הממשל והאדמיניסטרציה היו חלק בלתי נפרד מהמוסד הדתי במצרים העתיקה. כמו בשאר העולם הקדם מודרני, מוסד המלוכה היה חלק בלתי נפרד מהדת. מאז התקופה השושלתית בשנת 3000 לפנה"ס ועד עלייתה של רומי כמושלת האזור בשנת 31 לספירה, נועד למלך תפקיד דתי, ובראש ובראשונה ביצוע פעולות פולחניות הקשורות בשמירה ובניה של הסדר העולמי (מע'ת) שהובא על ידי הבורא. היושב על הכס המלכותי נתפס במצרים כהתגלמותו הארצית של הורוס ובנו של רע, ואמצעי הקשר בין האדם לאלים.
תלמי השני, כמו השליטים ההלניסטים לפניו, שרצו להבטיח את שליטתם היו צריכים למלא את אותו תפקיד פולחני דתי עליון של פרעה כקודמיהם. אימוץ הדת המצרית היווה מהלך חשוב בשלטונו הפנימי של תלמי השני במצרים.
מספר רב של מגילות הפפירוס בשפה היוונית והמצרית הדמוטית משרטט את דיוקנה של הבירוקרטיה שהתפתחה תחת שלטונו של תלמי השני.
לאחר תקופה של ניסויים תחת שלטונו של תלמי סוטר הראשון, בנו, פילדלפוס ארגן ושיפר את המערכת האדמיניסטרטיבית באימפריה והביא אותה למקום דינמי וגמיש בעל אופי פרגמטי המאמץ את התנאים המקומיים. המושלים תחת פרעה בערי האימפריה השונות היו בעלי כוח שהוגבל על ידי האויקונומוס וחיילות המצב שנבחרו על ידי תלמי עצמו. כך נשמרה היציבות בממלכה, מקרי התקוממות ומרידות היו נדירים, כמו סיפורו של מאגאס בקירנה וההתקוממות במערב אסיה הקטנה.
אדמיניסטרציה.
בראש המערכת האדמיניסטרטיבית ניצב המושב המלכותי לעניינים דיפלומטים האפיסטולוגרפוס (Epsitolographos), המזכירות הראשית הייפומנמטוגרפוס (Hypomnematographos)- רשם הצווים המלכותי, ראשי הצבא, והדיוקטס שהיה אחראי על כל אגפי האדמיניסטרציה האזרחית, על פי רוב זהו תפקיד שאויש על ידי אדם אחד אולם במהלך המאה השלישית לפנה"ס תפקיד זה אויש על ידי מספר אנשים. אפולוניוס שירת כשר בין השנים 245-262 לפנה"ס ונבחר על ידי תלמי השני, הוא היה בעל קבוצה שישבה תחתיו וסייעה לו לנהל את המערכת האדמיניסטרטיבית.
כמו בתקופות מוקדמות יותר היחידה האדמיניסטרטיבית הבסיסית הייתה הנום, אדמיניסטרציה אזורית. מצרים כולה הייתה מחולקת למחוזות שמספרם וגודלם השתנה מעת לעת. אלכסנדר הגדול והשושלת התלמיית אחריו הותירו את השיטה האדמיניסטרטיבית שהייתה נהוגה לפני התקופה ההלניסטית. לכל נום היו שלושה ענפי ניהול, אחד האחראי על התוצרת החקלאית (Nomarch), אחר על הכספים (Oikonomos) ואחרון על רישומי הקרקע (Basilikos Grammateus). כל בעלי תפקידים דיווחו לאלכסנדריה שם ישב ה-Dioiketes שבו שלט המלך בעזרת נושאי משרות בממשל הכספי ומינהלי של מצרים.
שינוי מהותי שנכנס לשיטת הממשל המצרית בתקופה התלמיית נעשה במטרה לכלכל את החיילים וכדי לחסוך בהוצאות ובסיכונים הכרוכים באחזקתם של חיילים חמושים, המלך החליט לפזרם באזורים השונים הנקראים Kleroi. על הקלרוכיות (Kleruchs) שלט באופן ישיר הסטראטגוס (Strategoi), תחתיו ישבו הנומה- סטראטגוס שבאחריותם, בתקופות התלמיות המוקדמות, היה לדאוג לאינטרסים של חייליהם. הביורוקרטיה שהונהגה על החברה המיליטנטית הייתה שונה במעט ואף מוקטנת מזו שהונהגה על החברה האזרחית כשבעוד היא נשענת על הסמכות האזרחית, החיילים נסמכו על סמכות מפקדיהם ובמידה מסוימת שרר מצב בו הצבא הרכיב מדינה בתוך מדינה.
