בנובמבר 1802 נתקל חוקר הטבע ומגלה הארצות הגרמני אלכסנדר פון הומבולדט בגואנו בקייאו שבפרו והחל לחקור את תכונותיו כדשן. הוא חזר לאירופה ב-1804 והביא מפרו דוגמאות מהגואנו אותן נתן לצמד הכימאים הצרפתים אנטואן פורקרואה (Antoine François, comte de Fourcroy; 1809-1755) ולואי-ניקולה ווקלן. השניים חקרו את תכונותיו הכימיות של הגואנו ופרסמו את התוצאות ב-"Annales de Chimie". אף על פי שהמדענים באירופה כבר ידעו על איכותו של הגואנו כדשן לא נעשה שימוש מעשי בגואנו עד 1824. באותה שנה קיבל עורך כתב העת "American Farmer" ("החוואי האמריקני") שתי חביות של גואנו. הוא שלח דוגמאות לכמה אנשים ואחד מהם, מושל מדינת מרילנד, הכריז לאחר בדיקה "זהו הזבל החזק ביותר אותו ראה מימיו בהשפעה על גידול תירס". גם אז עדיין לא החל שימוש נרחב בגואנו עד 1840, כש-20 חביות גואנו הגיעו לבריטניה, מדינה שבה הכירו היטב את תופעת השדות המדולדלים עקב חקלאות אינטנסיבית, וההשפעה שלהם על תנובת היבולים הייתה כה מכרעת עד שבין השנים 1841 ל-1857 יבאה בריטניה מעל ל-2 מיליון טון של דשן גואנו.
כמה היסטוריונים מייחסים את הפופולריות של הגואנו החל משנה זו לספר "הכימיה האורגנית ויישומה בחקלאות ובפיזיולוגיה" (Die organische Chemie in ihrer Anwendung auf Agricultur und Physiologie) שכתב יוסטוס פון ליביג ויצא לאור ב-1840. ליביג, כימאי גרמני הנחשב לאחד מגדולי הכימאים של המאה ה-19 ואחד מראשוני תעשיית הדשן הכימי כתב במהדורות הראשונות של הספר כי . עם השנים השתנתה דעתו והוא הסכים כי הגואנו הוא , עם זאת, הוא הסתייג מהשימוש המוגזם שנעשה בו בבריטניה. ב-1863 הוא כתב כי אף שהגואנו הוא "תערובת יוצאת דופן", הוא איננו דשן מאוזן וחסרים בו חומרי מזון חיוניים וכי השימוש הבלעדי בו עלול לדלל את הקרקע. ליביג גם הצביע על העובדה שבקצב השימוש הנוכחי עתיד הגואנו להיגמר וניבא ש"מלחמות עקובות מדם התחילו בגלל סיבות חשובות פחות".
עידן הגואנו בפרו.
פרו השיגה את עצמאותה מספרד במלחמה שנמשכה בין 1822 ל-1825 אותה מימנה באמצעות הלוואות באירופה, בעיקר מבנקים באנגליה. עם סיום המלחמה הכריזה פרו על חדלות פירעון של ההלוואות שלקחה. לפני מלחמת העצמאות הייתה פרו בלב האימפריה הספרדית באמריקה הדרומית ולימה שגשגה בהיותה המרכז המנהלי של האימפריה. עם סיום המלחמה התחלקה אמריקה הדרומית למספר מדינות ופרו נאלצה למצוא מקורות הכנסה חדשים. למזלה גילו אז האירופאים, ובראשם הבריטים, את היתרונות של הגואנו כדשן. לאחר הצלחת המשלוחים הראשונים מפרו לאנגליה, שהיו מיזם משותף של סוחרים בריטים ופרואנים, הפכה בריטניה לשוק העיקרי לגואנו במאה ה-19, ולמקור מימון עיקרי לכלכלה הפרואנית. עם זאת, הבנקים בבריטניה לא שכחו את החובות של הפרואנים ממלחמת העצמאות והמסחר בגואנו סיפק להם מנוף לתבוע את החזרתו. ב-1849 הסכימה פרו להשיב את החוב תוך התבססות על מכירת גואנו באירופה.
על מנת להשיג רווח מקסימלי, הפעילה ממשלת פרו את תהליך מכירת הגואנו כמונופול ממשלתי שבו נמכר הגואנו במשגור, כלומר הגואנו היה שייך לפרו עד נקודת הזמן שבו נמכר לצרכנים הסופיים באירופה או באמריקה הצפונית. הסוחרים שהובילו את הגואנו קיבלו עמלה על המכירה. הממשלה הפרואנית לקחה על עצמה את הסיכונים בשיטה זו משום שהאמינה כי כך תוכל לשלוט הן בכמות והן במחיר. הבעיה בשיטה זו הייתה פער הזמנים הגדול בין המשלוח מפרו לבין המכירה וגם שלסוחרים לא היה תמריץ למכור את הגואנו מיד. יותר מכך, התברר לסוחרים שככל שהתמהמהו יותר במכירת הגואנו כך הרוויחו יותר, משום שבגלל המצוקה הכספית החלה פרו ללוות מהם כספים כמקדמות, והחזירה להם את ההלוואה בתוספת ריבית מהמכירה בפועל. בשנות ה-60 של המאה ה-19 כבר הרוויחו הסוחרים יותר מהלוואות אלו מאשר מעמלת מכירת הגואנו.
מרבית הסוחרים היו חברות מסחר אירופאיות, בייחוד חברת גיבס ובניו (Gibbs and Sons), שעד שפרשה מעסקי מכירת הגואנו ב-1861 טיפלה במרבית השווקים החשובים. סוחרים פרואנים ניסו להתחרות בסוחרים האירופאים, אך לא היה ברשותם ההון הדרוש לרכישת ספינות, לנהל סוכנויות באירופה, וחשוב מכך, ההון על מנת להלוות את המקדמות לממשלת פרו. ממשלת פרו אומנם העבירה ב-1850 חוק שנתן קדימות לסוחרים פרואנים במסחר בגואנו, אבל הסוחרים האירופאים המשיכו לשלוט בשוק באמצעות הקמת שותפויות עם פרואנים.
ב-1854 ביצע הנשיא רמון קסטייה (Ramón Castilla y Marquesado) סדרה של רפורמות כלכליות שנועדו לשפר את התנאים החברתיים: ביטול העבדות ותשלום לסוחרי העבדים בגין כל עבד ששחררו, ביטול מס גולגולת על האינדיאנים והקלה במכסים. רפורמות אלו השפיעו על הכלכלה הפרואנית לרעה. מס הגולגולת היווה כ-40% מהכנסתה של הממשלה ואובדנו גרם להסתמכות גוברת על הגואנו כמקור הכנסה, וב-1857 הגיעו כשלושה רבעים מהכנסותיה של פרו ממכירת הגואנו. בנוסף, היווה מס הגולגולת תמריץ לאינדיאנים לייצר מזון למכירה בערים וביטולו גרם לירידה בתפוקה החקלאית ולמחסור במזון בערים. התשלומים העצומים לסוחרי העבדים גרמו לאינפלציה והם השקיעו את כספם במסחר בגואנו שהרווח ממנו הגיע במטבע חוץ. באמצעות הכנסות אלו יכלו הסוחרים לייבא מוצרים מאירופה ובכך נפגעו היצרנים המקומיים. התוצאה הייתה מהומות ופשע גואה בערים.
באמצע שנות ה-60 של המאה ה-19 החליטה ספרד להתערב במסחר הרווחי בגואנו. תוך ניצול אירוע שבו נהרג אזרח ספרדי שהתגורר בפרו בקטטה שהתרחשה באסיינדה טלמבו (Talambó), אירוע שקיבל את השם "תקרית טלמבו". בעקבותיה דרש אדמירל ספרדי, שפיקד אז על שייטת שערכה ביקור בנמלי המדינות שלחוף האוקיינוס השקט, את התנצלותה של פרו. סירובה של פרו להתנצל בנימוק כי מדובר באירוע משטרתי פנימי שיידון במערכת המשפט עורר את הספרדים לשלוח במרץ 1864 נציג, תחת מינוי קולוניאלי של גובה מיסים, לגבות חובות ישנים של פרו לספרד מתקופת מלחמת העצמאות של פרו. ב-14 באפריל 1864 השתלטה המשלחת הימית הספרדית על איי צ'ינצ'ה העשירים בגואנו, שהיו שייכים לפרו, בתואנה כי הדבר מהווה תשלום על החוב הפרואני לספרד. צ'ילה שלא ראתה בעין יפה את הפעילות הספרדית בפרו הכריזה מלחמה על ספרד ב-24 בספטמבר 1865. אירוע זה מסמן את תחילתה הרשמית של מלחמת ספרד–אמריקה הדרומית (Guerra Hispano-Sudamericana), המכונה גם "מלחמת איי צ'ינצ'ה" (Guerra de las Islas Chincha).
בתחילת דצמבר 1865 נחתם הסכם צבאי בין צ'ילה ופרו ובאמצע ינואר 1866 הכריזה גם פרו מלחמה על ספרד. ב-31 בינואר 1866 הפגיז הצי הספרדי את נמל ולפראיסו, שרף את העיר והשמיד את צי הסוחר הצ'יליאני. מעט לאחר מכן, ב-7 בפברואר 1866, התעמתו הציים בקרב אבטאו (Abtao), אולם לאחר מספר מטחים הדדיים לא הגיעו לכדי קרב של ממש. הספרדים פנו לנמל קייאו הפרואני המבוצר. בו בזמן הצטרפו גם אקוודור ובוליביה לברית כנגד ספרד, והצי המשותף הועמד תחת פיקודו של איש הצבא והנשיא הצ'יליאני לשעבר בלנקו אנקלדה. ב-2 במאי 1866 התחולל קרב קייאו, אולם הוא לא הוכרע צבאית בצורה ברורה. לאחר הפגזת הנמל נסוגו הספרדים ובכך הסתיים העימות.
ב-1868 חולל נשיא פרו החדש, חוזה בלטה (José Balta y Montero) בעזרת שר האוצר שלו, ניקולס דה פירולה (José Nicolás Baltasar Fernández de Piérola y Villena), שינוי מוחלט בכללי הסחר בגואנו. הוא הודיע כי הממשלה תמכור בפרו באמצעות חוזה שני מיליון טון גואנו לחברה שתמכור את הגואנו באירופה ותעביר לממשלה תשלומים חודשיים קבועים. בנוסף אמורה גם החברה שתיבחר לשלם את הריבית על החוב החיצוני של פרו. חברות המסחר הקיימות, שעשו הון משיטת המכר המותנה, ושהבינו כי התוכנית החדשה תפגע ברווחיהם, סירבו להשתתף בתוכנית המוצעת מתוך כוונה להכשילה. משום כך שלח הנשיא סוכנים לאירופה והם חזרו עם שלוש הצעות. מביניהן נבחרה ההצעה של "האחים דרייפוס" (Dreyfus Frères), חברת מסחר לטקסטיל מצרפת בבעלות שלושה אחים יהודים. בראשה עמד אוגיסט דרייפוס (Auguste Dreyfus), שהתגורר החל מ-1856 במשך כמה שנים בלימה כשניהל שם את המסחר בטקסטיל, והתנצר שם לפני נישואיו. החוזה דרש הון התחלתי רב ודרייפוס הקים לצורך כך חברה חדשה בשם "סינדיקט הגואנו" (Syndicat Guano), שגייסה 60 מיליון פרנק, בין השאר בעזרת הבנק סוסייטה ז'נרל. החוזה בין ממשלת פרו לסינדיקט נחתם ב-5 ביולי 1869, על אף ניסיונות של הסוחרים הקיימים לחסום אותו בפרלמנט ובבית המשפט העליון. דרייפוס פנה לסוחרים והציע להם להשתתף, אך הם סירבו והמשיכו בניסיונותיהם להכשיל אותו. בין השאר סירבו הבנקים המקומיים ששיתפו אתם פעולה להעביר תשלומים מהסינדיקט לממשלת פרו, ודרייפוס נאלץ לשלוח מטילי זהב מסן פרנסיסקו כתחליף. פעולות אלו גרמו לדרייפוס להקים בנק משלו בלימה ב-1872.
בתחילה, נראה היה כי השינוי בשיטת השיווק נוחל הצלחה גדולה. פרו החלה לשלם בחזרה חלק מחובותיה וחברת האחים דרייפוס מונתה לנציגים בענייני כספים של ממשלת פרו באירופה, וביוני 1870 הצליח הסינדיקט בעזרת שיתוף פעולה עם בנקאי מלונדון לארגן עבור ממשלת פרו הלוואת ענק בסכום של כ-12 מיליון דולרים שנועדה לממן בניית מסילת ברזל שנועדה לפתוח את פנים המדינה להתפתחות כלכלית. הצלחת קבלת ההלוואה הגבירה את התיאבון של ממשלת פרו וב-1872 היא החליטה לנסות לקבל הלוואה נוספת בסכום של 36 מיליון לירות שטרלינג שנועדה לבניית נמל חדש בנוסף לנמל קייאו העמוס, בניית מסילת ברזל דרך האנדים, ולתשלום חובות קודמים. אלא שהפעם היה הציבור באירופה חשדן בנוגע לניהול ענייניה הפיננסיים של פרו, ועד מרץ 1872 הוצעו רק כמיליון דולרים.