הניצחון בקרב חדשה דחק את הסלאוקים להיאחזות בודדת שנותרה בידם, מצודת החקרא, ואילו כל ארץ יהודה נפלה עתה תחת שלטונם הישיר של המורדים. בהפוגה שארכה כשנה ניסה יהודה המכבי לבסס את מעמדו. שיאו היה שליחת משלחת לרומא וכריתת ברית איתה.
רומא נהגה לכרות בריתות עם אזורים השואפים לאוטונומיה בתוך יחידה מדינית גדולה יותר כדי לערער את היציבות הפנימית של אויביה. מדובר בחוזה סטנדרטי שלפיו התחייבו הצדדים לסייע זה לזה בעת מלחמה, אך הרומאים לא שלחו עזרה צבאית כלשהי למורדים היהודים. אף על פי שלא נשלחה עזרה צבאית, היה בהסכם משום תמרור אזהרה לדמטריוס ואות לבאות כי נגלה לפניו שהמורדים שואפים לעצמאות מדינית. לדבר זה לא יכול היה להסכים, אחרת כל האימפריה הייתה מתפרקת כשכל עם ועם היה מורד בשלטון המרכזי. לרוע מזלו, לא יכול היה עדיין להפנות גיס משמעותי לדיכוי המרד, כי הצבא המלכותי היה עסוק בדיכוי התקוממותו של טימאכרכוס שאיימה על לב לבה של האימפריה. מצב זה נמשך עד אביב 160, עת דוכא סופית המרד.
עם דיכוי המרד, יכול היה דמטריוס להפריש צבא גדול, כמעט מחצית מכוחו שכלל כשתי רבבות חיילים רגלים וכ-2,000 פרשים, בהם גם יחידות פלנקס ויחידות איכותיות אחרות שהתפנו ממשימתם במזרח הממלכה. צבאו של יהודה המכבי מנה לפי המקורות בין 800 ל-3,000 לוחמים, אם כי יש חוקרים הנוקבים במספרים גבוהים יותר. כמו כן, ייתכן שהיו למורדים פרשים. בקרב אלעשה משך בקכידס את יהודה המכבי לתקוף את אגפו הימני החזק או שיהודה ניסה לתקוף אגף זה מיוזמתו. כך או כך, מצא יהודה את מותו בהתקפה זו.
קרב ערבות הירדן וביצור יהודה.
קרב אלעשה השיב לממלכה הסלאוקית למשך מספר שנים את השליטה במרכזי האוכלוסייה הגדולים ביהודה. אך אם נראה כי מפלה זו ריפתה את ידי המורדים ההפך הוא הנכון. יונתן הוופסי, אחי יהודה, לקח על עצמו את הנהגת המרד כשלצידו עומד אחיו הבכור - שמעון התרסי. בהנהגתו התארגנו המורדים, שלא יכלו להחזיק במעוזם שבהרי גופנה, במדבר תקוע וחזרו למלחמת גרילה.
ב-157 לפנה"ס, בעקבות פעולת התגמול של יונתן ושמעון כלפי תושבי מידבא, שאנשיהם רצחו את יהוחנן אחיהם, ניתנה לבקכידס ההזדמנות לצאת עם צבאותיו להילחם במורדים ולנסות להשמידם. צבאו שיצא מיריחו ניסה ללכוד את המורדים בשובם מעבר הירדן כאשר הוא לוחץ אותם במהלך טקטי מוצלח, מכיוון מזרח, כשהם דחוקים בגבם לעבר נהר הירדן וצפון ים המלח. למרות עדיפותו המספרית, ניסיונו הרב ומיקומו העדיף, יצאו המורדים להתקפת נגד מוצלחת, שגרמה לצבאו לאבדות קשות, ובחסותה חצו המורדים את הירדן ונמלטו חזרה למדבר יהודה, כאשר בקכידס שב על עקבותיו לירושלים בידיים ריקות.
לאחר שלא הצליח למגר כליל את המורדים כדי להבטיח את שלטונו, החל בקכידס בהקמת קו ביצורים במבואות ירושלים, שהגנו עליה מהמורדים מכל כיוון: בית אל בצפון, בית חורון בצפון-מערב, אמאוס ממערב, תמנה מדרום-מערב, תקוע מדרום-מזרח, יריחו ממזרח, ופרתנון מצפון-מזרח. יחד עם המבצרים המלכותיים בחקרא, גזר ובית צור נוצרה רשת הגנה שלדעתו של המצביא הסלאוקי הבטיחה את השלטון המלכותי ביהודה המתמרדת בסיום מהלך ההתבצרות והבטחת מעמד החקרא, חזר לאנטיוכיה.
