בעוד הופעת הקדמונים סימלה את התפצלות הגוף המסוני לשני זרמים שונים, החל להיווצר קרע בתוך ארגון הלשכה הגדולה הראשונה המודרנית בשנים 1777–1778. הסכסוך אירע אמנם רק באחת הלשכות, אך היה מדובר על הלשכה הוותיקה והיוקרתית Lodge of Antiquity (אחת מהלשכות המייסדות The Goose and Gridiron) והיה מעורב בה היסטוריון מכובד ומוערך במיוחד על ידי המודרניים, ויליאם פרסטון. בעקבות חלוקי דעות בין פרסטון למזכירות/מנהיגות של הלשכה הגדולה לגבי התמלוגים על המהדורה של ספר החוקים שיצאה לאור ב-78, כמה חברים מלשכתו Lodge of Antiquity בחרו לנהל טקס שלא לפי החוקים של הלשכה הגדולה המודרנית, 3 חברי לשכתו הלשינו עליהם ללשכה הגדולה המודרנית, ופרסטון הגן על הנאשמים. בתגובה הוא פוטר מתפקידו כנשיא הלשכה, ולשכתו הגיבה על פיטוריו בסילוק המאשימים שפנו ללשכה הגדולה המודרנית. בהמשך, לפחות מחצית מחברי הלשכה עזבו את הלשכה המודרנית והצטרפו ללשכה הגדולה של יורק, והנותרים החליפו את שמה של הלשכה ל- "the Grand Lodge of All England South of the River Trent". הסכסוך לא נפתר עד 1789 כאשר פרסטון וחבריו ללשכה התקבלו חזרה למודרניים בחגיגיות.
מצב דומה אירע בסקוטלנד, כאשר לשכה ותיקה (Lodge Mother Kilwinning) הוזכרה רק כשנייה ולא כראשונה בספר החוקות וכתגובה החליטה לצאת מארגון הלשכה הגדולה של סקוטלנד בשנת 1743, ולא חזרה אליה עד 1807. במשך תקופה זו היא תפקדה כלשכה גדולה נוספת מקבילה ללשכה המקורית, ותחת חסותה היו כ-70 לשכות ברחבי סקוטלנד והסביבה. אמנם שתי הלשכות הגדולות שנוצרו נתקו מגע ביניהן, אך אין עדויות על יריבות או תחרותיות ביניהן. אחד מחברי הלשכה "החדשה" אף הפך לנשיא הגדול של הלשכה הגדולה "המקורית" של סקוטלנד.
בתקופת המהפכה הצרפתית, הממשל הבריטי החל לחשוש מאפשרות של התקלחות מרד, וכצעד מניעה, ממשלתו של ויליאם פיט הוציאה הוראה בשנת 1799 המכריזה כי כל ארגון או גוף שיש בו סיסמה סודית הוא מחוץ לחוק. בצעד מהיר מצד הבונים הקדמוניים, המודרניים והלשכה הגדולה של סקוטלנד הם ארגנו פגישה משותפת עם ראש הממשלה, והזמינו את הדוכס ,John Murray, 4th Duke of Atholl אשר היה הנשיא הגדול של הקדמונים באותה תקופה, ולפני כן שימש כנשיא הגדול של הלשכה הגדולה של סקוטלנד, ואת Francis Edward Rawdon-Hastings ששימש כנשיא הגדול של הקדמונים (הנשיא הגדול בזמנו היה הנסיך של ווילס בזמנו. תוצאות הפגישה היו משמעותיות. הממשל הסכים כי בונים חופשיים, באופן ייחודי, אינם חלק מרשימת הארגונים "המסוכנים" שהוצאו מהחוק על פי צו ההוראה, והלשכות, מצידם, הסכימו להעביר רשימות מסודרות של כל חברי הבנייה החופשית לפקידי הממשל המקומיים, פעולה שנמשכה עד ל-1967. הישג משמעותי נוסף מהמפגש היה ההכרה כי הלשכות היריבות מסוגלות להתאחד, לנהל דיון משותף, להגיע להישגים מהמשא ומתן, וזאת למען מטרה משותפת.
ביסוס והתפתחות הבנייה החופשית ברחבי צפון אמריקה.
