הרבנים הראשונים שישבו כמנהיגים רוחניים בקהילתת פאס וחתמו על התקנה הראשונה בפאס בי"ב בסיון שנת ה'רנ"ד (1494), היו: רבי משה אלברהניץ, רבי משה ממון, רבי יצחק צרויה ורבי בנימין גבאי. בין הרבנים הנוספים שהיגרו מספרד לפאס ופעלו בה בשנים שאחרי הגירוש, נמנים: רבי משה אבן זאברה סופר סת"ם ומחכמי המסורה הספרדית, רבי משה דאנון הגיע לפאס לאחר גירוש פורטוגל, רבי יעקב בירב - רבו של רבי יוסף קארו, רבי יהודה חלאוה, רבי משה חלאוה - רבם של המגורשים בעשורים שאחרי הגירוש, רבי שם טוב לארמה שהיה מגדולי הפוסקים בקהילת המגורשים, רבי יעקב לואל, רבי יהודה עוזיאל, רבי אברהם עוזיאל, רבי אברהם סבע - הוגה ומקובל, דוד אבן זמרה שמאוחר יותר נחשב לפוסק הגדול במצרים, רבי חיים בן חביב שסידר את תשובות הרשב"א הארוכות, שנותרו בכתב יד, וקראן בשם "ספר הבתים", רבי שלמה אדרוטיל - ראש ישיבה, ובנו רבי אברהם אדרוטיל, רבי יעקב קניזל מחבר פירוש לפירוש רש"י לתורה, רבי שמואל חגיז פוסק חשוב ואבי שושלת של חכמים בעיר, והמקובלים רבי שמעון לביא ויהודה חייט.
את ההנהגה הרבנית בפאס תפסו מספר שושלות מבני קהילת המגורשים, ובהן המשפחות: אבן צור, אדרוטיל, הצרפתי, חגיז, מונסונייגו, סירירו, עוזיאל. קהילת התושבים בפאס, שתפסה אף היא משום חשוב בהנהגה הרוחנית, בפאס ובמרוקו כולה, הונהגה אף היא על ידי רבנים בכירים. ביניהם היו רבי חיים גאגין, רבי יחיא בן חמו ורבי שאול דנינו ורבני משפחת .
השושלת הסעדית (1554 - 1650).
מתחילת המאה ה-16 הסעדים הרחיבו את אחיזתם בערי מרוקו, אך בשנת 1554 נערך קרב מכריע בין הצבא הווטאסי לצבאו של מוחמד א-שייח' הסעדי. הסעדים נצחו בקרב ובכך שמו קץ לשלטון הווטאסים. כמיעוט יהודי תחת שלטון מוסלמי נאלצו יהודי פאס להעלות מיסים כבדים שהוטלו עליהם לרגל הוצאות המלחמה.
בשנת 1576 כבש עבד אל מליכ הסעדי את העיר פאס, בסיוע של צבא עות'מאני רב, מידי אחיו עבדאללה אל גאליב . מיד לאחר הכיבוש הטיל אל מליכ מס על היהודים בסך עצום של 140,000 אוקיות למימון הוצאות המלחמה. חלק משמעותי מהסכום הוטל על נגיד המגורשים, רבי אברהם רותי, שהיה עשיר מופלג. אל גאליב נמלט לפורטוגל ושכנע את סבסטיאו מלך פורטוגל להלחם עם אל מליכ, ובשנת ה'של"ח (1578) יצא סבסטיאו לקרב הגדול שכונה קרב שלושת המלכים. הקרב הסתיים בתבוסת הפורטוגלים, אך שלושת המלכים מתו במהלכו ואת מקום של אל מליכ במלכות פאס מילא אחיו אחמד אל-מנסור. אל-מנסור ישב על כיסא המלוכה בפאס עד 1603. ניצחון המוסלמים צוין על ידי היהודים בפאס בחגיגת יום א' באלול, שכונה על ידם פורים דה לוס כריסיטיאנוס. תבוסת צבא פורטוגל נתפסה על ידי צאצאי יהודי ספרד ופורטוגל בצפון מרוקו כהצלה, בגלל פחדם שרדיפות האינקוויזיציה יישנו גם בארץ גלותם החדשה.
בשנת ה'שנ"ט (1599) מבטל המלך את סמכות הרבנים לאסור את הפוליגמיה. הרבנים שסברו כי ההיתר מעיב על שלום הבית, הצליחו לפעול שהיתר זה יוגבל למקבלי רישיון מיוחד, שיונפק ליחידים על ידי הרבנים.
לאחר מות אל-מנסור התערערה היציבות במרוקו. הכלכלה ירדה פלאים ומדי פעם אירעו מלחמות שונות שבמימונם נטלו היהודים חלק נכבד בהיטלי מס כבדים. משנת ה'שס"ד (1604) עד לכסלו שנת ה'שס"ו (1605), שררה בצורת קשה שבמהלכה מתו קרוב לשמונה מאות בני אדם. רבים מהיהודים להמיר את דתם בצל הרעב והייאוש שבא בעקבותיו.
בתחילת המאה ה-17 מלך על מרוקו זידאן אבו מעלי . זידאן נהנה משירותיהם של האחים היהודים שמואל פלאג'י ואחיו יוסף פאלאג'י, שרקמו עבורו קשרים משמעותים עם ממלכת הולנד. בשבת שובה ה'שע"א 1610 הטיל זידאן מס על סך של 10,000 אוקיות על הקהילה היהודית בפאס, בתואנה שהציל אותה משוד. הוא איים על הקהילה שאם כל הסכום לא יובא באותו היום הוא יוכפל. המשימה הייתה בלתי אפשרית עבור יהודי פאס, ואת הסכום שהוכפל להם הם נאלצו לאסוף בעיצומו של יום הכיפורים מחשש להקשיית הגזרות. לפי תיאור כותב הקורות, רבי שאול סירירו, באותו יום הכיפורים היו . למחרת יום הכיפורים כבש את פאס אחיו עבדאללה אל גאליב השני וכמעשה אחיו הטיל אף הוא 20,000 אוקיות על יהודי פאס הנאנקים תחת מצוקות המס.
בשנת ה'שע"ד (1614) שוב פקדה בצורת את העיר פאס, על כך כתב רבי שאול סירירו
הריסת בתי הכנסת והישיבות בשנת 1646.
בשלהי התקופה הסעדית מוכרות בהיסטוריה של מרוקו כארבעים שנים של בלבול ומלחמות בין מלכי השושלת, ובמהלכן פגע פרץ של קנאות דתית בחופש הדת של היהודים בפאס. פקיה (משפטן) מוסלמי בשם מוחמד אלחאג', הוציא ביום י"א באלול ה'ת"ו (1646) צו סגירה לכל בתי הכנסת, תלמודי התורה והישיבות בפאס. המלך מוחמד א-שייח' אזריר (המכונה גם: מוחמד ה-13) הורה על קיום הצו ומספר ימים לאחר מכן החל המון פורעים בהחרבה של בתי הכנסת ותלמודי התורה. רבי שאול סירירו שהיה עד לאירועים כותב: רבי סעדיה אבן דנאן השני, שהיה אף הוא עד לאירועים, כותב:
רבנים בולטים בתקופה הסעדית.
בין הדיינים והרבנים הבולטים בתקופה זו נמנים: ורבי שמואל בנו - רבנים בקהילת התושבים בפאס ודיינים מפורסמים, רבי סעדיה אבן רבוח, רבי יוסף ורבי בנימין נהון, רבי שלמה אבן מלך, מחנך פרשן ומדקדק, רבי יוסף אלמושנינו - נגיד, אב"ד וראש ישיבה בקהילת המגורשים ושימש גם כרופא, רבי יהודה עוזיאל אב"ד, רבי אהרן אבן חיים מחבר הספרים "קרבן אהרן" על תורת כהנים ו"לב אהרן" על נ"ך, רבי יעקב חאגיז הראשון, רבי יצחק חאגיז ורבי שמואל חאגיז חכם בישיבה של משפחת חגיז ומחבר ספרים, בנו רבי ישראל יעקב חגיז מחבר "עץ החיים" ו"הלכות קטנות" וראש ישיבת בית יעקב בירושלים, רבי וידאל הצרפתי ובנו רבי יצחק הצרפתי השני, רבי שאול שמואל סירירו, רבי יצחק פלאג'י, סעדיה אבן דנאן השני, רבי שמואל בן חביב, רבי יצחק בן צור, המקובל הנודע רבי אברהם אזולאי מחברון ומחברם של ספרים רבים.
במהלך המאה ה-16 חיו בצפת שני חכמים מהעיר פאס: רבי סולימאן אוחנה - מחבר ביאורים על מדרשי הלכה וכשהיגר לצפת היה בקשרים עם האר"י, ורבי יששכר בן מרדכי אבן סוסאן, מחבר הספר "תיקון יששכר", שכיהן כראש קהילת המערביים בצפת ועמד בקשרים עם רבי יוסף קארו.
השושלת העלאווית (1666 - 1912).
לאחר עשרות שנים של בלבול חזרו היציבות והשפע לפאס עם מלכות מולאי ארשיד, הראשון במלכי השושלת העלווית. בשנת ה'תל"ב (1672) מת המלך מפגיעה בעץ במהלך רכיבתו על סוס. מיד לאחר מותו המליכו את אחיו מולאי איסמאעיל.
