לקראת סוף 1853 הייתה התפרצות חמורה של אבעבועות רוח. המוסלמים התנגדו לחיסון כאמצעי מניעה ובתוך שלושה שבועות מתו מהמחלה 800 ילדים מוסלמים, בזמן שבקרב היהודים לא דווח על אף מקרה מוות.
ב-1891 נפתח ברחוב יפו בית החולים העירוני (אל-מוסתשספא אל-בלדי), שהיה המוסד הציבורי היחיד שהקים הממשל העות'מאני לשירות התושבים.
ב-1913 הוקם מכון פסטר (ירושלים) שעסק במניעה וטיפול בכלבת, באבעבועות שחורות, במחלות זיהומיות אחרות וייצור חיסונים.
העדות השונות.
דמוגרפיה.
בשנת 4–1553 נערך מפקד רשמי בירושלים, על פיו היו בעיר 2724 בתי אב ו-179 רווקים, מתוכם 413 בתי אב ו-25 רווקים נוצרים, ו-324 בתי אב ו-13 רווקים יהודים.
על פי המפקד שערך משה מונטיפיורי בשנת 1839, מנתה האוכלוסייה היהודית בירושלים 3007 נפש.
באמצע שנות ה-50 העריך הקונסול הבריטי ג'יימס פין שבירושלים ישנם כ-10,000 יהודים.
אולם לפי ד"ר פראנקל, ב-1856 היו בירושלים 5,700 יהודים. לפי מסמך של משרד החוץ הבריטי, היו בה ב-1863 15,000 תושבים, מהם 8,000 יהודים, 4,500 מוסלמים ו-2,500 נוצרים.
ב-1864 דווח שהיו בירושלים 7738 יהודים. על פי סקר בריטי משנת 4–1873, אוכלוסייתה הכללית הייתה 20,500 נפש, מתוכם 10,500 יהודים. על פי מפקד ועד שליחי הקהילות באנגליה, היו בה ב-1876 13,920 יהודים.
ב-1889 דיווח הנוסע הרמן קונדה כי אוכלוסיית ירושלים מונה 35 אלף איש: 22,000 יהודים, 8,000 נוצרים ו-5,000 מוסלמים. ב-1890 דיווח גם הקונסול הבריטי שמספר היהודים בירושלים הוא למעלה מ-20,000. בשנת 1895 דיווח אברהם משה לונץ שישנם 28,112 יהודים בעיר, 8,748 נוצרים ו-8,560 מוסלמים.
אוכלוסיית העיר בשנת 1860 נאמדת בכ-18,000 נפש: 8,000 יהודים, 6,000 מוסלמים, ו-4,000 נוצרים; בשנת 1880 נאמדת בכ-31,000 נפש: 17,000 יהודים, 8,000 מוסלמים, ו-6,000 נוצרים; ובשנת 1900 נאמדת בכ-55,000 נפש: 35,000 יהודים, 10,000 מוסלמים, ו-10,000 נוצרים.
העדה המוסלמית.
המוסלמים עסקו בדרך כלל במלאכה פשוטה כפועלים שכירי יום, סבלים וחמרים, כמו גם חנוונים קטנים ומוכרי מכולת ובשמים. היו מספר סוגים של מוסלמים בעיר: סורים ערביים, מהגרים עות'מאנים, מוגרבים, כושים אתיופים והינדים. כמו כן מוזכרים ה"קדושים" שחיו מקיבוץ נדבות. לא בלטו זרמים רבים בתוך העדה המוסלמית למעט המוגרבים (הצפון אפריקאים) והמוסלמים ההודים.
הפעילות המיסיונרית הנוצרית הענפה הדאיגה את השלטון העות'מאני אך הוא לא יכול לפעול נגדה ישירות, ולכן טיפח ועודד את העלייה לרגל למסגדי הר הבית ואת הזיארה (ביקור) בעיר לאחר החג'.
הממשל דרבן את כל תושבי הכפרים הסמוכים לעלות לעיר במקביל לצליינים הנוצרים שהגיעו בתקופת חג הפסחא על מנת להראות רוב מוסלמי בעיר. דתיות הדור הצעיר פחתה עם ביסוס השלטון העות'מאני, שייחס לדת חשיבות פחותה מהשלטון הממלוכי, שעלתה חזרה כתגובת נגד להתגברות הפעילות הנוצרית.
השפה העיקרית בחיי היום יום הייתה הערבית. מרבית המוסלמים לא ידעו קרוא וכתוב והספרים היו נדירים. אלה שלמדו קרוא וכתוב עשו זאת באמצעות הקוראן. טורקית שימשה רק כשפת הפקידים והצבא.
המוסלמים לא גרו בהר הבית מפאת קדושתו אך ניסו להיצמד אליו, דבר שהיה אפשרי רק ממערב וצפון. כך נוצרה רצועה מוסלמית המקיפה את הר הבית. ברצועה זו היו גם מבנים פונקציונליים כמסגדים, מדרשות ומבני שלטון. הרובע המוסלמי הוא הגדול ביותר בירושלים שבין החומות, ומחולק לרבעי משנה: השכונה המוגרבית ליד הכותל המערבי, לב הרובע, ושכונת ביזיתא בפינה הצפון מזרחית של העיר העתיקה מעבר לגיא.
בשל מיקומה של השכונה המוגרבית בין הכותל המערבי לרובע היהודי התפתחו יחסים מתוחים בין היהודים למוגרבים. היהודים נאלצו לשלם למוגרבים עבור הזכות להתפלל ברחבת הכותל המערבי.
תיאור של שכונת ביזיתא מצייר תמונה של עליבות, הרס ושטחים ריקים עם מטעי זיתים ושדות בור בתוך החומות. שם התרכזה תעשיית השמן, הסבון והעור.
ברובע היו מספר ח'אנים לאכלוס עולי הרגל בתקופות החגים, בדרך כלל בקרבה לשווקים. כמו כן היו סבילים ומרחצאות ציבוריים.
במהלך השנים חלה פלישה של יהודים, שחיפשו את הקרבה לכותל, לתוך שכונת המוגרבים, ופלישה של הנוצרים שחיפשו את הקרבה לוויה דולורוזה ללב הרובע המוסלמי.
העדה היהודית.
מדיווחים של נוסעים נוצרים במאה ה-16, עולה כי ליהודים בירושלים כבר היה בתקופה זו רחוב או רובע משלהם.
הקהילה היהודית נחלקה לשני זרמים מרכזיים. ספרדים, שהיוו את הרוב בעיר במשך רוב התקופה, ואשכנזים, שהגיעו במאה ה-19, והפכו לרוב בסופה. הרישום העות'מאני מצביע על מספרים נמוכים בהרבה של יהודים מהמשוער. ייתכן כי מרבית היהודים המהגרים העדיפו להיות רשומים כנתינים זרים בקונסוליות מאשר ברישום הטורקי. לכן ייתכן שהיהודים היו האוכלוסייה הגדולה בעיר במאה ה-19. היהודים היו מופלים לרעה, מצבם השתפר מעט לאחר סילוק הכיבוש המצרי עם קבלת חסות בריטית, ועם תרומת פטרונים כמשה מונטיפיורי לשיפור תנאי החיים העלובים בעיר.
במשך רוב התקופה היו היהודים הספרדים מאורגנים באמצעות ועד פקידי קושטא, גוף כלכלי בעיקרו שישב באיסטנבול, תמך כלכלית ביהודי ירושלים וייצג אותם מול השלטון המרכזי. הגוף המקביל עבור האשכנזים נוסד רק באמצע המאה ה-19 ונקרא ועד הפקידים והאמרכלים.
