ב־10 בדצמבר 1987, במפגש שנערך בביתו שבמחנה הפליטים שאטי, הקים יאסין את ארגון חמאס. הנוכחים בפגישה מלבד יאסין היו סלאח שחאדה, איברהים אל-יאזורי, עיסא ח'ליל אל-נשאר, חסן יוסף ח'ליל, עבד אל-עזיז א-רנתיסי ועבד אל-פתאח דוחאן - כולם חברים ותיקים במוג'מע האסלאמי ובאחים המוסלמים. בהתאם, חמאס נוסד על בסיס התשתית החברתית והכלכלית של המוג'מע האסלאמי, באמצעותו התבצע הגיוס לשורות ארגון הטרור. מטרתו המוצהרת של החמאס הייתה מאבק מוחלט בישראל דרך הג'יהאד תוך שלילת כל פשרה או משא-ומתן מצד גורמים כמו אש"ף. ב-14 בדצמבר הופץ ברצועת עזה הכרוז הראשון בשם חמאס, ותאריך זה מצוין כיום הקמת התנועה. בינואר 1988 הוקם תא ראשון של חמאס בגדה המערבית, בהתבסס על התשתית הארגונית והסניפים של האחים המוסלמים באזור. האחים המוסלמים בירדן הם גם שסיפקו את המימון לתנועה המתגבשת. באוגוסט הסתיים תהליך התהוות התנועה, כאשר פרסם יאסין את אמנת חמאס שקבעה את עקרונות התנועה ואת עמדותיה ביחס למאבק בישראל, ביחס לאסלאם וביחס לפלסטינים ולארגונים האחרים.
התשתית הארגונית של חמאס, כאמור, הייתה המוג'מע האסלאמי והתאים החשאיים של האחים המוסלמים. המסגדים שנשלטו בידי המוג'מע שימשו כמרכזי פעילות. משם יצאו ההפגנות הגדולות, הופצו כרוזים שקראו להתנגדות והושמעו במערכות הכריזה דברי נאצה כנגד השלטונות הישראלים. את הכרוזים שהפיצה התנועה ניסח יאסין בעצמו. חברי האחים המוסלמים היו הראשונים להצטרף לתנועת חמאס והם הרכיבו את הגרעין הקשה שלה, ולהם הצטרפו גם חברי המוג'מע ואלפים שנהנו משירותי הדעוה והיה קל להניעם לפעולות אלימות. למרות הצמיחה המהירה יאסין הקפיד לשמור על מידור גבוה בתוך הארגון, כדי למנוע חשיפה בידי ישראל. פגישות חשאיות בין הבכירים נערכו רק אחת לשלושה שבועות בביתו של יאסין, והתקשרויות בין הפעילים נעשו באמצעות הצפנת מסרים במקומות מחבוא ידועים מראש. בשל ההתבססות של מנגנון הדעוה בתוך האוכלוסייה הפלסטינית הגיוס לתנועה היה מהיר, ותנועת חמאס צמחה וכבר בראשיתה לקחה חלק נכבד בפיגועי הטרור שאירעו במהלך האינתיפאדה הראשונה. בעקבות התגברות פעולות הטרור נעצרו במאי 1988 סלאח שחאדה, עיסא נשאר ועבד אל-פתאח דוח'אן. היה זה גל המעצרים הראשון כנגד תנועת חמאס, ובמהלכו נעצרו למעלה מ-200 מחברי הארגון. שירותי הביטחון ידעו כי יאסין הוא שעומד בראש הארגון, אך הוחלט שלא לעוצרו בגלל נכותו.
לאחר גל המעצרים הראשון יאסין פעל לשקם את תשתית הארגון ולחזור לפעילות צבאית במהרה. הוא מינה למפקד חמאס ברצועת עזה את אסמאעיל אבו שנב, ויחד איתו ארגן מחדש את ההיררכיה הפיקודית של הארגון ברצועת עזה. כמו כן מינה יאסין את ניזאר עוודאללה למפקד הזרוע הצבאית במקום שחאדה שהיה במאסר. הקשרים עם מנגנון חמאס בגדה המערבית התהדקו בהדרגה, דרך פגישות חשאיות שערך אבו שנב עם בכירים מהגדה. המימון של חמאס הגיע מהאחים המוסלמים בירדן דרך הגדה המערבית, והשתמשו בו כדי לקנות ציוד להכנת כרוזים וכן אמצעי לחימה. מנגנוני המידור והחשאיות בארגון הוגברו מחשש לחדירה של משתפי פעולה. כמו כן הוקם אגף ביטחוני מיוחד שנועד לעקוב אחר חשודים בשיתוף פעולה ולפגוע בהם על פי הוראות מהפיקוד הבכיר. ב-1989 הורה יאסין להרוג פלסטינים שנחשדו בשיתוף פעולה עם צה"ל והשב"כ.
