בינואר 2008 דנה ועדת חוקה, חוק ומשפט בהצעת תיקון ל, שלפיה לא יתקיימו יותר מצעדים של קהילת הלהט"ב בעיר. במהלך הדיון אמר חבר הכנסת נסים זאב מש"ס כי "יש לטפל בהומואים כמו שוועדת החוקה טיפלה במחלת שפעת העופות", ודבריו עוררו סערה בקרב משתתפי הדיון וביקורת ציבורית קשה. שנה לאחר מכן, בהפגנה שהתקיימה בתל אביב, סמוך למקום הרצח בברנוער, הניפו המפגינים שלטים בגנותו בהם נכתב: "נסים זאב - יש לך דם על הידיים" בעקבות אמירתו זו.
במצעד הגאווה באילת שנערך ב-15 במאי 2009 אירעו מספר תקריות הומופוביות על רקע נטייתם המינית של הצועדים כאשר במהלך המצעד נקראו קריאות גנאי והושלכו על הצועדים ביצים. כמו כן אדם אחד הותקף על רקע נטייתו המינית ופונה לבית חולים. במצעד הגאווה בירושלים שנערך ב-2010 תקפו נערים שני צעירים וגרמו להם לחבלות. התוקפים נמלטו תוך שהם צועקים "מוות להומואים, להרוג את כולכם".
במצעד שנערך בירושלים ב-30 ביולי 2015, דקר ישי שליסל, כחודש לאחר ששוחרר ממאסר על עבירה דומה, שישה משתתפים, בהם שירה בנקי, בת ה-16, שנפטרה מפצעיה.
ב-29 בספטמבר 2015, נשאל הרב שלמה משה עמאר, רבה של ירושלים ולשעבר הרב הראשי לישראל, על המאבקים בעיר בסוגיית הצניעות. בתשובתו, לאחר גינוי לרצח שביצע שליסל חודשיים לפני כן, אמר: "ירושלים אחרי הכל, היא במצב יחסית טוב, אפשר לומר מכל ערי הארץ. המצב עדיין טוב. אני מאמין שתופעה כזאת תתמעט ותתבטל מאליה. ישתקע הדבר ולא יהיה בעזרת ה', כי רוב ככל הציבור נגעל מזה ומואס בזה. הם מנסים היום לתת לזה לגיטימציה גם על ידי מקומות רשמיים כמו בית המחוקקים ובבתי המשפט, אבל זה לא דבר טבעי, לא דבר נורמלי, התורה קראה לזה תועבה ובוודאי אנחנו צריכים למצוא את הדרכים הנכונות איך להילחם בצורה יותר מחושבת".
ב-2016 המשטרה אישרה לקיים את מצעד הגאווה בבאר שבע ברחוב הראשי של העיר, שדרות רגר, אולם בתחילת יולי 2016 האישור בוטל עקב חשש לירי על הצועדים. בעקבות כך החליטו המארגנים לבטל את המצעד ובמקומו לערוך מפגן מחאה מול העירייה, בו השתתפו כ-2,500 משתתפים.
ביולי 2016 נאמרו או צוטטו מספר התבטאויות של רבנים בגנות הומוסקסואלים. כך לדוגמה, הרב יגאל לוינשטיין בהרצאה ב"כנס ציון וירושלים" כינה אותם "סוטים" וטען שהם 'נכנסו לצבא בכל הכוח', באמצעות הרצאות, הצגת סרטים ונידוב חיילים על ידי הצבא. דבריו ספגו ביקורת מפי מספר רבנים בציונות הדתית ופוליטיקאים. בעקבות הביקורת, כ-300 רבנים בציונות הדתית חתמו על מכתב תמיכה פומבי ברבנים, לפיו: "האהבה כלפי כל אדם מישראל והחובה לנהוג בכל אדם בכבוד, אינן יכולות לשמש סיבה לסילוף האמת ההלכתית או ל'עיגול פינות' ביחס למעשים אסורים." מאידך, יושב ראש הסתדרות הפסיכולוגים בישראל כתב בשם ההסתדרות גילוי דעת המתנגד ומוחה על הצגת להט"ב כסוטים או כזקוקים לטיפול פסיכולוגי, בנימוק שהצגה זו מנוגדת ל"עמדה המקובלת על הגופים המובילים בתחום בריאות הנפש בעולם ובארץ".
באוגוסט 2021 טען ח"כ בצלאל סמוטריץ' מסיעת הציונות הדתית כי הגל הרביעי של הקורונה נגרם בגלל מצעד הגאווה שנערך ב-25 ביוני בתל אביב. במשרד הבריאות דחו את הדברים, ואמרו כי הגורם לתחלואה הוא ישראלים שחזרו מחו"ל ולא הקפידו על בידודים וכי במוקדי ההתפרצות היו בנימינה ומודיעין בהם כלל לא נערך מצעד. שרים וח"כים מחו על דבריו של סמוטריץ'.
הומופוביה בכוחות הביטחון.
בצבא ההגנה לישראל.
עמדתו הרשמית של צה"ל.
באוגוסט 1983 פנתה יו"ר האגודה לזכויות האזרח, ד"ר רות גביזון לראש אכ"א בצה"ל בעקבות פרסום בעיתון על כך שחוזהו של קצין הותר בעקבות תלונה של אשתו על נטיותיו ההומוסקסואליות. ראש אכ"א, תא"ל עמוס ירון, השיב באוקטובר 1983 כי נטיות הומוסקסואליות אינן מונעות מחייל שירות צבאי.
חודש לפני תשובת ראש אכ"א, בספטמבר 1983, נכנסה לפקודות מטכ"ל הוראת קבע שכותרתה "שירות הומוסקסואלים בצה"ל". הפקודה קבעה כי שיבוצם של חיילים הומוסקסואלים מוגבל בגין נטייתם המינית משום שזו עלולה להוות סיכון ביטחוני (בדומה ל"בהלת הלבנדר" בארצות הברית). בחוברת ההנחיות הבסיסית למאבחנות הפסיכוטכניות בצה"ל אופיינה ההומוסקסואליות כסטייה מינית, וכרכה בינה לבין נשיות ובעיות בבריאות הנפש. המאבחנות הונחו כי כאשר עולה חשד לנטיות הומוסקסואליות, יש לבחון את התאמת המועמד לשרת ביחידת שדה. במהלך השנים נעשו שינויים אחדים בפקודות אלו להם היה אחראי במישרין פרופ' עוזי אבן.
הוראות הקבע של שנת 1983 קבעו עוד כי כל מפקד יחידה שנודע לו כי חייל ביחידתו הוא הומוסקסואל – נקרא להפנותו למרכז בריאות הנפש ובמקביל לדווח לגורמי ביטחון שדה הנוגעים בדבר. אלו יכלו להחליט על אחת משלוש החלטות: לשחרר את החייל, לשים הגבלות על שיבוצו או לערוך תחקיר ביטחוני מקיף בהתאם לתפקיד אליו מיועד. הפקודה קבעה עוד כי חייל הומוסקסואל לא יישרת בתפקידי "סוד מועדף", בקהיליית המודיעין ובתפקידי הצפנה והסתרה, וכי חייל שהועלה "חשד סביר" כי הוא בעל נטייה הומוסקסואלית יימצא בפיקוח ביטחוני כל תקופת שירותו הסדיר בצה"ל.
בשנת 1997 פורסם במגזין הזמן הוורוד וביולי 2000 בידיעות אחרונות כי צה"ל עורך בדיקות לאבחון נגיף האיידס בקרב מועמדים לגיוס במקרים שהמועמד מצהיר שהוא הומוסקסואל, וזאת ללא ידיעת המתגייסים.
בשנת 1998 בוטלה כליל הוראת הקבע ומאז אין בצה"ל כלל פקודות הנוגעות במישרין להומוסקסואלים ואין אפליה רשמית על רקע נטייה מינית. ב-2004 פרסם הרמטכ"ל משה יעלון פקודת יום המחדדת את הצו המוסרי של צה"ל בנושא שמירת כבוד האדם.
בשנת 2001 הוציאה עמותת "המועצה הפוליטית לזכויות הגייז בישראל" דו"ח הסוקר את נושא המאבק הלהט"בי בישראל בתחומים שונים. בפרק שיוחד לצה"ל, דרשה המועצה התנצלות על היחס המפלה בו נהג הצבא בהומואים ולסביות עד לשנת 1993, אז התקבלה הוראה האוסרת על אפליה בגיוס לצה"ל ובשירותם של הומואים: "על צה"ל לפרסם הודעת התנצלות חד משמעית הקובעת כי רדיפתם של הומואים ולסביות במסגרת המדיניות שנקבעה בצה"ל היא בבחינת מעשה פסול מוסרית וללא כל הצדקה ואחיזה במציאות", נכתב בדו"ח.
אקלים השירות.