מערכות בית בצי.
לאחר כשנתיים של רגיעה, חזר בקכידס בראש צבא חזק, בשל שידולם של המתייוונים, במטרה ללכוד את המורדים שחזרו למודיעין בעת העדרו. אך הדבר נודע ליונתן על ידי נאמניו, והוא נערך לעימות מבעוד מועד. החשמונאים שיקמו את בית בצי באזור ספר המדבר, מדרום מזרח לבית לחם (בין בית לחם להרודיון ), התיישבו בה ואף ביצרוה. בקכידס ניסה לצור על היישוב, אך החשמונאים שהיו למודי ניסיון, לא איפשרו לו להשלים את המצור. שמעון ויונתן פעלו כצוות. בעוד ששמעון הגן על המבצר מבפנים, יונתן פעל מבחוץ. יונתן הצליח לכרות בריתות עם הנבטים ושבטים נודדים במדבר יהודה. במתקפת נגד מוצלחת יונתן התקיף את הצרים ביחד עם השבטים שהצליח לגייס, בזמן ששמעון התקיף מבפנים ואף הצליח לשרוף את מכונות המצור.
בשל כישלונו במצור והכרה בעוצמתם של החשמונאים שלא בנקל יהיה אפשר להכריעם, בקכידס, כליסיאס בזמנו, מחליט לשנות את מדיניותו ביהודה, לעבור לערוץ פרגמטי ולהפנות עורף למתיוונים שסיבכוהו בעימות לשווא. בשנת 155 לפנה"ס הגיע בקכידס להסכם עם יונתן, שיחדל לרדוף אותו ואף יעניק לו מעמד מדיני כלשהו, בתמורה לשקט תעשייתי בחבל ארץ זה, כך שהשלטון הסלאוקי יתקיים ביהודה, בלא שיהיה צורך לבזבז עליו משאבים צבאיים גדולים וקבועים. בהסכם זה קיבל יונתן רשות להתיישב במכמש מצפון לירושלים ולקבל מעמד מדיני מסוים. בקכידס היה יכול לעזוב את יהודה עם חילותיו, כאשר הוא מותיר בירושלים בחקרא חיל מצב סלאוקי. משה דוד הר כותב כי "הייתה זו הכרה רשמית בעובדת היותו של יונתן אישיות רבת השפעה ביהודה, שיש לקחת אותה בחשבון בהסדרת המצב ביהודה ובקיום השלום בה". יונתן הצליח לשקם את כוחו הצבאי ומעמד החשמונאים כפי שהיה בתקופה שלפני קרב אלעשה, עד שבשנת 157/6 הוכר כמנהיג ושופט של עם ישראל. כעשר שנים לאחר שפרץ הסתיים המרד במפלת המתייונים ובהצלחת החשמונאים.
היה זה העימות הצבאי האחרון בין המורדים ביהודה לצבא סלאוקי סדיר, ואחריו החל תהליך התנתקות הדרגתי של יהודה מעולה של האימפריה הסלאוקית, כאשר יונתן ושמעון מתמרנים בין המנהיגים הסלאוקים היריבים, מנהלים מדי פעם קרבות מול נאמניו של מצביא זה או אחר, ובמקביל מרחיבים את גבולות הארץ. בשנת 152 לפנה"ס הביאו עימותים פנימיים בממלכה הסלאוקית את המלך דמטריוס הראשון לפנות ליונתן בבקשת עזרה, תמורתה קיבל אישור להיכנס עם צבאו לירושלים, לגייס צבא ולייצר נשק ואף להיות מושל ארץ יהודה ועבר הירדן. שנתיים לאחר מכן, בשנת 150 לפנה"ס, קיבל יונתן באופן רשמי את התואר סטרטגוס ומרידרכס (מושל) של יהודה מידי מלך הסלאוקים. שלוש שנים מאוחר יותר, בשנת 147 לפנה"ס, הצליח לנצח את אפולוניוס - מפקד חילות הסלאוקים, באזור שבין יבנה ואשדוד, והפך לכוח הצבאי החזק ביותר בכל תחומה של ארץ ישראל.
תוצאות המרד.
