בנובמבר 2011 גובשה תוכנית חשאית להרוס את גשר המוגרבים ולהקים גשר חדש במקומו, ללא תיאום עם הווקף. התוכנית נחשפה, ובתוך זמן קצר בוטלה בשל לחצים שהופעלו מצד ירדן ומצרים.
בדצמבר 2011 הוציא מהנדס העיר ירושלים צו סגירה לגשר המוגרבים, לאחר שהתריע מפני סכנת התמוטטות המבנה. למחרת הגיע מסר מממלכת ירדן שמזהיר מפני סגירת הגשר, והממשלה החליטה לבטל את הצו. כמחאה על החלטת הממשלה ביצעו למחרת 40 "נערי גבעות" חברי "גרעין שכם" פעילות מחאה בגבול ירדן, שכללה פריצת גדר המערכת בין ישראל וירדן, בקרבה לגשר אלנבי, השתלטות על בנין בשטח ההפקר וסירוב להתפנות ממנו.
באוגוסט 2014 החלה שוב בניית גשר עץ חדש, לצד הגשר הקיים. ב-3 בספטמבר 2014 הורה ראש הממשלה בנימין נתניהו לפרק את הגשר, בעקבות לחץ כבד מצד בית המלוכה הירדני שזעם על הקמת הגשר ללא תיאום.
מחלוקות בנושא הכותל הקטן.
הכותל הקטן הוא מקטע צפוני של הכותל המערבי, אליו מגיעים בקביעות מתפללים יהודים. בסמוך לכותל הקטן מתגוררות מספר משפחות מוסלמיות. בני ישיבת עטרת כהנים הציגו למשטרה מסמכים המראים כי המקום באחריותם, לעומתם אנשי הווקף טענו ששטח הכותל הקטן באחריותם, המשטרה במשך שנים החליטה שלא להחליט ולקחה לרשותה את המפתח לחדרון הסמוך לכותך הקטן. אנשי הווקף גם התנגדו בעבר להסרת הפיגומים במקום. במהלך השנים היו חיכוכים רבים בין מתפללים בכותל הקטן לבין תושבי המקום.
בשנת 1982 ניסו תלמידי ישיבת עטרת כהנים להשתלט על מספר מבנים הסמוכים לכותל הקטן, ופונו בידי המשטרה.
בשנת 1986 מנעה המשטרה עימות בין תלמידי ישיבת עטרת כהנים שנהגו להתפלל במקום, לבין אנשי הווקף, שטענו שיש בקיר פרצה המאפשרת חדירה להר הבית. אנשי הווקף התקינו במקום דלת ונעלו אותה. לאחר משא ומתן בין הצדדים הדלת פורקה, הפרצה נסתמה והמפתח נשאר בידי המשטרה.
בראש השנה תשס"ז (ספטמבר 2006) התפללו מספר אנשים ברחבת הכותל הקטן, ותלמיד ישיבה בשם אליהו קליימן תקע בשופר לאחר שאמר את פסוקי "מלכויות זכרונות ושופרות" בתפילת המוסף של החג. שוטרים שהגיעו למקום עצרו את קליימן ופינו את המתפללים בטענה לחשש לשלום הציבור, מכיוון שאותו יום היה אחד מימי הרמדאן, ושטח הכותל הקטן נחשב בעיני הווקף כחלק מרחבת הר הבית. בתביעה בבית המשפט אמרו נציגי המדינה: "הכותל הקטן הינו קטע חשוף, המשכו של הכותל המערבי... אך הוא לא הוכר כאתר תפילה רשמי ומוכרז על ידי מדינת ישראל, ולא ניתן להפוך אותו לכזה, כפי שמבקשים התובעים". כמו כן הובהר שמבחינה משפטית קדושתו של הכותל המערבי אינה חלה על הכותל הקטן.
בינואר 2011 הוסרו מרחבת הכותל הקטן קלונסאות ברזל שהוצבו בו ב-1972, בהסכמת הווקף.
מחלוקות בנושא תפילה בהר הבית.
בהבנות הסטטוס-קוו משנת 1967 הוסכם במפורש כי ליהודים יש זכות לבקר במקום, אך לא זכות להתפלל בו, ומאז אוסרת המשטרה באופן רשמי על יהודים ונוצרים להתפלל בהר הבית.
תפילת יהודים בהר הבית.
במקרים רבים ניסו יהודים להתפלל על הר הבית, בניגוד להבנות הסטטוס-קוו. להלן האירועים הבולטים הקשורים לתפילת יהודים בהר הבית.
אירועי התפילה של הרב גורן (1967).
לאחר מלחמת ששת הימים, הרב שלמה גורן התנגד למדיניותו של משה דיין והחל לארגן אירועי תפילה הפגנתיים ברחבת הר הבית. מעשיו גרמו לתגובות של הלם בעולם המוסלמי ולחשש באשר לגורל האתרים הקדושים לאסלאם, מפני שתפילתו של גורן ברחבת הר הבית הייתה מנוגדת להסדר בין הווקף לממשלת ישראל. בעקבות אירוע תפילה המונית שארגן הרב על ההר בט' באב תשכ״ז (15 באוגוסט 1967) התרחשו הפגנות ומחאות ברחבי העולם הערבי, ואנשי הווקף נעלו את שער המוגרבים, המוביל מהכותל להר הבית. ב-17 באוגוסט התכנסה "ועדת השרים לשמירה על המקומות הקדושים" לדון בסוגיה. הוועדה החליטה להורות לכוחות הביטחון לעצור את פעילותו של הרב גורן על ההר ולפנות מתפללים יהודים אל הכותל המערבי.
סוגיית תפילת יהודים על הר הבית נידונה בוועדת השרים פעמיים נוספות, באוקטובר 1967 ובסוף מאי 1968. בישיבות אלה נמנעה הוועדה מלקבל החלטה מפורשת האוסרת תפילת יהודים או הקמת בית כנסת בהר הבית, והסתפקה בהוראה למשטרה למנוע תפילה על מנת לשמור על הסדר הציבורי במקום.
מפתחות שער המוגרבים, שננעל על ידי הווקף, נמסרו "תוך מחאה" לכוחות הביטחון הישראליים. מאז שולטת משטרת ישראל על שער הכניסה.
בעקבות אירועי התפילה של הרב גורן פרסמו שני הרבנים הראשיים לישראל (הספרדי והאשכנזי) הצהרה משותפת האוסרת על יהודים לבקר בהר הבית.
ניסיון תפילה של גרשון סלומון בט' באב (1977).
ב-14 באוגוסט 1977, ט' באב, התארגנו 30 חברי קבוצת "אל הר ה'" בראשות גרשון סלומון, בניסיון לעלות ולהתפלל בהר הבית. ההתארגנות סוכלה על ידי שירות הביטחון הכללי.
תפילה של "נאמני הר הבית" (1983).
ב-11 במאי 1983, ביום ירושלים, התיר בג"ץ לגרשון סלומון ולקבוצה של נאמני הר הבית להיכנס לפינה של מתחם הר הבית, והם התפללו שם במשך שעה וחצי. מוסלמים רבים ראו בכך פגיעה בריבונות של הווקף בהר הבית.
עליית חברי כנסת להר הבית (1986).
בשנת 1985 טענו מספר חברי כנסת ממפלגות הימין שקיים מצבור נשק מתחת לכיפת הסלע וכי הווקף הורס במכוון עדויות ארכאולוגיות לקיומו של בית המקדש. ב-8 בינואר 1986 עלתה להר קבוצת חברי כנסת והתעמתו עם אנשי הווקף.
חברי הכנסת עזבו את המקום מחשש להסלמה, אך חזרו לשם כעבור שישה ימים. הם התפללו וקראו פרקי תהילים בהפגנתיות, ובתגובה פרצו מהומות בקרב הפלסטינים.
מספר ימים לאחר מכן עלו להר שלושה צעירים והניפו את דגל ישראל מעל שער המוגרבים במשך מספר דקות. הם נעצרו והואשמו בהפרת סדר.
ב-13 בינואר עלה הרב ישראל אריאל להר הבית והשתטח על הרצפה. הוא פונה מהמקום בכוח על ידי המשטרה.
סיור נאמני הר הבית (1986).
ב-19 באוקטובר 1986 סיירו כ-50 מחברי תנועת "נאמני הר הבית" בקבוצות של שבעה אנשים, כשהם מוקפים על ידי כוחות גדולים של משטרה וחיילי משמר הגבול. סיור זה הושג לאחר משא ומתן בין חברי התנועה לבין המשטרה, ובהסכמת הווקף. בין המסיירים נמנו גרשון סלומון, הרב דב ליאור והרב ישראל אריאל. שומרי הווקף ביקשו מהמסיירים לא להכניס לרחבה את ארבעת המינים. במהלך הסיור השתטח הרב ישראל אריאל בסמוך לכיפת הסלע, ואז זינקו לעברו שניים משומרי הווקף ודרשו ממנו לקום.
סיור נוסף של נאמני הר הבית (1987).
ב-6 באוקטובר 1987 טען גרשון סלומון שהתקבל אישור מהמשטרה להתפלל בהר הבית וכי בכוונתו לחדש את מנהג העלייה לרגל בשלושת הרגלים. ב-11 באוקטובר 1987 ניסו נאמני הר הבית להיכנס לרחבה, ונתקלו בהתנגדות של כ-2,000 מתפללים מוסלמים. המשטרה הפעילה נגדם גז מדמיע, ולאחר מכן ערכו 5 מחברי התנועה סיור מהיר באתר, תחת אבטחה כבדה.
טקס ניסוך המים בנקבת השילוח (1990).
ב-8 באוקטובר 1990 התרחש בהר הבית אירוע חמור, שהוביל למהומות הר הבית באותה שנה. תנועת "נאמני הר הבית" קיבלה אישור לקיים את טקס ניסוך המים בנקבת השילוח. בקרב הציבור המוסלמי נפוצו שמועות לפיהן גרשון סלומון ואנשיו מתכוונים להניח את אבן הפינה לבית המקדש השלישי בהר הבית. מאות רבות של מוסלמים נאספו בהר והאזינו לדרשות ההסתה במערכת הכריזה שבמסגדים. באותו זמן נאספו אלפי יהודים ברחבת הכותל לקראת טקס ברכת כוהנים ואז נשמט בשגגה רימון גז מידיו של שוטר מג"ב שעורר את ההמון המוסלמי להשליך אבנים לכיוון רחבת הכותל ההומה מאדם דבר שגרם לפציעתם של 34 מתפללים יהודים. כוחות משטרה פרצו להר, פתחו באש והרגו 17 מתפללים מוסלמים.
ניסיונות אנשי תנועת "חי וקיים" להתפלל בהר הבית (1993 עד 1996).
תנועת "חי וקיים" נוסדה בחג החנוכה התשנ״ב (דצמבר 1991) על ידי יהודה עציון לאחר שהשתחרר מהכלא. חברו אליו מוטי קרפל, חיים נתיב ואנשים נוספים. הקבוצה קיבלה תמיכה הלכתית מהרב יצחק גינצבורג ומיואל לרנר. התנועה נחשפה לציבור בספטמבר 1993 כאשר אנשיה הפגינו נגד הצהרת העקרונות שנחתמה בין ישראל לאש"ף.
אפיק הפעולה המרכזי של תנועת "חי וקיים" היה בנושא הר הבית. פעילי התנועה ניסו להתפלל בהר הבית עשרות פעמים, ונעצרו על ידי המשטרה. נגד יהודה עציון הוגש כתב אישום, ונאסר עליו לצאת מגבולות ישובו עפרה.
ברכת כהנים של אורי אריאל (2013).
בספטמבר 2013 הופץ סרטון וידאו בו נראה השר אורי אריאל עומד לפני כיפת הסלע ומברך "ברכת כהנים" בניגוד לאיסור המשטרה, צעד שנתפס בעיני המוסלמים כהתגרות. ראש הממשלה בנימין נתניהו הבטיח בנובמבר 2014 לעבדאללה השני, מלך ירדן ולמזכיר המדינה האמריקאי ג'ון קרי שלא יאפשר עליית שרים וחברי כנסת להר הבית, אך אורי אריאל המשיך לעלות להר הבית ולברך את ברכת הכהנים.
עימות רב משתתפים עם הווקף (2018).
42 יהודים נעצרו בשטח הר הבית לאחר שלטענת המשטרה חוללו פרובוקציה והתעמתו עם אנשי הווקף. הם שוחררו לאחר שימוע במשטרה.
קריאות "שמע ישראל" על הר הבית (2016, 2018).
צעיר יהודי כבן 18 נעצר בדצמבר 2016 במהלך סיור בהר הבית, לאחר שקרא "שמע ישראל" בהר במהלך הסיור.
בספטמבר 2018 נעצרו שלושה צעירים יהודים במהלך סיור בהר הבית, לאחר שהשתטחו ברחבת ההר וקראו "שמע ישראל" בצעקות. נגד הצעירים הוגש כתב אישום בגין הפרעת שלום הציבור והפרעה לשוטר בעת מילוי תפקידו.
צעירים שהתחזו למוסלמים כדי להתפלל בהר הבית (2021).
בדצמבר 2021 דווח בחדשות 13 על קבוצת צעירים יהודים שהתחזו למוסלמים כדי להתפלל בהר הבית. הם למדו לדקלם את השהאדה ונכנסו עם מתפללים מוסלמים למסגד אל-אקצא, שם התפללו בעברית. שניים מחברי הקבוצה נעצרו וקיבלו צו הרחקה ל-30 יום מהר הבית. על פי השב"כ, מדי שבוע נתפסים מספר יהודים המנסים להתגנב להר הבית באופן דומה.