כשבועיים לאחר מכן קיימה הלהקה הופעה בלתי נשכחת בטקס חלוקת פרסי המוזיקה של MTV .MTV רצתה שלהקה תבצע את "Smells Like Teen Spirit", אך הלהקה העדיפה לנגן שיר חדש בשם "Rape Me" ("אנוס אותי"). הערוץ נרתע משמו של השיר והתפשר על כך שהשיר שיבוצע יהיה "Lithium", שהיה הסינגל הנוכחי של הלהקה. כאשר החלה הלהקה את הופעתה החל קוביין לשיר את תיבותיו הראשונות של "Rape Me" וגרם להלם בקרב מנהלי הערוץ לפני שעבר לשיר את "Lithium". לקראת סיום נגינתו של השיר התרגז נובוסליץ' על כך שהמגבר שלו חדל מלפעול והשליך את גיטרת הבס שלו לאוויר לשם יצירת אפקט דרמטי. לרוע מזלו, הגיטרה נפלה היישר על מצחו וגרמה לו לעזוב את הבמה כאשר הוא חסר-הכרה למחצה. קוביין החל להרוס את ציוד הנגינה, וגרוהל רץ אל המיקרופון וצעק לתוכו פעמים אחדות "היי, אקסל!", כאשר הוא מתייחס אל אקסל רוז, שללהקה ולקורטני לאב הייתה היתקלות ביזארית איתו לפני ההופעה.
בדצמבר 1992 הוציאה נירוונה את "Incesticide", אוסף של בי-סיידז וקטעים נדירים, על מנת להילחם בבוטלגים ובמסחר הבלתי-חוקי בהקלטותיה של הלהקה, כגון הקלטות ה-BBC של הלהקה. האלבום כלל שירים האהובים במיוחד על המעריצים, כגון "Sliver" "Dive" ,"Been a Son" ו-"Aneurysm", גרסאות כיסוי לשיריה של להקת האינדי הסקוטית הווזלינס, שהפופולריות שלה עלתה בעקבות אלבום זה.
תקופת In Utero.
לשם הקלטתו של In Utero מ-1993 הביאה הלהקה את המפיק סטיב אלביני, שהפיק בין השאר את האלבום Surfer Rosa של הפיקסיז. ההקלטות עם אלביני היו פרודוקטיביות ומהירות בצורה בולטת, כאשר גרסתו הראשונית של האלבום הייתה מוכנה תוך פרק זמן של שבועיים, הרבה פחות מן החודשים שארכה סאגת הקלטתו ומיקסוסו של האלבום נוורמיינד.
הבאתו של אלביני נראתה כצעד מכוון מצידה של נירוונה להעניק לאלבום צליל מחוספס ומצוחצח פחות, לכאורה על מנת לדחות או להרחיק מעליה חלק מן הקהל ה"מיינסטרימי" שלה שהיה מעניק תשומת לב מועטה, אם בכלל, ללהקות האלטרנטיביות, המשונות והניסיוניות שנירוונה ראתה את עצמה כממשיכת דרכן. לדוגמה, אחד משירי האלבום שכלל קטעים ארוכים של צלילי פידבק חדים ורועשים כונה באירוניה "Radio Friendly Unit Shifter" (בתרגום חופשי, "שיר להיטי וידידותי למאזין"). קוביין ציין כי הצליל שיצר אלביני, הקלטה "טבעית" ללא תוספות שנוצרות באולפן, הוא הצליל שהוא תמיד שאף שיהיה לנירוונה.
לאחר יציאתו של האלבום היו מעריצים רבים משוכנעים כי "הבלגן המאורגן" השורר באלבום היה שאיפתה של נירוונה מלכתחילה, אך במציאות הלהקה לא הייתה מרוצה ממספר אספקטים של עבודת המיקסוס של אלביני. בפרט, הם חשבו שרמת העוצמה של הבסים הייתה נמוכה מדי, וקוביין חש שהשירים "Heart-Shaped Box" ו-"All Apologies" לא היו "מושלמים". מפיקה הוותיק של אר. אי. אם, סקוט ליט, נזעק על מנת לשפר את שני השירים האלה, כאשר קוביין מוסיף אליהם כלי נגינה וקולות רקע. ליט מיקסס גם את "Pennyroyal Tea", אך גרסתו של אלביני היא זו שנכללה באלבום (DGC תכננה להוציא את גרסתו של ליט כסינגל מאוחר יותר).
