ב-6 באפריל 1941 פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה. ביום זה, החל משעות הבוקר המוקדמות ובמשך שישה ימים, הופצצה בלגרד על ידי טייסות הלופטוואפה בפיקודו של אלכסנדר להר. שכונת דורצ'ול נפגעה קשות ואזור שכונת העוני פִישֶקְלִייָה (בסרבו-קרואטית: Fišeklija) חרב לחלוטין. ב-12 באפריל נכבשה בלגרד וכוחות ארמיית הפאנצר הראשונה בפיקודו של אוואלד פון קלייסט תפסו עמדות בעיר. הוקם מנגנון ממשל צבאי בפיקודו שלו הגנרל הלמוט פרסטר , ולצידו מנגנון המנהל האזרחי (בגרמנית: Verwaltungstab) בפיקודו של גרופנפיהרר האראלד טורנר. בתוך המנהל האזרחי הוקמו מספר מחלקות שעסקו במישרין או בעקיפין בטיפול בשאלה היהודית. גאורג קיסל מונה לסגנו של טורנר. ב-17 באפריל הגיע לבלגרד ריינהרד היידריך ראש המשרד הראשי לביטחון הרייך לצורך ארגון היחידות השונות וחלוקת סמכויות. למפקד האיינזצגרופן בסרביה מונה וילהלם פוקס, ולעוזרו המיוחד מונה הנס הלם. בתוך האיינזצגרופן של סרביה הוקם אגף לענייני יהודים בפיקודו של פריץ שטרקה (בגרמנית: Fritz Stracke). לממונה על ענייני הכלכלה בסרביה, ובכלל זה הטיפול ברכוש היהודי, מונה פרנץ נויהאוזן. ב-16 באפריל הגיע לבלגרד אובר-שטורמבאנפיהרר גוסטב ברגר נציג "מטה רוזנברג" במטרה להחרים כל נכס היסטורי ותרבותי השייך ליהודי בלגרד. כוחותיו פתחו בחיפושים במבני ציבור ובדירות ראשי הקהילה ורבניה.
עם כינון המנהל האזרחי הוקמה ממשלת בובות של קומיסרים משתפי פעולה בראשות מילאן אצ'ימוביץ'. בהמשך, בשל חוסר אהדה ציבורית לאצ'ימוביץ', מונה הגנרל מילאן נדיץ' לראש הממשלה ומילאן אצ'ימוביץ' לשר הפנים. מבין משתפי הפעולה הבולטים היה דראגומיר יובאנוביץ' מפקד משטרת ביטחון הפנים של ממשלת הבובות, ובהמשך ראש עיריית בלגרד הממונה. תחת משרד הפנים בממשלת נדיץ' הוקמה "המשטרה המיוחדת לענייני יהודים בפיקודו של יובאן-יוצה ניקוליץ' (בסרבו-קרואטית: Jovan-Joca P.Nikolić). בספטמבר 1941, לאור כישלון הכוחות הגרמניים בהתמודדות עם הפעילות הפרטיזנית, הודח הלמוט פרסטר כמפקד הצבאי בסרביה, ובמקומו מונה פרנץ במה.
השמדת יהודי בלגרד.
השמדת יהודי בלגרד התבצעה בשלושה שלבים עיקריים, תוך שהגרמנים נעזרים במשתפי פעולה מקרב הפולקסדויטשה ומממשלת הבובות הסרבית. בין אפריל לאוגוסט 1941 נשדד הרכוש היהודי ונשמט הבסיס הכלכלי של יהודי בלגרד. הוגבל חופש התנועה, בני הקהילה הוכרחו לענוד סרט צהוב והוטלו עבודות כפייה. בין אוגוסט לנובמבר 1941 נעצרו הגברים והועברו למחנה הריכוז טופובסקה שופה. שם הוצאו להורג באופן הדרגתי בידי כיתות ירי. מדצמבר 1941 ועד מאי 1942 נעצרו נשות וילדי הקהילה והועברו לסיימישטה. בין מרץ לראשית מאי הומתו כולם באמצעות משאיות גז. הנאצים נעזרו במשתפי פעולה מקרב הקהילה היהודית. הבולטים שבהם היו מרקו בנימינוביץ' וחיים בן רפאל אלמוזלינו. בנימינוביץ' נולד בקוסובסקה מיטרוביצה בשם בן ציון ביבאס, היגר לזאגרב המיר את דתו לנצרות קתולית, שינה את שמו, ולאחר כיבוש יוגוסלביה הציע את שירותיו בשכר לגסטפו. הוא עסק בהסגרת יהודים מבלגרד לגרמנים, תוך שהוא מוליך אותם שולל בהבטחות למתן דרכונים מזויפים תמורת ממון רב. אלמוזלינו פעל באותה שיטה. עשרות רבות של יהודים אשר קיבלו לכאורה דרכונים מזויפים הגיעו לתחנת הרכבת בבלגרד ללא "הטלאי הצהוב" ושם המתינו בנימינוביץ ואלמוזלינו ומסרו אותם לאנשי גסטפו שהמתינו בתחנה. אלמוזלינו הוצא להורג ככל הנראה על ידי הנאצים לקראת סיום המלחמה. בנימינוביץ' עבר לקוסובו ושם נעלמו עקבותיו. לאחר המלחמה הוכרזו השניים פושעי מלחמה.
