כבר בקיץ 1941, בעזרת השלטונות ההונגריים, גורשו 16–18 אלף יהודים שהוגדרו על ידי השלטונות ההונגריים כ"חסרי מולדת" יהודים בעלי "אזרחות לא מוסדרת" לגליציה שהייתה כבר כבושה על ידי גרמניה הנאצית. הגירוש התרחש בתנאים לא אנושיים (בקרונות בקר, כמעט ללא אספקה כלשהי). המטרה לכאורה (כפי שנטען בצביעות) הייתה להעביר את "חסרי המולדת" לאוקראינה, שנכבשה בחלקה על ידי כוחות הונגרים. עם זאת, רוב המגורשים בסוף אוגוסט שנת 1941 נשחטו על ידי יחידות אס אס ומיליציה אוקראינית שהוצבו ליד קמניץ-פודולסקי. במה שנקרא היום הטבח בקמניץ-פודולסקי. כאלפיים עד שלושת אלפים שהצליחו לברוח בחזרה להונגריה סיפרו על הטבח. הטבח תועד במצלמה בהסתר על ידי יהודי הונגרי ששירת בצבא ההונגרי כנהג משאית (בשל מחסור בנהגי משאיות גם יהודים אחדים גויסו למטרה זו) בשם דיולה שפיץ שבסופו של דבר מצא את מותו במחנה הריכוז מאוטהאוזן. בשל הלחץ מצד העיתונות ההונגרית, הופסקו גירושים נוספים ב-8 באוגוסט, כשלושה שבועות לפני תחילת הטבח. זה היה ככל הנראה הטבח הראשון בשואה בו מספר הקורבנות היה בעל חמש הספרות.
מיד לאחר הכיבוש הגרמני בהונגריה, החל ריכוז היהודים בגטאות, הם חויבו לענוד את הטלאי הצהוב, ולבסוף, באפריל 1944, החלו הגירושים בעזרת האדמיניסטרציה והז'נדרמריה ההונגרית. עד יולי 1944 גורשו 445 אלף יהודים אזרחי הונגריה, מהם 437,402 איש לאושוויץ בירקנאו. ממשלת הונגריה לא ביקשה מהגרמנים שום תיעוד לגביהם.
יש להזכיר כאן כי ב-10 באפריל 1944 ברחו רודולף ורבה ואלפרד ווצלר, שני יהודים, ממחנה ההשמדה אושוויץ. כשהגיעו לז'ילינה (שבסלובקיה), הם יצרו קשר עם החוגים הציוניים המקומיים. עובד במרכז הציוני בברטיסלאבה שמע את דבריהם ב-25 וב-26 באפריל. על סמך זה הוכן דו"ח ורבה-וצלר שמכונה גם "פרוטוקול אושוויץ", אשר סיפק מידע על הרצח השיטתי של היהודים שקורה במחנה. הדו"ח נשלח גם לחוגים הציוניים באיסטנבול, בז'נבה, בלונדון ובבודפשט וכן למועצת היהודים של הונגריה. עם זאת, למגורשים חודש לאחר מכן לא היה מושג מה מצפה להם. ורבה ווצלר הסיקו אפוא, כי הפרוטוקולים שהם ערכו הושתקו על ידי אותם ארגונים. האמור לעיל קיבל חיזוק גם על ידי איש המחתרת הציונית יליד בודפשט ארנסט שטיין. לדבריו, ישראל קסטנר ממנהיגי ציונות הונגריה כרת עסקה של 1.5 מיליון דולר עם אדולף אייכמן להצלת 1685 יהודים (כולל בני משפחה, חברים, סופרים, אמנים, רבנים, מנהיגים ציוניים). "רכבת קסטנר" שהוא ארגן עזבה את בודפשט ב-30 ביוני 1944, ונוסעיו הגיעו שלמים לשווייץ דרך שהות של כחודש במחנה הריכוז ברגן-בלזן. שטיין טען כי קסטנר סירב להעביר את הפרוטוקול של ההסכם הנ"ל עם אייכמן. על פי מקורות מסוימים, גם מועצת היהודים הסתירה את המידע והעבירה את המידע הזה שהיה בידיה לגבי דו"ח ורבה-וצלר רק באמצע יוני ואלה הופצו לממשלה, לראשי הכנסיות ולהורטי עצמו. עם זאת, על פי מקורות אחרים, באמצע חודש מאי, התרגום ההונגרי של הפרוטוקול הגיע להורטי ולמנהיגי הכנסיות, כך שהם ידעו היטב על המתרחש. עם זאת, המנהיגות ההונגרית (ממשלה, צבא, ראשי הכנסיות) לא התבשרה על עובדת השמדת היהודים מפרוטוקולי אושוויץ אלא ידעה זאת כבר לכל המאוחר בשנת 1942. באוקטובר 1942 כל המתרחש כבר היו ידוע לעיתונאים שהיו מקורבים לממשלת הונגריה. דו"ח שהתקבל במשרד הפנים ההונגרי ב-7 באוקטובר 1942, דווח בבירור על השמדת יהודי פולין. טיוטת מכתבו של הורטי להיטלר, מיום 7 במאי 1943, מכיל את המשפט הבא: "תוכחתו וגערתו הנוספת של הוד מעלתך (כלומר היטלר) הייתה שהממשלה (ההונגרית) לא פעלה באופן המעמיק ביותר לביצוע השמדת היהודים (בהונגריה) כפי שנהגה גרמניה אצלה וכפי שזה היה נראה רצוי במדינות אחרות."
כתוצאה מהפלישה לנורמנדי, הגברת הלחץ על הונגריה ממדינות זרות ולדברי היסטוריונים אחדים גם בשל פרוטוקול אושוויץ, הורטי רצה להחליף את סגני השרים לענייני פנים לסלו באקי ולסלו אנדרה שארגנו את הגירושים בסוף יוני. בישיבת מועצת הכתר ב-26 ביוני הציע את הפסקת הגירושים. עם זאת, הם המשיכו בגירושים עד לפקודותיו המפורשות של העוצר שבסיוע כוחות צבא נאמנים לו - בפיקודו של הקולונל פרנץ קוסורוש - ביולי 1944 אסר את המשך גירוש יהודים מבודפשט.
בזמן ההשתלטות של מפלגת צלב החץ (15 באוקטובר 1944) על השלטון בהונגריה, לא היו יהודים בהונגריה למעט בבודפשט ובפלוגות שירות העבודה, כמעט כולם גורשו ונרצחו מהאזורים הכפריים ומערי השדה. בבירה היו עדיין כ-200 אלף יהודים ועוד כמאה אלף בפלוגות שרות העבודה. כל אלה המתינו בפחד מה יביא שלטון צלב החץ. הקבינט של פרנץ סלשי התחייב כלפי גרמניה להמשך הברית של הונגריה עם גרמניה הנאצית ולהמשך המלחמה. כך לבקשת גרמניה 50 אלף יהודים נוספים גורשו והיהודים שנותרו בבירה ננעלו בגטו, שם נרצחו עוד אלפים. כשמונת אלפים יהודים נוספים נרצחו בבודפשט, ותשעת אלפים נוספים נהרגו בהפצצות בעלות הברית, ברעב, במחלות או התאבדו.
בשנים 1944–1945 הושמדה כ-70% מיהודי הונגריה כ-600,000 איש. (מפקד האוכלוסין בשנת 1941 העמיד את מספר היהודים בהונגריה על 861,000. ניתן להעמיד את מספר הניצולים על 255,000). גם כמחצית מיהודי בודפשט, כ-100,000 איש, קיפחו את חייהם במחנות מוות מחוץ לאדמת הונגריה או במהלך טרור צלב החץ בבודפשט. את הישרדותו של החלק האחר של יהדות בודפשט ניתן לייחס בעיקר לפעולות הצלה מאורגנות (מחתרת תנועות הנוער הציוניות שהצילו כ-15,000 צעירים שנשלחו לארץ ישראל) וספונטניות. כמה דיפלומטים זרים (ראול ולנברג, עובד השגרירות השוודית וקרל לוץ, שגרירות שווייץ) ואחרים וכן מעטים מהאוכלוסייה ההונגרית וכמה עשרות חסידי אומות עולם הונגרים לקחו חלק גם בהסתרתם ובהצלתם של הנרדפים.
אחרי 1945.
כמה ניצולי שואה עלו לישראל או היגרו לארצות הברית ולמדינות נוספות, אך מספר לא מבוטל בחר להישאר בהונגריה. במהלך שנות הסטליניזם, בלחץ המדינה האתאיסטית, חיי הדת נסוגו והפעולות האנטי-ציוניות הפכו לרציפות. הדת הייתה מוגבלת רק לטקסים לזכר הקורבנות, וגידול ילדים על פי המסורת היהודית הפך לכמעט בלתי אפשרי. חלק ניכר מהיהדות נקט באסטרטגיות שונות להטמעה (קומוניזם, תנועת העבודה הבינלאומית, נשואי תערובת, הסתתרות וקיום מצוות הדת (בדומה לאנוסים בזמנו) וניתוק מהמסורת היהודית.
אנשים רבים ממוצא יהודי השתתפו במרד ההונגרי של 1956 ובמלחמת החמושים לעצמאות בעקבות הפלישה הסובייטית (אישטוואן אנדייל, טיבור דרי, זולטאן זלק, דיולה האי, אוטו סירמאי, וכו'). אף על פי שביטויים אנטישמיים ופוגרומים התרחשו באופן ספורדי בלבד, היו יהודים שחשבו שעתידם בהונגריה שוב בסכנה, כך שחלק ניכר מ-200,000 האזרחים שברחו מהונגריה בתקופת המרד היו יהודים. בתקופת יאנוש קאדאר חיה יהדות הונגריה בשלום יחסי. שאלת היהודים הפכה לנושא טאבו. הנהגת קאדאר העדיפה התבוללות שלווה ושקטה וכתוצאה מכך יהדות הונגריה הפכה לחילונית יותר ויותר, מספר הנישואים הבין-דתיים גדל, התפרקות חזקה פקדה את הקהילות היהודיות והניכור למסורות היהודיות גדל.
אחרי 1989.
יהודים אינטלקטואליים ליברליים ודמוקרטים נטלו חלק פעיל בשינוי המשטר בשנת 1989. הארגון היהודי החלופי הראשון במזרח אירופה היה איגוד התרבות היהודי-הונגרי, שהוקם בבודפשט בשנת 1988. לאחר השינוי במשטר, השפעת ההתאוששות החברתית והדתית של כ-100 עד 120 אלף יהודי הונגריה מוזכרת כרנסאנס של יהדות הונגריה. על פי סקר שנערך בשנת 2017, יותר מ-80% מיהודי הונגריה נולדו והתגוררו בבודפשט. הם משכילים יותר מהממוצע. שיעורם מיוצג יותר במקצועות אינטלקטואליים כמו גם בתחום היזמות.
חיים יהודיים במאה ה-21.
כיום יש ארבע קבוצות של קהילות יהודיות בהונגריה:
שלוש הראשונות מבין ארבע הנ"ל הן בין 14 הקבוצות הדתיות בהונגריה שהוכרו אוטומטית במסגרת החוק משנת 2011. בהונגריה יש רשימה ארוכה של בתי כנסת פעילים, כולל רחוב דוהני בית הכנסת הגדול של בבודפשט, שהוא בית הכנסת הגדול באירופה.
בהונגריה פועלים כמה בתי ספר יהודיים:
חתני פרס נובל יהודים-הונגרים.
מבין 15 חתני פרס נובל שנחשבים הונגרים, הבאים היו יהודים (10)ː
סטיבן פאלאזו
סטיבן מקארתי פאלאזו (באנגלית: Steven McCarty Palazzo; נולד ב-21 בפברואר 1970) הוא פוליטיקאי אמריקאי, המכהן כחבר בית הנבחרים של ארצות הברית מטעם מחוז הקונגרס הרביעי של מדינת מיסיסיפי, מאז 2011. טרם היבחרו לקונגרס האמריקאי היה פאלאזו חבר בית הנבחרים של מיסיסיפי בשנים 2006–2011.
ביוגרפיה.
פאלאזו נולד בפברואר 1970 בעיר הנמל גלפפורט (Gulfport) השוכנת על גדות החוף הדרומי של מיסיסיפי. בשנת 1988 השלים את לימודיו התיכוניים בתיכון סנט ג'ון בשנת 1988. באותה שנה התגייס אל כוחות המילואים של חיל הנחתים של ארצות הברית ושירת בפלוגת הסיור השלישית של חיל הנחתים במהלך מלחמת המפרץ. בהווה הוא משרת במשמר הלאומי של צבא מיסיסיפי. לפאלאזו תואר ראשון מאוניברסיטת דרום מיסיסיפי, שם היה חבר באחווה סיגמא כי.
באפריל 2006 התפטר לאונרד בנץ, חבר בית הנבחרים המדינתי של מיסיסיפי, בעקבות מינויו לנציבות השירות הציבורי של המדינה. פאלאזו הכריז על התמודדותו בבחירות המיוחדות למילוי מקומו כנציג מחוז הבחירה ה-116 בבית הנבחרים, ובבחירות גבר על מריאן גרצ'יק, מועמדת המפלגה הדמוקרטית, ועל מועמד רפובליקני נוסף עם 51% מקולות הבוחרים. בשנת 2007, כשרץ בבחירות ללא התנגדות, נבחר פאלאזו לתקופת כהונה מלאה.