לדעתו, לא ניתן להבין קשר בין תהליכים פיזיים שהם אובייקטיביים ושייכים ל"רשות הרבים של ההכרה" לבין תהליכים נפשיים שהם סובייקטיביים ושייכים ל"רשות היחיד של ההכרה", לא ניתן להבין רציונלית את עצם קיומו של הקשר שבו אירוע נפשי מחולל אירוע פיזי ולהפך, ולא ניתן להבין הצמדה סינכרונית מתמדת בין אירועים נפשיים לאירועים פיזיים ללא הבנת הסיבה הראשונה שחוללה הצמדה זו. מכאן שכל חשיבה על קשר שכזה מובילה לאנטינומיות ולפרלוגיזמים (הפרה בלתי מודעת של כללי ההיגיון). לדעתו אי ההבנה של הקשר הפסיכופיזי היא מהותית לשכל וההכרה האנושיים, וכל תוספת ידע על העולם הפסיכי או תוספת ידע מדעי נוירופיזיולוגי לא יכולים לקרב אותנו להבנת קשר זה.
ערכים וצרכים.
המסגרת הפילוסופית אשר שימשה לליבוביץ נקודת מוצא מושגית ותשתית אובייקטיבית, שבתוכה שיכן את עמדותיו הערכיות הסובייקטיביות, היא הבחנתו בין ערך לבין צורך:
לשיטתו, ערך מוגדר כמטרה סובייקטיבית, שאת הגשמתה אדם רוצה ובוחר להשיג בכל מחיר ותמורת כל קורבן שיידרש, בעוד שצורך הוא כל מה שמתחייב מן המציאות הטבעית. לדעת ליבוביץ, אין שום קנה מידה אובייקטיבי המאפשר להכריע איזה ערך "נכון" או "טוב" יותר, ולכן שום בחירה או דחייה של ערך כלשהו אינה ניתנת לנימוק רציונלי. עם זאת, מרגע שאדם בוחר בערך כלשהו, נכפות עליו כל ההשלכות הנגזרות מבחירתו הערכית, כולל האמצעים המאפשרים את השגת הערך.
להבחנה זו של ליבוביץ בין ערך לצורך הייתה השפעה מכרעת על הדרך שבה הוא ניתח את המציאות הפוליטית.
ליבוביץ הדגים את השקפתו זו ביחס למהותם של הערכים הרווחים בחברה האנושית:
היחס בין הערכים.
בהתאם לדרך שלפיה הוא הגדיר (כדלעיל) את המונח "ערך", נהג ליבוביץ לעמוד על הסתירה הקיימת לדעתו בין הערכים השונים:
ערכים ועובדות.
בדומה להבחנה של ליבוביץ (כדלעיל) בין ערך לצורך, ליבוביץ ערך דיכוטומיה בין ערך לעובדה. על פי הבחנה זו, שראשיתה בהגותו של דייוויד יום, הכרת העובדות (שהכרתן וההודאה בהן כפויה על תודעתו של כל אדם המבין אותן, ואין זה בגדר החלטה, הכרעה או ברירה), לא יכולה לחייב את האדם לשום פעולה. הכרת מה שקיים (is) אינה מעידה ולא כלום על מה שצריך (ought). המחשבה כי בין שני התחומים קיימת הַקְבּלָה (קורלציה) מכונה הכשל הנטורליסטי. בדרך זו מנתק ליבוביץ את הקשר בין המדע המודרני לבין ערכיו של האדם. ליבוביץ גרס כי המושג רציונליות חל אך ורק בתחום עיסוקו של המפעל המדעי, והוא הבסיס למתודה המדעית. לדעתו, למושג "רציונליות" אין תוקף בתחומים אחרים בחיי האדם, ובפרט בכל הנוגע לרצון האדם ולאמונה שהוא בוחר לחיות לאוֹרה. הניסיון להחיל את המושג "רציונליות" בכל הנוגע לערכיו של האדם (כגון הומניות, עבודת השם, הגנה על המולדת, מוות למען אידיאל) לוקה בכשל המכונה בפי הלוגיקנים "טעות בקטגוריה" (category mistake).
עוד טען ליבוביץ כי אין שום קשר בין ידיעותיו של אדם (הכרת ה-is), שמהן נובעות מסקנות על הקיים, לבין רצונו (קביעת ה-ought) שהוא מקור להכרעות על מה שלדעתו ראוי שיהיה. לרצון האדם אין סיבה הנובעת מהמציאות, אלא הוא מהותו ואישיותו. בפרט, שום ידיעה שרוכש האדם על העולם אינה משפיעה על רצונו. האדם יכול לשנות את רצונו מעצמו אך ללא סיבה חיצונית, ולא מפאת תוספת ידע.
