יצירה מהמאה ה -18 בשם Pag sam jon zang מגוללת אגדה טיבטית נוספת הקובעת שה (מקדשים) והוויהארות (מנזרים) בנלנדה תוקנו שוב על ידי חכם בודהיסטי בשם מודיטה בהאדרה וכי קוקוטסידהא, שר מטעם המלך השליט, הקים שם מקדש. על פי הסיפור שכאשר נחנך המבנה, התייחסו כמה נזירים צעירים טירונים בחוסר כבוד לשני נזירים הינדים צעירים קבצנים (ברהמניים) שהופיעו שם בכך ששפכו עליהם מי כביסה. כנקמה, הקבצנים ביצעו סיגוף בן 12 שנים, ובסיומו ביצעו קורבן אש וזרקו "גחלת חיה" מבור הקורבן אל המקדשים הבודהיסטים. על פי הדיווחים, ההתלקחות שהתרחשה פגעה בספרייה של נלנדה. זרם מים מופלא זרם מכתבי יד קדושים בקומה התשיעית של רטנודאדי שאפשר להציל כתבי יד רבים. הכופרים נספו ממש באש שהציתו. אמנם לא ידוע מתי אירוע זה אמור היה להתרחש, אך עדויות ארכאולוגיות (כולל ערימה קטנה של אורז שרוף) מצביעות על כך שאש גדולה אכן כילתה מספר מבנים במתחם יותר מפעם אחת. כתובת אבן מציינת את חורבן האש והשחזור לאחר מכן במהאוויהארה בתקופת שלטונו של מאהיפאלה (שלט 988–1038).
יוהאן אלברסקוג (Johan Elverskog), חוקר מרכז אסיה, האסלאם והבודהיזם, פרופסור ויו"ר ללימודי דת ב בטקסס, בחן את הסיבות הרחבות יותר להידרדרותה של נלנדה כמרכז תרבותי, וכיצד היא משמשת ברטוריקה אנטי-אסלאמית מסוימת, ומתאר כיצד בודהיסטים מקומיים עשו עסקאות עם שליטים מוסלמים בשלב מוקדם, שהבטיחו שהפעילות הבודהיסטית בנלנדה נמשכה מאות שנים: הוא אומר שמאסטר הודי אחד "הוכשר והוסמך בנלנדה לפני שנסע לחצר קובלאי חאן", וכי נזירים סינים נסעו לשם לקבל טקסטים עוד במאה הארבע עשרה, ומסיק כי "הדהרמה שרדה בהודו לפחות עד המאה השבע עשרה". הוא מאשים בעיקר את ההיסטוריוגרפיה הבריטית, שהשתמשה ב"טענות אלה של ברבריות ושלטון בלתי אנושי של מוסלמים על מנת להצדיק את הכנסת צורת השלטון הקולוניאלי הכביכול הומאני ורציונלי".
הרושם שיצר החורבן וההשפעה על מסורת הבודהיזם הטיבטי.
המנהל האחרון של נלנדה, שאקיאשרי בהאדרה מקשמיר, ברח לטיבט בשנת 1204 בהזמנתו של המתרגם הטיבטי טרופו לוטאווה. חלק מספרי נלנדה ששרדו נלקחו על ידי נזירים שנמלטו לטיבט. הוא לקח איתו כמה מאסטרים הודים. המסורת הבודהיסטית הטיבטית נחשבת כהמשך למסורת נלנדה. הדלאי לאמה ציין: . הדלאי לאמה מתייחס לעצמו כמי שממשיך את השושלת של 17 המאסטרים של נלנדה.
תחת חברת הודו המזרחית הבריטית והאימפריה הבריטית (1800–1947).
לאחר שקיעתה נשכחה נלנדה במידה רבה עד שהרופא הסקוטי , שתרם תרומה משמעותית כגאוגרף, זואולוג ובוטנאי בעת שהתגורר בהודו, סקר את האתר בשנים 1811–1812 לאחר שהמקומיים בסביבה הפנו את תשומת לבו למכלול עצום של חורבות באזור. עם זאת, הוא לא קישר את תלוליות האדמה והחורבות לנלנדה המפורסמת. קשר זה נקבע על ידי מייג'ור מרקהאם קיטו (Markham Kittoe) בשנת 1847. , מהנדס בריטי שהקים את ערך סקר רשמי בשנים 1861–1862. חפירה שיטתית של ההריסות על ידי הסקר הארכאולוגי של הודו לא החלה לפני 1915 והסתיימה בשנת 1937.
מקבלת העצמאות (1947–הווה).
לאחר העצמאות התקיים סבב החפירות והשחזור השני בשנים 1974–1982. ב-1951 הוקם ליד חורבותיה של נלנדה מהאוויהארה המוסד "נאווה נלנדה מהאוויהרה" (Nava Nalanda Mahavihara, "נלנדה מהאוויהרה החדשה"), מרכז מודרני לפאלי ולבודהיזם ברוח המוסד הקדום, על פי הצעתו של ד"ר ראג'נדרה פראסאד, נשיא הודו הראשון. היא קיבלה מעמד מקביל לאוניברסיטה (Deemed university, במונחי ההשכלה הגבוהה בהודו) בשנת 2006.
ב-1 בספטמבר 2014 החלה שנת הלימודים הראשונה של המודרנית עם 15 סטודנטים, בראג'גיר הסמוכה. אוניברסיטת נלנדה (הידועה גם בשם אוניברסיטת נלנדה הבינלאומית) היא אוניברסיטה בינלאומית ועתירת מחקר הממוקמת בעיר ההיסטורית ראג'גיר בביהר, הודו. היא הוקמה על ידי חוק של הפרלמנט כדי לחקות את האוניברסיטה העתיקה המפורסמת של נלנדה, שפעלה בין המאות ה-5 ל-13. הרעיון להחיות את אוניברסיטת נלנדה אושר בשנת 2007 ב, המיוצגת בעיקר על ידי מדינות אסיה, כולל סין, סינגפור, יפן, מלזיה ווייטנאם, מלבד אוסטרליה וניו זילנד, וככזו האוניברסיטה נתפסת כאחת מפרויקטי הדגל של ממשלת הודו. היא הוגדרה כ"מוסד בעל חשיבות לאומית" על ידי הפרלמנט. בתחילה היא הוקמה במבנים זמניים בראג'גיר. קמפוס מודרני המשתרע על פני 1,600 צפוי להסתיים עד סוף שנת 2021. עם השלמתו, יהיה קמפוס זה הגדול מסוגו בהודו, ואחד הגדולים באסיה.
המהאוויהארה ("המנזר הגדול").
בעוד שהריסותיה שנחפרו משתרעות כיום על שטח באורך 488 מטרים על 244 מטרים או כ-120 דונם בלבד, נלנדה מהאוויהארה השתרעה על שטח הרבה יותר גדול בימי הביניים. הנושאים שנלמדו בנלנדה כיסו כל תחום למידה, וזה משך תלמידים וחוקרים מקוריאה, יפן, סין, טיבט, אינדונזיה, פרס וטורקיה.
שוואנדזאנג השאיר תיאורים מפורטים של בית הספר במאה השביעית. הוא תיאר כיצד נראה כאילו המגדלים שנבנו במרחקים אחידים, יער הביתנים, ההרמיקות (מבנה בודהיסטי) והמקדשים "מרחפים מעל הערפילים בשמיים", כך שמהתאים שלהם הנזירים "יכולים להיות עדים להולדת הרוחות והעננים". הצליין כתב: "בריכת תכלת מתפתלת סביב המנזרים, מעוטרת בפרחי הלוטוס הכחולים; הפרחים האדומים המרהיבים של הקנאקה המקסימה תלויים פה ושם, וחורשות עצי מנגו בחוץ מציעות לתושבים בצפיפותן את הצל המגן".
האוניברסיטה.
בשיאו משך בית הספר אליו מלומדים ותלמידים מקרוב ומרחוק, כאשר חלקם הגיעו מטיבט, סין, קוריאה ומרכז אסיה. השיטות הפורמליות ביותר של לימודי בודהיזם סייעו להקמת מוסדות הוראה גדולים כגון , נלנדה ו, המאופיינים לעיתים קרובות כאוניברסיטאות המוקדמות של הודו. עדויות ארכאולוגיות מציינות גם מגע עם שבאינדונזיה, שאחד ממלכיה בנה מנזר במתחם. נלנדה שגשגה בחסות אימפריית גופטה במאות ה-5 וה-6, ובהמשך בתקופת הקיסר שבירתו ב. המסורות התרבותיות הליברליות, ירושה מעידן גופטה, הביאו לתקופה של צמיחה ושגשוג עד המאה התשיעית לספירה. המאות שלאחר מכן היו תקופה של ירידה הדרגתית, תקופה שבה ההתפתחויות הטנטריות של הבודהיזם הפכו לבולטות ביותר במזרח הודו תחת .
