ההיפו הננסי הוא חבר במשפחת ההיפופוטמיים, שם הוא ממוין תחת הסוג היפו ("Choeropsis") ("דמוי חזיר"). בעבר הוא סווג תחת הסוג הקספרוטודון ("Hexaprotodon"), שמשמעות שמו: שש שיניים קדמיות. אחד מהמינים הקרובים להיפו הננסי הוא ההיפו המלגשי הננסי, שנכחד לאחרונה במונחים גאולוגיים. כפי הנראה, ההיפו המלגשי הננסי דמה בהתנהגותו היבשתית להיפו הגמדי שחי כיום. הוא העדיף את הרמות המיוערות של מדגסקר על פני הנהרות הפתוחים. ההיפו המלגשי הננסי נכחד כפי הנראה באלף השנים האחרונות.
הטקסונומיה של הסוג של ההיפו הננסי השתנתה ככל שהבנת בעל החיים התפתחה. סמואל ג'ורג' מורטון קיטלג את המין בהתחלה בתור "Hippipotamus minor" (מילולית: היפופוטם קטן), אולם מאוחר יותר החליט כי ההיפופוטם וההיפו הננסי שונים מספיק על מנת לסווגם תחת סוגים שונים, ולכן טבע את שם הסוג היפו ("Choeropsis"). ב-1977, קורינדון הציע כי ההיפו הננסי קרוב להיפופוטמיים הנכחדים שסווגו תחת הסוג הקספרוטודון, שרובם היו אנדמיים ליבשת אסיה. טענה זו הייתה מוסכמת על הכל, עד שז'אן רנו בואסרי פרסם ב-2005 מחקר שהתבסס על בחינה מעמיקה של הפילוגנטיקה של משפחת ההיפופוטמיים, ושעל פיו ההיפו הננסי אינו שייך לסוג הקספרוטודון; במקום זאת, הוא הציע לסווג אותו תחת סוג "עצמאי", וכך הסוג "Choeropsis" הושב על כנו. מכל מקום, טענה מוסכמת היא שההיפו הננסי הוא המין היחיד בסוגו שחי בימינו, בין אם זה הקספרוטודון ובין אם זה היפו. ככל הנראה ההיפו הוא מין קדום יחסית למשפחתו ובעל מאפיינים שדמו לאנתרקותריום הנכחד.
תת-המין הניגרי.
ההיפו הננסי מתחלק לשני תת-מינים מוכרים: תת-המין הליברי, שהוא זה שידוע בימינו, ותת-המין הניגרי, שחי עד המאה ה-20 וכנראה נכחד. מכאן, ששמו המדעי המלא של ההיפו הננסי שאנו מכירים כיום הוא "Choeropsis liberiensis liberiensis", ושמו המדעי של תת-המין הניגרי שנכחד הוא "Choeropsis liberiensis heslopi". היפו ננסי ניגרי מעולם לא נחקר או נלכד בטבע. הפרטים שחיים בגני חיות הם כולם מתת-המין הליברי, והוא גם היחיד מבין שני תת-המינים שנחקר.
ההיפו הננסי הניגרי היה נפוץ בדלתה של הנהר ניז'ר, ובמיוחד ליד העיר פורט הארקורט. הדיווח האחרון אודותיו נעוץ בשנות ה-40 של המאה ה-20, ונראה שמאז נכחד. תת-המין הניגרי חי במרחק של למעלה מ-1,800 קילומטרים ואזור מדברי שמפריד בין יערות מערב אפריקה. תת-המין הניגרי נקרא על שם איי. אר. פי הסלופ (I. R. P. Heslop), שטען בשנת 1945 כי ירה בהיפו ננסי באזור הדלתה של הנהר ניז'ר, ואסף מספר גולגולות. הוא העריך כי רק כ-30 פרטים חיו באותו אזור.
הסלופ שלח ארבע גולגולות של היפו ננסיים למוזיאון הבריטי להיסטוריה של הטבע שבלונדון. אלו לא זכו להערכה מדעית עד שנת 1969, כאשר ג'י. בי קורבט (G. B. Corbet) סיווג אותן ככאלו השייכות לתת-מין נפרד, בהתבסס על שונויות עקביות בממדי הגולגולות. האוכלוסייה המקומית מודעת לכך שתת-מין זה חי בעבר באזור, ועם זאת הוא התיעוד שלו באזור דל.
אבולוציה.
