בשנה הראשונה לקיום המחנה היו היהודים כמחצית אוכלוסיית האסירים בו. הם הוחזקו בו בהפרדה מן האסירים האחרים. בין השאר נכלאו במבצר הרב שלמה אולמן, הרב הראשי לקהילת יהודי בלגיה (נעצר לשבועיים), וראשי איגוד יהודי בלגיה. החל מקיץ 1942 נאסרו היהודים במחנה המעבר שהקימו הגרמנים בקסרקטין דוסן דה סיינט ז'ורז' בעיר מכלן ונוכחותם במבצר פסקה למעשה. בסך הכל נאסרו במבצר כ-400 עד 500 יהודים.
האסירים שהו במבצר בממוצע כשלושה חודשים לפני שנשלחו למחנות ריכוז בגרמניה, אוסטריה ופולין, ובסך הכל יצאו ממנו 15 משלוחים אל המזרח. כך, החל מספטמבר 1941 שולחו האסירים הבלגיים הקומוניסטיים למחנה הריכוז נוינגמה ובוכנוואלד, ביניהם הרץ יושפה, יהודי קומוניסטי ממנהיגי ה"ועד להגנת היהודים".
האסירים סבלו מתנאי חיים קשים, הרעבה, מניעת טיפול רפואי ויחס אכזרי מצד סגל המחנה, והם הועבדו בעבודות כפייה; יש טענה שבמסגרתן הוכרחו האסירים לעסוק בסילוק שכבת האדמה שהגנה על חלקים מהמבצר מפני הפגזה. הגרמנים גם קיימו במבצר חקירות, עינויים והוצאות להורג בתלייה.
מספר הנספים מקרב אסירי המחנה איננו ברור. כמה מאות אסירים מתו בו עקב תנאי המחיה הקשים, או בעינויים והוצאות להורג. לפחות מחצית מ-3,500 עד 4,000 האסירים שנכלאו במבצר בשנות פעולתו לא נותרו בחיים לאחר המלחמה (חלקם מתו או הוצאו להורג במחנות ריכוז אחרים).
באוגוסט 1944, עם התקרבות צבאות בעלות הברית לבלגיה, פינו הגרמנים את המבצר והעבירו את יתרת האסירים שהיו בו למחנה מכלן או למחנות בהולנד, בגרמניה ובפולין.
לאחר השחרור.
בסתיו 1944, לאחר שחרור בלגיה על ידי צבאות בעלות הברית, שימש המבצר למשך תקופה קצרה את שלטונות בלגיה כמחנה מעצר שבו הוחזקו בלגים שנחשדו בשיתוף פעולה עם כוחות הכיבוש הגרמניים. עקב היחס הקשה עד כדי התעללות שבו נהגו בעצורים בתקופה זו זכה המבצר במהלכה לכינוי "ברֶנדונק II". באוקטובר 1944 הועברו העצורים מהמבצר לעיר מכלן, אל הבניין ששימש את מחנה המעבר הגרמני שם.
לאחר מלחמת העולם השנייה.
משפטי אנשי סגל המחנה.
בקיץ 1946 נערך במכלן שבבלגיה משפט לאנשי אס אס בלגים מהמחנה. 12 מהם נדונו למוות, אך עונשיהם של חלקם הומרו בהמשך לתקופות מאסר שונות.
המפקד הגרמני הראשון של המבצר, פיליפ שמיט (ששירת לתקופה מה גם כמפקד מחנה המעבר במכלן), הועמד לדין בבלגיה ב-1949, הורשע, נדון למוות והוצא להורג ב-1950.
משפטים נערכו גם לאסירים מהמחנה שהואשמו בהתעללות באסירים אחרים.
שימור והנצחה במחנה.
ב-1947 הפך מבצר ברֶנדונק על פי חוק של הפרלמנט הבלגי לאנדרטה לאומית לפשעים שבוצעו בין כתליו.
ביולי 1958 ביקר במבצר נשיא ישראל, יצחק בן-צבי. היה זה ביקור ממלכתי ראשון של נשיא ישראל במחנה ריכוז של הנאצים.
טיסה 571 של חיל האוויר האורוגוואי
טיסה 571 של חיל האוויר האורוגוואי הייתה טיסת שכר, שנשאה 45 נוסעים ואנשי צוות ממונטווידאו, אורוגוואי ויעדה היה סנטיאגו דה צ'ילה, אך היא התרסקה בהרי האנדים, ב-13 באוקטובר 1972. 16 מנוסעי הטיסה ניצלו והאחרונים שבהם חולצו ב-23 בדצמבר 1972 לאחר ששרדו את ההתרסקות ו-72 ימים של חיים בתנאים קשים של קור, מחסור בעזרה רפואית, מחסור במזון, ומפולת שלגים באזור ההתרסקות. סיפור ההישרדות ידוע באמריקה הלטינית בכינוי "הנס באנדים" (El Milagro de los Andes), והווה בסיס למספר ספרים וסרטי קולנוע.
מהלך הטיסה וההתרסקות.
ב-12 באוקטובר 1972 המריא המטוס דו-מנועי מסוג פיירצ'יילד FH-227D, מנמל התעופה הבינלאומי של מונטווידאו. הטייס שהטיס את המטוס היה טייס המשנה. עקב תנאי מזג אוויר קשים נחת המטוס לעצירת לילה במנדוסה, ארגנטינה, והמריא ליעדו בשנית למחרת. על סיפונו היו 45 נוסעים ואנשי צוות. הנוסעים היו שחקני נבחרת הראגבי של מכללת סטלה מאריס במונטווידאו קרובי משפחותיהם ואוהדי הקבוצה.
לאחר ההמראה ממנדוסה טס המטוס דרומה, במקביל לרכס הרי האנדים, עד למעבר בו יכול היה לעבור, תוך טיסה מערבה, לצד הצ'ילאני של הרכס. הטיסה במעבר הייתה צפויה להימשך כאחת עשרה דקות. אולם, לאחר שהייה של שלוש דקות בלבד במעבר, עקב ראות לקויה וטעות קשה בניווט (תוצאה של ניווט עיוור), דיווח הטייס למגדל הפיקוח בסנטיאגו על סיום הטיסה במעבר. הטייס קיבל רשות לפנות צפונה ולהנמיך. בפועל היה המטוס עדיין בתוך המעבר, הוא פנה צפונה אל תוך רכס ההרים והנמיך טוס אל עבר הפסגות.
אף על פי שתנאי מזג האוויר הלכו ונעשו קשים, כצפוי מעל לרכס ההרים, הטייס לא הבין את השגיאה, עד שראה כי המטוס טס בתוך עמק. הטייס הגביה טוס שנית וכיוון את המטוס למעבר דרך אוכף. גוף המטוס הצליח לעבור באוכף. אולם, הכנף הימנית שלו פגעה בפסגת הר בגובה 4,200 מטר ונקרעה מגוף המטוס, תוך שהיא קורעת במעופה את זנב המטוס ויוצרת חור בחלקו האחורי של הגוף. שניות לאחר מכן, בעקבות התנגשות בפסגה נוספת, ניתקה גם הכנף השמאלית, והמדחף של המנוע המחובר אליה חדר לגוף המטוס ויצר בו קרע נוסף. למעשה נותר מהמטוס בשלב זה רק גוף קרוע וחסר כנפיים. גוף המטוס פגע בקרקע, החליק בשלג, במורד הר, ונעצר לבסוף בערימת שלג.
הטייס מת מספר דקות אחרי ההתרסקות ולפני מותו הסביר לנוסעים שהם בשטח צ'ילה. אולם, בסופו של דבר, התברר שההתרסקות אירעה בשטחה של ארגנטינה.
מיד לאחר ההתרסקות.
12 מנוסעי המטוס נהרגו בהתרסקות עצמה. חמישה נוספים מתו מפצעיהם למחרת, ונוסע נוסף מת מפצעיו לאחר שבוע. ננדו פראדו, שבסופו של דבר ניצל, היה חסר הכרה במשך שלושה ימים וחבריו סברו כי הוא מת.
27 הנוסעים ששרדו את השבוע הראשון מצאו עצמם מתמודדים עם תנאים קשים מאוד. חלקם היו פצועים, כולל שברים, והם היו חסרים ציוד רפואי לטפל בפציעותיהם. כמו כן לא היה ברשותם לבוש מתאים לתנאי הקור על הרכס הגבוה, או ציוד מתאים להגן על עיניהם מפוטוקרטיטיס, דלקת בקרנית העין שהייתה עלולה להיגרם עקב החשיפה להחזר קרני השמש מהשלג. בשל גובהו של אתר ההתרסקות, האוויר היה דליל בחמצן. גם המזון היה מועט מאוד.
שניים מהניצולים, שהיו סטודנטים לרפואה, אלתרו מתקנים לקיבוע שברים מחלקים של גוף המטוס. ניצול אחר אילתר משקפי שמש ממגיני השמש של חלון תא הטייס, כדי להגן על עיני הניצולים מפוטוקרטיטיס.
שגרת ההישרדות במקום.
השטח היה מדבר שלגים חסר כל צמח וכל בעל חיים. הסביבה ספקה לניצולים מים בלבד ושלד המטוס, כמו גם הבגדים שבמזוודות סיפקו להם הגנה מהקור.
