תפיסתו של שפינוזה, המכונה "פנתאיזם", גורסת כי אין אלוהות טרנסצנדנטית ואין אל פרסונלי מצווה, ומבחינתו העולם הוא חלק מהאלוהות האינסופית. שפינוזה מזהה את העצם – ישות שהיא סיבת-עצמה, שאין ישות חיצונית לה, שהיא מקור הכול – בתור אלוהים. הדברים שאנו רואים הם התבטאות של שניים מתוך אינסוף התארים של האל: החומר והמחשבה. אם האלוהים (הנגלה לנו) הוא הטבע, הרי שכל תפיסת האלוהות ההיסטורית של הדתות המונותאיסטיות – בטלה. אולם, הגל טען שלאמיתו של דבר אין תפיסתו של שפינוזה רחוקה מתפיסתן של הדתות המונותאיסטיות, אלא שבעוד הדתות הללו ראו את העולם כדבר-מה נוסף לאל, דגל שפינוזה באקוסמיזם ולכן סבר שהיקום כפי שהוא נראה כסופי ומוגבל אינו בסופו של דבר אלא אשליה, ומה שקיים באמת אינו אלא האינסוף המוחלט.
עוד נדבך חשוב בתפיסה זו הוא אחדות הגוף והנפש. בניגוד לתפיסות המקובלות אז, שפינוזה גרס כי הגוף והנפש הם שני תארים שונים של העצם: תואר המחשבה ותואר ההתפשטות. ישנם אינסוף תארים לעצם, מתוכם אנו מכירים רק שניים. לכן - במות הגוף תמות גם הנפש. תפיסה זו עוררה סערה בעולם הדתי, שנמשכה מאות שנים. עם זאת יש הסבורים כי שפינוזה כתב כי יש השארות הנפש. שפינוזה, באמצעות השימוש במילון המושגים של דקארט ("עצם", "אלוהים" ועוד) שלל את הדואליזם הקרטזיאני בפרט, ואת השניות של עולם נוכחי ועולם הבא. הפיזיקאי אלברט איינשטיין כתב בכמה מקומות, כי הוא מאמין באלוהים של שפינוזה, אשר מגלה את עצמו בהרמוניה המסודרת של מה שקיים, לא באלוהים שמעסיק את עצמו עם גורלם ופעולות של בני האדם, וכי אלוהים זה היה לו למקור השראה של עבודתו.
כאמור, שפינוזה טען שהעולם הוא חלק אימננטי מאלוהים, ועל כן ממילא אין שום משמעות לציווי אלוהי חיצוני בתחום המוסר. המוסר על פי שפינוזה נובע מ"טבע האדם" "אין אנו רוצים את הטוב כי הוא טוב, הוא טוב כי אנו רוצים אותו". מאחר שהרצון המוסרי "לגמול אהבה כנגד אהבה ושנאה כנגד שנאה" והרצון לידע "לדעת את האלוהים" אין בהם על פי שפינוזה מידה שהיא מוגזמת הם גם אלו המטילים רסן על התשוקות של האדם. תשוקות שיש בהן תועלת אך האדם הרציונלי יודע שמידה גדולה מדי מהן מזיקה לו. לכן החברה האידיאלית לאדם על פי חיבוריו "מאמר תאולוגי מדיני" ו"מאמר מדיני" (שכתיבתו לא הושלמה) היא חברה המאפשרת לאדם להגביר את הרצונות של "ואהבת לרעך כמוך" כלומר שוויון וצדק, ואת הרצון "לדעת את האלוהים" כלומר העיסוק במדע וחקר העולם. בדומה להובס, שפינוזה ראה את המדינה כאמנה חברתית שהאזרחים מצטרפים אליה על מנת להגן על עצמם ממלחמת הכל בכל שתהיה בלעדיה. לאור זאת שפינוזה הדגיש שהמדינה תתקיים רק כל עוד האזרחים יחשבו שהיא מועילה להם. הגבלה זו היא שמחייבת את המדינה לדאוג שאזרחיה יהיו מרוצים והיא שגורמת לכך שבניגוד להובס שפינוזה לא תמך במשטר אבסולוטי. שפינוזה תמך במשטר מעורב שבו ישנם אלמנטים מונרכיים, אריסטוקרטיים ודמוקרטיים, וחוקה חזקה שמאפשרת חופש דיבור ומחשבה. כך חשב שפינוזה שהמעמדות השונים יאזנו זה את זה לטובת כלל האזרחים.
