עם פרוץ מלחמת בוסניה, נפלה העיר פוצ'ה, היושבת בדרום בוסניה והרצגובינה בקרבת הגבול עם מונטנגרו (באותה העת חלק מיוגוסלביה בחסות סרבית) לשליטת צבא רפובליקה סרפסקה. החל ב-7 באפריל 1992 ועד ינואר 1994, כוחות צבא ומשטרה סרבים ביצעו מסע טיהור אתני בסביבות פוצ'ה נגד אזרחים בוסניאקים. לפי הערכה אחת, כ-21,000 לא-סרבים ברחו מפוצ'ה וסביבתה לאחר יולי 1992. רובם התיישבו בעיירה רוז'אייה שבמונטנגרו עד לסיום המלחמה. רק כ-10 תושבים מוסלמים נותרו בסוף המלחמה בעיר. 13 מסגדים נהרסו ו-22,500 המוסלמים שהיוו את רוב התושבים נמלטו. המטרה הסרבית בפעילות הצבאית בסביבות פוצ'ה הייתה להביא לטיהור אתני מוחלט של האוכלוסייה המוסלמית. 2,704 תושבים בעיר וסביבתה נרצחו בידי הסרבים ברצח המוני מכוון.
בין אפריל ליולי 1992 נערך טבח ממושך סביב העיירה זבורניק היושבת על הגבול הסרבי-בוסני. ב-8 ביוני 1992, לאחר איסופם בהוראת הכוחות הסרבים, יותר מ-190 גברים נהרגו בבית המטבחיים המקומי, 88 נרצחו בבית הספר דרינג'קה ו-160 בבית הספר קראקאג'. לאחר הטבח הראשוני בעיר נערך טיהור אתני ממושך בן שלוש שנים מסביב לעיר. בסביבות 2,000 בוסניאקים נרצחו במסגרת הטיהור מסביב לזבורניק.
סרברניצה.
הטבח הגדול ביותר שאירע במסגרת רצח העם הבוסני היה טבח סרברניצה הידוע לשמצה שנערך ביולי 1995 בעיירה בוסנית בעלת אותו השם. הטבח הוצא לפועל לאחר תכנון ארוך וממושך בידי הכוחות הסרבים באזור. סרברניצה הייתה "אזור בטוח" (Safe Area) מטעם האומות המאוחדות שנשמר בידי כוחות שמירת השלום של האומות המאוחדות בעבור טיפול בפליטים ועקורים בוסניאקים בעוד הקרבות במסגרת המלחמה המשיכו מסביב לו. היו כוחות בוסניאקים שניצלו את השטח הנייטרלי בשביל להתחמש מחדש ולתקוף כוחות סרבים. אלו היו בעיקרן התקפות מזעריות ולא ממוקדות, אך התעמולה הסרבית הקצינה את המתרחש במחנה האזור הבטוח בשביל לתקוף אותו. הוכחה לאינטרס הסרבי המקורי לתקוף את סרברניצה מצויה בעדות הגנרל הסרבי ראטקו מלאדיץ' (שהיה אחראי להוצאתו לפועל של הטבח):
ניסיונות הכחשה של האירועים בסרברניצה טענו כי למעשה הטבח היה התפרצות זעם יוצאת דופן וספונטנית של הצבא הסרבי כלפי האוכלוסייה הבוסניאקית במטרה לנקום בבוסניאקים על המלחמה הממושכת. אף על פי כן התגלו מסמכים צבאיים רשמיים וצולמו תמונות לוויין שהוכיחו כי הכוחות הסרבים תכננו בקפידה את הטבח זמן רב לפני שהוציאו אותו לפועל. חודש לפני הטבח, ביוני 1995, רדובאן קאראג'יץ' הטיל על צבא רפובליקה סרפסקה את 'הוראה 7', לפיה על כוחות הצבא לאמלל ולהטיל טרור על האוכלוסייה האזרחית הבוסניאקית בסרברניצה. בנוסף, לפי הוראתו ועדותו של הגנרל הסרבי רדיסלב קרסטיץ' () (האחראי על ארגון הטבח), הובאו לסרברניצה דחפורים במטרה לחפור אתרי קבורה המונית.
הכנות נוספות לקראת הטבח כללו הכנה של תעלות שנחפרו באדמה בכדי לירות בכל אזרח בוסניאקי שעלול לנסות לברוח. כל הדרכים המובילות לסרברניצה נקטעו בידי הכוחות הסרבים במטרה ללכוד את האוכלוסייה האזרחית ומבנים בסביבת האזור יועדו להפוך לאתרי השמדה המונית ואליהם נשלחו הקרבנות באופן מכוון. רבים הועלו על משאיות ונשלחו בהן לאותם אתרים שיועדו להשמדה. תמונות לוויין מראות ארגון של 600 תושבים בתוך מגרש כדורגל שנשמר בידי חיילים סרבים ובתמונה של היום הבא נראה המגרש ריק מאדם כאשר שליש ממנו מפורק באדמה שנחפרה והפכו אותה על פיה (אתר הקבורה ההמונית). בראש ובראשונה קיים תיעוד מוסרט של התדיינות בין מלאדיץ' ואנשיו לנציגים האזרחיים הבוסניאקים, לאחר שהעיירה נפלה לידי הסרבים וכוחות הצבא הבוסני נסוג ממנה. בהקלטה המוסרטת מלאדיץ' מייעץ לנציגים האזרחיים שעל כל הבוסניאקים במקום לאסוף חפצים ולברוח משום שאם יישארו, ימותו.
בפועל, כל הבוסניאקים שניסו לברוח מהטבח נתפסו ונורו בידי כוחות סרבים שארבו להם בחפירות ובמקומות מסתור שונים מסביב לעיירה. בהמשך, לאחר הטבח, כאשר התברר כי הפעילות הסרבית תועדה בידי לוויינים, הכוחות הסרבים שבו לסרברניצה וחפרו מחדש את הקבורה ההמונית בניסיון להיפטר מהגופות, שהיוו ראיות לפשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות. ניסיונם להיפטר מהגופות צולם גם כן בידי לוויינים והוביל לאיתור הקברים ההמוניים הנוספים לאחר המלחמה. טבח סרברניצה היה הטבח הגדול ביותר שאירע ברצח העם הבוסני, במהלכו נרצחו לערך 8,000 איש בתהליך השמדה המונית שתוכנן בקפידה מזה חודשים בידי הכוחות הסרבים.
התנאים במחנות הריכוז.
כ-3,500 בני אדם, בעיקר גברים, הוחזקו בתנאים תת-אנושיים במחנה אומרסקה לאחר שגורשו מפריידור. אומרסקה היה הגדול במחנות הריכוז הסרבים. האסירים קיבלו ארוחה אחת ביום והאלימות מצד קציני המחנה הייתה נפוצה. תנאי החיים היו מזעזעים, כאשר מחנק שנגרם מצפיפות היה איום מתמיד על חיי האסירים. המחנה נסגר באוגוסט 1992 לאחר שהתגלה במקרה על ידי עיתונאים זרים שסקרו את האזור. 1,500 האסירים שנותרו בחיים חולקו לקבוצות וגורשו ליעדים שונים. כאשר המחנה התגלה בידי העיתונאות הזרה ופורסמה הפעילות של צבא רפובליקה סרפסקה ברחבי העולם, התפרצה תרעומת אזרחית מצד רוב המדינות המערביות. קצין סרבי ששמר על המחנה טען בפני משקיף מטעם האו"ם כי: "לא נבזבז עליהם את הכדורים שלנו". בהמשך טען הנשיא האמריקאי ג'ורג' בוש כי "לא ננוח עד שהקהילה הבינלאומית תקבל גישה מלאה לכל מחנות המעצר בבוסניה."
