במאה ה-16 ניסו מספר אימפריות לכבוש את תוניסיה. בשלב מסוים הצליחו הספרדים לכבוש את צפון המדינה, אך בשנת 1534 הם נהדפו על ידי האימפריה העות'מאנית בפיקודו של ח'יר א-דין, אחיו הצעיר של אורוץ' ברברוסה, שהיה מנהיג הצי העות'מאני בזמן שלטונו של סולימאן המפואר. משנת 1534 התקדמו העות'מאנים דרומה מתוניס וכבשו חלקים נוספים של המדינה מידיי שבטים מקומיים, ובשנת 1574 כבשו את כל שטחה העכשווי של תוניסיה, אשר היה בשליטתם למעלה מ-230 שנה עד שהפסידו לאימפריה הקולוניאלית הצרפתית בשנת 1881.
בתחילה העות'מאנים הציבו את אורוץ' ברברוסה כראש השלטון הטורקי היושב באלג'יר, אולם עם הזמן הפכה תוניסיה למחוז אוטונומי, בשליטת חסות של ביי מקומי. תחת מושלייה הטורקיים זכתה תוניסיה לעצמאות מה, שלא הייתה נחלתם של טריטוריות נוספות בשליטת האימפריה, כגון יוון, מצרים, אלג'יריה או ארץ ישראל. שושלת הביי חוסיין הוקמה בשנת 1705 כשליטה המחוזית על תוניסיה, והחזיקה מעמד גם לאחר הקמת הרפובליקה עד לשנת 1957. עם זאת, השלטון העות'מאני לא התחשב בעם התוניסאי המקומי; רוב המושלים היו בני האליטה הטורקית שניהלו את המחוז בשפתם והנחילו באופן לא רצוי את התרבות שלהם בתוניסיה.
תחת שלטון האימפריה העות'מאנית הייתה תוניסיה מוקד לקרבות בין האימפריה למעצמות האירופאיות - צרפת ואיטליה בעיקר. בשלב מסוים החלה תוניסיה לאבד משטחה, כאשר הצרפתים, הבלגים, האיטלקים, הבריטים והגרמנים, כולם ניסו לכבוש מידיי הטורקים שטחים בצפון אפריקה. תוניסיה העות'מאנית הלכה והתכווצה, כאשר ממזרח 'נגסו' האירופאים בטריפולי ובמערב בקונסטנטין. ככל שהתעצמו הקרבות בין העות'מאנים לאירופאים על השטח של צפון אפריקה, כך התדרדר המצב ההומניטרי בתוניסיה, שהוזנחה בצל המאבק המלחמתי. מלבד זאת, תוניסיה הייתה אף בעצמה שטח נחשק בקרב מדינות אירופה, שניסו לפלוש אליה פעמים רבות. אם המלחמה הבלתי-פוסקת לא הספיקה, הרי שגם מגיפות החלו להתפשט במדינה ובעקבות מצב סניטרי מזעזע ועוני רב המחלות פרצו, שגשגו והכו באוכלוסייה המקומית מספר רב של פעמים, בעיקר בחורפי השנים 1784–1785, 1796–1797 ו-1818–1820.
באמצע המאה ה-19 התוודעו שליטי תוניסיה למאמצים מתמשכים של גורמים טורקים שניסו להעביר רפורמה פוליטית וחברתית בבירה העות'מאנית. הביי של תוניס ראה זאת כדוגמה והעביר רפורמה כלכלית בנוסח דומה בתוניסיה, מה שייצב אותה כלכלית לזמן מה אך פער לה חוב חיצוני עצום. עם השנים החוב הבינלאומי גדל, ואחת השותפות לנתינת ההלוואה הייתה צרפת. משום שלא נראה היה כי תוניסיה תחזיר את החוב בעתיד הנראה לעין, השתמשה בכך צרפת כעילה למסע כיבוש בתוניסיה בטענה כי כך היא תאלץ להחזיר את החובות בצורת מיסים.
תוניסיה הצרפתית.
