בדצמבר 1940, פגש בכנר במקרה את בת דודו, אניה מאייר, בגטו. על אף היותה יהודיה, חזותה הארית אפשרה לה להסתיר את זהותה האמיתית ולהיכנס ולצאת מהגטו באין מפריע. לאחר שסיפרה לבכנר על עבודתה כמזכירה של אדריכל גרמני בוורשה שביצע עבודות עבור הצבא הגרמני, היא שכנעה את בכנר שעליו לנסות ולהתקבל לעבודה אצל אותו אדריכל. לדבריה, העובדה שדיבר גרמנית מצוינת, מראהו הפולני ותעודת המהנדס מאוניברסיטה גרמנית נחשבת יסייעו לו להתקבל לעבודה מחוץ לגטו, שתוכל לשפר את מצבו ומצב בני משפחתו. בכנר השתכנע חרף דאגתם של בני משפחתו, ובינואר 1941 הצליח לצאת מהגטו, הוריד את סרט הזרוע שזיהה אותו כיהודי ושם פעמיו אל משרדו של האדריכל, יוהנס קלנר (Johannes Kellner). בכנר הרשים את האדריכל בהופעתו ובהשכלתו ומיד התקבל לעבודה. כבר ביומו הראשון בעבודה הרשים בכנר את קלנר כאשר ביצע מדידות לצורך צביעת מבנה של הלופטוואפה בכך שהצליח "לנפח" את המדידות ולהבטיח שכר גבוה יותר עבור העבודה שתבוצע בפועל. בכנר הצליח לשכנע את קלנר לארגן עבורו רישיון כניסה ויציאה מהגטו בטענה כי בגטו ניתן להשיג חומרי בנייה במחירים זולים (מבלי שקלנר ידע שבכנר מתגורר בגטו), וכך הצליח בכנר לנוע בקלות אל ומחוץ לגטו. כך, כבר בתחילת עבודתו יכול היה לצאת מהגטו לעבודה באין מפריע, ולעת ערב היה חוזר לגטו, עונד בהיחבא את סרט הזרוע וחוזר למשפחתו עם מצרכי מזון שהצליח להשיג עבורם מחוץ לגטו.
בפברואר 1941, הודיע קלנר לבכנר כי עבודתם עבור הלופטוואפה עומדת להסתיים, וכי קלנר מתכוון לסגור את המשרד בוורשה ולחזור לדרזדן. בכנר שחשש מאוד לאבד את עבודתו ומעמדו, הפגין תושייה מהירה והציע לקלנר להקים חברת בניה בוורשה, שתעבוד עבור הצבא הגרמני. הוא שכנע אותו שלא תהיה לו תחרות בוורשה, ושבכנר בעצמו ידאג להשיג פועלים וחומרי גלם מקומיים. קלנר השתכנע והודות לקשריו עם הגרמנים וחריצותו של בכנר, הפכה החברה החדשה לעסק רווחי ומצליח, ואף הוגדרה באופן רשמי כחברה חיונית למאמץ המלחמה (גרמנית: kriegswichtig) - דבר שהקל מאוד על השגת חומרי גלם, היתרים ואישורים מסוגים שונים. עם הזמן התקדם בכנר בחברה והתמנה למפקח הבנייה (גרמנית: Bauleiter) של החברה, ושהה רוב הזמן באתרי הבנייה, בעוד קלנר מנהל את החברה ממשרדו. בצורה זו, הפך בכנר לאיש מפתח ובעל סמכויות נרחבות בשטח, שבהמשך ניצל על מנת להציל את משפחתו ויהודים נוספים מגורל מר בגטו ורשה.
לאחר פלישתה של גרמניה הנאצית לברית המועצות ב-22 ביוני 1941, נפתחו הזדמנויות חדשות לעבודה באזורים תחת שליטת הגרמנים. קלנר הגיש בקשה לבצע עבודות קבלנות באוקראינה וקיבל את העבודה. בכנר היה עסוק בהכנות למשימה באוקראינה, ובמקביל מצא דרך לשלוח כסף למשפחתו שבגטו מבלי לעורר חשד, באמצעות שליח פולני מהימן. המשימה הראשונה שקיבלה חברתו של קלנר באוקראינה הייתה הקמת צריפי מגורים בבסיס של הלופטוואפה בעיר ברדיצ'ב. בכנר ארגן צוות פועלים פולנים וציוד רב והגיע עמו לברדיצ'ב, שם פגש את קצין הלופטוואפה, הנס גרגור. לאחר כמה פגישות ביניהם, שאל גרגור את בכנר היכן למד, מכיוון שהתרשם מרמת הגרמנית והפולנית שדיבר. בכנר אמר את האמת, שלמד בבית הספר הטכני הגרמני בברנו, וגילה שגם גרגור למד באותו בית ספר, כמה שנים לפניו. עובדה זו גרמה לבכנר לשאת חן בעיני גרגור, והקלה עליו מאוד בתקשורת מולו. גרגור גם הביע את שביעות רצונו בפני קלנר, כאשר זה הגיע לביקור באתר העבודה, דבר שהעלה את קרנו של בכנר עוד יותר בעיני קלנר.
