פיל נחשב לאחד הכוחות העולים במפלגה הטורית והוא נכנס לממשלה לתפקיד מפתח בתחילת 1822. בשנים 1820 ו-1821 סירב פיל להצעות למשרה בממשלה כנשיא מועצת הבקרה. אך ב-17 בינואר 1822 הצטרף מחדש לממשל כמזכיר הפנים (Home secretary), תפקיד המקביל לזה של שר פנים. הייתה זאת משרה אשר בה כיהן פיל עד שלורד ליברפול ספג אירוע מוחי בשנת 1827 וחדל מראשות הממשלה, פיל כיהן פעם נוספת בתפקיד, תחת הדוכס מוולינגטון, משנת 1828 עד 1830. בתפקיד זה פיל הנהיג מספר רפורמות חשובות במערכת אכיפת החוק הבריטית. כאחריותו העיקרית של מזכיר הפנים היה על פיל לשמר חוק וסדר אזרחיים, ובמסגרת אחריות זאת הוא הבדיל את עצמו מרבים אחרים בני תקופתו שקראו לרפורמה מנהלית. היה זה במסגרת תפקיד זה שפיל ניחן ביכולתו לראות את התהליכים החברתיים בשלמותם ולדאוג לכל ההיבטים הנדרשים בהם, החל מהניסוח של החוק הפלילי והמכניקה של השיטור, דרך כתב אישום, משפט וגזר דין, ועד ענישה על פגיעה ברכוש, בכלא ובמושבות עונשין.
בני דורו העניקו לפיל קרדיט על צמצום מספר העבירות שגרמו לעונש מוות. אך לא נרשמה ירידה במספר ההוצאות להורג כבר בתקופה שפיל היה למזכיר הפנים, וההישג הבולט ביותר בתקופתו במשרד הפנים היה איחוד החוק הפלילי. הוא החל בשנת 1823 במקום שבו קודמו, לורד סידמות', נעצר בסיום כהונתו עם הרפורמה בחוק הנוגע לבתי כלא. בשנה שלאחר מכן הוא נקט ברפורמה בחוקים הנוגעים לסדרי תחבורה, והחל לשדל את השופטים הסקוטים לקראת רפורמה בחוק הפלילי הסקוטי, שהיה נפרד ממקבילו האנגלי. בשנת 1825 הוא איחד שמונים וחמישה חוקים הנוגעים לפעילות שופטים לכדי חקיקה אחת. בשנת 1826 הוא הציע לאחד את החוקים הנוגעים לגנבה. מתוך 14,437 אנשים באנגליה ובויילס שהואשמו בפשעים שונים במהלך השנה הקודמת, 12,500 (לפחות) הואשמו בגנבה, שהייתה קטגוריית הפשיעה הפלילית הנודעת ביותר. היה צורך באיחוד מכיוון שבכל שנה במאה השמונה עשרה, מעשים ספציפיים (דוגמת גנבת חורים, קוצים וחבטות) נענשו כפשעים לפי חקיקות שונות. נכון להצעת האיחוד של פיל היו תשעים ושתיים חוקים הנוגעים לגנבה לפי קוד המשפט הפלילי הבריטי, חלקם החלו עוד בתקופת שלטונו של הנרי השלישי, מלך אנגליה, ופיל ביקש לאחד אותם בתקנון אחד בן שלושים עמודים. בהזדמנות זו ניסיונו לצמצם את החוקים השונים לכדי חקיקה אחת הוכיח את שאפתנותו, והצעת החוק הגיעה, לבסוף, כארבע חקיקות נפרדות בשנת 1827.
