בינתיים משה ואהרן באים לארמון פרעה ודורשים ממנו בשם אלוהי ישראל לשלח את בני ישראל ממצרים, מה שגורם להחמרת תנאי העבדות, וב"סניף" של "בני בני" מתחילים בפעילויות הכנה ליציאה ממצרים ולמסע לארץ המובטחת דרך במדבר סיני. לאורך הסדרה פרץ ויוחנן מנסים במגוון דרכים לקדם את היציאה ממצרים ולהקל על בני ישראל בעבדות הקשה. כשמשה ואהרן מבצעים לפני פרעה את הנס של הפיכת המטה לנחש ולהפך, פרץ חושב שהוא גם יכול, ומנסה בעצמו להפוך מטה לנחש. במקביל יוחנן מנסה לבנות מכונה ליצור לבנים על מנת להקל על העבדים, אבל שניהם נכשלים במשימתם.
יום אחד פפירוס מקבל במתנה תוכי מדבר, וההתרברבות שלו גורמת לפרץ לפלוט את העובדה שחדגא יודע לדבר. פפירוס מספר על כך לרעמסס, שחושב שחדגא הוא אליל, ומחרים אותו ל"אוצר האלילים של פרעה". פרץ ויוחנן מתחפשים לעצים מדברים, משכנעים את רעמסס שהם אלילים, והוא מוביל אותם היישר לאוצר האלילים של פרעה. שם הם פוגשים את חדגא, אבל פתאום הם מגלים שאין להם איך לצאת מאוצר האלילים, ששמור בצורה הדוקה ביותר. בנס בדיוק באותו יום מתחילה מכת דם, בה אהרן מכה בהיאור לעיני פרעה, והופך את מימיו לדם. כל המצרים, כולל שומרי אוצר האלילים הולכים ליאור לראות את הפלא, ופרץ ויוחנן יוצאים מאוצר האלילים של פרעה יחד עם חדגא.
עונה 2 (מכת דם).
מכת דם גורמת לפרץ לחשוב שהגיע הזמן לצאת ממצרים, והוא מכריז בארץ גושן על מסע המוני למדבר, אבל המשפחה והחברים צוחקים עליו ואומרים לו שהדבר בלתי אפשרי ועוד לא הגיע הזמן. פפירוס משוכנע שפרץ רציני ומנסה לעצור אותו, אבל לפרץ לא אכפת מדבריו. כדי שלא יהיה לאף אחד תירוץ למה להישאר במצרים, הוא מכין לחדגא אוכל, עוזר לאליצור לסדר את הבית, ועוזר לאביו לרפא את הרגל הכואבת. הוא קם מוקדם בבוקר ומחכה ב"נווה מדבר 4" שיצטרפו אליו עוד אנשים מבני ישראל, אבל בסוף הוא מבין שאף אחד לא מתכוון לבוא וחוזר לבית, שם בני המשפחה מעודדים אותו בכך שהוא עזר להרבה אנשים, והגאולה בסוף תגיע.
אמם של פרץ ויוחנן שעובדת בארמון הייתה אמורה לצאת לחופשה ולבקר בבית, ובסוף החופשה מתבטלת ופרץ ויוחנן מתאכזבים מאוד. יוחנן שוקע בעצב וכתיבת מכתבים לאמא, ופרץ לעומת זאת ממנסה להוציא את אמא מהארמון, בעזרתו של פפירוס. דרך כתב החדשות יעקב מרתון הוא מנסה להעביר לאמו סולם חבלים שבעזרתו היא תצא מן הארמון. הניסיונות שלו לא צולחים, ולבסוף אמא שולחת להם את המתכון של החלות המיוחדות שלה, והחלות הטעימות שהם מכינים על פיו מנחמות אותם במקצת.
פרץ ויוחנן מגלים שמים שהמצרים שילמו עליהם לעבריים לא הופכים לדם, והם מנצלים את העובדה הזו למכירת מים למצרים במחיר מופקע, כך שלאחר יום עבודה אחד הם מרוויחים שני שקים מלאים בתמרים. כשפרץ ויוחנן מגיעים לבית הם מגלים שנחשון מתנגד למכירות המים למצרים, בטענה שמי שעושה כך מנצל את המכה שהנחית הקב"ה על המצרים לטובת עצמו, והם קוברים את התמרים באדמה. לבסוף מתברר ששבט לוי מוכרים מים למצרים ותורמים את הרווחים לקכק"ל - קרן כמעט קיימת לישראל, שאוספת כספים למען המסע במדבר שיהיה לאחר היציאה ממצרים. פרץ ויוחנן מבינים שנחשון לא יתנגד לכזה דבר, מוציאים את התמרים מקברם, ותורמים אותם לקכק"ל.
