מקדש שלמה היה גדול ומפואר בהשוואה למשכן: ששים אמה אורכו, עשרים אמה רוחבו, ושלושים אמה גובהו. קירות הבית הפנימיים היו מצופים בזהב. במקדש היו, כאמור, שלושה חלקים עיקריים: האולם - המבוא למקדש. ההיכל - המקום העיקרי לעבודת הקודש, ובו מזבח הקטורת, המנורה, ושולחן לחם הפנים. הדביר (קודש הקודשים) - משכן ארון הברית והכרובים. הדביר עמד על "אבן השתייה", ששימשה כדוכן לארון. על פי המסורת המקובלת זוהי האבן השוכנת בתוך כיפת הסלע, אולם יש המזהים את מיקום המקדש באתרים שונים על הר הבית. בין הדביר לבין ההיכל הפריד קיר אבן בעובי אמה (המכונה 'טרקסין') ובאמצעו פתח מכוסה בפרוכת. בחצר המקדש עמד מזבח גדול להקרבת קורבנות, אורכו ורוחבו עשרים אמה, וגובהו עשר אמות.
במקדש שלמה היו כמה אלמנטים ייחודיים: בדביר הציב שלמה דמויות של שני כרובים גדולים עשויים עץ מצופה זהב, שהכנף החיצונית של כל אחד מהם נגעה בקיר הדביר, והפנימית נגעה בכנף הפנימית של הכרוב השני, ותחת מקום נגיעתן זו לזו הוצב ארון הברית ועליו הכפורת והכרובים הסוככים אותה, במרכז הדביר. בהיכל נוספו עשרה שולחנות זהב ועשר מנורות, ובחצר המקדש הציב עשרה כיורים, שהונחו על גבי עשר עגלות נחושת ("מכונות"), כדי לאפשר את הובלת המים ממקום למקום. בפתח האולם עמדו שני עמודי נחושת גבוהים ומעוטרים, ושמם "יכין ובועז". תשומת לב מיוחדת הוקדשה גם לאספקת המים למקדש: הוקמה בריכת ענק ("ים") עשויה נחושת הרכובה על שתים עשרה דמויות בקר עשויות נחושת, ארבע לכל כיוון אוויר, ולתוכה הובלו מי מעיין. תכולתה הייתה כ-50 מ"ק מים, לצורכי המקדש השונים. החידושים הרבים במקדש שלמה קשורים באופן טבעי למעבר ממשכן לבית קבע מפואר, המתאים לעם גדול ומבוסס. שינויים אחדים, כגון ריבוי הכלים בהיכל, מוסברים לרוב על ידי פרשנים מסורתיים בכך שנעשו על פי מסורת או קבלה בנבואה; עם זאת קיימת אפשרות שמותר לשנות מאפיינים שונים של הבניין, כל זמן שהמתאר הבסיסי נשמר.
מבנה המקדש השני.
הרוב המכריע של המידע שבידינו על ממדיו של בית המקדש השני ותוכניתו המפורטת נובע משלושה מקורות:
הארכאולוג מיכאל אבי יונה מוכיח את אמינות התיאור שבמשנה מכך שבכמה מקומות מובאים שם חילוקי דעות לגבי פרטים מסוימים, ומכאן שבמקומות שאין חילוקי דעות - מדובר בעדות מוסכמת ואמינה. לדעתו, בכל הנוגע למבנה המקדש עצמו יש להעדיף את התיאור במשנה על פני תיאורו של יוסף בן מתתיהו, שכן זה לא דייק במספרים, וספרו נועד לנכרים, שלא יכלו לבדוק את אמיתות דבריו, ובפרט לאחר החורבן. לעומת זאת, בנוגע למעטפת החיצונית - יש להסתמך על יוסף בן מתתיהו, שכן חז"ל לא סיפרו עליה הרבה. והיו דברים, בעיקר ממפעלו של הורדוס, שהם אף נמנעו במכוּון מלתאר, כנראה כהבעת מורת רוח מהמניעים הפסולים, בעיניהם, שהובילו לבניה זו.
