בשנת 1939 גויס סארטר לצבא הצרפתי, ושירת כעוקב רוחות ומזג אוויר במסגרת סוללת תותחים בקו מאז'ינו. חיילים גרמנים שבו אותו בשנת 1940 בפדוקס, והוא בילה תשעה חודשים בכלא, תחילה בנאנסי ומאוחר יותר בטריר, עד ששוחרר באפריל 1941 בשל בריאותו הרופפת (הוא טען כי ראייתו החלשה השפיעה על שיווי המשקל שלו). ניתן לו מעמד אזרחי, והוא ברח לפריז שם גילה סימפתיה כלפי תנועת ההתנגדות הצרפתית, והשתתף בייסוד קבוצת ההתנגדות הסוציאליסטית, "סוציאליזם וחירות". לאחר התפוררות הקבוצה הוא התמסר לכתיבה ולהוראה, ובין השאר פרסם את מחזהו "הזבובים" אשר בו הגניב מחאה סמויה כלפי השלטון הנאצי. בזמן שהיה פעיל בהתנגדות, החל לגלות נטייה לכיוון קומוניסטי, בין השאר עקב ההערכה שחש כלפי המחתרת הקומוניסטית בצרפת.
לאחר המלחמה.
לאחר תום מלחמת העולם השנייה, פרץ סארטר לתודעה הציבורית הצרפתית בעקבות פרסום ספרו "האקזיסטנציאליזם הוא הומניזם".
סארטר פגש בתקופה זאת את אלבר קאמי, פילוסוף וסופר שאחז בדעות דומות. הם נותרו חברים קרובים עד אשר סארטר התקרב אל כמה מרעיונות הקומוניזם בעוד קאמי התאכזב מהקומוניזם. מחלוקת זו הפרידה ביניהם בסופו של דבר בשנת 1951, והגיעה לשיאה כאשר פרסם קאמי את "האדם המורד". כשהמלחמה הסתיימה ייסד, יחד עם דה בובואר, את כתב העת הפילוסופי-ספרותי "זמנים מודרניים" (Les Temps Modernes). גיליון אפריל 1966 של כתב עת זה הוקדש לסכסוך הישראלי-ערבי והוצגו בו דעותיהם של יהודים וערבים. הוא החל לכתוב במשרה מלאה וגם המשיך בפעילותו הפוליטית. חוויות המלחמה שלו סיפקו חומרים לטרילוגיה הגדולה שלו, "דרכי החירות" (1945–1949).
בשנות הארבעים והחמישים, היו אוהדים רבים לרעיונותיו של סארטר, והאקזיסטנציאליזם היה לפילוסופיה אופנתית. התפיסה הפופולרית נטתה לדמות שוני וניגוד בין הדעות בהן החזיק סארטר לדעותיו של אלבר קאמי. בשנת 1948, הכליל הוותיקן את כתביו ברשימת הספרים האסורים, יחד עם כמה מגדולי הפילוסופים של העת החדשה, כמו ניקולא מלבראנש ואנטואן ארנו.
סארטר קיים מספר מערכות-יחסים בו-זמניות, זאת לצד הקשר העקבי והרציף עם שותפתו סימון דה בובואר, קשר זה בא לידי ביטוי בספריה: "המנדרינים" (Les Mandarins) ו"היא באה על מנת להישאר" (Elle est venue pour rester). למרות היחס החיובי מצד הציבור והתקשורת בו זכתה הזוגיות הבלתי שגרתית של בובואר וסארטר, לאחר שנחשפו עובדות רבות אודות היחסים ביניהם, ניתן לציין כי למרות ההסכם ביניהם אודות "שקיפות" במערכות היחסים שלהם, הסתיר סארטר מבובואר את האמת על יחסיו הרציניים עם דולורס ואנטי ארנרייך האמריקנית; את השנים האחרונות של חייו בילה בקרבה אינטלקטואלית משמעותית יותר עם חברו הטוב בני לוי; ואת ירושתו הספרותית השאיר לאישה צעירה שאותה אימץ לבת, ארלט אלקיים.
סארטר וקומוניזם.
התקופה הראשונה של הקריירה של סארטר, שהתאפיינה ביצירתו "הישות והאין" (L'être et le néant) משנת 1943, הסתיימה, וסארטר הפך לאקטיביסט פוליטי. הוא תמך בקומוניזם, אף שמעולם לא הצטרף רשמית למפלגה הקומוניסטית, והיה לו תפקיד משמעותי במאבק נגד הקולוניאליזם הצרפתי באלג'יריה. הוא נעשה לאחד התומכים החשובים ביותר של האלג'יראים במלחמתם לעצמאות. הייתה לו מאהבת יהודייה אלג'יראית, ארלט אלקיים, שהוא אימץ לבת בשנת 1965.
