לאחר שנטל הפסקה ארוכה בשל הסכסוכים המשפטיים שבהם היה מעורב, חזר צ'פלין לעבודה. באפריל 1946, החל לצלם את הסרט "מסייה ורדו", תסריט שהחל לפתח כבר בשנת 1942, על פי רעיון שהגה הבמאי אורסון ולס. במקור רצה הלה כי צ'פלין יככב בסרט על הרוצח הסדרתי הצרפתי הארי לאנדרו, אך צ'פלין שסבר כי ניתן יהיה ליצור על סמך הרעיון קומדיה מצוינת, שילם לוולס 5,000 דולר עבור השימוש ברעיון.
הסרט יצא לאקרנים ב-11 באפריל 1947. צ'פלין מגלם בו פקיד בנק שמחליט לפתות ולרצוח נשים עשירות, על מנת שיוכל לשוב ולפרנס את משפחתו, לאחר שאיבד את עבודתו. בקומדיה שחורה זו זונח צ'פלין את דמותו של הנווד שהפכה לסמלו המסחרי. בדומה לסרטו הקודם "הדיקטטור הגדול", גם בסרט "מסייה ורדו" נתן צ'פלין ביטוי לדעותיו הפוליטיות דרך הדמויות בסרט, ובהן ביקורת כלפי המדינות המעודדות רצח המוני דרך מלחמות ושימוש בנשק להשמדה המונית. המסר הפוליטי הבולט והחריג נתן את אותותיו עם יציאתו של הסרט לאקרנים. לראשונה בארצות הברית קיבל הסרט ביקורות שליליות ונחל כישלון קופתי בולט, על אף שזכה להצלחה גדולה יותר בבתי הקולנוע בחו"ל ועל אף שצ'פלין היה מועמד לפרס אוסקר על התסריט.
תיוגו כקומוניסט.
אחת הסיבות שבעטיין קיבל הסרט "מסייה ורדו" ביקורות שליליות, נבעה מהשינוי שחל בדמות הנווד האופיינית של צ'פלין. בנוסף, תדמיתו של צ'פלין ניזוקה בעקבות סכסוכו המתוקשר עם ג'ואן בארי, וכן תיוגו על ידי גורמים ציבוריים כבעל נטיות קומוניסטיות. במהלך מלחמת העולם השנייה מילא צ'פלין תפקיד מרכזי בוועדה האמריקאית לסיוע למאמצי המלחמה ברוסיה. בוועדה היו מעורבות דמויות ציבוריות נוספות כמו השחקן והבמאי אורסון ולס, המועמד הרפובליקני לנשיאות ארצות הברית ב-1940 ונדל וילקי והצייר רוקוול קנט. צ'פלין היה דמות מרכזית בקמפיין לפתיחת החזית השנייה באירופה נגד גרמניה, שהובילו בריטניה וארצות הברית – מהלך שבו תמך מנהיג ברית המועצות יוסיף סטלין, שצבאו ספג מכות קשות.
עם תום המלחמה החלה ועדת בית הנבחרים לפעילות אנטי-אמריקנית (HUAC) לחקור "פעילות קומוניסטית" בקרב אנשים הקשורים לתעשיית הבידור שנחשדו בעמדות שמאלניות. הרוח החיה בוועדה היה הסנטור ג'וזף מקארתי, שהחל ליצור "רשימה שחורה" של ידוענים שנחשדו בפעילות קומוניסטית, אף אם לא היו חברים בפועל במפלגה הקומוניסטית האמריקאית (או בגופים אחרים דומים).
בספטמבר 1947 זומן צ'פלין להופיע בפני הוועדה (אך לבסוף לא העיד). הוא הכחיש את היותו קומוניסט וטען שהוא "שוחר שלום". הוא טען כי ניסיונות הממשל בארצות הברית לדכא את האידאולוגיה שלו ושל אחרים פוגעים באופן חמור בזכויות האזרח הבסיסיות שלהם, ולפיכך הוא נוטל חלק פעיל בהפגנות נגד הוועדה לפעילות אנטי אמריקאית. באותה עת היה בידי ה-FBI מסמך בן 1,900 עמודים המתעד את פעילותו הפוליטית. ראש הארגון ג'ון אדגר הובר ייעץ לתובע הכללי לא לאפשר לצ'פלין לחזור לשטח ארצות הברית אם ייאלץ לעזוב את המדינה מסיבה כלשהי.
