עם השלמת הכיבוש הערבי של ארץ ישראל, כבר היה העולם הנוצרי במזרח מפולג למספר עדות, שכללו, בין היתר ונוסף על הזרם המרכזי, את הכנסייה האשורית, הכנסייה הארמנית, הכנסייה הקופטית, הכנסייה הסורית-אורתודוקסית (יעקביטית) ואת הכנסייה האתיופית. למרות זאת, משרתו של הפטריארך של ירושלים אוישה על ידי אדם אחד, וככל הנראה הצליחו העדות השונות להסדיר ביניהן את סדרי הפולחן במקומות הקדושים. סופרוניוס הקדוש שכיהן כפטריארך של ירושלים בימיה האחרונים של הנוכחות הביזנטית בארץ ישראל, הספיק, בטרם מותו ב-11 במרץ 638, לחתום עם הח'ליף עומר בן אל-ח'טאב על חוזה עומר, ולפיו הוענק לנוצרים תושבי ירושלים חופש דתי בתמורה לתשלום ג'יזיה (מס גולגולת שנדרשו לשלם תושבים שאינם מוסלמים החיים תחת שלטון מוסלמי). חופש הפולחן נשמר משך רוב ימי התקופה הערבית בארץ ישראל, וגם החליף הפאטמי אל-חאכם באמר אללה שרדף את הנוצרים והרס את כנסיית הקבר ב-1009, הפך סובלני לקראת סוף ימיו, ואיפשר לנוצרים לשוב ולחדש את פולחנם. בנוסף, אין עדויות היסטוריות לכך שבמשך מאות שנות השלטון הערבי בארץ, התחוללו מאבקים בין העדות הנוצריות על רקע החזקה והשימוש במקומות הקדושים.
התקופה הצלבנית והממלוכית.
המצב השתנה עם הכיבוש הצלבני של ארץ ישראל והקמת ממלכת ירושלים בשנת 1099. אף שבשנים הראשונות פעלו הצלבנים בשיתוף פעולה עם הנוצרים המקומיים, ושיקמו יחדיו את המקומות הקדושים, נהנו הלטינים מעליונות ועדיפות, אשר הביאה את הפטריארך של ירושלים לעוזבה לקונסטנטינופול. פילוג הכנסייה הנוצרית ב-1054 יצר את הנצרות הקתולית והנצרות האורתודוקסית, והיריבות והאיבה בין השתיים הורגשו גם בארץ ישראל. יחסי שתי הכנסיות הוסיפו והתדרדרו בעקבות מסע הצלב הרביעי אשר הופנה כנגד האימפריה הביזנטית, ובשיאו, בשנת 1204, כבשו הצלבנים את קונסטנטינופול, בזזו את אוצרותיה משך שלושה ימים וחיללו את המקומות הקדושים. משך שנות קיומה של הממלכה הצלבנית השנייה בארץ ישראל, שמרכזה שכן בעכו, המשיכו הלטינים ונהנו מעליונות במקומות הקדושים בירושלים ובבית לחם, אף שאלה היו נתונים בשליטה איובית. שני הסכמי יפו מ-1192 ומ-1229, והבנות נוספות, הסדירו את יחסי הישויות הנוצרית והמוסלמית בארץ ישראל, והתייחסו גם למקומות הקדושים, אך התעלמו לחלוטין מהעדות הנוצריות הלא קתוליות.
עליונות זו נפגעה בשנים שלאחר כיבוש עכו בידי הממלוכים וסופה המוחלט של הנוכחות הצלבנית בארץ ישראל בשנת 1291. החזקה במקומות הקדושים הייתה תלויה במידה רבה ביכולתן ובנכונותן של העדות השונות לשלם בכסף עבור האינטרסים שלהן. כך לדוגמה רכשו הפרנציסקנים, שנוכחותם בארץ החלה ב-1217, את חדר הסעודה האחרונה ואת סביבתו בהר ציון תמורת סכום של 30,000 דוקטים ששולמו לשליט הממלוכי, וקבעו במקום את מרכזם.
התקופה העות'מאנית.
