מספר רב של גופים עסקו בחקירות, עבור חברות קטנות וגדולות, שנועדו לגלות עובדים קומוניסטיים בכוח העבודה של חברה. גופים אלה כללו ועדות, פנלים ו"וועדות לסקירת נאמנות". הן הוקמו על ידי ממשלים פדרליים, מדינתיים ומקומיים, וגם על ידי גופי פרטיים. הגופים העיקריים שעסקו בנושא בקונגרס היו ועדת בית הנבחרים לפעילות אנטי-אמריקנית, תת ועדת הסנאט לביטחון פנימי, וועדת הסנאט הקבועה לחקירות. ועדות אלה ערכו בסך הכול 109 חקירות בשנים 1949–1954, גם בשיתוף ועדות אחרות.
ממשלת ארצות הברית.
מבחני נאמנות וביטחון.
ב-1947 פרסם נשיא ארצות הברית, הארי טרומן, את הצו הנשיאותי 9835, שהורה על הפעלת תוכנית לביצוע ביקורת בקרב עובדי הממשל הפדרלי, לבדיקת נאמנותם. עובד ממשל היה צפוי לפיטורים אם היה יסוד סביר להאמין שאינו נאמן לממשלת ארצות הברית. טרומן, איש המפלגה הדמוקרטית, הונע כנראה לפרסום הצו בשל ניצחונם הסוחף של הרפובליקנים בבחירות לקונגרס שהתקיימו ב-1946, וחש צורך לתת מענה לביקורת הגוברת מצד גורמים שמרנים ואנטי-קומוניסטים.
כאשר נבחר דווייט אייזנהאואר לנשיאות ב-1953 חוזקו מבחני הנאמנות, ומאידך צומצמו אפשרויות הערעור של עובדים מפוטרים. הירם בינגהאם, יושב ראש ועדת ביקורת הנאמנות של השירות האזרחי התייחס אל החוקים החדשים, אותם היה מחויב לאכוף, בטענה ש"זו פשוט אינה הדרך האמריקנית שבה עושים דברים" (Just not the American way of doing things). בשנה שלאחר מכן נשלל הסיווג הביטחוני של רוברט אופנהיימר, המנהל המדעי של פרויקט מנהטן ובאותו זמן יועץ לוועדה לאנרגיה אטומית של ארצות הברית. סיווגו של אופנהיימר נקבע ל"סודי ביותר" ב-1947, אך נשלל לאחר שימוע שנמשך ארבעה שבועות באקלים הפוליטי הקשה של 1954.
מבחני ביקורת נאמנות דומים נערכו בגופי שלטון רבים אחרים, בממשלי המדינות ובשלטון המקומי. גם גופים עסקיים פרטיים ערכו מבחנים כאלה. ההערכה היא שעד 1958 בערך כל עובד חמישי בארצות הברית נדרש לעבור בחינת נאמנות מסוג כלשהו. אדם שאיבד את משרתו עקב תוצאות לא טובות בהערכה כזו מצא עצמו במצב בעייתי מאוד, וסיכוייו למצוא עבודה אחרת היו נמוכים.
מחלקת המשפטים של ארצות הברית החלה בניהול רשימה של ארגונים שהוגדרו "חתרניים" בתחילת 1942. ב-1948 הפכה הרשימה לפומבית, ואז היו בה 78 פריטים. בשיאה מנתה הרשימה 154 ארגונים, ש-110 מתוכם זוהו כארגונים קומוניסטיים. בהקשר של מבחני הנאמנות, חברות באחד מתוך הארגונים הללו נועדה להעלות שאלה, אך לא להוות הוכחה לחוסר נאמנות.
ה-FBI וג'יי אדגר הובר.
בספרה "רבים הם הפשעים: מקארתיזם באמריקה" (Many Are the Crimes: McCarthyism in America) מכנה ההיסטוריונית אלן שרקר את ה-FBI "המרכיב החשוב ביותר במסע הצלב האנטי-קומוניסטי". עוד היא כותבת, שלאור המידע מתיקי ה-FBI שנחשף בשנות ה-70 של המאה ה-20 (מתוקף חוק חופש המידע בארצות הברית), מן הראוי היה לקרוא לתקופה "הובריזם" ולא "מקארתיזם". זאת, מכיוון שראש ה-FBI ג'יי אדגר הובר, היה אחד מן האנטי-קומוניסטיים הקנאים ביותר ובעלי העוצמה הרבה ביותר.
הובר היה זה שעיצב את תוכנית הנאמנות והביטחון של הנשיא טרומן, ובדיקות הרקע של עובדי הממשלה בוצעו בידי סוכני ה-FBI. זו הייתה אחת המטלות המרכזיות של הארגון, והדבר הוביל להגדלת מספר הסוכנים מ-3,559 ב-1946 ל-7,029 ב-1952. תחושת האיום הקיצונית מפני הקומוניזם שחש הובר, וההתייחסות השמרנית פוליטית לעדויות שנגבו על ידי סוכניו הביאה לפיטוריהם של אלפי עובדי ממשלה. הובר עמד על כך שזהותם של המודיעים (שמסרו ידיעות על מי שנחשדו בקומוניזם) תישמר בסוד, ובשל כך רוב הנחקרים לא היו יכולים לחקור את מאשימיהם בחקירה נגדית ואף לא ידעו את זהותם. במקרים רבים לא נאמר להם כלל במה הם מואשמים.
השפעתו של הובר התרחבה גם מעבר לתוכנית נאמנות-ביטחון. השימועים שנערכו לעובדי הממשלה כדי לבחון את נאמנותם היו אמורים להיות חסויים, אך הובר הדליף מהם לוועדות הקונגרס. מ-1951 עד 1955 ניהל ה-FBI "תוכנית אחריות", ובמסגרתה הופצו דיווחים אנונימיים מתיקי הארגון, על השתייכות של מורים, עורכי דין ובעלי מקצועות אחרים לארגונים קומוניסטיים. עובדים רבים שהוצגו נגדם האשמות בדרך זו (שנקראו "מזכרים עיוורים", blind memoranda), פוטרו מיד וללא הליכים נוספים. ה-FBI השיג ראיות לכאורה נגד חשודים גם בדרכים לא חוקיות, שכללו פריצה, פתיחת דואר והאזנות סתר. אחת המטרות המועדפות על הובר הייתה אגודת עורכי הדין הלאומית (National Lawyers Guild, NLG), שחבריה היו אנשי שמאל והיו בין הבודדים שהיו מוכנים להגן על חשודים בתיקים הקשורים לקומוניזם. משרדי הארגון נפרצו לפחות 14 פעמים בין 1947 ל-1951. המידע שהושג בפריצות אלה הועבר לפרקליטי התביעה, כדי שיידעו על אסטרטגיית ההגנה המתוכננת על ידי עורכי הדין של החשודים.
ה-FBI ניהל גם מבצעי הסתננות לא חוקיים, שבהם חדרו סוכנים סמויים לארגונים קומוניסטיים וארגונים בדלניים אחרים. ב-1956 חש הובר תסכול גדל והולך מהחלטות בית המשפט העליון של ארצות הברית, שהטילו מגבלות על יכולתו של משרד המשפטים להעמיד לדין חשודים בקומוניזם. הובר החל בתוכנית סודית שקיבלה את שם הקוד COINTELPRO, ובמסגרתה הושתלו מסמכים מזויפים שיצרו רושם כאילו איש מפתח בארגון הנחקר הוא מודיע של ה-FBI, הופצו שמועות באמצעות מכתבים אנונימיים, הודלף מידע מוטה לעיתונות, הוזמנו חקירות של רשות המיסים בארצות הברית (IRS), ועוד. התוכנית המשיכה לפעול עד 1971.
ועדת בית הנבחרים לפעילות אנטי-אמריקנית.
ועדת בית הנבחרים לפעילות אנטי-אמריקנית (House Committee on Un-American Activities, או House Un-American Activities Committee, בקיצור – HUAC) הייתה הוועדה הבולטת והפעילה בין ועדות הקונגרס בחקירות אנטי-קומוניסטיות. הוועדה הוקמה ב-1938 ונקראה בתחילה "ועדת דייס" (Dies) על שם יושב הראש שלה, מרטין דייס. דייס היה יו"ר הוועדה עד 1944, ובאותן שנים עסקה הוועדה בחקירת מגוון של "פעילות", כולל אלו של גרמנים אמריקנים שהיו תומכי הנאציזם במהלך מלחמת העולם השנייה. עם זאת, תוך זמן קצר העמידה הוועדה את הקומוניזם כאחד ממוקדי החקירה העיקריים, חקירות שהחלו כבר ב-1938. צעד חשוב לוועדה היה חקירתו של אלג'ר היס ב-1948, חקירה שהובילה למשפטו ולהרשעתו בעוון שבועת שקר. חקירה זו שכנעה רבים בדבר היעילות של הוועדה בחשיפת חתרנות קומוניסטית.
לשיא תהילתה ופרסומה לשמצה הגיעה הוועדה כאשר חקרה את תעשיית הסרטים של הוליווד. החל מאוקטובר 1947 החלה הוועדה לזמן להופעה בפניה תסריטאים, במאיים, מנהלים ובעלי תפקידים אחרים בתחום, כדי שיעידו על השתייכותם למפלגה הקומוניסטית, על קשריהם עם חברים אחרים במפלגה, או על תמיכתם בעקרונות הקומוניזם. אחת השאלות בשימועים אלה התפרסמה כ"שאלת $64" (על שם תוכנית הרדיו המפורסמת מאותה תקופה, שמאוחר יותר הפכה לתוכנית טלוויזיה): "האם אתה כיום, או היית פעם, חבר במפלגה הקומוניסטית של ארצות הברית"? בין העדים שזומנו על ידי הוועדה היו עשרה שהחליטו לא לשתף פעולה. הם נקראו "עשיריית הוליווד", ובחקירותיהם ציטטו את התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית המבטיח את חופש הביטוי וחופש ההתארגנות, שלדעתם מגן עליהם חוקית מפני הצורך לענות על שאלות הוועדה. וועדת הקונגרס לא קיבלה את דעתם, והם נידונו לעונשי מאסר על בזיון הקונגרס. שניים נידונו לחצי שנת מאסר, והאחרים לשנה.
בהמשך, נחקרים אחרים שלא רצו לשתף פעולה עם הוועדה בחרו להישען על התיקון החמישי לחוקת ארצות הברית, המגן על זכות השתיקה ומונע הפללה עצמית. התנהלות זו מנעה האשמה בביזיון הקונגרס, אך נחשבה עילה לפיטורים על ידי מעסיקים ממשלתיים ופרטיים. ההגנה על ידי התיקון החמישי הייתה כזו שאדם לא יכול היה להעיד על קשריו עם המפלגה הקומוניסטית, אך לא יכול היה לסרב בהמשך למסור שמות של עמיתים בעלי קשרים כאלה. כך נאלצו הנחקרים לבחור בין "זחילה בבוץ כדי להיות מלשין", כפי שהגדיר זאת השחקן לארי פארקס, או להיות "קומוניסט של התיקון החמישי", כפי שכינה אותם הסנאטור מקארתי.
ועדות הסנאט.