במהלך הסגר השני בישראל, שהחל בספטמבר 2020, הוטלו מגבלות על חופש ההפגנה שבמסגרתן נאסר להתרחק יותר מקילומטר אחד ממקום המגורים. בתגובה החלו מאות הפגנות ברחבי המדינה, שבהן יצאו האזרחים להפגין בצמתים ובגשרים הסמוכים לבתיהם. ההפגנות כללו את המחאה נגד בנימין נתניהו ואת המחאה נגד ממשלת ישראל השלושים וחמש.
סין.
מיד עם התפרצות מגפת הקורונה ברפובליקה העממית של סין הטילה הממשלה צנזורה במטרה למנוע הפצת מידע על המחלה ועל הסכנות לבריאות הציבור. הובעה ביקורת על כך שהמגפה התפשטה במדינה במשך מספר שבועות מבלי שנעשו מספיק מאמצים להכיל את הנגיף. לי ונליאנג, רופא עיניים סיני שהזהיר את עמיתיו בעניין נגיף הקורונה, נעצר בשל "הפצת שמועות כוזבות", ומאוחר יותר נדבק במחלה ונפטר. ארגון אמנסטי אינטרנשיונל מתח ביקורת על כך שסין מזערה את חומרת התפרצות המחלה בדיווחיה לארגון הבריאות העולמי.
משחק המחשב "Plague Inc.", המאפשר מעין סימולציה של מגפה עולמית, הוסר מחנויות האפליקציות בסין בטענה שיש בו "תוכן לא חוקי".
פולין.
בפולין נאסר על רופאים למסור מידע לתקשורת, לאחר שמיילדת פרסמה בפייסבוק דיווח במרץ 2020 על מצבם הקשה של אנשי הרפואה וצוותי בתי החולים בזמן הטיפול במגפת הקורונה בפולין, ופוטרה עקב הדיווח. האיסור בוטל לאחר כשבוע.
הזכות לבריאות.
איטליה.
איטליה התמודדה עם צפיפות בלתי רגילה בבתי החולים, וחולים רבים, בעיקר קשישים, נאלצו לחזור לביתם לאחר שעות של המתנה. חלקם מתו בבתי החולים מבלי שטופלו. בצילום שזכה לפופולריות נראית אחות שהתמוטטה עקב עומס עבודה גבוה בבית חולים איטלקי.
לוב.
לוב התמודדה עם מגפת הקורונה בד בבד עם מלחמת האזרחים במדינה, במהלכה הותקפו מספר בתי חולים. באפריל 2020 דיווח נציג האו"ם לעניינים הומניטריים כי 27 בתי חולים נפגעו ו-14 נסגרו בתוך חמישה שבועות. ארגוני טרור הממומנים על ידי איחוד האמירויות הערביות תקפו ב-6 באפריל בית חולים באמצעות רקטות גראד, בזמן שטופלו בו כ-300 איש, בהם חולי קורונה. האו"ם הגדיר את המתקפה כהפרה של החוק ההומניטרי הבינלאומי.
סין.
הרפובליקה העממית של סין התמודדה עם צפיפות בלתי רגילה בבתי החולים, וחולים רבים נאלצו לחזור לביתם לאחר שעות של המתנה. דווח על מחסור בערכות לבדיקת קורונה ובחומרי טיפול.
רוסיה.
ברוסיה, בתי חולים למחלות קשות הוסבו לטיפול בחולי קורונה. פעולה זו גרמה להפסקת הטיפול בחולים במחלות קשות ולעליית התמותה.
חופש מאפליה.
גזענות ושנאת זרים.
במדינות אירופה, בארצות הברית ובהודו דווח על מקרים רבים של סינופוביה וגזענות כלפי סינים ואסייתים. כתגובה לתופעה זו, הצהיר ארגון הבריאות העולמי כי על פי תקנות הארגון, המחייבות את כל המדינות, יש לנקוט בזהירות מפני היווצרות סטיגמה או אפליה בתגובה להתפרצות מחלה. השרה לענייני מיעוטים בממשלת הודו, קירן רייג'ו, גינתה את ההערות הגזעניות שהופנו נגד תושבי צפון-מזרח הודו.
התייחסותו של נשיא ארצות הברית דונלד טראמפ לנגיף הקורונה בשם "הווירוס הסיני" נתפסה בעיני רבים ככינוי גזעני. להגנתו טען טראמפ כי הכינוי אינו גזעני מכיוון שמקורו של הנגיף בסין, והכינוי נועד להתמודד עם התעמולה הסינית לפיה חיילים אמריקאים הביאו את הנגיף לסין.
מגפת הקורונה חשפה פערים בשירותי הבריאות בין מגזרים שונים באוכלוסייה. ביוני 2020 דווח בבריטניה כי מיעוטים אתניים נמצאים בסיכון גבוה יותר לאבד את חייהם עקב מחלת הקורונה. הממשלה מינתה ועדה לבדוק נושא זה. באותה עת פורסם גם מאמר ב"וול סטריט ג'ורנל" בו נמצא כי שיעורי האשפוז והמוות הקשורים למחלת הקורונה בארצות הברית הם גבוהים יותר בקרב קבוצות שאינן לבנות, גם לאחר ביצוע התאמות לגורמים כמו גיל וגאוגרפיה. מחקר של המרכזים לבקרת מחלות ומניעתן בדק שיעורי אשפוז של ילדים חולי קורונה בארצות הברית, ומצא כי 40% מהילדים שאושפזו בבתי החולים היו היספנים ו-33% היו שחורים. על פי המחקר, אוכלוסיות מיעוטים נמצאות בסיכון גבוה יותר בגלל אי-שוויון חברתי, חוסר יציבות כלכלית ונחיתות במעמד ביטוחי.
סטיגמות.
חולי קורונה רבים שהחלימו דיווחו כי הם סובלים מסטיגמה חברתית. גם עובדי מערכת הבריאות המטפלים בחולי קורונה דיווחו על קשיים נפשיים עקב החשש מסטיגמה מצד משפחתם וקהילתם.
חבריה של קהילה נוצרית בדרום קוריאה בשם "Shincheonji Church of Jesus" נאצלו להתמודד עם אפליה והטרדות לאחר התפרצות קורונה בקהילה. חברי הקבוצה דיווחו כי מפברואר 2020 הם סובלים מהתקפות אלימות, הטרדות מקוונות, נזק לעסקים ובריונות במקום העבודה ובבתי ספר. שתיים מחברות הקהילה נרצחו על ידי בני זוגן. ארגון זכויות אדם בדרום קוריאה דיווח בנובמבר 2020 על 86,451 מקרים של בריונות רשת כלפי חברי הקהילה.
חופש המידע.
על פי אמנסטי אינטרנשיונל, ממשלת הרפובליקה העממית של סין הפעילה צנזורה על מאמרים רבים הקשורים לנגיף הקורונה בסין. נציג הארגון אמר כי "הרשויות הסיניות מונעות פרסום מידע שעשוי לסייע לקהילה הרפואית להתמודד עם הנגיף ולעזור לאנשים להגן על עצמם מפניו".
מעצרים שרירותיים.
פעילים שהפיצו מידע אודות מצב מגפת הקורונה ברפובליקה העממית של סין קיבלו איומים והוטרדו.
בדו"ח של ארגון Freedom House נמצא כי בכ-60 מדינות היו עדויות לאלימות משטרתית נגד אזרחים ו הקשורים למגפת הקורונה. לדוגמה, בקניה הוכו ורוססו בגז אנשים בדרכם הביתה מהעבודה, בטענה שהפרו כביכול את תנאי ההסגר שנקבעו במדינה. בזימבבואה הממשלה אסרה על פעולות מחאה, ועצרה באלימות פעילי אופוזיציה. במדינות רבות, בהן ארצות הברית, מקסיקו, קנדה, קוראסאו וטרינידד וטובגו, נעצרו פליטים ומבקשי מקלט במהלך מגפת הקורונה במדינות אלה, והושמו במתקני כליאה.
חופש התנועה.
חופש התנועה הוגבל ברוב מדינות העולם, שאסרו על אזרחיהן לצאת מהמדינה, ובמקרים רבים אף הגבילו את חזרתם למדינה. באוסטרליה, למשל, אזרחים ששבו מווהאן בפברואר 2020 נעצרו והובלו לבית מעצר באי חג המולד. מאוחר יותר סגרה ממשלת אוסטרליה גם את הגבולות הפנימיים במדינה, צעד שהוגדר על ידי ארגון Human Rights Watch כ"גורם למצוקה קשה מנשוא למשפחות".
בארגנטינה הוטל מצב חירום המגביל את זכויות היסוד החוקתיות, בהן חופש אישי, חופש התנועה וחופש ההתכנסות במרחב הציבורי. עם התפרצות מגפת הקורונה בארגנטינה יצא בית המשפט העליון לחופשה ללא הגבלת זמן.
בישראל הוגבלו בינואר 2021 מספר הנכנסים לישראל מדי יום בנמל התעופה בן-גוריון, וכן הוגבלה היציאה מישראל למי שאינו מחוסן. בג"ץ קבע כי ההגבלות פוגעות ב"ליבת הזכות החוקתית לכניסה לישראל וליציאה ממנה ובזכויות נוספות המצויות בליבת מרקם החיים הדמוקרטיים". כמו כן נכתב בפסק הדין כי זכות התנועה היא "זכות על, בעלת עוצמה ומעמד מיוחד בין הזכויות". במיוחד קשה הפגיעה בזכותו של אזרח או תושב קבע לשוב לארצו, ששעריה אמורים להיות פתוחים בפניו בכל עת. זכות זו נמצאת ביסוד האמנה החברתית בין האזרחים לבין מדינתם, והיא חיונית לאמון שלהם בה. כמו כן נכתב כי הפגיעה בחופש התנועה גורמת לפגיעה בזכויות נוספות, בהן חופש העיסוק, הזכות לחיי משפחה, הזכות לחינוך והזכות להשתתף בבחירות.
בשטחי הרשות הפלסטינית ב- 22 במרץ 2021 הודיע ראש ממשלת הרשות הפלסטינית מוחמד אשתייה בשידור חי בטלוויזיה הפלסטינית כי החל מהשעה 22:00 בערב יוטל עוצר כללי ברשות, היציאה מותרת רק לבתי מרקחת, מכולת ולטיפולים רפואיים דחופים. הצוותים הרפואיים, עובדי בתי מרקחת, עובדי מרכולים ועובדים במאפיות הוחרגו מהעוצר. ב-23 במרץ, הרשות הפלסטינית החליטה להעניק חנינה לאסירים פליליים מסוימים, שריצו מחצית עונשם בבתי הכלא, כצעד להגנה על שלומם מפני נגיף הקורונה.
חופש ההתאגדות.
מגבלות ההסגר במדינות רבות הגבילו את חופש ההתאגדות, בכך שנאסרה כל התקהלות, או לחלופין הוטלו מגבלות על כמות האנשים שיכולים להיפגש בכל כינוס.
חופש דת.
מגבלות ההסגר במדינות רבות הגבילו את חופש הדת, בכך שנאסרה התקהלות בבתי התפילה, או הוטלה מגבלה על כמות האנשים שיכולים להיפגש בכל טקס דתי.
מצד שני, היו הקלות בחופש הדת של המוסלמים באירופה. מספר מדינות התירו את קריאת המואזין מהמסגדים בתקופת הרמדאן. כמו כן, מספר מדינות, בהן אוסטריה, פולין וצרפת, התירו לבישת מסכת פנים, שהייתה אסורה לפני כן במסגרת התקנות בנושא הניקאב.
בישראל נאסרו תפילות בבתי תפילה, לבני כל הדתות, וכן נאסר על לימוד תורה בקבוצות בישיבות ובתי מדרש.
הזכות לפרטיות.
במדינות רבות הממשלה ערכה מעקב המונים אחר אזרחי המדינה, מתוך מטרה לאתר מוקדים להתפשטות המחלה ונשאיה. בסין הותקנו מצלמות מעקב בדלת ביתם של תושבים בהסגר כדי להבטיח שהם לא יצאו מביתם. בהונג קונג, אצל חלק מהתושבים בהסגר הותקן אזיק אלקטרוני המתריע בפני הרשויות אם האדם יוצא מביתו. באזורים מסוימים של הודו הוטבע תאריך סיום ההסגר על ידיהם של תושבים בהסגר באמצעות דיו מיוחד.
במאי 2020 הודיע ארגון Human Rights Watch כי יישומי מעקב באמצעות טלפון סלולרי מהווים סיכון לזכויות האדם, ועלול להוות איום על הזכות לפרטיות של המשתמשים. ביולי, ועדת זכויות האדם של איגוד מדינות דרום-מזרח אסיה פרסמה מכתב גלוי לממשלת אינדונזיה בה היא מבקשת לשמור על פרטיות הנתונים של תושבי המדינה הנמצאים במעקב עקב המגפה.
בישראל, במרץ 2020 אישרה ועדת המשנה למודיעין ולשירותים החשאיים בכנסת את השימוש בכלי מעקב של השב"כ כדי לאתר מסלולי תנועה של חולים מאומתים. בעקבות עתירה של האגודה לזכויות האזרח פסק בג"ץ שהשימוש בכלים אלה ללא חקיקה מתאימה מהווה פגיעה בעקרונות הגנת הפרטיות, והמעקב הופסק ביוני 2020.