שיטות החקירה של האינקוויזיציה כללו שימוש מסוים בעינויים, אך שימוש זה היה מוגבל יחסית. למעשה, היו נהוגים שלושה סוגי עינויים בלבד. הסוג הראשון כלל את קשירת הנאשם למשקולת כבדה, מתיחתו, ושחרורו בבת אחת אל הרצפה, כך שהיה מקבל מכה חזקה. סוג העינוי השני כלל את קשירתו של הנאשם כך שלא יכול היה לסגור את פיו, והזרמת מים אל תוך פיו כדי ליצור תחושה של מחנק. העינוי השלישי כלל את קשירת הנאשם בחבלים לסד כלשהו, ומשיכת החבלים במהירות כך שהם פצעו את הנאשם. העינויים נועדו כדי לחלץ הודאה של הנאשם בפשע שיוחס לו, ולא כדי להענישו. הודאה בזמן העינוי לא הייתה תקפה בבית המשפט, והיה צורך בכך שהנאשם יחזור עליה שנית בדעה צלולה. עם זאת, לא הייתה שום בעיה להחזיר נאשם סרבן אל חדר העינויים. למרות שלרוב לא היו העינויים קטלניים, ובוודאי לא חמורים יותר מאלו שהיו נהוגים ברשות החילונית בתקופה זו, האינקוויזיציה זכתה בשמה האכזרי על רקע שיטות פעולה אלו.
למרות שיטות החקירה הקשוחות, הייתה האינקוויזיציה רגישה לכך שלעיתים ניסו אנשים להשתמש בה כדי לנקום ביריביהם הפרטיים, וחקרה ביסודיות את העדים. לנאשם הייתה אפשרות לזמן עדים משלו ולהכין את ההגנה למשפטו, אם כי לרוב הוא נאלץ לבצע הכנה זו בטרם ידע בדיוק מה הן ההאשמות כנגדו, ועמלו היה עולה בתוהו. לרוב התחשב בית הדין בהבעת חרטה של הנאשם או בנסיבות מקלות, כגון שכרות בזמן המקרה.
ענישה.
במקרה שבו הצליחה האינקוויזיציה להרשיע נאשם, היא הייתה מענישה אותו באופן שתאם את חומרת העבירה, חרטת הנאשם, והשאלה האם הייתה זו עבירה ראשונה. במקרה הקל ביותר, אם למשל היו חסרות עדויות מוצקות לאשמת הנאשם, הנאשם היה נשלח לביתו ללא עונש מלבד ההפסד הכספי שגרמה לו תקופת המאסר. במקרה שהנאשם הביע חרטה על מעשיו הוא עשוי היה לקבל קנס, לגלות מהעיר או לשאת לתקופה מסוימת את הגלימה שכונתה "סאנבניטו". גלימה צהובה זו הייתה אות קלון בולט, ונתלתה בכנסייתו של הנאשם לדיראון עולם גם לאחר סוף תקופת העונש. תהלוכת אוטו-דה-פה, שבה היו מוצגים החוטאים ברחובות העיר בגלימות סאנבניטו וההמון היה לועג להם, הייתה גם היא עונש אפשרי במקרה זה. האוטו-דה-פה יכול היה להיות ציבורי, כאשר השתתפו בו נאשמים רבים בבת-אחת, או פרטי, כאשר ביצע את התהלוכה נאשם אחד בלבד. במקרים נדירים היה העונש לעבירות אלו תקופה קצובה של חתירה בגליאות (ספינות המלחמה) של הצי הספרדי. עונש זה נחשב לחמור למדי, ולרוב יושם רק במקרים חמורים יותר.
במקרה של חטאים חמורים יותר נאלץ הנאשם "להתפייס עם הכנסייה", זאת אומרת לשוב לחיקה לאחר שנטש אותה. במקרים אלה העונשים היו חמורים יותר, בהתאם לחומרת העבירות. העונשים כללו את לבישת גלימת הסאנבניטו לזמן ארוך, חתירה למשך תקופות ממושכת בגליאות, או החרמת רכוש. האינקוויזיציה יכלה גם לגזור תקופות מאסר שונות, שהארוכה שבהן נקראה "מאסר עולם", אך למעשה הייתה מאסר לעשר שנים בלבד. לרוב לא היו לאינקוויזיציה בתי כלא של ממש, ולכן נידונו הנאשמים במקרים רבים למאסר בית, למאסר במנזר או בית חולים, או למאסר שבו הם היו חופשיים במשך היום ונאלצו לחזור לבית המאסר כל לילה. עונש אפשרי נוסף היה מלקות. במקרה זה היה הנאשם נלקח למקום ציבורי, נקשר לסד, מופשט בפלג גופו העליון וסופג מלקות. לרוב לא נגזרו יותר ממאתיים או שלוש-מאות מלקות, משום שאדם ממוצע לא יכול היה לעמוד ביותר מכך. גם נשים, זקנים וילדים צעירים יחסית יכלו לספוג מלקות, אך עונשים אחרים, כגון החרמת רכוש או חתירה בגליאה, לא היו אפשריים מבחינתם.
