יוסף מספר שבתחילת המרד, החליטו אנשי טבריה לשמור אמונים למלך ולא למרוד ברומאים, אולם יוסטוס הסית אותם למרד "כי אהב מהפכות" וקיוה לתפוס את השלטון בטבריה ובגליל, אלא שהגליליים "זכרו את הרעות אשר עשה להם לפני המלחמה" ולכן לא הסכימו שיהיה מפקדם. יוסף מתאר את לידתה של היריבות בינו לבין יוסטוס: "וכאשר הופקדתי אני על הגליל מטעם שלטון ירושלים הרגיזני יוסטוס פעמים רבות, עד כי עוד מעט והרגתיו, כי גדלה חוצפתו מנשוא". לטענתו, החשש מפני נקיטת צעדים כלפיו הביאה את יוסטוס לברוח אל המלך אגריפס. יוסטוס טען בספרו שהוא עצמו לא השתתף במלחמה ברומאים, ושבריחתו אל המלך אגריפס מעידה על כך. יוסף מגיב על הטענה ואומר שיוסטוס לא ברח אל המלך מתוך אהדה לרומא, אלא כיוון שפחד ממנו. יוסף מציין שהדברים על תקיפת הערים כתובים בספרי הזכרונות של הקיסר וגם בתלונת תושבי הדקאפוליס, שכאשר הגיע אספסיאנוס לעכו ביקשו ממנו להעניש את יוסטוס, כאחראי על אסונם. אספסיאנוס הורה לאגריפס להוציא אותו להורג ואגריפס ציווה להמיתו, אך בעקבות "תחנוניה המרובים" של ברניקי, המיר המלך את עונש המוות במאסר לזמן רב והעלים את הדבר מאספסיאנוס. יוסטוס כתב בספרו שיוסף הוא "רשע" ויוסף שואל אותו בתגובה, מדוע - על אף שכבר חס על חייו ואף העניק לו כסף רב - אסר אותו אגריפס לאחר מכן פעמיים ופעמים רבות הגלה אותו מטבריה. הוא מוסיף שלמרות "מעשי הנבלה" שלו, מינה אותו אחר כך אגריפס "למזכירו הסודי", אך סילק אותו כאשר גילה שהוא נוכל. אולם קשה להאמין שלאחר שכבר אסר אותו פעמיים ואף ציווה להמיתו, היה אגריפס ממנה את יוסטוס למזכירו. טענות דחוקות כל כך מוכיחות את גודל מצוקתו של יוסף בשל דברי יוסטוס. ייתכן והעובדה שיוסטוס עבר למחנה הנאמן לרומא עוד לפני שיוסף עבר למחנה הרומאי, הייתה גם היא נקודה קשה ליוסף להודות בה.
מכיוון שיוסף חוזר מספר פעמים על האשמתו את יוסטוס כאחד המסיתים הראשיים למרד ברומא, ניתן לשער שיוסטוס הצליח לפגוע בו בנקודה זו של הטלת האחריות למרד בגליל.
ב"חיי יוסף" חשוב ליוסף להדגיש את היוזמות המקומיות בביצור הגליל, כדי להראות שאת האשמה במרידת טבריה יש לתלות במנהיגיה.
לטענת יוסף, אחריותו שלו הסתיימה כאשר נשבה בידי הרומאים ועובדה היא כי טבריה לא נכנעה מיד אחר כך, אלא רק כאשר אספסיאנוס הגיע אל העיר, מתוך פחד מפני כיבושה בכוח.
מיד אחרי דבריו על טבריה ויוסטוס ב"חיי יוסף", מציג יוסף את יוחנן מגוש חלב לראשונה בפני הקוראים. הוא מאפיין אותו כשוחר שלום ומתרץ את כישלונו בריסון תומכי המרד בעירו, וזאת בסתירה להצגתו ב"מלחמת היהודים", שם הוא רשע מלכתחילה, ובסתירה גם לדבריו בהמשך ב"חיי יוסף", המציגים אותו כנבל. ייתכן ולקראת פרסום הספר "חיי יוסף", דאג יוסף בראשית דבריו על גוש חלב, לשפר את דמותו של יוחנן כדי להבליט את רשעותו של יוסטוס.
על פרסום הספרים.
יוסף מתפלא כיצד מעז יוסטוס לומר שסיפר טוב יותר על האירועים, וזאת בזמן שלא ידע מה התרחש בגליל, כי כבר היה עם אגריפס בביירות ולא יכול היה לדעת היטב מה התרחש במצור על יודפת. בדומה לכך, לא נכח במצור על ירושלים ולא קרא את כתבי הזכרונות של הקיסר, שהרי החיבור שלו נוגד את הכתוב בהם. מאזכור ירושלים משתמע שספרו של יוסטוס הקיף את כל המלחמה, כולל המצור על ירושלים. יוסף טוען שספרו של יוסטוס נכתב 20 שנה לפני שפורסם, ויוסטוס עיכב את הוצאתו לאור עד לאחר מותם של אספסיאנוס, טיטוס ואגריפס ובני משפחתו, כדי שלא יהיה מי שיזים את דבריו. ניתן להציג את פרסומו המאוחר של ספרו של יוסטוס כיתרון, שכן יכול היה לכתוב ללא פחד, אולם קשה לומר שתקופת דומיטיאנוס הייתה נוחה יותר לפרסום ספרו, מאחר שלקיסר זה היה יחס עוין ליהודים וליהדות. אך מכיוון שאספסיאנוס וטיטוס היו פטרוניו של יוסף, סביר יותר כי לאחר מותם היה יוסטוס חופשי יותר לכתוב את טענותיו נגד יוסף. ניתן ללמוד מכך שיוסטוס לא החניף לקיסר ולאגריפס ולכן לא הוציא את ספרו בחייהם, בשל הסכנה לחייו. יוסף מספר שטיטוס "חתם בידו" את ספרו וציווה להפיץ אותו. סביר שכדי לקבל את הסכמתו, היה מוכרח להסתיר בספר כל דבר שעלול להעליב את הרומים, דבר שיוסטוס לא נאלץ לעשות.
יוסף מספר שבאחד המכתבים שקיבל מאגריפס, הזמין אותו המלך לבוא אליו, כדי שיספר לו "כמה דברים שאינם ידועים לאיש". בכך בעצם אגריפס רמז ליוסף שאינו מסכים לדבריו בכל הפרטים. יוסף טוען שבדברים אלה, אגריפס לא החניף לו וגם לא התל בו כפי שטען יוסטוס.
השמצתו של יוסטוס את יוסף כמורד ברומאים, העמידה אותו תחת התקפות משני הצדדים: גם על בגידתו ביהודים וגם על מרידתו ברומאים. אולם על אף שההאשמה השנייה אמינה באותה מידה, היא כמעט ואינה מושמעת עוד.
יוספוס כהיסטוריון.
הערכתו העצמית של יוספוס את עצמו כהיסטוריון.
בהקדמה ל"מלחמת היהודים" מצהיר יוספוס שהוא מתכוון להפר את "נוהג הכתיבה ההיסטורית" על ידי ביטוי רגשותיו:
גם ההיסטוריונים ההלניסטיים קוננו על מצוקתה של מולדתם ואפילו אצל האובייקטיביים ביותר ניתן למצוא וידויים על אהבת מולדתם ומתיחת ביקורת על בני ארצם: תוקידידס מונה עשרות אסונות חסרי תקדים במלחמת הפלופונס, פוליביוס מודיע במקום מסוים על נטישת "הסגנון היאה להרצאת אירועי ההיסטוריה" ומגנה בריתות ערים ביוון שהמיטו אסון על יושביהן, ודיודורוס סיקולוס מבַכֶּה את קורותיה של ארצו בשנת 146 לפנה"ס כאסונות קיצוניים חסרי תקדים בהיסטוריה. אולם להצהרה זו של יוספוס אין מקבילה אצל אף אחד מן ההיסטוריונים מהעת העתיקה שכתביהם הגיעו אלינו. אף לא אחד מהם מודה בפתיחוּת רבה כזו בדעה המוקדמת שבלבו נגד אחד הגורמים הראשיים בעלילה ההיסטורית המגוללת בספרו. ההיסטוריונים בעת העתיקה השקיעו מאמצים רבים כדי להסתיר היעדר אובייקטיביות כזה, ויוספוס מבקש משום־כך מן הקורא להתעלם מן השנאה המוצאת את ביטויה בדבריו ולהתייחס רק אל העובדות.
