הכביש הראשון החוצה את המיסיסיפי העליון עובר על גשר פלדה פשוט, שדרכו זורם הנהר (ששמו המקומי "ניקולט קריק" (Nicolet Creek)) צפונה מאגם ניקולט מתחת ל"דרך האזור הבראשיתי" (Wilderness Road) אל הזרוע המערבית של אגם איטאסקה, בתוך .
הגשר הקדום ביותר על פני נהר המיסיסיפי נבנה בשנת 1855. הוא השתרע על פני הנהר במיניאפוליס, שם נמצא גשר שדרת הנפין הנוכחי.
גשר הרכבת הראשון על פני המיסיסיפי נבנה בשנת 1856. הוא השתרע על הנהר בין באילינוי לדיבנפורט (Davenport) באיווה. קברניטי ספינות הקיטור של אז, שחששו מתחרות ממסילות הברזל, ראו בגשר החדש סכנה לשיט. שבועיים לאחר פתיחת הגשר התנגשה ספינת הקיטור אפי אפטון (Effie Afton) בחלק מהגשר, עלתה באש וטבעה, כשהלהבות אפפו גם את הגשר (שתוקן במהירות). הבעלים של הספינה תבע את חברת הרכבת בטענה שהגשר מסוכן ויש לפרקו. התנהלו הליכים משפטיים, כאשר אברהם לינקולן ייצג את חברת הרכבת. התביעה הגיעה לבית המשפט העליון של ארצות הברית, שפסק לטובת חברת הרכבת.
כיום יש מעל ל-130 גשרים החוצים את המיסיסיפי, כשאין מנהרות של כביש מהיר או מסילת ברזל החוצות מתחת לנהר המיסיסיפי. הגשר הארוך ביותר הוא () בין רפיוג' (Refuge) במיסיסיפי לשיבאס (Shives) בארקנסו שאורכו 4,133 מטרים. הגשר הגבוה ביותר מעל הנהר הוא () המחבר בין שני חלקים של באטון רוז' בלואיזיאנה בגובה 53 מטרים מעל פני הנהר.
מידות.
אורך.
כאשר נמדד ממקורו המסורתי ב, אורך המיסיסיפי הוא 3,782 קילומטרים. כאשר נמדד ממקור הנחל הארוך ביותר שלו (המקור הרחוק ביותר מהים), מעיין ברואר (Brower's Spring) במונטנה, מקור הנהר מיזורי, אורכו 5,970 קילומטרים, מה שהופך אותו לנהר הרביעי באורכו בעולם לאחר הנילוס, האמזונאס והיאנגצה. כאשר נמדד לפי מקור הנחל הגדול ביותר (לפי נפח מים), יהיה המקור הנהר אוהיו, ובהרחבה הנהר אלגיני, והמיסיסיפי יתחיל בפנסילבניה.
רוחב.
באגם איטסקה, רוחב הנהר בין 6 ל-9 מטרים, הקטע הצר ביותר לכל אורכו. החלק הרחב ביותר של המיסיסיפי הוא בליד בנה במינסוטה, שם הוא רחב יותר מ-18 קילומטרים. הקטע הרחב ביותר בערוץ שבו אפשר להשיט ספינות במיסיסיפי הוא , שבו רוחב הערוץ יותר מ-3 קילומטרים.
עומק.
במקורו באגם איטאסקה, עומק נהר המיסיסיפי הוא כמטר. העומק הממוצע של נהר המיסיסיפי בין סנט פול לסנט לואיס הוא 2.7–3.7 מטרים, החלק העמוק ביותר הוא אגם פפין, שעומקו בממוצע 6–10 מטרים ובעל עומק מרבי של 18 מטרים. בין המקום שבו נהר מיזורי מצטרף למיסיסיפי בסנט לואיס, מיזורי וקהיר באילינוי, העומק הממוצע הוא 9 מטרים. ממורד הנהר מקהיר, היכן שמצטרף נהר אוהיו, העומק בממוצע הוא 15–30 מטרים. החלק העמוק ביותר של הנהר נמצא בניו אורלינס, שם הוא מגיע לעומק של 61 מטרים.
ספיקה.
הספיקה השנתית הממוצעת היא בין 6,000 ו-20,000 מטרים מעוקבים בשנייה. אף על פי שזהו הנהר החמישה עשר בגודלו בעולם בנפח המים הזורמים בו, זרימה זו היא חלק קטן מהתפוקה של נהר האמזונאס, כ-209,000 מטרים מעוקבים בשנייה בעונה הגשומה. בממוצע זורמים במיסיסיפי רק 8% מכמות המים הזורמים בנהר האמזונאס, המנקז יערות גשם בעוד שחלק גדול מאגן הניקוז של המסיסיפי צחיח למדי.
