כחברה פרטית הקרן הקיימת פועלת מחוץ למערכת השלטון הרשמית ולמדיניות הרשמית של ממשלת ישראל ואינה כפופה לביקורת חיצונית ואינה מחויבת לשקיפות. בשנת 2014 פרסם המשנה ליועץ המשפטי לממשלה אבי ליכט חוות דעת לפיה "למרות ההיבט הציבורי המהותי של פעולתה, כמעט ואין פיקוח חיצוני על התנהלותה של קק״ל ואין גוף מדינתי המפקח על התנהלותה. הציבור אינו חשוף לדוחות הכספיים ואין כל ערובה חיצונית לכך שפעילותה משרתת בצורה מיטבית את האינטרס הציבורי. לכך יש להוסיף את הקשר ההדוק בין קק״ל למערכת הפוליטית כולל בנושא מינויים בקק״ל". לעמדה המצדדת בפיקוח מבקר המדינה על הקרן הקיימת הצטרף גם מבקר המדינה, יוסף שפירא, שנימק את עמדתו ב"טענות חוזרות ונשנות על אי סדרים" ומניעת פגיעה בטוהר המידות. בניגוד לעמדה זו נדחתה במאי 2014 בוועדת השרים לענייני חקיקה הצעתה של שרת המשפטים, ציפי ליבני להחיל ביקורת של מבקר המדינה על הקרן הקיימת. באוקטובר 2013 הסביר חבר הכנסת דוד רותם בישיבת ועדת חוקה חוק ומשפט את מניעי ההתנגדות להחלת שקיפות על הקרן הקיימת: "אני לא רוצה שקיפות. כשיבואו מחר לשאול את הקרן הקיימת: איפה המכרז שעשית כשהשקעת פה והשקעת שם? או שקנית קרקעות – אני לא רוצה לתת לך על זה שקיפות, אני לא רוצה שזה ייוודע לאף אחד"
מצבה הכספי.
החל בשנת 2014 הקרן מגישה דוחות כספיים לרשם ההקדשות, מאחר שמעמדה שונה לחברה לתועלת הציבור.
הכנסות ונכסים.
על פי דו"ח זה בשנת 2014 הסתכמו הכנסות קק"ל ב-2.4 מיליארד שקל, רוב הסכום - 2.1 מיליארד שקלים היו ממכירת קרקעות. בשנת 2013 היו הכנסות הקרן ממכירת קרקעות 1.7 מיליארד שקל. ההכנסה מתרומות ב-2014 הייתה כ-134 מיליון שקל מהם 76.6 מיליונים מצפון אמריקה לעומת 126 מיליון שקל בשנת 2013. שווי קרקעות קק"ל בסוף שנת 2014 היה כ-8 מיליארד שקל והיא החזיקה ב-270 מיליון שקל מזומנים בקופתה וניירות ערך בשווי 1.5 מיליארד שקל.
מבחינת דיווח חשבונאי נחלק הנדל"ן של הקרן הקיימת לשתי קבוצות:
הוצאות.
ההוצאה המרכזית של הקרן הקיימת היא תשלומים לרשות מקרקעי ישראל שהסתכמו ב 1.26 מיליארד שקל:
הוצאות הקרן הקיימת על ייעור היו כ-230 מיליון שקל, ו37.5 מיליון שקל הוצאו לפיתוח פרויקטים סביבתים
כוח אדם.
בשנת 2014 העסיק הקרן הקיימת 950 עובדים קבועים בעלות שכר ממוצעת של 300,000 שקלים. שכר יושבי הראש אפרים שטנצלר ואלי אפללו היה כמשכורת שר, סגני יושבי הראש משתכרים משכורת ח"כ, ומשכורתו של מנכ"ל הקרן הקיימת מאיר שפיגלר כשל מנכ"ל משרד ממשלתי. עלות הפנסיות ב-2014 הייתה 120 מיליון שקל.
חינוך וקהילה.
ההשקעה בחינוך בשנת 2014 עמדה על כ-81 מיליון שקל ו65.5 מיליון שקלים הוצאו ל"קשרי קהילה וחברה", סעיף בו חל גידול של 10 מיליון שקלים בהשוואה לשנת 2013.
שיתופי פעולה עם ארגונים אחרים.
ההוצאה הכוללת על שיתופי פעולה עם ארגונים שונים הייתה 124 מיליוני שקלים
ביקורת על קק"ל.
ביקורת כללית על מהות והתנהלות הארגון.
כבר עם קום המדינה היו שראו בקק"ל גוף שעבר זמנו והתנגדו להעברת קרקעות המדינה לרשותה. חבר הכנסת יוחנן בדר דרש לפרק הקרן הקיימת אותה מצא כמוסד ארכאי ולא חיוני. "העם היהודי" בשמו התיימרה הקרן לפעול היה בעיניו כינוי לכמה פקידים היושבים בשכונת רחביה בירושלים. הוא סירב לראות ברכישת קרקעות המדינה (שני מיליוני הדונם) "גאולת קרקע" למען העם. לטענתו, משחלפה סכנת העברת הקרקעות לזרים, היה רעיון קרקע הלאום לאבסורד. בדר התנגד לאמנה שבין הקרן הקיימת לממשלה משום שמרגע מסירת אדמות המדינה לקרן, לא יהיה עליהן עוד פיקוח של הכנסת ושל מבקר המדינה והדבר יהפוך את המדינה לבת­ ערובה של עקרונות הקרן הקיימת. ד"ר יוסי ביילין, בספרו "אחד העם פינת הרצל", טוען כי לאחר הקמת המדינה ויסוד מינהל מקרקעי ישראל, קיומה של קק"ל מהווה כפילות מיותרת. הוא קבל על כך שניתן לקק"ל להקצות משאבי ציבור (קרקעות) כגוף פרטי ופוליטי ללא פיקוח של המדינה, בעוד שכ-80 אחוז ממקורות המימון שלו מגיעים מהמדינה. לטענתו "זהו גוף שאין לו הצדקת קיום פורמלית ובלתי פורמלית, והוא מתקיים מתוך אינטרסים ארגוניים בלבד...", ובכך מאשים ביילין את קק"ל שקיומה משמש בעיקר במטרה לשמר את כוחה ולחלוקת "ג'ובים" ומינויים פוליטיים.
התנהלות כלכלית.
הועברה ביקורת רבה על משכורות הבכירים הגבוהות בארגון, אשר אינן הולמות ארגונים מסוגו, ואף נטען כי הן עשויות לגרום לקריסתו הכלכלית.
כמו כן, הועלו טענות בתקשורת לפיהן הארגון נוהג בפזרנות יתרה עם כספי ציבור, כאשר נחשף כי שולמו חצי מיליון דולר לבקשת נשיא ארצות הברית לשעבר ביל קלינטון לקרן הנושאת את שמו בעבור הרצאתו לכבוד יום הולדתו ה-90 של שמעון פרס.
פרשת נכסי נספי השואה.
בראשית המאה ה-21 התברר שהקרן הקיימת לישראל טיפלה ברשלנות בנכסים של פליטי שואה ויורשים לנספי שואה שהותירו אחריהם באירופה. נכסים שהייתה אמורה לאתר ולמכור עבורם. התברר שהקרן הקיימת מכרה נכסים ולא העבירה את הכספים לחלק מהמשפחות. במקרה אחד זכה יורש בפיצוי משמעותי לאחר שתבע את הקרן.
בפברואר 2000 הוקמה "ועדת החקירה לבדיקת נושא איתור והשבת נכסים של נספי השואה", בראשותה של ח"כ קולט אביטל, בעקבות מחקרים היסטוריים שהראו כי יהודי אירופה החזיקו בארץ ישראל, ערב מלחמת העולם השנייה, אלפי נכסי נדל"ן ונכסים פיננסיים אחרים. היוזמה להקמת הוועדה באה על רקע ביקורת ציבורית גוברת על כך שבישראל, בניגוד לאירופה, לא נעשה כמעט דבר להשבת רכושם של יהודים שנספו בשואה. הוועדה הגישה מסקנותיה בינואר 2005. בין השאר איתרה נכסים וקרקעות, שבשלהי מלחמת העולם השנייה הועברו לקרן הקיימת בנאמנות, נכסים שיהודים הספיקו לרכוש בארץ ישראל בטרם נספו בשואה, כיוון שהיה חשש שרכושם ייגזל או יוחרם על ידי ממשלת המנדט, או גורמים אנטי ציוניים ואחרים. בעקבות כך, נחקק בדצמבר 2005 חוק הנכסים של נספי השואה, שהביא להקמתה של החברה לאיתור ולהשבת נכסים של נספי השואה, כדי שתפעל להשבת נכסים אלו ואחרים. רק בשנת 2013 השלימה הקרן להעביר כחצי מיליארד שקל לחברה לאיתור ולהשבת נכסים של נספי השואה.
קרקעות קיבוץ גבעת ברנר.
בשנת 2011 תבע קיבוץ גבעת ברנר להשיב לו 1,200 דונם, שרשומים היום כרכוש הקרן הקיימת לישראל. לטענת הקיבוץ, הקרקעות נרכשו מכספי מייסדיו, אשר מטעמים ציוניים אידאולוגיים מסרו אותה לידי הקק"ל בנאמנות.
דוח מבקר המדינה 2017.
בדו"ח מבקר המדינה שהוגש ב-2017 נקבע כי "החלטות התקבלו שלא על פי אמות מידה ידועות וברורות" וכי קיים "ליקוי מהותי בניהול ובבקרה בקק"ל".
בפרק מתוך דו"ח מבקר המדינה שהתפרסם במרץ 2017, נמתחה ביקורת על הסכם עם מינהל מקרקעי ישראל מ-1991 שהוגדר חשאי ולא חוקי, במסגרתו העבירה המדינה 51 אלף דונם של קרקעות בגלילי בתמורה לחובות בשווי מיליארדים. משרד מבקר המדינה קובע כי הוא "רואה בחומרה את אופן פעילותן האמור של קק"ל ושל המדינה בנושא" וכי פעילותן הייתה "בניגוד לסדרי מנהל תקינים".
דוח משרד המשפטים 2022.
ביקורת שערך משרד המשפטים על התנהלות קק"ל בשנים 2014-2017 מצאה פגמים מהותיים בהתנהלות הארגון ובפרט העברות כספים לגופים פוליטיים שמבחינת חומרתם "הם היו עשויים לבסס עילת פירוק של קק"ל". כך הועברו חצי מיליארד שקלים למוסדות הקשורים בהסתדרות הציונית מהלך שקיבל אישור הדירקטוריון רק לאחר חתימת ההסכם כך שלחברי הדירקטוריון לא התאפשר להפעיל שיקול דעת בעניין. על פי הדוח הועסקו בקק"ל במישרין או באמצעות חברות כוח אדם מקורבים של דני עטר ושל נושאי משרה אחרים.
שוק העבודה
שוק העבודה הוא מושג השייך לתאוריה הקפיטליסטית ובאמצעותו היא מבקשת להגדיר על פי דרכה את היחסים בין עובדים לבין אלה המחזיקים בבעלות על אמצעי הייצור. על פי תפיסה זו הדרך בה עבודתם של בני-אדם נסחרת בתמורה לתשלום בצורת משכורת פועלת על פי מנגנון של שוק וכך בשוק העבודה, העובדים מתחרים ביניהם על המשרות הפנויות, והמעסיקים מתחרים ביניהם על כוח האדם. על פי גישה זו תחרות זו גורמת לכך שיפעלו עליו עקרונות כלכליים כלליים כמו היצע וביקוש, אך יש לו גם מאפיינים מיוחדים בשל המורכבות של סחר בזמנם של בני-אדם.
מגדירים את העבודה השכירה על ידי שלושה תנאים: ראשית, ה"מעסיק", שהוא גורם המעוניין בתוצרי העבודה (לצורך שימוש אישי או לצורך מכירה), ואינו יכול או שאינו מעוניין בביצוע העבודה בפועל, ומוכן לשלם תמורתה. שנית, קיים "עובד שכיר", המוותר מזמנו הפנוי לביצוע העבודה, ושיש לו את הכישורים לביצועה, לא לשם קבלת תוצרי העבודה, אלא על מנת לזכות בתגמול עבור ביצועה. שלישית, הביטוי המכריע של תגמול זה הוא הכסף, אותו מקבל העובד.
מאפיין אחד המבדיל של שוק העבודה משווקיהן של רוב הסחורות, הוא היקף המגע הרחב הנדרש בין העובד למעסיקו. המגע המוגבר בין הגורמים הרבים המעורבים בשוק העבודה, מביא להתייחסות נפרדת בכל הנוגע למגע זה, המכונה "יחסי עבודה". יחסי העבודה ארוכי הטווח מתבטאים במונח "משרה". משרה היא מעין חבילה הכוללת את כל תנאי ההעסקה של עובד לתקופת זמן ממושכת. לרוב מנוהל שוק העבודה כשוק משרות, ולא כשוק של עסקאות בודדות.
הבדל נוסף הוא קיומו של הון אנושי, שהופך את ההתייחסות לתועלת הכלכלית שמביא העובד למעסיקו למורכבת יותר מהתועלת שמביאה סחורה רגילה.
יחסי העבודה קשורים קשר רב לאיגודים מקצועיים, המהווים חלק משמעותי ביותר בכל התייחסות לשוק העבודה.
אדם אשר מסוגל לעבוד אך אינו בעל משרה, מכונה מובטל, מצב של חוסר תעסוקה בשוק העבודה מכונה אבטלה.
מיסוד שוק העבודה.