לאחר הנסיגה, באותה שנה, בוצעו שתי חטיפות: חטיפת החיילים בהר דב וחטיפת קצין המילואים אלחנן טננבוים. במהלך תקופה זו התגלתה מחלוקת חדשה בין לבנון לישראל, כאשר לבנון החלה להקים מתקן הטיה ושאיבת מים סמוך לנחל הווזאני, שהוא אחד המקורות העיקריים של נחל החצבאני. בנוסף לכך, ירה חזבאללה במספר הזדמנויות פגזי נ"מ שנחתו ביישובי הצפון. צעדים אלו התפרשו בישראל כניסיונות התגרות של חזבאללה שמטרתם לתת לגיטימציה לחזבאללה לשגר אלפי רקטות כתגובה לצעד תוקפני של ישראל ובכך לגרור את ישראל למלחמה שתקנה לה תדמית של מדינה תוקפנית. מסיבה זו נקטה ישראל לרוב מדיניות של הבלגה, אף שלפני הנסיגה בשנת 2000 הצהיר ראש הממשלה אהוד ברק שאם לאחר הנסיגה תיפתח אש לבנונית, "כל לבנון תבער". המדיניות ספגה ביקורת פנימית בטענה שלאחר הנסיגה מלבנון היא מחלישה את ההרתעה של צה"ל ובכך מעודדת את החזבאללה להמשיך במעשיו. מחליפו של ברק, אריאל שרון, המשיך במדיניות איפוק זו.
בשנת 2004 החליט אריאל שרון במסגרת עסקת שבויים לשחרר כ־400 אסירים לבנונים ופלסטינים תמורת שחרור טננבוים והשבת גופות שלושת החיילים שנהרגו במהלך החטיפה. הצלחה זו העניקה השראה לניסיונות נוספים בזירה הלבנונית והפלסטינית לחטוף חיילי צה"ל כקלפי מיקוח. בנובמבר 2005 כשל ניסיון לממש איומים אלה ברג'ר. תקוותיה של ישראל כי החלטה 1559 של מועצת הביטחון, שהתקבלה בסוף 2004 ואשר חייבה את פירוק המיליציות החמושות בלבנון מנשקן, וכן מהפכת הארזים, שהביאה לסיום השליטה הסורית בלבנון, יביאו לפירוק חזבאללה נכזבו. חזבאללה המשיך להתחמש ונכנס לפוליטיקה הלבנונית. עם פרוץ מלחמת לבנון השנייה היו בממשלה הלבנונית בראשות פואד סניורה שני שרים המזוהים עם מפלגת חזבאללה. במהלך 2005 החלה בצה"ל הכנת תוכנית מגירה בשם "שוברת הקרח", שהייתה אמורה להיות המתווה לפעילות במקרה של הסלמה בגבול הצפון, אך במבחן המציאות צה"ל לא השתמש בה.
מניין ההרוגים בכל תקופה זו היה נמוך משמעותית ממספר האבדות בתקופת אחזקת רצועת הביטחון. ככלל הגבול היה שקט, מצבם הכלכלי של יישובי הצפון הוטב והתיירות הלכה והשתקמה. במשך שש השנים שלאחר הנסיגה חלה ירידה חדה בכמותן ובאיכותן של התקפות חזבאללה על ישראל. בתקופה זו שמר חזבאללה את העימות "על אש קטנה". מדיניות זו נבעה מסיבות פנים־לבנונית, כדי להמשיך לבצר את מעמדו בחברה הלבנונית, כמי שמוביל את "ההתנגדות" לישראל, מבלי לשלם מחיר יקר מדי על כך למול ישראל.
מהלך המלחמה.
