ככלל, האינטגרציה של יוצאי אתיופיה בחברה הישראלית הייתה קשה מאוד עבור רבים מהעולים החדשים. כמו כן, בעת העלייה משפחות מורחבות רבות פוצלו בין מרכזי קליטה שונים בארץ. רבים מהעולים נאלצו לשנות את שמם - בתחילה הרשויות בישראל נתנו לרבים מהעולים החדשים שמות עבריים ודרשו כי לכולם יהיו שמות משפחה (באתיופיה לא היו נהוגים שמות משפחה). השינויים הללו יצרו מצב שבו העולים החדשים השתמשו בפועל הן בשמות החדשים והן בשמות הישנים. לימוד עברית היווה אתגר עבור מרבית העולים וחלק ניכר מהם לא הצליחו לשלוט בשפה גם אחרי שנים רבות של מגורים בארץ. כמו כן, המצב בו הרבנות הראשית לישראל הביעה התנגדות להמשך קיום המנהגים הדתיים המסורתיים של חברי הקהילה גרם לבלבול רב בקרב העולים החדשים.
סוציולוגים ישראלים שונים ציינו כי העולים החדשים מאתיופיה נתקלו במגוון בעיות הסתגלות, אשר הובילו להיווצרותן של בעיות פסיכולוגיות אקוטיות שהובילו במקרים קיצוניים למקרי התאבדות בקרב המהגרים בשנים הראשונות לאחר עלייתם לישראל. בשנות ה-90 המאוחרות, שיעור ההתאבדויות בקרב העדה האתיופית עלה על זה של כל העדות האחרות בישראל.
פרופ' אסתר הרצוג טוענת כי המדיניות הממשלתית שמרכזת את העולים מאתיופיה, דבר אשר יוצאי אתיופיה מתנגדים לו, משרתת בעיקר את הביורוקרטיה המשתמשת בהם ככלי לגיוס כספים ושגורמת לאי השתלבות יוצאי אתיופיה בחברה הישראלית וסיווגם כאחרים וכנבדלים וכן יצירת תלות במדינה ובשרותיה. אותם כספים נעלמים לטענתה בתוך המנגנון הביורוקרטי ורובם אינם מופנים לטיפול בעולים. טענות דומות העלה פרד לזין: רשמית, אנשי הסוכנות היהודית וממשל הישראלי טענו כי יוצאי אתיופים אינם מסוגלים להיקלט ישירות בחברה הישראלית; הם היו חסרים השכלה, מיומנויות, ידע, משאבים ותרבות מתאימה כדי למצוא דיור בכוחות עצמם. אולם, כפי הנראה, היו אינטרסים כלכליים של הסוכנות והממשלה ביחס המגונן כלפי העולים מאתיופיה. אם העולים מאתיופיה היו משתתפים בתהליך קליטה ישירה, הסוכנות היהודית הייתה עשויה לאבד שליטה על עשרות מיליוני דולרים בשנה. היא קיבלה וניהלה כספים לקליטת עולי אתיופיה מהממשלות הישראלית והאמריקאית ומקבוצות נדבנות יהודיות ברחבי העולם. עוד נטען שהטיפול בילדים ממוצא אתיופי במוסדות הסוכנות סייע לסוכנות היהודית לגייס כספים תוך שימוש ציני בהם.
דיור.
הדיור הראשוני.
סוגיית הדיור הפכה לבעיה חוזרת ונשנית עם כל גלי העלייה ההמוניים שהגיעו לישראל לכל אורך השנים. במסגרת העלייה של קהילת ביתא ישראל, יושמו פתרונות חדשניים שונים, שכללו בין היתר את קליטתם בתחילה באתרי קרוואנים. לפתרון זמני זה היו שני חסרונות עיקריים: מצד אחד, אוכלוסיות העולים החדשות נדחקו לשולי הערים, ובשל כך נוצרו קבוצות אתניות הומוגניות למדי שלא השתלבו ונטמעו עוד בתחילת תהליך הקליטה בחברה הישראלית. בנוסף, במקרים רבים אתרי הקרוואנים היו ממוקמים באזורים רחוקים למדי מאזורי התעשייה והמסחר בישראל ולא הייתה קיימת תחבורה ציבורית נגישה בקרבתם.
דיור קבע.
