מוצג בולט נוסף במתחם הוא "דגם ירושלים בסוף ימי בית שני", שהועבר אל המוזיאון בשנת 2006. הדגם נבנה בין השנים 1962–1966 לפי פרשנותו של פרופסור מיכאל אבי-יונה לתיאוריו של יוסף בן מתתיהו. הדגם שכן בתחילה בשטח מלון הולילנד שבשכונת בית וגן בירושלים. עם העברתו שופץ הדגם והועבר, במבצע הנדסי מורכב, אל שטח המוזיאון. בנוסף, הותאם למחקרים חדשים אודות ההיסטוריה של ירושלים באותה עת.
הדגם רחב הממדים, 2000 מטר רבוע גודלו, מציג את מבני העיר בקנה מידה של 1:50. גולת הכותרת של הדגם היא בית המקדש, שתיאורו בדגם הפך לסמל ומוצג בפרסומים שונים כתמונה ריאלית של בית המקדש השני.
גן האמנות.
לצד מבני התצוגה הוקם בקמפוס המוזיאון גן פסלים, המציג יצירות פסלים מסוף המאה ה-19 והמחצית הראשונה של המאה ה-20, לצד יצירות פיסוליות חדשות.
הגן הוקם בתרומת בילי רוז, שגם תרם את אוסף הפיסול שלו למוזיאון. הוא עוצב על ידי הפסל ואדריכל הנוף איסמו נוגוצ'י
בין הפסלים בגן מצויים פסלים מאת אמנים זרים כגון רוברט אינדיאנה, הנרי מור, דייוויד סמית, פבלו פיקאסו, אוגוסט רודן, לין צ'דוויק, מגדלנה אבקאנוביץ' ואמנים ישראלים כדוגמת יגאל תומרקין, מנשה קדישמן, מיכה אולמן ואחרים.
בית טיכו.
"בית טיכו" הוא אחד הבתים הראשונים בירושלים שנבנו מחוץ לחומות העיר העתיקה בסוף המאה ה-19. בתחילת המאה ה-20 שימש הבית כמרפאה וכביתם של רופא העיניים, אברהם אלברט טיכו ורעייתו הציירת אנה טיכו.
הבניין שופץ על ידי האדריכל דוד קרויאנקר על פי תוכניות שאושרו על ידי אנה טיכו עוד בחייה, והוסב למוזיאון מודרני המיטיב לשקף את אווירת ירושלים של תחילת המאה ה-20. לצד תצוגת קבע של ריהוט ופריטים אמנותיים שהיו שייכים לבני הזוג, כגון אוסף חנוכיות יוצא דופן, מציג הבית גם תצוגות מתחלפות של תערוכות אמנות, המקיימות דיאלוג עם יצירתה של אנה טיכו.
בית ברגמן.
במתחם מוזיאון ישראל נמצא ביתה של אספנית האומנות והנדבנית שרלוט ברגמן. ברגמן, שהתאלמנה מבעלה ב-1955 ולא היו לה ילדים, רצתה בשנות ה-60 לעלות לישראל ולגור בירושלים. בעידודו של טדי קולק היא בנתה את ביתה בתוך המוזיאון, כך שתוכל להמשיך לחיות עם אוסף האומנות המודרנית שלה ושל בעלה המנוח, ובתמורה אחרי מותה האוסף והבית יעברו לרשות המוזיאון.
מבחוץ נראית הוילה כאחד מביתני המוזיאון, וגם היא תוכננה בידי אל מנספלד. אך פנים המבנה עוצב לטעמה של ברגמן ועל פי ביתה בניו יורק. והוא שימש חלל לתצוגת האוסף הפרטי שלה ושל בעלה. שרלוט ברגמן התגוררה בו מאמצע שנות ה-70 ועד מותה ב-2002 וקיימה בו אירועי מוזיקה ואומנות רבים. בצוואתה ביקשה ברגמן שהבית והאוסף יישארו במשך 10 שנים כפי שהיו בחייה,
הוילה לרוב אינה פתוחה לקהל הרחב. ב-2011 הוא נפתח במסגרת אירועי בתים מבפנים וב-2020 נערך בו מיצג של הדס עפרת במסגרת פסטיבל ישראל.
פרסי מוזיאון ישראל.
מדי שנתיים מעניק המוזיאון פרסים בתחום האמנות והעיצוב. הפרסים בקטגוריות השונות מוענקים לאמנים הבולטים בתחומם כהוקרה וכעידוד לפועלם וליצירתם האמנותית.
הפרסים המחולקים מטעם המוזיאון הם: פרס סנדברג לאמנות ישראלית, פרס קולינר לאמן ישראלי צעיר, פרס שפילמן הבינלאומי למצוינות בצילום, פרס ז'ראר לוי לצלם צעיר, פרס קבלין לצילום ופרס פינס לגרפיקה ישראלית.
בתחום הארכאולוגיה ניתן החל משנת 1979 פרס פרשיה שימל (Percia Schimmel Award) לארכאולוגים על תרומתם לארכאלוגיה של ארץ-ישראל וארצות המקרא, או לחוקרים שהשיגו הישג חשוב בתחומים קרובים.
פרס נוסף המוענק מטעם מוזיאון ישראל הוא פרס מוזיאון ישראל לאיור ספר ילדים על שם בן-יצחק. זהו פרס שמעניק אגף הנוער במוזיאון ישראל, לאיור ספרי ילדים. הפרס מוענק אחת לשנתיים החל משנת 1978.
מבוך
מבוך הוא חידה הבנויה ממעברים מתפצלים, אשר על הפותר למצוא נתיב דרכה. המבוך שונה מן הלבירינת, שבו מסלול אחד בלבד, והוא לא נועד להקשות על מציאת הדרך בו. המבוך עשוי להיות בנוי חדרים המובילים לחדרים אחרים, כפי שמצוי לעיתים קרובות במשחקי תפקידים בסגנון מבוכים ודרקונים: במובן זה, החדרים מתפקדים כמעברים.
מבוכים נבנים בחללים שונים וקירותיהם עשויים להיות מחומרים שונים: למשל מבוך מקירות אבן, מבוך שקירותיו הם צמחי חיטה או תירס, מבוך מקירות זכוכיות (קרוי גם: מבוך מראות), מבוך הבנוי מאבני ריצוף בצבעים שונים ומבוך שקירותיו עשויים שיחים גבוהים. מרבית מהמבוכים הקיימים מצויים באתרי שעשועים לרווחתם של המשתמשים, והמטרה בהם היא למצוא את היציאה. מלבד המבוכים הקיימים באופן פיזי, ניתן לשרטט מבוכים על גבי נייר ולעקוב אחר הדרך בתוכם באמצעות עיפרון.
חורחה לואיס בורחס מתאר באחד מסיפוריו ספר המהווה מבוך ספרותי.
קיימים אלגוריתמים לייצור מבוכים ביד או באמצעות מחשב.
לפי דברי הרמח"ל בספרו מסילת ישרים, עוד בזמנו (נפטר ב־1744) היו נוהגים שרים לעשות גני מבוך, גנים אלו מכנה הרמח"ל בשם "גן המבוכה". יש הסוברים כי הרמח"ל התייחס למבוך מסוים שכנראה היה מוכר לו - הלבירינת של סטרה.
פתרון מבוכים.
המתמטיקאי לאונרד אוילר היה מן הראשונים לנתח מבוכים מן הבחינה המתמטית. בעשותו כן, ייסד את תורת הטופולוגיה. האלגוריתמים הבאים מיועדים לאדם הנמצא בתוך מבוך, ללא ראיית־על על מבנהו של המבוך. ישנם אלגוריתמים אחרים, המיועדים לפתרון מבוכי־נייר.
עקיבה אחרי הקיר.
אלגוריתם העקיבה אחרי הקיר, הידוע גם בשמו חוק יד ימין או חוק יד שמאל, הוא האלגוריתם המפורסם ביותר לפתרון מבוכים. באמצעות הנחת ידך על הקיר והליכה באותו כיוון כל הזמן, מובטח להולך כי יגיע ליציאה האחרת, אם קיימת כזו, או יחזור לכניסה. בדרך זו יעבור ההולך על פני כל המבוך. השיטה מתאימה רק למבוך פשוט קשר. אם המבוך אינו פשוט קשר, השיטה לא תעזור למצוא את החלקים האחרים של קירות המבוך.
שיטת פלג'.
אם היציאה נמצאת במקרה על חלק הקיר שההולך בחר לגעת בו, היציאה תימצא. אם היציאה והכניסה נמצאות שתיהן על קירותיו החיצוניים של המבוך, וההולך מתחיל בכניסה, הרי שכך הוא הדבר. אך אם ההולך מתחיל מנקודה כלשהי בתוך המבוך, אין הדבר מובטח לו: העוקב אחר קיר יצעד בטבעת אינסופית. שיטת פלג' (על שם ג'ון פלג') מסוגלת לפתור בעיה זו.
