מכאן עלה הורדוס על ירושלים והטיל עליה מצור, יחד עם המפקד הרומאי סילו. משני עברי חומת העיר החל עמות של חילופי דברים שהתנהל לפני סילו על עצם הלגיטימיות של הכתרת הורדוס למלך, ולו גם מנקודת המבט הרומית. הורדוס הכריז סביב החומה שהוא בא לפעול למען "טובת העם והצלת העיר". על דברי הכרוז שלו, השיב אנטיגונוס לסילו שגם על פי המנהג הרומאי, לא יהיה זה צודק "אם יתנו את המלוכה להורדוס, שהוא הדיוט ואדומי, כלומר, יהודי למחצה", והם חייבים לתת אותה לבני משפחת המלוכה המקומית, המקובלת על העם. חילופי הדברים הפכו עד מהרה לגידופים ואנטיגונוס פקד על אנשיו לירות על הצרים. הורדוס שעמד עם צבא שכירי חרב מול צבאו של אנטיגונוס, לא הצליח להתמודד מולו. בנוסף, שיחד אנטיגונוס את סילו שעד מהרה נטש את כיתור העיר ירושלים וירד לאזור השפלה. וכך נותר הורדוס לבדו, הואיל והרומאים באותה עת לא יכלו לבוא לעזרתו, שכן המלחמה עם הפרתים דרשה מהם את כל המשאבים. לפיכך, יצא הורדוס למגר את המרד בגליל. תושבי ארבל נאבקו בו, והוא נלחם בהם במערות שבהר ארבל. בשנת 37 הדפו הרומאים את פלישת הפרתים לסוריה והתפנו לעזור להורדוס. יוסף, אחיו של הורדוס, נחל מפלה ביריחו ונהרג בקרב. יתרה מכך, החלה גם התקוממות בגליל והורדוס נאלץ לחוש לגליל ואחר כך נאלץ לפנות להילחם ביריחו, שם ריכז אנטיגונוס צבא גדול, והורדוס חשש מקרב קשה. אולם אנטיגונוס עשה טעות כאשר פיצל את צבאו ושלח חלק גדול ממנו לשומרון. בשל שגיאתו זו, הורדוס הצליח להכריע את הכוח שנותר על יד הכפר יְשָׁנָה בשומרון. בשנת 37 לפנה"ס, לאחר שנפגש שוב עם אנטוניוס, קיבל הורדוס סיוע של שני לגיונות מהצבא הרומאי, בפיקודו של גאיוס סוסיוס. לאחר מצור בן חמישה חודשים נפלה ירושלים, תוך כדי טבח נורא בתושביה. אנטיגונוס נפל בשבי, והיה מיועד להיות מובל בטריומף ברומא. לבקשתו של הורדוס, שחשש כי לאנטיגונוס תינתן אפשרות והוא יטען בפני הסנאט כי המלכתו אינה חוקית, הוא הוצא להורג בידי אנטוניוס.
בזמן המצור על העיר נישא הורדוס למרים החשמונאית, אשר הייתה מאורסת לו מזה שנים. בנישואין אלו קיווה לחזק את תביעתו לכס המלכות, שהייתה מבוססת על מלכות רומי, יותר מאשר על הסכמת העם או על ייחוס לגיטימי. בכל זאת היו נישואים אלה עבורו יותר מתמרון פוליטי: הורדוס אהב את מרים אהבה עזה, ואילו היא שנאה אותו ובזה לו. הורדוס היה למלך, לאחר שהסיר מדרכו את אחרון מלכי חשמונאי. תקופת מלכותו הייתה ארוכה יחסית, אך היא התאפיינה בעימותים עם מתנגדים מצד אנשי בית חשמונאי, ומצד קבוצות יהודיות שונות שפעלו בממלכת יהודה באותן שנים.
שלטונו של הורדוס.
עלייתו של הורדוס לכס המלוכה בחסות הסנאט הרומאי, מסמלת לא רק את סיום שלטון שושלת בית חשמונאי ותחילת שלטון שושלת בית הורדוס, אלא גם שינוי עמוק בתוכן המלוכה. שלטון בית חשמונאי הושג בעזרת העם והלגיטימיות של משטרם נשענה על החלטת "הכנסת הגדולה" מימיו של שמעון, שקבעה את "חבר היהודים" כשותף לשלטון. ואילו הורדוס הגיע לשלטון לא בתמיכת העם, והיה חייב את עלייתו רק לכישרונו ולתעוזתו. כפועל יוצא מכך היה שלטונו אבסולוטי ורודני.
