באמצע המאה ה-11 שושלת אל-מוראביטון השתלטה על מרוקו ואל-אנדלוס. ימי שלטונה של שושלת אל-מוראביטון היו תקופה של ביטחון יחסי עבור היהודים שנמשכה עד אמצע המאה ה-12. מספר יהודים מונו לתפקיד של וזיר, מספר רופאים יהודים עבדו בחצר המלוכה, ומשוררים ואנשי רוח יהודים רבים פעלו בתקופתם. כשהיה צורך להרחיב את גודלו של מסגד קרוויין המפורסם בעיר פאס הבתים היהודים ששכנו קרוב אליו הופקעו, אך בעליהם קיבלו כנראה פיצוי הוגן עבור נכסיהם.
כחלק מהפריחה הרוחנית באזור, עלה מעמדם של יהודי צפון אפריקה בקרב התפוצה היהודית בעולם. על היהודים בפאס בתקופה זו כותב ההיסטוריון האנדלוסי המוסלמי אל-בכרי: . בשלהי התקופה חי בפאס החכם המשורר רבי יהודה אבן עבאס, מחברם של פיוטים רבים וביניהם הפיוט המפורסם עת שערי רצון להפתח.
לפי חלק מהדעות, רבי יצחק אלפאסי (המכונה: הרי"ף) חי ופעל בעיר ויסד בה ישיבה. הנחה זו נסמכת גם על פירוש השם "אלפאסי" בעברית: הפאסי - בן העיר פאס. אך דעות אחרות דוחות את ההנחה שהרי"ף חי ופעל בפאס, בעיקר בשל דבריו של אברהם אבן דאוד שמזכיר כי הרי"ף נולד ופעל בקלעא חמאד. ר"י מיגאש, תלמידו הגדול של הרי"ף, ביקר בעיר פאס ועמד בקשרים עם חכמיה, בתשובה לחכמי פאס הוא כותב:
עם זאת, לצד הביטחון היחסי שהיה ליהודים בתקופה זו, חלה גם התדרדרות הדרגתית במעמדו של המיעוט היהודי. במכתב של סוחר יהודי מהתקופה הוא כותב ששנאת יהודים נפוצה מאוד בעיר פאס. השליט יוסוף בן תאשפין הטיל על היהודים מס גדול לתשלום וכנראה גם החרים מרכושם. אותו שליט גם אסר על היהודים להתיישב בעיר מרקש שייסד אביו והורה שכל יהודי שייתפס בה בשעות הלילה יומת ורכוש משפחתו יילקח.
התעוררות משיחית בהובלת רבי משה דרעי.
בשנת 1125 לערך, קם חכם בשם רבי משה דרעי ועורר על בואו של המשיח. על תסיסה משיחית זו ועל מאורעות שבאו בעקבותיה מספר הרמב"ם באיגרת תימן: בגרסה המורחבת של האגרת מרחיב הרמב"ם על המאורע:
אל-מוואחידון (1145 - 1269).
תקופת המוראביטון השקטה יחסית באה לסיומה עם עליית שושלת אל-מוואחידון ששלטה במגרב ועל חלקים מספרד החל משנת 1145 ועד 1269. קבוצה מוסלמית קנאית זו שאפה להכניס מתחת לכנפי האסלאם את כל בני המיעוטים במגרב, ובעיקר את היהודים. דינם של מי שלא התאסלמו היה מוות ואילו גזר דינם של אלו שאכן התאסלמו היה אפליה כלכלית וחברתית, שכן הכנות של ההתאסלמות שלהם הוטלה בספק, ולכן הם המשיכו להיות נתונים לגזרות והגבלות. בשנת 1145 נכבשה פאס ואלפי יהודיה נהרגו במהלך הכיבוש, רבים הקריבו עצמם על קידוש השם. אחרים התאסלמו באמת או למראית עין בלבד, ויהודים רבים ברחו לארצות אחרות. בכתבי הגניזה הקהירית נמצא מכתב של סוחר יהודי בשם רבי שלמה הכהן מסיג'ילמסה שבמרוקו הכותב לאביו רבי יהודה הכהן מפוסטאט במצרים על מאורעות התקופה. הוא מתאר בין השאר על טבח של עשרות אלפי יהודים בערים תלמסאן, פאס ומרקש ועל התאסלמות השאר. בדבריו על פאס הוא כותב בהמשך מכתבו הוא מספר על יהודים עשירים ונכבדים מפאס שהיגרו למצרים חסרי כל.
