סודאן קיבלה את עצמאותה מבריטניה ב-1956. לפני קבלת העצמאות, דרשו שבטי הדרום לקבל עצמאות ולהיפרד מהצפון, אך בריטניה סירבה והכריזה על סודאן כמדינה אחת בשליטה פוליטית וכלכלית של הערבים שבצפון. מיד עם קבלת העצמאות פרצה מלחמת אזרחים, בה שבטי הדרום ביקשו להשיג לעצמם עצמאות. המלחמה נמשכה עשרות שנים, עם הפסקה בשנים 1972–1983. במלחמה השתמשו השלטונות בשיטות לחימה אכזריות: הפצצת כפרים מהאוויר, הרעלת בארות המים, רצח המוני של אזרחים, שימוש באונס כנשק וחטיפת ילדים לחינוך במוסדות אסלאמיים. אנשי הדרום השתמשו אף הם בשיטות לחימה אכזריות. לאורך השנים נהרגו במלחמה מעל שני מיליון בני-אדם. מלחמת האזרחים קיבלה אופי רצחני ביותר לאחר "הסכמי ח'רטום" משנת 1997. באותה תקופה החל רצח של אזרחים באזור שכונה אז "מערב הנילוס העליון", הממוקם על הגבול בין סודאן לדרום סודאן. עם זאת, המלחמה לא הוכרה כרצח עם, אלא כמלחמת אזרחים.
המלחמה הדגישה אידאולוגיה של מאבק דתי מובהק בין האסלאם לנצרות, בנוסף למאבק האתני בין ערבים לאפריקאים ובנוסף למאבק הכלכלי. שטחה של דרום סודאן עשיר בנפט והמאבק על השליטה בו היה מרכיב מרכזי במלחמת האזרחים. לאורך שנות המאבק התרחשו מספר הפיכות בשלטון, והשלטון הסודאני הלך והקצין בעמדתו הדתית. ב-1983 הוכרזה סודאן כרפובליקה אסלאמית השואפת להחיל את חוקי השריעה על כלל אזרחי המדינה. בשנת 1989 התבצעה הפיכה צבאית נוספת בה תפסה את השלטון מפלגת החזית האסלאמית הלאומית, בראשותו של עומר אל-בשיר, המחזיקה בו עד היום.
בשנת 2005 נחתמו הסכמי שלום בין הצפון לדרום – הוסכם על הפסקת אש ועל אוטונומיה חלקית בדרום למספר שנים. לפי ההסכמה, שימש מנהיג הדרום כסגן נשיא סודאן, וכן הוסכם שבשנת 2011 יתקיים משאל עם בין אזרחי הדרום, ובו יבחרו אם להתנתק מסודאן ולהכריז על עצמאות או להישאר חלק מסודאן הגדולה. משאל העם התקיים בינואר 2011, ובו בחרו אזרחי הדרום ברוב של 98% להיפרד ולהכריז על עצמאותה של מדינת דרום סודאן. הכרזת העצמאות התרחשה ב-9 ביולי 2011.
אף על פי שאזורי דרום קורדופן והנילוס הכחול מצפון לגבול הבינלאומי המפריד בין סודאן לדרום סודאן, רבים מתושביהם (במיוחד בהרי נובה) הזדהו עם הדרום. תושבים רבים לחמו בצד המורדים הדרומיים במהלך מלחמת האזרחים. אזורים אלה לא הורשו להשתתף במשאל העם בינואר 2011 ליצירת דרום סודאן, ותהליך "הייעוץ העממי" שהובטח להם גם לא התקיים. ב-5 ביוני 2011 פרץ סכסוך אלים באזורים אלה. "הייעוץ העממי" נדחה. תהליך שלום שהוביל להסכם עם סיעות מורדים רבות החל בספטמבר 2019. זאת לאחר המהפכה הסודאנית שסיימה את שלטונו של עומר אל-בשיר.
דארפור.
דארפור הוא חבל ארץ במערב סודאן. פור הוא העם הגדול ביותר באזור זה ("דאר-פור" בערבית משמעו "בית הפור"), ולצדו חיים שבטים נוספים ביניהם המאסאליט, זאח'אווה, טאמה, ברגו ובנג'ו. רוב השבטים באזור הם אפריקאים-מוסלמים, אך המנהגים שלהם שונים בחלקם מהמנהגים של האסלאם הערבי.
המתחים בחבל דארפור התפתחו לאורך שנים רבות. להם שני גורמים מרכזיים:
עם השנים, מחאת תושבי דארפור כלפי הממשלה גברה. זאת לנוכח האפליה בחלוקת המשאבים, חוסר המענה לצרכים בסיסיים והפקרת התושבים לפולשים הערביים, שנוכחותם הלכה וגדלה. התנכלויות אלה פגעו קשות בפרנסת החקלאים.
