אי הבהירות ביחס לסמכויות היועץ צצה במלוא חריפותה במחלוקת שנתגלעה בין היועץ המשפטי לממשלה גדעון האוזנר לבין ראש הממשלה דוד בן-גוריון ושר המשפטים דב יוסף בשנת 1962. יוסף תבע מהאוזנר להעמיד לדין את אליעזר לבנה, עיתונאי עם זיקה למפא"י, בהאשמה הקשורה בקריה למחקר גרעיני בדימונה. האוזנר סירב לבקשה בנימוק שלא נמצא לה בסיס עובדתי, והדבר עורר משבר חוקתי בדבר עצמאותו של היועץ המשפטי לממשלה. הממשלה מינתה ועדת משפטנים בראשות שופט בית המשפט העליון שמעון אגרנט שתכריע בסוגיה ומאוחר יותר אימצה את מסקנותיה.
ועדת אגרנט קיבלה את עמדתו של האוזנר, שהחלטתו של היועץ המשפטי בשאלת העמדת עבריינים לדין היא עצמאית לחלוטין מעמדת הרשות המבצעת בשל היות האחרונה חשופה להטיה פוליטית. קביעה זו התקבלה במשפט הישראלי. עם זאת קבעה הוועדה כי על היועץ המשפטי להתייעץ מעת לעת עם שר המשפטים ולמסור לו דין וחשבון על פעולותיו, וכן להתייעץ עמו או עם הממשלה בקשר למקרים בעלי משמעות ביטחונית או ציבורית. עוד נקבע כי בסמכותו של שר המשפטים ליטול לעצמו את סמכויות העונשין העיקריות של היועץ המשפטי לממשלה, (אלו אשר הוענקו בראשונה לשר המשפטים).
לעומת זאת, בכל הנוגע לסמכות חוות הדעת של היועץ המשפטי לממשלה, קבעה הוועדה כי
עם זאת, עם השנים, היועצים המשפטיים לממשלה, החל מיצחק זמיר במאמר שפרסם בעקבות פרשת קו 300 פירשו את מסקנות הוועדה כקובעות שהממשלה כפופה לפרשנותו המשפטית של היועץ המשפטי לממשלה. בעקבות כך הם סברו גם שהיועץ המשפטי לממשלה רשאי להימנע מלייצג בבית המשפט את עמדת הממשלה או השר הממונה, ואף להציג עמדה מנוגדת לזו של הממשלה, בשם הממשלה עצמה. גישה זו התקבלה בפסיקת בית המשפט העליון.
על פרשנות זו של הדוח נמתחה ביקורת מצידם של משפטנים ובהם המשנה לנשיא בית המשפט העליון לשעבר (ולפני כן היועץ המשפטי לממשלה) חיים כהן, פרופ' רות גביזון וד"ר איתן לבונטין.
פרשת בר-און חברון.
ב-10 בינואר 1997 מינתה ממשלת ישראל, בראשות בנימין נתניהו, את עורך-דין רוני בר-און ליועץ המשפטי לממשלה. המינוי ספג ביקורת ציבורית, משום שבר-און היה חבר במרכז הליכוד ושר המשפטים, צחי הנגבי, היה מתמחה במשרדו של בר-און.
יום לאחר מינויו של בר-און לתפקיד עתר חה"כ אופיר פינס-פז ממפלגת העבודה לבג"ץ נגד המינוי. למחרת הודיע בר-און על התפטרותו מהתפקיד.
העיתונאי מרדכי גילת טען כי ראש הממשלה ושר המשפטים החליטו למנות את בר און לתפקיד בעקבות לחץ של חלק מחברי הקואליציה שעמד נגדם חשד בפלילים והיו סבורים כי בר און יסייע להם בענייניהם המשפטיים.
ועדת שמגר.
ב-13 בפברואר 1997, בעקבות פרשת בר-און חברון, מינה שר המשפטים, צחי הנגבי, ועדה ציבורית בראשות נשיא בית המשפט העליון בדימוס, מאיר שמגר, אשר נתבקשה לבחון את אמות המידה הנדרשות בעניין כשירותו של מועמד למשרת היועץ המשפטי לממשלה, את דרך מינויו, את דרך הצגת שמות המועמדים ואת משך כהונתו. הוועדה הוסמכה להמליץ את המלצותיה גם בכל סוגיה אחרת הקשורה לכהונת היועץ המשפטי לממשלה.
ועדת שמגר מנתה חמישה תפקידים של היועץ המשפטי לממשלה:
הוועדה המליצה כי תואר משרתו של היועץ המשפטי לממשלה ישונה ל"היועץ המשפטי הראשי", בהתאם לאחריותו על שמירת שלטון החוק בכל רשויות השלטון, ולא רק בממשלה. ביחס לייצוג בבית המשפט במקרה של מחלוקת בין היועץ המשפטי לממשלה לבין רשות שלטונית, היא הפרידה בין מקרה הלוקה באי חוקיות ברורה וגלויה לבין מקרה שבו אפשר לפרש את המקרה בדרכים שונות. לדעת הוועדה, אם המקרה נתון לפרשנויות, יהיה ניתן להציג בפני בית המשפט את הפרשנויות שונות. לפי הוועדה במקרים שבהם אין מדובר באי חוקיות ברורה וגלויה מן הנכון שהרשות הממלכתית החולקת על דעתו תהיה מיוצגת בנפרד על ידי משפטן משירות הציבור או מן המגזר הפרטי. הוועדה כתבה כי עקרון החוקיות והסדר הטוב מחייבים כי מקרים של ייצוג נפרד יהיו נדירים, כדי שלא ייפגעו הוודאות המשפטית ואמון הציבור ביועץ המשפטי לממשלה.
בית המשפט העליון קבע כי "היועץ המשפטי לממשלה הוא הפרשן המוסמך של החוק כלפי רשויות המנהל, וחוות דעתו מחייבת אותן – כל עוד לא פסק בית המשפט אחרת".
הליך המינוי.
המלצות ועדת שמגר.
ועדת שמגר המליצה בין היתר שהיועץ ימונה על ידי הממשלה על פי המלצות ועדה ציבורית, שתכלול חמישה חברים: שופט בדימוס של בית המשפט העליון שימונה על ידי נשיא בית המשפט העליון, שר משפטים או יועמ"ש לשעבר שימונה על ידי הממשלה, חבר הכנסת שייבחר על ידי ועדת חוקה, חוק ומשפט של הכנסת, עורך דין שייבחר על ידי המועצה הארצית של לשכת עורכי הדין, ואיש אקדמיה המיומן בתחום המשפט הציבורי ובדיני עונשין שייבחר על ידי פורום ראשי הפקולטות למשפטים באוניברסיטאות ובמכללות בישראל. על המועמד הנבחר ליהנות מקונצנזוס של ארבעה מחברי הוועדה לפחות בתחום הכשירות. מקובל שבשל חשיבות התפקיד, יש לבחור יועץ הכשיר להיבחר לשופט בית המשפט העליון (שישה מהיועצים המשפטיים לממשלה אכן מונו, לאחר סיום כהונתם, לשופטים בבית המשפט העליון).
בהחלטת הממשלה מס' 2274 מ-20 באוגוסט 2000 אומצו המלצות הוועדה בנוגע לדרכי מינוי היועמ"ש, ונקבע שיו"ר הוועדה יהיה שופט בית המשפט העליון בדימוס שימונה על ידי נשיא בית המשפט העליון. ב-10 ביוני 2007 תוקנה ההחלטה ביוזמת שר המשפטים דניאל פרידמן ונקבע שלמינוי יו"ר הוועדה נחוצה גם הסכמת שר המשפטים. הייתה זו פשרה שגיבש ראש הממשלה אהוד אולמרט בין הצעת פרידמן להפיכת שר המשפטים או היועמ"ש לשעבר ליו"ר הוועדה במקום השופט, לבין דרישת היועמ"ש מני מזוז, הראשון שנבחר בהתאם להמלצות הוועדה, שלא לשנות כלל את הסדר הקיים. כן הוחלט כי שר המשפטים יוכל להורות לוועדה להמליץ על יותר ממועמד אחד (ועד שלושה).
נהוג שההחלטה על מינוי היועץ המשפטי מתוך רשימת המועמדים המומלצים שמגישה הוועדה הציבורית, נעשית על ידי שר המשפטים, והחלטתו מובאת לאישור הממשלה.
הליך המינוי ב-2004.
המינוי הראשון לתפקיד על פי המלצות הוועדה היה מינויו ב-2004 של מני מזוז לתפקיד. שר המשפטים, טומי לפיד, הצהיר לפני המינוי כי בכוונתו למנות עו"ד מהשוק הפרטי לתפקיד. הוועדה מונתה באוקטובר 2003, בראשה עמד השופט בדימוס גבריאל בך, נציג הכנסת היה גדעון סער, נציג הממשלה היה דוד ליבאי, נציג לשכת עורכי הדין היה אלכס הרטמן ונציגת האקדמיה הייתה רות גביזון. הוועדה פסלה את מועמדיו של לפיד - אלי זהר (בשל ניגוד עניינים) ויורם טורבוביץ' (בשל העדר ניסיון כפרקליט פעיל) והגישה לו שלושה מומלצים - מזוז, והשופטים המחוזיים עוזי פוגלמן ודוד חשין. מהם בחר לפיד במזוז והממשלה אישרה את המינוי ברוב של 20 שרים ונמנע אחד.
