ארגנטינה שמרה על נייטרליות במהלך שתי מלחמות העולם, אך המשיכה לחזק את הצי. ב-1940 היה הצי הארגנטינאי השמיני בגודלו בעולם, אחרי הציים של המעצמות האירופיות (הצי המלכותי הבריטי, הצי הצרפתי, הצי הגרמני, הצי האיטלקי והצי הסובייטי) והציים של ארצות הברית ויפן, והגדול ביותר באמריקה הלטינית. לאחר תוכנית הרחבה והתעצמות שנמשכה עשר שנים ועלתה 60 מיליון דולר, כלל הצי שתי אוניות מערכה מתוצרת ארצות הברית, שיוצרו בעשור השני של המאה ה-20 ועברו תהליך חידוש מקיף, שלוש סיירות חדישות, תריסר משחתות מתוצרת בריטניה, ושלוש צוללות. זאת, בנוסף לשולות מוקשים, יוקשות, אוניות להגנת חופים וספינות תותחים. כחלק מהרחבת הצי, נוספה לו זרוע אווירית. ארגנטינה היא אחת משתי המדינות היחידות בדרום אמריקה שהפעילה נושאות מטוסים (השנייה היא ברזיל). שתי נושאות המטוסים שהפעילה ארגנטינה היו וינטיסינקו דה מאז'ו (Veinticinco de Mayo) ואינדפנדנסיה (Independencia).
הצי הארגנטינאי היה מעורב במשך השנים בהגנה על הדיג, יחד עם משמר החופים. אחת התקריות הידועות שאירעו בתחום זה היה ירי של משחתת ארגנטינאית על מכמורתנית סובייטית, שסירבה להיענות לדרישת האונייה הארגנטינאית להתלוות אליה למאר דל פלאטה. תקריות דומות אירעו גם בשנים שלאחר מכן.
הצי הארגנטינאי נטל חלק במהפכות הצבאיות במהלך המאה ה-20. בתקופת המשטר הצבאי בארגנטינה השתתפו קצינים וחיילים של הצי במלחמה המלוכלכת, בה נחטפו אלפי אזרחים ארגנטינאיים, עונו ונרצחו על ידי הכוחות הצבאיים של חונטה הצבאית השלטת. בית הספר למכניקה של הצי, שנודע בראשי התיבות ESMA (Escuela de Mecánica de la Armada) היה אחד המרכזים הידועים בהם עונו הנחטפים. במהלך תקופה זו תמכו ראשי הצי בפתרון צבאי לסכסוכים הטריטוריאליים שבהם הייתה נתונה ארגנטינה מזה שנים רבות: הסכסוך עם צ'ילה על האיים בתעלת ביגל, והסכסוך המתמשך עם בריטניה על השליטה באיי מלווינס, איי פוקלנד בפי הבריטים.
מלחמת פוקלנד.
בעת מלחמת פוקלנד, אפריל - יוני 1982, היה הצי הארגנטינאי מורכב מכלי שיט שנבנו במהלך מלחמת העולם השנייה או מיד לאחריה ועברו מודרניזציה ושדרוג (צוללת אחת מתוצרת ארצות הברית, נושאת מטוסים מסדרת קולוסוס מתוצרת בריטניה, סיירת שיוצרה בארצות הברית וארבע משחתות, לצד כמה אוניות חדישות יותר (שתי משחתות מטיפוס 42 מתוצרת בריטניה, שלוש קורבטות מתוצרת צרפת, וצוללת אחת מתוצרת גרמניה). לצד אוניות המלחמה פעלו אוניות עזר, ובהן כמה מיכליות אזרחיות שחברת הספנות הארגנטינאית ELMA (Empresa Líneas Marítimas Argentinas), אוניות משא, ואף שתי אוניות שוברות קרח. הצי לא היה מוכן למלחמה: שתי משחתות חדישות מסדרת MEKO, שהוזמנו בגרמניה, לא היו מוכנות עדיין, וכך גם קורבטות ומשחתות שהיו עדיין בתהליכי ייצור במדינות שונות באירופה.
הצי הארגנטינאי הוביל את הפלישה לאיי פוקלנד, אך מבחינה אסטרטגית וטקטית נטל רק חלק קטן יחסית בעימות עם הצי המלכותי הבריטי. ב-2 במאי הטביעה הצוללת הגרעינית הבריטית אה"מ קונקורר (Conqueror) את הסיירת הארגנטינאית גנרל בלגרנו, שהייתה - על פי הערכת הבריטים - בדרכה לאיים, כדי לסייע בתקיפת כוח המשימה הבריטי. 323 מלחים וקצינים ארגנטינאים (מתוך צוות שמנה 1,138 איש) נספו. הצי הבריטי איים שכל אונייה ארגנטינאית שתתרחק מהחוף יותר מ12 מייל (כ-22 ק"מ) תוטבע. בעקבות האיום הבריטי והטבעת "גנרל בלגרנו" הסתגר צי הארגנטינאי בנמליו עד סוף המלחמה.
