המאבקים בין שני המחנות בישיבה התחדדו סביב כמה הבדלים אידאולוגיים. הרב טאו ותלמידיו הדגישו את מורשת הרב צבי יהודה קוק ואילו הרב שפירא נקט בדרך עצמאית יותר. נושא לימודי אמונה הודגש יותר במשנתם של הרב טאו ותלמידיו, ואילו הרב שפירא התמקד יותר בלימודי הגמרא, אם כי שמר על כך שלימודי האמונה בישיבה יימשכו כפי שהיו. הפערים התבטאו גם בתחומים הקשורים בסוגיית הממלכתיות, שהרב טאו הוא אחד מנושאי דגלה ואילו הרב שפירא התייחס באופן ביקורתי הרבה יותר לממשלה. הרב שאול ישראלי, הרב משה צבי נריה והרב שלמה גורן, וכן חלק מתלמידי הרצי"ה הוותיקים – דוגמת הרבנים דוב ליאור, יעקב פילבר, חיים שטיינר, זלמן ברוך מלמד, איתן איזמן, מיכאל הרשקוביץ, אליקים לבנון, דוד חי הכהן יהושע רוזן ואריה שטרן – צידדו במחנהו של הרב שפירא.
מתח זה הוביל לפיצול הישיבה בראשית שנת תשנ"ח (1997). קודם לכן, בקיץ תשנ"ז (1997), הציעה הנהלת הישיבה בפני התלמידים אפשרות ללימודי הוראה במקביל ללימודי הישיבה. בעקבות זאת, טענו הרב טאו והרבנים הקשורים אליו, כי הנהלת הישיבה מתכוונת להקים מכון ללימודי הוראה אשר יפעל בישיבה – מה שעלול היה בעיניהם לפגוע בחירות הלימוד בה. הרב שפירא הכחיש את הדברים. הקבוצה פרסמה מכתב פומבי תקיף ובו התנגדות לאפשרות זו, בו כונה משרד החינוך "לכל הפחות עבודה זרה בשיתוף" שאסור לישיבה לשתף עמו פעולה. לקראת זמן אלול הושעו החותמים על המכתב מתפקידם בישיבה, ובעקבות זאת עזבו אותה בתחילת זמן חורף תשנ"ח (1997) והקימו את ישיבת הר המור, שם מכהן הרב צבי טאו כנשיא, והרבנים מרדכי שטרנברג ועמיאל שטרנברג, כראשי הישיבה. הרב שפירא ותלמידיו סברו שעל פי ההלכה אסור היה להם להקים ישיבה בעירו של הרב שפירא, שלדעתם הוא גם רבם של הפורשים. במכתב שעליו חתמו כמה רבנים מבוגרי הישיבה נקראו הרבנים הפורשים ותלמידיהם לשוב לישיבה ולבקש מחילה מהרב שפירא. הרב מרדכי אליהו הוסיף בתחתית המכתב דברים בשבחו של הרב שפירא ובחומרת איסור ההתפלגות מהישיבה בראשותו.
הפילוג פגע קשות בישיבה, אך היא הצליחה להשתקם, ונותרה אחת הישיבות הגדולות והחשובות של הציבור הדתי לאומי. לפי בדיקה שערך עיתונאי מקור ראשון יהודה יפרח בקרב המתמנים לתפקידי רבנות ודיינות בציונות הדתית הוא הסיק שמפרספקטיבה מאוחרת - הפיצול לא גרם להיחלשות הישיבה, ועודנה "בית הגידול הגדול והמשמעותי ביותר לתפקידי רבנות בציונות הדתית". לאחר פטירתו של הרב אברהם שפירא בשנת תשס"ח, נמסר כי בצוואתו הוא הוריש את תפקידו לבנו הרב יעקב שפירא. בן נוסף, הרב שמואל, הוא מנהל הישיבה. קבוצת רבנים מוותיקי תלמידי הרצי"ה המשיכה ללמד בישיבה אחרי הפיצול ואחרי פטירת הרב שפירא, ביניהם: הרב חיים שטיינר, הרב יעקב פילבר, הרב יהושע רוזן, הרב מיכאל הרשקוביץ, הרב יצחק בן שחר, הרב חיים אביהו שוורץ. וכן אלו בעקבות הפיצול חידשו את שיעוריהם בה - הרב יעקב אריאל, הרב אריה שטרן והרב דוד חי הכהן.
הפיגוע בישיבה.
ב־ל' באדר א' ה'תשס"ח (6 במרץ 2008), ערב ר"ח אדר, ביצע מחבל פלסטיני פיגוע ירי בספריית הישיבה, שבמהלכו נרצחו שמונה: שלושה מתלמידי הישיבה וחמישה מתלמידי ישיבת ירושלים לצעירים.
בעקבות הפיגוע החלה קבוצת תלמידים בישיבה להוציא לאור חוברות במסגרת פרויקט 'בשביל הנשמה'. החוברות המנציחות את הנרצחים, עוסקות בנושאים דתיים־חינוכיים שונים המחולקים לימים. לאחר כשנתיים שבהן הופצו החוברות על ידי הישיבה, פרס מינהל החינוך הדתי במשרד החינוך את חסותו על הפרויקט והחל להפיץ את החוברות לכלל תלמידיו לקראת החופש הגדול. פרויקט נוסף מבית 'בשביל הנשמה' לזכר הנרצחים הוא "הלימוד היומי באמונה", שבמסגרתו יוצאים לאור כתבי ראשונים ואחרונים העוסקים באמונה במהדורות מנוקדות מחולקות ללימוד יומי ובתוספת ביאורים והרחבות.
מאז הפיגוע מתקיים מידי ליל שישי שיעור בספריית הישיבה, לזכר הנרצחים (ראו להלן). כמו כן מדי שנה מקיימת הישיבה אזכרה סמוך לתאריך הפיגוע, בין המשתתפים באזכרות אלו – האדמו"רים ממודז'יץ וטולנא.
הישיבה כיום.
שיעורים וסדרי לימוד.
בעקבות צוואת אביו, כאמור לעיל, מונה לאחר פטירתו בנו הרב יעקב שפירא לראשות הישיבה. הוא מעביר שיעורי עיון פעמיים בשבוע לתלמידי שיעור ד' ושיעור כללי מדי שבוע, וכן שיחה בפרשת השבוע בכל ליל שישי. השיחה נערכת, נדפסת ומופצת בדוא"ל לתלמידים מהישיבה ומחוץ לה. לשיעורים הגבוהים יותר מעביר ראש הישיבה שיעורי אמונה שבועיים בביתו, לאחר סדר ערב.
לאחר סדר בוקר מתקיים סדר 'חפץ חיים' ו'שמירת הלשון', כפי שתיקן הרצי"ה. לאחר סדר צהריים ובתחילת סדר ערב נמסרים שיעורים, רובם באמונה ומיעוטם בגמרא בעיון. בסדר ערב לומדים תלמידי שיעור א' עם חברותות משיעורים ג' וד'.
בשיעורי האמונה ובלימוד העצמי לומדים בעיקר מסילת ישרים, כוזרי, ספרי המהר"ל וספרי הרב קוק. בישיבה אף מועברים שיעורים בתנ"ך, מאת הרבנים איתן שנדורפי, יצחק בן שחר ואיתמר אורבך. שיעורים לאברכים בהלכות נידה מועברים על ידי הרב מנחם בורשטין – ראש מכון פוע"ה.
במיזם "משמר" המתקיים מידי ליל שישי לזכר הנרצחים בפיגוע בישיבה, מוזמנים רבנים אורחים למסור שיעור בישיבה. בין הרבנים שהשתתפו במסגרת זו: שלמה משה עמאר, יצחק יוסף, דוד לאו, אביגדור נבנצאל, משה מרדכי פרבשטיין (ראש ישיבת חברון), חיים וואלקין (משגיח ישיבת עטרת ישראל), רפאל אבוחצירא, אליהו בלומנצוויג, אורי כהן, הרשל שכטר, חיים סבתו, יואל קטן, יוסף צבי רימון, יעקב עדס, מיכה הלוי, יהושע כץ, שמואל אליהו ואברהם שטיינברג.
מאפיינים נוספים.
החל משנת תשס"ח, בעקבות הפיגוע, יוצא לאור פעמיים בשנה כתב עת פנימי מטעם הישיבה הנקרא 'מבית מדרשנו' ובו חידושים בגמרא, בהלכה ובאמונה מפרי עטם של תלמידי ורבני הישיבה על המסכת הנלמדת. עד שנת תשע"ט יצאו לאור 23 כרכים. זאת בנוסף לכתב עת אחר היוצא לאור אחת לכמה שנים מטעם הישיבה הנקרא 'ניצני ארץ' ובו חידושים מפרי עטם של רבני ותלמידי הישיבה לדורותיה. עד שנת ה'תשע"ז יצאו 19 כרכים.
