במאי 2008 מתח ביקורת על מערכת המשפט בישראל ואמר שמושגים כמו שוויון, חופש ודמוקרטיה כאשר הם עומדים לבדם ללא ערכים נוספים - הם שקריים: "כל הטענה על שוויוניות... היש שוויוניות? ראש הממשלה זוכה לאותו יחס שוויוני עם כל אזרחי המדינה?... אדם עשיר בעל נכסים שווה לאדם עני?". "דמוקרטיה זה ערך מצוין... אבל החינוך הראשון חייב להיות חינוך ערכי, חינוך להתנדבות, למסירות, ליושר. בית המשפט יכול לחוקק חוקים, יכול להציב גבולות, אבל הוא איננו מחנך לערכים". עוד אמר כי בתי המשפט "מתערבים במקומות שאסור להם להתערב, וכאשר בא שר משפטים להציב גבולות צועקים עליו. כאשר בית המשפט מתערב במקומות שאסור לו להתערב הוא בעצם נוהג באלימות." באפריל 2012 שב ומתח ביקורת על מערכת המשפט ואמר: "מדובר במערכת מעוותת שעובדת בצורה הפוכה. היא לא מגדירה לעצמה טוב או רע, כתוצאה מזה היא מגיעה לשגיאות נוראיות. מערכת המשפט יודעת להצית בדיוק בנקודות המחלוקת, היא גורמת לנקודות חיכוך קשות על לא כלום בעם ישראל".
על ההומוסקסואליות אמר כי היא חולשה שהפכו לאידאולוגיה. "במה חטאה החברה שהיא נזקקת להציב את גבולותיה בהתאם לסוטים?".
על היהודים החשודים ברצח הנער מוחמד אבו ח'דיר אמר: "גזר דין מוות לרוצחי הנער הערבי".
ביוני 2016 נחקר באגף המשמעת של נציבות שירות המדינה בעקבות תלונות שהגיש נגדו המרכז הרפורמי לדת ומדינה לאחר שתי התבטאויות שלו, האחת היא תמיכתו בדבריו של חבר הכנסת בצלאל סמוטריץ' שהתבטא בעניין הפרדת יולדות ערביות ויהודיות בחדרי לידה, והשנייה היא קריאתו לענישה קולקטיבית והריסת בתי מחבלים ללא צו בית משפט, כתגובה לגל הטרור הפלסטיני. במרץ 2017 הורשע בבית הדין למשמעת של עובדי המדינה בהתנהגות שאינה הולמת ונדון לנזיפה חמורה.
מחברי ארגון 'רבני תורת הארץ הטובה'.
פרשת בר-און חברון
פרשת בר־און חברון הייתה סדרת אירועים שהתרחשו בתחילת שנת 1997, אשר במהלכם הועלו חשדות כנגד בכירים בישראל, ובהם ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, ומפלגת ש"ס, כי היו מעורבים בקנוניה למינוי יועץ משפטי לממשלה. שם הפרשה נגזר מהחשדות שלכאורה הסכימה סיעת ש"ס לתמוך בהסגת צה"ל מחברון בתמורה למינוי עורך הדין רוני בר-און ליועץ המשפטי לממשלה, שהבטיח עסקת טיעון מקלה לאריה דרעי במשפטו.
רקע היסטורי.
בסוף שנת 1996 ובתחילת שנת 1997 עמד ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, בפני שתי הכרעות. ההכרעה הראשונה הייתה קשורה להסכם חברון, אליו הגיע עם הרשות הפלסטינית שבראשות יאסר ערפאת, לפיו יפנה צה"ל אזורים נרחבים בחברון. ההכרעה השנייה הייתה על מינויו של היועץ המשפטי לממשלה, מאחר שתקופת כהונתו של היועץ, מיכאל בן יאיר, הייתה קרובה לסיומה. ברקע הדברים התנהל משפטו של יו"ר תנועת ש"ס, אריה דרעי, באשמת שוחד, וזאת לאחר חקירה שנמשכה שנים מספר. ש"ס הייתה חברה בעלת משקל בממשלת ישראל העשרים ושבע, עם עשרה חברי כנסת, וללא תמיכתה הייתה יציבות הממשלה בסכנה, והסכם חברון לא היה מאושר בכנסת. לטענת מתנגדי המינוי, מינויו של רוני בר-און היה אמור להגדיל את הסיכוי לעסקת טיעון או להקלה באישומים במשפטו של דרעי.
הסכם חברון.
עם עלייתו לשלטון נקט נתניהו בקו תקיף מול הפלסטינים, ואף סירב להפגש עם ערפאת. אירועי מנהרת הכותל הביאו לחידוש המשא ומתן, שבאותו הזמן עסק בהסדר בחברון, העיר היחידה ממנה לא יצאו כוחות צה"ל עוד בשלב הנסיגות הראשון שלאחר הסכם אוסלו ב', בזמן כהונתם של יצחק רבין ושמעון פרס כראשי ממשלת ישראל. הנושא היה טעון רגשית וציבורית. ממשלתו של נתניהו הייתה ממשלת ימין-דתיים, ונראה כי ההצבעה שתאשר את ההסכם יכולה לנטות לכל כיוון. לבסוף, בשעת לילה מאוחרת, בין 14 בינואר ו-15 בינואר 1997, אישרה הממשלה את ההסכם. בתגובה התפטר, עוד במהלך הישיבה, שר המדע, בני בגין. שבעה מתוך שמונה עשר חברי הממשלה התנגדו להסכם.
מינוי רוני בר-און.
נתניהו עלה לשלטון על רקע טענה כי בארץ שולטות - חוגי שמאל בעיקר, שהשתלטו על החיים הציבוריים, על אמצעי התקשורת, על האקדמיה ועל אכיפת החוק. עם סיום תפקידו של היועץ המשפטי, מיכאל בן יאיר, נראה כי בידו של נתניהו למנות למשרת היועץ המשפטי לממשלה, משרת מפתח בנוגע לאכיפת החוק, אדם שיבטא את רוחן של , אלו שהעלו את נתניהו לשלטון. ואכן, ב-10 בינואר 1997, (ארבעה ימים לפני אישור הסכם חברון בממשלה) הודיע נתניהו במפתיע על מינויו של עורך דין פרטי מירושלים, רוני בר-און, למשרת היועץ המשפטי לממשלה. המינוי ספג ביקורת קשה. בר-און היה עורך דין בשוק הפרטי, מזוהה פוליטית (6 שנים לאחר מכן, בכנסת השש-עשרה נבחר כחבר הכנסת מטעם הליכוד), ללא כל הישגים אקדמיים יוצאי דופן, רחוק מרמתם של קודמיו לתפקיד כאהרן ברק או מאיר שמגר, וללא עבר בשירות הציבור במנגנוני התביעה הפלילית.
במהלך ישיבת הממשלה על אישור המינוי, שרי הממשלה העלו חשש מפני ביקורת ציבורית נוקבת על המינוי. מכך התריע במיוחד שר התשתיות הלאומיות, אריאל שרון. שר המדע
בני בגין היה היחיד שהתנגד למינוי. בגין טען כי אינו משוכנע שנעשה מאמץ לחפש מועמד בעל שיעור קומה, וכי נסיבות היכרותו האישית של צחי הנגבי עם בר-און מעוררות בעיה. גם שר האוצר דן מרידור (שנמנע בהצבעה) הציע לממשלה לתת לעובדת זהותו הפוליטית של בר-און "משקל ראוי". ראש הממשלה נתניהו אמר בדיון: "אני משוכנע שהאיש הזה הוא גם ראוי לתפקיד, וגם יוכיח את יכולתו ודאגתו למערכת החוק בישראל". בתשובה לשר בגין הוסיף, "כי לא הכיר את בר-און אישית קודם לכן".
אף שבר-און קיבל את המינוי, הביקורת החריפה הביאה אותו להודיע על התפטרותו כיומיים לאחר מכן, בטרם הספיק לשרת בתפקיד באופן ממשי. לדברי העיתונאי מוטי גילת, כמו גם משקיפים נוספים, בר-און נאלץ לפרוש משום שהתגלה כי הוא מכור להימורים. אחר כך נחשף שהתפטרותו של בר-און נעשתה בדרכו לריאיון בערוץ 2, בעקבות לחץ של הנגבי עקב חשש מחשיפת פרוטוקול ישיבת הממשלה, בה אמר לחברי הממשלה שנשיא בית המשפט העליון, אהרון ברק, נתן את הסכמתו למינוי אף על פי שהתנגד למינוי.
הידיעה של איילה חסון.
ביום 22 בינואר 1997, 10 ימים לאחר התפטרות בר און, אמרה בשידור בערוץ הראשון כתבת הטלוויזיה איילה חסון כי מינויו של בר-און הוא חלק מקנוניה שיזם אריה דרעי, בתיווכו של הקבלן דוד אפל, עקב הערכתם של המעורבים כי בר-און יאפשר לדרעי להגיע לעסקת טיעון "נוחה" במשפט הפלילי שהתנהל כנגדו.
