עלי, חרף התמרמרות פנימית מצד חלק מלוחמיו, נאות לקיים בוררות בינו ובין מועאוויה. הוא מינה כנציג מטעמו חכם הלכה חשוב מתימן בשם אבו מוסא אל-אשערי, ומנגד מינה מועאוויה מצדו את המפקד המהולל וכובש מצרים, עמר אבן אל-עאץ, שהיה ידוע כאדם חריף וממולח, וכעת תפקד כסגנו של מועאוויה. כשנפגשו שני הצדדים לבוררות, טען עומר שלא ייתכן כי שני הצדדים ייפגשו כשעלי בעמדת הח'ליפה ולכן ביקש שעלי יוותר על הח'ליפות, כך שהוא ומועאוויה יעמדו כשווים בפני הבוררים. עלי הסכים לוותר על הח'ליפות, ומשעשה כך, הכריז עומר שעכשיו, כשהח'ליפות "פנויה", הוא לוקח אותה ונותן אותה למועאוויה. הקהל שהיה נוכח באירוע הריע לכך וקיבל זאת. עלי המושפל לא יכול היה לשאת את התוצאות המביכות, וניסה לאסוף את צבאו ולכפות את ח'ליפותו בכוח, אך בינתיים התפזר מחנהו. חלק ממנו הצטרף למועאוויה, וחלק אחר (הח'וארג'ים) הקצין וטען שעלי אחראי להשפלה הזו, ושהיחיד שיש בזכותו לערוך בירור בשאלה מיהו הח'ליפה הוא אללה. בשנת הח'ליפות האחרונה של עלי שלטו למעשה שלושה ח'ליפים בעולם האסלאם.
עלי בן אבי טאלב נרצח בשנת 661 בעיר כופה שבעיראק על ידי אבן מולג'ם מורדי - אחד מקבוצת הח'וארג' שמרדו נגד סמכותו. עלי הותקף בוקר אחד בשעת התפילה במסגד הגדול של אל-קופאה, ומת כעבור יומיים. קברו שבנג'ף מהווה מוקד עלייה לרגל עבור השיעים, ונחשב לאתר קדוש.
השיעים רואים בו את יורשו החוקי והיחיד של מוחמד, בין היתר בשל קרבתו המשפחתית אליו (בן דודו וחתנו). רק מי שהוא מצאצאיו ראוי להיות אימאם, כלומר מנהיג השיעים. שמו של עלי נקשר בעיקר בפילוג הגדול של האסלאם (השיעה) - אולם זו הופיעה ככת רק לאחר מותו. הסונים רואים בו ח'ליפה ראוי וטוב ואחד מארבעת הראשידון.
מבין הח'ליפים ששלטו בשנת הח'ליפות האחרונה של עלי, נשאר רק מועאויה, שלאחר מותו החל שלטון בית אומיה שנמשך עד שנת 750.
בנו חוסיין בן עלי נהיה למייסד השיעה והוצא להורג עם 70 מבני משפחתו בעיר כרבלא שבעיראק. גם מקום קבורתו משמש מוקד עלייה לרגל ואתר מקודש.
ספרו נהג' אל-בלאע'ה נחשב בין החשובים באסלאם.
דמותו במסורת השיעית.
השיעים רואים את עלי כדמות החשובה ביותר בדת אחרי מוחמד. לדבריהם, העברת ירושת ההנהגה אחרי מוחמד הייתה אמורה ללכת ישר לעלי שכן זוהי הייתה בקשתו וכוונתו של מוחמד לפני מותו, ומכאן מינויים של אבו בכר, עומר בן אל-ח'טאב ועות'מאן בן עפאן לא הייתה לגיטימית. שכן מוחמד הציע וביקש בהזדמנויות שונות במהלך חייו כי על עלי להנהיג את המוסלמים לאחר מותו. טענה זו נתמכת על ידי חדית'ים רבים שסופרו על ידי חכמים שיעים, הכוללים את חדית' ע'דיר ח'ם, חדית' שני הדברים כבדי המשקל , חדית' העט והנייר , חדית' אנשי הגלימה, חדית' העמדה , חדית' הזמנת המשפחות הקרובות וחדית' שנים עשר היורשים . לפי השקפה זו, עלי כיורשו של מוחמד לא רק הנהיג את הקהילה בצדק, אלא גם פירש את חוקי השריעה והמשמעויות האזוטריות שלו בצדק, ומכאן הוא נחשב כנקי מטעויות וחטא כי הוא מונה על ידי האלוהים, דרך צו אלוהי, דרך מוחמד.
עולי הרגל שיעים נוהגים לעלות למסגד האימאם עלי, בנג'ף ולהתפלל שם. תחת האימפריה הספווית, קברו של עלי הפך למוקד קדושה שהודגם בעלייה לרגל שנעשה על ידי השאה אסמאעיל הראשון לנג'ף וכרבלא.
העלייה השנייה
העלייה השנייה היא גל ההגירה היהודי שהגיע לארץ ישראל בשלטון האימפריה העות'מאנית משנת תרס"ד (1904) עד קיץ 1914, תשעה באב תרע"ד, ונקטעה על ידי מלחמת העולם הראשונה. בשנות העלייה השנייה השתקעו בארץ ישראל כ־35,000 עולים, רובם ממזרח אירופה (בעיקר מתחום המושב ומגליציה) וכן מתימן. בסיומה, בקיץ שנת תרע"ד (1914), נאמדה האוכלוסייה היהודית בארץ בכ־85,000 נפש. מבין עולי העלייה השנייה היו שגיבשו "במהלך התקופה מסגרות רעיוניות וארגוניות חדשות. הללו טבעו חותם עמוק על תולדות היישוב, שסימניו ניכרים אף במדינת ישראל".
גורמי העלייה.
הגורם העיקרי שהביא לבחירה לעלות לארץ ישראל היה הקשר המסורתי־דתי וההיסטורי של היהודים לארץ ישראל במשך דורות רבים ועולם הרעיונות של הציונות. עם זאת, העלייה לארץ ישראל באותן שנים הייתה במידה רבה חלק מהגירת המונים, שכללה עשרות מיליוני בני אדם, מאז השליש האחרון של המאה ה-19. רובה ככולה של תנועת ההגירה הייתה בכיוון "מערב", ממזרח אירופה אל מערב אירופה, מאירופה אל ארצות "העולם החדש", ורוב המהגרים בקשו להגיע אל יבשת אמריקה ואוסטרליה. יהודים ממזרח אירופה היגרו בשיעורים גבוהים יחסית לחלקם באוכלוסייה הכללית. הגל שבו נכללת תקופת העלייה השנייה, מראשית המאה ה־20, היה הגדול בגלי ההגירה – יותר מ־1.3 מיליון יהודים היגרו אז לארצות הברית וכ־35 אלף מהם באו לארץ ישראל. הרוב המכריע של המהגרים היהודים, כמו אצל כלל המהגרים, היגר לארצות הברית. ארצות יעד אחרות היו אנגליה, ארגנטינה, צרפת, קנדה ודרום אפריקה. בין המניעים להגירה ההמונית, היהודית והלא יהודית כאחד, היה הגידול הדמוגרפי המהיר בארצות אירופה, והקשיים הכלכליים שנוצרו בעקבותיו. החברה היהודית בתחום המושב הרוסי, בגליציה וברומניה סבלה ממצוקה כלכלית קשה והייתה שרויה בעוני כבד.
גורם נוסף שהאיץ במיוחד את הגירתם של היהודים היו הגזרות והרדיפות האנטישמיות, הן מצד השלטונות והן מצד האוכלוסייה המקומית בארצות מושבם. אירועים בולטים היו פרעות קישינב שהתרחשו בשנת 1903, פרעות "המאות השחורות" בשנת 1904, הפרעות לאחר מהפכת הנפל ברוסיה בשנת 1905 ופרעות משפט בייליס בשנת 1911.
בנוסף לגורמים אלו היו עוד שלושה מניעים: הראשון, קול קורא שפרסם יוסף ויתקין מהמושבה כפר תבור (מסחה), ובו קרא לצעירים לעלות לארץ ישראל, ולהקים בה "מסדרה", כלומר ארגון פועלים חלוצים בהנחיית התנועה הציונית שחבריו יגויסו אל צורכי היישוב היהודי החדש. ויתקין סבר כי רק בעזרת עלייה גדולה ועבודה עברית יטופלו הקשיים. הגורם השני, תוכנית אוגנדה ליישוב יהודים מאזורי מצוקה (כגון מזרח אירופה) באוגנדה, כחלופה לאפשרות הארץ-ישראלית שהִתְמַהְמֵהָה. תוכנית אוגנדה נדונה בקונגרס הציוני השישי בשנת 1903, ועוררה התנגדות רבה בתנועה הציונית, שבראשה עמדו אנשי מפלגת "פועלי ציון". לימים הסבירו עולים את הגעתם בשנות התקופה לארץ ישראל כמענה לאתגר שהציבה התוכנית שזכתה לתומכים גם בקרב איכרי המושבות העבריות בארץ ישראל. הגורם השלישי היה פטירתו של הרצל בשנת 1904 אשר גרם עצב רב בקרב שוחרי התנועה הציונית, ואף בציבוריות היהודית בכללה. לאחר מותו של הרצל בחרו יהודים רבים לעלות ארצה כדי להמשיך את דרכו וחזונו.
