אבנרי המשיך לתבוע מהממשלה לחתור לשלום, במיוחד עם המצרים ועם הפלסטינים, תוך שלילת אש"ף ופת"ח. באפריל 1970 ביקר אבנרי בחריפות את ראש הממשלה גולדה מאיר, על שסירבה לבקשתו של יו"ר ההסתדרות הציונית העולמית לשעבר, נחום גולדמן, לאפשר לו להיענות להזמנתו של נשיא מצרים גמאל עבד אל נאצר להיפגש עמו בקהיר בניסיון להניע יוזמת שלום עם ישראל. אבנרי טען כי הממשלה והנצים בישראל עשו הכל כדי לפוצץ את פגישת גולדמן-נאצר, ולרצוח את היוזמה הזו, מאחר שהממשלה הכירה ברצינותה. עוד הטיח בכנסת כי חברי הממשלה רוצים רק בסיפוח ולא בשלום, וכי חשוב להם יותר השלום בין חברי הקואליציה מנחם בגין וגולדה מאיר, מאשר בין ישראל ומצרים. חודשיים לאחר מכן קרא לממשלה לאמץ את תוכנית רוג'רס השנייה לשלום בין ישראל ומצרים. כשבוע מכניסתה לתוקף של שביתת הנשק בין ישראל למצרים, בתום מלחמת ההתשה, כחלק מתוכנית רוג'רס, תבע מהממשלה שלא לנסות להיתלות בהזזת טילי נ"מ מצד המצרים כדי להכשיל את השיחות לשלום, שממילא לא רצתה ישראל להיכנס אליהן. לאחר שסאדאת העביר לשליח האו"ם, גונאר יארינג, ב-1971, מסמך בו פירט את תנאי השלום המצריים, קרא אבנרי לממשלה להיכנס למשא ומתן עם מצרים.
אבנרי המשיך להיאבק בכנסת למען הפרדת הדת מהמדינה ולמען הכרה ביהדות הרפורמית כעדה דתית בעלת זכויות מלאות, שגיוריה מוכרים באופן מלא בישראל, כמו גם למען הנהגת נישואין וגירושין אזרחיים בישראל וגיוס בני ישיבות ובנות דתיות לצה"ל. בנוסף ניסה לקדם הצעת חוק לביטול העונש על יחסים הומוסקסואליים מרצון בין בגירים (שעמד על עשר שנות מאסר) והאיסור על הפלות, הצעתו לביטול העונש על יחסים הומוסקסואליים מרצון בין בגירים נדחתה במליאה ברוב של 35 מול 15. כמו כן, ניסה להיאבק למען איכות הסביבה, בתבעו להקים משרד להגנה על הסביבה, שיוכל לעכב תהליכים ומעשים המביאים לידי פגיעה בסביבה, תוך דאגה לטוהר הים והאוויר, והגנה על בריאות הציבור. בנוסף היה שותף להפגנות, לתהלוכות השיבה ולתביעה להשיב את עקורי איקרית ובירעם לכפריהם.
במהלך חברותם בכנסת, התערערו יחסי החברות הוותיקים בין אבנרי לשלום כהן, בעיקר סביב שני נושאים – כהן האשים את אבנרי בניהול דיקטטורי וברצונו לרכז בידיו את כל הסמכויות בתנועה, בסיעה ובשבועון, ולהיות הפוסק האחרון בכל שאלה ושאלה, ואבנרי האשים את כהן בסירוב לקיים את הסכם הרוטציה אליו התחייב לפני הבחירות, ולפנות את מקומו בכנסת לטובת עוזרו הפרלמנטרי, מזכיר הסיעה והמועמד מס' 3 ברשימת "העולם הזה", עו"ד אמנון זכרוני. בתום מאבק במרכז התנועה, בו זכה אבנרי לתמיכה, ביטול מדורו של כהן בשבועון, סולחה קצרת מועד, והמשך המאבק ביניהם, החליט כהן לעזוב לבסוף את המפלגה ב-4 בינואר 1972 ולהקים סיעת יחיד. כמו גם להוציא באותה שנה ספר נגד אבנרי, מתוך מטרה "לחשוף את פרצופו האמיתי".
מר"י והפעילות החוץ-פרלמנטרית.
ב-3 ביולי 1973, במהלך כהונתה בכנסת השביעית, שינתה סיעתו של אבנרי את שמה למר"י (ראשי תיבות של מחנה רדיקלי ישראלי). לקראת הבחירות להסתדרות ב-1973 התאחדה מר"י עם "חזית השמאל", שהורכבה מאק"י של אסתר וילנסקה ופלג מחברי שי"ח תל אביב, מתוך כוונה לרוץ יחדיו גם בבחירות לכנסת השמינית, אולם הרשימה לא זכתה להישגים בבחירות להסתדרות, ולכן החליטו הצדדים לא להמשיך את ההתקשרות הזו גם בריצה לכנסת. מר"י רצה לבדה בבחירות לכנסת השמינית, אך לא הצליחה לעבור את אחוז החסימה, ואבנרי נותר מחוץ לכנסת.
מיד לאחר מלחמת יום הכיפורים, עדיין כחבר הכנסת השביעית, תבע אבנרי הקמת ועדת חקירה, שתחקור את המחדלים הביטחוניים והפוליטיים במלחמה, כמו כן תבע את פיטוריו של שר הביטחון משה דיין.
לאחר אי היבחרותו לכנסת, אייש אבנרי את מקומו כחבר בוועד הפועל של ההסתדרות מטעם סיעת מר"י, לצד חברו לסיעה יעקב ריפתין. הוא תבע לשנות את אופייה של ההסתדרות, ממוסד של עסקנים מקצועיים שמכהנים שנים רבות וללא הגבלה בהנהגתה, למוסד של נציגים ישירים של העובדים עצמם ממקומות העבודה, הוא תבע להפוך את ההסתדרות מגוף פסיבי, המשרת את רצונותיה של הממשלה, לגוף אקטיבי שיתעמת עם הממשלה ויישא את "החזון והמאבק לחברה חדשה", ינסח מדיניות שלום ומדיניות חברתית, ויילחם בממשלה כדי שזו תהפוך למדיניות הממשלה.
ב-1974 היה אבנרי שותף, לצד עמוס קינן, יוסי אמיתי, מתי פלד, יעקב ארנון, מאיר פעיל, דוד שחם, אליהו אלישר ואחרים להקמת "המועצה הישראלית לשלום ישראלי-פלסטיני", ששמה לה למטרה "להשפיע על ממשלת רבין" לנקוט יוזמות מדיניות מול הפלסטינים, על בסיס הכרה הדדית של ישראל באש"ף ובישות הפלסטינית, ושל אש"ף והפלסטינים בישראל, הקמת מדינה פלסטינית, לצד מדינת ישראל, ברצועת עזה ובגדה המערבית, עם שינויי גבולות שיוסכמו על שני הצדדים, הפיכת ירושלים המאוחדת לבירה משותפת של שתי המדינות, כשהמקומות הקדושים ינוהלו באורח אוטונומי, ופתרון בעיית הפליטים הפלסטינים בהשבתם למדינת פלסטין, וקליטת מספר מוסכם על הצדדים בישראל. באותה עת קיימו אבנרי וחלק מאנשי המועצה מגעים עם סעיד חמאמי ועיסאם סרטאווי, תוך יידוע ראש הממשלה יצחק רבין.
ב-1976 הגיש יחד עם עוד שמונה מחבריו למועצה תביעת דיבה נגד "ועד העדה הספרדית בירושלים" על שפרסם גילוי דעת נגדם בו נאמר שחברי המועצה הישראלית למען שלום ישראלי-פלסטיני הם אנטי-ציונים. בעדותו אמר אבנרי כי הוא רואה את המועצה כזרם העיקרי בציונות, וכממשיכת דרכם של הרצל, ארלוזורוב ובן-גוריון. אבנרי וחבריו זכו במשפט, וקיבלו פיצויים.
ב-19 במרץ 1974 הותקף ונפצע אבנרי על ידי אדם כבן 21 בעל הפרעה נפשית, שתקף אותו באגרופים כשבוע קודם לכן ברחוב, אך לא פצע אותו. לאחר שנתפס בניסיונו השני, לא הועמד לדין והועבר לאשפוז בבית חולים פסיכיאטרי.
ב-18 בדצמבר 1975 ערך בו שוב אותו אדם, אליהו גלילי, ניסיון התנקשות, כשדקר אותו באמצעות סכין בבטנו, בפניו, ברגלו ובחזהו. גלילי נתפס לאחר ניסיון ההתנקשות, ונשלח שוב לאשפוז כפוי בבית חולים פסיכיאטרי. אבנרי, שנפצע באורח בינוני, טען כי המשטרה ובית המשפט הסתירו את מניעיו ושולחיו האמיתיים של המתנקש שהגיע לדלת ביתו זאת אף על פי שהמתנקש טען בפניו שהוא עושה זאת מאחר שלדעתו אבנרי השתיל מכשיר האזנה בראשו. האדריכל נחום זולוטוב, ששהה באותה העת במשרדו שבבניין בו התגורר אבנרי ברחוב בן-יהודה, היה האדם שתפס את המתנקש. המבקר הראשון בבית החולים לאחר ניסיון ההתנקשות היה רחבעם זאבי ששכנע את אבנרי לשאת נשק שאותו נשא במשך כ-15 שנה.
אבנרי תקף באופן חריף את ניסיון ההתנחלות בסבסטיה, טען כי ניסיון זה מהווה התגרות גלויה בממשלה ובדמוקרטיה בישראל, ותבע מראש הממשלה שלא להסתפק בפינוי המתנחלים מהאזור, אלא גם למצות עמם את הדין הפלילי ולבלום ניסיונות עתידיים מסוג זה.
על אף נטייתו האנטי-ממסדית, כאשר נודע לאבנרי על פרשת חשבון הדולרים של יצחק רבין, הוא החליט שלא לפרסמה מחשש לפגיעה בשלטון השמאל בישראל ולעליית הליכוד. הוא פנה לרבין להזהירו שיסגור את החשבון. בסופו של דבר פורסמה הפרשה בעיתון "הארץ".
מחנה של"י.
לקראת הבחירות לכנסת התשיעית ב-1977, היו אבנרי וסיעתו שותפים, לצד הסוציאליסטים העצמאיים בראשות לובה אליאב, מוקד בראשות מאיר פעיל, פלג מהפנתרים השחורים בראשות סעדיה מרציאנו, ברית השמאל בראשות יעקב ריפתין, אנשי "המועצה הישראלית לשלום ישראלי-פלסטיני", ויחידים נוספים, להקמת מחנה של"י. אבנרי הוצב במקום השלישי ברשימת המפלגה לכנסת, וכיהן בכנסת התשיעית החל משנת 1979, אז החליף את לובה אליאב לפי הסכם רוטציה. נוסף על חברותו בכנסת, היה חבר גם בוועדת החינוך.
במהלך חברותו בכנסת התשיעית הצביע בעד הסכם השלום בין ישראל למצרים, ואמר כי תהליך זה, שכלל בתוכו הבטחה מצד ישראל לאוטונומיה לפלסטינים, יוביל להקמת מדינה פלסטינית שתחיה בשלום עם ישראל. הוא קרא לאש"ף להשתתף בהפיכת האוטונומיה לשלב בהקמת המדינה הפלסטינית, תוך כדי שאמר כי הוא מבין את הזעם של העם הפלסטיני על אי-שיתופו במשא ומתן ועל החרמת הנהגתו המוכרת.
הוא גינה בחריפות את המתקת עונשו של סגן דניאל פינטו, מי שעינה ורצח בחניקה ארבעה כפריים לבנוניים והשליך את גופותיהם לבאר מים במהלך "מבצע ליטני" הורשע ונגזרו עליו 8 שנות מאסר, ועונשו קוצר על ידי הרמטכ"ל רפאל איתן משמונה שנים לשנתיים בלבד. אבנרי וסיעתו טענו כי מעשה זה גורם לערעור קיומו של עיקרון "טוהר הנשק" בצה"ל ובקרב כוחות הביטחון האחרים, וכי במעשה זה יצר הרמטכ"ל סטנדרטים חדשים של מסמוס העונש המרתיע על פשעי מלחמה הכרוכים ברצח. בנוסף הגישו הצעת אי-אמון בממשלה על מעשה זה, כיוון שאף אחד מהממונים עליו בדרג האזרחי, חברי הממשלה, לא הגיב על המעשה. כמו כן, תבע אבנרי את פיטורי הרמטכ"ל, הן בשל המעשה עצמו, הן בשל הגרסה השקרית שנתן בריאיון לעיתונות בנוגע למעשיו האמיתיים של החייל, והן בשל כך שהפעיל את הצנזורה הצבאית כדי למנוע את פרסום מעשיו האמיתיים של החייל לציבור.
אבנרי התנגד ל"" שנחקק בכנסת התשיעית, בקריאה הראשונה תבע להסיר את הצעת החוק מעל לסדר היום, בהדגישו כי הוא בעד ירושלים כבירת ישראל, אבל לא בכל חלקיה, כיוון ש"הסטטוס קוו המדיני הנוכחי מוליך למלחמת נצח עם העולם בכלל, והעולם המוסלמי בפרט", ובקריאה הסופית תבע להגביל את הבירה לירושלים המערבית, תוך קביעת ניהול אוטונומי של המקומות הקדושים לשלוש הדתות במזרחה.
לקראת הבחירות לכנסת העשירית ב-1981 הוצב במקום ה-97 הסמלי ברשימת "מחנה של"י" לכנסת. המפלגה לא עברה את אחוז החסימה.