זמן קצר לאחר תום המלחמה, תיאר מוסא אל-עלמי את גורמי העזיבה: "אם הפלסטינים פינו בסופו של דבר את ארצם, לא היה זה מתוך מורך לב אלא משום שאיבדו כל אמון במערכת ההגנה הקיימת. הם הבינו את חולשתה ואת חוסר השוויון בין משאביהם וארגונם לבין אלה של היהודים. נאמר להם שהצבאות הערביים מגיעים, שהעניין ייושב והכל יחזור למסלולו והם שמו מבטחם ותקוותיהם בזה. יתר על כן, לנגד עיניהם עמד החזיון של דיר יאסין על כל אכזריותו".
הגל השלישי: 9–18 ביולי 1948.
הגל השלישי של היציאה חופף את קרבות עשרת הימים, בין ההפוגה הראשונה וההפוגה השנייה. בגל זה יצאו כ-100 אלף ערבים, כמחצית מהם מלוד, רמלה והכפרים שבסביבתן, וכ-20–30 אלף ערבים מהגליל התחתון. העזיבה בשלב זה הייתה תוצאה ישירה של ההתקפות הישראליות וכן של פעולות גירוש מכוונות מערים וכפרים שנקטו בהתנגדות מזוינת. אולם גם בשלב זה בלטה נטיית חלק מהאוכלוסייה לעזוב עוד לפני שנוצר מגע עם הכוח הישראלי או תוך כדי המתקפה שלו. רוב מכריע של אוכלוסיית הפליטים מהגליל התחתון היה מוסלמי, בעוד שרובם הגדול של הנוצרים והדרוזים מאזור זה נשאר במקומו.
שאלת הפליטים הפכה לשאלה מרכזית בסדר־היום בשיחות שניהל המתווך מטעם האו"ם, פולקה ברנדוט. מדינות ערב, שלא היו מסוגלות להגיש סיוע לפליטים, לחצו על ברנדוט לאפשר את שיבתם של הפליטים לבתיהם מהר ככל שניתן. נציגי הליגה הערבית תבעו שהאו"ם יכיר בזכותם של הפליטים לשוב לבתיהם ולתבוע את רכושם. דוברי הארגון הדגישו כי סיוע לפליטים לא רק יאפשר השגת פתרון כולל לסכסוך המתפתח, אלא הוא תנאי מוקדם להארכת ההפוגה. עם זאת, בדיון שקיימה הממשלה הזמנית לקראת הפגישה עם המתווך ב-16 ביוני 1948, הביע משה שרת את העמדה הבאה:
באותה פגישה קבע שרתוק כי "המדיניות שלנו שהם אינם חוזרים". יחד עם זה, הוא הציע שישראל תשתתף בפתרון הבעיה ותציע תשלום קולקטיבי עבור נכסים שננטשו וקרקע שהתפנתה, זאת במטרה לאפשר את יישובם מחדש של הפליטים בארצות השכנות. דוד בן-גוריון הגיב במילים הבאות:
שר החקלאות, אהרן ציזלינג, הזהיר את משתתפי הישיבה כי התנגדות לחזרת הפליטים תוביל להתפתחותה של שאיפת נקם ומעל לכל, תפגע ביהודים בארצות ערב והאסלם. הדיון נחתם בהסכמה דחיית הדיון בשיבת הפליטים כל עוד המלחמה נמשכה. בניגוד להיסטוריונים אחרים, יואב גלבר טוען כי אין לראות בהצהרות אלו תחילתה של מדיניות רשמית למניעת חזרת הפליטים, אלא חלק מהמשא ומתן עם המתווך ברנדוט למניעת שיבת הפליטים במהלך ההפוגה בלבד.
אמין אל-חוסייני חידש את מאמציו להשפיע על המדיניות הכלל ערבית בשאלת הפליטים. במהלך ההפוגה השנייה, ב-11 באוגוסט, שיגר הוועד הערבי העליון אגרת למזכיר הליגה הערבית, בה דחה על הסף את כוונת הממשלות הערביות להביא לשיבת הפליטים לבתיהם, משום ששיבה כזו, לדידו, תהווה הכרה למעשה במדינה היהודית, שאף תוכל לנצלם למטרותיה הפוליטיות, למשל כפיית הצבעה לטובתה במקרה של קיום משאל עם. נציגיו של המלך עבדאללה בוועדה המדינית של הליגה הביעו התנגדות חד-משמעית לשינוי בסטטוס-קוו הצבאי או האזרחי בפלסטין, לחידוש המלחמה ולהשארת האחריות לפליטים בידי המדינות הקולטות.
הגל הרביעי: אוקטובר–נובמבר 1948.
בגל הרביעי יצאו כ-100–150 אלף ערבים, רובם המכריע מהנגב הצפוני והגליל העליון. גם גל זה היה תוצאה של התקפות ישראליות, שנועדו להביא לגירוש הכוחות הערביים הזרים מן הארץ: הצבא המצרי בדרום ו"צבא ההצלה" בצפון.
בדרום עזבו קרוב ל-100 אלף תושבים כתוצאה מהפגנת העוצמה של צה"ל מתחילת מבצע יואב ב-15 באוקטובר. המערך המצרי התמוטט במהירות בזמן שצבאות סוריה, עיראק ועבר הירדן נותרו פאסיביים, והדבר הביא לבריחה מבוהלת של האוכלוסייה, ברובה המכריע מוסלמית: מאזור החוף והשפלה הפנימית דרומה ומערבה לכיוון עזה, וממורדות הרי יהודה ובאר שבע מזרחה לכיוון בית לחם וחברון. באזור שפונה על ידי הצבא המצרי לא נותרה אוכלוסייה ערבית. תושבי "כיס פלוג'ה" גורשו לאחר חתימת הסכם שביתת הנשק בין ישראל למצרים בפברואר 1949. כשנה לאחר מכן גורשו כ-1,000 תושבי הכפר אל-מג'דל. תופעה זו משקפת את גישת הכוחות הישראלים בשלב זה, להביא להוצאתם, בגירוש או בהעברה בהסכמה, של שארית האוכלוסייה הערבית שלא עזבה את יישובה לפני או במהלך כיבושו.
בצפון נערכה התקפה על כוחותיו של קאוקג'י שנמצאו במובלעת במרכז הגליל העליון וגבול לבנון. התקפה זו הביאה ליציאתם ללבנון של קרוב ל-30 אלף ערבים מוסלמים. על פי רוב, כפרים שלא נקטו בהתנגדות מזוינת או שאוכלוסייתם הייתה ברובה לא-מוסלמית, תושביהם יכלו להישאר. בהשתלטות על הגליל העליון נוצר סוג חדש של פליטים: תושבים שאולצו לעזוב את בתיהם, אך הורשו להישאר בתחום המדינה היהודית. לימים הם הפכו ל"נפקדים נוכחים".
גם במבצעים הצבאיים שהביאו לגל הזה של פליטים, לא ניתנו על ידי הדרג המדיני או הצבאי הנחיות מפורשות לגבי גירוש האוכלוסייה הערבית. עם זאת, ניתן להניח כי עזיבת האוכלוסייה קיבלה דחיפה בעקבות מקרים מסוימים, הן בגליל והן בדרום, בהם בוצעו על ידי כוחות צה"ל מעשים שהוגדרו על ידי שרי ממשלה, חברי כנסת ועיתונאים כ"מעשי זוועה". הבולטת שבהם היא פרשת דווימה.
הטענה בדבר קריאת ההנהגה הערבית לפלסטינים לעזוב את בתיהם.
אפשרות פינוי חלק מהאוכלוסייה הערבית בארץ ישראל (נשים, זקנים וילדים) למדינות השכנות במקרה של מלחמה, הייתה מוכרת לתודעה הפוליטית של המנהיגות הפלסטינית והערבית עוד לפני פרוץ מלחמת אזרחים בסוף נובמבר 1947. כבר בעקבות פרסום מסקנות ועדת החקירה האנגלו-אמריקאית לענייני ארץ ישראל בתחילת מאי 1946, פתח הוועד הערבי העליון במתקפת תעמולה בדבר כוונה לפתוח במרד מזוין, תוך פינוי הנשים והילדים למדינות ערב השכנות. אפשרות פינוי האוכלוסייה הבלתי-לוחמת נזכרה שוב בהחלטות כינוס הוועדה המדינית של הליגה הערבית בצופר, לבנון, בספטמבר 1947, שבין השאר קראו לפתוח את שערי מדינות ערב בפני נשים, ילדים וזקנים פלסטינים, שיזדקקו למקלט במקרה של מלחמה. אברהם סלע מציין כי מהקריאות הללו משתמע כי הגברים אמורים להישאר במקומם ולהילחם ביהודים, אך טוען "שיש ספק אם בחברה מסורתית המקדשת את ערכי כבוד המשפחה, ובמיוחד את כבוד האישה, ניתן היה להפריד בין אבי המשפחה לבני ביתו".
ב-16 באוגוסט 1948, סמוך לסיומה של היציאה ההמונית, הסביר הבישוף היווני-קתולי של הגליל, ג'ורג' חכים את פשרה לעיתון "צדא אל-ג'נוב" מביירות: "הפליטים היו סמוכים ובטוחים כי לא ימים רבים ייעדרו, וכי שוב ישובו בתוך ימים מעטים, בתוך שבוע או שבועיים. מנהיגיהם הבטיחו להם כי קל-מהרה ימחצו הצבאות הערביים את 'הכנופיות הציוניות' וכי אין כל מקום לבהלה או לחשש של גלות ממושכת". ב-2 באוקטובר 1948 הסביר השבועון הלונדוני "האקונומיסט" את הגורמים לבריחת הערבים מחיפה: "כמעט אין כל ספק שהאדיר בגורמים הללו היו ההכרזות שהושמעו על גלי האתר על ידי הוועד הערבי העליון, שדרש מן הערבים לצאת... נרמז בבירור כי אותם ערבים שיישארו בחיפה ויקבלו את חסות היהודים ייחשבו כבוגדים".
ב-19 בפברואר 1949, הסביר העיתון הירדני "פלסטין": "המדינות הערביות עודדו את ערביי פלסטין לעזוב את בתיהם באופן זמני כדי שלא יפריעו לצבאות הפלישה הערביים".
ב-3 באפריל 1949, בתחנת השידור הערבית של המזרח התיכון מקפריסין נאמר: "אין לשכוח שהוועד הערבי העליון עודד את בריחת הפליטים מבתיהם ביפו, חיפה וירושלים". העיתונאי האמריקאי קנת בילבי, ששהה בארץ ישראל וסיקר את המלחמה, הסביר בספרו שיצא זמן קצר אחריה, את ההיגיון, לדעתו, שעמד מאחורי עידוד הבריחה בתחילתה על ידי ההנהגה הפלסטינית: "יציאת הערבים, לפחות בתחילתה, קיבלה עידוד מצד הרבה מנהיגים ערביים כגון חאג' אמין אל-חוסייני, המופתי הירושלמי הפרו-נאצי הגולה, ומצד הוועד הערבי העליון לארץ ישראל. הם ראו בגל הראשון של תבוסות הערבים תופעה חולפת בלבד. יברחו ערביי ארץ ישראל אל הארצות השכנות. דבר זה יסייע לעורר את יתר העמים הערביים למאמץ מוגבר, וכאשר תהלום הפלישה הערבית יוכלו הפלסטינים לשוב לבתיהם ולקבל פיצוי מרכושם של היהודים שייזרקו לים".
ב-8 ביוני 1951, כתב חביב עיסא ביומון הלבנוני הניו-יורקי "אל-הודא", על התפקיד שמילא עזאם פאשה, המזכיר הכללי של הליגה הערבית: "עצת אחים ניתנה לערביי פלסטין לעזוב את אדמתם, בתיהם ורכושם ולשבת ישיבת-ארעי במדינות-אחיות שכנות, לבל יבואו תותחי הצבאות הערביים הפולשים ויקצרו בהם קציר". תזכיר של הוועד הערבי העליון אל מדינות הליגה הערבית ב-1952, האשים אותן בעידוד היציאה: "אחדים מן המנהיגים הערביים ומווזיריהם בבירות הערביות...הכריזו שהם מקדמים בברכה את הגירתם של ערביי פלסטין לארצות הערביות עד אשר יושיעו את פלסטין. רבים מערביי פלסטין הלכו שולל אחר הכרזותיהם... טבעי היה הדבר שאותם מערביי פלסטין שראו הכרח לעצמם לעזוב את ארצם יתורו להם מפלט בארצות ערביות... וישארו במקומות קרובים מעין אלה כדי לקיים את המגע עם מולדתם למען יקל עליהם לשוב אליה כאשר תכשר השעה לכך, לפי ההבטחות של רבים מן האחראיים בארצות הערביות". נימר אל-חווארי, מפקד ה"נג'אדה", ארגון הנוער הפלסטיני, ציטט בספרו "סוד הנכבה" (נצרת, 1952) את דבריו של נורי סעיד, ראש ממשלת עיראק: "נמחה כל מקום בו יתורו להם היהודים מפלט. הערבים צריכים להוליך את נשיהם וילדיהם למקומות בטוחים עד שוך הקרבות".