התוכנית הגרעינית הצרפתית הייתה חיונית למטרתו של דה גול, החזרת מעמדה הבינלאומי של צרפת. ממשל קנדי היה מחויב למניעת הפצה של הנשק הגרעיני. במכתב למקמילן כתב קנדי שהגיע למסקנה שלא לסייע לצרפת להרחיב את מאגרי הנשק שלה. קנדי חשש עוד יותר מכוונותיו של דה גול לסייע לגרמניה המערבית בפיתוח נשק גרעיני.
מזרח ומערב גרמניה.
קנדי קרא לברלין "מקום המבחן הגדול ביותר של כוח הרצון המערבי". ב-13 באוגוסט 1961, הגרמנים מהמזרח, בתמיכת מוסקבה, העמידו מחסום תיל ולאחר מכן מחסום מבטון שחילק את ברלין לשניים. קנדי טען שהיה טיפשי לסכן מיליוני אמריקנים מתוך רצונם של הגרמנים לאיחוד.
כעבור חודשיים, כמעט התרחשה מלחמה מול ברית המועצות כשטנקים אמריקניים וסובייטים ניצבו זה נגד זה משני צידי החומה. המשבר נמנע הודות לדיפלומטיה שממשל קנדי ארגן בעזרת מרגל סובייטי.
כתוצאה מהמשבר, נאלץ הממשל להגדיל את תקציב הביטחון בצורה משמעותית. מאזן תשלומים שלילי שנוצר בעקבות כך החמיר את הבעיות הפיסקליות. בסוף 1961 הגיע רוברט מקנאמרה להסכם עם גרמניה המערבית לרכישת ציוד צבאי אמריקני. הדבר סייע רק במעט בבעיית התשלומים.
ב-1963 הגיעה גרמניה למצב שברירי בגלל התוקפנות הסובייטית ממזרח וסיום כהונתו של הקנצלר קונראד אדנאואר. בד בבד ניסה שארל דה גול להגיע לברית בין צרפת לגרמניה המערבית כמשקל נגד לברית המועצות ולארצות הברית. קנדי ראה בכך איום על נאט"ו ועל השפעתו באירופה.
ב-26 ביוני 1963, יצא קנדי לברלין, שהייתה אז מחולקת על ידי חומה וקרועה בין מזרח ומערב, כדי להפיץ את בשורתו. בנאומו בברלין שבה את לב הברלינאים, והצית את דמיונו של העולם, כשהכריז "אני ברלינאי" "Ich bin ein Berliner". קנדי טען שהחומה עדיפה על המלחמה. הוא ביקר את הקומוניזם והכריז על מחויבות אמריקנית לגרמניה. כמיליון איש שצפו בנאומו התלהבו. קנדי שיבח את העם הגרמני על סירובו להרגיש איום בגלל החומה, וטען שהיא סמל לכישלון הקומוניזם. הוא טען שהדמוקרטיה לא מושלמת, אולם היא לעולם לא תציב חומות כדי למנוע מאזרחים לעזוב.
קנדי ציווה על חמש מאות אנשי צבא לפטרל בין החלקים כדי להבטיח שברלין המערבית לא תנותק לחלוטין ממזרחה. בסוף אוקטובר 1961, התעורר סכסוך על זכותו של דיפלומט אמריקני לעבור לברלין המזרחית. הטנקים הסובייטים והאמריקנים עמדו זה מול זה שוב, אולם קנדי הצליח להגיע להסכמה עם חרושצ'וב ושתי המעצמות הוציאו את הטנקים.
טענותיו של קנדי בדבר זכות ההגדרה העצמית של העמים תחת שלטון קומוניסטי הניבו פירות באביב של פראג ב-1968, בתנועת סולידריות בשנות השמונים, ובנאומו של רונלד רייגן ב-1987, בו ציווה על מיכאיל גורבצ'וב לפרק את חומת ברלין.
אירלנד.
במהלך נסיעתו בת ארבעת הימים לארץ אבותיו, אירלנד, ביוני 1963, קיבל קנדי תואר כבוד מהאוניברסיטה הלאומית באירלנד.
בנוסף היה המנהיג הזר הראשון שנאם בפרלמנט האירי.
אמנה למניעת ניסויים גרעיניים.
מתוך חשש מההשפעות לטווח ארוך של הפצת הנשק הגרעיני והזיהום שנוצר בגללו, הסכימו קנדי וחרושצ'וב להגיע לאמנה למניעת ניסויים גרעיניים, אחת שעדלי סטיבנסון הציע במהלך ריצתו לנשיאות ב-1956. בפגישתם בווינה ביוני 1961, הגיעו חרושצ'וב וקנדי להסכמה בלתי רשמית בנוגע לניסויים גרעיניים, אולם ברית המועצות החלה בניסויים גרעיניים בספטמבר. ארצות הברית ביצעה ניסויים משלה כעבור חמישה ימים. מעט לאחר מכן, לוויינים אמריקניים חדשים החלו לשדר תמונות שהבהירו שברית המועצות הייתה בפיגור במירוץ החימוש. עם זאת, כוחה הגרעיני של ארצות הברית לא היה משמעותי כשברית המועצות חשבה על עצמה כשוות ערך למערב.
קנדי נאם נאום מבריק ב-10 ביוני 1963, באוניברסיטה האמריקנית בוושינגטון. בנאומו, "אסטרטגיה לשלום", הציע למסיימים את לימודיהם לבחון מחדש את הגישה למלחמה הקרה, לברית המועצות והחשוב מכל: לשלום העולמי. קנדי טען שיש לשאוף לשלום בגלל המלחמה החדשה, שבה נשק גרעיני יכול לגרום לנזק גדול פי עשרה מאשר מה שבעלות הברית ביצעו במלחמת העולם השנייה ולפגוע בדורות שעוד לא נולדו. קנדי טען שהשלום הוא הבחירה הרציונלית ודורש שהאדם יסכים לחיות בסובלנות עם שכנו.
הנשיא גם הכריז שהסובייטים הסכימו לחזור למשא ומתן על אמנה למניעת ניסויים גרעיניים. לאחר מכן הודיע שארצות הברית דחתה ניסויים גרעיניים בחלל והתחייב שלא יבוצעו ניסויים גרעיניים כאלה כל עוד אף מדינה אחרת לא תבצע אותן.
כעבור חודש, שלח את נציגו למוסקבה כדי להגיע להסכם. חרושצ'וב שלח את נציגו, אנדריי גרומיקו. היה ברור שאי אפשר היה להגיע להסכם למניעה מוחלטת של הניסויים בגלל התנגדות הסובייטים לפיקוח.
לבסוף חתמו ארצות הברית, ברית המועצות והממלכה המאוחדת על אמנה מוגבלת שאסרה על ניסויים גרעיניים באדמה, בחלל ומתחת למים, אולם לא מתחת לאדמה. הסנאט אישר את ההסכם וקנדי חתם עליו באוקטובר 1963. צרפת מיהרה להכריז שהיא חופשיה להמשיך לפתח ולבחון את הגנותיה הגרעיניות.
מדיניות באסיה.
קנדי התמקד בעיקר בהודו באסיה כיוון שהתפתחה בצורה לא קומוניסטית והייתה בגוש המדינות הבלתי-מזדהות.
לאוס.
אייזנהאואר, בתקופת החפיפה, הדגיש בפני קנדי שהאיום הקומוניסטי בדרום-מזרח אסיה הוא הנושא החשוב באזור. אייזנהאואר טען שלאוס היא האיום האזורי. במרץ 1961, תמך קנדי בשחרור לאוס על פני לאוס "נייטרלית", ורמז בשיחות אישיות שווייטנאם, ולא לאוס, היא המחסום להתפשטות קומוניסטית.
התנועה הקומוניסטית בלאוס זכתה לתמיכה סובייטית, וקנדי ציווה על הצי לשוט אל ים סין הדרומי ולמשוך את הנחתים אל תאילנד. בנוסף הנחה את היועצים הצבאיים בלאוס ללבוש מדים צבאיים. קנדי האמין שאם שתי מעצמות העל ישכנעו את בעלות בריתן להגיע לנייטרליות בלאוס, המדינה תהיה דגם לפתרון סכסוכים בתוך העולם השלישי.
קנדי היה מוכן לקבל את לאוס הנייטרלית. באפריל 1961, הסכימה ברית המועצות להפסקת אש בלאוס. הסכם שנחתם ביולי 1962 קבע שלאוס נייטרלית.
אינדונזיה.
