כיהן כיו"ר ועדת המוזיאון של אגוד החיילים המתנדבים לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה, שהוקם באביחיל (ליד המוזיאון הקיים של הגדודים העבריים במלחמת העולם הראשונה). במסגרת זו היה אחראי על גיבוש תוכן התצוגה ולסיוע שוטף ומקיף למשרד הביטחון ולהנהלת המוזיאון בכל תחומי התצוגה. עבודה זו התנהלה במשך כשבע שנים מאז 2002 עד לפתיחת המוזיאון ביולי 2009.
כתב ערכים בשש אנציקלופדיות: "האנציקלופדיה העברית", "האנציקלופדיה לחפירות ארכאולוגיות בארץ ישראל", "האנציקלופדיה החדשה לחפירות ארכאולוגיות בארץ ישראל", "Anchor Encyclopedia" (אנציקלופדיה למדעי המקרא), "The Encyclopedia of the Dead Sea Scrolls".
עסק בניהול והדרכה של סיורים היסטוריים-צבאיים וארכאולוגיים לחוגי ידיעת הארץ, למכונים ולחברות שהוא חבר בהן ולמשלחות מחו"ל והדריך במכוני מחקר. הכין שתי סדרות להצגה בטלוויזיה של דרום אפריקה וארצות הברית בהיסטוריה צבאית מקראית ובחוגים לידיעת הארץ. כמו כן הופיע ברדיו ובטלוויזיה בתחומי מומחיותו.
עסק בייעוץ לגופים שונים כמו יועץ מדעי לפורום לירושלים המאוחדת משנת 1972 עד להפסקת פעולתו ב-1993.
מרדכי גיחון היה נשוי לחוה לבית גולדברג עד למותה בשנת 2015, ולהם שלושה ילדים. חוה עבדה עד להולדת בתה כעוזרת לבורנטית במעבדה של אביה, פרופ' עמנואל גולדברג, חתן פרס ישראל.
חברות בגופים מדעיים.
בין הגופים המדעיים בהם היה גיחון חבר:
חפירותיו.
מאז שנת 1968 ועד לשנת 1990 ניהל מרדכי גיחון שבע חפירות מרכזיות:
מחקריו.
מחקריו של גיחון מתמקדים בארבעה תחומים:
חקר הספר הרומי, הלימס.
חקר הספר הרומי עמד במשך שנים במרכז התעניינותו המחקרית של גיחון.
גיחון ראה את חשיבות אזורי הספר בהיותם "אברי החושים" של כל מדינה. האימפריה הרומית הייתה מוקפת בכ-9,000 ק"מ ספר מאובטח שנועד לשטר ולסנן את המעבר בגבול בימי שלום ולהוות חגורת מגן מול פשיטות ופלישות של עממים שונים ותקיפות מדינות אויב.
הייחוד בספר הישראלי שהוא גם ספר אקלימי בין המזרע והישימון ועל כן הוצרך להגנה ממוסדת מימי בית ראשון ואילך כדי למנוע את פשיטות שבטי סף המדבר.
התגוננות יעילה מולם תבעה מערך לעומק. הרומאים נכנסו ביודעין למערכים ההרודיאנים וכן לביצוריהם ועוד יותר העתיקו אותם.
את האסטרטגיה הזאת ואת שיטות הביצור האלה יישמו מאוחר יותר בכל אתר שהתנאים דרשו זאת.
כל המסקנות האלה מבוססות על מחקריו של גיחון שהקיפו גם את החקר האדריכלי של ביצורי הלימס, משמעות התבניות של ביצורים אלה מבחינה טקטית ולוגיסטית, שיטת לוחמת ההגנה של מכלול מערכת הביצורים והגייסות בתוכה. קשר, תקשורת, תעבורה בתוך רצועת הספר, היישובים האזרחיים בה ושילובם כישובי "מיליציה" בתוך המערך וכו'.
גיחון חקר את כל אלה מתוך שימת לב לשינויים שחלו במשך 600 שנות קיומו של הלימס. כך כלל ספר זה בראשיתו את פאתי יהודה הדרומיים
ובשיאו הקיף את הנגב כולו והוא הפך לפרובינציה עצמאית פלשתינה טרטיה כשדרום עבר הירדן סופח אליו.
גיחון עסק גם בחקר העורף, שיישוביו היהודיים והנוכריים שולבו במערכת הגנה.
הסקר הארכאולוגי בלימס.
