בימי הביניים חלה ירידה בכל תחומי החיים וכמובן גם תחום הספינות סבל מירידה זו. מספינות ענק שיכולות לשאת מאות חיילים עברו לדגם ספינה הרבה יותר קטן - גליאה. המשוטים סודרו בשורה אחת בלבד ומספרם היה קטן הרבה יותר מזה שהיה בספינות העתיקות (לא יותר מכמה עשרות). שלא כמו ברומא העתיקה, היות שהעבדות לא הייתה מפותחת באותה עת באירופה, את מלאכת החתירה על המשוטים ביצעו שבויי מלחמה ואסירים. המוסלמים השתמשו בעבדים לצורך העניין. כעקרון הגליאה לא שונה בהרבה מספינות המשוטים של העת העתיקה, כלומר עיקר ההנעה נוצרה באמצעות המשוטים ולא המפרש. הציים הגדולים ביותר היו ברשות ונציה, ג'נובה, פיזה, האימפריה הביזנטית וממלכות שונות. הטקטיקה נשארה זהה. שוב ניסו לנגוח בדופן היריב או לשבור את משוטיו.
באימפריה הביזנטית היה דגם שונה של ספינת משוטים, הקרוי דרומון. ההבדל העיקרי הוא בצורה ובחימוש. בחרטום האניה היה מתקן להטלת האש היוונית מעוררת האימה. זה היה הלהביור של ימי הביניים. עד היום לא יודעים את ההרכב הכימי של האש היוונית, ידוע רק, שאי אפשר היה לכבותה במים ולכן היה זה כלי נשק הרסני נגד ספינות עץ. סוד ההרכב הכימי נשמר באדיקות רבה, ולכן הביזנטים הצליחו לשמור על ההמצאה הזו מבלי שלצי כלשהו יהיה נשק דומה. הקרבות העיקריים של התקופה היו בין ערי-מדינה מאיטליה או נגד המוסלמים. פלישות רוסיות לים השיש נגד הביזנטים היו תכופות במאה ה־10 לספירה, אך הן לא קצרו הצלחה יתרה.
באירופה המערבית החלו להופיע ממלכות חזקות, אך בדרך כלל הן היו חסרות צי מלחמה קבוע, ואם היה להן צי כזה, לרוב הוא היה חלש יחסית לצי המדינות האיטלקיות.
לקראת סוף ימי הביניים התחילו להופיע ציי מלחמה באנגליה ובצרפת. לספינה הזאת קראו קוג, בדומה לספינה הוויקינגית, אך השוני העיקרי היה בכך שלא היו להן משוטים וצורתן הייתה שונה. קוג אירופאי מכונה לעיתים "ספינה עגולה" כי בניגוד לספינות קרב מקובלות, בעלות סיפונים צרים, ספינה זו נועדה לשאת מטען ולא רק להילחם.
ויקינגים (המאה ה-8 - המאה ה-12).
הויקינגים ישבו בסקנדינביה של היום. הגאוגרפיה שם דומה לפיניקיה ויוון העתיקות - שוב המון הרים ומעט מאוד אדמה שאפשר לעבד. ההיסטוריה חזרה על עצמה ועם הגדלת האוכלוסייה הוויקינגים מצאו את פרנסתם בים. כמו הפיניקים והיוונים בזמנם, הם התחילו להתנחל בחופי הים הצפוני והים הבלטי.
הוויקינגים היו הראשונים במערב להשתמש במצפן. הם גילו את התכונות המגנטיות הטבעיות של הברזל ובעזרת המצאה זו הצליחו להגיע לאזורים רחוקים מארץ האם. משלחות יישוב ויקינגיות הגיעו עד איסלנד וקנדה. ידוע גם על פלישות ויקינגיות בים התיכון. אפילו ביזנטיון סבלה מנחת זרועם. קיסרי ביזנטיון אפילו שכרו כמה מהם לתפקיד שומרי ראש הקיסר. היו אלו חיילי "המשמר הורנגי" מטיל האימה, החיילים המובחרים ביותר בצבא הביזנטי.
כלי השיט העיקרי של הוויקינגים היה ה'ספינה הארוכה'. הדגם דומה לגליאה עם הבדל משמעותי אחד: הספינה התאימה למסע ארוך באוקיינוס. הציים הוויקינגיים לא היו גדולים, אך היות שבאירופה המערבית לא היה צי מלחמה ראוי לשמו לאף מדינה כמעט, זה הספיק.
המזרח התיכון (המאה ה-8 ־ המאה ה-14).
במאה ה־8 לספירה המוסלמים כבשו את רב המזרח התיכון. עד מהרה החליפות התפרקה למדינות קטנות יותר. לחלקן, בעיקר אלו הנמצאות בצפון אפריקה, היה צי רציני למדי, שהתחרה בהצלחה בציים האירופיים השונים. הדגם העיקרי שהיה בשימוש הציים המוסלמיים הוא הגליאה המוכרת. החימוש היה זהה פחות או יותר לחימוש הגליאות האירופיות. הציים הערביים לא ניהלו מלחמות מסודרות, אלא יצאו לרב למסעות שוד וגזל.
בתקופה זו המציאו במזרח התיכון את אחד ממכשירי הניווט החשובים ביותר - האצטרולב.
העת החדשה (המאה ה-15 - המחצית הראשונה של המאה ה-19).
רקע כללי, סוף עידן הגליאות ותחילת עידן המפרש.
בעת החדשה, עם המצאת דגמי ספינות חוצות האוקיינוסים הקאראק והקרוולה שסימנו את תחילת מסע התגליות הנרחב, נפתח העידן האוקייני בציי המלחמה.
הדגש בצורת ההנעה החל לעבור משימוש בכוח הזרוע הבא לידי ביטוי במשוטים, לשימוש בכוח הרוח, סימן שנתן את שמו לתקופה חדשה-עידן המפרש (Age of Sail). ההתפתחות הרצינית ביותר של ספינות המפרש החלה באירופה המערבית ובפרט הושגה התקדמות משמעותית על ידי הפורטוגלים, שהייתה להם מוטיבציה גדולה להגיע למזרח הרחוק בדרך ימית, עקב הקושי הרב להגיע דרך היבשה ושליטת המוסלמים והוונציאנים במסחר בים התיכון. באופן מעניין, התקדמות זו הושגה בזכות ידע שהושג מהמוסלמים המורים (המפרש המשולש והגאוגרפיה), בהם נאבקו ברקונקיסטה.
המפרש הרוחבי המרובע, המוכר מספינות הקוג של ימי הביניים החל להיעלם ואת מקומו תפש המפרש האורכי המשולש. השינוי בצורת המפרשים הגדיל את אפשרויות התמרון של הספינה. אם מקודם המפרש היה מרובע ומיקומו היה קבוע פחות או יותר יחסית לתורן, כעת הומצא המפרש האורכי, שאיפשר לשוט לא רק ברוח גבית, אלא אף ברוח שבאה ב־90 מעלות יחסית לאוניה, ואפילו בזויות גדולות יותר. זה אפשר את העלייה בכושר התמרון, שהייתה בלתי אפשרית בספינות עם מפרשים רוחביים, שהיו מאוד תלויות ברוח ולעיתים נאלצו להיעזר בגרירה על ידי גליאות. בנוסף לשינויים בצורת המפרש, מספר התרנים עלה מאחד לשניים - שלושה, וכמות המפרשים גדלה מאוד.
לצד התפתחות אוניות המפרש, הגליאות הגיעו לשיא התפתחותן (בעיקר בים התיכון) ואף נוצר דגם ענק הנקרא גליאס שהיא מעין גליאה ענקית. הקרב הגדול ביותר של ציי גליאות הוא קרב לפנטו ב־1570. עם הזמן השימוש בגליאות פחת והן נעלמו לגמרי במאה ה־18.
בממלכות אירופה המערבית בימי הביניים לא היו סוגים מיוחדים של ספינות קרב, למעט האוניות הוויקינגיות. אצל רוב הממלכות האירופאיות, וספינות משא או מסחר היו גם ספינות קרב עם שני סיפונים מוגבהים הבנויים בצורת מגדל שבהם עמדו הקשתים. בעת החדשה החלה התפתחות רצינית בספינות המלחמה ולצד ספינות הסוחר הגדולות שחומשו בתותחים גדולים הופיעו גם ספינות מלחמה ייעודיות. ספינת הסוחר החמושה הידועה ביותר היא הגליאון הספרדי שהביא את אוצרות העולם החדש לאירופה. סוגים קלים יותר של ספינות קרב הופיעו בהמשך.
עם המרת דתם, הפסיקו הוויקינגים עם הפשיטות שלהם, והציים החזקים ביותר היו בספרד ובפורטוגל. החימוש העיקרי של הספינות האלה היו התותחים. בהתחלה אף אחד לא ערער על העליונות הספרדית ופורטוגזית, והעולם אף חולק בצו האפיפיור בין ספרד ופורטוגל (ראה חוזה טורדסיאס). הצרה של פורטוגל הייתה השטח הקטן של ארצם והעושר הספרדי, שהגיע מדרום אמריקה. לכן לא היו להם האמצעים לעמוד מול ספרד וכעבור 100 שנה בערך, במאה ה־16 כובד המשקל היה בלעדית בידי ספרד. בערך באותו הזמן האנגלים החלו לתבוע חלק מהשלל. גם שאר ארצות אירופה כמו הולנד וצרפת החלו להתעניין ברכישת קולוניות.
לגבי ציים אחרים-ראו בהמשך.
נוסף על השינויים שנערכו בבניית הספינות גם הניווט השתפר מאוד. הומצא הסקסטנט, מכשיר המאפשר לדעת את מיקום האוניה על פי הכוכבים. במפות שרטטו קווי האורך, ורוחב. קווי רוחב הם קווים דמיוניים המשורטטים על הגלובוס ומקבילים לקו המשווה. קווי האורך הם קווים מאונכים לקו המשווה, כאשר קו האורך 0 עובר בעיר גריניץ' ליד לונדון. כדי לדעת את מיקום הספינה השתמשו בטכניקות של מציאת קו האורך. הבעיה העיקרית הייתה שלא היו שעונים מדויקים שניתן לסמוך עליהם לחישוב קו האורך. רק באמצע המאה ה-18 הצליח בונה השעונים ג'ון הריסון להמציא שעון מספיק מדויק שיאפשר למדוד את הזמן בצורה טובה. שעון זה כונה כרונומטר והוא הווה מהפכה בתורת הנווט.
פרט למכשירים אלו הומצא הברומטר - מכשיר המודד את לחץ האוויר וכך ניתן לדעת אם מתקרבת סופה (אם הלחץ יורד, אז יש תנאים טובים להתפתחות סערה). לפני המצאת המכשיר רב החובל היה צריך לסמוך על הניסיון והמזל.
המאבק בין אנגליה לספרד (המאה ה־16).
המאבק בין אנגליה לספרד החל בתקופת המלכה אליזבת הראשונה. פרנסיס דרייק, קיבל אישור לצאת למסע שוד ימי בקולוניות הספרדיות. חלק ניכר מהשלל הוא נתן כמס למלכה. פיליפ השני, מלך ספרד, רתח מזעם. כעבור מסע שוד נוסף, כשלא קיבל את הפיצויים שדרש, הכריז מלחמה על האנגלים. שיא המאבק הימי היה בתבוסת הארמדה במימי התעלה.
לאחר תבוסה קשה זו, הספרדים לא הצליחו להשתקם וציים התחיל לשקוע. ונפתחה תחרות עזה בין שלושה כוחות על שליטה באוקיינוסים: צרפת, הולנד ואנגליה, תחרות שהסתיימה בניצחון אנגלי מוחץ.
המאבק בין אנגליה והולנד.
במאה ה־17 הופיעו סוגי ספינות חדשות: קורבטה, פריגטה, סלופ, בריג, והחשובה מכל אונית המערכה (ship of the line) לפעמים קוראים לה גם "אונית קרב" (battle ship), בתחילת התקופה כונו ספינות אלו Man'o'War.
עיקר הקרבות היו בתעלה האנגלית או כפי שהצרפתים קוראים לה - תעלת למאנש.
למרות הצלחות ראשוניות להולנדים, האנגלים הצליחו לנצח לא מעט בזכות העובדה, שהולנד הייתה צריכה צבא יבשתי גדול כדי להתגונן מאויבים יבשתיים כמו צרפת וספרד, ואילו אנגליה היא אי, ולכן לא הייתה צריכה צבא יבשתי חזק ויכלה להשקיע את כל מרצה בים.