מעורבותה של הממשלה הבריטית בנעשה בדבלין החלה להתגבר, בייחוד לאחר הירצחו של הנרי יוז וילסון, שהיה יועץ בכיר לענייני ביטחון של ג'יימס קרייג, ראש ממשלת צפון אירלנד. וילסון נרצח על ידי איש IRA בלונדון ב-22 ביוני 1922 והאחריות על הרצח לא נטענה על ידי אף אחת מרשויות ה-IRA. וינסטון צ'רצ'יל הניח כי האחריות לרצח הייתה של ה-IRA מתנגדי האמנה והזהיר את קולינס כי הוא יורה לצבא הבריטי לתקוף את ארבעת בתי המשפט אלא אם הממשלה האירית הזמנית תעשה זאת בעצמה. למעשה, הקבינט הבריטי כבר החליט על מתקפה על ארבעת בתי המשפט ב-25 ביוני, במבצע שהיה אמור לכלול טנקים, תותחי הוביצר ומטוסים. אולם, בעצתו של הגנרל נוויל מקרידי, שהיה מפקד חיל המצב הבריטי בדבלין, התוכנית בוטלה ברגע האחרון. טיעונו של מקרידי היה שמעורבות בריטית בסכסוך הפנים-אירי תאחד את הפלגים האירים כנגד האמנה ועל כך לקולינס ניתנה הזדמנות נוספת לפנות את ארבעת בי המשפט מהמורדים.
המתקפה על ארבעת בתי המשפט.
הקש האחרון מבחינתה של ממשלת מדינת אירלנד החופשית הייתה חטיפתו של ג'יי ג'יי או'קונל ב-26 ביוני על ידי מתפרעי ארבעת בתי המשפט, בתגובה למעצרו של לאו הנדרסון, גנרל בצבא הלאומי החדש, שהיה מתנגד לאמנה. קולינס נתן למתבצרים בארבעת בתי המשפט הזדמנות אחרונה לפנות את המבנה עד ה-27 ביוני, ומשסורב, החליט כי עליו לסיים את העימות באמצעות הפצצתו של המבנה עד לכניעת המתבצרים. הממשלה הזמנית מינתה את קולינס לראש המטה הכללי של צבא מדינת אירלנד החופשית. מתקפה זו לא הייתה ליריית הפתיחה של המלחמה, שכן חילופי אש כבר התקיימו בין הפלגים ברחבי המדינה במהלך עזיבת הבריטים. אולם, נקודה זו היוותה את "נקודת האל-חזור", כשמלחמה כוללת הוכרזה בפועל בין הצדדים ומלחמת האזרחים החלה באופן רשמי.
קולינס הורה לריצ'רד מולקהי לקבל את הצעת הבריטים לשני תותחי 18 ליטראות לשימוש צבא מדינת אירלנד החופשית. כוחות מתנגדי האמנה שהתבצרו בארבעת בתי המשפט היו מעטים, והם נכנעו לצבא מדינת אירלנד החופשית לאחר שלושה ימים של הפצצות ופשיטות על המבנה. טרם כניעתם, פיצוץ עצום החריב את האגף המערבי של המבנה, כולל הארכיון הלאומי של אירלנד (PRO), פגע ברבים מכוחות מדינת אירלנד החופשית שהתחילו להשתלט על המבנה והשמיד עשרות אלפי תיעודים ומסמכים היסטוריים. כוחות הממשלה טענו כי האגף מוקש ופוצץ בכוונת תחילה. היסטוריונים חלוקים בשאלה האם האגף פוצץ בכוונה, תוך הנחת מוקשים ופיצוצם על ידי כוחות הרפובליקנים הנסוגים, או האם הייתה זו טעות, כאשר מאגר הנשק של המתבצרים התלקח בשל ההפצצות של מדינת אירלנד החופשית על המבנה. במקום נמצאו שרידים של ג'ליגנייט, ומסמכים יקרי ערך המשיכו להתעופף ברחבי העיר גם מספר ימים לאחר הפיצוץ.
קרבות ארעיים החלו לפרוץ ברחבי דבלין עד ה-5 ביולי, עת יחידות IRA מתנגדות אמנה מחטיבת דבלין, בראשותו של אוסקר טריינור, השתלטו על רחוב או'קונל והביאו לתחילתו של שבוע לחימה עז שעלה לצדדים בכ-65 הרוגים וכ-280 פצועים. בין ההרוגים היה גם המנהיג הרפובליקני קהל ברו. בנוסף, מדינת אירלנד החופשית לקחה כ-500 שבויים רפובליקנים וההערכות הן שיותר מ-250 אזרחים נהרגו במהלך הקרבות. כשהלוחמה בדבלין שככה, הממשלה האירית שלטה בדבלין בחוזקה וכוחות מתנגדי האמנה התפזרו ברחבי המדינה, בעיקר בדרום ובמערב.
