בעוד המנהגים הקודמים היו בעיקר תפילה על המים, עולי ספרד הביאו מנהגים עשירים יותר, והפכו את מירון למקום התעלות רוחנית. שלושת סוגי הביקורים במירון היו: ביקור לשם תפילה בעתות משבר, ותפילה להורדת גשם בסוכות, ביקורי מקובלים וחבורותיהם לצורכי התייחדות ועיון בזהר בשלוש הרגלים (כתחליף לעלייה לירושלים), בהשראת האר"י, וקביעות של לימוד תורה וקבלה לצורך תפילה ותיקון על הגלות. אירועי התייחדות במירון בהקשר קבלי המשיכו, בתאריכים שונים, גם במאות הבאות. המשמעות הרוחנית של העלייה למירון הייתה חלק בלתי נפרד מהתפיסה החדשה, הקבלית, של חיבור לנפש הצדיק המת ולאלוהות, באמצעות מקום קבורתו, לצורך התעלות. קבר הרשב"י היה היעד המרכזי, אך נוספה אליו גם ההשתטחות על קברי הלל, שמאי ורבי יוחנן הסנדלר הסמוכים. בדורות האחרונים נשכח המנהג לעלות למירון למטרות עיון והשגה, ונתייחד הביקור בעיקר לצורך תפילה, שמחה והתעלות רוחנית.
תיעוד נוסף מתקופה זו הוא למשמרות תפילה על קבר רשב"י בראש חודש. במאה ה-16 נבנה מבנה על קבר רשב"י.
מקור משנת 1765 מספר כי "הדליקה ביום פטירתו בל"ג בעומר, הנקרא הילולא דר"ש". אולם מקור משנת 1769 מספר כי למירון היו באים בראש חודש סיוון (מ"ה בעומר): "כל א"י ממש באה למירון ועושים שם עד אסרו חג של שבועות ולומדים שם את כל הזהר הקדוש עד גמירא ומשתעשעים שם מאד, והקערות על שלושת המגדלים דולקות בימים ההם יומם ולילה. וגם בחדר דולקות באותו הזמן מנורות ובקערות על המגדלים נמצאים עד שלשים וארבעים וחמישים פתילים ומדליקים אותם בבת אחת. הימים ההם נקראים הילולא דר' שמעון בר יוחאי. ובכיפה על הרצפה פרושים שטיחי משי לישב עליהם, כי המנהג שם לישב על הארץ. מלבד זה מבקרים שם אנשי צפת בכל ערב ראש חודש ומתפללים ולומדים שם כל היום ובערב הם חוזרים לביתם".
עלייה לקבר הרשב"י בל"ג בעומר בכתבי האר"י.
המקור הראשון לעלייה לקבר הרשב"י כיעד עיקרי ביום ל"ג בעומר, הוא מהמאה ה-16. בספרו של רבי חיים ויטאל, תלמיד האר"י, ניתן דיווח על ישיבה של שלושה ימים של האר"י ואנשי ביתו בל"ג בעומר, וכן על גילוח שערות בנו, כמנהג שכבר היה נהוג עוד קודם לכן על ידי רבים:
עלייה זו נחשבת על ידי רבים למקורה של הילולת בר יוחאי.
מנהגי ההילולה השונים, לרבות מועדה, נהגו בעיקר על ידי המוסתערבים, ועד המאה ה-17 עוד היו המקובלים מקיימים את פולחן הרשב"י במועדים אחרים. על פי יערי, עולי ספרד אימצו מנהג מקומי שנוי במחלוקת, ובמאבק התחרותי שהתפתח ידם הייתה על העליונה.
הקשר בין ל"ג בעומר לרשב"י.
אצל תלמידי האר"י מופיעה לראשונה מסורת המציינת את ל"ג בעומר כיום פטירתו של רשב"י. לפי החיד"א, מסורת זו מקורה בשיבוש בכתבי תלמידו של האר"י, רבי חיים ויטאל: המילה יום "שמחת" רשב"י, הוחלפה בטעות ליום "שמת".
המסורת קבעה, כאמור, את יום ההילולה כיום פטירתו של הרשב"י, שבו, לפי ספר הזוהר, גילה לתלמידיו את סודות ה"קבלה" טרם הסתלקותו. לשמחת ההילולה הצטרפה הדלקת המדורה כזכר לאש שאפפה, על פי המסורת, את ביתו של רשב"י ביום פטירתו. במאה ה-16 ידוע גם על ייחוס ל"ג בעומר לתאריך הסמכתו של הרשב"י על ידי רבי עקיבא.
מסורת אחרת מייחסת את ל"ג בעומר לתאריך חתונתו של הרשב"י (למעשה, מקור המילה "הילולה" הוא במילה הארמית ל"כלולות"). בתחילת המאה ה-19, יוחסה לתאריך זה גם הולדתו של הרשב"י.
מעבר אפשרי בין פסח שני לל"ג בעומר.
בתקופה זו עבר תאריך העלייה לרגל למירון מפסח שני (י"ד באייר) לל"ג בעומר (י"ח אייר), החל כעבור 4 ימים. ל"ג בעומר נקשר עוד בתקופה מוקדמת יותר עם הפסקת מנהגי האבלות של ימי ספירת העומר. חלק מההשערות לגבי מקורו של מועד זה שימשו להצעת קשרים נוספים בינו ובין הילולת רשב"י. אחת מהן גורסת שדמותו של הרשב"י היוותה תחליף מיתי לדמותו של יהושע בן נון, שהר מירון יוחס גם לו, ותאריך פטירתו מיוחס לל"ג בעומר (תאריך צום יהושע שנהג בארץ ישראל לזכר מותו). בנוסף לזהות התאריך, קיימת עדות מהמאה ה-14 המזהה את קברו של יהושע בהר מירון - לימים מוקד העלייה לרגל בל"ג בעומר. הר מירון זוהה באותה תקופה כמי מרום, אתר הלחימה של יהושע במלכי צפון ארץ כנען. בנוסף, ייתכן שחצור, אותה החריב יהושע, זוהתה עם מירון והייתה בעלת משמעות סמלית רבה. לשילוב בין השניים ניתן להוסיף את מותו של יהושע, המוזכר בהקשרים של רעידת אדמה, בדומה לתכונת הרעדת האדמה של הרשב"י. השערה אחרת גורסת שההילולות שהחלו בפסח שני נמשכו שלושה ימים, עד ערב ל"ג בעומר, שבהמשך האירוע המרכזי עבר אליו. השערה זו מתבססת גם על מנהג תוניסיה בה נהוג גם בעידן המודרני לערוך סעודה לרבי מאיר בעל הנס או לרשב"י בפסח שני, דבר העשוי להעיד על התאריך המקורי של הילולת הרשב"י.
העתקת מנהגי העלייה לקבר שמואל הנביא.
מנהגי ההילולה הידועים היום התפתחו במאה ה-16. ייתכן כי מנהגים אלו הובאו מירושלים, שם הייתה נהוגה הילולת שמואל הנביא שבקבר שמואל הנביא. אין עדויות מימי הביניים על עלייה לקבר שמואל הנביא, אך ידוע כי קדושת ההר שליד ירושלים ("רמה", "מצפה" או "נבי סמויל") כמקום קבורת שמואל הנביא החלה בתקופה הצלבנים. יש עדות מהמאה ה-12 לשבועה נהוגה בלשון "באדוננו שמואל הנביא". הדיווח המוקדם ביותר על עלייה לקבר שמואל הנביא הוא מהמאה ה-15. העלייה הייתה בכ"ח באייר, יום פטירתו של שמואל, ועד חג השבועות. בדיווחים מתוארות הגעה מרחבי המזרח התיכון להשתחוות על הקבר, הדלקת מדורות, נרות והבערת שמן, תפילה, בכי, לימוד מספר שמואל ומהזהר, סעודה, שתייה ושירה, גילוח ראשי ילדים, הבאת ספר תורה מירושלים, גיוס תרומות, והילולה שנמשכת מספר ימים. רעיון ההדלקה לציון פטירתו של צדיק, וכן של שריפת שמן וחפצי ערך, מקורה ככל הנראה במנהג קדום של שריפת גופות מלכים וחפציהם שהיה נהוג עוד בתקופת התלמוד.
במאה ה-16 נאסר על היהודים לקיים את פולחן שמואל הנביא. ככל הנראה, הועבר הפולחן למירון בי"ח באייר, שהיה יום בעל משמעות, כאמור. משם מנהגי ההילולה, וכן הייחוס של פטירת הקדוש ליום. החל מהמאה ה-16 כבר לא קיימות עדויות על מנהגי מים.
חיזוק לכך ניתן למצוא בשיבושים שונים לאורך הדורות, שהפכו את אחד הדיווחים על ההילולה בירושלים לדיווח על הילולת הרשב"י בל"ג בעומר. מדובר במקור שנוטים לראות בו באופן שגוי כמקור קדום יותר לקיומה של הילולה בקבר רשב"י, והוא מכתב מהמאה ה-15 ששלח רבי עובדיה מברטנורה. במכתב הוא מספר לכאורה על ההילולה, אך למעשה מדובר בשיבוש שהוכנס במכתב מסוף המאה ה-19. במכתב כלל לא הוזכר התאריך ל"ג בעומר וקברו של רשב"י, אלא קברו של שמואל הנביא.
הציטוט המשובש הוא:
אך הנוסח המקורי הוא:
עיצוב ההילולה בצורתה הנוכחית.
המונח "הילולא דרבי שמעון" הוזכר לראשונה במאה ה-17, אז גם תועדה הזיארה ההמונית לראשונה בהקשר זה. במאה ה-18 כבר יש עדות לחיבור בין מנהגי האבלות לזכר תלמידי רבי עקיבא וסיומם בל"ג בעומר, לבין רשב"י. ההילולה היוותה השראה לקיום מנהגים שונים בל"ג בעומר, הקשורים באש, בקריאה בזהר, בדמותו של הרשב"י ובעלייה לקברי צדיקים אחרים.
בתקופת המנדט.
עם השיפור באמצעי התחבורה, הלך וגדל מספר המשתתפים בהילולה השנתית, כאשר העיר חיפה שימשה לרבים תחנת מעבר בדרך למירון, דרך שנמשכה מעל יום. ההילולה התקיימה מדי שנה, למעט במלחמת העצמאות בשנת 1948, אז נשלט הכפר הערבי ששכן במירון בידי צבא ההצלה של קאוקג'י. על פי מקורות אחדים, חדרה לכפר בליל ל"ג בעומר כיתת חבלה מצפת, שפוצצה בית מרכזי בכפר כתחליף להילולה, אך לסיפור זה אין ראיות מהמקורות ההיסטוריים.
במדינת ישראל.
החל מ־1949 מתקיימת ברציפות ההילולה השנתית של ל"ג בעומר במירון, למעט בשנת 1967 שבו קוים האירוע באופן מצומצם ביותר, בעקבות ההאפלה ששררה בארץ בתקופת ההמתנה ערב מלחמת ששת הימים. בשנים הראשונות נעשה ויסות במספר העולים בשל המצב הרעוע של המבנים במירון, אך כעבור מספר שנים הוסרה ההגבלה. עם זאת, מספר העולים הרב לא התאים לתנאים במקום, ובאי ההילולה סבלו מבעיות סניטציה ניכרות. לצד ההילולה התקיימו במקום תופעות שונות כדוגמת דוכני מסחר, שחיטה בלתי מפוקחת של בעלי חיים, ובמידה מצומצמת גם פשע, כייסות, הימורים וזנות. מספר ימים קודם להילולה הוקמו בסמוך למתחם אוהלים, שנועדו למגורי חלק מעולי ההילולה. במשך השנים הושקעו במתחם כספים רבים של מדינת ישראל לצורך הסדרת המתחם, הדרכים המובילות אליו וההילולה, וכיום נעלמו כמעט לגמרי נוהגי השחיטה השחורה, ההימורים והזנות. לצד מירון נסלל חניון ענק, המיועד לשימוש אך ורק בהילולה, לצד חניונים מיוחדים נוספים באזורים רחוקים יותר.
בראשית המאה ה־21 הוכשרו מתחמי הדלקה וריקודים נוספים בסמוך למתחם הקבר, ונוספו הדלקות נוספות הנעשות על ידי רבנים ואדמו"רים שונים במהלך ליל ויום ל"ג בעומר, שחלקם באים יחד עם קבוצת חסידים גדולה.