בשנים הראשונות להתפשטות הלשכות באמריקה הצפונית השיטה בה צורפו לשכות בארצות הברית הייתה: לשכת "האם" או "המקור" העבירה סמכות לנציג אינדיבידואל מטעמה -להיות נשיא מחוזי בארצות הברית, ואז הוא אישר והסמיך לשכות להיות חלק מארגון המקור. וכך, בשנת 1733 הנרי פרייס, הנשיא המחוזי של צפון אמריקה בעבור הלשכה הגדולה (המודרנית) של אנגליה העניק צ'רטר לקבוצת בונים מבוסטון. הלשכה של בונים אלו נקראה מאוחר יותר לשכת סנט לודג' והוכרזה כלשכה המודרנית הגדולה הראשונה שהוכרה כראוי באמריקה. בין השנים 1733 ו-1737 הלשכה הגדולה המודרנית של אנגליה צירפה לשורותיה לשכות מחוזיות במסצ'וסטס, ניו יורק, פנסילבניה ודרום קרוליינה.
בנג'מין פרנקלין הוציא מחדש לאור את החוקה של אנדרסון כאשר היה הנשיא המחוזי של הלשכה בפנסילבניה. במאמרו לעיתון פנסילבניה מ-8 בדצמבר 1730, הוא מספר על קיומן של לשכות מסוניות מחוזיות אחדות ברחבי היבשת. בשנת 1732 הוא אחז בתפקיד Junior Grand Warden of the Grand Lodge of Philadelphia.
התכתבות מהבונה החופשי ג'ון מור, הקולקטור של נמל פילדלפיה מעידה על כך שנערכו מפגשים של לשכות בפילדלפיה עוד בשנת 1715. בבעלות הלשכה הגדולה מסמכים של החוקים העתיקים ancient charges משנת 1727 אשר בראשם הכותרת "החוקות של הלשכה של סנט ג'ון". קולונל דניאל קוקס קיבל את תפקיד הנשיא המחוזי של ניו יורק, ניו ג'רזי ופנסילבניה על ידי הלשכה הגדולה של אנגליה בשנת 1730. לא ברור אם שהה בזמנו באמריקה או באירופה, אך הוא נכח בלשכה הגדולה ב Devil Tavern בלונדון ב-29 בינואר 1731, בה הוכרז כנשיא המחוזי הגדול של אמריקה הצפונית. במהלך כהונתו הוא לא הסמיך לשכות כלשהן ויורשו בתפקיד החליפו שנה מוקדם יותר. אמנם הלשכות באמריקה הסכימו עם כהונתו כנשיא המחוזי, אך הועלתה טענה מצידם כי מיסוד הלשכה החדשה הגדולה בידי לשכות ותיקות יותר הופכת אותה להיות לשכה גדולה "לא מוסרית" אלא לשכת-אחות ללשכות הגדולות של אנגליה, סקוטלנד ואירלנד.
באמריקה הצפונית הוקמו לשכות עצמאיות רבות במהלך המאה ה-18. תהליך ההסמכה מלשכות "מקור" גדולות, אשר מאוחר יותר הפך להיות באמצעות צו, היה ארוך ודרש משאבים בעיקר בתקופה בה הן היו מרוחקות מאוד. לשכות רבות נוסדו באופן עצמאי, וביקשו להצטרף ללשכת "אם" גדולה רק כשסמכו על כך שהיא תשרוד שנים רבות. ג'ורג' וושינגטון הצטרף ללשכה של פרדריקסבורג Fredericksburg בשנת 1752. לשכה זו קיבלה צ'רטר על ידי הלשכה הגדולה של סקוטלנד בשנת 1758. הלשכה הראשונה שהוסמכה באופן ראוי על ידי הלשכה הסקוטית הגדולה הייתה רק שנתיים מוקדם יותר והיא הייתה הלשכה של סנט אנרוז בבוסטון. בין חבריה היו פול רוויר וג'וסף וורן, ומאוחר יותר לשכות אלו היו מעורבות במסיבת התה של בוסטון .
לשכות רבות הוקמו ליד בסיסים צבאיים, והיו מורכבות מאנשי צבא. הלשכה המודרנית מאסה בצירוף לשכות ללא כתובת קבועה לכן במהלך השנים 77–1775 העניקה צו צ'רטר רק ללשכה צבאית אחת בלבד. הלשכה הקדמונית והלשכה של סקוטלנד היו מעט גמישים יותר בהענקת צ'רטרים ללשכות צבאיות אותן צירפה, אך הגדילה מכולן היא הלשכה הגדולה של אירלנד אשר רוב רובן של הלשכות הצבאיות היו משויכות אליה.
