עם שובו לישראל החלה תקופת כתיבתו ב"ידיעות אחרונות", שארכה למעלה משלושים שנה. בפברואר 1964 החל העיתון לפרסם במוסף סוף השבוע מדור בשם "ציפור הנפש", שבו כתב קינן, לצד כותבים כדן בן אמוץ, חיים חפר, בועז עברון ושמעון צבר. המוסף תקף את ממסד מפא"י, והביע דעות שמאליות. בתקופה זו התרחש המאבק על הפקעת אדמות בגליל לשם בניית העיר כרמיאל. קינן, ואחרים לצדו, נטלו במאבק זה חלק פעיל, ובאפריל 1965 אף נקנס קינן, ועמו הפסל יגאל תומרקין על ידי בית הדין הצבאי בנצרת ונדונו למאסר על תנאי, משום ש"נכנסו לשטח צבאי סגור". דעות אלו של הכותבים במוסף לא עמדו בקנה אחד עם נטייתו הממסדית של העיתון, ובמיוחד עם נטיותיו הימניות של העורך הרצל רוזנבלום. ב-1965 החליטו עורכי "ידיעות אחרונות", רוזנבלום ודב יודקובסקי, להפסיק את הופעת המוסף. בתגובה, החליטו קינן, בן אמוץ, ואחרים, להוציא את המוסף כעיתון עצמאי בשם "ציפור הנפש". העיתון יצא לאור מספר שבועות בתחילת 1965 כאשר לצד קינן, בן אמוץ, וחפר כתבו בו גם דוד אבידן, יגאל תומרקין ואחרים, אך הוא לא הצליח לעמוד מבחינה כלכלית, ונסגר. קינן הפסיד סכומים ניכרים בהוצאתו לאור של העיתון, ושקע בחובות. לאחר מכן שב והתקבל לעבודה ב"ידיעות אחרונות", והיה במשך שנים רבות בין העורכים של עמודי האמצע של המוסף הפוליטי ביום שישי, לצדם של חיים חפר ובועז עברון. עמודים אלו כונו "פתחלנד" וכן "השובך האדום" בשל אופיים השמאלי. מדי שבוע, עד לשנות ה-90 היה קינן מפרסם טור שבועי נוקב, ולצדו איור בסגנונו הנאיבי והמיוחד. בשנים אלו החל גם בפרסום ספריו, והיה פעיל גם כמחזאי ותסריטאי, כפזמונאי וכאמן פלסטי.
כתיבתו עסקה בעיקר בקשר אל אדמת ארץ ישראל, אל נופה ומראותיה, אך באופן עקבי היה קינן בעד פשרה טריטוריאלית, והחל משנת 1967 נמנה עם הראשונים שהתנגדו לשליטה הישראלית ביהודה שומרון וחבל עזה. עוד בשנות ה-50 היה חבר בקבוצת "הפעולה השמית" לצד אורי אבנרי נתן ילין-מור ובועז עברון, שקראה להקמת פדרציה ישראלית-פלסטינית, במסמך שכונה "המנשר העברי".
במלחמת ששת הימים לחם קינן בגדוד חי"ר באזור לטרון, והיה עד לגירוש תושבי הכפרים עמואס, יאלו ובית נובא, במקום בו מצוי כיום פארק קנדה. קינן, שהסתייג מהגירוש ונסער ממנו, כתב דו"ח ציבורי שזכה לתהודה רבה. עם זאת, בימים שלאחר המלחמה קינן לא התנער מרוממות הרוח הלאומית שחצתה מפלגות, והצטרף לשמחה: "19 שנים חיכינו למלחמת השחרור האמיתית, למלחמה שתחזיר את כולנו לרוח של 1948, שתיישב את החשבונות שלא יושבו אז, שתחזיר למדינה את המטרות שלמענן קמה".
ב-1975 היה, לצד אבנרי, ואישים כמתי פלד ולובה אליאב, ממקימי "המועצה לשלום ישראל-פלסטין", וזאת כאשר הביטוי "פלסטיני" עדיין נחשב לביטוי קיצוני, וכאשר מעטים בלבד דיברו על הידברות עם הפלסטינים. בשנים שלאחר מלחמת ששת הימים, פעל בתנועות שמאל שונות, ופרסם בעיתונים גילויי דעת, ומודעות עצמיות שבהן תמך במטרות השמאל.
בשנת 1977 עמד במגעים עם אריאל שרון להקמת מפלגה עצמאית. שרון עמד אז בקשר עם אישים מהצד השמאלי של המפה, כאורי אבנרי, קינן ויוסי שריד, ועמם דיבר על הצורך להיפגש עם יאסר ערפאת. קינן התלהב מהיזמה, ואף נתן למפלגה את שמה של בתו, שלומציון, אך לאחר שנבחר שרון לכנסת, שבה המפלגה והצטרפה לתנועת הליכוד בעלת האופי הימני המובהק. בתחילת שנות השבעים הזדהה קינן עם מאבקם של הפנתרים השחורים.
בשנת 1982 מונה למנהל המוזיאון הפתוח בתפן, בשיתוף פעולה עם התעשיין סטף ורטהיימר שהיה שותף לחזונו האמנותי והפוליטי. בשנת 1984 זכה להצלחה מסחרית וביקורתית ספרו "הדרך לעין חרוד", שהיה אף לסרט קולנוע.
סכסוכו המתוקשר של קינן עם ידידו, השותף לדרכו, דן בן אמוץ, הסתיים בפיוס פומבי, סמוך למותו של בן אמוץ, בשנת 1989.
בשנת 1994 זכה קינן בתואר עמית כבוד של בית הספר סם שפיגל לקולנוע ולטלוויזיה. בפברואר 2002 פרצה שרפה בביתו שבתל אביב, בה אבד חלק גדול מארכיונו האישי.
בשנותיו האחרונות החל קינן לכתוב את ספרו האחרון, "ספר הייאוש", אך לא זכה לסיים את כתיבתו.
קינן היה נשוי לחוקרת הספרות נורית גרץ ואביהן של העיתונאית שלומציון קינן והזמרת רונה קינן.
בשנת 2009 יצאו לאור שתי יצירות בעלות זיקה לביוגרפיה של קינן: הספר "על דעת עצמו - ארבעה פרקי חיים של עמוס קינן" של נורית גרץ, אשתו, והאלבום "שירים ליואל" של רונה קינן, בתו.
עמוס קינן נפטר בתל אביב ב-4 באוגוסט 2009, בגיל 82, לאחר שסבל ממחלת אלצהיימר במשך מספר שנים. נקבר בקיבוץ עינת.
פעילותו האמנותית.
קינן כסופר.
קינן היה סופר רב-תחומי. הוא כתב סיפורת, שירה, וספרי עיון בהם ביטא את השקפתו הכנענית. ספריו הבדיוניים הראשונים, "הדלת הכחולה" (1972) ו"בתחנה" (1963), התקבלו בחוסר הבנה ובהתעלמות. אך כתיבתו הסאטירית זכתה תמיד להצלחה, ו"ספר התענוגות" שהוציא בשנת 1970 היה להצלחה מסחרית ולציון דרך תרבותי. בתקופה שלאחר מלחמת ששת הימים, תקופת דעיכת ממסד מפא"י והקולקטיביזם הרעיוני הכרוך בו, הוציא קינן ספר שכל כולו נהנתנות ואינדיבידואליזם, בו הציג לקורא את הנאות החיים של העולם הגדול. שמו של קינן נקשר גם בתרבות האוכל הישראלית, ובמשך שנים פרסם מדור ביקורת מסעדות ב"ידיעות אחרונות" בכינוי "לוקולוס".
בשנת 1984 יצא לאור "הדרך לעין חרוד", ספרו המצליח ביותר, דיסטופיה העוסקת במדינת ישראל הנשלטת על ידי חונטה צבאית רצחנית ובה פעיל מחתרת מנסה למצוא את דרכו אל עין חרוד החופשית. הספר הוסרט בהפקה בינלאומית בשנת 1990, ועובד להצגה שזכתה לציון לשבח בפסטיבל עכו לתיאטרון אחר בשנת 2004. בספרו "שואה 2" הוא חוזה תחזית פסימית לגבי עתידה של מדינת ישראל. ספריו "אל ארצך, אל מולדתך" ו"שושנת יריחו" הם ספרי עיון הלוקחים את הקורא למסע אישי בנופי ארץ ישראל, כפי שרואה אותה קינן, בראייתו הייחודית, שיש בה מן האידאולוגיה הכנענית. כן הוציא לאור, בשנת 1999, ספר שירה בשם "קץ עידן הזוחלים".
על כתיבתו של קינן כתב רוביק רוזנטל: "בהיסטוריה של השפה העברית-ישראלית יש לעמוס קינן, שנפטר השבוע, מקום מיוחד. קינן כתב "שפה רזה", כלומר, פשוטה, ישירה, המקשיבה ללשון הדיבור, במשפטים קצרים וקצביים. כבר בשנות החמישים, כאשר חלק מבני דורו, סופרי דור תש"ח, נהו אחרי השפה המשנאית של עגנון."
