השאלה השלישית שנשאלת על ידי לוריין - הישות העתיקה ביותר שחיה ביקום בבילון 5 - "למה אתה כאן?", מרמזת כי יש יותר בחיים מאשר דואליות הסדר נגד הכאוס.
בעצם העלאת נושא השלטון הדיקטטורי של ממשל כדור הארץ, שסופו במלחמת אזרחים ואנרכיה, מובאת כאן מטפורה פוליטית והיסטורית עם דגש למקארתיזם ולוועדת בית הנבחרים לפעילות אנטי אמריקנית בארצות הברית של ימינו. הסדרה שמה דגש על כפיית חירויות האזרח, שעזרו מלכתחילה לעלייתה של "ברית הארץ", ואת האשליה הרווחת באוכלוסייה כי עליונותו המוסרית של הממשל תמנע ממנו נפילה לדיקטטורה. המרד בהנהגת תחנת בבילון 5 נוחל הצלחה ומבטיח את החזרת הממשל הדמוקרטי ומתן אוטונומיה מלאה למאדים ולמושבותיו.
מלחמה ושלום.
מספר עימותים צבאיים בין-גלקטיים קיימים ביקום הבדיוני של בבילון 5. הסיפור מתחיל כאשר תחנת חלל נבנית כסמל לשלום מתוח שקם מההריסות של מלחמה שכמעט הביאה להשמדתו של גזע האדם בעקבות טעות אנוש. שלום זה עומד בפני מבחן כאשר מלחמה חדשה עומדת בפתח. מלחמתם של הסנטאורים בנארנים מוצגת, כאשר זו מתחילה כסכסוך על טריטוריות ומגיעה לכיבוש, עבדות (דרך השימוש בנשק להשמדה המונית) ובסופו של דבר לאחדות כנגד אויב משותף. מלחמה זו מהדהדת את המלחמות של ימינו, כדוגמת מלחמת המפרץ, משבר הטילים בקובה ופלישתה של ברית המועצות לפראג, כאילו באה להמחיש שהאירועים הקשים אכן התרחשו כתוצאה מאיבה רבת שנים וחוסר היכולת להגיע לפשרה.
מלחמת הצללים אף היא מוצגת בסדרה, בה גזע עתיק ומתקדם מעורר עימותים ומשתמש בגזעים שונים כדי לעודד התפתחות טכנולוגית ותרבותית כביכול. במשך שלוש העונות הראשונות מתגלה המזימה וקמה תנועת התנגדות מחתרתית. זוהי מטפורה למלחמה שבתוך-תוכנו ומה שנעשה בעולמנו, להגבלת חירויות הפרט והידרדרות לדיקטטורה. העימותים שנוצרו בעקבות הנאציזם, המקארתיזם ומלחמות הפרישה היוגוסלבית. הצורך העז בעצמאות של המושבות משלטונו של כדור הארץ מצית מלחמת אזרחים, המתוארת בעונה הרביעית של הסדרה, מה שמדמה את הגורמים למלחמות הבלקן ומלחמת האזרחים האמריקנית, לדוגמה.
תקופת השיקום מתוארת בסדרה לקראת סוף עונתה הרביעית: הצורך בבנייתו של עולם חדש מההריסות. הנובלה "Alas, Babylon" של פאט פרנק משנת 1959 דנה בהשפעה של מלחמה גרעינית על עיירה אמריקנית. אירועים עתידיים המתוארים בפרק האחרון של העונה הרביעית מביאים למסקנה כי הגזע האנושי לא ישתנה, וכי תמיד יצית מחדש מלחמות. יש רק לקוות כי בכל פעם ישכיל להתעלות מעל לתחלואיו עד שיוכל להגיע לכוכבים וללמד את הבאים בתור שלא ליפול כדרכם.