מי נהר מתוקים הזורמים מהמיסיסיפי למפרץ מקסיקו אינם מתערבבים במים המלוחים מיד. התמונות מפרויקט הלוויינים MODIS (ראשי תיבות של Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer) של נאס"א מציגות תימרה גדולה של מים מתוקים, המופיעה כסרט כהה על רקע המים הסובבים בצבע כחול-בהיר יותר. תמונות אלו מדגימות שהתימרה לא התערבבה עם מי הים שמסביב מיד. במקום זאת, היא נשארה שלמה בזמן שהיא זרמה דרך מפרץ מקסיקו, לתוך מצר פלורידה, ונכנסה לזרם הגולף. מי נהר המיסיסיפי הקיפו את הקצה של פלורידה וזרמו במעלה החוף הדרום-מזרחי עד לקו הרוחב של ג'ורג'יה לפני שלבסוף התערבבו בצורה כל כך יסודית עם האוקיינוס עד שלא ניתן היה לזהות אותם עוד על ידי MODIS.
לפני שנת 1900 שינע נהר המיסיסיפי כ-400 מיליון טון של משקעים בשנה מפנים ארצות הברית לחוף לואיזיאנה ולמפרץ מקסיקו. במהלך שני העשורים האחרונים, מספר זה היה רק 145 מיליון טון בשנה. ההפחתה במשקעים המוסעים במורד נהר המיסיסיפי היא תוצאה של שינוי הנדסי של הנהרות מיסיסיפי, מיזורי ואוהיו ויובליהם על ידי סכרים, חיתוך נפתולים, מבנים שנועדו לשפר את אופי הנהר, סוללות בגדות ותוכניות בקרת סחיפת קרקע באזורים המנקזים על ידם.
לנהר שתי עונות שיא:
דלתת המיסיסיפי, מהדלתות הגדולות בעולם, נוצרה כתוצאה משקיעת סחף במשך אלפי שנים.
האוכלוסייה היושבת בדלתה נמצאת על סוללות מלאכותיות הבנויות עפר ובטון, והעיר ניו אורלינס בנויה על סוללה טבעית.
מרבית הדלתה אינה מיושבת בגלל ביצות, והמאבק בטבע הוא על ידי בניית תעלות לניקוז, על מנת שאפשר יהיה להביא סירות ולעבד את האדמה.
שיט ובקרת שיטפונות.
עבור הארבות וכלי השיט האחרים שהופכים את האפיק הראשי של המיסיסיפי לאחד מנתיבי המים המסחריים הגדולים בעולם נדרש ערוץ נהר פנוי ממכשולים. המשימה של תחזוקת ערוץ השיט היא באחריות חיל ההנדסה של צבא ארצות הברית, שהוקם ב-1802. פרויקטים מוקדמים יותר החלו כבר בשנת 1829 להסרת מפגעים, סגירת ערוצי משנה וחפירת סלעים ושרטונות.
ספינות קיטור בבעלות סוחרים החלו לפעול בשנות ה-20 של המאה ה-19, כשהתקופה 1830–1850 הפכה לתור הזהב של ספינות הקיטור. מכיוון שהיו מעט כבישים או מסילות ברזל באדמות שנקנו ברכישת לואיזיאנה, התעבורה בנהרות הייתה פתרון אידיאלי. כותנה, עץ ומזון הושטו במורד הנהר, וכך גם פחם מהרי האפלצ'ים. הנמל של ניו אורלינס פרח מכיוון שהיה נקודת ההעברה לאוניות של הים הפתוח. כתוצאה מכך, דמותה של ספינת הקיטור של המיסיסיפי בדמות עוגת החתונה, נכנסה למיתולוגיה האמריקאית. ספינות קיטור עברו את כל המסלול מהזרזיף של מונטנה ועד לנהר אוהיו; במורד המיזורי והטנסי, לאפיק הראשי של המיסיסיפי. רק עם הגעת מסילות הברזל בשנות השמונים של המאה ה-19 פחתה תנועת ספינות הקיטור. ספינות הקיטור המשיכו לפעול עד שנות ה-20 של המאה ה-20. רובן הוחלפו על ידי ספינות גרר שגוררות ארבות. כמה ספינות שרדו כסמלים – למשל, " ו".
