הגנה על אזרחי להט"ב בדרום אפריקה מבוססת על סעיף 9 לחוקת המדינה, האוסר על אפליה על רקע מין, מגדר או נטייה מינית, וחל על גורמים ממשלתיים ופרטיים. בית המשפט לחוקה קבע כי יש לפרש את הסעיף גם כאיסור על אפליה נגד טרנסג'נדרים. בשנת 2000, הפרלמנט חוקק את חוק קידום השוויון ומניעת אפליה בלתי הוגנת (PEPUDA), המחדש את האיסור החוקתי ומקים בתי דין מיוחדים לשוויון לטיפול באפליה על ידי גורמים פרטיים. חוק ההון בתעסוקה, 1998 וחוק הדיור להשכרה, 1999 אוסרים במפורש אפליה בעבודה ובדיור, בהתאמה. ה-"PEPUDA" אוסר בנוסף על דברי שטנה והטרדה על סמך כל אחת מהעילות האסורות. בדרום אפריקה לא קיים שום חוק סטטוטורי המחייב עונשים מוגברים על פשעי שנאה, אך שנאה המונעת על ידי הומופוביה יוחסה לאורך השנים על ידי בתי המשפט כגורם מחמיר במתן גזר הדין.
באוגוסט 2011, משרד המשפטים הקים צוות משימה לאומי ("NTT") לטיפול בסוגיית פשעי שנאה נגד חברי קהילת הלהט"ב הדרום אפריקאית. באפריל 2014, שר המשפטים ג'ף ראדבי השיק אסטרטגיית התערבות לאומית לקהילת הלהט"ב ("National Intervention Strategy for LGBTI Communities") שפותחה על ידי צוות המשימה הלאומי עבור טיפול באלימות מבוססת על רקע מין ואלימות על בסיס מגדר נגד חברי הקהילה. ה-"NTT" הקים צוות תגובה מהירה לטיפול במקרים פליליים לא פתורים בדחיפות והפיק עלון מידע עם שאלות נפוצות על אזרחי להט"ב. ראדבי הצהיר כי משרד המשפטים "הכיר בצורך במסגרת חוקית ספציפית לפשעי שנאה" בעוד כי הנושא "יהיה נתון לדיון ציבורי".
חוק מניעה ומאבק בפשעי שנאה ודברי שטנה.
הצעת חוק למניעה ומאבק בפשעי שנאה ודברי שטנה, שנמצאת תלויה ועומדת בפרלמנט, תוציא מחוץ לחוק פשעי שנאה ודברי שטנה על רקע גזע, זהות מגדרית ונטייה מינית, בין היתר. התייעצות ציבורית בנושא הצעת החוק התקיימה בין אוקטובר לדצמבר 2016. בעקבות קריאות לפיהן הצעת החוק הייתה מעורפלת מדי ומאיימת על חופש הביטוי, שונו הוראות העוסקות בדברי שטנה כדלקמן: "כל אדם המפרסם, מפיץ או דוגל בכוונה בדבר המתקשר לאדם אחד או יותר באופן מכוון שעלול להתפרש באופן סביר כמוכיח כוונה ברורה להזיק או לעורר נזק; או לקדם או להפיץ שנאה, בהתבסס על אחד או יותר מהעילות הבאות: גיל, לבקנות, לידה, צבע, תרבות, נכות, מוצא אתני או חברתי, זהות מגדרית או מגדר, מצב HIV, שפה, לאום, סטטוס מהגר או פליט, עיסוק או מסחר, השתייכות פוליטית או הרשעה, גזע, דת או מין, הכוללים נטייה מינית או מעמד אינטרסקס". קבינט השרים אישר את הצעת החוק במרץ 2018 אשר הייתה אמורה לעבור בשתי הלשכות של הפרלמנט לפני שתהפוך לחוק. עם זאת, הצעת החוק התפוגגה באופן אוטומטי כאשר הפרלמנט פוזר ב-7 במאי 2019. בנאום התקציב שלו, שר המשפטים ושירותי הכליאה רונלד למולה התחייב כי המחלקה שלו תחייה את הצעת החוק ותציג אותה לפרלמנט בתקופת שנת 2020.
בריונות בבתי ספר.
לדרום אפריקה אין חוק ספציפי המתייחס נגד בריונות או בריונות נגד תלמידים השייכים לקהילת הלהט"ב. עם זאת, חוק ההגנה מפני הטרדה 17 משנת 2011 מביא הקלה נרחבת לכל קורבנות הטרדה, כולל ילדים. חוק צדק הילד 75 משנת 2008 נועד לשקם ולפייס ילדים מתחת לגיל 21. בהתאם לגיל, בריון יוכל לשאת באחריות פלילית למספר רחב ביותר של מעשים פליליים, לרבות תקיפה, הפחדה, רצח, גניבה, פגיעה בזדון ברכוש, הצתה ועוד, בהתאם לעובדות של כל מקרה לגופו.
על פי המחלקה לחינוך בסיסי בדרום אפריקה, תלמידים מדרום אפריקה הם "הילדים הסובלים מבריונות באופן הרחב ביותר בעולם". בסקר משנת 2015 אשר נערך על ידי לימודי מתמטיקה ומדעים בינלאומיים ("International Mathematics and Science Study"), 44% מהתלמידים המשתתפים בכיתה ה' (גילאי 10–11) דיווחו על קבלת בריונות שבועית ו-34% מדי חודש. אחוז זה היה הגבוה ביותר מבין 38 המדינות שנבדקו בעוד 48% מהתלמידים בבתי ספר ממלכתיים דיווחו על בריונות שבועית ותלמידי כיתה ט' (גילאי 14–15) היו השלישיים הסובלים ביותר ברמות בריונות, אחרי תאילנד ובוטסואנה השכנה, עם 17% אשר הוטרדו מדי שבוע ו-47% מדי חודש.
זהות מגדרית.
חוק שינוי תיאור המין ומעמד המין בדרום אפריקה מאפשר לאנשים טרנסג'נדרים להגיש בקשה לשינוי מעמד מגדרם במרשם האוכלוסין, ובעקבות זאת לקבל תעודות זהות ודרכונים המעידים על זהותם המגדרית המועדפת. החוק מחייב את האדם לעבור טיפול רפואי או כירורגי, כגון טיפול הורמונלי חליפי אם כי אין חיוב עבור העברת ניתוח להתאמה מגדרית לצורך הכרה.
מספר פסקי דין של בית הדין לעבודה פסקו נגד מעסיקים אשר "התעללו בעובדיהם שביצעו שינוי מגדרי" לאורך השנים.
שירות צבאי.
לסביות, הומוסקסואלים, טרנסג'נדרים וביסקסואלים מוצהרים רשאים לשרת בגלוי בכוחות ההגנה של דרום אפריקה. בשנת 1996, הממשלה אימצה את "הספר הלבן על ההגנה הלאומית" שכלל את ההצהרה כי "בהתאם לחוקה, כוחות ההגנה של דרום אפריקה לא יפלו לרעה אף אחד מחבריהן על רקע נטייה מינית".
בשנת 1998, משרד ההגנה אימץ מדיניות בנושא שוויון הזדמנויות והעדפה מתקנת, לפיה אין לחקור מתגייסים על נטייתם המינית בעוד כוח ההגנה "אינו מתעניין באופן רשמי בהתנהגות המינית החוקית של חבריו".
חוק ההגנה משנת 2002 הופך את זה לעבירה פלילית עבור כל חבר בכוחות ההגנה או עובד משרד ההגנה "להשפיל או לגלות עוינות או סלידה לכל אדם על רקע נטייה מינית".
טיפולי המרה.
החברה לפסיכיאטרים בדרום אפריקה קובעת כי "אין הוכחות מדעיות לכך שטיפול המרה יעיל בשינוי נטייתו המינית של האדם. עם זאת, ישנן עדויות רבות לכך שטיפול מסוג זה יכול להיות הרסני".
בפברואר 2015, בעלי מחנה המבצע טיפולי המרה נמצאו אשמים ברצח, התעללות בילדים ותקיפה בכוונה לגרום נזק גופני חמור לאחר שנמצאו שלושה בני נוער מתים במחנה. בני הנוער הוכו באגפים ובצינורות גומי, נקשרו למיטותיהם, לא הורשו להשתמש בשירותים בשום זמן ונאלצו לאכול סבון וצואה משלהם, וכל זאת במטרה "לרפא את ההומוסקסואליות שלהם".
תרומת דם.
עד שנת 2014, שירות הדם הלאומי של דרום אפריקה הטיל הגבלות על תרומת דם על גברים המקיימים יחסי מין עם גברים (MSM), אשר נדרשו לעבור תקופת דחייה מקיום יחסים עד כשישה חודשים לפני פנייתם לתרומת דם. הגבלות אלה הוסרו לחלוטין בשנת 2014 במדיניות אשר כללה נייטרליות מגדרית או נטייה מינית האוסרת תרומות מכל תורם פוטנציאלי אשר היה לו בן זוג מיני חדש בששת החודשים האחרונים, או שיש לו יותר משותף מיני אחד.
תנאי מחיה.
לאורך השנים, היו מספר מקרים שבהם נשים לסביות דרום אפריקאיות היו קורבנות של רצח, אלימות פיזית או "אונס מתקן" עבור "ריפוי נטייתן המינית", בעוד מקרים אלה התרחשו בחלקם, בשל האיום הנתפס שהנשים "מהוות לסמכות הגברית המסורתית" במדינה. במאי 2011, פרופסור חואן נל הצהיר לארגון זכויות האדם אמנסטי אינטרנשיונל כי "על פי מחקרים של שלושה מתוך תשעת המחוזות של דרום אפריקה, גברים הומוסקסואלים הם קורבנות של תקיפה מינית הומופובית באותה תדירות כמו נשים הומוסקסואליות" וקבע כי "על ידי תת-דיווח על קורבנות גברים, התקשורת יצרה את התפיסה שהם נמצאים בסיכון נמוך יותר לפשעי שנאה". בדומה לקורבנות נשים, גברים הומוסקסואלים שאינם מוגדרים כבינארים מגדרית נחשבים בסיכון הגבוה ביותר לאלימות, בעוד פעילים האשימו את המשטרה בטיפול רשלני בתקריות, כולל סדרה של תשע רציחות הקשורות לגברים הומוסקסואלים לכאורה בין השנים 2010-2013.
אף על פי מקרים מזדמנים של גילויי הומופוביה, באזורים עירוניים מרכזיים ברחבי דרום אפריקה כגון יוהנסבורג, פרטוריה, דרבן וקייפטאון, קיימות קהילות להט"ב משגשגות לצד חיי לילה נרחבים. מצעדי גאווה שנתיים מתקיימים בקייפטאון, יוהנסבורג, דרבן, פרטוריה וסווטו, בעוד ערים קטנות יותר כמו בלומפונטיין, פולוקוואנה, פורט אליזבת, מבומבלה, איסט לונדון, פיטרמריצבורג וקניסנה, מארחות גם כן אירועים, מועדוני לילה וברים הומוסקסואלים. קניסנה ידועה כעיר המארחת את פסטיבל הלהט"ב "Pink Loerie Mardi Gras and Arts Festival" המושך אליו תיירים מכל רחבי המדינה.
מדיה.
תוכניות טלוויזיה וקולנוע דרום אפריקאיות הפיקו לאורך השנים תוכניות המתמקדות בחיי להט"ב. אופרות סבון מרובות הציגו את חיי חברי הקהילה, בהן חלק מהבולטות יותר הייתה ארוכת השנים אשר הציגה מערכת יחסים הומוסקסואלית.