חוק הפטריוט אושר מחדש על ידי שלוש הצעות חוק. בפעם הראשונה, חוק הפטריוט ו-Terrorism Prevention Reauthorization Act of 2005 הועברו על ידי שני בתי הקונגרס של ארצות הברית ביולי 2005. הצעת חוק זו אישרה מחדש את הוראות חוק הפטריוט ואת חוק ה-Intelligence Reform and Terrorism Prevention Act of 2004. הדבר יצר הוראות חדשות לגבי עונש מוות למחבלים, הגברת הביטחון בנמלים, אמצעים חדשים להילחם במימון של טרור, מתן יכולות חדשות לשירות החשאי של ארצות הברית, יוזמות למאבק במתאמפטמין ומספר הוראות שונות אחרות. האישור מחדש השני, the USA PATRIOT Act Additional Reauthorizing Amendments Act of 2006, תיקן את האישור מחדש הראשון ונחקק בפברואר 2006.
ב-27 בפברואר 2010 חתם נשיא ארצות הברית ברק אובמה על חוק שיאריך באופן זמני לתקופה של שנה אחת, שלוש הוראות חוק שהיו שנויות במחלוקת של חוק הפטריוט, אשר תוקפן עמד לפוג:
בהצבעה ב-8 בפברואר 2011, בית הנבחרים של ארצות הברית שקל הרחבה נוספת של החוק עד סוף שנת 2011. הנהגת בית הנבחרים העבירה את ההצעה להארכת החוק תוך השעיית הכללים שנועדה לחקיקה שאינה שנויה במחלוקת ואשר דורשת רוב של שני שלישים. ההצעה נפלה בהצבעה כאשר רק 277 נציגים הצביעו בעדה, פחות מ-290 הצירים שנדרשו להעברת החוק תחת השעיית הכללים. ללא ההארכה אמור היה החוק לפוג ב-28 בפברואר 2011; עם זאת, בסופו של דבר אושרה ההצעה ברוב של 275 נציגים שתמכו אל מול 144 שהתנגדו.
תיקון החוק היווה ניסיון להכשיר את מכתבי הביטחון הלאומי שבוטלו על ידי בתי המשפט. ההכשרה סיפקה את האפשרות לביקורת שיפוטית ואת זכותו של נמען מכתבי הביטחון הלאומי לאתגר את תוקפו של המכתב. חוק התיקון מחדש עדיין אִפשר למכתבי הביטחון הלאומי ולכל העדויות להיות מוצגים במשפט בדלתיים סגורות ובמעמד צד אחד. הוראות צווי איסור הפרסום נשמרו, אך הפעלתם לא תהיה אוטומטית. הם יתרחשו רק כאשר עוזר סגן ראש ה-FBI או הסוכן המיוחד הממונה אישר כי הגילוי יביא ל"סכנה לביטחון הלאומי של ארצות הברית, הפרעה לחקירות בתחום הפלילי, מלחמה בטרור או סיכול ריגול, הפרעה ליחסים הדיפלומטיים, או סיכון לחיים או לבטיחות הפיזית של כל אדם". עם זאת, לא צריך להתקיים צו אי-גילוי כדי שהנאשם יוכל לגלות את עובדת הוצאתם של מכתבי הביטחון הלאומי לכל אדם שיסייע לו ולעורך דין, לקבלת ייעוץ משפטי. שוב, עם זאת, על הנמען הוטלה החובה ליידע את ה-FBI על גילוי כזה. בגלל הדאגה מהשפעות ה-chilling effects של דרישה כזו, חוק ה-Additional Reauthorization Amendments Act יסיר את הדרישה להודיע ל-FBI שמקבל מכתב הביטחון הלאומי שוחח עליהם עם פרקליטו. מאוחר יותר, ה- Additional Reauthorization Amendments Act הוציא מן הכלל ספריות מלקבל את מכתבי הביטחון הלאומי, מלבד כאשר הן מספקות שירותי תקשורת אלקטרונית. חוק האישור מחדש גם הורה לתובע הכללי להגיש דוח חצי שנתי לוועדות המשפטיות של הסנאט של ארצות הברית ושל בית הנבחרים, לוועדות המודיעין של הסנאט ושל בית הנבחרים, לוועדה לענייני כספים של בית הנבחרים ולוועדת הסנאט לבנקאות, דיור ועניינים עירוניים, לכל בקשות מכתבי הביטחון הלאומי שנעשו תחת חוק ה-Fair Credit Reporting Act.
