15 אחוז מהגיחות המתוכננות במהלך 10 הימים הראשונים בוטלו בעקבות ראות לקויה או תנאי שמיים מעוננים ומעורפלים. תקרות ענן של 5,000 עד 7,000 רגל היו נפוצות, במיוחד במהלך הימים האחרונים של המערכה הקרקעית לשחרור כווית. כיסוי עננים נמוך מנע לעיתים קרובות מ-F 117A להשיג את המטרות שלהן הוא כיוון. כמו כן, במשך 43 ימים מטוסי ה-F 117 נייטהוק והטייסים שלהם טסו ברצף משימות של 5.4 שעות בממוצע כל משימה, והטילו פצצות על מרכז העיר בגדאד, לעיתים קרובות בהפצצת אתרים שלהם היו מקורבים תושבים חפים מפשע.
למרות הכישלונות הללו, ה-F 117A התגלה כבעל ערך רב במהלך מלחמת המפרץ. ביום הראשון של המלחמה, רק 36 מטוסי F-117A (פחות מ-2.5% מהנכסים הטקטיים של קואליציית האו"ם) היו בחזית המפרץ, ובכל זאת הם תקפו 31% מהמטרות באותו יום. במהלך 24 השעות הראשונות, 30 F-117A תקפו 37 יעדים שסווגו בידי מטה הפיקוד האמריקאי כבעלי ערך גבוהה בעיראק. פעילות ה-F 117A לפגיעה במטרות בבגדאד, אשר עיוורו את מכונת המלחמה העיראקית עוד בלילה הראשון, השביתה בפועל 7,000 טילי קרקע-אוויר מכווני מכ"ם, 7,000 תותחי נ"מ ו-800 מטוסי קרב לצד שלל המכ"מים ומרכזי הפיקוד שהנחו אותם.
מלחמות יוגוסלביה.
במסגרת מלחמות יוגוסלביה, הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה בהנהגת הרודן סלובודן מילושביץ' ביצעה סדרה נרחבת של פשעי מלחמה נגד עמים שונים כקרואטים ובוסניאקים. שיאם של פשעי מלחמה אלו הגיע במהלך רצח העם הבוסני. בהמשך המאבק, במסגרת מלחמת קוסובו, נאט"ו צידדה בצבא שחרור קוסובו נגד כוחותיה של סרביה בכדי לאלץ את הממשלה הסרבית להביא לקץ מלחמת האזרחים בקוסובו בין הצבא של הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה וכוחות פרה-צבאיים סרביים לבין צבא שחרור קוסובו, כך הוגדרה מטרתה העיקרית. ממשל ביל קלינטון פעל למנוע רצח עם נוסף שיבוצע בידי הצבא הסרבי, הפעם בתושביה האלבנים של קוסובו. במסגרת כך הוצא לפועל מבצע כוח מאוחד של צבאות נאט"ו נגד סרביה ומונטנגרו.
ביום ראשון, 21 בפברואר 1999, 12 מטוסי F-117A נחתו בבסיס האווירי אביאנו, אשר באיטליה, כדי לתמוך בפעולות אוויריות אפשריות של נאט"ו מעל אדמת הרפובליקה לשעבר של יוגוסלביה. פריסת הכוחות הוכרזה עוד ב-17 בפברואר, וצוותי אוויר, תחזוקה ואנשי תמיכה אשר מנו כ-250 איש החלו להגיע למטוסי תובלה בואינג C-17 גלובמאסטר III ב-20 בפברואר. 12 מטוסי ה-F-117A הגיעו בארבע ספינות נפרדות. ב-24 במרץ החלה נאט"ו במבצע של צבאות הברית כמאמץ לאלץ את הנשיא מילושביץ' להגיע להסדר שלום בקוסובו. הגיחות הראשונות התקיימו לאחר 13:00 בצהריים. מטוסי F-117 הפציצו מטרות מכ"ם ונ"מ בפרברי הבירה הסרבית בלגרד. תצפיתנית איטלקית דיווחה:
הפלת מטוס F-117A בשמי סרביה.
ב-08:00 בבוקר 27 במרץ יחידת נ"מ של צבא סרביה שהפעילה סוללת נ"מ מדגם S-125 נייבה הצליחה ליירט F-117A. הטייס נטש את המטוס והוצא מאזור הקרבות על ידי יחידות איתור וחילוץ. הפלת מטוס ה-F 117A בשמי סרביה ב-27 במרץ 1999 הייתה ההפלה היחידה של מטוס ה-F 117 והיא פגעה קשות במוניטין שלו כמטוס בלתי נראה. בשונה ממבצע סופת מדבר בעיראק, במהלך מבצע כוח מאוחד נעשה שימוש חוזר באותן דרכים אוויריות. במהלך הגיחות הצבאיות כולן הוטס ה-F 117 לצד מטוס לוחמה אלקטרונית נורת'רופ גראמן EA-B6 פרוולר. המטוס שהופל טס לבדו מכיוון שבאותו היום מזג האוויר חייב את ה-EA B6 להישאר על הקרקע. על הגיחה של מטוסי ה-F 117 בבודדים נודע לצבא הסרבי דרך מודיעין חשאי שפעל באיטליה, אשר בה היו בסיסי חילות נאט"ו.
מפקד סוללת הטילים החליט להציב מארב למטוסי החמקן, תוך פריסת סוללות S-125 נייבה בזווית ירי טובה על טווח דפוס הטיס האווירי של מטוסי נאט"ו כשהם טסו חזרה לאיטליה. הכוחות הסרבים מצאו פרצה ביכולת החמקן מכיוון שניתן לזהות מטוסי חמקן על ידי מכ"מים מכוונים בתדר גבוה למטווחים קצרים. עם זאת, מהלך זה עדיין דורש לטאטא את השמיים אחר מטרות שונות, ובתוך כך להאיר את החמקנים כמטרות יחידות על גבי שדר המכמ"ים של האויב. פרצה זאת בעצם יכולת החמקנות של המטוס לא רק נתנה לכוחות הסרבים העוינים הזדמנות להניס את מטרות מטוסי החמקן הרחק מהמיקום המקורי שלהם, אלא גם הותיר פגיעה אפשרית של טילי נ"מ.
בשלושים באפריל התרחשה תקרית נוספת, כאשר שני טילי קרקע-אוויר התבייתו וכמעט הפילו מטוס F-117 נוסף בעת גיחה שביצע. הפלת ה-F 117 שימשה רבות את התקשורת היוגוסלבית כתעמולה אם כי היא לא נמשכה לזמן רב שכן מלחמת קוסובו הסתיימה מספר חודשים לאחר מכן. חלקים מהמטוס שהופל נשלחו לרוסיה ולסין בעבור מחקרים של אותן ארצות, והשאר הוכנסו למוזיאון התעופה של בלגרד, שם הם מוצגים עד היום.
מהלך המשך המלחמה.
ב-1 באפריל 1999 הפנטגון הודיע על תוכניות לשלוח 13 מטוסי F-117A נוספים לאירופה ב-4 באפריל. (פריסה שנייה שכללה 13 מטוסים כדי להחליף את המטוס שנפל ב-27 במרץ). גורמים תקשורתיים שונים העירו שה-F 117A מיושן כעת. ביום שבת, 3 באפריל, כ-250 צוותי אוויר, תחזוקה ואנשי תמיכה החלו להגיע לבסיס התעופה שפנגדהלם, גרמניה, על סיפון מטוסי תובלה C-5 גלקסי ו-C-141 סטארליפטר. ביום ראשון, 4 באפריל, נחתו 13 מטוסי ה-F 117A בשפנגדהלם לאחר טיסה של 12 שעות מבסיס חיל האוויר הולומן בארצות הברית. מטוס אחד המשיך לאביאנו, והתחבר עם הפריסה הראשונה ללקיחת מקומו של המטוס שהופל. רק 33 שעות לאחר מכן החלה הפריסה השנייה בביצוע הגיחה הראשונה שלה לשמי סרביה ומונטנגרו.
בסוף מאי הועברו מטוסי ה-F 117A ואנשי הצוות של אביאנו כולם לשפנגדהלם. מנקודה זו, כל מבצעי ה-F 117A הוטסו מבסיס התעופה שפנגדהלם, גרמניה. מטוסי תובלה רבים נכחו בפינוי של הבסיס באביאנו, שכן שימשו לפריסה מחדש של מטוס ה-F 117A המבוסס על אביאנו לשפנגדהלם. לאחר שמטוסי ה-F 117A עזבו את אביאנו, מקומם בבסיס התמלא במטוסי ג'נרל דיינמיקס F-16 פייטינג פלקון. מהלך זה איחד מחדש את שתי פריסות מטוסי ה-F 117. ב-10 ביוני 1999 השעתה נאט"ו את ההתקפות האוויריות נגד סרביה ומונטנגרו לאחר 78 ימי גיחות הפצצה ללא הרף. בין ה-8 ל-9 ביוני, מטוסי ה-F 117A טסו ביותר מ-850 גיחות ללא נפילה אחד. ככלל, מטוסי נאט"ו טסו יותר מ-34,000 גיחות במבצע שנמשך 11 שבועות. ב-21 ביוני 1999 מזכיר ההגנה ויליאם כהן אישר את התחלת הפריסה מחדש של מטוסי ה-F 117 בארצות הברית.
