כך, למשל, הורו קציני הצבא הגרמני (בין אם ביוזמתם ובין אם בעידוד המפלגה הנאצית) לחייליהם להרוג ללא משפט אזרחים, בפקודה שהופצה במספר נוסחים. בנוסח הפקודה הידועה כ"פקודת הקומיסרים", שהפיץ הפלדמרשל ולטר פון רייכנאו, מפקדה של הארמייה השישית של הוורמאכט, ביוני 1941 נאמר כי אנשים שיזוהו כקומיסרים, דהיינו פעילים פוליטיים של המפלגה הקומוניסטית, יוצאו להורג ללא משפט. בצבא האדום באותה תקופה היה נהוג "פיקוד כפול", לפיו במקביל לקצין הצבאי היה גם קומיסר פוליטי, אשר פיקח על הפקודות שניתנות. כך, למשל, לצד הגנרל וסילי צ'ויקוב מפקד הארמייה ה-62 של ברית המועצות בקרב סטאלינגרד פעל כקומיסר ניקיטה סרגייביץ' חרושצ'וב (שהיה לאחר מכן למנהיג ברית המועצות).
"פקודת הקומיסרים" הוצאה לפועל על ידי הוורמאכט, ומספר קורבנותיה נאמד בכ-3 מיליון.
במשפטי נירנברג העיד הגנרל ארווין לאהוסן, אחד מארבעת ראשי המדורים באבווהר (שירות המודיעין הצבאי הגרמני), כי נכח בדיון שבו נתן הקולונל גנרל ריינקה, אחד מראשי המחלקות ב-OKW (הפיקוד העליון של הוורמאכט), את הפקודה כי יש להוציא להורג לא רק קומוניסטים, אלא גם אנשים שנראה כי עברו "בולשביזציה". המדובר בהגדרה גמישה הכוללת אנשים הנראים כיהודים, או כבעלי אינטליגנציה. אלו בודדו על ידי הוורמאכט מקרב אוכלוסיית השבויים, והועברו להוצאה להורג בידי האס-דה.
פקודת הקומנדו.
ב-18 באוקטובר 1942 הוצאה פקודה סודית לפיה:
פקודה זו הוצאה בשל פעילות נרחבת של כוחות מיוחדים בפיקוד בעלות הברית באירופה הכבושה ובצפון אפריקה, פעילות שהעלתה את חמתו של אדולף היטלר. בשל הוצאת הפקודה הוצאו להורג מאות לוחמי קומנדו של בעלות הברית.
ברוב הארצות שלחמו ב-1942 לא הייתה מחלוקת בקשר לנושא "...אסור בתכלית האיסור... להכריז שלא יינתנו רחמים". עמדה שהתקבלה באמנת האג ב-1907 ובאמנת ז'נבה ב-1929 שאותה אשרה גם גרמניה בעצמה. היטלר ואנשיו ידעו כי הפקודה בלתי חוקית ועלולה לעורר התנגדות בדרג המקצועי הבכיר בוורמאכט (בייחוד בשל העובדה שהפקודה תתמלא כנגד שבוי במדים) ולכן הפיצו אותה ב-12 עותקים בלבד.
לאחר המלחמה הוצא להורג הגנרל-אוברסט הגרמני אלפרד יודל ונידון למוות (שהומר למאסר 20 שנה),ניקולאוס פון פאלקנהורסט (מפקד הכוחות הגרמניים בנורווגיה בשנים 1940-1944) כשחלק מסעיפי האישום נגדם כללו את ביצוע פקודת הקומנדו.
היחס לשבויי המלחמה.
בתחילת המערכה של הוורמאכט בברית המועצות, ובמיוחד בכיתור הגדול שכותרו גייסות הצבא האדום באוקראינה, נפלו בידי הגרמנים מיליוני שבויי מלחמה. הגרמנים טענו שאמנת ז'נבה אינה חלה על שבויים אלו, מאחר שברית המועצות אינה חתומה על האמנה, ולכן הם אינם מחויבים לספק להם כל יחס אנושי.
שבויים אלו הוצעדו בצעדות מוות ארוכות, הועברו למכלאות פתוחות בכפור, והורעבו. מכלאות אלו היו מקום שבו שהו מאות אלפי אנשים, שבגדיהם החמים נלקחו מהם, ללא מזון, וללא תנאים היגיניים מינימליים. הם הושארו פשוט למות בכפור, ברעב ובמחלות. אלו מהם ששרדו תנאים אלו, הוכרחו להצטרף לצבאו של הגנרל אנדריי ולאסוב, שהיה צבא של רוסים שלחמו לצד גרמניה, שהורכב משבויי מלחמה. אלו שסירבו לכך, נורו. המדובר בפשע מלחמה אשר הוא שני באכזריותו רק להשמדת היהודים. מספר שבויי המלחמה שנרצחו, הורעבו, והועבדו למוות נאמד בלמעלה משלושה מיליון.