קינן כמחזאי, מתרגם ופזמונאי.
בעת גלותו בפריז כתב קינן מספר מחזות, ובהם "האריה" ו"הבלון". המחזות היו ניסיונות ברוח תיאטרון האבסורד והאוונגרד שפרחו בפריז באותה התקופה. עם שובו לישראל המשיך בפעילותו כמחזאי. מחזותיו שהוצגו על הבמה הם:
בכתיבתו המחזאית בשנות ה-70 נטה קינן אל הסאטירה. "משהו לא נורמלי" היה רוויו סאטירי, ו"הרכבת האחרונה" מעין מחזה אבסורד. מחזהו "חברים מספרים על ישו" נפסל להצגה על ידי המועצה לביקורת סרטים ומחזות בשנת 1972. הפסילה אושרה על ידי בית המשפט העליון בנימוק שהמחזה פוגע ברגשות הנוצרים. המחזה הועלה במשך תקופה קצרה לאחר מכן בשינויי נוסח קלים כ"חברים מספרים על ספרטקוס".
קינן היה גם מתרגם פורה, ועל במת התיאטרון עלו מחזות רבים בתרגומו, בין היתר תרגם ועיבד למחזה את ספרו של ירוסלב השק "החייל האמיץ שווייק", שהוצג ב"התיאטרון הוורוד" בכיכובו של בומבה צור בשנת 1967, והוצג בתיאטרון הבימה בשנת 1995. על כך זכה בפרס התיאטרון הבינלאומי בשנת 1995. בין המחזות הנוספים שתרגם:
תרגומיו של קינן נעשו לעיתים מכלי שני. כך, תרגומו ל"חמור הזהב" לאפוליאוס היה למעשה, כפי שהוכיח חיים וירשובסקי, תרגום מילולי לעברית מעיבודו של היצירה לאנגלית על ידי רוברט גרייבס, מבלי שהדבר צוין במפורש על ידי קינן (שכנראה לא היה מודע להיקפי החירות שנטל לעצמו גרייבס).
קינן כתב מערכונים ופזמונים, שבוצעו, בין היתר, על ידי יוסי בנאי, אריק לביא, להקת "החלונות הגבוהים", להקת "אחרית הימים" "שלישיית התאומים" ושלישית "הגשש החיוור". בין הפזמונים המוכרים שכתב: "אהבה ראשונה", "בית הערבה" (עם חיים חפר), "למה לא אמרת לי", "פתחי לי את הדלת" ו"שיר סתיו". בסוף שנות ה-60 היה, ביחד עם אורי ליפשיץ, הבעלים של מועדון בשם "צוללת צהובה", ששימש כ"מרתף אומנותי" בו הועלו הופעות וערבי שירה.
קינן בקולנוע ובטלוויזיה.
קינן כתב את התסריט לסרטו האוונגרדי פורץ הדרך של אורי זוהר, "חור בלבנה" (1964). כמו כן, השתתף כשחקן בסרט "אורח בעונה מתה" של הבמאי משה מזרחי (1970).
בשנת 1968 ערך קינן סדרת ראיונות מצולמים עם אישים כז'אן-פול סארטר, נעם חומסקי והרברט מרקוזה.
בשנת 1969 כתב וביים את הסרט הקצר "כמה זה נפלא", בו שיחקו בין היתר ישראל גוריון, אריק לביא ואורי זוהר. הסרט אף הוצג בפסטיבל קאן.
בשנת 1974 הופיע בסרטו של הבמאי ליונל רוגוזין "Arab Israeli Dialogue", בדו-שיח עם המשורר הפלסטיני הגולה ראשד חוסיין, שעסק בשורשי הסכסוך ובדרכים אפשריות לפתרונו.
בשנים 1974–1976 היה מהכותבים לתוכנית הטלוויזיה "ניקוי ראש".
בשנת 1981 השתתף קינן, ביחד עם נעמי שמר בסרטו של מוטי קירשנבאום "אל בורות המים". הסרט, שזכה לשבחים רבים, היה עימות אידאולוגי בין שמר, הידועה בדעותיה הלאומיות בנוגע לסכסוך הישראלי-פלסטיני, ובין קינן, וזאת על רקע אהבתם המשותפת לארץ ולנופיה. הסרט קיבל השראה מספרו של קינן "אל ארצך, אל מולדתך".
אמנות פלסטית.