עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, יצא הרב פוגלמן לבדו לעיר קרקוב בתקווה למצוא מקום בטוח מהתפרצות פעולות האיבה של גייסות היטלר. אולם כעבור מספר ימים נכבשה גם קרקוב על ידי הצבא הגרמני, והרב חזר לקטוביץ ויחד עם משפחתו נסע ללבוב, ומשם הגיע לקולומיה. בספטמבר 1939, בעשרת ימי תשובה, כשבועיים לאחר פרוץ המלחמה, הבריח את הגבול עם משפחתו לרומניה, תחילה לצ'רנוביץ, אחר-כך בוקרשט, ולאחר תלאות של מספר חודשים לקונסטנצה. בהיותו בקונסטנצה, נשלח לרב פוגלמן סרטיפיקט בסיוע רבה הראשי של ארץ ישראל דאז - הרב יצחק אייזיק הרצוג. הרב פוגלמן ומשפחתו (אשתו בלה ובתם הקטנה לאה-נעמי) הגיעו לארץ ישראל בראש חודש שבט ת"ש (1940) והתגוררו מספר חודשים בתל אביב.
רבה של קריית מוצקין.
בתמוז ת"ש קיבל משרה של רב הקהילה בקריית מוצקין. ביישוב זה פיתח הרב פעילות חינוכית-דתית ענפה (מלבד מילוי תפקידים שמחייבים כרב עיר). הוא ייסד את המועצה הדתית בקרית-מוצקין והיה פעיל במפלגת "המזרחי". ביוזמתו נוסד בית ספר דתי, והוא היה פטרון נאמן למוסד חינוכי זה. כן היה מהדוחפים להקמת אולפנת סגולה בקריית מוצקין. רעייתו, בשיתוף עם ארגון נשי מזרחי בארץ ישראל, הקימה גן-ילדים דתי. בעת ההקמה עבר הרב מבית לבית כדי לשכנע הורים לשלוח את ילדם לגן הדתי.
בשנות ה-40 היה הרב פוגלמן פעיל באיחוד רבני פולין והשתתף בחגיגות של חגים לאומיים פולניים. בשנים 1945-1946, לאחר פטירת הרב משה אביגדור עמיאל, היה בין המתמודדים על כהונת הרב של תל אביב. הוא שב והתמודד על התפקיד בשנת 1968, אך הסיר את מועמדותו מספר ימים לפני הבחירות.
בשנת 1954 הביא לחקיקת חוק האוסר מכירת חזיר בקרית מוצקין. בתחילת שנת 1959 הצליח למנוע פעילות תחבורה ציבורית בשבת בקריית מוצקין שהתקיימה בניגוד לסטטוס קוו.
ראה בהקמת מדינת ישראל את התקיימות חזון הנביאים, ולכן פסק שיש לברך עליה ביום העצמאות וביום ירושלים.
בעת כהונתו כרבה של קריית מוצקין, הוצע לו לשמש כחבר הכנסת מטעם המפד"ל, אך הוא לא רצה בכך.
כיהן בתפקיד רבה של קריית-מוצקין במשך כ-44 שנה, ובט' באלול תשמ"ד (6 בספטמבר 1984) נפטר בשיבה טובה.
ממלא מקומו ברבנות קריית מוצקין הוא הרב דוד מאיר דרוקמן.
על שמו רחוב וכיכר בקריית מוצקין.
משפחתו.
ב-1945, לאחר המלחמה, הגיעו לבית משפחת פוגלמן אחייני אשתו, האחים ניצולי השואה ישראל (לולק) לאו ונפתלי לאו-לביא מפיוטרקוב טריבונלסקי בפולין. הילדים גדלו בבית המשפחה עד נישואיהם.
אשתו, בלה פוגלמן, נפטרה בחודש אב תשל"ה (אוגוסט 1975). בתם היחידה היא פרופסור לאה-נעמי פוגלמן-גולדפלד, בעלת תואר ד"ר במחשבת היהדות מאוניברסיטת קיימברידג'.
ארכיונו האישי הופקד על ידי בתו בספרייה הלאומית בשנת 2018.
תורתו בהלכה בהגות ובמחקר.
ספרו בית מרדכי, שאלות ותשובות בארבעה חלקי שולחן ערוך ומחקרים בהלכה, יצא לאור בהוצאת מוסד הרב קוק, ירושלים תשל"א. הספר יצא שם שוב בשנת תשס"ט בתוספת פרשת מרדכי, חידושים על הש"ס.
