בחלק מקהילות האשכנזיות, נוהגים לקרוא מתוך מגילה כשרה הכתובה על גבי קלף, ויש נוהגים לברך "על מקרא מגילה", ויש שמברכים גם "שהחיינו".
אכילת מאכלי חלב ודבש.
מנהג נוסף האופייני לחג השבועות הוא אכילת מאכלי חלב ודבש. מקור המנהג ככל הנראה ביהדות צרפת ואשכנז של שלהי ימי הביניים. המקור הידוע הראשון שמזכירו הוא רבינו אביגדור צרפתי, מבעלי התוספות אשר חי בצרפת במאה ה-13. כמו כן, מוזכר המנהג בחיבור אנונימי, ככל הנראה מהמאה ה-14, על מנהגי המהר"ם מרוטנבורג: "נהגו לאכול בו כל מיני מאכלים מתוקים כגון דבש וחלב משום , ונדרש על מתן תורה". המהרי"ל, המכונה "אבי מנהג אשכנז", מביא את המנהג לאכול מאכלי חלב בלבד, מבלי להזכיר מאכלי דבש.
יתרה מזו, יש הבדל בין המנהג כפי שהתקיים בפרובנס לבין המנהג באשכנז. בפרובנס לא מדובר על אכילת חלב בלבד, אלא מאכלים שונים.
במקורות ספרדיים קדומים אין זכר לאכילת מאכלי חלב. על אף שהמקורות היהודים הספרדים הקדומים אינם מאזכרים את המנהג, הוא נפוץ כיום גם בקרב יהדות ספרד. אצל יהדות תימן חדר המנהג חלקית רק במאה ה-20.
בישראל מועצת החלב וחברות המוכרות מוצרי חלב יצאו במסעות פרסום כדי לקשר את חג השבועות למאכלי החלב. רשתות שיווק המזון הקימו אגפים מיוחדים למוצרי חלב יוקרתיים, וחנויות הספרים מוכרים ספרי מתכונים למאכלי חלב.
למנהג אכילת החלב בשבועות ניתנו הסברים רבים:
בספרות ההלכה נשאל כיצד ניתן לקיים מנהג זה לצד מנהג אכילת בשר ביום טוב, באמצעותו מקיימים את מצוות שמחת החג. כדי לקיים את שני המנהגים, נהגו רבים לאכול מאכלי חלב בקידוש שלאחר תפילת היום (לעיתים כסעודת ארעי, ללא לחם וברכת המזון) ולאחר זמן מה לאכול גם סעודה בשרית. אחרים נהגו לאכול סעודה חלבית בליל החג וסעודה בשרית ביום החג. שיטה נוספת היא אכילת סעודה שחציה הראשון כולל מאכלי חלב, ולאחר הפרדה משמעותית הכוללת ניקוי יסודי של הפה, החלפת המפה ועריכת השולחן מחדש, אכילת בשר.
טקסי ביכורים מודרניים.
מראשית ימיה בקשה התנועה הציונית לחבר מחדש בין היהודים לאדמתם, חיבור שנותק עם היציאה לגלות. ארתור רופין כותב: "עוד בתחלת התנועה היהודית־הלאומית נצבת ההכרה, כי החקלאות צריכה לשמש יסוד כלכלי ליהודים ההולכים להתיישב בארץ־ישראל...שיבת היהודים לארץ אבותם צריכה להיות בעת ובעונה אחת גם שיבה לעבודת האדמה".ואכן, בתולדות המפעל הציוני היה לחקלאות מעמד ייחודי, והיא זכתה להערכה ויוקרה, ונתפסה כמבטאת יעדים וערכים בעלי חשיבות לאומית עליונה. בהתאם לכך, הוגי הדעות של המפעל הציוני ראו בחג השבועות חג המבטא את הקשר הקדום בין עם ישראל לארצו, על שום ההיבטים החקלאיים שלו. טקסי ביכורים היו נפוצים בכל ישובי ההתיישבות העובדת, בקיבוצים, במושבים, במושבות ובכפרים. בטקסים האלה לקחה חלק כל קהילת היישוב, והועלה בהם מופע חגיגי עם שירים וריקודים ותהלוכה של כלים חקלאיים מקושטים, וכן הוצגו התינוקות שנולדו במהלך השנה החולפת. טקסי ביכורים נוהגים לערוך גם במרבית הגנים ובבתי הספר היסודיים בכל רחבי הארץ. הילדים לובשים חולצות לבנות ונושאים טנא ובו פירות העונה, ומתקיימים אירועים שונים לכבוד החג.
חג המים.
מנהג קדום בקרב יהודי צפון אפריקה לשפוך מים זה על זה ביום שבועות. המנהג מוזכר על ידי רבי משה בן מימון אלבאז, מקובל בן המאה השש עשרה, בספרו היכל הקודש, וכך הוא כותב: "נהגו כל ישראל לזרוק מים זה על זה ביום שבועות, וגם כן טובלין בטבילה, או בטהרת תשעה קבין קודם שחרית, לזיכרון טל התחיה שהיה יורד עליהם בהר סיני יום מתן תורה; כמו שאמרו רבותינו, בשעה ששמעו ישראל הדיבור מפי הגבורה פרחה נשמתן...".
במרוצת הדורות התפתחו צורות שונות וטעמים שונים למנהג. היו אף שהאמינו כי מי שהותז עליו מים לא יאונה לו רע לאורך השנה. יש המשערים כי המנהג הושפע מחגיגת מלחמות מים דומה בשם "אנסארה", שהייתה נפוצה בסביבה הנוכרית באזור צפון אפריקה. רבנים שונים, בהם הרב יוסף משאש והרב יעקב אריאל, ייחסו את המנהג ל"אנשים ריקים" וקראו לבטל את המנהג בשל האיסורים ההלכתיים הכרוכים בו.
כיום, המנהג פשט בשבועות לכלל ישראל והוא כולל משחקים וקרבות מים בעיקר בין ילדים.
מנהגי התפילה והפיוטים.
בקהילות האשכנזים, נוהגים לקרוא את מגילת רות לפני קריאת התורה. קריאת התורה היא בפרשת יתרו, שבה מתואר מעמד הר סיני. המפטיר הוא בפרשת פינחס, והוא עוסק בחג הביכורים ובקורבנותיו. ההפטרה היא בתחילת ספר יחזקאל (מעשה מרכבה). ביום טוב שני של גלויות קוראים "כל הבכור" ( - ) (אם חל בשבת מתחילים "עשר תעשר" כדי שיהיו מספיק פסוקים, והאיטלקים מתחילים "כי ימכר לך אחיך העברי"), ומפטירים בחבקוק ( - , ויש מתחילים פסוק אחד קודם ב).
פיוטים.
בערבית.
מערבית: כמו בכל יום טוב, אומרים באשכנז פיוטים בברכות קריאת שמע של ערבית. בשני מנהגי אשכנז, בלילה הראשון אומרים "וירד אביר יעקב" לר' יוסף טוב עלם. ביום טוב שני, במנהג המערבי אומרים "א-ל א-להים ה' דבר ויקרא ארץ" לראב"ן, הכולל ביכור "אשריך ישראל" על הבאת ביכורים, ובמנהג המזרחי אומרים "וירד א-להים על הר סיני" מאת יצחק בן משה.
בשחרית.
יוצרות (פיוטים הנאמרים בתוך ברכות קריאת שמע של שחרית): כמו בכל ימים טובים, נוהגים באשכנז ובאיטליה לומר פיוטי יוצרות בברכות קריאת שמע של שחרית. בשני מנהגי אשכנז אומרים ביום טוב ראשון יוצר "אדון אמנני", אופן "ועתה בנים שירו למלך", וזולת "אנכי שמעת ונתאימו", כולם לר' שמעון בן יצחק. בקצת קהילות המנהג המזרחי, אומרים גם מאורה "אמרות האל טהורות" לר' יהודה הלוי, שנוהגים לאומרו בכל יום שקוראים את עשרת הדיברות. ביום טוב שני, אומרים יוצר "אילת אהבים" החתום שמעון, לאופן ברוב הקהילות חוזרים על "ועתה בנים" כאתמול ובקצת קהילות אומרים "ארחות אראלים יקדישו" האנונימי, וזולת במנהג אשכנז המערבי אומרים "אנכי גדול בנועדים" האנונימי, ובמנהג המזרחי חוזרים על "אנכי שמעת ונתאימו" כאתמול. במנהג איטליה, אומרים ביום הראשון "אור ישראל קדושי", וביום שני אומרים "אלהים בהנחילך דת מורשה", ובארץ ישראל נוהגים לומר ביום טוב היחיד "אלהים בהנחילך דת מורשה".
קרובות (חזרת הש"ץ של שחרית): לפי מנהג אשכנז, כמו ברוב ימים טובים, אומרים פיוטים בחזרת הש"ץ של שחרית. הקרובות של שבועות ארוכות ביותר, וכוללות פיוט הנקרא סדר עולם, המתאר כמפי התורה עצמה, את סירובה של התורה להינתן לאבות העולם, ונתינתה בסופו של דבר למשה רבינו, ופיוט "סדר דברין" המייחד קטע ארוך ('רהיט') לכל אחת מן הדברות. שתי הקרובות יותר ארוכות מבשאר ימים טובים, וייתכן שהאריכו בפיוטים דווקא בשבועות משום שיש בו פחות מאפיינים לעומת שאר החגים. באשכנז, אומרים בשני ימי שבועות את הקרובות "ארץ מטה" לר' אלעזר הקליר ו"אורח חיים" לר' שמעון בן יצחק, ויש חילוקי מנהגים לגבי איזו קרובה לומר באיזה יום.
בקריאת התורה.
'הכתובה' - חלק מהספרדים נוהגים לומר לפני קריאת התורה את הפיוט המכונה "הכתובה" שחובר על ידי רבי ישראל נג'ארה. פיוט זה מתאר את ה"כתובה" כביכול, בין הקב"ה (החתן) לבין עם ישראל (הכלה).
אקדמות - מנהג האשכנזים לומר בתפילת שחרית את הפיוט אקדמות באמצע או לפני קריאת התורה. הפיוט נאמר בארמית, בליווי מנגינה מיוחדת. הוא פותח בבקשת רשות לקרוא בתורה, ועוסק במעלת התורה ובשכר הצפון ללומדיה.
ברוב קהילות אשכנז מחוץ לישראל (היום רק במנהג אשכנז המזרחי), אומרים באמצע הפטרת יום טוב שני את הפיוט "יציב פתגם" לרבנו תם.
מוציאים שני ספרי תורה, בראשון קוראים ביום הראשון לחמישה קרואים (כמו בכול יום טוב) במעמד הר סיני שאירע ביום שבועות, ב עד . בספר תורה השני עולה המפטיר ב, קוראים את הפטרת מעשה מרכבה האשכנזים והספרדים נוהגים לקרוא ב והתימנים מוסיפים עד , נהגו בכול קהילות ישראל להוסיף את . ביום טוב שני של גלויות, קוראים בספר הראשון ב עד , כשחל בשבת מתחילים לקרוא כבר מ, כדי להשלים לשבעה קרואים הנקראים בשבת. בספר התורה השני קוראים כמו ביום הראשון ומפטירים ב.
יזכור - בבתי הכנסת מנהג אשכנז המזרחי נוהגים לומר יזכור בשבועות (מחוץ לישראל ביום טוב שני), לפני שמכניסים את ספר התורה לארון הקודש. במנהג אשכנז המערבי, לא נוהגים לומר יזכור ברגלים כלל, אך הוא הונהג בכמה קהילות מנהג זה בתקופה מאוחרת. בקהילות אשכנז המערבי אומרים סדר "מתנת יד" שמברכים את הקהל ואת חשובי הקהל "בעבור שיתנו מתנת ידם", הקשור לקריאת התורה של יום טוב שני ("איש כמתנת ידו").
מוסף ומנחה.
אזהרות - לפי מנהג אשכנז, אומרים אזהרות באמצע חזרת הש"ץ של תפילת מוסף. פיוטי האזהרות של קהילות אשכנז ("אתה הנחלת" ליום א' ו"אזהרת ראשית" יום ב') הם קדומים וממחבר לא ידוע; בסוף האזהרות, נוהגים בשני הימים לומר פיוט אז שש מאות.
במנהג הקדום, גם הספרדים אמרו את האזהרות באמצע חזרת הש"ץ של מוסף, אך היום נוהגים לאומרם לפני תפילת מנחה. התימנים אומרים את האזהרות לאחר ההפטרה. ברוב קהילות הספרדים והתימנים אומרים את פיוט האזהרות שחיבר רבי שלמה אבן גבירול, ובחלק מקהילות צפון אפריקה אומרים פיוט אזהרות של רבי יצחק בן ראובן אלברגלוני, ובקהילות מרוקו נוהגים לקרוא את שני פיוטי האזהרות.
כד יתבין ישראל - קצת בני עדות אשכנז נוהגים לזמר את הפזמון (שמקורו אינו ידוע) 'כד יתבין ישראל', משום שהוא עוסק בעניין שמחת התורה.
היום שלאחר החג.
יום טְבוֹחַ (או "ימי טבוח"), הוא הזמן להקרבת קורבנות שהיה אסור או שלא הספיקו להקריב בחג השבועות ושאותם הביאו מיד לאחר שבועות. בשל הקורבנות הרבים שהיו מובאים באותו זמן, התקבל הכינוי - "יום טבוח".