קרע נוסף שהתרחש בכנסייה הוא מאבק האיקונוקלאזם, שראשיתו בכך שקיסר האימפריה הביזנטית לאו השלישי כפה על פטריארך קונסטנטינופוליס לקבוע, כי כיבוד איקונין הוא אסור, שכן הוא עבירה על הדיבר השני: "לא תעשה לך כל פסל וכל תמונה" וגו'. אף על פי שרבים מתושבי הקיסרות קיבלו על עצמם הכרעה זו, רבים אחרים סירבו לעשות כן והמשיכו במנהגי כיבוד האיקונין. בנוסף לכך, הקהילה הנוצרית המערבית סירבה לקבל קביעה זו והכריזה על קרע עם הקיסרות, אשר נפתר רק עם ניצחונם של מכבדי האיקונין אשר קובע באמצעות ועידת ניקיאה השנייה.
הפילוג הגדול.
החל מתקופה מסוימת, החל צל של פילוג בין המזרח למערב לרחף מעל לנצרות. הסיבות לכך היו הן תאולוגיות – הכנסייה האורתודוקסית טענה כי הקתולים סילפו את הקרדו על ידי הוספת פסוקית ומהבן (filioque), במאה ה-9, והן פוליטיות – הקתולים טענו כי לבישוף של רומא, הלא הוא האפיפיור, עליונות על שאר הפטריארכים, ולכך ההייררכים האורתודוקסים לא הסכימו. על חילוקי דעות אלה נוספו הבדלי מנהג, לשון ותרבות ועלבונות מן העבר – למשל, בוועידת קוויניסקסט הקהילה המזרחית ניסתה לכפות את מנהגיה על הקהילה המערבית. המתח בין המזרח למערב הגיעו לשיאו בשנת 870, כאשר הקהילה המזרחית והמערבית כמעט ונפרדו שנית מהסיבות הנזכרות לעיל במהלך ועידת קונסנטינופוליס הרביעית, שהעילה המיידית לכינוסה הייתה ויכוח על כס פטריארך קונסטנטינופוליס.
בשנת 1054 הכנסייה התפצלה סופית לכנסייה הקתולית ולכנסייה האורתודוקסית, כאשר שליחי האפיפיור לקונסטנטינופוליס גינו כמה ממנהגי האורתודוקסית והכריזו עליהם אנאתמה (חרם חמור), ופטריארך קונסטנטינופוליס הכריז בתגובה אנאתמה על האפיפיור וכל תומכיו (במילים אחרות, על כל הנצרות המערבית). משנה זו, הקהילה הקתולית נחשבת לקהילה נפרדת בתוך הנצרות. ניסיונות לאחות את הקרע לא צלחו, ולאחר מסע הצלב הרביעי (1204), שבו הצלבנים הקתולים בזזו את קונסטנטינופוליס ופירקו את הקיסרות הביזנטית, הדבר הפך לבלתי-אפשרי למעשה.
מאבק האינווסטיטורה.
עד למאה ה-11 השלטון החילוני היה למעשה עליון על הכנסייה: השלטונות החילוניים היו אלה שמינו את הבישופים בארצותיהם, ופעמים רבות הם העניקו את התפקידים היוקרתיים (מחוז כנסייתי היה מקור נאה להכנסות באותם ימים) למרבה במחיר. המצב הזה זכה לתמיכת הכנסייה (בדמות האפיפיור) משום שגם האפיפיורים מונו על ידי קיסר הקיסרות הרומית הקדושה והיו לכן תלויים בו. באמצע המאה ה-11 הכנסייה החליטה לשנות מצב זה, שהיה לרעתה. קבוצה של בכירים כנסייתיים ניצלה את העובדה שעל כס הקיסרות עלה הינוקא היינריך הרביעי, ובשנת 1059 כינסה כנס כנסייתי שבו נקבע כי האפיפיור לא ימונה על ידי הקיסר, אלא ייבחר על ידי מועצת החשמנים (וכך הדבר קורה עד עצם היום הזה). בכך האפיפיורות יצאה משליטת הקיסר, והכנסייה הייתה מוכנה להטות את מאזן הכוחות לטובתה.
האפיפיורות נכנסה לעימות גלוי עם הקיסרות בשנת 1075, בימיו של האפיפיור גרגוריוס השביעי. האפיפיור קבע בבולה Dictatus Papae, שמכיוון שהכנסייה נוסדה על ידי האל ומקור סמכותה ממנו, לה הסמכות הבלעדית על הכמורה (ובכלל זה מינוי והדחה של כמרים), וחיזק את הכרזתו בכך שהדיח כמה כמרים גרמניים. כיוון שהכרזה זו נטלה מהקיסר הן סמכות מרכזית והן מקור להכנסות, היינריך הרביעי יצא חוצץ נגדה ונגד יוזמה, ואף כינס בוורמס כנס כנסייתי להדחת האפיפיור. גרגוריוס הגיב לכך על ידי החרמתו של היינריך, הדחתו מכס הקיסרות, וחשוב מכל – ביטול נדרי הנאמנות של הוואסאלים שלו כלפיו. אלה האחרונים עטו על ההזדמנות לצבור עושר ועוצמה והתמרדו; היינריך הרביעי, שבעיניו דיכוי התקוממות רבתי זו היה חשוב יותר, נכנע לדרישת האפיפיור והשפיל את עצמו מולו בעיירה האיטלקית קנוסה. רק לאחר כניעה זו האפיפיור ביטל את החרם, אך הדבר היה רק הפוגה קצרה והמשבר התלקח מחדש כעבור זמן קצר.
מאבק האינווסטיטורה נמשך כמה עשורים נוספים על-פי אסטרטגיה דומה (האפיפיור נלחם מול קיסר סורר על ידי ניסיון לעורר מרד בגרמניה), והגיע לסיומו עם חתימת הסכם וורמס ב-23 בספטמבר 1122. לפי הסכם זה, האפיפיור מינה את הבישופים לבדו (אף שלקיסר הייתה יכולת השפעה לא-פורמלית על המינוי), ורק לאחר מכן הם נשבעו אמונים לקיסר כוואסאלים שלו, לשם השלמת ההליך הפורמלי בלבד.
גלות אביניון והפילוג המערבי.
בשלהי המאה ה-13 ובתחילת המאה ה-14, התפתחה מחלוקת חדשה בין האפיפיורות לשלטונות החילוניים, האפיפיור בוניפקיוס השמיני ופיליפ הרביעי מלך צרפת. פיליפ רצה להטיל מס על רכוש כנסייתי וטען כי לשלטונות החילוניים ישנה סמכות על ההייררכים הכנסייתיים השוכנים בתחומם; בוניפקיוס, מנגד, טען בעקבות גרגוריוס השביעי, כי הכנסייה והאפיפיור עליונים על כל המלכים באשר הם. המאבק הגיע לשיאו בשנת 1303, שבה פיליפ האשים את האפיפיור בכפירה (זה האחרון תכנן בתגובה לכך להדיח את כל הכמורה הצרפתית) ומשלחת של חיילים צרפתים עצרה אותו בסיוע יריביו הפוליטיים; אף שהאפיפיור שוחרר כעבור ימים מספר על ידי האוכלוסייה המקומית, הדבר היווה מכה קשה הן לו באופן אישי והן למוסד האפיפיורות כולו.
הקרע המערבי.
בין השנים 1378–1417 סערה הכנסייה הרומית-קתולית, לא סביב סוגיות תאולוגיות אלא על רקע פוליטי, סערה זו הובילה לקרע בכנסייה ולפילוג שנמשך 40 שנה. הפילוג נבע משובו המוקדם של כס האפיפיור מאביניון לרומא בימי האפיפיור גרגוריוס האחד עשר בשנת 1378, חזרה ששמה קץ לאפיפיוריות אביניון (העיר אליה הועבר מושב האפיפיור על ידי האפיפיור קלמנס החמישי בשנת 1309), אחרי מותו של גרגוריוס באותה השנה, התחוללו מהומות ברומא שכוונתן הייתה להבטיח כי יבחר אפיפיור איטלקי. הקרדינלים שחששו מזעם ההמון בחרו באורבנוס השישי, אורבנוס התגלה כעריץ ונוטה להתקפי זעם, לאחר שראו מה עלה מבחירתם התחרטו הקרדינלים ובחרו אפיפיור נוסף קלמנס השביעי. קיומם של שני אפיפיורים מתחרים יצרו סערה בכנסייה, בעבר כבר היו מקרים של שני אפיפיור, אך מעולם לא מונו שניים בידי בחירי הכנסייה האמונים על תהליך בחירת האפיפיור. עתה נאלצו המנהיגים השונים של מדינות אירופה לבחור באחד הצדדים הניצים ולדחות את המתחרה. צרפת, אראגון, דוכסות בורגונדיה, קסטיליה ולאון, דוכסות סבויה, נאפולי וסקוטלנד בחרו להזדהות עם קלמנס שקבע את מושבו באביניון. אנגליה, צפון איטליה, סקנדינביה, הונגריה, אירלנד, פולין ומרכז אירופה הנמצא תחת שלטון הקיסרות הרומית הקדושה תמכו באורבנוס אשר ברומא. הקרע היה עמוק כל כך והטיעונים הפוליטיים עמוקים כל כך עד שאפילו קדושי הכנסייה נאלצו לבחור צד להזדהות עמו. המחלוקת העמיקה במועצת פיזה שהתכנסה בשנת 1409 במטרה לפתור את המחלוקות, אך הדיונים בה הובילו רק לידי בחירת אפיפיור שלישי והעמקת המחלוקת.
הקרע הגיע לידי סיום בועידת קונסטנץ שהתכנסה בשנת 1417, הוועידה הדיחה את יוחנן העשרים ושלושה ואת בנדיקטוס השלושה עשר וקיבלה את התפטרותו של גרגוריוס השנים עשר (שהתפטר שנתיים קודם לכן) ומינתה אפיפיור חדש ומוסכם, מרינוס החמישי. האפיפיורים היושבים ברומא הוכרו כאפיפיורים הלגיטימיים והוכרז כי מעתה והלאה אין לאף מועצה כוח מעל האפיפיור המכהן וכי רק האפיפיור עצמו יכול לסיים את תפקידו.
הרפורמציה.
במאות ה-15 וה-16 החלו להישמע באירופה יותר ויותר קולות הן כנגד כמה מסורות נוצריות (ובראשן עליונות האפיפיור) והן – ובעיקר – כנגד הסתאבות הממסד הכנסייתי, אשר הגיעה לשיאה עם מכירת כתבי מחילה על חטאים (אינדולגנציות). קולות אלה הפכו לתנועת הרפורמציה, אשר סחפה את כל אירופה וייסדה את צורותיה השונות של הנצרות הפרוטסטנטית. כנגד זאת, פתחה הכנסייה הקתולית ברפורמציה הנגדית (או קונטרה-רפורמציה) אשר התבטאה בחידוד דוקטרינלי שנעשה בוועידת טרנטו, הידוק פיקוח האינקוויזיציה והקמת המסדר הישועי, אשר הוקם כדי להגן על האמונה הקתולית. השלכה נוספת של חלוקת אירופה בין הקתולים לפרוטסטנטים הייתה מלחמות דת ארוכות ועקובות מדם, אשר הגיעו לשיאן – וגם לקיצן – עם מלחמת שלושים השנים, שבסופה הושג הסכם פשרה, שעיקרו "השליט במקום יקבע את דת המקום".
המאה ה-17 עד ימינו.
ועידת הוותיקן הראשונה.
עם עלותו של האפיפיור פיוס התשיעי ניעורו תקוות לליברליזציה בכנסייה. ואולם, פיוס, שאכן החל את דרכו כאפיפיור ליברלי, התאכזב מדרך זו ונעשה למוביל הקו השמרני. קו זה בא לידי ביטוי בשנת 1864 באנציקליקה המכונה "קוואנטה קורה" הקובעת פסלותן של אידאולוגיות מודרניות וקורא למאמיני הכנסייה להתגונן מפניהן. ידוע במיוחד "סילבוס הטעויות", שהופיע כנספח לקוואנטה קורה, ובו מנויות הדוקטרינות הפסולות מבחינת הכנסייה.
ביטוי נוסף לקו השמרני והתקיף של פיוס בא לידי ביטוי בוועידת הוותיקן הראשונה, שזומנה ב-1869, כונסה ב-1870 וארכה כמה שנים. בוועידה זו אימצה הכנסייה את הדוגמה (dogma) בדבר האלטעות של האפיפיור, לפיה האפיפיור איננו טועה כאשר הוא מורה מכסאו (ex cathedra) בענייני אמונה ומוסר באופן המחייב את כלל הכנסייה.
ועידת הוותיקן השנייה.