ישנם סוגים רבים של גופי אוניות, החל מכמה גזעי עץ שנקשרו ליצירת רפסודה, וכלה בגופיהן של יאכטות מרוץ המתחרות בגביע אמריקה. לרוב כלי השיט גוף אחד, אך ישנם כלי שיט בעלי שני גופים, הנקראים קטמרן, ואף ישנם כלי שיט בעלי שלושה גופים ויותר. כאשר ישנו יותר מגוף אחד, הגופים מחוברים ביניהם באמצעות זרועות נוקשות ומקבילים זה לזה.
קצהו הקדמי של גוף הספינה נקרא חרטום. לאוניות רבות ישנו חרטום הבנוי כפקעת, והמאפשר תנועה חלקה וטובה יותר של האונייה דרכם; חרטום כזה קרוי חרטום בולבוסי, או "חרטום פקעתי" (Bulbous Bow). בתחתית הגוף נמצאת השדרית, המתמשכת לכל אורך האונייה. הקצה האחורי של גוף האונייה נקרא ירכתיים. הירכתיים הן לעיתים מעוגלות, ולעיתים ישרות; ירכתיים ישרות נקראות "עָצֶה" (Transom). בחלקו האחורי של הגוף נמצאים המדחפים והגה הכיוון. לגוף עצמו מחוברים לעיתים סנפירים, המייצבים את תנועת הגוף; באוניות שונות מחוברת לגוף גם כיפה המכילה סונאר.
גוף האונייה נתון לאילוצים הידרוסטטיים והידרודינמיים. האילוץ ההידרוסטטי העיקרי הוא העומס המוטל על הגוף: גוף האונייה נושא במשקל כלי השיט כולו, ועליו לשמור על יציבות גם כאשר המשקל אינו מאוזן. האילוצים ההידרוסטטיים כוללים את עמידותו של גוף האונייה מול גלים גבוהים ותנאי ים קשים.
מערכות הנעה.
ניתן לחלק את מערכות ההנעה הימיות לשלושה סוגים עיקריים: שימוש בכוח שרירי האדם, מפרשים, והנעה מכנית.
המדחפים הראשונים היו בעלי פסיעה קבועה. מדחפים מודרניים הם בעלי פסיעה משתנה, וישנם גם סוגי מדחפים שונים, ובהם מדחפים הסובבים בכיוונים מנוגדים. לרוב כלי השיט מדחף אחד, אך באוניות גדולות ייתכנו עד ארבעה מדחפים. בחלק מכלי שיט מותקן גם מדחף תמרון. המדחפים מחוברים למנוע באמצעות גל מניע, העובר דרך תיבת הילוכים. בכמה כלי שיט מודרניים מונע המדחף באמצעות מנוע חשמלי, המקבל את כוחו ממנוע דיזל.
מערכות היגוי.
באוניות מפרש ישנם מפרשים המשמשים גם להנעה וגם להיגוי, כמו מפרש חלוץ ומפרש אחורי. כלי שיט המונעים על ידי מערכות הנעה נפרדות לכל צד, כמו משוטים או גלגלי משוטה ניתנים להיגוי בעזרת מערכות ההנעה בלבד. לעומת זאת, ברוב כלי השיט (בכל רמה של יציבות כיוונית, כמוסבר לעיל) נדרשת מערכת היגוי. השיטה המקובלת ביותר היא הגה, או הגה כיוון. הגה הכיוון מחובר לירכתי האונייה, ומופעל באמצעות מערכת חשמלית-הידראולית, הממוקמת בגוף האונייה מעל הגה הכיוון. חתך הרוחב של ההגה הוא הידרודינמי, ודומה לחתך של כנף (תעופה) מטוס. שינוי זווית ההגה יחסית לכיוון תנועת המים יוצר הפרשי לחץ, בדומה לכוח העילוי הפועל בכנפי מטוסים. הפרשים אלה יוצרים מומנט סיבוב הפועל בערך באמצע הגוף, ומביא לשינוי כיוון תנועת האונייה. יעילותו של הגה הכיוון תלויה במהירות זרימת המים, ועל כן ממקמים אותו סמוך ככל האפשר למדחף האונייה, שם זרימת המים היא במהירותה הגבוהה ביותר. באוניות שבהן ישנם כמה מדחפים, מותקנים לעיתים כמה הגאי כיוון, אחד מאחורי כל מדחף. לעיתים נוספים הגאי כיוון נוספים המיועדים לסייע בתמרון האונייה בעת הפלגה לאחור. הגאים אלה ממוקמים לפני המדחפים (לכיוון החרטום), ליד ציר המדחף.
