בקיץ 1941, כ-12,000 יהודים חיו בדאוגבפילס. טור ענק של פליטי מלחמה, ובכלל זה יהודים מליטא וכן חיילי הצבא האדום שהופרדו מיחידותיהם, נעו בצפון מזרח הכביש מקובנה לדאוגבפילס, בבריחה מהצבא הגרמני המתקדם. בדאוגבפילס הפליטים ציפו למצוא ביטחון או אולי לעלות על רכבת לכיוון מזרח. חלק מהפליטים היהודים הצליחו להגיע לגבול הסובייטי, אך שומרי נ.ק.וו.ד. מנעו מהם לעבור. בסופו של דבר חלקם הורשה לעבור, אבל זה היה מאוחר מדי עבור רובם. לאחר כמה ימים של הפצצות אוויריות, הצבא הגרמני כבש את דאוגבפילס ב-26 ביוני 1941, אבל עדיין נלחם בסביבה הקרובה למשך כמה ימים. אש בערה בעיר, שהנאצים מאוחר יותר בחרו להאשים את היהודים בהצתתה.
ב-29 ביוני 1941, בהוראת מפקד המשטרה הלטבית בדאוגבפילס, הוצבו ברחבי העיר שלטים גדולים בגרמנית, רוסית ולטבית, בהם נקראו כל הגברים היהודים מתחת לגיל 60 להתאסף בבוקר בשוק המרכזי. חלקם הועסקו בקבירת גופות של אזרחים וחיילי הצבא האדום שנהרגו בלחימה, ולאחר מכן, בקבירת סוסים מתים. רבים אחרים נאלצו לחפור לעצמם קבר ונרצחו על ספו.
הרג המוני של יהודים בלטביה היה חלק מתוכנית כוללת שפותחה בדרג הגבוה ביותר בממשל הנאצי. חלקים מהתוכנית יושמו כבר במדינות אחרות, כגון שרפת בתי כנסת (גרמניה) וגטואיזציה (פולין). לטביה הציגה פיתוח חדש בשואה - יישום של הרג המוני מייד עם כיבושה של המדינה.
האס דה ניסה לעורר רגשות אנטישמיים אצל המקומיים הלטבים, באילוץ יהודים לחפור קברי אחים של לטבים שנרצחו על ידי הנ.ק.וו.ד. בזמן הכיבוש הסובייטי, שהחל ביוני 1940. זה היה חלק מתוכנית כוללת שלהם לשייך את היהודים עם הקומוניזם והרוסים, שלא היו פופולרים בלטביה. בהוצאות להורג הראשונות, שומרים לטביים נהגו לשאול את היהודים הממתינים למותם, האם ברצונם לשיר "קטיושה", שהיה שיר פטריוטי רוסי. האשמת היהודים בהיותם קומוניסטים ובהצתת דאוגבפילס החלה לחלחל. כך למשל עיתון בדאוגבפילס (Daugavpils Latviešu Avize) פרסם מאמר מערכת, שתאם את המאמץ הגרמני להאשים את היהודים בזוועות הקומוניזם:
ב-28 ביוני 1941, יומיים לאחר נפילת דאוגבפילס, הנאצים אספו את היהודים בבית הכנסת, ולאחר מכן הוציאו אותם וירו בהם. יהודים אחרים נרצחו באופן אקראי כשהתהלכו ברחוב. למחרת, הצבא הגרמני החל לרכז את הגברים היהודים של דאוגבפילס ולהכפיף אותם לטרור, השפלה וכליאה בתנאים אכזריים וצפופים. ניצולים דיווחו: "הם היו תופסים יהודים ברחובות דווינסק ולוקחים אותם לבית הסוהר שבו הם היו מתייסרים קשות. הם נאלצו לשכב על הקרקע ולקפוץ שוב, ומי שלא יכול היה לעשות זאת מספיק מהר נורה.
משטרת העזר הלטבית שמרה על בית הסוהר שבו הוחזקו הגברים היהודים. העבודה הפכה לקשה מנשוא, כי האסירים נאלצו, פשוטו כמשמעו, לעבוד עד מוות. משימה אחת כללה גלגול בלוקים ענקיים של אבן לראש גבעה, אחרת כללה סחיבת קורות כבדים מספר קילומטרים. שומרים גרמנים פגעו באסירים בשוטים כרצונם.
היהודים החלו להיות מוגבלים יותר ויותר. הם נצטוו ללבוש את הטלאי הצהוב והנאצים אסרו עליהם להשתמש במדרכות אלא לרוץ באמצע הכביש, אסרו עליהם לדבר עם מי שאינו יהודי, ולקרוא עיתונים.
