אדוארד סימור התמודד עם התנגדות שהיה לו קשה יותר לעמוד מולה מצדו של אחיו, תומאס סימור. כדודו של אדוארד, דרש תומאס סימור להיות האפוטרופוס של המלך הצעיר ולקבל חלק משמעותי יותר בשלטון. אדוארד סימור ניסה לקבל את שיתוף הפעולה של אחיו באמצעות הענקת תואר ברון, מינויו כלורד הראשון של האדמירליות ומושב במועצה המלכותית. אך תומאס היה נחוש בדעתו להשיג את כוח השליטה. הוא החל לנסות להסית את אדוארד כנגד המועצה וכנגד אדוארד סימור, אך המלך, שחונך להיות כנוע לדבר המועצה, לא שיתף איתו פעולה. באביב 1547, כשהוא עוקף את התנגדותו של אחיו תוך שימוש בתמיכתו של אדוארד, התחתן תומאס בחשאי עם אלמנתו של הנרי השמיני, קתרין פאר, שבני ביתה הפרוטסטנטים כללו את ג'יין גריי בת ה-11 ואת אליזבת בת ה-13.
בקיץ 1548 גילתה קתרין פאר, שהייתה אז בהריון, את תומאס סימור מחבק את אליזבת. כתוצאה מכך, הורחקה אליזבת מביתה של קתרין והועברה לחסותו של אנתוני דני (Anthony Denny). בספטמבר אותה שנה מתה קתרין בלידתה ותומס סימור החל מיד לחדש את כוונותיו כלפי אליזבת על ידי שליחת מכתב אליה בו תכנן להינשא לה. אליזבת הייתה פתוחה להצעה, אך כמו אחיה, היא לא הייתה מסוגלת להסכים לכל הצעה שלא תאושר על ידי המועצה. בינואר 1549 הורתה המועצה לעצור את תומאס סימור באשמות שונות, כולל מעילה במטבעה של בריסטול. בסופו של דבר לא נמצאו הוכחות לבגידה מצדו של תומאס סימור אך הוא הואשם בפשעים אחרים והוצא להורג בעריפה ב-20 במרץ 1549.
מלחמה.
מיומנותו הבלתי מעורערת של אדוארד סימור הייתה יכולתו הצבאית, שאותה הוא הוכיח במסעות המלחמה לסקוטלנד ובהגנה על בולון-סור-מר ב-1546. מלכתחילה, האינטרס העיקרי שלו היה המלחמה נגד סקוטלנד. לאחר הניצחון המזהיר בקרב פינקי קלף (Battle of Pinkie Cleugh) בספטמבר 1547 הוא הקים רשת של מחנות בסקוטלנד, שהשתרעה צפונה עד לדנדי. הצלחתו הראשונית איבדה את התנופה שלה, מאחר ששאיפתו לאחד את כתרי שתי המדינות הפכה להיות לא מציאותית. הסקוטים כרתו ברית עם הצרפתים, ששלחו תגבורות להגן על אדינבורו ב-1548. בעוד שמרי, מלכת הסקוטים הועברה לצרפת, שם היא אורסה ליורש העצר. העלות של החזרת הצבאות הגדולים והמחנות בסקוטלנד, הייתה לנטל כבד על הקופה המלכותית. התקפה צרפתית על בולון באוגוסט 1549 אילצה את סימור להתחיל את הנסיגה מסקוטלנד.
מרד.
בשנת 1548 הייתה אנגליה נתונה לאי שקט חברתי. לאחר אפריל 1549 פרצה סדרה של מרידות אלימות, שלובו בתלונות על רקע חקלאי ודתי. שתי מרידות רציניות, הצריכו התערבות צבאית לדיכויין. אחת מהן הייתה בדבון ובקורנוול והשנייה בנורפוק. הראשונה, שנקראת לעיתים, "מרד ספר התפילות" (Prayer Book Rebellion), התעוררה בעיקר על רקע הנהגת התפילות בשפה האנגלית, והשנייה, שהונהגה על ידי סוחר בשם רוברט קט (Kett), התעוררה עקב פלישתם של בעלי קרקעות לאדמות מרעה משותפות. הבט משותף של אי השקט החברתי הייתה העובדה שהמפגינים האמינו שהם פועלים באופן לגיטימי, בתמיכתו של סימור, כנגד בעלי הקרקעות, שאותם הם ראו כמפירי חוק.
אותה הצדקה למרידות נשמעה בכל רחבי אנגליה, לא רק בנורפוק ובמערב. המקור לדעה הציבורית על סימור כתומך במרידות, מקורה בהכרזות שלו שנשמעו לעיתים ליברליות, וכן עקב פעולותיהן הבלתי מתואמות של הוועדות שהוא שלח ב-1548 וב-1549 כדי לחקור תלונות על נושא הקרקעות.
ללא כל קשר לדעה הציבורית על סימור, האירועים הרי האסון של 1549 נתפסו ככישלון של הממשלה והמועצה הניחה את האשמה לפתחו של סימור.
נפילתו של סימור.
השתלשלות האירועים גרמה להדחתו של סימור. ב-1 באוקטובר 1549 הוזהר סימור ששלטונו עומד בפני איום רציני. הוא פרסם מנשר הקורא לעזרה ונסוג יחד עם אדוארד בבטחה לטירת וינדזור, שם חש המלך "כמו אסיר". בינתיים פרסמה המועצה פרטים על הכשלים של ממשלתו של סימור. הם הבהירו שכוחו של סימור נסמך עליהם, לא על הוראות הצוואה של הנרי השמיני. ב-1 באוקטובר הורתה המועצה לעצור את סימור והמלך הועבר לארמון ריצ'מונד. בפברואר 1550 החל ג'ון דאדלי להתבלט כמנהיג המועצה, ולמעשה, כיורשו של סימור. למרות שסימור שוחרר ממעצרו וחזר למועצה, הוא הוצא להורג בינואר 1552 לאחר שהואשם במזימה להפיל את שלטונו של דאדלי. אדוארד ציין את מותו של דודו ביומנו במילים: "ראשו של הדוכס מסומרסט נערף בגבעת מצודת לונדון בין השעה שמונה לשעה תשע הבוקר".
תקופת העוצרות של ג'ון דאדלי.
בניגוד לסימור, יורשו, ג'ון דאדלי, נחשב בעבר על ידי ההיסטוריונים כתחבולן שניצל בציניות את מעמדו כדי להעשיר את עצמו על חשבון הכתר. מאז שנות השבעים של המאה ה-20, החלו הישגיו המנהליים והכלכליים של דאדלי לקבל הכרה וההיסטוריונים החלו להבין את חלקו בהשבת הסמכות של המועצה המלכותית ובהחזרת כוחה של הממשלה לאחר התקופה הרת האסון של העוצרות של סימור.
מתחרהו של דאדלי על תפקיד העוצר היה תומאס רוית'סלי, רוזן סאות'האמפטון, שתומכיו השמרנים כרתו ברית עם אוהדיו של דאדלי כדי ליצור מועצה שתדבר בפה אחד, שעל פי ציפיותיהם ועל פי הציפיות של משקיפים כמו שגריר האימפריה הרומית הקדושה, הייתה אמורה להוות ניגוד למדיניות הרפורמה הדתית של סימור. דאדלי, מצד שני, תלה תקוות באמונתו הפרוטסטנטית החזקה של אדוארד, ומתוך טענה שאדוארד כבר בוגר דיו כדי למשול באופן עצמאי, קירב את עצמו ואת אנשיו למלך. פאג'ט, שקיבל את תואר הברון, הצטרף לדאדלי כאשר הוא הבין שמדיניות שמרנית תרחיק את האימפריה הרומית הקדושה מתמיכה באנגליה בנוגע לבולון. רוית'סלי היה זה שהכין את התביעה כנגד סימור והוא איים לקשור בין מעשיו של סימור לבין דאדלי על מנת להכפיש את זה האחרון. כצעד נגד, שכנע דאדלי את הפרלמנט לשחרר את סימור, שאכן שוחרר ב-14 בינואר 1550 דאדלי ניקה מחשד את רוית'סלי ואת אנשיו לאחר שזכה בתמיכתם של חברי המועצה בתמורה להשבת תאריהם והוא מונה לתפקיד הלורד נשיא המועצה וכראש צוות משק הבית של המלך. למרות שרשמית הוא לא הוגדר כלורד פרוטקטור, מעשית הוא היה זה שעמד בראש הממשלה.
