גם בשנת תש"ה, לאחר שרעיון הקמת המדינה כבר היה יותר באופק, לא התנגדה אגודת ישראל באופן רשמי להקמתה, וכפי שנימק הרב דושינסקי במכתב התשובה לרבי יעקב רוזנהיים שמלבד זאת שההערכה היא שהציונים לא יצליחו להשיג הסכמה להקמת מדינה, כמו כן התנגדות להקמת מדינה מצד שומרי התורה תגרום לחילול ה' כאילו דווקא האדוקים אינם חפצים בארצם, וכמו כן, הם לא יבינו את ההתנגדות לנוכח הדרישה של אגודת ישראל לתת אשרת עלייה לכל החפצים מה שהתפרש אצלם כתמיכה במדינה.
התנועה בארץ ישראל.
ב-1912 החלה הפעילות הרשמית של אגודת ישראל בארץ ישראל, אף על פי שבפועל רק ב-1918 החל לפעול, וחבריו היו בעיקר אנשי היישוב הישן. ב-1917 פורסמה הצהרת בלפור שחייבה את אגודת ישראל להתייחס לנושא ארץ ישראל. יחס שאמור לשקף את מערכת היחסים העתידית עם התנועה הציונית. אגודת ישראל בירושלים קמה על רקע הפולמוס סביב הקמת הרבנות הראשית ומינויו של הרב קוק לרבה האשכנזי של ירושלים, והתרכזו בה גורמים קיצוניים יחסית מקרב אנשי היישוב הישן. מנהיגה החל משנת 1924 היה משה בלוי. אגודת ישראל בירושלים לחמה כנגד הרב קוק והרבנות הראשית, דגלה בהתבדלות והתנגדה לשיתוף פעולה עם מוסדות ציוניים וחילונים.
רציחתו של יעקב ישראל דה האן ב-1924 הייתה אחת נקודות השיא במתיחות בין אגודת ישראל לבין התנועה הציונית. דה האן היה דובר הסניף הארץ ישראלי של התנועה. פעולותיו המדיניות הציגו את היישוב הישן ואת אגודת ישראל, שעדיין הייתה חלק מתוכו, כבוגדים, הן בעיני הציונים ביישוב והן בעיני התפוצה היהודית. חלק ממנהיגי אגודת ישראל התנגדו לדה-האן.
מאורעות תרפ"ט, שפגעו בעיקר ביישוב הישן, זעזעו את ראשי אגודת ישראל, שהבינו את הצורך באיחוד כוחות עם היישוב החדש אל מול האיום הערבי.
ב-1933 הוקם בארץ ישראל ארגון פועלי אגודת ישראל שבראשו עמד בנימין מינץ. מטרתו הייתה לתת מענה לפועלים החרדים שעד אז נזדקקו לשירותיהם של ארגוני הפועלים החילוניים, בתוספת אידאולוגיה ייחודית. הארגון ושיתוף פעולה עם הציונות.
במהלך תקופת המנדט הבריטי (וביחוד בתקופת העלייה הרביעית) עלו לארץ ישראל רבים מאנשי אגודת ישראל מאירופה, בעיקר יוצאי גרמניה ופולין, שהתיישבו בעיקר בתוך היישוב החדש ותמכו ביישוב הארץ ושיתוף פעולה מסוים עם מוסדות ציוניים ודתיים. פועלי אגודת ישראל והסניף הפולני, שלומי אמוני ישראל, דחפו את התנועה להשתתפות בבניין הארץ ולחיזוק הקשר עם הציוניים. הצטרפות קבוצות אלו לאגודת ישראל בארץ, בראשות יצחק ברויאר ויצחק מאיר לוין, הובילה למתחים והתנגשויות על רקע אידאולוגי עם הקבוצה הירושלמית. כבר ב־1935 פרש פלג בראשות הרב עמרם בלוי שהתנגד בתוקף לשיתוף פעולה עם הציונות ולהשתתפות בבניין ארץ ישראל. פלג זה נקרא "חברת החיים", והיווה את הבסיס לקבוצת נטורי קרתא.
בין השנים 1935 – 1939 שיתפה אגודת ישראל פעולה עם התנועה הציונית והתנגדה לה לסירוגין במספר אירועים:
הספר הלבן שפורסם בעקבות כישלונן של שיחות השולחן העגול ובין היתר סתר את הצהרת בלפור וכיוון לצמצום ההגירה היהודית לארץ ישראל עורר שוב את אגודת ישראל לחבור אל הציונות ולצאת כנגד החלטות הספר הלבן.
בשנת 1941 ערכה התנועה בארץ ועידה ארצית ראשונה בפתח תקווה, בהשתתפות כל הקבוצות הפנימיות וארגוני הבת. בוועידה זו גבר כוחם של מחנה יוצאי גרמניה ופולין על הקבוצה הירושלמית, דבר שהוביל להתמתנות מדיניותה של אגודת ישראל בארץ. בוועידה השתתפו כ-800 צירים, מתוכם כ-100 נשים מארגוני בנות אגודת ישראל ופועלי אגודת ישראל.
בשלהי 1942 יזם ההאדמו"ר מגור, בשיתוף עם כנסת ישראל והרבנות הראשית, אירוע צום ותפילה בבית הכנסת החורבה, על רקע הידיעות שהתפרסמו על השואה. הרב יוסף צבי דושינסקי, שהיה ראש העדה החרדית ואחד ממנהיגי אגודת ישראל, התנגד להשתתפות באירוע בשל תפיסת ההתבדלות והתנגדות לשיתוף פעולה עם גופים חילוניים. הוא הכריז על עצרת צום ותפילה נפרדת. התנגדות זו יוחסה להשפעתם של אנשי קבוצת נטורי קרתא. ההתנגדות הובילה למשבר בין הפלגים של אגודת ישראל בארץ, שכלל אף אירוע אלים). כעבור מספר שנים התפצלו אגודת ישראל והעדה החרדית הירושלמית (עליה השתלטו אנשי נטורי קרתא).
פרשת ילדי טהראן, ב-1943, סימלה את נקודת השפל במעמדה של אגודת ישראל, שכן הנושא יושב בין עליית הנוער לתנועת המזרחי מבלי שאגודת ישראל תוכנס להסכם הפשרה. במהלך פרשה זו סירבה אגודת ישראל לקבל תקציבים מעליית הנוער להחזקת הילדים (תקציבים שניתנו לכל המוסדות שקיבלו לרשותם ילדים), מחשש שתקצוב יוביל לדרישות כלפי מוסדות אגודת ישראל.
ביוני 1944 נערכה ועידה ארצית נוספת של התנועה בפתח תקווה, שבה עלו הבדלי הגישות בין פועלי אגודת ישראל לבין הקבוצה הירושלמית, על רקע דרישת האחרונים לחייב פרישה מכנסת ישראל.
בשנת תש"ה נערכו בחירות בעדה החרדית, שבהן ניצחו אנשי נטורי קרתא. בעקבות כך נפרדו באופן סופי דרכיהן של אגודת ישראל והעדה החרדית.
פעילות לאחר קום המדינה.
לאחר השואה באירופה וההחלטה על הקמת מדינת ישראל נקטה אגודת ישראל גישה חיובית יותר כלפי המדינה בתקווה שזו תלך בדרך התורה ובשאיפה להשפיע על אופייה. עם פרוץ מלחמת העצמאות אף קרא מרכז אגודת ישראל בירושלים לכלל הגברים החרדים הצעירים בעיר להתגייס למלחמה במסגרת המפקד הכללי ביישוב עליו הוחלט אז, לאחר שהוסדרה הקמת חטיבות חרדיות והובטחה עמידה על דרישות הדת במחנות הצבא. מנהיגי אגודת ישראל קיבלו מכתב מדוד בן-גוריון (המכונה "מכתב הסטטוס קוו"), שבו נקבעו קווי היסוד של ה"סטטוס קוו" הדתי במדינת ישראל ונוצרו תקוות גדולות לקראת המדינה החדשה שבדרך.
לאור תקוות אלו בבחירות לאספה המכוננת, היא הכנסת הראשונה, ב-1949 התמודדה אגודת ישראל במסגרת החזית הדתית המאוחדת עם המזרחי, הפועל המזרחי ופועלי אגודת ישראל. כאשר לראשונה תמך אף האדמו”ר מבעלז הרב אהרן רוקח בתנועה. בנוסף, שר מטעמה של אגודת ישראל, יצחק מאיר לוין, כיהן בממשלה הראשונה. אך לאחר המשברים הראשונים בענייני חינוך העולים, חזרה אגודת ישראל לעמדה היותר מסויגת שלה כלפי המדינה. בבחירות לכנסת השנייה התמודדה המפלגה בנפרד, כאשר במערכת הבחירות התעמתו תומכי המפלגה עם תומכי מפלגת פועלי אגודת ישראל שהתמודדה עצמאית. לאחר הבחירות הצטרפה לממשלת ישראל השלישית, עם כהונתו של הרב לוין כשר הסעד. ב-23 בספטמבר 1952, עזבה את הקואליציה ביחד עם פועלי אגודת ישראל, על רקע נושא גיוס נשים לצה"ל, ומאז ועד המהפך ב-1977 לא הצטרפה לקואליציה. בבחירות לכנסות השלישית, הרביעית, והשמינית התמודדה במסגרת חזית דתית תורתית ביחד עם פועלי אגודת ישראל.
לאחר המהפך הפוליטי ב־1977 הצטרפה המפלגה לקואליציה בראשותו של מנחם בגין. בהסכם הקואליציוני שנערך בין המפלגות הובטחו למפלגה הבטחות בנושאים דתיים והובטחו לה תקציבים למוסדותיה, כולל תנועת 'תורה ויהדות לעם'.
מבנה מפלגתי.
חברי הכנסת של אגודת ישראל מייצגים מגזרים שונים בחברה החרדית. באופן מסורתי, המקום הראשון ניתן לנציג חסידות גור שנחשבת החסידות הגדולה ביותר בישראל. בשנת 1951 נערכה ועידה ארצית בהשתתפות 4 פלגים, שבה הוחלט להימנע מבחירות לנציגי הרשימה, ובמקומה לחלק 'מנדטים' לפי מפתח מוסכם, כאשר 'רשימת המרכז' שייצגה את חסידי גור קיבלה כמעט פי שניים מרשימת 'עולי הונגריה ורומניה' (שבה בלטה חסידות ויז'ניץ) ומרשימת 'הנוער הדתי'. לקראת הכנסייה הגדולה הרביעית שנערכה ב־1954 נרשמו כ־15 רשימות פנימיות לבחירות הפנימיות ל־200 הצירים שיוחדו לאנשי הארץ ומספר דומה לאנשי חו"ל, אך לבסוף הושג הסכם וחלוקת הצירים נערכה ללא בחירות.
יריבים פוליטיים.
בשנת 1984, הוקמה מפלגת ש"ס, שבאה לייצג את החרדים המזרחיים שחשו שקופחו בידי החרדים האשכנזים. בראשית דרכה של ש"ס היא נהנתה מתמיכתו של המנהיג הליטאי הרב אלעזר מנחם מן שך למרות היותו חלק מאגודת ישראל. ב-1988 הקים הרב שך את המפלגה הליטאית דגל התורה. מני אז אגודת ישראל מייצגת את החסידים. בבחירות אלו שולבו גם פועלי אגודת ישראל במסגרת אגודת ישראל. בנוסף נחלצו חסידי חב"ד למען המפלגה שזכתה לחמישה מנדטים.
בשנת 1992 התאחדה מבחינה טכנית מפלגת דגל התורה של הרב שך עם אגודת ישראל, לסיעה אחת בכנסת תחת השם יהדות התורה ומאז המפלגות מתמודדות יחד ברציפות (נכון ל-2022) בבחירות לכנסת.
בד"צ אגודת ישראל.
בשנות ה-50 הקים מנחם פרוש בד"צ - בית דין ומערכת כשרות, כאלטרנטיבה למוסדות המקבילים של העדה החרדית. מערכת הכשרות אינה נחשבת כמשתווה לרמתם של העדה החרדית או הכשרו של הרב לנדא, וסומכים עליה בעיקר חסידי גור. מספר המוצרים והמפעלים שמערכת הכשרות מפקחת עליהם קטן יחסית. מערכת השחיטה של הבד"צ התאחדה בשנת 2010 למערכת "התאחדות קהילות החרדים בארץ הקודש" שנסגרה זמן מועט אחר כך.
על חברי הבד"צ נמנו בין היתר הרב יצחק פלקסר, ראש ישיבת שפת אמת שכיהן כראב"ד, הרב אהרן ברנשטיין, הרב ישראל גרוסמן והרב בנימין זאב פראג. חברי בית הדין כיום הם הרב בנימין אדלר - רב שיכון הרבנים, הרב ישראל פישביין - מרבני גור, הרב יצחק אייזיק פראג והרב ישראל ברזובסקי בנו של האדמו"ר מסלונים.
המפלגה כיום.