המתקפה על דרווין בפברואר 1942 ציינה את תחילתה של מערכה אווירית ממושכת על צפון אוסטרליה ועל איי הודו המזרחית ההולנדים שנכבשו על ידי היפנים. לאחר המתקפה הראשונה על דרווין, שיגרו בעלות הברית במהירות טייסות קרב לתגבור כוחות הצבא בצפון כדי שיגנו על העיר מפני סכנת פלישה. יחידות אוויר אלו גם ביצעו תקיפות על עמדות יפניות באיי הודו המזרחית ההולנדים והיפנים הגיבו בעשרות תקיפות של שדות תעופה בדרווין ובסביבותיה במהלך 1942 ו-1943, שמעטות מהן גרמו לנזק משמעותי. תקיפות אלו זכו למענה ממטוסי הקרב של ארצות הברית, אוסטרליה ובריטניה והיפנים איבדו בהדרגה רבים מכלי הטיס שלהם, ככל שמערך ההגנה על דרווין השתפר. בתקופה זו ניהלו היפנים גם סדרה של תקיפות קטנות חסרות השפעה על עיירות ועל שדות תעופה בצפון קווינסלנד ובאוסטרליה המערבית.
במקביל לעצירת ההתקפות היפניות על צפון אוסטרליה בסוף 1943, נמשכה מתקפת בעלות הברית עד לתום המלחמה. בסוף 1942 ניהלו מטוסי בעלות הברית התקפות על טימור, כסיוע לכוחות הגרילה האוסטרלים שם. מראשית 1943 פעלו טייסות המפציצים הכבדים של ארצות הברית כנגד מטרות יפניות במזרח איי הודו המזרחית ההולנדים מבסיסים ליד דרווין. המתקפה הזאת התעצמה החל מיוני 1943 כדי להסיט את הכוחות היפנים הרחק מגינאה החדשה ומאיי שלמה ולקחו בה חלק יחידות מפציצים אוסטרליות, הולנדיות ואמריקאיות. ההתקפות המשיכו עד לתום המלחמה ובסוף 1944 הוחלפו המפציצים הכבדים האמריקאים בטייסות אוסטרליות שהיו מצוידות במפציצים B-24. החל מ-1944 הוצבו בדרווין גם כמה טייסות PBY קטלינה, שניהלו פעולות הנחת מוקשים חשובות ברחבי דרום-מזרח אסיה.
ההתקדמות אל הפיליפינים.
חלקם של הכוחות האוסטרלים בלחימה בדרום-מערב האוקיינוס השקט הצטמצם במהלך 1944. במחצית השנייה של 1943, החליטה ממשלת אוסטרליה, בהסכמתו של מקארתור, שממדי הכוחות האוסטרלים יוקטנו כדי לשחרר כוח אדם לטובת התעשיות שפעלו במסגרת המאמץ המלחמתי, שהיו חשובים לאספקת ציוד לבריטניה ולכוחות ארצות הברית באוקיינוס השקט. תפקידה העיקרי של אוסטרליה במאמץ המלחמתי של בעלות הברית החל מנקודה זו והלאה היה לספק לבעלות בריתה מזון, חומרי גלם ומוצרי תעשייה, שהיו דרושים עבור הניצחון על יפן. כתוצאה ממדיניות זו, הועמד סדר הכוחות של צבא אוסטרליה שהיו כשירים לפעולות תקיפה על שש דיוויזיות חיל רגלים ועל שתי בריגדות משוריינות. סדר הכוחות של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי הועמד על 53 טייסות וכוחו של הצי המלכותי האוסטרלי הוגבל לספינות שהיו באותה עת כבר בשירות או שכבר היו בתהליכי תכנון ובנייה. בראשית 1944, כל הדיוויזיות של הצבא, למעט שתיים, הועברו לרמת אתרטון שבצפון קווינסלנד, למטרת אימונים והתאוששות. מספר גדודים בפיקוד אוסטרלי שאוישו על ידי ילידי גינאה החדשה הוקמו במהלך 1944. הם אורגנו כ"רגימנט איי האוקיינוס השקט" (Royal Pacific Islands Regiment) ובהדרגה החליפו גדודים של צבא אוסטרליה שפורקו במהלך אותה שנה. כוחות אלו פעלו לצדן של יחידות צבא אוסטרליות לכל אורך המערכה על גינאה החדשה.
