הפרישה מהפוליטיקה ומותו.
בבחירות לכנסת השש עשרה שהתקיימו בשנת 2003 התמודדה צומת בראשות משה גרין, שקיבלה את ברכתו של איתן, אך הוא לא היה ברשימתה לכנסת, ולמעשה פרש מעסקי הציבור. צומת שוב לא עברה את אחוז החסימה, וזכתה רק ב-2,023 קולות.
ב-23 בנובמבר 2004 הגיע, כמדי בוקר בשלוש השנים האחרונות לחייו, עם מכוניתו לנמל אשדוד, מתוקף תפקידו בהנהלת החברה הקבלנית שזכתה במכרז להקמת "נמל היובל" כאחראי על הקמת שובר הגלים במקום. הוא יצא ממכוניתו על מנת לבדוק את נזקי הסערה שהתחוללה במקום בלילה הקודם, ואז ככל הנראה פגע בו נחשול מים, העיפו לים והטביעו. גופתו נמשתה מהמים לאחר זמן קצר על ידי אנשי חיל הים, והוא נקבר ביום המחרת בתל עדשים.
תחקיר שפורסם ב"ידיעות אחרונות" העלה שורת ספקות בשאלה אם המוות של איתן היה תאונה. התחקיר הסתמך על שחזור נסיעתו על המזח ויציאתו מהרכב, וכן על בעיות אליהן נקלע בחודשי חייו האחרונים. אלמנתו הכחישה את האפשרות שהייתה זו התאבדות.
הנצחתו.
אחר מותו נקראו מספר פרויקטים מרכזיים בישראל על שמו. הנמל בו מצא את מותו נחנך באוגוסט 2005 ונקרא על שמו "נמל איתן". קטע כביש בכביש 60, מצומת תל עדשים ועד למבואות נוף הגליל, העובר בדרכו מעל גשר ודרך מנהרה שנחצבה בהר הקפיצה, נקרא אף הוא על שמו. הכביש נחנך בנובמבר 2008, אך כאשר הסתבר לראש עיריית נצרת, ראמז ג'ראיסי, כי הכביש נקרא על שם איתן, נטש ג'ראיסי את הטקס.
בשנת 2004, במסגרת הארגון החברתי מעשה הוקם גרעין התנדבות הקרוי על שמו של רפול - גרעין איתן. גרעין איתן הוא גרעין המיועד לצעירים מהמגזר היהודי בגילאי 18–22 תושבי פריפריה גאוגרפית וחברתית. ייעוד הגרעין הוא מתן הזדמנות לצאת לשנת התנדבות ומסלול נח"ל לצעירים אשר עד כה לא ניתנה להם האפשרות.
ב-2010 נקראו על שמו בסיס האימונים של חטיבת הצנחנים, וכן תיכון מקיף רמת גן ע"ש רפאל איתן.
עמותת "רפול" להנצחתו יזמה מספר רב של פעילויות - מפעל של מלגות שניתנות על שמו ופרס שנתי, הקמת אתר מבקרים בתל עדשים, הקמת מכון מחקר בנושא התיישבות וביטחון במכללת עמק יזרעאל ופעילויות נוספות ברוח זו.
ב-2018 נקראה על-שמו של איתן תחנת הרכבת עפולה, שנמצאת במרחק קילומטרים אחדים ממושבו תל עדשים.
במצפה רמון פועלת מכינה קדם צבאית "אשר רוח בו" ע"ש רפאל איתן, הפועלת בקרב נוער מהפריפריה החברתית-כלכלית בישראל.
חיים אישיים.
בינואר 1952 נשא רפול לאישה את מרים (1930–2020), אותה הכיר בתל עדשים כשהיה בן 8. מרים ילידת גרמניה, בת לאם נוצרייה ואב יהודי, עבדה כאחות ראשית בבית החולים העמק), אם חמשת ילדיו:
בשנת 1996, התגרש מאשתו מרים ונשא לאישה את עפרה מאירסון, מנהלת פנימיית אהבה ופעילת שמאל.
בריאיון לעיתון בשנות האינתיפאדה השנייה סירבה מאירסון להתייחס לשאלות על יחסו של בעלה לקריאותיה בעד סרבנות. לאחר מותו התפרסם ריאיון עימה, שבו טענה כי למרות תדמיתו הקשוחה בציבור, רפול סבל מטראומה שנבעה מתקופת שירותו הצבאי.
