התפרצות מגפה לא הייתה מאורע יוצא דופן בלונדון. מגיפות גדולות פקדו אותה ב-1592, 1603, 1625 ו-1636. יתרה מכך, פיפס לא נמנה עם קבוצות האוכלוסייה שהיו חשופות יותר מכל לפגיעתן: הוא לא התגורר בשיכונים צפופים, לא התערב דרך שגרה בעניים, ולא נדרש להחזיק את משפחתו בלונדון בעת משבר. חומרת המגפה נתבררה רק בחודש יוני, ועבודתו של פיפס בחמשת החודשים הראשונים של השנה לא הושפעה ממנה באופן ניכר. ואומנם, קלייר טומלין כותבת, כי "העובדה הראויה להיזכר יותר מכל אודות שנת המגפה של פיפס היא, כי בעיניו הייתה זו אחת השנים המאושרות בחייו." ב-1665 השקיע פיפס עמל רב בעבודתו, אך מאמציו נשאו פרי והוא הכפיל פי ארבעה את הונו. ב-31 בדצמבר, בסיכום השנה, הוא כותב: "מעולם לא חייתי באושר רב יותר מכפי שחייתי בתקופת המגפה (מלבד זאת, מעולם לא הרווחתי הרבה כל כך)". עם זאת, אין זה נכון לחשוב כי פיפס לא היה מודאג כלל מן המגפה. ב-16 באוגוסט כתב ביומנו:
במכתב ששלח מתאר פיפס את העיר:
פיפס מציין כי הוא לעס טבק כדי להתגונן מפני המגפה, וכי הוא חשש שעושי הפאות משתמשים בשער המתים לפאותיהם. פיפס הציע כי מפקדת הצי תעבור לגריניץ' מפני המגפה (ואף הציע להמשיך לעבוד בעיר עצמה, ולא לעבור למפקדה החדשה). בדומה לאירועי המלחמה עם הולנד, גם בשל המגפה שלח פיפס את אשתו מן העיר לוולוויץ'. אליזבת שבה ללונדון רק בינואר 1666. פיפס מציין ביומנו כי אליזבת נדהמה ממראה חצר כנסיית סנט אולאבס בה נקברו 300 מתים מהמגפה בזמן העדרה מן העיר.
השרפה הגדולה של לונדון.
בשעות הבוקר המוקדמות של 2 בספטמבר 1666 העיר את פיפס משרתו, אשר הבחין בשריפה באזור בילינגסגייט. פיפס חשב שהשריפה אינה רצינית ושב למיטתו. בהתעוררו בבוקר, דיווח לו המשרת כי 300 בתים עלו באש, וכי האש מתקרבת לגשר לונדון. פיפס הלך למצודת לונדון על מנת לראות את השריפה מנקודת מבט גבוהה, ולאחר מכן שכר סירה והפליג בנהר התמזה על מנת לצפות בשריפה במשך כשעה, וכך כתב ביומנו:
לאחר שראה שהאש מתקדמת מערבה בשל הרוח החזקה, הורה פיפס למשיט הסירה להפליג לעבר וייטצ'אפל והיה הראשון שעדכן את המלך אודות השריפה. המלך הורה לפיפס להיפגש עם הלורד ראש העיר, תומאס בלדוורת' ולהורות לו להתחיל להרוס בתים על מנת ליצור מחסום לאש. פיפס נסע בכרכרה עד קתדרלת סנט פול והמשיך ברגל בעיר הבוערת. בפוגשו את הלורד ראש העיר, השיב לו ראש העיר: "מה אוכל לעשות? אני מותש. אנשים אינם מקשיבים לי. אני מורה על הריסת בתים אולם האש משיגה אותנו בטרם אנו מספיקים לעשות זאת".
בצהרי היום שב פיפס לביתו, אכל ארוחת צהרים איכותית, ושב אל הסיטי לצפות בשריפה. אחר הצהרים שב לווייטהול, ושם פגש את רעייתו בפארק סנט ג'יימס, ובשעות הערב הם צפו בבערה מבנקסייד (בגדתו הדרומית של התמזה - אתר צפייה ממנו לא נשקפה להם כל סכנה). פיפס מציין ביומנו כי בכה בראותו את השריפה. בשובו לביתו פגש פיפס את מזכירו, תום הייטר אשר איבד את כל רכושו בשריפה. כאשר שמע שהאש מתקרבת מזרחה החל לארוז את רכושו לאור הירח.
