לשב"כ בפיקודו של דיכטר הייתה מעורבות רבה בביצוע סיכולים ממוקדים ובהאצת השימוש במדיניות זו, שגובשה עוד לפני כניסתו של דיכטר לתפקיד ראש הארגון. מדיניות זו - של הריגת מחבלים בכירים, מנהיגי טרור ו"פצצות מתקתקות" - יושמה בשיתוף פעולה עם צה"ל ובייחוד חיל האוויר הישראלי, שלרוב היה הזרוע המבצעת בסיכול (ירי טיל ממסוק קרב אל עבר המחבל). מצד השב"כ, יובל דיסקין היה זה שהופקד על בניית מערך הסיכול הממוקד והתיאום עם צה"ל. בעוד שצה"ל היה אחראי על הביצוע, השב"כ היה אחראי על הספקת המודיעין (איתור המטרה, דיווח על סדר היום שלה) ו"הפללת" היעד (כלומר: וידוא שהאדם על הכוונת הוא אכן מחבל ולא עובר אורח). הסיכולים הממוקדים כוונו בהתחלה נגד דרגי-השטח והביצוע אך בעקבות ההסלמה בטרור הפלסטיני, הורחבו החיסולים גם אל צמרת ארגוני הטרור ומנהיגיהם "הפוליטיים". במרץ 2004 חוסל מייסד החמאס ומנהיגו הרוחני אחמד יאסין, וחודש אחר כך חוסל יורשו עבד אל-עזיז רנטיסי. בשנת 2005 חוסלו מספר בכירים בג'יהאד האיסלאמי.
כתוצאה ממבצעים אלה, נהנה השב"כ מיוקרה הן בקרב הציבור והן בקרב מקבלי ההחלטות. למרות ההישגים הרבים האלה, השב"כ ספג לא מעט ביקורת. פיגועי ההתאבדות שהשב"כ לא הצליח לסכל גרמו למאות הרוגים ישראלים. כמו כן, מערך האבטחה של השב"כ כשל בשנית וכתוצאה מכך נרצח שר התיירות רחבעם זאבי בידי מחבלים פלסטינים מארגון החזית העממית לשחרור פלסטין.
בנוסף לפעילותו בסיכול טרור, מנהל השב"כ מאגר מידע ממוחשב על פעילי הטרור הפלסטינים ועל כל אירועי הטרור - שבוצעו או סוכלו - מאז פרוץ האינתיפאדה השנייה. חשיבותו העיקרית של מאגר מידע ממוחשב זה היא בסיכול פעולות טרור, אך גם במתן נתונים לצורכי הסברה, כגון בהפקת פרסומים סטטיסטיים בנוגע לפעילות השב"כ באינתיפאדה, ודוגמאות שמיות לפעילות ארגוני הטרור, המפורסמים מדי שנה באמצעי התקשורת.
אחרי האינתיפאדה וההתנתקות.
הפעילות הרבה של צה"ל, משמר הגבול והשב"כ הביאה בסופו של דבר לדיכוי הטרור ביהודה ושומרון, אם כי עדיין מתרחשים מדי פעם באזורים אלה פיגועי ירי נגד ישראלים. השב"כ ממשיך לפעול ביהודה ושומרון לסיכול פיגועים. ב-2011 הצליח השב"כ, בשיתוף יחידות מיוחדות של צה"ל, לאתר ולעצור את מבצעי טבח משפחת פוגל באיתמר. הם הודו במעשה בבית המשפט ונידונו למספר רב של מאסרי עולם.
ברצועת עזה, בעקבות תוכנית ההתנתקות והנסיגה של הצבא מרצועה, נחלשה אחיזתו המודיעינית של השב"כ. כתוצאה מכך נכשל השב"כ בניסיון לגלות מידע על החייל החטוף גלעד שליט והיכן הוחזק. למרות זאת, השב"כ, ביחד עם כטב"מים של חיל האוויר הישראלי, ממשיך לספק מודיעין צבאי המאפשר סיכולים ממוקדים של פעילי טרור.
בתחילת העשור השני של המאה ה-21 חיזק השב"כ, בשיתוף אמ"ן, את הפעילות המודיעינית שלו בגזרה הדרומית, רצועת עזה וגבול ישראל-מצרים, בעקבות עלייה בפעילות הטרור שם, תעבורת מחבלים דרך ציר ה-ח' וביצוע פיגועים שזכו להד רב בגבול ישראל-מצרים. ב-14 בנובמבר 2012 פיקד ראש השב"כ יורם כהן, ביחד עם הרמטכ"ל בני גנץ, על מבצע הריגתו של אחמד ג'עברי, ראש הזרוע הצבאית של החמאס. ב-2013 דווח כי השב"כ הקים חטיבה מיוחדת לסיכול טרור שמקורו בסיני.
