הצבא התחלק ליחידות משנה על בסיס שבטי בפיקודם של קצינים מקומיים. מספר יחידות שבטיות כונסו לגדודים וחטיבות גדולות יותר אשר היו תחת פיקוד אחד מהאצילים הבכירים מבני האינקה. האריסטוקרטיה של האינקה הרכיבה את יחידת העלית של הצבא. מספר אנשיה של יחידה זו לא ידוע במדויק, אך כלל ככל הנראה כמה אלפי לוחמים ואולי אפילו עשרות אלפים.
המשמעת הייתה קפדנית מאוד. על גילוי פחד או עריקה נהגו להעניש בהוצאה להורג. ידוע סיפורו של מצביא שחרג מסמכותו וכבש שטחים שלא היה אמור לכבוש. אף על פי שהוא הצליח לכבוש את השטח, הוא הוצא להורג על הפרת פקודה מפורשת. גם קרוביו של הקיסר הוצאו להורג אם חרגו מפקודותיו או מהזמן שהוקצב להם לכיבוש.
ברחבי האימפריה ובמיוחד בגבולותיה נבנו מבצרי "פוקרה".
כלי הנשק.
לאינקה לא היו ברזל או פלדה וכלי הנשק שלהם לא היו יעילים בהרבה מאלו של מתנגדיהם, ולכן הם ניצחו לעיתים קרובות את יריביהם רק משום שהיו להם חיילים רבים יותר, או ששכנעו אותם להיכנע מראש על ידי הצעת תנאים נדיבים. כלי הנשק של בני האינקה היו פשוטים למדי. משום שצבאם גויס על בסיס אזורי, נטו כלי הנשק להשתנות מאזור לאזור. כך, למשל, שוכני היערות היו קשתים מעולים, בעוד שבאזורים אחרים לא היו עצים מתאימים לבניית קשתות. בנוסף לכלי הנשק המקומיים, סיפקו האינקה כלי נשק משלימים מהמחסנים הממלכתיים על מנת להשלים את חימושו של החייל. גלגול סלעים במורד על האויב היה אסטרטגיה נפוצה, תוך ניצול השטח ההררי. הלחימה לוותה לעיתים בהקשה על תופים ובתרועת חצוצרות, עשויות מעץ, קונכייה (כלי נשיפה) או עצם.
כלי ההטלה כללו קשתות, קלעים, בולאס וצינורות נשיפה בעזרתם אפשר היה לירות חץ קטן למרחק של כמה עשרות מטרים. ראשי החיצים היו עשויים בדרך כלל מעצמות בעלי חיים או עץ שחוזק מעל המדורה. בגלל העדרם של חודי מתכת, כלי נשק אלה, מלבד הקלע, לא היו נפוצים בקרב בני האינקה. הקלע היה כלי נשק קטלני בידיהם של האינקה. בילדותם התאמנו שעות רבות בשומרם על השדות מפני ציפורים וחיות הבר. אבן שנורתה מקלע הייתה יכולה לפגוע באויב לא מוגן ממרחק של 60 מטר והייתה יעילה אפילו נגד הקסדות הספרדיות ממרחק של 30 מטר. האבן לא הרגה את הספרדי שחבש קסדת פלדה, אך עוצמת המכה היממה אותו וכתוצאה מכך הוא לא יכול היה להשתתף בקרב.
לקרב פנים מול פנים העדיפו האינקה חניתות, אלות שראשיהן בצורת כוכב עשוי נחושת או ארד, ומיני גרזנים. הלהב היה עשוי בדרך כלל מאבן חדה. כלי הנשק של האצילים היו טובים יותר, לרוב בעלי להב ממתכת. היו להם גם חרבות גסות שהיו בנויות מעץ קשיח מצופה בשוליו רצועות ארד. חרבות עשויות מארד מלא היו נדירות מאוד.
השריון של הלוחמים כלל:
טקטיקה.
מערכה התחילה תמיד בעבודת מודיעין יסודית. רשתות הריגול הענפות היו פזורות לאורך הגבולות והיו מדווחות לרשויות על תנועותיו של היריב. בני האינקה שלחו בדרך כלל סיירים לצפות באויביהם. קבוצות של אצילים נשלחו לנהל משא ומתן על הסכמי שלום, ובמספר הזדמנויות, משרתיהם של שליחים אלה היו מרגלים שניסו לשחד את קציני האויב כדי שיבגדו בקרוביהם על ידי נסיגה ברגע מכריע בקרב.
