בין המנהיגים הראשונים והחשובים היה אריס ולוחיוטיס (Άρης Βελουχιώτης) הידוע בכינויו המחתרתי אתנסיוס קלאראס (Αθανάσιος Κλάρας). קבוצות אלו החלו לצבור כוח צבאי וארגוני, ועד לשחרור השיגו שליטה באזורים נרחבים משטחה של יוון, במיוחד בהרים. במקביל, לצד הבריטים בצפון אפריקה לחמו חיילים יוונים וספינות של הצי היווני שהצליחו להימלט.
בפרוץ מלחמת העולם השנייה ומאז 1936, הוכרזה מפלגת KKE ארגון שמחוץ לחוק, ככזה, היה ל-KKE ניסיון פעולה תחת משטרים מדכאים והיה ממושמע וחשאי. במהלך הכיבוש הגרמני הצליחו מנהיגים קומוניסטיים רבים להימלט מבתי הכלא וירדו מייד למחתרת כדי לסייע לארגן מחדש את מפלגתם והקימו ארגונים תומכים כמו האיגוד המקצועי EEAM שנאבק בניסיונות לשלוח עובדים לגרמניה. קבוצת המחתרת הגדולה ביותר הייתה EAM (חזית השחרור הלאומית), שנוסדה ב - 27 בספטמבר 1941. הייתה לכאורה קואליציה של שש מפלגות פוליטיות מהשמאל ונשלטה הלכה למעשה על ידי KKE (המפלגה הקומוניסטית). ב-10 באפריל 1942 הקים ה- EAM את הזרוע הצבאית ELAS (ההתנגדות והשחרור הלאומיים העממיים היוונים), אשר הורכב מלוחמים מקבוצות גרילה ופעל תחילה ברומליה, תסליה ומקדוניה וזכה לתמיכה של פטריוטים רבים לא קומוניסטים.
בתחילת 1942 הקים הגנרל נפוליאון זרווס (Ναπολέων Ζέρβας) את EDES TBֻNational Republican Greek League- הצבא הלאומי הדמוקרטי היווני (Εθνικός Δημοκρατικός Ελληνικός Σύνδεσμος) שהיה תנועת ההתנגדות של חוגי הימין והמלוכנים, הורכב מחיילים וקצינים יוצאי הצבא היווני, ופעל בעיקר באזור אפירוס והזרוע הצבאי שלו EOEA (Εθνικαί Ομάδες Ελλήνων Ανταρτών), מטרות EDES היו המאבק נגד הכובשים של יוון, ביטול המלוכה היוונית והקמת רפובליקה על עקרונות חברתיים דמוקרטיים, במהלך המאבק שולבו בו לא רק רפובליקאים, אלא גם מלוכנים, שראו ב- EDES כחלופה היחידה המקובלת לEAM. בנוסף, פעלו EKKA - השחרור הלאומי והחברתי (Εθνική και Κοινωνική Απελευθέρωσις) שפעל בעיקר בחלק המזרחי של מרכז יוון בהנהגת אלוף-משנה דמטריוס פסרוס , YVE- כוחות ההגנה של צפון יוון ( Υπερασπισταί Βορείου Ελλάδος), בתסליה AAA של סטפנוס סרפיס (Στέφανος Σαράφης).
כוחות הקומוניסטים מנו קרוב ל-100,000 איש (מתוכם כ-50,000 לוחמים), EKKA ו- EDES מנו כ-10,000 איש כל אחד.
בשנת 1943, כדי להילחם בהשפעתה הגוברת של EAM, ומתוך חשש מהשתלטות השמאל על יוון לאחר התבוסה הגרמנית, יואניס ראליס (Ιωάννης Δ. Ράλλης), ראש ממשלת הבובות, אישר את הקמתם של כוחות צבאיים למחצה, המכונים גדודי האבטחה (Τάγματα Ασφαλείας). גדודי האבטחה מנו 20,000 בשיאם בשנת 1944, הורכבו בעיקר מפשיסטים מקומיים, אסירים, אסירי מלחמה ומגויסים בכפייה, ופעלו תחת פיקוד גרמני בפעולות נגד הפרטיזנים. עד מהרה הם נודעו לשמצה בשל אכזריות קיצונית.
בהתחלה סיפקו מדינות המערב כסף וציוד לארגוני ההתנגדות תוך העדפת ELAS, בו ראו שותף אמין וכוח לחימה חזק בעל יכולת עדיפה להקשות על שלטון הכיבוש. ככל שהתקדם המאבק, וסיומה של המלחמה התקרב, עלתה שאלת עתידה הפוליטי של המדינה. משרד החוץ הבריטי, שחשש מהתגברות קומוניסטית אפשרית, חשש מהפיכתו של ELAS לצבא קונבנציונלי חזק שאינו בשליטת בעלות הברית. לפיכך עזרו הבריטים בעיקר לכוחות הלא-קומוניסטים של ה-EDES.
