מלבד היותו חייל ודיפלומט תמך הפאיסטיון באופן פעיל במאמציו של אלכסנדר לסינקרטיזם בין היוונים והפרסים. אלכסנדר הפך אותו לחלק ממשפחת המלוכה כשהוא חיתן אותו עם כלתו דריפטיס (Drypetis), אחותה של אשתו השנייה סטטירה השנייה, שתיהן בנותיו של דריווש השלישי שליטה של האימפריה הפרסית. כשהוא מת בפתאומיות באַחְמְתָא (Ecbatana), אלכסנדר נכנס להלם בצערו. הוא פנה אל האורקל בסיווה (Siwa) להעניק להפאיסטיון מעמד אלוהי, והפאיסטיון הוכר כגיבור. עד למותו, שמונה חודשים מאוחר יותר, אלכסנדר תכנן הקמת מונומנטים לזכרו של הפאיסטיון.
הפאיסטיון ואלכסנדר.
הפאיסטיון תפס מעמד מיוחד ליד אלכסנדר בשלב מוקדם מאוד ושמר עליו עד יומו האחרון. הוא נשאר נאמן לאלכסנדר גם כאשר פיליפוס השני, שכעס על משא ומתן חשאי של בנו בנוגע לחוזה הנישואין עם האחשדרפן פיקסודרוס (Pixodarus) של קאריה, גירש מהארץ רבים מחבריו.
במהלך המסע לאסיה מעמדו של הפאיסטיון התחזק בהתמדה: הוא התחיל את המסע בסטטוס של חברו האישי של המלך ובמהלכו הפך לחבר לנשק חסר תחליף. בשנים הראשונות של המסע הארוך ברחבי אסיה לא נמנה הפאיסטיון עם המפקדים הבכירים, כמו פרמניון, פילוטאס (Philotas) ואחרים. ככל הנראה בשלב הזה אלכסנדר והפאיסטיון היו קשורים ביחסי חברות חזקים בלבד. ייתכן שאלכסנדר, שהעריץ את הומרוס ושאף לחקות את אכילס, ראה את הפאיסטיון כפאטרוקלוס השני. אריאנוס בספרו "אנבסיס" מציין, שבביקורו בקברם של גיבורי הומרוס באסיה הקטנה, אלכסנדר "הניח זר על קברו של אכילס והפאיסטיון על קברו של פאטרוקלוס". אייליאנוס (Aelian), ב"סיפורים היסטוריים" כותב: "כאשר אלכסנדר הניח זר על קברו של אכילס, הפאיסטיון הניח זר על קברו של פאטרוקלוס, כדי להבהיר שאלכסנדר אוהב אותו בדיוק כמו שאכילס אהב את פאטרוקלוס". לפעמים מוצג הפאיסטיון כמאהבו של אלכסנדר. אף על פי שהדבר לא מצוין במפורש במקורות, אלא רק ברמז, ייתכן שהיה לו קשר רומנטי עם הפאיסטיון, עוד מימי הילדות. התייחסות לטבעם של יחסי האהבה בין אלכסנדר והפאיסטיון קיימת במקורות שונים. למשל במכתבו ה-24 של דיוגנס (שהאשים את אלכסנדר בכך, שהוא "... מנוהל על ידי הירכיים של הפאיסטיון"), ב"שיחותיו" של אפיקטטוס וכו'. פומפיוס טרוגוס (Pompeius Trogus) באפיטומה (Epitome) של יוסטינוס (Justinus) כותב על הפאיסטיון כי "בהתחלה הוא היה יקר למלך בגלל יופי הנעורים שלו, ורק אחר-כך בגלל מעלותיו וכישרונו".
הפאיסטיון במסעותיו של אלכסנדר מוקדון.
הפאיסטיון ליווה את אלכסנדר במהלך כל מסע הכיבוש באסיה. רק אותו לקח אלכסנדר בעת ביקורו באוהלן של אשתו ובתו של דריווש השלישי, שנפלו לשבי לאחר הקרב איסוס. על אירוע זה מספר דיודורוס סיקולוס כך: "בעליית השחר המלך עם חברו האהוב ביותר, הפאיסטיון, הגיע אל הנשים. שניהם היו לבושים בצורה דומה, אך הפאיסטיון היה גבוה יותר ויפה יותר, וסיסיגמביס, שחשבה שהוא המלך, השתחווה בפניו. הנוכחים באירוע החלו להצביע בידיים לכיוון אלכסנדר. סיסיגמביס, המבוישת משגיאתה, השתחווה שוב בפני אלכסנדר. אבל המלך הרים אותה ואמר: "אל דאגה, אמא! גם הוא אלכסנדר". אמירה זו של המלך היא נקודת מפנה ביחסים בין אלכסנדר והפאיסטיון. מכאן החלה עלייה הדרגתית בקריירה הצבאית של הפאיסטיון, שגילה מנהיגות וכישרון צבאי. מרגע זה הוא הפך לא רק לחבר שאין לו תחליף, אלא גם לחבר לנשק.
אחת המשימות הראשונות של הפאיסטיון הייתה לארגן את ניהולה של העיר צידון בפיניקיה, והוא התמודד עם המשימה בהצלחה. במשימתו הבאה הוביל הפאיסטיון בהצלחה את הצי מצידון למצרים. בקרב גאוגמלה בשנת 331 לפנה"ס בפעם הראשונה מוזכר תוארו של הפאיסטיון - מפקד שומרי הראש. לא מדובר באגמה הרכובה, שתפקידה היה להגן על המלך במהלך הקרב ועליה פיקד קלייטוס השחור (Cleitus), אלא בקבוצה קטנה של חבריו הקרובים הנלחמים לצד המלך. הפאיסטיון לחם לצד המלך ונפצע בזרועו: "... פצועים היו רבים מאוד, היה ביניהם והפאיסטיון, מפקד שומרי הראש, אחד מהמפקדים המפורסמים ביותר (חנית פגעה בידו)".
לאחר הניצחון בקרב גאוגמלה וכיבושה של ממלכת פרס, החלה לצמוח מתיחות בין המקורבים בסביבתו של אלכסנדר. היו לכך סיבות שונות, ובהן אימוץ המנהגים הפרסיים והאלהה. מצביאים הפכו לאחשדרפנים ויחד עם השלטון זכו בעושר רב, שבעבר יכלו רק לחלום עליו. בינתיים, אלכסנדר, הממשיך במסע הכיבוש באסיה, הקשיב פחות לעצותיהם של חבריו הוותיקים והתחיל לקדם אנשים חדשים. אלכסנדר, הנוהג לפי המנהג הפרסי, החל לחייב לעשות כך גם את חבריו לנשק. המוקדונים, אוהבי החופש, התייחסו למצב החדש בכאב ובכעס. העימות הפך לקשר של פילוטאס, בנו של פרמניון. הקשר התגלה, וכלפי פילוטאס, לפי הצעתם של הפאיסטיון, קראטרוס (Craterus) וקויינוס (Coenus), הופעלו עינויים, שבמהלכם הוא הודה באשמתו. פילוטאס התחנן בפני הפאיסטיון לרחמים, אך חברו של המלך לא עזר לו; פילוטאס הוצא להורג על-פי המסורות המוקדונית.
לאחר הוצאתו להורג של פילוטאס (330 לפנה"ס), חילק אלכסנדר את תפקידו – מפקד ההטיירוי – בין הפאיסטיון וקליטוס השחור. הפאיסטיון קודם לדרגת היפרכוס ובהמשך לכיליארך וקיבל פיקוד על אחת משתי היפרכיות (יחידת פרשים גדולה שמורכבת ממספר האילות של פרשים). אריאנוס מניח כי אלכסנדר "לא רצה למסור את הפיקוד על יחידת פרשים כל כך גדולה... לאדם אחד, אפילו שהוא הקרוב ביותר". מינויו של הפאיסטיון למפקד של חיל הפרשים כולו עלול היה לגרום לקנאה ולחוסר שביעות רצון בסביבתו הקרובה של המלך. המינוי הכפול היה אמצעי לסיפוקם של שני מחנות בצבא - הראשון, שאותו ייצג הפאיסטיון, תמך רבות במדיניות האינטגרציה של אלכסנדר, והשני, זה של הוותיקים של פיליפוס, אשר התעקשו לא לקבל אורח חיים פרסי, היה מיוצג על ידי קליטוס. מצד שני, מינויו של הפאיסטיון לתפקיד ההיפרך (מפקד חיל הפרשים) איפשר למלך במצב קריטי להסתמך על "רעי המלך" – הטיירוי.
מעמדו של הפאיסטיון התחזק משמעותית במהלך פלישתו של אלכסנדר הגדול להודו. במרכז אסיה הפאיסטיון עסק בהכנת מזון ויישב את המחוזות ההרוסים במתיישבים חדשים. לאחר כניסתו להודו, אלכסנדר חילק את צבאו. פיקוד על יחידות נפרדות הוא נתן להפאיסטיון ולפרדיקס (Perdiccas), והעביר לידיהם את היחידות של קליטוס, מלאגרוס (Meleager) וגורגיאס, מחצית מהטיירוי וכל חיל הפרשים השכיר. הם היו צריכים להכניע את כל העמים בדרך להודו. הפאיסטיון הביס את כוחותיו של השליט המקומי אסטיאס, הכניע את אומפיס, ולאחר מכן, כשהתחבר לצבאו של אלכסנדר, נטל חלק בקרב הידספס בשנת 326 לפנה"ס נגד המלך פורוס (Porus), כשנלחם בראש ההיפרכיה שלו ליד המלך. כשתחת פיקודו מחצית מהקשתים והיפרכיה של עצמו, הוא כבש את צפון-מערב הודו, לאחר מכן פנה הפאיסטיון לנהר היפסיס (ביאס המודרני) כדי לחבור לאלכסנדר.
הפאיסטיון בשיא מעמדו.
לאחר ההתמרמרות גדולה של הצבא המוקדוני בנהר היפסיס, התקבלה החלטה לשוב לבבל. אלכסנדר החליט לחלק את הצבא. חלק אחד, בפיקודו של קראטרוס, היה צריך לנוע בגדה הימנית של הנהר. הפאיסטיון התקדם בגדה השמאלית, כשהוא מוביל את החלק הגדול והטוב ביותר של הצבא וקרוב למאתיים פילי מלחמה. במקום התחברותה של הידספס עם צ'נאב צבאו של אלכסנדר, אשר שט באניות בנהר עצמו, המתין להפאיסטיון ולקראטרוס. מכאן נשלח הפאיסטיון לנוע בגדת נהר האינדוס. בדרך הוא הכניע את השבטים המקומיים, מקים ומיישב את הערים. לאחר שהצבא המוקדוני חצה את המדבר גדרוסיה (מוכר כיום בשם מקראן), הוא התחלק פעם נוספת: הפאיסטיון עם רוב הצבא נע דרך החוף מקרמניה (Carmania) לפרס, ואלכסנדר פנה לפסארגאדה. לאחר מסע ארוך הצבא התאחד בעיר שושן, שבה נערכה חגיגה ענקית לכבוד הנישואין של אלכסנדר עם סטטירה, בתו של דריווש השלישי. הפאיסטיון, על-פי החלטת המלך, נשא לאישה את דריפטיס, בתו הצעירה של דריווש ואחותה של סטטירה. כפי שמציין אריאנוס, אלכסנדר רצה שהילדים של הפאיסטיון וילדיו יהיו בני דודים.
באביב 324 לפנה"ס עזב צבאו של אלכסנדר את שושן. בסתיו הגיעו אלכסנדר ושאר הצבא לאַחְמְתָא, בירתה של ממלכת מדי העתיקה. בדרך למדי החליט אלכסנדר לשלוח הביתה, למוקדון, את קראטרוס ואת החיילים החולים והקשישים. שליחתו של קראטרוס הייתה רצויה להפאיסטיון: שני המצביאים שנאו זה את זה ולעיתים קרובות היו קרובים למריבה גלויה.
הסיבה לעימות הייתה העובדה כי לקראת סיום המסע למזרח יחסו של אלכסנדר כלפי חבריו לנשק השתנה באופן דרמטי. יחסי חברות נדחו הצידה, והמלך העריך את מפקדיו על-פי כישוריהם. כך לדוגמה, אאומנס, שלא היה מוקדוני במוצאו אלא יווני, הפך למזכירו של אלכסנדר הגדול ושיחק תפקיד חשוב במערכת הניהול. אך הקריירה של הפאיסטיון הייתה מעל כולם בהתקדמותה. במהלך המסע להודו הוא הפך למעשה לאדם השני באימפריה לאחר אלכסנדר, ולאחר חזרתם לפרס הם הפכו לקרובי משפחה. לאחר שהגיע למעמדו הרם, הפאיסטיון ניסה לשמור על המעמד של "רעי המלך" היחיד במינו. מסיבה זו ניתן לראות את הרחקתו המכובדת של קראטרוס, חברו לנשק של אלכסנדר, כניצחון חשוב של הפאיסטיון. למרות להצלחתו, הוא חשש מהתחזקות מעמדם של חבריו המוכשרים והפופולריים בצבא. תחושות אלו גרמו לו להילחץ ולהיכנס למריבות.