רבי יצחק המשיך בחיפושיו ושמע גרסאות סותרות. מצד אחד, שמע מרבי דוד דפאן קורפו כי אשתו ובתו של רבי משה די לאון הודו כי לא היה לפני רבי משה די לאון כתב יד שממנו העתיק וכי הוא מחבר הזוהר. על פי עדות זו, כשנשאל רבי משה מדוע הוא מסתיר את זהותו, נימק זאת במניעים כלכליים. מצד שני, הגיעה לרבי יצחק עדות הפוכה על "ניסוי" שנערך ובו הוכח כי היו לפני רבי משה די לאון כתבי יד קדומים. רבי יצחק פקפק במידת האמינות של אותו "ניסוי". מספריו המאוחרים של רבי יצחק ניכר כי בסופו של דבר השתכנע בקדמותו של ספר הזוהר. אין לדעת מה הניע אותו להשתכנע בכך, הואיל והאיגרת נקטעת בדיוק בשלב שבו עמד רבי יצחק לתאר זאת.
ימי הביניים.
המחלוקת בדבר קדמות ספר הזוהר נותרה בעינה במהלך המאות הבאות, אפילו בתוך חוגי המקובלים עצמם. מצד אחד, היו שהניחו כי אכן מדובר במדרש קדום וכינו אותו כ"מדרשו של רשב"י", "מדרש ירושלמי" וכדומה, אך בד בבד היו מקובלים שהתייחסו לספר הזוהר כאל ספר קבלה ימי-ביינימי, בעל מעמד שווה לשאר ספרי הקבלה של התקופה. הטענה כי מדובר ביצירה פסאודו-אפיגרפית פרי רוחו של רבי משה די לאון עצמו - לא נתפוגגה. בציבור הרבני רווחה דעה זו בעיקר בקרב חסידי הפילוסופיה הרציונליסטית מבית מדרשו של הרמב"ם, אך לא רק בקרבם. היו אף שביקרו את הזוהר בחריפות, כגון ר' יוסף אבן וקאר, בן המאה ה-14. הספר קיבל מעמד של קדושה בחוגי המקובלים במאה ה-15, אך בעיקר במאות ה-16 - 17, לאחר גירוש ספרד. אז התקבל הזוהר בקרב המקובלים, שראו בו פרי יצירתו של רשב"י ודחו כל ביקורת על זמנו ולשונו של הספר. במגרת המאבק בתנועה השבתאית, שסתמכה על הקבלה על מנת לשנות מההלכה המקובלת, נכתב פרק נוסף במלחמה זו, הספר מטפחת ספרים, שנכתב על ידי החכם והפולמוסאי האשכזי, הרב יעקב עמדין ( היעב"ץ), שפקפק בקדמותם של חלקים מספר הזוהר אך האמין בקיומו של רובד קדמון בו. גלגולה האחרון של מחלוקת גלויה זו בציבור הרבני התרחשה בסוף המאה ה-19 ובראשית המאה ה-20, עם התעוררות תנועת הדרדעים בתימן ששללה את העיסוק הקבלי בכללו.
מטבע הדברים, בפרספקטיבה של זמן התבססה האמונה כי אכן מדובר במדרש קדום. תרמה לכך ההשפעה העצומה שהייתה לזוהר על מגורשי ספרד ובחוג המקובלים הצפתי. האופי המסתורי אפוף הקדושה ששיוו לספר הזוהר במרוצת השנים, מנע עיסוק ביקורתי בחקר הזוהר עד למאתיים השנים האחרונות.
ההשכלה.
השלב הבא בפולמוס נפתח על ידי התעוררות תנועת ההשכלה, על רקע מצעה האידאולוגי-פילוסופי, בזה לספרות הקבלה בכלל ולספר הזוהר בפרט, וביקשה לעקור את מקומם של אלה מהתחום הלגיטימי של מחשבת היהדות. במסגרת זו, הוצגה ביקורת שיטתית על קדמותו של ספר הזוהר. מייצגה הבולט של גישה זו היה צבי גרץ, שבהסתמך על השמועה שמובאת באיגרתו של רבי יצחק דמן עכו, טען כי ספר הזוהר הוא מעשה זיוף שנוצר על ידי רבי משה די לאון ממניעים של מצוקה כספית ושאיפה עזה לפרסום והשפעה. מבקר בולט נוסף של קדמות הזוהר היה שד"ל בספרו 'ויכוח על חכמת הקבלה ועל קדמות ספר הזהר' שנדפס בשנת 1851 ועורר מחדש את .
לאחר ירידת קרנה של ההשכלה, ניסה הלל צייטלין להוכיח את קדמות הזוהר ולטעון כי מדובר בטקסטים קדומים שעברו עריכה עם השנים וקיבלו את צורתם הסופית במאה ה-13. הוא גם טען שלא ייתכן שהרב משה די לאון כתב את הזוהר, כיוון שמערכת המושגים שלו בחיבורו "ספר הרימון" היא שונה ממערכת המושגים של הזוהר. גישתו הנאו-רומנטית של צייטלין, שאף ביקש לתרגם את ספר הזוהר כולו לעברית, לא באה לידי מיצוי, והוא נרצח בשואה קודם שהשלים את מפעלו.
גרשם שלום וממשיכיו.
חוקר הקבלה גרשם שלום, החל את דרכו בחקר ספר הזוהר בניסיון לערער את דברי צבי גרץ ולהוכיח את קדמותו של ספר הזוהר. מפעלו המקיף שהחל במיפוי לשונו של ספר הזוהר הביא אותו בסופו של דבר אל המסקנה כי לא קיים בספר הזוהר ולו יסוד אחד שנכתב קודם זמנו של רבי משה די לאון. גרשם שלום טען כי ספר הזוהר, על כל חלקיו, נכתב בידי רבי משה די לאון למעט חלקי ה"רעיא מהימנא" ו"תיקוני זוהר" המאוחרים יותר, שנכתבו להערכתו במאה ה-14. ניתן להוכיח זאת בכמה דרכים, בהן השימוש של הארמית בספר הזוהר, שהיא כשל אדם שאינו בקי בשפה; ישנן בספר הזוהר הרבה מילים שגויות מבחינת הארמית התלמודית ואף מילים מומצאות, דבר זה לא יכול היה לצאת מתחת ידיו של רשב"י שהכיר ארמית על בוריה ככל התנאים. לבד מכך, בספרו של די-לאון, 'ספר הרימון', נמצאו שימושי לשון זהים וכן נושאים מקבילים לאלו שבספר הזוהר. עניינים רבים שנשארו טעוני בירור בספר הזוהר, מתבארים על ידו בספר הרימון; כך גם חלק ממקורותיו של ספר הזוהר מתגלים בספרו של די-לאון. אולם את ה"רעיא מהימנא" והתיקונים לא חיבר די-לאון, זהו חיבור מאת מחבר לא ידוע, המאוחר לזמנו של די-לאון.
דומה שרוב חוקרי הקבלה אחרי שלום החזיקו בדעתו על איחורו של ספר הזוהר למאה ה-13. הטענות לאיחור כתיבתו פורטו בהקדמתו של ישעיה תשבי לספרו "משנת הזוהר", כשתשבי מסיק שרוב הביקורת הטקסטואלית על הזוהר נכתבה כבר על יד רבי יעקב עמדין, היעב"ץ, בספרו "מטפחת ספרים".
חוקר הקבלה יהודה ליבס, מתלמידיו המובהקים של שלום, סבור כי אין לזוהר מחבר אחד, וכי יש לדבר על חבורה שלמה שסביבה נארג החיבור לדברי ליבס מועמדים טובים להמנות על חברי החוג היו ר' דוד בן יהודה החסיד, רבי יוסף אנג'לט, רבי יוסף ג'יקטיליה, רבי יוסף הבא משושן הבירה, רבי יצחק אבן סהולה, רבנו בחיי בן אשר ורבי יוסף בן שלום אשכנזי הארוך.
דניאל אברמס מאוניברסיטת בר-אילן, טוען שאין לדבר כלל על מחבר/מחברי ספר הזוהר, שכן לזוהר אין כלל טקסט אחיד. זהו חיבור שנכתב, שוכתב ונערך פעמים אין ספור, עד שדיבור על מחברים הוא אנכרוניסטי.
לפי רונית מרוז, ספר הזוהר נכתב באופן הדרגתי, כשתחילת הכתיבה הייתה במאה ה-11 בארץ ישראל, והכתיבה נמשכה לפחות עד למאה ה-14.
טענות לקדמות הזוהר.
משמעות הוויכוח לקהילות הדתיות.
כמעט מיד עם פרסום גילוי הזוהר, קמו מערערים על קדמות ספר הזוהר, וכנגד טענת די לאון כי רשב"י חיברו. כיום סבורים מרבית חוקרי הקבלה שהזוהר חובר על ידי הרב די לאון עצמו, או על ידי חבורת אנשים שפעלה בסביבתו. במשך השנים, התמודדו התומכים בקדמות הזוהר והשיבו תשובות שונות לטענות המערערים. ברוב הקהילות היהודיות התקבלו דינים, תפילות ומנהגים שונים בעקבות הזוהר והקבלה.
ראשוני המשיבים.
ראשון המשיבים היה הרב יש"ר מקנדיא בספרו "מצרף לחכמה" שבו עונה על טענות ר' אליהו דילמדיגו. דילמדיגו טען בספרו "בחינת הדת" משנת ה'רנ"א (1491, שנה לפני גירוש ספרד) שהזוהר אינו מרשב"י אלא חובר כ-300 שנים לפני זמנו, כלומר בסביבות ד'תתק"נ (1190), כמאה שנה לפני הרב משה די לאון. היש"ר מקנדיא הדפיס את ספרו ביחד עם "בחינת הדת" בשנת ה'שפ"ט (1629).
הרב אביעד שר שלום ב"אמונת חכמים" (מנטובה ה'ת"צ) (1630), משיב אף הוא על טענות המערערים על קדמות הזוהר, שהגיעו לאזנו, כנראה מטענות ר' יהודה אריה ממודנה ב"ארי נוהם" שהודפס שנה קודם לכן.
תשובות רבני אירופה.
הספר "קדמות ספר הזוהר" של הרב דוד לוריא נחשב לספר המרכזי המתמודד עם טענות המערערים על קדמות הזוהר. ספר זה יצא לאור בשנת ה'תרט"ז (1857) ובו הוא מבטל את טענות המאחרים, בין השאר, על ידי השוואה לספרו של הרב די לאון, "הנפש החכמה".
הרב יצחק אייזיק חבר, דחה אף הוא בספרו "מגן וצנה" ה'תרט"ו (1855) את הטענות מהספר "ארי נוהם" שיצא מחדש בה'ת"ר (1840).
ספר ידוע נוסף בעניין הוא 'טעם לש"ד' (ליבורנו ה'תרכ"א (1861)) של הרב אליהו בן אמוזג ובו הוא דוחה את טענות שד"ל נגד קדמות הזוהר בספרו "ויכוח על חכמת הקבלה" (גוריצאה ה'תרי"ב, (1852)).
התנגדות לספר הזוהר.
במשך השנים, היו לא מעט רבנים שטענו כי ספר הזוהר הוא זיוף כמו רבי יהודה אריה ממודנה ורבי אלעזר פלקלס, מחבר הספר "תשובה מאהבה". בספרו מבקר הרב פלקלס בצורה קשה את ספר הזוהר ומביע התנגדות לספרות המקובלים:
קטעים מאוחרים שהוכנסו לתוך ספר קדום.
הרב יעקב עמדין (היעב"ץ) כתב בספרו "מטפחת ספרים" שקטעים רבים נכנסו לזוהר מספרים מאוחרים, אך עיקר הזוהר הוא קדום, לא מרבי שמעון בר יוחאי אך לכל המאוחר מתקופת הגאונים, בכל מקרה הרבה לפני הרב די-לאון. הוא כותב עוד שגם בתלמוד הבבלי יש קטעים שונים שנכנסו על ידי הגאונים, ובכל זאת כולם מודים שעיקר התלמוד הוא לפני הגאונים. עמדתו זכתה לפרסום, בשל מעמדו כפוסק הלכה ובשל הפתרון שהציע: הודאה במקצת טענות הזיוף של קטעים בספר הזוהר, ובה בעת טענה שעיקר הספר קדום.
כאמור לעיל, חוקרי הקבלה באקדמיה תולים הרבה מן ההקבלה המוכרת כיום, בין כתבי הזוהר לכתבי די-ליאון, ברשומותיו של היעב"ץ.
תשובות רבנים בתקופה המודרנית.
הרב הלל צייטלין במאמרו על הזוהר בספרו "בפרדס החסידות והקבלה" טוען בעזרת דוגמאות רבות שמערכת המושגים של הרב די-לאון בספר "הרמון" שונה ממערכת המושגים של הזוהר, וכן במאמריו ב"התקופה", כרכים ה'-ז' ו-ט', טוען על-סמך השוואות לספר "שקל הקודש" של הרב די-לאון, שלא הוא חיבר את הזוהר, אלא שהוא אכן גילה את כתב היד של הזוהר, והשתמש ב"זוהר" במקומות שונים בחיבוריו.
כך גם כותב הרב מנחם מנדל כשר במאמרו "הזוהר" ב"ספר היובל" של כתב העת סיני:
עוד כותב הרב כשר שהרב די-לאון בספריו "הרמון" ו"שקל הקודש" שואל ומשיב מקשה ומתרץ, כאשר בזוהר אנו מוצאים תשובות אחרות לשאלות אלו, ומכך ברור שלא רק שדי-לאון אינו מחבר הזוהר, אלא שאף לא הכיר את הזוהר בעת כתיבת ספריו האחרים.
לגבי שימושי לשון זהים ונושאים מקבילים בין "ספר הרימון" ל"זוהר", מסביר הרב כשר שזה משום עיסוקם המשותף בתורת הנסתר,