לאחר שחרור מרבית שטחו של החלק האוסטרלי של גינאה החדשה, השתתפו חיל האוויר המלכותי האוסטרלי והצי המלכותי האוסטרלי במערכה על מערב גינאה החדשה בהובלת ארצות הברית, שמטרתה הייתה לאבטח את הבסיסים ששימשו לשיגור הכוחות שפעלו לשחרור הפיליפינים. ספינות מלחמה אוסטרליות, טייסות קרב, מפציצים ויחידות בניית שדות תעופה של הקבוצה המבצעית העשירית של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי, השתתפו בשחרור הולנדיה, ביאק, נומפור ומורוטאי. לאחר שהשליטה על מערב גינאה החדשה הייתה מובטחת, שונה שמה של הקבוצה המבצעית העשירית ל"חיל האוויר הטקטי הראשון" (First Tactical Air Force) ונעשה בו שימוש להגנת האגף של ציר ההתקדמות של בעלות הברית במסגרת תקיפת העמדות היפניות באיי הודו המזרחית ההולנדים ולביצוע משימות שוטפות שונות. האבדות שנגרמו במהלך ביצוע פעולות משניות אלו גרמו לירידה במורל ותרמו לפריצתה של "מרידת מורוטאי" באפריל 1945.
מרכיבים של הצי המלכותי האוסטרלי ושל חיל האוויר המלכותי האוסטרלי לקחו חלק בשחרור הפיליפינים. ארבע ספינות מלחמה אוסטרליות וספינות התובלה "קנימבלה" (HMAS Kanimbla), "מנורה" (HMAS Manoora) ו"ווסטרליה" (HMAS Westralia), לצד מספר ספינות מלחמה ותמיכה קטנות, לקחו חלק בקרב לייטה ב-20 בנובמבר 1944. מקורות אוסטרלים מציינים שה"אוסטרליה" הייתה הספינה הראשונה של בעלות הברית שספגה התקפת קמיקזה ב-21 באוקטובר, אף על פי שההיסטוריון האמריקאי סמואל אליוט מוריסון, חולק על טענה זו. ספינות אוסטרליות גם השתתפו בקרב מפרץ לייטה, בו העסיקו ה"שרופשייר" וה"ארונטה" ספינות יפניות במיצר סוריגאו ב-25 באוקטובר. כוחות הצי המלכותי האוסטרלי לקחו חלק בפלישה למפרץ לינגיין בינואר 1945. במהלך פעולה זו הותקפה ה"אוסטרליה" בחמש התקפות קמיקזה נוספות שבהן נהרגו 44 מאנשי צוותה והספינה אולצה לסגת לטובת תיקונים נרחבים. ספינות של הצי המלכותי האוסטרלי גם ליוו ספינות אספקה אמריקאיות בדרכם לפיליפינים. טייסת בניית שדות התעופה השלישית ויחידת האלחוט הראשונה של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי, נחתו גם הן בפיליפינים והגישו סיוע לפעולות של הכוחות האמריקאים שם וחיל האוויר הטקטי הראשון ביצע התקפות על מטרות בדרום הפיליפינים כשמטוסיו יצאו מבסיסים באיי הודו המזרחית ההולנדים ומגינאה החדשה.
הצעות של ממשלת אוסטרליה למקארתור לשתף את הקורפוס הראשון של הצבא בפעולות בלייטה ובלוזון לא יצאו בסופו של דבר לפועל. התקופה הארוכה יחסית של הצבא בחוסר פעילות במהלך 1944, הובילה לדאגה בקרב הציבור ואוסטרלים רבים האמינו שהגיעה השעה לפרק את ה-AIF. דעה זו גרמה לממשלה למבוכה ודחפה אותה למצוא אפיקי תעסוקה לצבא.
טיהור גינאה החדשה ואיי שלמה.
