ב-19 בדצמבר, עם התעצמות הלחימה, זכתה קרואטיה בהכרה הדיפלומטית הראשונה שלה על ידי מדינה מערבית - איסלנד - בעוד שהמחוזות האוטונומיים הסרבים בקראינה ובמערב סלאבוניה הכריזו על עצמם כרפובליקה של סרגינה הסרבית. ארבעה ימים לאחר מכן הכירה גרמניה בעצמאות קרואטית. ב-26 בדצמבר 1991 הודיעה הנשיאות הפדרלית יוגוסלבית אשר הייתה בשליטת סרביה על תוכניות ליוגוסלביה קטנה יותר שתכלול את השטח שנכבש מקרואטיה במהלך המלחמה.
ב-21 בדצמבר 1991 בפעם הראשונה במלחמה הותקפה איסטריה. הכוחות הסרביים תקפו את שדה התעופה בסמוך לעיר ורסאר, שנמצא בדרום-מערב חצי האי בין העיר פורץ' לרוביני בעזרת 4 מטוסים. לאחר מכן, הרסו המטוסים היוגוסלבים את שדה התעופה "קרלינקה" של ורסאר, והביאו לשני מקרי מוות. בתיווך על ידי דיפלומטים זרים, הפסקות האש היו חתומות לעיתים קרובות ונשברו לעיתים קרובות. קרואטיה איבדה שטח רב, אך הרחיבה את הצבא הקרואטי משבע החטיבות שהיו לה בהתחלת המלחמה ל-60 חטיבות ו-37 גדודים עצמאיים עד 31 בדצמבר 1991.
ועדת הבוררות של ועידת השלום ביוגוסלביה, המכונה גם ועדת הבוררות של Badinter, הוקמה על ידי מועצת השרים של הקהילה הכלכלית האירופית (EEG) ב-27 באוגוסט 1991, כדי לספק לוועידה ביוגוסלביה ייעוץ משפטי. הוועדה בת חמישה חברים כללה נשיאי בתי משפט לחוקה באיחוד האירופי. החל מסוף נובמבר 1991, הוועדה מסרה עשר חוות דעת. הנציבות הצהירה בין היתר כי יוגוסלביה נמצאת בתהליך פירוק וכי אין לשנות את הגבולות הפנימיים של הרפובליקות היוגוסלביות אלא אם כן הוסכם בחופשיות.
גורמים לטובת שמירת קרואטיה על גבולותיה לפני המלחמה היו תיקוני החוקה הפדרלית של יוגוסלביה משנת 1971, והחוקה הפדרלית היוגוסלבית משנת 1974. תיקוני 1971 הציגו תפיסה שליחידות הפדרליות האחראיות על שטחם ושלטונם המקומי והם מעבירים את הניהול הכללי לראשות המדינה על ידי החוקה. החוקה של 1974 אישרה וחיזקה את העקרונות שהוצגו בשנת 1971. הגבולות בתוך יוגוסלביה הוגדרו על ידי ועדות התיחום בשנת 1947, על פי החלטות AVNOJ ב-1943 וב־1945 בנוגע לארגון הפדרלי של יוגוסלביה.
1992: הפסקת האש.
הפסקת אש חדשה בחסות האו"ם החמישה עשר במספר בחצי השנה האחרונה, סוכמה ב-2 בינואר 1992 ונכנסה לתוקף למחרת. הסכם זה אשר נקרא הסכם סרייבו הפך להפסקת אש מתמשכת. קרואטיה הוכרה רשמית על ידי הקהילה האירופית ב-15 בינואר 1992. אף על פי שה-JNA החל לסגת מקרואטיה, כולל מרפובליקת קרג'ינה(rsk), אנשי הרפובליקה עדיין שמרו בבירור על העליונה בשטחים הכבושים בגלל תמיכה מסרביה. באותה תקופה RSK הקיפה שטח של 13,913 קמ"ר (לא כולל את השטח ליד דוברבניק שנשלט בידי אקו אפולוניו).
לאחר סיום סדרת הפסקות האש שלא הצליחה, פרש האו"ם כוח הגנה בשטחים הכבושים בקרואטיה - כוח ההגנה של האו"ם (UNPROFOR) - כדי לפקח על ההסכם ולשמור עליו. UNPROFOR נוצר רשמית על ידי החלטה 743 של מועצת הביטחון ב-21 בפברואר 1992. שני הצדדים בנו עמדות מבוצרות וה JNA עבר לבוסניה והרצוגבינה שם היה צפוי עימות חדש. קרואטיה הפכה לחברה באו"ם ב-22 במאי 1992, שהותנה בכך שקרואטיה תשנה את חוקתה כדי להגן על זכויות האדם של קבוצות מיעוטים ומתנגדים. גירוש האוכלוסייה האזרחית שאינה סרבית שנשארה בשטחים הכבושים בידי יוגוסלביה נמשכה למרות נוכחותם של כוחות הצבא השלום UNPROFOR, ובמקרים מסוימים, כוחות האו"ם העלימו עין ואף שימשו כשותפים.
צבא יוגוסלביה לקח אלפי אסירים במהלך המלחמה בקרואטיה, ואסר אותם במחנות בסרביה, בוסניה והרצגובינה, ובמונטנגרו. הכוחות הקרואטיים לקחו גם הם כמה אסירים סרבים, ושני הצדדים הסכימו למספר חילופי אסירים; מרבית האסירים שוחררו בסוף 1992. חלק מבתי הכלא הידועים לשמצה כללו את מחנה סרמסקה מיטרוביקה, מחנה שטג'ייבו ומחנה ביג'יצ'י בסרביה ומחנה מוריני במונטנגרו. הצבא הקרואטי הקים גם מחנות מעצר, כמו מחנה בית הסוהר לורה בספליט.
הסכסוך המזוין בקרואטיה נמשך לסירוגין בהיקף קטן יותר. היו כמה פעולות קטנות יותר שביצעו כוחות קרואטיה כדי לשחרר את המצור על דוברובניק, וערים קרואטיות אחרות (שיבניק, זדר וגוספיצ'י) מכוחות קראינה. קרבות כללו את אירוע רמה מילז'בי (בין קרקה לדרניס), ב-21–22 ביוני 1992,מבצע יגואר בגבעת קריז 'ליד ביבינ'ה וצאדר ב-22 במאי 1992.סדרה של פעולות צבאיות בעורף דוברובניק מבצע מבצע "סיגר" ב-1–13 ביולי 1992, בקונאבלה, ב-24-24 בספטמבר 1992, ובבלסטיקה ב-22–25 בספטמבר 1992. לחימה בסמוך לדוברובניק בעקבותיה נסיגה של JNA מקונאבלה, בין ספטמבר 30 ו-20 באוקטובר 1992. חצי האי פרוקלאקה השומר על הכניסה למפרץ קוטור הוחרם והועבר לידי UNPROFOR, בעוד שארית קונבל הוחזרה לשלטונות קרואטיה.
1993: ההתקדמות הצבאית הקרואטית.
הלחימה התחדשה בתחילת 1993, כאשר צבא קרואטיה פתח במבצע מזלניצה, פעולה התקפית באזור זדאר ב-22 בינואר. מטרת הפעולה הייתה שיפור המצב האסטרטגי באזור תוך כיבוש שה התעופה והגשר אשר היו הקשר היבשתי האחרון הין העיר זאדאר לזאגרב ואשר נכבשו בספטמבר 1991. המבצע הוכתר כהצלחה והשיג את כל יעדיו, אך היה זה במחיר כבד מאוד של 114 חיילים קרואטים ו-490 חיילים סרבים הרוגים במספר קרבות קטן ללא תמרונים משמעותיים.
בזמן ביצוע מבצע מזלניצה, כוחות קרואטיה תקפו גם עמדות סרביות 130 ק"מ ממזרח לזאדאר. הם התקדמו לעבר הסכר ההידרו-אלקטרי בפרוג'ה וכבשו אותו עד 28 בינואר 1993, זמן קצר לאחר שהמיליציות הבריחו את כוח שומרי השלום של האו"ם שהגנו על הסכר. כוחות שמירת השלום של האו"ם נכחו במקום מאז קיץ 1992. הם גילו שהסרבים שתלו 35 עד 37 טונות של חומר נפץ הפרושים על פני שבעה אתרים שונים בסכר באופן שמנע את סילוק הפצצות והם הושארו במקום. הכוחות סרביים שנסוגו פוצצו שלושה מטעני נפץ בהיקף של 5 טונות בתוך הסכר בגובה 65 מטר בניסיון לגרום לו להתפרץ ולהציף את האזור במורד הזרם. את האסון נמנע מארק ניקולס גריי, קולונל (אלוף-משנה) במרינס המלכותי הבריטי שאז היה סגן, והיה משקיף צבאי של האו"ם במקום. הוא התסכן בענישה כאשר לפני פיצוץ הסכר הוא הורה על הורדה משמעותית של מפלס המים בו. בכך הוא הציל את חייהם של כ-20,000 אנשים שהיו טובעים למוות או נשארים חסרי בית אם מפלס הסכר היה בגובהו הרגיל בעת הפיצוץ.
