הרב שמריהו גריינמן סיפר שכאשר פרצה בעיר מגפה ואנשי החברה קדישא חששו לקבור את חלליה מחשש להידבקות, נחלץ החזון איש לקבור מתים בעצמו משום כבוד המת. כצעד מתריס, הוא נטל את אחד המתים על כתפיו ונשאו אל בית הקברות, מעשה שגרם לאנשי החברה קדישא לשוב לתפקידם. לימים הסביר שהשיקול שעמד לפניו היה שאם לא ייקברו המתים, יעמדו כלל תושבי העיר בסכנה קיומית.
בסטויבץ אירח החזון איש בביתו קבוצת בחורים יהודים פליטים, בהם מרדכי שולמן, שהקים לימים את ישיבת סלבודקה והיה ממקורביו. בין הגולים לסטויבץ היו גם תלמידי ישיבת מיר ועימם "המשגיח", רבי ירוחם הלוי ליבוביץ, ונוצרה היכרות בין האישים. ידועים מקרים של תלמידים מאזור סטויבץ שבאו אליה כדי לשוחח בדברי תורה עם החזון איש.
מינסק.
החזון איש ואשתו שהו בסטויבץ בארבע שנות המלחמה הראשונות, אך בשלב מסוים עקרו לעיר מינסק. לאחר מהפכת אוקטובר ב-1917 הוכרזה עצמאותה של הרפובליקה העממית של בלארוס. ימיה של מדינה זו, שלא זכתה להכרה בינלאומית רחבה, היו קצרים, וב-1919 השתלטו עליה הקומוניסטים והפכו אותה לרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית של בלארוס.
תחילה עבר החזון איש לבדו למינסק והתגורר בה בדירה שהעמיד לרשותו הרב זלמן סורוצקין, ואילו בתיה המשיכה לנהל את בית המסחר בסטויבץ ונסעה לשבתות למינסק. בן דודתו שאול ליברמן תיאר את ימיו אלו במינסק:
בכ"א באייר תרע"ז (1917) נפטר בקוסובה אביו, הרב שמריהו יוסף קרליץ, ותחתיו התמנה כרבה של העיירה חתנו, הרב אבא סוויאטיצקי. הידיעה על פטירת אביו הגיעה לחזון איש רק ארבעה חודשים מאוחר יותר, בכ"ט באלול תרע"ז, באמצעות הצלב האדום. מאז נהג החזון איש ללמוד ביום השנה לפטירתו את כל מסכת חולין, שעליה חיבר אביו את ספרו "בית תלמוד".
הסתגרותו של החזון איש לשם לימוד תורה רציף בעת שהותו במינסק הייתה כה מוחלטת, עד שלא הלך לתפילות בבית הכנסת אלא רק בשבת ובימים שני וחמישי, שבהם מתקיימת קריאת התורה, בימים אלו נכתבו חידושיו שהתפרסמו לאחר שנים, על מסכת עירובין וסוגיות נוספות ב"אורח חיים" וב"יורה דעה". במינסק פגש החזון איש בגדולי תורה ששהו בה אף הם בשל המלחמה, בהם הרב חיים סולובייצ'יק, הרב נתן צבי פינקל והרב ירוחם ליבוביץ.
תקופת וילנה.
לאחר המלחמה חזרה משפחת קרליץ לסטויבץ שבשטח הסובייטי, ואחר כך חצו את הגבול לליטא במטרה לחזור לכווידאן. עם הגיעם גילו שהעיירה עדיין לא השתקמה מהריסותיה ופנו לעזרת אֶחיו של החזון איש (שני אחיו ואחותו), שהתגוררו בווילנה כדי שיסדירו את בואם לשם. לצורך כך נשכרה עבור בני הזוג דירה בת שני חדרים בפרוור הווילנאי זָרֶצֶ'ה, שמתוכם אחד הוקדש לחנות האריגים של בתיה.
בשנת 1920 השתקעה משפחת קרליץ בעיר וילנה (שהייתה אז לבירת מדינת ליטא המרכזית קצרת הימים; ב-1922 סופחה על ידי פולין), ושם התקרב לרבה של העיר הרב חיים עוזר גרודזנסקי. לפי הערכות, התחככותו בגדולי וילנה, אף על פי שעדיין לא עמד במרכז העשייה הציבורית, תרמה ליכולת ההנהגה הציבורית שלו כ"גדול הדור" בארץ ישראל שלאחר המלחמה.
