לאחר מותו של עלי ביי, מצרים הפכה שוב לווסאלית של השער הנשגב, ונשלטה על ידי אבו ד'האב כשייח' אל-בלד עם התואר פאשה. זמן קצר לאחר מכן קיבל את אישור השער הנשגב לפלוש לסוריה, מתוך מטרה להעניש את תומכו של עלי ביי דהאר אל-עומר, והשאיר את אסמאעיל ביי ואבראהים ביי כסגניו בקהיר. לאחר שכבש ערים רבות בארץ ישראל, מת אבו ד'אהב, הסיבה לא ידועה; מוראד ביי, אחד מעריקי הסלעחיה, החזיר את כוחותיו למצרים ב-26 במאי 1775.
איסמעיל ביי הפך כעת לשייח' אל-בלאד, אך עד מהרה התערב בסכסוך עם אבראהים ומוראד, שהצליח לאחר זמן מה לגרש את איסמעיל ממצרים ולהקים שלטון משותף דומה לזה שניסה בעבר (כשייח' אל-בלד ואמיר אל-חג'ג' בהתאמה). עד מהרה היו השניים מעורבים במריבות, שאיימו בעת ובעונה אחת להתפרץ למלחמה פתוחה, אך אסון זה נמנע והשלטון המשותף נשמר עד שנת 1786, אז נשלחה משלחת על ידי השער הנשגב לשיקום העליונות העות'מאנית במצרים. מוראד ביי ניסה להתנגד, אך הובס בקלות. הוא, יחד עם אבראהים, החליט לברוח למצרים העליונה ולחכות למגמת האירועים. ב-1 באוגוסט נכנס המפקד הטורקי צזאירילי גזי חסן פאשה לקהיר, ולאחר צעדים אלימים שננקטו לשיקום הסדר; איסמעיל ביי שוב הפך לשייח' אל-בלד ופאשה חדש מונה כמושל. בינואר 1791 השתוללה מגפה איומה בקהיר ובמקומות אחרים במצרים, ממנה מתו איסמעיל ביי ורוב בני משפחתו. בשל הצורך בשליטים מוכשרים, נשלחו אבראהים ביי ומוראד ביי, שימשיכו את שלטונם הכפול. הם היו עדיין בתפקיד בשנת 1798 כשנפוליאון בונפרטה נכנס למצרים.
כיבוש צרפתי.
מושא הפלישה.
נפוליאון הכריז כי מטרתה של המשלחת הצרפתית למצרים, מאחר שהסולטאן העות'מאני לא היה מצוי במלחמה עם צרפת, היא להחזיר את שלטונו של "השער" ולדכא את הממלוכים. הכרזה זו הודפסה בערבית, ובה הכריז נפוליאון כי הוא נאמן לנביא מוחמד ולקוראן יותר ממה שהממלוכים נאמנים להם. כן הצהיר כי כל האנשים שווים, וכי בעתיד כל המשרות במצרים תהיינה פתוחות לבני כל המעמדות, אשר יוכיחו כישרון וידע. נפוליאון לא נועץ בסולטאן עצמו, אשר את שלטונו רצה, כביכול, לחזק, ואחת מן המטרות המונחות בבסיס המסע הייתה לנגוס נתח משמעותי מן האימפריה העות'מאנית, אשר כבר בסוף המאה ה-18 נראתה כשלטון שימיו קצובים.
כדי שלא יהיה ספק בהרגשה הידידותית של הצרפתים לשער הנשגב, כפרים ועיירות שנכנעו לפולשים נדרשו להניף את דגלי האימפריה העות'מאנית והרפובליקה הצרפתית, ובהודיה שנקבעה למצרים על השחרור מהממלוכים, נקבע להתפלל הן עבור הסולטן והן עבור הצבא הצרפתי. לא נראה שהכרוז שכנע מצרים רבים באמיתות האמירות הללו. לאחר קרב אמבבה (הידוע גם בשם "קרב הפירמידות"), שבו הובסו כוחותיהם של מוראד ביי ושל איברהים ביי, האוכלוסייה בזזה בקלות את בתי הביים. משלחת נשלחה מאל-אזהר לבונפרטה כדי לברר את כוונותיו; אלה התגלו כחזרה על תנאי הכרזתו, ולמרות שהשילוב בין נאמנות לצרפתים לנאמנות לסולטאן לא היה מובן - ניכרה תחילה הבנה טובה בין הפולשים והמצרים.
