ז'וקוב רכב על סוס לבן בראש מצעד הניצחון של הצבא האדום במוסקבה ב-24 ביוני 1945. ההערצה והפופולריות שלו האפילה על זו של סטלין, דבר שהיה לצנינים בעיני הרודן. סטלין ביקש להשפילו ולכן במרץ 1946 הודח ז'וקוב ממשרתו והוחזר למוסקבה לשאת במשרת המפקד העליון של כוחות הקרקע של הצבא האדום. בשנת 1947 כמה מעוזריו וחבריו נעצרו במסגרת פרשת השלל והופעל עליהם לחץ כבד לתת מידע מפליל על ז'וקוב עצמו. באמצע 1946 הגיעה לידי סטלין תלונה בדבר ייצור מטוסים פגומים עבור חיל האוויר הסובייטי. סטלין העביר את הנושא לטיפולו של השר לביטחון המדינה, ויקטור אבאקומוב, ולמעשה הנחה אותו כיצד לפעול לאורכה של הפרשה. מספר קיצינים בכירים בשורות חיל האוויר הסובייטי נעצרו ונשלחו למאסר. מטרת הפרשה היה להרחיק מז'וקוב את עוזריו הבכירים. הסיבה הרשמית לתחילת הפרשה היה חקירה בנושא של העברת שלל גרמני לידיים פרטיות ללא אישורים. בכך הואשמו מפקדים בכירים בצבא האדום ובראש ובראשונה ז'וקוב עצמו. האשמות נגד ז'וקוב התבססו על הודעת המרשל אלכסנדר נוביקוב שנעצר עוד בשנת 1946 ומידע שהעביר ניקולאי בולגנין ליוסיף סטלין על קרונות רכבת עם רכוש שלל שמועבר מגרמניה הכבושה לביתו של ז'וקוב. ז'וקוב זומן לבירור ב-1 ביוני 1946, פוטר מתפקיד מפקד חיל היבשה ונשלח להרי אורל בתוך מפקד פיקוד. בקיץ 1946 מונה לתפקיד חסר חשיבות של מפקד צבאי במחוז אודסה.
פרשת השלל נועדה לוודא את ריחוקו של ז'וקוב מעמדות כוח שעלולות לאיים על סמכותו האבסולוטית של סטלין. ב-20 בינואר 1948, הפוליטביורו קיבל החלטה "בדבר החבר גאורגי ז'וקוב" שנועדה להשפיל את שמו של ז'וקוב ולהכפיש אותו על תפקודו כמפקד צבא הכיבוש בגרמניה המזרחית לאחר המלחמה. בהחלטה נכתב כי ז'וקוב פעל בהתנהגות בלתי הולמת עבור מפקד סובייטי ועבור חבר המפלגה (הקומוניסטית) וכי בעלי בריתו ותומכיו בשורות הדרג הצבאי והדרג הפוליטי פעלו להשתיק את הידיעות על התנהלותו זאת. בעקבות ההחלטה, השר בולגנין הורה על פיטוריו של ז'וקוב מתפקיד המפקד הצבאי באודסה למוצב המרוחק של מפקד צבאי במחוז האורל.
שר ההגנה של ברית המועצות.
השיבה למשרת הנהגה.
באוקטובר 1952, במהלך הבחירות לקונגרס ה-19 של ברית המועצות, העלו תומכיו של ז'וקוב את שמו כמועמד אפשרי לסובייט העליון. עם מות סטלין ב-5 במרץ 1953 עבר ז'וקוב לפעילות פוליטית ותמך בניקיטה חרושצ'וב. חרושצ'וב היה נתון במאבק סמכות על הנהגת ברית המועצות לאחר סטלין בינו לבין גאורגי מלנקוב ולברנטי בריה. עוד במהלך 1953 מינה בריה את ז'וקוב לסגן שר ההגנה תחת בולגנין. לדברי סרגיי חרושצ'וב, בנו של ניקיטה, אביו לחץ על בריה למנות את ז'וקוב למשרה, שכן ראה בו בעל ברית פוליטי רב חשיבות. מותו של סטלין הותיר משבר ירושה שהוביל למינויו הזמני של מלנקוב לתפקיד המזכיר הכללי של המפלגה הקומוניסטית. מאבק סמכות התפתח בין בריה וחרושצ'וב וז'וקוב צידד באחרון. שני הצדדים היריבים טיפחו מחנות פנים-מפלגתיים וניסו לקרב לשורותיהם מנהיגים צבאיים ידועים ביוקרתם מימי המלחמה.
