הליכי חזרתה של עיראק לידיהם של גורמים שמרניים ופרו-בריטיים הגיעו לשיא במרץ 1939, בהקמת הממשלה בראשות נורי א-סעיד שמטרתה המוצהרת הייתה השגת "סדר". תוך ימים מהקמתה, מת המלך ראזי בתאונת דרכים; ועם פרוץ מלחמת העולם השנייה, צפו מחדש המתחים בין הלאומניים והפרו-בריטים; בעוד ממשלו של נורי א-סעיד הכריזה מלחמה על גרמניה, כפי שהייתה מחויבת מתוקף ההסכם האנגלו-עיראקי. התסיסה בקרב קציני הצבא חייבה את העוצר הפרו-בריטי עבד אל-אילה, למנות את רשיד עאלי אל-כילאני, מתנגד נחרץ לבריטניה, לראש ממשלה. ממשלו, "ממשלת ההגנה הלאומית" התקרבה למדינות הציר והכריזה על עיראק כנייטרלית במלחמה. בתגובה, כוחות בריטניה הדיחו אותו, כבשה מחדש את עיראק, והפכו אותה שוב לכפופה ישירה. ריבונית בתואר בלבד. עבור מק"ע, היוותה המלחמה הזדמנות גדולה. בתחילה תמכה בממשלת אל-כילאני, בהתאם לקו הסובייטי; ובהמשך, כשנכנסה ברית-המועצות למלחמה, תמכה מק"ע במאמצי הלחימה של בעלות הברית נגד הפאשיזם. תמורת אותה תמיכה, זכתה מק"ע להקלה במאמצי דיכוי הקומוניזם. תנועת איגודי העובדים, בה מק"ע הייתה קשורה, הגדילה את השפעת בקרב עובדי הנמל בבצרה, פועלי הטבק בבגדאד, פועלי שדות הנפט בכירכוכ; ועובדי חברת הרכבת בכל המדינה. אך למרות זאת, מעמד הפועלים העיראקי היה קטן בהיקפו, והיה מרוכז ברוזו בתעשיות בשליטה בריטית חזקה; ומעמד האיכרים גם הוא לא נע בהמוניו אחר מק"ע בשל קושי להבין את האידאולוגיה המפלגתית או את גישתה לרפורמה האגררית.
במקביל, חזר "החבר פהד" מלימודיו במוסקבה ומיהר לעסוק בארגונה מחדש של מק"ע. בדצמבר 1940, החלה מק"ע להוציא כתב-עת חדש "א-שרארה", על בסיס כתב דומה של לנין. ב-1942, מק"ע רכשה מכונת דפוס להגדלה התפוצה לאלפים. בתקופה הזאת, "החבר פהד" ניסה לבצר את הנהגתו במפלגה וגירש ממנה גורמים שאותם ראה כסוררים. בזמן ביקור של "החבר פהד" במוסקבה, התרחש פיצול במפלגה, אחד מני רבים: קבוצת נאמנים ל"חבר פהד" ייסדו עיתון חדש לאחר שנדחקו מהנהגת מק"ע באספה מאולתרת שכונסה בהיעדרו. שני הפרסומים טענו לייצג את מק"ע ורק חשפו את הקרעים שהתקיימו בתוכה. ב-1943 התפרק הקומינטרן, אירוע ש"החבר פהד" ראה כבשורה לתנועה הקומוניסטית העולמית בכלל ולמק"ע בפרט. ללא הקומינטרן, השתחררה מק"ע מהשליטה הרשמית של המפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות ובכך ניתן לה מרחב פעולה גדול יותר בענייניה הלאומיים והאזוריים של עיראק. במאמר שכתב בנושא, הבהיר "החבר פהד" כי פירוק הקומינטרן הגדיל את אחריותה של מק"ע, הואיל והוא איפשר לקומוניסטים העיראקים לעבוד עם כוחות "עממיים ודמוקרטיים". בתגובה להמשך הפיצולים והפילוגים במפלגה, דרש "החבר פהד" קיום בחירות חדשות למרכז המפלגה שלאחריהן יסורו כל הקבוצות הפורשות למרות ההנהגה המרכזית, תוך שהן מתפרקות ומעבירות לידיה את ציוד הדפוס ששימש אותן. הדרישה גם הייתה כי החברים יחזרו כיחידים ולא כקבוצה ובלא תנאים. כך גם קרה עם החברים הערביים של קבוצת "אחדות המאבק". החברים הכורדים, עם זאת, סירבו להתפרק, בטענה כי הם 'פועלים כמפלגה קומוניסטית כורדית'. בהמשך, היו חלקם ממקימי המפלגה הדמוקרטית הכורדית, אחרים יחזרו למק"ע ונוספים פשוט יתפזרו.
