ב-Raw שלאחר מכן, התגלה שנשלח לקווין נאש מסרון מסתורי לתקוף את המנצח בקרב אליפות ה-WWE. בהמשך התוכנית, פאנק נקלע לסכסוך עם נאש, כשפאנק האשים את טריפל H בשליחת המסרון. פאנק דרש קרב מול נאש, אך קיבל קרב מול טריפל H. לאחר מכן התברר שנאש שלח את המסרון לעצמו כדי להשיג אליבי. לאחר שנאש פוטר, פאנק דרש שהקרב שלו מול טריפל H יהיה ללא פסילות ואם הוא ינצח, טריפל H יתפטר מתפקידו כקצין תפעולי ראשי. בקרב עצמו, לאחר התערבות מקווין נאש, טריפל H ניצח. וככה נגמר הסכסוך של פאנק וטריפל H. לאחר שלושה שבועות פאנק נלחם נגד אלברטו דל ריו ב-Raw. באמצע הקרב יצא ג'ון לאורנייטיס, המנהל הראשי החדש של Raw, ועצר את הקרב והודיע שהוא הופך את הקרב לקרב זוגות אלברטו דל ריו ופאנק נגד המיז ו-R-טרות'. באמצע הקרב עזב דל ריו את פאנק והשאיר אותו להילחם לבד נגדם עד שהם תקפו אותו ביחד והקרב הסתיים כתוצאה מפסילה. הם המשיכו להכות את פאנק עד שטריפל H בא לעזור לו. בעקבות זה נקבע להם קרב זוגות לאירוע Vengeance, טריפל H ופאנק נגד מיז ו-R-טרות'. ב-23 באוקטובר, באירוע Vengeance הקרב התנהל כמתוכנן עד שקווין נאש חזר. נאש יצא מהקהל וגרם לטריפל H ופאנק להפסיד בקרב. לאחר מכן החל יריבות עם אלברטו דל ריו ונקבע קרב ביניהם ב"סדרת ההישרדות" אשר הסתיים בניצחונו של CM פאנק והפיכתו לאלוף ה-WWE החדש. בטקס פרסי ה"סלאמי" המסורתי של השנה זכה ברוקס בפרס מתאבק השנה.
כהונה שנייה בתור אלוף ה-WWE.
אחרי "סדרת ההישרדות", אלברטו דל ריו קיבל קרב חוזר עבור אליפות ה-WWE אך הוא הפסיד גם אותו. המנהל הראשי של Raw, ג'ון לאורנייטיס, קבע שבאירוע יהיה קרב משולש על אליפות ה-WWE בין פאנק, המיז ואלברטו דל ריו. הקרב יהיה קרב של כיסאות, שולחנות וסולמות. פאנק הביס את דל ריו ומיז ולכן נשאר אלוף. יום לאחר מכן, ב-Raw, פאנק הגן על האליפות נגד דולף זיגלר. הוא הפסיד לזיגלר כתוצאה מפסילה בגלל התערבותו של הסמנכ"ל לקשרי כוכבים, ג'ון לאורנייטיס. באירוע "תא ההדחות" פאנק השתתף בקרב ההדחות המסורתי על האליפות בין כריס ג'ריקו, קופי קינגסטון, דולף זיגלר, המיז ו-R-טרות', בו ניצח ושמר על התואר אצלו.
ברסלמניה 28 פאנק ניצח את כריס ג'ריקו ושמר על אליפות ה-WWE שוב. לאחר מכן, נקבע ביניהם קרב לאירוע "חוקי אקסטרים" בסגנון קרב רחוב בנוסח שיקגו, שבו פאנק גם ניצח. במהלך תקופת היריבות בין השניים, ג'ריקו נהג לגדף ולהשפיל את פאנק ואת כבוד משפחתו כשטען שאביו אלכוהוליסט, אחותו מכורה לסמים, ושאימו הולידה אותו בכלל כממזר. לכן הניצחון הגדול באירוע "חוקי אקסטרים" החזיר לפאנק את כבוד משפחתו.
באירוע Over The Limit נקבע שפאנק יגן על אליפות ה--WWE מול דניאל בריאן, חברו הטוב מארגון היאבקות ROH, מפני שדניאל ניצח בטורניר "הבס את השעון" וזכה להילחם על האליפות. ב-Over The Limit ניצח פאנק את דניאל בריאן לאחר שנכנע בדיוק לאחר צלצול הפעמון והחלטת השופט. בסמקדאון, ה-1 ביוני, נקבע קרב לאירוע No Way Out, ש-CM פאנק ילחם נגד דניאל בריאן ונגד קיין בקרב משולש (Triple Threat) על אליפות ה-WWE. באירוע No Way Out 2012,CM פאנק ניצח את דניאל בריאן וקיין ושמר על אליפות ה-WWE אצלו. באירוע "כסף בבנק" נקבע קרב חוזר בין CM פאנק לבין דניאל בריאן, שבו הדיווה AJ לי תשמש כשופטת אורחת. לאורך כל היריבות בין פאנק לבריאן (וגם קיין) AJ הסיחה את דעתם של השלושה בעיקר לענייני הזוגיות איתה וזאת בגלל "ההפרעות הנפשיות" מהם היא סובלת מאז שדניאל בריאן נפרד ממנה.
יריבות עם ג'ון סינה.
בתוכנית 1000 של Raw, נלחם פאנק מול ג'ון סינה שפדה עליו את מזוודת הכסף בבנק אך בתור קרב הוגן. הקרב הופסק בגלל התערבות של ביג שואו. ביג שואו התחיל להכות את סינה ו-CM פאנק התעלם ויצא מהזירה ואז כשהרוק הגיע ונכנס לזירה הוא עצר את ביג שואו ואז CM פאנק נכנס שוב לזירה ותקף את הרוק במפתיע. בסאמרסלאם 2012 פאנק ניצח את ג'ון סינה וביג שואו על אליפות ה-WWE ונשאר אלוף ה-WWE. בתוכנית Raw כמה ימים אחר כך, פאנק החליט לתת לסינה להיות המתמודד החדש נגדו על האליפות באירוע לילה של אלופים.
בליל האלופים פאנק שמר על התואר בתיקו מול סינה. אחרי הקרב פאנק תקף את סינה עם חגורת ה-WWE. בשבוע לאחר מכן פאנק היה צריך לבחור מי יהיה הטוען לכתר לאליפות שלו בין שתי אפשרויות רייבאק לבין ג'ון סינה ובדיוק כשעמד להכריז הפסיק בגלל צעקות הקהל. הבעלים של ה-WWE, וינס מקמהן, נכנס לאולם כדי להודיע שהוא הולך לבחור את הטוען לכתר לאליפות של פאנק. וינס בחר בהמשך התוכנית את רייבאק כטוען לכתר ובאירוע "גיהנום בכלוב" 2012 נקבע הקרב CM פאנק נגד רייבאק על אליפות ה-WWE. בקרב נגד רייבאק, השופט של הקרב, בראד מדוקס, נתן לרייבאק מכה לביצים ולאחר מכן נתן לפאנק את הניצחון לאחר שפאנק הצמיד במהירות את רייבאק ובראד ספר לספירת 3 במהירות. לאחר הקרב רייבאק פגע קשות במדוקס וב-CM פאנק לאחר שביצע עליו את השל שוק בראש הכלוב. חודש לאחר מכן הוחלט קרב שלישייה לאירוע Survivor Series 2012 בין אלוף ה-WWE, CM פאנק לבין רייבאק וג'ון סינה. באותו הקרב רייבאק עמד לנצח ואז התפרצו שלושה מתאבקים מ-NXT שקראו לעצמם כמה תוכנית לאחר מכן "המגן" וביצעו על רייבאק את תרגיל הסיום המשותף שלהם על שולחן שדרנים. בזכות מהלך זה CM פאנק ניצח בקרב. ב-Raw לאחר מכן נקבע קרב בין פאנק לרייבאק בקרב שולחנות, סולמות וכיסאות לאירוע Tables Ladders And Chairs 2012 (בתרגום חופשי : שולחנות, סולמות וכיסאות). שבועיים לפני האירוע פאנק ספג פציעה ולא היה יכול להתמודד באירוע ולכן נקבע הקרב ל-Raw שב-7 בינואר קרב שולחנות, סולמות וכיסאות על התואר. ב-Raw פאנק ניצח בקרב זה בעזרת התערבות של "המגן".
יריבות עם דה רוק וג'ון סינה.
בפרק ה-1000 של Raw, הרוק חזר ל-WWE והזכיר לפאנק שהוא קבע שברויאל ראמבל הוא ילחם נגד אלוף ה-WWE לא משנה מי זה יהיה. שבוע לפני הרויאל ראמבל, ב-Raw, שלישיית "המגן" תקפו את הרוק. לאחר מכן, במאחורי הקלעים, מר מקמהן אמר לפאנק שאם "המגן" יתפרצו לקרב ברויאל ראמבל ויתקפו את הרוק, אז התואר יילקח מידיו של פאנק. ברויאל ראמבל "המגן" תקפו את דה רוק וגרמו לפאנק לאבד את האליפות. פאנק הפסיד בקרב, מיד יצא מר מקמהן לעבר הזירה והכריז שאליפות ה-WWE נלקחת מפאנק ומועברת לרוק עקב מה שהוא הכריז לפני האירוע, אך הרוק סירב לדבריו של מקמהן ורצה להילחם על האליפות ולא לקבל אותה כתוצאה מפסילה. מקמהן קיבל את בקשתו של הרוק וביקש מהשופט להתחיל מחדש את הקרב. הקרב נמשך אבל פאנק הפסיד את התואר לרוק. בתוכנית Raw אחרי רויאל ראמבל, נקבע קרב חוזר על האליפות בין פאנק לרוק באירוע "תא ההדחות" 2013. באירוע פאנק הפסיד לרוק בקרב ולא הצליח להשיב את האליפות אליו.
רסלמניה 29 ויריבות נגד אנדרטייקר.
בתוכנית Raw, ב-25 בפברואר, התקיים קרב בין פאנק לג'ון סינה, שהמנצח בקרב זה יזכה בקרב נגד הרוק על אליפות ה-WWE ברסלמניה 29. ב-4 במרץ, פאנק התמודד נגד רנדי אורטון, שיימוס וביג שואו, בקרב שבו המנצח ילחם נגד אנדרטייקר ברסלמניה 29. פאנק ניצח ולכן נקבע שפאנק יתמודד ברסלמניה 29 נגד אנדרטייקר. ב-Raw שבוע לאחר מכן CM פאנק נלחם נגד קיין והפסיד לו מהסיבה ששיר הכניסה של אנדרטייקר נוגן ברקע ודעתו של פאנק הוסחה. קיין ניצל את הרגע ביצע עליו את תרגיל הסיום שלו במפתיע. אחרי הקרב פאנק תקף את קיין עם כד שהיה שייך לפול בירר שהיה המנהל של קיין ואנדרטייקר לשעבר, והוא מת לפני כמה ימים אחדים לפני האירוע כתוצאה מקוצר נשימה ואפר גופתו נמצא בכד. אנדרטייקר הגיע לזירה כדי להגן על קיין ופאנק ברח מן הזירה שהכד בידו. ברסלמניה 29, CM פאנק הפסיד לאנדרטייקר. הוא קבע רצף של 21 ניצחונות ברסלמניה. ב-Raw לאחר מכן CM פאנק נכנס לאולם עם המנהל שלו, פול היימן, והוא הודיע שהוא יפרוש לתקופה מה-WWE.
יריבות נגד כריס ג'ריקו.
בתוכנית Raw ב-27 במאי, כריס ג'ריקו התעמת עם המנהל של CM פאנק, פול היימן, וכריס ג'ריקו איתגר את פאנק לקרב באירוע פייבאק. שבוע לאחר מכן ב-Raw, ג'ריקו והיימן חתמו על חוזה הקרב עם ג'ריקו. באותו שבוע בסמאקדאון, ג'ריקו התמודד נגד הלקוח החדש של פול היימן, קורטיס אקסל. במהלך הקרב, דעתו של ג'ריקו הוסחה כשנשמעה מוזיקת הכניסה של CM פאנק, ואז אקסל ביצע על ג'ריקו את התרגיל סיום שלו וניצח אותו. באירוע פייבאק, שהתקיים ב-16 ביוני, CM פאנק ניצח את כריס ג'ריקו לאחר שביצע עליו פעמיים ברצף את תרגיל הסיום שלו, GTS.
Money In The Bank ויריבויות משניות.
בתוכנית Raw שהתקיימה ב-17 ביוני, פאנק ניצח את אלברטו דל ריו כתוצאה מספירת חוץ. אחרי הקרב ברוק לסנר מתפרץ לזירה ומבצע על פאנק את תרגיל הסיום שלו. ב-24 ביוני, אחרי ש-CM פאנק ניצח את דארן יאנג, סטפני מקמהן הכריזה על קרב "הכסף בבנק" שנקבע לאירוע Money In The Bank, ובו CM פאנק ילחם נגד רנדי אורטון, שיימוס, כריסטיאן, דניאל בריאן, קיין ורוב ואן דאם.
יריבות נגד ברוק לסנר וקורטיס אקסל.
באירוע כסף בבנק, פול היימן בגד ב-CM פאנק, וגרם לו להפסיד. בתוכנית Raw למחרת, לסנר תקף את CM פאנק ונקבע בין השניים קרב ללא חוקים לאירוע סאמרסלאם 2013, בו פאנק הפסיד ללסנר לאחר התערבות מצידו של פול היימן. לאחר שפאנק הפסיד בקרב נגד לסנר, נקבע קרב בין פאנק לבין האלוף הבין יבשתי, קורטיס אקסל ומנהלו, פול היימן, בקרב שניים נגד אחד באירוע ליל האלופים.