ב-26 ביוני 1953 התקיימה פגישה מיוחדת של הפוליטביורו הסובייטי שכונסה על ידי מלנקוב. בריה הגיעה לפגישה בתחושה לא נוחה מכיוון שנקרא בחיפזון - ואכן, ז'וקוב הורה לגנרל קיריל מוסקלנקו (שחבר לחרושצ'וב לצידו של ז'וקוב) להכין בחשאי כוח מיוחד והתיר לכוח להשתמש בשתי מכוניות מיוחדות של ז'וקוב ובולגנין (שכללו זכוכיות שחורות) על מנת לחדור בבטחה לתוך הקרמלין. ז'וקוב גם הורה לו להחליף את משמר המ.ב.ד. במשמר צבאי של המחוז הצבאי של מוסקבה, שהיו נאמנים לו. לבסוף, במהלך הפגישה, חרושצ'וב הציע לגרש את בריה מהמפלגה הקומוניסטית ולהביאו בפני בית דין צבאי על סדרה ארוכה של אישומים בפשעים חמורים שנעשו בהיותו מפקד הנ.ק.ו.ד.. הכוחות המיוחדים של מוסקלנקו צייתו. מלנקוב לחץ על כפתור בשולחנו, והכוח שהוכן מראש של קצינים חמושים בראשות ז'וקוב פרץ לחדר ואסר את בריה. ישנן שמועות כי בריה נורה במקום, אך נראה שסברה זו אינה נכונה. בריה נלקח בתחילה לכלא לפורטובו, ומשם הועבר למטהו של הגנרל מוסקלנקו. מעצרו נשמר בסוד עד אשר סגניו החשובים נעצרו גם הם. כוחות הנ.ק.ו.ד. ששהו במוסקבה והיו תחת פיקוד בריה פורקו מנשקם על ידי יחידות צבא סדירות. העיתון "פראבדה" הודיע על מעצרו של בריה רק ב-10 ביולי, תוך ציון מלנקוב כיוזם והזכרת "פשעי בריה כנגד המפלגה והמדינה".
בריה נשפט בפני "טריבונל מיוחד", ולא הותר לו לייצג עצמו או לבטא את עמדתו. ז'וקוב היה חבר הטריבונל וקונייב ניהל אותו. נגזר עליו גזר דין מוות והוא הוצא להורג מיידית על ידי פאבל בטיצקי. לצד בריה הוצאו להורג מספר חבריו ותומכיו. לאחר מות בריה, צומצם הנ.ק.ו.ד. ממעמד של משרד ממשלתי לוועדה (הק.ג.ב.), ואף אדם שעמד בראשו לא ריכז כוח רב כל כך בידיו כבריה בשעתו. במהלך 1954 היה ז'וקוב אחראי על סדרת ניסויים בפצצות ביקוע גרעיני באתר הניסויים סמיפלטינסק (הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הקזחית). בנוסף היה אחראי על התרגול הצבאי "כדור שלג" בטוטסקוי, מחוז אורנבורג, שמטרתו הייתה לבחון התנהלות של הכוחות המזוינים בתרחיש של מלחמה גרעינית. במסגרת התרגיל שנערך בטוטסקוי נעשה שימוש בטילים בליסטיים בעלי ראש נפץ גרעיני מסוג RDS-4, במשקל 40 קילוטון. התרגיל כלל 45 אלף חיילים ותצפתו מעליו כל שרי ההגנה של מדינות ברית ורשה כולל מספר שרים סובייטים ובהם גם חרושצ'וב.
מהלך כהונתו (1955–1957).
ב-1955 נתמנה לשר ההגנה בידי ניקולאי בולגנין. בפברואר אותה השנה בולגנין התמנה ליושב ראש מועצת השרים (ראש ממשלת ברית המועצות). ז'וקוב התנגד נחרצות להשבת מערכת הקומיסרים הצבאיים עקב הפגיעה החריפה שהמערכת יצרה בהתנהלות ובביצועים של הצבא וטען כי פוליטיקאים אינם אנשי צבא מיומנים. ז'וקוב חידש את משרת ראש מטה חילות הקרקע (תפקיד שסטלין ביטל ב-1950) ומינה את סגנו, קונייב, למשרה. לפי יוזמתו של חרושצ'וב, ז'וקוב היה האחראי על הפחתת הכוחות המשרתים בכוחות המזוינים של ברית המועצות מ-4,815,870 חיילי קבע לפחות משלושה מיליון. ביולי 1955, ז'וקוב, ביחד עם חרושצ'וב, בולגנין וויאצ'סלב מולוטוב, ייצגו את ברית המועצות בוועידת מנהיגים לצד ראשי בריטניה, צרפת וארצות הברית. חרושצ'וב העריך כי חברותו האישית של ז'וקוב עם הגנרל האמריקאי אייזנהאואר, שנבחר לנשיא ארצות הברית בבחירות של 1952, תתרום לשיפור ביחסי ארצות הברית–ברית המועצות. אייזנהאואר הציע מדיניות "שמיים פתוחים" ששני הצדדים יוכלו להטיס מטוסי ביון מעל שמי הארצות ולפקח על פעילות צבאית ופיתוח גרעיני. ז'וקוב תמך בתוכנית, אך חרושצ'וב, בולגנין ומולוטוב התנגדו לה.
ב-1956 היה לחבר מרכז המפלגה הקומוניסטית. מאז מלחמת העולם השנייה הייתה הונגריה מדינת חסות של ברית המועצות והוסדר בה משטר קומוניסטי בדומה לכל שאר מדינות הגוש המזרחי. באוקטובר 1956 פרץ המרד ההונגרי שהיה למרידה עממית שהורכבה ממיליציות חמושות שמטרתה הייתה להפיל את המשטר הקומוניסטי. ז'וקוב, לצד כל שאר חברי הפוליטביורו, דחק בחרושצ'וב לשלוח כוחות לדחוק ברשויות השלטון בהונגריה ולפקח עם הגבול בין הונגריה לאוסטריה, שהיה חלק ממסך הברזל שהפריד את הגוש המזרחי והגוש המערבי במלחמה הקרה. עם זאת, ז'וקוב ורוב חברי הפוליטביורו לא היו להוטים לראות התערבות בקנה מידה מלא של הצבא האדום בהונגריה. ז'וקוב אף המליץ ​​על נסיגת כוחות ברית המועצות כאשר נראה היה כי יצטרכו לנקוט בצעדים קיצוניים כדי לדכא את המרד שהפך למהפכה. עמדתו של ז'וקוב והלך הרוח הכללי בקרב ההנהגה הסובייטית השתנה כאשר ראש ממשלת הונגריה החדש, אימרה נוג', ממנהיגי המרידה, החל לפעול להוצאת הונגריה מברית ורשה. בסופו של יום, ז'וקוב וקונייב עמדו בראש הכוחות של הצבא האדום שעשו דרכם לתוך הונגריה ומוטטו את המרד בכוח הזרוע.
עוד ב-1956, מלחמת סיני פרצה בין ישראל, בריטניה וצרפת נגד מצרים. ז'וקוב יצא בהצהרה רשמית שבה הצהיר כי הוא תומך בזכותה של מצרים להגנה עצמית וייצג את עמדת ארצו שצידדה בממשלה הסוציאליסטית של גמאל עבד אל נאצר במצרים במטרה להשיג תמיכה של ארצות ערב במסגרת המלחמה הקרה. ביום הולדתו ה-60 ב-1956 ניתן לז'וקוב עיטור גיבור ברית המועצות הרביעי. ב-1957 נתמנה לדרגת חבר מלא בנשיאות הוועד המרכזי. חרושצ'וב חיזק את ז'וקוב באומרו עליו: בהמשך 1957 ז'וקוב ביקר באלבניה וברפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה. בהגיעו ליוגוסלביה פגש בנשיאה יוסיפ ברוז טיטו ופעל לגשר על הפיצול היוגוסלבי-סובייטי שנוצר בין טיטו לסטלין ושהמשיך גם לאחר מות סטלין.
הנפילה השנייה והשבת כבודו.
תוך זמן קצר באה הנפילה השנייה של ז'וקוב. חרושצ'וב החליט כנראה כי לז'וקוב אישיות חזקה מדי, בעיקר בעקבות מאבקים ביניהם שנסובו סביב שאלת חופש הפעולה של הצבא מהשפעת הגורמים הפוליטיים בהנהגת המדינה. ז'וקוב אף דרש שמצביאים בשורות הצבא האדום ידווחו לו בתור נציג ההנהגה הסובייטית קודם שידווחו לחרושצ'וב ולהנהגת המפלגה בכלל. כמו כן דרש גם התנצלות רשמית של הממשלה הסובייטית בעבור הצבא עבור אירועי הטיהורים הגדולים שביצע סטלין בין 1937 ל-1938. ז'וקוב לקח חלק בניקוי שמם וזכרם של מיכאיל טוכאצ'בסקי, גריגורי שטרן, וסילי בליוכר ואלכסנדר יגורוב, כולם קורבנות הטיהורים.