קורבנות התמיד שימשו כמסגרת התוחמת את שאר קורבנות היום לפניהם ואחריהם. בין שני התמידים הקריבו הכהנים את קורבנות היחיד, שהביאו אנשים פרטיים למקדש באותו היום. מדובר, בדרך כלל, בקורבנות נדבה, שהאדם הביא מרצונו החופשי, כגון בתור הודאה לה' על חסדיו עמו. היו קיימים גם קורבנות חובה, כגון אשם וחטאת הבאים לכפרה על חטא. המשנה מלמדת שלא היה צורך לאכוף את הקרבת קורבנות החובה באמצעות מישכון האדם החייב בהם, שכן החייבים בקורבן הרגישו בעצמם את הצורך להתכפר ולהשלים בכך את תהליך החזרה בתשובה על חטאם. בימי הבית השני נדרשו היהודים להקריב קורבן גם לכבוד מלכי נכרים ששלטו בירושלים, כמעין תפילה לה' לשלומו והצלחתו של המלך, וזאת כביטוי לנאמנותם.
בלילה לא הביאו קורבנות חדשים. רוב הכהנים ששהו במקדש לנו בבית המוקד, ואכלו את חלקם בקורבנות היום. חלק מהכהנים והלויים עמדו בנקודות שמירה שונות במקדש, או תִחזקו את "אש התמיד" על המזבח החיצון. קורבנות שהקרבתם כבר החלה ביום, באמצעות נתינת דמם על המזבח לפני שקיעת השמש, הכהנים היו מסיימים את תהליך עיכול האש (הפיכת הבשר לאפר) שעל גבי המזבח את חלקי הקורבן במשך הלילה. בקורבן עולה היו מסיימים את הקטרת אברי הקורבן במשך הלילה, ובקורבן שלמים, חטאת או אשם היו מסיימים את הקטרת החלבים במשך הלילה.
שבתות וראשי חודשים.
בשבת היו הכהנים מקריבים את קורבן התמיד והקטורת ומדליקים את הנרות כבכל יום. בנוסף לכך היו מקריבים שני כבשים נוספים לכבוד היום, הנקראים קורבן מוסף. במקביל, היו אנשי המעמד מתפללים את תפילת המוסף. קרבנות פרטיים לא הוקרבו כלל בשבת, פרט לקורבן פסח, שהתורה קבעה לו תאריך מיוחד להקרבתו בי"ד בניסן, ערב חג המצות, ולפיכך הקרבתו דוחה את השבת.
מצווה נוספת בשבת היא לחם הפנים: הכהנים הניחו על שולחן לחם הפנים שבהיכל את הלחם החדש, והוסיפו לצידו שני כלים ("בזיכים") שבהם הייתה לבונה. את הלחם הקודם, מן השבת שעברה, היו הכהנים אוכלים בו ביום (הוא נאפה בצורה מיוחדת ששמרה על טריותו), ואת הלבונה שבבזיכים הקודמים היו הכהנים מקטירים על המזבח החיצון.
בראשי חודשים, ובפרט בראש השנה, באה לידי ביטוי מיוחד נוכחותה של הסנהדרין הגדולה במקדש. היות שלוח השנה העברי נקבע על פי מולד הלבנה, מדי חודש היו באים עדים שראו את מולד הלבנה, ומוסרים את עדותם בפני בית הדין בירושלים. לאחר חקירת העדים וקבלת העדות, קבע בית הדין את היום כראש חודש, ושלח שליחים להודיע על התאריך המדויק בכל תפוצות ישראל. רק לאחר קביעת היום כראש חודש, הקריבו הכהנים את הקורבן המיוחד ליום זה.
מועדי ישראל.
בשלוש הרגלים, סוכות פסח ושבועות, הייתה חובה על כל אדם מישראל לעלות לרגל לירושלים. כל איש התייצב בעזרה עם שלושה קרבנות: עולת ראייה שלמי חגיגה ושלמי שמחה, ככתוב: . בשרו של קורבן השלמים נאכל בירושלים על ידי המשפחה כולה, ומצווה לשתף בשמחה גם את הנזקקים: "וְשָׂמַחְתָּ, בְּחַגֶּךָ: אַתָּה וּבִנְךָ וּבִתֶּךָ, וְעַבְדְּךָ וַאֲמָתֶךָ, וְהַלֵּוִי וְהַגֵּר וְהַיָּתוֹם וְהָאַלְמָנָה, אֲשֶׁר בִּשְׁעָרֶיךָ.".
