ההכנות להמלכתה החלו באופן מיידי וממקום מושבה בקניה קבעה אליזבת את שמה הפרטי כשמה המלכותי. קנדה הצהירה ראשונה באופן רשמי על הכרתה בשלטון המלכה ולמחרת היום הוצאה הודעה רשמית בבריטניה. הפמליה המלכותית מיהרה לשוב לבריטניה עבור טקס ההכתרה ואליזבת ופיליפ עברו להתגורר בארמון בקינגהאם. לקראת ההכתרה עלתה שאלת שינוי שם בית המלוכה. הלורד מאונטבאטן הציע לשנותו ל'בית מאונטבאטן' ופיליפ הציע לשנותו ל'אדינבורו' על בסיס תוארו הדוכסי. לבסוף, בעצת סבתה של אליזבת, המלכה האם מרי מטק, ובעצתו של ראש ממשלת הממלכה המאוחדת, וינסטון צ'רצ'יל, הוחלט לשמור על שם המשפחה הקיים, וינדזור. הנסיך פיליפ אמר על כך: "אני הגבר היחיד בארצנו שנעתר ממנו להוריש את שמו לילדיו שלו."
בטווח הזמן שבין ההכרזה על ירושת הכתר לבין טקס ההכתרה הרשמי, אחותה של אליזבת, הנסיכה מרגרט, סיפרה לה על רצונה להינשא לפטר טאונסנד, גרוש, עם שני ילדים מנישואיו הקודמים, מבוגר ממנה ב-16 שנים, טייס בחיל האוויר המלכותי ללא קשרי משפחה לבית המלוכה. אליזבת ייעצה לאחותה שתחכה עם הצעת הנישואים שנה נוספת. לפי יועץ מקורב לאליזבת: "המלכה הייתה באופן טבעי סימפתית כלפי הנסיכה, אבל אני חושב שהיא ציפתה - או קיוותה - כי בהינתן הזמן, פרשת האהבים תתפוגג." בינתיים התפרסמה פרשת האהבים ברחבי התקשורת ועוררה התנגדות מצד גורמים שונים, בין היתר הכנסייה האנגליקנית, שאסרה על נישואים לאחר גירושים. במקרה ומרגרט ופטר היו מתחתנים במסגרת נישואים אזרחיים, הייתה ציפייה כי מרגרט תוותר על כל חלקה בסדר הירושה. לבסוף מרגרט ופטר נפרדו.
טקס ההכתרה הרשמי נערך במנזר וסטמינסטר ב-2 ביוני 1953. הטקס נערך במועד זה למרות מותה של המלכה מרי, סבתה של אליזבת (מצד אביה), עשרה שבועות בלבד לפני התאריך שנקבע לטקס. זאת על-פי בקשתה של המלכה מרי לפני מותה, שטקס ההכתרה של נכדתה לא ידחה. טקס ההכתרה במנזר וסטמינסטר, למעט המשחה והאוכריסטיה, שודר בטלוויזיה, לראשונה אי פעם. בהוראתה של אליזבת, שמלת ההכתרה שלה נרקמה עם סמלי הפרחים של מדינות חבר העמים.
אירועים בתקופת שלטונה.
באוקטובר 1957 ביקרה בארצות הברית, נאמה בפני עצרת האומות המאוחדות, והמשיכה לקנדה, בה הייתה לראש המדינה הראשון שפתח את מושב הפרלמנט. בשנת 1961 ביקרה בטורקיה, בהודו, באיראן, בפקיסטן ובנפאל. בשנת 1991 הייתה אליזבת לראש הממלכה המאוחדת הראשון שנאם בפני הקונגרס האמריקני. מדי שנה היא נוהגת להשתתף במפגש השנתי של ראשי ממשלות מדינות חבר העמים הבריטי, מהשנה הראשונה לקיומו בשנת 1973. נכון ל-2008, המלכה אליזבת היא ראש המדינה שקיים את מספר הנסיעות הממלכתיות הגבוה ביותר הידוע בהיסטוריה.
בין השנים 1970–1974 סבלה בריטניה מגל של שביתות, ממשבר הנפט ועליית האינפלציה, אך המצב השתפר עם חזרת הלייבור לשלטון. ב-1979 חזרו השמרנים לשלטון, בהנהגת "אשת הברזל", מרגרט תאצ'ר. תקופת כהונתה התבלטה בעידוד הקפיטליזם – חברות ממשלתיות הופרטו, הופחתה השליטה הממשלתית על שוקי הכספים וקוצצו מיסים.
אירוע טראומטי במשפחתה אירע עם רצח דודו של פיליפ, לורד לואי מאונטבאטן על ידי ה-IRA ב-1979.
