בפוגרום נהרסו כמעט כל בתי הכנסת בגרמניה, בתי קברות יהודיים רבים, אלפי חנויות בבעלות יהודים ו-29 בתי כל-בו. יותר משלושים אלף יהודים נעצרו, לעיתים על-פי רשימות מוכנות מראש, ונשלחו למחנות ריכוז. בליל הפרעות נרצחו כ-400 נפש. בימים שלאחר הפרעות איבדו 400 נפש נוספים את חייהם. במחנה הריכוז בוכנוואלד נרצחו 207 יהודים; בדכאו כ-185 נפש; מספר הנרצחים במחנה הריכוז זקסנהאוזן אינו ידוע. לא ניתן, אפוא, לקבוע את מספרם המדויק של קורבנות ליל הפרעות. לפי מחקרים מדוקדקים, ההשערה היא שמספרם נע בין 1,400 ל-1,500. גרמנים אחדים בעלי "חזות יהודית" נרצחו אף הם.
בהוראה מגבוה, נמנעה המשטרה מלהפריע לפורעים או להחזיר את הסדר על כנו, ואנשי מכבי אש נמנעו מלכבות את השרפות, ואף ליבו אותן. השרפות המשתוללות כובו רק במקומות שבהם הייתה סכנת התפשטות לבתיהם ורכושם של לא-יהודיים. ההרס, ההתעללות והרצח נמשכו כל הלילה באין מפריע ונפסקו בבוקר, גם כן בהוראה מפורשת מגבוה.
גבלס כתב ביומנו שנתן פקודות לוודא שבית הכנסת הראשי בברלין ייהרס ותיאר את הרס בתי הכנסת במינכן: "אני רוצה לחזור למלון ואני רואה זוהר אדום כדם. בית הכנסת בוער. ... אנחנו מכבים שרפות רק אם הן מסכנות את הבניינים השכנים. ולא, יש לשרוף עד היסוד. ... הפיהרר הורה לאסור מיד 20–30 אלף יהודים. ... הזעם העממי משתולל עכשיו. ... יש לתת לו פורקן. ... שמשות מתנפצות. בראוו! בראוו! בתי הכנסת עולים באש כמו בקתות גדולות וישנות". באותו לילה כתב הימלר על האירועים: "אני משער ששגעון הגדלות של גבלס - שעליו ידוע לי זמן רב - וטיפשותו הן האחראיות לפתיחה במבצע הזה עכשיו, במצב דיפלומטי קשה ביותר".
ב-11 בנובמבר הוסיף גבלס לכתוב על היום הקודם: "ברלין. שם הכל מתנהל פנטסטי. דלֵקה אחרי דלֵקה. ככה זה צריך להיות".
הקונסול האמריקני בלייפציג דיווח: "לאחר שהרסו בתי מגורים וזרקו את רוב החפצים המיטלטלים לרחובות, זרקו הפורעים הסדיסטים שאינם יודעים שבעה רבים מן הדיירים הרועדים אל פלג קטן שזורם בגן הזואולוגי, וציוו על הצופים המבועתים לירוק עליהם, להכפישם בבוץ וללעוג לאסונם... מעשים אלה נעשו כל בוקרו של 10 בנובמבר בלי התערבות המשטרה, והם נעשו בגברים, בנשים ובילדים". הקונסול של שווייץ דיווח ב-13 בנובמבר: "קבוצות מאורגנות עברו בקלן מדירה יהודית לדירה יהודית, המשפחות הצטוו לעזוב את הדירה, או שהיה עליהן לעמוד בפינת החדר בזמן שחפציהן הושלכו מן החלונות. גרמופונים, מכונות תפירה ומכונות כתיבה התגלגלו לרחובות. אחד מעמיתי אפילו ראה פסנתר שנזרק מחלון קומה שנייה. עד היום אפשר לראות כלי מיטה משתלשלים מעצים ושיחים". בעיירה הקטנה ויטליך במערב גרמניה נהרס תחילה בית הכנסת. איש ס"א טיפס אל הגג ונפנף בגלילי ספר תורה. הוא צווח "תנגבו בזה את התחת, יהודים" והשליך אותם כמו סרטי קונפטי. גברים יהודים הוכו ונלקחו. בעל האטליז כבר היה במשאית כאשר אנשי הס"א צחקו למראה אשתו שעמדה לפני חלון הזכוכית המנופץ ויללה אל הפרצופים השותקים בחלונות, שכניה כל ימי חייה: "למה אתם עושים לנו את זה? מה עשינו לכם?".
יועץ שגרירות בריטניה דיווח לשר החוץ שלו על הפרעות בברלין שנמשכו עד אמצע הלילה של 10 בנובמבר: "כנופיות צעירים, לבושים בבגדים אזרחיים וחמושים באלות, בפטישים ובשאר כלי נשק הולמים, פקדו חנויות של יהודים והשלימו את מלאכת ההרס שנעשתה בשעות הבוקר המוקדמות. במקרים אחדים החנויות נבזזו כליל, באחרים הסחורה רק פוזרה בגסות. ובמקום אחד או שניים עמדו אנשים פעורי פה והביטו בסקרנות שקטה אל הבעלים המתאמצים לנקות את ההריסות. בייחוד שמתי לב להתנהגות של הקבוצות שהלכו אחרי כל חבורה של פושטים. לא שמעתי שום ביטוי של בושה או שאט־נפש, אבל למרות הפסיביות הגמורה של רבים מן הצופים, שמתי לב לחיוך הטיפשי שמעיד פעמים רבות בלי משים על מצפון לא־נקי". בדוח SOPADE מדצמבר, נכתב על גישת האוכלוסייה בברלין לאירועים: "כשנשרף בית הכנסת היהודי... יכולת לשמוע מספר רב של נשים אומרות: 'זאת הדרך לעשות את זה - חבל שאין כבר יהודים בפנים, ככה היינו שורפים את כל הכינים האלה'. איש לא העז לקום נגד הדברים האלה".
התקופה שלאחר ליל הבדולח ותוצאותיו.
הימים הבאים הביאו עימם גינויים חריפים של הפרעות מכל רחבי העולם. בגרמניה, לעומת זאת, עמדו ימים אלה בסימן של האשמת הקורבנות היהודיים באחריות לפשע שבוצע נגדם ונקיטת שורה של צעדי עונשין כנגד יהודי גרמניה.
ב-12 בנובמבר סיכם גבלס את האירועים בעיתון ה"פולקישר ביאובכטר": "היהודי גרינשפן היה נציג היהדות. הגרמני פום ראט היה נציג העם הגרמני. בפריס ירתה אפוא היהדות בעם הגרמני. ממשלת גרמניה תגיב בדרך חוקית אבל בחומרה".
על פי יומנו של גבלס, כבר ב-10 בנובמבר החליט היטלר על הפקודות שייתן גרינג יומיים לאחר מכן: "הפיהרר מבקש לנקוט אמצעים חריפים ביותר נגד היהודים. הם עצמם צריכים לתקן את עסקיהם. חברות הביטוח לא ישלמו להם כלום".
ב-12 בנובמבר ישב הרמן גרינג בראש ישיבה שנועדה, בהוראתו של היטלר, לדון בפתרון מתואם ל"שאלה היהודית". בישיבה במטה של גרינג, בה השתתפו בכירי השלטון הנאצי ובהם הימלר, יוזף גבלס, והיידריך, התחולל ויכוח סוער כשהתחוור גובה הנזקים שנגרמו בליל הבדולח. נציג חברות הביטוח הגרמניות זומן לישיבה. זגוגיות החלונות בלבד בחנויות היהודים בוטחו ב-6 מיליון דולרים, מה שגרם לגרינג להעיר להיידריך: "חבל שלא הרגת מאתיים יהודים במקום להרוס כל־כך הרבה רכוש". גרינג הוציא את הפקודות החשאיות שנתן היטלר יומיים קודם לכן: היהודים יישאו בכל ההוצאות של תיקון העסקים שלהם; הרייך יחרים את כל התשלומים שיתקבלו מחברות הביטוח הגרמניות; ותשלום כופר לרייך הגרמני יוטל על כל היהודים נתיני גרמניה בסך 1,000,000,000 רייכסמארק.
נזקי הרכוש נאמדו במאות מיליוני מארקים. בישיבה זו הוחלט על מספר רב של צעדים שינקטו כנגד היהודים. הוצא צו שאסר על היהודים את ההשתתפות בכלכלה החל מ-1 בינואר 1939. היהודים היו צריכים למכור את עסקיהם, אדמותיהם, מלאי סחורותיהם, תכשיטיהם ויצירות אמנות שבבעלותם. שורת צווים קבעה איסורים ומגבלות על יכולת התנועה של יהודים: איסור כניסה למקומות ציבוריים, איסור נסיעה ברכבות ועוד. הוצאו צווים שסגרו לחלוטין את בתי הספר היהודיים.
נאסרה הכניסה למוסדות תרבות ונאסר על קיומה של עיתונות יהודית בגרמניה. ב-15 בנובמבר סולקו מבתי הספר הגרמניים כל הילדים היהודים שעדיין למדו בהם. ב-19 בנובמבר הוצאו היהודים ממערכת הסעד הכללית. ב-3 בדצמבר נשללו מן היהודים רישיונות הנהיגה שלהם.
כל הצווים עליהם הוחלט בישיבה הוצאו לפועל במהלך החודשים דצמבר 1938, והחריפו מאוד את תנאי המחיה של יהודי גרמניה.
במכתב סודי מ-19 בנובמבר 1938 לתובע הכללי של המבורג, קבע משרד המשפטים שהרס בתי הכנסת, בתי הקברות, חנויות ובתי היהודים, אם לא נעשה למטרות ביזה, אין לתבוע את מבצעיו לדין. רצח יהודים והסבת נזק גופני חמור ייתבעו לדין "רק אם נעשו מסיבות אנוכיות".
הכנסיות לא הוציאו שום ביקורת פומבית על הפוגרום וגם מן האוניברסיטאות לא באה שום ביקורת גלויה או אפילו מחאה עקיפה.
ליל הבדולח סימן עליית מדרגה בפעילות האנטישמית של המדינה הנאצית. מהתנכלויות, אלימות מילולית ודחיקה הדרגתית של יהודי גרמניה החוצה - לפוגרום, אלימות פיזית ורצח בהיקף כלל ארצי. המטרות שעמדו לנגד עיני הנאצים הושגו במידה רבה: ההגירה היהודית מגרמניה הואצה וכ-80,000 יהודים עזבו את שטח הרייך בתקופה שבין סוף 1938 לפריצת מלחמת העולם השנייה. תחת הנהגתו של גרינג, גם ה"אריזציה" - סילוקם של היהודים מהכלכלה הגרמנית, התנהלה ביתר שאת לאחר ליל הבדולח, כענישה קולקטיבית על הנזק שגרמו היהודים כביכול. עם מנוסתם של היהודים מאדמת הרייך, נגזל רכושם על ידי הנאצים.
ליל הבדולח הביא ממשלות בעולם לפעול ביתר שאת למענם של היהודים בגרמניה הנאצית. בעקבות ליל הבדולח והזעזוע שעורר בדעת הקהל החליטה ממשלת בריטניה לאפשר לילדים יהודים משטחי גרמניה הנאצית לעבור לבריטניה. העברתם של 10,000 ילדים יהודים אלה לבריטניה שהחלה בדצמבר 1938 כונתה קינדרטרנספורט. הנשיא האמריקני פרנקלין דלאנו רוזוולט הורה בצו נשיאותי לאפשר לאלפי מבקרים מגרמניה להוסיף לשהות בארצות הברית יותר מן התקופה שאושרה להם בוויזה. ממשלת צרפת התירה כניסה ל־200 ילדים פליטים בחודש. גם הולנד ושווייץ הסכימו לקבל ילדים יהודים פליטים.
על אף התגובות הנזעמות ברחבי העולם, והחלטתן של מספר מדינות לנתק את קשרי הדיפלומטיה עם גרמניה, לא נרתעו הגרמנים מהמשך המדיניות הגזענית כלפי היהודים. לא רק בתחום הפנימי אלא גם מדיניות החוץ של גרמניה הנאצית הפכה תוקפנית יותר. בספטמבר 1939 פלשה גרמניה לפולין. בכך נסללה הדרך למלחמת העולם השנייה ולהשמדת יהודי אירופה בשואה.
אומדן הנזקים שנגרמו בנפש וברכוש.
ממדי ההרס וההרג המקובלים בספרי ההיסטוריה לקוחים מהנתונים שמסר היידריך ב-11 בנובמבר, כיום לאחר תום האירועים, ולפיהם נהרגו 36 יהודים, נהרסו 815 חנויות ונשרפו 267 בתי כנסת. דו"ח נאצי אחר מונה 91 הרוגים וכיום זוהי הסברה המקובלת.