מיום חמישי ה-24 ביוני ועד יום שבת ה-26 ביוני הגיעו מטוסי תובלה שהובילו את אנשי אגף הקרב ה-49 שתפעלו את מטוסי ה-F 117 לבסיס הולמן בארצות הברית. ביום שישי ה-25 ביוני, 11 המטוסים הראשונים של F-117 נחתו חזרה בבסיס חיל האוויר לנגלי. ביום רביעי, 30 ביוני 1999, 2 מטוסי F-117A האחרונים שבו לבסיסם בארצות הברית. המטוסים הגיעו חזרה לבסיסיהם עם סימוני משימה - כפי שהיה כאשר ה-F 117A חזר ממלחמת המפרץ.
מלחמת עיראק.
ב-2003 פרצה מלחמת עיראק כאשר ארצות הברית בהנהגת ממשל ג'ורג' ווקר בוש עמדה פעם נוספת בראשות קואליציה רחבה של מדינות, קבעה לעצמה למטרה להביא את משטר סדאם חוסיין לקיצו כחלק מתוך המלחמה העולמית בטרור. בליל המלחמה הראשון, ה-20–21 במרץ, יצאו מטוסי F-117 לגיחה לילית נרחבת שמטרתה לכרות את ראשי מערכות הנ"מ והמכ"ם העיראקיות. מטוסי ה-F 117 המריאו מבסיסים בקטר וטסו לעבר מטרות אסטרטגיות בבגדאד, טיסה בת שש שעות (הלוך חזור). בשעה 03:00 לפנות בוקר המריאו שני מטוסי F-117 ובשעה 05:30 בדיוק הפציצו מטרות מיועדות בלב בגדאד.
הפצצות של מטרות אסטרטגיות בידי ה-F 117 הגיעו לשיאן בהפצצה של מקום מפגש מיועד של נשיא עיראק סדאם חוסיין, ניסיון התנקשות שכשל. לפי הרשויות העיראקיות, 10 בני אדם נהרגו בהתקפה - אף על פי שסדאם חוסיין כנראה לא היה ביניהם.
השוואת חמקנים: F-117, F-22 ו-F 35.
ה-F 117 לקח חלק פעיל לאורכה של מלחמת עיראק, אם כי המצב הנתון של ההגנה האווירית שפיתח הצבא העיראקי באותה תקופה וההתחמשות הנרחבת של מטוסי דור רביעי שאינם חמקניים כגון F-14 טומקט ומקדונל דאגלס F-15E סטרייק איגל הפחיתו במידה ניכרת את הצורך בחמקנות מטוסים. כניסתו של הלוקהיד F-22 ראפטור לשירות בדצמבר 2005 סימנה את כניסתו של מטוס הקרב החמקני הראשון שהפך מוכן לשירות קרבי מאז ה-F 117 נייטהוק. ה-F 22 ראפטור כלל חתך מכ"ם משופר מזה של ה-F 117, ושילב אותו עם המהירות, הגובה, יכולת התמרון והרב-גוניות של מטוס קרב בעל עליונות אווירית ברמה גבוהה בדומה ל-F 15 - פלטפורמה הרבה יותר מעשית מה-F 117 שהייתה מנוונת ביכולותיה בקרבות אוויר.
בעוד שמפרצי הפצצות של ה-F 22 מוגבלים במידה מסוימת בבחינת גודלם, משמע שהמטוס אינו מסוגל לשאת נשק גרעיני או פצצות חדירה של עובי דופן רחב כפי שיכול ה-F 117 נייטהוק, הצטרף אליו בשנת 2015 מטוס קרב חמקן נוסף, ה-F 35, שביכולותיו כולל מסוגלות לפרוס תחמושת כבדה יותר בקטרים גבוהים יותר. ה-F 35, אף על פי שהוא איטי במידה ניכרת, נמוך יותר ובעל יכולת תמרון נחותה לעומת הראפטור, עדיין הקדים את ה-F 117 בהיבטים אלה, עם חתך מכ"ם דומה לנייטהוק וציפויי מבנה מטוס חמקניים ומערכות לוחמה אלקטרוניות מתוחכמות יותר, כל זאת בכדי לשפר עוד יותר את יכולת השרידות שלו. עד לכניסת ה-F 35 לשירות, ה-F 117 הוצא משירות כבר במשך שש שנים - שכן הוצא רשמית משירות ב-2008, 25 שנים לאחר שהוכרז לראשונה ככשיר ללחימה.
לאחר היציאה הרשמית משירות.