תרומתו של הצי למלחמה הייתה בהנחתת הכוחות לפלישה הראשונית לאיים, וכן בתקיפות של מטוסי זרוע האוויר של הצי. מטוסי דאסו ברגואה סופר אטנדר חמושים בטילים נגד אוניות מדגם אקסוסט הטביעו את המשחתת הבריטית אה"מ שפילד ואת אוניית המשא אטלנטיק קונבייר, ומטוסי A-4 סקייהוק הטביעו את משחתת הבריטית אה"מ ארדנט. הצי סיפק גם בטליון של נחתים, שהשתתף בהגנה על העיירה סטנלי. טיל "אקסוסט" שהותאם לירי ממשגר קרקעי שוגר מאזור נמל סטנלי, ופגע ישירות באונייה אה"מ גלמורגן. מטוסים של הצי ביצעו גיחות סיור בניסיון לאתר את אוניות הצי הבריטי ולזהות מטרות עבור מטוסי התקיפה, ומטוסי תובלה השתתפו בסיוע הלוגיסטי.
שתי צוללות ארגנטינאיות השתתפו גם הן בלחימה. סאן לואיס פעלה סביב האיים וניסתה כמה פעמים לפגוע באוניות בריטיות, אך ללא הצלחה, כנראה בשל תקלות בטילי הטורפדו ששיגרה. סנטה פה נשלחה לאיי ג'ורג'יה במשימת אספקה עבור הכח הארגנטינאי באיים. לאחר השלימה את משימתה התגלתה בידי אוניות ומסוקים בריטיים, שהצליחו לפגוע בה ולהוציא אותה מכלל שימוש. הצוות הצליח לעגון את הצוללת ליד המזח בעיירה גריטויקן, ולאחר מכן הצטרף לכוח הקרקעי במקום. הכוח הארגנטינאי, עם צוות הצוללת, נכנע לבריטים זמן קצר לאחר מכן. הצוללת עצמה טובעה בידי הבריטים לאחר המלחמה.
סוף המאה ה-20.
לאחר מלחמת פוקלנד עבר הצי הארגנטינאי שינוי משמעותי. המשחתות מתקופת מלחמת העולם השנייה הוצאו מן השירות, ובמקומן נקלטו משחתות מסדרת MEKO, מתוצרת גרמניה. נקלטו גם שתי צוללות חדשות מסדרת TR-1700, גם הן מתוצרת גרמניה. התוכנית לכתחילה הייתה לרכוש שש צוללות, שארבע מהן ייבנו בארגנטינה, אך בסופו של דבר נבנו רק שתיים בגרמניה.
היכולות האמפיביות של הצי הארגנטינאי הצטמצמו באופן משמעותי עם הוצאתה מן השירות של הנחתת קאבו סן אנטוניו. האונייה הוחלפה על ידי אוניית המשא בהאיה סאן בלאס, שהותאמה לנשיאת נחתות וציוד עבור כוח אמפיבי. ב-2006 שקלה ארגנטינה רכישת אוניית לוחמה אמפיבית מסוג אוניית נחיתה בעלת מַעַגֵנָה (LPD Landing Platdorm, Dock) מתוצרת צרפת, מסדרת "אוראגאן". הרכישה התבטלה לאחר שהסתבר כי בבניית האונייה הצרפתית נעשה שימוש רב באזבסט, ויצר סיכון בריאותי חמור. ב-2010 הציעה צרפת לארגנטינה לרכוש את אוניית הסער האמפיבית פודר (Foudre), אך זו נמכרה בסופו של דבר לצ'ילה. צרפת העבירה לארגנטינה גם ספינת אספקה, פטגוניה.
ב-1988 הוצאו מטוסי הסקייהוק של הצי משירות. מטוסי הקרב היחידים שנותרו בשירות הצי היו מטוסי דאסו ברגואה סופר אטנדר. ארגנטינה רכשה מישראל מטוסי סקייהוק משודרגים, אך בשל אמברגו שהטילה ארצות הברית לא הייתה ישראל יכולה לספק אותם. במקום זאת שדרגה התעשייה האווירית בישראל את מטוסי ה-S-2E טראקר ללוחמה נגד צוללות של הצי הארגנטינאי לדגם המתקדם יותר, S-2T סופר טראקר.
