על רקע ועידת קמפ דייוויד בין אהוד ברק ליאסר ערפאת פרצה בספטמבר 2000 האינתיפאדה השנייה, גל מהומות אלימות פלסטיניות ששילב גם פעולות טרור פלסטיני. בימים הראשונים של המהומות שידר צוות France 2 כתבה עם סרט המתארת את מותו לכאורה של מוחמד א-דורה, ילד פלסטיני בן 12, מירי חיילי צה"ל בצומת נצרים שברצועת עזה. הכתבה תרמה לשלהוב הרוחות ולעלייה חדה בתקריות אלימות ואנטישמיות כנגד ישראלים ויהודים בארץ ובעולם. בשנתיים שלאחר מכן, האינתיפאדה רק החריפה, ופיגועי ההתאבדות הרבים שביצעו פלסטינים בישראל הכריחו את ישראל לנקוט בפעולות צבאיות חריפות יותר ויותר. צה"ל החל לבצע סיכולים ממוקדים נגד פעילי טרור בכירים ובמקביל כוחות יבשה נכנסו יותר ויותר לשטחי A. במרץ 2002, בעקבות חודש עקוב מדם בו נרצחו למעלה מ-100 ישראלים, ואחרי טבח ליל הסדר, הורה ראש הממשלה אריאל שרון על פתיחת מבצע חומת מגן למיגור הטרור. במבצע זה, הגדול מסוגו שנערך מזה שנים רבות, נהרגו מאות פלסטינים ונגרם נזק קשה לתשתיות בשטחי יהודה ושומרון. השיא היה בקרב בג'נין בו דחפורי D9 משוריינים גרמו להרס רב במחנה כדי להכריע את הקרב. הפלסטינים הפיצו האשמות שקריות על טבח שערך צה"ל בג'נין, והאשמות אלה תרמו לעליה חדה באנטישמיות החדשה ובגינויים למדינת ישראל בעולם. גם בניית גדר ההפרדה, שנועדה למנוע חדירת מחבלים (ובעיקר מחבלים מתאבדים), גררה גינויים לישראל וכונתה "חומת האפרטהייד" בידי מתנגדיה.
על רקע התהודה העולמית שעוררה האינתיפאדה השנייה התקבלה החלטת פורום NGO, פורום הארגונים הלא-ממשלתיים, מטעם ועידת האו"ם נגד הגזענות ושנאת הזר -ועידת דרבן הראשונה. החלטה זו, אף כי לא נכללה בהצהרות הוועידה הסופיות, קראה להטלת סנקציות וחרמות מחייבים ומקיפים ולניתוק כל הקשרים (דיפלומטיים, כלכליים, חברתיים, תמיכות, שיתוף פעולה צבאי ואימונים צבאיים משותפים) בין כל המדינות וישראל. מרי רובינסון, נשיאת הוועידה אשר הייתה נוכחת במקום, אמרה שהייתה בפורום "אנטישמיות נוראית".
קריאות לחרם כלכלי, תרבותי ואקדמי משולב נשמעו לראשונה ב-2002 אך קמפיין משמעותי החל רק ב-2004 עם השקת הקמפיין הפלסטיני לחרם אקדמי ותרבותי על ישראל ברמאללה. קריאות נוספות לחרם נשמעו בהמשך גם על ידי גופים וארגונים נוספים ולעיתים אף על ידי תושבי ישראל. בקרב הארגונים האנטי-ישראליים קיימים ספקות באשר להצלחתו של החרם בייחוד לאור התפיסה הקיימת אצל חלק מהמחזיקים בדעות אנטי-ישראליות, שישראל מצליחה לחמוק מעונש באופן שיטתי.
