3. בחודש סיון ה'תשנ"ט (7.6.99) התכנסה ועדת הבחינות וקבעה קריטריון חדש של לימודים במשך שנתיים בלבד (במקום חמש).
המאשימה טענה, כי החלטת ועדת הבחינות הייתה בגדר המלצה בלבד, אשר כדי להקנות לה תוקף מחייב, נדרש אישורה של מועצת הרבנות הראשית. ההגנה טענה, כי אותה החלטה של ועדת הבחינות הייתה בעלת תוקף מחייב. כן טענה ההגנה, כי נקבע, שהקריטריונים המקלים שנקבעו בעניינה של יחוה דעת, יחולו על כלל המכללות. מדוע אם אכן כך, הונפקו תעודות השכלה תורנית גבוהה בדבר לימודים במשך חמש שנים ולא שנתיים? לטענת ההגנה, הרב בקשי דורון הורה לשמור על הנוסח המקורי של התעודה, בשל כבודה של התעודה והעובדה שמדובר ב "תעודה לדורות, לתעודה הזאת יש היסטוריה ולתעודה הזאת יש עתיד, היא לא רק בהווה".
בהכרעת הדין, קיבל השופט את טענת המאשימה.
4. בתעודת ה"יורה יורה" שהונפקה לאנשי כוחות הביטחון, נכתבו שני סייגים, בשונה מתעודת "יורה יורה" רגילה. סייג אחד נכתב באותיות קטנות: "אין בתעודה זו משום מתן כושר לרבנות בפועל". סייג נוסף, שנכתב באותיות מודגשות: "בתנאי שיחזור על לימודיו תמידין כסדרן". בנוסף, להבדיל מתעודת היורה יורה של הרבנות הראשית, בה כונה המחזיק בה בתואר רב ונכתב "יורה יורה כדת של תורה", הרי שבתעודה שהונפקה לאנשי כוחות הביטחון לא כונה מחזיקה בתואר רב אלא "ה"ה", ונכתב רק "יורה יורה". באישורי לימודים לשב"ס (שירות בתי הסוהר) נכתב במפורש "שנתיים שהם שווה ערך של חמש שנות ישיבה".
לטענת ההגנה, סייגים אלה מבהירים, שמדובר בתעודה "לצורכי שכר" בלבד, שאינה יכולה לשמש להוראת הלכות בפועל או לכל תכלית אחרת. לטענת המאשימה, חרף קיומן של הסייגים, התעודה עודנה יוצרת מצג, שהמחזיק בה מוסמך להורות הלכות.
בהכרעת הדין, קיבל השופט את טענת המאשימה. לדברי השופט, אדם המתמצא בעולם הרבני או בא מעולמה של תורה יבחין בקלות בכך, שהתעודות שהונפקו לאנשי כוחות הביטחון לא נועדו להסמיכם לשמש כרבנים - בין אם בשל הסייגים שבתעודות ובין אם לנוכח הנושאים המסוימים בהם הוסמך בעל התעודה. אולם, לדבריו לא ניתן היה לצפות שגורמי השכר בגופי הביטחון יבינו את משמעות דקויות אלו.
טיעוניה המרכזיים של המאשימה.
חלק מן המכללות הנפיקו אישורי לימודים בהם נכתב, כי התלמיד למד בהיקף של 35 שעות שבועיות, בעוד שבמקרים מסוימים, דובר בהיקף של 5–10 שעות שבועיות, או 12 שעות שבועיות. בנוסף, במקרים מסוימים, הגישו המכללות בשם התלמידים אישורים כוזבים או מזויפים בנוגע ללימודים קודמים של התלמידים, זאת על מנת לעמוד במכסת השנים הנדרשת לקבלת תעודת השכלה תורנית גבוהה.
לגבי תעודות הסמיכה לרבנות (תעודת "יורה יורה") שהעניקו המכללות לתלמידיהן, נטען, כי במרביתן נכתב שהרבנים "מאשרים" את התעודה, זאת בניגוד לתעודת "יורה יורה" רגילה, בה כתוב, כי התלמיד "עמד" בבחינות בפני החותמים. בחלק מן התעודות נרשם, כי התלמיד עמד בבחינות בפני החתום על התעודה, אף שבדרך כלל הדבר כלל לא נעשה או שנעשה באופן שלא ניתן לכנותו "בחינה" - התלמידים לא נבחנו על ידי שני רבני עיר מוכרים אלא על ידי אחרים, ולעיתים לא נבחנו כלל.
