העונה עוסקת גם בעליית המתחים בין שני גזעים בעלי עבר עקוב מדם - רפובליקת הסנטאורים שסר חינה ומשטר נארן שהיה נתון לשליטתם של הסנטאורים אך הצליח למרוד בהם. שגריר הסנטאורים בתחנת בבילון 5, לונדו מולארי, מבקש להחזיר את בני עמו לגדולתם ועושה עסקה עם בן בריתו החדש, מר מורדן המסתורי, להנחיל מכה ניצחת בנארנים. בכדור הארץ, כמה בני אדם מתנגדים להשפעתם של החייזרים, ומבקשים לחסלם מכל רכוש של ברית הארץ, כשתחנת החלל בבילון 5 נמנית לאחד מהם.
שגרירת המינברים דלן מתגלה כחברה במועצה האפורה, הגוף השליט של המינברים. בסופו של דבר, היא משנה את צורתה להיבריד של בן אנוש/מינברי כדי לבנות גשר בין שני העמים. השנה מסתיימת עם מותו של נשיא ברית הארץ לואיס סנטיאגו, כשצוות התחנה מאמין שמדובר בהתנקשות.
עונה שנייה - ביאת הצללים.
בתחילת שנת 2259, קפטן ג'ון שרידן נוטל את הפיקוד על תחנת בבילון 5 לאחר שסינקלייר מועבר לעולם הבית של המינברים ללא כל הסבר. הוא וצוות התחנה מגלים שההתנקשות בנשיא סנטיאגו תוכננה בידי סגן הנשיא קלארק, שעלה לנשיאות. קונפליקט פורץ בין צוות התחנה לבין 'חיל הטלפתים', ארגון אוטוקרטי שמבקש לשלוט בכל הטלפתים האנושיים, כאשר מתגלה שקומנדר איבנובה, השנייה בשרשרת הפיקוד בתחנה, היא טלפתית רדומה שברחה מרישום החיל.
בצל גסיסתו של קיסר הסנטאורים החולה, לונדו מולארי פועל יחד עם לורד ריפא לחסל כל מתנגד לשלטון. בנוסף, הוא ממשיך לעבוד עם "בן בריתו" החדש מר מורדן ושותפיו המסתוריים ותוקף את הנארנים. כאשר קיסר הסנטאורים מת, מולארי וריפא שמים את אחיינו הבלתי יציב קתרג'יה על כס המלכות. דרכו הם מחרחרים מלחמה כוללת נגד הנארנים, ומשתמשים בנשק להשמדה המונית כדי לכבוש את עולם הבית של הנארנים.
ממשלת הארץ הופכת לרודנית יותר ויותר, והיא מדכאת קולות מחאה ושידורי תעמולה. שגריר הוורלונים קוש חושף בפני שרידן שהוורלונים הם אויביהם של הצללים, והוא מבקש את עזרתו ללחום בהם.
עונה שלישית - נקודת האל-חזור.
בשנת 2260, ממשלת הארץ ממשיכה להיות קסנופובית, בעוד שבתחנת החלל בבילון 5, שרידן ודלן - שהחלו במערכת יחסים רומנטית - יצרו את "קונספירציית האור" כדי לנסות ולחשוף את האמת על השפעתם של הצללים. יחסים מתוחים בין ממשל הארץ למושבת מאדים מגיעים לנקודת רתיחה כאשר מאדים מכריזה על עצמאותה וממשל הארץ מכריז על משטר צבאי ותוקף אותה. בזעמו, שרידן מושך את בבילון 5 מהברית הארצית, בתמיכתם של המינברים.
גורלה של תחנת בבילון 4 מתגלה כאשר סינקלייר חוזר לבבילון 5 ומבקש עזרה משרידן. מתגלה שגורלו של סינקלייר הוא להשתמש במסע בזמן כדי לקחת את בבילון 4 חזרה בזמן לתקופת מלחמת ארץ-מינברים, שם הוא משנה את צורתו למנהיג המינברים הנערץ ויילן באמצעות אותו מתקן ששימש את דלן לשינוי הצורה שלה.
השגריר מולארי מבין שהעסקה שערך עם הצללים נהפכה למסוכנת והוא מנסה לנתק קשרים עם מר מורדן, אך נכשל. קוש מגלה לשרידן שניתן להילחם בצללים בעזרת טלפתים. בהתעקשותו של שרידן, הוורלונים מתקיפים את הצללים, אך כעונש הצללים הורגים את קוש.
