באותה עת התנהלה השמדת יהודי הונגריה במלוא הקצב. החל מ-15 במאי ובמשך כשבעה שבועות נשלחו 434,351 מיהודי הונגריה אל מותם באושוויץ. ב-7 ביולי עצר מיקלוש הורטי את המשלוחים. הדבר היה כבר בשלבים האחרונים של מלחמת העולם השנייה, לאחר נחיתת בנות הברית בנורמנדי, ותוך כדי התקדמות הצבא הסובייטי בפולין. נראה היה כי קורט בכר ניהל את המשא ומתן על מנת להשיג בו תוצאה כלשהי, בהכינו בכך אליבי לעצמו לתקופה שלאחר המלחמה; אך היה זה כבר מאוחר מדי, ורכבות הצלה נוספות, במתכונת הרכבת הראשונה, לא נשלחו עד לכיבוש הונגריה על ידי הצבא הסובייטי בינואר 1945.
הסטת משלוחי יהודים לווינה.
בדו"ח שהגיש קסטנר לסוכנות היהודית ב-1945 הוא מייחס לוועדת ההצלה את ההסטה של 6 רכבות עם כ-18,000 יהודים מדברצן וסביבותיה למחנה הריכוז שטרסהוף שליד וינה במקום לאושוויץ, שם חולקו לעבודות שונות (פינוי הריסות, מפעלי תעשייה, עבודה בחקלאות) ורובם הגדול שרדו עד תום המלחמה. רק כ-30% מהם היו למעשה "כוח עבודה", האחרים היו זקנים, נשים וילדים. ועדת העזרה וההצלה מימנה משלוחי מזון וביגוד (למשל 5,000 זוגות נעליים) שסייעו להחזיק את חברי הקבוצה בחיים. עם זאת במשפטי נירנברג הוכח כי משלוח זה בוצע לבקשתו של קרל בלשקה, ראש העיר הנאצי של וינה, והמשלח ארנסט קלטנברונר כותב לו במפורש ביום 30 ביוני 1944 כי יהודים אלו נועדו ל"זונדר אקציון", כלומר להשמדה. בדיון בבית המשפט המחוזי שלא נסתר על ידי בית המשפט העליון הוכח כי לא מדובר בפעולת הצלה של קסטנר אלא במשלוח אשר משיקולים פנימיים של הנאצים לא הופנה לאושוויץ.
השופט אגרנט בבית המשפט העליון טען כי אמנם הצלת 15 אלף היהודים שהגיעו לשטרסהוף הייתה הונאה של אייכמן, בהיענותו לבקשת קלטנברונר ובלשקה, אך "לקסטנר היה יסוד להאמין שאמנם אייכמן נענה לבקשתו" להצלה רחבה, במסגרת המשא ומתן שניהלו השניים.
הצנחנים מארץ ישראל.
במקביל למשא ומתן על הרכבת נשלחו להונגריה שלושה צנחנים מארץ ישראל: חנה סנש, פרץ גולדשטיין ויואל פלגי. חנה סנש נתפסה כשעברה את הגבול מיוגוסלביה וברשותה משדר צבאי בריטי, ונדונה למוות בעוון ריגול למען האויב בזמן מלחמה. פרץ גולדשטיין ויואל פלגי הגיעו אל קסטנר, תוך שהם נמצאים במעקב של השירות החשאי ההונגרי. קסטנר שכנע את פלגי להגיע למטה הנאצי ולהציג את עצמו כנציג הסוכנות, שנשלח לבדוק את רצינות ההצעה שהביא ברנד. הוא הדריכו לדרוש מהנאצים שרכבת ההצלה תגיע לספרד כדי שיוכחו כוונותיהם הטובות וניתן יהיה להמשיך בעסקה. פלגי עשה זאת, ובהמשך נתפסו הוא וגולדשטיין, עונו ונשלחו ברכבת לגרמניה. פלגי הצליח להימלט מן הרכבת ולהסתתר בהונגריה.
השופט העליון אגרנט, כתב כי "החל מתחילת ספטמבר עשה קסטנר גופו פעולה נמרצת בעניין שחרורה של הצנחנית"; "ביום 14.10 קיימו קסטנר ופרידריך בורן (נציג הצלב האדום בבודפשט) פגישה עם נציגי משרד הביטחון ההונגרי, ובה נתנו אלה הבטחה לשחרר את 3 הצנחנים היהודים תוך ימים אחדים. אך הבטחה זו נתרוקנה מיד מתוכנה, מאחר שלמחרת היום - 15.10 - עבר השלטון לידי סלשי ואנשי צלב החץ והתחיל שוב משטר אימים בהונגריה".
ביקור במחנות ריכוז לקראת סיום המלחמה.
בחורף 1944–1945 ביקר קסטנר בשווייץ, לשם המשך ניהול המשא ומתן בין הג'וינט לבין קורט בכר, אך חזר מרצונו משווייץ הבטוחה לגרמניה, ונסע עם קורט בכר אל מחנות הריכוז ברגן-בלזן, מאוטהאוזן וטרזיינשטט, בניסיון להציל את שרידי היהודים שנותרו בהם ע"פ הוראתו של הימלר. בישראל נפוצה שמועה כאילו קסטנר הסתובב במדי אס אס, אולם לא נמצאה עדות ראייה לכך. לפי עדות של אסיר, הוא אמנם הופיע בחברת קצין אס אס גבוה (קורט בכר) אך היה לבוש בחליפה אזרחית. לפי עדותו של קסטנר במשפט גרינוולד, פעילותו צריכה להיבחן במסגרת האליבי שביקשו לעצמם חלק מהנאצים לקראת תום המלחמה, כ"אליבי" במשפט שהם עלולים להיות מואשמים בו. גם אלי ריכנטל כותב כי בסוף המלחמה, כאשר התבוסה הנאצית הייתה ודאית, ניסו נאצים בכירים כמו הימלר, קלטנברונר ובכר למצוא אליבי שיעמוד לזכותם בבית המשפט. מסיבה זו הורה הימלר על הצלת האסירים במחנות ברגן-בלזן, מאוטהאוזן וטרזיינשטט, בניגוד לפקודת היטלר שיש לחסלם. הבכירים הנאצים היו זקוקים ליהודי שיעיד בדבר פעילותם, ובכר מצא בקסטנר את המתאים ביותר לכך.
לאחר המלחמה.
מיד לאחר המלחמה הואשם קסטנר בידי כמה אישים. יואל פלגי סבר שקסטנר הוא שגרם לכישלון שליחות הצניחה שלו. ראש המשרד הארצישראלי בבודפשט, משה קראוס, האשים את קסטנר שבגינו נכשלה הצלתם האפשרית של יהודי הונגריה. ההאשמות הועלו בפני מעין "בית דין" בקונגרס הציוני ב-1946 ובוועדת חקירה בארץ ישראל. בעקבות ההאשמות חשש קסטנר לעלות לישראל, אולם בסופו של דבר עלה והשתלב במהירות. הוא נכנס לרשימת מועמדי מפא"י לאספה המכוננת, התמנה לדובר משרד המסחר והתעשייה, מנהל השידורים של קול ישראל ולאחד מעורכי ביטאון מפא"י בהונגרית, אוי קלט.
עדויות לטובת בכירים נאצים.
בתצהירים שנתן קסטנר בספטמבר 1945 בפני ועדת החקירה האמריקנית לפשעי המלחמה בלונדון הוא מתאר את קורט בכר, דיטר ויסליצני והרמן קרומיי כפושעי מלחמה. ואולם, מאוחר יותר נתן קסטנר חוות דעת אוהדות בשבעה מקרים, לטובת שלושתם וכן לטובת הנס יוטנר. ב"משפט גרינוולד" ידוע היה רק על העדות לטובת בכר. קסטנר אמר במשפט שהעיד לטובת בכר משום שלא עסק לדבריו בהשמדה ממש, אך הכחיש בתוקף את העובדה שהעיד לטובת קרומיי וויסליצני.
לאחר המלחמה נקרא קסטנר מספר פעמים לנירנברג על ידי התביעה האמריקאית במשפט, שגם מימנה כמה מנסיעותיו, כדי להשתתף בחקירתם של נאצים בכירים, תוך ניצול הכרתו את מנגנון האס אס ובכיריו. הוא מסר עדויות בכתב ובעל פה במשפטי נירנברג לטובת ארבעת הקצינים הנאצים האמורים, באמרו שהם סייעו להצלת יהודים.
בסוף התצהיר שלו לטובת קורט בכר, כתב קסטנר: "הצהרה זו נותן אני לא רק בשמי שלי כי אם גם בשם הסוכנות היהודית והקונגרס היהודי העולמי".
על סיועו לבכר כתב לאליעזר קפלן: "לפני שלושה חודשים הוזמנתי בתור עד לנירנברג. השתמשתי בהזדמנות זו כדי לשוחח עם קורט בכר. בכר היה קולונל אס אס לשעבר אשר שימש קצין קשר ביני לבין הימלר במשך פעולות ההצלה ושוחרר בינתיים על ידי שלטונות הכיבוש הודות להתערבותי האישית. השיחה נסבה על הנושאים הכספיים המעניינים אותנו."