כקומוניסט אדוק, הגן סארטר על עמדותיה של ברית–המועצות, ודבק בתמיכה בסטלין ובפעולותיה של ברית המועצות. בשנת 1954 ביקר סארטר בברית המועצות, ובשובו הצהיר כי מצא שם "חופש מוחלט לביקורת", בעוד שארצות הברית שוקעת לתוך "פרה-פאשיזם". לאחר שדלף למערב הנאום הסודי של חרושצ'וב, נאום אשר חשף את משטר הטרור והטיהורים של סטלין - סארטר תקף את הנאום, וטען שההמונים אינם בשלים עדיין לקבל את האמת אודות מעשיו של סטלין.
יצירתו העיקרית מתקופה זו היא "ביקורת התבונה הדיאלקטית", שפורסמה בשנת 1960, ומארמזת ל"ביקורת התבונה הטהורה" של קאנט. הדגש של סארטר על ההומניזם של מרקס המוקדם ב"כתבי השחרות" שלו, הובילה לוויכוח מפורסם עם האינטלקטואל הקומוניסט המוביל בצרפת בשנות השישים, לואי אלתוסר. אלתוסר חילק את הגותו של מרקס לתקופה מוקדמת, פרה-מרקסיסטית, שיש בה הכללות אקזיסטנציאליסטיות על האנושות, ולתקופה מאוחרת, בוגרת, מדעית ומרקסיסטית, המתחילה ב"הקפיטל".
שנות ה-60 וה-70.
באוקטובר 1964 נודע לסארטר כי יש אפשרות שהוא יזכה בפרס נובל לספרות. לאחר בירור קצר בין ידידיו, ששללו כולם את הרעיון, כתב סארטר מכתב לוועדת הפרס בו ביקש שלא יעניקו לו את הפרס. אולם המכתב לא הגיע ליעד הנכון וב-22 באוקטובר 1964 הודיעה הוועדה על הענקת הפרס לסארטר. סארטר סירב לקבל את הפרס. במאמר לעיתון שוודי הסביר סארטר כי ככותב הוא מבקש להיות חופשי מהכרה חיצונית העלולה להשפיע על כתיבתו ולכן סירב לקבל את אות לגיון הכבוד ולהיות חבר בקולז' דה פראנס. סארטר הוסיף כי על אף שאין בפרס בעיה כשלעצמו, הוא ניתן בתוך מסגרת בורגנית המזוהה עם ערכי המערב. סארטר ציטט טענה בלה פיגארו, שהפרס הוענק לו לאחר שהתברר מהאוטוביוגרפיה שלו שעברו הפוליטי כבר אינו מעצור משמעותי. מאוחר יותר גילה סארטר נאמנות פחותה לאידאולוגיה שלו.
במרץ 1967 ביקר בישראל, סייר גם ביישובים בצפון הארץ והתעניין במיוחד באופי החיים בקיבוץ, וקרא ליהודים ולערבים לפעול במשותף למען השלום⁩⁩. סארטר המשיך להיות פעיל למען מטרות שונות בשארית חייו כגון במרד הסטודנטים בפריז במאי-יוני 1968. ובמהפכת האביב של פראג, תקופת הליברליזציה הפוליטית בצ'כוסלובקיה ב-1968. ⁩
בשנת 1975, כאשר נשאל כיצד הוא רוצה שיזכרו אותו, ענה סארטר: "הייתי רוצה שאנשים יזכרו את 'הבחילה', ואת מחזותי 'בדלתיים סגורות' ו'השטן והאל הטוב', וכן את שתי יצירותיי הפילוסופיות, ובעיקר השנייה – 'ביקורת התבונה הדיאלקטית', ואת המאמר שלי על ז'אן ז'נה. אם יזכרו את יצירותיי אלה, זאת תהיה הצלחה מרשימה, ואני לא מבקש יותר. כאדם, אם יזכרו את ז'אן-פול סארטר, אני רוצה שאנשים יזכרו את הסיטואציה ההיסטורית שבה חייתי... כיצד חייתי אותה, מבחינת השאיפות שניסיתי לעצב בתוך עצמי".
ב-1977 חתם סארטר על עצומה שניסח מישל פוקו בנוגע לדה-קרימינליזציה של יחסי מין בהסכמה עם קטינים (מתחת לגיל 15 - גיל ההסכמה בצרפת).
