מנהג הנמל הנשגב היה לשנות את מושל מצרים בפרקי זמן קצרים מאוד, לאחר שנה או פחות. המושל הרביעי, האן אחמד פאשה, ששמע כי פקודות להוצאתו להורג הגיעו מקונסטנטינופול, ניסה להפוך את עצמו לשליט עצמאי והטביע מטבעות על שמו. תוכניותיו סוכלו על ידי שניים מהאמירים אותם כלא ושנמלטו מהכליאה, תקפו אותו באמבטיה שלו וניסו להרוג אותו; למרות שאחמד פאשה נמלט מהם, הוא נלכד במהרה והוצא להורג על ידי כוחות הסולטן העות'מאני.
1527–1610.
בשנת 1527 נערך הסקר הראשון של מצרים תחת העות'מאנים, לאחר שהעותק הרשמי של הרישומים לשעבר נספה באש; סקר חדש זה לא נכנס לשימוש עד 1605. אדמות מצרים חולקו לארבע מעמדות: תחום הסולטאן, פייפים, אדמות לתחזוקת הצבא ואדמות שיושבו על ידי יסודות דתיים.
נראה כי השינויים המתמידים בממשלה גרמו לצבא לצאת משליטה בתקופה מוקדמת של הכיבוש העות'מאני, ובתחילת המאה ה-17 הפכו מרידות לנפוצים; ב-1604, המושל מקטול האג'י איברהים פאשה (שנקרא אז בדיוק כמו איברהים פאשה) נרצח על ידי חיילים, וראשו הונח על מגש בבאב זואלייה, מה שזיכה אותו בכינוי "Maktul", "ההרוג". הסיבה למרידות אלו היה הניסיון שעשו פאשות להפסיק את הסחיטה שנקראה "טולבה", תשלום כפוי שגבו הכוחות מתושבי המדינה על ידי בדיה של חובות, מה שהוביל לנוהג לקוי.
בשנת 1609 פרץ עימות בין הצבא לפאשה, שהיו לו גדודים נאמנים לצידו והבדואים. החיילים הרחיקו לכת עד שבחרו בסולטאן, וחילקו ביניהם את אזורי קהיר. הם הובסו על ידי המושל קארה מחמד פאשה, שב-5 בפברואר 1610 נכנס לקהיר בניצחון, הוציא להורג את מנהיגי המרד וגירש אחרים לתימן, מה שזיכה אותו בכינוי "קול" קיראן ("שובר עבדים"). היסטוריונים מדברים על אירוע זה ככיבוש שני של מצרים עבור העות'מאנים. לאחר מכן בוצעה רפורמה כלכלית גדולה על ידי קארה מחמד פאשה, ששינתה מחדש את הנטל שהוטל על קהילות מצרים השונות בהתאם לאמצעים שלהן.
1623–1656.
עם הצרות שפקדו את המטרופולין של האימפריה העות'מאנית, המושלים שמונו משם התייחסו למצרים בכבוד הולך ופוחת. ביולי 1623 הגיע צו מהשער הנשגב לפיטוריו של קארה מוסטפא פאשה, ומינוי במקומו של המושל צ'צ'טי עלי פאשה. הקצינים פגשו את סגנו של המושל החדש שמונה ודרשו ממנו את התשלום הנהוג; כשהסגן סירב, הם שלחו מכתבים לשער הנשגב והצהירו כי ברצונם לקבל את קארה מוסטפא פאשה, ולא את צ'סטצ'י עלי פאשה, כמושל. בינתיים, צ'שטצ'י עלי פאשה הגיע לאלכסנדריה ונפגשה עם משלחת מקהיר שאמרה לו שאינו רצוי. הוא השיב תשובה קלה; כאשר הגיעה הודעה נוספת באותו סגנון כמו ההודעה הראשונה, הוא עצר את מנהיג המשלחת וכלא אותו. חיל המצב של אלכסנדריה תקף לאחר מכן את הטירה וחילץ את האסיר, ולאחר מכן נאלץ צ'שטקי עלי פאשה לעלות מחדש על ספינתו ולברוח. זמן קצר לאחר מכן הגיעה אגרת מקונסטנטינופול המאשרת את קארה מוסטפא פאשה בתפקיד המושל. את מוסטפא ירש באיירם פאשה בשנת 1626.
קצינים בצבא המצרי העות'מאני מונו באופן מקומי מהמיליציות השונות, והיו להם קשרים חזקים עם האצולה המצרית. כך הצליח רידוואן ביי, אמיר ממלוכי לשלוט בפועל על מצרים בשנים 1631–1656. בשנת 1630, קוקה מוסא פאשה מונה למושל החדש, כאשר הצבא לקח על עצמו להדיחו, בזעם על הוצאתו להורג של קיטס ביי, קצין שהיה אמור לפקד על כוח מצרי הנדרש לשירות בפרס. לקוקה מוסא פאשה ניתנה האפשרות למסור את התליינים לנקמה, או להתפטר ממקומו; מכיוון שהוא סירב לעשות את האופציה הראשונה, הוא נאלץ להתפטר מתפקידו. בשנת 1631 הגיעה אגרת מקונסטנטינופול, שאישרה את התנהלות הצבא ומינתה את חליל פאשה ליורשו של קוקה מוסא פאשה. לא רק שהמושל לא נתמך על ידי הסולטאן נגד החיילים, אלא כל מושל חדש הטיל קנס על קודמו היוצא, בשם כסף המגיע לאוצר; המושל היוצא לא הורשה לעזוב את מצרים עד ששילם זאת. מלבד הסחיטות כתוצאה ממנהג זה, המדינה סבלה מאוד במאות השנים הללו מרעב ומדבר. באביב 1619 נטען כי מגפה הרגה 635,000 בני אדם, ובשנת 1643 שוממה כליל 230 כפרים.
התקופה העות'מאנית המאוחרת.
1707–1755.
עד המאה ה-18, חשיבותה של הפאשה הוחלפה על ידי חשיבותן של הביים הממלוכים; שני תפקידים, שייח' אל-בלד ואמיר אל-חג'ג' -שהוחזקו בידי הממלוכים ייצגו את ראשות הקהילה האמיתית. התהליך שבאמצעותו הדבר התעורר הוא מעורפל, בשל היעדר כרוניקות טובות לתקופה הטורקית של ההיסטוריה המצרית. בשנת 1707, השייח' אל-בלאד, קאסים אייוואז, היה ראש אחת משתי סיעות הממלוכים, הכסאמים והפקאריטים, שביניהם נזרעו זרעי האיבה על ידי הפאשה של אותה תקופה, וכתוצאה מכך פרצו קרבות בין הסיעות מחוץ לקהיר, שנמשך שמונים ימים. בסוף אותה תקופה נהרג קאסים איוואז והתפקיד בו החזיק ניתן לבנו אסמאעיל. אסמאעיל כיהן במשרד זה במשך 16 שנים, בעוד שהפאשות השתנו ללא הרף, והצליח ליישב בין שני פלגי הממלוכים. בשנת 1711 מטיף קנאי דתי החל לגנות בפומבי את הנוהג להתפלל על קברי קדושים סופיים, וגרם לתנועה דתית שלא מוגרה במשך שלוש שנים עד 1714. בשנת 1724 נרצח אסמאעיל בפקודת הפאשה ושירקאס ביי מהפלג היריב קיבל את תפקיד השייח' אל-בלד במקומו. עד מהרה גורש מתפקידו על ידי אחד מסיעתו שלו בשם ד'ו אלפקאר, ונמלט למצרים העליונה. לאחר זמן קצר, הוא חזר בראש צבא, ובקרבות האחרונים שירקאס ביי פגש את סופו בטביעה. דו-אל-פיקר נרצח בעצמו בשנת 1730. את מקומו מילא עותמאן ביי, ששימש כגנרל שלו במלחמה זו.
בשנת 1743 נאלץ עותמאן ביי לברוח ממצרים בשל תככיהם של שני הרפתקנים, אבראהים ורידוואן ביי, שכאשר תוכניתם הצליחה - החלו בטבח של אצילים ואחרים שהתנגדו להם. הם המשיכו לשלוט במצרים במשותף, כשהם מחזיקים בתקידי השייח' אל-בלד ואמיר אל-חאג' בשנים חלופיות. ניסיון של אחד הפאשות להדיח את השניים הללו על ידי "הפיכה," נכשל, בשל נאמנותם של תומכיהם החמושים של השניים, ששחררו אותם מהכלא ואילצו את הפאשה לברוח לקונסטנטינופול. ניסיון של פאשה לאחר מכן, בהתאם לפקודות סודיות מקונסטנטינופול, היה כה מוצלח עד שחלק מהביים נהרגו. אבראהים ורילאוואן נמלטו ואילצו את הפאשה להתפטר מהמושלות שלו ולשוב לקונסטנטינופול. אבראהים נרצח זמן קצר לאחר מכן, ובמקומו מונה עלי ביי אל-כביר, אשר מילא תפקיד חשוב בהיסטוריה של מצרים. רצח אבראהים ביי התרחש בשנת 1755, ועמיתו רידוואן נספה במחלוקות הבאות.
עלי ביי, שהתגלה לראשונה בהגנה על קרון בחצי האי ערב נגד שודדים, שם לעצמו את המשימה לנקום את מותו של אדונו לשעבר אבראהים. הוא בילה שמונה שנים בהשגת תמיכה מהממלוכים ומתומכים אחרים, והגביר את חשדותיו של השייח' אל-בלד ח'ליל ביי, שארגן התקפה עליו ברחובות קהיר-וכתוצאה מכך נמלט למצרים העליונה. כאן הוא פגש את סאליב ביי, שהחליט לנקום בחליל ביי, והשניים ארגנו כוח שבעזרתו חזרו לקהיר והביסו את חליל. חליל נאלץ לברוח לאיאיפלה, שם הסתתר לזמן מה; בסופו של דבר הוא התגלה, נשלח לאלכסנדריה, ולבסוף נחנק. לאחר ניצחונו של עלי ביי בשנת 1760, הוא התמנה לשייח אל-בלד. הוא הוציא להורג את רוצחו של אדוניו לשעבר אבראהים; אך הטינה שמעשה זה עורר בקרב הביים גרמה לו לעזוב את תפקידו ולברוח לסוריה, שם זכה בידידותו של מושל עכו, דאהר אל-עומר, שהשיג עבורו את תמיכת השער הנשגב וההחזרה לתפקידו, לתפקיד שייח' אל-בלד.
1766–1798.
בשנת 1766, לאחר מותו של תומכו, הווזיר הגדול רחיב פאשה, הוא נאלץ שוב לברוח ממצרים לתימן, אך בשנה שלאחר מכן נאמר לו כי מפלגתו בקהיר הייתה חזקה מספיק כדי לאפשר את חזרתו. כשחזר לתפקידו, העלה 18 מחבריו לדרגת ביי, ביניהם אבראהים ומוראד, שעמדו לאחר מכן בשלטון, וכן את מוחמד אבו אל-דהב, שהיה בקשר הדוק עם שאר הקריירה של עלי ביי. עלי ביי נקט באמצעים חמורים ביותר כדי לדכא את הבריג'נדה של הבדואים ממצרים התחתונה. הוא השתדל לפרק את כל הכוחות למעט אלו שהיו אך ורק בשליטתו.
בשנת 1769 הגיעה דרישה לעלי ביי לספק כוח של 12,000 איש עבור הסולטן לשרת ברוסיה-טורקיה בשנים 1768–1774. עלי ציית לפקודה, אך משנאסף החיל, החליט הסולטאן כי חיל כה רב יכול לשמש את עלי למטרות זרות ואף למרידות כנגד שליטיו – השער העליון. הסולטאן שלח שליחים למצרים עם פקודה סודית לרצוח את עלי, ומשנתגלו הכריז עלי על עצמאות מצרים. ידידו של עלי, דאהר אל עומר, סייע לו בבלימת הכוחות שנשלחו מדמשק לדכא המרד. עלי הפסיק את תשלום המס השנתי לאיסטנבול והנפיק מטבעות כסף מקומיים הנושאים את דיוקנו – מעשים שהיו בגדר מרידה בסולטאן.
בשנת 1770 כבש את חבל חג'אז על הערים מכה ואל-מדינה. בשנת 1771 שלח עלי כוח של 30,000 חייל לכבוש את דמשק. בסיועו של דאהר עבר המפקד המצרי עבדול דאהב דרך ארץ ישראל אל דמשק וכבש אותה. בסוריה שינה דאהב את טעמו והחליט לכרות ברית עם "השער". דאהב חזר עם חייליו למצרים, ועלי נאלץ להימלט לעכו, שם קיבל אותו דאהר.
בעכו פעלה הברית בין דאהר, עלי והאימפריה הרוסית. ספינה רוסית שעגנה בעכו סיפקה לדאהר ולעלי אספקה, וכן תגבורת של 3,000 שכירי חרב אלבנים. הכוח המשולב כבש עתה את חלקה הגדול של ארץ ישראל, כולל יפו ועזה, וב-11 ביוני 1772 הביס כוח ימי טורקי בקרב ליד צידון שבו נעזרו בספינות רוסיות.
בפברואר 1773 חזר עלי למצרים, אך הובס על ידי כוחותיו של דאהב ומת שם.