הובס טוען כי מלכות האלוהים (Kingdom of God) – ממלכה שנשלטת ישירות על ידי האל שמשמש בה כריבון – לא קיימת בעולם. ממלכה כזו הייתה קיימת כאשר אלוהים בחר בעברים להיות לו העם הנבחר והם כרתו עמו ברית תחת ההבטחה שהוא ייתן להם את ארץ כנען בתמורה (פרק 35); אולם, הממלכה האלוהית חדלה מלהתקיים כאשר היהודים דחו את מלוכתו הישירה של אלוהים ובחרו להם את שאול להיות מלכם הראשון. ב-De cive הובס מתאר את הממלכה האלוהית של היהודים כממלכה המנוהלת על ידי כהני דת ונראה כי ממלכה זו היא נחותה בהשוואה לממלכה בידי ריבון אנושי. ממלכה אלוהית תתקיים בעתיד רק עם הביאה השנייה של ישו באחרית הימים. התבונה והידיעה החושית הם הכישורים שאלוהים שם בידיהם של בני האדם עד לביאתו השנייה של ישו; ועל כן, על אף שהמדינה הנוצרית תלויה בהתגלות על-חושית ועל-טבעית, אין להתכחש לכישורים אלה.
בהיעדר מלכות האלוהים הריבון האנושי משמש כסגנו או נציגו של האל, ולו הזכות לנהל את הדת והפולחן במדינה. אלמנט זה בתפיסתו של הובס מהווה ביקורת על קבוצות באנגליה ובסקוטלנד שהצדיקו מרי בשם הבריתות (covenants) שכביכול כרתו עם אלוהים. עם זאת, אין לבלבל את תפיסתו של הובס עם הדוקטרינה בדבר זכותם האלוהית של מלכים; בשונה מתפיסה זו, הובס מדגיש שהמדינה והריבון הם יצירה מלאכותית, וסמכותו של הריבון נגזרת מהברית שכוננו הנתינים, לא מאמונה דתית כלשהי.
נושא מרכזי בדיון התאולוגי של הובס הוא כיצד ניתן לדעת שנביא אשר טוען כי אלוהים בירך או דיבר אליו ישירות אינו נביא שקר. הובס קובע שני כללים, אותם הוא מוצא בכתבי הקודש: (1) נביא אמת צריך להוכיח את טענתו באמצעות ניסים; (2) נביא אמת לעולם אינו טוען כנגד הדת הרשמית. באופן זה הובס שולל כל התגלות פרטית (כיוון שאין עוד ניסים בעולם), ובפרט כזו שאינה עולה בקנה אחד עם הדת המותרת על ידי הריבון.
תאולוגיה אלטרנטיבית.
על אף התנגדותו של הובס לצמיחתן של כתות נוצריות באנגליה ובסקוטלנד הוא טרח לספק תאולוגיה אלטרנטיבית לזו המקובלת בזמנו.
הובס סבר שמילותיו של אלוהים אינן ניתנות להבנה מלאה על ידי התבונה של בני אנוש. אף על פי כן, אין באלוהים דבר שסותר את התבונה, ולכן כאשר הפרשנות לתוכניותיו ודבריו של האל סותרת את התבונה, מקורה של הבעיה היא באדם המפרש. עם זאת, כאשר האדם מתקשה להבין את דברי האל, אין לסלף את מילותיו בדרך ההתפלפלות הפילוסופית, ויש תמיד לפרש את דבריו מילולית. בהתאם לגישה זו הובס מנסה לגבש תאולוגיה שבסיסה הוא פרשנות מילולית של התנ"ך והברית החדשה והוא שואף ליישבה ככל האפשר עם חוקי התבונה.
