לאחר שמונה שנים באופוזיציה, נצחה קואליציית האנטי-לייבור בבחירות של 1949 ומנזייס החל את כהונתו השנייה כראש ממשלה, הארוכה ביותר בתולדות אוסטרליה. בבחירות אלה, מחוז הבחירה שמטעמו רץ הולט כל השנים כמעט ונמחק בעקבות שינוי של גבולות מחוזות הבחירה. הוא עבר למחוז בחירה חדש שנוצר אז והיה מחוז שהיה די בטוח עבור מועמד ליברלי שאוכלוסייתו הייתה די מבוססת. הולט זכה בבחירות בקלות יחסית. הוא מונה לכהן בתפקידים היוקרתיים של שר העבודה והשירות הציבורי (1958-1949) וכשר ההגירה (1956-1949) ובאותה תקופה הוא סומן על ידי התקשורת כיורשו של מנזייס וכראש ממשלה פוטנציאלי. כשר ההגירה המשיך הולט את תוכנית ההגירה שיזם קודמו בתפקיד, ארתור קאלוול. עם זאת, הוא נקט בגישה אכפתית וגמישה יותר בהשוואה לקאלוול, שהיה תומך נלהב במדיניות אוסטרליה הלבנה.
בתפקידו כשר העבודה הצטיין הולט והוא תואר כאחד משרי העבודה הטובים ביותר מאז איחוד אוסטרליה. למרות שהתנאים בשלו אז לאי-שקט תעשייתי, ההשפעה הקומוניסטית על האיגודים המקצועיים הייתה אז בשיאה, והאגף הימני בממשלה הטיף לעימות עם האיגודים. השילוב של צמיחה כלכלית יחד עם גישתו הנאורה של הולט בנוגע ליחסי העבודה, גרמו לירידה חדה במספר שעות העבודה שהמשק האוסטרלי הפסיד עקב שביתות, מיותר משני מיליון ב-1949 ל-439,000 ב-1958.
הולט קידם שיתוף פעולה נרחב יותר בין הממשלה, בתי המשפט, המעסיקים והאיגודים המקצועיים. היו לו יחסים טובים עם מנהיגי עובדים כמו אלברט מונק, נשיא מועצת האיגודים המקצועיים של אוסטרליה וג'ים הילי, המנהיג הרדיקלי של פדרציית עובדי הנמלים והוא זכה במוניטין בשל סובלנותו, איפוקו ושאיפתו להתפשר, למרות שהחלטתו השנויה במחלוקת לשלוח כוחות צבא להשתלט על הנמלים במהלך שביתה בספטמבר 1953, גרמה לו לספוג ביקורת קשה.
מעמדו האישי והפוליטי של הולט התחזקו במהלך שנות החמישים. הוא היה חבר בוועדות ובמשלחות לחו"ל רבות, הוא מונה כחבר במועצה המלכותית ב-1953 וב-1954 צוין שמו כאחד מששת הגברים האוסטרלים המקפידים ביותר על לבושם. ב-1956 הוא נבחר להיות סגן מנהיג המפלגה הליברלית ויושב ראש הסיעה בפרלמנט, ומנקודת זמן זו ואילך הוא סומן באופן ברור כיורשו של מנזייס.
בדצמבר 1958, בעקבות פרישתו של ארתור פאדן, ירש אותו הולט בתפקיד שר האוצר, ובכך רכש לעצמו את המעמד של האיש מספר שלוש בממשלה ומספר שתיים במפלגה הליברלית. הוא הגיש את התקציב הראשון שלו באוגוסט 1959 והישגיו כללו רפורמות במערכת הבנקאות, כולל הקמתו של הפדרל רזרב בנק של אוסטרליה והתוכנית למעבר למטבע עשרוני.
עם זאת, בנובמבר 1960 עשה הולט את אחד המשגים הגדולים בקריירה הפוליטית שלו. הוא הגיש תקציב מקוצץ במטרה להאט את קצב הצריכה, לרסן את האינפלציה ולצמצם את הגרעון, אך צעדו זה גרם לצמצום בהיקף האשראי בשיעור שלא היה ידוע מאז 1945. הכלכלה האוסטרלית נכנסה למיתון. שוק ניירות הערך צנח, ההשקעות הפרטיות, פעילות הבנייה ומכירות כלי הרכב, הואטו באופן משמעותי, שיעור האבטלה עלה לכמעט שני אחוזים (הנתון הגבוה ביותר מאז השפל הכלכלי) וכמה חברות גדולות התמוטטו.
משגה זה הזיק לקריירה של הולט והביא את הקואליציה למצב מסוכן שבו היא כמעט והפסידה בבחירות של 1961. במשך רובו של ליל הבחירות נראה היה שמפלגת הלייבור קרובה להפיל את ממשלתו של מנזייס, אך ניצחון דחוק של חבר הפרלמנט ביל סנדן סגר את הגולל על האפשרות שמנהיג הלייבור ארתור קאלוול יחליף את מנזייס כראש הממשלה. ניצחונו של חבר הפרלמנט ג'יימס קילן העניק לקואליציה את היתרון הדרוש של מושב אחד בפרלמנט. על הולט נמתחה ביקורת קשה, תדמיתו הציבורית ניזוקה ומאוחר יותר הוא תיאר את השנים 1960–1961 כשנים הקשות ביותר בחייו הציבוריים. אך כמו שהכלכלה התאוששה עד מהרה, התייצבו מניותיו הפוליטיות של הולט.
הולט המשיך לכהן בתפקיד שר האוצר עד ינואר 1966, כאשר פרש מנזייס מהחיים הפוליטיים. בתמיכתו של מנזייס, נבחר הולט להיות מנהיג המפלגה הליברלית וראש הממשלה. באותה עת הוא כבר היה חבר פרלמנט במשך כמעט 31 שנים, הזמן הארוך ביותר בו המתין פוליטיקאי כל שהוא (למעט ממלאי מקום לראשי ממשלה שנפטרו) לתפקיד ראש הממשלה.
ראש ממשלה.
ביום אוסטרליה, 26 בינואר 1966 הושבע הרולד הולט כראש ממשלת אוסטרליה השבעה עשר. תקופת כהונתו הקיפה כמעט את רובן שתי השנים הקלנדריות של 1966 ו-1967. משמעות אורכה הקצר יחסית של תקופת כהונתו הייתה שהשפעתו האישית והפוליטית בתפקיד הייתה מוגבלת והוא ייזכר בעיקר בשל הנסיבות הדרמטיות של היעלמותו ומותו המשוער. האופן חסר המזל בו סיים הולט את חייו האפיל על האירועים החשובים שקרו במהלך כהונתו, בעיקר חלקו בהמשך המעורבות האוסטרלית במלחמת וייטנאם והרחבתה.
תקופת כהונתו של הולט כראש ממשלה התרחשה במהלך התקופות המתוחות ביותר במהלך המלחמה הקרה וממשלתו התמודדה עם כמה אתגרים הקשורים למדיניות החוץ שאין לקנא בהם. הקו המדיני, הכלכלי והצבאי של אוסטרליה עוצב מחדש כאשר ארצות הברית וברית המועצות התחרו על השליטה בעולם בכמה זירות מאבק. קשריה של אוסטרליה עם בריטניה התרופפו במהירות כאשר זו האחרונה פינתה את בסיסיה ממזרח לתעלת סואץ, חיזרה אחר השוק האירופי המשותף וכתוצאה מהגידול בהשקעות האמריקניות באוסטרליה, האויבת לשעבר של אוסטרליה, יפן, תפסה את מקומה של בריטניה כשותפה העיקרית של אוסטרליה בשוק הסחר העולמי.
מבחינה אסטרטגית, עמדה תקופה זו בסימן החלטתו הגורלית של נשיא ארצות הברית, לינדון ג'ונסון להסלים את המלחמה בדרום-מזרח אסיה. מעורבותה של אוסטרליה בווייטנאם התרחבה באופן משמעותי בתקופת שלטונו של הולט, כשחיילים אוסטרלים נלחמו ונהרגו בקרבות נואשים כמו קרב לונג טן. אי השקט הציבורי בנוגע למלחמה, מספר החללים שהלך ועלה והוויכוח הציבורי בנוגע למוסריותה של המלחמה, היוו דלק למנועי האופוזיציה מבית, כמו תנועה בעל השפעה משמעותית שהתנגדה לגיוס החובה.
