ב-1890 חיו בעיר 16,000 איש, מהם 2,700 יהודים: 1,100 ספרדים ו-1,600 אשכנזים. בעיר היו אז שלושה בתי מלון, וקונסוליות של עשר מדינות. בקרבת העיר היו 300 פרדסים, שמהם נשלח פרי הדר רב לחו"ל. באותה שנה עברו בנמל יפו 399 אוניות קיטור ו-554 אוניות מפרש. דרך עתיקה הובילה מן הנמל אל ירושלים, שבחומתה היה קבוע שער יפו. דרך זו הייתה במאה התשע עשרה לרחוב משגשג, שבו הוקמו בתי הארחה ובתי תפילה. בשנים אלו היה נמל יפו מרכז לבואם של עולי העליות הראשונות לארץ ישראל. היזם הירושלמי יוסף נבון האמין כי קו רכבת בין ירושלים לשפלת החוף יניב רווח גדול. ב-28 באוקטובר 1888 קיבל נבון זיכיון להנחת מסילת רכבת מיפו לירושלים ולהפעילה במשך 71 שנים. המסילה נמתחה מתחנת הרכבת יפו עד תחנת הרכבת ירושלים. מסילת הרכבת יפו–ירושלים הושלמה באוגוסט 1892. ב-26 בספטמבר 1892 יצאה הרכבת הראשונה מיפו לירושלים כשהיא עטורה בדגלי האימפריה העות'מאנית. משך הנסיעה בקו החדש היה כארבע שעות.
באוקטובר 1898 ביקר בעיר בנימין זאב הרצל. בתקופה זו ישבו ביפו 32,000 תושבים, מהם 3,000 יהודים. ב-26 ביולי 1903 נפתח ביפו סניפו הראשון של "בנק אנגלו-פלשתינה", לימים "בנק לאומי" (הבנק העתיק את עסקיו לתל אביב ב-1921) בקרן הרחובות שדרות ירושלים מספר 1 פינת רחוב אילת 2 ורחוב אפ"ק (אנגלו פלסתינה קומפני) מספר 1. ב-1905 ייסדו ד"ר יהודה לייב מטמון-כהן ואשתו, פניה לבית ברומר, את "הגימנסיה העברית" ביפו. תחילה למדו בגימנסיה 17 תלמידים. לאחר שעלה מספר התלמידים עבר בית הספר לנווה שלום. בשנת 1909 הועברה הגימנסיה לרחוב הרצל בתל אביב ואז נקראה הגימנסיה העברית "הרצליה", על שם בנימין זאב הרצל. השפעתה של הגימנסיה העברית על הקהילה היפואית ומחוצה לה דרבנה את חרדי יפו, בעידוד הרב יהודה לייב פישמן מימון, ליזום הקמת מוסד דתי מקביל. מימון ביקר בארץ ישראל בקיץ תרס"ח 1908 והמליץ לאנשי "המזרחי" להעניק חסות לבית ספר "תחכמוני", כיוון שראה בבית הספר בלם פוטנציאלי להתפתחות הגימנסיה. עם הקמת תל אביב עבר בית הספר לרחוב לילינבלום.
ב-1907 התגוררו ביפו כ-8,000 יהודים מתוך 40,000 תושבים. יפו הייתה מרכז המושבות היהודיות בארץ ישראל. אליה הגיעו היהודים מהגולה וממנה פנו למושבות הראשונות. ביפו קיבלו את המידע על קרקעות שעמדו למכירה ועל מקומות עבודה פנויים. פעילות זו התרכזה סביב חאן מנולי, אכסניה לעוברי אורח בבעלות ארמני בשם מנוּלי. הייתה זו תחנה מרכזית של העגלות שנסעו למושבות הראשונות. אליה הגיעו בני המושבות ליפו לשם קניית מוצרים ושיווק תוצרתם. אל החאן הגיעו גם העולים החדשים ובו פגשו סוחרי קרקעות. משה סמילנסקי כינה את החאן "מרכז המושבות ביפו". בסביבתו היו גם מוסדות שסייעו לקליטת העולים: ועד חובבי ציון והמשרד הארצישראלי.
בשנת 1908 פרץ גל מעשי איבה נגד יהודים. ביפו, בניגוד ליתר הערים, לא חיו היהודים ברובע נפרד, אלא בקרב האוכלוסייה הערבית והנוצרית. בעקבות מהפכת הטורקים הצעירים השתנו היחסים בין הקהילות. באותה תקופה החלו גם להתפרסם עיתונים אנטי-ציוניים. היה זה אות שבישר את הידרדרות היחסים בין שתי האוכלוסיות ב-1921.
עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה היו בעיר כארבעים וחמישה אלף תושבים, ובהם כ-15,000 יהודים. העיר שימשה מרכז לבאים לארץ. היו בה אכסניות רבות לעולים, ותעסוקה רבה שסיפקו הפרדסים, הנמל, ותנועת התיירים המתמדת. ב-30 במרץ 1917 (ז' בניסן - שבוע לפני חג הפסח) גירשו הטורקים את תושבי יפו, יהודים כערבים (ראו: גירוש תל אביב), בשל החשש כי הבריטים יכבשו את העיר. תושבי יפו הערבים יצאו לכפרים שבסביבת העיר וחזרו לבתיהם במהרה.
תקופת המנדט הבריטי.
ב-16 בנובמבר 1917 כבשו הבריטים את העיר. לאחר ששבו אליה רבים מתושביה היהודים שהתפזרו לשאר חלקי הארץ ולמצרים, נמנו 8,740 יהודים ביפו ועוד 1,248 בתל אביב.
פרעות ביהודים בשנים 1920–1921 הביאו לבריחת התושבים היהודים שהתרכזו עתה בתל אביב שהפכה למרכז העירוני היהודי החשוב ביותר. תחילתן של פרעות תרפ"א במצעד שנערך ביפו ב-1 במאי 1921 והפך להתפרעות-דמים: בין היתר התנפלו הפורעים על "בית העולים" בעיר, והרגו ביושביו. בהרוגים בפרעות היה גם הסופר יוסף חיים ברנר אשר נרצח עם חמישה מחבריו סמוך לבית הקברות המוסלמי "שייח מוראד", כיום דרך קיבוץ גלויות בתל אביב.
במפקד 1922 מנתה אוכלוסיית העיר 32,523 נפש: 20,621 מוסלמים, 6,808 נוצרים ו-5,087 יהודים. בסוף אותה שנה חיו בתל אביב כ-15,000. ב-1927 חיו בתל אביב כ-38,000 איש. בתחומי העיר יפו נותרו כמה אלפי יהודים, שרובם התרכזו בשכונות על הגבול עם תל אביב. יפו הערבית הייתה כמעט ריקה מיהודים. בתחילת שנות ה-30 של המאה ה-20 היו בשתי הערים יחדיו כ-80,000 איש.
במפקד 1931 מנתה אוכלוסיית העיר 51,866 נפש: 35,506 מוסלמים, 9,132 נוצרים ו-7,209 יהודים.
בשנת 1936 היו ביפו 50,000 תושבים, מתוכם 10,000 יהודים, לעומת 130,000 תושבים בתל אביב.
המרד הערבי הגדול ("מאורעות תרצ"ו") הפתיע את היישוב. ארבעה ימים לפני פריצתו הותקף רכב יהודי ובהלוויית אחד ההרוגים הותקפו הולכי רגל ערבים. ביפו הופצה שמועת שווא, כאילו היהודים רצחו ארבעה ערבים. ב-19 באפריל 1936 הוכרזה שביתה כללית בנמל יפו, ואחריה החלו אירועי הדמים בארץ. לאחר זמן מה נאסף המון ערבי נזעם ליד בית הסראייה ותקף יהודים. גם תושבי השכונות שבגבול תל אביב ויפו, נווה שלום, שכונת שפירא ושכונת התקווה, הותקפו בבתיהם ומן המארב. במסגרת השביתה הכללית הושבת גם נמל יפו לשישה חודשים, דבר שנתן תמריץ לפתיחת נמל תל אביב.
כדי לדכא את המאורעות ביפו, העיר הראשונה שבה פרצו מהומות, הכינו הבריטים את "מבצע עוגן", במטרה להשתלט על מרכז העיר תוך פיצוץ מאות בתים, חלקם מהאוויר, כדי לפלס דרכים בשטח העירוני הצפוף. נתיבים אלו הם דרכי המעבר המודרניות של העיר העתיקה.
ב-1946 מנתה אוכלוסיית העיר 101,580 נפש: 43,930 מוסלמים, 30,820 יהודים ו-16,800 נוצרים.
במאי 1947 מינה האו"ם את ועדת אונסקו"פ, "הוועדה המיוחדת של האו"ם לענייני ארץ ישראל", לדון בשאלת ארץ ישראל. הנציב העליון הבריטי שאל את אמין אל-חוסייני, מנהיג ערביי ארץ ישראל, האם יתמכו הערבים בתוכנית החלוקה אם תשונה ההצעה כך שיפו תישאר בידי הערבים, אך זה סירב נחרצות. עם פרסום המלצות הוועדה החלה המערכה על יפו.
