השלטון העות'מאני באזור נחשב לקשוח. אחת ההתנגדויות הראשונות לשלטון העות'מאני הייתה ב-1689 כאשר פרץ מרד קארפוש. מספר תנועות שמטרתן הייתה עצמאות למקדוניה החלו לקום בשלהי המאה ה-19, כאשר המפורסמת שבהן הייתה הארגון המהפכני המקדוני הפנימי (IMRO). לארגון לא הייתה זהות אתנית כלשהי, והוא היה פתוח רשמית "לכל אחד שחש את עצמו כמקדוני", אולם, רוב חבריו היו דוברי סלאבית/בולגרית. ב-1903 ארגן IMRO את המרד האילינדני-פראובראז'ני נגד העות'מאנים, שלאחר ההצלחות הראשונות כולל הקמתה של רפובליקת קרושבו, רוסק במחיר דמים גבוה. המרד ויצירתה של רפובליקת קרושבו נחשבים כאבן הפינה להקמתה של הרפובליקה של מקדוניה.
בעקבות המלחמות הבלקניות מ-1912 ו-1913 והתפוררותה של האימפריה העות'מאנית, האזור המורחב של מקדוניה חולק בין יוון, בולגריה וסרביה. הטריטוריה של רפובליקת מקדוניה של ימינו נקראה "סרביה הדרומית". לאחר מלחמת העולם הראשונה, סרביה הפכה לחלק מממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים. ב-1929 נקראה הממלכה מחדש בשם האימפריה היוגוסלבית וחולקה למחוזות שנקראו Banovinas. האזור שכונה "סרביה הדרומית" (החלק הצפון מערבי של מקדוניה הנקרא גם וארדאר מקדוניה), כולל כל השטח של מקדוניה של ימינו, נודע בשם מחוז וראדאר של הממלכה היוגוסלבית.
ב-1941 יוגוסלביה נכבשה על ידי מדינות הציר ומחוז וארדאר חולק בין בולגריה ואלבניה (שהייתה תחת כיבוש איטלקי). מגויסים מקומיים ומתנדבים יצרו את הארמייה הבולגרית ה-5, שבסיסה היה בסקופיה, והייתה אחראית לאיסוף והגירוש של 7,000 יהודים מסקופיה וביטולה. השלטון הנוקשה עודד מספר מקדונים לתמוך במחתרת הקומוניסטית הפרטיזנית של יוסיפ ברוז טיטו. לאחר סוף מלחמת העולם השנייה, כאשר טיטו התמנה לנשיא יוגוסלביה, נוסדה "הרפובליקה העממית של יוגוסלביה". "הרפובליקה העממית של מקדוניה" הפכה לאחת משש הרפובליקות בפדרציה היוגוסלבית. בעקבות שינוי שם הפדרציה ל"רפובליקה הסוציאליסטית הפדרלית של יוגוסלביה" ב-1963, שונה שמה של הרפובליקה העממית של מקדוניה בהתאם, ומאותו רגע היא נקראת הרפובליקה הסוציאליסטית של מקדוניה. המילה "סוציאליסטית" הושמטה משמה ב-1991 כאשר היא נפרדה ללא מלחמה מיוגוסלביה.
המדינה מציינת באופן רשמי את ה-8 בספטמבר כיום העצמאות שלה, כאשר מציינים גם את משאל העם שתמך בעצמאות מיוגוסלביה, אף על פי שהוא התיר השתתפות עתידית באיחוד עם מדינות לשעבר של יוגוסלביה. חג רשמי נוסף הוא היום של תחילת המרד האילינדני-פראובראז'ני ב-2 באוגוסט.
הרפובליקה של מקדוניה לא הייתה מעורבת במלחמות היוגוסלביות של ראשית שנות ה-90. הוסכם על מספר שינויים קלים בגבולותיה עם יוגוסלביה על מנת לפתור כמה בעיות שהתעוררו בסימון הגבולות. אולם, יציבותה עורערה במידה רבה במהלך מלחמת קוסובו ב-1999, כאשר 360,000 (מספר משוער) פליטים אלבניים (אתניים) מקוסובו מצאו מקלט במדינה. אף על פי שהם עזבו זמן קצר לאחר המלחמה, זמן לא רב לאחר מכן, רדיקלים אלבניים משני צידי הגבול דרשו לתת אוטונומיה או עצמאות לאזורים ברפובליקה המאוכלסים באלבניים.
בין מרץ ליוני 2001 פרץ עימות קצר בין הממשלה ומורדים אלבניים אשר התרחש ברובו בצפון ובמערב המדינה. מלחמה זו הסתיימה עם התערבותו של כוח שמירת הפסקת אש מטעם נאט"ו. בהסכם אוחריד, הממשלה הסכימה לתת כוח פוליטי גדול יותר והכרה תרבותית למיעוט האלבני. הצד האלבני וויתר על דרישותיו להיפרדות טריטוריאלית והכיר באופן מלא בכל המוסדות המקדוניים. בנוסף, לפי הסכם זה, המורדים יתפרקו מנשקם וימסרו אותו לכוחות נאט"ו.
ב-2005, המדינה קיבלה מעמד רשמי של מועמדת להצטרפות לאיחוד האירופי, בשם "הרפובליקה היוגוסלבית לשעבר של מקדוניה". הצטרפותה של מדינה חדשה לאיחוד האירופאי מותנית בהסכמת כל החברות הנוכחיות. כל עוד לא הסכימו יוון והרפובליקה היוגוסלבית לשעבר של מקדוניה על שם מוסכם - התנגדה יוון לצירוף. עתה, משהושג הסכם בין שתי המדינות, נפתחה הדרך לצירוף מקדוניה הצפונית לאיחוד האירופאי. בהמשך התנגדה בולגריה לצירוף בטענה שהעם המקדוני, ההיסטוריה שלו ושפתו אינם אלא חלק מהתרבות הבולגרית ועל מקדוניה הצפונית להכיר בכך. לאחר כמה שנים, הצדדים הסכימו על פשרה.
פוליטיקה.
מקדוניה חברה באו"ם, במועצת אירופה, בארגון המדינות הדוברות צרפתית, בארגון הסחר העולמי ובארגון לביטחון ולשיתוף פעולה באירופה. מקדוניה מועמדת להצטרף לאיחוד האירופי מאז דצמבר 2005 ומאז 2019 היא גם חברה בברית נאט"ו.
הרפובליקה של מקדוניה היא דמוקרטיה פרלמנטרית עם ממשלה ביצועית המורכבת מקואליציה של מפלגות החברות בבית הנבחרים ורשות שופטת עצמאית עם בית משפט לחוקה. באספת בית הנבחרים של מקדוניה הצפונית יש 120 מושבים וחבריה נבחרים אחת לארבע שנים.
תפקידו של נשיא הרפובליקה הוא בעיקר טקסי, כאשר הכוח האמיתי נתון בידיו של ראש הממשלה. הנשיא הוא המפקד העליון של הכוחות המזוינים של מקדוניה והוא גם נשיא מועצת הביטחון של המדינה. נשיא הרפובליקה נבחר אחת לחמש שנים והוא או היא יכולים להיבחר פעמיים לכל היותר (מצב דומה לזה שבארצות הברית). הנשיא הנוכחי, שנכנס לתפקידו ב-2019, הוא סטבו פנדרובסקי.
עם העברת החוק החדש והבחירות שהיו ב-2005, התפקידים המקומיים של הממשלה התחלקו בין 78 עיריות. עיר הבירה, סקופיה, נשלטת כקבוצה של עשר עיריות שמתייחסים אליהן ביחד כאל "העיר של סקופיה". עירייה ברפובליקה של מקדוניה היא יחידה של ממשל עצמי. עיריות שכנות רשאיות ליצור קשרי מסחר ושיתוף.
הכוח השיפוטי נמצא בידי בתי המשפט, כאשר בראש המערכת נמצא בית המשפט העליון, בית המשפט לחוקה ובית המשפט של הרפובליקה. אספת הנבחרים ממנה את השופטים.
הנטייה הפוליטית העיקרית של המדינה היא בין המפלגות הפוליטיות הנשענות על הרוב האתני המקדוני לבין המפלגות המתבססות על המיעוט האלבני. הנושא של איזון הכוח בין שתי הקהילות גרם למלחמה קצרה ב-2001, שלאחריה הושג הסכם על חלוקת הכוח. באוגוסט 2004, הפרלמנט של הרפובליקה העביר חוק ששינה את הגבולות הפנימיים במדינה ונתן יותר אוטונומיה לאלבנים באזורים שבהם הם מהווים את רוב האוכלוסייה.
לאחר קמפיין קדם-בחירות בעייתי, המדינה עברה חילופי ממשלה דמוקרטיים בבחירות שהיו ב-5 ביולי 2006. תוצאת הבחירות הייתה ניצחון מכריע של מפלגת המרכז-ימין VMRO-DPMNE שבראשה עמד ניקולה גרואבסקי.
החלטתו של גרואבסקי לכלול את המפלגה הדמוקרטית של האלבנים בממשלה החדשה, במקום את השיתוף של מפלגת האיחוד הדמוקרטי לאינטגרציה עם המפלגה לשגשוג דמוקרטי, שזכו ברוב הקולות האלבניים, הציתה מחאות נרחבות בחלקים במדינה שבהם יש ריכוזים גדולים של אוכלוסייה אלבנית. השיתוף בין שתי המפלגות הללו התפרק ב-2008, ומפלגת האיחוד הדמוקרטי לאינטגרציה נכנסה לקואליציה עם מפלגת השלטון VMRO-DMPNE במאמץ לפתור את המחלוקות בין שתי המפלגות ולתמוך בשאיפות של המדינה בנוגע להצטרפות לאיחוד האירופי ולנאט"ו.
צבא.
הצבא של הרפובליקה של צפון מקדוניה הוא כוח ההגנה של מקדוניה הצפונית המורכב מצבא היבשה וחיל האוויר; היא אחראית על הגנת הריבונות הטריטוריאלית של צפון מקדוניה. ברשותו כוח אדם של כ-12,000 איש, כששני זרועות הצבא העיקריות בסדר גודל של חטיבה (מקבילו באוויר). במרץ 2020, הפכה מקדוניה הצפונית לחברה מלאה בנאט"ו.
כלכלה.
השטח המיוער תופס יותר משליש משטח המדינה, כרבע משטח המדינה משמש למרעה וכ-16% ממנו מעובד. הגידולים העיקריים הם חיטה, תירס, כותנה וטבק. במדינה עדר של כ-300,000 ראשי בקר ו-2.2 מיליון כבשים (1992). התעשייה קטנה, אבל קיימת כרייה של מחצבים, בעיקר פחם חום, עופרת, ברזל, נחושת וגופרית.
הרפובליקה של מקדוניה נחשבת למדינה עם תעשייה מפותחת למחצה, בעלת צמיחה מתמשכת בייצור התעשייתי. תהליך השינוי בכלכלה החל ב-1995 כאשר הממשלה חתמה על הסדרים עם קרן המטבע הבינלאומית ועם הבנק העולמי. כלכלת המדינה פתוחה ומשתלבת בתוך המסחר הבינלאומי, עם יחס מסחר-תוצר מקומי גולמי כולל של 79.5%. המגזרים החשובים ביותר הם חקלאות ותעשייה. מגזר השירותים גדל גם כן במהלך השנים האחרונות. לכוח העבודה יש חינוך תחרותי וכישורים, אולם חסרות לו עבודות מתאימות, מה שגורם לבריחת מוחות. המדיניות הכלכלית של המדינה היא למשוך משקיעים זרים ולהגדיל את אחוז התעסוקה. אחד המאפיינים הבולטים של כלכלת המדינה הוא המדיניות הפיסקלית ששמרה על יציבות הדינר המקדוני למשך תקופה ארוכה. המדינה עושה מאמצים לפתח מגזר יזמות בגודל בינוני.
במבט לאחור, מקדוניה, ביחד עם מונטנגרו, בוסניה והרצגובינה וקוסובו, השתייכה לאזורים הפחות מפותחים ביוגוסלביה לשעבר. היא סבלה מקשיים כלכליים חמורים לאחר שקיבלה את עצמאותה, כאשר השוק היוגוסלבי הפנימי התמוטט והסובסידיות מבלגרד הפסיקו. בנוסף, היא עמדה בפני אותן בעיות שעמדו בפני מדינות מזרח אירופיות סוציאליסטיות לשעבר במהלך המעבר לכלכלת שוק. נתיב מסילת הרכבת העיקרי שלה, דרך סרביה, נשאר בלתי אמין ועלויות המעבר דרכו הן גבוהות, ולפיכך משפיע על היצוא הרווחי לשעבר של שוק הירקות שלה אל גרמניה.