בתחילת שנת 1942, נשלח בכנר עם כ-150 פועלים לקייב, בירת אוקראינה לצורך שיפוץ תחנת הרכבת של קייב שניזוקה קשות במהלך הקרב על העיר. במסגרת זו נקלע בכנר לעימות עם האס-אס, כאשר התגלה כי כמה מהפועלים שהיו רשומים בחברתו של קלנר השתתפו בהתקפה פרטיזנית ליד בוריספול על רכבת שנשאה גייסות ואספקה לחזית. אנשי האס-אס חקרו את בכנר בעניין זה ואף ציוו לירות בכמה מהפועלים. הטבח הופסק בהתערבותו של מנהל רכבת הרייך בקייב, שדרש מחיילי האס-אס להסתלק מהמקום בטענה שהם מפריעים לפועלים לבצע פרויקט חשוב בשירות הרייך. למחרת בבוקר, זומן בכנר למפקדת האס-אס בקייב להמשך החקירה. בכנר טען בתוקף כי אינו מכיר את הפועלים שנתפסו וכי לחברת קלנר אין כל קשר לפרטיזנים. בינתיים הובא גם קלנר עצמו לחקירה, לאחר שהגיע ערב קודם לקייב ושמע על אירועי היום. כשהוכנס קלנר לחדר החקירות, הוא נשאל ישירות על היכרותו עם בכנר ומדוע קיבל אותו לעבודה. קלנר ציין בפני קצין האס-אס את לימודיו של בכנר באוניברסיטה גרמנית נחשבת וטען בתוקף כי אין לו קשר לתקרית הפרטיזנים. כאשר קצין האס-אס סירב להשתכנע, הוסיף קלנר כי קצין בכיר בלופטוואפה (הנס גריגור) ערב למהימנותו של בכנר. קצין האס-אס דרש לאתר את גריגור בברדיצ'ב ולאמת איתו את העניין, אולם לא הצליח לאתרו. במקביל, מנהל רכבת הרייך בקייב דרש לשחרר את בכנר בטענה שהעבודה מתעכבת בהיעדרו. בלית ברירה נאלץ קצין האס-אס לשחרר את בכנר.
ביולי 1942, גילה בכנר דרך אחד מעובדי החברה בוורשה כי בקרוב יחלו הנאצים לגרש את היהודים מוורשה. בכנר דאג לגורל בני משפחתו שעוד נותרו בגטו, על אף שהחזיקו ברישיונות עבודה במפעל גרמני והחל לתכנן כיצד יוכל להוציאם מהגטו ולהביאם לקייב. מכיוון שלקשישים ולילדים נשקפה הסכנה הגדולה ביותר באותו זמן בגטו, החליט בכנר לנסות להבריח קודם כל את אחיו ברונו בן ה-15. בכנר תכנן להבריח את ברונו בעזרתם של פולנים שקיבלו שוחד, אולם בבוקר המבצע התרחשה בגטו אקציה, וברונו והנייק, ששהו בדירת המשפחה באותו זמן, נאלצו לצאת אל הרחוב ולהצטרף להמון היהודים שנעו לעבר כיכר השילוח (אומשלגפלץ). בהגיעם לנקודת המיון, הסתכל קצין האס-אס בניירותיהם של השניים. הנייק נשלף מן ההמון וצורף לקבוצה של גברים שיועדה לעבודה, אולם ברונו נשלח אל הרכבת בשל מראהו החלש והצנום. כאשר שמע אחד ממכריו של בכנר על כך שהנייק וברונו נלקחו לאומשלגפלץ, מיד הלך ושיחד קצין גרמני כדי שילך ויקרא בשמותיהם ויוציא אותם מההמון, אולם הדבר לא עלה בידו עקב ההמולה הרבה ששררה במקום. עד סוף ימיו חש בכנר אשמה רבה על שלא הצליח להציל את אחיו הצעיר, שנשלח לבדו אל מחנה ההשמדה. גם אמו של בכנר התקשתה לקבל את אובדנו של בנה הצעיר, ולאחר זמן מה התאבדה בקפיצה מחלון המפעל בגטו בו עבדה.
במהלך חודש אוגוסט הכין בכנר ביחד עם כמה משותפיו מסמכים ורישיונות עבודה עבור אביו, אשתו ואמה, בן דודו הנייק וכמה יהודים נוספים וארגן את הברחתם מהגטו תחת כיסוי של משלוחי ציוד מוורשה לקייב. ב-19 באוגוסט 1942 הגיעה הקבוצה לקייב, ובתחילת ספטמבר 1942 הגיע לשם גם הנייק בעזרת פולני בשם וילסקי שהכיר אחד משותפיו של בכנר. חלק מחברי הקבוצה כבר השתלבו בתפקידים שונים בחברת קלנר. אשתו של וילי, צסיה, לא הצטרפה כעובדת בחברה, אלא הועסקה בביתו כטבחית ונחשבה כפילגשו, דבר שהיה מקובל וסייע להרחיק ממנה חשדות. באוקטובר 1942 גילתה צסיה שהיא בהיריון והזוג בכנר החליט לבצע הפלה. כדי לשמור על חשאיות, בוצע ההליך בביתם על ידי רופא מקומי אוקראיני. ההפלה הצליחה, אולם לימים התגלה כי בעקבותיה איבדה צסיה את היכולת להרות, והזוג בכנר נותרו חשוכי ילדים.
בדצמבר 1942 עם התקרב חג המולד, החלו הכנות מסיבת חג המולד עבור עובדי חברת קלנר, ובכלל זה העובדים היהודים, בביתו של בכנר. לקראת תום המסיבה, נותרו היהודים והפולנים שסייעו להם וכן הפולני וילסקי, שהצטרף לחברה לאחר שסייע להבריח את הנייק מוורשה. וילסקי, שהשתכר כהוגן במהלך המסיבה, החל להטריד את צסיה וגילה לכל הנוכחים כי הוא יודע שהם יהודים. אחד הפולנים שהיה מכרו של וילסקי הציע לקחתו הביתה והבטיח שאלו דברים שנאמרים מתוך שכרות ושסודם שמור עמו. השניים יצאו, אולם בכנר חשש מאוד מתקרית זו. זמן קצר לאחר מכן, נשמעה דפיקה בדלת - היה זה שכנו האוקראיני של בכנר, שסיפר לו שאדם שעזב את ביתו זמן קצר קודם לכן נדרס על ידי מכונית גרמנית. היה זה וילסקי, שהובהל לבית החולים ולאחר זמן מה מת מפצעיו. סודה של החבורה נשמר.
כל העת המשיך בכנר לסייע ליהודים שהגיעו לפתחו להסתיר את זהותם באמצעות ניירות מזויפים והעסקתם בצורה זו או אחרת בחברת קלנר. בתחילת שנת 1943 כבר היה מניין היהודים שהסתתרו באזור כ-30 נפשות. בכל פעם שהתעורר חשד נגד אחד העובדים, היה בכנר מרחיק את היהודי מהעובד החשדן, וכך הצליח לשמור על שקט יחסי באתרי העבודה של חברת קלנר, שהלכו והתרבו עם הזמן. עם זאת, יום אחד זומן בכנר למטה האס-אס בקייב. חרף פחדם של בני חסותו היהודים, אמר בכנר לאחד משותפיו: "זו אינה הפעם הראשונה שאני אנהל שיחה עם האס-אס. הסתדרתי איתם בעבר ואני אסתדר איתם גם עכשיו. זכור מה שאמרתי - הם לא מצפים שמישהו יעז לעמוד בפניהם. זה ממש מבלבל אותם". עם זאת, לפני שיצא, אמר חרישית: "אם לא אחזור עד הבוקר, תתחיל להוציא את כולם". להפתעתו הרבה, זומן בכנר למטה האס-אס למטרת עבודת שיפוצים בשל המוניטין של חברת קלנר. בכנר הסכים ובחר לפרויקט פועלים פולנים ואוקראינים בלבד. העבודה התבצעה לשביעות רצונם של אנשי האס-אס, וגם הערכתם של אנשיו של בכנר אליו התעצמה לאחר שהצליח לחלץ את אחד הפועלים האוקראינים מידי אנשי האס-אס (ר' מטה בסעיף 'סיפורי הצלה נבחרים').