הקרע בין בותה להרצוג הלך והחמיר, ראש הממשלה ושר המשפטים שלו התחילו לתעב אחד את השני. הרצוג סירב לסטות מן החזון שלו מאיחוד האוכלוסייה האפריקאנרית והאנגלית בזמן שהרצוג התעקש לשימור על זהות אפריקאנרית נפרדת. האוכלוסייה האפריקאנרית התחילה לאבד אמון בבותה לאחר שהסכים לעודד הגירה בריטית לדרום אפריקה, לממן את החזקת הצי הבריטי שעגן בנמלי איחוד דרום אפריקה ובעקבות נאום בחנוכת פסלו של ססיל רודס בקייפטאון שבו בותה הילל את רודס. לאחר שהרצוג יצר פרובוקציה כנגד האוכלוסייה דוברת האנגלית בנטאל, אשר הובילה להתפטרות אחד מהשרים בקבינט מנטאל, בותה דרש מהרצוג להתפטר מן הקבינט. לאחר שהרצוג סירב בותה פנה למושל הכללי הבריטי והודיע על כך שהוא מפזר את הממשלה. המושל מידית העניק לבותה סמכות להקים ממשלה חדשה אשר בה בותה לא כלל את הרצוג. בתגובה הרצוג ולאומנים אפריקאנרים נוספים עזבו את המפלגה הדרום-אפריקאית והקימו ב־1912 את המפלגה הלאומית אשר חרתה על דגלה את השאיפה לבדלנות אפריקאנרית ורפובליקניזם.
במקביל הממשלה של בותה פעלה להפרדת האוכלוסייה השחורה מן האוכלוסייה הלבנה במסגרת מדיניות של התפתחות נפרדת. ממשלתו של בותה העבירה את חוק אדמות הילידים של 1913, שבו הוקצו שטחים ייעודיים לשחורים ונאסר עליהם לרכוש קרקע באזורים אשר לא הוקצו להם למחיה.
ביולי 1913 פרצה שביתת כורים לבנים מחוץ לעיירה באנוני, הכורים דרשו מן הבעלים של המכרה להכיר באיגוד המקצועי שלהם. במהרה השביתה הפכה לאלימה והמשטרה לא הצליחה להשתלט על ההמון המתפרע אשר התחיל לבזוז חנויות ביוהנסבורג. סמאטס אשר היה שר המכרות והגנה קרא ליחידות הקומנדו ודיכא בכוח את המתפרעים, כעשרים ואחד איש נהרגו וכ־47 נפצעו. עם דיכוי האלימות בותה בעצמו הגיע ביחד עם סמאטס כדי לדון עם נציגי השובתים על פתרון למשבר במלון במרכז יוהנסבורג. לאחר שנציגי הכורים עזבו לדון בהצעות של בותה ראש הממשלה ושר ההגנה עזבו ללא ליווי את בית המלון. בדרכם בעיר הם נעצרו על ידי אספסוף כורים, בותה לפי המסופר צעק עליהם: "אתם יכולים לירות; אנחנו לא חמושים. אבל תדעו לכם שאנו כאן כדי לעשות שלום עמכם. ואם תירו בנו, זה יהיה הסוף של זה." לבסוף בותה נאלץ להיכנע לדרישות הכורים "והסכם ביין" שעליו חתם בותה נחשב להשפלה לממשלתו. אבל כאשר פרצה שביתה כורים נוספת מספר חודשים מאוחר יותר במכרות הפחם בנטאל בותה וסמאטס היו מוכנים. הצבא נקרא מיד, יחידות הקומנדו באזורים הכפריים נשלחו להגן על תשתיות מקומיות וגנרל קוס דה לה רי, אשר מונה לגנרל בצבא החדש של האיחוד, נקרא לפרטוריה עם אנשיו למחוץ את מטה המפגינים ולאסור את ההנהגה שלהם. הפעילות הנמרצות של בותה וסמאטס מחצו את ההפגנה בראשיתה, ולמרות מחאות מצד מפלגת הלייבור בבריטניה העניין נגמר במהירות.
מלחמת העולם הראשונה.
מרידת מאריץ.