לא ברור כמה מחנות ריכוז הוקמו בבוסניה. אבל מובן שאומרסקה היה הגדול ביותר. מתחם מכרות אומרסקה ממוקם כ-20 ק"מ מהעיירה פריידור. העצורים הראשונים נלקחו למחנה לסביבות סוף מאי 1992. מבני המחנה היו מלאים כמעט לחלוטין וחלק מהעצורים נאלצו להיות מוחזקים על חלקת האדמה שבין שני הבניינים המרכזיים. "עם ההגעה, העצורים הוכו, לעיתים קרובות בקתות רובים ומקלות עץ ומתכת". עם הגעת העצורים הראשונים, הוקמו עמדות שמירה קבועות מסביב למחנה, והוצבו מוקשים נגד מסתננים או אנשים שעלולים לנסות לברוח מסביב המחנה. התנאים במחנה היו תהומיים. בבניין המכונה "הבית הלבן", החדרים היו עמוסים ב-45 איש בחדר בגודל של לא יותר מ-20 מ"ר. נשים הוחזקו בנפרד בבניין המנהלה של המחנה. על פי מסמכי השלטונות הסרבים מפריידור, בסך הכל הוחזקו במחנה 3,334 אסירים מ-27 במאי עד 16 באוגוסט 1992. 3,197 מהם היו מוסלמים בוסנים.
לאחר התרעומת התקשורתית כמעט כל מחנות הריכוז הסרבים נסגרו, מלבד המחנות הבאים: מחנה קראטרם (Keraterm) - אחד משלושת המחנות הגדולים בסביבת פריידור, לצד אומרסקה וטרנופוליה שנסגרו כבר לקראת סוף 1992. במחנה הוחזקו בין 1,000 ל-1,500 איש ונהרגו בתוכו בסביבות 150 איש; מחנה הכליאה באטקוביץ' (Batković) - המחנה, היושב בסביבת בִּייֶלִינָה, תפקד לאורכה של כל המלחמה וכלל 4,000 מוחזקים, עיקרם בוסניאקים אך גם מיעוט של קרואטים. לפי הטענה הבוסנית הרשמית נהרגו במחנה 80 איש; ומחנה מניאצ'ה (Manjača) - מוקם ליד מרגלות הר בעל אותו שם, בקרבת מקום לבאניה לוקה, בירת הרפובליקה סרפסקה דה פקטו. המחנה, שהוקם ב-1991, נסגר בלחץ בינלאומי באוקטובר 1993 אך נפתח מחדש במהלך 1995 והמשיך לפעול עד לסיום המלחמה בבוסניה. במסגרת פעילותו הוחזקו בו בערך בין 4,500 ל-6,000 איש לפי הערכות זרות.
ניצול מיני.
לפי נתוני האומות המאוחדות, בין 20,000 ל-50,000 נשים וגברים נאנסו או הותקפו מינית במהלך המלחמה בין 1992 ל-1995 בבוסניה והרצגובינה. מספרי הקורבנות של אונס, ניצול ותקיפה מינית לא ידועים. נשים היו נתונות לאונס ולמעשי זוועה אחרים במחנות ריכוז ובמה שנודע בתור "מחנות אונס". השימוש באלימות מינית היה כה נרחב במהלך הסכסוך ורצח העם בבוסניה, עד שבית הדין הפלילי הבינלאומי ליוגוסלביה לשעבר, שהוקם ב-1993 כדי לחקור את האשמות בדבר זוועות, החליט לכלול אונס כפשע נגד האנושות. קורבנות אונס בזמן מלחמה נותרו שותקים לעיתים קרובות ולא פרסמו את חוויותיהם או הלכו לטיפול נפשי או פיזי במשך שנים כדי להימנע מסטיגמה או גינוי על ידי משפחותיהם וקהילותיהם.
נשים וילדים היו אלה שסבלו הכי הרבה מניצול מיני במהלך המלחמה. מספר הילדים שנולדו מתוך ניצול מיני זה במהלך המלחמה מוערך בין 2,000 ל-4,000 איש. הנושא של הילדים שנולדו מתוך הניצול המיני הפך לטאבו חברתי כבר עם הופעתו. האנשים שנולדו מתוך כך אינם סרבים או בוסנים. ברנקה אנתיק-שטאובר, מנהלת עמותת "כוח האישה", ציינה ב-2021 כי 90% מהנשים שפנו לעזרה מטעם מהעמותה התמודדו עם התעללות מינית בזמן המלחמה. לדבריה: "לעיתים קרובות גברים לא מסוגלים להתמודד עם העובדה שנשותיהם היו 'שייכות' למישהו אחר, בלי קשר לעובדה שזה היה מעשה אלימות."
בעקבות רצח העם בבוסניה.
משבר הפליטים והעקורים.