באיגרת אל הרומים, שנמעניה היו יהודים ברומא, גורס פאולוס (ב' כ"ה-כ"ט) כי "יש ערך למילה, אם אתה מקיים את התורה, אך אם אתה מפר את התורה, מילתך נהיית לערלה. לכן, אם ישמור ערל את משפטי התורה, האם לא תחשב לו ערלתו למילה?... הן לא על פי מראית עין יהודי הוא יהודי, ולא מה שנראה בגוף מהווה מילה. יהודי הוא זה שבפנימיותו הוא יהודי ומילה היא זו שבלב, לפי הרוח ולא לפי אות כתובה". באיגרת הראשונה אל הקורינתים, שמענה היה מתנצרים מבין הגויים מדגיש פאולוס (ז' י"ח) כי כל אדם צריך "לחיות... לפי מצבו כאשר קרא לו האלוהים... אם נקרא האיש [לאלוהים] בעת היותו נימול, אל ימשוך לו ערלה. אם נקרא כשהוא ערל, אל ימול. לא המילה חשובה, אף לא הערלה, אלא שמירת מצוות האלוהים".
גזירות על המילה.
גזירות אנטיוכוס.
בשנת 167 לפנה"ס, אנטיוכוס הרביעי הטיל שורה של גזירות על הדת היהודית, הידועות גם כגזירות השמד. ביניהן נאסרה המילה. האיסור נאכף באמצעות הוצאתם להורג של המוהלים ושל התינוקות הנימולים. גזירות אלו היו המניע המיידי לפרוץ מרד החשמונאים. בשלבו הראשוני הסתכם המרד בפשיטות על מקומות היישוב היהודיים, והללו כללו ביצוע ברית מילה לפעוטות היהודים הערלים שנמצאו.
גזירות אדריאנוס.
הרומים, שהייתה להם השפעה ניכרת על מהלכיה של הממלכה החשמונאית, לא נקטו כל צעד להגבלת המילה וגם סיפוחה של יהודה לרומא במאה הראשונה לפני הספירה לא הביא להגבלות עליה. הרומים ירשו את הסתייגותם של היוונים מהמילה, אך לא התערבו בנוהג וניתן למצוא שלל עדויות על אירועי מילה מאותה תקופה.
בגישתם של הרומים חל שינוי במאה השנייה לספירה. קורנליה דה סיקאריס, אחד מחוקי סולה (lex cornelia de sicariis et veneficis) המכוון לאסור על מעשי התנקשות וכישוף נאכף ביתר קפידה בתקופת הקיסר הדריאנוס, החל משנת 117 לספירה, גם כאיסור על סירוס, שנחשב אחד ממאפייניהם של המתנקשים (sicarii). השערה רווחת היא כי איסור הסירוס הורחב עד מהרה לכל חיתוך באבר המין, ובכך גם לאיסור המילה. שני המקורות היחידים הנוקבים במפורש בסיבות למרד בר כוכבא הם קסיוס דיו והחיבור "היסטוריה אוגוסטה". לפי "היסטוריה אוגוסטה" האיסור חל גם על ברית המילה והיה הסיבה לפרוץ המרד. מהימנותו של "היסטוריה אוגוסטה" בנושא זה, כבנושאים אחרים, קלושה, אך יש המקבלים את גרסת החיבור ביחס לפרוץ המרד. חוקרים אחרים סבורים כי האיסור על המילה בא כתגובה למרד בר כוכבא. לפי דברי חכמים מאותו הדור, כפי שהובאו בתלמוד, גם הפעם האיסור נאכף באמצעות הטלת עונש מוות, בו הסתכנו רבים. עם עלותו לשלטון של אנטונינוס פיוס, קיסר רומא משנת 138 לספירה, הותר ליהודים למול את בניהם, אך האיסור נותר בתוקפו ביחס לשאר האוכלוסייה, ובכך מנע אפשרות של גיור גברים.
בדיאלוג עם טריפון היהודי שנכתב קצת לפני שנת 160, נכתב כי היהודים מלים את בניהם.
בעת החדשה.