לצורך חקר הלימס ערך גיחון סקר שהתנהל החל מ-1956 ועד ל-1970 בקצב משתנה. הוא מדד ושירטט 149 אתרים, ליקט את הקרמיקה וקבע את משמעותם הצבאית והכלכלית.
חפירות ארכאולוגיות בלימס.
מתקנים צבאיים.
בין השנים 1967 ל-1990 חפר גיחון בזו אחר זו במצודות בעין בוקק
ובתמרה,
במצד בצפית
ובישוב של משפחות החיילים למרגלות תל מלחתה. מסקנות החפירות תרמו תרומה ניכרת למחקר הלימס הרבה מעבר להיבטים הטקטיים והאסטרטגיים. הן הקיפו תחומים החל בתפריט המזון של חיל המצב ותעסוקת הפנאי שלו ועד לכיבושן של המצודות בידי שבטי הערבים הנוודים והמוסלמים. מסקנות כל החפירות האלה שולבו בחקר קורות הלימס כמפורט לעיל.
החפירות בתמרה בין 1973 – 1976 חשפו מצודה אשר שימשה בסיס עיקרי ליחידה אשר הייתה מוצבת הצבת קבע על הלימס. המצודה הוקמה על ידי הנבטים והרומאים נכנסו אליה אחרי סיפוח הממלכה הנבטית לאימפריה. הם הוסיפו את ארבעת מגדלי העוז שבפינתה. אובחנו מגורי המפקד, המקדש היחידתי, הנשקייה, חדרי המגורים וחדרי המשמר, המטבח ועוד. ברכה מקורה רבת ממדים במרכז החצר הקטורה קלטה את מימי הגשמים מן הגבעה שבדרום, אשר במרומה נחקר מגדל משמר ותצפית, אחד מיני כמה שהקיפו את המצודה אשר הוקמה במיצר דרכים ממש. המצודה נהרסה בעטיה של המלחמה בפרסים ושוקמה באופן חפוז, לרבות הצרת שערה לקראת הפלישה הערבית-מוסלמית אשר אחריה ננטשה.
נווה בוקק.
החפירות בעין בוקק חשפו למרגלות המצודה בית חרושת (officina) ליצור תכשירי רפואה ותמרוקים, אשר מתקני היצור שבו נשתמרו כמעט בשלמותם ובכך ייחודו וחשיבותו.
הגילוי הזה והממצאים בתוכו אפשרו לחוקרים לשחזר בעזרת תעשיינים כימיים ופרמצבטיים (א. קראוס, ר. בלוך ועוד) ומומחה איטלקי בכיר (פרופ' דונטו, האקדמיה האיטלקית) תהליכים מקבילים של יצור תכשירים המבוססים על האפרסמון של מטעי גדות עין בוקק, צמחי מרפא ובושם נוספים, אספלט של ים המלח, תמרים ועוד. לראשונה ניתן היה להוסיף לתיאורים בכתובים ובאיורים שמן התקופה העתיקה עדות "חיה".
תוצאות חפירותיו של גיחון בעין בוקק מפורטות בשני כרכים. הראשון כתוב גרמנית והשני אנגלית.
עוזרו הראשי של גיחון בחפירות המצודה ובעיבוד ממצאיה היה ד"ר (לימים פרופסור) ישראל רול, ובחפירת האופיקנה ועיבוד ממצאיה ד"ר (לימים פרופ') משה פישר.
חפירות נוספות.
גיחון ניהל חפירות נוספות:
א. בין 1978 לבין 1983 בחרבת עקד:
עקד נתגלתה כאתר מבוצר (מרכז מנהלי חשמונאי, הרודיאני) עם ביצורים חזקים בעלי עניין ללימוד תורת הקמת בנייני מגן של אותה תקופה. ביצורים אלה
נהרסו במלחמת וארוס או במלחמת החורבן ושופצו בימי בר כוכבא בשיטה חפוזה אשר חוזרת על עצמה בביתר. במעבה הגבעה התגלתה מערכת ענפה של מערות מסתור תת-קרקעית מימי בר כוכבא ששימשה תחילה בסיס סתר להפתעת הרומאים ובשלהי המרד כמפלט ללוחמים. מחשיפתה ניתן היה להסיק מסקנות שונות וכדוגמה לכך שיטת הסתרת פסולת חציבת מקומות המסתור מעין הרומאים על ידי פזורה בלילות.
ב. בין 1981 לבין 1990 באמאוס:
באמאוס גילה גיחון מרחץ מן התקופה הרומאית והביזנטית העומד על תלו עד לכפה ולקמרונים.
