בשעות הבוקר של 25 באוקטובר ניסתה הבריגדה המשוריינת ה-2 לחדש את התקדמותה, במטרה להגיע ל"קו פירסון" באזור "רכס הכליה", אך התקדמותה נבלמה על ידי מסך תותחי נ"ט גרמניים מחופרים, שהיוה חלק מקו ההגנה העיקרי של רומל. בשעות הבוקר המאוחרות החלו כוחות הציר, בפיקוד גנרל וילהלם פון תומה, במאמץ גדול להדוף את כוחות הארמייה השמינית חזרה לנקודת המוצא שלהם, ולחסל את הבליטה הבריטית שננעצה בקווי הציר. מתקפת הנגד נפתחה בהפגזה כבדה לאורך כל גזרת הדיוויזיה המשוריינת ה-1. בשעות הצהריים החלו טנקים גרמניים ואיטלקיים משתי דיוויזיות שריון, בסיוע כוחות חי"ר וריכוזי אש ארטילרית, לתקוף את הכוחות הבריטיים. התקפות הנגד נערכו במיומנות הרגילה של הגרמנים, אך הן לא התמקדו בגזרה צרה, אלא נערכו בנקודות שונות ובזמנים שונים לאורך חזית רחבה. כוחות החי"ר והשריון של הארמייה השמינית הדפו את כל ההתקפות, תוך שהם גורמים אבדות כבדות לכוחות הציר. שוב הוכח שמונטגומרי צדק בכך שהסתמך על ההרגל הגרמני להגיב בהתקפת נגד מיידית על כל איום מצד כוחות בעלות הברית. שחיקת כוחות השריון של הציר החלה להיות משמעותית, ובשני ימי הלחימה הראשונים הם איבדו למעלה מ-100 טנקים (77 גרמניים ו-35 איטלקיים). בשלב זה של הקרב, אבדות הארמייה השמינית בטנקים היו כבדות הרבה יותר (יותר מ-300 טנקים נפגעו בשלושת ימי הלחימה הראשונים), אך לרשות מונטגומרי עמדו הרבה יותר טנקים, ועתודות משוריינות חזקות.
על אף כישלון התקפת הנגד של פון תומא, הבין מונטגומרי שכל ניסיון נוסף של דיוויזיות השריון של הקורפוס ה-10 להמשיך בהתקדמות מערבה נידון לכישלון, מכיוון שפיקוד האויב היה מוכן לכך, והזרים את עתודותיו לגזרת רכס הכליה. כדי להמשיך להחזיק ביוזמה, החליט מונטגומרי לערוך מתקפה חדשה בחלק הצפוני יותר של קו אל עלמיין. הדיוויזיה האוסטרלית ה-9, שהחזיקה באגף הצפוני, החשוף, של הבליטה הבריטית שננעצה בקווי הציר, נועדה לתקוף צפונה לכיוון חוף הים, במטרה להגיע לכביש החוף, ולאיים ללכוד כוחות גרמניים ואיטלקיים חזקים שהחזיקו באזור זה. מונטגומרי העריך, שמתקפה באזור רגיש זה והאיום של פריצה בריטית לאורך כביש החוף, יאלצו את רומל להעביר את עתודותיו לגזרה זו, לשחוק אותם בשורת התקפות נגד חדשות, ולהחליש את כוחות הציר באזור רכס הכליה, שם תכנן עדיין מונטגומרי להנחית את המהלומה העיקרית שלו.
המתקפה האוסטרלית החדשה נועדה להיערך בשלושה שלבים, כאשר השלב הראשון יבוצע בליל 25/26 באוקטובר. היעד העיקרי של השלב הראשון של המתקפה היה בליטת קרקע, שקיבלה את השם "נקודה 29". היא שימשה כמוצב תצפית ארטילרי גרמני חיוני, והוחזקה על ידי כוחות חזקים מהדיוויזיה ה-164. המתקפה האוסטרלית, שהחלה בחצות הלילה, בסיוע הרעשה ארטילרית כבדה והפצצה אווירית, השיגה את כל יעדיה, ובמהלכה נתפסו 240 שבויים גרמניים. במהלך הימים הבאים התחוללו קרבות קשים סביב "נקודה 29", שהייתה נקודה שולטת חשובה, כאשר כוחות הציר ניסו לחזור ולהשתלט עליה פעם אחר פעם.
מבוי סתום במערכה (26 באוקטובר).
בערב 25 באוקטובר שב רומל לצפון אפריקה, ומיד תפס פיקוד על כוחותיו באל עלמיין. עם חזרתו הוא קיבל דו"ח מצב חמור לפיו שתי הדיווזיות שספגו את עיקר המהלומה הבריטית ספגו אבדות כבדות - דיוויזיית "טרנטו" האיטלקית איבדה כמחצית מכוח החי"ר שלה והדיוויזיה ה-164 איבדה כוח שווה ערך לשני גדודים. בנוסף לכך, הכוחות הניידים של ארמיית הפאנצר אפריקה סבלו ממחסור חמור בדלק, שהיה אמור להספיק להם לשלושה ימי לחימה בלבד. בדו"ח ששלח רומל לגרמניה מיד לאחר שובו, הוא ציין, שמטרתו בימים הקרובים תהיה לעקור בכל מחיר את כוחות הארמייה השמינית מהבליטה, שכבשו במערך ההגנה שלו, ולהחזיר את המצב לקדמותו. החלטתו של רומל לצאת למתקפת נגד מיידית, במקום ליצור חזית הגנתית חדשה ולהניח לבריטים לשחוק עליה את כוחותיהם, שיחקה לידיו של מונטגומרי.
כיבוש "נקודה 29" על ידי האוסטרלים גירה את רומל לתגובה מיידית. הוא הורה לדיוויזיה ה-164, לקורפוס הממונע האיטלקי ה-20 ולדיוויזיית הפאנצר ה-15 (שכוחה הידלדל עקב האבדות שספגה בשני ימי הלחימה הראשונים) לנוע צפונה ולבצע מתקפת נגד, במטרה לקטוע את הבליטה שנכבשה על ידי האוסטרלים בלילה הקודם, ולכבוש מחדש את "נקודה 29". אולם מתקפת הנגד נכשלה לפני שכוחותיו של רומל הצליחו להתקרב לעמדות האוסטרליות. מטוסי סיור בריטיים איתרו את ריכוזי הכוחות שהתכנסו לקראת המתקפה, וכאשר הם נעו קדימה, הם נמחצו על ידי ריכוזי אש ארטילרית והפצצה עזה שהנחיתו עליהם גלי מפציצים של חיל האוויר המדברי. בשל מחסור בדלק לא יכלו כוחותיו הניידים של רומל להתקדם או לסגת, נותרו חשופים בשטח הפתוח, וספגו אבדות כבדות מתקיפות מהאוויר. עד לתום היום נותרו לדיוויזיית הפאנצר ה-15 רק 23 טנקים מבצעיים, ולדיוויזית "ליטוריו" נותרו 44 טנקים כשירים (מתוך 116 טנקים).
מצד שני, לא הצליחו הבריטים לנצל את המצב הקשה אליו נקלעו כוחותיו של רומל, ואת העובדה שלא נותרו כוחות שריון גרמניים בגזרת "רכס הכליה", כדי לפרוץ את חזית הציר באותה גזרה. בכל פעם שניסו הטנקים של הדיוויזיה המשוריינת ה-1 לנוע קדימה, הם נפגעו על ידי תותחי נ"ט גרמניים, שקשה היה לאתרם ולהשמידם. למעשה נוצר מצב של קיפאון בשדה הקרב, כאשר השריון הבריטי לא יכול היה להבקיע דרך מחסום תותחי הנ"ט של הציר, כפי שכוחות השריון של רומל לא יכלו להדוף את כוחות הארמייה השמינית מהשטחים, שנכבשו על ידם. בשלב זה של המערכה, האבדות שספגה הארמייה השמינית בכוח אדם ובשריון, היו כמעט כפולות מאבדות כוחות הציר (6,140 נפגעים מול כ-3,700 אבדות לכוחות הגרמניים-איטלקיים, מהם 2,100 שבויים), והיה חשש אמיתי בקרב הפיקוד הבריטי שהם יאלצו להפסיק את המתקפה, מבלי להשיג הכרעה במערכה.
מונטגומרי, שהבין את חומרת המצב והתרשם מההצלחה הראשונית של האוסטרלים, החליט להעתיק את מוקד המאמץ העיקרי של הארמייה השמינית צפונה, במטרה לפרוץ את חזית הציר לאורך כביש החוף ומשני עבריו. לשם כך הוא הורה לדיוויזיה האוסטרלית ה-9 להתכונן לחדש את המבקע שלה לעבר כביש החוף בליל 28/29 באוקטובר. במקביל הוא הורה להחליף את הדיוויזיה הניו זילנדית ה-2 והבריגדה המשוריינת ה-9, והעביר אותן לעתודה, ביחד עם הדיוויזיה המשוריינת ה-7 (מהקורפוס ה-13), כדי שיהיו מוכנות להנחתת המהלומה הסופית על כוחות הציר לאורך כביש החוף. הדיוויזיה המשוריינת ה-1 (שתוגברה בבריגדה משוריינת מדיוויזיית השריון ה-10) נצטוותה להמשיך להפעיל לחץ מתמיד על כוחות הציר באזור רכס הכליה, כדי לרתק את עתודותיו הניידות של רומל לאזור זה.
המערכה סביב "רכס הכליה" (27-28 באוקטובר).
ביומיים הבאים של הקרב התרכזה עיקר הלחימה סביב "רכס הכליה". למעשה לא היה מדובר ברכס של ממש, אלא בשורה של קפלי קרקע זעירים ושקעים בשטח המדברי השטוח, שקשה היה לזהות אותם ולאתר את מיקומם, עובדה שיצרה בלבול רב אצל הצדדים היריבים במהלך המערכה.
תוכניתו של רומל לקראת 27 באוקטובר הייתה לרכז כמעט את כל כוחותיו הניידים, לצורך הנחתת התקפת נגד רבת עוצמה על הכוחות הבריטיים, ולחסל את הבליטה הבריטית במערך ההגנה שלו. לשם כך הוא הביא מהעתודה את הדיוויזיה הקלה ה-90, ופקד על דיוויזיית הפאנצר ה-21 לנוע צפונה מהגזרה הדרומית, ביחד עם 50 אחוז מהתותחים של הציר באותה גזרה. מתקפת הנגד נועדה להתמקד בשתי נקודות - נגד האוסטרלים ב"נקודה 29", ונגד הדיוויזיה המשוריינת ה-1 בגזרת "רכס הכליה".
במקביל תכננו גם הבריטים לחדש את התקדמותם מערבה בגזרת "רכס הכליה", במטרה להגיע ל"נתיב רחמן". כדי להתגבר על מסך תותחי הנ"ט שחסם את דרכו, הורה גנרל בריגס, מפקד הדיוויזיה המשוריינת ה-1, לבריגדה הממונעת ה-7, לתקוף בליל 26/27 באוקטובר שני מוצבים מבוצרים של האויב, שנמצאו על הרכס, לכבוש אותם, ולהשתמש בהם כבסיסים מוצקים להמשך ההתקדמות של כוחות השריון שלו. שני הגדודים של הבריגדה, שנדרשו לבצע את המשימה, לא הצליחו לאתר את יעדיהם. האחד נסוג לנקודת המוצא שלו לפני עלות השחר, אך מפקד הגדוד ה-2 של "בריגדת הרובאים", ויקטור טרנר, החליט להישאר במקומו ותפס עמדה בשקע רדוד דרומית-מערבית לרכס הכליה.
בשעות אחר הצהריים של 27 באוקטובר החלו דיוויזיית הפאנצר ה-21 ודיוויזיית "ליטוריו" לתקוף את העמדות הבריטיות בגזרת רכס הכליה. הם תקפו חמש פעמים, אך נהדפו שוב ושוב וספגו אבדות כבדות מאש הטנקים ותותחי הנ"ט הבריטיים. הגדוד ה-2 של טרנר מצא עצמו בנתיב ההתקדמות של כוחות הציר, ותותחי הנ"ט שלו פגעו במספר רב של כלי רכב משוריינים שתקפו את עמדת הגדוד, או ניסו לנוע סביבה. הגדוד ספג אבדות כבדות, אך הצליח להשמיד 32 טנקים ו-5 תומת"ים של האויב ולפגוע ברבים אחרים, ומילא תפקיד מרכזי בשבירת התקפת הנגד הגרמנית. בתום היום נותרו לדיוויזיית הפאנצר ה-21 45 טנקים מבצעיים בלבד.
מתקפת הנגד השנייה של רומל באותו יום, שכוונה נגד החי"ר האוסטרלי ב"נקודה 29", נכשלה אף היא. הדיוויזיה הקלה ה-90, שביצעה את ההתקפה, לא הצליחה כלל להתקרב לעמדות האוסטרליות. כפי שאירע ביום הקודם, ריכוזי הכוחות התוקפים אותרו, נמחצו על ידי אש ארטילרית מרוכזת ומטווחת היטב, וספגו הפצצה הרסנית מ-90 מפציצים בריטיים.