ידוע על מקרי התקוממות של בית"רים בזמן השואה. בהם מקרה של התקוממות קבוצת בית"רים בקרקוב תוך מאבק עם הגסטאפו על הנפת הדגל הבית"רי. ידועה גם פעילותם של בית"רים בווילנה, בוורשה ובהונגריה. בגטו וילנה, הבית"רי יוסף גלאזמן היה אחד מחברי מועצת ה-"פ.פ.או" (ארגון פרטיזנים מאוחד), יחד עם אבא קובנר. הבית"רי יצחק רוחצ'ין הנהיג את מרד הגטאות הראשון במלחמה, מרד גטו לחווא. ההתקוממות הידועה ביותר וגם בעלת ההיקף הגדול מכולם הייתה של הארגון הצבאי היהודי (אצ"י) שלקח חלק גדול במרד גטו ורשה. היה זה ארגון רוויזיוניסטים ואנשי בית"ר שהוקם בסוף שנת 1939, לחם לצד ארגון אי"ל בכוחות הנאציים במרד באפריל 1943, והיווה כוח משמעותי בשל כמות גבוהה יחסית של ציוד וכלי נשק. פרט לאצ"י, שגם לגביו הידע אינו רב, המחקר לגבי התקוממות בית"רית בשואה לוקה בחסר.
מבחינת השפעת השואה על התנועה הרי שלמעשה מרכז הכוח הגדול של בית"ר שפעל במזרח אירופה, רובו בפולין, הושמד בחלקו הגדול. לאחר השואה פעלו נציגים שונים של התנועה הרוויזיוניסטית, בין היתר על ידי "ועד ההצלה הרוויזיוניסטי" כדי לחדש את הקשר עם אנשי התנועה ולשלחם אל ארץ ישראל. נוצרו בהדרגה קשרים עם שארית הפליטה בארצות הבלקן ועם הפליטים היהודיים ברומניה. ברומניה ובבולגריה קמו מחדש באותה עת סניפים של התנועה. בשנת 1940 שלחה תנועת בית"ר את אנית המעפילים סקריה מרומניה אל ארץ ישראל. על ספונה היו 2,385 מעפילים. בין נוסעי הספינה היה גם ערי ז'בוטינסקי, מארגן ההפלגה ובנו של זאב ז'בוטינסקי.
משנת 1944 ניתק האצ"ל את קשריו עם המפלגה הרוויזיוניסטית החוקית והחל ב"מרד" מזוין נגד הבריטים. כתגובה להתקפות המחתרת נאסרו רבים ממנהיגי ההסתדרות הציונית החדשה והארגון עמד בפני סכנת כליה. באוקטובר אותה שנה הוציאה הממשלה את צווי הגירוש נגד בכירי התנועה. 251 רוויזיוניסטים ואנשי אצ"ל הוגלו לארתריאה, בהם גם נציב בית"ר בארץ ישראל. מגמת הנידוי והגינוי החריפה לאחר רצח הלורד מוין על ידי אנשי לח"י. אף על פי שהאצ"ל לא היה מעורב בנעשה החל היישוב המאורגן ברדיפת הארגון, במה שכונה "הסזון". אנשי אצ"ל, בית"ר, הלח"י ורוויזיוניסטים נחטפו על ידי אנשי "ההגנה" והושמו בבתי כלא מאולתרים. צעדים חריפים נוספים ננקטו. כך למשל שלח מנהל מחלקת החינוך של הוועד הלאומי מכתב אל הנהלות בתי הספר לפעול נגד תלמידים האוהדים את ארגוני הטרור או מנהלים תעמולה ברוחם. באותם ימים הייתה מצויה בית"ר והתנועה הרוויזיוניסטית בכלל על סף הכחדה. בשנת 1946 חזרה המפלגה הרוויזיוניסטית אל ההסתדרות הציונית, ובין אנשיה היו גם אנשי "שלטון בית"ר". לעומתם, אנשי השורה של התנועה עודם השתייכו ברובם למחתרת, נרדפו והיו מעורבים בהתנגשויות אלימות עם ועל ידי יריביהם ממחנה הפועלים. לאחר הפריצה לכלא עכו על ידי האצ"ל נעצרו עשרות ממנהיגי הרוויזיוניסטים, וב-5 באוגוסט 1947 הוכרזה בית"ר על ידי השלטונות כתנועה בלתי חוקית ובכך הפסיקה התנועה להתקיים בגלוי. לאחר שב-8 באוגוסט 1947 פורסם צו האוסר את קיומן של קבוצות הכדורגל של תנועת בית"ר, שינתה בית"ר ירושלים את שמה ל"נורדיה ירושלים", על שם מקס נורדאו. הקבוצה שיחקה תחת שם זה בליגה המקומית בירושלים, משחקה הראשון בליגה זו בדרבי הירושלמי, ב-15 בנובמבר 1947 בו ניצחה את הפועל ירושלים בתוצאה 1–3. משחקה השני והאחרון של קבוצת "נורדיה ירושלים" בליגה תחת שם זה היה ב-29 בנובמבר 1947, בניצחון 1–8 נגד דגל ציון, סימון אלפסי קבע שיא כשכבש 6 שערים. כל זאת, שעות אחדות לפני "הכרזת כ"ט בנובמבר" של עצרת האומות המאוחדות על סיום המנדט הבריטי והקמת שתי מדינות בארץ ישראל. בית"ר הובילה אז במקום הראשון בליגה המקומית של ירושלים, אבל למחרת פסקו המשחקים. ב-30 בנובמבר 1947 פרצה מלחמת העצמאות.
אופי אופוזיציוני.
בדומה לתנועה הרוויזיוניסטית, לא זכתה בית"ר ללגיטימציה מצד מוסדות הציונות הרשמיים ומנהיגיה, במיוחד לאור דרישתה לרוויזיה בשיטות הציונות ושאיפת תנועת האם הפוליטית שלה לרשת את הנהגת הציונות. גם במישור הרעיוני ההבדלים היו ניכרים - תנועות הפועלים שילבו סוציאליזם וציונות ולעומתם השקפת ז'בוטינסקי הייתה שונה בתכלית, בהתנגדה נחרצות לסוציאליזם ומלחמת המעמדות, והחשבת ההון הפרטי לצורכי התפתחות היישוב. בשנות ה-20 עוד היו בית"רים לא מעטים שהזדהו עם הרעיון הפועלי אולם לאחר שנת 1929, שבה אירעו מאורעות תרפ"ט, הלך ונפער הקרע. העילה לפריצתם של מאורעות אלה היה הפגנת צעירי התנועה ברחבת הכותל המערבי נגד הגבלות שהתקיימו על מנהגי התפילה היהודיים. הפער הרעיוני העמיק לאחר פרסום הספר הלבן של פאספילד והמאבק בקונגרס הציוני ה-17 בו יצאו הרוויזיוניסטים נגד מה שראו כאוזלת ידה של ההנגה הציונית. המאבק הרעיוני המחריף קירב את בית"ר להיות תנועת הנוער של התנועה הרוויזיוניסטית. תהום נפערה בין הצדדים לאחר רצח ארלוזורוב. עוד בטרם נערך משפט או הושגו ראיות כלשהן מנהיגי הפועלים החזיקו לגבי הרצח דעה כמעט ודאית כי הרוצחים יצאו מן המחנה הרוויזיוניסטי. מבחינתם היווה הרצח אישור לכך שבית"ר היא תנועת צעירים ימנית פשיסטית הנוקטת צעדי טרור אישי, ועל כן יש להילחם בה. בקרב אנשי בית"ר התגברה עוד יותר הרגשת הרדיפה על אף שהקדישו את מיטב כוחם למען הרעיון הלאומי. עדויות רבות מלמדות כי בית"רים חשו אפליה בבתי הספר או בחיפושיהם אחר מקום עבודה. הרעה במצב חברי התנועה התרחשה כאמור בתקופת "הסזון" אז ננקטו סנקציות שונות ביישוב נגד אנשי בית"ר. בתקופות מסוימות סרטיפיקטים לצורך עלייה לארץ ישראל ניתנו בקושי רב לחברי התנועה. גם מקרי אלימות רבים התרחשו בין הצדדים הנִצים. ניתן ללמוד מכתבים שונים על כך שבית"רים חשו "נבגדים" על לא עוול בכפם, למשל:
עניין זה הביא לליכוד שורות התנועה וכן קירב את בית"ר למימוש המטרות הפוליטיות של המפלגה הרוויזיוניסטית. תחושתם אודות נישולם ממרכזי העשייה, כמו אי ההכרה בפועלם, ליוותה את אנשי התנועה, שנכללו במה שכונה "המשפחה הלוחמת", יוצאי הרוויזיוניסטים והאצ"ל, גם בעשורים הראשונים לקיומה של מדינת ישראל.
לאחר קום המדינה.
תפקוד.
לאחר קום המדינה התחיל סניף ארץ ישראל בפעילות מחודשת. בכינוס העולמי הרביעי שנערך שנה לאחר מכן הביעו פעילי התנועה חשש ממשבר בתנועה לאחר שהוגשמו שני תפקידים ראשיים במשנתה - המאבק להקמתה של המדינה, והחינוך לצבאיות. בית"ר בחרה לפנות אל אפיקי הגשמה חדשים. במשך השנים שחלפו מאז היו אלה בעיקר חיזוק ההתיישבות היהודית בארץ, הפצת חינוך ציוני בישראל ובתפוצות, פעילות קהילתית ופעולות לאור משנת ז'בוטינסקי והתנועה. בית"ר ייחודית מבחינת אידאולוגיה ומורשת אולם פועלת כיום ככל תנועות הנוער האחרות הן בסניפיה בישראל והן בקהילות היהודיות בעולם. בסניפיה השונים מתקיימות פעילויות המיועדות בעיקר לצעירים בגילאי 10–18. הפעילויות מתקיימות בקבוצות הנבדלות בגילאי חניכיה. סגל ההדרכה בסניפים מורכב על פי רוב מצעירים בגילאי 16–18.
בין מעשיה הבולטים של בית"ר בישראל ניתן למנות התיישבות שהתבצעה במסגרת "משקי חירות בית"ר", שירות גרעיני נח"ל מטעם התנועה, קיום גרעיני צעירים בשנת שירות וכן פתיחת סניפי התנועה ביישובים מרוחקים - ובייחוד באזור השומרון. בשנים אשר פעלה תנועת החרות הייתה בית"ר משויכת אל "הברית העולמית של תנועת חרות - הצה"ר", וכפועל יוצא נחשבה לתנועת הנוער של תנועת החרות. קשר ארגוני זה התנתק עם השנים לאחר התמזגותה של תנועת החרות עם הליכוד, וכיום שני הגופים נפרדים לחלוטין. עם זאת בית"ר כתנועה, או חניכיה, מביעים עמדות בנושאים שעל סדר היום הציבורי, ובין היתר נכללות בכך מחלוקות פוליטיות. כך למשל היה בהפגנות הסוערות נגד הסכם השילומים. ובדומה, בתקופה בה עוצבו הסכמי אוסלו פעלו בוגרי התנועה נגד המהלכים הקשורים בהם וכן היה הדבר גם בזמן תוכנית ההתנתקות.
מבנה.
כיום בית"ר היא תנועת נוער וצעירים עולמית. בראש התנועה עומד יגאל ברנד המתפקד כמנכ"ל ההנהגה העולמית. על פי מבנה התנועה, ההנהגה העולמית אשר מקום מושבה בירושלים, היא המוסד התנועתי העליון, ותפקידה ניהול כללי של התנועה וקיום קשר עם סניפי התנועה בארצות השונות. בכל מדינה שבה פועלת התנועה מצויה גם "הנהגה ארצית", וכך גם בישראל, בהנהגתו של אלירן גפסו. תחת ההנהגה הארצית נמצאות הנהגות אזוריות או מחוזיות המכילות את סניפי התנועה, שבישראל מכנים כל אחד מהם בשם "מעו"ז", ראשי תיבות ל"מעון זאב". בראש כל אחד מהם עומד "מפקד מעו"ז", ותחתיו קיימת היררכיית תפקידים כמקובל בתנועות נוער. קיימת גם "חטיבת בוגרי בית"ר" בהנהגתו של זאב בן יוסף, השומרת על קשר בין בוגרי התנועה. בתנועה קיים גם תפקיד סמלי, "שופט בית"ר". בעבר היה בעל התפקיד השופט התנועתי.
מועצת הבוגרים התנועתית.
בשנת 2014 קמה מחדש מועצת הבוגרים התנועתית. מועצת הבוגרים, שהייתה בימים עברו נדבך מרכזי בהווי התנועה, היא מעין ההנהגה של המדריכים והחניכים בתנועה. תפקידה של מועצת הבוגרים הוא להיות הגורם המאחד, המארגן והמייחד של בוגרי התנועה ולהוות כעזר משמעותי לצד ההנהגה הארצית. המועצה אחראית ליזום פרויקטים תנועתיים, לייעץ להנהגה הארצית, לאחד את השכבה הבוגרת ולקחת חלק פעיל בארגון כל המפעלים התנועתיים.
סמלים ומנהגים.