מצב השתמרות ייחודי זה מאפשר להסיק מסקנות חשובות באתר לגבי הרמה והיכולת של הבנאים באותו זמן ושיטותיהם. כמו כן להשלמת ההבנה של תפעול המרחצאות, הסקתם, ודרך הרחצה בהם.
ג. מרגלות תל שלם:
בעקבות הגילוי של פרופ' גדעון פרסטר, חפירה של מחנה הרומי רב הממדים מימי הדריאנוס שהניבו תוצאות חשובות להבנת מלחמת בר כוכבא, אך הופסקו מחוסר תקציב. המסקנה ההיסטורית החשובה: כיבוש המחנה בידי היהודים והריסתו ושיקומו לאחר כיבושו בחזרה (ככל הנראה על ידי הדריאנוס).
הגאוגרפיה ההיסטורית צבאית של ארץ ישראל.
תחום שני של מחקריו והוראתו של גיחון הוא הגאוגרפיה הצבאית, עם דגש על ארץ ישראל.
מטרת מחקריו של גיחון הייתה ללמוד ולקבוע את השפעת הנתונים הגאוגרפיים על ביטחון המדינה ומרחבה ועל הלחימה בהם החל בימי התנ"ך ואילך, בכל הרמות.
מן המחקר עולה השפעת הקבע של נתונים כגון מיקום המדינה ותנאים טופוגרפיים כגון נהרות, הרים, שטח בנוי על קורותיה הביטחוניים הגאופוליטיים והצבאיים.
מחקריו של גיחון התבססו על ההשוואה בין השפעת צורות טופוגרפיות על הלחימה בארץ ובעולם לאורך דברי הימים. הוא גיבש כללים לאופי השפעות אלה ולדרכים להתמודד עמהן.
תורה זו מהווה פיתוח עצמאי של גיחון. באופן כללי הוא הרבה ליישם אותה בהוראה ובכתיבה, בתחום הארץ ישראלי. לדוגמה, כמה וכמה ממחקריו מתבססים על העובדה כי ארץ ישראל הייתה "ארץ הגשר" (מונח אותו טבע גיחון) בין מצרים ואפריקה, לבין קדמת אסיה, מסופוטמיה, ובדרך אנטוליה כמקשרת גם לאירופה.
הנושא פורט בכתיבה ובהדרכה עבור אמ"ן ועבור בית הספר לפיקוד ומטה (פו"ם) והוקם למסלול הוראה שם.
דוגמאות לממצאיו של גיחון:
א. היות א"י גשר היבשות בין ים למדבר תעל עד למאה העשרים את התנועה היבשתית בין מצרים ואפריקה לבין מסופוטמיה, סוריה ואנטוליה ומשם לאירופה לרצועת חופה.
עובדה זו יצרה מקדמת דנא את השאיפה הגיאו-אסטרטגית של תושבי ההר להתפשט אל עבר מישור החוף והפוכו של דבר. מתח מתמיד זה לא הקל על הלחץ המתגבר מדי פעם של מדינות שכנות ומעצמות להשתלט על גשר היבשות.
הבטחת העצמאות חייבה תמיד כוננות ונכונות ביטחונית גבוהה תוך ניצול מושכל של "מצודת ההרים היהודאית-שומרונית",
ותמרון מדיני נבון:
רק פעמיים בהיסטוריה אצרו ישויות לאומיות כוח לקיים עצמאות על גבי גשר היבשות: העם הישראלי-יהודי במשך כ-1000 שנה, חלקן תחת שלטון זר וה"אומה" הצלבנית כ-188 שנים, מהן 100 כמדינת חוף. בשתי הפעמים נזקקו הלאומים למוטיבציה דתית ייחודית להקים את מדינתם ולשמור עליה.
הלחץ ההיקפי קיים גם היום כאשר המוטיבציה הציונית משמשת תשתית למדינת ישראל.
ב. היות עכו עיר מבצר השוכנת על חוף הים, מנע בעבר את כיבושה על ידי צבאות יבשתיים, כל עוד לא שלטו גם בים. מקרים דומים בעת החדשה: נפוליאון ואברהים פחה.
ההיסטוריה הצבאית של ארץ ישראל.
העסוק בתחום הגאוגרפיה ההיסטורית-צבאית של ארץ ישראל וביסוסו חייב מגיחון כניסה לתחום ההיסטוריה הצבאית והוביל למחקרים בהיסטוריה הצבאית עם דגש על זו המקראית וזו של בית שני, אשר הניבו מספר ניכר של פרסומים.
בית ראשון.