תהליך האבולוציה של ההיפופוטם הננסי נידון בדרך-כלל בהקשר של בן דודו ההיפופוטם. בעבר גרסה דעת המחקר כי שני המינים קרובים למשפחות החזיריים והפקאריים, אולם מחקר עדכני יותר מצביע על כך שהיפופוטמים קרובים יותר דווקא ללווייתנאים (סדרה הכוללת את הלווייתנים ואת הדולפינים). ההיפופוטמיים והלווייתנאים חלקו ככל הנראה אב-קדמון מימי למחצה, שהתפצל מאבותיו מכפילי הפרסה לפני כשישים מיליוני שנים. שישה מיליוני שנים לאחר מכן התפצלה שושלתו של אב-קדמון זה לשני ענפים. הענף הראשון התפתח ברבות הימים לסדרת הלווייתנאים, בעוד שהשני התפתח למשפחת האנתרקותריים (Anthracotheriidae), משפחת יצורים בעלי ארבע רגליים. חברי המשפחה שחיו בתחילת האאוקן דמו בצורתם החיצונית להיפופוטם בעל גוף צר וראש קטן.
מסיבה זו, ניתן לומר שמשפחת ההיפופוטמיים "מקננת" בתוך משפחת האנתרקותריים. בעל החיים המוקדם ביותר שדמה להיפופוטם הוא הקניהפוטם, שחי באפריקה לפני 16 עד 8 מיליוני שנים. לפי חלקי השלדים של הקניהפוטמים שנמצאו, בעל חיים זה דמה בגודלו לזה של ההיפופוטם הננסי. ואולם, המשך שושלת המאובנים של ההיפופוטמים ידוע רק במעט ולפרקים. כפי הנראה, שושלות ההיפופוטמים המודרניים (ההיפופוטם וההיפו הננסי) התפצלו זו מזו לפני כשמונה מיליוני שנים.
מבנה גוף.
ההיפו הננסי חולק את המאפיינים הכלליים עם ההיפופוטם. ארבע הרגליים שלו קצרות. בכל כף-רגל ארבע אצבעות. גופו חסון. גובהו של ההיפו הננסי הוא כמחצית מגובהו של ההיפופוטם, ומשקלו - פחות מרבע ממשקלו של בן דודו. גובה כתפיו נע בין 75 ל-83 סנטימטרים, אורכו בין 150 ל-177 סנטימטרים, ומשקלו - בין 180 ל-275 קילוגרמים. משך חייו בשבי נע בין 30 ל-55 שנים, ובבר תוחלת חייהם כנראה נמוכה יותר.
עורו שחור-ירקרק או חום, שהופך לאפור בתחתית הגוף. מבנה עורו דומה לזה של ההיפופוטם - שכבת דרמיס בעובי מספר סנטימטרים, ומעליה שכבת אפידרמיס דקה. בדומה להיפופוטם, עורם מפריש הפרשה דמוית זיעה, המשווה לעורו גוון ורדרד. הפרשה זו נקראת לעיתים "זיעת דם" (blood sweat), אף שהיא אינה זיעה או דם. נראה כי להפרשה זו, שהיא אלקלית ביסודה, יש סגולות אנטיספטיות, וייתכן אף כי היא מסננת את קרינת השמש. עורו של ההיפו מתייבש ונסדק במהירות, ולכן עליו להישאר בסמיכות גבוהה למקור מים.
שלדו של ההיפו הננסי צנום יותר מזה של ההיפופוטם, כלומר עצמותיו דקות יותר ביחס לגודל גופו. גבו של ההיפו הננסי אינו מקביל לקרקע, כאצל ההיפופוטם, ובמקום זאת הוא נוטה בקדמתו מטה. זוהי כנראה אדפטציה מבנית שנועדה לאפשר מעבר נוח יותר דרך צמחיית יער עבותה. ביחס לגופו, רגליו וצווארו של ההיפו הננסי ארוכים יותר, וראשו קטן יותר. ארובות עיניו ונחיריו בולטים פחות, כיוון שהוא מבלה חלק פחוּת יותר מזמנו מתחת לפני המים. שם ארובות עיניים ונחיריים ארוכים מסייעים בראייה ובנשימה. כפות רגליו צרות יותר, אצבעות רגליו מפוזרות יותר, וביניהן קרומי שחייה מפותחים פחות. התאמות אלו מסייעות להיפו ללכת על אדמות היער. אוזניו ונחיריו מכוסים בשסתומים שריריים חזקים, על מנת לסייע לו בזמן הצלילה במים.
