קלוזנר מציין שלדעת ההיסטוריונים היהודים "הלאומיים" שקדמו לו - יוסף סלבדור, צבי גרץ וזאב יעבץ - יוסף בן מתתיהו היה אוהב-הרומיים, בוגד פשוט, וכל מה שעשה להגנת הגליל לא היה אלא אחיזת עיניים, אולם לדעתו אין כאן בגידה ממש ובן מתתיהו לא יצא אל הרומאים מתוך אהבת-חיים פשוטה, אלא "מפני שתעודתו בחיים לא נתמלאה עוד". יוסף טוען, שחשב שיבגוד בפקודת אלהים אם ימות קודם "הבשורה". לדעת קלוזנר, הכוונה ב"בשורה" אינה הודעתו לאספסיאנוס שיהיה קיסר, אלא היא עמוקה יותר: ייעודו החשוב הוא "לספר ולבשר, להכריז ולהודיע בעולם את תולדות עמו בימי קדם ובזמנו ואת מהות תורתו הנעלה של ישראל ולהגן על עמו ודתו מכל המשטינים והמקטרגים עליהם". לדעתו של קלוזנר, ייעודו של יוסף בן מתתיהו היה "להישאר ולהתגלות בחיים כאחד מגדולי ההיסטוריונים העבריים שבכל הדורות".
עצם כתיבת הספר "קדמוניות היהודים" מעידה על ייעודו החדש של יוסף ברומא כסניגור על היהודים והיהדות בעולם הלא יהודי.
את תוצאות ההגרלה הנוחות מבחינתו, שבה הוא נותר אחד משני האחרונים לשלוח יד בנפשם במערה, הסביר יוסף: "אולי היה זה מקרה ואולי אצבע אלהים".
קלוזנר מציע אפשרות שבהישארותו של יוסף אחרון בגורל, לא הייתה שום הערמה, מאחר שבתור מצביא היה צריך להשגיח על נטילת הגורלות. קלוזנר סבור שיוסף אינו מסביר זאת בכוונה: כדי שיחשבו שההשגחה העליונה דאגה לו שלא ימות.
עם טיטוס במצור על ירושלים.
יוסף מספר כי לתושבי ירושלים נאמר כי "יוסף נפל חלל בעת מפלת יודפת, ולשמע הדבר הזה היה אבל גדול בירושלים", אולם כאשר נתגלו להם הדברים שקרו ביודפת ושהשמועה על מותו הייתה שמועת שוא, חלקם "חרפו אותו על מֹרך־לבו" וחלקם על בגידתו, "וכל העיר מלאה גדופים וקללות, אשר נשפכו על ראשו".
יוסף התלווה לטיטוס במצור על העיר ונשלח על ידו לדבר אל יוחנן מגוש חלב ואנשיו העומדים על החומה, ולשכנעם להיכנע. בדברו אליהם בעברית, הדגיש: "יהודי אני... לא בחרתי להישאר בחיים בשבי האויב, למען אתנכר לעמי ואשכח את אבותי".
הוא מספר שאמר את דבריו "בדמעות על עיניו, עד אשר שם בכיו מחנק לגרונו ולא הוסיף לדבר". לטענתו, למרות התגובה העוינת שקיבל מאנשי יוחנן, דבריו "עשו רושם על נדיבי ירושלים", ורבים מהם העזו לחמוק ממשמרות המורדים ולברוח אל הרומאים, ובהם גם כוהנים גדולים ובני כוהנים גדולים. מאוחר יותר ציווה טיטוס להעביר אותם יחד עם יוסף מסביב לחומה. הם התחננו אל המורדים לפתוח את שערי העיר, אולם קיבלו תגובה דומה לזו שקיבל יוסף.
יוסף מספר שלא רק היהודים האשימו אותו בבגידה בזמן המצור על ירושלים, אלא גם החיילים הרומאים, שמדי פעם כאשר נחלו מפלה, חשבו כי הדבר קרה בשל בגידה מצדו ודרשו מטיטוס להעניש אותו "כאיש אשר בגד גם בהם". אולם טיטוס בחר שלא להגיב על טענותיהם.
הפולמוס עם יוסטוס מטבריה.
רוב ספרו האוטוביוגרפי של יוסף בן מתתיהו, "חיי יוסף", מוקדש לפולמוס עם יוסטוס איש טבריה ולתיאור מחודש של פעולותיו של יוסף כמפקד הגליל, כאשר ישנן סתירות רבות בין תיאור זה לבין תיאור המאורעות בספרו הראשון, "מלחמת היהודים". כעדותו של יוסף עצמו, ספרו של יוסטוס הוא שאילץ אותו לכתוב את האוטוביוגרפיה שלו: "יוסטוס לקח על עצמו לכתוב בספר את תולדות המלחמה ההיא, וברצותו להיראות כדייקן ושקדן בעבודתו, בדה עלי דברים... בעבור זה הנני נאלץ כעת להגן עלי מפני עדות השקר הזאת".
יוסף מדגיש בספרו את התנגדותו של יוסטוס למינויו כמפקד הגליל. הוא מספר שכאשר הגיע יוחנן מגוש חלב אל טבריה, יוסטוס ואביו היו הראשונים להצטרף אליו כנגד מרותו של יוסף, ושמאוחר יותר שיבח יוסטוס את דבריו של יהושע, ראש העיר, באספה בבית הכנסת בטבריה, על כך שצריך להישמע למשלחת מירושלים ולמרוד במרותו של יוסף. נראה שיוסטוס, כמו מנהיגים אחרים בגליל, לא אהב את העובדה שאיש מחוץ לגליל נכפה על אנשי הגליל כמפקדם, והדבר תרם ליריבות ביניהם עוד בזמן המלחמה.
יוסף בן מתתיהו מייחד בספר פרק נכבד לוויכוח עם יוסטוס ומכנה אותו "נספח". בספר "מלחמת היהודים", לעומת זאת, יוסף כלל אינו מזכיר את יוסטוס. משום כך נראה כי האיבה ביניהם הפכה לקשה רק בשנות ה-90, עם פרסום ספרו של יוסטוס על המלחמה, בו מתח יוסטוס ככל הנראה ביקורת קשה על התנהלותו של יוסף בגליל. על פי הנספח המכוון נגד יוסטוס ב"חיי יוסף", ברור שיוסטוס התקיף את יוסף והאשים אותו באחריות למרד בטבריה. עם הופעת הספר של יוסטוס, יוסף היה חייב להתגונן, משום שגרסתו של יוסטוס האשימה אותו הן במרדנות נגד רומא, מעבר למה שכבר סיפר בעצמו ב"מלחמת היהודים" והן משום שיוסטוס הטיל דופי באמינותו. ההאשמה באחריות למרד בטבריה הייתה מסוכנת עבורו, אפילו זמן רב לאחר המלחמה, ובמיוחד בזמן דומיטיאנוס, אליו היה פחות מקורב מאשר לשני קודמיו. ספרו של יוסטוס כלל כנראה האשמות חריפות נגד יוסף וחלק מדברי יוסף ב"חיי יוסף" מתפרשים כתגובה להאשמותיו, גם אם אינם נאמרים ישירות נגד יוסטוס.
הספר "חיי יוסף" כתוב באופן רשלני ונראה שנכתב מהר. ייתכן שהדבר מעיד על כך שספרו של יוסטוס הכניס את יוסף למצב שחייב אותו להתגונן במהירות.
מאחר שיוסטוס סיגל לעצמו את ההשכלה היוונית וככל הנראה קישט את ספרו בתפארת המליצה הרטורית, נאלץ יוסף להתמודד איתו באותו הכלי: הנספח נגד יוסטוס כתוב בסגנון נמלץ ומלא חיים, ויוסף פונה בו אל יוסטוס "כמדבר לנוכח". הוא מלגלג על כך שיוסטוס הילל את עצמו כ"גדול ההיסטוריונים" ומאשים אותו בכך שכתב שקרים. הוא טוען שנאלץ עתה לגלות דברים שהסתיר עד עכשיו, ומנמק את הסתרתם בכך שהיסטוריון רשאי, לדבריו, "להימנע מהוציא משפט על תועבות אנשי רשע...בגלל מידת המתינות שהיא חובה עליו".
