בחודש ספטמבר 1970 הוסלם העימות, בניסיון התנקשות כושל בחיי המלך חוסיין ב-1 בספטמבר ובחטיפת מטוסי נוסעים ב-6 וב-9 בספטמבר והנחתתם בירדן. עבור המלך חוסיין היוו האירועים אות לצורך לשים קץ לאובדן השליטה בממלכה. על כן, ב-16 בספטמבר 1970 החל הצבא הירדני בהפצצה מסיבית של בסיסי הפלסטינים, במיוחד באזור אירביד. ההפצצה פתחה מלחמה כוללת, שהתפרסה על פני שטחים רחבים במדינה. בסופו של דבר, במהלך שנודע מאוחר יותר בשם אירועי ספטמבר השחור, הרג צבא ירדן אלפי מחבלים פלסטינים ופצע עשרות אלפים. מלחמת האזרחים בירדן נמשכה מספר חודשים, וביולי 1971 גורשה שארית המחבלים הפלסטינים מירדן.
תקופת לבנון.
מירדן נמלט ערפאת בעור שיניו, ומצא מקלט בלבנון, שהפכה בעקבות כך למרכז לפעילות אש"ף ולבסיס ליציאה לפעולות טרור כנגד ישראל. מפקדת אש"ף ישבה במערב ביירות, והארגון שלט במידה רבה בדרום לבנון, במה שכונה "פתח-לנד". לערפאת ולאנשיו היו עימותים רבים עם תושבי המדינה הנוצריים, שהגיעו לשיא כאשר אנשיו טבחו ב-1976 כ־600 נוצרים, רבים מהם לא חמושים, בעיירה דאמור.
בשנת 1974, לאחר מלחמת יום הכיפורים, החל ערפאת לפעול לשילוב אש"ף בתהליכים מדיניים. כדי לגשר בין הרצון להשתלבות במהלך מדיני לבין גישות מקסימליסטיות שרווחו באש"ף, התקבלה ביוני 1974 "תוכנית השלבים", שאמנם לא כללה נסיגה מהמחויבות לחיסול מדינת ישראל, אך הבהירה שאש"ף יהיה מוכן להסתפק בהקמת "רשות עממית עצמאית ולוחמת על כל חלק מהאדמה הפלסטינית שישוחרר".
ב-13 בנובמבר 1974 נאם ערפאת לפני העצרת הכללית של האו"ם כשהוא חגור באקדח למותניו. הוא תיאר באריכות את השתלשלות הסכסוך מנקודת מבטו. את סירוב הפלסטינים לקבל את הצעת החלוקה ב-1947 המשיל להתנהגותה של האם במשפט שלמה שסירבה לחלק את בנה ובכך הוכיחה את אימהותה עליו. הוא הבדיל בין יחסו ליהודים לבין יחסו לציונות, הזכיר את היותם של יהודי המזרח בישראל "אזרחים מדרגה שנייה" ואף האשים את המנהיגות הציונית באדישות לשואה.
הוא טען כי הציונות היא "גילומה העיקרי" של גזענות בעולם, ש"כמו האנטישמיות, עבר זמנם של עקרונותיה". כהצעה אופרטיבית קרא ליהודים לצאת מ"תסביך מצדה" שלהם ולחיות במסגרת "שלום צודק" ב"פלסטין הדמוקרטית שלנו".
בחזונו זה יחיו בני שלוש הדתות "במדינה דמוקרטית אחת". בסוף נאומו, הזהיר: "באתי נושא ענף של זית ואקדח של לוחם חרות. אל תניחו לענף הזית לנשור מידי".
ערפאת הביע התנגדות חריפה להסכמי קמפ דייוויד (1978) וראה את התנהגותו של אנואר סאדאת כבגידה, אף שהאחרון ביצר לראשונה את מעמד הפלסטינים בשטחים והבטיח להם אוטונומיה. כשנרצח סאדאת, סימן ערפאת באצבעותיו בשמחה את ה"וי" המפורסם שלו.
מבצע ליטני.
השתלטות הפת"ח על דרום לבנון והפיכת המקום לבסיס פעילות כנגד ישראל היו הגורם המרכזי בהחלטתה של ממשלת ישראל ב-1978 על יציאה למבצע ליטני מיד אחרי פיגוע כביש החוף.
בדצמבר 1980 הבהיר ערפאת בביירות: "בדברנו על שיבת הפלסטינים, כוונתנו היא עכו לפני עזה, באר שבע לפני חברון. אנו עומדים על דבר אחד, והוא כי דגל פלסטין יתנוסס מעל יפו".
מלחמת לבנון.
למרות ההבנות בדבר הקמת יוניפי"ל והקמת צד"ל כחיץ בין ישראל לכוחות הפת"ח, נמשכה התחזקותו של אש"ף וממשלת ישראל החליטה על יציאה למבצע צבאי מוגבל.