כשנשאה אליזבת את נאומה השנתי לאומה בערב חג המולד 1992, כינתה את השנה שחלפה "אנוס הוריביליס" (annus horribilis) – שנה נוראית (בלטינית). באותה שנה נשרף הארמון האהוב עליה, טירת וינדזור, בנה צ'ארלס הודיע על פרידתו מדיאנה, בתה אן ובנה אנדרו התגרשו מבני זוגם וגרושתו של אנדרו צולמה בלבוש מינימלי בחברת מאהב אמריקני. שנת 2002 נשאה אופי דומה, עם פטירתן של אחותה, הנסיכה מרגרט, ואימה, המלכה האם.
תחת ממשלת הלייבור של טוני בלייר השתתפה בריטניה במלחמה בעיראק ובלחימה בטרור.
המלכה מעניקה תוארי כבוד ואצולה לאנשים שהשפיעו על החיים בממלכה, ומשתתפת בפגישות אבירי מסדר הבירית ואבירי מסדר הדרדר. היא משמשת כפטרונית וכנשיאה של 700 ארגונים שונים.
ב-9 בספטמבר 2015 הפכה אליזבת למלכה שתקופת כהונתה היא הארוכה ביותר בכל ההיסטוריה של הכתר הבריטי (עד מועד זה כיהנה המלכה ויקטוריה במאה ה-19 למשך פרק הזמן הארוך ביותר- 63 שנים ו-217 ימים). את האירוע ציינה המלכה בחנוכת קו הרכבת החדש בין אדינבורו לתחנת טווידבנק בנסיעה ברכבת קיטור כשלצידה השרה הראשונה של סקוטלנד, ניקולה סטרג'ן.
התפתחות חבר העמים הבריטי.
שלטונה של אליזבת נפרש על פני שבעה עשורים, במהלכם שינו את פניהם העולם בכלל והאימפריה הבריטית בפרט. האימפריה הבריטית החלה לשנות את הרכבה ואופייה לאחר הצהרת בלפור (1926) ואשרורה בהצהרת וסטמינסטר בשנת 1931.
בראשית כהונתה של אליזבת כמלכה דובר רבות על עידן חדש. אחד מתפקידיה העיקריים היה התאמת הממלכה המאוחדת לשיתוף הפעולה הכלכלי והצבאי הבינלאומי המתהווה. חבר העמים הבריטי, דמותה המודרנית של האימפריה הבריטית, דרש את התייחסותה לטיפוח הקשרים בין המדינות, ובמקרים מסוימים, דוגמת דרום אפריקה, לשיקום היחסים. זמן קצר לאחר הכתרתה יצאה עם הנסיך פיליפ לסיור עולמי שנמשך שישה חודשים בשנים 1953–1954. במהלך הסיור ביקרה באוסטרליה, בניו זילנד ובפיג'י והייתה הראשונה בין מלכי הממלכה המאוחדת לבקר במדינות אלו. מאז סיור זה קיימה המלכה סיורים רבים ברחבי העולם.
בראשית שלטונה הסתבכה בריטניה במלחמת סיני (1956), שבמהלכה פלשה למצרים יחד עם ישראל וצרפת, בעקבות ניסיונו של ראש הממשלה אנתוני אידן להשיג שוב חזקה בריטית על תעלת סואץ. בשנת 2007 נחשפה לראשונה חלופת מכתבים משנת 1956 בין ראש הממשלה הבריטי אנתוני אידן וראש הממשלה הצרפתי גי מולה, בה דנו השניים באפשרות צירופה של צרפת לברית משותפת עם הממלכה המאוחדת. המגעים נעשו בצל ההשפלה הלאומית ששתי המדינות ספגו במלחמת סיני, שבסופה הגיעו למסקנה כי אין ביכולתן להמשיך ולפעול על בסיס מדיניות חוץ עצמאית. הציפייה הייתה כי איחוד בריטי-צרפתי יאפשר עלייה של מעצמת-על שלישית, שתשתווה לברית המועצות וארצות הברית, ותשמר את הקולוניאליזם. בין היתר הוצע שאליזבת תכהן כראש המדינה בצרפת. מולה, במכתב מספטמבר 1956, לא ראה קושי ניכר בהעברת ההחלטה. ההצעה לא הוכרעה, וכעבור שנה חתמה צרפת על הסכם רומא.
