כחבר במועצת העם בותה תמך בסיעה הפרוגרסיבית של יוברט, אבל הוא התנגד לגישה הליברלית של קרוגר כלפי האוכלוסייה השחורה ובמיוחד כלפי הנכונות של קרוגר להעניק אזרחות לשחורים משכילים. בותה היה חבר פעיל במועצת העם, הוא דיבר לא פחות מחמישים פעם על שלל נושאים במושב הראשון של מועצת העם שאליה נבחר. בותה ביחד עם הסיעה הפרוגרסיבית התנגד למדיניות של קרוגר של העסקת הולנדים משכילים כפקידי ציבור והסתמכות על חברות הולנדיות לפיתוח התשתיות של הרפובליקה. אף על פי שנהג בכבוד כלפי הנשיא, בותה היה נוהג לתקוף את ההצעות של הנשיא במועצת העם והיה נכנס אתו לעימותים. באחד הפעמים שבהם קורגר איים להתפטר אם הצעתו לא תתקבל בותה קם והכריז שיש לקבל את התפטרות של קרוגר ולהכריז על בחירות לנשיאות, דבר אשר גרם לקרוגר לא לחזור על האיום בעתיד. כאשר הלחץ מצד הבריטים על טרנסוואל גדל, בותה ושאר הסיעה הפרוגרסיבית תמכו בהתנגדות של קורגר ללחץ הבריטי. אבל למרות התמיכה בהתנגדות של קורגר, בותה הכריז בפרלמנט שאף על פי שיש להתנגד לבריטים הוא מתנגד למלחמה וקרא לביצור הגבולות. כאשר הדיונים עם הבריטים הגיעו למבוי סתום קורגר קרא לאספה חשאית של מועצת העם ובה הוא העלה את ההצעה לדרוש מהבריטים את נסיגת הכוחות הבריטים מגבולות טרנסוואל או שתוכרז מלחמה. רק יוברט, מאייר, דה לה ריי, בותה ועוד שני חברים נוספים הצביעו נגד.
מלחמת הבורים השנייה.
המערכה בנטאל.
אף על פי שהצביע כנגד האולטימטום לאימפריה הבריטית והתנגדותו למלחמה עם בריטניה, כאשר פרצה מלחמת הבורים השנייה הוא יצא למלחמה. עם תחילת המלחמה הוא מונה לסגנו של מאייר שמונה לגנרל האחראי ליחידות הקומנדו של דרום מזרח טרנסוואל וזאת אף על פי שהחזיק בדרגה צבאית זוטרה כפילדקורנט. עם תחילת הפלישה למושבת נטאל, בותה והקומנדו של פריהייד נשלחו על ידי מאייר לסייר באזור נהר הבופלו, שם בותה ויחידת הקומנדו שתחת פיקודו תפסו עמדה של משטרת נטאל ושבו חמישה שוטרים. יחד עם הגנרל דה לה ריי, היה בותה אחד מהמפקדים הבורים הראשונים לשבות כוח בריטי במלחמה. עם התקדמות הכוחות הבורים לתוך נטאל, בותה ומאייר כמעט ונפלו בשבי הבריטים כאשר סיור בריטי הגיע לחווה בה ביקרו אבל הם הצליחו לחמוק מן הדלת האחורית. במהלך ההתקפה על ליידיסמית' מאייר מסר לבותה בן השלושים ושבע את הפיקוד על קומנדו של 2,000 איש, בותה הצליח להגן על הארטילריה הבורית מהתקפת פרשים בריטית. בותה ניסה לנצל את הנסיגה המבוהלת של הכוח הבריטי כדי להסתער על ליידיסמית' עצמה אבל הוראה ישירה מהגנרל יוברט אסרה עליו לרדוף אחרי האויב הנסוג.
כיוון שמאייר נשלח לקבלת טיפול רפואי בפרטוריה ב-9 בנובמבר גנרל יוברט מסר את הפיקוד של מאייר לבותה, מינה אותו לגנרל והעמיד אותו בראש כוח של 1,500 איש מטרנסוואל, מתוגברים ב-500 איש מהמדינה החופשית, ושלח אותו לעצור כוח בריטי בהנהגת המפקד העליון הבריטי בדרום אפריקה, הלורד רוברט בולר, אשר הוביל כוח בריטי מדרום נטאל כדי להסיר את המצור הבורי על ליידיסמית'. אף על פי שהגנרל יוברט בחר לתת את הפיקוד לבותה הוא התעקש ללוות אותו. במהלך התנועה לכיוון הכוח של בולר הקומנדו של בותה נתקל ברכבת משורינת בריטית, בקרב שהתפתח נשבה אחד מנוסעי הרכבת, וינסטון צ'רצ'יל, ששהה בה ככתב מלחמה עבור המורניג פוסט הלונדוני. לאורך השנים התפתח מיתוס שזה היה בותה ששבה את צ'רצ'יל אבל למיתוס זה אין שום ביסוס.