הרבה מהידע שלנו על נלנדה נובע מכתביהם של נזירים עולים לרגל מאסיה, כגון שוואנדזאנג וייג'ינג, שהגיעו למהאוויהארה במאה השביעית לספירה. וינסנט סמית' (Vincent Arthur Smith; 1843–1920), היסטוריון אירי שהתמחה בתרבות ההודית, ציין כי "היסטוריה מפורטת של נלנדה תהיה היסטוריה של בודהיזם מזרם המהאיאינה". רבים מהשמות שרשום שוואנדזנג בסיפור המסע שלו כבוגרי נלנדה הם שמותיהם של אלה שפיתחו את הפילוסופיה הכוללת של המהאיאנה. כל התלמידים בנלנדה למדו את מהאיאנה, כמו גם את הטקסטים של שמונה עשרה כתות הבודהיזם. תוכנית הלימודים שלהם כללה גם נושאים אחרים, כגון הוודות, לוגיקה, דקדוק של סנסקריט, רפואה ופילוסופיה הסמקיה.
נלנדה נהרסה שלוש פעמים, אך נבנתה מחדש רק פעמיים. הוא נבזזה ונהרסה על ידי צבא השושלת הממלוכית של סולטנות דלהי בפיקודו של בחטיאר ח'לג'י סביב שנת 1202. בעוד שמקורות מסוימים מציינים כי המהאוויהארה המשיכה לתפקד באופן מאולתר לאחר מתקפה זו, היא ננטשה בסופו של דבר כליל ונשכחה עד המאה ה-19, אז האתר נסקר ונערכו חפירות מקדימות על ידי . בשנת 1915 החלו חפירות שיטתיות, שחשפו אחד עשר מנזרים ושישה מקדשים מלבנים המסודרים בשטח של 120 דונם. מטמון של פסלים, מטבעות, חותמים וכתובות התגלו בחורבות, רבים מהם מוצגים במוזיאון הארכאולוגי של נלנדה, הנמצא בסמוך. נלנדה היא כיום יעד תיירותי בולט, וחלק מהאתרים הפופולריים של התיירות הבודהיסטית.
ב-25 בנובמבר 2010, "החייתה" ממשלת הודו, באמצעות חוק פרלמנט, את האוניברסיטה העתיקה באמצעות הצעת חוק אוניברסיטת נלנדה, שבאמצעותו בחרו ליצור את אוניברסיטת נלנדה החדשה והבלתי קשורה יחסית בקרבת מקום. היא הוגדרה כ"אוניברסיטה הבינלאומית בעלת חשיבות לאומית", ובהתאם היא נתונה לפיקוח ממשלתי אינטנסיבי, כששני מנהליה לשעבר אמרו במפורש שפעולות הממשלה היו הגורם להחלטתם לעזוב את תפקידם וכי קורסים נסגרים בשל חברי מפלגת השלטון המסתייגים מהם.
הספרייה.
ברור מכמות הטקסטים שייג'ינג נשא עימו לאחר מגוריו בן 10 השנים בנלנדה, כי בוודאי הייתה במהאוויהארה ספרייה מצוידת היטב. מקורות טיבטיים מסורתיים מזכירים את קיומה של ספרייה נהדרת בנלנדה בשם דהארמאגנג'ה (שוק האדיקות) שכללה שלושה בניינים גדולים מרובי קומות: רטאנאסאגרה (אוקיינוס התכשיטים), הרטנודאדהי (ים התכשיטים) ורטנאראנג'קה (מעוטר בתכשיט). גובהו של הרטנודאדהי היה תשע קומות והוא הכיל את כתבי היד הקדושים ביותר, לרבות הסוטרה של פראז'נה פרמיטה וה.
מספר הכרכים המדויק שהיו בספריית נלנדה אינו ידוע, אך ההערכה היא שמדובר במאות אלפים. כאשר מת מלומד בודהיסטי בנלנדה נוספו כתבי היד שלו לאוסף הספרייה. הספרייה לא רק כללה כתבי יד דתיים אלא היו בה גם טקסטים בנושאים כמו דקדוק, לוגיקה, ספרות, אסטרולוגיה, אסטרונומיה ורפואה. נראה שלספריית נלנדה הייתה שיטת סיווג שהתבססה אולי על תוכנית סיווג טקסט שפותחה על ידי בלשן הסנסקריט, . סביר להניח שהטקסטים הבודהיסטים חולקו לשלוש מחלקות המבוססים על שלוש החטיבות העיקריות של ה: וינאיה, סוטרה ואבהידהמה.
תוכנית הלימודים.
בביוגרפיה שלו על שוואנדזאנג קבע הווי-לי כי כל התלמידים בנלנדה למדו את "הרכב הגדול" (מהאיאנה) וכן את עבודותיהם של שמונה עשרה כתות הבודהיזם. בנוסף לאלה, הם למדו נושאים אחרים כגון הוודות, הטווידיה (לוגיקה), שבדווידיה (דקדוק ופילולוגיה), צ'יקיטסווידיה (רפואה), העבודה על קסמים () ופילוסופית הסמקיה.