מסעה של החבורה הסתיים משהגיעו לעמק קוסקו שהיה כה פורה, שכאשר ננעץ מטה הזהב באדמה הוא שקע בה כה עמוק, עד שנעלם מן העין. העמק מצוי בגובה של 3,400 מטרים מעל לפני הים, אך בשל קרבתו לקו המשווה נהנה מאקלים מצוין והתברך במים רבים מהנהר ואטאניי. כך, על פי האגדה, נוסדה קוסקו בירת האינקה (בערך בשנת 1200 לספירה). על פי האגדה נוסדה קוסקו על ידי בן האינקה הראשון, מאנקו קאפאק, בראשית המאה ה-12, אך לפי עדויות ארכאולוגיות, העיר הייתה מיושבת מאות שנים לפני עליית האינקה, ושכנו בה תרבויות אחרות.) מאנקו קאפק הקים בקוסקו את ממלכת קוסקו, עיר מדינה שבראשה עמד מלך שתוארו סאפה אינקה (מנהיג עליון).
במשך כ-200 שנה הייתה העיר קוסקו בירת ממלכת קוסקו, עיר-מדינה קטנה יחסית. בעמק קוסקו כבר חיו בני עמים אחרים ואלה נלחמו בפולש. כך קרה שבמשך כ-200 שנה נאלצו בני האינקה להשקיע את מרצם בסכסוכים בלתי פוסקים עם שכניהם. השינוי חל ב-1438, כאשר עלה לשלטון הקיסר התשיעי בשושלת האינקה: אינקה יופאנקי (Inca Yupanqui) שנטל לעצמו את הכינוי "פַּאצַ'אקוּטִי"ׁ (Pachacuti) (רעידת אדמה בקצ'ואה) או פאצ'קוטק (Pachacutec "רפורמטור של העולם"). במהלך 55 השנים הבאות כבשו פַּאצַ'אקוּטִי (1438 – 1471), ובנו, טופאק אינקה יופאנקי (1471 – 1493), את כל השטח שכיום מהווה את פרו וכן שטחים נרחבים באקוודור, בבוליביה ובצ'ילה.
תחילה הובסו הממלכות השכנות שבהן ישבו עמים דוברי שפת האיימרה מאזור אגם טיטיקקה, ממלכת קויה וממלכת לופאקה. אחריהן הובס עם הצ'אנקה שממערב, שהיה היריב הגדול ביותר לאינקה, ושכמעט הצליח לכבוש את קוסקו. בנו ויורשו של פַּאצַ'אקוּטִי, טופאק אינקה יופאנקי, דיכא מרד שפרץ בממלכות הקויה והלופאקה, והכניע את ממלכת קיטו האדירה (ששכנה באזור אקוודור של ימינו), עד שרק ממלכה גדולה אחת, ממלכת צ'ימור שבצפון פרו שהצטיינה ברמתה התרבותית המפותחת, הוסיפה להתנגד לכובש. לאחר שטופאק אינקה יופאנקי הביס את בעלי הברית הצפוניים של ממלכת צ'ימור ועקף את הביצורים שנועדו להגן על הממלכה מדרום, נכנע יריב אחרון זה.
הדרך שבה הצליחו פַּאצַ'אקוּטִי ובנו לנצח את העמים האחרים הייתה שילוב בין עורמה דיפלומטית לכישרון צבאי. צבא האינקה היה מאורגן היטב בהשוואה ליריביו וגדל עם הרחבת האימפריה על ידי צירוף התושבים הנכבשים לצבא. פאצ'אקוטי שלח מרגלים לאזורים שרצה לספח לאימפריה שלו, והם הביאו לו דיווחים על הארגון הפוליטי, הכוח הצבאי ועושר האזורים. לפני כל מסע כיבוש, הוא עשה ניסיון לשכנע את שליטי היריב להיכנע ללא קרב, תוך הרחבת היתרונות של ההצטרפות לאימפריה שלו, והוא הציע להם מתנות של מוצרי יוקרה כגון טקסטיל באיכות גבוהה, והבטיח שהם יהיו עשירים יותר מבחינה חומרית כנתיניו. בתמורה יושארו לשלוט על שטחיהם במסגרת אימפריית האינקה (הגם שיועץ מטעם האינקה יופקד על "המדיניות הגבוהה"), ילדיהם יקבלו חינוך מלא, והיחס אליהם יהיה כאל אצילים בהיררכיה של האינקה. לעומת זאת אם יתנגדו, יוענשו ללא רחם. רוב השליטים קיבלו את שלטון האינקה כעובדה מוגמרת ונכנעו ללא קרב. אם לא הספיקו תנאים אלה ומראה הצבא בן 200,000 הלוחמים לשכנע את היריב, ניתן האות להסתערות שבה בדרך כלל נוצח היריב. לאחר הכיבוש הוצאו השליטים המקומיים להורג. ילדיו של השליט הובאו לקוסקו כדי ללמוד על מערכות הניהול של האינקה, ואז חזרו לשלוט בארצות מולדתם. שיטה זו אפשרה לאינקה לצרף אותם כאצילים באימפריית האינקה, או להשיא את בנותיהם של השליטים המובסים למשפחות בפינות שונות של האימפריה. חיל מצב מבני האינקה הוצב בשטח הכבוש, ובעקבות החיילים באו פקידי ממשל ומהנדסים ולשון האינקה, הקצ'ואה, הוכרזה כשפה הרשמית. אם נעשו ניסיונות של מרד הייתה האוכלוסייה כולה צפויה להגליה.
גדולתו של פאצ'אקוטי הייתה לא רק בשדה הקרב. הוא כונן אימפריה אדירה על פי עקרונות מוגדרים היטב ובאופן שיטתי. האימפריה חולקה לארבעה מחוזות על פי רוחות השמיים וכונתה לפי כך טוואנטינסויו (Tawantinsuyu) "ארבעת הסויו" (בקצ'ואה "אזורים" או "מחוזות") שפינותיהם נפגשו בבירה קוסקו. האימפריה נוהלה על ידי ממשל מרכזי בקוסקו עם האינקה בראש וארבע ממשלות מחוזיות עם מנהיגים חזקים במחוזות: צ'ינצ'איסויו (Chinchaysuyu, צפון-מערב), אנטיסויו (Antisuyu, צפון-מזרח, יער האמזונאס), קויאסויו (Qullasuyu, דרום-מערב) וקונטיסויו (Kuntisuyu, דרום-מזרח). המבנה הארגוני ההיררכי, אפשר לעם קטן יחסית לייצר ממאות שבטים שונים, יושבי אזורים גאוגרפיים שונים בתכלית ונבדלים במנהגיהם, לשונותיהם, עיסוקיהם ואמונותיהם, אימפריה אחת בת 10 מיליון נפש. מעריכים שפאצ'אקוטי הוא שהורה לבנות את מאצ'ו פיצ'ו, או כבית משפחה או כמקום מפלט בקיץ, אם כי ייתכן שזו הייתה תחנה חקלאית.
רשימת קיסרי האינקה.
שמונת הקיסרים הראשונים ברשימה להלן היו חסרי חשיבות היסטורית ותולדותיהם מבוססים על אגדות.
גאוגרפיה.
אימפריית האינקה הייתה קרויה בפיהם "ארץ ארבעת הרביעים" (טאוואנטינסויו). האימפריה השתרעה לאורך של 4,000 ק"מ מצפון לדרום, לאורך שלשלת הרי האנדים הגבוהים. ממערב למזרח עברה ממדבר אטקמה, המדבר היבש ביותר בעולם, ליערות הגשם המהבילים של אמאזוניה. הגבול הצפוני של האימפריה נקבע בנהר אנקסמאיו (Ancasmayo) שלא זוהה במדויק. יש חוקרים המשערים כי מדובר בנהר ריו גואיטרה (Río Guáitara) המשמש כיום כגבול בין קולומביה לאקוודור ויש הטוענים כי מדובר בנחל אנגסמאיו (Angasmayo) הזורם בקולומביה לא הרחק מהגבול עם אקוודור. גם הגבול הדרומי שרוי במחלוקת בין החוקרים. חלקם מציבים את הגבול בנהר מַאוּלֶה וחלקם צפונית לו בנהר מאיפו. שני הנהרות זורמים ממזרח למערב דרומית לסנטיאגו דה צ'ילה בירת צ'ילה.
האינקה שלטו על שרשרת הרי האנדים, שרק הרי ההימלאיה גבוהים מהם. חיי היומיום התנהלו ברום של עד 4,500 מטרים. האקלים של האזור והשטח ההררי הציבו אתגרים רבים. בני האינקה נאלצו להתאים את אורחות חייהם כדי לעמוד ברבים מהאתגרים הללו. כך למשל יש מעט אדמה פורייה בהרי האנדים, והאינקה התגברו על כך באמצעות בניית טרסות. אף על פי שגשם יורד בהרי האנדים באופן קבוע מדצמבר עד מרץ, בשאר ימות השנה יש לעיתים תקופות ממושכות ללא גשם כלל. על מנת להבטיח שיהיו להם המים הדרושים לחקלאות, בני האינקה בנו מערכות גדולות של תעלות להשקיה. התעלות הביאו גם מים לערים. לניהול האימפריה שלהם נזקקו האינקה למערכת דרכים נרחבת, אבל הטופוגרפיה ההררית הפכה צורך זה למשימה קשה שעליה התגברו האינקה באמצעות יישור שטחים, בניית מדרגות, בניית סוללות, הקמת גשרים ובמקרה אחד גם חציבת מנהרה.
