הרכוש והכסף אותם ירשה הכנסייה במהלך המגפה היו רבים. הסנאט בעיר אוגסבורג בגרמניה החליט על חלוקה מסוימת ליורשים החוקיים של הרכוש שנתרם לכנסייה, על מנת להתמודד עם הכמויות של הירושות. בעיר שטרסבורג נתרם רכוש כה רב שהכנסייה הרסה ובנתה שתי כנסיות חדשות. בעיירה לובק (Lübeck) בגרמניה האוכלוסייה תרמה רכוש רב למנזרים ולכנסיות, והנזירים סגרו את שעריהם על מנת להפסיק אותם, כיוון שהאמינו כי הרכוש מביא עמו את המוות. בתגובה, ומתוך הייאוש הרב בו שקעו, האוכלוסייה המקומית זרקה את הכסף והרכוש אל תוך שטחי המנזרים והכנסיות מעל לחומותיהן.
השפעת המגפה.
אוכלוסייה.
אוכלוסיית אירופה הצטמצמה בשנות המגפה בצורה דרמטית. הפגיעה הייתה קשה בכל מערכי החברה: השלטון, המסחר והחקלאות. המחסור החריף בעובדים הביא לנסיגה בכל ענפי המשק, שעה שהעובדים הנותרים, גם חסרי המיומנות, דרשו שכר גבוה מבעבר. ברחבי היבשת נוצרו חוקים שהגבילו את שכר העבודה לרמה שלפני 1348, ונקבעו תקנות שנלחמו ברשלנות על ידי הטלת אחריות מקצועית על העובדים. כאשר התמותה ההמונית והמהירה מנעה עריכת טקסי אשכבה כמקובל, נאלצה הכנסייה להתיר שמיעת הווידוי האחרון גם על ידי מי שאינו איש הכנסייה, ובשעת הדחק גם על ידי אשה.
בטווח הארוך אפשר צמצום האוכלוסייה הקצאה של משאבים לצרכים פחות חיוניים מבעבר. מחירי החיטה, למשל, זינקו פי שניים ב-1349, וגם מחירי השעורה ותוצרי המשק (בשר וגבינות) עלו. מנטייה זו של כפות המאזניים הכלכליות נהנו בעיקר האיכרים, שרמת החיים שלהם עלתה. בעשורים הבאים החלה האוכלוסייה לגדול, תוך עלייה רצופה ברמת החיים הממוצעת. המגפה קירבה את קץ המשטר הפאודלי, והביאה לסדר החברתי והמבנה התרבותי של תקופת הרנסאנס שהתקיימה כ-130 שנה לאחר מכן.
טרם התפרצות המגפה שלטה הכנסייה הנוצרית במרבית היבטי החיים של מאמיניה, והייתה נוכחת הן בחייהם הרוחניים של המאמינים והן בחיי היום יום. בשל הנרטיב התאולוגי אשר ראה באל את המקור לכל התופעות הטבעיות נהוג היה לחשוב על התפרצותה של המגפה כהתערבות אלוהית. על כן, נהוג היה לחשוב כי מקור המגפה הוא תוצאה ישירה לחטאיהם של המאמינים, ולסטייתם מדרך הישר. בתקופה בה גבתה המגפה מספר קורבנות כה גבוה תפס סקרמנט הווידוי מקום חשוב בתפיסה הדתית. החיים שלאחר המוות נשפטו בחומרה יתרה מן החיים הגשמיים, היה זה קריטי לבצע את הסקרמנט על מנת לזכות בגאולה. במהלכה של המגפה ולאחר סיומה ניתן להבחין בתמורות שחלו בממסד הכנסייה, כמו גם בתמורות שחלו ברמת הקהילה והפרט.
מוסדות הכנסייה.
השפעות המגפה על מוסדות הכנסייה הנוצרית היו נרחבות בשל היקף פעילותם, הן ברמת הממסד והן ברמת הקהילה. הכנסייה הנוצרית הממוסדת החלה לאבד מכוחה כשני עשורים לפני התפרצותה של המגפה, בזמנו של האפיפיור בוניפציוס השמיני (1294-1303), בעת שמוסד האפיפיורות הפך חילוני יותר והיה עסוק במאבקי כוח ויוקרה. בשנת 1309, מוסד האפיפיורות העביר את מקום מושבו מרומא לאביניון, שהייתה תחת שליטתם של מלכי סיציליה. דעיכתו של מוסד האפיפיורות סיפק אתגרים רוחניים וחינוכיים רבים למוסדות הכנסייה.
ניתן לתלות את כישלונה של הכנסייה בהתנהלותה במהלך התפרצויות המגפה, עת שחיפשו מאמינים רבים נחמה ותמיכה. מלבד באזורים מסוימים בצפון איטליה, פיקחה הכנסייה על לימודיהם והסמכתם של רופאים, אשר סיפקו עזרה רפואית שהתבררה כחסרת תועלת לחולים במגפה. במקרים הבודדים אשר בהם הוכחה עזרה זו כיעילה לקחה הכנסייה קרדיט על הצלחת הטיפול, דבר אשר הוביל לאכזבה ונטירת טינה כנגד הכנסייה במקרים בהם הטיפול אשר הוצע היה חסר תועלת. כישלונה הרוחני של הכנסייה טמון היה בחוסר הנחמה הרוחנית אשר נמנעה מן המאמינים בשל בריחתם של כמרים רבים מן הכנסיות והשארת המאמינים ללא מענה רוחני. ביורק ובלינקולן אשר באנגליה ברחו כעשרים אחוז מן הכמרים, תופעה אשר חזרה על עצמה בקהילות רבות אשר נותרו ללא מענה רוחני.
במהלכה של המגפה מצאו את מותם מספר רב של כמרים, נזירים ועובדי דת. הצמצום במספרם של אנשי הדת הותיר מוסדות כנסייתיים רבים ברחבי אירופה ללא כוח אדם מתאים. אחוזי התמותה השפיעו באופן דרסטי על תפקודם של המוסדות הכנסייתיים אשר לא היו יכולים לספק מענה לחולים ולמבקשי העזרה אשר צבאו על דלתותיהם. במקרים מסוימים גבתה המגפה את חייהם של מרבית מאוכלוסיית מנזר או כנסייה מסוימים, אשר נאלצו להתמודד עם קצב תמותה מהיר וחוסר יכולת פיננסית ורוחנית להמשיך ולקיים פעילות סדירה. מוסדות הכנסייה התנהלו באופן היררכי, ולכן עם מותם של כמרים העבירו הבישופים כמרים מקהילות קטנות יותר אל קהילות גדולות יותר ומקהילות עניות יותר אל קהילות עשירות יותר. בשל הדרישה לכמרים ואובדנם של מספר כה רב של כמרים למגפה גייסה הכנסייה כמרים חדשים, אשר הכשרתם זורזה, ואשר התקבלו על פי דרישות סף נמוכות במיוחד. בשל המחסור החמור בכמרים החלה מגמה של איחוד כנסיות אשר נקלעו לקשיים כלכליים ולמצוקת כוח האדם. תהליך זה התבצע ביתר שאת ברחבי אנגליה, שם אוחדו סמכויותיהן של כנסיות אשר נפגעו מתוצאותיה ההרסניות של המגפה. תהליך זה התבצע על ידי צווים אשר נופקו על ידי הבישופים האזוריים.
מבחינה כלכלית התקשו מוסדות כנסייתיים רבים להתמודד עם תוצאות המגפה, ומצאו עצמם עם הכנסות מועטות, אשר הלכו והתמעטו עם התקדמותה של המגפה ועם אחוזי התמותה הגבוהים. על כן, במקרים מסוימים מקורות ההכנסה הבלעדיים של מוסדות כנסייתיים היו תרומות. בשל כך, ניתן להבחין כי בשנות ה-50 של המאה ה-14 אחוזי הצדקה היו גבוהים הרבה יותר בקרב תושבי אנגליה ואיטליה. בשנים הללו בחרו אנשים רבים להקדיש חלק מן הכסף בצוואתם כתרומה למוסדות כנסייתיים ובתי חולים. תרומה זו נחשבה בעיני רבים כמעשה טוב, ומסייעת בקבלת הגאולה שלאחר המוות.