לאחר שבשנים 1940–1944 חוותה מק"ע גדילה בכמות חבריה, נתכנס בבגדד קונגרס לכתיבת הצ'רטר הלאומי שלה המפלגה. המסמך, שנכתב בידי "החבר פהד", ואומץ פה-אחד בידי באי הוועידה, התמקד במטרות לאומיות ודמוקרטיות. רק דרישות קומוניסטיות ועקרונות אידאולוגיים מועטים נכללו. בין היתר: קריאה לעצמאות עיראק; חלוקה מחדש של האדמה, והענקה, בלא-תשלום, את אדמות העיבוד לאיכרים; הרחבת החינוך בלא קשר למגדר או חלוקות אתניות וחברתיות; שוויון זכויות לנשים; שוויון זכויות לכורדים ובני מיעוטים נוספים; כינון יחסים מדיניים עם ברית המועצות; חירות וריבונות לאומיים לפלסטין, ולמדינות אחרות תחת משטר קולוניאליסטי, עצמאות מלאה לעיראק, מצרים, סוריה ולבנון; מאבק נגד "התוקפנות הציונית הפוליטית והכלכלית".
המפלגה לאחר מלחמת העולם השנייה, 1945-1958.
בסתיו 1945, זמן קצר לאחר ועידה נוספת, קראה מק"ע בפומבי ליצירת חזית לאומית שתאחד את כלל הכוחות הלאומיים והפרוגרסיביים בעיראק. לפי הפרסום, מטרת החזית - קידום עצמאות עיראק וחיזוק ריבונותה הלאומית תוך שינוי ההסכם האנגלו-עיראק של 1930, והוצאת כל סעיף המאפשר התערבות זרה במדינה. בנוסף, הקמת מערכת דמוקרטית שתבטיח ותקדם את חירויות הציבור, תאפשר הקמת מפלגות, ותעצור את הצנזורה על העיתונות. על כל החוקים המיוחדים והצבאיים – להתבטל. במסגרת אווירת הניצחון במלחמה, פרסם העוצר ונסיך הכתר, עבד אל-אילה ב-27 בדצמבר 1945 הצהרה המבטיחה עיראק דמוקרטית יותר. הוא האשים את כלל סערות העבר בהיעדר דמוקרטיה וקרא לגישה חדשה לניהול הפוליטיקה העיראקית. עם זאת, מהר מאוד השתלטו גורמים שמרניים על הממשלה, אך בהמשך הובטחו העקרונות הדמוקרטיים במסגרת ממשלת אחדות לאומית. אף על פי כן, הזכות להתארגנות מפלגתית, שהתאפשרה לאחרים, נשללה ממק"ע. בהמשך אף נעצרו 16 מבכירי המפלגה ב-18 בינואר 1947 והועמדו לדין. פהד, שלא הסתיר את היותו מנהיג המפלגה, הוצא להורג והשאר נאסרו.
זו לא הייתה המפלה היחידה שחוותה מק"ע בשנים ההן. עזיבת כ-120 אלף יהודי עיראק גזלה ממק"ע בסיס תמיכה משמעותי, כשבמקביל, עבר מרכז הכוח של הנהגת המפלגה לידי פעילים כורדים, ולתקופה מק"ע הונהגה מכורדיסטן ולא מבגדאד. במהלך שנות ה-50, המשיכה מק"ע לפעול כגורם מתנגד לגורמים הריאקציונריים ששלטו בעיראק. בסוף 1952 החלו ניסיונות משמעותיים לשקם את המפלגה, בצל מהומות שפרצו במדינה ושילהבו את ההמון. בבגדאד נהרגו עשרות מפגינים בתסיסה נגד הממשלה והעוצר, וכל אותו תקופה אלימה תביא לכינון משטר צבאי נוסף. עבור מק"ע, היו אלו שנים קשות. מות פהד ומאסר מעגל מקורביו, הותיר חלל מנהיגותי עצום, שאליו ניסה להיכנס הצעיר הכורדי בהא א-דין נורי. יוסוף סלמן יוסוף, "החבר פהד" עצמו, היה אשורי; אחרי נורי היו למפלגה מנהיגים נוספים ממוצא כורדי. בניסיון למצוא מחדש את זהותה, המפלגה אשררה מחדש את האמנה שכתב לה פהד עשור קודם; אך הוסיפה לה תוספת חשובה שמבליטה את ייחודיות המפלגה בהתחשב בעמדה הפוסט-לאומית הקומוניסטית הקלאסית – מק"ע תמכה במדינה עצמאית לכורדים.
