פוקו כיהן בקולז' דה פראנס משנת 1970 ועד מותו ב-1984. עם כניסתו ביקש לשנות את שם הקתדרה לפילוסופיה שקיבל ל"קתדרה להיסטוריה של מערכות חשיבה". הרצאת הבכורה שלו בקולז', אותה נשא ב-2 בדצמבר תחת הכותרת סדר השיח ("L'ordre du discours"), הוקדשה למורו ופטרונו המנוח, ז'אן איפוליט (Hyppolite), שאת כיסאו בקולז' ירש. איפוליט היה מי שדחף טרם מותו לבחירתו של פוקו לקולז', יחד עם הפרופסורים דומזיל, ז'ול וולמן (Vuillemin) ופרנאן ברודל.
הרצאה זו הפכה ל"טקסט מפתח" עבור פרשני פוקו, שכן הוא עוסק בה, בפעם הראשונה באופן מושגי ושיטתי, בשאלות של כוח ושליטה, ומנתח את הממד החומרי והפרקטי של השיח, ואת המבנה שלו כזירה של יחסי כוח; "מה כל כך מסוכן", שואל פוקו, "בעובדה שאנשים מדברים, ושדיבורם מתרבה במהירות? מה הסכנה שבכך?... אני מניח שבכל חברה ייצור השיח הנו בו בזמן נשלט, נבחר, מאורגן ומופץ בהתאם למספר מסוים של פרוצדורות, שתפקידן להסיט את כוחותיו וסכנותיו, להתמודד עם אירועים לא צפויים, לחמוק מחומריותו הכבדה והאימתנית".
באותה תקופה, מספר ידידו ההיסטוריון עמנואל לה רואה לדורי (Le Roy Ladurie), "היו שני פוקו; אחד הפגין ואחד שנכח בפגישות בקולז'".
מעורבותו הפוליטית של פוקו לא פגמה ברצינות פעילותו האקדמית ובחלקו בניהול המוסד בוועדותיו השונות. למרות זאת, פרופסורים רבים הזדעזעו מפעילותו המיליטנטית, הרעשנית והרדיקלית של עמיתם לקולז'.
משנת 1970 (למעט שנת 1977) העביר פוקו סמינרים בקולז'. הרצאותיו נערכו בימי רביעי, מינואר ועד סוף מרץ, בפני אולמות מלאים. הנושאים בהם דן כללו דיונים על גזע, אבנורמליות, כלכלה מדינית, שיגעון, רפואה, מוסדות עונשין, משפט, פילוסופיה, ספרות הווידויים הכנסייתית וטכניקות הווידוי על ספת הפסיכואנליטיקן.
הרצאותיו של פוקו היוו את הבסיס למחקריו מאותה תקופה, אך למעט הרצאת הבכורה, סדר השיח, לא פרסם אותן פוקו בחייו. בצוואתו הורה לא לפרסם כתבים שלא פרסם בחייו, אולם יורשיו החלו להוציא לאור את ההרצאות ב-1997 (ארבע מהן תורגמו לאנגלית. ראו להלן).
פרסומים.
בשנים הראשונות התמקד פוקו במשפט, חוק וענישה. ב-1973 פרסם את הספר אני, פייר ריבייר, שעסק בצעיר שעמד למשפט בתחילת המאה התשע־עשרה על רצח אמו, אחותו ואחיו. הספר עסק בקשר שבין פסיכיאטריה ומשפט פלילי. המקרה של ריבייר נבחר כמקרה מבחן, על בסיס הודאתו הכתובה על פשעו, ובגלל החומר התיעודי הרב שנכתב אודותיו. "מסמכים כאלו..." כותב פוקו בהקדמה, "מספקים חומר לבחינה מקיפה של האופנים בהם מעוצב ופועל ידע מסוג מסוים (כלומר, ידע רפואי, פסיכיאטרי, פסיכולוגי) ביחס למוסדות ולתפקודים החקוקים בהם (כלומר, החוק ביחס למומחה, לנאשם, לפושע המשוגע, וכדומה). הם נותנים לנו מפתח ליחסי הכוח, השליטה, המאבק, שמתוכם מופיעים ופועלים שיחים ("discourses"), ובכך מספקים חומר לניתוח פוטנציאלי של שיח...שיכול להיות הן טקטי והן פוליטי, ולכן אסטרטגי".
לאחר שנתיים, ב-1975, פרסם פוקו את ספרו "לפקח ולהעניש" ("Surveiller et punir: Naissance de la prison"), שנחשב במידה רבה כספרו השלם והמשפיע ביותר. בספר מתחקה פוקו אחר השינויים שהתחוללו בדרך בה חברות מענישות את מי שהן מגדירות כפושע. עם זאת, מטרת הספר אינה נעוצה בעבר, הצהיר פוקו, אלא בעיקר בהווה; כיצד נוצרו התנאים שאפשרו את טכנולוגיות הכוח שמופעלות על הגוף בהווה? כיצד הגענו ממצב של עינויים גופניים מזוויעים בעבר למצב של כליאה שקטה בהווה? ממצב שבו החברה ביקשה להעניש את הפושעים למצב בו החברה מבקשת "לתקן" אותם?
כשנה וחצי לאחר מכן, ב-1976, פרסם פוקו את הראשון מבין כרכי תולדות המיניות: "הרצון לדעת" ("Histoire de la sexualité, vol. 1 : La volonté de savoir"). פוקו שאף לערוך מחקר מקיף על המיניות זמן רב לפני הפרסום, וכל העת אסף לשם כך חומרים. על רקע מהומות הסטודנטים של 1968, ואידאולוגיות השחרור המיני שהבטיחו, קיבל המחקר משנה חשיבות. תולדות המיניות, בדומה ל"לפקח ולהעניש", הוא מחקר על "כוח" ועל האופנים בהם הוא מופעל בחברה. בעבודתו על בתי-הסוהר הראה פוקו כיצד חוצה הכוח את החברה כולה באמצעות תהליכים "דיסציפלינאריים" שממשמעים ומרסנים את הגוף. במחקר הנוכחי חקר הפילוסוף את המתקנים והעזרים אשר קישרו את המיניות למנגנונים ולרשתות של כוח. אך פוקו אינו מנסח עוד "היפותזה דכאנית", אשר מוכיחה עד כמה מדוכאת, מושתקת ומודחקת המיניות בחברה המערבית, אלא מעמיד אותה במבחן: "השאלה שברצוני להציג איננה מדוע אנו מדוכאים, אלא מדוע אנו אומרים, בלהט כה גדול, במרירות כה רבה כנגד העבר הקרוב ביותר שלנו, כנגד ההווה שלנו וכנגד עצמנו, שאנו מדוכאים?" דרך עיסוק בטכניקות של וידוי (דתי, פסיכיאטרי, פסיכולוגי, פדגוגי), והפיכת הווידוי מפרקטיקה דתית לפרקטיקה מדעית, בוחן פוקו את כינון הסובייקט ("subject") המודרני - על כפל המשמעות של המונח - כנָתִין מוכנע וכפּרט ייחודי.
פוקו צירף לספר את תוכנית המחקר העתידית שלו: חמישה כרכים הדנים במגוון נושאים, מסטייה, דרך היסטריה ועד גזענות. אף אחד מהכרכים הללו לא פורסם כמתוכנן. הספר התקבל, לדעת פוקו, בקבלת פנים צוננת ובחוסר הבנה. רק כשמונה שנים מאוחר יותר פרסם פוקו את ספריו הבאים - הכרך השני והשלישי של תולדות המיניות: "השימוש בתענוגות" ו"הדאגה לעצמי".
בשנת 2018 ראה אור בצרפת בהוצאת גאלימר הספר "וידויים של הבשר" מעזבונו של מישל פוקו. זהו החלק הרביעי של "תולדות המיניות".
שנים אחרונות.
בעשור חייו האחרון הרבה פוקו לבקר בארצות הברית ולהרצות בה. הוא הרצה בסטנפורד, ב-UCLA, בברקלי ובאוניברסיטאות נוספות, לעיתים בפני קהל של אלפים. בברקלי פגש את הפרופסורים פול רבינו (Rabinow) ויוברט דרייפוס (Dreyfus) שכתבו על משנתו ספר, וכללו בו מספר ראיונות עמו. בארצות הברית השתתף פוקו בחיי הקהילה ההומוסקסואלית והתנסה בסמים שונים. ככל הנראה שם הוא נדבק באיידס.