המלך ראה בשטחה של מצרים כשייכת לו אך בפועל הוא האציל את סמכויותיו על חלק ממנה, האדמה המלכותית. אדמה זו הייתה מאוכלסת על ידי חקלאים השייכים לחצר המלוכה תחת חוזה. באופן ספציפי נראה כי הנומה הארסינואית (Fayum) הייתה ברובה כזאת. אך קשה לדעת את הפרופורציות של אדמות אלה במקומות אחרים במצרים. החקלאים עצמם שילמו מיסים כל שנה בהתאם למצב אדמתם לאחר תקופת ההצפה.
שאר אדמת מצרים נחשבה משוחררת מידיו של המלך לצרכים אחרים כמו קלרוכיות, אדמות מקדשים, אדמות עירוניות, 'מתנות' מלכותיות ואדמות פרטיות. החובות והפריבילגיות שניתנו למחזיקי האדמות בעלות מגוון רחב בהתאם למעמד האוחזים בה.
האדמיניסטרציה האזרחית בפרובינקיות רק במחצית השנייה של המאה השלישית לפנה"ס הגיעה לכדי כך שהיא זהה לזו הפנים מצרית, בעצם רק בימיו של תלמי השלישי נוצר תיאום במדיניות הפנים בין מצרים לערים שמחוצה לה. עד אז הפרובינקיות של האימפריה התלמיית נשלטו בצורה הזהה לזו של הממלכה הסלאוקית, כך לדוגמה פילדלפוס מינה שליט מטעמו בפמפיליה.
התפתחות הערים במובן ההלניסטי של המילה, כלומר פוליס, היו תופעה שהלכה והתרחבה בממלכה בימי של תלמי השני, אולם במצרים היו קיימות שלוש פולייס, בשאר האימפריה התופעה הייתה רחבה יותר. למשל בקפריסין שבה היו שלוש עשרה פולייס שקיבלו אוטונומיה אזרחית מלאה, מריון שהוחרבה בימי תלמי הראשון והוקמה מחדש על ידי תלמי השני בשם ארסינואי על שם אחותו שעימה התחתן. במיוחד בקוילה סוריה ההלניזם זכה לפריחה עם הקמתם של ערים שונות על ידי תלמי השני, ערים כמו עכו התלמיית, פילדפיה הנקראת היום רבת עמון, ועיר בשם פילוטריה שיש המשייכים אותה לבית ירח העתיקה הנמצאת בחופה הדרום מערבי של הכנרת. גם באסיה הקטנה הוקמו ערים הלניסטיות תחת שלטונו של תלמי השני. ערים אלו היו תחת פיקוח של נציב תלמי, כך שהניהול הפנימי של העיר והניהול המלכותי היו קשורים בקשר הדוק.
אספקטים כלכליים.
מימון מדיניות החוץ של תלמי השני התבססה על יכולתו לשלוט בפן הכלכלי של ממלכתו. במובן זה ניתן לראות כי המלכים התלמיים המשיכו את המסורת המצרית הקדומה על פיה פרעה היה הבעלים היחיד של התנובה החקלאית ואדמת מצרים ושאר האדמות העומדות לרשותו.
למעשה האדמות היו בעלות שימושים שונים, כשחלק מהן הוחכר. חלקן הוקצבו לחיילים בשירות פעיל כדי לכלכל אותם ואת משפחותיהם, אלו הן הקלרוכיות. חלק גדול מהחיילים שירתו בצבאו של תלמי הראשון. בסוף המלחמה הסורית השנייה פילדלפוס הקים מספר קלרוכיות בפאיום. הקלרוכיות שהיו פזורות על פני הארץ הפיצו את הרעיונות והטכנולוגיה היוונית בתחום החקלאות. בזמן שהחיילים בעלי האדמה היו שותפים בקמפיין צבאי היה על בעלי אדמות אחרים לדאוג לאדמת הנעדרים. הנכסים בקלרוכיות עברו בירושה בתוך משפחות החיילים.
כאמור התנובה החקלאית היא זו שמימנה ואיפשרה את מדיניות החוץ הענפה של תלמי השני, על כן חידושים טכנולוגים בתחום החקלאות נעשו כדי להגדיל את התוצרת החקלאית. תשומת לב מיוחדת ניתנה לאדמה של פיום ולנום על שם ארסינואי, שהיה מקושר לנילוס על ידי פלג שהתפצל מנהר זה. נראה שבימיו של תלמי הראשון נחל זה נחסם בסכר וכך נשלטה כמות המים ועלתה כמות התבואה. בימי תלמי השני אף הוקם אגם מלכותי בדרומה של פיום שהיה הישג הנדסי שהביא לעונת השקיה נוספת, מלאכותית אומנם, שהביאה לגידול משמעותי בתבואה. התועלתנות היא ששלטה ברוח המדיניות הכלכלית של תלמי השני, ניתן לראות ביטוי לרוח זו בחוקי עבדות שהכתיבו את התועלת של העבדים לשלטון והערך שלהם בשימור קצב העבודה.
ממלכתו של תלמי השני התעלתה בהישגיה על פני הממלכות ההלניסטיות האחרות בגלל היציבות והמערכת הכלכלית הרווחית שהייתה תחתיו.
תלמי השני טיפח את הכת שסגדה להוריו "האלים המושיעים" (θεοὶ σωτέρες) והפסטיבל שיועד להם שנקרא Ptolemaieia, הם שימשו כמחוות זיכרון ומתן לגיטימציה לשושלת התלמיית. תלמי הקים כת דתית הסוגדת לו ולאשתו ארסינואי השנייה ואף הקים אחת הסוגדת לאשתו לבדה ואחת נוספת לאחותו. תחת תלמי הכהונה של אלכסנדר הגדול קושרה לשושלת התלמיית.
תלמי השני העביר את גופתו של אלכסנדר מוקדון לאחוזת קבר קבועה, כמו כן הוסיף שליט זה לטקסי הפולחן של אלכסנדר מנהגים ההולמים מייסד והירו שצורף למניין האלים, מעשה זה של האלהת אלכסנדר היווה אבן יסוד של פולחן האלים שתלמי השני ביקש לייחס לשושלתו, אם בפולחן אביו ואימו ואם בזה שלו ושל אשתו.
לצד מבנה הפולחן שבנה תלמי עבור אלכסנדר בנה משכן נצח עבור אביו ואימו כממשיכי אלכסנדר. כמו כן הקים את פסטיבל הפטולמאיה שנועד להיחגג כל שנה חמישית באלכסנדריה הבירה, במהלכו נערכו תהלוכות, משחקים ותחרויות בתחום האתלטיקה בדומה לאולימפיאדה שהייתה נהוגה ביוון.
ניתן לראות מגמה של האלהה שנועדה להאדיר את השושלת התלמיית, ביטוי נוסף ניתן לראות לכך בפולחן שקבע תלמי השני עבור פילוטרה אחותו שנפטרה בטרם עת ולא נישאה לאיש.
כדי ליצור יציבות במצרים המלכים התלמיים היו חייבים להגיב לתנאים הקיימים במצרים, על כן, לא זו בלבד שנכנסו לתפקיד המלך היווני המסורתי, בסילאוס (basileus), אלא גם לתפקיד המלך המצרי המסורתי, הפרעה שנשא בחובו מחויבות דתית שורשית ועמוקה. את הביטוי לקבלת המלכים את צורת השלטון הפרעונית ניתן למצוא בתבליטים, המעטרים את המקדשים, בהם נראים המלכים כמגישים מנחות לאלים מצריים והם בתורם מיוצגים כפרעונים. נוסף על כך, מילוי תפקיד הפרעה לא נבע רק מטעמים סביבתיים אלא ממשיכתו של שליט הזר אחר תפקיד הפרעה. נמצאו שני פסלים קולוסאלים, שתים עשרה מטר גובהם במהלך חפירות ימיות ליד אלכסנדריה, בדמותם של תלמי השני ואשתו ארסינואי השנייה. שני פסלים אלה ממחישים את רצון השליטים להזדהות עם המלוכה המצרית. הם מוקמו בנמל הראשי של אלכסנדריה ונראו לעיני כל זר שנחת באלכסנדריה.
מדיניות חוץ.