בית המשפט קבע שההבחנה בדין המקנה פטור מטעמי מצפון לנשים דתיות אך לא לגברים דתיים אינה מהווה אפליה, כיוון שיש שוני רלוונטי בין גברים לנשים המצדיק יחס שונה. בית המשפט נימק קביעה זו בכך שאפליה היא דבר פסול רק במקרה בו אין הצדקה למתן יחס שונה לאנשים או האוכלוסיות השונות. לעומת זאת, במקרים בהם קיים הבדל מהותי המצדיק מתן יחס שונה לאדם או קבוצה אין ביחס השונה משום אפליה פסולה שיש למנוע אותה. אם האפליה בין הגבר לאישה לא נובעת מהזהות המגדרית בלבד אלא היא כתוצאה מההבדלים הקיימים בין גבר לאישה המצדיקים בנסיבות המקרה מתן יחס שונה ניתן ולעיתים אפילו נדרש לאפשר הבחנה בין המינים. השופטים סברו פה אחד שלעניין חובת הגיוס לצבא ההבדלים הקיימים בין גברים לנשים, כגון היכולת לשמש בכל תפקידי החייל או תפקידה של האישה בקרב ביתה, מצדיקים מתן יחס שונה בהטלת חובת הגיוס. השופטים ציינו דוגמאות נוספות הקיימות בחוק להקלות לנשים כתוצאה מהמאפיינים השונים הקיימים בין גברים לנשים. אישה נשואה תהיה פטורה משירות צבאי בניגוד לגבר נשוי, ואישה תסיים את חובת השירות הצבאי בגיל שלושים וארבע לעומת הגבר שישתחרר מחובה זו רק בגיל ארבעים ותשע. כמו ההקלות האחרות שראוי היה להבחין בהן בין הגבר לאישה לנוכח ההבדלים הקיימים בניהם כך שהנסיבות השונות הקיימות בהטלת חובת גיוס על אישה דתייה לעומת גבר דתי מצדיקות את ההבחנה של המחוקק בקביעת חובת הגיוס השונה.
בית המשפט הוסיף וקבע שאין צורך לדון בעתירה זו בשאלה אם חוק שירות הביטחון מטיל חובה הסותרת את כללי המשפט הבינלאומי, כיוון שבמקום שבו לשון החוק ברורה ולא ניתן לפרש אותה באופן שעולה בקנה אחד עם המשפט הבין לאומי, החוק גובר על המשפט הבין לאומי. לאור זאת גם אם החוק אכן סותר את כללי המשפט הבינלאומי בית המשפט יפסוק לפי חוקי המדינה ולא לפי המשפט הבינלאומי. השופטים קבעו שאמנם יש לפרש את החוק באופן שלא יעמוד בסתירה לכללי המשפט הבינלאומי, מתוך הנחה שהמחוקק מעוניין לעמוד בכללים אלו, אך מדובר בקביעה לאופן פרשנות לשון החוק ולא במערכת כללים המחייבת את המחוקק. לכן במקרה שלשון החוק ברורה ולא ניתן לפרש את החוק באופן זה יגבר החוק על כללי המשפט הבינלאומי. המשפט הבינלאומי עוסק בהתחייבות של מדינות כלפי מדינות אחרות ולא עוסק בקביעת החוקים הפנים מדינתיים. במידה ומדינה בחרה לחוקק בניגוד לכללי המשפט הבינלאומי תהיה אמנם למדינות אחרות יכולת לטעון כנגד אותה מדינה, אך המשפט הבינלאומי לא מחליף את המשפט המדינתי והוא לא מקנה לאזרח טענה כלשהי כלפי המדינה שכן היא לא התחייבה כלפיו מעולם לפעול באופן אחר. טעם נוסף לקביעת עדיפות החוק על פני כללי המשפט הבינלאומי שניתן על ידי השופטים נובע מכך שבית המשפט שואב את כוחו מכוח הסמכות שהקנתה לו המדינה ולא מכוח סמכותו של גורם בינלאומי. על כן בית המשפט נדרש לפסוק לפי כללי המדינה ולא לפי כללי המשפט הבינלאומי.
בעניין העתירה אודות חומרת העונש בית המשפט קבע שניתן להקל בעונש של סרבני מצפון, כיוון שסרבנותם נובעת מתפיסת עולם ערכית, כאשר סרבנותם נובעת מהתנגדות לשירות הצבאי עצמו, אך לא כאשר סרבנות הגיוס נובעת משלילת סמכותה של המדינה וחוקיה. חיים שטינברג לא החזיק באמונה דתית השוללת דווקא את השירות בצבא ורק מחובת הגיוס בכפייה הוא ביקש לקבל פטור. הוא האמין בתפיסה ערכית שכלל לא מכירה בסמכותה של המדינה ובחוקיה. אמנם במקרה הנידון הדבר בא לידי ביטוי בחובת הגיוס בלבד, אך שטיינברג האמין בסרבנות מצפונית לכלל חוקי המדינה. בית המשפט קבע שתפיסה ערכית זו היא תפיסה שאין להכיר בה על אף שהיא נובעת ממצפונו של האדם לאור השקפתו הדתית.
בעקבות פסק הדין.
פטור על רקע דתי לנשים.
הפטור מגיוס שניתן לבנות דתיות עבר מספר שינויים במהלך השנים. השינויים היו באופן אישור הפטור ולא על עצם קיומו. בשנת 1952 כתוצאה מהחשש שנשים שאינן דתיות קיבלו פטור על סמך הצהרה כוזבת תוקן החוק כך שהפטור יינתן על ידי וועדה שתקבע האם המועמדת לשרות ביטחון לא יכולה לשרת מטעמי הווי משפחתי דתי ולא ניתן היה לקבל הפטור על סמך הצהרה בלבד. בעקבות זאת נידונו בבג"ץ מספר עתירות במקרים בהם חויבו נשים לשרת למרות שהצהירו שהן דתיות. בשנות השבעים שונה החוק כתוצאה מדרישת המפלגות הדתיות כך שהפטור לא יינתן לפי שיקול דעתה של וועדה אלא יינתן לכל אישה המצהירה בפני דיין או שופט שהיא מקיימת שלושה תנאים אלו: היא שומרת על כשרות, לא נוסעת בשבת ושטעמים שבהכרה דתית מונעים ממנה לשרת בצבא.
פטור על רקע דתי לגברים.
הפסיקה והחקיקה לא השתנו במהלך השנים וככלל גבר לא זכאי לפטור מגיוס על רקע סרבנות מצפון דתית בדומה לאישה. האפשרות לקבל פטור על רקע סרבנות מצפון לגבר אפשרית רק לפי סעיף החוק המקנה לשר הביטחון סמכות לפטור מועמד לשירות מחובת הגיוס. לצורך כך הוקמה ועדה מייעצת לשר הביטחון בענייני פטור משירות. למרות זאת, בפועל הגיוס לצבא בקרב האוכלוסייה החרדית אינו נפוץ ולא מונהגת מדיניות של גיוס חובה בקרב הציבור החרדי, נוכח עילת פטור אחרת המאפשרת לגבר דתי שמצהיר ש"תורתו אומנותו" לדחות את שירותו הצבאי עד לקבלת פטור מלא עם הגיעו לגיל הפטור מגיוס. הפטור מגיוס שניתן לבני הישיבות נבע מתוך הכרה של המדינה בחשיבות שימור לימוד התורה והוא אינו נובע מהכרה בסרבנות מצפון על רקע דתי. הפטור מותנה בכך שבעליו עוסק בלימוד תורה. קהילת נטורי קרתא וקבוצות המחזיקות בדעות הדומות לה שאינם מכירים כלל בחובת הציות לחוקי המדינה ומתנגדים אף לעצם קיומה מבקשים להימנע מחובת הגיוס ללא הצהרה שתורתם אומנותם, ואף מסרבים לשתף פעולה עם רשויות המדינה בעצם תהליך ההצהרה. לאור זאת במהלך השנים נדרשו רשויות המדינה לבצע פעולות אכיפה וענישה כלפי סרבני גיוס השייכים לקבוצות חרדיות אלו, שחובת הגיוס חלה גם עליהן.
שוויון מהותי ושוויון פורמלי.
קביעתו של בית המשפט שאפליה היא הבחנה בין פרטים שווים אך כאשר יש שוני בין הפרטים שהוא רלוונטי לסיבת ההבחנה אין בביצוע ההבחנה אפליה פסולה, התקבלה כהלכה במשפט הישראלי. בית המשפט העדיף את השוויון המהותי על פני השוויון במשמעותו הפורמלית בלבד. פרשנות זו של השוויון מקובלת בשיטות משפט מערביות רבות והוגדרה כך לראשונה על ידי אריסטו בהרצאותיו על אתיקה.
עד שנות התשעים של המאה העשרים מומש עיקרון זה באופן גורף במגוון נושאים וכמעט בכל פסק דין העוסק בנושא השוויון. כך לדוגמה פסק בג"ץ שההבחנה בין זכאי חוק ביטוח בריאות וזכאי משרד הביטחון בהיקף אביזרי השיקום אינה אפליה פסולה. וכך גם בקביעתו שקיצוץ קצבה לנכים מתאונות עבודה אינה אפליה אף על פי שקצבתם של נכים אחרים לא קוצצה. קביעה זו אף באה לידי ביטוי בפסקי דין בטענות אפליה באכיפה של רשויות השלטון, כגון אכיפה אל מול עבירות בנייה. בפסקי דין אלו נקבע שאדם לא יכול לטעון שהרשות השלטונית מפלה על סמך העובדה שהיחס שאותו אדם קיבל שונה מהיחס שקיבל אדם אחר. על מנת לטעון שקיימת אפליה יש להראות שאין סיבה המצדיקה את ההבחנה שעושה הרשות בין האנשים השונים.
בשנות השמונים החלו להופיע בפסיקה, בעיקר בדעת מיעוט, גישות שונות בפרשנות השוויון. כך פרש השופט שמגר בפס"ד בדבר חלוקה שונה של מכסות זמן ברדיו ובטלוויזיה למפלגות השונות שהדבר לא עומד בהוראות החוק הדורשות "בחירות שוות", אף על פי שניתנה הצדקה להבחנה שבוצעה בין המפלגות. דעת הרוב קבעה שאין כאן פגיעה בשוויון לאור העקרון המאפשר להבחין בין שאינם שווים.בשנת 1994 חל שינוי משמעותי בפרשנות שנתן בית המשפט לערך השוויון. שינוי זה התרחש בפסק הדין בעתירתה של אליס מילר. עתירה זו הוגשה כנגד החלטת הצבא שלא לאפשר לנשים להתמיין לקורס טיס. בית המשפט קבע בדעת הרוב שהאפשרות לבצע הבחנה בטענה שקיימת הצדקה לאותה הבחנה איננה מוחלטת והיא כפופה לעקרון המידתיות. שופטי הרוב, השופטים מצא, שטרסברג כהן ודורנר, קבעו שלא ניתן לבטל את השוויון הפורמלי לחלוטין, בקלות ובעקבות ההצדקה הקלה ביותר. לדבריהם, אף על פי שההבדלים בין גברים לנשים אכן רלוונטיים להכשרתם כטייסים, כגון במשך שירות המילואים שמבצעים גברים לעומת נשים, אין בשוני זה הצדקה מספקת בשביל להתיר הבחנה זו.
מעבר להכפפת השוויון המהותי לעקרון המידתיות העבירה השופטת דורנר ביקורת על השימוש הגורף והמוחלט בהלכה שנקבעה בפס"ד שטיינברג. לטענתה, הקביעה שלא תתקיים אפליה במקרה בו השוני מצדיק את ההבחנה מבלי לקבוע מהם המדדים לכך שהשוני אכן מוצדק ולא פסול הופכת את הדבר לחסר משמעות. אותם סטראוטיפים שעקרון השוויון בדיוק מבקש להימנע מהם יובילו להצדקה של אותה אפליה. דוגמה לכך לפי דבריה של השופטת דורנר היא האפליה שהייתה כלפי נשים בגיוס לצבא האמריקאי. אפליה זו הוצדקה על ידי סטראוטיפים שאינם מקובלים היום כלפי נשים אך הם היו המקור שהצדיק את האפליה. לאור זאת ביקשה השופטת דורנר לקבוע מבחן נוסף לבחינת הפגיעה בערך השוויון. לדבריה גם במקרה שקיים שוני אמיתי בין פרטים יש לבחון האם עצם ההבחנה ביניהם לא פוגעת בכבודו של האדם המופלה וכתוצאה מכך נפגע גם ערך השוויון. בדעת המיעוט סברו השופטים קדמי וטל שעל פי העיקרון שנקבע בפס"ד שטיינברג, נוכח השוני בין גברים לנשים רשאי הצבא לגייס לקורס טיס גברים בלבד ואין בכך אפליה פסולה.