העונש החמור ביותר היה שרפה על המוקד, והוא ניתן בדרך-כלל לאנשים שסירבו להתחרט על חטאם, לאנשים שהורשעו בעברות חמורות בעבר או לאנשים שהסיתו אחרים לחטוא. מקרב המורשעים רק אחוז קטן נידון לעונש זה, וגם בקרב הנידונים לשרפה היו דרגות שונות של חומרה וצורות שונות של ענישה. במקרים החמורים פחות, נחנקו הנאשמים למוות לפני שנשרפו גופותיהם, ובמקרים החמורים יותר הם נשרפו חיים. במקרה שבו הנאשם חמק תחת ידה של האינקוויזיציה, הייתה אפשרות לשרוף את גופתו לאחר מותו, אם הצליחה הלשכה הקדושה לשים את ידה עליה. במקרה זה, הייתה גם אפשרות לשרוף את האדם בהיעדרו, דהיינו, לשרוף בובה כלשהי כאות קלון לאותו האדם, ולצורך סיפוק רצונה של האינקוויזיציה שלא להשאיר את הנושא ללא טיפול כלשהו.
חינוך וגישה כללית.
העונשים הפומביים נועדו למנוע הופעת כופרים חדשים, ולא רק להעניש את הכופרים שנתפסו. לשם אותה מטרה, נקטה האינקוויזיציה לעיתים פעולות חינוכיות כמו לימוד עקרונות הדת לנאשמים בזמן תקופת מאסרם, ופרסום המשפטים שנערכו בתוספת האשמה והעונש. פעולה חינוכית ידועה במיוחד היא פרסום אינדקס הספרים האסורים על רקע אי-תקינות דתית. אנשי דת שחטאו יכלו לעיתים להמיר את עונשם לתפילות, צומות או ריתוק למנזר.
האינקוויזיציה באמריקה.
במקביל לאינקוויזיציה בספרד, בית המלוכה הספרדי הנהיג אינקוויזיציה גם במושבות האימפריה באמריקה הלטינית. על אף שהאינקוויזיציה הספרדית באמריקה הייתה שלוחה של זו שבספרד, הרי שהתפתחותה, התנאים בהן פעלה, המשימות איתן התמודדה וכתוצאה מכך דרכי פעולתה, היו שונות במקצת.
ארגון, כפיפות וסמכות.
בשטחי האימפריה אשר באמריקה הוקמה לשכת האינקוויזיציה הראשונה כבר בשנת 1517 בסנטו דומינגו. המניע להקמת הלשכה היה החשש שלמרות הצו משנת 1501 שאסר על הגירת יהודים, נוצרים חדשים וצאצאיהם לאמריקות, רבים מהם הגיעו לקולוניה בסופו של דבר. מאוחר יותר נוסדו שתי לשכות נוספות בשתי בירות מלכויות המשנה: מקסיקו סיטי (1571) ולימה. לשכה רביעית ואחרונה נוסדה בשנת 1610 בקרטחנה דה אינדיאס, לאור הנוכחות הפרוטסטנטית (ההולנדית והאנגלית) ברחבי הים הקריבי.
עם הקמתה הייתה כפופה האינקוויזיציה באמריקות להגמון או לאב המנזר המקומי. באמצע המאה ה-16 הפכה האינקוויזיציה באמריקות למוסד עצמאי.
בתחילה לא הובאו האינדיאנים תחת סמכותה של האינקוויזיציה מתוך גישה פטרנליסטית וסלחנית בנוגע להליך ניצורם. מאוחר יותר הורחבה סמכות האינקוויזיציה וחלה גם על האינדיאנים. יחד עם זאת, התרכזה האינקוויזיציה באמריקות בביעור המינות ובהשלטת המוסר בקרב האוכלוסייה האירופאית והקריאולית, ולעיתים נדירות יותר בקרב מסטיסים, מולאטים ואפריקאים.
מבחינה גאוגרפית השטח העצום עליו מופקדות היו לשכות האינקוויזיציה באמריקות, ומקום מושבן בבירות מלכויות המשנה, הביאו לכך שבפועל טווח השפעתן הוגבל לאותן הבירות ולמאות קילומטרים אחדות מחוצה להן בלבד.
על אף שפיקוח על התנהגותה המוסרית של הכמורה היה אחד מתפקידיה של האינקוויזיציה, הצלחתה בתחום זה הייתה מוגבלת גם כן. על אף המאבק הפנימי בתוך המסדרים הדתיים, גבריים ונשיים כאחד, על שימור כללי המנזר, התאחדו הפלגים השונים נגד חדירה חיצונית בדמות מפקח האינקוויזיציה, ולרוב לא שיתפו עמו פעולה.
אופי פעולתה.
נראה כי בשונה מספרד, באמריקות התאפיינה פעולת האינקוויזיציה בגלים שהושפעו מהגעת אינקוויזיטור חדש ומאירועים כלכליים, חברתיים ופוליטיים שונים. העונש החמור ביותר, העלייה על המוקד, יושם באמריקות בתכיפות פחותה מזו שבספרד. שתי תקופות הפנטיות הדתית המפורסמות ביותר, אם כי לא היחידות, אירעו במהלך המאה ה-17: בין השנים 1634 ו- 1639 בלימה, ובשנות ה-40 של המאה ה-17 במקסיקו סיטי.
מרבית פעולתה של האינקוויזיציה באמריקות לא הייתה ביעור המינות, אלא דווקא שמירת מוסר ציבורי וטיפול בסטיות מוסריות וציבוריות. כך, למשל, מבין מעט פחות מ-1,500 תיקי החקירה שהתקיימו באינקוויזיציה של לימה במהלך כ-250 שנות קיומה (משנות ה-80 של המאה ה-16 ועד לפירוקה בשנת 1824) רק 313 היו על מינות. מתוך אלו, כשני שלישים (243 תיקים) עסקו בגילויי "התיהדות" והשאר במינות הפרוטסטנטית או במינות בתוך הקתוליות.
כמחצית מכלל תיקי המינות (157) נפתחו בתקופה שבין השנים 1581 ו-1641. הסיבה לכך היא שלאחר "איחוד הכתרים" של ספרד ופורטוגל הורשו פורטוגזים להתיישב באמריקה הספרדית ורבים עברו למלכות המשנה של פרו. בעוד שבגירוש ספרד ניתנה ליהודים הברירה בין גלות והתנצרות, הרי שניצורם של יהודי פורטוגל, רבים מהם גולים מגירוש ספרד, נעשה בכפייה. הערכות שונות מציעות כי היהודים היוו באותה העת כ-20% מכלל אוכלוסיית פורטוגל. מכיוון שכך נחשדו בעיני הספרדים הפורטוגלים כולם כנוצרים חדשים וכמי שטוהר דמם מוטל בספק.
במרוצת המאה ה-18 השתנתה מעט האינקוויזיציה באמריקות והחלה להתמקד בקידום אורתודוקסיה מוסרית, במלחמה ברעיונות הנאורות ובפיקוח ושליטה אידאולוגית ופוליטית. על אף שהכתר הספרדי מעוניין היה באימוץ חלקי של הנאורות, כגון הבנת הטבע ותוצאות שימושיות של ידע שכזה, הוא לא היה מעוניין בחדירת רעיונות של דאיזם, הזכויות הטבעיות ורעיונות לשיטות ממשל חדשות. מכיוון שכך עסקה האינקוויזיציה בצנזור ספרים שהכילו רעיונות פילוסופיים בלתי רצויים או ביקורת על רומא. פעילות זו לא הייתה מוצלחת ביותר, שכן רעיונות אלו היו מוכרים באמריקות.
גיאומטריה
גיאומטריה לא אוקלידית
גיאומטריה אוקלידית
נקודה (גיאומטריה)
אינקוויזיציה
האינקוויזיציה (מלטינית: Inquisitio) היא מוסד חקירות שהקימה הכנסייה הקתולית, ובראשה האפיפיור גרגוריוס התשיעי במאה ה-13, בניסיון להיאבק בכתות מינות שפרחו באותה תקופה, בעיקר בערים.