גם לאחר שרבים מיהודי אירופה עברו תהליך של חילון וזניחה של המסורת הדתית, נותר לברית המילה מעמד מרכזי שנשלל ממצוות אחרות שנזנחו. ראייתה כטקס מעבר המקביל לטבילה לנצרות הוביל לאמונה רווחת שילד ערל אינו נחשב ליהודי: ביידיש עממית רווח המושג "צו יידישען" (להפוך ליהודי) עבור הטקס. היה זה גם כמעט הציווי היחיד שבתי-הדין הרבניים של הקהילות, שכנפיהם קוצצו עם האמנציפציה, יכלו להמשיך ולאכוף; ברוב היבשת היה נהוג שרישום בפנקס העדה של ילד כיהודי מחייב מילה. מקרים ספורים של הורים שסירבו למול אך תבעו לרשום את בניהם עוררו פולמוס בשורה של שערוריות סביב אמצע המאה ה-19. הגדולה שבהן אירעה בפרנקפורט דמיין ב-1843, כשבנקאי מקומי שהותיר את בנו ערל שכנע את ועד הקהילה להתעלם מהמגבלה. רב העיר אברהם שלמה טרייר התקומם וביקש חוות דעת מרבנים רבים באירופה כדי לשכנעם לחזור בהם. השאלה איחדה את הזרמים השונים: הכל הוסיפו לחייב את המילה, אם כי נחלקו בשאלה האם להשתמש ביכולת לא לקבל את הילדים. הרב הרפורמי לודוויג פיליפזון תמך בקולניות באי-רישום, בעוד שרש"ר הירש האורתודוקסי שלל כפייה כעקרון. שי"ר מפראג הזהיר גם הוא מנקיטת הצעד, בהביאו דוגמה מעירו בה הוביל להתנצרות המעורבים. גם הרב הרפורמי הרדיקלי ביותר בגרמניה, שמואל הולדהיים, תהה אמנם בלעג מדוע נאחזים דווקא במילה ומתעלמים מחילול השבת ההמוני ועבירות אחרות, אך קבע שחייבים בה.
המאה ה-20 וה-21.
בתחילת המאה ה-20 עלתה השאלה גם ברוסיה. אספת רבני הארץ שעסקה בנידון שקלה לאמץ את עונש אי-הרישום, אך נמנעה מכך על פי דעתו של ר' חיים מבריסק, שקבע כי הערל אינו במעמד שונה משל עבריינים אחרים שאותם הוסיפו להכליל בקהילה.
בברית המועצות ומדינות הגוש הקומוניסטי נמנעו יהודים רבים מקיום המצווה עקב היחס העוין שהפגינו השלטונות לדתות בכלל וליהדות בפרט. עם עליית יהודי ברית המועצות לישראל בעקבות נפילת מסך הברזל, נערכו בריתות רבות למבוגרים שלא נימולו בילדותם, וביקשו לעבור ברית מילה. הבריתות נערכו בבתי חולים ממשלתיים, ועלותן, בסך 410 ש"ח לאדם, מומנה בידי המדינה. עולים אחרים, שעברו 'הטפת דם ברית' ללא הסרת העורלה, נימולו בהתנדבות בידי רופאים מטעם ארגון "ברית יוסף יצחק".
כיום, גם רוב מוחלט של היהודים החילונים בישראל מלים את בניהם. בנוסף להיבט הדתי ולהיבט הרפואי, במדינת ישראל יש למילה גם היבט חברתי, המעודד את קיומה במקום שבו הרוב נימולים. בסקר שנערך בשנת 2007 על האוכלוסייה היהודית הבוגרת דוברת העברית, השיבו 97% שימולו את בנם. כשנשאלו מה הסיבה לכך, בחרו 78% מהנשאלים באפשרות לפיה מדובר במסורת בסיסית וחיונית לכל יהודי, 13% נימקו זאת בטעמים בריאותיים, ו-9% נוספים באי רצונם שהבן יתבייש וירגיש חריג, או ב'כך כולם עושים'. לפי סקר משנת 2009, 94% מהמשיבים השיבו ש"חשוב" או "חשוב מאוד" לערוך את טקס ברית המילה.
הליך המילה.
הליך המילה ביהדות כולל שני שלבים עיקריים: "מילה" ו"פריעה", ושלב נוסף שנועד לסייע בריפוי: "מציצה". הליך המילה על ידי מוהלים מהיר, ויכול להתבצע תוך כ־10 שניות. שלושת השלבים מוזכרים כבר במשנה: .
הפרדה.
