ב-6 בינואר 1889 הראה בורקהרדט, קולגה של ניטשה, מכתב שקיבל ממנו אוברבק, פרופסור לתאולוגיה שהיה ידיד של ניטשה מתקופת לימודיו בבזל. אוברבק קיבל מכתב דומה והחליט לנסוע לטורינו כדי להביא את ניטשה לקליניקה פסיכיאטרית בבזל. באותו זמן החל ניטשה להראות סימני שיגעון, ואמו פרנציסקה החליטה לשלוח אותו לקליניקה אחרת באיטליה. מנובמבר 1889 עד פברואר 1890, ניסה ג'וליוס לנגבן לרפא את ניטשה בטענה שאין ביכולתם של הרופאים לשנות את מצבו של ניטשה. במרץ 1890 הוציאה פרנציסקה את ניטשה מהקליניקה, ובמאי 1890 העבירה אותו לביתה בנאומבורג. באותו זמן התלבטו אוברבק וגסט מה לעשות עם כתביו הלא גמורים של ניטשה, והחליטו להדפיס את "שקיעת האלילים" ואת "ניטשה נגד וגנר", אך לעצור את הדפסתם של "אנטיכריסט" ו"הנה האיש".
בשנת 1893 חזרה אליזבת מפרגוואי אחרי התאבדותו של בעלה. עם חזרתה קראה ולמדה את עבודותיו של אחיה ואט אט השתלטה על פרסומן. היא הרחיקה את אוברבק וגסט מכתביו, עד שהשתלטה עליהם לחלוטין. בשנת 1897 מתה אמו של ניטשה, פרנציסקה, וניטשה עבר עם אחותו לוויימאר, שם אחותו אפשרה לאנשים, כולל לרודולף שטיינר, לבקר את אחיה הלא-מתקשר.
רוב המבקרים סברו שניטשה סובל כנראה מעגבת (שלטענת וולטר קאופמן, לקה בה בזמן שירותו במלחמת צרפת פרוסיה), ובגללה התמוטט מלכתחילה. חלק מהסימפטומים של ניטשה לא התאימו לעגבת אלא יותר לסרטן המוח. בעוד שרוב המבקרים לא קישרו בין הפילוסופיה של ניטשה לבין התמוטטותו, חלקם, כולל ז'ורז' בטאיי ורנה ז'ראר, טענו שההתמוטטות הייתה סימפטום לקשיי הסתגלות פסיכולוגית לפילוסופיה המרדנית שלו עצמו.
ב-25 באוגוסט 1900 מת ניטשה מדלקת ריאות. לבקשת אחותו אליזבת הוא נקבר ליד אביו בכנסיית רקן וקבור בעיירה הגרמנית ליצן שבסקסוניה-אנהלט. חברו גסט נשא בהלוויה את המילים הבאות: "קדוש יהיה שמך בכל הדורות הבאים!" (ניטשה עצמו הבהיר בספרו "הנה האיש" שאין הוא רוצה להיקרא קדוש).
אחותו של ניטשה, אליזבת פרסטר-ניטשה, השלימה את הספר "הרצון לעוצמה" מכתבי יד ומפתקים שניטשה כתב בעבר ולא פרסם. מכיוון שאחותו ערכה את הספר בהתאם לעמדותיה, מסכימים רוב המומחים שאין זה ספר ניטשאני אותנטי, ואף עורכו של ניטשה, מצינו מונטינרי, קרא לספר זה "זיוף". תוכנו של "הרצון לעוצמה" גילה תמיכה רחבה באנטישמיות ובלאומנות, ונתן בבסיסו לכאורה תמיכה ברעיונות נאציים, וזאת בניגוד לספריו הקודמים, שפורסמו בחייו, שבהם התנגד ניטשה נחרצות ללאומנות הגרמנית.
הגותו.
הגותו של פרידריך ניטשה התפתחה במיוחד מתוך יחס לעבודתו של הפילוסוף הגרמני ארתור שופנהאואר. ניטשה פיתח פילוסופיה רדיקלית שעוסקת במוסר, דת, פסיכולוגיה, תורת ההכרה, תורת ההוויה ומטאפיזיקה מתוך ביקורת ההיסטוריציזם ששלט באותה התקופה בגרמניה. לימים נודעה להגותו חשיבות כבדת משקל להתפתחות האקזיסטנציאליזם והפוסטמודרניזם, הגם שניטשה עצמו נמנע מהשתייכות לזרם זה או אחר.
טיעוניו של ניטשה מתאפיינים בספקנות כללית ובמיוחד בספקנות הנוגעת לאפשרות להחיל הגדרות מוסריות על העולם ולבסוף בעצם האפשרות להכיר את המציאות מעבר לפרשנות אישית. במשך כל עבודתו ניטשה מעלה עמדות שונות ומנוגדות דבר המקשה לאפיין את דעתו האמיתית.
מות האלוהים.
רעיון מות האלוהים (מגרמנית: "Gott ist tot") של ניטשה מופיע לראשונה בספרו המדע העליז בפיו של המשוגע:
בקטע זה המשוגע אינו פונה למאמינים, אלא לאלה שאיבדו את אמונתם - אלו הסבורים כי הם כבר הפנימו את מות האלוהים. המשוגע, כלומר ניטשה, מטיף להם כי מות האלוהים אין משמעו רק שינוי בתמונת העולם המדעית, אלא אירוע בעל השתמעויות היסטוריות משמעותיות. ניטשה אינו מדבר על קיומו האובייקטיבי של האל במציאות, אלא על האל כמכונן האמון של האדם במוסדותיו ובעצמו. לטענתו, אלוהים מת בעידן המודרני, ולפיכך נותר האדם המודרני ללא הצדקה למוסדות המוסר, המדינה, ההיסטוריה והתרבות. לטענת ניטשה, "מעולם לא נעשה מעשה גדול מזה". אין מדובר רק בשינוי אמונה, אלא במהפך ביסודות המחשבה האנושית.
לפי אחת מטענותיו של ניטשה בנושא, מות האלוהים פותח בפני הפילוסופיה משימה חדשה: מעתה, על הפילוסופיה לא לעסוק רק בניתוח ותצפית אודות המצב האנושי, אלא ליצור ערכים חדשים שהנושא שלהם הוא קדושה. ניטשה אף טוען כי הערכים הנוצריים והאמונה באלוהים היודו-נוצרי שעיוותו עד כה את אופן התבוננותו של האדם בעולם מקורם במוטיבציות מגונות שנוצרו כתוצאה ממצבי חולשה שונים אליהם נחשפו היהודים והנוצרים הראשונים.
על-אדם.
על פי ניטשה, 'על-אדם' (מגרמנית, Übermensch, "אוברמנש") הוא שמו של המצב העליון של האדם. אין הסכמה לגבי כוונת ניטשה במושג זה, אך לרוב הוא מפורש כמצב הטוב ביותר שאדם יכול להגיע אליו, מצב שבו הוא עצמו בורא את המוסר, ולא דווקא המוסכמות החברתיות. הרעיון הוצג לראשונה בספר כה אמר זרתוסתרא, שבו טוענת הדמות זרתוסתרא שהאדם הוא מעין גשר, שבקצהו האחד נמצאת החיה ובקצהו השני נמצא העל-אדם. זרתוסתרא מונה את הדרכים להתקרב לרמת על-אדם:
על פי ניטשה צריך האדם להשתחרר מהאידיאלים והמוסכמות של תקופתו, ולבחון את העולם באופן עצמאי ומשולל אשליות.
העל-אדם מהווה ניגוד ל"אדם האחרון", ומדגיש את עליונותו של העל-אדם. לדעת ניטשה לא נמצאים אנשים שהגיעו לרמת על-אדם בזמנו, אך היו בעבר מספר דוגמאות לאנשים שהגיעו לרמה זו.
האדם האחרון.
האדם האחרון (מגרמנית, Der letzte Mensch) הוא מונח בספר כה אמר זרתוסטרא שמתאר את האנטיתזה לעל-אדם. האדם האחרון לפי זרתוסתרא הוא אינדיבידואל חלש שעייף מחייו, נמנע מסיכונים ומחפש רק אחר נוחות וביטחון. האדם האחרון הוא ניהיליסט אך עדיין לא הצליח לעכל לגמרי את מות האלוהים.
לטענת ניטשה אין עתיד לאדם האחרון, אך מסיבה כלשהי החברה האירופאית כולה מתקדמת לכיוון האדם האחרון, לחברה בלי יכולת לבצע גדולות, בלי יכולת לחלום או בלי סיבה להתקיים.
הרצון לעוצמה.
הרצון לעוצמה (מגרמנית, "Der Wille zur Macht") הוא רעיון חלקי שניטשה לא הצליח לסיים במהלך חייו השפויים. את מהות השאיפה לעוצמה שאב ניטשה משופנהאואר שביסס חלק נרחב מהפילוסופיה שלו על "הרצון להיות" - הטענה שהרצון העמוק והחשוב ביותר אצל האדם הוא המשך הקיום, וכל יצור חי מונע על ידי הרצון לשאת ולפתח את חייו שלו עצמו. ניטשה התנגד וטען שיש יצר יותר חשוב ועמוק מזה. הוא חידד את טענת שופנהאואר וטען כי "הרצון לעוצמה" הוא המוביל את האדם מבחינה פסיכולוגית. ניטשה הוריד את הרצון לחיות לדרגה משנית והעלה את הרצון לעוצמה לדרגה העליונה. הוא ראה את האדם המסתגל כאדם חלש לעומת האדם שמסגל את המציאות לטובתו.