פרוץ המרד (2002).
קבוצות המורדים הן מפלגות פוליטיות, שהחליטו לצאת למאבק מזוין, עקב הייאוש ממצב העניינים בדארפור; התנועה/צבא לשחרור סודאן (SLM/A), ארגון חילוני המורכב בעיקר מהפור והמאסאליט, והתנועה לצדק ולשוויון (JEM), ארגון מוסלמי המורכב בעיקר מהזאח'ווה, שבט מצפון דארפור.
המתקפה הראשונה של המורדים הייתה התקפה של קבוצה המתכנה "החזית לשחרור דארפור" (Darfur Liberation Front, DLF) על מוצב צבאי בהרים ב-25 בפברואר 2002. הממשלה הסודאנית נעשתה מודעת לקיומה של תנועת מרי מאוחדת ביוני אותה שנה, לאחר מתקפה על תחנת משטרה בגולו. ההיסטוריונים ג'ולי פלינט (Flint) ואלכס דה ואאל (de Waal) טוענים שיותר מדויק לתארך את תחילת המרד ל-21 ביולי 2001, כאשר קבוצה של בני שבט זאח'ווה ובני שבט פור התכנסו באבו גמרה (Abu Gamra) ונשבעו בספר הקוראן לברית כנגד מתקפות במימון הממשלה על כפריהם.
ב-25 במרץ 2003 כבשו המורדים את עיר הספר טינה (Tine) שעל גבול צ'אד. על אף איומו של נשיא סודאן עומאר אל-באשיר לשסות את הצבא במורדים, לצבא סודאן היו מעט מאוד חיילים שביכולתו לשלוח. הצבא היה כבר פרוס בדרום, בסופה של מלחמת האזרחים השנייה של סודאן, וכן במזרח, שם כוח מורדים הממומן על ידי אריתריאה היווה איום לצינור הנפט החדש באזור משדות הנפט לנמל סודאן. לצבא הסדיר לא הייתה יכולת להתמודד עם טקטיקת הלחימה המהירה של המורדים, שכללה פשיטות-פתע והתפשטות מהירה על פני השטח המדברי למחצה, שטח שאליו הצבא לא היה מאומן כלל. עם זאת, ההפצצות האוויריות על בסיסי המורדים בהרים היו יעילות והרסניות.
ב-25 באפריל 2003 תקפו המורדים את מוצב אל-פאשיר (Al-Fashir) בכוח משולב של "החזית לשחרור סודאן" (SLA) ושל "התנועה לצדק ולשוויון" (JEM) שמנה 33 רכבי שטח. בתוך 4 שעות הושמדו 4 מפציצים ומסוקים (על פי המורדים: 7) על האדמה, 75 טייסים, מכונאים וחיילים נהרגו ו-32 נלקחו בשבי לרבות מפקד הבסיס בדרגת אלוף. הצלחת המבצע הייתה חסרת תקדים; ב-20 שנות הלחימה בדרום, מעולם לא ביצעו המורדים מבצע שכזה.
הצטרפות הג'נג'וויד.
הפשיטה באל-פאשיר היוותה נקודת מפנה, הן צבאית והן פסיכולוגית. הצבא הסודאני היה מוכה ומושפל והממשלה החליטה לאמן ולפרוס מחדש את הצבא כדי שיוכל להתמודד עם צורת הלחימה החדשה. כמו כן עלו חששות לגבי נאמנותם של החיילים והקצינים מחבל דארפור בקרב הצבא. האחריות לניהול המלחמה הועברה למודיעין הצבאי שעמד תחת פיקודו של נאפי עלי נאפי.
במהלך 2003 ניצחו המורדים 34 קרבות מתוך 38. במאי הביס 'הצבא לשחרור סודאן' חטיבה בקוטום (Kutum), הרג 500 חיילים ולקח בשבי 300. באמצע יולי נהרגו עוד 250 במתקפה השנייה על טינה. 'הצבא לשחרור סודאן' התקדם עוד ועוד מזרחה כשהוא דוחק את החזית אל תוך אזור קורדופאן (Kurdufan). בשלב זה החליטה הממשלה לשנות אסטרטגיה, בהתחשב בעובדה שהצבא הסדיר המשיך להפסיד בקרבות. הלחימה הסתמכה על 3 מרכיבים עיקריים: מודיעין צבאי, תקיפות אוויריות וכוחות הג'נג'וויד, רועים חמושים בני בגארה (עם בדואי נודד) אשר שימשו את הממשלה בדיכוי ההתקוממות של בני מאסאליט בין השנים 1996–1999. הג'נג'וויד הושמו במרכז האסטרטגיה לדיכוי ההתקוממות. על אף שהממשלה מכחישה בתוקף כל קשר לג'נג'וויד, אספקה ממקורות צבאיים הוזרמה אל תוך דארפור והג'נג'וויד צוידו בכוחות צבאיים עם מערכות קשר וארטילריה. אותן שיטות לחימה שהופעלו קודם לכן בהרי נובה (Nuba) וסביב שדות הנפט בשנות ה-90 גרמו להפרות מרחיקות לכת של זכויות אדם ולעקירה בכוח של אוכלוסייה אזרחית.
מהלך רצח העם.
הג'נג'וויד המצוידים היטב חברו לכוחות צבא סודאן ויחד השמידו בשיטתיות מאות כפרים דארפוריים. ההתקפות בדרך כלל החלו באמצעות מטוסים מפציצים, מסוקים או ארטילריה שהפעיל צבא סודאן, ולאחר מכן הגיעו הג'נג'וויד רכובים על גבי ג'יפים, טנדרים, סוסים וגמלים, הרגו אזרחים במנוסתם, שרפו את הכפרים, הרעילו בארות, שרפו שדות ובזזו את כל הרכוש ובעלי החיים. צבא סודאן והג'נג'וויד עברו יחד בשיטתיות, כפר אחרי כפר, וטיהרו הלכה למעשה את דארפור מבני השבטים האפריקאיים. עד אביב 2004 נהרגו עשרות אלפי אנשים, בעיקר ממוצא לא-ערבי, ועוד כמיליון גורשו מבתיהם. לאורך חודשים ארוכים המשיכו כוחות הג'ינגאוויד יחד עם צבא סודאן להחריב בשיטתיות כפר אחרי כפר. דווח על מעשי זוועות איומים כגון: בורות הריגה, השלכת תינוקות לתוך בקתות בוערות, הרעלת בארות, שריפת גברים ונשים הקשורים בשלשלאות וכדומה. כבר באפריל צוות המשקיפים של האו"ם דיווח שכפרים של אוכלוסייה לא-ערבית סומנו לחיסול בעוד שכפרים ערביים הושארו לנפשם. הג'נג'וויד השתמשו באונס ככלי מלחמה ואנסו בשיטתיות אלפי נשים. מאז סוף שנות התשעים החל מסע הפצצות של כפרים דרפורים על ידי חיל האוויר של צבא סודאן, ההפצצות התגברו באמצע שנת 2003 והגיעו לשיא של עשרות הפצצות ביום.
בעקבות טור שכתב ניקולאי כריסטוף במרץ 2004 רצח העם בדרפור נכנס לשיח הציבורי בעולם כולו והמשבר הפך לבינלאומי. באותו זמן כ-100,000 פליטים שזרמו לצ'אד השכנה נרדפו על ידי כוחות הג'נג'וויד שהתעמתו עם כוחות צבא צ'אד בגבול. יותר מ-70 לוחמי ג'נג'וויד ו-10 חיילים צ'אדים נהרגו בקרב יריות. בעקבות זאת צ'אד החלה במגעים דיפלומטיים בנג'מנה, אשר הובילו להסכם ההומניטרי להפסקת אש של 8 באפריל בין ממשלת סודאן וחלק מהכוחות המורדים. המתקפות, הן של המורדים והן של הג'נג'וויד, נמשכו חרף הסכם הפסקת האש, ובעקבות כך הקים האיחוד האפריקאי (AU) "ועדת הפסקת אש" לפיקוח על קיומה. ההיקף המאמיר של המשבר הוביל לדאגה בקהילה הבינלאומית. מזכ"ל האו"ם דאז, קופי אנאן, הזהיר כי הסיכוי לרצח עם בדארפור גבוה בצורה מפחידה. היקף המערכה של הג'נג'וויד הוביל להשוואות לרצח העם ברואנדה, השוואות שהוכחשו בתוקף על ידי הממשלה הסודאנית. עיתונאים, עדים ומשקיפים עצמאיים העידו על מעשי זוועות הכוללים קטיעת איברים ורצח של אזרחים ואפילו של ילדים ותינוקות. קבוצת המשבר הבינלאומית (International Crisis Group) שבסיסה בבריסל, דיווחה במאי 2004 כי קרוב ל-350,000 בני אדם נמצאים בסכנת מוות מרעב ומחלות.