עם התקרב יומו האחרון של המנדט הבריטי הייתה מפא"י המפלגה הגדולה במוסדות הלאומיים. ב"מועצת העם" אשר קדמה לכנסת הייתה מפא"י המפלגה הגדולה ביותר, וב"מינהלת העם" שקדמה לממשלה היו לה ארבעה חברים מתוך שלושה עשר, כאשר חבר נוסף שייך למפלגת לוויין ספרדית עדתית. נאמן להרגלו, לא צירף בן-גוריון איש מאנשי התנועה הרוויזיוניסטית (תנועת החרות לעתיד) ומן המפלגה הקומוניסטית אל מינהלת העם (עם זאת שותפו שתי אלה במועצת העם).
לקראת ההכרזה על הקמת מדינת ישראל, החלו פקפוקים בתוך מפא"י עצמה, ובמנהלת העם בדבר התועלת שתהיה בצעד זה, ובדבר האפשרות לדחותו. הפלישה בה איימו צבאות ערב, כמו גם סדקים שנתגלו בעמדת ארצות הברית ובתמיכתה במדינה החדשה, הביאו חברים מרכזיים במפא"י כמשה שרת ויוסף שפרינצק, אליעזר קפלן, פנחס לבון ודוד רמז, להתנגד להכרזת עצמאות מיידית. ב־11 במאי 1948 התכנס מרכז מפא"י, והחליט על תמיכה בהכרזה מיידית, ברוח עמדתו של בן-גוריון. בהצבעה שהתקיימה במנהלת העם ב־12 במאי הצביעו שניים מאנשי מפא"י (אליעזר קפלן ודוד רמז) נגד ההכרזה, בעוד ששני הנציגים האחרים (דוד בן-גוריון ומשה שרת) הצביעו בעדה. ההצבעה הוכרעה בעד הכרזת המדינה ברוב של שישה מול ארבעה.
הממשלה הראשונה.
הבחירות לאספה המכוננת נערכו ב־25 בינואר 1949. מערכת הבחירות התרכזה במיוחד בניגוד שבין מפ"ם, בעלת האוריינטציה הפרו-סובייטית, ה"חלוצית" והמהפכנית, ובין מפא"י, הממוסדת והממלכתית. בחירות אלו באו על רקע פירוקו של הפלמ"ח, ההכרעות בדבר המשך הלחימה, ועצם דמותה של המדינה בכל מובן אפשרי. מצעה של מפא"י בבחירות אלו עסק בחתימה על הסכמי שביתת נשק במלחמה, העלאת עולים ויישובם באופן שיעזור לביטחון המדינה, מעורבות ממשלתית למען מניעת משבר כלכלי, קשירת קשרים דיפלומטיים עם מדינות שוחרות שלום, פיתוח ירושלים, יצירת "משטר ממלכתי" במדינה, חקיקת חוק חינוך חובה, הלאמת מפעלים גדולים והגנה על פועלים, מתן שוויון לנשים, דאגה לחיילים וחינוך חלוצי.
במערכת בחירות זו זכתה מפא"י בהישג של 46 צירים, בעוד שמפ"ם הסתפקה ב־19 צירים. "חרות" קיבלה אז 14 צירים, וה"חזית הדתית המאוחדת" 16 צירים. הציונים הכלליים והפרוגרסיבים קיבלו יחדיו 12 צירים.
הכרעה חשובה שלקח בן-גוריון בימים אלו הייתה ההכרעה בדבר הקואליציה הראשונה. נאמן לשיטתו, הותיר בן-גוריון את אנשי מפ"ם מחוץ לממשלה והקים קואליציה שהסתמכה על תמיכת הדתיים והליברלים. "החלוציות" המפ"מית, נדחקה הצידה לטובת "הממלכתיות" של מפא"י.
המשימות המוטלות על ממשלה זו היו גדולות וקשות. את המלחמה היה צורך לסיים, ותוך שמירה על ההשגים. היה צורך בקליטת מאות אלפי עולים, פליטי השואה, ויוצאי ארצות ערב, ולבסס את מוסדותיה השלטוניים של המדינה החדשה.
ממשלה זו התקיימה עד התפטרותו של דוד בן-גוריון, בחודש פברואר 1951 על רקע משבר החינוך האחיד. ברקע המשבר ניסיונו של בן-גוריון להקים שיטת חינוך אחידה לעולים. כאן ניכרת התפיסה ה"ממלכתית" כאשר לצידה תפיסה מפלגתית ברורה. היה ברור כי מפא"י שהיא בעלת השליטה במוסדות הקולטים, מכינה לעצמה עתודה אנושית של מצביעים לדור הבא.
במאי 1951 פרץ במלוא עוזו משבר נוסף, הוא הפילוג בקיבוץ המאוחד. הקרע עם אנשי מפ"ם הביא לגירושם של אנשי מפא"י מקיבוץ נען עד מהרה פשטה בתנועה הקיבוצית כשלהבת רוח הפילוג, ושלושים קיבוצים הודיעו על פרישתם מהקיבוץ המאוחד.
שנות המדינה הראשונות.
בשנותיה הראשונות של המדינה הייתה מפא"י מפלגת השלטון העיקרית, והציר המרכזי לקבלת ההחלטות. מימין למפא"י עמדו אנשי הציונים הכלליים (ימין כלכלי, אשר שותפו לעיתים בשלטון) ותנועת החרות (ימין מדיני, אשר בן-גוריון דחק את רגליהם מכל מוסדות השלטון, בסיסמה "בלי חרות ומק"י"). משמאלה - אנשי מפ"ם.
בשנים אלו צעדה המדינה קדימה, נבנתה והתבססה. התקבלו הכרעות גורליות ומרחיקות לכת כגון הסכם השילומים, המדיניות הכלכלית החדשה, ומפעלי ענק כגון קליטת העלייה ההמונית, ובניית כוחו של צה"ל תוך מאבק מתמיד בתופעת ה"מסתננים" שגבתה קורבנות רבים. במישור הבינלאומי נעשו ניסיונות להתקרב אל המערב, ולהקים בריתות עם בריטניה וצרפת. בכל אלו הייתה מפא"י ומוסדותיה הגוף המוביל, והמקום בו נתקבלו ההכרעות.
הכרעות אלו, ומעשים אלו, דרשו מפלגת שלטון חזקה שיהיה בכוחה לכפות את רצונה ולהוביל את המדינה בכיוון הרצוי לה. לאישיותו הדומיננטית של בן-גוריון חלק ניכר בכיוון זה. עם זאת היה לכך צד שלילי שהתבטא בהעדפת אנשי מפא"י במוסדות השלטון, ובהשלטת המנגנון המפלגתי על מוסדות שלא היו מפלגתיים באופיים. שיטת ה"פתקים", נוסח "הנ"ל מאנ"ש" (הנ"ל מאנשי שלומנו), הביאה למנגנון של העדפה מפלגתית, וחסימת כל מי שלא נשא את "הפנקס האדום" משירות המדינה. נשמעו גם טענות כלפי שירות הביטחון הכללי בראשות איסר הראל ששימש אף למעקב אחרי מתנגדים פוליטיים של מפא"י כאנשי מפ"ם, ועורכי העיתון הרדיקלי העולם הזה. ההסבר של המערכת למעקב זה היה כי הוא נעשה מטעמי ביטחון. מפ"ם, למשל, הייתה מפלגה פרו-קומוניסטית ומנהיגה יעקב חזן אף הכריז על ברית המועצות כעל "מולדת שנייה". לעומת זאת, יצחק שמיר, מראשי הלח"י לשעבר, התקבל לשורות המוסד על ידי אותו איסר הראל.
במערכות הבחירות לכנסת השנייה נישאה בפי מפלגת הציונים הכלליים הסיסמה "מספיק ודי בשלטון מפא"י". הוגי הסיסמה היו צריכים להמתין עשרים ותשע שנים מיום ייסודה של המדינה עד שיוחלף השלטון. מפא"י ניגשה לבחירות עם מצע שקרא לשיפור יחסי החוץ, קליטת עלייה, פיתוח כלכלי, ביטחון חברתי, יצירת משטר דמוקרטי מתוקן, פתרון בעיות דיור, תמיכה חסרת פשרות במדיניות הקיצוב ובמלחמה בשוק השחור, חינוך ממלכתי, חקיקת חוקי יסוד, ומלחמה בכפייה הדתית והאנטי-דתית.
אחת השאלות החשובות ביותר היא כיצד הצליחה מפא"י לשמור על כוחה שנים רבות כל כך בעוד שההרכב הדמוגרפי במדינת ישראל השתנה לחלוטין בעקבות גלי העלייה (מ-1930 עת הקמת המפלגה ועד ל-1968 עת פירוקה הוכפלה אוכלוסיית הארץ פי ארבעה לערך ובמושביה במוסדות היישוב לא נרשם שינוי מאוד דרסטי). התשובה נעוצה על פי דעתם של חוקרי מדע המדינה רבים במספר סיבות:
פרישתו של בן-גוריון לשדה בוקר, ושובו.
בדצמבר 1953 הודיע דוד בן-גוריון על פרישתו מראשות הממשלה, וזאת לטובת הגשמה בקיבוץ שדה בוקר בנגב. צעד זה נועד ליצור תנופת התיישבות בנגב ברוח חזונו של בן-גוריון. יש האומרים כי היה זה מעשה מחושב, על מנת להראות כי לא ניתן לנהל את המדינה בלעדיו, ולקבל סמכויות רבות יותר וכח רב יותר עם שובו. למחליפו מונה משה שרת.
