המלך והמלכה לא היו מרוצים מחיי הנישואים שלהם. אמנם הזוג המלכותי נהנה מתקופות של רוגע וחיבה, אך אן סירבה לשחק את תפקיד האישה הכנועה כפי שהיה מצופה ממנה. החִיות והאינטלקט הדעתני שהפכו אותה למושכת כמאהבת אסורה, גרמו לה להיות עצמאית מדי לתפקיד הטקסי של רעיה מלכותית, בהתחשב בכך שהנרי ציפה לציות מוחלט מאלו שהיה להם מגע איתו בתפקיד רשמי בחצר. אופייה הלוחמני הקים לה אויבים רבים. כמו כן, הנרי סלד מנרגנותה המתמדת וממזגה האלים, ולאחר היריון מדומה או הפלה ב-1534, הוא ראה את חוסר ההצלחה שלה להעניק לו בן כבגידה. כבר בחג המולד ב-1534, הנרי דן עם קרנמר וקרומוול על הסיכויים לעזוב את אן מבלי להיאלץ לחזור לקתרין. אף על פי שידוע שלהנרי היה רומן עם מרגרט שלטון ב-1535, ההיסטוריונית אנטוניה פרייזר טוענת שלמעשה להנרי היה רומן עם אחותה, מרי שלטון.
ההתנגדות למדיניות הדתית של הנרי דוכאה במהירות באנגליה. מספר נזירים שהתנגדו הוצאו להורג ורבים אחרים הוקעו. המתנגדים הבולטים ביותר כללו את ג'ון פישר, בישוף רוצ'סטר וסר תומאס מור, שסירבו להכיר במלך כראש הכנסייה. גם הנרי וגם קרומוול לא היו מעוניינים בהוצאת השניים להורג; הם קיוו שיחזרו בהם ויצילו את עצמם. פישר התנגד באופן פומבי להנרי כראש הכנסייה, אך מור, שלא כמו פישר, היה זהיר ונמנע מלעבור על חוק הבגידה באופן גלוי; חוק זה (שלא כמו חוקים מאוחרים יותר) לא אסר התנגדות שקטה. שניהם הואשמו מאוחר יותר בבגידה במלכות, אם כי הרשעתו של מור התבצעה באמצעות ראיה מפוקפקת שהתבססה על שיחה יחידה של מור עם ריצ'רד ריץ', פרקליט המדינה. הם הוצאו להורג בקיץ 1535.
הדיכויים הללו, כמו גם חוק פירוק המנזרים ב-1536, תרמו להתנגדות רחבה יותר לרפורמות של הנרי. הבולטת ביותר היא ה-"Pilgrimage of Grace" ("צליינות החסד"), התקוממות גדולה בצפון אנגליה באוקטובר 1536, שבה השתתפו 20,000 עד 40,000 מורדים בהנהגת רוברט אסק, ביחד עם חלק מאצולת הצפון. הנרי השמיני הבטיח למורדים שהוא יחון אותם והודה להם על "העלאת הנושא לתשומת לבו". אסק אמר למורדים שהם הצליחו במשימתם ושהם יכולים להתפזר ולחזור לביתם. הנרי ראה במורדים בוגדים ולא הרגיש מחויב לקיים את הבטחותיו, לפיכך, כאשר מקרי אלימות נוספים התרחשו לאחר הצעת המחילה של הנרי, הוא מיהר להפר את הבטחת החנינה. המנהיגים, כולל אסק, נעצרו והוצאו להורג באשמת בגידה. עוד כ-200 מורדים הוצאו להורג והפרעות הסדר פסקו.
ההוצאה להורג של אן בולין.
ב-8 בינואר 1536, חדשות בדבר מותה של קתרין מאראגון הגיעו אל המלך והמלכה. הנרי קרא להפגנות שמחה פומביות על מותה של קתרין. המלכה הרתה שוב והייתה מודעת להשלכות שיהיו במקרה שלא תלד בן. מאוחר יותר באותו חודש, ב-29 בינואר 1536, יום הלווייתה של קתרין, נפל המלך מסוסו במהלך טורניר, נפצע קשה ולמשך זמן נראה היה שחייו בסכנה. כשחדשות על התאונה הגיעו למלכה, היא הפילה עובר זכר שהיה אז כבן 15 שבועות. האובדן האישי הזה סימן את תחילת הסוף של הנישואים המלכותיים. היות ששאיפתו הנואשת של הנרי לבן הייתה ידועה, רצף הריונותיה של אן משך עניין רב. הסופר מייק אשלי העריך שאן ילדה שני ילדים מתים לאחר ההפלה ב-1536, אך רוב המקורות מעידים רק על לידתה של אליזבת בספטמבר, 1533, הפלה אפשרית בקיץ של 1534 ועל ההפלה של הילד הזכר לאחר כארבעה חודשי הריון בינואר 1536.