טבח פארק הרכבת.
ב-7 ביולי 1941, משטרת לטביה עצרה 1,250 אנשים, בהם 1,125 יהודים, והחזיקה בהם בבית הסוהר המרכזי בדאוגבפילס.
מבין ארבעת מעשי הטבח שהתרחשו בדאוגבפילס, שניים התרחשו בפארק מסילת הרכבת המכונה גם "הגן של עובדי הרכבת", אחד בשטח האימונים הצבאי, ואחד ליד בית הקברות מצפון לעיר.
סידני אוונס, ניצול טבח פארק הרכבת, נתן את תיאורו לטבח: ב-8 ביולי 1941, הגרמנים אלצו מספר יהודים לחפור תעלות בפארק המסילה. ביום שלמחרת, ב-9 ביולי 1941, החל הגרמנים לירות ביהודים ולדחוף את הגופות לתוך התעלות. את הרעש של היריות, שהתרחשו במרווחי זמן קבועים, אפשר היה לשמוע בעיר. השומרים במבצע הזה היו לטבים והמפקחים היו גרמנים. קצין גרמני אחד זמזם את השיר הנודע "פולקת חבית הבירה" כשהוא יורה באנשים בחלק האחורי של הראש. הגרמנים מילאו את כל התעלות שנחפרו בגופות של האנשים שנרצחו ב-9 ביולי, אבל עדיין היו הרבה אנשים שהם התכוונו להרוג. בסופו של ההרג, הניצולים הועסקו בחפירת קברים חדשים ובכיסוי האדמה על הגופות בחפירות הקודמות. למחרת, ב-10 ביולי 1941, ההרג התחדש. חיים קריצקי, ניצול נוסף, דיווח על מה שהתרחש ביום זה בבורות:
קריצקי ניצל כשלגרמנים התברר שטעו בחישוב מספר הגופים שהם יכולים למקם בבורות, ולא היה יותר מקום בתעלות. הם הורו ליהודים שנותרו לכסות את הבורות. כל מי שלא עבד מספיק מהר כדי לכסות את הגופות נצטווה לשכב עליהם ונורה על ידי הקצין הגרמני, שצרח עליהם "יותר מהר, יותר מהר", והשתולל בהיסטריה. מספר ההרוגים אינו ברור. לוינס טען שאלפים נהרגו. הגרמנים דיווחו ב-11 ביולי על 1,150 יהודים שנרצחו. הגרמנים הפרידו מאוחר יותר את אלה שזיהו את עצמם כבעלי מלאכה, כגון נגרים, מאנשי המקצוע. כמה מבעלי המלאכה הוחזקו בחיים במשך זמן מה, אבל אנשי המקצוע נרצחו מייד.
הקמת הגטו.
הקמת הגטו החלה ב-18 ביולי 1941, כפי שאושר על ידי פרנץ ולטר שטאלקר, מפקד האס-דה באזור הכיבוש אוסטלנד: "בחודש יולי, לאחר שהגל הראשוני של הירי שכך, הגרמנים והמקבילים הלטביים המקומיים ריכזו 14,000 יהודים מדאוגבפילס ומאזורים מרוחקים של לטגליה ודחסו אותם לתוך המבצר העתיק, 'המצודה' בדאוגבפילס".
ב-25 ביולי 1941, הגרמנים הוציאו צו שעל כל היהודים לעבור למחרת לתוך הגטו. בנוסף לכל יהודי דאוגבפילס שהתאספו, צעדו לתוך המבצר יהודים מליטא ומהאזור שמסביב לדאוגבפילס. חלקם נאלצו ללכת עד 50 קילומטרים. השומרים הלטביים אכפו פקודותיהם על ידי הכאת העובדים עם שוטים ארוכים.
ניצולת הגטו פאולה פרנקל-זלצמן תארה את הסצנה:
"ביום שלישי בערב שמענו צעקות ממרחק. הצעקות התקרבו יותר ויותר עד שהבנו שמדובר בצעקות של יהודים מעונים. למחרת גיליתי שלתוך הגטו נאספו היהודים שנותרו מכל הכפרים בסביבה ומכל הדרך לריגה. נאמר לאוכלוסייה הלטבית שהם כבר לא יראו יהודים, אפילו לא במוזיאון...".
זאובה, המפקד הגרמני של גטו דאוגבפילס, בלט באכזריות הקיצונית שלו. הוא הוציא להורג אנשים שהפרו את הכללים שלו, במיוחד רבים מאלה שהבריחו מזון. ההוצאות להורג נערכו מול כל האסירים בכיכר הפנימית של הגטו, על מנת להפחיד ולהשפיל אותם.
