לאחר שסיים את פירוק הצבא ושחרור החיילים, בותה, דה ויט ודה לה רי, "השלישה המהוללת" כפי שהעיתונות הדרום אפריקנית כינתה אותם, הפליגו לבריטניה ואירופה כדי לנסות ולגייס כסף לשיקום דרום אפריקה אשר הייתה ברובה חרבה עקב מדיניות האדמה החרוכה של קיצ׳נר. במהלך ההפלגה הארוכה על האונייה סקון בותה ודה לה רי שיחקו ברידג' בזמן שדה ויט נשאר בתאו, כותב את האוטוביוגרפיה שלו. השלישייה התקבלה בהתלהבות בבריטניה כאשר הגיעו לסאות'המפטון ב־16 באוגוסט 1903, המונים המתינו לראותו אותם כאשר הגיעו לתחנת ווטרלו בלונדון בהזמנת הלורד קיצ׳נר לפגוש את המלך אדוארד השביעי. השלישה התקבלה בהתלהבות גדולה יותר כאשר הגיעו להולנד, שם הם נתפסו כגיבורים עקב אווירה אנטי-בריטית שאפיינה את אירופה באותו הזמן. אבל בותה לא התלהב מקבלת הגיבורים שהוא וחבריו קיבלו באירופה ובנאום שנשא בהאג הוא אמר: "לא הגענו לכאן כדי לחגוג. אנו הנציגים של עם עצוב; ואנו עצובים כי ביצענו את חובתנו; מפני שהגנו על חירותנו ועל העצמאות שלנו." במהלך שהותו באירופה בותה ניסה לגייס כספים למען האלמנות והיתומים הבורים, בשלל שנאומים שנשא ברחבי אירופה הוא לא היסס להאשים את שר המושבות צ'מברלין בנזק שנגרם לדרום אפריקה: "בתינו, עם הריהוט, נשרפו או נהרסו, הפרדסים שלנו, כל הציוד החקלאי נהרס, טחנות קמח נהרסו, כל בהמה גורשה או נשחטה – כלום לצערנו לא נשאר לנו. האדמה היא מדבר. מלבד זאת המלחמה גבתה המוני קורבנות, הארץ מלאה בקול הבכי של אלמנות ויתומים חסרים אונים." באירופה בותה פגש שוב את אשתו ונפגש עם קרוגר אשר חיי בגלות בשווייץ לאחר שסירב להישבע אמונים למלך בריטניה. בפגישה עם שר המושבות צ'מברלין, לאחר סיבוב גיוס התרומות באירופה, בותה ניסה לבקש שבריטניה תגדיל את כספי הפיצויים שהוקדשו לשיקום דרום אפריקה אבל נענה בשלילה. בותה בתגובה פרסם מאמר באחד העיתונים הבריטים שבו טען שבריטניה צריכה לשקם את דרום אפריקה ולעזור לבורים לא רק בגלל סיבות הומניטריות אלא מפני שבריטניה תזדדק לבורים כדי לשלוט במושבות החדשות שלהם, אשר בהם הבורים הם רוב האוכלוסייה. המסר שלו נפל על אוזניים קשובות והפרלמנט הבריטי הסכים להגדיל את כספי הסיוע מ־3 מיליון פאונד ל־8 מיליון פאונד ולשלוח וועדה לדרום אפריקה כדי לראות כיצד ניתן לסייע טוב יותר לתהליך שיקום. לפני הפלגתם בחזרה לדרום אפריקה השלישייה נפגשה שוב עם אדוארד השביעי אשר הציע לשלושה תואר אצולה, הם סירבו לקבל את התואר וב־13 בדצמבר הפליגו בחזרה לדרום אפריקה.