אשתו של שרידן, שנחשבה למתה באתר ארכאולוגי בכוכב הלכת זאהדום לפני מספר שנים, מגיעה לתחנה ומשכנעת את שרידן ללוות אותה חזרה לזאהדום. הצללים מנסים לכפות על שרידן להצטרף למטרתם וספינותיהם מאיימות על בבילון 5. מונחה על ידי מילותיו של קוש, שרידן מטיס מרחוק ספינה עמוסה בחומרי נפץ גרעיניים אל תוך הכוכב וקופץ לתוך תהום גדולה. ספינת הצללים נסוגה מבבילון 5, אך גריבלדי שהשתגר עם חללית קרב כדי להגן על התחנה מבחוץ, נעלם.
זוהי העונה הראשונה שבה יוצר הסדרה ג'יי מייקל סטרזינסקי כתב את כל הפרקים שבה. הפרק העשירי בעונה, "חלומות גדועים", זכה בפרס הוגו לפרזנטציה הטובה ביותר בטלוויזיה לשנת 1996. העונה מסתיימת עם הפרק "זאהדום", שנחשב לאחד הפרקים החזקים ביותר בסדרה תוך דגש על אפיון דמותו של שרידן, שעד כה לא הייתה לה משמעות נכבדה כמו שבפרק זה. זאת ועוד, הבלוג האינטרנטי "io9" כלל את הפרק כאחד הקליף האנגרים הטובים ביותר בטלוויזיה האמריקנית, שמכין את הרקע לעונה הרביעית שנחשבת ל"בשר האמיתי" של הסדרה.
עונה רביעית - ללא כניעה, ללא נסיגה.
שרידן חוזר מזאהדום בעזרת ישות מסתורית הידוע בשם לוריין, שהעניק לשרידן 20 שנים נוספות לחיות. הוורלונים גורמים לבהלה בקרב שאר הגזעים כאשר הם מתחילים להשמיד כוכבים שלמים אשר הושפעו מהצללים. מולארי מפחד שהוורלונים ישמידו את סנטאורי פריים, והוא משמיד את בסיס הצללים שעל הכוכב ומוציא להורג את מר מורדן. שרידן מגלה שהוורלונים והצללים נשלחו בידי הראשונים להשגיח על הגזעים הצעירים, אך עקב שוני אידאולוגי ביניהם הם לחמו אחד בשני במשך עידנים והשתמשו בגזעים הצעירים במלחמה באמצעות שליח. בעזרתם של גזעים עתיקים אחרים, שרידן משכנע את הוורלונים והצללים לעזוב ולהפסיק ולהתערב בגזעים הצעירים.
גריבלדי חוזר לבבילון 5 ללא כל הסבר להיעלמותו. הוא מרחיק את עצמו משאר הצוות הפיקודי וחווה שינויים קיצוניים במצב הרוח. הוא מתפטר מתפקידו ונוסע למאדים כדי לעבוד עם איש העסקים ויליאם אדגרס. הוא גם מכניע את שרידן ומאפשר לו להיחטף. מתגלה שגריבלדי אולץ בידי חיל הטלפתים לרגל אחרי אדגרס, אשר פיתח וירוס שנועד להשמיד את הטלפתים. כעת שהוורלונים והצללים אינם עוד, הממשל הטוטליטרי של הארץ מנסה להשתמש בשרידן הכלוא ככלי תעמולה, אך גריבלדי - שהשתחרר מהשפעתו של חיל הטלפתים - מציל אותו. מלחמת אזרחים פורצת בכדור הארץ, שבסופה הנשיא קלארק מתאבד ושרידן נכנע לכוחות הארץ בשל התמרדותו. איבנובה נפצעת אנושות במהלך הלחימה ועוזבת את התחנה כדי לפקד על ספינה משלה.
ליגת העולמות הבלתי מאוחדים מאורגנת מחדש בתור הברית הבין-כוכבית, כאשר ארץ, מינבר, נארן וסנטאורי פריים מתפקדים בתור האו"ם ברחבי הגלקסיה, וכוח הסיירים משמש כאוכפי החוק שלהם. חברי הליגה החדשה ממנים את שרידן לנשיא הברית הבין-כוכבית, והוא ודלן נישאים.
זוהי העונה השנייה שבה כל הפרקים שבה נכתבו בידי ג'יי מייקל סטרזינסקי. במקור, הפרק האחרון של העונה היה אמור להתרחש כעשרים שנה אחרי משום שבזמנו לא היה ידוע אם הסדרה תחודש לעונה חמישית. זאת ועוד, הייתה זו העונה האחרונה בהשתתפותה של קלאודיה כריסטיאן כאיבנובה. אחרי חידוש הסדרה, נדחה פרק זה לסוף העונה החמישית (ובו מופיעה עדיין השחקנית) ובמקום זאת שודר פרק המסכם את ההתרחשויות בתקופות זמן של מיליוני שנים לאחר קיומה של תחנת בבילון 5.
עונה חמישית - גלגל האש.
בשנת 2262, קפטן אליזבת לוקלי מקבלת פיקוד על תחנת בבילון 5, שהיא כעת גם מפקדת הברית הבין-כוכבית החדשה. קונפליקט מתפתח בין חיל הטלפתים לבין קבוצת טלפתים עריקים שמחפשים אחר עולם ביתם משלהם, וזאת אחרי שגילו שהוורלונים יצרו את הטלפתים כנשק נגד הצללים. כאשר כמה טלפתים עריקים מתים מות קדושים, ליטה מובילה מתקפה נגד חיל הטלפתים והופכת לאויבת מדינה.
בינתיים, ספינות מסחר אזרחיות ושל הברית הבין-כוכבית מותצקפות בידי גורם בלתי ידוע, והעדות מצביאה על כך שהסנטאורים אשמים בכך כביכול. מולארי מגלה שגזע הדראק - בן בריתם של הצללים - אילצו על ההנהגה הסנטאורית להנחיל מלחמה עם הברית הבין-כוכבית, כחלק מהעונש על כך שמולארי פעל נגד הצללים. מולארי נאלץ לשתף פעולה כשהוא הופך לקיסר, ומושך את הרפובליקה הסנטאורית מהברית הבין-כוכבית. ויר הופך לשגריר הסנטאורים בתחנת בבילון 5.
מספר סיפורים מקבילים מראים כיצד חברי צוות הפיקוד והשגרירים הוותיקים מתכננים לעזוב את בבילון 5: שרידן ודלן עוזבים למפקדתה הקבועה של הברית הבין-כוכבית במינבר; גריבלדי מתגבר על בעיית האלכוהוליזם שלו, מתחתן עם ליז אהובתו והשניים עוברים למאדים; ד"ר פרנקלין מתמנה לראש מחלקת הקסנו-ביולוגיה בכדור הארץ; ג'קאר מגלה שהוא הפך לדמות רוחנית והוא אינו יכול להישאר בתחנה או לחזור לנארן ולכן בוחר להגלות את עצמו ולנסוע ברחבי הגלקסיה, ולכן הוא עוזב יחד עם ליטה, שבשל פעולותיה קיבלה מעמד דומה.
פרק סוף הסדרה מתרחש כעשרים שנה לאחר שובו של שרידן מזאהדום, כשהוא מרגיש שכוח חייו מתעמעם. הוא וכוח הסיירים אוספים יחדיו את חבריו הקרובים למסיבת פרידה. ביום למחרת, שרידן מנסה לעזוב בזמן שדלן ישנה אך היא עוצרת אותו והשניים נפרדים בפעם האחרונה. כשהוא לבדו, שרידן מבקר מחדש בתחנת בבילון 5 לפני שהיא עומדת בפני פירוק, לפני שהוא עורך מסע למקום בו הם ניצחו את הצללים. כשהוא לוקח את נשימותיו האחרונות, הוא פוגש בלוריין, שמזמין אותו לסייר מעבר לגבולות הגלקסיה. מספר ימים לאחר מכן, ספינתו של שרידן מתגלה כשהיא נסחפת ונטושה.
בבילון 5: הסיפורים האבודים.
בתאריך 31 ביולי 2007 שודר הראשון מבין סדרת סרטי מקבץ שתוכננו ליציאה ישירה ב-DVD. בהיותו מעריץ של סדרת אזור הדמדומים, סטרזינסקי הגה את הרעיון לסדרת סרטים שמיועדים לתעד את עוללות הגיבורים הראשיים ביקום בבילון 5, כאשר שלושה תסריטים כבר נכתבו, העוסקים בדמויותיהם של שרידן, קפטן לוקלי, גיילן ומייקל גריבלדי. 'קולות באפלה' מתרחש בשנת 2272, כשעלילה ראשונה מתמקדת בג'ון שרידן אשר נמצא בדרכו לתחנה לחגיגות העשור לייסודה של הברית הבין-כוכבית. במהלך המסע הוא אוסף בדרך יורש עצר סנטאורי בגבול החלל הסנטאורי ומקבל התראה מגיילן לגבי התפתחויות שעתידות לבוא, לפיהן יורש העצר הצעיר יהיה אחראי לפעולת נקמה עתידית כנגד כדור הארץ, וזאת בעקבות פעולת הברית הבין כוכבית נגד סנטאורי פריים (כפי שנראה בסוף עונה חמישית). עלילה שנייה מתמקדת בקולונל לוקלי הממתינה להגעתו של שרידן ומזמינה כומר מחלל הארץ שיעזור באירוע על טבעי המתרחש בתחנה.
תמור ספיאשווילי