עם הקמת התנועה, התקשורת בארץ הבליטה את היות מקימי התנועה עבריינים. בנוסף, פורסמו מספר ידיעות על כך שאנשי התנועה אינם עצמאיים, ומושפעים על ידי אנשי תנועת "מצפן" או על ידי גורמי הרווחה מעיריית ירושלים.
החברים הבולטים בתנועה בתחילת דרכה היו: ראובן אברג'ל, סעדיה מרציאנו, צ'רלי ביטון, רפי מרציאנו, דוד חזקיה, אברהם מלכה (אביו של אלירן מלכה), אלי אביכזר, רוני הורביץ, מאיר לוי, כוכבי שמש, דוד לוי ממוסררה, יעקב אברג'ל, אליעזר אברג'ל, קוקו דרעי וג'אקי דיין. אנשים אלו הצליחו להעלות אל פני השטח את מצוקת העוני, הפער בין עניים לעשירים והיחסים העדתיים בחברה הישראלית. הם רתמו ציבור רחב להאמין כי תנועת המחאה תשפר את חייהם ואף הצליחו לגייס גורמים מעולם התקשורת דוגמת ברוך נדל, חיים גורי ועמוס קינן להגברת המודעות למאבק. מצטרפים בולטים בהמשך היו אדי מלכה, יעקב אלבז (מאוחר יותר נחשף כי פעל בין "הפנתרים השחורים" כסוכן סמוי של משטרת ישראל), ויקטור אלוש, מתיתיהו אוליאל ודני סעיל.
שמה של התנועה ניתן לה על ידי אבי ברדוגו בהשראת התנועה האמריקאית, בניסיון למחות על אפליה כנגד המזרחים בארץ בדומה לזו שהתרחשה כלפי השחורים בארצות הברית. לעומת זאת, לדברי שמשון ויגודר, חבר "מצפן" לשעבר אשר היה מעורב בהקמת התנועה, התנועה אימצה את השם כאשר פנתה קבוצת אנשים ממוסררה לעובדת הסוציאלית בדרישה לסיוע ליציאתם ממעגל הפשיעה אחרת יצאו להפגנות, אמרה להם שהם "מדברים כמו הפנתרים השחורים באמריקה".
פעילות התנועה.
הפנתרים החלו לעלות לכותרות העיתונים בישראל בינואר 1971 לאור כוונות של נערים מירושלים לקיים הפגנות בעיר. בפברואר של אותה שנה הכריזו הפנתרים על רצון לקיים הפגנה גדולה במרץ. כשביקשו "הפנתרים" לערוך את ההפגנה, סורבה בקשתם בטענה שיש להם עבר פלילי ובוצעו מעצרי מנע כדי למנוע את ההפגנה, ובמסגרתם נעצרו אנשי הפנתרים השחורים ואנשי מצפן. עם זאת, גולדה מאיר הבטיחה להעביר תקציבים לצורך שיקום שכונות בירושלים.
אף על פי כן, ב-3 במרץ 1971 התקיימה ההפגנה מול בניין עיריית ירושלים בהשתתפותם של אנשי הפנתרים השחורים, אנשי מצפן, תלמידי תיכון, סטודנטים, ואנשים נוספים ביניהם עמוס קינן. במהלך ההפגנה לא נעצר אף אדם. ההפגנה זכתה למספר תגובות בעיתונים, אשר טענו כי הפגנתם של הפנתרים השחורים הצביעה על "מספרם העלוב" וגינו את חיבורם לתנועת מצפן.
בתחילת אפריל 1971 ביקשו הפנתרים השחורים להיפגש עם ראשת ממשלת ישראל גולדה מאיר, ושבתו רעב ליד הכותל עד אשר בקשתם התקבלה. ב-13 באפריל 1971 פגשה גולדה מאיר חמישה ממנהיגי התנועה בלשכתה. בפגישה התעניינו גולדה וחברי הממשלה שהצטרפו לפגישה (שר החינוך יגאל אלון ושר הסעד מיכאל חזני) בבעיות שהציגו הפנתרים, אך מהר מאוד השיחה הסלימה לחילופי דברים קשים בין הצדדים. לאחר שיצאו מהמפגש אמרו חברי הארגון: "הייתה חביבה מאוד ראש הממשלה, אבל עדיין איננו מרוצים. צריך עדיין לעשות הרבה. קבענו פגישה נוספת." בהמשך אותו שבוע התקיים חג המימונה בצל הפגנות אלימות של חברי הפנתרים השחורים אשר זכו לביקורות מהתקשורת.
ב-18 במאי 1971 הגיע המאבק לשיאו. אלפי מפגינים התאספו בכיכר ציון בירושלים והשמיעו קריאות נגד הקיפוח העדתי. המפגינים אף דרשו לשנות את שמה של הכיכר ל"כיכר יהדות המזרח". גם הפגנה זו התקיימה ללא רישיון. המשטרה שהגיעה לפזרה נתקלה בהמון זועם, שהשליך אבנים ובקבוקי תבערה לעבר השוטרים. התוצאות היו קשות: שוטרים ומפגינים נפגעו בהתנגשות, עשרות אושפזו בבתי חולים ו-70 מפגינים נעצרו על ידי המשטרה. בעקבות ההפגנה עלו טענות מצד חברי כנסת ואנשי תנועת הפנתרים כי אנשי המשטרה היו אלימים מדי כלפי המפגינים, ואף התקיימה פגישה בין אנשי התנועה ואנשי משטרה על הנושא במסגרתה הוחלט על הקמת מנגנון הידברות בין התנועה למשטרה. לאחר מכן היה נראה שנוצרה רגיעה ביחסים שבין התנועה למשטרה, אך אלו התדרדרו בחזרה באוגוסט 1971, כאשר התפרצה הפגנה אלימה נוספת של התנועה בכיכר הדוידקה בירושלים. לאחר הפגנה זו ביקשה מפלגת גח"ל לערוך דיון בכנסת סביב האלימות המשטרתית באותן הפגנות.
מעורבות עם ארגונים פוליטיים בארץ.
בתחילת ימי התנועה, קיימו חבריה שיתוף פעולה הדוק עם ארגון מצפן. שמשון ויגודר, חבר ארגון מצפן, ניסח את הכרוז הראשון של "הפנתרים" לקראת ההפגנה הראשונה, ויחד עם שלושה חברים נוספים ב"מצפן", יצא להפיץ את הכרוזים במוסררה. אולם מיד כשהחלו לתלות אותם על הקירות, נעצרו על ידי בלשי המשטרה. ויגודר מצביע על ההבדל ביחס כלפי שתי הקבוצות: "זה היה יוצא דופן. לא עשינו שום דבר לא חוקי. כשהיינו במצפן...לא היה מצב שזורקים סתם לבית סוהר לפני הפגנה. התייחסו אלינו כמו לפנתרים... אני לא זוכר בכל ההיסטוריה של מצפן שעצרו אותנו על הסתה".
הכרוז הראשון של "הפנתרים", שנוסח על ידי שמשון ויגודר, פורסם בגיליון "מצפן" מאפריל 1971. הכרוז נכתב בנוסח אמוציונלי ובשפת רחוב לא מהוקצעת, בניגוד לסגנונו של העיתון: "די מזה שאין עבודה. די מלישון עשרה בחדר. די מלהביט על השכונים שנבנים בשביל עולים. די לאכול כלא ומכות כל יום שני וחמישי. די מהבטחות הממשלה שלא מתקימות. די לנו מהקיפוח. די לנו מהפליה. כמה זמן ישימו לנו אותה ונשתוק? לבד לא נעשה כלום - יחד נצליח!". הכרוזים אף נתלו בירושלים בימים שלפני ההפגנה ב-3 במרץ. אולם בניגוד למצפן, "הפנתרים" ראו עצמם כפטריוטים וציונים, כפי שנכתב בגיליון הראשון של ביטאון "הפנתרים השחורים": "למרבה הצער היו וזיהו אותנו, אם מתוך חוסר ידיעה ואם מתוך כוונת זדון, עם חוגי השמאל הקיצוני (רק"ח, מצפן, שי"ח ועוד) - הננו מכחישים זאת בלשון שאיננה משתמעת לשתי פנים. אין לנו כל חלק ונחלה בהם. אנו מצהירים כי בנים נאמנים אנו למדינה ולחוקיה, ולא ניתן יד לשום גורם פנימי או חיצוני - האומר לקעקעה".
גורמי תקשורת רבים באותם ימים טענו כי אנשי הפנתרים השחורים הוסתו לביצוע ההפגנות על ידי חברי מצפן, אשר לטענת העיתונים "הלבישו אידאולוגיה על צעירים ממורמרים".
יומיים לאחר ההפגנה של 18 במאי 1971, התאחדו הפנתרים השחורים עם ברית יוצאי מרוקו. במסגרת ההסכם, הביעו הצדדים תקווה כי הוא "יביא גם למניעת תופעות אלימות דומות לאלה שאירעו שלשום בירושלים".