הצדדים הלוחמים.
עם פרוץ מלחמת האזרחים, אולצו תושביה של אירלנד וחברי ה-IRA בפרט לבחור צד. תומכי האמנה נודעו כצבא המדינה החופשית, או הצבא הלאומי ולעיתים נקראו גם "Staters" (תרגום חופשי: אנשי המדינה) בידי אויביהם. מתנגדי האמנה קראו לעצמה רפובליקנים ובידי מדינת אירלנד החופשית נקראו "Irregulars" (תרגום חופשי: חיילי מילואים).
ה-IRA מתנגדי האמנה טענו כי הם מגנים על הרפובליקה שהוכרזה ב-1916 בזמן מרידת חג הפסחא, אשר אושררה על ידי הדאל הראשון והוזנחה על ידי אלו שקיבלו את הפשרה שהייתה מדינת אירלנד החופשית בעיניהם. איימון דה ואלירה הכריז שישרת כמתנדב IRA רגיל והשאיר את הנהגת מתנגדי האמנה לליאם לינץ', ראש המטה הכללי של ה-IRA. ואכן, דה ואלירה לא היה מעורב כמעט כלל במבצעים ובהכנות הצבאיות. הניהול הצבאי של המלחמה היה בידיו של לינץ' עד ה-10 באפריל 1923, כשנהרג, אז עבר הפיקוד אל פרנק אייקן.
מלחמת האזרחים פילגה את הצבא האירי הרפובליקני. כשפרצה מלחמת האזרחים, ה-IRA מתנגדי האמנה התרכזו בעיקר בדרום ובמערב, והיו גדולים במספרם מאלו שתמכו באמנה - בערך ב-4,000 איש. מעבר לכך, בשורות ה-IRA מתנגדי האמנה היו רבים מלוחמי הגרילה המנוסים ביותר באירלנד. כוחו על הנייר של הצבא האירי הרפובליקני בתחילת 1922 היה 72,000 לוחמים, אך רובם גויסו לאחר הפסקת האש עם הבריטים ולא השתתפו במלחמת העצמאות וגם לא ישתתפו במלחמת האזרחים. לפי הערכותיו של מולקהי, ה-IRA מתנגדי האמנה מנו בתחילת המלחמה כ-12,900 לוחמים וכ-6,780 רובים.
אולם, ה-IRA מתנגדי האמנה חסרו שדרת פיקוד יעילה, אסטרטגיה ברורה או מספיק נשק. הציוד של מתנגדי ההסכם לא תאם לחלוטין את סוג הלחימה - לא היו להם מספיק תת מקלעים, ורוב לוחמיהם היו חמושים בשוטגאן, באקדחי יד ובמקלעים כבדים, שלא היו אפקטיביים בלוחמה העירונית. היו בידיהם גם שריוניות רבות, אותן לקחו מהכוחות הבריטיים כשעזבו את אירלנד. כמו כן, לא היה בידיהם שום סוג של ארטילריה, ועל כן נאלצו בעיקר להתגונן במהלך רוב המלחמה.
מנגד, מדינת אירלנד החופשית הצליחה להגדיל את כוחותיה באופן דרמטי לאחר תחילת המלחמה. מייקל קולינס ומפקדיו יכלו לבנות צבא שיוכל להכריע את אויביו בשדה הקרב. האספקה הבריטית לממשלה כללה ארטילריה, מטוסים, שריוניות, מקלעים, נשק קל ותחמושת, אשר סיפקו את צורכי הצבא החדש. רק בשלושת החודשים הראשונים למלחמה סיפקו הבריטים כ-27,000 תת-מקלעים, 250 מקלעים ו-18 תותחי 18 ליטראות. הצבא הלאומי מנה כ-14,000 לוחמים באוגוסט 1922 ועד סוף אותה השנה מנה כ-38,000 לוחמים - עד תום המלחמה הצבא כבר מנה כ-55,000 לוחמים ו-3,500 קצינים.