הרפורמציה.
אי הסדרים במוסדות הכנסייה בתקופת המגפה, ובייחוד מעבר מושב האפיפיורות לאביניון ושליטתם של המלכים הצרפתיים יצרו אי נחת וביקורת כנגד המוסדות הכנסייתיים, אשר מצאו עצמם עסוקים במאבקי כוח ויוקרה. על מנת להשיב את הלגיטימיות שאבדה למוסד האפיפיורות ביקש האפיפיור גרגוריוס האחד עשר להשיב את כס האפיפיורות לרומא, אך נפטר זמן קצר לאחר מעבר זה. מועצת הקרדינלים בחרה את האפיפיור אורבנוס השישי, אך מיד לאחר מכן משכה את החלטתה ומינתה אפיפיור צרפתי במקומו. שערורייה זו גרמה לפילוג הכנסייה הנוצרית. פילוג הכנסייה התרחש בתקופה בה הייתה צריכה הכנסייה לספק יציבות למאמיניה בתקופה שלאחר המגפה, אך הייתה שקועה בבעיותיה ולא הצליחה לספק מענה ראוי למאמינים. חוסר תפקודם של המוסדות הכנסייתיים הוביל את המאמינים לחיפוש אחר חלופות אחרות. כישלונם של המוסדות הכנסייתיים לספק מענה ראוי למאמינים, וחוסר האמון אשר הוטח בכנסייה, הוביל את המאמינים להטיל ספק בנרטיבים אשר הנחילה להם הכנסייה, אשר נדמה היה כי נטשה את מאמיניה לטובת עניינים פוליטיים. ספקות אלו הניחו הלכה למעשה את היסודות לרפורמציה הפרוטסטנטית, אשר החלה עם תליית 95 התזות על ידי מרטין לותר ב-31 באוקטובר 1517.
קדושים.
השימוש בקדושים כמתווכים בין האל לבין המאמינים נעשה נפוץ יותר בזמן התפרצות מגפת המוות השחור ולאחר סיומה. נהוג היה לחשוב כי הקדוש יכול לשמש כמתווך בין האדם לבין האל, דבר אשר יגביר את סיכויי התפילה של אותו אדם להתקבל ולהישמע על ידי האל. הקדושים נבחרו לפי צורכיהם הרוחניים והגשמיים של המאמינים, ועל כן, בתקופת המגפה הפכו קדושים מסוימים מזוהים עם המגפה, או ככאלה אשר יש בכוחם לרפא את החולים במגפה.
מגפת המוות השחור הביאה לעלייתם של שני קדושים אשר היו מזוהים עם המגפה, ונהוג היה להאמין בכוחות ההגנה והריפוי שברשותם. הראשון מביניהם היה רוכוס הקדוש, אשר נכתב עליו שבעת מסעותיו בצפון איטליה ריפא חולים אשר לקו בדבר על ידי מגע ידיו בלבד. בעיר פיאצ'נצה גילה כי נדבק בדבר בעצמו, אך נרפא באורח פלא לאחר שכלב ליקק את שלפוחיותיו. רוכוס הקדוש נחשב לקדוש הפטרון של הדבר ושל הכולרה. מעמד זה התקבע במיוחד לאחר ועידת קונסטנץ הורו בכירי הכנסייה להתפלל אל הקדוש על מנת לסייע בסיום המגפה אשר התפרצה בקונסטנץ. לאחר מותו נבנתה כנסייה בוונציה ונקראה על שמו. בכנסייה שמורות מרבית הרליקיות של הקדוש.