כתוצאה מהופעתה המאכזבת של סונטג בבנינגטון, גדלה אכזבתה של פאליה ממנה. פאליה אמרה שסונטג נמנעת מעימות עם העולם האקדמי, וטענה שהיא אליטיסטית ומנותקת. פאליה תקפה את סונטג בשנת 1992, לדברי קארל רוליסון וליסה פאדוק, כיוון שזו הייתה דרכה לומר, "אני השלב הבא שלך". כאשר סונטג נשאלה על ידי המגזין הברזילאי "IstoÉ" לגבי פאליה, היא טענה שפאליה צריכה להקים להקת רוק. בשלב מאוחר יותר סונטג אמרה על פאליה, "אנחנו רגילים לחשוב שנורמן מיילר היה רע, אך היא גורמת לנורמן מיילר להיראות כמו ג'יין אוסטן".
קריירה.
פאליה החלה ללמד במכללת בנינגטון בשנת 1972 בין היתר בזכות המלצותיו של הרולד בלום. במהלך עבודתה בבנינגטון פאליה התיידדה עם הפילוסוף ג'יימס פסנדן, שהחל ללמד שם לראשונה במקביל באותו סמסטר.
פאליה פיתחה תאוריה העוסקת בהיסטוריה המינית וסתרה מספר רעיונות שהיו אפנתיים באותה העת בתחום זה באמצעות מחקרה בספרות קלאסית ובעזרת עבודתם המחקרית של ג'יין אלן ריסון, ג'יימס ג'ורג' פרייזר, אריך נוימן ואחרים, ומכאן נבעה ביקורתה על מריה גימבוטאס, קרולין היילברון, קייט מילט ואחרים. בעבודת הדוקטורט שלה מאוניברסיטת ייל, עליה הגנה בשנת 1974, "Sexual Personae: The Androgyne in Literature and Art", פאליה פרשה את עמדותיה לגבי מטריארכיה, אנדרוגניות, הומוסקסואליות, סאדו-מזוכיזם ונושאים אחרים.
פאליה כתבה שעימות עם מייסדות החוג ללימודי נשים באוניברסיטת ​ניו יורק סטייט באלבני "כמעט והגיע למהלומות", כאשר הן הכחישו שההורמונים משפיעים על החוויה או ההתנהגות האנושית. מריבות דומות עם פמיניסטיות ואנשי אקדמיה הגיעו לשיאם בשנת 1978, והובילו להתפטרותה מבנינגטון, לאחר מבוי סתום ממושך עם הנהלת המכללה שהסתיימה בהסגר ביניהם.
פאליה סיימה את כתיבת ספרה "Sexual Personae" בראשית שנות ה-80, אך לא הצליחה להוציאו לאור. היא התפרנסה ממשרות חלקיות בהוראה באוניברסיטת ייל, אוניברסיטת ווסליאן, ומכללות שונות בקונטיקט, ומהרצאות אורח. מאמרה, "The Apollonian Androgyne and the Faerie Queen", פורסם בחורף 1979 בכתב העת האקדמי "English Literary Renaissance", ועבודת הדוקטורט שלה צוטטה על ידי ג'יי היליס מילר במאמרו "Wuthering Heights and the Ellipses of Interpretation" באפריל 1980 בכתב העת "Journal of Religion in Literature." אך חוץ מזה, לא הייתה התקדמות בקריירה האקדמית שלה. פאליה העלתה על הכתב בשנת 1995 במכתבה ללויד הולמס זיכרון שלה: "הרווחתי מעט כסף נוסף מכתיבת כתבות מקומיות מיוחדות בניו הייבן עבור העיתון האלטרנטיבי "The Advocate" בראשית שנות ה-80". היא כתבה מאמרים על הפיצריות ההיסטוריות של ניו הייבן ועל בית ישן בתחנת הרכבת התחתית.
בשנת 1984, פאליה הצטרפה לסגל ההוראה של מכללת פילדלפיה לאמנויות הבמה. מכללה זו התאחדה בשנת 1987 עם מכללת פילדלפיה לאמנות ושתיהן יחד הפכו לאוניברסיטה לאמנות.
פאליה חברה במערכת כתב העת לקלאסיקות ומדעי הרוח Arion וכתבה טור חודשי עבור בין השנים 1995–2001, 2007-2009, ושוב החל מ-2016.
