באיי גלאפגוס אותרו כ-550 מינים ותת-מינים של צמחים שמתוכם כ-250 הם אנדמיים. הדרכים שבהן הגיעו מיני הצמחים והאקלים שבאיים קבעו את הרכב הפלורה. גורם מרכזי עבור הצמחים היא הלחות. כמות המשקעים ומידת ההתאדות ממלאים תפקיד חשוב בקביעת סוגי הצמחייה, בהתאם לתנאי הסביבה הנקבעים מהלחות. בשפלות ובאזורי החוף יורדים בממוצע בין 0 ל-300 מ"מ גשם בשנה, בעוד שברמות ובאזורים הגבוהים נעה כמות הגשם בין 300 ל-1,700 מ"מ לשנה. האקלים בגובה נעשה גם קריר ומעונן יותר. לפיכך נוהגים הבוטנאים לחלק את מיני הצמחים באיי גלאפגוס על פי אזורים הנקבעים בעיקר על פי הגובה מעל פני הים, אם כי גובהם וכיוונם של גבולות האזורים משתנים בין האיים השונים. כך למשל יהיו תחומי הגובה של אזור צמחייה מסוים במדרון הפונה לדרום, העשיר יותר במשקעים, נמוכים יותר מתחומי הגובה של אותו אזור על המדרון הצפוני. האזורים הם: "אזור החוף", "האזור הצחיח, "אזור המעבר", "אזור סקלזיה", "האזור החום", "אזור מיקוניה", ו"אזור הפמפה". באיים השטוחים יותר קיימים רק שני האזורים הראשונים. להלן אזורי הצמחייה העיקריים וסוגי הצמחים בהם:
בעלי חיים.
איי גלאפגוס משמשים כמקום מושבם של מינים רבים של בעלי חיים ייחודיים. ייחודיות הפאונה (חברת בעלי החיים) בארכיפלג שימשה כסיבה המרכזית לפרסומו בעולם. ככלל, איי גלאפגוס סיפקו למדענים אפשרות לחקור את תהליך האכלוס (קולוניזציה) של איים. באיי גלאפגוס שוכנים דרך קבע מספר רב של מינים אנדמיים, כלומר מינים שחיים רק באיים אלו. מינים מסוימים אף התפצלו למספר תת-מינים, שכל אחד מהם אנדמי לאי אחד או יותר בארכיפלג. שני מיני בעלי החיים הבולטים בכך הם צבי גלאפגוס ופרושי דרווין. על אף האמור, המגוון הביולוגי באיים אינו גבוה, וזאת בשל הבידוד הגאוגרפי הגדול בו הם נמצאים. במצב כזה, דרכי ההגעה של בעלי חיים לאיים מוגבלות מאוד.
בעלי החיים באיי גלאפגוס מציגים מספר תופעות שאחראיות לכמה מוזרויות לכאורה. כך למשל, תופעה אחת היא "ענקיות איים" (Island Gigantism): בעלי חיים מסוימים גדולים באופן בולט וחריג ביחס לקרוביהם שביבשת. ההסבר לתופעה הוא, ככל הנראה, היעדרם היחסי של טורפים או מתחרים מאפשר לבעלי החיים לאכול יותר ולהתרבות תחת פחות אילוצים-איומים. הדוגמה הבולטת לכך בארכיפלג היא צבי גלאפגוס. זהו הצב היבשתי הגדול ביותר בתבל, והוא מגיע לממדי ענק: אורכו ומשקלו בבגרות הם מטר ועשרים סנטימטרים ולמעלה מ-300 קילוגרמים בהתאמה. גודלם הרב של הצבים הפך לאחד מהסמלים הבולטים של איי גלאפגוס, והם גם מקור שמם.
תופעה מעניינת נוספת המאפיינת את בעלי החיים באיים נוגעת להיעדר המורא שלהם מפני בני אדם. בעלי החיים אינם מפחדים למראה בני אנוש, מה שמאפשר לצפות בהם בקלות יחסית, ללא צורך בציוד מיוחד ובהמתנה ממושכת. הסיבה לכך נעוצה ככל הנראה במצבת בעלי החיים שחיים באיים, ובפרט - היעדרם של טורפים. בהיעדר טורפים, מרבית בעלי החיים אינם מסתתרים מפני יצור כלשהו תחת הנסיבות הרגילות, ולכן בני האדם שהגיעו ברבות השנים לא נתפשו על-ידם כאיום.
פרושי דרווין, הגם שאינם מציגים תופעה ייחודית או נדירה, נודעו בשל השפעתם על הביולוג צ'ארלס דרווין שפיתח לימים את תורת האבולוציה. מדובר בכ-13 עד 14 מיני פרושים דומים מאוד שחיים באיי גלאפגוס ובאחד מאיי קוקוס. גודלם של כל הפרושים הללו דומה, ונע בין עשרה לעשרים סנטימטרים. ההבדלים הבולטים ביניהם נעוצים בצורות מקורים שונות המותאמות לסוגי מזון שונים. דרווין תפס פרושים רבים באיים, אך בשל אי הבנתו באורניתולוגיה, לא בדק אותם בעצמו. בשובו לאנגליה, העביר את הפרושים לאורניתולוג הבריטי הנודע ג'ון גולד (1804–1881). גולד בדק את הפרושים ומצא כי אין מדובר במין אחד, כי אם בלמעלה מ-10 מינים שונים. דרווין הושפע מהמידע החדש, ודן בהתפצלות של העופות באיי גלאפגוס באופן מפורש גם בספרו "מוצא המינים". לעיתים קרובות משמשים פרושי דרווין כדוגמה קלאסית להצגת ההתפצלות האפשרית של אב קדמון אחד למספר מינים שמסתגלים לתנאים שונים. התפצלות דומה קיימת אצל הצבים, וגם עליה ידע דרווין, והיא מתבטאת בעיקר בצורת השריון שלהם.
באיי גלאפגוס חיים עוד מספר בעלי חיים ייחודיים. אחד מהם הוא פינגווין גלאפגוס, שהוא הפינגווין היחיד החי באזור קו המשווה (והיחיד שהגיע לחצי הכדור הצפוני). הפינגווין המיוחד חי באיים הודות לזרם הומבולדט הקר, המספק לו את מרבית תזונתו. קורמורן גלאפגוס חי גם הוא באיים. ייחודו של האחרון בא לו בשל העובדה שהוא הקורמורן היחיד שאיבד את יכולת התעופה. הסיבה לכך היא שהתעופה לא הייתה נחוצה במקום החדש אליו הגיע הקורמורן - היעדר כמעט מוחלט של טורפים בצירוף העובדה שאת מזונם מצאו דווקא במים. עוף נוסף, יוצא דופן בתזונתו, הוא פרוש קרקעי חד-מקור הידוע כפרוש הערפד ("Geospiza difficilis septentrionalis"). זהו תת-מין של אחד ממיני פרושי דרווין שהוזכרו, אך המיוחד בו הוא שהוא ניזון מדמן של ציפורים אחרות, בעיקר סולת נסקה והסולה כחולת-הרגל, ובנוסף הוא נוהג לגנוב ביצים מהקנים של סולות ולאכול את תוכנן. תופעה זו מיוחסת לעובדה שבשל כמות המשקעים המועטה יש מעט מאוד מזון על האיים עצמם, והפרושים נאלצו לחפש מקור מזון חלופי ומצאו אותו אצל הסולות, שבשל תזונתן מדגים אינן מושפעות מהמחסור במזון היבשתי.
בעל חיים ייחודי נוסף הוא האיגואנה הימית. זוהי איגואנה מיוחדת, שסיגלה לעצמה יכולות פיזיות והתנהגותיות ייחודית המאפשרות לה להתנהל בסביבה ימית במשך זמן רב. אחר מזונה היא תרה במים, אך בשל דמה הקר היא אינה מסוגלת לשהות בהם משך יותר משעה לערך. את המלחים שנספגים בגופה היא מסלקת באמצעות בלוטות ייחודיות. בשנת 2008 זיהו חוקרים מין אנדמי נוסף של איגואנת יבשה - איגואנה ורודה, ממנו ישנם כ-100 פרטים בלבד ולכן הוא בסכנת הכחדה חמורה. המין נתגלה לראשונה ב-1986 על מדרונות הר הגעש וולף באי איסבלה ונחשב בתחילה לאנומליה גנטית. באיים חיים מספר רב של בעלי חיים אנדמיים נוספים, כמו עקב גלאפגוס, וכן מספר רב של מינים שאינם אנדמיים, אך גם הם מעשירים את המגוון הביולוגי ואת יופיו של הארכיפלג.
סכנות.
האיום המרכזי על חיי הבר באיי הגלאפגוס מגיע מצדם של מינים פולשים. מינים אלו, כדוגמת עזי בר, חתולים ובקר, הובאו לאיים על ידי בני האדם. על פי רוב, אלו הם מינים זרים לפאונה ולפלורה הטבעיות, והם מתרבים במהירות. המינים המקומיים, שהם לעיתים אנדמיים, לא היו מורגלים לתחרות עם מינים פולשים מעולם, ולכן אין באמתחתם הגנות למולם. באופן זה מקומם של האחרונים באיים הולך וגדל על חשבון מקומם של הראשונים.
כמה ממיני הצמחים הפולשים המזיקים ביותר הם הגויאבה, האבוקדו, "Croton eluteria", הבלזה, הפטל השחור, כמה מיני הדרים (תפוזים, לימונים) ועוד. צמחים אלו פלשו לאזורים נרחבים וחיסלו מיני צמחים אנדמיים באזורי אקלים לח באיים סן קריסטובל, פלוראנה, איסבלה וסנטה קרוס. באיי גלאפגוס חיים כ-500 מיני צמחים מקומיים, לעומת כ-700 מיובאים. גם בעלי החיים הפולשים גרמו נזק רב לפאונה המקומית. רבים מהם הובאו לאיים על ידי שודדי ים. רשומותיו של תור היירדאל מזכירות כי המשנה למלך פרו הורה על שחרור כלבים באיים, שמטרתם לטרוף את הכבשים החיות באיים, לאחר שגילה כי שודדי הים הבריטים אוכלים את הכבשים שהפרואנים בעצמם שחררו באיים. מקרה נוסף אירע כאשר חוסה דה ויליאמי ניסה ליישב את האי פלוראנה. לאחר שכשל בניסיונותיו, הוא הורה על העברת כבשים, חמורים, פרות וחיות אחרות מהחוות בפלוראנה לאיים אחרים, על מנת להקל על יישובם מאוחר יותר.
כיום חיים באיים בעלי חיים פולשים רבים, ובהם עזים, חזירים, כלבים, עכברים, חתולים, חולדות, כבשים, סוסים, חמורים, פרות, כמה מיני עופות, נמלים, תיקנים וכמה מיני טפילים. הכלבים והחתולים מתקיפים את הציפורים המקומיות, וכן הורסים את קניהם של העופות ושל הצבים. לעיתים הם אף הורגים את הצבים הייחודיים לאיים או את האיגואנות. החזירים פועלים כמו החתולים והעכברים, ומוסיפים על כך את הנזק שהם גורמים בדריסת הצמחייה המקומית בתורם אחר מזון. בעלי חיים פולשים אחרים אינם פוגעים במינים המקומיים ישירות, אלא מתחרים איתם על משאבי המזון ועל מקורות המים.
בעיה נוספת הניצבת בפני חיי הבר המקומיים מקורה בהתפתחות האנושית באזור, ובפרט הגידול בפעילויות הדיג הבלתי חוקיות. ענף התיירות המתפתח והאוכלוסייה הגדלה, מביאים לצמצום בתי הגידול של בעלי החיים והצמחים ופוגעים ביכולת השרידה שלהם. בינואר 2008, הודיע פקיד במנהלת הפארק על רציחתם של 53 אריות ים (13 גורים, 25 צעירים, 9 זכרים ו-6 נקבות) באי פינטה, והוסיף שראשיהם של אריות הים נמצאו מרוסקים . מקרה דומה אירע ב-2001, כאשר ציידים הרגו 35 אריות ים.
פגיעה אפשרית נוספת נובעת ממספר התיירים הרב שהולך וגדל מדי שנה. בין 2009 ל-2016 מספר התיירים עלה בכ-90%. ככל שמגיעים לאיים תיירים רבים יותר, גוברים הלחצים על התשתיות הקיימות, וכן הפגיעות בשטחי המחיה של בעלי החיים המקומיים והסכנה מפלישת מינים זרים של צמחים וחיות. "בטווח הארוך, לא ניתן לאפשר גידול בלתי־פוסק של התיירות בסביבה השברירית", הזהיר ג'ים לוץ, נשיא האגודה הבינלאומית של מפעילי הסיורים בגלאפגוס, במכתב לשר התיירות של אקוודור בשנה שעברה.
שימור.