ככל שגברה הצלחתם של שאל ופרביסט במיזמים השונים והתחזקה השפעתם בחצר, התגברה גם התנגדותם של אסטרונומים ופקידי ממשל סינים למעורבות הזרים במוסדות השלטון ובייחוד בתהליך קביעת לוח השנה הסיני. עם מותו של הקיסר שונזי, בשנת 1661, בעת שבנו יורשו היה עדיין רק בן 8, החל שינוי במעמדו של שאל אל מול השלטון, שהיה נתון כעת בידי 4 עוצרים מקרב השרים בחצר. הטענות נגד שאל והישועים צברו תאוצה עד אשר בשנת 1664 הטיח בהם, יאנג גואנשיאן (Yang Guangxian), סופר קונפוציאני ואסטרונום בחצר הקיסר, שורה של האשמות החל מטעויות בחישוב לוח השנה ואירועים אסטרונומיים, הפצת דת שקרית, ועד האשמה במותו של הקיסר שונזי ובניסיון מרד. כתוצאה מהאישומים שאל וכמרים ישועים נוספים נכלאו בתנאים קשים לקראת משפט. בעת המאסר סבל שאל משבץ מוחי וכתוצאה מכך איבד את כושר הדיבור. במהלך המשפט שהתנהל נגדו ונגד כמרים ישועים נוספים, אירופאים וסינים, ניסה פרביסט לטעון טענות הגנה, אך שליטתו בשפה הסינית לא הייתה מספקת באותה עת. ב-15 באפריל 1665 גזר בית המשפט עונש מוות על שאל וכמרים נוספים. למחרת גזר הדין התרחשה רעידת אדמה חזקה בצפון סין שפורשה כאות משמים ואזהרה כלפי בית המשפט. גזר דינו של שאל הומתק והוא מת כעבור כשנה עקב התדרדרות בריאותו מאז מאסרו. הכמרים הסינים שנשפטו יחד עם שאל הוצאו להורג. לעומתם, פרביסט הורשה להישאר בבייג'ינג במאסר בית, ומספר כמרים ישועים ארופאים הוגלו מהעיר למקאו ולקנטון. בעקבות ניצחונם של האסטרונומים הסינים מונה יאנג גואנשיאן לעמוד בראש הלשכה האסטרונומית האימפריאלית. הוא ביטל את שיטות חישוב לוח השנה האירופאיות שהנהיג שאל והחזיר את השיטות הסיניות המסורתיות.
חזרה למעגל ההשפעה.
פרביסט הקדיש את הזמן בתקופת מאסרו למתמטיקה ולאסטרונומיה. משנת 1667 החל יורש העצר הצעיר, קאנגשי, להתעניין באסטרונומיה ובשיטות לקביעת לוח השנה. הוא הורה לערוך בדיקות השוואתיות בין תחזיותיהם של האסטרונומים הסינים לאלה המבוססות על שיטות אירופאיות. לבדיקה הראשונה התבקשו האסטרונומים הסינים ופרביסט להציג מה יהיה מיקום השמש ביום המחרת. יאנג גואנשיאן ניסה להתחמק מתשובה אך פרביסט הדגים לפני בכירים בארמון חישוב ומדידה מוצלחים. האסטרונומים הסינים ניסו לערער על תוצאות המדידה ועל כן הורה קאנגשי על שני מבחני מדידות נוספים שגם בהם הוכחה עליונות שיטות החישוב הארופאיות. בשנת 1668 ניתנה לפרביסט האפשרות להוכיח בפני חצר הקיסר את כישוריו כמתמטיקאי ואסטרונום. הוא הצליח להוכיח טעויות בלוח השנה לשנת 1669 שהוכן על ידי הצוות הסיני שהוביל את לשכת האסטרונומיה מאז המשפט ולאחר מותו של שאל. בשנת 1669 נוטל קאנגשי את רסן השלטון והופך לקיסר. הוא קורא להשוואה נוספת בין שיטות החישוב של האסטרונומים הסינים למול אלה הארופאיות של הישועים. הבדיקות, שנערכו בעזרת המיכשור במצפה הכוכבים הקיסרי, הוכיחו את דיוק עבודתו ומיומנותו של פרביסט. כתוצאה מכך מונה פרביסט לראש הלשכה האסטרונומית וראש המועצה המתמטית (Mathematical Tribunal) במקום יאנג גואנשיאן, שהואשם בהפצת האשמות שוא נגד הישועים. אחרוני הכמרים הישועים שוחררו ממקום גלותם בשנת 1671.
משנת 1670 ואילך התקדמה הקריירה של פרביסט בצעדים בטוחים. הוא זכה להוקרה ולהערכה גוברת מצד הקיסר, ובמקביל התקדם במעלה ההיררכיה השלטונית וזכה לכבוד רב. במסגרת תפקידו כמנהל הלשכה האסטרונומית (בתואר jili lifa) היה אחראי על קביעת לוח השנה הסיני ופרסומו הפומבי, ומתוך כך גם על חיזוי התופעות האסטרונומיות הצפויות כגון ליקויי חמה וירח. כמו כן עסק בהוראת שיטות החישוב האסטרונומיות הנהוגות במערב והשימוש במכשירי המדידה המתקדמים, לצוות הלשכה האסטרונומית שמנה כמאתיים איש. פעילות ההוראה התקיימה במסגרת אקדמיה בסגנון מערבי שפעלה ליד המכללה הישועית. הודות לשליטתו בשפות רבות (מנצ'ורית, לטינית, גרמנית, הולנדית, ספרדית, איטלקית וטטרית), וכישוריו במתמטיקה, באסטרונומיה ובתחומי מדע נוספים הפך פרביסט למורה הקיסר, לימד פילוסופיה, מוזיקה, וגאומטריה, ותרגם למנצ'ורית שישה כרכים מכתבי אוקלידס. ברבות השנים חשש פרביסט כי בעקבות העברת הידע הרב לעמיתיו הסינים, ייאבדו הכמרים הישועים את מעמדם הבכיר בתהליך קביעת לוח השנה הסיני.
מצפה הכוכבים החדש.
גורם חשוב בהצלחת עבודתו של פרביסט היה מערך של שישה מכשירים חדשים, אותם תכנן כבר בשנת 1664, ושנבנו בתקופה שבין השנים 1670–1673. מצפה הכוכבים החדש עם המכשור החדיש הוצג רשמית בפני הקיסר בשנת 1674. המצפה החדש התבסס על המודל של האסטרונום הדני טיכו ברהה, והחליף מערכת ישנה שנבנתה בסין במאה ה-13. אף על פי שבמערב נבנו כעבור זמן קצר, לקראת סוף המאה ה-17, מכשירים מדויקים יותר, שימש המצפה החדש מקור כוח חשוב להעצמת השפעתו של פרביסט על החברה הסינית. ספר הוראות ההפעלה של המצפה הכולל שרטוטים מרהיבים, פורסם בעזרת שני מלומדים סינים בשנת 1673, ונחשב בשנים האחרונות כפריט אספנות יקר. בשנת 1674 פרסם פרביסט בחסות הקיסר את מפת העולם שלו המורכבת משני חצאי כדור הארץ, וכוללת מידע גאוגרפי והיסטורי רב. מספר מועט של העתקים של המפה שרדו. אחד ההעתקים נמצא במוזיאון הנטריאן (Hunterian Museum) שבאוניברסיטת גלאזגו.
כמו כן שרדו מסמכים רבים שפרסם פרביסט במסגרת עבודתו במצפה, הכוללים לוחות שנה, תחזיות של ליקויי חמה, מפות שמיים ועוד. פרסומיו בשפות הסינית, מנצ'ורית, מונגולית ולטינית מעידים על ההיקף הגדול של פעילותו.
ממד חום עד מכונית.
בעקבות הישגיו ביישום טכנולוגיות חדישות מאירופה הוטלו על פרביסט, בפקודת הקיסר, מטלות הנדסיות חדשות רבות, מעבר לתחום אחריותו בלשכה האסטרונומית. הוא בנה לחצר מד טמפרטורה, שעון שמש מתקדם והועסק ביציקת תותחים, שיפוץ גשרים, כריית תעלות השקיה ופילוס קרקעות. במיזמים אלה עשה פרביסט שימוש נרחב בכלים מתקדמים (כגון כננות ומחרטות) ובידע מדעי מערבי בפיזיקה, מכניקה, אופטיקה, בליסטיקה ומדידות. היה למעשה הראשון שהציג את המצאת הבורג בסין, והשתמש במנגנונני תמסורת בורגיים למכונות שונות שתכנן ובנה. בשנת 1672 הציג פרביסט בפני הקיסר את אחד מרעיונתיו המדוברים ביותר גם בתקופה המודרנית - סוג של כלי רכב המונע על ידי מנוע קיטור. הוא בנה מעין עגלה המונעת באמצעות טורבינת קיטור כדוגמת כדור איאולוס על פי עקרון הפעולה שטווה הרון מאלכסנדריה במאה הראשונה לספירה. הרכב של פרביסט היה בעל חמישה גלגלים ומצויד במבער פחם מתחת לטורבינת הקיטור. סילון קיטור שפרץ מהמנוע סובב כנפיים שהותקנו על גלגל בעל ציר אנכי. בחלקו התחתון של הציר האנכי הותקנה תמסורת שסובבה את ציר הגלגלים הקדמיים של הרכב. על הטורבינה הותקנה גם משרוקית קיטור שהשמיעה ציוצים כציפור שיר. כלי רכב זה, הראשון המופעל באמצעות מנוע, נחשב כיום למימוש הראשון של רעיון המכונית. עם זאת, סביר להניח שפרביסט היה מודע לפרסום משנת 1629 של כלי דומה, המונע עצמית על ידי מנוע קיטור, של מהנדס וארכיטקט איטלקי בשם ג'ובני בראנקה (Giovanni Branca 1571-1645).
פרביסט מצא עניין גם ברפואה, ואף כתב מאמר העוסק ב"אבן הנחש" (Lapis serpentinus - snake stone) – ששימשה לריפוי הכשות נחשים. בשנת 1684 היה מעורב בעדכון אגף הרפואה בספרייה הישועית בבייג'ינג אשר הוזנח משנת 1630.
מדען ומסיונר ישועי.
למרות עליונותן של שיטות המדידה האסטרונומיות וטכניקות החיזוי של פרביסט, הוא המשיך להיתקל בהתנגדות הנובעת ממניעים של גאווה לאומית ודבקות במסורת בקרב הלשכה האסטרונומית, כמו גם במשרד האימפריאלי האחראי על טקסי הפולחן ("Libu"). במקביל לפעילותו ההנדסית חידש פרביסט את מפעל התרגום הישועי של כתבי אריסטו לסינית שהחל בשנת 1620 על ידי קודמיו. מלומדים סינים מאקדמיית הנלין התנגדו להכללת הפילוסופיה האריסטוטלית בתוכנית הלימודים בסין ובלמו בכך את ניסיונותיו של פרביסט להחדיר למדינה עוד מהמחשבה והגישה המדעית המערבית. בנוסף לכך נאלץ פרביסט להתגונן מפני ביקורת מערבית שהוטחה כלפיו באירופה ובסין על ידי הכמורה הישועית, וכן על ידי מוסדות מיסיונרים רבי עוצמה בוותיקן ובצרפת. הוא התנהל בדיפלומטיות ובזהירות לנוכח הביקורת מהוותיקן בעוד האשמות מצד גורמים אחרים דרבנו אותו לפרסם תגובות מנומקות ומפורטות.
פרביסט הרבה בלימודי שפות (במכתב ששלח לצאר הרוסי אלכסיי מיכאלוביץ' בשנת 1676 הוא מונה כ-8 שפות בהן שלט). הוא למד מנצ'ורית וחיבר מבוא ראשון מסוגו על יסודות השפה (Elementa Linguae Tartaricae). לימוד המנצ'ורית מעיד על מאמציו להכין ולהכשיר את דור העתיד של המיסיונרים למשימות בסין. במכתביו לראשי המסדר הישועי ברומא חזר פרביסט והדגיש את חשיבות הוראת יסודות הרפואה והשפה המנצ'ורית למועמדים למיסיון בסין, בשילוב עם לימודי מתמטיקה. הוא הדגיש תמיד את חשיבות המתמטיקה לעבודת המיסיון ודרש לשפר את לימודי מקצוע זה במכללות המסדר הישועי ברחבי אירופה. פרביסט חיבר ספר הדרכה לכמרים במיסיון הדן בדרכי החדרת הנצרות בסין, ובו הגן גם על שילוב מנהגים סיניים ושימוש בשפה הסינית בפולחן. הייתה זו מעורבותו היחידה בפעילות מיסיונרית ישירה שכן כבר משנת 1670 הוא שוחרר ממטלות הקשורות למיסיון הישועי. תרומתו למיסיון הייתה אסטרטגית בעיקרה – שירות נאמן לקיסר ושמירה על יחסי אמון עם הכתר, אשר סייעו למיסיונרים ברחבי הממלכה בעבודתם מול המושלים מקומיים. בזכות מעמדו בחצר הקיסר הוא זכה להערכה רבה גם בקרב המסדרים הפרנציסקנים, הדומיניקנים והאוגוסטינים שכינו אותו "עמוד התווך של המיסיון" (לטינית “columen missionis”).