הוועד יצר קשר עם הנהגת יהדות רומניה, עם וילהלם פילדרמן ועם הרב הראשי של יהודי רומניה, אלכסנדר שפרן. הקשר נוהל באמצעות אישית, שביקרו בגטו, באמצעות מברקים ובאמצעות הטלפון.
השלטונות אפשרו קיומו של שוק פעמיים בשבוע, שוק בו איכרים מהסביבה הציעו את מרכולתם תמורת חפצי ערך וכסף של הקונים היהודים.
לקראת חגי יום הכיפורים וראש השנה, ב-11 בספטמבר, הוועד ביקש ממפקד הגטו לתת ימי חופש מעבודה ליהודים, יום אחד ביום הכיפורים ויומיים בראש השנה, כדי שיוכלו להתפלל בשני בתי הכנסת שהקימו בגטו. המפקד, קולונל אאוג'ן דומיטרסקו (Eugen Dumitrescu), אישר חופש בראש השנה וסירב למתן חופש ביום הכיפורים. ביום הראשון של ראש השנה בכל זאת נלקחו קבוצות יהודים לעבודת כפייה וחברי הוועד זומנו לפגישה אצל מפקד הגטו. ביציאת חברי הוועד מהפגישה סירבו לספר מה נאמר להם וראש הוועד ואשתו הביעו רצון להתאבד. כעבור כמה ימים, קצין בכיר רומני אפשר לשפירו לנסוע בבגדי קצין רומני, לבוקרשט, למפגש עם פילדרמן ושפרן. היציאה התאפשרה לאחר ששפירו התחייב במילת כבוד לחזור לגטו.
ראשי יהדות רומניה שמעו ב-10 באוקטובר את דיווחי שפירו על החיים בגטו, על הרציחות, הגזל, האונס והגירושים, הזדעזעו וניסו כמיטב יכולתם להשפיע, אך לא הצליחו בכך. שפירו חזר כמובטח, גורש במשלוח של 20 באוקטובר ונורה מעבר לדניסטר. ניסיונותיו הנואשים של לנדאו לעצור את הגירושים העלו חרס בידו. ב-22 באוקטובר הוציא יון אנטונסקו צו, שאסר את גירוש היהודים המומרים ושל חברי בית מחוקקים לשעבר (לנדאו היה אחד מהם). ב-30 במרץ 1942 בוטל הצו. ב-20 במאי נכללה משפחת לנדאו ברשימת המגורשים - אשתו הרופאה סיפקה את החומרים והזוג התאבד. הם התגלו, אך מאוחר מדי לגביו, אשתו ניצלה.
הפיקוד והשמירה.
לאיסוף יהודי העיר הוקצבו יומיים, ביום הראשון נאספו היהודים והוחזקו בשוק העירוני הישן (piața veche), תחת שמש קופחת, ללא מזון, ללא שתייה וללא גישה לשירותים. קפטן יואן פרסקיוֶסקו, מפקד פלוגה 23 של המשטרה הרומנית, שהיה למפקד הגטו ב-15 הימים הראשונים, נאם בפני היהודים ואמר להם, שהם היו מיועדים למות, אך מלך רומניה התערב לטובתם, לכן יינתן להם בינתיים לחיות.
הגטו היה כפוף לפיקוד הצבאי של העיר ובזה הייתה תחלופה רבה. קולונל דומיטרו טודוסה פיקד על העיר מ-18 ביולי ועד 1 בספטמבר 1941. בשבוע שבין 1 בספטמבר עד 7 בספטמבר הפיקוד היה בידי גנרל קונסטנטין פנאיטיו. אחריו פיקד קולונל אאוג'ן דומיטרסקו (Eugen Dumitrescu) עד 15 בנובמבר 1941.
שומרי הגטו הובאו מיחידות שונות ובהן היו גם:
מספר היהודים, שהוכנסו לגטו, עלה על עשרת אלפים. בימים הראשונים הכניסות לגטו היו פתוחות, אך היהודים הוזהרו לא לצאת. כעבור כמה ימים, עם הקמת הגדר, הוצבה שמירה על הכניסות ונוספה גדר תיל. השמירה, שהייתה בתחילה בידי חיילים, הועברה בהמשך לידי פלוגת משטרה מספר 10 ושוטרים עירוניים.
לגטו היו שני פתחים רשמיים, אחד לכניסה והשני ליציאה, אך יהודים היו חייבים באישור כדי לצאת. על הפתחים ועל הגדר שמרו בין 80 ל-250 חיילים ושוטרים והיו כל הזמן תלונות על מחסור בכוח אדם לצורכי שמירה. למרבית הבתים היו חצרות עם כניסה קדמית וגם כניסה אחורית והיו גם מנהרות, לכן חרף הגדר וחרף השמירה היו בריחות והברחות. השומרים הרומנים היו מוכנים להבריח יהודים תמורת שוחד כספי או של חפצי ערך, בעיקר תכשיטים. התעריף היה של אלף עד אלף וחמש מאות לאי לאדם.
גזל הרכוש היהודי.
כל מדרג הפיקוד הרומני עסק בהפקת טובות הנאה מהיהודים, מאחרון החיילים, שחטף כובע פרווה מראשו של יהודי לעיני קולונל קונסטנטינסקו ועד גנרל וויקולסקו, שטען בפני אנטונסקו, שהוא לוחם בשחיתות בכל כוחו, אך בעזבו את צ'רנוביץ לקח למזכרת שתי משאיות עמוסות שטיחים פרסיים.
אונס היהודיות.
החיילים הרומנים, שכבשו את קישינב עסקו לא פעם באונס יהודיות. לאחר ריכוז היהודים בגטו, נהגו יחידות צבאיות רומניות, בדרכן לחזית, לעבור דרך הגטו, כדי לאנוס יהודיות צעירות. חלק מהצעירות שנאנסו, נרצחו לאחר מכן והיו גם כאלה שהתאבדו. שיירות היהודים, שפונו מגטו קישינב בדרכן לטרנסניסטריה, נתנו הזדמנויות נוספות לז'נדרמים הרומנים ולאיכרים, לשדוד את היהודים ולאנוס צעירות יהודיות. מעבר לאורחיי, כמעט ולא נשאר מה לשדוד אצל היהודים, לכן התרבו מקרי אונס היהודיות ורציחות סדיסטיות. בין האנסים והרוצחים התבלטו ז'נדרמים רומנים מסוימים. סמל ראשון גאורגה גרמן (Gheorghe Gherman) חטף מתוך עגלה בחורה יהודייה שישבה בקרב בני משפחתה, הטיל אותה לתוך תעלה ואנס אותה וזה רק מקרה אחד מתוך רבים, שהוזכרו במשפטו. המשפט, שנערך בימי משטר אנטונסקו, לא נערך באשמת אונס או רצח או שוד היהודים; הוא הואשם בכך שרימה איכרים, מכר להם חבילות של יהודים, שלא כללו חפצים אלא גופות יהודים ארוזות בשמיכה או סדין - והאיכרים התלוננו נגדו. ממלא מקומו של גרמן, סמל ראשון אנגל לונגולסקו (Anghel Lungulescu), נהג באותה צורה, שדד את היהודים ואנס את היהודיות. גם הוא נשפט בימי אנטונסקו, אך לא על הפגיעה ביהודים, אלא על כך שלקח לעצמו את הרכוש, שהיה שייך למדינה.
ענידת הטלאי הצהוב.
ההוראות לגבי ענידת טלאי צהוב על בגדי היהודים בגטו קישינב השתנו כמה פעמים, אולי גם בעקבות השתדלותו של וילהלם פילדרמן אצל חברו לשעבר לספסל הלימודים, יון אנטונסקו.
באוגוסט 1941 ציוותה נשיאות מועצת השרים של רומניה על כל היהודים בשטחים שממזרח לדניסטר לשאת את הטלאי הצהוב. בהמשך ציווה משרד הפנים הרומני, שהיהודים לא יענדו טלאי צהוב. פיקוד המשטרה האזורי בבסרביה ציווה על היהודים לענוד טלאי צהוב. בספטמבר מצווים היהודים בכל השטחים המפוקחים על ידי גרמניה הנאצית לענוד טלאי צהוב ומשרד הפנים הרומני מצווה על יהודי בסרביה ובוקובינה לענוד טלאי צהוב. למחרת יון אנטונסקו ביטל את ההוראה.
השחיתות והבריחות.
ריבוי הבריחות מהגטו והשחיתות הנפוצה של השומרים הפכו לשם דבר והגיעו גם לאוזני השלטונות בבוקרשט. לקראת סוף נובמבר 1941 יצא אובידיו ולדסקו, המזכיר הכללי של מועצת השרים של רומניה, יחד עם קבוצת חוקרים, כדי לבדוק את נושא הבריחות והשחיתות בבוקובינה, בצ'רנוביץ ובקישינב. הוא דיווח בדצמבר על הבעיות בגטו קישינב ואנטונסקו אישר פורמלית הקמתה של ועדת חקירה. הוועדה הוקמה בדצמבר והגישה מסקנותיה בינואר 1942.
