בניגוד למלזיה השכנה, לאינדונזיה לא קיימים במפורש חוקים האוסרים "מעשי סדום" מהתקופה הקולוניאלית של האימפריה הבריטית. הצעת חוק להפללת הומוסקסואליות, יחד עם מגורים משותפים, ניאוף ותרגול של כישוף, נכשלה בחקיקה בפרלמנט האינדונזי ב-2003. בעוד שהומוסקסואליות עצמה היא חוקית ברחבי המדינה, הממשלה נקטה בצעדים ספציפיים לצנזור סרטים ותוכן תקשורתי אחר שנחשב כ-"מקדם הומוסקסואליות". בשנת 2016 הודיעה הממשלה על תוכניות לאסור על מספר אתרים ויישומי מחשב "המקדמים הומוסקסואליות". בעבר, החזיקה אינדונזיה בגיל הסכמה גבוה יותר עבור זוגות הומוסקסואלים (18) בניגוד להטרוסקסואלים (17) אשר הושווה מאוחר יותר ל-18 שנים ללא הבדל נטייה מינית או מגדר.
בשנת 2002 העניקה ממשלת אינדונזיה למחוז אצ'ה את הזכות להנהיג בו את דין השריעה. המחוז הצפוני ביותר של אצ'ה המשיך לחוקק חוקים אנטי-הומוסקסואליים המבוססים על השריעה, המענישים כל מי שנתפס במין הומוסקסואלי בהצלפת 100 מלקות. החוק נקבע לאכיפה עד סוף 2015. דוגמה נוספת לאזור אשר חוקק חוקים נגד חברי קהילת הלהט"ב האינדונזית בשטחו היא העיר פלמבאנג אשר הטילה עונש מאסר וקנסות על רקע פעילות הומוסקסואלית בהסכמה המוגדרת כמעשה של "זנות שמפרה הנורמות של הגינות, דת ונורמות משפטיות כפי שהן חלות על שלטון חברתי". בתוכן החוק, המעשים הבאים הוגדרו כמעשי זנות: "מין הומוסקסואלי, סקס לסביות, מעשה סדום, הטרדה מינית ומעשים פורנוגרפיים אחרים". עם זאת, חוק זה דווח כ-"מפורק" החל משנת 2020.
ההתנגדות הפעילה ביותר נגד הכרה בזכויות להט"ב באינדונזיה מוגדרת מצד רשויות דתיות וקבוצות לחץ ברחבי המדינה בהן ארגונים אסלאמיסטים. מועצת אולמה האינדונזית, מועצה המורכבת מקבוצות מוסלמיות רבות, פרסמה הצהרה בשנת 2015 שהטילה סטיגמה על אוכלוסיית הלהט"ב באינדונזיה בכך שהכריזה עליהם כ-"סוטים הפוגעים בכבודה של אינדונזיה". במרץ 2015 פרסמה המועצה פתווה, הקורא להעניש מעשים חד מיניים בהצלפת מקל הליכה, ובמקרים מסוימים, עונש מוות. פסק ההלכה רואה בהומוסקסואליות "מחלה ניתנת לריפוי" האומר כי מעשים הומוסקסואלים "חייבים להיענש בכבדות". הפרלמנט האינדונזי, דחה את ההצעה שעונש מוות יוטל על יחסים חד מיניים בהסכמה, בטענה כי מדיניות זו "די בלתי אפשרית ליישום באינדונזיה". הפרלמנט הצהיר שהפתווה של מועצת האולמה האינדונזית משמש רק כ-"הנחיה מוסרית לחסידיה" ולא "כחוק חיובי" שכן "הכוח המשפטי נמצא רק ברשות המדינה".
במרץ 2016, בעקבות התגברות אוירה אנטי-הומוסקסואלית אשר החלה בתחילת 2016 ברחבי המדינה, מפלגות איסלמיסטיות בהן מפלגת הצדק המשגשגת (PKS) ומפלגת הפיתוח המאוחדת (PPP) הציעו הצעת חוק לאיסור על פעילות למען זכויות להט"ב באינדונזיה ולהפליל כל "התנהגות להט"ב". פוליטיקאים שונים השמיעו הצהרות נגד חברי קהילת הלהט"ב בחודשים הבאים לאחר מכן.
בסוף נובמבר 2016, חזית המגנים האסלאמית (FPI), ארגון איסלאמיסטי קשיח אשר מיצב את עצמו במקור כמשטרת דת אסלאמית בעיקר על ידי "ביצוע פעולות ערנות בלתי חוקיות ובלתי מורשות", דיווח למשטרת ג'קרטה כי ישנה התקיימות של "מסיבת מין" בעיר. לאחר מכן, המשטרה המקומית פשטה על התקהלות הומוסקסואלים, והאשימה את הגברים ב-"הפרת החוק הלאומי נגד פורנוגרפיה", אשר כתוב בהרחבה רבה. ב-30 בדצמבר 2020, ממשלת אינדונזיה הוציאה צו שר משותף שבו אסרה על פעילות הארגון בטענה כי "איים על האידאולוגיה הלאומית של אינדונזיה, ביצע פשיטות בלתי חוקיות וזוועות לרבות טרור".
ב-21 במאי 2017, משטרת ג'קרטה עצרה כ-144 איש בפשיטה על סאונת הומוסקסואלים בשם "Atlantis Gym Jakarta". מועצת אולמה האינדונזית הצהירה בתגובה כי פעילות זו היא "חילול הקודש נגד הדת ועלבון נגד התרבות האינדונזית" בעוד ראש המחלקה המשפטית מטעם המועצה הצהיר באומרו כי, "איזה היגיון שמסוגל לקבל סוג כזה של סטייה מינית, אפילו חיות אינן הומוסקסואליות. ברור שזה לא קשור לשוויון". מוקדם יותר באותו חודש נעצרו כ-14 גברים בעת מה שדווח כ-"מסיבה של הומוסקסואלים" בסורביה.
ב-14 בדצמבר 2017, בית המשפט החוקתי של אינדונזיה פרסם פסק דין שדחה עתירה של "הברית השמרנית לאהבה משפחתית" שביקשה לשנות את החוק הפלילי האינדונזי כדי להפוך פעילות הומוסקסואלית ומין מחוץ לנישואים למעשים פליליים. במהלך העתירה שלושה מאמרים בחוק הפלילי של אינדונזיה (KUHP) נכללו לעיון, בהם סעיף 248 על ניאוף, סעיף 285 על אונס וסעיף 292 על התעללות בילדים. על פי סעיף 292 לחוק הפלילי, התעללות מינית בילדים היא פשע, הן עבור התנהגות הטרוסקסואלית והן עבור התנהגות הומוסקסואלית. העתירה ביקשה למחוק מתוכן החוק את המונח "קטין" בסעיף 292, על מנת לרדוף את כל ההתנהגויות ההומוסקסואליות בכלל הגילאים, לרבות בקרב מבוגרים בהסכמה. בית המשפט דחה את העתירה וקבע כי הנושא הוא "עניין של בית המחוקקים האינדונזי".
בסוף ספטמבר 2019, התוכנית של המועצה הנציגה העממית היוצאת להעביר את הקוד הפלילי המתוקן (RKUHP) נתקלה בהפגנות רחבות של סטודנטים ב-23, 24 ו-25 בספטמבר 2019. התיקון, (RKUHP) הוגדר כמפלה יותר ויותר בהרחבה אזרחי להט"ב אינדונזים בעוד סעיף 421 (1) בדבר "גסות" הזכיר במפורש פעילות הומוסקסואלית באומרו, "כל המבצע מעשים מגונים נגד אנשים אחרים מאותו המין בפומבי, מורשע במאסר מרבי של שנה ושישה חודשים או קנס מרבי בקטגוריה III". לאחר הצעת התיקון התעורר חשש בקרב המפגינים כי האזכור המפורש של "אותו מין" בקרב חוקים נגד גסויות, יגרור יחס מפלה וייצור חוקי עזר שיכוונו במיוחד נגד אזרחי להט"ב במדינה. כתגובה על התנגדות נרחבת זו לתיקון החוק, הממשלה הסירה את הקוד הפלילי המוצע.
הכרה במערכות יחסים חד מיניות.
אינדונזיה אינה מכירה בנישואים חד מיניים, וגם לא בכל צורה של זוגיות חד מינית (איחוד אזרחי, נישואי חוזה, מעמד ידועים בציבור).
הגנה מפני אפליה.
לא קיימים חוקים המכסים אפליה על רקע נטייה מינית או זהות מגדרית באינדונזיה. עם זאת, סוכנויות ממשלתיות החלו בשנים האחרונות לחוקק מדיניות מסוימת נגד אפליית אזרחי להט"ב, בעוד משרד היועץ המשפטי לממשלה ביטל לאחרונה הצעת עבודה ציבורית שהכריזה כי אזרחי להט"ב אינדונזים "אינם יכולים להגיש מועמדות בשל אי שפיות נפשית", לאחר קבלת ייעוץ על ידי המוסד הלאומי לזכויות אדם (NHRI) של אינדונזיה. רשויות המשטרה באינדונזיה פסקו צו מאז 2015 כי הן "יעבדו כל דברי שטנה הקשורים לנטיות מיניות וזהות מגדרית". ממשלת אינדונזיה הצהירה באומרה כי "במדינה דמוקרטית, לכל אזרח יש את הזכות להבעה וחשיבה אשר תהיה מוגנת ותסופק על ידי המדינה". באופן דומה, תקנה מספר 8 של ראש המשטרה הלאומית של הרפובליקה של אינדונזיה משנת 2009 קובעת את חובתה של המשטרה "להגן על הזכויות המיוחדות של קבוצות מיעוטים", לרבות במונחים של נטייה מינית. על אף שאינה מוזכרת במפורש בחוקת המדינה, קיימת ערובה באופן תאורטי להגנה מפני מדיניות מפלה בתעסוקה על בסיס כל עילה בחוקה ובחוק זכויות האדם (מס' 39/1999).
במרץ 2019, בריגדיר גנרל משטרתי אינדונזי בן 30 אשר כונה "TT" הגיש תביעה לבית המשפט המנהלי של סמראנג במרכז ג'אווה נגד משטרת המחוז בטענה להפרה של חוק האפליה בטענה כי פוטר בשל היותו הומוסקסואל לאחר שעמיתיו ביצעו אאוטינג לו ולבן זוגו. "TT" הגיש בנוסף תלונה לוועדה לזכויות האדם. במאי 2019 דחה בית המשפט את התביעה. עורך דינו של "TT" הצהיר כי הרכב השופטים החליט שהם לא יכולים להמשיך ולבחון את התיק בטענה כי "TT" היה "צריך לערער תחילה על ההדחה לרשויות במשטרת ג'אווה המרכזית כאשר קיבל את מכתב פיטוריו לפני שפנה להגשת תביעה".
הורות ואימוץ.
זוגות חד מיניים אינם רשאים לאמץ ילדים באינדונזיה, הן עבור אימוץ חורג או משותף.
אף על פי שהחוק האינדונזי מתיר רק לזוגות נשואים הטרוסקסואלים לאמץ, האימוץ על ידי רווקים ללא קשר לנטייה מינית מותר.
זהות מגדרית.
זהות טרנסג'נדרית (הידועה כ-"וואריה" באינדונזית) מוגדרת כבר זמן רב כחלק מהתרבות והחברה האינדונזית. טרנסג'נדרים רשאים לשנות את מינם החוקי במסמכים רשמיים לאחר שעברו ניתוח להתאמה מגדרית ולאחר קבלת אישור שופט בעודם רשאים לאחר מכן להתחתן עם אדם מהמין הנגדי. בעוד טרנסג'נדרים באינדונזיה בדרך כלל מקובלים יותר מאשר לסביות, הומואים וביסקסואלים, הוגדרו בשנים האחרונות תחת אפליה ודחייה גוברת, בעיקר בשל קבוצות איסאלמיסטיות תומכות בהחלת דין השריעה, שהפכו פופולריות יותר ויותר באינדונזיה. קרוס-דרסינג אינו, כשלעצמו, בלתי חוקי בעוד סובלנות ציבורית מסוימת ניתנת לטרנסג'נדרים העובדים במכוני יופי או בתעשיית הבידור, בהם המנחה הטרנסג'נדרית הידועה דורס גמאלמה.