נוסף על סוגי הלוחמה האופייניים לקומנדו ימי, בפרט פעולות המצריכות נחיתה מהים, פעולות חבלה בכלי שיט והשתלטות על כלי שיט, מאומנים לוחמי היחידה בפאסט-רופ (השתלשלות בחבלים ממסוקי סער) ובכל צורות לוחמת היבשה ובצניחה מבצעית. השייטת מפעילה צלפים ומשתתפת בלחימה יבשתית טיפוסית ללוחמי חיל רגלים (כך למשל, בזמן האינתיפאדה השנייה השתתפו לוחמי השייטת במספר רב של פשיטות, פעולות ומבצעי מעצר בשטחי יהודה ושומרון כנגד פעילי טרור). בעשורים האחרונים המוניטין של שייטת 13 עלה באופן ניכר וכיום היא נחשבת לאחת מיחידות הקומנדו הטובות ביותר בצה"ל, ולאחת מיחידות הכוחות המיוחדים הטובות בעולם. נכון ל-2021 זכתה היחידה ב-7 ציונים לשבח מטעם הרמטכ"ל ובאות הערכה מטעם הרמטכ"ל.
היחידה משתתפת באימונים משותפים עם יחידות מקבילות מצבאות זרים, כמו אריות הים של צי ארצות הברית (Navy SEALs) וה-SBS הבריטית.
מוטו היחידה: חובר בידי פסיכולוג השייטת, ד"ר בני שליט.
היסטוריה.
שורשיה של השייטת נעוצים בימי שלטון המנדט הבריטי, כאשר פעלו מספר יחידות קומנדו ימי כגון: יחידת מבצעים משולבים (Combined Operation) שנוסדה מקבוצת הכ"ג ופעלה בעורף גרמניה הנאצית במסגרת הצי המלכותי הבריטי והחוליה לחבלה ימית שהוקמה במסגרת הפלי"ם, הזרוע הימית של הפלמ"ח. החוליה פעלה באמצעים פרימיטיביים להטבעת ספינות קרב ואוניות תובלה בריטיות שאורגנו במסגרת הסיירת הפלשתינאית שהוקמה במטרה למנוע את ההעפלה לארץ ישראל.
עם פריצת מלחמת העצמאות בסוף 1947 והקמת השירות הימי לפני הכרזת העצמאות, החלו לפעול שתי יחידות קומנדו ימי, שמקורן בחוליה, אחת של צוללנים והשנייה של מפעילי סירות, שביצעו מספר פעולות נועזות, שהמפורסמת שבהן היא הטבעת האמיר פארוק, אוניית הדגל של הצי המצרי. לאחר המלחמה התגבשו שתי היחידות, יחידת סירות הנפץ בפיקודו של יוחאי בן-נון שהייתה מוצבת ביפו ויחידת הצוללנים בפיקודו של יוסף דרור שהייתה מוצבת בשדות ים.
בסוף שנת 1949 הוחלט לאחד את כל היחידות וב-1 בינואר 1950 הוקמה היחידה המאוחדת שנקראה שייטת 13. מקור השם בתקופת הפלי"ם, שחבריו נהגו להיפגש מדי 13 בחודש בעקבות אירוע שאירע ב-13 בחודש - ספינה בה הפליג חבר הפלי"ם זאב פריד טבעה, והוא הצליח להגיע בשחייה אל החוף. חברי הפלי"ם החליטו להיפגש בתאריך זה ולהרים כוסית. הדבר אף הונצח בפזמון "שושנה", מאת חיים חפר, בשורה הבאה: "ב-13 דן (בן אמוץ) הרים עוד כוסית, לפתע הגיחו ספינות המשחית".
יוחאי בן-נון מונה למפקד השייטת ויוסף דרור מונה לסגנו.
לאחר מלחמת העצמאות.
בתקופה שבין מלחמת השחרור ומלחמת ששת הימים לא ניתנו לשייטת 13 הרבה הזדמנויות להדגים את כוחה. הגבולות של מדינת ישראל היו יבשתיים בעיקרם וליחידה היו בעיקר משימות של איסוף מודיעין בנמלי אויב ובחופיו (כמו מבצע שנונית). באחת הפעולות בנמל ביירות, ב-10 באוגוסט 1959, נתקלו הצוללים זאב אלמוג וזאב אריאל בשומר לבנוני. החלה מהומה בנמל ויריות באוויר וכמעט שהתפתחה תקרית אש בין ספינות חיל הים שהמתינו בעומק הים לבין ספינות משמר לבנוניות. מפקד הפעולה יוחאי בן נון ירה באוויר באחד מתותחי ספינות הטורפדו של חיל הים שליוו את הכוח כדי להרתיע ספינת משמר לבנונית. לזאב אריאל הוענק עיטור העוז על תפקודו בתקרית זו.
