שנפט חפץ לחזור לגרמניה מולדתו, אולם הקונסוליה הגרמנית באיטליה סירבה להתיר לו להיכנס לארצו (לא ניתן היה להיכנס אז לגרמניה בדרכון ישראלי, שהיה מיועד ל"כל הארצות פרט לגרמניה"). שנפט נתקע באיטליה, פנה לצירות המצרית שם, הציע את שירותיו והעניק למצרים מידע שאליו נחשף בתור קצין. שנפט עבר קורס לסוכני מודיעין בקהיר ובשנת 1957 חזר לארץ למטרת ריגול, עם דרכון מזויף ע"ש דוד וייצברג, נתפס, נשפט וריצה חמש שנות מאסר. אחר כך שב לגרמניה ועקבותיו נעלמו.
על פי גילויים חדשים על הפרשה, חזרתו של שנפט לארץ הייתה למעשה בשליחות איש מודיעין ישראלי שהתחזה לסוכן עיראקי. הוא פיתה את שנפט לשוב לישראל על מנת שניתן יהיה למצות איתו את הדין בארץ.
פרשיות נוספות.
ב-1954 מצא את מותו במבצע ברן של המוסד אלכסנדר ישראל, קצין צה"ל שעמד להעביר ידיעות למצרים.
ב-1956 נחשפה רשת ריגול שפעלה בישראל למען המודיעין הפולני. לפי הערכת שירות הביטחון, הנזק שגרמה רשת זו לא היה חמור.
ב-1965 נעצר מרגל רומני שנשלח לישראל כמה שנים לפני כן, במסווה של עולה חדש.
ב-1999 הורשע ואלרי קמינסקי בריגול ובמסירת ידיעות ל-ק.ג.ב. הוא עלה מברית המועצות בשנת 1976 ועבד בתעשייה האווירית. קמינסקי הואשם במסירת ידיעות לסוכני ה-ק.ג.ב. במשך 17 שנים. כמו כן, העביר לסוכנים הרוסים גם ידיעות שקיבל מבנו, ששירת ביחידה מובחרת. בית המשפט גזר עליו 6 שנות מאסר.
פרשיות נוספות בתולדות המדינה, אף על פי שלא היו כרוכות בריגול ממש, גרמו לדליפת מידע חמורה: למשל, המידע שמסר עמוס לוינברג לשוביו (ובכך גרם נזק עצום, אף על פי שבהתחשב בנסיבות לא ניתן לראות בו מרגל) או הידע והציוד הכימי שמכר נחום מנבר.
בולט המקרה של מרדכי ואנונו שהדליף ל"סאנדיי טיימס" את המידע יקר־הערך שהחזיק על סודות הגרעין של ישראל.
באוקטובר 2016 החל העיתון "ידיעות אחרונות" לפרסם סדרת כתבות מאת רונן ברגמן, העוסקת בישראלים המוזכרים במסמכי מיטרוחין. לפי כתבות אלה פעלו בישראל כסוכני הקג"ב חברי כנסת, קציני צה"ל, עובדי השב"כ, עובדי תעשיות צבאיות, עיתונאים, אנשי דת ודיפלומטים זרים ששירתו בישראל. עם האישים המוזכרים נמנים חברי הכנסת משה סנה, אלעזר גרנות ויעקב ריפתין, כמו כן מוזכרים שמות של אחד המייסדים של משק המים בישראל יעקב ורדי, עיתונאית אביבה סטן. אחדים מהסוכנים המוזכרים נלכדו ונדונו למאסר: גרגורי לונדין, שלמה שמלי, סמואל מכטיי, אלכסנדר רדליס וזאב אבני. אחד הסוכנים, שאינו מוזכר בשמו, היה למעשה סוכן כפול.
ב-12 בינואר 2022 חשף השב"כ ניסיון של סוכנות המודיעין האיראנית לגייס כמרגלים 5 ישראלים יוצאי איראן. גורם איראני יצר איתם קשר באמצעות הרשתות החברתיות, והם קיבלו ממנו משימות ובצעו אותן תמורת תשלום.
ריגול בקרב ערביי ישראל.
מאז הקמת מדינת ישראל היו נתונים ערביי ישראל בדילמה מוסרית. מצד אחד, הם היו אזרחי המדינה, ומצד שני ראו את עצמם כחלק מהעם הפלסטיני שנמצא בסכסוך עם ישראל. החל מסוף שנות ה-70 ניתן לראות תהליך עקבי ומתגבר של התעוררות לאומית של ערביי ישראל.