עם הכיבוש העות'מאני של ארץ ישראל ב-1517, החלו הנוצרים היוונים-אורתודוקסים להגביר את נוכחותם בארץ על חשבונם של הלטינים, תוך שהם מנצלים את היותם נתינים עות'מאנים. האורתודוקסים העדיפו את העות'מאנים המוסלמים על-פני הנוצרים הקתולים, הן בשל השנאה התהומית שרכשו לאחרונים, והן בשל כך שהעות'מאנים הנהיגו מדיניות של סובלנות דתית. העות'מאנים מצידם היו נתונים במאבק מתמיד עם מדינות אירופה הקתוליות, שהנוצרים הקתולים בארץ היו נתיניהן, ועל-כן הראו חסד לאורתודוקסים. המאבקים בין העדות הנוצריות על החזקה במקומות הקדושים הוסלמו, ולוו בטפילת האשמות הדדיות. עיתים גלשו מאבקים אלה לאלימות ואף הסתיימו במקרי מוות. ב-1552 הורה פירמן של הסולטאן העות'מאני על גירוש הפרנציסקנים מחדר הסעודה האחרונה ששימש כמרכזם בירושלים, ועל מסירת המקום לחזקה מוסלמית. בין השנים 1630-1637 פרסם הסולטאן מוראט החמישי שבעה פירמנים נוגדים אשר העבירו את החזקה במקומות הקדושים בין הקתולים והאורתודוקסים שוב ושוב. ב-1662 הקים דוסיתאוס השני, הארכידיאקון של ירושלים, ולימים הפטריארך היווני-אורתודוקסי שלה, את "אחוות הקבר הקדוש" (τάφου Φυλακες) והפקיד בידיה את השמירה על האינטרסים היוונים-אורתודוקסים בעיר.
החל באמצע המאה ה-16 ועד המאה ה-19, ניצב עניין החזקה במקומות הקדושים לנצרות בלב הפוליטיקה הבינלאומית. עיקר המאבק ניטש בין הקתולים והאורתודוקסים, ואילו עניינן של העדות הנוצריות האחרות, שלא נהנו מגיבוי של מעצמות זכה לתשומת לב מועטה, אם בכלל. כך לדוגמה נדחקה הכנסייה הגאורגית האורתודוקסית מהארץ לחלוטין. עד אמצע המאה ה-18 עדיין הייתה ידה של הכנסייה המערבית על העליונה. בהסכמי השלום שכפו מעצמות אירופה על האימפריה העות'מאנית הנחלשת, נכללו סעיפים שהתייחסו לאינטרסים הדתיים שלהן בארץ הקודש, והישגים דומים הושגו באמצעות משטר הקפיטולציות. במהלך המאה ה-17 פעלה הרפובליקה של ונציה לטובת הלטינים באמצעות נציגיה הדיפלומטים באיסטנבול, ולאחריה העניקה להם צרפת סיוע דיפלומטי, במיוחד לקראת סוף המאה ה-17, עת לואי הארבעה עשר מלך צרפת, נטל לעצמו את התפקיד של מגן הנוצרים באימפריה העות'מאנית. עקב כך ובעקבות הסכם קפיטולציות שנחתם בין צרפת לבין האימפריה העות'מאנית, זכו הקתולים לזמן קצר באולם "קשתות הבתולה" שבכנסיית הקבר. גם מלך ספרד התערב מספר פעמים למען המקומות הקדושים שנלקחו מהקתולים, וב-1646, מקץ מגעים ממושכים עם השער הנשגב, הצליח להשיב חלק מהם לשליטה קתולית.
אולם במחצית המאה ה-18 החלו העות'מאנים נוטים שוב לעבר האורתודוקסים. לצידם של האחרונים ניצבה האימפריה הרוסית, אשר רכשה השפעה הולכת וגוברת על האימפריה העות'מאנית, במיוחד לאחר חתימת הסכם קוצ'וק קאינרג'ה מ-1774, אשר סיים את המלחמה העות'מאנית-רוסית שהתחוללה בין השנים 1768-1774. בנוסף, מעצמות אירופה המערבית היו טרודות במלחמות הנפוליאוניות ולא יכלו להתפנות ולטפל בענייני המקומות הקדושים. ב-1757, בעקבות מאבק אלים בין יוונים-אורתודוקסים וקתולים, העניק הסולטאן מוסטפא השלישי את החזקה בכנסיית המולד ובקבר מרים, כמו גם את רוב שטחה של כנסיית הקבר הקדוש ליוונים. כאשר הרוטונדה של כנסיית הקבר עלתה באש ב-1808, היא שופצה בכספים שהוקצו לשם כך על ידי הצאר אלכסנדר הראשון.
