לאחר מותו של תחותמס השלישי התעוררה תסיסה באזורי השלטון המצרי בכנען ובסוריה. בנו, אמנחותפ השני, ערך בין השנים 1450 לפנה"ס ל-1444 לפנה"ס 3 מסעות מלחמה. בעת המסע הראשון הגיעה המרידה עד "שמש-אדם" שבגליל התחתון. מכאן עלה אמנחותפ השני למיתני. מסעו השני היה גם לאזור סוריה. שנתיים לאחר מכן יצא למסעו השלישי כדי לדכא מרידות בשרון ובעמק יזרעאל. ב"תל כנרות" נמצא שבר של מצבה מצרית מתקופה זו שבה נזכר ניצחון על הנוכרים ממיתני, אך לא ברור האם מיתני הגיעה עד אזור זה או שהכתובת התייחסה רק לערים שהתמרדו בתמיכתה של מיתני. במסעות האלה לא הצליח אמנחותפ להשתלט על סוריה, אבל הושג איזון בין מצרים למיתני. שתי הממלכות קבעו את גבול תחומי ההשפעה שלהן, שעבר בין אזור קדש שבסוריה לבקעת הלבנון. קו גבול זה תחם את מצרים עד סוף תקופת הברונזה המאוחרת ואף השתמר במקרא כגבולה הצפוני של הארץ היעודה (, ).
ברשימות השלל של אמנחותפ ממסעותיו משתקף הרכב האוכלוסייה של ארץ ישראל בתקופה זו. מוזכרים בה ה"חוֹרִים" שהם יושבי הארץ, בראש החורים עמדו מושלי הערים, משפחותיהם ואצילי הרכב שכונו "מַרְיָנוּ" (שפירושו בשפה החורית "אנשי רכב"). חלק ניכר מהאוכלוסייה מהווים החבירו שהיו נוודים למחצה. מוזכרים גם ה"שַׁסוּ" (שוסים-בדווים). המונח כנענים מציין בתקופה זו רק את שכבת הסוחרים ששלטה בערי החוף. ממונח זה התגלגל השם כנען ונעשה שם הפרובינציה המצרית החל מהמאה ה-14 לפנה"ס והחליף את השמות הקודמים שהיו: "רְזֵנוּ" שפירושו כנראה ארץ הרוזנים, כלומר, ארץ המושלים, השליטים הנוכריים הם החיקסוס, ו"חוּרוּ" שפירושו ארץ החורים.
השליטה של מצרים במושלי כנען התנהלה בשתי שיטות. השיטה הראשונה הייתה שיטת המסעות הצבאיים. השיטה השנייה הייתה לקיחת בניהם של מושלי כנען כבני ערובה. בני המושלים הובאו לחצר המלוכה במצרים וגדלו שם כחלק מילדי המלך. הם למדו מצרית ואת תרבותה של מצרים. כאשר הבן היה חוזר לעירו לשלוט בה הוא היה ספוג בתרבותה של מצרים. במסעו השני של אמנחותפ לכנען, לאחר שחזר לסביבות מגידו לקבל את הבטחות הנאמנות של מלכי כנען, לקח אמנחותפ השני את נסיך העיר "גבע-שמן" (שיש לזהותה עם תל מעמר ליד צומת העמקים) שהובא אליו עם ילדיו ועם מקורביו, ובמקומו מינה נסיך אחר.
תקופת הברונזה המאוחרת ב.
תקופה זו ידועה כתקופת אל עמרנה. בתקופה זו מתרחב מאוד הידע על הנעשה בכנען בזכות הידע המתקבל ממכתבי אל עמרנה. השליט העיקרי של התקופה היה אמנחותפ הרביעי שמרד במוסכמות, הקים דת חדשה אמונה באל אחד, האל אתון והקים עיר בירה חדשה בשם "אַחֶתְאַתון". את שמו שינה ל"אחנתון". בשנת 1358 לפנה"ס בשנה השביעית למלכותו העביר את בירתו לעיר החדשה. יחד איתו עבר חלק מהארכיון המלכותי שכלל מכתבים מימי אביו אמנחותפ השלישי. הארכיון של אל עמרנה הכיל תכתובת של 27 שנים ומידע רב על ההתרחשויות הפוליטיות של התקופה. יורשו של אחנתון תות ענח' אמון נטש את אל עמרנה ואת דרכו הדתית של אביו והחזיר את השלטון לתבאי ולפולחן הדתי הישן.