הורדוס הנהיג מייד עם עלייתו לשלטון טרור פוליטי, כדי להבטיח את כיסאו. הוא הוציא להורג 45 מראשי המשפחות הנכבדות שהיו אנשי אמונו של אנטיגונוס. כמו כן הוציא להורג 21 מחברי הסנהדרין שהשתתפו במשפטו, 12 שנים קודם לכן.
הורקנוס השני, המלך שהוטל בו מום, הוגלה לבבל לאחר עליית אנטיגונוס לשלטון, והורדוס שצפה סכנה בהשפעתו על הקהילה היהודית העשירה ורבת העוצמה בעיר זו, הזמין את הורקנוס לחצרו על מנת שיוכל לשלוט בו.
עתה נמצאו בחצרו של הורדוס עצמו ארבעה מבני משפחת חשמונאי, שיכולים היו לסכן את שלטונו. היו אלה: הורקנוס השני הזקן, בתו אלכסנדרה החשמונאית, וילדיה אריסטובולוס השלישי ומרים החשמונאית. אלכסנדרה הייתה מסוכנת במיוחד, מבחינתו של הורדוס, שכן הייתה לה השפעה רבה בחצרה של קלאופטרה מלכת מצרים, שהייתה המאהבת של מרקוס אנטוניוס, אדונו הרומאי של הורדוס.
הורדוס ניסה להמעיט בהשפעת בני חשמונאי. הוא מינה לכוהן גדול את חננאל הבבלי, שהיה אמנם כהן, אך לא היה ממשפחה מיוחסת. אלכסנדרה ראתה במינוי זה פגיעה בבנה, הנער אריסטובולוס השלישי, ובעזרת השפעתה בחצר קלאופטרה פעלה כי הנער יוזמן לראיון אצל מרקוס אנטוניוס. ברם, הורדוס לא ראה בעין יפה את התקרבותו של אריסטובולוס לחצרו של אנטוניוס, וכדי למנוע פגישה זו, מיהר למנות אותו לכהן גדול והוא בן ה-17 בלבד. מינוי זה הסתיים באסונו של אריסטובולוס הצעיר. הוא הוזמן ליריחו לשהות בחווילתו של הורדוס, ושם בשנת 35 לפנה״ס, הוטבע למוות בבריכה על ידי עבדי הורדוס, באמתלה של תאונה תוך כדי משחק. לאחר הריגתו של אריסטובולוס, הוציא הורדוס להורג את הורקנוס השני, בטענה כי ניסה להרעילו.
פרשת הוצאתה להורג של מרים החשמונאית הייתה פרשה טראגית. הורדוס היה מושפע מאוד מבני משפחתו האדומים הקרובים ולא יכול היה להתנתק מהם, ובמיוחד מאחותו שלום. הם הסיתו אותו נגד בני משפחת חשמונאי. הוא היה חייב לצאת להסביר לאנטוניוס את דבר מותו של אריסטובולוס. לאחר מפלת אנטוניוס בקרב אקטיום, נאלץ לצאת אל השליט החדש אוגוסטוס, ולהפגין כלפיו את נאמנותו. בשתי נסיעות אלה, לא ידע אם ישוב בשלום, השאיר את אשתו מרים תחת משמר, עם פקודה להרגה במקרה שתגיע הודעה על מותו. אך הפקודה להרגה, התגלתה למרים על ידי יוסף, בעלה של שלומית אחות הורדוס, שנצטווה לשמור עליה. כאשר שב הורדוס ממסעותיו, הטיחה בו מרים את האשמה על מתן הפקודה להרגה. הורדוס הזועם טען בפניה שזו ההוכחה לכך שבגדה בו עם יוסף, כמו כן הוא האשים אותה כי זממה להורגו. הוא הורה על משפט, ומרים נדונה למוות. בשנת 29 לפנה"ס הוצאה מרים להורג.
הורדוס אהב מאוד את מרים, אולם היא בזה לו, והייתה בטוחה שלא יאונה לה כל רע למרות הדברים הקשים שהייתה מטיחה בו. ולכן הוצאתה להורג נתפסת כגחמה של קנאה. לאחר ההוצאה להורג חלה הורדוס, ורבים האמינו כי לא יבריא. אלכסנדרה חמותו, ניצלה שעת כושר זו וניסתה להוביל מרד נגדו. אולם, הורדוס קם ממיטת חוליו והורה להוציאה להורג. לאחר מותה של אלכסנדרה המשיך הורדוס לרדוף את אנשי בית חשמונאי, ואף הרג ללא משפט את בני בבא הקרובים אליהם בקרבת דם. מרים החשמונאית ואלכסנדרה היו האחרונות מבנות בית חשמונאי. אחרי אלכסנדרה ומרים, כל בני חשמונאי הנותרים היו בניו של הורדוס, או צאצאיו, אשר נקלעו לעיתים קרובות לעימותים איתו.
הואיל והורדוס מלך בחסות האימפריה הרומית, הוא פעל לחיזוק כוחה של האוכלוסייה הנוכרית בארץ ישראל, שנתפסה כאוכלוסייה נאמנה לרומאים בניגוד לאוכלוסייה היהודית. הוא נשען על נאמנות האוכלוסייה הנוכרית כאמצעי למניעת מרידות וערעור על שלטונו. שומריו היו נוכרים, שפעמים רבות היו עוינים את האוכלוסייה היהודית. אולם, הורדוס יכול היה לבטוח בהם כיוון שלא היה כל חשש לשיתוף פעולה של הצבא עם האוכלוסייה היהודית. כמו כן, גויסו לצבא יהודים מאדום ויהודים שעלו לארץ ישראל, שבהם הורדוס נטה לבטוח יותר מאשר באוכלוסייה היהודית הכללית. רוב צבאו של הורדוס, שגודלו נע בין 20 ל-35 אלף חיילים היה מורכב בעיקר מיהודים, אך היו ביניהם גם שכירי חרב רבים.
בתקופתו של הורדוס לא היו איומים צבאיים של ממש מצד מדינות שכנות, ועל כן יכול היה הורדוס להשקיע רבות בפיתוח כלכלי. מערכת היחסים הטובה שלו עם הנציבים הרומים, עם שלטונות רומא ועם שליטי המדינות השכנות אפשרו פיתוח של המסחר הבינלאומי, שהתבסס על הנמלים החדשים שבנה הורדוס.
הורדוס יישב את החלק הצפוני של עבר הירדן המזרחי שהיה בשליטתו, בנה אמות מים יעילות ופיתח את החקלאות באזור זה ובמקומות אחרים תחת ריבונותו.
אחד האיומים הגדולים על ממלכתו של הורדוס היה מקלאופטרה השביעית, מלכת מצרים מבית תלמי ובת זוגו של מרקוס אנטוניוס, אדונו הרומאי של הורדוס. קלאופטרה שאפה להרחיב את ממלכתה ולהשיב לה את זוהרה, ובין תביעותיה היו שטחים ביהודה, שהיו בעבר חלק מהממלכה התלמית.
בזמן קרב אקטיום, למרות היותו חבר בקואליציית המלכים שהושיטה עזרה צבאית לאנטוניוס, היה הורדוס עסוק במלחמה בממלכה הנבטית. יש הרואים מלחמה זו כתכסיס של הורדוס ואימוץ עמדה נייטרלית בסכסוך בין אנטוניוס לאוקטביוס, מתוך רצון לתמוך בצד שיצא מנצח מן העימות.
תבוסתם של אנטוניוס וקלאופטרה בקרב אקטיום בשנת 31 לפנה"ס כנראה הצילה את ממלכתו של הורדוס מסיפוח למצרים, אולם בשעתו חשש הורדוס משינוי השלטון באימפריה מכיוון שהיה מזוהה עם אנטוניוס. לקראת סוף המלחמה עזר הורדוס לצד המנצח ולשמחתו, אישר אוגוסטוס מחדש את מעמדו מכיוון שהבין, כמו אנטוניוס לפניו, שנאמנותו נתונה בראש ובראשונה לרומא ולא לאדם רומאי מסוים.
הורדוס מיהר לבטא את נאמנותו לאוגוסטוס בכך שייסד שתי ערים לכבודו, קיסריה וסבסטיאה (העיר שומרון), ושלח את בניו להתחנך בחצר הקיסר ברומא. אוגוסטוס כתודה, גמל להורדוס בכך שהשיב לו שטחים שנגזלו ממנו על ידי קלאופטרה וכן הוסיף עליהם שטחים חדשים.
שנותיו האחרונות של הורדוס התאפיינו בסכסוכים משפחתיים וחוסר יציבות בבית המלוכה. את שני בניו ממרים החשמונאית, אריסטובולוס ואלכסנדר, האשים בבגידה, והוציאם להורג בשנת 7 לפנה"ס. את אנטיפטרוס, בנו הבכור מדוריס, הוציא להורג ימים ספורים לפני מותו. ייתכן שהוצאתם להורג של בניו הוא הרקע המקורי לאמירה המפורסמת המיוחסת לאוגוסטוס: "עדיף להיות חזירו של הורדוס מאשר בנו".