סן מרטין הבין במהלך פיקודו על צבא הצפון שיהיה קשה מאוד לכבוש את אלטו פרו ואת פרו מסיבות גאוגרפיות ולוגיסטיות. לב השלטון המלוכני בדרום אמריקה היה בלימה, ומשם אבסקל - המשנה למלך - ניהל את המערכות באלטו פרו ובצ'ילה.
לפי מספר היסטוריונים, סן מרטין ביקש להתמנות למושל קוז'ו מתוך כוונה לחצות את האנדים ולהגיע מצ'ילה ללימה דרך הים, אך בהמשך שינה את תוכניתו לתוכנית יבשתית.
השלטון בבואנוס איירס חיזק את הצבא בקוז'ו, כולל הנספחים הצ'ילאניים והעמיד בראשו את לאס אראס. לקראת סוף 1814 הצטרפו יחידות חדשות שמשימתן הייתה למנוע פלישה מלוכנית אפשרית מצ'ילה.
הפלישה השלישית לאלטו פרו.
אלוואר - המושל הבכיר בתחילת 1815 - לא קיבל כל החלטה לגבי צבא הצפון, אך בינואר אותה שנה רונדו החל להתקדם צפונה לאלטו פרו, כשהאיטיות היא המאפיין הבולט של מערכה זו.
גוואמס - מפקד כוח החלוץ - הוחלף בקולונל מרטין רודריגס ( Martín Rodríguez), אך זה נפל בשבי בקרב טחאר (Tejar) בפברואר. התבוסה הלא משמעותית דחתה את ההתקדמות צפונה עד לחילופי השבויים ולניצחון בפואסטו דה מרקס (Puesto del Marqués) באמצע אפריל.
פסואלה, מפקד הכוח המלוכני באלטו פרו, נאלץ לסגת צפונה מפני המורדים בשל העדרו של סגנו - ראמירס אורוסקו, והשטחים נתפסו על ידי הכוחות המורדים המקומיים.
בבואנוס איירס הודח אלוואר באפריל 1815 על ידי אלווארס תומאס (Álvarez Thomas) ורונדו התמנה לדירקטור, אך מכיוון שהוא לא היה יכול למשול בפועל אלא רק על הצפון - תומאס מילא את מקומו בבירה.
גוואמס שנפגע מהתפקיד המשני שרונדו נתן לגאוצ'וס שלו ומתוך הערכה שהצבא הצפוני יובס בסופו של דבר בשל העדר משמעת, נטש את תפקידו וחזר לסלטה תוך שהוא משתלט על הנשק שבחוחוי, ונבחר על ידי תושביה כמושל. רונדו הכריז עליו כעל עריק, אך בשלב זה לא היה יכול לעשות דבר באופן מעשי.
קרב סיפה סיפה.
איטיותו של רונדו העניקה למלוכנים שהות להתארגן ולקבל תגבורות מצ'ילה וכן כוחות שהתפנו מדיכוי המרד בקוסקו, ובאוקטובר - פסואלה המלוכני הביס את מרטין רודריגס המורד בקרב ונטה אי מדייה (Venta y Media), גרם לו לנפגעים רבים ולפגיעה במורל הצבא.
לעזרת רונדו נשלח בנובמבר כוח שהתפנה זמנית ממלחמת האזרחים. גוואמס שחשש שהם ינסו להדיחו בדרכם צפונה, אסר עליהם לעבור בסלטה אלא אם כן יכירו בו כמושל.
רונדו הוביל את צבאו לקוצ'במבה ונערך באופן שסבר שיעניק לו יתרון, אך תמרון מוצלח של פסואלה העניק לו יתרון מוחץ בקרב סיפה סיפה ב-29 בנובמבר 1815. הצבא הצפוני איבד כאלף חיילים - הרוגים ושבויים, ואת כל הארטילריה ובהמות המשא. רונדו עצמו נימלט כשצבאו מתפזר לכל עבר, ובמהלך דצמבר המלוכנים ישתלטו על מרבית שטחה של אלטו פרו, חוץ מסנטה קרוס שנותרה בידי המורדים המקומיים.
רונדו ניסה להדיח את גוואמס במרץ 1816, אך גוואמס נמנע מעימות צבאי והותיר אותו ללא אספקה, ואילץ אותו להכיר בו כמושל סלטה.
מתקפת הנגד היחידה שיזמה בואנוס איירס הייתה על ידי כוח שנשלח צפונה בפיקוד גרגוריו אראוס דה למדריד (Gregorio Aráoz de Lamadrid), אך הוא הובס בשני קרבות ונאלץ לסגת דרומה.
פירוק הרפובליקטות.
