בסביבות שנת 1328 מנתה אוכלוסיית פריז כ-200,000 תושבים, והייתה לעיר המאוכלסת ביותר באירופה. ואולם, ב-1348, המגפה השחורה רוקנה את העיר מחלק גדול מאוכלוסייתה. במאה ה-14 הקיף שארל החמישי (1371-1380) בחומה את אזור הרובע השלישי והרביעי של ימינו, והרחיב את גבולות העיר לעבר הפון רויאל ושער סן דני.
מורת הרוח הציבורית במהלך מלחמת מאה השנים הזינה את שאפתנותו של מנהיג הסוחרים והפרובוסט של פריז (Prévôt) אטיין מרסל, והביאה להתארגנות הגדולה של שנת 1357, הניסיון הראשון לכפות שליטה כספית וכלכלית על המלוכה, ולאחר מכן למרד הז'אקרי ולמהומות הפוליטיות הגדולות הראשונות בפריז, ב-22 בפברואר 1358. אלו סימנו משבר חדש בין הכתר לבין העיר. המלך לא המשיך להתגורר עוד במרכז העיר, והעדיף לדור בקצוותיה, תחילה באוֹטֶל סָן פּוֹל, ולאחר מכן באוטל דֶה טוּרנֶל, מהם קל היה לחמוק בעתות מצוקה. בשנת 1407 (בעקבות רציחתו של לואי דוכס אורליאן), פרצה מלחמת אזרחים בין קבוצת ארמניאק ובני בורגונדי, שנמשכה עד 1420. לאחר שהעיר נתפסה בידי דוכסי בורגונדיה, שותפי האנגלים במלחמת מאה השנים, אבדה פריז את מעמדה כמקום מושבם של מלכי צרפת.
פריז יצאה חבולה ממלחמת מאה השנים: בשנת 1429 הביאה ז'אן ד'ארק, במסגרת מאבקה בכיבוש האנגלי, לסיום שליטת בני בריתם הבורגונדים בעיר. שארל השביעי ובנו, לואי העשירי שמרו מרחק מהעיר, העדיפו להתגורר בעמק הלואר, ושהו בפריז רק לעיתים נדירות. העיר זכתה שוב להפוך לבירה כאשר שארל השביעי חזר אליה בשנת 1437. ואולם, אף ששימשה עיר הבירה, מרבית המלכים העדיפו להתגורר בטירות עמק הלואר. בין השנים 1422 ל-1500 גדלה אוכלוסיית העיר, וצמחה ממאה אלף למאה וחמישים אלף. צמיחה כלכלית צנועה התרחשה בסביבות אמצע המאה ה-15, אך העיר סבלה מהיעדר החצר המלכותית. פריז הפכה לעיר אדמיניסטרטיבית ומשפטית.
מהרנסאנס ועד למאה השמונה-עשרה.
עידן הרנסאנס, שזכה לציון בידי המלך וחצרו באזור עמק הלואר, לא השפיע לפיכך רבות על פריז. למרות ריחוקה, המונרכיה לא הוטרדה מהוצאותיה הלא מסודרות של העיר. רגולציה אורבנית ראשונה נכנסה לתוקף בצו משנת 1500, אגב בניית גשר נוטרדאם, שהורה לקרות את הבתים בצורה אחידה בלבנים ואבנים בסגנון לואי השנים עשר.
בשנת 1528, פרנסואה הראשון קבע רשמית את מגוריו באזור פריז. המהלך השפיע על הצמיחה האינטלקטואלית: ללימודים האוניברסיטאיים (תאולוגיה והאמנויות החופשיות) נוספו לימודים מודרניים, שעסקו במדעי הרוח ובמדעים המדויקים ורוכזו בקולז' דה פראנס, וזכו לתמיכת המלך. תחת מלכותו של פרנסואה הגיעה אוכלוסיית פריז ל-280,000 איש והפכה לעיר הגדולה ביותר במערב אירופה ובעולם הנוצרי.
ב-28 באוגוסט 1572, תחת מלכותו של שארל התשיעי, התחולל טבח ליל ברתולומאוס הקדוש. מספר הקורבנות נאמד בין אלפיים לעשרת אלפים. הליגה הקתולית, שעוצמתה בבירה הייתה רבה ביותר, התקוממה נגד אנרי השלישי ב"יום המתרסים" (Journée des Barricades) בשנת 1588. המלך נמלט לפני כיתור העיר. לאחר הירצחו של אנרי השלישי הפך אנרי דה נווארה, יורש העצר החוקי, למלך אנרי הרביעי. למרות ההתרוששות והרעב, פתחה לו העיר את דלתותיה רק בשנת 1594, לאחר שהמיר את דתו.
"יום המתרסים" בשנת 1648 מציין את תחילת הפרונד שעורר משבר כלכלי גדול ומשבר אמון במלך בעיר הבירה. על אף ששיעור התמותה בעת הלידה היה גדול, מנתה אוכלוסיית העיר 400,000 איש, הודות להגירה אליה מהכפרים. פריז הייתה עיר עלובה בה שלט חוסר ביטחון רב, עד הקמתו של כוח השיטור תחת גבריאל ניקולא דה לה רייני (Gabriel Nicolas de La Reynie), מפקד המשטרה הראשון של פריז.
בשנת 1677 בחר המלך לואי הארבעה עשר את ורסאי כמקום משכנו של הכתר, ולשם העביר מאוחר יותר, ב-1682, גם את מושב הממשלה. ז'אן־בטיסט קולבר לקח לידיו את ניהול פריז ונע על ציר פריז-ורסאי. בזמן שלטונו, מלך השמש הגיע לפריז עשרים וארבע פעמים בלבד, בעיקר לטקסים רשמיים, והפגין בכך את עוינותו לעיר ולתושביה.
מעבר הכס המלכותי לוורסאי במאה ה-18 לא הוביל לנישול פריז ממעמדה האינטלקטואלי; להפך, הוא תרם באופן אירוני לפתיחות גדולה כלפי רעיונות עידן האורות. הייתה זו התקופה של הסלונים הספרותיים, כזה של מאדאם ז'ופרן (Madame Geoffrin). המאה ה-18 הייתה גם עידן של צמיחה כלכלית שאפשרה גם גידול דמוגרפי. בעיר התגוררו 640,000 תושבים בזמן המהפכה הצרפתית.
בשנת 1715 עזב העוצר פיליפ השני, דוכס אורליאן את ורסאי לטובת הפאלה רויאל שבפריז. לואי החמישה עשר הצעיר עבר להתגורר בארמון טווילרי והעביר את בית המלוכה לזמן מה אל פריז. לאחר 1722 חזר לואי החמישה-עשר לארמון ורסאי וקלקל את הפיוס השביר ששרר בינו לבין הפריזאים.
העיר התרחבה מעט מעבר לגבולותיה, שמצוינים כיום כששת הרבעים הראשונים של העיר, כשגני לוקסמבורג מהווים את גבולה המערבי. לואי החמישה-עשר גילה עניין אישי בעיר, והתערב בהחלטה על הקמת כיכר על שמו (כיום, כיכר הקונקורד), בייסוד האקדמיה הצבאית (אקול מיליטר) ב-1752 ובעיקר, בהקמת כנסייה שתוקדש לז'נבייב הקדושה ב-1754, ומוכרת כיום כפנתאון של פריז.
המהפכה הצרפתית והקיסרות.
בוורסאי החלה המהפכה הצרפתית בעת כינוס אספת המעמדות (États Généraux) ומאוחר יותר, בשבועת מגרש הטניס, ב-20 ביוני 1789. ואולם, הפריזאים שנפגעו מהמשבר הכלכלי (שבא לידי ביטוי במחירי הלחם), קישרו בין הבעיה הפוליטית לבין פילוסופיית הנאורות. הם הונעו גם מתוך שטנה לכוח המלכותי, שנטש את העיר למעלה ממאה קודם לכן, וכך נתנו כיוון חדש למהלך הדברים. כיבוש הבסטיליה ב-14 ביולי 1789, היה השלב הראשון. ב-15 ביולי קיבל האסטרונום ז'אן סילוואן באיי את הפיקוד על העירייה הראשית של פריז, באוטל דה ויל. בערב 5 באוקטובר הגיעו ההפגנות שפרצו על ידי נשות השווקים של פריז, לוורסאי. בבוקר המחרת, פרצו המורדים לארמון והמלך חויב להגיע ולהתגורר בפריז, בארמון טווילרי, ולכנס שם את האספה המכוננת הלאומית, שיצאה אל הפועל ב-19 באוקטובר, באקדמיה המלכותית לרכיבה (le Manège) של הטווילרי.
בליל 9 באוגוסט 1792, השתלטה הקומונה הפריזאית המהפכנית על בניין העירייה. בזמן אירועי 10 באוגוסט 1792, כיתר ההמון את ארמון טווילרי בתמיכת הממשל העירוני החדש. המלך לואי השישה עשר והמשפחה המלכותית נכלאו במצודה "טור די טמפל". המונרכיה הצרפתית (שהושבה על כנה ב-1814) התבטלה. לאחר הבחירות של שנת 1792 התייצבו נציגי הקומונה הרדיקליים באספה הלאומית נגד הז'ירונדינים (שייצגו את הדעה המתונה יותר של בורגנות הפרובינציה), שנדחקו לשוליים ב-1793.
הפריזאים חוו שנתיים של מהומות. שלטון הטרור שלט בתקופת הוועדה לשלום הציבור. שוטרי פריז, תחת סמכות העירייה, הקדישו את כל מרצם לכליאת כל אלו שנתפסו בעיר כאצילים, בורגנים עשירים, כמרים או אינטלקטואלים. מסיבה זו, ראש עיריית פריז, גם כיום, הוא היחיד בצרפת שאינו אוחז בסמכות על המשטרה. מפקד המשטרה בפריז כפוף למדינה, בשונה מיתר ערי צרפת שבה הוא כפוף לראש העיר. ב-21 בינואר 1793 הועלה לגיליוטינה לואי השישה עשר וראשו נערף בכיכר לואי החמישה-עשר, ששמה שונה ל"כיכר המהפכה" (place de la Révolution).תוך שבועות ספורים בלבד הועלו לגרדום 1,119 איש, בהם מארי אנטואנט, דנטון, לבואזייה, ולבסוף גם רובספייר ותומכיו, לאחר הפיכת התשעה בתרמידור (ב-27 ביולי 1794).
בזמן המהפכה לא התפתחה העיר רבות, ומעט אנדרטאות נבנו בה. בשנת 1800 התגוררו בפריז כ-548,000 תושבים. מנזרים וכנסיות רבים הוחרבו ופינו מקום לפיתוחים שנעשו ללא תכנון־על, דבר שהוביל לצמצום האזורים הירוקים בעיר ולציפוף מרכזה. בזמן שלטון הדירקטורט (1795-1799) נבנו בתי מגורים בסגנון נאו־קלאסי.
בשנת 1806, זכתה פריז לאיזון ופיצוי על שנות האובדן בזמן המהפכה, ואוכלוסייתה מנתה כ-650,000 איש. צמיחה זו התרחשה הודות להגירה מאזורי הפרובינציה, שכן שיעור הילודה נותר נמוך כבעבר. מאז אמצע המאה ה-18, העיר נותרה מאחור בהשוואה לתפוצה הכלכלית והדמוגרפית של לונדון, בה התגוררו 1,096,784 איש.
נפוליאון בונפרטה, שתפס את השלטון בשנת 1799, הוכתר כקיסר ב-2 בדצמבר 1804, בידי האפיפיור פיוס השביעי בקתדרלת נוטרדאם. הוא החליט להפוך את פריז לבירת קיסרותו.
מתקופת הרסטורציה ועד הקומונה הפריזאית.
נפילת האימפריה בשנים 1814–1815 הביאה לפריז את הצבאות האנגלים והקוזאקים, שהתמקמו בשאנז אליזה. לואי השמונה עשר, שחזר מהגלות, שב לפריז, הכתיר עצמו למלך והתיישב בארמון טווילרי.
בתקופת הרסטורציה - בזמנם של לואי השמונה עשר, שארל העשירי - ובתקופת המונרכיה של יולי שאחריה, לא הרבו השליטים לעסוק בפיתוח האורבני של פריז. מעמד הפועלים, שנוצר בצרפת באותה תקופה בעקבות המהפכה התעשייתית, הצטופף בעליבות ברבעים המרכזיים של העיר. צפיפות האוכלוסין הרבה, שהגיעה ל-100,000 תושבים לקמ"ר, היוותה גורם מרכזי בהתפרצותן של מגפות: מגיפות כולרה בשנים 1832 ו-1849 השפיעו על אוכלוסיית פריז – המגפה של שנת 1832 גבתה לבדה 32,000 קורבנות מאוכלוסיית העיר, שמנתה 650,000 איש. ההתרוששות ההמונית של העם הפשוט, המופקר והזועם, הצמיחה מרידות חוזרות ונשנות שאותן לא חזה השלטון: הבריקאדות של מהפכת יולי הפילו את שלטונו של שארל העשירי וב-1848 גם את שלטונו של לואי פיליפ. החברה של אותה תקופה תוארה בהרחבה בידי בלזק, הוגו ואז'ן סי.