ההסבר לבקשותיו של ריב״ז, על פי מסורת זו, היא המשך פעולת ההנהגה המעשית והרוחנית היהודית, על ידי הצלת בית הנשיא שסימל את שלטון בית דוד, אישור המשך קיומו של מרכז רוחני אחד לפחות, שיהווה חלופה לבית המקדש שחרב בירושלים, והצלת רבי צדוק שהיה סמל לצדיק שהרבה בתעניות, כדי שלא תחרב ירושלים.
אולם, מחוץ למסורת חז"ל, נקשר אותו מעשה דווקא ליוסף בן מתתיהו, הן בתיאורו בספריו, מלחמת היהודים וחיי יוסף, והן בדברי היסטוריונים רומאיים בני תקופתו. ואכן, רוב חוקרי התלמוד בשנים האחרונות סוברים, על סמך ניתוח טקסטואלי והשוואה של הטקסט הזה למסורות דומות, כי מדובר בטקסט תלמודי מאוחר, בעוד שאברהם שליט משער שייתכן בהחלט ששני האישים, ריב"ז ויוסף בן מתתיהו, אכן ניבאו את נבואת הכתרתו של אספסיאנוס לקיסר רומא, אולם כל אחד ניבא בזמנו, ולכל אחד מהם היו לו הנימוקים שלו.
לאחר החורבן.
כששמע רבן יוחנן בן זכאי כי חרב בית המקדש קרע את בגדיו והתאבל כמו על מת. את סיבת החורבן תלה באי קיום מצוות: "לא רציתם לשקול לשמים בקע לגולגולת, הרי אתם שוקלים חמישה עשר שקלים למלכות אויבכם". נחמתו לעם הייתה שאומנם אבדה היכולת לכפר עוונות בהקרבת קורבנות, אך "יש לנו כפרה אחת שהיא כמותה, ואיזה? זה גמילות חסדים".
עם סיום המלחמה, פעל רבות לשיקום היהדות החרבה, בדמות חידוש מרכז אוטונומי בעיר יבנה. הממשל הרומי שסמך על אהבת השלום שלו, הניח לו לפעול ולהקים את הסנהדרין כמרכז רוחני, ללא גוון מדיני. חשיבות מיוחדת הייתה לתקנות הסנהדרין ביבנה בראשותו, שהנציחו את זכר המקדש, קבעו את לוח השנה מחדש, וכן חודש הקשר עם תפוצות הגולה.
אישיותו.
רבן יוחנן בן זכאי חי ופעל בתקופת חורבן בית שני, ולפי האגדה בתלמוד הבבלי מסכת גיטין הוא ישב בירושלים כאשר החל המצור על העיר. בזמן המצור הוא גרס שאין טעם להילחם נגד הרומאים. הוא צפה שיחרב המקדש והבין שהחורבן יביא הרס על על קיום עם ישראל ותורתו.
אגדה נוספת המתארת את השקפתו הייחודית של ריב"ז, היא שראה פעם נערה מלקטת מתוך גללי בהמות של ערבים, שעורים שלא עוכלו. לשאלתו, אמרה כי היא בתו של נקדימון בן גוריון, אחד משלשת עשיריה הגדולים של ירושלים עד החורבן. "בכה רבן יוחנן בן זכאי ואמר: אשריכם ישראל! בזמן שעושין רצונו של מקום, אין כל אומה ולשון שולטת בהם, ובזמן שאין עושין רצונו של מקום, מוסרן ביד אומה שפלה, ולא ביד אומה שפלה אלא ביד בהמתן של אומה שפלה".
פטירתו.
בסוף ימיו עבר רבן יוחנן מיבנה לכפר ברור חיל. על פי המסורת, הוא נפטר בגיל 120. בשעת פטירתו כינו אותו תלמידיו: , ושאלו למה הוא בוכה. השיב להם שיש לפניו שתי דרכים האחת של גן עדן והשנייה של הגיהנום, ואינו יודע באיזו מוליכים אותו. כשביקשו שיברכם אמר להם: , הם תהו, וכי די בכך, והוא אמר להם: "ולוואי!" במשנה נאמר: .
עם פטירתו, שבו תלמידיו לממשיכו כראש הסנהדרין, רבן גמליאל דיבנה: . חמישה תלמידו של ריב״ז היו: ר' אליעזר בן הורקנוס, ר' יהושע בן חנניה, ר' יוסי הכהן, רבי שמעון בן נתנאל, ר' אלעזר בן ערך.
מקום קבורתו.
משערים שרבן יוחנן בן זכאי נפטר בברור חיל.
תיעוד ראשון לקברו נמצא במסעות בנימין מטודלה (כ-1050 שנה אחרי פטירתו) הטוען לקברו בטבריה.
רבי שלמה בן שמעון דוראן מתאר את קברו בהר הזיתים שבירושלים (כ-1300 שנה ארי פטירתו).
הנצחתו.
על שמו היישוב בן זכאי; בירושלים קיים בית כנסת על שמו - בית הכנסת יוחנן בן זכאי; במספר יישובים קיימים רחובות על שמו: אלעד, בני ברק, חיפה, פתח תקווה, רמת השרון, תל אביב וירושלים.
מקור משפחתו.
הראשונים נחלקו בשאלה האם רבן יוחנן היה כהן או לא. דעת רש"י שהיה כהן; ואילו בעלי התוספות שוללים מכל וכל את הייחוס הכהני של רבן יוחנן, ומוכיחים זאת מדבריו במשנה במסכת שקלים המובאת בגמרא במסכת מנחות, ובה מתריס רבן יוחנן כנגד הכהנים על שדרשו מקרא באופן שגוי מתוך דאגה להנאת עצמם. הם מעירים כי אף שמתוך ציטוט מדבריו של רבן יוחנן המובא בתוספתא בעניין הכנת אפר פרה אדומה, בו העיד כי הכין את אפר הפרה האדומה במו ידיו, עבודה השמורה לכהנים, משמע לכאורה שהיה כהן, יש לפרש את דבריו "עשו ידי" כמתייחסים לעשיית הפרה בידי הכהנים על פי הוראותיו ובהשגחתו.
דרכו.
המאמרים המיוחסים לרבי יוחנן בתלמוד מעידים על מעלותיו המוסריות התרומיות. כתלמידו של הלל הזקן (וגם הקטן שבהם כפי המסופר בחז"ל), נהג כדרך בית הלל שביקשו לעשות סייג לתורה ללא חומרות יתירות, ומספר הלכות הוכרעו לצד דעת בית הלל בהשפעתו. אף באגדה הלך בשיטת הלל, בדרך סבלנות ואהבת הבריות:
על פי המסופר בתלמוד, חי רבי יוחנן 120 שנה כאשר שליש מתוכם הוקדשו למסחר, שליש ללימוד ושליש להוראה והנהגה: רבן יוחנן בן זכאי עסק בפרגמטיא ארבעים שנה, ושימש חכמים ארבעים שנה ופירנס את ישראל ארבעים שנה. ועוד נאמר עליו כי "מימיו לא שח שיחת חולין".
דברי הערכה למידת הבקיאות והידע הפנומנליים שלו מופיעים בספרות חז"ל:
ובנוסח שונה מעט:
כלומר הוא עצמו אמר בענווה שעל אף שלמד הרבה, לא נטל מחוכמת מלמדיו אלא מעין מה שזבוב נוטל מהים. והדגיש: "אם למדת תורה הרבה אל תחזיק טובה לעצמך כי לכך נוצרת".
רבן יוחנן בן זכאי היה נוהג למתוח ביקורת על מי שלומד תורה ורוכש ידע תאורטי, אך אין בידיו מעשים ולחילופן על מי שיש בידו מעשים טובים ללא חכמת התורה:
חמשת תלמידיו היו רבי אליעזר בן הורקנוס, רבי יהושע בן חנניה, רבי יוסי הכהן, רבי שמעון בן נתנאל ורבי אלעזר בן ערך.
רבן יוחנן בן זכאי הדריך להימנע ממעשי קנאות כנגד מקומות פולחן זרים, שעלולים להחמיר את המצב:
בראי הדורות, הפכה דרך פעולתו: הכרה בעליונותו של הכוח הנוכרי השולט ושתדלנות מולו, לסמל להתנהגות מנהיג יהודי ריאליסטי בגולה. דרכו בהחלט לא הייתה משותפת לזרמי הפרושים כולם. עד היום מוזכרת אישיותו בוויכוח הפוליטי כדוגמה לדעות יוֹניות הבאות מתוך תפיסה מפוכחת של המצב, בניגוד להתנהגותן של דמויות כשמעון בר גיורא וכיוחנן מגוש חלב במרד הגדול. מנגד, היו שדנו לשלילה את פועלו וראו בו את מי שהעדיף להציל את התורה ולא את המדינה.
נשיאותו.
רב שרירא גאון כתב באגרתו: על פי מסורת זו, התואר "רבן" ניתן לו משום שכיהן תקופה מסוימת כנשיא הסנהדרין, על אף שלא השתייך למשפחת נשיאי בית הלל הזקן, והתקנות הגדולות שתיקן ביבנה מצביעות על מעמדו הרם. בין החוקרים חלוקות הדעות אם רבן יוחנן שימש כנשיא או לא ומה היה מעמדו והיקף סמכויותיו.
תקנותיו.
לריב"ז הייתה תושייה בעת המשבר שנוצר לאחר חורבן בית שני בשנת 70 לספירה, והוא חוקק תקנות חדשות יחד עם חכמי יבנה, כדי להתאים את המצוות להמשך קיום הדת היהודית ללא בית מקדש. הם קבעו ביבנה את בית הדין הגדול שמילא למעשה תפקיד של סנהדרין ומוסד מחוקק. ב הוזכרו תשע תקנות דתיות של הסנהדרין ביבנה, ומלבדן תוקנו גם תקנות חברתיות. בין היתר נקבעו דיני עיבור השנה, ומספר מנהגים מעבודת המקדש הונהגו לדורות משום זכר למקדש. להלן תשע התקנות הדתיות:
א) תקיעה בשבת
יום טוב של ראש השנה שחל להיות בשבת, במקדש היו תוקעים אבל לא במדינה. משחרב בית המקדש, התקין רבן יוחנן בן זכאי שיהו תוקעין בכל מקום שיש בו בית דין. אמר רבי אלעזר: ״לא התקין רבן יוחנן בן זכאי אלא ביבנה בלבד״. אמרו לו: אחד יבנה ואחד כל מקום שיש בו בית דין.
תקנה זו נועדה לשקם את היהדות אחרי החורבן וליצור יהדות שמתקיימת גם ללא מקדש, במציאות שיש רק בית דין. המשפט "לא התקין רבן יוחנן בן זכאי אלא ביבנה בלבד" מצביע על כך שרבי אלעזר (או אליעזר) גרס שלפי רבי יוחנן, יש לרכז סמכויות במקום אחד. אולם חכמים לא קיבלו זאת, הם סברו שמותר לתקוע בשופר בראש השנה שחל להיות בשבת בכל עיר שיש בה בית דין.
בתקנה זו נחלקו החכמים ותלמידיו של רבן בן זכאי, בנוגע לשאלה האם התקנה חלה רק על העיר יבנה או על כל מקום שבו קיים בית דין והאם תקנה זו היא "ציון עובדא העולה מאליה".
ב) נטילת לולב כל שבעה
בראשונה היה הלולב ניטל במקדש שבעה ובמדינה יום אחד. משחרב בית המקדש, התקין רבן יוחנן בן זכאי שיהא לולב ניטל במדינה שבעה זכר למקדש.
מטרתה של התקנה היא שימור המנהגים הקיימים וזכרו של בית המקדש שנחרב בלבו של העם. מעבר לכך, בצורה זו גם הועברה מצוות נטילת הלולב מזיקתה למזבח לחיי בית הכנסת.
ג) אכילת "חדש" - "שיהא יום הנף כולו אסור"
במקדש היו מקריבים ביום ט"ז בניסן את מנחת העומר. לפני ההקרבה היה אסור לאכול מתבואת אותה שנה, איסור שנקרא "איסור חדש". לפני שחרב הבית היו אוכלים מחצות היום ואילך כי ודאי כבר הקריבו, כאשר חרב הבית אסר רבן יוחנן לאכול חדש עד הערב. בגמרא נאמרו שני פירושים לכך: (א) מדאורייתא מותר איסור חדש כבר מבוקר ט"ז בניסן כשאין בית מקדש, ותקנה זו אוסרת את התבואה כל אותו היום מחשש שמא, כשיבנה הבית, מי שהיה רגיל לאכול מהבוקר יעשה זאת כרגיל, בלי לדעת שצריך לחכות עד הקרבת הקורבן; (ב) מדאורייתא אסור לאכול חדש כל יום ט"ז בניסן אלא אם הוקרבה מנחת העומר במהלכו, ורבן יוחנן בן זכאי הוא זה שדרש הלכה זו מן הכתובים ופרסם אותה, אך לא חידש תקנה עצמאית.
מרגע חורבן בית המקדש ועד תיקון התקנה הזו (יום הנף), המשיכו הרחוקים ואולי אף הקרובים להמתין עד מחצית היום, כדי לאכול מן החדש (התבואה החדשה). רבן יוחנן בן זכאי ניתק את שעת היתר האכילה מהחדש מתלותה המוחלטת בעבודת המזבח שהפסיקה להתקיים כתוצאה מחורבן בית המקדש, וקבע כי כל היום אסור באכילת התבואה החדשה. בתקנה קיים מילוי של חלל שנוצר עם החורבן, אך אין שינוי בהלכה האוסרת על הציבור היהודי לאכול מן החדש לפני ט״ז בניסן.
קידוש החודש