מבצע כיס מדאק התרחש מדרום לגוספיצ'י, בין התאריכים 9–17 בספטמבר. את המתקפה ביצע הצבא הקרואטי כדי למנוע מהתותחנים הסרבים באזור להפגיז את העיר גוסיצ'יץ הסמוכה. המשימה אכן השלימה את יעדה והקרואטים כבשו את השטח, אך הדבר נעשה בעזרת פשעי מלחמה. בית הדין הבינלאומי דן לאחר המלחמה את הקצינים אשר השתתפו במבצע באשמת פשעי מלחמה שבוצעו. בעקבות לחץ בינלאומי הופסקה הפעולה והוחלט כי הקרואטים יחזרו לקווים שבהם עמדו לפני ה 9 בספטמבר בעוד חיילי שמירת השלום של האו"ם ימשיכו את הכיבוש וישבו בשטחים שנכבשו מידי הסרבים. האירועים שלאחר מכן נותרו במחלוקת, שכן הרשויות בקנדה דיווחו כי צבא קרואטיה נלחם לסירוגין נגד חיל הרגלים הקנדי (שפעל במסגרת האו"ם) לפני שנסוג לבסוף לאחר שספג 27 הרוגים. בעדויותיו של משרד ההגנה הקרואטי ועדות קצין האו"ם שנמסרו במהלך משפט אדמי-נוראק מכחישים כי התרחש קרב בין הכוחות הקרואטים לקנדיים.
ב־18 בפברואר 1993 חתמו הרשויות בקרואטיה על הסכם דארוואר עם מנהיגים סרבים מקומיים במערב סלאבוניה. מטרת ההסכם הסודי הייתה נורמליזציה של החיים עבור אוכלוסיות מקומיות הסמוכות לחזית.עם זאת, הרשויות בקנין נודעו לכך ועצרו את המנהיגים הסרבים האחראים להסכם. ביוני 1993 החלו הסרבים להצביע במשאל עם בנושא מיזוג שטח קראינה (השטחים הסרבים בקרואטיה) עם הרפובליקה סרפסקה. מילאן מרטיץ ', ששימש כשר הפנים של קראינה, דגל במיזוג של "שתי המדינות הסרביות כשלב הראשון בהקמת מדינה של כל הסרבים" במכתבו שנערך ב-3 באפריל לאספה של הרפובליקה סרפסקה. ב-21 בינואר 1994 הצהיר מרטיץ 'כי "יאיץ את תהליך האיחוד ויעביר את השרביט למנהיג הסרבי סלובודן מילושביץ'" אם ייבחר לנשיא קראינה. הצהרות אלו אידו את החלטה 871 של מועצת הביטחון של האו"ם שקבעה כי כל השטחים שנכבשו בידי סרביה (רפובליקת קראינה למעשה) שייכים לקרואטיה.
במהלך 1992 ו-1993 התיישבו בקרואטיה כ 225,000 קרואטים, כמו גם פליטים מבוסניה והרצגובינה וסרביה. מתנדבים קרואטים וכמה חיילים מגויסים השתתפו במלחמת בוסניה. בספטמבר 1992 בעקבות התקדמות המלחמה שם קיבלה קרואטיה 335,985 פליטים מבוסניה והרצגובינה, רובם אזרחים בוסניאקים (לא כולל גברים בגיל גיוס). מספר הפליטים הגדול העמיס על הכלכלה הקרואטית והקשה על התשתיות. שגריר ארצות הברית בקרואטיה אשר ניסה להסביר לעולם את גודל ההשפעה של הפליטים הבוסניאקים על קרואטיה הסביר בראיון בנובמבר 1993 כי המצב שקל לכך שארצות הברית תקבל אליה כ30 מיליון פליטים.
1994: שחיקת התמיכה ברפוליקת קראינה.