לאחר שהופעלו עליו לחצים פנימיים ולחצים אמריקנים, הסכים דיים לקיים בחירות לגוף מחוקק באוגוסט 1959 בדרום וייטנאם. העיתונים לא הורשו לפרסם את שמותיהם של המועמדים העצמאיים ואת קווי המדיניות שלהם ונאסר קיומן של אספות פוליטיות שמספר המשתתפים בהן עלה על חמישה אנשים. מועמדים נפסלו על סמך טיעונים קלי ערך. באזורים הכפריים, מועמדים שהתמודדו בבחירות, ספגו איומים שהם יואשמו בשיתוף פעולה עם הוייטקונג, עבירה שהעונש עליה היה גזר דין מוות. פאן קוונג דאן, המבקר הבולט ביותר של הממשלה, הורשה להתמודד בבחירות. למרות שכוח של 8,000 חיילים של צבא דרום וייטנאם נשלח למחוז הבחירה של דאן, הוא עדיין זכה ביחס של שש לאחד, וכשהתכנס הפרלמנט, הוא נעצר.
נשיאותו.
אשתו של אחיו הצעיר של דיים, שכונתה בשם "מאדאם נו", הייתה (דה פקטו) הגברת הראשונה של וייטנאם. היא המירה את דתה לקתוליות. היא הובילה את תוכניתו של דיים לרפורמה בחברה של סייגון בהתאם לערכים הקתוליים. בתי בושת ומאורות אופיום נסגרו, גירושים והפלות נאסרו והחוקים נגד ניאוף הוחמרו. דיים ניצח במלחמה נגד צבאו הפרטי של ארגון הפשע בין שיין, שהחזיק בתי הימורים שנהנו קודם לכן מחסותם של הצרפתים ולאחר מכן של באו דאי. בהמשך פירק דיים את הצבאות הפרטיים של הקאו דאי וההואה האו, ששלטו על חלקים של דלתת המקונג. דיים היה אנטי-קומוניסט נלהב. על פי ההיסטוריון האמריקני, גבריאל קולקו, כ-12,000 חשודים בהתנגדות לדיים נהרגו בין השנים 1955 – 1957 ועד סוף 1958 נכלא מספר משוער של 40,000 אסירים פוליטיים. עם זאת, ההיסטוריון גונתר לוי, טוען שמספרים אלה מוגזמים ושלא היו יותר מ-35,000 אסירים מכל הסוגים בכל רחבי וייטנאם. מעשי הדיכוי של דיים התרחבו מעבר לאלה שהופעלו נגד הקומוניסטים למתנגדי המשטר האנטי-קומוניסטים ולחושפי שחיתויות.
עם התגברות ההתנגדות לשלטונו של דיים בדרום וייטנאם, החלה להתקיים התמרדות בקנה מידה קטן ב-1957. בסופו של דבר, בינואר 1959, תחת לחץ של פעילי הווייטקונג בדרום שנלכדו על ידי המשטרה החשאית של דיים, הוציא הוועד המרכזי בהאנוי החלטה סודית לאפשר את קיומה של מרידה חמושה בדרום ולהעביר לטובת מרידה זו כוחות ואספקה מהצפון. ב-20 בדצמבר 1960 על פי הנחיות מהאנוי, הקימו הקומוניסטים בדרום את "החזית הלאומית לשחרור דרום וייטנאם", שנקראה גם הוייטקונג, כדי להפיל את ממשלת הדרום. הווייטקונג היה מורכב משתי קבוצות נפרדות: אינטלקטואלים דרום וייטנאמים שהתנגדו לממשלה והיו לאומנים בהשקפתם וקומוניסטים שנשארו בדרום לאחר פיצול המדינה ב-1954 בנוסף לכאלה שהגיעו לדרום אחר כך ולאיכרים מקומיים. בעוד שהיו לא-קומוניסטים רבים בווייטקונג, הם היו נתונים לשליטה של פעילי המפלגה ובהדרגה הם נקטו באותה עמדה עם התמשכות העימות. עם זאת, הם אפשרו לווייטקונג להציג את עצמו כארגון לאומני בעיקרו, יותר מאשר ארגון קומוניסטי, למרות שהארגון היה בשליטה כמעט מלאה של המשטר בצפון וייטנאם. תחילתה של פעולת הנגד של דיים הייתה תוכנית בשיתוף האמריקנים שבמסגרתם אוחדו 14,000 כפרים ל-11,000 יישובים מאובטחים. יישובים אלה נועדו לבודד את הווייטקונג מהאוכלוסייה הכפרית שהייתה המקור שלהם לגיוס כוח אדם, לאספקה ולמידע.
ניסיונות התנקשות.
על פי החלטה של הקומוניסטים בדרום נאמר: "אם נצליח להרוג את נו דין דיים, מנהיג ממשלת הבובות הרודנית הפשיסטית, המצב לאורך הקווים יהיה לטובתנו".
ב-22 בפברואר 1957, כאשר קיים דיים ביקור ביריד כלכלי בבון מא טאוט, הגיע לשם פעיל קומוניסטי בשם הא מין טרי, שקיבל הוראה לרצוח את הנשיא. הוא התקרב לדיים וירה באקדח מטווח קצר, אך החטיא ופגע בזרועו השמאלית של המזכיר לרפורמות חקלאיות. לאחר ירי הכדור הראשון, חל בנשק מעצור ואנשי הביטחון השתלטו על טרי לפני שהוא הצליח לירות כדור נוסף. דיים נותר אדיש לאירוע.
מקרה נוסף של ניסיון להתנקש בחייו של דיים ושל משפחתו אירע ב-1962 כאשר שני טייסים בחיל האוויר, שפעלו בתאום, הפציצו את ארמון הנשיאות.
מדיניות הקרקעות.
במהלך המלחמה נגד הצרפתים בשנים 1946 – 1954, הוייט מין, שהשיג שליטה על חלקים של דרום וייטנאם, יזם רפורמת קרקעות. במהלך המלחמה, עמד שיעור הגבייה של דמי החכירה על 50% עד 70%. הוייט מין גרמו לבעלי הקרקעות לחפש מקום מבטחים בערים, הפקיעו מהם את הבעלות על הקרקעות וחילקו אותם בין האיכרים. כשדיים עלה לשלטון, הוא ביטל את המהלך הזה, שכן אנשי אצולת הקרקע היו חלק מבסיס התמיכה האידאולוגי בו. בשטחי דלתת המקונג, 0.025% מבעלי הקרקעות החזיקו בבעלותם 40% מהקרקעות. רוב בעלי הקרקעות לא התגוררו באזורים שבבעלותם והקרקעות עובדו על ידי אריסים. מצב זה גרם להתמרמרות בקרב האוכלוסייה, שכן הבעלות על הקרקע הייתה ערך חשוב מאוד בחברה הווייטנאמית. דיים הכריז שבעלי הקרקעות יוכלו לגבות לא יותר מ-25% מהיבולים, אך החלטה זו לא יושמה ובמקרים מסוימים היו דמי החכירה גבוהים יותר מאלה שהיו נהוגים בתקופת השלטון הצרפתי. בעקבות לחץ אמריקני, הגביל דיים ב-1956 את השטח המקסימלי שיכול כל אדם להחזיק בבעלותו ל-1.15 קמ"ר. את בעלי הקרקעות שהחזיקו בבעלותם שטחים גדולים יותר, הוא פיצה על שטחי הקרקע העודפים, שאותם הוא מכר לאיכרים. בעלי קרקעות רבים התחמקו ממהלך זה על ידי העברת חלקים משטח הקרקע שלהם לבני משפחתם. בנוסף, המגבלה הזאת הייתה גדולה פי 30 מזו שהייתה נהוגה בקוריאה הדרומית ובטאיוואן ושטחי האדמה בגודל של 1,500 קמ"ר שהיו בבעלות הכנסייה, היו פטורים ממגבלה זו. כתוצאה מכך, רק 13% מהקרקעות בדרום וייטנאם, עברו את תהליך הרפורמה ובסוף תקופת שלטונו של דיים, רק 10% מהאיכרים קיבלו חלקות קרקע, וגם זאת במחירים גבוהים. כישלון מדיניות זו עוררה זעם ובעקבותיה התעוררה אהדה לוייט מין שחילק לאיכרים קרקעות בחינם. בסוף תקופת שלטונו של דיים, 10% מאוכלוסיית דרום וייטנאם החזיקה בבעלותה 55% מהקרקעות.
בהאמינו שהרמות המרכזיות של וייטנאם היו בעלי חשיבות אסטרטגית לווייטקונג או שהם היו נתונים לאיום פוטנציאלי לפלישה מהצפון, החליט דיים לבנות "קו מאז'ינו" של יישובים. האזור היה מיושב בבני עם הדגאר (Degar), תושביה המקוריים של וייטנאם, שבעבר זכו למידה מסוימת של אוטונומיה, והם לא נתנו אמון בווייטנאמים המקומיים. דיים יזם תוכנית להגירה פנימית של 210,000 וייטנאמים, בעיקר קתולים, שהתיישבו ביישובים מבוצרים על קרקעות הדגאר. כאשר אלה האחרונים מחו, החרימו כוחות הצבא של דיים את החצים והקשתות שלהם ששימשו אותם לצייד. מאז מתמודדת וייטנאם עם תנועה בדלנית של בני עם הדגאר.
המדיניות הממשלתית כלפי הבודהיסטים.
במדינה שבה גודלו של הרוב הבודהיסטי הוערך ב-70% עד 90% מהאוכלוסייה הכללית, צעדי המדיניות של דיים גרמו לטענות על מתחים דתיים. כבן למיעוט הקתולי, מתייחסים רוב ההיסטוריונים לדיים כמי שקידם צעדי מדיניות פרו-קתולית שקוממה עליו בודהיסטים רבים, מאחר שהקהילה הקתולית הייתה אנטי-קומוניסטית. באופן כללי, הממשלה נתפשה כמי שהעדיפה את הקתולים בשירות הציבורי ובצבא, לצד העדפות בהקצאת הקרקעות, בעסקים ובמיסוי. באחת הפעמים אמר דיים לפקיד בכיר, כשהוא שוכח שהאיש מחזיק באמונה הבודהיסטית, "שים את הפקידים הקתולים שבאחריותך במקומות הרגישים. עליהם ניתן לסמוך". קצינים רבים של צבא דרום וייטנאם המירו את דתם לקתוליות מתוך אמונה שקידומם הצבאי תלוי בכך.
חלוקת כלי הנשק למיליציות ההגנה של הכפרים כוונה להדוף את לוחמי הווייטקונג, אך כלי נשק אלו חולקו רק לקתולים. קידומם של בודהיסטים בצבא נעצר לעיתים קרובות אם הם סירבו להמיר את דתם. בכמה כפרים שאוכלוסייתם הייתה בודהיסטית, בוצעו המרות דת קבוצתיות כדי לקבל סיוע ממשלתי או כדי להימנע מיישוב מחדש על ידי משטרו של דיים. הכנסייה הקתולית הייתה בעלת הקרקעות הגדולה במדינה והחוק שהונהג עוד בימי השלטון הצרפתי, שעל פיו נדרש אישור רשמי לעריכת פעילויות בודהיסטיות פומביות, לא בוטל מעולם על ידי דיים.
הקתולים למעשה היו גם פטורים מעבודות הקורווה שכל האזרחים חויבו לבצע עבור הממשלה. הסיוע שהגיע מארצות הברית חולק באופן לא פרופורציונלי לכפרים שרוב אוכלוסייתם הייתה קתולית. תחת שלטונו של דיים, נהנתה הכנסייה הקתולית מפטורים ברכישת נכסים וב-1959 הקדיש דיים את ארצו למריה הבתולה. דגל קריית הוותיקן הונף באופן קבוע בכל האירועים הציבוריים במדינה. הסיוע האמריקני הופנה ברובו לקתולים והאוניברסיטאות החדשות של הואה ושל דה לאט הוכפפו לסמכות הכנסייה הקתולית כדי לטפח סביבה אקדמית עם נטייה קתולית.
המשבר הבודהיסטי.
יחסי משטרו של דיים עם ארצות הברית התדרדרו במהלך שנת 1963 ובמקביל התגבר חוסר שביעות הרצון בקרב הרוב הבודהיסטי של דרום וייטנאם. במאי, בעיר המרכזית הבודהיסטית של הואה, שם אחיו של דיים שימש כארכיבישוף הקתולי, נאסר על הבודהיסטים להניף דגלים בודהיסטים במהלך החגיגות לציון לידתו של גאוטמה בודהה כאשר הממשלה הסתמכה על התקנות שאסרו על הנפת דגלים לא ממשלתיים. כמה ימים לאחר מכן, הותר לקתולים להניף דגלים דתיים בחגיגה אחרת. מהלך זה הוביל למחאה בהנהגתו של טיץ' טרי קואנג כנגד הממשלה, שדוכאה על ידי כוחותיו של דיים ותשעה אזרחים לא חמושים נהרגו. דיים ותומכיו האשימו את הווייטקונג במקרי המוות הללו וטענו שהמפגינים היו אחראים למעשי האלימות. למרות שפקיד המחוז הביע את צערו על מעשי ההרג והציע לפצות את משפחות ההרוגים, הוא דחה את האשמות שכוחות הממשלה היו אחראים על ההרג והאשים את הווייטקונג.