בשעה 4 לפנות בוקר, ב-3 בספטמבר, הגיעה עגלה לביתו ופיפס בלה את שארית היום באריזת רכושו. חפצי הערך, ויומנו של פיפס נשלחו לביתו של חבר ממשרד הימיה בבת'נל גרין. בשעות הערב אכל את שאריות ארוחת הערב של היום הקודם, באשר לא הייתה לו אש לחמם את האוכל וצלחות לאכול בהן. למחרת המשיך פיפס לארוז את חפציו, ואף סבר שהאש מתקרבת לרחוב סית'ינג, הציע להרוס את בתי הרחוב על מנת להגן על מצודת לונדון הנמצאת ממזרח.
ביומנו כתב:
בבוקר יום רביעי, 5 בספטמבר, בשעה 2 לפנות בוקר, מצאה אותו רעייתו ישן על רצפת משרדו, ואמרה לו שהאש כמעט הגיעה לכנסיית כל הקדושים שליד המצודה והגיעה לפתחו של רחוב סית'ינג. פיפס החליט לשלוח אותה ואת זהבו (כ-2,350 ליש"ט) לוולוויץ'. ב-7 בספטמבר, לאחר שכבתה האש, הלך פיפס לרציף סנט פול וראה את הריסות קתדרלת סנט פול, הריסות בית ספרו, והריסות בית אביו, וכן הריסות הבית בו נותח. ביתו שלו, משרדו, וכן רכושו ויומנו של פיפס ניצלו מהאש.
חייו הפרטיים.
היומן מתאר בפרטים רבים את חייו הפרטיים של פיפס. פיפס אהב יין ואהב לצפות במחזות וכן לארח ולהתארח אצל חבריו. הוא בילה זמן רב בספירת כספו, בהערכת שווי רכושו ומעמדו החברתי. מיומנו עולה כי פיפס היה סקרן ביותר, ועל בסיס זה פעל, לרוב מבלי לחשוב על הסכנה. מדי פעם כתב ביומנו שעליו להשקיע פחות זמן בבילויים ויותר זמן בעבודה.
פיפס היה איש תרבות, ואהב לקרוא ספרים, לשמוע מוזיקה, וכן לצפות בתיאטרון. הוא התעניין במדעים, הלחין מוזיקה, ואף ידע לשיר ולנגן בחליל, ויולה, כינור והרפסיקורד. ביומנו כתב כי דאג לשיעורי מוזיקה עבור משרתיו. פיפס שר בקונצרטים שנערכו בביתו, בבתי קפה, ואף במנזר וסטמינסטר. פיפס אף לימד את אשתו לשיר, ושילם על שיעורי ריקוד עבורה (אף שהפסיק את אלה לאחר שחשד במורה לריקוד שהוא מחזר אחריה).
לפיפס היו מספר רומנים מחוץ לנישואין עם נשים שונות. רומנים אלה תועדו בפירוט רב ביומנו, כאשר פיפס השתמש בשפות שונות (אנגלית, צרפתית, ספרדית ולטינית) על מנת לתאר את יחסי המין.
ביומנו הוא מתאר כי ב-25 באוקטובר 1668 תפסה אותו אשתו כשהוא מחבק את המשרתת של אשתו, דבורה וילט. האשמה שחש בשל כך לא מנעה ממנו לפטר את המשרתת, ולהמשיך לחזר אחריה.
היומן.
פיפס השתמש בשיטת קצרנות שהומצאה על ידי תומאס שלטון, ונעשה בה שימוש רב בתקופתו, על מנת לכתוב את יומנו. אמנם היומן נכתב לשימוש פרטי בלבד, ולא נועד לפרסום, פיפס נקט צעדים על מנת לשמרו. הוא נהג לכתוב טיוטה, ורק לאחר מכן לכתוב את הדברים ביומן, וכן כרך את הדפים לשישה כרכים, וקיטלג את יומנו בין יתר ספריו בספרייתו, מתוך כוונה לשמרם, ואולי גם מתוך כוונה כי יקראו בעתיד.
חייו לאחר כתיבת היומן.
במהלך שנות עבודתו נפגעה בריאותו של פיפס בשל שעות עבודתו הארוכות. פיפס האמין שההתדרדרות בראייתו מקורה היה בעבודתו ובמסמכים הרבים שקרא. בסוף מאי 1669 הגיע למסקנה כי על מנת להציל את ראייתו עליו להפסיק לכתוב, ומאותו רגע הכתיב למזכיריו את המסמכים. משמעות ההחלטה היה כי לא יכל עוד להמשיך לכתוב ביומנו.
ביוני - אוקטובר 1669 נסעו פיפס ורעייתו לחופשה בצרפת ובארצות השפלה. זמן קצר לאחר שובם נפלה רעייתו למשכב ונפטרה זמן קצר לאחר מכן, ב-10 בנובמבר 1669. פיפס הקים לזכרה מצבה בכנסיית סנט אולאב הארט סטריט הסמוכה לביתם.