שינויים הוכנסו גם בהיתרי האזנות הסתר הנודדות שבחוק הפטריוט. יישומים וצווי האזנות סתר כאלה חייבים לתאר את היעד הספציפי של מעקב אלקטרוני, אם זהותו של היעד איננה ידועה. אם האופי או המיקום של כל אחד מהמתקנים או המקומות שהם יעד למעקב אינו ידוע, הסוכנות חייבת לספק הודעה לבית המשפט. ההודעה חייבת לכלול את הטבע והמיקום של כל מתקן או מקום חדש שבו מעקב אלקטרוני נוהל. היא גם צריכה לתאר את העובדות והנסיבות עליהן נסמך המבקש, על מנת להצדיק את אמונתו של המבקש שכל מקום או מתקן חדש שתחת מעקב היה או עודנו בשימוש של היעד למעקב. המבקש חייב גם לספק הצהרה המפרטת את כל ההליכים לצמצום המוצעים, השונים מאלו שנכללו בצו המקורי, ואשר עשויים להיות מתחייבים משינוי במתקן או במקום אליו מכוון המעקב האלקטרוני. על המבקש לפרט את המספר הכולל של המעקבים האלקטרוניים שמתנהלים או שהתנהלו תחת סמכותו של הצו.
שוּנה גם סעיף 213 של חוק הפטריוט. בעבר הוא הצהיר כי הודעות מעוכבות תינתנּה למקבלי צווי "sneak and peek" ב"פרק זמן סביר". אלו היו עלולים להיחשב לבלתי סבירים כאשר היו לא מוגדרים ועלולים היו לשמש ללא הגבלת זמן. לפיכך, חוק האישור מחדש שינה זאת לתקופה שלא תעלה על 30 יום מיום ביצוע צו החיפוש. לבתי המשפט ניתנה ההזדמנות להאריך תקופה זו אם סיפקו עילה סבירה לעשות זאת. סעיף 213 קובע כי הודעות מעוכבות יכולות להינתן אם יש "יסוד סביר להניח כי מתן התראה מיידית של ביצוע צו יכול לגרום לתוצאה שלילית". על כך נמתחה ביקורת, בעיקר על ידי האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות, שהתיקון מאפשר שימוש לרעה פוטנציאלי על ידי רשויות אכיפת החוק והוא תוקן מאוחר יותר על מנת למנוע עיכוב הודעה "אם התוצאות השליליות מורכבות רק שלא לצורך דחיית משפט". ב-26 בספטמבר 2007 בוטלו בבית משפט המחוזי האמריקני של מדינת אורגון היתרי ה-"sneak and peek" של חוק הפטריוט בחוות דעת המציינת שההוראות נתנו עוצמה רבה מדי אל מול התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית.
האישור מחדש חוקק גם פיקוח מוגבר של הקונגרס של ארצות הברית על חשיפה בזמני חירום של ספקי תקשורת שנערכו תחת סעיף 212 של חוק הפטריוט. הוגדל גם משך המעקב על פי FISA וצווי החיפוש הפיזיים. מעקבים שבוצעו נגד "זאבים בודדים" לפי סעיף 207 של חוק הפטריוט הוארכו ל-120 יום, בעוד שהאישור לשימוש ב-pen registers - מכשור אלקטרוני המתעד את כל המספרים שחוייגו ממכשיר טלפון מסוים (מונח הבא לכלול גם כל מכשיר או תוכנה המבצע פונקציות דומות, לרבות תוכנות המנטרות תקשורת אינטרנט), כמו גם trap and trace device (מכשיר אלקטרוני המשמש להקליט ולאתר את כל אותות התקשורת ממערכת תקשורת) הוארך תחת FISA מ-90 יום לשנה. חוק האישור מחדש גם הגדיל את הפיקוח של הקונגרס, המחייב דו"ח חצי שנתי על חיפושים פיזיים ועל השימוש ב-pen registers וב-trap and trace device תחת FISA. הוראות ה"זאב הבודד" (סעיף 207), היו אמורות לפקוע, אולם שופרו ב-Intelligence Reform and Terrorism Prevention Act of 2004. האישור מחדש האריך את תאריך התפוגה ל-31 בדצמבר 2009. התיקון לחוק התמיכה החומרית שנעשה ב-Intelligence Reform and Terrorism Prevention Act הפך לקבוע. ההגדרה של טרור הורחבה עוד יותר כך שתכלול קבלת אימון בתבנית צבאית מארגון טרור או נרקו-טרור זר.
