גורלן של אוניות סוחר אמריקניות שפקדו את נמלי הים התיכון לא היה שונה משל אחיותיהן האירופיות. התקפות הפיראטים הברברים נועדו לסחוט דמי כופר תמורת חיי המלחים השבויים, ובסופו של דבר לאלץ את ארצות הברית לשלם דמי חסות שנתיים (tribute) בתמורה להפסקת ההתנכלויות, כפי שנהגו השליטים הברברים גם עם כמה ממדינות אירופה. עד סיום מלחמת העצמאות וחתימת חוזה פריז ב-1783, בו הכירה בריטניה באופן רשמי בעצמאותה של ארצות הברית, נהנו אוניות הסוחר האמריקניות מהגנתה של צרפת, כפי שסוכם בחוזה הברית שנחתם בין השתיים ב-1778. אומנם החוזה אינו מזכיר מפורשות את המדינות הברבריות, אך הוא מתייחס לאויבים משותפים לארצות הברית ולצרפת, שהמדינות הברבריות ופיראטים בכלל יכולים להימנות עליהם. התקפות השוד על אוניות אמריקניות החלו רק לאחר מלחמת העצמאות, כאשר פקעה ההגנה על פי תנאי הברית עם צרפת.
אוניית הסוחר האמריקנית הראשונה שנתפסה על ידי פיראטים הייתה הבריגנטינה "בטסי", שנפלה שלל לידי פיראטים מרוקנים ב-11 באוקטובר 1784. הממשל הספרדי נשא ונתן על שחרור האונייה השבויה וצוותה, אך בה בעת גם יעץ לארצות הברית כיצד להתמודד להבא עם המדינות הברבריות: לשלם דמי חסות שנתיים (tribute) בתמורה להבטחת שלומן של אוניות הסוחר. שגריר ארצות הברית בצרפת, תומאס ג'פרסון, שיגר שליחים אל מרוקו ואלג'יריה כדי לנסות ולקנות את ההסכמים ואת שחרורם של המלחים השבויים שהוחזקו באלג'יריה. מרוקו הייתה המדינה הברברית הראשונה שחתמה על הסכם עם ארצות הברית, ב-23 ביוני 1786. ההסכם הבטיח רשמית את ההגנה על הספנות המסחרית האמריקנית מפני פיראטים מרוקנים. סעיף 6 של ההסכם קבע באופן מיוחד, כי אם יגיעו מלחים אמריקנים שבויים לאחת מערי מרוקו, בין אם נפלו בשבי פיראטים מרוקנים או בידי אחת המדינות הברבריות האחרות, הם ישוחררו וייהנו מהגנתה של ממלכת מרוקו.
המשא ומתן הדיפלומטי עם אלג'יריה לא היה מוצלח כמו המשא ומתן עם מרוקו. ההתקפה הפיראטית הראשונה של הקורסארים האלג'ירים נגד הספנות האמריקנית ארעה ב-25 ביולי 1785, עם שביית הסקונר "מריה"; שבוע אחר כך נתפסה הספינה "דופין". ארבע המדינות הברבריות תבעו יחד מארצות הברית סכום של 660,000 דולר, בעוד שהתקציב שהוקצה לשליחים להשגת השלום עמד על 40,000 דולר בלבד. המגעים הדיפלומטיים להסכמה על סכום מתקבל על הדעת של דמי חסות או דמי כופר לפדיון המלחים השבויים לא צלחו. צוותי "מריה" ו"דופין" נותרו בשבי למעלה מעשר שנים, ואליהם הצטרפו בתוך זמן קצר גם מלחי אוניות אחרות שנתפסו על ידי המדינות הברבריות. ב-1795 הגיעה אלג'יריה להסכם עם ארצות הברית בתמורה ליותר ממיליון דולר, כשישית מסך התקציב השנתי של ארצות הברית, בעקבותיו שוחררו 115 המלחים שהוחזקו על ידה והובטח שלומן לעתיד של אוניות הסוחר שלה. ברם, הדרישה המתמשכת למס עובד הובילה בסופו של דבר להקמת מחלקת הצי של ארצות הברית, שנוסדה ב-1798. כדי למנוע התקפות פיראטיות נוספות על ספנות אמריקנית כמו גם כדי לשים קץ לתביעות המוגזמות בגודלן למס עובד שהגישו המדינות הברבריות.
