בשנות התקופה הוקמו בקרב היישוב מספר מוסדות שלטון פנימי; כמו ועדי מושבות, שעד לימי האפוטרופסות עסקו בחינוך, שמירה, עזרה סוציאלית, דת, משפט, יחסים עם השלטון ורישום קרקעות.
כמו כן, נוסדו מספר ארגוני פועלים ובעלי מלאכה, למשל בענף היין: "כרמל מזרחי", "אגודת הכורמים" ו"אגודת החרש והמסגר" בירושלים על ידי שמונה מחברי ביל"ו.
בשלהי התקופה הוקמו מוסדות ציוניים פיננסיים, כמו בנק אפ"ק וקק"ל ב-1901.
בשנת 1903 נערכה "הכנסייה" בזכרון יעקב, ביוזמת "הוועד האודסאי" בראשות מנחם אוסישקין, והיישוב בראשות הרופא ד"ר הלל יפה, שבה ניתן ייצוג לארגונים שהוקמו על ידי אנשי העלייה הראשונה.
העלייה מתימן.
גל העלייה מתימן נקרא בפי העולים: עליית אעלה בתמר, משויך לשנות העלייה הראשונה, וכלל כ-5,000 נפש.
יהודי תימן היו בעלי אמונה דתית עמוקה, וחשו ערגה רבה לארץ ישראל ולירושלים. לגורם מרכזי זה הצטרפו גורמים נוספים שהשפיעו על עיתוי עלייתם. בין השאר שמועות שהגיעו לתימן אודות רכישת אדמות עבור יהודים בארץ ישראל, בעקבות פעולותיו של לורנס אוליפנט שקיבל זיכיון להתיישבות יהודית בגלעד.
ראשוני עולי תימן הגיעו לארץ ישראל בערב ראש השנה תרמ"ב. הם יצאו בקיץ תרמ"א 1881 מתימן במסעם והגיעו עד לבומביי שבהודו ולבצרה שבעיראק, ומשם לאלכסנדריה שבמצרים בדרך ליפו.
המפגש בין עולי תימן בראשית התקופה לבין היישוב הישן התאפיין בתחושות קשות. חלק מאנשי היישוב הישן גילו כלפיהם ניכור חשדנות, ולעיתים אף עוינות. על פי ההיסטוריון יוסף טובי, הממסד הדתי של הקהילות הספרדיות והאשכנזיות התייחס בביטול ובשלילה מוחלטת למנהגיהם ולמסורותיהם ויש אף שהטילו ספק ביהדותם. ככלל הייתה שאלה לאיזה קהילה לשייכם, ולבסוף "סופחו" לעדה הספרדית, אך היוו למעשה עדה נפרדת. בשנת 1908 כבר היוו קהילה עצמאית בראשות הרבנים הרב שלום עראקי הכהן, הרב שלום אלשיך הלוי והרב אברהם אלנדאף.
לאחר עלייתם לארץ, סבלו עולי תימן במשך השנים משני קשיים עיקריים: דיור ופרנסה.
חלק מעולי תימן הגיעו לירושלים; אבל העדה הספרדית שם לא סייעה להם כנדרש, מפני שגם לעדה הספרדית היה קשה מבחינה כלכלית. היו גם כאלה מתושבי ירושלים שפקפקו ביהדותם של עולים אלו. יהודי תימן נתקלו שם גם בבעיית דיור (בעיה שהייתה קיימת בירושלים לגבי רוב היהודים שם). הם נאלצו לגור במערות סביב ירושלים ובפחונים, בסביבות כפר התימנים בשילוח. איש היישוב הישן החסידי, ר' ישראל דב פרומקין, עורך העיתון 'חבצלת' ארגן קרן 'להצלת נדחי ישראל' על מנת לסייע להם להקים משכני קבע.
הקשיים הרבים גרמו ליהודי תימן להסתגר בתוך עצמם ולעשות למען קהילתם בלבד. דבר זה בא לידי ביטוי בשכונות שהתבססו על טהרת יהודי תימן, יישובים שהוקמו ליהודים תימנים בלבד כגון כפר מרמורק, מוסדות חינוך לעולי תימן בלבד, קופות צדקה של יהודי תימן ועוד.
ביישוב היהודי בארץ ישראל היה דימויים של יהודים מתימן כ"פועלים טבעיים" הרגילים לעבודה פיזית ויודעים את עבודת האדמה; אך למעשה בחייהם בתימן לא עסקו בעבודה חקלאית. כשהגיעו לארץ, הועסקו בשכר נמוך, והחליפו את הפועלים הערבים. חלק מיהודי תימן השתקע בעיר יפו; אמנם גם חלק זה סבל מבעיית דיור וממחסור בפרנסה, אבל הם הצליחו לעיתים למצוא פרנסה בחקלאות במושבות יהודה והשרון.