כמו ה-IRA מתנגדי האמנה, גם שורשיו של הצבא הלאומי היו נטועים ב-IRA המקורי שלחם בבריטים במלחמת העצמאות. הקצינים הטובים ביותר של קולינס הגיעו מיחידת העילית של חטיבת דבלין ומיחידת המודיעין של ה-IRA. עד לפרוץ המלחמה, רק לוחמים מה-IRA יכלו להתגייס לצבא הלאומי, אך עם תחילתה הוסרו הגבלות אלו. קריאה לאומית לגיוס יצאה ב-7 ביולי והממשלה קראה לתושביה להתגייס לחצי שנה - אלפים נענו לקריאה. רבים מהמתגייסים היו יוצאי הצבא הבריטי שלחם במלחמת העולם הראשונה, במסגרת הרגימנט האירי, אך רבים אחרים היו מתגייסים צעירים ללא ניסיון צבאי. חוסר ניסיון צבאי זה והיעדר משמעת צבאית היוו בעיה ממשית לצבא החדש.
בעיה משמעותית נוספת של הצבא הלאומי הייתה היעדרם של קצינים מנוסים בשורותיו. 20% בלבד מהקצינים שימשו קודם לכן כקצינים בצבא הבריטי, מהם רק כ-50% שירתו במלחמת העולם הראשונה, דוגמת אמט דלטון. חלק מהקצינים גם שירתו בצבא ארצות הברית במלחמת העולם הראשונה. הרפובליקנים השתמשו בעובדה זו בתעמולתם כנגד ממשלת מדינת אירלנד החופשית - הם טענו כי הצבא הלאומי הוא רק בא כוחם של צבאות זרים ובראשם בריטניה עצמה. אולם, למעשה, גם חלק נכבד משדרת הפיקוד של הצבא הרפובליקני הייתה מורכבת מקצינים בצבא הבריטי, כמו טום בארי וארסקין צ'ילדרס.
כיבוש הערים הגדולות על ידי המדינה החופשית.
דבלין נותרה בידי ממשלת מדינת אירלנד החופשית והמאבקים החלו לפרוץ במספר מוקדים ברחבי המדינה. בתחילת המלחמה, החזיקו כוחות מתנגדי ההסכם בקורק, לימריק וווטרפורד והקימו בפועל את "רפובליקת מנסטר" בדרום אירלנד, בה שלטו. אולם, מאחר שמתנגדי ההסכם לא היו חמושים כראוי למלחמת קונבנציונלית, ליאם לינץ', מפקד כוחות המתנגדים, לא היה יכול לנצל את יתרונו בכוח אדם ובשטחים. הוא קיווה בפשטות להמשיך להחזיק בשטחים שכבר היו בידיו מספיק זמן על מנת שהבריטים יהיו מוכנים לדון מחדש באמנה.
הערים הגדולות באירלנד נכבשו בקלות על ידי המדינה החופשית עד אוגוסט 1922. מייקל קולינס, ריצ'רד מולקהי ואואן או'דפי תכננו מתקפה כלל-ארצית כנגד מתנגדי ההסכם - הם שלחו בדרך היבשה כוחות מערבה לכיוון מחוז לימריק ודרומה לכיוון מחוז ווטרפורד וכוחות נוספים דרך הים על מנת לכבוש את מחוזות קורק וקרי בדרום ומאיו במערב. בדרום, הנחיתה התבצעה בעיר קורק במחוז קורק ובעיר טרלי במחוז קרי. לימריק ווטרפורד נפלו ב-20 ביולי וקורק נפלה ב-10 באוגוסט, לאחר שכוח מונחת נוסף נאלץ לפרוץ דרך אל תוך העיר. המשלחת הימית לכיוון מאיו כמעט ולא נתקלה בהתנגדות והבטיחה של שלטון המדינה החופשית במערב המדינה. על אף שבמספר מוקדים הרפובליקנים הראו התנגדות חריפה לכוחות של המדינה החופשית, הם לא הצליחו להביס אותם אפילו בקרב אחד.
לוחמת גרילה.
ניצחונותיה של הממשלה הזמנית בערים הגדולות הציתו תקופה של לוחמת גרילה בטחים הפתוחים הנרחבים במדינה. לאחר נפילתה של קורק, ליאם לינץ' הורה ליחידות ה-IRA מתנגדות ההסכם להתפזר בשטחי אירלנד וליצור יחידות תגובה מהירה, כמו אלו ששימשו במלחמת העצמאות כנגד הבריטים. הם התבססו באזורים נוחים ולא מיושבים בצפיפות - בעיקר במחוזות קורק, קרי, וקספורד, סליגו ומאיו. קרבות מקוטעים החלו לפרוץ באזור דאנדוק, שם פיקד על הכוחות פרנק אייקן ובאזור דבלין, שם בוצעו מתקפות חוזרות ונשנות, אם כי קטנות, על הכוחות של מדינת אירלנד החופשית.