במרץ 1966 אמנם נחתם הסכם בין שוקיירי לא-תל, אך הוא היה בבחינת מס שפתיים בלבד. באפריל החל גל מעצרים נרחב כנגד אישים שהיו מזוהים עם מפלגות אופוזיציה (מפלגת הבעת' ומפלגות שמאל אחרות) שחברו לאש"ף והחלו לרקום קשרים עם הארגון. בראשית מאי א-תל הודה כי בוצעו המעצרים, וטען כי הדבר נעשה משום שהיה ניסיון לפגוע באחדותה של המדינה הירדנית באמצעות פעילות חתרנית. בשלב זה לא כיוון את חיציו ישירות כלפי אש"ף, אולם היה ברור כי זו כוונתו. מכאן היחסים החריפו עוד יותר, כאשר שוקיירי החל לפעול בגלוי כנגד המשטר בירדן, וטען כי כל שטח ירדן וישראל צריכים להיות בריבונות פלסטינית. בעקבות זאת החל א-תל ביולי במסע תעמולה אישי נגד שוקיירי, במהלכו טען בין היתר כי הלה פועל למען שלום עם ישראל ולפיכך יש להעבירו מתפקידו כראש אש"ף.
במחצית השנייה של שנת 1966, התגבר הזרם המיליטנטי באש"ף, בייחוד לאור הצלחותיהם בפעילות מעין זו של ארגוני הפדאיון, בראשם הפת"ח של יאסר ערפאת. עשרות מעשי חבלה אורגנו בידי אנשי אש"ף שיצאו משטחי הגדה המערבית הירדניים לתוך ישראל. ב-13 בנובמבר 1966 הגיב צה"ל למעשי החבלה בפעולת סמוע כנגד הכפר סמוע שבדרום הר חברון. הקלות שבה חדר צה"ל לתוך שטחי ירדן הביאו בגדה המערבית לשורה של הפגנות כנגד המלך חוסיין וממשלתו של א-תל. המהומות, שלובו בידי תעמולה סורית ומצרית, דוכאו בכוח רק לאחר שבועיים. על מנת להרגיע את המהומות א-תל הכריז על חוק גיוס חובה של 90 יום לכל חייל, זאת כדי לענות על דרישות אש"ף לאמן חיילים למאבק עם ישראל. א-תל הכריז כי הוא מתנגד לפעילות של הפדאיון מתוך ירדן, וכן האשים את מצרים וסוריה על שלא עזרו ללגיון בזמן פעולת סמוע. דבריו החריפו אף יותר את ההתנגדות לממשלתו, הן בקרב הפלסטינים והן בזירה הבין-ערבית. באותו זמן גם התגברה ההתנגדות לא-תל מבית, כאשר בכירים פוליטיים כגון בהג'ת א-תלהוני ואחמד א-לווזי קוראים להדחתו. ב-22 בדצמבר הגיש א-תל את התפטרותו, אך חוסיין הורה לו להקים ממשלה חדשה וכן פיזר את בית הנבחרים כדי לאפשר לו חופש פעילות.
את ארבעת החודשים עד לבחירות ניצל א-תל על מנת לייצב את השלטון בירדן ולהיאבק באופוזיציה. ב-3 בינואר 1967 נסגרו משרדי אש"ף בירושלים. באותו חדש א-תל תקף בחריפות את משטרו של נאצר ואת אש"ף. בפברואר נחקק חוק עיתונות חדש שהגביר את הפיקוח הממשלתי על העיתונים והתיר פעילות של שני יומונים בלבד. לקראת הבחירות של אפריל 1967, שבהן לקחו חלק גם הפלסטינים בגדה המערבית, החליף חוסיין את א-תל בראש ממשלה שנתפס כמתון יותר. א-תל סיים את כהונתו השנייה ב-4 במרץ 1967, והחליפו קרוב משפחתו של המלך חוסיין בן נאסר ששימש כראש ממשלה זמני עד לבחירות, אז נבחר לתפקיד סעד ג'ומעה. עם תום כהונתו השנייה החליף א-תל את חוסיין בן נאסר כראש הלשכה המלכותית, ולפיכך הוא נותר בצמרת הפוליטית ובקרבתו של המלך חוסיין. הוא התנגד לכניסתה של ירדן למלחמת ששת הימים ב-5 ביוני, אולם חוסיין החליט להצטרף למצרים וסוריה. המלחמה הייתה הרת אסון מבחינת ירדן שכן הביאה לאובדן הגדה המערבית לידי ישראל. לאחר המלחמה א-תל האשים בחריפות את מצרים וסוריה בהפסד. ב-14 ביוני התפטר מתפקיד ראש הלשכה המלכותית.
המאבק בפדאיון וכהונה שלישית כראש ממשלה.
באוקטובר 1967 נתמנה א-תל לחבר בסנאט, אך לא היה עוד שותף משמעותי בקבלת ההחלטות. כחבר סנאט הרבה לתקוף את יריבו הפוליטי בהג'ת א-תלהוני על מתינותו ביחס לפלסטינים וביחס למצרים. באוגוסט 1968 הציג למלך חוסיין את רעיון "המדינה הפדאית" (ראה להלן) שלא נתקבלה. א-תל המשיך במדיניותו כנגד הפדאיון ואש"ף, שהעימות בינם לבין המשטר הירדני רק הלך והחריף. ביולי 1970 דרשו הפדאיון את הדחתו של א-תל, אך המלך חוסיין סירב לכך. בזמן אירועי ספטמבר השחור א-תל נכח בהתייעצות המכריעה ב-15 בספטמבר שלאחריה החליט המלך חוסיין על פעולה נחרצת נגד הפדאיון, שהשתלטו על צפון הממלכה, ועל הקמת ממשלה צבאית זמנית בראשות מוחמד דאוד. א-תל היה ממקבלי ההחלטות הבכירים בממשלה הצבאית הזמנית.
דאוד התפטר לאחר שבוע ימים, ויורשו בתפקיד אחמד טוקאן התפטר גם הוא לאחר חודש בלבד. בעקבות זאת מונה א-תל לראשות הממשלה בשלישית ב-28 באוקטובר 1970. על אף הסכם הפסקת האש שנחתם בין חוסיין ליאסר ערפאת ב-27 בספטמבר בקהיר, א-תל בהיכנסו לתפקיד פעל בנחישות למיגור יתר פעילות הפדאיון בתוך ירדן. כאמתלה לחידוש הקרבות הוא ניצל את העמדה המיליטנטית של ארגוני הפדאיון הקיצוניים, כמו החזית העממית לשחרור פלסטין והחזית הדמוקרטית, שסירבו לקבל כל הסכם עם הממשלה הירדנית. בראשית ינואר 1971 הצבא סילק את כוחות הפדאיון מצירי התנועה שהובילו לעמאן. ב-13 בינואר נחתם הסכם בין א-תל לבין הפדאיון על איסוף נשק, אך הוא לא כובד. במרץ התחדשו הקרבות והפדאיון סולקו מאירביד, ובאפריל יצאו מעמאן. שרידי הפדאיון התרכזו באזור שבין ג'רש ועג'לון. ביוני חודשו הקרבות ועד לסוף יולי 1971 חוסלה לחלוטין הנוכחות של הפדאיון בירדן. חלק גדול מן השבויים גורש מן הממלכה. אירועי ספטמבר השחור ופעילותו של א-תל לאחר מכן אלו הובילו לניתוק היחסים של רבות ממדינות ערב עם ממלכת ירדן, ובפרט שכנותיה סוריה ועיראק, דבר שהביא לפגיעה כלכלית במדינה.
בהמשך כהונתו כראש ממשלה פעל א-תל להצרת צעדיהם של הארגונים הפלסטיניים ושל הדומיננטיות הפלסטינית בפוליטיקה הירדנית. נסגרו משרדים של אש"ף ופת"ח ושל ארגונים פלסטיניים אחרים. ממשלתו השלישית של א-תל פעלה גם לשיקום היציבות הפוליטית לאחר השנים הקשות של הכאוס שחוללו הפדאיון ואירועי ספטמבר השחור. בראשית 1971 סולקו בשיטתיות אנשי ממשל ופקידים שנחשדו בדעות פרו-פדאיות. כמו כן הוגבלה פעילותם של האיגודים המקצועיים במדינה ושל חלק מן העיתונים הגדולים.
הירצחו.