לא ברור עד כמה היה פוקו מודע למחלת האיידס שפרצה בו, אך הוא חשד בקיומה. בחורף האחרון לחייו סיפר לידידו דומזיל כי הוא חושב שיש לו איידס. בחודשיו האחרונים עבד ללא לאות ותוך קשיים רבים על שני ספריו האחרונים בסדרת תולדות המיניות למרות הבחילות וכאבי הראש העזים שתקפו אותו. ב-2 ביוני התעלף בדירתו ואושפז. בבית-החולים עוד הספיק לראות את הביקורות הראשונות על הספרים שאך פרסם. ב-25 ביוני מת כתוצאה "ממחלה הקשורה לאיידס", כפי שנכתב בתעודות הרפואיות. ייתכן כי ידע או שיער שחלה באיידס, אך הסתיר את חששותיו ממקורביו. לטענת בן זוגו, הידע המועט באותן שנים על המחלה, והשקרים הלבנים שסיפרו להם הרופאים על מצבו, גרמו להם לפסול את האפשרות הזו. רק כאשר זומן לאחר מותו של פוקו למשרד הנהלת בית-החולים, הבחין דפר כי על המסמכים רשום "סיבת המוות: איידס"; "כך גיליתי זאת...שם, בצורה כה אלימה, גיליתי את מציאות האיידס... גיליתי את מרחב הפחד החברתי שהסתיר כל דיווח אמיתי". למחרת מותו פרסם ידיד של הפילוסוף מאמר מחאה אנונימי בליברסיון נגד השמועה לפיה מת פוקו מאיידס: "אנו המומים מהשמועה הזדונית הזו... האם חייב פוקו למות בבושה".
יחסו לישראל.
פוקו היה פרו-ישראלי באופן כללי. במסגרת פעולותיו הפוליטיות עם מהגרים, ניסו פעילים ערבים להפנות לא אחת את המחאה נגד ישראל (רוב הפעילים הערבים ב"ועדת ג'לאלי" היו חברים גם בוועדות פלסטיניות). נקודה זו היוותה קושי עבורו גם ביחס לתנועות מאואיסטיות פרו-פלסטיניות שעימן היה בקשר, וגם ביחסיו עם הסופר ז'אן ז'נה, שהיה פעיל מאוד למען הפלסטינים, משום שסירב להשתמש במאבקים אותם ניהל כדי לתקוף את ישראל.
בחודש מרץ 1979 השאיל פוקו את דירתו בפריז עבור קוֹלוֹקְוִיּוּם ישראלי-פלסטיני, שאורגן על ידי עיתונו של סארטר, "זמנים מודרניים" (Les Temps Modernes). אף על פי שהפגישות נערכו בדירתו נעדר מהן פוקו במכוון, משום שלא רצה להשתתף בדיונים - דיונים אותם הגדירו משתתפי הכנס, סימון דה בובואר ואדוארד סעיד, כ"אסון".
אירוע אחר, הקשור בעקיפין לישראל, התרחש קודם לכן, בעת שהותו בתוניס; פוקו היה עד לגל הפגנות נגד המשטר ביוני 1967, שבמהלכו התרחשו פרעות בסוחרים יהודים בתגובה למלחמת ששת הימים, בהשתתפות סטודנטים מהשמאל. על האירועים כתב פוקו לידידו קונגיים: "לפחות 50 הצתות. 150 או 200 חנויות שנבזזו - העניות ביותר, כמובן. המחזה הנצחי של בית כנסת הרוס, שטיחים נגררים לכביש, מגולגלים, בוערים; אנשים רצים ברחובות, מוצאים מקלט בבניין שההמון מבקש להעלות באש. ואחר כך שקט, התריסים מוגפים (...) לאומנות יחד עם גזענות מצטרפות יחד למשהו מרושע במיוחד. ואם אתה מוסיף לכך את העובדה שבגלל השמאלנות שלהם, הסטודנטים נתנו לכל זה את ידם (וקצת יותר מיד), אתה חש צער עמוק, אתה שואל את עצמך מהי אותה עורמה (או טיפשות) של ההיסטוריה, שבזכותה יכול המרקסיזם לחולל את זה (ולספק לזה את אוצר המילים)". באותו מכתב, אגב התמודדות על משרה אוניברסיטאית מול יהודי שהיה בעברו לוחם תנועת ההתנגדות הצרפתית, התוודה פוקו שאינו מסוגל להתנגד ליהודי אפילו אם ההתנגדות היא רק במסגרת המשחק האקדמי.
הגותו.
חוקרי פוקו מחלקים את תחומי העיסוק המרכזיים של הגותו לקטגוריות "כוח ומוסדות", "כוח/ידע", "שיח", "הגוף והמיניות" ו"חקירת הסובייקט".
יחסי כוח ומוסדות.
פוקו ראה בכוח משהו שמבוצע, ולא משהו שאוחזים בו. הכוח, על-פי פוקו, מתפקד בצורת שרשרת או רשת של יחסי כוחות הפזורים בחברה, ולא מערך יחסים של מדכא/מדוכא. פוקו טען שיחסי כוח הם יחסים של כוח והתנגדות. כלומר, במקום שאין בו התנגדות, אין למעשה יחסי כוח.