המשחק השישי, לאחר תום הסיבוב הראשון, היה משחק ביתי מול נבחרת אלבניה. הפעם, דווקא הייתה זו אלבניה שניצחה בתוצאה 0–3 בישראל, באצטדיון סמי עופר, ועלתה על חשבון ישראל למקום השלישי. לאחר המשחק הביקורת כלפי שחקני הנבחרת ועל המאמן אלישע לוי החריפה בתקשורת הישראלית. לקראת המשחק הבא מול נבחרת מקדוניה בסמי עופר, לוי החליף פעם נוספת כמות גדולה של שחקנים בסגל מאז המשחק נגד אלבניה. השוער דודו גורש הוחלף בשוער הנבחרת האולימפית ומכבי חיפה עומרי גלזר שעלה להופעת בכורה בנבחרת. כמו כן זימן את הקשר מרואן קבהא ששיחק בקבוצת מריבור הסלובנית ואת החלוץ הצעיר שנחשב לכישרון עולה בכדורגל הישראלי מנור סולומון. במשחק נגד מקדוניה, ישראל ספגה שער - מטעות של הבלם שיר צדק - מרגליו של גוראן פאנדב. בסיום המשחק הפסידה ישראל 0–1. במהלך המשחק לאור שריקות הבוז והעלבונות שספג לטענתו מהקהל המקומי שהגיע לאצטדיון, השליך הקפטן ערן זהבי את סרט הקפטן בהפגנתיות מה שעורר תרעומת רבה בתקשורת הישראלית. לאחר המשחק המשיכה הביקורת כלפי המאמן ועל המשחק חסר הדרך וחסר היעילות של הנבחרת לטענת התקשורת. כמו כן לאחר התקרית הושעה זהבי מהנבחרת לתקופה בלתי מוגבלת על ידי המאמן וההתאחדות בעקבות התנהגות לא ספורטיבית. למחרת הודעה זו הודיע זהבי על פרישתו מנבחרת ישראל. הבלם הוותיק טל בן חיים, מונה במקומו לקפטן הנבחרת עד לסיום הקמפיין. 3 ימים לאחר מכן יצאה נבחרת ישראל למשחק חוץ מול נבחרת איטליה, שהגיעה למשחק לאחר תבוסה לספרד. במשחק ישראל ספגה הפסד מינימלי של 0–1, ואף על פי שחלק מהתקשורת החמיאה למאמן ונבחרתו על משחק ההגנה המרשים, ספג עדיין ביקורת על כך שלאחר משחק אחד הוציא את השוער הצעיר עומרי גלזר והחזיר את השוער אריאל הרוש לאחר שהיה מושעה. באותו משחק נכנס הקשר יוסי בניון לשחק כמחליף במדי נבחרת ישראל והפך לישראלי הראשון שחוצה את רף ה-100 הופעות בהיסטוריה.
במשחק התשיעי בקמפיין יצאה הנבחרת לואדוץ נגד נבחרת ליכטנשטיין. במשחק כבשה נבחרת ישראל שער מכדור קרן, שכבש הבלם איתן טיבי בשערו הראשון במדי נבחרת ישראל, והיא ניצחה 1–0. המשחק האחרון התקיים באצטדיון טדי נגד נבחרת ספרד, שכבר הבטיחה עלייה למונדיאל עוד לפני המשחק בעוד ישראל איבדה את סיכוייה כך שהמשחק היה לפרוטוקול בלבד. במשחק הפסידה ישראל בבית 0–1 ובכך סיימה את הקמפיין בו הפסידה 4 מתוך 5 משחקי הבית שלה. בקמפיין מוקדמות מונדיאל 2018 צברה הנבחרת 12 נקודות וסיימה עם 4 ניצחונות, 6 הפסדים וללא תוצאות תיקו. בעקבות הפסדים רבים במהלך הקמפיין הדרדרה נבחרת ישראל כ-30 מקומות במהלך הקמפיין בדירוג העולמי של פיפ"א לשפל חסר תקדים מבחינתה והתמקמה במקום ה-98 בעולם. בסוף הקמפיין הודיע יו"ר ההתאחדות, עופר עיני לאלישע לוי על סיום העסקתו כמאמן הנבחרת. לאחר מכן הוחלט על הקמת ועדת איתור חדשה למציאת מאמן נבחרת לקראת הקמפיין הבא של הנבחרת הכולל את השתתפותה לראשונה בליגת האומות של אופ"א שתחל בספטמבר 2018, בה הוגרלה ישראל בליגה C בבית א' עם ו.
אנדראס הרצוג.
ב-1 באוגוסט 2018 הוועדה המקצועית של ההתאחדות לכדורגל החליטה על מינויו של שחקן העבר האוסטרי אנדראס הרצוג למאמן הנבחרת, באותו יום הושג סיכום עם המאמן וההתאחדות הודיעה על מינויו לעמדת המאמן.
