בתקופה הביזנטית הוקמה במקום כנסייה המתוארכת לשנת 427. במבנה היו שלוש ספינות ואפסיס בודד. אורכה של הספינה המרכזית היה 19.60 מטרים ממזרח למערב, ורוחבה עמד על שמונה מטרים. מערת הבשורה שכנה מחוץ למבנה הכנסייה בצידו הצפוני. הירונימוס פקד את הכנסייה בסוף המאה ה-4 וציין זאת בכתביו, דבר המעיד כי המקום היה לאתר עלייה לרגל כבר בשלב זה. מבנה זה תוחזק ושופץ במשך שתי מאות לפחות, ואנטונינוס מפיאצ'נצה פקד אותו בשנת 570. נראה כי המבנה נהרס, לפחות באופן חלקי, על ידי הערבים, לאחר שאלה כבשו את ארץ ישראל בתחילת המאה ה-7. בעת שוויליבלד הקדוש ביקר בנצרת בשנת 725, לא נהג פולחן בכנסייה, אך הוא התחדש בתחילת המאה ה-8. גם ההיסטוריון והגאוגרף המוסלמי אל-מסעודי מצא את הכנסייה כשהיא נטושה בשנת 943, וסופו המוחלט של המבנה בא לו בשנת 1010.
הכנסייה הצלבנית.
טנקרד, נסיך הגליל כבש את נצרת בשנת 1099, והחל בהקמת הכנסייה הצלבנית החל בשנת 1101. היא הייתה גדולה בהרבה מהמבנה שקדם לה, והיא אף גדולה במעט מהכנסייה הנוכחית. נזיר רוסי בשם דניאל, שעלה לרגל לנצרת בשנים 1106–1107 תיאר "כנסייה גדולה ורחבה, שבה שלושה מזבחים". אורכו של המבנה הגיע לכ-50 מטרים ורוחבו עמד על 30 מטרים. מדרום לו הוקם מנזר, וממערב הוביל אליו אטריום. הכנסייה חולקה לשלוש ספינות על ידי שתי שורות, שבכל אחת מהן שישה עמודים מסיביים. בקצה המזרחי של המבנה נקבעו שלושה אפסיסים - המרכזי רחב וארוך משני הצדדיים. מערת הבשורה נכללה הפעם בשטחה של הכנסייה, ושכנה בספינה הצפונית שלה (השמאלית). הצלבנים הותירו את הסלע המוגבה שבו שוכנת המערה במצבו, והקימו מעליו מזבח קטן וגרם מדרגות אשר הוליך אל המערה עצמה. הכנסייה עוטרה בעושר והיו בה לפחות 64 כותרות עמודים. חמש כותרות עמודים בסגנון רומנסקי שנמצאו חופשיות באתר, מעידות על כך שגימור המבנה לא הושלם מעולם. בשנת 1263 נהרסה הכנסייה הצלבנית בפקודתו של הסולטאן הממלוכי ביברס. בשלב כלשהו לאחר מכן, קמה במקום קפלה קטנה שגוננה על מערת הבשורה, ומצב זה נותר בעינו משך כ-400 שנים. מהרס הכנסייה נולדה המסורת אודות הצלתו בדרך נס של הבית הקדוש.
הכנסייה הפרנציסקנית.
בשנת 1620 העניק האמיר הדרוזי פח'ר א-דין השני אישור לפרנציסקנים להקים מחדש את כנסיית הבשורה ולבנות בסמוך לה מבנה מגורים לנזירים. בעקבות האישור קיבלו הפרנציסקנים לרשותם את מערת הבשורה ואת שרידי הכנסיות ההרוסות, והפכו לבעלי הזכויות על המקום הקדוש עד היום. עם זאת, רק בשנת 1730 הצליחו הנזירים להקים את הכנסייה באישורו של דאהר אל-עומר. הפירמן שאִפשר לפרנציסקנים להתחיל בעבודה הגביל אותה לשישה חודשים בלבד (הזמן הדרוש למוסלמי לעלות לרגל למכה ולשוב לביתו). בזמן הקצוב הצליחו הפרנציסקנים לבנות כנסייה צנועה, ששופצה והורחבה ב-1877, וחזיתה נבנתה מחדש.