בספרו "מאמר תאולוגי מדיני" שפינוזה מציג משטר שבסיסו דמוקרטי ונשען על צבא עממי ואזרחות לכלל הגברים. ב"מאמר מדיני" לעומת זאת שפינוזה רצה להציג שלושה דגמים של משטר מונרכי, אריסטוקרטי ודמוקרטי אולם הספיק לכתוב רק את הפרקים העוסקים במשטר המונרכי והאריסטוקרטי וסעיפים בודדים מהמשטר הדמוקרטי. עם זאת בספר הוא טוען שהמשטר הדמוקרטי יהיה יציב יותר. שפינוזה היה כפוף למגבלות צנזורה ולכן "מאמר תאולוגי מדיני" התפרסם ללא שם מחבר, והרעיונות הרדיקליים ביותר שלו התפרסמו רק במסגרת חיבורו המרכזי ביותר "האתיקה", שראה אור רק לאחר מותו.
בניגוד למה שאפשר לנחש מעמדתו, שפינוזה לא רצה לבטל את הדת עבור ההמון. שפינוזה חשב שחיוני עבור ההמון להאמין שיש אלוהים משגיח ומצווה משום שההמון עלול שלא להבין מעצמו את התועלת שבקיום החוקים והדאגה לזולת. לכן שפינוזה חשב שיש מקום לדת עממית אוניברסלית שעיקריה יהיו אהבת הזולת ואהבת אלוהים שתתבסס על המקרא לאחר טיהורו ממעשי ניסים ומאמונות תפלות.
תורת המידות (אתיקה).
ספרו החשוב ביותר הוא "תורת המידות" (אתיקה), בו מנסח שפינוזה את תפיסת האלוהים שלו, ואת אפשרות חירות האדם בעולם פנתאיסטי. זהו חיבור פילוסופי הכתוב, כביכול, בצורה אוקלידית, כלומר בצורה הדומה לכתיבת משפטים והוכחות בגאומטריה. בספר קובע שפינוזה אקסיומות, ומהן גוזר משפטים ותתי-משפטים והוכחות. מבנה זה אמור לתת לכאורה ביסוס לוגי למסקנות שגוזר שפינוזה. ביקורת רבה הופנתה כלפי שפינוזה בשל השגיאות הלוגיות הלא מעטות שנמצאו בספרו זה, ולמעשה יש כמעט תמימות דעים בין הפילוסופים ששפינוזה לא הצליח לבסס את המטאפיזיקה שלו ב"סדר גאומטרי" כפי שביקש. עם זאת, אין בכך כדי להוריד מחשיבותה ומהשפעתה של שיטת שפינוזה על התפתחות הפילוסופיה המערבית, בהיותה אחת מאבני הדרך החשובות ביותר בביסוס הפילוסופיה הרציונליסטית. רבים גם מעריכים את תורתו של שפינוזה על האסתטיקה הרבה שהיא מצטיינת בה, ויש אף המשווים אותה לשירה.
יש הטוענים כי למרות הצורה האוקלידית של הספר, הוא כתוב, למעשה, בצורה סוקראטית, המשדלת את הקורא למצוא את פתרונות הבעיה הפילוסופית בכוחות עצמו. ההנחה בבסיס תפישה זו, נשענת על סתירות במהלך הספר, ועל אי הנחת אקסיומות בסיסיות.
בכל הגותו הפילוסופית שאף שפינוזה לשחרר את האדם מן הפחד והמוסכמות הכובלים אותו, ובסוף ספר האתיקה הוא משדל את האדם להאמין ביכולתו להגיע לכך: "ועתה, אם אמנם הדרך אשר הוריתי כמוביל לתכלית זו נראית כקשה מאד, בכל זאת הוא יכול להימצא, שבאמת כבד כל דבר היקר במציאות, שאם היה האושר מצוי ביד כל אדם ובלי עמל ויגיעה רבה, איך אפשר שיעזוב אותו כמעט כל אדם? אמנם כל נעלה הוא נשגב (כבד) ויקר (מעט) במציאות".
חירות וחופש הבחירה אצל האדם והאל.
שפינוזה כותב מתוך דטרמיניזם מוחלט, ואין אצלו מקום לחופש בחירה - לא אצל האדם ולא אצל האל (למעשה, האדם והאל הם אותו ה'יש' מבחינה אונטולוגית). לכל דבר יש סיבה - גם ברמה החומרית וגם ברמה הנפשית (אידאה). ולכן לא נשאר מקום לרצון חופשי. בחלק הראשון של 'אתיקה' מגדיר שפינוזה את חופש הרצון:
חופשי הוא מי שפועל מתוך ההכרח הפנימי שלו - כלומר מי שמחולל בעצמו את פעולותיו, ושפעילותו נובעת ממהותו או מטבעו. כלומר - אף על פי שהוא כפוף לטבעו, הוא נקרא חופשי. יש כאן העמדה של תלות בגורם חיצוני מול היקבעות עצמית שהוא החופשי אצל שפינוזה.
האל וחירותו.
ניתן להסיק מתוך דבריו שהאל אינו יכול להיות חופשי (שהרי הוא פועל מתוך הכרח טבעו), אך לפי הבנתו של שפינוזה את מושג החופש, האל הוא למעשה החופשי היחידי: האל מוגדר כסיבת עצמו והעצם היחידי שקיים במציאות. הגדרתו של 'עצם': דבר שעל מנת להבינו אנו לא זקוקים למושגים אחרים. שום סיבה חיצונית אינה משפיעה על העצם, והוא פועל רק מתוך הכרח טבעו ולכן הוא חופשי. סיבת עצמו = עצם = אל.
הגדרה זו של חופש משעבדת למעשה את האל לחוקי המתמטיקה והפיזיקה השונים, וזאת משום שאלו החוקים שמהווים את מהות האל ולכן כפוי עליו לפעול על פיהם; הוא לא יכול לברוא עולם שבו חוקי המתמטיקה והפיזיקה שונים ממה שהם בעולם הזה; הוא לא יכול לברוא מציאות שבה 2+2 הם 5.
התבונה - מפתח לחירות האדם.
לכאורה המצב אצל האדם חמור בהרבה - לא רק בגלל הדטרמיניזם אין לו רצון חופשי, אלא גם על פי הגדרת החופש של שפינוזה אין האדם חופשי - וזאת משום שכמו כל דבר פרטי או סופי, התנהגותו נקבעת על פי סיבות חיצוניות קודמות ועל פי האל (מבחינה פנימית). כלומר אין לו היקבעות פנימית. אף על פי האמור לעיל - בסופו של דבר שפינוזה כן מגדיר מה היא חירות האדם לפי דעתו, ונותן שתי אפשרויות מרכזיות: 1) החירות היא ברכת האושר. 2) שלטון התבונה על הרגש.
אנו נתרכז בתבונה כמפתח לחירות: חופשי הוא זה שתבונתו שולטת ברגשותיו. כלומר התבונה היא הדרך להשגת חירות. מכאן אתה למד שיש לאדם דרגות שונות של חופש, תלוי ברמת השליטה של תבונתו על רגשותיו.
ניתן להסביר גישה זו בכך שנגדיר את האני האמיתי כאני החושב, כאני התבוני. כאשר ה"אני" האמיתי שולט אזי האדם חופשי באמת. אם יצריו ורגשותיו של האדם שולטים בו אז הוא משועבד. כפי ששפינוזה מציין באתיקה (חלק ד משפט 68): "חופשי אני קורא לאדם המודרך אך ורק על ידי התבונה שלו".
התבונה - מפתח להתנהגות ראויה אצל האדם.
מכאן שפינוזה הולך עוד צעד אחד, בכך שהוא מציין כי האדם שפועל מתוך תבונה והתגברות על הרגשות, הוא האדם החופשי והוא אדם שמתנהג כראוי. לסיכום: בשלב ראשון שפינוזה לוקח מהעולם את החופש והחירות כאשר הוא מציג לנו את הדטרמיניזם והסיבתיות שלו. בשלב שני, הוא מגדיר מחדש את המושג חופש, מראה כי האל הוא היחידי שחופשי בהגדרה. בקשר לאדם, שפינוזה מראה כי גם האדם יכול להשיג סוג מסוים של חופש בכך שתבונתו תגבר על רגשותיו ותדריך אותו בחייו. בניגוד לאל, חירותו של האדם היא לא בהגדרה ויש לה דרגות שבהן האדם צריך לטפס בכוחות עצמו.
שיטתו בביקורת המקרא.
לפי שפינוזה הכרת כתבי הקודש היא הכרת ההיסטוריה האמיתית שלהם, המכשול העומד בכך הוא המשפטים הקדומים של התאולוגיה שכבשו את דעתם של נפש האנשים.
שפינוזה גרס כי פירושו של אבן עזרא על פסוקים אחדים בתורה מרמזים לכך שסבר שלא משה הוא שכתב את החומש כפי שהוא לפנינו, כי אם איש אחר שחי בזמן מאוחר יותר. שפינוזה מבאר את הראיות שמצא בפסוקים אלו בעצמו:
שפינוזה הסתמך על טיעונים ספרותיים ולשוניים נוספים: