נשיא דרום קוריאה לי מיונג-בק, כינס ישיבת חירום של הרמטכ"לים המשולבים. ניתנו פקודות לצבא להתרכז בחילוץ הניצולים. בסיאול הועמדה המשטרה בכוננות. באותה עת, דובר צבא דרום קוריאה הצהיר כי אין ראיות לכך שצפון קוריאה הייתה מעורבת בתקרית. קבוצה גדולה של קרובי משפחה של המלחים הנעדרים הפגינו מחוץ לבסיס חיל הים בפיונגטאק בגלל חוסר המידע שנמסר להם.
ב-28 במרץ נלקחו קרובי משפחה לאתר הכלי הטבוע. כמה קרובי משפחה ציינו שניצולים טענו שה"צ'אונן" הייתה במצב תחזוקה גרוע. התקשורת הקוריאנית העלתה את השאלה מדוע הספינה האחות, שפעלה בקרבת מקום, לא נחלצה לעזרת הספינה הטובעת אלא ירתה יריות לעבר תמונות מכ"ם שאושרו מאוחר יותר שהן ציפורים נודדות.
ב-5 באפריל 2010, הנשיא לי מיונג-בק ביקר באי באנגניונג. הוא שב והדגיש כי מסוכן להעלות השערות על הסיבה, וצוות החקירה הצבאי והאזרחי המשותף יקבע את הסיבה. הוא אמר, "עלינו למצוא את הסיבה בצורה שתספק לא רק את האנשים שלנו אלא גם את הקהילה הבינלאומית". נשיא דרום קוריאה התאבל על הקורבנות ואמר כי יגיב "בנחישות" לטביעה מבלי להטיל עדיין את האשמה בסיבתה.
ב-24 במאי אמר לי מיונג-בק שהדרום "יפנה לאמצעים של הגנה עצמית במקרה של פרובוקציה צבאית נוספת של הרפובליקה העממית הדמוקרטית של קוריאה". הוא גם תמך באימוץ מחדש של התיאור הרשמי של הצפון כ"האויב העיקרי".
דרום קוריאה נקטה צעדים מצד מועצת הביטחון של האומות המאוחדות לאחר התקרית, אם כי השפה ששימשה בהצהרותיה של המדינה כלפי צעדים כאלה הלכה ונחלשה. בהודעות שפורסמו זמן קצר לאחר הטביעה, הממשלה אמרה שכל טיוטה שתציג דרום קוריאה תציין במפורש שצפון קוריאה היא האחראית לתקרית, אך בתחילת יולי, השפה צומצמה להתייחסות רק ל"אחראים", ב. תגובה לחששות מרוסיה.
בתחום הדיפלומטי.
מאז התקרית, ממשלת דרום קוריאה נרתעת מלעסוק בדיפלומטיה נוספת עם צפון קוריאה על רקע מחלוקות כמו תוכנית הנשק הגרעיני של צפון קוריאה. בתגובה לבקשת סין, באפריל 2011 הסכימה דרום קוריאה לשיחות, אך פקידי ממשל דרום קוריאה העירו כי התנצלות מצפון קוריאה על הטביעה כנראה תידרש כדי להקל על כל התקדמות משמעותית בדיאלוגים.
צבא.
ב-2 במאי דווח ששר הצי של דרום קוריאה נשבע "תגמול" נגד האחראים. אדמירל קים סונג-צ'אן, בשעת הלוויה לאנשי הצוות המתים של "צ'אונן" בפיונגטאק, הצהיר בפומבי "לא נשב אחורה ונצפה במי שגרם לכאב הזה עבור האנשים שלנו. נצוד אותם ונכריח אותם לשלם מחיר גדול יותר."
ב-4 במאי הנשיא לי הציע "רפורמות נרחבות" לצבא דרום קוריאה בנוגע לתקרית הטביעה. "שנה את כל התוכניות, הנשק, הארגון, התרבות" הצבא מכריז על רפורמה רב-כיוונית. לאחר פרסום הדו"ח הרשמי, אמר שדרום קוריאה תנקוט צעדי נגד חזקים נגד הצפון.
חברתי.
חוקר הבקיא בקוריאה בריאן ריינולדס מאיירס כתב ב"The New York Times" כי לא היה הרבה כעס או זעם בקרב דרום קוריאנים רגילים על הטביעה. הוא הצהיר כי בשל האופי האתני מטבעה של הלאומיות הקוריאנית, לא היה עיקרי סערה על התקרית בחברה הדרום קוריאנית בגלל סולידריות אתנית עם צפון קוריאנים שחשים דרום קוריאנים רבים, שלדברי מאיירס מבטלת את הפטריוטיות כלפי דרום קוריאה.
קשרי מסחר.
ב-24 במאי 2010, דרום קוריאה הודיעה כי תפסיק כמעט את כל הסחר שלה עם צפון קוריאה כתוצאה מהדו"ח הרשמי המאשים את צפון קוריאה בטביעה. דרום קוריאה הודיעה גם כי תאסור על כלי שיט צפון קוריאניים להשתמש בערוצי השילוח שלה. על פי "ניו יורק טיימס", אמברגו הסחר היו "הפעולה החמורה ביותר" שדרום קוריאה יכולה לנקוט בהשוואה לצבא פעולה. ארצות הברית תמכה בגלוי בדרום קוריאה החלטה. האמברגו צפוי עלה לכלכלת צפון קוריאה כ-200 מיליון דולר בשנה. ההחלטה להפסיק את הסחר בוצעה במעקב עם ארצות הברית ודרום קוריאה שהודיעו כי יבצעו תרגילים ימיים משותפים בתגובה לטביעה.
לוחמה פסיכולוגית.
צבא דרום קוריאה הודיע כי יחדש את לוחמה פסיכולוגית מכוונת נגד צפון קוריאה. זה יכלול גם שידורי רמקול וגם שידורי תעמולה ברדיו FM ברחבי האזור המפורז הקוריאני (DMZ). בינתיים, מפקד צבאי צפון קוריאה הצהיר, "אם קוריאה הדרומית תקים שירותי לוחמה פסיכולוגית חדשים, נירה נגדם כדי לחסל אותם", על פי דיווח שנשאה סוכנות הידיעות המרכזית הקוריאנית (KCNA).
דרום קוריאה החלה בשידורי תעמולה לצפון קוריאה ברדיו ב-25 במאי. צפון קוריאה הגיבה בהצבת חייליה בכוננות גבוהה, וניתקה את רוב הקשרים והתקשורת הנותרים עם דרום קוריאה בתגובה למה שהיא כינתה "מסע הכפשה" של סיאול. שידורי תעמולה צבאית דרום קוריאה חודשו בשעה 18:00 (שעון מקומי) החל מהשיר "HuH" של להקת K-pop.
כחלק משידורי התעמולה, דרום קוריאה התקינה מחדש רמקולים באחד עשר מקומות לאורך קו ההפרדה. במקור הייתה תוכנית להשתמש גם בשלטים אלקטרוניים, אם כי עקב עלות, התוכנית נבחנה מחדש. ב-13 ביוני הודיעה כלי תקשורת בדרום קוריאה כי שר ההגנה של דרום קוריאה, קים טא-יונג, אמר כי שידורים נגד צפון קוריאה מתוכננים לחדש לאחר שמועצת הביטחון של האו"ם נקטה בפעולה נגד צפון קוריאה בתגובה טביעתו של "צ'אונן".
דיכוי התנגדות פנימית.
השיח על האירועים שהובילו לטביעת "צ'אונן" נשלט על ידי ממשלת דרום קוריאה בחודשים שלאחר התקרית. ב-8 במאי 2010, מזכיר נשיאותי בכיר לשעבר, ששירת תחת רומו-היון, פארק סון-וון, הואשם בלשון הרע על ידי שר ההגנה של דרום קוריאה, קים טא-יונג, על הערות שהשמיע במהלך ראיון ב-22 באפריל ברדיו Munhwa Broadcasting Corporation וביקש לחשוף יותר מהצבא ומהממשלה. תגובתו של פארק סון-וון לאישום הייתה: "ביקשתי לחשוף מידע לצורך חקירה שקופה וחסרת פניות לגבי סיבת טביעת ה"צ'אונן"; הוא הוסיף כי "תביעת הדיבה מבקשת להשתיק את החשד הציבורי בקשר לתקרית."
שר המנהל הציבורי והביטחון של דרום קוריאה, מאנג היונג-קיו, הודיע ב-20 במאי 2010 כי הממשלה מגבירה את המאמצים להעמיד לדין אנשים שהפיצו "שמועות חסרות בסיס" באינטרנט: "כל מי שמפרסם דיווחים או כתבות כוזבות על התקרית. עלול לפגוע קשות בביטחון הלאומי. אנחנו לא ניתן לאלו להיות הבסיס לכל סיכונים איתם מתמודד האומה". יתרה מכך, הוא הודיע שהממשלה תגביר את המאמצים למנוע "התכנסויות לא חוקיות" בנוגע להטבעת "צ'אונן".