חודשיים לאחר הכישלון המדיני במלחמת סיני, ראש הממשלה אידן התפטר מתפקידו והוחלף בהרולד מקמילן. עקב משבר ההנהגה בקרב המפלגה השמרנית, הלה התקשתה לבחור יותר לאידן ולהקים ממשלה חדשה ללא התערבות חיצונית. על כן המלכה התערבה, ודרך התייעצות עם הלורד נשיא המועצה, הלורד צ'נסלור, חברי הספסלים האחוריים בפרלמנט מימי המועצה השמרנית של 1922, הקבינט וצ'רצ'יל, החליטה למנות את מקמילן לראש ממשלה ולהורות לו להקים ממשלה חדשה.
ב-2011 ביקרה באופן רשמי באירלנד. היה זה הביקור הראשון של מונרך בריטי במדינה מאז ביקורו של סבה, ג'ורג' החמישי ב-1911, והראשון מאז שאירלנד קיבלה את עצמאותה ונהפכה לרפובליקה. הביקור נתפס כעוד נדבך בנורמליזציה של היחסים בין בריטניה לאירלנד שהחלה בהסכם יום שישי הטוב.
מדינות שעליהן היא מולכת.
כמו כן היא מלכה לתקופה מסוימת במדינות הבאות:
משך כהונתה.
בפברואר 2003 עברה אליזבת בתקופת כהונתה את משך כהונתם של ארבעת קודמיה יחד: אדוארד השביעי, ג'ורג' החמישי, אדוארד השמיני וג'ורג' השישי. החל מ-13 באוקטובר 2016 היא ראש המדינה הוותיק ביותר בעולם. כהונתה היא הארוכה ביותר בהיסטוריית המלוכה הבריטית ובמהלכה כיהנו תחתיה ארבעה-עשר ראשי ממשלה בריטיים. מהתאריך ה-13 ביוני 2022, תקופת כהונתה כמונארכית היא השנייה באורכה בהיסטוריה אחרי לואי ה-14.
מצבה הבריאותי מוגדר מצוין ואליזבת אינה נוטה לחלות. באוקטובר 2006 היא סבלה מהתפרצות כלי דם בעינה הימנית, ומאוחר יותר גם מכאבים בגבה. כחודש לאחר מכן נפוצו שמועות על הידרדרות מצבה הבריאותי לאחר שהופיעה בציבור כשידה הימנית חבושה, אך התברר שפציעתה היא תוצאת התערבותה בריב בין שניים מכלבי הקורגי שברשותה.
ב-21 בדצמבר 2007 הפכה אליזבת לשליטת הממלכה המאוחדת המבוגרת ביותר בהיסטוריה, כשכל קודמיה לא כיהנו בתפקידם בגיל 81. ב-9 בספטמבר 2015 הפכה לשליטה שכיהנה בתפקיד במשך התקופה הארוכה ביותר, כשבאותו יום, תקופת מלכותה השתוותה לזו של המלכה ויקטוריה, אשר הייתה הארוכה ביותר בתולדות המדינה עד אז.
חגיגות יובל הכסף, יובל הזהב ויובל היהלום למלכותה, בשנים 1977, 2002 ו-2012 צוינו ברחבי הממלכה בטקסים ומופעים. ארוחה וטקס תפילה רבי משתתפים התקיימו בשלושת המועדים בקתדרלת סנט פול. בשנת 2002 מותנו החגיגות, הן עקב פטירתן של אימה ואחותה בראשית השנה והן לאור מעמדה המעורער של המונרכיה בבריטניה.
ב-30 בדצמבר 2010 הפכה המלכה לסבתא-רבתא, לאחר שלפיטר פיליפס, בנה של הנסיכה אן, נולדה בת בכורה.
ב-29 באפריל 2011 נשא נכדה, הנסיך ויליאם, דוכס קיימברידג', בנם של הנסיך צ'ארלס והנסיכה דיאנה, לאישה את קייט מידלטון, אשר לאחר החתונה הפכה לדוכסית מקיימברידג'. ב-22 ביולי 2013 נולד בנם של ויליאם וקייט, ג'ורג', נסיך קיימברידג', ב-3 במאי 2015 נולדה בתם הנסיכה שארלוט מקיימברידג' וב-23 באפריל 2018 נולד בנם הנסיך לואי מקיימברידג'.
על אף פרסומים בנוגע להאצלה מסמכויותיה לבני משפחת המלוכה, ממשיכה אליזבת לקיים את סדר יומה, ובשנת 2006 נמסר מהארמון כי אין בכוונתה לוותר על תפקידה. בשנת 2007 היא ערכה ביקור ממלכתי בארצות הברית, לציון 400 שנות התיישבות בריטית בג'יימסטאון. זמן קצר לפני יום הולדתה השמונים פורסמו סקרי דעת קהל ובהם תמיכה רבה בהמשך כהונתה בתפקיד.