עם הזמן, חלה הידרדרות במצבו הבריאותי של סארטר. עם זאת המשיך לעבוד בקצב על יצירותיו האחרונות, "הביקורת", וביוגרפיה אנליטית רחבת היקף של הסופר גוסטב פלובר ("האידיוט של המשפחה"), שאותן לא סיים. הוא נפטר ב-15 באפריל 1980 מבצקת בריאות ונקבר בבית הקברות מונפרנאס בפריז. בלווייתו השתתפו כ-50,000 איש.
סארטר וספרות.
סיפוריו הקצרים, שהתפרסמו בסביבות תחילת שנות ה-40 וחלקם נכללו אחר כך בקובץ הסיפורים "אינטימיות", זכו להצלחה מסחררת, אך עוררו עליו את ביקורת הכנסייה ושמרנים אחרים, כסופר המנסה לעורר מכירות באמצעות הפרובוקציה, אפילו גורמים מתונים יותר גרסו שהוא נטפל למכוער. כל אלה רק תרמו לפופולריות של ספריו. בעקבות סיפורים קצרים אלה, נסחף מבקר ספרותי מאלג'יר בזרם והפך להוגה אקזיסטנציאליסטי מוכר בעצמו - אלבר קאמי, שסירב להגדיר עצמו אקזיסטנציאליסט.
הוא האמין כי רעיונות תמיד מיוסדים על מצבי חיים אמיתיים, וכי לרומנים ולמחזות יש ערך לא פחות מלמאמרים מסובכים בביטוים של רעיונות פילוסופיים. הרומן, שמושפע מיצירתו של קפקא, עוסק בחוקר מדוכא בעיירה הדומה ללה-הבר, שבטוח כי חפצים דוממים ומצבים מאיימים על יכולתו להגדיר את עצמו, ואת החרות הרוחנית והאינטלקטואלית שלו. הדגשה זו על הכוח של דברים לא מודעים על פני דברים מודעים וחיים מזכירה את הביקורת של קרל מרקס כלפי הכוח של מוצרים על בני אדם ("פטישיזם מסחרי"), מה שרומז לכיוון שאליו פסע סארטר, לכיוון מהפכני ודיאלקטי-מרקסיסטי. הסיפורים ב"החומה" מדגישים את ההיבטים המקריים של המצבים שאנשים מוצאים עצמם בהם, ואת האבסורדיות של מאמציהם להתמודד עימם בצורה רציונלית. אסכולה שלמה של ספרות אבסורד צמחה ממצע זה.
רבים ממחזותיו הם סימבוליים מאוד, ומשמשים כלי להמחשת הפילוסופיה שלו. המחזה הידוע ביותר, "בדלתיים סגורות", כולל את השורה המפורסמת: "הגיהנום, הוא הזולת" (L'enfer, c'est les autres).
מלבד ההשפעה הברורה של "הבחילה", התרומה העיקרית של סארטר לספרות הייתה הטרילוגיה "דרכי החרות", שמציגות כיצד מלחמת העולם השנייה השפיעה על מחשבתו. בטרילוגיה "דרכי החירות" ("גיל התבונה", "אורכה" ו"מוות בלב") הוא מעמיד את דמויותיו בבעיות מוסריות הקשורות לעולמן הפרטי ולעולם בכלל, בעיות המתמקדות במחויבות, אהבה, בחירה, שנאה ובנושא המעסיק אותו ביותר - החירות. את הספר הרביעי לא השלים משום שלא מצא טעם ועניין להשלימו, לפי דבריו שלו.
בשנת 1964 ביקר סארטר את הספרות בתיאור חריף וציני של שש שנות חייו הראשונות, "". ספר זה הוא ניגוד אירוני לסופר מרסל פרוסט, שהמוניטין שלו עקף בצורה מפתיעה את זה של הסופר אנדרה ז'יד, שהיה דגם החיקוי לספרות ה"מעורבת" של דורו של סארטר. לדעתו של סארטר ספרות יכולה לשמש כתחליף הבורגני להתמודדות אמיתית עם העולם.
הגותו.
הגותו טמונה עמוק בתוך הרציונליזם, אך לא זה של המאה השבע עשרה שאפיין את כתבי הפילוסופים דקארט ולייבניץ. יש בו סלידה עמוקה מהגזמה, שבאה לידי ביטוי למשל בדברים אלה שכתב: "גאוניותו של פרוסט היא סך הכול עבודותיו, גאוניותו של ראסין הן סדרת הטרגדיות שכתב. חוץ מזה אין ולא כלום. למה לייחס לראסין את היכולת לכתוב טרגדיה נוספת בזמן שלא כתב אותה?".