הסוגיות שבתלמוד הירושלמי נערכו בארץ ישראל במאה השלישית. הרמב"ם ייחס את החיבור לאמורא רבי יוחנן, שהיה מגדולי האמוראים של ארץ ישראל. אך מוזכרים בו אמוראים שחיו כמה דורות אחריו, והכוונה שזה יצא מבית מדרשו. מסכת נזיקין שונה באופייה מיתר התלמוד הירושלמי, והיא משקפת כנראה עריכה מוקדמת יותר, המזוהה על פי חוקרים מסוימים כ"תלמודה של קיסרין" הנזכרת בתלמוד זה מספר פעמים. לפי הרב יצחק אייזיק הלוי התלמוד הירושלמי לא נערך כלל, והנוסח שבידינו נכתב כפי מה שהיו התלמידים בישיבת ציפורי משננים את עיקרי הדברים שלמדו מרבותיהם, לפני גזירות הקיסר גאלוס והנציב הרומאי ארסקינוס בשנת ד'קי"א (351). בעקבות הגזירות פוזרה ישיבת ציפורי וחלק מאמוראי ארץ ישראל ירדו לבבל, והצטרפו לישיבת אביי ורבא. ואילו שאול ליברמן וחוקרים נוספים הראו שהתלמוד הירושלמי סודר ונערך.
היקף הירושלמי.
ההיקף הידוע כיום.
הירושלמי שהגיע לידינו כולל תלמוד על ארבעה סדרים כמעט שלמים: סדר זרעים, סדר מועד, סדר נשים וסדר נזיקין. מסדר טהרות נותרו חלקים ממסכת נידה בלבד.
שלוש מהמסכתות של התלמוד הירושלמי הנמצאות בידינו קטועות:
ההיקף המקורי.
בשאלת ההיקף המקורי של הירושלמי התחבטו החוקרים והמפרשים. מספר כתבי היד של הירושלמי ששרדו הוא מועט ונותן מקום לאפשרות שהיו חלקים של הירושלמי שהיו קיימים בעבר אך לא הגיעו לידנו.
שאלת קיומו של ירושלמי על סדר קדשים נדון רבות במהלך המאה ה-19 והמאה ה-20, כאשר חלק מהחוקרים טענו שהיה קיים ירושלמי על קדשים על סמך אמירות כלליות ובמיוחד דברי הרמב"ם: "ונמצא מהירושלמי חמשה סדרים שלמים, אבל סדר טהרות לא נמצא עליו תלמוד כלל לא בבלי ולא ירושלמי אלא מסכת נדה בלבד כמו שאמרנו" וציטוטים ספציפיים של הראשונים. אחרים טענו שלא היה ירושלמי על קדשים והסבירו את האמירות והציטוטים כטעויות. בעקבות מחקר הגניזה הנטייה היום היא להניח שלא היה ירושלמי על קדשים. שאלת ירושלמי על סדר קדשים היוותה בסיס לזיוף מפורסם לתלמוד ירושלמי על סדר קדשים שפורסם בתחילת המאה ה-20.
לגבי הפרקים החסרים היו חוקרים שטענו שקטעים אלו היו קיימים אך אבדו עם השנים. על פי השערה אחת, כאשר המעתיקים נתקלו בקטעים שכבר הופיעו במסכתות קודמות של הירושלמי הם כתבו הפניה באמצעות ההוראה "גרשׁ", כלומר "משוך", בתוספת מראה מקום, במקום להעתיק את כל הקטע. מנהג זה של המעתיקים מופיע, למשל, בכתב יד ותיקן 30 של בראשית רבה. ברבות הימים נשמטו ההוראות וכך נשארו פרקים "ריקים". שאול ליברמן, למשל, טען שהיה קיים ירושלמי על הפרק האחרון של מסכת מכות אך כל הסוגיות של הפרק הושמטו על ידי מעתיקי כתבי היד מכיוון שיש להן מקבילות לסוגיות הקיימות כבר במקומות אחרים בירושלמי. על פי שיטה זו שיחזר ליברמן את הפרק. שיחזור זה נתון במחלוקת ולא מקובל על כולם.
אפשרות נוספת שהועלתה מבוססת על מכתב שכתב פירקוי בן באבוי בן המאה התשיעית, שנתגלה בגניזה. במכתב הוא כותב שאצל בני ארץ ישראל לא עבר תלמודם על פה במשך הדורות (כמו שעבר אצל ישיבות בבל), אלא הוא נשתכח מהם והם החזירוהו על ידי ספרים גנוזים שמצאו (דברים כעין אלו כותב גם רב שרירא גאון בתשובה: ואהדורי אהדרוהו בנוסחאי וכיוצא באלו). על פי ההשערה, אותם ספרים גנוזים היו חסרים כך שלא היה ניתן לשחזר את כל הירושלמי. מה שמחזק השערה זאת היא השערה נוספת אותה מעלים החוקרים לפיה משיבושים משותפים בכל נוסחי הירושלמי, נראה כי היה טופס כתוב אחד, משובש, שהוא המקור לכל נוסחאות הירושלמי שבידינו, ייתכן ואותם 'ספרים גנוזים' הם אותו טופס. אם כי דבריו אלו של פרקוי בן באבוי נכתבו במגמה פולמוסית בה הוא תוקף את מנהגי בני ארץ ישראל ומכנה אותם 'מנהגי שמד', כשבכך הוא מנסה להכריח אותם לקבל את מרות גאוני בבל.
השוואה להיקף הבבלי.
הירושלמי כולל תלמוד על סדר זרעים ועל מסכת שקלים שאין עליהם כמעט תלמוד בבלי. הנימוק המקובל לכך הוא שסדר זרעים עוסק במצוות התלויות בארץ ועל כן עסקו בו יותר בארץ ישראל, בה נוהגות מצוות אלו הלכה למעשה.
הירושלמי לא כולל תלמוד על סדר קדשים, בניגוד לבבלי. באופן כללי, התלמוד הירושלמי הוא כ-40% מגודלו של הבבלי בכמות המילים.
כתבי יד.
התלמוד הירושלמי שרד בידינו בכתב יד שלם אחד בלבד, הוא כתב יד סקליגר 3 (Or. 4720) שבספרייה של אוניברסיטת ליידן, הידוע בשמו המקובל: כתב יד ליידן. כתב יד זה הוא המקור היחיד לחלקים נכבדים של הירושלמי והיווה את הבסיס לדפוס ונציה של הירושלמי (רפ"ג) שממנו הועתקו כל שאר דפוסי הירושלמי.
כתבי יד אחרים מכילים חלקים (קטנים יחסית) מן הירושלמי: כתב יד ותיקן 133 מכיל את סדר זרעים ומסכת סוטה וכתב יד אסקוריאל G-I-3, שנתגלה בשנת 1977 במנזר אל אסקוריאל מכיל את מסכת נזיקין, ויצא לאור, עם שני מבואות, בשנת 1984, על ידי א"ש רוזנטל ושאול ליברמן.
קטעים רבים מן הגניזה הקהירית וקטעי כריכה מספריות אירופיות מעידים גם הם על נוסח הירושלמי. חלקם הגדול של קטעי הגניזה הקהירית התפרסמו על ידי לוי גינזבורג בספר "שרידי ירושלמי" (ניו יורק, 1909), קטעים אלה נדפסו מחדש, בצירוף קטעי גניזה נוספים שהתגלו מאוחר יותר וקטעי הכריכה האירופאים, על ידי יעקב זוסמן, בספר "גנזי הירושלמי" (ירושלים, תש"ף). כלל הקטעים האלה כוללים כרבע מן התלמוד הירושלמי.
לעיני הראשונים היו כתבי יד שונים של הירושלמי שאינם בידינו. למשל בפירוש "שדה יהושע" שהופיע בדפוס קושטא מופיעות נוסחאות אחרות מאשר בדפוס כי היו לעיני כותב הפירוש כתבי יד אחרים.
דפוסי הירושלמי.
הירושלמי נדפס לראשונה בשלמותו מתוך כתב יד ליידן בוונציה ללא שנת דפוס. זכריה פרנקל העריך את שנת הדפוס כסביב שנת רפ"ג-רפ"ד. ד"ר שמואל אברהם פוזננסקי כתב כי "רבו השגיאות בדפוס זה".
פרופ' מאיר בניהו הראה ששני מגיהים יהודיים עבדו על מהדורה זו; ר' חייא מאיר הגיה את כתב יד ליידן עצמו, אולם בהמשך תפס את מקומו יעקב בן חיים ן' אדוניהו והשלים את הגהת מהדורת דפוס ויניציאה.
הדפוסים הבאים היו בקרקוב, על ידי יצחק בן אהרן מק"ק פריסטיץ, ה'שס"ט, שכלל את כל הירושלמי עם פירוש קצר בכרך אחד; בקרוטושין, על ידי בן ציון בעהרענד, ה'תרכ"ו, שגם הוא הכיל את כל הירושלמי בכרך אחד;
בז'יטומיר, על ידי דפוס סלאוויטא, ה'תר"ך-ה'תרכ"ז, שכלל כרכים אחדים והכיל מגוון פירושים שהעיקריים שבהם הם קרבן העדה ושירי קרבן, פני משה ומראה הפנים, נר מערבי ועין משפט; בפיוטרקוב, על ידי פנחס מנחם אלעזר יוסטמן, ה'תר"ס, שכלל את הפירושים שהיו בדפוס סלאוויטא ובנוסף פירוש של הרידב"ז מסלוצק. כל הדפוסים האלו נדפסו על פי הדפוס הראשון מוונציה, ובכולם רבו הטעויות והשגיאות.
הדפסה נוספת הייתה בווילנה, על ידי דפוס ראם, בשנת ה'תרפ"ב
עריכת התלמוד הירושלמי.
רוב חלקי התלמוד נערכו בטבריה שהייתה מקום התורה הגדול ביותר באותו תקופה. ככל הנראה זמן עריכת התלמוד במאה ה-3 וה-4. יש הטוענים שחלקים מסדר נזיקין, לא נערכו באותו המקום, אלא בישיבות גדולות נוספות בארץ. זמן חתימת התלמוד אינו ידוע, ולכן, בעקבות אירועים היסטוריים ואחרוני האמוראים של אותו דור (רבי מנא ורבי יוסי בירבי בון), יש הנוטים לקבוע את זמן חתימתו לאמצע המאה ה-4.
נוסח התלמוד הירושלמי.
התלמוד הירושלמי כתוב ארמית גלילית. שפה זו מתועדת גם בתרגומי התנ"ך שמוצאם מארץ ישראל. הכתיב של המילים בעברית ובארמית שונה בדברים רבים מהעברית והארמית של הלשון בבלי. התלמוד הירושלמי בנוי "שמועות" (כניסוחו של יעקב זוסמן), ולא "סוגיות", כמו בבבלי. הירושלמי אינו נוטה לשאול שאלות הבהרה דידקטיות או להסביר את עצמו.
לפני עורכי התלמוד הירושלמי הייתה המשנה בנוסח שונה מעט מזה שהיה לפני עורכי התלמוד הבבלי. יש הסבורים כי היו קיימות שתי מהדורות משנה, האחת בארץ ישראל והשנייה בבבל. ניתן, עם זאת, להראות כי בארץ ישראל היה נוסח משנה "נזיל" יותר מאשר בבבל, וכמה שינויים בין נוסחי המשנה שלנו מוסברים על ידי סוגיות הדנות בעניין בתלמוד הירושלמי - דוגמה מובהקת היא המשנה הראשונה בפרק רביעי במסכת בבא מציעא.
סוגיות רבות בירושלמי מקבילות זו לזו, באופן כמעט מדויק. לעיתים ניכר בהן שיבוש המעיד על מקור כתוב, כמו דילוג שורה. הרבה פעמים כשהעתיקו את הסוגיא למקום השני, לא דקדקו בדבר וצרפו גם דברים שאינם קשורים כלל למקום השני.
שיבושים.
הירושלמי שלפנינו משופע בשיבושים וטעויות נוסח. הרשב"א כתב על כך: "כבר ידעת שרבו השבושים בנוסחאות הירושלמי והסבה הגדולה למעוט השגחת הלומדים בו ואין עומדים עליו רק אחד בדור". זכריה פרנקל ב"מבוא הירושלמי" מנה סוגי שיבושים שונים, בהם: הסופרים והמעתיקים "טעו והשמיטו לפעמים תיבה אחת והיא משנה כל העניין", "טעו באותיות הדומות במבטא או בכתב וכדומה", "טעו והוסיפו תיבה אחת או החליפו תיבה בתיבה הרגילה להם או החליפו האותיות באותה תיבה עצמה", "טעו וכתבו מה שצריך להיות למטה למעלה וכו'" או "טעו ודלגו משורה לשורה או ממאמר למאמר על ידי תיבות דומות". סוג נוסף של טעויות הוא "שגו הרבה במקום שיש פלוגתא בין שני אנשים או אמוראים והחליפו האומרים". על כך כתבו התוספות: "והרבה דברים יש בירושלמי שצריך להפכם".
החוקרים ניסו לתקן את השיבושים על סמך כתבי יד, על סמך ציטוטים של הראשונים מתוך הירושלמי ועל סמך השוואה של סוגיות מקבילות. עבודה ראשונה בכיוון נעשתה על ידי הרב דב בר רטנר, שהוציא בשנים 1901–1917 את סדרת הספרים "אהבת ציון וירושלים" על הסדרים זרעים ומועד. הוא עבר על כל הראשונים וציין את כל המקומות שהובאו בהם דברי הירושלמי, והשווה אותם עם נוסחאות הירושלמי בדפוס.
ציטוטים מהירושלמי שאינם בירושלמי שלפנינו.