ההצלחה של הכמרים הקתולים הספרדים בהמרת דתם של ההופי לנצרות הייתה שולית והספרדים התנכלו להם משום שההופי התעקשו לדבוק באמונתם הדתית. בפועל הכובשים הספרדים שעבדו את אוכלוסיית ההופי, חייבו את בני ההופי לעבוד עבורם בכפייה ולהעלות להם כמס מוצרים ויבולים. הדיכוי הספרדי והניסיונות לנצר את ההופי גרמו במשך הזמן לזעם כבוש כנגד הכובשים הזרים. בין 1519 ל-1650 נמחו מספר רב של פואבלו של ההופי בשל מגפות שהביאו האירופאים או עקב מעשי אלימות של ספרדים שחיפשו אוצרות. בסוף של דבר החליטו האינדיאנים בכפרי הפואבלו שלאורך הריו גראנדה להתמרד וביקשו וקיבלו את תמיכת ההופי.
מרד הפואבלו וההופי היה הפעם הראשונה ששבטי אינדיאנים שונים פעלו תוך תיאום על מנת לגרש את המתיישבים הספרדים. במהלך מרד ההופי כנגד הספרדים, הותקפו מיסיונים קתולים, כל הכמרים והנזירים נרצחו ובנייני המיסיון פורקו עד היסוד. למעלה משני עשורים עברו עד שהספרדים הצליחו להשתלט מחדש על הפואבלו שלאורך הריו גראנדה, אבל עם זאת ההשפעה הספרדית על האזור המרוחק יותר של ההופי הייתה מוגבלת יותר. עם תחילת המאה ה-18 החלו הכמרים הספרדים לבנות מחדש כנסייה קטנה יותר בפואבלו אַוַוטַפִּי. בחורף 1701-1700 תקפו לוחמים מכפרי ההופי האחרים את פואבלו אַוַוטַפִּי על פי בקשה ממנהיג הכפר, הרגו את כל הגברים בפואבלו, והעבירו את הילדים והנשים לכפרים אחרים, ואז הרסו לחלוטין את הכפר ושרפו אותו עד היסוד. מאז, למרות כמה ניסיונות בודדים במהלך המאה ה-18, הספרדים לא חידשו את שליטתם בארץ ההופי.
יחסי ההופי-ארצות הברית 1946-1849.
ב-1849 מונה ג'יימס קלהון (James S. Calhoun) כסוכן לענייני האינדיאנים (Indian agent) של הלשכה לענייני אינדיאנים של הטריטוריה הדרומית של ארצות הברית. המטה שלו היה בסנטה פה והוא היה אחראי לכל התושבים האינדיאניים של האזור. הפגישה הרשמית הראשונה בין ההופי והממשל האמריקני התרחשה ב-1850 כאשר שבעה ממנהיגי ההופי הגיעו לסנטה פה להיפגש עם קלהון. הם רצו שהממשלה האמריקנית תספק להם הגנה מפני הנאוואחו, שבט דובר שפת האפאצ'י, אך שונה משאר שבטי האפאצ'י. מנהיגם של ההופי בתקופה זו היה "נאקוואייאמטווה" ("Nakwaiyamtewa").
צבא ארצות הברית הקים את מבצר פורט דפייאנס (Fort Defiance) באריזונה ב-1851, והציב כוחות באזור הנאוואחו במטרה להתמודד עם האיום שהיוו להופי. הגנרל ג'יימס קרלטון (James J. Carleton) שקיבל סיוע מהסייר קיט קרסון מונה לסייר באזור. הם "לכדו" בני נאוואחו והעבירו אותם למבצר. עקב ההגירה הכפויה המכונה הצעידה הארוכה של הנאוואחו (Long Walk of the Navajo), נהנו ההופי מתקופת שלום קצרה.
ב-1847 התיישבו מורמונים ביוטה וניסו להמיר את דתם של האינדיאנים לדת המורמונית. ג'ייקוב המבלין (Jacob Hamblin), מיסיונר מורמוני, ביקר לראשונה בארץ ההופי ב-1858. הוא הצליח ליצור קשרים חברתיים עם ההופי. ב-1875 נבנתה כנסייה מורמונית על אדמות ההופי.
חינוך.
