ב-1971 הודח אולבריכט על ידי הסובייטים. את מקומו תפס יורשו, אריך הונקר, האיש שהיה אחראי על ביצוע בניית החומה מתחילתה. בזמן כהונתו כמנהיג נבנה הדור הרביעי של החומה (החל מ-1975), מבוצר יותר מאי פעם, וגדר הגבול בין שתי הגרמניות תוגברה במקלעים אוטומטיים, ללא מגע יד אדם, ובשדות מוקשים.
בעוד שבמהלך שנות השבעים הפכה החומה למחסום בלתי חדיר, ומילאה את ייעודה היטב, בשנות השמונים חל פיחות במעמדה. הסיבה לכך הייתה כלכלית: בשל משבר הנפט והפסקת אספקה של סחורות מסובסדות מברית המועצות, נאלצה גרמניה המזרחית לקחת אשראי מבנקים מערב גרמניים, והגיעה במהלך שנים אלו לידי רמת חוב של יותר מ-40 מיליארד מארק גרמני (מערבי) (רמת החוב הכוללת הייתה גדולה בהרבה). בתמורה נאלצו השלטונות להגמיש את מדיניות ההגירה ולהתיר את הגירתם של כ-30,000 תושבים למערב ב-1984, ומספרים גבוהים יותר בשנים שלאחר מכן. מספר האישורים שהונפקו עלה משנה לשנה, וב-1987 הגיע מספר הבקשות לצאת ל-112,000.
בינואר 1989 הגיעה קבוצה של 20 תושבים ממזרח ברלין לנציגות הדיפלומטית של גרמניה המערבית, לאחר שבקשתם לצאת סורבה, וביקשה מקלט מדיני. הם הורשו לצאת את גבולות גרמניה המזרחית ללא כל סנקציה.
מעברי גבול.
בחומה היו שמונה מעברי גבול בין מערב העיר למזרחה, כשהמפורסם שבהם היה מעבר צ'ק פוינט צ'ארלי, ברחוב פרידריכשטראסה. במעבר זה הורשו לעבור צוותי בעלות הברית ואזרחים שאינם גרמנים. בנוסף למעברים אלה היו מעברים בין מערב ברלין לשטחי מזרח גרמניה שלא דרך ברלין המזרחית, בין היתר להוצאת אשפה מתחומי המובלעת על פי ההסכמים שנחתמו ב-1972.
קווי הרכבת.
קווי הרכבת (ה-U-Bahn ו-S-Bahn) שחיברו בין שני חלקי העיר פוצלו לשניים. קווים מסוימים של הרכבת התחתית שקישרו בין יעדים במערב העיר, אשר עברו גם במזרח העיר וכללו עצירה גם בתחנות במזרח, הורשו לעבור תמורת תשלום שנתי. התחנות באזור המזרחי לא היו בשימוש בקווים אלה, כך שביכולתן של הרכבות היה רק לחלוף דרכן מבלי לעצור. הנוסעים מהמערב, שחלפו על פני תחנות ריקות אלו במהירות, הצמידו להן את הכינוי "תחנות רפאים". התחנות הושמו תחת משמר משטרת התחבורה, כדי למנוע אפשרות בריחה דרכן.
תחנת הרכבת ברחוב פרידריכשטראסה, ששימשה את שני חלקי העיר, פוצלה לשתי תחנות שלא היה קשר ביניהן. התחנה שימשה שניים מקווי ה-S-Bahn שעברו במערב העיר, וגם את קו הרכבת התחתית U6. בתחנת פרידריכשטראסה היה מותר לנוסעים ממערב ברלין לעבור מרציף אחד למשנהו, אך לא הותר להם לצאת מהתחנה לרחוב ללא המסמכים המתאימים. חלק זה של התחנה היה נתון תחת אבטחה כבדה, והיה מנותק לחלוטין מהחלק הקטן יותר של התחנה ששימש את קווי האס-באהן של מזרח העיר.
ניסיונות בריחה.
לאחר הקמת הגדר, ובעקבותיה החומה, ניסו תושבי מזרח העיר לחצות אותה למערב, לא תמיד בהצלחה. ראשון החוצים ומהמפורסמים שבהם היה רב"ט קונרד שומן, חייל בן 19 מסקסוניה. ב-15 באוגוסט עמד שומן לבדו מול הפגנה של מערב ברלינאים, שהחלו לצעוק לעברו ולעודד אותו לעבור לצד המערבי. הוא החל לרוץ לעבר הגדר, השליך את כלי נשקו ודילג מעל התיל, כל זאת כאשר קפיצתו מתועדת במצלמתו של פטר לייבינג, צלם עיתונות צעיר. התמונה פורסמה למחרת בעיתון בילד, ועד מהרה זכתה לפרסום עולמי.
