כחלק מתפיסתו את תפקידי הצבא כחורגים מביטחון בלבד, דאג איתן לפיתוח פרויקט חיילי מקא"ם (שנודעו בכינוי "נערי רפול"), במסגרתו גויסו נערים משולי החברה במטרה לשלבם בחברה הישראלית. במקביל, קיבל רפול את הצעת פרופסור פליקס דותן ופרופסור שאול יציב מן האוניברסיטה העברית להקים את תוכנית תלפיות, שמטרתה לשלב את בוגריה ביחידות מחקר ופיתוח בצה"ל ובתעשיות הביטחוניות.
ב-1979 היה איתן הרמטכ"ל הראשון שביקר בארצות הברית ביקור רשמי. בעת ביקורו ב, העניק לו מזכיר ההגנה של ארצות הברית את אות לגיון ההצטיינות.
כרמטכ"ל הוביל קו התקפי אל מול פעילות המחבלים בלבנון. במהלך כהונתו צה"ל תקף מן האוויר, באש תותחים וכן ביצע פשיטות רבות על יעדי מחבלים בלבנון, ובהם מבצע שלכת, מבצע מנורה, מבצע מתח גבוה, מבצע איש דמים, מבצע מוביל, מבצע סיגל ומבצע צלצל. בנוסף הוציא לפועל ביוני 1981 (כחודש ימים לאחר ששכל את בנו הטייס בתאונת אימונים) את תקיפת הכור בעיראק, ופיקד על פעולות הצבא ופריסתו מחדש במסגרת החזרת חצי האי סיני למצרים, ובין היתר, על פינוי והריסת העיר ימית בסוף אפריל 1982.
כמפקד העליון של הצבא, המוסמך להעניק חנינות לחיילים, קיצר איתן, בצעד שנוי במחלוקת, את עונשם של חיילים שרצחו ערבים: סגן דניאל פינטו, קצין צנחנים וחתנו של דני מט, שהורשע ברצח ארבעה לבנונים בעת מבצע ליטני, אבי מכמל, מ"פ בחטיבת גולני שהורשע ברצח שבוי במבצע ליטני, אריה שדה, מג"ד בחיל ההנדסה שהורה להרוג שבוי, וישראל לדרמן, שהורשע ברצח פלסטיני בירושלים בהיותו חייל מילואים, כמעשה נקם.
מלחמת לבנון הראשונה.
ארגון אש"ף הקים החל באמצע שנות ה-70 של המאה ה-20 אזורי שליטה במדינת לבנון שכללו בסיסי צבא ומצבורי נשק. ריכוז המחבלים של ארגון אש"ף התקרב לעשרת אלפים לוחמים. כוחו המדיני בלבנון גדל ובחסות סוריה וחלק ממדינות ערב חומש הארגון והיווה סכנה לגבולה הצפוני של מדינת ישראל וליציבות המשטר בלבנון. איתן, כרמטכ"ל, הגדיר את מיטוט הארגון והסבת פגיעה קשה לו ולאנשיו, והשבת הביטחון לגבול הצפון כמשימת צה"ל בעת פעולה צבאית נרחבת בלבנון. ב-3 ביוני 1982 ניסה ארגונו של אבו נידאל להתנקש בשגריר ישראל בלונדון, שלמה ארגוב. בתגובה הפציץ חיל האוויר מטרות של אש"ף בלבנון, ואלו הגיבו בירי על יישובי הצפון במטחי קטיושות עזים שנפלו גם במרכז העיר קריית שמונה.
ביום שישי, הרביעי ביוני הורתה הממשלה על פתיחת "מבצע שלום הגליל", שהחל ביום ראשון ה-6 ביוני, והוא תחילתה של מלחמת לבנון הראשונה. בבוקרו של יום שישי, לפני תחילת המלחמה נשאל בראיון שהפך מפורסם: "מה בכוונת ישראל לעשות? האם היא תפתח במלחמה?". רפול ענה בקצרה ובאופן אופייני תוך שילוב ידיו: "ואם אני יודע, אני צריך להגיד לך?"
מטרות המלחמה, שתוכניותיה נוסחו זה מכבר תחת שמות הקוד "אורנים גדול" ו"אורנים קטן", היו סילוקה של הישות הפלסטינית המזוינת מגבול הצפון, וכן כינונו של משטר שלטוני בלבנון, בהנהגת באשיר ג'ומייל, אוהד לישראל.
צה"ל מימש את מטרותיו הראשונות בסילוק אש"ף מלבנון ואף סילוק הסורים מלבנון. אחרי סילוק אש"ף מלבנון נשאר צה"ל בלבנון ופופולריות המלחמה החלה לרדת בציבור עקב הצטברות כמות נפגעים והרוגים במלחמה שהתמשכה. במהלך המלחמה הדיח רפול את אל"ם אלי גבע מתפקיד מפקד חטיבה בשל סירוב פקודה. מבחינה צבאית היה לצבא הישג מרשים בלבנון, סילוק אש"ף מלבנון, סילוק הסורים מלבנון, מבצע ערצב 19, הפלת 80 מטוסים סורים ללא אף מטוס קרב ישראלי שיורט על ידם. אך לאחר מכן אירעה שורת כשלים, אשר אחד החמורים בהם הוא הקרב בסולטאן יעקוב. התמשכות המלחמה בלבנון יצרה מחאה שהגיעה לשיאה בהפגנת השמאל כנגד אירועי סברה ושתילה.
פרשת סברה ושתילה.
במהלך שהות צה"ל בבירת לבנון ביירות, בספטמבר 1982, ערך הארגון הלבנוני "הפלנגות הנוצריות" טבח במחנות הפליטים הפלסטיניים סברה ושתילה שבעיר. הטבח אירע לאחר רצח בשיר ג'ומאייל, מנהיג הפלנגות, שנבחר בתמיכת ישראל לנשיא לבנון. בעקבות הרצח של ג'ומייל השתלט צה"ל על מערב ביירות, המאוכלסת במוסלמים (עד אז שלט רק בצד המזרחי, הנוצרי). טיהור מחנות הפליטים מלוחמים פלסטינים הוטל על ידי ישראל על כוחות הפלנגות. הפלנגות נכנסו למחנות הפליטים סברה ושתילה בערבו של 16 בספטמבר, ותוך זמן קצר החלו בהרג חסר הבחנה. הם יצאו מהמחנות בבוקר 18 בספטמבר על פי דרישת צה"ל, ורק במהלך היום החלו להתברר ממדי הטבח. אין ידיעה מדויקת על מספר הנספים בטבח, וההערכה היא שמדובר בכ-700 עד 800 איש.
בעקבות לחץ דעת הקהל בארץ ובעולם מונתה ועדת חקירה ממלכתית, ועדת כַּהָן, לחקור את הטבח. הוועדה קבעה כי אכן לא הייתה מעורבות ישירה של צה"ל בטבח. אולם הוסיפה כי שר הביטחון אריאל שרון אחראי בכך שהתעלם מהסכנה שהפלנגות יערכו במחנות הפליטים פעולות נקם על רצח מנהיגם. בקשר לרפאל איתן קבעה הוועדה, שהייתה לו אחריות למניעת הטבח, ושהוועדה לא תמליץ על הדחתו מתפקיד הרמטכ"ל מהסיבה שהוא ממילא עומד לסיים את תפקידו.
סיום שירותו כרמטכ"ל.
ב-19 באפריל 1983 סיים רפול את כהונתו בתפקיד ראש המטה הכללי, שנמשכה 5 שנים ו-3 ימים, יותר מכל רמטכ"ל אחר.
לקראת פרישתו מצה"ל, המליץ לשר הביטחון משה ארנס למנות כרמטכ"ל את האלוף אביגדור בן-גל, אולם ארנס לא קיבל את המלצתו ולתפקיד מונה האלוף משה לוי. לאחר סיום כהונתו כרמטכ"ל, התנדב איתן לשירות מילואים כטייס, קיבל דרגת ייצוג של רב-סרן והשתתף במשימות קישור ומודיעין.
ארבע שנים לאחר פרישתו מתפקיד הרמטכ"ל, איים לחשוף תוכנן של שיחות טלפון של אלופי המטכ"ל בתקופתו. לדבריו קיבל אישור מהדרג מדיני לביצוע האזנות סתר, וזאת בשל מכת הדלפות.
פוליטיקה.
איתן שובץ במקום ה-25 הסמלי ברשימת "שלומציון" בבחירות לכנסת ה-9 ב-1977, אך פרש מהמשך דרכו הפוליטית, שרק החלה, על מנת להמשיך לתפקד כאלוף פיקוד צפון, ובעתיד - גם כרמטכ"ל. לאחר פרישתו מתפקידו באפריל 1983, והחלפתו על ידי רב-אלוף משה לוי, נכנס איתן לפוליטיקה בשנית. זה מכבר הייתה לו תדמית של "הישראלי השורשי". בעל רקע חקלאי, בעל תחביבים כנגרות, ודאייה בדאון (הוא היה אף בעל רישיון טיס), ובמיוחד בשל האופן הישיר והמשובש לעיתים בו התבטא, נמשכו חוגים רחבים בציבוריות הישראלית אל דמותו. כן בלט בדאגתו לעניינים אקולוגיים - ידועה קריאתו "להתקלח בזוגות" לשם חיסכון במים. האמין גם, כי על האזרח לקחת כמה שיותר יוזמה בנושאים שונים (למשל, להיות "פועל הניקיון" של סביבתו) וכי יש לצמצם ולפשט את הבירוקרטיה בישראל. בתחום הכלכלי, דגל בכלכלת שוק.
