הקמת היישוב בפועל החלה בשנת 1982, היישוב שווק לאנשי קבע במחיר מסובסד, שחלק מעלות הקמתו ממונה בידי משרד הבינוי והשיכון. עד קיץ 1983 הוקמו כ-280 יחידות דיור, מתוך 500 שתוכננו בשלב הראשון. אולם רק 170 יחידות נמכרו לאנשי קבע והוחלט להתחיל לשווק אותו גם לציבור הרחב. אכלוס היישוב החל בסוף 1983. במאי 1984 פרסם מבקר המדינה יצחק טוניק דו"ח ביקורת על הקמת היישוב, בו חשף כי משרד הבינוי והשיכון סיפק לחברת "צוותא" מימון של כחצי מיליארד שקל ישן, מעבר לתוכנית המקורית. בקיץ 1984 פרץ סכסוך בין המתיישבים הראשונים וחברת "צוותא", על רקע אי השלמת הקמת התשתיות, השטחים הציבוריים ומבני ציבור ביישוב, בניגוד להבטחות שנתנה עם מכירת הבתים. המבנים ביישוב עוד לא חוברו לקוי טלפון ולא הושלמה סלילת הרחובות והמדרכות. עם זאת נערך טקס הנחת אבן פינה לשלב ב' של היישוב בנוכחות שר השיכון דוד לוי.
ראש המועצה הראשון היה שלמה קטן.
בשנים הראשונות היו היחסים עם התושבים הערבים בכפרים הסמוכים ובעיר קלקליה טובים באופן יחסי. רבים מהם הועסקו בבנייה ביישוב. אך בקיץ 1985 אירעו מספר תקריות של ירי וידוי אבנים על כלי רכב שנסעו בכביש המוביל ליישוב, בעיקר מכיוון הכפר חבלה. עם זאת בט"ו בשבט 1986 נערך טקס נטיעות עם תושבי הכפרים חבלה, עזון, ראס א-טירה וראס עטייה. ראש עיריית קלקיליה, עבד אבו סנאנה, אף נטע עץ באירוע.
בזמן האינתיפאדה הראשונה.
בתקופת האינתיפאדה הראשונה סבל היישוב משורה של פיגועי טרור.
ב-11 באפריל 1987 אירע רצח עופרה וטל מוזס תושב קלקיליה השליך בקבוק תבערה לעבר מכונית בה נסעה משפחת מוזס בדרכה ליישוב, סמוך לכפר חבלה. בפיגוע נרצחו אם המשפחה עופרה מוזס, והילד טל מוזס שמת מפצעיו לאחר שלושה חודשים.
ב-6 באוגוסט 1987 בני זוג נפצעו בינוני מבקבוק תבערה שהושלך לעבר מכוניתם בדרך ליישוב.
ב-8 בנובמבר 1988 נפצעה קשה תושבת היישוב מאבן שנזרקה לעבר מכוניתה.
ב-8 בפברואר 1989 נשרף למוות ברכבו תושב היישוב אלברט ג'רסי. דיווחים ראשונים מסרו שאבן ובקבוק תבערה הושלכו לעבר רכבו. עם זאת, בדיקות ממושכות שערכו חוקרי המעבדה לזיהוי פלילי של המשטרה וזרועות הביטחון הבהירו מעל לכל צל של ספק, כי לא היה מדובר בבקבוק תבערה. תשעה חודשים אחר כך הוכר כנפגע פעולת איבה, למרות שהמשטרה סברה שייתכן ונהרג כתוצאה מתאונה.
בעקבות האינתיפאדה הראשונה המשך פיתוח היישוב נעצר. לאחר שהושלם שלב א' ונבנו 500 יחידות דיור, ביקשה חברת "צוותא" להתחיל בהקמת שלב ב' ולבנות עוד 500 אך יחידות דיור, אך הביקוש היה נמוך והבנייה נפסקה למספר שנים.
בשנות ה-90.
בעקבות גלי העלייה מברית המועצות לשעבר בשנות ה-90 והמחסור בדיור, הוחלט לחדש את הבנייה ביישוב ולהקים 1,500 יחידות דיור ביישוב. התוכנית גם השתלבה בתוכנית יישובי הכוכבים שיזם אריאל שרון, שר הבינוי והשיכון. אך לאחר עליית ממשלת רבין השנייה, ביולי 1992, הוקפאה הבנייה. לאחר עליית ממשלת נתניהו הראשונה, בלחץ תנועות הימין, אישור משרד הביטחון את חידוש הבנייה ביישוב.
בשנת 1998 הוציא מינהל מקרקעי ישראל מכרז להקמת שכונה חדשה ביישוב "גבעת טל", הנמצאת בדרום היישוב ונקראת על שמו של טל מוזס, תושב המקום, שנרצח ביולי 1987 בפיגוע. בארבע המכרזים הראשונים ל-300 דירות, זכו ארבעה קבלנים שונים. אחרי תחילת הבנייה, כשפרצה האינתיפאדה השנייה, בוטלו כל ההתקשרויות עם רוכשים פוטנציאליים, הבנקים עצרו את המימון וגם פועלים סירבו לעבוד במקום. אחר כך פרצה מחלוקת עם משרד השיכון שדרש מהקבלנים לשלם 9 מיליון שקל, חלקם בהוצאות הפיתוח בשכונה, תשלום שמועד פרעונו הגיע על-פי לוח הזמנים בחוזה שנחתם איתם. עקב כך בניית השכונה נפסקה.
האינתיפאדה השנייה והקמת גדר ההפרדה.
בתקופת האינתיפאדה השנייה שוב סבל היישוב משורה של פיגועי טרור בסביבתו. ב-22 במאי 2001 ירה תושב היישוב למוות בפלסטיני שפרץ לביתו. ב-5 באוגוסט 2001 נהרגה תחיה בלומברג, אם לחמישה שהייתה בחודש השמיני להריונה, בפיגוע ירי ליד אלפי מנשה. בעלה ובתם הבכורה נפצעו קשה וטרמפיסט שנסע עמם נפצע בינוני.
בעקבות האינתיפאדה, החלה מדינת ישראל בהקמתה של גדר הפרדה, שתחצוץ בין השטחים שבהם מתגוררים הפלסטינים ביהודה ושומרון ובין השטחים הישראלים. באזור אלפי מנשה, קביעת תוואי הגדר היה מסובך, מאחר שההתנחלות והיישובים הפלסטינים קרובים ואין רצף טריטוריאלי לשום צד. ב-19 ביוני 2002, הודיע ראש הממשלה, אריאל שרון הודיע כי גדר ההפרדה תוקם מזרחית לאלפי מנשה. זאת לאחר שתושבים מהישוב הביעו בפני שרון חשש שהגדר תוקם מערבית ליישוב, כך שלמעשה, הם יישארו "מבודדים" מעבר לקו הירוק. תוואי הגדר הפך את העיר קלקיליה וכפרים סביבה למובלעת עם יציאה אחת מזרחה.
בשנת 2003 החלה הקמתה של גדר הפרדה, כך שהיא מקיפה את אלפי מנשה, את כביש הגישה וכביש 55. עם זאת בתוך מתחם הגדר של היישוב נכללו היישובים הפלסטינים ערב א-רמאדין, ערב אבו פארדה, ואדי א-ראשה, מעארת א-דבה וראס א-טירה. גדר ההפרדה יצרה מובלעת שגודלה כ-11,000 דונם (11 קמ"ר), כאשר החיבור של הכפרים לאזור נעשה באמצעות מעבר אליהו בקרבת הכניסה לקלקיליה ומעבר תת-קרקעי מתחת לכביש 55 המחבר בין קלקיליה לחבלה.
בשנת 2005 הודיעה המדינה כי תוקם גדר הפרדה בינם לבין העיר קלקיליה לאחר שבית הדין הבינלאומי לצדק בהאג פסק שבניית גדר ההפרדה, הכוללת אותם יחד עם אלפי מנשה, אינה חוקית, פנו הפלסטינים לקבלת סיוע משפטי מבג"ץ. לטענתם, במצב החדש יש לתושבי הכפרים במובלעת אלפי מנשה רק יציאה אחת מקלקיליה ומעברים עם פיקוח ביטחוני בשאר היציאות לשטחים החקלאיים מסביב לעיר. ב-15 בספטמבר 2005 ניתן פסק דין שקבע כי גדר ההפרדה במתכונתה הנוכחית תבוטל. בג"ץ פסק כי יש לקבוע לוח זמנים לביצוע ההחלטה.
בעקבות הפסיקה נעשו שינויים בתוואי המוצע של הגדר, אך הוגשו שתי עתירות נוספות על ידי המועצה המקומית אלפי מנשה, שביקשה לתקן את התוואי כך שיאפשר ליישוב להתרחב בעתיד, ומועצות חמישה כפרים פלסטינים, שביקשו לתקן את התוואי כך שיורחק מאדמותיהן ומבתיהן לכיוון הקו הירוק. בית המשפט קבע כי הפגיעה בעותרים הפלסטינים היא מידתית, דחה על הסף את העתירה של מועצת אלפי מנשה, וקיבל את התוואי שקבעה הממשלה.
במאי 2010 השלים משרד הביטחון את ביצוע הוראת בג"ץ מספטמבר 2005, לשנות את תוואי גדר ההפרדה באזור אלפי מנשה. עם ביטולו והזזתו של תוואי הגדר, שלושה כפרים פלסטיניים הוצאו מהמובלעת שיצרה גדר ההפרדה: ראס א-טירה, א-דבעה וואדי רשא. בעוד שניים אחרים נשארו בה, הכפרים הבדוויים ערב א-רמאדין וערב אבו פרדה. את הכפרים הקימו בתחילת שנות ה-50 פליטים בדווים שישראל גירשה מאזור באר שבע. הם קנו וחכרו אדמה מהכפר חבלה והתיישבו במקום. הכפרים צמודים לאלפי מנשה ומקבלים את אספקת המים שלהם ממנה.
המשך התפתחות היישוב.
לאחר בניית גדר ההפרדה חודשה הקמתה של שכונת "גבעת טל" בצידו הדרומי של היישוב. אכלוס השכונה החל בשנת 2007, חלק מרוכשי הבתים היו עולים מצרפת. חלק גדול מהבתים בשכונה בנתה חברת "צמח המרמן". בפברואר 2013 התגלה כי החברה בנתה ללא היתר בנייה 5 קומות נוספת (8 במקום 3 קומות) ויותר מ-20 דירות בפרויקט בנייה ב"גבעת טל", ולאחר אכלוס הדירות, אף ביקשה להכשירן ולקבל אישור לדירות נוספות. אך מועצת התכנון העליונה ב אישרה אותם בדיעבד.
בשנת 2001 יזמה מועצה מקומית אלפי מנשה את הקמתה של שכונת "נוף השרון" סמוך ליישוב נירית, הנמצאה במרחק אווירי של מעל 3 קילומטר ומרחק על הכביש של כ-15 קילומטר, מאלפי מנשה. נירית נמצאת מצידו המערבי של הקו הירוק, אך שכונת "נוף השרון" נבתנה מצידה המזרחי. בעקבות הסכמים שנחתמו בין היזמים לנירית, הוסכם שהשכונה תשתייך חוקית לאלפי מנשה, אך תתנהל כחלק מנירית ותקבל שירותים מוניציפליים ממועצה אזורית דרום השרון. תושבי נירית התנגדו להקמת השכונה ועתרו לבג"ץ. בפברואר 2005 דחה בג"ץ את העתירה נגד הקמת השכונה. באוקטובר 2013 עתרו תושבי נוף השרון לבית המשפט בבקשה להצביע בבחירות המקומיות של המועצה אזורית דרום השרון, בטענה כי קיימת זיקה בינם לבין המועצה המספקת להם שירותים מוניציפליים, בית המשפט קיבל את בקשתם.
באפריל 2013 בית המשפט המחוזי בתל אביב הורה להחזיר לפלסטינים 100 דונמים, הנמצאים בתוך תחום אלפי מנשה, לאחר שהוכח שהעסקה למכירת הקרקע זויפה. את האדמות
רכשה ב-2001 חברת "ג.ר.א", בבעלות אשת הנדל"ן רחל רהט, כביכול מפלסטיני מקלקיליה ששמו חסוי, תמורת 150 אלף דולר. אך התברר שמסמכי הבעלות בעסקה זויפו.
מקור שם היישוב.
מקור שם היישוב בפסוק מספר דברים: .
שכונות ביישוב.
אלפי מנשה מורכבת מ-7 שכונות (ע"פ סדר הבנייה):
מוסדות ביישוב.
באלפי מנשה גני ילדים, שני בתי ספר יסודיים וחטיבת ביניים: צופי שרון, נופי החורש וחטיבת הביניים חצב. כמו כן ישנם מרכז קהילתי, מועדון ספורט, ספריה עירונית וארכיון היסטורי.
באלפי מנשה הוקם כבר בשנת 1984 שבט הצופים הראשון בשומרון, שבט "נחשון", ביוזמת תושבי היישוב בוגרי התנועה. כוונת אנשי החינוך ביישוב, הייתה להקים תנועת נוער שאינה מזוהה פוליטית כחלק מהקו החינוכי הכללי ביישוב. תנועת הצופים העבריים התלבטה תחילה האם לאשר את הקמת השבט, בגלל צביונה הבלתי מפלגתי והמדיניות לא להיות מעורבת במיזמים פוליטיים, אולם לבסוף התקיים תהליך הצבעה דמוקרטי בקרב השכבות הבוגרות וגרעיני הנח"ל והתקבלה החלטה גורפת לאשר את צירוף השבט לתנועה. ביישוב פועל גם סניף של בני עקיבא.
תרבות.
ביישוב פעילות חבורת זמר, קבוצת תיאטרון למבוגרים, להקת הנוער "מעיין אלפי מנשה" ולהקת המחול "פנים וגוף".
סמל היישוב.