קנדי הזמין את סוקרנו, נשיאה הראשון של אינדונזיה, לבקר בארצות הברית, ביקור שיצא אל הפועל בשנת 1961. מטרת ההזמנה הייתה מתן כבוד לסוקרנו כדי לבקש ממנו לשחרר את הטייס האמריקני אלאן לורנס פופ שנדון למוות באינדונזיה בעוון רצח 17 חיילים ו-6 אזרחים בהפציצו תהלוכה נוצרית בעיר אמבון בשנת 1958. פופ הסתנן אל תחומה האווירי של אינדונזיה במטוס שהמריא מהפיליפינים במשימה חתרנית של ה-CIA שמעולם לא הוצהרה קודם לכן, ונועדה לערער את משטרו של סוקרנו. פופ נטש את מטוסו, נפצע ונלכד. משפטו חשף את מעורבות ה-CIA במרד פרמסטה , וסיפק לסוקרנו צידוק לטענותיו בנאומו: "והיו שהגיעו מהפיליפינים", שזרים מעורבים בניסיון להדיחו מהשלטון באינדונזיה.
בפברואר 1962 ביקר רוברט קנדי באינדונזיה, בניסיון למנוע את ה"עימות" בין אינדונזיה למלזיה, ובניסיון לתווך בין אינדונזיה להולנד כדי למנוע את חדוש הלחימה במערב גינאה החדשה בזמן שבאותו חודש הייתה שם הפסקת אש זמנית. ב-26 במרץ 1962 פקד סוקרנו לחדש את הלחימה וב-30 במרץ החל הגנרל סוהארטו בתקיפותיו. התעצמות הלחימה בחודשים הבאים משכה את קנדי להתערב שוב למען הפסקתה. מאמציו נשאו פרי קודם כל בעניין פופ ששוחרר ב-2 ביולי, ואחר כך בהתחלת המשא ומתן בין אינדונזיה להולנד, ב-31 ביולי. ב-15 באוגוסט בשעה 12:01 נחתם ההסכם בבנין האו"ם בניו יורק ונכנסה לתוקף הפסקת אש מידית. תוצאת ההסכם הייתה העברת מערב גינאה החדשה למינהל האו"ם ב-1 באוקטובר 1962 ולמינהל אינדונזי ב-1 במאי 1963.
וייטנאם.
במאי 1961 שלח את לינדון ג'ונסון לפגישה עם נו דין דיים, נשיא דרום וייטנאם . ג'ונסון הבטיח לדיים סיוע נגד הקומוניסטים. קנדי הכריז על שינוי מדיניות מתמיכה בדיים לשותפות איתו כדי לנצח את הקומוניסטים.
במהלך כהונתו, המשיך קנדי את המדיניות לתמיכה כלכלית ופוליטית, וגם תמיכה צבאית, בממשלת דרום וייטנאם. בסוף 1961, החל הווייטקונג להגביר את נוכחותו. במהלך כהונתו של קנדי העמיקה המעורבות האמריקאית במלחמת וייטנאם, ומספר הלוחמים האמריקאיים שהוצבו בדרום וייטנאם עלה מ-2,000 חיילים, בתחילת כהונתו, ל-16,000 בסופה. חיילים אלה לא היו מעורבים בלחימה עצמה. לפני ההתנקשות בו, שלח קנדי רק יועצים צבאיים ויחידות מיוחדות לאזור. כעבור שנה וחצי, שלח יורשו, ג'ונסון, את יחידות השדה הראשונות לווייטנאם והוביל להסלמת המלחמה, כש-184,000 חיילים מגיעים לווייטנאם ב-1964 ו-536,000 ב-1968.
בינואר 1961 הקציב קנדי 28.4 מיליון דולרים להגדלת צבא דרום וייטנאם ו-12.7 מיליון דולרים לתגבור המשמר האזרחי. באוקטובר שלח את מקסוול טיילור ווולט רוסטו לדרום וייטנאם כדי ללמוד את המצב. הם המליצו על שליחת 8,000 חיילים אולם קנדי דרש העלאה זעומה במספר היועצים הצבאיים. ב-1961, עלה נושא וייטנאם בפגישתו של קנדי עם דה גול בפריז. דה גול הזהיר מפני הסתבכות בדרום-מזרח אסיה.
בסוף 1961, החליט קנדי על תוכנית להרגעת האזורים הכפריים בדרום וייטנאם. בתחילת 1962 התוכנית אושרה וכללה העברת אזרחים, מעצר כפריים והפרדת קהילות מהקומוניסטים. התקווה הייתה שהקהילות החדשות יספקו ביטחון לאיכרים ויחזקו את הקשר ביניהם לבין הממשל. בנובמבר 1963 נחלשה התוכנית והסתיימה באופן רשמי ב-1964.