מחקר שנערך באוקטובר 2006 מצא כי הסביבה הצבאית רוויה באלימות מילולית הומופובית. חיילים הומו-לסבים דיווחו על רמת חשיפה גבוהה לאלימות מילולית במקומות שונים בבסיס. לטענתם ההווי הצבאי רווי בביטויי גנאי כלפי הומוסקסואליות המתבטאים בבדיחות ובשירים המגנים את ההומוסקסואליות כמביישת, בלתי ראויה או פחותת-ערך ובכך משפילים את ההומוסקסואל ומדירים אותו מחוץ למחנה הנורמלי, התקין והבריא. החיילים דיווחו על משאבי תמיכה מוגבלים ועל תחושת אי-נוחות לשוחח על הנושא עם בעלי תפקידים בצבא על נושאים הקשורים לנטייתם המינית.
בספטמבר 2005 הגישה חיילת בגדוד קרקל של הנח"ל קבילה לנציב קבילות החיילים ותלונה למצ"ח, שלפיהן חבריה ליחידה התעללו בה והשפילו אותה על רקע נטייתה המינית, בעוד המפקדים ואנשי הסגל מתעלמים מהמקרים גם לאחר שדיווחה עליהם בפניהם. נציב קבילות החיילים קבע כי "אירוע כה חריג עלול להתרחש ביחידה צבאית כלשהי, רק בהתקיים אקלים חברתי ופיקודי מסוימים שיאפשרו לאירועים מעין אלה להתרחש" – והטיל את האחריות על מפקד הגדוד. באותו הדו"ח ובדו"ח שיצא שנה לאחר מכן התפרסמו תלונות נוספות וצוין כי חלה עלייה בתלונות אלה. דוגמה אחרת היא מקרה מאפריל 2011, אז חייל במהלך הטירונות יצא מהארון בפניו חבריו, ושלושה מהם בתגובה השפילו אותו, התעללו בו והטרידו אותו מינית בתגובה לכך.
במשטרת ישראל.
במרוצת השנים פורסמו תלונות של חברי הקהילה הלהט"בית לפיהן הופלו על ידי משטרת ישראל. ב-2018, תלונות בדבר הומופוביה במשטרה ובשב"ס היוו כ-2% מהתלונות בדוח "מצב הלהטופוביה בישראל" של האגודה למען הלהט"ב בישראל.
הומופוביה במערכת החינוך.
המחקר הראשון בישראל שבחן את מצבם והתנסויותיהם של תלמידים הומואים, לסביות וביסקסואלים במערכת החינוך בישראל נערך בשנת 2004 וממנו עלה כי השימוש במילה "הומו" ככינוי גנאי הוא גבוה מאוד ונפוץ בכל חלקיו של בית הספר (דווח על ידי 62% מהתלמידים), והערות הומופוביות אחרות נאמרות גם על ידי מורים. הממצא העיקרי של המחקר היה כי על אף שהערות הומופוביות וגילויי אלימות על רקע נטייה מינית נעשות בנוכחות מורים, הם נוטים כמעט שלא להגיב כלל. ממצאי הדו"ח הוצגו בכנסת בפני ועדת החינוך, התרבות והספורט, במסגרת דיון בנושא "התייחסות מערכת החינוך לקהילה ההומו-לסבית".
בשנת 2007 הודיעה שרת החינוך, פרופ' יולי תמיר, שמשרד החינוך יילחם בהומופוביה במערכת החינוך. לאחר חודש השירות הפסיכולוגי הייעוצי במשרד החינוך הוסיף תכנים על הומוסקסואליות לאתר האינטרנט של המשרד. וביולי 2007 הכריזה תמיר על הכנסת הנושא לתוכנית הלימודים של כיתות ח'. תמיר השתתפה בפעילות של חוש"ן - חינוך ושינוי ומשרד החינוך החליט להכיר בארגון ולתמוך בו. המשרד אף הקים ועדה לענייני הומואים ולסביות.
מחקר נוסף נערך בשנת 2008, והוא קבע כי למרות השינויים שחלו במערכת החינוך בשנים שעברו, לא נמצאו הבדלים ניכרים באקלים החינוכי בין השנים. אף על פי שאלימות מילולית נמצאה במחקר הנוכחי כסוג האלימות וההטרדה הנפוצה, שיעורים גבוהים יחסית של תלמידים חוו אלימות פיזית והטרדה מינית על רקע נטייתם המינית. בנוסף, הממצאים הראו כי התלמידים אינם רואים בצוות החינוכי כתובת לשיתוף, התייעצות וסיוע בנושאים הקשורים לנטייה מינית. ממצאי המחקר וההשוואה בין ממצאיו למחקר משנת 2004 הוצגו בכנס האגודה לחינוך השוואתי שנערך בשנת 2008 באוניברסיטת קולומביה שבניו יורק.