הנושא הפוליטי הבא עליו כתב לוק הוא משפט הטבע. ה"מסות על משפט הטבע" (Essays on the Law of Nature) נכתבו בשנים 1663–1664. כמו החיבורים על הממשל, הן חוברו באוקספורד ולא פורסמו באופן רשמי, אבל הן הופצו באופן מוגבל בסביבה האקדמית של לוק. במסות ניתן למצוא חלק מהרעיונות שהנחו את לוק מאוחר יותר בכתיבה של המסה על שכל האדם ובכתביו הפוליטיים המאוחרים יותר.
נקודת המוצא של לוק היא שאלוהים קיים, שכל אדם רציונלי יאמין בקיומו, ושהיסוד לכל כללי המוסר הוא ההכרה בכך שאלוהים הטוב ובעל החוכמה והכוח האינסופיים יצר את העולם. ללא ההכרה באלוהים, אין חשיבה רציונלית, אין חוקי מוסר ואין יסוד לקיום חברה. הגישה של לוק הושפעה מזו של פרנציסקו סוארש . אלוהים הוא כל יכול, אך יצירתו אינה שרירותית, אלא עוקבת אחרי חוק מוסרי קבוע ובלתי משתנה, שהוא משפט הטבע.
שאלה מרכזית עבור לוק היא כיצד ניתן לדעת את משפט הטבע. הוא מונה ארבעה דברים שעשויים להוות את הבסיס לידע כזה: 1. ידע פנימי שחקוק בליבנו או מוחנו מלידה (inscription); 2. מסורת - ידע העובר מדור לדור; 3. התגלות על-טבעית או אלוהית; 4. ניסיון חושי. לאחר הצגת אפשרויות אלה, לוק מתעלם מהאפשרות השלישית, דוחה את השתיים הראשונות, ודן בחיוב רק על האפשרות האחרונה: ניסיון החושים כבסיס לידע לגבי משפט הטבע. טיעון זה מראה שהיסודות לאמפיריציזם של לוק הונחו עוד בימיו באוקספורד. הטענה אינה ממעיטה מחשיבותה של התבונה, אלא מדגישה שטיעוני התבונה מתחילים מהאמיתות שנתפסות באמצעות החושים. לא ניתן להסתפק בחשיבה אינטרוספקטיבית בלבד, כפי שמציעה המסורת הפלטוניסטית. התבונה אינה מכוננת את החוק הטבעי, אלא מגלה ומפרשת אותו.
במסות על משפט הטבע דוחה לוק את הגישה הרלטיביסטית לפיה חוקי המוסר מבוססים על מוסכמה חברתית. ההסכמה המשתנה בחברה מסוימת לגבי מה שאסור ומותר לא מלמדת דבר על משפט הטבע האובייקטיבי, שכן משפט הטבע הוא יחיד, נצחי, אוניברסלי, בלתי משתנה וניתן ללמידה באמצעות החושים והתבונה. הרושם הראשון שבני האדם מקבלים באמצעות החושים הוא של הדברים שקיימים בעולם, כולל עצמם. מתוך רושם זה התבונה ממשיכה ומגלה את קיומו של הבורא בעל החוכמה והכוח האינסופיים, שבלעדיו הם והדברים שמסביבם לא היו יכולים להתקיים. התבונה מגלה ש"הבורא לא יצר את העולם לחינם וללא תכלית", ובהתאם שגם לאדם יש תכלית. ההבנה של האופנים בהם עלינו להתנהג על פי תכליתנו - ההבחנה בין מידות טובות (virtue) למידות לרעות (vice) - היא הבנה של משפט הטבע.
לוק מבקר במסות גם את הגישה שמזוהה עם תומאס הובס, ושלוק עצמו, כמו הוגו גרוטיוס, מייחס לקרנאדס, לפיה שימור עצמי הוא הבסיס למשפט הטבע, "שכן, אם המקור והבסיס למשפט הטבע הם הדאגה לעצמך והשימור של עצמך, לא הייתה המידה הטובה החובה של אדם, אלא נוחותו, ודבר לא היה טוב מלבד מה ששימושי; וההקפדה על משפט הטבע לא הייתה החובה שלה אנו כפופים מטבענו, אלא זכות יתר ויתרון שמובלים אנו אליו לתועלתנו". לפי לוק "הדוקטרינה ההרסנית" לפיה אינטרס עצמי מהווה את הבסיס למשפט הטבע נסתרת על ידי גישה רציונלית יותר, שקשובה לתחושת האנושיות המשותפת לכולם ומגלה דאגה לאחווה בין בני אדם. משמעות הגישה הרציונלית הזו אינה שקיימת סתירה מוחלטת בין תועלת אישית לבין חוק הטבע. לדוגמה, חוק הטבע מספק את ההגנה החזקה ביותר לקניין הפרטי, והגנה זו היא האינטרס העצמי של כל אדם. אולם, ככל שתועלת אישית וכיבוד של משפט הטבע הולכים יד ביד, התועלת היא התוצאה של כיבוד משפט הטבע ולא הבסיס לו.
תחת הגישות שמתבססות על אינטרס עצמי או על מוסכמות חברתיות, מבכר לוק את הגישה לפיה מקורו של כל חוק הוא בכפיפות לסמכות שלה יש זכות וכוח על הכפופים. כאשר אנו מתבוננים בסולם ההיררכי של כפיפות לחוק, ברור שהמקור לכל סמכות הוא בסמכות של הבורא וזכותו ביחס לכל בריאתו. הזכות של מחוקקים ארציים יכולה להיות זכות טבעית, כאשר מדובר על זכות לגבי דבר שהם יצרו; זכות מתוקף העברה (right of donation), כאשר אלוהים מעביר סמכות לאדם, כגון אב או מלך, על תחום מסוים; או זכות מתוקף חוזה (right of contract), כאשר אדם מכפיף עצמו באופן וולונטרי לרצון של אדם אחר. בכל אחד מהמקרים האלה המחוקק הארצי כפוף בעצמו למשפט הטבע, וסמכותו שאולה מאלוהים. אנו מחויבים לציית למחוקקים הארציים "כיוון שכך אלוהים רצה וציווה, כך שעל ידי הציות להם אנו מצייתים גם לאלוהים". טיעון זה, לפיו חובת הציות למשפט הטבע ולחוק בכלל נעוצה בזכות וברצון של המחוקק, מראה על הנטייה של לוק לוולונטריזם. עם זאת, הטענה שאלוהים אינו רק כל יכול, אלא גם טוב ובעל חוכמה אינסופית, ולכן ברא בעולם סדר הניתן להבנה באמצעות התבונה, הביאה חלק מפרשניו לטענה שהוא משלב גם בגישתו גם רעיונות אינטלקטואליסטיים. גם בנוגע לציות למחוקקים ארציים, בעוד שלפי לוק החובה לציית להם נובעת מהזכות של המחוקק, הוא קובע גם שהחובה פועלת על המצפון ועל השכל עצמו, כך שחוקים טובים לא מניעים את הכפופים על ידי יצירת פחד מענישה, אלא על ידי תפיסה רציונלית.
לוק לא מספק במסות על משפט הטבע ניסוח ממצה של כל החוקים הכלולים בו, אך הוא מספק דוגמאות ומחלק אותן לסוגים שונים:
חלוקה נוספת שמציע לוק היא לחובות וציוויים של משפט הטבע שמחייבים כל אדם ואלה שמותנות במצבים שונים וביחסים הקיימים בין בני אדם. לדוגמה, האיסורים על גנבה, הוללות, לשון הרע וניאוף מחייבים את כולם באופן שווה; אבל חובת הציות של הנתין אינה קיימת עבור המלך, שאינו מחויב להיות נתין, ולאב יש חובה להאכיל את ילדיו, אך אף אדם לא מחויב להיות אב. הגישה של לוק מדגישה שמשפט הטבע קבוע וכוחו מחייב תמיד, אבל נסיבות החיים משתנות.
על הסובלנות.
השינוי בעמדות הפוליטיות של לוק ניכר לראשונה ב"מסה אודות הסובלנות" (An Essay Concerning Toleration), שנכתבה ב-1667, זמן קצר לאחר שהוא עזב את אוקספורד והצטרף לבית של לורד אשלי. לוק עצמו לא הסביר את הנסיבות שהובילו אותו לגישה ליברלית יותר באשר לתפקיד המדינה ולתמיכה בסובלנות דתית. פרשניו הציעו מספר הסברים, ביניהם השהות של לוק בקלווה הפלורליסטית יחסית וההשפעה של חוג מכרים שעסקו במדע אמפירי. ייתכן שללורד אשלי עצמו הייתה השפעה מכרעת על הגישה של לוק לנושא, שכן הוא תמך בסובלנות דתית וברעיונות רדיקליים לגבי המדינה לפני שלוק הצטרף לביתו, ולוק אימץ את הכיוון הרעיוני הזה בכתב זמן קצר מאוד לאחר שעבר לגור בביתו.
ברקע לכתיבה של לוק על הסובלנות היה דיון סוער בממלכה באשר לגבולות ההתערבות של המדינה בחיים הדתיים של הנתינים. ב-1662 אושר "חוק האחידות" (Act of Uniformity) שקבע אחידות בפולחן על פי ספר התפילות האנגליקני של תומאס קרנמר והתנה קבלת משרות ציבוריות, ממשלתיות ומשרות בכנסייה בנשיאת שבועת נאמנות למלך והיצמדות לכללי הפולחן הרשמיים. ב-1664 הפרלמנט העביר חוק נוסף (Conventicle Act), שאסר על התאספויות של יותר מחמישה אנשים שאינם דבקים בדת הרשמית. בניגוד לציפיות של לוק, כפי שהובעו בחיבוריו הקודמים, השימוש בסמכות שלטונית לאכיפת הדת הציבורית לא הביא לחיזוק הסדר במדינה, אלא החריף את המחלוקות. אלפי אנשי דת וממשל סירבו לשאת את השבועה וגורשו מהכנסייה האנגליקנית, והתנועה של פלגים לא קונפורמיסטיים הפכה לבולטת ופוליטית יותר. ייתכן שהמפנה של לוק לתמיכה בסובלנות נבע מההכרה שהטיעון התוצאתני לפיו סמכות שלטונית בענייני דת היא רצויה כיוון שהיא מחזקת את השלום והסדר הציבורי כשל באופן מעשי.
נושא הסובלנות בענייני דת המשיך להעסיק את החברה בבריטניה ואת לוק עצמו, שהמשיך לכתוב על הנושא לאורך כל חייו. ב-1685, בעת שהוא שהה בהולנד, ביטל לואי הארבעה עשר, מלך צרפת, את האדיקט של נאנט, שהגן על חופש הדת וחופש הפולחן של פרוטסטנטים בצרפת. לוק חיבר באותה שנה את האיגרת הראשונה על הסובלנות, אותה הוא מיען לקורא אנונימי, שהיה למעשה חברו התאולוג ההולנדי פיליפ ואן לימברוך, שגם הכין אותה לפרסום. האיגרת פורסמה בלטינית ובעילום שם, ותורגמה לאנגלית על ידי ויליאם פופל (William Popple). לוק כתב בצוואתו שהתרגום לא נעשה בסמכותו, אבל נראה שהוא היה מרוצה מהתרגום והוא אף ציטט ממנו בכתביו הבאים. האיגרת על הסובלנות הפכה לטקסט פופולרי עוד בימי חייו של לוק וזכתה לתגובות וביקורות רבות. עד סוף המאה ה-18 היא יצאה ב-26 מהדורות ותורגמה למספר שפות.
ב-1688 עבר בפרלמנט הבריטי חוק הסובלנות (Act of Toleration). אחד ממבקריו הראשונים של לוק היה גם מבקר של חוק הסובלנות, התאולוג האנגליקני ג'ונאס פרוסט (Jonas Proast). בתגובה לביקורות של פרוסט, פרסם לוק ב-1690 את האיגרת השנייה על הסובלנות וב-1692 את האיגרת השלישית על הסובלנות. ב-1704 הוא התחיל לכתוב איגרת רביעית, אותה הוא לא הספיק השלים.
הסובלנות כערך בנצרות.
לוק פותח את האיגרת על הסובלנות בטענה שהסובלנות היא ערך מרכזי של הכנסייה הנוצרית האמיתית. הוא מצטט מהבשורה על-פי לוקאס: "מַלְכֵי הַגּוֹיִם רֹדִים בָּהֶם... וְאַתֶּם לֹא־כֵן" (לוקאס כב: 25–26). לפי לוק, הנצרות מצווה לקרב לדת על ידי חיזוק האמונה, צדקה ואהבה ולא באמצעות הכוח. הוא טוען שהעינויים שמופנים כלפי מאמינים לא קונפורמיסטיים לא יכולים להתפרש כביטוי של אהבה וטוען שעינויים אלה חוטאים לנצרות יותר מאשר התנגדות מצפונית כלשהי להחלטות הכנסייה.