ההרכב החברתי.
מבחינת ההרכב החברתי, הייתה הגירה זו במידה רבה המשכה של העלייה הראשונה. הרוב המכריע של המהגרים הגיעו ממזרח אירופה, בעיקר מתחום המושב ומגליציה, ומיעוטם מארצות האסלאם. אוכלוסיית המהגרים מנתה בעיקר משפחות מסורתיות־דתיות שקיוו לשפר את מצבם הכלכלי והביטחוני, ולהמשיך באורח חייהם המסורתי הקודם. רוב הבאים לארץ לא היו מאורגנים. כרבע מהם היו ילדים עד גיל 15, וכשיעור הזה היו בני ה־50 ומעלה. כ־63% מקרב המהגרים היו גברים.
חלק מאנשי העלייה השנייה היו צעירים רווקים ורווקות בשנות העשרה והעשרים לחייהם, שמעשה עלייתם לארץ שולב בעקרונות וערכים ישנים וחדשים: מסורת יהודית, וציונות (חלוציות ולאומיות), ליברליזם וסוציאליזם ומתוך מרד נעורים ואמונה באפשרות יצירה של "עולם חדש". חלק מהעולים מרדו בהכרתם נגד החיים היהודיים בגולה ורצו ליצור בארץ "חברה חדשה" ו"אדם חדש". הם מרדו באנטישמיות הרבה שנתקלו בה בגולה וראו בציונות פתרון לנדידתם של היהודים ללא ארץ במשך דורות.
קבוצת צעירים חדורי סוציאליזם, לאומיות יהודית וציונות נמרצת, נהיו הגרעין אשר הוביל במידה רבה את ההתיישבות החלוצית בישראל מתוך נחישות דעתו ליישב את הארץ ולעבד את אדמתה במו ידיהם. אף על פי שחלקם דיברו יידיש ורוסית כשפת אם, השימוש בשפה העברית נראה להם כחשוב ביותר, כפי הסיסמה: "עברי דבר עברית". חלקם היו מוכנים לוותר על פרטיותם וערכיהם הישנים למען המטרה. ה'מחיר' ששילמו הצעירים היה רב. הם חוו קשיים רבים בארץ בעקבות הפער בין החזון ובין המציאות; חלק גדול מהם עזב לבסוף את הארץ והיו אף מקרים של התאבדויות. גרעין זה היה האליטה האידאולוגית של היישוב בארץ ישראל, אשר עתידה הייתה להוביל את היישוב עד הקמת מדינת ישראל, ואף שנים לאחר מכן.
החיים בארץ ישראל.
בשנת 1904, בה החלה העלייה השנייה היה עדיין שפל כלכלי בארץ ישראל. השפל נבע בעיקרו ממשבר בענף הכרמים והתעשיות הנלוות שהתרחש בתחילת המאה ה-20. ענף הכרמים היה מקור תעסוקה לעולי העלייה השנייה ועקב המשבר בענף, האיכרים הפסיקו לעבד חלקות כרמים רבות והפסיקו להעסיק פועלים רבים.
רוב המהגרים בשנות התקופה התיישבו בערים, בעיקר ביפו, ירושלים, טבריה וחברון, היכן שניתן היה למצוא עבודה ולפרנס משפחה. המהגרים התקשו למצוא עבודה אשר תכלכל אותם כראוי ובצורה יציבה. בשל החיים הקשים, היה שיעור העוזבים גבוה: עד שנת 1912 עמד שיעור העוזבים על 70% עד 75, ובשנותיה האחרונות ירד שיעור העוזבים ל-50% בקירוב.
החינוך.
היישוב היהודי החדש יצא לעצמאות לשונית ותרבותית.
התרחבות היישוב היהודי הביאה לפיתוח מערכת החינוך ולתמורות בתוכניות הלימודים. הוקמו מוסדות חינוך חדשים מגני-ילדים עד לסמינר למורים, בית המדרש למורים ע"ש דוד ילין, בית ספר עברי לבנות על ידי חובבי-ציון ביפו ב-1909 ובית הספר הריאלי בחיפה.