חיסול הגטו.
גירוש יהודי גטו קישינב התחיל ב-12 באוקטובר 1941 ונמשך עד סוף אוקטובר, כשנשארו בגטו רק מאתיים איש המוגדרים כיהודים - הם גורשו ב-20 במאי 1942. ב-30 ביוני 1942 נשלחו לטרנסניסטריה אחרוני היהודים מגטו קישינב, 224 יהודים, כולל 20 ילדים. בין המשולחים היו שליומה שוורץ בן שנה וחצי ופלוריקה פפי ויינשטיין בת שלושה חודשים.
בבוקר ראש השנה, בשעה שכולם התפללו בשני בתי הכנסת בגטו, היודנראט בראשות לנדאו קיבל הוראה להופיע בפני המפקד הגטו. לאחר שובם רבים נדהמו לשמוע שדוקטור לנדאו ואשתו רצו להתאבד. באותו ערב, עורך הדין שפירו נשלח שוב לבוקרשט בעזרת קצין רומני. למחרת חזר שפירו לגטו לאחר שנפגש עם וילהלם פילדרמן ועם הרב אלכסנדר ספרן. מהם שמע שהשלטונות הרומניים בבוקרשט החליטו לחסל את הגטו ולשלוח את כל היהודים לטרנסניסטריה. הם תכננו לעשות את זה בארבעה משלוחים של 2500 אנשים כל אחד.
שיירות המגורשים מהגטו.
על כוונת השלטונות לגבי המגורשים אפשר ללמוד משתי הוראות. על פי הוראה, שהעביר קולונל יון פאלאדה, חייבים לשלוח ז'נדרם יומיים לפני מעבר שיירה, כדי שיעבור על מסלול השיירה ויכין כל 10 קילומטרים, בעזרת הז'נדרמריות המקומיות והנוער לפני הגיוס, בורות בגודל שיכול להכיל מאה גופות כל אחד. הבורות נועדו לקבורת היהודים שלא יהיו מסוגלים לנוע בקצב של השיירה או שחלו - ביהודים אלה צריך לירות ולהשליך לבורות. ההוראה השנייה הייתה קביעת מסלול העברת יושבי הגטו לטרנסניסטריה, המסלול שנבחר היה המסלול הארוך ביותר, שהוביל מקישינב לדניסטר, במקום לנוע במסלול בן 15 קילומטרים, עד למעבר ודול-לוי-וודה, בחרו להצעיד את היהודים במסלול בן 90 קילומטרים, צפונה לכיוון רזינה, מתוך כוונה להיפטר בדרך מכמה שיותר יהודים.
הרשויות החליטו שההובלה הראשונה תצא מהגטו ביום הכיפורים. באותו בוקר נכנסו לגטו מאות עגלות רתומים לסוסים. כשהיהודים שמעו על התוכנית ברחו רבים מהם. מפקד הגטו ועוזריו ניסו להרגיע את היהודים והבטיחו שלא יקרה להם שום דבר רע ושפינוי הגטו נועד לטובתם. ראש הוועד הצליח לדחות את הפינוי בכמה ימים. בינתיים נשלחה הודעה דחופה למנהיגים היהודים בבוקרשט בבקשה לעזרה. מאות מברקים, שנוסחו בשפה נסתרת ( "אבא חולה מאוד - שלח תרופות מיד") נשלחו לפדרציית הקהילות היהודיות של רומניה ולקרובי משפחה בבוקרשט. שיירת היהודים הראשונה יצאה מהגטו ב-4 באוקטובר, בסוכות. 1600 אנשים הובלו בעגלות בכביש שבין אורחיי ובין רזינה, לכיוון הדניסטר. כשהעגלות עזבו את קישינב היהודים נצטוו לרדת מהעגלות ל"בדיקות רפואיות". פקידי הבנק הלאומי הרומני נשלחו לשם וביקשו מכל היהודים לסחור בכל חפצי הערך שלהם תמורת כסף מיוחד שניתן להשתמש בו רק בשטחים הכבושים וזאת תחת האיום שמי, שינסו להסתיר את חפצי הערך שלהם, ימותו. כך נשדדו היהודים מכל חפציהם הנותרים.
לא ידוע מה בדיוק היה גורל המשלוח הראשון, ליהודים שנותרו בגטו נאמר על ידי קצין רומני ממוצא גרמני, שעקב אחר ההובלה, שכולם נורו למוות, כשחצו את הדניסטר, חלקם אפילו הושלכו ישירות לנהר.