בזמן שהותו בנירנברג, העיד קסטנר גם נגד שניים מראשי הממשל הנאצי בהונגריה ואלה נשפטו לתקופות מאסר ארוכות.
משפט גרינוולד (המכונה "משפט קסטנר").
בשנת 1947 עלה קסטנר לארץ ישראל. בזכות פעילותו בתנועת העבודה הציונית בהונגריה ולאור ניסיונו כעיתונאי, התמנה בשנות המדינה הראשונות לדוברו של השר ד"ר דב יוסף במשרד המסחר והתעשייה ואף היה מועמד ברשימת מפא"י בבחירות לאספה המכוננת (הכנסת הראשונה) ולכנסת השנייה.
באוגוסט שנת 1952, עיתונאי ירושלמי בשם מלכיאל גרינוולד, שהוציא עלון משוכפל בשם "מכתבים לחברי המזרחי", יצא בעלונו בהאשמה כי קסטנר הכשיר את הקרקע לרצח יהודי הונגריה על ידי הנאצים והשתתף בגזל רכושם על ידי קורט בכר. "ידידי חברי המזרחי בהונגריה, ידידי היקרים," כתב גרינוולד, "ריח פגר מגרד את נחירי, זו תהיה הלוויה משופרא דשופרא. את ד"ר רודולף קסטנר צריך לחסל". הדברים זכו להדים כאשר השבועון "העולם הזה" פרסם את האשמותיו של גרינוולד.
השר ד"ר דב יוסף, שקסטנר עבד במשרדו, והיועץ המשפטי לממשלה, חיים כהן, שכנעו את קסטנר להגיש תלונה רשמית נגד גרינוולד, כיוון שסברו שאיש ציבור אינו יכול להמשיך בתפקידו מבלי להגיב על האשמות כמו אלו שהוטחו בידי גרינוולד. פרקליטות המדינה הגישה נגד גרינוולד כתב אישום בגין הוצאת דיבה. המשפט נפתח ב-1 בינואר 1954 בבית המשפט המחוזי בירושלים בפני נשיא בית המשפט, השופט ד"ר בנימין הלוי, לימים חבר הכנסת מטעם תנועת החרות וד"ש, כדן יחיד. השמעת העדויות, חקירת העדים וסיכומי הצדדים נמשכו עד לאוקטובר 1954 ופסק הדין ניתן על ידי השופט הלוי ביוני 1955.
הדיון המשפטי הפך לבירור רחב יריעה של כל שואת יהודי הונגריה. הנאשם יוצג על ידי עו"ד שמואל תמיר, איש אצ"ל לשעבר ולימים שר המשפטים בממשלת ישראל. את שהתחיל כתביעת דיבה נגד גרינוולד הפך תמיר בעיני הציבור ל"משפט קסטנר", וגולל האשמה חריפה נגד ראשי היישוב, הסוכנות ומפא"י כי בשנות השואה חיפו על קסטנר ופעולותיו והשתיקו במתכוון את הידיעות על ההשמדה לפי הוראת הבריטים ותוך שיתוף פעולה עמם. תמיר הטיח בקסטנר האשמות בדבר שיתוף פעולה עם הנאצים, הסתרת הידיעות על סכנת ההשמדה מפני יהודי הונגריה, הפקרת המוני היהודים כדי להציל את יהודי הרכבת "המיוחסים", שהיו קרוביו וידידיו, הכשלת שליחותו של יואל ברנד והפקרת הצנחנים יואל פלגי, פרץ גולדשטיין וחנה סנש. כן הטיח בקסטנר אשמת ברית עם קורט בכר, שהתבטאה במתן עדות לטובתו בפני בית הדין בנירנברג ובעיקר בנטילת חלק מכספי הכופר, שנפלו בידי קורט בכר לעצמו. במהלך המשפט הטיח תמיר בקסטנר שבכר שוחרר מנירנברג הודות להתערבותו האישית וקסטנר צעק בתגובה: "זה שקר!". או אז הציג תמיר את המכתב ששלח קסטנר לשר האוצר אליעזר קפלן, ובו כתב לו: "בכר שוחרר בינתיים תודות להתערבותי האישית".
תמיר טען במשפט שקסטנר הסתיר מבני קהילתו את המידע על השמדת היהודים, ושאילו הזהירם ייתכן שהיו יכולים להימלט לרומניה או להתארגן להתנגדות מזוינת. הוא הביא עדים מעירו של קסטנר שאישרו שקסטנר לא גילה להם את עניין ההשמדה ושאילו ידעו היו בורחים או מתנגדים. קסטנר, לעומת זאת, טען כי לא ידע בוודאות על ההשמדה וטען שגם אם היה מזהיר אותם – לא היו יכולים להימלט או לארגן התנגדות. לדבריו הוא היה יכול רק לגרום לבהלה ולא היה מציל את מי שבסופו של דבר הצליח להציל. תמיר טען לעומתו כי "רכבת המיוחסים" ניתנה לו תמורת שתיקתו לגבי ההשמדה. קסטנר היה שייך בהונגריה למפלגת "האיחוד", שהייתה מזוהה עם מפא"י ולטענת תמיר הוא פעל על פי הנחיות מפא"י. קתרינה סנש, אמה של חנה, סיפרה במשפט שקסטנר התנכר לה בזמן שבתה נעצרה בבודפשט. הצנחן יואל פלגי סיפר שקסטנר שידל אותו ואת פרץ גולדשטיין להסגיר את עצמם לגסטאפו, כדי שלא יארגנו התנגדות יהודית בהונגריה. בספר הזיכרונות שפרסם פלגי קודם לכן, הוא לא הזכיר את חלקו של קסטנר בהסגרתו לגסטאפו ובמשפט נאלץ להודות ששיקר בספרו כדי לחפות עליו, בהיותו חברו למפלגה.
ככל שהמשפט הלך וקיבל את צורתו – ממשפט נגד גרינוולד לכתב אישום חריף נגד קסטנר והחוגים שמהם יצא – הוא משך תשומת לב גוברת והולכת בדעת הקהל. הפרקליטות החליטה כי יש להחזיר את המשפט לאפיקו המקורי, דהיינו – האשמתו של גרינוולד. לצורך כך הוחלף הפרקליט אמנון תל, ששימש כתובע במשפט, ביועץ המשפטי לממשלה עצמו, חיים כהן, שהיה משפטן רב מוניטין (ולימים שופט בית המשפט העליון).
דעת הקהל הושפעה במהלך המשפט מהופעתו של שמואל תמיר ומכתבותיו ומאמריו של אורי אבנרי בשבועון "העולם הזה". מבחינתו של אבנרי היה המשפט הוכחה כי השלטון במדינת ישראל נמצא בידי עסקנים, ולא בידי אלה שהיו ראויים לו באמת: אנשי "דור תש"ח", שהקיזו דמם בשדות הקרב של מלחמת העצמאות. "העולם הזה" הפך בעת המשפט לשופרו של שמואל תמיר, ובין אבנרי לתמיר נכרתה ברית בלתי כתובה (אשר בחלוף העתים תהפוך ליריבות), שהיה לה גם בסיס אידאולוגי על רקע היסוד הכנעני שהיה טמון בהשקפתם של שני האישים. אף על פי שתמיר היה איש ימין מובהק, הוא נמנה עם חברי קבוצה שפרשה בראשית שנות החמישים מתנועת החרות, אשר כללה גם את שמואל מרלין, הלל קוק וערי ז'בוטינסקי. בדעותיהם של חברי הקבוצה היה גוון כנעני מובהק, דבר שעלה בקנה אחד עם השקפותיו של אבנרי, שנתן לתמיר במה בשבועונו.
המשפט הפנה שוב את תשומת הלב לצנחני היישוב באירופה וגרם בעקיפין ליוזמה לקיים טקס הנצחה לפרץ גולדשטיין בקיבוץ מעגן, שנקטע בשל אסון מעגן. בטקס היה אמור ראש הממשלה משה שרת לנאום נאום מיוחד בנושא פעולות היישוב היהודי ומפא"י בתקופת השואה. בסופו של דבר השמיע שרת חלק מהנאום המקורי בנאום הספד ברדיו לנספי האסון. המשפט גם הוביל להגשת הצעת חוק שהובילה להסבת שמו של קיבוץ נצר לנצר סרני על-שם אנצו סרני, שהיה צנחן חבר מפא"י, כיוון שצמרת המפלגה ראתה חשיבות מיוחדת בהבלטת פעילותו נוכח משפט קסטנר.
פסק הדין.
ב-22 ביוני 1955 הקריא השופט בנימין הלוי את פסק הדין. פסיקתו זעזעה את דעת הקהל במדינה, ובייחוד המשפט שכיכב בכותרות העיתונים: "קסטנר מכר את נפשו לשטן". הלוי מצא כי קסטנר שיתף פעולה עם הנאצים בהשמדת יהודי הונגריה ובהצלת פושע המלחמה קורט בכר מעונשו.
פסק הדין השתרע על פני 241 עמודים. השופט פסק בו כי קסטנר הפריד בין המוני העם לבין מיעוט של מיוחסים, קרובים וחברים, והעלים מידיעת חצי מיליון יהודים את סכנת ההשמדה הצפויה להם:
את טענותיו של גרינוולד חילק השופט הלוי בפסק דינו לארבעה חלקים:
השופט הלוי הדגיש את ממצאיו הבאים:
רק בעניין אחד לא מצא השופט הלוי ראיות לאשמתו של קסטנר, והוא ההאשמה כאילו נטל חלק מכספי הגזל שבידי קורט בכר.
בפסק דינו קבע השופט הלוי כי ההגנה הוכיחה את נכונות ההאשמות הראשונה, השנייה והרביעית האמורות לעיל, אך לא כן לגבי ההאשמה השלישית (בדבר שותפות הגזל). על כן מצא את מלכיאל גרינוולד אשם בסעיף זה בלבד וגזר עליו קנס סמלי של לירה אחת. כן הורה השופט למדינה לשלם לגרינוולד הוצאות משפט בסך 200 לירות (החלטה שגם לה הייתה חשיבות סמלית בלבד, מאחר שסכום זה היווה כחצי אחוז מהוצאות ההגנה בפועל).
קסטנר וחיים כהן לא נכחו באולם בעת הקראת פסק הדין. למחרת השווה קסטנר את המשפט, בהודעה ב"קול ישראל", למשפט דרייפוס.
תגובות לפסק הדין.
פסק הדין גרם לזעזוע במדינה ובעולם היהודי והפך למרכזו של דיון ציבורי לקראת הבחירות לכנסת השלישית, בשנת 1955. הציבור בארץ נחלק: חלקו אימץ ללא סייג את החלטת השופט, וחלקו מתח ביקורת על פסיקתו הנחרצת של השופט בעניין השואה, שהתרחשה עשור קודם לכן והייתה אירוע ללא תקדים שלא ניתן לחרוץ עליו את הדין באופן כה החלטי. יואל פלגי, מצנחני היישוב, שהיה עד במשפט, אמר כי מדובר בדברים אשר שום שופט שאינו מניצולי השואה לא יבין לעולם.
קול נחרץ נגד פסק הדין היה של העיתונאי ד"ר משה קרן, שהיה כתב ופרשן פוליטי בעיתון "הארץ" ומקורבו של ראש הממשלה משה שרת שאף תידרך אותו לאחר פסק הדין. ב-8 ביולי 1955, פרסם קרן תגובה בעיתון "הארץ" לפסק הדין:
ב-10 ביולי הוסיף וכתב:
לעומתו כתב ד"ר עזריאל קרליבך, עורכו של "מעריב", ביום שלמחרת גמר הקראת פסק הדין:
גם "ידיעות אחרונות" כתב במאמר המערכת שלו:
וב"חרות" כתב ניצול השואה חיים לזר-ליטאי:
על רקע פסק הדין פרץ משבר ממשלתי, שגרם להרכבת ממשלה חדשה. מפלגת הציונים הכלליים, שהייתה חברה בקואליציה שבראשות מפא"י, נמנעה מהצבעה בהצעת אי אמון בממשלה, שהוגשה על ידי חרות. עילותיה היו עצם ההחלטה על הגשת כתב האישום נגד גרינוולד וכן החלטתו של היועץ המשפטי לממשלה לערער על פסק הדין. ראש הממשלה משה שרת הגיש את התפטרות הממשלה, והרכיב ממשלה חדשה ללא השתתפות הציונים הכלליים.
קובלנתו של גרינוולד.
גרינוולד הגיש קובלנה פרטית כנגד קסטנר בטענה שמסר עדות שקר במהלך המשפט בבית המשפט המחוזי, כאשר הצהיר במשפט העיקרי שלא העיד בבית המשפט הבינלאומי לטובת קורט בכר. למשפט זה התייצב קסטנר כשהוא מיוצג על ידי עורך דין מיכה כספי. הקובלנה נידונה תחילה בבית משפט השלום בתל אביב, שם ביקש כספי להעביר את הדיון לבית המשפט בירושלים, מטעמים של סמכות מקומית, ובקשתו נענתה. המשפט נפתח בפברואר 1956 בפני שופט השלום הראשי, משה פרץ. רוב הנפשות שהופיעו בבית המשפט המחוזי בפני השופט הלוי הופיעו גם במשפט זה. ב-16 במרץ 1956 זוכה קסטנר, השופט קבע כי קסטנר הצהיר לטובת בכר בבית המשפט הגרמני, שבו הועמד בכר לדין, ולא בבית המשפט הבינלאומי.
ערעור על פסק הדין.