בשנת 1789 פיתח היידן קשר עם מריה אנה פון גנצינגר (1750 - 1793), אשת רופאו האישי של הנסיך ניקולאוס בווינה. ידידותם, שתועדה במכתביו של היידן, הייתה ככל הנראה איתנה, אך אפלטונית. המכתבים מבטאים את תחושת הבדידות והמלנכוליה של היידן עקב בידודו הממושך באזור הביצות הלח של אחוזת אסטרהאזי. מותה של גנצינגר בשנת 1793 היווה מהלומה להיידן, והווריאציות שלו לפסנתר בפה מינור, החריגות לגבי יצירתו של היידן בנימת הטרגדיה הנוקבת השזורה בהן, נכתבו אולי בתגובה למותה. הבידוד מן העולם השפיע על הלך הרוח של היידן עצמו ושל נגני התזמורת שלו, והיצירות הקודרות שכתב בשנים 1766 עד 1772 הושפעו הן מן הסביבה והן מתנועת הסער והפרץ, שצמחה בתקופה זו. שש רביעיות כלי הקשת אופוס 20, שכתב בתקופה זו, ביססו את מעמדו כ"מייסד" רביעיית המיתרים הקלאסית.
מסעותיו ללונדון.
בשנת 1790 מת הנסיך ניקולאוס ואת מקומו ירש נסיך בלתי מוזיקלי לחלוטין, שפיטר את כל הסגל המוזיקלי בחצרו והוציא את היידן לגמלאות. לאחר שהשתחרר ממחויבותו, התאפשר להיידן להיענות להצעה משתלמת מיוהאן פטר סלומון, אמרגן גרמני, לבקר בממלכת בריטניה הגדולה ולנצח על סימפוניות חדשות בביצוע תזמורת גדולה.
הביקור (1791-2), וכמוהו גם הביקור חוזר (1794-5) נחלו הצלחה מסחררת. הקהל צבא בהמוניו על האולמות בהם התקיימו ההקונצרטים של היידן, והוא השיג תוך זמן קצר עושר ותהילה: ביקורת אחת הגדירה אותו כמי ש"איש לא ישווה לו". הביקורים בבריטניה הניבו כמה מיצירותיו הנודעות ביותר של היידן, בהן "סימפוניית ההפתעה", "הסימפוניה הצבאית", "דרדור התוף" ו"סימפוניית לונדון", רביעיית "הפרש" ושלישיית הפסנתר "רונדו הצוענים".
הכישלון היחיד הייתה אופרה, "נשמת הפילוסוף", שהיידן נשכר לחבר, בתשלום נכבד, אך רק אריה אחת מתוכה הושרה בפומבי בשעתה, ו-11 קטעים בלבד יצאו לאור בדפוס; האופרה בשלמותה בוצעה לראשונה רק בשנת 1950.
השנים האחרונות בווינה.
היידן שקל לקבל אזרחות אנגלית ולהשתקע בממלכת בריטניה לצמיתות, כפי שעשה הנדל לפניו, אך שינה את דעתו. הוא חזר בשנת 1793 לאזור ווינה, בנה לעצמו בית גדול ופנה לחיבור יצירות דתיות גדולות למקהלה ותזמורת. עם אלה נמנות שתי האורטוריות הגדולות שלו, "הבריאה" ו"העונות" ושש מיסות למשפחת אסטרהאזי, שבראשה עמד שוב נסיך בעל נטיות מוזיקליות. היידן כתב אז גם את תשע האחרונות בשורה ארוכה של רביעיות כלי קשת, בהן רביעיות "הקיסר", "הזריחה" ו"הקווינטות". על אף גילו המתקדם, צפה היידן לעתיד. באחד ממכתביו הכריז, "כל כך הרבה עוד נשאר לעשות באמנות הזוהרת הזאת!"
בשנת 1802 גברה על היידן מחלה ממנה סבל תקופה מסוימת, עד שמצבו הפיזי מנע ממנו את האפשרות להלחין. דבר זה הקשה עליו מאוד, ללא ספק, משום שכדבריו הוא, זרם הרעיונות המוזיקליים החדשים, המצפים למצוא ביטוי בתווים, לא חדל. היידן זכה לטיפול מסור ממשרתיו וקיבל מבקרים רבים ואותות הוקרה ציבוריים בשנותיו האחרונות, אבל ודאי לא היו אלה שנים טובות בחייו. במשך מחלתו, מצא היידן לא פעם ניחומים בישיבה אל הפסנתר ובנגינת Gott erhalte Franz den Kaiser, שחיבר בעצמו כמחווה פטריוטית בשנת 1797. הנעימה הזאת שימשה לאחר שנים את ההמנונים הלאומיים של אוסטריה ושל גרמניה.
במאי 1809 הצבא הצרפתי בפיקודו של נפוליאון תקף את וינה, וב-10 במאי הפציץ את שכונתו של היידן. לפי גריזינגר, בשעה שפגזים נפלו והרעידו את חלונות ודלתות הבית, היידן עודד את באי ביתו בביטחון עצמי רב אך עצמו נתקף רעד. בערב ה-26 במאי התמוטט ומת בשלווה ב-31 במאי 1809, בן 77. כאשר נודע הדבר לנפוליאון הורה להציב משמר כבוד ליד ביתו של היידן המנוח.
אופי והופעה.
היידן נודע בקרב בני זמנו באישיותו האדיבה, האופטימית והידידותית. היה לו חוש הומור מפותח, שמצא ביטוי באהבתו למתיחות וניכר לא פעם גם במוזיקה שלו (למשל בפרק השני של סימפוניית ההפתעה). הוא זכה לכבוד מיוחד מצד המוזיקאים בחצר אסטרהאזי, שעליהם היה ממונה, כיוון שהצליח לקיים אווירה נוחה ולבבית ביחסי העבודה וייצג ביעילות את האינטרסים של הנגנים בפני מעסיקם. דוגמה טובה ומלאת חן לכך היא סימפוניה מספר 45 ("הפרידה"). היידן כתב וביצע אותה ב-1772, כתגובה לכך שהשהות הכפוייה של הצוות המוזיקלי במעון הקיץ של הנסיך התארכה מאוד, בעוד שמשפחותיהם נותרו באייזנשטאדט. הסימפוניה מסתיימת בפרק במהלכו מדי כמה תיבות קמים נגנים אחדים בתזמורת ממקומם, מכבים את נר התאורה של התווים שלהם, ועוזבים את האולם עד שנותרים על הבמה רק שני כנרים המנגנים דואט. הנסיך אסטרהאזי הבין את המחאה, ואנשי החצר הורשו לעזוב את מעון הקיץ כבר למחרת היום.
היידן היה קתולי אדוק ולא פעם נעזר במחרוזת התפילה שלו כשנתקל בקשיים במלאכת ההלחנה, נוהג שהועיל לו, בדרך כלל. לכן, עם סיום חיבור מוזיקלי, היה נוהג לכתוב בשולי כתב היד "לאוס דאו" ("ישתבח האל") או ביטוי דומה. בשעות הפנאי נהנה לצאת לצייד ולדייג.
היידן היה גוץ, אולי כתוצאה מתת-תזונה בילדותו ובנעוריו. בדומה לרבים מבני דורו, חלה באבעבועות שחורות ושרד אותה,
אך פניו נותרו מחוטטים בצלקות המחלה. הוא לא היה יפה-תואר והופתע כאשר נשים התקהלו סביבו בביקוריו בלונדון.
יצירה.
היידן מתואר כ"אבי" הסימפוניה הקלאסית ורביעיית כלי הקשת. למעשה, הסימפוניה הייתה כבר צורה מבוססת היטב לפני שהיידן החל בקריירת ההלחנה שלו, ודוגמאות מרשימות לכך אפשר לראות ביצירתו של קרל פיליפ עמנואל באך, בין השאר, אבל הסימפוניות של היידן הן הראשונות, שנכנסו לרפרטואר "התקני" ונשארו שם. אבהותו על רביעיית כלי הקשת, לעומת זאת, אינה מוטלת בספק: בעיקרו של דבר, הוא לבדו המציא את המדיום הזה. הוא כתב גם סונאטות לפסנתר, שלישיות פסנתר, דיוורטימנטי ומיסות, שהיו לאבני המסד לסגנון הקלאסי בסוגי היצירות הללו. כמו כן כתב סוגים אחרים של מוזיקה קאמרית, אופרות וקונצ'רטי, אם כי יצירות אלה מוכרות פחות כיום.
אף כי מלחינים אחרים התבלטו בתקופה הקלאסית המוקדמת, בעיקר קרל פיליפ עמנואל באך בתחום הסונאטה לכלי מקלדת (הצ'מבלו ופסנתר הפטישים היו פופולריים באותה מידה כמו הפסנתר בזמן ההוא) ויוהאן כריסטיאן באך ולאופולד מוצרט בסימפוניה, הרי להיידן הייתה ללא ספק ההשפעה הכוללת החזקה ביותר על הסגנון המוזיקלי בתקופה זו.
