הצעדים המשמעותיים ביותר נגד יהודי מצרים ננקטו בשנת 1956 לאחר פרוץ מלחמת סיני. כחלק מגירוש יהודי מצרים כ-1000 יהודים נעצרו על ידי הרשויות של מצרים, 500 בתי עסק וחשבונות בנק יהודיים הופקעו, ובעלי מקצוע יהודים רבים (כגון רופאים, עורכי דין ומורים) איבדו את הזכות לעסוק במשלח ידם. אלפי יהודים קיבלו הוראה מהרשויות לעזוב את מצרים תוך היתר לקחת איתם תיק-יד וסכום מזומנים קטן בלבד. יהודים רבים נאלצו לחתום על הצהרה שהם "תורמים" את רכושם לממשלת מצרים. כחלק מצעדים אלו למעלה מ-25,000 יהודים ברחו וגורשו ממצרים, והגיעו בעיקר לישראל, אירופה וארצות הברית. עד שנת 1957 מספר היהודים במצרים צנח ל-17,000 נפשות, ועד מלחמת ששת הימים הקהילה פסקה למעשה מלהתקיים, למעט מספר עשרות בודדות של יהודים.
עיראק.
בשנת 1948 היו כ-150,000 יהודים בעיראק, בעיקר בבגדאד ובצרה. בשנת 1941, בעקבות ההפיכה הפרו-נאצית של רשיד עאלי אל-כילאני, התרחשו בבגדאד פרעות הידועות בשם הפרהוד. במהלך פרעות אלה 180 יהודים נהרגו, 240 נפצעו, 586 בתי עסק יהודיים נבזזו ו-99 בתים נהרסו. כמו רוב ארצות ערב, עיראק תחילה אסרה על עלייה לישראל מהחשש שזה יחזק את ישראל הצעירה. למרות האיסור, בשנת 1949 כ-1000 יהודים עזבו את עיראק כל חודש.
בהמשך, בהובלת נורי א-סעיד, הממשלה העיראקית שינתה את מדיניותה ועברה לעודד את עזיבת היהודים. בשנת 1950 ממשלת עיראק העבירה חוק התקף לשנה שקבע שליהודים מותר להגר מהמדינה אם הם מוותרים על אזרחותם העיראקית, וכתוצאה מכך מותירים את רוב רכושם לממשלת עיראק. לפי החוקר איאן בלאק הסיבות לשינוי המדיניות היה הרצון של עיראק לקבל נתח מרכוש היהודים לקופת המדינה, וכן רצון להיפטר מהמיעוט היהודי שנתפש כמערער את היציבות במדינה. באוגוסט 1950 נורי א-סעיד איים על חברת התחבורה שהייתה אחראית להובלת היהודים אל מחוץ למדינה שאם אינה תעמוד במכסה של 500 יהודים שעוזבים את המדינה כל יום, רישיונה יישלל. בספטמבר הוא איים שאם קצב העזיבה לא יוגבר, הוא ייקח את כל היהודים לגבול ויגרשם. כחודשיים לפני שפג תוקפו של החוק, לאחר שכבר 85,000 יהודים נרשמו לעלייה, החלה סדרה של פיגועים נגד מטרות יהודיות בעיראק. ממשלת עיראק עצרה 28 יהודים בהאשמה שהם אחראים לפיגועים, והוציאה להורג 2 מהם.
החוק הוארך לתקופה נוספת, ובמהלכה כמעט כל יתר יהודי עיראק עלו לישראל. במחצית השנייה של 1951 הועברו חוקים שהוציאו את הציונות מחוץ לחוק, ומורים על גירוש של כל יהודי מעיראק שלא מסכים לחתום על הצהרה נגד הציונות.
מתוך היהודים המעטים שנותרו בעיראק, בשנת 1969 כ-11 יהודים הוצאו להורג בפומבי אחרי משפטי ראווה. הרדיו העיראקי קרא להמונים לצאת לרחובות, ואכן הגופות הוצגו בפני עשרות ומאות אלפי אנשים באווירת קרנבל.
לוב.
בשנת 1948 יהדות לוב מנתה כ-38 אלף נפשות. סדרת פרעות בטריפולי בנובמבר 1945 הותירה 130 יהודים הרוגים (כולל 36 ילדים), מאות פצועים ו-4,000 שאיבדו את ביתם והפכו לחסרי קורת גג. חמישה בתי כנסת בטריפולי וארבעה נוספים בעיירות סמוכות נהרסו על ידי הפורעים. למעלה מ-1000 בתים וחנויות יהודיות נבזזו בטריפולי לבדה. הפרעות זעזעו את יהודי לוב. ביוני 1948 התרחש פוגרום נוסף, במהלכו נהרגו 15 יהודים ו-280 בתים נהרסו. בעקבות הישנותם של מקרי אלימות, וההתרגשות שעוררה הקמת מדינת ישראל, בשנים 1948–1951 עלו לישראל כ-30 אלף מיהודי לוב. בשנת 1967 נותרו עוד מספר אלפי יהודים במדינה, ועל רקע מלחמת ששת הימים התרחש פוגרום נוסף, שבמהלכו נהרגו 18 יהודים נוספים. ממשלת לוב הצהירה שעל היהודים "לעזוב את לוב באופן זמני", ואפשרה להם לעזוב עם רכוש בשווי 50$ בלבד, תוך הותרת רוב רכושם מאחוריהם. ביוני-יולי 1967, כ-4,000 יהודים מלוב הגיעו לאיטליה, מתוכם 1,300 המשיכו לישראל, 2,200 נותרו באיטליה והיתר היגרו לארצות הברית.
בשנת 1970 ממשלת לוב חוקקה חוקים חדשים שהפקיעו את הרכוש היהודי במדינה. שארית היהודים היגרו מלוב לאורך השנים לאחר מכן. בפברואר 2002 נפטרה היהודיה האחרונה בלוב, סמראלדה מגנאג'י.
תוניסיה.
יהדות תוניסיה מנתה כ-105 אלף נפשות בשנת 1948. משקיבלה תוניסיה עצמאות ב-1956 החלה התנכלות של השלטון ליהודים. כך למשל נאסר קיומו של ועד הקהילה היהודי ונאסרה פעילותם של האגודות ומוסדות התרבות והספורט היהודיות. באותה שנה החל גל פיגועים כנגד מטרות יהודיות. ב-1958 התגברו ההתנכלויות, בוטלה פעילותו של בית הדין הרבני, הרובע היהודי בתוניס, כולל בתי כנסת עתיקים, נהרסו בידי השלטונות ובית העלמין היהודי הופקע עבור "חידוש עירוני" ו"לטובת הכלל". בעקבות צעדים אלה והחשש לגבי עתיד היהודים במדינה, עזבו את תוניסיה לאורך שנות ה-50 וראשית שנות ה-60 כשמונים אלף יהודים. בשנת 1960 חולל בית הכנסת הגדול של תוניס. בשנת 1967 נערכו פרעות ברכוש היהודי ובבתי הכנסת שנותרו בתוניסיה. אף על פי שהשלטון הפרו-מערבי של תוניסיה בראשות חביב בורגיבה דיכא במהירות את האלימות נגד יהודים בשנת 1967, החל גל נוסף של הגירת יהודים מתוניסיה, וכ-7000 יהודים נוספים עזבו אותה, בעיקר לצרפת. קהילה יהודית קטנה נותרה במדינה גם לאחר מלחמת יום כיפור, בעיקר בג'רבה ובתוניס. למרות התפרצויות אלימות שונות לאורך השנים, כולל פיגוע בשנת 1985 בו חייל תוניסאי ירה למוות ב-5 מתפללים בבית כנסת בג'רבה, הקהילה הקטנה זכתה לרוב להגנה מצד הרשויות.
אלג'יריה.
החל משנת 1870 היו יהודי אלג'יריה אזרחי צרפת. כתוצאה מכך היו היהודים בתווך שבין השלטון הצרפתי והפייה-נואר (המתיישבים האירופאים באלג'יריה), לבין האוכלוסייה המוסלמית המקומית שלא זכתה לאזרחות צרפתית. יהודי אלג'יריה הצרפתית זכו לרוב להגנה ונהנו מביטחון תחת הממשל הצרפתי, אך לעיתים נפגעו מהתפרצויות אנטי-יהודיות מקומיות. מקרה הטבח הזכור ביותר כנגדם הם הפרעות של אוגוסט 1934 שפרצו בעיר קונסטנטין לאחר שיהודי הואשם בהעלבת דת האסלאם, בהן נהרגו עשרות יהודים ובתי עסק יהודיים רבים נבזזו. מהומות אלה לא גרמו לגל עזיבה, אך נותרו בתודעת יהודי אלג'יריה וגרמו להידוק קשריהם עם צרפת. בזמן מלחמת העולם השנייה הורע מצב יהודי אלג'יריה, אך עם תום המלחמה זכויותיהם הושבו להם. במהלך מלחמת העצמאות של אלג'יריה (1956-1962) מוסדות הקהילה היהודית נקטו בעמדה נייטרלית מוצהרת, אך למרות זאת יהודים רבים נפגעו במהלך המלחמה. כך למשל, בין ראש השנה ליום כיפור של שנת 1961 נערכו סדרה של מהומות אנטי-יהודיות באלג'יר ואוראן. כוחות הצבא הצרפתי הצליחו להדוף את הפורעים מהשכונות היהודיות, אך בכל זאת יהודי אחד נהרג ונער יהודי בן 15 נפצע קשות. התנקשויות בחייהם של מספר אישים יהודים מפורסמים, בהם הזמר הנודע רמונד לריס, גם כן זיעזעו את יהודי אלג'יריה. כמעט כל היהודים עזבו את המדינה בשנים 1960–1962, עם נסיגת צרפת מאלג'יריה, יחד עם למעלה ממיליון המתיישבים האירופאים שעזבו את המדינה.