חציית הגבול נחשבה לעבירה פלילית שגררה סנקציות כנגד מבצעיה (החל מ-1968 העונש בגינה היה בין שנתיים לחמש שנות מאסר, לפי סעיף 213 לחוק הפלילי המזרח-גרמני, ובהמשך אף יותר). אולם החשש העיקרי של הבורחים היה מתגובתם של שומרי משמר הגבול המזרח-גרמנים שנצטוו לירות בבורחים. למרות זאת ניסיונות הבריחה לא נפסקו. כ-5,000 ניסיונות בריחה הסתיימו בהצלחה; מאות אחרים נכשלו. מעריכים שלפחות 136 איש נהרגו בניסיון לחצות את החומה, ויש הנוקבים במספרים גבוהים יותר, אף מעל 200. מתוך 136, 98 היו כאלה שניסו לברוח, 30 נהרגו ללא כוונת בריחה, ו-8 היו שומרים שנהרגו מאש חבריהם, מירי של נמלטים או מירי שוטרי ברלין המערבית. כ-200 נפצעו קשה.
ב-1964 עלה בידה של קבוצה בת 57 איש לברוח דרך מנהרה באורך 145 מטרים אשר נחפרה תחת החומה על ידי תושבים ממערב העיר.
ב-6 בפברואר 1989, כחצי שנה לפני נפילת החומה, נהרג האדם האחרון בניסיון לחצותה.
חלק מדיירי הבתים ברחובות ששכנו באזור החיץ נמלטו דרך חלונות בתיהם. חלקם הצליחו; מזלם של ארבעה שניסו להימלט דרך חלונות הבניינים לא שפר עליהם, והם נהרגו במהלך הבריחה. עד אוקטובר 1961 סיימו השלטונות לפנות את הדיירים מבניינים אלה, ואטמו את חלונותיהם בלבנים.
הוראות פתיחה באש.
עוד מראשית בניית הגדר הורה המרשל איבן קונייב, מפקד הכוחות הסובייטיים בברלין, לשר ההגנה של מזרח גרמניה כי על תוואי החומה להיות אזור צבאי סגור, וכי נגד "בוגדים ומפרי גבול" יש להשתמש בנשק חם. לכוחות הביטחון של מזרח גרמניה היו הוראות פתיחה באש ("Schießbefehl") עוד לפני הקמת החומה (בעיקר לצורך יישום בגבול בין שתי הגרמניות), לפיהן:
בפועל הייתה היד על ההדק קלה הרבה יותר. שומרים שהצליחו לסכל ניסיונות בריחה צוינו לשבח. אף אחד מהם לא הועמד לדין על הריגה או שימוש בלתי חוקי בנשק. דווקא במקרים בהם הצליחו ניסיונות בריחה נפתחה חקירה נגד האחראים. ולטר אולבריכט עצמו הבהיר, בנאום שנשא לפני פקידים של הנוער הגרמני החופשי, כי "אנו נירה בכל מי שמתגרה בנו... רבים אומרים שגרמנים פשוט אינם מסוגלים לירות בגרמנים... גרמנים שמייצגים את האימפריאליזם, ונעשים חצופים, אנו נירה בהם".
בשנים הראשונות להקמת החומה היה מספר ניסיונות רב לחצותה, וכמחצית ממקרי המוות קרו בחמש השנים הראשונות. השיא היה ב-1962 - 22 מקרים, בכללם 4 שומרים שנורו על ידי נמלטים או על ידי משטרת מערב ברלין. בשל הפיכת החומה למכשול כמעט בלתי עביר, פחתו מאוד ניסיונות הבריחה דרכה, ומ-1967 ירד מספרם השנתי של הקורבנות למספר חד-ספרתי. מ-1976, בעקבות חתימת הסכמי הלסינקי והשיפורים הנוספים שהוכנסו בחומה, ירד המספר למקרה אחד או שניים בשנה.
נפילת החומה.