ההשתתפות בהשמדת היהודים.
על אף שעיקר השמדת היהודים לא בוצעה על ידי הוורמאכט, שותפים חיילי הוורמאכט שותפות מלאה לפשע זה. ראשית, באפשרם את הפשע, בכיבוש האזור, ובמתן סיוע (אבטחה, תחבורה, איסוף היהודים וכיוצא בזה) למבצעי הפשע. במיוחד נכון הדבר לגבי פעולת האיינזצגרופן. שנית, רבים המקרים שבהם לקחו חיילי הוורמאכט חלק פעיל בהוצאות להורג. כך ניתן לתת כדוגמה את שותפותה של הארמייה השישית בפיקודו של הפילדמרשל רייכנאו (שהוחלף לאחר מכן על ידי פאולוס), בטבח באבי-יאר, שבו נורו למעלה משלושים אלף יהודים בערוץ נחל סמוך לעיר קייב.
עונשים קולקטיביים ומלחמה בפרטיזנים.
הצבא הגרמני נהג להילחם בפרטיזנים בדרך של ענישה קולקטיבית. כפר שבו נורה חייל גרמני - נשרף על יושביו. מתחילת המלחמה הייתה הגישה כלפי האוכלוסייה האזרחית גישה השמדתית. בין אם המדובר בצוענים וביהודים (שסומנו להשמדה), ובין אם המדובר בסלאבים (שנלקחו לעבודות כפייה בגרמניה). הבעיה אך החמירה כאשר האוכלוסייה קמה על מדכאיה, בצורה של מלחמת פרטיזנים. הדרך של הצבא הגרמני להתמודד עם בעיית הפרטיזנים הגוברת הייתה ענישה קולקטיבית אכזרית.
תיאור אומנותי של פשעי הוורמאכט בבלארוס מצוי בסרטו של הבמאי אלם קלימוב "צא וראה" משנת 1985. הסרט מנציח את העובדה כי כמדיניות שיטתית שרפו הנאצים (בהשתתפותם הפעילה של חיילי הוורמאכט) מאות כפרים בלארוסים על יושביהם.
משפטי נירנברג.
במשפטי נירנברג נמצא הפיקוד הגבוה של הוורמאכט אשם בפשעי מלחמה אלו, ובפשעים אחרים (במסגרת הדוקטרינה של איסור על "עשיית מלחמה"). שני ראשי הוורמאכט במלחמה הגנרל אלפרד יודל והגנרל וילהלם קייטל הוצאו להורג בתלייה על פשעים אלו. כן נדונו רבים מהמפקדים האחרים לעונשי מאסר שונים.
תערוכת "פשעי המלחמה של הוורמאכט".
בשנת 1995 הוצגה בהמבורג תערוכת פשעי המלחמה של הוורמאכט. התערוכה נוצרה על ידי "המכון למחקר חברתי של המבורג" . התערוכה הוצגה ב-33 ערים בגרמניה ובאוסטריה. התערוכה כללה מצילומיו של הצלם הצבאי הגרמני יוהנס הלה.
בשנת 2001 הוצגה בברלין תערוכת המשך, בה ניסו אוצרי התערוכה המקורית להרחיב את התצוגה ולתת מענה לשאלות שענו בעקבות התצוגה הקודמת. התערוכה נדדה בין יישובים שונים בגרמניה, ובשנת 2004 הועברה למוזיאון הגרמני להיסטוריה ושם היא במעמד של תצוגת קבע. לטענת מארגני התערוכה, בין 800,000 ל-1.2 מיליון איש צפו בה בעשור שלאחר הקמתה.
פרטיזנים
ואפן אס אס
ואפן אס אס (גרמנית: Waffen-SS, "אס אס חמוש") הייתה הזרוע הצבאית של האס אס, שלחמה לצד הוורמאכט במלחמת העולם השנייה והייתה כפופה למפקד האס אס, היינריך הימלר. היחידה הוקמה בשנת 1933 כיחידת אבטחה לראשי המפלגה הנאצית, ובמהלך מלחמת העולם השנייה הפכה לזרוע צבאית נוספת, שכוחה הגיע בשיאו להיקף של 38 דיוויזיות לוחמות ויחידות קומנדו, ומעל 950 אלף חיילים, חלקם מתנדבים ממדינות כבושות ואוהדי הנאצים. בדומה לוורמאכט, גם הוואפן אס אס היה אחראי לביצוע פשעי מלחמה רבים וכחלק מהאס אס הוכרז כארגון פשע במשפטי נירנברג על מנת לאפשר העמדה לדין של חברים בו.