ב-1875 ליווה סוחר אנגלי בשם תומאס קימס (Thomas Keams) את מנהיגי ההופי לפגישה עם נשיא ארצות הברית צ'סטר ארתור בבירה וושינגטון. לולומה ("Loololma"), מנהיג הכפר אוראיבי בתקופה זו, התרשם מאוד מוושינגטון. מאחר שהגיע למסקנה שחינוך הוא שאפשר את אורח החיים של הלבנים הוא חזר לכפרו נחוש להקים בית ספר מסודר לילדי ההופי. ב-1886 חתמו עשרים ממנהיגי ההופי על עצומה שנשלחה למפקח על ענייני האינדיאנים ובו דרשו שיבנה בית ספר על אדמתם. ב-1887 פתח תומאס קימס פנימייה (Keams Canyon Boarding School) עבור ילדי ההופי ביישוב קימס קניון הקרוי על שמו.
תושבי אוראיבי לא תמכו בבית הספר וסירבו לשלוח את ילדיהם למרחק של 56 קילומטרים מכפריהם. בית הספר לימד את ילדי ההופי את יסודות התרבות האמריקנית-אירופית: אילץ אותם להשתמש באנגלית ולחדול ממנהגיהם המסורתיים. הכריחו אותם להסתפר, ללבוש בגדים אחרים, לשנות את שמם לשמות אנגליים וללמוד אנגלית. הבנים למדו חקלאות ונגרות, והבנות למדו לגהץ, לתפור ולאכול בצורה "תרבותית". בית הספר קימס גם דאג לחשוף את התלמידים לנצרות. הארגון המיסיונרי הבפטיסיטי "American Baptist Home Mission Society" ארגן תפילה כל בוקר ולימודי דת במהלך השבוע. ב-1890 הגיע המפקח על ענייני האינדיאנים לארץ ההופי יחד עם פקידי ממשל אחרים על מנת לבחון את ההתקדמות של בית הספר החדש. מאחר שראה שרק מעט תלמידים נרשמו לבית הספר הוא חזר יחד עם חיילים לארץ ההופי ואיים לאסור את ההורים אם יסרבו לשלוח את ילדיהם לבית הספר. הוא הצליח בכך להשלים מכסת התלמידים בבית הספר.
ארץ ההופי.
בעיני ההופי הייתה אדמתם קדושה. חקלאות היוותה חלק חשוב בתרבותם, וכפריהם התפרשו לאורך צפון אריזונה. ההופי ושכניהם מהנאוואחו לא הכירו בתפיסה המערבית של בעלות על האדמה וחלוקתה. הם חיו על האדמה עליה חיו אבותיהם. ב-16 בדצמבר 1682 העביר הנשיא ארתור צו נשיאותי שקבע הקמת שמורה עבור ההופי. הייתה זו שמורה קטנה בהרבה מהשמורה שהוקצתה לנאוואחו, שהייתה הגדולה במדינה.
שמורת הופי הוקמה בלב שמורת הנאוואחו. במקור הייתה צורתה מלבן שצלעותיו 88 על 110 קילומטרים כשאדמות כפרי ההופי מהווים כמחצית משטח זה. הקמת השמורה מנעה פלישה של מתיישבים לבנים לשטחם, אך לא הגנה על ההופי מפני הנאוואחו.
ההופי והנאוואחו המשיכו להיאבק על האדמה, והם ניהלו אסטרטגיות שונות של קיימות, ההופי עסקו בחקלאות והנאוואחו היו רועי צאן. בסופו של דבר פנו ההופי לוועדת הסנאט לענייני פנים (Senate Committee of Interior and Insular Affairs) בבקשה למצוא פתרון לסכסוך. המחלוקת בין השבטים הייתה על שטח של 7,300 קמ"ר בצפון אריזונה. ב-1887 העביר ממשל ארצות הברית את חוק ההקצאה של דוז (Dawes Allotment Act, על שם הסנטור הנרי דוז שהיה היוזם). מטרת החוק הייתה לחלק את השטח הקהילתי המשותף לחלקות פרטיות ברמת משק בית. המטרה הייתה לעודד את האינדיאנים לאמץ את המודל האמריקני-אירופי של חקלאות בת-קיימא על שטחי קרקע בבעלות משפחתית. גודל החלקות המשפחתיות על פי החוק היה 2,600 דונם או פחות. מחלקת הפנים של ארצות הברית הייתה אמורה להכריז על שארית האדמה שלא חולקה, כ"אדמה עודפת" לשם צורכי השבט ולאפשר את מכירתה לאזרחי ארצות הברית. עבור ההופי החוק היה עלול להרוס את יכולתם לעסוק בחקלאות, שהייתה מקור הכנסתם העיקרית. הלשכה לענייני אינדיאנים לא פעלה לחלק את האדמה על פי חוק זה בדרום מערב ארצות הברית.
