השימוש ב-SM.79 כמפציץ טורפדו החל ב-25 ביוני 1940 כאשר הוקמה "יחידת הטורפדו האווירי המיוחדת" לאחר כמה שנים של ניסויים. עוד קודם לכן, בין ה-13 ל-14 ביוני, כבר תקפו 19 מטוסי SM.79 מכנפות מס' 9 ו-46 בפעם הראשונה ספינות צרפתיות מול חופי הריביירה. לאחר הזמנת 50 טורפדות תוצרת חברת וויטהד (Whitehead Torpedo Works) נחת המטוס הראשון ב-10 באוגוסט בשדה התעופה T5 שליד טוברוק. על אף החוסר באמצעי הכוונה, ציוד מותאם וטקטיקת לחימה (למרות ניסיון מבצעי בהטלת טורפדו שנרכש ב-1914) להתמחות זו, החלו האיטלקים לתכנן מתקפה על הספינות הבריטיות העוגנות בנמל אלכסנדריה, שהייתה בסיס חשוב של הצי המלכותי במזרח הים התיכון, הן כנקודת היערכות למבצעים ימיים והן כמרכז לוגיסטי, לתחזוקה ולתיקונים. ב-15 באוגוסט בוצעה הגיחה הראשונה על ידי חמישה מפציצי SM.79, אשר המריאו מבסיס אל עדם (El Adem), טסו בגובה של 1,500 מטר ולאחר שעתיים של טיסה הגיעו ב-21:30 לנמל אלכסנדריה והחלו לתקוף ספינות, אך ללא הצלחה; למטוסים הממריאים היה מסלול המראה קצר של 1,000 מטר, מה שהכריח את צוותי המפציצים להמריא עם שני מכלי דלק ריקים על מנת להפחית במשקל, שהעניקו זמן שהייה באוויר של חמש שעות עבור מרחק טיסה הלוך ושוב של כארבע וחצי שעות. רק שני מטוסים שבו לבסיסם מתוך החמישה, ושניהם ניזוקו מאש נ"מ. השלושה הנותרים נתקלו בעננות נמוכה ובאש נ"מ חזקה ונסוגו מבלי ששחררו את הטורפדו שלהם. הדלק שלהם אזל והם נאלצו להשליך את הטורפדו במדבר ולאחר מכן לנחות נחיתת ריסוק, כשלוש שעות לאחר ההתקפה. שני צוותים נאספו מאוחר יותר אך הצוות השלישי, שנאלץ לנחות בשטח מצרים, העלה את המטוס באש, מה שהזעיק את הבריטים שלקחו אותו בשבי. כישלון זה אירע ברדיוס פעולה של כ-650 ק"מ בלבד, ניגוד משווע בהשוואה לביצועיו המהוללים של גרסת מטוס המרוצים מספר שנים קודם לכן.
על אף הכישלון, המשיכו הצוותים הנותרים לבצע משימות בחודשים אוגוסט-ספטמבר; "יחידת הטורפדו האווירי המיוחדת" סומנה מחדש כטייסת מס' 278, ואחד מטייסיה טען להטבעת ספינת סוחר ב-10 בספטמבר. ב-18 בספטמבר, לאחר כישלון לתקוף לאור היום את ספינות הצי המלכותי שהפגיזו את ברדיה, שבו שני מטוסים בלילה ומעט לפני חצות פגעו קשות בסיירת הכבדה אה"מ קנט, אשר יצאה מכלל פעולה ונותרה בתיקונים עד ספטמבר 1941. הייתה זו ההתקפה המוצלחת הראשונה שנזקפה רשמית לזכות הטייסת. לאחר חודש נוסף של תקיפות נפגעה ב-14 באוקטובר הסיירת אה"מ ליברפול, שנותרה בתיקונים עד ינואר 1942. לאחר מספר חודשים, ועל אף כישלון התקיפה הראשונה, עדיין תפעלה טייסת מס' 278 את אותם ארבעת המטוסים המקוריים ששרדו. הישגה האחרון של הטייסת אירע במהלך תקיפה במפרץ סודה שבכרתים, אז נפגעה הסיירת אה"מ גלאזגו ויצאה מכלל פעולה למשך תשעה חודשים, וזאת למרות רשתות נגד טורפדו שנפרסו סביבה. מטוסי טייסת 278 נותרו בשירות עד להתקפה על בסיסם, במהלכה פגעה פצצה בטורפדו והפעילה אותו, מה שהביא ל"תגובת שרשרת" שהשמידה את כולם.
