בקיץ 1921 הובילו התושבים המקומיים את אנדרסון ואת הפלאונטולוג האמריקני וולטר גריינג'ר (Granger; 1941-1872) אל אתר המכונה בפי עובדי המחצבה המקומית "גבעת עצמות הדרקון" (בפין-יין: Longgu-shan). בבדיקה של האתר הופתע אנדרסון לגלות שברים של קוורץ לבן, מינרל שלא היה שייך לאתר מבחינה גאולוגית, והיה לו ברור כי הם הובאו ממרחק. הוא פנה אל חבריו והכריז "יש כאן אדם פרימיטיבי, עכשיו כל מה שאנחנו צריכים לעשות זה למצוא אותו". הוא הותיר לעוזרו, הפלאונטולוג האוסטרי אוטו זדנסקי (Zdansky; 1988-1894) לחפור במקום. זדנסקי חפר במקום ב-1921 וב-1923 וחשף ממצאים רבים אותם שלח לאוניברסיטת אופסלה שבשוודיה לניתוח מעמיק יותר. תוך כדי החפירות נתגלו שתי שיניים אנושיות. שן טוחנת עליונה שנתגלתה בחפירות, ומלתעה תחתונה שטרם בקעה שנתגלתה בעת שטיפלו במכון לפלאונטולוגיה באוניברסיטת אופסלה במאובנים שנשלחו מסין. אנדרסון ניצל את ביקורו של נסיך הכתר השוודי בבייג'ינג והכריז ב-22 באוקטובר 1926 על גילוי שתי השיניים האנושיות של האדם הקדמון מג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן. שנה אחר-כך פרסם זדנסקי את תוצאות החפירות שלו ב-"Bulletin of the Geolocical Survey, China" כשהוא זהיר יותר במסקנותיו, ואת השיניים שנתגלו שייך ל- .Homo" sp", היינו מין בלתי-מזוהה בסוג האדם.
תקופת החפירות העיקרית (1937-1927).
ד"ר דייווידסון בלק (Black; 1934-1884), אנתרופולוג קנדי ששימש כדקאן המחלקה לאנטומיה במכללה לרפואה של פקינג (Peking Union Medical College) קיבל מאנדרסון את השן הטוחנת העליונה שנתגלה בג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן לבדיקה. בלק קטלג את השן כשייכת למין ולסוג חדשים תחת המשפחה הומינידיים, שאותו הגדיר בשם המדעי "Sinanthropus pekinensis" (מילולית: "אדם סיני מפקין"), ואת הקרדיט לגילוי העניק לעצמו ולזדנסקי. הגאולוג והפלאונטולוג האמריקני אמדאוס ויליאם גרֶייבָּאוּ (Grabau; 1946-1870), ששימש אז כפרופסור לגאולוגיה באוניברסיטת פקינג, כינה את המין בשם "אדם פקין" ("Peking Man"). כיום הוא מסווג כתת-מין של המין הומו ארקטוס – "Homo erectus pekinensis" – אך הכינוי העממי "אדם פקין" דבק בו.
בלק פנה לקרן רוקפלר (שתרמה להקמת המוסד שבו לימד) בבקשה לתמוך בביצוע חפירות במקום. החפירות התחדשו ב-1927 בפיקוחו של הארכאולוג הסיני לִי גְ'יֵה. בסתיו של אותה שנה גילה הפלאונטולוג השוודי אנדרס בירגר בוהלין (Bohlin; 1990-1898) שן נוספת. ב-1928 חשפו החפירות של בלק מאובנים נוספים מהמין החדש, כולל שן, חלק ניכר מלסת תחתונה של ילד ולסת תחתונה של מבוגר הכוללת שלוש שיניים. תגליות אלו אפשרו לבלק לפנות שוב לקרן רוקפלר על מנת לקבל תרומה נוספת של 80,000 דולרים שבה השתמש על מנת להקים יחד עם הגאולוגים הסינים וֶנְג וֶנְהָאו (Wenhao) ודִינְג וֶנְגְ'יָאנְג (Wenjiang) ב-1928 את "מעבדת המחקר של הקנוזואיקון" (新生代地质与环境研究室; Cenozoic Research Laboratory) כשלוחה של המוסד הסקר הגאולוגי של סין (中国地质调查局; Geological Survey of China). המעבדה הוקמה במכללה הרפואית של פקינג ונועדה לחקור ולהעריך את המאובנים שנתגלו