בעוד פעולות האצ"ל והלח"י נגד הבריטים הלכו והחריפו, נקטה הנהגת היישוב בקו של הידוק שיתוף פעולה עם הבריטים במלחמה באירופה (שליחת הצנחנים, הקמת הבריגדה היהודית) וריסון הפעולות נגד השלטון הבריטי בארץ - הן בשל עצם התרומה למאבק נגד הנאצים, והן בתקווה שהדבר יביא להישגים מדיניים לאחר תום המלחמה. הנהגת היישוב חששה שפעולות האצ"ל והלח"י יחבלו במאמצים אלה, ויגררו את היישוב כולו למאבק שבו לא רצתה בשלב זה. היה אף חשש מתגובה של השלטון הבריטי לפעולות "הארגונים הפורשים", שתהיה מכוונת נגד היישוב כולו.
לאחר מגעים ממושכים וניסיונות שכנוע של האצ"ל והלח"י למתן את פעילותם נגד הבריטים, ואחרי ההתנקשות של אנשי הלח"י בלורד מוין, שר המדינה הבריטי למזרח התיכון, בנובמבר 1944, החלה הפעולה נגד שני הארגונים, אם כי עיקר הפעולה כוון נגד האצ"ל, בשל הבנות מאחורי הקלעים שהושגו עם הלח"י.
במהלך מה שכונה "הסזון" הוצאו חשודים בהשתייכות למחתרת או בתמיכה בה ממוסדות כגון בתי ספר, מקומות עבודה וקופת החולים הכללית, ובעיקר פעלו אנשי ההגנה והפלמ"ח בעיכוב, חטיפה, כליאה, חקירה ומסירת אנשי אצ"ל ולח"י, או פרטים מסגירים אודותיהם, לידי הבולשת הבריטית. בין היתר הוסגרו לבולשת חברי מפקדת האצ"ל יעקב מרידור, שלמה לב עמי ואליהו לנקין.
עוד בתחילת פעולות אלו חייבה מפקדת הארגון את אנשיה בכל הדרגים לנקוט הבלגה מלאה כלפי היהודים מבצעי הסזון. על אף שהיו מתנגדים למדיניות נוקשה זו, הטיל מנחם בגין את כל כובד השפעתו כדי למנוע "מלחמת אחים":
בעקבות הסזון פסקו פעולות האצ"ל לכמה חודשים, עד לתום המלחמה באירופה, אך הארגון לא חוסל. התאוששות בשורותיו ניכרה כאשר החל מחדש בפעולות חבלה בשיתוף עם הלח"י במאי 1945 נגד צינורות נפט, קווי טלפון וטלגרף וגשרי מסילות ברזל.
תנועת המרי העברי.
הקמת תנועת המרי העברי.
בחודשים שלאחר תום המלחמה באירופה במאי 1945 החלה התקרבות בין האצ"ל והלח"י לבין ההגנה בשאלת היחס לשלטון הבריטי.
הנהגת היישוב קיוותה שעם תום המלחמה בריטניה תגמול ליישוב על תמיכתו בה בימי המלחמה. התקוות גברו כאשר בסוף יולי עלתה מפלגת הלייבור לשלטון בבריטניה, לנוכח הצהרות קודמות מטעם המפלגה התומכות בציונות ובביטול הספר הלבן. אולם משעלתה לשלטון נתבדו התקוות, לאחר שמדיניות הממשלה בנושא, שהוביל שר החוץ ארנסט בווין, המשיכה במדיניות הספר הלבן, ובמיוחד המשיכה להגביל את העלייה. לנוכח האכזבה מהבריטים, התגברו הקולות בקרב ההגנה ומוסדות היישוב שקראו לפתוח במאבק נגד השלטון. בכך הצטמצמה עד מאוד אחת המחלוקות העיקריות בין הנהגת היישוב לבין האצ"ל והלח"י, ונסללה הדרך לשיתוף פעולה.
באוגוסט החל משא ומתן בין המחתרות ובאוקטובר הושגה הסכמה והוקמה "תנועת המרי העברי", גוף שאיגד את שלוש המחתרות במאבק מזוין נגד הבריטים. האצ"ל והלח"י התחייבו לתאם את כל פעולותיהם עם ההגנה (למעט פעולות שנועדו להשגת נשק), ואף קיבלו משימות לביצוע מהנהגת תנועת המרי העברי.
במשך עשרה חודשים פעלו האצ"ל והלח"י ב-19 מבצעי תקיפה, ההגנה והפלמ"ח ביצעו עשרה, רובם פעולות גדולות (הגדולה והידועה בהן היא ליל הגשרים). בנוסף העלתה ההגנה באופן בלתי חוקי למעלה מ-13,000 מעפילים.
