ספיר נולד בשם פנחס קוֹזְלוֹבְסקי (קאזלאווסקי) בשנת 1906 בעיירה סובאלק שבצפון-מזרח פולין (אז תחת שלטון האימפריה הרוסית). ב-1926 החל לעבוד כגזבר בארגון החלוץ במועצה של גרודנה וביאליסטוק. בהמשך עבר למרכז "החלוץ" בוורשה שם עסק בניהול הכלכלה של הארגון ובגיוס כספים לחוות ההכשרה בפולין וברוסיה (בין השאר לחוות ההכשרה בגרוכוב). בוגר סמינר למורים, עלה לארץ ישראל ב-1929 והתיישב בכפר סבא, שם חי עד מותו ב-1975.
תחילת פעילותו הציבורית.
תחילת פעילותו הציבורית הייתה במוסדות מקומיים בכפר סבא. בתחילה היה פעיל במועצת הפועלים ביישוב, ובהמשך חבר המועצה המקומית. בכפר סבא עמד ספיר בראש מפעל המים.
ספיר התקדם בתחום המים, עבר למישור הארצי, התמנה למזכיר חברת המים "מקורות" עם הקמתה ושימש למעשה סגנו של לוי אשכול ב"מקורות" בין השנים 1937–1950.. על אופיו "הסוער והנאמן" של ספיר מספר שמחה בלאס, מתכנן המים של "מקורות":
ב-1947 התמנה למנהל "אגף האפסנאות" של ההגנה, וכהמשך ישיר לכך עסק במלחמת העצמאות בהעברת נשק. עם זאת, שירת בחיל המשמר באזור כפר סבא. עם הקמת המדינה היה למנכ"ל משרד הביטחון (אוקטובר 1949 - נובמבר 1951). בעקבות דרישתו של דוד בן-גוריון לעברת את שמו (כמו מיתר בכירי השירות הציבורי), בחר בשם "ספיר", שמקורו בשם משפחתה של אמו, ספירשטיין. מיולי 1953 עד דצמבר 1955 היה מנכ"ל משרד האוצר.
ספיר היה בין יוזמיה ומקימיה של אוניברסיטת תל אביב, עמד לימינה ודאג להקמתה, לביסוסה ולגידולה המהיר.
שר המסחר והתעשייה.
התיק הראשון של ספיר כשר היה תיק המסחר והתעשייה (1955), ובמסגרתו שקד על פיתוח התעשייה בעיירות פיתוח ודאג להשיג תקציבים לבניית מפעלים ולפרויקטים לאומיים גדולים כגון המוביל הארצי. בשנת 1959 נבחר לכנסת מטעם סיעת מפא"י, וכיהן בכנסת באופן רציף עד מותו.
ספיר השקיע מאמצים בשכנוע משקיעים זרים לבנות מפעלים בישראל. דוגמה אחת לכך הייתה כאשר הזמין ב-1960 את התעשיין ישראל פולק לבוא לישראל ולהקים מפעל לטקסטיל. ספיר רצה למקם את המפעל בקריית גת – יישוב שזה אך הוקם, והיה זקוק לזריקת עידוד – אלא שחשש מכך שפולק יירתע מן העובדה שהיישוב מרוחק מגוש דן. כדי להגשים את חזונו הוא אסף את פולק במכוניתו בחמש לפנות בוקר ממלונו בתל אביב, וציווה על נהגו לנסוע בשיא המהירות לקריית גת. מאחר שהתנועה באותה שעה הייתה מאוד דלילה, ארכה הנסיעה פחות מחצי שעה, וכך השתכנע פולק להקים את המפעל, בהניחו שהוא ימוקם במרכז הארץ.
ספיר כיהן בתפקיד שר המסחר והתעשייה בין השנים 1955–1965, ושב לכהן בתפקיד בין השנים 1970–1972. בחלק מן השנים (1963–1965, 1970–1972) כיהן ספיר כשר המסחר והתעשייה נוסף על תפקידו כשר האוצר.
שר האוצר.
עם מינוי לוי אשכול כראש הממשלה ב-1963 נתמנה ספיר לתפקיד שר האוצר (משרד שהכיר מכהונתו בו כמנכ"ל בשנים 1953–1955), נוסף על תפקידו כשר התעשייה והמסחר. גם בתפקיד זה גילה מרץ בלתי נלאה כשהוא מעורב בכל פעולות העשייה של המשרד. בתפקיד זה כיהן ספיר עד מרץ 1974, למעט תקופה של כשנה ורבע (אוגוסט 1968 – דצמבר 1969), אז עזב את משרד האוצר כדי לשמש כמזכ"ל מפלגת העבודה, אך נשאר בממשלה כשר בלי תיק.
בראשית כהונתו עסק ספיר בפיתוח המשק, אולם בהמשך נאלץ להתמודד עם המיתון שפרץ ב-1966. המיתון פרץ ממספר סיבות: סיום השילומים מגרמניה; השלמת העבודות הציבוריות הגדולות, כמו נמל אשדוד והמוביל הארצי; הפסקת גלי העלייה הגדולים; עלייה בצריכה הפרטית לנפש ללא עלייה מקבילה בתוצר. ב-14 בפברואר 1966 הוצג תקציב המדינה בכנסת (שנת התקציב בישראל התחילה בתקופה זו ב-1 באפריל), ובמהלך הישיבה הודיע ראש הממשלה לוי אשכול על המיתון באופן רשמי. הבעיות שעמדו על הפרק ערב הכניסה למיתון היו הגירעון הלאומי המצטבר, עליית השכר במשק והגדלת תקציב הביטחון הנדרשת. על מנת לפתור את הבעיות, יזמו אשכול וספיר מדיניות שכללה מחד העלאת מסים ומאידך קיצוץ בתקציב הממשלה (ספיר הציג זאת בכנסת: ). צעדים נוספים שנקט ספיר במסגרת המיתון היו צמצום תקציבי הפיתוח, הפחתת אשראי וקיצוץ בייבוא חומרי גלם.
מדיניות הריסון הכלכלי אמנם הצליחה לצמצם את הגירעון ולמנוע עליית אינפלציה, אך הכניסה את המשק הישראלי למיתון מלא, העלתה את האבטלה מ-3.5% ל-11.5%, הובילה לירידה בתוצר ובהשקעות, ולבסוף הורידה את רמת החיים. למרות ניסיונותיהם של ספיר ואשכול לטעון כי מדובר במשבר חולף ודבריו של ספיר כי "הניתוח אינו יכול שלא להכאיב", נפגע מאוד בעקבות המשבר אמון הציבור בממשלתו ובמיוחד בהנהגתו הכלכלית (אשכול, ספיר, משרד האוצר ובנק ישראל). בתקופת ההמתנה שלפני מלחמת ששת הימים החל המיתון להחריף, לאחר שגויסו רוב הגברים העובדים במשק, והכלכלה שיתקה את פעילותה.
לאחר מלחמת ששת הימים הייתה ישראל שרויה במצב חדש. השטח בשליטת מדינת ישראל הוכפל פי 4, והזדמנויות כלכליות חדשות עמדו בפני ממשלת ישראל: כריית נפט ומשאבים נוספים מחצי האי סיני; קרקע פורייה לחקלאות ברמת הגולן; ופיתוח התיירות (בייחוד באתרים בעלי פוטנציאל תיירותי מובהק כמו אופירה בסיני, העיר העתיקה בירושלים, בית לחם בגדה המערבית והר חרמון ברמת הגולן). כמו כן המלחמה גררה אחריה עולים משכילים ואמידים מארצות מערביות מפותחות – לצד כמיליון ערבים בשטחים, שסיפקו משאב עבודה זמין וזול.
במציאות החדשה, החליטה הממשלה להילחם במיתון על ידי הגדלת הגירעון התקציבי לטובת פיתוח המדינה. ספיר התנגד בתוקף לשלטון ישראלי בשטחים, וטען כי יש להיכנס למשא ומתן עם מדינות ערב, אך קיבל את הכרעות הממשלה והמנהיגים הבולטים בתקופה (לוי אשכול, גולדה מאיר, משה דיין ויגאל אלון) ושיתף פעולה עם המציאות הקיימת. כך הוא הוביל את המשק הישראלי לאחת מתקופות הגאות המוצלחות ביותר בתולדותיו, בין השנים 1967–1973. באוגוסט 1968, לאחר התפטרותה של גולדה מאיר מתפקיד מזכ"לית מפלגת העבודה הוא קיבל את בקשת הנהגת המפלגה למלא את התפקיד לכשנה, ולשם כך עזב את משרד האוצר, ונשאר כשר ללא תיק. עם כינונה של ממשלת גולדה השנייה בדצמבר 1969 חזר למשרד האוצר, וסיים את תפקידו כמזכ"ל המפלגה, אליו נבחר לובה אליאב. עם שובו למשרד בדצמבר 1969 (ולמעשה גם בעת היעדרו) נשמרה אותה מדיניות כלכלית. ספיר המשיך בתפקידו זה עד פרישתו מהחיים הפוליטיים ביוני 1974.
עם התפטרותה של גולדה מאיר מראשות הממשלה בעקבות מסקנות ועדת אגרנט ב-1974, הוצע לספיר להתמנות לתפקיד הרם במקומה, אך הוא סירב. יש הטוענים שאילו ספיר היה רוצה בראשות הממשלה באותה תקופה, דבר לא היה מונע בעדו מלהשיגה.
במקום זאת תמך ספיר ביצחק רבין במועמדותו לתפקיד, וסייע לו לזכות בפריימריז מפלגת העבודה נגד יריבו שמעון פרס.
ספיר היה פטרונו של חבר הכנסת ואיש העסקים אברהם שפירא, בשנת 1959 העיירה אור עקיבא הייתה לאחד מיעדי הפיתוח של ספיר, והחליט ללחוץ על שפירא ואף לעזור לו לרכוש מפעל קטן שלימים יקרא "שטיחי כרמל". מאז קשרי השניים הלכו והתהדקו.
ספיר מילא את תפקיד יו"ר הסוכנות היהודית משנת 1974 ועד יום מותו. נפטר מהתקף לב במהלך טקס הכנסת ספר תורה בבית הכנסת של יהודי קוצ'ין במושב נבטים בנגב, ב-12 באוגוסט 1975.
משפחתו.
ספיר נישא לשושנה, הם התגוררו בכפר סבא ונולדו להם בן ושתי בנות. בשנת 1971 נפטרה רעייתו ממחלה ממארת.
בנובמבר 1974 נשא ספיר בשנית את רבקה אל נתן, מזכירת ארגון אמהות עובדות בירושלים.
נכדתו היא הסופרת והמוזיקאית מיכל ספיר, ואחייניו הם חתני פרס ישראל, הפיזיקאי שמואל שטריקמן והביוכימאי נתן שרון.
הערכת פועלו.
ספיר נודע במהלך השנים במנהגו להתהלך עם פנקס שחור שעל פיו ניהל את מדיניותו; ברצותו לזרז את פיתוח הארץ, סייע רבות לבעלי הון שהשקיעו בישראל, במיוחד כאשר הבטיחו ליצור תעסוקה. על כך זכה לשבחים וכן לביקורת, על שהעשיר משקיעים, ובהם גם רמאים, גנבים ואנשים שהותירו חובות כבדים שהוטלו על המדינה.
ספיר נחשב לאיש החזק בפוליטיקה הישראלית. מילא תפקיד מרכזי בחשיפת הפרטים על עסק הביש ועל פרשת לבון, אשר הביאו לבסוף להתפטרותו של דוד בן-גוריון. ובמשך תקופה מסוימת זכה לתואר "ממליך ראשי ממשלות".
תדמיתו של ספיר בציבור הייתה של דמות עממית מחוספסת, טמפרמנטית, בולדוזר שמניע דברים, אשר נוטה לחסות על בעלי הון, אשר נעזרים בו להאדיר את הונם יותר – אך שמטרתו העליונה היא טובת החברה והכלכלה הישראלית, וטובת הנאה עצמית היא ממנו והלאה.
הוא חי בדירה צנועה בכפר סבא, ובעת שהותו בירושלים בענייניו הוא חלק יחד עם פוליטיקאי חבר חדר שחולק על ידי מחיצה מבד.
אי-יכולתו לבטא את האות "ל" כהגייתה בעברית (הוא ביטא אותה בדומה להגה Ł בפולנית), שבאה לידי ביטוי בנאומיו ובריאיונותיו והייתה ל"סמל המסחרי" שלו, הפכה אותו לאובייקט משעשע אך רק הגבירה את הפופולריות שלו בציבור.
רבים טוענים כי הוא היה הטוב מבין כל שרי האוצר בישראל, ורבים מאלה שזוכרים אותו מתגעגעים אליו ואל תקופתו ואל תנופת הפיתוח האדירה שאפיינה אותו. רבים אחרים מבקרים היבטים שונים של פעילותו הנמרצת, שאופיינה על ידי ניהול ריכוזי ואישי ("הפנקס השחור"), שאינו מתיישב עם כלכלת שוק, ועל העדפת חברי מפלגה בשירות הציבורי ובחברות ממשלתיות, הסתדרותיות ואחרות.
היכל התרבות בכפר סבא והקריה סביבו נקראים על שמו.
כן נקראים על שמו המכללה האקדמית ספיר על יד שדרות, אתר ספיר של המוביל הארצי, פרס ספיר וקרן מפעל הפיס ע"ש פנחס ספיר, המרכז לפיתוח ע"ש פנחס ספיר ליד אוניברסיטת תל אביב, אזור התעשייה החדש בנתניה (קריית ספיר; פולג) בתי ספר באזורים שונים בארץ ועוד.
כלל לופיטל