מספר היהודים שהתגוררו בבלגרד נתון במחלוקת בין החוקרים. לפי רישום אחד של הקהילה היהודית מסוף 1940 התגוררו בעיר 10,388 יהודים, בדו"ח אחר של נציגות הקהילה היהודית מספטמבר 1941 צוין כי בכל סרביה התגוררו לפני הפלישה הגרמנית 11,150 יהודים מקומיים ואליהם הצטרפו 1,350 פליטים יהודיים מגרמניה ומאוסטריה. ב-16 באפריל הוציאה משטרת הסדר הוראה לכל יהודי בלגרד להגיע ב-19 באפריל למטה המשטרה ולהירשם. בצו נכתב שיהודים שלא יתייצבו יוצאו להורג. לפי רשימה שמית מפורטת שהוכנה בינואר 1941 והועברה לשלטונות הכיבוש, התגוררו בבלגרד 11,870 יהודים. ככל הנראה מספר זה לא כלל, או כלל חלקית בלבד, את תושבי שכונת פִישֶקְלִייָה. 9,145 מבני הקהילה התייצבו ונרשמו ולכל אחד חולק סרט צהוב עם הכיתוב "יהודי" בגרמנית ובסרבו-קרואטית, אותו היו חייבים לענוד על זרועם. אלו שלא התייצבו נהרגו בהפצצה על העיר, נמלטו ממנה או החליטו ליטול את הסיכון ולא הגיעו. על בני הקהילה הוטל עוצר מהשעה 6 בערב ועד השעה 6 בבוקר. בהמשך, הוטלו מגבלות על שעות ומיקום רכישת מוצרי מזון. ב-1 ביוני 1941 הוציאה מפקדת הגסטפו הנחיה להעביר למשטרת בלגרד 16,000 דינרים יוגוסלביים כל חודש מהכספים שהוחרמו מהקהילה היהודית. שלטונות הכיבוש מינו אחראים לטיפול ברכוש היהודי, בעיקר מקרב הפולקסדויטשה בבלגרד. אלו ארגנו מסעות ביזה בבתי העסק בבעלות יהודית, גבו לכיסם חובות מבעלי חוב לעסקים אלו, ולבסוף אילצו את בעלי העסקים למכור להם את העסקים במחירים אפסיים. לאחר מכן הוצעו העסקים למכירה לקהל הרחב במחירים ריאליים. הכספים הופקדו בחשבונה של חברה מיוחדת שהוקמה לשם כך וכונתה "החברה הבנקאית", ורק לפרנץ נויהאוזן הייתה הרשאה לטפל בהם. בהמשך הולאמו מפעלים, נחסמו לפעילות פרטית חשבונות בנק, פיקדונות וחסכונות של יהודים. ההיתר לפעילות בכספים ניתן רק ל"חברה הכלכלית". כך חיסלו הגרמנים את הבסיס הכלכלי של יהודי בלגרד.
ב-21 באפריל 1941 נשלחו לראשונה יהודי בלגרד לעבודות כפייה. האוכלוסייה שנשלחה לעבודות הייתה ילדים וגברים בגילים 6–60 ונשים בגילים 16–40. בשלב הראשון הם הועסקו בפינוי גופות הנספים בהפצצה הגרמנית, בפינוי הריסות העיר, בשיקום תשתיותיה ובניקיון רחובותיה. העבודה בוצעה בין השעות 17:30-07:30 ובידיים חשופות. החיילים הגרמנים הרבו להתעלל בעובדי הכפייה וצילמו את מעשיהם. ראשי הקהילה ופרנסיה נעצרו. הרב הראשי האשכנזי יצחק הכהן שלאנג, נשיא הקהילה היהודית פרידריך פופס, והרב הראשי של יהודי סרייבו ששהה בבלגרד מוריץ לוי, נעצרו והועברו לגראץ. בנוסף, נעצרו נכבדים נוספים ובהם בנקאים ומשפטנים. הרב הראשי של יהודי יוגוסלביה יצחק אלקלעי נעדר מאז הפצצת העיר, ובקהילה סברו שנהרג. כך, ללא הנהגה, השתררה אנדרלמוסיה בקרב הקהילה. המצב החמיר עוד כאשר 2,100 יהודים מהבאנאט הסרבי כגון מהערים ורשאץ, זרניאנין, פנצ'בו וקיקינדה נעצרו, הועברו לבלגרד ופוזרו בבתי יהודי בלגרד ובמוסדות ציבור של הקהילה.
