לאורך גבול זה החלו לפעול במהלך מלחמת העצמאות אך בעיקר לאחריה קבוצות של פליטים פלסטיניים שניסו לחלץ את רכושם. ניסיונות אלו הוכשלו תחילה על ידי ישראל בשיתוף ירדן והמגעים בנושא זה אף הביאו, כאמור, להתקדמות לקראת הסכם שלום שנתקע בעקבות הכרזת הליגה הערבית מאפריל 1950. במהלך 1951 התדרדר המצב הביטחוני בגבול מה שהביא לריבוי פעולות תגמול של ישראל כלפי המחבלים בשטחה של ירדן ועם הרצחו של עבדאללה ב-20 ביולי 1951 בעיר העתיקה של ירושלים, על ידי קבוצת מתנקשים פלסטיניים קיצוניים שהיו בקשר עם המופתי של ירושלים לשעבר חאג' אמין אל-חוסייני, בשעה שעמד להיכנס לתפילה במסגד אל-אקצא, התנדפו הסיכויים להשגת שלום בין ישראל לבין ירדן, והמצב הביטחוני המשיך להתדרדר. הסכמים מקומיים בין מפקדי הגזרות הישראלים והירדנים, שאסרו על ישראל לבצע פעולות תגמול, הביאו לרגיעה מחודשת החל מינואר 1952 וההסכמים תוקנו במאי כך שישראל תהיה רשאית להגיב באופן חלקי, מה שהביא להתגברות פעולות התגמול שלה בשטח ירדן. ניסיון חזרה להסכמי ינואר 1952 שנערך בדצמבר נכשל במהרה וישראל ערכה מספר רב של פעולות תגמול כנגד ירדן החל מינואר 1953 שאף הביאו את ירדן לנסות ולהפעיל את חוזה ההגנה שלה עם בריטניה. ביוני 1953 הוסכם שוב על התמודדות משותפת כנגד ההסתננות אך החוזה לא יושם. פעולת קיביה שנערכה באוקטובר היוותה את שיא הפעילות הישראלית כנגד ההסתננויות משטח ירדן, בעקבותיה אמנם נפרס הלגיון הירדני לאורך הגבול (בעוד שקודם לכן טיפלו בתופעה רק כוחות מקומיים) וחלה ירידה בכמות ההסתננויות.
לקראת אביב 1954 חלה התדרדרות במצב הביטחוני כאשר בעקבות טבח מעלה עקרבים ביצעה ישראל את פעולת נחלין ואנשי מחלקת המדינה אף העריכו שהמצב עשוי להתדרדר למלחמה. במהלך התדרדרות זו גם פרשה ישראל בסוף מרץ מוועדת שביתת הנשק ישראל-ירדן (אליה שבה באוקטובר) ונערכו חילופי אש כבדים בירושלים בסוף יוני. במאי אותה שנה רדפו תושבי עין גדי לתוך שטח ירדן בעקבות מסתננים שגנבו פרות, ובהיתקלות עם כוח של הלגיון הרגו 3 חיילי לגיון ואזרח ירדני. החל מאמצע 1954 החלה רגיעה בגבול שבין המדינות שנמשכה עד לנובמבר 1955.
בנובמבר 1955 הייתה החמרה במצב הביטחוני לאורך הגבול אולם זו פסקה לאחר הגבלת חופש הפעולה של הנספח הצבאי המצרי בירדן. רגיעה זו נשברה בעקבות המשבר הפנימי בירדן בעקבות פיטוריו של גלאב, מפקד הלגיון הערבי בתחילת מרץ 1956 שהביאה לגידול רב במספר ההסתננויות ולהחמרה בתוצאותיהן. כתוצאה משינוי זה החל צה"ל בסדרת פעולות תגמול החל מספטמבר שנמשכו עד למלחמת סיני בסוף אוקטובר ולסיום פעולות הפדאיון בעקבותיה.
פיתוח מקורות מים וניצול מי הירדן.
כבר משנות ה-20 של המאה ה-20 התגבשו הצעות שונות לפתרון בעיית המים בישראל, שעיקרה בנגב ותוכניות שהיו משולבות איתן לפתרון בעיית המים בעבר הירדן. עם תחילת העבודות בספטמבר 1953 הגיבו הסורים במחאה לאו"ם על הפרת הסטטוס קוו, אך עם התגברות העבודות בצד הישראלי, המצב באזור הסלים. כדי למצוא פתרון לחלוקת מי הירדן ולהנחת יסוד למפעלי פיתוח אזוריים, שיגר הנשיא האמריקני אייזנהאואר ב-1953 את איש העסקים אריק ג'ונסטון בתור "שגריר מיוחד לענייני מים", שינסה להגיע לפשרה בשאלת חלוקת מכסות המים. על פי התוכנית שהציע, לישראל הוקצבו מעל 38 אחוזים ממכסת מי הירדן והיתר הוקצו למדינות ערב, כאשר ירדן קיבלה את מכסת המים הגדולה ביותר. חלוקת מכסות המים נועדה להביא לשיתוף פעולה, לפחות מוגבל, בין ישראל למדינות השכנות.
ביולי 1955 אישרה ממשלת ישראל את התוכנית וגם הוועדה הטכנית של הליגה הערבית קיבלה אותה. אולם שלושה חודשים לאחר מכן דחתה אותה הוועידה המדינית של הליגה הערבית בטענה, כי קבלת התוכנית פירושה הכרה בישראל.
ישראל וירדן החלו בפעילות לפיתוח מפעלי המים לאחר מערכת סיני. ממלכת ירדן הייתה הראשונה לפעול ובאוגוסט 1958 החלה, בסיוע כלכלי אמריקני, בפיתוחה של תעלת הע'ור, מנהר הירמוך לאורך הצד המזרחי של הירדן, להשקיית 120 אלף דונמים.
ממבצע סיני ועד למלחמת ששת הימים.
במשך השנים התרחשו אירועי ירי רבים בהם חיילים ירדנים ממזרח ירושלים פתחו באש על אזרחים ישראלים במערב העיר; במאי 1965 נרצחו ילדה בת 16 וגבר, מירי של חיילים ירדנים על שכונת מוסררה.
פעולות הפדאיון וכן המאבק על השליטה בגדה המערבית הביאו את ירדן וישראל לשתף פעולה וישראל הרתיעה כוחות ערביים זרים מלהתפרס בתוך שטחה של ירדן דבר שמנע מצבא עיראק להיכנס אליה. לפני מלחמת ששת הימים הוגדרה ירדן כ"פקק ביטחון" במערכת הסבוכה שבין ישראל לשאר מדינות ערב ולכן לא רצתה ישראל לשנות את הסטטוס קוו עם ירדן באותן השנים.
ירדן היוותה מכשול בניסיון ליצור איחוד בין מצרים לסוריה תחת קע"ם שנעשה בפברואר 1958 ונעשו ניסיונות להתנקש בראשי ירדן על מנת לזרוע מבוכה שתכשיר את הקרקע לסיפוחה. בפברואר התאחדו שתי המדינות ההאשמיות - ירדן ועיראק בקונפדרציה רופפת ובמאי פרצה מלחמת אזרחים בלבנון. מצב אזורי מעורער זה וחתרנות מצרית הביא את המשטר בירדן לקרוא לעזרתו את עיראק, עיראק נענתה אך כוח הסיוע ששלחה לירדן הפיל תחת זאת את המשטר בעיראק ב־14 ביולי. נפילה זו של המשטר ערערה עוד יותר את המשטר בירדן והיא הפעילה את הסכם הסיוע הצבאי שלה מול בריטניה. שלושה ימים לאחר מכן הונחתו בירדן נחתים בריטיים שהגיעו מקפריסין (שהייתה תחת שלטון בריטי באותה עת) דרך שמי ישראל. לפי יובל נאמן, בריטניה הסכימה למכור לישראל 2 צוללות ו 50 טנקי צנטוריון תמורת ההרשאה הישראלית להטיס כוח זה מעל ישראל.
לאחר ההתנקשות בראש ממשלת ירדן חזעא מג'אלי ב-1960 תכנן חוסיין מלך ירדן פעולת תגמול נגד סוריה, ולצורך כך נדרש לו שקט בגבול עם ישראל. ב-14 בספטמבר הגיע שליח מיוחד לראש אמ"ן, אלוף חיים הרצוג, עם הבהרה שירדן עומדת לדלל את כוחותיה בגבולה עם ישראל והם רוצים לדעת אם ישראל לא תנצל מצב זה כדי לפגוע בירדן. ראש הממשלה דוד בן-גוריון החזיר הודעה, שקיומה של ירדן כמדינה עצמאית הוא אינטרס ישראלי. זה היה הצעד הראשון של שותפות לא רשמית בין ישראל וירדן.
באותה תקופה החל חוסיין לקיים תקשורת אלחוטית מוצפנת ישירה עם המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים. אפרים הלוי סיפר על כך:
בשנת 1963 נפגש חוסיין לראשונה עם ישראלי. היה זה יעקב הרצוג, יועץ לראש הממשלה החדש של ישראל, לוי אשכול. פגישה זו הייתה ראשונה מבין פגישות רבות, ונערכה בלונדון. בין היתר נפגש חוסיין בשנת 1965 עם גולדה מאיר. בפגישות אלו תואמו היחסים בין שתי המדינות, סוכם על שיתוף פעולה מודיעיני ושיתוף פעולה בתחום המים, כמו גם על מגבלות על העברת משוריינים לגדה המערבית, שהייתה עדיין בשליטת חוסיין.
למרות כל אלה היה על חוסיין לאזן בין כל הגורמים ולשתף פעולה עם הלכי הרוח בעולם הערבי. בינואר 1964 חידש את היחסים הדיפלומטיים עם מצרים הנאצריסטית. בספטמבר 1964 השתתפה ירדן בוועידת הפסגה הערבית שנערכה באלכסנדריה, שם נאלצה להכיר בישות חדשה "הארגון לשחרור פלסטין", על אף שמכך השתמעה קריאת תיגר על שליטתה בשטחי הגדה המערבית.
פעילותם של אנשי הארגון לשחרור פלסטין הביאה את צה"ל להבנה כי אין לסמוך על חוסיין בבלימת המחבלים. ב-13 בנובמבר 1966 ביצע צה"ל את פעולת סמוע, אחת הגדולות שבפעולות תקופה זו, כשפשט על הכפר סמוע הסמוך לחברון. בפעולה נהרגו עשרות חיילים ירדנים. הפעולה הביאה לגל של מחאות כנגד חוסיין (שחייב אף הפעלת טנקים בשכם) ולערעור נוסף של משטרו, כאשר תחנות הרדיו במצרים שידרו תעמולה המציגה אותו ככלי שרת של הישראלים ושל המעצמות המערביות ואילו צה"ל ריכז כוחות בגבול בעקבות ההפגנות האלימות.
המתיחות באזור הביאה את חוסיין לכלל החלטה אסטרטגית, לשתף פעולה עם מצרים ועם סוריה במה שהסתמן כסיבוב נוסף במלחמות המזרח התיכון. ב-30 במאי 1967 טס חוסיין לקהיר ושם חתם עם נאצר על "הסכם הגנה". צבאו של חוסיין הועמד תחת פיקוד מצרי, וניתנה ערובה מצרית להגנה על ירדן במקרה של תקיפה ישראלית. בכך הפך עצמו חוסיין מטרה לתקיפה ישראלית, כאשר המלחמה הייתה בשלב זה כמעט בלתי נמנעת. הצבא הירדני נתפס כאיום גדול אף מן הצבא הסורי, והצטרפותו לברית כנגד ישראל הידקה את תחושת המצור והדחיפות שקדמה למלחמת ששת הימים.
ממלחמת ששת הימים עד מלחמת יום הכיפורים.
בשנת 1967 הצטרף חוסיין למלחמה נגד ישראל. על פי הערכתו של משה דיין היה זה בעקבות איחוד הכוחות בעולם הערבי וחוסר רצונה של ירדן להיות מבודדת. בנוסף, מאז פשיטת צה"ל על כפר סמוע, חשד חוסיין שאם תתגרה סוריה בישראל תעדיף ישראל להכות בירדן מאשר בסוריה, מפני שסוריה הייתה בת חסותה של ברית המועצות. נוסף על כך, הזהרות מפני תסיסה פנימית הביאו את חוסיין להצטרף למלחמה.