כוחות סיור שנשלחו משם דיווחו על היערכותם של המלוכנים בחוות צ'קבוקו (Hacienda de Chacabuco).
צ'קבוקו.
בשל פיזור כוחותיו - מרקו דל פונט התקשה לכנוס את צבאו, והכוח שניצב מול סן מרטין היה בן 1,500 חיילים בפיקוד רפאל מרוטו (Rafael Maroto).
הקרב החל ב-12 בפברואר עם עלות השחר בהתקפה של צבא האנדים על המלוכנים המתגוננים.
חרף המגננה היעילה של המלוכנים ותנאי השטח, הצליחו כוחותיו של סן מרטין לפרוץ את קווי ההגנה של מרוטו ולהביסם. 600 חיילים מלוכנים נהרגו מול 130 הרוגים ו-180 פצועים של המורדים. בנוסף איבדו המלוכנים את כל הארטילריה שברשותם.
בהודעה ששלח לדירקטור - פואירדון, כתב סן מרטין בין היתר את המשפט הבא שהפך לסמל:
"תוך 24 ימים השלמנו את המשימה: חצינו את רכס ההרים הגבוה בעולם, גברנו על העריצים, והענקנו חירות לצ'ילה."
ב-14 בפברואר צבא האנדים הגיע לסנטיאגו דה צ'ילה הבירה. או'היגינס התמנה על ידי הקבילדו המקומי בתור "הדירקטור של מדינת צ'ילה" וסן מרטין כמפקד "צבא השחרור המאוחד של צ'ילה" (Ejército Unido Libertador de Chile) שכלל את צבא האנדים ויחידות צ'ילאניות מקומיות שהסתפחו אליו.
או'היגינס הזדרז לשלוח אונייה שנתפסה בנמל ולפראיסו לשחרר את המורדים שהוחזקו על ידי הספרדים באיים הסמוכים לחופי צ'ילה, והצבא המאוחד החל בהתקדמות מהירה דרומה.
גואמס ומלחמת הגאוצ'וס.
ההגנה של הפרובינציה של סלטה נותרה בידיו של המושל מרטין מיגל דה גואמס (Martín Miguel de Güemes), בשעה שצבאו של רונדו נסוג לטוקומן, ושם הוא התבשר על סיום תפקידו כדירקטור וקבלת תפקיד ההגנה על קונגרס טוקומן שזה עתה נוסד.
לאחר הכרזת העצמאות של קונגרס טוקומן ב-9 ביולי 1816 הוא הוחלף גם בתפקידו כמפקד צבא הצפון על ידי בלגרנו, שאף הוא לא היה מסוגל ליזום שום התקפה צפונה, ולו מפני שחלק ניכר מצבאו סופח לצבא האנדים.
הצבא המלוכני ניסה להגיע לחוחוי, אך הקרבות נגד הרפובליקטות - המורדים באלטו פרו - אילצו אותו לסגת.
בספטמבר 1816, עם מינויו של פסואלה כמשנה למלך של תת-ממלכת פרו, התמנה כמפקד הצבא המלוכני - חוסה דה לה סרנה (José de la Serna) שגייס קצינים רבים מוותיקי המלחמות נגד נפוליאון, ותכנן לפלוש לארגנטינה מצפון ומצ'ילה.
בסוף אוקטובר, דה לה סרנה התקדם לכיוון סלטה בראש כוח בן 5,500 חיילים. ב-6 בינואר 1817 הוא נכנס לחוחוי, אך לא הצליח להשתלט על הפרובינציה, והגאוצ'וס אילצו אותו להסתגר בעיר עצמה.
בנוסף, המורדים באלטו פרו שהביסו את המלוכנים בקרב אומוואקה - קטעו את נתיב האספקה שלו מצפון.
כל זה שיבש את תוכניותיו של לה סרנה, והוא הגיע לסלטה רק ב-15 באפריל 1817. גם כאן הוא נאלץ להסתגר בעיר, וכוח שנשלח להשיג בהמות למשא ולמזון הותקף שוב ושוב על ידי כוחותיו של גואמס וחוסל בקרב בנייאדו (Bañado).
התקפת הנגד של למדריד.
אף על פי שהיה מודע לאי יכולתו לפלוש לאלטו פרו - בלגרנו החליט לסייע לגואמס. הוא שלח כוח בן 350 חיילים ושתי יחידות ארטילריה בפיקודו של גרגוריו אראוס דלמדריד (Gregorio Aráoz de Lamadrid) במטרה לנתק את דה לה סרנה המלוכני מאלטו פרו באזור ז'אווי (Yaví).
