לקראת שנת השמיטה ה'תשס"א, פעל יחד עם עמיתו הרב אברהם שפירא, הרב יעקב אריאל והרב דב ליאור, להקמת מיזם "אוצר הארץ", המעודד ומספק גידולי חקלאות יהודית כשרה, כדי לתמוך בחקלאות היהודית ולחזק את שמירת השמיטה וקדושת שביעית.
הרב אליהו התנגד באופן נחרץ לארגון רבני צהר, גישתם ותפיסתם. הוא ראה בהם נזק ליהדות ועולם הרבנות, ואף לפני פטירתו ביקש שיפעלו נגדם ויבלמו את תוכניותיהם.
פטירתו וקבורתו.
הרב אליהו נפטר בכ"ה בסיוון ה'תש"ע, 7 ביוני 2010 בגיל 81, לאחר תקופה של כשנתיים שבה חלה הידרדרות במצב בריאותו. כמאה אלף אנשים השתתפו בהלווייתו, הוא נטמן בהר המנוחות בירושלים באוהל שבו קבור החיד"א, שאת עצמותיו העלה לארץ וקבר שם חמישים שנה קודם לכן.
המצבה שעל קברו נבנתה בעבודה עברית בחוות גבעות עולם באיתמר. המצבה נבנתה מאבנים מארבע ערי הקודש - ירושלים, חברון, צפת וטבריה, וכן מקבר יוסף שבשכם. הוגה רעיון המצבה ויוצרה הוא האמן אסף קדרון. מאות מבוגרים ובני נוער הגיעו מישראל ומחוצה לה כדי לקחת חלק בהקמת המצבה. את הכיתוב על מצבתו כתבו הרבנים חיים סבתו ושבתי סבתו. בין הכיתוב על מצבתו חקוק:
על קברו הוקמה מחיצת הפרדה בין גברים לנשים. המקום בו נקבר בהר המנוחות שופץ, והפך למוקד עלייה לרגל. האזכרות השנתיות מתקיימות ליד מתחם זה בהר המנוחות.
הנצחתו.
לאחר פטירתו הוקמו ישיבות ותלמודי תורה על שמו. רחובות על שמו נקראו בצפת, לוד, בית שמש ועוד. בשנת 2017 הכריזה עיריית ירושלים על הקמת שכונה על שמו.
גישתו ההלכתית והשקפת עולמו.
פסיקה על פי הקבלה.
כמקובל בקרב הספרדים, גם הרב מרדכי אליהו קיבל את העיקרון שיש לנהוג על פי פסקי הרב יוסף קארו. עם זאת, פעמים רבות הכריע שלא כדעתו. דרכו להתחשב בפסיקת ההלכה בדעות ספר הזוהר והמקובלים ובפסקיו הוא משלב מפסקי האר"י ורבי שלום שרעבי (הרש"ש), לעיתים גם כאשר הם מנוגדים לדעת השולחן ערוך והאחרונים. בשיטה זו הוא ממשיך את דרכם של בן איש חי וכף החיים.
במבוא לספרו שו"ת מאמר מרדכי, הרב אליהו הסביר את שיטת פסיקתו ומהם כללי הפסיקה על פי הקבלה.
הרב אליהו טען כי על האשכנזים לשמור על מנהגי אבותם ודרך פסיקתם. בשנת תשל"ח כתב בהקדמת ספרו "ספר הלכה": . אמנם מאוחר יותר כאשר פרסם את ספרו "דרכי טהרה" הוא ייעד אותו לספרדים ואשכנזים כאחד.
הספר 'דרכי הלכה' כולל את הערותיו על קיצור שולחן ערוך של הרב שלמה גנצפריד. בהקדמה כתב: . הרב שמואל זעפרני, אומר כי הסיבה שבחר דווקא בספר אשכנזי כדי לכתוב עליו את הערותיו נובעת ממגמתו הכללית בפסיקותיו לאחד בין העדות. ספרו 'הלכות חגים' היה מיועד לספרדים בלבד. אולם בעקבות בקשת רבנים אשכנזים שיכתוב את מנהגיהם בספר, נענה להם הרב אליהו והוסיף את מנהגיהם.
רב מקל או מחמיר.
פסיקותיו של הרב אליהו נחשבות מחמירות באופן יחסי לעומת הרב עובדיה יוסף. בנו, הרב שמואל, טען כי אביו החמיר על עצמו בנושאים רבים, אולם בפסיקתו הציבורית לעיתים היה מחמיר ולעיתים מקל מאוד, לפי הנסיבות. הרב יהודה עמיחי אמר כי בהלכות שבת הרב אליהו החמיר, אולם בענייני מראות הדמים בהלכות נידה היה דווקא מקל: "אני חושב שהכוונה שלו לא הייתה להחמיר אלא להיות אדם שלם, אדם מהודר. אם אפשר לצאת ידי כל השיטות בלי שייווצר הפסד – מדוע לא לעשות זאת?".