בהקדמתו הקצרה לספר "בית מרדכי" סיפר הרב פוגלמן על אובדן כתביו, שנכתבו בפולין ועסקו במסכתות הבבלי והירושלמי, ברמב"ם ובשאלות ותשובות. הם נשלחו לאביו שהיה גר בסאקאל לשם שמירה. אביו והכתבים אבדו במהומה הגדולה והממושכת שפגעה ביהודים בפולין ובשאר ארצות אירופה.
בבואו לארץ הוא פרסם מאמרים ב"סיני", מוסד הרב קוק ובעיתון "הצופה". מאמריו וחידושיו קובצו בספר בית מרדכי והם כולם מפרי הארץ. כמו כן פרסם מאמרים באיטליה בכתב העת ISRAEL באיטלקית.
הספר שלפנינו מחולק לשניים. החלק הראשון כולל מהדורה מצולמת של ספר השו"ת -בית מרדכי" שהופיע בשנת תשל"ה ואזל עד מהרה מן השוק. החלק השני, "פרשת מרדכי", כולל חידושי תורה, ביאורים והערות על מסכתות הש"ס מעיזבונו של הרב, הופיע לראשונה ביוזמתה של בתו. הן הספר "בית מרדכי". והן "פרשת מרדכי" הם בבחינת תורת ארץ ישראל, שכן מאמרים ומחקרים שכתב בפולין אבדו בעת שהצליח להימלט לארץ ישראל.
לספר "פרשת מרדכי", שנערך על ידי הרב שלמה רקובסקי, הקדים דברים הרב ישראל מאיר לאו. במבוא לספר כותב אהרון גפן-על דמותו של הרב.
זו הייתה דרכו לבחון עניין מצדדים אחדים.
כחמש מאות מאמרים של הרב פוגלמן פורסמו במקומות שונים במשך השנים. מוסד הרב קוק פרסם בשנת תשל"א את ספרו "בית מרדכי", ובו שאלות שנשאל ותשובותיו ואחדים ממחקריו. הספר זכה בשנת תשל"ז בפרס הרב קוק לספרות תורנית מטעם עיריית תל אביב-יפו.
ספריית הרב ד"ר מרדכי פוגלמן הועברה כמות שהיא על ידי בתו לאולם שבבית הכנסת 'אהבת אחים' בשכונת בבלי בתל אביב. הספרייה מוקדשת לזכר ששת המליונים שנרצחו בשואה. באולם הספרייה נקבע לוח שיש, בו נחרטו שמות בני המשפחה שנספו בשואה. עם הספרייה הועברו שולחן עבודתו של הרב ד"ר פוגלמן ורהיטי חדר עבודתו.
רעייתו בלה סיפרה, שהוא היה דורש בקאטוביץ בפולנית. ואם באים אנו לאסוף את הלשונות שבהן דיבר, למד, דרש וכתב נמצא בהן יוונית ולטינית, שחקר על ידן את מוסדות הקהילה היהודית בעבודת הדוקטור, פולנית היא שפת המקום שדיבר בה מלידתו עברית וארמית, שעשה בהן מילדותו וקבען בעולמו התרבותי והנפשי ונתן בהן את רוב כוחו, לימודו והתעסקותו ותורתו ; יידיש היא שפת היהודים המדוברת בבתי כנסיות ומדרשות ובכל מקום שאליו נדדו יהודי גרמניה ופולין ; גרמנית וצרפתית ואיטלקית, שנזקק להן במקומות לימודיו בשווייץ ובאיטליה. שיעור ידיעתו את השפות ועומקה שונה מן הסתם לפי המקום ולפי הצורך. ואולם הצירוף של ידיעת השפות, אף אם בשיעור משתנה, נותן רקע רחב להבנת מושגים שונים ולקריאה אוריינית של כתבים יהיו מימי הביניים או מן התקופה העתיקה, ואף מאלה שמתחברים בימינו.
קישורים חיצוניים.
מכתביו:
אמות המים של קיסריה
אמות המים של קיסריה היא מערכת של אמות מים שהובילה מים לעיר קיסריה בעת העתיקה. אמות המים של קיסריה תיפקדו בזמן קיומה של העיר – מאז ייסודה בימי הורדוס ועד המאה ה-13, כאשר נהרסה בימי הסולטאן הממלוכי ביברס. אף על פי שקיסריה הוקמה על פני שכבת מי תהום גבוהים, המאפשרת אספקת מים באמצעות בארות, בוני העיר דאגו לאספקת מים זורמים לעיר, כמקובל בערים הגדולות של התקופה הרומית. המערכת הורכבה מכמה חלקים שונים.
אמת המים הגבוהה.
תעלה א'.
מקור המים היציב הקרוב ביותר לקיסריה מבחינה טופוגרפית הוא עינות שוני – קבוצת מעיינות מצפון לבנימינה. תפוקת המים בשנות ה-30 של המאה ה-20 הייתה 405 מ"ק לשעה. אנשי הסקר שחפרו במקום לא מצאו עקבות אמה אלא רק שרידי סכרים ועמודים, אשר נעלמו תוך כדי עבודה חקלאית אינטנסיבית. האמה מופיעה באופן ברור על-יד המחצבה שבקצהו הדרומי של הכרמל. ראשיתה של האמה הגבוהה הייתה תעלה בודדת שהובילה את מי עינות שוני לעיר, אך לא נותרו ממנה שרידים ברורים בקטע שבין עינות שוני למחצבות בנימינה, ורק השיקולים הטופוגרפיים וההידרולוגיים מצביעים על עינות שוני כעל המקור הראשוני של המערכת.
תחילת המערכת בתעלה הנישאת על חומת אבן רצופה. במקום שבו גדל הפרש הגובה שבין פני הקרקע והתעלה, מתחלפת החומה בסדרת קשתות, שמעליהן מקשט את האמה כרכוב, הבולט מקו הבנייה. המבנה בנוי אבני כורכר מסותתות. דפנות התעלה עשויות בטון על בסיס סיד, והתעלה מטויחת מבחוץ ומבפנים. האמה פונה מערבה, עד שהיא מגיעה אל רכס הכורכר המקביל לחוף. האמה חצתה את הרכס דרך נִקבה שכיום היא סתומה. בקטע המקביל לשפת הים תעלה א' מכוסה, על מנת למנוע חדירה של חול לתוכה. הכיסוי נעשה בחלקו על ידי לוחות אבן ארוכים המונחים על קירות התעלה, ובחלקו על ידי זוגות של אבנים שהונחו בצורת גמלון מעל התעלה. הכיסוי הונח מעל לטיח המושלם על קירות התעלה, ומכאן שהכיסוי לא היה חלק מקורי של המבנה אלא תוספת מאוחרת. כיום, האמה לא מגיעה עד העיר אלא נעצרת 900 מטרים מצפון לה. היא נקטעה בשל מפרצון ימי שנוצר לאחר בנייתה; קשה לקבוע מתי התרחב המפרץ עד כדי הרס האמה. בצדו הדרומי של המפרץ מופיעה האמה שוב, ומגיעה עד לחומת העיר, סמוך למגדלים העגולים שבצפונה. האמה שבתוך העיר טרם נתגלתה. תעלה א' נבנתה כנראה על ידי הורדוס בעת ייסוד העיר. גובהה 115 ס"מ ורוחבה 70 ס"מ; שיפוע התעלה הוא מזערי, והסתכם ב-16 ס"מ לק"מ.
התעלה נישאת על מבנה קשתות. רק במקום שבו עליה לחצות את רכס הכורכר, בכפר ג'סר א-זרקא, היא עוברת בנִקבה חצובה בעלת פירים אנכיים. יש להניח שחלק זה של המפעל נבנה על ידי הורדוס, מייסד העיר, או זמן קצר לאחר זמנו.
תעלה ב'.
נראה שעם גידול אוכלוסייתה של קיסריה, לא סיפקה תעלה א' את צורכי המים של העיר, ונבנתה תעלה ב', המקבילה לה וצמודה אליה. תעלה זו בנויה מבחינה אדריכלית וטכנית כהעתקה המדויק של תעלה א'. היא רחבה ועמוקה במידת מה מתעלה א'; גובהה 140 ס"מ ורוחבה 90 ס"מ, ולפיכך הספיקה המרבית שלה הגיעה ל-1,600 מ"ק בשעה. תעלה ב' בנויה מאבן סטומה הרבה יותר. מסיבה זו רואים בה תיקונים רבים, וקטעים באורך עשרות מטרים נבנו מחדש. לעומתה, תעלה א', הקדומה יותר, ניצבת עד ימינו ללא תיקונים.