בסוף 1944 הציבה ממשלת אוסטרליה 12 בריגדות של הצבא שיחליפו 6 דיוויזיות של צבא ארצות הברית שניהלו משימות הגנה באי בוגנוויל, בבריטניה החדשה ובאזור אייטפה-וויואק שבגינאה החדשה. בעוד שהיחידות האמריקאיות ניהלו בעיקרה הגנה סטטית על העמדות שלהן, מחליפיהן האוסטרלים שיגרו מבצעי תקיפה שיועדו להרוס את שארית הכוחות היפנים באזורים אלה. תועלתם של מבצעים אלה הייתה שנויה במחלוקת באותה עת ועד היום. ממשלת אוסטרליה אפשרה את ביצוען של פעולות אלו בעיקר מסיבות פוליטיות. האמונה הייתה שמעורבות של הצבא במלחמה תתן לאוסטרליה השפעה רבה יותר בכל ועידת שלום עתידית וששחרור טריטוריות אוסטרליות תשפר את מעמדה של אוסטרליה במרחב הסובב אותה. אלה שמתחו ביקורת על מערכה זו טענו שהן היו בלתי חיוניות ועלו בחייהם של חיילים אוסטרלים, בה בשעה שהכוחות היפנים שנגדם כוונו הפעולות, היו כבר מבודדים וחסרי תועלת.
במהלך אוקטובר ונובמבר 1944 החליפה הדיוויזיה החמישית את דיוויזיית חיל הרגלים ה-40 של ארצות הברית בבריטניה החדשה והמשיכה בהשתתפותה במערכה בבריטניה החדשה, כשמטרותיה היו להגן על בסיס בעלות הברית ולהגביל את נוכחותו של הכוח היפני הגדול שבאי לסביבת רבאול. בסוף נובמבר הקימה הדיוויזיה החמישית בסיסים סביב למתחם ההגנה היפני והחלה בסיורי תקיפה כסיוע ל"סוכנות המודיעין המשותפת של בעלות הברית" (Allied Intelligence Bureau). הדיוויזיה ביצעה בראשית 1945 נחיתות במפרצים שליד הבסיס בחצי האי גאזל והביסה את חילות המצב היפנים באזורים אלה. באפריל היו היפנים כבר מרותקים לבסיסיהם המבוצרים בחצי האי גאזל בעקבות הסיורים ההתקפיים של הכוחות האוסטרלים. הדיוויזיה החמישית ספגה אבדות שכללו 53 הרוגים ו-140 פצועים במהלך מערכה זו. לאחר המלחמה התברר כי הכוח היפני מנה 93,000 חיילים, מספר שהיה גבוה באופן משמעותי מהערכת המודיעין של בעלות הברית שעמדה על 38,000 חיילים.
הקורפוס האוסטרלי השני המשיך את המערכה בבוגנוויל לאחר שהוא החליף את הקורפוס ה-14 של צבא ארצות הברית בין אוקטובר לנובמבר 1944. הקורפוס כלל את הדיוויזיה השלישית, את הבריגדה ה-11, את רגימנט חיל הרגלים של פיג'י בבוגנוויל ואת הבריגדה ה-23 ששימשה כחיל מצב באיים הסמוכים וסייעה ליחידות האוויריות של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי, של חיל האוויר המלכותי של ניו זילנד ושל חיל הנחתים של ארצות הברית. בשעה שגישתו של הקורפוס ה-14 בהחזיקו את הגזרה הייתה הגנתית, האוסטרלים ניהלו פעילות התקפית שמטרתה הייתה לרסק את הכוחות היפנים בבוגנוויל. מאחר שהיפנים התפצלו לכמה מובלעות ברחבי האי, ניהלו האוסטרלים מערכות נפרדות בצפון במרכז ובדרום האי. הדגש הושם על פעולות כנגד הבסיס היפני בבויין שבדרום והמתקפות בצפון ובמרכז הושעו ברובן החל ממאי 1945. בעוד שהפעולות האוסטרליות בבוגנוויל המשיכו עד לתום המלחמה, כוחות יפנים נותרו בבויין ובצפון האי.