מדינת ישראל הצעירה התקשתה בקליטת העלייה ההמונית ובמציאת המשאבים הדרושים לשם כך. לאחר הכרזת העצמאות נפתחו שערי הארץ בפני המעפילים, שנכלאו בקפריסין ובפני יושבי מחנות העקורים בגרמניה. בנוסף להם כמהו להגיע לארץ עולים מפולין, מרומניה, מעיראק ומתימן - המאגר הגדול ביותר של מבקשים לעלות היה ברומניה. מקבלי ההחלטות הבינו שיצטרכו להחליט ולנקוט, לפחות זמנית, בעלייה סלקטיבית. הרעיון של סלקציה בין סוגי העולים מאותו מקור נתקל בקשיים ונדחה, לכן פנו לקביעת סדר עדיפויות בעידוד העלייה מארצות שונות ויהדות רומניה הפסידה ליהדות עיראק.
בשידור בקול ישראל, ב-10 בפברואר 2008, טענה פרופ' אורה כהן שהסיבה לעצירת עליית יהודי רומניה בתקופה זו הייתה נעוצה בכך, שישראל הוצפה בגלי עולים, בעיקר מעיראק ומרומניה. לדבריה (ולדברי משתתפים נוספים בדיון הרדיופוני), לממשלת ישראל לא היו מספיק משאבים לקליטת הגל האדיר, לכן ניסתה להאט ולווסת את העלייה ובישיבה משותפת של ממשלת ישראל והסוכנות היהודית הוחלט להעדיף את עולי עיראק על פני עולי רומניה ולהפסיק את הבאת היהודים מרומניה. העדפת יהודי עיראק הייתה על רקע החשש הגדול יותר לגורלם בארץ מוצאם, לעומת החשש ליהודי רומניה.
אלפים רבים מיהודי רומניה, שכבר קיבלו אישור יציאה מהשלטונות, "נתקעו" ברומניה והשלטונות הרומניים הפסיקו להנפיק אישורי יציאה נוספים. ללא קבלת סיוע כספי מרבית יהודי רומניה, שרצו לעלות לישראל, לא היו מסוגלים לשלם את האגרות, שהוטלו עליהם ולכסות את הוצאות הדרך עד לנמל קונסטנצה.
יוזמה פרטית בחילוץ יהודים.
בתקופה שבין קיץ 1952 ושלהי 1958 העלייה מרומניה נעצרה למעשה, אך עדיין היו בודדים שקיבלו אישורי עלייה. בחודש מאי 1958 סוכמה העסקה הראשונה בין הנרי יעקובר ובין רומניה, עסקה במסגרתה שוחררו מהכלא יהודים רומנים וקיבלו אישורי יציאה לישראל ובתמורה קיבלה רומניה גורי חזירים לא מסורסים מגזע דני משובח במיוחד (Landrace), שיצואם מדנמרק היה אסור.
הצלחת עסקה זו הובילה לעסקות נוספות בהן שוחררו יהודים בודדים מבתי כלא רומנים ואת התמורה סיפק יעקובר בסחורות של משק חי חקלאי, שרומניה הייתה מעוניינת לקבל. בהמשך פנה יעקובר לסוכן הרומני, איתו היה בקשר, גאורגה מרקו וביקש פגישה דחופה - בפגישה סיפר לו יעקובר שנציגים של שירות חשאי ישראלי פנו אליו והציעו לו להעביר לרומניה הצעה לעסקה של מתן אישורי יציאה ליהודים תמורת תשלום. העסקה הייתה אמורה להיות לא כתובה וחשאית. תחילה סירבו הרומנים, כשהם חוששים שההצעה היא פרובוקציה, אך ההצעה הוצעה שנית.
יהודים בסחר חליפין.
ב-1958 ביקר ניקיטה חרושצ'וב ברומניה לרגל חתימתו על הסכם יציאת הצבא האדום מגבולות רומניה. במהלך ביקורו העלה בפניו גאורגה גאורגיו-דז' את נושא קבלת סחורות מהמערב תמורת מתן אישור יציאה לישראל ליהודים. חרושצ'וב שקל את הנושא והשיב קצרות: "סחורות בסדר, אבל לא כסף". בקרב יהדות רומניה פשטה השמועה, שעומדים לחדש מתן רישיונות עלייה ליהודים והם באו ועמדו בתור ענק לפני דלתות משרד הפנים הרומני, כדי להירשם לעלייה. התור, באורך קילומטר, גרם מבוכה לשלטונות, לכן נשלחו שוטרים לכוון את הממתינים בתור לרחוב צדדי. בתקופה שבין ספטמבר 1958 ומרץ 1959 נרשמו לעלייה כמאה ושלושים אלף יהודים.
