ישעיהו תשבי קבע, על סמך כתב יד נוסף של הספר, שרבי יעקב ששפורטאס שינה ועדכן חלק לא מבוטל מהמכתבים שלו, כדי שלא יחשפו את "כניעתו" הזמנית ללחץ הקהל והרבנים להכרה בשבתאי צבי. תשבי פרסם מהדורה מדעית של הספר, כאשר הוא מביא בהערות גם את חילופי הגרסאות בין כתב יד א' (הגרסה הרשמית של ששפורטס) לבין כתב יד ב' (הפנקס המקורי של ששפורטס, שבו הוא תיעד את מכתביו). מסתבר שיעקב ששפורטס הוצרך לצעוד בהמבורג בין הטיפות כדי לרצות את המון המאמינים השולט מחד, ואת מצפונו הכופר במשיח השקר מאידך. בדבריו הבאים הוא מייטיב לתאר את המצב הבלתי אפשרי כמעט, שאליו הכניסו אותו מתפללי בית הכנסת בהמבורג.
את עיקר טענותיו של ששפורטאס הקבליסט, כנגד שבתאי צבי ונתן העזתי נביאו, ניתן למקד בדבקותו של הראשון ברוח התלמודית שאינה נתפסת להזיות משיחיות לאחר כישלונו "המשיחי" של בר כוכבא, בשמרנותו הדורשת אותות ומופתים ואסמכתאות רבניות גורפות ובחששו הגדול ששבתאי צבי מושפע מהנצרות, ובסופו של דבר הוא מתכנן לבטל את התורה שבעל פה ולהקים דת חדשה. ביטול הצומות, חריגות הלכתיות, נישואיו הלא שגרתיים של האיש, סיפורי הניסים הפנטסטיים – היוו סימנים מדאיגים לרב שראה את הנולד. שבתאי צבי לא הציג שום הוכחות הלכתיות להיותו משיח האמת של העם היהודי, טען בתוקף הרב יעקב ששפורטס.
מאסרו של שבתי צבי.
השמועות בדבר יציאתו של שבתי צבי לקושטא הגיעו במהירות לידיעת השלטונות, והווזיר הגדול אהמט קופרילי פאשה הורה לעוצרו. לפני הגעתו לנמל קושטא, נעצר על ידי ספינות מלחמה עות'מאניות, והובל למאסר לעיני אלפי יהודים שבאו לקבל את פניו, וקהל מקבלי פניו פוזר במכות אלות. הוא הוחזק במעצר במשך כמה ימים שבהם הובא למשפט אצל הווזיר בעוון בגידה. מהלך הדיון איננו ידוע, אך בסופו החליט הווזיר שלא להוציא אותו להורג והורה על הגלייתו והחזקתו במעצר במבצר גליפולי, אליו הגיע ב-19 באפריל 1666, ערב פסח ה'תכ"ו. מסופר כי עם הגעתו לגליפולי שחט שבתי צבי כבש בתור קורבן פסח ואכלו עם בני חבורתו מבלי להסיר מהכבש את החלב, איסור הלכתי שהעונש עליו הוא כרת, כאשר הוא מברך: "ברוך מתיר איסורים". שלטונות הכלא נהגו בו בסובלנות נדירה והתירו לו לקבל מבקרים בתאו תמורת שוחד. מעצר זה לא פגם בהתלהבות הכללית, ואפילו האמינו בו יותר שהרי הכריז שיוריד את הכתר של הווזיר מראשו ולא הרגו אותו, ומשמעויות מיסטיות מרחיקות לכת ניתנו למעצר. האגדות שהופצו באירופה בידי חסידיו סיפרו כי הוא נוהג שם כמלך, וכי בקרוב ממש יסיר את כתרו של הסולטאן הטורקי מהמט הרביעי וישב על כיסאו. במהלך חודשי מאסרו נהרו אלפי יהודים מרחבי העולם לבקר את "שבתי צבי המלך" בכלאו והביאו לו מתנות יקרות ערך. שבתי צבי אכן נהג עצמו כמלך וביצע מדי יום טקסים מלכותיים. אישים ידועים רבים באו לבקרו ובהם בנו ובן-אשתו של רבי דוד הלוי סגל, רבה של לבוב שבפולין ובעל ספר ההלכה "טורי זהב", שהאגדה קישטה את ביקורם במעשיות רבות. הקדחת המשיחית בכל העולם היהודי הלכה והתפשטה, ובודדים היו שהעזו לצאת בגלוי נגד האמונה בשבתי צבי.
כאמור, אחד הבודדים היה רבי יעקב ששפורטש, שישב אז בלונדון ובהמבורג, ששלח מכתבים רבים לעמיתיו הרבנים, ובהן הזהיר מפני שבתי צבי שהוא משיח שקר, אך רוב הרבנים שהתנגדו לתנועה השבתאית גזרו על עצמם שתיקה, מחשש לפגיעה בהם ומתוך הכרה בחוסר התועלת שבעימות גלוי. על אותה התקופה אמר רבי יעקב ששפורטש: . לימים סיכם את פרשת שבתי צבי בספרו "ציצת נובל צבי", בו כלל גם את כל אגרותיו מהתקופה ההיא.
על טענותיהם של שבתי צבי ותומכיו, שהוא המשיח, ענה רבי יעקב ששפורטש:
לקראת צום שבעה עשר בתמוז ה'תכ"ו הכריז שבתי צבי על ביטולם המוחלט של כל הצומות והתעניות. הכרזה זו נשלחה לכל רחבי תבל, ושבתי צבי ורובם המוחלט של מאמיניו אכלו ושתו ביום זה. מעשה זה נשנה בצום תשעה באב בשנה זו לו קרא "חג הנחמות". מעשיו אלו נצרבו בתודעה הלאומית לאחר התפוגגות התנועה כחטא שחטא רובו המכריע של העם.
נקודת המפנה חלה בביקורו של מקובל מפולין בשם נחמיה כהן אצל שבתי צבי. על דמותו של כהן לא ידועים לנו פרטים רבים, אולם ידוע כי היה דמות ידועה בחוגי המקובלים במזרח אירופה, וכי שבתי צבי עצמו ידע על בואו הצפוי וציפה כי תמיכתו של כהן תגביר את התמיכה הציבורית בו. כהן הגיע לגליפולי בג' באלול ה'תכ"ו (3 בספטמבר 1666), וישנה מחלוקת בין ההיסטוריונים מה בדיוק היה יחסו אל שבתי צבי. לפי גרסה אחת, שהובאה בדברי הכומר ההולנדי תומאס קונן, כהן לא קיבל את משיחיותו כמובנת מאליה, אלא התווכח איתו קשות במשך שלושה ימים רצופים בקשת רחבה של נושאים קבליים בניסיון להוכיח לו כי איננו המשיח. מקורות שונים טוענים כי נקודת המחלוקת הייתה טענתו של כהן כי הוא עצמו משיח בן יוסף, ומאחר שלא מילא עדיין את משימתו לא ייתכן שמשיח בן דוד התגלה. בסיומו של הוויכוח התפרץ כהן לעבר שבתי צבי וצעק כי הוא רמאי וכי דינו מיתה כדין מסית ומדיח. לפי דבריו של קונן, כהן הבין כי אנשי שבתי צבי יקומו עליו לרוצחו, והצהיר באוזני המשמר הטורקי כי ברצונו להתאסלם. לאחר שחבש את התרבוש המוסלמי ביקש כהן ממפקד המצודה להעבירו לחצר הסולטאן באדריאנופול על מנת למסור תלונה נגד שבתי צבי. לאחר שהובא כהן לאדריאנופול הטיח האשמות קשות בשבתי צבי וטען שהוא מסית לקשר, וכי אין לסולטאן לחשוש מכוחותיו המיסטיים מאחר שהוא שקרן והוזה. לאחר שהגיש את התלונה בפני הסולטאן ברח כהן מטורקיה בחזרה לפולין שם שב ליהדותו בגלוי. דעה אחרת העלה רבי יעקב ששפורטש, והיא כי כהן דווקא האמין בשבתי צבי ונשלח על ידו אל הסולטאן על מנת ״לרדת אל הקליפות״ לפניו, אך הסולטאן לא הסתפק בשליח ושלח לקרוא לשבתי צבי עצמו.
ההאשמות זכו לאוזן קשבת, ושבתי צבי הובא למשפט בפני מועצת הסולטאן באדריאנופול בט"ז באלול תכ"ו. שבתי הכחיש כל קשר לתנועה המשיחית סביבו וההאשמות המיוחסות לו, וניתנה בפניו האפשרות לבחור בין מוות ובין התאסלמות. הוא בחר להתאסלם, ושמו המוסלמי נקרא עזיז מוחמד. הוא קיבל את התואר "באשא קאפיג'י" (שומר החצר, כתואר של כבוד ולא בפועל), ונקבעה לו קצבה ממשלתית מכובדת מקופת הסולטאן.
לאחר ההתאסלמות.
התאסלמותו של שבתי צבי הכתה בתדהמה את העולם היהודי, וגרמה לרוב מאמיניו לזנוח את האמונה בו. עם זאת, רבים נתפסו ליאוש מהמשיח שהכזיב, וידועים מקרים של יהודים שהתנצרו או התאסלמו בעקבות ההמרה. הזרם המרכזי ביקש להשכיח את החרפה, ספרי קהילות הושמדו ונמחקו ונאסר להזכיר את שמו של שבתי צבי. כדי למנוע מקרה נוסף של אדם שיכריז על עצמו כמשיח, הוטלו במזרח אירופה בידי ועד ארבע ארצות הגבלות על לימוד הקבלה, ורק לאלו הבקיאים בתלמוד ובהלכה הותר ללמוד אותה כדי למנוע מאנשים לבוא לידי טעויות.
במזרח התיכון ובארצות הבלקן עדיין שמרו רבים אמונים לרעיון המשיחי, למרות המלחמה העזה שניהלו הקהילות נגד מאמיני שבתי צבי. עם פרסום ההמרה יצא נתן העזתי את עזה בדרכו לאיזמיר, על מנת לחזק את מאמיניו. בסוף ינואר 1667 הגיע העזתי לסביבות איזמיר, אך רבני העיר מנעו ממנו את הכניסה לעיר במשך זמן מה, ורק כעבור מספר שבועות נכנס לעיר. הוא ריכז סביבו את מאמיניו והטיף להמשך האמונה בשבתי צבי. ההתאסלמות הוסברה כירידה לקליפות האסלאם, כדי להעלות מהן את הניצוצות שנשבו, כאשר מקורות קבליים פורשו מחדש בדרך שתתאים לרעיון נועז זה. לאחר מספר חודשים ניסה העזתי להגיע אל אדריאנופול, כנראה על מנת לפגוש בשבתי צבי עצמו, אך הכניסה לעיר נמנעה ממנו והוא הוסיף לנדוד ברחבי הבלקן ואסיה הקטנה, והגיע גם לאיטליה. הוא המשיך לחזק את מאמיני שבתי צבי עד מותו ב-1680.
שבתי צבי עצמו נותר באדריאנופול ביחד עם אשתו וקבוצה מנאמניו שהתאסלמו בעקבותיו, ובשנת 1667 נולד לו בן שנקרא ישמעאל-מרדכי. התפרצויותיו לא פסקו, והוא ניהל אורח חיים דתי ספק יהודי ספק מוסלמי. כלפי חוץ נהג כמוסלמי לכל דבר, אך הוסיף לשלח איגרות למאמיניו שלא התאסלמו בהן מוסברת ירידתו למעמקי הקליפות כמעשה מיסטי, וכן הוא קיים קשר רצוף עם קהילות של מאמינים. בשנת 1669 נפגש שבתי צבי עם נתן העזתי, והשניים ביקרו מספר פעמים יחדיו בקהילות השבתאיות באדריאנופול, קושטא, וסלוניקי. הוא גם הוסיף להתהלך בראש תהלוכות של מאמיניו, ומספר פעמים ביקר בבתי כנסת בעיר וקיים בהם טקסים ספק יהודיים ספק מוסלמיים.
באוגוסט 1672 נסע שבתי צבי עם אנשיו לקושטא, שם הוסיף לנהוג בטקסיו, ובתחילת ספטמבר נעצר בידי השלטונות בשעה שהתפלל באחד מבתי הכנסת בעיר, והועבר תחת משמר כבד לאדריאנופול בעוון בגידה בדת המוסלמית. הוא הוחזק במאסר ארבעה חודשים, ובינואר 1673 הוגלה למבצר אולצין באלבניה (היום במונטנגרו). בהמשך עבר ככל הנראה לעיר בראט ובה נפטר. ישנו ויכוח במחקר על מקום קברו, ופרופ' יוסף ינון פנטון טען ב-1985 שמצא את מקום קברו המדויק באולצין. צבי לוקר הסתייג מזיהוי זה. הרב הראשי הראשון ליהודי בולגריה המודרנית גבריאל אלמושנינו טען ששבתי צבי מת ונקבר בעיר קאזאנלק. בסיור שערך ב-1886 לעיתונאי אנגלי ציין שעל מצבתו של שבתי צבי בקאזאנלק נכתב: "משנה הדת, הנביא צבי שבתאי, בא מאזיא הקטנה וישב בשאלוניקי, משם עבר במדינת מוקדון, ואחר כך בגד באמונתו, ובפקודת השולטן הובא לבית האסורים, ואח"ן יצא לחופשי. פה מת ופה נקבר".