הקמת האס אס והוואפן אס אס.
הוואפן אס אס היה הזרוע הצבאית של ארגון האס אס (SchutzStaffel - "יחידות הגנה"), שבעצמו היה גוף מיוחד שהוקם על ידי אדולף היטלר, ונועד להיות יחידת מגן הכפופה להוראותיו האישיות, להבדיל מהאס אה (ס.א, Sturm Abteilung – "יחידת הסער"), פלוגות הסער של המפלגה הנאצית (NSDAP), שהיו תחת פיקודו של ארנסט רהם (Röhm); היטלר ראה ברהם סכנה חמורה במאבק על הנהגת המפלגה.
האס אס כונה בתחילה "משמר המטה" (Stabswache). יחידות ראשונות בעלות אופי צבאי החלו להתגבש עם עליית הנאצים לשלטון. ב-17 במרץ 1933 הקים יוזף דיטריך ("זפ"), בהוראתו הישירה של היטלר, יחידה בשם "משמר הראש – אדולף היטלר" (Leibstandarte – Adolf Hitler), שנועדה לשמש כמשמר ראש וכמשמר טקסי לבנייני המפלגה. היחידה אומנה על ידי חטיבת חיל הרגלים מספר 9 של הרייכסווהר (Reichswehr), צבא רפובליקת ויימאר, שבסיסה היה ליד ברלין. יחידת "משמר הראש" השתתפה ב"ליל הסכינים הארוכות" (30 ביוני – 1 ביולי 1934), שבו חיסל האס אס, בהנחייתם של היטלר, הרמן גרינג והיינריך הימלר, את ראשי האס אה, ובהם רהם. במהלך "ליל הסכינים הארוכות" ניצל הימלר, שהיה ראש האס אס, את האירוע ואת המהומה שנוצרה, לחיסול מתנגדי שלטון אחרים. הדבר בוצע על ידי יחידות נוספות, שנקראו "יחידות האזעקה הפוליטיות" (Politsche Bereitschaft). היכולת המרשימה שגילו יחידות אלה עוררה את הימלר לתכנן כוח צבאי משלו, שכונה "כוח הכוננות" (Verfügungstruppe). יחידה זו כללה שלוש חטיבות, ועל פי הצו שהוציא שר ההגנה ורנר פון בלומברג ב-24 בספטמבר 1934, הוחלט כי כוח האס אס החמוש לא יעלה על שלוש חטיבות, וכי בשעת מלחמה הן תהיינה כפופות לצבא הגרמני, הוורמאכט (Wehrmacht), ובזמן שלום - למשרד ההגנה. למרות הגבלה זו השיג האס אס הצלחה גדולה, והוכר על ידי המדינה ככוח צבאי עצמאי ונפרד לצד הצבא.
התעצמות הוואפן אס אס.
מכאן ואילך הפכו יחידות צבאיות אלו לנושא למאבק מתמיד בין האס אס לבין הצבא הגרמני; האס אס שאף להגדיל ככל האפשר את כוחו, לעומת הצבא שחשש שגידולן של יחידות אלו יבוא על חשבונו בכוח אדם, ציוד ובכלל בעמדתו הבכירה. בהדרגה, ועל ידי תכסיסים שונים, הגדיל הימלר את כוחו ויכולתו של צבאו הקטן. הוא עשה זאת, בין השאר, על ידי ניצול סמכותו כמפקד עליון של המשטרה להקמת יחידה צבאית מורכבת משוטרים, ה-Polizeidivision – "אוגדת המשטרה". על תיאודור אייקה הוטל להקים יחידה נוספת בשם יחידות גולגולת המת (טוטנקופּפ-פֵרבֶנדֵה, -SS Totenkopfverbände) משומרי מחנות הריכוז. המאבק נמשך עד פברואר 1938, עת הודחו הגנרלים ורנר פון בלומברג, שר ההגנה, וורנר פון פריטש, ראש המטה הכללי של הצבא, לאחר קנוניה שרקחו נגדם הימלר וריינהרד היידריך, ראש המודיעין של הימלר, באירוע המכונה פרשת בלומברג-פריטש. נפילתם של המתנגדים העיקשים ביותר לכוחות החמושים של האס אס הקלה על הימלר עוד יותר בעיצוב כוחו הצבאי. עם הזמן הפך האס אס החמוש – שהחל להיקרא ואפן אס אס החל מנובמבר 1939 – לכוח עילית, מאומן בצורה שונה מן הצבא הרגיל, וחדור באידאולוגיה הנאצית.