עציון צעד בספרו בעקבות ההיסטוריון השנוי במחלוקת עמנואל וליקובסקי. כמוהו סבור גם עציון, שיש פגם מהותי בהסתמכות הארכאולוגים וההיסטוריונים על הכרונולוגיה המצרית, ולדעתו קיים פער של כשש מאות שנה בין מפת הזמן המתבססת עליה, לבין המאורעות ההיסטוריים כפי שאירעו באמת. עציון אינו מקבל את רעיונותיו האפוקליפטיים של וליקובסקי, אינו מאמין בכוח עליון כלשהו, ונקודת המוצא שלו היא אחת: בחינה ביקורתית של האמור בתנ"ך ובמסמכים עתיקים נוספים, למול העדויות הארכאולוגיות שאותן יש לתארך ולהתאים לתקופות השונות. אף כי בספרו האחר - "ספר הכפירה", הוא מייחס ניסים תנ"כיים לפעולותיהם של חייזרים ויישויות חוצניות אחרות, אין בספרו "התנ"ך האבוד" כל רמז לאמונות או לתפיסות פסבדו מדעיות מסוג זה.
עציון נעזר רבות בארכאולוג פרופ' אברהם נגב, שאף כתב הקדמה לספר. בין השאר מעיד נגב על עבודתו של עציון: "שלא כתמונה המתקבלת מעבודתם של הארכאולוגים המסורתיים, שבה, לכאורה, יש ניגוד בין הממצא והמקרא (החומות שנפלו לפני יהושע בן נון ביריחו וכיבוש העי, הן מן הדוגמאות הבולטות ביותר לעניין זה), מציג עציון תמונה שלמה, שאין בה חריגים".
למרות שהקונצנזוס המדעי אינו מקבל את רעיונותיו של עציון, טרם נערכה עד כה עבודה מסודרת המתמודדת עם טענותיו או דוחה את מסכת ההתאמות וההקבלות עליהן הצביע בספרו.
"התנ"ך האבוד" יצא לאור בהוצאת שוקן, בשנת 1992.
שיטת התיארוך הקלאסית וליקוייה.
כרקע לתיאור מחקריו פותח עציון בסקירה של שיטת התיארוך הארכאולוגי-היסטורי הקלאסית - הכרונולוגיה המצרית:
לאחר פענוח אבן רוזטה על ידי החוקר הצרפתי ז'אן-פרנסואה שמפוליון, הצטבר חומר רב מתולדותיה של מצרים העתיקה, כולל תיאורים ועדויות אודות הפרעונים שמלכו במצרים. סידור העדויות הללו לשושלות מלכים מוקדמות ומאוחרות נעשה בעזרת ידיעות שנשאבו מכתבי מנתון, והובאו בספריהם של יוספוס פלאביוס, יוליוס אפריקנוס ואוסביוס מקיסריה, ובעזרת רשימות חלקיות וקטועות שהתגלו על פפירוסים וקירות מקדשים עתיקים.
כדי למצוא את הזמן המדויק על מפת ההיסטוריה בו שלטו שושלות הפרעונים הללו, נזקקו החוקרים לקואורדינטות ידועות מסוימות, המשותפות לאירועים חוץ-מצריים ברורים ולאירועים או מלכים מצריים מסוימים. כאשר נמצאת נקודה משותפת כזו, ניתן להמשיך ולבסס עליה את שושלות המלוכה שאחרי הנקודה המוסכמת.
החוקרים גילו שעד זמנו של תלמי השלישי, היו השנים המצריות כולן בנות 365 ימים, ללא עיבור שנים וללא כל התאמה אסטרונומית אחרת. מכיוון שאורך השנה האמיתית הוא כשש שעות יותר מ-365 יום, חל פיגור מתמיד בין מועדי החגים המצריים לבין מערכת הכוכבים השמיימית, ששנתה היא כאמור, יותר מ-365 יום. עוד נתגלה, כי המצרים הקדמונים נהגו לחגוג את מועד זריחתו השנתית של הכוכב סיריוס, שזוהה עם האלה איזיס. המצרים ייחסו לו חשיבות רבה והופעתו בשמי הבוקר לפני זריחת השמש בישרה את היפוך הקיץ ואת עונת ההצפות של הנילוס, אירוע חשוב ביותר מבחינה חקלאית.