כישרונותיו של פיל מעולם לא היו בולטים יותר מאשר בעמלת איחוד החקיקות הזאת. בשנת 1824 המליצה ועדה נבחרת להפריד בין גיבושי חקיקות ותיקוני חקיקות. פיל החליט שהם אינם ניתנים להפרדה. הוא פירש את משמעותו של גיבוש חקיקות כאוסף 'חוקים מפוזרים בראש אחד' אשר בנוסף לגיבושם תידרש בדיקה ומעבר תיקונים, תפקיד שלטענתו של פיל היה על בתי המשפט למלא. כאשר מצא פער כלשהו "דרכו בורחת אשמה ידועה לשמצה" (הוא הטיל כדוגמה גנבה של תעודות מניות בכספים שלא היוותה עבירה באותה תקופה), היה צורך לתקן אותו במקביל לגיבוש. בידיו של פיל, אפוא, הייתה חקיקה מגבשת שהייתה במקביל גם לחקיקה רפורמית אשר שילבה פסיקות וסיפקה מחסומים למחדלים משפטיים כמתקיים בתיקוני חקיקות. כשהיה על פיל להשיג תמיכה לאיחוד לא רק מהפרלמנט אלא גם מהרשות השופטת, הוא הפיץ טיוטות של ארבע הצעות החוק המגבשות שלו בקרב השופטים, והתאמץ לזכות בתמיכתם. הוא הצליח כיוון שתשע עשיריות מכלל המשפט הפלילי נגע לחוקים רשומים, ששופטים אהבו לבקר אותו, ועשירית אחרונה, הייתה לחוקים המבוססים על מסורת ועל כן לא רשומים.
ב-9 במרץ 1826 השיטה של פיל להציג הצעת חקיקה הגיעה לבשלות בנאומו הגדול על גנבה. הוא פתח בהתנצלות בפני הפרלמנט על כך שעמד לנאום על נושא שעלול 'להרחיק התרגשות מהרגשות הפוליטיים' ועשוי להיראות 'עקר ולא מזמין' עבור חברי הפרלמנט. הייתה התייחסות להתחלה חדשה היפותטית ('אם היינו מחוקקים את סדר חדש, ללא התייחסות למנהגים קודמים והרגלים שנוצרו'). היה מבט על הצעות קיצוניות יותר ל'רפורמה מהירה, שאינה עולה בקנה אחד עם התלבטות בוגרת', והבטחה שאם יתאפשר לו להתנהל כדרכו, לא תהיה 'חתרנות עולה של מוסדות עתיקים' ו'לא תביא לוויתורים' מצד גורמי סמכות. הצעותיו שלו הוצגו אז כדרך אמצע בין חופש הפעילות של הקוד המשפטי הבריטי לבין התמציתיות של ההקבלה הצרפתית. לבסוף הודיע על שאיפתו להשאיר אחריו 'רישום כלשהו של האמון שנתן בו הפרלמנט', ולחבר את שמו עם 'תיקונים נצחיים' במוסדות המדינה.
רפורמה במשטרה.
עם תחילת כהונתו השנייה במשרד הפנים, הפעם תחת ממשלת וולינגטון, המשיך פיל את הרפורמות בהן פסק עם התפטרותו ב-1827. בשנת 1828 עסק בדיני העבירות כלפי האזרח התובע, והפחית את מספר החקיקות בנושא מחמישים ושבע לאחת. בשנת 1830 הפך את עשרים ושבע החקיקות הנוגעות לזיופים של עונשי מוות לכדי חקיקה אחת. נושא שראה בו חשיבות גדולה עוד יותר, היה עניין פעילותה של המשטרה. בשנת 1822 סירבה ועדה להמליץ ​​על כל רפורמה. בשנת 1828 הבטיח פיל ועדה חדשה שתדון במשטרה מיוחדת למטרופולין; מרכז אוכלוסין, ובשנה שלאחר מכן הצליח להעביר חקיקה לטובת הקמת יחידה שכזאת בלונדון. ב-1829 הקים פיל את כוח המשטרה המטרופוליטני של לונדון שמוקם בסקוטלנד יארד. 1,000 השוטרים בכוח זה כונו בחיבה "בובי'ס" ("'Bobbies'") או מתוך חיבה פחותה יותר "פילר'ס" ("Peelers"). אף שבתחילה הם לא זכו לאהדה ציבורית, הם הוכיחו את עצמם כיעילים מאוד בצמצום ממדי הפשע בלונדון וב-1857 הוכרחו כל הערים בבריטניה להקים לעצמן כוחות משטרה. פיל נחשב לאביה של משטרת בריטניה המודרנית וניסח את הקוד האתי שלה.
