עם חזרתו הביתה, חזר מקגוורן לאוניברסיטה, זאת בזכות חוק שאפשר לחיילים ללמוד לימודים גבוהים. ביוני 1946 סיים עם תואר ראשון בכבוד רב. במשך זמן קצר סבל מסיוטים לאחר המלחמה. הוא המשיך בדיבייט, ושוב זכה בתחרות נאומים, הפעם עם נאום שהושפע מוודרו וילסון וממדיניות החוץ שלו. בתו השנייה, סוזן, נולדה במרץ 1946.
מקגוורן שינה את דתו למתודיזם מתון יותר. הוא הושפע מתנועות חברתיות, והחל בלימודי תאולוגיה בשיקגו. הוא החל לעבוד כמטיף מתודיסטי בין 1946 ל-1947, אולם רצה לעסוק בנושאים חשובים יותר. בסוף 1947 עזב את לימודי הדת והחל ללמוד באוניברסיטת נורת'ווסטרן, בה גם עבד כעוזר הוראה. כיתת ההיסטוריה שם הייתה מהטובות במדינה והוא למד אצל מורים נחשבים. את התואר השני בהיסטוריה קיבל ב-1949.
מקגוורן חזר לאוניברסיטה בדקוטה ולימד בה היסטוריה ומדעי המדינה. בין 1949 ו-1950 המשיך ללמוד בקיצים ובזמנו הפנוי. בתו השלישית, תרזה, נולדה ביוני 1949. אלינור מקגוורן החלה לסבול מדיכאון, אולם המשיכה לטפל במשק הבית ובילדים. מקגוורן השיג דוקטורט בהיסטוריה מאוניברסיטת נורת'ווסטרן ב-1953. הוא אחד משני מועמדים נשיאותיים שהשיגו דוקטורט. הראשון היה וודרו וילסון. עבודת הדוקטורט שלו הייתה על שביתת כורי הפחם בקולורדו בין 1913 ו-1914, והוא תמך בכורים במאבקם מול משפחת רוקפלר. המנחה שלו טען שהיה התלמיד הטוב ביותר שלימד. מקגוורן הושפע בידי ההיסטוריונים הפורגרסיביים. רוב ניתוחיו כפוליטיקאי היו קשורים להיסטוריה. הוא היה מורה אהוד במיוחד.
בילדותו היה רפובליקני, אולם במהלך מלחמת העולם השנייה החל להעריץ את פרנקלין דלאנו רוזוולט, אף על פי שתמך בתומאס דיואי בבחירות של 1944. עם מותו של רוזוולט, בזמן שהיה באיטליה, הביע תדהמה. הוא טען שרוזוולט נחשב לנשיא נצחי והיה המנהיג שעורר השראה בלוחמים. הוא למד על התרבות האסייתית וטען שמדיניות ארצות הברית בדרום-מזרח אסיה לא עוזרת למדינה. עם פרוץ המלחמה הקרה, בגלל התנגדותו לנשיא הארי טרומן, החליט לתמוך בבחירות של 1948 במזכיר החקלאות וסגן הנשיא לשעבר, הנרי וולאס. הוא כתב טורים לטובת וולאס ונכח בוועידה הלאומית של המפלגה הפרוגרסיבית כציר. לאחר מכן טען שכמה מהאסטרטגים של המפלגה היו קיצוניים. עם זאת הוא המשיך לתמוך בוולאס, אולם לא יכול היה להצביע עבורו: מקגוורן התגורר באילינוי, ואילו וולאס לא הצליח להירשם להתמודדות שם.
ב-1952, החל להתקרב אל המפלגה הדמוקרטית. מקגוורן נכנס לחיים הפוליטיים בעקבות נאום של המועמד לנשיאות עדלי סטיבנסון בוועידה הדמוקרטית הלאומית ב-1952, והפך לפעיל במסע הבחירות הכושל של סטיבנסון. הוא פרסם שבע כתבות שהיללו את הדמוקרטים. לבנו היחיד, שנולד לאחר הוועידה, קרא סטיבן. במהלך מסע הבחירות, פגש לראשונה את ריצ'רד ניקסון, אויבו לעתיד. הוא טען שתיעב את ניקסון מהשנייה הראשונה בה החל ניקסון לעלוב בגיבורו הפוליטי. סטיבנסון הפסיד, אולם מקגוורן נשאר פעיל בפוליטיקה. In early 1953, מקגוורן עזב את האוניברסיטה והפך למזכיר הכללי של המפלגה הדמוקרטית בדקוטה הדרומית, תפקיד שנמסר לו לאחר שקראו את כתבותיו. הדמוקרטים היו חלשים במדינה, והחזיקו בשני מושבים בלבד במועצה המחוקקת. לקחת את התפקיד היה התאבדות פוליטית, אולם מקגוורן חפץ בהתחלת קריירה פוליטית. מבחינתו, כניסה לפוליטיקה הייתה מסלול טבעי לאחר ההשתתפות במלחמה.
את השנים לאחר מכן השקיע בחיזוק המפלגה במדינתו, ויצר רשת מצביעים גדולה. בבחירות של 1954 השיגו הדמוקרטים עשרים וחמישה מושבים. בין 1954 ל-1956, ייעץ למועצה הדמוקרטית הלאומית. בתו החמישית, מרי, נולדה ב-1955.
בית הנבחרים.
ב-1956 התמודד מקגוורן על מושב בבית הנבחרים מטעם המחוז הראשון של דקוטה הדרומית. הוא התמודד מול הרולד לובר, שכיהן בבית הנבחרים כבר ארבע כהונות. בעזרת רשימת המצביעים שאסף, ניהל מסע בחירות בתקציב נמוך, והשקיע 12,000 דולר כשלווה 5,000 אחרים. אישיותו השקטה משכה את הבוחרים, ואילו לובר סבל מכעס בגלל מדיניות ממשלו של דווייט אייזנהאואר כלפי החקלאות. כשמעמדו של מקגוורן השתפר בסקרים, טען לובר שתמיכתו של מקגוורן בכניסת הרפובליקה העממית של סין לאומות המאוחדות ותמיכתו בהנרי וולאס היו כיוון שהיה קומוניסט. בנאומו מסוף מסע הבחירות, טען מקגוורן שתמיד תיעב את הקומוניזם ואת כל צורות העריצות. הוא זכה לניצחון מפתיע, כשהוא משיג 116,516 קולות לעומת 105,835 ליריבו. הוא היה הדמוקרט הראשון שנבחר לקונגרס מטעם דקוטה הדרומית מזה עשרים ושתיים שנים.
המשפחה הקימה בית במרילנד.
בקונגרס ה-85, הפך מקגוורן לחבר בוועדת החינוך והעבודה של הקונגרס. הוא השקיע מאמץ מיוחד בנוגע לנושאי מחוזו. הוא היה תומך במחירים גבוהים לסחורות, תמיכה במחירי התוצרת החקלאית, תוכניות לאחסון חיטה, ובקרה על ייבוא הבשר, באמונה שהתוכניות יסייעו במקרי חירום ובמקרי רעב. הוא תמך בפיתוח כפרי, בסיוע ממשלתי לעסקים קטנים ולחינוך, ובכיסוי רפואי לקשישים תחת הביטוח הלאומי. ב-1957 נסע למזרח התיכון וחקר אותו מטעם הוועדה הנוצרית-אמריקנית לפלשתינה, שתמכה בחלוקת הארץ ובהקמת מדינה ליהודים. לאחר מכן שיתף פעולה עם משפחת קנדי ותמך בחוק שהסנאטור ג'ון קנדי קידם בנוגע לרפורמה בחוקי העבודה.
ב-1958, התמודד על כהונה נוספת, והפעם מול המושל הרפובליקני ג'ו פוס, מעוטר מדליית הכבוד במלחמת העולם השנייה, שנחשב למועמד המוביל. מקגוורן ניהל מסע בחירות מוצלח ונאם נאומים רבים. הוא נבחר ברוב קטן.
בקונגרס ה-86, התמנה מקגוורן לוועדת בית הנבחרים לנושאי חקלאות. הוא נחשב ללוחם הנחוש ביותר על זכויות החקלאים. הוא העביר חוק תלושי מזון חדש. הוא היה אחד מתשעה חברי קונגרס שנשלחו לוועדה הפרלמנטרית של נאט"ו ב-1958 וב-1959. יחד עם הסנאטור יוברט האמפרי, תמך מקגוורן בשינוי חוקי החקלאות מתקופת אייזנהאואר ומתן דגש לשימוש בעודפי התוצרת לסיוע למדינות העולם השלישי, זאת כדי לקדם את השלום והיציבות העולמיים. במהלך כהונתו, נחשב לליברל, ותמך בהצעות האמריקנים לפעולה דמוקרטית. הוא התמקד בשני תחומים מרכזיים: שיפור רמת החיים לחקלאים ומלחמה ברעב, תחומים להם הקדיש את חייו.
