ישראל סיימה את משחקיה הרשמיים לעשור זה בהשתתפות במוקדמות טורניר הכדורגל של אולימפיאדת מוסקבה, שנערך בין מרץ לאוקטובר 1979. לפני הטורניר הוגרלה הנבחרת לסדרת משחקי בית-חוץ נגד , ו. הנבחרת פתחה את הטורניר בהפסד ביתי 0–2 לבלגיה, והפגינה יכולת חלשה מאוד שגררה איומי פרישה מהנבחרת מצד הכוכב אורי מלמיליאן וביקורות שליליות, ששיאן היה בדרישתו של חבר הכנסת יוסי שריד לפזר את הנבחרת. במשחק שלאחר מכן הצליחה ישראל להפתיע את ספרד במורסיה ולסיים עמה בתיקו 1–1, אך בהמשך נחלה הפסד בית לספרד. ישראל סיימה את משחקיה בניצחון חוץ על הולנד 4–3 לאחר פיגור 0–3, וסיימה בתיקו את משחק החוץ בבלגיה ומשחק הבית באצטדיון וסרמיל מול הולנד.
בעקבות היכולת הבינונית שהפגינה ישראל הוחלט לפטר את המאמן עמנואל שפר, שהוביל את הנבחרת להעפלה למונדיאל 1970, ולהחליפו באנגלי ג'ק מנסל. מינויו של מנסל היה שנוי במחלוקת בקרב הנהלת ההתאחדות לכדורגל, וההצבעה הראשונה אודותיו נכשלה לאור התנגדותם של 12 נציגי הפועל. אנשי ההתאחדות סברו כי דרישות השכר של מנסל גבוהות מדי, אך בסופו של דבר הוא הסכים להתפשר וב-26 בדצמבר מונה רשמית לתפקיד המאמן.
שנות ה-80: מוקדמות מונדיאל וטורניר מוקדמות אולימפי אחרון.
סוף ההשתתפות במוקדמות האולימפיים.
מנסל החל את הקדנציה שלו כמאמן הנבחרת בהפסד 0 - 2 לבורוסיה מנשנגלדבך במשחק ידידות, שנערך לעיני 20,000 צופים באצטדיון רמת גן. כבר בתחילת הקדנציה שלו כמאמן הנבחרת הוטל על מנסל הצורך להוביל את ישראל במוקדמות מונדיאל 1982. ישראל הוגרלה לבית 6 באירופה על אף שלא הייתה חברה באופ"א, ושובצה ביחד עם , , ו. ישראל פתחה את משחקי הבית ב-26 במרץ 1980, כאשר אירחה ברמת גן את צפון אירלנד וסיימה מולה בתיקו ללא שערים. כעבור כשלושה חודשים התארחה ישראל בסטוקהולם וסיימה בתיקו 1–1 מול שוודיה, ובגומלין שנערך ברמת גן ב-12 בנובמבר 1980 סיימה בתיקו נוסף ללא שערים. הנבחרת קיוותה לזכות בניצחון חוץ ראשון בטורניר במשחק החוץ מול פורטוגל, אך לא הצליחה להבקיע כלל במשחק ומנגד ספגה שלושה שערים באצטדיון האור שבליסבון.
ישראל פתחה גם את משחקי הבית ב-1981, וב-25 בפברואר הפסידה לסקוטלנד ברמת גן בתוצאה 0–1 משער של קני דלגליש. ב-28 באפריל התארחה ישראל בגלאזגו למשחק הגומלין, וספגה הפסד 1–3. ב-28 באוקטובר שיחקה ישראל מול פורטוגל ברמת גן וגמלה לה על ההפסד בליסבון עם ניצחון 4–1, משלושער של בני טבק ושער נוסף של גידי דמתי. הייתה זו הפעם השנייה שבה ניצחה ישראל יריבה אירופית במוקדמות המונדיאל. המשחק האחרון של ישראל במוקדמות נערך בבלפסט ב-18 בנובמבר, והיה בעל חשיבות רבה לצפון אירים, שנזקקו ל-2 נקודות כדי לעבור את שוודיה בדירוג ולהעפיל למונדיאל. המשחק אכן הסתיים בניצחון 1–0 לטובת צפון אירלנד, שהעפילה ביחד עם סקוטלנד למונדיאל. ישראל דורגה במקום האחרון, לראשונה מאז מוקדמות מונדיאל 1966.
לאור הכישלון להעפיל למונדיאל בפעם השלישית ברציפות הוחלט בהתאחדות לא להאריך את חוזהו של מנסל. בהצבעה שנערכה בהתאחדות הוחלט למנות במקומו את יוסף מרימוביץ', לו הייתה זו הקדנציה השנייה כמאמן הנבחרת.
בתווך בין שני טורנירי מוקדמות המונדיאל השתתפה ישראל במוקדמות טורניר הכדורגל האולימפי של אולימפיאדת לוס אנג'לס, שהייתה עתידה להיערך ב-1984. גם הפעם הוגרלה ישראל לבית אירופי, ונקבע כי בין יוני 1983 לינואר 1984 היא תשחק נגד ו. ישראל פתחה את הטורניר בהפסד 0–2 לגרמניה המערבית בוופרטל, והמשיכה בניצחון ביתי על פורטוגל. עם זאת, בעקבות ההפסדים בשני משחקי הגומלין לא הצליחה ישראל להעפיל לטורניר הכדורגל האולימפי בפעם השלישית. תוך כדי הטורניר ערכה ישראל משחקי ידידות מול נבחרות ו, וסיימה אותם בתיקו. ב-22 במאי 1985 נערכו שני משחקי ידידות לרגל 15 שנים להעפלת ישראל למונדיאל הראשון בתולדותיה. במשחק הראשון גברה הנבחרת על קבוצת ואסקו דה גאמה מברזיל, ובמשחק השני סיימו שחקני נבחרת ישראל שהשתתפו במונדיאל 1970 בתיקו 1–1 מול נבחרת מקבילה מברזיל (שזכתה באותו טורניר).
שני טורנירי מוקדמות המונדיאל האחרונים באוקיאניה.
לקראת מונדיאל 1986 קבעה פיפ"א כי אוקיאניה תקבל חצי מקום, כלומר שהנבחרת שתנצח במוקדמות האזור תעפיל לפלייאוף מכריע מול נבחרת מאירופה. משחקי הבית האוקיאני נקבעו לתקופה שבין ספטמבר לנובמבר 1985. ישראל ו שובצו על ידי פיפ"א לאזור אוקיאניה, על אף שלא היו חברות בקונפדרציית הכדורגל של אוקיאניה. בתחילת ספטמבר אירחה ישראל את טאיוואן לשני משחקים ברמת גן. במשחק הראשון, שנחשב עבור ישראל כמשחק חוץ על ידי פיפ"א, היא ניצחה 6–0. ב-8 בספטמבר הביסה ישראל את טאיוואן בתוצאה 5–0. באופן זה התגברה ישראל בקלות על המשוכה הראשונה בדרך למונדיאל, אך עדיין הייתה צריכה להתמודד מול אוסטרליה וניו זילנד. לקראת המשחק נקט פרנק ארוק, מאמן אוסטרליה, במאבק פסיכולוגי נחוש כדי לערער את המורל הישראלי. שיטה זו הוכיחה את עצמה, כאשר ב-8 באוקטובר נקלעה ישראל לפיגור 0–2 בתחילת המחצית השנייה, והצליחה רק לצמק בשער אחד. בגומלין במלבורן, שנערך ב-20 באוקטובר, הצליחה ישראל לסיים בתיקו 1–1. משחק זה ידוע גם בזכות כך שבמהלכו ביצע אלי אוחנה תנועה מגונה והורחק. ההתאחדות לכדורגל השעתה אותו מהנבחרת למשך שנה אחת, אך ביטלה זאת לאחר שהתברר כי אין תקנות המסדירות את העניין. לאחר מכן המשיכה ישראל לאוקלנד שבניו זילנד, וב-20 באוקטובר הפסידה שם לנבחרת המקומית 1–3. כעבור שבועיים נערך ברמת גן הגומלין מול ניו זילנד, ובו גמלה לה ישראל על ההפסד באוקלנד עם ניצחון 3–0. משחק זה היה האחרון של מרימוביץ' כמאמן הנבחרת. ישראל סיימה במקום השני בבית מעל ניו זילנד בגלל הפרש שערים עדיף, ואוסטרליה המשיכה מהמקום הראשון לפלייאוף הבין-יבשתי מול סקוטלנד, בו נוצחה 0–2 בסיכום שני המשחקים.
