בחג השבועות בשנת תש"א 1941, התחולל פוגרום ביהודי בגדאד הידוע בשם "הפרהוד", על רקע דיכוי מרד רשיד עאלי. בפוגרום נרצחו 179 יהודים, 2,118 נפצעו, 242 ילדים היו ליתומים ורכוש רב נבזז. מספר בני האדם שרכושם נבזז הגיע לכ-50,000 בני אדם, כחודש קודם לכן בוצע פוגרום בעיר בצרה. לעזרתם של היהודים בבצרה חשו מספר תושבים מוסלמים, אשר הגנו עליהם; והגם כי נבזז רכוש רב, לא היו פגיעות בנפש. כתוצאה מהפרעות החלה בריחה המונית של יהודי עיראק. פרעות אלו סימנו את תחילת קיצה של אחת הקהילות היהודיות העתיקות ביותר מחוץ לארץ ישראל.
הפּרעות שימשו גורם מאיץ לצמיחתה של המחתרת הציונית בעיראק, שהייתה ארגון חשאי אשר פעל בקרב הקהילה היהודית. המחתרת פעלה בין השנים 1941–1951. מטרותיה היו: חינוך עברי וציוני, הגנה ועליה לארץ ישראל. מחתרת זו פעלה בשלוש זרועות עיקריות: תנועת החלוץ, פעילות מטעם ההגנה ("השורה"), ותנועת העפלה לארץ ישראל.
לאחר הפרהוד הוחלט להקים "גשר" לאורך בסיסי פעולה ותנועות ציוניות בפרס ובארצות מזרח התיכון. באפריל 1942 הגיעו, מא"י לבגדאד, השליחים הראשונים ד"ר חיים אנצו סירני (חינוך), עזרא כדורי (הגנה) ושמריה גוטמן (עלייה). חיש מהר התארגנו קבוצות של לומדי עברית, ותוך שנה הגיע מספר החברים בתנועה מעל 200, והוחל בניצנים ראשונים של פעילות בבצרה וכן בערים נוספות. כמו כן, אורגנו גרעינים ראשונים להגנה עצמית בשם "השורה".
התנועה ראתה בלימוד השפה העברית יסוד חינוכי ראשון במעלה להקניית תרבות יהודים וערכים ציוניים. במרוצת השנים נפתחו 23 סניפים, כמעט בכל הקהילות היהודיות ברחבי עיראק. התנועה החדירה מורים מקרב חבריה לצוותי ההוראה בבתי הספר היהודיים. המחתרת החלוצית לא הייתה כאחד המוסדות החינוכיים הפורמליים, אבל היא שימשה במידה רבה כבית ספר ללימוד עברית, תולדות עם ישראל, תולדות הציונות והיישוב בארץ ישראל, יותר מאוחר גם כמקור להקניית קריאה וכתיבה ליהודים אנאלפביתים.
מיעוט מקרב יהודי עיראק גלו עם השנים מרצונם או מחוסר ברירה לבריטניה ופיתחו שם קהילה משגשגת אמידה ובעלת אמצעים, אשר נכון לתחילת המאה ה-21 פעילה ומחזיקה בתפקידי מפתח בחברה ובכלכלה הבריטית.
המצב הכלכלי.
מצבם הכלכלי של יהודי עיראק היה תלוי באזור מגוריהם.
האזורים תחת חסות שבטית - אזורים אלה היו בדר"כ מקומות מרוחקים מהעיר שבהם השלטון לא היה ישיר, לדוגמה הכפרים. באזורים אלה עבדו היהודים בשני תחומים עיקריים: חקלאות ומלאכה.
המלאכה הייתה נחלתם הכמעט בלעדית של היהודים אך המשק לא היה מפותח וצרכי האוכלוסייה היו מעטים ולכן בעלי המלאכה לא היו "בעלי הון" אך עבדו והרוויחו דיים על מנת לחיות בכבוד.
החקלאות השתמרה אצל היהודים בעיקר בצפון המדינה באזורים כפריים.
לעומת האזורים הכפריים - שלהם לא היה קשר לשלטון המרכזי למרכזי הערים היה. באזורי השלטון המרכזי והערים ניכר שינוי מסוים בעיסוק היהודים, ממקצועות של חקלאות/מלאכה, היהודים החלו להתעסק במסחר. היהודים שעסקו במסחר היו בדרך כלל אנשים אמידים.
מקצועות המסחר העיקריים היו: טקסטיל, מלאכה בכלל וצורפות ובנקאות בפרט. ליהודים כמעט ולא היו מתחרים במקצוע זה מכיוון, שהמוסלמים לא נהגו לעסוק בצורפות מחשש לעבירה על מצוות דתם. מקצוע הצורפות היה כה רווח עד שהוקמו שווקים מיוחדים לצורפים היהודים. היהודים היו הספקים והסוחרים העיקריים באזור השלטון המרכזי.
יהודים רבים עסקו במסחר עצמאי בערים השונות.
אנשים בקהילת יהדות בגדאד היו בעלי קרקעות, בתים וחנויות שרכשו, קיבלו כתרומה או עברו לידיהם. יחד עם כל הקושי היומיומי הקהילה שמרה על אורח חיים יהודי ושילמה כראוי לרב הראשי של הקהילה, לדיינים, לשוחטים, לפקידים, ולאנשים שעובדים באחזקת בית הכנסת, חסד ותלמוד תורה וכו'. מבנה זה של פעילות מעיד על פעילות בעלת אופי דתי. אחוזי הנשים העובדות היה נמוך ולכן הפרטים והכתוב כאן מתייחס בעיקר לגברים.
המקצועות הנפוצים היו:
ניתן לראות כי באזורי השלטון הישיר והערים, החקלאות לא הייתה רווחת בקרב היהודים.
גורמי ההשפעה על המעמד הכלכלי.
גורם השפעה עיקרי היה מקום מגוריהם של היהודים - אם היהודים חיו באזורים כפריים ובצורה שבטית, הם חיו חיים צנועים יותר והתפרנסו בהתאם. אם היהודים חיו בעיר, סביר להניח שהם עסקו במקצועות של תווך ומסחר והיו אנשים אמידים יותר מהיהודים שחיו בכפרים.
בנוסף, כלכלת יהודי עיראק הייתה תלויה במידה רבה בהצלחת האיכר המוסלמי, ובכלכלת עיראק כולה. משמע, אם האיכר המוסלמי היה בשנה טובה מבחינה כלכלית ו"הרשה לעצמו" להוציא יותר כסף מהרגיל, היהודים נהנו מכך והרגישו זאת, בכמויות הקנייה שלהם והרווח הכלכלי שלהם עלה. כלומר, עונת הפעילות הכלכלית של היהודים הייתה מקבילה לעונת היבול החקלאי ולהצלחתו.
משנת 1948.
ערב הקמת המדינה שררה אווירה של פורענות. הממשלה העיראקית הכריזה על משטר צבאי, ואילו "השורה" (גרעינים ראשונים להגנה עצמית) הכריזה על מצב הכן. חברי ה"שורה" התייצבו בעמדותיהם ועמדו נכונים על משמרתם להגן על חיי היהודים. השלטון בעיראק החל להחמיר עוד יותר את מסע הרדיפות, העלילות והדיכוי נגד היהודים. הוחמר הפיקוח של הצנזורה על קשר היהודים עם העולם בכלל ועם א"י במיוחד. סמוך לאחר קום המדינה, מאות יהודים נעצרו, נחקרו ונאסרו בגלל מכתבים שקיבלו מא"י, או סתם נחשדו בפעילות ציונית. פקידי ממשלה יהודים פוטרו וחלקם הושפלו ונשלחו למחנות מעצר. פרנסת היהודים נפגעה קשות. אבטלתם גברה ופעילותם המסחרית צומצמה. התנועה ו"השורה" דווקא הרחיבו את שורותיהן, תוך החמרת תנאי המחתרת. החינוך היהודי עברי המשיך להתקיים כל העת תוך עליות וירידות בהתאם לנסיבות. זמן קצר אחרי ראשית העצמאות העיראקית (1932), ננקטו צעדים שונים מצד השלטונות כדי לשים קץ לכל צורה שהיא של פעילות ציונית, במיוחד בתחום החינוך עד כדי כך שלימוד השפה העברית, נחשב לרוב לחלק מפעילות ציונית, ולו מהטעם הפשוט, שציונים דיברו עברית.
לאחר החלטת החלוקה של האו"ם וכתוצאה מפרוץ מלחמת העצמאות, ולאחריה הקמת מדינת ישראל ב-1948, התגברה הרדיפה של היהודים, (בעקבות חללי צבא עיראק במלחמת העצמאות ובשל שבויים מצבא עיראק שטופלו בידי צה"ל) רדיפה שגרמה להתגברות תנועת הבריחה לישראל, בעיקר דרך איראן. ידועה גם הגעה של חלק מבני הקהילה לקיבוץ בית הערבה, ומספר יהודים שניסו להגיע לישראל דרך סוריה.
בשנות ה-50 החל מבצע עזרא ונחמיה שבו הועלו רוב בני הקהילה הנותרים, כתוצאה מהחלטתה של ממשלת עיראק, לפיה כל יהודי יכול לעזוב את המדינה, בתנאי שיוותר על אזרחותו ועל רכושו. במבצע הועלו לארץ ישראל כמעט כל חברי הקהילה – מעל 120,000 נפש, ונותרו אלפים ספורים. בין העולים היו רוב הרבנים, למעט הרב ששון כדורי. השלטונות ביטלו את סמכויות בתי הדין הרבניים, והעבירו אותן אל בתי משפט אזרחיים של המדינה, שנעזרו במנהיגי העדה כשדנו בענייני אישות. החתונה היהודית המדווחת האחרונה הייתה בשנת 1978, וצעירים יהודיים נוסעים לחוץ לארץ כדי להתחתן, ולרוב אינם שבים לעיראק.
בתקופת שלטון מפלגת הבעת' האנטי-ישראלית, בין השנים 1968–1973, היהודים בעיראק סבלו מהתנכלויות של השלטונות אשר מנעו מהם את חופש התנועה והחרימו רכוש, וכ-50 יהודים נרצחו, באירועי התליות בבגדאד ב-1969 ובאירועים נוספים. בעקבות זאת הואצה עזיבת היהודים, וכאלף מהם עזבו בתקופה זאת את עיראק בעזרת המוסד, ששיתף פעולה עם הכורדים.
כמעט כל אלו שנשארו עזבו את המדינה לאחר מלחמת המפרץ ב-1991. בסוף שנת 1994 דווח בעיתונים ערביים, היוצאים לאור בלונדון, על 50 משפחות יהודיות בבגדאד. החיים הקהילתיים של יהודי בגדאד בשנות ה-90 של המאה ה-20 נסובו סביב "בית הכנסת מאיר טויק", אליו הגיעו עד 25 איש בשבתות ולעד כ-50 בחגים. בראש הקהילה עמד יצחק עזרא עבד-אללה.
בתום מלחמת עיראק בשנת 2003 עלו לארץ כ-40 יהודים, אשר היוו כמחצית מכלל האוכלוסייה היהודית במדינה. לאחריה נותרו בבגדאד כ-30 עד 40 יהודים, אשר עוסקים בעיקר בייצור דבש ומוצרי עור. בשנת 2003 נסגר בית הכנסת האחרון, בהיעדר משתתפים במניין. בתחילת 2008 דווח בניו יורק טיימס כי הקהילה היהודית בבגדאד כמעט נכחדה. בשנת 2008 מספר היהודים במדינה, על פי אומדן הסוכנות היהודית, היה כשמונה נפשות.
בשנת 2021, התגוררו בעיראק 4 יהודים בלבד.
החינוך המסורתי-דתי.
החינוך המודרני בקרב יהודי עיראק החל בשנת 1864, עם הקמת בית הספר אליאנס של חברת כל ישראל חברים (כי"ח) מפריס. עד אז החינוך היה בעל אופי מסורתי–דתי, שיצא גם הוא מקפאונו, בתחילה ארגונית ולאחר מכן גם מבחינת התוכן. מאז הרבע השני של המאה ה-19 שימש "החדר", כמו בכל קהילות ישראל, במזרח ובמערב, כבסיס של החינוך המסורתי–דתי. בעיראק, התקיים במשך דורות רבים רק סוג אחד של "החדר" – החדר שהיה בבעלות פרטית ודרש תשלום עבור הלימודים בו. לכן, רק בעלי היכולת הכלכלית יכולים היו ללמוד בו. בשנת 1832 קם לראשונה החדר הציבורי בבגדאד ונקרא "מדרש תלמוד תורה". הוא הוקם מאיחוד מספר חדרים פרטיים והעברת אחזקתו על חשבון קופת הקהילה. יש לראות בייסוד מדרש תלמוד תורה תפנית חיובית בכיוון בית ספר תקין המיועד לכל שכבות הקהילה כיוון שנתאפשרה חדירת השכלה גם לשכבות מיעוטי יכולת. בעצם, השינוי כאן היה ארגוני–חברתי בלבד.