כתגובה למצב, המנהל האזרחי העלה את מדרגות המס, והטיל קנסות ועיקולים לאלה שלא שילמו מיסים ואגרות. בסיכום השנתי עלתה גביית המיסים בשתי שנות האינתיפאדה הראשונות על ההערכה התקציבית.
על רקע האינתיפאדה הראשונה הוצאו מספר צווים צבאים שהיו להם משמעויות ניכרות בתחום הכלכלי. צו מס' 1262 אפשר התניית מתן רישיונות במגוון תחומים שסופקו על ידי המנהל האזרחי (לדוגמה, קבלה רישיון נהיגה), בתשלום מיסים. צו מס' 1249 עסק בהיטל שהוטל על כלי רכב, כאשר אחד מסעיפיו אפשר את תפיסת הרכב בידי אדם שהוסמך לכך אם ישנו חשד לכך שבעל הרכב לא שילם את ההיטל. כחלק מניסיון לאכוף תשלום מיסים אירעו מקרים בהם הוחרמה תעודת זהות של צד שלישי (דבר שמנע מעבר במחסומי צה"ל וקבלת שירותים שונים), בדרך כלל קרוב משפחה של מי שנדרש לתשלום, וכן הוחרמו רישיונות רכב של צד שלישי על מנת לנסות לאכוף תשלום חובות מיסים.
שנות ה-90.
בשנים הראשונות של שנות ה־90 של המאה ה־20 חלה ירידה ניכרת במספר הפועלים הפלסטינים שהועסקו בישראל, על רקע תקופות מדיניות סגר נרחבת שהוטלה על יהודה שומרון ורצועת עזה, עקב אירועים ביטחוניים שונים, וניסיון ישראל להפרדה בין ישראל לבין יהודה, שומרון ורצועת עזה. מספר הפועלים ירד מכ־116,000 ב־1992 לכ־65,000 ב־1995. הירידה התרכזה בעיקרה במועסקים פלסטינים מרצועת עזה, שמספרם צנח בתקופה זו מ־43,000 ל־4,000. הצורך הדחוף בפועלי כפיים במגזרי החקלאות והבנייה הוביל להיתרים שניתנו להעסקת עובדים זרים, שהחלו להחליף את הפועלים הפלסטינים בהדרגה. ב־1997 הגיע מספרם לכ־200,000. עם זאת, לקראת סוף שנות ה־90, על רקע תקופת שקט יחסי, שב ועלה מספר הפלסטינים שהועסקו בישראל ובהתנחלויות, מספר שהגיע ערב פרוץ האינתיפאדה השנייה לכ־110,000 פלסטינים, כרבע מכלל כח העבודה הפלסטיני (הנתונים לשנים שאחר 1993 כוללים בתוכם גם את תושבי מזרח ירושלים).
חתימת הסכמי אוסלו ב-1993 הובילה להיווצרות מוסדות כלכליים פלסטינים עצמאיים, אך הכלכלה הפלסטינית הייתה תלויה עדיין באופן משמעותי בשלטון הישראלי. בתקופה זו התפתח מאוד ענף המסחר שפנה אל לקוחות ישראלים שהגיעו לקניות ביישובים פלסטיניים. ענף זה פותח בייחוד בבידיא, עיירה פלסטינית שישבה על כביש חוצה שומרון במסלולו הישן, ובערים טולכרם וקלקיליה, יישובים הקרובים גאוגרפית לאזור המרכז והשרון. הצלחת אזור המסחר של בידיא הוביל לתוכניות לפיתוח אזורי מסחר דומים במקומות אחרים ברשות הפלסטינית, תוכניות שנגדעו באחת עם פרוץ האינתיפאדה השנייה. בספטמבר 2000, ערב האינתיפאדה השנייה, עמד התמ"ג השנתי על 1,300 דולר לנפש.
עם זאת, מדדים נוספים ובהם מחקר של הבנק העולמי הצביעו על כמה עיוותים שהשליכו לרעה על הכלכלה הפלסטינית בשנים שלאחר חתימת פרוטוקול פריז. בין היתר דובר בזמנו על העדפות בסחר לטובת ישראל, הגבלות על כושר הייצוא הפלסטיני למדינות ערב, הטיות שיצרו תנאי המכס לטובת ענפים מסוימים במשק הפלסטיני ומגזר ציבורי מנופח שספג לתוכו עובדים רבים ובהם אלו שנפלטו משוק העבודה הישראלי.
