הלם ההתפכחות ניפץ את האמונה בהתקדמות הליברליזם ברוסיה ושם לאל את התקווה כי יהודי רוסיה ככול יהודי אירופה מתקדמים לקראת שוויון זכויות אזרחי ועתידים להשתלב בחברה הרוסית. הוא חיזק באופן דרמטי את ידיה של קבוצת המשכילים שדגלו במגמה לאומית-יהודית. ברוסיה של שנות השמונים של המאה ה-19 הוכיחו הפוגרומים את צדקת המשכילים, אנשי הספר, כמו פרץ סמולנסקין, אשר מחה נגד כל צורה של התבוללות וחייב את העצמאות היהודית. קודם לכן היה מצעו של סמולנסקין מבוסס על לאומיות תרבותית לשונית שנחשבה בת קיימא במסגרת המדינה הרוסית, ואילו לאחר הפרעות הוא פונה אל אפשרות ההגירה ומעדיף במפורש את ארץ ישראל כיעד להגירה. השינוי הכפול בעמדת המשכילים, אשר קודם לכן דגלו בהשתלבות, התמזג עם רעיונות ומאמצים מסורתיים אשר התקשרו להתיישבות יהודית בארץ-ישראל, כתוצאה מכך התפוגגו במקצת רגשות האיבה אשר שררו בין המסורתיים לבין המשכילים. במילים אחרות נוצר בסיס למאמץ משותף אשר עתיד היה להשפיע השפעה מרחיקת לכת על צמיחתה של תנועה לאומית אשר ארץ ישראל מגמתה.
תוכנית אוגנדה כפתרון לשאלת היהודים.
בקיץ 1903 התקיים בקרב האגודות הציוניות ברחבי העולם ויכוח נוקב סביב "תוכנית אוגנדה" - תוכניתו הטריטוריאלית של הרצל לפתרון בעיית היהודים. למרות הלחצים אשר הפעיל הרצל, תמכו אגודות רבות בעמדתו הנגדית של אוסישקין לפיה רק בארץ ישראל ניתן לפתור את בעיית היהודים. באפריל 1904 התקיים בווינה כינוס של הוועד הציוני הגדול. הכינוס כונה "וועידת ההתפייסות", והנושא המרכזי שנדון בו הייתה פרשת אוגנדה. הכינוס הסתיים בהבטחת הרצל להמשיך לדבוק בארץ ישראל, יחד עם זאת הוחלט להוציא משלחת שתבדוק אם השטחים אשר במערב אפריקה ראויים ליישוב יהודים. מכאן שהמאבק בין הרצל לבין יריביו בראשות אוסישקין וראשי התנועה הציונית ברוסיה עדיין לא הוכרע.
התנועה הציונית הייתה במשבר קשה סביב השאלה לאיזו פעילות יש לחתור. לאחר כישלון המגעים המדיניים של הרצל עם ראשי האימפריה העותמאנית התלבטו ראשי הציונות בדבר המשך פעולתם. האם להמשיך במשא ומתן עם טורקיה למרות הכישלון? האם לשבת ללא מעש ולחכות להזדמנות בה ייאלצו ראשי האימפריה לשאת ולדון עם הציונים? האם לנקוט בטקטיקה "המעשית" הישנה של חובבי ציון ולפעול להרחבת היישוב היהודי בארץ ישראל גם ללא קבלת רשות כדי שהעובדות שייווצרו בשטח יהוו בבוא הזמן קלף מיקוח שלא ניתן להתעלם ממנו?
לאחר מותו הפתאומי של הרצל ביולי 1904 גברה המבוכה סביב המחלוקת, והמאבק בין הזרם המעשי לבין הזרם המדיני החריף. בקונגרס הציוני השביעי אשר התכנס בקיץ 1905 בבזל נקבע כי רק בארץ ישראל ובטריטוריות הסמוכות לה ניתן להגשים את הרעיון הציוני וכי העבודה המעשית בארץ ישראל תעמוד במרכז פעולתה של התנועה הציונית. התומכים בהתיישבות בארץ ישראל ניצחו בעוד שהתומכים בתוכנית אוגנדה ספגו מפלה ניצחת, הודיעו על פרישתם מההסתדרות הציונית והודיעו על הקמת הסתדרות ציונית טריטוריאלית.
ההחלטות בקונגרסים הציוניים.
