למהר"ל יוחסו כוחות מיסטיים. האגדה מספרת שיצר את הגולם בעל הכוחות העל-אנושיים, שנוצר כדי להגן על הקהילה היהודית מרדיפות. סביב מיתוס זה נכתבו ספרים, צולמו סרטים, וקמה תעשיית תיירות משגשגת בעיר פראג. יש המוצאים סימוכין לכך בכתבי החסידות. כך האדמו"ר החסידי צבי אלימלך שפירא מדינוב ("בני יששכר") כתב על המהר"ל: "שהיה ידוע כעוסק בספר יצירה, וזוכה לרוח הקודש". עם זאת היו שביקרו מיתוס זה שאין לו כל זכר בכתביו של המהר"ל ושל תלמידיו. כך למשל שי"ר מאנשי תנועת ההשכלה טען ש"לא בגולם הראה המהר"ל את חכמתו אלא בתלמידו הגדול בעל "התוספות יום טוב" (יום-טוב ליפמן הלר), אשר הלך בכל דרכיו, ולא מש מנתיבותיו, ביושר שכל נפלא בהלכות המשנה והתלמוד וכן בלמוד חכמות שונות ומוסר השכל...". ככל הידוע, בספרות היהודית-גרמנית מופיע מוטיב הגולם, כשהוא מקושר למהר"ל מפראג, לראשונה בשנת 1834, אחר כך ב-1836 ברשימה בכתב-עת מאת לודוויג אוגוסט פרנקל, ואחר כך ברומן "שפינוזה" (1837) של הסופר היהודי-גרמני ברתולד אוארבך.
כינויו החלופי היה "ליווא" או "ליוואי" שמשמעותו בגרמנית אריה. על פי המסורת היהודית האשכנזית, לחלק מהשמות היה שם חלופי על פי ברכות יעקב בספר בראשית, כך יהודה שמתואר בברכת יעקב כגור אריה, ולכן הוצמד השם ליוואי לשמו הפרטי יהודה, כסמל שבט יהודה שהיה אריה, ולרוב הוא מוכר בכינוי זה יותר מאשר בשמו המקורי.
מוכיח בשער.
המהר"ל היה מבקר חברתי חריף, שלא היסס לומר את ביקורתו החריפה לפני המנהיגים התקיפים של הקהילות, במיוחד זו של פראג, אף שהדבר גרם לו להיות לא אהוד אצלם ולא לקבל תפקידי רבנות. ביקורתו, שהייתה שנונה ואף מלווה בדימויים רבים מהמקורות שלעיתים שזורה בהן נימה אירונית, כוונה בראש ובראשונה אל המנהיגים והרבנים.
כנגד מנהיגים שמשתררים ומתיהרים על הקהילה טען שכל הצלחתו של המנהיג היא בשביל הכלל ולכן אין לו להבדל מהכלל, ולכן "אין ממנים פרנס על הצבור, אלא אם כן, קופה של שרצים תלויה מאחוריו", כדי שלא יוכל להגיע ליוהרה ולהתנשא על הכלל. תלמידי החכמים לעומת זאת, כן צריכים להיות בבחינה מסוימת נבדלים מהכלל ושתהיה בהם "שמינית שבשמינית של גאווה", להיות במובן מסוים "השכל של הגוף" ולא להתנהל בצורה החומרית בה ההמון מתנהל, ועל ידי התנהגות זו להעלות את ההמון כלפי מעלה אל מקומם.
על מינוי ראשי קהל בורים ושאינם ראויים, שמשפילים תלמידי חכמים, וממנים לתפקידי משפט בורים כמותם שמעוותים דין ואינם מושיעים עשוקים, יתומים ואלמנות, אמר שהם כמו הצבת מצבות לאלה אשרה ליד מזבח השם.
כנגד מסמיכי תלמידים לא ראויים שלא הגיעו כלל להוראה לרבנות, טען שהם בכלל מגדלי בהמה דקה שעליה נאמר במשנה שאסור לגדלה בארץ ישראל, דבר שגורם לשפל במעמד החכמים. בדומה על דרשנים שדורשים דרשות הבל, אמר שגדול כוחם מכוח דוד המלך, שאומרים דברים שלא שמעתם אוזן וגם לא תשמע עוד לעולם.
