הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו זכתה לעצמאות מהבלגים ב-30 ביוני 1960, אולם כעבור חמישה ימים החל הצבא למרוד. ב-11 ביולי, הכריזה מדינת קטנגה הפורשת בהנהגת מואיז צ'ומבה על עצמאות מקונגו, וכעבור חודש גם דרום קסאי הכריזה עצמאות. שתי המדינות זכו לתמיכת הבלגים. ב-13 ביולי, הסמיכה מועצת הביטחון של האו"ם עריכת מבצע להחזרת הסדר במדינה. ממשל אייזנהאואר קיווה לפתרון דיפלומטי לפני התערבות ברית המועצות. הניסיון להשפיע על ראש הממשלה הקונגולזי פטריס לומומבה נכשל, והסובייטים תמכו בו בניסיונו לדכא את המורדים. ארצות הברית תכננה להדיח את לומומבה, גם בהתנקשות. ב-5 בספטמבר הודח לומומבה בידי הנשיא ז'וזף קסא-וובו. לומומבה מחה על כך, וב-14 בספטמבר הוביל הקולונל מובוטו ססה סקו הפיכה שחיסלה את כוחו והבריחה את הסובייטים מהמדינה. ב-27 בנובמבר, ברח לומומבה מבירת המדינה והקים ממשלה משלו במזרח עם סגנו, אנטואן גיזנגה. בתמיכת בלגיה וארצות הברית, עצר אותו מובוטו. ב-17 בינואר 1961, הוטס לומומבה אל לובומבאשי והצבא בהנהגת צ'ומבה החל לענות אותו שם, כשלבסוף הוצא להורג בידי כיתת יורים.
קנדי ויועציו לא ידעו על מעורבות ה-CIA בנושא. קנדי לא ידע על מותו של לומומבה עד 13 בפברואר. הוא תמך בשחרורו של לומומבה מהכלא.
המחלקה האפריקנית במחלקת המדינה טיפלה בהרכבת המדיניות האמריקנית בנוגע לדיכוי קטנגה.
ב-2 באוקטובר 1962, חתם קנדי על אמנה של האו"ם שהבטיחה סיוע אמריקני במימון שמירת הסדר בקונגו. ממשל קנדי ניסה לשכנע את צ'ומבה להתאחד בחזרה עם קונגו לפני מעורבות האו"ם.
סחר חופשי: שיחות גאט"ט וסיבוב קנדי.
סיבוב קנדי הוא שם שניתן לסיבוב הרביעי של שיחות בנושא גאט"ט. הן החלו ב-1962, כשקנדי זכה לתמיכת הקונגרס בנושא. המשא ומתן היה המוצלח ביותר מאז 1951 והוביל להרחבת הסחר העולמי.
ביקורים בינלאומיים.
קנדי נסע לשמונה ביקורים בינלאומיים במהלך כהונתו.
ההתנקשות בחייו ותוצאותיה.
קנדי נרצח בדאלאס, טקסס, ב-12:30 בצהריי יום שישי, 22 בנובמבר 1963. הוא נסע לטקסס יחד עם סגנו לינדון ג'ונסון, על מנת להשיק את המסע לבחירה מחודשת של הצמד בנובמבר 1964. קנדי סימן את מדינות הדרום כנקודת החולשה שלו. בינתיים נקלע ג'ונסון למאבק פוליטי בתוך טקסס, כאשר במפלגה הדמוקרטית בטקסס נוצרו שני מחנות. האחד, מחנה שמרני יותר של ג'ונסון ושל מושל טקסס ג'ון קונלי, ואילו השני, הליברלי יותר, בראשות הסנטור מטקסס ראלף יארבורו, וציר בית הנבחרים, הנרי גונזלס. מסע מתוקשר בטקסס היה בו כדי לפתור שתי בעיות – קנדי יוכל לרכוש אהדה במדינות הדרום, ובה בעת לאחד את שתי הסיעות, ולמנוע סכסוכים במחנהו. קנדי וג'ונסון גם תכננו לבלות יחד בחוותו של הלה לאחר ביקורם בדאלאס.
מסעם של קנדי וג'ונסון בטקסס, אליו הביאו את רעיותיהם, נפתח בביקור בעיר פורט וורת' ב-21 בנובמבר 1963, וב-22 בנובמבר הגיעו קנדי וג'ונסון לשדה התעופה "לאב פילד" בדאלאס. על פי התוכנית אמור היה קנדי לשאת נאום לנכבדי העיר במרכז הסחר של דאלאס. לשם כך יצא בשיירת מכוניות שחלפה ברחובות העיר. הנשיא, אשתו, המושל קונלי ואשתו נלי נסעו במכונית השנייה בשיירה, שהייתה לימוזינה מסוג לינקולן קונטיננטל עם גג פתוח. המכסה הפלסטי השקוף וחסין הכדורים הוסר ממנה בשל מזג האוויר הנאה. במכונית השלישית, מסוג קדילק, נסעו סגן הנשיא ג'ונסון ורעייתו, וכן הסנטור יארבורו ואנשי השירות החשאי. השיירה כללה מספר נוסף של מכוניות ובהן אנשי השירות החשאי ומשטרת דאלאס, והייתה מלווה במשמר אופנועים של משטרת דאלאס.