הטיפול מהצד הרומני הוטל על "המנהלת הכללית למידע חוץ" (Direcţia Generală de Informaţii Externe) של הסקוריטטה. החל משנת 1958 ועד לעלייתו של ניקולאה צ'אושסקו לשלטון שילמה ישראל עבור עליית יהודי רומניה במוצרי מזון ובתוצרת חקלאית. העסקה הראשונה בוצעה באמצעות המתווך היהודי בריטי, הנרי יעקובר, שהציע לרומנים, בשם ישראל, הקמת חווה לגידול עופות, ברמת אוטומציה גבוהה, בתמורה למתן אישור יציאה ל-500 משפחות יהודיות. גאורגה גאורגיו-דז' אישר את העסקה והחווה הוקמה במועצה האזורית פריש, בקרבת בוקרשט. גאורגיו-דז' ביקר במקום, התלהב, נתן אישור לתת ל-500 המשפחות אישורי יציאה והזמין עוד חמש חוות כאלה, באותם תנאים. עד סוף 1964 קיבלו הרומנים חוות לגידול תרנגולות, חוות לגידול תרנגולי הודו, חוות לגידול חזירים, חוות לגידול כבשים וחוות לגידול בקר. החוות צוידו בבתי מטבחיים תואמים, מתקנים לאריזת הבשר, וסופקו גם כלי רכב מקוררים מתוצרת מרצדס להובלת הבשר. תוצרת החוות האלה הייתה מיועדת ליצוא למערב אירופה. בתחילת 1965 סופק גם מפעל ליצירת פתיתי תירס.
תקופת צ'אושסקו.
במרץ 1965 מת שליט רומניה גאורגה גאורגיו-דז' ובמקומו התמנה ניקולאה צ'אושסקו. המסחר ביהודים נשמר בסוד, עד כדי כך שעד עלייתו לשלטון של צ'אושסקו הוא לא ידע דבר על כך. צ'אושסקו קבע שהנושא שערורייתי והורה להפסיק אותו, פיטר את הגנרל שעסק בכך וצמצם מאוד את אישורי היציאה ליהודים. כעבור שנתיים שינה צ'אושסקו את דעתו והתעניין אם יעקובר עדיין חי. לפי הוראתו של צ'אושסקו חודש הקשר עם יעקובר, הגנרל הרומני, שהודח, הובא מחדש והועלה בדרגה, אך הפעם לא הסתפק צ'אושסקו בסחר חליפין, הוא תבע תשלום במטבע זר.
כשיעקובר נפטר ממחלת הסרטן, המשיך במקומו את המגעים סוכן ישראלי יליד רומניה. ההסכם נשאר לא כתוב וחשאי, אך נכנסו לפרטים, כשנקבע מחירון לעולים. המחירים נעו בהתאם לרמות ההשכלה, משלחי היד, הגיל, המצב המשפחתי, המצב הבריאותי ועוד. המועמדים לעלייה חולקו ל-4 קטגוריות, A, B, C ו-D - בקטגוריה A נכללו בעלי הסמכה אקדמית, בקטגוריה B היו הסטודנטים, בקטגוריה C הפועלים ובקטגוריה D היו הבלתי מועסקים והילדים. המחירים היו בהתאם לקטגוריה ונעו מ-497$ לקטגוריה D, 600$ לקטגוריה C, 1700$ לקטגוריה B עד 3000$ לקטגוריה A. למקרים מיוחדים של בעלי הכשרה מיוחדת או בעלי תפקידים גבוהים בממשל הרומני, נקבעו מחירים מיוחדים, גבוהים יותר. כל שנה נערך משא ומתן מחודש לקביעת מכסת היהודים, שיורשו לעלות ומחיריהם - הרומנים העלו את המחירים בהדרגה. ביולי 1978 המחירים נעו בין 2,000$ ל-50,000$ וכמה מקרים ננקבו מחירים שהגיעו עד רבע מיליון דולרים.
הצלחת הסחר ביהודים פתחה את התיאבון של צ'אושסקו ולפי הוראותיו נפתח מסלול מקביל של מכירת גרמנים רומנים למערב גרמניה ובהמשך גם מכירות של בני מיעוטים נוספים, יוונים, ארמנים ואפילו רומנים עם קרובי משפחה בארצות המערב, שהיו להם האמצעים והיו מוכנים לשלם עבור הגירת בני משפחתם.
על פי מקורות שונים, בתקופת צ'אושסקו, בשנים 1968–1989, נמכרו 40,577 יהודים תמורת כ-112,000,000 דולר.
צורת התשלום.
התשלומים עבור היתרי ההגירה ניתנו בהמחאות, שהופקדו בבנקים במערב אירופה או באמצעות מזומנים במטבע זר. שליחים יהודים (אחד הידועים היה שייקה דן) העבירו מזוודות עם כסף מזומן לידי נציגים רומנים, ביניהם גנרל גאורגה מרקו, שנשא דרכון דיפלומטי. באחת הפעמים שכח הגנרל הרומני בשדה התעופה של ציריך מזוודה, שהכילה מיליון דולרים במזומנים - חשיפת תוכן המזוודה איימה לפוצץ את מעטה החשאיות סביב העסקאות האלה.
הטבות נוספות.
צ'אושסקו לא הסתפק בתשלום עבור כל יהודי, תשלום במחירים שהלכו והאמירו, הוא תבע וקיבל הטבות נוספות. תמורת אישורי העלייה נתבעו מדינת ישראל והארגונים היהודים לתמוך בבקשת רומניה לקבלת מעמד של מדינה מועדפת בסחר עם ארצות הברית ולהעניק לה הלוואות לזמן ארוך בריבית מוזלת ולייבא מרומניה סחורות לא מבוקשות.
צ'אושסקו, יחד עם טיטו, יזם תעשיית נשק מקומית, תבע עזרה בהשגת טנקים חדישים, כדי שיוכלו להעתיק את התוכניות ולחקות אותם ואכן סופק להם טנק "צנטוריון". במקביל סיפקו הגרמנים, מסיבות דומות, טנק "לאופרד 1".
עריקתו של יון מיכאי פצ'פה וגילוייו.
יון מיכאי פצ'פה, מי שהיה ראש שירות ביון החוץ של רומניה, ערק בשנת 1979 למערב. הוא נכנס לשגרירות ארצות הברית בבון, לאחר ששלח מסר לקנצלר הגרמני הלמוט שמידט, והוטס בחשאי לארצות הברית. הנשיא ג'ימי קרטר אישר בעצמו את בקשת המקלט המדיני שלו. פצ'פה היה בין שותפי הסוד בנושא פדיון יהודי רומניה ונוצר חשש שחשיפת העסקאות בין רומניה ובין ישראל תביא לעצירת העלייה מרומניה. פצ'פה, שנחקר בארצות הברית, מסר פרטים על הנושא, פרטים שהוצגו בפני הנשיא קרטר בספטמבר 1978. ממשל ארצות הברית פנה לישראל וביקש הבהרות. בדצמבר 1978 פנה שגריר ישראל בארצות הברית אל פצ'פה וביקש ממנו לא לחשוף ברבים את מערך היחסים בין ישראל ובין רומניה - פצ'פה סירב ופרסם מאמר בוושינגטון פוסט.
ב-1987, לקראת יציאת ספרו של פצ'פה, "אופקים אדומים", פנה אל פצ'פה משה ארד, שגריר ישראל באותו זמן בארצות הברית ויליד רומניה בעצמו, וביקש ממנו לא לכלול פרשיות אלה בספרו - גם בקשה זו נדחתה על ידי פצ'פה.
אחרי המהפכה.
המהפכה הרומנית שמה קץ להגבלות ההגירה מרומניה ובכך נפסקה מכירת מהגרים פוטנציאליים. לאחר התייצבות המשטר הדמוקרטי ברומניה, בהדרגה, אושרו השמועות על התשלומים ששולמו בעבר עבור הגירתם של בני מיעוטים שונים. היסטוריונים החלו לבדוק בארכיונים ולכתוב מחקרים וספרים בנושא ויחד עם הידיעות המאושרות החלה גם ביקורת על התופעות. ראדו יואניד, שחקר את הנושא וכתב על כך ספר, טען שהשלטונות לא הקשו עליו ונתנו לו נגישות למסמכים. למרות האמור לעיל שלטונות רומניה עדיין לא שחררו את המסמכים הנוגעים בדבר לרשות הציבור הרחב, חרף הזמן הרב שכבר חלף.
על בסיס ממצאי ספרו של ראדו יואניד, הפיק במאי הסרטים הרומני ראדו גבראה, בשנת 2012, סרט תיעודי בשם "יהודים למכירה" (Evrei de vânzare), שזכה להקרנות רבות.