פרק זה עוסקת ב"נוהלי מעקב משופרים" ומכסה את כל ההיבטים של מעקב אחר חשודים בטרור, חשודים בהונאות ופשעי מחשב וסוכנים של מדינה זרה העוסקים בפעילויות חשאיות. הפרק מתיר לסוכנויות ממשלתיות לאסוף "מודיעין חוץ", מאזרחים וממי שאינם אזרחי ארצות הברית גם יחד. השינוי נועד להסיר את המחיצה המשפטית בין חקירות פליליות לבין ביצוע מעקבים לצורך איסוף "מודיעין חוץ", חציצה אשר הקשתה על קיום חקירות כאשר התקיימה חפיפה בין ביצוע מעקבים מודיעיניים לפליליים. הפרק מרחיב את משך פקודות המעקב והחיפוש הפיסי של FISA (חוק מעקב מודיעיני חוץ) ונותן לרשויות את היכולת לחלוק מידע שנאסף בפני חבר מושבעים גדול פדרלי, עם רשויות אחרות.
היקף וזמינות צווי ההאזנה והמעקב הורחבו תחת הפרק השני. האזנות סתר הורחבו כך שיכללו טיפול וניתוב מידע על מנת לאפשר מעקב אחר רשתות מיתוג מנות, סעיף שגרר את התנגדותו של מרכז המידע להגנה על פרטיות אלקטרונית (EPIC) שטען כי הסעיף לא לוקח בחשבון כתובות דואר אלקטרוני או אינטרנט אשר לעיתים קרובות מכילות תוכן בפרטי הכתובת. החוק אִפשר לכל שופט בית משפט מחוזי בארצות הברית להוציא צווים כאלו ואף צווי חיפוש בעת ביצוע חקירות נגד חשודים בפעילות טרור. צווי החיפוש אף הורחבו כך שאִפשרו ל-FBI גישה להודעות תא קולי בלא להזדקק לחוק הציתות המחמיר יותר.
פרק II כונן שלוש הוראות השנויות במחלוקת חריפה: צווי "sneak and peek" - צווי חיפוש המתירים לקציני אכיפת החוק לבצע כניסה פיזית לנדל"ן פרטי ללא אישור הבעלים או הדיירים ואף בלא החובה ליידעם על כך, על מנת לבצע חיפוש חשאי במקום; ביצוע האזנות סתר נודדות; ומתן הסמכות ל-FBI לקבל גישה למסמכים החושפים דפוסי חיים של אזרחי ארצות הברית.
צווי ה-"sneak and peek" אִפשרו להשהות את מתן ההודעה על ביצוע צווי חיפוש. פרק הזמן הקודם למועד בו חייב ה-FBI ליידע את מקבלי הצו לא הוגדר בחוק - המדריך לסוכני השטח של ה-FBI ציין סטנדרטים גמישים בהקשר זה - והוא ניתן להארכה על פי שיקול דעתו של בית המשפט. הנחיות ה-"sneak and peek" בוטלו על ידי השופטת אן אייקן ב-26 בספטמבר 2007 לאחר שפרקליט פורטלנד (אורגון), ברנדון מייפילד, נכלא בטעות בגלל החיפושים הללו. בית המשפט קבע כי החיפושים הללו מפרים את ההוראה האוסרת על חיפושים בלתי סבירים בתיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית.
האזנות הסתר הנודדות נתפשו כחיוניות על ידי אנשי מחלקת המשפטים של ארצות הברית בשל אמונתם שטרוריסטים יכולים לשנות במהירות את מיקומם ואת אמצעי התקשורת בהם הם עושים שימוש, דוגמת טלפון סלולרי, בעוד המתנגדים לסעיף זה רואים בו הפרה של הזכות לפרטיות המיוחסת לתיקון הרביעי לחוקה.
הוראה אחרת השנויה במחלוקת, היא זו המאפשרת ל-FBI ליתן צו המחייב הפקתם של כל הדברים המוחשיים (כולל ספרים, תקליטים, ניירות, מסמכים ופריטים אחרים) לחקירה על מנת להגן מפני טרור בינלאומי או פעילות מודיעין חשאית, ובלבד שחקירה כזו של אדם בארצות הברית לא מתבצעת אך ורק על בסיס של פעילות המוגנת על ידי התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית.
על אף העובדה שהצו הנ"ל לא היה מכוון ספציפית לספריות, איגוד הספריות האמריקאי (ALA - American Library Association) הביע התנגדות מיוחדת לצו זה. בהחלטה שקיבל האיגוד ב-29 ביוני 2005 נקבע כי "סעיף 215 של חוק הפטריוט בארצות הברית מאפשר לממשל לבקש ולקבל בחשאי רשומות ספרייה על מספר גדול של אנשים ללא כל סיבה להאמין שהם מעורבים בפעילות בלתי חוקית". עם זאת, עמדת ה-ALA לא התקבלה בלי ביקורת. מבקרת בולטת של עמדה זו הייתה הת'ר מק דונלד, מ-Manhattan Institute for Policy Research (מכון מנהטן למחקרי מדיניות), שבמאמר פרי עטה שהתפרסם בסיטי ג'ורנל טענה כי הסערה סביב הסעיף היא "חקר מקרה של 'חרחור פחד' מפני חוק הפטריוט".
הפרק כלל סנקציות מסחריות נגד קוריאה הצפונית ונגד אפגניסטן שנשלטה על ידי הטליבאן, והוא כיסה גם העסקת מתורגמנים על ידי ה-FBI.
בשל התעקשותו של חבר בית הנבחרים ריצ'רד ארמי, תוקפם של כמה מתת הסעיפים שבפרק II היה אמורים לפקוע ב-31 בדצמבר 2005, אולם הוסכם שגם אותם תת-סעיפים שתוקפם אמור לפקוע בתאריך זה, יוסיפו להתקיים לגבי חקירות שנמצאות בעיצומן כנגד גורמי מודיעין חוץ, כך שניתן יהיה למצות את החקירות עד תומן.
פרק III: סיכול טרור באמצעות מניעת הלבנת הון.
הפרק השלישי שכותרתו "מניעת הלבנת הון בינלאומית והחוק הפיננסי למלחמה בטרור 2001", נועד להקל על מניעה, איתור והעמדה לדין של החשודים בהלבנת הון בינלאומית ומימון טרור. הוא בעיקר מתקן חלקים מהחוק לבקרה על הלבנת הון (1986) (MLCA) ומחוק הסודיות הבנקאית (1970) (BSA).
הסעיף חולק לשלושה חלקים, כשהחלק הראשון מתמודד בעיקר עם חיזוק חוקי הבנקאות נגד הלבנת הון, במיוחד בזירה הבינלאומית. החלק השני מנסה לשפר את התקשורת בין סוכנויות אכיפת חוק ומוסדות פיננסיים, כמו גם להביא להרחבת שמירת רשומות ודרישות הדיווח. החלק השלישי מגדיל עד פי ארבעה את העונש על זיוף והברחת מטבע זר.
החלק הראשון מהדק את הדרישות לשמירת רשומות שחלות על מוסדות פיננסיים, כשבתוך כך גרם להם לתעד את הסכומים המצטברים מעסקות שהוזמנו מאזורים בעולם לגביהם הלבנת הון מהווה מקור לדאגה בעבור הממשל הפדרלי. מחלקת האוצר של ארצות הברית אף הואשמה בגיבוש תקנות שנועדו לעודד שיתוף מידע בין מוסדות פיננסיים לצורך מניעת הלבנת הון. לצד הדרישות להרחבת תיעוד הרשומות, הונהגו תקנות חדשות שנועדו להקל על הרשויות לזהות פעילות הלבנת הון ולהקשות על מלביני הכספים להסוות את זהותם. במקרה שנחשף מקרה של הלבנת הון, מאפשר הסעיף לחלט את רכושם של החשודים בהלבנה. במאמץ לעודד מוסדות לנקוט בצעדים שיפחיתו את תופעת הלבנת הון, ניתנה למחלקת האוצר של ארצות הברית הסמכות לחסום מיזוגים בין חברות אחזקה בנקאיות (חברה השולטת בבנק אחד או יותר, אך לא בהכרח עוסקת בבנקאות בעצמה) ובנקים לבין חברות אחזקה בנקאיות ובנקים אחרים שלהם היסטוריה גרועה בתחום אי מניעת הלבנת הון. באופן דומה, מיזוגים בין תאגידים בנקאיים מבוטחים לבין תאגידים בנקאיים שאינם מבוטחים שיש להם רקורד גרוע במאבק נגד הלבנת הון, עשויים להיחסם.