העולים מתימן לא בחלו באף עבודה פיזית: הם עסקו בענף הבניין, בחקלאות, בצורפות ועוד.
התיישבות.
מספר ארגונים ניהלו יוזמות ומפעלי התיישבות בארץ ישראל בשנות התקופה, בהם: "הוועד המרכזי ליישוב ארץ ישראל וסוריה", יק"א ובשליחות הברון רוטשילד משנת 1900, ארגון כל ישראל חברים (כי"ח), אגודת הסתרים "בני משה" וארגון מנוחה ונחלה, שהקים בשנת 1890 את המושבה רחובות, וכן אורגנה התיישבות חקלאית על ידי משפחות בעלות הון: משפחת לרר שהתיישבה בוואדי חנין, לימים נס ציונה, ומשפחת פלמן שהתיישבה בכפר סומייל מצפון לעיר יפו.
רוב העולים התיישבו בערים. חלקם התפרנסו ממסחר ומלאכה.
בירושלים היה היישוב היהודי הגדול ומוסדות חינוך ותרבות שתרמו לחיזוק השכלה ותודעה לאומית. תושבי ירושלים קנו את קרקעות מלבס והקימו בהן את המושבה פתח תקווה בתרל"ח 1878. ההתיישבות התפוררה עקב קשיים וחודשה בראשית שנות השמונים כחלק מהתיישבות העלייה הראשונה. בשנות התקופה הוקמו שכונות מחוץ לחומה של אנשי היישוב הישן. ההתיישבות במושבות הייתה שנויה במחלוקת, כפי שהתברר בפגישת אליהו שייד עם רבה האשכנזי הראשי של ירושלים הרב שמואל סלנט.
העיר יפו התפתחה מבחינה דמוגרפית וכעיר נמל. קהילת יהודי יפו גדלה ושגשגה בשנות התקופה, והפכה לראשונה למתחרתה של הקהילה היהודית בירושלים, בכלכלה ומסחר ואף בתרבות וחינוך. מצפון ליפו הוקמו השכונות נווה צדק ונווה שלום בשנות התקופה. בכפר הערבי סומייל מצפון ליפו התיישבה משפחת פלמן, שרכשה קרקעות רבות בסמוך לכפר עד נווה צדק ונטעה פרדסים.
העולים ייסדו יישובים חקלאיים חדשים - המושבות. התיישבות זאת הייתה בסיס כלכלי וחוקי להתיישבות הציונית שהתפתחה לאחר מכן, בתקופות העלייה השנייה, השלישית ולאחריהן. היא הניחה מבחינות רבות את היסוד להתחדשות הלאומית היהודית בארץ ישראל. ההיסטוריון שמואל אביצור קבע:
המושבות החדשות.
אנשי העלייה הראשונה הקימו 32 מושבות וחוות חקלאיות, (28 קיימות בשטח מדינת ישראל עד היום, 4 נוספות הוקמו על אדמה שנרכשה באזור חורן, המושבות ננטשו ונבזזו ב-1898 והאדמות הופקעו על ידי סוריה בין 1944 ל-1948 בטענה שמדובר באדמות וואקף שאינן ניתנות למכירה), שבהן התפרנסו מעמל כפיהם ובעזרת תמיכת הברון רוטשילד כ-5,000 נפש.
המושבות שרטטו את הפריסה הגאוגרפית ואת התשתית הכלכלית והתרבותית שהעלייה בנתה עבור מדינת ישראל.
פתח תקווה הקרויה "אם המושבות" הוקמה בקיץ תרל"ח (1878) על ידי אנשי היישוב הישן מירושלים ועולים מהונגריה; אך בשל קשיים רבים היא נעזבה. בשנת 1883 היא הוקמה מחדש על ידי אנשי העלייה הראשונה.
המושבה הראשונה שהקימו אנשי העלייה הראשונה היא ראשון לציון, בט"ו באב תרמ"ב (31 ביולי 1882), ביוזמתו של "ועד חלוצי יסוד המעלה".
זכרון יעקב הוקמה ביום 6 בדצמבר 1882, נר ראשון חנוכה תרמ"ג, על ידי מתיישבים בשליחות וועד המרכזי. חבורת המתיישבים באה מרומניה (יחד עם המתיישבים של ראש פינה), ביניהם משפחות מגאלאץ.
ראש פינה, נוסדה ב-12 בדצמבר 1882 (ב' בטבת תרמ"ג), על ידי מתיישבי חבורה יישוב ארץ-ישראל על ידי עבודת אדמה ממוינשט שברומניה. באותה שנה הוקמו גם נס ציונה, יסוד המעלה ועקרון (היא מזכרת-בתיה); האחרונה הוקמה ביוזמתו ובמימונו של הברון רוטשילד.
אחרונה למושבות הגל הראשון, הייתה גדרה שהוקמה בנר ראשון של חנוכה ב-1884 על ידי הביל"ויים.
לאחר מכן הוקמו המושבות רחובות, חדרה, בת שלמה, מאיר שפיה, באר טוביה, הר-טוב, מטולה.
באמצעות יק"א (שגם אותה הנהיג ומימן למעשה הברון רוטשילד) הוקמו המושבות: סג'רה, כפר תבור, יבנאל, מנחמיה, גבעת עדה, עתלית ומשמר הירדן.
הסיוע של הברון רוטשילד.
מושבות העלייה הראשונה כמו זכרון יעקב, ראשון לציון, יסוד המעלה ועוד, עמדו בפני קריסה כלכלית, כל זאת מפני שלמתיישבים לא היה ידע מספק בענף החקלאות והם התקשו להסתגל לעבודה פיזית בתנאי האקלים החדשים.
בשנת 1882 פנו מנהל בית הספר מקוה ישראל קרל נטר, הרב שמואל מוהליבר ויוסף פיינברג אל הברון אדמונד ג'יימס דה רוטשילד (המכונה גם "הנדיב הידוע" ו"אבי היישוב") בבקשה להעניק סיוע כלכלי למושבות החדשות. בהמלצת אברהם מויאל, נציגה של משפחת רוטשילד בארץ ישראל, שהמליץ לברון ולחברת אליאנס לבוא לעזרתם, הברון נעתר, אף שהציב מספר תנאים: העברת הרכוש לאפוטרופסותו: ציות לכל הוראותיו והסתרת זהותו מידיעת הציבור. לשם מילוי התנאים הקים מנהלת פקידים אשר ניהלו המושבות.
תחילה סייע הברון רוטשילד לראשון לציון, ואחר-כך גם לראש-פינה ולזכרון-יעקב. המושבה היחידה שנוהלה על ידי הוועד הנבחר הייתה ראש פינה, עד אשר פרצו בה מחלוקות, כשנה מאוחר יותר פנתה להצבת פקיד לניהול המושבה. ובדומה אירע במושבות אחרות.
תרומתו של הברון רוטשילד הייתה עצומה; וכללה בין השאר, הקמת יקבים ומפעלים שונים ותרומה ישירה של 40 מיליון פרנק צרפתי. אך רבים טענו כי ההקצבה החודשית לאיכרים ושיטת האפוטרופסות שהנהיג, איפשרה לפקידים להטיל את מרותם על המתיישבים והובילה ליחסים עכורים ביניהם.
אבל שיטת התמיכה יצרה מספר בעיות: השכר היה לנפש ולא לתפוקה, והאיכר היה למעשה שכיר ולא הייתה לכאורה תמורה ליעילותו הכלכלית. בחלק מהמושבות נשארו האיכרים עצמאיים (למשל, ברחובות, שם התנגדו צעירי המושבה בהנהגתו של משה סמילנסקי לפעילות פקידיו של הברון) אך אנשי מושבות הנדיב הידוע נזקקו לחסות הנדונה; השמירה והעבודה עברו לידיים ערביות; רוב הפקידים נהגו בסובלנות, הם חיו כפי שנהגו בארצות-המוצא. אך מבחינת האיכרים הייתה זו ראוותנות והתנשאות ולעיתים גם יחס מזלזל. בנוסף, התרבות הצרפתית שפשתה במושבות, פגעה בהתפתחות התרבות העברית. הפקידים הביאו לארץ שיטות מתקדמות של ארגון וכלכלה אך למרות מומחיותם המושבות נשארו קטנות ולא רווחיות; התלות בתרומות הברון גרמה לכך שהשלטון בפועל במושבות עבר לידי הברון; רוטשילד עצמו אחראי לשיטת האפוטרופסות הבעייתית, אך הוא פעל ממניעים ציונים ותפיסותיו היו שונות משל האיכרים.
למרות הבעיות פעילותו של הברון הצילה למעשה את המושבות מקריסה, ותרמה לפיתוח ההתיישבות בארץ מבחינות רבות: