לאחר קרב פאבון, מיטרה והליברלים השיגו שליטה על המדינה ובמסגרת הגיבוש המחודש של הרפובליקה הארגנטינאית תכנן מיטרה לחזק את הצבא הלאומי. הנשיא ברטולומה מיטרה היה מודע לתסיסה האזרחית שעלולה להיווצר בתגובה ליישום מדיניות הסחר החופשי והפתיחות של הכלכלה שהיו אבן הפינה בפרויקט הגיבוש הלאומי שלו. הוא זימן מספר קצינים מבטיחים, בהם רוקה, לפקד על יחידות מיוחדות שנועדו למוטט מרידות נגד הממשלה. בשנת 1865 עזב את הפיקוד על היחידה המיוחדת יחד עם אביו ושלושה מאחיו, אטאליבה, מרקוס וסלדוניו להצטרף לחיילי הברית המשולשת במלחמה נגד פרגוואי. המלחמה הייתה טרגית עבור משפחת רוקה. האב חואן סגונדו והאחים מרקוס וסלדוניו נהרגו בשדה הקרב. עבור חוליו המלחמה הייתה טרגית אך הפכה אותו לדמות לאומית בארגנטינה הודות לשירותו.
מעורבות פוליטית.
בשנת 1870, לאחר המלחמה, לאחר רצח הנשיא לשעבר אורקיסה על ידי הגנרל לופס חורדן, הפקיד הנשיא דומינגו פאוסטינו סרמיינטו את רוקה לפקד על דיכוי המרד של חורדן ותומכיו. המבצע זכה להצלחה ובתוכו ניתן היה לראות כמה תכונות שהופיעו אצל רוקה במבצעים צבאיים נוספים: דם קר ומעט חמלה כלפי המובסים. בשנת 1872 מונה למפקד הגבול בדרום קורדובה. שם פגש את אשת חייו, קלרה פונס, והוא נישא לה ב-22 באוגוסט של אותה שנה. לבני הזוג היו שישה ילדים, חמש בנות ובן, חוליו ארחנטינו הבן לימים היה סגן נשיא ארגנטינה במהלך שנות ה-30 של המאה ה-20.
באותן שנים בקורדובה, רוקה העצים את קשריו הפוליטיים דרך גיסו, מיגל חוארס סלמן ויחד הם החלו לטוות רשת בריתות מסובכת בין הפלגים הפוליטיים השונים במדינה בכדי בסופו של דבר להגיע לבואנוס איירס. בתום כהונתו של סרמיינטו עלתה בעיית הירושה הנשיאותית. סרמיינטו תמך בניקולאס אבז'אנדה. אולם מיטרה ותומכיו התנגדו לכך שאבז'אנדה יירש את הנשיאות, טענו כי התרחשה הונאת בחירות שערורייתית, פתחו במרד נגד אבז'אנדה ולקחו נשק נגד הרשויות הנבחרות. רוקה הועמד בראש הפיקוד הצבאי על הכוחות הנאמנים לאבז'אנדה והצליח להביס בקלות את תומכי מיטרה בקרב שהתרחש בסנטה רוסה, מה שהביא אותו לקידומו לדרגת לוטננט גנרל.
כאשר קיבל אבז'אנדה את הנשיאות, הוא מינה את אדולפו אלסינה למשרת שר המלחמה והצי. רוקה, אשר שאף לקבלת תפקיד זה, הכריז כי העובדה שלא מונה למשרה בוססה על כך שלא היה חבר המעגל הפוליטי הפנימי של הממשלה. בסופו של יום, אלסינה נפטר בעת מילוי תפקידו בשנת 1877, והנשיא אבז'אנדה מינה את רוקה למשרת השר. רוקה בטח בחיזוק הצבאי שהגיע עם התיעוש של הצבא הארגנטינאי וקידם מדיניות אגרסיבית בהרבה מזאת של קודמיו באשר לאינדיאנים היושבים בפמפס ופטגוניה. הממשל הארגנטינאי שאף לספח את השטחים ועמם גם את השבטים המקומיים שקידמו פשיטות לעבר התיישבויות של ארגנטינאים על הגבול.
מערכת הכיבוש, שנודעה בכינוי "כיבוש המדבר", הייתה לרצח עם בגורמים אינדיאנים מקומיים אשר גרמה למותם של אלפים כמו גם ללקיחת 14,000 אסירים בידי הצבא הארגנטינאי. רוקה ראה חשיבות פוליטית מרכזית עבורו מן העובדה שהוביל לסיפוח שטח כפול משטחה המקורי של ארגנטינה. הכיבוש נמשך עד לארץ האש מצפון לאנטארקטיקה אשר חולקה בין ארגנטינה וצ'ילה (באותה העת הצבא הצ'ילאני קידם גם כן מערכת כיבוש לדרום שנודעה בכינוי כיבוש אראוקניה).
רוקה חזר מהמערכה הצבאית בדרום עם התואר "כובש המדבר" ואויביו הפוליטיים אף הכירו בכך שפעולתו של הגנרל מטוקומאן הועילה לצורך הלאומי. רוקה ניצל בהצלחה את הנסיבות הללו והצליח לכפות את מועמדותו לנשיאות על ידי המפלגה האוטונומית הלאומית. בעזרתם של חוארס סלמן בפנים הממסד המפלגתי והפוליטיקאי קרלוס פלגריני שפעל בבואנוס איירס, רוקה ביסס את מעמדו עד שהצליח לנצח בבחירות ב-11 באפריל 1880 ומונה לנשיא ארגנטינה. מושלי בואנוס איירס, קרלוס טג'דור וברטולומה מיטרה, שנשארו מחוץ לברית הפוליטית, התקוממו. היו כמה עימותים חמושים בין הכוחות המורדים לאלה הפדרליים של הנשיא הנבחר עד שלבסוף מיטרה ניהל משא ומתן על כניעת כוחותיו וטג'דור נאלץ להתפטר מתפקידו.
נשיאות ראשונה.
מדיניות פנים.
ב-13 ביוני 1880, מכללת רישומי הבחירות העניקה את הניצחון לרוקה שהושבע למשרת הנשיאות באוקטובר תחת הסיסמה "שלום ומנהל". רוקה הקיף את עצמו בדמויות בעלות יוקרה אינטלקטואלית ופוליטית רבה, שלימים נודעו כחברי "דור שנות השמונים". רעיון ההתקדמות בתחום החברתי יחד עם האמונה בהתקדמות הקפיטליזם התעשייתי קידמו תעמולה ממשלתית של ראייה אופטימית עבור עתיד האומה.
עבור הסדר הממשל נאבק רוקה בבדלנות תרבותית מצד ילידים אינדיאנים וספרדים ומצא היעדר השכלה בסגנון אירופאי כבעיה המרכזי של ממשלו. מתוך לחתם של אנשי "דור שנות השמונים", רוקה תקדם את עיצומים נגד הכנסייה הקתולית שכונו "החוקים החילוניים", שהעבירו סדרת סמכויות מידי הכנסייה לידי המדינה.
נוצר רישום אזרחי ממלכתי, שלראשונה ניהל רישום של לידות, נישואין ומוות ואפשר למדינה לנהל את מערכת הבחירות שלה ולהפסיק להישען על נתוני הכנסייה במהלך ביצוע הליכי הבחירות. ביוזמתו של סרמיינטו בתפקידו כמזכיר הכללי של מועצת החינוך הלאומית, חוקקה הממשלה בשנת 1884 את חוק 1420, שקבע חינוך יסודי חינם, חובה וחילוני לכל תושבי המדינה. בתי הספר הממלכתיים התרבו אז, ותפסו ברוב המקרים את מקומם של אסכולות מקומיות ומסדרים דתיים. חקיקה זאת שחררה מחלוקת עזה שהביאה למאבק עם הכנסייה להיות מתוח עד לכדי כן שבשנת 1884 ניתקה ארגנטינה את יחסיה הדיפלומטיים עם הכס הקדוש.
כלכלה ותיעוש.
ארגנטינה הצטרפה לכלכלה האירופית ולשוק העולמי כרוכשת ייצור תעשייתי וספקית חומרי גלם בעיקרה. המנהל הארגנטינאי בראשות רוקה ומאוחר יותר גם יורשיו דבק בליברליזם כלכלי אך נהג בשמרנות פוליטית ברורה, ושמר על ניהול יציב של מנגנוני הכוח כיוון שבני "דור שנות השמונים" ראו בראש ובראשונה את הצורך לשמור על היציבות הפוליטית שלהם. השימוש בהונאות בחירות גדל וכלל אי רישום של קולות מסוימים כמו גם הפחדות של תושבים בנוגע לאלו אשר יצביעו עבורם. התנהלות פוליטית זאת הרחיקה את רוב בני מעמד הביניים מהפוליטיקה, כאשר ראו את המערכת כחסרת מפלגות שייצגו אותם וללא אפשרות להביע את דעתם באופן חופשי.
האליטה הכלכלית והפוליטית לא הייתה מעוניינת להשקיע בתעשייה, רוב חבריה אפילו לא טרחו להתקין מכבסות צמר או מקררים בבתיהם, "תנו לאנגלים לעשות זאת", נהגו רבים מהם לומר בגאווה. האליטה שימרה את הייצוא שלה בתקן הזהב בעוד העבירה כספים לפועלים ועובדים דרך הפסו הארגנטינאי החלש. האליטה סירבה לשתף פעולה עם רוקה וממשלתו בניסיונם לטפח תעשייה ארגנטינאית עצמאית. בהיעדר משקיעים מקומיים, המדינה הפכה תלויה בפיתוח התעשייתי שלה ממשקיעות זרות.
כך הכריז הנשיא רוקה בנאום בפני הקונגרס הלאומי הארגנטינאי: למרות יחסו הליברלי המוצהר, רוקה ואנשיו לא ראו במדינה פוסק או שומר הסדר הציבורי, אלא ייחסו לה תפקיד מרכזי בהקמת חברות פרטיות לאומיות ובהסדר של השקעות זרות.
הגירה והשקעות.
המדינה הלאומית הפכה תרמה לפיתוח של הכלכלה הארגנטינאית מכיוון שבין היתר יצרה מגזר של עובדי מדינה. רוב העבודות הציבוריות בוצעו מול קבלנים פרטיים אך מומנו על ידי המדינה הלאומית. ההשקעות הבריטיות ברכבות, במפעלי אריזה של בשרים, מנהל בנקים וקרקעות גדלו באופן משמעותי תחת נשיאותו של רוקה. כתוצאה מכך, ארבע שנים לאחר קבלת הנשיאות על ידי רוקה, ארגנטינה הקצתה כמעט מחצית מהכנסותיה לתשלום החובות שנקלעה עליהם מול בנקים של משקיעים זרים. תוך זמן קצר התחזקה המעורבות הממשלתית במהלכי המסחר במדינה.
ארגנטינה עברה שינוי דמוגרפי נרחב עם הגעתם של מאות אלפי מהגרים שהגיעו בעיקרם מממלכת איטליה, הרסטורציה הספרדית והקיסרות הגרמנית. 90 אחוזים מכלל המהגרים התיישבו באזורי החוף ומתוכם רק רבע ביישובים כפריים ולא עירוניים. הגירה נרחבת זאת הציפה את אוכלוסיית הערים ושינתה את המבנה התרבותי הלאומי של ארגנטינה. בסוף כהונתו תמך רוקה במועמדותו של חוארס סלמן לנשיאות, שכיהן אז בתוך מושל קורדובה. דרך הקשרים הפוליטיים הפנימיים נבחר סלמן לנשיא ארגנטינה ב-1886.
בנאום הפרידה שלו בסיום נשיאותו אמר רוקה: בנאום הפיטורין אמר רוקה: "אני מעביר לך [סלמן] את הסמכות, עם הרפובליקה העשירה, החזקה והגדולה יותר, עם יותר תמיכה ועם יותר אהדה ליציבות ולאופקים שלווים ומבטיחים מאשר כשקיבלתי אותה לרשותי." סלמן ניסה לנטרל את המעגל הפוליטי הפנימי מתקופת רוקה ובין לבין גם ניתק את קשריו הפוליטיים מהנשיא לשעבר.
בין הקדנציות.
שחיתות, הפרטות הונאה ומשא ומתן שנערכו על ידי סלמן והמעגל הפוליטי המקורב לו בנשיאותו, הציבו את המדינה בסוף שנת 1889 במצב של מחדל בהתחייבויותיה למשקיעים חיצוניים ונכנסה למשבר חסר תקדים. בהקשר זה פרצה מהפכת 1890, ובראשה עמד ברטולומה מיטרה ביחד עם שאר מנהיגי האיגוד האזרחי. רוקה לא השתתף בתנועה המהפכנית אך תמך בה. המהפכה נכשלה אם כי בסופה סלמן נאלץ להתפטר. סגן הנשיא קרלוס פלגריני קיבל את הנשיאות, ועם מינויו לנשיאות הוא קבע את מינויו של רוקה לתפקיד המפתח של שר הפנים.
לאחר מהפכת 1890 התעוררה ההתנגדות הפוליטית הסדירה הראשונה למשטר מאז נשיאות רוקה: האיגוד האזרחי הרדיקלי. במהלך שנות ה-90 של המאה ה-19 התרחשה העלייה המהפכנית של תנועות רדיקליות והתעוררות מאבקי העובדים, תוצר ישיר של הגירה. משברים וקשיים שונים אלו הביאו את המעגל הפוליטי השלט להעריך שהאיש הטוב ביותר למשרת הנשיאות הוא רוקה עצמו. כך בשנת 1898, חזר רוקה לנשיאות לאחר ניצחונו בבחירות.
נשיאות שנייה.