כמו כן, החל מ-2004 בין החודשים פברואר-מרץ מתקיים בארץ ובעולם שבוע האפרטהייד הישראלי. מטרת אירועי שבוע האפרטהייד הוא לעודד חרם על ישראל על ידי הצגתה כמדינת אפרטהייד, הנוקטת במדיניות אפרטהייד, לטענת המארגנים, כלפי הפלסטינים וכן ליצור תמיכה בנקיטת סנקציות וחרמות כלפי מדינת ישראל. עם זאת, פעילים ישראליים מקומיים המארגנים את אירועי שבוע האפרטהייד טוענים שמטרת הכנסים שנערכו היא לבודד את ישראל מבחינה בינלאומית. אירועי שבוע האפרטהייד מבוססים בחלקם על תעמולה פלסטינית ולעיתים כוללים הסתה כנגד ישראל.
חרם כלכלי.
החל משנת 2005 ישנו קמפיין פעיל של מאות ארגונים פלסטינים וארגוני שמאל רדיקלי פרו-פלסטיניים הנקרא BDS (ראשי תיבות של "חרם, משיכת השקעות, סנקציות") הקורא להחרים כלכלית את מדינת ישראל ועסקים וארגונים ישראליים. קמפיין ה-BDS קורא גם לחרם אקדמי וחרם תרבותי על ישראל. במדינות רבות בעולם נערכו קמפיינים מקומיים שנועדו לגרום להוצאת השקעות בישראל ובחברות הקשורות לישראל וכן מחברות מקומיות אשר "מרוויחות מהכיבוש". כתוצאה מכך בוטלו מספר השקעות בארגונים, עסקים ומיזמים הקשורים בצורה כלשהי לישראל.
תוצרת התנחלויות.
התנחלויות נתקלות לעיתים קרובות בעיצומים החריפים ביותר. משום כך, נערכים לעיתים חרמות המכוונים במיוחד נגד כלכלת יישובים אלו. הרשות הפלסטינית אסרה בחוק למכור מוצרי התנחלויות בשטחה. בנוסף, ישנם עסקים ואיגודים המחרימים לחלוטין תוצרת שמקורה בהתנחלויות ומדינה אחת החליטה רשמית על סימון מוצרים המיוצרים בהתנחלויות, כאשר קיים חשש שהסימון יביא לחרם. עם זאת, ישראל חתומה על הסכמי סחר בינלאומיים, כך שניסיונות להחרים תוצרת ישראלית נתקלים בקשיים. תחקיר גרמני שנערך קבע כי הכוונה המסתמנת היא סימון מוצרי התנחלויות כמוצרים שאינם מיוצרים בשטח ישראל על מנת לעקוף את הסכמי הסחר.
לעיתים קיימים קשים בסימון והחרמת מוצרי ההתנחלויות, למשל בשל כך שספקים מערבבים תוצרת זו עם תוצרת אחרת שמקורה בישראל. לפעמים גם קיים כעס מצד אותם ארגונים על כך שעסקים אחרים משתפים פעולה, מבחינה עסקית, עם תוצרת ההתנחלויות. במקרים אלו קיימות קריאות להחרים - ולעיתים גם מוחרמים בפועל - ארגונים בהם קיימת פעילות הן בהתנחלויות והן בישראל וכן ספקים "המשתפים פעולה" עם יצרני ההתנחלויות. כך לדוגמה בהנחיות שפרסם האיחוד האירופי, גופים המקבלים כספים מהאיחוד יצטרכו להתחייב שלא להשתמש בקבלני משנה מתחומי הגדה המערבית או מזרח ירושלים.
חרם אקדמי.
תנועת ה-BDS (ראשי תיבות "חרם, משיכת השקעות וסנקציות") וכן יוזמות עצמאיות קראו לאורך השנים להטיל חרם אקדמי על מוסדות האקדמיה הישראלית , בטענה כי הם משתפים פעולה עם הממשל הישראלי ותורמים לכיבוש השטחים. באקדמיה הישראלית עצמה, יש מספר מצומצם של אקדמאים שתומכים בחרם זה. התומכים בו מהווים מיעוט של כ-2% מהמרצים בארץ ונתקלים בפעמים רבות בביקורת קשה מצד עמיתיהם, הפרופסורים הישראלים. גם סטודנטים ישראלים מעטים תומכים בחרם האקדמי ועוררו זעם ציבורי. כלפי חלק מתומכי החרם בחו"ל נשמעות טענות על גזענות ואנטישמיות.
