עלי יצא למלחמה נגד הסולטן בתואנה על עזותו של הממלוכי לשעבר עבדאללה פאשא מעכו, על כך שסירב לשלוח בחזרה את הנמלטים המצרים מהשפעות הרפורמות של מוחמד עלי. הסיבה האמיתית הייתה סירובו של הסולטאן מחמוד למסור את סוריה בהתאם להסכם. במשך עשר שנים ממועד זה נותרו יחסי הסולטן והפאשה בחוד החנית של השאלות שהסעירו את העולם הדיפלומטי. נראה היה כי לא רק עצם קיומה של האימפריה העות'מאנית על כף המאזניים, אלא שמצרים עצמה הפכה יותר מתמיד למושא תשומת לב, במיוחד למדינאים בריטים, ובנושא המאבק היו מעורבים האינטרסים של הבריטים אימפריה בשני המסלולים להודו דרך מצר סואץ ועמק הפרת.
אבראהים, שפיקד שוב בשם אביו, פתח במבצע מבריק נוסף שהתחיל במצור על עכו וכיבושה ב-27 במאי 1832, והגיע לשיאו בלכידתו של רשיד פאשה בקוניה ב-21 בדצמבר. אולם זמן קצר לאחר מכן הוא נחסם בהתערבות האימפריה הרוסית. כתוצאה מדיונים אינסופיים בין נציגי המעצמות, השער הנשגב והפאשה, נחתמה אמנת קוטאהיה ב-14 במאי 1833, שבאמצעותה הסכים הסולטן להעניק למוחמד עלי את הפשליקים של סוריה, דמשק, חלב ואיצ'לי, יחד עם מחוז אדנה.
מוחמד עלי שלט כעת על אימפריה עצמאית כמעט, כפופה רק למחווה מתונה, המשתרעת מסודאן ועד הרי הטאורוס. עם זאת היסודות הלא-בריאים של סמכותו לא איחרו לחשוף את עצמם. כמעט שנה לאחר החתימה על אמנת קוטאיה גרם היישום של אבראהים על שיטות השלטון המצריות, בעיקר של המונופולים והגיוס, למורדים הסורים הדרוזים והסונים למרוד נגדו. התסיסה דוכאה על ידי מוחמד עלי באופן אישי, והסורים הופתעו, אך חוסר שביעות רצונם עודד את הסולטן מחמוד לקוות לנקמה, והתחדשות הסכסוך נבלמה רק על ידי המאמצים של המעצמות האירופיות.
הצבא העות'מאני (עם תמיכתו הצבאית של השליח הפרוסי הלמוט פון מולטקה לפקד על הארטילריה), פלש תחילה לשטח המצרי בלבנט וירד דרומה עד אשר התנגש בכוחותיו של בן עלי, אבראהים פאשא בעיר נזיפ של היום. היו אלו בין 30,000–80,000 חיילים עות'מאנים, נגד החיל המצרי שמנה 30,000–46,000 חיילים. מיומנות ההנהגה המצרית, ביחד עם המורל הצבאי הנמוך של החיילים הכורדים הרבים בצבא העות'מאני אשר היו מגויסים חדשים הביאו לתבוסה עות'מאנית מרכזית ונסיגת החיל הפולש.
כעת, עם תבוסת העות'מאנים וכיבוש סוריה, הגיע מוחמד עלי לשיא כוחו, ושלט במצרים, סודאן וסוריה. הוא ראה את הצבאות העות'מאניים מתמוטטים או קורסים באי-סדר לאחר תבוסתם בסוריה, ונראה היה שהמזרח התיכון ואנטוליה הם תחת שליטתו.
כשהאימפריה העות'מאנית נמצאת למרגלות מוחמד עלי, המעצמות האירופאיות נבהלו מאוד וכעת הוציאו לפועל תוכנית שהוכנה להתמודד עם מקרה דומה שנחזה זמן רב מראש. התערבותם במהלך המשבר המזרחי של 1840 הייתה מהירה, והם השמידו בזמן קצר את צבאו של מוחמד עלי. אך למעצמות המערב לא הייתה שום כוונה להסיר את עלי ואת הגוש שהציב על הכוח העות'מאני. לפיכך, למרות שהסכם השלום היה קשה, הוא השאיר את שושלת מוחמד עלי בשלטון.
סוף שלטונו של מוחמד עלי.
ממשלתו של הפאשליק של מצרים הוכרזה כתורשתית למשפחתו של מוחמד עלי בשנת 1841.