הנשיא קנדי נרצח בדאלאס שבטקסס ב-22 בנובמבר 1963. ההתנקשות אירעה בעת שנסע במכונית פתוחה ברחובות העיר. לצידו ברכב היו רעייתו ג'קלין ומושל טקסס ג'ון קונלי. הנשיא נורה בגבו, בגרונו, ובראשו. היה זה אירוע מרעיש ויוצא דופן בעיני אנשים רבים. האמריקאים סבורים שכל מי שחי אז יכול לשחזר את מעשיו ברגע המדויק בו נודע לו על הרצח. רצח קנדי נחשב לאחד האירועים הדרמטיים של המאה העשרים.
קנדי נלקח אל בית החולים אולם מת כעבור שעה, בגיל ארבעים ושש, הגיל הצעיר ביותר אי פעם למותו של נשיא. ועדה שהוקמה לחקירת הרצח, בהשתתפות שופט בית המשפט העליון ארל וורן, ונקראה לפיכך ועדת וורן, מצאה כי הרצח בוצע על ידי מתנקש יחיד – לי הארווי אוסוואלד, אשר פעל לבדו. מסקנות אלו אינן מקובלות על רבים אשר סבורים כי קנדי נרצח כתוצאה מקשר, וכי היה יותר ממתנקש אחד. מאמיני תאוריות הקשר מאמינים כי האחריות לרצח מוטלת על רבים – סוכנויות הביון האמריקניות, הממסד הצבאי תעשייתי, המאפיה, וגורמים מחוץ לאמריקה כרוסים או כפידל קסטרו. אוסוולד הכחיש את ההתנקשות אולם נרצח בידי ג'ק רובי ב-24 בנובמבר טרם עדותו.
לאחר ההתנקשות בנשיא קנדי, הושבע סגנו לינדון ג'ונסון לנשיאות במקומו, רק שעתיים ושמונה דקות לאחר שנורה קנדי. הטקס נערך במטוס הנשיאותי אייר פורס 1 בשדה תעופה בדאלאס.
השגריר באו"ם עדלי סטיבנסון ספד לקנדי וטען שכל אחד יתאבל על קנדי עד ליום מותו. רבים קישרו בין מותו של קנדי לבין סוף התמימות של שנות השישים ולהסלמה במלחמת וייטנאם שסיימה את העשור.
לוויה.
נערך לקנדי טקס אשכבה ב-25 בנובמבר 1963, ולאחר מכן הוא נקבר בבית הקברות הלאומי ארלינגטון. עד 1966, כשישה עשר מיליון איש ביקרו את קברו. ב-14 במרץ 1967, הועבר לאתר קבורה קבוע ולאנדרטה בבית הקברות.
משמר הכבוד בלוויה של קנדי היה מהצבא האירי. במהלך ביקורו מאירלנד התרשם מהצבא וג'קי קנדי ביקשה מהם להיות משמר הכבוד בלוויה.
אשתו של קנדי, ג'קלין, ובנו המת, נקברו לצידו. אחיו רוברט נקבר קרוב אליהם ביוני 1968. באוגוסט 2009 גם אחיהם טד נקבר שם. בקבר בוערת אש תמיד. קנדי והנשיא ויליאם הווארד טאפט הם הנשיאים היחידים שקבורים בארלינגטון.
הנצחתו.
זכרו של קנדי מונצח על ידי האמריקנים במקומות רבים, ובין היתר מופיע דיוקנו על מטבע של חצי דולר. נמל התעופה הבינלאומי ג'ון פ. קנדי שבניו יורק קרוי על שמו, וכך גם מרכז החלל קנדי שבפלורידה.
בישראל הוקמה לזכרו יד קנדי ביער עמינדב שבהרי ירושלים.
חייו האישיים, משפחתו ומוניטין.