מאמצע יוני 1982 היו ערפאת ואנשיו נתונים במצור של כוחות צה"ל במערב ביירות. מנחם בגין קרא לו "האיש עם השערות על הפנים", ואמר שבתחושתו הפעולה נגד ערפאת שקולה למשלוח חיילים לבונקר של היטלר. במהלך המלחמה נעשו ניסיונות להרוג את ערפאת בהפצצות מהאוויר.
במהלך המצור נפגש ערפאת לראשונה עם עיתונאים ישראלים - אורי אבנרי, שרית ישי וענת סרגוסטי מ"העולם הזה". לאחר כחודש וחצי של קרבות באזור ביירות, הושגה הסכמה להוצאת הכוחות הסוריים וכוחות הארגונים הפלסטינים מביירות, בחסות כוח בינלאומי. פינוי הכוחות הושלם ב-31 באוגוסט 1982, כאשר שר הביטחון אריאל שרון מפקח על גירושם מהעיר.
ערפאת עצמו יצא מביירות ב-30 באוגוסט ונסע לתוניס כדי להקים את המטה החדש שלו.
במאי 1983 פרצה מרידה, בתמיכת סוריה ובראשות אלוף-משנה סעיד אל-מורגה (אבו מוסא), כנגד ערפאת בקרב אנשי ארגון הפת"ח שבצפון לבנון. תומכי ערפאת נדחקו לאזור טריפולי, שם צרו עליהם המורדים וצבא סוריה.
ב-16 בספטמבר 1983 חזר ערפאת ללבנון, כדי לפקד על כוחותיו. לבסוף, לאחר שבנובמבר הושגה הפסקת אש, התפנו ב-20 בדצמבר ערפאת וכ-4,000 אנשיו מטריפולי דרך הים. אולם למרות הניצחון הצבאי, המורדים לא זכו לתמיכה בציבור הפלסטיני, והמרד למעשה נכשל.
מטריפולי הגיע ערפאת למצרים וב-22 בדצמבר נפגש באלכסנדריה עם הנשיא חוסני מובארכ. פגישה זו העניקה לגיטימציה מצד הממסד הפלסטיני למשטר שחתם על הסכם שלום עם ישראל, ובכך היוותה מפנה חשוב ביחסי מצרים–אש"ף ובמעמדה של מצרים בעולם הערבי. אלא שביקורו זה זכה לביקורות חריפות מצד הארגונים הפרו-סוריים, שטענו כי מדובר בבגידה המחייבת התפטרות מהנהגת אש"ף, בשל הסטייה מהחלטות המועצה הלאומית הפלסטינית בנוגע לחרם על מצרים.
תקופת תוניס.
מלבנון עבר מרכז אש"ף לתוניס, בה הקים ערפאת את המטה שלו במלון הפאר "סלווה ביץ'".
ביום הכיפורים בשנת 1985 היה אחראי פלג של אש"ף לרצח שלושה ישראלים ביאכטה באזור קפריסין. ממשלת ישראל הגיבה בחריפות ושלחה את חיל האוויר להפציץ את מפקדת אש"ף בתוניס, במבצע שקיבל את השם רגל עץ, בו נהרגו יותר כ-60 מפעילי הארגון, בהם מכוח 17 ומשומרי הראש של ערפאת, שלא שהה באותה עת במתחם וניצל.
ב-15 בנובמבר 1988, הכריז ערפאת במושב המועצה הלאומית הפלסטינית באלג'יריה על הקמת מדינה פלסטינית עצמאית על אדמת פלסטין שבירתה ירושלים, על יסוד החלטת החלוקה של האו"ם מ-1947. ההכרזה הייתה למעשה ריקה מתוכן, אך היוותה צעד שסימן את נכונותו של אש"ף להסתפק, לפחות פומבית, במדינה בגדה המערבית ורצועת עזה. באותה ישיבה הזכירה המועצה לראשונה בחיוב את החלטות מועצת הביטחון של האו"ם 242 ו-338.
ב-13 בדצמבר נאם ערפאת בפני עצרת האו"ם שהתכנסה במיוחד לכבודו בז'נבה (שכן ארצות הברית מנעה את כניסתו לתחומה). בנאומו קרא ערפאת לפתרון הסכסוך על בסיס החלטות 242 ו-338. נאומו של ערפאת לא עמד בקריטריונים האמריקאיים להכרה באש"ף, ולכן ביום שלמחרת כינס ערפאת מסיבת עיתונאים שבה הוסיף שזכות כל הצדדים בסכסוך, כולל מדינת פלסטין וישראל, להתקיים בשלום ובביטחון והכריז על הפסקת פעולות הטרור. באותה מסיבת עיתונאים ערפאת טען גם שהציור של המטבע הישראלי של 10 אגורות מראה את מפת ההתפשטות הישראלית ברחבי המזרח התיכון. הכרזה זו סיפקה את האמריקאים, שפתחו עם אש"ף במשא ומתן שהופסק בעקבות הפיגוע בחוף ניצנים ב-1990.