בפברואר 1997 נפתחה בורסת פלסטין בשכם. נכון ל-2009 נסחרו בה 36 ניירות ערך, ובשנת 2017, 49 חברות בשווי של 3.6 מיליארד דולר.
מאז היווסדה נהנתה הרשות הפלסטינית מסיוע בינלאומי רחב ביותר. לדברי נייג'ל רוברטס שהיה מנהל ארצי של הבנק העולמי לעזה ולגדה המערבית, קיבלה הרשות את סיוע החוץ הגבוה ביותר יחסית למספר תושביה, בהשוואה לכל סיוע חוץ אחר מאז ומעולם. על פי דו"ח שהגישה הקואליציה למימון למען השלום (FPC) ב-2007 לפרלמנט הבריטי, מאז חתימת הסכמי אוסלו הועברו לרשות בין 14 ל-20 מיליארד דולר כסיוע בינלאומי. הערכות אחרות הצביעו על תמיכה של כ־17 מיליארד דולר מ־1994 ועד 2011, כאשר 7.1 מיליארד התקבלו מהאיחוד האירופי, ו־2.4 מיליארד התקבלו מארצות הברית וקנדה. יצוין, עם זאת, ההפסד המצטבר כתוצאה מהסגרים בשנים 1993–1997 היה גבוה פי שניים מכלל הסיוע שהעבירו התורמות לפלסטינים באותן השנים. בתקופה זו גבריאל באנון שהיו לו קשרים בינלאומיים רחבים שימש כיועץ הכלכלי של יו"ר הרשות.
האינתיפאדה השנייה (2006-2000).
פרוץ האינתיפאדה בשנת 2000 הביאה לפגיעה קשה בכלכלה הפלסטינית, שאף הושוותה על ידי הבנק העולמי להשפעת "השפל הגדול" של שנת 1929 על הכלכלה העולמית. בעקבות הפיגועים נהג צה"ל להטיל סגרים מתמשכים על השטחים, דבר שפגע באפשרות ההעסקה של עובדים פלסטינים במשק הישראלי, והקשר הכלכלי בין ישראל והפלסטינים נותק כמעט לגמרי. אזורי המסחר הפלסטינים שפנו ללקוחות ישראלים הושבתו באחד, לאחר שישראלים נפגעו מפיגועי טרור במקום, דבר שהוביל לכך שהאוכלוסייה הישראלית חדלה לבוא לערוך קניות במקום.
בשנת 2002, בעקבות אירועי האלימות וכניסת מחבלים מתאבדים לשטחי ישראל, סגרה מדינת ישראל את שעריה לכמאתיים אלף הפועלים הפלסטינים שעברו לשטחה מדי יום לעבודה בחקלאות ובבניין, והחליפה אותם בעובדים זרים. בעקבות זאת איבדו אלפי פלסטינים את מקור עבודתם ואחוז האבטלה ברשות נסק. ההשתלטות המחודשת של צה"ל על הערים הפלסטיניות ביהודה ושומרון במהלך מבצע חומת מגן הביאה לקריסת הרשות וחלק מהארגונים הכלכליים בתוכה. לצד מניעת כניסת הפועלים לישראל, הטיל צה"ל בשנים אלו הגבלות משמעותיות על תנועת פלסטינים בשטחי יהודה ושומרון מנימוקי ביטחון מעת לעת, דבר שפגע גם הוא במשק הפלסטיני.
במקביל הועלו טענות כלפי ההנהגה הפלסטינית מתנועת הפת"ח על שחיתויות ונטילת כספים שהיו מיועדים לרווחת כל התושבים, עובדה שתרמה לעליית החמאס לשלטון בשנת 2006. ניצחון החמאס הביא להפסקת הזרמת הכספים לרשות מצד מדינות אירופה וארצות הברית, וזו היוותה פגיעה נוספת בכלכלה הפלסטינית הרעועה, ובעיקר בזו שברצועת עזה.
ב־2006, עם סיומה של האינתיפאדה השנייה עמד שיעור התל"ג לנפש על 1,130 דולר, ירידה של 14% בהשוואה לשנת 2000 .
2006 ואילך.