פיל כבר נתן אינדיקציה לאופן מחשבתו ודעותיו בנושא כאשר שיבח את היחידה הקטנה של שופטים מקצועיים ושוטרים שהוקמה בלונדון בשנת 1793. אבל מבנה יחידת האכיפה המיוחדת הזאת נשען על מכלול של קשיים במערכת הבירוקרטית המסובכת. בסנט פנקראס רנסאנס לונדון הוטל שברובע קמדן לבדו היו שמונה עשר משמרות לילה שונות של תחנות משטרה שונות, שלרבים מהם לא הייתה סמכות להתערב בקטטה בצד השני של הרחוב. פיל החליט ליצור גוף מאוחד בשליטת מזכיר הפנים והיה זה משרדו ששילם על פי תעריף כללי. הכוח החדש החל לסייר ברחובות ב-29 בספטמבר 1829. הם לא היו שם כדי לבצע עבודות בילוש פליליות כנהוג ביחידות מיוחדות, אלא לרסן התפרעויות ולשמר אכיפת חוק וסדר. 'משטרת המניעה הנמרצת' של פיל נשאה כלי מטען אך לא כלי נשק, והנשק החדשני שלהם היה המשמעת הצבאית שלהם. כוח המשטרה ה"לא חוקתי" הזה, כפי שהוא נקרא בעתירה לחקיקה נגדו (שלא עברה), פגש התמרמרות אזרחית, והחלו הרבה תקיפות על שוטרים. אבל כוח של קצת יותר מ-3,000 איש זכה לשליטה באכיפה ברחובות לונדון.
בתקופות בעייתיות של תסיסה אזרחית-מהפכנית כביכול, היה הכוח גם צעד מרגיע שמנע את הצורך בשימוש בחיילים ופעל להפחית את הסיכון לשפיכות דמים. עם הזמן נסוגה האופוזיציה לרפורמה המשטרתית מטענותיה. החשש שהמשטרה התפתחה למשטרה חשאית על פי המודל המטרופוליני התברר כהקצנה, ועוינות ומרירות אזרחית מעצם הרעיון של כוח משטרה יעיל נשמט. באמצע המאה הפך תדמיתו של השוטר לדמות ידידותית ושכנה עבור האזרחים. הרפורמה החשובה ביותר הייתה הקמתו של כוח המשטרה המטרופוליטני ב-1829. הוא גם ביצע רפורמות בחוק הפלילי בהפחיתו את מספר הפשעים שעונשם היה מוות ופישט ואיחד מספר חוקים פליליים. הוא יצר רפורמה במערכת בתי הסוהר על ידי שינוי בתשלום לסוהרים ובהקמת מערכת חינוך לאסירים.
אמנציפציה לקתולים.
כל עוד הלורד ליברפול היה ראש הממשלה האמנציפציה הקתולית נשארה שאלה פתוחה, ופיל, אשר כמזכיר הבית היה אחראי כולל על הממשל באירלנד, המשיך לפעול כמתנגד מרכזי לה המפגין בבית הנבחרים. אבל הנושא החל לצאת מכלל שליטה, הן בווסטמינסטר והן באירלנד. בשנת 1825 זכו הפרו-קתולים בהצבעה השנתית בבית הנבחרים. פיל הציע את התפטרותו, אך נאמר לו כי התפטרותו תפיל את ממשלת ליברפול. בשנת 1826 התקיימו בחירות כלליות אשר במהלכן השיגה המפלגה השמרנית רוב מוחץ של מושבים בבית הנבחרים, ובתחילת השנה שלאחר מכן ספג ליברפול אירוע מוחי ונאלץ לסיים את כהונתו. עם סיום כהונתו של הלורד ליברפול כראש ממשלה והחלפתו בג'ורג' קנינג, התפטר פיל מתפקידו כמזכיר הפנים. קנינג תמך בחקיקת חוק מתן שוויון הזכויות לקתולים בעוד שפיל היה ממתנגדיו הראשיים. ארבעה חודשים לאחר שקנינג מונה לתפקיד הוא הלך לעולמו ולאחר תקופת כהונה קצרה של הלורד גודריץ', חזר פיל לתפקיד שר הפנים בממשלתו של הדוכס מוולינגטון. בתקופה זו פיל נחשב לאישיות השנייה בחשיבותה במפלגה הטורית, אחרי וולינגטון עצמו. במקביל לתפקידו כמזכיר הפנים, היה פיל מנהיג בית הנבחרים, וככזה היה עליו להתמודד עם השאלה הקתולית.