אל אינקה גרסילאסו דה לה וגה היה בנם של הקונקיסטאדור הספרדי קפטן סבסטיאן גרסילאסו דה לה וגה אי ורגאס (Sebastián Garcilaso de la Vega y Vargas; בסביבות 1500–1559) ואחיינית של קיסר האינקה ואיינה קאפאק, בשם איסבל סוארס יופאנקי (Isabel Suárez Yupanqui), שנולדה בשם צ'ימפו אוקיו (Chimpu Ocllo). אביו של גומס הגיע ממשפחת האצולה סוארס דה פיגרואה מאקסטרמדורה, והיה אחיינו של המשורר הידוע אז (מת ב-1536). קרובי משפחתו של אביו כללו משוררי רנסאנס ידועים אחרים כמו (מת ב-1479) ו (מת ב-1458). אימו גידלה את הילד בביתו של חבר ספרדי בקוסקו עם שני אחיו הצעירים, גרסילאסו ולאונור. הילד גדל כדו־לשוני, כשהוא שולט בקצ'ואה ובספרדית, ונהנה מחינוך מעולה בבירת האינקה לשעבר לצד צאצאים אחרים של שליטי האינקה וכובשים בולטים. סבו מצד אימו, ואייפה טופאק יופאנקי (Huallpa Túpac Yupanqui; 1481–1533), מילא תפקיד בולט בממשל הקיסרי כאחיו של קיסר האינקה, ודוד רבא וקציני אינקה קודמים שונים פקדו את ביתה של "פאלה" (אצילה) צ'ימפו אוקיו והעבירו את הידע שלהם לילדים. דודו, פרנסיסקו ואייפה טופאק יופאנקי, אחיה הצעיר של אימו, גר גם הוא בבית ומאוחר יותר היה לו קשר עם אינקה גרסילאסו כשהשני כבר התגורר בספרד.
בשנת 1542 הם עברו לביתם בפלאסה קוסיפטה, כיכר מרכזית בקוסקו, בזמן שהאב עבד בממשל העיר. גומס בן ה-9 חווה את תהפוכות מלחמת האזרחים (1544–1548) כאשר אביו נעדר וביתו היה נצור על ידי קונקיסטאדורים יריבים במשך ימים והמשפחה הייתה שרויה בסכנת מוות. לאחר החזרת הסדר על כנו על ידי נשיא , דון פדרו דה לה גאסקה, שמונה על ידי המלך קרלוס הראשון, נפרד סבסטיאן גרסילאסו דה לה וגה מבת זוגו האינדיאנית, שלה, כמעט כמו כל הקונקיסטאדורים, הוא לא היה נשוי רשמית, והתחתן עם הספרדייה לואיסה מרטל דה לוס ריוס, איתה נולדו לו ילדים נוספים. פעולה זו עלתה בקנה אחד עם המדיניות של הספרדית של אותה תקופה, שעוצבה על ידי תפיסות מוסריות נוקשות ופרוטו-גזעניות של אידאולוגיית טוהר הדם שרווחו בספרד, ושרצתה לשים קץ לקשרים הבלתי סדירים של המעמד השליט הספרדי עם נשים אינדיאניות. על פי הדוקטרינה הרשמית, הערבוב בין ספרדים וילידים נתפס כסכנה להתפתחות העתידית של המושבה. אל אינקה גרסילאסו דה לה וגה מתח ביקורת גלויה על התנהגות זו של אביו, אליה נאלץ להיות עד כשהיה כבן 12, מאוחר יותר בספרו "commentaries" (פרשנויות) (1609).
הגירה ותחילת עבודתו.
לאחר מות אביו, הוא הפליג לספרד בשנת 1560, כשהיה רק בן 20, כי אביו השאיר לו כסף בתנאי שילמד בספרד. לאחר שהגיע לשם, והתקבל היטב על ידי קרובי אביו, בעיקר ב בבית דודו אלונסו דה ורגאס אי פיגרואה (Alonso de Vargas y Figueroa; מת ב-1570), שהפך לדמות אב עבורו עם הגעתו ב-1561. הוא ניסה לתבוע זכויות יתר בבית המשפט, משום שלדעתו כבן הבכור וכפי שחשב, היורש של אציל ספרדי שהיה שייך לדור הראשון של הקונקיסטאדורים, ואף היה מושל קוסקו (Corregidor) בשנים 1554 עד 1556. עם זאת, תביעה זו נדחתה בגלל מעורבותו לכאורה במרד נגד הכתר של . בכל מקרה, רק האחים למחצה הצעירים שנולדו לאחר נישואיו של האב יכלו לרשת אותו.
לאחר אכזבה ראשונית זו, הוא רצה לחזור למלכות המשנה של פרו בשנת 1563, אך המשיך לדחות את עזיבתו עד שלבסוף נולד לו בן (מאחת המשרתות שלו), ואימו התחתנה עם ספרדי אחר בפרו הרחוקה. בסופו של דבר, הוא לא חזר לאמריקה. משנת 1564 השכיר את שירותיו כחייל, השתתף בדיכוי מרד ה (1568–1571) ב בפיקודו של והועלה בדרגה לקפטן מלכותי. אולם הוא לא המשיך בקריירה הצבאית שלו, אלא עבר להתגורר במונטייה והחל לכתוב, כשעתידו הכלכלי מובטח על ידי דודו, שהוריש לו את ביתו. בתחילה עבד על תרגומים וכתב יצירות פיוטיות קטנות יותר, אך ככל הנראה מלכתחילה היה עסוק ברעיון לתעד את זיכרונות אימפריית האינקה האבודה לדורות הבאים. בינתיים אימו נפטרה ב-1571. בעקבות מוצאו והמעבר לעולם זר לחלוטין, הוא שינה את שמו מספר פעמים ולבסוף קרא לעצמו "אל אינקה גרסילאסו דה לה וגה" (El Inca Garcilaso de la Vega), על ידי שילוב שם אביו עם כינוי התואר שביטא את השושלת האצילית שלו מצד אימו. הוא עשה זאת אף על פי שנאבק בתחילה כדי להיות מוכר כיורש של אביו, וביודעו היטב שהתואר היומרני "אינקה" לא באמת הגיע לו. לדברי ההיסטוריונית רמדיוס מאטיי (Remedios Mataix), שמו של המשורר הידוע והתואר האקזוטי הבטיחו לו את תשומת הלב הנדרשת בתוך החברה שהייתה זרה לו ובמקביל העניקו לו את תפקיד הזר שאפשר לו לכתוב על עולם שהיה בלתי ידוע לחלוטין לספרדים.
גרסילאסו היה בעל בנפיקיום מקפלה שדודו רכש עבורו, ובסביבות 1579 הוא קיבל מינוי כאיש דת זוטר. קריירה כנסייתית נוספת לא באה בחשבון בגלל מוצאו הבלתי חוקי. יצירתו הספרותית הראשונה הייתה תרגום מאיטלקית של "שיחות על אהבה" (Dialoghi d'amore) של יהודה אברבנאל שפורסם במדריד בשנת 1590. היצירה הוקדשה למלך פיליפה השני, והייתה הספר המודפס הראשון של סופר פרואני בספרד. גרסילאסו השתמש בעבודה על יצירה כמעט אנציקלופדית זו של הנאופלטוניזם של הרנסאנס כדי לתרגל אלגנטיות וביטחון סגנוני ולהעמיק את הידע הכללי שלו. לאחר מות דודתו, הוא התיישב בקורדובה ב-1591 והצטרף לחוגים ההומניסטיים המקומיים. הוא רכש ספרייה מצוידת היטב וקרא והעיר רבות על היצירות שבה. אל אינקה גרסילאסו דיבר לטינית היטב, למד יצירות היסטוריות של פלוטרכוס ויוליוס קיסר וכן כרוניקות בנות זמנו של גילוי וכיבוש אמריקה, וקרא את המשוררים האיטלקיים הפופולריים של תקופתו כמו לודוביקו אריוסטו וג'ובאני בוקאצ'ו. כספר הראשון העוסק בעולם החדש, פרסם גרסילאסו בשנת 1605 כרוניקה על מסעות הגילוי של ארננדו דה סוטו בפלורידה (La Florida del Inca), שעבורה ערך דיווחים של מקורות שונים. בתיאור מסעות הגילוי של אינקה גרסילאסו, מזהים כמה מתורגמנים התקפות סמויות על מדיניות ספרד בפרו, שבכיבושה נטל גם ארננדו דה סוטו חלק, יחד עם פרנסיסקו פיסארו ואביו של המחבר.
עבודתו כהיסטוריון.
הוא כתב את יצירתו העיקרית, "הפרשנויות המלכותיות על האינקה" (Comentarios Reales de los Incas), שהוכנה מאז 1586, אך פורסמה בליסבון רק ב-1609, מזיכרון המסורות שבעל פה שהכיר ממשפחתו, ומהשכלתו, בתוספת מידע שקיבל מקרובים ומכרים המתגוררים בפרו. מטרתו הייתה לספר לקורא הספרדי על ההיסטוריה של האינקה ממקורותיהם המיתיים ועד לניצחון של אטוואלפה על אחיו למחצה ואסקאר. הספר מסתיים בתבוסה של מי שגרסילאסו החשיב כאינקה החוקי, ואסקאר, ובמרחץ הדמים שיזם אטוואלפה של קרובי משפחתו ותומכיו של יריבו לכס המלכות, ערב הכיבוש הספרדי של האימפריה, ואשר אימו של גרסילאסו נמלטה ממנו בקושי. מקום פרסום היצירה מוסבר על ידי הקדשה לנסיכה (1540–1614), נכדתו של מנואל הראשון, מלך פורטוגל. האובייקטיביות של תיאוריו מוטלת בספק.
בסביבות 1612/13 הוא השלים את "ההיסטוריה הכללית של פרו" (Historia General del Perú) כחלק השני של הפרשנויות, שבה מתוארים אירועי כיבוש פרו על ידי פרנסיסקו פיסארו, מלחמות האזרחים בין הכובשים וגורלם של צאצאיהם של שליטי האינקה עד להוצאה להורג של מלך האינקה האחרון, טופאק אמארו (1572). יצירה זו פורסמה לאחר מותו בקורדובה בשנה שלאחר מותו, 1617. יש פרשנים שרואים בחלק הראשון של "הפרשנויות" מחווה מאת האינקה לאימו ולמשפחתה, בעוד שבחלק השני הוא עוסק בתפקידו של אביו במהפכות ובסכסוכים לאחר הכיבוש ומנסה להסביר ולהצדיק את התנהגותו (לדון סבסטיאן גרסילאסו היה מוניטין של חוסר נאמנות משום שהחליף לעיתים קרובות את תמיכתו; הוא זכה לכינוי "התומך בן שלוש השעות" בקרב ותיקי פרו). בהתבסס על פרשנות זו, יש הרואים בחלק הראשון של עבודתו העיקרית האשמה נגד האב הבוגד, המציגה את עצמה כמחאת אינקה נגד גניבת מולדתו, ואילו בחלק השני מתקיים פיוס עם האב, המתחיל באינקה גרסילאסו כיליד במדינה שהולך יד ביד עם מולדתו הספרדית החדשה.
את שנות חייו האחרונות הקדיש לתיקון פואמה מאת אחד מאבותיו הקדמונים, גרסי סאנצ'ס דה בדאחוס (Garci Sánchez de Badajoz, מת ב-1526), שנאסרה על ידי האינקוויזיציה הספרדית, שאת ההיסטוריה המשפחתית ואת אילן היוחסין שלו כבר רשם ב-1596 בהצעת חבר. היצירה השנויה במחלוקת, "טענות איוב המתאימות לתשוקות האהבה" (Liçiones de Job apropiadas a las pasiones de amor), הייתה הטעיה פרודית של ספר איוב המקראי; ואל אינקה - כאיש דת בעצמו בשירות הכנסייה - ניסה לשכתב את הקטעים המטרידים ביותר לצורה המקובלת על הצנזורה של הכנסייה.
אינקה גרסילאסו דה לה וגה מת ב-23 באפריל 1616 בגיל 77. הוא נקבר בקפלה צדדית שתרם בקתדרלה של קורדובה ואת הכתובת על קברו כתב בעצמו.
בזמן המרד של טופאק אמארו השני במאה השמונה עשרה, אסר קרלוס השלישי, מלך ספרד על פרסום הספר "פרשנויות מלכותיות" בלימה בשל "התוכן המסוכן" שבו. הספר הודפס לראשונה ביבשת אמריקה ב-1918, אם כי עותקים בודדים היו במחזור לפני כן.