הטיעון לפיו חובת הצדקה היא מרכזית לנצרות ושממנה נובעת גם חובה לסובלנות חוזר גם באיגרות השנייה והשלישית ובכתבים אחרים של לוק. עם זאת, כשלוק כתב (בעילום שם) את האיגרות השנייה והשלישית ככתב הגנה על האיגרת הראשונה, הוא בחר לא להציג את עצמו כאותו המחבר של האיגרת הראשונה, אלא כקורא אנונימי, חבר בכנסייה האנגלית. כתוצאה מכך, האיגרות המאוחרות יותר לא עשו שימוש בטיעונים תאולוגיים שנחשבו לרדיקליים ביחס לדת הממוסדת.
לוק לא סבר שכל אמונה טובה כרעותה, וחשב שחשוב לקרב אנשים טועים ולהמיר את דתם של בני דתות אחרות לנצרות. אולם, הוא סבר שהנצרות עצמה מלמדת שאין לעשות זאת בכוח, אלא בסובלנות. השימוש בכוח הוא חסר תועלת כיוון שהכנסייה האמיתית לא מעודדת קונפורמיזם חיצוני למנהגי הדת, אלא אמונה אמיתית וכנה. כוח חיצוני יכול לשמש לצורך כפיית מנהגים, אך לא ניתן לכפות אמונה. פרוסט ענה ללוק שהשימוש בכוח יכול להיות מוצדק, כיוון שגם אם לא ניתן לכפות דבר על השכל, השימוש בכוח יכול להסיר מחסומים ודעות קדומות שעומדים בפני המאמינים ומונעים מהם להאמין בנצרות האמיתית. באיגרות השנייה והשלישית לוק עונה לטענה של פרוסט. טיעון זה עורר דיונים בקרב פרשנים, באשר למידה בה התאוריה של לוק על נחיצות הסובלנות תלויה בתפיסה של האמונה כרצונית, אוטונומית ומנותקת מלחץ חברתי והקשרים חברתיים אחרים.
אחד הטיעונים של לוק הוא שבאופן אמפירי אנו רואים שהדת הרשמית משתנה ממדינה למדינה, כך שבמדינה אחת נרדפים פרוטסטנטים מזרם מסוים ובמדינה אחרת נרדפים פרוטסטנטים מזרם אחר. מכאן שהדפוס של אי-הסובלנות מורה על יחסי הכוח, ולא על אמת דתית. הרדיפה הדתית היא חסרת תועלת אם משטרים שונים יכולים לקדם באמצעותה אמיתות דתיות שונות בהתאם לכוחם ולא בהתאם לנכונות אמונתם.
תפקיד השלטון המדיני וההפרדה בין דת ומדינה.
לוק קובע ב"מסה אודות הסובלנות" ובאיגרות על הסובלנות שהקהילה המדינית (Commonwealth) היא חברה של בני אדם שכוננה אך ורק על מנת להשיג, לשמר ולקדם אינטרסים אזרחיים, שהם חיים, חירות, בריאות, חופש מכאב ושמירה על רכוש. השלטון המדיני מחויב לשמור על אינטרסים אלה באמצעות החוק והאכיפה של החוק, שיכולה לכלול ענישה. מנגד, דאגה לגאולה של הנפש אינה מתפקידי הממשל. לוק מונה שלושה נימוקים לכך: ראשית, אדם לא יכול להתנכר לריבונות של עצמו לגבי האמונות שבהן הוא מחזיק באשר למה שמוביל לגאולה. אדם רציונלי לא יכול להבטיח להאמין בכל תורה שהשליט יגדיר כתורה רשמית, משום שאמונה נובעת משכנוע ולא ניתן להתחייב מראש שהשכל ישתכנע מכל תורה שכזו; שנית, כוח חיצוני לא יכול להביא בני אדם להחזיק באמונה הנחוצה לשם הגאולה. רק שכנוע פנימי יכול להוביל לכך; הטיעון השלישי הוא שגם אם כוח חיצוני היה יכול להוביל אדם לאמונה כלשהי, אין ודאות שהדת של מדינה מסוימת היא הדת הנוצרית האמיתית. אדם רציונלי לא יתחייב להאמין בכל מה שהשליט שלו מאמין, כיוון שהוא מודע לכך שהשליט יכול לטעות, והמחיר שהוא ישלם על אמונה שגויה - אובדן חיי הנצח - הוא גבוה יותר מכל מחיר שהשליט יכול לגבות.
באיגרת על הסובלנות מגדיר לוק את הכנסייה כ"חברה חופשית של בני אדם המתקבצים מרצונם שלהם, לשם עבודת אלוהים בציבור, באופן שהם סבורים כי הוא מקובל על האלוהות ומועיל לגאולת נפשותיהם". חשוב מכך, התכלית של הכנסייה שונה מתכלית המדינה, והיא אך ורק "עבודת האל בפומבי לשם השגת חיי נצח". הדרך של המאמינים לגאולה כוללת פולחן פומבי וציבורי של האל, ולכן הכנסייה זקוקה לחוקים וכללים שתפקידם להסדיר את אופן הפולחן. הזכות להתקין את החוקים והכללים האלה נתונה אך ורק לחברה עצמה, והחוקים עצמם יכולים להתייחס אך ורק לפולחן ולא לדברים הנוגעים לעולם הזה, כגון רכוש. הכנסייה לא יכולה להשתמש בכוח, כיוון שכוח לא יכול להבטיח אמונה או גאולה וכיוון שהוא שייך אך ורק לשלטון המדיני. העונש היחיד שבו הכנסייה יכולה להשתמש הוא אקסקומוניקציה.
נובע מהטיעון הזה שהכנסייה והמדינה שונות ומופרדות הן בתכלית שלהן - האחת עוסקת בעולם הבא והשנייה בעולם הזה - והן באמצעים שעומדים לרשותן על מנת להשיג את התכלית - האחת יכולה להשתמש בכוח והשנייה בשכנוע בלבד. לפי לוק, אין דבר כזה "מדינה נוצרית", טיעון שהיה רדיקלי בזמנו. השליטים יכולים להיות נוצרים, ואף ראוי שיהיו נוצרים, אך אמונתם נוגעת לגאולה הפרטית שלהם ולא לגאולה של נתיניהם.
באיגרות השנייה והשלישית מביע לוק מספר טיעונים, שמרחיבים את סמכות השליט ומספקים לגיטימציה לשימוש בכוח לצורך אכיפה של חיים מוסריים ומפוכחים. כך למשל, הוא כותב שהשלטון יכול לחוקק ולהעניש כדי למנוע שכרות, תאוותנות וכדומה. הטענה של לוק באיגרות אלה היא שלשלטון מותר לרדוף אי-מוסריות, וזאת כדי לקדם את האמת, אך אסור לו לרדוף את מי שלא מאמין בדת הרשמית. חלק מהפרשנים של לוק ביקרו אותו על כך שעמדה זו לא עקבית עם ההבחנה שלו בין תפקיד המדינה לתפקיד הכנסייה ועם הטיעונים שלו באיגרת הראשונה. אחרים טענו שעמדות אלה הן המשך של טיעוניו מהאיגרת הראשונה, תוך הרחבה של התחום שנכלל תחת ההגדרה של האינטרס או הטוב ציבורי.
ההבחנה בין הציבורי לפרטי.
ההבחנה בין הציבורי לפרטי היא מרכזית עבור הטיעונים של לוק בעד סובלנות החל מהמסה אודות הסובלנות. לפי דייוויד ווטון הבחנה זו "נהייתה אופיינית לליברליזם, מה שהופך את המסה אודות הסובלנות לטקסט מכונן במסורת הליברלית". אף שפולחן נעשה פעמים רבות בפומבי, הוא במהותו עניין פרטי של המאמין, משום שהוא נוגע לגאולה האישית שלו וליחסים בינו לבין האל. סובלנות דורשת מהמדינה להבחין בין אינטרסים שמטרתם הטוב הפרטי לבין אלו שמטרתם היא הטוב הציבורי, ולהתמקד אך ורק בדברים שקשורים בטוב הציבורי.
ההבחנה של לוק בין פרטי לציבורי חופפת במידה רבה להבחנה בין דברים שהם בין אדם לעצמו, לבין דברים שנוגעים לאחרים, בדומה להבחנה של ג'ון סטיוארט מיל בעל החירות. למשל, השליט יכול להתערב בביטוי פומבי של דיבה או של דעות שהן נגד השלום והסדר הציבורי, אך הוא לא יכול להתערב כאשר מדובר בדעות, מוצדקות או מוטעות, שנוגעות לאדם עצמו או ליחסיו עם אלוהים, ואין לגיטימציה לשימוש של השליט בכוח לשם תיקון מידות רעות של נתינים.
במאה ה-20 ההבחנה של לוק בין הפרטי לציבורי הפכה לנושא מרכזי בביקורת הפמיניסטית על הפוליטיקה הליברלית.
מקרים בהם מותרת אי-סובלנות.
לפי לוק עקרון הסובלנות תקף גם כלפי אנשים שאינם נוצרים, כגון יהודים, מוסלמים, ופגאנים. החריגים, שכלפיהם אין צורך לנקוט בסובלנות, הם אתאיסטים. חלק מהקוראים של לוק פירשו את כתביו גם כרשות לנהוג בחוסר סובלנות כלפי רומים-קתולים. כמו כן, במספר מקומות כותב לוק שמי שאינו סובלני כלפי אחרים מאבד את זכותו לדרוש סובלנות כלפיו.
המקרה שבו לוק נחרץ ביותר לגבי נחיצותה של אי-סובלנות הוא זה של אתאיסטים. לפי ג'ון דאן "עבור לוק... אתאיסטים הם איום פרקטי כה חמור, שהם מאיימים על עצם קיומה של החברה; ובגלל מידת האיום שהם מהווים - הם שקולים לגרסה רוחנית של מחלת האיידס, באופן שהיא מובנת לאנשים ההיסטריים ביותר בני זמננו - הם למעשה, בעיניו של לוק, מאבדים את רובן הגדול של זכויות האדם".
הנימוק המרכזי של לוק ללגיטימציה של רדיפת אתאיסטים היא שאין דבר שיכול להבטיח שהם יקיימו הבטחות, אמנות ושבועות, שהן לדבריו הקשרים שמאגדים את החברה:
התאוריה של לוק לגבי החברה והמדינה נשענת על ההנחה שהקשרים הפוליטיים מבוססים על הבטחות ואמנות. לפי לוק, ללא הפחד מאלוהים לא ניתן לסמוך על אנשים שהם אכן יקיימו הבטחות ולכן אתאיסטים מהווים סיכון ליסודות של החברה. לפי ג'רמי וולדרון , נימוק נוסף הוא שלאתאיסטים חסר היסוד שבאמצעותו בני אדם מכירים בשוויון בין כל בני האדם.
פרשנים של לוק ניסו להסביר בדרכים שונות את המניעים מאחורי החלטתו לתת לגיטימציה לאי-סובלנות כלפי אתאיסטים. ישנם פרשנים, בעיקר מהמסורת הפרשנית של לאו שטראוס, שנמצאים בדעת מיעוט לפיה לוק בעצמו היה אתאיסט. לפי ויליאם בלום, ניל וויטפילד וסטיוארט טגר, לוק מציע לקוראיו "טיעון סודי" לפיו הקיום של אלוהים לא ניתן להוכחה, אך היציבות של החברה הליברלית מחייבת שההמונים יקבלו את רעיון האל הנקמן, שמעניש את מי שנוהג בניגוד לחוק הטבע. פרשנות זו לא מקובלת על רוב החוקרים של כתבי לוק. פרשנות אחרת היא שהסיבה העיקרית לעמדה הנחרצת נגד אתאיזם היא שלוק רצה להימנע מהאשמות (שאכן הופנו נגדו) שגישתו מובילה לאתאיזם. לפי עמדה אחרת, לוק רצה להרחיק את עצמו מהגישה שהוא זיהה עם הובס ועם פייר בל, לפיה ניתן להסיק זכויות מאינטרסים. לוק חשב שגישה זו לא מספקת הגנה מספקת מפני רדיפה של השלטון. הוא ראה גישה זו כאתאיסטית וביקש להתרחק ממנה על ידי גינוי של אתאיזם. גישה מקובלת היא שלוק אכן האמין שלא ניתן לסמוך על אתאיסטים שיקיימו הבטחות.