מאוחר יותר טען ג'פרסון כי התחרט על הסכמתו, וזאת משתי סיבות: האחת, מפני שלטענתו משבר האשראי היה חמור פחות מכפי שהציגו המילטון, וזאת כדי לשכנע את האחרים לתמוך בו. השנייה, מפני שלטענתו המילטון השתמש בתוכנית כדי להעשיר מספר בעלי הון - על פי ג'פרסון, לפני שהמילטון הוציא לפועל את תוכניתו לתשלום איגרות החוב, הוא מסר מידע אודות התוכנית לבעלי הון, אשר רכשו מהציבור את האגרות בהנחה משמעותית, כיוון שמרבית הציבור סבר שאגרות אלה לא ישולמו לעולם. לאחר שבעלי ההון קנו את איגרות החוב, הודיע המילטון על התוכנית לפדיונן בידי הממשל הפדרלי, ובעלי ההון גרפו רווח ניכר. ג'פרסון טען כי מדובר בבגידה בציבור הפטריוטי שתמך במלחמה בידי האליטה השלטת ובעלי ההון.
העובדה שמרבית התומכים בדו"ח (כמו רופוס קינג) היו ידידותיים לספקולנטים לא סייעה לו, אף על פי שלהמילטון עצמו לא היה קשר לחוב. מדיסון התנגד לדו"ח בפברואר 1790. אף על פי שלא התנגד למתן רווח למחזיקי איגרות החוב, הוא רצה שהחובות ישולמו לחיילים. מדיסון לא הרגיש שהחיילים איבדו אמון במדינה, אלא שהיו מיואשים ולכן מכרו את איגרות החוב. הפשרה של מדיסון לא זכתה לתמיכה רחבה.
בניגוד לדעה מקובלת, המילטון לא האמין כי כדאי למדינה להישאר בחוב לאורך זמן רב. הוא חשב כי זוהי חולשה שיש להימנע ממנה, וכתב מאמרים רבים המתנגדים לחוב ממשלתי לטווח ארוך.
הדו"ח על הבנק הלאומי.
הדו"ח של המילטון לגבי בנק לאומי הוצג בדו"ח הראשון על החוב הלאומי. המילטון רצה בנק לאומי עוד ב-1779, ואסף רעיונות בנוגע להקמתו, כשהוא נסמך על בנק אנגליה ועל ניסיונו כבנקאי.
המילטון הציע לקונגרס להסמיך בנק לאומי עם הון של עשרה מיליון דולרים, כשחמישית מהם יהיו בבעלות הממשלה. לממשלה לא היה כסף, והרעיון היה שהממשלה תלווה את הכסף מהבנק, ותחזיר את ההלוואה בעשרה תשלומים שנתיים ושווים. השאר יהיה זמין למשקיעים פרטיים. על הבנק יפקחו עשרים וחמישה נאמנים שייצגו את רוב מחזיקי המניות הפרטיים. המילטון הציע מיסים למימון הבנק: מכסים על רום, וויסקי וליקר מיובאים.
החוק עבר בסנאט בלי בעיות, אולם נעצר בבית הנבחרים. רבים טענו שהמילטון ייצג את צפון מזרח המדינה בעזרת הבנק, ושהחקלאים לא ירוויחו ממנו. מדיסון וג'פרסון התנגדו לבנק גם כן, אולם הבינו שעיר הבירה לא תעבור לדרום אלמלא פילדלפיה תקבל פיצוי בדמות הבנק. מדיסון טען שהחוקה לא הסמיכה את הממשלה ליצור את הבנק, אולם החוק עבר ברוב של 39 מול 20 ב-8 בפברואר 1791.
וושינגטון היסס לחתום על החוק, בעצת התובע הכללי אדמונד רנדולף ותומאס ג'פרסון. ג'פרסון טען שאין צורך בבנק לאומי. לבסוף חתם וושינגטון על החוק.
יצירת המטבעה של ארצות הברית.
ב-1791, הגיש המילטון לבית הנבחרים דו"ח על יצירת מטבעה. רוב רעיונותיו נבעו מהכלכלנים האירופאים, החלטות מהקונגרס ומאנשים כתומאס ג'פרסון. כיוון שהמטבע הספרדי היה המטבע הכי נפוץ בארצות הברית, הציע המילטון הטבעה של דולר אמריקני במשקל זהה כדי להציג לציבור את המטבע. המילטון רצה שהמערכת האמריקנית תהיה מבוססת על חלוקה של הדולר לעשרות. אף על פי שהעדיף את תקן הזהב, הוא הסכים להצמדת הדולר גם לכסף, בשיעור שתאם את המדינות האירופאיות. ההבדל היה שהוא הגדיל את ערך הזהב כיוון שהיה סבור שהמערב יביא לארצות הברית כסף רב. המילטון חפץ להטביע מטבעות כסף בערכים נמוכים כדי להקל על העניים. אחת ממטרותיו היו שהציבור יתרגל לעסוק בכסף באופן קבוע.
ב-1792, הצעותיו התקבלו בידי הקונגרס והפכו לחוק, שהוביל ליצירת מטבעת ארצות הברית. היו צריכים להיווצר מטבע של עשרה דולרים מזהב, מטבע דולר מכסף, וכסף אחר בין חצי סנט לחמישים. הכסף והזהב הוטבעו ב-1795.
שירות ספינות המכס.
עוד לפני המהפכה, ההברחות בחופים האמריקניים הפכו לבעיה רצינית, ולאחר המהפכה הבעיה גברה. יחד עם ההברחה, נוצרה בעיה בשליטה על ספינות, שוד ימי וחוסר איזון בהכנסות. בתגובה, הציע המילטון להקים את שירות ספינות המכס של ארצות הברית, שיפטרל בימים ויעזור לגובי המכס בהחרמת סחורה מוברחת. בנוסף, השירות נועד לחזק את השליטה במכס, את הכלכלה ואת צי הסוחר.
המילטון הציע להציב עשר ספינות באזורים שונים במדינה, בין ניו אינגלנד לג'ורג'יה. לכל אחת מהספינות יהיו עשרה רובי מוסקט וכידונים, עשרים רובי פיסטול, שני אזמלים, גרזן רחב אחד ושתי עששיות. המפרשים היו אמורים להיארג בידי תעשיות אמריקניות. כך נולד משמר החופים של ארצות הברית.
וויסקי כהכנסה ממס.
אחד ממקורות ההכנסה המרכזיים שהציע המילטון היה מס בלו על וויסקי. בחוק המכס הראשון של ינואר 1790, הציע לגייס שלושה מיליון דולרים לצורך הוצאות תפעוליות וריבית על החוב הפנימי והחיצוני בעזרת העלאת מכס על יינות, תה, קפה ומשקאות מזוקקים. הקונגרס סירב לכך (פרט למס על וויסקי). מדיסון הציע במקום מכס על סחורות מיובאות.
כיוון ששלושה רבעים מההכנסה הממשלתית הייתה מסחר עם בריטניה, וכתוצאה מההכנסות הצונחות, החליט המילטון לכלול בדו"ח על החוב הלאומי ב-1790 הצעה למס על אלכוהול ומכס יבוא על אלכוהול. שיעור המס היה מדורג. המילטון ידע שהמס לא יתקבל טוב בקרב האזורים הכפריים, אולם סבר שהמס עדיף על פני מס קרקע.
ההתנגדות הגיעה מבית הנבחרים של פנסילבניה. המחוקקים לא הצליחו לאכוף את חוקי המכס. המילטון היה מודע לכך וניסה להנחות פקחים לחפש סחורה מוברחת ולהחרימה. המילטון העדיף משפט עם חבר מושבעים למי שימצא אשם בהברחה. ב-1791, המקומיים החלו לאיים על הפקחים בטענה של חדירה לפרטיות. הם כיסו את הפקחים בזפת ונוצות והלקו בהם. המילטון ניסה להקטין את ההתנגדות ולהוריד את שיעורי המס, ללא הצלחה.
ב-1794 התעוררה התנגדות חריפה של הציבור למיסוי משקאות חריפים אשר הביאה למרד הוויסקי במערב פנסילבניה ווירג'יניה, שהיה המוצר החיוני ביותר לכלכלה המקומית. המילטון שראה בציות לחוק ערך חשוב, ליווה את גנרל הנרי לי השלישי ואת הנשיא וושינגטון על מנת לדכא את המרד. צעדיו של המילטון לתשלום החוב החיצוני של ארצות הברית היו חשובים לא רק בשל הניסיון החשוב והמוצלח להתמודד עם הבעיות הכלכליות של המדינה הצעירה, אלא גם משום שהביאו למפלגות הלאומיות הראשונות. המרד הסתיים ללא שפיכות דמים.
ייצור ותעשייה.
הדו"ח הבא של המילטון היה הדו"ח על הייצור. אף על פי שהקונגרס ביקש ב-15 בינואר 1790, דו"ח בנוגע להגדלת העצמאות הכלכלית של המדינה, הדו"ח הוגש רק ב-5 בדצמבר 1791. בדו"ח, ציטט מ"עושר האומות" והתנגד לאסכולה הפיזיוקרטית ולחקלאות. הוא גם סירב לרעיונותיו של אדם סמית' בנוגע לאי מעורבות ממשלתית, שתזיק לסחר עם מדינות אחרות. הוא טען שהתמקדות בחקלאות תגרום לחיסרון בסחר מול אירופה. כלפי החקלאים, טען המילטון שהתעשייה תקדם את ענייניו ושהתעשייה פרודוקטיבית גם היא.
הצעותיו כללו תוכניות למכסי יבוא ובלו להעלאת רווחי המדינה על מנת לשלם את חוב המלחמה, כמו גם הצעות בענייני ימאות. בחבילה שהציג בפני הקונגרס האמריקאי ב-1791, הציע המילטון צעדים להגנה על התעשיות האמריקאיות שהיו אז בחיתוליהן. מכסים אלו סייעו רבות בהתפתחותה של התעשייה האמריקאית ב-150 השנים הבאות, בהן נשארו המכסים הגבוהים בתוקפם עד להתייצבות תעשייה אמריקאית מבוססת וחזקה.
המילטון היה בין הראשונים להכיר בשינויים הגדולים בתעשייה ובקפיטליזם בתקופתו, ובמיוחד במגמת התפתחות התעשייה בקנה מידה גדול שממומנת על ידי הון חיצוני. ב-1778 ביקר במפלים הגדולים על נהר הפסייק בניו ג'רזי, וסבר כי ניתן לנצל את אנרגיית המים לפיתוח תעשייה במקום. כשר האוצר קידם רעיון זה על ידי יִסוּד "האגודה להקמת תעשיות מועילות". על אף שהאגודה לא הגשימה את מטרתה הראשונית, היא החכירה את האדמות שסביב המפלים למפעלים מסוגים אחרים, והמשיכה לפעול במשך מאה וחמישים שנה. העיר שצמחה במקום – פטרסון, ניו ג'רזי, הפכה לאחד ממרכזי התעשייה החשובים לכותנה, פלדה ומשי, עד לדעיכתה לאחר מלחמת העולם השנייה.
המפלגות.
במהלך כהונתו של המילטון כמזכיר האוצר, החלו להתגלות מחלוקות פוליטיות. ג'יימס מדיסון הוביל התנגדות בקונגרס לתוכניותיו של המילטון, ותומאס ג'פרסון הצטרף אליו כשחזר מצרפת. המילטון ובעלי בריתו כינו את עצמם "הפדרליסטים". המתנגדים, שכונו המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית, נודעו כ"רפובליקנים".
המילטון הקים קואליציה לאומית שתתמוך בממשל ובתוכניותיו הכלכליות, ובעיקר בנייטרליות של וושינגטון בין בריטניה וצרפת. לעומתו, תומכי ג'פרסון התנגדו לבנקים ולערים ותמכו בצרפת. הם בנו קואליציה משלהם. שניהם קיבלו תמיכה מקומית, שניהם פיתחו עיתונים מפלגתיים שתקפו את היריבים. ב-1801 הקים המילטון עיתון יומי, שהפך ל"ניו יורק פוסט".
המאבק בין המילטון וג'פרסון הוא אחד מהגדולים בתולדות ההיסטוריה הפוליטית האמריקנית, ושניהם רצו במשרת היועץ הראשי של וושינגטון.
הסכם ג'יי ובריטניה.
כשיצאו בריטניה וצרפת למלחמה בתחילת 1793, התייעצו ארבעת חברי הקבינט בנוגע לדרך פעולה, והסכימו להישאר נייטרליים. אולם ב-1794, הפכה המדיניות כלפי הבריטים לבעיה בין המפלגות. המילטון והפדרליסטים דרשו יותר סחר עם בריטניה, שותפת הסחר הבכירה של המדינה החדשה. הרפובליקנים ראו בבריטניה איום על הרפובליקניזם והציעו מלחמת סחר.
כדי להימנע ממלחמה, נשלח נשיא בית המשפט העליון ג'ון ג'יי לנהל משא ומתן עם הבריטים. המילטון הנחה את ג'יי, שהגיע להסכם שאותו הרפובליקנים דחו. המילטון השיג תמיכה להסכם, שעבר בסנאט ב-1795 לאחר חילוקי דעות רבים. ההסכם פתר את הבעיות מימי המהפכה, מנע את המלחמה, ואפשר עשור של סחר בין ארצות הברית ובריטניה.