ב-22 בינואר 2014 הותר לפרסום כי השב"כ חשף ועצר תא טרור של אל-קאעידה שהורכב מפלסטינים ממזרח ירושלים ויהודה ושומרון שהופעל על ידי מחבלים בג'יהאד העולמי שיושבים ברצועת עזה ותכנן מספר רב של פיגועי תופת בישראל.
ב-12 ביוני 2014 שלושה נערים נחטפו ונרצחו על ידי תא חמאס בחברון. בעקבות החטיפה, יצאו צה"ל, השב"כ והימ"מ למבצע שובו אחים במטרה לאתר ולשחרר את הנערים, שמצבם לא היה ידוע בעת ההתרחשות. מידע מודיעיני שסיפק השב"כ הוביל לחיפושים באזור שבו נמצאו בסופו של דבר גופות הנערים, 18 ימים לאחר החטיפה. כשלושה חודשים לאחר החטיפה אותרו גם החוטפים, שנהרגו ב-23 בספטמבר אחרי שהתנגדו למעצר.
ב-2015 ביצעו מספר חוליות של מחבלים פלסטיניים מספר פיגועי ירי קטלניים ביהודה ושומרון בהם נהרגו מספר ישראלים. חוקרי השב"כ פיענחו את הפיגועים והשיגו מודיעין צבאי שאפשר את מעצר החוליות תוך זמן קצר. בנוסף חשף השב"כ ועצר מספר חוליות טרור של חמאס שתכננו פיגועים גדולים. באותה שנה חשף השב"כ בודדים וחוליות מקרב ערביי ישראל שהצטרפו לדאעש ואף תכננו לצאת לסוריה ועיראק כדי להילחם למען המדינה האסלאמית ולחזור ולבצע פיגועים בישראל.
בראש השנה ה'תשע"ו פרץ גל הטרור הפלסטיני (2015–2016) שהתבטא במספר רב של פיגועי טרור, הבולטים שבהם פיגועי דקירה וירי, שביצעו מחבלים פלסטינים, לרוב ללא שיוך ארגוני ורבים מהם קטינים. גל הטרור זכה לכינוי "אינתיפאדת הבודדים" בשל מאפייני המפגעים. השב"כ לא הצליח לספק התרעות על רוב הפיגועים אך הצליח לפענח את הפיגועים במהירות והביא למעצר של אלה מבין המפגעים שלא נורו בעת הפיגוע. במקביל חשף וסיכל השב"כ חוליות טרור מאורגנות של חמאס שתכננו לבצע פיגועים גדולים וקטלניים.
בסוף שנת 2017 פורסם כי השב"כ פיתח כלים בתחום הסייבר וניטור רשתות חברתיות מקוונות (דוגמת פייסבוק, שבה יש הסתה לטרור ומספר רב של מחבלים הצהירו בה על כוונתם לפגע), וכי ארגוני ביטחון ממדינות זרות מבקשים ללמוד מהניסיון והידע שלו בתחום זה. בדיווח לוועדת חוץ וביטחון של הכנסת אמר ראש השב"כ נדב ארגמן שבשנת 2017 סיכל השב"כ 400 פיגועים משמעותיים, בהם 13 פיגועי התאבדות ו-8 פיגועי חטיפה ומיקוח. ב-3 בינואר 2018 פורסם שהשב"כ חשף חוליית טרור פלסטינית בראשות סוכן פלסטיני שהופעל על ידי המודיעין האיראני ותכננה פעולות טרור, כולל פיגוע התאבדות, וכן ריגלה עבור איראן. ביוני 2018 חשף השב"כ שמתחילת השנה הוא סיכל כ-250 פיגועי טרור. בשנת 2019 פורסם כי בעקבות "המהפכה הטכנולוגית" שהוביל ארגמן, קרוב לשליש מכוח האדם בשב"כ הם אנשי טכנולוגיה.
ב-6 במאי 2021 חשף השב"כ שמיליוני אירו שתרמו עמותות אירופאיות כביכול למטרות הומינטריות הועברו לארגון הטרור "החזית העממית לשחרור פלסטין" שהשתמש בהם לצורכי טרור.
ב-8 באפריל 2022 לוחמי היחידה המבצעית של השב"כ ("צוות טקילה") איתרו וחיסלו ליד מסגד ביפו את המחבל שביצע את פיגוע הירי ברחוב דיזנגוף (2022).
מאבק במגפת הקורונה.