שרת ניסה להוביל מדיניות מתונה, וזאת בזמן של הידרדרות ביטחונית ומדינית לקראת מלחמה. אך עד מהרה התברר כי על אף שבירושלים יושב ראש הממשלה משה שרת, ההכרעות מתקבלות בצריפו של בן-גוריון בשדה בוקר. "צעירי בן-גוריון" כשמעון פרס, שהיה מנכ"ל משרד הביטחון, ומשה דיין שמונה לרמטכ"ל ערב עזיבתו של בן-גוריון, המשיכו את דרכו המדינית האקטיביסטית אל מול שרת, ולמעשה הצרו את צעדיו.
צעד שננקט בשנת 1954 על מנת לטרפד את יציאת הכוחות הבריטים מתעלת סואץ, הפך למשבר חמור, שהטיל את צילו על מפא"י במשך שנים רבות לאחר מכן. העסק הביש יסודו בהוראה שניתנה לקבוצת יהודים אזרחי מצרים שהוכשרו על ידי סוכנים של אמ"ן, לפעול נגד מדינתם ולהטמין מטעני חבלה במטרות מערביות (ארצות הברית ובריטניה), וזאת על מנת ליצור סכסוך בין מצרים לבין מדינות המערב. חוסר מזל הביא להתפוצצות אחד המטענים בעודו ברשות חבר הקבוצה. הקבוצה התגלתה, שניים מחבריה הוצאו להורג, והיתר נדונו לתקופות מאסר ממושכות בכלא בקהיר, ושוחררו בעסקת חילופי השבויים שנערכה לאחר מלחמת ששת הימים.
כתוצאה מכך התפטר שלא מרצונו פנחס לבון מתפקיד שר הביטחון בפברואר 1955 ואת מקומו שב ותפס דוד בן-גוריון. בבחירות שהתקיימו ביולי 1955 עמד בן-גוריון בראש רשימת מפא"י. אל הבחירות הלכה מפא"י עם מצע שקרא לביסוס העולים, ביטחון כלכלי, יישוב שטחים ריקים, העלאת עולים, פיתוח החקלאות, פיקוח על הסכמי שביתת הנשק, חיסול המעברות, שמירה על עצמאות ההסתדרות, בתמיכה בשיטת בחירות אזורית-רובית, בחקיקת חוקי יסוד ובליכוד העם.
שלטונו של בן-גוריון - 1955 עד 1960.
לאחר שובו של בן-גוריון משדה בוקר, לא קמו עוד עוררין על שלטונו. המדינה שתחת הנהגתו, יצאה למלחמת סיני, ושבה עטורת ניצחון. אמנם, תחת לחץ בינלאומי כבד נאלץ בן-גוריון לוותר על ההישגים הטריטוריאליים של המלחמה, אך עם סיום המלחמה היה בן-גוריון בשיא תהילתו. הן מתוך שורות מפלגתו, והן מחוצה לה, לא קמה דמות מנהיגותית שתישא עליו תיגר. מנחם בגין לא נראה באותם הימים כאופציה שלטונית (לא מעט בזכות הדמוניזציה שערך לו בן-גוריון עצמו) ואילו בשמאל לא קם מנהיג דומיננטי, כאשר אנשים כיגאל אלון וישראל גלילי נראו כצעירים מכדי להגיע להנהגה.
לאחר תקופת כהונתו של משה שרת, לא קם בתוך מפא"י פנימה מתחרה לבן-גוריון. בן-גוריון טיפח דור צעיר בתוך המפלגה, משה דיין, טדי קולק, שמעון פרס ואחרים, אך היה ברור כי עד שאלו יתפסו את השלטון, תחלופנה שנים רבות. מצב זה בו עובר לפיד ההנהגה מידיו של בן-גוריון ישירות לידי הצעירים, לא נראה לדור הביניים במפלגה, ואנשים כלוי אשכול וגולדה מאיר ראו כיצד הסיכוי שלהם להנהיג את המדינה הולך ונעלם.
בשנים אלו הגיעה המדינה להישגים רבים נוספים. הוקם הכור הגרעיני בדימונה, המצב הכלכלי השתפר לאין ערוך, ועל אף אירועים כאירועי ואדי סאליב הלך מצבה של מפא"י והשתפר מבחירות לבחירות. בבחירות של נובמבר 1959 הגיעה המפלגה ל־47 חברי כנסת. הסיסמה "הגידו כן לזקן" שידרה יציבות, ביטחון כלכלי ותנופת עשייה.
הפרשה.