ב-16 בדצמבר 1992 התקיימה פגישה מקרית ולא מתוכננת בין משה יגר, ראש אגף אסיה ואפריקה במשרד החוץ, לבין מנכ"ל משרד החוץ של פקיסטן, אכרם זאכי. השניים נפגשו ביפן, כאשר כל אחד נתלווה לפמליית שר החוץ של ארצו וראש ממשלתו. יגר נכח ביפן במסגרת ביקורו של שר החוץ שמעון פרס, ואילו זאכי במסגרת ביקורו של ראש ממשלת פקיסטן נוואז שריף. השניים שוכנו במקרה באותו בית מלון. באותה פגישה נשאלה השאלה האם אפשר יהיה להפגיש בין פרס לשריף, וזאכי השיב שלא יהיה ניתן לעשות זאת בחשאי והציע לנסות לארגן פגישה כזו בדאבוס שבשווייץ בשלהי ינואר 1993, כאשר שני האישים יהיו שם. זאכי ציין כי בשנתיים האחרונות, דהיינו בשנות שלטונו של שריף, מדינתו הנמיכה את הרטוריקה האנטי-ישראלית שהייתה נהוגה אז בפקיסטן לפני כן. הוא הבהיר שהפקיסטנים סבורים ששיתוף פעולה במישור כלשהו עם ישראל יכול להועיל, וכי היו רוצים שישראל תסייע לשיפור מעמדם הרעוע בארצות הברית. הוא הוסיף ואמר שמופעל עליהם לחץ בנושא הפיתוח הגרעיני, וכי הם מוכנים לתת לישראל ערבויות שלא יעבירו טכנולוגיה רגישה למה שכינה "ארצות ממערב לנו" (הכוונה הייתה לאיראן ולארצות ערב). דבריו אלו נאמרו על אף שהופעל על פקיסטן לחץ עז על ידי מדינות מסוימות, שאף הציעו כסף רב שפקיסטן זקוקה לו, עבור טכנולוגיה זו.
פקיסטן כבר מסרה הבטחות מסוג זה לארצות הברית. יגר השיב שקשה לצפות מישראל שתפעל למען פקיסטן כל עוד אין התקדמות ביחסי ישראל-פקיסטן, והעיר כי ישראל מקיימת משא ומתן ודיאלוג עם ארצות ערביות אחרות ואין סיבה שפקיסטן תתמיד בקיצוניותה המסורתית. על כך הגיב זאכי כי הגורם המעכב את התפתחות היחסים הוא החשש מתגובה שלילית מצד חוגים דתיים בארצו. זאכי ידע על פגישות שונות שהתקיימו באותה העת בין נציגים ישראלים לפקיסטנים בכמה בירות בעולם, וכמו כן ידע על התבטאויותיה החיוביות של עאבדה חוסיין בעניין כינון יחסים דיפלומטיים עם ישראל, והוסיף כי בלית ברירה נאלצו המוסדות הדיפלומטיים בארצו לנזוף בה על דבריה.
מגעים באו"ם.
בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20 קיים גד יעקבי, אז שגריר ישראל באומות המאוחדות, קשרים לעיתים תכופות עם נציגי פקיסטן. באוקטובר 1992 התעוררה במשלחת הישראלית באו"ם שאלה - האם לתמוך במועמדות פקיסטן למועצת הביטחון של האו"ם. השגריר יעקבי תמך בכך, ואחרי שקיבל אישור ממשרד החוץ בירושלים הצביעה ישראל בעד פקיסטן. צעד זה פתח סדרת מגעים בין יעקבי לשגריר פקיסטן באו"ם, ג'משיד מארכר (جمشید مارکر), שהודה ליעקבי על הצבעתו. ב-17 במרץ 1993 הסדיר יעקבי פגישה בין ראש הממשלה יצחק רבין לשגריר מארכר. בשיחה זו העריך מארכר שהתקדמות לקראת כינון יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות תהיה אפשרית אך ורק אם תוכח התקדמות ממשית לקראת שלום במזרח התיכון.
