בשנת 1979 במסגרת הצמצום בזירת ים סוף נקלטה בבסיס סיירת דבורים נוספת "בזק". בחודש יוני נקלטה פלגת הנחתות 921 שכללה שלוש נחתות 60 מטר ואח"י בת שבע. סדר הכוחות עמד על 11 דבורים 6 נחתות 9 יתושים ואניה אח"י מעוז.
בשנת 1980 הוקם באשדוד בית הספר להחפה בהתמחות עיקרית בדיקת חוף לנחיתה. בסוף אותה שנה ספגה אח"י מעוז 2 נזקים קשים בעת שנשלחה להצלת עובדים שנתקעו בדוברה מחוץ לנמל חדרה.
נמל ב' באשקלון – בתחילת שנות ה-80 קודמה תוכנית לבניית נמל ייעודי לחיל הים בדרום אשקלון. התוכנית קיבלה תמיכה הצהרתית עד דרג ראש הממשלה מנחם בגין אך לא הוקצה לה מימון. באותן שנים לא נעשו השקעות במחנה הבסיס שנחשב כמחנה מעבר. בשנת 1985 נזנחה התוכנית ונמשכה ההתבססות בנמל אשדוד ובמחנה הצמוד אליו.
בשנים 1986–1989 היו אירועים רבים של עצירת ספינות מבריחים בעיקר טורקיות. שנשאו חשיש מלבנון למצרים. המבריחים לא נשמעו לקריאות בחלק מהתקריות והיה צריך להשתמש בירי, כך נפגעו מבריחים מדי פעם.
החלת האוטונומיה בעזה.
בשנת 1994 הוחלה תוכנית האוטונומיה על רצועת עזה שעברה לשלטון פלסטיני. מימי החופין של הרצועה חולקו לשלושה אזורים. אזור חיץ צפוני K ברוחב 1.5 מיל ימי ואזור חיץ דרומי –M מקו גבול ישראל מצרים ברוחב 1 מיל ימי ואורך 20 מיל ימי בהם הדיג אסור ולאנשי רצועת עזה אין להמצא בו. האזור ביניהם מותר לדיג L, עד 20 מיל מהחוף.
בספטמבר 2001 הורחב אזור החיץ הדרומי M לשני מיל ימי כדי להוות חציצה ריאלית מגבול מצרים. מאז יש לספינות הבט"ש התעסקות רבה באכיפת הוראות הדיג ובמניעת פיגועים ומניעת קשר עם מצרים בדרך הים.
משנת 1995 נשמר הביטחון השוטף על ידי 5 סיורי דבורים. עם התגברות המהומות בסוף שנת 2000 הועלה ל-7 סיורים שבוצעו על ידי דבורים ולפעמים שולבה גם ספינת טילים.
משימות נוספות והתארגנות.
באותן שנים נוספה לכוננות לחילוץ שרי ממשלה המבקרים את המתיישבים היהודים ברצועה. משימה זאת בוצעה מדי פעם עד מימוש תוכנית ההתנתקות.
בשנת 2003 החלה לפעול ים תטיס דוברת שינוע גז שהופק מקידוחים בים. הדוברה עוגנת 13 מיל ימי מערבית לאשקלון וחייבה סיור אבטחה מיוחד. ספינות הבט"ש עשו בשנה זאת 33,380 שעות ים.
בשנת 2004 כלל סדר כוחות הבסיס: 16 דבורים שעברו שדרוג למדחפי AD וקיבלו תוספת מהירות. במהלך השנה נוספה ספינת שלדג אחת. אוניות עזר, 3 גוררות ו-11 ספינות דיג מועמדות לגיוס, מערך הגילוי כלל 8 תחנות מכ"ם קבועות ו-4 ניידות מכ"ם לפריסה בהתאם לצורך. ספינות הבט"ש של הבסיס ביצעו בשנה זאת 34,934 שעות ים.
שנת 2005 – עמדה בסימן ביצוע תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה. באותה שנה התווספו לסדר הכוחות של חיל הים: 6 דבורה סימן 3 ושתי ספינת שלדג. בים לא חלה הינתקות וספינות הבט"ש המשיכו לאכוף את כללי התנועה בקרבת החוף. אזור L המותר לדיג הוגבל עד 10 מיל ימי מהחוף. אזורי מגבלות השיט עודכנו אזור K הורחב ב-500 מטר צפונה אסור לכניסה לדיג ערבי וישראלי. מתוך אזר L המותר לדיג הוגדרה רצועה ברוחב 3 מיל ימי מהחוף אזור P היסטורית היו אלה המים הטריטוריאליים בתקופת המדט הבריטי. לכניסת כלי שיט של הבט"ש לרצועה זאת נדרש אישור מיוחד.
באותו זמן הגדירו המצרים אזור חיץ מדרום לאזור M בו ביצעו המצרים סיורי ביטחון שוטף שלהם.
מוצבי השליטה בחוף הרצועה – תל רידאן, מוצב אלוף ומוצב ארז פונו באוגוסט 2005. הוקם מוצב שליטה בזיקים. אמצעי גילוי משוכללים הוצבו על מזח הפחם ובארובות תחנות הכוח רוטנברג ואשכול.
מלחמת לבנון השנייה.
שנת 2006 – הבסיס כלל 8 דבורים, 4 דבורות, שני שלדגים, 2 אניות ו-3 גוררות.
מאמצע השנה עמדה בסימן מבצע גשמי קיץ ומלחמת לבנון השנייה. המאמץ העיקרי של הביטחון השוטף במשך כל שנת 2006 כולל תקופת המלחמה התרכז לרצועת עזה. לאחר ביצוע תוכנית ההתנתקות בגזרה הדרומית הייתה זו שנה ראשונה בהופעל מוקד שליטה שעבר מארז לזיקים.
הפעילות מול גזרת עזה קיבלה את השם מבצע גשמי קיץ. לחיל הים החלה ב-26 ביוני מועד חטיפתו של גלעד שליט. כללה הטלת סגר על מעגנות רצועת עזה, ירי מהים על ידי שייטת 13 כנגד יעדי חמאס ברצועת עזה., סיורי איסוף מודיעין על ידי ספינות הבט"ש. מטרת הפעולות היו מניעת , מניעת הברחות אמצעי לחימה וכדי למנוע אפשרות שחמאס יבריחו את החייל החטוף גלעד שליט המצוי בידיהם למצרים בדרך הים. בפעילות הועסקו שלוש ספינות טילים ספינת דבורה ושלדג מפלגה 916 וקבוצת לוחמי שייטת 13 והיא נמשכה עד 22 באוקטובר 2006.
אח"י תרשיש (סער 4.5) ואח"י חרב (סער 4.5)ביצעו 13 גיחות ירי מהים לעבר יעדי מחבלים במרחבים פתוחים במגמה להרתעה ומניעת ירי רקטות מהם.
היות שנמל חיפה היה בטווח הרקטות שנורו מלבנון, פונו מרבית כלי השיט מבסיס חיפה וחלקם מצאו מחסה בנמל אשדוד. אח"י חנית שנפגעה מטיל חוף ים C-802, בעת שקיימה את ההסגר על החוף הלבנוני, נכנסה לתיקונים בבסיס אשדוד.
המשך פעילות הביטחון השוטף.
סדר הכוחות ב-2007 כלל 8 דבורים 6 דבורות שתי ספינות שלדג ו-3 צרעות. שילוב אמצעים נוספים של מסוקי קרב ופרוטקטור (כלי שיט) בלתי מאויש.
החל מיוני 2007 השתלט ארגון החמאס על רצועת עזה וגם על המשטרה הימית הפלסטינית. לא ניתן לבצע תיאום והחלה תופעה של ירי מהחוף אל ספינות חיל הים. הוטל סגר או הסגר על רצועת עזה על ידי ישראל ומצרים.
בשנת 2008 עמד סדר הכוחות של הבסיס על: 5 דבורים 10 דבורות, וחמש ספינות שלדג. החלה פעילות עוינת של משלוח אוניות לשבירת המצור הימי על הרצועה בארגון "חופש לעזה" בדצמבר הייתה יכטה "דיגניטי" שביצעה פרובוקציה וחזרה לצור בלבנון.
מ-27 דצמבר 2008 פתח צה"ל במבצע עופרת יצוקה להפסקת ירי הרקטות מרצועת עזה. בסיס אשדוד בפיקודו של ירון לוי ביצע את הלחימה סגר ימי וסיוע באש מהים. תקיפת מטרות וגבית מחיר מחמאס. עד לסיום המבצע ב-18 בינואר 2009 הותקפו 68 יעדים בחוף במטרה לחסימת תנועה בצירים והמנעה וסיוע לפעילות צה"ל בחוף. אח"י חרב (סער 4.5) אח"י יפו (סער 4.5), אח"י תרשיש (סער 4.5) ואח"י סופה (סער 4.5) התבססו באשדוד וביצעו את התקיפות מול הרצועה.
אכיפת הסגר הימי.
