מול כנסיית הקבר (בדרום המתחם) נמצא מנזר יווני המכונה גת שמנים מטוכיון. משמעות המילה "מטוכיון" היא משכן או מקום. מכאן מתחילים היוונים את תהלוכת מרים, אם ישו, המסתיימת בקברה של מרים בסוף חודש אוגוסט בלילה לכבוד חגה של מרים שנמשך אצל היוונים מספר ימים. ממערב למתחם שלוש קפלות שנבנו כנראה עוד לפני התקופה הצלבנית, על ידי קונסטנטינוס מונומכוס ושופצו מחדש על ידי הצלבנים. הקפלה הדרומית ביותר מוקדשת ליעקב הקדוש, אחי ישו. יעקב היה גם בישופה הראשון של ירושלים. הקפלה הזו משמשת את הקהילה האורתודוקסית הערבית של ירושלים. במרכז קפלה המוקדשת למרים המגדלית. האתר המרכזי, הנראה כמו באר, מסמן את המקום בו, על פי המסורת, עמדה מרים המגדלית בעת הצליבה. בחלק הצפוני ביותר, מתחת למגדל הפעמונים, קפלה המוקדשת לארבעים המרטירים של סבסטיה (בארמניה).
משמאל לכניסה שלושה עמודים. על אחד מהם גרפיטי של צליין מוונציה שביקר בכנסייה במאה ה-14 והשאיר את שמו, Piero Vendramini, את תאריך ביקורו המדויק ואת סמלו.
על העמוד האמצעי סדק, שעליו מסופר כי הוא מתקשר לקונפליקט בין הארמנים לבין היוונים במאה ה-16, אז איבדו היוונים לתקופה קצרה את זכותם לבצע את טקס האש הקדושה, וכאשר הפטריארך הארמני ביצע את הטקס בעצמו האש לא ירדה, כהרגלה מדי שנה, בתוך האדיקולה של הקבר. במקום זאת, כנראה לאות מחאה על אי הצדק כלפי היוונים, פרצה האש הקדושה מהעמוד בכניסה ולכן מראים שם סדק מפויח. הצליינים נוהגים להשאיר בסדק הזה פתקים בדומה לפתקים שמשאירים בכותל המערבי.
מימין (ממזרח) לכניסה, מתחת ללוח עץ, נמצא קברו של צלבן אנגלי, פיליפ ד'אוביניי (Philip d'Aubigny), שהיה מורה של הנרי השלישי, מלך אנגליה, והיה מאנשי האצולה שהכריחו את המלך ג'ון בלי ארץ לחתום על המגנה כרטה בשנת 1215.
קפלת הפרנקים.
קפלת הפרנקים היא התחנה העשירית בוויה דולורוזה. בתקופה הצלבנית ניתן היה לעלות לגולגולתא דרך המדרגות החיצוניות המובילות לקפלה, שהייתה מחוברת ישירות עם הגולגולתא. בעשור השני של המאה ה-21, לא ניתן להיכנס לקפלה ללא אישור, והמעבר ממנה לתחנה האחת-עשרה על הגולגולתא סגור. בין שתי התחנות מחבר חלון מסורג דרכו ניתן להתבונן מהגולגולתא על הקפלה הקטנה. הקפלה והמדרגות המובילות אליה שייכת לקתולים. בקפלה ניתן לראות שרידי פסיפס צלבני ושלושה עמודים צלבניים מקוריים משני הצדדים. במשקוף בפינה מתוארים אשכולות ענבים המסמלים את דמו של ישו שנשפך בגולגולתא. הקפלה מכונה גם "קפלת צער מרים".
מתחת לקפלה זו מצויה קפלת מרים המצרית השייכת ליוונים אורתודוקסים. מרים המצרית הייתה אישה חוטאת שהגיעה מאלכסנדריה באונייה, וכשניסתה להיכנס לכנסיית הקבר, דחפה אותה הרוח החוצה והדלתות נסגרו עליה. משהבינה כי איננה יכולה להיכנס למקום הקדוש בגלל חטאיה, חזרה בתשובה והפכה למודל של אישה סגפנית.
הגולגולתא.
סלע הגולגולתא עליו נצלב ישו מוקף כיום במבנה משוכלל בן שתי קומות – המרפסת התלויה של הגולגולתא, והקיר הצמוד למדרגות המודרניות שהוקמו אחרי השרפה. המדרגות מדרום (שדרכן עולים למעלה) שייכות ללטינים והמדרגות מצפון (שדרכן יורדים) שייכות ליוונים האורתודוקסים. לעיתים רחוקות הפטריארך משנה את כיוון העלייה ואז יש לכך משמעות ליטורגית. למשל, ביום שישי הקדוש של הפסחא, כאשר סדרי העולם משתנים, עולה הפטריארך מהכיוון ההפוך לגולגולתא. המבנה מכיל כמה תחנות של "ויה דולורוזה":
מדרום לקפלת אדם יש דלת המובילה לקפלת מרים המצרית השייכת ליוונים אורתודוקסים. כיום זהו משרד של האחראי על הכנסייה מטעם היוונים. מחדרו ניתן לגשת לחדר הפנימי יותר המהווה סוג של רליקוואריום ענק, ובו שרידים רבים של קדושים ובמרכז שריד של הצלב האמיתי.
אולם אבן המשיחה.
אבן המשיחה, הנמצאת בכניסה לכנסייה, היא האבן שעליה לפי המסורת הנוצרית הונחה גופתו של ישוע אחרי שהורדה מן הצלב ובטרם נטמנה בקבר. אף על פי שמשיחת ישוע בשמנים מתוארת בברית החדשה, האבן עצמה איננה נזכרת: "וַיִּקְחוּ אֶת־גּוּפַת יֵשׁוּעַ וַיְחַתְּלוּהָ בְתַכְרִיכִין עִם־הַבְּשָׂמִים כְּמִנְהַג הַיְּהוּדִים לִקְבֹר אֶת־מֵתֵיהֶם" (הבשורה על-פי יוחנן יט, 40). מקום המשיחה (ולא אבן המשיחה) נזכר בכנסיית הקבר החל במאה השמינית, במיקומים שונים: בתוך קבר ישוע, באזור החצר של הכנסייה, ואחרי שיפוצה של הכנסייה על ידי הצלבנים והכנסת כל אתריה מתחת לקורת גג אחת - מקום המשיחה זוהה בלב אולם המשיחה, ליד הנקודה בה זוהה טבור העולם. אבן במקום המשיחה נזכרת לראשונה בתיאוריהם של עולי רגל שביקרו בירושלים בשנות השלושים של המאה ה-14. בתיאוריהם האבן נזכרת במקומה הנוכחי, ומתוארת כלוח עשוי אבן פורפירי שצבעה ירוק או שחור. כיום, האבן מכוסה בלוח שיש המגן עליה מפני עולי הרגל הרבים, שהותקן בשיפוץ שלאחר שנת 1810. על האנדרטה מופיע טקסט ביוונית המתאר את חשיבותה של האבן: "יוסף [הרמתי] המכובד הוריד את גופך הקדוש מן הצלב, ועטף אותו בתכריכי כותנה נקיים, משוחים במור, והניח אותו בקבר חדש".
הקיר שמאחורי האבן, החוצץ בין הכניסה לבין הקתוליקון נבנה אף הוא לאחר 1810 כקיר תמיכה זמני בקשת שעמידותה התערערה. במהלך המאה העשרים הלך וגבה הקיר כיוון שהוא שייך בלעדית ליוונים אורתודוקסים. בנייה זו כיסתה את קבריהם של ארבעה מלכים בני המאה ה-12. על קיר זה פסיפס שנוצר בשנת 1990. בפסיפס החדש ניתן לראות את העיר ירושלים וחומותיה, המזכירות את העובדה כי הצליבה התרחשה מחוץ לעיר, ושלוש סצינות עיקריות: ההורדה של ישו מהצלב (בצדדים ניתן לראות את שני הצלבים של הגנבים שנצלבו איתו ביחד), הנחתו על אבן המשיחה, והובלתו בתכריכים אל הקבר.
השליטה על אזור זה מחולקת בין הכנסיות היוונית-אורתודוקסית, הפרנציסקנית, הקופטית והארמנית. הדבר מתבטא במנורות השייכות לארבע העדות.
השטח הארמני מערבית לאבן המשיחה.
השטח מערבית לאבן המשיחה (לכיוון הקבר) שייך לארמנים. למטה נמצא פסיפס גדול, שבוצע בין השנים 1968–1982 על ידי אליעזר אנסקי, אביו של אלכס אנסקי, וישו שבפסיפס נעשה בדמותו של אלכס. הפסיפס מתאר את צליבתו של ישו ומצדדיו מרים אמו ויוחנן התלמיד האהוב. בפסיפס מתוארים גם הירח והשמש כחלק מהמערכת הקוסמית. לפני הפסיפס אתר ארמני המסמל את מקום עמידת הנשים (שלוש המריות) בעת צליבתו של ישוע. המונומנט נעשה בסגנון ארמני אופייני שחלקו העליון מעוצב בדמות הקתדרלה הארמנית באצ'מיאדזין והכתובת עליו מתייחסת לניצחונות האומה הארמנית. מעל, בגלריות, שטח נוסף השייך לארמנים המכונה "הגולגולתא השנייה" הנמצא בין הגולגולתא לבין הקבר. במקום פסיפס המתאר את לידתו של ישו במערה ואת ביקור האמגושים והרועים. הפסיפס על הרצפה חדש ומעוצב על פי דגמים ארמניים אופייניים. המזבח הקטן משמאל מוקדש לעמוד ההלקאה (חלקי עמוד ההלקאה מצויים בידי כל אחת משלוש העדות הגדולות, אם כי מדובר בעמודים מסלעים שונים).
הרוטונדה והאדיקולה.
הרוטונדה היא כנסייה הֶרכֶּזית, שבמרכזהּ הגאומטרי והפולחני מצוי קברו של ישו. צורתה קונצנטרית לכנסיות הסמוכות והיא משמשת לכנסי זיכרון. כשהגיעו המוסלמים לירושלים הם בנו את כיפת הסלע בדיוק בהיקפה של כיפת הרוטונדה של כנסיית הקבר, וגודל כיפת הקתוליקון זהה לזה של כיפת מסגד אל-אקצא. חלקהּ הפנימי של הרוטונדה שייך לשלוש העדות ונציגיהן מנקים את הרצפה על פי סבב שבועי.
סביב הקבר עמודים ממוספרים השייכים לכל אחת מהעדות הגדולות. החל מהמזרח העמודים 15–18 שייכים לארמנים, 12-14 ליוונים, 10-11 שייכים לארמנים (על אף שהחדרים עצמם באזור שייכים לקופטים), וגם העמודים 8–9 שייכים לארמנים אף שהחדר מאחוריהם, קפלת ניקודימוס, שייך (לכאורה) לסורים. עמודים 5–8 שייכים ליוונים אורתודוקסים ו-1–4 ללטינים.
הכיפה החדשה של הרוטונדה נחנכה ב-1997 והיא פרי שיתוף הפעולה של שלוש העדות הגדולות לקראת המילניום הנוצרי. בכיפה פתח המתקשר לתחייתו של ישו, מהפתח יוצאות 12 קרני אור (השליחים) ולכל קרן שלוש פינות המסמלות את השילוש הקדוש.
האדיקולה - מבנה האדיקולה (היכלית) כולל שני חללים - קפלת המלאך וקבר ישו. מבנה האדיקולה עבר מספר שינויים במהלך השנים. המבנה נחלק לשניים: חדר מבוא הידוע בשם קפלת המלאך וחדר נוסף בו נמצא הקבר עצמו. האדיקולה הנוכחית הוקמה ב-1810 על ידי יוונים אורתודוקסים בתרומה של הצאר הרוסי, לאחר שהקודמת נהרסה בשרפה שפרצה בכנסייה ב-1808. מעל האדיקולה מתנוסס עיטור חרוטי גדול המסמל את הכתר הרוסי. הקפלה מציינת את פגישת מרים, אם ישו, ומרים המגדלית עם המלאך שבישר להן על תחייתו של ישו. במרכזו ניצב מזבח עשוי אבן. על פי המסורת הנוצרית אבן זו היא אבן הגולל שסתמה את מערת הקבר המקורית. לצדי הקפלה שני פתחים עגולים שנועדו להוצאת האש הקדושה לציבור בשבת האור של חג הפסחא האורתודוקסי. מהחלון הצפוני מוציאים היוונים אורתודוקסים את האש הקדושה לקהלם, ומהחלון הדרומי מוציאים הארמנים את האש לארמנים ולסורים. דלת נמוכה מובילה לחדר הקבר עצמו.
בחדר הקבורה המדופן ישנן 43 מנורות הבוערות יומם וליל. 13 של הלטינים, 13 של היוונים, 13 של הארמנים ו-4 של הקופטים. הקבר מכוסה בלוח שיש ומעליו שלושה תבליטים המסמלים את תחיית ישו (ביוונית - אנאסתאזיס). אחת ההוכחות, לכאורה, לכך שמדובר בקברו של ישו היא העובדה כי הקבר ריק כיוון שישו קם לתחייה לאחר 3 ימים.