במהלך המאה ה-19, הציבור המצרי ראה יחסי הומוסקסואלים והומוסקסואלים כיחסים נורמטיביים. ח'וואלת ("Khawalat") היו רקדנים גברים שהופיעו בחגיגות פומביות בעוד תפיסת מקומן של רקדניות נקבות היה נפוץ על ידי רקדני הח'וואלת. במשך השנים, ח'וואלת הפך לכינוי גנאי במצרים. הסופר הצרפתי גוסטב פלובר בעת כתבית מכתב לחברו בשנת 1850, תיאר כיצד הוא "מזועזע מהנורמליות וההשלמה הכוללת של הומוסקסואליות במצרים" תוך ציון שהנושא "התקבל באופן חופשי ונדון בפומבי".
סקוט לונג מציין כי "הפללה של מין בהסכמה, לא מסחרי בין גברים במצרים, נוצרה בחלקה מתוך, ובחלקה בתגובה, לרגולציה הקולוניאלית של עבודת מין נשית". בשנת 1883 הציג הח'דיו תאופיק פאשא קוד משפטי במצרים, אשר נכבשה על ידי הבריטים שנה קודם לכן. הקוד עוצב על פי קוד נפוליאון, הקוד האזרחי שהונהג על ידי נפוליאון בונפרטה בצרפת ב-1804, ובחלקו הסדיר את מצבן של נשים זונות במצרים בכך שדרש מהן להיות כפופות לבדיקות רפואיות סדירות, שנשארו בתוקף עד 1949. ההתנגדות הפוליטית במצרים לכיבוש פנתה עד מהרה למערכת הזנות המצרית, בשל שידול לזונות על ידי כוחות בריטיים ו-"המעמד הפריבילגי ממנו נהנו זונות זרות על רקע המצריים" מצב אשר תרם ל-"הקשר של זנות עם כפיפות פוליטית". כפי שציין לונג,ב-1949 החלה ועדה מיוחדת של בית הנבחרים (אז הבית התחתון של הפרלמנט) ללמוד את טיוטת החוק הראשון נגד זנות במצרים. דו"ח הוועדה המליץ להכניס את המונח פוג'ור [הוללות] כהתנהגות פלילית. הוא דחק להוסיף את המילה כדי שהטקסט "יוכל לכלול זנות גברית, שכן המילה דיארה [זנות] מתייחסת רק לזנות נשית".הרחבה לחוק ב-1951 הגדירה את הזנות כ-"תרגול של פשע עם אחרים ללא הבדל". כפי שמציין לונג, "בהיעדר האלמנט הכספי, ההגדרה למעשה הפלילה "הפקרות" בהסכמה באופן כללי, מה שהופך את החלפת מזומן תמונת מין ללא רלוונטית".
תושבי נווה המדבר סיווה, אשר צוינו על ידי היסטוריונים כמי שהוגדרו עם קבלה רחבה באופן היסטורי להומוסקסואליות, היו נתונים למספר מחקרים על ידי אנתרופולוגים בתחילת המאה ה-20. האגיפטולוג הגרמני גיאורג שטיינדורף חקר את נווה המדבר בשנת 1900 ודיווח כי יחסים הומוסקסואלים היו נפוצים ולעיתים קרובות התרחבו לסוג של נישואים: "הסעודה לחיתון נער נחגגה בפאר רב, והכסף ששולם עבור נער הסתכם לפעמים בחמישה עשר לירות בעוד שהכסף ששולם עבור אישה היה קצת יותר מפאונד אחד". מחמוד מוחמד עבד אללה, שכתב את מנהגי סיווה עבור מוזיאון פיבודי לארכאולוגיה ואתנולוגיה ב-1917, העיר שאף על פי שגברים בסיווה יכלו לקחת עד ארבע נשים "מנהגי סיווה אפשרו לגבר רק נער אחד שהוא מחויב אליו בקוד מחויבויות מחמיר". בסוף שנות הארבעים של המאה העשרים, סוחר בסיווה הצהיר לסופר הבריטי המבקר רובין מוהם כי נשות סיווה "הוזנחו קשות" בעוד שגברי סיווה "יהרגו זה את זה עבור נער. אך לעולם לא עבור אישה", אם כי כפי שציין מוהם, נישואים לנערים הפכו ללא חוקיים באותה תקופה.
משטר מובראכ.
בתקופת שלטונו של חוסני מובארכ, ממשלת מצרים לא תמכה בחקיקה של זכויות להט"ב בבית והתנגדה לניסיונות, החל משנות התשעים, לכלול זכויות להט"ב במסגרת מדיניות זכויות האדם שלה. בעוד שמשטר מובארק לא תמך בזכויות להט"ב, לא חוקק איסור מדויק על פעילות הומוסקסואלית או קרוס-דרסינג בקוד הפלילי. סנקציות פליליות נגד הומוסקסואלים וביסקסואלים נטו לנבוע לא מחוק העונשין עצמו, אלא מחוק משלים, שנחקק ב-1961, למאבק בזנות. החוק נגד זנות אוסר גם על "הוללות", גם אם המעשה לא היה כרוך בסחר או בזנות. בתי המשפט במצרים פירשו את האיסור על הוללות כהפללת יחסים הומוסקסואלים בין מבוגרים בהסכמה. עבריינים חוזרים ונשנים של החוק עלולים לעמוד בפני ענישה חמורה יותר מאשר מה שהחוק רואה כ-"הוללות רגילה". בנוסף לחוק הזנות, חוקים אחרים המוסר הציבוריים או הסדר העניקו למשטרה ולשופטים מרחב פעולה משמעותי לרדוף או לקנוס גברים הומוסקסואלים וביסקסואלים. בעוד מעצרים התרחשו מעת לעת על פי חוקים אלה במשך עשרות שנים, נראה כי רדיפה שיטתית יותר החלה בתחילת המאה העשרים ואחת.
החל משנת 2000, תחת חוסני מובארכ, החוקים הללו שימשו כדי לעסוק בדיכוי נגד גברים הומוסקסואלים או ביסקסואלים, או בעצם כל מי שנחשב על ידי הממשלה כתומך בזכויות להט"ב. באותה שנה עצרה המשטרה זוג הומוסקסואלים מצרי והאשימה אותם ב-"פגיעה בכבוד באיום" ו-"התנהגות בלתי מוסרית ומגונה". עורך דינם ביקש לבטל את האישומים מכיוון שהומוסקסואליות אינה פשע, אך השופט סירב בטענה ששני גברים למעשה "פגעו באמות המידה, הדתיות והמוסריות". התקרית הפכה לסנסציה תקשורתית, וקידמה אישי ציבור שונים לראות בהומוסקסואליות תוצר של דקדנס מערבי ולדרוש מהממשלה להוציא להורג הומוסקסואלים או לשלוח אותם למוסדות לחולי נפש. בתוך שנה, ממשלת מצרים החלה בדיכוי פומבי של הומוסקסואלים מצריים על ידי פשיטה על מסיבות פרטיות, מעצר אורחים והאשמתם על פי חוק איסור הזנות וההוללות. מדיניות זו גם הובילה לכך שקוד "הסדר הציבורי והמוסר הציבורי" נעשה יותר ויותר שכיח בשימוש עבור הפללתם של גברים הומוסקסואלים וביסקסואלים. הקוד, שנחקק במקור בשנות ה-90 כדי להעניש סטודנטים "מערביים ואינטלקטואלים ליברליים", החל לשמש מאז עבור הענשת גברים הומוסקסואלים וביסקסואלים.
השפעת החוקים הללו על גברים הומוסקסואלים הובאה לידיעת העולם על ידי ארגון זכויות האדם "Human Rights Watch". הראשונה מבין הפשיטות הללו הייתה במסיבת סירות בקהיר, שבה נעצרו כ-52 גברים מצריים, אשר הואשמו בהפרת חוקי המוסר הציבורי. התקרית נודעה בשם "קהיר 52" אשר במהלכה נעצרו ונשפטו 52 הגברים על פי חוק הזנות וההוללות המקורי, כמו גם קוד הסדר הציבורי והמוסר הציבורי. בתקופה זו פרסם הארגון דו"ח על החוקים המשמשים את ממשלת מצרים להפללת הומוסקסואליות, ההיסטוריה של החוקים, השימוש בעינויים נגד הומוסקסואלים וביסקסואלים על ידי המשטרה, וכיצד חוקים אלה מפרים את תקני זכויות האנושות הבינלאומית. תקרית קהיר 52 גונתה על ידי ארגוני זכויות אדם בינלאומיים רבים. חברי הפרלמנט הגרמני ונשיא צרפת קראו לממשלת מצרים לכבד את זכויות האדם של אזרחיה השייכים לקהילת הלהט"ב. 23 מהנאשמים נידונו למאסר בעבודת כפייה, ואילו האחרים זוכו.
ב-24 בספטמבר 2003, המשטרה המצרית הקימה מחסומים משני צידי גשר קסר אל ניל, המשתרע על פני נהר הנילוס במרכז הבירה קהיר ומהווה מקום פופולרי לגברים בוגרים לפגוש גברים אחרים לשם קיום יחסים אינטימיים, ועצרה כ-62 גברים בגין פעילות הומוסקסואלית. בשנת 2004, סטודנט בן 17 באוניברסיטה פרטית קיבל כ-17 שנות מאסר בכלא, כולל שנתיים של עבודת כפייה, על פרסום פרופיל אישי באתר היכרויות של הומוסקסואלים. תגובת ממשלת מצרים לביקורות הנגד הבינלאומיות נגדה הייתה להכחיש שאזרחי להט"ב נרדפים על ידה, או הגנה על המדיניות שלה בקביעה שהומוסקסואליות היא "סטייה מוסרית".
לאחר עידן מובראכ.
נושאי זכויות להט"ב לא היו בין הרפורמות שדרשו רבים מהמפגינים או מתנגדים אחרים במהלך מהפכת 2011. החוקה הזמנית, שאושרה על ידי המצביעים ב-2011, אינה התייחסה ספציפית לזכויות להט"ב במדינה והממשלה המצרית המשיכה להתנגד להצטרפות להצהרת האו"ם הידועה כ-"ההצהרה המשותפת של האו"ם בדבר סיום מעשי אלימות הקשורים להפרות זכויות אדם על בסיס נטייה מינית וזהות מגדרית" שקראה להפסיק "מעשי אלימות, סנקציות פליליות והפרות נלוות של זכויות אדם שבוצעו נגד יחידים בשל נטייתם המינית או זהותם המגדרית".
עם זאת, קיום המהפכה המצרית בשנת 2011, סיפקה תנופה פוליטית ומרחב להתארגנות אזרחי להט"ב במצרים שהוגדר כיעילים במיוחד מבחינת בניית תנועה עבור הכרה. לאחר המהפכה, אזרחים, פעילים וארגוני זכויות להט"ב במצריים החלו להיות גלויים יותר ובעלי חלק רחב יותר מהנופים הפוליטיים והחברתיים המשתנים שנראו מבטיחים. רבים מפעילי הלהט"ב החלו להתגייס לא רק עבור זכויות להט"ב במדינה אלא גם עבור בין היתר זכויות נשים, ילידים וזכויות אזרחיות אשר הוגדר כבין המאבקים המצטלבים העיקריים שעיצבו את חברי הקהילה בשנים שלאחר המהפכה.
עד שנת 2013, מספר קמפיינים מקוונים למאבק בהומפוביה וטרנספוביה החלו להפוך לוויראליים במספר פלטפורמות מדיה חברתית בהן טוויטר ופייסבוק. בשל התגייסות זו ומסע ההסברה אשר נבע בקרב הפעילים, ההגנה על זכויותיהם של אזרחים מצריים אשר הופלו לאורך השנים על סמך המיניות שלהם על ידי המדינה, הפכה לדרישה קולקטיבית רחבה יותר בתוך קבוצות וארגוני זכויות אדם במצרים. בשנת 2013, הקומיקאי המצרי באסם יוסף הצהיר בתוכנית הדיילי שואו בראיון לג'ון סטיוארט כי הוא הואשם ב-"הפצה וקידום הומוסקסואליות וגסויות" על ידי ממשלת מוחמד מורסי.
בנובמבר 2014, שמונה גברים נידונו לשלוש שנות מאסר באשמת "הפצת תמונות מגונות", בעקבות הפצת סרטון של טקס נישואים חד-מיניים. בדצמבר 2014 נעצרו כ-26 גברים בבית מרחץ ציבורי (חמאם) לאחר שמגישת טלוויזיה, מונה עיראקי, שיתפה פעולה עם המשטרה המצרית. עם זאת, מאוחר יותר זיכה אותם בית המשפט המקומי מאשמה.
שערוריית דגלי הגאווה 2017.