קבוצת אפרו- אמריקנים, אשר בקשתה להצטרף ללשכות בוסטון נדחתה, התקבלה להחשב לשכה מספר 441 של הלשכה הגדולה של אירלנד. 15 גברים אלו ייסדו לשכה אפריקנית מספר אחד, כאשר עזבה הלשכה הבריטית והותירה להם את הרשות לעשות הכל מלבד לצרף בונים חדשים. שניים מהחברים היו מלחים וקיבלו אישור כניסה ללשכה של לונדון, והוכרו כבונים מצטרפים חדשים. בעקבות זאת הנשיא שלהם, פרינס הול ביקש לקבל צ'רטר עבור הלשכה אשר הצטרפה רשמית ללשכת המודרניים בשנת 1784, כעת כלישכה האפריקנית מספר 459. הצלחת הלשכה הייתה כה רבה, שהיא הפכה ללשכה גדולה מחוזית, ופרינס הול הפך לנשיא המחוזי הגדול. לאחר מותו, הלשכות הפרובנצינליות התאחדו תחת הלשכה האפריקנית הגדולה ובשנת 1847 הכריזו על השקה מחודשת של לשכתם בשם :"הלשכה הגדולה של פרינס הול".
המאה ה-19.
האיחוד של 1813.
בשנת 1809, הלשכה הגדולה המודרנית של אנגליה הקימה את "הלשכה הרשמית" אשר מטרתה הייתה לחזור למקורות: " revert to the Ancient Land Marks of the Society" ולהכריז עליהם רשמית לאחיהם הבונים החופשיים הקדמונים. אחד מחברי הלשכה היה הנסיך א. פרדריק, דוכס סאסקס אשר כיהן כנשיא הלשכה Lodge of Antiquity, No 2, ובנו השישי של המלך ג'ורג' השלישי.
וכך, לאחר 3 שנות פעילות לשכה רשמית למען חזון החזרה למקור והאיחוד, ב-1811 חברי הלשכה הכריזו על כך שהלשכה הגדולה החליטה לחזור לציוני הדרך הקדומה, למקורות הקודמים כאשר יקבע מה מוגדר ככזה (""return to the Ancient Landmarks... when it should be ascertained what those ancient landmarks and obligations were."). לשני צדדי המחלוקת, הן ללשכת המודרניים והן ללשכת הקדמונים היה רצון ונכונות להתאחד, וההוכחה לכך היא שהם הקימו ועידות משותפות במטרה לדון על התנאים המדויקים של האיחוד. המחלוקת בין הצדדים נסבה על רקע חוסר יכולתם של חברי הלשכה הקדמונית להחליט ולקבוע החלטות מבלי לדווח ללשכתם הגדולה אשר ערכה מפגשים רק אחת לרבעון בשנה. באוקטובר 1812, הנהגת הקדמונים שככה את תסכול המודרניים כאשר העניקו לנציביהם הנציגים בוועידה רשות להחליט ולקבוע מבלי להמתין לאישור הלשכה המרכזית.
זמן קצר לאחר מכן, המרקיז הראשון של הייסטינגס, Francis Edward Rawdon-Hastings התפטר מכהונתו כנשיא הגדול של המודרניים בעקבות כניסתו לתפקיד המושל הכללי של הודו. מחליפו בתפקיד הנשיא היה הדוכס של סאסקס, א. פרדריק, אשר הפך לנשיא הגדול בינואר 1813 והחליף את אחיו, הנסיך של ויילס. ב-1 בדצמבר ב 1813, הדוכס של אט'ול מסר את הנהגת הקדמונים לנסיך א. אוגוסטוס, דוכס קנט, אביה של המלכה ויקטוריה. לפני כן, קנט ניהל והנהיג את איחודם של המודרניים והקדמונים בקנדה, על ידי מהלך פשוט לאיחוד לשכות של מודרניים ללשכת קדמוניים אשר נמצאה בקרבת מקום, וכך המודרניים חדלו מלהתקיים בקנדה. וכך נשיא המודרניים, דוכס סאסקס, ונשיא הקדמונים, דוכס קנט פיקחו וניהלו את האיחוד ב-1813, על מנת להקים את הלשכה הגדולה המאוחדת של אנגליה, בה הוחלט כי דוכס סאסקס ימונה כנשיאה הגדול.