בתעודות נכתב כי "התלמיד למד 5 שנים בישיבות גבוהות". לדברי המאשימה, זהו מצג כוזב, כי לא ניתן לראות את הלימודים במכללות כמקבילים ללימודים בישיבה גבוהה. גם לא ניתן להתייחס להשתתפותם של התלמידים בשיעורי תורה בבית כנסת, כשווי ערך ללימודים בישיבה גבוהה.
ל-120 תלמידי מכללת קארו שלמדו רק שנתיים, הונפקו תעודות על סמך התחייבות ללמוד בעתיד. במקרים אלה, לא מופיע בתעודות, שהתלמיד מתחייב ללמוד שנים נוספות אלא כתוב, בלשון עבר, כי התלמיד למד 5 שנים. לטענת המאשימה, היה צורך לציין פרט זה בתעודות.
בהצהרתה של הרבנות הראשית במסגרת הבג"ץ שהוגש נגדה, פורסם כי המסלול של אנשי כוחות הביטחון מוקפא עד שיקבעו קריטריונים חדשים למסלול אנשי כוחות הביטחון. בפועל לא פורסמו קריטריונים חדשים ביחס להענקת תעודות השכלה תורנית גבוהה לתלמידי מסלול אנשי כוחות הביטחון, ומועצת הרבנות הראשית לא קיבלה החלטות נוספות בהקשר זה. המאשימה טוענת, כי המשמעות של מצב דברים זה היא, כי הקריטריונים "הרגילים" למתן תעודת השכלה תורנית גבוהה - כפי שנקבעו בנוהלי הרבנות הראשית בעבר - מעולם לא הפסיקו לחול על מסלול אנשי כוחות הביטחון. דהיינו: לימודים במשך 5 שנים בישיבה גבוהה; תעודת "יורה יורה" ועמידה בשלוש בחינות.
על־אף שחלק מהעומדים לדין נכנסו לתפקיד בעיצומה של הפרשה, טענה המאשימה שהיה ביכולתם למנוע את המשכה. כהוכחה לכך, הציגה המאשימה את התייחסותו של הרב הראשי הצבאי לפרשה. עם כניסתו לתפקיד ביום באוקטובר 2010, סירב הרב הראשי הצבאי, הרב ישראל וייס, לאשר את לימודי ההשכלה התורנית הגבוהה של אנשי הקבע בצה"ל. בהודעתו בינואר 2006, מסר, כי המתינו על שולחנו "ערימות" של אישורים לחתימתו, והוסבר לו, כי "החתימה שלי היא תהליך בהסמכתם - כלומר חתימתי היא אישור לכך שאותם נגדים הם תלמידי חכמים שהוסמכו לרבנות. מכיוון שלא הכרתי את המוסדות בהם למדו וחזותם אינה העידה על דתיותם אמרתי לא יעלה על הדעת ואני לא חותם וכך היה ואני לא חתמתי". בעקבות זה, הוחלט בצבא להסתפק באישור המעיד על מעבר בחינה בהצלחה על ידי רבני הערים ובאישור נוסף של הרבנות הראשית לישראל - מחלקת הבחינות הארצית.
טיעוני ההגנה המרכזיים.
לטענת ההגנה הייתה בכתב האישום אכיפה בררנית. הפרקליטות העמידה לדין רק את הדרג הנמוך עליו הם נמנים - ולא העמידה לדין את הדרגים הבכירים בפרשה זו, אף שהם אלה, כך לטענת ההגנה, שהתוו את המדיניות שהובילה למתן הטבות השכר והובילו את המעשים בגינם מואשמים הנאשמים בתיק זה. במסגרת זו, הלינה ההגנה על כך, שראשי המכללות השונות (חלקם חברי מועצת הרבנות הראשית) לא הועמדו לדין, גם לא רבני העיר שחתמו על תעודות היורה יורה.
בנוסף, טענה ההגנה שבכירים ברבנות הסתמכו באופן מוחלט על המסמכים שהוגשו לידיהם, משום שהם נתקבלו ממוסדות שבראשם עמדו אישים בכירים מאוד - חברי מועצת הרבנות הראשית, חלקם רבנים ראשיים לישראל לשעבר. בפרט, אשר לתעודות היורה יורה, טענה ההגנה, כי הוא סמך על הרבנים שחתמו על תעודות היורה יורה, שהם מעניקים את התעודה רק למי שראוי לה. המדובר ברבנים מהשורה הראשונה של הרבנים בארץ.