בקהיר הוקמה מועצה עירונית, המורכבת מאנשים שנלקחו משורות השייח', הממלוכים והצרפתים. זמן קצר לאחר מכן נוספו נציגים מאלכסנדריה ועיירות חשובות אחרות. מועצה זו לא עשתה יותר מאשר לרשום את פקודותיו של המפקד הצרפתי, שהמשיך להפעיל כוח דיקטטורי.
קרב הנילוס.
הרס הצי הצרפתי בקרב הנילוס וכישלון הכוחות הצרפתים שנשלחו למצרים העליונה לתפוס את מוראד ביי, זעזעו את אמונם של המצרים בהיות הצרפתים בלתי מנוצחים. כתוצאה משורה של חידושים לא רצויים, היחסים בין הכובשים לנכבשים הלכו ונמתחו מדי יום, עד שלבסוף ב-22 באוקטובר 1798 פרצה התקוממות בקהיר. מטה המרד היה באוניברסיטת אזהר. במרד זה נהרג הגנרל הצרפתי דופוי, סגן מושל קהיר. הצעדים המהירים של בונפרטה, בסיוע הגעתו מאלכסנדריה של הגנרל ז'אן-בטיסט קלבר, דיכאו במהירות את המרידה הזאת; אך דקירת הפרשים הצרפתיים במסגד אזהר היוותה עלבון קשה.
כתוצאה מפרשה זו נדחתה המועצה הדיונית, אך ב-25 בדצמבר פורסמה הכרזה חדשה המחזירה את שני הדיוואנים שהוקמו על ידי הטורקים; הדיוואן המיוחד היה מורכב מ-14 אנשים שנבחרו על ידי גורל מתוך 60 מועמדים לממשלה, והיה אמור להיפגש מדי יום. הדיוואן הכללי היה מורכב מבעלי תפקידים, ונפגש במצבי חירום.
בעקבות שלוחים שהגיעו לבונפרטה ב-3 בינואר 1799, והודיעו על כוונתו של השער הנשגב לפלוש למדינה במטרה לכבוש אותה בחזרה בכוח, החליט בונפרטה על משלחתו לסוריה ומינה מושלים לקהיר, אלכסנדריה ומצרים העליונה, לשלוט במהלך היעדרותו.
תבוסת הצבא הטורקי.
בונפרטה חזר מהמשלחת החמורה ההיא בתחילת יוני. מוראד ביי ואבראהים ביי ניצלו את ההזדמנות הזו לאסוף את כוחותיהם ולנסות התקפה משותפת על קהיר, אך בונפרטה הגיע בזמן להביס אותה. בשבוע האחרון של יולי הוא הביס תבוסה מוחצת את הצבא הטורקי שנחת באבוקיר, בסיוע הצי הבריטי בפיקודו של סר סידני סמית'.
זמן קצר לאחר ניצחונו עזב בונפרטה את מצרים, לאחר שמינה את קלבר למושל בהיעדרו - אשר הודיע לשייח'ים של קהיר כי לא יחזיק מעמד יותר משלושה חודשים. קלבר ראה את מצבם של הפולשים הצרפתים מסוכן ביותר, וכתב להודיע לרפובליקה הצרפתית על העובדות. משלחת כפולה נשלחה על ידי השער הנשגב זמן קצר לאחר עזיבתו של בונפרטה לכיבוש מצרים: כוח אחד נשלח בים לדמיאט, ואילו אחר בפיקודו של יוסוף פאשה לקח את הדרך היבשתית מדמשק לעבר אל עריש. לכוח הראשון הייתה הצלחה מסוימת, וכתוצאה מכך הסכימו הטורקים לוועידה ב-24 בינואר 1800, שבה הובכם כי הצרפתים יעזבו את מצרים. הכוחות הטורקים התקדמו לבילביס, שם התקבלו על ידי השייח'ים מקהיר; גם הממלוכים חזרו לקהיר ממחבואיהם.
