דיווחו של הסופר האנגלי סר האמון ל'אסטרנג', שראה בלונדון בשנת 1638 דודו בתוך כלוב, הוא הדוגמה היחידה שבה מוזכר במפורש כי באירופה נמצא דודו חי. בשנת 1626, טען הצייר ההולנדי אדריאן ואן דה ונה (Adriaen van de Venne), כי צייר דודו שראה באמסטרדם, אך לא ציין אם הוא היה חי או מת. שתי ציפורי דודו נראו על ידי הסוחר הבריטי פיטר מונדי בהודו בעיר סוראט בין השנים 1628–1634, וכנראה אחת מהן הייתה ציפור הדודו שצוירה על ידי אוסטד מנסור (Ustad Mansur) בשנת 1628 בערך.
בשנת 1628 ביקר הדיפלומט האנגלי עימנואל אלטהאם במאוריציוס, ושלח מכתב לאחיו שבו תיאר את המקום. הוא כתב כי הגיע לאי ב-28 במאי וראה שם עיזים רבות, חזירים, פרות ועופות מוזרים בעלי נוצות שנקראו על ידי הפורטוגלים בשם דודו. כמו כן ציין כי העופות הללו נדירים, כי הם חיים רק במאוריציוס וכי הוא שלח ציפור דודו עם מיסטר פרס (Perce) שהגיע לאי בספינה 'ויליאם' ב-10 ביוני. כמו כן כתב כי הוא שולח עבור אחותו כד ממולא בג'ינג'ר, מספר חרוזים לאחייניותיו וכי הוא מקווה שציפור הדודו תגיע שלמה ובריאה ליעדה. לא ידוע אם הדודו שרד את המסע לאנגליה, אך ידוע כי המכתב שכתב אלטהאם נשרף במאה ה-19. הציור המוקדם ביותר הידוע שצויר על פי פרט של דודו באירופה הוא משנת 1610. ציור זה, שבו נראה הדודו מיובש או חנוט, הוא חלק מאוסף הציורים של הקיסר רודולף השני, שכולל ציורי בעלי חיים מגן החיות המלכותי של הקיסר, וציורים של בעלי חיים נוספים ממאוריציוס כגון רלית אדומה.
ממאוריציוס ליפן.
בשנת 1647 נשלחה ציפור דודו ממאוריציוס לאי דג'ימה השוכן מול חופי יפן, באונייה יונג פרינסנד (Jonge Prinsand) – והגיעה בחיים. באי זה שכנו משרדי חברת הודו המזרחית ההולנדית. באותה עת חיות אקזוטיות היו פופולריות בקרב בני אצולה ברחבי העולם, והדודו ששימש גם כחיית ראווה נשלח כמתנה לשוגון היפני. ראיות לכך התגלו במחקר שנערך על ידי חוקרים מאוניברסיטת אמסטרדם, שהתחקו אחר הארכיונים של החברה, שבה נמצאו הרשומות היומיות שנוהלו על ידי רשמי החברה בדג'ימה. בשטר המטען של האונייה, נרשמו בין השאר דודו וצבי לבן, וכשהגיעה האונייה ליעדה, נרשם שוב הדודו כחלק מהמלאי שהגיע למחסני החברה.
הכחדת הדודו.
הדודו היה למעשה תוצאה אבולוציונית של חיי בידוד שנמשכו מיליוני שנים, בסביבה ללא טורפים משמעותיים. אולם תכונות אלה, שהיו מועילות כל עוד הייתה הסביבה יציבה, הובילו לאי-התאמה אבולוציונית עם הופעת הימאים הראשונים במאוריציוס. תמימותו כמו גם חוסר יכולתו לעוף, הפכו אותו לטרף קל בידי האדם ומאוחר יותר בידי בעלי החיים שהביאו עימם. מדיווחים שונים כגון זה של ויליאם ואן וסט זאנן, ניתן ללמוד כי הדודו שימש לעיתים כמזון לתושבי המקום וכשימורי מזון עבור הספינות שעשו את דרכן חזרה למולדת האם.
בחקירות ארכאולוגיות נמצאו עצמותיהן של לפחות שתי ציפורי דודו בתוך מערות ב'בה דו קאפ' (Baie du Cap) ששימשו במאה ה-17 כמקום מסתור ומקלט לעבדים שנמלטו והורשעו בגין עריקתם ממעבידיהם. מיקומו הגבוה של האתר ותנאי השטח הקשים שבו, לא אפשרו לציפורי הדודו להגיע לשם בכוחות עצמן. זו הייתה הוכחה נוספת עבור החוקרים כי לאדם היה חלק מכריע בהכחדת הדודו, אף על פי שבמאה ה-17 לא שהו באי יותר מ-50 איש. בשנת 1644, התיישבו ההולנדים במאוריציוס והביאו עימם עבדים ממדגסקר ובעלי חיים מבויתים כגון בקר ועזים, חתולים, כלבים, חזירים, ואף חולדות שהתגנבו לאניות והגיעו עמן לאי עם עגינתן. בעלי החיים הללו פלשו לאזורי המחיה של ציפורי הדודו, חמסו את קיניהן, טרפו את ביציהן וגוזליהן, רמסו את הצמחייה הטרופית השבירה והתחרו עמן על מקורות המזון המוגבלים שהיו זמינים באי. נמיות וקופי מקוק סרטנים יובאו כחיות מחמד מדרום-מזרח אסיה ושוחררו ליערות של מאוריציוס. הם התפשטו בכל רחבי האי וארבו לציפורים המקומיות.
המתיישבים גדעו עצים וביראו שטחים נרחבים כדי להרחיב את מקום מושבם, וכך נהרסו גם בתי הגידול ששימשו עבור הדודו כמקומות קינון וכמקורות מזון.
אנתוני צ'יק (Anthony Cheke) גורס כי התאריך המכריע לקביעת הכחדתם הסופית של בעלי חיים הוא היום שבו נצפו לאחרונה. עם זאת הוא מציין כי קיים קושי להוכיח את אמינות הדיווחים על התצפיות, שאינן מלוות בראיות חותכות כגון רישומים או צילומים. לפיכך קיימות לדעתו מחלוקות באשר לתאריך המדויק של הכחדת הדודו. עם זאת הוא מוסיף וטוען כי קיימת הסכמה רחבה באשר לתאריך האחרון שבו הוא נצפה. הוא מציין את הדו"ח משנת 1662 שנכתב על ידי הימאי פולקרט אוורטס (Volkert Evertsz), שהיה בספינה ההולנדית ארנהם שנטרפה בים, כדו"ח האחרון האמין שנכתב על הדודו. בדו"ח מתואר כיצד הצליחו הימאים לחלץ את עצמם מהאונייה, למצוא מחסה בחוף ולאחר מספר ימי הליכה, למצוא את עצמם (על פי הסברה כיום) באיון אמבר, הנמצא בחוף המזרחי של מאוריציוס.
אייברץ מתאר את המפגש עם ציפורי הדודו במילים הבאות:
אנתוני צ'יק ציין כי בתיאורים שהתקבלו לאחר שנת 1662 מופיעים השמות דודו ודודרס, אך הם מתייחסים למעשה לרלית האדומה, שנכחדה בסביבות שנת 1700. הוא מציין גם את הדיווח של הנוסע האנגלי ג'ון מרשל משנת 1668, שבו הוא משתמש לסירוגין בשמות דודו ורלית אדומה, ולדיווח האחרון משנת 1681 של בנג'מין הרי, שטען כי ראה ציפורי דודו במאוריציוס, שאף הוא שנוי לטענתו במחלוקת, שכן הוא דומה במובנים מסוימים לדיווח משנת 1668.
החוקרים דייוויד רוברט מהגנים הבוטניים המלכותיים באנגליה, ואנדרו סולו מהמכון האוקיינוגרפי במסצ'וסטס, פרסמו במגזין "טבע" "Nature" כי הם פיתחו שיטה סטטיסטית המאפשרת להעריך כמה זמן עשויים מינים לשרוד לאחר שנצפו בפעם האחרונה. הם לקחו בחשבון את עשרת המקומות האחרונים שבהם נצפה הדודו, כדי לחשב מתי הוא נכחד. על פי מסקנתם, הדודו האחרון נכחד לא בשנת 1662 אלא בשנת 1690.
ציפור הדודו הוזכרה לראשונה בשנת 1833 כסמל להכחדה, במגזין פני (Penny Magazine).
שרידים פיזיים.
דגימות מהמאה ה-17.
השרידים היחידים של ציפורי דודו שהגיעו לאירופה במאה ה-17 שהשתמרו, הם ראש מיובש המכונה אוקספורד דודו ורגל שהובאו למוזיאון לתולדות הטבע באוקספורד, רגל שהוצגה במוזיאון הבריטי ואבדה המכונה רגל לונדון, גולגולת שהגיעה למוזיאון הזואולוגי באוניברסיטת קופנהגן המכונה גולגולת קופנהגן, ולסת עליונה ועצמות רגל שמצאו לבסוף את מקומן במוזיאון הלאומי של פראג. שני השרידים האחרונים זוהו שוב כציפור דודו באמצע המאה ה-19.
נמצאו דיווחים על מספר פוחלצים של ציפורי דודו ברשומות של מספר מוזיאונים, אך לא ידוע אם מי מהם שרד. מלבד הממצאים הללו, ידוע על שריד נוסף של רגל יבשה שאבדה, שמקורה אינו ידוע, שהייתה שייכת לפרופסור לאנטומיה ההולנדי פיטר פאו. שריד זה הוזכר על ידי הבוטנאי הפלמי, פרופסור קרולוס קלוסיוס בשנת 1605.
הרקמות הרכות היחידות והידועות ששרדו מהמאה ה-17, הן דגימות ראש אוקספורד (דגימה מס' OUM 11605) והרגל שהיו שייכות לדודו המפוחלץ האחרון שהוזכר לראשונה בשנת 1656, כחלק מאוסף טריידסקנט (Tradescant collection) שעבר בשנת 1659 למוזיאון אשמוליאן באוקספורד. אחת הסברות היא, כי ממצא זה הוא למעשה שרידיו של הדודו שראה הסופר האנגלי סר האמון ל'אסטרנג' כאשר טייל ברחובות לונדון בשנת 1638, אם כי אין בנמצא תימוכין לסברה זו.
אחת האמונות שרווחו מזה זמן רב, הייתה כי המוזיאון שרף בשנת 1755 את פוחלץ הדודו בגלל ריקבון שפשה ברוב פלג גופו העליון שגרם להתכלות הכנפיים והנוצות, וכי רק הראש והרגל חולצו בשלום מהלהבות. ג'יין פיקרינג, עוזרת האוצר של המוזיאון לזואולוגיה באוניברסיטת אוקספורד, כתבה רשימה שכותרתה "הדודו ושרפתו הוא מיתוס שהובא למנוחות". לדבריה, הוורסיה המסורתית של סיפור השריפה הייתה כדלהלן: בשנת 1755, בעת ביקורם השנתי של נאמני המוזיאון למקום, ניתנה הוראה לשרוף את פוחלץ הדודו שהיה במצב של ריקבון, ורק הודות לתושייתו של אחד האוצרים שנכח במקום, ניצלו שרידיו מכליה לאחר שהלה הצליח לחלץ את הראש והרגל מהלהבות. ברשימתה הוסיפה כי בשנת 1992 פרסם אובנל (Ovenell), הספרן הראשי של ספריית המוזיאון, כי הסרת הדודו מהתצוגה הייתה מטעמים מקצועיים גרידא, וזאת כדי לשמר טוב יותר את השרידים שהיו במצב ירוד מאוד וכי ההוראה ניתנה על ידי נאמני המוזיאון שאכן ביקרו במקום.
בשנת 1850 נשלחו שרידי הדודו למוזיאון לתולדות הטבע באוניברסיטת אוקספורד. העיתונאי איאן פרקר שביקר במוזיאון, דיווח בין השאר בכתבה שפורסמה בחודש ינואר 2007 בניו יורקר, על המפגש שהיה לו עם מנהלת האוספים הזואולוגיים נובאק קמפ (Nowak-Kemp), שהציגה בפניו את שרידי הדודו המכונה אוקספורד. השרידים נשמרו לדבריו בשתי קופסאות קרטון באחת המגירות במחסן המוזיאון, שבו אופסנו דגימות יקרות ערך וכאלו שניזוקו במהלך השנים. בקופסה אחת אופסן ראש הדודו כשהוא מונח בשני חלקים על נייר טישיו, כתזכורת ל"ניתוח" שערכו בו סטריקלנד ומלוויל. ניתן היה לראות את הגולגולת מכוסה בעור חנוט שהשחיר כמעט לחלוטין וכן מספר שערות שחורות שהזדקרו ממעלה הקרקפת ואת מסכת העור שקולפה מהראש. בקופסה השנייה אופסנו עצמות הרגל של הדודו ומעין שרוול עור שהיה מונח לצדן. לאורך הרגל נמצא חתך שמשם נטלה שפירו דגימת דנ"א בשנת 2001. כיוון שהרגל הייתה קטנה ב-11% מהרגל של דגימת לונדון, ואף רזה יותר, הסברה המקובלת היא כי אוקספורד דודו היא למעשה נקבה.
על התרשמותו מהביקור אמר פרקר כי לולא השרידים הללו, יש לשער כי הדודו היה חווה מעין הכחדה שנייה.