המהר"ל סבר שלא רק שמקורה של הבריאה הוא באלוהות, אלא שאין דבר בעולם זולת האלוהות, תפיסה פנאנתאיסטית, רעיון שמאוחר יותר הופיע בחסידות בכלל ובפרט בחב"ד במונח "אין עוד מלבדו". עוד סבר שיש לעולם סדר ותוכנית אלוהית קוסמית, ושום דבר במציאות לדידו איננו קורה במקרה.
את הגדרת הרמב"ם אודות האלוהים כ"שכל פשוט" הוא דחה, מכיוון שסבר שגם שכל מופשט הוא הגדרה באלוהות, שאין לה גדר כלל. המהר"ל העדיף להגדיר את אלוהים כ"הויה פשוטה" שממנה כל ההויות שבעולם, וכך הוא מפרש שמותיו: שם הויה: "יהו"ה" - שמורה על כך שהקב"ה הויה פשוטה, ואת השם "אהיה אשר אהיה" (אשר מופיע באופן יחידני בשמות ג' י"ד), שאין לאלוהים שום שם והגדרה שמייחדת אותו והוא הויה פשוטה, והשם שהוא נקרא יהיה לפי אותו המעשה שהוא עושה באותה שעה. תפיסה מעניינת בדבר מהותו של אלוהים הוא מביע בספר גבורות ה': "מפני כי הוא יתברך פשוט ואין לו גדר כלל, אין דבר נבדל ממנו ואם כן הוא יודע הכל והוא יכול הכל, וכל זה מפני שאין לו גדר יוגדר בדבר מיוחד, ובשביל זה הכל נמצא מאתו גם כן".
לפי המהר"ל כל התיאורים הפיזיים שאלוהים מתואר בהם בתנ"ך ובחז"ל, שאפשר להגיע מהם להגשמה, הם רק מהצד המקבל האנושי כפי שנתפס בעיניהם, ולא תיאורים שמכוונים לעצמותו של אלוהים. כלומר, אלוהים מתגלה לנבראים כפי מעמדם ומצבם הנוכחי, וההתגלות האלוהית היא מתואמת עם המצב הסובייקטיבי של נשוא הגילוי. כך למשל, על המתואר במקרא כי אלוהים מתעצב על לבו בדור המבול, סובר המהר"ל כי לא באמת הייתה עצבות לפניו, אלא שכך הוא התגלה אל דור המבול בשל מצבם הקשה. בכך הוא מתרים עוד רעיון שהגה מאוחר יותר הפילוסוף הגרמני עמנואל קאנט על העולם-כשהוא-לעצמו ועולם-התופעות.
על פי המהר"ל ישנה סקלה בין המורכב לבין הפשוט. ככל שהישות יותר מורכבת כך היא יותר גשמית וחומרית וככל שהיא פשוטה היא יותר רוחנית ואלוהית. ולכן בצד אחד של הסקלה ניצבים הנבראים המורכבים ובצידה השני של הסקלה ניצב אלוהים שהוא "פשוט בתכלית הפשיטות". על כן הוא צידד והעדיף את מידת הפשטות וראה בה מידה אלוהית עצמית נטולת גוונים כצבע הלבן ביחסו לשאר הצבעים, דבר שלא היה מובן מאליו בפראג המעוטרת של תקופתו, ואילו את המורכבות והמסובכות ראה כמגרעת אנושית שיש להימלט ממנה.
המהר"ל אימץ את הגישה האפלטונית שהטוב והיפה הולכים יד ביד ("" - היפה והטוב), ובהתאם ראה את היופי כנצחי וכאלוהי המתגלם ומשתקף בחומר ולכן הכהן הגדול שנכנס לקודש הקודשים וגם בתו מתוארים בתלמוד כבעלי יופי עילאי. לתפיסתו, לעתיד לבוא, חומות ושערי ירושלים - העיר הקדושה, יבנו כפשוטו מאבנים יקרות כמו שוהם וישפה.
היקום.
על-פי המהר״ל היקום מתחלק לשלושה ״עולמות״. ככל שמטפסים מעולם נמוך לעולם עליון יותר, מתרחקים מהמורכבות ופונים אל הפשטות:
בפשטות נראה שחלוקתו המשולשת שונה מהחלוקה המרובעת של עולמות אבי"ע בקבלה. אך אם מוסיפים את האלוהות בשיטתו, מקבלים גם חלוקה מרובעת, אבל גם אז שני העולמות האמצעיים עדיין שונים.
בניגוד לתפיסות שמבטלות את העולם הזה, מתייחסות אליו כ"עלמא דשקרא" (עולם השקר) ומבקשות להפריש את האדם מהעולם, הוא טען שתפיסה זו אין בה כבוד שמים, ואף בנוגע לארבע המלכויות ששלטו בעולם הוא כותב "כי מאחר שברא השם יתברך הכל, בוודאי נברא הכל לכבודו", ולכן "מי שיש עליו רוח הקדש אין מחשיב העולם כל כך בשפלות". בניגוד לתפיסות שמעודדות דכדוך, עצבות ופחד, סבר כי "השחוק והשמחה מצד עצמו טוב - שהוא מורה על השלימות", וכי הדאגה מפורעניות היא מידה מגונה, שהאדם צריך להימלט ממנה. יחסו לעולם הזה בא לידי ביטוי בעידוד של מלאכה "כי הוא דבר גדול שתולה בו עיקר גדול...ואל יחשוב כי המלאכה אינה כבודו, אדרבא המלאכה נותנת לאדם כבוד", וכך גם הסביר כי הממון נותן חוזק וקיום לאדם, ולכן שכלו נמשך אחריו. ומאלף הסברו על הפתגם "עני חשוב כמת": "לפי שאין לו חיות מצד עצמו, שכל החיים יש להם קיום מצד עצמם בלבד, ואינם צריכים לזולתם, והעני אין לו חיות מצד עצמו אלא מצד אחרים".
האדם.
לשיטתו גם האדם, כיקום, מתחלק לשלושה חלקים עיקריים: א. הגוף ויצריו, ב. הנפש ורגשותיה ג. השכל ותובנותיו, בהתאמה ובהקבלה לשלושת העולמות של היקום, כאשר כל חלק שבו נלקח מאחד העולמות, והאדם מחבר בתוכו את היקום כולו ומהווה למעשה מיקרוקוסמוס אמיתי. אצל המהר"ל השכל הוא מהות רוחנית-נשמתית שמתגלה בתבונתו של האדם וקיימת רק אצלו. בנוסף על כך יש לאדם מהות אלוהית שנקראת "צלם אלוהים" "שהוא אור וניצוץ אלהי נבדל דבק באדם", ולא כמו שסבר הרמב"ם כי צלם אלוהים הוא השכל שבאדם. בשל הפוטנציאל האלוהי שטמון באדם, סבר שיש לאדם שייכות לעולם הבא, וכי האדם יכול לשלוט על הטבע, כאשר הוא ממצה את עצמו כנביאי ישראל למשל. זקיפות קומתו של האדם בניגוד לכל שאר החיות, איננה סתם סממן חיצוני של האדם, אלא מסמלת בעיניו עניין מהותי שהאדם הוא מלך בתחתונים - כשם שהקב"ה מלך בעליונים. בניגוד חריף לרמב"ם שמבטל את חשיבות האדם למול הבריאה כולה, המהר"ל רואה בו את נזר הבריאה.
האדם מובחן מכל היצורים הקיימים. בעוד שהיצורים הארציים הם חסרים, והיצורים העליונים שלמים, ואלו ואלו אין בכוחם להשתנות והם נשארים סטטיים. האדם נברא חסר אך יש בו כוח להשלים את עצמו. כאשר הוא נברא מעלותיו נמצאות בו בכוח, והוא יכול להשלים את עצמו על ידי שהוא מוציא את עצמו בפועל. הוא כמו האיכר של עצמו, שיכול לעבד את הקרקע של חייו ולהצמיח מעצמו כל מיני צמחים ופירות. ולכן לדעתו השם "אדם" נגזר מ"אדמה". לאדם יש "מנוע" פנימי שדוחף אותו לעבר מימוש הפוטנציאל שלו והיא הנשמה, החלק אלוה ממעל שבו ששואף לחזור ולהתחבר אל מקורו.
המהר"ל סבר שבשל התפיסה כי האדם הוא עיקר המציאות, מעשיו אינם אובדים ללא כל משמעות, אלא יש להם רישום והטבעה על העולם ויש להם רושם ב"ציור המושכל של העולם". כלומר מעשיו של האדם מוטבעים ונרשמים באידאה של המציאות. את הטוב המהר"ל ראה כמידה עצמית של האלוהים ההויה והאדם ואילו את הרע ראה כתופעת לוואי של בריאת העולם הפיסי, שאין בו ממשות אלא הוא מוגדר כהעדר וחיסרון, וכצל המלווה את האור.
ישראל והאומות.
משנתו מדברת רבות על תפקידו וייעודו הנעלה של הלאום היהודי בהיסטוריה האנושית ומותחת כמו מקובלים רבים, הבדל חד בין יהודי לשאינו יהודי. את הגויים ראה כעמים השייכים לטבע, ולכן קיימות 70 אומות כנגד שבעה ימי בראשית ואילו את עם ישראל ראה כעם מטפיסי יחיד ששייך אל מעבר לטבע ומסומל בספרה 8. הוא ראה בישראל עם אוניברסלי ששייך ומחובר אל כל העולם וכל האנושות, ולכן בגלותו העם אינו גולה למקום אחד, אלא מתפזר בכל קצוות תבל. לתפיסתו לעם ישראל ישנה יכולת למשול על עולם הטבע, ולהתגבר עליו, כפי שאירע ביציאת מצרים. המהר"ל רואה את בחירת ישראל כעניין סגולי עצמי, שבעטיו ניתנה תורה לישראל. בעם היהודי הוא ראה את "הבן הבכור" של אלוהים ואת "ראשית ועיקר הבריאה", את מימרתו של רבי עקיבא: "חביב אדם שנברא בצלם" סייג בעיקר לישראל שיש בהם את עיקר מעלת הצלם, והם נחשבים לאדם שבאדם. הוא אף סבר כי ישראל נעלים על פני המלאכים, והיא האומה היחידה שנבראה לכבוד ה'.
ארבע המלכויות.
על פי המהר"ל בפירושו לחזון החיות שבספר דניאל, החיות מייצגות ארבעה סוגי מלכויות שהן סוגים של תרבויות אנושיות שונות: תרבות של עוצמה, חשיבות ושליטה (בבל), תרבות של חומריות, כלכלה חזקה וחושניות (פרס), תרבות של כח החכמה והתבונה האנושית (יוון), ותרבות שכוללת את שלושת האלמנטים גם יחד (רומא). ולמולם ניצב עם ישראל שמבטא את "צלם אלוהים" שבאדם, שהוא כח אלוהי מטפיסי וקוסמולוגי. במהלך ההיסטוריה הכללית, האנושות צועדת, תוך שהיא מגלה את כוחותיה, והדבר גורם לישראל ללקות ולצלוע על ירכו כפי שמסמל יעקב. רק לאחר שהמלכות הרביעית תוציא את כוחותיה אל הפועל, יוכל עם ישראל להתייצב מחדש על במת ההיסטוריה כמדינה ולהחליפה. בהסברו למהר"ל של פרופ' בנימין גרוס, עם ישראל נטוע בעולם כדי להזכיר לעולם את הנוכחות של הצלם, ששאיפתו הבסיסית היא ללכת מעבר לטבע שלו ובשל כך הוא דוחק את גבולות הקיום האנושי אל הקצה. על פי פרופ' שלום רוזנברג בפרשנותו למהר"ל, עם ישראל הוא בעולם "עם חייזרי", שלכן לא מוצא לו מקום בעולם הטבעי כשאר העמים הטבעיים ושלכן הוא נרדף על ידי האומות, בשל שונותו הזו, שהיא גם המקור לאנטישמיות.
גלות וגאולה.
לדידו מקומם הטבעי של ישראל הוא בארץ ישראל בריבונותם, כשם שלכל עם יש זכות טבעית ואף אלוהית לשלטון עצמאי במקומו המיוחד, משום שכל עם נברא לעצמו. מבחינה זו היה מראשוני ההוגים שהתייחס להגדרה לאומית של העמים השונים. בארץ ישראל ראה ארץ קדושה, הגבוהה מבחינה רוחנית מכל הארצות, וארץ ממוצעת ואמצעית שכלולה מהכל, ולכן אינה נוטה אל הקצוות ואל החסרון. את גלות ישראל ראה כדבר שאיננו טבעי שמתנהג בניגוד ל"סדר העולם" ולחוקיותו הטבעית ולכן עתיד להתבטל, וקיים רק בשל גזרה מיוחדת של אלוהים. את אריכות הגלות תלה לא רק בחטאם של ישראל כפי שהיה נהוג לתפוס, אלא בחוסר התאמה בסיסי בין ישראל הרוחניים לעולם הזה הגשמי, שאיננו יכול להכיל אותם.
בשונה מהרמב"ם, שאימץ את הדעה התלמודית "שאין בין העולם הזה לימות המשיח אלא שיעבוד מלכויות בלבד", אף כי המהר"ל סבר שהגאולה היא בעיקרה תהליך מדיני שבו תחזור המלכות לישראל וישראל יתכנסו לארץ ישראל בריבונותם, עם זאת סבר כי בימות המשיח, לתפיסתו, העולם יעבור שינוי דרמטי מבחינה מוסרית: הרוע יבוער מהעולם, שיהפוך למקום רוחני ומצפוני, בני האדם יהיו צדיקים, וארץ ישראל תהיה מבורכת בפירות באופן יוצא דופן.