ב-22 בנובמבר תקף כוח בריטי בפיקודו של קולנול וולטר קיצ׳נר (אחיו של הלורד קיצ׳נר) את הכוח של בותה, הרג שני לוחמים בורים ופצע שניים נוספים במחיר אחד עשר הרוגים ו-86 פצועים. בותה רצה לנצל את הניצחון הזה כדי להמשיך את ההסתערות לכיוון דרבן אך הגנרל יוברט אסר זאת בנחרצות, שלח שדר לפרטוריה ומפציר בקרוגר לעצור את המלחמה ולפתוח בשיחות שלום עם הבריטים. ב-25 בנובמבר ניהל הקומנדו מועצת מלחמה, הגנרל יוברט נפל מסוסו ונפצע קשות ובמקביל הגיע הודעה מהנשיא קרוגר אשר דוחה את ההצעה של הגנרל יוברט ומורה לקומנדו להמשיך את ההסתערות על דרבן. במועצה הוחלט לשלוח את הגנרל יוברט לפרטוריה לקבלת טיפול רפואי ולסגת לעמדות מגננה באזור קולנסו. עם עזיבתו של יוברט הפך בותה בפועל למפקד העליון של כל הכוחות הבורים בדרום נטאל ולגנרל הצעיר ביותר בצבא הבורי.
בותה, עם קבלת המינוי, מידית התחיל לבצר את כוחתיו באזור קולנסו, מורה להרוס את גשר הרכבת ולהשאיר רק גשר ישן אחד לבריטים. באחר הצהרים של 13 בדצמבר הגנרל בולר, לאחר שהעמיד 20,000 איש ב־16 בטליונים, התחיל בהתקפה על קולנסו בהפצצה ארטילרית כבדה על העמדות הבוריות. בולר לא ידע אבל ההפצצה הכבדה שלו גרמה לבהלה בצד הבורי ואחד מיחידות הקומנדו בת 250 איש אפילו נמלטה משדה הקרב. רק לאחר שתי מועצות מלחמה, שדר מקרוגר הרבה מאמצים מצד בותה הכוח הבורי לא נטש את עמדותיו. ב-15 בדצמבר התחילה ההסתערות הבריטית על העיירה קולנסו ומיד נעצרה. הבורים אשר היו מחופרים היטב בקרקע ושהשתמשו באבק שרפה ללא עשן היו כמעט ובלתי נראים לבריטים אשר לא הצליחו להבין מאין מגיעה האש הבורית. לפתע מסיבה בלתי ידוע מפקד הארטילריה הבריטי הצעיד את אנשיו לפני יחידות הח"יר ופתח באש על העמדות של הבורים. תוכניתו של בותה הייתה למשוך את הבריטים אל מעבר לנהר ואז לחסל אותם כאשר גבם לנהר אבל כאשר בותה ראה המהלך הטיפשי הזה הוא תפס את הרגע והורה לחסל את הארטילריה הבריטית החשופה וחסרת ההגנה. לקח לבורים חצי שעה להשתיק את התותחים הבריטים שלפניהם. כאשר בולר ראה שכוחותיו נכשלו לחצות את הנהר ושהארטילריה שלו נמחקה הוא פקד על נסיגה כללית. כ-143 בריטים נהרגו כאלף נפצעו או נפלו בשבי, התקדמות שלהם ללידיסמית' נעצרה בזמן שהבורים איבדו שבעה אנשים ו-38 מהם נפצעו. לאחר הקרב בותה שלח מברק לנשיא קרוגר: "אלוהי אבותינו היום מסר לידינו ניצחון מדהים. הדפנו את האויב בכל אגף, בשלושה מקומות שונים... אבדות האויב הם בוודאי נוראיות. הם שוכבים אחד על השני – אני משער כ־2,000 איש. יש לנו בערך כשלושים הרוגים ופצועים. מאוחר יותר אני אשלח לך דוח מדויק יותר. בלב שמח אני אוכל לברך אותך ואת העם האפריקאנרי על ניצחון מדהים... ואני מבקש בצורה מכובדת מן הממשלה להכריז על יום כללי של תפילה תודה לזה אשר נתן לנו את הניצחון הזה."
ב-16 בינואר 1900 ניסה בולר בשנית להתקדם שוב לכיוון ליידיסמית', הוא פיצל את כוחתיו בניסיון לתפוס את הכוח של בותה בתנועת מלקחיים. אבל בותה הבין את התוכנית של בולר ובחר לרכז את כוחותיו כנגד הכוח העיקרי של בולר. שני הכוחות נפגשו לבסוף ב-23 בינואר בגבעה סינקופ. בתחילת הקרב הבריטים הצליחו לכבוש את הגבעה, בחושבם בטעות שמדובר באחד האגפים של הקו הבורי, בותה הורה מיד על התקפת נגד והתותחים הבורים קרעו את 2,000 החיילים הבריטים אשר היו בראש גבעה שבקושי היה בה מקום לאלף איש. למרות ההתקפה הבורית הכבדה הבריטים הצליחו לאחוז בראש הגבעה עד הלילה ולאחר שמפקדם לא הצליח לצור קשר עם הגנרל בולר החליט לסוג. בותה במקביל החליט להסיג את הכוחות הבורים בחושבו שהבריטים מבצרים את ראש הגבעה ושכוחותיו נכשלו. הקרב נגמר בניצחון בורי מוחץ, במחיר של פחות מ-400 פצועים והרוגים לעומת כ-1,750 פצועים והרוגים מהבריטים ועצר את הניסיון שלהם לשחרר את ליידיסמית'. בותה הצליח גם לחסום את הניסיון השלישי של בולר לפרוץ לליידיסמית' בקרב וולקראנס, בו הבריטים ספגו כ-333 פצועים והרוגים בזמן שהבורים ספגו רק 38 הרוגים ו-50 פצועים.
המפנה במלחמה.