על רבנים חמדנים ותאבי בצע שמקבלים מהציבור הטבות חומריות, אמר שאינם מתנהגים באופן נאות לפי דרכו של הרוחני שמהותו להשפיע לאחר ולא לקבל ולאגור לעצמו. הוא ביקר עשירים שאינם משתתפים בסולידריות חברתית לתמוך בבני עניים "שאין להם מאסף", ואמר שגורמים לתורה שתסתלק מישראל. עוד קונן רבות בלב מורתח, על עיוות סדרי לימוד התורה, שלא לומדים את הדברים היסודיים והבסיסיים תחילה, לא לומדים באופן מודרג, ולא מבצעים חזרות לריענון הזיכרון, אלא "רוצים לעלות בסולם השמימה והם נשארים מטה מטה". יעד נוסף לביקורתו היו מנהגי חסידות של בורים ועמי הארצות. על המנהג לשיר את שיר היחוד (שמושר רק בשבת) בכל יום, טען "שאין לסתור דברי חכמים בדמיונות בעלי בתים שיחשבו כי בזה מגיעים עד השער הפנימי". בדומה כיוון חיציו כלפי בורים שמברכים לבטלה ברכת הגומל - שאמורה להאמר רק בשל הצלה מסכנת נפשות - על אבן שסתם שנזרקה לעברם.
הגותו.
למהר"ל היה ידע נרחב בפילוסופיה ובמדעים. על פי הראי"ה קוק ורבים אחרים, הוא ניצל ידע זה כדי ליצוק את תוכני הקבלה לתוך מסגרת פילוסופית-מדעית, מסגרת שמבחינה צורנית היא בעלת מאפיינים אריסטוטליים ומבחינה מהותית בעלת תכנים אפלטוניים, ובכך הוא "גאל" את תוכני הקבלה ממסתריהם והביאם אל הציבור הרחב. הגותו משלבת בין הפילוסופיה של ימי הביניים שהחל כבר לשקוע שמשה, לבין תורת הקבלה, שזכתה באותה תקופה לפריחה גדולה. כתביו, שהם מעין הכלאה בין שכלתנות למיסטיקה, מכילים טרמינולוגיה קבלית חדשה, המתמקדת במהות הפנימית של הדברים ולא בסימבולים מקובלים, שנטען על ידי הרב עדין אבן ישראל שהיא הגורמת לתורתו להיות קשה להבנה. נטען כי סגנונו המסורבל והקשה להבנה נובע מניסיונו להביע רעיונות מורכבים באמצעות העברית הדלה, שבתקופתו שימשה לתפילות וללימוד תורה. עם זאת, כמעט לא ניתן למצוא אצלו את יסודות הקבלה באופן גלוי ומפורש (למעט זעיר פה וזעיר שם), עד שהיו שסברו (בתקופת ההשכלה הרב שלמה יהודה רפפורט (שי"ר) ובתקופתנו פרופסור שלום רוזנברג וד"ר יורם יעקבסון) כי המהר"ל לא עסק בחכמה זו. על פי הרב משה צוריאל, המהר"ל ניסה לטשטש את עקבות הקבלה בכתביו באופן מכוון.
חז"ל.
המהר"ל התייחס להגות חז"ל בכבוד גדול ואף בהערצה והשתמש בה כבסיס לכל הגותו. הוא מיעט לפרש את המקרא באופן ישיר והרבה לפרש את כתבי חז"ל. מאפיין קבוע של כתביו הוא הפתיחה בדברי חז"ל הרלוונטיים לעניין שהוא דן בו, מהתלמודים או מהמדרשים, והבאת הסבר רוחני-פילוסופי. בדרך זו ניסה המהר"ל להראות שחז"ל התייחסו להרבה סוגיות פילוסופיות, כאשר הם עושים זאת באופן אלגורי, באמצעות משל שיש בו גרעין פילוסופי. מספר פעמים רב הכתיר המהר"ל את דברי חז"ל כ"דברי חכמה עמוקים שלא נאמרו באומד וסברא", ואף באחד הפעמים הוא שאל "כי איך אפשר לחמורים כמונו, לעמוד בסוד קדושים?" הוא אף קבע שרק חז"ל הבינו את התורה לאשורה ולא אף אחד אחר והתריע לא לסור מהם. לעיתים הוא ביקר ואף נזף בפרשנים מן המעלה הראשונה שהביעו תפיסות הנוגדות לתפיסות חז"ליות. המהר"ל עשה תיקון גדול לתורת האגדה התלמודית והמדרשית שהייתה מוזנחת ומיעטו לעסוק בה באותה רצינות שעסקו בפן ההלכתי לפניו ואחריו. בניגוד לפרשנים אחרים שנתנו הסברים מקומיים על אגדות חז"ל, הוא נתן להגותם הסבר עיקבי ושיטתי במספר רב של ספרים בתחומים רבים. הרב משה צוריאל מביע תפיסה מקובלת "שמהר"ל משמש כסמכות ראשונה במעלה לכל דברי הגות, אמונות ודעות של חז"ל בש"ס ובמדרשים".
דואליזם.
השקפתו רואה את כל מערכת הבריאה מורכבת משתי קטגוריות מנוגדות: חומר וצורה, גשם ושכל, גוף ונפש, קצוות ויושר, העדר ושלמות, טבע ונבדל, גבר ואישה, ישראל והאומות. כל קיים מורכב משתי מהויות: מהחומר שהוא מוגבל ומוגדר בגבולות של זמן ומקום ולכן הוא בר חלוף, ומהצורה שהיא מהות הנבדלת מגוף וחסרת גבולות, ולכן היא קשורה אל ההויה, הנצחיות והאלוהות. הרע והחטא קשור בדרך כלל אל החומר, מפני שהוא לרוב החוליה החלשה בעניין ואליו קשורים הפחיתות וההעדר, אך יכול להיות גם קשור לצורה, כאשר קיימת צורה גרועה שדוחפת לכיוונים שליליים. ככלל, ככל שהדבר הוא אלוהי ורוחני כך הוא איתן, מציאותי, יציב, שלם ונצחי וככל שהדבר טבעי וחומרי, כך הוא יותר חלש, זמני ובר כיליון.
חומר וצורה.
המהר"ל לקח את המושג האריסטוטלי של חומר וצורה והראה בו פנים חדשות, תוך שהוא מרחיב את המושג להיסטוריה האנושית כדי להביע באמצעותו את משנתו היהודית. כל דבר בעולם מורכב מחומר וצורה. החומר שמורכב מהיסודות השונים והצורה שהיא המהות הרוחנית המגדירה את יעודו ומטרתו של הדבר והיא "אמיתת עצמו של כל דבר". הצורה איננה בהכרח צורתו החיצונית של הדבר אלא הציביון והנשמה של הדבר, שלעיתים היא גם יכולה להפציע ולהקרין כלפי חוץ, והחומר איננו חומר בהכרח אלא הוא בסיס ומצע לצורה, ולעיתים דבר שמוגדר כצורה יכול להוות חומר לצורה עליונה וכללית יותר. הצורה איננה גלומה בחומר מלכתחילה אלא היא הויה נוספת. אך לא כל הצורות שוות, יש צורות שהן בטלות לגבי החומר והן משועבדות לו, יש צורות שליליות שמדרבנות את החומר כלפי רוע, ויש צורות רוחניות שהן נבדלות מהחומר ומובילות לדרך טובה. כללו של דבר, כל דבר שהוא נשמה לדבר אחר, הנשמה קרויה צורה והמצע לה קרוי חומר, אף שיכול להיות שהוא בעצמו יהיה מורכב מחומר וצורה - למשל ישראל הם צורה לעולם, התורה היא צורתם של ישראל, ואלוהים הוא הצורה האחרונה של העולם. גם את הזוגיות שבין גבר לאישה ראה כשלמות של התמזגות חומר וצורה, ששמו של הקב"ה מקיים אותה.
הממוצע.
המהר"ל קובע ביחס לתופעות רבות בעולם שקיים בהן ריתמוס משולש. מספר 2 מסמל אצלו "שתי קצוות של הפכים שאינם יכולים להתאחד ולהתחבר" ואילו מספר 3 מסמל אצלו ממוצע וחיבור של שני הקצוות הראשונים, "והשלישי - כמו ממוצע בין שניהם". בעוד שהקצוות הם גשמיים וחומריים ויש להם ממדים, קצה, סוף ואף העדר וכיליון. האמצע הוא העקרון הרוחני שמאחד את התופעות, "אחדות ההפכים" והכללות של הדבר, והוא אלוהי, נצחי וקדוש ובו יש חיים וקיום.
למשל, ביחס לאבות הוא קובע שמידת יעקב יש לו מידת האמצע בין החסד של אברהם לדין של יצחק, ולכן דווקא יעקב משויך אל החיים, ויש לו ברכה ללא מצרים ועל פי חז"ל דמות דיוקנו חקוקה בכיסא הכבוד. ביחס לפסוק, "הגיד לך אדם מה טוב ומה ה' דורש ממך, כי אם עשות משפט ואהבת חסד והצנע לכת עם אלהיך" מסביר "כי אלו שלשה הם כוללים כל החלקים. לפי שהם דבר והפכו והדבר שהוא ממוצע בין שניהם, ולפיכך אלו שלשה הם משלימים גם כן האדם בכל, לפי שאלו שלשתם הם כוללים כל הדרכים". תפיסה זו עולה שוב לאחר כמה מאות שנים בתפיסתם של הפילוסופים הגל ופיכטה, בדברם על התיזה, האנטיתזה והסינתזה.