הגבלות שונות הוטלו על מוחמד עלי, והדגישו את עמדתו כוואסאל. נאסר עליו להחזיק צי וצבאו לא יעלה על 18,000 איש. הפאשה כבר לא היה דמות בפוליטיקה האירופית, אבל הוא המשיך לעסוק בשיפורים שלו במצרים. המלחמות הארוכות בשילוב מגפת בקר בשנת 1842 והצפת הנילוס ההרסנית. בשנת 1843 הייתה מכת ארבה שבה כפרים שלמים התרוקנו.
בשנים 1844–1845 חל שיפור כלשהו במצבה של המדינה כתוצאה מרפורמות פיננסיות שביצע הפאשה. מוחמד עלי, שקיבל את דרגת הכבוד של הווזיר הגדול בשנת 1842, ערך ביקור באיסטנבול בשנת 1846, שם השלים עם אויבו הזקן חוסרב פאשה, אותו לא ראה מאז שהציל את חייו בקהיר ב-1803. בשנת 1847 הניח מוחמד עלי את אבן היסוד של הגשר הגדול על פני הנילוס בתחילת הדלתא. לקראת סוף 1847, מוחו החד של פשה הזקן החל להתדרדר, וביוני שלאחר מכן כבר לא היה מסוגל לנהל את הממשלה. בספטמבר 1848 אבראהים הוכר על ידי השער הנשגב כשליט הפאשליק, אך הוא נפטר בנובמבר.
ממשיכי דרכו של מוחמד עלי.
עם מותו של אבראהים בנובמבר 1848 נפלה ממשלת מצרים בידי אחיינו עבאס הראשון, בנו של טוסון. עבאס שם קץ למערכת המונופולים המסחריים, ובמהלך שלטונו החלה הרכבת מאלכסנדריה לקהיר ביוזמת ממשלת בריטניה. בניגוד למנהיגים אירופים, עבאס חי בבידוד רב. לאחר שלטון של פחות משש שנים הוא נרצח ביולי 1854 על ידי שניים מעבדיו.
לאחר הרצח ירש אותו דודו סעיד פאשה, בנו המועדף על מוחמד עלי, חסר כוח נפש או בריאות גופנית הדרושה לביצוע הפרויקטים המיטיבים שהגה. הייתה לו התייחסות אמיתית לרווחת הפלאחים, וחוק מקרקעין משנת 1858 אפשר להם להחזיק מבחינה חוקתית בקרקעות.
הפאשה היה תחת השפעה צרפתית רבה, ובשנת 1854 העניק אישור למהנדס הצרפתי פרדיננד דה לספס לחפור את תעלת סואץ.
בינואר 1863 נפטר סעיד פאשה ואחיינו אסמאעיל, בנו של איברהים פאשה, עלה לשלטון במקומו.
שלטונו של אסמאעיל, משנת 1863 עד 1879, זכה לזמן מה כעידן חדש במצרים המודרנית. הוא ניסה תוכניות רפורמה נרחבות, אך אלו יחד עם הפזרנות האישית שלו הובילו לפשיטת רגל, וחלקו המאוחר יותר של שלטונו הביא להתערבות אירופית וכיבושה של מצרים.
מרד הצירים.
המרד התחיל בניצחון מינימלי עבורם בהתחלה, בהצלחה תפסו את כל מצרים העליונה בשליטתם והניחו את שודדי ההרים לצידם שפשטו שוב ושוב על ספינות הנילוס הזרות והרגו את כל הזרים בה ולקחו את הסחורה, המורדים גם שלחו פרות ופרדות לכל חוות האצולה המצרית שהיו פרו-אירופיים כדי לאכול את גידולם. כששמע הח'דיו המצרי על כך, הוא שלח כוחות למצרים העליונה דרך הנילוס על סירות כדי לדכא את המרד, כאשר המורדים שמעו על כך, אחמד הורה להם לאסוף סלעים ולהמתין על שתי גדות הנהר, כשהגיעו הסירות כשהן נושאות כוחות מצריים, פגשו אותן סלעים שנזרקו לעברם מכל עבר והרסו מספר סירות והרגו מעל 200 חיילים בעוד אלו שניצלו הצליחו להימלט. כששמע הח'דיו על התבוסה המוחצת החליט להכין כוח גדול בהרבה חמוש בארטילריה כבדה ונתמך על ידי פרשים בראשות הגנרל הטורקי, פאדיל פאשה אשר עבר מסע ארוך ומתיש נגד המורדים שהשתמשו בטקטיקות לחימת גרילה. כוחות הממשלה המצרית הצליחו להביס את המורדים בשורה של קרבות וכבשו את כל מצרים העליונה. זמן קצר לאחר מכן, הגנרל המצרי אסמאעיל 'אבו ג'בל' פאשה הוציא להורג עשרות אלפי מורדים שנכנעו. בנוסף להוצאות להורג, אבו ג'בל הפגיז כל כפר שעליו פשט על ידי ארטילריה שגרמה לאבדות אזרחיות ואף הרס שלושה כפרים כליל.
