על-פי דיווחו של לזרוס לפולונסקי ב-31 בינואר 1944, חברי שלוש היחידות האלה היו לא-מאורגנים ולא-מאומנים, היה להם מספר קטן של רובים, מעט תחמושת ומעט אמצעי עזרה ראשונה. עם זאת, עם הזמן, תחת פיקודו של לזרוס ולאחר מכן של האוזנר, המצב השתפר. התוכנית היומית במאקי כללה: תפילה, תורנויות, אימונים גופניים, תאוריה צבאית ותרגילים מעשיים, תאוריה יהודית, שיחה על נושאים ציוניים. בעיית הנשק נפתרה בכך שהנשים חברות "הצבא היהודי" נשאו אקדחים. במרץ 1944 הצניחו האנגלים כמות גדולה של ציוד וכלי נשק, שהייתה אחד ממקורות הנשק הראשונים של המאקי היהודי. בהמשך הפכו ההצנחות האלה לעניין שבשגרה. רוב חברי "הצבא היהודי" לא נשארו באופן קבוע במאקי. הם חזרו לפעילותם במחתרת לאחר אימונים של שלושה שבועות. רבים מהם נשלחו לעבור את הגבול דרך ספרד כדי להצטרף ללוחמים של בעלות הברית, חלקם הגיעו לארץ ישראל.
ב-1944, ביוזמתו של "הצבא היהודי", שלושת ארגוני ההתנגדות בעלי היחידות הצבאיות — "הצבא היהודי", "הנוער הציוני" ו"הצופים היהודים" התאחדו לארגון אחד בשם "הארגון היהודי למאבק" (OJC — Organization Juive de Combat). הארגון הקים חמישה מרכזים של המאקי היהודי: ארבעה באזור ההר השחור, ואחד בכפר לה שמבון-סור-ליניון במחוז הוט לואר. הבחירה בלה שמבון-סור-ליניון נעשתה מפני שהאוכלוסייה הפרוטסטנטית במקום עזרה ליהודים בהשפעת הכומר אנדרה טרוקמה, חסיד אומות העולם. המאקי היהודי היו כפופים מבחינה אסטרטגית ל"צבא היהודי", ומבחינה טקטית לארגון המקומי של "הצבא הסודי" של דה גול. ב-15 במאי 1944 הקים "הצבא הסודי" יחידה מיוחדת — Corps Franc . ב-27 במאי הצטרף ל-Corps Franc מאקי של יהודים בפיקוד לאונס, שהביא תוספת נשק משמעותית. בתחילת יוני, עקב התחושה שפלישת הצבאות של בעלות הברית לצרפת מתקרבת, גדל זרם המתנדבים למאקי מכל הסביבה. עקב כך הוקמה מפקדה של ה-Corps-franc שמנתה שלושה אנשים: סוכן חשאי צרפתי של מחלקת המבצעים המיוחדים אנרי סבנה , קצין צרפתי, רוג'ה מומפזה , וקצין בריטי, ריצ'רדסון. ב-7 ביוני המקום המה מאנשים, והדבר הביא לבעיות לוגיסטיקה ומשמעת. התקבלה החלטה להקים גדודים. קבוצת המאקי היהודית בפיקוד של לאונס הייתה מחלקה באחד הגדודים. ביומן Corps Franc של "ההר השחור" המחלקה הזאת צוינה לשבח על ארגונה, ליכודה ורמת המשמעת בה. הגדודים הציבו מארבים ויזמו התקפות על שיירות גרמניות.
ב-20 ביולי נפתחה מתקפת פתע גרמנית. במטה נהרגו ארבעה לוחמים, בהם אחד המפקדים - סבנה. על אף יתרונם של הגרמנים במספר הלוחמים, שימוש על ידי הגרמנים בשריון והפצצות מן האוויר, אנשי המאקי עמדו בגבורה בקרב וגרמו לאויב אבדות כבדות. הקרב נמשך שתים-עשרה שעות, ללא הכרעה. בראיון של ענת גואטה עם אנרי ברודר, עוזר מפקד המחלקה היהודית, התברר שבעת ההתקפה לא הצליחה הקבוצה שעמדה בקווים הקדמיים להילחם. מומפזה (ממפקדי ה-Corps-franc) החליף אותה ביהודים, כיוון שהמשמעת שלהם הייתה גבוהה והמוטיבציה שלהם להתנקם בגרמנים הייתה רבה. ב-6 ביוני, יום הנחיתה בנורמנדי, המחלקה היהודית הוסיפה למדים הכחולים כהים סרט כחול-לבן על הכותפות ונקראה, על-פי עדותו של מומפזה, "הגדוד הכחול-לבן". לזרוס כותב שהם קראו לעצמם הגדוד על-שם טרומפלדור. הגדוד נשא דגל כחול-לבן ללא מגן דוד. חיי היום-יום של הגדוד התנהלו לפי פקודות המפקדה של "הצבא היהודי". במסדר הבוקר הם הצדיעו לשני דגלים — הטריקולור של צרפת, ודגל כחול-לבן. מדי פעם ירד מישהו מהגדוד לטולוז כדי למסור דיווח לפולונסקי.
