עד סוף שנת 1939 נקבע מבנה היודנראט, שכלל שתים עשרה ועדות, ושבע עשרה מחלקות. תפקיד הוועדות היה פיקוח כללי על הנעשה בתחום עליו הן אחראיות והחלטת החלטות בנושא. בראש הוועדות עמדו חברי יודנראט או סגניהם, ומונו אף יועצים יהודים מחוץ ליודנראט שהתמחו בנושא עליו הייתה אחראית הוועדה. כך למשל, לצד ראש ועדת הבריאות, עמד מנהל בית החולים של קרקוב. מן הוועדות הבולטות שהפעיל היודנראט היו: ועדה לענייני משק דיור וכלכלה, ועדה לענייני סעד, ועדה לענייני בריאות, ועדה לענייני כספים ומסים, ועוד.
המחלקות היו המוציאות לפועל של החלטותיהן של הוועדות. לחלק מן המחלקות היו תת-מחלקות על פי הנושאים בהן טיפלו. מן המחלקות הבולטות ביודנראט היו: לשכת עבודה, מחלקת סעד, בריאות, דיור ותברואה, מחלקת תחזוקת בית, מחלקת מגורשים, ועוד.
פעילות היודנראט לאחר הכניסה לגטו.
לאחר הקמתו היה היודנראט אחראי לכל הקשרים בין היהודים לשלטון הנאצי.
עם הגעת אלפי פליטים יהודים לקרקוב מהסביבה, הורע מאוד מצבה הכלכלי של הקהילה. הפליטים הגיעו חסרי כל וללא שום אמצעים לשיפור מצבם. בנוסף נפגעו קשות הגמלאים היהודים בעיר, שהפסיקו לקבל את תשלומי הפנסיה שלהם, ואנשי ההשכלה הגבוהה – עורכי דין, מורים, פקידים ואמנים, אשר פוטרו מעבודתם. המצב הזה הכביד מאוד על פעילות היודנראט, ומחלקות רבות היו עסוקות רק בעניין זה. במשרדי המחלקות הסעד, הדיור, העבודה, והבריאות הצטופפו תמיד יהודים רבים, בניסיון נואש להשיג עבודה ואוכל.
בעקבות המצב הקשה, הקים היודנראט מוסדות רבים שנועדו להקל על היהודים: הוקמו דירות מגורים משותפות לפליטים בבתים שעדיין היו בבעלות הקהילה היהודית, הוקמו שישה בתי תמחוי שהיו מחלקים ארוחות בוקר וצהריים גם לפליטים וגם ליהודי קרקוב שמצבם הכלכלי הידרדר, והוקם מגבית לבגדים. בנוסף הייתה ביקורת פעילה על הסניטריה באזורים היהודים במטרה להימנע ממחלות וממגפות. הכסף למימון כל הפעילות הזו של היודנראט הגיעה מכמה מקורות – קופת היודנראט, יהודי קרקוב שהייתה להם אפשרות לסייע בתמיכה כספית, והג'וינט האמריקני (הנאצים נאלצו להעביר את תרומות הג'וינט ליהודים ברחבי פולין כיוון שהיו מעוניינים שארצות הברית תישאר נייטרלית במלחמה). בנוסף, היודנראט שיתף פעולה גם עם "יס"ס" – "מוסד העזרה העצמית היהודית" שאף הוא פעל לטובת יהודי קרקוב בתחומי הסעד והבריאות, ועזר בין השאר להקים בית אבות, בית חולים, ובית יתומים (ה"צנטוס") בעיר.
ב־18 במאי 1940 הכריז מושל הגנרלגוברנמן האנס פרנק על רצונו להפוך את קרקוב ל"יודנריין" – נקייה מיהודים. בעקבות כך מתוך 80,000 היהודים שחיו בעיר באותה תקופה (56,000 שגרו בקרקוב עוד לפני המלחמה, והשאר פליטים מסביבת העיר), 65,000 היו מיועדים לגירוש, והיו מיועדים להישאר רק היהודים שהביאו תועלת ניכרת לכלכלה הפולנית, ונקראו "חיוניים לכלכלה". הנאצים הערימו על היודנראט אף את הקושי הזה - להחליט מי נשאר בקרקוב, ומי עוזב.
הקצב האיטי של העזיבה הרגיז את השלטונות הגרמנים, והם הודיעו ליודנראט כי רק 10,000 יהודים יוכלו להישאר בעיר, והמשטרה תגרש בכח את כל מי שלא יעזוב את העיר עד ה־15 באוגוסט 1940 ולא יהיה בידו אישור הולם, והוא יורשה לקחת רק מטען של 50 קילוגרם. כאשר פרסם היודנראט את ההודעה, התעוררה בהלה גדולה בקרב היהודים, גם בשל הפרסום וגם בשל השמועות שכדי להישאר בעיר יש צורך באישור מיוחד. ביולי 1940 הקים היודנראט את המשטרה היהודית בפקודת השלטון הנאצי, כדי להחיש את קצב העזיבה של היהודים אל מחוץ לתחומי העיר. בעקבות העזיבה, בביסקופיצה העיירה הסמוכה מספר היהודים הוכפל.
היודנראט הקים "ועדה מיוחדת" לטיפול באלפי הפניות לבקשת האישור המיוחד להישארות בעיר. הוועדה הייתה מורכבת מנציגי השלטון וממנהיגי היודנראט כאחד. היהודים הראשונים שנתבקשו לעזוב את העיר היו הפליטים שהגיעו אל קרקוב מכפרי הסביבה ומשטחים שסופחו לרייך. עם צאתם הם קיבלו מענק כספי קטן כדי לסייע להם בדרך. בין היהודים שגרו בקרקוב עוד לפני המלחמה היו הדעות חלוקות בנוגע לעזיבה: היו שהאמינו שיהיה קל יותר לשרוד בסביבה מוכרת לה הם רגילים, ולכן בחרו להישאר בעיר. לעומת זאת, אחרים העדיפו לעזוב כי הבינו שאם לא ילכו מרצון יגרשו אותם בכוח ולא יתאפשר להם לקחת עמם דבר, אך אם הם ילכו מרצון יוכלו לקחת עמם את רכושם.
בספטמבר 1940 הופסקו פעילויות ה"ועדה המיוחדת", כאשר כל חבריה נאסרו בחשד לקבלת שוחד, ונגזרו עליהם חודשי מאסר רבים. בין העצורים היה גם מרק ביברשטיין, יושב ראש היודנראט, אשר לא יכול היה להמשיך לכהן בתפקידו מתוך הכלא. בשל כך, ערב הקמת הגטו, מונה ד"ר ארתור רוזנצוויג, עורך דין ידוע בקרב הציבור היהודי של קרקוב, ליושב ראש היודנראט.
חיי הגטו.
הגטו בהנהגת ארתור רוזנצוויג.
עם הכניסה לגטו עברו כל מוסדות היודנראט לתוך הגטו, כולל המחלקות השונות, מוסדות הסעד השונים, ומוסד העזרה העצמית היהודית. בדקה ה-90 הצליחו להחביא מספר תשמישי קדושה וחפצים אחרים יקרי ערך של הקהילה היהודית של קרקוב, ביניהם מספר ספרי תורה רבי ערך, מנורות, כלי כסף, מפות, ופרוכת. בתוך הגטו הייתה הדילמה של היודנראט קשה הרבה יותר: מצד אחד, הוא היה צריך לדאוג לכל הצרכים הבסיסיים של הקהילה, ומנגד היה צריך למלא את פקודותיהם האכזריות של השלטונות הנאצים.
מצב היהודים בקרקוב הורע באופן ניכר עם היכנסם לגטו, והיודנראט, בראש ובראשונה, היה צריך לדאוג לצרכים הבסיסיים של כל הקהילה. לשם כך, הוועדה לענייני בריאות של היודנראט פעלה בתחום הסניטריה והבריאות בתחומים שונים: הוקמו בית מרחץ גדול וארבע מרפאות, ביניהם בית חולים גדול אחד. בנוסף, הקימה הוועדה מספר "תחנות חיטוי" באזורים שונים בגטו, ואף עסקה בביקורת סניטרית בבתים שהיו בתוך תחומי הגטו.
