העוינות הנוצרית המסורתית ליהודים הומרה בהדרגה להתנגדות הממסדים הנוצרים ללאומיות היהודית בארץ-ישראל. לאחר הקמתה של מדינת ישראל תאולוגיית החילופין הפכה לבלתי-רלוונטית ויצרה ואקום תאולוגי עמוק בנצרות, שכן היהודי יועד לעד להשפלה ואילו הנה יש להם מדינה. הפרוטסטנטים העניקו לדבר פרשנות דתית והיא התקרבות ימי חזרתו של ישו; הקתולים דחו רעיון זה. הוותיקן, ה-WCC וה-NECC, מסיבות פוליטיות-פרגמטיות, העניקו למדינת ישראל "יחס עוין ומנוכר כבר מראשיתה". ביוני 1967, במסמך שיועד ל-NECC, פרסמו "קבוצת תאולוגים מזרח-תיכוניים" מסמך לשלילת האנטישמיות. בתוכנו טענו כי סיבת שלילת נוצריי המזרח את היהדות והיהודים היא אי הבחנתם בין העם היהודי למדינת ישראל ובין היהדות לציונות. ואילו הגורם המרכזי לטעותה של נצרות המערב בתמיכתה הבלתי-מסויגת במדינת ישראל היא רגשות האשם כלפי היהודים. הפתרון לבעיה שהציעו היה "להביא לידי הפרדה מושגית ומעשית בין היהדות לציונות בתודעה הנוצרית המזרחית והמערבית." כלומר יש להגדיר את היהדות כנטול כל סממן לאומי או זיקה לארץ ישראל, זאת תוך הדגשת החובה שבמאבק בציונות. מאוחר יותר התפיסה הרווחת בקרב הקתולים הייתה כי מדינת ישראל היא דבר חולף שכנראה נוצר באופן זמני לאור האנטישמיות, וכשהאנטישמיות תיעלם כך גם יקרה עם הדחף הלאומי היהודי. בנוסף נתפסה זהותה היהודית של ישראל כבעיית המזרח התיכון, ומכשתיעלם הזהות היהודית של מדינת ישראל תיווצר מציאות צודקת באזור.
הפלסטינים כישו שנצלב בשנית על ידי היהודים.
במהלך השנים האחרונות גורמים שונים החלו להשתמש בתעמולה דתית נוצרית על מנת להסית את דעת הקהל האירופאי והנוצרי נגד ישראל, ובתוך כך להפוך את הפלסטינים לסמל ישו שהיהודים צולבים והורגים בשנית. בשנת 2002, במהלך המצור של צה"ל על כנסיית המולד בבית לחם, הפיץ עיתון לה סטמפה איור בו טנק ישראלי מכוון על ישו התינוק, ששואל: "לוודאי, שהם לא מעוניינים להרוג אותי שוב?". העיתון "Het Nieuwsblad" הציג את אחמד יאסין, מנהיג חמאס, לאחר חיסולו על ידי ישראל, צלוב על כיסא גלגלים תחת הכיתוב: "ישראל הורגת מנהיג רוחני". על אותו נושא, ב-"pro-Pasok daily, Eleftherotypia" הוצג איור בו אישה שואלת גבר: "מדוע הממשלה היהודית הורגת מנהיג דתי?" האיש עונה: "הם מתאמנים לקראת חג הפסחא."
החל מ-2010 החלו ארגונים הפועלים בשטחי הרשות הפלסטינית להשתמש בתעמולה המעוררת רגשות הדתיים נגד ישראל, תוך עידוד וקריאה להחרמתה. משנת 2013 ארגונים נוצריים הפועלים בשטחי הרשות הפלסטינית, החלו להשתמש ביתר שאת בתעמולה דתית אנטישמית נגד ישראל, תוך טיעון כי ישו היה פלסטיני שחי בפלסטין. ד"וח קרן עמוס הבריטית (Amos Trust) הפועל בתחומי הרשות הפלסטינית בנוגע לפעולותיה בבית לחם כתב: "בתור יהודי שחי בנצרת, ישו לא יורשה על ידי הנהגה שלו להיכנס לבית לחם. יהיה עליו להיכנס באופן בלתי חוקי לבית לחם ואולי אף לעבור בידוק ביטחוני במחסום. ואז הוא כנראה יבכה על מקום הולדתו כפי שבכה על ירושלים... אם ישו היה נולד היום בבית לחם, שדות מרעה רבים היו מוחרמים לטובת ההתנחלויות ישראליות הבלתי חוקיות." בכריכת הקטלוג לשנת 2013 אף מתואר ישו מנסה לעבור את חומת הביטחון באמצעות חבל.