ערפאת לא יכול היה או שלא רצה לבטל את האמנה הלאומית הפלסטינית. במאי 1989 אמר עליה שהיא "קאדוק" כלומר שעבר זמנה, אולם גם בהמשך לא ביטל אותה.
ב-8 באפריל 1992 התרסק מטוסו של ערפאת במדבר הלובי. שלושה מנוסעי המטוס נהרגו, אך ערפאת יצא בפציעות קלות. פגיעה מוחית שנגרמה לו, גרמה לרעד בשפתיו בעת הדיבור (שאף על פי שהוקל במהלך השנים לא פסק עד יום מותו). כשנראה היה שהמטוס עומד להתרסק התקרבו מקורביו של ערפאת אליו, העבירו אותו לחלק האחורי והבטוח יותר, עטפו אותו בשמיכות והגנו עליו בגופם, וכך הבטיחו את הישארותו בחיים. במהלך הימים שלאחר התאונה, נפוצו שמועות רבות על מותו של ערפאת הנעדר ואף נערכו הפגנות אבל אצל הפלסטינים.
בעת מלחמת המפרץ, ערפאת תמך בסדאם חוסיין. תבוסת עיראק שמטה את הקרקע מתחת לרגליו, ובכך איבד אש"ף את תמיכת מדינות המפרץ. היעדר התמיכה, וקריסת ברית המועצות, היו ככל הנראה הנסיבות שהביאו את ערפאת להצטרף לתהליך המדיני. בסוף 1991 אישר השתתפות של משלחת פלסטינית, כחלק ממשלחת ירדנית-פלסטינית, בוועידת מדריד ובמשא ומתן שבעקבותיה. כשהתהליך נקלע למבוי סתום, אישר לאנשיו לפתוח במשא ומתן חשאי וישיר, אשר הוביל לחתימת הסכמי אוסלו בשנת 1993. מבקרי ההסכם טוענים כי הוא עזר לערפאת לייצב את מנהיגותו באש"ף, בעת שנקלע לשעת משבר.
ראש הרשות הפלסטינית.
במסגרת הסכמי אוסלו עברו ערפאת ותומכיו מתוניסיה לשטחי יהודה, שומרון ועזה, והקימו בה את הרשות הפלסטינית כשלב ביניים בדרך ליצירת מדינה פלסטינית. בתמורה התחייב ערפאת להפסיק את המאבק המזוין. הסכם זה זיכה את ערפאת יחד עם יצחק רבין ושמעון פרס בפרס נובל לשלום. הענקת הפרס לערפאת עוררה מחלוקת עזה אף בתוך ועדת הפרס עצמה. קורה כריסטיאנסן, אחד מחמשת חברי הוועדה, התפטר במחאה על ההחלטה מיד אחרי אישור הפרס ומחה ברחובות אוסלו במהלך הטקס. זהו המקרה היחיד שחבר וועדה התפטר עוד לפני הענקת הפרס. ב-1996 נבחר ערפאת רשמית ליושב ראש הרשות הפלסטינית בבחירות שפוקחו על ידי נשיא ארצות הברית לשעבר, ג'ימי קרטר, ברוב של 88 אחוזים (מולו התמודדה סמיחה ח'ליל).
הוויכוח הציבורי בישראל שהתנהל בעקבות ההסכם המדיני עם ערפאת היה חריף ביותר. דוברי הימין טענו כי הכנסת ערפאת ושוטריו החמושים לשטחים תחולל אסון, וזעמם הועצם בשל פיגועי ההתאבדות שביצעו מחבלים פלסטינים בתוך ישראל, אף שאלה השתייכו באותה תקופה לארגוני האופוזיציה המוסלמים. רציחתו של יצחק רבין בידי מתנקש יהודי הייתה שיאה של המחלוקת הפנימית במדינה. ערפאת מעולם לא ערך ביקור רשמי בישראל ולא נכח בהלוויה, אך בא לנחם את משפחת רבין בביתה. הוא הרבה לציין אחר כך את יצחק רבין כפרטנר שלו ל"שלום האמיצים".
ביום חתימת הסכמי אוסלו (13 בספטמבר 1993), בנאום מוקלט מראש ששודר בטלוויזיה הירדנית הודיע ערפאת לעם הפלסטיני כי "הצהרת העקרונות" אינה אלא חלק מיישום "אסטרטגית השלבים" של אש"ף.