במסגרת המאבק בהתפרצות נגיף הקורונה בישראל אישרה ממשלת ישראל במרץ 2020 תקנות שעת חירום למאבק בנגיף הקורונה, שהסמיכו את השב"כ לעבד מידע טכנולוגי כדי לסייע למשרד הבריאות במניעת התפשטות הנגיף. בעקבות עתירות שהוגשו בעניין לבג"ץ הוסמך שירות הביטחון הכללי לעשות זאת מכוח חוק שירות הביטחון הכללי, ובהמשך נחקק למטרה זו חוק הסמכת שירות הביטחון הכללי לסייע במאמץ הלאומי לצמצום התפשטות נגיף הקורונה החדש וקידום השימוש בטכנולוגיה אזרחית לאיתור מי שהיו במגע קרוב עם חולים (הוראת שעה), התש״ף–2020. המידע עוסק בתקופה של 14 הימים שלפני אבחונו של חולה, והוא עוסק בנתיב התנועה של אותו החולה וזיהוי אנשים שבאו במגע קרוב עמו. לקבלת המידע משמש מאגר נתונים של השב"כ המכונה "הכלי".
לפי נתוני השב"כ, בשנת 2020 אותרו באמצעות הסיוע הטכנולוגי של הארגון כ-90 אלף חולים, וכתוצאה מכך נמנעו כ-50 אלף נדבקים חדשים. בשנת 2021 הופסקו איכוני השב"כ, אך חודשו לזמן קצר בעקבות התפשטות וריאנט אומיקרון של נגיף הקורונה.
הסדרת פעילותו של השב"כ.
סמכותו של השכ"ב בהקמתו, התבססה על סעיף 18 לפקודת סדרי השלטון והמשפט, שהסמיכה את הממשלה "להקים כוחות מזוינים, ביבשה, בים ובאוויר, אשר יהיו מורשים לעשות את כל הפעולות הדרושות והחוקיות לשם הגנת המדינה".
עם הגידול במרכזיותו של השב"כ בחיי מדינת ישראל גבר הצורך בהסדרת פעילותו. בעקבות פרשת קו 300 ופרשת עיזאת נאפסו, כמו גם טענות על שימוש בלתי מבוקר בעינויים במהלך חקירתם של עצירים פלסטינים, הוקמה "ועדת לנדוי", שפרסמה בשנת 1987 דו"ח שבא לקבוע קריטריונים לשימוש באמצעי חקירה זה. הדו"ח קבע שבשב"כ רווחה בשנות ה-80 של המאה ה-20 תרבות של עדויות שקר. הדו"ח המליץ על התרת שימוש בלחץ פיזי מתון בחקירות, והגמשה של הכללים כאשר מדובר בחקירה העוסקת ב"פצצה מתקתקת", שהיא אירוע חבלני ספציפי העומד להתרחש בזמן הקרוב, ויש לעשות כל מאמץ על מנת לסכלו. בשנת 1999, בעקבות עתירות שהוגשו על ידי האגודה לזכויות האזרח והוועד הציבורי נגד עינויים בישראל, דן בג"ץ בשיטות החקירה של השב"כ, ובפסק-דין תקדימי קבע שאסורות שיטות חקירה הכוללות לחץ פיזי. בעקבות פסיקה זו קראו אנשי ציבור ובהם הח"כים רובי ריבלין ושאול יהלום לחוקק חוק שיתיר לשב"כ להמשיך ולהשתמש בלחץ פיזי מתון בחקירותיו. הדיונים בכנסת ובוועדותיה בעניין זה נמשכו עד שנת 2002, אז חוקקה הכנסת את חוק שירות הביטחון הכללי, המסדיר את פעולתו של השב"כ. בסופו של דבר לא כלל החוק סעיף המתיר שימוש בלחץ פיזי.
על פי חוק השב"כ, ראש הממשלה ממונה על ראש השב"כ ונושא באחריות מיניסטריאלית לפעולת הארגון. השב"כ כפוף לממשלה (בדומה לצה"ל) ובנוסף פועלת "ועדה לשירותים חשאיים" הכוללת 5 חברים, בהם ראש הממשלה, שר הביטחון, שר המשפטים ושני שרים נוספים, המייצגת כלפי השב"כ את הממשלה כולה (בדומה לתפקיד הקבינט ביחס לצה"ל). בניגוד לחקירות משטרה, חקירות השב"כ אינן מחויבות בתיעוד קולי וחזותי.
עד שנת 2005 שימש נציג השב"כ בתפקיד סגן מנהל האגף לחינוך הערבי במשרד החינוך. הנציג היה יכול לבטל מינויים של מורים, מנהלים ובעלי תפקידים אחרים במערכת החינוך הערבית. התפקיד בוטל על פי המלצת ועדת דוברת.
במשך שנים רבות היה איש שב"כ הכפוף לפרקליטות המדינה, "מבקר תלונות נחקרים בשב"כ" (מבת"ן). בשנת 2013 הועבר תפקיד זה למשרד המשפטים.