עם התבגרותו של אדוארד, הוא היה מסוגל להבין יותר ויותר את ענייני הממשל. יחד עם זאת מעורבותו המעשית בהחלטות הייתה נתונה לוויכוחים. כאשר מלאו לו 14 שנים, הוקמה מועצה מיוחדת שחבריה מונו על ידי אדוארד עצמו ופעם בשבוע הם נפגשו לעדכן אותו על עניינים חשובים.
דרך הפעולה של דאדלי הייתה שונה לחלוטין מזו של סימור. בהקפידו לוודא שהוא תמיד מקבל רוב בקרב חברי המועצה, הוא עודד את המועצה להיות פעילה כדי להצדיק את סמכותו. בהיעדר קשר הדם בינו לבין המלך, כמו שהיה לסימור, הוא הכניס למועצה חברים המקורבים לו. כמו כן הוא דאג שבני משפחתו יהיו חלק מסגל חצר המלכות. הוא הבין שכדי להיות דומיננטי, עליו לשלוט במועצה.
מדיניות המלחמה של דאדלי הייתה פרגמטית יותר מזה של סימור והוא ספג ביקורת על חולשתו. ב-1550 הוא חתם על הסכם שלום עם צרפת שעל פיו הוסכם על נסיגה מבולון ועל פינוי כוחות הצבא האנגלים מסקוטלנד. ב-1551 הוא הבין שאנגליה לא תהיה מסוגלת יותר לעמוד בהוצאה הכבדה שהייתה כרוכה בניהול מלחמות. בבית הוא דאג לרסן את אי השקט המקומי. כדי למנוע מרידות עתידיות, הוא החזיק נציגים קבועים של הכתר ברחבי הממלכה כולל קצינים (Lord Lieutenant) שעמדו בראש כוחות צבאיים ודווחו לממשלה.
דאדלי התמודד עם המצב הכספי החמור של הממלכה. יחד עם זאת, הוא נכנע לפיתויים שגרמו לירידת ערך המטבע. המשבר הכלכלי שנגרם כתוצאה מכך הוביל את דאדלי להעביר את היוזמה לתומס גרשם (Thomas Gresham) שהיה מומחה בתחום הכלכלי. ב-1552 הושב האמון במטבע הבריטי, המחירים ירדו והמסחר התאושש. למרות שהתאוששות כלכלית מלאה התחוללה רק בתקופת מלכותה של אליזבת הראשונה, ראשיתה במדיניותו הכלכלית של דאדלי. המשטר של דאדלי מיגר את תופעת המעילות בכספי הממשלה והנהיג התייעלות רחבה בשיטת גביית המיסים.
רפורמציה.
המדיניות הדתית לא השתנתה בין תקופת העוצרות של סימור לזו של דאדלי והיא המשיכה לדגול בתהליך רפורמציה נמרץ. למרות שהשפעתו של אדוארד על הממשלה הייתה מוגבלת, גישתו הפרוטסטנטית האינטנסיבית חייבה את הממשלה לדגול בפרוטסטנטיות. עלייתו לשלטון נעשתה בתמיכתם של חסידי הרפורמציה שהמשיכו לאחוז בשלטון במשך כל תקופת מלכותו. האיש שבו בטח אדוארד יותר מכל, תומאס קרנמר, הארכיבישוף מקנטרברי, הנהיג סדרה של רפורמות דתיות שחוללו מהפכה בכנסייה של אנגליה שהפכה להיות מקתולית לחלוטין לפרוטסטנטית הדוחה את סמכות האפיפיור. החרמת נכסי הכנסייה, שהחלה בימיו של הנרי השמיני, המשיכה בימיו של אדוארד, וכך זכתה הקופה המלכותית בהכנסות ניכרות. לפיכך, הרפורמה הדתית הייתה במידה רבה גם רפורמה פוליטית בימיו של אדוארד השישי. לקראת סוף תקופת מלכותו הייתה הכנסייה מרוששת מבחינה כלכלית, כשרוב רכושם של הבישופים הועבר לידיים אחרות.