הדיוויזיה השישית קיבלה את האחריות להשלמת ההשמדה של הארמייה ה-18 היפנית, שהייתה הכוח היפני הגדול האחרון שנותר בחלק האוסטרלי של גינאה החדשה. הדיוויזיה תוגברה בכוחות מילואים ובכוחות שריון והחלה להגיע לאייטפה שבצפון האי באוקטובר 1944. הדיוויזיה גם העניקה סיוע לכמה טייסות של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי ולכמה ספינות של הצי המלכותי האוסטרלי. בסוף 1944 שיגרו האוסטרלים מתקפה דו-ראשית מזרחה לכוון וייווק. הבריגדה ה-17 התקדמה דרך הרי טוריסלי שבתוככי האי בעוד ששאר יחידות הדיוויזיה נעו לאורך החוף. אף על פי שהארמייה ה-18 סבלה אבדות כבדות בפעולות לחימה קודמות ועקב מחלות, היא המשיכה לגלות התנגדות חזקה וגרמה לאבדות כבדות לאוסטרלים. התקדמותה של הדיוויזיה השישית הופרעה גם עקב קשיי אספקה ומזג אוויר גרוע. עד ראשית מאי הצליחו האוסטרלים לאבטח את אזור החוף וב-10 במאי שוחררה וייווק, לאחר שכוח קטן נחת ממזרח לעיר. הלחימה במערכה באייטפה-וייווק עלתה לאוסטרלים ב-442 הרוגים מול כ-9,000 הרוגים ו-269 שבויים יפנים.
קרב בורנאו.
קרב בורנאו, שהתנהל ב-1945, היה הקרב העיקרי האחרון של בעלות הברית בזירת דרום-מערב האוקיינוס השקט. בסדרה של תקיפות ימיות בין ה-1 במאי וה-21 ביולי, תקף הקורפוס הראשון האוסטרלי, בפיקודו של לוטננט גנרל לזלי מורשיד את הכוחות היפנים שהחזיקו באי. כוחות אוויריים וימיים של בעלות הברית, שבמרכזם הצי השביעי של ארצות הברית, בפיקודו של אדמירל תומאס קינקייד, חיל האוויר הטקטי הראשון של אוסטרליה, וחיל האוויר ה-13 של ארצות הברית, לקחו גם הם חלק חשוב במערכה. מטרות המערכה היו לתפוס את שדות הנפט של בורנאו ואת מפרץ ברוניי כדי לסייע לפלישה ליפן בהנהגת ארצות הברית ולשחרור מלאיה בהנהגת בריטניה, שתוכננו להתקיים מאוחר יותר באותה שנה. ממשלת אוסטרליה סירבה להצעתו של מקארתור להרחיב את המתקפה ולכלול את שחרור ג'אווה ביולי, והחלטתה לא להקצות את הדיוויזיה השישית לטובת מבצע זה תרמה לאי יציאתו לפועל.
המערכה נפתחה ב-1 במאי, כאשר כוחות הבריגדה ה-26 נחתו באי הקטן טראקאן שליד חופו המזרחי של בורנאו. מטרות המבצע היו לאבטח את שדה התעופה של האי כבסיס תמיכה לנחיתות שתוכננו בברוניי ובבאליקפאפן. בעוד שהציפייה הייתה שתפיסת טראקאן והפעלתו של שדה התעופה תארך מספר שבועות בלבד, נמשכו הקרבות הקשים על האי עד ה-19 ביוני ושדה התעופה נפתח רק ב-28 ביוני. כתוצאה מכך נחשב מבצע זה באופן כללי כבלתי כדאי.
השלב השני במערכה בבורנאו החל ב-10 ביוני, כאשר הדיוויזיה התשיעית ניהלה במקביל מספר מתקפות בצפון-מערב בורנאו, באי לבואן ובחוף ברוניי. בעוד שהשליטה בברוניי הושגה עד מהרה, חיל המצב היפני בלבואן החזיק מעמד במשך שבוע. לאחר שהושגה השליטה באזור מפרץ ברוניי, נחתה הבריגדה ה-24 בצפון בורנאו והבריגדה ה-20 התקדמה לאורך החוף המערבי של האי דרומה מברוניי. שתי הבריגדות התקדמו במהירות תוך שהם נתקלים בהתנגדות יפנית חלשה ורוב החלק הצפון מערבי של בורנאו שוחרר עד תום המלחמה. במהלך המערכה בבורנאו, קיבלה הדיוויזיה התשיעית סיוע מלוחמים מקומיים שניהלו מלחמת גרילה כנגד היפנים בסיועם של הכוחות המיוחדים האוסטרלים.
השלב השלישי והאחרון במערכה בבורנאו היה כיבושה של באליקפאפן שעל החוף המזרחי-מרכזי של האי. ההחלטה על קיומו של מבצע זה נתקלה בהתנגדותו של גנרל בליימי, שהאמין שהוא בלתי נחוץ, אך המבצע יצא לדרך בהוראתו של מקארתור. לאחר עשרים ימים בהם התנהלה הפצצת הכנה אווירית וימית, נחתה הדיוויזיה השביעית ב-1 ביולי ליד העיר. השליטה על באליקפאפן ועל סביבותיה הושגה ב-21 ביולי לאחר לחימה קשה, אך פעולות הטיהור נמשכו עד לתום המלחמה. כיבוש באליקפאפן היה המבצע הקרקעי האחרון בקנה מידה גדול שנוהל על ידי בעלות הברית במלחמת העולם השנייה. אף על פי שעל קיומה של המערכה בבורנאו נמתחה ביקורת באוסטרליה באותה עת ובשנים שלאחר מכן, על רקע היותה חסרת טעם ועל אובדן חיי האדם שהיה כרוך בה, היא השיגה כמה מטרות, כמו הרחבת היקף הבידוד של כוחות יפנים משמעותיים שהחזיקו בחלק העיקרי של איי הודו המזרחית ההולנדים, כיבוש בארות נפט חשובים ושחרור שבויי מלחמה של בעלות הברית, שהוחזקו שם בתנאים גרועים.
המנהיגות האוסטרלית החליפה ידיים במהלך התנהלותה של המערכה בבורנאו. ראש הממשלה ג'ון קרטין לקה בנובמבר 1944 בהתקף לב ועד ה-22 בינואר 1945 כיהן תחתיו סגנו, פרנק פורד. באפריל אושפז קרטין שנית ושר האוצר, בן צ'יפלי, כיהן כראש הממשלה בפועל כשפורד נכח בוועידת סן פרנסיסקו. ב-5 ביולי 1945 מת קרטין ופורד הושבע כראש הממשלה. פורד לא זכה בתמיכתה של מפלגתו והוחלף בצ'יפלי ב-13 ביולי.
המודיעין.
אוסטרליה פיתחה מערך מודיעין מורכב במהלך המלחמה. קודם לפרוץ המלחמה, כמעט ולא היו ברשות הכוחות הצבאיים של אוסטרליה אמצעים לאיסוף מודיעין והם נסמכו על מידע שהועבר להם על ידי שירותי המודיעין הבריטים. כמה יחידות לאיסוף מודיעין אותות הוקמו ב-1939 וב-1940, שלהן היו כמה הצלחות ביירוט ובפיענוח תשדורות יפניות עוד לפני פרוץ המלחמה בזירת האוקיינוס השקט.
זמן קצר לאחר הגיעו לאוסטרליה, החל מקארתור לארגן שירותי מודיעין בקנה מידה גדול. ב-15 באפריל 1942 הוקמה במלבורן הסוכנות המרכזית למודיעין אותות המשותפת לארצות הברית ואוסטרליה. מטה הסוכנות הועבר לבריזביין ביולי 1945 ולמנילה במאי 1945. מחצית כוח האדם של הסוכנות היה מורכב מאוסטרלים, כשסך כוח האדם של הסוכנות מנה ב-1945 מעל 4,000 איש. צבא אוסטרליה וחיל האוויר המלכותי האוסטרלי גם הם סיפקו את רוב יירוט התשדורות עבור בעלות הברית בדרום-מערב האוקיינוס השקט ומספרן של היחידות ליירוט תשדורות רדיו גדל בין השנים 1942 ל-1945. סוכנות הביון פיצחה כמה מהקודים היפנים והמודיעין שהושג מפיענוח התשדורות ומאיכון משדרי הרדיו סייעו רבות לכוחות בעלות הברית בדרום-מערב האוקיינוס השקט.
הכוחות המיוחדים.
