בעבר, היו בתי מדרש ששמו דגש על ידענות ולימוד היקפי של החומר, כמו בתי המדרש הספרדיים כדוגמת הרי"ף והרמב"ם, והיו בתי מדרש ששמו דגש על עמקנות וניתוח כמו בתי המדרש של בעלי התוספות. עד היום ישנן גישות שונות בשאלה זו, האם ללמוד יותר בבקיאות ולהקיף יותר ידע, או להדגיש גם את הצד העיוני. האסכולה העיונית סוברת שגם כל אותם ראשונים פשטניים ופוסקים העמיקו ופילפלו רבות לפני שכתבו את דבריהם, וראיה לכך מהרמב"ם לדוגמה שכתב את דבריו בפסיקה פשטנית ועל דבריו נכתבו פרשנויות וביאורים רבים.
בתקופה המאוחרת של ישיבות ליטא החלו להתמקד בדרך כלל במסכתות המכונות "ישיבתיות". אלה הן ארבע עשרה מסכתות, רובן מהסדרים נשים ונזיקין: יבמות, כתובות, נדרים, גיטין, קידושין, בבא קמא, בבא מציעא, בבא בתרא, סנהדרין, מכות, שבועות, פסחים, שבת וסוכה. בדרך כלל מחזור לימוד בישיבות גבוהות אורך 6 שנים, ומדי חצי שנה עוסקים במסכת אחת מאלה. גם בתוך מסכתות אלו מתמקדים בלימוד מעמיק רק בחלק מהדפים, ושאר המסכת נלמדת באופן מהיר יותר. ישיבות בריסק חריגות בכך שלומדים בהן את סדר קדשים. בישיבות ליטאיות לצעירים בדרך כלל עוסקים במסכת אחת שנה שלמה. המסכתות הנלמדות הן בבא קמא, בבא מציעא, בבא בתרא, גיטין, קידושין, ולפעמים גם מכות (בזמן אלול).
הלכה ופוסקים.
במקביל ללימוד התלמוד שבעיקרו לימוד תאורטי, יש לימוד של הלכה למעשה. יש כאלו הלומדים ישירות מהשולחן ערוך, ספר הלכה המסכם את השיטות העיקריות של התלמוד, ובנוסף לו גם את משנה ברורה המבאר אותו (רק בחלק אורח חיים) ומוסיף דעות שונות של פוסקים לפניו ואחריו. יש כאלו הלומדים ספרי הלכה מתומצתים, כמו "חיי אדם" או אף קיצור שולחן ערוך. לימוד ההלכה תופס בדרך כלל חלק משני בסדר היום בישיבה (בהרבה ישיבות ליטאיות או ציוניות עד חצי שעה ביום), אולם תלמידים רבים בוחרים להקדיש לו את רוב זמנם, כדי להתמחות בידיעת ההלכה בכל התחומים. ישנה גישה הסוברת שהאדם צריך להגיע לפסק ההלכה דרך לימוד התלמוד. לשיטה זו יש להגיע לידענות ולהקף נרחב של סדרים שלמים.
מוסר ומידות.
לימוד בספרי מוסר ומידות האדם. ישיבות המוסר פיתחו לימוד זה ושמו עליו דגש. תיקון המידות הוא חלק אינטגרלי מדמותו של בחור ישיבה. המטרה היא להקנות מידות טובות כמו ענווה, יראת שמים, טוב לב ועשיית חסד, רחמנות, עדינות, גבורה, יושר, שליטה עצמית וכיבוש היצר ועוד. בעניין זה משמעותית דרכו של הרמב"ם, בהקדמתו למסכת אבות, "שמונה פרקים", להגיע לאיזון במידות, מה שנקרא שביל הזהב או דרך האמצע, בה צריך לברוח מקיצוניות אל האמצע של המידה.
ספרי לימוד קלאסיים הם לדוגמה "חובת הלבבות" לרבנו בחיי, "שערי תשובה" לרבנו יונה, "מסילת ישרים" לרמח"ל, "שמונה פרקים" לרמב"ם, "המספיק לעובדי ה'" של רבי אברהם בן הרמב"ם, מעלות המידות, קב הישר, ראשית חכמה, מכתב מאליהו של הרב אליהו דסלר ועוד. היו שסברו שעצם העיסוק בדברי תורה אף הלכתיים, מזכך את מידותיו של האדם בשל הסגולה שלהם.
תנ"ך ופרשת השבוע.
בחלק מן הישיבות מקצים זמן מסוים ללימוד המקרא, בדרך כלל לפי סדר פרשות השבוע השונות. בלימוד זה שמים דגש על לימוד הפשט עם פרשנים מסורתיים כמו רש"י ורמב"ן. באופן כללי הפרשנים המסורתיים מוגדרים כאלו הנמצאים בתוך המהדורות השונות של מקראות גדולות, בדגש על ראשונים. בישיבות אחרות לומדים את המקרא עם פרשנות מדרשית כמו מדרש רבה, ולעיתים אף עם פרשנות חסידית כגון הנועם אלימלך.
ניתן להכליל ולומר, שבישיבות של הציונות הדתית יש יותר מקום ללימודי התנ"ך השונים לעומת הישיבות של העולם החרדי (הן הליטאי והן הספרדי). בישיבות של הציונות הדתית מקובל ללמוד גם ספרי תנ"ך בלי קשר לקריאת התורה או ההפטרות, כגון לימוד של ספר שלם בתורה או בנביאים.
בהקשר הזה מעניינת המחלוקת שפרצה שם האם יש ללמוד "תנ"ך בגובה העיניים" או "תנ"ך בגובה השמיים". למחלוקת זו שתי פנים הקשורות זו בזו, אך שונות:
חסידות וקבלה.
בחלק מהישיבות לומדים גם לימודי חסידות שהם רעיונות רוחניים בהקשר תורני. תכנם דומה ומקביל לפעמים עם נושאי קבלה. ספרים פופולריים בעניין בישיבות ציוניות וחסידיות: "שפת אמת", "נתיבות שלום" או "צדקת הצדיק" של רבי צדוק מלובלין, נפש החיים, תניא, והשל"ה הקדוש. ובישיבות ליטאיות; למשל דרך ה' לרמח"ל. עיסוק בספרי קבלה ממש, כמעט ואינו קיים בישיבות.
בישיבות חב"ד מתקיימים שני "סדרים" המוקדשים ללימוד בתורת החסידות. הסדר הראשון קודם לתפילת שחרית, נמשך כשעה ומהווה הכנה לתפילה. הסדר השני נמשך בין שעה וחצי לשעתיים, בסוף היום. סדר זה עיוני יותר ולומדים בו מאמרים יסודיים או סוגיות בנושאי יסוד כמו אמונה, אחדות השם, תכלית בריאת האדם ושיטת החסידות מול החקירה והקבלה. בשני הסדרים נלמדים מאמרים של אדמו"רי חב"ד ו"תורות" של הבעל-שם-טוב והמגיד ממעזריץ'.
מחשבת ישראל.
בישיבות גבוהות של הציונות הדתית לומדים בנוסף ללימודים אלו גם לימודי מחשבת ישראל, הנקראים שם לימודי אמונה. נלמדים ספרי ראשונים, כמו ריה"ל, רמב"ם, המהר"ל מפראג ורבנו בחיי אבן פקודה; וכן הוגים מהמאות האחרונות, בפרט הראי"ה קוק והרב סולובייצ'יק.
סדר יום טיפוסי.
סדר היום שונה מישיבה לישיבה, ושונה בסוגים שונים של ישיבות.
סדר יום של ישיבה 'מסורתית' מן הטיפוס הליטאי: השכמה לתפילת שחרית, לימוד קצר של הלכה או פרשת השבוע, ארוחת בוקר, מקבץ (הקרוי 'סדר') ראשון של לימוד בחברותא ובסופו שיעור קבוצתי מפי הר"מ, ארוחת צהריים, מנוחת צהריים (כשעה-שעה וחצי), תפילת מנחה, מקבץ שני של לימוד בחברותא, תפילת ערבית, ארוחת ערב, מקבץ אחרון של לימוד בחברותא.
דפוס זה או דומה לו שכיח למדי גם בישיבות שאינן ליטאיות מובהקות. עם זאת, ככל שהישיבה מאפשרת (או מעודדת) לימודים מתחומים שונים (מחוץ לתלמוד והלכה), כך גדלות גם כמויות השיעורים המועברים במוסד והבאים על חשבון זמן ה'סדר'. לדוגמה, בישיבה בה לומדים תנ"ך ומחשבת ישראל (כגון ישיבת הסדר או שילוב) יוכנסו שיעורים מתחומים אלו לתוך סדר היום, ובמכינה קדם צבאית ששמה דגש על הכנה פיזית לשירות הצבאי יהיו בלוח הזמנים השבועי גם ניווטים וכושר גופני.
הנהגות רווחות בעולם הישיבות.
ברוב עולם הישיבות כיום, בעיקר הליטאי, רווחת השיטה לאפשר לבחורים חופשיות כמעט מלאה, מה שמכונה "ישיבה ללא משטר". אמנם, ישנן ישיבות שקיים בהן משטר אך רמתו של ה"משטר" משתנה מישיבה לישיבה.
מקובל להעמיד בשתי הקצוות את ישיבת חברון מחד, עם חופשיות מלאה ואת ישיבת אור ישראל מאידך עם משטר חזק, הכולל חובת תפילה בישיבה דיווח על יציאות, בדומה למצב הרווח בישיבות הקטנות.
גם בישיבות שאינם בעלות משטר קיימות מספר הגבלות מרכזיות הרווחות ברובם. בין ההגבלות ניתן למנות את הדברים הבאים:
הנהגה זו בישיבות הליטאיות, נובעת ממסורת ארוכת שנים, הגורסת כי על הבחור לשבת בישיבה וללמוד ללא טרדות את מספר השנים הרב ביותר האפשרי. כך גם סברו הרב שך והמשגיח רבי יחזקאל לווינשטיין. אמנם, רבים מגדולי הדור בדורנו, ובראשם הרב שטיינמן והרב חיים קנייבסקי, סברו אחרת. הרב שטיינמן אף התבטא כי הרב יחזקאל לווינשטיין לא ידע מה עובר על בחורים בהתבטאות חריגה נוספת טען, כי "על פי הרוב כוונתם של ראשי הישיבות בעיקר משום שדואגים לישיבתם שלא יתחתנו צעירים ואז יהיה להם ישיבה קטנה" ר' חיים קניבסקי אף חיתן את נכדיו בגיל 18.
לפי הרב שטיינמן, אין חובה להתחתן מוקדם, אך יש לאפשר זאת לבחורים המעוניינים בכך. כך אכן הנהיג בישיבותיו אורחות תורה ותורה בתפארתה
אפיסטמולוגיה
ישראל קסטנר
ד"ר ישראל רודולף (רֶזֶ'ה) קַסְטְנֶר (בהונגרית: Kasztner Rezső; אפריל 1906 – 15 במרץ 1957) היה משפטן, עיתונאי ופעיל פוליטי. בזמן השואה היה חבר ועד העזרה וההצלה בבודפשט שארגן פעולות הצלה שונות, בהן "רכבת קסטנר". הוא נרצח בידי מתנקשים בתל אביב, לאחר שנטען ששיתף פעולה עם הנאצים.
בשנת 1952 פרסם העיתונאי הירושלמי מלכיאל גרינוולד, כתבה שבה האשים את קסטנר כי שיתף פעולה עם השלטון הנאצי במלחמת העולם השנייה. היועץ המשפטי לממשלה, חיים כהן, הגיש כתב אישום נגד גרינוולד בגין הוצאת דיבה. משפטו של גרינוולד, שעורר עניין ציבורי רב, הפך לבירור רחב יריעה של שואת יהודי הונגריה ופעילותו של קסטנר במהלכה, ונודע כ"משפט קסטנר". בצד הנתבע עמדו עורכי הדין שמואל תמיר דב לוין דן פון ויזל ושרגא בירן. בצד התובע עמד הפרקליט אמנון תל. ביוני 1955 זיכה בית המשפט המחוזי את גרינוולד מרוב ההאשמות, והשופט בנימין הלוי כתב בפסק דינו כי "קסטנר מכר את נפשו לשטן". בעקבות המשפט נרצח קסטנר בתל אביב.
המדינה ערערה על פסק בית המשפט המחוזי, ופסק הדין של בית המשפט העליון, שניתן לאחר הרצח, קבע ברוב דעות כי קסטנר לא שיתף פעולה עם הנאצים ולא היה מעורב ברצח בעקיפין של יהודי הונגריה ובשותפות גזל עם הנאצים. עם זאת, השופטים הסכימו פה אחד ש"קסטנר הציל באמצעות שקר ביודעין ובאורח פלילי" את פושע המלחמה הנאצי קורט בכר מעונש המוות שציפה לו בנירנברג. השופט שמעון אגרנט כתב בפסק דינו כי "את קסטנר תשפוט ההיסטוריה ולא בית המשפט".
ביוגרפיה.
ראשית דרכו.
קסטנר נולד בשנת 1906 בעיר קלוז' (קלויזנבורג) שבחבל טרנסילבניה, בעת שהחבל היה חלק מהאימפריה האוסטרו-הונגרית, למשפחה יהודית דתית אמידה, אחד משלושת ילדיהם של הלנה ויצחק. אמו ניהלה את החנות המשפחתית. הוא נשלח לגימנסיה, ובסיום לימודיו ידע לדבר בשבע שפות. בגיל 15 הצטרף לתנועת נוער ציונית ובהמשך היה רכז התנועה בעירו. קסטנר לא התקבל ללימודי משפטים באוניברסיטה, עקב נומרוס קלאוזוס. מאוחר יותר התקבל לבית הספר למשפטים בעירו וסיים בתואר דוקטור למשפטים.