סדרה של 29 תאי שיט וסכרים במיסיסיפי העליון, שרובם נבנו בשנות ה-30 של המאה ה-20, נועדה בעיקר לשמור על ערוץ בעומק של 2.7 מטרים לתנועת דוברות מסחריות. האגמים שנוצרו משמשים גם לשיט פנאי ולדיג. הסכרים הופכים את הנהר לעמוק ורחב יותר אך אינם עוצרים אותו. הם אינם מיועדים לבקרת שיטפונות. בתקופות של ספיקה גבוהה, השערים, שחלקם תת-מימיים, נפתחים לחלוטין והסכרים פשוט מפסיקים לתפקד. מדרום לסנט לואיס, המיסיסיפי זורם באופן חופשי יחסית, אם כי הוא מוגבל בין סוללות רבות ונשלט על ידי סכרי כנף רבים.
במיסיסיפי התחתון, מבאטון רוז' ועד לשפך המיסיסיפי, עומק השיט הוא 14 מטרים, מה שמאפשר לאוניות מכולות וספינות תענוגות לעגון בנמל ניו אורלינס ולספינות מטען בתפזורת שרוחבן פחות מ-46 מטרים שמאפשר מעבר מתחת ל כדי לעבור את המיסיסיפי אל באטון רוז'. קיימת בדיקת היתכנות לחפור את החלק הזה של הנהר לעומק של 15 מטרים כדי לאפשר מעבר של ספינת במידות של פנמקס חדש.
המאה ה-19.
בשנת 1829 נערכו סקרים של שני המכשולים העיקריים במיסיסיפי העליון, אשדות דה מוין (Des Moines Rapids) ואשדות רוק איילנד (Rock Island Rapids), שם הנהר היה רדוד ואפיק הנהר היה סלעי. אורכם של אשדות דה מוין היה כ-18 קילומטרים וממש מעל לשפך הנהר למיסיסיפי ב באיווה. אשדות רוק איילנד היו בין רוק איילנד למולין. שני האשדות נחשבו כמעט בלתי עבירים.
בשנת 1848 נחפרה תעלת אילינוי ומישיגן כדי לחבר את נהר המיסיסיפי לימת מישיגן דרך הנהר אילינוי ליד באילינוי. התעלה אפשרה שיט ספינות בין דרכי המים החשובים הללו. בשנת 1900 הוחלפה התעלה ב. התעלה השנייה, בנוסף לשיט ספינות, אפשרה לשיקגו גם לטפל בבעיות בריאותיות ספציפיות (טיפוס הבטן, כולרה ומחלות אחרות הנישאות במים) על ידי שליחת הביוב שלה במורד מערכות הנהרות של אילינוי ומיסיסיפי במקום שיזהם את מקור המים שלה באגם מישיגן.
חיל ההנדסה המליץ על חפירת ערוץ בעומק של 1.5 מטרים באשדות דה מוין, אך העבודה החלה רק לאחר שסגן רוברט אדוארד לי אישר את הפרויקט ב-1837. מאוחר יותר החל החיל גם לחפור את אשדות רוק איילנד. עד 1866, התברר שהחפירה אינה מעשית, והוחלט לבנות תעלה סביב אשדות דה מוין. התעלה נפתחה ב-1877, אך אשדות רוק איילנד נותרו מכשול. בשנת 1878 אישר הקונגרס לחיל לחפור תעלה בעומק 1.4 מטרים שתושג על ידי בניית סכרי כנף המכוונים את הנהר לערוץ צר הגורם לו לחתור ערוץ עמוק יותר, על ידי סגירת ערוצים משניים ועל ידי דלייה. פרויקט הערוץ הושלם כאשר תא שיט מולין, שעקף את אשדות רוק איילנד, נפתח בשנת 1907.
כדי לשפר את השיט בין סנט פול, מינסוטה, ופרירי דו שיין בוויסקונסין, הקים החיל מספר סכרים על אגמים באזור מקורות הנהר, כולל אגם ויניביגושיש ואגם פוקגמה (Lake Pokegama). הסכרים, שנבנו החל משנות ה-80 של המאה ה-19, אצרו נגר שנוצר באביב אשר שוחרר בזמן שפל של המים כדי לסייע בשמירה על עומק הערוץ.
המאה ה-20.
בשנת 1907 אישר הקונגרס פרויקט ערוץ בעומק 1.8 מטרים בנהר המיסיסיפי, שלא הושלם כאשר הוא ננטש בסוף שנות ה-20 של המאה ה-20 לטובת פרויקט הערוץ בעומק 2.7 מטרים.