הבא בשער הכניסה הראשי נכנס אל חלקה המערבי של הקריפטה המשתרע על פני כמחצית משטחה. סמוך לכניסה קבועים בקיר לוחות שיש המעלים על נס את תרומתם של העושים במלאכת הקמת המבנה והחפירות הארכאולגיות. לוח שיש נוסף בלטינית ובערבית מאזכר את שמו של האמיר הדרוזי פח'ר א-דין השני, שליט הגליל אשר התיר לפרנציסקנים להקים מחדש את כנסיית הבשורה בשנת 1620. בצידו הצפוני של האולם, לאורך קיר המבנה החיצוני, ניצבים שרידי הקיר הצפוני של הכנסייה הצלבנית, והוא בולט אל מחוץ לחזית המערבית של הכנסייה. בקיר הדרומי של האולם קבועים מספר חלונות זכוכית צבעונית, מתנת אוסטריה, אשר יחד עם שני חלונות משני צדדיה של דלת הכניסה המערבית, מחדירים אליו אור קלוש. למרות גודלו, שטח זה ריק כמעט לחלוטין, ולמעשה רק עמודי הבטון המזוין המסיביים, התומכים בתקרת צלעות בטון מודרנית בגובה של שבעה מטרים, ניצבים בחלל הריק. האור המועט, יחד עם הריקנות, משרים תחושה של מסתורין. רצפת הקריפטה עשויה מתשליב של אבנים שחורות ולבנות, המונחות באלכסון ויוצרות אשליה של ירידה במדרגות לכיוון מערת הבשורה בהמשך החלל.
במחצית האולם לערך, משתנה לחלוטין האווירה שהוא משרה. במקום זה מפנה התקרה הנמוכה את מקומה לפתח המתומן דרכו ניתן לצפות אל הכנסייה העליונה ואל הכיפה. דרך פתח זה קורן אל החלל אור מלמעלה, כדימוי לרוח הקודש אשר ירדה ונחה על הבתולה. גרמי מדרגות מובילים לשקע גדול ברצפה, היורד בשני מטרים נוספים אל רחבה במפלסן של מערת הבשורה והכנסייה הביזנטית. כאן, גובה התקרה סביב הפתח הקבוע בה הוא תשעה מטרים, והגובה הכולל עד קצה הכיפה הוא 49 מטרים. תחושת המרחב מתעצמת לאור העובדה שאין בשטח הרחבה עמודים התומכים בתקרה, והיא נחה על עמודי ענק הניצבים מסביבה.
הרחבה היא בית תפילה מוקף קירות נמוכים, שגובהם עולה במספר שלבים עד למפלסם של חלקי הקריפטה האחרים. קירות אלה מחופים באבן, ובחלקם הם חופפים לתוואי קירות הכנסייה הביזנטית הקדומה. כך לדוגמה, צידה המערבי של הרחבה בנוי בצורת חצי מעגל, שכן הוא חופף לאפסיס הביזנטי. רצפת הרחבה עשויה שיש ובמרכזה מזבח הניצב על במה קטנה. במקומות שונים ברחבה וסביב לה, משולבים בה משטחי פסיפס ושרידים קדומים נוספים. מוקד הרחבה נמצא במערת הבשורה שמצפון לה, ולכן בית התפילה שבה פונה צפונה, ולא מזרחה כמקובל. מערת הבשורה נמצאת בתוך קומפלקס של מבנים וכוכים מתקופות שונות, הנמצא מאחורי סורג ברזל מסוגנן. בחזיתה ארבעה עמודי גרניט ביזנטיים הנושאים מנורות, ומעליה תלויה חופת עץ גדולה שעליה תבליטים מוזהבים. במערה עצמה ניצב מזבח נוסף שעליו כיתוב בצבע זהב לאמור:
התוספת "כאן" (HIC) היא ייחודית, ואיננה מופיעה בשום מקום אחר בעולם, אפילו לא בחזית המערבית של כנסיית הבשורה עצמה. בקצה המזרחי של הקריפטה, שוב במפלס הכנסייה הצלבנית, שוכנים שלושה אפסיסים, שבכל אחד מהם מזבח עשוי משרידים ארכאולוגים שנמצאו באתר. האפסיס הצפוני (השמאלי) משמר את המבנה הצלבני בצורה הטובה ביותר, וקבוע בו חלון צלבני אופייני. מעל האפסיס האמצעי תלויה חופה גדולה מכוסה בנחושת, וממנה תולה קרוסיפיקס. כאן גם הותקן עוגב הכנסייה התחתונה. באפסיס הימני (הדרומי) מזבח הנח על עמוד העשוי מכותרות צלבניות.
