ואן הוידונק החל את דרכו המקצועית בקבוצה חובבנית מעיר הולדתו, ולקראת עונת עבר לקבוצת רוזנדל, ששיחקה אז בליגת המשנה. הקבוצה סבלה אז ממשבר כלכלי, ונאלצה לשלב צעירים זולים יחסית תוך זמן קצר, ולשם כך היא החתימה את ואן הוידונק כחלוץ מחליף. בעקבות פציעה של החלוץ הפותח של הקבוצה קיבל ואן הוידונק יותר דקות משחק כבר בעונה הראשונה שלו, בה השלים 32 הופעות ליגה. עונה אחר כך כבר חתם על החוזה המקצועני הראשון שלו, והיה לשחקן מפתח בקבוצה, כשהוא כובש 27 שערים ב-37 הופעות ליגה.
יכולתו של ואן הוידונק גרמה לעניין בו מצידן של מספר קבוצות, וביניהן הייתה נאק ברדה, אותה אהד ואן הוידונק מגיל צעיר. הוא בחר לעבור לשחק בשורותיה, ובשתי העונות הראשונות בקבוצה הוביל אותה לפלייאוף על העלייה לליגת העל ההולנדית, כשהפעם השנייה הייתה מוצלחת, והוא העפיל עם קבוצתו לליגה הבכירה. גם בעונתו השלישית בקבוצה הוסיף להיות שחקן מפתח, ועזר לקבוצה להתברג במרכז הטבלה. בשלוש העונות הראשונות בקבוצה כבש ואן הוידונק כמות של עשרים שערים ומעלה בכל עונה, ואף קבע שיא ליגה במספר משחקים רצופים עם שער, והעמיד אותו על 11 משחקים רצופים בהם כבש. הוא פתח בצורה טובה גם את עונת , כשכבש ב-16 משחקים עשרה שערים, ובחלון ההעברות בינואר 1995 עזב לראשונה את הולנד כשעבר לשחק בסלטיק, קבוצת הפאר הסקוטית.
ואן הוידונק ערך את משחק הבכורה שלו ב-11 בינואר, במשחק ליגה מול הארט אוף מידלות'יאן וכבש כבר במשחק זה את שער הבכורה שלו. באותה עונה זכה ואן הוידונק עם סלטיק בגביע הסקוטי, שהיה התואר הראשון של הקבוצה מזה שש עונות. ואן הוידונק כבש בנגיחה את השער היחיד במשחק הגמר מול איירדריוניאנס כבר בדקה התשיעית, לפני שהוחלף חצי שעה אחר כך בגלל פציעה. עונה אחר כך זכה כבש ואן הוידונק 26 שערי ליגה, שזיכו אותו בתואר מלך השערים של הליגה הסקוטית, בדרך למקום השני בטבלה. בעונת , סכסוך עם בעלי הקבוצה הוביל אותו פעמים רבות לספסל המחליפים, מה שגרם לפיחות במעמדו גם אצל מאמן נבחרת הולנד, חוס הידינק. במרץ 1997, לקראת סוף העונה, סכסוך בין ואן הוידונק להנהלה לגבי גובה המשכורת הביא את ואן הוידונק לעזוב את סלטיק לאחר כשנתיים ולעבור לנוטינגהאם פורסט מהפרמייר ליג, בעסקה שהוערכה בכ-4.5 מיליון ליש"ט.
ואן הוידונק הצטרף לקבוצה כשזו הייתה במאבקי הישרדות בפרמייר ליג. בשמונה המשחקים שנותרו לסיום העונה, כבש ואן הוידונק שער אחד בלבד, והקבוצה לא הצליחה לנצח באף אחד מהם (שבע תוצאות תיקו והפסד). כתוצאה מכך, ירדה הקבוצה לליגת המשנה. בעונה אחר כך, עונת , נרשם שיתוף פעולה מוצלח בין ואן הוידונק לקווין קמפבל בהתקפת הקבוצה. ואן הוידונק כבש 34 שערי ליגה והיה למלך השערים של ליגת המשנה, קמפבל הוסיף 23 שערים משלו, והפורסט סיימו במקום הראשון בטבלה, למרות תחרות קשה מצד סנדרלנד, מידלסברו וצ'רלטון את'לטיק.
לקראת עונת איבד ואן הוידונק את שותפו להתקפה קווין קמפבל שנמכר, בנוסף למספר שחקנים נוספים ששוחררו, בעוד רכש משמעותי לא הגיע לקבוצה. בעקבות כך, ביקש ואן הוידונק להיכנס לרשימת ההעברות ולהשתחרר מהקבוצה. הבקשה נתקלה בסירוב מצד ההנהלה, שכן הקבוצה הייתה צריכה חלוץ ברמה גבוהה. ואן הוידונק, שטען כי הובטח לו כי יוכל לעזוב את הקבוצה בסיום עונת העלייה, החליט להחרים את אימוני ומשחקי הקבוצה, והתאמן עם קבוצתו בעבר נאק ברדה כדי לשמור על כושר משחק. צעד זה גרר ביקורת מצד כל הגורמים בקבוצתו, ההנהלה, המאמן, השחקנים והאוהדים. למרות זאת, כל הצעה עבור השחקן נתקלה בסירוב מצד ההנהלה, עד שבנובמבר 1997, כשהבין שאין לו פתרון אחר, חזר ואן הוידונק לאימוני הקבוצה. בשלב זה הקבוצה דורגה במקום האחרון בטבלה ללא ניצחון בתשעה משחקים. במשחקו השלישי באותה עונה, מול דרבי קאונטי, כבש ואן הוידונק את שערו הראשון מאז חזר. לאחר הכיבוש, בחרו רוב שחקני קבוצתו שלא לחגוג איתו את כיבוש השער, אלא לחגוג דווקא עם מבשל השער, וזאת בעקבות התנהגותו בתחילת העונה. ואן הוידונק סיים את העונה עם שישה שערים ב-21 משחקים, מתוכם 19 בהרכב, והקבוצה סיימה במקום האחרון בטבלה וירדה פעם נוספת לליגת המשנה.
לקראת עונת חזר ואן הוידונק למולדתו, כשחתם בקבוצת ויטסה ארנהם, על מנת לשקם את הקריירה לאחר העונה הקשה באנגליה. הוא רשם עונה מוצלחת הן ברמה האישית והן הקבוצתית, כשכבש 25 שערים ב-29 משחקים וסייע לקבוצתו לסיים במקום הרביעי ולהעפיל לגביע אופ"א. לאחר עונה אחת במדי ויטסה, עזב ואן הוידונק שוב את הליגה ההולנדית, כשחתם במדי בנפיקה ליסבון מפורטוגל. הקבוצה התאפיינה בשנים אלו בחוסר יציבות הן מבחינת היכולת והן מבחינת ההנהלה. הקבוצה החליפה את המאמן פעמיים במהלך העונה, ולקראת סיומה התחלפה גם הנהלת הקבוצה. ההנהלה החדשה לא האמינה בחלוץ ושלחה אותו להתאמן עם קבוצת המילואים, בכוונה למכור אותו עם סיום העונה. לאחר עונה אחת, החליט ואן הוידונק לחזור פעם נוספת למולדתו, וחתם במדי הקבוצה ההולנדית הרביעית בקריירה שלו, פיינורד.
בעונת , בנוסף ליכולת מצוינת בליגה עם 24 שערים, היה ואן הוידונק שחקן המפתח בזכייתה של הקבוצה בגביע אופ"א השני בתולדותיה. ואן הוידונק כבש שמונה שערים במפעל והיה למלך השערים שלו באותה עונה. ברבע הגמר פגשה פיינורד את פ.ס.וו. איינדהובן למפגש כל-הולנדי. במשחק הראשון כבש ואן הוידונק שער יתרון בדרך לשוויון 1-1, ובגומלין, במצב של 1-0 לאיינדהובן, כבש ואן הוידונק שער דרמטי, שלוש דקות בתוך תוספת הזמן כדי להשוות את התוצאה ולשלוח את המשחק להארכה. המשחק הגיע לדו-קרב פנדלים, בו כבש ואן הוידונק את הפנדל החמישי שקבע את ניצחונה של פיינורד. ואן הוידונק הוסיף שער אחד במפגש הכפול בחצי הגמר מול אינטר מילאנו האיטלקית, והגיע לשיא במשחק הגמר מול בורוסיה דורטמונד. הוא כבש בפנדל בדקה ה-33 ובבעיטה חופשית בדקה ה-40 את שני השערים הראשונים במשחק, שהסתיים בניצחונה של פיינורד בתוצאה 3-2, והעלה את מאזנו לשמונה שערים במפעל באותה עונה. הוא הוסיף לשחק במדי פיינורד עונה אחת נוספת.
לקראת עונת עבר ואן הוידונק, אז בן 34, לפנרבחצ'ה הטורקית. בעונתו הראשונה בקבוצה היה ואן הוידונק חלק מפתח בזכייתה של הקבוצה באליפות טורקיה, האליפות הראשונה בקריירה של ואן הוידונק, שכבש 24 שערי ליגה. עונה אחר כך הוא היה פחות משמעותי, אך זכה עם קבוצתו באליפות שנייה ברציפות.
בשלהי הקריירה, בעונת , עבר ואן הוידונק בפעם השנייה לנאק ברדה, במדיה שיחק חצי עונה בלבד עד שעבר לפיינורד, קבוצת עבר נוספת שלו. ב-17 באוקטובר 2006 הודיע ואן הוידונק על כוונתו לפרוש בסיום עונת , ובחודש מאי 2007 שיחק את משחקו האחרון ופרש ממשחק בגיל 38.
ואן הוידונק רשם 551 הופעות ליגה בהולנד, סקוטלנד, אנגליה, פורטוגל וטורקיה, וכבש 335 שערי ליגה בכל קבוצותיו.
נבחרת הולנד.
ואן הוידונק ערך את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת הולנד ב-14 בדצמבר 1994, תחת המאמן חוס הידינק, בניצחון הביתי 5-0 על במסגרת מוקדמות יורו 1996. את שערי הבכורה שלו כבש כבר בהופעתו השלישית, במשחק חוץ מול , במסגרת מוקדמות מונדיאל 1998. ואן הוידונק עלה מהספסל בדקה ה-71 במצב של 1-0 לוויילס, ובתוך ארבע דקות, עד לדקה ה-75, כבש צמד שהפך את התוצאה, בדרך לניצחון 3-1.
ואן הוידונק זומן על ידי הידינק לסגל הנבחרת לקראת מונדיאל 1998 בצרפת. הופעתו הראשונה בטורניר הייתה במשחק השני של שלב הבתים מול . ואן הוידונק החליף את דניס ברגקאמפ בדקה ה-78, ושתי דקות בלבד אחר כך כבר כבש את השער הרביעי לזכות נבחרתו, שניצחה בסיום 5-0. הוא לא חזר לשחק עד לשלב חצי הגמר, בו פגשה הולנד את . ואן הוידונק החליף בדקה ה-75 את בודווין זנדן, במשחק שהסתיים בהפסדה של הולנד בדו-קרב פנדלים. הופעתו השלישית והאחרונה בטורניר, שוב כמחליף, הייתה בהפסד ל, 2-1 במשחק על המקום השלישי.
ואן הוידונק זומן על ידי המאמן פרנק רייקארד לסגל הנבחרת לקראת יורו 2000, אך לא קיבל דקות משחק בטורניר, אותו סיימה הולנד בהפסד ל בחצי הגמר. לאחר שכשלה להעפיל למונדיאל 2002 עם לואי ואן חאל, מונה דיק אדבוקאט לתפקיד מאמן הנבחרת, והוא זימן את ואן הוידונק לסגל הולנד לקראת יורו 2004. במשחק הראשון של הולנד בטורניר, מול (1-1 בסיום), עלה ואן הוידונק כמחליף בדקה ה-74. הופעתו השנייה והאחרונה בטורניר הייתה שוב כמחליף, כשעלה לתשע דקות בלבד בהפסדה של הולנד 2-1 למארחת בחצי הגמר.
ואן הוידונק שיחק את משחקו האחרון בנבחרת ב-17 בנובמבר 2004, במסגרת מוקדמות מונדיאל 2006, בניצחון חוץ 3-0 על . בעשר שנות קריירה בינלאומית, רשם ואן הוידונק 46 הופעות במדי הנבחרת (מתוכן חמש הופעות בהרכב ו-41 כמחליף), בהן כבש 14 שערים.
לאחר הפרישה.
עם פרישתו ממשחק עבר ואן הוידונק קורס מאמנים, אותו סיים בהצלחה בשנת 2008. בין החודשים פברואר ונובמבר 2011, שימש ואן הוידונק כעוזר המאמן של חוס הידינק בנבחרת טורקיה.
בעונת הצטרף לצוות המקצועי של קבוצת הנוער של פיינורד, ושימש בתפקידו למשך עונה אחת.
ב-1 באוגוסט 2014 התמנה ואן הוידונק לתפקיד עוזר המאמן של אדרי קוסטר בנבחרת הולנד הצעירה, אך התפטר מתפקידו כעבור מספר חודשים בעקבות ההפסד לפורטוגל במוקדמות אליפות אירופה עד גיל 21 - 2015.
פרנדס ארנה
פְרֶנְדְס ארנה (בשוודית: Friends Arena, "היכל החברים") הוא אצטדיון רב-תכליתי שמשמש למשחקי כדורגל ולמופעים בעיר סולנה שבסטוקהולם בירת שוודיה. הוא ממוקם על-יד אגם רוסט (Råstasjön), צפונית למרכז העיר סטוקהולם.