רוב מפקדי הרפובליקטות - הכוחות המורדים העצמאיים ברחבי אלטו פרו - המשיכו במאבקם במלוכנים, אך הובסו זה אחר זה במהלך שנת 1816,
וחוסלו או נפלו בשבי.
שלטונו של פואירדון.
קונגרס טוקומן שהתכנס בהוראת הדירקטור הזמני אלווארס תומאס, מינה כדירקטור את אחד מחבריו - חואן מרטין דה פואירדון (Juan Martín de Pueyrredón) שעבר לבואנוס איירס, ובדרך עצר בקורדובה לפגוש את סן מרטין ולדון איתו לגבי התוכנית היבשתית.
כל המאמצים הצבאיים של ממשלו של פווירדון הופנו לשתי מטרות עיקריות:
החזית הצפונית (מול המלוכנים באלטו פרו) נזנחה, והצבא שם נשלח לדכא את המרידות בסנטיאגו דל אסטרו ובקורדובה.
למרות 13 משלחות שמנו 26,542 חיילים שנשלחו לכבוש מחדש את המושבות - לא היה לאיל ידן להתגבר על המורדים בפרובינציות המאוחדות של ריו דה לה פלטה, וגם המשלחת הגדולה מביניהן נאלצה להשעות את תוכניותיה עקב מגפה שהכתה בה.
כשהפורטוגלים פלשו לבנדה אוריינטל בתחילת 1816, פואירדון לא רק שסירב לשתף פעולה עם ארטיגס ולהגן עליו, אלא אף שאף לנצל אותה כדי להכות בפדרליים בליטורל.
לאחר כיבושה של צ'ילה בידי המלוכנים - פואירדון לחץ על בלגרנו (מפקד צבא הצפון) ועל סן מרטין (מפקד צבא האנדים בקוז'ו) שיעבירו את כוחותיהם לליטורל כדי לשים קץ להנגדות של הפדרליים, אך הם נעתרו רק באופן חלקי.
באמצע 1819 פואירדון התפטר והוחלף על ידי רונדו שהמשיך את מדיניותו, וחזר במשנה תוקף על הדרישה להפנות את כל העוצמה הצבאית לליטורל ולנטוש את המאבק לעצמאות השטחים שבידי המלוכנים.
בספרד, פרננדו ה-7 ששב לשלטון - שיקם אותו ונקט במדיניות אבסולוטיסטית, ולנוכח הגיבוי שהברית הקדושה העניקה לו, תחושת היציבות באירופה שלאחר מפלת נפוליאון וקונגרס וינה, ותמיכת האפיפיור פיוס ה-7 - הוא היה יכול להפנות את כל כוחותיו להשיב לעצמו את השטחים באמריקה הלטינית.
המערכה הפיראטית באוקיינוס השקט.
פירוק הצי לאחר נפילת מונטווידאו לא הותיר את הפרובינציות בלתי מוגנות מכיוון הים: באישור השלטונות בבואנוס איירס התבצעו מעשי שוד ימי נרחבים נגד כ-100 אוניות ספרדיות במהלך השנים 1814–1823.
במאי 1815 הוחלט לארגן מערכה פיראטית באוקיינוס השקט כאמצעי הגנתי נגד התקפת הנגד הספרדית הממשמשת ובאה, במימונם ובעידודם של מהגרים רבים מצ'ילה שהגיעו במהלך המלחמה שהתחוללה שם.
השייטת בפיקודו של גיז'רמו בראון - מפקד הצי שצר בהצלחה על מונטווידאו - כללה 4 אוניות עם כ-150 תותחים ויותר מ-500 אנשי צוות, ואחת האוניות צוותה כולה בצ'ילאנים.
האוניות יצאו לדרכן באוקטובר 1815, עברו מהאוקיינוס האטלנטי לשקט מדרום לקייפ הורן, ואחת הספינות טבעה עקב סערה קשה שעמדה בדרכם.
לקראת סוף 1815 הם עגנו מול חופי צ'ילה, והשלטון המלוכני סגר את כל הנמלים ליציאה.
בינואר 1816 האוניות הטילו מצור על נמל קייאו - הנמל הראשי של פרו, והשתלטו על 9 ספינות שעשו דרכם אליו וצירפו אותן לכוח;
ובפברואר הטילו מצור על שפך נהר גואיאס (Guayas) שבאקוודור, ובראון תכנן התקפה על גואיאקיל, אך הובס ונפל בשבי.
בעקבות משא ומתן בין סגנו של בראון, היפוליטו בוצ'ארד (Hipólito Bouchard) שתפס זמנית פיקוד, לבין מושל גואיאקיל - הוחלט על חילופי שבויים, ובראון שוחרר.