ב-29 בספטמבר 1942, בריגדיר אדמונד מאיירס, מהנדס חבלה יהודי מלונדון, הוצנח עם 12 אנשי קומנדו בריטים, בהם ארץ-ישראלי אחד ממוצא יווני, כדי לשבש את נתיבי האספקה הגרמנים דרך יוון לצפון אפריקה. הבריגדיר מאיירס יצר בתחילה קשר עם ELAS, וביקש עזרתם להרוס את מטרתו שהיא גשר רכבת על נהר גורגופותמוס (). ELAS לא שיתפו פעולה או שלא הצליח להשיגם. לכן הוא פנה ל- EDES ואלו הסכימו, כששמעו זאת ה-ELAS הם החליטו לא לאפשר ל-EDES להיות היחידים העוזרים לבריטים וכך, ב-25 בנובמבר 1942, שיתפו הבריטים, ה- ELAS וה- EDES פעולה במבצע הרלינג, פוצצו את הגשר, והצליחו לשבש את תנועת הרכבות למשך שישה שבועות.
ביולי 1943 נחתם הסכם הקבוצות הלאומי (Σύμφωνο των Εθνικών Ομάδων) בין הכוחות הבריטים לשלוש קבוצות ההתנגדות הגדולות (EAM-ELAS, EDES, EKKA), במטרה לתאם את הפעולות של תנועת ההתנגדות ביוון, כולל הקמת מטה משותף, בחסות מפקדת המזרח התיכון הבריטית. המטה המשותף, שבו ELAS היה הרוב, לא הצליח לתאם את התנועות של לוחמי הגרילה, ולאחר הסכם שביתת הנשק עם איטליה ב-8 ספטמבר 1943, כל ארגון ניסה להשיג כמה שהוא יכול מהשלל שהותיר צבא הכיבוש האיטלקי. ELAS תפס את רוב השלל, והשתלט על אלפי כלי נשק בעיקר אלו של דוויזיית פינרולו (Pinerolo) שהייתה מוצבת בלאריס וברכס הרי הפינדוס.
מסתיו 1943 עד אביב 1944, מחלוקות בתוך ה-EAM ומול קבוצות התנגדות אחרות, הובילו לסדרה של התנגשויות אלימות. החל ב-12 באוקטובר 1943, חיכוך בין EAM-ELAS וקבוצות ההתנגדות האחרות הביא לעימותים מקומיים, EAM-ELAS האשימו את EDES שהם בוגדים ומשתפי פעולה וכך גם האשימו EDES את EAM-ELAS. קבוצות קטנות יותר, כגון EKKA, המשיכו במאבק נגד הכיבוש בחבלה ופעולות אחרות. הם סירבו להצטרף לשורות ELAS, והקומוניסטים, בהנהגתו המדינית של גאורגיוס סיאנטוס (Γιώργης Σιάντος) ששאפו לסלק את כל הקבוצות שעלולות להוות להם איום התנכלו לאותן קבוצות. הקומוניסטים הצליחו לפזר לחלוטין גופי התנגדות קטנים כמו PAO (Panhellenic Liberation Organization).
הגרמנים פתחו במתקפה נגד כוחות הגרילה, מתקפה שלוותה במעשי נקם באוכלוסייה ובהוצאה להורג של אזרחים שנחשדו בסיוע למחתרות. מתקפה זו גרמה לכוחות ההתנגדות להפסיק את המריבות הפנימיות ולשתף פעולה נגד הגרמנים. כאשר המתקפה הגרמנית נחלשה מעט, הגנרל נפוליאון זרווס (Ναπολέων Ζέρβας) שלח את כוחות EDES למתקפה נגד ELAS מתוך תקווה שיצליח להשתלט חזרה על שטחים שנלקחו ממנו. המשלחת הצבאית של בעלות הברית הייתה מודאגת ממעשי איבה הדדיים אלו שהזיקו למלחמה נגד הגרמנים, וב-4 בפברואר 1944 כפתה על הצדדים הפסקת אש בהסכם שנקרא הסכם פלאקה (Plaka Agreement) שנחתם על גשר פלאקה על נהר ארקטוס (Arachtos river) במחוז אפירוס. רוב החוקרים רואים הסכם זה כנקודת הסיום של השלב הראשון בסכסוך הפנימי.
