אלכסנדר פגשה את גרינל בינואר 1907 בזמן שהתכוננה למשלחתה לאלסקה; היא הגיעה למחלקה לביולוגיה של המכון הפוליטכני תרופ כדי למצוא את ג'וזף דיקסון, תלמידו של גרינל. דיקסון הומלץ לאלכסנדר על ידי חוקר הטבע פרנק סטיבנס (Frank Stephens), מחבר הספר "היונקים של קליפורניה" (California Mammals). גרינל תמך בדיקסון כחבר במשלחת של אלכסנדר, בזמן שהם דנו באלסקה. גרינל הזמין את אלכסנדר לביתו כדי לראות את האוספים שלו, מה שעשתה לפני שחזרה לאוקלנד. השם אנני מ. אלכסנדר נראה מוכר וגרינל מצא בין המסמכים שלו תדפיסים של מכתבים מהפלאונטולוג לאלכסנדר, שהודה לה על עבודתה ותמיכתה הכספית. כשהוא מרוצה ממחויבותה למחקר, הוא שלח לה מכתב המפרט נקודות ספציפיות על עבודת שטח שיביאו למקסימום את התוצאות המדעיות מהמשלחת בת שבעת החברים.
אלכסנדר חזרה לקליפורניה בקיץ 1907. היא הזמינה את גרינל לצפות בדגימות מאלסקה. במהלך חג ההודיה הוא נפגש עם אלכסנדר בביתה. השניים החליפו רעיונות למוזיאון בחוף המערבי שיהיה שווה למוסדות במזרח ארצות הברית, כמו מוסד הסמית'סוניאן. אלכסנדר וגרינל האמינו שבעלי החיים והצומח של הטריטוריה המערבית נעלמים במהירות כתוצאה מהשפעה אנושית, ולכן תיעוד מפורט היה חיוני הן לדורות הבאים והן לידע. ראיית הנולד הזו התגלתה כשימושית כמעט מאה שנה מאוחר יותר, כאשר חוקרים במוזיאון לזואולוגיה של החולייתנים השתמשו ברשימות השדה של גרינל כדי להשוות שינויים בבעלי החיים בקליפורניה.
גרינל ואלכסנדר היו חלוקים ביניהם לגבי היכן צריך להיות ממוקם המוזיאון. גרינל דגל באוניברסיטת סטנפורד בעוד שאלכסנדר, שהתרשמה מהרצאות בנושא הפלאונטולוגיה של אוניברסיטת קליפורניה (UC) שבה השתתפה, קבעה שהמוזיאון יהיה ב-UC.
אלכסנדר הרחיבה על דרישות התפקיד במכתב לגרינל מספטמבר 1907 לאחר שחזרה מאלסקה: "הייתי רוצה לראות אוסף מפותח (בייחוד של בעלי החיים בקליפורניה) ואשמח לתת את התמיכה שאוכל אם אצליח יכול למצוא את האיש הנכון לנהל; מישהו שמעוניין לא רק בהבאת אוסף, אלא גם עם מבט על הנושא הגדול יותר, כלומר איסוף נתונים בקשר לעבודה שתהיה לה השפעה ישירה על הנושאים הביולוגיים החשובים של ימינו. עבודה שיטתית הנעשית בתבונה היא העבודה הנחשבת."
אלכסנדר מינתה את גרינל למנהל לשנה אחת, אם כי בסופו של דבר הוא מילא את התפקיד הזה למשך שארית חייו. הוא נתן את למוזיאון את שמו ובשנת 1909 תרם את אוסף היונקים שלו, וגם את המאמרים הכרוכים שלו בכתבי העת השונים. הוא תרם את כל אוסף דגימות הציפורים שלו למוזיאון בשנת 1920. אוסף הציפורים מנה יותר מ-8,000 פריטים.
מערכת היחסים בין מנהל המוזיאון לנדבנית הייתה יוצא דופן. גרינל דחה את בקשותיה של אלכסנדר כמעט בכל היבט של עסקי המוזיאון. אלכסנדר, בתורה, ציפתה שגרינל יקדיש את כל זמנו ומרצו למפעל, להמשיך במחקר ובפרסום, בנוסף לחובתו כמנהל.
