אך יש הסבורים שהביהייביוריזם אינו מוכן לגעת בשאלת המוח-הגשמי-הגופני-הפיזי-החמרי מול הנפשי-שכלי-רוחני-רעיוני. שהוא אכן מוכן להגיד באופן חלקי שמחשבות והחלטות הן חומריות, ועובדה שהן נבחנות באופן אמפירי כמותי, אך לא רגשות כמו כעס, עצב או נקמנות, ולא תחושות כמו החוויה האישית המוּכֶּרֶת לכל מי שראה צבע אדום כהה, או תכלת זכה, ולכל מי שהריח אתרוג או מצד שני בננה רקובה. את החוויה לא ניתן לכמת, או לא ניתן היה לכמת באופן בלתי תלוי באדם, ומכאן שהם הוזנחו או עצם קיומם אף הוכחש. עמדה זו נקראת הביהביוריזם הפילוסופי (ההתנהגותנות ההגותית).
לטענת האוחזים בעמדת זו, בדומה לשעון המוגדר על ידי מחוגיו שתפקידם להציג את השעה, וחלקיו הפנימיים וכיצד הם פועלים אינו מוגדר בעת המינוח של מצבים נפשיים כסברה, חוויית תחושה, רגש, וכדומה – כל אלו הם למעשה תיאור של מה שמוביל להתנהגות כתוצאה מנטייה, או מגירוי. כשאדם מספר שכואב לו ברגל, הוא מספר על אוסף התגובות שלו והגורמים להם, כולל הצליעה וצעקות הכאב. אין אנחנו מתכחשים לקיומם של מצבים נפשיים, רק אין מדובר בהם.
הפוזיטיביסטים – אין משמעות לטענה שלא ניתן לאמתה או להפריכה.
היו גם פילוסופים ביהייביוריסטים כמו קארל המפל ורודולף קרנאפ מענף הפוזיטיביזם הלוגי, ענף הגות הטוען לפי עקרון האימות שאין משמעות לטענה כלל אם אי אפשר לאמת או להפריך אותה באמצעות ניסוי מציאותי. אלו הלכו צעד נוסף ואמרו שכל טענה שהיא, בעניין המצבים הנפשיים שאי אפשר למדוד, כמו חוויית התחושה, הרגשות והדמיונות הרי שאין להם משמעות כלל. כיום הומצאו שיטות למדידת עוצמתם של אלו באופן השוואתי ובלתי תלוי באדם או ביצור הנמדד, ואולי הוגים אלו היו חוזרים בהם. איך אין לנו דרך למדוד את זה.
גילברט רייל ורוברט טולמן – הכחשת המצבים הפנימיים של הביהייביוריזם.
היו שטענו, כגילברט רייל, שהאוחזים בביהייביוריזם נוקטים עמדה לפיה מזניחים ולא בודקים את קיומם של מצבים נפשיים פנימיים כמו רגשות, עמדות וסברות ותחושות, ועוסקים רק בתוצאות "הקופסה השחורה" בלי לפתוח אותה ולבחון אותה מבפנים, ובמקום זה היא מתמקדת אך ורק בתופעות החיצוניות הניתנות לתצפית ומדידה.
סקינר – דילוג על בדיקת המצבים הפנימיים מחוסר האפשרות לכמתם.
סקינר לעומת זאת טען שמדע התנהגות מלא חייב לקבל ולחקור גם את אותם המצבים הפנימיים. אך כל עוד אין אפשרות לכמת אותם, נאלצים להגיע אליהם בדרך עקיפה, על ידי מדידת הגורמים להם, והתוצאות שלהם, יחד עם מצב גורמי הסביבה, או שנאלצים להתעלם מהם כאילו לא היו קיימים.
ביחס להשקפות אחרות על ההתנהגות, הביהביוריזם טוען שאירוע חיצוני, סביבתי, גורם גם להתנהגות וגם למצב מורגש נלווה. כאשר נערה מדווחת: "אני צמאה", היא אינה מתארת רק מצב פנימי, אלא גם מתארת את ההיסטוריה הסביבתית שלה, ומשמעות דבריה החבויה "מבין השורות" הם שהיא לא שתתה בזמן האחרון, ושהיא מעוניינת לשתות מים, כלומר שאם יביאו לה כוס מים, תהיה לה נטייה לשתות אותם, או אפילו שהיא מנסה להניע את השומעים שילכו ויביאו לה כוס מים.
