בחוזה הבנייה ניתנה אופציה להגדלת מספר הספינות מ-6 ל-12. מועד תפוגת האופציה חייב להחליט תוך שנה. למימוש האופציה היו יתרונות: בנוסף להנחה משמעותית במחיר היחידה, כללה האופציה קצב הספקה מואץ - מסירת ספינה נוספת כל חודשיים, במקום שלושה חודשים בהזמנה המקורית. אישור המטה הכללי משנת 1963 היה לבניית 12 ספינות מתוך כוונה להמשיך את הבנייה בישראל. כאשר הגיע המועד להחליט על מימוש האופציה, במאי 1966, עוד לא היו מספנות ישראל מוכנות לקבל את הבנייה. השיקול הכספי היה בולט לעין ונדרשה קבלת החלטה במשרד הביטחון. כאן נכנסו לתמונה צבי דינשטיין איש הכספים, וצבי צור שאישר את התוכנית כרמטכ"ל בשנת 1963, ועתה שימש כיועץ לראש הממשלה. הרמטכ"ל יצחק רבין הודיע שהוא מכיר בתוכנית ל-12 ספינות אך אין לו תקציב לכך. דינשטיין הציע פתרון על ידי מקדמה תקציבית ורבין לא התנגד. פליקס אמיו האריך בשבועיים את מועד האופציה כדי לתת זמן למחליטים וקיבל הזמנה להמשך הבנייה.
הסדרה הראשונה של ספינות הסער צוידה בשני תותחי 40 מ"מ תוצרת חברת ברדה באיטליה. הטווח היעיל שלהם הוערך בכשלושה ק"מ. בחברת אוטו מלרה באיטליה פותחו תותחים בינוניים, בעלי קצב אש גדול, לשימוש כנגד מטוסים ומטרות מהירות. נודע על תותח אוטו מלרה 76 מ"מ שנמצא כבר בשלבי גמר פיתוח. התקנת התותח תיתן עדיפות על סירות חמושות וטווח הירי היעיל הוגדל לשמונה ק"מ. התקבלה החלטה לגבי הסדרה השנייה על שדרוג התותחים: הותקן תותח אחד 76 מ"מ בחרטום, הורדו שני תותחי ה-40 מ"מ והוסר הסונאר לגילוי צוללות. צורת הגוף ומערכות ההנעה נותרו כשהיו. שיפור נוסף שהוכנס ביזמתו של הדר קמחי היה פתח מעבר בין חדר מכונות אחורי למגורי הירכתיים. על ידי כך ניתן היה לעבור בין המדורים ללא צורך לעלות לסיפון. שש הספינות בסדרה זו הוגדרו מאוחר יותר כדגם "סער 3".
הימנעות מקיצוץ כמותי.
בסתיו 1966 נערך קיצוץ גדול בתקציב הביטחון. ראש אג"ם עזר ויצמן חילק את הקיצוץ בין תוכניות ההצטיידות של חילות צה"ל. נקבע כי ירכשו פחות מטוסים, פחות טנקים וגם פחות שלוש ספינות סער - חיל הים יצטרך להסתפק בתשע ספינות. שלמה אראל הגיע לישיבת הממשלה והסביר שנסיגה מחוזה בנייה חתום, לא תביא לחיסכון הדרוש, והנזק לחיל הים יהיה קבוע. אראל הציע פתרון של דחיית רכישת מערכות הטילים בישראל, ללא ירידה במספר הספינות שכבר הוזמנו בשרבור. השיקול של אראל היה שלרכישת המערכות מאוחר יותר תהיה גם דרישה מצד התעשייה האווירית.
ובטווח הארוך כוחו של חיל הים לא יפגע.
ראש הממשלה ושר הביטחון לוי אשכול אישר את תוכנית הקיצוץ לפי הצעת אראל. בשלוש הספינות הראשונות לא הותקנו מערכות טילים והן הוגדרו כדגם "סער 1". שלוש מערכות טילי "גבריאל" שרכישתן נדחתה הוזמנו שלוש שנים מאוחר יותר. מערכת אחת מתוכן הורכבה לפני מלחמת יום הכיפורים על אח"י מזנק, ספינת פיקוד בקרב לטקיה.
החלטה להצטייד בטילים למרות הטווח הקצר.
הצורך הראשוני בטיל "גבריאל" היה כנגד משחתות ה"סקורי" המצריות, שהיוו אז את כלי האויב העיקרי. טווח מעופו תוכנן ל-20 ק"מ, כדי לאפשר לו עדיפות קטנה על טווח תותחי ה"סקורי". לאחר כניסת ספינות הקומאר והאוסה עם טילי ה"סטיקס" נעשו אלה האויב העיקרי. מטרות אלה, שהיו עם החזר מכ"ם קטן בהרבה, לא היוו בעיה ברכישת המטרה והביות של טיל ה"גבריאל". טווח טילי ה"סטיקס" היה 50 ק"מ, מעבר לטווח גילוי מכ"ם הדדי. משמעות הדבר כי האויב יוכל לשגר טילים ראשון. התעשייה האווירית הציעה להמשיך בפיתוח במטרה להגדיל טווח ה"גבריאל" ל-40 ק"מ. עם טיל כזה ניתן יהיה להקדים את השיגור במהלך הקרב. מפקד חיל הים אלוף אברהם בוצר הכריז כי - והחליט שלא להיכנס לפיתוח טיל בטווח גדול. בוצר הורה להצטייד ב"גבריאל" כמו שכבר פותח - עם טווח מעוף של 20 ק"מ.
החלטה זו תרמה לכך שבעיתוי פריצת מלחמת יום הכיפורים היו הספינות מצוידות בטילים. כדי להשיג את העדיפות הטכנולוגית ולהתגבר על היתרון בטווח שהיה לטילי ה"סטיקס", פותחו מערכות הטעיה נגד טילים ונרכשה יכולת לאיתור מוקדם של ספינות האויב.
תשתית קליטה בחוף.
במקביל לבניית כלי השיט, התקיים תהליך פיתוח וזיווד מערכות הלחימה. ההיערכות המקיפה לקליטת הכלים והטכנולוגיה החדישה, התבצעה על ידי מחלקת הציוד בניצוחו של אל"ם יעקב שפי. במערב נמל חיפה נבנו רציפי אצבע בניצב לשובר הגלים שיאפשרו גישה עם רכב מנוף עד לצדי הספינה הקשורה. במספנת חיל הים נבנו בתי מלאכה למנועים, לטילים, לתותחים ולאלקטרוניקה. מערכת הספנה מודרנית 'סינקרוליפט' להוצאת הספינה מהמים לצורך טיפולים הותקנה בנמל חיפה. בבסיס ההדרכה הוקם בית ספר לאלקטרוניקה, והחל תהליך גיוס והכשרה של מהנדסים וטכנאים לתחזוקה, בנוסף לצוותי כלי השיט. לאחר מלחמת ששת הימים, ב-1972, נבנו רציפים לעגינה בבסיס מפרץ שלמה. בתי מלאכה ומערכת ההספנה נבנו בנמל אילת, כדי לתחזק את ספינות הסער שיוצבו בים האדום.
בסיס חיפה היה הראשון לקלוט את ספינות הסער. מפקדי הבסיס ומפקדי שייטת ספינות הטילים קבעו כלל - שמשמעותה שכל מערכות הספינה יעבדו היטב, וכל אנשי הצוות יאוישו ויהיו כשירים לתפקידיהם. הם הקפידו על הכלל גם אם התכנון הוא להפלגה קצרה, בעת שלא מתקיימות פעולות איבה. ספינה היוצאת לים השאירה רשימת מפליגים ודו"ח יציאה לים, שהגיע לעיון עד רמת מפקד הבסיס. ספינה החוזרת מהים הגישה דו"ח תקלות, שמיד הוחל בטיפולם.
פיתוחים נוספים.
בנוסף לפיתוח הטיל "גבריאל" בוצעו פיתוחים עבור חיל הים בתחומי המכ"ם והלוחמה האלקטרונית, שהעניקו את היתרון שהוכח בקרבות הימיים. על פיתוח מכ"ם "דגון" שיוצר על ידי חברת אלתא זכה קצין חיל הים סא"ל עמוס דגן בפרס ביטחון ישראל. על פיתוח מגלה שידורי מכ"ם, זכה קצין חיל הים אל"ם חרות צמח, בפרס ביטחון ישראל לשנת 1968. צמח זכה פעם שנייה בפרס בשנת 1974 על פיתוח שתי מערכות לוחמה אלקטרונית ימית שהוכיחו עצמן במלחמה.
היערכות מקיפה זו, אפשרה לקלוט את כלי השיט ואמצעי הלחימה ולהתגבר על רוב מחלות הילדות, כך שהכוח היה מוכן לפעולה מיידית בפתיחת מלחמת יום הכיפורים, שפרצה בהפתעה.
מלחמת ששת הימים.
חיזוק ודחיפות צורך המבצעי - המלחמה פרצה בעיתוי מפתיע למדינת ישראל. חילות הים הערביים כבר היו מצוידים ברכש חדש, לרבות ספינות טילים, אך לחיל הים לא היו עדיין ספינות הסער. לחיל הים לא היו עדיין טכנולוגיה עדיפה, ולא כמות מספקת של כלי שיט ליצירת עדיפות, אפילו זמנית ומקומית. מפקד חיל הים חשש מתקיפה מתואמת מצרית-סורית, וקיבל אישור לפעילות התקפית של הקומנדו הימי. פעילות הקומנדו שנעשתה הרחק מחופי ישראל לא הניבה תוצאות, אבל השיט לישראל לא הופרע. לאחר שהתברר הניצחון האווירי, הוסר החשש מתקיפת חופי ישראל. במלחמה זו הוכח על דרך השלילה, הצורך בספינות הסער והדחיפות במימוש התוכנית. במלחמה לא התגלה לחיל הים דבר חדש שלא ידע קודם. למרות מדיניות המימוש המהיר שננקטה, בניית כלי שיט ופיתוח אמצעי לחימה חדישים חייבו את הזמן שנדרש לכך.
לאור ההצלחה המהירה של חיל האוויר וכוחות היבשה, נראו ביצועי חיל הים כבטלים. שלוש פעולות של הקומנדו הימי שהוחל בביצוען בסוריה, לא הגיעו למצב מימוש. פעולות התקיפה של הקומנדו הימי במצרים לא הטביעו מטרות. בעקבות חוסר הקשר עם הצוללים באלכסנדריה הוציא חיל הים משחתות לחילוץ אלטרנטיבי. החילוץ לא היה מתוכנן קודם, אך משנודע שלוחמי שייטת 13 נפלו בשבי, הן הוחזרו.
כתוצאה מהצטברות רצף טעויות, ביום השלישי ללחימה, הותקפה בשוגג האונייה האמריקאית "ליברטי". באונייה נגרם אובדן חיים מצער, ולישראל נוצר נזק תדמיתי וחוסר אמון מתמשך מצד גורמים בארצות הברית.
בקשות הסיוע האווירי שהגיעו למטה הכללי מחיל הים בלילה הראשון ושיגור המשחתות הבלתי מתוכנן לחילוץ צוללים שאבד עימם קשר בנמל אלכסנדריה, המחישו למטה הכללי את פוטנציאל ההסתבכות בפעולות חיל הים, בפרט עם הקומנדו הימי. בתודעת אלופי המטכ"ל כולל יצחק רבין, נצרבה המסקנה שפיקוד חיל הים אינו מעריך נכון את המציאות, ולוקח סיכונים מעבר לצורך. היה בכך חיזוק להערכה מטכ"לית קודמת, שאין צורך לשתף את חיל הים במלחמה, אך תוכנית בניית ספינות הסער הייתה בשלב מתקדם, ולא ניתן היה להתערב בה.
ספינות סער לים סוף.
בעקבות המלחמה נפתח ים סוף לכל אורכו, מהעיר סואץ ועד מצרי באב אל מנדב, לפעילות ישראלית. שר הביטחון משה דיין חזה את הפוטנציאל בקשר עם המזרח, והחליט שעל חיל הים לפעול בים סוף. הוא דרש שחיל הים יעביר שש ספינות סער לים סוף, ובים התיכון "יסתדרו עם מה שיישאר". מבחינה אסטרטגית נראה לפיקוד חיל הים שפיצול הכוח - שעדיין אינו מספיק לים התיכון - בין שתי הזירות ייצוֹר חולשה וכישלון. שלמה אראל השיב שהפעילות בים סוף תעשה רחוק מנמל הבית, ותדרוש כלי שיט גדול יותר. באותה עת כבר החלה להתגבש המסקנה שספינות סער 2 וסער 3 קטנות במקצת וגם לפעילות בים התיכון תידרש ספינה גדולה יותר.
דיין שוכנע בצורך להגדלת הכוח, אך הרמטכ"ל חיים בר-לב, שלא היה שותף לחזונו של דיין בנושא ים סוף, התנגד. התקיים דיון בממשלת האחדות הלאומית, בראשות לוי אשכול אליו הביא שלמה אראל את עמדת חיל הים. דבריו של בר-לב באותו דיון מאפיינים את עמדת המטה הכללי גם לתקופות מאוחרות יותר: