בשנת 1910 הוקם בית ספר יסודי ראשון במקום, בעקבות החלטה של ועדה בהשתתפות חיים חיסין וחיים נחמן ביאליק. בשנת 1927 למדו בבית הספר כ-40 תלמידים. היו אז בבאר יעקב כ-50 משפחות שראשיהן עבדו בגידול שקדים, ירקות וחלב, שלא הכניסו מספיק, והיה ניסיון לטעת פרדסים. לצורך כך קנתה הקרן הקיימת עוד 250 דונם והמושבה הזמינה עוד מתיישבים להצטרף למקום.
לאחר מלחמת העולם הראשונה וכיבוש ארץ ישראל בידי הבריטים, נוסד בסמוך לשטחי המושבה מחנה "צריפין" ששמו נלקח משמו הערבי של כפר ערבי נטוש בשם "סרפנד אל ח'רב" (צריפין החרבה). בזמן בניית המחנה חנו שני גדודים בריטיים בקרבת המושבה, ונתנו לשכונה שתבוא על מקומם אחר כך את שמה הלא רשמי, "תוניס קאמפ" (Tunis camp) (מחנה תוניס), שכן הגדודים הגיעו לארץ ישראל מתוניס.
במלחמת העצמאות, בשל קרבתו לרמלה סבל היישוב מהתקפות של ערבים, שבראשן עמד חסן סלאמה. היישוב היה בסיס מבצעים חשוב ל"מבצע דני" ולאחר סיום המלחמה והכרזת העצמאות היה היישוב הבית הראשון בארץ ישראל לעולים חדשים רבים בעיקר מצפון אפריקה, רבים מהם מלוב ומתוניס, דבר שגרם לטעות הנפוצה כי המעברה נקראה "תוניס קאמפ" (Tunis camp) בשל מוצא העולים.
לאחר קום המדינה.
מיד לאחר קום המדינה הוקמה בסמוך לבאר יעקב מעברת העולים הגדולה מעברת באר יעקב (אשר נקראה אחר כך בשם "מעברת חוטר") והיא צורפה לבאר יעקב בשנת 1965. כן צורפו לישוב: כפר הנוער יוהנה ז'בוטינסקי, בית החולים שמואל הרופא ובית החולים אסף הרופא אשר הוקמו במחנות בריטיים שפונו ובנוסף סופח לשטחה של המועצה המקומית מושב תלמי מנשה אשר הוקם ב-1953 מזרחה לבאר יעקב. המושב הוא אומנם חלק משטח השיפוט המוניציפלי של באר יעקב אך הוא מקיים אורח חיים עצמאי: מתקיימת בו אגודה חקלאית שיתופית המאגדת את יושבי המקום, ובנוסף מתקיימים בו חיי קהילה לבני המושב, עד שנות האלפיים שמר היישוב על אופי כפרי למחצה.
מעברת באר יעקב הוקמה בשנת 1949, כמחנה זמני לעולים חדשים. היא הוקמה על שטח של מחנה צבא בריטי שעל חלקו הוקם גם בית החולים שמואל הרופא. במקום הוקמו תחילה רק אוהלים, היא שימשה מחנה מעבר, ורוב תושבי המעברה הועברו לאחר זמן קצר לדיור קבע. בסך הכל במשך השנים עברו בה כ-20,000 איש. בשנת 1952 היו במעברה כ-600 משפחות, בעיקר עולים מתוניס וטורקיה, והם ערכו מספר הפגנות בדרישה שיוקמו להם צריפי עץ, עם חיבור לחשמל ומים. בשנת 1961 עוד גרו במעברה כ-2,000 תושבים והוחלט לשנות את שמה ל"מעברת חוטר" (על פי הפסוק בספר ישעיה "ויצא חוטר מגזע ישי, ונצר משרשיו יפרה"). בשנת 1962 הוכרז על תוכנית לפינוי המעברה. בשנת 1970 במעברה גרו עדיין כ-200 תושבים, 28 משפחות שחלקם עם עשרה ילדים ויותר. תושבים אלו סירבו להצעות שונות לדיור חלופי ונשארו במקום. בשנת 1977 קיבלה החברה לפיתוח אזור לוד-רמלה את האחריות לחיסול המעברה, היא הצליחה להגיע להסכם פינוי עם שש משפחות אך במקום נותרו עוד 34 משפחות. בשנות ה-80 הייתה "מעברת חוטר" המעברה האחרונה שנותרה במדינת ישראל, ותושביה סירבו להתפנות, אף על פי שחיו בתנאים קשיים ביותר. החברה לפיתוח אזור לוד-רמלה שכרה את שירותיו של איש העסקים דוד אפל שיפעל כקבלן פינוי ובתמורה קיבל את הקרקע להקמת שכונת וילות. אפל גם קיבל תקציב ממשרד השיכון לפיצוי התושבים. בין השנים 1983 ל-1985 הגיע להסכם עם התושבים האחרונים שנותרו במעברה, הרס אותה והחל לבנות שכונה חדשה. במאי 1989 נעצר אפל בחשד לגנבה ומרמה בפרויקט פינוי "מעברת חוטר", על פי החשד הועברו כ-1.75 מיליון דולר מכספי משרד השיכון לחברה בבעלותו של אפל, מבלי שניתן דיווח למה שימשו הכספים. הפרשה נחשפה לאחר ביקורת של מבקר המדינה על ניהול הפרויקט.
