בתקופה זו הצבא הרומי היה צבא מקצועי וחייליו ראו בשירות בו קריירה ארוכת שנים. המבנה המבצעי החשוב ביותר בצבא הרומי היה הלגיון, שנחלק לקוהורטות. בלגיון שירתו אזרחים רומאים בתפקידי חיל רגלים כבד ולא נכללו בו חיילים קלי חימוש או פרשים. בנוסף ללגיונות שירתו בצבא הרומי חילות עזר שחייליהם גויסו מקרב עמים כבושים או מקרב שכירי חרב. חיילים אלו שירתו בחיל הפרשים וביחידות של חיל רגלים קל. להלכה רק אזרחים רומים שירתו בלגיונות, אך הלכה למעשה במלחמה זו, גם תושבי הרפובליקה שלא היו אזרחיה גויסו ללגיונות.
הלגיונר היה מוגן היטב בשריון שרשראות, מגן גדול סקוטום ועל ראשו קסדה טובה. לחימושו השתמש הלגיונר בחרב גלדיוס שאורכה כ-50–65 ס"מ ונועדה בעיקר לדקירה, בפגיון כבד ובכידון הטלה כבד - פילום. הפילום היה יעיל לטווח של כמה עשרות מטרים והיה מסוגל לפלח את המגן של היריב ואף להוציא אותו מכלל שימוש.
בתקופה זו נחלק הלגיון ל-10 קוהורטות (סדר גודל של גדוד, 480-600 לוחמים), כל אחת בת שש קנטוריות (סדר גודל של פלוגה, 80-100 לוחמים) תחת פיקודו של קנטוריון. בעקבות הרפורמה המריאנית כלל הלגיון אך ורק חיל רגלים כבד ולא היו בו כוחות קלים כלשהם או פרשים. בנוסף, כל לגיון כלל יחידות ארטילריה אורגניות. כל קנטוריה הייתה מצוידת בסקורפיון (סוג של בליסטרה קלה) ואילו לכל קוהורטה נוספה בנוסף לכך בליסטרה כבדה יותר. לגיון בתקן מלא כלל 60 סקורפיונים ו-10 בליסטרות.
כוחות רגלים קלים סופקו על ידי חיל העזר. שמם מטעה מעט; אמנם רבים אכן היו חמושים באופן קל ללא מיגון כבד, אך חלקם היו מוגנים היטב בשריון. השם "קל" מצביע לא רק על סוג החימוש, אלא בעיקר על צורת הלחימה: לגיונרים נלחמו במערך צפוף ואילו חיילי העזר נלחמו במערך פזור יותר.
פיקודו של הצבא הרומי.
הפיקוד העליון על הצבא נמסר לפוליטיקאי, לרוב בעל מאגיסטרטורה של פראיטור או קונסול או פרומגיסטורט (פרופראיטור ופרוקנוסול בהתאמה). לכן, פעמים רבות המצביא העליון היה חסר ניסיון פיקודי משמעותי, אם כי שירת בצבא במסגרת גיוס חובה. המצביא היה מאבד את האימפריום עם תום תקופת כהונתו. אף על פי שניסיון פיקודי לא היה תנאי הכרחי, פעמים רבות מגיסטראים רומאים בכירים היו בעלי ניסיון צבאי ניכר. בדרך כלל הכהונה הייתה מוגבלת לשנה אחת (בתקופת היותו פראיטור או קונסול) ולשנה אחת נוספת (במסגרת פרופראיטורה או פרוקונסולט) אך לעיתים המינוי הוארך לכמה שנים. כך למשל כיהן יוליוס קיסר במשך עשר שנים כמפקד העליון של כוחות הרפובליקה בגאליה תחת האימפריום של פרוקונסול.
על הלגיון, שהוא היחידה הצבאית העיקרית של הצבא הרומי, פיקדו במשותף שישה טריבונים, חלקם לא היו אנשי צבא מקצועיים והיו צעירים בתחילת דרכם הפוליטית, אך חלקם היו בני מעמד הפרשים והיו קצינים מנוסים ששירתו בלגיון זמן רב. עם זאת, אף טריבון לא מונה למפקד עליון של הלגיון. על כל קנטוריה פיקד קנטוריון, שהיה קצין מקצועי. הקנטוריונים היוו את עמוד השדרה של הצבא הרומי; תפקידם לא הוגבל רק לפיקוד על הקנטוריה, אלא גם לאימון החיילים ולפיקוח על המשמעת בקנטוריה.
