לאחר שמדונה סבורה שהיא קמה מהחלום (דבר שאינו נכון), היא מביטה בפסל הקדוש, שהופך לאדם השחור שראתה קודם לכן. היא מנשקת את רגליו וזה בתגובה, מפיל זר ורדים אדומים (הרמז לדמו של ישו), מנשק את מצחה ויוצא מהכנסייה. בעקבות זאת, היא לוקחת פגיון וחותכת בטעות את ידיה. לאחר מכן, מוצגות סצנות שלה רוקדת ושרה בשדה פתוח עם צלבים בוערים, בסגנון קו קלוקס קלן, סצנה ארוטית בינה לבין הקדוש, ועוד אחת שבה היא מוקפת במקהלה בכנסייה. לקראת הסוף, היא מתעוררת, הולכת לתחנת המשטרה ומצהירה שאותו האדם השחור חף מפשע; המשטרה משחררת אותו. בסוף הקליפ, היא רוקדת לצד הצלבים הבוערים וכל המשתתפים בו משתחווים כשהווילונות נסגרים.
ביקורת.
הערכה ביקורתית.
הקליפ של "Like a Prayer" עורר סערה בכל רחבי העולם וגרר הד תקשורתי רב-ממדים. לאחר שהוצג בבכורה עולמית ב-"MTV", קבוצות דתיות ברחבי העולם, כולל הוותיקן, מחו מיד וטענו שמדובר ב"חילול השם" באמצעות דימויים נוצריים. אותן הקבוצות קראו לקיים חרם לאומי על רשתות המזון המהיר קנטאקי פרייד צ'יקן (KFC), טאקו בל ופיצה האט, חברות בנות של פפסי ופפסיקו. גם איגוד המשפחות האמריקאי (AFA), ראה את זה כפוגעני, ומנהל הארגון, הכומר דונלד וילדמון, טען שהיא "לעגה לנצרות", בניגוד לפרסומת, שהציגה את מדונה "כמודל לחיקוי נקי ובריא". האפיפיור יוחנן פאולוס השני, עודד חרם באיטליה ואסר את שידור המוזיקה והתמונות שלה שם. כמו כן, מחאות של ארגונים קתוליים שונים הובילו לכך שרשת השידור הממלכתית האיטלקית (RAI) וחברת וורנר מיוזיק גרופ (WEA) לא שידרו את הקליפ. עם זאת, ליז רוזנברג, דוברת האחים וורנר רקורדס, הכחישה את העובדות הללו והבטיחה שתחנות הרדיו באותה המדינה לא מצאו כל סיבה לא לשדר את הקליפ. מקנזי אמרה שהחברה אינה מודעת לתוכן שלו, אך היא תמשיך לשדר את הפרסומת בכל מקרה בשל "התגובה החיובית שקיבלה" והסבירה את ההבדלים בין הפרסום שלה לבין השקפותיה האמנותיות של מדונה. בדומה לכך, קרול רובינסון, דוברת "MTV" נטוורקס, אישרה שהערוץ ימשיך לשדר את הקליפ, שהיה לאחד המבוקשים ביותר בהיסטוריה.