המאה ה-21.
בשנים הראשונות של המאה ה-21 היישוב עבר מהפכה יישובית, חזותית ותחבורתית, במיוחד מאז פתיחת כביש 431 המקשר בין עורקי התנועה העיקריים של המדינה: כביש 1, כביש 6, כביש 4 וכביש 20, פתיחת הכביש הפכה את באר יעקב מיישוב הנמצא בעורפו של מחנה צריפין ליישוב הממוקם במרכז המדינה, בנוסף בבאר יעקב עתודות גדולות של קרקע לבנייה הדרושות לפתרון מצוקת הדיור במרכז המדינה, בעקבות זאת החלו להבנות בבאר יעקב מספר פרויקטי בינוי גדולים המכילים אלפי דירות.
בתחילת 2020 אושרה תוכנית המתאר לעיר, על פי התוכנית צפויים להיבנות כ־27,000 יחידות דיור, 2 פארקים בגודל של כ-180 דונם במתחם היבנה על שטח שיפונה מבסיס צריפין, כמו כן מתוכנת תוכנית לשימור אתרים בעלי רקע היסטורי בעיר, ואף אצטדיון כדורגל עירוני. בנוסף, קיימות תוכניות ראשוניות לשילוב מתחמי מסחר בצמוד לתחנות הקו החום של הרכבת הקלה שישולבו במערכת התחבורה העירונית.
באוגוסט 2021, הכריזה שרת הפנים איילת שקד כי באר יעקב תהפוך ממועצה מקומית לעיר. ב-20 באוקטובר 2021 הפכה לעיר לאחר טקס חתימה רשמי.
כלכלה.
בתחום שיפוט העיר נמצאים בתי החולים יצחק שמיר, שמואל הרופא ובית חולים פסיכיאטרי באר יעקב. כן נמצא בעיר מפעל מלמ של התעשייה האווירית לישראל.
חינוך.
בעיר פועלים בתי ספר יסודיים אחדים, תיכון דתי באר יעקב, בית הספר תלמים בשכונת חתני פרס ישראל וכפר הנוער יוהנה ז'בוטינסקי, שהוקם בשנת 1949 על ידי תנועת בית"ר, ומנוהל כיום בידי רשת מכללות עתיד.
ישיבות.
למרות ניתוקה היחסי מהערים החרדיות, נחשבת באר יעקב "בירת" הישיבות החרדיות באזור. ביישוב פועלות ארבע ישיבות:
ראשי היישוב.
מקור
שכונות ומושבים בתחומי העיר.
מושב נווה דורון.
מושב נווה דורון הוא מושב חקלאי הממוקם בחלק המזרחי של באר יעקב, מעבר למסילת הרכבת. המושב שייך לשטח המוניציפלי של העיר ונקרא על שמו של סגן דורון שושני שנפל ב-8 ביוני 1982 במלחמת שלום הגליל. בשטח המושב פועלים שני בתי ספר יסודיים.
שכונת צמרות המושבה.
שכונת צמרות המושבה היא שכונה שהוקמה בשנת 2016 בבאר יעקב. במיקום השכונה היו פרדסים רבים וגבעות חמרה, אך בשטח זה החלו לבנות בנייני מגורים שהביאו להכפלת אוכלוסיית העיר. כיום בשכונה יש עדיין חלקים ושאריות מפרדסי המקום למשל, ליד כפר הנוער יוענה ז’בוטינסקי אשר נמצא צמוד לשכונת צמרות המושבה, משתרעים מרחבי פרדסים שלמים וגידולים אחרים.
טבע וסביבה.
באר יעקב שוכנת בנוף של גבעות כורכר וחמרה חוליות המנוקז על ידי ואדי למון שנתן למושבה את שמה הראשון, ממזרח לבאר יעקב מתחיל עמק לוד, המקדים את מישורי ההצפה של נחל איילון ויובליו וממערב נמצא רכס גבעות הכורכר של נס-ציונה. בין גבעות החמרה באזורים לא מנוקזים קיימים כתמים של אדמת סחף כבדה.