לאורך השנים, מדינות ערב וארגוני הטרור הערביים (בעיקר פת"ח, חמאס והג'יהאד האיסלאמי) ניסו לנצל תחושות אלה על מנת להשתמש בערבים ישראלים כמרגלים או סוכנים חשאיים (ראו למשל: חביב ונאיפה קהוואג'י), ואף מחבלים שיקימו תאי-טרור בפנים ישראל ויבצעו פיגועים. בגבול לבנון, נהג ארגון חזבאללה להפעיל ערבים ישראלים כדי לרגל כנגד ישראל ואף כדי לבצע פיגועים. התמריצים שסיפק חזבאללה לא היו לאומיים בלבד, ולרוב כללו גם תמריץ כלכלי: כסף וסמים. כמו כן, ידוע על מקרה בו דרוזים ישראלים (משפחת לטיף מכפר ראמה) העבירו נשק לארגון הטרור.
במהלך האינתיפאדה השנייה חשף השב"כ עשרות התארגנויות טרוריסטיות של ערביי ישראל - חלקן אף הספיקו לבצע פיגועים לפני תפיסתן, ועצר מספר מרגלים שעבדו עבור חזבאללה. ב-2002 נחשפה רשת ריגול מבית זרזיר בראשות סא"ל עומר אל-הייב. ב-2005 הורשעו 5 חברי החוליה בריגול ובסחר בסמים ונידונו לעונשי מאסר כבדים. בשנת 2005 הורשע ג'סאן עתאמלה, בעבר מזכיר מפלגת בל"ד בנצרת, בכך שפעל כ-3 שנים בשורות ארגון החזבאללה, בסיוע פעיל לארגון באספקת מודיעין לביצוע פיגועים ואף סיוע להכנת הפיגועים עצמם.
בשנת 2007 פורסם כי עזמי בשארה, יו"ר בל"ד, חשוד שסייע לחזבאללה בזמן מלחמת לבנון השנייה. בעקבות החשדות נמלט בשארה מן הארץ ומצא מקלט בקטר, שם הפך ליועץ מדיני.
בתחילת 2010 נעצר אמיר מח'ול, פעיל ציבור בקהילה הערבית, בחשד לריגול למען החזבאללה. ב-27 באוקטובר 2010 הודה מח'ול בבית המשפט, במסגרת עסקת טיעון, בעבירות ריגול וריגול חמור, מגע עם סוכן חוץ וקשירת קשר לסייע לאויב. ב-30 בינואר 2011 נגזרו על מח'ול 9 שנות מאסר בפועל ושנה אחת של מאסר על תנאי לעבירה דומה. ב-5 במאי 2019 שוחרר מהכלא.
באפריל 2012 פורסם כי הוגש כתב אישום נגד מילאד ח'טיב, תושב מג'ד אל כרום, שגויס לחזבאללה בשנת 2009. על פי החשד במסגרת עבודתו, אסף ח'טיב מידע על אבטחת בכירים ישראלים - בהם הנשיא שמעון פרס.
בשנת 2013 נחקרה ביירות חמוד תושבת מג'ד אל-כרום בחשד לריגול למען חזבאללה. לאחר החקירה ברחה ללבנון בה השתקעה, ומשם ניסתה לגייס בנות ישובה מטעם ארגון חזבאללה.
באוגוסט 2020 נעצרה יסמין ג'אבר, בת 26 תושבת העיר העתיקה בירושלים ועובדת הספרייה הלאומית בירושלים, בחשד לריגול של כוח אל קודס האיראני וחזבאללה. היא הורשעה ונגזר עליה מאסר של שנתיים וחצי.
ב-2 בדצמבר 2021 נגזרו בבית המשפט בלוד 30 חודשי מאסר נגזרו על מאי מסארוה, בת 29 מטייבה, שהורשעה בעבירות של מגע עם סוכן חוץ ומסירת ידיעה לאויב, לאחר שצילמה מקומות ביטחוניים והעבירה את התמונות למפעיל מטעם ארגון חזבאללה.
ריגול בקרב הדרוזים תושבי רמת הגולן.
הדרוזים היושבים ברמת הגולן עברו אל תחת שלטון ישראלי לאחר כיבוש רמת הגולן במלחמת ששת הימים. עם זאת, נותרה בקרב אוכלוסייה זו תחושת הזדהות לאומית עמוקה עם סוריה, שבאה לידי ביטוי גם בכמה פרשיות ריגול, אזרחיות וצבאיות.
פרשת השייח כמאל קנג'.
ביוני 1971 נעצר השייח כמאל קנג' ממג'דל שמס, שהוגדר כמנהיג הדרוזי הבכיר ביותר ברמת הגולן לאחר מלחמת ששת הימים, באשמת ריגול לטובת סוריה. בכתב האישום שהותר לפרסום רק בחלקו, פורטו האשמות כגון אירוח של חייל סורי קרוב משפחה בביתו שמסר לקנג' מכתבים מראשי המודיעין הסורי, פגישות בדמשק עם אנשי מודיעין סורי, ובניסיון גיוס של ישראלי לאיסוף ידיעות מודיעין. לדברי בנו, טאהר אבו סאלח, פועלו העיקרי של אביו היה בהעברת ידיעות למודיעין הסורי על הניסיון הישראלי להקמת מדינה דרוזית עצמאית בשטחה של רמת הגולן וסוריה, ניסיון אותו ניסה קנג' לסכל באמצעות דיווח אודותיו לסורים. קנג' שוחרר ביוני 1973 במסגרת עסקת חילופי שבויים שבה הוחלפו 5 קציני מודיעין סוריים שנחטפו במבצע ארגז ב־3 טייסים ישראלים.
רשת הריגול של שכיב אבו ג'בל.
בינואר 1973 נתפשה רשת ריגול סורית שמרכזה היה במג'דל שמס. ברשת היו חברים כמה עשרות דרוזים מרמת הגולן (רובם תושבי מג'דל שמס), שפעלו במספר תאים עצמאיים נפרדים. בראש התא המרכזי עמד שכיב אבו ג'בל, תושב הגולן ששירת כקצין מודיעין סורי וחזר לתחומי ישראל במסגרת איחוד משפחות ב־1969. התאים פעלו עוד קודם לבואו של אבו ג'בל, אך אבו ג'בל מיקד את התאים באיסוף מודיעין צבאי. רובם של חברי התאים היו פעילים גם כן באופן אזרחי כנגד השלטון הישראלי ברמת הגולן.
הרשת עסקה בריגול אזרחי (איסוף חומרים גלויים כגון תוכניות לימוד של משרד החינוך, צווים של הממשל הצבאי ועיתונות ישראלית), אך בעיקר בריגול צבאי. חבריה עבדו כפועלי ניקיון בבניין הממשל הצבאי בקונייטרה, כפועלי בניין בהקמת מוצב החרמון וקו בר-לב, וכנהגי הסעות של עובדי מפעלים צבאיים. במסגרת עבודתם אספו מסמכים צבאיים, גנבו מדי צבא ותחמושת, והעבירו תיאור מפורט של מחנות צבאיים, ריכוזי תחמושת ועמדות. חברי הרשת אספו מידע על שדות מוקשים ישראליים בגולן באמצעות התחזות לרועי צאן.
אחד התאים יצר קשרים עם ארגונים פלסטינים בלבנון, ובמסגרת קשר זה שלח מעטפות נפץ אחדות בתוך ישראל, שגרמו לפציעתה של מורה בקריית גת. חברי התא ניסו לשלוח מעטפות נפץ גם לבכירי הממשל בארצות הברית על מנת להביך את הממשל הישראלי, אך מעטפות הנפץ אותרו בסניף הדואר של קריית שמונה הודות לערנותם של עובדי הדואר. תא אחר ניסה לחטוף קצין ישראלי לסוריה לצורכי מיקוח.
חברי הרשת העבירו את המידע שאספו באמצעות חציית הגבול ופגישה עם קציני מודיעין סוריים, ובאמצעות הטמנת המידע במקומות מוסכמים. במהלך אחד מניסיונות אלו נהרג עיזאת אבו ג'בל, בנו של שכיב אבו ג'בל, ממארב ישראלי. על גופתו נמצאה רשימה שמית של כמה מחברי החולייה שנעצרו גם כן. מעצרם הוביל למעצרים נוספים של חברי התאים השונים, הודות למידור חלש בין התאים. חברי התא נידונו למאסר שבין שנה וחצי לחברי התא שאסף ידיעות אזרחיות, ועד לעשרות שנות מאסר לחברי התאים הצבאיים. שכיב אבו ג'בל עצמו נידון ל־315 שנות מאסר, אך שוחרר ב־1984 יחד עם אחרוני החברים שעוד היו במאסר, במסגרת עסקת שחרור ששת שבויי הנח"ל. אבו ג'אבל חזר לסוריה לאחר שחרורו, זכה לאותות הצטיינות מהנשיא אסד, וכיהן כחבר בפרלמנט הסורי.