על אף שמשפחת בולין עדיין החזיקה בעמדות חשובות במועצה המלכותית, היו לאן אויבים רבים, כולל צ'ארלס ברנדון, דוכס סאפוק הראשון. אפילו דודה, תומאס הווארד דוכס נורפוק, התרעם על הכוחניות שלה. הבולינים העדיפו את צרפת על פני קיסר האימפריה כבן-ברית פוטנציאלי, אך המלך היטה חסדו כלפי האחרון (חלקית בגלל השפעתו של קרומוול), ובכך נגרם נזק להשפעת המשפחה. נגד אן התייצבו גם התומכים בפיוס עם הנסיכה מרי, בתה של קתרין (בהם תומכיה לשעבר של קתרין), שהגיעה עכשיו לבגרות. ביטול הנישואים לאן היה אפשרי, אך מתנגדיה של אן חיפשו עילה להוציאה להורג. רבים האמינו שהשפעתו האנטי-בולינית של קרומוול הובילה לכך.
סופה של אן בא זמן קצר לאחר החלמתה מההפלה האחרונה. האם ההוצאה להורג הייתה תוצאה של האשמות בבגידה, בניאוף, או בכישוף - זו שאלה שנשארה נושא לדיון בין היסטוריונים. סימנים מוקדמים לירידת חנה כללו את הפילגש החדשה של המלך, ג'יין סימור, שעברה לגור באגף חדש בארמון והסירוב שבו נתקל ג'ורג' בולין, אחיה של אן, להתקבל למסדר הבירית, מינוי שניתן במקום זאת לניקולס קרו. בין 30 באפריל ל-2 במאי, חמישה גברים, כולל אחיה של אן, נעצרו בגין ניאוף ובגידה והואשמו בקיום יחסי מין עם המלכה. אן נאסרה גם היא והואשמה בניאוף ובגילוי עריות. אף שהראיות נגדם לא היו משכנעות, הנאשמים נמצאו אשמים ונידונו למוות. ג'ורג' בולין והנאשמים האחרים הוצאו להורג ב-17 במאי 1536, ובשעה שמונה בבוקר, ב-19 במאי 1536, הוצאה אן להורג בטאוור גרין.
נישואיו לג'יין סימור; עניינים פנימיים וחיצוניים.
יום לאחר הוצאתה להורג של אן ב-1536 התארס הנרי לג'יין סימור, שהייתה אחת מבנות הלוויה של המלכה. סימור הייתה ההפך המוחלט מאן בולין; רבים שיבחו את ג'יין על טבעה השליו והעדין. היא אוזכרה על ידי ג'ון ראסל כ"גברת העדינה ביותר שאי פעם היכרתי" וכונתה "האוקיינוס השקט" על ידי השגריר המלכותי צ'פויס בשל מאמציה להשכין שלום בחצר. היא נחשבה לאישה ענווה, עדינה, פשוטה וצנועה, שמשפחתה הגדולה הפכה אותה למועמדת מתאימה ללדת להנרי ילדים רבים. המוטו שלה היה "מחויבת לציית ולשרת". הם נישאו עשרה ימים לאחר מכן.
ב-12 באוקטובר 1537 ילדה ג'יין בן, הנסיך אדוארד - אדוארד השישי לעתיד. הלידה הייתה קשה, וב-24 באוקטובר 1537 מתה המלכה מזיהום ונקברה בטירת וינדזור. האופוריה שאפפה את הולדתו של אדוארד הפכה לצער. לאחר מותה של ג'יין לבש הנרי שחורים במשך שלושה חודשים ולא נישא שנית במשך שלוש שנים. ג'יין הייתה האישה האהובה על הנרי והיחידה שילדה לו יורש זכר.
במחצית הראשונה של שנות השלושים, בזמן שקרל החמישי היה עסוק בעניינים פוליטיים פנימיים בממלכותיו הרבות ובאיומים חיצוניים, ואף הנרי ופרנסואה היו ביחסים טובים באופן יחסי, סוגיות פנים ולא מדיניות החוץ היו בראש סדר העדיפויות של הנרי. ב-1536, לדוגמה, נתן הנרי את הסכמתו לחוקי האיחוד, שמשמעותם הייתה סיפוח ויילס מבחינה חוקית ואיחוד אנגליה ויילס לאומה אחת. בעקבות חוק זה בא לאחר חוק הירושה השני (חוק הירושה 1536), שעל פיו ילדיו של הנרי מג'יין הם הבאים ברצף הירושה. כמו כן משמעות החוק הייתה שמרי ואליזבת הן בלתי חוקיות ובכך נמנעה מהן אפשרות המלוכה. בנוסף, הוענק למלך כוח לקביעת סדר הירושה בצוואתו במקרה שלא יהיה לו צאצא נוסף (הדבר היה לפני לידת אדוארד). מכל מקום, כאשר בינואר 1539 קרל ופרנסואה כרתו שלום ביניהם, הנרי הפך יותר ויותר מודאג. קרומוול, בתפקידו כרב-מרגלים, סיפק להנרי רשימה קבועה של איומים על הממלכה (אמיתיים או מדומים, שוליים או רציניים), והנרי הפך לפרנואיד יותר ויותר. הנרי צבר עושר רב בעקבות פירוק המנזרים; בחלק מהרזרבות הכלכליות הוא השתמש לבניית סדרה של הגנות על החופים וחלק נוסף הוא חסך לשימוש במקרה של פלישה צרפתית – גרמנית.
נישואיו לאן מקליווס.
בתקופה הזו, לאחר שהבטיח לעצמו יורש זכר, הנרי רצה להינשא שוב על מנת להבטיח את הירושה וראה בנישואין עניין פוליטי. בעקבות היפרדות הכנסייה האנגלית מרומא היה חשש מפלישה רומית-קתולית לאנגליה. בשל כך קרומוול, עתה רוזן אסקס, הציע להנרי את אן מקליווס, בתו השנייה של יוהאן השלישי דוכס קלווה שבגרמניה, וקרובה של יוהאן פרידריך הנסיך הבוחר של סקסוניה וראש הקונפדרציה הפרוטסטנטית של גרמניה – שהיה יכול לשמש כבן ברית חשוב במקרה של התקפה כזאת על אנגליה. הנס הולביין הצעיר נשלח לקליווס כדי לצייר דיוקן של אן עבור המלך. לאחר שבחן את הדיוקן של הולביין ודורבן על ידי תיאור מחמיא של אן שניתן על ידי אנשי החצר שלו, הם נישאו ב-6 בינואר 1540, אבל לאחר זמן לא רב הנרי רצה לבטל את הנישואים, כדי שיוכל להינשא לאחרת.
על פי עדות מלוויו, הנרי היה מאוכזב בראותו את אן והרגיש שלא נראתה כפי שתיארו אותה: "היא לא כה נאווה כפי שדווח עליה", הוא התלונן. למרות הספקולציה שהולביין צייר אותה באור מחמיא מדי, סביר יותר שהדיוקן היה נכון; רוב ההיסטוריונים מאמינים שמאוחר יותר הנרי השתמש במראה ה'רע' לכאורה של אן ובכישלונה לעורר בו רצון לממש את הנישואים כתירוץ, וזאת היות שכולם היללו את קסמיה, נוסף לעובדה שלא סר חִינו של הולביין בחצר לאחר מכן.
לאחר ליל כלולותיהם התוודה הנרי בפני קרומוול שהוא לא מימש את הנישואים ואמר: "קודם לכן, חיבתי כלפיה לא הייתה חזקה, אך עכשיו זה נעשה גרוע הרבה יותר". אן לא התווכחה ואישרה שהנישואים מעולם לא מומשו. אירוסיה הקודמים של אן לבנו של דוכס לורן סיפקו עילה נוספת לביטול הנישואים. כתוצאה מכך, הנישואים בוטלו ואן קיבלה את התואר "אחות המלך", שני בתים וקצבה נדיבה. באותו זמן כבר היה ברור שהנרי התאהב בקתרין הווארד, אחייניתו של תומאס הווארד, דוכס נורפוק יריבו הפוליטי של קרומוול.