לאחר מספר פגישות ראשוניות לצורך העלאת רעיונות, הכותבים החלו לשלב בפרקים של העונה השנייה רמיזות לקיומו של הדומיניון. הכוונה הייתה להגביר בהדרגה את המודעות של הקהל לקיום ישות מדינית גדולה ונרחבת הפועלת מאחורי אירועים תמימים לכאורה המתרחשים ברביע גמא. הדומיניון והשיטות שלו נחשפים בשלושה פרקים בעונה זו.
הפרק "Rules of Acquisition" הוא הפרק שבו הדומיניון מוזכרים לראשונה. בפרק זה, הפרנגי קווארק מגלה כי ברביע גמא קיים גוף חזק, המאגד תרבויות רבות, אשר ייתכן ועשוי להיות מעוניין לכונן יחסי מסחר. דיאלוג אחד בפרק, שנראה חסר כל חשיבות בהקשר של פרק קליל זה, תוכנן ליצור שינוי משמעותי בדינמיקה של ".
בעוד גזעים מרביע אלפא מתחילים ליישב כוכבי לכת ברביע גמא, ונוכחותם הופכת לידועה, דיווחים מטרידים מצביעים על כך שמה שהדומיניון אינם יכולים להשיג באמצעות מסחר - הם תופסים בכוח. דיווחים אלו מקבלים תוקף בפרק ""Sanctuary", כאשר צי גדול של ספינות חלל סקריאניות ("Skrreea") מופיעות ברביע אלפא, בחיפוש אחר כוכב בית חדש, לאחר כיבוש כוכב הבית המקורי שלהם על ידי כוחות הדומיניון. המפיק מייקל פילר ציין כי העלילה עוררה ויכוח בעולם האמיתי, סביב הצעת חוק 187 במדינת קליפורניה, הנוגעת לזכויותיהם של שוהים בלתי חוקיים.
בפרק הסיום של העונה השנייה, "Jem'Hadar", מתיר לעצמו התסריטאי רוברט יואיט וולף להפתיע את הקהל, ולאתגר את דעותיהם בנוגע לבטיחות של הפדרציה וצי הכוכבים, כאשר ה-"אודיסיאה" ("Odyssey"), ספינת חלל מדגם "גלקסיה"" ("Galaxy") - דגם דומה לזה של האנטרפרייז-D של "", מובסת בקרב ומושמדת. הדומיניון מתגלה להיות אימפריה אכזרית, המשתמשת בשיטות של "מקל וגזר" על מנת לשלוט באחרים, עם שלושה גזעים שונים המבצעים תפקידים מכריעים. הג'מהדאר - פלוגות המחץ של הדומיניון - לוכדים את קומנדר סיסקו, קווארק וחייזרית טלקינטית בשם אריס, אשר מתגלה להיות סוכנת כפולה, המשתייכת לגזע הוורטה - הנושאים-ונותנים והאדמיניסטרטורים של הדומיניון. הג'מהדאר שולחים נציג אל תחנת החלל חלל עמוק 9 עם הודעה כי חדירות נוספות לחלל הדומיניון תהיינה בלתי-נסבלות, וכן למסור לידי מייג'ור קירה רשימה של מושבות וספינות חלל אשר הושמדו בגין הסגת גבול. הפדרציה משגרת צוות חילוץ, על מנת להשיב את סיסקו לתחנה, אולם לאחר חילוצו, בזמן נסיגת הכוחות אל רביע אלפא, ספינת ג'מהאדר מבצעת מהלך קמיקזי, מתרסקת אל תוך ה-""אודיסיאה"", וכתוצאה מכך - שתי הספינות נהרסות כליל.
עונה 3: היכרות עם המייסדים.
עם סיומה של ", מספר מכותביה, בהם רונלד ד. מור, החלו לכתוב באופן קבוע עבור ", שהחלה את עונתה השלישית. רוברט יואיט וולף הצטרף אל איירה סטיבן בהר בכתיבת תסריטי הפרקים המפתחים את קו העלילה של הדומיניון, החל מ-""The Search", פרק הפתיחה הכפול של עונה 3. בהר הפך למפיק מלא בסביבות אמצע העונה, לאחר עזיבתו של מייקל פילר.
