באותם ימים, ימי הביטלמניה, לא יכלו הביטלס לשמוע את עצמם בהופעותיהם, מבעד לצרחות הנערות המתרגשות למראה אליליהן. לנון לא אהב זאת – הוא היה שרוי באותן שנים, כאמור, במשבר קשה שנוצר ממה שהוא ראה כ"לחייך לכולם". שורה של אירועים דרמטיים הביאה את הביטלס לבסוף להחליט על הפסקה בהופעותיהם הפומביות, לרווחתו הגדולה של לנון. תחילה היה זה ראיון שהעניק בחודש מרץ 1966 לעיתונאי האנגלי מורין קליב מה"איבנינג סטנדרד" בו טען כי "הנצרות עומדת להיעלם... אנחנו יותר פופולריים מישו עכשיו". הראיון עבר ללא תגובה בבריטניה, אך כאשר פורסם בארצות הברית במהלך אותו קיץ, הוא גרם לשערורייה רבתי, שכללה הפגנות בהן שרפו המפגינים תקליטים של הביטלס. התבטאותו זו של לנון גרמה לכעס רב מצד המוסדות הנוצריים, שהתאפיין בשריפה המונית של תקליטי הביטלס, בעידוד הקו קלוקס קלאן. בתגובה, לנון ואפשטיין נאלצו לטוס לארצות הברית כדי להתנצל בפני הקהל, רק כדי שתוכל הלהקה לצאת לסיבוב ההופעות שלה במדינה. רק בשנת 2008, לאחר כ-42 שנים, זכה לנון (לאחר מותו) לסליחה רשמית מטעם הוותיקן.
בנובמבר 1966 נכנסו ארבעת חברי הלהקה לשיחה עם צוות ההפקה ואמרגן הלהקה. לנון אמר "איננו רוצים להמשיך במסע ההופעות. נמאס לנו מזה, ואף אחד לא יכול לשמוע אותנו מאחורי כל צרחות הילדים. אנחנו רוצים פשוט להקליט...". ג'ורג' מרטין, המפיק של הלהקה, הגיב בזלזול – "איך תתקיים להקה שלא מופיעה? אף אחד לא עשה את זה!", אך לנון היה נחרץ בדעתו – "אם לא נופיע, נוכל לנגן מוזיקה שלא חייבת להיות מסוגלת להתנגן בהופעה חיה. נוכל ליצור צלילים שאף אחד לא שמע קודם לכן". מילים אלו מייצגות נאמנה את גישת הלהקה בשנים הבאות, שנות הסטודיו.
1966–1970: ימי הסטודיו ודמדומי הביטלס.
הביטלס, ובעיקר ג'ון לנון, נחשפו לשימוש בסם הפסיכדלי LSD, והיו חששות שמילות השיר "Lucy in the Sky with Diamonds" מרמזות על השימוש בסם זה עקב ראשי התיבות של שם השיר. למרות זאת, לנון טען שבנו, ג'וליאן, צייר לו ציור עם אישה בשמיים ויהלומים, ולכן כך נקרא השיר.
את ההיכרות עם הסם LSD עשה לנון בשנת 1965, אך את השימוש בו החל משנת 1966. חוויית ההיכרות שלו עם הסם הייתה טראומטית במיוחד – חבר משותף של לנון והאריסון, רופא שיניים, הגיש להם ולבנות זוגם קוביות סוכר. רק לאחר שאכלו אותם, התברר להם שהיה זה למעשה LSD. בתחילת שנת 1966 החל לנון להשתמש ב-LSD באופן סדיר, מה ששינה את המוזיקה שלו מן הקצה אל הקצה ופתח עבורו את העידן הפסיכדלי. הפעם הראשונה שהביטלס התנסו בפסיכדליה רצינית הייתה ב-"Revolver" משנת 1966, אלבום שנוצר בהשפעה של סמים. האלבום הזה היה הראשון לו יכלו הביטלס להקדיש מאה אחוזים מזמנם. כך לדוגמה, בשיר Tomorrow Never Knows, שמשופע בפסיכדליה, כל צוות האולפן והביטלס עבדו קשה כדי שתמולא בקשתו המוזיקלית של לנון – להישמע כמו "הדלאי לאמה ואלפי נזירים טיבטיים מדקלמים מראש הר".