בסניף "בני בני" מתקיים מופע כישרונות צעירים, בו יוחנן מגלה את כשרון ההמצאה שלו, עירא את כשרון הנגינה שלו, ופפירוס את כישרון הריקוד שלו. פרץ חושב שאין לו שום כישרון, אבל בסוף הוא מגלה שיש לו כישרון מנהיגות, שבעזרתו הוא מציל את המופע שכמעט הלך לאבדון בגלל מריבות פנימיות.
בהמשך העונה מתרחשים מאורעות נוספים, ביניהם המצאה נוספת של יוחנן - קיסם השיניים, שמלמדת את יוחנן שלפעמים "המצאת המאה" יכולה להיות דבר מאוד קטן ופשוט, תחרות זריקת אבן לרוחק שמלמדת אותם על כח הרצון, ובחירות למועצת התלמידים בין עירא ליוחנן, כשלבסוף יוחנן נבחר לתפקיד.
גם בעונה זו פרץ ויוחנן ממשיכים לנסות לקדם את יציאת מצרים. פרץ שולח את חדגא לרגל בפירמידות, ורעמסס מגלה שאחד הנערים העבריים מתכנן להפוך את ארץ מצרים. הוא פוקד על כל הנערים העבריים לדבר במצרית ("מִצְלִית"), כלומר לבטא למ"ד במקום רי"ש. לאחר מכן הוא פוקד על כולם לסחוב אבנים כבדות עד שילשינו על הבוגד, ולבסוף עירא נשבר ומגלה שפרץ הוא הבוגד. רעמסס לוקח את פרץ לעבודות פרך, וכשהעבדים יוצאים לחופשה הוא פוקד עליו לבנות לו סוכת לצל ובכך לסיים את עונשו. פרץ כמעט נכשל במשימה, אבל הוא מתפייס עם עירא ושאר חברי הכיתה והם משלימים ביחד את המשימה.
בינתיים מכת דם ממשיכה, ורבים מהמצרים דורשים מפרעה לשחרר את בני ישראל ולהוציא אותם ממצרים. פרץ מנסה להמריד את המצרים נגד פרעה, וכשרעמסס רוצה לאסור אותו, אליצור לוקח עליו חסות ונאסר במקומו. פרץ מנסה לפרוץ לבית המעצר וכמעט נעצר שוב, וברגע האחרון נחשון מגיע לעצור אותו ונלקח גם למעצר. פרץ מתייאש וחושב שאין סיכוי לצאת ממצרים לעולם, ובינתיים חדגא נותן ליוחנן רעיון להמצאה חדשה - רעשן שעושה קולות של קרקורי צפרדעים. אליצור משתחרר, יוחנן מעודד את פרץ ויחד עם כל החברים הם לוקחים רעשנים ועושים הפגנת רעש במטרה לשחרר גם את אביהם מן המעצר. באותו יום מתחילה מכת צפרדע, והצפרדעים ממלאות את מצרים וגורמות לרעמסס להיכנע ולשחרר את נחשון.
עונה 3 (מכת צפרדע).
יום ההולדת של חדגא מתקרב, אבל פרץ עסוק בארגון הפגנה נגד המחירים הגבוהים בשוק, ויוחנן עסוק בעבודות של בית הספר. חדגא מחליט לעשות לעצמו יום הולדת, ובסוף פרץ ויוחנן מבינים שצריך להתייחס גם לחדגא ומארגנים לו יום הולדת שווה.
