ההתדרדרות במצב הביטחוני במהלך הסכסוך הישראלי-פלסטיני במהלך השנים הובילה לירידה משמעותית במספר הפועלים הפלסטינים המועסקים במשק הישראלי, בייחוד בתקופת האינתיפאדה הראשונה ובתקופת הסגרים הנרחבים במהלך שנות ה־90. את מקומם של הפועלים הפלסטינים תפסו במהלך השנים (החל מ־1993) עובדים זרים ממדינות שונות. הפועלים הפלסטינים נדרשו מעתה להיתרי עבודה פרטניים, בנוסף להיתר כניסה לשטחי ישראל של הקו הירוק. את מקומם של פועלים פלסטינים במגזר התעשייה הישראלי החלו להחליף בהדרגה קבלני משנה פלסטינים שהפעילו מפעלי תעשייה קטנים בשטחי יהודה, שומרון ורצועת עזה.
לאחר כינון הסכמי אוסלו ותקופת שקט יחסית לקראת סיומה של המאה ה־20, עלה שוב מספר הפועלים הפלסטינים שהועסקו בישראל והגיע עד לכ־110,000, כרבע מכלל כח העבודה הפלסטיני. האבטלה בתקופה זו עמדה על כ־10%. פרוץ האינתיפאדה השנייה בעשור הראשון של המאה ה־21 וגל טרור פלסטיני שבא בעקבותיו הובילה למדיניות של סגרים ומניעת תנועה שהקשתה על מעבר פועלים לעבודה בישראל, והורידה בחדות את מספר הפלסטינים שהועסקו בישראל. תפיסת השלטון ברצועת עזה על ידי החמאס ב־2006 הובילה לסגר ישראלי הדוק על הרצועה, ומנעה מעבר פועלים לעבודה בישראל באופן כמעט מוחלט. לאחר דעיכתה של האינתיפאדה השנייה חלה שוב עלייה במספר הפועלים הפלסטינים מיהודה ושומרון שהועסקו בישראל.
נכון לראשית המאה ה־21, מכסות הפועלים הפלסטינים המורשים לעבוד בישראל של תחומי הקו הירוק נקבעים בהחלטות ממשלת ישראל, בחלוקה לפי ענפי תעסוקה. אין מכסות לתעסוקת פלסטינים ביישובים ישראלים ובאזורי תעשייה ביהודה ושומרון. קבלת היתר עבודה בישראל כפופה לאישור ביטחוני, ומוענקת ברובה (כ־90%) לנשואים. הגיל המינימלי לקבלת היתר עבודה עמד על 30 בשנת 2010, וירד ל־24 בשנת 2014.
ב־2012, הועסקו בישראל כ־28,000 פלסטינים, כ־18% מכח התעסוקה הפלסטיני ביהודה ושומרון, שהשתכרו בממוצע פי 2.5 מהשכר המקביל על עבודה זהה בתחום הרשות הפלסטינית. בנוסף לפועלים שהועסקו בהיתר, ישנן הערכות על עוד כ־6,000 פלסטינים שהועסקו בישראל ללא היתר (שוהים בלתי חוקיים). לצד הפועלים בישראל, כ־35,000 פלסטינים מועסקים בהתנחלויות או באזורי תעשייה ישראלים ביהודה ושומרון, ומכניסים למשק הפלסטיני כ־2 מיליארד דולר בשנה. ניסיונות פלסטינים שנעשו לצמצם את שיעור הפלסטינים המועסק על ידי ישראלים בתחום יהודה ושומרון על רקע פוליטי, לא השיגו תוצאות משמעותיות. המעסיקים העיקריים בשטחי הרשות הפלסטינית הם הרשות הפלסטינית עצמה, וסוכנות אונר"א. כ־12% מכלל המועסקים הפלסטינים ביהודה ושומרון עבדו בישראל, ושכרם עמד על כ־12% מהתוצר הכללי.
ב־2014 עלה מספר המועסקים הפלסטיני בכלכלה הישראלית לכ־94,000, כאשר כשליש מתוכם מועסקים ללא היתר תעסוקה ישראלי, וקרוב למחציתם מועסקים בענף הבנייה. השכר היומי הממוצע עמד על כ־190 ש"ח לשכיר בעל אישור העסקה, כ־160 ש"ח לשכיר ללא אישור העסקה, שכר גבוה משמעותית מהשכר היומי הממוצע ברשות הפלסטינית (כ־90 ש"ח). עם זאת, עדויות מרמזות על כך שהשכירים הפלסטינים משלמים דמי תיווך ניכרים לגורמים שונים בשרשרת התעסוקה, על מנת לקבל אישור עבודה בישראל. ניתוח סטטיסטי הראה שמרבית הפועלים נשואים (כ־90% מבעלי ההיתר), רוב מוחלט (כ־99%) גברים, ומרביתם מועסקים ללא חוזה עבודה מסודר. פועלים פלסטינים היו כ־2% מכלל העובדים במשק הישראלי ב־2014.
ב־2011 עמד שיעור האבטלה ביהודה ושומרון על כ־16.5%, בעוד ברצועת עזה עמד שיעור האבטלה על כ־40%. על פי נתוני הרשות הפלסטינית, בסוף 2013 הגיע שיעור האבטלה לכ־28.5%, שהם 280,000 מובטלים. בעקבות מבצע צוק איתן הגיע שיעור האבטלה ברצועת עזה לכ־50% בראשית 2015.
בשנת 2018 אחוזי האבטלה עמדו על כ־17%, בדומה לרמות שנרשמו בשנים 2016 ו־2017.
תמ"ג וצמיחה.
הצמיחה בשטחי הרשות הפלסטינית היא צמיחה שמקורה בעיקר בגידול בצריכה הפרטית ועקב בנייה חדשה, צמיחה שמקורה העיקרי הוא העברות כספים חיצוניות (משכורות פקידי ומועסקי הרשות הפלסטינית שתקציבה מבוסס באופן משמעותי על סיוע חוץ, משכורות עובדי אונר"א שתקציבה מתקבל ממדינות זרות, ומשכורות המתקבלות מעבודת פועלים בישראל ובמדינות זרות), בעוד הצמיחה במגזר החקלאות והתעשייה הייתה איטית מאוד, וההשקעות בתשתיות חדשות היו נמוכות. מאפיין זה מאפשר גידול מהיר בצמיחה כאשר פלסטינים רבים מועסקים בישראל ובמדינות חוץ, אך חושף את הכלכלה הפלסטינית למשבר קשה כאשר לא מתאפשרת תעסוקה זו, בייחוד בשנים שבהן ישנה התדרדרות במצב הביטחוני, ונמנעת העסקת פלסטינים בישראל, וכן יוצר תלות חריפה בסיוע החיצוני לפלסטינים. בשל כך גם מוגדרת הצמיחה במשק הפלסטיני כצמיחה שאינה בת קיימא.
בהתאמה, חל גידול מהיר בצמיחה הפלסטינית בשנים רגועות מבחינה ביטחונית, ומנגד חלה ירידה חדה בצמיחה בשנים שבהן הייתה התדרדרות במצב הביטחוני. לפי נתוני הבנק העולמי, בין השנים 2000-1968 עלה התמ"ג ביהודה ושומרון ורצועת עזה בשיעור שנתי ממוצע של 5.5%. במהלך מרבית תקופה זו הייתה צמיחה עקבית, אך במהלך תקופת האינתיפאדה הראשונה חלה נסיגה חזקה בצמיחה.
בין השנים 1995 ל־1999 עלה התמ"ג הפלסטיני ביהודה ושומרון בכ־50% (ברצועת עזה עמדה הצמיחה על כ־26%), אך פרוץ האינתיפאדה השנייה הובילה לכך שבין השנים 2000 ל־2002 ירדה הצמיחה ביהודה ושומרון בכ־32% (ברצועת עזה בכ־25%). בין 2003 ל־2006 שוב צמחה הכלכלה הפלסטינית ביהודה ושומרון בכ־31% (ברצועת עזה בכ־49%). הצמיחה בשטחי יהודה ושומרון המשיכה גם בין השנים 2007 ל־2010 (בכ־36%), אך השתלטות החמאס על רצועת עזה ב־2006 הובילה לנסיגה חריפה בצמיחה (בכ־34% בין 2006 ל־2008), כאשר התאוששות במקום החלה רק ב־2009-2010 (צמיחה של כ־27%).