השייטת הפליגה לאיי גלאפגוס ושם הם התפצלו: בוצ'ארד עם אונייה אחת חזר לבואנוס איירס, אליה הגיע ביוני; ובראון עם שתי אוניות ניסה ליצור קשר עם מנהיגי המורדים בבוגוטה שבקולומביה, אך העיר נפלה לידי המלוכנים.
לאחר שאחת משתי אוניותיו טבעה - הוא שב לאוקיינוס האטלנטי, הצליח להתחמק משייטת פורטוגלית שהייתה בדרכה למונטווידאו, ולבסוף עגן בברבדוס שבים הקריבי. השלטונות הבריטיים שם האשימו אותו בפיראטיות והחרימו את האונייה ומטענה, ובראון שב לבואנוס איירס במחצית 1818.
צבא האנדים והמערכה בצ'ילה.
באוגוסט 1815 סן מרטין הוציא צו גיוס במנדוסה וסן חואן, בחודש הבא התגייסו יחידות פרשים שהתבססו על בעלי ניסיון מהקרבות בבנדה אוריינטל, ובדצמבר דיווח לממשל שגייס 3,887 איש - כולל כ-700 עבדים משוחררים.
במקביל הוא החל לצבור אבק שרפה, נשק, תחמושת ומדים - הכל מייצור עצמי.
חוסה אנטוניו אלווארס קונדארקו (José Antonio Álvarez Condarco), מנהל בית החרושת לייצור אבק שרפה, נשלח לצ'ילה באצטלה של איגרת שעליו למסור, כדי שיתווה תוכנית לחציית האנדים.
ב-1 באוגוסט 1816, הדירקטור פואירדון, קבע את השם "צבא האנדים"; קונגרס טוקומן העניק לסן מרטין דרגת גנרל בכיר (Capitán General), את תפקיד מושל קוז'ו הוא העביר לטוריביו לוסוריאגה (Toribio Luzuriaga), וריכז את צבאו סמוך למנדוסה עם מיגל אסטניסלאו סולר (Miguel Estanislao Soler) בתור ראש המטה.
פואירדון שלח את כל העזרה שהיה לאיל ידו לשלוח, כולל תגבורות צבאיות, כסף, מזון, נשק, מדים ותחמושת. עם זאת, התעקשותו לדכא את התנגדות הפדרליים, בעיקר בסנטה פה, הגבילה את יכולתו לסייע.
קסימירו מרקו דל פונט (Casimiro Marcó del Pont), המושל המלוכני של צ'ילה - ובדיעבד האחרון, ידע על תוכניותיו של סן מרטין, אך לא האמין שהן בנות ביצוע, מה גם שסן מרטין גרם לו להאמין שהוא ינסה לפלוש מהדרום או מהצפון, אך לא ממנדוסה.
כך הוא פתח במשא ומתן ידידותי עם האינדיאנים בדרום מנדוסה בבקשת סרק שיאפשרו לו לעבור בשטחיהם, הם הסכימו, והידיעה שדלפה למרקו דל פורט חיזקה בקרבו את הביטחון שההתקפה תבוא מדרום; וכך הכוחות המלוכנים נותרו מפוצלים.
משתפי פעולה בצ'ילה הטרידו את הצבא ומנעו ממנו להיערך לקראת הבאות, ועסקו בריגול; במה שנחשב כמלחמת העצבים (או המלחמה הפסיכולוגית) שניהל סן מרטין טרם הגעתו בפועל.
חציית האנדים.
צבא האנדים כלל 2,334 רגלים, 1,395 פרשים ו-258 תותחנים; או לפי דרגה - 14 מפקדים, 195 קצינים ו-3,778 חיילים.
הדגל תחתיו הם נלחמו לא היה הדגל של בלגרנו אלא בתור צבא האנדים תחת מגן על רקע כחול-לבן.
הצבא חצה את האנדים ב-6 טורים שכל אחד נסע במעבר אחר, כאשר טור אחד כלל את עיקר הכוח ואת סן מרטין ואו'היגינס, טור משני בן כ-800 חיילים בפיקוד לאס אראס, והשאר נועדו להטעות את מרקו דל פונט - המפקד המלוכני בצ'ילה.
הכוח יצא לדרכו ב-17 וב-18 בינואר 1817, לשני הכוחות העיקריים היו היתקלויות קטנות בדרך שהם התגברו עליהן בהצלחה, ב-8 בפברואר הם הגיעו לצד השני של רכס ההרים, ולמחרת התאחדו ליד העיר לוס אנדס (Los Andes).