כמו היסטוריונים גדולים אחרים בעולם היווני והרומי, גם יוספוס עצמו נדרש לאמינותו שלו כהיסטוריון. משום כך הצהיר הצהרות רמות על אמינות כתביו וחתירתו לחקר האמת, הכוללות גם דברי שבח על עצמו. הצהרות אלו מלמדות שהוא היה ער לאפשרות שעלולים להתקיפו בעניין זה.
יוסף מציין כי רבים כתבו ספרים על מלחמת היהודים עם הרומאים, אך טוען כנגדם כי לא ביקרו במקומות בהם התרחשה אלא רק כתבו דברים על פי שמועה וללא בושה קראו להם בשם "היסטוריה". הוא רואה בנוכחותו באירועים נקודת זכות היות שכתב רק על מה שראו עיניו ומה ששמע מיד ראשונה, עניין שנחשב בזמנו כאחד התנאים ההכרחיים להיחשב כהיסטוריון טוב. תוקידידס כתב על כך לראשונה, וממשיכיו אחריו. וכך מעיד יוספוס: "אולם אני כתבתי על המלחמה כולה ועל כל מאורעותיה בפני עצמם ספר אמת, כי ראו עיני את כל המעשים בהיותי ראש צבא האנשים הנקראים בקרבנו בשם הגליליים". הוא מוסיף שגם לאחר מכן, כאשר היה שבוי מלחמה ונשלח עם טיטוס למצור על ירושלים, היה בעצמו עד לאירועים ולא נעלם שום דבר מידיעתו: הוא כתב את שראו עיניו במחנה הרומאים ואת דבריהם של הבורחים מירושלים שמע בעצמו. הוא מספר כי העניק את הספר בתחילה לאספסיאנוס וטיטוס, אך לאחר מכן גם ליהודים רבים "משכילים בחכמה יוונית", שהעידו, לטענתו, כי הקפיד לכתוב את האמת ולא היו שותקים אם היה מסלף או מעלים עובדות, בין אם בשגגה או מתוך רצון למצוא חן בעיני זרים.
עם זאת, יוסף מגלה כי ספרו קיבל גם ביקורת קשה מאנשים אחדים, שאף לעגו לו באומרם שהוא "כדמות ספר-חינוך לתינוקות של בית הספר", וטוען כי מדובר ב"שטנה מוזרה ודיבה רעה". הוא מוסיף וטוען שאפילו אם יאמרו הסופרים המבקרים כי גם הם קראו את ספרי הזיכרונות של הקיסרים, הרי לא יכלו לדעת, כמוהו, את כל הפרטים על האירועים שקרו, הן אצל הרומאים והן אצל היהודים.
אותם ספרי זיכרונות הם הקומנטרים הקיסריים (ההיפוֹמְנֶמָטָה). ייתכן ומדובר בספר זיכרונות שכתב אספסיאנוס, אולם סביר יותר שמדובר בדוחו"ת-שדה של המפקדים הצבאיים. יוסף טוען כי גם אם מבקריו טוענים שקראו את הקומנטרים של המפקדים, הרי לא הכירו לעומק את הצד שנגדו המפקדים נלחמו - היהודים. הקומנטרים הללו נזכרים בחיבוריו של יוסף 3 פעמים. אין ספק שהם היו לנגד עיניו, במיוחד בעת כתיבת "מלחמת היהודים", אם כי בספר זה אין הוא מזכיר אותם כלל. ייתכן והסיבה לכך הייתה רצונו להדגיש את מעמדו כמחבר שהוא עד ראייה ולא קומפילאטור בלבד המסתמך על עדותם של אחרים, במיוחד לאחר שבפתיחת הספר ביטא את דעתו לגבי כתיבת היסטוריה: "לא כל המשנה את התוכנית ואת הסדר בדברי אחרים נקרא זריז, כי אם המספר דברים חדשים ומוסיף על גוף ההיסטוריה בניין משלו".
סגנונו.
מראשיתה של כתיבת ההיסטוריה ביוון הקלאסית, השתמשו היסטוריונים בנאומים ששמו בפי אישים שעליהם כתבו. אמצעי זה נועד כדי להתעמק במניעי מעשיו של הדובר ולהוסיף צבע לתיאור המתרחש. רוב הנאומים שחיבר יוספוס ב"מלחמת היהודים" שקולים ברמת התחכום והמורכבות שלהם לאלה שבכתביהם של טובי ההיסטוריונים בעת העתיקה.
הערכת ההיסטוריונים את כתביו.