בשנת 1836 נישא וגנר לשחקנית מינה פלאנר, והם עברו לריגה (אז בשטחה של האימפריה הרוסית), שם קיבל וגנר את משרת המנהל המוזיקלי של בית האופרה המקומי (לימים האופרה הלאומית של לטביה). חצי שנה לאחר הנישואים, נמלטה פלאנר מווגנר אל בית הוריה בדרזדן, בשל התנהגותו העריצה והשתלטנית. לאחר קיץ שלם של שידולים והבטחות, הצליח וגנר להשיבה אליו. עם זאת, היה זה אות מבשר רעות לנישואים כושלים, שהסתיימו במפח נפש שלושים שנה מאוחר יותר.
תנאי העבודה והשכר, הן בקניגסברג והן במגדבורג, היו כה גרועים שבני הזוג חיפשו מפלט בריגה. וגנר, שקץ בתיאטראות פרובינציאליים, והושפע מן הגראנד אופרה הצרפתית, כפי שהתגלמה ב"רוברט השד" ו"ההוגנוטים" של ג'אקומו מאיירבר, החל לחבר בחורף השני שלו בריגה את "ריאנצי". הוא פנה במכתב אל הלבריתן הצרפתי אז'ן סקריב, אך זה לא השיב לו. אז פנה בבקשת המלצה וחסות אל ג'אקומו מאיירבר, במכתב וירטואוזי בניסוחו. גם למכתב זה לא הגיעה תשובה, אך וגנר לא נכנע. די היה לו, שיצר קשר עם פריז, ובשעה שתכנן את מנוסתו מנושיו בריגה, האמין כי לקשר זה יש בסיס של ממש. בעזרת ידיד, ולאחר מכירת כל חפציהם, הצליחו בני הזוג לגייס די כסף למסע המילוט מריגה בשנת 1839. כיוון שדרכוניהם הוחרמו, הם התגנבו בסירה קטנה לאונייה בחשכת הלילה, ואחרי שהצליחו במאמצים רבים להעלות אל הסיפון גם את כלבם הניופאונדלנדי הענק, שווגנר סירב להיפרד ממנו, הסתתרו עד שהאונייה התרחקה מן החוף. במהלך מנוסתם נקלעו לסערה בים בדרכם ללונדון, ומהפלגה זו שאב וגנר את השראתו לאופרה "ההולנדי המעופף". ההסתבכות בחובות ליוותה את וגנר כל שארית חייו. בני הזוג התגוררו מספר שנים בפריז, שם התפרנס וגנר מכתיבת מאמרים ומעיבוד אופרות של מלחינים אחרים.
תקופת דרזדן.
ב-1840 סיים וגנר את כתיבת האופרה השלישית שלו, "ריאנצי". התיאטרון המלכותי של דרזדן בממלכת סקסוניה, בתמיכה רבה של ג'אקומו מאיירבר הסכים להציג את האופרה. ב-1842 עברו וגנר ואשתו לעיר, "ריאנצי" הוצגה שם וזכתה להצלחה רבה. בשש השנים שלאחר מכן התגורר בדרזדן, והתמנה לבסוף למנצח הרשמי של בית המלוכה של סקסוניה. בתקופה זו כתב והציג את "ההולנדי המעופף" ואת "טנהויזר".
שהותם של בני הזוג בדרזדן הגיעה לסיומה בשל מעורבותו הפוליטית (הסוציאליסטית) של וגנר. במדינות הגרמניות השונות הלכה והתעצמה תנועה לאומית שדרשה חירויות רבות יותר ואת איחודן הפוליטי של מדינות הקונפדרציה הגרמנית. וגנר היה שותף פעיל בתנועה זו, ואירח בביתו פעילים חשובים בה, כדוגמת האנרכיסט הרוסי מיכאיל בקונין.
באפריל 1849, במהלך מרידות אביב העמים, הגיעה המחאה נגד ממשלת סקסוניה לשיא, והמלך פרידריך אוגוסט השני פיזר את הפרלמנט. במאי פרץ מרד של ממש, ווגנר השתתף בו באופן שולי. המרד דוכא בידי כוח משולב של כוחות סקסוניים ופרוסיים, והוצאו צווי מעצר נגד פעילים מהפכנים. וגנר הצליח לברוח, תחילה לפריז, שם מצא קורת גג ופרנסה (העתקת פרטיטורות לאופרות) מידו של יהודי מומר ומלחין אופרות ידוע בצרפת של אותה תקופה, ג'אקומו מאיירבר, ואחר-כך המשיך לציריך. חבריו למרד, שלא הצליחו להימלט, נאסרו למשך שנים ארוכות.