ב-7 בספטמבר 2018 החלה ישראל את קמפיין ליגת האומות שלה במשחק חוץ נגד אלבניה, בה הפסידה 1-0 משער בדקה ה-55 של טאולנט ג'אקה האלבני וספגה ביקורות בתקשורת המקומית. ב-11 באוקטובר פגשה ישראל את סקוטלנד וניצחה 1-2 באצטדיון סמי עופר משערים של דור פרץ (52') וקיראן טיירני הסקוטי (75', ע'), ולאחר 3 ימים ניצחה גם את אלבניה באצטדיון טרנר בתוצאה 2-0 משערים של תומר חמד (8') ודיא סבע (84'). הנבחרת קיבלה מחמאות על משחקים אלו, במיוחד בהתחשב בעובדה שניצחה נבחרות שנחשבו לעדיפות ממנה. במשחק האחרון בקמפיין הפסידה בתוצאה 3-2 לסקוטלנד בחוץ וסיימה ללא הכרטיס לשלב הבא ולעלייה לליגה B. אולם ישראל עדיין יכולה להעפיל דרך שלב הפלייאוף מטורניר זה לטורניר יורו 2020 בכפוף להשגת הכרטיס ליורו דרך טורניר המוקדמות הרגיל של קבוצות המדורגות גבוה ממנה בדירוג שלב הפלייאוף בליגה C.
ההגרלה לטורניר מוקדמות יורו 2020 נערכה ב-2 בדצמבר 2018, אז שובצה ישראל בבית ז' עם , , , ו.
במשחק הראשון בקמפיין נפגשה ישראל עם סלובניה במשחק שהסתיים בתוצאת תיקו 1-1 שנערך באצטדיון סמי עופר. במשחק השני הביסה ישראל את אוסטריה שנחשבת לעדיפה ממנה בתוצאה 4-2, וגרפה את מירב המחמאות, כאשר ערן זהבי מבקיע שלושער לזכות ישראל ומקבל את הציון המושלם 10 במספר עיתוני ספורט.
ב-7 ביוני 2019 התארחה ישראל אצל נבחרת לטביה וניצחה אותה 3-0 בחוץ, כך שסיימה את הסיבוב השלישי במקום השני והקדימה את אוסטריה וסלובניה. 10 ביוני 2019 התארחה נבחרת ישראל אצל נבחרת פולין במשחק השלישי במקודמות, שהנחילה לה תבוסה בתוצאה 0-4, לאחריו חטפה הנבחרת ביקורות רבות על ההכנה למשחק.
כ-3 חודשים לאחר מכן אירחה נבחרת ישראל את נבחרת צפון מקדוניה ב-5 בספטמבר 2019 וסיימה את המשחק בתיקו 1-1. 4 ימים לאחר מכן התארחה ישראל בסלובניה שהנחילה לה הפסד 2-3 בדקה ה90 למשחק, אף על פי שבמהלך המשחק כבר הובילה 2-1. תוצאות אלו פגעו בסיכוייה של נבחרת ישראל להעפיל ליורו והשאירו לה משחקים קשים מאוד יחסית שהיא צריכה לנצח ועל כן ספגה הנבחרת ביקורת נוספת בתקשורת הישראלית.
ב-10 באוקטובר 2019 התארחה נבחרת ישראל אצל נבחרת אוסטריה, ונוצחה 1-3. הפסד זה אף הוריד את הנבחרת למקום הרביעי וחיסל את הסיכויים המעשיים שלה להעפיל ליורו. ב-15 באוקטובר אירחה ישראל את נבחרת לטביה וניצחה 1-3.
ב-16 בנובמבר 2019 אירחה ישראל את נבחרת פולין לאחר שאבדו סיכוייה מעשית להעפיל ליורו, והפסידה גם את המשחק הזה 2-1. 3 ימים לאחר מכן התארחה ישראל אצל נבחרת צפון מקדוניה למשחק האחרון בקמפיין והפסידה גם אותו בתוצאה 0-1. ישראל סגרה קמפיין כשלוני מבחינתה, והכי רע בשני העשורים האחרונים מבחינת אחוזי הצלחה עם 37% אחוזי הצלחה בלבד, השפל הכי גדול שלה מ-2008 מהבחינה הזאת, ומקום 5 מתוך 6, אחד המקומות הנמוכים שלה בבתי מוקדמות אי פעם.
עקב התפרצות מגפת הקורונה בעולם במהלך 2020, הופסקו משחקי הכדורגל ובכללם הכדורגל הבינלאומי, ופלייאוף העלייה ליורו 2020 דרך ליגת האומות נדחה. בינתיים ב-24 ביוני 2020 הודיע הרצוג, לאחר שנגמר לו החוזה, כי הוא עוזב את תפקידו בנבחרת ישראל, וההתאחדות החלה בחיפוש אחר מאמן חדש שידריך את הנבחרת לפלייאוף. באוקטובר במשחק הפלייאוף הפסידה הנבחרת לנבחרת סקוטלנד בדו-קרב פנדלים, והודחה.
