בהמשך פתח הוברטי בירי לעבר כבאית שהגיעה למקום ופצע את אחד מיושביה. כאשר שמע לפתע את אחד הקורבנות גונח, חוסה פרז בן התשע עשרה, ירה בו בראשו. פרז מת לצדה של שכנתו, גלוריה גונזלס בת העשרים ושתיים, ולצד אישה נוספת, מישל קרנקרוס בת השמונה עשרה.
אורורה פינה, אשר נפצעה קודם לכן ושכבה כעת לצדם של בני משפחתה המתים, הבחינה כי הירי חדל למשך מספר שניות. כאשר פקחה את עיניה הבחינה בהוברטי בקרבת מקום, בוהה בה בקדחתנות. הוא החל לקלל בכעס והשליך עליה קופסת טוגנים, בטרם הרים את השוטגאן שלו וירה לעברה, פוצע את זרועה, צווארה ולסתה. על אף ששרדה את הירי, נותרה פינה מאושפזת זמן רב יותר מכל שאר הניצולים.
חיסול המפגע.
הוברטי עזב את דוכן השירות של המסעדה בשעה 05:17 בצהריים והלך לכיוון הדלת הסמוכה לחלון הדרייבאין, ובכך סיפק לצ'ארלס פוסטר בן העשרים ושבע, שוטר וצלף מהכוחות המיוחדים אשר התמקם לפני כן בעמדה אסטרטגית על גג בניין סמוך, גישה לירי נקי וחסר הפרעות בעזרת כוונת טלסקופית, לכיוון צווארו וגופו התחתון. פוסטר ירה ירייה בודדת ממרחק משוער של כשלושים ושניים מטרים אשר הרגה את הוברטי תוך מספר שניות. הכדור פגע בחזהו, קרע את אבי העורקים שלו, ממש מתחת ללב, ויצא החוצה דרך עמוד השדרה. היה זה אחד מבין חמשת הכדורים הבודדים שירו כוחות המשטרה לעבר הוברטי.
מיד לאחר שירה בו הודיע פוסטר לשאר הכוחות באזור שהרג את המפגע וכי התמקד כעת בגופתו הדוממת. עם זאת, בשל הירי הרב שהגיע מכלי הנשק השונים בהם ירה הוברטי מתוך המסעדה, לא היו השוטרים בטוחים כי אכן היה זה מפגע בודד, והאם בכלל נורה. שוטר אשר נכנס פנימה כעבור דקה כיוון את אקדחו לעבר גופתו של הוברטי, כאשר הבחין בתנועות חלושות של ילדה פצועה. כאשר שאל האם הגופה הייתה שייכת למפגע, היא ענתה בחיוב.
האירוע כולו נמשך כשבעים ושבע דקות, ובמהלכו ירה הומברטי כמאתיים חמישים ושבעה כדורים, איתם רצח כעשרים ואחד אנשים ופצע רבים אחרים, כאשר אחד מהם אובחן כסובל ממוות מוחי עם הגעתו לבית החולים, ומת למחרת היום. שבעה עשר קורבנות נהרגו בתוך המסעדה וארבעה במגרש החנייה והסביבה הקרובה. רק עשרה אנשים ששהו בתוך המסעדה לא נפצעו כלל, כאשר שישה מהם הסתתרו ביחידת התשתית שבמרתף.
חלק מהקורבנות ניסו להשתמש בחוסמי עורקים מאולתרים על מנת להימנע מאובדן דם תוך שימוש במפיות, אך לחינם. מתוך כלל הנרצחים, שלושה עשר מתו כתוצאה מפציעות ירי בראשם, שבעה מתו מפציעות ירי בחזהם, וקורבן אחד, קרלוס רייס בן שמונה החודשים, בשל פציעת ירי בגבו. מרבית הקורבנות, שגילם נע בין ארבעה חודשים לשבעים וארבע שנים, היו ממוצא מקסיקני או מקסיקני-אמריקאי.
מאוחר יותר נודע כי קודם לירי עמד הוברטי בתוך המסעדה וצרח עלבונות והאשמות שונות. במקרה אחד, צעק כי לא הגיע לו לחיות, על אף שהוא עמד לטפל בעניין. כמו כן צעק מספר פעמים במהלך הטבח כי שירת במלחמת וייטנאם, למרות שמעולם לא השתתף או לחם באף יחידה צבאית.
תחקירים מוקדמים של משטרת סן דייגו הצביעו על כך שכל מי שנפצע או נרצח בתוך המסעדה נורה בידי הוברטי במהלך הדקות הראשונות לטבח. סברה זו הופרכה בידי הניצולים, אשר טענו בתוקף כי הוברטי ירה בכל מי שנקלע לדרכו במשך יותר מארבעים דקות מהרגע שפתח באש לראשונה.
המפגע.
ג'יימס אוליבר הוברטי נולד ב-11 באוקטובר 1942 ב, אוהיו, השני מבין שני ילדיהם של ארל וינסנט ואיקל אוולון הוברטי. משפחתם האדוקה פקדה באופן תכוף את . כאשר היה בן שלוש נדבק בפוליו, ועל אף שהחלים ועבר תהליך שיקום מהיר, סבל מצליעה קלה למשך שארית חייו. בני משפחתו תיארו אותו כילד שקט ומופנם בעל חברים מעטים אשר תחביבו העיקרי היה ירי ספורטיבי.
כאשר היה בן שמונה עזבה אמו את ביתם והותירה את שני ילדיה בחזקת אביו. בהמשך למד ב ונודע כי סבל מבריונות. הוברטי, תלמיד ממוצע, סיים את חוק לימודיו במקום החמישים ואחד מתוך שבעים ושבע התלמידים בשכבתו, ב-1960. כעבור שנתיים נרשם ל והחל ללמוד סוציולוגיה, בטרם עבר ל. הוא סיים את לימודיו במקום בהצטיינות ב-1964, לאחר שקיבל רישיון לניהול בית לוויות וטיפול והכנת גופות המתים.
הוברטי נישא לאתנה מרקלנד ב-1965, לאחר שהכירו מספר שנים קודם לכן באוניברסיטת מאלון. בתם הראשונה, זליה, נולדה ב-1972, ובתם השנייה, קסנדרה, ב-1974. בחלוף הזמן הפך הוברטי לאלים, ונהג להרביץ ולסטור לאשתו ולבנותיו מעת לעת, ואף להצמיד סכינים לגרונן. לאורך השנים עבד במספר עבודות, ביניהן בית לוויות, רתכות ואבטחה, אולם בשנים שקדמו לטבח פוטר מספר פעמים וסבל מקשיים כלכליים.
מורשת.
המפגע ומשפחתו.
ביום למחרת הטבח ביקרו עשרות עיתונאים בבית אביו של הוברטי ב, אוהיו, בכדי לאסוף מידע נוסף על המפגע ולגבש פרופיל מדויק שלו. לאחר ששוחחו על ילדותו של הוברטי ועל רקעה הדתי של המשפחה, הצביע ארל על ציור של כבש אבוד ליד נהר הירדן בטרם החל לבכות ואמר לכתבים כי .
גופתו של הוברטי נשרפה ב-23 ביולי 1984 ואפרו נמסר לאלמנתו, אתנה, אשר קברה אותו מאוחר יותר בביתם באוהיו. לא נודע על כל טקס רשמי או הלוויה שאולי נערכו לכבוד אחד מהאירועים הללו.
בשבועות הבאים קיבלו אשתו ובנותיו של הוברטי איומי מוות רבים, ונאלצו לעבור להתגורר אצל חבריהן. כל השלושה השתתפו במפגשי ייעוץ ותמיכה לאורך תשעת החודשים הבאים. לבסוף עזבה המשפחה את סן איסידרו ועברה לגור בצ'ולה ויסטה, שם נרשמו קסנדרה וזליה לבית ספר חדש תחת שמות בדויים. כעבור שנה עברה המשפחה ל.
הלם ראשוני.
רשת מקדונלד'ס עצרה באופן זמני את כל שידורי הפרסומות שלה ברדיו ובטלוויזיה בימים הראשונים שלאחר הטבח. במעין מעשה סולידרי, עצרה את פרסומותיה גם יריבתה המושבעת של החברה, רשת ברגר קינג.
בשל מספר הקורבנות הרב נאלצו בתי הלוויות באזור הטבח להשתמש במרכז הקהילתי של סן איסידרו עבור טקסי האשכבה של המתים. המוסד הדתי המקומי, כנסיית מאונט קרמל, נאלצה לערוך הלוויות שונות בחדרים צמודים זה לזה על מנת להעניק לכל אחד מהמתים קבורה תוך זמן הולם.
לקחים.
כמה מהשוטרים שהגיבו לטבח סבלו מתסמינים שונים כגון נדודי שינה, אובדן זיכרון ורגשות אשמה, בחודשים שלאחר אירוע. מחקר שהוזמן בידי ונערך בידי הפסיכולוג הראשי של משטרת סן דייגו ב-1985, קבע כי חלק מהם סבלו מהפרעת דחק פוסט-טראומטית כתוצאה ישירה של הטבח.