הכנסייה הייתה קטנה פי כמה מהכנסייה הצלבנית שקדמה לה, ופנתה צפונה, ולא מזרחה. שתי שורות שבכל אחד מהן ארבעה עמודים חילקו אותה לאורכה לשלוש ספינות, ובסופן לא נבנו אפסיסים. מעל מערת הבשורה הוקם מזבח, וגרם המדרגות שהוליך אליה, הגיע תחילה אל פרוזדור שכונה "קפלת המלאך". בקפלה הוקמו שני מזבחים - אחד הוקדש למלאך גבריאל, והאחר להורי הבתולה חנה הקדושה ויהויקים הקדוש. במרכזה של המערה עצמה הוקם "מזבח הבשורה" ומאחוריו מזבח רביעי ליוסף הקדוש. סביב יתר שטחה של הכנסייה הצלבנית הוקמה חומה גבוהה.
לכנסייה זו לא היה ערך רב מבחינה אדריכלית ואסתטית, והוחלט להרוס אותה כליל ולהקים תחתיה כנסייה מודרנית. הכנסייה נהרסה ב-1954 כדי לפנות מקום לחפירות ארכאולוגיות, ולאחר מכן הוקם המבנה הנוכחי במקום.
הקמת המבנה הנוכחי.
תכנון הכנסייה החדשה הופקד תחילה בידיו של האדריכל האיטלקי אנטוניו ברלוצי, שהקים מספר כנסיות בישראל ומחוצה לה. ברלוצי החל כבר ב-1939 בהכנת תוכנית מפורטת לכנסייה, אולם ב-1958 הועבר הפרויקט לאדריכל ג'ובאני מוציו, גם הוא איטלקי, שהכין תוכנית חדשה למבנה. תוכנית זו אושרה בשנת 1959, וב-30 בספטמבר 1960 נשכרו שירותיה של חברת הבנייה הישראלית סולל בונה. האפיפיור פאולוס השישי פקד את האתר בעת ביקורו בישראל בשנת 1964. עבודות הבנייה נמשכו למעלה משמונה שנים, והכנסייה הוקדשה בחג הבשורה שחל ב-25 במרץ 1969. יומיים לאחר מכן נערך טקס נוסף בהשתתפות נציגי זרמים נוצרים לא קתולים.
היסטוריה עכשווית.
האפיפיור יוחנן פאולוס השני ביקר בעיר בחג הבשורה, ב-25 במרץ 2000, והתפלל בכנסייה. על אירועי שנת ה-2000 העיב מאבק שפרץ בין נוצרים למוסלמים בעיר, בשל כוונת המוסלמים לבנות מסגד במקאם שהאב א-דין השוכן מול כנסיית הבשורה. הפרשה, שכונתה "מסגד המריבה" או "כיכר המריבה", כללה עימותים וחיכוכים בלתי פוסקים בין שני חלקי האוכלוסייה, החל באישור התוכנית על ידי הממשלה ב-1997, דרך ביטולה בשנת 2002 ואף לאחר מכן.
ב-3 במרץ 2006 הגיעו חיים אליהו חביבי, אשתו ובתו, אל הכנסייה, ופוצצו נפצים במרכזה. מאוחר יותר הסתבר כי המעשה נבע ממצוקה אישית של בני-הזוג. האירוע עורר מהומה בנצרת, והיה חשש שמדובר בניסיון פיגוע. חלק מתושבי העיר ניסו לערוך לינץ' בבני משפחת חביבי, אך חברי המפלגה הקומוניסטית הישראלית וחד"ש בעיר הגנו עליהם, וטענו כי עניינם יוכרע בבית המשפט. במהומה נפצעו כשלושים איש, מחציתם שוטרים והיתר אזרחים. לאחר כחצי שנה נשפטו בני-הזוג חביבי ונמצאו אשמים במעשה.
ב-14 במאי 2009 ביקר האפיפיור בנדיקטוס השישה-עשר בנצרת. הוא ערך מיסה המונית על הר הקפיצה, ולאחר מכן ביקר בכנסייה.
מתחם כנסיית הבשורה.
מתחם כנסיית הבשורה ניצב ברחוב אל-בישארה (البشارة - "הבשורה"), רחובה הראשי של העיר העתיקה בנצרת, המוליך מכיכר העיר בדרום עד כיכר המעיין וכיכר הכנסייה בצפון. אורכו של המתחם מצפון לדרום הוא 180 מטר ורוחבו המרבי 140 מטר.
הכנסייה ניצבת בצידו הדרומי של המתחם. מצפון לה משתרעת רחבה גדולה הניצבת על גבי עמודים, ומתחתיה מוצגים שרידי הכפר הקדום של נצרת אין סיטו. ברחבה ניצב הבפטיסטריום של הכנסייה, ולידה גן מפלים.