רבי אברהם אבן עזרא כתב קינה מפורסמת בשם אהה ירד עלי ספרד על האירועים תחת שושלת אל-מוואחידון, בקינה זו הוא מציין את הקהילות היהודיות שנחרבו בספרד ובמגרב. על חורבנה של פאס הוא כותב: . בגרסה מורחבת של הקינה הקדיש האבן עזרא, או אולי משורר אחר, מספר שורות לקהילת פאס, כיאה להיותה מרכז תורה נכבד:
משפחת הרמב"ם בפאס.
בתקופת השמד (משנת 1159 ועד לשנת 1165) חיה בפאס משפחת הרמב"ם. אביו, רבי מיימון הדיין, כתב לבני העיר "אגרת הנחמה". הרמב"ם עצמו יצר בפאס את פירושו למשנה וכתב אף הוא אגרת לבני העיר בשם איגרת השמד, בה הוא מורה על ההתמודדות הראויה לדעתו עם גזרות אל-מוואחידון. לפי כמה מסורות, רבו של הרמב"ם בתקופה זו היה רבי יהודה הכהן אבן סוסאן, ראש החכמים התלמודיים בפאס שהיה בין אלו שבחרו למות על קידוש השם. לפי אותם מקורות, משפחת הרמב"ם עזבה את העיר בעקבות הריגתו של אבן סוסאן ב-1165. באותה התקופה פעל בפאס הפילוסוף רבי יוסף בן יהודה אבן עקנין, מידידיו הקרובים של הרמב"ם. חכם נוסף שפעל בפאס היה המתרגם והמשורר נחום מערבי, בין יתר עבודותיו מפורסם תרגומו לאגרת תימן שכתבה הרמב"ם.
השושלת המרינית (1269 - 1465).
כאשר עלה לשלטון אבו יוסף יעקוב (1269-1286), מייסד השושלת המרינית ששלטה עד 1465, בוטלו הגזירות שהוטלו על היהודים והקהילות היהודיות במגרב החלו להשתקם מהמאורעות שעברו עליהן. תחת השושלת המרינית היהודים נהנו מיחס משופר מצד השלטון, שראה בהם כמגשרים בינו לבין השושלות השולטות בספרד. היהודים גם לקחו חלק בסחר בזהב לאורך מדבר הסהרה. המרינים פיתחו רבות את מרוקו ובמיוחד את העיר פאס אותה קבעו כבירתם, ובתקופתם אף נהפכה לעיר הגדולה בעולם לתקופה קצרה, ובשגשוג זה לקחו חלק גם יהודים. בפאס פעל מתמטיקאי יהודי שנחשב לאחד מגדולי המתמטיקאים בזמנו, וכן מלומדים רבים נוספים. פאס חזרה למעמדה גם כמרכז דתי ואיטלקטואלי חשוב, וכך למשל הפילוסוף ופרשן המקרא הספרדי רבי יוסף אבן כספי כותב בספרו כי בחיפושיו אחר לימוד החכמה הפילוסופית הוא עבר בפאס (עשרה כלי כסף, ספר המוסר, עמ' 60), בהמשך הספר (עמ' 70) הוא כותב: .
מתקופה זו ידועים הרבנים רבי דוד בן זכרי שנפטר בשנת ה'מ"ז (1287) ורבי משה בן זכרי, שניהם החליפו מכתבים עם הרשב"א שהיה מגדולי התורה בספרד. במאה ה-14 חיו בפאס הרבנים: נסים בן מלכא - מחבר ספר קבלי בשם "צניף מלוכה", בנו רבי יהודה בן מלכא - מחבר פירושים על פרקי דרבי אליעזר וספר יצירה, רבי יוסף הכהן אבן סוסאן הדיין, מצאצאיו של רבי יהודה הכהן אבן סוסאן, רבי יהודה אלכרסאני מחבר הספר "ארון עדות", שנחשב לתלמידו של אבן סוסאן.
לאחר גזירות קנ"א (1391) הקהילה בפאס נודעה בחכמים ובבתי-דין מעולים. רבי שמעון בן צמח דוראן, שנחשב אחד מגדולי הפוסקים של תקופתו, כותב לחכמי פאס: . הוא מזכיר בכתביו חכם מפאס בשם רבי יצחק בן נחמיאש.
מאורעות טבח בשלהי התקופה המרינית.
עם היחלשות המרינים החלה התדרדרות במצבם של היהודים ובשנת 1437 התרחשו פרעות ביהודי פאס בעקבות התפרצות דתית בעיר. בעקבות הטבח בנה הסולטן המריני רובע מסוגר ליהודים באזור פאס אל-ג'דיד, המלאח של פאס , שהיה המלאח הראשון במרוקו. ההעברה למלאח הרעה את המצב מבחינה ביטחונית, במהלך המרד שהפיל את השושלת המרינית בשנת 1465 נערך טבח גדול ביהדות פאס. תחילה נערך טבח המוני בכלל יהודי פאס כך שמקהילה בת אלפי נפשות נותרו שורדים בודדים (6 נשים ו-5 גברים), ולאחר מכן הוצאו להורג הסולטן המריני והוזיר היהודי רב ההשפעה שלו. על פי עדות של סוחר מצרי בן התקופה, עבד אל-באסט, פרעות דומות נערכו באותה שנה כנגד יהודים ברחבי מרוקו.
השושלת הווטאסית (1472 - 1554).
לאחר גירוש ספרד.
עלייתה של השושלת הווטאסית (1472-1554) הסתמנה בשיקום הקהילות היהודיות. באותה תקופה התרחש גירוש ספרד (1492) וגירוש פורטוגל (1497) ובעקבותיו פקדו את מרוקו גלי של הגירה של יהודים מספרד. מסע ההגירה היה רווי תלאות, החל מהגיעם לנמל ועד להתכנסותם בפאס ובמקומות אחרים בצפון המדינה, בגיבוי מלא של המלך הווטאסי מוחמד א-שייח'.
רבי אברהם אדרוטיל, שהיה מהמגורשים שבאו למרוקו, מספר על מסע התלאות שעברו חלק מהמגורשים מעת שעגנו במרוקו עד להתיישבותם בפאס:
רבי אברהם מספר עוד כי בחודש תמוז ה'רנ"ג (1493) פרצה שרפה בפאס, ממנה ניצל רבי אברהם שהיה אז בן אחת עשרה. מיד לאחר השרפה פקד את העיר רעב ולאחריו מגפה. רבי חיים גאגין, יליד פאס שהיגר לספרד ושב למולדתו בעקבות הגירוש, מספר גם הוא על בצורת ומגפה בשנת ה'רנ"ד. הוא מספר כי רבים מהמגורשים לא עמדו בקשיים ושבו לקסטיליה כשהם נאלצים להמיר בה את דתם, לפחות למראית עין. לדבריו החלו קהילות בפאס להתבסס רק החל משנת ה'רנ"ח (1498). מאז והלאה בנו היהודים בתים יפים, ייסדו ישיבות שהתמלאו בתלמידים, ובתי כנסת שהצטיינו ביופיים, ובהם היו
בשנת 1516 אב ובנו, גולים מפורטוגל, ייסדו בפאס את בית הדפוס הראשון בצפון אפריקה. בית הדפוס לא האריך ימים ורק ספרים מעטים נדפסו בו.
תושבים ומגורשים.
בעקבות הגעתם של מגורשי ספרד ופורטוגל למרוקו נוצרו בקרב האוכלוסייה היהודית שתי קהילות: קהילות התושבים - אלה אשר התגוררו במשך דורות במרוקו, אליהם נוספו יהודים מסבילה וממקומות אחרים בספרד, וקהילות המגורשים - שהורכבו מיהודי קסטליה והיו הרוב של יהדות פאס, לפחות בשנים שלאחר הגירוש. התושבים דיברו בערבית והמגורשים דיבר בשפת החכיתיה במאות הראשנות לאחר הגירוש.
היו הבדלים בין שתי הקהילות גם במנהגים הדתיים: בנוסח התפילה - המגורשים התפללו בנוסח הספרדים והתושבים בנוסח צפון אפריקה. לעיתים פרצו מחלוקות בין התושבים והמגורשים, אולם אחת מן החריפות שבהן הייתה המחלוקת על היתר הנפיחה שאותו הנהיגו המגורשים. במחלוקת על הנפיחה נטל רבי חיים גאגין חלק משמעותי ומוביל מצדם של התושבים, וספרו "עץ חיים" משמש המקור היחיד המתעד ומתאר את הפולמוס לפרטי פרטים. המחלוקת התעוררה מפעם לפעם בשנים שלאחר גירוש ספרד (ה'ר"ס 1500–ה'רצ"ה 1535).
החל מגירוש ספרד יצרו רבני המגורשים בפאס, בשיתוף עם מנהיגי קהילותיהם, תקנות במגוון נושאים, תקנות אלו מכונות תקנות המגורשים. התקנות נהפכו במשך הזמן לקודקס ההלכתי של רובה של יהדות מרוקו והן גישרו בין המגורשים לתושבים.
רבנים בדור הראשון לאחר גירוש ספרד.