הליך המינוי ב-2009.
המינוי השני לתפקיד על פי המלצות הוועדה היה מינויו ב-2009 של יהודה וינשטיין. בראש הוועדה עמד השופט בדימוס תיאודור אור, נציג הכנסת היה יריב לוין, נציג הממשלה היה משה נסים, נציג לשכת עורכי הדין היה אייל רוזובסקי ונציג האקדמיה היה פרופ' איל בנבנישתי. לאחר מספר דיונים היו ארבעה מועמדים שזכו לשלושה ממליצים, אך הוועדה לא הצליחה להגיע למועמד מוסכם שיקבל ארבעה קולות, משום כך הוועדה החזירה את הבחירה לממשלה. הממשלה החליטה כי שר המשפטים, יעקב נאמן, יראיין את ארבעת המועמדים שקיבלו שלושה קולות בוועדה וימליץ לממשלה על אחד מהם. ארבעת המועמדים היו פרופ' ידידיה צ' שטרן שהחליט להסיר את מועמדתו, יהודה וינשטיין, פרופ' דפנה ברק-ארז וצבי אגמון. נאמן החליט לבחור ביהודה וינשטיין לתפקיד.
הליך המינוי ב-2016.
המינוי השלישי לתפקיד על פי המלצות הוועדה היה מינויו ב-2016 של אביחי מנדלבליט לתפקיד. בראש ועדת האיתור עמד נשיא בית המשפט העליון בדימוס אשר גרוניס, נציגת הכנסת הייתה חברת הכנסת נורית קורן, נציג הממשלה היה שוב שר המשפטים לשעבר משה נסים, נציג לשכת עורכי הדין היה עו"ד יחיאל כ"ץ ונציגת האקדמיה הייתה פרופ' גבריאלה שלו. הוועדה התבקשה על ידי שרת המשפטים איילת שקד להמליץ על שלושה מועמדים לתפקיד אך רק אביחי מנדלבליט זכה לארבעה ממליצים, לאחר שנשיא בית המשפט העליון לשעבר גרוניס התנגד לבחירה. שאר המועמדים היו הילה גרסטל, ישי בר, אבי ליכט, רז נזרי, איל ינון, גיא רוטקופף, סוזי נבות ויורם טורבוביץ'. אף על פי שהביעה את מורת רוחה מהתוצאה לפיה יש רק מועמד אחד לתפקיד החליטה שקד לקבל את המלצת הוועדה ולהביא בפני הממשלה את מינויו של מנדלבליט.
בראיון שהעניקה השרה שקד, הביעה את דעתה כי עדיף לוותר על ההליך של ועדת איתור, ולהפקיד את המינוי בידי שר המשפטים, בכפוף לבחינת הוועדה המייעצת למינוי בכירים בשירות המדינה, כמקובל ביחס לתפקידים בכירים אחרים.
הליך המינוי ב-2022.
בנובמבר 2021 הוצגה גלי בהרב-מיארה בידי שר המשפטים גדעון סער כאחת משלושת המועמדים לתפקיד, ונחשבה למועמדת המועדפת עליו. בינואר 2022 הוצגה בידי ועדת האיתור כאחת משלושת המועמדים לתפקיד, לצד רועי שיינדורף ואיתי אופיר. לצד שר המשפטים, מועמדותה נתמכה גם עלי ידי ראש הממשלה נפתלי בנט. ב-7 בפברואר 2022 אישרה פה אחד הממשלה ה-36 את מינויה. בהרב-מיארה היא האישה הראשונה המכהנת בתפקיד זה.
הנחיות היועץ.
הנחיות היועץ המשפטי לממשלה, שגיבושן החל בעת שמאיר שמגר כיהן בתפקיד זה בשלהי שנות ה-60, עוסקות במגוון נושאים הקשורים בפעולה השוטפת של הממשלה ומשרדיה:
ההנחיות עודכנו על ידי היועצים המשפטיים שבאו לאחר שמגר, ובשנת 2003, בעת שאליקים רובינשטיין היה היועץ המשפטי לממשלה, עברו עדכון מקיף.
דיון ציבורי במאפייני התפקיד.