טיפוסית היא התבטאותו ב-12 באפריל 1983 בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת לפיה יש להגיב לזריקת אבנים בכבישי יהודה ושומרון בתגובה ציונית הולמת של הקמת יישובים עד שהערבים יוכלו רק "להתרוצץ כמו ג'וקים מסוממים בבקבוק".
בתחילה היה פעיל במסגרת חוג עין ורד, "חוג נאמני ארץ ישראל השלמה של ההתיישבות העובדת" ולאחר מכן במסגרת מפלגה עצמאית בשם צומת. רפול ייצג קו מדיני ימני נוקשה ובלתי מתפשר מחד, וליברליות בנושאים הנוגעים לדת ולמדינה מאידך. הוא נבחר לכנסת ה-11 במסגרת רשימת התחיה-צומת, ובכנסת ה-12 שימש בתפקיד שר החקלאות בין השנים 1990–1991.
לקראת הבחירות לכנסת ה-13 ב-1992 הנהיגה מפלגת צומת תעמולת בחירות שמוקדה בדמותו של רפאל איתן. על פי סקרים שעשתה המפלגה בחודשים שלפני הבחירות, נמצא שעיקר התמיכה במפלגה נובעת מהערכה אישית לאיתן. תומכים מהמעמד הנמוך הדגישו במיוחד את עברו כרמטכ"ל, את התוכניות החינוכיות שקידם בצבא ואת תמיכתו ברפורמה בחינוך. תומכים ממעמד הביניים הדגישו יותר את יושרתו, התנגדותו לכפייה דתית, תמיכתו בגיוס בחורי ישיבות ואת תמיכתו בשינוי שיטת המשטר. בנוסף נמצאה בסקרים קבוצה גדולה של מצביעים ששקלה להצביע עבור צומת בגלל עמדותיו הביטחוניות, שכללו התנגדות לנסיגות ברמת הגולן וביהודה ושומרון ותגובה נוקשה נגד הטרור.
בבחירות עצמן הצליחה תנועת צומת להשיג הישג יוצא דופן של שמונה חברי כנסת, אשר פרט לרפאל איתן לא היו מוכרים במיוחד לציבור. רפאל איתן השאיר את תנועתו באופוזיציה, ולא הצטרף לממשלתו של יצחק רבין. בצומת החלו סכסוכים פנימיים ואיתן לא הצליח לשלוט בסיעתו החדשה. בינואר 1994 פרשו מהסיעה שלושה מחבריה, גונן שגב, אלכס גולדפרב ואסתר סלמוביץ, והקימו את סיעת יעוד. סיעה זו הצטרפה בינואר 1995 לקואליציה ולממשלת יצחק רבין, ובזכות תמיכתה אושר בכנסת הסכם אוסלו ב'.
בבחירות שהתקיימו בשנת 1996, שהיו לראשונה בחירות אישיות לראשות הממשלה, הייתה תמיכתו של רפול חשובה, שכן הבחירות הוכרעו לבסוף בהפרש של כאחוז מכלל הבוחרים. רפול החליט לרוץ עם מפלגת הליכוד, שרצה בבחירות אלו כתנועה מאוחדת עם מפלגתו "צומת" ועם מפלגת גשר שבראשות דוד לוי. לאחר ניצחון בנימין נתניהו בבחירות, הובטח לו תפקיד השר לביטחון פנים, אך עקב חקירה פלילית שהתקיימה נגדו על שימוש פוליטי בפרטים אישיים שהוצאו ממאגרי מידע צבאיים (לאחריה הוא הועמד לדין והודה בעובדות כתב האישום, אך נפסק שעובדות אלה אינן מהוות עבירה), הוא היה מנוע מלכהן בתפקיד זה. רפול קיבל את תפקיד שר החקלאות והגנת הסביבה, וכן מונה לסגן ראש הממשלה. כשר החקלאות מינה את רפי רמון ליושב ראש צוות ההיגוי להקמת מרכז לחקלאות מתקדמת במקווה ישראל. הייתה זו תקופת כהונתו האחרונה בכנסת ובממשלה. השפעתו בתקופה זו הייתה שולית, והתמיכה הציבורית לה זכה התמעטה והלכה.
לקראת הבחירות בשנת 1999 כשלו המגעים של צומת בראשות איתן לרוץ שוב ברשימה משותפת עם הליכוד, והמפלגה התמודדה בבחירות באופן עצמאי, קיבלה רק 4,128 קולות ולא עברה את אחוז החסימה.