הגותו הדתית.
משנתו הדתית של ליבוביץ היא יוצאת-דופן בהגדרתו את המושג אמונה. בניגוד לתפיסת האמונה המקובלת, המדגישה את חשיבות קבלתן של הנחות מטאפיזיות על המציאות (כגון בריאת העולם ומתן תורה) ורואה בקיום המצוות נגזרת של הנחות אלו, טען ליבוביץ שהאמונה ביהדות אינה אלא עבודת ה'. לשיטתו, כל מה שאיננו קשור לעבודת ה' אין לו משמעות דתית. האמונה היא הכרת האדם בחובתו לעבוד את ה' ויישומה של הכרה זו בקיום תורה ומצוות (והכפירה היא הסירוב לעבוד את ה'). כל הכרה אחרת, גם אם היא חשובה, אינה אלא ידע שאין בו תוכן דתי.
לכן לשיטתו האמונות הדתיות המקובלות, החל בבריאת העולם ועד לתחזיות אחרית הימים, גם אם יש להן חשיבות אנושית רבה, הן נטולות חשיבות דתית.
אף על פי שבהגותו הדתית ליבוביץ לא התייחס במפורש לקאנט, רבים עמדו על השפעתו על ליבוביץ גם בפילוסופיה הדתית שלו. דת המצוות האוטונומית של ליבוביץ דומה במידה רבה למוסר האוטונומי של קאנט, בעיקרון ובפרטים רבים. אך זהו דמיון צורני ולא תוכני - ליבוביץ ראה בתורת המוסר של קאנט תורה אתאיסטית, המעוגנת בראיית האדם כערך עליון.
ליבוביץ העריץ את הרמב"ם, הרבה לצטט אותו והתיימר לשאוב את הגותו הדתית מכתביו. עם זאת, קיימות בהגותו סתירות רבות לדברי הרמב"ם.
מהות היהדות.
ליבוביץ ראה בקיום המעשי של המצוות את מהותה של הדת היהודית, ואף של האמונה היהודית. לטענתו האמונה מתגלמת במערכת המצוות, ומחוץ לה אין היא קיימת.
ליבוביץ טען שהדבר היחיד המשותף לכל היהודים המאמינים בכל הדורות הוא מחויבותם להלכה, שהרי באמונות ודעות היו בתוך עולמה של היהדות הבדלים עצומים, ולמרות זאת כולם נחשבים לחלק מהיהדות ההיסטורית; ולעומת זאת, היהדות הוציאה מקרבה את הנצרות, הקראות, השבתאות ואף את הציונות החילונית כיוון שלא היו נאמנים להלכה. מכאן, הוא טען, שהדבר היחיד המאפיין את היהדות הוא הכרת החובה לעבוד את ה' על פי ההלכה.
ליבוביץ טען שהיהדות נועדה להכתיב ליהודי כיצד לעבוד את ה', ולא לספק את צרכיו ורצונותיו - כולל הרצון לדעת (שנחשב לרצון נעלה וראוי, על פי תפיסות פילוסופיות רבות). לשיטתו, הדת היהודית רק דורשת מהאדם, ואינה נותנת לו מאומה בתמורה: לא שכר על נאמנותו, לא צדק וגם לא תשובות לשאלותיו.
תורה שבכתב ותורה שבעל פה.
ליבוביץ זיהה את עצמו כיהודי אורתודוקסי, אם כי לדעת מיעוט, השקפותיו בנושא אמונה היו רחוקות מהאורתודוקסיה. בניגוד לתפישה המסורתית, הוא לא האמין שהתורה שבעל-פה נתקבלה במעמד הר סיני והועברה במסורת מדור לדור. ליבוביץ כתב:
"ניתן להגדיר את היחס שבין המקרא ובין ההלכה כמשוב (feed-back): ההלכה של תורה שבע"פ שהיא יצירה אנושית - שואבת את סמכותה מדברי אלהים חיים שבמקרא, אולם היא הקובעת מהו תכנה, מהו מובנה ומהי משמעותה של תושב"כ."
לכן לשיטתו אין משמעות אמונית לדרך התהוותם של ספרי המקרא או לסתירות בין התורה שבעל-פה לתורה שבכתב
ליבוביץ טען שההלכה, שהיא דרך עבודת ה' שמתגבשת על ידי רוב עובדי ה' לדורותיהם, היא זו שמחייבת את היהודי. ובסמכותה של הלכה זו לחדש חידושים ואף לעקור את הכתוב במקרא.
לשמה ושלא לשמה.
ליבוביץ הדגיש את ההבחנה בין עבודת ה' לשמה לבין עבודת ה' שלא לשמה. לדעתו, אף על פי שגם העובד שלא לשמה הוא יהודי כשר, שהרי ההלכה מתירה עבודת ה' שלא לשמה (לשמור מצוות מתוך תקווה לשכר ולהימנע מעברות משום פחד מעונש), השלמות הדתית היא קיום המצוות לשמן, ולא לשם שום תכלית אחרת: לא למען גמול בעולם הזה או בעולם הבא, לא לשם תועלת גופנית או שיפור המידות, לא לשם סיפוק רוחני ("חוויה דתית") או צורך נפשי ואף לא לצרכים חברתיים ומדיניים, מכיוון שבכל אלו האדם למעשה עובד את עצמו. לכן בשיטתו אין מקום לטעמי המצוות.
ליבוביץ טען שסמלה העליון של האמונה ביהדות היא עקדת יצחק. בעקדה מתגלה אברהם אבינו כמי שמוכן להקריב את בנו יחידו, ובכך גם לוותר על כל ההבטחות שניתנו לו על ריבוי זרעו וירושת הארץ, מפני יראת ה' ואהבת ה'. לדעת ליבוביץ, זהו האידיאל שהאדם המאמין אמור לשאוף אליו, וזהו הניצחון של האדם על טבעו.
אלוהים והעולם.
לפי אמונתו של ליבוביץ, האל הוא טרנסצנדנטי. הוא טען שלאדם לא יכולה להיות שום ידיעה על האל או קשר איתו. כמו כן, הוא טען שאין התערבות אלוהית בטבע או בהיסטוריה. לדעתו, ההשגחה האלוהית היא ראיית המאמין את המציאות כולה ("עולם כמנהגו נוהג") כרצונו של ה'. לדעתו, הדבר היחיד שהפסוק הראשון בתורה: "בְּרֵאשִׁית בָּרָא אֱלֹהִים אֵת הַשָּׁמַיִם וְאֵת הָאָרֶץ" בא ללמד, הוא ש"העולם איננו אלוהים, ואלוהים איננו בעולם" כלומר, שלילת הפוליתאיזם, הפנאנתאיזם, הפנתאיזם והאתאיזם.
ליבוביץ טען שהדת אינה עוסקת באלוהים, אלא בעבודת אלוהים. לכן לשיטתו כל הוויכוחים על קיומו או אי קיומו של אלוהים כלל לא רלוונטיים מבחינת הדת. לדברי יוסף אגסי, ליבוביץ עצמו סירב לענות על השאלה האם יש אלוהים.
כמו כן, ליבוביץ טען שבעולם אין ערך מצד עצמו, והאדם בכלל זה, כדברי קהלת: "וּמוֹתַר הָאָדָם מִן-הַבְּהֵמָה אָיִן, כִּי הַכֹּל הָבֶל". אלא שלדעתו, במעמדו של האדם לפני אלוהים בכך שהוא מקיים את המצוות יש חריגה מן ההבל.
לגבי הנבואה טען ליבוביץ שאילו היו הנבואות קובעות מה יקרה בעתיד באופן עובדתי - הן היו חסרות ערך דתי, כשם שכל ההיסטוריה חסרת ערך. לדעתו, הנבואות אינן הבטחות אלא דרישות המוצגות לאדם לגבי העתיד, אף על פי שהן אמורות בסגנון של תיאור מה שעתיד לקרות. בעקבות המאמר בתוספות: "אין הנביא מתנבא אלא מה שראוי להיות אם לא היה חוטא", אמר ליבוביץ : "שום דבר איננו מובטח, והנביא אומר מה שראוי להיות". לכן לשיטתו גם אם נבואות מסוימות בתנ"ך לא התקיימו, אין זה אומר שנביאי התנ"ך אינם נביאי אמת.
לדעת ליבוביץ, בתפילות החובה הקבועות, יש לכוון לקיים מצוות תפילה בלבד, מתוך תודעת החובה, לא לבקש שיתגשם רצונו של האדם, כגון שירד גשם או שפלוני יתרפא, שהרי זו עבודה שלא לשמה. ליבוביץ זלזל באנשים המתפללים על בקשותיהם האישיות, ועושים את אלוהים "ממונה על החברה האנושית, הממלא בשבילה תפקידים של שר-הבריאות העילאי, שר-המשפטים העילאי, שר-המשטרה העילאי, שר-הסעד העילאי ושר-הכלכלה העילאי".