תחושת הצמא לפי סקינר היא מצב גופני שנגרם לאחר כמות מסוימת של זמן מאז השתייה האחרונה – משתנה שניתן למדוד ולכמת. צמא ניתן גם להגביר באמצעות פעילות גופנית – גורם חיצוני שניתן למדידה, באמצעות הוספת מלח לאוכל – גם כן פעולה מדידה, ועוד. התחושות והרגשות הם אמנם מצבים פנימיים, אך הם עדיין שייכים לתחום הפיזיולוגיה – חקר מצבי הגוף.
הביהביוריזם, לדברי סקינר, שם דגש על שליטה בהתנהגות, ומכיוון שקשה מאוד לשלוט על ההתנהגות דרך גורמים מתווכים בתוך מערכת העצבים או בעולם הנפש, אין משתמשים במצבים הנפשיים כדי לנתח מהבחינה התפקודית את ההתנהגות. אבל מכאן אין להסיק שאין מנגנון עצבי מוחי פנימי. יש, אך מכיוון שאיננו יכולים לדעת עליו דבר לאשורו, הביהביוריסט נאלץ "לעבוד סביבו".
אין הביהביוריזם מזניח את המצבים הנפשיים ובוודאי שאין הוא מכחיש את קיומם, אלא שמחוסר ברירה הוא אינו בוחן את תפקידם הסיבתי בהתנהגות, ומותיר אותם לאלו, שברשותם בעתיד, כך אומר סקינר, יהיו כלים מדעיים לחקור אותם.
חופש הבחירה לפי סקינר.
לפי סקינר, הביהביוריזם סבור שהאדם אינו חופשי לחלוטין והוא מושפע במידה רבה מסביבתו. חופש מוגדר כמושג מופשט המתאר העדר אילוצים ואפשרויות פעולה לא מוגבלות. על פי הניתוח הביהביוריסטי גם "אדם חופשי" יהיה כפוף במידה רבה לשליטתה של הסביבה, על פי חיזוק חיובי.
האישיות והאחריות לפי סקינר.
על פי ההשקפות המסורתיות, אישיות היא מכלול התכונות האישיות הנפשיות הנרכשות והמולדות אשר מכתיבות את ההתנהגות. לאישיות מייחסים בהשקפה המסורתית תפקיד של סוכן יצירתי ושל גורם ההתנהגות. לעומת זאת בגישה הביהביוריסטית האישיות של הפרט אינה שוכנת בתוכו ואינה מהווה את הגורם לפעולותיו והרגשותיו, אלא, היא נתפסת כמכלול סוגי התגובות שאותם מסוגל לבצע הפרט בתנאים שונים. סיבות התגובות הללו אינן שוכנות בנפשו, אלא בגורמים סביבתיים חיצוניים.
אחריות – ההשקפות המסורתיות מטילות את האחריות על המעשים על הפרט עצמו. על פי ב. פ. סקינר, הניתוח המדעי מטיל את האחריות על הסביבה. אך אין משתמע מכך שאפשר להצדיק התנהגויות פוגעניות, אלימות או לא הולמות שמפריעות לתפקוד החברה, אלא שבאמצעות טכניקות התנהגותיות ניתן למנוע מהתנהגויות אלה להיות מעוצבות ומחוזקות.
השפעת הסביבה.
הסביבה – בגישה הביהביוריסטית נתפשת כעולם הפיזי בו קיים האדם, וכתהליך דינאמי של שינוי אשר משפיע ישירות על האדם. כל אדם חי בסביבה אינדיבידואלית אשר משתנה מרגע לרגע, ואשר מעצבת את התנהגותו. קיימות סביבות כלליות עם אפיונים דומים שמשפיעים על כל אדם שנמצא בסביבה הזאת – לדוגמה אקלים, תרבות, מדינה, שפה ועוד. כך למשל, תאומים, אשר זהים מבחינה גנטית, מציגים התנהגות שונה עקב היחשפות לתנאים שונים ויחסים אינדיבידואלים עם הסביבה.
התרבות ויישום עקרונות החברה המתוקנת.
עיצוב תרבותי – סקינר השקיע זמן רב בניסיון להבין איך להשתמש בעקרונות המדעיים שלו על מנת לפתור בעיות חברתיות. בספרו "הוולדן השני" הוא מתאר קומונה, אשר חיה על פי עקרונות ניתוח ההתנהגות.
סקינר הוציא ספר נוסף ב־1971 בשם "מעבר לחרות ולכבוד", שתורגם לעברית על ידי עמשי לווין בשנת 1976. בספר הוא מתאר את הבעיות החברתיות הידועות בתקופה, ואת הקושי בהבנת ניתוח ההתנהגות. לדעתו חלק מהבעיות החברתיות המשמעותיות ביותר כמו עוני, פשע, ריבוי אוכלוסין, זיהום סביבתי ועוד, קשורות באופן מובהק להתנהגות אנושית. סקינר הציע לעצב תרבות חדשה, אשר תיצור תנאים שלא יחזקו התנהגויות אלה.
"האידיאל של הביהביוריזם להסיר את הכפייה: ליישם שליטה על ידי שינוי הסביבה בצורה שתחזק את סוג ההתנהגות שמביאה תועלת לכולם." כך ענה פעם סקינר למראיין.
הגישה הביהביוריסטית בראי ימינו.
הביהביוריזם כיום רלוונטי מתמיד, אם כי הוא עבר כמה מהפכים ועידוני גישה. התחום של ניתוח התנהגות יישומי מופעל גם כיום, ויש טוענים שהוא יעיל ביותר בפתרון בעיות חברתיות וארגון סביבתי משמעותי. כתבי העת המובילים בתחום ממשיכים לצאת מדי שנה וכמות המאמרים והמחקרים עולה בהתמדה. ניתוח ההתנהגות היישומי נתפס כשיטת טיפול יעילה ביותר בהפרעות מסוג הספקטרום האוטיסטי, אך זו שנויה במחלוקת (ראו להלן). ניתוח ההתנהגות היישומי מיושמת גם בתחומים נוספים.
טענות ה"מהפכה הקוגניטיבית".
בשנות השבעים והשמונים של המאה העשרים הוטחה ביקורת רבה בשיטה ובנזקיה בטיפול בילדים אוטיסטים, ואחריותם של האוחזים בשיטה לכך, עד שהיו שראו בה שיטה שחלפה מן העולם.
הטענה העיקרית נגד סקינר והנוהים אחריו הייתה שהוא החרים את ההענשה ומצא שיש למעט בחיזוקים שליליים ובמקומם להרבות בחיזוק חיובי. מטפלים בבני אנוש טענו כלפיו שאת ניסוייו לא ערך בבני אדם אלא בחיות מעבדה, ושההתנהגות האנושית מסובכת הרבה יותר מאשר ההתנהגות המותנית האמיתית לחלוטין הנצפית באופן דומה בבני אדם ובבעלי חיים. לאור צמיחה של דור חסר עקבות בעקבות הסרת הענישה, היו רבים שהאשימו את העמדות של סקינר בכך. כמאמר פרופסור רוברט ספולסקי מאוניברסיטת סטנפורד – בנות אמנם דומות לשרקנים בביוץ מתואם אבל התנהגות בני האדם עוברת לרמה אחרת לחלוטין כדוגמת שני מתחרים המשחקים בשחמט. תומאס קוהן תיאר בספרו "מבנה המהפיכה המדעית", את הדגם המדעי המקובל והמאומץ בידי כולם עד בוא המשבר והדחתו והחלפתו ברעיונות חדשים. הוא הדגים זאת בביהייביורזם ששלט בכיפה עד הדחתו.
במקביל בתחום הגות הנפש נדחה הביהביוריזם הפילוסופי עקב בעיות של ההתעלמות ולכל הפחות דילוג על חוויית התחושה והמצבים הנפשיים, כדברי אדוארד טולמן בספרו:
הדחיה המרכזית באה עם הפרכת העמדה של הביהייביוריזם הפילוסופי בתרגיל החשיבה של הסופר ספרטנים שאינם מביעם את תחושותיהם בשום דרך, אף שהם חשים אותו – טיעון של הילרי פוטנם. בלימודי הגות הנפש מקובל לומר שבעקבות טענת הסופר ספרטנים, שהביהייביוריזם הפילוסופי נדחה בתחום של המצבים הנפשיים שאינם נגישים לכימות ולבחינה מדעית, ובמקומם התקבלה תורת זהות המוח והנפשי, אך הביהייביוריזם נותר על כנו לגבי אותם רכיבים נפשיים שאינם חווייתיים כמו זיכרון, תפישה לוגית, טיעונים וסברות (הנקראים אמונות או האמנות).