דלת בפינה הצפון-מזרחית של הקריפטה מובילה אל חדר המלבושים, השוכן בבניין המנזר הפרנציסקני.
גרמי המדרגות.
הכניסה הראשית אל הכנסייה העליונה היא דרך שתי הדלתות הקבועות בחזית הצפונית של המבנה והמוליכות אליה מהרחבה הצפונית, אולם שלושה גרמי מדרגות מקשרים ישירות בין שני מפלסי הכנסייה. האחד קבוע בקיר הדרומי של המבנה, ושני האחרים נמצאים בשני המגדלים שבקיר המערבי, מימין ומשמאל לכניסה הראשית אל הקריפטה. במגדלים אלה מתפתלים שני גרמי מדרגות לולייניות עשויות משיש בהיר. הקירות מחופים באבן בהירה, והחלל מואר היטב באור החודר דרך שורה של חלונות זכוכית צבעונית, המטפסים לאורך קירות החלל במקביל למדרגות. ליד כל חלון כתובת גרפיטי חומה המצטטת מדברי אבות הכנסייה ומסבירה את הנראה בחלון. בחלונות נראים סמלים נוצרים כמו דמותה של אם הכנסייה וצלב, לצד סמלים יהודים כמו מגן דוד ומנורה.
הכנסייה העליונה.
הכנסייה העליונה חופפת את תוואי הקריפטה שמתחתיה, ועל-כן, גם את תוואי הכנסייה הצלבנית מהמאה ה-12. היא עשויה מחלל אחד ללא טרנספט; ושתי שורות עמודי הבטון, התומכים בגג המבנה בחלקו המערבי של האולם, אינם מחלקים אותו לשלוש ספינות נפרדות ממש. החלק המזרחי של הכנסייה, השוכן מתחת לכיפה, פנוי מעמודים, והוא יוצר חלל רבוע וגדול, שאורך כל אחת מצלעותיו הוא 25 מטרים. בקצה המזרחי של האולם קבועים שלושה אפסיסים, הניצבים גם הם מעל האפסיסים שבקריפטה.
אופייה של הכנסייה העליונה שונה לחלוטין מזה של הקריפטה. ראשית, היא מוארת היטב על ידי האור החודר מלמעלה דרך הכיפה המרכזית והכיפה המשנית שמאחוריה. שנית, היא נראית גדולה יותר, שכן, אף על פי ששטחה זהה לזה של הקריפטה שמתחתיה, הכנסייה העליונה גבוהה יותר, ותקרתה מתנשאת לגובה של 12 מטרים. בנוסף, הפתח בתקרת הכנסייה העליונה, שמעליו נחה הכיפה, גדול יותר מהפתח המתומן הקבוע בתקרת הקריפטה (וברצפת הכנסייה עצמה). שלישית, לעומת הריק המסתורי של הקריפטה, הכנסייה העליונה עמוסה באלמנטים אמנותיים רבים, הניבטים בצפיפות מכל עבר. חלק גדול מיצירות אלה נתרם על ידי אומות שונות, ולכן אין ביניהן התאמה כלשהי. הן עשויות בטכניקות פלסטיות שונות, וחלקן מצטיין בצבעים עזים ורבים, לעיתים על גבול המצועצע. גם הרצפה עשויה מפיסות שיש צבעוניות, המצטרפות לסמלים, לכתובות, לדמויות ולעצמים אחרים. מעל כל אלה מתנשא יער עמודים וקורות בטון מזוין, שבעוד שבקריפטה הוא נחבא מן העין, בכנסייה העליונה לא ניתן להתעלם מנוכחותו.
לאורך קירות האורך של הכנסייה, מוצגות יצירות אמנות שנתרמו על ידי אומות שונות ואשר עוסקות כולן בבתולה. כמו היצירות באכסדרה שבחצר הכנסייה (ראו להלן), גם היצירות בכנסייה העליונה משקפות את המסורת האמנותית והדתית של המדינות השונות. ארבע-עשרה תחנות הצלב מיוצגות בליווי כיתוב בערבית, מאפיין מקומי ייחודי בכנסייה.
הקיר המערבי.