ב-19—20 באוגוסט 1944 ה-Corps-franc התקיפו את הרכבת הגרמנית הצבאית ממזמה לקסטר . רכבת זו הביאה חיילים של חיל המצב של מזמה במטרה להתאחד עם הכוח העיקרי בקסטר. בהמשך שוחררו הערים מזמה וקסטר. המבצע התבצע על ידי פלוגת "אנטונין" בפיקודו של רב-סרן איג (Hugues) ופלוגה של "הצבא היהודי" בפיקודו של גמזון. כתוצאה מההתקפה על הרכבת, הגרמנים ירדו עם דגל לבן. נלקחו חמישים ושישה שבויים, וכן שלל: כמות אדירה של נשק, תחמושת, אספקה, ושטרות כסף צרפתיים. לפלוגת "הצבא היהודי" היו ארבעה הרוגים ושנים-עשר פצועים. אנשי הפלוגה צעקו לגרמנים השבויים "אנחנו יהודים!". אותה פלוגה שחררה את העיר מזמה ולקחה מאתיים שבויים גרמנים. רובר גמזון לא השתתף בקרב זה — הוא נפגע בתאונה כמה שעות קודם. פייר קאופמן הכריז באוזני מפקד האוגדה הגרמנית כי פלוגה יהודית מבקשת ממנו להיכנע. הפלוגה השתתפה גם בקרב על קסטר, שכתוצאה ממנו נכנעו שלושת אלפים גרמנים (על-פי לטור 3500) לשלוש מאות לוחמי מאקי, בהם מאה וחמישים אנשי "הצבא היהודי". הלוחמים היהודים נכנסו לעיר כשהם שרים את "התקווה".
לאחר שחרור צרפת קבוצת לוחמי המאקי שפעלו באזור לה שמבון-סור-ליניון הגיעו לארץ ישראל והקימו את הקיבוץ נווה אילן. הם גם השתתפו בקרבות מלחמת העצמאות.
תבוסות וכשלונות של הצבא היהודי.
בתחילת 1944 היה "הצבא היהודי" חזק דיו כדי לארגן גדוד נפרד לסיוע לבעלות הברית בשחרור צרפת. לשם כך היה צורך בקשר עם לונדון. אדם ושמו שארל פורל יצר קשר עם אנשי המחתרת, סיפר להם שהוא סוכן אנגלי והביא הוכחות. אנשי המחתרת בדקו את ההוכחות והחליטו שניתן להאמין לפורל. לאחר מספר פגישות, שבאחרונה שבהן השתתפו מפקד המחלקה אנרי פורילס והמדריך הצבאי ז'אק לזרוס, ב-17 ביולי 1944, החליטו לשלוח ללונדון משלחת שכללה את ז'אק לזרוס ואת הרב רנה קפל. פורל הציע לשניים לנסוע במכוניתו עד שדה התעופה בפריז ומשם לצאת ללונדון. בדרך הסתובב לפתע נהג המכונית, כיוון אקדח לעבר אנשי המחתרת והודיע להם שהם במעצר. פורל הסיע את השניים לפריז והם נמסרו לגסטפו. למחרת, 25 חברים בכירים נוספים ב"צבא היהודי" הגיעו לגסטפו (על פי מקור אחר, 37 אנשים היו עצורים). התברר שפורל היה סוכן של האבווהר.
בתקופה שבין סוף אפריל עד סוף אוקטובר 1944 הייתה פעילות אינטנסיבית מאוד של כל שירותי "הצבא היהודי". הנאצים עשו כל שביכולתם על מנת לשלוח יהודים למחנות השמדה כמה שיותר מהר, ללא עיכובים. לכן נהיה חשוב אף יותר להסתיר, להציל ולהבריח אנשים. על פי ענת גואטה, בחודשים הללו התגלו נקודות התורפה של הארגון: אנשיו נתפסו, עונו ונרצחו או נשלחו למזרח. אבדות רבות בחודשים הללו נגרמו בשל חוסר זהירות, שנבע מעייפות, מתחושת הניצחון המתקרב, ותחושה של כוח. חברי "הצבא היהודי" הגיעו מדי פעם למקומות שבהם לא היו חייבים להיות, לפעמים בקבוצות גדולות יחסית, לא נשאו עמם את כל התעודות הנדרשות, נכנסו להסכמים ולקשרים בלי לבחון היטב את הרקע. הדבר הוביל לסדרה של אסונות, שבהם היו אבדות כבדות.
