מאמרו הנודע ביותר של ארסמוס, "Moriae Encomium" ("שבחי הסכלות"), פורסם בשנת 1509 והוקדש לידידו סר תומאס מור. המאמר הוא בחינה סטירית של אמונות דתיות ושל הנצרות הקתולית. הוא נחשב לאחת היצירות המשפיעות ביותר בתרבות המערבית, ולאחד מהגורמים המזרזים של הרפורמציה. (את כותרת המאמר ניתן לפרש גם כ"בשבחו של מור", התייחסות לתומאס מור; המאמר כולו מלא בהומור של לשון-נופל-על-לשון).
הנצרות הפרוטסטנטית, פרי תנועת הרפורמציה של מרטין לותר, החלה בשנה שלאחר פרסום הברית החדשה בידי ארסמוס, והיוותה מבחן אופי לארסמוס. המחלוקת בין החברה האירופאית לבין הכנסייה הקתולית הפכה כה מובהקת עד שמעטים יכלו להתחמק מקביעת עמדה. ארסמוס, בשיא תהילתו, נקרא לקחת צד בוויכוח, אך צידוד בצד זה או אחר היה מנוגד לטבעו ולמנהגיו. בכל ביקורתו על מעשי הכמרים תמיד ציין כי הוא אינו מתקיף את מוסדות הכנסייה עצמם, ואין הוא רואה באנשי הכמורה אויבים. הוא האמין כי לעבודתו הייתה השפעה על בעלי השררה בעולם הדתי.
ארסמוס הסכים עם הנקודות העיקריות בביקורת הלותרנית על הכנסייה. הוא חש כבוד רב למרטין לותר עצמו, ולותר תמיד דיבר בהערצה על למדנותו של ארסמוס. לותר קיווה לשיתוף פעולה מצדו של ארסמוס; בהתכתבויותיהם המוקדמות, לותר הביע הערצה ללא גבול לכל מה שעשה ארסמוס למען נצרות הגיונית וסבירה, והאיץ בו להצטרף לתנועה הלותרנית. ארסמוס סירב להתייצב בצד זה או אחר, וטען כי אם יעשה כך, יסכן את מעמדו כמוביל בתנועת המחקר הטהור, שאותו ראה כמטרתו האמיתית בחיים. רק כחוקר עצמאי יוכל לקוות להשפעה על הרפורמציה של הדת. לותר ראה בהיסוסו של ארסמוס לתמוך בו עדות לפחדנות או להיעדר מטרה. ארסמוס עצמו חשש מכל שינוי בדוקטרינה, והאמין כי יש מקום לסוג הרפורמציה בה רצה בתוך המבנים הקיימים.
במהלך המחלוקת הגדולה, ארסמוס הרשה לעצמו פעמיים להיכנס לתחומה של מחלוקת בדוקטרינה. אחד הנושאים בהם עסק היה חופש הרצון. ב-"De libero arbitrio diatribe sive collatio" (ה-"Diatribe"; פורסם ב-1524), הוא ניתח בתבונה רבה ובהומור את ההגזמה הלותרנית בדבר המגבלות הברורות של חופש הרצון האנושי. הוא הציג ללא משוא-פנים את שני הצדדים בוויכוח. עמדתו שלו הייתה כי האדם נועד לחטוא, אך הייתה לו הזכות למחילה מצד האל, לו רק יפעל לקבלה בדרכים שמציעה לו הכנסייה. ה-"Diatribe" הציג פתח רחב לאותם עיוותים בכנסייה שארסמוס עצמו, והרפורמציה, נלחמו בהם (דהיינו, מכירת מחילה בכסף על ידי הכנסייה; ראה תחת רפורמציה). ה-"Diatribe" עצמו לא עודד כל פעולה מסוימת; תומכי ארסמוס ראו בכך מעלה, בעוד שבעיני הלותרנים הייתה זו מגרעת. בתגובה כתב לותר ב-1525 את "De Servo Arbitrio", המתקיף באכזריות את ה-"Diatribe" ואת ארסמוס עצמו; לותר אף טען כי ארסמוס לא היה נוצרי.
תומכי הכנסייה הקתולית היו להוטים לצרף לשורותיהם את מי שהצהיר לעיתים כה רבות על נאמנותו לעקרונות הכנסייה, ואשר סירובו לבחור צד בוויכוח הביא כעת לחשדות כי אינו נאמן לקתוליות. ובכל זאת, גישתו של ארסמוס לרפורמציה הייתה עקבית. הוא לחם בעוולות שניתן היה לתקנם רק בעזרת התחדשות חיי הרוח והמוסר באירופה. תוכנית "הרפורמציה של ארסמוס" הייתה להשתמש בהשכלה כדי להסיר את העודפים המיותרים מהכנסייה; אולם לא הוצעה כל שיטה מעשית להפעלת עקרונות אלה במסגרת המערכת הכנסייתית הקיימת. כשהאשימו את ארסמוס כי "הוא הטיל את הביצה עליה דגר לותר", הוא קיבל עליו את האשמה, אך ציין כי ציפה לציפור מסוג שונה לגמרי.
עם ריבוי התמיכה העממית בתנועתו של לותר, החלו להופיע אותם אי-סדרים חברתיים מהם חשש ארסמוס. מלחמת האיכרים, התסיסה בגרמניה, האיקונוקלאזם והרדיקליות בכל מקום, כל אלה נדמו כמאמתים את נבואתו העגומה. אם זוהי תוצאתה של הרפורמה, הרי שארסמוס שמח כי נותר מחוץ לה. אך יותר ויותר האשימו אותו כי הוא שהחל ב"טרגדיה". בשווייץ במיוחד הוא נחשף לביקורת בשל קשריו עם אנשים שנחשדו בתמיכה בדוקטרינות רדיקליות במיוחד.
שאלת המבחן הייתה שאלת לחם הקודש, ולב השאלה היה ההקפדה על טקס הקידוש. על-פי הדוקטרינה הקתולית, בטקס הקידוש הופך לחם הקודש לגופו-ממש של ישו, והיין הופך לדמו-ממש; רק המאפיינים הפיזיים החיצוניים של הלחם והיין לא משתנים (אמונה זו מכונה Transubstantiation). זאת, בהקשר לדבריו של ישו בסעודה האחרונה: "ויהי באכלם וייקח ישוע את הלחם ויברך ויפרס ויתן לתלמידים ויאמר קחו ואכלו זה הוא גופי; וייקח את הכוס ויברך ויתן להם ויאמר שתו ממנה כלכם; כי זה הוא דמי" (הבשורה על-פי מתי, פרק כ"ו, פסוקים כ"ו-כ"ח). לעומת זאת, על-פי הדוקטרינה הפרוטסטנטית, הלחם והיין בטקס הקידוש הם גופו ודמו של ישו באופן סמלי בלבד, ולא באופן ממשי. כדי לנקות את עצמו מחשד, פרסם ארסמוס בשנת 1530 מהדורה חדשה של מסה מהמאה ה-11, מאת אלרגוס, שעסקה בנושא. הוא הוסיף הקדשה שהבהירה כי הוא עצמו מאמין בהופעה ממשית של גופו של ישו לאחר הקידוש, אולם ציין כי האופן בו מובע מסתורין זה נתון לוויכוח. די להמוני המאמינים הנוצרים בכך שהכנסייה תקבע את הדוקטרינה, ואת ההרהורים יש להותיר לפילוסופים. פה ושם מציג ארסמוס את העיקרון לפיו ייתכן שיהיו לאדם שתי דעות שונות בנושאי דת, אחת לעצמו ולחבריו הקרובים והאחרת עבור שאר הציבור. כתבים שונים שלו מעידים כי בשיחות פרטיות הציג עמדות קרובות בהרבה לתפיסה רציונלית של טקס הקידוש; כמו בנושא הרצון החופשי, לא יכול היה לצפות להסכמה מצד הכנסייה בנושא זה.
בשנת 1536 פרסם את "De puritate ecclesiae christianae", שם ניסה לפשר בין שתי התנועות.
כתבים אחרים.
רבים מכתביו של ארסמוס פונים לקהל רחב ועוסקים בנושאים בעלי עניין כללי; נדמה כי ראה בכתבים אלה פעילות-שעשוע לשעות הפנאי. כתיבתו הרצינית החלה עם פרסום "Enchiridion Militis Christiani", "המדריך לאדם נוצרי" (1503). ביצירה קצרה זו, הדומה להטפת מוסר, הציג את תפישתו לגבי החיים היומיומיים של אדם נוצרי בקווים כלליים -- ולמעשה, יתר כתביו היו הבהרות והרחבות למסגרת כללית זו. הבעיה העיקרית של ימיו, טען, הייתה כיבוד המסורת הפורמלית ללא התייחסות לדבריו האמיתיים של ישו. הפתרון הוא שכל אדם ישאל את עצמו בכל רגע: מהו הדבר העקרוני, הדבר החשוב? - ויפעל ללא מורא על-פי התשובה. לדבריו, פורמליות עשויה להסתיר או לכבות את הנפש. בבחנו את סכנות הפורמליזם דן ארסמוס בנזירות, הערצת קדושים, מלחמה, רוח המעמדות וחולשת החברה.
יצירה אחרת היא "Institutio Principis Christiani" (בזל, 1516), שנכתבה כספר עצות למלך ספרד הצעיר, קרל החמישי. ארסמוס מתבסס על עקרונות הכבוד והכנות לתיאור תפקידו של השליט, אותו הוא מציג כמשרת ההמונים. מעניין להשוות גישה זו לגישה המוצגת בספרו של מקיאוולי, "הנסיך", שנכתב באותה התקופה ממש (1513; פורסם ב-1532).
שנאת יהודים.
בספרו "פגיון הלוחם הנוצרי" שיצא לאור בשנת 1503 אך הופץ רק בשנת 1520, כינה ארסמוס את היהודים "בני השטן" וקרא לגירושם מערי אירופה. בספר, הביע את דעתו שאמונות ופרקטיקות שהתנגד להן הן "סטיות יהודיות" - תוצאה של השפעות דת היהודים הקלוקלת.
בסתיו 1517 נחשף ארסמוס לספרו של האינקוויזיטור והיהודי המומר יוהנס פפרקורן שבו הובעה התנגדות מרומזת לדבריו של ארסמוס. בהתכתבות ארוכה עם עמיתיו טען שהסיבה להתנגדותו של פפרקורן לארסמוס נובעת מהיותו יהודי מומר, אשר דעותיו עדיין מושפעות מדת היהודים, ואשר אישיותו והתנהגותו אינם יכולים להשתנות, וש"מיהודי מקולקל יכול לצאת רק נוצרי מקולקל עוד יותר". אמירות אנטישמיות אלו נראו כנוגדים את ההטפה לאהבת אנוש, ומשום כך היו מלומדים שניסו לתרץ את דבריו כהתנגדות לדת היהודית הפרושית המופיעה בכתבי הברית החדשה, אך אלו הוכחו כבלתי מבוססים. אחרים הראו שאמונתו במזימה של מתנגדיו ושל חלקים מסוימים מן הכנסייה הקתולית לזרוע ספקות ובלבול, הביאה אותו לידי שנאה עמוקה לגורמים שונים וביניהם גם לקבוצות ולאנשים, שנאה שהוא עצמו היה עיוור לסתירתה את דעותיו, אך כזו שהייתה נפוצה מאוד בימיו.
בשנת 2016, בעקבות הודעת הכנסייה הלותרנית, שהתפרסמה כהתנצלות הכנסייה על כתבי מרטין לותר נגד העם היהודי, קרא הַנְס יאנסן, שר לשעבר בממשלה ההולנדית, להומניסטים להתנצל אף הם ולהרחיק עצמם מאימרותיו האנטישמיות ובמיוחד מהביטוי בו כינה את היהדות "מגפה זדונית במיוחד ... כנגד תורותיו של ישו". יאנסן הוא גם איש הכנסייה הרפורמית ההולנדית וחבר במכון שמעון ויזנטל. אך דובר איחוד ההומניסטים ההולנדי טען שאין צורך בכך מכיוון שההומניסט בימינו ממילא דוחה אמירות מסוג זה, וכן שאין זה מתפקידם להביע זאת בפומבי, מכיוון שארסמוס אינו מייסד זרם ההומניזם והתומכים בה אינם נוטים אחרי איש זה או אחר כפי שעושים חברי הכנסייה הלותרנית.
ימיו האחרונים.