גור ניצח את בראדלי בקלות בבחירות המקדימות, בעזרת תמיכה מצד מוסדות המפלגה וכישלונו של בראדלי באספת הבחירה באייווה שבה גור הציג אותו כאדיש למצוקות החקלאים. בראדלי אמנם השיג 46% תמיכה בבחירות בניו המפשייר, אולם לא הצליח לעבור את אחוז הקולות הזה. גור נבחר להיות המועמד ב-14 במרץ.
גור נבחר פה אחד למועמד. ג'ו ליברמן, הסנאטור מקונטיקט, נבחר להיות שותפו. ליברמן היה היהודי הראשון שנבחר לעמדה זאת. גור בחר בליברמן על פני חמישה מועמדים אחרים: הסנאטור מאינדיאנה אוון ביי, הסאנטור מקרוליינה הצפונית והמועמד לסגנות ב-2004 ג'ון אדוארדס, הסאנטור ממסצ'וסטס והמועמד לנשיאות ב-2004, ג'ון קרי, חבר בית הנבחרים ממיזורי דיק גפהארדט ומושלת ניו המפשייר, ג'ין שאהין.
צירים:
מועמדים רפובליקניים.
בוש התחיל להוביל במהירות, בין היתר בשל תרומות גדולות ותמיכה רחבה כתוצאה מתפקידו כמושל טקסס ומייחוסו המשפחתי. ג'ורג' שולץ היה אחד מתומכיו הראשונים. באפריל 1998 הוא הזמין את בוש לשוחח על מדיניות הממשל עם קבוצת מומחים, שחיפשה מועמד לבחירות בשנת 2000 עם חושים פוליטיים טובים. שולץ התרשם ועודד את בוש להיכנס למירוץ. כמה אנשים שלא הצליחו להשיג תמיכה מספקת פרשו לפני ההתמודדות באיווה. אלו היו אליזבת' דול, דן קווייל, למאר אלכסנדר ובוב סמית'. פט ביוקנן פרש כדי לעבור למפלגת הרפורמה. דבר זה הותיר את בוש, מקיין, קייס, פורבס, באוור והאטץ' כמועמדים היחידים.
ב-24 בינואר ניצח בוש באיווה עם 41% מהקולות. פורבס השיג 30%. קייס השיג 14%, באוור 9%, מקיין 5% והאטץ' 1%. האטץ' פרש. בוש הוצג בתקשורת כמועמד הממסדי של המפלגה. מקיין נתמך בידי רפובליקנים מתונים ועצמאיים.
ב-1 בפברואר השיג מקיין 49% מהקולות לעומת 30% לבוש בניו המפשייר. גרי באוור פרש. לאחר שהגיע למקום השלישי בדלאוור פורבס פרש, והותיר את מקיין ובוש עם קייס. בדרום קרולינה, בוש ניצח את מקיין בקלות לאחר מסע בחירות רווי בלכלוך, בו נרמז שביתו המאומצת של מקיין הייתה בת שלו מחוץ לנישואין. מקיין ניצח במישיגן ובאריזונה ב-22 בפברואר. הבחירות בדרום קרוליינה גם גרמו להעברת דגל הקונפדרציה למקום פחות בולט.
מקיין האשים את בוש ב-24 בפברואר בקבלת תמיכתה של אוניברסיטת בוב ג'ונס, חרף מדיניותה שמנעה זוגות מעורבים. ב-28 בפברואר טען מקיין כי הכומר ג'רי פלאוול ואיש השידור פט רוברטסון הם "נציגי חוסר הסובלנות", מונח שהתחרט עליו לאחר מכן בניסיונו להפוך למועמד הרפובליקני ב-2008. הוא הפסיד בווירג'יניה לבוש ב-29 בפברואר. בסופר טיוזדיי ב-7 במרץ ניצח בוש בניו יורק, אוהיו, ג'ורג'יה, מיזורי, קליפורניה, מרילנד ומיין. מקיין ניצח ברוד איילנד, ורמונט, קונטיקט ומסצ'וסטס, אבל פרש מהמירוץ. ב-10 במרץ, קייס השיג 21% מהקולות ביוטה. בוש זכה ברוב ההתמודדויות האחרות וב-14 במרץ, לאחר ניצחונו בטקסס, וניצחונו במדינת פלורידה של אחיו, ג'ב בוש, בוש זכה במועמדות.
צירים:
בוש ביקש ממזכיר ההגנה בעת כהונת אביו, דיק צ'ייני, ליצור צוות לבחירת המועמד לתפקיד סגן הנשיא. לבסוף בוש החליט שצ'ייני בעצמו יהיה המועמד. החוקה לא אוסרת על המועמדים לבוא מאותה מדינה, אבל מונעת מאלקטורים להצביע לאנשים ממדינתם. צ'ייני שינה את כתובת ההצבעה שלו לוויומינג כדי לאפשר את מינויו. אלמלא היה עושה זאת, הוא או בוש היו נאלצים לוותר על התמיכה מהאלקטורים הטקסנים.
מועמדים נוספים.
המפלגה הרפורמיסטית.
ועידת המפלגה תמכה בביוקנן ובסגניתו, אזולה פוסטר למרות שמייסד המפלגה, רוס פרו וקבוצה בראשותו, תמכו במועמדותו של האגלין. ביוקנן ופוסטר הופיעו על הפתקים ב-49 מדינות.
מפלגת הירוקים.
תוצאות הוועידה:
ניידר וסגניתו, וינונה לדוק, שרצה איתו גם בבחירות הקודמות, הופיעו בפתקים ב-43 מדינות ובמחוז קולומביה.
מסע הבחירות.
אף על פי שמסע הבחירות התמקד בענייני פנים – העודף בתקציב, רפורמות בביטוח לאומי, ביטוח בריאות והורדת מיסים, מדיניות החוץ גם הייתה גורם חשוב. בוש ביקר את ממשל קלינטון על המדיניות שלו בסומליה, ועל מותם של 18 אמריקנים שם ב-1993. בנוסף הוא תקף את המדיניות בבלקן, שם חיילי צבא ארצות הברית ביצעו כמה משימות עבור השלטון. בוש טען בעימות השני שהחיילים האמריקניים לא אמורים לעזור בבניית מדינות. הוא גם הבטיח לגשר בין הפערים המפלגתיים בבירה. גור פקפק במידת כשירותו של בוש לתפקיד, בגלל מספר טעויות שבוש ביצע בריאיונות וחוסר ניסיונו.
פרשת מוניקה לווינסקי הטילה את צלה על מסע הבחירות. בוש והרפובליקנים גינו את הפרשה בחריפות, ובוש הבטיח ל"החזיר את הכבוד האבוד" לבית הלבן. גור נמנע מהתייחסות לפרשה, וכך גם ליברמן, אף על פי שליברמן היה הסנאטור הדמוקרט הראשון שגינה את קלינטון על כך. מספר אנשי תקשורת טענו כי בחירתו של גור בליברמן נועדה לבדל אותו מקלינטון. אחרים הצביעו על הנשיקה שגור העניק לאשתו באספה הדמוקרטית, וטענו כי היא נועדה להראות שגור היה נאמן לאשתו. גור נמנע מלהיראות עם קלינטון בציבור, וקלינטון הופיע רק באזורים בהם היה פופולרי. רבים טענו כי בכך הרחיק גור תומכים רבים של קלינטון.
ראלף ניידר היה מועמד שלישי מוצלח, והשיג 2.74% מהקולות. הוא ערך מסע בחירות עם אסיפות גדולות במקומות כמו מדיסון סקוור גארדן ואיגף את גור משמאל, תוך שטען כי אין הבדל מהותי בין שתי המפלגות הגדולות. גור, שהתעלם מניידר בתחילה, החל לנסות לקבל את תמיכת מצביעיו בשבועות האחרונים למסע הבחירות וטען כי הוא המועמד העדיף, כיוון שניידר עלול לפצל את הקולות ולגרום לניצחונו של בוש, שהתנגד לרבות מעמדותיו של ניידר. הרפובליקנים עזרו למסע הבחירות של ניידר בעזרת כרזות, כדי לפצל את קולות הליברלים והמחנה השמאלי. רבים מהדמוקרטים טענו כי ניידר הרס לגור את הניצחון, משום שקולותיו במספר מדיניות מתנדנדות כגון פלורידה וניו המפשייר היו גורמים לגור לנצח את בוש. בוש גבר על גור בפלורידה ב-537 קולות, וניידר קיבל במדינה זו 97,488 קולות.
שני המועמדים לסגנות, צ'ייני וליברמן, השקיעו את מלוא מרצם במסע הבחירות וערכו מסע נרחב בחלקים רבים של המדינה.
עימותי הבחירות.
