הוויהארה מורכבת ממקדש, ארבעה תאים לנזירים ומרפסת עמודים עם שני חלונות שנחצבו בסלע להכנסת אור. לפני הכניסה לאולם המרכזי, משמאל למרפסת המקורה שני בודהות שנחצבו מעל החלון והתא הצדדי. בתקרת האולם הראשי שרידי ציור. דמות הבודהה במקדש מוצגת בתנוחת הטפה. המערה ידועה בפיסול של שבעה בודהות עם מלווים על המשקוף. במרפסת המערה יש כתובת הקדשה בסנסקריט בכתב ברהאמי, שבה מכונה המערה כמנדפה.
רבים מהגילופים הציוריים והקישוטיים במערה 20 דומים לאלו במערה 19, ובמידה פחותה לאלו שנמצאים במערה 17. ייתכן כי אותם אדריכלים ואומנים היו אחראים להתפתחותן של שלוש המערות. מסגרות הדלתות במערה 20 הן משהו ייחודי באתר אג'אנטה. גם הקישוטים חדשניים במערה 20, קבע ספינק, כמו קישוט שמראה את הבודהה יושב על רקע שתי כריות ו"עץ מנגו עמוס פירות מאחוריו".
מערות 21, 22, 23, 24 ו-25.
מערות 21, 22, 23 ו-24 הן מנזרים, המייצגים את השלבים האחרונים של הבנייה באג'אנטה. מערה 21 היא אולם (28.56 מטרים × 28.03 מטרים) ובו שנים עשר חדרים חצובים עבור נזירים, מקדש ומרפסת עם שנים עשר עמודים ופילסטרים. הגילופים על הפילסטר כוללים בעלי חיים ופרחים. העמודים כוללים תבליטים של אפסארות, נאגארג'ה ונאגארני, כמו גם מאמינים המשתחווים במודרה של נמסטה. יש באולם ראיות לכך שהוא היה צבוע לחלוטין. דמות הבודהה במקדש מוצגת בתנוחת הטפה.
מערה 22 היא ויהארה קטנה (12.72 מטרים × 11.58 מטרים) עם מרפסת צרה וארבעה תאים לא גמורים. הוא נחצב במפלס גבוה יותר ויש להגיע אליו בגרם מדרגות. בפנים, הבודהה יושב בתנוחת פרלמבה-פדאסנה. הדמויות המצוירות במערה 22 מראות מנושי-בודהות עם מאיטריה (הבודהה העתידי). על פילסטר בצד שמאל של מרפסת מערת 22 יש כתובת פרוזה בסנסקריט. היא נפגמה בחלקה, והחלקים הקריאים מצהירים כי מדובר ב"מתנה ראויה של מנדפה מאת ג'ייאטה", מכנים את משפחת ג'ייאטה כ"אופאסקה גדולה", ומסיימת את הכתובת ב"הלוואי שזכותה של זה תהיה לידע מצוין לכל בעלי ההכרה, החל מהאב והאם".
גם מערה 23 לא גמורה, מורכבת מאולם (28.32 מטרים × 22.52 מטרים), אך עיצוב דומה למערה 21. המערה שונה בעיטורי העמודים ובנאגות השומרים על הפתח.
מערה 24 היא כמו מערה 21, לא גמורה אך גדולה בהרבה. היא כוללת את אולם המנזר השני בגודלו (29.3 מטרים × 29.3 מטרים) אחרי מערה 4. המנזר של מערה 24 היה חשוב למחקרים על האתר מכיוון שהוא מראה כיצד צוותי עובדים מרובים השלימו את יעדיהם במקביל. בניית התאים החלה ברגע שנחפר המעבר ותוך כדי בניית האולם המרכזי וקודש הקודשים. בניית מערה 24 תוכננה בשנת 467 לספירה, אך ככל הנראה החלה בשנת 475 לספירה, בתמיכת בודהאבהדרה (Buddhabhadra), ואז הסתיימה בפתאומיות בשנת 477 עם מותו של המלך הארישנה נותן החסות.