לאורך השנים, חברי הקהילה עזבו את מרכזי הקליטה ועברו להתגורר בערים וביישובים שונים בכל רחבי ישראל. ממשלת ישראל בתמיכה הממשל האמריקאי, ופילנתרופיה יהודית אמריקאית העניקה לעולים החדשים הלוואות ממשלתיות או משכנתאות בריבית נמוכה כתמריץ לעזיבת מרכזי הקליטה, או דירות בהנחה מיוחדת במסגרת תוכנית מחיר למשתכן. בגלל הון עצמי ושכר נמוכים יחסית, יוצאי אתיופיה לרוב לא עמדו בתנאים או רכשו דירות בשכונות פחות טובות. בדו"ח שפרסם מכון ברוקדייל, זוגות נשואים יוצאי אתיופיה, המבקשים לקבל את ההלוואה למשכנתה שהוצעה להם בתוכנית החומש של משרד הקליטה, מתקשים לעמוד בתנאים לקבלת ההלוואה ולעיתים אף אינם מודעים כלל לקיומה. בעקבות זאת רק מעטים מהם זכאים להלוואה, וכך הסכום הגדול שמקצה משרד הקליטה לצורך מתן ההלוואות מוחזר לקופת המדינה. מסיבה זו, בין השנים 2008–2010 רק שני זוגות ניצלו את ההטבה. ב-2012 טענה מנכ"לית אגודת יהודי אתיופיה, זיוה מקונן-דגו, שמשרד הקליטה מכתיב לעולים לקנות דירות בשכונות ספציפיות ביישובים מוגדרים.
רבות מהשכונות בערים שבהן מתגוררים רובם של יוצאי אתיופיה החלו כמרכזי קליטה בהם שוכנו העולים מאתיופיה כדיור ראשוני ועם חלוף הזמן הסגל עזב את המקום והותיר את העולים באותם מבנים שהיו דיור ציבורי, תופעה זו זכתה לכינוי "מרכז קליטה מתקפל". במקרים אחרים רכישת דירות באזור מסוים על ידי יוצאי אתיופיה, שרצו לגור בקרבה לחברי הקהילה, גרמה לעזיבה של בעלי דירות אחרים באזור ולהגעה של חברי קהילה חדשים במקומם. חלק ניכר מבני הקהילה גרים בשכונות שבהן קיימת התניה ממשלתית בדבר זכאות למשכנתא.
בשנים 2017–2020 הממשלה מגרילה בין יוצאי אתיופיה ובניהם מדי שנה כ-300 הלוואת לדיור בתנאים מועדפים.
דת ומסורת.
באמצע המאה ה-19 עם הגעת הידיעות על פעילות המיסיון הנוצרי בקרב ביתא ישראל החלו רבנים באירופה ובארץ ישראל ובראשם הרב עזריאל הילדסהיימר לפעול למען עצירת הפעילות ולשינוי מנהגיה של ביתא ישראל ליהדות הרבנית. הרבנים חיפשו מועמד מתאים לשליחות ופרופ' יוסף הלוי נידב עצמו ויצא לאתיופיה במימון הברון רוטשילד. לאחריו הגיע תלמידו, יעקב פייטלוביץ' שהחל בפעילות ולקח עמו שני נערים גטה ירמיהו ותאמרת עמנואל ללימודים באירופה. ב-1913 נפתח בית ספר ראשון בכפר וולקה שבו הורו ירמיהו ואחיו יוסף ובשנת 1924 נפתח בית ספר גדול יותר בעיר אדיס אבבה בהנהלת עמנואל. פייטלוביץ' שלח שאותם איתר ללימודים מחוץ לאתיופיה וכן גייס גם מורים מאסמרה.
ב-1953 נשלח הרב שמואל בארי מטעם המחלקה לחינוך ותרבות תורניים בגולה של הסוכנות היהודית שייסד יחד עם יונה בוגלה את בית הספר העברי באסמרה שבו למדו נערים וכהנת. בשנים 1955 ו-1965 הגיעו לישראל עשרים ושבעה נערים מהקהילה שלמדו בבית הספר באסמרה לכפר בתיה. צעירים אלו הוכשרו כמורים שישובו לקהילתם. ב-1957 נסגר בית הספר באסמרה והוא מועבר לכפר איזווה. בוגרי אסמרה וכפר בתיה מקימים בתי ספר נוספים בשאר כפרי היהודים, ב-1958 מועבר בית הספר של אסמרה לכפר אמבובר וזאת לאחר התנכלויות מצד השכנים הנוצרים. בשנת 1960 מחליפים הארגונים היהודיים לרבות רשת אורט ואז"ע את הסוכנות היהודית ונפתחים בתי ספר חדשים בכפרים רבים. בשנת 1981 עת התגברות היציאה של ביתא ישראל למחנות הפליטים בסודאן הורה הממשל האתיופי להפסיק את הפעילות החינוכית.