השמדת הגברים.
ביולי 1941 החלו רציחות היהודים. בעקבות תחילת פעילות פרטיזנית בסרביה הכבושה, קבעו הגרמנים "מכסת הוצאה להורג": 50 אזרחים יוצאו להורג על כל חייל גרמני שנפצע ו-100 על חייל שנהרג. המוצאים להורג נלקחו מקרב האוכלוסייה היהודית והסרבית. ב-27 ביולי 1941 השליך צעיר יהודי בשם אליאס אמיל אלמוזלינו בקבוק מולוטוב על מכונית צבאית גרמנית. לא היו נפגעים בתקרית ואלמוזלינו נמלט מבלגרד. הגרמנים כינסו את כל הגברים היהודים בחצר המשטרה בבלגרד ודרשו להסגיר את אלמוזלינו תוך 24 שעות. למחרת, משלא הוסגר אלמוזלינו, נערכה סלקציה בין הגברים ו-122 נלקחו למטווח הצבאי ששכן בכפר יאיינצי ונורו למוות. בהיסטוריוגרפיה של שואת יהודי בלגרד נודעה קבוצה זו לימים בשם "המאה הראשונה". הגרמנים החליטו להקים מחנה ריכוז בבלגרד לכליאת אסירים שייעודו המקורי היה כליאת אסירים פוליטיים ועצורים מקרב כוחות הפרטיזנים. ב-22 ביוני 1941 הטיל האראלד טורנר על מילאן אצ'ימוביץ' להקים את מחנה הריכוז באנייצה. אצ'ימוביץ' ראש ממשלת הבובות, הטיל על דראגומיר יובאנוביץ' את הקמת המחנה. החל מיולי 1941 נכלאו במחנה אסירים יהודים וסרבים. ב-20 באוגוסט 1941 הוקם מחנה הריכוז טופובסקה שופה שיועד במקור לכליאת יהודים בלבד, ונכלאו בו גברים מקרב יהודי בלגרד והבאנאט הסרבי. החל מספטמבר 1941 הוצאו אסירי המחנה להורג בירי בקצב של 150 עד 400 ליממה. הרציחות התבצעו בגאיות ההריגה ביאיינצי, יאבוקה וקומודראז'.
ב-2 באוקטובר 1941 תקפו כוחות הפרטיזנים של טיטו יחידת צבא גרמנית ליד העיירה טופולה. בהתקפה נהרגו 22 חיילים גרמניים ו-16 נפצעו. בתגובה הורה הפיקוד הגרמני להוציא להורג 2,000 יהודים ו-200 בני רומה. 2,000 היהודים נלקחו מקרב יהודי בלגרד העצורים בטופובסקה שופה ועצורי קלאדובו-שאבאץ, והן בוצעו על ידי כיתות יורים בין 9 ל-11 באוקטובר. ב-17 באוקטובר דיווח האראלד טורנר על ביצוע ההוצאות להורג, וציין שההוצאות להורג בוצעו בתוך 8 ימים, ובתוך 8 ימים נוספים יוצאו להורג עוד 2,000 יהודים. טורנר ציין "שזו עבודה לא יפה, אך חייבת להתבצע". עוד ציין בדיווחו כי אין אמנם הצדקה להוציא 100 יהודים על כל גרמני הרוג, אך היהודים נגישים יותר מהסרבים, והעניין יועיל לפתרון "הבעיה היהודית". ב-25 באוקטובר דיווח פרנץ ראדמאכר מ"המחלקה היהודית" במשרד החוץ הגרמני אשר שהה בבלגרד, כי נותרו 4,000 גברים מתוך 8,000 שנעצרו. מתוכם יוצאו להורג 3,500 בתוך שבוע ו-500 יועסקו בהקמת מחנה ריכוז לנשים, ילדים וזקנים.
השמדת הנשים והילדים.