הציונות ההרצליאנית, שנולדה כאמור ב"פרשת דרייפוס", עסקה בעיקר בחזון ובמעשים הלאומיים והמדיניים. אלה נתפסו כנושאי העשייה העיקריים הדרושים להצלתו של העם היהודי מהאנטישמיות, ומהמציאות הקשה הצפויה לו בהישארו בגולה. תפיסתו הציונית של הרצל נשענה על המקורות המסורתיים היהודיים, אך משנתו ותוכניותיו התאפיינו ברציונליזם, בליברליזם ואף במהפכנות. הרצל סבר שתשועתם המדינית של היהודים תלויה בעיקר ברצונם העצמי הקיבוצי, בנחישותם להשיג עצמאות מדינית ותרבותית, וביכולתם לממש אותה בארץ ישראל, גם אם בסבל רב וגם אם ילוו בתחושות של ייאוש ומרי. עם זאת, הוא ראה חשיבות בתכנון יציאה מסודרת של היהודים מאירופה, ותמך בקואופרציה ובארגון ההתיישבות היהודית בארץ. כך למשל כתב בספרו "מדינת היהודים":
תוכנית פעולה שיטתית ומדורגת שורטטה בחיבוריו של הרצל על יציאת היהודים מהגולה אל ארץ ישראל; תנועת ההגירה לארץ תהיה רצונית וחופשית, לאחר שתוברר לבאים חשיבות היציאה מהגולה וחשיבות בניית ריבונות עברית חדשה בארץ ישראל. התוכנית התבססה במידה רבה גם על עקרונות היצע וביקוש, ועל הרצון והיוזמה של יחידים וקבוצות לשפר את תנאי המחיה והרווחה הכלכלית והתרבותית שלהם. על פי התוכנית, יבואו תחילה חלוצים חסרי הון ויבנו תשתיות בארץ, ואז התנועה והמסחר יתגברו; בעקבותיהם יבואו רבים נוספים, בעלי הון זעיר או גדול, המורגלים לתנאים נוחים, ועל כן ידאגו להסדיר תנאים כאלה בארץ במרחב הציבורי והפרטי. עם זאת, התוכנית הייתה חדורה במניעים מהמסורת היהודית, בקריאה לחלוציות ולהקרבה, כתנאי למימוש הרעיון הציוני, בשאיפה לצדק חברתי ולשוויון זכויות אזרחי במדינה היהודית העתידית, ובדרישה לפשטות וליעילות:
דוד בן-גוריון, שהגשים את חזונו של הרצל כראש ממשלתה הראשון של המדינה היהודית, אמר: "גדולתו של הרצל היא בכך שהפך את העם היהודי, המפוזר והמפורר, לעם פוליטי, לראשונה אחרי אלפיים שנה".
שיתוף פעולה עם הציבור האורתודוקסי.
הרצל האמין בצורך "למצוא פשרות פוליטיות פנים-יהודיות בנושאי דת ולאום" מול הזרמים האורתודוקסים במטרה לאפשר שיתופי פעולה בהגשמת מטרות הציונות, וכך, אף שקודם לכן ביקש לקדם התבוללות, כמנהיג ציוני התאמץ לקרב את הזרמים האורתודוקסיים למפעל הציוני.
ברוח זו גייס הרצל רבנים אורתודוקסים שישתתפו בקונגרס הציוני הראשון ואף כיבד אחד מהם לשאת ברכת שהחיינו. בפתיחת הקונגרס הציוני הראשון הכריז הרצל כי הציונות היא "שיבה אל היהדות עוד לפני השיבה אל ארץ היהודים", ובמהלכו השתתף, יחד עם ידידו מקס נורדאו, בתפילות בבית הכנסת האורתודוקסי בבזל. מספר חודשים לאחר מכן פרסם הרצל את המאמר "המנורה" בו העלה על נס את חשיבות שיתוף הפעולה עם קבוצות נוספות ביהדות, בהן יהדות מזרח אירופה שהייתה אורתודוקסית ברובה.
הצעתו לדגל למדינה היהודית.
ב-3 ביוני 1895 הסביר הרצל במכתב אל הברון הירש בפריז את חשיבותו של הדגל, כסמל המאחד אנשים ומוביל אותם:
הרצל הגה מספר גרסאות לדגל – הן דגל לבן עם שבעה כוכבים זהובים, כנגד שבע שעות עבודה ביום בלבד – מזכויותיהם של העובדים במשנתו של הרצל. הצעה נוספת משלו הייתה דימוי של מגן דוד שבכל אחד מפינותיו מתנוסס כוכב קטן וכוכב נוסף בראשו.
