אריאל פיקאר סבור כי גישתו של הרב יוסף היא "תגובת נגד לאוריינטליזם האשכנזי, החילוני-ישראלי והדתי-רבני כאחד". לטענתו, הרב יוסף הציג את "הספרדיות" כיחידה אחת, בניגוד לתפיסת הממסד האשכנזי הרואה בספרדים "עדות מזרח". כך שבניגוד "לתפיסה האשכנזית-ישראלית של ראשית ימי המדינה, שראתה ב"עדות המזרח" ציבור נחשל, 'טעון טיפוח', שיש להעבירו בכור ההיתוך הישראלי ולהופכו למודרני, ביקש הרב יוסף לראות באותו ציבור, המורכב מעדות שונות, קבוצה אחת ששבה ומתהדרת בעטרת המסורת שלה".
כך או אחרת, מסכימים החוקרים כי לצד ההיבטים השמרניים בגישתו ההלכתית האורתודוקסית, ישנם היבטים רפורמטיבים בגישתו ההלכתית: העדפת פסיקותיו של רבי יוסף קארו והעדפת עמדה הלכתית מקלה. הגשמת גישתו ההלכתית שזורה במאבק שניהל לאורך השנים מול הרבנים האשכנזים. על קודמיו בכס הרבנות של תל אביב-יפו כתב:
בקשתו לאחד את המסורות והמנהגים ספגה ביקורת מצד רבנים מיהדות עיראק ומיהדות צפון אפריקה. הראשונים בעיקר בקשר ליחסו של הרב יוסף לבן איש חי, והאחרונים בקשר ליחסו של הרב יוסף למנהג ולמסורת הלא כתובה. על אף הביקורת, מחברים רבים מבני עדות המזרח ביקשו את הסכמתו, גם כשהטקסט הכיל ביקורת על פסיקותיו.
עם זאת, בפסיקות אחדות גם הרב יוסף עצמו (בדומה לשאר הפוסקים) לא נצמד באופן מוחלט לפסיקת רבי יוסף קארו. כך למשל: על אף שהשולחן-ערוך קובע כי יש ללבוש טלית-קטן על גבי הבגדים, פסק הרב יוסף כי אין לעשות כן, ואף יש להסתיר את פתילי הציצית במכנסיים. כך גם בדין הנחת התפילין, על אף שפסק השולחן ערוך כי יש לכרוך את רצועת היד על הזרוע רק לאחר הנחת תפילין של ראש, הרב יוסף סובר כי יש לנהוג כפי מנהג העולם (על פי הקבלה) ולכרוך את רצועת היד לפני הנחת תפילין של ראש.
כוח דהיתרא עדיף.
אחד מעקרונות היסוד הפסיקתיים של הרב יוסף היה בנקיטת הגישה של כוח דהיתרא עדיף, שלפיה יש לפסוק להקל ולא לחומרא, ככל שהדבר ניתן. הרב יוסף ראה עיקרון זה כמייחד את מסורת הפסיקה הספרדית ביחס לזו האשכנזית. באחת מפסיקותיו הביא את דברי החיד"א: . הרב יוסף העלה על נס עיקרון זה והפכו לאידיאל, עד כדי כך שלפי צבי זוהר, אם "הוא נשאל בעניין ריטואלי-הלכתי והצליח להוכיח שעמדה מקלה היא הנכונה מבחינה הלכתית, הוא רואה בכך הישג חיובי".
לדעתו של הרב יוסף, החומרה של הפוסקים האשכנזים באה כתוצאה מיראת ההוראה שלהם, הנובעת מכך שאינם בקיאים מספיק בש"ס (משנה ותלמוד) ובפוסקים. במאמר שכתב ב-1970 על משנתו של הרב יעקב שאול אלישר (יש"א ברכה) כתב:
לדעת הרב יוסף, פסיקה מחמירה פסולה מעיקרה, ובמיוחד בדור הנוכחי ("דור החופש והדרור"), שהחמרה יתרה עלולה להביא בסופו של דבר לזניחת הפרקטיקה הדתית: . בכך ביטא הרב יוסף גישה "כנסייתית" ולא "כיתתית" כלפי החברה הישראלית. גישה המבקשת להכיל ולא לבדל.
מפסיקותיו המקלות.
התיר מכירת קרקעות לגוי בשנת שמיטה, היתר הידוע כהיתר מכירה, תוך הסתמכות על רבנים ספרדים ואשכנזים. הוא עצמו מכר את הגינה שסביב בית המגורים שלו באמצעות הרבנות הראשית. לעמדתו אפשר להסתמך על ההיתר לכתחילה, אך המליץ לבני תורה להימנע, במידת האפשר, מצריכת יבול שהסתמך על היתר זה. במכתב אחר כתב שההוראה להחמיר היא למהדרין היכולים להחמיר על עצמם, ובלבד שלא ייפגעו בני ביתם מחוסר בפירות וירקות.