התמ"ג לנפש בשטחי יהודה ושומרון עמד על כ־1,400 דולר ב־1994, ועלה עד לכ־1,600 ב־1999. התמ"ג לנפש ירד לכ־1,300 ב־2002, ועלה מאז לכ־1,550 ב־2006 ולכ־1,900 ב־2012. ברצועת עזה עמד התמ"ג לנפש על כ־1,300 דולר בין השנים 1994 ל־1999, ירד לכ־1,000 ב־2002, עלה ל־1,400 ב־2005 וירד שוב ל־1,000 עד 2009. לאחר מכן חלה שוב עליה עד לכ־1,100 ב־2012.
מיסוי.
תקופת השלטון הישראלי.
לאחר סיום מלחמת ששת הימים, פורסם צו צבאי שהשאיר על כנה את המערכת המשפטית באזור שנהגה קודם למלחמה, ובכללה החוקים הכלכליים שחלו בשטחים אלו. באופן דומה לצווים צבאיים שתיקנו חוקים קודמים בתחומים אחרים, הטיל הממשל הצבאי באמצעות המנהל האזרחי צווים שנגעו לתחומי הכלכלה והמס. לדוגמה, ב־1976 הוטלה חובת מס ערך מוסף על שטחים אלו, על מנת ליצור השוואה עם המערכת הכלכלית בשטחי ישראל בתחום הקו הירוק. בדומה לכלל הצווים הצבאיים שהוטלו על ידי המנהל האזרחי, ערעור על צווים אלו היה יכול להתבצע אך ורק בבג"ץ, ולא בבתי משפט ישראלים בהיררכיה נמוכה יותר, שלא היו מוסמכים לעסוק בנושאים אלו. החל מ־1981 נדרשו העסקים בשטחים אלו לנהל ספרים באופן מסודר ולהגיש דו"חות (נושא זה נידון בבג"ץ אבו עיטה).
המיסים העיקריים שהוטלו בשטחים אלו היו: מס הכנסה, מס חינוך ומס קרקעות (בשטחי יהודה ושומרון בלבד), מכס, מע"מ, מס נסיעות, מס בולים, וכן היטלים ואגרות שונות. על פי הצהרות שונות של גורמי שלטון ישראלים, הכספים שהתקבלו ממערכת המיסוי עברו לתקציב המנהל האזרחי, ועם העמקת הגביה קטנו בהתאם תקציבי המנהל האזרחי שהתקבלו ממדינת ישראל, ומרבית הכנסות המנהל האזרחי התבססו על המיסים ששולמו. תקציב המנהל האזרחי ליהודה, שומרון ורצועת עזה בסיומם של שנות ה־80 עמד על 486 מיליון ש"ח, כאשר המיסים שנגבו אף הותירו עודף תקציבי בקופת המנהל האזרחי, שנשמרה כעתודה לשנות התקציב הבאות. תושבי אזורים אלו שהועסקו בתחומי ישראל של הקו הירוק שלמו מס הכנסה וביטוח לאומי על פי חוקי המיסוי הישראלי. כספי הביטוח לאומי הצטברו בקרן ניכויים מיוחדת במשרד האוצר, וזיכו את המבוטחים ב־4 סעיפים מכלל זכויות מבוטחי הביטוח הלאומי: תאונות עבודה, הגנה במקרה של פשיטות רגל, חופשת לידה וגמלאות. על פי הצהרות גורמי שלטון ישראלים, כספי קרן הניכויים זו נוספו לתקציב המנהל האזרחי.
היות שמרבית הנישומים בשטחים אלו לא ניהלו ספרים, נערכה למרבית העסקים פלסטינים שומה לפי מיטב השפיטה, שהיא שומה הנקבעת בהערכה ובהתאם למשא ומתן. במקרה של סירוב לתשלום הוטלו קנסות מנהליים ובוצעו עיקולי רכוש. על פי הצהרת המנהל האזרחי, ההכנסות שהתקבלו מהמיסוי המקומי שימשו בעיקרם לצורכי האוכלוסייה הפלסטינית: בניית מוסדות ציבור (בתי ספר ובתי חולים), סלילת כבישים, ורווחה. אף על פי שהמשפט הבינלאומי מתיר שימוש בכספי המיסים שנגבו לצורך החזקת כוחות צבא בשטח שנכבש, ההכנסות שנתקבלו ממיסים של תושבים פלסטינים לא שימשו לצורך זה ולא הועברו לתקציב מערכת הביטחון.
לאחר השלטון הישראלי.
ראה מעטפת המכס
חשמל.