הדמוקרטים החליטו להתעלם מהנשיא ג'ונסון ובחרו במושל ניו יורק, הורשיו סימור. מסע הבחירות שלהם דרש סיום לתקופת השיקום והחזרת השליטה בדרום למעמד בעלי המטעים הלבנים, דבר שפגע בהם בקרב הדמוקרטים הצפוניים שתמכו במלחמת האזרחים. הדמוקרטים תקפו את השיקום ואת תמיכת הרפובליקנים בזכויות לשחורים, וטענו שגרנט היה מנהיג ה"צבא השחור". סימור היה שמרן עשיר והותקף בידי הרפובליקנים כחלש וכאדם שתמך במתנגדי המלחמה. הרפובליקנים הציגו את הדמוקרטים כבוגדים. גרנט ניצח בבחירות בהפרש של 300,000 קולות מתוך 5,716,082 בלבד, אולם השיג 214 אלקטורים לעומת 80 של סימור. הוא היה בן 46, והיה הנשיא הצעיר ביותר שנבחר עד אז. עקרונותיו היו שמרניים: כסף יציב, ממשלה קטנה ושיקום הדרום. הוא היה הנשיא הראשון שנבחר לאחר ביטול העבדות ומתן האזרחות לעבדים. אולם מימוש הזכויות היה לוקה בחסר: רק בשש עשרה מדינות מתוך שלושים ושבע הצביעו שחורים, ורוב המדינות הללו היו בדרום. גרנט הפסיד בלואיזיאנה ובג'ורג'יה בגלל אלימות מצד הקו קלוקס קלאן כנגד מצביעים שחורים, אולם בשש מדינות דרומיות שבהן שלטו הרפובליקנים הרדיקלים, הוא ניצח. במהלך מערכת הבחירות, שחורים רבים יכלו להצביע בוושינגטון.
נשיאותו (1869–1877).
גרנט נכנס לתפקידו ב-4 במרץ 1869, ועזב אותו ב-4 במרץ 1877. הוא נבחר בקלות לכהונה נוספת ב-1872, למרות פילוג במפלגה הרפובליקנית שגרמה להקמת המפלגה הרפובליקנית-ליברלית, שהעמידה מולו את הוראס גרילי, בתמיכת הדמוקרטים. גרנט היה הנשיא הראשון מאז אנדרו ג'קסון ששירת שתי כהונות מלאות. הנשיא הקודם ג'ונסון לא נכח בטקס כניסתו לתפקיד. בנאום השבעתו טען גרנט שאת השיקום ינהל בצורה רגועה, ללא דעות קדומות או שנאה. הוא דרש "יחס הוגן" לאינדיאנים, ומתן אזרחות. הוא לא התייעץ עם הסנאט לפני שמינה את הקבינט שלו, ושמר את בחירותיו בעיקר לעצמו. בניסיונו ליצור אחדות לאומית, גרנט לא בחר מנהיגים רפובליקניים מפלגתיים לתפקידים. הוא מינה את ג'ון רולינס, חברו מתקופת המלחמה, לתפקיד מזכיר המלחמה, ואת המילטון פיש לתפקיד מזכיר המדינה של ארצות הברית. ויליאם שרמן מונה למפקד הצבא, אולם עימותים בינו לבין רולינס גרמו למערכת יחסים מתוחה בינו ובין גרנט.
גרנט בחר אישים א-מפלגתיים לקבינט שלו, בעיקר חבריו מהצבא, ולחלקם הייתה הצלחה מוגבלת. הם לא הבינו בפוליטיקה ועוד פחות באתיקה ציבורית. התרחשו שערוריות רבות בממשלו, אולם גרנט תקף את המאשימים. תומכיו טענו שגרנט הקים את ועדת השירות לציבור הראשונה.
תקופת השיקום שלטה בכהונתו של גרנט. בתוך שנתיים הצטרפו אל האיחוד ואל הקונגרס ג'ורג'יה, מיסיסיפי, וירג'יניה, וטקסס. בנוסף, הוקמה מחלקת המשפטים של ארצות הברית ומונה אדם לתפקיד פרקליט המדינה של ארצות הברית. בנוסף נחקקו חוקים שאפשרו לממשל לאכוף את החוקים, בעיקר הגנה על זכויות אזרח לשחורים. מחלקת המשפטים החדשה עצרה אלפי חברי קו קלוקס קלאן בעזרת החוקים החדשים. חיילים נשלחו אל תשעה מחוזות בקרוליינה הדרומית על מנת לעצור את האלימות של הקלאן ב-1871. התיקון ה-15 לחוקה אושרר ב-3 בפברואר 1870, ואסר על הממשלות למנוע זכויות הצבעה בגלל גזע, צבע או מעמד.
עם תחילת כהונתו השנייה, המדינה שגשגה. החוב הלאומי, ההוצאה הממשלתית, מכסי המגן והעובדים הממשלתיים ירדו במספרם, והכנסות ממסים עלו. הקונגרס תמך בתקן הזהב, והקטין את מספר השטרות במחזור. אולם המשבר הפיננסי של 1873 זעזע את המדינה והשמיד את רוב ההתקדמות הכלכלית. המשבר הוביל לשפל כלכלי שגרם להתנגדות לגרנט ולניצחון דמוקרטי בבחירות לבית הנבחרים בדצמבר 1875. השחיתות גברה, אולם אנשים שגרנט מינה הצליחו לנקות את המחלקות הממשלתיות. מזכיר האוצר שלו הצליח למצוא מעורבות של מזכירו האישי של גרנט בשחיתות, ומזכיר המלחמה הואשם בלקיחת שוחד. מדינות הקונפדרציה היו בידיים רפובליקניות כשגרנט היה הנשיא, אולם ב-1877, ה"גואלים" - דמוקרטים לבנים דרומיים - שלטו בהן, בעיקר באלימות ובמניעת זכויות משחורים.
בכהונתו של גרנט לא היו לארצות הברית מלחמות, אולם מדיניות החוץ שלו הייתה רעועה. המילטון פיש, מזכיר המדינה המוכשר, הצליח לפתור בעיות מימי המלחמה עם בריטניה, ולמנוע מלחמה עם ספרד. ניסיונו של גרנט לספח את הרפובליקה הדומיניקנית נכשל וגרם למשבר. מסילת הרכבת הטרנסקונטיננטלית הראשונה נבנתה ב-1869, והמערב נפתח להתיישבות. הוא ניהל מדיניות שלום עם האינדיאנים, אולם עם גילוי זהב במערב, הקולונל קסטר נפל בקרב בליטל ביג הורן. גרנט חתם על הקמת הפארק הלאומי הראשון.
במשך שנים, ראו את גרנט כנשיא עוין לדרום. לאחרונה הוא נחשב לנשיא שהיה מחויב לשחורים ולחם למען מימוש זכויותיהם. ממשלו נחשב לאחד מהמושחתים ביותר בהיסטוריה, אף על פי שהוא עצמו לא היה מושחת. מינויים רבים שמינה במקום אישים מושחתים הובילו לרפורמות.
כהונה ראשונה 1869–1873.
קבינט.
גרנט בחר את הקבינט שלו בצורה שונה מהמקובל, לא התייעץ עם הסנאט ושמר את בחירותיו בסוד עד ששלח אותן לאישור. מתוך נאמנות אישית, מינה את חבריו אליהוא וושבורן לתפקיד מזכיר המדינה ואת ג'ון רולינס לתפקיד מזכיר המלחמה. וושבורן שירת שנים עשר ימים בלבד לפני שהתפטר, לכאורה בגלל בריאות לקויה. התוכנית הייתה לתת לו ניסיון דיפלומטי לקראת מינויו לשגריר בצרפת. לאחר מכן מינה גרנט את המילטון פיש, פוליטיקאי שמרני מניו יורק, לתפקיד מזכיר המדינה. פיש היה המינוי המוצלח ביותר של גרנט. הנשים של שניהם היו חברות טובות. רולינס מת משחפת והוחלף בוויליאם בלקנפ. גרנט בחר בכמה אישים לא מפלגתיים לקבינט שלו, ולחלקם הייתה הצלחה מוגבלת. אדולף בורי, למשל, שירת בתור מזכיר הצי, והוחלף בידי ג'ורג' רובסון, ואילו א.ט סטיוארט לא הצליח להיבחר לתפקיד מזכיר האוצר לאחר שהתברר שהיה סוחר, ולכן מנוע מלכהן בתפקיד. הסנאטורים צ'ארלס סאמנר ורוסקו קונקלינג, שהתנגדו לגרנט, סירבו לתקן את החוק ולמנות את סטיוארט. במקומו, מינה גרנט את ג'ורג' סיואל באוטוול לתפקיד, שכן הוא נודע בכנותו. מינויים אחרים שלו - ג'ייקוב קוקס (פנים), ג'ון קרסוול (מזכיר הדואר) ואבנעזר רוקווד הואר (התובע הכללי), נחשבו למינויים מוצלחים. מדיניותו העצמאית, ולעיתים בעייתית, של גרנט בבחירת הקבינט שלו, פגעה בוותיקי המפלגה שלא יכלו להשפיע עליו. באוטוול הוביל לחוסר איזון גאוגרפי בקבינט, כיוון שגם הוא וגם הואר היו ממסצ'וסטס. כדי לתקן זאת, החליף גרנט את הואר באיימוס טפן אקרמן, מג'ורג'יה. בתור הגנרל המפקד לשעבר, ראה גרנט את הקבינט כמו פקודיו, ולא כשותפיו.