במרץ 1944 הקימו כוחות השמאל היווניים גוף בשם הוועדה הפוליטית לשחרור לאומי (Πολιτική Επιτροπή Εθνικής Απελευθέρωσης) הידועה בראשי התיבות PEEA כממשלה יוונית שלישית בנוסף על ממשלת הבובות שבאתונה והממשלה הגולה בלונדון. PEEA כלל קומוניסטים ופרוגרסיביים שאינם קומוניסטים. הממשלה כונתה "ממשלת מאונטיין" (ממשלת ההרים) (κυβέρνηση του βουνού) ובזכות גישתה המתונה זכתה לאהדת יוונים רבים ביוון ומחוץ לה.
באפריל 1944, הכוחות המזוינים היוונים במצרים תבעו הקמת ממשלת אחדות לאומית המבוססת על עקרונות PEEA, אשר תחליף את הממשלה הגולה שהייתה חסרת השפעה, ולא קיימה קשר פוליטי עם המולדת הכבושה. תביעה זו גרמה לכעס מצדם של הבריטים והאמריקאים והתנועה דוכאה על ידי כוחות בריטיים וחיילים יווניים הנאמנים לממשלה הגולה. כ-5,000 חיילים וקצינים יווניים נשלחו למחנות מעצר ובמקביל, העזרה הכלכלית מבעלות הברית לחזית השחרור הלאומי נעצרה כמעט לחלוטין.
ב-10 באפריל 1944 המלך הגיע לקהיר וב-13 לחודש מינה את סופוקליס וניזלוס (Σοφοκλής Βενιζέλος) כראש ממשלה. משימתו הראשונה של וניזלוס הייתה להחזיר לעצמו שליטה על הכוחות המזוינים, הוא התקשה בכך וביקש מהבריטים להתערב ולהשתמש בכוחותיהם כדי לנטרל את המורדים. ב-23 באפריל המשימה כמעט הושלמה ונערך ארגון מחודש בצבא על מנת לוודא שהצבא יישאר נאמן לממשלה.
החיכוכים נמשכו עד לאביב 1944, כאשר במאי 1944 נציגים מכל המפלגות וקבוצות ההתנגדות התכנסו בלבנון בתיווך הבריטים ובהנהגתו של גאורגיוס פפנדראו (Γεώργιος Παπανδρέου). למרות חילוקי דעות והאשמות הדדיות מצד EAM-ELAS וקבוצות התנגדות אחרות, הכנס הסתיים ב"הסכם לבנון" (Lebanon Charter) שנחתם ב-20 במאי 1944 ובהסכמה על הקמת ממשלת אחדות לאומית בגולה בת 24 שרים בראשות פפנדריאו, 6 מתוך השרים היו מזוהים עם EAM. ההסכם התאפשר הודות להוראה סובייטית ל-KKE למנוע פגיעה באחדות של בעלות הברית, אך ההסכם לא פתר את הבעיה של פירוק הנשק של ארגוני התנגדות ולא ענה על רצונות אנשי השמאל לתפקידי שרים משמעותיים בממשלה. המאבקים לא נפסקו וכוחות השמאל הואשמו ב"טבח מליגלס", בו, במהלך קרב בן כוחות ההתנגדות והכוחות משתפי הפעולה עם הגרמנים נהרגו קרוב ל-1400 נפש.
חוקרים אחדים מתארכים הסכם זה כנקודת הסיום של השלב הראשון של המאבק הפנימי.
סטלין הנחה את המפלגה הקומוניסטית לא להשתלט על יוון, כי הוא רצה לכבד את ההסכמים עליהם היה חתום, מתוך הבנה שהסכמים אלו יביאו לו תועלת וכי התכוון לנצל את מעשי הבריטים כתירוץ לפעולות דיכוי במדינות שבתחום ההשפעה הסובייטי.
אולם, הכוחות המפוזרים בשטח לא היו ערים להנחיית סטלין, או שלא רצו להישמע לה וכך, עם נסיגת הגרמנים השתלטו כוחות ELAS על חלקים נרחבים מיוון, בעיקר על החלקים הכפריים של המדינה. מנהיגים מקומיים וכאלו שהיו בעלי קשרים עם יוסיפ ברוז טיטו התנגדו לשיתוף הפעולה עם ממשלו של פפנדראו.
משלחת רוסית חשאית, בפיקוד קולונל פופוב, הגיעה בסוף יולי ליוון, והורתה בשם סטלין למנהיגי הקומוניסטים להצטרף לממשלת אחדות לאומית ואכן ב-2 בספטמבר 1944 הושבעו שרים מטעם ה- EAM וה-PEEA.
השחרור מהנאצים.
ב-1944, הוסכם על הקמת ממשלת אחדות לאומית בעלת שישה שרים מטעם ה-EAM.