בתחילת 2008, בעיצומה של הכנת הדו"ח, עתרו לבג"ץ עמותת "נוער כהלכה" והעומד בראשה, יואב ללום, באמצעות עו"ד ד"ר אביעד הכהן, בתביעה לחייב את בית הספר להפסיק את ההפרדה, בטענה שהיא מנוגדת לעקרון השוויון. העתירה הופנתה כנגד הגורמים המעורבים בניהול בית הספר: משרד החינוך, מועצה מקומית עמנואל ומרכז החינוך העצמאי. בעקבות העתירה נתן בג"ץ ביולי 2008 צו על תנאי, שבו הורה למשרד החינוך לנמק מדוע לא ייקבע כי "כל התלמידות הלומדות כיום בבית הספר 'בית יעקב' בעמנואל זכאיות להמשיך וללמוד בבית הספר תחת מסגרת אחת, ולא תחת מסך מפריד שעיקרו מבוסס על הפרדה עדתית פסולה".
ניסיון הפשרה.
בפגישה בין מרכז החינוך העצמאי למשרד החינוך הוסכם כי במסגרת בית הספר תתקיימנה שתי מגמות, חסידית וכללית, שיאושרו על ידי משרד החינוך, ולרשות התלמידות תעמוד זכות הבחירה ביניהן, בקבלתן לבית הספר, וזאת בתנאי שיקבלו על עצמן את אורחות הדת הנוהגות במגמה בה יבחרו. מרכז החינוך העצמאי הציג נוסח של תקנון למגמה החסידית לאישורו של משרד החינוך. עם סעיפיו, לרבות בנספח אשר יועד לעיון הורי התלמידות בלבד, נמנו אלה:
נוסח זה של התקנון הוצג בפני בג"ץ ב-21 באוגוסט 2008. בדיון קודם התייחס השופט לוי (יליד עיראק) לסעיף הראשון בתקנון באמרו "גם אם ילקוני אלף מלקות לא אצליח לדבר בניב ליטאי". לאור ההסתייגויות של בית המשפט ומשרד החינוך מהתקנון המוצע, הגיש מרכז החינוך העצמאי גרסה מתוקנת בה הושמט הסעיף שעל התלמידות להתפלל בהברה אשכנזית, וחובת הלבוש "בהתאם לקביעת "הרב וואזנר" הומרה בקביעותיה של "ועדת הרבנים המחייבת במוסדות החינוך העצמאי בבית הספר בית יעקב". משרד החינוך הבהיר כי הניסוח החדש מניח את דעתו ובכך נתן את אישורו לקיומן של שתי המגמות במסגרת בית הספר.
על אף האישור, דרשו משרד החינוך והחינוך העצמאי מבית הספר להסיר את קיר הגבס, לאחד את חדרי המורים, ולהנהיג תלבושת אחידה משותפת לתלמידות שתי המגמות. הקיר אכן הוסר אך בית הספר מיאן להיענות לדרישות האחרות, והעותרים לבג"ץ, עמותת "נוער כהלכה" ויואב ללום, עמדו על טענתם בדבר אפליה שורשית המוסיפה לאפיין את בית הספר. לפיכך נדרש בג"ץ לפסוק בעניין.
החלטת השופטים.
בדין ישבו השופטים אדמונד לוי, עדנה ארבל וחנן מלצר, שקיבלו את החלטתם פה אחד.
בפסק דינו התייחס השופט אדמונד לוי למסקנה שניתנה בדו"ח בס, וציין:
השופט לוי דן בסוגיה זו, וקבע:
את דבריו סיים בהחלטה הקובעת כי האחריות לאפליה מוטלת על משרד החינוך ומרכז החינוך העצמאי:
שני חברי ההרכב הנוספים, השופטת עדנה ארבל והשופט חנן מלצר, הצטרפו לפסק דינו של השופט לוי והוסיפו הערות משלימות.
בעקבות פסק הדין.
בעקבות פסק הדין החליטה הנהלת מרכז החינוך העצמאי לאחד את המגמות, אולם החלטתה נתקלה בהתנגדות מצד ההורים. הוריהן של 74 תלמידות "המגמה החסידית" העבירו את בנותיהן ללמוד בבית ספר שהקימו לשם כך, ולא היה מוכר על ידי משרד החינוך, במבנים שונים ברחבי עמנואל. כיוון שכיתות "המגמה החסידית" בבית הספר "בית יעקב" נותרו נעולות וריקות, לא התאפשר למשרד החינוך לוודא כי הכיתות אכן אוחדו, וכי התלמידות מקיימות שגרת לימודים משותפת. בעקבות זאת דרש משרד החינוך ממנהלת בית הספר ומהמועצה המקומית לאכוף את חוק לימוד חובה, המחייב ביקור סדיר במוסד חינוכי, ולשגר מכתבי התראה להורים, אך נתקל בסירוב. בצעד חריג הגיש משרד החינוך בתחילת חודש מרץ 2010 תלונה במשטרה נגד הורי התלמידות, בגין הפרת חוק לימוד חובה. שבועיים לאחר מכן הוציא משרד החינוך צו סגירה לבית הספר שהקימו ההורים (מעין "בית ספר פיראטי", בלשון בג"ץ).
במקביל, החלו העותרים בדצמבר 2009 בהליכים לפי פקודת בזיון בית המשפט, לאחר שלטענתם משרד החינוך, מועצה מקומית עמנואל ומרכז החינוך העצמאי הפרו את פסק הדין. ב-7 באפריל 2010 פסק בג"ץ בבקשה של העותרים להפעלת עיצומים מכוח פקודת בזיון בית משפט, וקבע כי על מרכז החינוך העצמאי יוטל קנס של 5,000 ש"ח ליום, עד שיקוימו הוראות פסק הדין, ושעל הורי התלמידות להתייצב לדיון שבו יסביר כל הורה מדוע אין לראות בו כמסייע בהפרתו של פסק הדין וכמואשם בביזיון בית המשפט, כך שיכפה במאסר או בקנס לציות לו. גם מורות בית הספר הוזמנו לדיון. בג"ץ גם ציין כי הפעלת בית ספר ללא רישיון היא עבירה על חוק הפיקוח על בתי ספר, התשכ"ט-1969.
ב-17 במאי 2010 דן בג"ץ בבקשה נוספת של העותרים להפעלת עיצומים, מכוח פקודת בזיון בית משפט, כנגד המשיבים בכל הדיונים הקודמים (משרד החינוך, מרכז החינוך העצמאי ומועצה מקומית עמנואל), שאליהם צורפו הורי התלמידות (לפי רשימה חסויה) ומורות בבית הספר (לפי רשימה חסויה). בדיון נשמעו גם דבריו של בא כוח ההורים, עו"ד מרדכי גרין, שטען כי ההורים אינם יכולים להיות מוחזקים כמי שהפרו את הוראות פסק הדין, או סייעו בהפרתו, ושל אחד מנציגי ההורים, שטען שההפרדה אינה נובעת מטעמים עדתיים, אלא משיקולים שבדת. בג"ץ קבע כי:
בהתאם לכך נפסק שהקנס המוטל על מרכז החינוך העצמאי יוגדל ל-10,000 ש"ח ליום, עד שיקוימו הוראות פסק הדין. כל אחד מן ההורים נדרש להצהיר כי ישלח את בתו ללימודים בבית הספר, אף לאחר איחוד המגמות, ולעשות זאת בפועל, ואם לא יעשה כן, ישא בקנס בסכום של 200 ש"ח ליום (ולזוג הורים – 400 ש"ח), עד שיחדל מהפרת פסק הדין. כן הוזהרו ההורים שאם ימשיכו בהפרת פסק הדין, ישקול בית המשפט הוצאת צווי מאסר נגדם.
בעקבות זאת הודיע האדמו"ר מסלונים, שחלק מהורי התלמידות האשכנזיות הם מחסידיו, כי הוא שוקל להורות לחסידיו לעזוב את עמנואל ולעבור למקומות אחרים, אם לא תהיה להורים אפשרות לבחור בעצמם את המסגרת החינוכית לבנותיהם. הורי התלמידות פנו בבקשה לקבל רישיון להקמת מוסד פטור בעיר, או לחלופין לאפשר להם לשלוח את בנותיהם למוסד מחוץ לעמנואל, אך בקשותיהם נדחו. בסוף חודש מאי נשלחו התלמידות ללמוד במבנה בית הספר "בית מלכה" של חסידות בעלז בבני ברק, אך הלימודים הופסקו ביום המחרת, בעקבות מסר שהעביר משרד החינוך להנהלת בית הספר, לפיו המשך החזקת התלמידות מעמנואל יעמיד בסכנה את רישיון המוסד.