הובס מתייחס לכתבי הקודש ככתבים שמתארים את דברי האל, אך נכתבו על ידי בני אדם שונים בתקופות שונות, ומעיר כי אף חלק של הברית הישנה, כולל התורה, לא נכתב על ידי משה או על ידי הנביאים עצמם. קביעות אלה היו רדיקליות בזמנו של הובס והן עוררו זעם רב. עבור הובס, קביעות אלה מעלות את השאלה כיצד ניתן לדעת שכתבים אלה הם אכן בעלי סמכות. הובס טוען כי הבעיה נעוצה בשאלה עצמה, שכן הסמכות נמסרה בדרך התגלות על-טבעית, ואין דרך לדעת מה שהגיע אלינו בדרך זו. במקום שאלה זאת, יש לשאול מהי הסמכות שהופכת כתבים אלה לחוק. הובס קובע כי החוק הדתי קובע את הכללים שכל אדם מחויב בהם בהתנהלותו בחיים, וכיוון שכתבי הקודש מפרטים אלו חוקים הריבון חייב להימנע מלכונן, שאלות לגבי כתבי הקודש הן שאלות לגבי חוק המדינה; וכיוון שהריבון הוא המחוקק היחידי במדינה, הוא זה שקובע מהם כתבי הקודש הקאנונים, ובאנגליה אלה הם הברית הישנה והברית החדשה.
דוגמה בולטת לאופן ההטרודוקסי שבו הובס מפרש את הכתוב היא הפירוש שהוא נותן לביטוי השילוש הקדוש. על פי הובס, ישו, בחייו, היה נציגו של האל היחיד, כפי שמשה וכהני הדת היהודים היו נציגיו לפני כן והשליחים היו נציגיו לאחר מכן. בכל אחד מהמקרים האל המיוצג הוא אותו אל אחד, אך הוא היה מיוצג באופן שונה שתואם את הביטוי "הבן, האב ורוח הקודש". פרשנות זו נותנת למונח השילוש הקדוש משמעות שונה לחלוטין מזו המקובלת בנצרות ואף, בניגוד למקובל, כוללת את משה כחלק מאותו שילוש קדוש.
אסכטולוגיה אלטרנטיבית.
מרכז החידוש התאולוגי של הובס הוא בפרקים 38–43 בלויתן, העוסקים בפירוש ההוראה של כתבי הקודש בדבר חיי נצח, גיהנום, ישועה (salvation), העולם הבא והגאולה (redemption).
הובס מסביר כי הצורך בדיון אסכטולוגי נובע מכך שאנשים תבוניים המאמינים בחיי נצח ובגיהנום יראו בחיי נצח פרס גדול יותר מאשר החיים הנוכחיים, ויפחדו מייסורי הגיהנום יותר מאשר ממוות טבעי או מייסורים בעולם הזה. מצב זה מוביל לכך שנתינים מצדיקים את התנגדותם לחוק המדינה על בסיס פרשנותם הדתית לכתבי הקודש. הובס ביקש לפרש מחדש את האסכטולוגיה הנוצרית באופן שיחזק את נאמנותם לחוקי המדינה ויחליש את המניעים להתנגד לו. בהתאם, הוא פירש את כתבי הקודש באופן שמבטל לחלוטין את החשיבות של הגיהנום. לצד זאת, הוא פירש באופן מינימליסטי את הנדרש לצורך ישועה.
על פי הובס, מעת שהסתיימה מלכות האלוהים ועד כינונה של מלכות אלוהים חדשה עם הביאה השנייה של ישו, בני האדם נמצאים בזמן של "התחדשות" או רגנרציה (regeneration). עם חזרתו של ישו ותחיית המתים, שתחילתה בירושלים, בני האדם שנושעו יחיו בגן עדן עלי אדמות ולא בגן עדן הנמצא ברקיע. תחיית המתים תהיה תחייה של האנשים בגופם, ולא תחייה של נשמות בלתי-חומריות, דוקטרינה שעל פי הובס מקורה בסילוף הנצרות על ידי שילוב רעיונות פגאניים של אפלטון.
לפי הובס בעת שאלוהים אינו מולך ישירות על בני האדם, הם אינם יכולים לדעת שציווי מסוים הוא ציווי של אלוהים, אלא רק להאמין בכך. על כן, לצורך הישועה לא נדרש מבני האדם אמונה בציווי דתי כלשהו. כל שנדרש לצורך ישועה, לפי הובס, מוכל בשתי מידות טובות, והן האמונה בכך שישו הוא המשיח, והציות לחוק המדינה (פרק 43).
תפקיד הכנסייה והגדרתה.
הובס מעיר כי בכתבים שונים המונח "כנסייה" מסמן דברים שונים, אולם הוא מתעניין במובן שבו הכנסייה מתפקדת כגוף אחד שבכוחו לצוות ולחוקק חוקים. בפרק 39 הובס מגדיר כנסייה כמכלול של אנשים אשר מאוחדים באישיותו של ריבון אחד ואשר בפקודתו הם מצווים להתאסף וללא פקודתו אין עליהם להתאסף. במדינה, כל אספה שאיננה מותרת על ידי הריבון היא בלתי חוקית ואסורה. נגזר מכך גם שאין בעולם כנסייה אוניברסלית שכל הנוצרים מחויבים לציית לה. תחת זאת בכל מדינה קיימת כנסייה נפרדת המותרת על ידי הריבון המקומי. כמו כן, כל כנסייה הקיימת בעולם היא זמנית (טמפוראלית) ולא רוחנית (ספיריטואלית). הגדרה זו של הובס מהווה ביקורת כלפי היומרה של הכנסייה הקתולית להיות אוניברסלית. כמו כן, היא תואמת את שאיפתו של הובס להעמיד את הריבון האזרחי בראשה של כנסייה מדינתית ממוסדת.
בפרק 42 בלויתן הובס קובע כי מאז מותו של ישו הכוח הכנסייתי היה בידיהם של השליחים וממשיכיהם שבהם הייתה רוח הקודש והם היו נציגיו של אלוהים עלי אדמות. תפקידם של הנציגים היה להפוך את לבבם של בני האדם, ללמדם ולקרב אותם לאמונה בישו המשיח כך שיהיו מוכנים לגאולה, אולם הם היו יועצים בלבד ולא היה בידם כל כוח כופה, או כוח לחוקק חוקים, או הסמכות לתבוע ציות. מכאן הובס גוזר שהכוח הכנסייתי נועד לשכנוע והוא אינו עומד מנגד לכוח המדינתי. אם הריבון מצווה על נתיניו שלא להאמין שישו הוא המשיח, אין לציווי זה כל משמעות, וזאת כיוון שאין לריבון יכולת לשלוט באמונה הפרטית של הנתינים. אולם, הריבון יכול לצוות שלא לקיים פולחן ציבורי או לדבר בשבחה של אמונה זו ויש לציית לו.
משעה שהריבון המיר את דתו לנצרות הוא הופך לראש הכנסייה, ובהתאם הכוח האזרחי והכוח הכנסייתי הם מאוחדים. הובס מודע לכך שסמכותו של הריבון תלויה לא רק בכוח החרב, אלא גם ביכולת לשכנע את הנתינים וללמדם ציות. בהתאם לתפיסה זו הוא סבור שעל הכוח הכנסייתי להיות בידיו של הריבון וזאת לשם השמירה על הביטחון והשלום במדינה.
אודות מינות.
המשמעות וההגדרה של מינות (heresy) הם נושאים חשובים בכתיבה של הובס, זאת במיוחד לאור חששו שהוא עצמו יואשם בעצמו במינות.
בספר Historia Ecclasiastica הובס קובע שמקורה של המינות בנצרות היא בסטייה של הנוצרים המוקדמים מדרכו של ישו והתפתותם לאמונה בפילוסופיה היוונית.
בפרק 42 בלויתן הובס קובע כי "מין" הוא מי שבהיותו חבר בכנסייה מלמד בכל זאת עמדה פרטית אחרת שהכנסייה אסרה עליה. הגדרה זו מהווה ביקורת על עמדת הכנסייה הקתולית לפיה "מין" הוא מי שמחזיק בכל עמדה שהכנסייה הקתולית הרומית אסרה עליה, ושל העמדה לפיה כהני דת יכולים לנדות מלכים.
ב"נראטיב ההיסטורי אודות מינות ועונשה" הובס קובע שהמשמעות המקורית של המושג "מינות" לקוחה מהפילוסופיה היוונית ולא מהנצרות. עוד הוא טוען שהמבחן להבדלה בין אמונה לבין מינות הוא לא בבדיקת המצפון או העמדות הפרטיות שהאדם שומר לעצמו – דברים שהם בכל מקרה מעבר ליכולת השליטה של הריבון – אלא בבחינת ההתנהגות והמילים שאדם אומר בפומבי. בכך הובס יצר גם הבחנה בין חופש המצפון (שנשמר במדינה) לבין חופש הביטוי והפעולה (שאין להם מקום במדינה).
בהמות: היסטוריוגרפיה של מלחמת האזרחים האנגלית.