לטענת הכתבה, מינויו של רוני בר-און היווה תשלום של נתניהו לש"ס, שבתמורה אמורה הייתה להעניק את תמיכתה להסכם חברון ולאפשר את העברתו בכנסת.
הכתבה עוררה הדים. אף שתחילה התעלמו ממנה הגורמים הרשמיים, צבר העניין תאוצה, ובלחץ ציבורי הורתה מ"מ היועץ המשפטי ופרקליטת המדינה, עדנה ארבל, ביום 26 בינואר, על העברת הטיפול בפרשה לחקירת המשטרה.
חקירת המשטרה.
לראשונה חקרה המשטרה באזהרה את ראש הממשלה. כן נחקרו אישים נוספים במערכת הפוליטית, ובהם שר המשפטים צחי הנגבי, שבעברו היה מתמחה במשפטים במשרדו של בר-און. גם עורכי הדין דוד שמרון ויצחק מולכו מקורבי נתניהו מסרו עדות.
חקירת המשטרה, בפיקוד ניצב סנדו מזור, הביאה להמלצה להעמיד לדין את ראש הממשלה, בנימין נתניהו, את שר המשפטים, צחי הנגבי, את מנכ"ל משרד ראש הממשלה, אביגדור ליברמן, ואת ראש תנועת ש"ס אריה דרעי בעבירה של מרמה והפרת אמונים.
במהלך החקירה הועלו חשדות לפיהם הטעה שר המשפטים, לכאורה כחלק מאותה קנוניה, את שרי הממשלה כאשר הציג בפניהם את מינויו של בר-און.
עד המפתח בחקירה היה עורך דין דן אבי-יצחק, שהיה פרקליטו של אריה דרעי וחשף את מעורבותו בפרשה. דרעי הכחיש את טענות אבי-יצחק והאשים אותו שהוא שהדליף את המידע לאיילה חסון.
המלצת הפרקליטות.
ביום 20 באפריל 1997, פרסמו היועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין (שמונה על ידי הממשלה במקומו של בר-און), ופרקליטת המדינה עדנה ארבל את מסקנותיהם. הם קבעו כי אמנם מדובר בקשר פלילי להשתלט על משרת היועץ המשפטי לממשלה מתוך אינטרסים אישיים של גורמים פליליים, אך היחיד שהתנהגותו עולה כדי אפשרות להעמדה לדין הוא אריה דרעי. לדבריהם, נגד רוב המעורבים בפרשה, בהם ראש הממשלה נתניהו, אביגדור ליברמן ושר המשפטים הנגבי, אין להגיש כתבי אישום מחוסר ראיות; וכן נקבע כי נתניהו לא היה מודע לקשר בין דרעי לבר-און, על אף שמהתנהגותו .
ההחלטה עוררה ביקורת, בין היתר משום שהייתה זו הפעם הראשונה שבה עשה רובינשטיין שימוש בכלי "הדו"ח הציבורי", שבו עוד יעשה שימוש נרחב בעניינים כגון "עניין המתנות" של נתניהו, או "עניין התרומות" של עזר ויצמן. כלומר, להסתפק בהגשת דו"ח סיכום החקירה, שיצביע על המעשים בפרשה, ולהשאיר את הטיפול בנושא לוועדת הכנסת, למבקר המדינה, ולבית המשפט העליון (במידה ויוגשו עתירות בנושא). המדובר בהנחה לפיה אם מבקר היועץ המשפטי איש ציבור שהתנהגותו נחקרה ולא יועמד לדין, וכותב אודותיו חוות דעת הנוקטת בביטויי ביקורת חריפים, תהיה לדבר משמעות ציבורית.
נתניהו מיהר להופיע בשני ערוצי הטלוויזיה שפעלו אז, כפר בהאשמות הפליליות שהועלו כנגדו אך הודה כי טעה, והצהיר כי בכוונתו לתקן את טעויותיו. גם בעדותו במשטרה אמר כי דרעי לא איים עליו ולא סחט אותו לגבי מינוי בר-און. גורמים רבים, כשר האוצר דן מרידור, שהצהירו על כוונתם לפרוש מן הממשלה אם תהיינה תוצאות חמורות לפרשה, לא מימשו את איומיהם, ולא היו כל שינויים פרסונליים בעקבות הפרשה.