בשנת 1099 הצלבנים, בתמיכת הכנסייה הקתולית, השיקו את מסע הצלב הראשון במטרה להחזיר לעצמם את השליטה על ירושלים מידי האימפריה האסלאמית ובמטרה לסייע לאימפריה הביזנטית להילחם בסלג'וקים. במהלך מסע הצלב הראשון, כוחות הצלבנים הצליחו לכבוש את ירושלים במהלך יולי 1099, בעודם טובחים רבים מהתושבים המוסלמים והיהודים בעיר. לאחר כיבוש העיר הקימו הצלבים בעיר את ממלכת ירושלים הנוצרית. הצלבנים הפכו את כיפת הסלע ל"היכל ה'" ואת מסגד אל-אקצא ל"היכל שלמה".
בשנת 1187 כוחות הצבא המוסלמים של השושלת האיובית בהנהגת צלאח א-דין הביסו את כוחות הצלבנים בקרב קרני חיטין - קרב אשר היווה את נקודת השבר של ממלכת ירושלים. לאחר קרב קרני חיטין החלה התמוטטות הממלכה עד לחורבנה הסופי - התבוסה הייתה קשה עד כדי כך שכמעט כל הערים והמבצרים הצלבניים נכנעו לצלאח א-דין לאחריה (כולל ירושלים), וממלכת ירושלים הפסיקה בעקבותיה להוות גורם משמעותי באזור הלבנט.
התבוסות של הצלבנים באזור הובילו בהמשך למסע הצלב השלישי אשר נועד להשיב את השליטה בשטחי הצלבנים שנכבשו באזור ארץ ישראל. מלך אנגליה ריצ'רד הראשון (ריצ'רד לב הארי) הוביל את המצור על עכו, כבש את העיר והוציא להורג 3,000 שבויים מוסלמים. לאחר ניצחון צלבני נוסף בקרב ארסוף המשיכו כוחות הצלבנים מזרחה, וכבשו את רמלה ולטרון, מבלי להגיע אל היעד - ירושלים, בכמה ניסיונות חוזרים לכובשה מידי המוסלמים. הצדדים החלו לנהל שיחות משא ומתן, ולבסוף, חתמו על הסכם רמלה ביוני 1192. על פי תנאי ההסכם, ירושלים נשארה תחת שליטה מוסלמית, אך הוחלט כי העיר תהיה פתוחה בפני צליינים נוצריים. ההסכם הוביל להקטנת הממלכה הצלבנית לרצועת חוף צרה שהשתרעה מצור ועד יפו.
בשנת 1250, השושלת האיובית שבמצרים הודחה על ידי גדודי עבדים, ובעקבות כך נוסדה הסולטנות הממלוכית.
באותה העת, מסעות הצלב לא נתפסו על ידי המוסלמים המקומיים כמלחמה בין המערב למזרח - הם למעשה לא נחשבו שונים מאשר הקרבות שנערכו לסירוגין בין האימפריה הביזנטית והאימפריה האסלאמית במשך מאות שנים. בחלקים של ארץ ישראל אשר נכבשו על ידי הצלבנים, האוכלוסייה המוסלמית המקומית התרגלה לכובשים החדשים באותו האופן שבו הם התרגלו לכובשים המוסלמים שכבשו אזורים אלו לפני כן.
בסופו של דבר, בשנת 1291, כוחות הממלוכים בהנהגתו של הסולטאן ח'ליל בן קלאון ערכו מצור ארוך על העיר עכו אשר הייתה העיר האחרונה באזור שנותרה בשליטה צלבנית לאחר מסעות הצלב. הממלוכים כבשו את עכו ב-18 במאי 1291 והרגו את רוב התושבים הנוצריים של עכו, ובכך בא הקץ על ממלכת ירושלים לאחר היסטוריה סוערת ומפוארת של 200 שנה שבהם התקיימה מדינה צלבנית עצמאית בארץ הקודש.
התקופה הממלוכית (1260 - 1517).
ב-3 בספטמבר 1260 בקרב עין ג'אלות שנערך בעמק יזרעאל, בסמוך למעין חרוד של ימינו, בלמו כוחות הממלוכים את התפשטות האימפריה המונגולית מערבה. כתוצאה מכך הבטיחו את שלטונם באזור למשך 250 השנים הבאות.
ב-24 באוגוסט 1516, בקרב מרג' דאבק שנערך בסוריה, צפונית לחלב של ימינו, כוחות האימפריה העות'מאנית הביסו את כוחות הסולטנות הממלוכית וירשו אותם כשליטי סוריה. ב-28 באוקטובר הכוחות העות'מאנים הביסו בשנית את כוחות הסולטנות הממלוכית בקרב יאוניס חאן אשר בעקבותו הם כבשו חלקים ניכרים מאזור ארץ ישראל. בדצמבר של אותה השנה כל אזור ארץ ישראל נכבש על ידי האימפריה העות'מאנית מידי הסולטנות הממלוכית.
תחת השלטון העות'מאני (1516 - 1917).
ההנהגה של העות'מאנים המוסלמים בארץ ישראל חיזקה והבטיחה את מרכזיותה וחשיבותה של האסלאם כדת הדומיננטית באזור ארץ ישראל. וכתוצאה מכך, בחייה הדתיים של האוכלוסייה הערבית בארץ ישראל תפסה מקום נכבד העלייה לרגל לקברות קדושים ועריכת חגיגות סביבם. בתוך מכלול החגיגות המקומיות, בולטות חגיגות נבי מוסא, שראשיתן בימי צלאח א-דין. אלו היו מרכזות עולים לרגל מכל חלקי ארץ ישראל הדרומית והמרכזית למפגש שנתי שיצר תחושה של קשר בין חלקי הארץ.
השלטון העות'מאני עודד הגירה לארץ כדי ליישב את האזורים דלילי האוכלוסייה והעניק אדמות למהגרים. הדבר הביא להאצה משמעותית ובריבוי האוכלוסייה המוסלמית. בשלהי המאה ה-19 היו בארץ כ-525,00 תושבים מוסלמים, 85% מכלל האוכלוסייה. כ-100,000 היו מהגרים ממצרים. המהגרים הדרוזים, האלג'ירים, הטורקמנים, הצ'רקסים והבהאים, מנו כ-42,300. הסודאנים מנו כ-500. הבוסנים מנו כ-840. עד מלחמת העולם הראשונה מנו המהגרים המוסלמים כ-200,00 נפש. כשליש עד מחצית מתושבי הארץ המוסלמים היו מהגרים חדשים.
האוכלוסייה המוסלמית הייתה מורכבת מארבע מעמדות: עסברי - מיעוט עות'מאני שהיווה את השכבה השלטת וכלל את הצבא והפקידות, עולמא - אנשי הדת, רעאיא - מהגרים מוסלמים מארצות מוסלמיות והאוכלוסייה העירונית והכפרית ממוצא מעורב (ערבים ומתאסלמים מהאוכלוסייה המקומית), ועבדים. כמו כן האוכלוסייה המוסלמית כללה שבטים בדואים נוודים ונוודים למחצה. הפלאחים מנו 60% מתוך כלל המוסלמים, הבדואים מנו כ-14% והעירוניים מנו 24%. רובם היו סונים, אבל בגליל היה ריכוז של מוסלמים שיעים.
במשך מאות שנים, עד המחצית השנייה של המאה ה-19, הייתה האוכלוסייה הערבית הכפרית בארץ ישראל מפולגת בין שני מחנות: קיס וימן. לפילוג זה הייתה משמעות אינטגרטיבית רחבה, משום שהוא חצה את תושבי הרי המרכז של ארץ ישראל, וכך נוצר מצב שתושבי ההר של חברון, ירושלים ושכם השתייכו לאותו מחנה ונאבקו בבני המחנה האחר. תופעה זו הייתה גורם חשוב ביצירת מגע בין תושבי אזורים שונים בארץ.
על פי ההערכות המבוססות על סיכום מתקופת מסע נפוליאון בארץ ישראל היו בתחילת המאה ה-19 פחות מרבע מיליון תושבים משני עברי הירדן. ברבע הראשון של המאה ה-19 היו בארץ ישראל המערבית 250,000 תושבים, מהם כרבע יהודים, ונוצרים שהשתייכו לקבוצות אתניות אחדות.
בשנת 1834 פרצה התקוממות עממית כנגד שלטונו של הוואלי העות'מאני מוחמד עלי. הגורם העיקרי לפרוץ המרד היה התמרמרות על חובת גיוס לצבא המצרי שהחיל עלי כחלק ממדיניות המודרניזציה שלו, וזאת במקום צבא של שכירי חרב אשר הגיעו מקרב חברי הקאסטה הצבאית. חובת הגיוס עוררה מרד בארץ ישראל, שבראשו עמדו ראשי חמולות משכם, חברון והאזור שבין ירושלים ליפו. בהתחלה המורדים הצליחו להשתלט בהצלחה על ערים רבות, כולל שכם, ירושלים וחברון. בתגובה, בשנת 1831 הקצין המצרי אבראהים פאשא עלה יחד עם צבא בן 40,000 חיילים לארץ ישראל, כבש את עזה, רמלה, יפו, חיפה וירושלים ללא קרב, ואת עכו לאחר מצור אכזרי של ששה חודשים. כיבוש הארץ בידי אבראהים פאשא הביא לשינוי דמוגרפי מהותי שכן לאחריו הייתה נהירה של מהגרים מהשבטים המוסלמים במזרח התיכון לאזור ארץ ישראל. אבראהים פאשא הביא עמו עשרות אלפי מצרים, ביניהם גם פלאחים, לשם ביצוע עבודות שונות ועל מנת לקבץ סביבו נאמני שלטון. מצרִים אלה התיישבו בכפרים ובערים, בייחוד בשפלת החוף שהייתה למעשה ריקה באותה העת.
תקופת המנדט הבריטי בארץ ישראל.
עם כיבוש ארץ ישראל על ידי הבריטים ב-1917, הפכה ירושלים ממרכזו של מחוז עות'מאני למרכזה המנהלי של הארץ כולה, שהושמה תחת ממשל צבאי נפרד. תהליכים פוליטיים בין לאומיים שהתעוררו במהלך מלחמת העולם הראשונה שעיקרם התעוררות תנועות לאומיות לא פסחו על הציבור הערבי. בתחילת אוקטובר 1918 הגיעו כוחותיו של פייסל בן חוסיין לדמשק, בה הוקם ממשל כיבוש צבאי שפייסל הועמד בראשו, ובציבור הפוליטי הפלסטיני, שעד אז היה אדיש ל, גדלה והלכה התמיכה בתביעה לאחדות עם סוריה. הכתרת פייסל למלך סוריה המאוחדת במרץ 1920 עוררה גל של התלהבות ערבית לאומית ברחבי ארץ ישראל.
בשנת 1922, לאחר שהבריטים קיבלו את מנדט חבר הלאומים – ייפוי הכוח, על ארץ ישראל, הם ערכו מפקד אוכלוסין בשטח שהיה נתון למרותם ממערב לנהר הירדן, האזור שבו קיימות מדינת ישראל והרשות הפלסטינית. לפי המפקד מנו כלל תושבי האזור 757,182 נפש, מהם 590,890 מוסלמים, 83,794 יהודים, 73,024 נוצרים, ו-9,474 אחרים. מספר הפלסטינים צמח בתקופת המנדט הבריטי בקצב בלתי רגיל: במשך פחות מ-30 שנה הוכפל מספרם. בראשית המאה ה-20 נאמד מספרם ב-500–550 אלף, ובסוף מלחמת העולם הראשונה ב-600–650 אלף (מהם 70,000 נוצרים, השאר מוסלמים). בשנת 1948 הם מנו 1.3-1.2 מיליון מהם כ 900,000 מוסלמים. אין מסמכים המתעדים באופן מדויק את מספר הערבים המהגרים לארץ בתקופת המנדט, וישנן הערכות שונות בעניין.
בדו"ח הוועדה האנגלו-אמריקנית ב-1945, מצאה הוועדה כי בין השנים 1922–1945 צמחה האוכלוסייה המוסלמית מ-589,000 ל-1,061,000, כשמתוך זה רק ארבעה אחוז יוחסו להגירה. הם ציינו את צמיחתה הטבעית של האוכלוסייה הערבית העולה ממספרים אלה כיוצאת דופן ואת מקורה ראו, במידה רבה, בצניחה בשיעור תמותת התינוקות בקרב האוכלוסייה המוסלמית. הגאוגרף משה ברור עסק במחקרו "הגירה כגורם בגידול הכפר הערבי בארץ ישראל", בהגירה של פועלים ממצרים בתקופת המנדט הבריטי והשתקעותם בעיקר במישור החוף. הוא הגיע למסקנה כי לפחות שליש מהגידול במספר הערבים תושבי מישור החוף בתקופת המנדט מקורו בהגירה ממצרים. עוד הגיע ברור למסקנה שגידול האוכלוסין בכפרים של אזור החוף לא נבע מריבוי טבעי ומהגירה פנימית של ערבים שעזבו את כפריהם בגליל ובשומרון, והשתקעו באזור החוף היכן שאפשרויות התעסוקה היו טובות יותר.