הרישום העות'מאני סבל מליקויים רבים, ובראשם שימוש בתיאור מילולי לצורך הגדרת גבולות חלקה (תיאורים שיכולים להפוך לחסרי הבנה בטווח הארוך) במקום במדידה ובמיפוי, וכן אי יכולת להבטיח את אמיתות העסקה שהתבצעה, עקב העדר תיעוד מסודר של בעלים קודמים וגבולות. דבר זה יצר פתח למעשי רמאות כגון רישום מכירת קרקע לצד שלישי על ידי אדם המתחזה לבעליה, וכן מכירת קרקע מבעליה למספר אנשים במקביל. האוכלוסייה בארץ השתדלה להימנע מרישום הקרקעות, היות שרישומן הקל על דרישת תשלום מס על הקרקעות או גיוס לצבא (חיוב שהוטל במקרים שונים על בעלי קרקעות מירי). לחלופין, במקרים שונים נרשמו אדמות ברישום פיקטיבי של בעליהם על מנת להשתמט מהמס ומחובת הגיוס, ובמקרים אחרים נרשמו גבולות שטח הקרקע באופן שגוי במזיד, על מנת להקטין את תשלום המס. חלק גדול מהקרקעות היה בבעלות משותפת ('משעא'), כאשר הנטייה להשתמט ממס ומחובת הגיוס עודדה את שימור מוסד זה. עד שלהי התקופה העות'מאנית נרשמו בפנקסי המקרקעין רק כ־5% מכלל הקרקעות בארץ. הרישום העות'מאני כלל רק את הקרקעות הפרטיות, ולא תיחם את הקרקעות בבעלות המדינה. הרישום העות'מאני סבל גם מבעיית השחיתות הכללית של תקופת השלטון העות'מאני.
תקופת השלטון המנדטורי.
לאחר כיבוש ארץ ישראל בידי הבריטים והסדרת המנהל האזרחי בה בראשית שנות ה־20 של המאה ה־20, נערכו שינויים מקיפים בחוקי הקרקעות העות'מאנים (פקודת הקרקעות הבריטית התפרסמה ב־1928), כאשר חלקם התבססו על חוקים עות'מאנים שפורסמו זמן קצר לפני פרוץ מלחמת העולם הראשונה ולא הגיעו לידי מימוש. עם זאת, חוקי הקרקעות העות'מאנים נשארו הבסיס לדיני הקרקעות המנדטוריים. כל הסמכות בנושאי קרקעות עברה ללשכת המקרקעין המנדטורית (במקום חלוקת סמכות עם בית הדין השרעי), והוחל בהכנות ליסוד קדסטר מודרני שיכלול מיפוי והסדרת בעלות על הקרקעות בכל רחבי ארץ ישראל.
על רקע המאמץ העצום שנדרש למיפוי ומדידיה מקיפים בכל הארץ, הוחלט לרכז את המאמץ בקרקעות חקלאיות ובאזור מישור החוף והעמקים. עד שלהי תקופת המנדט הבריטי הושלמה כמעט הסדרת רישום הקרקעות במישור החוף והעמקים, אך באזור יהודה ושומרון כמעט ולא נערכה הסדרה עד סיום תקופת השלטון הבריטי, ומעמד הקרקעות נשאר כבתקופה העות'מאנית, כאשר עסקאות מקרקעין נרשמות באופן בסיסי בלשכת המקרקעין, אך אין בכך כדי להעיד על אמיתותן, והקרקעות באזור לא עברו הסדרה ובירור בעלות. בשל כך נותרו באזור קרקעות חקלאיות רבות בבעלות משותפת ('משעא'), קרקעות שהשלטון הבריטי הסדיר את חלוקתן למספר בעלים יחידיים במהלך פעולות הסדרת הקרקעות במקומות בהם נערכו פעולות אלו. אדמות אלו, בהן הוחלפה הבעלות מדי שנתיים עובדו באופן מסורתי ופרימיטיבי, וכן אירעו סביבן סכסוכים רבים.
בתקופת השלטון העות'מאני, בניסיון לעודד את פיתוח הארץ, ניתנה אפשרות לתושבים לעבד קרקעות נטושות מסוג 'מוואת' ולקבל עליהן זכות חזקה כקרקע מסוג 'מירי', בתנאי שהכניסה לקרקע הייתה בהסכמת פקיד המקרקעין. אפשרות זו בוטלה בראשית ימי השלטון המנדטורי, והמעבד קרקעות 'מוואת' ללא היתר נחשב אף כמשיג גבול. עם זאת, פקודה זו לא נאכפה בהמשך, ובמהלך תהליך הסדרת בעלות הקרקעות בתקופה המנדטורית ובתקופה הירדנית, הוכרה בעלות מעבדי אדמות מסוג 'מוואת', ואף ישראל אימצה מאוחר יותר מדיניות זאת, ונמנעה מלהכריז על אדמות מדינה בכל קרקע שהייתה מעובדת, אף שהוגדרה כקרקע מסוג 'מוואת'. למחזיק קרקע במשך כ־10 שנים ללא התנגדויות ניתנה זכות לרישום הקרקע על שמו כקרקע מסוג 'מירי'.
מנגד, בתקופת השלטון העות'מאני חל איסור על הוברת קרקע (אי־עיבוד חקלאי של הקרקע) מסוג 'מירי', ובמקרה של הוברה ללא הצדקה במשך כ־3 שנים, היו האדמות יכולות לחזור לבעלות המדינה ('מחלול'). בתיקון משנת 1913 (שנכנס לתוקף בראשית תקופת השלטון המנדטורי) בוטלה חובת העיבוד הרציף בקרקעות 'מירי' שבעליהן החזיקו בקושאן עליהן על מנת להימנע מהעברתן לידי המדינה כ'מחלול', אך על קרקעות שבעליהן לא החזיק בקושאן, נותרה החובה לעיבוד רציף על מנת להימנע מהפיכת הקרקע ל'מחלול'. מרבית קרקעות המירי ביהודה ושומרון אינן רשומות בטאבו ובעליהן אינם מחזיקים בקושאן עליהן, ועל כן התיקון אינו חל עליהן וישנה חובה על עיבוד רציף שלהן למניעת העברת הבעלות עליהן לידי הממשלה.
תקופת השלטון הירדני.
ירדן השתלטה על שטחי יהודה ושומרון במהלך מלחמת העצמאות, וסיפחה אותם אל שטחה הריבוני ב־1950. בעקבות כך החל המנהל הירדני בניסיון להסדרת רישום הקרקעות ביהודה ושומרון, ועל האזור חלו חוקי הקרקעות ותכנון הבניה הירדניים. אחד מסעיפי החוק הירדני אסר על מכירת קרקע לאוי, ואף גזר עונש מוות על המוכר קרקע ליהודי. במהלך השלטון הירדני הוחל בהסדרת הבעלות על הקרקעות, כאשר תהליך ההסדרה התמקד בנפות שכם, רמאללה ויריחו, בעוד אזור יהודה כמעט ולא עבר כל הסדרה. בסך הכל עמד אחוז הקרקעות המוסדרות מכלל הקרקעות ביהודה ושומרון על כ־30%. באזורים שעברו הסדרה בוררה הבעלות על הקרקעות וזכויות הבעלים והמדינה, בעוד בקרקעות שלא עברו הסדרה נותר המעמד מעורפל, כאשר זכות הבעלות מוקנית למי שיוכיח כי עיבד את הקרקע במשך כ־10 שנים. כ־30-40 אלף דונם קרקעות שהיו רשומות על שם בעלים יהודי נוהלו על ידי הממונה הירדני על נכסי אויב.
ב־1953 נקבע כי כל הקרקעות מסוג 'מירי' שבתחום המונציפלי של הערים יהפכו לקרקעות מסוג 'מולק', אך קביעה זו לא חלה על הקרקעות שהיו בשטח המוניציפלי של הכפרים.
תקופת השלטון הישראלי.
אזור יהודה ושומרון עבר לחזקת מדינת ישראל לאחר כיבושו במלחמת ששת הימים. ממשלת ישראל העדיפה להשאיר את מעמד האזור כשטח הנתון בכיבוש צבאי, ולא לספחו ולהחיל עליו את החוק הישראלי (למעט אזור מזרח ירושלים שסופח). עם ראשית השליטה הישראלית פורסם צו צבאי לפיו חוקי הקרקעות ותכנון הבניה שחלו על האזור קודם מלחמת ששת הימים ימשיכו לחול באזור, כל זמן שלא שונו על ידי צווים צבאיים שהוצאו על ידי המנהל האזרחי (בהתאם לנאמר באמנת האג הדנה במערכת החוק בשטחים הנתונים לכיבוש צבאי). על כן חלים ביהודה ושומרון חוקי הקרקעות העות'מאנים, החוקים הבריטים והחוקים הירדנים (כאשר החוקים החדשים מבטלים את הישנים במקרה של תיקונים לחוק), והצווים הצבאיים שהוצאו על ידי צה"ל במהלך השנים. חוקי התכנון והבניה הישראלים שחוקקו לאחר 1948 אינם בעלי מעמד רשמי באזור. דבר זה יוצר מערכת חוקתית אנרכרוניסיטית ביהודה ושומרון, שאינה מותאמת למציאות המודרנית. לצד צה"ל פועל מנהל אזרחי, שהוא כיום האחראי על נושא הקרקעות ולשכות המקרקעין ביהודה ושומרון. הריבון הרשמי באזור הוא אלוף פיקוד המרכז כמפקד כוחות צה"ל ביהודה ושומרון, אך למעשה בנושאים עקרוניים מבצע המפקד הצבאי את הוראות ממשלת ישראל.
הכיבוש הישראלי של האזור גרם להפסקת פעולות ההסדרה הירדניות, שלא המשיכו בתקופת השלטון הישראלי בחלק הנוגע הסדרת קרקעות פרטיות, בנימוק שיהיה בכך פגיעה בזכותם של נפקדים (כ־200,000 מתושבי יהודה ושומרון עברו לירדן במהלך מלחמת ששת הימים ולאחריה), מפני שהשליטה באזור תוארה כשליטה זמנית, ובגלל העלויות הכספיות הגבוהות של ביצוע ההסדרה. החלטה זו הותירה כשני שלישים מהקרקעות ביהודה ושומרון כקרקעות במעמד לא מוסדר, כאשר לצד ההחזקה בקרקע, עמדו לפלסטינים רישומי מס רכוש כלליים (ללא פירוט מקום החלקה) מתקופת השלטון הירדני, ולמעטים גם קושאנים מהתקופה העות'מאנית. כתחליף לרישום בטאבו שהוקפא, נוצר הליך של 'רישום ראשון', הליך הדומה לרישום מקרקעין אך נעשה במימון מלא של בעלי הקרקע, וחל רק על שטח מצומצם. עם זאת, הצו הצבאי שעצר את פעולות הסדרת הקרקעות, אפשר את המשך הסדרת אדמות המדינה.
בראשית השליטה הישראלית הוצא צו צבאי לפיו כל הקרקעות והנכסים שהיו בבעלות השלטון הירדני יעברו לידי השלטון הצבאי הישראלי. בכך עברו כל אדמות המדינה הירדניות שהוסדרו לבעלות השלטון הישראלי, כ־530,000 דונם. בדיקות במרשמי הקרקעות אפשרו הכרזה על עוד כ־160,000 דונם כאדמות מדינה, ובסה"כ כ־13% משטחי יהודה ושומרון. בשטח זה נכללו גם האדמות שהיו בבעלות יהודית קודם למלחמת העצמאות, ונוהלו על ידי הממונה הירדני לנכסי אויב. עד המהפך הפוליטי בהבחירות לכנסת התשיעית ב-1977, אסרו ממשלות ישראל לאנשים פרטיים לרכוש אדמות ביהודה ושומרון, מאחר שהשטח נתון בממשל צבאי והדבר אסור לפי המשפט הבינלאומי. כל התנחלויות שהוקמו עד אז מוקמו על אדמות מדינה בלבד ורק ביוזמה ממשלתית.