עם זאת, ב-6 באפריל, פפסי נכנעה למחאות וביטלה את שידורי הפרסומת בטלוויזיה, כמו גם את החסות לסיבוב ההופעות הבא שלה; בהקשר זה הצהירה מקנזי: "כשאתה משדר פרסומת שמבלבלת אנשים, או מעצבנת אותם, הגיוני למגר את זה". מדונה שמרה על המקדמה של חמישה מיליון הדולרים שהובטחו לה במסגרת החוזה. כנגד המחאות, הצהירה מדונה: "אמנות צריכה להיות שנויה במחלוקת" והסבירה שכוונתה הייתה לספר סיפור על טוב ורע ולעזור לזולת. לאון רובינסון ביקר לרעה את המחאות, אך הודה ש"מדובר בקליפ לא טיפוסי [שידוע היה שיגרום למהומה]. לאנשים תמיד יהיה מה להגיד. ברור שאם אתה תרקוד על גבעה כשמאחוריך שלל צלבים בוערים, מישהו יגיד על כך משהו". בריאיון נוסף למגזין "Smash Hits" הצהירה מדונה:
על אף המחלוקת, הקליפ של "Like a Prayer" זכה לביקורות חיוביות בעיקר מטעם מבקרי המוזיקה ברחבי העולם. לדוגמה, ג'יימי פורטמן מ-"Schenectady Gazette" סבר שהוא עשוי להיות "פגיע להאשמות של פרובוקטיביות בוטה בשילוב מין ודת", בעוד דייוויד רוזנטל מ-"Spokane Chronicle" הצהיר שזה "נאה מאוד מבחינה ויזואלית". עדנה גונדרסן מ-"USA Today" לא הבינה את המחלוקת ואמרה "[מדונה] היא ילדה טובה בקליפ. להציל מישהו מלהיכנס לכלא. מה העניין הגדול?". סטיבן הולדן מניו יורק טיימס טען שמדובר "בדבר מעניין, מרגש ומצחיק" והודה שזה התעלה על הקליפים הקודמים שלה. בהמשך, הוסיף שהוא כולל "מערבולת של דימויים קדושים הקשורים גם לחיי היומיום". אלישיה אדג'ובי מהעיתון "Metro" הכריזה שהוא "מסמל בצורה מושלמת את האומץ שפופ יכול וצריך לייצג". כריס וילמן מלוס אנג'לס טיימס תיאר אותו כשיר אהבה, שאין בו ניבולי פה, ושיבח את הסטיגמטה שבו. הוא הגיע למסקנה שזהו "סיפור גאולה בסיסי למדי". פיל קלור מ-"Record-Journal" סבר כי "על אף שמאפיין [זה] גזעני – האישה הלבנה נותנת חיים לגבר השחור; האישה הלבנה מצילה את הגבר השחור – הקליפ בהחלט ראוי לגינוי, כיוון שיש בו מעין ניצול של סמל הרוע [הצלבים הבוערים של הקו קלוקס קלאן] וזאת, במטרה למכור עותקים". גריל מרקוס טען שהקליפ מאיים על "האמונות המובנות מאליהן של מיליוני אנשים". גרהאם קריי מ-"Third Way" העיר שמדונה "נהנית לצלם תמונות נוצריות ולהפוך אותן לאופנה, לעיתים קרובות בניגוד ישיר לאמונות המוסריות הנוצריות, [...] כדי לעורר את הרגשות הסוערים שיש אצל כולם". ג'יי. רנדי טרבורלי כתב ש"מדונה רקדה בקליפ בידיעה שהוא הולך לעורר מחלוקת בכל רחבי העולם".
רשימות כל הזמנים וסוף שנה.
הקליפ של"Like a Prayer" נכלל במספר רשימות סוף שנה של השירים הטובים ביותר שפורסמו במרוצת השנים.
פרסים ומועמדויות.
"Like a Prayer" הוכתר לאחד מהקליפים המשודרים ביותר בטלוויזיה בשנת 1989 ב-"MTV". במהלך טקס פרסי הווידאו קליפים של MTV לשנת 1989 זכה בפרס בקטגוריית, "בחירת הצופים"; הוא הועמד בקטגוריה הראשית, "קליפ השנה". באותו הערב, זכתה מדונה בשלושה פרסים נוספים בקטגוריות "הבימוי הטוב ביותר", "הניהול האמנותי הטוב ביותר" ו"הצילום הטוב ביותר". בטקס פרסי המוזיקה החדשה לשנת 1989 הוא הועמד בקטגוריה "קליפ השנה", אך לא זכה בפרס. במסיבת הזוכים בסקר "Smash Hits" שאירעה בשנת 1989, הוא הועמד בקטגוריות "קליפ הפופ הטוב ביותר", אך לא זכה בתואר לבסוף. בשנת 1990, הועמד בקטגוריית "סינגל הדאנס הטוב ביותר" בטקס פרסי המוזיקה האמריקאית שאירע באותה השנה. לאחר מכן, הוכתר ל"שיר המבוצע ביותר" מטעם האגודה האמריקאית למלחינים, מחברים ומוציאים לאור (ASCAP). בטקס פרסי ג'ונו שאירע באותה השנה, הועמד בקטגוריית "הסינגל הבינלאומי של השנה". לבסוף, הועמד בטקס פרסי בחירת הילדים של ניקלודיאון בקטגוריית "שיר אהוב". בשנת 2001, נכנס להיכל התהילה של MVPA ועל כך זכה בפרס מטעם האיגוד עצמו.