החל משנת 2006 השתפר המצב הביטחוני ביהודה ושומרון וחלה עליה במספר הפועלים העובדים בישראל, שהגיעו לכ-130 אלף בשנת 2019. בשנים 2008 ו-2009 ניכר שיפור בכלכלת יהודה ושומרון, בעקבות הקלות שהנהיגה ישראל על התנועה והסרת מחסומים פנימיים ביהודה ושומרון, לצד התרת-כניסת ערבים ישראלים לשטחים שבשליטה פלסטינית, ושיפור בסדר ובביטחון בערים. בעקבות זאת נצפתה בשטחים צמיחה של 5–7 אחוזים בשנה, לצד עליה בתוצר לנפש וירידה באבטלה. ברצועת עזה, לעומת זאת, הכלכלה נפגעה קשות עקב הסגר שהוטל על הרצועה לאחר השתלטות חמאס על הרצועה, ושיעור האבטלה בה עמד נכון ל-2009 על כ-37%. הצמיחה בשטחי הרשות הפלסטינית ורצועת עזה ב־2010 עמדה על כ־9%, אך ירדה ב־2011 לכ־6%. עם זאת, המקור העיקרי לצמיחה היה סיוע החוץ שקיבלה הרשות, ולא בעקבות פעולות המגזר הפרטי, ולכן הוגדרה הצמיחה כצמיחה שאינה בת קיימא.
ב-2008 עמד התמ"ג לנפש בשטחי הרשות הפלסטינית ביהודה ושומרון על 2,900 דולר לנפש.
ב-2009 פורסם כי הפלסטינים מתכננים לבנות בתמיכה קטרית עיר חדשה מצפון לרמאללה בשם "רואבי" (מילולית: גבעות), שתאכלס בשלב הראשון 40,000 בני אדם בבנייני דירות, מתוך רצון לפתור את מצוקת הדיור והבנייה הבלתי חוקית של פלסטינים ביהודה ושומרון.
נכון לשנת 2010, הייצוא של מפעלי הרש"פ מיועד בעיקר לירדן, מדינות המפרץ הפרסי וישראל.
כלכלת רצועת עזה תחת שלטון חמאס.
ב־2007 השתלט החמאס על השלטון ברצועת עזה. שליטת החמאס גררה ירידה חדה בייבוא הסחורות דרך ישראל, עצירת הייצוא, וירידה בתל"ג. אך החל מ־2008 החלה שוב עלייה מתונה ביבוא הסחורות מישראל, ועלייה בתל"ג. הייבוא מישראל עובר דרך מעבר כרם שלום, וכפוף להגבלות שונות, ועל כן משמשות מנהרות ההברחה ממצרים כנתיב יבוא עוקף למוצרים האסורים בייבוא מישראל. במנהרות ההברחה ממצרים עוברים בעיקר סגריות ודלק, כאשר הברחת הדלק, שהוא מוצר מסובסד במצרים, גורמת למצרים הפסד של כ־100 מיליון דולר בשנה. עקב התנגדות מצרית משיקולים מדיניים, מעבר רפיח אינו משמש כמעט להעברת אספקה ממצרים לרצועת עזה.
באוקטובר 2012, ערב מבצע עמוד ענן עברו כ־5,000 משאיות אספקה מישראל לרצועת עזה, כאשר האספקה התחלקה לכ־22% מזון וכ־48% חומרי בניין.
על הייבוא מישראל לרצועת עזה מוטל מכס ומע"מ, המועברים לאחר מכן לרשות הפלסטינית הנשלטת על ידי ארגון הפת"ח. על המוצרים המוברחים דרך מנהרות ההברחה מוטל מס מיוחד של שלטון החמאס, מס הגובה על פי ההערכות בין 300 ל־500 מיליון דולר בשנה.
היצוא מרצועת עזה פסק כמעט לחלוטין לאחר השתלטות החמאס, ועומד על כ־10 מיליון דולר בלבד ב־2011. שיעור האבטלה עמד אז על כ־28%, והתל"ג על 1,500 דולר לנפש. כ־70% מתושבי הרצועה הסתמכו על מוצרי בסיס (כדוגמת אורז, קמח ושמן) שהתקבלו מארגוני חוץ, דבר שמונע מצב של רעב ומשבר הומניטרי ברצועה. ענף הדייג, שהיה ענף משמעותי ברצועה בכלכלת הרצועה ובאספקת המזון לה, נפגע עקב הסגר הימי שהטילה ישראל על הרצועה החל מ־2007.
לאחר ההפיכה במצרים (2011), הפכה הברחת הסחורות במנהרות לגלויה, ולגיטימית למעשה. היקפה גדל בהרבה לעומת התקופה שלפני ההפיכה. בקיץ 2012 העבירה קטר כ־400 מיליון דולר ומלאי דלק גדול לשלטון החמאס ברצועת עזה, דרך מצרים.