אחרי הפסקת ההופעות התמקד לנון בהקלטות שירים חדשים שהובילו להוצאת התקליטון עם השירים "Strawberry Fields Forever", שנכתב על ידו, ו-"Penny Lane", שירו של פול מקרטני. ומאוחר יותר לתקליט "Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band", שקיבע את מעמדם של חברי הביטלס כיוצרי המוזיקה הקלה המובילים בדורם. הטענה הרווחת היא שהעובדה שחבריו הביטלס יכלו להפנות יותר זמן לכתיבת השירים משנפטרו מלוח ההופעות הצפוף שהיו משועבדים לו, גרמה להם להעמיק יותר במוזיקה אותה כתבו. מקרטני ולנון רצו לכתוב כל אחד שיר על ילדותו – פול כתב את "Penny Lane" על ילדות עליזה, ואילו ג'ון לנון כתב את "Strawberry Fields Forever", שמבחינת לנון היה נקודת מפנה. מדובר בשיר שמבטא את תפיסת השיר החדשה של ג'ון לנון ואת השינוי המשמעותי שעבר – שיר פסיכדלי במיוחד, מורכב ומלא ברבדים, ועדיין אוטוביוגרפי ואישי מאוד – "שדות התות" היה בית יתומים בליברפול, עיר ילדותו של לנון.
לנון הפך לדמות פוליטית יותר ויותר. אמרגנו, בריאן אפשטיין, ניסה למנוע ממנו להתבטא בצורה פוליטית חריפה כפי שהתבטא בסופו של דבר. אפשטיין גם ניסה להפוך את הביטלס בכלל ואת ג'ון לנון בפרט – שתמיד היה מרדני יותר – ל"רכים" יותר. הדבר התבטא בין השאר בעובדה שאפשטיין הלביש את הביטלס בחליפות ובתסרוקות המסודרות שאפיינו אותם בתחילת דרכם, שהסבו ללנון, שתיעב אותם, הרבה מרירות. אך לנון מימש את רצונותיו בצורה מלאה, רק לאחר מותו הטרגי של בריאן אפשטיין, שגרם לו להפוך לאישיות פוליטית במיוחד, מה שלא הסב הרבה נחת לממסד האמריקאי ובמיוחד לנשיא ניקסון, שהתנכל לו מאוד. לנון אימץ לעצמו מראה יותר מרדני, עם שיער ארוך וזקן פרוע, וגם המסרים שבפיו תאמו רוח זאת.
בשנת 1967 השתתף בסרט הקולנוע האנטי-מלחמתי של במאי הקולנוע ריצ'רד לסטר (שביים בין השאר את שני סרטי הביטלס) "כיצד ניצחתי במלחמה". על אף שעלילת הסרט התרחשה בזמן מלחמת העולם השנייה, היווה הסרט ביקורת נגד מלחמת וייטנאם שהתרחשה באותה העת. לאחר מותו של אמרגן הלהקה בריאן אפשטיין, ניכרה התרחקות הדרגתית בין חברי הלהקה, הן בתחומי העניין של חבריה, הן מבחינת אורח חייהם והן מבחינה מוזיקלית. אמנם, לשני מסעות לפגישת המהרישי - בתחילה בבנגור שבווילס ומאוחר יותר בהודו – יצאו הביטלס יחד, אך הריחוק ביניהם הלך וגדל, כפי שניתן לראות ב"אלבום הלבן" שיצא בשנת 1968 ואפילו יותר מכך בסרט התיעודי שהיה אמור ללוות את הקלטת האלבום "Let It Be".
במקביל, הלכו והתהדקו היחסים בין לנון ליוקו אונו, אמנית קונספטואלית יפנית שהייתה מבוגרת ממנו בשבע שנים וחצי, תוך כדי ההתרחקות מאשתו הראשונה. סינתיה, אשתו באותה תקופה, סיפרה שהאירוע שסימל בעיניה את סוף אהבתם היה בנסיעת הביטלס להודו, כאשר הרכבת יצאה בלעדיה, והיא לא יכלה להצטרף לג'ון במסעו. באותו מסע, אגב, היה עסוק לנון, בין השאר, בקריאת מכתביה של יוקו אונו. יחסיו עמה, שראשיתם בשנת 1966, הובילו אותו לעזוב את סינתיה ואת בנם המשותף ג'וליאן בשלהי שנת 1968. בני הזוג הציבו לעצמם מטרה מעט שאפתנית – שלום עולמי (הרחבה בפרק "מעורבות פוליטית").
לנון עזב את הלהקה בספטמבר 1969, והסכים לא להודיע על כך לתקשורת, לכן הופתע כאשר מקרטני הודיע רשמית על פירוק הלהקה לעיתונות בשנת 1970. "אני הקמתי את הלהקה ואני פירקתי אותה", כתב לנון מאוחר יותר. בשנת 1969 יצא לנון למסע הופעות, לראשונה ללא להקת הביטלס בה היה עדיין חבר. בהופעות אלו ליוותה אותו על הבמה יוקו אונו וכן המוזיקאים אריק קלפטון וקלאוס פורמן. לטענת רבים, הופעתה של יוקו אונו בחייו של לנון הייתה הסיבה העיקרית להתפרקות הביטלס, בגלל רצונה להיות מעורבת בכל היבט בחייו של לנון, כולל ישיבה באולפני ההקלטות בעת הקלטת "האלבום הלבן" ואחריו. עם זאת, יש הטוענים כי ההפך הוא הנכון וכי התפרקותם של הביטלס, מבחינה מעשית, הובילה את לנון לחיפוש מעוז סמכות אחר אותו מצא באונו.
1970–1980: קריירת הסולו.
1970–1972: שנות השיא בקריירת הסולו.
פירוק הביטלס, עליו הכריז באופן רשמי פול מקרטני ב-10 באפריל 1970, לא הפתיע את חברי הלהקה, אך בכל זאת זיעזע את לנון. למרות החזות החיצונית האדישה, נראה כי איבד דבר מה עמוק וחשוב בחייו, כפי שאפשר ללמוד משירים כמו "God" בהם הוא אומר: "החלום חלף... כולנו צריכים להמשיך" כשהמנגינה האלגית מאיירת היטב את העצב שבהשלמה עם ההתפכחות מהחלום.
את קריירת הסולו שלו פתח לנון עוד לפני פירוקה הרשמי של הלהקה בתקליטונים "Give Peace a Chance", "Instant Karma" ו"Cold Turkey" (שתיעד ייסורי גמילה מהרואין), אותם הקליט עם הרכב שהקים יחד עם יוקו אונו ושנקרא, כמו כל להקות הליווי של לנון מאז: "Plastic Ono Band". שני השירים האחרונים היו הראשונים שעליהם היה חתום כיוצר בלעדי, ללא מקרטני. בשנת 1970 הוציא לנון את התקליט "John Lennon/Plastic Ono Band". התקליט, שנוצר תחת השפעה חזקה של טיפול "הצעקה הראשונית" של , כלל שירים אישיים מאוד כמו "Mother", "Isolation", ו-"Working Class Hero". התקליט, בעיבוד בסיסי בלבד, כשחלק ניכר מהשירים מוקלט בסבב הקלטה יחיד, לא זכה להצלחה מסחרית רבה. למרות הכישלון במכירות, נחשב האלבום על ידי רבים לאלבום פורץ דרך בקריירה של לנון ולאבן דרך בתולדות הרוק. שיר נוסף שבלט כחלק מהטיפול, הוא God - בו הביע לנון את חוסר אמונתו באל עליון ואת אמונו בעצמו בלבד. השיר נפתח במילים "God is a concept by which we measure our pain" - כשעל פי הסברי המטפל, לנון תרגם את התאוריה הביקורתית שלו ("אז רגע, אלוהים הוא הרעיון שדרכו אנו מודדים את הכאב שלנו?") לתוך הטקסט של השיר.
שנה מאוחר יותר הוציא לנון את "Imagine", תקליט שזכה להצלחה מועטה יותר מבחינת הביקורת, אך להצלחה מסחרית רבה יותר וכלל להיטים כמו "Imagine" ו-"Jealous Guy". בתקליט זה הופיע גם השיר "How Do You Sleep" הכולל ביקורת חריפה על מקרטני ("פרצוף יפה ישרוד שנה-שנתיים / אבל מהר מאוד הם יראו מה אתה מסוגל לעשות"). לנון הוסיף לשיר הארסי גם ביקורת אישית, כאשר בגלויה מיוחדת שצורפה לאלבום צולם אוחז בשתי אוזניו של חזיר, בפרפרזה על תמונת עטיפת האלבום "איל" (Ram) של מקרטני מאותה שנה, שבו צולם מקרטני אוחז בשתי קרניו של איל.