בוועידה התגלו חילוקי דעות שאיימו על קיום אגודת ישראל כבר בשלבים הראשונים להקמתה. לפיכך נוסחו בוועידה קווי יסוד כלליים מתוך מגמה לקיים מכנה משותף רחב למגוון בעלי המחשבה בפלגים השונים. הם נמנעו לעסוק בנושאים השנויים במחלוקת ושלא ניתן למצוא להן פתרון, כגון: שאלת ישוב ארץ-ישראל, ודרכי פתרון למצוקת יהודי הגולה. הוחלט לאמץ את עיקרון האוטונומיה הפנימית, שזכותו של כל זרם לקיים את קהילתו כפי רצונו, ואי התערבות של זרם אחד במשנהו. מטרתה המרכזית של התנועה כפי שהוכרז בוועידה הייתה: "לפתור ברוח התורה והמצווה את כל השאלות שתעלינה יום יום על הפרק בחיי עם ישראל". יצחק ברויאר הביע את התרשומות מפרוגרמה זו: "אומרת הכל ועל כן אומרת לא כלום". אי קביעת תוכנית פוליטית, והניסיון שלא לעסוק בכך גם בכנסיות הגדולות הראשונות גרמה לאכזבה ואי הצטרפותם של חברים רבים לתנועה.
דברי פתיחה נאמרו על ידי הרב אברהם הירש, יו"ר הוועד הזמני, ועל ידי מר וויינר, חבר עיריית קטוביץ. הנאום המרכזי היה של יעקב רוזנהיים, שהציב את המטרה "להחיות את המושג ההיסטורי כלל ישראל, הנישא על ידי התורה שהיא נשמת חייו, ולהגשימו על ידי אגודת ישראל בעולם התרבותי של ימינו, ובעזרת כל המכשירים הטכניים שיעמדו לרשותנו". נאומים בולטים נוספים נישאו על ידי הרב שלמה זלמן ברויאר שהתייחס בדבריו להשתלטותה של ההסתדרות הציונית על פעולות החינוך, והרב דוד צבי הופמן. בהמשך הוקראו מכתבי תמיכה של רבנים, בהם החפץ חיים, רבי אברהם מרדכי אלתר, רבי ישראל פרידמן מצ'ורטקוב, רבי שמואל בורנשטיין מסוכטשוב, הרב חיים ברלין, הרב מאיר אריק, רבי ישראל פרידמן מהוסיאטין, הרב יוסף חיים זוננפלד, הרידב"ז והרב משה מרדכי אפשטיין. בוועידה הוקמה מועצת גדולי התורה ובה 11 חברים.
למחרת הוועידה, בי"ג בסיוון, נוסד בקרקוב הסניף המקומי של אגודת ישראל ובהמשך נפתחו עוד מאות סניפים ברחבי אירופה. בפולין נרשמו 100,000 חברים בתנועה.
לאחר מלחמת העולם הראשונה.
בקיץ 1923 התקיימה בווינה הכנסייה הגדולה הראשונה, שהייתה אספה חגיגית של מנהיגי ופעילי אגודת ישראל מאירופה ומארץ ישראל. באותה עת הייתה קיימת התנגדות פנימית לאגודת ישראל, ובראשה עמד הרב חיים אלעזר שפירא ממונקאטש, ולצדו רבנים נוספים מהונגריה ומקומות נוספים. האדמו"ר ממונקאטש האשים את האגודה כי היא מאמצת אט-אט את דרכה של הציונות, ופועלת עמה בשיתוף פעולה בנושא ארץ ישראל. גם חסידויות בעלז, בובוב ואלכנסנדר התנגדו לתנועה. באגודת ישראל הייתה השפעה משמעותית של חסידות גור, והרב יצחק מאיר לוין, חתן ה'אמרי אמת', כיהן כראש אגודת ישראל החל מ־1930.
במהלך מערכות הבחירות לסיים הפולני ב־1930 חברה אגודת ישראל לגוש הממשלתי, והצהירה על נאמנותה לממשלת פולין. במהלך שנים אלו חברה אגודת ישראל בפולין למפלגות חילוניות כדוגמת הבונד והפולקיסטים ולמצדדי ההתבוללות, במאבקה כנגד התנועות הציוניות והציונית-דתית. זאת למרות שבמערב אירופה היו חלק מאנשי התנועה מדוגלי פירוד הקהילות והקמת קהילות דתיות נפרדות.
לצד אגודת ישראל פעלה תנועת הנשים בנות אגודת ישראל. התנועה כינסה ועידות והפעילה את תנועת הבנות בתיה. בראש התנועה עמדו שרה שנירר ואליעזר גרשון פרידנזון. במסגרת תנועה זו פעלה הכשרה לנשים לקראת עלייה לארץ ישראל, על פי דרישת המשרד הארצישראלי להכשרה קודם לעלייה.
בתוך אגודת ישראל פעלה תנועת פועלי אגודת ישראל, שנועדה לפועלים שהזדהו עם אגודת ישראל. התנועה עסקה בזכויות עובדים, כדוגמת פיטורי עובדים ממפעלים בבעלות יהודית בשל סירובם לחלל שבת. תנועה זו הייתה בעלת גוון ציוני יותר מאשר תנועת האם, מה שהוביל לחיכוכים. לתנועה זו יוחסה גם השפעה ממתנת על התנגדותה של אגודת ישראל לציונות, בשילוב עם תנועת הבת 'צעירי אגודת ישראל' שהייתה גם היא בעלת גוון ציוני.
ב־1934 הקימת אגודת ישראל את 'קרן היישוב', שנועדה לסייע להתיישבות בארץ ישראל ברוח התנועה, מול הקרנות הציונות קרן קיימת לישראל וקרן היסוד, אותם החרימה. בעקבות תמיכת כמה מרבני ורשה במגבית של הקרן הקיימת באביב 1935 וסירובם לחזור בהם, הפעילו אנשי אגודת ישראל אלימות כנגד הרבנים בדרישה שיחזרו בהם.
אגודת ישראל התמודדה בבחירות המקומיות להנהלת הקהילה היהודית במקומות רבים בפולין. בשנים אלו הצליחה תנועת-בת של אגודת ישראל להחזיק בידיה את הנהלת הקהילה היהודית בוורשה. הישגי המפלגה אפשרו מינוי רבנים מאנשי אגודת ישראל בקהילות שונות, אך גם עוררו מחלוקות פוליטיות פנימיות בקהילות.
במסגרת הסכם עם הסוכנות משנת 1933, קיבלה אגודת ישראל 6% מכלל רישיונות העלייה שהקציבה הממשלה הבריטית, וזה בהסתמך על אחוזי עולי האגודה ממערב אירופה. בעקבות מלחמת העולם השנייה דרשה אגודת ישראל להגדיל את מספר הרישיונות בהתחשב שאחוז חברי האגודה במזרח אירופה גדול הרבה יותר, אך דרישתה לא נענתה.
בתקופת השואה.
תנועה אגודת ישראל באירופה הוכתה קשות בתקופת השואה. מכלל יהודי פולין, האוכלוסייה האגודאית הייתה פגיעה יותר בשל המראה החיצוני הבולט (פאות וזקן), אי ידיעת שפת המדינה, ובהיבדלותם מהאוכלוסייה הכללית. רוב חבריה נותרו בארצות הכבושות בידי הנאצים, ורבים מאנשיה ותומכיה נרצחו, ומוסדותיה נחרבו. הרב יצחק מאיר לוין העריך שאגודת ישראל העולמית איבדה עד לאמצע 1944 כ־80% מכלל חבריה, כמיליון חברים. "רק במוסדות התורה והחינוך בפולין מהישיבות ועד 'בית יעקב' היו לנו מאה וחמישים אלף חניכים ובני-נוער. אם נגולל את כל החורבן, מה שהיה לנו ומה שחסרנו, ניטל כח הדיבור והמחשבה". רוב חברי מועצת גדולי התורה נותרו באירופה, מקצתם הצליחו להימלט תוך כדי המלחמה, והאחרים נספו.
היחס לארגוני המחתרות.
העדה החרדית ואגודת ישראל שללו את ארגוני המחתרות (ההגנה, אצ"ל ולח"י) ולא הבחינו בין הארגונים השונים. פעולתן התפרשה כהפרת שלוש השבועות ומרידה באומות העולם, ונחשבו כ'פרי באושים' של הציונות בכללה (שאף היא נשללה על אותו בסיס עצמו). למרות זאת, לא מעטים מבניהם של החרדים התגייסו לאצ"ל וללח"י.
האגודה והציונות.
אגודת ישראל נוסדה כאמור, כמשקל נגד לתנועת הציונות אם כי לפחות חלק ממייסדיה תמכו במטרות הלאומיות של הציונות והתנגדו לאופיה החילוני. רבני האגודה התקיפו והתנגדו לתנועה הציונית ולתנועת המזרחי. בנוגע לסוגיית הקמת המדינה, בשנותיה הראשונות אגודת ישראל לא הביעה דעה רשמית.
הרב יעקב רוזנהיים נימק זאת במכתבו למשה בלוי: . הרב יוסף צבי דושינסקי שהוזמן לדבר בפני ועדת פיל מטעם אגודת ישראל התנגד להגבלת עליית יהודים ורכישת קרקעות בכל חלקי ארץ ישראל אך אמר שאיננו מורשים לכבוש את הארץ בחוזקה מידי הערבים ואמנם אם יושבי הארץ יקיימו את התורה נקווה שהערבים יטו את לבם אלינו לטובה. במברק ללורד פיל כתב שאגודת ישראל רואה במדינה חילונית סכנה לשמירת מצוות ושהוא מתפלל שלא יתגשם פתרון כזה.
בכנסייה הגדולה בשנת תרצ"ז, בעקבות ועדת פיל, הועלתה שאלת היחס להקמת מדינה יהודית בארץ ישראל. דעות הרבנים היו חלוקות בנידון. בין חברי מועצת גדולי התורה, הרב אלחנן וסרמן, הרב יוסף צבי דושינסקי, הרב אהרן קוטלר, הרב מרדכי רוטנברג מאנטוורפן ועוד מרבני צ'כיה והונגריה, התנגדו להקמת המדינה, בעיקר מחשש שההנהגה הציונית החילונית תנהל את המדינה שלא ברוח היהדות ואף תרדוף את החרדים. לעומתם תמכו בהקמת מדינה אדמו"רי פולין (רבי אברהם מרדכי מגור, רבי יצחק מנחם מנדל דנציגר מאלכסנדר, רבי דוד בורנשטיין מסוכטשוב, רבי אברהם יעקב פרידמן מסדיגורה, רבי מרדכי שלום יוסף מסדיגורה, רבי משה מבויאן) וכן רבי ישראל מצ'ורטקוב, הרב זלמן סורוצקין, נשיא המועצה הרב אהרן לוין, ועוד. גם נשיא הכנסייה, הרב יהודה לייב צירלסון, נאם בתוקף בעד הקמת המדינה, בנימוק שעלינו לתת לקדוש ברוך הוא לנהל את הדברים והצהרת בלפור היא מעשה ההשגחה. בנוגע לשלטון החילוני, אמר שאם יתאחדו כל החרדים יוכלו לקחת את השלטון. בנוסף, רבנים רבים הביעו מחאה על חלוקת ארץ ישראל, ששייכת כולה ליהודים. היו שהתנגדו לתוכנית החלוקה באמרם שהסכמה לה מהווה ויתור על חלקים מארץ ישראל, בניגוד לתורה. כנגדם פסק הרב חיים עוזר גרודזנסקי שהבעלות על ארץ ישראל אינה נפגמת בשל חתימה על חוזה בינלאומי. נושא נוסף שעלה היה פועלי ארץ ישראל. רבנים רבים דיברו בדבר החיוב לחזק את הפועלים החרדים בארץ ישראל, בפרט בהתקרב שנת שמיטה.
בהחלטה נאמר כי ארץ ישראל שייכת לעם ישראל מאת ה'. בגלל העוונות עם ישראל גלה מארצו והוא ייגאל על ידי המשיח. 2. קיום מדינה יהודית בארץ ישראל אפשרית, אך בתנאי שהיא תתנהל על פי ההלכה, וחוקת התורה היא חוקתה. מדינה שאינה מתנהלת על פי התורה איננה מדינה יהודית. 3. ארץ ישראל ניתנה לעם ישראל על ידי הקדוש ברוך הוא, ואין שום סמכות לוותר על חלק מאדמת הקודש. כל דיון ומשא ומתן לגבי המדינה ללא נציגי החרדים אינו תקף. 4. "מועצת גדולי התורה פונה לכל בני ישראל בקריאה עזה חוצבת להבות אש לעזור בשעה חמורה ואחראית כזו לאגודת ישראל בעבודת בנין ארץ הקודש בהגנת טהרת וקדושת ארץ ישראל לחזק בה את היישוב היהודי ולהטביע חותם שמירת התורה וקדושת הארץ על כל החיים בארץ הקודש".
סיבות ההתנגדות למדינה כפי שנכתבו במכתבו של רבי יעקב רוזנהיים הן: 1. הקמת המדינה על ידי הציונים לא תהיה תורנית ואף לא באופן מינימלי. 2. האיסור לכבוש את הארץ בכוח. 3. מאבק של חצי מיליון יהודים נגד ערביי הסביבה הוא פשע נגד היהודים הן מבחינה צבאית והן מבחינה פוליטית.