פאליה שיתפה פעולה עם קרל רוליסון וליסה פאדוק בכתבתם "Susan Sontag: The Making of an Icon", והעבירה לידיהם מכתבים מפורטים שצוטטו ברשותה. רוליסון ופאדוק גילו כי עורך דינה של סונטג שלח למו"ל שלהם אזהרה כשהבינה שהם חוקרים את חייה ואת הקריירה שלה.
פאליה משתתפת בכל עשור בסקר של מקצועני סרטים הנערך על ידי Sight &amp; Sound ובו המשתתפים מתבקשים להגיש רשימה מדורגת של עשרת הסרטים הגדולים מכל הזמנים לדעתם. בהתאם לדרוג הסרטים בעשור 2002–2012 פאליה מחשיבה את הסרטים: בן חור, האזרח קיין, לה דולצ'ה ויטה, הסנדק, הסנדק חלק שני, חלף עם הרוח, לורנס איש ערב, מזימות, Orphee, פרסונה, , עשרת הדיברות, וורטיגו לטובים ביותר.
דעות.
פאליה ופמיניזם.
הדעות על פאליה חלוקות ולעיתים אף שנויות במחלוקת. ישנן מבקרות פמיניסטיות שתארו את פאליה כ"פמיניסטית אנטי פמיניסטית", ביקורתית כלפי מאפיינים מרכזיים של פמיניזם עכשווי, אך מחזיקה "במגוון מיוחד של הצהרות פמיניסטיות משלה". איליין שוולטר הזכירה את הערצתה של פאליה לסימון דה-בובואר ולספרה המין השני וציטטה את פאליה שטענה כי הספר הוא "העבודה העילאית של הפמיניזם המודרני... הלמידה העמוקה שלו והטענות המאסיביות שאין כדוגמתן", כמו גם לג'רמיין גריר. אך מרתה דאפי טוענת כי פאליה "לא היססה להטיח עלבונות חצופים" על מספר פמיניסטיות וביניהן גריר עצמה, שעל פי פאליה "הפכה תוך שלוש שנים למכונה" כתוצאה מהצלחתה המוקדמת; פאליה תיארה את פעילותה של האקטיביסטית דיאנה פוס כ"פשוט זבל – מזעזע!" שוולטר מתארת את פאליה כ"ייחודית בהפרזתה ובעוינותה הקטלנית כלפי רובן המכריעה של הפעילויות הפמיניסטיות הבולטות, אנשי ציבור, סופרים וחוקרים בני דורה", שוולטר מונה את קרוליין היילברון, ג'ודית באטלר, קרול גיליגן, מרילין פרנץ', זואי ביירד, קימבה ווד, סוזן תומאס, והילרי קלינטון בין מטרות ביקורתה של פאליה.
פאליה האשימה את קייט מילט שהתחילה את "הסגנון המדכא, הסטליניסטי, של ביקורת הפמיניסטית ..." פאליה העבירה ביקורת שוב ושוב על פטרישיה איירלנד, נשיאתו לשעבר של ארגון נשים לאומי (NOW), וכינתה אותה "מתחסדת", מודל דוחה לחיקוי עבור נשים בעלת גישה "זחוחה, יהירה", הניחנת ב"תהליכים מחשבתיים מוגבלים עד כאב". פאליה טענה כי תחת הנהגתה של איירלנד, NOW "עשתה נזק, והזיזה לשוליים את תנועת הנשים". פאליה קראה לפילוסופית הפמיניסטית מרתה נוסבאום "דיוות מחשב" כקביעה שאין לה קשר לעולם האמיתי, והאשימה אותה בשאילת רעיונותיה ללא אישור. בנוסף היא טענה, כי "ההכשרה או האינסטינקט של נוסבאום לבחינת המין (sex analysis) מפוקפקים במקרה הטוב".
פמיניסטיות רבות בקרו את פאליה; כריסטינה הוף סומרס הגדירה את פאליה כ"מטרה הבולטת ביותר לגינוי פמיניסטי", וציינה כי כתב העת ("Women's Review of (Books" תיאר את ספרה של פאליה "Sexual Personae" כיצירה של "קיצוניות מטורפת", "תחליף גרוע לפשיזם שלאחר המלחמה הקרה החדשה", ו"מתקפת נגד של הפטריארכיה על פמיניזם". סומרס סיפרה שכאשר פאליה הופיעה בפורום באוניברסיטת בראון, פמיניסטיות חתמו על עצומה לגנותה ודרשו לחקור את הנהלים להזמנת נואמים לקמפוס.
