הוועדה העיקרית בסנאט שעסקה בחקירת קומוניסטים הייתה תת-הוועדה לביטחון פנימי (Senate Internal Security Subcommittee, ובקיצור SISS). הוועדה הוקמה ב-1950 ותפקידה היה לאכוף את החוקים הנוגעים לריגול, סבוטז', והגנה על ביטחון הפנים של ארצות הברית. יושב ראש הוועדה היה חבר הסנאט פט מקארן (Pat McCarran), והוועדה בראשותו זכתה למוניטין של ועדה הנוהגת בחקירותיה בזהירות וביסודיות. הוועדה חקרה במשך שנה את פעולותיו של גוף שנקרא "המכון ליחסים באוקיינוס השקט", ארגון חוץ-ממשלתי שהיה מורכב מחוקרים ודיפלומטים שעסקו במערכת יחסי החוץ של המדינות לחופו של האוקיינוס השקט, במטרה לקדם שיתוף פעולה כלכלי ומדיני ביניהן. לאחר מלחמת העולם השנייה ומלחמת האזרחים הסינית הפכה סין למדינה קומוניסטית, וזאת למרות ההשקעות העצומות של ארצות הברית במפלגה הלאומית הסינית. חברי הפורום היו בין אלה שהואשמו ב"איבוד סין", כלומר באחריות לנפילתה בידי הקומוניסטים. נטען, כי נמצאו עדויות לעמדות פרו-קומוניסטיות. תשומת לב מיוחדת הופנתה לאחד מחברי הפורום, אוון לטימור (Owen Lattimore), שהיה עורך כתב העת של הפורום, והוא הואשם בידי מקארן שהיה "כלי שרת מודע ורהוט בידי קונספירציות סובייטיות". אף על פי שהיה בסיס מסוים להאשמות על עמדות פרו-קומוניסטיות בפורום, לא נמצאו ראיות כנגד לטימור. עם זאת, הוא הואשם בעדות שקר בפני הוועדה ב-1952, אך לאחר שבית משפט פדרלי ביטל את רוב ההאשמות ואחד מן העדים נגדו הודה בעדות שקר, הסתיים ב-1955 המשפט בלא כלום.
מקארתי עצמו היה יושב הראש של תת-הוועדה הקבועה לחקירות של הסנאט ב-1953 וב-1954. במהלך כהונתו הפעיל את הוועדה לכמה משימות חקירה כנגד קומוניסטים. תחילה בחן מקארתי טענות להשפעה קומוניסטית בקול אמריקה, ולאחר מכן עבר לבחון האשמות דומות בשירות הספריות מעבר לים של מחלקת המדינה של ארצות הברית. קטלוגים של ספריות אלה נסרקו במגמה למצוא יצירות של סופרים שנראו למקארתי כלא ראויים. לאחר מכן מנה מקארתי בפני תת-הוועדה והתקשורת רשימה של סופרים פרו קומוניסטים, כביכול. מחלקת המדינה נכנעה ללחץ שנוצר, והורתה לספרנים בספריות אלה להסיר מן המדפים, "חומרים שנכתבו בידי אנשים שנויים במחלוקת, קומוניסטים, תומכי ואוהדי הקומוניזם, וכדומה". כמה מן הספריות שרפו את הספרים האסורים.
אז החלה הוועדה של מקארתי לחקור את צבא ארצות הברית. החקירה החלה במעבדת חיל הקשר של הצבא, בפורט מונמות. מקארתי הצליח לזכות בכמה כותרות כאשר טען שישנה רשת ריגול מסוכנת הפועלת בתוך מכוני המחקר של הצבא, אך בסופו של דבר לא הביאה החקירה לשום תוצאה. מקארתי הפנה את תשומת לבו למקרה שבו קודם רופא שיניים צבאי לדרגת מייג'ור, אף על פי שסירב לענות על שאלות במבחן נאמנות של הצבא. ניהול החקירה על ידי מקארתי, שהיה כרוך גם בהטחת עלבונות בקצין בכיר בדרגת בריגדיר גנרל, הביא לסדרת שימועים שנקראו "שימועי מקארתי-צבא" (Army-McCarthy hearings). שימועים אלה נמשכו 36 יום ובהם הטיחו מקארתי ונציגי הצבא זה בזה האשמות והאשמות נגד, בפני צופי טלוויזיה בכל רחבי ארצות הברית. לא הייתה הכרעה ברורה בשימועים אלה, אך חשיפתו של מקארתי בפני הציבור בארצות הברית הביאה לירידה תלולה בפופולריות שלו. בתוך פחות משנה ספג מקארתי ביקורת של הסנאט, ומעמדו ככוח בולט ומוביל במאבק האנטי קומוניסטי חוסל למעשה.
רשימות שחורות.
ב-24 בנובמבר 1947 אישר בית הנבחרים זימון ל"עשיריית הוליווד" לשימוע לקראת האשמתם בביזיון הקונגרס. יום לאחר מכן הודיע אריק ג'ונסטון, נשיא איחוד הקולנוע של ארצות הברית (Motion Picture Association of America), כי חברי "עשיריית הוליווד" יפוטרו, וכי האולפנים הודעה זו נמסרה כהודעה לעיתונות, בשם ראשי האולפנים הגדולים, וכונתה מאוחר יותר "הצהרת וולדורף", על שם המלון שבו נמסרה. אירוע זה מסמל את תחילתה של הרשימה השחורה של הוליווד. עם זאת, למרות העובדה שמאות פוטרו או נמנעה מהם עבודה בהוליווד, האולפנים לא הודו שקיימת רשימה שחורה כזו.
בשלב זה הפכו מבחני נאמנות וחקירות אנטי-קומוניסטיות לצורך גדל והולך בתחומים שונים, בהם רצו המעסיקים להוכיח שעובדיהם נקיים מחשד. חברות שחששו שעסקיהן רגישים מדי, או שחששו שהן פגיעות מדי לדעת הקהל (כמו תעשיית הבידור בהוליווד), עשו שימוש בחקירות אלה, שנוהלו על ידי גופים פרטיים. גופים אלה, שנשכרו על ידי החברות הגדולות, חקרו מועמדים לעבודה על דעותיהם הפוליטיות והשתייכותם לארגונים שונים. בחקירות של גופים מעין אלה לא הייתה לנחקר זכות לנוכחות של עורך דין מטעמו, ולעיתים התבקש הנחקר להגיב להאשמות מבלי שניתנה לו הזכות לחקור בעצמו את המאשים. ארגונים אלה גיבשו רשימות של ארגונים, פרסומים, אסיפות, ארגוני צדקה וכדומה שהיו קשורים או בעלי דעה בשמאל המפה הפוליטית, ובצידם רשימות של אנשים שהיו או נחשדו כקומוניסטים. פורסמו ספרים ועיתונים שעקבו אחרי ארגונים ויחידים קומוניסטים או נוטים לשמאל.
חוקים ומאסרים.
במאמץ להגן על ארצות הברית ממה שנדמה כאיום של חתרנות סובייטית, נחקקו מספר חוקים פדרליים. "חוק רישום הזרים" (Alien Registration Act), או "חוק סמית'" שנחקק ב-1940, קבע כי אדם ש"יעודד, יתמוך, ייעץ או ילמד שהפלת ממשלת ארצות הברית או אחת ממשלו המדינות בכוח היא מעשה רצוי או ראוי", עובר עבירה פלילית; כך גם מי ש"יקים ארגון שילמד, ייעץ או יעודד ביצוע מעשה כזה, או יהיה חבר או קשור לארגון שכזה". מאות קומוניסטים ואחרים נתבעו לדין על סמך חוק זה בין 1941 ל-1957. אחד עשר ממנהיגי המפלגה הקומוניסטית של ארצות הברית הורשעו על סמך חוק סמית' ב-1949, במה שנקרא משפטי כיכר פולי; עשרה מהם נידונו לעונשי מאסר של חמש שנים, ואחד נידון לשלוש שנות מאסר. עורכי הדין שהגנו עליהם במשפט נידונו לעונשי מאסר על בזיון בית המשפט. ב-1951 הועמדו לדין עשרים ושלושה מנהיגים אחרים של המפלגה, בהם אליזבת גורלי פלין, אחת ממייסדות האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות. רבים מהם הורשעו על סמך עדות, שמאוחר יותר התבררה כשקרית. עד 1957 הועמדו לדין 140 מנהיגים ופעילים במפלגה מכוח חוק סמית', ו-93 מתוכם הורשעו.
חוק ביטחון הפנים, או "חוק מקארן", שנחקק ב-1950, הטיל חובה על כל ארגון קומוניסטי להירשם אצל התובע הכללי של ארצות הברית. החוק יזם את הקמת "הועדה לבקרת פעילויות חתרניות" (Subversive Activities Control Board) שנועדה לחקור חשודים בפעילויות חתרניות, או המנסים לקדם הקמת דיקטטורה טוטליטרית, פאשיסטית או קומוניסטית. מחברים בארגונים כאלה נמנעה האפשרות לקבל אזרחות, ובמקרים מסוימים נמנעה מהם כניסה או יציאה מארצות הברית. אזרחים שנמצא כי עברו על החוק היו עלולים לאבד את אזרחותם. החוק קבע גם תקנות מעצר לשעת חירום, ונתן בידי הנשיא את הסמכות ללכוד ולעצור "כל אדם שלגביו יש יסוד סביר להאמין שאותו אדם בוודאי יעסוק או יקשור קשר עם אחרים לעסוק במעשים של ריגול או חבלה". החוק גם הביא להידוק הסייגים על כניסת זרים וגירוש, ואיפשר לעצור אנשים חתרנים, לא נאמנים או מסוכנים בזמני מלחמה או מצבי חירום לאומיים. עוד קבע החוק כי הפגנה מול בתי משפט במטרה להפריע לדיונים או להשפיע על מושבעים היא עבירה.
יש שרואים בחוק זה את "החקיקה הרצינית היחידה של עידן מקארתי", אך למעשה לחוק לא הייתה השפעה משמעותית מלבד יצירת דרך להטרדה חוקית. החוק לא נאכף מעולם בשל המספר הרב של השימועים שנדרשו, דחיות וערעורים. החוק לא נאכף אפילו לגבי המפלגה הקומוניסטית עצמה. ב-1965 וב-1967 קבעו בתי משפט כי חלקים מהחוק מנוגדים לחוקה.
ב-1952 קבע חוק ההגירה והלאומיות (Immigration and Nationality), או חוק מקארן-וולטר, כי הממשלה תוכל לגרש מהגרים או אזרחים העוסקים בפעילות חתרנית, ולמנוע מחשודים בחתרנות להיכנס למדינה. רוב סעיפי החוק עוסקים בהסדרת ההגירה לארצות הברית ובקביעת כללים שיסדירו מי רשאי להגר למדינה. הנשיא הארי טרומן הטיל תחילה וטו על החוק, בטענה שזהו חוק "לא אמריקאי" (Un-American), בשל ההגבלות המוטלות על הגירה ממזרח אירופה דווקא כאשר האוכלוסייה שם זקוקה לעזרה, אך הקונגרס שב וקיבל אותו ברוב של שני שלישים המבטל את הוטו.
ב-1954 נחקק חוק נוסף, חוק השליטה (על) קומוניסטים (Communist Control Act). החוק עבר ברוב מוחץ בשני בתי הקונגרס, לאחר דיון קצר מאוד. החוק נוסח על ידי ג'ון מרשל בטלר הרפובליקני ויוברט האמפרי הדמוקרטי, והיה למעשה הרחבתו של חוק ביטחון הפנים מ-1950. מטרתם הייתה להפוך את המפלגה הקומוניסטית ללא חוקית, וכך גם ארגונים אחרים שהוגדרו כ"ארגונים שאליהם הסתננו קומוניסטים". על פי החוק, ארגונים אלה "אינם ראויים לאף אחת מהזכויות, זכויות היתר והחסינויות המשרתות גופים חוקיים". לחוק זה לא הייתה השפעה משמעותית, והוא יצר שיתוף הפעולה המוזר בין ליברלים לשמרנים שהיו בין תומכיו. החוק הופעל בהצלחה רק פעמיים: ב-1954 נעשה שימוש בחוק כדי למנוע מחברי המפלגה הקומוניסטית להשתתף במשאל בניו ג'רזי, וב-1960 צוטט החוק כנימוק על פיו נמנע מהמפלגה הקומוניסטית להיות מוכרת כמעסיקה במערכת הפיצויים למובטלים של מדינת ניו יורק. העיתון ניו יורק פוסט קרא לחוק "מפלצתיות", "התכחשות שפלה לעקרונות הדמוקרטיה", ואילו העיתון "ניישן" (The Nation) האשים את הליברלים הדמוקרטיים ב"חרדה נוירוטית של שנת בחירות, שנועדה לחמוק מההאשמה כאילו הם 'רכים מדי עם הקומוניסטים', גם במחיר הקרבת זכויות חוקתיות".
תמיכה ציבורית.