הפילוג באוראיבי.
בעוד שלולולומה, מנהיג הכפר אוראיבי, תמך בהתלהבות בחינוך בני ההופי, היו מבני שבטו שהתנגדו לכך. מרבית תושבי הכפר היו שמרניים וסירבו לשלוח את ילדיהם לבית הספר. תושבים אלו כונו "עוינים" ("hostiles"), משום שהתנגדו לממשל האמריקני ולניסיונותיו לכפות התבוללות. שאר התושבים היו מכונים "ידידותיים" (“friendlies”), בשל הנכונות שלהם לקבל את דרכי האדם הלבן. ב-1893 נפתח בית ספר ללא פנימייה בכפר אוראיבי. אף שבית הספר היה בתוך הכפר, סירבו מרבית ההורים לשלוח את ילדיהם ללמוד בו משום שלא רצו שילדיהם יחשפו לתרבותו של האדם הלבן.
ב-1894 שלח הממשל האמריקני חיילים לכפר. הם אסרו 19 הורים שהודיעו על התנגדותם לשלוח את ילדיהם לבית הספר ושלחו אותם לכלא אלקטרז, שם שהו במאסר במשך שנה. מנהיג אחר של ההופי בשם "לומאהונגייומה" ("Lomahongyoma") התחרה עם לולולמה על מנהיגות הכפר. הכפר התפלג ב-1906 לאחר עימות בין ה"עוינים" ל"ידידותיים". העוינים השמרנים עזבו את הכפר והקימו יישוב חדש ושמו "הוטאווילה" ("Hotevilla"). אף על פי שבעימות ניצחו ה"ידידותיים" היישוב הנוכחי שומר בקנאות על המסורות, אינו שולח נציגים למועצת השבט אינו מוכן לקבל תקציבים ממנה, ואינו מתיר לתיירים המבקרים בכפר לצלם במקום.
ההכרה בהופי.
בתחילת המאה ה-20 הקים הממשל האמריקני בתי ספר, ושלח מיסיונרים, יועצי חקלאות ורופאים לכל אחת משמורות האינדיאנים. במסגרת מדיניות זו חויבה כל שמורה להקים כוח שיטור אינדיאני, בתי משפט שבטיים, ולמנות צ'יף שייצג את השבט כלפי הממשל האמריקני. במפקד האוכלוסין של 1910 נמנו בשבט ההופי כ-2,000 אנשים. בני הנאוואחו מנו אז 22,500 איש ואוכלוסייתם גדלה בהתמדה. במהלך השנים הראשונות של המאה ה-20 חיו רק כ-3% מההופי מחוץ לשמורה. ב-1924 הכריז הקונגרס האמריקני רשמית על האינדיאנים בארצות הברית כאזרחים של ארצות הברית.
הקמת הממשל השבטי המודרני.
על פי חוק הארגון מחדש של האינדיאנים (Indian Reorganization Act) של 1934, קבעו ההופי חוקה להקמת ממשל השבט, וב-1936 בחרו את מועצת השבט. המבוא לחוקת ההופי קובע שהם שבט בשלטון עצמי, המתמקד בשיתוף פעולה למען שלום והסכמים בין הכפרים במטרה לשמר את "הדברים הטובים באורח החיים של ההופי". החוקה כוללת 13 סעיפים המכסים נושאים שונים: טריטוריה, חברות בשבט, ארגון הממשל בחלוקה לרשות מחוקקת, מבצעת ושופטת, בחירות, זכויות אדם ועוד. החוקה אושרה ב-24 באוקטובר 1936 ועל בסיסה הוקם ממשל חד-ביתי (בניגוד לממשלים המורכבים מבית עליון ובית תחתון) שבו כל הסמכויות רוכזו בידי מועצת השבט. אף שיש זרוע ביצועית (יושב ראש השבט וסגנו) וזרוע שיפוטית, סמכותם מוגבלת על פי חוקת ההופי. הסמכויות המסורתיות של כפרי ההופי נשמרו בחוקה של 1936.
המחלוקות על אדמה בין ההופי לנאוואחו.