בתקופת In Utero נתקלה הלהקה לראשונה גם בתופעת הצנזורה בנוגע ליצירתה. רשתות-הענק וול-מארט וקיי-מארט סירבו להציג את האלבום בחנויותיהן, כאשר הן מתארות את שם השיר "Rape Me" ואת קולאז' עוברי הפלסטיק על העטיפה האחורית שצייר קוביין כבלתי הולמים להצגה ברשתות לכל המשפחה. הלהקה החליטה לסבול שינויים בעטיפת האלבום, ללא קולאז' העוברים ועם שינויו של שם השיר ל"Waif Me". מלבד הכללתו של הרמיקס של ליט ל"Pennyroyal Tea", כללה הגרסה המצונזרת את אותה המוזיקה של האלבום המקורי. כשנשאל בנוגע לאלבום הערוך מחדש, ענה קוביין כי הוא הזדהה עם תושבי הערים הקטנות שלא היו בעירם חנויות מוזיקה וחנויות קיי-מארט היו היחידות בהן היו מסוגלים לרכוש את האלבום.
בעוד ש"Heart-Shaped Box" התקבל בחום על ידי רשתות הרדיו האלטרנטיביות והמרכזיות כאחד, והאלבום עצמו הגיע למקום הראשון במצעד האלבומים של בילבורד, האלבום לא נהנה מן ההצלחה המסחרית לה זכה נוורמיינד. כאשר החל סיבוב ההופעות לשם קידום האלבום, שהיה הראשון של הלהקה מאז הצלחתו של "Smells Like Teen Spirit", הלהקה הופיעה בקביעות מול אצטדיונים מלאים למחצה, כתוצאה מהמוזיקה המאתגרת של האלבום.
בנובמבר 1993 החליטה הלהקה לשנות כיוון והחליטה לקיים הופעת MTV Unplugged. ההקלטות חשפו ביתר שאת את כישרון ההלחנה של קוביין, שלעיתים קרובות נותרו בצל צלילה הרועש והזועם של הלהקה. בחירת השירים שאותם ביצעה נירוונה כגרסאות כיסוי אף חשפה את תחומי העניין המוזיקליים הרבגוניים של קוביין. ההופעה הפכה לרגע מאפיין וחשוב במיוחד בדרכה של נירוונה, שחשיבותו אף התעצמה בעקבות הטרגדיה שאירעה זמן קצר בעקבותיו.
בתחילת 1994 יצאה הלהקה לסיבוב הופעות אירופאי. על אף שההופעות הראשונות היו טובות, הן ירדו ברמתן במהירות, כאשר קוביין נראה משועמם וטרוד במהלך ההופעות, במיוחד במהלך ההופעות שהתקיימו באיטליה. במהלך שהייה במינכן, גרמניה ב-1 במרץ אובחנה אצל קוביין דלקת חמורה במיתרי הקול. ההופעה שתוכננה לערב הבא התבטלה. בבוקרו של ה-4 במרץ התגלה קוביין כשהוא חסר הכרה על ידי קורטני לאב והוא הוחש לבית החולים. הרופא דיווח במסיבת עיתונאים שגופו של קוביין הגיב לשילוב של רוהיפנול ואתנול. כל ההופעות הבאות התבטלו, כולל הופעות מתוכננות בבריטניה.
בשבועות הבאים החמירה בעיית ההתמכרות להרואין של קוביין. אורגנה "התערבות" וקוביין נשלח למרפאת גמילה. לאחר פחות משבוע בגמילה טיפס קוביין אל מחוץ לקירות המוסד וטס חזרה לסיאטל. שבוע לאחר מכן, ביום שישי ה-8 באפריל 1994 נמצאה גופתו של קוביין על ידי טכנאי אלקטרוניקה בדירתו בסיאטל. דו"ח פתולוג קבע שקוביין מת שלושה ימים קודם לכן, ב-5 באפריל. על פי הדו"ח, הוא הזריק לעצמו מנה גדולה של הרואין ואז ירה בעצמו בראשו ברובה ציד. עם מותו של קוביין, דרכה של להקת נירוונה הגיעה מעשית לקיצה, והלהקה הפסיקה את פעילותה.
לאחר מותו של קוביין.
מספר אלבומים, אוספים ומארזים של הלהקה יצאו מאז מותו של קוביין. הראשון יצא בנובמבר 1994 ותיעד את הופעתה הרגועה והמורבידית של הלהקה, MTV Unplugged in New York. האלבום כלל הופעות אורח של חברי להקת Meat Puppets, וכן גרסאות כיסוי לשיריהם של לדבלי, Meat Puppets, הוואזלינס ודייוויד בואי. שבועיים לאחר מכן יצאה קלטת וידאו בשם !!Live! Tonight! Sold Out שתיעדה קטעים מהופעות שונות של הלהקה. קוביין עצמו ערך את רוב הקלטת, שמתעדת את רוב סיבוב ההופעות שליווה את נוורמיינד.
המטרה הראשונית הייתה ליצור אלבום הופעה כפול מהופעת האנפלאגד ומאסופה רגילה של שירים בהופעה, על מנת ליצור ניגוד אמנותי. אולם עבור שני חבריה הנותרים של נירוונה משימת הנבירה באסופת ההופעות של הלהקה כה סמוך למותו של קוביין הייתה קשה מדי מבחינה רגשית. אלבום המאגד קטעים מתוך הופעותיה של נירוונה בשם "From the Muddy Banks of the Wishkah" ראה אור ב-1996.
באוגוסט 1997 דיווח אתר חדשות מוזיקה באינטרנט בשם "Wall of Sound" כי גרוהל ונובוסליץ' ארגנו מארז תקליטורים של הקלטות נדירות של נירוונה. ארבע שנים לאחר מכן הודיעה חברת התקליטים של הלהקה שהמארז מוכן ויראה אור בספטמבר, על מנת שתאריך יציאתו יתנגש עם יום השנה העשירי ליציאתו של נוורמיינד. אך זמן קצר לפני תאריך היציאה הוציאה קורטני לאב צו מניעה ליציאתו של המארז והגישה תביעה נגד גרוהל ונובוסליץ', כאשר היא טוענת שחבריה לשעבר של נירוונה מנצלים את מורשתה של הלהקה לטובת מניעים אישיים. מהלכים אלה הובילו למאבק משפטי מכוער שנמשך מעל לשנה על הזכויות למוזיקה של נירוונה.
רוב המחלוקת היה סביב שיר אחד שלא ראה אור לפני כן בשם "You Know You're Right", שמהווה את הקלטת האולפן האחרונה של הלהקה. גרוהל ונובוסליץ' רצו להכליל את השיר במארז התקליטורים, כאשר מאידך לאב טענה כי השיר חשוב מדי מכדי להיקרא "קטע נדיר" והוא ראוי להיכלל באלבום אוסף שיכלול את כל להיטי הלהקה. לאחר מעל לשנה של מהלכים משפטיים ביזאריים לעיתים וסיקור תקשורתי נרחב התפשרו הצדדים על הוצאה מיידית של אלבום אוסף הכולל את השיר, שייקרא בפשטות Nirvana. בתמורה הסכימה לאב לתרום קסטות דמו שהוקלטו על ידי קוביין לשם הכללתן במארז.
מעריציה של נירוונה זכו לטעימה ראשונה מ "You Know You're Right" בתחילת 1995 כאשר לאב ביצעה את השיר עם להקתה הול במסגרת MTV Unplugged בשם "You've Got No Right". גרסת הופעה ראשונית ומחוספסת של השיר שבוצעה בידי נירוונה בהופעתם מ-23 באוקטובר 1993 בשיקגו הייתה ניתנת להשגה במסגרת מסחר בלתי חוקי בקלטות של הלהקה מספר חודשים לאחר מכן. בשנים הבאות נפוצו בקרב בסיס המעריצים של נירוונה שמועות על הקלטת אולפן של השיר שהתגברו כמעט עד לממדים של מיתוס. עבור המעריצים, העדות המוצקה ביותר לקיומה של הקלטה כזו הגיעה בנובמבר 2001 כאשר שודר קטע של עשר שניות מן השיר במסגרת ריאיון עם קורטני לאב. במאי 2002 שודרו מספר קטעים ארוכים יותר מן הקליפ באינטרנט על ידי מקור אלמוני. כאשר המאבק המשפטי קרב לקיצו בספטמבר 2002 המקור חשש פחות מתביעה משפטית והשיר הודלף בשלמותו באופן בלתי צפוי ימים ספורים לפני ההכרזה על הוצאתו של האלבום Nirvana. על אף שהקלטת האולפן נחשבת למחוספסת והיא כוללת טקסט שכתיבתו עדיין לא הושלמה, השיר התקבל בחום רב על ידי מעריצים ושוחרי מוזיקה אחרים והפך לאחד מהשירים המושמעים ביותר בתחנות רדיו אלטרנטיביות ב-2002 וב-2003.