בשנת 1866 הוענק לאסמאעיל על ידי הסולטאן פירמאן שהשיג בתנאי הגדלת המחווה מ-376,000 ליש"ט ל-720 אלף ליש"ט. בשנה שלאחר מכן העניק לו פירמאן אחר את תואר הח'דיו במקום תואר הוואלי המציין את סופה של מצרים כמחוז עות'מאני.
אסמאעיל שלט בח'דיוות מצרים עד להדחתו בשנת 1879. שלטונו קשור קשר הדוק לבניית תעלת סואץ. עם הצטרפותו סירב לאשרר את הזיכיונות לחברת קאנאל שהקים סעיד, והשאלה הופנתה בשנת 1864 לבוררותו של נפוליאון השלישי, שהעניק לחברה 3,800,000 ליש"ט כפיצוי על הפסדיהם. כאשר סוף סוף נפתחה התעלה, ערך אסמאעיל פסטיבל בהיקף חסר תקדים, והזמין נכבדים מרחבי העולם.
התפתחויות אלו, יחד עם המלחמה היקרה נגד יוהנס הרביעי, קיסר אתיופיה, הותירו את מצרים בחובות עמוקים כלפי המעצמות האירופאיות. חוב לאומי של יותר ממאה מיליון לירות שטרלינג (בניגוד לשלושה מיליונים כשהפך למשנה למלך) נגרם על ידי הארגון, שהרעיון הבסיסי שלו לחסל את הלוואותיו היה ללוות בריבית מוגברת. משלא יכול היה לגייס הלוואות נוספות, מכר את מניותיו בתעלת סואץ (בשנת 1875) לממשלת בריטניה תמורת 3,976,582 ליש"ט בלבד; מיד לאחר מכן החלה ההתערבות הזרה. בדצמבר 1875, סטיבן קייב נשלח על ידי ממשלת בריטניה לחקור את כספי מצרים, ובאפריל 1876 פורסם הדו"ח שלו, המייעץ כי לאור הבזבוז והפזרנות יש צורך במעצמות זרות להתערב כדי להחזיר את אשראי. התוצאה הייתה הקמת ה- Caisse de la Dette.
שליטה זו במדינה לא הייתה מקובלת על מצרים רבים, שהתאחדו מאחורי קולונל אחמד עוראבי. מרד עוראבי הקיף את כל מצרים. כשהמדינה הייתה בידי עוראבי במידה רבה, ממשלות בריטניה וצרפת לחצו על הסולטאן העות'מאני עבדול חמיד השני להדיח את איסמעיל פאשה, וזה נעשה ב-26 ביוני 1879. תאופיק פאשא הגמיש יותר, בנו של איסמעיל, הפך ליורשו. הפגנה צבאית גדולה בספטמבר 1881 אילצה את ח'דיו תאופיק לפטר את ראש ממשלתו. באפריל 1882 שלחו צרפת ובריטניה ספינות מלחמה לאלכסנדריה כדי לחזק את הח'דיו בסערה נגדו. תאופיק עבר לאלכסנדריה מחשש לשלומו שלו כאשר קציני הצבא בראשות אחמד עוראבי החלו להשתלט על הממשלה. ביוני מצרים הייתה בידי הלאומנים שהתנגדו לשליטה אירופית במדינה. להפגזה הימית הבריטית על אלכסנדריה הייתה השפעה מועטה על כוחות המורדים, מה שהביא לנחיתת כוח משלחת בריטי משני קצות תעלת סואץ באוגוסט 1882. הבריטים הצליחו להביס את הצבא המצרי בתל אל כביר בספטמבר, השתלטו על המדינה והחזירו את תאופיק לשלטון. ח'דיוות מצרים נותרה תחת כיבוש צבאי בריטי עד להקמת הפרוטקטורט הבריטי של מצרים בשנת 1914.
חטיבות מנהליות.
לאחר שכבשו את מצרים, העות'מאנים שמרו על החלוקה שיצרו הממלוכים, שכללה 13 מחוזות משנה הכוללים 24 קיראטים. בניגוד למצב במחוזות עות'מאניים אחרים, המונח סנג'ק לא נשא קונוטציות טריטוריאליות, מכיוון שמערכת הטימאר לא יושמה שם. דרגת הסנג'אק-ביי, שהייתה סטנדרטית באימפריה, לא שימשה במצרים.
שלוש עשרה מחוזות המשנה היו: