כבר בשני משחקי הידידות הראשונים תחת הדרכתו ספגה הנבחרת הפסדים בפער משמעותי ל ול, שהתכוננו למונדיאל 2010. פרננדס הרבה לזמן שחקנים חדשים לנבחרת ולנסות הרכבים שונים, וכך היה גם בתחילת מוקדמות יורו 2012. ישראל פתחה את הטורניר בניצחון ביתי 3–1 על ובתיקו אפס מול . בהמשך הטורניר נאלצה הנבחרת להתמודד עם שורת פציעות של שחקני מפתח, בראשם הקפטן יוסי בניון. בהיעדרם של השחקנים הפצועים הפסידה ישראל פעמיים 1–2, ל ברמת גן ול באתונה. ארבע הנקודות שצברה הנבחרת במשחקים אלה היו פתיחת הטורניר הגרועה ביותר שלה בעשר השנים שקדמו למוקדמות יורו 2012. הביקורת על רמתה של הנבחרת התגברה לאור ירידת הנבחרת בדירוג העולמי של פיפ"א, ופרננדס נתפס כאחראי הראשי לכך. זמן קצר לפני המשחקים מול וגאורגיה הושעה פרננדס על ידי פיפ"א בגלל חוב שלא שולם לקבוצה הקטרית אל ריאן, והשעיה זאת בוטלה רק כאשר שילם פרננדס את חובו.
לאחר תום ההשעיה הצליחה הנבחרת לזכות בשני ניצחונות רצופים בטורניר, בבית על גאורגיה ובחוץ על לטביה. הביקורת השלילית על הנבחרת ועל פרננדס נמשכה, אף על פי שכעת הייתה ישראל בעלת סיכויים טובים יותר להעפיל ליורו. כהכנה לקראת המשחקים המכריעים מול יוון וקרואטיה, יצאה הנבחרת למשחק מול בשווייץ, ולאחר יכולת חלשה ביותר בהגנה הפסידה בתוצאה 3–4, וזאת לאחר שכבר פיגרה 0–3. הנבחרת הכזיבה את הציפיות שתלו בה לקראת שני המשחקים המכריעים, וספגה הפסדים בבית ליוון (0–1) ובאצטדיון מקסימיר בזאגרב לקרואטיה (1–3). במשחקה האחרון בטורניר הצליחה ישראל לנצח 2–0 בחוץ את , תוך הפגנת רמת משחק שנתפסה כחלשה. פרשנים רבים הביעו את תקוותם כי פרננדס יוחלף במהרה לאור הקמפיין שנתפס כגרוע, יחסיו הגרועים עם התקשורת, אמירות שנתפסו כמביכות, אי הזימון של שחקנים מצטיינים ומנגד זימון שחקנים שזכו לדקות משחק מועטות, זימון שחקנים רבים, עד כדי מה שנתפס כ'זילות המדים הלאומיים', והצבת שחקנים בעמדות שאינן עמדות המשחק הטבעיות שלהם.
הן ההתאחדות והן פרננדס לא היו מעוניינים להמשיך את ההתקשרות ביניהם. בדצמבר 2011 הוכרז כי אלי גוטמן יהיה מחליפו של פרננדס, והוא החל בתפקידו באופן רשמי בינואר 2012.
טורנירי המוקדמות תחת אלי גוטמן.
הטורניר הרשמי ראשון של גוטמן כמאמן הנבחרת היה מוקדמות מונדיאל 2014. הנבחרת הוגרלה מול ו החזקות, בשורותיה שיחק כריסטיאנו רונאלדו מריאל מדריד שנחשב לאחד מהשחקנים הטובים ביותר בעולם בעשור זה. נבחרות נוספות בבית היו , ו. עם היוודע תוצאות ההגרלה הייתה הדעה הרווחת כי סיכוייה של ישראל להעפיל למונדיאל בברזיל נמוכים, שכן היא נחשבה לנחותה באופן משמעותי לעומת רוסיה ופורטוגל. אף על פי שקמפיין הנבחרת עמד בסימן תחילתו של תהליך הצערת השורות, השחקן הוותיק היחיד שלא שיחק באופן קבוע הוא יוסי בניון בעוד הבלם טל בן חיים והשוער דודו אוואט שמרו על מקומם בהרכב. ישראל סיימה את צמד המפגשים מול פורטוגל החזקה בתוצאות תיקו, אולם הפסדים לרוסיה ושתי תוצאות תיקו מול אזרבייג'ן הנחשבת לנחותה ממנה הובילו את ישראל למקום השלישי בבית.
בשאיפה להמשיך בתהליך הצערת הנבחרת ועל מנת לשמור על רצף, החליטה ההתאחדות לכדורגל להעניק לגוטמן הזדמנות לאמן את נבחרת ישראל גם בקמפיין מוקדמות יורו 2016. ישראל הוגרלה בין נבחרות הדרג השלישי לבית עם נבחרות ו, עם מקבוצת הדרג הרביעי וכן עם ו. מספר הנבחרות המשתתפות בטורניר יורו 2016 הוגדל ולכן שני המקומות הראשונים בבית מקנים השתתפות בטורניר בעוד המקום השלישי בשמונה מתשעת בתי המוקדמות מוביל לצמד משחקי הצלבה על הכרטיס הנוסף לטורניר. משחקיה הביתיים של נבחרת ישראל התקיימו באצטדיונים סמי עופר בחיפה וטדי בירושלים לסירוגין. השחקן הוותיק היחיד שהמשיך ללבוש את מדי הנבחרת הוא בן חיים שמונה לקפטן הנבחרת ואילו את אוואט שפרש החליף בין הקורות אופיר מרציאנו. פרשנים בתקשורת הספורט טענו כי גוטמן מתבסס, שלא בהכרח בצדק, על שחקנים שאותם אימן קודם לכן בהפועל תל אביב ובהם ביברס נאתכו, איתי שכטר, גילי ורמוט וערן זהבי. למרות פתיחה מבטיחה שכללה 3 ניצחונות כולל תבוסה שהנחילה לנבחרת בוסניה, הפסידה נבחרת ישראל פעמיים לנבחרת בלגיה והשיגה נקודה אחת בלבד מצמד המשחקים מול ווילס. את הקמפיין חתמה ישראל באוקטובר 2015 בהפסד ביתי לנבחרת קפריסין שהציב אותה בתום הקמפיין במקום הרביעי כשלראשונה מאז 1994 היא מסיימת קמפיין עם מספר הפסדים גבוה ממספר הניצחונות.
מיד עם סיום הקמפיין, ב-14 באוקטובר 2015, החליט גוטמן לסיים את דרכו בנבחרת והודיע על כך ליו"ר ההתאחדות החדש, עופר עיני. עד למשחק ההכנה הראשון לקמפיין הבא במרץ 2016 לא מונה מאמן חדש לנבחרת אחרי גוטמן, והסגל שזומן גובש על ידי אלון חזן שהיה מאמנה של נבחרת הנערים. בתקופה זו התקיים לראשונה הליך ובמסגרתו בחרה ועדת איתור את מאמן הנבחרת לאחר שקיימה ראיונות עם מספר מועמדים. הוועדה בראשות יושב ראש ההתאחדות לכדורגל עיני, שעם חבריה נמנו בין היתר כדורגלן העבר חיים רביבו ועסקני כדורגל מקומיים נוספים, בחרה בחודש אפריל 2016 במאמן אלישע לוי לתפקיד.
אלישע לוי.
בחודש יולי 2015 הוגרלה ישראל למוקדמות מונדיאל 2018 לבית 7, עם ו, אלופות העולם בעבר, ועם , ו. בעקבות הבית ממנו שתי נבחרות יכולות להעפיל למונדיאל והעובדה שישראל הוגרלה עם נבחרת ספרד ואיטליה, שנחשבו לנבחרות עדיפות ממנה, ולבין הנבחרות החזקות ביבשת, מטרת הקמפיין הובהרה כ"בחינה של שחקנים לקמפיינים עתידיים נוספים". ההחלטה הראשונה של המאמן החדש אלישע לוי הייתה בחירתו של ערן זהבי לקפטן הנבחרת.
משחקה הראשון של הנבחרת במסגרת הקמפיין נערך בספטמבר 2016 באצטדיון סמי עופר מול נבחרת איטליה שלמרות דירוגה במקום השני נחשבה לאחת הנבחרות החזקות ביבשת. באותו משחק ישראל הפסידה בתוצאה 1–3, כשטל בן חיים החלוץ הכניס שער מצמק שזכור לרבים בעקבות המעמד. לפני המשחק אלישע לוי החליט להוציא את קפטן הנבחרת בקמפיין הקודם, טל בן חיים הבלם מסגל הנבחרת. המשחק השני של הנבחרת היה משחק חוץ בסקופיה מול נבחרת מקדוניה. כבר במחצית נבחרת ישראל עלתה ל-2–0 משערים של תומר חמד וטל בן חיים, אבל במחצית השנייה ספגה שער מצמק ולאחר מכן בדקה ה-94 איתן טיבי הכשיל שחקן מקדוני ברחבה וספג כרטיס אדום, אך הפנדל של אדיס יאהוביץ' נהדף על ידי השוער דודו גורש שהביא שלוש נקודות ראשונות לנבחרת ישראל. למרות הניצחון התעוררו ביקורות רבות בתקשורת הישראלית על משחק ההגנה.
במשחק השלישי של הטורניר שיחקה ישראל משחק ביתי מול הנבחרת שנחשבה לחלשה בבית, ליכטנשטיין. ישראל הבקיעה צמד מוקדם מרגליו של תומר חמד בדקות ה-3 וה-16, אך לאחר מכן במחצית השנייה ספגה שער מצמק בדקה ה-49, שהיה השער הראשון של ליכטנשטיין מזה שנתיים במשחקים בינלאומיים, ובדיעבד היחיד שלה בקמפיין. לאחר המשחק המשיכה לספוג הנבחרת ומאמנה אלישע לוי ביקורות רבות בתקשורת הישראלית, לטענתם על משחק ההגנה וחוסר בשיטה.
משחקה הרביעי של הנבחרת נחשב למשחק הטוב ביותר שלה בקמפיין. ישראל יצאה למשחק חוץ מול נבחרת אלבניה באלבסן. הקפטן ערן זהבי כבש בפנדל בדקה ה-18, שגרר גם כרטיס אדום לשחקן המכשיל. בהמשך זהבי החמיץ פנדל נוסף בדקה ה-55 שגרר אדום לשוער האלבני ונבחרת אלבניה נשארה ב-9 שחקנים. הקשר דן איינבינדר כבש שער בכורה בנבחרת והכפיל את היתרון במחצית השנייה בדקה ה-66. לקראת סיום המשחק כבש אלירן עטר גם הוא שער בכורה בנבחרת. לאחר המשחק הנבחרת קיבלה מחמאות רבות, שחלקן התקבלו בספקנות נוכח העובדה שישראל שיחקה נגד 9 שחקנים בלבד.
במשחק החמישי של יצאה נבחרת ישראל למשחק חוץ בחיחון מול נבחרת ספרד, שנחשבה לאחת הנבחרות החזקות ביבשת ובעולם, ודורגה במקום הראשון בבית בעת ההגרלה. ישראל ספגה הפסד בתוצאה 1–4 כאשר אופיר מרציאנו הצעיר עומד בשערה של הנבחרת, וספג ביקורות רבות בעקבות ההפסד, מאחר שלטענת התקשורת מגוון טעויות מקצועיות שלו במהלך המשחק גרמו לחלק מהשערים. במהלך המשחק, כשהייתה ישראל בפיגור 0–3, הצליח ליאור רפאלוב לכבוש את שערו היחיד בקמפיין ושער מצמק לישראל. לאחר המשחק נשמעו ביקורות, חלקן בתקשורת, מצד החלוץ תומר חמד והשוער השני אריאל הרוש על הנבחרת ועל המאמן, ושניהם הושעו ל-3 משחקים על ידי ההתאחדות. לאחר ההפסד לנבחרת ספרד המאמן אלישע לוי ביצע רענון בסגל וזימן מחדש את שיאן ההופעות והקשר הוותיק יוסי בניון ואת הבלם טל בן חיים, אף על פי שטען בתחילת הקמפיין שלא רצה לזמן אותם. כמו כן השוער דודו גורש חזר לשער.