המלחים השבויים תיארו לימים במכתבים ובעדויות את תקופת שביים כצורה של עבדות, הגם שהייתה שונה מזו שנהגה באותו זמן בארצות הברית ובמדינות אירופה. נוצרים שנפלו בשבי המדינות הברבריות יכלו להתעשר ולרכוש לעצמם מעמד שעלה על זה של עבד מן השורה. דוגמה אחת שכזו הוא ג'יימס ליאנדר קצ'קרט, שהגיע למעמד הגבוה ביותר שעבד נוצרי יכול היה להגיע אליו באלג'יריה כשנתמנה ליועצו של הדיי. אולם מרבית השבויים נדונו לעבודה קשה בשירותם של הפיראטים הברברים, וסבלו מתנאי מחיה גרועים ביותר, רעב ומחלות. כשנפוצו בארצות הברית הידיעות על סבלם של השבויים, גבר הלחץ הציבורי על הממשל לפעול לעצירת ההתקפות הפיראטיות על אוניות אמריקניות.
במרץ 1785 יצאו תומאס ג'פרסון וג'ון אדמס אל לונדון כדי לשאת ולתת עם שליח מטריפולי, הציר סידי חאג' עבדרחמן (או סידי חאג' עבדול רחמן עג'ה). כשנשאל "על מה מתבססת יומרתם לאסור מלחמה על מדינות שלא עוללו להם כל רע" השיב השגריר: "כתוב בקוראן, כי כל המדינות שאינן מכירות בנביא נחשבות לכופרות, וזכותו וחובתו של המאמין לשדוד ולשעבד אותן, וכל מוסלמי הנהרג במלחמה שכזו יגיע אל נכון לגן עדן. הוא הוסיף ואמר, כי האיש הפושט ראשון על האונייה מקבל עבד אחד בנוסף לחלקו בשלל, וכי כאשר הם פושטים אל סיפונה של אוניית אויב, אוחז כל מלח חרב ביד אחת ופגיון בין שיניו, והם מפילים אימה כה גדולה על אויביהם, עד כי אלה נכנעים מיד תוך זעקות."
ג'פרסון הוסיף להתנגד בתוקף לתשלום דמי החסות וזכה לתמיכה הולכת וגוברת מצד ג'ורג' וושינגטון ואחרים. הקמתו מחדש של הצי המלחמתי האמריקני ב-1794, שפורק עם סיום מלחמת העצמאות בשל הקושי לממן את אחזקתו, נועדה להגדיל את כוחה של ארצות הברית בים, כדי שתוכל לגונן על אוניות הסוחר שלה מבלי לשלם דמי חסות.
הכרזת המלחמה והמצור הימי.
מעט לפני השבעתו של ג'פרסון ב-1801, העביר הקונגרס חקיקה שבין השאר קבעה ותיקצבה בניית שש פריגטות אשר "תאוישנה ותתפקדנה כפי שימצא הנשיא לנכון". במידה ותוכרז מלחמה עם הברברים נכתב בחקיקה שהפריגטות "תגנָּה על המסחר ותענושנה (את הברברים) ללא רחם על עזות מצחם - בהטבעת, השמדת ושריפת ספינותיהם בכל מקום שתמצאנה אותן".
עם השבעת ג'פרסון תבע הפאשה של טריפולי, יוסוף קאראמאנלי, 225,000$ מהממשל החדש (בשנת 1800 הכנסות הממשל השנתיות עמדו על עשרה מיליון דולר, כך שמדובר בנתח משמעותי, בשיעור של כשני אחוזים). ג'פרסון מימש את כוונתו מימים ימימה וסירב לדרישה. כצפוי, הכריז קאראמאנלי מלחמה על ארצות הברית בשל הסרוב, אם כי לא במכתב רשמי אלא באמצעות טקס בֶּרְבֶּרִי בו הופל הדגל בפתח הקונסוליה של ארצות הברית. אלג'יריה ותוניס נמנעו מללכת בעקבות בן-בריתם הטריפוליטני.
עוד לפני שנודע לו על הכרזת המלחמה, שילח ג'פרסון שייטת בת שלוש פריגטות וסקונר אחת תחת פיקודו של הקומודור ריצ'רד דייל עם מכתבים ומתנות במאמץ לקיים שלום עם המעצמות הברבריות, אך לדייל ניתנה גם פקודה "להגן על שלומם של ספינות ואזרחים אמריקאיים". ג'פרסון עמד על כך שהוא "אינו מורשה על פי חוקת ארצות הברית, ללא אישור מפורש מהקונגרס, לפעול מעבר לפעולות הגנתיות". ג'פרסון הודיע לקונגרס "אני מודיעכם שכל הכרעה בנושא שעל הפרק, בתחום תפקידו של המחוקק כמכריע, תהיה מתוך ידיעת ושקילת כל מקרה בעל חשיבות". על אף שהקונגרס לא הצביע מעולם על פתיחה במלחמה, הוא הסמיך את הנשיא לפקוד על כל ספינה אמריקאית חמושה לתפוס סחורות וספינות של הפאשה של טריפולי ו"גם לפעול כל פעולה אם מתוך זהירות או בעוינות כפי שמצב המלחמה יצדיק". השייטת האמריקאית שילבה כוחות עם שייטת שוודית בפיקודו של רודולף סדרסטורם והטילה מצור ימי על טריפולי, בהיות השוודים במלחמה עם הטריפוליטאים מאז 1800.
הקומודור אדוארד פרבל שט למסינה, סיציליה ב-31 במאי 1801, והתקבל בחצרו של המלך פרננדו הרביעי מממלכת נאפולי, ושם מצא בעל ברית מצוין: על אף שנאפולי הייתה במלחמה עם נפולאון, סיפק פרדיננד אנשים, אומנים, ציוד, סירות-תותחים, סירות-מרגמה, וגישה חופשית לנמלי מסינה, סירקוזה ופלרמו כבסיסים להתקפות נגד טריפולי. נמלי סירקוז ופלרמו היו מבוצרים היטב, מוגנים ב-150 תותחים ומאוישים ב-25,000 חיילים, בצירוף 10 ספינות מטיפוס בריג בעלות 10 תותחים ושתי ספינות סקונר חמושות ב-8 תותחים, 19 סירות-תקיפה, ושתי גליאות.
הפעילות הקרבית הראשונה הייתה קרב בין הסקונר "אנטרפרייז" ל טריפוליטאית בעלת 14 תותחים בשם "טריפולי". תחת פיקודו של הסגן אנדרו סְטֶרֶט הביסה האנטרפרייז את הטריפולי והשתלטה עליה.
בתגובה לבקשתו של הנשיא ג'פרסון לסמכויות במאבק בפיראטים העביר הקונגרס תקנה שנתנה בידו את הסמכות לנקוט "כל פעולה להגנת המסחר והמלחים האמריקאיים כנגד משחתות טריפוליטאיות" ו "להעמיד לטובת המאבק ספינות של הצי כפי שימצא לנכון." התקנה גם כללה אישור לספינות אמריקאיות "לתפוס ולהחרים ספינות שמקורן במפרץ טריפולי ולחלק את הרכוש שיוחרם בין אלו שנתנו ידם בהבאתן אלי חוף".
במהלך שנת 1802 הפנה ג'פרסון את הטובות שבספינות הצי למלחמה: ארבע פריגטות, שתי בריג, סקונר והקטש שנלכדה. במהלך 1803 הטיל פרבל מצור על הנמלים הברבריים ונקט פשיטות כנגד הציים שעגנו בהם.
קרבות.
באוקטובר 1803 הצליח הצי הטריפוליטאי ללכוד את הפריגטה האמריקאית "פילדלפיה" ללא פגע, לאחר שזו עלתה על שירטון בנמל טריפולי במהלך סיור. מאמצי האמריקאים לחלץ את הספינה תחת אש תותחי הנמל וספינות טריפוליטאיות עלו בתוהו. צוות הספינה כולו נלכד בשבי הטריפוליטאי, והפריגטה הוצבה בנמל לשמש כסוללת תותחים נוספת להגנתו.
ב-16 בפברואר 1804 הוביל סגן סטיבן דאקטור כוח קטן של נחתים אמריקאיים בספינת קטש טריפוליטאי שנלכדה. הכוח הצליח לשטות בשומרי הפריגטה ולהתקרב די הצורך על מנת לעלות לסיפונה לתקיפה. הנחתים הסתערו, הביסו את שומרי הפריגטה, והעלו אותה באש, על מנת למנוע את השימוש בה. האדמירל הבריטי הורציו נלסון, גיבור קרבות בזכות עצמו, כינה פעולה זו "המעשה האמיץ ביותר של זמננו".
הקומודור פרבל התקיף את טריפולי ב-14 ביולי 1804, בסדרת קרבות נטולי הכרעה. ההתקפות כללו ניסיון להשתמש בקטש הלכוד ששימש להבערת ה"פילדלפיה" כספינת-תבערה. התוכנית הייתה שהקטש תכנס לנמל ותתפוצץ סמוך לספינות האויב, אך הקטש התלקחה טרם שהספיקה להתקרב, ככל הנראה בשל אש תותחי הנמל, וכל אנשי צוותה נספו.