לאחר מותו של הרצל נבחר דוד וולפסון לנשיא ההסתדרות הציונית. הציונים מרוסיה קיוו כי הוא יסטה מדרכו "המדינית" של הרצל, אך הם התבדו. הוא נקט במדיניות דומה לזאת שבה נקט הרצל בשעתו. הוא ביקש הכרה דיפלומטית בציונות והתנגד לפעילות "מעשית" בארץ ישראל. יעדו המדיני היה השגת הכרה מדינית של האימפריה העותמאנית ביעדי הציונות. וולפסון נשען על תמיכה פוליטית מצד הציונים במערב אירופה ובמרכזה. הציונים ממזרח אירופה הציבו אופוזיציה לו ולמדיניותו. לנוכח זאת בקונגרס הציוני השמיני שהתקיים ב-1907 בהאג הציע חיים ויצמן את מיזוג שני הזרמים לזרם מאוחד ואיתן: הציונות הסינתטית, כמו כן הוכרז על הכוונה לפתוח בארץ ישראל סניף של ההסתדרות הציונית. שנה אחר כך מונה ארתור רופין לראש "המשרד הארצישראלי" אשר פעל נמרצות למען העלייה וההתיישבות היהודית. בקונגרס הציוני התשיעי אשר נערך בדצמבר 1909 בהאמבורג דרשו "המעשיים" להחליף את וולפסון באישיות אשר תפעיל מלוא כוחה ועצמתה הפוליטיים לטובת הפעילות "המעשית" בארץ ישראל. וולפסון נשאר יושב ראש התנועה, אולם המדיניות הפכה ל"מעשית" לחלוטין וכספי התנועה הוזרמו לפעילות בארץ ישראל. בקונגרס העשירי גרמו "המעשיים" להתפטרותו של וולפסון ובמקומו מונה ועד פועל בן חמישה חברים, ארבעה מרוסיה ורק אחד, אוטו וארבורג, "מדיני". וארבורג מונה ליושב ראש ההסתדרות הציונית. הוא גילה עניין רב בהתיישבות ותמך ביוזמותיו של ארתור רופין. בקונגרס הציוני ה-11 אשר התקיים בבזל בקיץ 1913 חגגו "המעשיים" את ניצחונם. היה ברור כי העלייה, מפעלי ההתיישבות הכפריים והעירוניים ורכישת קרקעות הם הבסיס להמשך המפעל הציוני.
העלייה הראשונה והישגיה (1904-1881).
היישוב הישן, לפני "העלייה הראשונה", מנה כ-26,000 יהודים אשר חיו בעיקר בארבע ערי הקודש (ירושלים, חברון, טבריה וצפת). בעלייה הראשונה עלו לארץ כ-30,000 איש במשך 13 שנה. העולים לא השתייכו למוסדות לאומיים מאורגנים, אלא התארגנו באגודות פרטיות אשר בהן השקיעו את מעט כספם כדי לקנות אדמה בארץ ישראל, להתפרנס בכבוד ולהימלט מהאנטישמיות. לעולים הייתה גם מטרה לאומית - ייסוד מושבות חקלאיות אשר יהוו בסיס לשיבת עם ישראל למולדתו ההיסטורית. הם רצו לחיות חיים יצרניים ולהתפרנס מעבודת האדמה, כמו כן רובם היו דתיים אשר ביקשו להמשיך את חייהם הדתיים בארץ, אך גם ביקשו לפתח בה תרבות עברית לאומית.
בעלייה הראשונה בלטה קבוצה מאורגנת בשם ביל"ו ("בית יעקב לכו ונלכה"). קבוצה זו כללה סטודנטים צעירים, חילוניים, בעלי השקפה סוציאליסטית אשר החליטו להיות חלוצים לפני העם. הם הגיעו לתובנה כי הקדמה הנאורה של המאה ה-19 לא הביאה ליהודים מאומה מלבד בוז והשפלה, לכן פנו אל הנוער היהודי מעל דפי "המליץ" בקוראם: "זרים אנחנו פה וזרים נהיה גם שמה. לנו לבחור דרך אחרת...הדרך היא ציונה! ציונה! ציונה! לארץ אבותינו, ארץ ישראל". הם הצהירו על נכונותם להקדיש כל מרץ נעוריהם למשימה הגדולה של שיקום העם בציון. במצעם האידאולוגי נאמר כי מטרתה של קבוצת ביל"ו "להושיע ולהתאמץ להשיב את ישראל אל ארץ נחלת אבותיהם ... לשאת את דגל הלאומיות ולמצוא לו מסילה בלבב כל איש אשר בשם עברי יכונה... להפיץ בקרב היהודים בארץ ישראל חרושת... את כל אשר יעשה האדם, יעבוד בזעת אפו ויגיע כפיו... מבלי דרוש עזרת אחרים". בהיותם רווקים הם היו פנויים יותר לפעילות לאומית, לכן הם לקחו חלק בייסוד מושבות אשר בהן הקימו משקים חקלאיים. המושבה הראשונה אשר נוסדה בשפלת החוף ב-1882 על ידי עולים מרוסיה הייתה ראשון לציון, אחר כך נוסדו מושבות נוספות במרכז הארץ, בשומרון ובגליל. הם רצו לשפר את המצב החומרי והמוסרי של יהודי ארץ-ישראל, לעודד יהודים לעלות ארצה, ולהתיישב בה. יתר על כן הם ביקשו להיות דוגמה ומודל לאחיהם היהודים והיו מוכנים לעזור ככל יכולתם למייסדי המושבות החדשות. האידיאליזם הנועז שלהם הפך לסמל העלייה הראשונה. למרות כל האמור לעיל מספר הביל"ויים אשר באו לארץ ישראל בזמנים שונים היה כ-60 בסך הכול; רבים מהם עזבו את הארץ, ורק 15 מהם התיישבו ישיבת קבע במושבות הארץ: שישה בראשון לציון ושבעה בגדרה. גדרה אשר נוסדה ב -1884 הייתה היישוב היחידי שבהקמתו השתתפו ביל"ויים, והיישוב השמיני שהוקם בארץ מאז 1882. בנוסף היו עולים בעלייה הראשונה אשר התיישבו ביפו ובחיפה, חיזקו אותן מספרית וכלכלית, הכניסו בהן חיים מודרניים בעלי תרבות אירופאית, אולם גם הם חוו קשיים רבים וחלקם הניכר ירדו מהארץ.
תמיכת הברון ג'יימס אדמונד דה-רוטשילד.
המתיישבים נתקלו בקשיים רבים הואיל ולא היו רגילים לעבודת אדמה, בנוסף תנאי האקלים הקשים והמחלות לא אפשרו להם להתפרנס מעבודתם. השלטונות הטורקיים לא נתנו אישורי עלייה, ועבור כל אישור בנייה או/ו קניית אדמה דרשו בקשיש (שוחד). המתיישבים הערביים לא אהדו את המתיישבים, הם פשטו על המושבות ושדדו את רכושן. כתוצאה המושבות הגיעו למשבר כלכלי ונזקקו לתמיכת הברון אדמונד דה-רוטשילד אשר הסכים לתמוך במושבות מבחינה כלכלית.
הברון לא רק תמך במושבות קיימות, אלא גם קנה אדמות והקים עליהן מושבות חדשות בהן ביסס את תעשיית היין אשר הפך לענף ייצוא מצליח. הברון אשר רצה כי המושבות תהיינה רווחיות הביא פקידים מצרפת כדי שינהלו את כל ענייני המושבה. הפקידים חילקו תמיכה כספית למשפחות, הכניסו פועלים ערביים למושבות בשל ניסיונם בעבודה חקלאית ובשל היותם כוח עבודה זול. הם גם הכניסו שומרים ערביים למושבות. כתוצאה איבדה המושבה את האופי הלאומי-חלוצי שלה והפכה למפעל פילנתרופי (מפעל נתמך). הפקידים גירשו מהמושבות כל מי שהתנגד למדיניותם. בנוסף מבחינה לאומית עצרה מדיניות הברון את התפתחות היישוב משום שבמקום לפתח חיים עצמאיים נוצרה תלות לא רק בכספי הברון ובפקידיו, אלא גם בעבודה ערבית ובשמירה ערבית. אף על פי כן, הברון הציל את המושבות ממשבר, הגדיל את מספר המושבות והביא להתפתחות חקלאות חדשה בארץ. ב-1899 מסר הברון את ניהול המושבות לחברת יק"א אשר החזירה את הניהול העצמי למושבות, וזו הביאה להתעוררות חדשה במושבות.