הצפרדעים מקרקרות ומשגעות את המצרים, וביניהם פפירוס שלא מצליח להירדם בלילה. הוא נכנס בלי הזמנה לגור בבית של יוחנן ופרץ כדי למצוא שם מחסה מהצפרדעים, ונחשון מנחה את פרץ ויוחנן ללכת בדרכו של אברהם אבינו מכניס האורחים, ולא לסלק את פפירוס מהבית. בשלב מסוים פפירוס נהיה בלתי נסבל, הוא משתלט על המיטה של יוחנן שנאלץ לישון על הרצפה, אוכל המון, גומר את המים החמים במקלחת, משנה את עיצוב הבית על דעת עצמו, וחדגא צריך לשמור על שתיקה כל הזמן מחחש שפפירוס יספר לרעמסס שהוא מדבר. גם החברים בכיתה צוחקים עליהם ומעודדים אותם לסלק את פפירוס מהבית, כשבסוף פרץ ויוחנן משתכנעים ומסלקים אותו לרחוב. כשנחשון מגלה שפפירוס ישן ברחוב, הוא מכריח את פרץ ויוחנן להחזיר את פפירוס לביתם, והם מגלים שזה לא כזה נורא שהוא בבית, ואף על פי שהוא מצרי, הוא יכול להיות חבר טוב ולעזור להם, כגון בקניית פירות ומאכלים שיש רק למצרים. מכיוון שפפירוס שוהה בבית רוב הזמן, הוא מגלה שלנחשון יש כישרון שירה והוא מארגן לו הופעה בשם "השוטר המזמר".
יום אחד מגיע לביתם של פרץ ויוחנן אריה פרוותי, סוחר הגדיים שמכר לנחשון את חדגא בשני זוזים. הוא דורש לקנות את חדגא בחזרה, בטענה שאם היה יודע שהגדי מדבר הוא לא היה מוכר אותו בשני זוזים בלבד, ומנסה לשדל אותו לבוא איתו לקרקס. מכתב מאמם של פרץ ויוחנן שמתגוררת בארמון פרעה, נותן לסוחר רעיון לשקר לחדגא ולטעון שהוא יודע איפה בארץ כנען נמצא עדר הכבשים שממנו חדגא נלקח, והוא יחזיר אותו למשפחתו. חדגא משתכנע והולך עמו לקרקס, כשלבסוף פרץ ויוחנן מסתננים לקרקס בתחפושת של כבשים, מצליחים להוכיח שהסוחר משקר ומחזירים את חדגא לבית.
יוחנן עושה חיל בלימודיו וממציא המצאות נוספות, ולאחר מבחן קשה שאותו הוא עבר בהצטיינות, הוא מתקבל לתוכנית היוקרה למחוננים "מצרים אלפיים", אותה מנהל רעמסס, שמכשירה נערים צעירים להיות חרטומים. הוא מהווה גאווה למשפחתו ולעמו, בתור הנער העברי הראשון שמתקבל לתוכנית. לאחר זמן מועט הוא מתחיל להתקרב לחביריו המצרים כדי לקבל הערכה ומעמד גבוה ב"מצרים אלפיים", ובמקביל הוא מתרחק מחביריו העברים. הוא משנה את שמו לשם מצרי, מדבר במצרית, ולובש לבוש מצרי שגורם לאנשים רבים לבלבל בינו לבין הארי פוטר, המכשף הגדול ביותר במצרים. מה שגורם לכך שהצפדרעים מתחילות להיכנס לארץ גושן. יוחנן מבין שבשביל לקבל הערכה אמיתית הוא לא צריך לנסות לשנות את עצמו, אלא להמשיך להיות גאה בזהותו העברית.
בסוף העונה אליצור יוצא לשליחות ריגול חשאית ומסוכנת למען היציאה ממצרים, והוא ממנה את פרץ להחליף אותו בתפקיד המדריך של הסניף עד שיחזור מהשליחות.
עונה 4 (מכת כינים).
מכת צפרדע נגמרה בזכות תפילתו של משה לאלוהים, וארץ מצרים מתמלאת בפגרי צפרדעים שמתו בסוף המכה. בני ישראל נאלצים לאסוף את הצפרדעים ולסחוב אותם עד לאתר פינוי האשפה על שם "קוואבנגה". הפרק הראשון בעונה מציג בצורה קומית את ביצועה של גזירה זו, כשפרץ ועירא מנסים להתחמק מחובה זו על ידי העברת הצפרדעים לביתו של השני, ומתפלאים לראות שהצפרדעים חוזרות לביתם באורח פלא שוב ושוב.