בשנים 2009–2011 נעשה ריכוז מאמץ לחסימת משטים לשבירת הסגר על עזה. במאי התארגן משט של מספר אניות אשר מרביתן עצרו בדרך והאנייה 'מאוי מרמרה' נתפסה על ידי חיל הים. במהלך התפיסה נהרגו פעילי טרור טורקים. הפגנת הנחישות של חיל הים לאכיפת הסגר גרמה לכך שמרבית המשטים הורידו את הציוד באל עריש והוא הועבר לרצועה דרך המעברים. היבשתיים.
עם זאת היה צורך לעצור מספר אוניות שלא נשמעו להוראות. בהם הפליגו פעילים אירופיים וערבים וצוידו באמצעי צילום וציוד תקשורתי. חלק מהאוניות שנעצרו נשאו שמות ליצירת תהודה תקשורתית: 'רייצ'ל קורי', 'פינץ', 'דיגניטי כראמה', 'תחריר', 'צ'אלנג'ר' ו'אוליביה'.
האונייה ויקטוריה נעצרה במרחק רב מהחוף כאשר היא מפליגה לאל-עריש כשהיא נושאת אמצעי לחימה עבור החמאס בעזה. בין האמצעים שנשאה היו טילי חוף ים C-704 מתוצרת אירן. תפיסתם הייתה חשובה להמשך פעילות הביטחון השוטף מול הרצועה.
בשנת 2011 הוצאו מרבית הדבורים מהשירות וסדר הכוחות של הבסיס עמד על: דבור אחד, 10 דבורות, 5 שלדגים, 2 אוניות עזר, 2 צרעות ו-3 גוררות.
בשנת 2012 המשיכו כלי השיט של הבסיס בפעילות הסגר. סדר הכוחות הזה לא השתנה גם בשנים הבאות. בנובמבר אותה שנה השתתפו כלי השיט של הבסיס במבצע עמוד ענן מול הרצועה. ולאחר סיומו הורחב אזור המותר לדייג ל-6 מיל ימי כחלק מההבנות שהושגו לסיום המבצע.
חסימת משטי מחאה – בסיס אשדוד מתמודד מדי פעם עם משטי מחאה המאורגנים על הפלסטינים ואוהדיהם. ב-5 באוקטובר 2016, עצרו כלי השיט של הבסיס משט מחאה אשר על מנת למשוך תשומת לב עולמית בוצע על ידי נשים בלבד. לשם כך רוכז צוות מוגבר של חיילות הבסיס על סירת צרעה של יחידת סנפיר. העימות נשאר ברמת עצימות נמוכה סירת המפגינות נעצרה הן הובאו לנמל אשדוד ושולחו לארצותיהן.
במבצע צוק איתן.
במבצע שנערך במטרה להפסיק את ירי הרקטות כנגד תושבי ישראל בחודשים יולי אוגוסט 2014 לקחו חלק כלי השיט של הבסיס. במהלך המבצע פעל מערך השליטה הימית באופן אינטנסיבי בבניית התמונה הימית, אשר כללה גורמי מעקב מאתגר והשתנתה במהירות לאורך כל ימי המבצע. בקריות השליטה אף סייעו בסיכול חדירת מחבלים סמוך לקיבוץ זיקים על ידי כך שעקבו והכווינו כוחות לוחמים אל המחבלים, בניסיונם לחדור לישראל דרך המרחב הימי קרוב לגבול עם רצועת עזה. המחבלים חוסלו על ידי לוחמי זרוע הים וכוחות יבשתיים ואוויריים לאחר שהוקפצו למקום בעקבות הזיהוי.
מוצבי חוץ בעבר.
כיום השליטה נעשית מרחוק. יש רק את מפקדת הזירה ובסיס האם באשדוד ומוצב אחד בזיקים (ארז) שגם הוא יפונה במהלך 2019, בעבר השליטה בזירה חייבה פרישת בסיסי משנה.
בסיס דפנה.
מטרת בסיס דפנה הייתה קיום תחנת מכ"ם ומגלה שידורי מכ"ם בחוף סיני בים התיכון ובקרבת נמל פורט סעיד. המוצב תרם רבות לשליטה בגזרה זו. הבסיס שהיה למעשה אי בלב המדבר. חייב תנועה רבה של תספוק באמצעות נחתת. האבטחה בימת ברדוויל חייבה תפעול כלי שיט קטנים במרחק רב מהעורף הטכני לוגיסטי. הבסיס פעל משנת 1970 ועד למסירת סיני למצרים במסגרת הסכם השלום בספטמבר 1979. המידע שסיפק במלחמת יום הכיפורים היה חיוני ביותר לקרבות הטילים שהתרחשו במקום. בשנת 1977 הוקם במקום מעגן לדבורים.
בסיס פנרה.