לאחר ששנות כהונתו בישראל של שגריר ברית המועצות שקדם לצ'ובאחין, מיכאיל בודרוב מ-1958 עד ל-1964, היו שנים של רגיעה יחסית במצב הביטחוני של מדינת ישראל וביחסי החוץ שלה, לרבות ביחסיה עם ברית המועצות, הייתה תקופת כהונתו של השגריר צ'ובאחין בישראל סוערת, הן במישור המדיני, לרבות יחסי שתי המדינות, הן במישור הצבאי. במישור הצבאי היו אלה שנים גורליות, החל מפעולת הטרור הראשונה של ארגון הפת"ח בניסיון לפיגוע במוביל הארצי ואלו שבאו בעקבותיה, עבור בהתחממות הגזרה הסורית ועד לשיא, מלחמת ששת הימים. בגלל התקופה רבת האירועים שבה כיהן בישראל, מילא השגריר צ'ובאחין תפקיד דומיננטי יותר מאלו של שגרירי ברית המועצות שקדמו לו.
מלחמת ששת הימים.
ב-10 ביוני 1964 נחנך המוביל הארצי, מפעל המים העיקרי של מדינת ישראל שנועד להוביל את מימי הירדן והכנרת לכל חלקי המדינה עד לנגב.
עם הפעלתו של המוביל החלו סוריה ולבנון להטות את מקורות הירדן ובכך לנתק את המוביל ממקורות המים שלו.
בראשית שנת 1965 החלה סוריה לבצע את הטיית מקורות הירדן כדי לנתק את המוביל הארצי ממקורות המים שלו. בעקבות זאת התחוללה המלחמה על המים שהובילה בסופו של דבר למלחמת ששת הימים. ב-17 במרץ 1965 פגעו טנקים של צה"ל בציוד הכבד ששימש לצורך ההטייה. הסורים העתיקו את עבודות ההטייה לעומק שטחם בדרום רמת הגולן, למקום שבו יקשה על הארטילריה של צה"ל לפגוע בציודם. לאחר שורה ארוכה של תקריות הופעל חיל האוויר הישראלי ב-14 ביולי 1966 והשמיד את ציוד ההטייה. במהלך התקיפה הזניקו הסורים מטוסי מיג 21 ובקרב אוויר הופל אחד מהם.
באוקטובר 1966 האשים השגריר צ'ובאחין, בפגישה עם ראש הממשלה לוי אשכול, את ישראל בריכוז כוחות צבא בגבול הצפון. אשכול השיב לו כי הוא מציע לו לנסוע מיד במכוניתו של ראש הממשלה לגבול הסורי ולהיווכח במו עיניו שהמידע שלו מוטעה.
המתיחות בצפון הגיעה לשיאה בראשית שנת 1967. ב-8 בינואר הפגיזו הסורים את יישובי גבול הצפון ובמהלך החודש התנהלו כמעט מדי יום חילופי אש כבדים בגבול. הסורים ירו על סירות דייגים בכנרת ועבודות הדיג באגם הופסקו. בד בבד המשיכו הסורים בעבודות ההטייה בדרום רמת הגולן.
ב-7 באפריל 1967 התחולל קרב אוויר, מהגדולים ביותר מאז קום המדינה. האירוע החל כאשר הסורים ירו לעבר טרקטורים שעבדו בשדות קיבוץ האון. צה"ל הפעיל כוחות שריון והזניק את מטוסי חיל האוויר והם שיתקו את עמדות הסורים. מטוסי החיל רדפו אחר המטוסים הסוריים עד למבואות דמשק ובקרבות האוויר הופלו שישה מטוסים סוריים. חלקם הופלו מעל תחום ממלכת ירדן. לדברי אבא אבן, שר החוץ של ישראל, הוא אמר לשגריר צ'ובאחין כי ההחלטה להפעלת הכוחות הייתה של הדרג הצבאי ולא הדרג המדיני. על כך השיב השגריר צ'ובאחין, לדברי אבן, "שסופנו למחוק את החיוך מעל הפנים. סוריה אינה חייבת להשלים עם השפלות כאלה".