בבקרים היה החזון איש צועד ברגל לפרוור אחר בשם פאפלאווס (Paplauja), שם העמיד לרשותו גיסו, הרב שמואל גריינימן, חדר בדירתו ובו ריהוט בסיסי: מיטה, כיסא ושולחן, ספרי יסוד וכדומה. בחדר זה למד ביחידות כמנהגו עד הערב, לעיתים עד אפיסת כוחות, במשך שלוש שנים. על ריכוזו בלימוד באותו זמן סופר כי התעמק במשנה מסוימת במסכת מקוואות במשך שלושה חודשים, כ-15 שעות ביממה. ב-13 השנים שבהן שהה בווילנה, יצאו 3 כרכים נוספים של "חזון איש". גיסו הרב גריינימן ואחיו הרב משה טיפלו בהדפסתם.
בראון כותב כי אף על פי שהסתגר לצורך הלימוד, היה החזון איש "נעים הליכות, חביב ביותר, אוהב הבריות, חייכן, אופטימי, ואף בעל חוש הומור דק", שאהב להשיא עצות ולסייע לבריות. את התרחקותו מחברת אדם הוא תולה בביישנות טבעית.
בשנת תרפ"ג (1923) ראה אור חלקו השני של ספרו על "אורח חיים", הכולל בתוכו את עבודתו המקיפה על הלכות מוקצה, "קונטרס המוקצה". בקיץ של אותה שנה התמוטט החזון איש ונאלץ ליטול פסק זמן מהלימוד האינטנסיבי. לחברו הרב משה אילביצקי כתב: "סבלתי מחולשת עצבים והפסקתי ללמוד". על תקופה זו סיפר בשמו הרב יואל קלופט: "הבטלה הייתה קשה עלי, הרגשתי שאני מסתובב ברחובות וילנא כמשוגע משום שלא יכולתי ללמוד". לאחר התמוטטות זו חדל ממנהגו ללמוד כל שעות היום בגפו והחל מצרף אליו תלמידים צעירים כחברותא. בסוף קיץ תרפ"ג נפש בעיירת הקיט וולקניק הסמוכה לווילנה, שבה שהה גם רבי חיים עוזר גרודזנסקי. הוא החל ללמוד שם עם בחור בשם שלמה כהן, נכדו של הרב שלמה הכהן, מרבני וילנה, שהיה לתלמידו הקרוב ולימים עמד בראש מערכת הביוגרפיה הרשמית-למחצה שלו. הלימוד המשותף נמשך עד עליית החזון איש לארץ ישראל בתרצ"ג (1933), כמעט 10 שנים לאחר היכרותם.
בשלב מאוחר יותר בעת מגוריו בווילנה, חי בביתו חיים גראדה, לימים סופר יידי חשוב. גם הוא למד עם החזון איש בחברותא כשבע שנים. יש המשערים כי החזון איש העדיף ללמוד עם נערים צעירים משום שראה בהם מעין פיצוי על הילדים שלא זכה לגדל בעצמו, או משום שהעדיף לעצב את סגנונם בלימוד ולא ללמוד עם מי שכבר "התקלקלו" בדרכי החשיבה המקובלות בישיבות.
בווילנה ניסה החזון איש בפעם האחרונה לדבר על לבה של בתיה רעייתו, שתסכים לקבל ממנו גט, כדי שינסה לשאת אישה צעירה שתוכל להרות לו. בתיה סיפרה לימים על אירוע זה לחברתה, אמו של חיים קוליץ. לדבריה, היה זה בדרכם מביתם מעבר לגשר שעל נהר הווילניה (Vilnia), שאותו חצו בדרכם; היא ענתה: "בסדר, אולם בדרכי הביתה חזרה מבית הדין, אקפוץ מן הגשר ישר המיימה". החזון איש חדל לגמרי מניסיונותיו והשלים עם המצב, אולם לפי עדותו של קוליץ, מאז נהג בה בהרחקות הקבועות בהלכה לזמן נידות, כגון שלא למסור חפצים לידה ישירות.
בשנות ה-30 של המאה ה-20 יצא לאור בווילנה הירחון "כנסת ישראל" בעריכת אחיו של החזון איש, הרב משה, והחזון איש פרסם בו מחידושיו תחת שמות עט. באחת הפעמים עשה שימוש בשמו של תלמידו "שלמה כהן" כדי לכתוב ביקורת על חידושים פרי עטו של הרב יוסף דוב סולובייצ'יק מבוסטון (שהיה אז סטודנט באוניברסיטת הומבולדט בברלין). לדעת גיסו של החזון איש, הרב יעקב ישראל קַניֶבסקי ("הסטֶייפּלֶר"), סבר החזון איש שהחידושים כלל אינם פרי עטו של סולובייצ'יק הצעיר אלא של אביו, הרב משה סולובייצ'יק, ששימש באותה עת כראש ישיבה בישיבה יוניברסיטי, אך בחר לתקוף אותם על רקע אידאולוגי, עקב התקרבותם לחוגי הציונות הדתית ותנועת המזרחי. לדברי בנו של הרב סולובייצ'יק, פרופ' חיים סולובייצ'יק, החידושים אכן היו של אביו ולא של סבו, והחזון איש ביקש להפריך את החידושים אף בטענות קלושות "כדי להראות שאין תורה בו ובשכמותו".
בשלב זה היה החזון איש מעורב במספר סוגיות ציבוריות לוהטות, בהן:
א. פולמוס הרבנות בווילנה, מאבק שהתפתח על הנהגתה הרוחנית של העיר. אנשי המזרחי בווילנה רצו למנות לרבה הראשי של העיר את הרב יצחק רובינשטיין, שהיה עד אותה עת "הרב מטעם" במקום. אנשי אגודת ישראל התנגדו בטענה שהרב חיים עוזר גרודז'נסקי הוא המנהיג הרוחני הטבעי של הקהילה. החזון איש ניהל, מאחורי הקלעים, את המאבק לסיכול מינויו של הרב רובינשטיין. המאבק נכשל, ואחיו של החזון איש, הרב מאיר קרליץ, שהיה שותף גלוי למאבק, אולץ להתפטר מחברותו ב"ועד הרבנים" של וילנה.
ב. מחלוקת בין מרכז ישיבות נובהרדוק לוועד הישיבות בדבר התקציב המגיע מן הוועד לישיבות אלו. הנהלת המרכז טענה כי על ועד הישיבות לחשב כל אחד מסניפי הרשת כמוסד בפני עצמו בעת חלוקת התקציב הכללית. אנשי הוועד, מצידם, החליטו בשל קשיי תקציב להתייחס לרשת הישיבות כגוף אחד. הרב גרודז'ינסקי, שכיהן כנשיא ועד הישיבות, פסל את עצמו מלדון בעניין וכפה על החזון איש, במעמד כמה רבנים בולטים מליטא ומחוצה לה, להכריע בעניין. לאחר דין ודברים נאלץ החזון איש לפסוק. הוא שמע את טענות הצדדים ופסק כי רשת ישיבות נובהרדוק תהיה זכאית ל-10% מתקציבו הכולל של הוועד. הוא לא היה מורגל במעמד מסוג זה ומיהר להסתלק מאולם הדיונים. מסופר כי הרב גרודז'ינסקי סיכם את הדיון במילים: .
בשנת תרצ"א (1931), הציע הרב משה בלוי לחזון איש, בהמלצת הרב גרודז'ינסקי, להתמנות כסגנו ולהיות יורשו העתידי של הרב יוסף חיים זוננפלד, מנהיג העדה החרדית בירושלים, שכבר התקשה במילוי תפקידו. החזון איש דחה זאת באומרו שאין לו התנגדות לתואר, אך אין הוא מוכן לדון בדיני ממונות – חלק מרכזי בתפקיד המוצע – ובכך נטרל את ההצעה. בשנת תרצ"ב (1932), לאחר פטירת הרב זוננפלד, כתב הרב גרודז'ינסקי ליעקב רוזנהיים כי החזון איש איננו מ"יראי הוראה" בכל הנוגע לשאלות איסור והיתר, אולם בענייני ממונות הוא חושש לפסוק "מגודל צדקתו".
בסוף שנותיו בווילנה למד בשעות הבוקר בחברותא עם מיודעו מסטויבץ, הרב מרדכי שולמן, שהיה אז חתנו הצעיר של הרב יצחק אייזיק שר ולימים ראש ישיבת סלובודקה בבני ברק.