משפחת קנדי היא אחת מהמשפחות הפוליטיות הבולטות ביותר בארצות הברית, והוציאה מתוכה נשיא, שלושה סנאטורים, שגריר ועוד נציגים ממשלתיים ומקומיים. בהיותו בקונגרס נסע קנדי לטיול בן שבעה שבועות להודו, יפן, וייטנאם וישראל ב-1951, והתקרב לאחיו בן העשרים וחמש רוברט ולאחותו בת העשרים ושבע פאט. בגלל ההפרש בגילאים ביניהם, האחים לא הכירו אחד את השני טוב. המסע קירב ביניהם מאוד. רוברט מילא תפקיד חשוב בקריירה של אחיו, שירת כתובע הכללי בממשלו והיה יועצו הקרוב. רוברט ניסה להיבחר לנשיאות ב-1968 לפני שנרצח, וטד ניסה לרוץ לנשיאות ב-1980.
קנדי הגיע למקום השלישי בסקר שנערך, מיד לאחר מרטין לות'ר קינג ואמא תרזה, בסקר של האנשים הנערצים ביותר במאה העשרים. הוא היה חבר קבוע באיגוד הרובאים הלאומי.
אשתו וילדיו.
קנדי פגש באשתו, ג'קלין לי בובייה (1929-1994) כשהיה חבר קונגרס. עיתונאי הכיר ביניהם בארוחת ערב. הם נישאו שנה לאחר שנבחר לסנאטור, ב-12 בספטמבר 1953.
קרוליין בובייה קנדי נולדה ב-1957 והיא קרובת המשפחה היחידה מדרגה ראשונה של קנדי שעוד חיה. ג'ון-ג'ון נולד בנובמבר 1960, שבעה עשר ימים בלבד לאחר היבחרו של אביו. הוא מת ב-1999 כשמטוסו התרסק.
לבני הזוג נולד גם בן נוסף, אולם הוא לא שרד ונפטר כעבור כמה שבועות.
תדמית.
קנדי ואשתו היו צעירים יותר בהשוואה לנשיאים ולגברות הראשונות לפניהם והיו אהודים בתקשורת כמו זמרים או כוכבי קולנוע. הם הצטלמו למגזינים רבים. אייזנהאואר היה זה שאישר צילום מסיבות עיתונאים לטלוויזיה אולם קנדי היה הראשון שביקש לשדרן בשידור חי. ב-1961 קיבל קנדי פרס על מערכת היחסים שלו עם התקשורת.
גברת קנדי הביאה אומנות לבית הלבן והזמינה אומנים, כותבים ואינטלקטואלים רבים לארוחות ערב בבית הלבן. קרוליין הייתה בגן עם עוד עשרה ילדים בתוך הבית הלבן.
קנדי הונצח בשירים רבים מאותה התקופה.
"תקופת קמלוט".
השם "קמלוט" תיאר את ממשל קנדי ואת הכריזמה שלו ושל משפחתו. אשתו השתמשה במונח לאחר ההתנקשות בו בריאיון. היא טענה שיהיו עוד נשיאים גדולים אבל לא תהיה עוד קמלוט.
בריאותו.
ב-2002 פורסם מחקר על בריאותו של קנדי. מחקרים מראים שבמהלך כהונתו סבל קנדי מחום גבוה, בעיות בטן, מעי וערמונית, מורסה, כולסטרול גבוה ובעיות בכליות. בנוסף סבל מבעיות גב כל חייו. הוא טופל באופן קבוע במהלך נשיאותו.
שנים לאחר מותו, נחשף שבספטמבר 1947 אובחן כחולה במחלת אדיסון. ב-1966 נחשף שסבל גם מתת-פעילות של בלוטת התריס.
מצבו של קנדי הוביל לבעיות דיפלומטיות, כיוון שלקח תרופות לטיפול בגבו לפני ועידת וינה עם ניקיטה חרושצ'וב. הטיפול הוביל ללחץ, שיקול דעת לקוי ושינויים במצבי הרוח.
רופאיו לא הסכימו ב-1961 בנוגע לאיזון בין תרופות ואימונים. קנדי עצמו לא יכול היה להתעמל ורצה תרופות כדי להקדיש יותר זמן לענייני הנשיאות. הרופא של הנשיא התקין ציוד התעמלות במרתף בבית הלבן בו התעמל קנדי שלוש פעמים בשבוע. הפרטים לא פורסמו בחייו של קנדי. ב-1962, עם הפסקת טיפולים מסוימים, השתפרה יכולת המנהיגות של קנדי.
טרגדיות אישיות.
קנדי חווה מספר טרגדיות משפחתיות. אחיו הגדול ג'ו נהרג בגיל 29 ב-1944 לאחר שמטוסו הופל במלחמת העולם השנייה. אחותו הקטנה רוז נולדה ב-1918 עם פיגור שכלי ועברה לובוטומיה בגיל 23. אחותו השנייה, קייטלין, מתה בצרפת בהתרסקות מטוס ב-1948. אשתו ג'קי עברה הפלה ב-1955 ומות עובר תוך רחמי ב-1956. בנם פטריק מת יומיים לאחר לידתו באוגוסט 1963.
רומנים.