בטרם הושלמו ההכנות לעזיבת הצרפתים, הגיעו פקודות לסמית מהממשלה הבריטית האוסרת על ביצוע האמנה, אלא אם ינהגו בצבא הצרפתי כשבויי מלחמה. כאשר הודעות אלו נמסרו לקלבר, הוא ביטל את הפקודות שניתנו בעבר לחיילים והמשיך להכניס את המדינה למצב הגנה. עזיבתו, עם רוב הצבא, לתקיפת הטורקים במטאריה הובילה להתפרעויות בקהיר. המפלגה הלאומית לא הצליחה להשיג את השלטון במצודה, וקלבר, לאחר שהביס את הטורקים, הצליח לחזור במהרה לבירה. ב-14 באפריל הוא הפגיז את בולאק, והמשיך להפגיז את קהיר עצמה, שנכבשה בלילה שאחרי. הסדר הוחזר במהרה, וקנס של 12 מיליון פרנק הוטל על המתפרעים. מוראד ביי חיפש ראיון עם קלבר, והצליח להשיג ממנו את ממשלת מצרים העליונה. מוראד ביי נפטר זמן קצר לאחר מכן והוחלף על ידי עות'מאן ביי אל-ברדיסי.
רצח.
ב-14 ביוני נרצח קלבר בידי סולימאן אל-חלבי, ונאמר כי הוסת לכך למעשה על ידי פליט יניצ'רי בירושלים, שהביא מכתבים לשייח'ים של אל-אזהר. למרות שהם לא נתנו לו תמיכה, שלושה מהשייח'ים הוצאו להורג על ידי הצרפתים. המתנקש עצמו עונה והוצא להורג, למרות הבטחת חנינה אם יקרא למקורביו. הפיקוד על הצבא הועבר אז על הגנרל ז'אק פרנסואה מנו, איש שהמיר את דתו לאסלאם, ואשר ניסה לפייס את האוכלוסייה המוסלמית באמצעים שונים - כגון הדרת כל הנוצרים (למעט צרפתי אחד) מה"דיוואן", החליף את הקופטים שהיו בשירות ממשלתי במוסלמים, והטיל מס על תושבי צרפת. כל פופולריות שאפשר היה להשיג על ידי אמצעים אלו הופרעה מהכרזתו על חסות צרפתית על מצרים, שאמורה להיחשב כמושבה צרפתית.
בשבועות הראשונים של מרץ 1801 נחתו האנגלים בפיקודו של סר ראלף אברקרומבי באבו קיר, והמשיכו לסייר את אלכסנדריה, שם הותקפו על ידי מנו; הצרפתים נהדפו, אך המפקד האנגלי נפצע אנושות בפעולה. ב-25 במרץ הגיעו תגבורות טורקיות טריות עם הצי של Kapudan Pasha Hüseyin. כוח אנגלי וטורקי משולב נשלח לכבוש את ראשיד. ב-30 במאי הותקף הגנרל א.ד בליאר, המפקד הצרפתי בקהיר, משני צדדים על ידי הכוחות הבריטיים בפיקוד הגנרל ג'ון הלי האצ'ינסון וטורקים תחת פיקוד יוסוף פאשה; לאחר משא ומתן הסכים בליאר לפנות את קהיר ולהפליג עם 13,734 חייליו לצרפת. ב-30 באוגוסט נאלץ מנו לקבל תנאים דומים, וכוחו שמנה 10,000 איש עזב את אלכסנדריה לאירופה בספטמבר. זה היה סיום הכיבוש הצרפתי של מצרים.
מצרים בראשות מוחמד עלי.
תפיסת השלטון של מוחמד עלי.
זמן קצר לאחר שפינו הצרפתים את מצרים, המדינה הפכה לזירת בעיות קשות יותר, תוצאה של ניסיונות העות'מאנים להשמיד את כוחם של הממלוכים. בניגוד להבטחות לממשלת בריטניה, הועברו פקודות מקונסטנטינופול לחוסיין פאשה לחבוש ולהרוג את הביים העיקריים. לדברי ההיסטוריון המצרי בן זמננו אל-ג'ברטי, הם הוזמנו לבידור על סיפון ספינת הדגל הטורקית ולאחר מכן הותקפו; עם זאת, סר רוברט וילסון ו-מ.פ. מנגין הצהירו כי ירו עליהם בסירות פתוחות במפרץ אבו -קיר. הם התנגדו, אך השתלטו עליהם, וחלקם נהרגו; אחרים נעצרו. בין האסירים היה עות'מן ביי אל-ברדיסי, שנפצע קשה. הגנרל הבריטי האצ'ינסון, שהודיע על בגידה זו, נקט מיד באמצעי איום נגד הטורקים וגרם להם למסור לו את המצרים, הפצועים והכלואים. במקביל, יוסוף פאשה עצר את כל הביים בקהיר, אך עד מהרה הבריטים אילצו אותו לשחרר אותם.