בעניין החלוקה בין הרבנים מחמירים ומקילים התבטא הרב אליהו עצמו: .
קיצור במקורות ההלכה.
הרב אליהו כתב כי קיצר בהבאת המקורות: . וכך נהג בספריו שיצאו לאור בחייו. לאחר פטירתו החליטו חכמי מכון דרכי הוראה לרבנים המוציא לאור את כתביו כי בספרים החדשים שיצאו לאור (כדוגמת מאמר מרדכי - הלכות שבת), ההלכה הפסוקה תובא למעלה, ולמטה יצוינו המקורות בהרחבה (על פי דברים שהרב עצמו כתב במקומות שונים).
פסקי הלכה.
דוגמאות לפסיקותיו הידועות:
יחסו למדינת ישראל.
בנוגע למדינת ישראל אמר:
בפסיקה בנוגע לאמירת הלל ביום העצמאות כתב: . ובמקום אחר: לכן פסק שלא לומר וידוי ביום זה. עם זאת, פסק שם לומר הלל בלא ברכה לאחר קדיש תתקבל.
בני ישיבות וחיילי צה"ל.
הרב אליהו סבור שלמלחמות ישראל בעת הזו יש תוקף של "מלחמת מצווה". עם זאת, הוא סבור שבחורי ישיבה שיכולים להמשיך בלימודם בישיבה יעשו כן, ומי שאינו מצליח לעשות כך ילמד בישיבת הסדר.
בפתיחת ההיכל הורה לומר תפילה לשלום חיילי צה"ל. בסידורו 'קול אליהו' מופיעה תפילה ארוכה לשלום חיילי צה"ל. הוא חיבר תפילת לשם ייחוד עבור חיילים ובה כתב כי מי שמשרת בצה"ל מקיים בכל יום שלוש מצוות עשה.
במענה הלכתי שנשאל על התנהגות חיילי צה"ל בעת מהומות ביהודה ושומרון כתב: .
יחסו לחילונים.
כשנשאל בעניין היחס לחילונים השיב:
לאחר נאום השפנים והחזירים של הרב אלעזר מנחם מן שך, אמר הרב אליהו כי גם אוכלי חזיר ושפנים הם יהודים, ואפילו אם כל הרבנים יחליטו כמו הרב שך, הם לא יכולים להפקיע את השם "יהודי" מאף אדם.
יחסו לערבים.
באשר ליחס לאוכלוסייה הערבית טען הרב אליהו כי אסור לפגוע באף ערבי, אלא אם כן מדובר של בדין אדם שבא להרוג אותך ואז אתה מחויב ב"השכם להורגו" (וחיוב זה מוטל על מוסדות המדינה). הוא אמר: "ערבי שמתנהג יפה, צריך להתנהג איתו יפה, ערבי שמרים אבן או יורה הוא אויב. ארץ ישראל שייכת לנו והערבים הם כאן בבחינת גר תושב. כעת, מאחר שכבר הוקמה הרשות הפלסטינית אני מציע לערבים אוטונומיה עירונית."
יחסו למערכת החוק.
בדומה לרבנים אחרים, הרב אליהו התנגד להליכה לבתי המשפט הישראלים, כדין ערכאות של גויים מאחר שאינם דנים על פי דין תורה. מאידך ציין כי יש מקרים שבהם מותר ללכת לדון שם, כגון אם הנתבע הוא אדם אלים שאינו רוצה להגיע לדיון בבית דין רבני, היתר המבוסס על דברי השולחן ערוך.
הרב אליהו החיל על המקרה הישראלי את הכלל דינא דמלכותא דינא. לדעתו חוקי השלטון וסדריו מחייבים במה שנוגע לניהול ענייני המדינה, כל עוד אינו נוגד את חוקי התורה.
תוכנית ההתנתקות.