מארכר השתתף בעבר בקבלת קהל שערך גד יעקבי. על השתתפותו הותקף בפקיסטן, בעיתון בו נכתב כי כל מוסלמי או פטריוט פקיסטני יראה בכל מגע כלשהו עם הישראלים קשירת קשר נגד המדינה והעדה האסלאמית עד שתובטח עצמאות ירושלים ותוקם מדינה פלסטינית ריבונית. יעקבי נועד גם עם מחליפו של מארכר, אחמד כמאל. ב-2 בנובמבר 1995 סקר יעקבי בפני כמאל את ההתפתחויות שחלו ביחסי ישראל עם מדינות אסלאמיות והציע שגם פקיסטן תנהג כך. השגריר כמאל ציין ששינוי בעמדת ממשלתו מותנה במצב במזרח התיכון ובעיקר בדעת הקהל הפקיסטנית.
מגעים עם פקיסטן באמצעות ארגונים יהודיים.
במהלך שנת 1993 נעשו מאמצים רבים מצד ארגונים יהודיים להביא את יחסי ישראל-פקיסטן לנורמליזציה. נציגי הוועד היהודי-אמריקני והליגה נגד השמצה בארצות הברית נועדו מבעוד מועד לשיחות עם השגרירים של פקיסטן באו"ם ובוושינגטון הבירה. סגן נשיא הקונגרס היהודי העולמי, איזי ליבלר, ביקר באסלאמאבאד ב-12 עד 16 בפברואר. שליחותו התקיימה בתיאום עם משרדי החוץ של אוסטרליה וישראל (זאת מאחר שליבלר הוא אזרח אוסטרלי) ושל מחלקת המדינה של ארצות הברית והייתה חלק ממכלול ביקורים אחרים שערך בארצות אסייתיות אחרות. השגרירה עאבדה חוסיין הסדירה פגישה בין ליבלר לשהבאז שריף, אחיו של ראש הממשלה נוואז שריף, שנחשב לאיש שנודעה לו השפעה רבה על אחיו.
ליבלר אמר לשריף כי שינוי היחס כלפי ישראל יועיל רבות לתדמיתה של פקיסטן בוושינגטון. בן-שיחו הפקיסטני השיב שמאז ומתמיד תמכה מדינתו בבעלי בריתה הערבים נגד ישראל. פקיסטן מודאגת מן הסיוע שמגישה ישראל להודו בקשמיר דרך אנשי כוחות מיוחדים ישראלים המאמנים כוחות צבא הודים, ומכך שהיו כוונות מצד ישראל להפציץ את מתקני הגרעין של פקיסטן. ליבלר הגיב לדבריו אלו ואמר שהוא מוסמך לומר ששתי ידיעות אלה שציין הן בגדר שטות מוחלטת ולא היו דברים מעולם. בעניין כינון יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות אמר שריף שכל תזוזה גלויה במגעים בין ישראל לפקיסטן תצית מהומות במדינתו. בסיום הפגישה קבעו ליבלר ושריף כי המשך הקשר ביניהם יהיה דרך הנציב העליון של פקיסטן בלונדון, וב-19 באפריל נפגש ליבלר עם הנציב העליון, אלא שהעיתוי לא היה מוצלח. יום קודם לכן אירעו שינויים פוליטיים בפקיסטן, וראש הממשלה שריף הודח מתפקידו.
ברם, הבעיה הייתה מהותית הרבה יותר. בפגישה שנערכה בניו דלהי בערך באותה העת ב-12 במרץ 1993 בין דיפלומט פקיסטני ליעקב רוזן, עמיתו הישראלי, אמר הפקיסטני כי המצב הפנימי בארצו לא יאפשר בשום אופן נורמליזציה ביחסי פקיסטן-ישראל, מאחר שאנשי הדת בפקיסטן עלולים לחולל זעזועים פנימיים קשים ששום מפלגה פוליטית לא תוכל לעמוד בהם אם יועלה עניין כינון היחסים בין שתי המדינות.
המשך המגעים עם אכרם זאכי.
בינתיים נמשך הקשר עם אכרם זאכי, מנכ"ל משרד החוץ של פקיסטן. מספר שבועות לפני הדחתו של נוואז שריף נועד זאכי בוושינגטון הבירה ב-11 במרץ עם חבר בית הנבחרים של ארצות הברית, גארי אקרמן. אקרמן העלה בפניו של זאכי את עניין יחסי ישראל-פקיסטן ואמר שארצות הברית תקדם בברכה נורמליזציה ביחסים אלו. זאכי השיב ואמר שהדבר בלתי-אפשרי והעניין עדיין לא בשל. כעבור מספר ימים, ב-16 במרץ, נפגשו השניים שוב בניו יורק, הפעם בנוכחות סגן הקונסול הדיפלומטי של ישראל שם, מרק סופר. זאכי סיפר להם על פגישתו עם משה יגר בטוקיו ועל רצונו להביא את היחסים לידי נורמליזציה בהתניה שהמגעים יהיו חשאיים.
הוא חזר על ההבטחה שפקיסטן לא תעביר טכנולוגיה גרעינית לגורם אחר, בדגש על איראן. הוא הסביר שכוונתו להפגיש בין שר החוץ שמעון פרס לנוואז שריף, בדאבוס, עלתה בתוהו מאחר שבעיר נכחו עיתונאיים פקיסטנים רבים. פרס פגש עיתונאים פקיסטנים אלו ב-1994 והעביר את המסר שלו באמצעותם: "על פקיסטן לחדול ממדיניותה הבלתי-הגיונית ולכונן יחסים דיפלומטיים עם ישראל". ישראל כוננה עד אז יחסים דיפלומטיים עם עשרות מדינות מוסלמיות, ביניהן ירדן, לכן לא הייתה סיבה שפקיסטן תימנע מיחסים עם ישראל לאחר שהפלסטינים סיימו ב-14 בספטמבר 1993, עם הסכמי אוסלו, את סכסוכם הממושך עם ישראל. זאכי אישר בשיחה שנציגים ישראלים ופקיסטנים קיימו ביניהם מגעים. פקיסטן אמנם תמכה בהסכמי אוסלו, אך ראש הממשלה הפקיסטני מועין קוריישי הצהיר שפקיסטן לא תכיר בישראל עד שתיפתר סוגיית ירושלים.
לאחר הדחתו של נוואז שריף.
ב-24 באפריל 1993 הדיח נשיא פקיסטן ע'ולאם איסחאק ח'אן (غلام اسحاق خان) את ראש הממשלה נוואז שריף. הדחה זו הייתה חבטה במאמצי ישראל להידברות עם פקיסטן ובמגעיה עמה. לישראל ולידידיה לא היו קשרים עם הנשיא איסחאק ח'אן או עם האנשים החדשים שעלו לשלטון, לכן היה ברור שצריך לחפש דרכים להתיידד עמם. ב-30 באפריל פורסמה בעיתון "מעריב" כתבה של עיתונאית ישראלית, שרי רובר, שהורשתה לבקר בפקיסטן. לשם עבודתה הוסדרו לה פגישות עם אישים אחדים בשלטון. הדברים ששמעה רובר איששו את הסברה כי גם בשלטון החדש מעוניינים לקשור קשרים עם ישראל, אך היו חששות שהציבור הרחב לא יקבל זאת, והאופוזיציה תנצל זאת לשם פגיעה בממשלה. דברים דומים נשמעו בקרב משלחת הוועד היהודי האמריקני שנפגשה ב-13 במאי עם הציר של פקיסטן בוושינגטון.
למרות הקשיים עם השלטון החדש, נרשמה תזוזה קלה ביחסים. עיתון פקיסטני הודיע כי הוקמו קשרי דואר בין שתי המדינות באמצעות מדינה שלישית. מכתבים ועליהם בולי ישראל הגיעו לקראצ'י דרך קהיר. ערבים פקיסטנים קיבלו מכתבים מסוג זה מיקיריהם ביהודה שומרון ועזה. מכתבים מפקיסטן לישראל נשלחו או לרשות הפלסטינית או שנשלחו דרך לונדון בשתי מעטפות: על החיצונית מענו של מנהל הדואר בלונדון ועל הפנימית כתובת הנמען. ב-27 באוגוסט 1994 פורסמו ידיעות בעיתוני פקיסטן כי מספר מומחים למדיניות חוץ המליצו לבחון מחדש בדחיפות וברצינות את המדיניות כלפי ישראל. מדינות מוסלמיות במזרח התיכון הושיטו יד וסיוע לישראל מבלי להתייעץ עם הפקיסטנים, ולכן עלתה השאלה מדוע שפקיסטן לא תפתח קשרים עם ישראל בשעה שירדן, מצרים ואש"ף עושים זאת.