ניצולי ההתרסקות מצאו בשאריות המטוס מזון מועט ביותר – בעיקר חטיפים ובקבוקי יין. באזור ההתרסקות לא היה כל חי וצומח שיכל לשמש כמזון, וגם בחלקי המטוס לא נמצא דבר היכול לשמש לאכילה. הם השיגו מי שתייה באמצעות המסת שלג על חלקי מתכת מגוף המטוס, ואגירת המים בבקבוקי יין ריקים.
אף על פי שחילקו את המזון והנהיגו קיצוב, הלך מלאי המזון והידלדל. עקב כך קיבלו הניצולים, לאחר ויכוחים והתלבטויות, החלטה קשה שהפכה לאחד הרגעים המכוננים של סיפור ההישרדות, לאכול את בשרם של הרוגי ההתרסקות – קניבליזם. ננדו פראדו מעדיף לקרוא למעשה שלהם "אנתרופופגיה" , אכילת בשר אדם, ומבדיל זאת מקניבליזם שהוא המנהג לצוד או להרוג בני אדם חיים ואז לאכול מבשרם. בשר ההרוגים נותר טרי בשל השלגים, וזו אחת הסיבות להישרדות הממושכת שלהם.
בבוקר 29 באוקטובר, כאשר הניצולים ישנו בגוף המטוס, נקבר גוף המטוס תחת מפולת שלגים. שמונה מהניצולים נהרגו כתוצאה מהמפולת. אחד הניצולים, ננדו פראדו, הצליח להבקיע חור בשכבת השלג העמוקה שכיסתה את גוף המטוס, ויצר פתח אוורור שהציל את הניצולים ממוות בחנק.
החיפושים, ניסיון היחלצות ראשון וניסיון יצירת הקשר.
כוחות חילוץ של אורוגוואי, צ'ילה וארגנטינה נטלו חלק בחיפושים אחר המטוס, אך לא מצאו אותו – בין השאר מכיוון שחיפשו במקומות אחרים, וכן עקב העובדה שגוף המטוס היה לבן, ולכן הוסווה בסביבה המושלגת. אחד המקומות שכוחות אלה חיפשו בו היה אגם ממערב להר טינגיריריקה. לאחר שמונה ימים הופסקו החיפושים. הניצולים, שמצאו מכשיר רדיו שהיה שייך לאחד הנוסעים, שמעו ביום ה-11 לאחר ההתרסקות שהחיפושים אחריהם נפסקו, והבינו שעליהם להיחלץ בכוחות עצמם.
בשל טעות הניווט שגרמה להתרסקות המטוס, חשבו הניצולים שהם בצ'ילה, והגיעו למסקנה שקילומטרים בודדים מערבה מהם מסתיים הרכס ומתחיל אזור העמקים של צ'ילה. למעשה היו עדיין הניצולים בשטחה של ארגנטינה, וקילומטרים בודדים ממזרח להם שכן מלון נטוש בו היו יכולים להסתתר לו ידעו על קיומו.
הניצולים ניסו מספר פעמים לקיים מסעות טיפוס בסביבת אזור ההתרסקות – אך גילו ששילוב של פוטוקרטיטיס, התייבשות, מחלת גבהים, תת-תזונה והטמפרטורה הנמוכה בלילות הפכה כל מסע ארוך לבלתי אפשרי. לכן החליטו הניצולים לבחור קבוצה קטנה מביניהם שתקבל קיצוב מזון גדול יותר ולא תשתתף בעבודות היומיום שבהן הייתה כרוכה הישרדותם, על מנת שחבריה יתחזקו טרם יציאתם למסע. לבסוף נבחרו ארבעה למשלחת הטיפוס, אך אחד מהם מת מהרעלת דם בעוד הם ממתינים לאביב שיגיע ויקל במעט את תנאי מזג האוויר.
כיוון שמערבה להם הייתה פסגה גבוהה, החליטו שלושת הנותרים – ננדו פראדו, רוברטו קאנסה ואנטוניו ויסינטין – לצאת לכוון מזרח, במורד ההר, בתקווה שיוכלו למצוא דרך לפנות מערבה. לאחר מספר שעות הם נתקלו במקרה בחלק האחורי של המטוס, ובו מצאו את מצברי המטוס וכמו כן מזוודות של נוסעים שכללו סיגריות, ממתקים, בגדים נקיים וספרים. כמו כן, הם לא ראו דרך שפונה מערבה ולכן הסיקו שהם נמצאים בצד הארגנטיני של הגבול ועליהם לפנות מערבה כדי להגיע לצ'ילה, ועדיין, מעבר לפסגה הגבוהה, להערכתם, היו מצויים עמקי צ'ילה.
הניסיון הכושל להפעלת מכשיר הקשר.