האינקה עשו שימש נרחב ברשת הדרכים הענפה שלהם ובעזרתם הצבא היה יכול לנוע במהירות גדולה. בהמת המשא העיקרית הייתה הלמה. הדרכים אפשרו תנועה מהירה (ברגל) של צבא האינקה ותחנות דרכים לצרכים צבאיים הנקראים טמפו וממגורות אחסון למזון המכונים קולקה נבנו במרחק הליכה של יום אחד, כך שהובטח לצבא מזון ומקומות מנוחה במערכה.
במהלך קרב בשטח הפתוח, הצבא בדרך כלל התחלק לשלוש קבוצות. הקבוצה הראשית יצאה במתקפה חזיתית נגד הכוח היריב, בעוד שהשתיים האחרות איגפו את האויב והגיעו מאחוריו כדי לתקוף מאחור. לפני תחילת קרב פנים אל פנים, השתמשו החיילים בנשקי הטלה (חיצים, קלעים, בולאס וחניתות קצרות) על מנת לשבור את קווי האויב. בקרב עצמו חיפשו לרוב את מיקומו של המצביא העוין במטרה להכריעו. האינקה הפרישו בדרך כלל עתודה חזקה לניצול ההצלחה הראשונית או כתגבורת לכוח שעמד בסכנה. צבא האינקה נהג לפעמים לזייף נסיגה כדי להיות מותקף תוך כדי התקפת מלקחיים משלו.
היתרון העיקרי של צבא האינקה על אויביו היה עליונותו המספרית. בעוד יריבים טיפוסיים היו לוחמים של משטר צ'יף בודד (או לכל היותר, ברית של כמה משטי צ'יף), הכוחות הקיסריים כללו גברים מכל רחבי האימפריה. הודות לגודלה הגדול של האימפריה, ניתן היה לגייס צבא של מאות אלפי לוחמים. מגוון רחב זה של גברים הוכיח גם יתרון (עליונות מספרית וחיילים מיוחדים לשטח שונה) וגם חיסרון (חוסר לכידות בין גדודי הצבא). הן תולדות האינקה בעל פה והן דיווחים כתובים ספרדיים מעריכים שהאינקה יכלו להציב צבאות של 100,000 בכל פעם.
היריבים של האינקה באזור היו מאורגנים בצורה גרועה ולאחר שבירת המבנה היו מבצעים התקפה חזיתית המוניות. צבא האינקה, לעומת זאת, היה כל כך ממושמע עד שהוא שבר לעיתים רחוקות מאוד את המבנה והצליח להדוף ביעילות מארבים בשטחי הג'ונגל, המדבר, ההרים והביצות.
עם בואם של הספרדים הטקטיקות הישנות לא התאימו עוד והאינקה נאלצו לשנות את הטקטיקה שלהם. על מנת להתמודד עם איום הפרשים, ניסו האינקה לצייד את צבאם בחניתות ארוכות, אך ללא הועיל. האינקה אפילו ניסו להכריח מספר שבוים ספרדים ליצור עבורם אבק שרפה אך גם אמצעי זה לא עזר בגלל מיעוט האבקה. אחרי הכיבוש הספרדי הראשוני נלחמו האינקה בספרדים עוד כ-50 שנה, אך הוכרעו לבסוף על ידי הנשק האירופאי המתקדם.
מצור.
במקרה שהכוח היריב מצא מקלט במבצר, על הר או בעיר מבוצרת, היו כוחות האינקה חותכים קווי תקשורת ואספקה על מנת לבודד את האויב ולמנוע נסיגה או בקשות לתגבורת. אם המשא ומתן היה ניכשל, ניסו כוחות האינקה להסתער על המבצר או להרעיב את הכוח היריב.
ערים כבושות ותושביהן זכו בדרך כלל ליחס טוב אם נכנעו ללא התנגדות. עם זאת, אם האויב אכן התנגד אז הם עלולים לסבול ממספר עונשים בהתאם למידת ההתנגדות שהפגין. אם עיר או שבט נכנעו ואז מרדו, האינקה יכול אפילו לאשר השמדה מוחלטת של העיר או הקבוצה האתנית.
אם היה צורך בנסיגה, צבא האינקה היה צועד בדרך כלל לאורך הדרכים בצורה ממושמעת, בעקבות המסלול המהיר ביותר שהיה. הצבא היה נח רק במבצרים במטרה להתחמש למקרה לבצע התקפת נגד. חילות מצב הושארו במבצרים ששלטו בדרכים על מנת לעכב התקדמות אפשרית של האויב.
מפעלי בנייה.
בתקופה הקצרה שבה התקיימה אימפריית האינקה, הגיעו בני האינקה להישגים מרשימים בבניית בתים, ארמונות וערים, סלילת דרכים, הקמת גשרים, מערכות השקיה ובניית טרסות במורדות ההרים להגנת האדמות החקלאיות מפני הסחף. בניגוד לאצטקים שנהגו להקריב אלפי אנשים מקרב אויביהם על מנת לרצות את האלים, העדיפו האינקה להעבידם ולנצלם לעבודות בנייה ומפעלי פיתוח.
הבניינים שהקימו בני האינקה היו מוצקים ופשוטים, ועם זאת בעלי פרופורציות שיטתיות. קירותיהם החיצוניים היו נקיים מקישוטים, פרט ללוחות זהב וכסף פה ושם. בתים רבים נבנו עם קירות בעלי שיפוע "הפוך" שפנה כלפי פנים. במשטחים הישרים שובצו פתחים בצורת טרפז וגומחות שהלכו והוצרו כלפי מעלה. גושי סלע הונחו זה על גבי זה בבנייה יבשה ללא מלט ובהתאמה מושלמת, עד כי נאמר כי לא ניתן להחדיר סכין ביניהם. בבתים היה בדרך כלל חדר בודד והגג היה בנוי מקורות עץ או גבעולי חזרן שעליהם הונח סכך. הבתים היו בני קומה אחת, ולעיתים נדירות בני שתי קומות, כשהגישה לקומה העליונה הייתה מבחוץ. מבנים אלו הוכיחו את עצמם כיציבים והם החזיקו מעמד ברעידות אדמה אשר הרסו בניינים שהוקמו בתקופה מאוחרת יותר ובשיטות בנייה מערביות. הקיסר פאצ'אקוטי היה המתכנן של מפעלי הבניה הגדולים של האימפריה. כך למשל, תכנן פאצ'אקוטי את סלילת הרחובות בבירה קוסקו על פי שיטת הרשת: הרחובות חצו זה את זה בזווית ישרה ונקבעו ביניהם מרחקים שווים. כן הוחל בבניית שלושת הבניינים, הנחשבים עד היום כמרשימים ביותר מתקופת האינקה: מקדש השמש בקוסקו, מבצר סקסייוומאן שהוקם על גבעה ליד קוסקו, והעיר מאצ'ו פיצ'ו.
דרכים.
האינקה לא היו מסוגלים לנהל בהצלחה כה רבה את מלחמותיהם, אלמלא עמדה לרשותם רשת מסועפת של דרכים. הגדולה שבהן הייתה הדרך המלכותית של האנדים שנמשכה לאורך 5,300 ק"מ על גב הרכס מצפון לדרום. דרך אחרת עברה במקביל לה, לאורך כמעט כל חופה המערבי של אמריקה הדרומית. בין שתי דרכים ראשיות אלו חיברו כמה כבישי רוחב. מכיוון שהאינקה התגוררו בהרי האנדים, ורוב הדרכים עברו בהרים, נדרש ידע הנדסי רב לבנייתן. הדרכים שנבנו בחוף לא עברו חיפוי וסומנו על ידי גזעי עצים. לדרכים בהרים היה חיפוי באבנים, בעליות ובמורדות נבנו מדרגות וכן נבנו לצידן גדרות אבן למניעת נפילה. במקומות מסוימים הדרך נחצבה בהר. בסך הכול בנו האינקה קרוב ל-40,000 ק"מ של דרכים.
הדרכים אפשרו העברת כוחות צבא ממקום למקום תוך זמן קצר יחסית, וכן העברת סחורות וחומרי בנייה. הדרכים שימשו גם את הרצים שהעבירו מידע מקצות האימפריה אל קוסקו הבירה. הדרכים נבנו כך שיעמדו בתהפוכות מזג האוויר, ולכן הן השתמרו עד היום במצב מצוין. התושבים שגרו בסמוך לדרכים היו אחראים על תחזוקתן. הדרכים נשמרו נקיות מאשפה. ליד הדרכים הראשיות הוקמו מבני טמפו במרחק שבין 20 ק"מ ל-30 ק"מ זה מזה (תלוי בתנאי השטח). במקומות אלו היה ניתן ללון ולהאכיל את בהמות המשא (הלמות). צמוד למבני הטמפו היו מקדשים לאל השמש ומחסנים (קולקה) שהכילו כלי-נשק ומזון – בעיקר בשר למה מיובש ותפוחי אדמה ששימשו את הצבא.
תחבורה.