התיעוד הראשון להופעת האדם באיי גלאפגוס הוא מ-1535: פריי תומאס דה ברלאנגה, הבישוף הרביעי של פנמה, הפליג לפרו על מנת ליישב סכסוך בין פרנסיסקו פיסארו וסגניו. ספינתו של ברלאנגה נסחפה בזרמים, וכך הגיעו הוא וצוותו לאיים ב-10 במרץ באותה שנה. דו"ח שכתב עבור המלך קרלוס הראשון כלל תיאורים קודרים של האיים, כמו "האדמה חסרת ערך עד כי אין בכוחה להצמיח מעט עשב". על העופות כתב "טיפשים שאינם יודעים לנוס על נפשם", ועל הצבים שהם כה גדולים עד כי הם "יכולים לשאת אדם על גבם".
בסביבות שנת 1570 הופיעו שתי המפות הראשונות שבהן נכלל ציון האיים - האחת של הקרטוגרף הפלמי אברהם אורטליוס, והשנייה של גרארדוס מרקטור. אורטליוס העניק לאיים את השם "Insulae de los Galopegos", כלומר "איי הצבים", בעוד שבשנייה הם כונו "Encantadas", כלומר האיים המכושפים (בשל הניווט הקשה אל האיים). את הכינוי האחרון העניק לאיים דייגו דה ריבדניירה, שברח מגונסאלו פיסרו, אחיו של פרנסיסקו פיסארו, ונסחף עם הזרמים לאיים.
סוגיה מרכזית הנוגעת להיסטוריה של האיים היא שאלת הגעתם או אי-הגעתם של בני האינקה, בהנהגת קיסרם טוֹפָּה אִינְקָה יופאנקי (1471–1493), לארכיפלג. טופה אינקה הנהיג את בני עמו למסע נרחב לגילוי ארצות באוקיינוס השקט, מסע שפרטיו היו מסופרים בפי הפרואנים, ובהמשך הועלו על הכתב בידי הספרדים. בין היתר מסופר כי בני האינקה מצאו שני איים, להם קראו "האי החיצוני" (Hahuachumbi) ו"אי האש" (Ninachumbi). מאוחר יותר כתב ההיסטוריון הספרדי פדרו סרמיינטו דה גמבואה את ספרו " Historia de los Incas" (ההיסטוריה של האינקה, 1572), ובו זיהה את שני האיים כשייכים לארכיפלג גלאפגוס. ב-1952 יצאה משלחת בראשות תור היירדאל לאיים, ובעקבותיו פרסם היירדאל מחקר , שלפיו ממצאי חלילים ושברי חרס שנמצאו באיים מקורם בילידים בני עמי אמריקה שנכחו במקום. עם זאת, נטען כי העדויות שמצאה המשלחת רופפות, ואינן מספיקות לקביעה ודאית שבני האינקה אכן היו באיים.
עד תחילת המאה ה-19 שימשו האיים כמקום מסתור של שודדי ים אנגלים, ששדדו ספינות ספרדיות שהעבירו את המשאבים מדרום אמריקה לספרד. שללם של הפיראטים כלל אוצרות כסף וזהב, וכן כמויות רבות של ריבת חבושים.
המשלחת המדעית הראשונה הגיעה לאיים בשנת 1790 תחת הנהגתו של אלחנדרו מלאספינה, רב חובל סיציליאני שמסעותיו מומנו על ידי מלך ספרד, אולם רשומות אותה המשלחת אבדו. בשנת 1793 ערך ג'יימס קולנט תיאור של חברת בעלי החיים והצמחים שבאיים, ואף הציע את האיים כבסיס אפשרי לציידי לווייתנים שפועלים באוקיינוס השקט. הוא היה הראשון לשרטט תרשימים מדויקים של מיקום האיים זה ביחס לזה, שאיפשרו ניווט ביניהם.
ואכן, קולנט סימן את תחילתה של תקופת הציד הגדולה בהיסטוריה של הארכיפלג. ציידי הלווייתנים שהגיעו למקום צדו אלפי פרטים, וכן גרמו לנזק היקפי רב: הם לכדו והרגו עשרות אלפי צבים על מנת לנצל את בשרם. הצבים שחיו באיים היו בעלי יכולת שרידה גבוהה, ולכן הוחזקו חיים במשך זמן רב על ספינות הציידים מבלי שהואכלו. מאוחר יותר הגיעו לאיים גם ציידי דובי ים, ואוכלוסיות שלמות של בעלי חיים הועמדו בעל כורחן על סף הכחדה. לפי רשומות הציידים ניצודו כ-15,000 צבים בין 1811 ל-1844 , ולכן נראה כי בסך-הכל ניצודו למעלה מ-100,000 צבים.
