מחלקת מודיעין דיווחה על שלוש צוללות מצריות שנשלחו לחופי ישראל. הדבר היווה איום לתנועת כלי שיט מסחריים במבואות הנמלים ובתנועה ביניהם. הצוללת מונעת על ידי מצברים חשמליים שטעינתם נעשית על ידי מנועי דיזל ולשם כך עליה לעלות על פני המים או לבצע שינור. הצוללת בודקת את השטח ולא עולה או מרימה שנורקל כאשר יש כלי שיט המפעיל מכ"ם בסביבתה. מפקד חיל הים בנימין תלם הגיע אישית לאנייה והוריד לה משימה להוות מטרד לצוללות מצריות שלא יוכלו לטעון מצברים.
לאח"י נגה לא היה סונאר לגילוי צוללות. מהירותה הנמוכה לא אפשרה לה להפעיל פצצות עומק נגד צוללות. לדעת מפקד חיל הים בנימין תלם הייתה הנגה מטרה קטנה וצוללת בלילה תתקשה לפגוע בה. משימה נוספת תצפית לגילוי מטוסי הפצצה נושאי טילים ארוכי טווח מתקרבים מהים לתל אביב. ביום ד, 11 באוקטובר, יצאה למשימה, ובמשך שבוע ימים סיירה האונייה בין יפו להרצליה. הצוות קיים תצפית עירנית וב 16.10.73 שעה 0915 - כ 35 מיל מערבית לתל אביב דיווחה אח"י נגה למצפ"י מעבר לכך לא היה באפשרותה לעשות. אם הייתה זו אכן צוללת, היא לא טענה מצברים. ב-18 באוקטובר, כאשר התרבו דיווחים על פעילות צוללות בקרבת החוף קיבלה אח"י נגה הוראה לחזור לחיפה.
סיוע לאבטחת השיט.
בתחילת המלחמה הכריזו המצרים על מזרח הים התיכון כאזור לחימה ושלחו משחתות ובשלב מסוים גם צוללות לסייר בין מלטה לכרתים. הוברר הצורך בהפגנת נוכחות ספינות סער לאבטחת שיט לישראל במזרח הים התיכון. גם אחרי הפסקת האש חייבה העברת ציוד בדרך הים לישראל. סיורי ספינות סער קוימו ללא הפסקה במשך חודשי חורף 1973/1974. מטעמים מדיניים נמנעו הספינות להיכנס לנמלים וכדי להאריך את זמן הסיור נזקקו לשירותי אח"י נגה.
אזור מרכז הים התיכון ואיי יוון ידוע כסוער במיוחד בחודשי החורף. תדלוק ספינות הטילים חייב למצוא מזג אוויר נוח ככל האפשר לכן כדאי להיכנס למפרצים. מאידך תדלוק כלי שיט צבאיים ואפילו המתנה להם אינה נחשבת כמעבר בתום לב.
השלמת הצוות בצוללים הגנתיים, טכנאים במקצועות הנדרשים לתחזוקת ספינות הסער וצוות רפואי. תגבור במילואימניקים, בימאים, מכונאים ומפעילי מכשירי גילוי ניווט וקשר. ביניהם גם יוסף זברק מצופי ים שחיוניותו התבררה זמן קצר אחר כך.
למצבת הקצינים של האוניה צורפו מוותיקי החיל, אל"ם עזרא קדם ("כריש"). הקצינים צורפו לאונייה על ידי המפקד חיים גבע, בהסכמה טלפונית עם מפקד חיל הים בנימין תלם. לאחר שמצא אותם בנמל חיפה מחפשים תפקיד וחשב שיעזרו לו במצבים בלתי מתוכננים.
תוכנית האב להפלגות הגדירה סבבים של 12 עד 14 ימי הפלגה ובין 24 ל-36 שעות של הפוגת הצטיידות בחיפה. התדלוקים המערביים ביותר בוצעו לאורך החוף המזרחי של סיציליה וספינות סער חיפשו מפלט במים הריבוניים של מלטה.
אירועים מיוחדים.
תקלות מנוע - ב-22 באוקטובר יצאה הנוגה לכיוון הים האגאי. למחרת, באזור מערבית לרודוס, תקלה במנוע הראשי והאונייה נסחפה לסלעים. הבהילות בהרכבת המנוע בתחילת המלחמה יצרה ככל הנראה תקלה של משאבת שמן, שהשביתה את המנוע. למשימת הגרירה שלה מזרחה נבחרה אח"י משגב בפיקודו של פנחס מילוא. עד להגעת ה"גורר" ביצעה האונייה נוהל עוגן צף אך הרוח החזקה גרפה אותה אל החוף. קציני האנייה עם המפרשן הוותיק יוסף זברק יזמו והעלו את הברזנט החלופי של מחסן הסיפון העליון כמפרש. המפרש נתן לאנייה תנועה, השפעת ההגה חודשה. וכך נותבה האנייה הרחק מהסלעים.
המרחק לישראל היה כ-500 מיל ימי. גוררת יצאה מנמל חיפה לכיוון אח"י נגה. אח"י משגב גררה את אח"י נגה כ 11 שעות עד למפגש עם הגוררת בערך במחצית הדרך כאשר אח"י אילת (סער 2) מאבטחת. ספינות סער תוכננו למהירות מרבית ולא לגרירה הדורשת כח במהירות איטית. הגרירה גרמה לאח"י משגב תקלות תשלובת בשניים מתוך ארבעת הצירים.
בהפלגה אחרת בים שקט במפרץ קאלאמטה בפלופונסוס שוב קרתה השבתה של המנוע. התברר כי הציר של אחת הבוכנות נסדק ונשבר. צוות המכונה פרק את ראש הצילינדר. ציר חלופי חדש נחשף אך לא הצליח להכניסו למקומו. כאן נוצל ניסיונו של מכונאי המילואים הוותיק שפסק להניח את הציר במקפיא למשך שעתיים, טמפרטורה במקפיא 10 מעלות צלזיוס מתחת לאפס. אחרי שעתים, הוצא הציר מהמקפיא הוכנס חלק למקומו לנשיאת הבוכנה.
צינור מסתבך במדחפים - התדלוקים כולם בוצעו במיומנות רבה ולוטשו לרמה של אומנות. התמיכה בספינות הסטי"ל כללו לעיתים קרובות גם מעבר של אנשי צוות מספינות הסער אל האנייה, לטיפול רפואי ובעיקר מקלחת.
באחת ההפלגות במצב ים רוגש בקרבת מפרץ קלמטה ביוון נכנסה אח"י סער לתדלק. צינור התדלוק התלפף על שנים מתוך ארבעת המדחפים של ספינת הטילים. הורדו צוללים לשחרור המדחפים אך בגלל התנודות לא הצליחו לעבוד. מפקד האנייה קיבל החלטה להיכנס לתוך המפרץ. הים שם היה חלק אבל הרוח הייתה חזקה מאוד ויכולת התמרון תוך כדי גרירה נעשתה מוגבלת. ולא אפשרה לנוגה לפנות שמאלה ולהימנע מלעלות על החוף.
מפקד האנייה חתך בגרזן את חבל הגרירה מה שאפשר לאח"י סער ולאח"י נוגה להטיל עוגנים באופן עצמאי. האירוע באור יום משך תשומת לב רבה אנשי החוף כבר ראו את הספינות נטרפות וחשבו כמנהג האיים איך לחלק את השלל. בעוד הצוללים עובדים בהסרת צינור התדלוק ממדחפי ספינת הטילים. התקבל מברק מהמפקדה המורה לנגה לצאת מידית מהמפרץ. זאת בעקבות תלונה של משרד החוץ היווני על חדירת כלי שיט ישראלים למפרץ קלמטה ללא אישור.
בחזרה מאותה הפלגה ספג מפקד אח"י נגה בקורת על החלטתו להיכנס למפרץ שיצרה את המצב המסוכן. ועל כך שלא התייעץ עם מפל"ג ספינות הטילים יעקב ניצן שנמצא על אח"י סער.
הפלגות אימונים.
באביב 1974, לאחר חתימת חוזה הפסקת האש, הסתיימו הפלגות אבטחת שיט על ידי ספינות סער. הנגה חזרה למשימה הראשית כאניית אימונים. מפקדי חיל הים, אישרו למפקד האוניה לבחור את הנמל המתאים לביקור. הזכות נוצלה במלואה וה"נגה" נכנסה למעגנים רבים באיי יוון. כדי להקל על אבטחת האנייה כנגד איומי הטרור הפלסטיני נקבעה מדיניות של הפלגה בלילה ועגינה בנמל באור יום.
אח"י נגה היא אנייה קטנה וההישרדות בים היוותה מאבק מתמשך במרבית הפלגותיה. פעמים רבות קרה שהנוגה הייתה הכלי שיט היחיד של חיל הים שנמצא בים בעת סערה חזקה. החוויות הכי חזקות שחוו הצוות והמתאמנים בנוגה היו הסערות הגדולות של הים התיכון. מדי פעם נוצר מצב החלטה לבחור קורס ומהירות נכונים כדי שהאוניה הישנה לא תתפרק.
מפקדי האנייה נדרשו פעמים רבות להחליט על שינויי כיוון התנועה. היות שהמטרה הייתה אימונים בהפלגה עצמה הייתה גמישות למפקד לשנות את יעד ההפלגה לנמל אחר מבלי לפגוע במטרת האימון. הנמלים המועדפים היו איי יון רודוס ונמל פיראוס. כאשר התקבלה הערכה על היתכנות פעולות מחבלים נעשו נמלי סיציליה ואיטליה יעד מועדף להפלגה.
במהלך הפלגות האימונים זכה צוות האנייה לחוויות רבות. בעת מלחמת קפריסין בקיץ 1974 תקופה יוצאת דופן נמשכו הפלגות האימון. האגן המזרחי של הים התיכון היה מלא באוניות מלחמה מכל מסוגים ודגלים שונים. הצי האמריקאי התרכז בצדו הצפוני של כרתים, בעוד הצי הסובייטי עגן בצדו המזרחי של האי. אליהם הצטרפו ציי יוון, טורקים, בריטים, צרפתים ואיטלקים. השיא קרה ביום אחד, מצפון לקפריסין, זוהו שמונים כלי שיט מלחמתיים. פעם אחרת נקלעה ה"נגה" לתוך כוח משימה של נושאת המטוסים האמריקאית "אינטרפיד" והמשחתות המגוננות עליה.
באחד הבקרים זינקה מהמים כמאתיים מטר לפני חרטום ה"נגה" צוללת מדגם "אוברון" של הצי המלכותי הבריטי. המרחק בין שני כלי השיט ברגע היחשפות היה צמוד ונגרמו כמה שניות של חרדה. הצוללת, שהפליגה הרבה יותר מהר מהנוגה, הגדילה את המרחק מותירה אחריה שובל רחב ולבן.
נמל אוגוסטה בסיציליה בסיס לצי האיטלקי היה יעד מועדף. הקשר הראשון עם נמל אוגוסטה נעשה בשנת 1968 כאשר ספינות הסער תדלקו שם בדרכן משרבורג לארץ. אח"י קשת ביקרה שם שבוע לפני מלחמת יום הכיפורים. בביקורים נרקמה מערכת ידידות עם רס"ר הבסיס דינו, הכול יכול, שדאג לכל הנדרש. בהמשך גם הנמלים קטניה ומסינה.
שילוב חיילות בצוות האונייה.
באמצע שנות ה-70 החל בצה"ל תהליך של פתיחת תפקידים נוספים לשירות חיילות. קצינת ח"ן ראשית, תא"ל דליה רז, שהחלה את דרכה בחיל הים ביקשה ממפקד חיל הים, אלוף מיכאל ברקאי, לבדוק אפשרות שילובן בצוות כלי שיט. אח"י נגה נקבעה למשימה. המהלך החורג מהמסורת הופעל ללא הכנה מוקדמת לצוות. הוצבו 4 חיילות וקצינה בתפקידי מוכ"מת, אלחוטנית וקשרית ימית. מגורי הנגדים פונו לשם קליטתן ומיד יצאו לים. הפלגה ראשונה הייתה לאי קורפו בים האדריאטי כולל מעבר בתעלת קורינטוס.
לדעת מפקדי האונייה הוכיחו החיילות יכולת וביצעו היטב את התפקידים שהוטלו עליהן. הדרישות מהחיילות היו דומות לדרישות משאר הצוות, וכאשר מי מהן לא עמדה בדרישות נענשה כמקובל. המצאות גברים ונשים יחד בצוות האונייה גרמה למתח. הדבר היה לנושא מרכזי בהצגת החיל למבקרים. שלוש שנים מאוחר יותר הופסק שירות החיילות באח"י נגה. שילוב חיילות בכלי שיט של חיל הים נדחה למספר שנים וכיום מבוצע בצורה אחרת.
המשך שירות.
בעת מלחמת לבנון.
ב 5 ביוני 1982 יצאה הנגה להפלגה עם קורס חובלים כעבור כ 10 שעות הוחזרה לנמל חיפה.
בפרק זמן קצר הועמסה ביחידת בקרת מידע ומכולת ערכת חלקי חילוף לספינות סער .
ויצאה והתייצבה מול ביירות בטווח האופק למשך שלושה שבועות.
במהלך השהיה ואיסוף המידע לפעילות האיסוף של הכוחות המיוחדים, בוצע תספוק, כולל תדלוק, ספינות טילים וכוחות שייטת 13 שביצעו חסימה ימית בים. בתום 3 שבועות נכנסה הנגה לבסיס חיפה ולאחר יומיים ויצאה שוב לאותה משימה בה שהתה עוד שלושה שבועות.