בישיבה שנערכה ב-24 באפריל נחקר לס על ידי הסניגור סרווציוס בחקירה נגדית צולבת על אופן גביית עדותו של אייכמן, כשקו החקירה היה ניסיון להוכיח כי על אייכמן הופעל לחץ בעת גביית העדות. בתשובותיו עמד לס בתוקף על כך שלא היו לחץ או השפעה על דברי הנאשם בחקירתו וכי הם ניתנו מרצונו ואף ניתנה לו ההזדמנות לתקן את הפרוטוקול.
ב-15 בדצמבר 1961 נמצא אייכמן אשם ונידון למוות. ב-29 במאי 1962 דחה בית המשפט העליון את הערעור שהגיש אייכמן ואישר את גזר הדין. אייכמן הגיש בקשת חנינה שהובאה בפני נשיא המדינה יצחק בן-צבי. הנשיא דחה את הבקשה. בלילה שבין 31 במאי ל-1 ביוני הוצא אייכמן להורג בתלייה. גופתו נשרפה בחצר כלא רמלה ואפרו פוזר בים מחוץ למים הטריטוריאליים של מדינת ישראל.
מגוריו מחוץ לישראל.
לאחר סיום המשפט יצא לס לצרפת ושימש קונסול ישראל בפריז. שם שמע על הוצאתו של אייכמן להורג. הוא הרצה על פרשת אייכמן ומשפטו בבתי ספר באירופה לרבות בגרמניה.
בשנת 1964 נערך בפרנקפורט משפט אושוויץ השני שבו נשפטו, בין השאר, קציני האס אס הרמן קרומיי ואוטו הונשה. לס הגיע מפריז בהזמנת התביעה הכללית הגרמנית לשמש עד מטעם התביעה ולמסור לבית המשפט את הדברים שאמר אייכמן בחקירתו על שני הנאשמים בדבר חלקם בהשמדת ארבע מאות אלף מיהודי הונגריה בשנת 1944. בהגיעו לגרמניה תבע העיתון הגרמני הלאומני "סולדאטנצייטונג" (עיתון החיילים) לאסור את לס כמעורב בחטיפתו של אייכמן. השלטונות לא התייחסו ברצינות לדרישת העיתון שהייתה הצהרתית בלבד.
ב-22 ביולי 1964 מסר לס את עדותו בבית המשפט. הוא העיד כי אייכמן אמר לו בחקירתו כי קרומיי והונשה הביעו בפניו את חוסר שביעות רצונם מן הקצב האיטי בו, לטענתם, התנהל גירוש יהודי הונגריה לאושוויץ. הסניגור הביע התנגדות לשמיעת עדותו של לס בטענה שזו עדות שמיעה. בתגובה לכך תיאר לס באוזני בית המשפט את דרך גביית עדותו של אייכמן במהלך חקירתו. הוא מסר כי דברי אייכמן הוקלטו ולאחר מכן תומללו ולאייכמן ניתנה הזדמנות להכניס בהם שינויים לפני שחתם על הפרוטוקול. לאור הסברו זה של לס דחה בית המשפט את טענת ההגנה ואיפשר ללס להמשיך בעדותו ולהציג לבית המשפט את הדפים הרלוונטיים מפרוטוקול החקירה. בית המשפט הרשיע את קרומיי וגזר עליו חמש שנות מאסר. התביעה הגישה ערעור לבית המשפט הפדרלי. בית המשפט קיבל את הערעור וגזר על קרומיי מאסר עולם. הונשה זוכה על ידי בית המשפט בערכאה הראשונה. התביעה ערערה על הזיכוי והורתה על עריכת משפט מחודש ובו נגזר גם על הונשה מאסר עולם.
לאחר סיום שליחותו בפריז לא חזר לס לישראל ונשאר באירופה. הוא השתקע בעיר ציריך שבשווייץ. בשווייץ הועסק לס מספר שנים בשירותו של איש העסקים טיבור רוזנבאום, שהיה פעיל ציוני אך היה מעורב בשערוריות פיננסיות בישראל ובחו"ל ושמו הוזכר כמי שהיה בקשרים עם המאפיה. לאחר ארבע שנים בשירותו של רוזנבאום הטיח לס בפניו כי הוא נוכל ופרש מעבודתו.