כאמור, יעילות הגה הכיוון תלויה במהירות המים, ולפיכך תמרון במהירות איטית עלול להיות בעייתי. ניתן לפתור בעיה זו על ידי הפעלה קצרה של המדחף במהירות גבוהה; הפעלה כזו יוצרת תנועה של הירכתיים לצדדים, והיא מופסקת לפני שהאונייה מתחילה לנוע קדימה. הזזת ירכתי האונייה מביאה לשינוי כיוון הפלגתה. אפשרות נוספת היא מדחפי חרטום, מדחפים המותקנים בחרטום האונייה ופונים הצידה. בדרך זו ניתן להניע את החרטום לצדדים גם במהירות נמוכה, וכך לשנות את כיוון תנועתה. ניתן להתקין מדחפים דומים גם בירכתיים.
סַפְנוֹת, מדורים ומבנה עילי.
לכלי שיט גדולים ולאוניות יש בדרך כלל כמה סיפונים ומדורים. המדורים כוללים אזורים לצוות, לשינה ולצרכים אישיים, ומדורי עבודה שונים על פי מטרת האונייה. אוניות דיג ואוניות משא מחולקות בדרך כלל לכמה סֶפְנוֹת, שבהן מאוחסן המשא המסחרי של כלי השיט. לאוניות גדולות יותר יש חדר מנועים, מטבח, ומדורים שונים. באוניות ישנם מכלי דלק, שמן וכן מכלים למים מתוקים; בנוסף, קיימים מכלי זבורית, שנועדו לאיזון האונייה.
המבנה העילי הוא כל המבנים שמעל הסיפון הראשי של האונייה. בספינות מפרש יש מבנים נמוכים בדרך כלל, ואילו באוניות משא הם גבוהים יותר וממוקמים בדרך כלל בחלקה האחורי של האונייה. באוניות נוסעים ואוניות מלחמה גדולים המבנים העיליים בהרבה, ומתמשכים לאורכה של האונייה. המבנה העילי יכלול לעיתים קרובות את הגשר, שממנו נשלטת האונייה.
ציוד.
הציוד אותו נושאות אוניות משתנה מאוד על פי ייעודה של האונייה. עם זאת, ישנם כמה מרכיבים בציוד האונייה המשותפים לכלי שיט רבים:
הפעלה.
הפעלת אוניות סוחר.
הפעלת אוניות סוחר נעשית באחת משלוש דרכים עיקריות: קווי מסחר קבועים (Liners), סחר נודד (Tramp Ship), ואוניות השייכות לחברות עסקיות שעסקן העיקרי אינו תעבורה ימית.
לאוניות המפליגות בקווי מסחר קבועים יש לוח זמנים ולוח תעריפים קבוע מראש. בניגוד להם, אוניית מסחר נודדת מפליגה ליעדים משתנים ונושאת מטען משתנה במחיר הנקבע על פי היצע וביקוש. כל אלה מוסדרים בחוזה שנערך בין בעלי האונייה לבין בעלי המטען. ישנם שלושה סוגי חוזים עיקריים המקובלים באוניות נודדות: החוזה המקובל ביותר הוא חוזה מסע (Voyage Charter); בעלי האונייה מתחייבים לספק כלי שיט תקין, על צוותו, ובעלי המטען מתחייבים לספק את המטען בזמן ולוודא שייפרק בנקודת היעד. הוצאות הטעינה, ההעמסה על גבי האונייה והפריקה יכולות לחול על בעל האונייה או על בעל המטען, והדבר משתנה מחוזה לחוזה.
סוג אחר של חוזה יכול להיות החכרה של האונייה לפרק זמן קבוע. על פי חוזה כזה בעל האונייה מעמיד לרשות החוכר אונייה תקינה עם צוות, אך החל מתחילת החכירה, ועד לסיום החוזה, האחריות המלאה על כלי השיט היא של החוכר, והצוות נשמע לו. בעל האונייה אחראי על הביטוח, על תחזוקת האונייה, ועל האספקה לצוות, והחוכר אחראי על כל השאר. הסוג השלישי של החוזה הוא חוזה חכירה מלא, ובו מתחייב בעל האונייה לספק כלי שיט בלבד, וכל השאר מוטל על החוכר, כולל שכירת הצוות, רב החובל, תחזוקת האונייה, ועוד.
