פארוט בא לארמניה כדי לערוך מחקרים גאולוגיים על ההר אררט ונדרש למדריך ומתורגמן מקומי. בהמלצת הקתולקוס, אבוביאן נשלח למשימה זו. בסיועו של אבוביאן, פארוט הפך לחוקר הראשון בזמנים המודרניים שטיפס עד לפסגת ההר אררט. מסע זה הוגשם באישורו המלא של הצאר ניקולאי הראשון שסיפק למשלחת החוקרים ליווי צבאי צמוד.
אבוביאן ופארוט חצו את הנהר אראס והתקדמו אל הכפר הארמני אגורי שנמצא במדרון הצפוני של הר אררט, בגובה 1219 מ'. לפי עצתו של חרוטיון אלאמדאריאן מטיפליס, הם קבעו את בסיסם במנזר יעקב הקדוש, שנמצא 730 מ' יותר גבוה, בגובה של 1950 מ'. אבוביאן היה אחד מהנוסעים האחרונים שביקרו את הכפר אגרי ואת המנזר לפני חורבנם ברעידת האדמה במאי 1840. הניסיון הראשון של פארוט ואבוביאן לטפס על האררט, במדרון הצפון-מזרחי, עלה בתוהו בגלל מחסור בביגוד חם.
כעבור ששה ימים, בעצת סטפאן חוז'יאנץ, מוכתר הכפר אגורי, ניסו לטפס מן הצד בצפון-מערבי. גם הפעם אחרי שהגיעו לגובה של 4,885 מ', נאלצו לרדת מפני שלא הצליחו להגיע לפסגה לפני שקיעת השמש. הם הצליחו זאת רק בניסיון השלישי ב-9 באוקטובר 1829 בשעה 3:15 אחה"צ. אבוביאן חפר בור בקרח והקים צלב של עץ המופנה צפונה. הוא נטל איתו חתיכת קרח מן הפסגה ונשא אותה איתו בתוך בקבוק כמו "מים קדושים".
ב-9 בנובמבר 1829 פארוט ואבוביאן טיפסו עד לפסגת ההר סיס (האררט הקטן). אחרי שנים רבות, ב-1845 טיפס המינרלוג הגרמני אוטו וילהלם הרמן פון אביך גם הוא יחד עם אבוביאן על האררט. את הטיפוס השלישי ואחרון שלו על ההר ביצע אבוביאן יחד עם האנגלי המרי דנבי סימור, בשנת 1846.
השנים בדורפט.
הצמא של אבוביאן לידע הרשים את פארוט. בשנת 1830 הפילוסוף הגרמני השיג עבורו מלגה ממלכתית כדי שילמד באוניברסיטת דורפט. אבוביאן התקבל לאוניברסיטה ללא הכנות מקדימות והתחיל ללמוד שם פילוסופיה במסגרת המחלקה הפילולוגית -היסטורית. לימודיו ארכו למעלה מ-5 שנים, בין 3 בספטמבר 1830 ובין 18 בינואר 1836. שנים אלה היו פוריות מאוד. בתקופה זו למד אבוביאן מדעי החברה, מדעי הטבע, ספרות ופילוסופיה אירופית, רכש ידיעה טובה של השפות גרמנית, רוסית, לטינית וצרפתית. התוודע לרומנטיזם הגרמני שהשפיע עליו השפעה בולטת, כמו כן יצר מגעים עם אינטלקטואלים אירופים חשובים של זמנו. באוניברסיטה התיידד, בין השאר, עם בניו של ניקולאי קרמזין שלמדו יחד איתו.
בשנת 1834 ביקר אבוביאן בסנט פטרבורג את מריה, בת דודו, המליך סחק אגאמאליאן, שנישאה לנסיך אלכסנדר מגאורגיה. לפני תום לימודיו נודע לו על מות אמו, טאקוחי.
שובו לארמניה.
בחזרה למולדת ב-1836, התגייס אבוביאן במלוא ההתלהבות להפיץ בארמניה את הרעיונות הנאורים שנחשף להם. הוא התמנה למנהל של בית ספר מחוזי בטיפליס (1843-1837) ובשנת 1839 נשא אישה ממוצא גרמני ואסטוני בשם אמיליה לוזה (Emilia Looze) (נפטרה בשנת 1870). אולם דעותיו, במיוחד התנגדותו לדוגמטיזם ושיטות הפורמליות של מערכת החינוך, נתקלו בעוינות הולכת וגוברת מצד הממסד הדתי הארמני בראשות הקתוליקוס הובהאנס השמיני מגארפי (1842-1831) ומצד השלטונות הצאריים.
ב-1843 הוא פוטר מבית הספר והועבר לבית ספר מחוזי בירבאן, שבו, למרות הכניסה לתפקיד של הקתוליקוס החדש נרסס, פגש שוב יחס של אדישות ואף עוינות מצד עמיתיו המורים ומצד הכמרים.
בשנת 1840 עוד בהיותו בטיפליס, הכיר את הנוסעת האנגליה אן ליסטר שקיוותה כי ילווה אותה כמורה דרך בטיפוסה על ההר אררט, מה שבסופו של דבר לא יצא לפועל. בקיץ 1843 ביקרו אצלו שני נוסעים גרמנים. הראשון היה הפרופסור מוריץ וגנר מאוניברסיטת מינכן. ביחד ערכו טיול באזור
האגם סוואן ולאחר מכן ניהלו התכתבות על בסיס קבוע. ביולי ליווה אבוביאן את וגנר בטיפוס המתועד הראשון בהרי אראגאץ בארמניה.
הנוסע השני היה האגרונום הפרוסי, הברון אוגוסט פרנץ פון האוקסטהאוזן, אותו ליווה אבוביאן ברחבי ארמניה. ביחד ביקרו מחנה יזידי, שבו פגשו את המנהיג טימור אגא. אבוביאן יצר קשרי ידידות עם הקהילה היזידית בארמניה. בשנת 1844 מנהיג הקהילה הזאת, ששב עם שפע של מתנות מהחגיגות שאורגנו בטיפליס על ידי "סגן המלך" של טרנקווקזיה, הנסיך מיכאיל וורנוצוב, ארגן בעצמו מסיבה שבטית והזמין, בין היתר, גם את אבוביאן. ב-1845 ביקש אבוביאן לזכות במשרה במסגרת הקתוליקט באצ'מיאדזין, אך מועמדותו נדחתה. ב-1846
הוא כתב שלושה מאמרים בשבועון של וורנוצוב, "קווקז".
היעלמותו.
ב-4 באפריל 1848 יצא אבוביאן מהבית למה שהיה צריך להיות טיול בוקר קצר ולא נראה שוב.
היעלמותו המסתורית נשארה ללא הסבר.
אשתו, אמיליה, דיווחה על העלמות בעלה רק כעבור חודש. היא נשארה לבד עם שני ילדיהם: בן בשם ורדאן, (1896-1840), אז בגיל 8, ובת בשם זרמנדוט, אז בת 5, שנודעה מאוחר יותר כאדליידה (1909 - 1843).
הועלו במשך השנים השערות רבות: שאיבד עצמו לדעת, שנרצח על ידי אויבים פרסים או טורקים, או שנעצר ונשלח לגלות בסיביר על ידי יחידה מיוחדת של ז'נדארמים רוסים.
ידוע שהכנסייה לא הרשתה לו להתגרש מאשתו מפני שהיה ידוע על אהבתו הרבה לילדיו בכל זאת קיימת הסתייגות מתאוריית ההתאבדות. לפי תאוריה אחרת, של הסופר אקסל באקונץ, נסע אבוביאן למערב אירופה כדי להשתתף במהפכות אביב העמים ונעלם שם.
בנו היחיד, ורדן, אב לשני בנים ובת, שמת בשנת 1896, נקבר ליד כנסיית גאיאן הקדוש.
כתיבתו.
חצ'אטור אבוביאן כתב רומנים, סיפורים, תאורי טבע, מחזות, חיבורים מדעיים ועל אמנות, שירים ומשלים. היה הסופר הארמני הראשון שכתב ספרי ילדים.
"פצעי ארמניה", רומן ראשון בארמנית מודרנית.
הרומן ההיסטורי "פצעי ארמניה" (שנכתב בשנת 1841 ופורסם ב-1858) היה הרומן החילוני הראשון בשפה הארמנית והוקדש לגורל העם הארמני ולמאבקו לחופש בתקופת מלחמת רוסיה-פרס (1826–1828).
הרומן דן בסבל הארמנים בימי הכיבוש הפרסי. במרכז הרומן עומדים רגשות הגאווה הלאומית, הפטריוטיזם והשנאה למדכאים. גבור הרומן, איכר פשוט בשם אגאסי, מגלם את הרוח שוחרת החופש של הלאום והרצון להיאבק בכובשים הזרים.
הסיסמה שלו ושל חבריו היא "תקריב את חייך, אך אל תוותר לעולם על אדמות מולדתך". העלילה מתחילה עם חטיפתה של נערה ארמנית של ידי כנופיית בריונים שנשלחה על ידי סרדר פרסי. האירוע זרז את המרד שבהנהגת אגאסי. להבדיל מהספרות הרשמית באותה תקופה שהדגישה את חשיבות המשמעת והכניעה כלפי השלטון, ברומן שלי הדגיש אבוביאן את הערכים של אהבה להורים, לידידים ולמולדת, ערכים שהיו חתרניים בעיני הממסד.
אף על פי שבתקופתו היה נהוג לכתוב בארמנית קלאסית (קראפאר), שפת המלומדים והכמרים, הוא בחר לכתוב בשפה המדוברת "אשחארהאפאר", על מנת שספריו יהיו מובנים להמוני עם. אבוביאן השתכנע מהצורך בחידוש השפה אחרי שראה בבית הספר הארמני בטיפליס שבו לימד, כי התלמידים העדיפו לקרוא ברוסית מפני שרוב הספרים הארמניים עד אז, שהיו כתובים ב"קראפאר" ודנו לרוב בחיי המלכים, הנסיכים, הקדושים או בסיפורי כתבי הקודש, היו בשבילם בלתי נגישים ובלתי מושכים. בשאיפתו להנחיל את השפה המדוברת ככלי ספרותי, נעזר אבוביאן בין היתר בשפת האשוגים, הזמרים העממיים ובמקורות אחרים.
אבוביאן ראה בחיזוק הידידות בין העמים הארמני והרוסי ערבות לתחייתה הלאומית, הפוליטית והתרבותית של ארצו. עם זאת הוא לא הסתיר ברומן את אכזבתו מהמדיניות הצאריסטית, במיוחד מהנהגת התקנון ("פולוז'ניה")
משנת 1836 שהפחית בצורה ניכרת את כוחו הפוליטי של הקתוליקוס הארמני ומביטול הפרובינציה הארמנית בשנת 1840. ברומן שילב אבוביאן יסודות רומנטיים וריאליסטים עם קטעים ליריים.
כתבים אחרים.
בהתחלה יצירותיו כללו מוטיבים דתיים רבים, שפינו מקום בהמשך להיבטים רבים אחרים. שירתו הייתה מגוונת - ארוטית. פטריוטית ואף בעלת קטעים סטיריים, כמו בשיר "הכד של יין" המותח בקורת על האריסטוקרטיה הרוסית. "שעשועי פנאי" הוא אוסף משלים בחרוזים המוקיעים את השחיתויות, אי הצדק והניוון המוסרי.
הוא עובד על ידי המשורר מתוך רישומים שרשם באסיפות ציבוריות.
אבוביאן כתב גם ספרות עיונית בתחום המדע והאמנות, כמו "גילוי אמריקה" ו"ספר הסיפורים".
הוא תרגם לשפה הארמנית יצירות של הומרוס, גתה, שילר, קרמזין, איוואן קרילוב ואחרים.
הוא שאף לקדם את החינוך החילוני והמקיף, שיכלול הכנה נפשית, מוסרית, תעסוקתית וגופנית של התלמידים, את זמינות החינוך בשביל השכבות העניות ותוך שיוויות בין בנים ובנות.
בספריו הפדגוגיים כוללים את "מבוא לחינוך" (1838), ספר לימוד לרוסית, הרומן ההיסטורי "סיפורו של טיגרן, או ספר לימוד מוסרי לילדים הארמנים" (פורסם ב-1941).
היה הראשון בארמניה שעסק באתנוגרפיה מדעית: חקר את חייהם ומנהגיהם של האיכרים ביישובים שמסביב לקנאקר או של תושבי ירבאן, וכמו כן אסף וחקר פולקלור ארמני וכורדי. אסף ועיבד, בין השאר, משלים ופתגמים עממיים ושירי עם.
הוא נחל אכזבה מרה כשעבודתו על הדקדוק ואוצר המלים של השפה הארמנית החדשה נדחה על ידי האדמיה למדעים מסנט פטרסבורג על סמך חוות דעתו השלילית של מארי-פליסיטה ברוסה שטען שלמרות המידע העשיר שבה היא "חסרת בסיס מדעי".
אוסף כתביו של אבוביאן הוצא לאור לראשונה על ידי הבנקאי הארמני ג'מגארוב.
מורשתו.
דמותו של אבוביאן נכנסה לזיכרון הקולקטיבי של העם הארמני. בימי השלטון הסובייטי, הקו הרשמי של המדיניות התרבותית בארמניה בפרט ובברית המועצות בכלל הדגיש את זיקתו לרוסיה ולעם הרוסי.
אבוביאן היה ביחסי ידידות עם נציגי תרבויות אחרות באימפריה הרוסית, למשל עם הסופר האזרי מירזה פתאלי אחונדוב ועם המשורר האוקראיני איוואן רוסקושוונקו.