באפריל 44 לפנה"ס יצאו קלאופטרה ופמלייתה בחזרה למצרים כדי לחזק את שלטונה, כשיוליוס קיסר כבר לא נמצא כדי לתמוך בה. במאי 44 לפנה"ס הפיץ קיקרו ברומא שמועה שהיא ובנה מתו בדרך. חודש לאחר מכן כתב "אני שונא את המלכה". קלאופטרה השאירה ברומא סוכן שידאג לאינטרסים שלה, וזאת בהתאם לנוהג שהיה קיים ברומא, שבה סוכנים היו משחדים את הסנטורים כדי שיתמכו בהם. באוגוסט 44 לפנה"ס, תלמי הארבעה עשר כבר לא היה בחיים. יוסף בן מתתיהו, ששנא את קלאופטרה, כתב שהיא הרעילה אותו. אם אמנם כך הוא מת, זה תואם את שיטת בית המלוכה התלמיי, שבו רבים מבניו ובנותיו נרצחו על ידי בני משפחתם במסגרת מאבקי שלטון. מותו של תלמי הארבעה עשר, שהיה באותה עת כבן 15, הסיר מעל קלאופטרה איום של מאבק נוסף עם אח מתבגר וצובר כוח. מכל ילדיו של תלמי השנים עשר נשארו רק קלאופטרה וארסינואי שהייתה בשבי נוח באפסוס.
קלאופטרה ניצלה את מותו של תלמי הארבעה עשר כדי להכתיר את בנה קיסריון בן ה-4 כמלך לצידה בשם תלמי החמישה עשר.
בעקבות רצח קיסר, התנהל ברומא מאבק בין תומכי קיסר, בראשותם של אוקטביאנוס ומרקוס אנטוניוס, ומתנגדיו, תומכי שלטון הסנאט, בראשות מרקוס יוניוס ברוטוס וגאיוס קסיוס לונגינוס. השפעה רבה הייתה גם למרקוס אמיליוס לפידוס, שהיה תומך בולט נוסף של קיסר. במצרים נשארו ארבעה הלגיונות שהושארו במצרים על ידי קיסר כדי להגן על שלטונה. לאחר רצח קיסר, נוכחות כוח צבאי במצרים יכולה הייתה להביא למעורבות קלאופטרה במאבק, ובכך הפכה נוכחותם לגורם המסכן את המשך שלטונה של קלאופטרה. ארבעת הלגיונות בפיקודו של הלגאטוס אולוס אליאנוס, העבירו את תמיכתם למחנה הקושרים, בראשותו של קסיוס, ועזבו את מצרים צפונה כדי לסייע לו במלחמת האזרחים הרומאית החדשה. לאחר עזיבתם נותרה קלאופטרה עם כוח קטן של שכירי חרב, שלא היה מסוגל להתמודד כנגד צבא רומאי. קסיוס ביקש מקלאופטרה סיוע בכסף, דגן וספינות, אך היא סירבה בטענה שהמצב הכלכלי הקשה של מצרים אינו מאפשר זאת. באותה עת סבלה מצרים מרעב ומחלות בעקבות הזנחה ארוכת שנים של תעלות ההשקיה. שלטונה של קלאופטרה נותר תלוי לחלוטין בתמיכת רומא. בשנת 44 לפנה"ס, בעיצומה של המלחמה, הציע אנטוניוס להעניק לארסינואי את השלטון על קפריסין. הצעה זאת לא הגיעה לידי מימוש.
בנובמבר 43 לפנה"ס, לאחר משא ומתן ממושך, החליטו אוקטביאנוס, אנטוניוס ולפידוס לייסד את הטריומווירט השני. קלאופטרה שמעה על כך והדבר חיזק את החלטתה להתנגד לקסיוס ולתמוך במחנה הטריאומווירט. היא המשיכה למצוא תירוצים מדוע אינה יכולה לסייע לקסיוס. הוא החל לחשוד בה ושלח הוראות לסרפיון (Serapion), מושלה של קלאופטרה בקפריסין, שנמנה עם תומכיו. קלאופטרה חששה תמיד שארסינואי תוחזר לשלוט על קפריסין. קסיוס ששלט על אפסוס, מקום שהותה של ארסינואי, השתמש בכך כאיום נגדה. קלאופטרה ארגנה פלגה של ספינות בהתאם להוראותיו של קסיוס, אבל במקום לבוא לעזרתו, הובילה בשנת 42 לפנה"ס את הצי לעזרת כוחות הטריאומוויראט. המהלך הנועז נכשל כתוצאה ממזג האוויר הקשה, שגרם לטביעת ספינות רבות, ואילץ את שרידי המשלחת לחזור לאלכסנדריה. קלאופטרה הורתה על בניית ספינות נוספות במקום הספינות שאבדו, אבל בינתיים הוכרעה מלחמת האזרחים ברומא לטובת הטריומווירט השני בקרב פיליפי באוקטובר 42 לפנה"ס, שבמהלכו הובסו צבאותיהם של קסיוס וברוטוס. העלות של בניית הצי על ידי קלאופטרה הייתה גדולה מאוד, וכתוצאה מכך היא נאלצה להפחית את כמות הכסף במטבעות, צעד שפגע ביציבות הכלכלית של מצרים, שגם קודם לכן לא הייתה במצב שפיר.
במהלך מלחמת האזרחים השנייה ברומא ניסתה קלאופטרה להלך בין הטיפות, ולהימנע מתמיכה גלויה באחד הצדדים היריבים, כדי לשמור על שלטונה במצרים. הניסיונות החוזרים של אנטוניוס מצד אחד, וקסיוס מצד השני, להמליך את יריבתה, ארסינואי, על קפריסין, היוו איום ממשי על שלטונה. היא ניסתה לעשות את המינימום כדי לזכות בתמיכת הצד המנצח במלחמת האזרחים ברומא, מבלי להתגרות יותר מדי ביריבו.
השנים הרבות של חוסר יציבות שלטונית פגעו קשות בכלכלת מצרים. בשנים 41-43 לפנה"ס סבלה מצרים מיבולים דלים עקב הנזק שנגרם למערכות ההשקיה וירידת מפלס נהר הנילוס. האדמיניסטרציה השלטונית דאגה שתושבי הערים, במיוחד תושבי אלכסנדריה, לא יסבלו יותר מדי ממחסור במזון, כדי למנוע תסיסה חברתית שעלולה לסכן את השלטון. הפקידים התבקשו להימנע מהטלת מיסים כבדים מדי על בעלי האדמות הגדולים, כדי לא לפגוע בתמיכתם בשלטונה של קלאופטרה. למרות זאת ציין יוסף בן מתתיהו שהקהילה היהודית סבלה מאוד. קלאופטרה ניסתה להחזיק את נתיניה מרוצים כדי שיקבלו את שלטונה.
קלאופטרה ראתה בבנה קיסריון את יורשו של קיסר. היא הקימה מקדשים רבים ברחבי מצרים שבחלקם הוצג קיסריון כאל האור, בנו של אוזיריס.
קלאופטרה ואנטוניוס.
בשנת 42 לפנה"ס, לאחר קרב פיליפי, נשאר אנטוניוס במזרח, וקיבל את האחריות על השטחים שהיו תחת שליטת האימפריה באזור זה, כולל מצרים. זו הייתה חלוקת עבודה הגיונית בין שלושת חברי הטריאומוויראט. לפידוס נמצא בצפון אפריקה, ונשאר רק לחלק את שאר חלקי האימפריה הרומית בין אנטוניוס לאוקטביאנוס. אנטוניוס היה מבוגר יותר, מעורה בתרבות ההלניסטית ומנוסה יותר. המלחמה הארוכה פגעה קשות בכלכלה ובארגון של הפרובינקיות הרומיות במזרח והייתה לפניו עבודה רבה. הוא החל לטפל בהבטחת נאמנותם של המלכים הקליינטים של רומא ומושלי המחוזות השונים, תוך שהוא מעניש בחומרה את השליטים שהתייצבו לצד הקושרים ברוטוס וקסיוס במהלך מלחמת האזרחים שפרצה לאחר רצח יוליוס קיסר.
המפגש בטרסוס והביקור הראשון של אנטוניוס במצרים.
בתחילת שנת 41 לפנה"ס זימן אנטוניוס את קלאופטרה לפגוש אותו בעיר טרסוס בקיליקיה שבאסיה הקטנה. קלאופטרה הייתה מעוניינת מאוד לפגוש אותו, כדי להבטיח את תמיכתו בהמשך שלטונה על מצרים. מצרים העשירה הייתה המקור הגדול ביותר לחיטה ולכסף במזרח אגן הים התיכון, ואנטוניוס רצה להיות בטוח שיוכל להסתמך על משאביה במסגרת מסע המלחמה שתכנן כנגד האימפריה הפרתית. נאמנותה של קלאופטרה הייתה מוטלת בספק בעיני אנטוניוס עקב העזרה שהושיט מושל קפריסין מטעם בית תלמי לרוצחיו של קיסר, וכן הבטחותיה לקסיוס. מצד שני, הספינות ששלחה לעזרת הטריאומוויראט לא הגיעו ליעדן. אנטוניוס ביקר במסגרת סיוריו באסיה הקטנה גם באפסוס, שם שהתה ארסינואי, וייתכן שבדק את האפשרות להחליף את קלאופטרה בה, מתוך מחשבה שהיא תהיה שליטה נוחה יותר עבורו לצורך קבלת משאבים ממצרים.
אנטוניוס שלח לאלכסנדריה את קווינטוס דליוס (Quintus Dellius) כדי לזמן אותה למפגש. דליוס תיאר את האירועים בכתביו שלא שרדו, אך ככל הנראה שימשו כאחד המקורות של פלוטרכוס. על פי דיווחו (של דליוס), הוא זיהה מייד שאישה כמו קלאופטרה יכולה להקסים את אנטוניוס ולהשפיע עליו, ולכן החליט לעזור לה כדי שהיא תהיה חייבת לו. קלאופטרה לא מיהרה להיענות לזימון. היא הייתה נחושה להגיע לטרסוס במלוא הדרה, ודאגה לבנות ספינה מיוחדת שתשמש את חלקו האחרון של המסע במעלה נהר קידנוס (Cydnus, כיום נהר ברדן). מפרשי הספינה היו בצבע סגול, החרטום מזהב, והחותרים חתרו עם משוטים שקצותיהם מוכספים, לצלילי מוזיקה של חלילים, אבובים ולירות. קלאופטרה הייתה שרועה מתחת לחופה רקומה בזהב, מקושטת כמו ציור של אפרודיטה, מוקפת בנערי עבדים מחופשים לארוס, שקיררו אותה עם מניפות. קטורת בכמות גדולה הפיצה ריח נעים שהגיע לחוף. בנוסף הציבה את אמתה היפה ביותר לבושה כדמות מיתולוגית באזור ההגאים והחבלים. האפקט שקלאופטרה ניסתה לעשות, הצליח. קהל רב התאסף לאורך גדות הנהר באומרו שאפרודיטה הגיעה. אנטוניוס הוקסם ממנה ומצא אותה מאוד מושכת ומאתגרת. בעת המפגש ביניהם קלאופטרה הייתה בת 28 בשיא יופייה, אנטוניוס היה בן 42, גבר נאה, מנוסה, בטוח בעצמו ובעל עוצמה מתוקף תפקידו. כל אלה הפכו אותו לגבר מושך למלכה המצרית. זמן קצר לאחר המפגש ביניהם הם הפכו לנאהבים.
בעקבות הביקור שלה, בחר אנטוניוס לבלות את החורף של שנת 41–40 לפנה"ס עם קלאופטרה באלכסנדריה. אלכסנדריה הייתה עיר חשובה, דבר שהיה יכול להצדיק את שהייתו בה, אבל מוקד המשיכה העיקרי היה קלאופטרה. עבודתו השוטפת נמשכה, ומשלחות של שליטים מקומיים וערים מהמזרח הקרוב הגיעו לעיר כדי להיפגש איתו. עם זאת הם השקיעו חלק גדול מזמנם בבילוי, במשתה ובהימורים בקנה מידה מוגזם. ההגזמה באה לידי ביטוי גם בקישוטים ובבגדי המשתה. הכל נעשה בפאר של חצר מלוכה הלניסטי. מיחסים אלה נולדו בשנת 40 לפנה"ס התאומים קלאופטרה סלנה השנייה ואלכסנדר הליוס.
לדרישתה של קלאופטרה, הורה מרקוס אנטוניוס לרצוח בשנת 41 לפנה"ס את ארסינואי. הרצח זעזע את העולם העתיק, שכן ארסינואי הייתה בשלב זה נטולת שאיפות וכוח פוליטי ולא היוותה איום ממשי על שלטונה של קלאופטרה, ולכן הרצח נתפס כסתמי. בנוסף הרצח תרם לדימויו של אנטוניוס כמשרתה ועושה דברה של קלאופטרה, דימוי שיריביו הפוליטיים עשו בו שימוש נגדו בהמשך.