בישיבה כולל ללימוד חושן משפט בראשות הרב אברהם גאופטמן דיין בבית הדין הרבני בבאר שבע, כולל הלכה בראשות הרב שמיר שיינטופ ושני כוללי עיון בגמרא - בראשות הרב מאיר פרימן ובראשות הרב אברהם ישראל סילבצקי.
נכון לשנת ה'תשפ"ב, בישיבה לומדים מעל 700 תלמידים, כשליש מהם אברכים. ביניהם כאלה הלומדים עשרות שנים בכולל (כגון הרב בנימין רקובר והרב משה הררי). בין האברכים נמצאים עשרות מוסמכים לדיינות המהווים את הגיבוי העיקרי למערך בתי הדין לממונות על 35 סניפיו ברחבי הארץ, ומשמשים בו כדיינים מעת לעת.
בישיבה נערכות אזכרות שנתיות לרבני הישיבה – הרב אברהם יצחק הכהן קוק, הרב צבי יהודה קוק, והרב אברהם שפירא.
דרך הישיבה.
הדרך בישיבה מונהגת ברוח תורת הראי"ה קוק ובנו הרצי"ה שעיצבו אותה, המתאפיינת בין השאר ביחס חיובי לציונות ומדינת ישראל ותפיסת התקופה כאתחלתא דגאולה, ובדגש על לימודי אמונה מעמיקים. ולפי הדרכתו ורוחו של הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא.
מוקד הישיבה מושם על למדנות ושימת לב לטיפוח גדולי תורה לעתיד, ראש הישיבה הנוכחי הרב יעקב שפירא נימק זאת בכך שהישיבה נטלה על עצמה את העול של הצמחת גדולי תורה.
הישיבה מאמינה בשיתוף פעולה עם רבנים ואישים ממגזרים שונים, ובייחוד בתחושת שותפות הדדית עם רבני הציבור החרדי. לעיתים מוזמנים רבנים חרדים, ראשי ישיבות ואדמו"רים, להעביר בה שיעור. מנגד הוזמנו גם דמויות מהציבור החילוני, כמו חבר הכנסת יצחק הרצוג.
הישיבה מאפשרת לחלק מן התלמידים להתגייס לצה"ל בשלב מסוים של לימודיהם, דרך מסלול "הסדר מרכז" שנוסד בה וקרוי על שמה.
אירועים בישיבה.
עצרת ההודיה המרכזית לציון איחוד ירושלים
מאז מלחמת ששת הימים נערכת בישיבה מדי שנה עצרת גדולה לציון יום ירושלים, בהשתתפות אישי ציבור וקהל רב. בדרך כלל מגיע ראש הממשלה לאירוע. במהלך העשור הראשון של המאה ה־21 לא הוזמן ראש הממשלה במשך מספר שנים, בשל התנגדות הישיבה למדיניות הממשלתית לגבי מסירת שטחים. בשנת 2022 (תשפ"ב) לא הוזמן ראש הממשלה נפתלי בנט לאירוע בשל התנגדות למעשיו הפוליטיים, הדבר עורר דיון ציבורי. בעבר לאחר סיום האירוע הייתה מתקיימת תהלוכה של תלמידי הישיבה ואלפים אחרים לכותל המערבי. בשנת 2021 השתתף יונתן פולארד בעצרת, ונשא בה נאום פומבי לראשונה בחייו.
שמחת בית השואבה
מדי שנה מתקיימת בישיבה שמחת בית השואבה בהשתתפות אלפים.
ג'קלין קנדי-אונאסיס
ג'קלין לי בובייה קנדי אונאסיס (באנגלית: Jacqueline Lee Bouvier Kennedy Onassis; 28 ביולי 1929 – 19 במאי 1994) הייתה רעייתו של נשיא ארצות הברית ג'ון פיצג'רלד קנדי וכיהנה כגברת הראשונה של ארצות הברית בשנים 1961–1963.
ביוגרפיה.
ג'קלין נולדה בעיר סאות'המפטון שבלונג איילנד, למשפחה ניו יורקית מהחברה הגבוהה. היא בתם של ג'ון ורנו בובייה השלישי (1891–1957) סוכן בורסה ממוצא צרפתי, ואשתו ג'נט נורטון לי (1906–1989), בתו של נשיא בנק. אמה היא צאצאית למהגרים מאירלנד שנמלטו מן המדינה בזמן "רעב תפוחי האדמה הגדול" במאה ה-19. אחותה היא לי רדזיוויל.