עם הסלמת המהפכה האמריקאית בשנת 1775, גייס סקוט פלוגת מתנדבים במחוז קמברלנד, שלימים נחשבה לפלוגה הראשונה שהוקמה מדרום לנהר ג'יימס ושהשתתפה בלחימה. היא התייצבה לסייע לפטריק הנרי בעימות הצפוי עם לורד דנמור בוויליאמסבורג, וירג'יניה. לאחר מאבק בין הכוחות נטש דנמור את העיר, והמתנדבים, בפיקודו של סקוט, הצטרפו ליחידות מהמחוזות הסמוכים. לאחר חתימת אמנת וירג'יניה הוקמו שני רגימנטים של כוחות המדינה, האחד בפיקודו של פטריק הנרי, והשני תחת ויליאם וודפורד . כשיצאו לכיוון ויליאמסבורג, הכירו המצביאים בסקוט כמפקד הראשי של כוח המתנדבים שגייס באזור. ב־17 באוגוסט 1775 מונה ללוטננט קולונל ברגימנט השני של וירג'יניה, תחת פיקודו של וודפורד. אחיו הצעיר, ג'וזף, מונה ללוטננט. בדצמבר, תחת הוראתו של וודפורד, הוצב סקוט יחד עם 150 חיילים בגרייט ברידג', כדי להגן על נקודת המעבר של נהר אליזבת'. כוח הגנה זה מלא תפקיד מפתח ב־9 בדצמבר, בקרב מול הכוחות הבריטיים, שם נפל הקפטן צ'ארלס פורדיס. בזכות הניצחון בקרב זה, הצליח הכוח האמריקני הקולוניאלי לכבוש את העיר נורפוק, ולורד דנמור נסוג למאחורי גבולות המדינה.
ב־13 בפברואר 1776 הפך הרגימנט השני לחלק מהצבא הקונטיננטלי. ב־12 באוגוסט אותה השנה, לאחר שבילה את עונת החורף עם חלק מהיחידה בסופוק, מונה סקוט על ידי הקונגרס הקונטיננטלי השני לקולונל הרגימנט החמישי, והחליף את קודמו בתפקיד, ויליאם פיצ'י. עד חודש אוקטובר, הוא הוצב בערים המפטון ופורטסמות'. אחר כך קיבל הוראה ממפקדיו להצטרף לג'ורג' וושינגטון בניו ג'רזי.
המערכה על פילדלפיה.
ב־26 בדצמבר ניצח הרגימנט בפיקוד סקוט בקרב טרנטון. במהלך המערכה הבאה, הקרב על נחל אסונפינק שאירע ב־2 בינואר 1777, סייע להאט את כוח האויב הבריטי, ששולב בחיל רגלים קל ובהסים, לעבר טרנטון. מטרתו של סקוט הייתה להתאחד עם כוחו הגדול של וושינגטון בוויטמרש, פילדלפיה, ולצאת יחדיו למערכה צבאית נגד הבריטים. אחר קרבות אלו תר הרגימנט אחר מקום ללינה. בעוד שהתבסס בצ'את'ם, חייליו של הכוח הראשי בפיקוד ג'ורג' וושינגטון דרו במוריסטאון הסמוכה. מבסיסם החדש הוביל סקוט כמה מתקפות חי"ר קל נגד משלחות הסיור הבריטיות, על מנת לפלס את דרכם לפילדלפיה. ב־1 בפברואר אותה השנה הביס את הצרים בקרב על חוות דרייק. סקוט חזר לחוותו במרץ לחופשה ללא תשלום. כהוקרה על שירותו הצבאי לצד וושינגטון, הוסמך על ידי הקונגרס לבריגדיר גנרל ב־2 באפריל. הוא שב לטרנטון ב־10 במאי בהתאם לבקשתו של וושינגטון. אוגדת וירג'יניה, שהופקדה בידי המייג'ור גנרל אדם סטיבן, הורכבה מהרגימנט הרביעי בפיקודו של סקוט, וחטיבה נוספת של ויליאם וודפורד. בשלהי חודש מאי מונה על ידי הבריגדיר גנרל ויליאם מקסוול וסטיבן להחליפם לתקופה קצרה. החודשים הקרובים שולבו בתקופת הפוגה בלחימה הממושכת ובנסיוניו הנשנים של וושינגטון ללמוד את הטקטיקות הצבאיות של הכוחות הבריטיים.
