוד כחודש לא ישמעו עליו. ויליאם דיי, שאותו ימנה מקינלי לתפקיד מזכיר המדינה של ארצות הברית, חזה שבתוך חודש ידברו רק על הנושא הזה.
כשמקינלי נבחר, לא היה ברור מי יהיה המועמד הדמוקרטי. יריביו של גרובר קליבלנד במפלגה התארגנו כדי להעביר מצע שיתמוך בכסף החופשי. ההחלטה על המצע השפיעה על בחירת המועמד. המועמד המוביל היה ריצ'רד בלאנד, חבר בית הנבחרים לשעבר ממיזורי, והוראס בויס, מושל איווה לשעבר. המועמדים האחרים היו בנג'מין טילמן, סנאטור מדרום קרוליינה, ג'וזף בלאקבורן, סנאטור מקנטקי, וחבר בית הנבחרים לשעבר מנברסקה, ויליאם ג'נינגס ברייאן.
דוז הכיר את ברייאן בנברסקה וחזה שאם ברייאן ינאם בוועידה, הוא ישתמש בכישרון הנאום שלו כדי להפוך למועמד. מקינלי והאנה סירבו להאמין לכך והיו בטוחים שבלאנד יהיה המועמד. הוועידה הדמוקרטית הלאומית נפתחה ב-7 ביולי 1896, בשיקגו, כשתומכי הכסף החופשי השתלטו עליה. המצע שתמך בכסף חופשי עבר. הנואם האחרון במהלך הוויכוח על המצע היה ברייאן, ודוז צפה בו. ברייאן נאם את נאום "צלב הזהב" המפורסם, בו גינה את תקן הזהב וקרא למפלגה לזוז שמאלה מבחינה כלכלית. ברייאן הצליח לזכות במועמדות, וגם בתמיכה של רפובליקנים מאוכזבים מהמערב התיכון, שלא סמכו על המדיניות הכלכלית של המזרח והיו חיוניים לניצחון הרפובליקני.
הרפובליקנים היו בטוחים שניצחון מול ברייאן הוא עניין קל, ושמקינלי יבחר בקלות. מסע הבחירות לא היה אמור לחכות עד לספטמבר, והאנה תכנן חופשה כשמקינלי תכנן קיץ שקט. הרפובליקנים הופתעו מהתגובה הנלהבת לנאומו של ברייאן, ונאלצו לצאת לקרב על הנשיאות.
מימון וארגון.
האנה הבין במהירות שנושא הצמדת הדולר היה חשוב לאמריקנים רבים, והחליט על אסטרטגיה שבה ישכנע את הבוחרים שה"כסף היציב", כלומר תקן הזהב, היה עדיף על תקן דו-מתכתי. התעמולה לא הייתה זולה, כיוון שבאותה התקופה היה צורך בפרסום כרזות ובשליחת נואמים שינאמו לטובת המועמד. האנה החליט לגייס כסף בזכות קשריו בתאגידים גדולים. האנה התחיל את גיוס הכספים בסוף יולי, ונציגי המפלגה הפופוליסטית נפגשו בסנט לואיס. הם לא רצו לפצל את תומכי הכסף החופשי, והחליטו לתמוך בברייאן על חשבון עצמאותם המפלגתית.
האנה היה זקוק לכסף באופן נואש, והתחיל מסע בחירות עסקי. האנה הצליח להרגיע את מפלגתו בגלל האיום מצד ברייאן, והמפלגה כולה התאחדה מאחורי מקינלי, מלבד תומכי הכסף החופשי שתמכו בברייאן. אולם היה חסר כסף. האנה נסע לניו יורק, אל אילי הון גדולים. הוא לא היה מוכר מדי והקיצוניות של ברייאן גרמה לאנשי העסקים להיות בטוחים במקינלי. אולם הדיווחים על התמיכה בברייאן והעזרה מצד חברו של האנה מבית הספר, ג'ון רוקפלר (שתרם בעצמו כסף), עזרו לו. בספטמבר, התורמים התחילו לתרום סכומים עצומים. ג'יי. פי. מורגן תרם כ-250,000 דולרים. דוז תיעד כ-3,570,397.13 דולרים, פי שניים מכמות התרומות ב-1892, ופי עשרה מכמות התרומות שברייאן השיג. דוז לא החשיב את גיוס התרומות המקומיות, או הנחות מצד תאגידים ברכישת ציוד. רבים העריכו שהרפובליקנים גיסו כ-16.5 מיליון דולרים.
מקינלי הריץ את מסע הבחירות מביתו, בעזרת טלפון וטלגרף. האנה גייס את התרומות, ואחרים, בעיקר דוז, עסקו בעניינים יומיומיים. כ-500,000 דולרים הושקעו בהדפסת מאות מיליוני עלונים. מטה הבחירות שילם למאות נואמים לנאום בשמו של מקינלי. דוז התעקש על מכרזים למינוי אנשי צוות הבחירות, והוא העסיק בעיקר עוזרים עסקיים ולא יועצים פוליטיים.
מסע בחירות מהמרפסת.
מהרגע שנבחר, מקינלי הוצף בתומכים שבאו לביתו וקיוו לשמוע אותו נואם. מקינלי פתח את ביתו לציבור בכל יום חוץ מיום ראשון עד לבחירות, מלבד סיור ביולי שבו נאם נאומים בקליבלנד. הוא גם נח בסוף שבוע אחד באוגוסט. הצורך לנאום בפני תומכיו מנע ממקינלי לטפל בענייני מסע הבחירות.
הכרזתו של ברייאן, לאחר קבלת המועמדות, שיסייר ברכבת בכל רחבי המדינה (מעשה חריג למועמדים נשיאותיים) גרמה ללחץ על מקינלי לבצע את אותו הדבר. האנה הפציר בו לעשות זאת, אולם מקינלי התנגד לרעיון של עימות מול ברייאן, הנואם המחונן. "מוטב לי כבר להעמיד מקפצת טרפז בחצרי הקדמית ולהתחרות בספורטאים מקצועיים מאשר לנסות לנאום נגד ברייאן", התוודה באוזני ידיד. "אני צריך לחשוב כשאני מדבר". בנוסף לכך, ברייאן תמיד יכול היה להגיע בצורה עממית יותר אל האזורים כדי לנאום. מקינלי לא היה מוכן להתמודד מול ברייאן בתנאים של הדמוקרטים, וניסה למצוא דרך משלו להגיע אל העם.
מקינלי החליט על מסע בחירות ממרפסת ביתו, באותה מתכונת של ביקורי הבית שכבר קרו אצלו. באמצע ספטמבר, ההליך הפך לשגרה. קבוצות שלחו בקשה להיפגש עם מקינלי, ומטה הבחירות ארגן להם הסעות אל ביתו. מנהיג הקבוצה הובא אל קנטון כדי להביא את השאלות למקינלי, או שנציג של מקינלי נפגש איתם בתחנת הרכבת. בכל יום התרחשו בקנטון צעדות למען מקינלי, מלווים במאבטחים כדי שיוכלו להגיע בזמן. מנהיג הקבוצה שאל את שאלתו ומקינלי קרא תגובה מוכנה מראש. לאחר מכן, היה כיבוד והזדמנות ללחוץ יד עם מקינלי, לפני שהמשלחת חזרה אל תחנת הרכבת. אם ירד גשם, המפגש התרחש בפנים.