המאה ה-18.
בניסן ה'תס"א (1701) הטיל מולאי איסמאעיל 100 ככר כסף על היהודים, ומרוב הצער רבים מהיהודים לא חגגו את חג הפסח וחג השבועות. גזרות המס התחדשו שוב בשנת ה'תס"ד (1703 - 1704). בשלהי שנת ה'תס"ו כעס המלך על אברהם מימראן נגיד קהילת יהודי מקנס ובתגובה הטיל קנס עצום על כל קהילות מרוקו. רבי שמואל אבן דנאן הרביעי מסכם את התקופה משנת ה'תס"א ועד לשלהי שנת ה'תס"ה:
משנת ה'תפ"א החלה בצורת קשה שהורגשה בעליית מחירי החיטה. בכ"ד בטבת ה'תפ"ד (בשלהי 1723) התחזקה הבצורת ובכל יום מתו מספר נפשות בעיר. בין המתים היו גם יהודים רבים, יהודים רבים אף המירו את דתם מתוך הייאוש. בשנת ה'תצ"ח (1738) פקדה שוב בצורת קשה, והערבים היו מחריבים בתים וחצרות ומוכרים את תכולתם.
בשנת 1757 מלך מולאי מוחמד בן עבדאללה , בתקופתו ידעו היהודים שלוה ושקט ובשל כך הם כינו אותו בתואר "החסיד". בשנת 1790 מת מוחמד ומלך מולאי יזיד עד לשנת 1790. הוא הטיל על היהודים מיסים כבדים ושלל מהם את המגורשים במלאח. לאחר מותו בשנת 1792, מלך מולאי סלימאן , בנו של מוחמד החסיד, שהשיב את המלאח ליהודים.
רבנים בולטים בתקופה העלווית - עד סוף המאה ה-18.
בין הרבנים בפאס באותה התקופה היו רבי סעדיה אבן דנאן הנזכר, רבי וידאל הצרפתי, רבי מנחם סירירו, רבי עמנואל סירירו, רבי שמואל הצרפתי מחבר הספר "נימוקי שמואל", רבי יהודה אבן עטר אב"ד קהילת המגורשים מחבר הספרים "מנחת יהודה" ושו"ת רבי יהודה בן עטר", רבי יעקב אבן צור אב"ד קהילת המגורשים ומחבר שו"ת "משפט וצדקה ביעקב", רבי שמואל אבן אלבאז ראש ישיבה ומחבר ספרות ענפה שעיקרה על התלמוד, רבי חיים אבן עטר מחבר ספרים על תורה והתלמוד וראש ישיבת כנסת ישראל בירושלים, רבי יעקב אבן מלכא, רבי יוסף הצרפתי, רבי שמואל בן זקן מחבר הספר "גפן פוריה" על התלמוד, ורבי אברהם מנסאנו מחבר פורה, רבי חיים מנסאנו, רבי אליהו מנאסנו, רבי ידידיה מונסונייגו הראשון, רבי שמואל שאול אבן דנאן, רבי אפרים מונסונייגו, רבי רפאל עובד אבן צור, רבי שמואל אבן צור, רבי אליהו הצרפתי אב"ד פאס ומחבר ספרים רבים, רבי אברהם אלנקאר דיין בליבורנו ומשורר, מחבר הספר "מחזור קטן" והגהות לתיקוני זוהר, רבי יוסף בן סאמון דיין בליבורנו ומחבר הספר "עדות ביהוסף", רבי יעקב חיים בן נאים מחבר הספר "זרע יעקב" וספרים נוספים.
המאה ה-19.
בשנת ה'תק"פ נפוצה שמועת שווא שמולאי סלימאן מת. הערבים משבט "לורייא" שהאמינו לשמועה נכנסו למלאח והרגו ביהודים ובזזו את רכושם. אותו מאורע שב על עצמו בשנת ה'תקפ"ב (1822), אז מת מולאי סלימאן. בשנת ה'תקפ"ו פקדה בצורת קשה ומתו מאות רבות מן היהודים.
בשנת ה'תקצ"א מרדו שבט לורייא במלך עבד אל רחמן מלך מרוקו , המלך ברח למקנס והטיל מצור על פאס. כשנודע למלך כי בני השבט מתחבאים במלאח הוא שלח פצצות לשם וכתוצאה מכך מתו יהודים רבים. בכ"ב בכסלו ה'תקצ"ג (שלהי 1832) הכריע המלך את בני השבט ופיזר אותם במספר מקומות. בעקבות המאורע יש שציינו בפאס את יום כ"ב בכסלו בחגיגה המכונה פורים דלכור.
הריגת סוליקה חגואל (1834).