מועצת פיקוח של צבא דרום קוריאה, מועצת הפיקוח והביקורת, האשימה את מנהיגי הצי הדרום קוריאני בכירים בשקרים ובהסתרת מידע. מועצת המנהלים אמרה, "קציני צבא השאירו או עיוותו בכוונה מידע מפתח בדיווח שלהם לפקידים בכירים ולציבור מכיוון שהם רצו להימנע ממתן דין וחשבון על היותם לא מוכנים."
בשנת 2013, יצא לאקרנים בדרום קוריאה סרט תיעודי בשם "פרויקט האונייה צ'אונן" על הטביעה, כולל מספר סיבות אלטרנטיביות אפשריות לטביעה. חברים וקרובי משפחה של חיל הים הדרום קוריאני ביקשו צו בית משפט לחסום את יציאת הסרט בטענה שהסרט עיוות את העובדות. צו המניעה נדחה בבית המשפט, עם זאת, רשת בתי קולנוע גדולה, Megabox, הפסיקה לשדר את הסרט לאחר אזהרות של קבוצות שמרניות כי הם מתכננים להקרין כלונסאות את הסרט.
תגובת צפון קוריאה.
סוכנות הידיעות המרכזית הקוריאנית (KCNA) של צפון קוריאה פרסמה תגובה רשמית לחקירה ב-28 במאי 2010, וטענה, בין היתר, שזה לא יאומן שחלק מטורפדו שגורם כל כך הרבה נזק לספינה ישרוד: חוץ מזה, הקביעה שציר הבורג והמנוע נותרו ללא פגע וללא שינוי בצורתם היא גם הלם צחוק. אפילו חברים אמריקאים ובריטים בצוות החקירה הבינלאומי, שתמכו באופן עיוור במשטר הדרום קוריאני ב'חקירתו', היו מבולבלים בתערוכה בקופסת זכוכית.
ב-17 באפריל 2010, דווח כי צפון קוריאה הכחישה רשמית שיש לה קשר לטביעה, והגיבה למה שהיא כינתה כ"מחמני המלחמה הצבאיים הבובות, הפוליטיקאים הימנים השמרנים וקבוצת הבוגדים האחרים בדרום קוריאה". מאמר מסוכנות הצפון קוריאנית שכותרתו "פרשן צבאי מכחיש מעורבות בהטבעת ספינה" קבע שהאירוע היה תאונה. "ראינו עד כה את התאונה כתאונה מצערת שלא אמורה לקרות לאור העובדה שנעדרים רבים ורוב חברי הצוות שניצלו הם בני ארצי שנאלצו לחיות חיים מייגעים במדינה צבא בובות".
ב-21 במאי 2010 הציעה צפון קוריאה לשלוח צוות חקירה משלה לבדוק את הראיות שנאספו על ידי דרום קוריאה, וההנקיורה ציטטו את קים יאון-צ'ול, פרופסור ללימודי איחוד באוניברסיטת אינג'ה, בהתייחסו להצעה: "זה חסר תקדים בהיסטוריה של יחסי קוריאה לצפון קוריאה להציע לשלוח צוות חקירה בתגובה לנושא שנחשב לפרובוקציה צבאית על ידי צפון קוריאה", וכך "המצב של "צ'אונן" נכנס לשלב חדש."
צפון קוריאה גם הזהירה ממגוון רחב של תגובות עוינות לכל מהלך של דרום קוריאה להטיל עליה דין וחשבון לטביעה. "אם קבוצת הבובות הדרום תצא ב'תגובה' ו'תגמול', נגיב בתקיפות עם ענישה חסרת רחמים כולל השבתה מוחלטת של קשרי צפון-דרום, ביטול הסכם צפון-דרום על אי-תוקפנות וביטול כל פרויקטי שיתוף הפעולה בין צפון לדרום.
ב-24 במאי, הגיעו דיווחים על כך שקים ג'ונג-איל הורה לכוחות המזוינים של צפון קוריאה להיות מוכנים ללחימה שבוע לפני כן למחרת היום, פרסמה צפון קוריאה רשימה של אמצעים שהיא תנקוט בתגובה לפעולות העוינות של דרום קוריאה. זה יכלול את ניתוק כל הקשרים והתקשורת, (למעט מתחם התעשייה קייסונג). הם יחזרו להגדרות מצב המלחמה ביחס לדרום קוריאה ולא יאפשרו לספינות או מטוסים דרום קוריאניים להיכנס לשטחה של צפון קוריאה
ב-27 במאי הודיעה צפון קוריאה כי תבטל הסכם שמטרתו למנוע התנגשויות ימיות בשוגג עם דרום קוריאה. היא גם הודיעה כי כל כלי שיט דרום קוריאני שיימצא חוצה את הגבול הימי השנוי במחלוקת יותקף מיד.