HISAT (מאנגלית: hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts - אינדקס היררכי להתאמת תעתיקים שעברו שחבור) היא מערכת יעילה להתאמת קריאות מניסוי RNA-seq. ה-HISAT משתמש בסכימת אינדקס המבוססת על הטרנספורמציה של התמרת בורווס-וילר ואינדקס פראג'ינה-מנזיני (Ferragina-Manzini - FM), תוך שימוש בשני סוגים של אינדקסים להתאמה: אינדקס FM גלובלי של גנום לעיגון כל ההתאמות ואינדקסי FM מקומיים להרחבות מהירות של התאמות אלה.
האינדקס ההיררכי של HISAT עבור הגנום האנושי מכיל 48,000 אינדקסים מקומיים של FM, כל אחד מייצג אזור גנומי של כ-64,000 זוגות בסיסים. בדיקות על מערכי נתונים אמיתיים ומדומים הראו כי HISAT היא המערכת המהירה ביותר שקיימת כיום, עם רמת דיוק זהה ואף טובה יותר ביחס לשיטות אחרות. למרות מספר האינדקסים הרב שלו, HISAT דורש רק 4.3 גיגהבייט של זיכרון מחשב HISAT תומך בגנומים בכל גודל גם כאלו הגדולים מ-4 מיליארד בסיסים.
רקע.
משנת 2008, RNA-seq הפך לכלי הנמצא בשימוש בחקר ביטוי גנים, מבנה התעתיק וזיהוי של RNAs ארוכים שאינם מקודדים (lncRNA) וחיבור תעתיקים (transcripts fusion). עם התפתחות RNA-seq תפוקת הרצף ואורכי הקריאה גדלו עד ל-100–500 מיליון קריאות בכל ריצה באורך של 100 זוגות בסיסים או יותר. נפחי נתונים הולכים וגדלים מחייבים מערכות ניתוח חישוביות מהירות וניתנות להרחבה.
יתרונות HISAT.
ניתוח RNA-seq מתחיל בהתאמת קריאות אל מול רצף הגנום הרצוי כדי לקבוע את המיקום המקורי של הקריאות. שלב שהפך לצוואר בקבוק שלוקח זמן רב. לדוגמה, תוכניות התאמת רצפים הנמצאות בשימוש נרחב כגון TopHat2 ו-GSNAP10 יכולות לקחת מספר ימים לעיבוד RNA-seq יחיד. תוכנית STAR11 משתמשת במערכי סיומת כדי לספק עיבוד מהיר יותר מרוב השיטות האחרות, כולל TopHat2. עם זאת, לשיטת suffix-array דרישות זיכרון גדולות מאוד (28 גיגהבייט לגנום האנושי) בהשוואה לשיטות המשתמשות בטרנספורמציה של התמרת בורווס-וילר.
כדי ליצור התאמת רצפים מהירה המשתמשת בכמות ממודרת של זיכרון גישה אקראית, HISAT תוכנן עם אסטרטגיית אינדקס חדשנית המבוססת על טרנספורמציה של התמרת בורווס-וילר ואינדקס FM.
כתוצאה מדרישות הזיכרון המעטות מאוד של HISAT שהן פחותות בצורה משמעותית בהשוואה לשיטות אחרות, משתמשים יכולים להעביר את החישובים הללו משרתים ייעודיים למחשב יחיד, שבו ניתן להריץ מספר דוגמאות בו זמנית.
HISAT2.
HISAT2 הוא הדור הבא של HISAT וTopHat2. זוהי תוכנית להתאמה מהירה ורגישה בשביל מיפוי קריאות NGS (next generation sequencing) של DNA ו-RNA לגנום רצוי. ב-HISAT2 יש שימוש באינדקס GFM גלובלי אחד המייצג אוכלוסייה של גנומים אנושיים, וגם שימוש במערך גדול של אינדקס GFM קטנים המכסים ביחד את הגנום כולו. אינדקסים קטנים אלו (הנקראים אינדקסים לוקליים), בשילוב עם מספר אסטרטגיות של התאמות רצפים, מאפשרים התאמה מהירה ומדויקת של קריאות רצף. ערכת אינדקס חדשה זו נקראת אינדקס גרף FM היררכי (HGFM).
HISAT-3N.
HISAT-3N מיועד לטכנולוגיות ריצוף הממירות נוקלאוטידים ומיושם על בסיס HISAT2. ישנן שתי אסטרטגיות עבור HISAT-3N להתאמת קריאות ריצוף לאחר המרת נוקלאוטידים: מצב רגיל ומצב חוזר. המצב הרגיל' עושה התאמה של הקריאות עם אינדקס סטנדרטי-3N בלבד, כך שהוא מהיר ודורש זיכרון קטן יותר. מצב החוזר עושה התאמה של הקריאות גם עם אינדקס 3N סטנדרטי וגם עם אינדקס חוזר-3N, ואז פלט תוצאת ההתאמה הוא של 1,000. מצב חוזר יכול לעשות התאמת הקריאות של המרת נוקלאוטידים בצורה מדויקת יותר, והוא מעט איטי וצורך יותר זיכרון מהמצב הרגיל.
HISAT-3N פותח על בסיס HISAT2, אשר מותאם במיוחד עבור טכנולוגיית רצף RNA. ניתן להשתמש ב-HISAT-3N עבור כל קריאות ריצוף שכללו המרת נוקלאוטידים כולל: BS-seq, SLAM-seq, TAB-seq, oxBS-seq, TAPS, scBS-seq ו-scSLAM-seq.
רוברט ואלאס
רוברט ואלאס (באנגלית:Robert Wallace; 25 ביוני 1853-17 בינואר 1939) היה מדען בתחום החקלאות, פרופסור באוניברסיטת אדינבורו וכתב מאמרים רבים לבריטניקה.
ביוגרפיה.
רוברט ואלאס נולד באחוזה משפחתית בסקוטלנד. לאחר סיום לימודי בית ספר הוא החל ללמוד באוניברסיטת אדינבורו וסיים אותה בסביבות 1872. לאחר מכך הוא טיפל בחוות משפחתית.
בשנים 1882–1885 ואלאס לימד בקולג' מלכותי לחקלאות וקודם לדרגת פרופסור לחקלאות. בשנת 1885 הוא התחיל ללמד באוניברסיטת אדינבורו. באוניברסיטת הוא פעל להסדרת הענקת התוארם בחקלאות. הוא היה ראש קתדרה לחקלאות וכלכלה עד לשנת 1922. במקביל לעבודתו באוניברסיטה ואלאס פעל להקמת מוסדות חינוך נוספות בתחום החקלאות ברחבי סקוטלנד.
רוברט ואלאס סייר באיטליה, הודו וארצות נוספות. בעקבות סיוריו בהוקו הוא כתב ספר על שיפורים בגידול מקנה. בנוסף לכך הוא ערך סיורים בארצות הברית, מצרים ודרום אפריקה. רוברט ואלאס התכתב רבות עם אלינור אן אורמרוד ובשנת 1904 היא עורך של ספר ביוגרפי שלה.
אהבה כמו שלנו
אהבה כמו שלנו הוא שיר שהוקלט על ידי הזמרת הישראלית שרית חדד. השיר יצא לאור ב-19 בספטמבר 2021, על ידי חברת התקליטים שרית חדד הפקות, כסינגל שלא מתוך אלבום. את השיר הוציאה חדד בסמוך להצהרתה על כך שהיא במערכת זוגית עם הפזמונאית הישראלית תמר יהלומי.
השיר הגיע למקום השישי במדיה פורסט.
רקע וכתיבה.
"אהבה כמו שלנו" נכתב על ידי תמר יהלומי ויונתן קלימי והופק על ידי אותם השניים גם כן. ב-19 בספטמבר 2021, יצאה חדד מהארון וחשפה את זוגתה תמר יהלומי, כשהוציאה את הקליפ לשיר "אהבה כמו שלנו", במהלכו מופיעות סצנות מחיי זוגיות של זוגות שונים, בין השאר יהלומי וחדד.
בסמוך לצאתו, עלה השיר לרשת הזרמת המדיה ספוטיפיי, תוך שהצליח לצבור שם למעלה מ-600,000 אלף השמעות.
וידאו קליפ.
הווידאו קליפ הרשמי של השיר פורסם ב-19 בספטמבר 2021. בקליפ ישנן סצנות מחיי הזוגיות של חדד ויהלומי.
נכון לאפריל 2022, מונה הצפיות של הקליפ עומד על למעלה מ-5.4 מיליון צפיות.
שתי דקות
ירגזי כספי
נעלי הדייג (ספר)
נעלי הדייג (באנגלית: The Shoes of the Fisherman) הוא רומן מאת הסופר האוסטרלי מוריס ווסט, שפורסם לראשונה בשנת 1963.
תוכן.