בצידו המזרחי של המתחם ניצב מבנה המנזר הפרנציסקני שהוקם לראשונה בשנת 1620. ב-1930 נהרס המבנה ותחתיו הוקם המבנה הנוכחי, המשכן גם את בית הדין הדתי של העדה הקתולית בעיר, את בית הספר "טרה סנטה" ומוזיאון קטן בקומת המרתף, המציג את תולדותיה של הכנסייה ושל נצרת הקדומה. ליד הכניסה למנזר ניצב פסל מודרני משנת 1990 המתאר את המלאך גבריאל המבשר את הבשורה למרים. הפסל הוא תרומה מנמיביה, ועל בסיסו חקוקה תחינה להתפייסות ולהרמוניה באפריקה הדרומית. ברקע לכתובת ההקדשה רשומים שמותיהן של מדינות דרום היבשת.
מצפון למנזר שוכנת כנסיית יוסף הקדוש, שלפי מסורת מימי הביניים הוקמה במקום שבו שכן בית המלאכה של יוסף הנגר, בעלה של מריה. מבנה הכנסייה הנוכחי הוקם בשנת 1914 על-גבי התוואי של כנסייה צלבנית קודמת, וסגנונה נאו-רומנסקי. לידה ניצב מגדל פעמונים רבוע שגגו אדום.
בין המנזר לכנסיית יוסף הקדוש שוכן גן קטן שבמרכזו עמוד נושא כותרת קורינתית, ועל בסיסו רשום ביוונית "XAIPE MAPIA" (שלום מרים) ובלטינית "IUBILAEUM ANNUS DOMINI MM" (יובל האלפיים לשנת האדון).
מבנה הכנסייה.
כנסיית הבשורה הוא המבנה הייחודי והבולט ביותר בנצרת, והיה לסמלה המוכר ביותר של העיר. הכנסייה בנויה משני מפלסים גדולים הנבדלים לחלוטין זה מזה. המפלס התחתון, או הקריפטה, משמר את מערת הבשורה ואת השרידים העתיקים שנמצאו מתחת לכנסייה, והמפלס שמעליו הוא כנסייה מודרנית. שני המפלסים מקושרים זה לזה באמצעות פתח גדול בתקרת הקריפטה (רצפת הכנסייה), שצורתו כשל מתומן. הפתח נמצא מתחת לכיפת המבנה, והוא פיר פתוח המאחד את כל חלקי הכנסייה. אורכה של הכנסייה 44.60 מטרים, והיא קצרה בצידה המערבי בחמישה מטרים מהכנסייה הצלבנית בשל אילוצים גאוגרפיים הקשורים בתוואי רחוב הבשורה הסמוך. רוחבה של הכנסייה 27 מטרים, וגובהה הפנימי, מרצפת מפלס מערת הבשורה שבקריפטה ועד הנקודה הגבוהה ביותר בכיפה, הוא 49 מטרים.
הכנסייה עשירה מאוד בדימויים ובסימבוליות, המוקדשים בראש וראשונה למרים ולבשורה. אלה כוללים שילובים שונים של האותיות "A" ו-"M", שתי האותיות הראשונות של המילים "AVE MARIA" ("אווה מריה" - "שלום מרים") שבהן נפתחת הבשורה, ומסיבה זו רוב המעברים בכנסייה בנויים בצורת קשתות מחודדות. סמלים נוספים הם הספרה 8 המסמלת בנצרות את הרוחניות ואת החיים, וכן כפולותיה; וכביטוי לפולחנה העולמי של הבתולה, יש בכנסייה מגוון יצירות אמנות בסגנונות שונים מכל רחבי תבל.
החזית המערבית.
החזית המערבית של הכנסייה מוקדשת לבשורה, והיא פונה לעבר שער הכניסה ברחוב הבשורה. קבועות בה דלתות הכניסה אל הקריפטה (הכנסייה התחתונה). החזית קעורה ובשני צדדיה שני מגדלים מתומנים עטורי כיפות מחודדות בגוון אפור. חלקה העליון של החזית בנוי בצורת גמלון עם מעקה אבן משופע.
כמו יתר הכנסייה, החזית עשויה אבן בהירה ולרוחבה פסים של אבן בגוון ורוד. בפסים הוורודים שבחזית מופיעים עיטורים המייצגים את יסודות הבריאה - הארץ המיוצגת על ידי פרחים וציפורים, הים המיוצג על ידי גלי ים ודגים, האש המיוצגת בלשונות להבה, והשמים המיוצגים על ידי כוכבים.