אבנר לס חזר לכותרות כאשר המחזאי הגרמני היינאר קיפהארד פרסם בשנת 1982 מחזה בשם "האח אייכמן" (Bruder Eichmann) המתבסס על פרוטוקול החקירה ולדמותו של לס ניתן תפקיד ראשי במחזה. המחזה הוצג בטלוויזיה הגרמנית. במחזה היו קטעים אנטי-ישראליים. טבח סברה ושתילה נזכר בו כ"אירוע אייכמני" ואריאל שרון נזכר בו כ"תופעה אייכמנית". כשנודע הדבר ללס הוא ביקש להוציא את שמו מן המחזה והדבר גרר ראיונות ופגישות רבות בגרמניה.
בתקופה זאת נהג לס להשתתף מדי שנה בפגישת המחזור של בוגרי בית-ספרו, שכמעט כולם היו לימים חיילים וקצינים בוורמאכט.
נקודת השיא בהתקרבותו של לס לגרמניה ולעם הגרמני הייתה במאי 1982, כאשר על פי בקשתו הוענקה לו אזרחות של גרמניה המערבית והוא הפך להיות בעל אזרחות כפולה ישראלית–גרמנית. במענה לעיתונאי ישראלי ששאל אותו על צעדו זה השיב: "אי אפשר לזהות את גרמניה עם המשטר הנאצי".
אשתו של לס, ורה, נפטרה בשנת 1980 בשווייץ. גופתה נשרפה ואפרה נטמן בבית עלמין יהודי בהמבורג עיר מולדתה. אבנר לס המשיך לחיות את שארית חיי בציריך ונפטר בשנת 1987. גם גופתו נשרפה, אך בית העלמין בהמבורג סירב להטמין בו את אפרו והכד ובו האפר נטמן בבית העלמין היהודי בציריך. למעלה מעשרים ושש שנים לאחר מותו, ב-23 במאי 2014, הועברו אפרו ואפרה של אשתו ונטמנו בבית קברות ברובע ואנזה בברלין, לא הרחק מן המקום בו נערכה ועידת ואנזה, שבה התקבלה ההחלטה על אופן ביצוע הפתרון הסופי, ועידה אשר לאדולף אייכמן היה בה תפקיד מרכזי. באותו יום הונחו בסמוך לבית הוריו של לס בברלין, במסגרת מיזם שטולפרשטיין, ארבע אבני זיכרון לזכר קרוביו של לס שנספו בשואה.
הפולמוס הציבורי על השבת האזרחות הגרמנית.
הניגוד שבין תפקידו ההיסטורי של אבנר לס כחוקרו של אדולף אייכמן לבין עזיבתו את ישראל, השתקעותו בשווייץ וקבלת האזרחות הגרמנית, גרם לפולמוס ציבורי בישראל. הפולמוס היה הן בהתייחסות אישית ללס ולצעדיו והן במישור האידאולוגי בדבר לקחי השואה והיחס של מדינת ישראל ואזרחיה לעם הגרמני ולגרמניה.
הראשון שפתח בכך היה הסופר יורם קניוק, שיצא במחצית השנייה של שנת 1983 לציריך וראיין את לס בביתו. הראיון הארוך והמפורט התפרסם בשני המשכים בעיתון "מעריב" ב-26 באוגוסט וב-2 בספטמבר 1983. קניוק כתב כי בא לחפש תשובה למועקה שהתעוררה בו כשקרא בעיתון כי חוקרו הראשי של איכמן הסביר כי קיבל את האזרחות הגרמנית מפני שביקש להוכיח כי לא כל הגרמנים אשמים.
לס ניסה להסביר לקניוק בפגישתם את המניעים שהניעו אותו לקבל את האזרחות הגרמנית, אך קניוק, שהיה ממתנגדי הפיוס בין מדינת ישראל לגרמניה, לא השתכנע. לדברי קניוק האמין לס כי אייכמן היה שטן ובכך, לדעת קניוק, הוא הפחית מאשמתו של עם הגרמני ו"הפך את הנאציזם למשחק מבוקר של כמה בני שטן, ולא של אומה מלומדת ונבונה המתקדמת ביותר בעולם של דאז, שיצאה להרוג מיליוני מקקים שקודם לכן חשבו שהם בני אדם". לס האשים באוזני קניוק את הישראלים הרצים לקבל פנסיה גרמנית, בעוד שהוא עשה זאת מסיבות אידיאליסטיות ולקח את האזרחות הגרמנית מפני שרצה לסלוח בשם העם היהודי לגרמניה שאינה עוד מה שהייתה, לדבריו. לס טען בפני קניוק כי הנאציזם היה כפייה, אבל לדידו של קניוק "מעולם לא נאנס עם בעונג ורצון גדולים יותר". את האשם העיקרי לתופעה שלס מסמל מצא קניוק בדוד בן-גוריון, שרצה להבריא את העם מסיוטי השואה וסלח לגרמנים כדי לקבל את השילומים מגרמניה.