נעמי וולף החליפה לעיתים סדרת התקפות אישיות עם פאליה לאורך תחילת שנות ה-90 במגזין ניו ריפבליק, בהם וולף הכתירה את פאליה כ"פיליס שלפלי (פעילה שמרנית נוצרית) של קהל בעלות הפירסינג בפטמות, המתחזה לחתרנית מינית אך היא למעשה הבת הצייתנית של הפטריארכיה" ותארה אתפאליה כ"חסרת יושרה אינטלקטואלית". בשנת 1991, פאליה קראה לוולף כ"כלומניקית".
גלוריה סטיינם אמרה ש"להגדיר את פאליה כפמיניסטית זה שווה ערך לאמירה שנאצים אינם אנטישמים". פאליה האשימה את סטיינם בכך שהשוותה אותה להיטלר ואת "Sexual Personae" טרם קריאתו למיין קמפף. פאליה קראה לסטיינם ה"סטלין של הפמיניזם".
קאתה פוליט תיארה את פאליה כאחת מ"שורה אינסופית של מבקרים חברתיים שהופכים לסלבים על ידי תיאור הפמיניזם כבעיה, במקום הסקסיזם". פוליט כתבה שפאליה מהללת "שליטה גברית", ושהיא מצליחה להתבטא באופנים "שאפילו ראש לימבו היה מחוויר לשמעם", משום שהיא אישה.
פאליה ידועה כמי שמכנה קורבנות לאונס בין מכרים (date rape) "טפשות", ועמדתה שאונס הוא אקט מונע מינית (שלא כעמדת פמיניסטיות רבות שמדובר באקט של שליטה וכוח) נתמכת על ידי פסיכולוגים האבולוציוניים.
פאליה וחשיבה צרפתית.
פאליה ביקורתית לגבי ההשפעה שיש לסופרים הצרפתים המודרניים על מדעי הרוח. היא טוענת שהאוניברסיטאות משועבדות לפוסט-סטרוקטורליסטים הצרפתים, וכי היא עצמה מעולם לא מצאה אפילו משפט אחד שעניין אותה בכתביהם של ז'אן בודריאר, ז'אק לאקאן, ז'אק דרידה ומישל פוקו. לדעתה, הפוסט סטרוקטורליזם שובר את הקשר בין המילה והדבר, ובכך מסכן את הקאנון המערבי. עם זאת, עמדתה של פאליה לגבי הסופרים הצרפתים איננה שלילית לחלוטין. היא כינתה את "המין השני" של סימון דה בובואר "מבריק" וטענה שזה "הדבר היחיד שבוגר לתואר ראשון במיניות צריך". פאליה הגדירה את עבודתו של ז'אן-פול סארטר, כחלק מתקופה מרוממת בספרות. היא כתבה ביקורות חיוביות על "מיתולוגיות" של רולאנד בארת ועל "Masochism: Coldness and Cruelty" של ז'יל דלז, אולם מצאה שעבודותיהם המאוחרות של שני הגברים פגומות. על גסטון בשלר, שהשפיע עליה רבות, היא כתבה ש"השיטה הפנומנולוגית הציורית המכובדת אך עם זאת נזילה [שלו] נראית לי אידיאלית לאמנות", והוסיפה כי הוא "הסופר הצרפתי המודרני האחרון שלקחתי ברצינות".
דעות פוליטיות.
חלק מדעותיה נתפסות כשמרניות, אך פאליה מגדירה את עצמה כדמוקרטית וליברלית. היא מתנגדת לחוקים נגד זנות, פורנוגרפיה, סמים, והפלות. פאליה העבירה ביקורת על ביל קלינטון על כך שלא התפטר לאחר שערוריית מוניקה לוינסקי, שלטענתה גרמה לכך שאמריקה "הופתעה על ידי ה ב 11/9". במסע הבחירות לנשיאות ארצות הברית בשנת 2000, היא הצביעה למועמד מטעם המפלגה הירוקה ראלף ניידר, "[כי] אני מתעבת את המבנה המתנשא והמושחת של המפלגה הדמוקרטית, אשר בו אשאר רשומה בעקשנות". בבחירות לנשיאות ארצות הברית בשנת 2004, פאליה תמכה בג'ון קרי, ובשנת 2008, היא תמכה בברק אובמה. בשנת 2012, היא תמכה במועמדת המפלגה הירוקה ג'יל שטיין. בבחירות 2016, פאליה הייתה ביקורתית מאוד כלפי הילרי קלינטון, וקראה לה "שקרנית" ו"רמאית". היא שקלה תמיכה עצמאית בברני סנדרס, אך לבסוף הצביעה שוב עבור שטיין.
ספרים.
Sexual Personae.