גלות, שופנהאואר ומתילדה וזנדונק.
את שתים עשרה השנים הבאות עשה וגנר בגלות. לפני פרוץ המרי בדרזדן השלים את האופרה "לוהנגרין", ועתה הפציר בחברו פרנץ ליסט שיביא להצגתה בהיעדרו. ליסט נענה לבקשה וניצח על הבכורה בוויימאר באוגוסט 1850.
וגנר היה בתקופה זו במצב אישי קשה, מבודד מהעולם המוזיקלי הגרמני וללא הכנסה קבועה. לטיוטות שהלחין אז, מהן תצמח לבסוף "טבעת הניבלונג", לא היה סיכוי להיות מושמעות. אשתו, שלא הייתה מרוצה מהאופרות שחיבר אחרי "ריאנצי", שקעה בדיכאון עמוק. מחלת עור שפקדה אותו הקשתה עליו את הכתיבה.
התפוקה העיקרית של וגנר בשנותיו בציריך הייתה סדרת מאמרים בולטים: במאמר מ-1849 תיאר את מושג הגזאמטקונסטוורק, יצירת האמנות הכוללת, בה משתלבים סוגי אמנות שונים כגון: מוזיקה, שירה, מחול, ציור ואמנויות הבמה. במאמרו "היהודים במוזיקה" (1850) השתלח באנטישמיות נטולת רסן במלחינים היהודיים, וב"אופרה ודרמה" (1851) תיאר את העקרונות האסתטיים שהנחו אותו בכתיבת "טבעת הניבלונג".
בשנים הבאות נתקל וגנר בשני מקורות השראה בלתי תלויים, שהביאוהו לכתיבת האופרה הנודעת "טריסטן ואיזולדה". מקור ההשראה הראשון היו כתביו של הפילוסוף ארתור שופנהאואר, שאליהם חשף אותו חברו המשורר גאורג הרווג. נסיבות חייו האישיים הקלו עליו את קבלת הפילוסופיה של שופנהאואר, המאמצת גישה פסימית ביותר כלפי מצב הקיום האנושי. וגנר דבק בשופנהאואר כל שארית חייו, גם כששפר עליו גורלו.
אחד מרעיונותיו של שופנהאואר היה שלמוזיקה מעמד בכורה בין כל סוגי האמנות, כיוון שהיא היחידה שאינה קשורה בעולם החומרי. וגנר אימץ דעה זו, אף שעמדה בסתירה לאחד מטיעוניו שלו, במאמר "אופרה ודרמה", כי על המוזיקה באופרה לשרת את העלילה הדרמטית. חוקרי וגנר ראו בשופנהאואר את מי שהניע את וגנר לתת למוזיקה תפקיד חשוב יותר באופרות המאוחרות יותר שלו. תורתו של שופנהאואר חדרה גם אל הליבריות שכתב וגנר החל בתקופה זו.
מקור ההשראה השני של וגנר היה המשוררת והסופרת מתילדה וזנדונק. וגנר פגש אותה ואת בעלה אוטו בציריך בשנת 1852. אוטו, חובב נלהב של וגנר, העמיד לרשותו בית באחוזתו. בשנת 1857 כבר היה וגנר מאוהב במתילדה. היא, אף שהחזירה מעט מהאהבה שהמטיר עליה, לא רצתה לסכן את נישואיה, וסיפרה לבעלה על קשריה עם וגנר. בעקבות הרומן עם מתילדה, זנח וגנר את העבודה על "טבעת הניבלונג" (אותה המשיך רק תריסר שנים מאוחר יותר), והחל בכתיבת האופרה טריסטן ואיזולדה, המבוססת על סיפור אהבה ארתוריאני בין האביר טריסטן והגבירה (הנשואה) איזולדה.
מערכת היחסים המורכבת של הזוג קרסה ב-1858, כאשר מינה גילתה מכתב מווגנר למתילדה. בעקבות הריב שהתפתח עזב וגנר את ציריך בגפו, ועבר לוונציה. בשנה שלאחר מכן שב לפריז לפקח על העלאת גרסה חדשה של "טנהויזר", שנכשלה כישלון חרוץ. כל ההופעות בוטלו, ווגנר עזב בחופזה את העיר.
ב-1861 הוסר החרם הפוליטי מעל וגנר, וימי גלותו הגיעו לקיצם. הוא התיישב בפרוסיה, והחל בכתיבת "אמני השירה מנירנברג" (Die Meistersinger von Nürnberg). באופן מפתיע, הייתה זו יצירתו השמחה והאופטימית ביותר. ב-1862 נפרד וגנר סופית ממינה, אף שהמשיך לתמוך בה כספית עד מותה ב-1866.
בן טיפוחיו של לודוויג השני.
גורלו של וגנר השתפר פלאים ב-1864, כאשר עלה לודוויג השני בן ה-18 לכס ממלכת בוואריה. המלך הצעיר, חובב מושבע של האופרות של וגנר עוד מימי ילדותו, דאג להביא את המלחין למינכן, בירת בוואריה. הוא הסדיר את חובותיו הגדולים, וקידם את העלאת האופרה החדשה של וגנר. לאחר קשיים גדולים שהתגלו בחזרות, הועלתה הבכורה של "טריסטן ואיזולדה" בתיאטרון המלכותי של מינכן ב-10 ביוני 1865, וזכתה להצלחה גדולה.
בינתיים הסתבך וגנר ברומן נוסף, הפעם עם קוזימה פון בילוב (Cosima von Bülow), אשתו של המנצח הנס פון בילוב, אחד ממעריציו הגדולים ביותר של וגנר ומי שניצח על הבכורה של "טריסטן ואיזולדה". קוזימה עצמה הייתה בתו מחוץ לנישואים של פרנץ ליסט, וצעירה מווגנר ב-24 שנים. באפריל 1865 נולדה לקוזימה ולווגנר בת מחוץ לנישואים, שנקראה איזולדה. הרומן הלא-סודי ביניהם הביא לשערורייה במינכן, וחינו של וגנר סר בעיני בכירים בחצר, שחששו מהשפעה מזיקה על המלך. בדצמבר 1865, אולץ לודוויג להרחיק את וגנר ממינכן. לודוויג, שהיה ידוע באישיותו התמהונית, שקל לוותר על כס מלכותו כדי להצטרף לווגנר הנערץ עליו בגלות, אך וגנר הניאו מכך.
לודוויג שיכן את וגנר בווילה על גדות אגם לוצרן, שם השלים את המייסטרזינגר מנירנברג, שהועלתה לראשונה במינכן ביוני 1868. באוקטובר התגרשה קוזימה מבעלה, וב-25 באוגוסט 1870 היא ווגנר נישאו. בדצמבר אותה שנה הלחין וגנר את "אידיליית זיגפריד" לכבוד יום הולדתה של קוזימה. נישואים אלו נמשכו עד מותו של וגנר. בנוסף לבתם איזולדה, נולדה להם בת נוספת, אווה, ובן בשם זיגפריד (גיבור במיתולוגיה הגרמנית ומגיבורי ה"ניבלונגים").
בווילה על גדות האגם פגש וגנר ב-1869 לראשונה את הפילוסוף פרידריך ניטשה, שהיה במהרה לחברו הטוב. לרעיונותיו של וגנר הייתה השפעה ברורה על ניטשה, שהיה צעיר ממנו ב-31 שנים. ספרו הראשון של ניטשה, "הולדת הטרגדיה", הוקדש לווגנר. חברותם עלתה לבסוף על שרטון, כאשר ניטשה הלך והתפכח מהיבטים שונים במחשבתו של וגנר, כגון המיליטריזם והאנטישמיות שלו. בכתביו "פרשת וגנר" (1888) ו"ניטשה נגד וגנר" (1888), הציג ניטשה את וגנר כדקדנטי ומושחת, ואף התנער מהערצתו המוקדמת למלחין.
ביירוית.
בחיק משפחתו החדשה יכול היה וגנר להפנות את מרצו להשלמת "טבעת הניבלונג". וגנר רצה שהמחזור השלם יוצג בבית אופרה חדש, שיתוכנן במיוחד למטרה זו.
ב-1871 בחר בעיר הקטנה ביירוית לשכן בה את בית האופרה החדש. בני הזוג עברו לשם בשנה שלאחר מכן, ואז הונחה אבן הפינה למבנה. כדי לגייס כספים לבנייה, הוקמו במספר ערים "חברות וגנר", והוא עצמו החל במסע גיוס כספים ברחבי גרמניה. גיוס הכספים הושלם רק הודות למענק גדול של המלך לודוויג בשנת 1874.
בית האופרה נחנך באוגוסט 1876, בהצגת הבכורה של מחזור "טבעת הניבלונג", בנוכחות אנשי שם רבים: הקיסר וילהלם השני, פדרו השני, קיסר ברזיל, לודוויג השני פטרונו של וגנר (שהשתתף בחשאי), בני אצולה רבים, וכן מלחינים בולטים דוגמת אנטון ברוקנר, אדוארד גריג, פיוטר איליץ' צ'ייקובסקי ופרנץ ליסט.