המושג "בית המקדש השלישי" אינו מופיע במקרא. עם זאת, נבואות רבות בתנ"ך מתייחסות אל הגאולה השלמה, קיבוץ הגלויות ו"אחרית הימים" כמערכת שבית המקדש נמצא במרכזה. כך, למשל, נבואת ישעיהו:
נבואות אלה, שנאמרו בימי בית המקדש הראשון ותקופת גלות בבל, עד תחילת ימי הבית השני, לא התממשו בימי בית שני. בדברי חז"ל מופיע ויכוח בשאלה, האם בית שני מראשיתו לא היה ראוי למימוש נבואות אלו, או שהיה בו פוטנציאל שלא התממש, בהיעדר שיתוף פעולה מספיק של עם ישראל. מכל מקום, לאחר חורבן בית שני נתפרשו נבואות אלו כמכוונות לבית מקדש חדש שייבנה.
תיאור מפורט של בית מקדש עתידי, גדול ממדים, מופיע בספר יחזקאל (פרקים -). התיאור אינו ברור, בשל שימוש במונחים אדריכליים שמשמעותם עמומה (כגון "אתיקים"), והמפרשים חלוקים בכמה שאלות יסודיות בהבנתו. כותב על כך הרמב"ם: "בנין העתיד להבנות, אף על פי שהוא כתוב ביחזקאל - אינו מפורש ומבואר".
ניסיונות מודרניים.
מלבד הציפייה להתגשמות נבואות התנ"ך, נשען הרצון להקים את הבית השלישי גם על החובה ההלכתית. במשך הדורות נעשו מספר ניסיונות להקמת בית המקדש השלישי, או למצער לחדש את עבודת הקרבנות, החל מן התקופה הרומית והביזנטית ועד העת החדשה. הרב צבי הירש קלישר (1795-1874), ממבשרי הציונות המדינית, כתב ספר בשם "דרישת ציון", ובו הטיף לחידוש עבודת המקדש, ובירר את השאלות ההלכתיות הכרוכות בכך. כתביו שימשו כר פורה להתפתחות הדיון ההלכתי בסוגיית חידוש הקרבנות, וחוללו סוגה שלמה בספרות הרבנית העוסקת בנושא זה.
בית המקדש היה חלק גם מחזונם המדיני של אישים בציונות החילונית. בתאריך 17 בינואר 1896, חודש ימים לפני שהרצל מפרסם את החוברת מדינת היהודים, הרצל כותב מאמר בשבועון הלונדוני 'ג'ואיש-כרוניקל'. במאמר זה הוא פונה לרבנים ("הרועים הרוחניים") לסייע לרעיון המדינה היהודית. הוא מבהיר שמדינה זו לא תהיה מיוסדת על שלטון תיאוקרטי [=שלטון דת] אלא מדינה אזרחית מודרנית וסובלנית, אך הוא מודיע:
כך בתיאורו של הרצל בספרו "אלטנוילנד" (1902) את מדינת היהודים:
כל זאת, לתפיסתו, לצד "היכל השלום" בירושלים, המשותף לבני כל העמים. חזונו האוטופי לא תורגם לכדי פעולה כלשהי של התנועה הציונית בכיוון זה.
בעקבות כיבוש הר הבית במלחמת ששת הימים, החלו להתארגן תנועות קטנות להקמת בית מקדש, שהמפורסמות שבהן הן תנועת נאמני הר הבית, חוזרים להר ומכון המקדש. מכון המקדש שיחזר עשרות רבות מכלי המקדש במתכונתם ההלכתית, עשויים זהב כסף ונחושת, ובהם המנורה, השולחן, מזבח הזהב והכיור. לצד הכנת הכלים, עוסק המכון בחקר הלכות המקדש ובהסברה ברחבי הארץ והעולם. לפעילות זו השפעה ניכרת בעיקר בחוגי הציונות הדתית, ובהדרגה נושא המקדש תופס מקום בסדר היום החינוכי והציבורי. התארגנויות אלו מתקיימות בצילה של מחלוקת רעיונית והלכתית על היכולת להקים מקדש בימינו, והדעה הרווחת בין רבנים בישראל, בעיקר בציבור החרדי, שאין אפשרות להקים מקדש עד ביאת המשיח. אחד ממוקדי המחלוקת הוא סוגיית הכניסה להר הבית.
על פי סקר של ynet בשיתוף עמותת גשר שנערך ביולי 2009 64% מהיהודים בישראל, ובתוכם אף חילוניים רבים, מצדדים בבניין בית המקדש.
