ניתן לייחס חשיבות לעדי הראיה אשר ראו את אוסוואלד מחוץ למחסן הספרים בסמוך לרצח, ולטענותיו של אוסוואלד עצמו. במקרה זה יש צורך להניח כי מישהו לקח את הרובה אל הקומה השישית, והניח לידו שלושה תרמילים שנורו (אם בעת הרצח או לפניו), והכל במטרה "להלביש" את הרצח על אוסוואלד. אותו אדם גרם לאוסוואלד להגיע למקום שבו נרצח טיפיט, ו"הלביש" עליו אף רצח זה (וזאת תוך שהרוצחים האמיתיים נמלטים, הן מזירת רצח קנדי והן מזירת רצח טיפיט, באופן כה מוצלח שאינם משאירים מאחוריהם ראיה חפצית כלשהי, או עדות של מישהו שראה אותם). דרגת התחכום שפעולה זו דורשת, דרגת הטיפשות המיוחסת לאוסוואלד כבובה של הקושרים, והתועלת השולית מאוד הצומחת לקושרים מפעולה מורכבת ומסובכת זו (כלום לא יכלו באותה מידה לגרום לכך, למשל, ששוטר יתפוס את אוסוואלד "על חם" בקומה השישית, במקום לשלוח אותו הרחק משם לרצוח את טיפיט?) גורמים לכך שנראה כי תאוריות אלו הן חסרות בסיס.
משנראה כי אוסוואלד הוא חלק מן הקשר, עולה השאלה הגדולה - האם פעל לבד? האם היה אוסוואלד "המשוגע הבודד" (Lone Nut) או "היורה הבודד" (Lone Gunman), או שמא פעל בסיועם של אחרים, כחלק מקשר גדול ומאורגן?
נראה כי התשובה לשאלה זו, שיכולה הייתה להינתן על ידי אוסוואלד עצמו לאחר כמה ימים של חקירה, ירדה עם אוסוואלד לקברו, וכי ג'ק רובי הוא שמנע לנצח את גילוי האמת, ברציחתו של אוסוואלד שיש הרואים בה נקמה ילדותית, ויש הרואים בה חלק משמעותי מן הקשר, והתנקשות המוזמנת על ידי המאפיה. מכל מקום, גם ללא גרסתו של אוסוואלד ניתן לבחון את הראיות לשני הכיוונים - "המתנקש הבודד" או "הקשר המתוחכם".
אם נייחס, כחלק ניכר מן החוקרים, וכבית המשפט בניו אורלינס, אמינות נמוכה לעדויות שהביא ג'ים גאריסון במשפטו של קליי שאו לפיהן הייתה חבורה שלמה של הומוסקסואלים מתנגדי קסטרו בניו אורלינס, אשר אוסוואלד היווה חלק ממנה, וכי חבורה זו היוותה את הבסיס לקשר, הרי שאין ראיה של ממש הקושרת את אוסוואלד לכל גורם שהוא. המדובר בחשדות בלבד, המבוססים על חייו יוצאי הדופן של אוסוואלד - שירותו במארינס, עריקתו לברית המועצות, נדודיו בין דאלאס, ניו אורלינס, ומקסיקו בחודשים שקדמו לרצח, תמיכתו הרעשנית בקומוניזם, פעילותו ב"ועד למען משחק הוגן לקובה". כל אלו נותנים קצות חוט ומניעים אפשריים, אך אין בהם כל ראיה של ממש, פרט לחשדות גרידא.
חוקרים חשובים כפוזנר מצביעים דווקא על הרקע יוצא הדופן של אוסוואלד כמקור להנחה כי פעל לבדו. כל חייו היה אוסוואלד זאב בודד, מנותק מן החברה. מעולם לא היו לו חברים. התנהגותו הייתה כשל אדם אנטי-חברתי, ובכל הקשר חברתי היה מוצא את הדרך לנכר את עצמו, להרחיק מעליו חברים, ולהשניא עצמו על הציבור (ולדוגמה תמיכתו המופגנת בקומוניזם כאשר שירת במארינס בשיאה של המלחמה הקרה). נראה כי בשלב שבו סירבו הקובנים לאשר כניסתו לארצם (כחודש וחצי לפני הרצח) היה אוסוואלד סבור כי אף הקובנים סטו מן האידיאלים הנעלים של הקומוניזם, כפי שהתאכזב מן הקומוניזם הרוסי כמה חודשים קודם לכן. אוסוואלד היה לא צפוי, מתבודד ואנטי-חברתי. לא בדיוק האדם שעליו ניתן לסמוך במזימת רצח מסובכת, הן כחלק מן המזימה, והן כ"שעיר לעזאזל". כבודד, היה נתון להתקפים של אלימות רצחנית, חלקם מחושבים ומתוכננים מראש - איים על אמו בסכין בעודו נער, הכה את אשתו וניסה לרצוח את הגנרל אדווין ל. ווקר, כמה שבועות לפני הרצח. מבנה אישיות זה תואם את פרופיל הרוצח הבודד יותר משהוא תואם את פרופיל המתנקש המקושר.
לעומת זאת עומדות השאלות העיקריות בתיק, והעדויות הפיזיות שלא ניתן להפריכן:
כל אלו מראים כי ברמה גבוהה של סבירות, אוסוואלד לא היה לבד (אם כי לכל שאלה ושאלה העולה כאן, ניתן הסבר על ידי תומכי תיאורית "המשוגע הבודד").
אם כן, באשר לאוסוואלד, נראה כי הוא שירה שלושה כדורים מחלון הקומה השישית בבניין מחסן הספרים בעת ששיירת המכוניות של הנשיא קנדי עברה שם. האם פגעו כדורים אלו בנשיא, או האם היו אלו הכדורים היחידים שפגעו בנשיא קנדי ובמושל קונלי? רבים הם הסבורים כי התשובה לשאלה זו שלילית.
ממשלת הצללים.
סרטיו של אוליבר סטון, ובהם "JFK תיק פתוח" ו"ניקסון", מעלים את התאוריה כי מאחורי מזימות רבות והתפתחויות רבות עומדים גורמי הון וימין קיצוני, במיוחד בתעשיית הנפט והתעשיות הביטחוניות, וכי אלו הם הכוח המניע מאחורי דמויות שליליות בהיסטוריה האמריקנית כג'ונסון וניקסון (עובדה היסטורית מעניינת היא כי ניקסון שהה בדאלאס בשעת הרצח).
אנשי תאוריות הקשר טוענים כי כוונתו של קנדי להוריד את הסובסידיות על ייצור נפט, היא שהעלתה אותו על מסלול התנגשות עם אנשים אלו, אשר הפעילו את הכוחות שעמדו מאחורי ההתנקשות. יש הטוענים כי בכך חברו הם לגורמים בצבא ובתעשיות הביטחוניות שסברו כי קנדי יפחית את מעורבות ארצות הברית בווייטנאם, ובכך יפגע באינטרסים שלהם.
ה-CIA, סוכנות הביון המרכזית, הייתה ביחסים גרועים עם קנדי מן היום שבו הורה על ניתוק הקשר עם הגולים הקובנים הפולשים למפרץ החזירים באפריל 1961. קנדי פיטר את ראש הסוכנות אלן דאלס, ונשבע כי יפרק את ה-CIA "לאלפי חלקים" ויעמיד בראשו את אחיו רוברט קנדי. ה-CIA מעולם לא היה בעל עכבות בהחלפת משטרים זרים, שיטה האהובה במיוחד על אלן דאלס, וייתכן כי עתה הרגישו בארגון כי הגיעה העת להחליף את המשטר בארצם שלהם.
מה שנראה כראיה המכרעת להשתתפות ה-CIA בקשר היא מינויו של דאלס לחבר בוועדת וורן. על אף שדאלס ידע על פעילות של ה-CIA, המאפיה, וגולים קובנים, בניסיונות להתנקש בפידל קסטרו, לא דיווח על מידע חשוב זה לוועדה, ולמעשה היה אחד מן הדוחפים למסקנה כי אוסוואלד היה היורה הבודד וכי פעל ללא כל סיוע. אדם כדאלס, אשר הקדיש את חייו לקשירת קשרים, ואשר היה מעורב בפעולות כגון קשר העשרים ביולי לרציחת אדולף היטלר, החלפות המשטר באיראן ובגואטמלה, צריך היה לחפש דווקא בכיוון ההפוך. ישנם רבים הסבורים שפעולתו היא למעשה טיוח.
ג'יי אדגר הובר ראשה הכול יכול של ה-FBI, לשכת החקירות הפדרלית, היה קרוב לגיל 70, הגיל בו פרישה מן השירות הממשלתי היא חובה. הובר רצה להמשיך בתפקידו, וידע כי קנדי, עמו היו להובר יחסים של בוז הדדי, יפטר אותו משתהיה לו ההזדמנות הראשונה לעשות כן. הובר, אשר היה יש האומרים כי היה הומוסקסואל חבוי, היה פגיע לסחיטה מצד המאפיה, ומצד גורמים נוספים שיכלו לדרוש ממנו שיתוף פעולה במזימותיהם, שיתוף פעולה אותו ממילא היה נותן, על פי החשדות, מרצון.