מלחמת ששת הימים.
במלחמת ששת הימים נכשלה שייטת 13 במשימות תקיפה אליהן יצאה בלילה הראשון למלחמה:
מלחמת ההתשה.
בעקבות מלחמת ששת הימים נוספו לשליטת ישראל כ-800 ק"מ של גבול ימי, וחלק ניכר משטחי היבשה שנכבשו היה מוקף במכשולי מים. כדי לבצע פעולות קרקעיות מעבר לגבול נדרשו יכולת ומיומנות מיוחדות באמצעים ובשיטות. נוצרה אפוא תשתית נוחה לניצול כישוריה הייחודיים של שייטת 13 בד בבד עם הצורך לפתחם ולשכללם. ואמנם, במהלך 1968 ביצעה שייטת 13 מבצעי סיוע רבים לסיירת מטכ"ל שפעלה לאורך תעלת סואץ, הן בחצייתה והן באבטחת הפעילות שבה.
פעילות דומה ערכה השייטת גם בגזרות אחרות. כך גם פותחו ושוכללו טכניקות החצייה בים במפרץ סואץ. בשייטת נקבע כלל לפיו ההגעה מהים ליעדים שעל החוף או בלב-ים תתבצע אך ורק באמצעות שחייה או צלילה (ללא הָחָפַת סירות). הסיבה לכך הייתה טקטית - משום שבאמצעות טכניקה זו תתאפשר הגעה נסתרת ליעד, ויהיה קשה יותר לאתר את לוחמי היחידה. שיתוף הפעולה שבין שייטת 13 וסיירת מטכ"ל גם נוצל להעלאת הרמה בלחימת חי"ר ובביצוע נוהלי קרב בשייטת, ולראשונה התנהל והתמסד בה ארגון לקרב למבצעי חי"ר. בתקופה זו גם שונו טכניקות הלחימה של השייטת, שופרה אמינות כלי התובלה שלה ואטימות אמצעי הלחימה, יוּצרו אמצעי ניוד שאפשרו להעביר באופן חשאי את כלי התובלה של השייטת לזירת הלחימה שבמערב סיני (דילוג על פני מרחק של 600 ק"מ ויותר מעתלית) ואת אמצעי הורדתם למים. עקב המרחק הגדול שהיה על הכוחות לדלג אל זירת הפעולה והזמן הקצר שעמד לרשותם להכנה לקרב, לתכנון, להצגה לאישור הפעולה (לכחמישה אלופים) ולהיערכות בשטח, נקבעה חלוקה מוגדרת בין הדרג הלוחם ודרג תומכי הלחימה, כך שמעֵבֶר לזמן הנחסך, גם עלתה הרמה המקצועית של שני הדרגים בביצוע הכנותיהם למבצעים.
הוגדרו מחדש הכישורים הנדרשים מלוחמי השייטת, ונעשו רביזיה ואיזון בחלוקת המשימות שבין יחידות הלחימה שלה. נקבע, שכל הלוחמים יהיו גם צוללים וגם פּוׄשטים. איוש הלוחמים ביחידות הלחימה נקבע על-פי קריטריונים איכותיים ורמת המאמצים הנדרשת לביצוע המשימות. התבצעה הכשרה יסודית ומקפת של הדור הצעיר של הקצינים והלוחמים שאומן וחונך לחתור ולהצטיין בקרב. נלמדו ונותחו כשלי השייטת במלחמת ששת הימים, והחינוך התמקד בחתירה לביצוע מושלם השוקד למלא עד תום את המשימה המוטלת. זאת, תוך שמירה והקפדה על ערכי הלחימה ובעיקר - דבקות במשימה, מקצוענות צבאית ומשמעת ברזל.
מפקדת השייטת העריכה כי קרוב היום וצה"ל יחתור לפצל ולפזר את מאמצי אויביו על ידי הרחבת הפעולות ההתקפיות היזומות אל מעבר לתעלת סואץ ודרומה ובעיקר לצפון המפרץ, שבמרחבו – בים ובחוף - נמצאו אובייקטים רבים וחיוניים לאויב. השייטת נערכה לפעול נגדם בעיקר באמצעות פעולות חי"ר ו"חזירים".
במהלך שנת 1969 ביצעה שייטת 13 שורה של פעולות: מיקוש ביבשה, סיורים ביעדים ובמתקנים בלב-ים ובחוף, כשבחלק מהם גם בוצעה חבלה; כמעט בכל הפעילויות הללו הופעלו "חזירים", אם לצורך סיור והיכרות מקדימים ואם כחלק ממרכיבי הכוח הנוטל חלק בפעולה עצמה. פעולות אלו עלו בהדרגה בהיקפן ובעוצמת הכוח שהונחת על צבא מצרים. במחצית שנת 1969 החלה השייטת להסתייע בתא"ל רפאל איתן, שהיה קצח"ר (קצין צנחנים וחי"ר ראשי), בתכנון מבצעי החי"ר ובאימונים לקראתם.
ב-20 ביוני 1969 נערך מבצע בולמוס 5 - פשיטת יחידה של שייטת 13, בפיקודו של סגן-אלוף זאב אלמוג, על תחנת משמר של צבא מצרים בראס עדבייה שבצפון מפרץ סואץ.
ב-20 ביולי 1969 השתתפו לוחמי השייטת, יחד עם לוחמי סיירת מטכ"ל, בפשיטה על האי גרין. סגן עמי אילון, לוחם השייטת, קיבל את עיטור הגבורה על חלקו בקרב זה.
במהלך מבצע אסקורט הטביעו לוחמי הקומנדו שני סט"רים (ספינות טורפדו) פי-183, הם חדרו למעגן בצפון מפרץ סואץ עם שני "חזירים" ובאמצעות מוקשי עלוקה השמידו את הסט"רים. בדרכם חזרה, כנראה כתוצאה מתקלה במנגנון השמדה עצמי, התפוצץ אחד ה"חזירים" וגרם למותם של שלושה לוחמים.
לאחר תום המלחמה ביצעה היחידה פעולות של חבלה ימית ופשיטות על קיני המחבלים בלבנון. שייטת 13 לקחה חלק באפריל 1973 במבצע אביב נעורים יחד עם סיירת מטכ"ל, הצנחנים ו"המוסד", שבו הותקפו מספר יעדי פת"ח והחזית העממית לשחרור פלסטין בביירות ובאזור צידון, בתגובה לגל התקפות טרור שביצעו ארגונים פלסטיניים. במבצע נהרגו שלושה מבכירי פת"ח, שהופתעו בדירותיהם, ועוד עשרות מחבלים.
פעילות הלחימה הרבה והמוצלחת של שייטת 13 במהלך מלחמת ההתשה, אשר הציבה את חיל הים על מפת הפעילות המבצעית של צה"ל, העלתה את האמון בשייטת 13 ובעקבותיה בחיל הים בכללו. פעילות זו טיהרה את שייטת 13 בפרט ואת חיל-הים בכלל על כשליהם במלחמת ששת הימים ושורת האסונות שאירעו בזירה הימית במחצית השנה שלאחר המלחמה, והעלתה את הלגיטימציה שלהם.
מלחמת יום הכיפורים.
במלחמת יום הכיפורים זכו לוחמי השייטת להישגים רבים, בין היתר, במבצע ליידי - חדירה לנמל פורט סעיד עם "חזירים" ופגיעה בארבע ספינות מלחמה: ספינת טורפדו, ספינת סיור, נחתת טנקים (נט"ק) וסטי"ל. שני לוחמים, סרן עודד אמיר ורס"ל עלי קמחי, לא חזרו ממשימתם. בקשות לקבל מידע מהמצרים לא העלו דבר.והוכרזו כחללים שמקום קבורתם לא נודע. על מבצע זה הם זכו הראשון בעיטור הגבורה והשני בעיטור העוז.
בנוסף לפעולה זו, ערכה השייטת שש פעולות התקפיות בזירת ים סוף, ובמרכזן מבצעי מגבית - הטבעת שני סטי"לים מסוג "קומאר" באזור דרום מפרץ סואץ, האחד עם מוקשי עלוקה והשני בירי רקטות לאו (רקטת נ"ט M-72).
מבצעי עלייה.
בשנים 1972–1973 קיימה השייטת (בשיתוף המוסד) כ-20 מבצעים להעלאת צעירים יהודים מסוריה לישראל דרך חופי טרטוס ולבנון.
בשנות ה-80 של המאה ה-20, במבצע משה ובתקופה שקדמה לו, השתתפו לוחמי שייטת 13 בהעלאת יהודים מאתיופיה לישראל בדרך הים.
לחימה במחבלים.