בדיקה אסטרונומית פשוטה מראה, כי רק אחת ל-1460 שנה, נפגש יום זריחת סיריוס עם זמן מסוים ביממה מסוימת. המצרים נהגו לציין את נקודת המפגש של סיריוס עם ראש השנה המצרית, מפגש שמתרחש מדי 1460 שנה. לא ידוע מתי חל ראש השנה הזה, אך המלומד הרומאי קנסורינוס, בן המאה השלישית, מציין כי המפגש האחרון שלפני תקופתו חל בשנת 140 לספירה. החשבון מראה כי לפי זה, הפעמים הקודמות שבהן אירע מפגש זה היו בשנת 1320, 2780 ו-4240 לפני הספירה. מעתה חיפשו החוקרים בתעודות העתיקות אזכור למפגש זה ובתקופתו של איזה פרעה הוא התרחש. בעזרת מערכת הנחות מורכבת ומסועפת, הצליחו החוקרים למקם שלשה פרעונים קדומים באופן מוחלט. מעתה ואילך ניתן היה לקבע את הכרונולוגיה המצרית ולהפוך אותה לבסיס כרונולוגי עבור תקופות ואירועים שונים, הן בהיסטוריה של מצרים והן בהיסטוריה של ארצות אחרות בעת העתיקה.
השיטה לפיה נקבעו כרונולוגיות של עמים אחרים בעזרת הכרונולוגיה המצרית, מתבססת על העובדה שחפצים, חרפושיות ופסלונים מצריים רבים היו נפוצים על פני כל ארצות המזרח התיכון, יוון וארצות נוספות בצפון אפריקה. כיוון שהכרונולוגיה המצרית כבר נקבעה, כאשר התגלו בחפירות ארכאולוגיות ממצאים מצריים שונים, הם תרמו לקביעת זמנה ההיסטורי של השכבה בה התגלו. באופן זה לימדו הממצאים המצריים גם על גילם ותקופתם של כלי חרס בעלי אפיונים ייחודיים. כאשר התגלו כלי החרס הללו בשכבות מסוימות, קבעו החוקרים את גיל השכבה ולמדו על אירועי התקופה בעזרת הממצאים האחרים שנתגלו באותה שכבה סטרטיגרפית. באופן זה הניחו החוקרים ויליאם פלינדרס פטרי וויליאם פוקסוול אולברייט את יסודות התיארוך הארכאולוגי-היסטורי בארץ ישראל.
למרות כל זאת, ערערו מספר חוקרים על תקפותה של שיטת התיארוך הקלאסית. ביניהם היו וליקובסקי ועציון בעקבותיו, שמנו מספר סיבות המעוררות פקפוק באמיתותה של השיטה. אלו העיקריות שבהן:
לוח התקופות בארץ ישראל לפי "התנ"ך האבוד".
בעיות אלו ועוד הביאו את וליקובסקי ועציון לנסות ליצור כרונולוגיה שונה, שאינה מבוססת על הכרונולוגיה המצרית הקלאסית. וליקובסקי, שהסתמך על פפירוס איפוור, התאים כרונולוגיה חדשה, משותפת לחלק משושלות הפרעונים ולתולדות עמי המזרח התיכון, ביניהם עמלק ועם ישראל. עציון המשיך ופיתח את השיטה תוך התייחסות פרטנית ללוח התקופות בארץ ישראל. הוא יצר, על פי הממצאים הארכאולוגיים, לוח תקופות שונה לחלוטין מלוח התקופות הקלאסי. באופן זה ישנה התאמה מוחלטת בין ממצאי החפירות, התנ"ך ותעודות היסטוריות נוספות, והכרונולוגיה המצרית על-פי וליקובסקי.
ההבדלים הבולטים בין השיטה הקלאסית לשיטת "התנ"ך האבוד", הם בעיקר בקביעת זמנן של תקופת הברונזה ותקופת הברזל. בעוד שהשיטה הקלאסית גורסת כי תקופת הברונזה מקבילה לתקופה הכנענית, והתקופה שלאחריה - תקופת הברזל - מקבילה לתקופה הישראלית, טוען "התנ"ך האבוד" כי תקופת הברונזה מקבילה לתקופה הישראלית ואילו תקופת הברזל מקבילה לתקופה המתחילה בכיבוש הבבלי ומסתיימת עם התקופה ההלניסטית.
בחפירות הארכאולוגיות נמצאו ממצאי הרס ועקבות השמדה ושריפה בין שכבת הברונזה הקדומה לשכבת הברונזה התיכונה, ובין שכבת הברונזה המאוחרת לשכבת הברזל. "התנ"ך האבוד" סבור, שעקבות החורבן שמעל שכבת הברונזה הקדומה הן עדות לכיבוש הארץ בידי שבטי ישראל, בפיקודו של יהושע בן נון. עקבות ההרס וההשמדה שבין שכבת הברונזה לשכבת הברזל שמעליה, מתעדות את החורבן שהמיטו חילותיו של תגלת פלאסר ושלמנאסר מלכי אשור על ממלכת ישראל וגייסותיו של נבוכדנצר מלך בבל על ממלכת יהודה.
להלן טבלת השוואה בין לוח התקופות הקלאסי לבין לוח התקופות של "התנ"ך האבוד":
פרשנות לממצאים ארכאולוגיים לפי "התנ"ך האבוד".
תקופת האבות.
על פי שיטת התיארוך הקלאסית, לא נמצאו לתקופת האבות בארץ ישראל הוכחות או עדויות משמעותיות. אף ארכאולוגים מקראיים כוויליאם אולברייט או נלסון גליק, התקשו למצוא נתונים ארכאולוגיים המתאימים לקורות האבות המתוארות בספר בראשית. נמצא שאין תקופה ארכאולוגית שניתן לומר בבירור כי היא משקפת את תקופת האבות, כפי שהם מסופרים בספר בראשית. בהקשר זה נפסלה "התאוריה האמורית", בה ניסו אולברייט, דה-וו וגליק לטעון כי אברהם חי בתקופת הברונזה התיכונה (מאות 20–21 לפני הספירה) ואולי אף היה אמורי. משה כוכבי הצביע על כך שלא נתגלו ממצאים מתקופה זו באזור שבין באר שבע לגרר - אזור נדודיו העיקרי של אברהם. אפרים ספייזר טען כי את אברהם יש למקם דווקא במאה ה-15 לפני הספירה, כיוון שמנהגים המשתקפים בלוחות נוזי דומים להפליא למנהגי אברהם ומשפחתו. גם מציאת חוקי חמורבי והדמיון הרב בינם לבין חוקי התורה גרם לחוקרים רבים להקדים את כתיבת התורה לתקופה זו. בנימין מזר סבר כי את הרקע לסיפורי האבות אפשר למצוא רק בתקופת הברזל, למעשה תקופת השופטים. חלק מן הסיבות שמנה היו נוכחות הפלשתים בגרר, מאבקי האבות בארמים, וכן השימוש בגמלים כחיה מבויתת, שלושה תהליכים מכריעים שהחלו בין המאה ה-12 לפני הספירה למאה התשיעית לפני הספירה. ארכאולוגים מינימליסטיים כזאב הרצוג וישראל פינקלשטיין, טוענים, כי הרקע המתאים לכתיבת סיפורי האבות הוא לא מוקדם למאה השמינית לפני הספירה, ובעצם מעלים שאלה לגבי אמיתותם של הסיפורים והיותם מיתולוגיה יותר מאשר תיעוד אירועי העבר.
על פי שיטת "התנ"ך האבוד" ניתן למקם את האבות בנקודה מוגדרת בציר הזמן של ההיסטוריה ואף למצוא לכך אישוש ארכאולוגי רב. תקופת האבות לשיטה זו משתרעת בין 1900 - 1700 לפני הספירה. זוהי תקופת חפיפה בין התקופה הכלקוליתית ובין תקופת הברונזה הקדומה הראשונה. שני מאורעות בולטים המתוארים בספר בראשית בתקופת האבות, הלא הם תקופות של בצורת ורעב קשים, וקטסטרופה אזורית, בה נהפכו הערים סדום ועמורה, התרחשו, על פי הממצאים הארכאולוגיים בתקופה זו. כך ניכרת הקבלה בולטת בין המתואר במקרא לבין הממצאים בשטח.
תקופות הרעב.