השתתפות לטבים מקומיים במעשי ההרג בדאוגבפילס הייתה תחילה מינימלית, אך אחרי שבועיים של הכיבוש הגרמני היא הפכה לנרחבת. יחידת אס-דה לטבית הוקמה בדאוגבפילס, כמו גם יחידה של משטרת העזר הלטבית. ארגונים אלה רדפו, הגבילו ובסופו של דבר הרגו את יהודי גטו דאוגבפילס, אם כי לצורך ההרג הגדול, הובא מריגה קומנדו ארייס הידוע לשמצה.
טבח יולי אוגוסט 1941.
ההכנות.
פעולות ירי המוני המשיכו ברציפות באזור דאוגבפילס בסוף יולי, כאשר הוקם הגטו, עד סמוך לסוף אוגוסט. ב-27 ביולי 1941 אלפי אנשים נדחסו לתוך המצודה העתיקה הקטנה, שלא היו בה כמעט מתקנים סניטריים ולא אוכל. ביום 1 באוגוסט, המשטרה היהודית הודיעה כי הוכן מחנה חדש, לא הרחק מהגטו, ועל היהודים שלא היו תושבי דאוגבפילס לאסוף את חפציהם ולעבור לשם.
לדברי פרנקל-זלצמן:
אנשים רבים היו להוטים לעזוב. טור של 2,000 אנשים יצא תחת שמירה של משטרת העזר הלטבית. כמה ימים לאחר מכן, אולי ב-6 באוגוסט 1941, הוצעה הצעה דומה לכל ההורים עם ילדים קטנים.
הרצח ביער פוגליאנקה.
במקום ללכת למחנה חדש, האסירים הוצעדו לקבוצה של קברים שהוכנו בשטח אימונים של הצבא הלטבי לשעבר ביער פוגליאנקה. גרמנים ולטבים דחפו אותם לבורות ירי שנחפרו בעבר וירו בהם. תינוקות לא נורו, אלא פשוט נזרקו לבור ונקברו חיים. כיסוי העפר שנערם על הקברים היו דק למדי, ושני נערים שנפצעו קל בלבד והיו בחלק העליון של הגופות, חפרו את דרכם החוצה ונמלטו מהמקום. שימוש בשטח מיוער כדי להסתיר את מעשי הרצח, היה אופייני לפעולות ההרג ההמוני של הנאצים. בשבועות הראשונים של אוגוסט 1941, האס דה ערך "בחירות" נוספות בגטו, בחירה מי יחיה ומי ימות. היו גם פעולות גדולות ב-18 וב-19 באוגוסט. מרבית האמהות, הילדים, הקשישים והחולים נאספו ונורו. התבצע גם טבח של 400 ילדים מבית היתומים. מי שנבחר לעבודה על ידי הגרמנים, נדרש למסמך הידוע בשם "שיין". בעוד מסמך זה לא היה ערובה להבטיח בהכרח אי שילוח לירי, חוסר במסמך היה מבטיח כמעט בוודאות מוות.
כתוצאה מאקציות שונות באוגוסט, אוכלוסיית הגטו צומצמה לכ-6,000 עד 7,000 בני אדם. על פי הנאצי קרל יגר, יחידה של האיינזצקומנדו 3 הרגה 9,012 יהודים בדאוגבפילס בין 13 ביולי ל-21 באוגוסט 1941. בנוסף, דו"ח נאצי קבע כי 9,256 יהודים הוצאו להורג בדאוגבפילס עד ל-15 באוקטובר 1941. הייתה הפסקה בפעולות הירי לתקופה של 10 שבועות לאחר 22 באוגוסט 1941, עקב חילופי מפקדים בגטו.
החיים בגטו.
דאוגבפילס לא דמה לגטאות אחרים, במובן של אזור בתוך עיר המותאם אישית ליהודים. זה היה בית כלא מאולתר ליהודים, כדי להחזיק בהם עד שיוכלו לחסלם. היהודים הקימו מועצה משלהם של כ-12 אסירים, מעין יודנראט שהורכב ברובו מאנשי מקצוע ואנשים ידועים, על מנת לנהל את ענייניו הפנימיים של הגטו, שבתחילה מנה יותר מ-14,000 איש. מישה מוסנזון, מהנדס, היה מנהיגם. חלק מההכנסות מעבודתם של האסירים הוקצו למועצה היהודית.