באוגוסט ובספטמבר 1922, כוחות מתנגדי האמנה ניהלו מתקפות גרילה נרחבות כנגד כוחות מדינת אירלנד החופשית, וגרמו להם לאבדות כבדות בכל השטחים שכבשו עד לאותו שלב. ראש הממשלה ומפקד הצבא, מייקל קולינס, נהרג במארב של כוחות מתנגדי האמנה סמוך לביתו במחוז קורק. מותו של קולינס תרם למרמור ששרר בקרב הנהגת מדינת אירלנד החופשית ולכעסם על מתנגדי האמנה וככל הנראה תרם להתדרדרות הלחימה למעגל זוועות ופעולות תגמול. גם ארתור גריפית', נשיא מדינת אירלנד החופשית, נפטר כתוצאה מגידול במוחו עשרה ימים לפני מותו של קולינס ובכך הותירו שניהם את הנהגת המדינה לויליאם תומאס קוסגרייב ואת הנהגת הצבא לריצ'רד מולקהי. לתקופה קצרה, עם העלייה בכמות הנפגעים ועם מותן של שתי הדמויות החשובות ביותר בהנהגה שלה, היה נראה שמדינת אירלנד החופשית עומדת לקרוס.
אולם, עם הגיע החורף, קשייהם של הרפובליקנים הפכו חמורים יותר והאבדות שהם הצליחו להסב לכוחות הממשלה הצטמצמו. לדוגמה, במחוז סלייגו 54 חיילי הצבא הלאומי נהרגו במהלך המלחמה, אך רק שמונה לאחר חודש ספטמבר. כתוצאה מכך, כוחות המדינה החופשית החלו להתקיף ולהשמיד את יחידות הגרילה של הרפובליקנים - במחוזות סלייגו ומית' ובקונמארה שבמחוז גולוויי וכן, בבירה דבלין. בשאר חלקי המדינה, נאלצו החיילים הרפובליקנים להתפצל לקבוצות קטנות יותר על מנת להסתתר מכוחות הממשלה, בדרך כלל תשעה או עשרה אנשים בכל יחידה.
באוקטובר 1922 הקימו איימון דה ואלירה וחברי הפרלמנט מתנגדי האמנה ממשלה רפובליקנית משלהם, כאופוזיציה לממשלה הזמנית של מדינת אירלנד החופשית. אולם, באותו שלב לכוחות מתנגדי ההסכם לא היו כמעט שטחים למשול עליהם ולממשלה כמעט ולא היו שום סמכויות על האוכלוסייה - המהלך היה סמלי בעיקרו. עד תחילת שנת 1923, פעולות הגרילה של מתנגדי האמנה הצטמצמו לפעולות חבלה והשמדה של תשתיות ציבוריות כמו כבישים או מסילות רכבת. כמו כן, החלו החיילים הרפובליקנים לשרוף את בתיהם של חברי הפרלמנט ושל חברי מעמד בחברה האירית שנקרא אנגלו-אירים.
זוועות והוצאות להורג.
ב-27 בספטמבר 1922, שלושה חודשים לאחר פרוץ המלחמה, הניחה הממשלה הזמנית של מדינת אירלנד החופשית בפני הדאל אירן הצעת חוק לחיזוק כוחו של הצבא - הרחבת סמכויותיהם של בתי המשפט הצבאיים והעברת חלק מהסמכות השיפוטית של מערכת המשפט האזרחית אל זו הצבאית, לפחות בכל אשר הנוגע במתנגדי הממשל. הצעת החוק, שנודעה בציבור כ"הצעת החוק להגנת הציבור", אכן העצימה את כוחה של מערכת המשפט הצבאית, והסמיכה אותה לגזור עונשי מאסר עולם וגזרי דין מוות על אישומים כמו "סיוע או עידוד פגיעה בכוחות המדינה", "החזקת נשק, תחמושת או חומרי נפץ ללא אישור הממשל" או "זריעת הרס או הצתה מכוונות".
השלב האחרון במלחמת האזרחים התאפיין בהתדרדרות מתמדת אל רצף של מעשי זוועות שהותיר מורשת מרירה בפוליטיקה האירית ובעם האירי כולו. ממשלת מדינת אירלנד החופשית החלה מוציאה להורג אסירים רפובליקנים ב-17 בנובמבר 1922 - הראשונים היו חמישה חברי IRA שהוצאו להורג בכיתת יורים. ב-24 בנובמבר הוצא להורג הסופר והגנרל ארסקין צ'ילדרס, שהואשם בהברחת נשק לטובת הכוחות הרפובליקנים. בסך הכל, מתוך 12,000 אסירים רפובליקנים, 81 הוצאו להורג במהלך המלחמה בסמכות מערכת המשפט האירית.
כפעולת תגמול, ה-IRA מתנגדי האמנה התנקשו בחבר הפרלמנט שון היילס, שהיה נאמן לממשלת מדינת אירלנד החופשית. בתגובה, הוציאה הממשלה להורג ארבעה ממנהיגי הרפובליקנים, מנהיג אחד מכל פרובינציה אירית - רורי או'קונור, ליאם מלואוס, ריצ'רד בארט וג'ו מקלבי. בנוסף, כוחות מדינת אירלנד החופשית פתחו בתי דין שדה, בעיקר במחוז קרי, בו לוחמת הגרילה הייתה הקשה ביותר, והחלו להוציא להורג לוחמים רפובליקנים במשפטי שדה. המקרה הנודע ביותר התרחש בעיירה באליסיד, בה נקשרו תשעה לוחמים רפובליקנים למוקש - המוקש התפוצץ, שמונה מהלוחמים נהרגו ולוחם אחד, סטיבן פולר, שרד עם כוויות ופציעות קשות את האירוע והחיילים הניחו לו לברוח מהמקום.
מספר האסירים הרפובליקנים שהוצאו להורג באופן לא חוקי במהלך המלחמה מוערך בכ-153. בין פעולות התגמול הנודעות של הרפובליקנים ניתן לציין את אביו של קווין או'היגינס ודודו של ויליאם תומאס קוסגרייב, שנרצח על ידם בפברואר 1923. ה-IRA מתנגדי האמנה לא הצליחו להמשיך במלחמת הגרילה שהחלו בה, בעיקר בעקבות המעצרים המרובים של הממשלה והיעדר האספקה המתאימה. הכנסייה הקתולית הודיעה על תמיכתה בממשלת מדינת אירלנד החופשית, הכריזה עליה כממשלה החוקית של המדינה, הוקיעה את מתנגדי האמנה וסירבה לנהל סקרמנט בהלוויותיהם.
סוף המלחמה.
בתחילת 1923, היכולת ההתקפית של הרפובליקנים נשחקה לחלוטין, ובפברואר 1923, כשהמנהיג הרפובליקני ליאם דיסי נשבה בידי כוחות מדינת אירלנד החופשית, הוא קרא לנאמניו ולרפובליקנים כולם לסיים את המלחמה ולהגיע לפיוס עם מדינת אירלנד החופשית. גם ההוצאות הרבות להורג, 34 מהן בחודש פברואר 1923 בלבד, השפיעו לרעה על רוח הקרב הרפובליקנית. בנוסף, מבצעיו של הצבא הלאומי בשטח שברו ופירקו לאט ובדיוק רב את כל הריכוזים האחרונים של הכוחות הרפובליקנים.
ההתקדמות של הצבא הלאומי וההתפוררות של הכוחות הרפובליקנים המשיכו במרץ ובאפריל 1923. כשניצחונה של מדינת אירלנד החופשית החל להיות מורגש בשטח, דה ואלירה ביקש מהנהגת ה-IRA לבקש ממדינת אירלנד החופשית הפסקת אש, אך ה-IRA סירב. ראשי ה-IRA נפגשו ב-23 במרץ במחוז טיפררי על מנת לדון בעתיד המלחמה. הם הותירו לאיימון דה ואלירה להשתתף בוועידה, לאחר ויכוח קצר, אך לא ניתנה לו כל זכות הצבעה. טום בארי הציע לסיים את המלחמה, אך הצעתו נדחתה ברוב של שישה מול חמישה. ליאם לינץ', המנהיג הרפובליקני, נהרג בהתנגשות עם כוחות מדינת אירלנד החופשית בהרי נוקמילדאון במחוז טיפררי כחודש לאחר מכן. באותה ההתנגשות נשבו ארבעה מנהיגים נוספים של ה-IRA - דן ברין, טוד אנדרוס, שון גיינור ופרנק בארט.