בתקופה זו שררו יחסי שלום בין מצרים למיתני. חלה ירידה בכוחה של ממלכת מיתני ועליית כוחה של ממלכת החתים שלחצה את מיתני מהצפון. שופילוליומש הראשון שחי באמצע המאה ה-14 לפני הספירה ערך מספר מסעות למיתני עד שכבש את בירתה "וַשוּכָני". בעקבות כיבוש זה הפכה ממלכת החתים למתחרתה העיקרית של מצרים על השליטה בסוריה. בעקבות לחץ החתים התערער השלטון המצרי בסוריה התיכונה. בהרי הלבנון קמה ממלכה שנקראה "אַמוּרּוּ" שלחצה על ערי החוף באזור לבנון. במשך הזמן הפכה הממלכה לגרורת ממלכת החתים.
במחצית השנייה של המאה ה-14 חלה התרופפות באחיזתה של מצרים בכנען. המלך אחנתון השקיע את מירב תשומת לבו ברפורמה הדתית והזניח את הבקרה על הנעשה בתחומי האימפריה. עם זאת שמרו מושלי ערי כנען אמונים לשלטון המצרי. במכתבי אל עמרנה מוזכרים 27 ערים ו-25 מושלים בתחומי כנען. 13 ערים היו ערים ראשיות שחלשו על שטחים ניכרים, היתר היו ערי חסות של הערים הראשיות. למושלי הערים היה חופש פעולה לנהל את ענייני העיר. הייתה תחרות בין הערים השונות תוך ניסיונות לספח שטחים. מתוך המכתבים עולה גם שהתנהל מסחר אזורי וחילופי מתנות בין השליטים השונים שכללו גם נשים, משפחות ובעלי מלאכה שונים. המצרים דרשו מיסים כבדים של דגנים, שמן, יין, בקר, כוח אדם ועוד אשר הביאו אט אט לשחיקה כלכלית של כנען.
באזור ההר שיישובו היה דליל השתרעו שטחי השליטה של הערים על שטח נרחב. בדרום ההר נמצאה גם העיר "ירושלים" שיריבותיה העיקריות היו גזר, גת ולכיש. תחום שלטונו של לַבָּיָא מושל שכם השתרע על כל הר אפרים, והוא חדר בפשיטותיו גם לתחומי ירושלים, גזר, השרון ועמק יזרעאל לתחום שלטונו של בירידיה שליט מגידו. באחד המכתבים כתוב שהחריב את שונם. השלטונות המצרים החליטו להביאו למשפט במצרים, אולם בדרך הוא ברח ונרצח. במכתבים יש פניות של מושלי ערים אל מלך מצרים לשלוח צבא כדי לדכא תוקפנות של מושלים אחרים. מוזכרים גם החבירו שהיו חסרי זהות אתנית שמילאו תפקיד בסכסוכים שבין הערים השונות והעבירו את נאמנותם על פי שיקוליהם. מוזכרים גם פורעי חוק, שודדים ורוצחים שהביאו לאובדן סחורות. התרופפות זאת במצב הביטחון ופעילותם של פיראטים בנתיבי הים הביאה להיחלשות של השליטה המצרית על נתיבי הסחר היבשתיים ודרשו כוח צבאי. לשם כך גויסו יורדי ים שהגיעו מארצות המערב כשכירי חרב של הצבא המצרי ויושבו לאורך דרך הים ולאורך החוף.
תקופת הברונזה המאוחרת ג.
תקופה זו המתחילה בעלייתה של השושלת ה-19 לשלטון, התאפיינה בחידוש מאמצי המצרים לחזק את אחיזתם בסוריה מול החתים. בכנען מתגברת התסיסה של קבוצות שונות. המצרים עוברים לשיטה של אחזקת צבא ישיר בכנען ובסוריה, ומקימים שורה של מצודות ברחבי האימפריה, בהן הוחזק הצבא. בין המצודות יש למנות את רפיח, אשקלון, גזר, מגידו, בית שאן בה נמצאו מקדשים מצריים, ועוד.
