ההיסטוריונים המסורתיים התעניינו במרידות ובמלחמות שושלתיות, אך ההיסטוריונים המודרניים מייחסים חשיבות למרידות איכרים. מרידות אלו של איכרים, או עבדים היו נפוצות כמעט בכל החברות, אשר היו תלויות בעבדות או בצמיתות כחלק משיטתן הכלכלית. מרידות אלו יכלו לפרוץ בתגובה למגבלות שהוטלו, אכזריותו של שליט, רעב המוני, משבר כלכלי, ומגוון של סיבות אחרות. מאות רבות של מרידות מסוג זה ידועות בהיסטוריה, אך במקרים מועטים בלבד הייתה להן תוצאה מוצלחת מבחינת המורדים. הישגי המורדים היו לרוב זמניים ומקומיים, והמרידה דוכאה לרוב באכזריות על ידי כוחות הממשלה והאצולה.
בלתי אפשרי לחלק מלחמות לקטגוריות ברורות ופשוטות. סכסוכים רבים היוו תערובת של קטגוריות אלו. מרידות איכרים היו לעיתים מעמידות בראשן טוען לכתר. מחלוקות בדבר ירושה יכלו לגרום למרידה של צמיתים. יש להדגיש כי חלוקה זו לקטגוריות היא חיצונית, ואין בה כל הסבר לסיבות לפרוץ המרידות והסכסוכים.
ברור כי סכסוכים רבים שהעסיקו את העולם העתיק, כמלחמת האזרחים שפרצה בזמנו של יוליוס קיסר והעלתה אותו לשלטון, אינה ניתנת לחלוקה לפי קטגוריות אלו, ויש לחפש את שורשיה בסיבות עמוקות שגרמו להשחתתה של הרפובליקה הרומית במאות שקדמו למלחמה, כמו גם בסיבות מיידיות הנובעות מן הסביבה האנושית, החוקתית והכלכלית המיוחדת ששררה באימפריה הרומית בתקופה זו.
מלחמות אזרחים בישראל במקרא.
במקרא מתוארות מספר מלחמות אזרחים. אחת הידועות מביניהן נערכה בין שבט בנימין לשאר השבטים לאחר מעשה פילגש בגבעה. מלחמה נוספת התרחשה בממלכת ישראל עם מותו של זמרי, בין עמרי ובין תבני בן גינת. מלחמה זו הוכרעה בניצחונו של עמרי, שהקים שושלת מלוכה של ארבעה דורות. לפי רב-המכר מצעד האיוולת היהודי, ניטשו 12 מלחמות אזרחים בארץ ישראל בין תקופת ההתנחלות לבין המרד הגדול, וההשפעה שלהן על עתיד העם היהודי הייתה מכרעת.
מלחמות אזרחים בתקופה המודרנית.
לרוב מוסכם כי גורמים כלאומנות, דת ואידאולוגיה שיחקו מרכיב שולי במלחמות שקדמו לתקופה המודרנית. לאומנים מודרניים רואים בסכסוכי העבר, כגון מלחמתם של הסקוטים כנגד אנגליה כסכסוכים בעלי רקע לאומי, אך נראה כי המדובר בסכסוך שושלתי, אשר רק חלוף הזמן וההילה ההיסטורית שנרקמה סביבו במהלך הדורות שיוו לו אופי לאומי, ובעת שנלחמו הצדדים, לא הייתה כוונתם למלחמה לאומית דווקא.
סכסוכים דתיים.
מלחמות אזרחים על רקע דתי אירעו לרוב בחברות מונותיאסטיות, מאשר בחברות פוליתיאיסטיות. עובדה זו ניתנת להסבר בכך שהחברות הפוליתאיסטיות נוטות להיות גמישות במונחים של דוגמה ומאפשרות מידה רבה של חופש דתי. באירופה במהלך ימי הביניים אימץ רובה של האוכלוסייה את הנצרות, אך זו הייתה מעורבת במסורות פגניות. רובה של האוכלוסייה לא ידע קרוא וכתוב, והגישה אל התנ"ך הייתה מוגבלת למשכילים. דבר זה איפשר מידה מסוימת של סינקרטיזם בין הדת הנוצרית ובין המסורות הפגניות מימי קדם. גישה זו אל הדת, הביאה לכך שהיחס אל הדת לא היה כאל גורם מדכא. ישנן הופעות מחזוריות של "כפירות" כגון הכפירה האלביגנזית אשר הובילו לאלימות, אך ההיסטוריונים נוטים לראות באלו בעלות אופי של מרידת איכרים יותר מאשר מלחמה על רקע דתי טהור.
כאשר הפכו הדתות לנגישות יותר להמונים עם המצאת הדפוס, וכאשר הן איבדו את גמישותן, המתח הבין דתי גבר. עליית האסלאם הביאה לגל של מהומות כנגד מנהיגים לא מוסלמים מיד לאחר הופעת הדת החדשה. ההיסטוריה האסלאמית שלאחר מכן הייתה מאופיינת בסכסוכים אזרחיים, שלרוב היו על רקע מאבקי שליטה לאחר מותו של הנביא מוחמד שלא מינה יורש. מאבקים אלו זו התפתחה מאוחר יותר למתיחות בין האסלאם הסוני והאסלאם השיעי. באירופה, בואה של הרפורמציה והופעתה של הנצרות הפרוטסטנטית הייתה בעלת השפעה דומה, והציתה שנים של מאבקים פנימיים ובינלאומיים, אשר ניתן לראות לפחות את חלקם כבעלי רקע דתי. מלחמות אלו כילו את כוחן של צרפת, גרמניה והולנד, וכיום יש להן הד במצב הלוחמה המתמשך באירלנד. מלחמות בין כתות פרוטסטנטיות שונות שיחקו תפקיד משמעותי במהלך מלחמות האזרחים האנגליות במהלך המאה ה-17.
דוגמה למלחמת אזרחים על רקע דתי בימינו היא מלחמת יוגוסלביה שגבתה את חייהם של רבים בסופה של המאה ה-20 ובתחילת המאה ה-21. החלוקה האתנית בין סרבים קרואטים סלובנים ואחרים, הייתה אך חלק מן הרקע לסכסוך, שכלל אף מאבק בין המוסלמים והנוצרים באזורים המעורבים כבוסניה והרצגובינה, קוסובו ואזורים אחרים. סכסוך זה מעיד כי כוחה של הדת ביצירת סכסוכים פנימיים עודו רב, וכי קווי חלוקה דתיים עודם מהווים קו שבר רב עוצמה במדינות רב לאומיות. על רקע זה יש להזכיר אף את הסכסוך בצ'צ'ניה הנושא, לפחות בחלקו רקע דתי. עם תחילת המאה ה-21 נראה כי רבים מן הסכסוכים בחלקים רבים של העולם הם על רקע דתי, ובמיוחד על רקע המאבק באסלאם הקיצוני, כגון מלחמת האזרחים האלג'יראית אשר גבתה את חייהם של מאה אלף בני אדם בעשור האחרון של המאה ה-20.
דוגמה נוספת למלחמת אזרחים על רקע דתי בהווה זאת מלחמת האזרחים בסוריה: כאשר הלחימה היא נגד משטר אסד בן העדה העלווית המהווה מיעוט בסוריה, לבין המורדים המוסלמים הסונים המהווים כ-73% מהאוכלוסייה הסורית. כאשר מחד גיסא ארגונים איסלאמיים סונים כמו אל-קאעידה נלחמים לצד המורדים ומאידך גיסא משמרות המהפכה של איראן וחזבאללה השיעיות נלחמות למען משטר אסד.
מהפכות.
מהפכה היא לרוב מלחמת אזרחים בה הצדדים הלוחמים חלוקים בשאלות אידאולוגיות הנוגעות לשאלות הבסיס של המשטר הנוהג, לחלוקת הכוח, ההון ואמצעי הייצור, ולא רק בשאלה מיהם הפרטים שישלטו בהם. דוגמה קלאסית היא המהפכה הצרפתית אשר בה נאבק באופן אלים המעמד הבינוני והפרולטריון העירוני בצרפת כנגד האצולה והמונרכיה. יש הטוענים כי מהפכות הן המשך של מרידות האיכרים הקלאסיות. בניגוד למרידות האיכרים, מהפכות מונהגות כמעט תמיד על ידי אנשים מן המעמד הבינוני, הרותמים לעגלתם האידאולוגית את ההמונים מן המעמד הנמוך. אחרים רואים באידאולוגיה את מחליפתה של הדת כנותנת הצדקה לאלימות שנוצרת על ידי גורמים חברתיים וכלכליים.