אירועים נוספים בעולם עיצבו את סדר היום המפלגתי. הקמת נאט"ו חידדה והעמיקה את הקרע בין מזרח למערב, ובהשראתה קמה תחת חסות אנגלו-אמריקאית "ברית בגדאד", שכללה את טורקיה, איראן, פקיסטן ועיראק. מק"ע מצאה עצמה כעת "כלואה" במאבק גלוי מול מובילת הגוש הקומוניסטי, ברית המועצות. במצרים תפס את השלטון משטר קצינים לאומני, פאן-ערבי ובעל גוון סוציאליסטי, שהציג חזון דומה אך שונה מזה של מק"ע. המשטר בקהיר זכה ליוקרה ואשראי כמי שהצליח להשתחרר מהשפעות המערב, לאחר שהצליח להפוך תבוסה צבאית מול ישראל, בריטניה וצרפת במלחמת סיני לכדי הישג מדיני. תוניסיה, מרוקו וסודאן השתחררו משליטה קולוניאלית עד 1955 ובאלג'יריה התנהלה מלחמת שחרור מן השלטון הקולוניאלי הצרפתי. הנאצריזם קיבל רוח גבית ככוח כמעט בלתי עציר. שתי תמורות התרחשו בתנועת הקומוניסטית העולמית – הקמת הרפובליקה העממית של סין בשנת 1949 ומותו של יוסיף סטלין ב-1953. סין העממית שהשתייכה למדינות העולם השלישי, המדינות הבלתי מזוהות במלחמה הקרה, סיפקה למרקסיסטים הערבים חלופה ודגם עדיף למהפכה חברתית לדגם של ברית המועצות. מות סטלין חולל שינויים משמעותיים במדיניות החוץ הסובייטית כלפי מדיניות בורגניות ובלתי-מזדהות כמו מצרים, סוריה, עיראק והודו וכלפי תנועות לאומיות בעולם השלישי. הקרמלין הפך אוהד יותר לתנועת שחרור ערביות.
שלטון הקצינים בעיראק – 1958-1963.
לקומוניזם קם מתחרה – הפופוליזם, שיצא נגד שחיתות וקרא לפרוגרסיביות כללית ולשינוי. ב-14 ביולי 1958 בוצעה הפיכה צבאית בעיראק ונפתח דף חדש בדברי ימיה. חברי בית המלוכה ההאשמי וראש הממשלה הוותיק נורי א-סעיד נרצחו והממשלה הופלה; לאחר שהקולונל עבד אל-כרים קאסם, שנשלח בראשו של כוח תגבורת צבאי לבית המלוכה ההאשמי של ירדן, שהייתה בפדרציה עם עיראק, פנה עם חייליו לבגדאד והשתלט עליה. קאסם עמד בראש קבוצת קצינים שתכננה מבעוד מועד להפיל את המשטר המלוכני ולאחר ביצוע ההפיכה הכריז על עצמו כראש ממשלה. עבור מק"ע זו הייתה הזדמנות פז: המפלגה תמכה בקצינים וזכתה לראות את חבריה שנכלאו בידי ממשלות קודמות משוחררים מכלאם. בצורה יוצאת דופן בהיסטוריה המפלגתית, יכלו חברי המפלגה להתכנס כולם בלא חשש לרדיפה, כשבראש המפלגה עמד חוסיין א-ראדי, שנודע בכינוי "סלאם עאדל". הצורך המיידי של המשטר החדש במוקדי כוח אזרחיים שיחזקו ויעזרו לו, יצר חיבור טבעי עם מק"ע שלאנשיה ניתנו מינויים ומשרות לכל שדרת הממשל העיראקי. הקרבה בין המפלגה לבין קאסם התבטאה גם בהידוק הקשרים בין עיראק לבין ברית המועצות. בזירה האזורית, ממשל קאסם סירב להכפיף עצמו למרותו של נאצר ולהצטרף תחתיו לרפובליקה הערבית המאוחדת, שלבסוף הייתה איחוד קצר ימים בין מצרים וסוריה בלבד.
התקופה הבעת'יסטית המוקדמת.