לאחר חידוש מבנה המוזיאון, בשנת 2010, הוקמה תצוגת קבע הנפרשת על-פני שתי קומות. למבקר באוספי הקבע מזדמן מפגש עם יצירות מופת כ"מות אדוניס" של רובנס ופטרוס הקדוש בכלא של רמברנדט, עם יצירות ישראליות מוערכות של יוסף זריצקי, מרדכי ארדון וראובן רובין, עם אוסף רחב היקף של אמנות הדאדא והסוריאליזם, עם אוסף כלי קרמיקה סינים נדירים באיכותם, עם יצירות מרכזיות של מעצבים כלודוויג מיס ון דר רוהה ופיליפ סטארק, עם אמנים עכשוויים כמונה חאטום וגרהרד ריכטר, עם חפצים המרכיבים את סיפוריהן של תרבויות אפריקה אוקיאניה ואמריקה המשתרעות על למעלה מארבעת אלפים שנה. תמהיל זה מבטא את אופיו ושאיפתו של האגף להציג את שורשי התרבות האמנותית לצד עשייה מחודשת ועכשווית עם הפנים קדימה.
האגף לארכאולוגיה.
האגף לארכאולוגיה ע"ש שמואל וסיידי ברונפמן מציג ממצאים ארכאולוגיים שונים, בדגש על הארכאולוגיה של ארץ ישראל. כמו כן, התצוגה המחודשת, שנחנכה בשנת 2010, כוללת כ-8,000 חפצים מתקופות שונות בהיסטוריה של ארץ ישראל. האגף לוקח בחשבון את השפעתן של התרבויות השכנות והכובשות על תולדות ארץ ישראל.
בין המוצגים הבולטים נמנים מנסרת סנחריב המתארת את מלחמת סנחריב ביהודה בדומה למקרא, וכתובת מימי בית ראשון בה מופיע נוסח ברכת כהנים.
בגן מצוי דגם של בית הכנסת קשתות רחבעם ברמת הגולן, הכולל אבנים מקוריות. כתובת הקדשה על טיח. פסיפס גאומטרי שנמצאה בבית הכנסת בתל רחוב בעמק בית שאן. וכתובת רחוב – כתובת הלכתית ארוכה ברצפת הפסיפס, שבה שמונה סעיפים שערוכים ב-29 שורות, ובהם טקסטים המופיעים במקורות תנאים ואמוראים, שנוגעים למצוות התלויות בארץ. זוהי הכתובת הארוכה ביותר שנמצאה.
באגף ישנם גם אוספי ממצאים שנתרמו על ידי תורמים שונים או נרכשו על ידי המוזיאון. אחד הידועים שבהם הוא "אוסף דיין" שמקורו בחפירות הארכאולוגיות הלא חוקיות שערך משה דיין לאורך השנים. לאחר פטירתו רכש המוזיאון את האוסף מאלמנתו במיליון דולר.
האגף לאמנות ותרבות יהודית.
"האגף לאמנות ותרבות יהודית ע"ש ג`ק, ג`וזף ומורטון מנדל" אוֹצֵר מגוון חפצי קודש וחול של קהילות ישראל ברחבי העולם מימי הביניים ועד ימינו אלה. האוסף משקף את העושר והיופי שבמסורת האמנותית היהודית לצד ההשפעות הסגנוניות המקומיות בהן חיו יהודים.
ראשיתו של האוסף בתחילת המאה ה-20 עם הקמתו של בית הנכות בצלאל בניהולו של מרדכי נרקיס, אשר הרחיב את אוסף תשמישי הקדושה והמצווה באופן משמעותי כשהציל אוצרות חשובים בין שתי מלחמות העולם ולאחר השואה. אוצר זה שולב במוזיאון ישראל שהוקם ב-1965 במחלקות ליודאיקה ולאתנוגרפיה יהודית. בשנת 1995 אוחדו המחלקות לאגף נפרד.
במהלך השנים אוספי האגף הועשרו באמצעות מתנות ורכישות של חפצים; אוספים שנתרמו בשלמותם; ועבודת שדה בקרב קהילות יהודיות בישראל ומחוצה לה. בין האוספים החשובים באגף נמנים אוסף שטיגליץ ואוסף פויכטונגר לתשמישי קדושה ומצווה ולחפצים הקשורים בטקסי חיים, וכן אוסף שולמן ואוסף ראתיינס לתרבות חומרית, תשמישי קדושה, לבוש ותכשיטים מצפון אפריקה ותימן.
