לימים הסתבר שהמודיעין הבריטי ידע על הכנת הספינה, והשגריר הבריטי ברומא תבע מהשלטונות האיטלקיים למנוע את הפלגתה. האיטלקים התעלמו מן הדרישה הבריטית ו"הברק" יצאה במחצית אוקטובר 1947 ללא ידיעת הבריטים. הספינה הפליגה עם צוות איטלקי וקבוצת מלוים, שכללה את בן-צור, רופא, גדעוני (אלחוטן של הפלמ"ח) ודייג צרפתי-אלג'ירי, ששירותיו נשכרו כדי לסייע בהעלאת המעפילים בחוף אלג'יר. בהיות האוניה מערבית מקורסיקה פרצה סערה והמנוע שבק חיים. המוסד לעלייה ב' שלח את הספינה "החלוץ" לסיוע וזו גררה את המפרשית למפרץ בסרדיניה והפליגה במקומה לאלג'יר. ראש המוסד לעלייה ב', שאול אביגור, הבין ש"הברק" הרעועה לא תועיל יותר והורה להחזירה לבעליה. קבוצת המלווים חזרה לאיטליה בטיסה.
המשימה הבאה שהוטלה על בן-צור הייתה להכין ספינה גדולה יותר שנרכשה באיטליה. הייתה זו מפרשית תלת-תרנית עשויה מעץ בעלת קיבולת של כ-350 טון עם מנוע חדיש שהפיק מהירות של כ–8.5 קשר. שמה היה Sette Fratelli והיא זכתה לכינוי "הזיבּלה" ("השביעיה", ביידיש). הספינה הוכנה במספנה בלה-ספציה לקלוט 700 מעפילים. ב-13 בדצמבר 1947 הגיעה "הזיבלה" למפרץ בנדול בריביירה הצרפתית. הספינה עגנה סמוך לחוף והמעפילים הועברו אליה בסירות גומי שנעזרו בכבל מתוח לחוף. ברגע האחרון הוטל על בן-צור להעביר את המעפילים לספינה ""החלוץ" שהמתינה במפרץ באי קורסיקה. "החלוץ"", ששמה הוסב ל"כ"ט בנובמבר", נתפשה על ידי הבריטים בסוף דצמבר 1947 בקרבת חופי הארץ.
לאחר העברת המעפילים התקלקל מנועה של "הזיבלה", והספינה נאלצה להסתמך על מפרשיה להמשך ההפלגה. "הזיבלה" נכנסה למפרץ באי הצרפתי פורט קרוס (Port-Cros, כ-30 קילומטרים ממזרח לטולון). אי סמוך היה שטח צבאי סגור, ולפיכך דרש חיל הים הצרפתי לעצור את המפרשית לחקירה. המוסד לעלייה ב' שלח ספינת דיג מנמל מרסיי שהסכימה לגרור את "הזיבלה" לג'נובה, אך בשל סערה שהתפתחה חזרו בהם הדייגים. הספינה נעצרה ואנשי הצוות והמלווים נכלאו בבית סוהר בטולון. שלוחת המוסד לעלייה ב' בצרפת טיפלה בעניין והמעצר הסתיים לאחר 10 ימים, ב-31 בדצמבר 1947. כשבוע ימים לאחר מכן קיבל בן-צור ידיעה שאביו חולה והמשפחה ביקשה שיחזור ארצה. הוא הגיע ארצה כמה ימים לאחר פטירת אביו. "הזיבלה", ששמה הוסב ל-לקוממיות, הגיעה ארצה ב-20 בפברואר 1948 ונתפשה על ידי הצי המלכותי הבריטי.
ליווי אוניות רכש, מעפילים ועולים חדשים לארץ.
באפריל 1948 נשלח בן-צור לצרפת. בחודש מאי הוא פיקד על מחנה מעפילים שתודרכו לקראת עלייתם ארצה באונית המעפילים האחרונה, "קרב עמק איילון" (שמה המקורי היה "פאביו" וכינויה, "המורד"). בתחילת יוני נשלח בן-צור לצ'כוסלובקיה כדי לשמש כנווט מטוסי רכש, אך המשימה בוטלה והוא המשיך ליוגוסלביה. ב-20 ביוני הוא יצא מנמל שיבניק כמלווה באונית הרכש "Maestralle", שכונתה "הזקן". האונייה הגיעה לנמל תל אביב עם משלוח שכלל 1,100 מקלעי בזה, 2,200 מקלעי MG34, כ-10,000 רובים ו-3.5 מיליון כדורים, שנרכשו בצ'כוסלובקיה. בשלב זה החליט בן-צור להתגייס לחיל הים, אך המחסור בתותחים היה קריטי ושאול אביגור לא רצה לשמוע על החלפתו ובן-צור נאלץ לשוב עם "הזקן" ליוגוסלביה.
ביוגוסלביה חל אותה עת הקרע בין מנהיג המדינה, טיטו, לבין סטלין. ברית המועצות עודדה מכירת נשק, הן ליהודים והן לערבים, כדי לדחוק את רגלי הבריטים מהמזרח התיכון. להפתעתו של בן-צור נמצא המחסן שהועמד לרשות מערכת הרכש ריק. האוניה נשלחה לאיטליה ובן-צור מונה - למורת רוחו - כמרכז פעילות המוסד לעלייה ב' באזור נאפולי. "הזקן" המשיכה בפעילות רכש כל מלחמת העצמאות ואף אחריה.
בספטמבר 1948 נענה המוסד לעלייה ב' בחיוב לבקשתו של בן-צור לחזור ארצה. הוא מונה כמפקד הספינה "המורד" ("פאביו" במקור), שיצאה מנמל גָאאֵטָה (Gaeta, כ-80 ק"מ מצפון מערב לנאפולי) במערב איטליה עם 292 עולי גח"ל ומח"ל, רובם צעירים. ב-17 בספטמבר 1948 הגיעה האונייה לנמל חיפה. בן-צור החליט להצטרף לחבריו בפלמ"ח שנלחמו באותה עת בנגב; הוא הצטרף לגדוד ה-9, גדוד "הפשיטה" הממוכן של חטיבת הנגב.
כבוד מאוחר - על פעילותו בקליטת מעפילי עמירם שוחט שיצאה מהעיר ומאוחר יותר כמרכז העלייה מאזור נאפולי רשמה עירית 'באקולי' ב-24 באפריל 2017 את יהודה בן צור כאזרח כבוד של העיר.
שינוי שם ושירות בצה"ל במלחמת העצמאות.
עד אז נשא בן-צור את שם הוריו, בורשטיין, ובפלמ"ח את כינויו "פרא", שניתן לו על ידי חבריו. במוסד לעלייה ב' נקבע לו הכינוי "עוץ", אך בפועל נעשה שימוש בשם "יהודה פרא" עד שרבים חשבו שזהו שמו; במהלך רישומו בגדוד רשם השליש את הכינוי "יהודה פרא" כשם משפחתו. בן-צור נזכר כי במהלך לימודיו בבית הספר היסודי החליט המורה והסופר יהודה בורלא לעברת את שמות התלמידים, ואת השם "בורשטיין" עיברת ל"בן צור". בו במקום הוא הודיע לשליש כי שמו הוא "בן צור". תחת שמו החדש השתתף בן-צור בקרבות הגדוד ה-9, מכיבוש באר שבע עד הנפת דגל הדיו באילת, כמפקד מחלקת ג'יפים.
במהלך מבצע חורב, בסוף דצמבר 1948, כבש גדוד 9, גדוד "הפשיטה" שהיה גדוד ממוכן, את מתחם אבו עגילה החולש על הציר המוביל לתעלת סואץ. במבצע זה היה בן-צור מפקדו של זחל"ם עליו הורכב להביור שטווח האש שלו הגיע לכ-100 מטר. כלי נשק זה היה פרי פיתוחו של חמ"ד, חיל המדע, שהוקם במהלך מלחמת העצמאות. באותו לילה הוטל על בן צור להציב מחסום על הציר המוביל לאל עריש, כ-10 ק"מ מערבית לאבו עגילה. הכוח כלל את זחל"ם הלהביור עם 7 לוחמים וכיתת חרמ"ש מורכבת מעולים חדשים עם קומנדקר. הכוח נתקל בשני חיילים מצרים, שניסו להימלט מערבה אל כוחותיהם, אחד נהרג והשני הצליח להימלט.
חיל הים.
שייטת הנחתות.
לאחר מלחמת העצמאות הצטרף בן-צור, כמו רבים מחבריו בפלי"ם, לשירות קבע בחיל הים. הוא שירת כקצין באוניות חיל הים "אח"י מעוז (ק-24)", "אח"י הגנה" ו"אח"י מזנק (ק-32)". ב-1953 מונה למפקד הנחתת "אח"י רמת רחל", וב-1 במרץ 1956 מונה כמפקד שייטת הנחיתה (שייטת 11). השייטת הועסקה במשימות הבאות: הדרכת צנחנים בסדרות ים (אימוני נחיתה מן הים); הקמת פלגה 788, שנועדה להגן על הריבונות בכנרת, וקליטת נחתות צרפתיות שהביאו טנקים מדגם AMX-13 ותחמושת לנחל קישון, בשעות הלילה. באוקטובר 1956 נערכה השייטת למבצע הנחתה בחוף רומני, מערבית לאל עריש. המבצע בוטל וביום שלפני תחילת מבצע קדש הועברו מחיפה לאילת 4 , שהנחיתו בחופי דהב וראס נאסרני דלק וטנקים לחטיבה 9 בדרכה לשארם א-שייח'.
אחרי המבצע עסקו הנחתות בפינוי תחמושת-שלל מאזור אל עריש בדרך הים. במסגרת זו חולץ גם מטוס מיג 15 שהונחת על ידי טייסו המצרי בימת ברדוויל. הדרך היחידה להוציאו הייתה מהים, והדבר בוצע על ידי שייטת הנחתות. עבור חילוץ המטוס זכתה שייטת הנחתות בנוסף לתודת חיל האוויר גם בציון לשבח ממפקד חיל הים האלוף שמואל טנקוס.
במהלך פינוי סיני ב-1957 מונה בן-צור למפקד בסיס חיל הים באילת ובסוף אותה שנה הוא השתתף בקורס פו"מ ח"י, שנערך על ידי אל"ם שלמה אראל בבסיס בה"ד ח"י, בבת גלים.
משחתות ובסיס הדרכה.
בדצמבר 1960 מונה בן-צור כמפקד המשחתת "אח"י חיפה". אונייה זו נלכדה מידי חיל הים המצרי במהלך מבצע קדש. בשנים הראשונות חיל הים נמנע מלשגרה לביקורים בנמלים זרים מחשש לניסיון מצרי לפגע בה. בינואר 1961 יצאה האונייה עם חניכי קורס חובלים (מחזור ח') להפלגת אימונים, שכללה גם ביקורים בנמלי הים התיכון, שהוגדרו כ'ביקורי עבודה' לא רשמיים.
הביקור הראשון נערך בנמל ולטה במלטה, שהייתה אז בשליטה בריטית. כלי שיט של חיל הים נהגו לבקר ולתדלק בנמל ולטה וקציני חיל הים הודרכו במתקן הטקטי במקום. סיפור שבייתה של אבראהים אל-אוול במלחמת סיני, היה ידוע, והאניה עצמה אף שופצה במלטה מתחילת 1956 עד "משבר סואץ" בחודש יולי. בשל כך גררה הופעתה במלטה עניין רב וזכתה לכותרות בעיתונים המקומיים. באותה עת הבריטים כבר החלו לחזר מחדש אחרי הערבים ונוכחותה של "אח"י חיפה" במלטה הביכה את המצרים. השלטונות במלטה נענו ללחץ המצרי ודרשו מהמשחתת, בניגוד לנוהג הבינלאומי ולסולידריות בין הימאים, לקצר את הביקור ולעזוב את הנמל. בן-צור הוציא את המשחתת לים ללא נתב, בעיצומה של סערה עזה, בתנאים שחייבו ביצוע תמרון במהירות .
הביקור השני בנמל אז'אקסיו בקורסיקה נעשה באווירה חמה יותר. ביוזמת הקונסול הישראלי במרסיי הניח בן-צור זר על קבר החייל האלמוני וקורס חובלים ח', שהיווה את משמר הכבוד, צעד מהאוניה למרכז העיר. בהפלגה נוספת בפיקודו נערך ביקור בנמל נאפולי באיטליה.
בשנים 1962–1965 היה בן-צור מפקד בסיס ההדרכה של חיל הים.
ב-1965 מונה בן-צור למפקד המשחתת "אח"י אילת", האונייה הייתה לאחר תקופת שיפוץ עם צוות מגובש ובתקופתו יצאו המשחתות להפלגה הארוכה ביותר שלהן בהן הגיעו עד נמל ברסט ובדרך ביקרו גם בטולון.
ב-1966 יצא ללימודי תואר ראשון במזרחנות באוניברסיטה העברית בירושלים, שנקטעו בעת ההיערכות למלחמת ששת הימים. עם הכרזת מצרים על סגירת מצרי טיראן נקרא בן-צור לפקד שנית על "אח"י חיפה", שהוצאה כבר משירות פעיל. בתוך שבוע הוכשרה האוניה לשירות פעיל ובמהלך המלחמה הצליחה לגלות ולתקוף צוללת מצרית במבואות מפרץ חיפה. הצוללת נמלטה מהאזור, אך לאחר מכן התברר שנגרמו לה נזקים. לאחר המלחמה השלים בן-צור את לימודיו.
פו"מ ומילואים.