בפתיחת עונת העפילה הקבוצה בפעם השנייה בתולדותיה לליגת האלופות, לאחר שעברה את גלנטורן הצפון אירית בסיבוב המוקדמות השני, את אקטובה הקזחית בסיבוב השלישי (לאחר שהייתה כבר בפיגור 3:0 במשחק הביתי, וניצחה לבסוף 3:4), ואת רד בול זלצבורג האוסטרית בשלב הפלייאוף לאחר שניצחה אותה פעמיים. בהגרלת שלב הבתים הוגרלה מכבי חיפה עם יובנטוס, באיירן מינכן ובורדו. בניגוד להעפלתה הקודמת, הפעם הורכבה הקבוצה ממספר ישראלים צעירים, כדוגמת בירם כיאל, אייל גולסה ומוחמד גאדיר, והוביל אותה יניב קטן, שהיה שותף גם להעפלה הקודמת של הקבוצה. מכבי חיפה אירחה את המשחקים באצטדיון רמת גן, והפסידה בכל ששת משחקיה, כאשר חמישה מתוכם הסתיימו בתוצאה 0:1, וסיימה עם מאזן שערים שלילי של 0:8. בכך הייתה לקבוצה הראשונה בתולדות ליגת האלופות שסיימה את שלב הבתים ללא נקודה או שער לזכותה. במשחק המחזור השישי והאחרון נגד בורדו, נערך טקס פרידה לכבוד אלון חרזי, שנכנס כמחליף בדקה ה-71 ופרש לאחריו ממשחק פעיל.
בליגה, אף על פי שהובילה רוב העונה, ואף שברה את שיא הספיגה הנמוכה עם 16 שערים בלבד ב-35 משחקי ליגה, הפסידה מכבי חיפה את האליפות ברגע האחרון באופן דרמטי להפועל תל אביב בגלל שיטת הקיזוז והפרש שערים, אחרי שסיימה בתיקו עם בני יהודה במחזור האחרון. בסיום אותה עונה עזבו אותה כוכביה – שלומי ארבייטמן, דקל קינן, ג'ורג' טישיירה ובירם כיאל – לקבוצות כדורגל באירופה.
בעונת 2011/2010 שיחקה מכבי חיפה בסיבוב השלישי במוקדמות הליגה האירופית נגד דינמו מינסק. במשחק הראשון בקריית אליעזר ניצחה הקבוצה 1:0, ובגומלין נוצחה 1:3 והודחה מהליגה האירופית. עונה זו הסתמנה במכת פציעות מחד, אך בשילוב שחקנים צעירים מאידך, בהם תומר חמד, שלומי אזולאי, טאלב טוואטחה, סנטיהו סלליך ומוחמד גאדיר. בסיום אותה עונה זכתה מכבי חיפה באליפות ה-12 שלה, כשבהגנה בלטו אריק בנדו הוותיק לצד אנדריי פילאבסקי ואייל משומר ובהתקפה שחקניה הבולטים של מכבי חיפה היו ליאור רפאלוב (כדורגלן העונה, 11 שערים) ותומר חמד (13 שערים, 5 בישולים). כמו כן, הגיעה הקבוצה לגמר גביע המדינה, אך הפסידה 0:1 להפועל תל אביב, והחמיצה הזדמנות לזכות בדאבל.
עשר השנים השחונות: 2011–2021.
רבים משחקניה הבולטים של מכבי חיפה נטשו את הקבוצה לאחר אותה אליפות, ביניהם רפאלוב וחמד, ולקראת העונה הבאה הקבוצה נחלשה יחסית. בתחילת עונת 2012/2011 הוגרלה הקבוצה לשחק מול גנק הבלגית בפלייאוף העלייה לשלב הבתים של ליגת האלופות. במשחק הראשון באצטדיון רמת גן ניצחה חיפה 2:1, ניצחון שבדיעבד לא הספיק לגומלין בבלגיה שהסתיים בניצחון 4:1 לגנק בבעיטות הכרעה מ-11 מטרים לאחר 120 דקות שבהן הייתה התוצאה 2:1 לגנק (3:3 בסיכום הכללי). למרות ההדחה, העפילה מכבי חיפה לראשונה בתולדותיה לשלב הבתים של הליגה האירופית, והוגרלה לבית הכולל את שאלקה 04, סטיאווה בוקרשט וא.א.ק. לרנקה. שם, על אף שני ניצחונות בסיבוב הראשון, כשלה להעפיל לסיבוב הבא, במקביל לאי הצלחה במשחקי הליגה המקומית. את העונה בליגה סיימה מכבי חיפה במקום החמישי. כמו כן הקבוצה העפילה לגמר הגביע בפעם ה-15 שם פגשה שוב את הפועל תל אביב בשחזור הגמר מהשנה שעברה, והפסידה 1:2 לאחר שספגה שער בתוספת הזמן.
בסיום העונה נפרד המאמן אלישע לוי מהקבוצה, ובמקומו מונה כוכב הקבוצה בעבר, ראובן עטר, אך בפתיחת עונת 2012/2013 רשמה מכבי חיפה את פתיחת העונה הגרועה בתולדותיה עם ניצחון בודד, ארבע תוצאות תיקו וארבעה הפסדים. כתוצאה מכך, לאחר המחזור התשיעי, פוטר עטר מתפקידו ובמקומו מונה אריק בנדו, מאמן קבוצת הנוער וקפטן מכבי חיפה בעבר, למאמן הקבוצה. תחת הדרכתו של בנאדו חל שיפור ניכר ביכולת ובתוצאות של הקבוצה, והיא זינקה מהמקום הלפני האחרון בטבלה עד למקום השני. בסוף העונה פרש השוער הוותיק ניר דוידוביץ' ששיחק כל הקריירה שלו במכבי חיפה ונחשב לסמל של המועדון.
ב-25 ביולי 2013, במוקדמות הליגה האירופית, הביסה מכבי חיפה במשחק החוץ את חזאר לנצ'ראן בתוצאה 8–0 (במחצית היא הובילה 6–0, שיא ישראלי) ובכך קבעה את הניצחון הגבוה ביותר של קבוצה ישראלית באירופה. בעקבות ניצחון זה והניצחונות על ונטספילס הלטבית ואסטרה ג'ורג'יו הרומנית, עלתה הקבוצה לשלב הבתים של הליגה האירופית שם הוגרלה לבית הכולל את פאוק סלוניקי היוונית, א.ז. אלקמאר ההולנדית ושחטאר קאראגנדי הקזחית. מכבי חיפה סיימה במקום השלישי עם חמש נקודות והודחה.
את עונת 2013/2014 הקבוצה סיימה במקום החמישי בליגה, ולא הצליחה להעפיל למפעלים האירופיים. ב-14 במאי 2014, במחזור הלפני אחרון של העונה, נפרדה מכבי חיפה מהאצטדיון הביתי שלה ב-50 שנים האחרונות, , כששיחקה מול מכבי תל אביב. לפני המשחק נערך טקס פרידה מהאצטדיון, שכלל את הצגתם של שחקני הקבוצה שזכו באליפות הראשונה, מתן פרס על מפעל חיים ל והענקת חולצה על שם אבי רן לאביו, שהגיע לראשונה לאירוע של מכבי חיפה אחרי נתק ממושך. המשחק עצמו הסתיים בתוצאה 2–2.
בתום העונה סיים אריק בנדו את תפקידו כמאמן הקבוצה, ובמקומו מונה אלכסנדר סטנוייביץ' הסרבי. אחת ההחתמות הראשונות של סטנוייביץ' במכבי חיפה הייתה החזרתו של הקשר ההתקפי יוסי בניון, שפרץ במועדון והצליח בכדורגל האירופאי, לסגל הקבוצה. יניב קטן, קפטן הקבוצה ושחקנה של הקבוצה במשך 25 שנים, החליט להודיע על פרישה מכדורגל.לקראת העונה מכרה הקבוצה כ-17,000 מנויים ובכך שברה את שיא מכירת המנויים לקבוצה ישראלית שהיה שייך למכבי תל אביב ועמד על 10,300 מנויים. ב-15 בספטמבר 2014 ערכה הקבוצה את משחקה הראשון באצטדיון סמי עופר, בו ניצחה את בני סכנין בתוצאה 4–2 לעיני 30,000 צופים. עד אמצע העונה הקבוצה לא השיגה את התוצאות והיכולת המקוות, וסטנוייביץ' הציע את התפטרותו אך יעקב שחר סירב. ב-28 בדצמבר לאחר הפסד ביתי לבית"ר ירושלים במסגרת המחזור ה-15, הפסדה השמיני של הקבוצה בליגה, הגיש סטנוייביץ' את התפטרותו. באותו יום מונה שחקנה לשעבר של הקבוצה מרקו בלבול לתפקיד מאמן הקבוצה. תחת בלבול העפילה מכבי חיפה לפלייאוף העליון וסיימה במקום החמישי שלא מאפשר התחרות במסגרות אירופאיות. ככלל, למעט נוכחות הקהל הגדולה במשחקים, העונה נחשבה למאכזבת. בסיומה מונה רוני לוי למאמן הקבוצה.