המשבר הגדול ביותר של ממשלתו של בותה הייתה פרוץ מלחמת העולם הראשונה, בזמן שבותה חשב שעל איחוד דרום אפריקה לתמוך באימפריה הבריטית חלקים נכבדים באוכלוסייה האפריקאנרית התנגד לצאת למלחמה מחוץ לאפריקה למען בריטניה. עם פרוץ המלחמה בותה וממשלתו הסכימו לשחרר את הכוחות הצבאיים הבריטים באיחוד דרום אפריקה ולקחת את הגנת האיחוד על בסיס כוחות הצבא של האיחוד. אבל כאשר הבריטים ב־7 באוגוסט בקשו מבותה לפלוש לדרום מערב אפריקה הגרמנית (כיום נמיביה) הדבר גרם לוויכוח קשה בקבינט של בותה. בותה אומנם הצליח לשכנע את הקבינט לתמוך בבקשה הבריטית אבל נאלץ להסכים שרק מתנדבים ישלחו לשדה הקרב. אבל כאשר בותה גישש לבדוק האם הפרלמנט יתמוך בבקשה הבריטית הוא נדהם לגלות שהפרלמנט לא יהיה מוכן לתמוך במלחמה כנגד גרמניה. עקב כך בותה החליט לקחת את הסיכון שהפרלמנט יצביע על אי-אמון כנגד ממשלתו ולפלוש לדרום מערב אפריקה הגרמנית ללא תמיכת הפרלמנט. בותה הורה לסמאסט לפתוח בגיוס שקט ולשנע את הכוחות לגבול בלילה, הוא הסתיר את ההכנות למלחמה מן הפרלמנט, הצבא והעיתונות. אבל כאשר בותה הודיע לרמטכ"ל, קומנטדט גנרל כריסטיאן פרידריך ביירס על החלטת הממשלה, הרמטכ"ל החליט בשקט להתנגד להחלטת הממשלה ומיהר לארגן את שאר הפיקוד הבכיר כנגד בותה. כאשר הרצוג שמע על תוכנית הפלישה של בותה הוא מיהר לארגן הפגנות כנגד בותה והמלחמה נגד גרמניה. בותה לבסוף, בניסיון להשיג תמיכה למלחמה עם גרמניה הביא את הנושא לדיון בפרלמנט ולאחר מאמץ רב ומתיש הצליח להשיג רוב להכרזת המלחמה והפלישה לדרום מערב אפריקה הגרמנית. אבל הרמטכ"ל ומספר קצינים שבהם הגנרל דה ויט, רב-סרן יאן קמפ וקולונל מאני מאריץ תכננו הפיכה צבאית כנגד בותה והממשלה בפרטוריה. אבל ההפיכה בוטלה על ידי הקושרים לאחר שדה לה ריי נהרג מירי שוגג של שוטרים במהלך נסיעה עם ביירס. אבל מאני מאריץ סירב לקבל את החלטתו של ביירס ופתח במרד כנגד הממשלה בצפון הקייפ, באזור הגבול עם דרום מערב אפריקה הגרמנית בסיוע גרמני, גורר את שאר הקושרים עמו. בתגובה בותה החליט להוביל את כוחות הצבא של האיחוד בעצמו כדי לדכא את המרד, הוא סירב לקבלת סיוע מבריטניה ולקח עמו רק חיילים אפריקאנרים לשדה הקרב כדי לא ליצור את הרושם שהוא נלחם למען הבריטים ושמדובר בעניין אפריקאנרי פנימי. המרד שתוכנן ברישול נגמר במהירות בניצחונו של בותה, מאריץ נמלט לגרמניה, ביירס נהרג בשדה הקרב, קמפ נכנע ודה ויט נתפס. אבל למרות ניצחונו של בותה מפלגתו איבדה תמיכה אשר עברה לידי הרצוג והמפלגה הלאומית.
המערכה בדרום מערב אפריקה.
במקביל לתחילת מרידת מאריץ בותה פתח בלחימה נגד הגרמנים שהתחילה ב-13 בספטמבר 1914 בהתקפה על נקודת המשטרה רמנסדריפט (Ramansdrift) שעל הגבול עם מושבת הכף. הגרמנים, מצדם, השתלטו על מפרץ וולביס, נמל שהיה מובלעת דרום-אפריקנית לחוף המושבה, וכן ערכו מספר פשיטות ומארבים בשטחה של דרום אפריקה. כוח דרום-אפריקני כבש ב-15 באוקטובר את נמל לידריץ, אך לא הצליח להתקדם מעבר לו, בין היתר כיוון שמרידת מאריץ החלה בסמוך לזמן הנחיתה, דבר שהקשה על משלוח תגבורות. כוח דרום אפריקני אחר נכשל בניסיון לכבוש את סאנדפונטיין (Sandfontein) ונהדף על ידי הגרמנים ב-25 בספטמבר.
עם דיכוי המרד בותה חזר לתוכנית לכיבוש דרום מערב אפריקה הגרמנית. תוכניתו המקורית של בותה הייתה לתקוף בשלשה ראשים את המושבה הגרמנית, אבל מפני שחלק מראשי המורדים היו אמורים לפקד על הכוחות הפולשים הוא נאלץ לשנות את תוכנית הפלישה. בתוכנית החדשה בותה תפס פיקוד ישיר על הכוחות בשטח, מוביל בעצמו את הצבא לתוך המושבה הגרמנית, זאת למרות התנגדות הממשלה הבריטית אשר חששה חייו של בותה (עקב חוסר השקט באיחוד דרום אפריקה והחשש שאם ימות הרצוג והמפלגה הלאומית שהתנגדו למלחמה יעלו לשלטון). אל מול 67,000 חיילים דרום אפריקנים עמדו כ־10,000 חיילים גרמנים ואסקרי ועוד כ־550 מורדים אפריקאנרים שערקו לצד הגרמני. ב-14 בינואר 1915 בותה הצליח לכבוש מחדש את מפרץ וולביס ואת סווקופמונד (Swakopmund) הסמוכה. באמצע מרץ בותה כבש שבע נפות של דרום-מערב אפריקה. כוחות אחרים התקדמו מזרחה מלידריץ וחברו לכוחות שהתקדמו צפונה ממושבת הכף ולכוחות שהתקדמו מערבה, דרך בצ'ואנאלנד (כיום בוטסואנה), בקיטמנסהופ (Keetmannshoop), ב-20 באפריל 1915.
משם, לאורך מסילת הברזל, בותה התקדם צפונה. כוח אחר יצא ממפרץ וולביס, התקדם משם מזרחה, וחבר אליהם. עם ההתחברות נותקו הגרמנים שבצפון המושבה מאלה שבדרומה, ולאחרונים לא נותר אלה להיכנע. בהמשך, ב-12 במאי 1915, נפלה בידי הפולשים ווינדהוק הבירה. הכוחות הגרמניים נדחקו צפונה, וב-1 ביולי נוצחו בידי הצבא הפולש באוטווי (Otavi), שם בותה יישמם טקטיקת לוחמה של הזולו כדי להביס את הגרמנים. בעומדו בפני סכנת כיתור, וכאשר כוח פשיטה דרום-אפריקני בעורפו, נכנע המושל הגרמני ויקטור פרנקה, ב-9 ביולי 1915, בקהורב (Khorab), עם 2,166 מחייליו. כמה שבועות אחר כך נפלה כל המושבה בידי הדרום-אפריקנים. הדרום-אפריקנים איבדו 113 איש במערכה והגרמנים – 1,131.
בחירות 1915.
למרות הניצחון בדרום מערב אפריקה הגרמנית המתח באוכלוסייה בדרום אפריקה רק הלך וגדל. האפריקאנרים זעמו על כך שבותה גרר אותם למלחמה עבור הבריטים אשר ביטלו את העצמאות שלהם, האנגלים חששו שבותה ינסה לפייס את האפריקאנרים על חשבונם, וההודים והשחורים על כך שבותה סירב לתת להם את זכות הבחירה ואת הגבלות ששם על רכישת קרקעות. המפלגה הלאומית הלכה והתחזקה ככל שבותה ניסה להבטיח את הקול האנגלי, שהשיא היה כאשר בותה לא הפעיל את המשטרה כדי לדכא מהומות אנטי-גרמניות בערים הגדולות לאחר שצוללת גרמנית הטביעה את הלוסיטניה, ספינה בריטית, לחופי אירלנד. תדמיתו של בותה הלכה ונפלה בקרב הציבור האפריקאנרי, הוא נתפס כאחראי למותו של דה לה רי, כבוגד בזכרו של קרוגר וכמשרת האימפריאליזם הבריטי. השאלה הבוערת בבחירות של 1915 הייתה האם על איחוד דרום אפריקה להמשיך ולתמוך במאמץ המלחמה הבריטי? בזמן שבותה ומפלגתו תמכו בהמשך התמיכה בבריטניה, הרצוג והמפלגה הלאומית, בתמיכה של מפלגת הלייבור, התנגדו. בבחירות, שרק הציבור הלבן השתתף בהם, בותה הצליח לשמור על ראשות הממשלה אבל מפלגתו איבדה קולות רבים וירדה ל־54 מושבים בזמן שהמפלגה הלאומית גדלה על חשבונם.
המערכה במערב אפריקה.