בבוקר 12 ביולי פתח ארגון חזבאללה בהפגזת יישובי הצפון כפעולת הסחה. באותו זמן באזור זרעית תקפה חוליית חזבאללה בטילי נ"ט שני כלי רכב צבאיים שהיו בסיור על קו הגבול והרגה שלושה חיילי צה"ל. מיד לאחר מכן פרצה חוליית חזבאללה נוספת את גדר המערכת, חדרה לשטח ישראל וחטפה שני חיילי מילואים מחטיבה 5 של צה"ל, אהוד גולדווסר ואלדד רגב, ונסוגה איתם לשטח לבנון. חוליה נוספת חמושה בנשק קל ובמכונות ירייה גיבתה את החוטפים. העיתון הלבנוני "אל-אח'באר" תיאר את ההכנות הרבות ופירט את מהלך החטיפה. טנק צה"לי ונגמחון נשלחו לאחר כשעה ללבנון בעקבות החטופים במטרה לאתרם. הטנק עלה על מטען גחון שנאמד במאות קילוגרמים של חומר נפץ וארבעת אנשי צוותו נהרגו. בקרב החילוץ שנוהל בהמשך נהרג חייל נוסף. תקיפת חזבאללה וחטיפתם של רגב וגולדווסר הייתה האירוע שפתח את מלחמת לבנון השנייה.
כבר מתחילת המבצע הדגיש ראש הממשלה אולמרט שאחת ממטרותיו היא להשיב את כושר ההרתעה של ישראל ולשבור את המיתוס סביב הצלחת חזבאללה בשנת 2000 בגרימת הנסיגה הישראלית מלבנון. למבצע היו מטרות נוספות בהן שחרור שני החיילים החטופים, הפסקת אש מוחלטת, פריסת צבא לבנון בכל שטח דרום לבנון והוצאת חזבאללה מאזור דרום לבנון.
בשלבי המבצע הראשונים (12 עד 18 ביולי) התבצעו מרבית ההתקפות הצה"ליות באמצעות הפצצות מסיביות מהאוויר והפגזות ארטילריה. ב־13 ביולי הטיל צה"ל מצור כללי על לבנון כמו גם סגר ימי ואווירי מלא. ב־13 וב־15 ביולי הופצצה תחנת הכוח "ג'ייה", הנמצאת 30 ק"מ דרומית לביירות, ודלק בכמות של כ-110 אלף חביות נשפך לים התיכון. עד 18 ביולי הצליח חיל האוויר להשמיד את מרבית מערך הרקטות ארוכות־הטווח של חזבאללה. במקביל, במשך כל שלבי המבצע, הפגיז חיל התותחנים הישראלי שטחי שיגור בדרום לבנון.
ב־17 ביולי החלו הריסת מוצבי חזבאללה הצמודים לגדר ההפרדה וחישוף השטח הסמוך לגבול. לאחר מכן נכנסו כוחות צה"ליים סדירים לתוך לבנון על מנת להשתלט על כפרים הסמוכים לגבול שבשליטת חזבאללה, כשהמפורסם בקרבות היה קרב מארון א-ראס. ב־20 ביולי פתח צה"ל במבצע קורי פלדה 1 אך המאמץ הוסט לאחר מכן לעבר מארון א-ראס. במסגרת המשך המבצע, שקיבל את השם "קורי פלדה 2" ב־23 ביולי, נכנסו כוחות צה"ל אל בינת ג'בייל, שם התנהלו קרבות קשים, בהם קרב בינת ג'בייל. ב־25 ביולי השמיד חיל האוויר עמדת תצפית של האו"ם באל-ח'יאם, וארבעה משקיפי יוניפי"ל נהרגו. ראש הממשלה התנצל בפני מזכ"ל האו"ם על התקרית.
ב־27 ביולי החליט הקבינט המדיני־ביטחוני על גיוס אלפי חיילי מילואים. ב־29 ביולי התחיל מבצע "קורי פלדה 3" בכפרים נוספים הסמוכים לגבול. ב־30 ביולי, לאחר קריסת בית על תושביו בכפר קאנא, הסכים צה"ל להפוגה של 48 שעות בפעילות האווירית שלו. בעקבות זאת גם החזבאללה הפסיק לירות רקטות לעבר צפון ישראל. ב־1 באוגוסט, לאחר שהתחדשו שיגורים יומיומיים של מאות רקטות לעבר ישראל, אישר הקבינט פעילות קרקעית רחבת היקף, וחטיבות מילואים נכנסו ללבנון ופעלו לאורך כל הגזרה בכפרים.
ב־11 באוגוסט, כאשר כבר הוחלט באו"ם על הפסקת האש, הוחלט על מבצע "שינוי כיוון 11", שהוקפא מספר ימים לפני כן ובו שולשו כוחות צה"ל בלבנון. שיטת הפעילות של צה"ל שונתה, ובמקום להשתלט על כפר אחרי כפר, התמקד צה"ל בהתקדמות מהירה אל עבר נהר הליטני. בתים שמהם נורתה אש אל עבר חיילי צה"ל הופצצו. שלוש אוגדות חדרו לעומק השטח, כוחות צנחנים הוסקו בעשרות גיחות והחלה הרחבת הפעולה עד נהר הליטני. ב־10 וב־11 באוגוסט החלו כוחות חי"ר בליווי שריון את תקיפתם בעומק לבנון. בינת ג'בייל הפכה למוקד לחימה ששאב לתוכו חיילים רבים. בסופו של דבר, על אף הצהרות שצה"ל כבש את העיירה, העיירה לא נכבשה סופית עד סוף המלחמה. בקרבות הקשים של המבצע האחרון נהרגו 35 חיילים ונפצעו 410 חיילים ומהצד השני נהרגו 80 לוחמי חזבאללה.
ב־12 באוגוסט קיבלה מועצת הביטחון של האו"ם את החלטה 1701 הקוראת להפסקת אש בין הצדדים וזו נכנסה לתוקפה ב־14 באוגוסט. למרות זאת, מספר תקריות אש בין צה"ל לחזבאללה אירעו לאחר מכן. אחרי הפסקת האש התמקד צה"ל בעיקר בפעולות חישוף והשמדה של מערכות של מנהרות ובונקרים של חזבאללה ליד הגבול. ב־16 באוגוסט החלו כוחות יוניפ"ל להיכנס לשטח שצה"ל שהה בו, ובמקביל לפריסת כוחות יוניפי"ל וכוחות צבא לבנון, שלא פעלו למניעת תקריות עם חזבאללה, התבצעה היערכות מדורגת של כוחות צה"ל. ב־1 באוקטובר יצאו כל כוחות צה"ל מלבנון למעט חלקו הצפוני של הכפר ע'ג'ר.
מתחילת המלחמה הפגיז חזבאללה באופן מסיבי את העורף הישראלי בעשרות רקטות מדגם גראד 122 מ"מ (המכונות בישראל קטיושות), על מנת לחפות על החטיפה. ההפגזות התעצמו ככל שהחריף העימות. רקטות אלו פגעו בכל אזור הצפון מחיפה במערב עד אזור טבריה במזרח, בית שאן ועפולה בדרום. מירי הרקטות נהרגו 44 אזרחים באופן ישיר ועקיף. כמו כן, הירי גרם לעזיבתם של שליש מתושבי הצפון את בתיהם וירידתם למרכז ולדרום הארץ. אזרחים וגופים רבים התגייסו לעזרת התושבים בצפון במתן תרומות, וארגונים תרמו לפי יכולתם, דבר שהעלה את השאלה על יכולת המדינה לדאוג לאזרחיה בעורף.
תוצאות המלחמה.
פעילות צה"ל גרמה לנטישה המונית של דרום לבנון ולנזק כלכלי לתשתיות אזרחיות שנאמד בלמעלה מ־2 מיליארד דולר. אף על פי כן, בדומה לישראל, לא כל הלבנונים ברחו. בדרום לבנון נותרו כ־120 אלף תושבים, בדרך כלל משכבות סוציו-אקונומיות נמוכות שהעדיפו להישאר. לצד הפגיעה באזרחים נגרם הרס רב לערי לבנון ולתשתיותיה. רבעים שלמים נפגעו וכבישים וגשרים רבים ניזוקו. מתקני תשתית חשובים כגון בתי הזיקוק, שדה התעופה ואחרים נפגעו אף הם. כמו כן, נגרמו פגיעות כלכליות נוספת שמוערך בכמה מיליארדי דולרים.