"אורות הבמה" והגירוש מארצות הברית.
בנובמבר 1951, החל צ'פלין בצילומי סרטו "אורות הבמה", לאחר שעבד על התסריט במשך כ-3 שנים. עלילת הסרט סובבת סביב דמותו של קאלוֵורו, בדרן וודוויל המוצא נחמה בטיפה המרה לאחר שכוכבו דעך עם השנים. במהלך העלילה מסייע קאלוֵורו לשחקנית צעירה בשם תרזה (קלייר בלום) להתגבר על פחד הבמה שלה כרקדנית. לקראת סוף הסרט, עולה קאלוורו על הבמה כדי להופיע בפעם האחרונה עם בן זוגו משכבר הימים (באסטר קיטון). לאחר ירידתו מהבמה, הוא חווה התקף לב אך מתעקש לחזור לאולם כדי שיוכל לצפות בתרזה, שמצליחה סוף-סוף להתגבר על השיתוק ההיסטרי שסבלה ממנו. בעוד תרזה רוקדת, מת קאלוֵורו מאחורי הקלעים. דמות זו מסמלת במידה רבה את דעיכתו של צ'פלין ושל אמנותו, וקץ תקופת ילדותו שבה הוריו היו בדרני וודוויל. בסרט השתתפו רבים מבני משפחתו של צ'פלין, דוגמת חמשת ילדיו הגדולים ואחיו סידני.
צ'פלין החליט כי הקרנת הבכורה של הסרט לא תתקיים בלוס אנג'לס כרגיל, אלא בלונדון שבה גם מתרחשת עלילת הסרט. ב-18 בספטמבר 1952 הוא הפליג מארצות הברית לאנגליה, מלווה בבני משפחתו על גבי האונייה "המלכה אליזבת". למחרת ביטל התובע הכללי של ארצות הברית ג'יימס פטריק מק'גרנרי את אשרת הכניסה של צ'פלין, וקבע כי עם שובו יידרש צ'פלין להיחקר על אודות דעותיו הפוליטיות בטרם יוכל להיכנס חזרה לארצות הברית. הסרט קיבל כצפוי ביקורות שליליות בעיקר, ורבים מבתי הקולנוע החליטו להחרים את הסרט בגלל הירידה המתמשכת בפופולריות של צ'פלין בארצות הברית.
השנים באירופה ואחרית ימיו (1953–1977).
המעבר לשווייץ.
מאז שצ'פלין עזב את גבולות המדינה בספטמבר 1952, הוא לא ניסה לחזור לארצות הברית ולחדש את אשרת הכניסה שנלקחה ממנו. בני הזוג החליטו להגר לשווייץ ובינואר 1953, עברה המשפחה לביתם החדש - אחוזה מפוארת על גדות אגם ז'נבה. במרץ 1953, העמיד צ'פלין את ביתו בבוורלי הילס ואת הסטודיו הפרטי שלו למכירה וכעבור חודש הודיע לשלטונות האמריקאים כי הוא מוותר על חידוש אשרת הכניסה שלו למדינה. שנה לאחר מכן, ויתרה אונה על אזרחותה האמריקאית והפכה לאזרחית בריטית.
צ'פלין המשיך להיות דמות שנויה במחלוקת מבחינה פוליטית גם בשנות ה-50 שבמהלכן זכה בפרס מטעם מועצת השלום העולמית (WPC) בעלת הנטיות הקומוניסטיות, ונפגש עם ג'ואו אנלאי, ממייסדי סין הקומוניסטית וראש ממשלתה הראשון ועם ניקיטה חרושצ'וב, מזכ"ל המפלגה הקומוניסטית בברית המועצות מ-1953 ועד 1964.
"מלך בניו יורק".
בשנת 1954, החל צ'פלין לעבוד על סרטו "האירופאי" הראשון "מלך בניו יורק" - המהווה מעין כתב אישום נגד המדינה שבה היה גדול כוכבי הקולנוע במשך שני עשורים ושממנה גורש. הוא מגלם כשחקן בתפקיד הראשי את המלך שאחדוב שנמלט חסר כל מארצו אסטרוביה לניו יורק בתקווה למצוא פרנסה. לצורך זה הוא משתתף בפרסומות ואף עובר ניתוח פלסטי לשם כך. עם התקדמות העלילה, הוא מסייע לילד, בן להורים קומוניסטים ובשל כך הוא נחשד בפעילות אנטי אמריקאית ונדרש להופיע בפני "וועידת מקרתני".
הסרט, שהופק על ידי חברת ההפקות החדשה שהקים צ'פלין ("אטיקה") הוא למעשה סאטירה חברתית המבקרת את המעמד הגבוה בארצות הברית של שנות ה-50, את פולחן הנעורים, את הרדיפה אחר ממון ואת רמיסת זכויות האזרח על ידי השלטונות. צ'פלין שילב בסרט חוויות אישיות שחווה בעצמו בשנים הללו. בנו מייקל, מגלם בסרט את תפקיד הילד שהוריו נרדפים על ידי ה-FBI, בעוד שצ'פלין עצמו (בדמות המלך) מואשם בגין נטיותיו הקומוניסטיות. הסרט יצא לאקרנים ב-12 בספטמבר 1957 וזכה לביקורות מעורבות. צ'פלין סירב להתיר את כניסתם של עיתונאים אמריקאים להקרנת הבכורה של הסרט שנערכה בפריז ואף החליט לאסור את הקרנתו בבתי הקולנוע בארצות הברית (הוא הוקרן לראשונה רק ב-1973). להחלטה זו הייתה השפעה רבה על הכנסות הסרט, על אף העובדה שהוא זכה להצלחה באירופה.
הפקות אחרונות והערכה מחודשת.
בשני העשורים האחרונים לחייו, השקיע צ'פלין את מרבית זמנו בעיבודם של סרטים שונים שיצר, דוגמת "The Chaplin Revue", שיצא לאקרנים בשנת 1959 בהפקת "פירסט נשיונל". הסרט נערך מחדש כסרט באורך מלא עם שלושת סרטיו הראשונים - "חיי כלב" (A Dog's Life), "הכתף שק", ו-"The Pilgrim". בתחילת שנות ה-60, החלה להשתנות דעת הקהל של הציבור האמריקאי בנוגע לצ'פלין ולדעותיו. ביולי 1962, הוענק לו תואר דוקטור לשם כבוד מטעם אוניברסיטאות אוקספורד ודוראם. בנובמבר 1963, החל תיאטרון ה"פלאזה" בניו יורק להקרין את סרטיו מכל שנות יצירתו. בספטמבר 1964, פרסם צ'פלין את האוטוביוגרפיה שלו "חיי", שעליה החל לעבוד עוד בשנת 1957. הספר הפך לרב מכר, על אף הביקורות שציינו כי חסר בו מידע רב על הפילמוגרפיה שלו, כמו גם על התקופה שבה החל להתפרסם כשחקן.
זמן קצר לאחר יציאת ספרו לאור, החל צ'פלין לעבוד על סרטו "הרוזנת מהונג קונג", העוסק בסיפורה של רוזנת רוסיה, פליטת המהפכה (בכיכובה של סופיה לורן) העוקבת אחר מיליונר דיפלומט (מרלון ברנדו) כדי שיסייע לה להיכנס לארצות הברית. הסרט, יצא לאקרנים ב-5 בינואר 1967 (10 שנים לאחר הקרנת הסרט "מלך בניו יורק"), כסרט הראשון של צ'פלין שאינו בשחור לבן ובפורמט של מסך רחב. על אף החידושים הללו, זכה הסרט (האחרון שיצר צ'פלין) לביקורות שליליות ולכישלון בקופות.
בסוף שנות ה-60 סבל צ'פלין ממספר אירועים קלים של שבץ שהובילו להתדרדרות במצבו הבריאותי. על אף בריאותו הלקויה, החל לכתוב תסריט לסרט חדש הנושא את השם "הפריק" (The freak), העוסק בבחורה עם כנפיים המתגלית בדרום אמריקה. צ'פלין התכוון ללהק לתפקיד הבחורה את בתו ויקטוריה, אך בשל התדרדרות נוספת במצבו הבריאותי, לא הצליח להשלים את הפרויקט. בתחילת שנות ה-70, המשיך צ'פלין בהוצאת מהדורות חדשות לסרטיו הישנים, דוגמת "הנער" ו"הקרקס". בשנת 1971 זכה בעיטור לגיון הכבוד הצרפתי במסגרת פסטיבל הקולנוע בקאן. שנה לאחר מכן, הוענק לו פרס מיוחד על פועלו, בפסטיבל הסרטים של ונציה.