בספטמבר 1983, נכנסה לפקודות מטכ"ל הוראת קבע שכותרתה "שירות הומוסקסואלים בצה"ל". הפקודה קבעה כי אפשרויות שיבוצם של חיילים הומוסקסואלים יהיו מוגבלות בגין נטייתם המינית משום שזו עלולה להוות סיכון ביטחוני (בדומה ל"בהלת הלבנדר" בארצות הברית). בעקבות כך, בחוברת ההנחיות הבסיסית למאבחנות הפסיכוטכניות שפורסמה בספטמבר 1983 בצה"ל אופיינה ההומוסקסואליות כסטייה מינית. כמו כן החוברת כרכה בין הומוסקסואליות לבין נשיות ובעיות בבריאות הנפש.
לאורך השנים נעשו כמה שינויים בפקודות אלו, שהאחראי הישיר להם היה פרופסור עוזי אבן. פקודות אכ"א של שנות ה-80 התירו להומוסקסואלים לשרת בצבא. הם גרסו כי מפקד יחידה שנודע לו כי חייל הוא הומוסקסואל יפנה את החייל למרכז בריאות הנפש, ותיערך בדיקה על ידי מרכז לבריאות הנפש וגורמי ביטחון שדה הנוגעים בדבר. לנוכח תוצאות הבדיקה של המרכז לבריאות הנפש יכול הצבא להמליץ על קביעת גבולות לשיבוץ החייל, להפסיק את שירותו של החייל לגמרי או לערוך תחקיר ביטחוני מקיף בהתאם לתפקיד שהחייל מיועד אליו. עוד קבעה הפקודה, כי
אף על פי שהפקודות אכן מולאו, באותה תקופה היו לפחות כמה מקרים שבהם שירתו בצה"ל קצינים הומוסקסואלים שהועלו בדרגה ואף זכו להיות מקודמים לתפקידים בכירים. הבכיר מבין קצינים אלו היה ד"ר דורון מייזל, קצין בחיל הרפואה, הומוסקסואל גלוי, מי שהיה אמור להתמנות לקצין הרפואה הראשי של חיל הים. מפקד החיל, האלוף זאב אלמוג, פסל את המינוי שלו אך ורק על רקע נטייתו המינית של מייזל. רפאל איתן, הרמטכ"ל, גיבה את עמדת אלמוג ואף תבע מד"ר ערן דולב, קצין הרפואה הראשי של צה"ל, לקבוע למייזל פרופיל 21 וכן לפטר אותו מהצבא. דולב השיב לאיתן בתגובה כי ההומוסקסואליות אינה מופיעה ברשימת הסעיפים הגורמים להורדת הפרופיל הרפואי הצבאי וגם הטיח בו, כי הוא, איתן, מבטא "עמדה של פרימיטיבי". בסופו של דבר, ויתר איתן. מייזל הועלה לדרגת אלוף-משנה ומונה לקצין רפואה הפיקודי של פיקוד דרום.
כאשר מייזל עמד להיות מקודם לתפקיד הרופא הפיקודי, אלוף הפיקוד, יצחק מרדכי, תמך במינויו, אך קצינים בכירים אחרים התנגדו לכך. הנושא הועבר להכרעה של הרמטכ"ל, דן שומרון, שאישר את המינוי. עוד קודם לפרשה זו, נפוצו שמועות על שומרון כי הוא הומוסקסואל, וקידומו של מייזל על ידי שומרון ליבה עוד יותר את השמועות. כאשר הועלה שמו כמועמד למינוי כרמטכ"ל, ראש הממשלה, יצחק שמיר הקים ועדת בדיקה שמטרתה אישוש או דחייה של השמועות בדבר נטיותו המינית של שומרון. השב"כ הפריך את השמועות, מה שסלל את הדרך למינוי שומרון כרמטכ"ל ה-13.
שינוי החקיקה.
