ויליאם דיוור מסכים שמוצא רוב הפרוטו-ישראלים באותם יישובים הוא כנעני מקומי, אך טוען שייתכן גם שחלקם אכן הגיע ממצרים אחרי שחווה חוויית עבדות ממנה נמלט, מה שמשאיר אפשרות שזיכרון המנהיג שהוביל אותם מעבר הירדן לאזור ההר (בסביבות 1250-1200 לפנה"ס) נשתמר, ונהפך עם הימים למיתוס סביב דמותו של משה המקראי.
קיימות מספר השערות בנוגע לראשיתם של בני ישראל:
יש הטוענים כי הפתרון לשאלת מוצאם של בני ישראל, הוא שילוב של כמה מההשערות, היינו: קבוצות נוודיות שהגיעו מחוץ לכנען עם מסורות שונות ממסופוטמיה, וייתכן גם תוצאת בריחת קבוצות אוכלוסין ממצרים, ומיזוגן לבסוף עם מקומיים שחיו באזור שדרת ההר המרכזי הדל באוכלוסייה.
יצירת השבטים.
על פי המסופר במקרא , אבות השבטים (מלבד בנימין) נולדו בחרן שבארם על פי החלוקה הפנימית הבאה:
למעשה מופיעות במקרא לא פחות מ-15 רשימות של השבטים: החל מסדר לידתם , בני יעקב , רשימת היורדים מצרימה , וברכת יעקב , ועד המפקדים , סדר השבטים , המרגלים , נשיאי המטות להתנחלות , סדר המסעות במדבר , העמידה על הר גריזים והר עיבל , וברכת משה .
נראה כי המקרא מקדיש תשומת לב רבה לאפיין את החלוקה הפנימית שבעם ישראל בהיבטים שונים. על פי הרב מאיר גרוזמן, שלשה גורמים ראשיים שולטים בסדרם של 15 הרשימות המופיעות במקרא:
ברוב הרשימות הועדפו בני הגבירות לאה ורחל על פני בני השפחות בלהה וזלפה, וברוב הרשימות נשמר המספר שנים עשר, כאשר לפעמים שבט לוי נכלל במניין ושבטי אפרים ומנשה נספרים כ"יוסף", ולפעמים נמנים אפרים ומנשה כשני שבטים נפרדים ושבט לוי לא נספר. על פי גרוזמן, סדרם של השבטים ברשימות מושפע פה ושם מברכתו של יעקב לבניו; ממצבם הדמוגרפי של השבטים; מהתנהגותם במדבר ומן היחס ששרר בין השבטים לבין עצמם.
שמות השבטים.
למעט בנימין, שמקבל את שמו מיעקב ללא הסבר, ומנשה ואפרים שמקבלים את שמם מיוסף, כל הבנים מקבלים את שמותיהם מאמם ומשמעות השם מוסברת במקרא. על פי המקרא, הבנים נולדו בסדר הבא, כאשר הראשונים הם בני לאה והאחרונים הם בני רחל:
ברכת השבטים.
פעמיים מופיעות במקרא ברכות לשבטים, המנוסחות באופן המשלב אפיונים תיאוריים עם איחולים ונבואות לעתיד. יעקב אביהם מברכם בסוף ימיו במצרים, ואילו משה מברכם בפעם השנייה לפני מותו בערבות מואב. ישנם הבדלים שונים בין הברכות ופרשני המקרא עומדים עליהם.
הנקודות העיקריות המעוררות תמיהה בהשוואה בין נוסחי הברכות:
יאיר גנז מוצא בברכת משה מגמה של פיוס, המופנית אל שבטים שננזפו בברכתו של יעקב.
שבטי ישראל במדבר.
מפקד אנשי השבטים.
על פי המקרא נערכו במהלך נדידת בני ישראל במדבר, שבין היציאה ממצרים לכניסה לארץ ישראל, שני מפקדים, בהם נמנו הגברים הראויים להילחם בכל שבט ושבט, מבני עשרים שנה ומעלה.
סה"כ 603,550 במפקד במדבר ו-601,730 במפקד בערבות מואב.
בין אם מדובר במספר ריאלי ובין אם מדובר במספר טיפולוגי, על פי המקרא יש ללמד על היחסים של סדרי הגודל בין השבטים השונים, על השבט הגדול ביותר יהודה, ועל התמעטותו הדרמטית של שבט שמעון עקב נפילתם של 24,000 מהם במגפה לאחר חטא בעל פעור.
ניתן לראות ברשימות אלו ששבטי נפתלי, אפרים, ראובן, שמעון וגד התמעטו בין שני המפקדים, בעוד ששבטי דן, אשר, מנשה, בנימין, יהודה, יששכר, וזבולון התרבו. בסה"כ התמעטו בני ישראל בין המפקדים ב-1,820 גברים הראויים להילחם מבני 20 ומעלה.
מחנות השבטים.
על פי ספר במדבר () התחלקו השבטים במדבר לארבעה מחנות שכל אחד כלל שלשה שבטים כאשר בראשם השבט הדומיננטי:
במרכז המחנה היה המשכן וסביבו שבט לוי. המטרה כנראה הייתה לפזר את הכוחות הצבאיים החזקים, כך שתהיה הגנה צבאית סבירה מכל כיוון שיותקף, וגם ליצור הפרדה ומידור בין המשכן לבין כל השבטים באמצעות שבט לוי.
בכניסה לארץ דרך הירדן, למעמד הברכה והקללה, התפצלו השבטים: חציים על הר הברכה, הר גריזים, וחציים על הר הקללה, הר עיבל.
נחלות השבטים בארץ ישראל.
על פי ספר יהושע (פרקים יג-יט), עם כניסת השבטים לארץ ישראל קיבל כל שבט נחלה, מלבד שבט לוי שלאנשיו פוזרו בין השבטים והוקצו להם 48 ערי הלוויים. בראש כל שבט עמד נשיא או ראש מטה. רוב השבטים ישבו באזור ההר והתקשו לתפוס את ערי הארץ כולן מידי יושבי הארץ, כמו הכנענים יושבי אחלב בצפון הארץ והיבוסים בירושלים, בשל עוצמתם הצבאית שכללה "רכבי ברזל". חלוקת הארץ באופן גס הייתה כדלהלן:
התוכנית המקורית הייתה להתנחל רק ממערב לירדן. עקב רצונם של אנשי ראובן וגד להתיישב בשטחי המקנה שנכבשו במזרח הירדן, נותר שטח של מובלעות בתחומי ארץ כנען. שבט ראובן וגד התיישבו בתחום שבין נחל יבוק הצפוני לבין נחל ארנון הדרומי שנשפך למרכז ים המלח, וחצצו למעשה בין העמים-האחים עמון הצפוני ומואב הדרומי. שבט מנשה היה השבט היחיד שהתפצל והיה משני הצדדים של הירדן.
שבט דן במקור יועד להתגורר באזור גוש דן של ימינו, אבל בלחץ הפלשתים הוא נדד צפונה לבשן ונהיה השבט הצפוני ביותר. שבט לוי לא קיבל נחלה, כי "ה' נחלתו", והוא למעשה התפזר בין כל השבטים ושימש בתפקידים של הנהגה רוחנית. שני השבטים הגדולים והנחשבים אשר הקימו בתי מלוכה, הם שבט יהודה ושבט אפרים. סביבם התפצלו המלכויות לממלכת יהודה וממלכת ישראל.
במרוצת הדורות חיברו מלומדים ואמנים פרשנות מילולית וחזותית לתיאורי נחלות השבטים וגבולותיהן, וכן צוירו והודפסו מפות רבות המתארות את ארץ ישראל ונחלות השבטים.
בשנת 2002 פרסמו פרופ' עמוס פרומקין ופרופ' יואל אליצור (חוקר מדעי היהדות) מאמר בו נטען כי תוואי הגבול של נחלת שבט יהודה באזור ים המלח, כפי שהוא מתואר בספר יהושע, תואם לקו החוף של ים המלח בין המאה ה-15 למאה ה-13 לפנה"ס, תקופה אשר במהלכה התבצעה, לפי הכרונולוגיה המסורתית, החלוקה של נחלות השבטים.
תקופת השופטים.
בתקופת השופטים כיהנו מנהיגים ממספר רב של שבטים. הבולטים שבהם היה שבט אפרים.
לשבט אפרים היה מספר השופטים הרב ביותר. לעומת זאת, אין שופטים שהמקרא מייחס אותם לשבטי ראובן ואשר (אם כי על פי התלמוד אין שבט שלא עמד ממנו שופט).
על פי שירת דבורה, שבטי אפרים, בנימין, מנשה, זבולון, נפתלי ויששכר יצאו למלחמה עם סיסרא, לעומת ראובן, גד, אשר ודן שהשתמטו ממנה. היא מתארת את הגיבורים משבט אפרים ובנימין, ואת מסירות נפשם של זבולון ונפתלי. ולעומתם היא מתארת את ראובן ממשיך ברעיית הצאן ואת דן ממשיך בשיט בספינותיו.
בתקופת השופטים שבט בנימין כמעט ונכחד, לאחר שכל השבטים הכריזו עליו מלחמה, עקב התנהגות בלתי מוסרית (פרשת פלגש בגבעה).
תקופת הממלכה המאוחדת.
לעומת הגיוון הרב בתקופת השופטים, על פי המקרא, בתקופת הממלכה המאוחדת כיהנו מנהיגים משבטי בנימין ויהודה בלבד. בתחילה שאול משבט בנימין שייסד את המלכות בישראל, ולאחר מכן דוד ושלמה משבט יהודה שביססו את המלכות. בספר שמואל מתוארים התנגשויות ועימותים בין שאול ודוד ואנשי שבטיהם. על פי הפרשנות המקובלת, מדובר לא רק בשני שבטים איתניים אלא גם בשני זרמים רוחניים שונים, בני רחל לעומת בני לאה. סיפורם של מלכים אלו מתואר באריכות ובפירוט בספר שמואל וגם בספר בדברי הימים. לאחר מות שלמה ופיצול הממלכה, מלכו בממלכת ישראל הצפונית מלכים שמוצאם משבטים שונים. סיפורם של מלכים אלה מתואר בספר מלכים.
התפלגות השבטים.
לפי המקרא, לאחר מותו של שלמה המלך נוהלה הממלכה המאוחדת במשך כשנתיים בידי בנו רחבעם שהקשה על העם במיסים ובעבודות יותר מאשר אביו. נציגי העם ביקשו פשרה והתמתנות של רחבעם, אך הוא בחר להקשיב ליועציו הלא מנוסים וחשב שאם יכביד את הנטל על העם יוכיח את כוחו כשליט. המצב הגאו-פוליטי כלל התמרדויות שונות מבית ומחוץ לממלכת ישראל המאוחדת, בעיקר ידועים מעשיו של פרעה שישק שעודד את ירבעם בן נבט משבט אפרים ואת הדד שליט אדום הכבושה על ידי ישראל להתמרד כנגד שלטון בית דוד הישראלי. לאחר מכן התפצלה ממלכת ישראל המאוחדת לשתי ממלכות, ממלכת יהודה בראשות רחבעם בדרום וממלכת ישראל בראשות ירבעם בצפון.
ממלכת יהודה כללה את שבט יהודה (ובתוכו את שבט שמעון שנטמע בתוכו כמעט כליל), שבט בנימין וחלק מבני שבט לוי, בעוד שממלכת ישראל כללה את כל היתר. לאחר חורבן ממלכת ישראל בידי האימפריה האשורית הוגלו לפי המקרא עשרת השבטים של הממלכה לפחוות שונות ברחבי האימפריה (מקומות שלדעת רוב החוקרים הם בשטחי סוריה, עיראק וחלק מאיראן של ימינו), אולם לפי המחקר הארכאולוגי עולה כי האשורים הגלו רק את האליטה החברתית בממלכת ישראל ויתר התושבים נשארו במקומם תחת מס גולגולת כבד. רבים מתושבי ממלכת ישראל שנחרבה נמלטו עם חורבנה דרומה לממלכת יהודה, ומשלב זה הפכו שבטי ממלכת יהודה לחלק העיקרי בעם ישראל. לפי האגדות היהודיות בתקופות המשנה והתלמוד גורלם ומקום הימצאם של "עשרת השבטים" המוגלים לא ידוע עד היום, אך ייתכן כי הגולים שמרו על ייחודם ועל זהותם הלאומית לפחות כמאה שנה לאחר הגלות, טרם נספחו לגולים מיהודה או נטמעו בחברה הכללית באזורים אליהם הוגלו, שכן בספר ירמיהו שנכתב כמאה שנים לאחר מכן ובתיאור שיבת ציון שב מוזכרים אנשים מהשבטים אפרים ומנשה - שפורשו על ידי משה דוד קאסוטו ואליה שמואל הרטום כ"כינוי לכלל שרידי עשרת השבטים שנטמעו בגולי יהודה".