הפרומתאוס נוחתת ליד מבנה מלאכותי וגדול, שאותו הצוות חוקר. בפנים הם מוצאים מספר רב של מוטות אבן, מונולית עצום ממדים בצורת ראש אנושי, וגופת חייזר גדול כרות ראש, אותו הם חושבים למהנדס. בנוסף, הם מוצאים גופות נוספות, ומסיקים מכך שהגזע החייזרי נכחד. דייוויד לוקח מוט אבן בחשאי, בעוד נוזל אורגני שחור מתחיל לנזול משאר המוטות. אותו נוזל מתחבר לצורות החיים הזוחלות על פני הקרקע. סערה מתקרבת מאלצת את חברי הצוות לחזור לספינה ביחד עם הראש הכרות, ומילבורן ופייפילד נותרים מאחור במבנה. בספינה, ה-DNA של המהנדס נמצא תואם לזה של בני האדם. לאחר בדיקה שעוררה את מערכת העצבים של הראש, הוא מתפוצץ. בינתיים, דייוויד חוקר את מוט האבן ומגלה כי הוא בעצם מתקן לאכסון מבחנות המכילות את הנוזל השחור. הוא מערבב את הנוזל יחד עם משקה ונותן אותו להולוויי, שאינו חושד בדבר. מעט לאחר מכן, הולוויי ושו מקיימים יחסי מין.
בתוך המבנה, תולעת שגדלה לממדים עצומים עקב מגע עם הנוזל השחור ונראית כיצור דמוי נחש תוקפת את מילבורן. פיירפילד חותך בבשרה כדי להסיר את היצור ממילבורן, אך הפצע מרסס חומר חומצתי שמאכל את הקסדה של פייפילד, מה שמותיר אותו חשוף לנוזל השחור, היצור מגדל ראש חדש במהירות רבה וחודר לחליפתו של מילבורן. הצוות חוזר למבנה ומוצא את גופתו של מילבורן. דייוויד מוצא חדר בקרה בו נמצאת גופת מהנדס השרויה בתרדמת, וכן מפת כוכבים שמאירה את מיקומו של כדור הארץ. כך מתגלה כי כוונת המהנדסים הייתה לשוב לכדור הארץ המאוכלס בבני אדם - אותם יצרו, ולשחרר עליהם את הנוזל השחור כדי לגרום להשמדתם ללא הרס הכוכב עצמו, ולהתחיל מחדש ביצירת גזע אחר. הנוזל השחור אותו שתה הולוויי מתחיל לתת את אותותיו ולהדביק את גופו. הוא ממהר חזרה לפרומתאוס, אך ויקרס מסרבת להכניס אותו חזרה לספינה. לבקשתו, היא שורפת אותו למוות עם להביור. מאוחר יותר, סריקה רפואית מגלה כי שו בהריון עם צאצא חייזרי. כך מתגלה כי זוהי הייתה תוכניתו של דייוויד שהיה מודע לקרבה בין הולוויי לשו, ליצור צאצא חייזרי ולהקפיא אותו בתוך שו. שו נמלטת מהצוות שמכין אותה להקפאה ומשתמשת בשולחן ניתוחים אוטומטי הממוקם במגוריה של ויקרס כדי להוציא מתוכה יצור דמוי דיונון בעל ראש מוארך. מתגלה כי ויילנד שכב בתרדמת על סיפון הפרומתאוס, והוא מסביר לשו כי הוא רוצה לבקש מהמהנדסים למנוע את מותו כתוצאה מזיקנה. כשוויילנד מתכנן לעזוב לעבר המבנה, ויקרס פונה אליו בשם "אבא".
פייפילד עובר מוטציה בעקבות חשיפתו לנוזל השחור. הוא זוכה לכוח כביר ומתקיף את אזור ההאנגר והורג כמה מחברי הצוות לפני שנהרג בדריסה. קפטן הספינה, יאנק, מסיק שהמבנה הוא חלק מבסיס צבאי של המהנדסים ולא כוכב הבית שלהם, ושהם איבדו שליטה על נשק ביולוגי מדבק - הנוזל השחור. כמו כן, הוא מוצא שהמבנה התת-קרקעי הוא למעשה ספינת חלל. ויילנד והצוות שלו חוזרים למבנה התת-קרקעי ומעירים את המהנדס. או אז, המהנדס עורף את ראשו של דייוויד והורג את ויילנד ואת צוותו. שו נמלטת מספינת החלל בדיוק כשהמהנדס מניע אותה. היא מזהירה את יאנק שהמהנדס מתכנן לשחרר את הנוזל השחור על פני כדור הארץ ומשכנעת אותו לעצור את הספינה. יאנק גורם להתנגשות בין הפרומתאוס לספינה, לא לפני שוויקרס נמלטת בחללית המילוט. ספינתו של המהנדס מתרסקת על פני הכוכב, והיא נופלת על ויקרס ומוחצת אותה. שו מגיעה לתאה של ויקרס ומגלה שהצאצא החייזרי עדיין חי והוא גדל לממדי ענק. ראשו של דייוויד עדיין מתפקד, והוא מזהיר את שו שהמהנדס שרד את ההתרסקות. המהנדס פורץ לתוך חללית המילוט ותוקף את שו, שמשחררת את הצאצא החייזרי עליו. הצאצא דמוי התמנון שולח את זרועותיו, לופת את פניו של המהנדס ומחדיר איבר הזרעה דרך גרונו. שו מוצאת את שרידיו של דייוויד, ובעזרתו היא מפעילה ספינת מהנדסים נוספת. היא מתכוונת להגיע למקום מושבם של המהנדסים ולהבין מדוע הם מבקשים להשמיד את האנושות.
בחללית המילוט, חייזר גדול ובוגר פורץ מתוך חזהו של המהנדס.
הפקה.
פיתוח וכתיבה.
מאז תחילת שנות ה-2000 עלתה המחשבה ליצור חלק חמישי בסדרת סרטי "הנוסע השמיני". ג'יימס קמרון עבד במקור על סיפור לסרט, וזהו סיפור מקורם של היצורים החוצנים. אולם, קמרון נטש את הפרויקט לאחר שגילה שאולפני פוקס המאה ה-20 החלו בפיתוחו של הנוסע השמיני נגד הטורף - סרט שחשב כי יחסל את תקפותו של הזיכיון. עד לזמן זה, רידלי סקוט וסיגורני ויבר הביעו התעניינות לחזור לסדרת הסרטים ושניהם תמכו בחקירתם של המקורות. סקוט הוסיף וציין כי דרך פעולה ההגיונית ביותר תהיה לחקור את מקורו של טייס החלל (Space Jockey), ישות חוצנית שהוצגה למספר שניות בסרט "הנוסע השמיני" הראשון של סקוט, וכן של החייזרים עצמם, אם סדרת הסרטים תמשיך. עד לשנת 2008, סקוט היה מקושר לפרויקט וויבר ציינה כי הוא נלהב לגבי זה.
במאי 2009, אולפני פוקס תיארו בתחילה את הסרט כאתחול מחודש לזיכיון הנוסע השמיני ולאחר מכן כסרט מקדים לסרט הראשון. על כן, סקוט תיארך את שנת העלילה בשנת 2085, כשלושים שנים לפני מאורעות "הנוסע השמיני". דמותה של ויבר - ריפלי - לא תיקח חלק, וגם לא החייזר ה"מקורי". הסרט יחקור את טבעה ואת מקורה של ציוויליזציית הגזע החייזרי של טייס החלל, ואת תפקידן האנתרופולוגי הבדיוני של הישויות החייזריות במקורה של האנושות שבכדור הארץ. רעיונות מסוג אלה הושפעו מכתביו של אריך פון דניקן אודות אסטרונאוטים מימי קדם. סקוט אמר להוליווד ריפורטר:
הסרט המקדים של סקוט עבר מספר שכתובים, והוא כולל דמות ראשית נשית וכן יתמקד בתהליכי הארצה ובתעשיות ויילנד הבדיוניים לפני מיזוגן עם תאגיד יוטאני. סקוט המשיך וציין כי מערכת הכוכבים זטה 2 רטיקולי תשמש כרקע לסרט המקדים. הוא אף ציין כי התסריט עוסק בצורך לפרק ולחבר מחדש מצב צבירה כדי לנוע במהירות הגבוהה ממהירות האור, ולפי דבריו "ככל שהנושא קרוב לאמת, כך הוא קרוב יותר לאפשרות הטכנולוגית ובכך הופך למעניין יותר". הוא מרחיב ואומר כי "הסרט הולך להיות קשה וזדוני. מדובר בצד האפל של הירח. אנו מדברים כאן על אלים ומהנדסים. מהנדסי חלל. והאם החייזרים עוצבו כאמצעי מלחמה ביולוגים? או שמא ביולוגיה שתפקידה לפלוש ולנקות כוכב שלם על תושביו?". נוסף על כך, "הצוות מוצא התיישבות שאינה כפי שהם מצפים לראות. היא ציוויליזציה, אך מה שנמצא בתוכה אינו מתנהג בצורה תרבותית כלל".
במקור, סקוט בחר בבמאי הפרסומות לשעבר קרל אריק ריינץ' לביים את הסרט, אך האולפנים היו מעוניינים להמשיך רק אם סקוט יביים את הפרויקט. עד ליוני 2009, סקוט היה מחויב למלאכת הבימוי, והתסריטאי ג'ון ספייץ נשכר לעבד את התסריט לאחר שהביא מרעיונותיו להקדמה ישירה ל"נוסע השמיני". עד לספטמבר 2010, לינדלוף נשכר לשפר את תסריטו של ספייץ ועבד במשותף עם סקוט לפיתוחה של יצירה מקורית יותר. סקוט ביקש בתחילה תקציב של כ-250 מיליון דולר וכן סיווג צפייה למבוגרים, אך תסריטו של לינדלוף הוזיל את העלויות בכמאה מיליון דולר ואולפני ההסרטה בחרו בסיווג צפייה לקהל צופים רחב יותר.
בפברואר 2011, סקוט אמר שהסרט אינו מהווה הקדמה ל"נוסע השמיני" אך גם אישר בדצמבר של אותה שנה כי טייס החלל ישמש כמרכיב עלילתי חשוב. מיכאל פסבנדר הוסיף וציין כי הסרט יכיל אלמנטים של "הנוסע השמיני" ובהחלט קיים עורק מחבר ביניהם. ביוני 2011, לינדלוף היה שותף לאמונתו של סקוט כי דמותו של החייזר דוללה בהרבה מאז הפצעתו לראשונה בשנת 1979, והוא לא היה מעוניין שהסרט יתרכז בחובקי הפנים ובפורצי החזה. לינדלוף מוסיף ואומר שפריקוול אמיתי קודם לאירועים שבסרט הראשון, אך הוא משהו אחר לגמרי וכולל דמויות שונות ותמה שונה לגמרי אף על פי שהוא מתרחש באותו עולם. בפברואר 2012, לינדלוף תיאר את הסרט כשילוב בין "הנוסע השמיני" לבין בלייד ראנר בכך שרעיון פילוסופי הולך לצידה של פעולה.
עיצוב.
מעצב התפאורות ארתור מקס עומד בראש המחלקה האמנותית באולפני פיינווד ומאחורי העיצובים של "הנוסע השמיני", אותם שינה כדי שיתאימו ל"פרומתאוס". סצנה ובה מופיעה הולוגרמה תלת-ממדית של מפת כוכבים הושפעה מציורו של ג'וזף רייט משנת 1766, "פילוסוף מרצה באוררי". בציור זה, מדען מציג פלנטריום מכני לאור נרות. בזמן ששוחח עם ספייץ על נחיצותה של מפת הכוכבים ככלי עלילתי, סקוט הזכיר את הציור כדרך המחשה למפה, אם כי לא היה מודע לשמו של הציור בתחילה ותיאר אותו כ"עיגולים בתוך עיגולים לאור נרות".
סקוט קיבל השראה לעצב את חליפות החלל של האסטרונאוטים כדי שיכללו קסדות זכוכית מעוגלות, וזאת לאחר שקרא סיפור ביוגרפיה על סטיב ג'ובס, ממקימי חברת אפל. ג'ובס תיאר את בנייתם של משרדים מזכוכית גורילה, שמשמשת בעיקר לעיצוב מכשירים סלולריים. סקוט ציין, כי "אם אני נמצא בשנת 2083 ואני עורך מסע לחלל, למה שאעצב קסדה שתכיל שטחים מתים? מה שאני מעוניין בו זו ראייה מלאה של 360 מעלות. זכוכית בזמן זה תהיה קלה כנוצה ולא תהיה פגיעה לכדורים". מעצב הנוסע השמיני הנס רודי גייגר הובא לפרויקט כדי לעצב את ציורי הקיר אשר מופיעים בכמה מהממצאים בכוכב הלכת החייזרי.
צילום.
עבודת הצילום החלה באולפני שפרטון באנגליה ב-21 במרץ 2011 למשך 82 ימים, עם תקציב הנאמד ב-120 עד 130 מיליון דולר. סקוט השתמש בשמונה בימות סאונד לצורך הצילום, כולל בימת 007 ע"ש אלברט א. ברוקולי, המפיק הנודע של סרטי ג'יימס בונד. מרחב הסטודיו היה מצומצם מאוד, לכן צוות ההפקה אולץ לבנות חמש בימות נוספות לצורך 16 תפאורות, בכך הם מרחיבים את בימת 007 במעל ל-30 אחוזים.