במרץ 1988 יצאה ישראל לסדרת משחקים באוסטרליה ובניו זילנד, ששימשו כטורניר המוקדמות לקראת אולימפיאדת סיאול. היה זה הטורניר היחיד שבו הודרכה הנבחרת על ידי מיליינקו מיחיץ', שהחליף את יוסף מרימוביץ' בעקבות הכישלון להעפיל למונדיאל 1986. הנבחרת פתחה את הטורניר בהפסד 0–2 לאוסטרליה, והצליחה לנצח בשני המשחקים האחרונים על אדמת אוסטרליה את (2–0) ו (5–1). לאחר מכן עברו משחקי הטורניר לניו זילנד. המשחק הראשון בשלב זה היה מול אוסטרליה בקרייסטצ'רץ', והוא נחשב לאחד האלימים ביותר בתולדות הנבחרת. בתחילת המחצית השנייה הוכשל הבלם ירון פרסלני, ותוך כדי שהיה שרוע על הדשא ספג בעיטה מכוונת מצד האוסטרלי גארי מקדאוול, שהורחק בכרטיס אדום. ההרחקה הפיחה תקווה שישראל תוכל לנצל את יתרונה המספרי, אולם דקות מספר לאחר מכן הורחק גם הישראלי אבינועם עובדיה לאחר שירק על שחקן אוסטרלי. המשחק הסתיים בתיקו 0–0, וגרר ביקורת חריפה על אבינועם עובדיה על שלא שלט בעצביו. לאחר המשחק הזה גברה ישראל על טיוואן (9–0, הניצחון בפער הגדול ביותר בתולדות הנבחרת) וניו זילנד (1–0), אך החמיצה את ההעפלה לאולימפיאדה וסיימה במקום השני בעקבות התיקו במשחק מול אוסטרליה. הייתה זו הפעם האחרונה שבה התמודדה הנבחרת במוקדמות טורניר הכדורגל האולימפי, כיוון שלאחר מכן הוחלט שבאולימפיאדה ישתתפו שחקנים עד גיל 23, וישראל יוצגה על ידי הנבחרת האולימפית (עד גיל 21).
בעקבות הכישלון להעפיל לאולימפיאדה הוחלף מיחיץ' על ידי יצחק שניאור ויעקב גרונדמן, שנודעו במהלך הקדנציה שלהם בכינוי ש"ג (במקור משמשים ראשי התיבות ש"ג כקיצור של שומר גדודי - שומר המוצב בשערי בסיסי צה"ל). הנבחרת בהדרכתם שובצה פעם נוספת לאזור אוקיאניה של מוקדמות מונדיאל 1990. טורניר המוקדמות של מונדיאל 1990 חולק לשני שלבים, וישראל קיבלה כרטיס אוטומטי לבית הגמר, שמשחקיו נערכו בין 5 במרץ ל-16 באפריל 1989. ישראל פתחה את משחקי הבית בניצחון 1–0 על ניו זילנד. ב-19 במרץ סיימה ברמת גן בתיקו 1–1 מול אוסטרליה, כשאלי אוחנה העלה את ישראל ליתרון וצ'ארלי ינקוס השווה אחריו עם שער בבעיטה חופשית מ-30 מטרים, בגינה אמר השדרן יורם ארבל את המשפט "ככה לא בונים חומה", שהפך מאז למטבע לשון. ב-9 באפריל שיחקה ישראל באוקלנד מול ניו זילנד וסיימה בתיקו 2–2. במשחק הגומלין בסידני מול אוסטרליה סיימה ישראל בתיקו 1–1 לאחר שער יתרון של אלי אוחנה ושער שוויון של פול טרימבולי, והעפילה לפלייאוף. בפלייאוף הבין-יבשתי התמודדה ישראל מול , ובמשחק הראשון שנערך שבקולומביה הפסידה 0–1 משער של אלביירו אוסוריאגה. משחק הגומלין ברמת גן הסתיים בתיקו 0–0, ולפיכך העפילה קולומביה למונדיאל 1990 שנערך באיטליה. זמן קצר לאחר הטורניר הודיעה פיפ"א כי ישראל תעבור לשחק בקביעות באזור האירופי של מוקדמות המונדיאל, ובכך עזבה ישראל את אוקיאניה באופן סופי.
שנות ה-90: עידן שלמה שרף.
תחילת עידן שלמה שרף וההצטרפות לאופ"א.