התיר לשמוע שירת אישה דרך מכשיר רדיו או תקליט וכדומה, כשהשומע אינו מכיר את הזמרת. הוא עצמו נהג להאזין לשירת הזמרת המצרייה אום כולתום. ראה: שו"ת יביע אומר חלק א' או"ח סי' ו'). ובשו"ת יביע אומר חלק ט' (או"ח סי' ק"ח אות מ"ג) חזר והתיר גם למי שראה תמונתה: "ומה שכתבתי שם (ביבי"א הנ"ל) שאם ראה אותה בתמונה גם כן אסור, אינו מוכרח, שיש לומר דהא דאמרינן בתענית (ה:) האומר רחב רחב מיד נקרי, "ביודעה ומכירה", זהו רק כשראה אותה בחיים חיותה במלוא קומתה, וכ"כ הגאון רבי יוסף חיים בספר בן יהוידע (תענית ה:), שאם ראה אותה בצורה ותמונה בלבד, אין לחוש. ואף לגבי השומע קולה, והכירה בתמונה בלבד, אין לחוש".
התיר בשעת הדחק ללמד בנים ובנות יחד, עד גיל תשע. מתוך תשובתו: .
התיר לאישה נשואה לגלות משערות ראשה כאצבע אחת או שתיים; מלשונו: . וכן כתב בנו הרב יצחק יוסף: .
התיר לרווקות ללכת בשערות סתורות (שיער שאינו אסוף), ראה שו"ת יביע אומר, מדבריו שם: .
התיר לנשים אלמנות וגרושות ללבוש פאה נכרית ככיסוי הראש: .
התיר לשחרר מחבלים 'עם דם על הידיים' בעבור שחרורו של גלעד שליט.
גישת הרע במיעוטו.
הרב יוסף ביקש לקרב את הקבוצות היהודיות-ישראליות לקיום מרבי של המצוות עד כמה שאפשר. כדי לעשות זאת "הוא מוכן לנקוט מדיניות הלכתית שמצד אחד, תמזער את הפגיעה בדרישות ההלכה, ומצד אחד, יש בה ויתור על קיומה המלא של ההלכה". ניתן לראות זאת במספר פסיקות. כגון, במתן תעודת הכשר למסעדה המגישה מאכלי בשר ומנות חלב; שחיטה של עוף שיש בו חשש טרפה; לבישת מכנסיים אצל נשים בהעדפה על חצאית קצרה.
העלמת עין.
הרב יוסף בחר בהעלמת עין כאחת מהדרכים להתמודד עם תופעות החורגות מההלכה, במקרים שבהם אם יוקפד לנהוג על פי ההלכה, קרוב לוודאי שלא תקוים ההלכה כלל. במקרים אלה הנחה את בעלי התפקידים להתעלם. כך, למשל, במקרים של טיפוח ציפורני נשים בהקשר של טבילה במקווה; ברכת כהנים על ידי כהן שאינו מנהל אורח חיים דתי; שליח ציבור ועלייה לתורה של מי שמתגלח בתער.
סיני עדיף.
הרב יוסף הדגיש את תפיסתו בדבר עדיפותה של מסורת הלימוד הספרדית על זו האשכנזית, באשר הספרדית שמה את הדגש על בקיאות, בשעה שהאשכנזית מעדיפה לעיתים את הפלפול. כמו כן העדיף את שיטת הלימוד לאסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא. בהספד שנשא לזכר הרב יעקב עדס, רבו בישיבת פורת יוסף הוא אמר: .
לטענתו של הרב יוסף, ההתרכזות בפלפול על חשבון הבקיאות מביאה לידי חוסר ידע, דבר המוביל לחומרות הלכתיות, שכן נעלמים מהפוסק אותן פסיקות וגישות מקלות שעליהן הפוסק יכול לסמוך. לדבריו, גם בימינו, שבהם נפוצים ספרים, יש עדיפות לבקיא.
יחסו לקבלה ולחסידות.
הרב יוסף ייחס חשיבות מעטה יחסית בפסיקתו לזוהר ולכתבי הקבלה. הוא השתדל להיצמד לפסיקותיו של רבי יוסף קארו שמיעט לשלב את הקבלה בהלכה. במקרים רבים ניצב הרב יוסף מול הפוסקים והכריז "אין לנו עסק בנסתרות" ודחה את הפסיקות המבוססות על הזוהר ועל הקבלה באופן כללי. בניגוד לעמדתו של החיד"א שקבע כי "אין משיבין אחר האר"י", סבור הרב יוסף כי "לא בשמים היא", וכי אין לאר"י יתרון בתחום ההלכה בזכות מעמדו בתורת הנסתר: . עם זאת, במקרים שבהם התקבלה דעתו של האר"י בתחום התפילה וכדומה הוא מקבל זאת.
יחסו של הרב יוסף לקבלה, להוראות האר"י ובעקבות כך לפסקי הבן איש חי, הביאו לידי מחלוקת בינו ובין חלק מיוצאי ארצות ערב בארץ, בעיקר מיוצאי יהדות עיראק. פסקי הבן איש חי עמדו בבסיס המחלוקת בינו ובין הרבנים הראשיים, הרב יצחק נסים והרב מרדכי אליהו.
בעניין היחס למי שאינם מאמינים בזוהר הובאו בשמו עדויות סותרות. על פי שלושה תלמידים, הרב יוסף פסק כי גם יהודי שאינו מאמין בספר הזוהר הוא יהודי כשר, כיוון שספר הזוהר לא היה ידוע במשך שנים רבות ומטעמים נוספים. מאידך, בנו הרב יצחק יוסף כתב שאביו הסתפק בדבר וחשש לצרפם למניין.
באחד משיעוריו הביע את הסתייגותו מספרי רבי נחמן מברסלב, מחוללה של חסידות ברסלב. לדבריו הוא אינו לומד ספרים אלה, בנימוק שתוכנם אינו פסקי הלכה אלא הגיגים. לאחר שאמירה זו הכתה גלים הבהיר הרב יוסף שאינו מתנגד לאישיותו של רבי נחמן מברסלב והבהיר את הערכתו אליו. הסתייג גם מהנסיעה לקבר רבי נחמן מברסלב באומן, בראש השנה.
יחסו למנהג ולמסורת.
הרב יוסף דבק במסורת הספרותית ולא נתן משקל רב למנהגים אשר אינם מעוגנים על אדני ההלכה לדעתו. דוגמאות לכך ניתן לראות בהתנגדותו למנהגים בבית הכנסת של עדות צפון אפריקה, כמו עמידה בעת קריאת עשרת הדיברות בבית הכנסת, שילוב הציבור במהלך התפילה באמירת ברוך הוא וברוך שמו בברכות שיוצאים בהן ידי חובה וקריאת הציבור "בסימנא טבא" לפני התחלת הקריאה בספר בראשית. ניסיונותיו של הרב יוסף לשנות מנהגים מושרשים היטב, קוממו עליו חלק מרבני יהדות צפון אפריקה, דוגמת הרב שלום משאש, הרב אליהו רחמים זייני והרב שלמה טולידאנו. זה האחרון פרסם בשנים ה'תשס"ב וה'תשע"ד את "דברי שלום ואמת", סדרה בת ארבעה כרכים על הספר ילקוט יוסף, המבקשת להגן על המסורות של יהודי צפון אפריקה.
מתח ביקורת נוקבת על מנהגי עדות שלא התאימו לדעתו להלכה. את יוצאי מרוקו שסירבו לציית לדרישתו הבלתי מתפשרת לוותר על מנהגיהם הייחודיים כינה "אנשים עקשנים שבאו ממרוקו", "הם חושבים שהמנהגים שלהם הם הלכה למשה מסיני". עוד אמר שחלק מיוצאי כורדיסטן לא ידעו בעבר להתפלל והיו חוזרים מילה במילה אחר החזן. גם על בני עדתו, העיראקים, אמר פעם שהם משובשים. באחת מדרשותיו אמר: .
התייחסותו לחולקים עליו.
הרב יוסף התייחס לעיתים בתקיפות לחולקים על פסיקתו.הוא היה מיודד עם הרב מרדכי אליהו בצעירותם כשלמדו בישיבת פורת יוסף, ולימים ישבו יחדיו בבית הדין הגדול. מאוחר יותר היחסים ביניהם התערערו. בספרו "חזון עובדיה – ט"ו בשבט" הוא מכנה את הרב אליהו "אחד המתיימר להיקרא 'רב'", ובהתייחס לפסק הלכה של הרב אליהו הוא מוסיף "לא יאומן כי יסופר וכל השומע יצחק לו". בדרשה הסמוכה להוצאת הספר חזר הרב ותקף את הרב אליהו באותו עניין ואמר: "זה לא תלמיד חכם אומר דברים כאלה – זה בושה וחרפה לומר דברים כאלה. דברים תמוהים מאוד. כבר כתבתי בספרי נגד זה". עם זאת בהזדמנויות אחרות חלק הרב יוסף כבוד לרב אליהו, ולאחר פטירתו נשא עליו הספד בבית המדרש "יחוה דעת".