לצו העליון יש השלכות מיוחדות עבור תרבויות שטרם פיתחו את הטכנולוגיה לטוס לחלל בין-כוכבי ("פרה-עיוות"), מאחר שאין להעניק או לחשוף תרבויות פרימיטיביות לכל מידע על טכנולוגיה מתקדמת זו, או על קיומן של תרבויות זרות, פן חשיפה זו תשנה את ההתפתחות הטבעית של אותה ציוויליזציה. אף על פי שזהו היישום היחיד של הצו העליון שהוזכר על ידי קפטן קירק בפרק "The Return of the Archons", עד למאה ה-24 הצו העליון כולל גם מאמצים תכליתיים לשיפור או לשינוי בכל דרך שהיא את המהלך הטבעי של החברה, אפילו אם שינוי זה - כוונותיו טובות ונשמר בסודיות מוחלטת. "פרה-עיוות" מוגדר ככל תרבות אשר עדיין לא השיגה טכנולוגיית מנוע עיוות ולכן, במשתמע, אינה מודעת לקיומם של גזעי חייזרים. צי הכוכבים מאפשר משימות מדעיות לחקור ולנוע בחשאי בין ציוויליזציות פרה-עיוות, כל עוד כל טכנולוגיה מתקדמת נשארת מאחור, ואין כל הפרעה לאירועים או לגילוי זהותם של החוקרים. בדרך כלל, ניתן לעמוד בדרישות אלו באמצעות שימוש בעמדות תצפית סמויות, אבל אנשי פדרציה יכולים להסוות את עצמם כחיים תבוניים מקומיים ולבוא עימם באינטראקציה.
הצו העליון הוא רגולציה של צי הכוכבים, ולכן חל רק על קציני צי הכוכבים. אזרחים, בעלי אזרחות של פדרציית הכוכבים המאוחדת, אינם מחויבים על פיו. למעשה, אם אזרח של הפדרציה בוחר באופן אישי להתערב בתרבות אחרת, צי הכוכבים חסר אונים להניא את אותו אינדיבידואל, בכפוף לעונש מטעם בית דין צבאי.
החריגה היחידה לצו העליון היא צו אומגה, אשר על פיו קפטן מוסמך לנקוט בכל האמצעים על מנת להשמיד מולקולות אומגה, לכשאלו זוהו. בכל פעם שצו אומגה נאכף, הצו עליון, בפועל, מבוטל.
טקסט.
את הצו העליון ניתן למצוא במסמכי הפדרציה, פרק I, מסמך II, פסקה VII, בה כתוב:
עוד הוגדר בצו באופן הבא:
במילים אחרות, הפדרציה לא יכולה להעניק טכנולוגיות למינים מתפתחים, שטרם גילו/המציאו אותה בעצמם.
וריאציות ומקור.
ההתייחסות הראשונה לצו העליון מתרחשת בפרק "The Return of the Archons", פרק 21 של העונה הראשונה של ", אשר שודר לראשונה בפברואר 1967.
בפרק "Bread and Circuses", פרק 25 של העונה השנייה של ", אשר שודר לראשונה במרץ 1968, ואשר עלילתו מתרחשת בשנת 2267, הצו העליון מוגדר במפורש, באופן הבא:
לא ברור אם זה הוא הנוסח המלא של ההוראה, אך עד לאירועים המתוארים בפרק "Infinite Regress" של ", אשר מתרחש בשנת 2375, נחשף כי לצו העליון יש 47 תתי-הוראות. עם זאת, ברגע שזיהום התרחש, אנשי צי הכוכבים רשאים להתערב ישירות על פני כוכב הלכת כדי לנסות ולמזער את הנזק ככל האפשר, עם פתיחות ביחס להשלכות החשיפה. לדוגמה, בפרק "Bread and Circuses", ג'יימס קירק וצוותו חקרו את גורלם של אנשי צוות של אונייה על פני כוכב לכת, ובו-זמנית ניסו לשמור בסוד מנין הגיעו, גם בעת שהשליטים כבר היו מודעים לכך. לעומת זאת, בפרק "Patterns of Force", שבו צוות מגלה כי משקיף תרבותי של הפדרציה זיהם את התרבות שבה הוא היה אמור רק להתבונן.
נראה כי מקורו של הצו העליון לאי-התערבות הוא הוולקנים. בסרט הקולנוע ", נאמר כי אילולא טיסת העיוות ההיסטורית של זפרם קוקרן, ספינת החלל הוולקנית שחלפה הייתה תופסת את כדור הארץ כלא מוכן עדיין למפגש ראשון, ולכן התעלמו ממנו; בפרק "Fight or Flight" מהסדרה ", ט'פול מתייחסת למדיניות אי-ההתערבות של הוולקנים. עם זאת, המדיניות לא יושמה באופן מיידי, ולא היה קיימת בכדור הארץ טרם הקדמת הפדרציה: בפרק "Civilization" של ", צ'ארלס טאקר מעיר שהאיסור הוא מדיניות וולקנית, לא אנושית. בפרק אחר, ""Dear Doctor", קפטן ג'ונתן ארצ'ר אומר:
הצו העליון לא הפך לחוק מחייב אלא רק מספר שנים לאחר הקמת הפדרציה - בפרק "A Piece of the Action" של ", ספינת החלל "האופק" ("Horizon"), ספינת פדרציה וותיקה, ביקרה בכוכב לכת פרימיטיבי, והשאירה מאחור מספר פריטים אשר גרמו לשינוי משמעותי בתרבות הפלנטה - הבולט שבהם: הספר "Chicago Mobs Of The Twenties", אשר הפך במהרה לתבנית שעל פיה בנו התושבים את החברה שלהם.
מקור אלטרנטיבי מגיע מהפרק "Observer Effect" של ", שבו מתגלה כי גם האורגניאנים (גזע החייזרים) דובקים במעין צו עליון. עם זאת, מאחר שצי הכוכבים לא יוצא מגע ראשון באופן רשמי עם האורגניאנים, עד לאירועי הפרק "Errand of Mercy" של ", לא ידוע מה השפעה, אם בכלל, שהייתה להם בפיתוח הצו העליון של הפדרציה.
בחיים אמיתיים, יצירת הצו העליון מיוחסת לג'ין ל. קון, אף על פי שישנן טענות באשר לשאלה האם סופר המדע בדיוני תיאודור חידקן, שכתב אודות הצו העליון בתסריט ל שלא נעשה בו שימוש, הוא זה שהגה ראשון את הרעיון. הצו העליון משקף את "השערת גן-החיות" כהסבר לפרדוקס פרמי. בריאיון עם ג'ין רודנברי במהדורת 1991 של המגזין "The Humanist", הוא רמז לכך שאולי שורשיו של הצו העליון נעוצים באמונתו כי מיסיונרים נוצרים מפריעים לתרבויות אחרות.
פילוסופיה ואלגוריה.
סיפורי "מסע בין כוכבים" השתמשו בצו העליון כבתחבולה ספרותית המאפשרת מחקר של אינטראקציות עם חברות פחות מתקדמות ללא גיבורים שיש להם יתרון מכריע של גישה נוחה ולשימוש בטכנולוגיה שלהם. מאז שמסע בין כוכבים השתמש באופן עקבי באינטראקציות עם חייזרים כאלגוריה לעולם האמיתי, הצו העלון שימש כתבנית לספר סיפורים שדומים לאלו של חברות אנושיות אמיתיות והאינטראקציות שלהם עם חברות פחות מתקדמות טכנולוגית, כגון אינטראקציה בין התרבויות המודרניות ועמים ילידים. בהשקפה הפילוסופית של מסע בין כוכבים, לא משנה כמה טובות הן הכוונות של העמים המתקדמים, אינטראקציה בין טכנולוגיה מתקדמת לבין חברה פרימיטיבית יותר היא תמיד הרסנית.
בעלילה הבדיונית, הצו העליון נוצר על ידי צי הכוכבים ופדרציית הכוכבים המאוחדת זמן קצר לאחר שנוסדו. מאז, הצו הראשון הופר בהזדמנויות רבות, הן בטעות והן בכוונה. לפעמים, כאשר ספינת חלל של הפדרציה מתרסקת על כוכב לכת שבו ציוויליזציה פרה-עיוות, הניצולים או ההריסות נאספים על ידי הילידים, ואז זה משפיע על החברה שלהם, במיוחד כאשר הטכנולוגיה של הפדרציה נתפסת ומצורפת אל הטכנולוגיה של כוכב הלכת. לפעמים, הצו העליון מופר בכוונה. בסביבות שנת 2266, בפרק "Patterns of Force" של , המשקיף התרבותי וההיסטוריון ג'ון גיל יצר משטר המבוסס על גרמניה הנאצית על כוכב פרימיטיבי במאמץ מוטעה ליצור חברה ששילבה את מה שהוא (בטעות) תפס כיעילות הגבוהה של דיקטטורה פשיסטית בפילוסופיה שפירה יותר, ובכך זיהם את ההתפתחות התקינה והבריאה של התרבות על כוכב הלכת. למרבה צערו, ההתערבות הוכיחה עצמה כהרת אסון, כאשר ראש החברה, הכפוף אל גיל, הפך לתאב כוח אשר אימץ את אותה העליונות הגזעית והאידאולוגיה הרצחנית של המקור, ואילץ את אנשי צי הכוכבים להתערב ישירות כדי למזער את הפגיעה בחברה.
עד לעידן של "", הוראת הצו העליון חל לא רק על תרבויות "פרה-עיוות", אלא גם על כל תרבות שאיתה צי הכוכבים בא במגע. במצבים כאלה, הצו העליון אוסר כל מעורבות עם ציוויליזציה ללא הסכמה או הזמנה מהמנהיגים החוקיים של החברה שבאה לידי ביטוי, ובהחלט אוסרת מעורבות כלשהי בפוליטיקה פנימית של ציוויליזציה. הבנה זו של הצו העליון דומה לרעיון של "ריבונות וסטפאלית" במדע המדינה.
לדוגמה, ב-", בפרק "Redemption", כאשר האימפריה הקלינגונית חוותה מלחמת אזרחים קצרה, קפטן ז'אן-לוק פיקארד סירב לבקשתו של הקנצלר גאורון לסייע לו, אף על פי שהוא היה השליט הלגיטימי של האימפריה, ואף על פי שהרומולאנים נחשדו באספקת נשק לצד שכנגד, מאחר שמלחמת האזרחים נחשבה לקונפליקט פנימי. אף על פי שהצו העליון לא הוזכר במפורש, ניתן להניח שעליו התבסס פיקארד כאשר סירב לגאורון, לאור דוגמה בהמשך, ב-", כאשר הממשלה הזמנית של באג'ור חוותה מאבק כוחות שכמעט הוביל למלחמת אזרחים. במהלך עימות הזה, מפקדו של קומנדר בנג'מין סיסקו, מפקד תחנת החלל חלל עמוק 9, מזכיר במפורש את הצו העליון, ומורה לו לפנות את כל אנשי צי הכוכבים מהתחנה, מאחר שהמצב/העימות, שיכריע כיצד תורכב ממשלת באג'ור הבאה, נתפס כעימות פנימי לבאג'ור, ואין זה מעניינה של הפדרציה, כך סברו, להשפיע על החלטתם של הבאג'ורנים בעניין זה.
אף על פי שהיה ידוע שהקרדאסים מספקים נשק לצד אחד, מפקדו של סיסקו ציין כי "קרדאסים אולי מתערבים בעצמם במלחמות אזרחים של אחרים, אבל אנחנו לא". הדבר מדגיש כי הפדרציה מחשיבה הוראת הצו העליון כמחייב עבורה, והיא איננה מצפה שממשלות אחרות יצטרפו אליה ולא מנסה לשכנע אותן לעשות זאת.
כ-20 דקות אל תוך הפרק "Pen Pals" מהעונה השנייה של "", הצוות הבכיר של האנטרפרייז מקיים דיון פילוסופי בנוגע לצו העליון. דיאנה טרוי וג'ורדי לה פורג' טוענים שאם יש "תוכנית קוסמית", הרי שנוכחות האנטרפרייז והצוות שלה גם נכללת בתוכנית וכי טיעון זה בלבד מעניק להם את הלגטימיות לפעול למען עם במצוקה. קפטן פיקארד טוען טוען כי הוודאות האישית של היחיד איננה רלוונטית, שכן הצו העליון נועד למנוע מ"איתנו" לאפשר לרגשות שלנו להאפיל על שיקול הדעת שלנו.