משלחת קורונדו התקדמה לאורך הגבול בין אריזונה לניו מקסיקו של ימינו עד שהגיעה למקורותיו של הקולורדו הקטן ומשם פנתה לעבר הנהר זוני (Zuni River). קורונדו המשיך לאורך הזוני עד שגילה את האזור שבו התגוררו בני עם הזוני. סיבולה ששכנה מעבר לגבול בניו מקסיקו הייתה קרובה מתמיד. המשלחת הגדולה עוררה התרגשות בקרב הילידים והם שלחו אותות עשן לסיבולה להודיע על התקדמות הספרדים. ביולי הגיע הצבא הקטן של קורונדו מול העיר האינדיאנית ואכזבתם הייתה רבה. לא היה כל קשר בינה לבין "העיר המוזהבת" שתיאר דה ניסה. "העיר" הייתה בעצם כפר גדול של בקתות בנויות ללא כל סדר (פואבלו). הזוני קראו למקום האוויקו, כיום חורבות האוויקו (Hawikuh Ruins ). חברי המשלחת הגיעו למקום ב-7 ביולי 1540 שהם כמעט גוועים ברעב ודרשו מתושבי המקום להרשות להם להיכנס. התושבים סירבו. בתגובה קרא קורונדו בפניהם את הרקרימיינטו, מסמך המשפטי הדורש את נאמנותם של ילידי העולם החדש למלכי ספרד, ואת קבלתם את הנצרות. קבלת הילידים את המסמך הבטיחה להם, לכאורה, אושר ושלום תחת חסות הכתר הספרדי כנתיניו לכל דבר. דחייתו, לעומת זאת, שימשה את העילה החוקית להשית עליהם מלחמה צודקת, לכבשם ולשעבדם תוך הצדקתה בשם הדת. מכיוון שהמסמך לא עשה על האינדיאנים רושם החליט קורונדו לכבוש את הכפר. האינדיאנים ניסו להתנגד ובקרב נפצע קורונדו, אבל לא היה להם כל סיכוי כנגד הספרדים ו"הקרב", הקרוי בכרונולוגיה הספרדית "כיבוש סיבולה", הסתיים תוך שעה. במכתב למנדוסה כתב קורונדו:
באמצע יולי שלח קורנדו משלחת בפיקודו של הסרן פֶּדְרוֹ דֶה טוֹבַאר (Pedro de Tovar). המשלחת נעה בכיוון צפון מערב לעבר כפרי עם ההופי, אותם כינו הספרדים "טוסאיאן" ("Tusayan"). בתום מסע בן 70 קילומטרים הגיע דה טובאר לפואבלו אַוַוטַפִּי בצפון מזרח אריזונה של ימינו. כאן חזר על עצמו סיפור סיבולה, הספרדים לא קיבלו אישור להיכנס לכפר והם שוב השתמשו בכוח על מנת להיכנס. אזור ההופי היה עני במתכות יקרות אותם חיפש קורנדו כמו אזור הזוני, אבל הספרדים למדו על קיומו של נהר גדול הזורם במערב (נהר הקולורדו).
חקר נהר הקולורדו.
במקביל למאורעות אלו שטו לאורך החוף צפונה שתי ספינות האספקה של המשלחת בפיקודו של אַרְנַנְדוֹ דֶה אַלַרְקוֹן, ובאוגוסט הם הגיעו לשפך נהר הקולורדו. אלרקון העמיס אספקה על סירות והפליג במעלה הקולורדו, ככל הנראה עד שפך הנהר חילה לקולורדו. כשהמסע הפך מסוכן ולאחר שהשטחים אליהם הגיע הפכו שוממים יותר ויותר הוא חזר על עקבותיו, ובסופו של דבר שב לספרד החדשה מבלי לחבור לכוח היבשתי. בטרם עשה זאת, הוא קבר את האספקה שהביא איתו יחד עם יחד עם צרור מכתבים. אף שלא השיג דבר מבחינת המשלחת היה אלרקון לאירופאי הראשון שהגיע לנהר הקולורדו והוא היה גם הראשון שזיהה ששטח האדמה אותו כינו "האי קורטס" (אִיסְלָה דֶה קוֹרְטֶס) איננו אי אלא חצי אי (כיום חצי האי באחה קליפורניה) ולכן הים אותו כינו ים קורטס הוא בעצם מפרץ גדול (מפרץ קליפורניה).
באותו חודש שלח קורונדו משלחת סיור נוספת בראשות גרסיה לופס דה קרדנס (Garcia Lopez de Cárdenas) על מנת למצוא את נהר הקולורדו. משלחת זו חזרה לאזור ההופי על מנת לרכוש אספקה ולגייס מדריכי דרך. חברים במשלחת זו חצו את רמת קולורדו והגיעו לגרנד קניון והיו בכך לאירופאים הראשונים שחזו בתופעת טבע מדהימה זו. מבלי שהיה מודע לכך הגיע קַרְדֶנַס לנהר הקולורדו בערך שאותו זמן שבו הגיע אלרקון לנקודה הצפונית ביותר של מסעו לאורך הנהר. לאחר שניסו לשווא לחפש דרך לרדת אל הנהר, חזרה המשלחת וחבריה דיווחו שלא היו מסוגלים לנצל את נהר הקולורדו על מנת להתחבר לספינות האספקה של אלרקון.
בינתיים הגיע לסיבולה הגוף העיקרי של המשלחת, אבל מכיוון שלא נודע דבר על הגוף השני של המשלחת שהיה אחראי על האספקה בפיקודו של אַרְנַנְדוֹ דֶה אַלַרְקוֹן החליט קורונדו לשלוח משלחת בפיקודו של מלצ'יור דיאס לחפש אחריו. למשלחת זו צורף גם הכומר מרקוס דה ניסה שהכעס עליו מצד החיילים שהרגישו מרומים בעקבות הפרכת סיפוריו על העושר של סיבולה היה רב וקורונדו הורה לו לחזור מבויש לספרד החדשה (מקסיקו). המשלחת שבה היו שניהם נעו דרומה עד לעמק קוראזונס וכאן נפרדו. דה ניסה המשיך דרומה ודיאס יצא באוקטובר בראש קבוצה בת 25 ספרדים ונע לצפון מערב. אינדיאנים, ככל הנראה בני קוקו מריקופה, סיפרו לו שאלרקון קבר אספקה ליד שפך הנהר חילה לקולורדו. דיאס חילץ את האספקה ואת המכתבים שהשאיר אלרקון קבורים מתחת לצלב עץ. מקריאת המכתבים הסתבר שאלרקון שט צפונה עד שפך הנהר ומשם המשיך כמה שיכול היה במעלה נהר הקולורדו, עד שנאלץ לחזור משום שתולעים קדחו חורים בספינותיהם שנזקקו לתחזוקה דחופה. משלחת דיאס המשיכה לאורך הנהר צפונה, חצתה את גבול מדינת קליפורניה של ימינו והגיעה ככל הנראה לאזור ימת סלטון, לפני שהחלה לחזור לבסיסה בעמק קוראזונס עם המידע והאספקה. בדרך קרתה לדיאס תאונה כשידית הרומח שלו ננעצה בטעות בגופו. דיאס החזיק מעמד כשהוא סובל כאבים קשים לפני שנפטר בדרך חזרה ב-8 בינואר 1541.
מלחמת טיוואי.
קורונדו יחד עם מרבית הצבא הספרדי שאיתו נשארו בינתיים בסיבולה בתקווה לשמוע על מקומות עשירים אחרים. באחד הימים הגיעה אליו משלחת מהפואבלו סִיקוּיָה (Cicuye) (), כיום בתחומי הפארק הלאומי ההיסטורי פקוס (Pecos National Historical Park), השוכן מזרחית לסיבולה. לאחר החלפת מתנות הציע אחד ממנהיגי המשלחת האינדיאנית להוביל את משלחת קורונדו אל סיקויה ואל עדרי הביזון אמריקאי (באפלו) של המישורים הגדולים שבקרבת הפואבלו. תושבי המקום, כך הבטיח, יקבלו את הספרדים בידידות. למנהיג זה היה שפם גדול, תופעה יוצא דופן בין הילידים, ולכן כינו אותו הספרדים ביגוֹטֶס (Bigotes, בספרדית "שפם" של בעלי חיים). קורונדו שלח את אַרְנַנְדוֹ דֶה אלווארדו (Hernando de Alvarado), אחד ממפקדיו, בראש משלחת קטנה שכללה עשרים ושלושה ספרדים ומספר לא ידוע של אינדיאנים בני ברית. ביגוטס הוביל את המשלחת מזרחה, כ-130 קילומטרים עד לפואבלו אקומה של ימינו, ואז פנתה החבורה לצפון מזרח, ובהגיעם לאזור בו שוכנת כיום העיירה ברנליאו (Bernalillo) סמוך לאלבקרקי בניו מקסיקו התחלף הנוף השומם בשדות ירוקים של עמק הנהר ריו גראנדה. הספרדים מצאו במקום גוש של 12 פואבלו שבהם ישבו אינדיאנים בני הטיווה (Tiwa). לכבודם כינו הספרדים את המקום "טיוואי" (Tiguex). המשלחת הצפינה במעלה הנהר עד פואבלו טאוס (Taos Pueblo) של ימינו, כשאלווראדו מכריז שכל השטח שבו היו כמה פואבלו שייך מעתה לשלטון ספרד. בסוף המסע הגיעה המשלחת לפואבלו של ביגוטס, פואבלו סיקויה, שהיה הפואבלו המזרחי ביותר ושניהל קשרי מסחר מפותחים עם שבטי האינדיאנים של המישורים הגדולים. אלווראדו סייר במשך חמישה ימים נוספים מזרחה על מנת לראות את העדרים הגדולים של הביזונים האמריקאים שאותם תיאר ביגוטס לקורונדו. בערך באותו הזמן הגיעה למקום משלחת חלוץ בפיקודו של גרסיה לופס דה קרדנס.
מחוז טיוואי תואר כאזור המשגשג ביותר שאנשי המשלחת ראו עד אז, כשהריו גראנדה זורם במדבר רחב שטוח שבו שדות תירס מושקים נרחבים. אלווראדו שלח הודעה לקורונדו שבה הציע להעביר את כל המשלחת לשם למשך החורף הקרוב. כאתר נבחר אחד הפואבלו הגדולים של טיוואי, שהספרדים כינו קופור (Coofor), ככל הנראה שיבוש של השם גבופור (בשפת טיווה "תירס קלוי"). קרדנס דרש מתושבי הפואבלו לפנות אותו. הספרדים טענו אחר-כך שהתושבים התפנו מרצונם, אבל חפירות ארכאולוגיות שנערכו במקום המשוער בשנות ה-30 של המאה ה-20 חשפו ממצאים על קרב שהתנהל במקום.
בסיקויה פגש אלווראדו באינדיאני שהיה שבוי בידי הטיווה. האינדיאני, שהספרדים כינו "אֶל טוּרְקוֹ" (El Turco), כלומר "הטורקי" בגלל היותו שחום, סיפר לאלדוראדו כי במקום שממנו הגיע, "ממלכת קִיווירָה" (Quivira) השוכנת מזרחה, מצוי זהב בשפע, אנשים אוכלים מכלי כסף והכדים עשויים זהב. בשומעו את החדשות נטל אלווראדו את הטורקי ויצא מסיקויה למחנה העיקרי בקופור על מנת לפגוש את קורנדו. הטורקי חזר על סיפוריו באוזני קורונדו, והוסיף גם שכאשר נפל בשבי בני סיקויה הם שדדו ממנו צמידי זהב, וכאשר הספרדים יעזרו לו להחזיר את הצמידים הוא יוכל להוכיח להם את איכות הזהב. אלווראדו חזר לסיקויה ודרש מביגוטס להחזיר את הצמידים. ביגוטס הנדהם הסביר שלא היו דברים מעולם, ושכל הסיפורים של "הטורקי" על זהב בקיווירה הם שקרים. אבל הספרדים העדיפו להאמין ל"טורקי", ולכן אסר אלווראדו את ביגוטס ולקח אותו לקורונדו בקופור.
בסופו של דבר שהה צבאו של קורונדו בקופור בחורפים של 1540–1541 ו-1541–1542. חברי משלחתו סחרו בחרוזים ובתכשיטים זולים עם בני הפואבלו של טיוואי תמורת מזון וביגוד לתקופת החורף. כשהאספקה החלה להידלדל התנגדו תושבי הפואבלו לחלופין נוספים. בתגובה הורה קורונדו לאנשיו לקחת בכוח כל מה שהם צריכים. בחורף של 1540–1541, היה לפחות מקרה אונס אחד של אישה אינדיאנית ובעלי החיים של המשלחת אכלו את מרבית קלחי התירס שנותרו לאחר האסיף שבהם השתמש בני הפואבלו בעבר לבישול ולחימום בחורף.