במקביל גם שוקמה הפעילות הצבאית של חמאס. פעולות הטרור של חמאס בראשית האינתיפאדה תפסו חשיבות משנית לעומת הפיגועים של אש"ף ושל הג'יהאד האסלאמי. רוב הפעילות הצבאית של חמאס התרכזה בראשיתה בשריפת שדות חקלאיים, ורק לעיתים נדירות נעשו ניסיונות חובבניים לפיגועי ירי. זה השתנה עם פעילותה של "חוליה 101" שהובלה בידי מוחמד שראתחה ומחמוד אל-מבחוח. חברי החוליה לא הסתפקו בפיגועי ירי ספורדיים אלא החליטו לבצע חטיפות של חיילים בתחומי הקו הירוק. ב-16 בפברואר 1989 נחטף ונרצח חייל צה"ל אבי סספורטס, וחודשיים לאחר מכן ב-3 במאי נחטף ונרצח החייל אילן סעדון. שני פיגועים אלו היו פעולות הטרור הראשונות שביצעה הזרוע הצבאית של חמאס מחוץ לרצועת עזה. הסלמה זו בפיגועי הטרור לא נותרה חסרת-מענה בצד הישראלי, וב-18 במאי 1989 נעצר אחמד יאסין בידי השב"כ במסגרת גל מעצרים נרחב של מאות מפעילי חמאס.
יאסין הושם בכלא איילון, אך בשל מצבו הבריאותי הרופף שהה מספר פעמים בבית-חולים במהלך תקופת המעצר. דרישות לשחררו בגלל מצבו הבריאותי הלקוי נדחו בידי בית המשפט. כתב האישום נגד יאסין הוגש בספטמבר 1989, ובינואר 1990 החל משפטו בבית הדין הצבאי באזור התעשייה ארז שבצפון הרצועה. המשפט הסתיים באוקטובר 1991 ויאסין נדון למאסר עולם בתוספת 15 שנה, בעוון הוצאת פסק הלכה המתיר להוציא להורג משתפי פעולה. האשמות נוספות שהועלו בכתב האישום נגדו, כמו מעורבות בארגוני הטרור אל-מג'אהדון ואל-מג'ד ואחריות לרצח אילן סעדון ואבי סספורטס, נמחקו בידי התביעה במסגרת עסקת טיעון עם ההגנה שבה הודה על מתן ההיתר ההלכתי להרג משתפי פעולה.
בכלא.
יאסין המשיך להטיף לפעילות טרור של החמאס גם מתוך הכלא, והזרוע הצבאית של הארגון ניסתה לכפות את שחרורו באמצעות חטיפת חיילים. לעיתים, בלחץ ישראלי, יצא יאסין באמצעות התקשורת בקריאות מפויסות. ב-13 בדצמבר 1992 נחטף שוטר משמר הגבול נסים טולדנו בידי חברי הזרוע הצבאית של חמאס, שדרשו בתמורה לשחרורו של טולדנו את שחרורו של יאסין מן הכלא. יאסין רואיין עוד באותו יום, ושודר בטלוויזיה וברדיו פעמים רבות כשהוא מורה לאנשיו לשמור על חייו של החטוף. חרף קריאות אלו טולדנו נרצח, ובדיעבד המעשה הוצדק גם בידי יאסין, שטען כי היה חייל ולכן הייתה זכות להורגו. גם בעקבות חטיפת נחשון וקסמן ב-9 באוקטובר 1994 יאסין קרא שלא להרוג את החטוף.
מצבו הבריאותי של יאסין המשיך להידרדר בכלא, וחלה הרעה בכושר הראייה שלו. במאי 1993 נותח בעינו בבית החולים אסף הרופא והתאשפז למספר שבועות. בגלל מצבו הבריאותי של יאסין היה חשש שימות בכלא והדבר יעורר מהומות, לכן הוצע לו להשתחרר במאי 1994 אך הוא סירב. יאסין שוחרר לבסוף ב-30 בספטמבר 1997, לאחר ניסיון ההתנקשות הכושל של המוסד בח'אלד משעל בירדן. לפני שיחרורו נותח בעיניו בבית החולים 'אסף הרופא' על ידי מנהל המחלקה פרופ' פנחס נמט. המשבר המדיני החמור ביחסי ירדן–ישראל נפתר רק לאחר ששוחררו יאסין ועוד כ-70 אסירים פלסטיניים נוספים. יאסין הסכים להשתחרר רק לאחר שהובטח לו שיוכל לחזור לרצועת עזה. הוא הוטס לעמאן, שם זכה לקבלת פנים חגיגית מידי חוסיין, מלך ירדן, ולטיפול רפואי. לאחר מכן, ב-6 באוקטובר 1997 חזר לרצועת עזה לאחר היעדרות של שמונה שנים. עם שחרורו ראיינה אותו אושרת קוטלר בתוכנית פגוש את העיתונות. את הראיון ניהלה כשהיא עטויה צ'אדור איסלמי מסורתי.
חזרה להנהגת החמאס והאינתיפאדה השנייה.
חזרתו של יאסין להנהגת חמאס ברצועת עזה הביאה לאיחוי הקרעים שנוצרו בארגון בין פעילי "החוץ" שפעלו ממדינות ערב ומאירופה, לבין פעילי "הפנים" שברצועת עזה ובגדה המערבית. שובו לזירה הפוליטית גם החליש את מעמדו של אש"ף ושל העומד בראשו יאסר ערפאת. בפברואר 1998 יצא יאסין לטיפולים רפואיים במצרים ולאחר מכן בסעודיה. בתום הטיפולים יצא למסע מדיני במזרח התיכון במהלכו ביקר באיראן, בנסיכויות המפרץ הערבי, בתימן, בסוריה, בלבנון ובסודאן. לא אחת זכה יאסין לקבלת פנים רשמית שלא פחתה מזו השמורה לראש מדינה. במהלך סיורו נפגש עם ראשי מדינות ועם מנהיגי הפזורה הפלסטינית וכך הצליח להציב את חמאס כתנועה רשמית של הפלסטינים. עוד באותו סיור עמל יאסין להשיג מימון לתנועתו והצליח לגייס עשרות מיליוני דולרים לטובת פעילות חמאס. בתום ארבעה חודשים שב לרצועת עזה. ערפאת חשש ממעמדו המתחזק של יאסין, אולם לא פעל רבות בנדון. בנובמבר 1998 הטילה הרשות הפלסטינית מעצר בית על יאסין לאחר שחמאס ניסה לפוצץ אוטובוס ילדים בסמוך לכפר דרום באמצעות מכונית תופת. אולם כבר חצי שנה אחר כך יאסין השתתף באופן פעיל בדיונים של המועצה המרכזית הפלסטינית על השיקולים בעניין הכרזה חד-צדדית על מדינה פלסטינית.
לאחר חזרתו לרצועת עזה שב יאסין להטיף לאלימות ולטרור נגד אזרחי ישראל, והוביל את הקו הקיצוני בקרב הפלסטינים, בעודו נהנה מחסינות מסוימת שנבעה ממעמדו הרם בקרב חסידיו. על פי דיווחי צה"ל והשב"כ, כבר בשנת 1999 חזר לפעילות טרור, והיה שותף בתכנון פיגועים ברמה האופרטיבית. הוא נתן היתר הלכתי לחטוף חיילים לצורכי מיקוח. עם פרוץ האינתיפאדה השנייה היה מעורה בפעילות הצבאית של חמאס ברצועת עזה, בשל קרבתו לראשי הזרוע הצבאית של התנועה ברצועה, סלאח שחאדה וואאל נסאר. ביוני 2003, בעקבות פגיעות קשות כנגד הנהגת התנועה, הסכים יאסין לקיים הודנה (הפסקת אש) בין ישראל לבין הפלסטינים.
חיסולו.
בעקבות הפיגוע בקו 2 בירושלים ב-19 באוגוסט 2003 קרסה סופית ההודנה עם חמאס, וישראל החליטה כי יש לפגוע במנהיגיו. ב-6 בספטמבר 2003 במבצע קטיף כלניות נכשל הניסיון הישראלי הראשון לחסל את יאסין. מטוס F-16 של חיל האוויר הישראלי הטיל פצצה במשקל רבע טון על בנין שבו התכנסו יאסין ואסמאעיל הנייה ביחד עם ראשי הזרוע הצבאית של הארגון, אולם כולם שרדו את ההפצצה כיוון ששהו בקומה התחתונה של הבניין. בניסיון השני שצלח, ב-22 במרץ 2004, נורו לעבר יאסין שלושה טילים מדגם הלפייר ממסוקי קרב של חיל האוויר בעת שיצא ממסגד. מעוצמת הירי נהרגו במקום יאסין, שניים משומריו ושישה נוספים, וכן נפצעו שניים מבניו.