החל משנת 1962, החל משא ומתן מורכב לקביעת מעמדה של החברה הצרפתית לפסיכואנליזה בתוך האגודה הפסיכואנליטית הבינלאומית. הפרקטיקה של לאקאן (ביחד עם נושא ה"מפגש באורך-משתנה", שהיה השנוי במחלוקת) ועמדתו הביקורתית כלפי הפסיכואנליזה הקלאסית, הובילו את האגודה הבינלאומית להתנות ב-1963 את קבלתה של החברה הצרפתית לארגון, בסילוקו של לאקאן מרשימת הפסיכואנליטיקאים שלהם. לאקאן עזב את SFP והקים בית ספר משלו, שנודע בשם "בית הספר הפרוידיאני של פריז" (École Freudienne de Paris). בתמיכתם של קלוד לוי שטראוס ולואי אלתוסר, התמנה לאקאן למרצה ב"בית הספר הפרקטי ללימודים גבוהים" (École Pratique des Hautes Etudes). בינואר 1964 פתח סמינר על "ארבעת מושגי היסוד של הפסיכואנליזה". הוא החל לקדם את גישתו הפסיכואנליטית לקהל של עמיתים שהצטרפו אליו מ-SFP.
בשנות ה-60 נקשר שמו של לאקאן, בתודעה הציבורית, עם השמאל הסוציאלי בצרפת. בניגוד לחלק מתלמידיו, אשר דגלו אשר קראו למהפכה כחלק מהפגנות הסטודנטים, לאקאן הקדיש חלק משיעוריו כדי להסביר מדוע התוצר של מהפכה הוא כינון אותו הסדר מחדש. לאקאן עצמו לא השתתף בהפגנות, אך כחלק מהדרך בה דבק נתן לכל אחד מתלמידיו להביע עצמו בדרכו שלו. לאקאן ותלמידיו הקימו מחלקה לפסיכואנליזה באוניברסיטת פריז VIII, אשר עד היום מתפקדת כמקום הוראה לפסיכואנליזה לאקאניאנית. ב-1969 העביר לאקאן את הסמינרים הפומביים שלו לפקולטה למשפטים, שם הוא המשיך להעביר את רעיונותיו על תאוריה ופרקטיקה אנליטית, עד לסגירת בית הספר ב-1980.
שנות ה-70.
בשנים האחרונות לחייו המשיך לאקאן בסמינרים הידועים שלו. בתקופה זו פיתח את המושגים של ההתענגות האחרת (המכונה גם התענגות נשית) אל מול ההתענגות הפאלית (התענגות לוקלית), והדגיש את המשלב הממשי (réel) כמשלב של הבלתי-אפשרי, לעומת שני המשלבים האחרים - הדמיוני והסמלי. לעבודה מאוחרת זו הייתה השפעה רבה על המחשבה הפמיניסטית, כמו גם על הפוסט-מודרניזם, ועבודתו עד היום מעוררת השראה בפילוסופים והוגים רבים, כמו גם פוליטיקאים וידוענים בתחום זה בצרפת ובעולם.
השפעות.
לאקאן נודע בכך שהכריז על עצמו כמי ש"חזר אל פרויד". ההשפעה המרכזית על התפתחות מחשבתו של לאקאן הייתה על-כן הפסיכואנליזה של זיגמונד פרויד שאת מחקריו ומאמריו קרא באדיקות ופירש לאורך כל משך עבודתו ההגותית והפרקטית בקליניקה ובעבודתו בתחום בריאות הנפש כפסיכיאטר. עבור לאקאן, הוראתו של לאקאן אינה רק תאורטית, אלא מגלמת פרקטיקה בעלת השלכות ממשיות אשר יש לעבוד עמה בכדי לשכללה ולפתחה.
בחיפושיו אחרי דרך לכתוב את גילויה של הפסיכואנליזה, עשה לאקאן שימושים בבלשנות הסטרוקטוליסטית של פרדינן דה-סוסיר ובמושגי הסימן, המסמן והמסומן - אם כי בשינויים ופיתוחים מרחיקי לכת, כגון התייחסות ישירה להפרדה האבסולוטית בין מסמן ומסומן המגולמת בקו המפריד ביניהם בנוסחה הסוסיריאנית המפורסמת. כמו כן, ועל מנת לנסות וללכוד משהו מן הממשי או הבלתי אפשרי להיכתב, לאקאן יצר כתיב אלגבראי המבוסס על חוקי הלוגיקה, ששימש אותו לאורך הוראתו ובפיתוח מושגים אשר גזר באופן ישיר מהוראתו של פרויד כגון - פנטזמה, איווי וסובייקט שסוע. מושגים אלו לאקאן כינה במונח מתימה (matheme), תוך קריצה למונח שטבע בין זמנו, אשר ביקר לא מעט בסמינרים של לאקאן, קלוד לוי-שטראוס. כחלק מניסוח המתימות והתקדמות הוראתו, לאקאן התייחס באופן נרחב למתמטיקה, טופולוגיה, וכן אל הרטוריקה והשירה.
