מקגוורן החל ללמד ולהרצות באוניברסיטאות בארצות הברית ובאירופה. בין 1981 ו-1982, לימד היסטוריה באוניברסיטת ניו אורלינס. הוא החל לנאום בתשלום.
ב-1984 ניסה מקגוורן שוב להתמודד על המועמדות הדמוקרטית לנשיאות. רבים חששו שיובך בניסיון ההתמודדות, ומקגוורן עצמו ידע שלא יוכל לנצח, אולם הרגיש מחויב לנסות לגרום למפלגתו לפנות לכיוון ליברלי יותר. ללא רצון אמיתי לנצח, הוא פרסם תוכנית בת עשר נקודות למדיניות חוץ ופנים. המועמדים האחרים לא תקפו אותו והוא נחשב ל"מצפון" של המפלגה.
למקגוורן לא היה יותר מדי כסף בבחירות, אף על פי שכמה ידוענים תמכו בו. הוא הפתיע רבים כשבאספות הבחירה באיווה הגיע למקום השלישי מתוך כמה מועמדים, אולם הגיע למקום החמישי בבחירות בניו המפשייר. מקגוורן התחייב לפרוש אם לא יגיע למקום הראשון או השני במסצ'וסטס, ופרש לאחר שסיים את הבחירות במסצ'וסטס במקום השלישי, אחרי גארי הארט, שניהל את מסע הבחירות שלו ב-1972, ווולטר מונדייל. מקגוורן תמך במונדייל. מקגוורן אירח את סאטרדיי נייט לייב ב-14 באפריל 1984.
מקגוורן נאם בפני ועדת המצע של המפלגה, ובוועידה הדמוקרטית הלאומית נאם כנגד הנשיא רייגן ושיבח את המפלגה. הוא זכה לתמיכתם של ארבעה צירים. מקגוורן פעל למען מונדייל וג'רלדין פררו, אולם השניים הפסידו לרייגן בבחירות הכלליות בתבוסה שהייתה התבוסה הקשה ביותר מאז תבוסתו של מקגוורן.
בשנות השמונים, היה מקגוורן עמית מחקר במכון למחקרי מדיניות בוושינגטון. בספטמבר 1987, הרצה בנושא יחסים בינלאומיים בווירג'יניה.
מקגוורן ביצע כמה השקעות נדל"ן בוושינגטון והתעניין בתפעול מלונות. ב-1988, השקיע את הכסף שהרוויח מנאומיו לצורך שיפוץ פונדק בקונטיקט. המלון פשט רגל ב-1990. ב-1992 פרסם את גרסתו לגבי ניהול המלון. הוא טען שהמיתון של אותה התקופה פגע בו, וגם הרגולציה הממשלתית, שלטענתו פגעה בעסקים הקטנים. מקגוורן טען שאם היה יודע במהלך כהונתו בסנאט את הקושי הביורוקרטי, היה פועל בנושא. השמרנים אימצו את הצהרתו.
לאחר מכן שקל להתמודד בבחירות של 1992. דמוקרטים רבים החליטו להימנע מכך בגלל האהדה הגדולה לנשיא ג'ורג' הרברט ווקר בוש לאחר מלחמת המפרץ, ומקגוורן רצה לנהל מסע בחירות שלא יהיה קשור למלחמה, בה תמך. במאי 1991, הכריז שלא ירוץ ושעדיף שמועמד צעיר יותר ינהיג את הליברלים. במקום זאת, מונה לנשיא המועצה למדיניות במזרח התיכון, מוסד ללא כוונת רווח שנועד ללמד אמריקנים בנושאים של המזרח התיכון. הוא כיהן בתפקיד בין יולי 1991 ל-1997.
בין ה-12 ל-13 בדצמבר, נפלה בתו תרזה לתוך בור מושלג בוויסקונסין, כשהייתה שיכורה, ומתה מהיפותרמיה. מקגוורן חשף את העובדה שבתו נאבקה באלכוהוליזם מזה שנים. הוא כתב לאחר מכן את סיפור מאבקה של בתו תרזה באלכוהוליזם, ספר שיצא ב-1996. בספרו טען שהקריירה שלו רק החמירה את מצבה. הספר הפך לרב מכר ובעזרת הרווחים הקים מקגוורן מרכז לטיפול באלכוהוליזם על שם בתו. הוא טען שהיה מדובר באירוע הקשה בחייו.
שגריר ארצות הברית בסוכנויות האו"ם למזון ולחקלאות.
באפריל 1998 נבחר מקגוורן על ידי הנשיא ביל קלינטון לשגריר ארצות הברית בסוכנויות האו"ם למזון ולחקלאות, תפקיד בו כיהן כשלוש שנים. מועמדותו הוכרזה ב-19 בפברואר, וב-6 במרץ אישר הסנאט את מועמדותו. ב-10 במרץ מונה באופן רשמי, והוא עבר לרומא ב-14 באפריל. מקגוורן טען שלא רדף אחרי התפקיד.
במסגרת תפקידו שב לפעול לצמצום הרעב בעולם, ודרש להקטין את מספר הרעבים בעולם בחצי עד ל-2015. הוא תכנן תוכניות מפורטות, דרש הגדלת משלוחי עודפי מזון למען תלמידים במדינות זרות, וקבע מטרות. הוא עבד תוך שיתוף פעולה עם עמיתו לסנאט לשעבר, בוב דול, לצורך השגת תמיכה לתוכנית תלושי מזון וסיוע תזונתי לנשים בהריון בארצות הברית בסנאט.
תוכנית משותפת של מקגוורן ודול נוסדה בשנת אלפיים, וסיפקה מעל עשרים ושניים מיליוני ארוחות לילדים בארבעים ואחת מדינות במשך שמונה שנים. תוכנית החינוך והתזונה שלו ושל דול עוגנה בחוק ב-2002. היא זכתה לתקצוב של 300 מיליון דולר בשנת אלפיים ומאה מיליון דולר בכל שנה לאחר מכן. נעשו ניסיונות להגדיל את התשלום לתוכנית בין 2007 ל-2008, והיא זכתה לעוד שמונים מיליון דולרים ב-2009. בין 2011 ו-2012, זכתה למימון של 200 מיליון דולרים בשנה. התוכנית הרחיבה את מספר התלמידים. באוגוסט 2000 העניק קלינטון למקגוורן את מדליית החירות הנשיאותית. ב-2001 פרסם מקגוורן ספר שהציע תוכנית לחיסול הרעב תוך שלושים שנים. בינואר 2001 ביקש ממנו הנשיא ג'ורג' ווקר בוש להישאר בתפקידו.
באוקטובר 2001, מונה מקגוורן לשגריר עולמי של האו"ם בנושאי רעב עולמי, הסוכנות שהקים לפני ארבעים שנה. הוא היה פעיל שם גם לפני מותו. מקגוורן היה חבר בחבר הנאמנים של תוכנית המזון העולמית. בנוסף סייע לקבוצות למען החקלאות.
ב-2001 פורסם ספר רב מכר שעסק בטייסי המפציצים במלחמת העולם השנייה. לראשונה הכיר הציבור את מקגוורן הלוחם.
מקגוורן המשיך להרצות ולהופיע בציבור, וגם עם דול. ב-2005 פרסמו השניים חיבור שדרש את חיסול הרעב העולמי. בין 2003 ו-2005, ניהל חנות ספרים, עד שמכר אותה. ב-2003 עבר לפלורידה, כשאשתו סובלת ממחלות לב.
באוקטובר 2006, הוקמה ספרייה על שם מקגוורן באוניברסיטה בדקוטה הדרומית. מטרת הספרייה היא להכין את התלמידים לשירות ציבורי. הנשיא לשעבר קלינטון נכח בטקס הפתיחה.
אלינור הייתה חולה מכדי לבוא, וב-25 בינואר 2007 מתה בביתם.
מאורח יותר ב-2007, חגג מקגוורן את יום הולדתו השמונים וחמישה.
גם לאחר פרישתו מהחיים הפוליטיים, המשיך מקגוורן להביע מדי פעם את דעתו בענייני היום. במהלך כהונתו של ג'ורג' בוש הבן כנשיא התבטא מקגוורן בחריפות נגד מלחמת עיראק, וב-2006 כתב ספר שהציע תוכנית לנסיגה. ב-2004 תמך בוסלי קלארק. בינואר 2008, במאמר שפורסם בוושינגטון פוסט, קרא להדחת בוש וסגן הנשיא דיק צ'ייני, והאשים כי הם הפרו את חוקת ארצות הברית ואת החוק האמריקאי והבינלאומי ושיקרו לציבור. הוא טען שהם גרועים יותר מניקסון. במהלך מערכת הבחירות לנשיאות שנערכה באותה שנה העניק מקגוורן את ברכתו למועמד הדמוקרטי ברק אובמה. בתחילה תמך בהילרי קלינטון. הוא טען שיש להתמקד באחדות המפלגה ובביקורת כלפי המועמד הרפובליקני, ג'ון מקיין.
ב-16 באוקטובר 2008, זכו מקגוורן ודול בפרס המזון העולמי על מאבקם נגד הרעב.
סוף חייו ומותו.
ב-2009, עבר מקגוורן לסנט אוגוסטין ביץ', קליפורניה. ספרו השביעי יצא בסוף 2008. הוא עסק בדמותו של אברהם לינקולן. ב-2009 יצא מקגוורן לסיבוב חתימות על ספריו, וביקר בספרייה הנשיאותית על שם ניקסון.
ולאחר שנפל בדצמבר 2011 הובהל לשם שוב, כשהיה בדרכו להתראיין בנוגע למערכת הבחירות בה השתתף. בינואר 2012, קידם את ספרו האחרון, "מה המשמעות של להיות דמוקרט". הוא אושפז שוב באפריל 2012 בגלל התעלפויות.
ב-19 ביולי 2012, חגג את יום הולדתו התשעים באירוע מטעם תוכנית ההזנה האמריקנית, בו נכחו פוליטיקאים ליברלים, והסנאטור הרפובליקני מדקוטה הדרומית, ג'ון ת'ון.
ב-27 ביולי 2012, מת בנו של מקגוורן, סטיבן, בגיל שישים. בתו אן סיפרה על מאבקו של אחיה באלכוהוליזם.
באוגוסט 2012, חזר מקגוורן לסו פולס, דקוטה הדרומית, קרוב למשפחתו. הופעתו הציבורית האחרונה הייתה ב-6 באוקטובר 2012, כשהציג את יצירתו של אהרן קופלנד, "דיוקן לינקולן".
ב-15 באוקטובר 2012 הודיעה משפחתו של מקגוורן על כניסתו לבית אבות בסו פולס. כבר ידעו שהוא בסוף חייו. ב-21 באוקטובר 2012, הכריזה משפחתו על מותו בגיל 90. בנוסף לשלושת ילדיו, היו לו עוד עשרה נכדים ושמונה נינים. הנשיא אובמה קרא לו "תומך השלום" ו"מצפון המפלגה". בטקס זיכרון, אמר סגן הנשיא ג'ו ביידן שמקגוורן היה גיבור ומתנגד נחוש למלחמת וייטנאם. הלוויה שלו התרחשה בבית הקברות בסו פולס והוא נקבר לצד אשתו ובתו בוושינגטון.
ב-26 ביולי 2015, פרסם עיתון מקומי כתבה שחשפה את המסמכים שה-FBI אספו על מקגוורן, כולל פקודה מצד ג'ון אדגר הובר לצותת למקגוורן. העיתון חשף את מלוא התיק של מקגוורן.
מורשתו.
בגלל תבוסתו לניקסון ב-1972, ניסו מרבית המועמדים הדמוקרטיים להימנע מקשרים אל מקגוורן. ב-1992, עדיין חששו מועמדים להיראות כמנותקים מהעם כמותו. לאחר 1972, הרפובליקנים החלו להתנהג כאילו כל מועמד דמוקרטי, בלי קשר לדרומיותו, תמיכתו במלחמות או גישתו המרכזית, היה בעצם תואם-מקגוורן ליברל. התנועה השמרנית הגדירה את עצמה כמתנגדת לליברלים כמקגוורן, ותומכת בממשל מוגבל, ריסון פיסקלי ומדיניות חוץ תקיפה. מקגוורן עצמו נחשב לחלש בנושאי ביטחון, על אף שטען שלא היה פציפיסט ושיש להילחם לפעמים. ב-2001 טען מקגוורן שהוא אמנם ליברל, אבל לא כמו שהרפובליקנים הציגו אותו. הוא הרגיש שעמדותיו הובילו לבידודו הפוליטי. בנוסף טען שהוא תומך בערכי המשפחה, ותהה כיצד יכול היה לכהן בקונגרס מטעם דקוטה הדרומית במשך עשרים שנה אם היה ליברל.
מקגוורן נחשב לסמל של השמאל האמריקני, בעיקר במהלך תקופת וייטנאם וניקסון. עמדותיו נבעו מחוויותיו האישיות ומהליברליות שלו. הוא נחשב לגדול מבקרי המלחמה.