בשנת 1996 הוציא ארצי את האלבום הכפול "שניים", בהפקתם של גיל פלדמן וליאור טבת. ארצי כתב והלחין את כל השירים באלבום, שרבים מהם היו ללהיטים גדולים. בין היתר בלטו באלבום שיר הנושא שבוצע בדואט עם ריטה, "מנגב לך ת'דמעות", "האהבה הישנה", "היא לא יודעת מה עובר עלי", "זה מה שנשאר", "לאן, לאן, לאן", "דו"ח רצח" (אשר נכתב בעקבות רצח יצחק רבין, על אף שרבין עצמו לא הוזכר בשיר), "מגע אנושי", "סיפור רומנטי", "שישה" ועוד. באלבום זה השתתף לראשונה בנו של ארצי, בן ארצי, כמעבד פעיל באלבום. על אף שהיה זה אלבום כפול, הוא הצליח בצורה חסרת תקדים כמעט, עם מכירות של יותר מ־160,000 עותקים. השיר "שניים" נבחר כ"שיר השנה" ברשת ג', וארצי נבחר, בפעם הראשונה אחרי עשר שנים, כ"זמר השנה". בעקבות ההצלחה יצא ארצי למסע הופעות מצליח, שבו התגלתה נגנית הכינור והזמרת מיקה קרני. אחת ההופעות תועדה על גבי האלבום הכפול "ההופעה 97".
בשנת 1998 השתתף ארצי בפרויקט גרסאות הכיסוי "עבודה עברית", שעבורו הקליטה את גרסתו לשירה של להקת רעש "לעיתים" ("מה את מבינה..."). לאלבומו של פבלו רוזנברג "בין ערביים" שיצא באותה שנה כתב מספר שירים, ובהם שיר הנושא "בין ערביים", שהיה ללהיט גדול. בנוסף השתתף בקולות רקע באלבום הבכורה של בנו הזמר, בן ארצי, "חיים משל עצמי", שבו גם שר איתו את הדואט "שבע עשרה". כעבור שנה ביים ארצי ביחד עם יריב הורוביץ את הסרט "שישה", על מפגש עם חבריו מהצבא, שעליו גם נכתב השיר "שישה" באלבום "שניים". באותה שנה הקליט ארצי גרסה מחודשת לשירו "אנחנו לא צריכים", שנכלל במקור באלבום הבכורה שלו. הגרסה המחודשת זכתה להצלחה גדולה, ודרבנה את ארצי להוציא אלבום חדש.
בשנת 2000 הוציא ארצי את האלבום "אהבתיהם", הכולל עיבודים חדשים לשירי עבר שלו. מתוך האלבום הצליחו במיוחד הביצועים החדשים ל"פתאום עכשיו, פתאום היום", "נוף ילדות" (שבו התארחו בקולות רקע פבלו רוזנברג ודוד ד'אור) ו"שיר פרידה", שאותו כתב במקור לאריק סיני, וביצע באלבום בדואט עם בנו בן ארצי. השיר החדש היחיד באלבום היה "עלש – שר לבדי עם הרוח", שבו ביצע ארצי דואט בסגנון מזרחי עם הזמר שמעון בוסקילה. האלבום כלל גם גרסה חדשה לשירו של ארצי שהתחרה בתחרות האירויזיון של שנת 1975, "את ואני". שירים נוספים באלבום היו הדואט עם יעל דקלבאום "לא יודע מה עובר לך בראש" שביצעה במקור ריטה שנה קודם לכן, "מעביר דף" בדואט עם נורית גלרון שביצעה את השיר במקור לבדה באלבומה "המקום ההוא" משנת 1996, "כבר עבר די זמן" עם בן ארצי, "גברים הולכים לאיבוד" בדקלומם של דני סנדרסון, מיכה שטרית, קובי אוז, אריק סיני ודודו טופז, וגרסה עברית לשיר "When You Are a King" של להקת "White Plains", שתרגם ארצי כ"בשבילה אתה מלך העולם". כ־250,000 עותקים נמכרו מהאלבום, ובעקבות תואר אלבום הפלטינה המשושית שקיבל האלבום, יצא ארצי לסיבוב הופעות מצליח נוסף. באותה שנה זכה ארצי שוב בתואר "זמר השנה".
לאלבומה של ריקי גל "אין לזה סוף" שיצא ב־2001 כתב ארצי את השיר "במרוץ נגד הזמן". באותה שנה השתתף באלבומו של דני סנדרסון "תולדות המים", שבו ביצע את השיר "כנרת".