ב-1993 הופיע פרופסור עוזי אבן, שהיה קצין במילואים, בכינוס על זכויות ההומוסקסואלים שארגנה חברת הכנסת יעל דיין במשכן הכנסת. אבן סיפר בהתרגשות על החקירה שהשב"כ ערך סביב נטייתו המינית, ועל כך כי החקירה הביאה להדחתו מכל תפקידיו במערכת הביטחון בחיל המודיעין וגם לשלילת סיווגו הביטחוני, וזאת לאחר שירות של כ-15 שנה בתפקידים הרגישים ביותר. בעקבות כך, ראש הממשלה ושר הביטחון, יצחק רבין, הביא לבחינה מחדש של פקודות מטכ"ל עוד באותה השנה, על ידי הקמת ועדה שבחנה את הנושא. הוועדה ניסחה, בעזרתו של אבן עצמו, הוראות חדשות בעניין שירותם הצבאי של הומוסקסואלים. הוראות אלו, כהוראת קבע של אכ"א, נכנסו לתוקף ב-10 ביוני 1993. הפקודה קובעת בסעיפהּ השני כי: הפקודה קבעה כי השיבוץ והקידום של חיילים הומוסקסואלים לא יוגבל באופן כללי, וביטלה את הקביעות הגורפות משנת 1983 שמנעו הצבה של הומוסקסואלים בתפקידים מודיעיניים המוגדרים סודיים ("תפקידי סוד מועדף" בלשון הפקודה). לבסוף, הפקודה החדשה ביטלה את החובה שהוטלה על המפקדים לדווח על החיילים ההומוסקסואלים שלהם למרכז לבריאות הנפש. עם זאת, הפקודה השאירה בתוקף את חובת הדיווח לביטחון שדה.
ביולי 1993, חודש לאחר כניסת ההוראות החדשות לתוקף, התקיים ברחוב שינקין בתל אביב "יום הגאווה". במסגרתו הוצב ארון עץ סמלי שהועמד לרשות כל מי שרצה להצטלם בעודו מבצע אקט סמלי של יציאה מהארון. בין המצטלמים שם היה גם חייל ושמו יוסי מקייטון. תמונתו של מקייטון לבוש המדים פורסמה למחרת בכמה עיתונים, והדבר חולל רעש תקשורתי. בעקבות כך, מפקדיו החליטו להעמידו על כך לדין. צה"ל טען בזמנו שהעמדתו לדין אינה קשורה לנטייה המינית ההומוסקסואלית שלו, אלא לכך שהפר את ההוראה האוסרת על חיילים לקיים מגע עם כלי התקשורת. מקייטון הועמד לדין, נידון ל-28 ימי מחבוש על תנאי והורחק משירותו בחטיבת הנח"ל. הפרשה עוררה את הדיון הציבורי והתקשורתי סביב שירותם של הומוסקסואלים בצה"ל. כאשר התבקש פרופסור עוזי אבן להתייחס לפרשה, הוא גיבה את עמדת צה"ל וקבע שמקייטון היה "חייל בעייתי" גם לפני יציאתו המצולמת מהארון. בנוסף ראש הממשלה רבין נדרש להגיב לפרשה, והוא אימץ את גרסת הצבא.
פרופסור אייל גרוס טוען כי פרשת מקייטון הטילה צל כבד על הליברליות שהקרינו גם ההוראות החדשות וגם התנהגות המערכת הביטחון בפרשת אבן. גרוס טוען כי:
ב-1996 הוכר אדיר שטיינר באופן רשמי כאלמן צה"ל, על כל הזכויות וההטבות המשתמעות מכך, לאחר מאבק ציבורי ארוך. שטיינר היה בן זוגו של אלוף-משנה דורון מייזל, שנפטר מסרטן בזמן שירותו.
בשנת 1997 פורסם במגזין "הזמן הוורוד" וביולי 2000 ב"ידיעות אחרונות" כי צה"ל עורך בדיקות לאבחון נגיף האיידס בקרב מועמדים לגיוס במקרים שהמועמד מצהיר שהוא הומוסקסואל, וזאת ללא ידיעת המתגייסים.
ב-1998 בוטלה הפקודה שגובשה ב-1993, ולא נותר עוד בפקודות מטכ"ל רמז ליחס שונה או בלתי שוויוני שניתן לחיילים להט"בים. הומואים ולסביות יותר לא נתפסו כמי שיש להתייחס אליהם בחשד או כבעלי סיכון ביטחוני אפשרי. בעוד ששינוי הפקודות ב-1993 לווה בכיסוי תקשורתי רב, הביטול ב-1998 נעשה "בשקט ובהיחבא" על פי ד"ר אייל גרוס: למעשה בוטלה כל התייחסות להומואים ולסביות בפקודות מטכ"ל.
במקביל לשינוי שחל בחברה הישראלית ביחס ללהט"בים, גם צה"ל גילה מדיניות סובלנית בהרבה. ב-1999 פנתה חיילת טרנסג'נדרית למפקדיה בבקשה לשרת כאישה, מכיוון שהיא "אישה לכל דבר, מלבד הגוף". בקשתה אושרה באופן חסר תקדים, והיא הוכרה כאישה. היא הורשתה ללבוש מדי נשים, ושובצה בתפקיד השמור לחיילות. בהמשך נדחתה בקשתה לעבור ניתוח לשינוי מין במהלך השירות, אבל הציעו לה להמשיך בשירותה כאישה. תחת זאת היא בחרה לעזוב את הצבא.
אמיר אוחנה, שלימים הפך לחבר הכנסת מטעם הליכוד וכיהן כשר ההומוסקסואל המוצהר הראשון בתולדות ישראל, עשה את שירותו הצבאי בחיל המשטרה הצבאית. לאחר שירות ברצועת עזה, בכוח שנועד לאבטח את צירי התנועה ברצועה וכחוקר תאונות דרכים בפיקוד הדרום, נשלח לקורס קצינים. על רקע גל הטרור ב-1995 שובץ כמפקד מחסום קרני. בהמשך שובץ כקצין חקירות תאונות דרכים פיקודי של פיקוד הדרום, כמפקד קורס חוקרי תאונות דרכים, ומפקד בסיס המשטרה הצבאית אילת והערבה. לקראת סיום שירות הקבע שירת כקצין חקירות בכיר במצ"ח ב"ש ומצ"ח דן, והוא רב-סרן במילואים. לאחר שחרורו מצה"ל שירת בשנים 2000–2006 בשירות הביטחון הכללי.
המאה ה-21.
קבלת הפקודות בצה"ל באופן רשמי אומנם היוותה שלב משמעותי נוסף במאבקם של להט"בים על הזכות לשרת בצה"ל, אולם לא הייתה זו סופה של האפליה ולצבא היה דרוש זמן כדי להטמיע פקודות אלו בפועל. כך לדוגמה בשנת 2000 עדיין בוצעו שתי הדחות של חיילים וחיילות שקיימו יחסים מין הומוסקסואלים. צה"ל מאידך גרס כי ההדחות נעשו בשל העובדה שהאקטים התקיימו בבסיסים צבאיים. שנה לאחר מכן סגר למשך שבועיים קצין חינוך ראשי, תת-אלוף אלעזר שטרן, את העיתון "במחנה" לאחר שעל שערו הופיע אלוף-משנה במילואים אלי שרון שיצא מהארון וסיפר שאינו מתבייש בנטיותיו המיניות. את ההחלטה נימק שטרן בכך שהבעיה הייתה בעיתוי פרסום הכתבה ערב יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, וכי חשב שראוי שיהיה סיפור הקשור לנופלים, למשפחותיהם ולמורשתם. שנים ספורות לאחר מכן, ביוני 2009, פרסם העיתון "במחנה" ראיון מקיף עם רס"ן יהושע גורטלר, עוזר לפצ"ר דתי לאומי שהוא הומו גלוי. הרבצ"ר אבי רונצקי גינה את פרסום הכתבה, ואף קבע כי. הקהילה הלהט"בית קראה להדיח את הרבצ"ר בעקבות דבריו.
ב-2004 פרסם הרמטכ"ל, משה יעלון, פקודת יום המחדדת את הצו המוסרי של צה"ל בנושא שמירת כבוד האדם, ולפיה:
בשנת 2001 פרסמה עמותת "המועצה הפוליטית לזכויות הגייז בישראל" דו"ח הסוקר את נושא המאבק ההומו-לסבי בישראל בתחומים שונים. בפרק שיוחד לצה"ל, תבעה המועצה התנצלות על היחס המפלה בו נהג הצבא בהומואים ולסביות עד לשנת 1993, אז התקבלה פקודה שאוסרת על אפליה בגיוס לצה"ל ובשירות של הומואים: .
ב-2004 נערך מחקר מקיף שכלל ריאיונות עם כל המומחים הידועים להומוסקסואלים בצה"ל. החוקרים לא הצליחו למצוא ממצא כלשהו המצביע על כך שהחלטת ישראל לבטל את המגבלות על שירות להט"בים פגעה ביעילות המבצעית של צה"ל, מוכנותו הקרבית, אחידות הצבא או המוטיבציה לשרת.
במאי 2005 התלונן חייל בנח"ל החרדי בפני נציב קבילות החיילים על מפקדיו על כך שאלו שהתעללו בו בעקבות נטייתו המינית. בבירור התלונה, כשנשאל אחד ממפקדיו מה צריך לעשות עם חייל שהוא הומוסקסואל, הוא ענה כי . דו"ח נציב קבילות החיילים חשף שני מקרים נוספים של הומופוביה: אחד כלל מפקד, בדרגת סגן, שהטיח בשניים מחייליו ; מקרה אחר כלל מפקד אחר שאמר לפקודיו כי חיילים הומוסקסואלים ראויים ל. בתגובה צה"ל מסר כי הרמטכ"ל רואה בתופעה זו בחומרה, שכן יש בה משום הצבעה על חולשות פיקודיות שבגינן נעשה שימוש בשררה.