נושאים וניתוח.
כמה סוציולוגים, מוזיקולוגים וחוקרים הציעו פרשנויות שונות לקליפ ולהשפעתו ההיסטורית. אלן מאטז, אחד המחברים של "The Madonna Companion: Two Decades of Commentary" (1999), ציין שכאשר מדונה נכנסת לכנסייה בהתחלה, השורה " מבוצעת; הוא קישור זאת לנשים ממזרח הארלם בניו יורק המכנות את הכנסייה שלהן "הבית של אמא". על כן, הוא גרס שהזמרת מתייחסת לעצמה כאל עוד אחת מנשות הארלם, אך גם כאלה שחוזרת לכנסייה שלה. יש שסברו שמאטז התייחס למזרח הארלם, כיוון שמדובר במקום עם רמת הפשע הגבוהה ביותר במנהטן. השכונה סובלת מבעיות חברתיות רבות, ובהן אחוז האבטלה הגבוה ביותר בניו יורק, הריון של נערות, איידס, שימוש גבוה בסמים, חסרי בית, ואחוז חולי אסתמה גבוה פי חמישה מהממוצע בארצות הברית; דברים המוצגים בקליפ של "Like a Prayer". ניקולס ב. דירקס, מחבר הספר "Culture/power/history" (1994), חקר את ההיבט האלוהי שהוצג בקליפ וטען שהנקודה החשובה ביותר בנרטיב היא כאשר מדונה חולמת שהיא נופלת מהשמיים, שכן הכוונה היא לכך שהיא "לא מעמידה את עצמה במקום של גואלת, אך מדמיינת את עצמה כאחת".
חואן סנגוינו מוואניטי פייר הסביר שהזמרת ייצגה ארבע דמויות: מרים המגדלית, הבתולה, ישו – כאשר היא מציגה את הסטיגמטה על כפות הידיים שלה – ורוח הקודש; הוא הגיע למסקנה ש"בתוך חמש דקות יש לה זמן להציג מספר ניכוסים תרבותיים, ביניהם: סוגת הגוספל (מוזיקה כנסייתית שחורה), אלימות משטרתית וקו קלוקס קלאן כשהיא רוקדת מוקפת צלבים בוערים". בספרו "Madonna's Drowned Worlds" (2004), טען סנטיאגו פוז-הרננדז שהאישה השחורה שתופסת את מדונה בחלומה היא סמל לאלוהות, שכן היא עוזרת לה לקבל את ההחלטה הנכונה, לכאורה. הוא גם הסביר שהדמיון והקשר הפיזי בין שתי הנשים פירושו שהאלוהות הפנימית של מדונה היא שהצילה אותה. עבור האקדמאי רוברט מקווין גרנט, הסצנה שבה ידיה נחתכות בטעות הייתה ייצוג של סטיגמטה, שסימנה את תפקידה הקריטי של מדונה בנרטיב. בהמשך, הוסיף שהיה ניתן לראות זאת בבירור כאשר זו יצרה קשר עין עם הקורבן שנתפס על לא עוול בכפו.
פרייה ג'רמן-איבנס, מחברת שותפה של "Madonna's Drowned Worlds", ציינה שניתן לשמוע שהאישה מבקשת עזרה בשורה "כשאתה קורא בשמי, זה כמו תפילה קטנה" ("When you call my name, It's like a little prayer"); היא הוסיפה שהוא לא מסוגל להגן עליה, ובכך מוצג כישלונו של האל בהצלתה. לדברי המחברת, המבט בין חבר הכנופיה למדונה היה מעין התגודדות של "גברים לבנים". אונס/רצח נשים, גברים לבנים מאשימים גברים שחורים; נשים נאנסות/נרצחות כיוון שהן מסתובבות ברחובות בלילה ובכל זאת, גברים שחורים נכלאים".