אין ודאות מתי והיכן בדיוק החלו להתגבש הרעיונות שהובילו להקמת הבנייה החופשית, אך מרבית החוקרים סבורים כי מקורה הוא בלשכות של בנאי האבן – בוני הקתדרלות והמצודות באירופה בכלל, ובאנגליה בפרט – עוד במאה העשירית לספירה, בימי שלטונו של אתלסטאן, מלך אנגליה, אחיו למחצה אדווין כיהן בתפקיד רב־בונה (Grand Master) הראשון. עוד בשנת 1400 בקירוב הופיעו שתי תעודות הנקראות "חובות קדומים" והן היוו מסמך מרכזי בלשכות של הבנאים החל משנת 1580. תיעוד משנת 1646 מעיד על קבלתו ללשכה בעיר וורינגטון של אליאס אשמול שלא היה בנאי במקצועו. תיעוד משנת 1670 בקירוב מעיד על הלשכות הרבות שקמו ברחבי אנגליה ועל צירופם של אחים שהבנייה לא הייתה משלח־ידם לשורות המסדר. כך היה גם בסיטי של לונדון שבה קמה אגודה של בנאים (קומפני) במאה ה־14 אשר שלחה מאז נציגים למועצת העיר. מצויות תאוריות שונות המנסות לקשור את מוצא הבנייה החופשית לגילדות של ימי־הביניים, אולם התיעוד ההיסטורי מעיד על לשכות רבות ולא על גילדות. כך גם ניסיונות לקשור את הבנאים האנגלים עם הבנאים מהעיר קומו באיטליה – הקומאצ'ינים – וכן למסדר האבירים הטמפלרים. כל אלה הן תאוריות שאין להן ביסוס בתיעוד היסטורי והן מהוות סברות בלבד.
התעודות של "חובות קדומים" פותחות בתיאור היסטורי אגדי, "אגדת יורק", הגורס כי תורת הבנאות נוסחה על ידי ילדיו של למך אשר תיעדו אותה על גבי שני עמודים כדי לשמרה. לפי האגדה מצא אברהם את העמודים לאחר המבול ומהם הוא למד את תורת הבנאות. אברהם הביאה לארץ וכאשר ירד מצרימה – הנחיל אותה לנסיכים במצרים וכן לאוקלידס. בני ישראל הביאו איתם את התורה ממצרים לארץ ישראל ורוממו את הבנייה לשיאה בבניין מקדש שלמה. לפי אותה אגדה, "בונה חופשי סקרן" הביא את התורה לצרפת ומסר אותה לקרל מרטל (סבו של קרל הגדול). מצרפת הגיעה התורה לסנט אולבן באנגליה והתמסדה בימיו של המלך אתלסטאן, עת התכנסו כל הבנאים בעיר יורק בשנת 926. נהיר כי מדובר באגדה גרידא, שכן לפני הפלישה הנורמנית (1066) לא הייתה נהוגה בנאות אבן באנגליה וזו התפתחה למעשה החל במאה ה־12 ואילך.
ראשית הבנייה החופשית (הנקראת גם סמליות ספקולטיבית) כמסדר אחווה במבנהו הנוכחי המושתת על הירארכיה של לשכות, מיוחסת לתאריך 24 ביוני 1717. בתאריך זה נפגשו ארבע לשכות לונדוניות בפאב "האווז והגריל" והקימו את הלשכה הגדולה של לונדון ו־וסטמינסטר (המכונה באנגלית: Premier Grand Lodge of England). לשכה זו, לאחר מספר תהליכים ושינויים, הפכה ל, כפי שהיא מוכרת כיום (ובקיצור: UGLE). לשכה זו המכונה "לשכת האם" וכפופות לה כלל הלשכות הגדולות של הבנייה החופשית "הכחולה" (צבע המסמל את המסדר על כל משמעויותיו). קריא, מסדר הבונים החופשיים, כפי שהוא מוכר ברחבי תבל.
כמה מחברי הכנסייה המורמונית מזהים דמיון בין אלמנטים שונים בטקסי הכנסייה לאלה של הבונים החופשיים וסבורים כי מקורם של כמה ממנהגי הבונים החופשיים בהתגלות ישירה של דברי האל בתקופת מקדש שלמה.