הרומן עוסק בבחירת אפיפיור אוקראיני, והוא ניתוח של הפוליטיקה של הוותיקן. קיריל פאבלוביץ' לאקוטה, שמונה לקרדינל על ידי האפיפיור הקודם, שואב השראה מחייהם של שני בישופים קתולים אוקראינים: הקרדינל יוסיף סליפיג' והבישוף הריהורי לאקוטה. סליפיג' שוחרר על ידי משטרו של ניקיטה חרושצ'וב מהגולאג הסיבירי בשנת 1963, בשנת פרסום הרומן, לאחר לחצים פוליטיים מצד האפיפיור יוחנן העשרים ושלושה והנשיא ג'ון קנדי. סליפיג' הגיע לרומא בזמן כדי להשתתף במועצת הוותיקן השנייה. לאקוטה מת ב-1950 בגולאג הסובייטי.
עלילת משנה ברומן עוסקת במערכת היחסים של קיריל עם תאולוג ומדען שנוי במחלוקת, האב טלמונד. רבים מהמאפיינים של האב טלמונד התבססו על הפליאונטולוג הישועי הצרפתי פייר טייאר דה שארדן.
הספר פורסם במקרה ב-3 ביוני 1963, היום בו מת האפיפיור יוחנן ה-23. הספר הגיע למקום הראשון ברשימת רבי המכר של הניו יורק טיימס לספרות למבוגרים ב-30 ביוני 1963, והפך לרומן מספר 1 הנמכר ביותר בארצות הברית לאותה שנה, לפי Publishers Weekly.
קיריל לקוטה, גיבור הרומן והארכיבישוף של לבוב הופך לקרדינל ומאמץ את התואר אתנסיוס הקדוש. בשנת 1965, יוסיף סליפיג', הארכיבישוף של לבוב הוכרז כקרדינל עם התואר סנט'אטנסיו (אתנסיוס הקדוש) על ידי האפיפיור פאולוס השישי.
עיבוד קולנועי.
גרסה קולנועית בבימויו של מייקל אנדרסון יצאה לאקרנים בשנת 1968.
אליזבת אמה סויר
אליזבת אמה סויר (באנגלית: Emma Soyer; 5 בספטמבר 1813 – 30 באוגוסט 1842) הייתה ציירת צבעי שמן אנגליה, אשר הייתה ידועה בעיקר בתור אמה ג׳ונס או אמה סויר.
ביוגרפיה.
אליזבת אמה ג'ונס נולדה בלונדון בשנת 1813, ולמדה צרפתית, איטלקית ומוזיקה. בגיל צעיר מאוד היא הפכה לתלמידה של הצייר הבלגי פרנסואה סימונאו (1783–1859), שב-1820 נשא לאישה את אמה שלה. כשגילה כי לאמה יש כישרונות ציור, הקדיש סימונאו את כל זמנו להוראתה, ולפני גיל שתים עשרה היא "ציירה יותר ממאה דיוקנאות בנאמנות גדולה". היא גם הפכה לפסנתרנית מוכשרת בהדרכתו של ז'אן אנקוט.
ב-12 באפריל 1837 היא נישאה לאלכסיס סוייר, השף במועדון הרפורמים. לאחר מכן היא הפנתה את תשומת לבה לציור פורטרטים בשמן, ועם סימונאו נסעה ברחבי אנגליה ועבדה בקנטרברי, רמגסייט ושרוסברי וצברה פופולריות רבה. עם שובה ללונדון הפיקה את "הילד העיוור", וציורים אחרים. ב-1842 השלימה את עבודתה האחרונה, "שני נערי האורגן". היא גם הציגה שני ציורים בסלון פריז של 1842. דיוקנה של סויר נחקק על ידי הנרי בריאן הול.
ב-29–30 באוגוסט 1842 היו לה סיבוכים בזמן ההריון והיא מתה באותו לילה במגוריה ליד צ'רינג קרוס, לונדון. היא נקברה בבית הקברות קנסל גרין, לונדון ב-8 בספטמבר, שם הקים בעלה אנדרטה גדולה לזכרה.
בין 1823 ל-1843 ארבע עשרה מתמונותיה הוצגו באקדמיה המלכותית לאמנויות (RA), שלושים ושמונה הוצגו במוסד הבריטי, וארבע עשרה בגלריה של החברה המלכותית של האמנים הבריטים (RBA) שברחוב סאפוק, לונדון.
ביוני 1848 מאה וארבעים מיצירותיה הוצגו בבזאר של הנסיך מוויילס והודפס קטלוג.
שניים מיצירותיה, נחרטו על ידי ז'רארד. בפריז, שבה הוצגו רבות מתמונותיה, המוניטין שלה היה גבוה יותר מאשר בארץ הולדתה.
מי תאהב