הגברים לבשו אזור חלציים שהיה מורכב משני ריבועי בד ומעליו טוניקה חסרת שרוולים, המכונה אונקו (uncu). הטוניקה נתפרה מרצועת בד מלבנית (ביחס 7:9) ברוחב של כ-80 סנטימטרים שהושארו בה חורים לידיים ולראש, ושהגיעה עד הברכיים. לעיתים חבשו כיפת ראש. לנשים היו בגדים רחבים המכונים אנאקו (anaku) שהגיעו עד לקרסוליים וסביב המותנים הן נהגו לחגור חגורה או רצועה רחבה המכונה צ'ומפי (chumpi). האינקה נעלו סנדלים שסולייתם מעור או מסיבים ארוגים, החלק העליון של הסנדל היה מורכב מחוט צמר קלוע בצבעים עזים. בימי החורף הקרים נהגו שני המינים להתעטף בבד רחב שנסגר בסיכה בעת עבודה או ריקודים. קיסר האינקה נהג ללבוש בגד פעם אחת ואחר כך שרפו אותו. בבגדים שלו נהגו לשזור חוטי כסף, זהב ונוצות. לקיסר היה כיסוי ראש מיוחד עם ציצית בצבע אדום שירדה על מצחו והסתירה את עיניו.
רפואה.
באמצעות בחינת מומיות, כלי חרס והכרוניקות של הספרדים, מצאו החוקרים עדויות לשחפת, עגבת, צרעת, שיגרון, טיפוס הבהרות, יבלות, מחלות בדרכי הנשימה, אבנים בכליות, טטנוס, אפילפסיה, תולעי סרט כינים ועוד. אין עדות כמעט לסרטן. כאומה של לוחמים שנאבקה ללא הרף בתרבויות אחרות למען הגדלת שטחים ועושר, היה צריך להתמודד לעיתים קרובות גם בפציעות ובפצעים של הלחימה.
הרפואה של האינקה הייתה שילוב של תרבות, דת וידע על עשבי מרפא ומינרלים. בני האינקה האמינו שמחלה נובעת מפעולה שגויה של החולה או של שכנו, שגרמה לאל לכעוס ולהטיל קללה. הם האמינו שרק באמצעות תרופות טבעיות ותפילות ניתן לרפא את המטופל. הם הקפידו לבצע טקסים בצורה נכונה כדי לגרש רוחות רעות ולהבטיח שהחולים יישארו ללא פגע ובריאים. טקסים אלו כללו בדרך כלל סוג של קורבן: שרקנים, למות, מזון, בדים, צדפים, כסף, זהב, קמח תירס, צ'יצ'ה או קוקה. החיות נשחטו, האוכל נשרף, והצ'יצ'ה, נשפכה על האדמה. עם זאת, ככל שהאימפריה גדלה והאינקה נחשפו לתרבויות אחרות, כך גם נוסף ידע רפואי ומידע על עשבי מרפא.
יש עדויות ארכאולוגיות לקיומם של בתי חולים ובתי ספר לרפואה בקוסקו ובפראקס (Paracas). היו סוגים שונים של מרפאים. המרפאים שמרו בקנאות על הידע שצברו משום כדי למנוע תחרות (הם קיבלו תשלומים במזון, בדים וכסף) וגם כדי לשמר את המעמד המיוחד שתפסו בהיררכיה של האינקה משום שהם נתפסו כבעלי חיבור ייחודי לעולם העל טבעי שאפשר להם את הכוח לרפא בעולם הטבעי. יש עדויות לכך שהם ידעו לבצע: קטיעה כירורגית, ניתוחים קיסריים, הפלות, ניתוחי גולגולת וסינוס, הקזת דם, טיפול בפצעים, סתימות שיניים על בסיס מתכת, השתלות עצם, לחבוש גזה וכותנה, לבצע תפרים וצריבה כירורגית, לספק משלשלים, משתנים ואמצעי מניעה ולהשתמש בהיפנוזה.
הניתוח המרשים ביותר שידעו לבצע רופאי האינקה היה ניתוח של הגולגולת. בזמן שהגיעו הספרדים לאימפריה הצליחו הרופאים להגיע לשיעורי שרידות של תשעים אחוז. עדות לכך היא הצמיחה המחודשת של העצם בגולגולות המנותחות. הישרדות של 9 מתוך 10 מרשימה במיוחד בהתחשב בחוסר יכולתם לספק סביבה מעוקרת למטופלים והשימוש שלהם באזמלים מנחושת, ברונזה, זהב, אובסידיאן או כסף. חלק מהמטופלים עברו עד שבעה ניתוחים. לא ידוע מדוע ביצעו בני האינקה ניתוח זה. אחת ההשערות היא שהאינקה תרגלו זאת בתגובה לפציעות מלחימה. כלי נשק נפוץ היה אלה עם חודים מאבן או נחושת. ופגיעת כלי נשק זה בגולגולת זוהתה בגולגולות שבהם בוצע הניתוח שנועד לשחרר לחץ מהמוח. תאוריה נוספת היא שלא היה זה ניתוח שנעשה מסיבות טבעיות, אלא ניתוח שנעשה משיקולים על טבעיים. המנתח היה מסיר חלק מהגולגולת כדי לשחרר את הרוח הזדונית שהחזיקה את המטופל וגרמה למחלתו. ניתוח כזה חייב חיטוי והרדמה. לאינקה הייתה גישה למגוון חומרי הרדמה כמו: קוקה, מסקלין, ניקוטין, פסילוציבין ואיוואסקה. לניקוי הפצעים נעשה שימוש בחומרים שמוצו מהעץ ג'ניפה אמריקנה, שכן יש להם תכונות אנטי בקטריאליות.
האינקה מצאו שצמחים היו טובים גם לשימוש בהקשרים רפואיים רבים אחרים, כגון הפחתת חום ושיעול, הגברת הפוריות, הגדלת או הפחתה של החשק המיני, הקלה של התכווצויות וצמרמורות, עצירת הגירוד מעקיצות חרקים או בעלי חיים ועוד. האימפריה השתרעה בין קו החוף לפסגות הרי האנדים ומשם ליערות גשם, והאינקה הכירו את עשבי המרפא שנמצאו בכל מיקרו אקלים במהלך כל עונה. החוקרים יודעים על כמה מאות מתוך כנראה אלפי עשבי המרפא שבהם השתמשו האינקה. כך למשל היו האינקה הראשונים בעולם להשתמש בכינין שהופק מקליפת עץ מהסוג כתרופה למלריה. צמח הקוקה מילא תפקיד חשוב ברפואת האינקה ובדת. הוא שימש ממריץ קל, מרדים, מדכא רעב וצמא, משכך כאבים, מקל על עייפות ומחלות גבהים וריפוי יובש בפה בשל היכולת להגביר את ייצור הרוק. תפקיד דומה היה לצ'יצ'ה, משקה אלכוהולי שיוצר בעיקר מתירס. בחינת השיער של ילדים שהוקרבו על ראשי ההרים הראתה כי נהגו להקהות את חושיהם באמצעות צ'יצ'ה. השרף של פלפלון בכות שימש כמשלשל ולטיפול במלנכוליה בכיב קיבה ובמחלות דרכי הנשימה, העלים שימשו לטיפול בצינית ובגרדת והפירות לבעיות בקיבה, בכליות ובשלפוחית השתן. בין צמחי הרפואה הנוספים היו רתניה פרואנית ששימשה לעצירת דימום וקיסוסית רפואית המכונה סרספרילה (Sarsaparilla) ששימשה לטיפול בפצעים כואבים.
הדת של בני האינקה הייתה שילוב של טקסים מורכבים, מנהגים, אמונות אנימיסטיות, צורות מגוונות של אמונה בחפצים בעלי כוחות מאגיים ופולחן הטבע. עבור בני האינקה, כמקובל בתרבויות עתיקות רבות אחרות, הדת הייתה בלתי נפרדת מהפוליטיקה, מההיסטוריה ומהחברה. כל היבטי חיי הקהילה היו קשורים קשר הדוק לאמונות דתיות, מנישואים ועד חקלאות, מממשל ועד קבורה. האינקה חשבו שהאלים ואבות האינקה השפיעו על הצלחות וכישלונות מכל סוג בחיים. שמירה על שביעות רצונם של האלים והאבות הקדמונים, והימנעות מזעמם בצורה של אסונות טבע כמו בצורת ורעידות אדמה הייתה מטרה חשובה מאוד של הדת של האינקה. הדת הייתה גם כלי חשוב לאליטה השלטת כדרך ללגיטימציה של מעמדם המיוחס בחברה ולהפצת האמונה הכללית של עליונות בני האינקה על נתיני האימפריה שלהם.
דת בני האינקה הושפעה ממסורות קודמות ומסורות של תקופתם של תרבויות האנדים, במיוחד מתרבויות וארי וטיוואנאקו העתיקות. ואכן, למרות הדת שנכפתה על ידי קוסקו, קהילות מקומיות רבות עדיין דבקו באמונות המסורתיות שלהן ברחבי האימפריה, גם אם נאלצו לאמץ גם את אלי האינקה הגדולים. אחת ממסורות האנדים המתמשכת הייתה האמונה במייסד ספציפי של הקהילה ובקשר עם נקודה מסוימת שבה אותו אדם הגיח מהאדמה – פקאריסקה (paqarisqa).
הסגידה ארוכת השנים לשמש, הירח, כוכבי הלכת וקבוצות כוכבים בקרב קהילות הרי האנדים העתיקות היו אמונות אחרות שהנציחו בני האינקה. גם השמאנים, עם יכולתם המפחידה להטיל כישוף ומיומנות מיוחדת בניבוי עתידות על ידי קריאת סימנים בלתי מובנים בשריפות, במעיים של למה וכדומה, נותרו דמויות חשובות בעולם האינקה. נטען שבקוסקו היו 475 מהם. החשוב ביותר הוא יאקרקה (yacarca), היועץ האישי של המלך. מסורת נוספת בת אלפי שנים שבה המשיכו בני האינקה הייתה האמונה באורקלים - המפורסמים ביותר היו בצ'אווין ובפצ'אקמק.
האל המרכזי בפנתאון של האינקה היה אינטי, אל השמש ופטרון האימפריה והכיבושים. בית השפע שלו היה גם היעד בעולם הבא עבור אלה שחיו חיים טובים בעולם הזה. מלך האינקה או השליט נחשב אלוהי וצאצא חי של אינטי מה שהעניק לגיטימציה לזכות השלטון האלוהית של האינקה. קיסר האינקה היה מכונה "הבן היחיד של השמש" (Sapan Intiq Churin). פסל זהב של אינטי, המיוצג כילד יושב קטן וידוע כפונצ'או (Punchao), הוחזק במקדש השמש, במתחם הקדוש קוריקנצ'ה בקוסקו. עם קרניים מבצבצות מראשו ומעוטרות בתכשיטי זהב, קיבתה של דמות זו שימשה כלי קיבול לאפר האיברים החיוניים השרופים של מלכי האינקה הקודמים. את האל שירת הכוהן הגדול המכונה וייאק אומו (Villaq Umu), הדמות הדתית הבכירה ביותר בעולם האינקה, שנעזר בצוות של כוהנות צעירות בתולות, האקייאס (acllas) או גם אקייאקונס (acyllyaconas). לכל עיירת אינקה גדולה היה מקדש לאל וכמות עצומה של משאבים הוקדשה לו. אפילו אדמה ועדרים נשמרו במיוחד לאינטי ומחוז שלם ליד אגם טיטיקקה הוקצה לו.
האינקה סגדו גם לאלים רבים אחרים: "ויראקוצ'ה", - בורא העולם, "פצ'אמאמה" - אלת האדמה, "אייפה" (Illapa) - אל הרעם, מזג האוויר והגשם, "מאמה קייה" - אלת הירח, פצ'אקמק (Pachacamac), אל רעידות האדמה, "מאמה קוקה" (Mama Coca) - אלת הבריאות והאושר, סופאי (Supay), אל המתים ורבים אחרים. בני האינקה היו צופים נלהבים בגרמי השמיים ושלטו בתנועות ובמחזוריות שלהם. בהתאם, גם לכוכבים, לקבוצות כוכבים ולכוכבי הלכת היו ייצוגים מגולמים, במיוחד הפליאדות (קוייקה - Qollqa), שביל החלב (מאיו - Mayu), חגורת אוריון ונוגה (צ'סקה קוייור - Chaska Cuyllor). באופן כללי נראה שלכל היצורים הייתה מקבילה כוכבית מיוחדת משלהם שאיכשהו שלטה והגנה על כל הייצוגים שלה על פני כדור הארץ.
מקדשים.
המקדשים של האינקה נועדו בדרך לשכן חפצים שהאמינו שיש להם כוח מאגי, כוהני דת, משרתיהם ואת הנשים הנבחרות ("בתולות השמש"), שחיו במקדש, הכינו מזון לפולחן וצ'יצה לפולחן וארגו בדים לפולחן ולקיסר. המקדשים בדרך כלל לא נועדו לקהל המאמינים, והטקסים הדתיים התנהלו מחוץ למקדשים. כשהאינקה כבשו שטחים חדשים, הוקמו מקדשים מסוג זה בארצות החדשות.