למרות התנגדותו של האחרון, התחזקה במשך שנות ה-30 התביעה לערוך שינויים הלכתיים נרחבים עבור הציבור היהודי, כמו גם התחרות על קהל המתפללים עם רבנים מהסתדרות הרבנים וישיבת יצחק אלחנן האורתודוקסיות. סוגיה אחרת שעלתה הייתה ברמת בתי-הכנסת, כשהדור הצעיר של באיהם הנהיג בהדרגה ישיבה מעורבת בין מלחמות העולם, תוך מחלוקות עם הממסד הרבני והמבוגרים: מגמה זו התפשטה בכל הקהילות בארצות הברית. ב-1921, אל מול לחץ גדל מהשטח, הסכים גינצבורג לפסוק כי ניתן לבטל את העזרה בקומה הנפרדת, אולם התעקש על מחיצה. קביעתו לא התקבלה על ידי הקהל בפועל, וב-1947 התבטא כי אם יש סכנה ל"רווחה הרוחנית" של הקהילה עקב נושא זה והרוב הדורש זאת, ניתן להסכים. ברוב המבנים נותרו אזורים מיוחדים לאלה שרצו להמשיך לשבת בנפרד. בסמינר עצמו נותרה הפרדה בין נשים לגברים עד שנות ה-80.
ב-1935 התערער לראשונה שיווי-המשקל עם האורתודוקסים, כשכנסת הרבנים עשתה ניסיון ראשון לאמץ החלטה מרחיקת לכת משלה. יו"ר ועד ההלכה, הרב יהודה לייב (לואיס) אפשטיין הציע פתרון לבעיית העגונות בדמות סעיף בכתובה שיאפשר לבעל למנות את אשתו כבאת-כוחו להעניק גט. אל מול התנגדות מהזרם האחר, הוקפא הדיון בנושא. אפשטיין התלונן כי הוועד חושש מדי מדעת האורתודוקסים. תלונות דומות נשמעו תדיר מרבני בתי-הכנסת, שביקשו מהוועד – שהיה מורכב בעיקרו מאנשי הסמינר, אנשי ספר שבאו במגע מועט עם הקהילות – פסיקה ליברלית. ב-1947 ענה לכך יושב-הראש הארכי-שמרן, הרב בעז כהן:
על דרך עצמאית.
רק בעשור שלאחר מלחמת העולם השנייה התחדדו ההבדלים עם האורתודוקסיה. אחת הדמויות העולות בתנועה באותן שנים היה הרב יעקב אגוס, בוגר "יצחק אלחנן" שהצטרף אליה ב-1945. הוא טען כי דפוס הפעולה הרווח של ועד ההלכה, היצמדות לדעות המקילות בספרות השו"ת, אינו מספק בסיס שיבדיל בינן וכל עוד תימשך מדיניות זו הם יהיו תמיד בעמדת נחיתות. היה עליהם ליזום מהלכים משלהם, והוא הציע שימוש נרחב בכלי של תקנת חכמים: "אנחנו זקוקים לגוף המחוקק חוקים, לא מפרש אותם". סיעה גדולה מתוך הדור הצעיר חשה באורח דומה. בשנות ה-40 החלו בוגרי בית המדרש להתייחס לעצמם פחות ופחות כ"אורתודוקסים", ולאמץ בלעדית את התווית "קונסרבטיבים".
הפרי החשוב ביותר של תהליכים אלה, תוך ניסיון להגדרה עצמית, היה הקמת ועדה לעריכת סידור תפילה שרוב חבריה היו צעירים למדי. טכנית, רבנים קונסרבטיבים הוציאו עוד קודם מהדורות משלהם, אך אלה חסרו רכיב עקרוני של ממש. אחד הדוחפים לחיבור סידור קונסרבטיבי בעל אמירה היה הרב ראובן (רוברט) גורדיס בן ה-37, שותפו-לדעה של אגוס, שפילס דרכו להנהגה ועסק באותם ימים בניסיונות לנסח אידאולוגיה ברורה לתנועה. ב-1946 הושלם הסידור הקונסרבטיבי הראשון, "סדר תפלות ישראל לשבת ולשלש רגלים" (Sabbath and Festival Prayerbook). הנוסח היה מתון מאוד, אך לצד שינויים שנגעו בעיקר בטון – כמה מברכות השחר הוחלפו; "שעשני ישראל" במקום "שלא עשני גוי", "שעשני אישה" במקום "כרצונו" וכו' – היו גם תמורות עמוקות יותר. הקטעים הנוגעים לעבודת הקרבנות במוסף נוסחו בזהירות בלשון עבר.
בין ה-13 ל-17 במאי 1948 ערכה התנועה את ועידתה הארצית בשיקגו, בהשתתפות 1,000 צירים. הכינוס עמד בסימן של נחישות להפגין עצמאות והתחזקות רבני הקהילות הצעירים לעומת הסגל האקדמי בבית-המדרש בניו יורק. נערך אף סימפוזיון "לקראת הגדרת פילוסופיה ליהדות הקונסרבטיבית", ונדונה בעיקר סמכותו של ועד ההלכה וטווח הגמישות וההגבלות שיוטלו עליו. לואיס אפשטיין קידם הצעה מתונה לפיה, במסגרת ארגונו-מחדש, יחויב הוועד להיוותר "מחויב להלכה ולמסגרתה". זו נועדה לפייס את האורתודוקסים, מבחוץ ובתוך הזרם. צירי כנסת הרבנים דחו את הנוסח של אפשטיין ואימצו תחת זאת מנדט רחב בהרבה. הנוסח המחייב פחות שהתקבל היה שמשימתו תוגדר כ"חיזוק המחויבות ליראת שמים, הבנה והשתתפות בחיים היהודיים." הגוף הורחב ל-25 חברים, ניתן לו הכח להחיל תקנות חכמים ברוב מיוחס, והוסכם כי צריכים להיות לו שיקול דעת וחירות ניכרים להתנתק במידת הצורך מכבלי התקדימים הקיימים. כהונה בו הותרה רק למי ששירתו כרבני קהילות בפועל, וכך נמנע מהאקדמאים חסרי הניסיון והמגע עם הקהל ששלטו בסמינר להמשיך להכתיב את דרכו של הזרם, כפי שעשו בין המלחמות. אנשי השטח תפסו את המוסרות, בכוונה להעביר את השינויים שהתחייבו בראייתם, על אף הסתייגויות של אנשי האגף הימני כמו הרב יצחק קליין. הרב מוריס אדלר, שנבחר כיו"ר הוועד והחליף את בועז כהן, הצהיר בפני הנאספים: "עד עתה היינו לכודים בין הפחד מן האורתודוקסים וסכנת הרפורמיות... עלינו להכיר במציאות העולם שהשתנה כליל ולהתחשב בו." מיד לאחר שהושלמה הרכבת הוועד החדש, הוקמו תת-ועדות לענייני שבת וסדרי בית-הכנסת.
ניצחון האגף המתקדם לא התבטא כמעט ב-JTS, שנותר כאי בשליטת השמרנים. הכוחות החזקים בסמינר בדור הבא היו נגידו החדש, הרב לואי פינקלסטיין, שמונה ב-1940, וראש הפקולטה לתלמוד שאול ליברמן, שהובא באותה שנה. פינקלסטיין נמנע מתוויות והעדיף להתייחס ל"יהדות" סתם; יוחסה לו האמרה שהתנועה איננה אלא "גימיק" להשיב את הציבור הרחב למסורת. הוא הפעיל לחץ כבד כדי לבודד את מרדכי קפלן, שהיה אהוד מאוד בקרב הסטודנטים הצעירים, ולדחוף את הרקונסטרוקטיבים ממעמד של שדולה ועמדה בתוך הזרם החוצה. קפלן, ובמיוחד חתנו עירא אייזנשטיין, הסתגלו לכך והפנו את מרצם לביסוס תנועתם כמוסד בפני עצמו. ליברמן, כסמכות התלמודית הבכירה, היה הסמן הימני בעניין הקפדנות ההלכתית, והיה שרוי ביריבות אישית קשה עם בעל-בריתו היחיד של קפלן בסגל הבכיר, הרב אברהם יהושע השל. הלה, שאחז בפרשנות מיסטית-פילוסופית לשאלות התאולוגיות שהזרם התעלם מהן כמעט לגמרי, זכה לפרסום רב, אך פינקלסטיין וליברמן מנעו ממנו השפעה על ההנהגה.
