בשנת 1985 היה חוקר בדרגת מפקח ביחידה המרכזית של מחוז תל אביב. במהלך 1986 קודם לדרגת פקד.
פעולות ומבצעים עיקריים עליהם פיקד פנחס במסגרת שירותו במשטרה:
פרשת רצח הילד אורון ירדן.
כבלש (ראש צוות) פנחס היה חלק מכוח המעצר שפעל ללכידת החוטף צבי גור בפרשת רצח אורון ירדן בשנת 1980.
פענוח חטיפת ורצח הילד אורן בהרמי.
פנחס הביא לפיענוח הפרשייה. רוצחי הילד אורן בהרמי, שנחטף ונרצח בשנת 1987, נלכדו לאחר מבצע מורכב. באותה עת, שוהים בלתי חוקיים נהגו ללון בגן הפעמון ביפו. לאחר הרצח הוכנסו שוטרים למקום על מנת ללמוד את אופן פעילותם של השוהים במקום.
בפעילות המשטרתית נחשף כי חלקם נהגו לאנוס ילדי שוהים בלתי חוקיים שהיו מגיעים לישראל למטרות עבודה.
אורן בהרמי היה עולה חדש מאיראן, מה שגרם לשוהים הבלתי חוקיים להניח שמדובר בילד ערבי. על פי החשדות הם אנסו אותו ולאחר שגילו שמדובר בילד יהודי הם רצחו אותו במוט ברזל. פנחס מיפה רשימת חשודים ובמבצע בעזה נעצרו כל השוהים הבלתי חוקיים והובאו למעצרים בישראל. מתוך העצורים אותרו הנאשמים ברצח אורן בהרמי, הורשעו ונידונו למאסר עולם.
"בפיענוח של רצח הילד אורן בהרמי, שלחתי ליפו בלשים שהתחפשו לערבים. הם ישבו שם והתחברו עם החבורות, ואז התגלה שהמקום הוא מוקד לפעילות של הומוסקסואלים. הבלשים אמרו להם: גם אנחנו רוצים, ואז הם אמרו: הם אונסים כאן ילדים".
לכידת הרצל אביטן.
בדצמבר 1981, בהיותו אסיר נמלט, רצח הרצל אביטן את מפקד כלא רמלה דאז, רוני ניצן, בפתח ביתו. בשנת 1988 נמלט אביטן ממאסר בפעם השנייה על ידי גילוף אקדח מזויף מלחם באמצעותו איים על סוהר שלקח כבן ערובה.
אביטן נלכד על ידי פנחס וצוותו מספר ימים לאחר שעבר לדירה ששכרו עבורו בהוד השרון, בעקבות חקירה ומידע שנתקבל במשטרה והוביל לאיתורו.
לכידת "האנס מצפון תל אביב".
יוסף מחאג'נה, תושב אום אל פחם, נלכד לאחר מקרי אונס רבים שביצע באזור בצפון תל אביב: "הייתה לו שיטה ייחודית: הוא היה פורץ לדירות בשעות לילה, ולאחר שהיה גונב רכוש הוא היה בוחן את זהות הדיירים. ברגע שהיה מגלה כי מדובר בדירה של אישה שגרה בגפה, הוא היה שב לאחר כמה ימים לדירה ואונס את בעלת הדירה שאותה היה מפתיע בשנתה (...) 'ניהלנו אחריו מצוד ענק. כל היחידה המרכזית בתל אביב גויסה למבצע', סיפר אתמול רב פקד בדימוס פנחס שוגון, שניהל את המצוד אחר האנס".
פנחס נתן הוראה שכל פריצה לדירה באזור זה בצפון תל אביב תטופל על ידו אישית, אף על פי שלא זה תפקידו בפועל. בעבודה ממושכת של חקירה ופעולה, הקמת צוותי מארבים ועוד, נתפס מחאג'נה במארב: ""היחידה המרכזית אספה אז פרט לפרט ובנתה פאזל לפיו "האנס מצפון תל אביב" פועל רק בימי שישי לפנות בוקר, בקומות קרקע באזור מצומצם מאוד בצפון העיר. כשנלכד התברר שהוא עובד כצבע בתל אביב ובדרך לסוף שבוע בבית באום אל-פחם מבצע את זממו. במשך השבוע, בלילות, חצי משטרת ישראל שכבה על הגגות ובתוך פחי זבל. טכנאי המחלקה לזיהוי פלילי גילו בכל זירות האונס, בעיקר בחול שמתחת לחלון ממנו נכנס האנס, עיקבה של נעל ספורט מסוג "אליס" (פעם הייתה חברה כזאת). המספר היה 42. בסוליית הנעל הימנית היה פגם ייצור"".
לכידת ה"אנס האתלטי".
המשימה ללכידת ה"אנס האתלטי", משה שבתאי, הוטלה במקור על משטרת רמת גן. לאחר לכידת "האנס מצפון תל אביב" נתבקש פנחס לקחת על עצמו את ריכוז החקירה בפרשה זו. לאחר שפנחס וציוותו ניתחו את מאפייני המקרים, עלה כי האנס נהג להתחזות למורה וקבע פגישות בחצר בית ספר אליאנס.
למבצע לכידת האנס גויסו מעל 100 שוטרים; פנחס הגה את הרעיון ללכוד את האנס בסיוע שוטרת סמויה שהתחזתה לתלמידת בית הספר, שוטרי ימ"מ שהתחזו לשחקני כדורסל ששהו במגרש בית הספר ואבטחו את השוטרת הסמויה וכ־100 שוטרים נוספים שמוקמו מחוץ לבית הספר. השוטרת המתינה לאנס בשטח הפגישה המיועד כאשר מוצמד לה מכשיר הקלטה. למרות מוכנותה, הצליח האנס לתפוס אותה ולברוח, ונלכד רק לאחר מרדף משטרתי. משה שבתאי, שהיה אדם נשוי ועסק בספורט באופן מקצועי (היה שחקן קבוצת הכדורסל מכבי תל אביב ונבחרת ישראל) הואשם בכ-18 מעשי אונס.
לכידת "אנס התיאטרון" דניאל כץ.
דני כץ, תושב תל אביב ועובד תיאטרון הבימה, נלכד לאחר שביצע מקרי אונס רבים באזור צפון תל אביב: "בשנות השמונים סערה המדינה לאחר שדני כץ, עד אז תאורן מקצועי ששימש גם התאורן הראשי של תיאטרון הבימה, נעצר בחשד כי היה אחראי לשורה של מעשי אונס ולניסיונות לאונס באזור צפון תל אביב, בשנים 1983–1986. כץ נחשב דמות מוכרת בברנג'ת האמנים (...)"
כץ נהג לעקוב אחר שחקניות מפורסמות צעירות מרגע סיום השתתפותן בהצגה עד להגעתן לבתיהן, שם היה אונס אותן. לאחר עבודה מאומצת וניתוח פסיכולוגי מקיף שביצע צוות החקירה בפיקודו של פנחס, כץ נלכד במהלך ניסיון לביצוע אונס. כץ הורשע בשני מעשי אונס ובשלושה מקרים של ניסיונות לאונס ונשלח ל-18 שנות מאסר, מהן ריצה 15 שנים.
לכידת האנס אדריאן שוורץ.
ב-18 בפברואר 1991 נעצר אדריאן שוורץ בחשד לאונס ילדה בשכונת רחביה בירושלים. אדריאן נלכד במהלך סיור משטרתי בו השתתפה ילדה שנאנסה, אשר זיהתה אותו ברחוב, לא רחוק ממחסן הממוקם תחת מועדון שחמט בו שיחק שוורץ. לאחר לכידת שוורץ בגין אונס הילדה בשכונת "רחביה", צוות החקירה בראשותו של פנחס הצליח להביא להרשעתו של שוורץ בעוד מספר תיקי אונס בעלי מאפיינים דומים לאונס הילדה בשכונת רחביה, בהם, עד אותה עת, זהות האנס הייתה עלומה.
לכידת רוני ליבוביץ', "האופנובנק".
""פנחס הוא ה"אס" ששלפה המשטרה כנגד השודד האופנוען, שהסעיר את דמיונו של הציבור (...). מקרין כוחניות, נונקונפורמיסט אמיתי בתוך המערכת המשטרתית המסורבלת. פנחס לקח יחידה משטרתית ממוצעת והפך אותה למשהו אחר: מתוחכמת, גמישה, מהירת-תגובה. איש קשה (...) תובעני, פרפקציוניסט. הכינוי שהדביקו לו העיתונים: שוגון.""
רוני ליבוביץ' נתפס לאחר שביצע כ-22 מעשי שוד בנק ברחבי הארץ, בעיקר בגוש דן. הוא עורר סקרנות בציבור וזכה לסיקור תקשורתי נרחב. לייבוביץ' נתפס לאחר עבודה מודיעינית ממושכת ותרגילי חקירה שכללו ניתוח מאפיינים פסיכולוגיים של החשוד, איסוף עדויות וניהול ממצאי זירה. הפעולות שהובילו ללכידתו כללו פרסום ידיעה פיקטיבית בעיתונות בדבר לכידתו, בעקבותיו יצא לייבוביץ' לביצוע שוד בנק ונלכד בזירה. הוא הודה בחקירתו בכל מעשי השוד בהם נחשד.
פיצוח ארגון הפשע של כנופיית "רמת עמידר" בראשות יוסי הררי.
כנופיית "רמת עמידר" הוקמה על ידי האחים רוני ויוסי הררי בראשית שנות ה-90: ""האחים הררי היו ידועים כנושים עוצמתיים מאוד, בלשון המעטה, והאלימות הרבה שאפיינה את שיטת הגבייה שלהם הותירה מעט מאוד אנשים שהעזו להתחמק מתשלום חובות"."
בשנים 1984–1985 חברי הכנופיה סחטו באלימות קשה, מכוני עיסוי ברחוב ריינס בתל אביב. בעקבות עבודת מודיעין מאומצת וממושכת בראשותו של פנחס, נצברו מספיק ראיות על מנת להביא למעצרם של חלק מחברי הארגון (כולל יוסי הררי), שנשפטו לשנים ארוכות בכלא.
פיצוח ארגון הפשע של האחים אלפרון.
האחים אלפרון היוו יעד מספר אחד של משטרת ישראל בשנות השמונים. יעקב אלפרון הוגדר על ידי המשטרה כראש ארגון פשיעה, ונחשב למי שהגה את שיטת גביית החובות בכוח בישראל. "רבות נאמר על התנהלות האלפרונים ברחבי העיר הקטנה: לאחר שעבדו כפועלי בניין והתמקצעו במלאכת האיגרוף החלו האחים להיות מעורבים בצד האפל יותר של החוק, בעיקר בתחום הפעלת הפרוצות ששרצו לצד כביש גהה ובעסקי הגבייה. לצד התחזקות בני משפחת אלפרון, השתכללו גם מערכות הגבייה שלהם".
האחים אלפרון נעצרו מספר פעמים בפרשיות קטנות ונשלחו למעצרים קצרים. באמצע שנות השמונים הם הקימו משרד לגביית חובות שנקרא "מאזני צדק" ברמת גן, במסגרתו סחטו האחים אלפרון מאות אנשים במעטה של גבייה חוקית. לאחר עבודה משטרתית ממושכת בפיקודו של פנחס נעצרו מרבית חברי הארגון (כשלושים איש), בהנהגת בני משפחת אלפרון. לאחר משפט מתוקשר, תוך כדי איומים על הפרקליטה שניהלה את התיק, רות דוד, נשלחו חלק מחברי הארגון לתקופות מאסר ממושכות.
פרשיית האיומים על שלמה להט.
במהלך קיץ 1989 רימון רסס הושלך על דלת ביתו של להט ומטעני חומר נפץ הונחו מתחת לרכבו ותחת רכביהם של היועצים המשפטיים של העירייה. פנחס, שהיה אז ראש המחלק לבילוש נושאי, ניהל את החקירה ובסופה קיבל ציון לשבח על פענוח הפרשייה והבאתו לדין של העבריין.
פרשיית האזנות הסתר לעיתונאי מרדכי גילת.
במסגרת הפרשה הזמין אלי צוברי ממפלגת ש"ס, האזנות לגילת מהחוקר הפרטי יעקב אשל. ""חיים פנחס: הבנו שבידינו רק המבצעים ולא השולחים. אשל אמר לנו שהשר דרעי הוא שביקש את ההאזנה (...) בשלב זה של החקירה, כבר שלח רב-פקד חיים פנחס ("שוגון") לאבו כביר חמישה חשודים. הוא טמן מלכודת לחשוד השישי, שעדיין הסתובב חופשי. שוגון שימוש אז ראש מחלק בילוש ביחידה המרכזית בת"א. בעצמו נטל חלק במבצע לכידת המצותתים בגבעתיים"". פנחס פיקד על החקירה והביא לתפיסתם של המעורבים.
הובלת שינוי מדיניות בחקירות נשים.
החל משנות השמונים היה פנחס פעיל בתמיכה וסיוע לארגוני נשים. הוא הוביל שינויים בנוהלי החקירה של נשים קורבנות אונס כדוגמת ליווי של נציגות ארגוני נשים את הקורבנות גם במהלך חקירתן של הקורבנות בחדרי החקירה.