בעוד שבחודשים הראשונים המאבק היה בעיקר הסברתי, באפריל 2006 נשא יו"ר הלשכה המדינית של חמאס נאום שהחריף במידה רבה את מאבק זה, ובו רמז כי אבו מאזן ופת"ח הם בוגדים המנסים לבצע הפיכה נגד חמאס בעזרת ארצות הברית וישראל:
הנאום זכה לגינויים רבים מצד גורמים פלסטיניים (אפילו הממשלה של חמאס סירבה להתייחס אליו) ומספר שעות לאחר מכן החלו מהומות אלימות בכל רחבי השטחים, בין פעילי שתי התנועות. המהומות נרגעו לאחר זמן קצר, אך התדרדרו בהדרגה יותר ויותר במהלך שלושת החודשים שלאחר מכן, והובילו לעשרות פצועים והרוגים.
מסמך האסירים וחטיפת גלעד שליט.
בחודש יוני 2006 ניסה אבו מאזן לשכנע את חמאס לחתום על "מסמך האסירים" שבו יש הכרה במדינת ישראל בגבולות 1967 וקריאה להקמת ממשלת אחדות פלסטינית. חמאס סירבה לכך למרות לחץ מצד אבו מאזן, שאיים לקרוא למשאל עם. במקביל לאירועים אלה, נמשכו האירועים האלימים בשטח בין פעילי חמאס ופת"ח, עם מספר הרוגים לשני הצדדים. באותו חודש שברה חמאס באופן גלוי את התהדיאה מול ישראל כאשר שבה לשגר רקטות קסאם אל עבר שדרות בתגובה לפעולות צה"ל בעזה ולמותם של 16 אזרחים פלסטינים. ב-25 ביוני הרג חמאס יחד עם ועדות ההתנגדות העממית 2 חיילי צה"ל וחטף חייל שלישי מבסיס ליד כרם שלום, הוא גלעד שליט. זמן קצר אחר כך, הכריזו אבו מאזן ואסמאעיל הנייה על הסכמה בדבר "מסמך האסירים" תוך שינוי כמה מסעיפיו וניסוחם באופן שממנו ניתן גם לפרש כי חמאס אינה מחויבת להכיר בישראל.
למרות ההסכמה על מסמך האסירים, והצפי כי המגעים לשחרור גלעד שליט יביאו לשחרורם של אסירים פלסטינים ופריצת המצור על ממשלת חמאס, החל המצב הפנימי בשטחים להידרדר בשנית. המגעים לממשלת אחדות פלסטינית, שבאוגוסט וספטמבר 2006, הכריזו בכירי חמאס כי צפויה לקום תוך זמן קצר, נכשלו, ובמהלך אוקטובר חל סבב עימותים נוסף במאבק בין אנשי חמאס ופת"ח ב"שטח". ב־14 בדצמבר נערך ניסיון התנקשות בראש הממשלה מטעם התנועה, אסמאעיל הנייה. שורה של התפרעויות רבות היקף נרשמו גם לאחר נאומו של אבו מאזן ב־16 בדצמבר, בו איים בהקדמת הבחירות במקרה שלא תושג ממשלת אחדות. אירועים אלו סימנו תחילה של הסלמה רחבה יותר במאבק הפנימי - האירועים החלו לכלול יותר ויותר ניסיונות הדדיים של התנקשויות בבכירים (לרבות אבו מאזן, רשיד אבו שבאכ, מוחמד דחלאן ואחרים מ-פת"ח, ושרי הממשלה מצד חמאס), פגיעה במוסדות האזרחיים המזוהים עם התנועות (כמו האוניברסיטה האסלאמית המזוהה עם חמאס) חטיפות, והקמת מחסומים צבאיים בכל רחבי רצועת עזה. חלק מהמאבק אף זלג לגדה המערבית, שם המאבק התבטא בעיקר בחטיפות ופיגועים בבכירים מקומיים, כגון ראשי עיריות.
התחדשות המאבק עם הפת"ח.
עימותים מזוינים בין חמאס לבין פת"ח החלו ב-15 בדצמבר 2006, ואחרי מספר הפוגות, ב-15 במאי 2007 התחדשו העימותים בעצימות גבוהה, עם עשרות הרוגים - רובם מהפת"ח. חמאס המשיכה להשתלט על רצועת עזה, ובמהלך של 12-14 ביוני 2007 כבשה חמאס את כל בסיסי מנגנוני הביטחון ברצועת עזה.
בעקבות ההשתלטות המוחלטת על הרצועה הכריז יו"ר הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס ב-14 ביוני, על פירוק ממשלת האחדות בראשות אסמאעיל הנייה ועל הוצאת חמאס וארגוניו החמושים אל מחוץ לחוק.
תחת שלטון חמאס גבר ירי הרקטות על ישראל, דבר שגרם להכרזה על הרצועה כ"ישות עוינת" ועל הטלת סנקציות כלכליות כנגד הרצועה. בינואר 2008 גברו הסנקציות ומעבר הסולר לרצועה הופסק וכתוצאה מכך חלקים מהרצועה הוחשכו. בתגובה, חמאס פרץ את ציר פילדלפי, דבר שגרם למאות אלפי פלסטינים לנהור לרפיח המצרית.
מבצע "עופרת יצוקה".
בעקבות ירי רקטות (קסאם וגראד) לעבר יישובים ישראלים הסמוכים לרצועת עזה, פתחה ישראל ב-27 בדצמבר 2008 במבצע צבאי רחב שכלל התקפות מן האוויר, פעילות של חיל הים הישראלי וכניסת כוחות קרקעיים. מטרת המבצע המוצהרת הייתה "שיפור המציאות הביטחונית בדרום", דבר שתורגם על ידי פיקוד הדרום לשתי מטרות משנה: 1. הפסקת ירי הרקטות לעבר ישראל; 2. פגיעה בכוחה של חמאס שתרתיע אותה מחידוש הירי. במבצע בן 22 יום שזרע הרס גדול מאוד ברצועת עזה, צה"ל הצליח להסב הרוגים רבים ללוחמי חמאס (כ-700 הרוגים, הן לפי ספירת צה"ל והן לפי ספירת חמאס עצמו), בהם מספר בכירי חמאס מהשורה הראשונה, ולהשמיד מספר רב של משגרים ומחסני תחמושת. המבצע יצר מנופי לחץ על מצרים, ארצות הברית ומדינות האיחוד האירופי להירתם למניעת הברחות הנשק לרצועת עזה, והבליט את הפירוד בעולם הערבי בין המתונים לקיצוניים.
התרופפות הקשר עם הפטרון הסורי.
באפריל 2011, לאחר גל מחאות בסוריה כחלק מגל המחאות בעולם הערבי באותה עת, הביע ראש הלשכה המדינית של חמאס, ח'אלד משעל תמיכה באחים המוסלמים בסוריה. לפי דיווחים עיתונאיים, הודיע בתגובה הנשיא הסורי בשאר אל-אסד כי מקומו אינו מובטח. חמאס ביקשה מקום אירוח חדש בירדן ובמצרים, אך נדחתה, אם כי מצרים הסכימה לפתוח משרד אינטרסים לחמאס, אותו ייצג סגנו של משעל, מוסא אבו מרזוק. לאחר שפנתה לקטר, המדינה הסכימה לארח את ההנהגה המדינית של חמאס, ללא הזרוע הצבאית, בעיר הבירה דוחה. הדלפות גרסו כי ח'אלד משעל צפוי לעבור לקטר, ואילו סגנו מוסא אבו מרזוק צפוי לעבור למצרים. ההנהגה הצבאית תכננה לחזור לרצועת עזה דרך מעבר רפיח שהיה צפוי להיפתח תחת ההנהגה החדשה של מצרים.
מבצע עמוד ענן.
כחלק ממבצע עמוד ענן, צה"ל חיסל פעילים בכירים בחמאס, ביניהם מפקד הזרוע הצבאית אחמד ג'עברי, והפציץ מאגרי נשק ובנייני ממשל ברצועה. בתגובה למבצע הגבירה חמאס את הירי הארטילרי לעבר ישראל יחד עם ארגוני טרור אחרים מעזה, ולראשונה ירתה רקטות אל עבר גוש דן ואזור ירושלים. המבצע הסתיים בהפסקת אש בתיווך מצרים ובה התחייב חמאס להפסיק את כל הפעילות ההתקפית נגד ישראל מרצועת עזה, כולל של ארגונים אחרים.
בין מבצע עמוד ענן למבצע צוק איתן.
אחרי מבצע עמוד ענן כמות ירי הרקטות והנחת המטענים ירדה באופן משמעותי ואזור עוטף עזה נהנה משקט כמעט מוחלט רוב הזמן.
בעקבות ההפיכה הצבאית במצרים ביולי 2013 והדחתו של מוחמד מורסי, נשיא מצרים מטעם האחים המוסלמים, החל חמאס לשלוח לוחמים דרך מנהרות ההברחה של רצועת עזה לחצי האי סיני, ואלה ביצעו פעולות טרור וגרילה כנגד כוחות מצריים. בפעולות סיכול של צבא מצרים נהרגו ונעצרו עשרות פעילי חמאס בסיני.
ב-2014 הוצא חמאס, ביחד עם תנועת האחים המוסלמים, אל מחוץ לחוק במצרים. צבא מצרים, שהחל במבצע למיגור הטרור בחצי האי סיני, פעל גם נגד מנהרות ההברחה של רצועת עזה בציר פילדלפי והרס רבות מהן. התנגדותו של חמאס למעורבותו של חזבאללה במלחמת האזרחים בסוריה גרם לפטרונית שלו, איראן, לקצץ באופן דרסטי בסיוע הכספי שהיא מעבירה לחמאס. שני תהליכים אלה פגעו קשות בכוחו של חמאס ברצועת עזה והביאו אותו לחתום במאי 2014 על הסכם פיוס עם הפת"ח והקמת ממשלה משותפת. הסכם פיוס זה התקבל בתגובות מעורבות בעולם, כאשר המתנגדת הבולטת לו הייתה ישראל.
מבצע צוק איתן.
ביוני 2014, לאחר חטיפת שלושת הנערים, הטיל ראש הממשלה בנימין נתניהו את האשמה לחטיפה על חמאס, בעוד הארגון הכחיש את האשמה. לאחר מספר ימים ההאשמה מוקדה בחברי הארגון מרואן קוואסמה ועמר אבו עיישה. רק לאחר כחודשיים הודה בכיר חמאס סאלח אל-עארורי בכנס חכמי דת מוסלמים בטורקיה כי חמאס עומד מאחר החטיפה. תוך כדי כך, עם תחילת הרמדאן באותה שנה, ירה חמאס רקטות לעבר ישראל לראשונה מאז מבצע עמוד ענן. ב-30 ביוני אותרו גופות שלושת הנערים, וישראל עצרה מאות פעילי חמאס ביהודה ושומרון, כולל בכירים וכולל מחבלים ששוחררו בעסקת שליט.
ביולי 2014 הגביר חמאס את ירי הרקטות מרצועת עזה, דבר שהוביל לפתיחת מבצע צוק איתן ב-8 ביולי. במהלך המבצע, שנמשך 50 ימים, ירה חמאס 4,594 רקטות ופצמ"רים לעבר ישראל, בהם רקטות רבות לעבר גוש דן ולעבר השפלה. רקטות נורו גם צפונית יותר והגיעו לחיפה ולחדרה, על אף שירי הרקטות התמקד בעוטף עזה ובערים בטווח ה 40 ק"מ מעזה. רוב הרקטות לא הצליחו לחדור את מעטפת ההגנה של כיפת ברזל. מנגד, ישראל הפציצה אלפי מטרות טרור ברצועת עזה. בעקבות ניסיונות לפיגועי חדירה וחדירות שגרמו לאבדות של חיילים דרך מנהרות חדירה מתוך רצועת עזה לישראל, ב-17 ביולי נכנסו כוחות היבשה של צה"ל לרצועת עזה והחלו לחשוף ולהשמיד את המנהרות. אחרי שהסבו למחבלים אבדות קשות (למעלה מאלף מחבלים נהרגו בקרבות) והשמידו 32 מנהרות טרור, בהן 14 מנהרות חודרות לישראל, יצאו כוחות צה"ל בתחילת אוגוסט אל מחוץ לרצועה, והמשיכו בירי מנגד, תוך שחמאס מתמקד בעיקר באזור עוטף עזה. העימות נמשך עד שהושג הסכם הפסקת אש ב-26 באוגוסט.
ב-18 באוגוסט 2014 הותר לפרסום שבמהלך החודשים מאי עד אוגוסט חשף השב"כ תשתית רחבת-היקף של חמאס שפעלה בירושלים ויהודה ושומרון, שהוכוונה ומומנה על ידי מפקדת חמאס בטורקיה, ושמטרתה הייתה ביצוע הפיכה שלטונית אלימה ביהודה ושומרון והפלת אבו מאזן, ובמקביל יזום גל טרור פלסטיני רחב-היקף ואינטנסיבי נגד ישראל. התוכנית סוכלה על ידי מערכת הביטחון הישראלית, השב"כ וכוחות צה"ל ומג"ב שעצרו 93 פעילי חמאס ותפסו והחרימו כסף רב וכמות גדולה של אמצעי לחימה.
לאחר מבצע צוק איתן.
אחרי מבצע צוק איתן הייתה ירידה משמעותית בירי הרקטות, אך 26 ימים בלבד לאחר תחילת הפסקת האש השקט הופר. בממוצע בכל חודש נפילה אחת של רקטות ופצמ"רים.
חמאס החל לשקם את המנהרות, ביצע עשרות ניסויים ברקטות, סלל כביש סמוך לגדר הגבול שנועד לתקיפת פתע והמשיך לעודד מחבלים פלסטינים לבצע פיגועים נגד ישראל ולאסוף כסף כדי לשקם את תשתיות הטרור השייכות לו.