שינויים הוכנסו גם בחוק הנוגע לחילוט רכוש כך שמעתה ואילך, נכסים הנמצאים בתחום השיפוט של ארצות הברית ייתפסו בגין סחר לא חוקי בחומרי או טכנולוגיות של כלי נשק גרעיניים, ביולוגיים, כימיים או רדיולוגיים אם הפגיעה עלולה לגרור עונש של מאסר של מעל לשנה או עונש מוות על פי הדין הזר. לחלופין, החילוט יחול אם עונש דומה יופעל על ביצוע העבירה בתוך תחומי ארצות הברית. תחושות הקונגרס באו לידי ביטוי גם בכך שקורבנות טרור צריכים להיות זכאים לנכסים שחולטו מהטרוריסטים.
מחלוקת.
חוק הפטריוט יצר מספר רב של מחלוקות מאז נחקק. מתנגדי החוק הביעו עמדה קולנית בטענתם שהחוק עבר בצורה אופורטוניסטית לאחר פיגועי 11 בספטמבר, תחת האמונה שיתקיים דיון ציבורי מצומצם אודות החוק. המתנגדים רואים את החוק ככזה שעבר במהירות בסנאט של ארצות הברית, עם שינוי קטן בלבד בטרם הועבר הלאה לבית הנבחרים של ארצות הברית (הסנאטורים ראס פיינגולד ופטריק ליהי הציעו שינויים על מנת לשנות את הגִרסה הסופית). גודלו העצום של החוק צוין על ידי מייקל מור בסרטו מעורר המחלוקת פרנהייט 9/11. באחת הסצנות בסרט מקליט מור את חבר הקונגרס ג'ים מקדרמוט הטוען שאף סנאטור לא קרא את החוק ואת ג'ון קוניירס ג'וניור כאומר "אנחנו לא קוראים את רוב החוקים. אתה באמת יודע במה זה יהיה כרוך אם נקרא כל הצעת חוק שאנחנו מעבירים?". חבר הקונגרס קוניירס עונה אז על שאלתו הרטורית בטענה שאם היו עושים כן זה היה "מאט את תהליך החקיקה". כאמצעי דרמטי, שכר מור אוטו גלידה ונסע סביב וושינגטון די. סי. עם רמקול חזק וקרא בקול את החוק כדי להביך את העוברים ושבים, שכללו מספר סנאטורים.
דוגמה מובהקת למחלוקת הנוגעת לחוק הפטריוט מוצגת בפסק דין ארצות הברית נגד אנטואן ג'ונס. בעל מועדון לילה קוּשר לבית בו הוסלקו סמים לצורך סחר, באמצעות מכשיר GPS שרשויות אכיפת החוק הצמידו למכוניתו. ה-GPS הונח שם ללא צו מה שהעמיד בפני התובעים הפדרליים קשיים חמורים בבית המשפט. במשך השנים עלה המקרה לדיון בפני בית המשפט העליון של ארצות הברית שם בוטלה ההרשעה. בית המשפט מצא שניטור מוגבר של החשודים שנגרם על ידי חקיקה דוגמת חוק הפטריוט מעמידה את זכויותיהם החוקתיות של החשודים בסכנה ישירה.