ב-15 במאי 1967, יום העצמאות תשכ"ז, החלו המצרים להזרים כוחות צבא גדולים לסיני, נשיא מצרים נאצר הכריז כי מטרת המהלך היא להיחלץ לעזרת סוריה הצפויה למתקפה ישראלית. ישראל הכחישה כי היא מרכזת כוחות לתקיפת סוריה. המהלכים שהחלו להתגלגל ובהמשך כללו את סגירת מצרי טיראן על ידי המצרים בפני ספינות ישראל ואת סילוק כוחות האו"ם מרצועת עזה. במקביל התבצע גיוס מילואים כללי בישראל. החלה תקופת הכוננות כשצבא המילואים מגויס כולו והעורף נערך למלחמה.
בשיא תקופת הכוננות, אור ליום שבת 27 במאי 1967 בשעה 2:15 לפנות בוקר, צלצל הטלפון בחדרו של עדי יפה עוזרו של ראש הממשלה לוי אשכול במלון "דן" בתל אביב, שבו התאכסן ראש הממשלה. על הקו היה סגנו של השגריר צ'ובאחין והודיע כי השגריר מבקש להיפגש מיד עם ראש הממשלה. עוזרו של ראש הממשלה ניסה לדחות את קיום הפגישה לבוקר המחרת או לקיימה עם מנכ"ל משרד החוץ ונענה במילה "נייט" (ברוסית: לא). השגריר הופיע ומסר לראש הממשלה איגרת מראש ממשלת ברית המועצות אלכסיי קוסיגין ובה קריאה לראש הממשלה לנקוט את כל האמצעים למניעת סכסוך צבאי שיהיה הרה תוצאות לשלום הבינלאומי. באיגרת הובעה התקווה כי לאחר שיקול רציני של המצב ושל האחריות שתיפול על הצד שיפתח בתוקפנות, תעשה ממשלת ישראל את הכול כדי שלא ייווצר סכסוך מלחמתי. ראש הממשלה התרשם מהנימה המתונה של האיגרת ומכך שנחתמה במילים "בכבוד" ובחתימתו של קוסיגין, בהשוואה לאיגרת הבוטה והבלתי חתומה ובה איום על עצם קיומה של מדינת ישראל, ששיגר ראש ממשלת ברית המועצות ניקולאי בולגנין לדוד בן-גוריון עם סיום מלחמת סיני. אשכול השיב לשגריר ברוסית כי אין ריכזים תוקפניים בגבול סוריה והציע לשלוח שליח מיוחד ממוסקבה שיווכח בכך במו עיניו ואף הודיע כי הוא מוכן לצאת למוסקבה להבהיר את עמדת ישראל בפני ממשלת ברית המועצות. השגריר צ'ובאחין שאל את אשכול מספר פעמים אם יוכל אשכול להצהיר שישראל לא תפתח במלחמה, ואשכול השיב לו שהירייה הראשונה כבר נורתה על ידי מצרים בהפגזה על קיבוץ נחל עוז. צ'ובאחין לא הגיב וסיים את הפגישה.
ב-3 ביוני הבריק השגריר צ'ובאחין למוסקבה את הערכתו כי ישראל לא תתקוף.
ב-5 ביוני 1967 החלה מלחמת ששת הימים. צה"ל יצא למתקפה ובראשיתה השמיד חיל האוויר הישראלי את מטוסי חיל האוויר המצרי על הקרקע.
באותו יום התכנס הפוליטביורו, המוסד המרכזי של הממשל הסובייטי ודן מאז הבוקר במצב שנוצר. הידיעות שהגיעו למוסקבה היו מקוטעות ובלתי ברורות. הסובייטים לא ידעו מי פתח במלחמה, היכן מתנהלים הקרבות ומי מנצח. בשעה 11 בבוקר זימן יוסף תקוע, סמנכ"ל משרד החוץ ומי שהיה שגריר ישראל במוסקבה, את צ'ובאחין, והגיש לו איגרת מאת לוי אשכול המיועדת לקוסיגין ובה הסבר על צעדי ההגנה שנקטה ישראל. צ'ובאחין היה נרגש, רק יומיים קודם לכן הבריק למוסקבה כי להערכתו לא תהיה מלחמה. הוא שאל את תקוע היכן החזית ותקוע השיב לו כי הקרבות הם בדרום, אך אינו יכול לפרט. צ'ובאחין התעקש ותקוע השיב לו כי הכול באשמת הסובייטים שלא נענו לדרישות ישראל לרסן את נאצר.
ב-7 ביוני ביוני הגיע השגריר צ'ובאחין, חמור-סבר, למשרד החוץ ומסר ליוסף תקוע איגרת מקוסיגין שגינתה את ישראל על אי יישום החלטת הפסקת האש ועל הפרה בוטה של אמות התנהגות בינלאומיות. "אם ממשלת ישראל לא תציית מיד להחלטת מועצת הביטחון", הזהירה האיגרת, "תבחן ברית המועצות מחדש את יחסה עם ישראל ותקבל החלטה בקשר ליחסיה הדיפלומטיים עמה. הממשלה הסובייטית תבחן ותגשים צעדים הכרחיים אחרים הנובעים ממדיניותה התוקפנית של ישראל". ביציאתו מן הפגישה, הזהיר השגריר צ'ובאחין: "אם יתנהגו הישראלים כשיכורי הצלחה ויתמידו בתוקפנות שלהם, עתידה של המדינה הקטנה הזאת יהיה עצוב".
ב-10 ביוני, יום סיום המלחמה בניצחון ישראלי מכריע, הודיע צ'ובאחין בשם ממשלתו על ניתוק יחסי ברית המועצות עם מדינת ישראל.
צ'ובאחין והשמאל הישראלי.
במשך תקופת כהונתו בישראל שמר צ'ובאחין על קשרים הדוקים עם מפלגות וארגוני השמאל הפוליטי בישראל. כך, למשל, בתקופת הפילוג במק"י היה השגריר צ'ובאחין פעיל ביותר, בנסותו למנוע את הקרע. ביוני 1965 אף ערך ביקור בנצרת, בעיצומה של המתיחות בין שני הזרמים, זה שלאחר הפילוג המשיך לשמור על השם מק"י, בראשותם של משה סנה ושמואל מיקוניס וזה שצידד בלאומנות הערבית בראשותם של תופיק טובי, אמיל חביבי ומאיר וילנר ובחר בשם רק"ח. התיווך לא צלח והפילוג הפך לעובדה באוגוסט 1965.
על פי גרסתו של אורי אבנרי, עורך "העולם הזה" שהיה אז חבר כנסת, בראשית שנת 1967 הזמין אותו השגריר הסובייטי, צ'ובאחין, לפגישה בשגרירות ברמת גן. הוא טען באוזניו שישראל מתכוננת לתקוף את סוריה, ושהיא כבר מרכזת כוחות בגבול הסורי. בעיניו זה היה חלק מתוכנית אמריקאית גדולה לכינון משטרים פרו-אמריקאיים באזור - החל ב"הפיכת הקולונלים" ביוון וכלה במה שהשגריר כינה התככים האמריקאים באיראן של השאה. לדברי אבנרי ביקש ממנו השגריר להזהיר את הציבור הישראלי בתוקף מעמדו כחבר כנסת וכעורך העולם הזה. אבנרי השיב לו "אם אתה פוחד מזה, למה שלא תייעץ לשגריר שלכם בדמשק לבקש מידידיכם הסוריים להפסיק את התקפות-הגרילה על ישראל, לפחות לזמן-מה? למה הם נותנים לממשלה שלנו עילה למלחמה?" תשובת צ'ובאחין הייתה: "האם אתה חושב שמישהו בדמשק מקשיב לשגריר שלנו?".