בג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן. בלק נשא בתואר הכבוד של מנהל המעבדה בזמן שהחפירות באתר נמשכו בפיקוחם של הפלאונטולוג הסיני יָאנְג ג'ונְגְגְ'ייֵן (Zhongjian; 1979-1897) והאנתרופולוגים פֵּי וֶנְג'ונְג (Wenzhong;1982-1904) וגְ'יָה לָאנְפּוֹ (Lanpo; 2001-1908). התנאים באתר החפירה היו פרימיטיביים, המדענים נאלצו לרכב אל האתר על גבי פרדות, כשהם לנים בחאנות שבדרך. למעבדה הצטרף הפלאונטולוג הצרפתי פייר טייאר דה שארדן שביקר כמה פעמים באתר החפירות החל מ-1926. ב-1929, לאחר שבחנו את המרבצים של המאובנים, חילקו דה שארדן ויָאנְג ג'ונְגְגְ'ייֵן אותם לעשר שכבות. ב-2 בדצמבר 1929 נתגלתה בשכבה מספר 10 בקטע העיקרי של החפירה התגלית החשובה ביותר עד אז. כשהוא עובד במזג אוויר מקפיא בתוך סדק בסלע שהתפצל מהמערה הראשית שעומקו 40 מטרים עם פטיש ביד אחת ונר בידו השנייה גילה פֵּי וֶנְג'ונְג בתוך החרסית החולית האדומה כיפת גולגולת כמעט שלמה של אדם פקין. אם השיניים דמויי השיניים האנושיות שנמצאו קודם לכן באתר לא הצליחו לשכנע את כולם כי מדובר במין הומינידי חדש באה כיפת הגולגולת וסיפקה את ההוכחה האנטומית החותכת לכך.
באביב 1930 נתגלתה כיפת גולגולת נוספת סמוך למקום בו נתגלתה כיפת הגולגולת הראשונה והיא נשלחה למעבדת המחקר של הקנוזואיקון לבחינה. ב-1932 כבר בוצעו במקום חפירות בקנה מידה נרחב. על פני שטח של כקילומטר רבוע עבדו מדי יום במקביל למעלה מ-100 פועלים. הכומר והארכאולוג הצרפתי אנרי בריי (Henri Breuil; 1961-1877) ביקר באתר ב-1931 ואישר כי במקום נתגלו כלי אבן. באותה שנה גם הוכיחו שכבות אפר ועצמות חיה חרוכות כי במערה נעשה שימוש באש.
בלק שהיה מכור לעבודתו נפטר לילה אחד ב-1934 במשרדו כשעל שולחנו מונחת אחת מכיפות הגולגולת שנחשפו באתר. את בלק כמנהל המעבדה החליף פרנץ ויידנרייך (Weidenreich; 1948-1873), אנטומיסט ואנתרופולוג יהודי-גרמני שנטש את משרת הפרופסורה שלו באוניברסיטת היידלברג עקב רדיפות הנאצים. ב-1935 הופקד גְ'יָה לָאנְפּוֹ על המשך החפירות, וב-1936 נתגלו עוד שלוש כיפות גולגולת. מיקום התגליות באתר סומן בקפידה על ידי גְ'יָה לָאנְפּוֹ, החלטה שתהיה לה חשיבות גדולה בהתחשב במה שקרה באתר אחר-כך.
האובדן.
עד 1937 נתגלו בחפירות כ-200 מאובנים אנושיים שמקורם ביותר מ-40 פרטים, כולל חמש כיפות גולגולת כמעט שלמות. באותה שנה נעצרו החפירות באתר בגלל הפלישה היפנית לסין. ארבעה מבין הפועלים באתר נרצחו על ידי היפנים. בקיץ 1941 הורה ויידנרייך להכין עותקים מכל העצמות שנתגלו משום שחשש (ובצדק) שאם תפרוץ מלחמה בין ארצות הברית ליפן היפנים ישתלטו על המעבדה. בסתיו של אותה שנה נארזו כל הממצאים של האתר ונשלחו למפקח האמריקני של המכללה הרפואית במטרה שישלחו לארצות הברית, ואז הם נעלמו. גורלם אינו ידוע וכל הניסיונות הרבים שנעשו מאז להתחקות על עקבות המשלוח כשלו. מאובני העצמות שנתגלו באתר נחשבים בין התגליות החשובות ביותר בחקר האבולוציה האנושית, ואובדנם היה מכה קשה למחקר. ב-2004 כינו הפלאואנתרופולוגים האמריקנים נואל בואז (Boaz) וראסל שהאן (Ciochon) את אובדן המאובנים .
לאחר מלחמת העולם השנייה.
