למעשה, הוא החל לתכנן את המערכה זמן רב לפני כן. עוד בחורף שנת 50 לפנה"ס הורה לכל הלגיונות של צבאו להתקרב לגבולות איטליה. כך למשל בדצמבר שנת 50 לפנה"ס, או אולי אפילו מוקדם יותר, פקד על הלגיון השביעי והלגיון ה-12 לצאת ממחנות החורף שלהם בגאליה טרנס אלפינה ולהצטרף אליו בצפון איטליה מדרום לאלפים. גם יתר היחידות קיבלו הוראה לנוע דרומה. קיסר לא הזכיר את התמרון הזה בספרו, ודיווח רק על לגיון אחד שהיה תחת פיקודו המידי - הלגיון השלושה עשר גמינה. הכל במטרה להאפיל על תכנונו המקורי ולהיראות באור חיובי עד כמה שאפשר בעיני הציבור ברומא.
פלישה לאיטליה.
המערכה שניהל יוליוס קיסר על אדמת חצי האי האפניני הייתה מהירה מאוד. הוא לא המתין לכינוס צבאו, אלא השתמש בלגיון השלושה עשר גמינה, הלגיון היחיד שהיה תחת פיקודו הישיר באותה העת. קיסר חילק את הלגיון למספר שדרות וכבש במערכת בזק את הנקודות האסטרטגיות, תוך שהוא מפתיע את האופטימאטים שלא הספיקו עדיין להתארגן כראוי כי ציפו שההתקפה לא תבוא לפני בוא האביב.
למרות החשש הכבד בקרב הרומאים ממלחמת אזרחים, בזוכרם את החורבן העצום שנלווה למלחמות האזרחים הקודמות, המלחמה על אדמת איטליה התנהלה ללא אלימות רבה. קיסר ניסה בכל מאודו להימנע משפיכות דמים ומהרס רכוש וכך גם האופטימאטים שניסו להימנע מהתנגשות רבתי בשלב זה. שני הצדדים ניסו להגיע לפשרה ומשא ומתן נמרץ התנהל ביניהם, אך ללא תוצאות מעשיות.
המצביא העליון של הכוחות האופטימאטים, גנאיוס פומפיוס, עזב את רומא במחצית השנייה של ינואר והחל לרכז את צבאו בברונדיסיום כדי להעבירו ליוון בטענה שהיא לא ניתנת להגנה. מרבית המגיסטראטים, כולל שני הקונסולים הנבחרים של שנת 49 לפנה"ס, עזבו יחד איתו.
ההתנגשות הרצינית הראשונה התרחשה בקורפינום (כיום קורפיניו באיטליה). דומיטיוס אהנובארבוס לא ציית להוראתו של פומפיוס ויצא עם כוחותיו שמנו כ-30 קוהורטות (סדר גודל של 3 לגיונות). בינתיים הלגיון השנים עשר פולמינטה הצטרף ליוליוס קיסר וכוחותיו עלו לכדי שני לגיונות וכוח פרשים. דומיטיוס אהנובארבוס הסתגר בתוך חומות העיר וקיסר הטיל עליה מצור. כשנודע לדומיטיוס אהנובארבוס, שפומפיוס לא מתכוון לבוא לעזרתו, הוא נתקף בהלה וניסה לברוח, תוך שהוא נוטש את חייליו לגורלם. הדבר נודע לצבאו ואלה מרדו בו ונכנעו ליוליוס קיסר.
קיסר השתמש בכניעת הצבא היריב להשגת ניצחון תעמולתי חשוב וחנן את כל החיילים, בניגוד למקובל במלחמות האזרחים הרומיות. על פי המסורת, נטבחו בדרך כלל חיילי הצד היריב או לכל הפחות ספגו פגיעה כלכלית ניכרת. יוליוס קיסר החליט לפעול בדרך שונה בניסיון לרכוש אהדה בציבור ובעיקר בקרב החיילים. מרבית החיילים של דומיטיוס אהנובארבוס נשבעו אמונים לקיסר והתגייסו לצבאו. רובם נשלחו לאחר מכן לשמש חיל מצב בסיציליה כדי להבטיח את הספקת הדגן לרומא. לגיון נוסף נשלח לסרדיניה תחת פיקודו של מרקוס ולריוס מסלה רופוס בהמשך השתתפו לגיונות אלה בפלישה לאפריקה תחת פיקודו של קוריו והובסו בקרב נהר בגרדס.
נסיגת הכוחות האופטימאטים מאיטליה.
פומפיוס ניסה לבצר את איטליה, אך ללא הועיל. מהירותו של קיסר מנעה כל אפשרות להתגונן בצורה יעילה על אדמת איטליה. פומפיוס גמר כבר, ככל הנראה, אומר לפנות את איטליה ואם לא אז תבוסתו של דומיטיוס אהנובארבוס שכנעה אותו סופית בדבר נחיצות הפעולה הזאת. הצבא שהיה תחת פיקודו הורכב מחיילים ששירתו בצבאו של יוליוס קיסר והיו נאמנים לו ולא לפומפיוס. בסיס כוחו הגדול ביותר היה במזרח, שם ניהל פומפיוס מערכה מוצלחת בשנות ה-60 לפנה"ס. בנוסף לכך, שאב פומפיוס השראה מסולה שחזר מהמזרח בראש לגיונותיו וכבש את רומא. מבחינה צבאית הייתה זו תוכנית טובה, אך היו לה השלכות פוליטיות קשות - נטישת הבירה נוצלה על ידי יוליוס קיסר לצבירת נקודות במגרש התעמולה הפוליטית.
פומפיוס נסוג יחד עם כוחות שנותרו נאמנים לו, בליווי סנטורים רבים, לברונדיסיום (כיום ברינדיזי, איטליה) בקצה הדרום-מזרחי של חצי האי האפניני. בעיר זו היה אחד הנמלים החשובים של הרפובליקה והוא ביקש לנצל אותו לפינוי כוחותיו. פומפיוס הצליח להעביר מחצית מהאנשים ליוון עד שכוחותיו של קיסר הדביקו אותו והטילו מצור על העיר. קיסר ניסה למנוע את העברת הכוחות וביקש ללכוד את פומפיוס ביבשה לפני שיחזרו הספינות שהעבירו את צבאות האופטימאטים ליוון. היות שלא היה לקיסר צי ראוי לשמו, הוא החל בבניית סוללה שנועדה לחסום את הנמל. בסופו של דבר, צי האופטימאטים חזר בזמן והספיק לפנות את המחצית השנייה של הצבא ליוון בלי שקיסר יכול היה להפריע לו בכך.
אף על פי שפומפיוס ועיקר הצבא האופטימאטי חמק ליוון, הצליח קיסר להשתלט על איטליה כולה כמעט ללא שפיכות דמים. מלבד ההישג התעמולתי הרב שנגזר מכך, הצליח קיסר לשים ידו גם על אוצר המדינה הרומי שנותר שלם. כסף זה שימש אותו למימון מערכות הבאות במלחמה.
המלחמה נגד פומפיוס ופקודיו.
המערכה הראשונה בחצי האי האיברי.
בתחילת המלחמה, עיקר הצבא האופטימאיטי רוכז בהיספניה (ספרד). צבא זה כלל 7 לגיונות ו-80 קוהורטות בחיל העזר (כ-60,000 רגלים) ו-5,000 פרשים. כוח זה נהנה מעדיפות מספרית גדולה על צבאו של קיסר שכלל 6 לגיונות (כ-25,000 רגלים; הלגיונות של קיסר היו מדוללים עקב האבדות במלחמת גאליה), ו-6,900 - 6,000 פרשים, אך היה מפוזר בין מספר בסיסים. 3 לגיונות עמדו בהיספניה קיטריור עוד 2 בהיספניה אולטריור ועוד 2 בלוסיטניה. יתרה מכך, גם בהיספניה הפיקוד היה מופרד וכל מצביא שלט על הכוחות שניצבו בפרובינקיה שלו.
קיסר הכין את צבאו ושלח את הלגאטוס גאיוס פלאביוס עם עיקר הצבא להיספניה ואילו הוא עצמו יצא עם שלושה לגיונות למאסיליה שתושביה סירבו להיכנע לדרישותיו. הגעתו של קיסר לא השפיעה על הנחישות של בני מאסיליה והוא הטיל עליה מצור שנמשך כחצי שנה.
האופטימאטים הצליחו לאחד שניים מתוך שלושת הצבאות ופגשו את צבאו של קיסר באילרדה (כיום ליידה) אילרדה נמצאה על גדה המערבית של נהר סיקוריס (כיום סגרה - Segre, אחד היובלים של האברו). גאיוס פאביוס, הלגאטוס של קיסר, שהגיע זמן מה לפני קיסר להיפסניה עם עיקר הצבא חנה בגדה המזרחית ובנה שני גשרים כדי לאפשר מעבר לגדה השנייה. קיסר הגיע בעצמו ביוני 49 לפנה"ס להיספניה ולקח את הפיקוד לידיו. קיסר לא התמהמה והורה להשתלט על גבעה שלטת בסמוך למחנה האופטימאטים. אלה הגיבו והתפתח קרב שבסופו נהרגו 70 לוחמים מצבאו של קיסר ועוד כ-200 מצבא האופטימאטים.
גשמים עזים גרמו לשיטפון שסחף את הגשרים, אך חייליו של קיסר השתמשו בסירות לאיסוף אספקה וניצחו בכמה תקריות קטנות. הצלחות אלה עודדו את התושבים המקומיים לחבור לקיסר ואילו האופטימאטים התחילו לסגת. בינתיים, החיילים בצבא האופטימאטים החלו להתיידד עם חייליו של קיסר. המצביאים האופטימאטים ניסו למנוע זאת בכל דרך, כולל הוצאות המוניות להורג של שבוייו של קיסר, אך ללא הועיל. עד מהרה הצבא האופטימאטי החל להתפזר כשחיילים רבים חברו לצבאו של קיסר. נוכח העריקה הרבתי, לא נותרה לאופטימאטים ברירה, אלא להיכנע. גם שני הלגיונות שחנו בלוסיטניה נכנעו עד מהרה ברגע שצבאו של קיסר התקרב אליהם. כך הובס הצבא האופטימאטי הגדול בהיספניה בלי אבדות משמעותיות לאף אחד מהצדדים.
המערכה הראשונה באפריקה.
בזמן שקיסר נלחם בהיספניה, נשלחו שלושת הלגיונות שנכנעו לו בקורפינום להשתלט על סיציליה. לגיון נוסף נשלח לסרדיניה. הפיקוד על לגיונות אלה נמסר לקוריו, שהיה חסר ניסיון פיקודי. כדי לסייע לו בניהול המערכה צירף אליו קיסר לגאטוס מוכשר בשם גאיוס קניניוס רבילוס. מתוך צבא זה שכלל 3 לגיונות נשלחו 2 לאפריקה יחד עם 500 פרשים.
המערכה ביוון.
פרסלוס (כיום פרסלה, יוון)
תוצאות המלחמה.
ניצחונו של יוליוס קיסר במלחמה לא סיים את המחלוקת בין תומכי האופטימאטים לפופולרים, שעליהם נמנה יוליוס קיסר. קיסר נרצח על ידי מתנקשים בשנת 44 לפנה"ס, כשנה לאחר כינון שלטון היחיד. כתוצאה מהרצח, פרצה מלחמת אזרחים חדשה ברפובליקה הרומית, בסופה יצאו יורשיו של יוליוס קיסר עם ידם על העליונה לאחר ניצחונם בקרב פיליפי (42 לפנה"ס).
עם זאת, המערכת הפוליטית הרפובליקנית ספגה מהלומה שהיא לא יכולה להתאושש ממנה. רציחתו של קיסר לא פתרה דבר. המערכת הרפובליקנית לא הייתה מסוגלת לתפקד בצורה יעילה ותוך עשור לאחר קרב פיליפי עלה יורשו של יוליוס קיסר, אוקטביאנוס, שקיבל על עצמו בהמשך את השם אוגוסטוס שבו הוא מוכר יותר כיום. הוא הצליח להביס את מרקוס אנטוניוס, גם הוא מתומכיו המובהקים של קיסר בקרב אקטיום וכונן שלטון יחיד המכונה פרינקפס ופתח בכך את הדרך לסיום תקופת הרפובליקה וכינון הקיסרות ברומא העתיקה.
המלחמה בספרות, באמנות ובתרבות הפופולרית.
העת העתיקה.
היצירה הספרותית הגדולה הראשונה שהוקדשה למלחמה היא הפואמה האפית של מרקוס אנאוס לוקאנוס, פרסליה. יצירה זו שכוללת עשרה ספרים סוקרת את תולדותיה של רומא החל מימי מלחמת האזרחים בין מאריוס לסולה, ומתמקדת, כפי שמרמז שמה במלחמת האזרחים של יוליוס קיסר ובעיקר במאבק בין יוליוס קיסר לפומפיוס. היצירה מושפעת ממסורת השירה הרומית ובמיוחד מטמורפוזות של אובידיוס ואינאיס של ורגיליוס.
רנסאנס.
המלחמה זכתה להתייחסות של אמני הרנסאנס האיטלקי דוגמת הצייר הנודע אנדראה מנטניה, שצייר ציור הידוע בשם הטריומפים של קיסר.
העת החדשה.
עלילת הסדרה רומא של רשת HBO מתרחשת על רקע מלחמת האזרחים.
פרשת האהבים בין קיסר לקלאופטרה שהתרחשה בזמן שהותו של קיסר במצרים זכתה לתיאורים רבים בספרות, בתיאטרון ובעשרות סרטים שנעשו במאה ה-20. כך למשל מחזהו של ג'ורג' ברנרד שו, "קיסר וקלאופטרה".