שנת 1941 נפתחה בצורה לא מוצלחת, אך החל מאפריל החלו שוב להצטבר הצלחות מבצעיות בזכות פעולות טייסות מס' 280 ו-281: שתי ספינות סוחר טובעו, ונזק כבד נגרם לסיירת אה"מ מנצ'סטר. מאוחר יותר טובעה המשחתת אה"מ פירלס. מפציץ אחד הופל ב-3 ביוני ונחת בים, אך הצליח לצוף למשך זמן מה. הצלחות נוספות הגיעו באוגוסט, אז נפגעה הסיירת הקלה אה"מ פובה (HMS Phoebe), וספינת הסוחר בת 12,000 הטונות אימפיריאל סטאר (SS Imperial Star) טובעה על ידי SM.79 בספטמבר. הקבוצות האוויריות מס' 130 ו-132 החלו לפעול מסתיו 1941 ובין אוקטובר לדצמבר הטביעו חמש ספינות סוחר. השנה הסתיימה עם תשע ספינות טבועות ומספר ספינות פגועות ומחוץ לפעולה לפרקי זמן ארוכים, לצד בעלות הברית. בצד האיטלקי אבדו 14 מפציצי SM.79 ומפציצים נוספים נפגעו. שנת 1941 נחשבת כשנה המוצלחת ביותר של המטוס בתפקידו כמפציץ טורפדו, וגם השנה בו הוצג יורשו, ה-SM.84.
בסך הכל, הייתה להצלחות אלו השפעה שולית על מהלך המלחמה, ומלבדם לא הושגו הצלחות נוספות על ידי מפציצים איטלקיים. הפצצות אנכיות סטנדרטיות הסתיימו בכישלון ורק מפציצי הצלילה (שהתקבלו מגרמניה החל מסתיו 1940) והטורפדו הגיעו להישגים מסוימים. הפגיעה בסיירות הבריטיות הייתה המשמעותית ביותר, אך ללא סיוע גרמני לא היו מסוגלים האיטלקים לקיים נוכחות בעלת משקל ממשי בזירת הים התיכון. 25 כנפות המפציצים האיטלקיות לא היו מסוגלות להטריד את הצי הבריטי, כפי שהומחש בקרב קלבריה ב-9 ביולי 1940, וכמעט כל הספינות העיקריות שאיבדו הבריטים בים התיכון היו כתוצאה מפעילות צוללות גרמניות, שפגעו באוניית המערכה אה"מ וורספייט והטביעו את אה"מ ברהם ואת נושאת המטוסים אה"מ ארק רויאל. הבריטים נותרו ללא ספינות גדולות בצי הים התיכון שלהם, מה שהעמיד את מדינות הציר בעמדת שליטה טובה יותר על האזור.
מצבן של מדינות הציר בים התיכון החל להידרדר בהדרגה במהלך 1942. יותר מ-100 SM.79 שירתו בטייסות מפציצי טורפדו איטלקיות, וזאת בנוסף למשימות של סיוע אווירי קרוב, איסוף מודיעין ותובלה. בששת החודשים הראשונים של 1942 הסתכמו מאמצי הגרמנים והאיטלקים לפגוע בספנות בעלות הברית בהטבעת ספינת הסוחר טרמופילי. בעלות הברית החליטו להעביר למלטה הנצורה אספקה ודלק בכל מחיר באמצעות מבצעים לליווי שיירות, וכמעט כל הפוטנציאל האווירי של הציר הופנה כנגד המבצע הראשון, הארפון. ב-14 ביוני טורפדה האה"מ ליברפול בפעם השנייה והושבתה פעם נוספת למשך 13 חודשים. ללא קשר למקום פגיעת הטורפדו (הליברפול נפגעה בירכתיים, הקנט במרכז האונייה והגלאזגו בחרטום) נותרו הסיירות הבריטיות פגיעות מאוד, אך אף תקיפה איטלקית לא הצליחה לפגוע בהן עם יותר מטורפדו אחד. באותו היום הוטבעה ספינת הסוחר טאנימבאר (Tanimbar) ולמחרת הוטבעה המשחתת אה"מ בדואין, לאחר שכבר ניזוקה מאש תותחים של שתי סיירות איטלקיות.
באוגוסט בוצעו התקפות אוויריות כבדות כנגד השיירה בת 14 ספינות הסוחר ו-44 אוניות הליווי שלקחו חלק במבצע פדסטל. תשע ספינות סוחר וארבע מלוות הוטבעו ואחרות ניזוקו, אך מפציצי הטורפדו האיטלקיים הטביעו רק משחתת (אה"מ פורסייט) וספינת סוחר אחת. על אף שנגרם לה נזק כבד, הצליחה המכלית אוהיו, להיגרר לנמל הגדול ולפרוק את מטען הדלק החיוני שלה ב-15 באוגוסט 1942, מה שאפשר את המשך קיומה של מלטה כבסיס והיווה ניצחון אסטרטגי חשוב עבור בעלות הברית.
בחורף 1942, עם תחילת מבצע לפיד בצפון אפריקה, הטביעו מטוסי SM.79 קורבטה וספינת סוחר, במחיר איבוד מפציץ אחד, אך על אף העלייה בהיקף פעילותם במהלך 1942, היו תוצאות התקיפות חלשות משמעותית בהשוואה לשנה הקודמת, וביקורת נמתחה על ביצועים גרועים של המפציצים; רבים העריכו כי הטורפדו שנוצרו היו פגומים או חובלו בכוונה. ל-30 הטורפדו הראשונים שבהם נעשה שימוש ב-1940 הייתה רמה גבוהה של אמינות, אך מספרם של הטורפדו שהגיעו מאוחר יותר ונמצאו פגומים היה גדול, בעיקר אלה שנוצרו במפעל בנאפולי. למשל, במהלך מבצע הארפון שוגרו כ-100 טורפדות אך רק שלושה פגעו במטרתם.
שנת 1943 נפתחה עם תקיפות על ספינות בעלות הברית בחופי צפון אפריקה, אך ללא הצלחה יתרה. ביולי פלשו בעלות הברית לסיציליה בסיוע צי גדול. ה"נץ" כבר נחשב כמיושן והיה בתהליכי יציאה מטייסות ההפצצה, ויורשיו המיועדים, ה-SM.84 וה-Z.1007 נחשבו ככישלונות, כאשר האחרון לא נבנה במספרים משמעותיים. כתוצאה מכך, שימשה הגרסה האחרונה של ה-SM.79 להתקפות בטורפדו ונחשבה למהירה משמעותית מהגרסאות הקודמות.
לפני הפלישה היו שבע קבוצות אוויריות (41, 89, 104, 108, 130, 131 ו-132) אשר תפקדו כמפציצי טורפדו, אך היו אלה מערכים חסרי כוח ממשי. מלבד הקבוצה האווירית ה-104 שפעלה באזור הים האגאי, הכילו שש האחרות רק 61 מטוסים, מתוכם 22 שמישים. כל המטוסים הזמינים נשלחו ליחידות אלה, אך מתוך 44 המטוסים, רק שליש מהם נחשבו שמישים ב-9 ביולי 1943. ייצורם של SM.79 חדשים המשיך לפגר ועד סוף יולי סופקו רק 37 SM.79 ו-39 SM.84. על אף השימוש במנועים משופרים אשר היו מסוגלים להגיע למהירות מקסימלית של 475 קמ"ש, לא היו המפציצים מסוגלים להתמודד עם המשימה הקשה של התנגדות לפלישה. גודלם של המטוסים הקשה עליהם לחמוק ממערכות ההגנה של האויב, והצורך בצוותים גדולים הסתכם באבדות כבדות של כוח אדם. בחמשת הימים הראשונים בוצעו 57 משימות בשעות הלילה בלבד ללא הישגים, ובמחיר איבוד שבעה מטוסים. שלושה מטוסים נוספים אבדו במהלך מתקפה משולבת עם כוחות גרמניים על נושאת המטוסים אה"מ אינדומיטבל, אשר נפגעה לבסוף והוצאה מכלל פעולה למשך חודשים רבים.
ה-SM.79 לא היו מצוידים במכ"ם, כך שהתקפות הלילה היו חייבות להתבצע באמצעות ראייה, בסיוע הירח, בעוד שלבעלות הברית היה מכ"ם על הספינות כמו גם על המיירטים. על אף מצבם המדולדל, ערכה הרג'יה אירונאוטיקה ניסיון להפצצה אסטרטגית על גיברלטר ב-19 ביולי עם 10 מטוסים מגרסת SM.79GA, אך רק שניים הצליחו להגיע למטרה ונכשלו בגרימת נזק כלשהו.