בדרום אפריקה בותה ניסה לאחד את האפריקאנרים כדי לשקם את המדינה, בעיני רבים מקרב האפריקאנרים בטרנסוואל בותה, בן ה-40, נתפס כמנהיגם עכשיו שקרוגר היה בגלות. כאשר צ'מברלין הגיע לביקור בדרום אפריקה ב־26 בדצמבר היה זה בותה אשר עמד בראש משלחת אפריקאנרית אשר פגשה את שר המושבות. בותה ניסה לשכנע את השר להעניק שלטון עצמי נרחב יותר למושבות של טרנסוואל ונהר האורנג', אשר מאז הכניעה נוהלו על ידי מושלים בריטים בלתי נבחרים, להקצות יותר כספים לשיקום המושבות ולעצור תוכנית של המושל של טרנסוואל מילנר להביא מהגרים סינים לעבודה במכרות. צ'מברלין סירב לבקשות של בותה אבל הציע לו משרה בגוף הניהולי שניהל את המושבה, בותה סירב בטענה שהוא אינו מוכן לשבת בגוף ציבורי שלא נבחר על ידי האזרחים. בותה ביחד עם יאן סמאטס ועוד גנרלים בורים לשעבר הקימו את מפלגת "העם" (Het Volk) כדי להילחם בתוכנית הבריטית להבאת 50,000 פועלים סינים לטרנסוואל וכדי לדרוש ממשל עצמי למושבת טרנסוואל הבריטית ולמושבת נהר האורנג'. במקביל במושבת נהר האורנג', אשר הוקמה בשטחי המדינה החופשית, הוקמה מפלגת איחוד אורניה (Orangia Unie) על ידי סטיין, הנשיא לשעבר של המדינה החופשית, דה ויט וג'יימס הרצוג. המפלגה הייתה בעלת מטרות דומות למפלגת העם אבל במהרה נוצרה יריבות בין שתי המפלגות. בזמן שבותה ראה בעיניו עתיד של שיתוף פעולה בין אפריקאנרים לאנגלים, הרצוג וחבריו שאפו להפרדה בין האפריקאנרים והאנגלים ולהחזיר את העצמאות שאבדה. כאשר קרוגר נפטר ב־14 ביולי 1904 בגלות בשווייץ היה זה בותה שדאג להבאת הגופה לקבורה בפרטוריה, ארגן את הטקס ההלוויה ועמד בראשו. עם עליית ממשלה ליברלית בבריטניה ב־1906 בותה שלח את סמטאס ללונדון בתקווה לשכנע את הממשלה החדשה לשנות את המדיניות שלה בדרום אפריקה. סמאטס הצליח והממשלה הצהירה על הכוונה להעניק ממשל עצמי למושבות בדרום אפריקה. בבחירות לפרלמנט החדש של מושבת טרנסוואל ב־1905 מפלגת "העם" זכתה במירב המושבים, והחזירה לידי הבורים את השליטה במושבה מידי האנגלים.
במקביל לאירועים הללו בותה ניסה לשקם את חוותו שנהרסה במלחמה. הוא הגישה בקשה לקבלת פיצויים על סך £20,000 מן הממשל הבריטי אבל קיבל רק £900 אשר אותם הוא החזיר בבוז. פריהייד סופח למושבת נטאל בעקבות המלחמה ובותה החליט לעבור למושבת טרסנוואל ולרכוש חווה אחת שם, למרות הנזק של המלחמה הוא הצליח לשקם את עסקיו ושמר על מצב כלכלי איתן.
ראש ממשלת מושבת טרנסוואל.
ב־1907 בותה נכנס לתפקיד ראש ממשלת מושבת טרנסוואל, בתפקיד זה הוא עצר את ההגירה הסינית ועד 1910 אחרון הפועלים הסינים עזב את דרום אפריקה. בתור ראש ממשלת טרנסוואל בותה השתתף בוועידה האימפריאלית של 1907 בלונדון, מעשה זה עורר את זעמם של השמרנים הבורים אשר התחילו לראות בבותה כבוגד ברעיון הלאומי הבורי. בלונדון בותה התחבר עם ד"ר ג'מיסון אשר הוביל את הפשיטה הכושלת על פרטוריה לפני מלחמת הבורים השנייה. בזמן שהשתתף בוועידה בותה ניסה ונכשל לשכנע את משרד המושבות הבריטי לספח את סוואזילנד ואת בצ'ואנאלנד (כיום באצוואנה) לשטחי המושבות הבריטיות בדרום אפריקה. כאשר בותה חזר מלונדון הוא הוביל שורה של רפורמות בשירות הציבורי, אבל בשונה מהרצוג וסטיין אשר עמדו בראש מושבת נהר האורנג' הוא לא פיטר את כל הפקידים האנגלים אלא מינה אנשים לפי כשרון ללא התייחסות למוצא. כמו כן בותה הקים מחדש את מערך הקומנדו אשר המושל הבריטי ביטל, מאפשר למושבה להעמיד צבא במקרה חירום. בותה גם עודד שיכלולים בתחום החקלאות, שולח צעירים אפריקאנרים לבריטניה ואמריקה ללמוד אגרונומיה. בנוסף הוא יישב חקלאים חסרי אדמה על אדמות מדינה בניסיון למנוע היווצרות של המון מובטל בערים.