בקרב על בראנדיוואן התקיף הרגימנט הרביעי את החיילים הבריטיים של הגנרל צ'ארלס קורנווליס. הם הפסידו בקרב זה ונסוגו צפונה. ויליאם האו הבריטי הוביל את יחידתו לג'רמנטאון, שם שהה יחד עם פלוגתו במשך כמה ימים. ב־4 באוקטובר 1777 הותקפה פלוגתו של האו במתקפת פתע על ידי סקוט והרגימנט שלו. על שדה הקרב העפיל עשן כבד, שפגע ביכולת הראייה של שני הצדדים הלוחמים. לבסוף אבדו חלק מהכוחות האמריקניים בתוך העשן, והשאר נסוגו.
אחר התבוסה בג'רמנטאון תפסו כוחותיו של וושינגטון עמדת מלחמה בגבעות המקיפות את העיירה ויטמרש שבפנסילבניה, כ־23 קילומטרים מפילדלפיה. תחילה חפצו סקוט וארבעה גנרלים נוספים שהתלוו אליו בנפשם לפרוץ במתקפת פתע על פילדלפיה, ולהחזירה לריבונות אמריקנית. אולם כששמעו את הערכתו הפסימית של וושינגטון, נסוגו הם מהרעיון. צבאו ישב במחנה הצבאי "ואלי פורג'" במשך עונת החורף הקשה. כמנהג התקופה, סקוט הסתופף בחווה של אזרח המדינה סמואל ג'ונס, הממוקמת כשלושה קילומטרים מהמחנה, מקום הלינה של החיילים. הוא שב לוואלי פורג' ב־20 במאי 1778.
כשוושינגטון ואנשיו נטשו את ואלי פורג' במחצית שנת 1778, הצטווה סקוט לקחת 1,500 רגלים קלים, והסיח את דעת הבריטים כשהם צועדים על שטח ניו ג'רזי. ב־26 ביוני הצטרפו אליו 1,000 לוחמים נוספים בפיקודו של המייג'ור גנרל הצרפתי המרקיז דה לה פאייט. הכוחות החלו להתארגן לקראת המבצע העתידי, שיחזיר את פילדלפיה לאמריקנים. צ'ארלס לי, שהתעכב ביום אחד בהגיעו לנקודת המפגש של הכוחות בשל כשל תקשורת, מונה למפקד המערכה. לי לא שיתף את שלישיו למבצע בתוכניותיו. בבוקר 28 ביוני פתחו הכוחות האמריקנים בהתקפה. במהלך הקרב, שלימים קיבל את שמו "קרב מונמות'" על שם העיירה הסמוכה, הבחין סקוט בכמה תותחנים אמריקנים יורדים משדה הקרב. תחילה סבר כי הם נסוגו מידי הבריטים, והמתקפה עלולה להתפורר בדקות הקרובות. לכן הורה לאנשיו להתרחק משדה הקרב גם כן. אולם סקוט פירש את הבריחה בצורה שגויה; החיילים נסו לעמדות התחמושת, להטעין את נשקם. כשראו ויליאם מקסוול ואנתוני ויין את הנסיגה של הרגימנט של סקוט שנלחם בקרבתם, הניפו דגל לבן שהכריז על הפסדם. כוחו העצום של וושינגטון הגיע כמה שעות אחר כך, ועצר את הכוחות הבריטים מהתקדמות במסע הכיבוש. לי, שהוטחו בו האשמות מפיהם של הקולגות שלו על התנהלותו הקלוקלת בקרב, עורר את חמתו של וושינגטון. הוא השעה את לי מצמרת הפיקוד.
אחר קרב מונמות', שהסתיים בניצחון אמריקני, נסוגו הבריטים לעבר העיר ניו יורק. ב־14 באוגוסט אותה השנה מונה סקוט בידי וושינגטון למפקד חיל החי"ר הקל החדש שארגן. בנוסף, תפקד כראש חיל המודיעין, וביצוע משימות סיירות מהבסיס החדש של הכוחות בוויט פליינס.
שירות בזירה הדרומית של המהפכה האמריקנית.