הר הבית היה מתחם מוקף חומות על הר המוריה, בעל שטח ריבועי של חמש מאות אמה על חמש מאות אמה. הורדוס הכפיל את שטח הר הבית והפך אותו למלבני, כפי שהוא מוכר לנו בעת החדשה, אבל תוספת הורדוס לא נכללה בתחום המקודש של ההר. ההיכל היה גבוה מאה אמה, וכך גם אורכו ורוחבו. בין קדש הקדשים לבין הקודש הפרידה פרוכת, כמו במשכן, ולא קיר אבן כמו בבית הראשון. יש אומרים שהיו שתי פרוכות שביניהן מרחב של אמה שדרכו היה נכנס הכהן הגדול ביום הכיפורים). חצר המקדש הפנימית, העזרה שסביב ההיכל, הייתה באורך מאה שמונים ושבע אמות, וברוחב מאה ושלושים וחמש אמות. במרכז העזרה עמד המזבח החיצון, במקום המדויק בו היה בימי הבית הראשון. המזבח היה עשוי אבן, וגודלו הורחב בהשוואה לבית הראשון: שלושים ושתים על שלושים ושתים אמה. בחומה שהקיפה את העזרה שולבו חדרים ששימשו כ"לשכות" לצרכים שונים. בולטת ביניהם לשכת הגזית, ששימשה כמקום מושבה של הסנהדרין הגדולה. בכך הפך המקדש מרכז למשפט ולימוד תורה, לצד הקרבת הקרבנות. לפני העזרה, ממזרח לה, עמדה עזרת נשים, במפלס נמוך יותר, וחמש עשרה מדרגות הובילו מעזרת הנשים לעזרת ישראל. עזרה זו שימשה להתכנסויות שונות, כמו בשמחת בית השואבה ומעמד הקהל. מתחם העזרות הוקף בחומה חיצונית נמוכה (ה"סורג"), והשטח שבינה לבין העזרות נקרא 'חיל'. הכניסה לנכרים התאפשרה עד לחומת הסורג בלבד.
העובדים במקדש.
האישים שעבדו במקדש הם כהנים ולויים, ובראשם הכהן הגדול. העבודות החשובות יותר, כגון זריקת דם הקורבן על קיר המזבח, השלכת חלקים מן הקורבן לתוך מדורת האש שעל המזבח, והקטרת ה'קומץ' מן המנחה במדורה זו, נעשו על ידי הכהנים.
כהנים.
לכהנים הוכנו ארבעה בגדי הכהונה "לְכָבוֹד וּלְתִפְאָרֶת". שלושה מהם עשויים פשתן לבן, נטול צבע: כתונת - גלימה, מכנסיים, ומצנפת לראשם. בנוסף לכך חגרו למתניהם אבנט המשולב מחוטי פשתן לבנים יחד עם חוטי צמר הצבועים בצבעי תכלת, ארגמן ותולעת שני. לכהן הגדול היו ארבעה בגדים נוספים המיוחדים לו: על מצחו, מתחת למצנפתו, הוא חבש ציץ זהב, כעין כתר, ועליו רשום: "קודש לה'". על גבי הכתונת הוא לבש מעיל עשוי צמר צבוע בתכלת. מעליו חושן, טס זהב ובו קבועות שתים עשרה אבנים טובות, עליהן חקוקים שמות שבטי ישראל. החושן נתמך באפוד הנקשר לגופו של הכהן הגדול, על גבי המעיל.
במשך שנים רבות, לאורך כל שנותיו של בבית המקדש הראשון, ובראשית ימי הבית השני, כיהנו בכהונה הגדולה צאצאי צדוק, הכהן הגדול בימי שלמה. הדבר השתנה בעקבות התערבות חיצונית של השלטון היווני, שהחל לשלוט בארץ לאחר כיבוש אלכסנדר מוקדון את המרחב מיד האימפריה הפרסית. הכהן הגדול האחרון מבית צדוק היה יאסון שהודח מהתפקיד בשנת 170 לפני הספירה. בימי החשמונאים המלך (או הנשיא, בתחילה) שימש גם בתפקיד הכהן הגדול, דבר המנוגד להדרכת התורה ליצור בידול בין התפקידים. בימי הורדוס והרומאים הוחלפו הכהנים הגדולים בתדירות גבוהה. חז"ל תלו את סיבת התחלופת ברשעותם של הכהנים הגדולים באותה תקופה, שהשיגו את תפקיד הכהן הגדול עבור בצע כסף, ואמרו בדרך הפלגה:
הכהנים חולקו לעשרים וארבע משמרות כהונה, שקיימו תורנות בעבודת המקדש, והתחלפו מדי שבת. כל משמרת שבועית חולקה ל'בתי אב', כל בית אב הקריב בתורו באחד מימי השבוע, וגם היווה גיבוי של 'כח אדם' עבור בתי האב האחרים, במקרה של ריבוי קרבנות במשמרתם. באופן זה כל כהן שהה כשבועיים בשנה במקדש, ועבד בפועל במשך שני ימים. כל זאת מלבד שלוש הרגלים, בהם היו כל הכהנים שותפים בעבודה, בגלל ההיקף הרב של הקרבנות בימים אלה. מקור מאמצע תקופת הבית השני מעריך את מספר הכהנים העובדים במקדש יום יום בשבע מאות.
לויים.
ללויים היו שני תפקידים עיקריים: הראשון - לשמור על המקדש משמר של כבוד, במסגרת שמירת פתחי המקדש דאגו להרחיק את מי שאינו ראוי להיכנס, כגון אדם שנטמא. והשני - לשורר שיר של יום ופרקי שירה נוספים (כגון "שירי המעלות" שבתהילים כחלק משמחת בית השואבה) ולנגן בכלי נגינה. על פי המתואר במסורת, שירת הלויים הייתה קסומה ומיוחדת. גם הלויים חולקו לעשרים וארבע משמרות. נוסף על כך, סייעו הלויים לכהנים בתפקידי עזר שונים. בתקופה בה נדד עם ישראל במדבר, היו הלויים אחראים גם על פירוק המשכן, נשיאת כלי המשכן בכתף (משפחת קהת), ומרכיבי המשכן, כקרשים ויריעות, בעגלות (משפחות גרשון ומררי), הובלתם למקום החניה הבא, והרכבת המשכן שם מחדש.
תפקידים כלליים.
תפקידים שלא היה להם מעמד הלכתי של "עבודת המקדש" (כגון: שחיטת הקרבנות, הפשטת עורם וניתוח (פירוק) אבריהם, כהכנה להעלאתם למזבח) יכלו להיעשות גם על ידי מי שאינו כהן או לוי, בין איש ובין אשה.
במקדש התקיימה מערכת מסועפת של מנהלה קבועה, ובה חמישה עשר ממונים על תחומים שונים, כגון אספקת מים, הכנת קטורת, ואף רופא לכהנים.
המלאכה במקדש.
סדר היום והפעילות השוטפת.
פעמיים בכל יום הקריבו הכהנים את קורבן התמיד: כבש אחד בראשית היום, הנקרא "תמיד של שחר", וכבש שני לקראת סוף היום, הנקרא "תמיד של בין הערביים" קורבן זה היה קורבן ציבור, שנרכש ממחצית השקל שתרם כל יהודי מדי שנה בשנה כהכנה לקורבן התמיד, היו הכהנים מכינים עם שחר את המזבח החיצון להקרבה: מפנים את הדשן - האפר שהצטבר על המזבח מקורבנות יום האתמול, ומסדרים מחדש את מערכות העצים לשריפת הקורבנות. לקורבן התמיד נספחו גם מנחת התמיד - קורבן העשוי סולת, המוקטר על גבי האש שעל המזבח, וכן ניסוך היין - יציקת יין לכלי נקוב המונח בראש המזבח, משם הוא ירד אל השיתין. בעת ניסוך היין שרו הלויים את שיר של יום.
בנוסף לקורבנות התמיד, הקטירו הכהנים בתחילת היום ובסופו את הקטורת על מזבח הזהב שבהיכל, והדליקו את המנורה. הדלקת הנרות, על פי הדעה המקובלת, נעשתה רק לקראת ערב, ואילו בבוקר היו הכהנים מטיבים את הנרות, כלומר, מנקים את שאריות השמן ומכינים את הפתילות החדשות לקראת ההדלקה בערב.
לאחר השלמת פעולות אלה, היו הכהנים עומדים על מדרגות האולם ומברכים את העם בברכת כהנים. לצד עבודת הכהנים והלויים, עמדה במקדש נציגות של עם ישראל ("אנשי מעמד"). מטרתה להדגיש את היות הכהנים שלוחי העם כולו בהקרבת קורבנות הציבור. נציגים אלה סייעו לכהנים בעת הצורך בעבודתם, ואף נקבעו להם תפילות מיוחדות.