עבור הובס, חוקי הטבע הם צווים או כללים שהאדם מגלה באמצעות תבונתו, והם קובעים מה על האדם לעשות על מנת לשמר את חייו ומה אין לעשות כדי לא לסכן את חייו. מבין 19 חוקי הטבע שהובס מפרט הוא מכנה את הראשון חוק יסודי. שני החוקים הראשונים מניחים את היסודות לתפיסתו של הובס לגבי האמנה החברתית.
חוק הטבע היסודי הראשון נגזר ממצב המלחמה בטבע, והוא קובע שעל כל אדם לשאוף להשיג שלום ככל שיש לו תקווה להשיגו; וכשאין לו תקווה להשיגו, כל אדם רשאי לעשות שימוש בכל אמצעי לצורך המלחמה.
חוק הטבע השני נגזר מהחוק הראשון וקובע כי יהיה האדם נכון, בעת שגם האחרים נכונים, להניח את זכותו הטבעית לכל דבר, בהתאם למה שהוא חושב לנחוץ לצורך השלום ולצורך ההגנה העצמית, כשם שגם האחרים מניחים זכות זו, ולהסתפק באותה מידת החירות שהוא נכון להותיר בידם של האחרים כנגדו.
17 החוקים הנוספים נגזרים מהשניים הראשונים ועיקר עניינם הוא קיום חוזים ובריתות – הגדרתו של הובס לצדק – הלכות שבין אדם לחברו, כגון הכרת טובה, נוחות לבריות, נכונות למחול, והתנגדות לגאווה, עזות מצח, ושחצנות. בנוסף חוקי הטבע כוללים הנחיות לגבי עדות ומשפט. הובס טוען כי חכמים צמצמו את חוקי הטבע לכלל אחד – מה ששנוא עליך, אל תעשה לחברך – וזאת כדי שחוקי הטבע ייראו סבירים גם לבני האדם בעלי התפיסה העלובה ביותר.
כינון המדינה והריבון.
חוקי הטבע הראשונים הם שמניחים את היסודות לכינונה של ברית (covenant), במסגרתה מסכימים כל הפרטים להניח את זכותם הטבעית, לכונן את המדינה או הקהיליה (commonwealth), ולהעמיד בראשה ריבון.
הברית.
המילה ברית היא התרגום העברי למילה האנגלית covenant, שלה קונוטציות תאולוגיות בתקופה שבה הובס פעל. הובס מבחין בין "ברית" לבין "חוזה" או "אמנה" (contract).
הובס מדגיש שמשפט הטבע בפני עצמו אינו מאפשר את הביטחון הדרוש לשלום, וזאת כיוון ש"בריתות ללא החרב אינן אלא מילים, וחסרות הן כל חוזק [מכדי] לתת ביטחון לאדם בכלל". כמו כן, הביטחון הדרוש אינו יכול להיווצר מהתקבצותן של משפחות, או מהתקבצותם של אנשים רבים מבלי שהוכרז על שופט מוסכם. הובס סותר את עמדתו של אריסטו לפיה האדם, כמו יצורים חברתיים אחרים כגון הדבורים או הנמלים, הוא יצור פוליטי מטבעו.
הדרך היחידה שבה ניתן להשיג שלום וביטחון על פי הובס היא באמצעות ברית שבמסגרתה כאילו היה אומר כל אדם לכל אדם:
על פי הובס, הברית שמתוכה מתכוננת המדינה היא ברית בין כל הפרטים, אך הריבון אינו שותף לה ואינו צד לה. בעוד שהפרטים מוסרים את זכותם הטבעית לחירות, הריבון אינו מוותר על זכות זו, והוא נשאר בעל חירות אבסולוטית.
ב"האלמנטים של החוק" וב"לויתן" הובס קובע שמידת החירות המדויקת שעליה האזרחים צריכים לוותר נגזרת מהמטרה של הברית, שהיא ביטחון. יוצא מכך שהפרטים אינם יכולים לוותר על מספר זכויות שאם יוותרו עליהם לא תהיה לברית משמעות: הזכות להגן על חייהם, גופם, והזכות להתגונן מפני כליאה.
על אף חשיבותה של הברית, הובס קובע שהמדינה יכולה להיווצר גם בדרך של כיבוש. ההבדל היחיד בין שני המקרים הוא שבמדינה הנוצרת מתוך הסכמה בין הפרטים במצב הטבע הפרטים מסכימים מתוך פחדם מהאחרים, ובמדינה הנוצרת מתוך כיבוש, הפרטים מסכימים מתוך פחדם מהריבון עצמו.
המדינה.
הובס משתמש במילה האנגלית Commonwealth (קהילייה או מדינה) לתיאור הגוף שנוצר כתוצאה מהברית. מתוך הברית בין כל הפרטים נוצרת המדינה והריבון, אותם הוא מדמה לאל בן תמותה וליצור המיתולוגי לויתן: "זוהי הולדתו של אותו לויתן אדיר או מוטב (אם נדבר ביתר יראת כבוד) אותו אל בן תמותה אשר לו אנו חבים – [כאשר אנו] תחת האל האלמותי – את שלומנו ואת הגנתנו".
מטרתה המצומצמת של המדינה היא היציאה ממצב המלחמה, השמירה על השלום, וכינונו של כוח מוחשי אשר דרך הטלת הפחד מעונשים יגרום לכל הפרטים לכבד את הבריתות שכרתו ולשמור על חוקי הטבע. במקומות שונים הובס מתאר מטרה רחבה הכוללת גם אלמנטים שונים של רווחה. הגדרתה של המדינה היא:
"איש [Person] אחד, אשר המון גדול, בתוקף הבריתות ההדדיות שבין כל אחד עם האחר, עשו עצמם – כל אחד – היוזם לפעולותיו, לתכלית זו שיוכל להשתמש בעוצמתם ובאמצעיהם שלהם כולם, כפי שימצא למועיל, למען שלומם ולמען הגנתם הכללית".
סוג המדינה נקבע על פי סוג הריבון: מדינה עם ריבון אחד היא ממלכה; מדינה עם אספה ריבונית המורכבת מכולם היא דמוקרטיה; מדינה עם אספה ריבונית שבה רק חלק מהפרטים משתתפים היא אריסטוקרטיה. הובס מונה יתרונות רבים לממלכה, הוא קובע כי הבדלים אלה הם הבדלים של נוחות בלבד.
הריבון.
כאמור, הובס מדמה את המדינה לאיש אחד המורכב מכל הפרטים שכרתו ברית לכוננה. הריבון, על פי הגדרתו של הובס הוא איש אחד (גבר או אישה) או אספה של אנשים אשר נושאים את האישיות הזו.
הריבון במדינתו של הובס מחזיק בזכות לכל תפקידי הממשל, כולל הזכות לחוקק חוקים, לאכוף אותם, לשפוט, להעניש, להגדיר זכויות קניין, לכונן מלחמה ושלום אל מול מדינות אחרות, לכונן חוקים של כבוד ואצולה, ולקבוע מי היו שריו. לנתינים אין זכות לשנות את צורת הממשל, אין להם זכות למרוד או להעניש את הריבון, למחות כנגדו או כנגד פעולותיו, וכל פעולה כזו היא אי-צדק. כמו כן, הריבון הוא היחיד המוסמך לשפוט מה דרוש לצורך השמירה על השלום, והוא זה שמחליט אלה דוקטרינות ואלה עמדות הנתינים ילמדו. כל זכויות אלה הן מהותיות לריבון – הריבון לא מוסמך לוותר עליהן והן אינן ניתנות לחלוקה.
על פי הובס, החוקים הם אלה שמגדירים מה צודק ומה אינו צודק, והחוק של הריבון הוא תמיד צודק. מכאן שבסמכות הריבון גם לקבוע את כללי הצדק. עם זאת, הובס מבחין בין חוק צודק (כל חוק הוא צודק) לבין חוק טוב, שהוא חוק הכרחי לביטחון ולרווחה במדינה.
הנתינים במדינה מחויבים, על פי הובס, לציית באופן מלא לריבון ואי-ציות הוא אי-צדק. לכלל זה הובס קובע מספר חריגים. המקרים בהם הנתין לא מחויב לציית הם: (1) כאשר מצווה עליו להרוג את עצמו או לפגוע בעצמו, או כאשר ציות לחוק יביא לתוצאות זהות; (2) כאשר מצווה עליו להרוג אדם אחר; (3) כאשר נגזר עליו עונש מאסר או עינוי; (4) כאשר הוא מצווה להתוודות על פשע שביצע ולא מובטחת לו חנינה; (5) כאשר מצווה עליו להשתתף במלחמה, ובלבד שלא נדרשת ההשתתפות של כולם במלחמה להגנה על קיום המדינה.
דת ותאולוגיה.
הובס זכור כיום בעיקר בשל תפיסתו לגבי מצב הטבע, המדינה, והריבונות. אולם, לא ניתן להפריד את תפיסתו המדינית מהבנתו את הדת והתפיסה התאולוגית שהוא מציג. הובס סבר שהפולמוס התאולוגי באוניברסיטאות ובכנסיות הוא גורם מתסיס ומסית אשר מזיק הן למדע והן למדינה, והוא ראה בוויכוח התאולוגי בן-זמנו גורם עיקרי למלחמת האזרחים באנגליה.
הובס עוסק בדת בהרחבה ב"האלמנטים של החוק", ב-De Cive, ובביקורתו על התאולוג הקתולי תומאס וואיט (1643). הספר השלישי – והארוך ביותר – בלויתן עוסק במדינה הנוצרית ועיקרו הוא פולמוס תאולוגי ודיון על מקומה של הדת והפולחן במדינה; הספר הרביעי על "ממלכת החושך" הוא סאטירה וביקורת על הכנסיות בזמנו, אותן הוא מזהה עם פנאטיות ודמונולוגיה. הובס עוסק בנושאים אלה גם בחיבור "נראטיב היסטורי אודות מינות ועונשה" (An Historical Narrative Concerning Heresie, And the Punishment thereof) ובטקסט Historia Ecclesiastica, שנכתב בלטינית. הובס ידע שהדיון בנושאים אלה הוא המסוכן ביותר עבורו; והעובדה שעיקר הביקורת על לויתן מייד אחרי פרסומו נגעה לאספקטים התאולוגיים בגישתו מעידה על החשיבות שהקנה לנושאים אלה. גם אלו שביקרו אספקטים אחרים בגישתו של הובס ראו עצמם לעיתים תכופות כפועלים להגנה על הכנסייה והאוניברסיטאות. כך למשל, המתמטיקאי ג'ון ואליס, שלקח על עצמו להפריך את פתרונו של הובס לבעיה של תרבוע העיגול, הסביר כי הובס מתקיף והורס את האוניברסיטאות בטענה שמי שאינו מבין מתמטיקה אינו מבין דת; ובשל כך, הסביר וואליס, דרוש כי מתמטיקאי יראה להובס את טעויותיו.
הובס מדגיש במקומות רבים שלא ניתן לדעת דבר על אלוהים מלבד עובדת קיומו ולכן התאולוגיה נשענת כולה על השאלה מהי הסמכות המחליטה באיזו שפה ובאיזו צורה בני האדם נותנים כבוד לאלוהים. עם זאת, בכתביו שקדמו ללויתן, הובס נמנע מלטעון שהסמכות התאולוגית העליונה נתונה לריבון בלבד. טענה זו הופיעה לראשונה בלויתן והפכה את הובס למושא לביקורת באוניברסיטאות ובקרב אנשי הכנסייה.
מקור והגדרת הדת.
בפרק 6 בספר הראשון של לויתן, הובס מגדיר דת כ"פחד מכוח בלתי נראה שהנפש בודה, או מדמיינת מתוך סיפורים המותרים בציבור". אמונה תפלה היא אותו הפחד אשר הנפש בודה מסיפורים שאינם מותרים. יוצא מכך כי בהינתן שהדת עוסקת בדברים שאינם ניתנים לידיעה חושית, ההבדל היחיד בין אמונה דתית לבין אמונה תפלה הוא ההיתר הניתן לאמונה בציבור.
בפרק 12 הובס טען כי מקורה של הדת היא באדם עצמו ומספק הסבר פסיכולוגי לגורמים הטבעיים המביאים להיווצרותה. תכונה ייחודית לאדם היא הסקרנות לגבי הגורמים והסיבות לאירועים שהוא רואה. סקרנות זו והבורות לגבי הגורם האמיתי לאירועים מעוררת באדם הדואג לעתידו פחד וחרדה אשר הכרחי כי יופנה כלפי מושא כלשהו, וכיוון שאין דבר גלוי לחושים שניתן להאשימו, האדם בודה כוח בלתי נראה ובלתי מוחשי אשר הוא המקור לכל הדברים.
שלילה של אמונה פרטית כמקור להתנגדות אזרחית.
חלק נרחב מכתיבתו של הובס מוקדש לשלילה של התנגדות המבוססת על פרשנות שונה של כתבי הקודש או על טענות בדבר התגלות האל.