החלו מהלכים בחצר המלוכה במדריד להוצאתה לפועל של תוכנית איחוד הנשק, לפיה תוכננה הקמת צבא מילואים שימנה 140,000 איש שהיה אמור לקבל את כל המשאבים הנדרשים להקמתו מרחבי האימפריה הספרדית, כולל פורטוגל. מלבד המשטר הריכוזי בממלכת קסטיליה הייתה התנגדות נחרצת לתוכנית שכן הייתה פוגעת באוטונומיה בכך שהייתה קושרת כלכלית את כל פלגי האימפריה והייתה מביאה פורטוגזים וקטלונים להילחם למען מלחמות הספרדים. פליפה הרביעי הושפע רבות מיועציו, גספאר דה גוזמן, הרוזן מאוליבארס, שכתב לו בשנת 1625 במזכר סודי:
מהלכים מקדימים.
במהלך מלחמת שלושים השנים, אף על פי שהמלחמה החלה כמאבק דתי בין קתולים ופרוטסטנטים, היא עם הזמן הפכה למלחמה על כוחן של מדינות באירופה. ממלכת צרפת שמזה זמן רב הייתה במאבק כוח נגד בית הבסבורג, הצטרפה אל הכוחות הפרוטסטנטים במאבק למרות היותה קתולית. עוד לפני הצטרפותה של צרפת למלחמה, הממשל הצרפתי תחת האסטרטגיה של הקרדינל רישלייה, העביר כספים לכוחות פנימיים בדלנים בתוך שטחי הכתר ההבסבורגי כגון דוכסות מילאנו והרפובליקה ההולנדית (האחרונה הייתה באותה העת כבר בתוך מלחמת שמונים השנים נגד שלטון ארצות השפלה ההבסבורגיות). כאשר נכנסה צרפת למאבק החלה מלחמת צרפת–ספרד של 1635–1659 ותחילה העליונות הצבאית הספרדית הגיעה עד לשערי פריז.
הממשל הצרפתי העביר כספים לבדלנים נגד כתר הבסבורג בחצי האי האיברי, בייחוד בפורטוגל וקטלוניה. הקרדינל רישלייה ראה את ז'ואאו השני, דוכס ברגנסה השמיני כיורש העצר הלגיטימי לכתר הספרדי בעוד תכנן להכתיר את לואי השלושה עשר, מלך צרפת בתואר דוכס ברצלונה לסיפוח קטלוניה. אביו של ז'ואאו השני, תאודוסיו השני, דוכס ברגנסה, היה תומך אוהד של ספרד ההבסבורגית ושליטיה אך בנו נטה לעמדה שונה ממנו כאשר החלה התערבות ספרדית בענייני הפנים של פורטוגל והאריסטוקרטיה הפורטוגזית החלה לדאוג למעמדה. ז'ואאו השני היה הנכד של הנכדה של מנואל הראשון, מלך פורטוגל ומכאן נבעה טענתו לכתר הפורטוגזי. עם הזמן החלה פעולה מחתרתית שנתמכה בידי האריסטוקרטיה הפורטוגזית וממלכת צרפת לפעול נגד השלטון הספרדי בפורטוגל.
בו בזמן הפכה מדיניותו של פליפה הרביעי ליותר ויותר משפיעה על פורטוגל. חוקים קסטיליאנים הועתקו לחוקי המדינה של פורטוגל. היה ניסיון לאחד מוסדות מדינה כגון האינקוויזיציה הספרדית והאינקוויזיציה הפורטוגזית. בני אצולה ספרדים החלו להחליף פורטוגזים בעמדות מפתח פנימיות. כוחות הצי הפורטוגזי צורפו לתוך הארמדה הספרדית במלחמותיה והועלה הגיוס של פורטוגזים למלחמות של ספרד. עקב האיחוד האיברי החלו כוחות הצי ההולנדי לתקוף את מושבות פורטוגל והחלו את מלחמת הולנד–פורטוגל. נוסף על כך, ספרד הייתה במלחמה עם ממלכת אנגליה אשר מזה מאות שנים הייתה בת ברית של פורטוגל בעת הייתה האחרונה ריבונית לגמרי. במהלך שנות השלושים של המאה ה-17 פרצו שתי מרידות מחתרתיות בפורטוגל אך שתיהן נפלו תחת הצבא הספרדי. המחתרות השונות בהמשך התאחדו לכדי מחתרת מרכזית אחידה שתמכה בהעלתו של ז'ואאו השני לכתר הפורטוגזי בתור מלך פורטוגל.