בסיכום שתי כתבותיו כתב קניוק:
יורם קניוק שב ותיאר את פגישתו עם אבנר לס ואת תוכן שיחתם בספרו "הברלינאי האחרון", שיצא לאור בשנת 2004, והפעם בנימה הרבה יותר ביקורתית. הוא ציטט את לס כאומר שאייכמן היה גאון, והביא את הדו-שיח הבא:
וקניוק סיכם: "ניסיתי לפצח את חידתו של לס ונכשלתי".
להגנתו של לס, שנים רבות לאחר מותו, קם שרגא עילם עיתונאי חוקר המתגורר בשווייץ, המתמחה בחקר פרשות כלכליות ושירותים חשאיים מאז תקופת השואה. בסיפור שפרסם אלישע פורת בשנת 2011 ב"אתר הקיבוצים" הוא תיאר סערה שהתחוללה באחד הקיבוצים בשנת 1965 כאשר אחד החברים, יליד גרמניה, ביקש לחדש את אזרחותו הגרמנית.
שרגא עילם הגיב באתר על הסיפור וכתב כי הסיפור מזכיר לו את כתבותיו של יורם קניוק על אבנר לס. לדברי עילם: "קניוק תקף בגסות ובבורות רבות את לס בין השאר מכיוון שהלה "העז" לקבל אזרחות גרמנית. לס היה לו ידע אישי שישנם גרמנים אחרים ולא רק נאצים ועוזריהם. הוא האמין שקבלת האזרחות הגרמנית על ידו תתמוך בתהליך הנורמליזציה וגם פעל בכיוון זה."
הפולמוס נמשך; ב-25 באוגוסט 2012, בתוכניתו של משה טימור "שישי אישי", המשודרת בכל יום שישי מחצות ועד שלוש לפנות בוקר ברשת ב' של קול ישראל, התראיין רב-פקד רמי ברוקשטיין, האחראי על בית מורשת משטרת ישראל. בראיון גינה הקצין את צעדיו של לס בירידתו מן הארץ ובקבלו את האזרחות הגרמנית. הוא אמר כי אבנר לס "התאהב" באייכמן וציין כי לס עבר להתגורר בגרמניה. באחת התוכניות הבאות התראיין שרגא עילם שבא לחלוק על הקצין. עילם הדגיש כי לס לא היגר לגרמניה אלא עבר להתגורר בשווייץ עקב מחלת אשתו. לדברי עילם חקר לס את אייכמן בשיטת "השוטר הטוב", התייחס אליו בהגינות וביחס קורקטי ולכן הצליח לדובב אותו. לדבריו מכאן עד התאהבות באייכמן הדרך ארוכה. לדעת עילם היה אבנר לס קשור לנוף מולדתו והאמין שיש גרמניה אחרת ושלא כל הגרמנים היו נאצים.
גרסת המשפחה.
גרסתם והסברם של בני משפחתו של אבנר לס הובאו בכתבה נרחבת של העיתונאית ראומה זיסקינד, שהתפרסמה ב"מעריב" חודשיים לאחר פטירתו, ב-2 במרץ 1987. הכתבה התבססה על ראיון שערכה העיתונאית, עם פטירתו של לס, עם בתו המתגוררת בישראל. הבת פתחה בהצהרה כי אביה מת בתחושה שעשו לו עוול. לדבריה קיבל את המחווה הגרמנית להעניק לו את האזרחות מאחר שרצה להוכיח כי סלח לגרמנים שאשמתם רק בכך שהיו בניהם של רוצחים. תמלילי חקירתו של אייכמן יצאו לאור באנגלית צרפתית וגרמנית בשם "אייכמן נחקר"
(Eichmann Interrogated). לדברי הבת סירבו הוצאות הספרים בישראל לפרסמם. לדבריה רצה אביה לחלוק את חויותיו מהחקירה בפני הדור הצעיר הישראלי והאירופי והירצה עליהן בבתי ספר באירופה ובגרמניה, אבל בישראל משום מה לא רצו לשמוע אותו. לדבריה גם ב"יד ושם" דחו אותו. הסיבה לדבריה לכך שבתום שליחותו בפריז נשאר לס בציריך הייתה כי השתקע בשווייץ כדי להעניק טיפול רפואי מעולה לאשתו שהייתה נפגעת שיתוק ילדים.
בראיון העלתה הבת קטעי זכרונות ורשמים ששמעה מפי אביה על חקירת אייכמן ומשפטו. בין היתר היא מצטטת את דברי האב על פגישתו הראשונה עם אייכמן: