לאחר שחברי האופוזיציה לא הצליחו לסכל את הצעת חוק ההסדרים בדיוני הוועדות, הם מנסים להתיש את הממשלה באמצעות פיליבסטר במליאת הכנסת. הפיליבסטר מתבצע בשתי דרכים. הדרך האחת היא באמצעות הגשת הסתייגויות, שכל אחת מהן מזכה את המגיש אותה, על פי תקנון הכנסת, ב-5 דקות דיבור לשם נימוקן. מאחר שמדובר בהצעת חוק ארוכה, אין זה מסובך מבחינה טכנית להגיש הסתייגויות רבות. חלק מההסתייגויות נועדו לקנטר את הממשלה ולמחות נגד השימוש במנגנון חוק ההסדרים. דוגמה לכך ניתן למצוא בהסתייגויות שהגישה סיעת מרצ לחוק ההסדרים של שנת 2005. חברי הסיעה הציעו להחליף את שם החוק ל"מן הגורן ומן היקב – אוסף חוקים למדיניות הממשלה לשנת 2005" ולהחליף את נוסח סעיף מטרת החוק בנוסח הבא: "חוק זה בא לבטל הוראות בחוקים שונים, במטרה להשיג את יעדי התקציב במסגרת התוכנית הכלכלית לשנת הכספים 2005, והכל לשם השגת כל מה שרוצים ולא יכולים להעביר בדרך מוסדרת וראויה". הדרך השנייה שבה משתמשים חברי האופוזיציה לקיום פיליבסטר היא הגשת בקשה להצבעה שמית על כל הסתייגות. די בדרישה של 20 חברי כנסת כדי לקיים הצבעה כזו.
האופוזיציה לא מניחה שבאמצעות הפיליבסטר תצליח להפיל את הצעת החוק, אך היא משתמשת בו ככלי פרלמנטרי שיכול להשיג עבורה ניצחונות קטנים. ב-2002, למשל, הודיעה האופוזיציה כי תוותר על דרישתה להצבעה שמית אם ראש הממשלה, אריאל שרון, ייפגש עם ראשי ארגוני הנכים. ב-2003 כמעט שהושג הסכם על משיכת כל ההסתייגויות בתמורה לביטול מס הבריאות על עקרות הבית. גם כשהאופוזיציה לא מגיעה להישגים, בהתנהלות המתישה של ההצבעות על התקציב, קורה, לעיתים, שהסתייגות מסוימת, הגם שאינה מהותית, מצליחה לעבור. עבור אופוזיציה חלשה, עצם המבוכה הנגרמת בכך לקואליציה יכולה להיחשב הישג.
בשנות ה-90 ובראשית העשור הראשון של המאה ה-21 נערכו פיליבסטרים ארוכים במיוחד בדיונים על חוק ההסדרים. חבר הכנסת מיכאל איתן מחזיק בשיא לעניין זה, לאחר שנאם במשך 10 שעות ו-7 דקות בשנת 1992. זהו הנאום הארוך ביותר שנישא אי פעם בכנסת. בשנת 2003 הגישה האופוזיציה כ-8,000 הסתייגויות.
הפרקטיקה הנוהגת בשנים האחרונות היא שוועדת הכנסת מגבשת סדרי דיון המקובלים הן על האופוזיציה והן על הקואליציה, בהתאם לסמכותה לפי סעיף 131 לתקנון הכנסת. הסדרים אלה מבטלים, למעשה, את האפשרות לנהל פיליבסטר במליאה.
השוואה לחקיקה רגילה.
הליך החקיקה של חוק ההסדרים שונה מהליכי החקיקה הרגילים במספר פרמטרים, כמפורט להלן:
ביקורת על תהליך החקיקה של חוק ההסדרים.
במהלך השנים נמתחה ביקורת ציבורית נרחבת נגד היבטים שונים בהליך חקיקתו של חוק ההסדרים. נגד החוק נטען כי הליך החקיקה החפוז אינו מאפשר דיון מהותי בגופם של סעיפי החוק השונים, שחלקם עוסקים ברפורמות גדולות במשק. בנוסף, נטען כי הליך חקיקתו אינו מאפשר שקיפות מינימלית וביקורת ציבורית נאותה ובכך מערער את היסודות הדמוקרטיים של הליך החקיקה. פעמים רבות, חברי כנסת מהאופוזיציה מותחים ביקורת נוקבת על חוק ההסדרים, אך כאשר הם הופכים לחלק מהקואליציה, הם מצביעים בעדו, ולהפך. חבר הכנסת עזמי בשארה התייחס לעניין זה, וטען כי את הביקורת אין להפנות כלפי הממשלה, כי אם כלפי הכנסת עצמה:
מניעת דיון מעמיק.
ביקורת על הליכי החקיקה השמיעה השופטת דליה דורנר בכנס שנערך במכללה האקדמית למשפטים ברמת גן ב-23 בדצמבר 2003:
היועצת המשפטית לכנסת ב-2006, נורית אלשטיין, טענה:
ביקורת זו קיבלה ביטוי בפסק הדין בבג"ץ ארגון מגדלי העופות בישראל, בו קבעה השופטת דורית ביניש כי
שופטי בית המשפט העליון גם הצביעו על טעויות בנוסח החוק שהם ייחסו להליך החקיקה המהיר של חוק ההסדרים. למשל, בתיקון שנעשה ב"פקודת מסי העירייה ומסי הממשלה (פטורין)", הוכנס הלשון "מעון יום כמשמעותו בחוק הפיקוח על מעונות", כאשר המונח "מעון יום" כלל אינו מוזכר בחוק הפיקוח. עם זאת, ועל אף הביקורת שמתח על חוק ההסדרים, סירב בית המשפט העליון לפסול אותו בשל פגם בהליכי חקיקה.
טענה נוספת שנשמעת היא כי חברי הכנסת אינם מכירים את סעיפיו השונים של חוק ההסדרים, וניתן להם זמן מועט בלבד לבחון את סעיפי החוק ולהציע הסתייגויות. עדות לכך ניתן למצוא בעתירה שהגישה האגודה לזכויות האזרח נגד חוק המדיניות הכלכלית של 2004. עתירה זו נתמכה ב-11 תצהירים של חברי כנסת, בהם טענו כי הצביעו על הצעת החוק בלא שהתאפשר להם לבחון אותה לעומקה.
גם נגיד בנק ישראל, סטנלי פישר, שציין כי הוא תומך בתכניו של החוק, הכיר בכך שדרך חקיקתו בעייתית. בדיון בוועדת הכספים אמר פישר כי הוא "בעד חלק גדול של הרפורמות בחוק ההסדרים, אני מקווה שיום אחד נגלה דרך יותר טובה להביא אותן".
פגיעה בעיקרון הדמוקרטי.
טענות נוספות שנשמעות נגד חוק ההסדרים הוא פגיעתו בעיקרון הדמוקרטי. פגיעה זו באה לידי ביטוי במספר אופנים. בעיה אחת נובעת מהצמדתו של חוק ההסדרים לחוק התקציב השנתי. כאמור, סעיף 36א לחוק יסוד: הכנסת קובע כי אם לא אישרה הכנסת את תקציב המדינה עד ה-31 במרץ, הכנסת מתפזרת. בשל כך, לחבר הכנסת מהקואליציה אין אינטרס להצביע נגדו, אף אם הדבר מנוגד לאידאולוגיה שלו, שבשמה נבחר. ניתן למצוא לכך הצדקה, ככל שמדובר בתיקוני חקיקה הקשורים קשר ישיר לתקציב. לא כך הדבר כאשר מדובר בתיקוני חקיקה אחרים, שניתן היה להציעם במהלך השנה ללא כל קשר לתקציב. הבאתם של חוקים מסוג זה בחוק ההסדרים יוצרת את הרושם שהדבר נועד להבטיח את אישורם בידי הכנסת, במקרים שבהם הממשלה סבורה כי לא יעלה בידה לעשות זאת בחקיקה רגילה. עניין זה מקבל משנה תוקף כאשר מוצע בחוק ההסדרים לבטל חקיקה שהכנסת כבר אישרה, ושבעצם אישורה הביעה את עמדתה לגביה כאשר היא משוחררת מלחצי הממשלה. בפועל, עקב הליך הכנת הצעת חוק ההסדרים בממשלה, המשמעות חמורה הרבה יותר – מדובר בכפיית עמדת פקידי האוצר על נבחרי ציבור. יושב ראש הכנסת ראובן ריבלין, אף כינה את חוק ההסדרים "חוק עוקף כנסת".
בעיה נוספת היא הפגיעה בעקרון ההשתתפות של חברי הכנסת. כאשר חבר הכנסת מצביע על חוק ההסדרים בקריאה ראשונה ובקריאה שלישית, הוא מצביע בהצבעה אחת על שורה ארוכה של נושאים שאינם קשורים זה בזה, וייתכן שיש לו לגביהם עמדות שונות. לדוגמה, ייתכן שחבר כנסת פלוני תומך בהסדרת חופי הכנרת אך מתנגד לאיחוד מועצות דתיות (שני נושאים שהובאו בהצעת חוק ההסדרים לשנת 2008). במקרה זה, אין הוא יכול לתת ביטוי לעמדתו, משום שהוא נאלץ להצביע בעד שני הנושאים יחדיו או נגד שני הנושאים יחדיו.
עמדות התומכים בחוק ההסדרים.
מול הביקורת שנמתחה על חוק ההסדרים, טוענים התומכים במנגנון זה כי הוא כלי חשוב לשם יישום מדיניות שאינה פופולרית, אך חיונית לדעתם למשק המדינה, ושלא ניתן היה לקדמה בהליכי חקיקה רגילים.
טענה נוספת שמשמיעים התומכים בחוק ההסדרים היא שהליכי החקיקה הרגילים עלולים לעכב רפורמות חשובות במשך זמן רב, כפי שטען בנימין נתניהו, כשהופיע כשר האוצר בפני הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת:
נתניהו אף טען כי "ביטולו של חוק ההסדרים במשק פירושו לדון את מדינת ישראל לעוני, מצוקה והעדר צמיחה".
נשיא איגוד לשכות המסחר, חבר הכנסת לשעבר אוריאל לין, טען כי חוק ההסדרים כשלעצמו אינו מהווה פגיעה בדמוקרטיה. לין טוען כי יש בעיה עמוקה יותר באופן שבו מתנהלים דיוני ועדות הכנסת, ושדווקא דיון מרוכז בוועדת הכספים יהיה מקצועי יותר. אף הוא טוען כי לא ניתן לקדם מדיניות כלכלית ללא חוק ההסדרים.
גם בין המתנגדים לחוק ההסדרים במתכונתו הנוכחית, יש הרואים את הכלי עצמו כמכשיר חקיקה נחוץ, ומתנגדים רק לניצולו לרעה ולהיבטים מסוימים בו. כך למשל אמר חבר הכנסת אופיר פינס-פז:
חוקים דומים לחוק ההסדרים במדינות אחרות.
לאורך ההיסטוריה ובמדינות אחרות קיימים הסדרים המזכירים את חוק ההסדרים במאפיינים שונים.
כבר ברומא העתיקה נדרשו לסוגיה דומה, ובשנת 98 לפנה"ס נחקק ה-Lex Caecilia Didia, שאסר על חקיקת חוקים העוסקים בנושאים רבים שאינם קשורים זה לזה. גם בתקופת המנדט הבריטי נאסר על הנציב העליון "לערבב עניינים שונים בפקודה אחת".
במהלך המאה העשרים עברו הליכי החקיקה בעולם תהליכים שונים. אחד מהם הוא מגמה להסדיר באמצעותה יותר ויותר מתחומי החיים. כתוצאה מכך, נוצר עומס רב על הפרלמנטים בעולם, ובחלק מהמדינות פותחו מנגנונים שיאפשרו חקיקה של נושאים רבים בתוך זמן קצר. עם זאת קיימים הבדלים חשובים בין חוקים אלה לבין חוק ההסדרים.
בלגיה.
המדינה שבה חוק ההסדרים הוא הדומה ביותר לחוק ההסדרים הישראלי היא בלגיה, שם הוא מכונה "Loi Programme" ("חוק התוכנית"), וחוקים בדמותו מכונים "Lois Mosaïques" ("חוקי פסיפס").
בדומה לישראל, גם בבלגיה נמתחה ביקורת על השימוש בכלי זה. בשנת 2002 יזמו חברי פרלמנט ממפלגת CD&amp;V הנוצרית-דמוקרטית תיקון לתקנון בית הנבחרים שיאסור על הכללת סעיפים שאינם קשורים ישירות לתקציב בחוק התוכנית. הצעה זו נדחתה, ואולם בשנת 2005, נקבע כי אם סיעה כלשהי סבורה כי יש סעיף כזה בחוק, הנושא יידון בפני פורום ראשי הסיעות, והוא שיכריע האם להמשיך בחקיקתו.
ספרד.
עד 1993 נהגו בספרד להכניס במסגרת חוק התקציב תיקוני חקיקה שונים. באותה שנה קבע בית הדין לחוקה כי חקיקה מסוג זה (אותה כינה "שיירי החקיקה של השנה") היא אמנם חוקתית, אך אינה ראויה.