ייתכן כי מותו של לינץ' התיר למנהיגים רפובליקניים פרגמטיים יותר כפרנק אייקן לתפוס את הפיקוד על הכוחות מתנגדי האמנה. ואכן, אייקן מונה לראש מטה ה-IRA וקרא לסיום מה שקרא לו "המאבק העקר הזה". 30 ימים לאחר שירש אייקן את ראשות ה-IRA הוא הכריז על הפסקת אש מצידם של מתנגדי האמנה. ב-24 במאי 1923 אייקן הורה לחייליו לרדת למסתור על מנת שלא יכנעו או יתפתו להמשיך בלחימה.
לאחר הפסקת האש.
איימון דה ואלירה תמך בפקודת הפסקת האש והוציא הצהרה רשמית ללוחמים מתנגדי האמנה ב-24 במאי:
ממשלת המדינה החופשית החלה במשא ומתן לשלום במאי, אך השיחות התפוצצו מספר ימים לאחר תחילתו. בית המשפט העליון של אירלנד הכריע ב-31 ביולי 1923 כי מצב המלחמה תם - כתוצאה מכך היה על המדינה החופשית לשחרר מכלאם את הרפובליקנים אשר נאסרו במהלך המלחמה מתוקף המשפט המקובל, שהיה תקף רק בזמן מלחמה והיה לא חוקי כעת משתמה. ללא שלום בר קיימא, כשהיא מחזיקה ב-13,000 אסירים ומודאגת מפריצה מחודשת של העימותים, החליטה ממשלת מדינת אירלנד החופשית על חקיקת שני חוקי חירום באוגוסט 1923, על מנת להמשיך להחזיק במעצר את החיילים הרפובליקנים. אלפי רפובליקנים וחברי IRA (כולל איימון דה ואלירה בעצמו) נאסרו על ידי המדינה החופשית בחודשים שלאחר תום המלחמה - וזאת לאחר שהשליכו את נשקם וחזרו לבתיהם.
ב-27 באוגוסט 1923, נערכו במדינה בחירות כלליות, ובהן זכתה ב-40% מפלגת "קומן נה נגייל" (גלגולה הראשון של מפלגת פינה גייל), אשר תמכה בכינונה של מדינת אירלנד החופשית. הרפובליקנים, שיוצגו בבחירות על ידי מפלגת שין פיין, זכו רק ב-27% מהקולות, וזאת בעיקר מאחר שרבים ממועמדיה ותומכיה עדיין ישבו במאסר טרם, במהלך ולאחר הבחירות. באוקטובר 1923 כ-8,000 מתוך 12,000 האסירים הרפובליקנים פתחו בשביתת רעב. השביתה ארכה כ-41 ימים ועל אף שכמה מן השובתים מתו במהלכה, היא לא הצליחה לסייע להם במצבם. אולם, מירב הנשים העצורות כן שוחררו לאחר תום השביתה, והתנועה הרפובליקנית החלה לרכז את מאמציה בשחרור האסירים.
מתקפות על לויאליסטים במהלך המלחמה.
על אף שהעילה לפרוץ מלחמת האזרחים הייתה האמנה האנגלו-אירית, ככל שהתקדמה המלחמה הרפובליקנים ביקשו לזהות את מהלכיהם עם המאבק הרפובליקני המסורתי - "אנשים ללא רכוש" - המעמד הקתולי שנוצר בעקבות ההשתלטות הבריטית ויישוב אירלנד, כשבעלי האדמות הקתולים נושלו ממעמדם ומאדמותיהם ונאלצו לעבוד ולהיות כפופים לבעלי האדמות הפרוטסטנטיים שיובאו לאירלנד מאנגליה ומסקוטלנד. כחלק מהניסיון להזדהות עם מאבק זה, הרפובליקנים תקפו את בעלי האדמות האנגלו-אירים ולויאליסטים פרוטסטנטיים אחרים. בסך הכל כ-192 אחוזות של בעלי אדמות ופוליטיקאים של מדינת אירלנד החופשית הוצתו ונהרסו על ידי הרפובליקנים במהלך המלחמה.
הסיבה הרשמית למתקפה על בתיהם של בעלי האדמות הייתה שחלקם הפכו לבעלי תפקידים במדינת אירלנד החופשית. באוקטובר 1922 נציגות של בעלי אדמות יוניוניסטים נפגשה עם ויליאם תומאס קוסגרייב על מנת להציע את תמיכתם במדינת אירלנד החופשית וחלקם גם קיבלו תפקידים בסנאט של מדינת אירלנד החופשית. בין הבתים שהוצתו ניתן למנות את ביתו של רוזן מאיו בסמיכות לנאס ואחוזות של סנאטורים במאיו, קלונמל, סטילורגן ודבלין.