ב"משפט גרינוולד" אמר קסטנר שלפני שיצא לנירנברג נועץ ביושב ראש הנהלת הסוכנות, דוד בן-גוריון, וזה עודדו לנסוע. בניגוד לתצהיר של קסטנר, אליהו דובקין מהסוכנות היהודית הכחיש בעדותו שהתיר לקסטנר לחתום על התצהיר שלו בשם הסוכנות.
נושא מכתבו של קסטנר אל שר האוצר קפלן היה היעלמותו של "אוצר" שבכר סחט מהיהודים – מזוודות המכילות יהלומים ומטבעות זהב בשווי מיליוני דולרים. קסטנר טען במכתבו כי "האשמה על הזנחת הפיקוח היעיל נופלת על אלה משליחי הסוכנות אשר מתפקידם היה בהתחלה להשגיח בהקפדה על גורל המזוודה".
ההיסטוריון יחיעם ויץ כתב על כך כי "גם תומכיו המובהקים של קסטנר מתקשים להעניק הסבר סביר למניעו במתן ההצהרות". שושנה אישוני-ברי הציעה הסבר להתנהלותו זו של קסטנר. לדבריה, מלבד מניעים פסיכולוגיים באישיותו של קסטנר, יש משמעות גם לכך שהוא נשלח לפעול במסגרת משפטי נירנברג על ידי הסוכנות היהודית והקונגרס היהודי העולמי. קסטנר פעל בנירנברג כדי להעלות את נושא שואת העם היהודי כנושא עצמאי, בניגוד לעמדתם של מארגני המשפטים - הבריטים והאמריקאים. קסטנר ובכר העידו על חלקו של ארנסט קלטנברונר, סגנו של הימלר, בהשמדת היהודים. בעקבות עדויותיהם, קלטנברונר נתלה (זאת, לפי פרופ' שלמה אהרונסון).
לפי אישוני-ברי, הסוכנות היהודית הייתה זקוקה לעזרתם של בכר ושל יוטנר כדי לאתר חלקים מן הרכוש היהודי שנגזל בהונגריה. עדות לטובתו של בכר נחשבה למחיר זניח בהתחשב בצרכים הלוחצים של "המדינה בדרך". העדות לטובת ויסליצני ניתנה במסגרת מאמצי הסוכנות למנוע את הוצאתו להורג בצ'כוסלובקיה, בתמורה למידע על מקום הימצאו של אייכמן. עם זאת, אישוני-ברי כותבת שאין לה הסבר מדוע העיד קסטנר גם לטובת קרומיי. עוד היא אומרת שלמרות עדותו של קסטנר ויסליצני נענש, ושהאמריקנים יכלו להעניש את בכר, קרומיי ויוטנר, למרות העדויות של קסטנר, בשל מעשים אחרים שעשו הקצינים הנאצים, אלא שהאמריקנים לא ראו חשיבות בהענשת קצינים נאצים מדרג שני ושלישי. קסטנר טען בחקירתו במשטרה ובמשפט שהעדויות לטובת בכר תואמו עם גורמים בארץ, והעניין לא נבדק דיו.
טומי לפיד אמר שקסטנר הרגיש מחויב לקיים את התחייבותו לידידיו הנאצים במהלך המלחמה ולכן העיד לטובתם. אלי ריכנטל טוען שהתחייבות כזאת, גם לו הייתה, אינה מצדיקה הצלת רוצח כמו בכר. על הטענה שקסטנר פעל בהוראת הסוכנות היהודית כדי למצוא בסיוע בכר את רכושם של יהודי הונגריה אומר ריכנטל שאין זה מסביר מדוע העיד לטובת שלושה רוצחים נוספים. על הטענה שהעיד לטובת ויסליצני כדי למצוא בעזרתו את אייכמן, אומר ריכנטל שהעדות לטובתו התרחשה שלוש שנים לאחר שחל נתק בין אייכמן וויסליצני. לאור זאת מעלה ריכנטל הסבר אחר: בסיום המלחמה תכננו קסטנר וחבריו בס"ס אליבי משותף. כדי להשיג תפקיד בכיר בתנועה הציונית בגד קסטנר בידידיו הנאצים והציגם ב-1945 כפושעי מלחמה. בעקבות כך החלו בני משפחות הקצינים הנאצים בכר, קרומיי וויסליצני להתכתב עם קסטנר ולהפעיל עליו לחץ, תוך שהם רומזים בדבר הבטחותיו של קסטנר. ההתכתבויות נמצאו בארכיון של קסטנר. קסטנר חשש מפני חשיפת היותו סוכן של הנאצים בבודפשט ובלית ברירה העיד לטובת הקצינים.