בשנת 2014 לכבוד חג המולד התחפשו מפגינים פלסטינים לסנטה קלאוס ויצאו להפגין ולתקוף חיילי צה"ל תוך צילום תמונות תגובות החיילים והפצתם כתקיפת חיילי צה"ל את סנטה קלאוס. באותה שנה "Kairos Palestine" הפיצו איגרת מיוחדת ובה נכתב:
הכנסייה הפרסביטראנית באותה השנה פרסמה "כשאנו חוגגים את לידתו של הילד הנוצרי, (קשה שלא לתהות) איך היו חייו נראים כילד או של מריה כאם, אם הוא היה נולד בבית לחם היום." באותה השנה החלו לדמות את מדינת ישראל לשלטון הכיבוש הרומי, שדיכא את היהודים בימיו של ישו; ואת היהודים אז לפלסטינים היום. הכנסייה המתודיסטית המאוחדת פרסמה: "מנקודת המבט הפלסטינית, ישנו דמיון מסוים בין התנאים הפוליטיים בפלסטין בזמנו של ישו והמצב הנוכחי בפלסטין. יש כיבוש בוטה ששולט ומדכא את העם; ויש מילות שתתארנה את מה שהאנשים עוברים: פחד, חוסר ביטחון, חוסר יציבות, סבל, צער, ייאוש, ורגשות שליליים אחרים שאימפריה מדכאת וממשלת ימין ישראלית יכולים ליצור."
ויקטור בטרסה ראש העיר הנוצרי של בית-לחם גם טען כי "הפלסטינים נצלבו בידי כוחות הביטחון הישראליים, בית-לחם היא כלא עצום, וישו – השוהה בגופם של הפלסטינים – כלוא בעיר המוקפת בגדר ההפרדה."
קנונית "ציונית עולמית".
בשנות השבעים ולרי ימליאנוב הפיץ את תאורית הכוזרים המשולבת עם תאוריית "הציונות העולמית" והקונספירציה היהודית- הבונים החופשיים בערבית וזכה לפופולריות רבה בארצות אסלאם והשפיע רבות על האנטי-ציונות במדינות אלו. ולרי ביקש לחשוף את הקונספירציה היהודית- הבונים החופשיים שכביכול ביקשה לשלוט על העולם עד שנת 2000. הוא טען כי קיימת מלחמה עולמית מתמדת בין עליונות היהודים והבונים החופשיים לבין כל יתר העולם, בהובלת הארים. כשרק הארים, דרך השמדת הנצרות, יוכלו להביס את המזימה הציונית. במהלך המאה ה-20 הוציא האדמירל ויליאם גאי קאר ספר בו גם הוא טען כי היהודים מתכננים לתפוס את מקומם כאדוני העולם בעוד הגויים יהיו לעבדים. כשהיעד הראשון יהיה להגביר את המיליטריזם בארצות הברית, ולהאשים את הרוסים באנטישמיות, כפי שהואשמו הגרמנים בתקופה הנאצית. כשהמטרה הסופית תהיה להביא למלחמת עולם שלישית – הקרב האחרון של היהודים נגד הגויים שתוביל לשליטת היהודים על העולם. במלחמה זו ישראל תישאר נייטרלית ולכן לא תסבול מתוצאות המלחמה, ובעקבות כך בסוף המלחמה ישראל תהווה כגורם מתווך ומפקח לאור הנייטרליות בו נקטה בעת המלחמה, דבר שיקנה לה שליטה על כל האומות שישרדו.
בסוף המאה העשרים התפתחה ברוסיה תאוריה כי "קיימת תנועה יהודית כוזרית ציונית להשתלטות עולמית" שמטרתה לארגן הפיכה ולשלוט על אדמת רוסיה כחלק ממטרת "הציונות העולמית". כש"הכוזרים ומספר צאצאי יהודים.. מחזיקים בידיהם בכל רשתות התקשורת הרוסיות".
הלובי היהודי.
בשמאל הבריטי קיימת תאוריית קונספירציה על "לובי יהודי" כל יכול ומסוכן המשפיע על מדיניות החוץ של ארצות הברית והממלכה המאוחדת באופן ניצי, למטרות מזימה ציונית יהודית. כך שגם בהחלטת הפלישה לעיראק הייתה מעורבות השפעה של הלובי היהודי. כשמטרת הכניסה למלחמה הייתה להגן על ישראל על ידי הסרת כוחו של הרודן העיראקי סדאם חוסיין. על פי סקר משנת 2007 כשליש מהבריטים מאמינים כי קיים לובי יהודי/ציוני מסוכן המתמרן את מדיניות החוץ הבריטית והאמריקנית.
היפוך וזילות השואה.
הכחשת השואה.
הטענה כי מדיניות ישראל זהה לזו של גרמניה הנאצית נקראת "היפוך השואה". חלק מהותי מהאנטישמיות החדשה היא הכחשת השואה או ממדיה, יחד עם העללות עלילות נגד ישראל. לפיהם ישראל עושה שימוש בשואה למטרות השגת רווח פוליטי דרך מניפולציה והשפעה על דעת הקהל להצדקת קיומה וקיום הציונות; זאת תוך הצדקת היחס השלילי, שלילת זכויות לאומיות, וקיום רצח עם פלסטיני. פעמים רבות מושווים הפלסטינים ליהודים בתקופת גרמניה הנאצית, והישראלים לנאצים. השוואות רווחות הן השוואת עזה לגטו ורשה והשוואת רייצ'ל קורי לאנה פרנק ופרימו לוי. זאת תוך העלאת סבל הפלסטינים מעל לזו שעברו היהודים בשואה ושילוב אלמנטים של אנטישמיות נוצרית קלאסית לצורך השגת מטרה זו. לפי מנפרד גרסטנפלד המטרה הישירה בהאשמה הכוזבת את ישראל בביצוע פשעי מלחמה ורצח עם בפלסטינים היא הכרח קיומי שנועד "להלבין ולכבס את חטאי העבר של היבשת כמו גם את פגעי ההווה. עבור אחדים הפטנט הזה משמש ככלי לכסות על פשעי אבותיהם במובן הפשוט ביותר".
האשמת הקורבן והציונות בנאציזם.
באמצע המאה ה-20 הואשמו היהודים בהיטלריזם לאור סירובם להיטמע מתוך התעקשות לשמור על זהותם היהודית. בממלכה המאוחדת הועלו האשמות כי היו אלו היהודים שגררו את הממלכה המאוחדת למלחמה מיותרת מול הנאצים, שכונתה "מלחמה יהודית". בנוסף במהלך המלחמה הואשמו היהודים בהיותם "גיס חמישי" ו"אויב זר" המקיים קשרים עם השוק השחור, מרגל וחתרני. היו אף שהאמינו כי בתקופה זו "היהודים ארגנו קונספירציה עולמית נגד הממלכה המאוחדת המסכנה והזקנה", שלפיה הציונים איחדו כוחות עם הסובייטים במטרה להוריד מכוחה של הממלכה המאוחדת. הנציב העליון הבריטי האחרון בפלשתינה, הגנרל סר אלן קנינגהם, אף תיאר במבט עמום מאוד את הציונות כ"תנועה לאומית כמו-נאצית" המלווה ב"פסיכולוגיה היהודית החריגה", שהפיקה משהו מעוות שאינו מגיב לשום טיפול רציונלי. התבטאות שהגיעה לאחר תגובה יהודית לרדיפת פעילי התנועה הציונית על ידי הבריטים והוצאתם להורג.