בסיום יום לימודים, קלרה מקבלת הודעה מהדוקטור ה-11 להגיע אל הטארדיס. לאחר שהיא נכנסת, הטארדיס מוטסת לכיכר טרפלגר על ידי UNIT, בפקודתה של קייט סטיוארט. כאשר קייט והדוקטור נפגשים, היא נותנת לו מכתב מאליזבת' הראשונה, מלכת אנגליה. במכתב היא ממנה אותו לאוצר הגלריה התחתית - כספת סודית של אמנות אסורה לציבור. כהוכחה לאמינות המכתב, קייט מראה לו ציור של אדוני זמן - ציור שמן תלת ממדי אשר נוצר באמצעות הקפאת רגע מסוים בזמן, הנקרא קוביית קיפאון. הציור מציג את נפילתה של העיר המשנית של גאליפריי - ארקדיה. הדוקטור נכנס לגלריה, ומגלה המון קוביות קיפאון שנשברו מבפנים, ושחסרות בהם דמויות. הדוקטור נופל לתוך קרע בחלל ובזמן שנוצר על ידי "הרגע" ושם הוא זוכה לפגוש את התגלמויותיו הקודמות, הדוקטור ה-10 והדוקטור ה-8.5 (או "דוקטור המלחמה" - באנגלית 'The War Doctor'), שנלחם במלחמת הזמן הגדולה האחרונה (מלחמה שהיוותה סיפור רקע לעונות הראשונות של הסדרה החדשה, בה השמיד את גאליפריי, ואיתה את כל בני מינו, אדוני הזמן, ובגלל זה ההתגלמויות הבאות שלו השמיצו אותו ואף סירבו לציין את קיומו או לכנות אותו 'דוקטור'). מסתבר שהדמויות שפרצו מהציורים היו חייזרים משני צורה מגזע זייגון, שמנסים לכבוש את כדור הארץ. באמצע עימות בין קייט והזייגונים, שלושת הדוקטורים וקלרה הצליחו למנוע מהם לעשות זאת באמצעות מחיקת זיכרונם, מה שמנע מהם לזכור מי מהם אדם ומי זייגון ובכך לגרום להם ליצור הסכם שלום הוגן לשני הצדדים. לאחר מכן, דוקטור המלחמה חוזר למקום ממנו הגיע, במטרה ללחוץ על הכפתור האדום והגדול של "הרגע", שישמיד את גאליפריי. הדוקטור ה-11 והדוקטור ה-10 הגיעו כדי לתמוך בו, אך הדוקטור ה-11 מעלה רעיון שימנע את השמדת גאליפריי - להקפיא אותה בזמן באמצעות שלושת הטארדיסים של שלושתם, ולהסתיר אותה במקום לא גלוי. כך הדאלקים יירו זה על זה, והם יושמדו מהאש של עצמם. שלושת הדוקטורים מדווחים על כך לראש המועצה העליונה של גאליפריי, כל אחד מהטארדיס שלו, שטוען שאין להם מספיק זמן לעשות את החישובים הדרושים, כי זה אמור לקחת להם מאות על גבי מאות של שנים. אבל אז, לפתע, מופיעים גם דוקטורי העבר, והדוקטור ה-11 (מאט סמית) אומר: "נכון, זה ייקח מאות שנים, אבל אני עושה את החישובים. אפשר לומר שתמיד עשיתי." כל 12 הדוקטורים נמצאים מעל גאליפריי, ואז מגיע דוקטור נוסף: הדוקטור ה-13, פיטר קפלדי .
ביחד הם מקפיאים את גאליפריי, כרגע קפוא בזמן, בתור נפילתה של ארקדיה - אותו הציור שהיה בגלריה. הם חוזרים לגלריה, כשהם לא בטוחים אם הצליחו או לא. דוקטור המלחמה נפרד מקלרה ושני הדוקטורים האחרים, וחוזר לזמן שלו, בידיעה שישכח את מה שקרה ויחיה באשמה מאות שנים, עד שהדוקטור ה-11 יופיע. הוא מתחיל להתחדש בתוך הטארדיס שלו. הדוקטור ה-10 גם עוזב, לאחר ששכנע את הדוקטור ה11 לספר לו על טרנזלור (Trenzalore), המקום בו הדוקטור ה-11 מצא את מותו. קלרה עוזבת את הדוקטור ה-11 לבד עם הציור של נפילת ארקדיה, והוא מתחיל לדמיין אפשרות שיפרוש ויהפוך לאוצר הגלריה. האוצר האמיתי שלה, שדומה מאוד לדוקטור הרביעי (טום בייקר) קוטע אותו. האוצר מספר לו שהשם האמיתי של הציור אינו "נפילת גאליפריי" וגם לא "לא עוד", אלא שילוב של השניים: "נפילת גאליפריי, לא עוד" (באנגלית: "Gallifrey Falls No More", בתרגום חופשי: "גאליפריי לא תיפול עוד"). מכך מסיק הדוקטור שהם הצליחו במשימתם, וחוזר לטארדיס מאושר. בין היתר ציין הדוקטור ה-11 כי משימתו היא לחזור הביתה, בדרך הארוכה, דבר שחזר על עצמו על ידי הדוקטור ה-12 בסוף העונה ה-9, כאשר חזר לגאליפריי.
בסצנת הסיום רואים חלום בו הדוקטור והתגלמויותיו האחרות, כולל דוקטור המלחמה, מביטים על גאליפריי.
הפקה.
הפרק נכתב על ידי סטיבן מופאט, הכותב הראשי של הסדרה דאז ובוים על ידי ניק הוראן (שביים לפני כן את הפרקים "הילדה שחיכתה", "תסביך אלוהים", "מוסד הדאלקים" ו-"המלאכים כובשים את מנהטן"). הספיישל צולם והופק בתלת מימד, אך נועד גם לשידור בדו-מימד (כי ה-BBC ידעו שזו הדרך שרוב הצופים ייצפו בספיישל).
כריסטופר אקלסטון דן עם מופאט בתוכניות לחזור לספיישל החמישים, לתפקיד הדוקטור התשיעי, אך בסופו של דבר סירב. סילבסטר מקוי, ששיחק את הדוקטור השביעי, טען שלא נוצר קשר עם אף אחד מהשחקנים הקלאסיים בנוגע לספיישל. קולין בייקר (הדוקטור השישי) אישר זאת בזמן שרואיין בטלוויזיה האוסטרלית לצד מקוי ופול מקגאן (הדוקטור השמיני). אף על פי כן, מקגאן ציין לאחר מכן שייתכן שהוא בכל זאת יופיע בספיישל. פיטר דייוויסון (הדוקטור החמישי), לעומת זאת, דיווח שיש בבעלותו עותק של התסריט, ששמו רשום עליו. הרדיו טיימס דיווחו על שמועות שדוקטורים מהתקופה הקלאסית יופיעו בספיישל, בציטוט ממקורות לא ידועים. פרימה אג'ימן וג'ון בארומן, ששיחקו את המלווה של הדוקטור העשירי מרת'ה ג'ונס והמלווה של הדוקטור התשיעי ג'ק הארקנס, בהתאמה, הצהירו שניהם שלא ישתתפו בספיישל החמישים, אך עשויים לחזור לתוכנית בשלב מסוימת. בארומן הצהיר שהוא ישמח להשתתף, אך שיער שהמפיקים רצו לנסות דברים שונים. ג'ון סים, ששיחק את התגלמותו האחרונה של המאסטר, הצהיר שהוא לא הוזמן לקחת חלק בספיישל.
The Mill, חברת האפקטים הוויזואלים והפוסט-פרודקשן שהייתה אחראית על כמעט כל האפקטים הוויזואלים בדוקטור הו מאז 2005, סגרה את מחלקת האפקטים לטלוויזיה במרץ 2013, ובעקבות כך צוות ההפקה של דוקטור הו כמעט נאלץ לשכור את שירותיה של חברה אחרת. אבל עובדי The Mill לשעבר, שעזבו את החברה עם סגירת מחלקת האפקטים לטלוויזיה (ורובם עבדו של על "דוקטור הו"), הקימו חברה חדשה, Milk Visual Effects, וכך ה-BBC יכלו להמשיך לעבוד עם צוות מוכר. מאוחר יותר, Milk גם עשו את האפקטים הוויזואלים לספיישל חג המולד 2013, "זמנו של הדוקטור" (שגם היה הפרק המלא האחרון של מאט סמית' בתור הדוקטור, וכלל את הסצנה הראשונה של פיטר קפלדי בתור הדוקטור השנים-עשר והנוכחי), והכריזו שהם ימשיכו לעבוד על האפקטים הוויזואלים של דוקטור הו בעונה 8.
צילומים.
הצילומים החלו ב-2 באפריל 2013 בנית' שבווילס. ב-9 באפריל 2013, סצנות לספיישל צולמו בכיכר טרפלגר, לונדון. ב-17 באפריל 2013, מאט סמית', ג'נה קולמן, בילי פייפר ודייוויד טננט צילמו סצנות בטירת צ'פסטו. ב-2 במאי 2013, צולמו בקארדיף סצנות שמתרחשות בסמטת טוטר ובית הספר "קואול היל" (Coal Hill), מקומות שהופיעו בעבר בפרק הראשון של הסדרה הישנה בשנת 1963 "ילדה לא ארצית", בפרק משנת 1985 "מתקפת הסייברמנים" ובפרק משנת 1988 "זכרם של הדאלקים". הצילומים לספיישל נגמרו ביום ראשון, ה-5 במאי 2013.
ספיישלים מקדימים.
חוץ מיומו של הדוקטור היו עוד מספר שידורים נוספים לחגיגות היובל לסדרה:
לילו של הדוקטור.
"לילו של הדוקטור" הוא מיני-פרק, המהווה פריקוול ליומו של הדוקטור. המיני-פרק הושק ב-14 בנובמבר 2013, כשבוע לפני "יומו של הדוקטור". פול מקגאן, שגילם בעבר את הדוקטור השמיני בסרט הטלוויזיה משנת 1996 ובמספר הרפתקאות אודיו, חזר בתפקיד הדוקטור. הספיישל מציג את הסיבה שבה הדוקטור השמיני התחדש לדוקטור המלחמה, ובנוסף הכניס את המלווים העיקריים של הדוקטור השמיני מתסכיתי האודיו נכון לאותו זמן לקאנון של הסדרה. המיני-פרק נכתב על ידי סטיבן מופאט.
הרפתקה בחלל ובזמן.
הרפתקה בחלל ובזמן הוא סרט טלוויזיה של ה-BBC המספר על תחילת הסדרה ועל חייו של ויליאם הארטנל (בגילומו של דייוויד בראדלי) בתקופה שגילם את הדוקטור הראשון. הסרט מספר איך החלה הפקת הסדרה, על הקונספט המקורי של הסדרה (כולל ההתנגדות התחילית של סידני ניומן, יוצר הסדרה, להופעת "מפלצות עם עיני חרקים" כלשהן בסדרה עד הצלחתם של הדאלקים, והתעקשותו על שמירה על אמיתות מדעית לפחות בינונית, כדי להוסיף לתוכנית ערך חינוכי ולהקנות לצופים בה, בעיקר לילדים, ידע במדעים והיסטוריה), על הקשיים ביצירת סדרת מדע בדיוני בשנות השישים, ועל הזמן שעבר על הארטנל מהרגע שלוהק לתפקיד הדוקטור עד לרגע צילום הסצנה האחרונה שלו בתפקיד - ההתחדשות לדוקטור השני, פטריק טרוטון (שגולם בסרט על ידי ריס שירסמית'). הסרט נכתב על ידי מארק גאטיס. בין השחקנים הראשיים נכללים דייוויד בראדלי, המככב בתפקיד ויליאם הארטנל, בריאן קוקס שמגלם את סידני ניומן, ג'סיקה ריין שמופיעה בתפקיד וריטי למברט, מפיקת הסדרה הראשונה, וסשה ד'אוון בתפקיד במאי העלילה הראשונה (כולל הפרק הראשון אי-פעם של דוקטור הו), ואריס חוסיין.
(בערך) חמשת הדוקטורים, האיחוד.
(בערך) חמשת הדוקטורים, האיחוד הוא ספיישל קומי בעורך של כחצי שעה שכתב פיטר דיוויסון (הדוקטור החמישי) ומספר על שחקנים שגילמו חלק מההתגלמויות של הדוקטור מהסדרה הקלאסית - דייויסון עצמו, בנסוף לקולין בייקר (הדוקטור השישי) וסילבסטר מקוי (הדוקטור השביעי) שרוצים להשתתף בספיישל ה-50 שנה ומקבלים סירוב מסטיבן מופאט. בספיישל משתתפים דייויסון, בייקר ומקוי, כולל כמעט כל שאר המשתתפים, בתפקיד עצמם. הספיישל נוצר על ידי דייויסון והופק על ידי בתו, ג'ורג'יה מופט.
אם לוקחים את "לילו של הדוקטור", "יומו של הדוקטור" ו"(בערך) חמשת הדוקטורים, האיחוד", אז כל הדוקטורים שעדיין בחיים (חוץ מכריסטופר אקלסטון) לקחו חלק בחגיגות ה-50 שנה לסדרה.
שיווק.