בביקורו כראש ממשלה בקהיר ב-28 בנובמבר 1971, בעת ששהה בלובי מלון שרתון-קהיר, נרצח א-תל על ידי ארבעה מתנקשים פלסטינים מארגון "ספטמבר השחור". במהלך ההתנקשות, כשא-תל גוסס ומתבוסס בדמו, כרע ברך אחד הפלסטינים ליקק ושתה את דמו מרצפת השיש. מילותיו האחרונות של א-תל היו "הם הרגו אותי. הם מאמינים רק בדם והרס". הרצח נחשב ניצחון לקיצונים בעולם הערבי וכמציב קשיים על השגת הסדר שלום בין ישראל וירדן. גופתו של א-תל הוטסה במטוס בחזרה לעמאן ונקברה למחרת, ב-29 בנובמבר, במסגד המרכזי בעיר. בתפקיד ראש הממשלה החליפו אחמד א-לווזי.
בפברואר 1972 נפתח משפט הרוצחים בקהיר, בו הצהירו הרוצחים שהם הוציאו להורג באופן חוקי את א-תל כנקמה על רצח 20,000 פלסטינים. ממלכת ירדן הביעה תרעומת על שהמשפט הפך לבמה לתעמולה נגד ירדן. בסוף פברואר 1972 שוחררו הרוצחים בערבות והם חיו בקהיר, במה שכונו בעיתונות בישראל "חיי פאר" בהמתנה להמשך משפטם. בתחילה הם נדרשו להישאר במצרים, אולם בתחילת 1973 הורשו הרוצחים לעזוב את מצרים עד חידוש משפטם. באפריל 1973 התפוצצה מכונית בביירות, ועל פי ההערכות היה זה ניסיון של שירותי הביטחון הירדניים להתנקש באחד הרוצחים.
הרצח היה פעולתו הראשונה של הארגון, שלאחר מכן נודע בפעולות טרור ראוותניות כגון טבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן.
לאחר ההתנקשות הודיע יאסר ערפאת כי ארגון הפת"ח שהוא העומד בראשו נוטל על עצמו את האחריות לרצח.
א-תל והסוגיה הפלסטינית.
א-תל נחשב לאחד מראשי הממשלה הדומיננטיים בהיסטוריה של ירדן, וככזה אשר עיצב מדיניות עצמאית שלא הייתה כפופה לגמרי למדיניות בית המלוכה הירדני. א-תל נחשב לקיצוני יותר בדעותיו בעניין הפלסטינים ולניצי יותר מאשר המלך חוסיין. עיקר מדיניותו של א-תל בשאלה הפלסטינית היה התנגדות לכל ריבונות פלסטינית פוליטית עצמאית. א-תל גרס כי כל פעילות לשחרור אדמות פלסטיניות (גם לאחר מלחמת ששת הימים) צריכה להיעשות אך ורק על ידי סמכות ירדנית, וללא כל נציגות פלסטינית עצמאית. התנגדותו העקבית של א-תל לכל פעילות פלסטינית עצמאית, ובכלל זאת אש"ף וארגוני הפדאיון, נבעה מריכוז האוכלוסייה הפלסטיני הגבוה בשטחי ירדן. א-תל חשש כי השתייכות של הפלסטינים תושבי ירדן בכל מוסד שאיננו בית המלוכה יסכן את קיומו של המשטר בירדן. חשש זה התעצם בייחוד כנגד ארגונים צבאיים פלסטינים, שאותם תפס א-תל כניצנים אפשריים של מלחמת אזרחים בממלכה.
כבר בזמן כהונתו הראשונה, ביולי 1962, נדרש א-תל לטפל בסוגיה הפלסטינית. הקריאות לשחרור הגדה המערבית מידי ירדן התעצמו בשנת 1959 בהובלתו של גמאל עבד אל נאצר. בעקבות זאת א-תל יזם "ספר לבן" בסוגיה הפלסטינית, שעיקרו תמיכה צבאית בארגון ערבי משותף שישחרר את פלסטין מידי ישראל. אולם א-תל גרס כי כל הפעילויות הללו צריכות להיות בפיקוח ירדני בלעדי, וכי גם לאחר שחרור פלסטין יש להקים את "הממלכה המאוחדת של פלסטין וירדן". בכך התנגד א-תל להקמתה של "ישות פלסטינית" שתהיה עצמאית ונפרדת מן המדינה הירדנית. לאחר הקמת אש"ף בידי אחמד שוקיירי במאי 1964 התמנה א-תל שוב לראש ממשלה, וגם במקרה זה המשיך במדיניותו הקשה ביחס לארגונים הפלסטיניים. ממשלתו של א-תל פעלה במשך שתי שנות קיומה במטרה להצר את צעדיהם של הפלסטינים.