דימוי שבעת הכוכבים נלקח אל סמל העיר תל אביב-יפו, סמל הרצליה וסמל חברת "צים", וכוכבי הזהב מתנוססים על ארובות אוניותיה של החברה.
זכויות אדם במשנתו.
הרצל הכיר והושפע ממכלול של משנות הוגים אשר עסקו בזכויות האדם בעת החדשה, ובכתביו נשמעים קולות מזרמי מחשבה בני זמנו, ליברליזם, סוציאליזם, ועקרונות של שוויון זכויות, כתפיסת עולם מוצקה המונחלת לחוקת המשטר של המדינה המודרנית. הכללים החברתיים והמשפטיים שנוסחו בכתביו, כמשרטט את דמותה של מדינה יהודית ודמוקרטית בארץ ישראל, הם:
בספרו "מדינת היהודים", שרטט הרצל הפרדה מוחלטת בין דת ומדינה, ללא כפייה דתית במדינה העתידית:
יהיה בה חופש דת:
סמכויות אנשי הדת תוגבלנה וגם הצבא יהיה נבדל מהפוליטיקה.
יחסו לדת היהודית.
בתקופת ילדותו ונעוריו.
הרצל גדל בבית מסורתי. סבו, שמעון הרצל (נולד ב-1805), היה יהודי דתי אדוק שהתכבד באופן קבוע לתקוע בשופר בראש השנה, ולומר את תפילת "כל נדרי" לפני הקהל בזמלין. הוא היה מחסידיו של הרב יהודה אלקלעי ממבשרי הציונות שהשפיע רבות על היהודים בעירו.
יעקב, אביו של בנימין-זאב, קיבל חינוך יהודי בילדותו, והיה מעורה בחיי הקהילה היהודית בעיר מולדתו זמלין. בשנים הראשונות לנישואיו התפלל בכל יום בטלית ובתפילין, ובתקופה שעבר להתגורר בבודפשט, התפלל בשבת ובחג בבית הכנסת הגדול. הם שמרו על טקסי השבת והחגים בביתם, ובמיוחד הקפידו לערוך בצורה חגיגית את ליל הסדר בפסח. בתקופת אבלות הם נהגו כפי המסורת היהודית. מראשוני המינויים של כתב עת "ישראל גוי אחד" (בגרמנית) של הרב יוסף נטונק (1813 – 1892) ממנהיגי חובבי ציון בהונגריה והיה מבני ביתו של יעקב. הוא לקח את בנו, בנימין-זאב, מדי פעם לזמלין כדי לבקר את סבו שמעון.
בנימין-זאב קיבל חינוך יהודי פורמלי בבית-ספר יהודי של הקהילה, ובגיל 8 הכניסו אביו כ"חבר" ב"חברה קדישא" של קהילת יהודי בודפשט, שעסקה בפעילות חברתית קהילתית. הצטיין במקצועות הדת, והיה טוב במקצועות העברית בבית הספר היסודי (על פי תעודת הסיום מיום 3 ביולי 1869). חגג בר-מצווה בבית הכנסת, עלה לתורה וקרא את ההפטרה בעברית, וכן נשא דרשה בטקס חגיגי בביתו.
רעיון ההתנצרות ההמונית ודחייתו.
בגיל 18 עברה משפחתו של הרצל לגור בווינה, ולמד באוניברסיטה במקום. לימודיו האקדמיים ועבודתו העיתונאית והספרותית הדחיקו ממנו את השפעת היהדות בילדותו, והוא לא התעניין בבעיות עמו אלא בבעיות החברה האנושית כולה. הוא ראה בשאלה היהודית כשאלה חברתית, ולא כשאלה דתית או לאומית. סמוך לשנת 1893, הוא הרהר עם עצמו לגבי רעיון ההתבוללות ההמונית כפתרון לאנטישמיות, אך ראה ברעיון כקפריזה לשעה ונסוג במהרה מהצעה זו במילים: "היו אלה נטיות עמומות שבחולשת נעורים", "מחשבה זו הייתה מוטעית". הוא לעולם לא ניגש לביצועה המעשי של תוכנית ההתבוללות, והיא מוזכרת רק ביומנו הפרטי. לולא יומנו - לא היינו יודעים כלל על תוכנית זו.
חזרתו למורשת היהודית.