לאחר חקיקת חוק בנוגע לעימותים, נקבע שרק מועמד שעבר בסקרים את סף 15% התמיכה יוכל להיות חלק מהעימותים. כך העימותים היו בין גור ובוש. העימות הראשון נערך ב-3 באוקטובר בבוסטון, השני ב-11 באוקטובר בצפון קרוליינה והשלישי ב-17 באוקטובר במיזורי. גור טען כי ישתמש בעודף התקציבי ליצירת קרן חיסכון לציבור. גור טען כי יזם חוק לשדרוג תשתיות המחשוב והתקשורת, שהתקבל בדצמבר 1991, ותרם להתפתחות האינטרנט.
תוצאות.
מלבד פלורידה וטנסי של גור, ניצח בוש במדינות הדרומיות בקלות (בהן ארקנסו ממנה הגיע ביל קלינטון), וגם ניצח באוהיו, אינדיאנה, רוב המדינות החקלאיות במערב התיכון, ברוב מדינות הרי הרוקי ובאלסקה. גור ניצח בצפון מזרח המדינה (מלבד ניו המפשייר, בה בוש ניצח בקושי), רוב המערב התיכון העליון, כל מדינות החוף והוואי.
ככל שהלילה התקדם, התברר שההפרשים בחלק מהמדינות היו קטנים, אולם מדינת פלורידה הייתה זו שהיטתה את הכף. בוש זכה ב-246 אלקטורים וגור זכה ב-255 אלקטורים. היה צורך ב-270 אלקטורים כדי לנצח. ניו מקסיקו (5 אלקטורים) ואוראגון (7 אלקטורים) היו צמודות מאוד, ולא היה ניתן לחזות מי ינצח בהן, אך בכל אופן ההכרעה הייתה בידי 25 האלקטורים של פלורידה, שיביאו כל מועמד אל סף הקולות הדרוש. גור ניצח בניו מקסיקו ובאוראגון בימים הבאים אולם עדיין לא הגיע אל כמות האלקטורים הדרושה, ובמשך יותר מחודש, נמשך תהליך הספירה החוזרת בפלורידה ולא היה ידוע מי ניצח.
פלורידה.
בין 7:50 ל-8 בערב יום הבחירות, עם סגירת הקלפיות בפלורידה (הרפובליקנית בעיקרה), רשתות הטלוויזיה הכריזו שגור ניצח בפלורידה בהתבסס על סקרים. אולם בוש התחיל להוביל מוקדם בספירת הקולות, ובעשר בערב התקשורת טענה שאף אחד עוד לא ניצח שם. ב-2:30 בלילה, לאחר ש-85% מהקולות נספרו, בוש הוביל ב-100,000 קולות והוכרז שהוא ניצח שם ונבחר לנשיאות. לאחר שכל רשתות הטלוויזיה הכריזו על ניצחונו של בוש, שוחח גור עם בוש בטלפון, הודה בהפסדו ובירך את בוש על ניצחונו בבחירות.
בשלב זה של הלילה, רוב הקולות שעוד לא נספרו היו מטעם מחוזות דמוקרטיים וגור התחיל להוביל. ב-4:30 לפנות-בוקר, לאחר ספירת כל הקולות, ההפרש לטובת בוש הצטמצם ל-2,000 קולות בלבד. גור התקשר לבוש פעם נוספת, והודיע לו כי הוא מבטל את הודאתו בהפסד עקב הפער הצמוד. לאחר שיחת טלפון זו, שינו שוב רשתות הטלוויזיה את תחזיותיהן והודיעו כי הן מבטלות את ההכרזה על ניצחון בוש, ומכריזות על הבחירות כקרובות מדי כדי להכריז על מנצח.
התוצאה הצמודה בפלורידה דרשה ספירה חוזרת במכונה. עם השלמת הספירה, הוכרז כי בוש ניצח בהפרש של 300 קולות. לאחר ספירת קולות החיילים מעבר לים ההפרש עלה ל-900. רוב המחלוקת נגרמה בגלל התעקשותו של גור לספירה ביד בארבעה מחוזות, כפי שהחוק בפלורידה דורש. מערכת המשפט טענה שלאחר ב-14 בנובמבר לא יתקבלו עוד נתונים. בית המשפט בפלורידה הרחיב את מועד הגשת טופסי ההצבעה ל-26 בנובמבר. המדינה בהובלת קת'רין האריס שהחליטה לעצור ספרית קולות חוזרת אימתה את ניצחונו של בוש בהפרש של 537 קולות. גור ערער על כך ובית המשפט העליון בפלורידה ציווה על ספירה חוזרת בעזרת מכונה. בית המשפט הפדרלי העליון עצר את הספירה החוזרת.