אף שכוחה הרוחני של האפיפיורות גבר, הלך כוחה המדיני וקטן, ולאחר שנפוליאון כבש את איטליה הושמו פיוס השישי והשביעי במאסר בצרפת. עם עלותו של האפיפיור פיוס התשיעי ניעורו תקוות לליברליזציה בכנסייה. ואולם, פיוס, שאכן החל את דרכו כאפיפיור ליברלי, התאכזב מדרך זו ונעשה למוביל הקו השמרני. קו זה בא לידי ביטוי בשנת 1864 באנציקליקה המכונה "קוואנטה קורה" הקובעת פסלותן של אידאולוגיות מודרניות וקורא למאמיני הכנסייה להתגונן מפניהן. ידוע במיוחד "סילבוס הטעויות", שהופיע כנספח לקוואנטה קורה, ובו מנויות הדוקטרינות הפסולות מבחינת הכנסייה. ביטוי נוסף לקו השמרני והתקיף של פיוס בא לידי ביטוי בוועידת הוותיקן הראשונה, שזומנה ב-1869, כונסה ב-1870 וארכה כמה שנים. בוועידה זו אימצה הכנסייה את הדוגמה (dogma) בדבר האלטעות של האפיפיור, לפיה האפיפיור איננו טועה כאשר הוא מורה מכסאו (ex cathedra) בענייני אמונה ומוסר באופן המחייב את כלל הכנסייה.
מאבקם המדיני של האפיפיורים הסתיים ב-1929, לאחר שפיוס האחד עשר חתם על הסכם עם ממשלת איטליה בראשותו של בניטו מוסוליני שהכירה בוותיקן כמדינה ובראשה האפיפיור. ההתנהלות של האפיפיור פיוס השנים עשר, האפיפיור בעת השואה, שנויה במחלוקת, בשל טענות ששתק למול זוועת המלחמה בגלל חששו מתגובת גרמניה הנאצית כלפי הכנסייה.
האפיפיור יוחנן פאולוס השני, היה האפיפיור הראשון מאז המאה ה-16 שאינו איטלקי: מוצאו מפולין ושמו עד למינויו לאפיפיור היה קרול וויטילה. הוא היה שמרני מאוד בנוגע לאמונה (למשל בהתנגדות נחרצת להפלות ולתכנון המשפחה), אך עשה מספר צעדים היסטוריים. הראשון בהם הוא חיזוק ההכרה בכך שהיהודים לא אשמים במותו של ישו, תהליך שאותו התחיל יוחנן העשרים ושלושה שהיה פרו־יהודי. השני הוא המספר הגבוה להדהים של קדושים שהוכרזו בתקופתו, צעד שמטרתו לחזק את האמונה ברחבי העולם.
מחליפו, בנדיקטוס השישה עשר, שגם הוא לא היה איטלקי אלא גרמני, היה לאפיפיור הראשון מאז המאה ה-15 שהתפטר מתפקידו.
לאחר התפטרותו, ב-13 במרץ 2013, נבחר האפיפיור פרנציסקוס, שמכהן כאפיפיור ה-266.
פרשת קו 300
פרשת קו 300 או פרשת השב"כ היא פרשה שאירעה ב-1984 ונמשכה כשנתיים וחצי, שתחילתה בחטיפת נוסעי אוטובוס על ידי מחבלים פלסטינים כבני ערובה לצורכי מיקוח ושחרורם בפעולה צבאית בה נהרגה אחת מנוסעות האוטובוס, והמשכה בחקירה ממושכת של אנשי השב"כ שהרגו שני מחבלים לאחר תפיסתם ושיקרו בעדותם באשר לנסיבות המוות. הפרשה הביאה למשבר חמור בשב"כ וביחסיו עם גורמים ממשלתיים אחרים, ולפרישת ראש השב"כ ובכירים נוספים. (אשר אף סחטו את הדרג המדיני על מנת שלא יחייב את אנשיהם לקחת אחריות על המקרה)
בעלי התפקידים בעת החטיפה היו: ראש הממשלה יצחק שמיר, שר הביטחון משה ארנס, הרמטכ"ל משה לוי, קצין חי"ר וצנחנים ראשי יצחק מרדכי, מפקד סיירת מטכ"ל שי אביטל, ראש השב"כ אברהם שלום, וראש אגף המבצעים בשב"כ אהוד יתום.
פרטי האירוע.
חטיפת בני הערובה בקו 300 של אגד.
ביום חמישי, 12 באפריל 1984, הגיעו ארבעה מחבלים פלסטינים בני 18 חמושים בסכינים מרצועת עזה לאשדוד. המחבלים עלו בתחילה כנוסעים על אוטובוס בינעירוני בקו 300 של "אגד" אשר היה בדרכו מתל אביב לאשקלון ובו 41 נוסעים. המחבלים השתלטו על האוטובוס זמן קצר לאחר שהאוטובוס עזב את התחנה בשעה 7:30. במהלך ההשתלטות נפצע קשה אחד מנוסעי האוטובוס. החוטפים החזיקו ברשותם מזוודה וטענו כי מדובר במזוודת נפץ אותה הם איימו לפוצץ. החוטפים אילצו את האוטובוס לשנות את כיוונו ולנסוע לעבר הגבול המצרי.
זמן קצר לאחר החטיפה, שחררו החוטפים את אסתר (אתי) בן חור, אחת הנוסעות, שהייתה בהריון. אסתר ירדה מהאוטובוס דרומית לאשדוד. אסתר תפסה משם טרמפ לתחנת דלק ומשם דיווחה לרשויות על החטיפה. כתוצאה מכך יצאו כוחות צה"ל ומשטרת ישראל למרדף אחר האוטובוס.
האוטובוס, אשר נע במהירות של 120 קמ"ש, פרץ דרך שני מחסומים פשוטים, עד שכוחות צה"ל ירו לעבר צמיגיו והצליחו לעצור אותו סמוך למחנה דיר אל בלח שברצועת עזה, רק 10 קילומטרים צפונית לגבול עם מצרים. כאשר האוטובוס עצר הצליחו חלק מהנוסעים לברוח ממנו דרך דלת פתוחה.
בעיצומה של ההתקהלות החלו אנשי תקשורת ישראלים להתאסף במקום. כמו כן נכחו במקום הרמטכ"ל משה לוי, שר הביטחון משה ארנס וראש השב"כ הישראלי אברהם שלום.
החוטפים, שהחזיקו את נוסעי האוטובוס כבני ערובה, דרשו לשחרר 500 מחבלים אנשי פת"ח הכלואים בישראל, ושישראל תאפשר להם לעבור למצרים. החוטפים טענו שלא יהססו לפוצץ את מזוודת הנפץ שברשותם ולהרוג באופן זה את הנוסעים.
עם התקדמות המשא ומתן, הגיעו אנשי השב"כ בזירה למסקנה שהחוטפים מתנהגים כחובבנים, ואחד מהם אף ציין ש"זה קצת מגוחך לקרוא לזה פיגוע חטיפת בני ערובה", וכי הארבעה לא מהווים סיכון ממשי.
פעולת ההשתלטות.
הרמטכ"ל, משה לוי, הנחה את הקחצ"ר יצחק מרדכי, לתכנן פעולת השתלטות על האוטובוס. מרדכי בחר להטיל את המשימה על סיירת מטכ"ל אותה הובילו מפקדה, שי אביטל, ומחליפו המיועד עמר בר-לב, ולא על הימ"מ.
לאחר משא-ומתן ממושך בסביבות השעה 7:00 בבוקר ב-13 באפריל, פרץ כוח מיוחד של סיירת מטכ"ל בפיקודו של תת-אלוף יצחק מרדכי על האוטובוס תוך כדי ירי לעבר החוטפים מבעד לחלונות האוטובוס. במהלך מבצע ההשתלטות הצליחו החיילים להרוג שניים מהחוטפים (מחמוד קבלאן ומחמוד ברכה), ללכוד את שני החוטפים הנוספים (מג'די אבו ג'אמע וסובחי אבו ג'אמע), ולשחרר את כל בני הערובה, למעט נוסעת אחת, , חיילת שנהרגה מאש צה"ל במהלך פעולת ההשתלטות. במהלך המבצע נפצעו שבעה נוסעים.
ההוצאה להורג של שני החוטפים שנתפסו.
שני המחבלים שנלכדו בחיים, נכבלו והובלו לשדה סמוך. ראש השב"כ, אברהם שלום, הורה לראש אגף המבצעים בשב"כ, אהוד יתום, להרוג את שני החוטפים, כדי שמפיגוע מיקוח לא יצאו מחבלים בחיים.
יתום ואנשיו נטלו את החוטפים איתם במכונית, ובמקום מבודד הכו אותם בראשם באבנים ובמוט ברזל, עד מותם. גופות החוטפים הובאו לבית חולים, שם קבע רופא את מותם.
פרסום גורל המחבלים.
לציבור נמסרו דיווחים סותרים על גורלם של החוטפים. בהודעת צה"ל מיד לאחר האירוע נאמר ששני חוטפים נהרגו ושניים נתפסו בחיים, בעוד בהודעות שניתנו מאוחר יותר נאמר שכל החוטפים נהרגו במהלך ההשתלטות. כעבור שלושה ימים ציטט העיתון "חדשות" ידיעה מ"הניו יורק טיימס", תוך עקיפת הצנזורה הצבאית, לפיה שניים מהחוטפים נלכדו חיים. עם הקמת ועדת זורע, פורסם בעיתון "חדשות" דבר הקמת הוועדה. בתגובה לפרסום הוציאה הצנזורה, בצעד יוצא דופן, צו סגירה לעיתון למשך מספר ימים. אנשי "חדשות" הועמדו לדין על עברות על חוקי הצנזורה ועברו מסכת ארוכה של משפטים ועתירות עד שזוכו סופית מכל אשמה בידי בית המשפט העליון כעשר שנים לאחר תחילת הפרשה.
כשבועיים לאחר התקרית, ב-25 באפריל 1984, פורסם בשערו הקדמי של השבועון "העולם הזה" תצלומה של ענת סרגוסטי המציג את אחד החוטפים כשהוא מוכה בידי איציק מרדכי. הייתה זו למעשה ההוכחה הראשונה שפורסמה לכך שהמחבל היה בחיים לאחר שנתפס. חודש וארבעה ימים לאחר מכן, ב-29 מאי 1984, פורסם בשערו הקדמי של העיתון "חדשות" תצלומו של אלכס ליבק אשר גם בו נראה המחבל חי לאחר ההשתלטות עליו.
חקירת נסיבות מותם של החוטפים.
בעקבות דרישתו של היועץ המשפטי לממשלה יצחק זמיר, שנדחתה תחילה, מינה שר הביטחון, משה ארנס, את ועדת זורע, בראשות האלוף במילואים מאיר זורע, כוועדת בירור פנימית, לבדיקת נסיבות מותם של המחבלים. בלחץ השב"כ נוסף לוועדת זורע חבר שני שהיה נציג השב"כ, יוסי גנוסר. לטענתו של יצחק זמיר הסיבה לכך שמשה ארנס שינה את דעתו הייתה שמועה שקרית אך עיקשת שמשה ארנס בעצמו הגיע לאזור האירוע והורה להרוג את החוטפים. שמועה זו פגעה בשמו הטוב ולכן, על פי זמיר, מינה את הוועדה. מינוי ועדת החקירה נשמר בסוד, אך פורסם בעיתון "חדשות" ב-27 באפריל 1984. על פרסום זה נענש "חדשות" בסגירה לימים אחדים. עם הקמת ועדת החקירה הורה ראש השב"כ אברהם שלום ליוסי גנוסר למנוע את חשיפת מעורבות השב"כ בחיסול החוטפים. גנוסר טען ששלום אמר לו שהדבר נעשה על פי הוראה של ראש הממשלה.
יתום ואנשיו, שהעידו לפני הוועדה, העלימו מפניה את חלקם בנסיבות הריגתם של החוטפים. יתום מסר לוועדה עדות שקרית, ובה טען שראה כיצד תת-אלוף יצחק מרדכי, שפיקד על פעולת החילוץ, חובט באקדחו בראשי החוטפים. לאחר מכן, סיפר יתום, העלה את החוטפים על רכבו כדי להובילם לחקירה, אלא שהם דיממו במהלך הנסיעה ומצבם החמיר, ולכן הביאם לבית החולים, שם נקבע מותם. גם אנשיו של יתום מסרו עדויות שקריות לפני ועדת זורע, וזאת על-פי הנחייתו של יתום, שניתנה להם על-דעת ראש השב"כ ויועצו המשפטי. בסיועו של יוסי גנוסר, שכיהן כחבר בוועדת החקירה אך היה שותפם של אנשי השב"כ והדליף להם מידע מדיוניה, עלה בידי יתום ואנשיו לשבש את מהלכי החקירה.
בדין וחשבון שהוגש על ידי הוועדה ב-20 במאי 1984, נקבע כי שני החוטפים הומתו במכות שהונחתו על ראשיהם, אך לא הוטלה על איש האחריות למותם.
ניסיון נוסף, של צוות בראשות פרקליט המדינה, יונה בלטמן, לקבוע באלו נסיבות נגרם מותם של החוטפים, שובש אף הוא באמצעות עדויותיהם השקריות של יתום ואנשיו. במהלך החקירה קבעו מספר רופאים על סמך בדיקת הגופות, שבהחלט ייתכן שהמחבלים מתו מהמכות שקיבלו בתוך האוטובוס, עוד לפני שהגיעו לידיו של מרדכי. היועץ המשפטי לממשלה קיבל את המלצות הוועדה של בלטמן. הוא העביר לפרקליט הצבאי הראשי את ההחלטה בעניינו של יצחק מרדכי והורה על העמדה לדין משמעתי של חמישה אנשי שב"כ ושלושה שוטרים על שימוש מוגזם בכוח.