בעיקר הודות להיידן ולממשיכי דרכו, התפתחה צורת הסונאטה לדרך ביטוי מוזיקלית גמישה וסובטילית, והייתה לכוח השליט בחשיבה המוזיקלית הקלאסית. חוש ההמצאה הצורנית של היידן הוליך אותו גם למיזוג הפוגה בסגנון הקלאסי ולהעשרת צורת הרונדו בהגיון טונאלי לכיד יותר. היידן היה גם התומך הראשי בצורת הווריאציה הכפולה, דהיינו, וריאציות על שני נושאים מתחלפים, המהווים לא פעם גרסאות הדדיות בסולמות מז'ור ומינור.
מבנה ואופי המוזיקה.
מאפיין מרכזי במוזיקה של היידן הוא פיתוח מבנים גדולים יותר ממוטיבים מוזיקליים קצרים ופשוטים מאוד, המעוצבים בדרך כלל מתבניות נלוות סטנדרטיות. המוזיקה מרוכזת מבחינה צורנית, ברוב המקרים, והאירועים המוזיקליים החשובים בפרק יכולים להיפרש במהירות רבה למדי. הנהלים המוזיקליים של היידן יצרו את הבסיס לחלק גדול מן העתיד לבוא בפיתוח הטונאליות והצורה המוזיקלית. הוא נטל סוגות כמו הסימפוניה, שהיו אז קצרות יותר ומשניות למוזיקה הקולית, החשובה מהן, והוסיף עליהן בהדרגה באורך, במשקל ובמורכבות.
עיסוקו של היידן בהלחנה נבע ממחקר בקונטרפונקט המודאלי של פוקס והסגנונות ההומופוניים, שנעשו פופולריים יותר ויותר, בייחוד יצירותיהם של גלוק וקרל פיליפ עמנואל באך. על זה האחרון כתב היידן, "בלעדיו, איננו יודעים דבר". הוא האמין בחשיבות המלודיה, בייחוד כזו שאפשר לפרק לחלקים קטנים יותר, הניתנים בנקל לצירופים קונטרפונקטיים. במובן זה הקדים את בטהובן.
עבודתו של היידן הייתה מרכזית לפיתוח מה שנקרא בהמשך צורת הסונאטה. כתיבתו הייתה שונה, מכל מקום, בכמה מובנים מזו של מוצרט או בטהובן, בני זמנו הצעירים יותר, שהצטיינו גם הם בצורה מוזיקלית זו. היידן אהב במיוחד את מה שכונה תצוגה (אקספוזיציה) מונו-תמאטית, שבה המוזיקה הקובעת את הסולם הדומיננטי דומה או זהה לנושא הפותח. היידן שונה ממוצרט ובטהובן גם בחלקי הפיתוח, שבהם הוא נוהג לעיתים קרובות לערוך מחדש את סדר הנושאים בהשוואה לתצוגה ולהשתמש בפיתוח תמאטי רחב-היקף.
תאורטיקאים מאוחרים יותר אפיינו את הארגון הצורני של היידן באופן כזה:
לאורך התקופה הזאת, עוצבה המוזיקה הכתובה באמצעות הטונאליות, וקטעי יצירה מן התקופה הקלאסית צוינו בקדנצות טונאליות. המעברים החשובים ביותר בין קטעים היו מן התצוגה אל הפיתוח ומן הפיתוח אל הרפריזה. היידן התמקד במציאת דרכים שנונות ולא פעם דרמטיות ליצירת המעברים האלה, על ידי השהייתם או בהצגתם באופן סובטילי כל כך, שרק כעבור זמן מה עומדים על כך, שהמעבר התרחש כבר. פרדוקסלית, ייתכן שאחת הדרכים שהיידן נקט לשם כך הייתה להקטין את מספר האמצעים השונים למעברים ההרמוניים, כדי שיוכל לחקור ולפתח את האפשרויות שמצא באלה שנראו לו המעניינים ביותר.
אולי משום כך היידן ידוע, יותר מכל מלחין אחר, בהלצות שהכניס במוזיקה שלו. הדוגמה המפורסמת ביותר היא כאמור האקורד החזק הפתאומי בסימפוניית "ההפתעה" שלו, מס' 94, אבל יש אחרות, אולי מבדחות יותר: הסיומים המדומים ברביעיות אופוס 33 מס' 2 ואופוס 50, מס' 3, או האשליה הריתמית הראויה לציון שהכניס לקטע הטריו של אופוס 50, מס' 1.
מורשתו.