ב-1950 אימץ ועד ההלכה 'תוכנית שבע נקודות' לגבי השבת, בתקווה לעודד את הציבור הרחב והרחוק מאורח חיים מסורתי להתעניין בה ולהפכה רלוונטית עבורו. תוקן כי, אך ורק בהיעדר אפשרות אחרת להגיע אליו, אפשר לנסוע לבית-הכנסת בשבת, והותר להשתמש בחשמל במהלכה. התרת הנסיעה ספג אחר כך ביקורת קשה בקרב רבנים קונסרבטיבים חשובים, הן בשל תוקפה ההלכתי (שנשען בין היתר על הטיעון לפיו בעירת המנוע היא מלאכה שאינה צריכה לגופה) ויותר מכך בשל השלכותיה החברתיות. היא התקבלה בפועל כהסכמה רבנית לנהיגה בשבת, דבר שהציבור עשה ממילא על דעת עצמו. יצחק שורש הכריז ב-1992 כי זו הייתה "טעות" שדרדרה את היחס לשבת בקרב חברי התנועה, ובאותה שנה נאסר הדבר על ידי ועד ההלכה בישראל. ההיסטוריון מיכאל כהן הצביע על מסמך זה כ"קרע הסופי" עם האורתודוקסים. התנועה הקונסרבטיבית הפגינה את נכונותה לערוך צעדים הלכתיים משמעותיים ללא הסכמה מצדם, והללו בתורם הגיבו בחריפות יתרה.
ב-1953 אשרר הוועד, באמצעות תקנה, סעיף בכתובה כפתרון לעגינות, שחייב בעלים למסור גט לנשותיהם אם יתבקשו. המהלך היה פרי יוזמתו של ליברמן. הוא ניהל מגעים חשאיים עם הרב האורתודוקסי יוסף סולובייצ'יק בכוונה להקים בית-דין מאוחד שינהל ענייני מעמד אישי, אך התוכנית לא התממשה. בינתיים התחזקה מאוד המגמה הבדלנית בקרב האורתודוקסים, עם התבססותם של המהגרים ניצולי השואה מאירופה, שהגיעו מסביבה אדוקה ומחמירה יותר מהמקובל באמריקה הליברלית. ב-1 במרץ 1956 הטילו אחד-עשר ראשי ישיבות חרדים, בראשות הרב אהרן קוטלר, איסור גורף על כל שיתוף פעולה עם גורמים מזרמים אחרים – הרבנים אליעזר סילבר וסולובייצ'יק סירבו לחתום, מתוך השיקול שעדיין היו גורמים בתוך ועל סף התנועה הקונסרבטיבית שאפשר היה להשפיע עליהם. על רקע האיסור, דחתה ה-RCA את ההצעה להקים בית-דין משותף. הרב משה פיינשטיין, פוסקה המרכזי של האורתודוקסיה האמריקנית בדורו, קבע חד-משמעית בשורת תשובות כי ללא קשר להתנהלותם האישית, רבנים קונסרבטיבים הוחזקו לכופרים שאינם נאמנים על דבר מעצם השתייכותם. עוד ב-1950 כתב: .
בשנות ה-50 נעשו שני סממנים למבדילים בין בתי-הכנסת של התנועות. ראשית, האורתודוקסים החלו לאכוף בהדרגה את הדרישה למחיצה בין הנשים לגברים על כל מי שהשתייכו אליהם. עד אותה עת, בתי-תפילה רבים שהשתייכו לאיחוד האורתודוקסי קיימו ישיבה מופרדת ללא חציצה או במעורב לגמרי. שאלת סדרי הישיבה התבטאה בקרבות משפטיים רבים על כספי ירושה. בכמה מקרים השתכנעו הערכאות להעביר עיזבונות, שמותיריהם התנו זאת בכך שהסדרים במקום יוותרו "מסורתיים", כשהוכח להם שגם ההפרדה ללא מחיצה שנהגה קודם הייתה בלתי-הלכתית. גזרי דין אלה דחפו קהילות רבות להכריע להצטרף רשמית לקונסרבטיבים. כמו כן, ב-1954 ביטלה הסתדרות הרבנים האורתודוקסים את החלטתה מ-1948 לאפשר שימוש בהגברת קול חשמלית בשבת, בעוד שכנסת הרבנים הוסיפה להשתמש במיקרופונים. המתח הגובר הביא במהלך העשור לכך שנמנע מהקונסרבטיבים להשתמש במקוואות יריביהם, כפי שהיה בעבר, והתופעה של רבנים בוגרי זרם אחד שכיהנו בקהילות מהשני הלכה ונעלמה.