ההגדרה של הלבנת הון הורחבה כך שתכלול ביצוע עסקה פיננסית בארצות הברית שמטרתה ביצוע פשע אלים; מתן שוחד לעובד ציבור; הונאה בכספי ציבור; הברחת או ייצוא בלתי חוקי של תחמושת מבוקרת; ייבוא או הכנסת כלי נשק שלא אושרו על ידי התובע הכללי של ארצות הברית והברחה של כל פריט מבוקר על פי תקנות מִנהל הייצוא.
החוק גם הציג עונשים פליליים על פקידים מושחתים. עובד או פקיד מטעם הממשל הנוהג בשחיתות אישית בעת ביצוע תפקידו - כמו גם האדם שגרם לו להתנהג בצורה מושחתת - ייקנס בסכום שאינו עולה על פי שלושה משוויו של השוחד האמור. לחלופין, הם עלולים להיכלא לתקופה של עד 15 שנות מאסר, או שעשוי להיגזר עליהם קנס בנוסף למאסר. העונשים חלים על מוסדות פיננסיים שלא יעמדו בתנאים לחיסול חשבונות בנק כאמור בתוך 10 ימים ממתן הצו על ידי התובע הכללי של ארצות הברית או מזכיר מחלקת האוצר של ארצות הברית. המוסדות הפיננסיים יכולים להיקנס בסכום של 10,000 דולר על כל יום שהחשבונות נשארים פתוחים לאחר שפוקעת מגבלת עשרת הימים.
החלק השני ערך מספר שינויים בחוק החסינות הבנקאית של 1970 בניסיון להקשות על פעולתם של מלביני כספים ולהקל על רשויות האכיפה והרגולציה לפקח על פעולות אלו. מטרתו של אחד התיקונים לחוק החסינות הבנקאית הייתה לאפשר לסוכנות או לקצין ייעודי המקבל דוחות על פעילות חשודה, להודיע על כך לסוכנויות המודיעין השונות של ארצות הברית. מספר תיקונים נעשו כדי לטפל בבעיות הקשורות לשמירת רשומות ודוחות פיננסיים. אמצעי אחד היה דרישה חדשה שכל מי שעושה עסקים יחויב להגיש דוח על כל תקבולי מט"ח מעל 10,000 דולר, והפך העברות כספיות המתחמקות מדרישות חוק החסינות הבנקאית של 1970, לבלתי חוקיות. על מנת להקל על הרשויות להסדיר ולחקור פעילות להלבנת הון, נכללו בהגדרה של מוסד פיננסי גם שירותים כספיים לעסקים המפעילים מערכת העברות כספים מחוץ לזרם המרכזי.
פרק IV: אבטחת הגבולות.
הסעיף הרביעי מתקן את חוק ההגירה והאזרחות (1952) (Immigration and Nationality Act of 1952) כך שיינתנו יותר סמכויות אכיפה וחקירה לתובע הכללי של ארצות הברית ולשירות ההגירה וההתאזרחות (Immigration and Naturalization Service-INS). התובע הכללי הוסמך לוותר על כל מכסה של עובדים במשרה מלאה שהוקצו לשירות ההגירה וההתאזרחות בגבולה הצפוני של ארצות הברית. הוקצה מימון הולם שיאפשר להשליש את מספרם המקסימלי של אנשי משמר הגבול של ארצות הברית, שירות המכס ושירות ההגירה וההתאזרחות, לצד הקצאת 50 מיליון דולר שהוקצו לטובת שירות המכס ושירות ההגירה וההתאזרחות לצורך שיפור הטכנולוגיה ויכולות הניטור בגבול הצפוני ורכישת ציוד נוסף. לשירות ההגירה וההתאזרחות ניתנה גם הסמכות להורות על תשלום שעות נוספות מעבר למכסה בסכום של עד 30,000 דולר בשנה, לעובדי השירות. ל-INS ולמחלקת המדינה של ארצות הברית ניתנה גישה למידע אודות עבר פלילי הנכלל ב-National Crime Information Center Interstate Identification Index (מדד מרכז הפשיעה הלאומי הבין-מדינתי), בקובץ המבוקשים ובכל קובץ אחר המופעל על ידי המרכז הלאומי למידע על פשיעה (National Crime Information Center) על מנת לקבוע האם מבקשי ויזה יכולים להיכנס לגבולות ארצות הברית.