האוסף כולל כתבי יד נדירים, ארבעה בתי כנסת המשוחזרים בתצוגה, תשמישי קדושה ומצווה, וכן חפצים הקשורים בטקסי החיים, לבוש, חפצי בית ותכשיטים מקהילות יהודיות בישראל ומחוצה לה.
מבחר חפצים חשובים ונדירים מאוסף מקיף זה, אשר שימשו וליוו את היהודים בחייהם הפרטיים והציבוריים, משולבים בתצוגת הקבע בצורה השוואתית. מבעד להם מתגלה תמונה חיה של קהילות ישראל ובה שזורים חיי היחיד עם הקהילה, המקודש עם היומיומי והמסורתי עם החדש והמתהווה.
חמישה נושאים עיקריים נפרשים בתצוגת הקבע המחודשת:
בין התערוכות השונות שהציג האגף: 2018 "לא קם כמשה: הרמב"ם, כתביו וחותמו" [קטלוג]; 2012 "חסידים: לא רק שחור-לבן" [קטלוג]; 2006-7 "לחם: בקרב עדות ודתות בארץ" [קטלוג]; 2005 "מרומא לירושלים: פאר כתבי – היד העבריים של ספריית הוותיקן"; 2003-4 "ויסעו ויחנו: אוסף סוכות מרחבי העולם" [קטלוג]; 2002 "אורות בהרי האטלס: מנורות חנוכה מאוסף זיידע שולמן" [קטלוג]; 2001 "חתום בכוכבים: דימוי וסמל בגלגל המזלות" [קטלוג]; 2000 "עטור מצחך, מתיבת התכשיטים של עדות ישראל" [קטלוג]; 2000 "יהודי תימן. אלפיים שנות תרבות ומסורת" [קטלוג]; 1995 "יהודי הודו" [קטלוג]; 1994 "בחזרה לעיירה – אנ-סקי והמשלחת האתנוגרפית היהודית 1912–1914" [קטלוג]; 1993 "מזל טוב – כתובות מצוירות מאוסף מוזיאון ישראל"; 1972 "היהודים במרוקו: אורח-חיים, מסורת ואמנות" [קטלוג].
מרכז המידע לאמנות ותרבות יהודית.
מרכז המידע לאמנות ותרבות יהודית על שם אן ואיזידור פאלק מכיל ספריית מחקר וארכיון צילומים ייחודי הגדל כל הזמן וכולל כ-20,000 צילומים. רבים מהם נדירים מאוד וחלקם מהווים תיעוד אחרון לחיי היום-יום התוססים של קהילות יהודיות שאינן עוד מאפגניסטן, תימן, מזרח אירופה ועוד, בהם צילומים של בתי כנסת, בתי קברות חפצי פולחן וחפצים רבים אחרים.
כמו כן המרכז מהווה מקום ללימוד והעמקת הידע אודות חפצים מהאוסף, בעזרת מאגר מידע וסיור וירטואלי בתערוכות השונות.
אגף הנוער והחינוך לאמנות.
"אגף הנוער והחינוך לאמנות ע"ש רות" הוקם עם היווסדו של מוזיאון ישראל בשנת 1966 בייסודה של איילה גורדון, כמרכז חינוכי של תצוגה ויצירה מתוך התנסות, משחק בסביבה המוזיאלית. בתחילת דרכו הוא יועד לילדים בלבד ומשך אליו אלפי משתתפים מדי שנה בחוגי אמנות וסדנאות שונות. במהלך השנים התרחבה פעילותו והוא מרכז כיום את מרבית פעילויות החינוך וההעשרה של המוזיאון לכל הגילאים והמגזרים.
תערוכה שנתית לכל המשפחה עומדת במרכז הפעילות שמציע אגף הנוער. כ-100 תערוכות הוצגו בו מיום הקמתו וכללו תמיד אמנות ישראלית ובינלאומית בשילוב הפעלות והתנסויות. התערוכות עוסקות בדרך כלל בנושאי חתך, כגון "שאלה של טעם" (2002) שעסקה באוכל על היבטיו הרבים באמנות, "זה הזמן" (2000), שציינה את תחילתו של האלף השלישי ובחנה לעומק את מושג הזמן, או "תעתועים" (2013) שבחנה את תפישת המציאות שלנו לנוכח אשליות ויזואליות וביקשה לעודד ספקנות וביקורתיות.
באגף ישנם גם אוספים נדירים הלקוחים כולם מעולם הילדים: אוסף צעצועים, מבחר גדול של בובות, ספרים נדירים ואיורים מיוחדים. אוספים אלה משמשים לתצוגה, ללימוד ומחקר, ואף מושאלים למוזיאונים ברחבי העולם.