לפי שיטת פלג' שמטרתה טיפול במכשולים במבוך, כאשר נתקל ההולך במכשול, עליו לסכום את הזוויות שפנה. כאשר השלים ההולך 360 מעלות, הוא יכול להסיק כי עקב אחר קיר של מכשול ולא אחר קירותיו החיצוניים של המבוך.
בשיטה זו יכול אדם עם מצפן למצוא את דרכו החוצה מכל מבוך סופי הוגן דו ממדי. מבוכים בממד גבוה יותר אינם נפתרים באמצעות שיטה זו ולא באמצעות קודמתה.
עכבר אקראי.
בשיטה זו יכול כל רובוט טיפש או עכבר מעבדה לנקוט, אך לא מובטח כי היא תעבוד. לפי השיטה, על ההולך ללכת בקו ישר עד שייתקל במכשול. אז עליו לפנות בכיוון אקראי.
שיטת טרמו (Tremaux).
שיטה יעילה זו דורשת סימון של נתיב ההולך באמצעות קו על הרצפה. היא פועלת על כל המבוכים בעלי המעברים המוגדרים היטב.
בהגיע ההולך לצומת, אם הוא בלתי מסומן, יבחר כיוון. אם הוא מסומן, יחזור על עקביו.
בהגיע ההולך למעבר שביקר בו כבר: יסמן בו קו שני, ובהגיעו לצומת הקרוב יבחר כיוון בו לא הלך עדיין, אם הדבר אפשרי.
בשיטה זו מובטח כי אין צורך לעבור במעבר מסוים יותר מאשר פעמיים. אם אין למבוך יציאה, ההולך יסיים את דרכו בנקודה בה התחיל. חוזקה של שיטה זו לעומת שיטות עיקוב הקירות הוא בכך שהיא מתייחסת למעברים ולא לקירות, ובכך פותרת את הבעיה האמיתית הניצבת בפני ההולך.
מבוכים בניסויים מדעיים.
מבוכים משמשים בניסויים מדעיים בתחומי הפסיכולוגיה והנאורולוגיה. שימוש אחד במבוכים הוא חקר הלמידה על ידי צפייה בלמידת הניווט של אורגניזם המודל. בניסויים כאלה עושים שימוש בדרך כלל בעכברים או בחולדות. מבוכים המשמשים בניסויים כאלה הם לדוגמה מבוך בארנס, מבוך המים של מוריס ומבוך הזרוע הרדיאלית.
שימוש אחר במבוכים בניסויים מדעיים הוא בהערכה של נזק מוחי שנגרם לאורגניזם מודל כתוצאה ממוטציה, הרעלה וכיוצא בזה. במקרה זה אורגניזם הניסוי נע במבוך אותו אורגניזם הביקורת פותר בקלות.
מבחן התנהגותי לשיתוף פעולה חברתי בחולדות.
מבוך שיתוף הפעולה החברתי של חולדות.
המבוך האוטומטי הוא כלי חדש המאפשר לכמת בצורה יעילה וממוחשבת שיתוף פעולה חברתי בין חולדות. המבוך מורכב מתיבה שחורה שמחולקת באופן אנכי, בחלקה הפנימי, לשני נתיבים על ידי מחיצה שקופה מחוררת, מצלמת וידאו מלמעלה ומיפוי ממוחשב.
המבחן ההתנהגותי.
המבחן מתחלק לשני חלקים והוא מתייחס לשתי חולדות בכל פעם.
חלק ראשון מתבצע בימים 1–12, הזירה מכילה שני מסלולי ריצה, כשכל חולדה רצה במסלול שמופרד על ידי המחיצה השקופה, שבה חורי הרחה בלבד (אין מגע בין החיות).
בחלק הראשון של המבחן המסלולים מחולקים לשני אזורים שווים באורכם על ידי מערכת המיפוי הממוחשבת בלבד, כלומר אין סממן ויזואלי שמעיד על החלוקה. שתי החולדות צריכות לרוץ יחד ולעבור את שני חלקי המבוך בהפרש של לא יותר מחמש שניות כדי לקבל את התגמול המשותף - מי הסוכר. התגמול ניתן לשתי החולדות ואין תחרות על המשאב.
בחלק השני של המבחן בימים 13–18 עולה רמת הקושי במבוך, בכך שהזירה תחולק אוטומטית לשלושה חלקים שווים והחיות מבצעות מבחן שת"פ כמו בניסוי קודם.
המבחן החברתי הראה כי בתוך 18 ימי אימון החולדות הראו למידה חברתית מתקדמת, והצליחו לקבל 13 מנות מי סוכר לעומת 3 בתחילת הניסוי על ידי סנכרון קצב ההתקדמות שלהם.
המבוך ביהדות.