ב-15 ביוני 2010 הוסיף בג"ץ לדון בנושא, ציין כי מרכז החינוך העצמאי הצהיר שהוא נכון לקיים את הוראות פסק הדין (הודעה זו הפסיקה את צמיחת הקנס שהוטל על מרכז החינוך העצמאי, והצטבר עד למועד זה ל-200,000 ש"ח) כיוון שמימוש הצהרה זו סוכל על ידי ההורים, שסירבו לשלוח את בנותיהם לבית הספר, החליט בג"ץ על החרפת העיצומים כנגד ההורים, וקבע שהורה שלא יצהיר כי ישלח את בתו ללימודים בבית הספר, אף לאחר איחוד המגמות, ואכן יעשה זאת בפועל, יישלח לשבועיים מאסר. בג"ץ הדגיש כי אין בהחלטתו "כדי למנוע מההורים לבקש, בתום שנת הלימודים, להעביר את בנותיהם לבית ספר אחר, בכפוף לכל דין ולכל התנאים והאישורים הנדרשים". בסיום דבריהם הביעו השופטים תקווה שבישראל לא יידרשו אותם אמצעים חריפים להם נזקקו בארצות הברית לאכיפת פסק דין בראון נגד מועצת החינוך, שבמסגרתו בוטלה שם, בתחום החינוך, הדוקטרינה של: "נפרד אבל שווה", והוסיפו "בהקשר זה ראוי לציין שההורים הצהירו כי הם נמנים עם חסידות סלונים, והרי הגה"צ ציס"ע [= צדיק יסוד עולם] האדמו"ר מסלונים זצוק"ל קרא לספרו: נתיבות שלום, להזכיר לכל שתורת ישראל "דרכיה דרכי נועם וכל נתיבותיה שלום"."
הורי התלמידות לא נענו לדרישת בג"ץ, וב-17 ביוני הורה בג"ץ על הפעלת המאסרים. בשל כך הגישו העותרים צו עיכוב ביצוע של מאסר ההורים, לצורך מיצוי הליכי פשרה והסדר "שהתגבשו ביתר שאת בשעות האחרונות ממש", אולם בא כוח ההורים הצהיר כי נימוקיהם של העותרים לדחייה הם "פרי דמיונם בלבד", הואיל ו"אין שום מגעים מכל סוג שהוא בין ההורים לעותרים". עקב כך הודיע בית המשפט בהחלטתו: "התכוונו לשקול באהדה את בקשת העותרים לדחיית מאסרם של ההורים-המפרים על מנת לאפשר מיצוי הניסיונות למימוש פסק-הדין בדרכי שלום, אולם עמדת בא-כוחם היא כי "ההורים ערוכים לקיום המאסרים"".
ב-17 ביוני, בהתאם להוראת בג"ץ, התייצבו למאסר 35 גברים, שנשלחו לכלא. שני גברים וכל הנשים שהיו אמורות להתייצב (22 במספר) לא התייצבו למאסר. ב-20 ביוני דחה בג"ץ את ביצוע צווי המאסר לאימהות, וב-22 ביוני פטר 13 מהאמהות ממאסר, על פי בקשת שירותי הרווחה, והחליט כי שאר תשע האמהות, יישלחו לכלא לאחר שחרור בעליהן ממאסר. החלטה זו לא התממשה בין היתר לאור העובדה שטרם הגעת מועד המאסר התקבלה פשרה בעניין.
לאחר מאסר ההורים הוגשה על ידי ארגון שורת הדין עתירה לבג"ץ שהופנתה כנגד שירות בתי הסוהר והמשטרה. בעתירה נטען כי בית המשפט חרג מסמכותו בפקודה למעצר ההורים, מאחר שבית המשפט העליון מוסמך על פי חוק לתת פקודות כלפי גופים מנהליים בלבד ולא כלפי פרטיים, בייחוד כאשר פסק הדין ניתן כלפי המוסדות. העותרים טענו כי לו הייתה מוגשת עתירה כזו כלפי ההורים היא הייתה נדחית על הסף, וכי הטלת עונש בשל ביזיון בית המשפט עליהם היא חריגה מסמכותו החוקית של בית המשפט העליון, ובאותה מידה ניתן להטיל עונש על משתתפי עצרות המחאה. העתירה נדחתה על ידי השופטים אשר גרוניס, ניל הנדל ועוזי פוגלמן, בנימוק כי בג"ץ אינו מהווה ערכאת ערעור על החלטות אחרות של בית המשפט העליון.
המעצרים ועצרות המחאה.