ב-6 במרץ 2008 התרחש הפיגוע בישיבת מרכז הרב; מחבל תושב מזרח ירושלים חדר לישיבת מרכז הרב בירושלים ורצח 8 מתלמידי הישיבה. בחודש יולי 2008 התרחשה סדרת פיגועים במרכז ירושלים. ב-2 ביולי 2008 ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני. בפיגוע נרצחו 3 אנשים, נפצעו למעלה מ-30 ונגרם נזק לאוטובוסים וכלי רכב. ב-12 ביולי ירו מחבלים אל עבר שוטרים בשער האריות; שוטר מג"ב שנפצע מן הירי מת מפצעיו מאוחר יותר. ב-22 ביולי 2008 שוב ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני בלב ירושלים. בפיגוע נפצעו 24 אנשים. המחבל חוסל על ידי אזרח ישראלי. בשני המקרים הראשונים נהרג המחבל על ידי חייל, אשר הגיע למקום הפיגוע.
סיום האינתיפאדה.
על אף העובדה שיש הסכמה רחבה שהאינתיפאדה השנייה הסתיימה (עקב דעיכה דרסטית של מקרי האלימות), תאריך סיומה שנוי במחלוקת, שכן אין אירוע משמעותי מוגדר שהביא לסיומה. פרשנים כמו סבר פלוצקר סבורים שהאינתיפאדה הסתיימה בסוף 2004 עם מותו של יאסר ערפאת בנובמבר 2004, אז איבדו הפלסטינים את מנהיגם הוותיק והמאחד, דבר שהוביל לפגיעה במומנטום של גל הטרור ולהתדרדרות הפלסטינים למלחמות פנימיות (הידועה בהן היא עימות חמאס-פת"ח, אך היו גם עימותים בתוך הפת"ח). תוכנית ההתנתקות והנסיגה של ישראל מרצועת עזה בסוף אוגוסט 2005 נחשבת גם היא למאורע ותאריך שמסמן את סוף האינתיפאדה השנייה. מחמוד עבאס (אבו מאזן), שירש את ערפאת כראש הרשות הפלסטינית, הצהיר לפני פסגת שארם א-שייח שזה סימן לסוף האינתיפאדה. בפסגה עצמה הכריז עבאס שהאלימות תסתיים, ושאריאל שרון הסכים לשחרר 900 אסירים ולסגת מהערים הפלסטיניות ביהודה ושומרון. יש הרואים בכך סיום רשמי לאינתיפאדה. אף על פי כן, האלימות והטרור לא נפסקו לגמרי ונמשכו במינון לא זניח עד 2007. ביולי 2007 נחתם הסכם המבוקשים במסגרתו נכנעו למעשה פעילי הטרור המרכזיים באיו"ש והניחו את נשקם בתמורה להפסקת המצוד עליהם. בעקבות ההסכם למשך מספר שנים נפסקו כמעט לגמרי הפיגועים כנגד ישראל משטחי איו"ש, למעט אירועים של זריקות אבנים ובקת"בים בתוך שטח הגדה. לעומת זאת, ברצועת עזה, עליה השתלט החמאס, הלחימה נמשכת עד היום.
למרות השיחות המדיניות, לא הושגה התקדמות במשא ומתן בין ישראל לרשות הפלסטינית. ביטוי להתדרדרות היחסים היו ירי הרקטות המסיבי על ישראל מרצועת עזה ומבצע עופרת יצוקה שבא בתגובה לו. עם בחירתם של בנימין נתניהו לראש ממשלת ישראל ושל ברק אובמה לנשיא ארצות הברית ב-2009, נכנסו המגעים לקיפאון.
מאפייני העימות וסיכומים.
אבדות.
על פי נתוני השב"כ, החל מ-29 ספטמבר 2000, ועד סוף שנת 2009 נהרגו 1,178 ישראלים ו-50 זרים בפיגועי טרור פלסטינים ונפצעו 8,022 בני אדם. כ-70% מההרוגים הם אזרחים וה-30% הנותרים הם אנשי כוחות הביטחון (לרבות חיילים שנהרגו מפיגועים בעורף). כנגד ישראל בוצעו למעלה מ-20 אלף פעולות טרור, ביניהן 144 פיגועי התאבדות (על ידי 161 מחבלים מתאבדים) בהם נרצחו 516 ישראלים ונפצעו 3,428 ישראלים.
על פי עיתון "הארץ", במהלך שנות העימות נהרגו 3,333 פלסטינים (מספר הכולל מחבלים מתאבדים ונפגעי תאונות בעת טיפול בחומר נפץ) ונפצעו כ-30 אלף בני אדם. לפי ארגון "בצלם", עומד מספר ההרוגים על 3,329 איש, אולם מספר זה אינו כולל מחבלים מתאבדים ומחבלים שנהרגו ב"תאונת עבודה". כ-1,200 פלסטינים נהרגו במבצע עופרת יצוקה ויש המונים גם אותם בהרוגי האינתיפאדה. ההערכה המקובלת היא שבערך שליש (ולפי טענת "בצלם": כמחצית) מן ההרוגים הפלסטינים היו אזרחים עוברי אורח, וכל השאר חמושים או פעילי טרור.
מלבד האבדות בלחימה, ובמיוחד לאחר עליית החמאס לשלטון, בידוד הרשות והתדרדרות המצב הכלכלי, במיוחד ברצועת עזה, גרמו התנאים הרפואיים והתזונתיים הירודים ואי-אספקת תרופות, לפגיעה קשה באוכלוסייה הפלסטינית ולמותם של רבים. על פי ארגון האו"ם, יוניצ"ף, 1 מכל 3 תינוקות פלסטינים שמתו בבית חולים, מתו ממחסור בתרופות ובתנאים בסיסים.
מטרת הלחימה.
הגדרת מטרות הלחימה של הפלסטינים השתנתה הן על פני הקשת הפוליטית הפלסטינית והן על פני רצף הזמן. ככלל, אנשי החמאס, הג'יהאד האסלאמי, ארגוני הסירוב וכן הפלגים הקיצוניים של גדודי חללי אל-אקצא, הציגו את מאבקם כמיועד לחיסולה של מדינת ישראל. הצגת מטרת הלחימה על ידי הפת"ח והרשות הייתה מעורפלת יותר ומשתנה, בעיקר כתלות בקהל המאזינים וברמת האלימות בשטח אולם לרוב הציגו גורמים אלו את מטרות הלחימה כרצון להחזיר את ישראל לקווי 1967 (כולל בירושלים) ולהביא לפתרון בעיית הפליטים או מימוש זכות השיבה. מטרה שנוספה בדיעבד ללחימה הפלסטינית היא שחרור אלפי אסירים הכלואים בישראל, חלקם ותיקים וחלקם חדשים שנעצרו במהלך האינתיפאדה.
מטרת ישראל במהלך הלחימה לא הוגדרה רשמית מעולם, לא על ידי הממשלה ולא על ידי צה"ל. משה יעלון, סגן הרמטכ"ל בעת תחילת הלחימה והרמטכ"ל בהמשכה, הגדיר את מטרת הלחימה כ"צריבה תודעתית". הוא הגדיר את יעד הלחימה כהנעת הפלסטינים להבין כי לא יוכלו להשיג את מטרותיהם על ידי פעולות טרור. יעד אחר שנעשה ניסיון לממשו בפועל הוא צמצום הנפגעים הישראלים. נדחו תביעות של השמאל להגדיר את מטרת הלחימה כמיועדת להגיע בסופו של דבר למצב של משא ומתן עם הפלסטינים.
הטקטיקה.
העימות בין ישראל לפלסטינים הוגדר והתנהל ברובו כעימות נמוך עצימות (LIC) וכשכזה כלל בעיקר לוחמה זעירה מצד ישראל והפלסטינים. ישראל התמקדה בלוחמה בשטח בנוי ופעולות לוחמה בטרור ואילו הפלסטינים התמקדו בפעולות טרור וגרילה.
טקטיקות ותרגולות שישראל נקטה נגד הפלסטינים כוללות:
נקודת המפנה בשינוי בטקטיקות הישראליות היה מבצע חומת מגן בו כבש צה"ל מחדש את רוב יהודה ושומרון וחשף כמות אדירה של חומרי טרור ואמצעי לחימה. בהמשך הגביר צה"ל את שליטתו על השטח והודות למודיעין של השב"כ סיכל מאות פיגועים. כתוצאה מכך, חלה ירידה משמעותית בכמות הטרור היוצא מיהודה ושומרון. ברצועת עזה, מנגד, חלה הסלמה בלחימה, וזו המשיכה גם לאחר תוכנית ההתנתקות שבה פונו ההתנחלויות וכוחות הצבא ברצועה.
בלחימה נטלו חלק צה"ל, השב"כ, מג"ב ומשטרת ישראל, שהפעילה יחידות מיוחדות בהן הימ"מ, ימ"ס ומערך החבלה.