בנוסף לקצינים האינטגרליים של הלגיונות שרתו בצבא הרומי מספר לגאטים וקצינים נוספים כמו הקווסטורים. לגאטים אלו יכלו לקבל על עצמם מגוון תפקידים, החל מפיקוד עצמאי על לגיון או אפילו על כוח גדול, וכלה במשימות דיפלומטיות ולוגיסטיות מורכבות. שרשרת הפיקוד המסודרת אפשרה מקצועיות רבה וביצוע יעיל של הפקודות שניתנו על ידי הפיקוד הגבוה. יתרה מכך, הקצונה המקצועית בדמותם של הקנטוריונים אפשרה לגייס לגיונות חדשים ולאמנם תוך כדי המלחמה ובכך לדאוג להזרמה מתמדת של כוח אדם איכותי לצבא שהתדלדל בקרבות.
טקטיקת השדה הרומית.
חיל הרגלים הכבד היה עמוד השדרה של הצבא הרומי והיה חיוני להצלחתו הטקטית בקרב. הצבא הרומי פיתח טקטיקות מתוחכמות רבות שהיו המתקדמות ביותר בחלק זה של העולם. החלוקה של הצבא ליחידות משנה גדולות - הלגיונות, וחלוקת הלגיונות ליחידות משנה קטנות יותר - הקוהורטות, איפשרה גמישות טקטית רבה. כל אחד מהלגיונות ומהקוהורטות הללו היה מסוגל לפעול באופן עצמאי, הן במנותק מהצבא העיקרי והן בתוך הקרב כיחידות משנה שאפשרו למפקד להעביר כוחות בין האגפים וליצור עתודה בת קיימא.
בקרב התפרס הצבא הרומי בדרך כלל במבנה מסורתי של שלושה קווים על פי תבנית שחמט (ראו איור). במידת הצורך הקווים היו יכולים לשנות את המבנה לטריז משונן שהיה מסוגל לשבור את קווי האויב. נגד התקפת פרשים נהגו הרומאים להסתדר בריבועים כשהם מכוונים את כידוניהם אל מחוץ לריבוע. כלי הארטילריה הרבים של הצבא הרומי היו יעילים לטווח של כמה מאות מטרים - פי כמה מהטווח של הקשת. כלי נשק אלה שימשו לצליפה באריסטוקרטים ובמפקדים של הצד השני, שהיו קלים לזיהוי בגלל השריון הטוב שעטו לגופם.
הקרב התחיל בדרך כלל במטח כידוני הפילום, מטווח קצר מאוד - 30 עד 15 מטרים, ולאחר מכן הסתערות מיידית תוך כדי צעקת קרב, בלי לתת לאויב שהות להתאושש. מיד עם המגע עם האויב, הלגיונרים בקוהורטות של השורה הראשונה נתנו מכה עם המגן בפניו של היריב ושלפו את חרב הגלאדיוס ששימשה בעיקר לדקירה. אם ההסתערות הראשונה לא הצליחה, היה המפקד משלב את הקו השני והשלישי או מנסה לאגף את האויב. אם דבר מזה לא עזר, הייתה מופעלת העתודה כדי ליצור נקודת כובד ולפרוץ בעזרתה את קווי האויב.
בעת חנייה, בנה הצבא מחנה מבוצר עם חומה, עם מגדלי שמירה ועם חפיר. המחנה הרומאי היה למעשה מבצר עשוי עץ וכך היה קשה מאוד להפתיעו בלילה.
טקטיקת מצור.
לתקיפת יעד מבוצר הפעילו הרומאים שתי טקטיקות עיקריות: הסתערות עם סולמות, מגדלי מצור ואילי ניגוח. הלגיונרים הסתדרו במבנה טסטודו צפוף שהגן עליהם מפני החצים וכלי ההטלה של האויב, ובצורה זו התקרבו לחומות העיר. בנוסף, הופעלו כלי ארטילריה כבדים שלא היו פרוסים בדרך כלל בשדה הקרב - הקטפולטות. כלי ארטילרי זה היה מסוגל להטיל סלעים כבדים שהיה באפשרותם לפגוע בחומות העיר. בנוסף, ירי מכלי ארטילריה קטנים יותר - סקורפיונים ובליסטראות, סילק את האויב מהחומות ולא אפשר למגנים להתגונן באופן יעיל.
אם ההסתערות נכשלה או לא התאפשר לבצעה, הטילו הרומאים מצור. במקרים מסוימים בנו חומה מבוצרת סביב היעד או מנעו גישה לעיר. המהנדסים הרומאים היו מסוגלים לבנות סוללות עפר גדולות שאיפשרו גם את כיבושם של היעדים הקשים ביותר.
מהלך המלחמה.
המערכה בחצי האי האפניני.
חציית הרוביקון.
קיסר לא הסתיר את כוונתו לרוץ לכהונת הקונסול, בחירות שמהן היה קרוב לוודאי יוצא מנצח. עם זאת, על פי החוק שחידש סולה, היה עליו להמתין תקופת צינון בת עשר שנים בין סיום כהונתו כקונסול בשנת 59 לפנה"ס עד שיוכל לרוץ לכהונה נוספת. תקופת הצינון הייתה אמורה להסתיים בסוף שנת 49 כך שהוא יכול היה לרוץ לבחירות של שנת 48. החוק לא נאכף תמיד, כמו במקרה של פומפיוס, שנבחר בשנת 55 לפנה"ס וגם בשנת 52 לפנה"ס אך קיסר חשש שבמקרה שלו החוק ימוצה עד תום. יתרה מכך, קיסר שחשש שבמהלך השנה שבה לא ישא משרה רשמית יהיה נתון להליכים משפטיים מצד מתנגדיו ובמיוחד מצדו של קאטו הצעיר. טענה זו מקובלת מאוד במחקר, אך עם זאת, יש המתנגדים לה וטוענים שהסיבות הן אישיות ובעיקר רצונו של קיסר להגן על כבודו (dignitas).
כדי להימנע מכניסה לעיר, כשהוא מנותק מצבאו, עשה לעצמו נפשות בשנת 52, וכל עשרת טריבוני הפלבס תמכו בחקיקה (הידועה בשם "חוק עשרת הטריבונים" על שום תמיכתם הגורפת), שאפשרה לו לרוץ לכהונת הקונסול בלי להיות נוכח פיזית בעיר. כך קיווה שיוכל להישאר במקום בטוח במחיצת צבאו בלי הצורך לעמוד למשפט.
הסנאט דרש מיוליוס קיסר לוותר על צבאו ולהגיע לרומא ללא ליווי צבאי. קיסר סירב. היו לכך סיבות רבות כמו עקשנות של שני הצדדים, טינה אישית, חשדנות ותקוות שווא שהצד השני יסוג בפני הדרישות. המלחמה שפרצה בין קיסר לסנאט לא התחוללה על רקע של קרע אידאולוגי חריף או ניסיונות להעביר רפורמות חשובות בממשל. הסיבות הן שאיפותיו האישיות של קיסר וכבודו של קיסר.
ב-1 בינואר הקונסולים החדשים נכנסו לתפקידם ובהצבעה מכרעת ב-7 בינואר הוציא הסנאט הרומי סנאטוס קונסולטום המורה לכל המגיסטראטים הרומאים לפעול בכוח על מנת להגן על הרפובליקה. שמו של קיסר לא הוזכר, אך היה ברור לכל מי הכוונה. הידיעה הגיעה לקיסר בסביבות 10 בינואר.
רוביקון הוא נהר שהיה גבול בין שטח איטליה עצמה לבין הפרובינקיה גאליה קיסאלפינה. על פי החוק הרומי אסור היה לצבא הרומי לחצות את הנהר. חציית הנהר הייתה קאזוס בלי ומרידה גלויה בסמכות המדינה. בחציית הנהר השתמש קיסר במטבע לשון שהפך למפורסם "הפור נפל". תוך שהוא מתכוון לכך שהוא קיבל את החלטתו ומוכן למלחמה. קיסר חצה את הנהר בראש הלגיון ה-13 וגדוד הפרשים המסופח אליו ב-10 בינואר.
קיסר עשה מאמצים רבים כדי להראות שהוא פעל במסגרת החוק. כדי להרחיק מעצמו את האשמה בפתיחת מלחמת האזרחים, הוא לא פקד באופן ישיר על חציית הרוביקון, אלא יצא לפני חייליו ונאם להם, כשהוא מדגיש את הפגיעה בטריבונים ואת הפגיעה בכבודו. כך נראה מהצד שהוא שלהב את הצבא ונגרר אחרי להט החיילים למערכה.