על "גירוש יוני" היו אחראים ארתור רוזנצוויג ונציגיו, והם היו אמורים לחלק את אישורי הקנקרטה ליהודים שהוגדרו כעובדים חיוניים, או שהיו בעלי תפקידים ציבוריים. חלוקת תעודות הקנקרטה החלה ב-30 במאי 1942 ליד הבניין של מוסד העזרה העצמית היהודית, שם ישבו נציגי היודנראט, ובפועל קבעו איזה יהודי יחיה ואיזה ימות. במקביל החלו גם הגירושים המאורגנים אל מחנות העבודה ואל מחנות ההשמדה. על היהודים שלא קיבלו את הקנקרטה והיו מיועדים לגירוש, הוטל להכין מטען בן עשרים וחמישה קילוגרם ועשרים וחמש זלוטי לדרך.
הגירוש היה אמור לצמצם את אוכלוסיית הגטו בכשליש, אך בפועל רשם רוזנצוויג הרבה מדי יהודים כעובדים חיוניים, ופחות משליש מן היהודים יועדו לגירוש. כשגילה זאת מפקד המשטרה וילהלם קונדה זימן את רוזנצוויג ומשפחתו לכיכר ז'גודה, שם הכה אותו והשפיל אותו מול כל היהודים המיועדים לגירוש, והודיע לו כי הוא מפוטר לאלתר מתפקיד יושב ראש היודנראט וכי הוא ומשפחתו מיועדים לגירוש יחד עם כל שאר היהודים בכיכר. רוזנצוויג לא הרכין ראשו ולא התחנן על חייו בפני קונדה, אלא הלך אל מותו, יחד עם משפחתו, בראש מורם. עם גירושו חוסל היודנראט בקרקוב ובמקומו הוקם קומיסאריאט שבראשו עמד דוד גוטר, אשר זכה לכינוי נוסף והוא קומיסר.
הנהגת דוד גוטר וחיסול הגטו.
בקרב כל שורדי הגטו, ידועה תקופת ההנהגה של הקומיסר דוד גוטר (יחד עם שמחה שפירא, ראש המשטרה היהודית), כתקופה הגרועה והקשה ביותר בתולדותיו. גוטר האמין כי גרמניה הנאצית עתידה לנצח במלחמה, ולכן בחר לסייע לנאצים לבצע את מעשי הטבח שלהם. במיוחד לאחר הגירושים הייתה זקוקה הקהילה לתמיכה מצד היודנראט, שיהווה גורם מתווך בינה לבין השלטון הנאצי, ולא קיבלה את הגורם הזה מגוטר וממועצתו שמנתה שישה חברים.
למחרת גירושו של רוזנצוויג ב-3 ביוני 1942 נמשכו הגירושים, וגוטר ושמחה שפירא שיתפו פעולה מלאה עם הנאצים. אנשי המשטרה היהודית לקחו חלק בגירוש ואף בזזו חלק מן היהודים. באמצע יוני 1942, לאחר שבוע קשה של גירושים, התעורר הגטו לעידן חדש בו כמעט ולא הייתה ליודנראט השפעה על חיי היהודים, אלא הם היו כפופים ישירות לאנשי האס אס. לאחר הגירוש, בשל צמצום שטח הגטו, עבר בניין היודנראט לשטח קטן יותר.
מתחילת מרץ 1943 הודיעו הנאצים לגוטר על רצונם לחסל את הגטו. אף על פי שניסה לבטל את הגזירה או לפחות לדחותה לא עלה בידו, והתאריך לחיסול נקבע ליום שבת, ה-13 במרץ 1943. במסגרת החיסול, נשלחו 8,000 היהודים האחרונים שנמצאו כשירים לעבודה אל מחנה פלאשוב ששכן כמה קילומטרים דרומית לקרקוב, 2,000 יהודים שנמצאו בלתי כשירים לעבודה נרצחו ברחובות הגטו ו-1000 הנותרים נשלחו אל מותם במחנה ההשמדה אושוויץ.
לאחר חיסול הגטו נותרו בחיים רק אנשי היודנראט והמשטרה היהודית ומשפחותיהם. הנאצים הרסו את חומת הגטו, פרט לחלק קטן, ונתנו לשורדים הללו בניין קטן בו התגוררו מספר חודשים. בקיץ 1943 תפס אמון גת את גוטר ואחד מעוזריו והוציאם להורג, ובכך חוסל סופית היודנראט של גטו קרקוב. ב-14 בדצמבר 1943 נלקחו כל אנשי המשטרה היהודית ומשפחותיהם לגבעת הקטל בפלאשוב, שם נרצחו.
המחתרת בגטו קרקוב.