בינואר 2018, א-סיסי הכריז על התמודדותו בבחירות לנשיאות מצרים 2018. המאפיין הבולט של הבחירות הללו הוא מספר המועמדים הרב שהכריזו על מועמדות נגדו, וכולם לא הגיעו בשלום לבחירות, למעט אחד בלבד. חלקם נפסל בהאשמות משונות, חלקם פרשו תוך אמירות על חוסר אמון מוחלט בטוהר הבחירות, וחלקם נאסרו על לא עוול בכפם. רק אחד נשאר, וכמובן, הוא הואשם בהיותו מתחרה למראית עין. בבחירות זכה א-סיסי לכ-97.11% מהקולות ונבחר לכהונה שנייה כנשיא מצרים.
מדיניות פנים.
עם כניסתו לתפקיד, עודד א-סיסי צריכת דלק נמוכה אשר עלותה היא מיליארדי דולרים בשנה. א-סיסי עודד גם את האזרחים להשתתף מחדש בבניית הכלכלה המצרית ואמר כי הוא ייתן דוגמה בכך שהוא ייתן חצי ממשכורתו וחצי מנכסיו האישיים, כולל ירושתו, לתמיכה בכלכלה המצרית. מהלך זה, נועד גם לעודד בכירים ואנשי עסקים מצרים לעשות כמוהו.
א-סיסי קרא גם למודרניזציה של האסלאם. לשם כך, הוא נקט בהסדרת דרשות המסגד והסרת חומרים מסיתים של סלאח א-דין ועוקבה בן נאפע מספרי הלימוד.
א-סיסי גם היה נשיא מצרים הראשון אשר השתתף במיסה של חג המולד.
הוא הקים מועצה מייעצת, המורכבת ממדענים ומומחים מצרים, שתפקידם לייעץ לנשיא בפרויקטים לאומיים.
ממשלתו קידמה את הקמת בירת מצרים החדשה.
זכויות אדם.
לפי ארגון Human Rights Watch, מפעיל משטר א-סיסי עינויים, ומעצר של מתנגדיו הפוליטיים. כמו כן, לפי הארגון מפעיל הצבא המצרי כוח לא מידתי במערכה נגד מחוז סיני של המדינה האסלאמית. בנוסף לכך, המשטר עוצר ומאיים על פעילי זכויות אדם שמעבירים ביקורת על פעילות הממשלה ועל הנשיא.
כמו כן נמסר בדו"ח הארגון כי הרשויות במצרים כלאו כ-60 אלף מתומכי מוחמד מורסי, חלקם נעלמו וחלקם הוצאו להורג. א-סיסי אישר לקציני משטרה והמשמר הלאומי לבצע עינויים בחקירות, דבר שהוביל להצטברות תלונות על פשע נגד האנושות. "האזרחים נותרו ללא כל תקווה לצדק", אמר דובר הארגון.
משטר א-סיסי מבצע מעצרים המוניים גם בהפגנות ענק שמופנות נגדו. בשנת 2019 פרסם הקבלן המצרי מוחמד עלי עדויות לשחיתויות בסביבתו של א-סיסי, הנהיג גל מחאות באותה השנה ובהמשך נמלט ממצרים, לאחר שהשלטונות אסרו כ-4,000 מפגינים, על פי הערכות של ארגון אמנסטי. עלי המשיך להיות מעורב במחאות במצרים גם מגלותו, ובשנת 2020 היה בין הגורמים לגל מחאה נוסף, במהלכו עצרו כוחות הביטחון המצרים כ-2,000 מפגינים, על פי הערכות של פעילי זכויות אדם מקומיים. תחקיר של עיתון עין המזרח התיכון הצביע על שיתוף פעולה בין הממשל המצרי לאינטרפול במטרה ללכוד את מתנגדי המשטר גם כאשר הם בחו"ל.
רפורמות כלכליות.
מצרים שעמדה בתחילת כהונתו בפני משבר כלכלי קשה, החליטה להעלות את מחירי הדלק בכ-78% כמבוא לקיצוץ בסבסודיות של מזון ואנרגיה אשר מהוות כרבע מהתקציב השנתי של מצרים. מצרים הוציאה כ-96 מיליארד דולר על סבסוד אנרגיה בעשור שהפך את הדלק במצרים לאחד הזולים בעולם. הקיצוץ בסבסוד האנרגיה, נועד להוסיף מימון לשירותים כגון חינוך ובריאות. הנשיא א-סיסי הגן על העלאת מחירי הדלק באומרו כי מדובר ב"רפואה מרירה" שהייתה אמורה להתרחש לפני 50 שנה, אך לא התרחשה עקב חשש הממשלות מפני תגובה חריפה של העם כמו "מהומות הלחם" של 1977.
א-סיסי גם העלה את המס על סיגריות ואלכוהול. מחירי האוטובוסים והמוניות עלו בכ-13%.
א-סיסי שמקבל רק כמחצית משכרו, קרא למצרים "להקריב קורבנות", ונשבע לתקן את הכלכלה המצרית אשר צמחה בקצב איטי ביותר במשך שני עשורים. א-סיסי הזהיר את המצרים מפני כאב נוסף שעלול להתרחש תוך שנתיים, כתוצאה של בעיות כלכליות ב-4 העשורים האחרונים שהצטברו וצריך לתקן. בנוסף, מצרים שילמה חוב של יותר מחצי מיליארד דולר תוך חודשיים לחברת נפט זרה. לאחר 8 חודשים א-סיסי, במרץ 2015, ירד החוב הלאומי של מצרים לכ-39.9 מיליארד דולר, ירידה של 13.5%.
אנרגיה.
משבר האנרגיה של מצרים, שסייע להפחית את המחאה נגד הנשיא לשעבר מוחמד מורסי, המשיך לגדול במהלך חודשיה הראשונים של ממשלת א-סיסי, תוך קריאת תיגר על הממשלה החדשה. בשל המחסור בייצור אנרגיה, בצריכה הגוברת, חובות לחברות נפט זרות ובהיעדר התחזוקה התקופתית הנדרשת של תחנות הכוח, שיעורי הפסקות החשמל עלו לרמות חסרות תקדים. באוגוסט 2014, צריכת האנרגיה של המצרים הגיעה לכ-27.7 ג'יגה-וואט, כ-20% מאשר תחנות הכוח יכולות לספק. בחודש שלאחר מכן סבלה מצרים מהפסקת חשמל מסיבית, שהשביתה את המטרו של קהיר, הוציאה תחנות טלוויזיה משידור ועצרה את מרבית המדינה לכמה שעות, בגלל אובדן פתאומי של 50% מכוח החשמל במדינה. א-סיסי מצדו, הבטיח לפתור את בעיית האנרגיה של מצרים עד אוגוסט 2015. בנוסף, התקבלו החלטות לטווח הקצר ולטווח הארוך.
לטווח הקצר, מצרים חתמה על הסכם עם חברת ג'נרל אלקטריק, כדי לספק את המדינה ב-2.6 ג'יגה וואט נוספים עד קיץ 2015. ביוני 2015, הצהיר ממשל א-סיסי כי לראשונה מזה שנים השיגה מצרים עודף כושר ייצוא של 2.9 ג'יגה וואט. בטווח הארוך שילמה מצרים כ-6 מיליארד דולר בין ינואר למרץ 2015 לחברת נפט זרה, שהובילה להסכם בין מצרים לחברת סימונס בהיקף של 9 מיליארד דולר, על מנת לספק תחנות כוח לגז וכדי להגביר את ייצור החשמל במדינה בכ-50%. סיסי הצהיר גם כי מצרים לא רק פותרת את משבר האנרגיה שלה, אלא גם מבקשת להפוך למרכז עולמי לסחר באנרגיה. ב-21 בנובמבר 2017, א-סיסי נפגש עם נשיא קפריסין ניקוס אנסטסיאדיס וראש ממשלת יוון אלכסיס ציפראס בניקוסיה. בפגישתם, הם עודדו יוזמות במגזר הפרטי של אנרגיה ותשתיות, החשובים לביטחון האנרגיה של שלוש המדינות, ויזמו הקמת חיבור חשמל בין אירופה לאפריקה, באמצעות כבל חשמל ימי באורך 1619 ק"מ המחבר בין שתי היבשות.
פרויקטים לאומיים.
בחודש אוגוסט 2014, יזם הנשיא א-סיסי את תעלת סואץ החדשה - נתיב ימי נוסף אשר מכפיל את הקיבולת של תעלת סואץ מ-49 ספינות ליום לעד 97 ספינות ביום והגדלה של כ-259% מההכנסות השנתיות של מצרים. ובהתאם ללוח הזמנים, התעלה נחנכה באוגוסט 2015 ועלותה כשישים מיליארד לירות מצריות השוות לכ-8.4 מיליארד דולר. א-סיסי עמד על כך שמימון התוכנית יגיע ממקורות מצריים בלבד. התעלה עמדה בלוח הזמנים ונחנכה ב-6 באוגוסט 2015.
א-סיסי גם הציג פרויקט פיתוח אזורי לתעלת סואץ, אשר יכלול כחמישה נמלי ים בשלושת המחוזות המקיפים את התעלה, אזור תעשייה חדש ממערב למפרץ סואץ, אזורים כלכליים סביב נתיב המים, בניית עיר אסמאעיליה חדשה, חוות דגים ענקיות ועמק טכנולוגי בתוך אסמאעיליה.
א-סיסי גם יזם את פרויקט הדרכים הלאומי הכולל בניית רשת כבישים של מעל 4,400 ק"מ והיא משתמשת בכ-104 דונמים של קרקעות.
בנוסף, א-סיסי יזם תוכנית שאפתנית לבניית עיר בירה חדשה מזרחית לקהיר. המיקום המדויק של העיר לא נקבע והתוכנית נועדה להקל על לחצי התנועה של אוכלוסיית קהיר רבתי.
הנשיא א-סיסי קבע יעד לאומי לחיסול כל שכונות העוני הלא-בטוחות בתוך חודשיים. השלב הראשון של הפרויקט נחנך ב-30 במאי 2016, המכיל 11,000 יחידות דיור חדשות שנבנו בעלות של 1.56 מיליארד לירות מצריות (סכום השווה לכ-177.8 מיליון דולר). המטרה הסופית היא בניית 850,000 יחידות דיור חדשות.
מדיניות חוץ.
אפריקה.
ביקור החוץ הראשון של א-סיסי בתפקידו היה באפריקה. א-סיסי ביקר באלג'יריה וביקש תמיכה נגד ארגוני הטרור המוסלמים בצפון אפריקה. זמן קצר לפני כן, ביקר א-סיסי במלאבו שבגינאה המשוונית כדי להשתתף בפסגה ה-23 של האיחוד האפריקאי. בנאומו בפסגה זו, הוא האשים את האיחוד האירופי בהקפאת החברות המצריות כשנה קודם לכן. א-סיסי גם הכריז על הקמת סוכנות שותפות מצרית לפיתוח אפריקה. הוא גם ביקר כמה שעות בסודאן.
ישראל והפלסטינים.
אחרי הדחתו של הנשיא מוחמד מורסי, היחסים בין ישראל למצרים השתפרו מאוד וא-סיסי אף טען כי דיבר "הרבה" עם ראש ממשלת ישראל לשעבר, בנימין נתניהו.
א-סיסי תומך בפתרון שתי המדינות עם גבולות 1967, כאשר ירושלים המזרחית היא הבירה הפלסטינית וירושלים המערבית היא בירת ישראל. בנוסף, א-סיסי הצהיר כי צריך להיות הסדר מדיני בין ישראל לפלסטינים אשר יענה לצרכיהם של הפלסטינים ויבטיח לישראל ביטחון.
במהלך מבצע צוק איתן, מצרים השתתפה במאמצי התיווך להפסקת אש בין ישראל לחמאס. מצרים גם ביקרה את צה"ל בכך שהוא פועל בכוח רב מדי ברצועת עזה לטענתה. עם זאת, א-סיסי גם ביקר את החמאס. בעת הלחימה ברצועת עזה הורה א-סיסי להעביר כ-500 טון של מזון לפלסטינים ברצועת עזה.
כמו כן, אירחה מצרים בקהיר ועידת תורמים במטרה לגייס 4 מיליון דולר לשיקום רצועת עזה.
ממשל א-סיסי רואה בחמאס אויב, ומאשים אותו בהרג של 16 חיילים מצרים ב-2012.
במרץ 2017, א-סיסי נפגש בקהיר עם נשיא הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס. פגישתם התמקדה במגעים הבינלאומיים אשר נערכו אז בנוגע לסכסוך הישראלי-פלסטיני. בספטמבר 2017, א-סיסי נפגש עם ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו, בשולי עצרת האו"ם בניו יורק. בפגישתם, א-סיסי הביע את רצונו לסייע במאמצים להשגת שלום בין ישראל לפלסטינים.
טורקיה.