סמוטריץ' נעצר על ידי השב"כ בשנת 2005, בעת פעולות המחאה נגד תוכנית ההתנתקות, יחד עם ארבעה פעילי ימין נוספים והוחזק בכלא שקמה במשך שלושה שבועות ושלושה שבועות נוספים במעצר בית, בחשד לחסימת כבישים. לא הוגש נגדו כתב אישום. ב-2015, כשנכלל ברשימת המועמדים בבחירות לכנסת העשרים, נטען כי החשד שבגינו נעצר עשר שנים קודם לכן היה "החזקת 700 ליטר דלק כדי לפגוע בתשתיות ולמנוע את הפינוי". סמוטריץ' הכחיש כי נחשד באחזקת דלק ואמר שחסימת כבישים היא אקט דמוקרטי מקובל בישראל. לדבריו, הוא היה אז רכז כוח אדם מטעם מועצת יש"ע, ומטרת המעצר והחקירות בשירות הביטחון הכללי הייתה למנוע צעדת המונים לעבר גוש קטיף שעלולה הייתה לשתק את החיים במדינה.
בנובמבר 2006 נמנה עם מארגני "מצעד העוז והענווה", שבו צעדו כ-200 איש בלוויית בהמות וכלבים כמחאה על מצעד הגאווה בירושלים, מצעד שכונה בתקשורת "מצעד הבהמות". כשנשאל על הנושא ב-2015 אמר שהוא מתחרט על המצעד. עמדתו נגד הכרת המדינה בזוגיות הומוסקסואלית כתא משפחתי נורמלי נותרה בעינה.
נמנה עם מייסדי עמותת "רגבים" ב-2006 ושימש כמנהל הפעילות שלה. התמנה למנהל ישיבת קדומים ונמנה עם מייסדי איגוד הישיבות הגבוהות. שימש נציג ציבור במליאת מועצת העיתונות, חבר הנהלה בישיבת בני חיל ובתנועת קוממיות, בגרעין החינוכי בנתניה וחבר בוועדה הציבורית שליד מכון אמת.
פעילות פוליטית.
התמודדותו הראשונה של סמוטריץ' לכנסת הייתה בבחירות לכנסת השמונה עשרה ב-2009, בה הוצב במקום התשיעי ברשימת האיחוד הלאומי, ובהתאם לחוק הבחירות לכנסת שוחרר לשלושה חודשים משירותו בצה"ל, לאחריהם חזר להשלים את שירותו. המפלגה זכתה בארבעה מנדטים, וסמוטריץ' לא נכנס לכנסת.
בשנת 2015, לקראת הבחירות לכנסת העשרים, הוצב במקום התשיעי ברשימת הבית היהודי, לאחר שנבחר על ידי מרכז האיחוד הלאומי – תקומה למקום השני שהוקצה לה ברשימה. בעקבות פטירתו של השר אורי אורבך קודם סמוטריץ' למקום השמיני ברשימה ונבחר לכנסת. הוא מונה לסגן יושב ראש הכנסת ולחבר בוועדת הכספים ובוועדת הפנים והגנת הסביבה.
ב-14 בינואר 2019, לקראת הבחירות לכנסת העשרים ואחת, גבר סמוטריץ' על השר אורי אריאל ונבחר במרכז מפלגת האיחוד הלאומי – תקומה ליו"ר המפלגה.
לקראת אותן בחירות הגיעה מפלגת האיחוד הלאומי – תקומה להסכם על ריצה משותפת עם הבית היהודי ועוצמה יהודית, במסגרת איחוד מפלגות הימין. על פי ההסכם הוצב סמוטריץ' במקום השני ברשימה לכנסת, אחרי יו"ר הבית היהודי הרב רפי פרץ. עוד הוסכם כי תינתן לו הזכות לבחור ראשון מבין התפקידים שיתקבלו במסגרת ההסכם הקואליציוני, ושאם תקבל הסיעה רק תפקיד שר אחד, יכהנו בו שניהם ברוטציה. הסכם זה נשמר גם לקראת הבחירות לכנסת העשרים ושתיים, אז רצו הבית היהודי והאיחוד הלאומי עם הימין החדש, במסגרת רשימת ימינה.
ב-23 ביוני 2019 מונה לשר התחבורה ה-33 ולחבר הקבינט המדיני ביטחוני, במסגרת ממשלת המעבר.
