ספרים בעלי גוון פוליטי שנמצאים בידיים פרטיות נתפסו אף הם איום בעיני לי סה, מאחר שהם מעודדים מתיחת ביקורת על הממשל, ומלבים שיח מרדני. לגישתו היו בקטגוריה זו כל ספרי ההגות, מלבד ספרים בנושאי רפואה, חקלאות וניבוי. לי סה גרס כי ספרים בעלי אופי פוליטי צריכים להימצא ברשות הממשל בלבד, וכי גם הכשרת הוגים פוליטיים צריכה להיות בשליטת המדינה. לפיכך כתב הוא עצמו בשנת 213 לפנה"ס את הצו המורה על השמדת הרישומים ההיסטוריים והספרות, בכללם טקסטים קונפוציאניים שלתפיסתו היו הרסניים לרווחת המדינה. במסגרת מאורעות "שריפת הספרים וקבירת הקונפוציאנים" (焚书坑儒) שהוביל, אף נקברו בעודם בחיים 460 מלומדים קונפוציאנים בבירת האימפריה, עקב התנגדות לצו. כדי לייצר הרתעה, הופצה הידיעה על המאורעות הופצה ברחבי האימפריה, ונידונים רבים סולקו אל אזורי גבול ואל אזורי החומה הגדולה.
בנו של הקיסר, פֿוּסוּ (扶蘇), עוד העז למחות על נוקשותו של שלטון אביו, וזה בתגובה הגלה אותו לצפון תחת פיקוחו של המצביא מֶנְג טְייֵן (蒙恬), והטיל עליו להדוף את הברברים, ולעסוק בבניית החומה הגדולה.
מותו של הקיסר וחילופי השלטון.
בשנת 210 לפנה"ס חלה צ'ין שה-חואנג בעת חזרה ממסע מחוץ לצ'ין, ומת במהלך המסע. לפני מותו הכתיב הקיסר צו בו נתן הוראות לגבי קבורתו ואף הורה להעביר את הפיקוד על הצבא למנג טיין. מאחר שמנג טיין שימש כל העת בשירותו של הנסיך הבכור פֿוּסוּ עת היה זה בגלותו בצפון, משמעות ההוראה הייתה שהכוח בפועל, ועמו השלטון, עוברים לידי פֿוּסוּ. אולם הקיסר מת לפני שהמכתב ניתן בידי שליח, וכך נשאר הצו בידיו של בידי הסריס הראשי גָ'או גָאו (趙高), אשר ביחד עם לי סה ליווה אותו במסעו. ג'או גאו היה מסוכסך עם משפחתו של מנג, כך שהיו לו את כל הסיבות לסכל את הגעתו לעמדות כוח, וכך החל מיידית לסכל את עלייתו לשלטון של פֿוּסוּ ולפעול להמלכת תלמידו שלו: הנסיך חוּהָאי (胡亥), בנו הצעיר של הקיסר והיחיד מבין בניו שליווה את הקיסר במסעו האחרון. הוא פנה לשכנע את חוהאי לתפוס את המלוכה בטענה כי עם עלייתו לשלטון של פֿוּסוּ, ימצא עצמו חוהאי ללא נחלה משלו, אולם זה לא מיהר לקבל על עצמו את התפקיד. בצניעות קונפוציאנית סירב חוהאי בתואנות שונות לקבל את המלוכה, ביניהן העובדה שאביו עצמו לא חילק נחלות ועמדות שלטוניות לבניו, שיש לכבד את האח הבכור ושהאבל על אביו עוד לא הסתיים, אולם ג'או גאו הדף את טענותיו, והאיץ בו לפעול כל עוד הזמן מאפשר זאת.
כאשר השתכנע חוהאי, הציע ג'או גאו לפנות ללי סה כדי להבטיח את הצלחת המזימה. בתחילה סירב לי סה בתקיפות לחרוג מסמכותו, אולם לאחר ניסיונות שכנוע ארוכים השתכנע לי סה שאי שיתוף פעולה משמעו סכנה למדינה, סכנה לעצמו וסכנה למשפחתו - אם היה פֿוּסוּ עולה לשלטון כנראה היה לי סה מאבד את תפקיד ראש הממשלה לטובת מֶנְג טְייֵן, ייתכן שהיה מוצא להורג, ואף בניו ונכדיו של לי סה שזכו למשרות היו נפגעים מכך.