עובדה מעוררת חשד היא כי מרינה אוסוואלד נחקרה על ידי סוכן FBI בשם הוסטי, רק שבועיים לפני הרצח. עדות זו נחשפה רק זמן רב לאחר שוועדת וורן סיימה את פעולתה.
לאחר הרצח, בשנת 1964 הכריז הנשיא ג'ונסון על הובר כראש ה-FBI "לכל ימי חייו".
גם כאן מדובר בחשדות בלבד, ללא כל ביסוס ראייתי משמעותי. העובדה היא כי ה-FBI חקר את הרצח מיזמתו, החל מרגע הרצח, ועד לרגע בו נתבקש להעמיד את חקירותיו לרשות ועדת וורן. עובדה נוספת היא כי הובר הוא ששמר תיקים ובהם ראיות למכביר כנגד כל "המי ומי" בצמרת האמריקנית, וכי הפעיל השפעתו זו על נשיאי ארצות הברית מאז שמונה לתפקידו בשנות העשרים, ואין כל סיבה מדוע לא יכול היה להשתמש בשיטות אלו אף ביחס למשפחת קנדי, אשר הייתה פגיעה מאוד לשיטות אלו, בין היתר בשל היותו של קנדי רודף נשים אובססיבי.
לינדון ג'ונסון.
בתקופה שלפני הרצח עמד קנדי בפני החלטה - מי יהיה מועמדו לסגן הנשיא בבחירות הקרובות. נראה כי סגן הנשיא המכהן, לינדון ג'ונסון הוא נטל, ונזקו למסע הבחירות גדול מתועלתו. בינו ובין מקורביו שוחח קנדי בחופשיות על האפשרות להודיע לג'ונסון כי לא יהיה מועמד לתפקיד סגן הנשיא. כנגד ג'ונסון עמדו 4 חקירות פליליות בחשד למעורבות בשוחד, הלבנת כספים, והסטת חוזים ממשלתיים. ג'ונסון לא פעל לבדו. מאחוריו עמדו אינטרסים של נפט, כסף, והממסד הצבאי-תעשייתי, שלא יכלו לוותר על נציגם בבית הלבן. ג'ונסון עצמו צבר מוניטין של אדם כוחני, אשר לא יוותר על אף אמצעי בדרכו אל הכוח.
כנגד חשדות אלו עולות מספר שאלות: ראשית, כיצד היה בכוחו של ג'ונסון, ששימש במשרה הטקסית בעיקרה של סגן נשיא, להצליח במזימה כה מדויקת ומתוחכמת? מי הם ה"חיילים" שפעלו? (לשאר החשודים - ארגוני ממשל, צבא, ואפילו המאפיה, היו "חיילים" שביצעו את הפעולה. מי הם חייליו של סגן הנשיא?). ומעבר לכל, על אף שכיום רואים בממשל ג'ונסון ממשל בעייתי מאוד בהקשר של מדיניותו הכוחנית בווייטנאם, הרי שג'ונסון עצמו הוא שבחר שלא לרוץ שוב לנשיאות בשנת 1968, ובכך לשמוט את בסיס הכח שהושג, לדברי אנשי תיאורית הקשר באופן כה שפל ובמאמצים כה רבים? נראה כי על אף שהדימוי של ג'ונסון כמקבת' מודרני נראה לרבים, ועל אף הקסם שבציורו של קנדי כקדוש מעונה ליברלי, אשר נרצח רק כדי לשים במקומו את ג'ונסון הרשע אשר יסלים את מלחמת וייטנאם בה ימותו בני התשע עשרה באמריקה (ומאות אלפי וייטנאמים) רק כדי לשמן את גלגלי המכונה הצבאית תעשייתית הטקסנית, יש צורך בביסוס ראייתי נרחב בהרבה על מנת לטפול אשמה זו על לינדון ב. ג'ונסון.
קסטרו.
פידל קסטרו היה מטרה לניסיונות התנקשות רבים בחייו, שיזם ה-CIA. אך טבעי הוא כי ירצה להחזיר לאלו שניסו לפגוע בו. בספטמבר 1963 הזהיר קסטרו באופן פומבי את ארצות הברית והמנהיגים האמריקנים כי איש מהם לא יהיה בטוח בחייו אם ינסו לפגוע בו באופן אישי. קנדי אומנם הורה ל-CIA לחדול מניסיונות ההתנקשות, אך הארגון המשיך בהם במלוא המרץ.