בשנת 1970, נבחר ראש המפלגה הסוציאליסטית סלבדור איינדה לנשיא צ'ילה. בחירה זו עוררה דאגה בקרב הממשל האמריקאי וזאת בשל דעותיו הסוציאליסטיות ותמיכתו בקובה. בשל כך, הורה הנשיא ניקסון ל-CIA, בתמיכתו של קיסינג'ר, לפעול להפלתו של איינדה על ידי עידוד גורמי האופוזיציה במדינה להביא להפיכה צבאית ולסיום שלטונו. ב־11 בספטמבר 1973 בוצעה כנגד איינדה הפיכה צבאית אלימה בהנהגת חונטה בראשותו של הגנרל אוגוסטו פינושה ובתמיכתה של ארצות הברית. הצבא כיתר את ארמון הנשיאות, הפציץ אותו והרג את איינדה. בעקבות ההפיכה תפס פינושה את השלטון. ההפיכה הפאשיסטית דרדרה את צ'ילה לתקופה אפלה של דיכוי דמים. כ-50 אלף מבני העם הצ'יליאני נרצחו על ידי שליחי הכת הצבאית בראשות פינושה. רבבות עונו ואלפים "נעלמו".
מלבד ביקורת רבה שהופנתה כלפיו בשל מעורבותו בהפיכה הצבאית בצ'ילה, זכה קיסינג'ר לקיתונות של ביקורת לאחר ההתנקשות בדיפלומט הצ'יליאני הגולה אורלנדו לטלייה, שבוצעה בוושינגטון בשנת 1976. לדעת המבקרים, על אף העובדה כי קיסינג'ר ידע על כוונותיה של צ'ילה לפעול לחיסול מתנגדיה ברחבי העולם, כחלק ממבצע קונדור, הוא לא פעל להעברת מסר תקיף לממשל הצ'יליאני, על מנת למנוע פעולות אלה.
שערורייה סביב הזכייה בפרס נובל.
על המאמץ הדיפלומטי שהוביל להסכם הפסקת האש בווייטנאם, זכו קיסינג'ר ולה דק טהו בפרס נובל לשלום ב-10 בדצמבר 1973. לפי ההיסטוריון האמריקאי ארווין אברהמס, הייתה זו הזכייה המעוררת מחלוקת ביותר בהיסטוריה של פרסי נובל עד לאותה תקופה. בפעם הראשונה אי פעם, עזבו במחאה את הוועדה שני נציגים ואילו דק טהו סירב לקבל את הפרס, כל עוד המלחמה בווייטנאם עדיין מתחוללת. קיסינג'ר ציין כי הסכים לקבל את הפרס "בהכנעה ובענווה".
מזכיר המדינה (1973–1977).
ב-21 בספטמבר 1973, מונה קיסינג'ר על ידי הנשיא ניקסון לתפקיד מזכיר המדינה והיה היהודי הראשון שכיהן בתפקיד זה בארצות הברית. הוא נכנס לתפקידו כשבועיים בלבד לפני פרוץ מלחמת יום כיפור.
מלחמת יום כיפור.
ב-6 באוקטובר 1973 בשעה 14:00 פרצה מלחמת יום הכיפורים, עם פלישת צבאות סוריה ומצרים לישראל. בראיון שנערך עמו בנובמבר 2013, אמר קיסינג'ר כי קיבל דיווח על המלחמה המתוכננת בשעה 12:30 של אותו יום. עוד הוסיף, כי שיחות טלפון דחופות שביצע עם הסובייטים והמצרים לא הועילו וכי ההחלטה של ראש הממשלה גולדה מאיר להימנע מתקיפה מקדימה הייתה נכונה משום שמנעה מישראל להצטייר בפני הקהילה הבינלאומית כמחרחרת מלחמה והתחשבה באפקטיביות הנמוכה יחסית של מתקפה מקדימה בסמיכות לתחילת המלחמה
ב-9 באוקטובר 1973, הגיעו לארצות הברית שגריר ישראל בוושינגטון שמחה דיניץ והאלוף מוטה גור להיפגש עם קיסינג'ר. במהלך הפגישה סקרו השניים את מצבה הקשה של ישראל בחזית המצרית וציינו כי ראש הממשלה גולדה מאיר מעוניינת להגיע לוושינגטון, לשם בקשת סיוע דחוף מהנשיא ניקסון. קיסינג'ר התנגד לבואה של מאיר, בטענה כי הדבר יתפרש כחולשה מצד ישראל, אך פעל לזירוז הזרמת אספקת תחמושת ומטוסים לישראל, בהתאם לדרישותיה.
לאורך המלחמה ועל רקע העובדה כי הנשיא ניקסון היה שקוע וטרוד בפרשת ווטרגייט, ניהל קיסינג'ר את מדיניות החוץ האמריקאית כמעט לבדו. דוגמאות לחוסר המעורבות היחסית של ניקסון במלחמה הובאו בספרו של ההיסטוריון רוברט דאלק, שציין, בין היתר, כי קיסינג'ר המתין כ-3 שעות לאחר שנודע לו אודות הפלישה המתקרבת ובטרם יידע את ניקסון אודותיה. בראיון שנערך עמו ציין קיסינג'ר כי "הקושי הבסיסי במרוצת כל פרשת ווטרגייט היה בשימור האמינות האמריקאית בעוד הסמכות הנשיאותית נמצאת במתקפה מתמדת. אבל עזרה לנו העובדה שהמנהיגים הסובייטים לא העלו בדעתם עד כמה באמת התפוררה הסמכות בתוככי המערכת (האמריקאית)".
הדיונים עם השגריר הסובייטי דוברינין ברגעים הקשים ביותר של המלחמה, כמו גם השיחות עם ישראל ומדינות ערב, התנהלו כולן דרך קיסינג'ר, שמספר על כך בספרו "משבר: מדיניות החוץ במלחמת יום כיפור וביציאה מווייטנאם". במהלך המלחמה נקט בדיפלומטיה בדילוגים ויצא ל״מסע דילוגים״ בין ברית המועצות וישראל כדי להביא להפסקת אש בין ישראל ומצרים והיה מהארכיטקטים של הסכם הפרדת הכוחות בין ישראל למצרים ובין ישראל לסוריה. בהמשך היה אחראי קיסינג'ר למסע דילוגים נוסף בין ישראל ומצרים שבסופו, נחתם הסכם הביניים בין ישראל למצרים.
התפטרות ניקסון וביקורת בעקבות פלישת טורקיה לקפריסין.
לאחר התפטרותו של הנשיא ניקסון ב-9 באוגוסט 1974 בעקבות "פרשת ווטרגייט", המשיך קיסינג'ר בתפקיד מזכיר המדינה בקבינט של הנשיא ג'רלד פורד, בעודו ממשיך לכהן כיועץ לביטחון לאומי, עד לעזיבתו את התפקיד ב-3 בנובמבר 1975.
עוד בטרם ההתפטרות, הועלתה ביקורת כנגד קיסינג'ר והממשל האמריקאי אשר, לפי הנטען, קיבלו התראה מוקדמת בתחילת יולי 1974 על כוונת הטורקים לפלוש לקפריסין אך לא מנעו זאת.
איום בפלישה לקובה.
ממסמכים מסווגים שנחשפו בשנת 2014 בארצות הברית, עולה כי קיסינג'ר החל בפברואר 1976 בהכנת תוכנית מגירה לתקיפת קובה, כתגובה לשליחת חיילים קובנים לאנגולה במהלך מלחמת האזרחים שהתחוללה שם, החל מנובמבר 1975. מהמסמכים עלה כי לאורך מספר פגישות שנערכו בבית הלבן תמך קיסינג'ר בפעולה חזקה לעצירת מנהיג קובה פידל קסטרו מחשש שהתערבותו באפריקה תגרום לארצות הברית להיראות חלשה. לטענת קיסינג'ר, פעולות קובה עוררו חשש בעולם ממלחמת גזע רחבה יותר שעלולה להתפשט לאמריקה הלטינית וגם לערער את היציבות במזרח התיכון. בתוכניות המגירה שהוכנו הוצגו כמה אפשרויות פעולה דוגמת סגר צבאי, תקיפות אוויריות ומיקוש נמלים קובניים. לצד האפשרויות לתקיפה, הוצגו גם הסיכונים הגדולים מתקיפה אמריקנית בקובה, דוגמת העמקת הסכסוך עם ברית המועצות ומלחמה קרקעית לשם הגנה על בסיס הצי האמריקני במפרץ גואנטנמו.
תמיכה בסיפוח מזרח טימור.
בשנת 1974, החלו לצמוח במזרח טימור תנועות פוליטיות סוציאליסטיות אשר קראו לעצמאות חלקו המזרחי של האי, אשר נשלט באותה העת על ידי פורטוגל (כשחציו השני נשלט על ידי אינדונזיה). קריאה זו לעצמאות נתמכה על יד הממשל הפורטוגלי בראשותו של הנשיא הסוציאליסטי מריו סוארש. מנגד, אינדונזיה אשר ראתה בחומרה את שאיפות העצמאות של אזרחי מזרח טימור, פלשה לטריטוריה המזרחית ב-7 בדצמבר 1975, באצטלה של איום קומוניסטי. הפלישה האינדונזית נדחתה ב-24 שעות על מנת לא להביך את הנשיא פורד ואת קיסינג'ר שביקרו בג'קרטה ביקור רשמי ב-5 וב-6 בדצמבר. צמידות זו של הביקור לפלישה תרמה לחשד שהמבצע זכה לאישור סופי של ארצות הברית ועוררה ביקורת רבה, בין היתר כלפי קיסינג'ר על כך שלא עשה דבר על מנת למנוע את הפלישה ואף תמך בה כחלק ממאבק אמריקאי נגד התפשטות קומוניסטית אפשרית במדינות מזרח אסיה.
הכיבוש האינדונזי של מזרח טימור נמשך עד 1999, במהלכו נהרגו בין רבע לשליש מהאוכלוסייה שמנתה כ-700,000 תושבים טרם פרוץ הקרבות.
תפקידים לאחר הפרישה מהחיים הפוליטיים.
ב-20 בינואר 1977, פרש קיסינג'ר מתפקיד מזכיר המדינה, וזאת בעקבות הפסדו של פורד לג'ימי קרטר, בבחירות לנשיאות ב-1976. לאחר הפרישה, המשיך קיסינג'ר להשתתף בקבוצות ובארגונים שונים אשר עסקו בהתווית מדיניות חוץ, דוגמת ועד השלישייה.
באותה שנה, קיבל קיסינג'ר הצעה למשרה באוניברסיטת קולומביה, אשר בוטלה כעבור זמן מה בשל ביקורת מצד סטודנטים אשר התנגדו למהלך ואשר ואף יצרה הד תקשורתי נרחב. בהמשך, הצטרף קיסינג'ר לצוות המרצים במרכז ללימודים אסטרטגיים ובין-לאומיים שבאוניברסיטת ג'ורג'טאון. בשנת 1978, מונה לדירקטור במנהלת ליגת הכדורגל הצפון אמריקאית .
בשנת 1982, הקים קיסינג'ר את חברת הייעוץ "קיסינג'ר ושות', העוסקת במכירת שירותי ייעוץ מדיני ודיפלומטי לראשי מדינות וראשי תאגידים רב-לאומיים. בשנים 1983 - 1985 עמד בראש המועצה הלאומית לענייני מרכז אמריקה, ובשנים 1986 - 1988 היה חבר בצוות שייעץ לנשיא רונלד רייגן בנושאים בינלאומיים.
בשנת 1999, מונה לדירקטור בחברת גאלפסטרים איירוספייס. בהמשך מונה לדירקטור בקבוצת המדיה סאן טיימס . בין השנים 1995–2001, כיהן בדירקטוריון חברת הכרייה האמריקאית Freeport-McMoRan . בשנת 2000, מונה ליועץ פוליטי לנשיא אינדונזיה עבד א-רחמן וחיד. בהמשך קיבל את התואר "יועץ לשם כבוד" של לשכת המסחר ארצות הברית-אזרבייג'ן. בין השנים 2000–2006, כיהן כיו"ר דירקטוריון ארגון אייזנהאואר . לאחר פרישתו, זכה בפרס מטעם הארגון על תרומתו רבת השנים.
בשנת 2002, מונה על ידי הנשיא ג'ורג' בוש לעמוד בראש הוועדה לחקר אירועי ה-11 בספטמבר, אך עזב את התפקיד ב-13 בדצמבר 2002.
אידאולוגיה ותפיסת עולם מדינית.
תפיסת העולם של קיסינג'ר הושפעה רבות מהדיפלומטיה של הקרדינל רישלייה, שטבע את המונח רזון ד'טה (בצרפתית: raison d'état - טובת המדינה), לפיה על המדינה לנהל את מדיניות החוץ שלה בכפוף לאינטרסים שלה, בניגוד למדיניות הרואה את המעצמה כאוכפת "סדר עולמי" או דרכי פעולה מוסריות (מדיניות אותה מייחס קיסינג'ר לנשיאים מן המפלגה הדמוקרטית ובפרט לוודרו וילסון).
גיבור נוסף במחשבה המדינית של קיסינג'ר היה שר החוץ האוסטרי, מטרניך, שניסה להחזיר על כנו את הסדר הפוליטי באירופה השסועה לאחר תקופת נפוליאון והמהפכה הצרפתית והיה הדמות המובילה בקונגרס וינה ב-1815. מדיניותו עוצבה תוך התחשבות במאזן הכוחות הגלובאלי ותוך שימור מקסימלי של הסדר הקיים תוך סלידה ממהפכנות. מאזן כוחות בין המעצמות הוא לדידו של קיסינג'ר הבסיס לשלום וליציבות בעולם.
קיסינג'ר התנגד להסתמכות על הסמכות האוניברסלית של האו"ם והסביר: .
יחסיו עם היהדות וישראל.