לקראת העונה החדשה מכרה הקבוצה כ-18,000 מנויים ובכך שברה שוב את השיא הישראלי, אולם גם תחת הדרכתו של רוני לוי הציגה חיפה יכולת לא טובה ובעונת 2015/2016 סיימה במקום הרביעי. במהלך העונה ספגו שחקני חיפה 9 כרטיסים אדומים. ב-24 במאי 2016 זכתה הקבוצה בגביע המדינה בכדורגל לאחר ניצחון 1–0 על מכבי תל אביב במשחק הגמר, ובכך שברה בצורת של 18 שנים ללא זכייה בגביע. בדרך לגמר הדיחה מכבי חיפה את בית"ר ירושלים, הפועל חיפה, בני יהודה תל אביב והפועל באר שבע, כולן מליגת העל.
באוגוסט 2016 זכה המועדון ל"מגן הכבוד" שהוענק ליעקב שחר במעמד נשיא המדינה ראובן ריבלין, על עשייתו החברתית והצטיינותו במאבק נגד אלימות וגזענות.
ב-11 במאי 2016 מונה טור-כריסטיאן קרלסן הנורווגי לתפקיד המנהל הספורטיבי של הקבוצה. בעקבות חילוקי דעות בין המנהל הספורטיבי ובין המאמן, פוטר לוי מתפקידו, ובמקומו מונה רנה מלנסטיין, ההולנדי. הקבוצה פתחה באופן בינוני את העונה אך השתפרה בהמשך עם ניצחונות על הפועל באר שבע, מכבי תל אביב והנחלת תבוסה 5–0 להפועל אשקלון. החל מדצמבר יכולת הקבוצה ירדה באופן חד, ובינואר הודחה מגביע המדינה. כתוצאה מכך, שחררה הקבוצה שחקנים רבים בחלון ההעברות והביאה שחקני רכש חדשים בהם עומר דמארי, אך גם מהלך זה לא עצר את הקריסה והקבוצה המשיכה להציג יכולת חלשה. בעקבות הפסד 0–3 להפועל חיפה בדרבי פוטר מלנסטיין. יום לאחר הפיטורים מונה גיא לוזון לתפקיד מאמן הקבוצה. תחת לוזון הקבוצה סיימה את העונה בפלייאוף העליון, במקום השישי.
לוזון המשיך גם לעונת , אך ב-9 בדצמבר 2017 פוטר מתפקידו, עקב יכולת חלשה שהציגה הקבוצה. ב-24 בינואר 2018 מונה פרד רוטן ההולנדי לתפקיד המאמן. ב-17 בפברואר 2018 הפסידה מכבי חיפה לבני סכנין מה שקבע רשמית כי הקבוצה תשחק בפלייאוף התחתון ותתמודד נגד הירידה, לראשונה לאחר 30 שנים בהן התמודדה רק בחלק העליון של הטבלה. בסוף העונה סיימה חיפה במקום ה-10 בליגה והנמוך ביותר שלה מאז עלתה לליגה הבכירה ב-1981.
רוטן המשיך לאמן את הקבוצה גם בתחילת עונת , בה השיגה רק תשע נקודות בשמונת המשחקים הראשונים. בעקבות התפטרותו של מוחמד אלאך מתפקיד המנהל המקצועי של הקבוצה, הודיע רוטן גם הוא על התפטרות. ב-8 בנובמבר 2018 מונה אלי גוטמן לתפקיד המאמן. ב-3 בדצמבר, פחות מחודש לאחר מינויו, ויומיים לאחר הפסד הקבוצה 1–3 בדרבי להפועל חיפה, התפטר גוטמן מתפקידו בשל בעיות רפואיות והמלצות רופאיו לפרוש מאימון כדורגל.
לאחר התפטרותו של גוטמן מתפקיד המאמן, עוזר המאמן איתי מרדכי הדריך את הקבוצה במשך מספר משחקים, עד שב-19 בדצמבר 2018 מונה מרקו בלבול בשנית למאמן הקבוצה. בלבול חולל מהפך והשיג שיפור דרסטי הן בתוצאות והן ביכולת של הקבוצה. את עונת סיימה מכבי חיפה במקום השני, והשיגה את הכרטיס למוקדמות הליגה האירופית.
לקראת עונת 2019/2020 החתים בלבול את דולב חזיזה ויובל אשכנזי מבני יהודה, ואת צ'רון שרי ויאניק וילדסחוט ההולנדים. בלבול הוביל את הקבוצה למקום השני בסיום העונה ולמוקדמות הליגה האירופית, אף על פי כן סיים את תפקידו בסיום העונה ובמקומו מונה ברק בכר.
תקופת ברק בכר: הצלחה מחודשת.