בשל מחסור בבהמות משא למדריד ויתר על תוכניתו לנוע דרך מדבר אטקמה ונע לטריחה (Tarija) בדרום אלטו פרו שבה פעלו המורדים המקומיים, וניצח בקרב שנערך שם והכוחות המלוכניים נכנעו בפניו.
מעודד מהצלחתו הוא נע צפונה, אך הובס בציקיסקה (Chuquisaca) ומאוחר יותר שוב בסופצ'וי (Sopachuy) - חרף הכוחות המקומיים שניסה לגייס במהלך נסיגתו, והוא שב לטוקומן בסוף יולי 1817.
דה לה סרנה שנתקע בסלטה החליט לסגת כבר בחודש מאי לאחר שהגיעו אליו הידיעות על הצלחותיו של סן מרטין בצ'ילה.
פלישות חדשות לחוחוי וסלטה.
באוגוסט 1817 החל ניסיון פלישה מלוכני חדש בפיקודו של אולנייטה עם כוח של כ-1,000 חיילים, אך הוא נאלץ לסגת צפונה לאחר שלא הצליח להתגבר על המורדים המקומיים.
ניסיון מלוכני חמישי החל ב-14 בינואר 1818, שוב בפיקוד אולנייטה, הפעם בראש כוח בן כ-2,400 חיילים שהצליח לכבוד את חוחוי, אך נאלץ לפנותה ולסגת צפונה יומיים מאוחר יותר.
בתחילת 1819, דה לה סרנה התפטר מהפיקוד על הצבא המלוכני באלטו פרו והעביר את השרביט לידי חוסה קנטראק (José Canterac) שלאחר מספר הצלחות באלטו פרו ניסה לפלוש בשלושה מקומות שונים בו זמנית, וגם הפעם נאלצו לסגת זמן קצר לאחר שכבשו את חוחוי מחשש שינותקו מעורפם, וחזרו צפונה.
סיום המערכה בצ'ילה.
במסעו לכיוון קונספסיון (Concepción), הותקף לאס אראס על ידי כוח שנשלח מהעיר, ניצח אותם ואילץ את המלוכנים לסגת.
הוא שקל להטיל מצור על קונספסיון וטלקוואנו (Talcahuano), אך בהיותו מודע לנחיתותו המספרית ביחס למלוכנים בפיקודו של אורדונייס (Ordóñez) - ביקש תגבורת מאו'היגינס בראשית אפריל 1817, והוא נע לעזרתו בראש כוח בן 800 חיילים.
ב-5 במאי הותקף הכוח האחוד של לאס אראס ואו'היגינס על ידי אורדונייס המלוכני בהר גאווילן (Gavilán), התוקפים הובסו ונאלצו לפנות את קונספסיון ולהתבצר בנמל טלקוואנו (Talcahuano).
לאחר מספר חודשי מצור או'היגינס ניסה לתקוף את המלוכנים בטלקוואנו, אך ההתקפה נכשלה לחלוטין והסבה לכוחותיו נפגעים רבים.
פסואלה - המשנה למלך - שלח 2,500 חיילים בפיקוד מריאנו אוסוריו לטלקוואנו, שהגיעו לאחר 9 חודשי מצור והתקפות של המורדים.
או'היגינס נאלץ לסגת ולחבור לסן מרטין, וכתוצאה מכך - כל האזרחים נטשו את קונספסיון.
לאחר מכן חתם על הכרזת העצמאות של צ'ילה ב-12 בפברואר 1818, יום השנה לקרב בצ'קבוקו.
אורדונייס שכנע את אוסוריו לתקוף את המחנה של המורדים בלילה של 19 במרץ, ובקרב קנצ'ה רייאדה (Cancha Rayada) ניצחו המלוכנים שהפיצו לכל עבר את כוחות המורדים, כשאו'היגינס נפצע .
הידיעות על התבוסה שהגיעו לסנטיאגו גרמו שם לדמורליזציה כללית ולתחושה שהמדינה שזה עתה קמה נכבשה מחדש; אלא שבדיעבד התברר שלמלוכנים היו נפגעים רבים משל המורדים, וכ-3,000 חיילים בפיקוד לאס אראס נסוגו בצורה מסודרת. סן מרטין, בעזרת בלטראן (Baltrán) - סגנו של לאס אראס, החל לארגן ולצייד מחדש את הצבא ותוך 15 ימים היה מוכן שוב לקרב.
מאיפו.
ב-5 באפריל 1818, במישורים של מאיפו (Maipú) כ-10 ק"מ דרומית לסנטיאגו, נערכו 5,300 מלוכנים עם 12 תותחים מול 4,900 מורדים עם 21 תותחים.
סן מרטין נערך לקראת מתקפה ספרדית, אך את האות הפתיחה נתנו תותחי המורדים, ובעקבותיהם סן מרטין תקף. בהתחלה נראה היה שההתקפה נכשלה, אך הודות לכוח העתודה הוכרע הקרב לטובת המורדים.
אוסוריו נמלט, ושרידי הצבא המלוכני בפיקוד אורדונייס מצאו מקלט באחת האחוזות באזור. לאס אראס רדף אחריו בראש כוח בן 1,000 איש יחד עם או'היגינס שהגיע מסנטיאגו חרף פציעתו. הארטילריה של המורדים טיווחה את המלוכנים ואורדונייס נאלץ להיכנע.
המלוכנים איבדו 2,000 חיילים ועוד 2,463 נפלו בשבי. מנגד נפגעו כ-1,000 מורדים - הרוגים ופצועים.
קרב זה היה העקוב מדם מבין כל קרבות מלחמות העצמאות של ארגנטינה וצ'ילה.
המערכה בדרום צ'ילה.
חרף תבוסתו, אוסוריו המלוכני החל לקבץ את מה שנותר מצבאו, מבלי שסן מרטין ימהר לנצל את הצלחתו ולחסלם, למעט מספר היתקלויות מקומיות.
במאי הפליגה מקדיס שייטת בת 11 מעבורות וספינת מלחמה אחת, ועליהן למעלה מ-2,000 חיילים. מלכתחילה זה היה מאוחר מדי עבור אוסוריו.
הימאים והחיילים של אחת המעבורות החליטו לערוק, עגנו בבואנוס איירס, ואיפשרו לשלטונות להכיר את מטרותיהם והקודים בהם השתמשו. מידע זה נשלח לצ'ילה יחד עם שתי ספינות מלחמה, וכל השייטת נלכדה בדרום צ'ילה.
אוסוריו שלא זכה לסיוע נאלץ לסגת לפרו, מה גם שחלק גדול מצבאו המדולדל חוסל בקרב נוסף בינואר 1819, וכל מה שנותר בצ'ילה הוא מספר מצומצם של יחידות לא סדירות שניהלו מלחמת גרילה.
את המאבק נגדם ניהלו הצ'ילאנים, והיחידות הארגנטינאיות בפיקודו של סן מרטין נערכו בצפון לקראת שחרור פרו.
מלחמת עצמאות ללא שלטון מרכזי.
במהלך כל התקופה הקודמת (זו של פואירדון) - צבא הצפון נותר ללא תעסוקה בטוקומן, למעט המערכה הכושלת של למדריד באלטו פרו, והתגייסותן של מספר יחידות קטנות לצבא הגאוצ'וס של גואמס בסלטה. מנגד, נעשה בו שימוש חוזר ונשנה במאבק בפדרליים בקורדובה וסנטה פה.
בסוף 1819, בהוראת הדירקטור רונדו (שמשל מ-9 ביוני 1819 עד 1 בפברואר 1820), הוא היה אמור לצאת להילחם בסנטה פה, אך בשל מרד פנימי זה לא יצא אל הפועל. בהמשך הצבא התפזר באופן לא רשמי, החיילים שבו איש איש לפרובינציה שלו, וצבא הצפון לא שב להילחם במלחמת העצמאות.
רונדו גם פקד על סן מרטין לאחר שחרור צ'ילה להוביל את צבא האנדים לליטורל, אך הוא סירב והורה לחייליו להתכונן לכיבוש פרו. גם מבין יחידותיו של סן מרטין היו כאלה שהתקוממו ושבו לפרובינציות שלהם להילחם למענן במלחמות האזרחים.
המרד של צבא הצפון הותיר את רונדו עם צבא קטן מכדי להתמודד עם הפדרליים שהביסו אותו בקרב ספדה (Cepeda) ב-1 בפברואר 1820, והוא החליט על פיזור קונגרס טוקומן ושל כל הרשויות הלאומיות, ומשם ואילך כל פרובינציה ניהלה את ענייניה בעצמה.
כל המאמץ המלחמתי הוטל על סלטה - בכל מה שקשור לחזית הצפונית, ועל צ'ילה - בכל מה שקשור למערכה בפרו.