בעקבות החוב הגדול שצברה תוניסיה תחת שליטה עות'מאנית והעוני הקשה ששרר בה, הכריז השלטון המקומי על פשיטת רגל בשנת 1869. בשנת 1881, השתמשה צרפת בחובה של תוניסיה, יחד עם טענה לפלישה תוניסאית לשטחי אלג'יריה הצרפתית, כעילה למלחמה. הצבא הצרפתי נכנס דרך הגבול עם אלג'יריה עם צבא של למעלה מ-36,000 חיילים מצוידים בנשק חם, כבשו את תוניסיה ואילצו את הביי לחתום על כניעה בתוך ימים ספורים. מעט אחר כך נחתמה הסכם ברדו, אשר הפך את תוניסיה באופן רשמי למדינת חסות ובהמשך למושבה צרפתית, חרף התנגדותה המוצהרת של ההתיישבות האיטלקית בתוניסיה . תחת הקולוניאליזם הצרפתי, השלטון היושב בפריז עודד הגירה של אירופאים לתוניסיה והקים בה יישובים המיועדים לצרפתים; ככל שחלפו השנים, כך גדל משמעותית מספר המהגרים המצרפתים לתוניסיה, מ-34,000 בשנת 1906 ל-144,000 בשנת 1945. זאת על אף נוכחותם של 105,000 איטלקים בתוניסיה, שהתנגדו במרץ לשלטון הצרפתי החדש.
במהלך התקופה הצרפתית נהנתה תוניסיה מצמיחה תרבותית וכלכלית עצומה, וכחלק מכך גם כמעט וסגרה את חובה החיצוני. השלטון הצרפתי השריש בתוניסיה מאפיינים רבים שנותרו עד היום, כשהבולטת שבהן היא השפה הצרפתית המדוברת בתוניסיה כשפה רשמית עד היום, לצד ערבית.
מנובמבר 1942 ועד מאי 1943, נכבשה תוניסיה על ידי גרמניה הנאצית וחזקתה הועברה למשטר וישי הצרפתי שפעל תחת הוראות הגרמנים. מסיבת היותה של תוניסיה בשליטה מוחלטת של צרפת, השואה שעברו יהודי תוניסיה הייתה מהגרועות שבמדינות אפריקה. במהלך המלחמה מפקד האס אס באזור, ולטר ראוף, לקח על עצמו את יישום הפתרון הסופי בתוניסיה, ובכך הביא למותם או גירושם של 50,800 יהודים, שהיוו יותר ממחצית האוכלוסייה היהודית במדינה. חלק מהיהודים הועברו לאירופה ברכבות ואוניות והגיעו אל מחנות כגון אושוויץ ודכאו, וחלקם נשלחו למחנות עבודה בתוניסיה שם הועבדו בפרך ולעיתים עד מוות.
לצד הפעולות כנגד יהודים שהתרחשו בה, בין השנים 1942 ל-1943 הייתה תוניסיה זירת קרבות בלתי פוסקת בין בעלות הברית לגרמניה הנאצית ואיטליה הפאשיסטית. כחלק מהמערכה בצפון אפריקה סבלה תוניסיה מקרבות וכיבושים שהתחוללו בשטחה, בהם מבצע לפיד וקרב מדנין. לבסוף, ב-13 במאי 1943, מספרם הגדול והעליונות הצבאית של בעלות הברית הביאו לכניעתם של הכוחות הציר, ותוניסיה עברה לידיי בעלות הברית, שמאוחר יותר העבירו אותה לצרפת.
לאחר מלחמת העולם השנייה נמשך והתחזק המאבק לעצמאות לאומית בתוניסיה. האדם הבולט שהוביל את המאבק היה חביב בורגיבה, לעתיד נשיא המדינה. הוא הקים את מפלגת "נאו-דוסטור" וקידם את המחאות לסילוק השלטון הצרפתי החיצוני באופן לא-אלים. אולם היעדר התקדמות במאבק, החלה לפרוץ התנגדות אלימה לשלטון הצרפתי במהלך שנת 1954. המהפכנים התוניסאים הושפעו ממקביליהם באלג'יריה ובמרוקו, אף שלבסוף הייתה תוניסיה הראשונה לקבל עצמאות. לאחר מגעים נמרצים הצליחו חברי מפלגת נאו-דוסטור, ובראשם בורגיבה, להגיע לפשרה עם הצרפתים ואלה יצאו מהמדינה.
הרפובליקה התוניסאית.