השלכות פוליטיות.
ההנחה הרווחת בעולם היא שהקמת בית המקדש תביא בהכרח להחרבתם של כיפת הסלע ומסגד אל-אקצא. במשך השנים אף קמו מספר התארגנויות מחתרתיות שביקשו לפוצץ את כיפת הסלע. בשל כך, הפך הר הבית לסלע מחלוקת מרכזי בסכסוך הישראלי-ערבי. התנועה האסלאמית בישראל מרבה לפעול למניעת בניין המקדש ואף לשלילת הקשר היהודי-היסטורי להר-הבית. ביקורו של אריאל שרון בהר הבית (ספטמבר 2000) הוצג בתקשורת הפלסטינית כאחת העילות לפריצת האינתיפאדה השנייה, אף כי נטען כנגדה כי המהומות תוכננו מראש.
מחקר ארכאולוגי של בית המקדש.
חפירה ארכאולוגית מסודרת לא נערכה בהר מעולם וזאת בגלל התנגדותו של הווקף המוסלמי. מאידך הווקף עצמו חופר בהר ומשליך אלפי טונות של שפוכת בעלת ערך ארכאולוגי לעמק צורים - משמיד עדויות בעלות ערך יהודי, לאומי והיסטורי ובונה ללא כל פיקוח ארכאולוגי של המאסדר - רשות העתיקות. לפיכך, המקורות הארכאולוגיים בנושא המקדש הם הממצאים הגלויים בשטח הר הבית וממצאים שנמצאו בחפירות למרגלותיו, בעיקר בשטחים הפתוחים שלדרומו בעופל, ממערבו במנהרות הכותל וברובע היהודי.
מחקר ארכאולוגי של ההר נעשה לראשונה בשנת 1865, על ידי שליחי הקרן הבריטית לחקר ארץ ישראל, ובראשם צ'ארלס וילסון, וכעבור שנתיים על ידי משלחת נוספת בראשות צ'ארלס וורן. החוקרים עסקו בעיקר במיפוי ההר ובדיקת בורות המים שבו ובעיקר בדיקת הפנים החיצוניות של חומות הר הבית באמצעות חפירת פירים ומנהרות בעפר שסביב הר הבית. רק לאחר מלחמת ששת הימים החלו חפירות ארכאולוגיות מסודרות למרגלות הר הבית, בניהולם של בנימין מזר ומאיר בן דב. החפירות שפכו אור, כצפוי, בעיקר על חומות הר הבית, על דרכי הגישה אל תוך הר הבית, על האזורים הציבוריים סביב הר הבית (רחובות, רחבות, גרמי מדרגות מונומנטליים) ולא על המקדש עצמו.
בחפירות ארכאולוגיות באזור הר הבית לא התגלו ממצאים מבית המקדש הראשון או מבית המקדש השני. מתקופת בית המקדש השני נמצאו כתלים ושערים סביב הר הבית ומספר ממצאים המיוחסים להר, ביניהם הכתובת שעל הסורג והכתובת "לבית התקיעה" (ראו להלן), אבל לא ממצאים מתוך בית המקדש עצמו. קשה להסיק מהיעדר הממצאים מסקנות חד משמעיות, מפני שחלקים נרחבים בהר הבית לא נחפרו, וכן לא ברור היכן הוא מקום המקדש המדויק.
לפי הארכאולוג מיכאל אבי יונה, קרוב לוודאי שגם אם יתבצעו חפירות בהר הבית לא תעלה החפירה דברים חשובים, משום שהסלע הטבעי בהר הבית קרוב מאוד לפני הקרקע, ומשום שהשטח עבר תמורות מרובות מאז החורבן, וכתוצאה מכך - לא נשארו כמעט שרידים.
מחקר של בית המקדש הראשון.