בקרב אלעשה נהרג יהודה המכבי וצבאו הובס, אולם אחיו יונתן ושמעון ארגנו מחדש את צבא המורדים והמשיכו במלחמת גרילה בדרום הארץ, ששיאה בקרב שהתחולל בשנת 157 לפנה"ס, בו הוכה צבאו של בקכידס והשליטה ביהודה חזרה למעשה לידי החשמונאים, אף כי טרם השתלטו באותו שלב על ירושלים. בנוסף לכך, החלישו מאוד מרד זה ומרידות נוספות במחוזות המזרחיים של האימפריה, יחד עם חילופי שלטון תכופים ובחישת הרומאים בקלחת, את האימפריה הסלאוקית. על פי בצלאל בר כוכבא, הייתה עיקר גדולתו של יהודה המכבי וחשיבות המרד "בבנייה וגיבוש של כח מזוין גדול ורב עצמה, שלא ניתן היה להכחידו באמצעות ניצחונות חד פעמיים. אפילו התבוסות שנחלו המצביאים היהודיים קרבו את העצמאות המיוחלת: הם הבהירו לאויב, שלא היה מסוגל להשאיר בארץ חיילות מצב גדולים, את הפוטנציאל הרב הגלום בצבא היהודי, והצורך להתפשר עמו, ומאוחר יותר בימי יהונתן, עם גבור מלחמות הירושה בסוריה, אף את האפשרות להיעזר בו לצרכים הפנימיים בתמורה לויתורים מדיניים".
הסלאוקים חידשו את אחיזתם ביהודה ובירושלים, במקביל לאחיזתם של החשמונאים שם, אך שלטונם של הסלאוקים לא האריך ימים, בשל סכסוכים פנימיים בחצר הסלאוקית ומסיבות גאו-פוליטיות נוספות, ובמהלך שנים ספורות עברה הריבונות בהדרגה מהסלאוקים לידי היהודים, עד אשר קיבלו היהודים בחזרה הכרה רשמית כאוטונומיה, שהלכה והתרחבה עם הזמן. כבר בימיו של יונתן, אחיו של יהודה ויורשו, התרחבה האוטונומיה היהודית, ובימיו של שמעון, אחיו הגדול, שנת 141 לפנה"ס, חרבה מצודת החקרא, סמל השלטון הסלאוקי בירושלים, היהודים חדלו להעלות מס לאימפריה, והכריזו על הקמת ממלכת החשמונאים הריבונית. עם זאת, על אף ניצחון השמרנים, לא נעלמה ההתייוונות מארץ ישראל. בדורות הבאים לאחר כינון העצמאות המדינית היהודית בארץ ישראל, בלטו מנהגים יווניים רבים בקרב האליטה השלטונית. הדבר ניכר גם בבחירת שמות המלכים - המלכים האחרונים של הממלכה בחרו לעצמם לא פעם שם יווני.
שלטון בית חשמונאי, שבא בעקבות המרד, היה תקופה של עצמאות מדינית ועוצמה צבאית. הייתה זו תקופה של זוהר ופריחה לעם היהודי ולתרבות היהודית. תקופה של רווחה כלכלית, שנבעה מהורדת נטל המסים ששולמו למדינות החוץ ששלטו ביהודה, ומההתרחבות הטריטוריאלית של גבולות הממלכה, כמו גם מההשתלטות על נמלים ועל דרכי המסחר.
על פי מנחם שטרן, עיכב המרד את התפתחות ההלניזם, וגרם להתייהדות של רוב היישוב הכפרי מבחינה אתנית ותרבותית, בארץ ישראל, כך ש"השם יהודה קיבל משמעות רחבה ושימש לגויים לציון כל ארץ-ישראל". בנוסף, למרד היו תוצאות רחבות יותר מעבר להשפעה מקומית. אף שהיו מרידות בצפון ובמזרח, היו היהודים היחידים שהעזו למרוד באימפריה הסלווקית במרחב שבין מצרים, סוריה ופיניקיה. וכך "הפכה אפוא יהודה לגורם פעיל, אשר זירז את התהליך של התפוררות סוריה הסלווקית, ואולי גם של השחרור של ערים ועמים אחרים בתוך הממלכה".
אולם העצמאות היהודית לא האריכה ימים, וכעבור כשמונים שנות ריבונות, בשנת 63 לפנה"ס, החלה דריסת רגלה של האימפריה הרומית בארץ ישראל על ידי המצביא גנאיוס פומפיוס מגנוס, שמוטט סופית את שרידי האימפריה הסלאוקית. מאז נחלשה בהדרגה העצמאות היהודית עד לחורבן בית שני בשנת 70 בקירוב.
השלכות המרד על היהדות.
השלכות היסטוריות מוקדמות.
ההשלכות הראשונות של מרד החשמונאים והצלחתם השפיעו על ההיסטוריה הקרובה. על פי המקורות היהודיים הקדומים שאבו אנשי המרד הגדול, כמאתיים שנים לאחר מכן, אמונה וביטחון לעמוד כנגד האימפריה הרומית מהצלחתם של החשמונאים.