בפרק הכפול הפותח את העונה, "The Search"", קומנדר סיסקו חוזר ממטה צי הכוכבים שעל כדור הארץ אל תחנת החלל חלל עמוק 9, על סיפון אבטיפוס של ספינת חלל מדגם "דיפאיינט", ששמה: ה"דיפאיינט". היה צורך לשכנע את המפיק ריק ברמן ששילובה של הדיפאיינט בסדרה זו לא תסיח את דעתם של הצופים מוויאג'ר - ספינת החלל המרכזית של הפקת "מסע בין כוכבים" האחרונה (דאז) - "". החלטה התקבלה בהתבסס על כך שנדרשה ספינת חלל על מנת שיתאפשר לספר מגוון סיפורים שמתרחשים מחוץ לתחנת החלל חלל עמוק 9, ושספינה זו תהיה בעלת פוטנציאל להתנגד לג'מהדאר, אשר כבר הדגימו את יכולותיהם להשמיד ספינות חלל גדולות. על פי סקר דעת קהל, צופים גברים צעירים קיוו לעוד פרקים מכווני-פעולה, עם סכנות גדולות יותר.
פרקי עונה 3 העוסקים בדומיניון מתמקדים בעיקר בקשר שבין אודו לבין בני-עמו, והעמדות הסותרות שלהם כלפי צורות חיים תבונתיות "מוצקות". הדיפאיינט נכנסת אל רביע גמא בשליחות שלום, לאיתור המייסדים בפרק "The Search", בו נחשף כי המייסדים הם מאותו הגזע כמו אודו. למרות התשוקה הבוערת בו לשוב אל ביתו ("הקשר הגדול"), הוא מוצא את הפילוסופיה של בני-עמו - זה שאתה שולט בו לא יכול לפגוע בך - מתועבת, ומבקש מהם לאפשר לו לחזור לרביע אלפא. המייסדים, המיוצגים על ידי דמות המזוהה רק כ-"משתנה נקבה", נענית לבקשתו, בתקווה כי בסופו של דבר הוא ישוב אליהם.
היבט נוסף של הדומיניון שזוכה לחשיפה נרחבת יותר בעונה 3 הוא הג'מהדאר. בפרק ""The Abandoned", תינוק-ג'מהדאר נמצא לבדו, והוא מתבגר תחת השגחתו והנחייתו של אודו. הצוות של תחנת החלל חלל עמוק 9 עדים לקשיים של הג'מהדאר בהסתגלות לחיים בחברה בעלת חוקים שונים מאלו של תרבותו המולדת. אייברי ברוקס, במאי פרק זה, הדגיש סיפור זה כמטפורה על בני-נוער אפרו-אמריקאים של המאה ה-20, ועל הקשיים שלהם עם התמכרויות ואלימות, השילוב שלהם בחברה האמריקאית והדרך שבה אופן הגידול שלהם עשוי לתרום לבעיות אלו. ברוקס הבטיח כי אודו ממשיך לתמוך בהתבגרות הג'מהדאר, אף על פי שהנסיגה של החייזר אל התבנית שאליה הדומיניון ייעד אותו, כפרשנות על איך החברה המודרנית צריכה לפעול עם צעירים.
הפרק "Improbable Cause" והמשכו "The Die is Cast"" מתארים הרפתקאה הנוגעת בחיפוש אחר מקום הימצאו הסודי של כוכב הבית של המייסדים. לאחר המפגש הראשון עם המייסדים, "מסדר האובסידיאן" - גוף מודיעיני חשאי קרדאסי - כרת ברית לשיתוף פעולה עם "טאל שיאר", מקביליהם הרומולאנים, ויחד הם פתחו במתקפת-מנע סודית שמטרתה להשמיד את כוכב הבית של המייסדים, בתקווה כי המייסדים ימותו ויתר הדומיניון יקרסו. הדומניון מצליח לפתות את צי מסדר אובסידיאן ואת צי הטאל שיאר אל תוך מלכודת, ומשמיד את שני הגופים. אווירה של חשדנות מתבססת בין מעצמות רביע אלפא, כתוצאה מיכולתם של המשתנים להחליף זהויות ולהתחזות לאחרים; יכולת אשר מהווה את הבסיס לעלילות בעונה הרביעית.
פרק סיום העונה השלישית אשר התגבש היה שונה באופן משמעותי מהחזון הרעיוני של צוות ההפקה. סרטי פרמאונט התנגדו לרעיון כי העונה תסתיים בקליף האנגר, אשר יחשוף נוכחתו של משתנה על כדור הארץ. על מנת להמשיך את מוטיב הפרנויה אודות משתנים והדומיניון, התסריט הראשוני של הפרק ""The Adversary" היה מיועד לבסס סיפור אודות מצוד אחר מייסד על סיפון הדיפאיינט, המשלב אלמנטים נרטיביים אשר בתחילה התכוונו לעשות בהם שימוש רק במהלך עונה 4. הפרק, בגרסתו הסופית, מציג עלילה מצומצמת יותר מבחינת זירות ההתרחשות שלה תוך שימוש בתפאורות קיימות, ובכך מפחית את עלויות ההפקה.
עונה 4: הסתננות המייסדים וערעור היציבות הפוליטית.
ריק ברמן, רוברט יואיט וולף ואייר סטיבן בהר התכוונו במקור לפתוח את העונה הרביעית עם פרק כפול, סיפור אשר נדחה מסוף העונה השלישית, שבסופו של דבר הפך לפרק "Homefront" ולהמשכו "Paradise Lost". סרטי פרמאונט קבעו כי על הכותבים למצוא פתיחה אחרת לעונה, אשר תספק את הקהל, אבל בלי לתת הוראות ספציפיות. צוות ההפקה החליט להתחיל קו עלילה המבוסס על החשדות ההדדיים בין הפדרציה לבין האימפריה הקלינגונית, אשר לבסוף הובילו לסכסוך בין בעלות הברית לשעבר, אשר נוצר בהשראת קו עלילה מהפרק "The Die is Cast"" מהעונה השלישית. עם הציפייה כי הקלינגונים ישובו בפרקים עתידיים,ריק ברמן הציע להשיב מ-" את דמותו של הקלינגון וורף כקצין קבע על סיפון תחנת החלל חלל עמוק 9. בעוד שהן העלילה והן הדמות החדשה פתחו אפשרויות מעניינות, המפיקים הרגישו שהחזון שלהם עבור " סטה ממסלולו למשך כמעט שנה.
העונה הרביעית מתחילה עם הפרק הכפול ""The Way of the Warrior", המציינת את הגעתו של וורף. פרק זה הוא אחד ממספר פרקים בעונה זו, אשר חוקרים נושאים של חשש ופרנויה ואת ההשפעה שלהם על חברות ומערכות יחסים. השיא של פרקים אלו בפרקים "Homefront" ו-"Paradise Lost". לאחר אירועי הפרק "The Die is Cast"", הפחד ממשתנים מסתננים מוביל את הקלינגונים לחשוד במעורבות הדומיניון בממשלה האזרחית החדשה של קרדאסיה. סירובם לסיים את הפלישה, גם לאחר שמעורבות הדומיניון כבר הופרכה, מביאה לכדי עימות צבאי והתמוטטות דיפלומטית-מדינית, ומובילה את הקלינגונים לנסות ולכבוש את "חלל עמוק 9". נדמה כי תוצאות אירועים אלו מקדמות את מטרותיהם של המייסדים - לערער את היציבות של רביע אלפא, כהקדמה לפלישה שלהם.
בפרק "Hippocratic Oath", ד"ר באשיר וצ'יף או'בריאן מתווכחים ביניהם אם לרפא קבוצת חיילי ג'מהדאר מההתמכרות שלהם לסם "קטרסל לבן", בתקווה כי לאחר מכן הם ימרדו בדומיניון. הפרק מעלה שאלות מוסריות אודות זהותו של האויב האמיתי, הגבולות של החובה לציית לפקודות והאם חיילים אחראים לפעולות של מנהיגיהם. הפרק ""To the Death" מעמיק את העיסוק בנושאים של חובות ונאמנויות החייל, וכן מעמת את כללי המשמעת השונים שעל פיהם נוהגים קציני צי הכוכבים/חיילי הג'מהדאר. בנוסף, הפרק מציג את נציג הוורטה ואיון, אשר הופך לדמות הוורטה הבולטת ביותר למשך יתר פרקי הסדרה.