מחירי הסחר של החוזים השונים נקבעים ברובם בבורסה הבלטית (The Baltic Exchange). זהו שמה של חברה בריטית המפעילה את הבורסה הגדולה בעולם למסחר בין סוחרי אוניות, בעלי אוניות וחוכרי אוניות. בבורסה אותה מנהלת החברה מתקיים מסחר יומי בשוק ההובלה הימית ונקבעים בה מחירי ההובלה וכן נסחרים בה חוזים עתידיים בשוק ההובלה הימית, המכונים "חוזי הובלה עתידיים" (Forward Freight Agreements).
בנוסף לאוניות המופעלות בקווי מסחר קבועים ולאוניות נודדות, ישנן אוניות השייכות לחברות ענק, בעיקר חברות נפט ודומותיהן. חברות אלה שולטות על תעשייה שלמה: הפקת נפט, העברתו לזיקוק, והעברת המוצרים למרכזי הפצה. חברות אלה מפעילות אוניות משלהן, הפועלות אך ורק בנתיבי הפעילות של החברה.
חקיקה ורגולציה.
הפלגתן של אוניות הייתה מאז ומעולם נושא לדיונים משפטיים, המקיפים את מגוון התחומים הקשורים לספנות: מסחר, זכויות של בעלי אוניות, צוות, המדינות המפעילות ציים ונמלי ים, ועוד. כיום קיימים שני גופי חקיקה עיקריים המסדירים את ההיבטים הרבים הללו. האחד הוא המשפט ימי (Admiralty Law או Maritime Law), המגדיר את מערכת הנורמות בתחום הימאות; זהו חלק מן המשפט הבינלאומי הפרטי והוא חל על היחסים שבין גופים פרטיים המפעילים כלי שיט בים לבין גופים אחרים.
גוף החקיקה השני הוא חוק הים, שהוא חלק מן המשפט הבינלאומי הפומבי. גוף חקיקה זה דן בזכות המעבר בים, בזכויות כריה בים, בתחום המים הטריטוריאליים ובחוק הבינלאומי החל על יחסים בין מדינות.
המשפט הימי נשען על אמנות שהושגו במהלך המאה ה-19 והמאה ה-20. אמנות אלה תוקנו על ידי ארגון CMI (Comite Maritime International), ארגון פרטי של עורכי דין העוסקים בדין הימי, שנוסד ב-1897. ה-CMI היה אחראי לניסוח אמנות רבות כולל כללי האג (האמנה הבינלאומית על שטרי מטען) וכן "תיקוני ויסבי" (המתקנים את כללי האג), אמנת ההצלה ואמנות רבות נוספות. ב-1958 ייסד ארגון האומות המאוחדות את ארגון הימאות הבינלאומי (International Maritime Organization - IMO), וה-CMI המשיך לפעול כגוף מייעץ. השפעתו של ארגון הימאות הבינלאומי החלה לבוא לידי ביטוי רק בשנת 1974. הסניף הישראלי של ה-CMI נקרא "האגודה הישראלית למשפט ימי".
ארגון הימאות הבינלאומי הכין אמנות בינלאומיות רבות הנוגעות לבטיחות בים ולהיבטים אחרים של פעילות כלי שיט בים. אמנת האומות המאוחדות על חוק הים יוצרת ברית להגנת הסביבה הימית וגבולות ימיים שונים. מעת שמדינה מאמצת אמנה ימית בינלאומית, הרי שהיא אחראית לאכיפתה בתחומי מימיה, בין באמצעות משמר החופים שלה ובין באמצעות מערכת המשפט במדינה.
בין השאר, כוללות האמנות המשפטיות את חובתו של בעל האונייה כלפי אנשי הצוות שלו, ואחריותו לטפל בהם במקרי פציעה ומחלה. לבעל האונייה אחריות גם כלפי נוסעיו. אמנות שונות מגדירות את זכותו של מי שהציל רכוש שאבד בים, לדרוש שכר הצלה, וקובעות את גובה השכר על פי כללים שונים. שכר זה מתייחס לרכוש בלבד, שכן לגבי הצלת חיים מקובל שעל כל ימאי חלה החובה להציל חיים בסכנה ללא ציפייה לקבלת תמורה.