לאחר ההחלטה על תוכנית ההתנתקות אמר פעמים רבות, במהלכן של הפגנות ועצרות התנגדות לתוכנית, שההתנתקות לא תתגשם – "היֹה לא תהיה", וכשהעלו תמיהות בקשר לכך הוסיף: "זו גם תפילה וגם בעז"ה קביעת מציאות". בנוגע לחיילים האמורים לבצע את הפינוי, הביע את דעתו כי יש להיזהר שלא לפרק את הצבא ולכן אין להכריז על סירוב פקודה, אולם מאידך ביצוע התוכנית הוא איסור תורה ולכן על החייל לבקש ממפקדיו שלא לבצע את הפינוי, משום שהוא אינו מסוגל לבצעו, ואם אף על פי כן פוקדים עליו - שלא יכריז סירוב פקודה, אך יימנע מלבצעה. עוזרו, הרב שמואל זעפרני, התבטא בשמו: "אם יש כאלה חיילים שאונסים אותם לבצע אז שיגשו לתוך הבית ישבו עם המשפחות שם, ויבכו איתם".
שלושה בסירה אחת (מלבד הכלב)
שלושה בסירה אחת (מלבד הכלב) [באנגלית: (Three Men in a Boat (to Say Nothing of the Dog] הוא ספר שנכתב בשנת 1889 בשפה האנגלית על ידי הסופר והמחזאי האנגלי ג'רום ק. ג'רום.
ג'רום כתב ופרסם עשרות נובלות, סיפורים קצרים ומחזות, אולם "שלושה בסירה אחת" היא יצירתו הידועה ביותר. שמו של הספר נודע כמייצג נאמן של ההומור האנגלי היבש. "שלושה בסירה אחת, מלבד הכלב" התפרסם תחילה בהמשכים ויצא לאור כספר ב־5 במרץ 1889, כשג'רום היה בן 30. הספר זכה להצלחה ותורגם לעשרות שפות.
תקציר העלילה.
ג'רום עצמו הוא גיבור הסיפור, כאשר הוא ועוד שני חברים טובים (ג'ורג' והאריס) מחליטים לדאוג לבריאותם, לעזוב את העיר הרועשת ולצאת למסע מרענן ומרגיע בטבע. לאחר התארגנות לא פשוטה יוצאים החברים עם מונמורנסי הכלב, לשיט בסירה קטנה על פני נהר התמזה שבאנגליה.
הם עוברים חוויות שונות, נעימות יותר ונעימות פחות, הם מספרים זה לזה חוויות שעברו בעבר, עד שכמה ימי גשם מכריעים אותם והם נוטשים את הסירה.
יחודו של הספר אינו בעלילה שלו, אלא באנקדוטות המשעשעות הפזורות לכל אורכו, בשפתו העשירה ובביטויים הציוריים ומלאי ההומור. הדמויות מבוססות על דמויות אמיתיות, וחוויותיהן המשעשעות משקפות אירועים שהתרחשו במציאות.
באופן לא ברור מאליו החוויות והמחשבות אותם מתאר ג'רום בצורה קולחת ורהוטה, רלוונטיות לקורא המודרני אף על פי שנכתבו בעולם ויקטוריאני שונה לחלוטין. היכולת המופלאה של ג'רום לתאר דירות שכורות, מלונות, פאבים, ובעיקר אנשים גורמת לספר להיות רלוונטי כאילו נכתב לאחרונה.
בשנת 1900 נכתב ספר ההמשך "שלושה גברים בבומל", על חוויותיהם של השלושה בטיול אופניים ביער השחור בגרמניה.
אזכורים בספרות המודרנית.
בשנת 1997 יצא לאור ספר הנקרא "מלבד הכלב" ("To Say Nothing of the Dog" באנגלית), מאת סופרת המדע הבדיוני האמריקנית קוני ויליס. ספר זה מוקדש ל"שלושה בסירה אחת" המקורי, ודומה לו במובנים רבים, למרות שהוא ספר מסוגת המדע הבדיוני. רובו של הספר מתרחש בתקופה ובאזור של התרחשות הספר המקורי - כתוצאה מעלילה שמערבת הרבה מסעות בזמן. זהו ספר קומי ומלא בהומור ובהתייחסויות סטיריות לתקופה הוויקטוריאנית, בדומה לספר שבהשראתו נכתב. כמו כן, השתלשלות האירועים בו דומה למדי לזו שבספר המקורי, בכלל זה המסע על נהר התמזה. ספר זה זכה לפרס הוגו היוקרתי לרומן הטוב ביותר בתחום המדע הבדיוני לשנת 1999.
ספר נוסף בהשראת הספר הוא "שלוש בסירה" של מיכל ווזנר המתאר שיט של שלוש נשים ישראליות יוצאות לשיט במעלה נהר התמזה בעקבות גיבורי "שלושה בסירה אחת".
תרגומים לעברית.
במהלך השנים הודפס הספר בשפה העברית בהוצאות שונות ובתרגומים שונים, לעיתים שונים מאוד באופיים ובהצמדותם למקור האנגלי.
בין התרגומים:
מחוות ברדיו הישראלי.