תחילת תהליך שיבתו של הרצל אל יהדותו, נזקפת לכתיבת מחזהו "הגטו החדש" (מ-21 באוקטובר 1895 – 8 נובמבר 1985) שעורר בו התעניינות בבעיית עמו, אופיו היהודי ושמירת ייחודו. באביב 1895 התחיל לכתוב את יומנו, ובו התכוון לתעד את פעולותיו לפתרון שאלת היהודים. הצעד הראשון שהחליט לנקוט לטובת עמו הוא ביקור בבית הכנסת: "התחזק בי הרעיון, שעלי לעשות דבר-מה בעד היהודים. הלכתי בפעם הראשונה [בתקופת בגרותו] אל היכל התפילה ברחוב ויקטאר, והתפילה הייתה שוב בעיני חגיגית ומעוררת נפש. קווים רבים הזכירוני את ילדותי ואת ההיכל ברחוב הטבק בבודפשט. הסתכלתי ביהודים אשר פה – ומצאתי את הדמיון המשפחתי אשר בפניהם". ב-9 יוני 1985, שבועות אחדים אחרי תחילת כתיבת יומנו, הוא כתב: "אין אומתנו אומה אלא באמונתה". הסבר על כך הוא כתב ביומנו אחרי מספר ימים (ב-15 ביוני 1985): "אנו מכירים את הקשר שלנו כמעט אך ורק באמונת אבותינו... האמונה מאחדת אותנו", והזכיר זאת מספר פעמים ביומנו.
הרצל לא נהפך ליהודי אדוק במצוות המעשיות אך הוא גילה את ייחודה, חשיבותה ויתרונה של המורשת היהודית, והקפיד לכבד ולא לפגוע בחוקיה בפומבי.
הוא התעקש להזמין רב שיברך את באי הקונגרס הציוני הראשון, ובסוף הצליח להביא את רבה של בזל, הרב אשר כהן. יום לפני פתיחת הקונגרס הראשון, הרצל הלך לבית הכנסת ברגל בשבת ועלה לתורה. אחרי הקונגרס, הרצל כתב ביומנו : "וכאשר עליתי על הבימה [של ספר התורה בבית כנסת], הייתי נרגש יותר מאשר בכל ימי הקונגרס. המלים המעטות של הברכה העברית חנקו את גרוני מהתרגשות יותר מאשר נאום הפתיחה [בקונגרס הראשון] ונאום הנעילה וכל ניהול הדיונים". הרצל הודיע בנאום הפתיחה שלו בקונגרס הראשון: "הציונות היא שיבה אל היהדות, עוד לפני השיבה אל ארץ היהודים". לאחר הקונגרס, הוא פנה ליודעי יהדות ללמדו את עיקרי היהדות והלכותיה.
במושב הנעילה של הקונגרס השלישי, ערב שבת, הרצל זירז את התנהלות הדיון והודיע: "כדי לא לקרב יותר מדי את שעת-נעילתו של הקונגרס אל הזמן, שהוא צריך להיות מוקדש למנוחה. זאת היא בוודאי ראיה נוספת לכך, אם כי אולי ראיה לא מוצלחת, כי הציונות והאנשים המייצגים אותה אין בלבם שום כוונה העלולה לפגוע באיזה צורה שהיא ברגשות הדתיים", וקיבל תשועות סוערות ומחיאות כפיים מהקהל. שלום בן חורין, ציר אחר לקונגרס הציוני הראשון, העיד שהרצל היה מעשן מושבע ונמנע מלהדליק סיגריה ביום השבת כדי שלא לפגוע ברגשות הצירים האורתודוקסים.
בשנת 1898, הרצל קבע פגישה עם הקיסר הגרמני מתוך כוונה להניע אותו להפעיל את השפעתו על הסולטאן הטורקי להביא זכויות-עליה (צ'ארטר) המונית של יהודים לא"י. לפני הפגישה, הרצל כתב לו מכתב ומסיימו במילים: "סוד אלוה עלינו בשעות היסטוריות אלו. אם הוא לא, לא נירא".
בשנת 1902, הרצל כתב רומן על ארץ דמיונית מודרנית, ושמו: אלטנוילנד (תרגום: ארץ עתיקה-חדשה). בעמוד השער הופיעה הכותרת: "אם תרצו – אין זו אגדה". בסוף החיבור, הרצל מציג שאלה: "לעינינו כאן צורה חדשה של חיי חברה משותפים, מתוקנת לאשרם של בני-אדם יותר מכל אשר היה לפנים. מי פעל ועשה זאת ?", ומביא תשובות שונות מאנשים שונים, אך התשובה האחרונה, שחותמת גם את הרומן כולו, היא: "ואילו רבי שמואל הזקן קם ממקומו ואמר חגיגית: "האלוהים!".