במרץ 1779 כתב וושינגטון מכתב לסקוט, שנמצא בחופשה בווירג'יניה. במכתבו הורה לו לגייס כוח מתנדבים, ולהצטוות אליו במידלברוק, ב־1 במאי. סקוט התעכב מעט בשל הקושי לגייס כוח מתנדבים חדש. במהלך עיכובו הורה וושינגטון לחייליו להצטרף לבנג'מין לינקולן , שהיה מפקד כוחות המיליציה בקרוליינה הדרומית. דיווחים שקיבל מסוכניו על תנועת הכוחות הבריטיים ביססו את טענותיהם כי בכוונת האויב לפלוש מדרום המדינה.
זמן קצר לאחר שפקודותיו של וושינגטון נמסרו ליעדם הגיעו לווירג'יניה יחידות פשיטה בריטית, בפיקודם של אדוארד מתיו וג'ורג' קולייר. מטרת היחידה הייתה להשמיד את התוצרים של חיל האספקה האמריקני, שעתידים היו להישלח לקרוליינה הדרומית כחבילת סיוע. כעת נאלץ סקוט לסגת מפקודותיו של וושינגטון, ולהישמע לצווים של בית הנבחרים המדיני בווירג'יניה, שעל פיהם, הוא נצטווה לאלתר מערך הגנה נגד הפשיטה בריטית העתידית. לאחר שהתבהרה מטרת הפשיטה הבריטית האמיתית, שכן איננה מיועדת להריסת המחנה האמריקני, הסיקו וושינגטון והמחוקקים כי המיליציה המקומית מסוגלת להגן על עצמה, וכי סקוט צריך להמשיך ולגושש מתנדבים שיצטרפו למערכה הדרומית. לטובת המשימה קיבל מהממשל האמריקני סוס, נשק חדש, ו־500 לירות שטרלינג.
מאמצי הגיוסים של סקוט בווירג'יניה נמשכו. לבסוף, באוקטובר 1779, הוא שלח את החיילים שקיבל מהזירה הצפונית לקרוליינה הדרומית, ומילא את משימתו. הוא שמר את הרגימנט של אברהן בופורד לצדו בווירג'יניה, שישמש לו לשליש אם הבריטים יפשטו שוב על המחנה. בפברואר 1780 הגיעו למחנו בפטרבורג כ־750 מתנדבים שנשלחו על ידי וושינגטון. ממשלת המדינה, שחששה שמא הכוחות הבריטיים בדרום, תחת הגנרל הנרי קלינטון, יפנו צפונה לכיוון וירג'יניה, עכבה את וודפורד וסקוט מהיציאה לקרוליינה הדרומית. קלינטון כלל לא התעניין במחנה הנידח, אלא בעמדתו של לינקולן בצ'ארלסטון. משכך, אישרה הרשות המדינתית את המסע המתוכנן של וודפורד וסקוט לזירה הדרומית.
ב־30 במרץ 1780 הגיע סקוט לצ'ארלסטון, בדיוק באותה העת שהוטל עליה מצור בריטי, בהנהגתו של קלינטון. הוא נתפס ב־12 במאי כשהכוחות האמריקניים נכנעו, והוחזק כשבוי מלחמה בהר פלזנט, סמוך לעיר. על אף שהיה אסיר, ניתן לו חופש תנועה ברדיוס של שישה קילומטרים מהכלא, והוא אף הורשה להתכתב ולסחור עם מכרים מווירג'יניה. עם מותו של וודפורד ב־13 בנובמבר, הפך לאחראי רווחת הכוחות האמריקנים בהר פלזנט. הוא ביקש את שחרורו מהשבי הבריטי ב־30 בינואר 1781, לאחר שטען כי מצבו הבריאותי מדרדר. בשלהי חודש מרץ אותה השנה נענה צ'ארלז קורנווילס לבקשה.
ביולי 1782 הוא שוחרר במסגרת עסקת חילופי שבויים, וסיים את תקופתו בשבי. לאחר שמצבו הבריאותי השתפר, חזר לתפקידו, וקיבל הוראה מוושינגטון לסייע במאמצי גיוס המתנדבים של פטר מוהלנברג, ולדווח לנתנאל גרין על התקדמות. הכוחות המעטים שהצליחו השניים לגייס נשלחו ללינה בוויצ'סטר, וירג'יניה. במרץ 1783, כשהחלו לגדול ניצני שלום בין ארצות הברית והממלכה המאוחדת, הופסקו מסעות הגיוס לחלוטין. ב־30 בספטמבר 1783 הושבע לדרגת מייג'ור גנרל, רגע לפני שחרורו מהזרוע היבשתית.
מעברו לקנטקי וראשית הקריירה הפוליטית.