סתי הראשון שחי במאה ה-13 לפני הספירה ערך 3 מסעות לארץ ישראל וסוריה. מסעו הראשון היה כדי לדכא מרד שפרץ בבית שאן. לזכר ניצחונו הציב 2 מצבות בבית שאן. באחת המצבות מתואר ניצחונו של סתי הראשון על החבירו ב"הר יַרְמְתוּ" (רֶמֶת שבנחלת שבט יששכר).
בנו של סתי הראשון רעמסס השני ערך גם הוא מסעות מלחמה כנגד החתים. הקרב הידוע בהם הוא קרב קדש שבעקבותיו נחתם בשנת 1259 לפנה"ס הסכם שלום בין המצרים והחתים שקרא לשלום וכלל גם ברית הגנה הדדית והסכם הסגרה. להסכם היה נספח שקבע את הגבול בין הצדדים, שהעניק לחתים שליטה על קדש ושטחי האמורים, אבל איפשר מעבר חופשי למצרים עד לאוגרית. קו הגבול עבר בעיר "לְבוֹא" בבקעת הלבנון. רעמסס השני ערך מסעות נוספים לסוריה ולכנען כדי לדכא מרידות שהתחוללו בעקבות קרב קדש. בעקבות הקרב החלה תקופה של נורמליזציה ביחסים בין מצרים והחתים שנמשכה עד לנפילת ממלכת החתים.
מימיו של רעמסס השני השתמרה תעודת "פפירוס אנאסטאזי א" הנותן תיאור מסע בדרכי כנען כולל הערים הראשיות. התיאור כולל גם מסע מסוכן בנחל "ערונה". מתוארת סכנת ה"שוסים" וכן מוזכר בו "ראש שבט אשר".
סופה של תקופת הברונזה חל בימיו של פרעה מרנפתח. בתקופה זו נחלשה מצרים. מרנפתח נאלץ להילחם בלובים ממערב ובפלישת גויי הים. גורם נוסף שנכנס לאזור היו שבטי ישראל. מרנפתח ערך בשנתו הרביעית מסע לכנען לדיכוי מרידות של מספר ערים. מסע זה מתועד באסטלת מרנפתח שבו מוזכרת לראשונה מחוץ למקרא ישות בשם "ישראל". מסעות ההרס של גויי הים אשר הביאו לנפילת ממלכת החתים ושל ממלכות סוריה וחוף כנען שינו את הסדר ששלט באזור מזרח הים התיכון במשך האלף ה-2 לפנה"ס. הסתימה תקופת שלטון המעצמות הגדולות והחלה תקופה של מדינות קטנות לאומיות.
סיום התקופה לא אירע בבת אחת, ונמשך כ-50 שנה. רעמסס השלישי ניהל שני קרבות כנגד גויי הים שבעקבותיו הושיבו אותם המצרים במצודות, וכך החל תהליך התיישבותם בארץ כנען באזור מישור החוף הדרומי. קרבות אלה מתועדים על קירות מקדש המתים של רעמסס השלישי במדינת האבו. במקביל התיישבו שבטי ישראל באזור ההר. במחצית המאה ה-12 הסתיימה סופית הנוכחות המצרית בכנען והחלה "תקופת הברזל".
מפת היישוב בכנען.
תמונת היישוב בכנען השתנתה מאוד במעבר מתקופת הברונזה התיכונה לברונזה המאוחרת א. תפרוסת היישובים הייתה דומה לזו שקדמה לה, במיוחד לגבי היישובים העירוניים, אך עם זאת ניכרת ירידה במספרם הכולל של אתרים. יישובים רבים נהרסו ולא נושבו מחדש. גם אלה שנושבו לא חזרו לגודלם המקורי. נהוג לייחס את ההרס למסע הכיבוש המצרי. בחפירות ארכאולוגיות נמצא שתופעת ההרס היא תופעה כללית ואין כמעט יישוב שנחפר שאין בו סימני הרס בתקופה זו. סימני הרס גדולים נמצאו באתרים הבאים: יריחו, תל בית מירסים, שכם, עכו, מגידו, חצור, דן, תל אל-פארעה (דרום), ותל אל עג'ול. מתוך 54 יישובים חפורים מסוף תקופת הברונזה התיכונה רק 22 נבנו בתקופת הברונזה המאוחרת א.