בותה היה מהתומכים באיחוד ארבע המושבות הבריטיות בדרומה של אפריקה (טרנסוואל, מושבת נהר האורנג', נטאל והקייפ) לישות אחת. בוועידה הלאומית שנערכה בדרבן שבנטאל ב־12 באוקטובר 1908 בותה וסמטאס, אשר היו בין הנציגים של טרנסוואל בוועידה, היו הרוח החיה מאחורי רעיון האיחוד. בותה היה בין אלו אשר הציעו לחלק את תפקידי הבירה בין ערי הבירה של המושבות השונות (הממשלה תשב בפרטוריה, הפרלמנט ישב בקייפטאון ובית המשפט בבלומפונטיין). ב־9 ובפברואר הוועדה פרסמה טיוטה של החוקה עבור איחוד כל המושבות, לאחר שטיוטת החוקה אושרה על ידי ארבעת הפרלמנטים, בותה ושאר הנציגים של הוועדה הלאומית הפליגו לבריטניה כדי להגיש את בקשת האיחוד לפרלמנט הבריטי. הפרלמנט הבריטי אישר את הבקשה והעביר את חוק דרום אפריקה 1909 אשר איחד את ארבע המושבות למדינה אחת שקיבלה את השם איחוד דרום אפריקה.
מפלגת דרום אפריקה.
לקראת הבחירות לפרלמנט החדש של איחוד דרום אפריקה בותה התחיל להקים מפלגה חדשה מקרב אנשי מפלגת "העם", איחוד אורניה, האפריקאנר בונד והמפלגה הדרום-אפריקאית מהקייפ. המפלגה הדרום-אפריקאית של בותה זכתה לתמיכה רחבה בקרב האוכלוסייה האפריקנארית וגם בקרב חלקים נרחבים של האוכלוסייה דוברת האנגלית, אפילו מלך הזולו וראשי שבטים נוספים הביעו תמיכה במפלגה, אף על פי שלא הייתה להם זכות בחירה, ובבחירות בספטמבר 1910 המפלגה זכתה ב־64 מושבים בפרלמנט החדש של איחוד דרום אפריקה מה שהעניק לה רוב מוחץ. בותה הרכיב את הקבינט הראשון שלו מראשי המנהיגים של המפלגות השונות שמהם נוצרה המפלגה הדרום-אפריקאית. מעניק לסמאטס את משרד הפנים, המכרות וההגנה להרצוג את משרד המשפטים ולעצמו, מלבד ראשות את הממשלה, את משרד החקלאות. כראש ממשלה, הביע בותה את תמיכתו בציונות, ותמך בהענקת שוויון זכויות מלא ליהודי דרום אפריקה בין בותה להרצוג נוצר במהרה קרע, הגורם הישיר היה הוויכוח על מעמד השפה האנגלית באיחוד דרום אפריקה. בזמן שהרצוג דחף את הפיכת האפריקאנס לשפה הרשמית של האיחוד והציע חוק לכפייתה האפריקאנס על האוכלוסייה דוברת האנגלית, בותה התנגד לכך בחריפות. הוא הכריז שלשתי השפות צריך להיות מעמד רשמי ושאסור לכפות את האפריקאנס, והטיל את כובד משקלו כנגד הצעת החוק של הרצוג. כמו כן הוא חנן את מלך הזולו אשר נכלא במהלך מרידת במבתה ב־1906 והעניק לו קיצבה ממשלתית.