ההגנה הציגה מספר דוגמאות לחלקם המרכזי של גורמי סמכות בדרג הגבוה יותר:
ההגנה העלתה רבות את הטענה, כי הגורמים האזרחיים בגופי הביטחון היו מודעים לקריטריונים שהוחלו בפועל על התלמידים (שלא היו זהים לחלוטין לנכתב בתעודות), וכי הם החליטו להעניק את הטבות השכר ללא קשר לתעודות שהוגשו להם וללא קשר למשך הלימודים ורמתם. זה היה דבר שלא ניתן להסתיר אותו, בגלל כמות האנשים שהיו מעורבים: מאות שוטרים ואנשי צבא, עשרות מקבלי החלטות, עשרות מזכירות, ובני משפחותיהם. אחד הדברים הבולטים שנראה שהיו מודעים אליו הוא חוסר קיום אורח חיים דתי. למעשה, רוב הלומדים היו חילונים.
לטענת ההגנה, בידי אותם בכירים שהועמדו לדין, לא היה את הכלים לבדוק בעצמם, כמה שנים ושעות למד כל תלמיד, מהי רמת שליטתו בחומר הנלמד והאם אכן האמור באישורים על לימודים קודמים שהגישו התלמידים, הוא אמת. לדברי ההגנה, הרבנות הראשית "לא מעמידה חוקרים ויחידות חוקרות לבדוק האם המסמכים על פניהם נראים ראויים או המוסדות על פניהם מוכרים".
הכרעת הדין.
שופט בית המשפט המחוזי בירושלים אמנון כהן, הגיש באפריל 2014 את הכרעת הדין שכללה 845 עמודים. כהן הרשיע שבעה מהעומדים לדין. בין העבירות המיוחסות לנאשמים: קבלת דבר במרמה, ניסיון לקבלתו וסיוע לכך; מרמה והפרת אמונים; זיוף מסמך בכוונה לקבל באמצעותו דבר, שימוש בו ונתינתו. עברות אלו הוכפלו במספר התלמידים שקבלו תעודות.
רוב הנאשמים הואשמו בקבלת דבר במרמה, למרות שלא קיבלו דבר לעצמם. קבלת ה"דבר" במרמה מתייחסת לגופי הביטחון שהעניקו לתלמידים תוספות שכר בסך 2,000-4,000 ש"ח מדי חודש, על פי התעודות שקיבלו מהרבנות. חלק מהנאשמים הואשמו בקבלת דבר במרמה, מפני שקיבלו מהרבנות תעודה של "השכלה תורנית גבוהה" על סמך מסמכים לא מדויקים שהם הציגו לרבנות. אף על פי שתעודות אלו לא קיבל הנאשם בשביל עצמו או בני משפחתו, אלא בשביל אנשי כוחות הביטחון.
עוד נפסק, שלא היה בסמכותו של הרב אליהו בקשי דורון - מתוקף היותו רב ראשי בישראל - לשנות את הקריטריונים למתן תעודת ההשכלה תורנית גבוהה על דעת עצמו. לפי הכרעת הדין, אין לייחס להוראתו "להעלים עין" כל תוקף מחייב.
לדברי השופט, תמצית התיק היא "כוונותיו רצויות אך מעשיו אינם רצויים".
גזר הדין.
בספטמבר 2014 נגזרו על המורשעים עונשי מאסר שונים. על הנאשם הראשון, שפעל עבור רוב המכללות, נגזרו 7 שנות מאסר וכן קנס על סך 500 אלף שקל. על שאר הנאשמים נוספים נגזר עונש שבין 4 שנות מאסר לעבודות שירות.
ערעורים לבית המשפט העליון על הרשעות אלה נדחו ברובם.
הרב אליהו בקשי דורון.
הראשון לציון, הרב אליהו בקשי דורון, שקיבל את ההחלטה לאשר את הלימודים, העיד אחר כך (בינואר 2004) על טעותו. לדבריו, הוא כינס את מועצת הרבנות ואמר "עשינו טעות, כי ראשית-כל ראיתי שיש דרישה להקל על הבחינות, כי התחילו לחצים שהם לא יכולים לעמוד ברמה ... בנוסף אצל השוטרים היה מדובר בשוטרים דתיים, אצל החיילים היה מדובר כאמור בקבוצה גדולה יותר, ושם גייסו כל מיני אנשי קבע, שזה היה מסחרי, ואמרו לי שיש שם מורים שיש שם בקושי דתיים".