וילי רוטנשטיינר.
עוד ביוני 2018 מונה האוסטרי וילי רוטנשטיינר לתפקיד המנהל הטכני של נבחרת ישראל בכדורגל. לאחר מכן חוזהו עם ההתאחדות לכדורגל הוארך בשנתיים נוספות. לאחר סיום דרכו של הרצוג בנבחרת ישראל מרצונו, התכנסה ועדת איתור של ההתאחדות לכדורגל על מנת לבחור מאמן חדש, וב-22 ביולי מונה רוטנשטיינר למאמן נבחרת ישראל באופן רשמי לפלייאוף ולקמפיין הבא בליגת האומות לעונת 2020/2021, כשאלון חזן מונה לעוזרו.
בפלייאוף העלייה ליורו 2020 (שנדחה בשנה עקב נגיף הקורונה) הודחה ישראל בחצי הגמר בפנדלים לאחר תיקו מאופס עם נבחרת סקוטלנד. את קמפיין ליגת האומות שנפתח בספטמבר 2020, החלה ישראל עם תיקו 1-1 עם סקוטלנד בגלאזגו, ובתיקו 1-1 עם נבחרת סלובקיה שהתקיים בישראל. בהמשך הפסידה ישראל לצ'כיה 1-2 בסמי עופר, אך ניצחה את סלובקיה 2-3 בחוץ משלושער מרהיב של ערן זהבי שהפך לכוכב הנבחרת בתקופה זו. ישראל הפסידה פעם נוספת לצ'כיה 0-1 אחרי משחק שזכה לביקורות רבות, אך את משחקה האחרון בקמפיין נגד נבחרת סקוטלנד בביתה, ניצחה 1-0 וסיימה את קמפיין ליגת האומות במקום השלישי שמשאיר אותה בליגה B, אך לא מעלה אותו לדרג העליון יותר ולא נותן לה אפשרות להשתתף בפלייאוף המונדיאל.
לאחר סיום הקמפיין, בדצמבר 2020, הוחלט על הארכת החוזה של רוטנשטיינר כמאמן הנבחרת עד סוף עונת 2021/2022, ובמקביל מציאת מנהל טכני שימלא את תפקידו הקודם של רוטנשטיינר בהתאחדות.
במוקדמות מונדיאל 2022 הוגרלה ישראל בבית 6 ביחד עם נבחרות דנמרק, אוסטריה, סקוטלנד, איי פארו ומולדובה, כאשר המשחקים החלו בסוף חודש מרץ 2021. במחזור משחקי הפתיחה שנערכו בביתה, ישראל הפסידה 0–2 נגד דנמרק במחזור הראשון וסיימה בתיקו 1–1 נגד סקוטלנד במחזור השני, כאשר שניהם נערכו באצטדיון בלומפילד. במשחק נגד מולדובה שנערך בקישינב, ניצחה ישראל 4–1. בספטמבר 2021 נערכו שלושה משחקים נוספים: במשחק נגד נבחרת איי פארו בחוץ, ניצחה ישראל 4-0, לאחר מכן אירחה ישראל את נבחרת אוסטריה וניצחה באופן מרשים בתוצאה 2-5, מה שהגדיל את סיכוייה להעפיל. בהמשך הפסידה ישראל פעמיים: 0-5 לדנמרק בקופנהגן ולאחר מכן 2-3 לנבחרת סקוטלנד בהאמפדן פארק שבגלאזגו, שני הפסדים אלו הורידו משמעותית את סיכוייה של ישראל להעפיל מהבית להמשך הקמפיין. באוקטובר 2021 ניצחה ישראל את מולדובה בתוצאה 1-2 בבית. בנובמבר הפסידה לאוסטריה 2-4 בווינה, ולאחר מכן סיימה את הקמפיין עם ניצחון על איי פארו בתוצאה 2-3 באצטדיון נתניה, מה שהבטיח לה את המקום השלישי בבית מצד אחד, כאשר סיימה מעל אוסטריה שנחשבה לעדיפה, אך מאידך סימן כישלון נוסף בהעפלה לטורניר גדול. בדצמבר 2021 הוגרלה ישראל בבית ב' בליגה B של ליגת האומות 2022/2023 יחד עם נבחרות , ו, טורניר שיחל ביוני 2022. בפברואר 2022 סיים רוטנשטיינר את תפקידו בנבחרת ישראל, ומיד החל תהליך איתור למאמן חדש לקמפיין הקרוב.
יוסי בניון.