במישור אופן ניהול האימפריה בכלל וממלכת בבל בפרט, מחקרים הראו שהמוטיב המרכזי של ההשתלטות הפרסית, היה שימור והמשכיות כמעט בכל מרכיבי השלטון המקומיים, כולל במישור הפרסונלי. תהליך השינוי באופן ניהול האימפריה ואופיו של השלטון התרחש באופן הדרגתי ואיטי במיוחד במהלך עשרות שנים.
גם בתעודות אל-יהודו ניכרת יציבות ברורה במעבר בין שתי האימפריות ולמעשה לא ניכרים כל שינויים מהותיים באורח חייהם של יהודי היישובים היהודיים במרחב ניפור, ונראה שגם במרחבים אחרים. עם השנים, לפחות על בסיס התיאור המקראי, אנו עדים להשתלבות משמעותית יותר של יהודים בדרגי השלטון, עד כדי תפקידים בכירים בחצר המלך הפרסי, כגון נחמיה ועזרא.
מבחינה אדמיניסטרטיבית, בארבע השנים הראשונות, ניהול בבל נשאר בידיו של "הממונה על האדמות" (Shakin Temi) הבבלי. בשנת 535 הוקם מחוז אדמיניסטרטיבי גדול (בראשית מה שנקרא במקרא אחשדרפן) המכונה "בבל ועבר הנהר". זה כלל את כל שטח ממלכת בבל עצמה ואזור "עבר הנהר" – כל השטח ממערב לנהר הפרת עד לים התיכון. כלומר, בשלב זה ועד 522 לפנה"ס האחשדרפן הממונה על המחוז, המפקד הצבאי שכבש את בבל, גובארו, היה אחראי הן על גולי יהודה בבבל והן על פחוות יהודה שהוקמה לאחר ההשתלטות הפרסית.
בעקבות סדרת מרידות בבליות בפרסים בשנת 520 לפנה"ס, פוצל התפקיד ומונו שני תתי-אחשדרפנים תחת מול בבל ועבר הנהר – אחד לבבל ושני לעבר הנהר. מושל העל שמונה מעליהם, אושתנו, הופיע גם בתעודות אל יהודו כאחראי על השטח, אולם על יהודה כבר היה אחראי באופן יותר ישיר אדם בשם תתנאי, המוזכר גם במקרא בהקשר של סכסוך היהודים בפחווה עם שכניהם. כלומר, משלב זה חל פיצול חלקי באחריות הפרסית על יהודה מצד אחד ועבר הנהר מצד שני. לא ברור אם היה בכך גם להשליך על הקשר בין שני מוקדי האוכלוסייה היהודית. בשנה הראשונה למלך חשיארש הראשון (כנראה אחשורוש ממגילת אסתר), בעקבות מרידות נוספות בבבל, פוצל מחוז בבל ועבר הנהר סופית לשני מחוזות נפרדים תחת שני אחשדרפנים שונים.
נראה, אם כן שהמעבר מהשלטון הבבלי לפרסי עבר באופן חיובי יחסית לאוכלוסיית גולי יהודה בבבל, הן מעבר חלק של השלטון והן מתן אוטונומיה דתית בעלת הפוטנציאל לגאולה לאומית.
שיבת ציון.
שיבת ציון, שלמעשה מסיימת את תקופת גלות בבל, לא התרחשה כאירוע אלא כתהליך. על פי התיאור המקראי כללה השיבה מספר שלבים:
היקף החזרה מהגלות וגורל היהודים הנשארים ביהודה במהלך הגלות מהווים סוגיות חשובות לתיחום תקופת גלות בבל. בסוגיה זו קיים פולמוס בין שלוש אסכולות מרכזיות:
השפעת הגלות על התרבות והדת היהודית.
מטבע הדברים, לאירוע כה משמעותי בהיסטוריה היהודית השלכות רבות, הן לטווח הקצר והן ולטווח הארוך. עד לימינו, חורבן בית ראשון וזיכרון הגלות נחשבים לאחת הטראומות המרכזיות בהיסטוריה היהודית.
ההשפעות המוכרות ביותר הן בתחום השפה ובלוח השנה:
שפה: עם הגעת הגולים לבבל היו שתי שפות שגורות בפי תושבי הממלכה – הבבלית כשפה הרשמית והמשפטית וארמית כשפה השגורה בפי תושבים רבים בכל המרחב האימפריאלי. בתקופת שלטונו של דריווש הראשון (סביב תחילת המאה החמישית לפנה"ס) אף הוכרזה הארמית כשפת האימפריה הפרסית.
אין עדויות למידת השליטה של גולי יהודה בשפה הבבלית ובכתב היתדות שלה. כל התעודות המנהליות והמשפטיות שנמצאו בהן שמות של יהודאים נכתבו בידי סופרים בעלי שמות בבליים. אין הדבר מצביע בפירוש שאלה לא היו יהודאים, שכן חלק מהגולים אימצו שמות מקומיים וייתכן שרכישת מיומנות השפה כללה גם כינוי או שם בבלי, אבל אין ראיות לכך. יתרה מזו, בתעודות ספורות נראו חריטות של כתב עברי או ארמי שנחרטו כנראה בידי יהודאים שרצו לסמן את התעודות או להעיר עליהן בשפה המוכרת להם.
במהלך השנים לאחר תחילת הגלות החלו גולי יהודה לאמץ את הארמית כשפתם. במהרה התפתח ניב ארמי יהודי – בלשון ובכתב. שפת הכתיבה בספר עזרא, כנראה משקפים את המעבר הזה ואת הפיכתה של העברית לשפת קודש, לעומת הארמית כשפה שגורה עיקרית. עדות לכך ניתן למצוא בספר נחמיה לעניין קריאת התורה בידי עזרא כנראה עם תרגום: וַיִּקְרָא-בוֹ לִפְנֵי הָרְחוֹב אֲשֶׁר לִפְנֵי שַׁעַר-הַמַּיִם, מִן-הָאוֹר עַד-מַחֲצִית הַיּוֹם--נֶגֶד הָאֲנָשִׁים וְהַנָּשִׁים, וְהַמְּבִינִים; וְאָזְנֵי כָל-הָעָם, אֶל-סֵפֶר הַתּוֹרָה (נחמיה, ח', 3). הכתב הארמי היהודי יהפוך עם השנים לכתב העברי המרובע הנהוג גם בשפה העברית המודרנית.
לוח שנה: בספרי התנ"ך מתקופה זו (זכריה, אסתר, עזרא ונחמיה), מצוינים שבעה חודשים (ניסן, סיוון, אלול, כסלו, טבת, שבט ואדר) בשמם המעוברת מבבלית. ייתכן שאזכורים אלה משקפים את אימוץ שמות החודשים הבבליים ללוח העברי.
אין הדבר אומר שלוח השנה עצמו היה בבלי או שלוח השנה העברי המודרני כבר התעצב במלואו בתקופת עזרא. הלוח העברי היה גמיש, ונקבע לפי הכללים המוכרים רק בין המאה הרביעית לשמינית לספירה.
בנוסף להשפעה על לוח השנה של הזרם המרכזי, החשיפה לאסטרונומיה הבבלית הביאה ליצירת לוח השנה במגילות קומראן על ידי כתות בדלניות.
עם זאת, נראה שההשפעה המרכזית של תקופת הגלות עד לשיבת ציון נוגעת דווקא לממד הרוחני. כבר בתיאור המקראי ניכרים השינויים הדתיים שהחיל עזרא הסופר על העם בארץ ונראה שאלה התגבשו כבר בשנות הגלות כלקח מהחורבן וההגליות:
במחקר ביקורת המקרא יוחסה אף חשיבות רבה יותר לתקופת גלות בבל בעיצובה של היהדות ושל כתבי הקודש המוכרים לנו. תקופת גלות בבל, ופעילותו של עזרא בעקבותיה, נחשבות בקרב חוקרי מקרא רבים כאחד מהשלבים המרכזיים של עריכת ספר התנ"ך ואף כתיבת חלק מספרי התורה. בין היתר מייחסים חוקרים לתקופה זו את:
בכך, רואים חוקרים אלה את התקופה כמרכזית בעיצובה של היהדות כפי שהתפתחה בתקופת בית שני. כמו כן, מוצאים חלק מחוקרי המקרא שילוב של השפעות מסופוטמיות מתקופת הגלות על טקסטים מקראיים וגישות דתיות, כגון השפעת הדת הזורואסטרית על מצוות ביהדות (טהרה, היבדלות מהסביבה ואפילו מונותאיזם) או השפעת מיתולוגיות בבליות על סגנון הטקסט המקראי, כגון זה שבספר דברים.
במישור האידאולוגי הציבו טקסטים מקראיים את הבסיס הערכי לכמיהה לארץ הקודש באמצעות שירי קינה וטקסטים נבואיים.
פרשת השבוע
פרשת השבוע היא קטע נבחר מתוך חמשת חומשי התורה המיועד לקריאה שבועית, במטרה להשלים את לימוד התורה כולה במשך שנה אחת. בחלוקה חד-שנתית מתקבלות 54 "פרשות", כאשר בהתאמתם למחזור שנתי לעיתים מאחדים את חלקן זו עם זו לכדי מכלול של 46 עד 53 חלקים. מנגד, היה מנהג קדום יותר בארץ ישראל שלפיו החלוקה הייתה ליותר מקטעים והקריאה במתכונת זו ארכה כשלוש שנים וחצי.
נהוג לקרוא את הפרשה של אותו שבוע בבית הכנסת בכל שבת, ללמוד אותה ולפרש אותה. בנוסף לקריאת פרשת השבוע בשלמותה בשבת, נקראת תחילתה בתפילת מנחה של השבת הקודמת ובתפילת שחרית של ימי שני וחמישי שלפני השבת. בקהילות אשכנזיות בחו"ל נהוג לעיתים לכנות את הפרשות "סדרות" (אך אין לבלבל מונח זה עם נוהג הקריאה הקדום של "סדרים"). פרשת השבוע תחל תמיד בתחילת פרשיה פתוחה או סתומה, למעט בפרשת ויחי.
מקור המנהג בעדות עם ישראל.
ההתפתחות של סדר הקריאה בתורה נעשתה בשלבים. בתחילה הונהגה קריאה של קטעים מוגדרים בחגים ובמועדים, וכן בימי שני, חמישי ושבת. לאחר מכן, כפי הנראה בתקופת המשנה, הונהגה קריאה של קטעי תורה לפי סדר, אך ללא מסגרת מוגבלת של זמן.
החלוקה הנוכחית של פרשות השבוע מותאמת למנהג יהדות בבל, שלפיו היו עוברים על כל התורה בכל שנה. ביהדות ארץ ישראל היו עוברים על התורה רק פעם בשלוש שנים (או שלוש שנים וחצי), ולא הייתה אחידות בקריאת הפרשות בין מקום למקום אלא כל קהילה או אזור סיימו בזמן אחר, ולכן חלוקת הפרשות הייתה שונה והפרשות היו קצרות יותר. עדויות לחלוקת פרשות השבוע לפי מנהג ארץ ישראל נמצאו בספרים ובפיוטים עתיקים, בהם כאלה שנתגלו בגניזת קהיר. יש המשערים שבזמן הקליר היו שנהגו בארץ ישראל לסיים את התורה כל שנה בשבת אחרי שמיני עצרת. במהלך תקופת הגאונים עברו רוב קהילות ישראל לנהוג כמנהג בבל, שבו מסיימים את התורה בשמחת תורה וכ"ד בתשרי הוא "ראש השנה של פרשות". בבית הכנסת בן עזרא בפוסטאט השתמר מנהג קריאה במחזור תלת-שנתי עד ימי רבי אברהם בן הרמב"ם.
השמות לפרשות השבוע נקבעים לפי מילה או מילים מתחילת הפסוק הראשון של הפרשה או השני כאשר הפסוק הראשון הוא נפוץ כמו "וידבר ה' אל משה לאמר". קביעת השמות לפרשות הייתה שונה במקורות שונים. כך לדוגמה: פרשת לך לך - פרשת ויאמר, פרשת יתרו - פרשת וישמע, פרשת תרומה - פרשת וייקחו.
גם בחלוקה עצמה לפרשות היו הבדלים קטנים. בתקופת הגאונים נהגה במקום פרשת בא "פרשת השכם". לפי מנהג יהודי תימן הבלדי נוהגים לחבר את חקת ובלק במקום את מטות ומסעי. מעטים, בעיקר הדרדעים, נוהגים כרב סעדיה גאון ומחלקים את פרשת חוקת לשתי שבתות: חציה הראשון, עד "ויסעו מקדש" (), נקרא עם פרשת קורח, וחציה השני עם פרשת בלק. בספר החינוך, מחולקות פרשות "משפטים" ו"אם כסף תלוה" לשתי פרשות. בהשלמה למחזור ויטרי, מחולקות כל הפרשות של סוף ספר שמות לשתים. במסמך מגניזת קהיר, מחולקות פרשת ויקרא ופרשת צו.
התאמת הפרשות ללוח השנה.
כאשר יום השבת חל באחד מחמשת החגים מהתורה (ראש השנה, יום כיפור, שבעת ימי סוכות, שבעת ימי הפסח ושבועות), אין קוראים בו את פרשת השבוע, אלא קטע מיוחד המתייחס לחג. לעומת זאת, את פרשת וזאת הברכה קוראים תמיד בשמחת תורה, שחל בדרך כלל (ובחוץ לארץ תמיד) ביום חול.