עם התייצבות המצב הפוליטי באירופה בשנות ה-30 וה-40 של המאה ה-19, התחדשה דרישת הכנסייה הקתולית להשבת החזקה במקומות הקדושים לידיה. הטורקים היו מותשים ממאבקם במוחמד עלי שליט מצרים, ומלחמת העצמאות היוונית חסמה את דרכם של היוונים-אורתודוקסים אל צמרת הממשל באיסטנבול. ב-23 ביולי 1847 פרסם האפיפיור פיוס התשיעי את הבולה "Nulla celebrior" (אין פולחן (המשתווה לזה) הנחוג (בירושלים)), ובה כונן מחדש את הפטריארכיה הלטינית בירושלים. הפטריארכיה הישנה-חדשה נצטוותה לפעול למען האינטרסים הקתולים בירושלים ובארץ הקודש. ב-1850 פנה שגריר צרפת באיסטנבול אל השער הנשגב וביקשו באופן רשמי להשיב את המצב במקומות הקדושים בארץ ישראל, לזה שעמד בתוקפו קודם לשנת 1757. הבקשה הוגשה בשם צרפת, ממלכת סרדיניה, בלגיה, ספרד והאימפריה האוסטרית. הצאר ניקולאי הראשון התנגד בתוקף לבקשה ואיים על הסולטאן אבדילמג'יט הראשון בהשבת השגריר הרוסי מאיסטנבול. הסולטאן מינה ועדה לבדיקת הדרישה, ולבסוף, ב-8 בפברואר 1852, פרסם פירמן ובו קבע כי המצב אשר שרר במקומות הקדושים מאז שנת 1757 ובעת מתן ההצהרה ישאר בעינו. פירמן זה מוכר בשם "הצהרת הסטאטוס קוו", ותוכנו עומד בתוקף גם כיום. הצהרת הסטאטוס קוו הייתה אחד הגורמים למלחמת קרים שפרצה ב-1853, וחוזה פריז שנחתם ב-1856 וסיים אותה, הותיר את המצב בלא שינוי וגיבש את ההסדרים. נושא החזקה במקומות הקדושים הועלה שוב בשנים 1868 ו-1869, אך הסולטאן פרסם פירמן נוסף שהותיר את המצב בעינו. גם ההסכם שהתקבל בקונגרס ברלין ב-1878, וסיים את המלחמה העות'מאנית-רוסית שהתחוללה בשנים 1877-1878, קבע בסעיף 62:
המנדט הבריטי.
עם סיום מלחמת העולם הראשונה השתנה המצב בארץ ישראל לחלוטין. ירושלים שבה, לראשונה מזה יותר מ-700 שנים, לחזקה נוצרית, מעמדה של צרפת כמגינת כל הנוצרים בתחומי האימפריה העות'מאנית הסתיים עם חיסולה של האחרונה, ובוטל באופן רשמי עם חתימת הסכם לוזאן ב-1923, וההתעניינות הרוסית במקומות הקדושים באה לסיומה עם הקמת ברית המועצות, האתאיסטית באופן רשמי.
ב-24 ביולי 1922, קיבל חבר הלאומים את כתב המנדט, ובמסגרתו העניק לבריטניה הגדולה את השליטה בארץ ישראל. סעיף 14 לכתב המנדט הורה על הקמת ועדה שתבדוק את התביעות והזכויות בעניין המקומות הקדושים, וכי הרכב הוועדה יובא לאישורו של חבר הלאומים קודם שתחל את פעולתה:
אולם הרכבה של הוועדה היה נתון במחלוקת, ומספר הצעות שהעלו השלטונות הבריטים בעניין נדחו על ידי הכס הקדוש והמעצמות הקתוליות. בשנת 1923 משכו הבריטים את ידם מהנסיון להוציא לפועל את הקמת הוועדה, ותחת זאת החליטו, כי במידת הצורך ימונה שופט בריטי אשר אינו מתגורר בארץ ישראל, אד הוק, ויחליט בנושאים שאמורים להיות מוכרעים על ידי ועדת חבר הלאומים לו הייתה קמה. בנסיבות אלה היו הבריטים מנועים מלשנות את הסדרים החלים על המקומות הקדושים, ושנה לאחר מכן חוקקו את דבר המלך במועצה על ארץ ישראל (המקומות הקדושים), 1924, שאימץ את ההסדרים שעמדו בתוקפם מכוח הצהרת הסטטוס קוו, וקבע מנגנון זמני ליישוב מחלוקות: