מאחר שהיעדר סמכות מרכזית, חופש להקים כנסיות חדשות וגיוון הם מאפיינים מובהקים של הפרוטסטנטיות, מספר הכנסיות השונות הנמנות עליה איננו קבוע ומשתנה ללא הרף. רבות מבין אלו מכירות זו בזו כשותפות מלאות ולגיטימיות ואף מאוגדות בפדרציות גדולות, בעוד שאחרות עצמאיות לגמרי. הרוב חולק עקרונות יסוד דומים נרחבים, אך ישנן קבוצות שנחשבות כסוטות מעיקרי הנצרות על ידי כמעט כל היתר; גם בין הזרמים הגדולים והממוסדים יש מחלוקות עמוקות, כמו זו בין הלותרנים לנצרות המתוקנת (קלוויניסטית) שהייתה אחת מיסודות הפילוג בין הפרוטסטנטים ושנפתרה בדיאלוג רק בשלהי המאה ה-20. כמו כן, בעשורים האחרונים הקיטוב בתוך הכנסיות עצמן בין שמרנים דוגמטיים לליברלים בנושאים כמו סמיכת נשים לכמורה, היחס ללהט"ב והפלות, מהווה שאלה כבדה יותר מאשר החלוקות הישנות ביניהן. באופן גס, ניתן לחלק את הזרמים הפרוטסטנטיים לארבע קטגוריות מרכזיות.
הקבוצה הראשונה היא של הזרמים הקלאסיים המעוגנים בזרם המרכזי של הוגי הרפורמציה. אלה נוטים להיות מאורגנים במבנים כנסייתיים ברורים עם הצהרות אמונה מנוסחות. קטגוריה זו מונה את הלותרנים, שכנסיותיהם הרבות ממשיכות את המסורת התאולוגית שהחלו בה מרטין לותר עצמו ותלמידיו ושעברה התפתחויות מרובות לאורך השנים – במאה ה-18 לבדה היו מאבקים קשים בין הלותרנים האורתודוקסים למאמיני הפייטיזם, שהדגישו את הרוחניות, מחד ותומכי הנאולוגיה הרציונליסטים מאידך. הלותרנים, כמו מייסדם, נמצאים בקצה השמרני של הפרוטסטנטיות ויש להם היררכיה מפותחת, בישופים הנדרשים להסמכת כמרים בדרך כלל וריבוי טקסים ופורמליסטיקה. האיגוד הגדול ביותר הוא הפדרציה הלותרנית העולמית המייצגת להערכתה 72 מיליון נפש ב-144 כנסיות שונות, אם כי יש עוד כמה מיליונים מחוץ לה ובסך הכל הלותרנים מהווים כ-10% מכלל הפרוטסטנטים. הגופים הלותרניים הגדולים ביותר הם הכנסייה האוונגלית האתיופית "מקנה יסוס" עם שמונה מיליון חברים וכנסיית שוודיה הממלכתית עם כשישה מיליון.
הזרם הקלאסי הגדול הנוסף הוא הכנסיות המתוּקנות (Reformed) הנושאות את מורשת הקלוויניזם, אם כי הן מעדיפות את התואר "מתוקן" על פני "קלוויניסטי". מסורתן נוסדה על ידי ז'אן קלווין והוגים מקורבים כמו הולדרייך צוינגלי, ג'ון נוקס ועוד ועברה מהפכים רבים עד לתאולוגים המתוקנים המובילים של המאה ה-20. מבחינה תאולוגית, הן מוכרות בייחוד בשל הדגש על הגזירה הקדומה ועל כך שאלוהים בחר מראש את אלה שייבחר לגאול. הן נחלקות בין הכנסיות המתוקנות הקונטיננטליות שקמו באירופה מצרפת ועד הונגריה, הפרסביטריאניות שמוצאן בעיקר במסורת הכנסייה של סקוטלנד והקהילתיות (קונגרגטיונליסטיות) העצמאיות והמבוזרות. האיחוד המרכזי הוא "הקומוניון העולמי של הכנסיות המתוקנות" , הטוען לייצוג 80 מיליון חברים מ-229 זרמים, וישנם עוד כמה מיליונים באיגודים קטנים יותר. גם המתוקנים מונים 10% או פחות מכלל הפרוטסטנטים.