רפול
ספר ישעיהו
ספר יְשַׁעְיָהוּ הוא אחד מעשרים וארבעה ספרי התנ"ך העברי הנכלל במדור הנביאים. הוא הראשון מבין ספרי נביאים אחרונים, לפני ספר ירמיהו, ספר יחזקאל ותרי עשר. הספר מרכז את נבואותיו של הנביא ישעיהו בן אמוץ, ומכיל תוכחות מוסר רבות מאת ה' כלפי עמו סביבות תקופת חייו.
על פי ברייתא המובאת בתלמוד הבבלי במסכת בבא בתרא, הועלה הספר על גבי הכתב על ידי חזקיה מלך יהודה וסיעתו (המאה השמינית - שביעית לפני הספירה, על פי הכרונולוגיה המקובלת במחקר). אולם לדעת חוקרי המקרא חלקו השני של הספר חובר רק בתקופת שיבת ציון, במאה החמישית לפני הספירה.
בבחינה אקדמאית, הספר מיוחס בדרך כלל לשניים או לשלושה מחברים שונים מתקופות שונות.
רקע היסטורי.
ספר ישעיה מכסה תקופה היסטורית ארוכה בת מאות שנים, בה קמו ונפלו מעצמות אזוריות (האימפריות האשורית, הבבלית והפרסית), נוהלו מסעי כיבושים נרחבים והגליות עמים. בשנים אלו התחוללו שינויים מדיניים שעברו על ממלכת ישראל ויהודה, ולוו בתככים, יריבויות ובריתות עם העמים הסובבים. בשל התקופה הארוכה והאירועים המוזכרים בו, מקובל במחקר ליחס את הספר לשני כותבים לפחות - הראשון ישעיה בן אמוץ (פרקים א-לט) אשר ניבא בירושלים, ישעיה השני אשר זהותו אינה ידועה (פרקים מ-סו; מהם מ-מח בבבל, ומט-ס"ו בירושלים). יש המזהים גם את ישעיה השלישי (פרקים נה - סו) ואולי אף כותבים נוספים.
על פי כותרת הספר הנביא ניבא בימי המלכים עוזיהו, יותם, אחז וחזקיהו, ברבע האחרון של המאה השמינית לפנה"ס לערך (יש' א 1). אך הנבואה המוקדמת ביותר של הנביא ישעיה בן אמוץ אשר ניתן לתארכה על פי רקעה ההיסטורי, היא מימי אחז בשנת 733 לפנה"ס (יש' ז), והמאוחרת ביותר מתוארכת לפי פרק לו לשנת 701 לפנה"ס, בתקופת המצור על ירושלים, בימי המלך חזקיהו מלך יהודה. שנים אלו, מ-733 עד 701 לפנה"ס היו בצל התעצמותה של ממלכת אשור, וכיבושיה המרשימים את ארם דמשק, ואת שומרון (יש' ז-ח). עם נפילת שומרון בשנת 720 לפנה"ס הוגלו תושבים רבים, וקרבתה של אשור, העלה חשש מכוחה והעיק מטבע הדברים גם על ממלכת יהודה הסמוכה. כנגד חששות אלה עמדה תפיסתו הדתית-מדינית של ישעיהו בן אמוץ, לפיה ירושלים עירו של ה' תינצל מכיבוש (כגון יש' ח 8; ל 8-33; לא 5–9 ). נבואה זו התגשמה בימי סנחריב מלך אשור, בשנים 701, אך העיר שניצלה שועבדה לסנחריב, ותושביה נאלצו להעלות מיסים לממלכת אשור.
נבואות הנביא המכונה ישעיה השני, בפרקים מ-ס"ו, משויכות לתקופה מאוחרת יותר, שבה העם ביהודה כבר מצוי בגלות בבבל, ובהן קריאות והפצרות של הנביא אל העם לצאת מבבל ולשוב לארץ. קריאות אלה מאפיינות את תקופת עליית האימפריה הפרסית ובראשה המנהיג כורש, בשנת 539 לפנה"ס. מכאן שמדובר בשליש האחרון של המאה השישית לפנה"ס. כורש השתלט על בבל ומלך על כל שטחי האימפריה הבבלית במסופוטמיה. מהכרזת כורש אשר פורסמה בראשית עלייתו לשלטון, עולה כי הנהיג מדיניות גמישה ונוחה כלפי העמים בשטח מלכותו, ובכלל זה יהודה, ואפשר את חזרתם לישראל של גולי בבל ובניית המקדש בירושלים (עז' א 1-4; עז' ו 1-5; דה"ב לו 22–23). זהו הנתון ההיסטורי היחיד המצוין בחלקו המאוחר של הספר.
תוכן הספר.
לפי הכתוב בפסוקים הפותחים את הספר, התנבא מחברו ישעיהו בן אמוץ בתקופת מלכי יהודה - עוזיהו (כנראה רק משנת מותו - 757 לפנה"ס), דרך מלכות יותם, אחז, ועד סוף ימי חזקיהו. פרשנים מסוימים מרחיבים את ימי נבואתו גם לימי מנשה.
