עם מותה של אימו של חואן השני, בגיל 14, עלה המלך הצעיר לכס המלוכה ונשא לאישה את בת דודתו מריה מאראגון. המלך הצעיר הפקיד את הממשלה בידיו של אלווארו דה לונה, האיש המשפיע ביותר בחצר המלכות ובעל ברית של האצולה הזוטרה, הערים, הכמורה, והיהודים. דבר זה לאיבה משותפת למלך מצד האצולה הרחבה בקסטיליה מחד, והאינפנטים האראגונזים, בניו של פרננדו מאנטקרה, אשר ביקש לשלוט בכתר של קסטיליה. מצב עניינים זה הביא לבסוף למלחמה ב-1429 בין שתי הממלכות. אלווארו דה לונה ניצח במלחמה וגירש את האינפנטים האראגונזים מקסטיליה.
הסכסוך השני על הירושה.
אנריקה הרביעי ניסה ללא הצלחה לייסד מחדש את השלום עם האצולה שאביו הרס. כאשר אשתו השנייה ז'ואנה, נסיכת פורטוגל ילדה את חואנה, נסיכת קסטיליה, הופצו שמועות כי הבת היא התוצאה של רומן שניהלה המלכה עם בלטראן דה לה קואבה, אחד מהשרים הבכירים של המלך.
המלך, מכותר על ידי מהומות ותביעותיהם של האצילים, הוכרח לחתום על חוזה שבו הוא ממנה כיורשו את אחיו למחצה אלפונסו ובכך מוציא את חואנה מסדר הירושה. לאחר מותו של אלפונסו בתאונה, אנריקה חתם על חוזה השוורים של גיסאנדו עם אחותו למחצה איזבלה שבו הוא ממנה אותה כיורשת בתמורה לנישואיה עם נסיך לפי בחירתו.
המלכים הקתולים: איחוד עם הכתר של אראגון.
באוקטובר 1469 איזבלה ופרננדו, יורש העצר של אראגון, התחתנו בחשאי בארמון פַּלַאסְיוֹ דֶה לוֹס ווִיווֶרוֹ בוואיאדוליד. כתוצאה מכך נוצר איחוד שושלתי בין כתר קסטיליה לכתר אראגון ב-1479 כאשר פרננדו עלה לכס הארגונזי. איחוד זה בכל אופן לא היה מלא עד לימיו של נכדם קרלוס הראשון. פרננדו ואיזבלה היו קרובי משפחה והתחתנו ללא ברכת האפיפיור. אומנם איזבלה רצתה להתחתן עם פרננדו, אך היא סירבה להמשיך עם החתונה עד לקבלת ברכת האפיפיור. בעקבות כך, אביו של פרננדו זייף ברכה אפיפיורית בשביל שהשניים יוכלו להנשא. איזבלה האמינה שהברכה היא אמיתית והחתונה התקיימה. ברכה אפיפיורית אמיתית הגיעה במועד מאוחר יותר. לאחר מכן, האפיפיור אלכסנדר השישי העניק להם את התואר מלכים קתולים.
אנריקה הרביעי, אחיה למחצה של איזבלה, ראה בנישואיה לפרנדדו כהפרה של "חוזה השוורים של גיסאנדו" על פיו איזבלה הייתה אמורה לרשת את הכס הקסטיליאני רק אם היא תתחתן לבעל על פי בחירתו של אנריקה. אנריקה רצה שקסטיליה תהיה בעלת ברית של צרפת או פורטוגל ולא עם אראגון. לכן הוא החליט להפוך את חואנה ליורשתו במקום איזבלה. כאשר הוא מת בשנת 1474, פרצה מלחמת הירושה הקסטיליאנית בשל הסכסוך על ירושת הכס. המלחמה נמשכה עד 1479 כאשר איזבלה ותומכיה יצאו כמנצחים.
לאחר ניצחונה של איזבלה במלחמת האזרחים ועליית פרננדו לכס האראגונזי, שני הכתרים אוחדו תחת אותו מונרך. עם זאת, היה זה רק איחוד פרסונלי ושתי הממלכות נשארו עם שני מנגנונים אדמיניסטרטיביים נפרדים, לכל ממלכה היה את הזהות שלה ואת חוקיה; שני הפרלמנטים נשארו נפרדים; המוסד המשותף היחידי היה האינקוויזיציה. למרות תארם "מלכי קסטיליה, לאון, אראגון, וסיציליה" פרננדו ואיזבלה משלו, כל אחד בנפרד, על שטחיהם, אך עדיין הם גם קיבלו החלטות ביחד. מיקומה המרכזי, שטחה הטריטוריאלי הגדול יותר (פי שלושה מממלכת אראגון), ואוכלוסייתה הגדולה (4.3 מיליון לעומת מיליון באראגון) הפכו את קסטיליה להיות השותף הדומיננטי באיחוד זה.