הזרם הקלאסי הגדול ביותר הוא האנגליקני, עם למעלה מ-85 מיליון נפש החברים בקומוניון האנגליקני העולמי שהארכיבישוף מקנטרברי הוא ראשו הסמלי. לכנסייה האנגליקנית היו הוגים רבים ומסורת מפותחת המעוגנת במחשבת הרפורמציה, אך היא הייתה תמיד גוף ממלכתי הנתון לשליטת הכתר יותר מאשר השקפה דתית עצמאית. היא השמרנית והקרובה ביותר לקתוליות בכל הספקטרום הפרוטסטנטי, מקיימת היררכיה מלאה ואף מסדרי נזירות ומכילה השקפות וזרמים המדגישים את היותם קתוליים בכל למעט כפיפות לאפיפיור.
הקבוצה השנייה יונקת אף היא מהרפורמציה במאה ה-16, אך לא מהזרם המרכזי המתון יחסית אלא מהאגף הרדיקלי שיוצג בעיקר על ידי האנאבפטיסטים; אלא נודעו כך כי סירבו לטבילת תינוקות והתעקשו שרק מבוגרים מאמינים יכולים לעבור את הטקס ולהימנות עם שורות הנוצרים האמיתיים. בהמשך, צצו במאה ה-17 אגודות קיצוניות דומות באנגליה שנאבקו על עצמאות מהכנסייה האנגליקנית. הדוגלים בגישה זו מאופיינים באורח מסורתי (הגם שלא כל ממשיכיהם נוקטים בכך בהכרח היום) בהאדרה של אורח חיים פשוט, פציפיזם והימנעות מאלימות, איסור על שבועות, יחס מחמיר לטקסים כמחוות שטחיות החסרות ערך ואינן יכולות לפצות על אמונה וכוונה אמיתיות, ובחשדנות כלפי כנסיות ממוסדות הקשורות עם הממשל. קבוצות הממשיכות באופן ישיר ורציף את המורשת האנאבפטיסטית הן המנוניטים, ההוטרים והאמיש. הם מונים ביחד בערך 2.5 מיליון נפש וחיים בקהילות מסוגרות השומרות על בידוד מן העולם החיצון. הקווייקרים, שמקורם ברדיקלים האנגלים, מונים כ-300,000 בוגרים; השמרנים מביניהם הביאו לשיא את הסלידה כלפי טקסים ומסרבים אף לערוך טבילה במים. הגדול והמשפיע בין הזרמים מן הסוג הזה הם הבפטיסטים, שראשוניהם פעלו אף הם באנגליה ומושבותיה באמריקה של המאה ה-17. הם דוגלים בטבילת מבוגרים, אוטונומיה קהילתית וריחוק מסוים מיתר החברה. הארגון הבפטיסטי הגדול בעולם הוא הוועידה הבפטיסטית הדרומית בארצות הברית, המונה 15 מיליון נפש, ויש עוד מספר ניכר במאות זרמים בפטיסטים ברחבי תבל: מכון PEW העריך שהבפטיסטים מונים 9% מכלל הפרוטסטנטים, כ-70 מיליון נפש.
קבוצה שלישית כוללת השקפות שקמו עקב מתיחויות פנימיות או ניסיונות לתחייה רוחנית בתוך הזרמים הקלאסיים. זרמים כאלו המשיכו בחלקם להשתייך לכנסיות הממוסדות ובחלקם הקימו כנסיות עצמאיות ונפרדות לפי טעמם. המתודיסטים החלו בתור תנועת תחייה בתוך הכנסייה האנגליקנית שהדגישה את החוויה הרוחנית הבלתי-אמצעית ואת אורח החיים הנוצרי, אך רדיפות הממסד והסמכת מטיפים באופן עצמאי הביאו להפיכתם לגוף נפרד משלהי המאה ה-18. הם עודם מאופיינים בפחות עיסוק תאולוגי ובמתן חשיבות לצדקה, לשיפור האישיות ולחסד. "הכנסייה המתודיסטית המאוחדת" מונה כ-12 מיליון איש בעולם, ו"המועצה המתודיסטית העולמית" המייצגת כ-80 זרמים שונים טוענת שחברים בה 80 מיליון נפש, אם כי PEW אמד את מספר המתודיסטים בתבל ב-3.4% מכלל הפרוטסטנטים או כ-25 מיליון.
האוונגליקלים, החולקים שורשים דומים מאוד, מעמידים במרכז את הצורך "להיוולד מחדש" כנוצרי מתוך חוויית אמונה עזה יחד עם גישות פונדמנטליסטיות בדרך כלל ונטייה לאקסטטיות. רובם לא חברים בגופים עצמאיים אלא מתפקדים כקבוצות השפעה בתוך זרמים קיימים גדולים, מהכנסייה האנגליקנית ועד האיחוד הבפטיסטי הדרומי (שמטיפים אוונגליקלים חשובים כמו בילי גרהם ופט רוברטסון פעלו בשורותיו). בשל כך קשה להעריך את מספרם, אך מוסכם כי הנוטים להשקפה זו מונים עשרות מיליונים. פלג תחייה נוסף שפרש והתמסד הוא האדוונטיזם שנוסד באמצע המאה ה-19 בארצות הברית ומהווה משפחת כנסיות עצמאית. האדוונטיסטים מדגישים את הביאה השנייה הקרובה מאוד, לשיטתם, והכנסייה האדוונטיסטית של היום השביעי אף שומרת את השבת ולא את יום ראשון כיום המנוחה. יש למעלה מ-20 מיליון אדוונטיסטים.
הקבוצה הרביעית היא הכנסיות הכריזמטיות שקמו במאה ה-20 המחשיבות במיוחד חוויה רוחנית אקסטטית עזה המוענקת על ידי רוח הקודש, מעשי נסים ובייחוד את היכולת לדבר בלשונות (במקרים רבים יש קשר קרוב או זהות מלאה בין הכריזמטים לאוונגליקלים). מהדיבור בלשונות, המוזכר בברית החדשה, נגזר שמה של המוכרת בתנועות אלה, הפנטקוסטליזם. מאות ואלפי זרמים המאופיינים בגישה זו הם הכוח העולה והצומח ביותר בפרוטסטנטיות, בייחוד בדרום אמריקה אך גם באפריקה ובארצות הברית. לפי האומדנים הם מונים בכל היקפם, כולל פעילים בזרמים קיימים, סביב מחצית ואף יותר מכלל הפרוטסטנטים בעולם עם בערך 300 מיליון נפש.
היסטוריה.
רקע ומבשרים.
הכנסייה הקתולית בימי הביניים המאוחרים נקלעה מול מספר אתגרים שפגעו באחדותה והחלישו את כוחה והשפעתה. חוגים רדיקליים, שתקפו את הממסד הכנסייתי בעוון סטייה מהטפת ישו לעוני וניתוקו מהמוני המאמינים, היו תופעה מוכרת מאז ומתמיד, וכמותם האשמת הכמרים בשחיתות. אך הקרע המערבי באפיפיורות בין 1378 ל-1417, כשהכנסייה כולה התפלגה בין הטוענים לכס הקדוש, פגע קשות בסמכותה המעשית והמוסרית. שחיתותם המופגנת של האפיפיורים בשלהי המאה ה-15, כמו אלכסנדר השישי על פילגשיו וצאצאיו הלא-חוקיים, דרדרה את מעמדה עוד יותר. לבסוף, התחזקות השלטונות החילוניים (בעקבות התפתחויות כמו המצאת התותח) והחיכוך בינם לממסד הכנסייתי, ומהפכת הדפוס שאפשרה הפצה מהירה של רעיונות, העניקו לאויביה מבפנים יתרונות ובעלי-ברית שלא היו לכופרים בימי עבר.
תביעות לרפורמה – הן אלו שהתגלגלו לפרוטסטנטיות והן אלה שהתבטאו בקונטרה-רפורמציה הקתולית – עלו ממגוון הוגים ומבקרים למן המאה ה-14, ונערכו צעדים מעשיים רבים בכיוון זה. התאולוג האנגלי ג'ון ויקליף קרא מ-1378 לממסד הדתי לוותר על עושרו ומעורבותו בעולם, תוך שהוא משבח את הנסיכים החילוניים ומעודד אותם לפעול כדי לכפות זאת על הכנסייה, גינה את האמונה בטרנסובסטנציאציה, טען לגזירה קדומה בבחירת אלו שנועדו להיגאל במקום דוקטרינת הצידוק המקובלת, ודחף במיוחד לתרגום כתבי הקודש לאנגלית – הכנסייה לא התנגדה מעולם עקרונית לתרגום ללשון המקומית, אך אסרה על תרגומים שהנפיקו תנועות מינוּת ושרפה אותם. תלמידיו הלולרדים של ויקליף הוקעו ככופרים והועלו על המוקד. דמות שהותירה חותם גדול יותר הייתה המטיף הבוהמי יאן הוס, שביקר אף הוא את העושר והשחיתות, דרש וכתב בצ'כית, ותבע לתת למאמין הפשוט את הלחם והיין גם יחד במיסה (שתיית היין על ידי הכומר לבדו הייתה נהוגה בערך מן המאה ה-13). הוס הועלה על המוקד ב-1415, אך מותו הצית את התנועה ההוסיטית, שהדפה בהצלחה כמה מסעות צלב קתוליים עד שהזרם המרכזי בה התפשר עם רומא ב-1433, בתמורה להבטחת מיסה בשני המינים לרוצים בכך בבוהמיה.