מעמד הלכתי.
הדיון על מעמדם של ביתא ישראל בהלכה הרבנית החל באמצע המאה ה-19 כשאר זה מתכתב עם המחקר המדעי בדבר 'הגזע היהודי'. בשנת 1954 הביע הרב הראשי האשכנזי הרצוג את עמדתו כלפי ביתא ישראל ופסק שיש לגייר לחומרא את כל בני ביתא ישראל וזאת על סמך המחקר המדעי בדבר קיום הגזע היהודי ששלל את שייכותם של ביתא ישראל לאותו הגזע. פסיקה זו גרמה לגיורם של אלפים מביתא ישראל עד למחאתם בקיץ-סתיו 1985, המחאה גרמה לרבנות הראשית לבחון שוב את הנושא על סמך אזכורים של הקהילה בספרות הרבנית. לאחר זאת הכריזה הרבנות הראשית על כך שביתא ישראל מוחזקת כקהילה יהודית לכל דבר, וספקות יובאו בחשבון רק לצורך רישום נישואין בלבד, ושאז יבדק האם אצל המועמד/ת יש יחוס נוכרי, אם כן יש צורך לעבור טבילה בלבד. הרבנות הראשית הוציאה הנחיות לרשמי נישואין, אך אלו סירבו לעסוק בנושא וזו מינתה בתחילה את הרב דוד שלוש כרשם נישואין ולאחר מכאן הקימה את משרד הרב הראשי ליהדות אתיופיה בראשות הרב יוסף הדנה אשר מנפיק אישורי יהדות לאחר בירור יוחסין.
בני הפלאשמורה מחויבים בגיור כתנאי לעלייה לארץ ולהתאזרחות בה.
מעמד הכהנת.
מעמד הכהנת (הקייסים) עלה כנושא דחוף בקהילה בשנת 1990 כאשר הליקה כהנת מנשה זמרו עלה לישראל ומספר כהנת החלו להתאגד סביבו ולדרוש הכרה בהם כרבנים והכרה בהיימנות. עד שנת 1992 מחאתם של הכהנת לא זכתה להתייחסות, בשנה זו החלו צעירים יוצאי אתיופיה שברובם הגדול היו חילונים ומשכילים לארגן מחאות והפגנות שחלקן היו אלימות בדרישה להכיר בהיימנות ובכהנת. לאחר זאת, המחאה זכתה להתייחסות ציבורית וממסדית רחבה. הרבנות השיבה שהיא אינה יכולה להרשות הכרה בהיימנות כיוון שאז ייווצר מצב הלכתי לאותה הקבוצה שיהיה דומה לקראים. בנובמבר 1992 המליצה ועדה ממשלתית מיוחדת בנושא להכיר בכל הכהנת ולשלבם במועצות הדתיות וכן בכך שהכהנת יצטרכו לעבור קורסי רבנות שבסופם הם יוכרו כרבנים. במקביל לכך החלו הכהנת שהגיעו לישראל לפני שנות ה-90 ושעברו קורסי רבנות לפעול כמתווכים בין הצדדים. נעשו מאמצים לכלול כהנת בתוך המועצות הדתיות, אך רבנים רבים התנגדו לכהנת שלא עברו קורסי רבנות. בסופו של דבר הצדדים הגיעו להסדר והרבנות הסכימה להעסיק 60 כהנת.
כיום.
לאורך השנים התגבש בישיבות השונות ברחבי ישראל דור חדש של רבנים ממוצא אתיופי. רבות מהמסורות הדתיות של הקהילה הולכות ונעלמות בהדרגה, בעיקר על רקע ההווי הישראלי ועל רקע ההתנגדות לקיומם של הטקסים הללו מצד הרבנות הראשית לישראל. בנוסף, הרוב המכריע של הילדים ובני הנוער של חברי הקהילה לומדים בבתי ספר המשתייכים למערכת החינוך הישראלית, אשר מקדמת את הטמעתם של המנהגים הרבניים.
כיום ישנו חיכוך דתי בין אלו המקבלים עליהם את דבר הרבנים לבין אלו ההולכים לפי הכהנת בין הנושאים מעוררי המחלוקת היא השחיטה. רוב יוצאי אתיופיה מגדירים עצמם כיום כמסורתיים המקבלים על עצמם את הדת הרבנית וחלקים מההיימנות, 20% הם דתיים לאומיים ו-5% חרדים.
בשנת 2018 המשרד לשירותי דת החל בהיערכות ליישום החלטת הממשלה למינוי קייסים ורבנים ושילובם במועצות הדתיות.
השכלה.