ב-שנות ה-90 של המאה ה-20 הוסר האמברגו, וארגנטינה יכולה הייתה לרכוש מארצות הברית מטוסי P-3 נפטון לסיור ימי, במקום מטוסי L-188 אלקטרה ששירתו בצי עד אז, והיו למעשה מטוסים אזרחיים שהוסבו למטרה זו. בנוסף, הוסבו גם מטוסי ביצ'קראפט קינג אייר דגם 200 אזרחיים למשימות סיור ימי.
נושאת המטוסים "ויינטיסינקו דה מאז'ו" הוצאה מן השירות בשנת 2000, אך הצי לא קלט אונייה אחרת במקומה. עם זאת, הצי הארגנטינאי שומר על כשירותם של טייסיו לפעילות מעל נושאת מטוסים, על ידי שיתוף פעולה עם ברזיל וארצות הברית. הטייסים הארגנטינאים מתאמנים על נושאת המטוסים הברזילאית סאו פאולו, ומתרגלי נחיתות והמראות גם מנושאות מטוסים של צי ארצות הברית העוברות מדי פעם באזור. התרגילים עם צי ארצות הברית נקראים "תמרוני גאוצ'ו-גרינגו".
ארגנטינה הייתה המדינה היחידה מבין מדינות אמריקה הלטינית שהשתתפה במלחמת המפרץ ב-1991. הצי הארגנטינאי שלח משחתת וקורבטה, ובשלב מאוחר יותר החליפו אותן קורבטה ואוניית אספקה. האוניות הארגנטינאיות השתתפו בהסגר הימי שהוטל על ידי האו"ם ובהשגת שליטה על המרחב הימי במפרץ הפרסי. המבצע הארגנטינאי נקרא "מבצע אלפיל" (Operación Alfil, ספרדית: בישוף) ובמהלכו יירטו האוניות הארגנטינאיות יותר מ-700 כלי שיט והפליגו יותר מ-40,000 קילומטרים. הצלחת המבצע סייעה לארגנטינאים להתאושש ממה שכונה "סינדרום המלווינאס".
בין 1990 ל-1992 השתתפו ספינות סיור מסדרת באראדרו של הצי הארגנטינאי בכוח המשקיפים של האו"ם במרכז אמריקה, במפרץ פונסקה. ב-1994 השתתפו 3 קורבטות מסדרת דראמונד במבצע קיום דמוקרטיה (Operation Uphold Democracy) בהאיטי. ב-2003 השתתפה אונייה ארגנטינאית לראשונה בתרגיל של קבוצת קרב ימית של צי ארצות הברית. המשחתת סאראנדי הצטרפה לנושאת המטוסים אנטרפרייז ולקבוצת הקרב שלה, וסופחה לשייטת המשחתות ה-18, כחלק מתרגיל שנערך בים התיכון.
הצי הארגנטינאי בעשורים הראשונים של המאה ה-21.
במהלך העשורים הראשונים של המאה ה-21 משתתף הצי הארגנטינאי באימונים משותפים עם ציים שונים, ובהם צי ארצות הברית והציים של ברזיל, ספרד, צרפת, קנדה, דרום אפריקה, איטליה, אורוגוואי וצ'ילה. אימונים אלה נועדו גם כדי לגבש תורת לחימה והפעלה משותפת, ולכן הם נערכים באופן קבוע. הצי הארגנטינאי משתתף, יחד עם הצי הצ'ילאני ב"פטרול אנטארקטיקה הימי המשותף" (Patrulla Antártica Naval Combinada), שנועד להגן על כל כלי השיט המסיירים באזור אנטארקטיקה, לתיירות ולחקר מדעי. הצי אחראי גם על תחזוקת הבסיסים הארגנטינאיים באנטארקטיקה.
ב-2010 הכריז הצי על תחילת בנייתן של ארבע ספינות סיור להגנת המרחב הימי (Patrulleros de Zona Marítima) בעלות הדחק של 1,800 טון. הפרויקט היה אמור להיות משותף לצ'ילה ולקולומביה, אך לא יצא אל הפועל. באותה שנה הכריז של ההגנה של ארגנטינה על פיתוח מערכת לשיגור טילי אקסוסט ממטוסי P-3 אוריון של הצי. בנוסף, הודיע השר על פיתוח מערכת להגנת חופים שגם היא תהיה מבוססת על טילי האקסוסט.