חבר פרלמנט ומזכיר הימיה.
בשנת 1672 מונה לתפקיד אח בכיר בבית טרינטי, ובשנה לאחר מכן מונה לתפקיד מזכיר מועצת הימיה, וכן נבחר לפרלמנט הבריטי מטעם מחוז קאסל רייזינג שבנורפוק. במאי 1676 נבחר לתפקיד מאסטר בבית טרינטי וכיהן בתפקיד זה עד שנת 1689.
בשנת 1673 פעל להקמת בית ספר מלכותי למתמטיקה בבית החולים כרייסט במטרה ללמד 40 ילדים מדי שנה את אמנות הניווט על מנת שיתקבלו לימים לצי המלכותי. בשנת 1675 מונה לתפקיד מפקח בית החולים, ופעל בו שנים רבות. בשנת 1699 בשל פעילותו הרבה בתפקיד זה ניתן לו אות הכבוד חירות העיר של הסיטי של לונדון.
בשנת 1679 נבחר לפרלמנט ממחוז הארוויץ', ונכח בפרלמנט זה (שלימים נקרא פרלמנט הפרשים). במאי אותה שנה התקיפו אותו יריביו הפוליטיים והוא נאלץ להתפטר מתפקידו כמזכיר הימיה ונכלא במצודת לונדון בחשד שמסר מידע סודי לידי צרפת. אשמות אלה ככל הנראה זויפו על ידי אנתוני אשלי קופר, רוזן שפטסברי הראשון. פיפס הואשם גם כי היה תומך האפיפיור. הוא שוחרר מכילאו ביולי, אולם ההליכים נגדו נפסקו רק ביוני 1680.
אף שהתפטר מוועדת טנג'יר בשנת 1679, בשנת 1683 שב לסייע לעבודה, ונסע לטנג'יר על מנת לסייע לג'ורג' לג, ברון דרטמות' להעריך את כלכליות המושבה ולהחליט בדבר נטישתה. לאחר שישה חודשים בטנג'יר נסע לספרד יחד עם מהנדס הצי אדמונד דאמר, ושב לאנגליה רק ב-30 במרץ 1684.
ביוני 1684 מונה על ידי המלך צ'ארלס השני בשנית להיות מזכיר הימיה, תפקיד אותו נשא עד לאחר מותו של המלך, וכן במהלך כהונתו של יורשו של צ'ארלס, ג'יימס השני.
בשנת 1684 נקראו על שמו אי התעתוע פיפס.
בין השנים 1685–1688 כיהן כמזכיר הימיה וכן כחבר פרלמנט מטעם הארוויץ'. הוא אמנם נבחר מטעם סנדוויץ', אולם בשל טענות כנגד בחירתו שב למחוז הארוויץ'. כאשר ג'יימס נמלט מאנגליה בשנת 1688 הגיעה לסופה הקריירה הפוליטית של פיפס. הוא הפסיד בבחירות בינואר 1689 ובפברואר 1689, שבוע לאחר עלייתם לשלטון של ויליאם ומרי, התפטר מתפקידו כמזכיר הימיה.
החברה המלכותית.
פיפס נבחר כחבר החברה המלכותית בשנת 1665. מ-1 בדצמבר 1684 ועד 30 בנובמבר 1686 כיהן כנשיא החברה המלכותית.
בתקופה זו פרסם אייזק ניוטון ספרו "עקרונות מתמטיים של פילוסופיית הטבע", ושמו של פיפס מופיע על כריכת הספר כנשיא האגודה המפרסמת.
פיפס היה ביחסי ידידות עם ניוטון והתכתב עמו בנושאים רבים. התכתבותם בשאלה בהסתברות האם יש סבירות גבוהה יותר לקבל את פאת השש בזריקת שש קוביות מאשר לקבל פעמיים את פאת השש בזריקת 12 קוביות נקראת על שמם "בעיית ניוטון-פיפס".
פרישתו מפעילות ציבורית.
כאמור בין מאי ליוני 1689, ובשנית ביוני 1690, נכלא פיפס בטענה כי הוא מהיעקוביטים או תומך אפיפיור. אף שהאשמות נגדו בוטלו, לאחר שיחרורו העדיף פיפס לפרוש מפעילות ציבורית, והוא בן 57 בלבד. עשר שנים לאחר מכן, בשנת 1701 עזב את לונדון ועבר לבית חברו בקלפהאם (אז היה אזור זה אזור כפרי המרוחק מלונדון, אף שכיום כבר מהווה חלק מהעיר לונדון).
פיפס התגורר בכפר עד מותו, ב-26 במאי 1703. משלא היו לו ילדים, הוריש את כל רכושו לאחיינו, ג'ון ג'קסון.
ספריית פיפס.