בחפירות הכותל הדרומי, הרובע היהודי ועיר דוד נמצאו כלים ומבנים מתקופת בית המקדש הראשון, אך ללא זיקה מובהקת למקדש. בשנת 1999 ערך הווקף המוסלמי חפירה רחבת שטח באזור הדרומי-מזרחי של הר הבית והוציא משם אלפים אחדים של מ"ק עפר ושפך אותם לנחל קדרון. עפר זה מסונן מאז 2004 על ידי ד"ר גבי ברקאי וצחי צוויג. בעת תהליך הסינון נתגלו ממצאים רבים שיכולים להתפרש כעדות עקיפה לקיומו של מקדש זה, ביניהם בולה עם הכתוב [גא]ליהו [בן] אמר, ממשפחת כהנים שאחד מבניה מוזכר בספר ירמיהו כ"פקיד נגיד בבית ה'", וכן ראש חץ סקיתו-איראני, שהיה בשימוש צבאות נבוכדנצר. ממצא נוסף המתקשר בעקיפין למקדש הוא רגמים, תילים במערב ירושלים שמתוארכים למאה השביעית-שמינית לפנה"ס, המכסים שרידי מזבחות. ייתכן שֶתילים אלו נערמו בימי המלך יאשיהו, כדי לרכז את הקרבת הקורבנות בבית המקדש, כמתואר בספר מלכים. כמו כן, בפברואר 2010 נמצא מדרום להר הבית קטע ארוך מחומה המתוארכת למאה ה-10 לפנה"ס בהתאם לתיאור המקראי על חומה שבנה שלמה כהמשך לבניית בית המקדש.
למרות היעדר ממצאים ארכאולוגיים מובהקים מבית ראשון, מניחים רוב החוקרים את דבר קיומו על פי המקרא, כפי שהדבר משתקף, למשל, במאמרו משנת 2000 של אביגדור הורוביץ מקדש שלמה. בשנת 2011 נמצאו בחורבת קייאפה כלי פולחן שתוארכו לראשית המאה ה-10 לפנה"ס, תקופת ראשית שושלתו של דוד המלך, ובהם שני דגמים מוקטנים של מקדשים, כשאחד מהם הוא דגם מקדש מפואר עשוי אבן ומגולף בעיטורים אדריכליים. מאפיינים אלו הובילו את חוקר האתר, הארכאולוג יוסף גרפינקל לזהות את הדגם כתואם את תיאור מקדש שלמה בספר מלכים. זיהוי זה התקבל בספקנות בקרב חוקרים שונים, דוגמת פרופסור אהרון מאיר מאוניברסיטת בר-אילן ופרופסור נדב נאמן מאוניברסיטת תל אביב, שזיהו מאפיינים שונים באתר ככאלו שאינם טיפוסיים לממלכת יהודה ומחלישים את פרשנותו של גרפינקל, במיוחד בהתחשב בהשפעות התרבותיות ההדדיות הנפוצות באזור, בו מאפיין פולחן מסוים עשוי להיות נפוץ בכמה ערים סמוכות.
בשנות ה-90 של המאה ה-20 קמה אסכולה במחקר המפקפקת בבנייתו של הבית הראשון על ידי שלמה, וזאת בהקשר לוויכוח נרחב על תקופת דוד המלך ושלמה המלך בכללותה. מלבד העובדה שמקום המקדש עצמו טרם נחפר, קיימת סיבה אפשרית נוספת להיעדר ממצאים ממנו: הבנייה המשמעותית בתקופת הבית השני נעשתה, בדרך כלל, בשאיפה להניח את תשתיות הבניינים על הסלע הטבעי, תוך סילוק השרידים הקדומים. זוהי אחת הסיבות לאיתנותם של כותלי הר הבית (בנוסף לגודלן ולמשקלן הרב של אבני הבניין).
ממצאים מתקופת בית שני.
ממצאים בהר הבית מבית המקדש.
הר הבית נכון לשנת 2014 מוקף כתלים מארבעה כיוונים: מזרח דרום צפון ומערב. הכתלים מתוארכים לימי הורדוס, ובחלקם (בעיקר בכותל המזרחי, מה"תפר" בחומה וצפונה) אף לתקופה החשמונאית. בניית הכתלים נעשתה בשיטת "בנייה יבשה", ללא טיט המחבר ביניהם. הכתלים נועדו לתמוך במילוי עפר שיישר את מפלס הר הבית. עובי הכתלים מוערך בכחמישה מטרים, עובי מספיק כדי לעמוד בעומס הנדרש למילוי עפר, אבל לא כל השטח שאותו הקיפו היה ממולא עפר. נבנו בו קמרונות זה על גבי זה (עד שלוש קומות בסמוך לכתלים), ומעליהם נשפך העפר. מטרת הקמרונות לא הייתה רק להקל מן הלחץ על הכתלים, אלא גם משיקול הלכתי: "הר הבית והעזרות תחתיהן חלול, מפני קבר התהום". כדי למנוע חשש שקיים קבר המטמא את כל מי שמעליו, נעשו קמרונות שמשמשים כ"אהל" ה"כולא" את הטומאה. בנוסף היו להם גם שימושים כמחסנים.