מבנה גופו של ההיפו הננסי ממקם אותו באמצע שבין ההיפופוטם ובין מכפילי הפרסה מבחינת אורח חייו - יבשתי יותר מזה של הראשון, אך מימי יותר מזה של האחרונים. מסיבה זו, בגופו ניתן למצוא התאמות (אדפטציות) רבות, חלקן מסייעות לו ביבשה, וחלקן - במים.
התנהגות.
סט ההתנהגויות של ההיפו הננסי שונה מזה של ההיפופוטם. חלק ניכר ממנו מזכיר יותר את סט ההתנהגויות של הטפיר דווקא, כנראה בשל אבולוציה מתכנסת. בעוד שההיפופוטם הוא בעל חיים חברתי, ההיפו הננסי מעדיף להתבודד או לחיות בקבוצות קטנות, שכוללות לרוב את בן או בת הזוג ואת הצאצא. שטח המחיה של הזכרים מוערך בכ-1.85 קילומטרים רבועים, ושל הנקבות - 0.4 עד 0.6 קילומטרים רבועים.
במרבית שעות היום ההיפו הננסי חבוי במימי נחלים או נהרות. הוא ינוח באותו המקום במשך מספר ימים רצופים, ואז יעבור למקום אחר. ידוע כי חלק מן ההיפו הננסיים עושים שימוש במאורות ובמחילות שנמצאות בגדות נהרות. לא ידוע מי חופר את אותן מאורות, ואם להיפו הננסי יש חלק בחפירתן. היפו ננסי מעולם לא נצפה חופר מחילה, אולם מכפילי פרסה אחרים, כמו חזירי יבלות, נוהגים לחפור מחילות.
כמו ההיפופוטם, ההיפו הננסי מגיח מן המים בשעות בין הערביים על מנת לאכול. בזמן חיפוש האוכל, ההיפו יטייל בצמחיית יער עבותה, וידאג לסמן את נתיב הליכתו בשתן שיפוזר על ידי נפנוף נמרץ בזנבו. ההיפו הננסי תר אחר מזונו במשך כשש שעות ביום. זהו בעל חיים אוכל עשבים. הוא כמעט ואינו ניזון מצמחייה מימית, ורק לעיתים נדירות יאכל דשא, כיוון שזה אינו נפוץ ביערות הצפופים שבהם הוא חי. תזונתו מורכבת בעיקר משרכים, מצמחים דו-פסיגיים, ומפירות שנשרו לרצפת היער. ההיפו הננסי תועד בזמן אכילת מספר רב של מיני צמחים, ולכן נראה כי הוא אינו בררן בכל הקשור למזונו.
רבייה.
נהגי הרבייה של ההיפו הננסי בסביבת המחיה הטבעית שלו מעולם לא נחקרו, וייתכן כי תנאי המחיה המלאכותיים שבסביבת השבי גורמים לשוני בין נהגי הרבייה בסביבה הטבעית ובגני החיות. ההיפו הננסי מגיע לבגרות מינית בגיל שלוש עד חמש שנים. מחזור הייחום של נקבות ההיפו הוא בן 35.5 ימים בממוצע, כאשר הייחום עצמו נמשך בין יום ליומיים.
בגני חיות ההיפו הננסי הוא מונוגמי. זוגות ההיפו יזדווגו פעם אחת עד ארבע פעמים במהלך תקופת ייחום אחת. בשבי, נקבות ההיפו המליטו גורים בכל חודשי השנה. משך תקופת ההיריון נע בין 180 ל-210 ימים, ובסופו מומלט על-פי רוב גור יחיד. לעיתים תמליט הנקבה זוג תאומים. בשונה מההיפופוטם, ההיפו הננסי עשוי להזדווג ולהמליט את צאצאיו גם ביבשה וגם במים. הצאצאים יכולים לשחות כמעט מידית מרגע לידתם. ברגע לידתם משקלם של הצאצאים נע בין 4.5 ל-6.2 קילוגרמים, כאשר הזכרים כבדים מהנקבות ברבע קילוגרם בממוצע. גורי ההיפו נמצאים בקרבת אמם, שמגנה עליהם מטורפים ומהשמש. הם נגמלים סופית מיניקה בגיל שישה עד שמונה חודשים, ומעט לפני כן הם מפסיקים ללוות את אמם למים כשהיא תרה אחר מזון.
תפוצה.