במרכזו של הקיר המערבי קבועים 24 חלונות זכוכית צבעונית הערוכים בצורת האות A. חלונות אלה הם החלונות הנראים בחזית המערבית מעל לדלת הכניסה אל הקריפטה. בחלונות נראה מעמד הבשורה משולב בשושנים צחורות, המסמלות את בתוליה של מרים. משני צידיהם של החלונות קבועים הפתחים אל גרמי המדרגות הלולייניות המובילים אל המפלס התחתון. מעליהם ארבע תמונות עשויות שיש, שתיים בכל צד. בתמונה השמאלית ביותר נראה ישו מעניק מפתחות לפטרוס, סמל למפתחות השמים ולסמכות למחילת חטאים. מימין לה נראה הבן החוטא המתקבל על ידי אביו בזרועות פתוחות. התמונה הימנית ביותר מתארת את הרועה הטוב, ומשמאל לה נראית מרים המגדלית רוחצת את רגליו של ישו ומנגבת אותן בשערה. ארבע הסצינות מייצגות סליחה ומחילה.
האפסיסים.
האפסיס המרכזי מואר היטב באור החודר מהכיפה המשנית שמעליו. על קיר האפסיס פסיפס גדול בשטח של 140 מ"ר, המוקדש לכנסייה. בחלקו העליון של הפסיפס מופיע הכיתוב: "UNAM SANCTAM CATHOLICAM APOSTOLICAM" שהוא תיאורה של הכנסייה בתפילת קרדו: "האחת, הקדושה, הקתולית והשליחית". עוד נראים בחלק זה סמלו של האל האב (משולש שבמרכזו עין) והיונה המייצגת את רוח הקודש. התמונה עצמה מתארת סצנה רבת דמויות, אך שתי הדמויות הבולטות ביותר נמצאות בחלקה העליון. אלה הן דמויותיהם של ישו הניצב בידיים פרוסות, ושל פטרוס, בכיר השליחים, העומד לימינו ומביט אליו. הבתולה ישובה ברקע השמאלי מאחורי ישו, כשהיא לבושה בכחול ומוכתרת בכתר מלכות. יתר הדמויות ערוכות בשתי תהלוכות בשני צדדיו של המעמד. מימין ומשמאל לסצנה המרכזית נראים חלק מהמקומות הקדושים לנצרות בארץ הקודש.
קירות האפסיס השמאלי (הצפוני) משלבים פרסקאות וגרפיטי. במרכזו של קיר האפסיס נראה צלב ירושלים אדום על רקע חום. משני צדדיו מתוארות פעולותיהם של הנזירים הפרנציסקנים בקרב הקהילה, וארבעה פסלים של קדושים פרנציסקנים קבועים בקיר. התקרה מימין מתארת את צליבת ישו ומשמאל נראה אב המסדר, פרנציסקוס מאסיזי, הצופה בו ופצעי הסטיגמטה מופיעים על גפיו וחזהו.
האפסיס הימני (הדרומי) מתאר את מאבק הטוב ברע. בתקרה הימנית נראית דמות כהה המרימה את ידה הימנית לאות איום, לצד מוראות המלחמה. מול אלה, בתקרה השמאלית, ניצבים האל, המיוצג על ידי עין בתוך משולש, ובתי ירושלים החדשה שאור האל קורן עליהם. בגב האפסיס קבועה תיבת לחם הקודש.
הכיפה והגג.
כיפת הכנסייה עשויה מבטון מזוין, וחלקיה הובאו לאתר כשהם מוכנים. מאחר שהכנסייה שוכנת במרכז העיר נצרת, אזור הנמצא בעמק, יצר מוציו כיפה גדולה, כמעט חסרת פרופורציות למבנה עליו היא ניצבת, הכל כדי להבליט את נוכחותה בנוף העירוני. כדי להגביה את הכיפה עוד יותר, בנה אותה מוציו בצורת חרוט תלול, ובראשה קבע מנורה גדולה העשויה מאבן והנדמית למגדלור - סמל לאור האלוהי הקורן מהבשורה. הכיפה שלה 16 צלעות, מדמה שושן צחור, סמל לבתוליה של מרים. היא נחה על לוג'יה מסוגננת עשויה מאבן, שגם בה 16 צלעות, ובכל צלע שלושה פתחים. הלוג'יה קבועה בתורה על מבנה מתומן גדול עשוי בטון ומחופה באבן. במתומן קבועים 16 חלונות, שניים בכל צלע - ב-12 מהם נראים השליחים, באחד נראים הורי מרים ובאחד מרים בינקותה. שני החלונות הנותרים מוקדשים לאפרים הסורי ולברנאר מקלרבו, המייצגים את ההוראה הכנסייתית המזרחית והמערבית בהתאמה. גובהה הכולל של הכנסייה מהקרקע ועד קצה המנורה הוא 66 מטרים.