טקטיקות שהפעילו הפלסטינים כוללות:
פעילות הטרור הפלסטינית גרמה ללמעלה מ-1,115 הרוגים ישראלים, רובם הגדול אזרחים ורק מיעוטם חיילים קרביים שנהרגו בעת לחימה. בעימותים הצבאיים עם כוחות צה"ל הייתה ידם של הפלסטינים על התחתונה, וברוב המבצעים הגדולים ספגו הפלסטינים אבדות כבדות לעומת האבדות שהסבו לכוחות צה"ל.
בלחימה נטלו חלק כל ארגוני הטרור הפלסטינים, לרבות חמאס, הפת"ח והג'יהאד האסלאמי, תוך סיוע מצד ארגון חזבאללה הלבנוני ומארגוני ג'יהאד עולמי.
מעורבות תקשורתית.
שלבים מוקדמים.
בשלבים המוקדמים של האינתיפאדה, כלי התקשורת בעולם גילו אהדה לצד הפלסטיני ועוינות לצד הישראלי.
המשרתים בכוחות הביטחון לא הוכשרו להתמודדות עם הפגנות, ואת המהומות האלימות שהתעוררו לאחר ביקורו של אריאל שרון בהר הבית פזרה המשטרה באמצעים שעמדו לרשותה, תוך גרימת פגיעות בנפש. כתבות שונות ששודרו ברחבי העולם בחודשים לאחר מכן, בהן נראו מעשי זוועה לכאורה שחיילי צה"ל ביצעו במהומות של אותם ימים (אחד האירועים הבולטים ביותר היה מותו של מוחמד א-דורה), זכו לתשומת לב רבה ועוררו זעם רב והפגנות מחאה (אם כי על חלק מהכתבות נטען שהן מבוימות; ראה מוחמד א-דורה), בעוד שדיווחים על פיגועים בשטחה של ישראל זכו לסיקור מועט.
בשלב זה, כניסה של כוח חמוש או טנקים לתוך מחנה פליטים הייתה מלווה בגינויים רבים מרוב המעצמות, כאשר המבקרת הפחות תוקפנית מביניהן הייתה ארצות הברית, הידועה ביחסיה החמים עם מדינת ישראל. טקטיקת הסיכול הממוקד זכתה לגינויים רבים גם כן, אך ישראל טענה שהיא מוצדקת בגלל מעשיו של המבוקש ההרוג. בשלב זה, מערכת הביטחון אולצה לא פעם להימנע מתגובה קשה לפיגועים נגד ישראל בשל החשש מהחרפת היחסים עם מדינות העולם. מלבד הכרזות שונות על חרם כלכלי, המתקפות על ישראל הגיעו לשיאן בועידת דרבן ב-2001 שבמהלכה הושוותה הציונות לגזענות ומעשיה של מדינת ישראל הושוו למעשיה של גרמניה הנאצית בשואה. בעקבות השוואה זאת, הוחזרו לארצם נציגיהן בוועידה של ישראל וארצות הברית.
הוכחות למעורבות פלסטינים בטרור (תפיסת אמצעי לחימה ומסמכים הקושרים אישים ברשות הפלסטינית לטרור) וכן התגברות הטרור העולמי (פיגועי 11 בספטמבר) האטו את מגמת ההשתלחות בישראל ואפשרו למערכת הביטחון לפעול ביד קשה יותר נגד הטרור הפלסטיני, אך עדיין לא באופן חופשי. פגיעות מקריות של חיילי צה"ל בעוברי אורח המשיכו לעורר גינויים קשים.
בעקבות התגברות פיגועי הטרור, יצא צה"ל למבצע חומת מגן. בקרב בג'נין הפלסטינים טענו כי מתבצע טבח בעיר (לפי טענות ישראל גופות פלסטיניים שמתו לפני המבצע הוצאו מקבריהן כדי להגדיל את מספר הגופות ובכך להעצים את הזעזוע) מה שעורר במשך זמן קצר הפגנות רבות בעולם. לטענת ישראל, מרבית הדיווחים בתקשורת היו מוטים לטובת הפלסטינים (חלקם מסולפים, כמו דיווח של ה-BBC בו פיצוץ של מעבדת חבלה הוצג כפיצוץ של בית תמים למראה). הסרט של מוחמד בכרי "ג'נין ג'נין" אמנם יישר קו עם הגרסה הפלסטינית, אך בסופו של דבר גם האו"ם הודה בטעותו וקבע שבג'נין לא אירע טבח. בשנים אלו הוצגו יצירות קולנועיות ומיצגים אמנותיים שונים שנגעו לאינתיפאדה וגרמו לזעזוע בישראל - חלקם זכו גם בפרסים בפסטיבלים שונים.
גדר ההפרדה.