בשנת 1908, אלכסנדר כתבה לגרינל וביקשה המלצה על מישהו מתאים למשלחת הקרובה של 1908. תשובתו עוררה תגובה חריפה מאלכסנדר: "הוקל לי למדי שלא יכולת להמליץ על אישה למסע שלנו, אם כי אני מצרה על הבוז הברור שלך כלפי נשים כחוקרות טבע...". אלכסנדר מצאה את לואיז קלוג (Louise Kellogg) כדי להצטרף למסע באלסקה. מכתב שלאחר מכן מגרינל היה גלוי לב עוד יותר, "אני מקווה שהגילוי שלך [של בת לוויה] יוכח כחשילה וחרוצה. מבחן אחד טוב יכול להיות שהיא תתייג מחרוזות [תוויות דגימות] במשך חמש שעות ברציפות!".
אלכסנדר תמכה במוזיאון כלכלית; במהלך 46 השנים שלאחר מכן, היא תרמה יותר מ-1.5 מיליון דולר.
עורך הקונדור.
הקונדור היה אחד משלושה כתבי עת של מועדון האורניתולוגיה (או החברה) של קופר, אחד מהארגונים הגדולים בעולם לאורניתולוגיה ללא מטרות רווח, על שמו של ג'יימס ג. קופר (James G. Cooper), חוקר טבע מקליפורניה.
העורך הראשון של המגזין היה צ'סטר בארלו (Chester Barlo), חבר מייסד של המועדון ועורך עד מותו ב-1902 בגיל 28 משחפת. ג'וזף גרינל היה רשום כעורך החל בגיליון ינואר 1906, כשהחליף את וולטר ק. פישר (Walter K. Fisher). המשרד הראשי של כתב העת עבר לפסדינה מסנטה קלרה כאשר גרינל, שעדיין גר בפסדינה, הפך לעורך.
הקונדור פרסם מודעות מסווגות שבהן מופיעים פריטים לקנייה, מכירה או סחר עבור דגימות, אוספים, אקדחים, מצלמות או פרסומים אחרים. המינים והביצים שלהם למכירה או להחלפה כללו ציפורים נדירות כמו קונדור קליפורני ועיטם לבן-ראש.
גרינל גם פרסם במטרה לסחור בדגימות בכתב העת; גיליון נובמבר 1906 הכיל את המודעה: "מבוקש - אשלם מזומן או חליפין טוב בעורות יונקים או ציפורים". באותו גיליון משנת 1906, גרינל התייחס למאמרו של המטיל ספק בתועלת המדעית של איסוף ביצים () בכתב העת "Bird-Lore" של אגודת אודובון. גרינל מגן על איסוף וחקר ביצי ציפורים במאמר המערכת שלו "האם איסוף ביצים מוצדק?" וכולל פעילות נופש כאחד הערכים המושגים מאיסוף ביצי ציפורים. "ואז ישנו שלב הנופש שאין לזלזל בו; וההנאה שיש להפיק מהמרדף הזה. עלינו להודות שקיבלנו סיפוק מלא יותר, במילים אחרות "אושר", מטיול חופשה אחד אל ההרים אחרי ציפורים וביצים נדירות מאשר מתוך שנתיים של עבודתנו באוניברסיטה באמבריולוגיה!".
גרינל ערך את "הקונדור" במשך 33 שנים. הוא היה אחד המשפיעים ביותר ושירת במהלך שנות הפיתוח הראשונות של המגזין. כעורך, הוא היה דמוקרטי במובנים מסוימים, וביקש מחברים להצביע על שינויים אפשריים, כמו שימוש ביחידות מדידה מטריות (הצבעת הרוב הייתה לדחות הצעה זו). הוא יישם "איות מפושט" שהשתמש בפונטיקה, ושניתן לראות אותו בביטויים במהדורות מוקדמת. המגזין תחת כהונתו של גרינל התרחב מ-175 ל-223 עמודים בפורמט נוכחי, ונכון לשנת 1993, בכ-1,100 עמודים בשנה, והוא כתב העת הגדול ביותר באורניתולוגיה.
שיטת גרינל לרישום הערות.
אף על פי שג'וזף גרינל התקשה בכתיבה, הוא השקיע מאמץ רב לייצר כתיבה עובדתית ומדויקת. הסופר ויליאם ליאון דוסון (William Leon Dawson), כתב על גרינל, "שכמה מהסקיצות הביוגרפיות שלו מעידות על חדות תובנה, ומביאות לידי ביטוי שפע של מידע ממקור ראשון המסמן אותו כבעל פוטנציאל הביוגרף המוביל של עופות מערביים".