הטבח הוביל לשינוי במדיניות משטרת סן דייגו בכל הנוגע לשיטות ולדרכים בהן נהגו השוטרים להגיב לאירועים בעלי טבע דומה, וכמו כן לסוגי כלי הנשק שהחזיקו ברשותם. בנוסף הוגדלה כמות ימי האימונים שנדרשו הכוחות המיוחדים שברשות המשטרה לעבור, וכן נרכשו כלי נשק מתקדמים יותר. אחד השוטרים הודה כי הרגיש ביום הטבח מאחר שהיה חמוש באקדח בעל קליבר של שמונה מילימטרים בלבד. לדבריו, .
עיתונות.
מפקד המשטרה המקומית, ויליאם קולנדר, כינס מסיבת עיתונאים ב-2 באוגוסט על מנת להציג את מסקנות התחקיר המשטרתי שבדק את אירועי הטבח ואת הליקויים השונים של כוחות הביטחון שטיפלו בו, כאשר הבולט ביניהם היה עיכוב בן שבעים ושלוש דקות עד להגעת הכוח המשטרתי הראשון לזירה. לדבריו הגיבו השוטרים בצורה נכונה והולמת, על אף שהכוחות המיוחדים התעכבו בשל הפקקים הרבים שהיו בכבישים באותו הזמן.
בנאומו טען קולנדר כי כל אמירה המציעה שכוחות המשטרה היו צריכים להסתער על המסעדה היא , וציין כי השוטרים בזירה לא הצליחו לראות את המפגע בשלמות מאחר שהחלונות נופצו או נוקבו בידי עשרות קליעים, מה שהפך את תנאי הראות במקום, תחת אור השמש, ללקויים. כמו כן הדגיש כי במהלך העיכוב בן שמונה הדקות שהתקיים בין הרגע בו התקבלה הפקודה להרוג את המפגע ובין הרגע שבו נורה למוות, לא נרצחו כל קורבנות נוספים. הוא סיים את דבריו בהצהרה .
כאשר הועלו מספר שאלות בנוגע למניעו של הוברטי לטבח, פטר קולנדר כל רעיון שהציע כי מאחורי הרציחות עמדו מוטיבים גזעניים, וסיפר לעיתונאים כי המפגע .
הנצחה.
ביומיים הבאים עברה המסעדה שיפוץ מקיף בתקווה להפוך שוב, כפי שאחד מעובדיה אמר, ל, אולם לאחר דיונים ארוכים שנערכו בין בכירי הרשויות המקומיות התקבלה ב-24 ביוני ההחלטה לסגור את המקום לצמיתות, והוא נהרס ב-26 בספטמבר.
לאחר הריסת המקום תרמה רשת מקדונלד'ס את האדמה לרשות העיר, תוך התניה כי אף מסעדה אחרת לא תיבנה במקום. בשנים הבאות הועלו מספר הצעות להפוך את המקום לפארק הנצחה עבור הקורבנות. השטח נמכר בפברואר 1988 ל תמורת 136 אלף דולרים, תוך הסכמה שאזור בגודל שלוש מאות מטרים רבועים מול המקום שאליו התכוון המוסד הלימודי להתרחב, ישאר ריק לצורך בנייה עתידית של מבנה או אנדרטה להנצחתם של הקורבנות.
סניף מקדונלד'ס נוסף נבנה בשדרות סן איסידרו, במרחק מספר בניינים מהמקום בו התרחש הטבח. הרשת הודיעה כי תתרום מיליון דולרים לקרן שהוקמה עבור הניצולים, כאשר אלמנתו של מייסד מקדונלד'ס, ריי קרוק, התחייבה לתרום מאה אלף דולרים נוספים בכדי להקל על הוצאות הקבורה, לסייע לקרובי המתים, ולממן מפגשי ייעוץ ותמיכה לניצולים. סכום התרומות הכולל נאמד בכ-1.4 מיליון דולרים. בעקבות מספר מחאות מצד תושבי סן איסידרו, קיבלה אשתו של הוברטי, אתנה, את התשלום הראשון ששחררה הקרן.
אתר הנצחה קבוע הוקם עבור קורבנות הטבח ב-1990 בשטח שעליו עמדה המסעדה. האתר מורכב מעשרים ואחד עמודי שיש לבן בצורת משושים שגובהם נע בין שלושים סנטימטרים למטר ושמונים ושלושה סנטימטרים, כאשר כל אחד מהם נושא עליו שם של קורבן אחר. ההרכב תוכנן בידי סטודנט ממכללת סאות'וסטרן בשם רוברטו ואלדס, אשר תיאר את השראתו ליצירה בתור . האתר נמצאה בשדרות וסט סן איסידרו, מספר ארבע מאות ושישים.