פעילות אגף הנוער מתנהלת בחמש מחלקות: מחלקת תערוכות, מחלקת תוכניות העשרה, מחלקת הדרכות, מחלקת חוגים ומחלקת השתלמויות. זהו אחד מאגפי החינוך המוזיאלי הגדולים והמובילים בעולם והוא מונה כמאה אנשי צוות ובהם אוצרים, מורים-אמנים, מדריכים, מנהלי תוכניות ומרצים.
הפעילות החינוכית מתפרשת על תחומי ידע רבים והיא נועדה לתווך ולגשר בין המוזיאון ומוצגיו לבין קהלים וקהילות. עשרות התוכניות המתקיימות מדי שנה כוללות הדרכות, תוכניות עיוניות, סדנאות אמנות, אביזרי הדגמה, חומרי הסברה ומשחק מודפסים או דיגיטליים וכן מרכזי ידע וחוויה עצמאיים ומקוריים כגון סדנת מיחזור, המשמשת מרכז ארצי ליצירה אמנותית מחומרי פסולת; ספריית איור המוקדשת לתחום איור ספרי ילדים בארץ ובעולם, תל ארכאולוגי משוחזר, המשמש כדגם פעיל ללמידה ולמשחק, פינות הפעלה חווייתיות לילדים צעירים, סדנאות מולטימדיה ועוד. איילה גורדון, מייסדת האגף, הפיקה תערוכה והוציאה ספר על ההיסטוריה של איורי הילדים בישראל, וחקרה את התנהגות הקהל הצעיר במוזיאונים מסוג זה.
נוסף על הפעילות במוזיאון, האגף מקיים פעילות קהילתית-חברתית ענפה מתוך מחויבות לערכי שוויון ואחריות חברתית. ברוח זו מתקיימים פרויקטים שנתיים היוצאים גם אל מחוץ לכותלי המוזיאון, אל הקהילה, המבקשים להניע תהליכים ארוכי טווח ומבססים קשר רציף עם המשתתפים בתוכניות. התוכניות הקהילתיות מאפשרות לאנשים בעלי צרכים מיוחדים לבקר במוזיאון ולבטא עצמם באמצעות האמנות. התוכניות משמשות גם כגשר בין קהילות כמו פרויקט משותף לערבים ויהודים החיים באזור ירושלים.
מפעל נוסף של אגף הנוער והחינוך לאמנות הוא כתב העת לחינוך מוזיאלי "פלטפורמה", היוצא לאור ארבע פעמים בשנה ומופץ לאלפי מנויים וקוראים מזדמנים. ייעודו של כתב העת לעודד ולטפח את תחום החינוך המוזיאלי בישראל ואת הקהילה העוסקת בו ולשמש פלטפורמה לשיח פתוח, מעשיר ודינמי. מדוריו השונים סוקרים התרחשויות ויוזמות בתחום החינוך המוזיאלי בארץ, ונוגעים בזיקה שבין המרחב המוזיאלי לקהל ולסוגיות של זהות, חברה ותרבות. יוזמה זו ועוד רבות אחרות מבטאות את השאיפה החינוכית של המוזיאון.
היכל הספר ודגם ירושלים בימי בית שני.
היכל הספר, שנחנך ב-20 באפריל 1965, הוא קומפלקס שנבנה כדי להציג ולשמר את שבע מגילות מדבר יהודה, שהתגלו בשנת 1947 בקומרן. במרכז התצוגה מוצגים קטעים שונים מן המגילות.
המבנה החיצוני של ההיכל, המבוסס על הניגוד שבין כיפה לבנה לבין קיר שחור, מבקש לשקף את הניגוד שבין 'בני האור' לבין 'בני החושך', מושגים שמקורם ב"מגילת מלחמת בני אור בבני חושך". הכניסה אל היא דרך פרוזדור דמוי-מערה המוביל אל מרכז הכיפה. עיצובה הייחודי של הכיפה מושפע מעיצובם של מכסי כדי החרס שבהם נמצאו המגילות.
במפלס הנמוך של ההיכל מוצג, החל משנת 1993, גם כתר ארם צובא. ה'כתר' הוא כתב יד של התנ"ך שנכתב לפי ההשערה בסביבות שנת 920 ונתפש על ידי חוקרי המקרא הנוסח המדויק ביותר של התנ"ך. הספר נדד בין קהילות יהודיות שונות, ושכן בתחילה בירושלים ובקהיר ולאחר מכן, לקראת סוף המאה ה-14, הופקד בידי יהודי בחלב.