מערה 24 משמעותית כיוון שיש בה את כותרות העמודים המורכבות ביותר באתר אג'אנטה, אינדיקציה לאופן שבו הצטיינו האמנים ושיפרו ללא הרף את תחכומם כשעבדו עם הסלע בתוך המערה. האומנים גילפו ארבע עשרה דמויות מיניאטוריות מורכבות על הפאנל המרכזי של עמוד המרפסת המרכזי הימני, תוך כדי עבודה באור עמום בחלל מערה צפוף. תבליטי המדליון במערה 24 מראים באופן דומה זוגות אוהבים ואמנויות אנתרופומורפיות, ולא פרחים כמו בבנייה הקודמת. במקדש מערה 24 יש בודהה יושב בתנוחת פרלמבה-פדאסנה.
מערה 25 היא מנזר. האולם (11.37 מטרים × 12.24 מטרים) דומה למנזרים אחרים, אך אין בו מקדש, המערה כוללת חצר סגורה ונחצבה במפלס העליון.
מערה 26 (המאה החמישית לספירה).
מערה 26 היא אולם פולחן (צ'איטיה-גריהא, 11.52 מטרים × 25.34 מטרים) דומה בתוכנית למערה 19. היא גדולה בהרבה וכוללת אלמנטים מעיצוב של ויהארה. הכתובת קובעת כי הנזיר בודהאבהדרה וחברו השר המשרת את מלך אסמקה העניקו מערה עצומה זו. הכתובת כוללת הצהרת חזון והמטרה היא לעשות "אנדרטה על ההר שתחזיק מעמד כל עוד הירח והשמש ימשיכו". סביר להניח כי הבנאים התמקדו בפיסול במקום בציורים במערה 26 מכיוון שהם האמינו שפסלי אבן יחזיקו מעמד הרבה יותר מאשר ציורים על הקיר.
המערה התבססה על הניסיון בבניית מערה 10, עם אגפים צמודים בדומה למערה הקדומה 12 בסגנון טהרוואדה. במתחם מערה 26 יש שתי קומות עליונות וקיימות עדויות לכך שתוכננו ארבעה אגפים למערה, אך אלה ננטשו ורק הבודהות המגולפות על הקיר הימני והשמאלי הושלמו.
מורכבים ומסובכים יותר. זוהי אחת המערות האחרונות שנחפרו, ומהכתובת משערים כי נבנתה בסוף המאה החמישית או בתחילת המאה השישית על פי ASI. המערה מורכבת מאולם בצורת אפסיס עם מעברים צדדיים להקפה (פרדיקשנה). המעברים מלאים באגדות בודהיסטיות מגולפות, שלושה תיאורים של נס סרוואסטי בצד האמבולטוריום הימני של המעבר, ובודהות יושבים במודרות שונות. רבים מאלה נוספו מאוחר יותר על ידי מאמינים, ולכן הם "פולשניים" מבחינת המתכננים המקוריים. היצירות מתחילות על קיר המעבר, מיד בצד שמאל של הכניסה. היצירות הגדולות כוללות את המהפארינירוונה של בודהה (בודהה השוכב) על הקיר, ואחריה אגדת "הפיתויים של מארה". הפיתויים כוללים את הפיתוי של בנות מארה המתוארות מתחת לבודהה השרוי במדיטציה. הן מוצגות לבושות בצמצום רב ובתנוחות מפתות, בעוד שבצד שמאל ובצד ימין של בודהה נמצאים צבאות של מארה שמנסים להסיח את דעתו ברעש ולאיים עליו באלימות. בפינה הימנית העליונה נמצאת דמותו של מארה המדוכדך ומתוסכל מכישלונו להפריע לנחישות או למיקוד של בודהה הסגפן.
בין מערה 26 לאגף שמאל שלה יש כתובת של איש מחצרו של מלך מ מסוף המאה השביעית או תחילת המאה השמינית. זו הכתובת האחרונה באג'אנטה.
מערות 27, 28 ו-29.
מערה 27 היא מנזר וייתכן שתוכננה כנספח למערה 26. שתי הקומות שלה נפגעו, והמפלס העליון התמוטט חלקית. התוכנית שלה דומה למנזרים אחרים. מערה 28 היא מנזר לא גמור, שנחפר בחלקו, בקצה המערבי של מתחם אג'אנטה ובקושי נגיש.
מערה 29 היא מנזר לא גמור במקום הגבוה ביותר במתחם אג'אנטה, כנראה לא שמו לב אליה בעת הקמת מערכת המספור הראשונית, והיא ממוקמת פיזית בין מערה 20 למערה 21.
מערה 30.
בשנת 1956 כיסתה מפולת את המסלול המוביל למערה 16. בניסיונות לפנות ולשקם את המסלול, צפו העובדים בפסולת פתח קטן וסטופה, במקום סמוך לקרקעית הנחל. חפירות נוספות הובילו למערת מנזר טהרוואדה שלא הייתה ידועה עד אז מהמאה השנייה והראשונה לפנה"ס. מערה 30 עשויה להיות בפועל המערה העתיקה ביותר של מתחם אג'אנטה. זו מערה בגודל 3.66 מטרים × 3.66 מטרים עם שלושה תאים, כל אחד עם שתי מיטות אבן וכריות אבן בצד של כל תא. במשקופי דלתות התא מוצגים גילופי לוטוס וזרים. במערה שתי כתובות בכתיב בלתי ידוע. יש בה גם פלטפורמה במרפסת עם נוף נאה של נקיק הנהר שמתחת והיער. לטענת גופטה ומהאג'אן, ייתכן שמערה זו נסגרה בשלב מסוים בגושים גדולים מגולפים בקפידה, כיוון שהסיחה את המבט מהכניסה למערה 16.
תשתיות נוספות.
מעל 80% ממערות אג'אנטה היו ויהארה (מעונות זמניים, מנזרים). המעצבים והאומנים שבנו מערות אלה כללו מתקנים לאיסוף תרומות ואחסון דגנים ומזון עבור המבקרים והנזירים. רבות מהמערות כוללות מאגרים גדולים שנחצבו ברצפה. שטחי האחסון הגדולים ביותר נמצאים, קבע ספינק, ב"שקעים המרווחים מאוד במקדשים של מערת אג'אנטה 6 ומערה 11". מערות אלה נבחרו ככל הנראה בגלל הנוחות היחסית שלהן והאבטחה שהציעו בשל מיקומם הגבוה יותר. הבחירה בשילוב קמרונות מקורים שנחצבו ברצפה עשויה להיות מונעת על ידי הצורך לספק מרחב שינה ונוחות לוגיסטית.
אתר סמוך.
בשנת 2000 נחפר מנזר ויהארה מלבנים שרופות הפונה למערות שעל הגדה הימנית של נהר ואגור, יש בו מספר תאים הפונים לחצר מרכזית, בה הוקמה סטופה. בחפירות נמצאו מטבע של המלך שליט (שלט 293–304 לספירה) וכן מטבע זהב של הקיסר הביזנטי תאודוסיוס השני (שלט 402–450 לספירה), עדות המהווה אישור נומיסמטי נוסף לתיארוך המערות. נמצא גם לוח טרקוטה של האלה דורגה, שייתכן שבעלי המלאכה סגדו לה.
עותקים של הציורים.
הציורים התדרדרו באופן משמעותי מאז שהתגלו מחדש, ומספר עותקים ורישומים שנעשו מהם במאה ה-19 חשובים להבנה מלאה של העבודות. מספר ניסיונות להעתיק את ציורי אג'אנטה החלו במאה ה-19 עבור מוזיאונים אירופאים ויפנים. חלק מיצירות אלו אבדו מאוחר יותר באסונות טבע ובאש. בשנת 1846 למשל, מייג'ור רוברט גיל (Robert Gill), קצין צבא מ, וצייר, מונה על ידי להכין עותקים של ציורי הפרסקו שעל קירות המערה. גיל עבד על ציורו באתר בין השנים 1844–1863. הוא עשה 27 עותקים של חלקים גדולים של ציורי קיר, אך כולם פרט לארבעה הושמדו בשרפה בארמון הבדולח בלונדון בשנת 1866, שם הוצגו. גיל חזר לאתר, והתחיל מחדש את עבודתו, ושיחזר את ציורי הקיר עד מותו בשנת 1875.