חלק נרחב מהאוכלוסייה הרוסית היו צמיתים, איכרים אשר היו תחת השגחתם ואחריותם של בעליהם הפאודלים של האדמות בהן הם עבדו. היה זה מצב של שעבוד, שהתפתח בעיקר בימי הביניים המאוחרים באירופה ונמשך בכמה מדינות עד אמצע המאה ה-19. מי שהיה איכר ועבד אדמה על קרקע מסוימת נדרש לעבוד אצל אדון האחוזה שבבעלותה אותה קרקע, ובתמורה היה זכאי להגנה, צדק משפטי וזכות לנצל שדות מסוימים בתוך האחוזה לצורכי קיום. לעיתים קרובות הם נדרשו לא רק לעבוד בשדות האדון, אלא גם במכרות, ביערות ובסלילת הדרכים שלו. בשנת 1861 החליט אלכסנדר השני על ביצוע רפורמה יסודית במשק, ובמסגרתה ביטל את העבדות ברוסיה ואת מעמד הצמיתות. על מעשה זה הוא זכה לכינוי "המשחרר". בשנת 1866 שוחררו גם כל הצמיתים שהיו בבעלות ממשלתית. סך הכל, האמנציפציה לצמיתים הובילה לשחרורם של 40,000,000 איש מעבדות. על אף שחרור האיכרים ממעמד צמית, היה ביצוע הרפורמה מלווה במהומות איכרים, וחלק גדול מהם זכו לחופש אישי ללא אדמות לעיבוד ופרנסה. בתגובה לפלגים שהתנגדו לסיום הצמיתות בתוך הממשל הרוסי, אלכסנדר השני הציג כי יש צורך להביא את הרפורמות מהממשל ולא מההמונים כפי שאירע לדוגמה בצרפת. הוא צוטט באומרו:
הפוליטיקאים הליברלים שעמדו מאחורי האמנציפציה של 1861 הכירו בכך שמדינתם היא אחת ממספר מדלדל של מדינות פאודליות שנותרו באירופה. התצוגה העלובה של הכוחות הרוסיים במלחמת קרים הותירה את הממשלה מודעת מאוד לפיגור האימפריה אחרי מעצמות אירופאיות שונות. אלכסנדר השני היה להוט להביא לצמיחה ולפיתוח עוצמה תעשייתית ומכאן גם צבאית ופוליטית, וביחד עם תומכיו הליברלים הציג מספר רפורמות כלכליות, כולל סיום הצמיתות. הנושא העיקרי היה האם הצמיתים צריכים להישאר תלויים בבעלים או להפוך אותם למעמד של בעלי נחלות עצמאיים. בעלי הקרקעות דחפו בתחילה להעניק לאיכרים חופש אך לא קרקע. הצאר ויועציו, שזכרו את תוצאת מהפכות 1848, התנגדו ליצירת מערכת שכזאת עקב חוסר היציבות שהדבר יכול להביא. אך מתן חופש וקרקע לאיכרים הצמיתים הותיר את בעלי הקרקעות הקיימים ללא כוח העבודה הגדול והזול הדרוש להם כדי לשמור על אחוזותיהם ואורחות חייהם.
כדי לאזן מצב זה, החקיקה של האמנציפציה כללה שלושה אמצעים להפחתת הפוטנציאל העצמות הכלכלית של האיכרים הצמיתים שנועדו לשחרור. ראשית, הונהגה תקופת מעבר של שנתיים, שבמהלכה האיכר היה מחויב כמו קודם לבעל הקרקע שמעליו. שנית, חלקים גדולים של אדמות משותפות הועברו לבעלי הקרקעות הגדולים, ואיכרים צמיתים המשיכו לטפל בפיתוח יערות, כבישים ועוד אך קיבלו על כך תשלום. הצמיתים היו צריכים גם לשלם לבעלי הקרקעות עבור הקצאת הקרקעות שלהם בסדרת תשלומים אשר לא היה בכוחם למלא ועל כן המשיכו לשרת את רוב בעלי הקרקעות בתור פשרה במקום להביא לפיתוח שוק חופשי יותר כפי שציפה הצאר תחילה. כדי להקל על הצמיתים המשוחררים שלושה רבעים מהסכום הכולל של התשלומים הועברו על ידי הממשלה הצארית לבעלי הקרקעות כך שהאיכרים הצמיתים המשוחררים החזירו את הכסף הנותר (רק רבע מהסכום המקורי) בתוספת ריבית לממשלה אשר נמשכה כ-49 שנים. תשלומים אלו בוטלו סופית רק בשנת 1907.
אף על פי שרפורמת האמנציפציה הונצחה בבניית קתדרלת אלכסנדר נבסקי והעלאת שמו של הצאר אלכסנדר השני, תוצאותיה היו רחוקות מלהיות אידיאליות. צמיתים ביתיים נפגעו הכי קשה מכיוון שהם זכו רק בחופש שלהם ולא באדמה שממנה עבדו, ועל כן לא יכלו לפרנס את עצמם. לרבים מבין הליברלים בתוך הביורוקרטיה הממשלתית הייתה הבנה ששחרור הצמיתים יביא לשינויים דרסטיים הן בחברה הרוסית והן בממשל. עם זאת, הרעיון שלהם ששינויים אלה ישפיעו רק על בני המעמד השלישי של החברה ויחזק את האוטוקרטיה היה שגוי. במציאות, הרפורמות יצרו מערכת חדשה בה על הצאר היה צורך להתקיים יחד עם בית משפט עצמאי, עיתונות חופשית וממשלות מקומיות שפעלו בצורה שונה וחופשית יותר מבעבר. חמש שנים אחר כך, התחייב אלכסנדר לכבד את עצמאות בתי המשפט, כך שלאיש לא תהיה עוד סמכות לפטר שופטים. לצמיתים שעבדו בנחלות פרטיות הוענקה פחות אדמה ממה שנדרש מהם כדי לשרוד, מה שהוביל לתסיסה אזרחית. מס התשלומים לבעלי הקרקעות היה כה גבוה, עד שהצמיתים נאלצו למכור את כל התבואה שהם ייצרו כדי לשלם את המס, כך שרבים נותרו ללא דבר לשרוד. בעלי קרקעות סבלו גם הם מכיוון שרבים מהם נקלעו לחובות עמוקים והמכירה הכפויה של אדמתם הותירה אותם נאבקים לשמור על אורחות חייהם המפוארים. במקרים רבים נאלצו הצמיתים שזה עתה שוחררו "לשכור" את אדמתם מבעלי אדמות עשירים. יתר על כן, כאשר האיכרים נאלצו לעבוד אצל אותם בעלי קרקעות כדי לשלם את "תשלומי העבודה" שלהם, הוזנחו שדותיהם לעיתים קרובות. במהלך השנים הבאות, הייצור החקלאי מגידולי האיכרים נותר נמוך מבחינה יחסית, ועד מהרה פגע הרעב בחלק גדול מאוכלוסיית רוסיה. עם אוכל מועט ואורח חיים במצב דומה לזה שהיו צמיתים, איכרים רבים החלו להשמיע את זלזולם במערכת החברתית.
לבסוף, הרפורמות שינו את כלכלת רוסיה. האנשים שהובילו את הרפורמה היו בעד מערכת כלכלית דומה לזו של מדינות אירופה אחרות, שקידמה את רעיונות הקפיטליזם ושוק חופשי. הרעיון של הרפורמים היה לקדם פיתוח ולעודד בעלות על נכסים פרטיים, תחרות חופשית, יזמות ועבודה שכירה. הם קיוו שהדבר יביא למערכת כלכלית עם תקנות ותעריפים מינימליים. זמן קצר לאחר הרפורמות חלה עלייה ניכרת בכמות ייצור התבואה למכירה מכיוון שקודם לכן חלק נרחב מהגידולים של הצמיתים שמשו אותם עצמם כצורך לקיום. מערכת המשפטים החדשה ברוסיה הייתה מבוססת על מודלים אירופאים. עם סדרת הרפורמות המשפטיות של אלכסנדר השני קם מקצוע משפטי מודרני מאורגן כהלכה, ובמהרה הוא השיג סטנדרטים גבוהים מאוד ברמה בינלאומית. המערכת הישנה של פעילויות בירוקרטיות מיותרות ושחיתות שיפוטית נעלמו במהירות ברובם. עם זאת, היו שני פערים חשובים במערכת:
פוליטיקה וכלכלת פנים.
שלטונו של אלכסנדר השני היה נוכח להתפשטות האידאולוגיה הלאומנית ברחבי יבשת אירופה. במטרה למנוע מעלייתם של ארגוני בדלנים לאומיים, חיזק אלכסנדר השני בדומה לאביו לפניו, את הכפייה התרבותית הרוסית על אזורי הגבול המערביים של האימפריה באירופה. מאז קונגרס וינה בשנת 1815, פולין הקונגרסאית נשלטה בידי הממשל הרוסי בתור ישות מדינית נפרדת מרוסיה תחת איחוד מלוכני כך שהריבון הרוסי היה גם הריבון הפולני. בקרב האוכלוסייה הפולנית היה רגש לאומי חזק והתמרמרות ממושכת על השלטון הרוסי. תחילה התנגד אלכסנדר השני להביא להגדלת הזכויות האוטונומיות של הפולנים אך עם גדילת התסיסה הלאומית הסכים אלכסנדר השני להביא לרפורמות בממשל הפולני כרצון רוב התושבים. עוד לפני שיכול היה הקיסר לפעול, בתחילת 1863 פרץ מרד ינואר שמנהיגיו פעלו להקים איחוד פולני-ליטאי-רותיני (אוקראיני) שיגזול נתח מרכזי משטחה של האימפריה הרוסית. הקיסרות הצרפתית השנייה והאימפריה הבריטית תמכו במורדים הפולנים שיחלישו את רוסיה אך אלכסנדר השני סירב להענות לדרישותיהם להעניק ויתורים לפולנים בטענה כי דרישות אלו לא יביאו למלחמה כוללת. צבא האימפריה הרוסית מחץ את המרד בתוך שנה וחצי, ואלכסנדר השני הגיב ביד קשה נגד האוכלוסייה הפולנית של האימפריה הרוסית. הוא ביטל את תהליך העברת הקרקעות לאיכרים פולנים וללא כל הודעה מוקדמת החליט לבטל את מוסד הצמיתות בפולין, שלוש שנים לאחר שעשה זאת ברוסיה עצמה. בשנת 1867 ביטל אלכסנדר השני את כל מעמדה האוטונומי של פולין ואיחד אותה פוליטית עם רוסיה עצמה. הנחלות של פולין הקונגרסאית נודעו מנקודה זאת והלאה בתור ארץ הוויסלה ובוטלה כל האוטונומיה הפולנית. רוב המעורבים במרידה נגד השלטון הרוסי גורשו הרחק מארצם לגלות בסיביר.
בין לבין הממשל הרוסי בסנקט פטרבורג התנגד להתפתחות רעיונות לאומיים מעבר לפולין באזורים כגון בלארוס, שם פעלה הממשלה כדי להביא להכרה בתושבי המקום כרוסים לכל דבר. ניסיונות אלו לא הצליחו למנוע את התפשטות התנועה הלאומית הבלארוסית ובשנת 1864 פרץ מרד לאומי כושל בהנהגתו של קונסטנטי קאלינובסקי, מנהיג התנועה הלאומית הבלארוסית. לאחר הפלת המרד בידי צבא האימפריה הרוסית, מארגניו הוצאו להורג והושגה רגיעה זמנית בבלארוס. תהליך הפוך התרחש בתוך הדוכסות הגדולה של פינלנד, שיחסה הפוליטי אל רוסיה דמה לזה של פולין הקונגרסאית. הדיאטה (אספה) הפינית שבה לפעילות בהלסינקי בהוראתו של אלכסנדר השני, הקיסר פיתח את הכלכלה הפינית להיות כמה שיותר עצמאית מהכלכלה של שאר רוסיה, תהליך שכלל הנפקת מטבע פיני עצמאי מהרובל; מרק פיני, ואפשר לתשתיות הרכבות הראשונות להתבצע תחת פיקוח האספה הפינית בהלסינקי ולא ממשלת סנקט פטרבורג הרוסית. בהמשך תרם אלכסנדר השני להפצת השפה הפינית במקום השוודית שהייתה נפוצה יותר מפינית עד לפני כן. הדבר הביא למצב שפינית יכולה הייתה להיחשב לראשונה שפה לאומית ברוב פינלנד. כיום אלכסנדר השני עדיין מכונה בפינלנד "הצאר הטוב". לקראת סוף שלטונו, בשנת 1881, החליט אלכסנדר השני להביא להקמת צבא פיני עצמאי מצבא האימפריה הרוסית.