במהלך שש שנותיו בתפקיד, הגדיל ג'ונסון את צוות הבית הלבן בהחלטות חקיקתיות. לג'ונסון לא היה ראש סגל רשמי. עוזרו וולטר ג'נקינס ניהל את הבית הלבן. ג'ורג' רידי, עוד עוזר, היה לדובר הבית הלבן כשפייר סלינג'ר התפטר במרץ 1964. הוראס בובסי, עוזר ותיק של ג'ונסון, כתב את נאומיו והיה סגנו של היועץ לביטחון הלאומי, מקג'ורג' באנדי. ביל מויירס היה הצעיר ביותר בצוות של ג'ונסון. הוא תיאם את לוחות הזמנים שלו וכתב חלק מנאומיו, אולם התקדם במהירות. הוא ניהל ופיקח על תוכניות החברה הגדולה וניהל את מסע הבחירות של ג'ונסון ב-1964. לאחר מכן היה ראש הסגל של ג'ונסון בין אוקטובר 1964 ל-1966. בין יולי 1965 לפברואר 1967, היה גם דובר הבית הלבן. שלושת אלו היו עוזריו הנאמנים ביותר של ג'ונסון.
סגן נשיא.
ג'ונסון היה הנשיא האמריקאי האחרון שכיהן ללא סגן נשיא לצידו, מיום כניסתו לתפקיד עם רצח קנדי ועד 20 בינואר 1965 (425 ימים), אז הושבע סגן הנשיא הנבחר, יוברט האמפרי. גם קודמו הארי טרומן כיהן ללא סגן נשיא עד 1949. הסיבה הייתה חוקת ארצות הברית, שלא קבעה שום דרך למינוי סגן-נשיא, אם התפנתה משרה זו לפני תום הקדנציה. לאחר מכן תוקנה החוקה (התיקון ה-25) ונקבע כי במקרה של פינוי משרת סגן-הנשיא, ימנה הנשיא, באישור שני בתי הקונגרס, את סגן-הנשיא. בתקופה זאת היה יושב ראש בית הנבחרים, ג'ון מקורמיק, ליורשו של ג'ונסון.
מינויים לבית המשפט.
ג'ונסון הצליח למנות שני שופטים (ונכשל במינוי שני שופטים) לבית המשפט העליון של ארצות הברית במהלך כהונתו:
בנוסף לכך, מינה ג'ונסון ארבעים שופטים לבית המשפט לערעורים ו-126 שופטים לבתי המשפט המחוזיים. גם שם היו מחלוקות, ושלושה מועמדים לבתי המשפט המחוזיים, ואחד לבית המשפט לערעורים, לא אושרו בסנאט עד לתום נשיאותו.
בחירות 1964.
הוועידה הדמוקרטית הלאומית בחרה בג'ונסון בקלות ב-1964 והיללה את הישגיו לאחר שנה בתפקיד. רבים רצו שרוברט קנדי ירוץ כסגנו של ג'ונסון, אולם ג'ונסון סירב. הוא חשש שקנדי ייקח קרדיט על היבחרו כנשיא. יוברט האמפרי נבחר להיות סגנו של ג'ונסון כדי לחזק אותו במערב התיכון ובצפון מזרח המדינה. ג'ונסון ערך ראיונות להאמפרי כדי לוודא שיהיה נאמן לחלוטין, ובנוסף הסתיר את המינוי מהעיתונות עד לרגע האחרון. עם תום הוועידה, הראו הסקרים על יתרון של ג'ונסון.
ג'ונסון התמודד מול המועמד הרפובליקני בארי גולדווטר מאריזונה. הבחירה הייתה בין ליברל לשמרן, וגולדווטר היה המועמד השמרן ביותר של כל מפלגה מאז הניו דיל. בתחילת המירוץ נראה גולדווטר כמועמד חזק, שזכה לתמיכה רבה בדרום, בתגובה שג'ונסון ציפה לה עקב העברת חוק זכויות האזרח. אולם גולדווטר איבד מומנטום ככל שמסע הבחירות התקדם. ג'ונסון הצליח לצייר את גולדווטר כקיצוני מסוכן, שעלול להשתמש ביד קלה בנשק גרעיני. שיאו של מסע הבחירות כלל את "תשדיר החרצית" – פרסומת הפחדה ששודרה פעם אחת ברשת NBC ב-7 בספטמבר 1964, והייתה בין הגורמים שתרמו לניצחונו של ג'ונסון. השילוב בין מסע בחירות מוצלח, קיצוניותו של גולדווטר ומסע בחירות רע שהריץ גולדווטר, יחד עם האהדה לג'ונסון, הובילה לניצחון. ג'ונסון ניצח את גולדווטר בקלות, כשהוא זוכה ל-61% מהקולות, בפער של 23% מיריבו, ב-44 מתוך 50 המדינות ובמחוז קולומביה. היה זה הניצחון הגדול ביותר של נשיא בבחירות בהיסטוריה של ארצות הברית עד אותה עת. בנוסף היה זה ההפרש הגבוה ביותר בין מועמדים במאה ה-20 - יותר מ-15.95 מיליון קולות - שאותו עקף הנשיא ניקסון ב-1972. בחבר האלקטורים, השיג ג'ונסון 486 אלקטורים לעומת 52 לגולדווטר.
פרט לדרום, ניצחו הדמוקרטים בכל האזורים בבחירות לקונגרס. הדמוקרטים השיגו רוב של 32–68 סנאטורים ובבית הנבחרים רוב של 140–295 חברים. כך היה להם רוב מיוחס בבתי הקונגרס שהיה חסין מפני וטו. הסיבה הייתה החשש מפני גולדווטר והתמיכה בנשיא קנדי. הניצחון אפשר לג'ונסון להציע חקיקה ליברלית בקונגרס.
עם זאת, מועמדותו הלא מוצלחת של גולדווטר השפיעה על המפלגה הרפובליקנית ועל התנועה השמרנית. מסע הבחירות שלו זכה לראשונה באהדה במעוזים הדמוקרטיים בדרום העמוק. על כך צוטט ג'ונסון באומרו לאחר הבחירות: "איבדנו את הדרום".
במיסיסיפי, מדינה בה פרנקלין דלאנו רוזוולט זכה בכמעט 100% מהקולות ב-1936, זכה גולדווטר ב-87% מהקולות. כיוון שמדינות כמו מיסיסיפי ואלבמה לא תמכו במועמד רפובליקני מאז תקופת השיקום, וכיוון שג'ורג'יה מעולם לא בחרה במועמד הרפובליקני עד בחירות אלה, היה זה שלב חשוב בהפיכת הדרום למעוז רפובליקני, אם כי בבחירות לקונגרס ולמחוקקים המדינתיים מעבר זה היה הדרגתי. על אף זאת, ב-11 המדינות שהיו בעברן בקונפדרציה, זכה ג'ונסון ב-51% מהקולות בממוצע.
מדיניות פנים.
מבחינת מדיניות פנים היה ג'ונסון אחד הנשיאים המובילים בקידום זכויות האזרח ובחקיקה חברתית. בזמן כהונתו היה למפלגה הדמוקרטית רוב גדול בשני בתי הקונגרס, וג'ונסון הצליח להעביר חוקים שקידמו מאוד את מאבק האפרו-אמריקאים לשוויון זכויות, והגדילו את מערכת הרווחה של המדינה. שאיפתו הייתה ל"חברה גדולה" של צדק ושוויון.
ג'ונסון העביר מינויים היסטוריים בכהונתו. ב-1967 מונה העורך דין החברתי ת'ורגוד מרשל לשמש כשופט בית המשפט העליון של ארצות הברית, ובכך היה לאדם השחור הראשון שכיהן בבית משפט זה. בינואר 1966 מינה ג'ונסון את רוברט ויבר למזכיר השיכון והפיתוח עירוני, ובכך היה ויבר לאדם השחור הראשון המצטרף לקבינט ארצות הברית.
למרות כוחו הפוליטי הרב, לא היה ג'ונסון בעל השפעה בממשל קנדי. בתפקידו העביר את מדיניות הפנים של קנדי. הוא השתמש במונח "החברה הגדולה" כדי לתאר את מדיניות הפנים שלו.
חוק האוויר הנקי.
חוק האוויר הנקי של 1963, עליו חתם ג'ונסון ב-17 בדצמבר, היה החוק הממשלתי הראשון בנוגע לזיהום אוויר. הוא הקים תוכנית ממשלתית בתוך שירות הבריאות הממשלתי, והסמיך מימון ממשלתי למחקר בנושאי איכות אוויר. ב-1965 תוקן החוק ואפשר למזכיר הבריאות, החינוך והרווחה ליצור תקנים לשליטה בזיהום המכוניות. החוקים החלו החל מ-1968. הייתה זאת הפעם הראשונה בה דאג הממשל לאוויר נקי. החוק הסמיך את הממשל לחקור דרכים לשמירה על איכות הסביבה.
מיסוי.
בתחילת 1963 הציע קנדי חוק להורדת המס בקונגרס. לאחר התנגדות רבה, עבר החוק בבית הנבחרים בספטמבר. הסנאט לא מיהר לאשר את החוק ובחן אותו בוועדת הכספים. רק בכהונתו של ג'ונסון, לאחר שהסכים להוריד את התקציב לפחות ממאה מיליארד דולרים, הסכימה הוועדה להעביר את החוק. ב-26 בפברואר 1964, עבר החוק וקיצץ את שיעורי המס בעשרים אחוזים. בנוסף, הוריד החוק את שיעורי מס החברות. העברת החוק עודדה את ג'ונסון לפעול בנושאי זכויות האזרח.
ב-1968, חתם ג'ונסון על חוק מס שני. הוא חתם עליו בחוסר רצון כדי לממן את מלחמת וייטנאם. החוק כלל העלאות מיסים וקיצוצים בתקציב.
זכויות האזרח.
חוק זכויות האזרח והמאבק לשוויון.
למרות העובדה שייצג את הדרום, תמך ג'ונסון בתנועה לזכויות האזרח, והרגיש שיש צורך להעביר חוק בנושא. הנשיא קנדי הגיש חוק בנושא לקונגרס ביוני 1963, וזכה להתנגדות חריפה. וועדת המשפט של בית הנבחרים אישרה את החוק, אולם וועדת החוקים והסנאט התנגדו לחוק. הסנאטורים הדרומיים מנעו הצבעה על החוק.
מאז שהפך ליו"ר וועדת החוקים של בית הנבחרים, חסם חבר הקונגרס האוורד סמית' כל ניסיון לקדם את זכויות האזרח. ג'ונסון היה חייב למצוא דרך להתפשר עם סמית'. ב-8 בינואר 1964, בנאום מצב האומה, דרש מהמושב הנוכחי בקונגרס לפעול למען זכויות האזרח. לאחר מכן פעל למען ניסיון להעביר הצבעה על החוק ושכנע רפובליקנים ודמוקרטים לתמוך בו. ועדת החוקים החליטה לאשר את החוק והוא אושר בבית הנבחרים ב-10 בפברואר 1964, ברוב של 290 מול 110. לפני העברת החוק, הציע סמית' תיקון לחוק, בניסיון למנוע את אישורו, שהיה מונע גם אפליה מינית. הניסיון נכשל, כש-152 דמוקרטים ו-136 רפובליקנים תמכו בחוק, כשרוב ההתנגדות באה מ-88 דמוקרטים שייצגו את מדינות הקונפדרציה.
ג'ונסון שכנע את מנהיג הרוב בסנאט לערוך הצבעה על החוק מיד, ללא דיון בוועדה השיפוטית של הסנאט שנשלטה בידי תומכי ההפרדה הגזעית. המתנגדים לחוק נותרו עם כלי אחד למניעתו: פיליבסטר. כדי למנוע זאת נאלץ ג'ונסון להשיג תמיכה מצד עשרים רפובליקנים, שהחלו להתנגד לחוק עקב מועמדם הנשיאותי, גולדווטר, שהתנגד לחוק. הסנאטור יוברט האמפרי החל לפעול לטובת החוק, ושכנע את מנהיג המיעוט בסנאט ואת השמרנים מהמערב התיכון לתמוך בחוק. לבסוף הושגה פשרה בה כוחה של הוועדה להזדמנויות שוות בתעסוקה הוקטן, אולם התמיכה בחוק נותרה גבוהה. אחרי דיון שנמשך 75 יום אושר המתווה ברוב של 71 מול 29, מעט יותר מ-67 הקולות שנדרשו כדי למנוע את הפיליבסטר. רוב ההתנגדות באה מצד הדמוקרטים הדרומיים, בארי גולדווטר, וחמישה רפובליקנים שהתנגדו לחוק. ב-19 ביוני, אישר הסנאט את החוק ברוב של 73 מול 27 ונשלח לנשיא.
ג'ונסון חתם על חוק זכויות האזרח ב-2 ביולי 1964. האגדה אמרה שכשחתם עליו, אמר לעוזרו שהמפלגה הדמוקרטית איבדה את שליטתה בדרום. הנשיא ג'ונסון חתם על החוק ההיסטורי שכלל בין השאר ביטול האפליה בתשתיות הממשלתיות, בגישה לתעסוקה, בהשכלה ובפרויקטים פדרליים, וכן אסר הפרדה גזעית בבתי הספר. הוא הוציא מחוץ לתוקפם את חוקי ג'ים קרואו שעקפו את התיקונים לחוקת ארצות הברית ובכך הכשירו כל מיני צורות של אפליה כלפי אזרחיה האפרו-אמריקאים של ארצות הברית, בכלל זה שלילת זכותם להצבעה בבחירות לבתי המחוקקים המקומיים והפדרליים, כמו גם לנשיאות.