רוב ההיסטוריונים המודרניים כמו הלוי, וייס, ש"ד לוצאטו, בארון, גרץ, צ'ריקובר, מורטון סמית, שצמן ועוד קיבלו את דברי יוסף בן מתתיהו ופטולמאיוס, אף שהם מנוגדים לתפיסה ההלכתית הרווחת. לעומתם היסטוריונים כמו דובנוב, ג' אלון, רפפורט ואריה כשר סברו שהיה מדובר בתהליך של גיור מרצון. לדעתו של כשר, ניקולאוס איש דמשק (שעליו מתבסס בן מתתיהו), עיין את החשמונאים, התאמץ להציגם כטיראנים, וגולל עליהם אשמה של רדיפות דתיות, בעוד שהם עצמם היו קרבנות לרדיפות מעין אלו, ובדומה לכך גם פטולמאיוס האשקלוני, עיר שהייתה מאוימת בידי החשמונאים, לא נטה לחשמונאים חסד, והשתמש בנשק הלניסטי-תעמולתי כנגד החשמונאים. כשר סובר שגם היטורים בגליל התקרבו לעם ישראל מסיבות רבות והתגיירו מרצון, בתהליך הדרגתי בשל העוצמה היהודית, ההשפעה וכנראה גם התעמולה. רפפורט בוחר בדרך ביניים וסובר שיצא צו מלכותי לגיור האדומים, אך טוען שמרבית האדומים הסכימו לצו ברצון בשל המצע התרבותי הדומה וההלניסטיים שבהם נאלצו לגלות. רפפורט מוסיף על כשר שהיטורים היו שכבה דקה של כובשים שפלשו וגירושם מהגליל נתפס בידי אנשי הגליל המקומיים כמעשה של שחרור, שסלל את הדרך לגיור יציב של התושבים.
בסופו של דבר, גם האדומים וגם תושבי הגליל נטמעו תוך מספר דורות בעם ישראל באופן מובהק, כך שבכיבוש הרומאי גם אדום וגם הגליל היו חלק בלתי נפרד מארץ ישראל היהודית, האדומים הפכו לחלק מהלאומיות היהודית, ואף השתתפו באופן פעיל במרד הגדול. השומרונים שכבר עברו תהליך גיור, שהיה נתון במחלוקת, אף שהתבדלו מהאוכלוסייה היהודית לא גורשו ממקומותיהם, ונותרו תחת שליטת הממלכה החשמונאית.
נמלים וצי.
לחשמונאים היה עניין מיוחד עם הים. על כך מעידים, תבליטי ספינות שהותקנו בידי שמעון במאוזוליאום של קברי החשמונאים במודיעין, ובלשון בספר מקבים א', "פתוחי אניות להראות לכל יורדי ים". על גבי המטבעות מתקופתו של אלכסנדר ינאי שהקים את נמל יפו כנמל המדינה החשמונאית, יש ציורי עוגנים. בקבר יאסון מימי החשמונאים, נתגלו ציורי קיר שבהם מתואר מרדף ימי, "שתי ספינות חשמונאיות, כשהן רודפות אחרי ספינה נוכרית". ברוך קנאל משער "שקבר זה הוא אולי קבר של משפחה הקשורה בצי החשמונאי, שהגביר חילים אחרי כבוש עזה בידי ינאי". בנוסף הייתה אשמה על שוד ימי שמטיח הורקנוס כלפי אריסטובלוס בפני פומפיוס, האדם שהבין היטב בשוד ימי בתקופתו. רפפורט מוסיף על כך את הקשר שבין ינאי לקיליקים, שהיו ידועים כשודדי הים של אותה תקופה.
כלכלה.
הכלכלה המסורתית ביהודה התבססה על חקלאות שבה הענפים העיקריים היו דגן, גפן, שמן זית, תמרים, ורעיית צאן ובקר שהיו מימים ימימה הבסיס לכלכלה היהודית. באזור יריחו הופק בלסם, בושם שהיה יקר ערך ויקר מציאות. אספלט (חמר) שהיה לו ביקוש לאיטום ספינות ולתעשיית התמרוקים הופק מים המלח. חלק מהכלכלה החשמונאית התבסס על קשרי מסחר אם באמצעות העיר אשקלון, ואם באמצעות נמל יפו, שנכבש על ידם. החל מימי יוחנן הורקנוס הלכה והושגה השליטה על דרכי המסחר בארץ, "דרך המלך" ו"דרך הים", שהושלמה בימי אלכסנדר ינאי, ושהעשירה מאוד את קופת המדינה, שכן המכסים שהוטלו על שימוש בדרכים אלו היו בין 25% ל-50% מערך הסחורה שהועברה בהם. בתקופת החשמונאים מעמד האיכרים שנפגע בתקופת ההתייונות חזר למצבו הראשון.