דוגמה אחת לאסון שכזה הייתה תקרית במאי 1944, כשז'אק סלומונוביץ וארמאן לוק נעצרו בדרך לספרד ונשלחו למזרח. ב-17 במאי 1944, בעת ארגון שיירה לספרד, נעצרו שישה מחברי הארגון, בהם ראש שירות המעבר לספרד ז'אק רויטמן, נהרג המעביר ונעצרה משפחתו. בעקבות זאת הופסקה פעילותו של השירות. כעבור חודש, אחיו של ז'אק רויטמן לאון החליף אותו בתפקיד. ז'אק רויטמן שוחרר מבוכנוואלד על ידי כוחות בעלות הברית.
כדוגמה נוספת, ב-6 ביוני 1944, ביום הנחיתה בנורמנדי, נקבעה פגישה בחנות מוצרי אלקטרוניקה ברחוב טריפייר בטולוז בין אברהם פולונסקי ואיציק פרידמן, אחד הפעילים הבכירים בטולוז, קצין של הארגון. החנות שימשה כאחד ממקורות המימון של המחתרת, מקום מסתור לנשק, וגם כמרכז קשר לקבוצות קרב עירוניות. פולונסקי ופרידמן נעצרו ברחוב ליד החנות על ידי המיליציה, פרידמן נתפס; פולונסקי, שנורה ביד, הצליח להימלט. ניסיון לחלץ את פרידמן נכשל, והוא נשלח למזרח ונעלם. ב-22 ביוני 1944 נתפס ארנסט למברט, ראש קבוצת ליון. מאוחר יותר התברר שהוא נורה ב-8 ביולי. צילום של גופתו זוהה לאחר השחרור על ידי אשתו אן-מארי למברט.
מותה של שרה קנוט.
לאחר שרבים מקרב אנשי המחתרת נעצרו, הסיכון בהמשך הפעילות המחתרתית היה רב מאוד, אולם שרה קנוט המשיכה לפעול. כאשר נעצרו כל בעלי התפקידים ברשת המעבר לספרד, הקימה מחדש את נתיב המעבר דרך ספרד לעבר כוחות בעלות הברית. היא המשיכה גם להעביר קבוצות יהודים דרך הגבול וגם לקיים, על-פי עדותו של אלברט כהן (כינויו המחתרתי: "בבה"), את כל טקסי ההשבעה לארגון כרגיל. הייתה לה דירה שכורה ברחוב לה פום, בה גרה כתופרת צנועה. הדירה שימשה כמקום מפגש לחברי הארגון שהצטרפו למאקי היהודי וגם לטקסי ההשבעה. ב-22 ביולי 1944 נקבעו בדירה שתי פגישות: פגישת לוחמי מאקי — קנוט, ראול לאונס וטומי באואר, וטקס השבעה של ז'ינט מושניק (כינויה המחתרתי: "פיירט"). פיירט הייתה מועמדת חדשה, העוזרת של אנני לטור, שהיה על אלברט כהן להציג אותה בפני קנוט. פיירט וטומי באואר עבדו ביחד, עסקו בכרטיסי מזון. טומי השתתף גם בהוצאת העיתון המחתרתי "Quand Même" ("אף על פי כן").
כאשר קנוט ולאונס הגיעו לדירה, הם נתקלו במארב של שניים מאנשי המיליציה של משתפי הפעולה עם הנאצים. בהתאם לכללי הסודיות, קנוט ולאונס לא היו חמושים. אחד מאנשי מיליציה כיוון אקדח לעבר אנשי המחתרת, והשני ערך חיפוש בדירה. הוא מצא במקום ציוד למעבר דרך ההרים: תרמילים רבים ונעלי סקי. לאונס ניפץ בקבוק על ראשו של איש המיליציה, והלה השיב בצרור מנשק אוטומטי. שרה קנוט נהרגה במקום. בינתיים עלה טומי באואר במדרגות, ואיש מיליציה ירה בו ופצע אותו קשה בחזהו. לאונס נפגע בשתי רגליו, אך הצליח לברוח. למקום הגיעו אנשי מיליציה נוספים. הם הוציאו את טומי באואר על אלונקה והביאו אותו לבית חולים. שם, לאחר שלושה ימים של עינויים נוראים, הוא מת בלי לגלות דבר.