דאגה נוספת התרחשה על רקע טיהור הקומוניסטים באינדונזיה, שבמסגרתו הודח הנשיא סוקרנו והוחלף על ידי סוהארטו ובמקביל החלה המפלגה הקומוניסטית של סין במהפכת התרבות הרת האסון. המצב הבינלאומי המסוכן הגיע לנקודת משבר ביוני 1967, כאשר מלחמת ששת הימים הציתה את המזרח התיכון ושישה ימים לאחר מכן ביצעה סין את הניסוי הראשון שלה בפצצת מימן. המרוץ לחלל החל לצבור תאוצה, ובמקביל התנהלו מלחמות על רקע תהליך הדה-קולוניזציה, הפיכות התרחשו בארצות רבות ורעב ומרידות אלימות התחוללו באזורים נרחבים בדרום אמריקה, מרכז אמריקה, אפריקה ואסיה.
תהליך העברת השלטון ממנזייס להולט בפברואר 1966 היה חלק ולא לווה בבעיות כל שהן ובבחירות הכלליות שהתקיימו באותה שנה זכה הולט לתמיכה ציבורית רחבה ונתן לקואליציה רוב של 41 מושבים בפרלמנט, הגדול ביותר בתולדות אוסטרליה עד לאותה עת.
עם זאת, נוצר מאחורי הקלעים ריק מנהיגותי עקב פרישתו של מנזייס ועד מהרה צצו פילוגים פנימיים. המשמעות של שליטתו של מנזייס על המפלגה ומשמעות העובדה שירושתו של הולט התבשלה במשך שנים רבות, הייתה שלא נוצר דרג בטוח של מנהיגות משנה. היעלמותו של הולט בסוף 1967 אילצה את המפלגה לבחור יורש בצורה בלתי מתוכננת מקרב חברי הסנאט לאחר שהמועמד המוביל, סגן מנהיג המפלגה, ויליאם מקמהון, פרש מהמרוץ למנהיגות עקב חילוקי דעות עם השותפה לקואליציה, מפלגת הכפר.
ההיסטוריון ג'יימס ג'פ טוען כי בתחום מדיניות הפנים, הולט היה מזוהה עם האגף החדשני של הליברליזם בוויקטוריה. אחד מהישגיו הבולטים ביותר היה היוזמה לחסל את מדיניות אוסטרליה הלבנה על ידי הפסקתה של ההבחנה בין מהגרים ממוצא אסיאתי לבין מהגרים ממוצא אירופאי ובאמצעות מתן היתרים לאסיאתים בעלי כישורים מקצועיים להתיישב באוסטרליה עם משפחותיהם. הוא גם הקים את המועצה האוסטרלית לאומנויות, שהעניקה תמיכה ממשלתית בתחום, יוזמה שהורחבה באופן משמעתי על ידי יורשו של הולט, ג'ון גורטון.
בתחום הרפורמות החוקתיות, האירוע שללא ספק הוא המשמעותי ביותר בתקופת כהונתו של הולט כראש ממשלה, היה משאל העם שנערך ב-1967 ובו רוב מוחץ של אזרחי אוסטרליה הצביעו בעד מתן סמכות לממשלה לחוקק חוקים הנוגעים לאבוריג'ינים.
בתחום הכלכלה, תקופת כהונתו של הולט החלה עם המעבר של אוסטרליה למטבע המבוסס על השיטה העשרונית, מהלך שהחל ב-14 בפברואר 1966 והוא ציין את נטישת הקשרים הכלכליים של אוסטרליה עם בריטניה ויצירת קשרים עם ארצות הברית ועם אסיה. למרות שכל ההכנות לתהליך החלפת המטבע בוצעו במהלך כהונתו של מנזייס, הולט היה מעורב בהן באופן משמעותי בתוקף תפקידו כשר האוצר. ב-1967 קיבלה ממשלת הולט החלטה שלא לפחת את הדולר האוסטרלי במקביל לפיחות בשערה של הלירה שטרלינג הבריטית, נוהג שהיה קיים מאז ומתמיד, אך החלטה זו נתקלה בהתנגדות בקרב חוגי הקואליציה. מנהיג מפלגת הכפר, ג'ון מק'איוון, זעם במיוחד על צעד זה. הוא ראה במהלך זה איום על מאזן התשלומים של אוסטרליה וחשש שהוא יוביל לעלייה בתשומות הייצור של התעשייה.