מטילי החרם האקדמי הבולטים הם ארגון המורים הארצי באירלנד, אשר קרא לפרלמנט האירי להרחיב את החרם האקדמי "עד ש (ישראל) תסיר את המצור הבלתי חוקי על עזה והכיבוש על אזור הגדה המערבית", "איגוד מרצי האוניברסיטאות" הבריטי אשר החרים החל מ-22 באפריל 2005 את האוניברסיטאות בר-אילן וחיפה לתקופה של כחודש, הפיזיקאי סטיבן הוקינג, ששימש כפרופסור בכיר לפיזיקה באוניברסיטת קיימברידג' והאגודה ללימודים אמריקניים (ASA) בארצות הברית. כמו כן, לאור עצומה ומחאה נרחבת בדרום אפריקה, קיבלה על עצמה אוניברסיטת יוהנסבורג להפסיק כל שיתוף פעולה מחקרי או לימודי עם אוניברסיטת בן-גוריון בנגב הקשור במישרין או בעקיפין לצה"ל וכן לחתוך כל קשר אם יתברר שהוא קשור להפרה של זכויות אדם כלשהן וזאת למרות הקשר המבוסס שלהן, עוד מלפני שנות ה-90. בזו אחר זו החלו אוניברסיטאות אחרות בדרום אפריקה לבדוק את קשריהן עם ישראל ולהצהיר שאין להן כאלה. ב-27 ביולי 2012 הכריזה אגודת הסטודנטים של אוניברסיטת ויטווטרסראנד (ויטס) על חרם תרבותי ואקדמי על ישראל. במדינות רבות בעולם נשמעו קריאות להחרמת ישראל, אך רובן לא עברו בהצבעות או שבוטלו זמן קצר לאחר מכן. הידועה בהן היא החלטה של "איגוד מרצי האוניברסיטאות" הבריטי להחרים אקדמית את ישראל, החלטה אשר כאמור בוטלה לאחר מכן.
אוניברסיטת אריאל.
בשל מיקומה הייחודי של אוניברסיטת אריאל, הפועלת משטח הנמצא מחוץ לתחומי הקו הירוק, הופעלו לחצים, חרם פנימי וביקורת רבות במטרה למנוע את הקמתה. גם בחו"ל נמתחה ביקורת ציבורית שלעיתים החריפה עד כדי קריאה להחרמה אף עוד לפני הפיכת המרכז האקדמי לאוניברסיטה. כאשר ביקר נשיא ארצות הברית אובמה בישראל הוא נמנע מלהזמין לנאומו סטודנטים מאוניברסיטת אריאל, על אף שהזמין סטודנטים מכל אוניברסיטה אחרת בארץ. צעד זה התפרש כחרם מצידו על אוניברסיטת אריאל ועורר ביקורת. כמו כן הוחרמו סטודנטים מהאוניברסיטה עוד כאשר הייתה מכללה, ונפסלו מלהשתתף בתחרות ספרדית בחסות משרד השיכון הספרדי מחמת מיקומה הגאוגרפי של המכללה. מנהל התחרות הסביר כי מדובר בהחלטה של ממשלת ספרד. בעקבות הפסילה החליטה אריאל לתבוע את משרד השיכון הספרדי, ולאחר שהאחרון לא הצליח להמציא אסמכתה לחוקיות פעולתו, נחתם הסכם פשרה שבמסגרתו הודתה ממשלת ספרד כי הפסילה נעשתה שלא כדין, ופִצתה את אוניברסיטת אריאל בסכום של כ-430 אלף ש"ח.
חרם תרבותי.