אחד מעקרונות היסוד של המסדר קובע כי תורתו "מבוססת על הבנאות המעשית והפירושים הסמליים שהיא נותנת להם, במטרה ללמד אמונה ומוסר". במילים אחרות: כלי עבודתם של הבנאים ומושגים מתחום הבנאות ממשיכים לשמש סמל לערכים מוסריים. במתכונתו המודרנית התפתח הארגון בעיקר באנגליה ובארצות הברית. נראה שהשתייכות לבונים החופשיים נתנה מקלט לליברלים ולתומכיהם בזמנים שבהם פעילויותיהם ודעותיהם היוו סכנה לחייהם. ייתכן כי זו הסיבה להיווצרות מורשת הסתרים של המסדר. בתקופה המודרנית הצטמצם הצורך בהתנהלות חשאית והבונים החופשיים החלו להצהיר בגלוי על השתייכותם לאחווה אשר החלה להתארגן ולפעול באופן פורמלי. בשנת 1717 הקים הארגון לראשונה גוף פורמלי־ייצוגי באנגליה שנקרא "הלשכה הגדולה של אנגליה". גוף זה איחד תחתיו את ארבע הלשכות שפעלו באותה תקופה בלונדון. בשנים שלאחר מכן נפתחו לשכות גדולות אחרות ברחבי יבשת אירופה.
בשליש האחרון של המאה ה־18, עידן המהפכות, מילאו הבונים החופשיים תפקיד מכריע בתהפוכות הפוליטיות שפקדו את אירופה ובעיקר במהפכה הצרפתית. בקרב הציבור אף רווחה הטענה שהבונים החופשיים הם שחוללו את המהפכות וכי הם קיימו גוף מחתרתי גדול נגד הממשל הישן ונגד הכנסייה. אחד החיבורים המקיפים שנכתבו בנושא הוא מחקרו של האב אוגוסטן דה בארואל: "זיכרונות להבהרת ההיסטוריה של היעקוביניזם".
הכנסייה הקתולית לחמה בבונים החופשיים מראשית ימי המסדר והם רדפו על ידי משטרים רבים, ובהם הפשיזם והנאציזם. משטרו של פרנקו בספרד הוקיע לעיתים קרובות את "הקונספירציה היודאו־מסונית". גם בארצות הקומוניסטיות (למעט קובה) ובמדינות ערב הם הוקעו כבעלי נטיות חתרניות, ציוניות או קפיטליסטיות ופעילתם נאסרה.
עקרונות.
הבנייה החופשית מושתתת על עקרונות של "אהבת אחים, סיוע ואמת" (באנגלית: Brotherly Love, Relief and Truth).
הבונים החופשיים מעורבים תדיר בעבודה ציבורית ובפעילות צדקה ובו בזמן משמשים כמסגרת חברתית לחברי המסדר. ברוב העולם מודגש יותר הצד הפילוסופי של הבנייה החופשית, המושתת על סימבוליקה שמקורה באחוות של ימי הביניים, בעיקר אחוות של בנאים מעשיים וכליהם מהווים בסיס לעולם עשיר של רעיונות. במשך כ־300 שנה הופנה עיקר הפעילות של הבונים החופשיים פנימה, בתוך האחווה, מתוך תפיסה הגורסת כי חיזוק הערכים ושיפור איטי ברמתם המוסרית של חברי המסדר תוביל למעין "אפקט דומינו" (Ripple Effect) ותשפר את החברה כולה. בהשפעת ארגוני מתנדבים שנוסדו במאה ה־20 התפתחה גם פעילות של האחים חברי המסדר בקהילה. כך הופיעו מערכות צדקה של הבונים החופשיים ברחבי העולם, ובארצות דוברות האנגלית בפרט. פעילות הצדקה כוללת קרנות לתרומות כספיות והתארגנויות של לשכות הבונים החופיים שבמסגרתן סייעו האחים לנזקקים באופן אישי.
מסדר הבונים החופשיים אוסר על חבריו – הן בתוך הלשכות והן בעת פעילותן – לעסוק בנושאים פוליטיים או דתיים. בהיותם בעלי מעורבות חברתית גבוהה נטו אחים רבים במשך השנים לתמוך במטרות פוליטיות מסוימות שלא במסגרת המסדר ולחמו בעיקר למען זכויות האדם. הבונים החופשיים שהיו מעורבים במהפכות נגד שלטונות ומשטרים במהלך המאה ה־19 עשו זאת מתוך האמונה שאין הם אמורים לתמוך במשטרים אלה בהיותם בונים חופשיים, שהרי כל בונה חופשי מתחייב לשמור אמונים למדינתו ולחוקיה.
בהשראת הבונים החופשיים קמו התארגנויות שונות בעלות מגוון מטרות פוליטיות ודתיות אשר שילבו רעיונות מהבניה החופשית בתפיסת עולמם ומשכו תומכים רבים לשורותיהם. בין הגופים הללו ניתן למצוא את הארגון הפרוטסטנטי "מסדר אורנג'" (Loyal Orange Association) המזוהה עם תפיסות של עליונות ובדלנות דתית, או "הקרבונרי" (Carbonari) האיטלקי שתמך באיחוד איטליה ומזוהה עם התפתחות הלאומיות האיטלקית. הדמיון בין הסגנון והססמאות של חלק ממסדרים ומאגודות אלה לבין הבונים החופשיים פגע בשמו הטוב של הבנייה החופשית אשר עקרונותיה היו רחוקים מתפיסת העולם של התארגנויות אלו.
מאפיינים.
סודיות.
הבנייה החופשית היא "אומנות אזוטרית" כלומר, חלק מדרכי פעולותה חשאיות ואינן גלויות לציבור הרחב. הבונים החופשיים מציינים מספר סיבות לכך. אחת מהן נעוצה בשימוש שעושה שהבנייה החופשית בסדרה של טקסי קבלה הנקראים "דרגות" – הדרגה הגבוהה ביותר היא הדרגה השלישית, רב־בונה חופשי (Master Mason). יעילות השיטה זו פוחתת ככל שהמשתתף יודע לצפות מראש את מהלך הטקס (דרגות העולות על הדרגה השלישית, כלומר דרגות 4–33, אינן למעשה חלק מהבנייה החופשית, אלא מהארגון המכונה "הנוסח הסקוטי" הנלווה לה).
לעיתים קרובות מכנים את הבנייה החופשית "אגודת סתרים" והיא למעשה נחשבת בעיני רבים כאב הטיפוס לאגודות אלו. בונים חופשיים רבים אומרים שההגדרה "חברה בעלת סודות" נכונה יותר. רמת הסודיות משתנה ממדינה למדינה: בארצות שבהן הבנייה החופשית הייתה אסורה על פי חוק הסודיות נשמרת עדיין בדבקות אך במדינות אחרות, בעיקר בארצות דוברות אנגלית, מצהירים רוב הבונים החופשיים בגלוי על השתייכותם למסדר, הבניינים המסוניים מזוהים בבירור ומועדי התכנסות חברי המסדר מפורסמים בציבור. אף על פי כן, גם במדינות שבהן הפתיחות רבה יותר, פרטיהם המדויקים של הטקסים ופעילות הבנייה החופשית אינם גלויים לציבור.
אחד המנהגים שאינם אמורים להיחשף לידיעת הציבור הרחב היא לחיצת היד הסודית המאסונית, אשר בעזרתה מזהים הבונים החופשיים זה את זה "גם בחושך וגם באור". הבונים עצמם מייחסים חשיבות רבה לסודות אלו על אף שאלה פורסמו בספרים שונים לפני שנים רבות.
דרישות קבלה.
בכל מדינה בה קיימות לשכות של בונים חופשיים קיים גוף כלל־ארצי, "לשכה גדולה", המאגד אותן. רק גברים יכולים להתקבל לשורות הארגון ועליהם להיות חופשיים ובלתי תלויים מבחינה כלכלית, רוחנית ופוליטית; בעלי שם טוב בקהילה; בעלי השכלה מסוימת; ולהצהיר על נכונותם לעזור בקידום מטרות הומניטריות. הלשכה שאליה ביקש המועמד להתקבל אוספת מידע מדוקדק אודותיו ומקיימת התייעצויות שלאחריה נערכת הצבעה בין כל האחים החברים באותה הלשכה אשר משלשלים את בחירתם לקלפי. מועמדות נדחית אם היא נתקלת בהתנגדות של 3 קולות ואף פחות, בהתאם לאופי הלשכה ולתקנון הנהוג בה.
מן הבונים החופשיים מצפים להפגין סובלנות הן ב"לשכה" (מקום המפגש של קבוצת בונים חופשיים) והן בחיי היום־יום. הבנייה החופשית תקבל לשורותיה חברים המשתייכים כמעט לכל דת, כולל כל זרמי הנצרות, יהודים, מוסלמים, בודהיסטים ועוד. סובלנות זו תלויה בענף המסוים של הרשות המסונית שבה עסקינן. דאיסטים, המאמינים בקיום אלוהים, מתקבלים גם כן בדרך כלל.