עם החזרה לעיר הבירה, שמרו השלושה בסוד את דבר מותו של הקיסר, בעוד ג'או גאו מסתיר את מכתבו האחרון של הקיסר הראשון שיועד לפֿוּסוּ והופקד בידיו. לי סה וג'או גאו שכנעו את פֿוּסוּ כי הקיסר הוציא צו שמורה לו להתאבד, וממנה במקומו את הנסיך חוהאי ליורש עצר. היו בין יועציו של פֿוּסוּ שחשדו כי הצו מזויף, ביניהם גם מנג טיין, אולם פֿוּסוּ בחר בהתאבדות, בין אם מתוך תמימות או מתוך הבנת הסיכון שבהתנגדות. כך עלה לשלטון הנסיך חוהאי, בתור הקיסר צִ'ין אָר שְׁה (229-207 לפנה"ס), מנג טיין נעצר, ג'או גאו מונה למנהל הראשי של הארמון ולי סה שמר על משרתו בראשות הממשלה.
התרחקות מהקיסר.
במהלך כהונתו החמיר הקיסר צ'ין אר שה את הענישה, החליף את ראשי הממשל באנשיו, ויזם מפעלי בניה. החמרת הענישה וחיסול אנשי הממשל הקודם על כל משפחתם, אשר בוצעו בעצת ג'או גאו, יצרו חרדה בקרב עובדי הציבור והניעו אותם למרוד, והמיסוי הכבד ועבודות הכפיה הרבות שדרשו מפעלי הבניה יצרו אי יציבות גם בקרב הציבור הרחב. ראש הממשלה לי סה, המשנה לראש הממשלה פֶנְג צ'וּ'גִ'י (馮去疾) ואחרים ניסו לייעץ לקיסר לעכב את העבודות ולהקל את העול, אולם הקיסר סירב.
לעומת אלו, גָ'או גָאו דווקא הצליח להרחיב את השפעתו בממשל: הוא שיכנע את הקיסר החדש למנות את מקורביו למשרות בממשל, והקיסר החדש התבסס יותר ויותר על ג'או גאו עצמו, בין השאר משום שראה בו מורו ומחנכו. עם הזמן ג'או גאו אף הצליח להשתלט לגמרי על הגישה לקיסר: הוא שיכנע את הקיסר כי גילו הצעיר וחוסר ניסיונו עלולים להביך אותו אל מול השרים ולשדר חולשה, וכפתרון הציע לו להסתגר בארמון ולקבל החלטות רק לאחר התייעצות עם ג'או גאו עצמו, המנוסה ממנו בענייני החוק. לג'או גאו היה אינטרס מובהק בכך: רבות מן ההוצאות להורג עליהן הורה ג'או גאו היו כאלו שבוצעו מטעמי נקמה אישית בלבד, והוא חשש כי הדברים יגיעו לידיעתו של הקיסר במסגרת פגישותיו עם שריו.
עם התבססותו בארמון ועם ניתוק הקיסר מן השרים נודע לג'או גאו שלי סה אינו רואה בעין יפה את ההתפתחויות בחצר הקיסרית, והוא פנה להיפטר מן ההתנגדות. ראשית עודד את לי סה להטיף לקיסר בנוגע לטיפול שגוי בפורעי חוק, בטענה שהוא עצמו אינו בעל סמכות מספיקה לשכנע את הקיסר בנושא. לאחר מכן, מאחר שהקיסר הפסיק לפגוש את שריו, התנדב ג'או גאו לעדכן בחשאי את לי סה כאשר הקיסר פנוי, כך שיוכל לבוא אליו. ואכן עידכן ג'או גאו את לי סה, אך הקפיד לעשות זאת בתזמונים שהביכו את הקיסר והציגו אותו כמי שתמיד מתבטל. מאחר שהקיסר ייחס את התזמונים המשפילים ללי סה עצמו, פיתח טינה כלפיו, וג'או גאו ניצל את ההזדמנות, ובהתייעצויות ביניהם ליבה את האיבה של הקיסר: הוא הציג את לי סה כשותף בקנוניות, כמשתף פעולה עם מורדים ממדינת מוצאו בדרום, וכרודף שררה על חשבון הקיסר. הקיסר השתכנע, אולם את הטענות לגבי שיתוף פעולה עם מורדים החליט לבדוק על ידי שליחת חוקרים למפקדה בדרום בו שימש לִי יוּאוּ, בנו של לי סה, כמפקח.