לאחר עצמאות אלג'יריה בשנת 1962 חוקק חוק אזרחות חדש (1963) אשר מנע מלא-מוסלמים לקבל אזרחות. החוק קבע כי רק מי שאביו או סבו מצד האב הם מוסלמים, יכול לקבל אזרחות. מעמדם המורע של לא-מוסלמים באלג'יריה העצמאית, ופרוץ מלחמת האזרחים האלג'יראית, גרמה למרבית היהודים שנותרו במדינה לעזוב גם כן. מוסדות יהודיים רבים הולאמו והופקעו בידי השלטונות, ובשנת 1975 הוחרם אף בית הכנסת הגדול של אוראן על ידי הממשלה האלג'ירית ונהפך למסגד.
מרוקו.
יהדות מרוקו הייתה הקהילה הגדולה שבקהילות היהודיות בארצות ערב, ומנתה בשנת 1948 כ-205 אלף נפשות. עד שנת 1956 מרוקו נותרה מדינת חסות של צרפת, סטטוס שלרוב הטיב עם היהודים. עם זאת, גם בתקופת הממשל הצרפתי התרחשו פגיעות בביטחון היהודים במרוקו. בשנת 1912, עם תחילת החסות הצרפתית, התרחש פוגרום ביהודי פאס (הידוע גם בשם התריתל) שמנו אז כ-12,000 נפשות. 52 יהודים נטבחו במהלך התריתל בפאס, וחלקים רבים מהמלאח (הרובע היהודי) נהרסו במהלך הביזה שנמשכה שלושה ימים ברציפות. ב-15 בנובמבר 1942, מעט לאחר שחרור קזבלנקה על ידי הכוחות האמריקאים כחלק ממבצע לפיד במלחמת העולם השנייה, התרחש פוגרום ביהודי העיר על ידי האוכלוסייה המוסלמית ובעידוד פקידים צרפתים אנטישמים.
העלייה ממרוקו התגברה במיוחד לאחר פרעות אוג'דה וג'ראדה של שנת 1948, במהלכם נהרגו 42 יהודים, כולל רב הקהילה של ג'ראדה ומשפחתו. בשנה לאחר הפרעות עלו לארץ כ-18 אלף יהודים ממרוקו. באוגוסט 1953 שבו ונערכו פרעות בעיר אוג'דה שבמהלכן 4 יהודים נהרגו, כולל ילדה בת 11. באותו חודש המשטרה הצרפתית מנעה מהמון מוסלמי לפרוץ גם למלאח של רבאט. בשנת 1954 בעיירה פטיז'אן (הידועה כיום בשם סידי קאסם) נערכו שוב פרעות נגד יהודים, במהלכן נהרגו 7 סוחרים וגופותיהם עברו התעללות אכזרית. בשנת 1955 המונים מוסלמים התפרצו לרובע היהודי בעיר מזאגאן ובזזו עשרות בתים. 1700 יהודים נמלטו ומצאו מחסה בחלק האירופאי שבעיר. מספר רב של בתים ברובע היהודי הוצתו ונשרפו עד יסוד ו-200 יהודים נותרו ללא קורת גג לחזור אליה. כחלק מאותו גל פרעות נערך טבח בעיר וואדי זם ) בו נהרגה משפחה בת חמש נפשות ושני יהודים נוספים. היציבות במרוקו כולה הייתה מעורערת בשנים אלה, עקב המאבק הלאומי המרוקאי לעצמאות מצרפת שהיה בחלקו גם מאבק חמוש.