במהלך 1640 האסטרטגיה של הקרדינל רישלייה החלה להניב פירות כאשר כוחות פנימיים בקטלוניה הכריזו על עצמאותם מהכתר הספרדי ועל הפיכתם לנסיכות תחת חסות צרפתית ותחת מלך צרפת. המאבק בין ספרד לקסטיליה נודע בתור מלחמת הקוצרים והוא פגע קשות בצבא הספרדי שהיה עליו להתפרש ברחבי ריבוי חזיתות באירופה ובכלל העולם. לצבא הספרדי היו זרועות של קונקיסטאדורים במלכות המשנה של ספרד החדשה, מלכות המשנה של פרו, הפיליפינים ועוד. ארגוני מחתרת פורטוגזים ראו זאת כהזדמנות להתחיל למרוד לעצמאות אל מול ספרד. ב-1 בדצמבר 1640, 60 שנה בדיוק לאחר הכתרתו של פליפה השני מספרד כמלך שני הכתרים הראשון, ארגונים מהפכנים הוציאו לפועל קשר נגד מזכיר המדינה הספרדי בפורטוגל, מיגל דה וסקונסלוס. הבדלנים הפורטוגזים החלו במרידה בליסבון ובתמיכת האוכלוסייה הפורטוגזית נכנסו אל ארמון הממשלה, ירו במיגל אשר התחבא מהם והשליכו את גופתו מהחלון. בהמשך היום הכתירו הבדלנים את ז'ואאו השני בתור ז'ואאו הרביעי, מלך פורטוגל. פעולה זאת הביאה לתחילתה של מלחמת השבת הכתר הפורטוגזית.
המלחמה.
גיבוש סטטוס קוו.
בתקווה לניצחון מהיר בפורטוגל, הממשל הספרדי הורה על העברתם של שבעה רגימנטים לעבר גבול פורטוגל באופן מיידי. כשל לוגיסטי ופעולה עצמאית של מפקד הכוח נגד הוראות הכתר הספרדי הביאו לאיבוד המומנטום של פעולה מיידית לפני שהחל המרד להתפשט לעבר כל פורטוגל. פלישה ספרדית אל תוך פורטוגל בסוף 1641 נכשלה, המרד התפתח לכל פורטוגל והסכסוך הגיע במהרה למבוי סתום וסטטוס קוו. כוחות מרחבי האימפריה הפורטוגזית נעו לפורטוגל להשיב את עצמאותה וריבונותה. בשנת 1644 הגיע ממדינת ברזיל מטיאס דה אלבוקרקי, אחד ממספר קצינים קולוניאליים פורטוגזים מנוסים שעלו לגדולה במהלך המלחמה. עם הסדר הגבולות הפורטוגזים תחת כתר ז'ואאו הרביעי המלחמה קיבלה אופי משונה כעימות גבולות, לרוב בין כוחות מקומיים שהכירו אחד את השני היטב, אך היכרותם לא הפחיתה את ההשפעות ההרסניות של המלחמה. אופייה העקוב מדם של הלחימה הוחמר לעיתים קרובות על ידי שימוש בכוחות זרים ושכירי חרב.
