אחד מדגלי ההשקפה ה'חזון אי"שית' הוא נושא ההקפדה על קוצו של יו"ד בכל הנוגע לקיום ההלכה על כל פרטיה ודקדוקיה. החזון איש ראה בהתנהגות קפדנית זו ערובה ליראת שמים, והקדיש לה את החלק השלישי בספרו ההגותי "אמונה וביטחון", "מוסר והלכה". העצמאות הרבה שהפגין החזון איש כפוסק הובילה אותו להקפדה מופלגת גם על פרטי הלכות שאותן הסיק מהדיון ההלכתי בסוגיות הרלוונטיות. דקדוקים אלו הפכו למזוהים עמו ועם תלמידיו. ידועים ביותר דקדוקיו, עוד מתקופת חייו באירופה, בעיקר בעניינים אלו:
מצוות שבין אדם לחברו, אף הן בכלל דקדוק ההלכה, ולכן הקפיד מאוד שלא יבואו אלה על חשבון אלה. מקורבו הרב שלמה כהן סיפר כי בשנה אחת הורה לו החזון איש שלא לומר את הפסוקים הנהוגים לפני תקיעת שופר, אלא לתקוע בלי להשתהות ולסיים את התפילה במהירות. סיבת החיפזון הובהרה עם תום התפילה: החזון איש שמע במקרה אדם מבוגר וחלוש שענה לבנו המפציר בו לאכול בשל לבו החלש: "לא, מעולם לא אכלתי לפני התקיעות"; כדי שהלה לא ייאלץ להאריך בצומו, קיצר החזון איש את הטקס המסורתי.
מקרה מוכר של דקדוק ההלכה של החזון איש היה חיפושיו אחרי זן אתרוגים ארצישראלי שגדל פרא, כדי למנוע חשש שמא אתרוגים אלו הם פרי הרכבה במין בוטני אחר, עובדה המוציאה את האתרוג, הלכתית, מכלל "אתרוג" הראוי למצוות נטילת ארבעת המינים. עץ האתרוג מועד להרכבה, בשל חולשתו. האתרוגים שנמצאו אכן לוקים מעט ביופיים האסתטי ומתאפיינים בחוסר סימטריה. בציבור החרדי התקבלה גישתו ברבים, וקיים ביקוש גבוה לאתרוגים מעצים שמוצאם מאתרוגים שהחזון איש בירך עליהם. שיטתו בזיהוי האתרוג הארץ ישראלי הקדום, התקבלה על מספר חוקרים.
חלק מהאתרוגים מקורם מעץ ששתל הרב מיכל יהודה ליפקוביץ בחצרו, מזרעים שנמסרו לו על ידי החזון איש, והם מכונים "זן ליפקוביץ", שממנו התפתחו זנים נוספים. קיימים גם "אתרוגי הלפרין מזן חזון איש".
מצוות התלויות בארץ.
החזון איש פעל במיוחד להחדרת תודעה רחבה לקיום מצוות התלויות בארץ, ובעיקר מצוות שמיטה. הוא דרש מקיבוצי פועלי אגודת ישראל לשמור שביעית ללא הסתמכות על היתר מכירת הארץ לגוי על ידי הרבנות הראשית, שאותו שלל. במסגרת פועלו לשמירת מצוות התלויות בארץ יצא לשדה כמה פעמים לעריכת ניסויים ובדיקות ניסיוניות של מושגים בהלכה.
החזון איש פעל גם בענייני תרומות ומעשרות. הוא הקפיד לעשר בביתו אף מאכלים מעושרים, מחשש שלא עישרום כראוי. כמו כן, הוא חידש את נושא פרוטה חמורה שלא היה נהוג לפניו; עודד ודרבן את לימוד סדר זרעים בקרב תלמידי חכמים, והשיב לשואלים רבים בעניינים אלו.
סוגיית השיעורים.
שמו של החזון איש נקשר גם למחלוקת יסודית בנושא ה"שיעורים" המוזכרים במקרא ובתלמוד (אמה, זרת, אצבע, כזית, כביצה ועוד). רבי אברהם חיים נאה (הגרא"ח נאה) פרסם מידות אלו במידות מודרניות (מטרים וגרמים), ולפי שיטתו טפח הוא שמונה סנטימטרים ורביעית היא 86 סמ"ק. החזון איש חלק על שיטה זו, וטען כי המידות האמיתיות גדולות בהרבה – טפח הוא כעשרה סנטימטרים ורביעית כמאה וחמישים סמ"ק.
נקודת המחלוקת העיקרית היא האם להתבסס, כעוגן לשאר השיעורים, על נפח הביצים או על מידת האגודל; הרבנים נאה וקרליץ לא היו הראשונים שנחלקו בנקודה זו – קדמו להם גדולי האחרונים, החת"ם סופר ו"הנודע ביהודה". הרב נאה ביקש לקיים את מנהג היישוב הישן בירושלים, בעוד החזון איש סבר כי המסורת שהייתה בידו מבית אביו וגדולי ליטא באשר לשיעורים הייתה מקובלת על תלמידי חכמים בעלי סמכות גבוהה יותר מזו של המנהג העממי.
כחלק משיטתו זו הסתמך החזון איש על מדידת אצבעו של תלמידו הרב קלמן כהנא אותו החשיב כאדם בינוני לעניין שיעורים ומידות.
בפועל, בציבור הליטאי שיטת החזון איש בנושא זה היא הנורמה הנפוצה. התפשטות המנהג החלה בקרב בוגרי הישיבות הליטאיות ומהם לשאר המגזר. גם בקרב שאר המגזר החרדי, הנוהג לפי מסורת אבותיו בשיעור הקטן יותר, יש המחמירים במצוות מן התורה כפי השיעור הגדול מתוך חשש לשיטת החתם סופר והחזון איש, כפי שהמליץ המשנה ברורה לנהוג במצוות אלו.
הפילוסופיה של ההלכה.
החזון איש גרס שמלבד עצם החיוב המוטל על כל יהודי להישמע להוראות התורה באשר הן, יש להן מטרה להציב את האדם בעמדה של נתין העומד לפני מלכו וסר למרותו. לצורך זה נדרשים מחד גיסא, קבלת מרות מוחלטת וציות לפרטי פרטים; ומאידך גיסא, קיום המצוות בכל תנאי, אף במצב שבו ברור לאדם שאינו יכול לשער במדויק את שנדרש לו לקיום המצווה בשלמותה. זאת מאחר שהעיקר הוא קיום פקודת המלך, ומגבלות האדם והערכותיו נלקחו בחשבון עם הציווי. או בלשונו של החזון איש:
השקפותיו.
אמיתות אגדות חז"ל.
ביחס לדברי חז"ל בחלקי האגדה שבתלמוד ובמדרש, הביע הרב קרליץ עמדה חריפה. לדעתו, אין הבדל בין חלקים אלו לשאר חלקי התורה שבעל-פה; לכולם מקור נבואי מחייב, רוח הקודש, שלה זכו חז"ל מכוח עיונם ועמלם בתורה, ופקפוק באמיתותם הוא כחירוף וגידוף (חירוף וגידוף כלפי מעלה, כלומר, תואנה כלפי האל, במסווה של טענות על אמיתוּת דברי החכמים). יתר על כן, הוא ראה באפשרות זו מדרון חלקלק שראשיתו דיון תאורטי ואחריתו עזיבה מלאה של הדת:
השפעתו על הציבור החרדי.
לחזון איש הייתה תרומה מכרעת לעיצוב היהדות בדור שלאחר השואה. תרומתו מתבטאת במישרין בצורת התנהלותו של הציבור החרדי. הוא חיזק את תחושת חשיבותו של לימוד התורה למשך כל חיי האדם כאידיאל, ולזכותו נזקפת במידה מסוימת יצירת חברת לומדים בישראל. כמי שהיה "גדול הדור" בשעת המפנה שלאחר המלחמה, רוב הישיבות שהוקמו בתקופה זו בארץ ישראל קמו בברכתו ובעצתו – הן לגבי עצם הקמת הישיבה, והן לגבי בחירת המיקום ואנשי הצוות; בהן: ישיבת כפר חסידים בזכרון יעקב, ישיבת השרון ברמת השרון וישיבת באר יעקב. משום כך מייחסים לו הביוגרפים החרדים את התואר "אבי הישיבות בארץ ישראל". דרך תלמידיו ומקורביו הייתה לו השפעה גם על ישיבות מחוץ למגזר זה, כמו מדרשית נעם בפרדס חנה, שנוסדה בברכתו על ידי מקורבו, הרב יהושע יגל.
החזון איש תרם תרומה הגותית לעיצוב מעמד הישיבות כטריטוריה תורנית וכנמל הבית של בני התורה, גם כאשר הם יוצאים לעמל יומם. לדבריו, הישיבה היא . גם בצד המעשי, החזון איש רתם פובליציסטים ואנשי חינוך חרדים נודעים כדי לשכנע מחד גיסא פילנתרופים יהודים לתמוך כלכלית במוסדות שהוקמו בשנות ה-40 וה-50, ומאידך גיסא, לשכנע צעירים לוותר על מסלול קידום אפשרי, ולבחור בחיי לימוד תורה, למרות המשמעות הכלכלית הברורה.
בתוקף מעמדו היה לסמכות חינוכית בולטת בחברה החרדית. מכלל הוראותיו ידועה הייתה דעתו שאין לפלוט החוצה תלמידים שנחשבו ל"מקולקלים", מחשש שמא יסטו לחלוטין מהדרך הדתית.
על אף השפעתו הרבה, השיטה הלמדנית הנפוצה בישיבות הליטאיות היא שיטתו של רבי חיים מבריסק, שהחזון איש התנגד לה. גם מבחינה הלכתית, חלק מפסקיו לא התקבלו ברוב הציבור הליטאי. עם זאת, חלק מהזרם החרדי-ליטאי, המכונה "חזון-אי"שניקים", קיבלו עליהם את תורתו של בכל התחומים. בתוך חוג זה ישנן מספר קבוצות המתרכזות סביב דמויות מקרב תלמידיו. המוסדות הקהילתיים העיקריים שבהם מתרכזים אנשי חוג זה הם כולל חזון איש ובית הכנסת לדרמן שבשיכון חזון איש; הישיבות העיקריות של חוג זה הן ישיבת סלבודקה שבבני ברק וישיבת זיכרון מיכאל שבזכרון יעקב.
גם בקהל החרדי-ליטאי הרחב שאינו נמנה עם חוגם המצומצם של תלמידי החזון איש, אמירות המתפרשות כזלזול בו או מתיחת ביקורת על תורתו מעוררות לעיתים ביקורות חריפות. כך, בסוף 1992, התבטא הרב עובדיה יוסף במהלך שיעור: . בתגובה פורסמו דבריו החריפים של הרב אלעזר מנחם מן שך, מנהיג הציבור החרדי-ליטאי, שאמר בתגובה כי .
יחסו לרב קוק.
יחסו של החזון איש לרב הראשי לישראל בזמן הגעתו לארץ ישראל, הראי"ה קוק, העסיק בעשורים האחרונים של המאה ה-20 ובאלו הראשונים של המאה ה-21 הוגים מקרב הציבור הדתי לאומי, ובעקבותיהם גורמים חרדיים המבקרים את דרכו של הרב קוק. יש הרואים בעמדה החרדית הרשמית, המסתייגת במידה משתנה של חריפות מדרכו של הרב קוק, שִכתוב של דעתו האמיתית והמכבדת של החזון איש, העולה ממכתביו אל הרב וממקורות נוספים.
סמוך לעלייתו לארץ ישראל פנה החזון איש לרב קוק בשתי איגרות קצרות ובהן שאלות הלכתיות בעניינים הנוהגים הלכה למעשה בארץ ישראל ולא בגולה. באיגרות אלה פנה לרב קוק בלשון , תואר שבו השתמש רק עבור הרב איסר זלמן מלצר, הרב חיים עוזר גרודזנסקי, הרב יצחק זאב סולובייצ'יק והרב אלחנן וסרמן. הרב מנחם יהודה הלוי אושפיזאי העיד כי כאשר מסר לחזון איש על מחלתו הקשה של הרב קוק זלגו עיניו דמעות והוא שלח להודיע לרב קוק על כוונתו לבקרו, אך הרב קוק אמר לשליח שהוא חס על ביטול התורה של החזון איש ושימסור לחזון איש שיתפלל עליו בביתו.
ראש עיריית בני ברק הראשון, יצחק גרשטנקורן, מספר בזכרונותיו כי בעת שהגיע הרב קוק לבני ברק שלח להודיע לחזון איש שברצונו לבקרו, החזון איש השיב כי אינו מוכן שהרב קוק יטריח עצמו אליו, והוא יבוא אל הרב קוק. לצורך המפגש לבש החזון איש בגדי שבת. בעת הנחת אבן הפינה לישיבת בית יוסף בבני ברק עמד החזון איש במשך נאום הברכה של הרב קוק, כבוד שלא נתן לגדולי תורה אחרים שדיברו שם. לשואלים מדוע אינו יושב, ענה: ! (מיידיש: "התורה עומדת!").