מתי שמואלוף סבור כי בהצטרפותו למפלגת רק"ח, צ'רלי ביטון הבין שהזהות המזרחית היא זהות ערבית-יהודית שאינה יכולה "להיכלל בזהות הציונית האירופאית" שהיא חלק מהתנועה הציונית שנולדה ביבשת האירופית, "שרוב הוגיה היו שבויים בתפיסה האוריינטליסטית". תפיסה אוריינטליסטית זו, סבור שמואלוף, אינה יכולה להכיל בשוויון וללא עיוות את הזהות הערבית והמזרחית, שהיא חלק מהזהות ה"עולם-שלישית". שמואלוף מדגיש את העובדה שהחיבור שנעשה אז בתנועת "הפנתרים השחורים" הפך היום לחלק מהשיח הפוסטקולוניאלי.
מפגש עם תנועות אחרות.
בנובמבר 1971 פורסם כי התנועה קיימה קשר עם תנועת הפנתרים השחורים האמריקאית, במסגרתה החליפו התנועות אינפורמציה וחומרי תעמולה. צ'ארלי ביטון סיפר כי הקשר ביניהן התחיל בכינוס תנועות שמאל בעיר פירנצה שבאיטליה חודש לפני כן. לדבריו, תנועת הפנתרים השחורים האמריקאית ראתה דמיון בין אפליית השחורים בארצות הברית לבין מצב המזרחים במדינת ישראל.
במהלך שנת 1973 נפגשו מנהיגי התנועה עם מנהיגי אש"ף. במהלך המפגש, דיברו ביניהם על הצורך ב"עצמאות העם הפלסטיני", וטענו כי "הבעיה של הערבים ושל המזרחים שלובה אחת בתוך השנייה".
"הם לא נחמדים".
לאחר ההפגנה של 18 במאי התפרסם בתקשורת כי גולדה מאיר אמרה לאחר מכן על אנשי הפנתרים השחורים כי "הם לא נחמדים". פרסום הדברים נועד להציג את גולדה כחסרת עניין בבעיות שקידמו אנשי הפנתרים השחורים. אולם חלופת-מכתבים בין גולדה מאיר ובין שאול בן-שמחון, יו"ר ברית יוצאי מרוקו, אשר נחשפו על ידי ארכיון המדינה בחודש יוני 2013 מראה כי דבריה סולפו:
את מכתבה סיימה כך: "אני בוודאי מוכנה לשמוע דברי ביקורת, אולם אינני מוכנה לשמוע השמצות המבוססות על עובדות מסולפות".
כניסת התנועה לפוליטיקה.
ביוני 1971 פרש חבר הכנסת שלום כהן מסיעת העולם הזה - כוח חדש והפך לסיעת יחיד. כהן חבר לתנועת "הפנתרים השחורים" ומונה למזכ"ל. השם החדש שקיבלה הסיעה של כהן בכנסת היה "הפנתרים השחורים - דמוקרטים ישראלים".
לקראת הבחירות לכנסת ה-8 בשנת 1973 התמודדה התנועה כמפלגה, והגיעה קרוב מאוד לאחוז החסימה, שעמד אז על 1%. התנועה קיבלה 13,332 קולות, שהם 0.9% מהקולות.
לאחר הבחירות אירעו סכסוכים ומאבקים פנימיים שגרמו לפיצול בתנועה. ויקטור תייר שהיה מראשי "הפנתרים השחורים" בתל אביב, הוצב במקום שלישי ברשימתה לכנסת והיה נציג שלה במועצת פועלי תל אביב, פרש מהתנועה תייר הקים את תנועת "הפנתרים הציוניים". התנועה החדשה טענה לקיפוח של תושבי דרום תל אביב. התנועה אספה ספרי לימודי עבור תלמידים עניים בתחילת שנת הלימודים תשל"ז. בתחילת 1977 החליטו חברי התנועה להצטרף להתנועה הדמוקרטית לשינוי, אך בבחירות הפנימיות של התנועה הדמוקרטית לשינוי לא הצליחו אנשי התנועה להגיע למקומות ריאליים ברשימה ותייר הוצב במקום ה-34.
לקראת הבחירות בשנת 1977 סעדיה מרציאנו הצטרף למחנה של"י ונבחר לכנסת מטעמה. צ'רלי ביטון עמד בראש פלג של "הפנתרים השחורים" שהקים יחד עם רק"ח את מפלגת חד"ש, וכיהן מטעמה בכנסת עד שנת 1992.
פעולות המדינה בעקבות פעילות התנועה.