כשר התחבורה הוחל במהלך כהונתו מיזם נתיב פלוס שבמסגרתו הוקצו בכביש החוף ובנתיבי איילון נתיבי נסיעה לטובת רכבי תחבורה ציבורית וכלי רכב פרטיים עם לפחות נוסע אחד או שניים מלבד הנהג. כמו כן האיץ סמוטריץ' את חשמול הרכבת בקו המהיר מירושלים לתל אביב וכן החל בסלילת מסילת ראשון לציון – מודיעין.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים וארבע הכריז סמוטריץ' על שינוי שם מפלגת "האיחוד הלאומי – תקומה" ל"הציונות הדתית" וסמלה של המפלגה הוחלף בהתאם. הוא חתם על הסכם של ריצה ברשימה משותפת במסגרת בלוק טכני עם מפלגות עוצמה יהודית ונעם, כאשר הוא ניצב בראש הרשימה. הרשימה קיבלה בבחירות 6 מנדטים, מתוכם ארבעה ממפלגתו של סמוטריץ, שאליהם הצטרף גם אופיר סופר ששוריין ברשימת הליכוד והתמזג לרשימה מספר חודשים לאחר השבעת הכנסת.
חקיקה.
במהלך הכנסת העשרים העביר סמוטריץ' כיוזם ראשון שתים עשרה הצעות חוק, והיה משיאני החקיקה של הכנסת. בהן:
עמדותיו.
הסכסוך הישראלי–פלסטיני.
עמדתו המדינית היא שהתנועה הלאומית הפלסטינית הוקמה מלכתחילה כמתנגדת לציונות והיא שוללת את קיומה של מדינת ישראל כמדינה יהודית. שתי השאיפות הלאומיות אינן יכולות לחיות זו לצד זו בשלום, ולכן, לדבריו, דחו הפלסטינים את הצעות השלום הישראליות.
סמוטריץ' סבור כי מדיניות ההרתעה של ישראל צריכה להשען על "מאזן אימה" בעזרת סנקציות והפעלת כוח, כמו הריסות בתים וגירוש משפחות מחבלים, וכן גילוי "אפס סובלנות מול אירועים שוחקי הרתעה", כגון הכאת קצין צה"ל בידי עהד תמימי. לכן הוא הביע צער על שתמימי לא נורתה בברך בעת האירוע. בדצמבר 2018, בעקבות פיגוע הירי בצומת עפרה ופיגוע הירי בגבעת אסף, הצטרף סמוטריץ' לקריאה למתנחלים לחסום באותו הערב את הכביש לתנועת פלסטינים.
לאחר שמפכ"ל המשטרה קובי שבתאי אמר, בהתייחסו למהומות בלוד שאירעו כחלק מהמהומות בישראל, שאין חלוקה מצידו בין יהודים וערבים, אלא טרורסטים משני הצדדים שצריך לטפל בהם. ביקר אותו סמוטריץ: "הבעיה היא שהמפכ"ל יורק בפרצופם של אזרחי ישראל ומדבר כמו מהאו"ם על סימטריה בין שני הצדדים, יש התקוממות לאומנית של ערבי ישראל שמשתפים פעולה כגיס חמישי עם האויבים שלנו בחמאס, אתה צריך לדחוף לוועדת חקירה - למה המפכ"ל מדבר כך? למה לקח כל כך הרבה זמן לגייס כוחות? ערבי ישראל הם אזרחים אבל מה לעשות יש להם הזדהות עם האויב".
ביחס לבעיית הנשק הבלתי-חוקי בציבור הערבי, המשמש רבות לאלימות, סבור סמוטריץ ש"אי אפשר להצליח לטפל בתופעה של נשק בלתי חוקי בכלים הרגילים וחייבים לייצר הגדרה אחרת של המציאות. יש כאן כפירה בריבונות של המדינה וצריך לומר שמדובר במכת מדינה. צריכים כאן מנהיגות ולא לשים פלסטרים ולייצר סט כלים אחר לממשלה".
באוקטובר 2021 עורר סערה כשבמהלך נאומו בכנסת הגיב לקריאות ביניים מצד חברי הכנסת מהרשימה המשותפת ומרע"ם במילים "אתם פה בטעות – כי בן-גוריון לא גמר את העבודה ולא זרק אתכם ב-48′. זאת האמת. איתכם אין לי שיג ושיח".
תוכנית ההכרעה.
בספטמבר 2017 פרסם סמוטריץ' את "תוכנית ההכרעה" – תוכנית לפתרון הסכסוך הישראלי-פלסטיני, שאותה הגדיר "התכנית היחידה שמבוססת על הכרעת הסכסוך ולא על שימורו בעצימות משתנה". ועידת המפלגה של האיחוד הלאומי – תקומה אישרה את התכנית באותו חודש.