בשנת 2002 הוציא ארצי את האלבום "צימאון", ששיחזר את הצלחות קודמיו, עם מכירות של כ־150,000 עותקים. כל שירי האלבום נכתבו על ידי ארצי, ואת רובם עיבדו גיל פלדמן, אבי סינגולדה, טל שגב וערן וייץ. באלבום בלטו השירים "על פי תנועת הרכבות", "צימאון", "בשקט בשקט", "כל אחד והסיפור שלו" עם טל שגב, "בדרך" עם שלומי שבת ו"דבר איתי על המצב". ארצי נבחר שוב, ובפעם האחרונה עד כה, כ"זמר השנה" של רשת ג'. בסך הכול זכה ארצי בתואר עשר פעמים, יותר מכל זמר, זמרת או להקה אחרים. המופע "צימאון" החל בהופעה בצוותא ב־21 ביוני 2002 והמשיך בהופעות בפארקים ברעננה, רמת גן, אילת, הופעות מרובות בקיסריה, צוותא ובנוסף קריית מוצקין במהלך קיץ 2002.
לאחר האלבום "צימאון" פחת משמעותית קצב היצירה של ארצי. על אף שהמשיך להופיע באופן קבוע, מיעט להקליט חומרים חדשים ולהוציא אלבומי אולפן. באותה תקופה כתב מספר שירים לזמרים אחרים, ובהם "תחזרי", שכתב לאייל גולן, "רק שיר געגועים", שכתב לגלי עטרי, "כשהכול יתבהר", שכתב לריטה, "מחפש חבר קרוב", שכתב לשמעון בוסקילה, ו"ונמריא", שכתב לשרית חדד.
בשנת 2003 הוציא ארצי אלבום כפול בשם "שירי אהבה שלי", שכלל בישולים חדשים ועדכניים לחלק משיריו הנודעים כדוגמת "ירח", "רוב הזמן את אשתי", "יופיה אינו ידוע" ועוד. את העיבודים המחודשים יצר המוזיקאי אסף אמדורסקי, למעט השיר "היית איתי הרי" שאותו בישל מחדש וייץ. בין שירי האלבום ראו אור לראשונה הקלטות שטרם הופיעו באלבומיו של ארצי: "פעם תורי ופעם תורך" שכלל גרסה מחדר החזרות עם שמעון בוסקילה ו"הבטחות", שמעולם לא ראה אור קודם לכן.
בקיץ 2005 חבר ארצי לסיבוב הופעות מצליח עם שלום חנוך בשם "התחברות", שתועד על גבי אלבום כפול ו־DVD. לכבוד המופע כתבו השניים במשותף שיר חדש בשם "אני רואה אותך".
בשנת 2007 הוציא ארצי את האלבום "שפויים", שמתוכו התפרסמו השירים "האמיתי", "איסלנד", "נצמדנו", הדואט "החיים" עם מוקי ו"תתארו לכם". את שירי האלבום עיבדו בן ארצי, אבי סינגולדה, דניאל סלומון ואודי שמחון. האלבום מכר למעלה מ־60,000 עותקים בשלושה ימים בלבד, הישג יוצא דופן.
במאי 2008, במסגרת חגיגות השישים למדינת ישראל, נבחר ארצי כ"זמר השישים" בהצבעות נפרדות שערכו זכיינית ערוץ 2 "קשת" וערוץ 10.
במרץ 2009 זכה ארצי בפרס מפעל חיים מטעם אקו"ם. זכייתו בפרס על שם נעמי שמר נומקה על ידי חבר השופטים: "תרומתו של ארצי למוזיקה ולמוזיקה הישראלית היא ייחודית, עצומה וארוכת טווח. אהבת הקהל אליו אינה משקרת. שיריו מוכרים בכל בית בישראל והם חוצי גילים וזמן".
ביוני 2010 יצא אלבום ההופעה של ארצי "עונת ההופעות", שהורכב משלושה תקליטורים שתיעדו את הופעותיו של ארצי בתיאטרון קיסריה ובמועדון הזאפה. האלבום הגיע למעמד אלבום פלטינה כפולה.
החל משנת 2011 כותב ארצי טור במוסף "שבעה ימים" של "ידיעות אחרונות".
ב־19 במרץ 2012 יצא אלבומו של ארצי "אושר אקספרס" בהפקתו המוזיקלית של פטריק סבג. בפברואר 2012 יצא הסינגל הראשון מהאלבום, "חוזרים הביתה", שאותו שר בדואט עם אריק איינשטיין. הוצאת הסינגל עוררה סיקור תקשורתי נרחב, בעקבות שיתוף הפעולה הראשון בין שני הזמרים. הוא זכה להצלחה מרובה בהשמעות ברדיו, והגיע לראש מצעדי הפזמונים השונים. זמן קצר לפני יציאת האלבום יצא סינגל נוסף, "כל יום", שזכה גם הוא להצלחה. הסינגל השלישי שיצא מהאלבום היה הדואט של ארצי עם אברהם טל "אלוהיי", שהצליח אף יותר מהסינגלים הקודמים והוביל את מצעדי הפזמונים השבועיים במשך מספר שבועות. ביולי 2012 יצא הסינגל הרביעי מהאלבום, "לתת ולקחת", ששר ארצי בדואט עם דודו טסה שגם זכה להצלחה רבה. שני סינגלים נוספים שיצאו מהאלבום הם "שלא ייעלמו הדברים היפים" ו"נדבר מהלב". האלבום נמכר בלמעלה מ־100,000 עותקים.
במרץ 2013 הוציא ארצי אלבום אוסף בן שלושה תקליטורים בשם "תתארו לכם".
ב־1 ביוני 2013 הופיע שלמה ארצי, בפעם השנייה (לאחר 20 שנה שלא הופיע בה) בתולדות הקריירה, למרגלות המצדה במופע "אושר אקספרס", בו אירח את דודו טסה, אברהם טל ואסתר רדא.
ב־26 בנובמבר 2013 הוציא אלבום אוסף משולש ובו מאוחדים ביחד האלבומים "גבר הולך לאיבוד", "דרכים", ו"חצות". לאלה צורף אלבום בונוס מיוחד: אלבום ההופעה הגנוז משנת 1982 שלא ראה אור מעולם.
ב־2015 ארצי דיבב את דמות הטייס בגרסה הקולנועית של "הנסיך הקטן".
במרץ 2016 יצא אלבומו של ארצי "קצפת", שגם בו שיתף פעולה עם המפיקים בן ארצי ופטריק סבג. שני הסינגלים שקדמו לאלבום הם הדואט של ארצי ודיקלה "מחמל נפשי" והשיר "ואולי". בסמוך ליציאת האלבום יצא גם הסינגל "לנצח יחד", ששר ארצי בדואט עם יובל בנאי. אורחים נוספים באלבום הם ישי ריבו, להקת הגבעטרון ואמיר דדון. האלבום הגיע למעמד אלבום פלטינה מחומשת, על מכירת 170 אלף עותקים בתוך חודש מצאת האלבום.
ב־2016 הופיע בפרק השני של סדרת הטלוויזיה "צומת מילר", כשהוא משחק את עצמו.
בספטמבר 2016 הוציא ארצי את "אוסף השירים שהסתתרו", הכולל שני דיסקים בהם שירים שלא ראו אור מעולם.
ב־2018 הקליט שני סינגלים, "קיץ עשה לי טוב" עם המפיק המוזיקלי ג'ורדי, ו"חוף עזוב מאהבות" בהפקת אייל מזיג.
שני סינגלים אלו מצטרפים לדואט "לא הפסקתי לחפש אותך" שביצע עם הזמר עומר אדם, שאותו כתב והלחין ארצי ועיבד יעקב למאי כחלק מאלבומו הבא. עוד באותה השנה הוא נבחר להדליק משואה בטקס המשואות שבהר הרצל.
בינואר 2021, במהלך מגפת הקורונה, הוציא את הסינגל "דבק" העוסק בהשפעות המגפה על התרבות, החברה והפרט.
ב־2 בספטמבר 2021 הוציא את אלבום ההופעה "50 שנה בלייב", לציון חמישה עשורים של פעילות. במופע, אשר נערך בלייב פארק ראשון לציון בשנת 2019, התארחו בין השאר מוש בן ארי, נתן גושן, אמיר דדון, ישי ריבו ונורית גלרון.
משפחתו.
ארצי היה נשוי למִילכה ולהם שלושה ילדים: התסריטאית, מבקרת הספרות והסופרת שירי ארצי, הזמר והמלחין בן ארצי, ויונתן, סטודנט לפסיכולוגיה ולפילוסופיה.
ארצי חי עם בת זוגו מיכל חלד, עימה הקים את עמותת "צימאון", הפועלת לצמצום פערים בחברה הישראלית ולתמיכה בדור הצעיר.
במשך שנים רבות התגורר עם משפחתו בשכונת צהלה שבצפון תל אביב. החל מראשית המאה ה-21, הוא מחלק את חייו בין עין הוד ורמת גן.
השפעה ומורשת.
ארצי נחשב לאחד הזמרים המשפיעים והמצליחים ביותר בתולדות המוזיקה הישראלית. שיריו, כמו הופעותיו, זוכים לפופולריות לאורך שנים רבות.