גרינל פיתח והטמיע פרוטוקול מפורט לרישום תצפיות בשטח. יחד עם קטלוג של דגימות שנתפסו, נשמר יומן, נרשמו חשבונות מפורטים של התנהגויות של מינים בודדים, מפות טופוגרפיות צוינו כדי להציג יישובים ספציפיים, ולעיתים קרובות צולמו תמונות של אתרי איסוף ובעלי חיים שנלכדו. חומרים אלה תיעדו גם תנאי מזג אוויר, סוגי צמחייה, קולות ועדויות אחרות לנוכחות בעלי חיים במקום מסוים.
השיטה כוללת ארבעה מרכיבים:
תשומת הלב של גרינל לפרטים כללה את סוג הנייר לכתיבה. "הדיו והנייר מהודו באיכות קבועה יגרום לכך שהרשימות שלנו תהיינה נגישות בעוד 200 שנה מהיום". הוא הוסיף, "אנחנו נמצאים בחלק החדש ביותר של העולם החדש שבו האוכלוסייה תהיה עצומה בעוד חמישים שנה לכל היותר".
שיטת גרינל (גם מערכת גרינל) היא ההליך המשמש לרוב על ידי ביולוגים מקצועיים וחוקרי טבע.
סקר הפאונה של קליפורניה.
המטרה של גרינל עבור המוזיאון הייתה לבנות אוסף בעיקר של מינים מקליפורניה, עם דוגמאות השוואתיות מחוץ למדינה. אזורי מדגם מייצגים של קליפורניה נסקרו בהרחבה, ואז בפירוט. משלחת השדה הראשונה למוזיאון החדש הייתה ל באפריל 1908. המשלחת של שנת 1910 שהתה שלושה חודשים בשטח לאורך נהר הקולורדו כדי לחקור את השפעת הנהר כמחסום בתפוצת יונקי המדבר. אזור הר ויטני נחקר ב-1911, ב-1913 ובין 1914 ל-1920, נסקר חתך של הרי סיירה נבדה, כולל יוסמיטי. אזור פסגת לאסן נחקר על ידי גרינל, ג'וזף ס. דיקסון וג'ין מ. לינסדייל (Jean M. Linsdale) מ-1924 עד 1929.
סקרי השטח סיפקו גם חומר מקור לספרים "ציפורי הציד של קליפורניה" (Game Birds of California, 1918) ו"יונקים בעלי פרווה של קליפורניה" (Fur-bearing Mammals of California, 1937).
יוסמיטי.
אזור הסקר של יוסמיטי משנת 1914 כלל 4,010 קילומטרים רבועים במלבן צר ממזרח , על פני רכס סיירה נבדה ועד לקצה המערבי של האגן הגדול, כולל . היו 40 תחנות איסוף, עם בין אחד לחמישה אנשים בתחנה. צוות הסקר אסף דגימות של בעלי חיים על ידי ירי והצבת מלכודות. נרשמו תצפיות על התנהגות בעלי חיים, כולל המבנים שהם מייצרים כלומר קנים או מחילות. צוות הסקר של שמונה חוקרים, כולל גרינל וג'וזף דיקסון, הפיק 2,001 עמודים של רשימות שטח ו-700 תצלומים. המחקר פורסם בשנת 1924 בשם "החי ביוסמיטי" (Animal Life in the Yosemite).
אזור פסגת לאסן.
נסקרו 50 אתרים ברחבי אזור לאסן שבצפון קליפורניה אשר תיעדו את התפוצה של יותר מ-350 מינים של עופות, יונקים, זוחלים ודו-חיים, ונאספו יותר מ-4,500 דגימות. התוצאות פורסמו במונוגרפיה משנת 1930: "ההיסטוריה של טבע של חולייתנים של חלק מצפון קליפורניה דרך אזור פסגת לאסן" (Vertebrate Natural History of a Section of Northern California through the Lassen Peak Region). יותר מסתם רשימת מינים, כרך זה בן 600 עמודים כולל תצפיות התנהגותיות ותצלומים היסטוריים. עבור מקומות רבים באזור, נותר סקר לאסן מצאי החולייתנים המקיף ביותר שנערך עד היום.