לי סה גילה את דבר החקירה, הבין את המזימה של ג'או גאו, ומיהר לשלוח לקיסר מזכר שתוקף ישירות את ג'או גאו ומזהיר משאיפותיו, מחמדנותו, ומהשתלטותו על כס השלטון. אולם הקיסר הגן בלהט על ג'או גאו, טען כי מדובר באדם ישר ומבריק שהוא עצמו קידם על בסיס כישוריו, ולבסוף, מתוך חשש שלי סה יפעל נגדו, אף שיתף את ג'או גאו בכתב ההאשמות. ג'או גאו ניצל את הסיטואציה הציג עצמו כמכשול האחרון בדרכו של לי סה להשתלט על המלוכה, וטען כי זו הסיבה שלי סה מעוניין להיפטר ממנו. הקיסר השתכנע, והפקיד את ג'או גאו לטפל בעניינו של לי סה.
כאשר שבו חוקריו של הקיסר מהדרום עם הידיעה כי לי יואו נהרג על ידי המורדים, היה לי סה כבר במעצר, וג'או גאו מיהר לפזר אותם איש לדרכו.
מותו.
במסגרת חקירותיו של ג'או גאו את לי סה בשנת 209 לפנה"ס, הושמו לי סה וכל קרובי משפחתו עד דרגה שלישית במאסר בעוון בגידה. במצב זה היה גָ'או גָאו חופשי לענות את לי סה, והוא התעלל בו עד שהודה בפשע. מאוחר יותר לי סה ניסה לשלוח מזכר לקיסר שבו הוא מציין את תרומתו הנרחבת לממשל צ'ין וטוען שאם אלו אינם חטאים, אז הרי הוא חף מפשע. אולם ג'או גאו הנחה את הסוהר שקיבל את המזכר לזרוק אותו, מאחר ש"אסירים אינם רשאים להגיש מזכר לקיסר".
לפני גזירת עונשו, הקיסר שלח חוקרים לאמת את ההודאה של לי סה. ג'או גאו התכונן לכך מראש, ובכל התקופה שקדמה להגעתם שלח את אנשיו להתחזות לחוקרים ולתשאל את לי סה, ואם התכחש להודאתו וניסה להיצמד לאמת הם היו מכים אותו. כאשר הגיעו חוקריו של הקיסר לבסוף, חשב לי סה שמדובר שוב בחוקרים שיכו אותו, ושוב הודה באשמה. הקיסר מצדו קיבל בשמחה את כתב ההודאה ופסק הדין, ושיבח את ג'או גאו על שהציל אותו מבגידה של ראש הממשלה.
בשנת 208 לפנה"ס הטיל גָ'או גָאו על לי סה את חמשת העונשים (קעקוע פנים, כריתת אף, כריתת רגל, סירוס והוצאה להורג), וכדי להגדיל את הסבל, נידון גם בנו השני לגורל זהה. עם תום העינויים, בוצעה ההוצאה להורג בטכניקת חיתוך מותן (腰斩) במרכז השוק של צ'ין. לאחר מכן אף חיסל את כל קרובי משפחתו עד דרגה שלישית. כך מצא לי סה את מותו בעונשים שהוא עצמו קבע בחוק. על פי רשומות ההיסטוריון, מילותיו האחרונות של לי סה לבנו השני היו: "הלוואי שיכולתי שוב ללכת איתך לקחת את הכלב החום ולצאת מהשער המזרחי של שָׁאנְג צָאי לרדוף אחר הארנבת הערמומית. אך איך הדבר ייתכן?".
לאחר מותו של לי סה מונה תחתיו ג'או גאו לראש הממשלה. הוא המשיך לבודד ולהחליש פסיכולוגית את הקיסר השני, עד שלבסוף הורה לו להתאבד ולקח לעצמו את השלטון. אולם עקב סימנים מבשרי רע וחוסר שיתוף פעולה של השרים ויתר לבסוף על השלטון, והעביר אותו לדְזְה יִינְג, אחיו הצעיר של הקיסר הראשון. דזה יינג, שהבין את הסיכון, וידא שיתנקשו בג'או גאו, ואף חיסל את כל קרובי משפחתו עד דרגה שלישית. שלושה חודשים לאחר מכן כבר נכנעו הקיסר ומשפחתו לצבאו של לְיוֹ בָּאנְג, מייסד שושלת האן, והושמו במעצר, ובהמשך חוסלו כולם על ידי יריבו, שְׂיָאנְג יוּ', וכך בא הקץ על שושלת צ'ין.
הישגים.