אחד ההיבטים בבבילון 5 הוא שלרוב הדמויות אמונות רוחניות עמוקות. סטרזינסקי, אתאיסט, החליט באופן מודע שדמויותיו ייחסו חשיבות מרובה וכבוד לכל אותן אמונות:
גם נצרות קתולית וגם יהדות מוזכרים בסיפור בבילון 5, ולשניהם יש לפחות פרק אחד שבו הם מאופיינים באופן בולט: דוגמה קתולית בפרקים "Passing Through Gethsemane" ו-"Parliament of Dreams". בנוסף להם, מוצגות אמונות נוספות המקבילות לאתאיזם ולפנתאיזם. לעיתים קרובות דת או שאלה מוסרית מוצגות ללא תשובה ברורה. דוגמה טובה לתפיסה רוחנית היא הפרק "Soul Hunter", כאשר שלושה פירושים ניתנים למעשיו של צייד הנשמות: הוא לוכד את נשמת המינברים המתים לצורך השמדת הנשמה, החייאתה מחדש, או פשוט משום שכלל לא הייתה קיימת. הקונפליקט המוסרי שמוצג בפרק "Believers" מהווה דוגמה נוספת. במרכז פרק זה ניצבת הדילמה: האם ניתן לנתח ילד החולה במחלה קטלנית, אך אמונות הגזע שלו מנוגדות לביצוע הניתוח עצמו, שכן זה מתיימר להפריד בין נשמתו לגופו. שני אספקטים נוספים שחשובים להתפתחות ההתרחשויות אלה קצוות העלילה הנתלים על אמונות המינברים והתפתחותו הרוחנית של ג'קאר, שגריר הנארנים.
הקרבה.
תמה מרכזית בסדרה בבילון 5 היא רעיון ההקרבה למטרה נעלה יותר. שגריר הוורלונים קוש מקריב את עצמו עבור הניצחון הגדול הראשון נגד הצללים. ג'ון שרידן מוכן למות בעולם הבית של הצללים, זא'הדום, ובכך למנוע מהם התארגנות מחודשת. דלן מוכנה למות בטקס גלגל האש כדי להשיב את החברה המינברית - שמצויה במלחמת אזרחים - על כנה. מרקוס קול מקריב את חייו כדי להציל את סוזן איבנובה הגוססת. לונדו מולארי מקבל על עצמו מרצון השתעבדות מוחלטת לשומר הדראקי כדי להציל את הסנטאורים מהשמדה טוטאלית. דמויות משנה רבות מקריבות את חייהן מרצון כמו צוותי ספינות כדור הארץ המגנות על כדור הארץ מפני הכחדת המין האנושי בקרב האחרון נגד המינברים, צוותי ספינות הדראזים והמינברים בקרב האחרון נגד הצללים כדי להציל את מנהיגי המהפכה, סנטאורים שנותרו מאחור באי סליני כדי לאפשר את השמדתן של ספינות הצללים המתיישבות על האי בסנטאורי פריים, וכיוצא בזה.
חלומות וחזיונות.
תת ההכרה מקבלת תפקיד חשוב בסדרה, כאשר כל דמות עיקרית בה חווה בשלב כלשהו מסר תת-הכרתי כלשהו, לפעמים בצורה של חלימה מודעת. כך למשל, לונדו מולארי חלם כי יבוא יום והוא וג'קאר ילפתו זה את צווארו של זה ויחנקו עצמם למוות. בנוסף, הוא חוזה את ימי קיסרותו העתידיים. ג'קאר חוזה (תחת השפעת סם) כי דמותו תהפוך למשהו אצילי יותר מאשר לוחם וינהיג את עמו בדרך שלא עשה עד אז. סינקלייר, דלן ושרידן מקבלים - כל אחד בתורו - חזיונות בדבר היותם "האחד" ותפקידם בסיפור העלילה (סינקלייר הוא "האחד שהיה", דלן היא "האחת שהינה" ושרידן הוא "האחד שיהיה").
התמכרות.
בסדרה מוצגות התמכרויות שונות והשפעתן על אישיות האדם. ראש יחידת האבטחה, מייקל גריבלדי, הוא אלכוהוליסט בגמילה, שהצליח לשלוט בדחף השתייה עד לאמצע העונה החמישית. ד"ר סטיבן פרנקלין מתמכר לסמי מרץ בעקבות תשישות כרונית ועומס עבודה, כאשר בשלב מסוים הוא נוטש את עבודתו ונודד במרחבי התחנה וחווה תסמונת נסיגה. קומנדר סוזן איבנובה מציינת, כי אביה הפך לאלכוהוליסט בעקבות התאבדותה של אמה, לאחר שזו סוממה בידי השלטונות ואישיותה דוכאה.
התייחסויות נוספות להתמכרות קיימות לאורך הסדרה, כמו הסם "דאסט" ("אבק") המשמש לפיתוח יכולות טלפתיות.
השראה.
הסדרה "בבילון 5" שואבת השראה ממספר מקורות תרבותיים, היסטוריים, פוליטיים ודתיים בכדי להיטיב לשרטט את קווי המתאר של הדמויות ושל העלילה. סטרזינסקי ציין שלא הייתה כל כוונה לייצג כל תקופת זמן היסטורית או יצירה בדיונית קודמת בשלמותן, אך הוא הכיר בהשפעתן לכל אורכה של הסדרה לאור העובדה שהן משתמשות במבנה ספרותי מבוסס, כדוגמת מסע הגיבור.