שינוי חוק הקביעות במשרה.
במרץ 1869, הודיע הנשיא גרנט שרצה לשנות את חוק הקביעות במשרה מ-1867, כיוון שלדעתו פגע במערכת החוקית של המדינה. החוק עבר בקונגרס ב-1867, בחסות הרפובליקנים הרדיקלים, כדי למנוע מהנשיא אנדרו ג'ונסון למנות חברי קבינט. החוק השנוי במחלוקת הופעל במהלך הליך הדחתו של ג'ונסון ב-1868. ב-5 במרץ 1869, הוגשה הצעה לביטול החוק, אולם הסנאטור צ'ארלס סאמנר התנגד למתן יד חופשית לגרנט בנושא המינויים. כדי לחזק את עצמו, סירב גרנט למנות מינויים חדשים פרט לתפקידים פנויים, עד לביטול החוק. אנשים שרצו במשרה לחצו על הקונגרס לבטל את החוק. הלחץ לרפורמה ממשלתית הוביל לביטול החוק, והועבר חוק חדש בו הנשיא קיבל את השליטה על פיטורי חברי הקבינט שלו, אולם עדיין היה צריך את אישור הקונגרס לצורך מינויים. גרנט, שלא רצה לפלג את מפלגתו בנושא, חתם על החוק. הוא ספג ביקורת על כך שלא ביטל את החוק לחלוטין. החוק בוטל לחלוטין ב-1887. גרנט ספג ביקורת על מינוי בני משפחתו לתפקידים ממשלתיים.
גרנט וסאמנר התווכחו אחד עם השני בנושאי חוץ ומינויים פוליטיים. סאמנר ביצע מדיניות חוץ משל עצמו והתנגד לנפוטיזם של גרנט.
זכויות האזרח, האדם והשיקום.
במהלך תקופת השיקום, קיבלו העבדים המשוחררים זכות הצבעה מהקונגרס והפכו לפעילים בפוליטיקה המקומית. ארבעה עשר נבחרו לקונגרס. אף אחד מהם לא הפך למושל, אולם הם כן הפכו לסגני מושלים או למזכירי מדינות. הם היו בסיס התמיכה במפלגה הרפובליקנית בדרום, יחד עם לבנים מקומיים (ה-"Scalawags") ואישים שהגיעו מהצפון (ה"צקלונאים", או "Carpetbaggers"). רוב הלבנים בדרום התנגדו לרפובליקנים, וקראו לעצמם "שמרנים" או "גואלים". גרנט התערב בנושאים המקומיים. ב-24 בדצמבר 1869, הכריז על שלטון צבאי בג'ורג'יה והחזיר את המחוקקים השחורים שהושעו מהמועצה המחוקקת.
רוב ההיסטוריונים מהמאה ה-21 טוענים שתקופת השיקום הסתיימה בכישלון, ושהצפון ויתר על הגנה על זכויות האזרח של השחורים.
התיקון ה-15.
גרנט ורבים בצפון האמינו שמלחמת האזרחים האמריקנית הרחיבה את הדמוקרטיה אל העבדים המשוחררים. גרנט פעל כדי להבטיח את אשרור התיקון החוקתי שהקונגרס אישר ושנשלח לאישור המדינות במהלך ימיו האחרונים של ממשל ג'ונסון. התיקון קבע ש"זכותם של אזרחי ארצות הברית להצביע לא תישלל מהם על ידי ארצות הברית או אחת מהמדינות בשל גזע, צבע או מצב קודם של עבדות". ב-3 בפברואר 1870, עשרים ושבע מדינות אשררו את התיקון והוא הפך לתיקון ה-15 לחוקת ארצות הברית. גרנט בירך על אשרור התיקון, אולם הלבנים בדרום היו נחושים שלא יאכפו את זכויות ההצבעה לשחורים.
מחלקת המשפטים.