בסופו של דבר נפתחו שלוש מערכות צבאיות מרכזיות, אך עיקר הפעילות התמקדה בחזית המרכזית ובגבול שבין אלמטג'ו הפורטוגזית לאקסטרמדורה הספרדית. החזית הדרומית באנדלוסיה הספרדית היוותה יעד אסטרטגי עבור פורטוגל אשר כוחותיה הכינו עצמם לסיפוח שטחים לחופי הים התיכון, אך היא מעולם לא נשאה במלוא כובד ההתקפה הפורטוגזית, בייחוד עקב קשרים בין המלכה הפורטוגזית והאצולה האנדלוסית. ספרד בהתחלה הנהיגה מלחמה הגנתית. הממשל הפורטוגזי מצידו לא יצא למבצעים מרכזיים לצורך סיפוח שטח ספרדי על מנת לנצח, וגם היא הייתה מוכנה להפוך את המלחמה להגנתית. גודלו של המרד הפורטוגזי, ביחד עם המרד הקטלוני, הכריח את הספרדים לקרוא לרבים מכוחותיהם ברחבי אירופה אל חצי האי האיברי ובכך הביאו להיחלשות ההשפעה על המושבות בארצות השפלה הספרדיות, דוכסות בורגונדיה, חצי האי האפניני ועוד. קרבות החלו בין כוחות פורטוגזים וספרדים על מושבות מעבר לים, בייחוד ברחבי תת-היבשת ההודית. מלחמת הולנד-פורטוגל המשיכה גם לאחר הכרזת העצמאות של פורטוגל והמלחמה הסתיימה רק בשנת 1654, כאשר הועברו מספר מושבות ימיות לרפובליקה ההולנדית ובכך החלה הקמתה של האימפריה ההולנדית.
אירועים של טקטיקות אכזריות כגון שימוש באדמה חרוכה ושריפת בתי תושבים שחיו משני צדי הגבול דווחו בשכיחות אך עצמאותה של פורטוגל הפכה לדה פקטו מלאה. המערכות הצבאיות על עברי הגבול כללו בדרך כלל קורריאות, או 'פשיטות פרשים', שריפת שדות חקלאיים, ביזת עיירות וניכוס עדרים גדולים של בקר וכבשים של האויב. חיילים וקצינים שהתעניינו בעיקר בשלל עצמי ונטו לעריקה היו בעיתיים בניהול המלחמה לשני הצדדים. במשך תקופות ארוכות, ללא כוח אדם או כסף, אף צד לא ניהל מערכות צבאיות רשמיות וכאשר נעשו פעולות, הם הונעו לעיתים קרובות באותה מידה משיקולים פוליטיים, כמו הצורך של פורטוגל להרשים את בעלי בריתה הפוטנציאליים בעזרת כיבוש מטרות צבאיות מרכזיות באזורי הגבול. גם לאחר סיומה של מלחמת שלושים השנים וחתימת שלום וסטפליה, המשיך המאבק. המרד בקטלוניה נפל וכוחות ספרדים יכלו להתרכז נגד הפורטוגזים אך המאבק הכללי פגע קשות בתפקודו של הצבא הספרדי שהיה על סף קריסה. משנה לשנה, לאור בעיות התחבורה של המערכה בחורף ובתנאי החום והיבש של הקיץ, רוב הלחימה הוגבלה לאביב ובסתיו.
התמשכות המאבק.
שנות ה-50 של המאה ה-17 לא הביאו לתוצאה מוחצת במלחמה מבחינה צבאית אך הייתה חשובה בחזיתות המדיניות והדיפלומטיות. מותו של ז'ואאו הרביעי, מלך פורטוגל, בשנת 1656 הביא את אשתו, לואיסה דה גוסמן, להפוך לעוצרת על בנה היורש, אפונסו השישי, מלך פורטוגל. בהמשך, עם הגעתו לבגרות תלחם לואיסה על המשך שירותה כעוצרת, מה שהביא למאבק ירושה פנימי. למרות הבעיות המקומיות הללו, גירוש הכוחות ההולנדים מצפון ברזיל וחתימת חוזה ידידות מחודש עם אנגליה בשנת 1654 שיפרו את מעמדה הדיפלומטי והכלכלי של פורטוגל לזמן מה והעניקו לה הגנה נדרשת מפני מתקפה ימית על ליסבון. הפורטוגזים אשר שלטו על נקודות מפתח בדרום-מזרח אסיה, כגון מקאו, יכלו להטיל מיסים עם מסחר בתבלינים ומלאכות יד מתת היבשת ההודית ומסין (האחרונה הייתה באותה העת במלחמת אזרחים מה שפגע לזמן מה במסחר הכללי, ראו מלחמת מינג–צ'ינג) עם האמנה בין ספרד וצרפת וסיום הלחימה בקטלוניה בשנת 1652, ספרד שוב הייתה מוכנה להפנות את תשומת לבה נגד פורטוגל, אך התמודדה עם מחסור באנשים, משאבים ובעיקר מפקדים צבאיים טובים.