בעוד הסדרה גדושה באלמנטים שמעלים את הוויכוח שהם מחקים יצירות אחרות - בין אם בדיוניות, מיתולוגיות או אגדות, קיימות מספר התייחסויות ספרותיות. מספר פרקים נוטלים את שמותיהם מתוך מונולוגים שייקספירים, ולפחות דמות אחת מצטטת ישירות משייקספיר. שוטר חיל הטלפתים אלפרד בסטר נקרא על שם סופר המדע בדיוני באותו שם, וזאת משום שיצירותיו השפיעו על הארגון של חיל הטלפתים שאותו הדמות מייצגת.
קיימות בסדרה מספר התייחסויות לאגדות המלך ארתור, ביניהן ספינת מלחמה בשם אקסקליבר המופיעה בסדרה ובסדרת הספין-אוף "קרוסייד", וכן הדמות מהפרק "A Late Delivery from Avalon" (בגילומו של מייקל יורק) שטוען שהחרב שייכת לו. סטרזינסקי מקשר את הגורם שהצית את מלחמת ארץ-מינברים - שבה מעשים מתפרשים בצורה לא נכונה במהלך תקרית מתוחה לפרוזה "מות ארתור" של תומאס מלורי, שבה נקודת שוויון בין שני צבאות הופכת לאלימה כאשר פעולות תמימות מתפרשות כעוינות.
הסדרה מתייחסת גם להיסטוריה קדומה ובת זמננו. גזע הסנטאורים ממודל לפי האימפריה הרומית. הקיסר הסנטאורי קתרג'ה מאמין שהוא אל, התייחסות מכוונת לקליגולה. ההתנקשות בו מביאה לעלייתו הסופית של לונדו לכס המלכות, ובהמשך של ויר - שניהם מועמדים בלתי סבירים לתפקיד, כמו במקרה של קלאודיוס כשהתנקשו בחייו של קליגולה. הסדרה גם מתייחסת לרומן ההיסטורי אני, קלאודיוס מאת רוברט גרייבס כאשר קתרג'ה מתבדח על כך שריפא אדם מהשיעול שלו אחרי שערף את ראשו, מעשה שנעשה גם בידי קליגולה. בפרק "In the Shadow of Z'ha'dum", שרידן תוהה על דילמת קובנטרי של וינסטון צ'רצ'יל האם יש צורך לפעול לפי מידע חשאי במהלך מלחמה. אמנם חיים יינצלו, אך במחיר גילוי לאויב שהם יודעים את כוונותיהם - דבר שיסכן אותם בהמשך הדרך. השבעתו של הנשיא קלארק לנשיאות מזכירה את רצח קנדי, והסצנה נבנתה במכוון כדי לשקף את השבעתו לנשיאות של לינדון ג'ונסון על מטוס אייר פורס 1.
אף על פי שסטרזינסקי הוא אתאיסט מובהק, הסדרה "בבילון 5" מתייחסת לאמונה הנוצרית במספר מקומות. כמה פרקים נושאים שם המתייחס לאמונה הנוצרית, כמו "Passing Through Gethsemane" (גת שמנים), "A Voice in the Wilderness" ו-"And the Rock Cried Out, No Hiding Place", המתייחס למזמור גוספל. בנוסף, הנזירים שמונהגים בידי האח תיאו ומגיעים להתגורר בתחנה בפרק "Convictions" משתייכים למסדר הדומיניקנים.
השימוש באינטרנט.
"בבילון 5" הייתה אחת הסדרות הראשונות שהשתמשו בשיווק דיגיטלי באמצעות האינטרנט כדי לצבור פרסום דרך קהל קוראים מקוון עוד הרבה לפני שידורו של פרק הפיילוט. סטרזינסקי השתתף בקבוצות דיון בקהילות מקוונות (קבוצת החדשות rec.arts.sf.tv.babylon5.moderated) ובמערכות CompuServe ו-GEnie לפני עלייתה של הרשת הכלל עולמית אשר קיימת היום. סטרזינסקי הרבה להשתתף בפורומים מקוונים רבים במהלך שנות ה-80, וקיבל קרדיט בתור האמן והסלבריטאי הראשון והידוע ביותר שתיקשר עם מעריציו באופן מקוון.