הכוחות המיוחדים של אוסטרליה לקחו חלק משמעותי בלוחמה בזירת האוקיינוס השקט. לאחר פרוץ המלחמה, הוצבו פלוגות הקומנדו בטימור, באיי שלמה, באיי ביסמרק ובקלדוניה החדשה. אף על פי ש"הפלוגה העצמאית הראשונה" (1st Independent Company) הוכתה במהרה בתדהמה מפלישת היפנים לאיי שלמה בראשית 1942, הפלוגות העצמאיות -2/2 וה-2/4 ניהלו מלחמת גרילה מוצלחת בטימור שנמשכה מפברואר 1942 ועד פברואר 1943 כשפונו משם הכוחות האוסטרלים. יחידות קומנדו אחרות לקוח גם הם חלק חשוב במערכות בגינאה החדשה, בבריטניה החדשה בבוגנוויל ובבורנאו לכל אורך המלחמה ושם נעשה בהם שימוש לאיסוף מודיעין, ליצירת ראשי גשר ולאבטחת אגפי הכוחות במבצעים שנוהלו בלוחמת חיל רגלים קונבנציונלית.
אוסטרליה גם יצרה כוחות סיור לביצוע פשיטות בקנה מידה קטן, רובן קובצו יחדיו כ"כוח המיוחד Z" של סוכנות הביון של בעלות הברית, שניהלה פשיטות הרחק מעבר לקווי האויב, כולל פשיטה מוצלחת לסינגפור בספטמבר 1943. "הכוח המיוחד M", תצפיתני החוף והיחידות של סוכנות הביון של בעלות הברית, פעלו גם מעבר לקווי האויב למטרות איסוף מודיעין. המחלקות של סוכנות הביון שימשו לעיתים קרובות לסיוע ליחידות צבא אוסטרליה והוטלו עליהן משימות בלתי מתאימות, כמו סיורים ומשימות קישור טקטיים. המשימות של הסוכנות בטימור ובגינאה החדשה ההולנדית הופרעו עקב הצבתם של הכוחות תחת פיקודם של פקידים קולוניאליים בלתי אהודים. חיל האוויר המלכותי האוסטרלי הקים ב-1945 יחידה שצוידה בציוד מיוחד (טייסת 200), לסיוע למבצעי ההעברה של יחידות המודיעין והעברת האספקה להם באזורים שהיו בשליטת היפנים.
הלחימה נגד האיים היפנים.
לאוסטרליה היה תפקיד משני במערכה על יפן בחודשים האחרונים של המלחמה ועם תום המלחמה היא הייתה בעיצומן של ההכנות להשתתפות במבצע נפילה. מספר ספינות מלחמה אוסטרליות פעלו עם הצי הפסיפי הבריטי במהלך קרב אוקינאווה ומשחתות אוסטרליות ליוו בהמשך נושאות מטוסים וספינות מלחמה בריטיות במהלך ההתקפות על המטרות באיים היפנים. למרות המרחק הגדול שלה מיפן, הייתה אוסטרליה הבסיס הראשי של הצי הפסיפי הבריטי ומספר גדול של מתקנים הוקמו לתמיכה בצי זה.
השתתפותה של אוסטרליה בפלישה ליפן הייתה אמורה לערב מרכיבים מכל שלוש הזרועות של כוחות ההגנה האוסטרלים שהיו אמורים להילחם כחלק מכוחות בעלות הברית. התוכנית הייתה להקים את הדיוויזיה העשירית החדשה מקרב כוח האדם הקיים של ה-AIF, שתהווה חלק "מגיס חבר העמים הבריטי", עם יחידות בריטיות, קנדיות וניו זילנדיות. המבנה הארגוני של הגיס המתוכנן היה אמור להיות זהה לזה של הגיסות של צבא ארצות הברית והוא היה אמור להשתתף בפלישה לאי הונשו, שתוכננה למרץ 1946. ספינות אוסטרליות יועדו לפעול יחד עם הצי הפסיפי הבריטי ועם צי האוקיינוס השקט של ארצות הברית ושתי טייסות מפציצים כבדים של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי היו אמורות לעבור מבריטניה לאוקינאווה ולהצטרף למבצעי ההפצצה האסטרטגיים על יפן כחלק מ"כוח נמר" (Tiger Force). ההכנות לפעולות אלה הופסקו באוגוסט 1945, עם כניעת יפן בעקבות הטלת פצצות האטום על הירושימה ועל נגסאקי.
גנרל בליימי חתם על כתב הכניעה היפני בשמה של אוסטרליה בטקס שהתקיים על סיפון אוניית המערכה האמריקאית "מיזורי" ב-2 בספטמבר 1945. כמה ספינות מלחמה של הצי המלכותי האוסטרלי היו בין ספינות בעלות הברית שעגנו במפרץ טוקיו במהלך טקס הכניעה. לאחר הטקס הראשי על ה"מיזורי", הגישו מפקדי השדה היפנים את כניעתם לכוחות בעלות הברית בכל רחבי זירת האוקיינוס השקט.