הרצון לעוצמה אינו מדבר על עוצמה פיזית, כפי שהנאצים פירשו אותו, אלא לעוצמה אינטלקטואלית ויכולת לשינוי עצמי והתגברות.
הרצון לעוצמה הוא רעיון שמבטא את הטפילות של כל היצורים החיים, את חוסר היותם מספיקים לעצמם. לא הישרדות אלא הרצון לעוצמה הוא הכוח המניע את החיים: כל פרט במציאות חייב לנצל את סביבתו כדי לחיות. הפרט לעולם לא מספיק לעצמו, החלש מבקש את עוצמתו של החזק יותר. כך, למשל, מי שמציית למצפון הוא, למעשה, אדם שחומק מאחריות מוסרית, מה שמעיד על מצבו הקיומי החלש. קבלת תפיסה מוסרית על פיה נקבעים הכללים ואמות המידה באופן חיצוני וכולל היא אחד מהביטויים לחולשה ולטפילות. רק בעל העוצמה, אותו פרט שהתגבר על עצמו ואינו נזקק עוד לכללי ולחזק כדי לתת תוקף להחלטותיו ולנטיותיו - זה שמקור עוצמתו הוא פנימי - רק הוא יכול לבצע שיפוט מוסרי.
לטענתו, אין אדם שיוכל להעיד על כך שיישאר בחיים בכל מחיר. טוען שלכל אדם יש מצב אשר עבורו הוא לא ירצה להמשיך לחיות ולכן מצב זה ינצח את יצר ההישרדות ובכך הצליח להוריד את הרצון לחיות לדרגה משנית.
מוסר אדונים ומוסר עבדים.
לטענת ניטשה קיימים שני סוגים של מוסר: מוסר אדונים שקשור לאדם האציל, ומוסר עבדים ששייך לאנשים הנחותים. שני סוגי מוסר הם מערכות מוסר שונות: בעוד מוסר האדונים מתאים פעולות ל"טוֹב או רע" (good or bad) מוסר העבדים מתאים פעולות ל"טוּב או רוע" (good or evil). ניטשה בז לשני סוגי המוסר האלו, אך בבירור פחות למוסר האדונים ביחס למוסר העבדים.
מוסר האדונים הוא מוסר של עוצמה. לאדם עם מוסר כזה "טוב" פירושו אצילי, חזק ועוצמתי, בעוד "רע" פירושו חלש, עלוב ופחדן. מוסר העל-אדם מתחיל באדם האציל עם רעיון בסיסי למהו טוב, אשר ממנו מתפתח הרע. מוסר העבדים מתחיל מחולשה ומפחד: הפחד מהרע. רק מתוכו ובאמצעותו מוגדר ה"טוב". מוסר העבדים הוא מוסר של תועלתנות: הטוב הוא הדבר השמיש ביותר לקהילה כקהילה. הרשע לעומת זאת הוא הדבר שגורם לסבל.
האציל בז לרוע בעוד העבד מפחד ממנו.
שליטת ערכי המוסר של הדת היהודית והנוצרית באירופה, בראשם הערך "ואהבת לרעך כמוך" מסמנים אליבא דניטשה את ניצחון מוסר העבדים על פני מוסר האדונים. המוסר השולט בחברה על פי ניטשה הוא מוסר עבדים, הדוחק אדם לרעהו כדי לשמור על שלמות האדם כחיית עדר צייתנית.
ביקורת כלפי הנצרות.
ניטשה ביקר את עולם הערכים האירופי והנוצרי של זמנו וטען כי עקרונות המוסר הנוצריים השיגו את ההפך ממה שביטאו, ו"דת האהבה" היא זו שגרמה לשפיכות הדמים הגדולה ביותר. הוא לעג והתגרה בממסד הנוצרי באומרו "אלוהים מת, אני הייתי בהלוויה שלו". הוא הוקיע את הפרישות הנוצרית וראה אצל רבים שבוחרים בה מעשה של צביעות: "אמנם מתנזרים הם, אך הכלבה חושנות מציצה בקנאה מכל מעשה אשר יעשו...לא מעטים הם אלה, אשר ביקשו לגרש את שטנם מקרבם ונקלעו לתוך החזירים". בספרו אנטיכריסט ביקר ניטשה את התפתחות הנצרות, ולטענתו הקשר בין הנצרות לתורת ישו הוא אפסי.