בגיליון נ"א של עיתון חרות משנת 1945, מובאות תחושות אנשי הארגון:
פעולות התנועה.
הפעולה המשותפת הראשונה של תנועת המרי הייתה "ליל הרכבות" ב-1 בנובמבר 1945. האצ"ל והלח"י ביצעו ביחד התקפה על תחנת הרכבת לוד ואילו כוחות ההגנה והפלמ"ח פגעו ברשת המסילות במאות מקומות לאורכה.
המתח מול השלטונות גבר עם ריבוי הפעולות נגד מתקניהם. האצ"ל והלח"י יצאו לפעולות משותפות: התקפת מחנות צבא בבית נבאלא, ראש העין ומחנה חיל האוויר בצפון תל אביב, שם ביצע האצ"ל לראשונה פשיטה מכיוון הים. בסוף דצמבר התקיף עם לח"י והחריב את מרכז הבולשת הבריטית ביפו ובמגרש הרוסים. בנוסף ביצע הארגון שש "פעולות החרמה" בהן השיג עשרות מקלעים ותתי מקלעים, מרגמות ותחמושת. בשוד רכבת הכסף, שנערך ב-12 בינואר 1946, העביר האצ"ל לידיו 35 אלף לא"י, סכום עצום אשר שימש למימון פעולות המחתרת. ב-25 בפברואר 1946 נערכה התקפת שדות התעופה הבריטיים: לוחמי האצ"ל חדרו לשדה התעופה לוד ופוצצו 11 מטוסים צבאיים, בשדה התעופה בקסטינה (כיום בסיס חצור) השמידו לוחמי אצ"ל 12 מטוסים, ובשדה התעופה ליד כפר סירקין (כיום מחנה סירקין) השמידו לוחמי הלח"י שישה מטוסים. עשרה ימים אחר כך נכנסו שלושים אנשי אצ"ל מחופשים ל"כלניות" (חיילי הדיוויזיה השישית המוטסת) אל מחנה צריפין, ומילאו משאית בתחמושת ובנשק. בדרכם החוצה נפתחה עליהם אש, ושני לוחמים, מיכאל אשבל ויוסף שמחון, נפצעו קשה ובמהלך פינויים לבית החולים גלעד בתל אביב נשבו. לאחר שנידונו לתלייה חטף האצ"ל חמישה קציני צבא בריטיים כבני ערובה. עונשם של הנידונים הומר בחנינה והאצ"ל שחרר את הקצינים. מיכאל אשבל כתב בתא הנידונים למוות את השיר "עלי בריקדות", שהיה לאחד משירי המארש האהובים ביותר על אנשי הארגון. אשבל ושמחון הפכו את משפטם לבימה פוליטית בה השתמשו לנאומים שקיבלו חשיפה תקשורתית מחוץ לארץ ישראל.
ב-23 באפריל בוצעה ההתקפה על משטרת רמת גן על ידי 40 לוחמי הארגון, חלקם מחופשים לאסירים ערביים המובלים על ידי שוטרים לכאורה. לאחר שנכנסו פנימה באין מפריע, שלפו החוליות את נשקן, השתלטו על התחנה, והחלו להעמיס נשק מתוכה על משאית. באמצע הפעולה הגיעה תגבורת בריטית למקום, ותוך קרב יריות המשיכו אנשי הארגון להעמיס את כלי הנשק והחלו לסגת. בנסיגה נהרג מפקד הפורצים, יעקב זלוטניק וגופתו נתלתה על גדר התיל. לוחם נוסף, יצחק בילו, נהרג בעת פעולת ההסחה - מטען נפץ נפל מידו, והוא השליך את עצמו עליו כדי שלא יפגע בחבריו שנשאו חומרי תבערה. בפעולה נפצע ונתפס דב גרונר. הוא הועמד למשפט ואחרי שנידון למוות בתלייה, סירב לחתום על בקשת חנינה והיה לעולה גרדום.
בעקבות פעולות תנועת המרי החריפה מדיניות הבריטים נגד היישוב. הוחרפו עד מאוד תקנות החרום, ורבבות אנשי ביטחון הוצבו בארץ. נערכו מעצרים רבים, נערכו חיפושים ביישובים יהודיים, וכן הופרעו בכוח מבצעי התיישבות (דוגמת העלייה לביריה). השיא הגיע באירועי השבת השחורה ב-29 ביוני 1946, שבהם נאסרו אלפי אנשים, בהם רבים ממנהיגי היישוב.
פיצוץ מלון המלך דוד.
בתגובה לשבת השחורה החליט הפיקוד העליון של ההגנה, בראשותו של משה סנה, לממש במסגרת תנועת המרי תוכנית פעולה חריפה נגד הבריטים, אותה סירב לאשר בעבר. תפקיד האצ"ל בתוכנית היה פיצוץ האגף הדרומי של מלון המלך דוד, בו שכנו המזכירות הראשית של הממשלה והמפקדה הצבאית. בזמן ההכנות לפעולה התערב חיים ויצמן ודרש להפסיק את פעולות תנועת המרי. סנה ביקש מבגין לדחות את ביצוע הפעולה, מבלי שהסביר את סיבת הדחייה, אולם לבסוף הוציא האצ"ל לפועל את הפעולה ב-22 ביולי 1946. כדי חלב ובהם מטעני חבלה המחוברים למנגנון השהיה הוצבו בתוך מסעדה ששכנה בקומה הראשונה סמוך לעמודי התמך של הבניין. בשעה 12:37 הופעלו המטענים, והאגף הדרומי של הבניין התמוטט על יושביו.
בניגוד לפעולות רבות אחרות של האצ"ל נגד מוסדות ממשלתיים, הפיצוץ במלון המלך דוד אירע באמצע היום, כאשר המקום היה מלא בעובדים. אזהרה ששוגרה מבעוד מועד לא נענתה. בפיצוץ נהרגו כ-90 איש, מתוכם כ-15 יהודים.
הפעולה ותוצאותיה עוררה זעזוע ביישוב. הסוכנות ומחנה ההגנה התנערו מהפעולה בה נהרגו אזרחים רבים והוקיעו אותה בחריפות. באותה עת הציבור לא היה מודע לכל השתלשלות הפרשה, שחלקים ממנה שנויים במחלוקת גם היום. הבריטים, למשל, הכחישו בתחילה שהתקבלה הודעת אזהרה, והקשר של תנועת המרי וההגנה לפעולה גם הוא לא היה ידוע ברבים. רק לאחר שנה פרסם האצ"ל את גרסתו על מעורבות מפקדת תנועת המרי ואחריותה לפעולה.
הפעולה, תוצאותיה הטראגיות והתגובות שלאחריה גרמו לערעור מחודש של היחסים בין ההגנה והנהגת היישוב לבין האצ"ל, ולפירוק תנועת המרי.
מאבק עצמאי בבריטים עד יציאתם.
פיצוץ מלון המלך דוד ומאסר של אנשי הסוכנות היהודית ואישי היישוב ב"שבת השחורה" הביאו את ההגנה לפרוש מן המאבק המזוין בבריטים. ראשי הסוכנות והיישוב שוחררו ממחנה המעצר בלטרון. המאבק בבריטים נוהל מאז ועד סוף המנדט על ידי שתי המחתרות הקטנות יותר.
חידוש המתקפות על בריטים.
בתחילת ספטמבר 1946 חידש הארגון את התקפותיו על מתקנים בריטיים, כשהיעדים העיקריים היו מסילות רכבת, קווי תקשורת וגשרים, וגם תחנות רכבת. פעולה בולטת הייתה ההתקפה על תחנת הרכבת בירושלים. בעיני האצ"ל אלה היו מטרות לגיטימיות משום שהן שימשו את הבריטים להעברת כוחותיהם. ההתקפות גרמו לבריטים להפסיק את תנועת הרכבות בלילה לתקופות מסוימות. לאורך התקופה נהג הארגון לפרסם כרוזים בשלוש השפות המזהירות את ציבור הנוסעים לבל ישתמש ברכבות העומדות בפני סכנת התקפה.
בדצמבר 1946 נגזר עונש בן 18 שנות מאסר ו-18 מלקות לצעיר מן האצ"ל. האצ"ל מימש איום שפרסם, ולאחר שהולקה העצור, חטפו אנשי הארגון קצינים בריטיים בערים שונות ברחבי הארץ והלקו אותם. אחרי הפעולה, שכונתה "ליל ההלקאות", לא הולקו עוד יהודים על ידי הבריטים.
בריטניה התייחסה בכובד ראש אל האירועים המכוונים נגדה. משפחות בריטיות רבות הועברו מבתיהם אל תחומי מחנות צבאיים, ומאוחר יותר חזרו לארצן. בהמשך נשלחו מארץ ישראל כל האזרחים הבריטיים, בעיקר ילדים ונשים. בשלוש הערים הגדולות יצרו הבריטים "אזורי ביטחון" מגודרים ושמורים היטב. היהודים כינו אזורים בצורים אלה "בווינגרד", על שם ארנסט בווין, שר המושבות הבריטי. בירושלים הוקמו ארבעה אזורים כאלה, המרכזי שבהם באזור מגרש הרוסים.