הפולחן הדתי נערך בגבהים של עד 6,600 מטרים. הר ז'וז'איז'קו, השוכן בפרובינציה סלטה שבארגנטינה (סמוך לגבול עם צ'ילה), הוא אתר הקורבן הגבוה ביותר של האינקה הידוע כיום. דרכים נבנו אל ההרים, במות פולחן נבנו על פסגותיהם, ולשם כך הושקע זמן רב בהובלת אדמה, סלעים ועשב לגבהים קיצוניים אלו. אפילו לאדם המודרני, עם ציוד הטיפוס המתקדם והלבוש האלפיני, קשה להתאקלם ולעבוד בתנאי הסביבה הקשים (קור ויובש עז, אוויר דליל לנשימה) האופייניים לגובה זה. היכולת של האינקה לתפקד בסביבה כזו, כשהם נעולים בסנדלים בלבד, מעוררת התפעלות עד היום.
ארגון האימפריה.
ממשל ציבורי.
החברה באימפריית האינקה הייתה בעיקרה חברה חקלאית. האיכרים היו עמוד התווך של האימפריה, אך ניצבו בתחתית הסולם החברתי. כל חייהם מן העריסה ועד לקבר היו מאורגנים ומונחים על ידי פקידים ומפקחים מטעם המשפחה, הכפר, השבט, המחוז והשלטון המרכזי. לאזרחים לא היה חופש תנועה באימפריה, והבנים היו חייבים לעבוד באותו מקצוע כהוריהם. קבוצת משפחות שחיו ועבדו יחד היו קרויות "אַיוּ" (Ayllu). על כל אלו השגיח הקוּרַאקַה (kuraka), מפקח בן העם הנשלט. הקוּראקה פיקח על יחידות בהן היו 100, 500, 1,000, 5,000 ו-10,000 "משלמי מיסים". המסים הועלו לשלטונות בשתי צורות: האחת - הקצבת בני אדם לעבודות ציבוריות (סלילת דרכים, בניית גשרים, הקמת סוללות) או לשירות צבאי, והשנייה מסירת חלק מהתוצר החקלאי. מעל הקוראקים היו מושלי הנפות (a tokrikoq) מבני האינקה, ומעליהם ארבעת מושלי המחוזות (Apu) שהרכיבו את האימפריה. בראש הפירמידה עמד הקיסר (סאפה אינקה) ולצידו פעל הכהן הראשי (Willaq Umu) שלעיתים תפקד כמפקד העליון של הצבא.
הצבא.
צבא האינקה היה החזק ביותר באזור באותה תקופה, מכיוון שניתן היה לגייס כל כפרי או חקלאי כחייל כחלק ממערכת השירות החובה הציבורית המכונה מיט'ה. מספר החיילים בצבאות האינקה נע בין 70,000 ל-250,000 איש. כל גבר בעל כושר גופני בגיל הלחימה חויב לעבור הכשרה צבאית ונאלץ להשתתף במלחמה בתפקיד כלשהו לפחות פעם אחת בחייו, ולהתכונן ללחימה שוב בעת הצורך. כשהאימפריה הגיעה לשיא גודלה, כל אזור באימפריה תרם את חלקו בהקמת צבא למלחמה. החייל הרגלי הפשוט היווה את גרעין הצבא.
את החיילים הובילו קצינים מקצועיים. קצינים אלה נבחרו במהלך פסטיבל וראצ'יקוי, במהלכו נאלצו המועמדים לעבור מבחנים שונים של מיומנות גופנית: כגון ריצה, קליעה למטרה בחץ וקשת, קרב מגע ולראות אם הם יכולים להישאר ערים במשך תקופה ארוכה, כאשר נטען כי כמה קצינים היו יכולים להישאר ערים במשך שבוע שלם. הקיסר, שהיה ידוע בכינוי "סַאפָּה אינקה", הובל לקרב באפיריון יחד עם אצילים אחרים, והוגנו על ידי החיילים המקצועיים ביותר. האפיריון אפשר תצפית על שדה הקרב, וכלי הנשק הפופולרי ביותר בשימוש ממנו היה אבן הקלע. גם חפצי קודש הקרויים "וַאקָה" הובלו לשדה הקרב באפיריון.