כתוצאה מהרקונקיסטה האריסטוקרטיה הקסטיליאנית הפכה למאוד חזקה. המלכים היו צריכים לעמוד על סמכותם אל מול האצולה והכמורה. בשל כך, ייסדו המלכים הקתולים את מועצת האחווה, הידועה גם בשם האחווה הקדושה, אשר הייתה מאוישת ומתוקצבת על ידי העיריות. המלכים הקתולים גם נקטו באמצעים נגד האצולה, הרסו מבצרים פאודלים, אסרו על קיום מלחמות פרטיות, והקטינו את כוחם של האדלנטאדוס (משרה צבאית הדמויה למושל באזורים שנכבשו לא מזמן). המלוכה איגדה פקודות צבאיות תחת מועצת הפקודות (Consejo de las Órdenes) ב-1495, חיזקה את כוחה של הסמכות המשפטית המלכותית מעל הסמכות המשפטית הפאודלית, והפכה את האאודיינסאס לסמכות השיפוטית העליונה בממלכה. הכתר גם ביקש לשלוט יותר טוב על הערים, ולכן ב-1480 בקורטס של טולדו נוצרו הקורחידורס, נציגי הכתר, אשר פקחו על מועצות הערים השונות. בתחום הדת, המלכים הקתולים תקנו את המסדרים הדתיים, וביקשו אחדות במגזרים השונים של הכנסייה. הם לחצו על היהודים להתנצר, במקרים מסוימים כאשר היהודים נרדפים על ידי האינקוויזיציה. לבסוף ב-1492, המלכים הקתולים גרשו את אלה אשר לא היו מוכנים להתנצר. מספר האנשים אשר גורשו מקסטיליה מוערך ב-50,000 עד 70,000 איש. משנת 1502 החלו במאמצים לנצר את האוכלוסייה המוסלמית.
בין 1478 ל-1497 המלכים הקתוליים כבשו את האיים בקבוצת איים הקנריים גראן קנריה, לה פלמה, וטנריפה. ב-2 בינואר 1492 נכנסו המלכים לארמון אלהמברה בגרנדה ובכך השלימו את הרקונקיסטה. גם ב-1492, כריסטופר קולומבוס גילה את אמריקה וקסטיליה כבשה את מלייה. אחרי כיבוש גרנדה החלה קסטיליה להתמקד בים התיכון, וקסטיליה עזרה לאראגון בבעיותיה עם ממלכת צרפת, אשר הגיעו לשיאם בכיבוש נאפולי עבור הכתר של אראגון ב-1504. מאוחר יותר באותה שנה, מתה איזבלה.
המאות ה-16 וה-17: מאימפריה למשבר.
תקופת העוצרות.
איזבלה שללה את בעלה מסדר הירושה של קסטיליה, אשר עבר לבתה חואנה (הנשואה לפליפה מאוסטריה המכונה "הנאה"). אך איזבלה ידעה על מחלתה של בתה (ואשר בשל כך היא כונתה חואנה המשוגעת [Juana la Loca]), ומינתה את פרננדו בעלה כעוצר במקרה שבו חואנה "לא תרצה, או לא תוכל, למלא את מחויבותיה". בהסכם סלמנקה מ-1505 הוחלט כי השלטון יחולק בין פליפה, פרננדו, וחואנה. עם זאת, היחסים הגרועים בין פליפה (הנתמך על ידי האצולה הקסטיליאנית) ופרננדו הביאו לכך שפרננדו ויתר על כוחו בקסטיליה כדי להימנע מעימות מזוין. בעזרת ה"קונקורדיה דה וייאפאפילה" (Concordia de Villafáfila) משנת 1506, פרננדו חזר לאראגון, ופליפה הוכתר כמלך קסטיליה. ב-1507 פליפה מת ופרננדו חזר שוב למלא את תפקידו כעוצר.
המלך קרלוס הראשון.
קרלוס הראשון קיבל את הכתר של קסטיליה, אראגון והאימפריה דרך צרוף של נישואין שושלתיים ומקרי מוות טרם זמנם:
קרלוס הראשון לא התקבל יפה בקסטיליה. חלק מזה נובע מהעובדה שהוא היה מלך שנולד בחו"ל (הוא נולד בגנט), ועוד לפני שהגיע לקסטיליה הוא מינה פלמים במשרות ממשל חשובות אזרחים והשתמש בכסף קסטילי כדי לממן את חצר המלכות שלו. האצולה הקסטיליאנית והערים היו על סף מרי כדי להגן על זכויותיהם. הרבה קסטילים בכלל העדיפו את אחיו הצעיר פרדיננד שגדל בקסטיליה, ולמעשה מועצת קסטיליה התנגדה לרעיון של קרלוס כמלך קסטיליה.
ב-1518 הפרלמנט הקסטילי בוואיאדוליד הכריז על אדם ולוני בשם ז'אן דה סובאז' (Jean de Sauvage) כנשיא. דבר זה הוביל להפגנות זועמות בפרלמנט, שדחה את הימצאם של זרים במהלך הדיונים. למרות האיומים, הפרלמנט, (בהנהגת חואן דה סומל, נציגה של בורגוס) התנגד והכריח את המלך לכבד את חוקיה של קסטיליה, לסלק את כל הזרים ממשרות ממשלה חשובות, וללמוד לדבר קסטילית. לאחר שהמלך התחייב בשבועה, הוא קיבל סובסידיה בסכום של כ-600,000 דוקאטים.
קרלוס היה מודע לעובדה כי יש לו הרבה אופציות להיות קיסר ושהוא צריך להטיל את שלטונו על קסטיליה כדי ליהנות מהגישה לעושרה ולנצל זאת למען החלום הקיסרי שלו. קסטיליה הייתה אחת הטריטוריות היותר דינמיות, עשירות ומתקדמות באירופה של המאה ה-16 והיא החלה להבין שהיא יכולה לשקוע כאחת מני רבות בתוך האימפריה הרומית הקדושה. זאת, ובנוסף גם ההבטחה המופרת של קרלוס, רק הוסיפו לעוינות נגד המלך. ב-1520 הפרלמנט בטולדו דחה את הבקשה להגדלת הסובסידיה של המלך. הפרלמנט בסנטיאגו דה קומפוסטלה הגיע גם הוא לאותה החלטה. לבסוף, בפרלמנט שהתכנס בלה קורוניה, מרבית חבריו היו משוחדים ומחברים אחרים נמנעה הכניסה, הגיעו להחלטה לאשר את הגידול בסובסידיה. חברים אלו אשר הצביעו בעד הותקפו על ידי העם הקסטיליאני ובתיהם נשרפו. הפרלמנט לא היה האופוזיציה היחידה שבה נתקל המלך קרלוס. כאשר הוא עזב את קסטיליה ב-1520 מלחמת הקהילות של קסטיליה פרצה. "לוס קומונרוס" הובסו שנה אחת לאחר מכן (1521). ולאחר הפסדם, מעמדו של הפרלמנט הורד לדרגת גוף מייעץ.
המדיניות האימפריאליות של פיליפ השני.
פליפה השני המשיך במדיניותיו של אביו, אך שלא כמו אביו, הוא הפך את קסטיליה למרכז האימפריה שלו, וריכז את כל המנהל הממשלתי במדריד. המדינות האחרות בתוך חצי האי האיברי שמרו על האוטונומיה שלהם, אשר נמשלה על ידי משנה למלך.
מאז שלטונו של קרלוס הראשון, העול הכלכלי של האימפריה נפל בעיקר על קסטיליה. תחת פליפה השני העול הוכפל בארבע, יד ביד עם העלאת המיסים הקיימים הוא גם יצר מיסים חדשים, ובהם גם ה-אקסקוסאדו (Excusado) ב-1567. בשנה זו פליפה הורה על הכרזת ה- "לה פרגמטיקה"; חוק אשר הכריח את כל המוריסקוס לנטוש את כל המסורות המוריות ולהפוך לקתולים אמיתיים. חוק זה הגביל את החופש הדתי, לשוני, ותרבותי של אוכלוסיית המוריסקו וגרמה לפריצת מרד המוריסקו אשר דוכא בעזרתו של דון חואן מאוסטריה.
קסטיליה נכנסה לשלב של מיתון ב-1575, שגרם להשהיית השכר במדינה. ב-1590 הקורטס אישר את ה-"מייונס" (Millones); מס חדש על המזון. מס זה הרס את הערים הקסטיליאניות וסיכל את נסיונותיהם הרפים בתיעוש. ב-1596 השכר שוב הושהה.
ממלכת ה"אסטוריאס מֶנוֹרֶס".