ב-18 בינואר 1989 אמר אריך הונקר, כי "החומה תעמוד חמישים ואפילו מאה שנה אם יהיה צורך בכך". קהות חושיו של המנהיג המזרח גרמני מנעה ממנו לחוש בשינויים המתרחשים על מזרח אירופה כולה. התהליכים ההיסטוריים שהחלו בשנות השמונים בברית המועצות, ועלייתו של מיכאיל גורבצ'וב להנהגה שם, הביאו את החומה לסוף דרכה, דווקא בתקופה בה מילאה את תפקידה בצורה כמעט מושלמת. בחמש השנים שבין 1982 ל-1987 נהרגו בניסיון לעבור את החומה שישה אנשים בלבד, אך לא בשל שינוי מדיניות הפתיחה באש, אלא משום שהמזרח-גרמנים למדו שניסיון לחצות את המכשול הבלתי עביר משול כמעט לניסיון התאבדות. במקום להסתכן בחציית החומה הם הגישו בקשות לעזוב למערב, שמספרן ב-1987 הגיע ל-112,000.
ביוני 1987 הגיע נשיא ארצות הברית, רונלד רייגן לביקור בברלין. בנאומו מול החומה, ליד שער ברנדנבורג, קרא למיכאיל גורבצ'וב להפיל את החומה. ב-1989 החל במדינות מזרח אירופה גל של שינויי משטר שהתגלגל עד מהרה לכדור שלג, תהליך שקיבל מאוחר יותר את הכינוי סתיו העמים: בפולין ניצחה תנועת סולידריות בהנהגתו של לך ואלנסה את השלטון הקומוניסטי בבחירות ב-4 ביוני 1989, במדינות הבלטיות החלה תסיסה, ובהונגריה הונהגה "חבילת הדמוקרטיה". ב-2 במאי פתחה הונגריה את גבולה עם אוסטריה. ביולי התנער גורבצ'וב מ"דוקטרינת ברז'נייב" שהתירה למדינתו להתערב בכל אחת מגרורותיה, והצהיר כי כל מדינה רשאית לבחור את המשטר שיונהג בה.
הפגנות המוניות.
באוגוסט ובספטמבר 1989, בעוד ההנהגה המזרח-גרמנית מתכוננת לחגיגות ארבעים השנה לייסוד המדינה בתחילת אוקטובר, ברחו עשרות אלפים מתושבי מזרח גרמניה למערב דרך הונגריה, בנצלם את הגבול הפתוח עם אוסטריה. אחרים הגיעו לבירות של מדינות במזרח אירופה ופנו לשגרירות גרמניה המערבית לקבלת מקלט מדיני. המצב הגיע עד כדי סגירת השגרירות בבודפשט בתאריך הסמלי, 13 באוגוסט 1989, שבו מלאו 28 שנים לחומה, בשל אי היכולת להתמודד עם עומס הפונים. השגרירות המערב-גרמנית בפראג התמלאה אף היא בפליטים מזרח גרמניים, כ-4,000 במספר, שישנו באוהלים.
החל מ-4 בספטמבר פרצו הפגנות בעיר לייפציג. ההפגנות חזרו על עצמן מדי יום שני, כשמספר המשתתפים הולך וגדל. על אף כל אלה הונקר, בן ה-77, שהיה מאושפז במשך שישה שבועות במהלך אוגוסט וספטמבר, עקב שני ניתוחים שעבר וגילוי של גידול ממאיר בגופו, עמד בסירובו לכל רפורמה פנימית. המשטר התכונן להצגה הגדולה - חגיגות יום השנה ה-40 להקמת גרמניה המזרחית.
ב-6 וב-7 באוקטובר 1989 ביקר גורבצ'וב במזרח גרמניה כדי להשתתף בטקסים, אך את ביקורו ניצל כדי להיפגש עם הפוליטבירו המזרח גרמני ולהמריץ את חברי ההנהגה להסכים לרפורמה. בשיחותיו עם הונקר ניכרו חילוקי הדעות החריפים ששררו ביניהם. הונקר אף הציג את כלכלת מזרח גרמניה כאחת מ-10 הכלכלות המובילות בעולם. גורבצ'וב, שידע היטב כי גרמניה המזרחית על סף פשיטת רגל, היה המום מניתוקו של הונקר מהמציאות.
ההפגנה של 2 באוקטובר בלייפציג, בה השתתפו כ-10,000 איש, הייתה נקודת המפנה. בין הסיסמאות שנשמעו בהפגנה היו "!Wir wollen raus" ("אנחנו רוצים החוצה") ואחר כך גם "!Stasi raus" ("השטאזי החוצה!"). בימים הבאים התפשטו ההפגנות גם לערים אחרות, בהן דרזדן, בדרישה לשינוי פוליטי במזרח גרמניה, והן התקיימו גם בזמן חגיגות ה-40. לאחר שהסתיימו החגיגות, ב-8 באוקטובר, הוציא אריך מילקה צו המורה על פיזור הפגנות לא חוקיות, והשטאזי פתח בגל מעצרים.