התכנית מבוססת על מספר הנחות יסוד:
לפי התכנית, שלום בר-קיימא יושג באמצעות פירוק הרשות הפלסטינית, החלת הריבונות הישראלית בכל יהודה ושומרון, הקמת יישובים יהודיים רבים ביהודה ושומרון ועידוד מאות אלפי תושבים לעבור לשם.
לפי התכנית, לפלסטינים תושבי יהודה ושומרון יוצע לחיות תחת השלטון הישראלי במעמד של תושבים, ולנהל חיים מוניציפלי במנהלות אזוריות נטולות מאפיינים לאומיים, שייבחרו בבחירות דמוקרטיות. האזורים הם: חברון, בית לחם, רמאללה, יריחו, שכם וג'נין. לפי התכנית הממשלים הללו מתאימים למבנה התרבותי והחמולתי של החברה הערבית, ועל כן יבטיחו שלום פנימי ושגשוג כלכלי. התוכנית אינה מעניקה לפלסטינים זכות הצבעה לכנסת, ובכך יישמר הרוב היהודי בקבלת ההחלטות במדינת ישראל. לפי סמוטריץ, העדר זכות הצבעה לפרלמנט ריבוני מלא הוא לכל היותר גירעון במובהקות הדמוקרטית, ויישום התוכנית לא יהפוך את ישראל למדינת אפרטהייד, משום שהיא מעניקה לפלסטינים זכויות דמוקרטיות רבות יותר מאשר הם מקבלים כיום או צפויים לקבל בכל הסדר אחר. התוכנית מציעה שלושה מודלים אפשריים לשיפור הרכיב הדמוקרטי בטווח הארוך: הענקת זכות הצבעה לפרלמנט הירדני; שיתוף בהחלטות אזרחיות ולא לאומיות; ואף אזרחות מלאה, בהתאם לכמות התושבים הערבים שיבקשו זאת ולגילויי נאמנות כגון שירות צבאי או לאומי. תושב שלא יהיה מעוניין בכך יקבל סיוע להגר למדינה ערבית שבמסגרתה יוכל לממש את שאיפתו הלאומית, או לכל מדינה אחרת. אלו שינקטו בפעולות טרור יטופלו בידי כוחות הביטחון בנחישות ובעוצמה רבה יותר ובתנאים נוחים יותר מהנהוג כיום, כך שייווצרו ייאוש מחזון המדינה הפלסטינית ודעיכה של המוטיבציה לטרור, כפי שלאחר מלחמת העצמאות קיבלו ערביי ישראל את השלטון הישראלי כעובדה מוגמרת.
דת ומדינה.
סמוטריץ' הוא בין חברי הכנסת הפעילים ביותר לחיזוק ההשפעה של ההלכה על מדינת ישראל, ובפרט לשילוב של אלמנטים דתיים בציבוריות הישראלית ובחוק הישראלי.
פעילותו בתחום דיני האישות כוללת את הצהרתו שמפלגת הבית היהודי היא מפלגה דתית ש״לעולם לא תכיר בנישואים חד מיניים״; את הצעת החוק שהגיש בשנת 2017 יחד עם חברי הכנסת יואב בן צור ומיכאל מלכיאלי מש״ס, לפיה בעל של אישה שאינה מקיימת פסק דין המחייב אותה לקבל גט לא יצטרך להמתין שלוש שנים לפני שיוכל לבקש אישור לשאת אישה שנייה; ואת הצעת החוק שהגיש בשנת 2018, לפיה המדינה תממן הקפאת ביציות עבור נשים עגונות ומסורבות גט. מטרתה של הצעה זו הייתה לבטל את אחד ממנופי הלחץ העיקריים של סרבני גט על נשותיהם, אולם הקואליציה הבינלאומית למען זכויות העגונה טענה נגדה שמדובר בהליך שהצלחתו מוטלת בספק, ואשר עלול לעכב באופן משמעותי את מתן הגט.
בתחום חיזוק היהדות והרבנות במדינת ישראל קרא לממשלה בשנת 2018 להימנע מהרחבת הקריטריונים לזכאות לעלייה מאתיופיה כך שיכללו הורים ואחים של בני קהילת הפלאשמורה, שלכל הדעות אינם יהודים וגם אינם זכאי עלייה לפי חוק השבות; פנה לפרקליט המדינה לפתוח בחקירה פלילית נגד ארגון "השגחה פרטית", שלטענתו מעודד אנשים להפר את החוק בכך שהקים מערך נישואין אלטרנטיבי לרבנות הראשית; ופעל להשבת הסטטוס קוו בענייני תחבורה ציבורית בשבת על ידי שינוי לוחות הזמנים והמסלולים של קווי אוטובוס שפעלו לאחר כניסת השבת.