לצד הניסיונות של לאקאן להבנות ולהמשיג את התאוריה והפרקטיקה הפסיכואנליטית תוך שימוש בכלים המדעיים והמתודולוגיים של תקופתו, ניתן למצוא בהוראתו השפעות של פילוסופים ואנשי הגות רבים, וממגוון תחומים שמקיף כמעט את כל קשת התרבות המערבית.
בתור ההשפעות הפילוסופיות העיקריות על לאקאן ניתן למנות את אריסטו - בעיקר סביב הדיון על האתיקה של הפסיכואנליזה בסמינר השביעי של לאקאן, את היידגר - אותו פגש לאקאן במהלך חייו, ואת הגל - הפילוסוף שמוזכר פעמים רבות ב"כתבים" של לאקאן; בסמינר "ארבעת מושגי יסוד של הפסיכואנליזה" מתאר לאקאן את פיתוח מושג הסובייקט שלו כ"לאקאן נגד הגל".
אל אפלטון פונה לאקאן, לדוגמה, כדי למצוא ב"המשתה" שלו את ראשית התאוריה על ההעברה (בסמינר השמיני של לאקאן, על מושג ההעברה), וכן כדי להציע אלטרנטיבה למיתוס המפורסם של אריסטופאנס המובא שם (בסמינר האחד עשר).
חלק מבין ההוגים שהשפיעו על התפתחות מחשבתו של לאקאן הם אלו שהיו דומיננטיים באטמוספירה התרבותית בה הוא פעל, כשחלקם היו מכרים וידידים אישיים שלו. לאקאן הושפע מהזרם הסוריאליסטי שהתרכז בפריז בשנות השלושים, ואף פרסם מאמר על פרנויה לצד מאמר של סלבדור דאלי בנושא. ללאקאן היו יחסי ידידות עם כמה הוגים מרכזיים המוזכרים בסמינרים שלו - הסוציולוג קלוד לוי שטראוס, מאבות הסטרוקטורליזם, הבלשנים רומן יאקובסון ואמיל בנבניסט, וכך גם עם הפילוסוף מוריס מרלו-פונטי.
ההוראה הלאקניאנית.
הוראתו של לאקאן התרכזה בעיקר בסמינרים שהעביר תחילה בבית חולים סנט-אן ומאוחר יותר ב- École Normale Supérieure.
מושגים מרכזיים.
איווּי.
כבר בתחילת דרכו ניסח פרויד את התלות של בן-האנוש הקטן באחר, עוד מלידתו. אם כן, הסובייקט זקוק לאחר כדי לשרוד, אך תלות זו אינה מוגבלת לסיפוק צרכיו הביולוגיים, ובנקודה מסוימת מתווסף ממד התביעה - הדרישה לסיפוק תביעתו של הסובייקט לאהבה ולהכרה. אך התביעה כשלעצמה אינה עדות לכך שנרשם חֶסֶר, אשר אליבא דלאקאן הוא תוצר של התערבותו של גורם שלישי בתצורת הפונקציה האבהית. הלא אשר האב מכונן בתרחיש האדיפלי הוא לא המסדיר את המשלב של החוק הסמלי: לא האישה הזו (האם), כן לאישה אחרת בעתיד. החוזה הזה אשר כמו נכרת בין בן ואב, מכונן אפשרות למשהו אחר אשר מבוסס על כך שהאם אינה המענה לסיפוק צרכיו ותביעותיו המלאות של הילד, בין אם מדובר בבן או בת. ההסכמה מצד הסובייקט לרשום את חוק האב, לקבל אותו כמה שמכונן אפשרות אחרת, בו-זמנית גם מכונן חֶסֶר מלשון - אובייקט אשר אינו שם, הלך לאיבוד, הוצא מידיו של הסובייקט והונח בממד של האחר הגדול (החברה, הקהילה, השפה, וכו'). ברגע זה, נרשם חֶסֶר, מקום ריק בקונסטיטוציה הנפשית, אשר מכונן את המשלב של סחר חליפין מהסדר הסמלי.
האובייקט אם כן מתפקד כסיבה הדוחפת ומניעה אל עבר משהו אשר הסובייקט מתאווה לו. כך האובייקט פועל כסיבת האיווי ("désir"). החֶסֶר מדרבן את הסובייקט לנסות ולמלא את האיווי, אם כי ללא הצלחה מאחר שהאיווי מכונן על חסר זה, בדרכים רבות ומגוונות. האיווי נותר פעור תמיד, ולא ניתן להכחידו. עם זאת, ניתן לסתום את המקום הריק אשר מכונן האובייקט, ובכך למעשה נוצרת התענגות עודפת, סותמת, במובנים מסוימים גם חונקת, וזוהי תצורה של חרדה (כאשר משהו מופיע במקום אשר אמור להיות ריק).
האיווי הוא תמיד האיווי של האחר הגדול, משמע - הרצון להיות אובייקט התשוקה של האחר והרצון לקבל ממנו הכרה; הרצון לנכס את אובייקט האיווי של האחר; התשוקה כלפי האחר הראשוני - האֵם - בשלב האדיפלי. כך האיווי הוא מחד האיווי לאובייקט של האחר, ומאידך האיווי להיות אובייקט של האחר. אך למעשה, סובייקט אשר מתמקם כאובייקט של האחר הגדול, של האם, הוא הסובייקט הפסיכוטי אשר אינו רשם את החסר המכונן על ידי החוק הסמלי.
האחר הגדול.
לאקאן עושה אבחנה בין "אחר" (באות רישית קטנה, other) (שמקורו בשיר של המשורר הצרפתי בן המאה ה-19 ארתור רמבו), אשר הוא למעשה השלכה של האגו, אחר דמיוני אשר מהווה למשל הדמות במראה או עמית, חבר בין ילדים, ובין "אחר גדול" (באות רישית גדולה, Other), אשר מגלם למעשה אחרות מסדר שונה - ההורים, השפה, התרבות, הסדר הסמלי. יש למונחים אלו מקום מרכזי בהגותו של לאקאן.
כבר במאמרו המכונן על שלב המראה, ניסח לאקאן את התפתחות הסובייקט כתהליך דיאלקטי אל מול "אחרות" שמגלה התינוק בדמותו במראה.
בהמשך ניסח לאקאן את היחס עם האחר דרך כמה מושגים מרכזיים - "הלא-מודע בנוי כשפתו של אחר גדול" היא נוסחה לאקנינית שמדגישה את קיומו הזר והאקסטימי של הלא-מודע במסגרת המנגנון הנפשי.
גם את מנגנון האיווי ניסח לאקאן כ"איווי של האחר הגדול", זאת אומרת כאיווי שנקבע ומוגדר על ידי דרישה מהסובייקט מאת אחר גדול אשר ממוקם ככזה על ידי הסובייקט.
שלושת המשלבים.
מושגי מפתח בהגותו של לאקאן הם שלושת המשלבים - הממשי, הדמיוני והסמלי. היחס בין משלבים אלו הוא של קדימה לוגית ולא של קדימה בזמן, זאת אומרת לא מדובר בשלבים התפתחותיים המתרחשים לאורך חיי הילד כך שהם אינם משקפים שלבים בהתפתחות הנפשית, והם כולם תוצר של המפגש גוף-שפה.
'הממשי' אצל לאקאן הוא משלב אשר בו לא מתקיימת הפרדה או אבחנה ברורה בין סובייקט-אובייקט, למעשה מדובר במשלב בו מתקיים סיפוק תמידי של הצרכים ללא מחסורים.
את האנלוגיה הפילוסופית לשלב הזה שואב לאקאן מהגותו של הפילוסוף היווני פרמנידס שטבע את האפוריזם "היש ישנו והאין איננו" כלומר, הוויה אצל פרמינדס היא שלמה, או בניסוחו של לאקאן "בממשי אין חסר". השפה במובנה הסמלי, המשלב הסמלי, היא זו היוצרת חסר במשלב הממשי על ידי הסמלה של אותו דבר אשר לא ניתן להגותו. הממשי הנו נטול מובן, נטול משמעות, וקשור באופן הדוק במה שלאקאן מכנה התענגות.
'הדמיוני' הוא השלב שבו דמותו של התינוק משוקפת על ידי האם המנכיחה את זהותו על ידי ההוראה "זה אתה".
שלב זה, שבו נוצרת אשליית השלמות של 'האני' או 'העצמי', נוצר בתקופה של העדר קואורדינציה פיזית. לפער זה כמה השלכות על ההתפתחות הנפשית: הוא יוצר תחושה מדומה של שלמות הניתנת להשגה, הוא מעומת תדירות עם תחושת הפרגמנטציה, וככזה מהווה מקור לתוקפנות ולקנאה.