למרות זאת, מפרק מ' עוסקת הנבואה, ככל הנראה, בתקופת העלייה מבבל והכרזת כורש, קרי כ-200 שנה לאחר הזמן הכתוב בתחילת הספר. כך סבור הפרשן בן המאה ה-11, משה אבן ג'יקטילה, אשר את דבריו מביא האבן עזרא בפירושו לישעיהו . בשל התקופה הארוכה בת מאות השנים מתחילת הספר ועד לסופו, נהוג ליחס את הנבואות למספר נביאים (ראו הסבר להלן ברקע ההיסטורי).
נבואותיו של ישעיהו הנביא עוסקות בין היתר בשלום עולמי והימנעות ממלחמה (הפיכת כלי מלחמה לכלי גינון) כמתואר בחזון אחרית הימים.
כמו גם בתפיסה שהחזרה בתשובה יכולה לכפר על החטאים, במלחמה בעוולות החברתיים, בהתנגדות לתפיסה הפולחנית של הדת שרווחה אז - שהקורבנות מכפרים גם ללא שינוי במעשים, ובעבודה זרה. בניגוד לתפיסות רבות ביהדות שלעגו לעבודת הפסילים כלא מועילה וכחסרת הגיון ישעיהו תפס את העבודה הזרה כביטוי לגאווה של האדם עצמו - שמשתחווה למעשי ידיו כלומר לעצמו, ובהתאם, כדי לתקן את הבעיה יש לשבור את גאוות האדם.
חיבורו של ספר ישעיה וישעיה השני.
על פי האמור לעיל בדבר חלקו של הספר המתנבא על מאורעות שהתרחשו רק מאתיים שנה לאחר מכן, הסיקו חוקרי ביקורת המקרא כי הספר מחולק לשניים, ונכתב על ידי שני נביאים שונים לפחות, שספרם נאסף לספר אחד, המכונים במחקר "ישעיהו הראשון" (פרקים א'–ל"ט) ו"ישעיהו השני" (פרקים מ'–ס"ו). ככל הנראה קדם להם פרשן המקרא הספרדי ר' אברהם אבן עזרא בפירושו לספר (פרק מ, פסוק א) שכתב , וככל הנראה כוונתו שאף שחז"ל ייחסו את ספר שמואל לשמואל - כמחצית הספר נכתבה לדעתם על ידי ממשיכיו, וכך אמרו חז"ל אף ביחס לספר דברי-הימים. במילים אחרות, אבן-עזרא סבר שכך יש לפרש גם את מעבר התקופות בין חלקיו השונים של הספר.
חלוקת הספר לשניים כפי שהוזכרה לעיל מקובלת כמעט ללא עוררין בקרב חוקרי ביקורת המקרא בימינו. אמנם יש חוקרים אשר חילקו את הספר לשלושה חלקים (א'–ל"ט, מ'–נ"ה, נ"ו–ס"ו) על בסיס הרקע ההיסטורי בו מתרחשים כנראה פרקים אלו, אך חלוקה זו פחות מקובלת. חלוקת הספר מתבססת, בנוסף לרקע ההיסטורי של הנבואה, גם על המוטיבים השונים של הנבואות. כך למשל, רק בפרקי ישעיהו השני מופיע תיאור של האל כבורא העולם.
התפיסה המסורתית רואה בכל הספר חיבור אחיד שחובר על ידי נביא אחד. תפיסה זו מסתמכת על ראיית הספר כחיבור אחיד בברייתא המובאת בגמרא. למעשה תפיסה זו רווחה כבר מאז שלהי ימי בית שני לפחות. כך למשל אנו למדים מדברי בן סירא, בן המאה ה-3 לפנה"ס - המאה ה-2 לפנה"ס, אשר בחיבורו הוא כותב על ישעיהו כי , כאשר כוונתו ככל הנראה לנבואה הכתובה בחלק השני של הספר, ולמרות זאת בן סירא מייחס זאת לישעיהו הנביא עצמו. גם יוסף בן מתתיהו, בן המאה ה-1 לספירה, מתאר בספרו כי יהודי בבל הראו לכורש כי הנביא ישעיהו ניבא לפני כמאתיים שנה על ניצחונותיו, וכי דבר זה השפיע לטובה על יחסו של כורש ליהודים. כמו כן במגילות מדבר יהודה, המתוארכות החל מהמאה ה-3 לפנה"ס, אנו רואים כי מגילת ישעיהו כללה את שני החלקים כחיבור אחד.