מכיוון שהאזור היה נתון במשך אלפי שנים למשטר של עיבוד חקלאי הצמחייה המקורית הושמדה ואין לדעת מה הייתה חברת השיא המקורית.
צומח.
גבעות הכורכר.
לפי מדריך ישראל חברת השיא של גבעות הכורכר היא גריגה של קידה שעירה ולוטם, באזור באר יעקב מתלווים אליהם גם רותם המדבר וסירה קוצנית המלווים בגאופיטים כגון כלנית מצויה, על פי סקר החברה להגנת הטבע קיימת על גבעות הכורכר חברה בתה עשבונית של דרדר הקורים, קורטם דק ועכנאי שרוע.
מרבית הגבעות נהרסו עקב הבנייה המאסיבית אך מערבית לכפר הנוער יוהנה ז'בוטינסקי שרדו בשטח מצומצם שרידים מחברות אלו ושרידים גדולים יותר שרדו בגבעת האירוסים בנס ציונה.
הכורכר באזור באר יעקב הוא כורכר רך (בשונה מהכורכר הקשה של נס-ציונה) וחברת הצמחים הנפוצה בו כיום היא בתה של שברק מצוי ושמשון סגלגל. שרידים של גריגת רותם המדבר וקידה שעירה מצויים במספר מקומות. בגבעות הכורכר ניתן למצוא גאופיטים כגון הכלנית המצויה, סתוונית היורה, חצב מצוי, צבעוני השרון, בן-חצב סתווני, לוף מנומר והמין האנדמי - שום תל אביב.
קרקעות החמרה.
החברה האופיינית כיום לקרקעות החמרה היא חברת חילף החולות ודרדר הקורים היוצרת בתה עשבונית שמרובים בה הצמחים החד שנתיים שחלקם אנדמיים כגון דרדר הקורים, תורמוס ארצישראלי ומקור חסידה תל אביבי. בן-שיח אנדמי באזורים אלה הוא גלונית פלשתית, הגדלה בצל שיחים ועצים. גאופיטים אופייניים לשטחים אלה הם לופית מצויה, סחלב קדוש וצבעוני השרון. באזורים מסוימים התפתח נוף דמוי סוואנה המורכב מעצי שיזף המלווים בזקנן שעיר.
מרבית שטח קרקעות החמרה מעובד או היה מעובד ונשתלו בו פרדסים, בפרדסים שננטשו צומחים שרביטן, אספרג (החורש, ארוך-עלים ומנוצה), לנטנה ואזדרכת.
בגבול ראשון לציון מצויים שרידי דיונות מיוצבות, בהן גדל הפרח האנדמי חומעה עטויה, (היוצר מרבדי פריחה אדמדמים) ופרח אנדמי נוסף - פשתנית יפו.
בגבול רמלה ישנם כיסי אדמה כבדה, בהם גדלים צמחי עמקים. ביניהם כלך מצוי, נץ-החלב הצרפתי וסיפן התבואה.
שטחי ביצה.
שטח הביצה העיקרי באזור היא ביצת רחובות שמדרום למושב ישרש, בריכות חורף נוספות מצויות בגבול רמלה. במקומות אלו צומחים כף הצפרדע האזמלנית, בצעוני מצוי וורבנה שרועה. מספר בריכות חורף נהרסו עקב הרחבת היישוב.
שיטה מלבינה.
דרומית לבאר יעקב מצויה גבעה (שמורת ישרש) שבה צומחת חורשה שרידית של שיטה מלבינה, הבונה באפריקה את נוף הסוואנה. הגבעה עשירה במינים אחרים של צומח נדיר, כגון זוטה מעורקת, בן-סירה מיובל וסחלב פרפרני.
שימור.
מרבית שטחה של באר יעקב צפוי להיבנות. יוצא מכלל זה הוא השטח שממערב לכפר הנוער יוענה, המתחבר למסדרון שמשני צדדי כביש 431 שעתיד להישאר שטח פתוח, בכפר הנוער יוענה מוקם מרכז שימור, רבייה והפצה של הצמחייה המקומית.
בועיינה-נוג'ידאת
בועיינה-נוג'ידאת (בערבית: بعينة-نجيدات) היא מועצה מקומית בגליל התחתון, במחוז הצפון בישראל. היא הוכרזה כמועצה מקומית בשנת 1980. היישוב מורכב משני יישובים שהיו נפרדים בעבר: בועיינה ונוג'ידאת, שאוחדו בשנת 1987 למועצה מקומית אחת.