גלעין הרובע היהודי נקבע באזור בתי הכנסת הספרדים וסביבתם הקרובה. נשלחו שלוחות לרובע המוסלמי הקרוב לכותל, אך מרכז הכובד לא השתנה. הרובע היהודי התגבש במקומו המוכר היום כבר במאה ה-15, מפני שהיה אז שטח ריק ומרוחק ממקומות מקודשים לנצרות ולאסלאם. התרחבות הרובע בוצעה באמצעות יהודים עשירים שקנו חצרות ערבים ושיקמו אותם. בחצרות אלו השתכנו אשכנזים; וכך נוצרה הפרדה מרחבית בין שני הזרמים. התחזוקה הנמוכה והזוהמה הן תוצאה של עוני התושבים, הזנחה של בעלי הבתים המוסלמים והוואקפים והכבדת השלטון העוין. מספר פעולות נעשו על ידי המוסלמים כדי להשפיל את היהודים כמו השארת בית מטבחיים בצמוד לבית הכנסת.
חלק מהיהודים עסקו במלאכה ובמסחר. סחר האריג לדוגמה, היה כמעט כולו בידי יהודים. מרביתם התקיימו בדוחק מכספי "החלוקה". היהודים נאלצו להיאבק עם הנטיות המיסיונריות של הנוצרים שניסו לדבר אל לב היהודים במתנות ומתן שירותים חיוניים כמו רפואה.
במחצית הראשונה של המאה ה-19 נחתו על הקהילה היהודית בצפת מספר מכות (רעידות אדמה, מגפות, ופרעות כחלק ממרד הפלחים) והיא הצטמצמה מאוד. חלק מהקהילה ובפרט הפרושים עברו לירושלים והיו לקבוצה בולטת שם. כך גם חודשה הקהילה האשכנזית בעיר לאחר שהם גורשו ממנה בעקבות חובות שלא שולמו לאחר מות רבי יהודה החסיד בתחילת המאה ה-18. ירושלים הפכה לעיר הגדולה בין ארבע ערי הקודש של אנשי היישוב הישן.
במחצית השנייה של שנות ה-40 חל גידול ניכר במספר היהודים שהגיעו לעיר מרוסיה.
היהודים בדרך כלל לא שהו מחוץ לחומות העיר, אלא אם הלכו בחבורות קטנות אל קבר רחל או חברון.
ביום שישי שלפני חג הפסחא, לא יצאו היהודים מחוץ לרובע היהודי, כדי להימנע מעלבונות ופגיעות מצד הנוצרים הלטינים, היוונים והארמנים, ולעיתים נאלץ הפחה להציב שמירה צבאית בכניסה לרחובותיהם, כדי להגן עליהם מקנאים מוסתים על ידי הכמרים שלהם.
חורף 1853, בזמן מלחמת קרים, היה קשה מאוד וגרם למצוקה בקרב היהודים. בשל המלחמה, לא הגיעו אליהם כספים רבים של תרומות מקהילות יהודיות בארצות אחרות, ובמיוחד מרוסיה, מה שהביא לגרעון חמור מאוד בכספי התמיכה המיועדים לעניים.
החורף הקשה גרם לשיבוש אספקת המצרכים הדרושים להסקה, וזאת במקביל לרעב קשה שפשה בקרב עניי העיר בתחילת 1854, ממנו סבלו היהודים יותר מכולם. ברובע היהודי היו המים מעטים, הן בשל הצפיפות בבתים, שבכל אחד מהם התגוררו מספר משפחות, והן בשל חוסר תחזוקת בורות המים על ידי בעלי הבתים המוסלמים. עקב כך, נאלצו היהודים לקנות מים מהאיכרים, שהיו מביאים אותם ממעיינות סילואן וליפתא. מצב זה חזר על עצמו גם בסוף 1855. תחת אחד מבתי הכנסת היה "הקדש", מערה הכוללת מערכת חדרים תת-קרקעיים קטנים, בהם התגוררו נשים אלמנות ועניות, שלא הייתה להן זכות ל"חלוקה" ולא היה ביכולתן לשלם עבור שכירות של חדר בבית מגורים ברובע. האומנים היהודים התקשו בהשגת תעסוקה. הנוצרים המזרחיים נמנעו ממגע איתם בשל דעות קדומות, ואילו המוסלמים פנו בדרך כלל לאומנים מעדתם. שיעור התמותה בקרב היהודים העניים היה גדול מאד.