במועדים הכתובים בתורה (ראש חודש, ראש השנה, יום הכיפורים, סוכות, שמיני עצרת, פסח, שבועות) הקריבו הכהנים קורבן מוסף וקרבנות אחרים הבאים מכספי הציבור, בכל מועד כעניינו, על פי המִפרט הכתוב בתורה.
מהותו של המקדש.
תפקיד רעיוני.
התורה מגדירה את תפקידו של המשכן והמקדש, כמקום שבו שוכן ה' בקרב עמו, עם ישראל, כעין נקודת ממשק בין העולם הזה לעולם האלוהות: . אמנם בשונה מהתפיסות האליליות המגשימות את האלוהים, האמונה היהודית תופסת את מהותו של המקדש כמקום ייצוגי להתגלות ה' בארץ, ולא כאתר המגביל את מושבו למקום מסוים, שהרי האלוהים הוא בלתי מוגבל הן ביכולותיו והן בנוכחותו בעולם. וכפי שהגדיר זאת שלמה המלך בתפילתו בעת חנוכת בית המקדש הראשון אותו בנה: בעקבות זאת, חז"ל קובעים שמעת שחרב המקדש ועם ישראל גלה מארצו, השתנה הקשר של עם ישראל לאלוהיו מקשר שמתגלה בברכה השורה על העם בכל תחומי החיים בעקבות שמירת המצוות בארץ, כפי שהתורה מבטיחה בכמה מקומות, לקשר מוסתר יותר שמתבטא בעיקר על ידי לימוד התורה, כמאמר חז"ל: , כך לדוגמה הם אומרים כי מאז החורבן ננעלו שערי התפילה, נבנתה חומת ברזל בין ה' לישראל, לא נראה רקיע בטהרתו, פסקו אנשי אמנה מישראל ועוד הרבה דברים נוספים:
על פי המהר"ל מפראג בית המקדש לא היה מבנה אבנים בלבד, אלא מבנה גלובלי בעל מהות אלוהית שתרם לשלמות כל העולם, בכך שסייע לדבקות של בני אדם בעולמות העליונים, בקודש וברוחניות הצרופה. עוד על פיו, בתי המקדש הראשון והשני לא היו בעלי איכויות זהות. בעוד שבבית המקדש הראשון השכינה והנבואה שרו בעם ישראל, והדגש בו היה על החלת קדושה אצל היחידים, בבית המקדש השני שלא היה במעלה כמו הראשון, לא הייתה השראת שכינה, והוא שימש כמרכז רוחני שאיחד תחת קורתו את עם ישראל, והפכם להיות כמו "איש אחד".
על פי הראי"ה קוק מאז שחרב בית המקדש ירדה תוגה כללית על העולם, וכל התיקונים הם תיקונים חיצוניים ושטחיים:
ניגוד לעבודה זרה.
עוד לפני בניית בית המקדש הראשון היה נהוג לעבוד את ה' באמצעות הקרבת קרבנות. הקרבת חיות שמשה כעדות לקבלת הדין של האדם ולמסירותו לאלוהיו, שבמסגתן הוא מוכן לוותר על רכוש חומרי ששייך לו, ולהקדישו לה'. הלך מחשבה זה התקיים במשך תקופה ארוכה עד אשר לקראת המרד הגדול הלכה והתבססה תפיסה אחרת של יחסי האדם ואלוהיו, שעל פיה את מקום הקרבת הקורבן תפסו הלימוד והתפילה.
הרמב"ם ניסה ליישב סתירה זו בכך שקבע כי המקדש נועד לתת מענה לצורך האנושי הרווח בקרב עובדי האלילים להתקשר לאלוהים באמצעות הקרבת קרבנות, הקטרת קטורת ושאר אמצעי הפולחן. וכדי לנתב את הצורך והתשוקה הללו לחיזוק הקשר בין עם ישראל לה', שאִתו הם כרתו ברית נאמנות, צווה ה' לבנות מקדש שבו יוכלו להקריב קרבנות ולהתפלל אליו:
תפיסה דומה כבר מופיעה במדרש ויקרא רבה, בו מובאת דעה שהסיבה לכך שבמהלך הנדודים במדבר נצטוו ישראל להביא למשכן את כל הבהמות ששחטו, הוא משום שישראל היו שטופים במצרים בעבודה זרה והיו מקריבים לשעירים, "אמר הקדוש ברוך הוא: יהיו מקריבין לפני בכל עת קרבנותיהן באֹהל מועד והן נפרשים מעבודת כוכבים והם ניצולים".
בית המקדש כמקום תפילה.
בבית המקדש התקיימו עצרות לתפילה ותשובה, בזיקה לאירועים חשובים בחיי העם, כגון בעקבות מלחמה, בצורת, וכדומה. גם אנשים פרטיים באו אליו בעת צרתם לשאת תפילה. עבודת הכהנים הייתה אף היא שלובה בתפילה מקוצרת.
לכך ייעד שלמה המלך את המקדש שבנה, כדבריו בתפילתו בטקס חנוכת הבית:
כך גם בנבואת ישעיהו:
בית המקדש כמקום הקרבת הקרבנות.
על פי הרמב"ם עיקר מטרת הבית היא כדי שבני ישראל יקריבו בו את הקרבנות, ויעלו לרגל. מסיבה זו, החפץ העיקרי בבית המקדש לדעת הרמב"ם הוא המזבח עליו היו מקריבים את הקרבנות. .
הגויים במקדש.
בתפילת שלמה בעת חנוכת המקדש (הנזכרת לעיל), נקבע בית המקדש כמקום תפילה גם לנוכרי. ושלמה אף מתפלל לה' שיקבל את כל תפילות הנוכרים הבאים להתפלל שם, בניגוד לאדם מישראל שבא להתפלל, שביחס אליו מבקש שלמה שה' ייעתר לו לפי מעשיו ולפי המגיע לו. מפרשי המקרא מבארים שהסיבה לכך היא שאם תפילת הנוכרי לא תיענה, הוא ינתק מגע מהמקדש באופן מוחלט. ואילו אם תפילת הישראלי לא תיענה, הוא יבין שחטא ויתקן את מעשיו. גם בנבואת ישעיהו הנזכרת לעיל, נקבע בית המקדש כמקום תפילה לכל העמים.
בנוסף, בתלמוד מובא שמקבלים קרבנות עולה שנוכרי בא להקריב לה' במקדש, וזאת בשונה ממומר לעבודה זרה (יהודי שהמיר דתו), שאין מקבלים את קורבנו. וכן פסק הרמב"ם להלכה.
מצוות ומנהגים כזכר למקדש.
צומות אבלות על החורבן.
כבר לאחר חורבן הבית הראשון נקבעו צומות לציון האבלות על חורבנו, בתאריכים בולטים במהלך המצור והחורבן, וצומות אלו הונהגו שנית לאחר חורבן הבית השני, בהתאמה חלקית לתאריכים הרלוונטיים לגבי חורבנו: תשעה באב - יום חורבן שני הבתים. שבעה עשר בתמוז - יום פריצת חומת ירושלים בחורבן השני. שלושה בתשרי - יום רצח גדליהו בן אחיקם, כחודשיים לאחר חורבן הבית הראשון, בעקבותיו גלו הנשארים בארץ. עשרה בטבת - יום התחלת המצור על ירושלים בשלהי בית ראשון.
על פי המשנה נוהגים דיני אבלות מסוימים החל מראש חודש אב, המחמירים והולכים בהדרגה בשבוע שחל בו תשעה באב, ביום שלפני תשעה באב, ובתשעה באב עצמו. בהלכה המאוחרת יותר נוספו מנהגי אבלות החל משבעה עשר בתמוז, ושלושת השבועות שבין שבעה עשר בתמוז לבין תשעה באב מכונים ימי בין המצרים.
מנהגי אבלות.
כמו כן, נוספו תקנות לציון האבלות על חורבן המקדש, מלבד הצומות. תקנות אלו והשיקולים שעמדו ברקען מופיעות בתלמוד:
זהו מקור המנהג בימינו לשבור את הכוס בשעת החופה, תוך אמירת הפסוק: יש שאף נוהגים להניח מעט אפר על ראש החתן.
מלבד אלה, קובעת ההלכה חובה על הרואה את מקום המקדש בחורבנו לקרוע את בגדו.
הנצחת מנהגי המקדש.
לאחר חורבן הבית השני נקבעו תקנות מיוחדות כזכר למקדש: נטילת לולב בחג הסוכות, נוהגת מן התורה שבעה ימים רק במקדש, ואילו מחוצה לו הרי היא נוהגת יום אחד בלבד. לאחר החורבן קבע רבן יוחנן בן זכאי שלולב ניטל שבעה ימים בכל מקום, "זכר למקדש". כמו כן נטילת ערבה בהושענא רבה נועדה להזכיר את נטילת הערבה במקדש, ומן התורה אין מצווה ליטול ערבה כלל מחוצה לו. בליל הסדר אוכלים את המצה והמרור יחד ("כורך") זכר למקדש, כמנהגו של הלל הזקן שהיה כורך את קורבן הפסח עם מצה ומרור.
הקמת בית מקדש שלישי.
נבואות גאולה.