ב-12 בפברואר 1832 סיפחה אקוודור את האיים לשטחה, וכינתה אותם בשם "הארכיפלג של אקוודור". המושל הראשון של האיים, הגנרל חוסה דה וילאמיל, יישב את האי פלוראנה בקבוצת אסירים, ובאוקטובר של אותה שנה הצטרפו אליהם מספר איכרים ובעלי מלאכה.
ב-15 בספטמבר 1835 הגיעה לאי האונייה "ביגל", תחת פיקודו של רוברט פיצרוי. פיצרוי ואנשי צוותו, ובהם חוקר הטבע הצעיר צ'ארלס דרווין, בחנו היבטים גאולוגיים וביולוגיים בארבעה מתוך שלושה עשר האיים. הם עזבו את המקום ב-20 באוקטובר באותה שנה להמשך מסעם חובק העולם. בביקורו באיים הבחין דרווין כי העופות החקייניים (Mimidae) אינם זהים בכל האיים. בתחילה לא טרח דרווין לתייג באיזה אי מצא כל ציפור מאחר שחשב שמינים הנמצאים באי אחד ימצאו גם באיים הסמוכים והשוני בין הציפורים הוא אקראי או שאינן שייכות לאותו הסוג כלל. מאוחר יותר ציין מושל האי פלוראנה לדרווין כי לצבים מאפיינים ייחודיים לכל אי, דבר שעזר לדרווין להבין מאוחר יותר כי הציפורים השונות שאסף שייכות לאותו הסוג, כיום ידועים כפרושי דרווין, כך שכל מיני הפרושים בעלי אב קדמון משותף והמין השונים התפתחו בהתאם לסביבת המחיה הייחודית לכל אי. תצפיותיו של דרווין באיים היו לחלק מרכזי בהתגבשות תאוריית הברירה הטבעית אצל דרווין, כחלק מתורת האבולוציה שהציג בספרו המהפכני מוצא המינים .
ב-1904 הגיעה לארכיפלג משלחת מטעם האקדמיה למדעים של קליפורניה, וזו נשארה במקום משך שנה שלמה ואספה נתונים הנוגעים לגאולוגיה המקומית, לצמחים, לחרקים, לעופות, לזוחלים וליתר בעלי החיים שבמקום. משלחת מחקר נוספת הגיעה מאותה אקדמיה בשנת 1932, הפעם כדי לאסוף מאובנים, חרקים, דגים, קונכיות, עופות וצמחים. במהלך מלחמת העולם השנייה התירה אקוודור לארצות הברית להקים בסיס ימי ותחנות מכ"ם באי בלטרה ובמקומות אסטרטגיים נוספים. מושבת עונשין הוקמה באי איסבלה בשנת 1946, אולם היא נסגרה ב-1959. ב-1973 הוכרזו איי גלאפגוס כמחוז נפרד בתחומי אקוודור.
דמוגרפיה.
ארכיפלג גלאפגוס הוא מהמקומות הבודדים בעולם שבהם לא הייתה קיימת אוכלוסיית ילידים. הקבוצה האתנית הגדולה ביותר באיים היא המסטיסים האקוודוריים, צאצאיהם המעורבים של המתיישבים הספרדיים ושל האינדיאנים שהגיעו לאיים במאה ה-20.
ב-1959 גרו באיים בין 1,000 ל-2,000 איש. ב-1972 נערך במקום מפקד אוכלוסין, וגודל האוכלוסייה עמד על 3,488 איש. במפקד שנערך ב-1998 מנתה האוכלוסייה מעט יותר מ-15,000 איש. כיום נאמדת אוכלוסיית האיים בכ-25,000 איש. מתוך כלל האיים, חמישה מיושבים דרך קבע: בלטרה, פלוראנה, איסבלה, סן קריסטובל וסנטה קרוס.
פאונה, פלורה ושימור.
אכלוס האיים.
כשאיי גלאפגוס נוצרו בהתפרצות געשית, לפני כחמישה מיליון עד עשרה מיליון שנים, הם היו עקרים מצמחייה ומבעלי חיים. משום כך הביוטה הנוכחית של איי גלאפגוס היא תוצאה של הגעת מינים ממקומות אחרים בדרכים שונות לאיים, כשחלק מהמינים התפתח אחר כך בתהליך הברירה הטבעית בהדרגה למינים אחרים. קשה להתחקות במדויק אחר תהליך אכלוס האיים והאבולוציה שעברו בעלי החיים בהם במהלך השנים. דוגמה לתהליך אכלוס אי חדש (בלועזית קולוניזציה) על ידי צמחים ובעלי חיים נחקרה, כאשר ב-1963 נוצר האי הגעשי סירטסיי כ-40 קילומטרים מחופי איסלנד. אומנם המרחק שבין גלאפגוס לבין חופי אמריקה הדרומית גדול בהרבה, אבל העקרונות דומים. באופן כללי, דרכי ההגעה של צמחים ובעלי חיים לאי חדש כוללות סחיפה של זרמים, שחייה (אם מדובר בבעלי חיים ימיים גדולים), נשיאה על ידי רוחות ולעיתים גם על ידי עופות בבוץ שדבק לרגליהם, בזרעים שנדבקו לנוצותיהם או המופרשים עם הלשלשת שלהם. אין ודאות לגבי הדרך שבה הגיעו הזוחלים כדוגמת הצבים והאיגואנות לאיים, אבל ההשערה המקובלת היא שהם נסחפו על רפסודות טבעיות מבולי עצים וצמחים, שכמותן נצפו בשיטפונות בנהרות של אמריקה הדרומית, כשעליהם בעלי חיים שנלכדו. מכיוון שמחופי אמריקה הדרומית יוצא זרם הומבולדט ועובר דרך איי גלאפגוס, סביר להניח שהזרם נושא את בעלי החיים אל האיים. הזמן המוערך להגעה לאיים מהיבשת בדרך זו מוערך בשבועיים. בדרך כלל רק הזוחלים, בעלי הדם הקר, שלכן אינם זקוקים למזון רב לצורך יצור אנרגיה, והעור המכוסה קשקשים קרניים מגן עליהם מהתייבשות, שורדים מסע זה בשלום, בניגוד לדו-חיים או ליונקים. בגלאפגוס לא היו בכלל דו-חיים, ורק שלושה סוגים של יונקים: שני מינים של עכברים קטנים (מהשבט "Oryzomyini" הקרויים באנגלית Rice rat), שני מינים של עטלפים ושני מינים של אריות ים. אריות הים הגיעו לאיים בשחייה, העטלפים בתעופה, והעכברים כנראה הגיעו על רפסודות הצמחים. עכברים הם מין עמיד במיוחד.
אנדמיות.
רבים מבין הצמחים ובעלי החיים באיי גלאפגוס ייחודים להם, כלומר הם אנדמיים. מקובל לחלק את המינים האנדמיים לכאלו שהתפרשו פעם על שטחים נרחבים ונכחדו מרובם בשל שינוי אקלים או הופעת מינים מתחרים, תופעה הקרויה "אנדמיות עתיקה", ולכאלו שהתפתחו במקום מסוים, תופעה המכונה אנדמיות צעירה. כל המינים האנדמיים בגלאפגוס שייכים לקבוצה השנייה. 229 מבין 541 מיני הצמחים הגדלים בגלאפגוס (כ-42%) הם אנדמיים. קבוצה אחת של צמחים מהשבט "Heliantheae" שבמשפחת המורכבים (שהנציגה הבולטת שלו היא החמנייה ששמה המדעי "Helianthus") התפתח לסוג אנדמי הקרוי "Scalesia" שיש לו חמישה עשר מינים ושישה תת-מינים, חלקם ייחודים לאיים מסוימים. אחד מהם, ה-Scalesia pedunculata, התפתח לעץ הגדל עד לגובה של חמישה עשר מטרים. הבוטנאיים מתייחס לסוג זה כאל המקבילה הבוטנית לפרושי דרווין. בסך הכול התפתחו בגלאפגוס שבעה סוגי צמחים וסקולריים אנדמיים. האנדמיות שבין הצמחים בגלאפגוס יוצאת דופן בכך שמרבית המינים האנדמיים הם בין הצמחים באזורים הצחיחים והאזורים הקרובים לחוף ופחות בין המינים הגדלים במקומות גבוהים יותר. ההסבר לכך קשור בתופעות האקלים המיוחד של האיים.
מבין עשרים ותשעה מיני עופות היבשה שבאיים עשרים ושניים מינים הם אנדמיים (כ-76%). לעומת זאת, רק 26% מבין עופות הים הם אנדמיים (כולל שני סוגים אנדמיים), אבל ברמת תת-מין קיימת אנדמיות של 58%, גבוהה יותר מבכל קבוצת איים אחרת בעולם. גם בין החרקים קיימת אנדמיות גבוהה. מבין כ-400 סוגי החיפושיות השוכנות באיים כ-67% הם אנדמיים.
צמחים.