המטבעות הן סממן שלטוני ברור וידוע, שגם מכניס רווח לשלטון, וכמעט כל שלטון מבקש להתהדר בו. מטבעות החשמונאים כולן היו עשויות מארד בלבד. הנחה מקובלת היא ששמעון לא טבע מטבעות כיוון שאנטיוכוס השביעי ביטל את הרישיון שנתן לפני ששמעון הספיק לנצלו. בנו יוחנן הורקנוס היה הראשון שטבע מטבעות בשנת 129 לפנה"ס. אף שהחשמונאים רצו לבטא את עצמאותם בטביעת מטבעות משלהם, ניכרת ההשפעה ההלניסטית על המטבעות שטבעו, כמו על עמים אחרים שיצאו לחירות. כיוון שהחשמונאים היו מוגבלים על פי הפרשנות המחמירה של איסור עשיית פסל ומסיכה, אין דמויות של השליטים על המטבעות וקל וחומר של אלילים יווניים אלא דגמים נייטרליים שנלקחו ממטבעות הלניסטיות כמו קרני שפע, קסדה, כף תמר, פרח שושן, כוכב, עוגן ועוד. בכמה מהמטבעות קיים כיתוב ביוונית.
יהודה המכבי כבש שטחים נוספים בארץ ישראל, ולכיבושים אלה היו השלכות כלכליות ברורות. עד תקופה זו, התגוררו היהודים בשטח מצומצם בתוך הארץ, ללא מוצא לים התיכון, ולא התערבו במסחר בינלאומי, כפי שהעיד יוסף בן מתתיהו. אבל החשמונאים הרחיבו מאוד את הממלכה, בעיקר בימי יונתן החשמונאי, וכן בימי אחיו שמעון ובנו יוחנן הורקנוס, ואחריהם בימי אלכסנדר ינאי.
אלכסנדר ינאי, למשל, ניסה להטיל מס על הנבטים, שהסחר הבינלאומי היה עיסוקם העיקרי. הנבטים לא אהבו את הרעיון. ולכן ינאי כבש את עזה, נמל היצוא העיקרי מארץ ישראל למצרים ולמדינות הים התיכון. כיבוש זה אילץ את הנבטים לשלם עבור השימוש בנמל, ובמידה מסוימת, הכניס גם את היהודים עצמם למסחר הבינלאומי. לכן, על מטבעות מתקופת אלכסנדר ינאי, נחקקו דמויות של אוניות וסמלים של עוגן.
מס על שימוש בנמל הייתה שיטת מימון מוכרת לשלטונות. שנים רבות אחר כך, נאלץ הורקנוס השני לשלם סכום גדול ליוליוס קיסר, על השימוש בנמל יפו. התשלום נקבע לכמות שנתית קבועה של חיטה. ענפי היצוא הבולטים בתקופת החשמונאים היו שמן זית ויין, אך לא חיטה. בשנות בצורת אף נאלצו לייבא חיטה ממצרים. אז כמו היום, יבוא סחורה יצר תחרות ומתיחות. יש אומרים שזה הרקע לגזירה שגזרו שניים מראשי הסנהדרין בתקופת החשמונאים: יוסי בן יועזר איש צרידה ויוסי בן יוחנן איש ירושלים, "גזרו טומאה" על ארצות הגויים ועל כלי זכוכית (דהיינו, הם קבעו שפירות מיובאים טמאים, ושכלי זכוכית מקבלים טומאה). הגזירה הגבילה מאוד את מעורבותם של יהודים במסחר הבינלאומי, ומנעה יבוא כלי זכוכית מהערים הפיניקיות בלבנון. הגזירה התקבלה בהתלהבות על ידי יצרני כלי הזכוכית היהודים בגליל.
תרבות.
מאפניינים תרבותיים כלליים.
מאז שיבת ציון התרבות היהודית בוססה על התורה והמקדש. אמנם היו פערים שונים בפירוש ומימוש התורה בין הזרמים השונים, אך נראה שהחשמונאים הצליחו להתגבר על תופעות ההתייוונות כפי שהיו לפני שפרץ המרד, ולהמשיך להתמיד בחוקי התורה, אם בכתב ואם שבעל פה.
שאלות ההתייוונות של מדינת החשמונאים מוטלת במחלוקת בין החוקרים השונים. יש הרואים במדינה החשמונאית מדינה הלניסטית או מדינה שדמתה במידת מה לכזו, יש הכופרים בתפיסה הזו ויש המשאירים שאלה זו כפתוחה. רפפורט מונה מספר סממנים במלכות החשמונאית שיש בהם להצביע על תהליך הלניזציה הולך וגובר של השלטון החשמונאי, לצד סממנים שיש בהם מאפיינים יהודיים מובהקים, ולצד סממנים שיש בהם להצביע על ניסיון לשילוב בין השניים.
מאפיינים יהודיים ברורים הם אספת העם היהודית (חבר היהודים) שהיו לה שורשים במסורת היהודית, ויש בה יצירה קונסטיטוציונית יהודית מתוחכמת, שאיננה דומה לאספת העם היוונית. גם מדיניות הכיבושים של החשמונאים שכוללת מאפיינים דתיים, לאומיים והיסטוריים, והתלוותה לה מגמה של המרת דתם של האזרחים לדת היהודית, או סילוקם של גורמים הלניסטים, איננה דומה למדיניות הכיבושים של שליטים הלניסטיים.
החל מיוחנן הורקנוס שמות שליטי המדינה כפולים: שם עברי ולצידו יווני. כפילות השמות כנראה מבטאים מגמה דואלית או רצון לשלב את היהודיות עם ההלניזם, ואף מסר של פתיחות כלפי ההלניזם ורצון להזדהות. גם במטבעות ניכרת מגמה דומה. מטבעות החשמונאים שיש בהם מאפיינים של מטבעות מאותה תקופה, נעדרים דגמים אנתרופומורפיים (דמויות אלים ואנשים) וזואומורפים (דמויות בעלי חיים) אלא יש בהם דגמים נייטרליים, עם שימוש גובר והולך ביוונית.
במעמדו של השליט החשמונאי, צירוף כהן גדול עם מנהיג צבאי של שמעון נעדר רכיב מובהק של שלטון יווני, והוא זכויות החקיקה והשיפוט שזכאי לו המלך, ששמעון ויתר עליהם בייסוד הממלכה החשמונאית. אך לנגד עיניהם של צאצאיו שביקשו מעמד מלוכני, עמד דגם של שליט הלניסטי. על פי המסורת מלכות בישראל שייכת לצאצאי בית דוד משבט יהודה, ולא לכהנים בני לוי שתחום הפעילות שלהם היה אמור להיות המקדש. ועל כן עצם נטילת המלכות בידי ינאי משבט הכהנים יש בו מעשה הלניסטי מובהק. גם למעשה ההתעטרות בעטרה שלו צביון הלניסטי, לעומת מלך יהודי שנמשח בשמן. גם ההוצאה להורג של המורדים בינאי, דומה למעשה השליטים ההלניסטיים. מעמדה של שלומציון כמלכה אישה יש בו סממן הלניסטי מובהק (כדוגמת קלאופטרה המצרית), שכן ביהדות אין לאישה מעמד כמלכה. השימוש בחיל שכירים שהחל בתקופת יוחנן הורקנוס, תוגבר אצל ינאי, והועצם מאוד בתקופת שלומציון, יש בו סממן הלניסטי נוסף.
על פי מנחם שטרן כישלון מדיניותו של אנטיוכוס והקמת מדינת החשמונאים הצליחו לעצור את הדינמיקה של שינוי פני החברה הגבוהה של היהודים והטמעת ההלניזם בהם. תהליך שהחל כבר שנים לפני הטלת הגזרות, בימי הרפורמה של יאסון. אף שהמדינה החשמונאית הושפעה מההלניזם, היא לא הפכה למדינה הלניסטית של ממש. אף שהיו בחלק מהמעמדות העליונים דוברי ארמית, עברית ויוונית, רובו של העם נותר דובר ארמית, שלשונו הספרותית נותרה עברית.
זרמים ביהדות בתקופת החשמונאים.
בתקופת החשמונאים נוצרו או הובלטו כמה זרמים ביהדות: צדוקים, פרושים ואיסיים.