תוניסיה השיגה את עצמאותה מצרפת ב-20 במרץ 1956, לאחר מאבק של התנגדות עממית כוללת כנגד הצרפתים. תוניסיה הוכרזה תחילה כמונרכיה כאשר בורגיבה הוא ראש הממשלה, אך בשנה שלאחר מכן הוא ביצע שינוי בשיטת המשטר והפך אותה לרפובליקה בנשיאותו. עד היום נחגג יום העצמאות התוניסאי ב-20 במרץ.
בורגיבה הוביל קדמה כלכלית, חברתית ופוליטית במשטרו והבדיל את תוניסיה ממדינות ערביות אחרות שנשלטו בראשיתן על ידי בתי מלוכה. עם זאת, שיטת השלטון שנוסדה לא איפשרה אופוזיציה: מפלגת השלטון, "ניאו דוסטור", ומפלגת האופוזיציה הסוציאליסטית למעשה אוחדו למפלגה אחת, ולא נותרו מפלגות אופוזיציוניות. הדבר הוביל גם להשתקה של כלי תקשורת, והעיתונות והטלוויזיה התוניסאיות, שהיו רק בחיתוליהן, עברו צנזורה חדה בידיי השלטון. לאחר דיווח של ארגון אמנסטי אינטרנשיונל על מצב חופש הביטוי בתוניסיה, היטיב מגזין הגרדיאן לתאר את תוניסיה כ"אחת המדינות המודרניות אך המדכאות ביותר בעולם הערבי".
בורגיבה, שהיה אבי האומה ובראשית ימיו בשלטון זכה לאהדה רחבה, הלך ואיבד את הערצת העם. בנובמבר 1987, ראש הממשלה באותו הזמן, זין אל-עאבדין בן עלי, ניצל את יחסי הציבור הירודים של בורגיבה בקרב העם כדי לבצע הפיכה. הוא הוביל מספר רופאים לטעון כי בורגיבה, שהיה מבוגר עד מאוד, אינו כשיר לתפקד כנשיא בגילו ושהוא אף לוקה בשיטיון (דמנציה). בעקבות הכרזת הרופאים התעורר גל עממי בקרב הציבור שדרש מבורגיבה להתפטר, ובהפיכה פוליטית שלא כללה אף שפיכות דמים יחידה, עלה בן עלי לשלטון כמחליפו של בורגיבה, בהתאם לחוקת תוניסיה.
עם עלייתו לשלטון החל בן עלי לחדד את השלטון האוטוקרטי שלו, ולצד פעולות כלכליות לטובת המדינה, הוא חוקק וקידם אלמנטים של משטר טוטליטרי: כחלק מפולחן האישיות שבנה לעצמו, הוא הכריז של יום עלייתו לשלטון, 7 בנובמבר, כחג לאומי; התקשורת במדינה הושתקה כמעט לחלוטין ועברה צנזורה בידיי השלטון; הפרלמנט הכיל רק מפלגה אחת והוא העומד בראשה ועוד. במהלך כהונתו הוא נבחר מחדש באופן עקבי עם רוב עצום מדי חמש שנים בבחירות מזויפות, בהן זכה בכל פעם ללמעלה מ-80% מהקולות, כאשר הבחירות המזויפות האחרונות התקיימו ב-25 באוקטובר 2009.
אף על פי שבן עלי יזם פעולות כלכליות שנועדו לפתח את תוניסיה ולהבדיל אותה משאר מדינות העולם הערבי, השחיתות והאינטרסים האישיים שלו, כמו גם חוסר ידע בניהול עשרות התיקים שבהם החזיק, הוביל לשפל כלכלי חד בתוניסיה, שהצית את המרד הראשוני בדרך למהמפכה התוניסאית.
המהפכה בתוניסיה.
מאמצע העשור הראשון של המאה ה-21 נפלה תוניסיה אל תוך משבר כלכלי חמור, שנבע ממספר פעולות בלתי אחראיות וחוקיות של השליט בן עלי. בין היתר, בן עלי ריכז בידיו סמכויות רבות כמו משרדי הכלכלה, התחבורה והביטחון, אף על פי שלא רכש ידע בנושא ולא ידע לנהל מערכות כה רבות; הוא ביצע עברות שחיתות רבות כמו לקיחת שוחד, מעילה בכספים ועוד; הוא הוציא לפועל פעולות רבות שהיו פזיזות ולא אחראיות בתחומי הסחר וניהול הכלכלה בצורה כושלת שהובילה לנפילת הדינר התוניסאי.