סירובו של המופתי התבסס על כך שיפו הייתה אחד המרכזים החשובים ביותר של האוכלוסייה הערבית בארץ. ישבו בה חלק גדול ממערכות העיתונים והמוסדות המפלגתיים הערביים וגם הריכוז המתקדם ביותר של האוכלוסייה. בינתיים עקבה "ההגנה" אחר הלך הרוחות בעיר. בסתיו 1947 ביצרה "ההגנה" עמדות בשכונות הדרומיות של תל אביב, שגבלו ביפו, ואיישה אותן במגויסים.
בספטמבר 1947 התבקשה משלחת ארצות הברית לאו"ם "לעשות הכל כדי שתמצא פתרון לבעיית ארץ ישראל". כך הוצע כי יפו, שאמורה הייתה להיכלל במדינה היהודית, תהיה מובלעת השייכת למדינה הערבית. ואכן, כך נקבע בסופו של דבר בתוכנית החלוקה, על אף שהתנאי לא התקיים: הערבים לא ראו במחווה "פתרון לבעיית ארץ ישראל". לקראת ההצבעה באו"ם על החלטת החלוקה הקים הוועד הערבי העליון, המוסד העליון של ערביי פלשתינה, "ועד לאומי" למען ניהול המאבק.
המערכה על יפו.
יום לאחר החלטת האו"ם נרצח יהודי בגבול תל אביב יפו. אחריו נפגעו רבים נוספים מצליפות, בעיקר ממבנים גבוהים מסביב לתל אביב, דוגמת מסגד חסן בק, לעבר חלקים של רחובות הרצל, העלייה ואלנבי, שהיו חשופים לאש הצלפים. פעילות המסחר בתל אביב עברה למרכז העיר. בהמשך הצטרפו מתנדבים מעיראק לצלפים מצריחי המסגדים וגם כבשו בתים נטושים באזורי ספר. "ההגנה" העריכה כי הצלפים הם אנשי צבא לשעבר ואנשים שאומנו במיוחד. בין דצמבר 1947 לאפריל 1948 נפגעו למעלה מ-1000 מתושביה היהודים של תל אביב, מהם כ-170 הרוגים. כ-17,000 מתושבי השכונות שגבלו ביפו נאלצו לברוח למרכז תל אביב וצפונה. הצליפות מיפו הובילו לפעולות נגד, ואלה בוצעו בחלקן על ידי האצ"ל והלח"י.
תושבי יפו היו מפולגים: חלקם תמך במופתי וחלקם היו נגדו. הזרים שהיו בעיר, ופגעו באוכלוסייה האזרחית, תרמו להורדת המורל ברחוב הערבי. הם הבחינו היטב בסכנה הצפויה. וכך כתב העיתון היפואי "א-דיפע" במאמר ראשי: "לשרתוק ניתן הכל מה שביקש...הוא קיבל את יפו, המוקפת חומה של אדמות יהודיות ומוצפת נחשול של איבה יהודית". יפו הייתה נחותה צבאית: הדרכים לעיר היו בשליטה יהודית, ותושביה הערבים ללא פיקוד צבאי מסודר או מטרת לחימה מוגדרת. אם כי הם קיבלו סיוע עקיף מערביי רמלה ולוד שחסמו את הדרך לירושלים בפני היהודים, ומערביי סלמה ויאזור, שתקפו את השכונות המזרחיות של תל אביב.
בסוף שנת 1947 היו באבו כביר ובשכונות הערביות הסמוכות לה כחמשת אלפים איש. מיד לאחר 29 בנובמבר 1947 החלו ערביי אבו כביר לפגוע בתחבורה לירושלים ולמושבות הדרום עד שנאלצו לסלול כביש עוקף. הערבים המשיכו לירות ולצלוף מאבו כביר על רחוב הרצל, שכונת שפירא ושכונת פלורנטין. ב-8 בדצמבר הותקפה לראשונה שכונה בתל אביב באופן מאורגן ובכוחות גדולים. 300 ערבים מיפו ומסלמה תקפו את שכונת התקווה: 32 צריפים עלו באש, 300 אנשים נשארו ללא קורת גג ו-2,500 תושבים ברחו מהשכונה. הערבים לא ניצלו את הצלחתם בשל עיסוקם בביזה. להגנה הייתה מסקנה: "הערבי מוכן לרצוח ולשדוד אך לא למות". רבים מתושבי יפו, שכלכלתם התבססה על גידול וייצוא פרי הדר, ביקשו להפסיק את הפעולות הצבאיות לפחות בתקופה זו של השנה. ב-9 בדצמבר, יום אחרי הקרב ב"שכונת התקווה", נחתם הסכם בין ראשי הערים להחזיר את השקט למשך עונת ההדרים.