במהלך המלחמות הנפוליאוניות פרוסיה לא הצטרפה לקואליציה השלישית, אך הלחץ של רעייתו ודיפלומטים זרים דחפו את פרידריך למלחמה באוקטובר 1806. פרידריך כרת ברית עם רוסיה ומדינות נוספות המכונה הקואליציה האנטי-צרפתית הרביעית. ב-14 באוקטובר 1806 הובסו כוחותיו של פרידריך בקרב ינה וקרב אאורשטדט וצבאו רוסק לחלוטין. פרידריך ומשפחת המלוכה גלו לממל שבפרוסיה המזרחית, ברחמיו של אלכסנדר הראשון קיסר רוסיה.
גם אלכסנדר סבל מתבוסות מידי נפוליאון, ובחוזה טילזיט ב-1807, הוכרז שלום בין שתי המדינות. בהסכם שלום בין פרוסיה לצרפת, איבדה פרוסיה את כל הטריטוריות שקיבלה מחלוקת פולין, את כל הטריטוריות ממערב לאלבה וכן נאלצה לשלם כסף רב ולתת לצרפת שליטה בנקודות מפתח בממלכה. כתוצאה מהסכם שלום קשוח זה, פרוסיה איבדה יותר מ-60% משטחיה. לאור התבוסה המוחצת, גובש בהוראתו של פרידריך וילהלם צוות חשיבה לרפורמה בצבא הפרוסי בראשותו של גרהרד פון שרנהורסט ובהשתתפותם של אוגוסט ניידהרדט פון גנייזנאו וקארל פון קלאוזביץ. הרפורמות שהציעו סייעו למודרניזציה של הצבא ולשיקומו המהיר.
לאחר תבוסותיו של נפוליאון ברוסיה ב-1812, פנה פרידריך וילהלם כנגד צרפת. וחתם על ברית עם רוסיה בקליטש, אף על פי ששהה באותה עת בברלין המוחזקת בידי צרפת. הכוחות הפרוסיים נחלו הצלחות נגד הגרנד ארמה של נפוליון ב-1813 וב-1814. פרידריך עצמו נסע אל צבאם העיקרי של הנסיך שוורצנבורג, אלכסנדר הראשון קיסר רוסיה ופרנץ השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה.
בקונגרס וינה מדיניאיו של פרידריך הצליחו להשיג טריטוריות חשובות לשטחה של פרוסיה, ששטחיה חזרו אליה עם תבוסת נפוליאון. אף על פי שהם לא הצליחו לספח את סקסוניה שרצו בה. בעקבות המלחמה, פרידריך הוביל ריאקציה במדינתו. אף על פי שב-1813, הכריז כי יכתוב חוקה חדשה למדינתו.
בשנת 1840 מת פרידריך וילהלם, ובנו הבכור פרידריך וילהלם הרביעי עלה לשלטון במקומו.
פרידריך וילהלם הרביעי.
עם עלייתו לשלטון בשנת 1840, עצר פרידריך וילהלם את מדיניות הרסטורציה של אביו, וכן גם את המתיחות עם הכנסייה הקתולית, שלהם ויתר בכמה נקודות חשובות. גזרי דין מוות רבים בוטלו, והוגי דעות ליברליים רבים שוחררו ממעצר. רק הצנזורה על העיתונות נותרה על כנה.
בשנת 1842 השתתף פרידריך וילהלם בכינוס חשוב שהחליט על בניית הקתדרלה של קלן, שהייתה סמל חשוב לאחדותה של גרמניה, ואף היה בין מניחי אבן הפינה. פרידריך וילהלם היה פטרון של האמנויות, והביא לבנייה של כמה מבני כנסייה בסגנון הנצרות המוקדמת בפארק סנסוסי בפוטסדם, שחיקו כנסיות דומות ברומא (למשל כנסיית סן קלמנטה ומגדל הפעמונים של כנסיית סנטה מריה בעיר). מדרום לעיר קובלנץ בנה את ארמון שטולצנפלס בסגנון נורמאני, ובאחוזת משפחתו בהוהנצולרן בנה טירה בסגנון נאו גותי.
ב-26 ביולי 1844 ניסה היינריך לודוויג צ'ך (Tschech), עובד מדינה לשעבר שלא התקבל בחזרה לשירות המדינה והרגיש נבגד בשל כך, להתנקש ביריות אקדח במלך פרידריך וילהלם ובאשתו בחצר הארמון בברלין, אך בני הזוג לא נפגעו.
בשנת 1847 כינס פרידריך וילהלם גוף שנקרא "בית הנבחרים המאוחד" (Vereinigter Landtag), אשר העלה את הדרישה לחוקה. המלך סירב לבקשה, כפי שטרח להבהיר בנאומו בפתיחתו של בית הנבחרים, שבו שלל מכל וכל, באופן תקיף ביותר, החלפה של הסדר הישן בשיטת ממשל חוקתית. כמו כן יצא חוצץ נגד זכותם של הנבחרים להתבטא ולהשמיע את דעתם, בהסבירו כי המלך מולך בפרוסיה לפי חוק אלוהי, ואינו יכול או רשאי למשול לפי דעת רוב כלשהו. בכך עורר עליו את חמתם של כל החוגים הפוליטיים, אף השמרניים ביותר. בית הנבחרים הזה התפזר עוד לפני מהפכת מרץ 1848 והחוקה שנתקבלה בעקבותיה.
מהפכת 1848.
כאשר פרצה מהפכת מרץ 1848 (אביב העמים בגרמניה), הסכים פרידריך וילהלם לוויתורים מסוימים, לא מעט בהשפעת מקורבו פרידריך שטראוס. ב-18 במרץ ביטל את הצנזורה על העיתונות והבטיח לנסח חוקה כלל-גרמנית.
האוכלוסייה הברלינאית, אשר יצאה אל ארמון המלך להודות לו ולעודדו לצעדים נוספים, נבהלה למראה כוחות הצבא שחנו לפני הארמון, והתפתחה מהומה. המלך הורה לכוחותיו להשליט סדר. שתי יריות נורו בשגגה ולא פגעו באיש, אך הכניסו את ההמון לפאניקה מוחלטת. שמועות נפוצו על טבח רב-נפגעים שעורך הצבא באוכלוסין, והתפתחו קרבות רחוב קשים ברחבי ברלין.
למחרת נסוג הצבא, וב-21 במרץ עבר המלך ברחובות העיר, לבוש בצעיף שחור-אדום-זהוב (צבעי הדגל המסורתי הכלל-גרמני) והודיע על הסכמתו לאחדותה ולחירותה של גרמניה. אלא שבסתר כתב לאחיו, הנסיך וילהלם: "היה עליי לענוד אתמול את צבעי הרייך, על מנת להציל את הכול. אם יצליח המהלך... אפשוט אותם שוב!". מכאן שפרידריך וילהלם התכוון להשיב למהפכה במהפכת-נגד, כאשר ישתנו יחסי הכוחות. מחקרים חדשים מצביעים על השיקול הקר שהפעיל פרידריך וילהלם, בהסכימו לוויתורים זמניים שאיפשרו לו לשמר את השלטון האבסולוטי בפרוסיה.
את האספה הלאומית הפרוסית (Preußische Nationalversammlung), אשר החליפה את בית הנבחרים המאוחד, הרחיק פרידריך וילהלם אל הספר ולבסוף פיזר אותה בנובמבר 1848.
ב-6 בדצמבר 1848 הודיע המיניסטריון לענייני ברנדנבורג, שהיה אנטי-מהפכני, על חוקה חדשה לפרוסיה, שבה הונהג אמנם פרלמנט, אבל מירב הכוח השלטוני נותר אצל המלך. פרידריך וילהלם סמך את ידו על החוקה, אשר אמורה הייתה לעבור אשרור מחודש בידי כל אחד מצאצאיו בעתיד, עם עלייתו לכס המלכות. בסתר ציווה להוסיף לחוקה נספח סודי, שבו קרא לכל אחד מממשיכי דרכו לסרב להכיר בחוקה. מלכי פרוסיה אחריו, וילהלם הראשון ופרידריך השלישי, התעלמו מנספח זה, ווילהלם השני אף העלה אותו באש.
ב-3 באפריל 1849 הביאה משלחת מטעם האספה הלאומית של פרנקפורט לפרידריך וילהלם את כתר קיסר גרמניה, אלא שהוא סירב לקבלו בטענה שזהו "כתר ביבים". הניסיון הזה נודע בשם "איחוד הרייך מלמטה". לאחר גל מהומות נוסף במאי 1849, אשר דוכא בידי כוחות צבאיים בפיקוד פרוסי, בא הקץ למהפכה הגרמנית של מרץ 1848.
מעט מאוחר יותר הציע מקורבו של המלך, הגנרל יוזף מריה פון רדוביץ, פתרון מדיני של "גרמניה קטנה" (ללא אוסטריה), אך עם קשר פוליטי הדוק יותר לאוסטריה, פתרון מהסוג שגם המלך יכול היה להסכים לו. אלא שהאוסטרים וכן יועצים שמרניים רבים של המלך דחו זאת מכל וכל, ובועידת אולמיץ הרוסית-אוסטרית-פרוסית הוכשלה התוכנית סופית, ובמקומה הוקמה מחדש הקונפדרציה הגרמנית.
חוקת פרוסיה משנת 1850.
פיזורה השקט של האספה הפרוסית הלאומית והחוקה הכפויה מלמעלה סימלו את סוף המהפכה בפרוסיה, אשר דוכאה בהצלחה. החוקה, שנכפתה על ידי השלטונות, הבטיחה לפחות שינויים מסוימים.
שני בתי הפרלמנט שנקבעו בחוקה נתכנסו לראשונה ב־26 בפברואר 1849. בגלל שיטת הבחירה שלטה האצולה בבית הראשון. הבית השני הזדרז לאשרר את החוקה, וב־27 באפריל 1849, שישה ימים מאוחר יותר, הזדרז המלך לפזרו, בניגוד להבטחותיו, והנהיג שיטת בחירה המבוססת על שלושה מעמדות, שהונהגה בצו חירום. שיטת הבחירה החדשה הבטיחה את שליטת המלוכה בבית הנבחרים. החוקה המתוקנת, ששופרה לטובת הכתר, נכנסה לתוקפה ב־2 בפברואר 1850. בשנת 1853 שמר המלך לעצמו את הזכות לקבוע את זהותם של חלק ממושבי הפרלמנט בעצמו. חוקת פרוסיה משנת 1850 נותרה על כנה עד למהפכת נובמבר בשנת 1918.
בשנת 1850 סופחו הדוכסויות הדרומיות הוהנצולרן-זיגמרינגן והוהנצולרן-הכינגן לפרוסיה כמחוזות חדשים.
בשנת 1857 סבל פרידריך וילהלם מכמה מקרי שבץ, שהביאו בין השאר לפגיעה ביכולת הדיבור שלו, ומנעו ממנו לטפל עוד בענייני השלטון. אשתו אליזבת לודוויקה, נסיכת בוואריה דאגה שאחיו וילהלם הראשון יתמנה לעוצר הממלכה במקומו, ב־7 באוקטובר 1858.
לאחר מכן יצאו בני הזוג לנסיעה ארוכה ברחבי אירופה, ששיאה היה ביקור אצל האפיפיור. בשנת 1861 מת פרידריך וילהלם הרביעי לא בנים, ובמקומו עלה לשלטון אחיו וילהלם הראשון.
וילהלם הראשון.
לא פעם היו חילוקי דעות בין המלך לפרלמנט הליברלי, אולם וילהלם היה מלך נייטרלי שהתערב בפוליטיקה פחות מאחיו. בשנת 1862 מינה וילהלם את אוטו פון ביסמרק לקנצלר פרוסיה. על פי החוקה הפרוסית הקנצלר נשא באחריות כלפי המלך, ולא לפרלמנט, וביסמרק התייחס אל מלכו כאל אדון פיאודלי.
ביסמרק, קנצלר פרוסיה, הצליח להביא לאיחוד גרמניה באמצעות מהלכים צבאיים, ומהלכים מדיניים שנלוו אליהם. בשנת 1864, בעקבות מחלוקת ארוכת שנים בנוגע לשאלת השתייכותן של הטריטוריות שלזוויג והולשטיין שהיו תחת שלטון דני, עמדה בפני ביסמרק הזדמנות להתערבות צבאית, בעקבות חילופי שלטון בממלכת דנמרק. בפברואר 1864 החליט ביסמרק לפתוח במלחמת שלזוויג השנייה נגד דנמרק בשיתוף פעולה של פרוסיה עם אוסטריה. במלחמה זו, נכבשו ונלקחו אזורים אלה מידי דנמרק. הסכם שלום נחתם בווינה ב-30 באוקטובר 1864.
לאחר שנתים, בשנת 1866 התקיימה מלחמת אוסטריה–פרוסיה, שבה ניצחה פרוסיה. העילה למלחמה הייתה סכסוך בין אוסטריה לפרוסיה על אופן השליטה במחוזות שנכבשו שנתיים קודם מדנמרק. מדינות האזור שהיו חברות בקונפדרציה הגרמנית הצטרפו למלחמה, מיעוטן תמכו באוסטריה ורובן בפרוסיה, המדינה החזקה והמשפיעה באזור, שניצחה במלחמה. תוצאת ניצחונה של פרוסיה הייתה יצירת הקונפדרציה הצפון-גרמנית, על ידי פרוסיה ומדינות האזור השונות. בסוף המלחמה סיפחה פרוסיה את שטחי שלזוויג והולשטיין במלואם, וכן את ממלכת הנובר ומדינות גרמניות אחרות שנמצאו קודם תחת שלטון אוסטריה או בהשפעתו.