ב-1949 התחדשו החפירות באתר, שתים עשרה שנים לאחר שהופסקו בשל המצב המדיני, והן חשפו ממצאים נוספים הכוללים חמש שיניים ורסיסים של עצמות הירך והשוק. שנה אחר-כך נתגלתה מלתעה שלישית בחומר ששלח זדנסקי לאוניברסיטת אופסלה בתחילת שנות ה-20. בחפירות שנערכו ב-1959 נתגלתה בשכבה 10 לסת תחתונה שלמה יחסית של אישה מבוגרת. בחפירות שניהל פֵּי וֶנְג'ונְג ב-1966 נתגלו מלתעה ושתי פיסות של שברי גולגולת, קדמי ועורפי. מפיסות אלו ומפיסות של עצם הרקה שנחשפו ב-1934 וב-1936 (ולא נשלחו במשלוח שאבד ב-1941) שהיו שייכים לאותו פרט שוחזרה כיפת גולגולת כמעט בשלמותה וזו כיום כיפת הגולגולת המקורית היחידה של אדם פקין המצויה בידינו.
בחפירות שנערכו בג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן מ-1921 ועד 1966 נתגלו באתר שש כיפות גולגולת כמעט שלמות של אדם פקין, 19 חתיכות גדולות של גולגולות, פיסות רבות של גולגולות, 15 לסתות תחתונות בלתי שלמות, 157 שיניים, שלוש חתיכות של עצם הזרוע, עצם בריח אחת, עצם סהר אחת ושוקה. בנוסף נמצאו באתר עצמות של קרוב ל-200 מיני חיות שאותן צד אדם פקין, בעיקר "Pseudaxis grayi", מין נכחד הקרוב לאייל סיקה, שממנו נמצאו שרידים של למעלה מ-1,000 פרטים, הימצאות של בעלי חיים כדוגמת הקרנף והפיל מוכיחות כי האקלים היה אז חמים יותר. כמו כן נתגלו זרעים של צמחים דוגמת "Prunus padus" (סוג של דובדבן), אגוזים, אורנים ואולמוס; ויותר מ-100,000 כלי אבן עשויים גבישי קוורץ, צור ואבן חול שמתוכם נבדקו כ-17,000 כלי אבן. שכבות אפר עבות, עצמות וזרעים חרוכים ואבן גיר מפוחמת מעידים כי אדם פקין השתמש באש באופן סדיר, אם כי אין הוכחות כי ידע להצית אש. שיטות תיארוך שונות קבעו כי אדם פקין ישב באתר בתקופה שבין לפני 580,000 עד לפני 230,000 שנים, אם כי מחקר שהתפרסם בכתב העת Nature ב-2009 והתבסס על השיטה הרדיומטרית של קצב הדעיכה של אלומיניום-26 ובריליום-10 בחפצים מקוורציט שנחשפו באתר טוען כי גילם של הממצאים נע בין לפני 780,000 שנים עד 680,000 שנים.
חפירות שנערכו בשנים 1973-1972 חשפו באתר 4 בג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן מלתעה של הומו ספיינס.
ב-1961 קבעה מועצת המדינה את אתר איש פקין בג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן כאחד מאתרי המורשת החשובים שיש לשמר אותם. ב-1983 יעדה עיריית בייג'ינג (שאתר ג'וֹאוּקוֹאוּדְייֵן נמצא בתחומה) את השטח סביב אתר אדם פקין לשימור, וב-1987 הכריזה אונסק"ו על המקום כאתר מורשת עולמית.
אתרי החפירה.
אתר אדם פקין.
אתר מספר 1, הידוע גם כאתר אדם פקין היה הראשון שנתגלה ב-1921 לאחר הכוונה של פועלי מחצבה מקומיים. האתר הוא מערה בהר עצמות הדרקון, גבעה מאבן גיר שנוצר בתור האורדוביק שאורכה 220 מטרים מצפון לדרום, רוחבה 190 מטרים ממזרח למערב ופסגתה בגובה 140 מטרים מעל פני הים ו-66 מטרים מעל קרקעית נחל הבָּאָרחֶה. גודל המערה 140 מטרים ממזרח למערב, רוחבה בין 2 מטרים ל-40 מטרים מדרום לצפון בקיר הצפוני של המערה יש סדק ברוחב 7 מטרים. למערה היו במקור שני פתחים, כאשר אדם פקין התיישב תחילה סמוך לפתח המזרחי ולאחר שזה התמוטט עקב בליה הוא עבר לצד המערבי. המערה התמלאה בהדרגה במשקעים שהצטברו לעובי של 50 מטרים. לפני 230,000 נטש אדם פקין את המערה משום שלא ניתן היה להתגורר בה יותר.