בספטמבר 1995 עורר העיתון סערה ציבורית כאשר חשף את פרשת הסיליקון בחלב.
תחקיר אחר חשוב של "מעריב" הוביל לחקיקת חוק השבת נכסי הנספים בשואה. חוק זה בא בעקבות דו"ח ועדת החקירה הפרלמנטרית בראשות ח"כ קולט אביטל, שנוסדה בעקבות שני תחקירים מאת עו"ד דוד לביא שפורסמו ב-24.12.99 וב-17.3.00 ב"מעריב". תחקירים אלה חשפו לראשונה שמדינת ישראל מחזיקה ברשותה רכוש של קורבנות השואה. ח"כ יוסף לפיד, שר המשפטים לשעבר, שיזם את החוק להשבת נכסי הנספים בשואה, אמר כי "זה אחד החוקים החשובים ביותר בתולדות המדינה. חבל שהוא לא נחקק לפני 50 שנה".
תקופת אמנון דנקנר.
מששב נמרודי לניהול העיתון, מינה את דנקנר לעורך. "מעריב" המשיך לנסות ולהשיג את מתחרהו. אף על פי שחלה עלייה בתפוצתו לעומת המצב בסוף שנות ה-80, עדיין הפער בינו לבין "ידיעות אחרונות" היה גדול ביותר.
עריכתו של דנקנר התאפיינה בהמשך הניסיון להפוך את "מעריב" לעממי יותר. הידיעות החדשותיות היו קצרות, התמונות והתצלומים הצבעוניים תפסו מקום רב, והכותרת הראשית, שבעבר נשמרה אך ורק לאירועים מדיניים-פוליטיים-כלכליים מרכזיים, ניתנה מדי פעם גם לאירועי ספורט חשובים ולשאר נושאים המקבלים את התעניינותו של הציבור - כמו בעיתון המתחרה.
בדנקנר הוטחה ביקורת קשה על חילופים תכופים מדי של כתבים ועורכים, על פיטורים שרירותיים ועל אווירה של חוסר ביטחון וחוסר יציבות, שנגרמה בעטיים של אלו.
המשקעים שנותרו מהחקירות נגד נמרודי התבטאו לעיתים באופן שבו סוקרה ב"מעריב" עבודתה של פרקליטות המדינה, ומעל דפי העיתון הרבו לתקוף את אלו שכונו "כנופיית שלטון החוק".
חברת האם של "מעריב" - "מעריב החזקות בע"מ" הונפקה בבורסה בידי משפחת נמרודי. בינתיים לא הצליחה להגיע לרווחיות ולהניב תשואה למשקיעים. ברוב המניות החזיקה קבוצת הכשרת היישוב, בראשות עופר נמרודי ואביו, יעקב נמרודי. ברבע מהן החזיק איל ההון היהודי-רוסי ולדימיר גוסינסקי.
בשנות ה-90 החלה קבוצת "מעריב" להוציא לאור גם מקומונים רבים. תחילה "זמן תל אביב", שצורף באזור המרכז למהדורות ערב שבת, ואחר כך בכל הארץ.
ביוני 2004 השיקה "מעריב החזקות", בהשקעה גדולה ולאחר כמה גרסאות קודמות, אתר אינטרנט חדש, "nrg מעריב". בניגוד לאתר "מעריב" הקודם, nrg כולל מערכת נפרדת ותכנים מקוריים, נוסף על מאמרים, ידיעות וכתבות מהעיתון המודפס.
בספטמבר 2004 הורשע התאגיד המחזיק בעיתון בעבירה של פרסום מתן שירותי זנות.
בעקבות האינתיפאדה השנייה בחר "מעריב" לנקוט בקו ממלכתי-מרכזי-ביטחוניסטי, דבר שהתבטא בעיקר בטורי העורך, הפרשנויות, מדורי הדעות וכתבות המגזין. הצטרפותו של אמנון רובינשטיין לכותבי "מעריב" חיזקה את הקו החריף במדורי הדעות כנגד השמאל הקיצוני, קו שנקט עורך מדור הדעות בן-דרור ימיני. לטענתם, ההסתה של השמאל נגד ישראל בחו"ל היא אחד הגורמים להתפרצות גל האנטישמיות באירופה בשנים 2002–2004. באותה תקופה פרסם העיתון דיווחים רבים על תקיפות אנטישמיות באירופה וחולל סערה כאשר ב-2003 פרסם אמנון דנקנר מאמר ובו גינה את נשיא צרפת ז'אק שיראק כ"אנטישמי" בעקבות מעשיו של האחרון לטרפוד החלטת גינוי של האיחוד האירופי להצהרה אנטישמית של מאהאטיר מוחמד, ראש ממשלת מלזיה.
בשנת 2005 יצא העיתון בקמפיין "איפה הבושה?", שמטרתו לעורר את הציבור למחות ולהפגין בקול נגד השחיתות הפושה בשלטון ובממשל הציבורי. הקמפיין נפתח בעקבות מאמר מערכת בשם "עברתם כל גבול" מאת דנקנר ודן מרגלית, שהודפס בכותרתו הראשית של העיתון. הקמפיין דעך לאיטו לקראת שלבי הביצוע של תוכנית ההתנתקות. בסיקור ביצוע תוכנית ההתנתקות נקט העיתון בקו ממלכתי וסיסמת הסיקור הייתה "נעבור את זה יחד". אף על פי שרוב העיתונאים הבכירים היו בעד ההתנתקות, ניתנה במה לביטוי למתנגדיה ולמפונים. בניגוד לעיתונים "הארץ" ו"ידיעות אחרונות" שנקטו קו תוקפני כנגד מחאת מתנגדי ההתנתקות, "מעריב" נקט קו מתון ושיבח אותה כמחאה דמוקרטית למופת.
בתחילת 2006, לקראת סיום כהונתו של מישאל חשין בבית המשפט העליון, יצאו העיתון, פרשנו המשפטי משה גורלי, והעורך אמנון דנקנר, בהתקפה חסרת תקדים על חשין כשופט וכאדם. "מעריב" העלה טענות על יחסו הנוקשה של חשין למתדיינים לפניו, עוינותו לחרדים, מיעוט הזיכויים שיצאו תחת ידו, והוסיף כי יש פן של צביעות בהתנהגותו השיפוטית - בין השאר חשף העיתון שחשין לא שמר על קשר עם בתו שמחוץ לנישואים, אך התרעם על הורים ביולוגיים שזנחו את ילדם. חשין ידוע כמתנגד לאקטיביזם שיפוטי, אך לטענת "מעריב" לא היה עקבי בעמדה זו בפסיקותיו בנוגע למטרות שהיו קרובות ללבו. אפילו לשונו של חשין גונתה על שימושה הלא מעודן והרעשני בשפה העברית, לטעמו של העיתון (גילוי נאות: בפסק דינו של מישאל חשין, בג"ץ 4736/98, נדחתה עתירתם של "מעריב" ויו"ר מועצת המנהלים שלו, עופר נמרודי, להגשת כתב אישום נגד ארנון מוזס).
ב-15 באוגוסט 2006 חשף "מעריב", בידיעה של כתבו יהודה שרוני, כי ב-12 ביולי, שעתיים לאחר חטיפת החיילים שהחלה את מלחמת לבנון השנייה, הורה הרמטכ"ל, דני חלוץ, למכור את תיק ההשקעות שלו. חשיפה זו זכתה להד רב בכל אמצעי התקשורת בישראל.
לאורכה של שנת 2006, ועל רקע תוצאות עסקיות קשות של העיתון, החלו מתפרסמות ידיעות על מגעים עם אנשי עסקים שונים לרכישת העיתון, בהם ארקדי גיידמק, חיים סבן, שלדון אדלסון ואחרים. מגעים אלה לא הבשילו לכלל עסקה.
ביולי 2007 הודיע דנקנר כי הוא מתכוון לפרוש מתפקידו כעורך בתחילת 2008, אך הוא צפוי להישאר בעיתון. עם המשך הפרסומים על תוצאות עסקיות קשות, נמשך גם גל ההתפטרויות והעזיבות של בכירי העיתון בהם סגן העורך הוותיק אבי בטלהיים, הפובליציסט הוותיק דן מרגלית, המשנה לעורך חיליק שריר ובכירי מינהל למיניהם.
לאחר תקופת אמנון דנקנר.
בדצמבר 2007 נכנסו דורון גלעזר ורותי יובל לתפקיד עורכי "מעריב", במקום דנקנר. במהלך כהונתם, פרסם "מעריב" על מלוא שערו קריאה לשחרור גלעד שליט, שנעשתה בעיבוד של כתב ידו. הפרסום עורר מחלוקת, והיו שטענו שמעריב חרג מתפקידו העיתונאי. גם לאחר כניסתם לתפקיד המשיך העיתון לספוג הפסדים, והשניים נאלצו לבצע שורה של צעדי ייעול. ביולי 2008 התפטר מתפקידו יו"ר הדירקטוריון דוד קמחי, בנובמבר של אותה שנה מכר גוסינסקי את החזקותיו ב"מעריב". במאי 2009, לאחר פחות משנתיים בתפקיד, התפטרו גלעזר ויובל על רקע סירובם לבצע קיצוצים נוספים במצבת העובדים ובשכר. במקומם מונה לתפקיד העורך הראשי יואב צור. כהונתו אופיינה במהלכי ייעול דרסטיים, שהובילו לצמצום ניכר במצבת כוח האדם של מערכת העיתון. בתקופת כהונתו של צור ניהל "מעריב" קמפיין נגד מינויו של יואב גלנט לתפקיד הרמטכ"ל. זאת, בעקבות חשיפת עיתונאי "מעריב", קלמן ליבסקינד, כי גלנט השתלט על שטחים במושב עמיקם. פרסומים אלה הובילו לביטול מינויו של גלנט לתפקיד הרמטכ"ל.
במאי 2010 נחתם הסכם למכירת 30% ממניות "מעריב החזקות" ממשפחת נמרודי לאיש העסקים זקי רכיב, מינויו של רכיב ליו"ר הדירקטוריון ואופציה לשליטה משותפת. בדצמבר 2010 מינה רכיב את אבי משולם לתפקיד עורך העיתון. רכיב הצהיר מן היום הראשון כי בכוונתו לשים דגש על מהדורה דיגיטלית של העיתון, ומינויו של משולם, שלא היה לו ניסיון קודם בעיתונות מודפסת, נתפש כחלק מאסטרטגיה זו. אך במאי 2011, פחות משנה לאחר שהשלים את רכישת "מעריב", מכר רכיב את רוב החזקותיו בעיתון, מבלי שיישם כלל את תוכניותיו לדיגיטציה של העיתון. ככל הנראה, המכירה נעשתה לאחר שהבין עד כמה מצבו הכלכלי של "מעריב" קשה.
בשנת 2010 הוביל העיתון קמפיין לשחרור החייל החטוף גלעד שליט שנקרא "למען גלעד". בגיליון יום שישי, 25 ביוני חולקו סרטים צהובים לקוני העיתון.
רכישת השליטה ב"מעריב החזקות" על ידי IDB.
ביוני 2011 רכשה חברת "דיסקונט השקעות" מקבוצת IDB שבשליטת איש העסקים נוחי דנקנר כ-61% ממניות "מעריב החזקות" בהשקעה כוללת של 147 מיליון ש"ח, ונכנס לתוקף הסכם בעלי מניות בינה ל"הכשרת היישוב" שבבעלות עופר נמרודי שבבעלותה נותרו 27% ממניות החברה. בחודש זה החל העיתון לשנות פניו: עיצוב סולידי הועדף על פני סגנון צעקני, טקסט על פני תצלומים ושחור-לבן על פני גופנים צבעוניים. "מעריב", שהיה מזוהה עם הסגנון שמאפיין את "ידיעות אחרונות", הלך ונעשה דומה בעיצובו ל"הארץ". בנוסף, חודשו מוספי התרבות והכלכלה היומיים של העיתון שקודם לכן צומצמו עד לכדי סגירה, מונו להם עורכים חדשים, ובחודש אוגוסט הוחלף גם עורך העיתון. מינויו של ניר חפץ במקום אבי משולם, שכיהן בעברו כדובר ראש הממשלה בנימין נתניהו ובהמשך כיועץ בתשלום לבעלי הון שונים (בהם נוחי דנקנר), העלה חשש לניגודי עניינים אפשריים בקרב בעלי מניות ועובדים ב"מעריב". לפי אותן טענות, חפץ יתקשה להתנהל כעורך מקצועי ובלתי תלוי בעת סיקור עניינים שונים הנוגעים למקורביו. הועלו טענות כי בתקופה זו הפרשנות בעיתון נטתה לתמוך באינטרסים הכלכליים של ה"טייקונים" כגון הבעלים נוחי דנקנר.
כחלק מהניסיון ליצור תדמית חדשה לעיתון הוא עבר בתקופה זו שינוי: העמוד הראשי מלא טקסט בדמות פתיחי כתבות ומאמרי דעה, והעיתון החל ללבוש ארשת יותר רצינית מבעבר. מאמרי הפובליציסטיקה החלו מוצאים את מקומם בעמוד הראשי גם בימים ללא אירועים מיוחדים, ועמודי הדעות נדדו מ"המגזין" לתוך דפי הכותרת.