פין התינוק מכוסה באופן טבעי בעורלה, שהיא חלקו העליון של העור האלסטי הנמשך משק האשכים ועד לאחר העטרה. בנוסף לעורלה, מפרידה שכבת עור נוספת בין העורלה לעטרה ('עור הפריעה'). אצל לא־נימולים שכבת עור זו נפרדת מהעטרה ומתחברת לעורלה במהלך הינקות, אך אצל ילודים שכבת עור זו דבוקה חלקית לעטרה. על פי רוב, מקדים המוהל לשלושת השלבים לעיל את שלב ההפרדה, בו הוא משחיל "מפריד" מתכתי אל פתח העורלה ובתנועה סיבובית מפריד בין שכבת העור הנוספת לעטרה. פעולת ההפרדה המקדימה היא שלב טכני שנועד להקל את שלב הפריעה, ואינו מצוין במקורות.
לאחר ההפרדה נוהג המוהל לתפוס את העורלה ולמושכה למעלה מעל העטרה. לאחר מכן מוכנס עור העורלה לתוך מגן מתכת בעל רווח צר המאפשר רק לעור העורלה הדק להיכנס, דבר שמטרתו להבטיח שרק העורלה תיחתך, בעוד הפין והעטרה העבים יותר לא ייפגעו. ישנם מוהלים המסמנים בטוש או באמצעות ציפורן את קו החיתוך הצפוי של העורלה כאשר היא במצב רפוי, מעט מתחת לעטרה, על מנת להבטיח כי בעת המשיכה לא יתפס גם עור הפין שמתחת לעורלה, דבר העלול לקרות עקב האלסטיות הרבה של עור הפין והעורלה. השימוש במגן המתכת נפוץ ביותר, אך ישנם מוהלים בודדים שאינם משתמשים בה. יש מבין המוהלים התופסים את עור העורלה בתופסן יחד עם עור הפריעה, דבר הגורם לכך שבעת חיתוך העורלה מוסר גם רובו של עור הפריעה. הליך זה אינו מוסכם על הכל, ויש מבין המוהלים הנמנעים ממנו. התוצאה מהימנעות זו היא צורך לחתוך כמות עור רבה יותר בשלב הפריעה (שימוש בתופסן מוביל לחיתוך רוב עור הפריעה במהלך שלב המילה).
מילה.
שלב המילה, שהיא חיתוך העורלה, הוא השלב הראשון והמרכזי בברית המילה. כדי לכרות את העורלה המוהל משתמש בסכין מילה, כאשר מגן המתכת המגן על העטרה מפני חיתוך בטעות מסמן את הגבול התחתון של החלק הנחתך.
רופאים המבצעים מילה רפואית נוהגים להשתמש במגן מתכת בעל אפשרות לסגירה הדוקה ביותר, המשמש לתפיסת העורלה עד להפיכתה לנמק קודם לחיתוכה, בהליך הנמשך כעשר דקות. השימוש במגן המתכת ההדוק נועד לצמצם למינימום את הדימום לאחר החיתוך. ההלכה היהודית שוללת את השימוש בטכניקה זו לשם קיום מצות ברית מילה, כיוון שהמצווה מתקיימת בכריתת העורלה, ואילו בהליך הרפואי העורלה נכרתת רק לאחר שהפכה לנמק ונעשתה 'בשר מת'. בנוסף, לדעות מסוימות בהלכה הטפת דם הברית היא חלק מהמצווה, בעוד שהתופסנים מונעים כמעט לגמרי את יציאת הדם. באופן דומה נשלל גם הליך המילה באמצעות לייזר, במהלכו לא יורד דם. החריג היחידי הם תינוקות בעלי הפרעות קרישה משמעותיות (כגון חולי המופיליה), הנימולים באופן המבטיח כי לא יאבדו דם במהלך ברית המילה.
פריעה.
הפריעה היא חשיפת העטרה על ידי הסרת שכבת העור הדק שבין העטרה והעורלה, הדבוקה אל העורלה אצל ילודים ("inner preputial epithelium"). היא מוזכרת במשנה, אך אופן ביצועה לא נזכר במשנה או בתלמוד.
מקור הפריעה.
במקרא לא מוזכר במפורש קיומו של שלב הפריעה, אם כי יש שפרשו שהסיבה שיהושע נצטווה למול את בני ישראל "שנית", היא שבהיותם במדבר הם מלו אך לא פרעו. לפי התלמוד הבבלי הפריעה נוספה לברית המילה רק בעת מתן תורה, ועל כן בוצעה לראשונה בימי יהושע. מדרשי הלכה לומדים את ציווי הפריעה מפרשת המילה שנאמרה לאברהם, אולם על פי דעה אחרת, הפריעה אינה נלמדת מהתורה כלל, אלא היא הלכה למשה מסיני.