ניתן לשער כי יוסטוס אכן שיבח את ספרו שלו כעולה על ספרי האחרים בנושא וכאמין יותר מהחיבורים שנכתבו לפניו, וכיוון כנראה קודם כל לספר "מלחמת היהודים". יוסטוס היה בן הגליל ומהשכבה המכובדת של החברה והשתתף בחלק מהמאורעות או שהיה קרוב אליהם – עקרון שנתפס חשוב באסכולה ההיסטוריוגרפית שיוסף ויוסטוס נמנו עליה. בדומה לטענת יוסף, ששירת בשני המחנות וראה את המלחמה משני עברי המתרס, גם יוסטוס עבר אל בעל בריתם של הרומאים, אגריפס.
מעבר לכך, ישנו דמיון נוסף בין יוספוס ויוסטוס: לשניהם היו גישות דו משמעיות כלפי השלטון הרומי והסיכויים של מרד נגדו.
יוסף על מעשיו של יוסטוס בגליל.
בתיאורו את המפה הפוליטית בטבריה, מספר יוסף כי היו בה 3 מפלגות: "נשואי הפנים" שהתנגדו למלחמה ברומאים, פשוטי העם שהיו בעד מרד, ומפלגה שלישית שבראשה עמד יוסטוס בן פיסטוס. במפלגת "נשואי הפנים" רק פיסטוס התנגד לשמור אמון לרומאים ולטענת יוסף "נגרר אחר תעלולי בנו יוסטוס", שרק "למראית עין היה כמהסס בדבר המלחמה", בזמן שבעצם שאף למהפכה, בה יוכל "לבצר את עמדתו". יוסף טוען שלאחר שנירון העביר את טבריה לשלטונו של אגריפס השני, הסית יוסטוס את העם למרד באגריפס וקרא לאנשי עירו להתחמש ולהצטרף אל מורדי הגליל. יוסף מתאר את יוסטוס כדמגוג ובעל יכולת שכנוע של יריבים "בדברי תרמית ותעתועים". הוא מציין שהיה בקי בתרבות היוונית וטוען שבספרו התבסס על בקיאות זו כדי לסלף את האמת. הוא טוען שאורח חייו היה "מגונה" וכמעט הביא "כליה על ארץ מולדתו".
שם התואר "מגונה" חוזר אצל יוסף גם ב"נגד אפיון", בפתיחת נספח המתקיף אנשים שמתחו ביקורת על חיבוריו. יש להניח שגם שם התכוון בראש ובראשונה ליוסטוס.
להבדיל מספרו הראשון, "מלחמת היהודים", בו יוסף מספר שנשלח על ידי הממשלה בירושלים לפקד על הגליל, לאחד אותו תחת מרות השלטון המרכזי ולבצר אותו לקראת המלחמה, ב"חיי יוסף" הוא מספר שנשלח על ידי הממשלה כדי להרגיע את הרוחות ולהניע את המורדים להניח את נשקם ולהפקיד אותו בידיו – המפקד מטעם השלטון המרכזי. יוסף מנסה ליצור את הרושם שנטה בלבו אל המתונים ולא ראה סיכוי למרד, אך בשל הנסיבות נאלץ לפעול כפי שפעל. ייתכן שיוסטוס הצליח לפגוע בו בנקודה רגישה זו והעמיד את הדברים באור מזיק ליוסף, כך שזה נאלץ לתאר את שליחותו באור אחר מזה שבספרו הראשון.
יוסטוס האשים בספרו את יוסף באחריות למרידת טבריה. יוסף מקבל את האחריות, אך טוען כי עוד לפני שמונה למפקד הגליל, יוסטוס ואנשי עירו כבר אחזו בנשק, כאשר תקפו את ערי הדקאפוליס ושרפו את כפריהם. יוסף מאשים את יוסטוס שהוא זה שהסית את תושבי טבריה להתחמש, נגד רצונם של רבים מהם, ויצא איתם בעצמו לשרוף את הכפרים מסביב לגדר וסוסיתא, בקרבת תחום טבריה ובית שאן. בתיאור ההתקפה על הערים היווניות ב"מלחמת היהודים", יוסף מסביר שהן היו תגובה על רצח יהודי קיסריה ושבמקביל אליהן היו התקפות רבות של סורים על היהודים היושבים בתוכם. ב"חיי יוסף", לעומת זאת, מאשים יוסף את יוסטוס בהתקפות, תוך שהוא מעלים את ההקשר המצדיק את מעשיו.