ב-1960, ניסה מקגוורן להתמודד לסנאט מול הסנאטור הרפובליקני קארל מונדט, שהיה דמות פוליטית מוכרת, שמקגוורן התנגד אליו בשל המקארתיזם שלו. המירוץ סבב סביב נושאים כפריים, אולם הקתוליות של ג'ון קנדי, שהתמודד על הנשיאות, פגעה בדמוקרטים במדינה הפרוטסטנטית. מקגוורן פלט כמה פליטות פה במהלך מסע הבחירות והעיתונות תקפה אותו. הוא טען שהיה מדובר במסע הבחירות הגרוע ביותר שלו, ושיצא מאיזון בשל שנאתו למונדט. מקגוורן השיג 145,217 קולות בלבד לעומת 160,579 למונדט, אולם היה זה שליש מההפרש שבו הפסיד קנדי לסגן הנשיא ריצ'רד ניקסון במדינה.
הממונה על תוכנית מזון לשלום.
כיוון שהתפטר מבית הנבחרים במהלך ריצתו לסנאט, יכול היה מקגוורן לקבל תפקיד בממשלו של הנשיא החדש ג'ון פיצג'רלד קנדי. מקגוורן רצה להיות מזכיר החקלאות, ואף זכה לתמיכת החקלאים ורוברט קנדי. הנשיא רצה למנות אותו, אולם אחרים חשו שבגיל שלושים ושמונה, עדיין לא היה מנוסה מספיק. לאחר מכן הבין מקגוורן שתפקיד מזכיר החקלאות בדרך כלל סימן את סוף הקריירה הפוליטית, והסכים להתפשר. הוא נבחר להיות עוזר מיוחד לנשיא, והממונה על התוכנית מזון לשלום, במסגרתה הועברו עודפי מזון מארצות הברית למדינות עולם שלישי, בין היתר כדי למנוע השפעה סובייטית עליהן. התוכנית הגשימה את הנושאים שמקגוורן הטיף לגביהם בבית הנבחרים. הוא נכנס לתפקידו ב-21 בינואר 1961.
כאחראי, דחף מקגוורן לשימוש רב יותר בעודפי מזון, בטענה שעל ארצות הברית לחלוק במזון שלה. הוא היה עצמאי יחסית ולא נתון למרות מחלקות המדינה או החקלאות. הוא עבד עם יועצי קנדי וביקר בדרום אמריקה כדי לדון בנושא העברת עודפי חיטה, ואף נכח בפגישות של ארגון המזון והחקלאות. ביוני 1961, חלה בדלקת כבד בגלל חיסון מזוהם שקיבל לקראת הנסיעה לדרום אמריקה. הוא נעדר מעבודתו במשך חודשיים.
בסוף 1961, פעלה תוכנית מזון לשלום בעשרות מדינות, ועוד עשרה מיליון אנשים זכו לעודפי המזון יחסית לשנה הקודמת. בפברואר 1962, ביקר מקגוורן בהודו ופיקח על הרחבת תוכנית המזון לתלמידים. התוכנית כיסתה חמישית מהתלמידים ההודים, ובאמצע 1962 כ-35 מיליון ילדים ברחבי העולם. בביקור ברומא, שיבח אותו האפיפיור יוחנן העשרים ושלושה על פועלו, וגם חקלאי דקוטה הדרומית תמכו בו על כך שמצא שווקים לעודפי המזון. תוכנית זו שימשה בסיס לתוכנית המזון העולמית של האו"ם, שמקגוורן סייע בהקמתה בדצמבר 1961. היא החלה בחלוקת אוכל לאזורים שונים ברחבי העולם והפכה לסוכנות ההומניטרית הגדולה ביותר שנלחמת ברעב.
מקגוורן לא אהב את העבודה הממסדית ורצה לנסות שוב להיבחר לסנאט. בתמיכת הנשיא קנדי, התפטר מתפקידו ב-18 ביולי 1962. קנדי טען שמקגוורן הפך את התוכנית לכוח משמעותי ברחבי העולם, ושיפר את רמות החיים של בעלות הברית האמריקניות, מה שסייע לחסימת הקומוניזם. היה זה אחד מההישגים הבולטים של ממשל קנדי, והנשק החזק ביותר שלו בעולם השלישי.
סנאטור.
הבחירות ב-1962 ותחילת כהונתו.