על מנת להצליח בכיבוש השלטון דרוש למהפכנים כוח צבאי, ולעיתים גולש הסכסוך לכלל מלחמת אזרחים. במקרים אחרים, כגון המהפכה הרוסית והמהפכה הצרפתית, דווקא הצלחת המורדים לכבוש את השלטון במרידה קצרה או מקומית, גורמת לתגובת נגד של המשטר המדרדרת למלחמת אזרחים.
מרידות על רקע לאומי.
אחת מן הסיבות הנפוצות למלחמות אזרחים, במיוחד בעולם שלאחר המלחמה הקרה הוא מלחמות אזרחים על רקע לאומי. הלאומיות משחקת את תפקידה של הדת או האידאולוגיה כהצדקה למלחמה שלה סיבות רבות. כל מדינות הלאום המודרניות מתיימרות להחזיק במונופולין על הכוח הצבאי. מלחמות אזרחים על רקע שאיפה לעצמאות לאומית דורשות כי הצבא הלאומי יהיה מפוצל לפי קווי שבר אתניים, דתיים או לאומיים, כפי שאירע ביוגוסלביה או לעיתים קרובות יותר בסכסוכים בין מיעוט לאומי לבין ממשלה של מדינה רבת לאומים, יוצרת קבוצת המיעוט מיליציה החמושה בנשק קל, המנהלת מלחמת גרילה כנגד צבאות סדירים, תוך שהיא זוכה לתמיכתה של האוכלוסייה. ההיסטוריה של המאה העשרים הוכיחה כי לוחמה מסוג זה היא לוחמה בה דווקא למיליציה יש יתרון, אל מול צבא סדיר וחמוש. מאבקים מסוג זה זכו להצלחה במקומות כאריתריאה וסרי לנקה.
סכסוכים מקומיים יכולים להיות תוצר של יחסי גומלין בין כלכלות שונות באותה יחידה מדינית, כגון מלחמת האזרחים האמריקנית.
הפיכות.
הפיכה היא על פי הגדרתה מהלומה מהירה הממוטטת את השלטון המרכזי במדינה ומחליפה אותו באחר, ללא אלימות נרחבת. במקרה של הפיכה כושלת, יכולה ההפיכה להיות הניצוץ המצית מלחמת אזרחים. הצד הכושל יכול לגייס לטובתו נימוקים אידאולוגיים, דתיים או לאומיים, על מנת לגייס לטובתו את האוכלוסייה, במאבק שהוא בבסיסו מאבק פנימי על השלטון.
נסיבות לפריצת מלחמה.
כמעט בכל מדינה קיימות קבוצות מיעוט לאומיות, ריבוי של דתות, וחלוקה אידאולוגית, אך חברות מעטות נותנות לקווי חלוקה אלו לדרדר אותן אל מלחמת אזרחים. סוציולוגים חיפשו את הסיבות הגורמות להידרדרות אל מלחמת אזרחים. בעולם המודרני נמצא כי מלחמות אזרחים פורצות באומות שהן עניות, אוטוקרטיות ומחולקות באופן אזורי. עם זאת, ארצות הברית של המאה ה-19 הייתה מדינה עשירה ודמוקרטית, ובכל אופן הייתה הבמה לפרוץ אחת ממלחמות האזרחים העקובות מדם בהיסטוריה האנושית.
מודלים אחרים מדגישים את חשיבות השינוי והמעבר. על פי הגיון זה מלחמת האזרחים האמריקנית נגרמה בשל המעבר של הכוח הכלכלי מן הדרום לצפון, ומלחמת האזרחים בלבנון בשל הפרת האיזון הבין דתי באוכלוסייה ועלייתם המספרית של השיעים. מלחמת האזרחים באנגליה בשל גידול כוחו של המעמד הבינוני והסוחרים, על חשבון האצולה.
תחרות על משאבים ועושר בתוך חברה נתונה היא עילה מוכרת למלחמת אזרחים, עם זאת לרוב אין הצדדים מצהירים על סיבה זו כעילה למלחמה. היסטוריונים מרקסיסטים מדגישים את הגורמים הכלכליים והמעמדיים וטוענים כי מלחמות אזרחים נוצרות על ידי שליטים אימפריאליסטים הנלחמים להגביר את כוחם, המשתמשים בדת ובלאומיות ככלים לגרור אל המאבק את ההמונים המשועבדים.