בעקבות עליה בביקושי המים בישראל ורצף שנות בצורת, מפלס המים התקרב אל הקו האדום התחתון שנקבע, ועל כן במהלך שנות ה־80 וה־90 של המאה ה־20 הורד הקו האדום התחתון מספר פעמים (עד לרום של 215.5-), על מנת לאפשר מבחינה חוקית את המשך שאיבה גם במפלס נמוך, וכיום הוא עומד על 213-. בדצמבר 2001 ירד מפלס המים בכנרת אל הרום הנמוך ביותר שנמדד: 214.87- מטר. מפלס זה נקבע כ"הקו השחור" שמתחתיו אסורה שאיבה.
מפלס הכנרת הפסיק לרדת בין היתר בגלל חורף 2002/03 הגדול שבו נמדדה עליה של 4 מטרים
מבחינת יכולת שאיבה, לא ניתן לשאוב ממפלס נמוך מ־215.5-, עקב ירידת מפלס המים מתחת לצינור השאיבה. נפח המים במפלס המרבי ("קו אדום עליון") הוא 4.3 מיליארד מטר מעוקב (מ"ק), ובקו האדום התחתון – 3.6 מיליארד מ"ק. כמות המים הנכנסים לכנרת בשנה עומדת על כ־620 מיליון מ"ק בממוצע רב שנתי. כמות המים המתאדים בשנה עומדת על כ־250 מלמ"ק בממוצע ולכן כמות "המים הזמינים" (הכמות הנכנסת בניכוי האידוי) עומדת על כ־370 מלמ"ק בממוצע רב שנתי.
ברשות המים קיימת יחידה (יחידת ניטור כנרת) המרכזת את כלל פעילות הניטור והתפעול בכנרת ובאגן ההיקוות. יחידה זו, אשר הוקמה ב־1998, ומלווה בצוות היגוי המורכב ממומחים מהאקדמיה, עוזרת למנהל רשות המים לקבל החלטות לגבי ניהול האגם על פי מיטב הידע הקיים.
עליית מפלס הכנרת היא תוצאה של מים הזורמים אליה מנחלים שונים, מאגן ההיקוות של הכנרת. מקור המים הוא במעיינות גדולים, לצד גאויות בעקבות ירידת משקעים בהיקפים גדולים באגן ההיקוות. עם זאת, כמות המים הזורמת לכנרת מושפעת גם מהיקף השימוש במי המעיינות והנחלים לצורכי מי שתייה וחקלאות באזור עמק החולה ורמת הגולן, כאשר גידול בכמות המים הנתפסת באזורים אלו משמעה ירידה בהיקף הזרימות לכנרת. המפלס מושפע גם מתקופות השבתה יזומות של המוביל הארצי לצורכי תחזוקה.
בינואר 2013 נרשמה עלייה חדה במפלס הכנרת בעקבות שבוע גשום ביותר בצפון ישראל והמסת שלגים מהרי רמת הגולן והחרמון. העלייה, אשר נרשמה כגבוהה ביותר מזה שני עשורים, הגיעה לכשני מטרים וקירבה את מפלס הכנרת לקו האדום העליון.
בפברואר 2019, הודיעה רשות המים כי הכנרת עלתה לראשונה מזה שנתיים מעל לקו האדום התחתון, ובאפריל 2019 דווח כי הכנרת עלתה בשלושה מטרים, עלייה זו נחשבת לעלייה הגבוהה ביותר מאז חורף 2003. במהלך המערכת החורפית שפקדה את ישראל בינואר 2020 עלה מפלס הכנרת בצורה משמעותית והיה הגבוה ביותר לחודש ינואר מאז שנת 2004, שבה הגיע המפלס בחודש אפריל לגובה הנמוך רק בשישה סנטימטר מהקו האדום העליון.
איכות המים.
איכות מי הכנרת נמצאת בתהליך התדרדרות, בשל הפרת המאזן בין אספקת מי גשם מתוקים לנביעה טבעית של מי תהום המלוחים פי 10 ממליחות מי הים התיכון. מליחות המים הגיעה לשיאה בשנת 1964 ועמדה על כ־400 מיליגרם מלח לליטר מים, אך מאז שהוקם מוביל מים מלוחים, שהיטה חלק ניכר מהמים המלוחים אל הירדן דרומית לכנרת, פחתה המליחות והיא עומדת על כ־250 מיליגרם מלח לליטר – זו מליחות רבה מכדי להשתמש במי הכנרת לגידולים רגישים למליחות כגון אבוקדו ומנגו, אך בתקני המים בישראל עדיין עומדת בגבול המותר למי שתייה. עם זאת, המליחות מורגשת היטב בטעם המים. כיום מסתכם הטיפול במים בהשקעת חומר מרחף (בעיקר בחורף ובאביב) ובהכלרה לשם חיטוי. על מנת לעמוד בדרישות לאיכות מי־שתייה. לשם כך הוקם באתר אשכול מתקן לסינון המים. מתקן זה הביא להפחתת עכירותם, לשיפור איכותם המקרוביאלית ולהורדת רמת הכלרה בלתי רצויה, אך אין מענה לבעיית המליחות. פרנסי הסביבה לוחצים לפתרון בדמות מפעל התפלה.
בעיית איכות המים נוספת בכנרת היא פריחת האצות הכחוליות (ציאנובקטריה). ההתמודדות עם בעיה זו כוללת ניקוי מתמיד של אגן ההיקוות מזיהום כלשהו ובעיקר מזרחן, ניהול מפלסים בתנודות קטנות ככל האפשר וניהול ממשק דייג תומך הכולל אכלוס מיני דגים העוזרים בייצוב המערכת האקולוגית.
היסטוריה.
תקופת האבן.
בשל שפע המשאבים הטבעיים ומיקומה של הכנרת על ציר נדידת האדם הקדמון מאפריקה לאסיה, האדם התיישב באגן הכנרת למן תחילת התקופה הפלאוליתית. האתר הפרהיסטורי הקדום בארץ, תל עובדיה, מצוי מעט דרומית לאגם של ימינו, ובו נמצאו סדרה של התיישבויות בנות כ־1.2–1.5 מיליוני שנים, ככל הנראה של אדם מהמין הומו ארקטוס.
בסוף התקופה הפלאוליתית העליונה ובתקופה האפיפלאוליתית, כאשר הכנרת הייתה דומה לצורתה בהווה, היו לחופיה אתרי יישוב רבים. אתר אוהלו II, מחנה של ציידים־לקטים ודייגים בקרבת תל בית ירח, יושב כ־23 אלפי שנים לפני זמננו, כאשר מפלס הימה היה נמוך מעט מהיום, והשתמר באופן יוצא דופן כאשר מפלס האגם עלה וכיסה אותו במים. בזכות זאת נמצאו באוהלו השרידים הקדומים בעולם לסוכות מחומר צמחי, שפע זרעים ופירות שנאספו בידי תושבי האתר, וממצאים רבים נוספים. ליד קיבוץ עין גב התגלתה סדרה של מחנות פרהיסטוריים, ביניהם נחל עין גב I מהתרבות העתליתית, עין גב I מהתרבות הכבארית הכולל בקתה וקבורת אדם, ואתר נחל עין גב II מסוף התרבות הנאטופית (בן כ־12 אלפי שנים) ובו שרידים של מבני אבן רבים וקבורות. אתר נאטופי נוסף הוא חוף שחף, השוכן על כביש טבריה־צמח. גם באתר זה התגלה מבנה אבן וקבורה אנושית בסמוך אליו. הכפרים החקלאיים הראשונים מהתקופה הנאוליתית ידועים בעיקר מעמק הירדן (למשל אתר שער הגולן) ולא מחופי הכנרת.
התקופה הכלקוליתית ותקופות הברונזה והברזל.
שרידים של יישוב כלקוליתי נמצאו בחפירות בתל בית ירח (6,000 שנה לפני זמננו) – מתקופה זו התגלו בורות ששימשו לאחסון מזון ובישול. לפני כ־5,000 שנה נוסדה העיר בית ירח שהייתה אחת הערים הגדולות בארץ בתקופת הברונזה הקדומה. העיר נעזבה בסוף תקופת הברונזה הקדומה, ומתקופת הברונזה התיכונה התגלו רק בתים בודדים ובית קברות.
לא הרחק מתל בית ירח נישא תל קֶדֶשׁ (במורדות ההר שבין פוריה עילית למושבה כנרת), המזוהה בדרך כלל עם העיר המקראית קֶדֶשׁ נפתלי, שם נמצאו שרידים רבים מתקופת השופטים (הברזל הקדומה). צפונה יותר, כ־2 ק"מ צפונית לטבריה נישא תל רַקַּת (הנקרא גם ח'רבת אל־קֻנֵיטְרָה או תל אִקְלַטִיֶה) המזוהה עם רקת המקראית, גם היא עיר בנחלת נפתלי. בתל רקת נמצאו עדויות ליישוב בתקופה הברונזה והברזל, בעיקר בצורת חרסים ושרידי מבנים.
בחוף הצפון־המערבי של הכנרת, ידוע על העיר הכנענית כנרת אשר חרבה בשלהי תקופת הברונזה המאוחרת ולא נושבה בתקופת הברזל 1. בתקופת הברזל 2 (המאה ה־10 לפנה"ס) נוסדה באזור עיר חדשה היא כנרת המקראית, גודלה כ־25 דונם. עיר זו הוקפה בחומה מסיבית. בשלהי המאה ה־9 ותחילת המאה ה־8 לפנה"ס הצטמצמה העיר לשטח של כ־8 דונם.
בתל הדר על חופה המזרחי של הכנרת נחשפה עיר נמל קטנה מבוצרת מתקופת הברונזה המאוחרת א'. כמו תל כנרות, גם כאן חלה נסיגה יישובית בתקופת הברונזה המאוחרת ב'. במאה ה־11 לפנה"ס התחדש היישוב בתל־הדר. בתקופת הברזל הצטרפה תל עין גב לרצועת היישובים הארמיים על חופי הכנרת.
אזכורים במקרא.
על פי סיפורי המקרא, שבט נפתלי קיבל את הכנרת בחלוקת השבטים בתקופת ההתנחלות. החוף המזרחי של כנרת היה חלק מממלכת גשור. בתקופת המלכים בערך 854 לפנ"ס התרחש לחופי הכנרת קרב גדול. אחאב מלך ישראל הנחיל תבוסה לצבא של ארם דמשק בפיקודו של מלכם בן־הדד השני.
טבריה ומגדלא.
בתקופת בית שני שכנה בחופה המערבי של הכנרת העיר מגדלא שהייתה המרכז העירוני היחיד בחוף המערבי של הכנרת. מהעיר הזאת הגיעה מרים המגדלית. בשנת 20 לספירה הקים הורדוס אנטיפס את העיר טבריה על חופה הדרומי־מערבי של הכנרת. העיר נקראה על־שם הקיסר הרומי טיבריוס והפכה למרכז יהודי משגשג עד כיבוש הארץ בידי הצלבנים ב־1099. בתקופה המוסלמית הקימו ח'ליפים ארמונות לחופיה.
בעת החדשה.
משה ריישר בספרו שערי ירושלים מספר על ים כנרת במאה ה־19:
אזור הכנרת היה ערש ההתיישבות הציונית השיתופית. במקום הוקמה חוות כנרת שהייתה החווה החקלאית הראשונה, וכן דגניה שהייתה אם הקיבוצים. אף אנשי נהלל, המושב הראשון, התחילו את הכשרתם החקלאית כאן.
עם קביעתו הסופית של קו הגבול בין המנדט הבריטי בארץ ישראל לבין המנדט הצרפתי בסוריה ב־1923, נקבע כי הגבול בין שטח המנדט הבריטי לשטח המנדט הצרפתי יעבור 10 מטרים מצפון־מזרח לחוף הכנרת במפלס המים המרבי. לפיכך סימנה הכנרת את גבולה המזרחי של ארץ ישראל, אך נכללה בשלמותה בתחומיה. עם זאת, הייתה לצרפתים זכות לשאוב מים מהכנרת לטובת יישובים סוריים על־פי הסכם צרפתי־בריטי.
בהסכמי רודוס בין ישראל לסוריה משנת 1949 אומץ תוואי הגבול המנדטורי, כך שהכנרת נכללה להלכה בשלמותה בתחומי מדינת ישראל. בפועל, השתלטה סוריה על חלקו הצפון־מזרחי של האגם והחזיקה רצועה ברוחב 250 מטרים ממימי האגם, לרגלי רמת הגולן. כוחות סוריים אף ירו לעבר ספינות דייגים ישראליות שניסו לחדור לחלק זה של האגם (חלק זה עשיר יחסית בדגה).
באפריל 1949 הציע חוסני א־זעים, נשיא סוריה באותה תקופה, לחתום על הסכם שלום עם ישראל וליישב בסוריה שלוש מאות אלף פליטים פלסטיניים תמורת ויתור ישראל על מחצית משטח הכנרת. בן-גוריון דחה את ההצעה.
הסורים תבעו להוסיף ולקיים את ההסכם הצרפתי־בריטי שהתיר להם לשאוב מים מן הכנרת. ישראל הייתה מוכנה להתיר שאיבה מוגבלת בלבד לצורכי היישובים הסוריים על גדת האגם, ובלבד שתוכר ריבונותה המלאה על הכנרת. מצב זה השתנה רק בעקבות כיבוש רמת הגולן במלחמת ששת הימים.