מחנה ההשמדה הראשון שפונה היה מיידנק, הפינוי החל ב-1 באפריל 1944 ונמשך ברציפות עד לשחרורו ב-22 ביולי על ידי הצבא האדום. אלפי אסירים פונו לאושוויץ, שטוטהוף, בוכנוואלד, גרוס-רוזן, זקסנהאוזן ומחנות קטנים נוספים במערב פולין. אחרוני המפונים, כ-1,000 אסירים, פונו מן המחנה בצעדה מבוהלת שעות ספורות לפני כניסת הצבא האדום. רובם נרצחו ונהרגו במהלך המסע ובסופו הגיעו לאושוויץ 451 אסירים מתוך ה-1,000 שיצאו. בשל נסיגתם החפוזה, לא הספיקו הגרמנים לחסל את רוב מסמכי המחנה ואת מתקני ההשמדה שפעלו בו. ביום השחרור היו במיידנק כ-2,500 אסירים - עדות חיה לזוועות שהתחוללו במחנה במשך שנות קיומו.
ב-28 ביולי 1944 פונה המחנה שהוקם על חורבות גטו ורשה (השתייך לרשת מחנות מיידנק והכיל אסירים יהודים בעיקר מיוון והונגריה) ו-3,600 מתוך 4,400 אסיריו הוצעדו לעבר קוטנו (Kutno), מרחק 130 ק"מ. הגרמנים לא סיפקו מזון לאסירים לכל אורך הדרך ואף לא איפשרו להם להתעכב על מנת לשתות מים, כל מי שכוחותיו לא עמדו לו ופיגר אחר האחרים נורה על ידי הגרמנים. כ-1,000 אסירים נרצחו במהלך המסע לקוטנו. עם הגיעם לקוטנו הועמסו האסירים על רכבות משא, כ-90 בקרון. מאות מן האסירים מתו במהלך הנסיעה וב-9 באוגוסט 1944 הגיעו למחנה הריכוז דכאו פחות מ-2,000 אסירים מכלל אלו שיצאו לדרך.
בספטמבר 1944, הוצאו 4,000 אסירים יהודים ממחנה בור שביוגוסלביה ובמשך שמונה ימים הוצעדו כמעט ללא אוכל לבלגרד ומשם להונגריה. רוב האסירים נרצחו בדרך ורק כמה מאות הגיעו להונגריה, שם הועלו על רכבת שהובילה אותם למחנה הריכוז אורניינבורג. בין הנרצחים בצעדה זו היה גם המשורר היהודי-הונגרי מיקלוש רדנוטי, ולאחר המלחמה נמצאה גופתו בקבר אחים של הרוגי הצעדה ובכיסיו נמצאו שיריו האחרונים אותם כתב באותה הצעדה, בין השירים היה גם השיר
"מסע מזורז" שתורגם לעברית על ידי משה גנן.
ב-8 בנובמבר 1944 החלה בבודפשט אחת מצעדות המוות הגדולות ביותר שידעה המלחמה, כ-80,000 יהודים נשלחו במסע רגלי מערבה לכיוון הגבול ההונגרי - אוסטרי כשאנשי משמר, בעיקר ז'נדרמים ואנשי צלב החץ ההונגרים מלווים אותם. אלפי יהודים נורו למוות באותה צעדה ואלפים אחרים מתו כתוצאה מהרעב, הקור והמחלות שתקפו אותם. עם זאת, אלפי יהודים ניצלו מהצעדה הודות לפעילותם הנמרצת של דיפלומטים זרים (ראול ולנברג השוודי, קרל לוץ השווייצרי ואחרים), שהוציאו יהודים משורות הצועדים, העניקו להם תעודות חסות וליוו אותם בחזרה לבודפשט. מגבול אוסטריה עשו השיירות את דרכן, תחת ליווי האס. אס. למפעלי תעשייה כעובדי כפייה ולמחנות הריכוז השונים (מרביתם לדכאו ומאוטהאוזן). צעדה גדולה זו מתוארת כאמור בערך מורחב: צעדות מוות בודפשט-הדיאשהאלום (סתיו 1944).
במהלך חודשיה האחרונים של שנת 1944 פונו עשרות תתי-מחנות קטנים מיושביהם והללו הועברו למחנות המרכזיים באותו האזור. במסגרת אותם פינויי מחנות ונוכח התקדמות הרוסים במזרח, פונו בדצמבר של אותה שנה גם כ-200 נשים יהודיות ממחנה המשנה שטיינורט למחנה המשנה לנשים פרושץ'-גדנסקי. על אותו פינוי סיפרה מינה לויפגרבן:
צעדות המוות ב-1945.
מקורות גרמניים מלמדים כי בראשית ינואר 1945 היו במחנות הריכוז בגרמניה ובפולין מעל לכ-700,000 אסירים (מרביתם גברים).
אוסוולד פוהל, מי שעמד בראש WVHA (המשרד הראשי למשק ולמינהל של האס אס), העריך במשפטו כי כרבע מיליון מאותם אסירים הועסקו בתעשיות החימוש ומספר זהה של אסירים הועסקו בשיקום התשתיות (שניזוקו קשות כתוצאה מהפצצות בעלות הברית) ובעבודה בתוך המחנות עצמם.
תהליך קבלת ההחלטות ופינוי המחנות התנהל בשני שלבים:
ב-12 בינואר פתחו הכוחות הרוסים במתקפתם הסופית על גרמניה ומספר ימים לאחר מכן החל פינוים של יתר מחנות הריכוז שעוד נותרו בפולין.
פינוי רשת מחנות אושוויץ-בירקנאו.
פינוי מחנה אושוויץ היה הראשון בשורת הפינויים של סוף המלחמה. למעשה, העברת אסירים מאושוויץ החלה כמספר חודשים לפני פינויו בינואר 1945, החל מאוגוסט 1944 פונו כ-70,000 מאסירי אושוויץ ב-130 טרנספורטים ופוזרו כמעט בכל מחנות הריכוז בגרמניה. עם התגברות הלחץ בחזית המזרחית והמשך כיבושי הצבא האדום, הועברו האסירים גם למחנה הריכוז בגרוס-רוזן שהפך לתחנת מעבר מרכזית לאלפי אסירים בטרם ימשיכו בדרכם לעומק גרמניה.
ב-18 בינואר 1945, מספר ימים לאחר פתיחת המתקפה הרוסית, הוחל בפינוי מהיר של כ-66,000 אסירים (רובם המכריע יהודים) מאושוויץ ומהמחנות המסונפים לו. פינוי האסירים נעשה באנדרלמוסיה מוחלטת, ורבים מהאסירים יכלו לנצל זאת ולהסתתר בשטחי המחנה הנטושים על מנת שלא להצטרף לשיירות היוצאות. אולם רובם של האסירים העדיף להתפנות מן המחנה ולא לחכות בו עד לבוא הצבא האדום, כפי שהסביר זאת אחד האסירים:
האסירים הובלו במסע רגלי מזורז לוודז'יסלאב ומשם הועברו ברכבות משא למחנות שונים (גרוס-רוזן, בוכנוואלד, דכאו ומאוטהאוזן). יותר מכ-15,000 אסירים נרצחו ונהרגו באותו המסע.
פינוי רשת מחנות אושוויץ-בירקנאו נמשך עד לשבוע האחרון של ינואר 1945. לאחר פינוי המחנות המרכזיים (אושוויץ, בירקנאו ואושוויץ-מונוביץ), נמשך פינוים של תתי-המחנות הרבים של אושוויץ הפזורים ברחבי שלזיה עילית. בכמה מן המקרים, במקומות עבודה קטנים שבהם היו רק כמה עשרות אסירים, נמלטו אנשי הצוות הגרמנים והשאירו את האסירים לנפשם. באחת היחידות החיצוניות של רשת המחנות הושארה קבוצה כזו שמנתה כ-100 אסירים, לרוע מזלם עברה במקום קבוצת אנשי אס אס שהייתה בדרכה לנוס מערבה ומשנתקלו באסירים רצחו אותם עד לאחרון שבהם.
לאחר הפינוי נותרו באושוויץ כ-2,000 אסירים (מרביתם חולים שלא יכלו לצאת עם השיירות) שלמרבה הפלא לא חוסלו על ידי הגרמנים על אף שאסירים אלו עתידים להיות הראשונים שימסרו לחוקרי הצבא האדום עדות על שהתרחש במחנה.
אחד מהחולים שנותרו במחנה היה פרימו לוי, שתיאר את השבוע הקשה שעבר עליהם עד בואם של הרוסים:
ב-27 בינואר 1945 שחרר הצבא האדום את אושוויץ.
ממחנה הריכוז שטוטהוף ינואר 1945.
התקדמות הרוסים במזרח המשיכה לתת את אותותיה, וב-22 בינואר 1945 הוציא מפקד מחנה הריכוז שטוטהוף, פאול ורנר הופה, פקודה הכוללת הוראות מפורטות לפינוי המחנה.
על פי הפקודה, הפינוי היה עתיד להתחיל ב-25 בינואר בשעה 06:00. עוד נאמר כי במחנה יושארו החולים אשר אינם מסוגלים להתפנות בכוחות עצמם. הופה מינה את מפקד המשמר, תיאודור מאייר, למפקד הפינוי ולאחראי על ארגונו ולצדו מונו קצין נוסף ואחד מרופאי המחנה, ד"ר לאוב, שמילא תפקיד חשוב בארגון הפינוי בהתחשב בכך שהחולים שאינם יכולים להתפנות היו צריכים להישאר במחנה. הפקודה מפרטת גם את מסלול הפינוי שנקבע בכיוון כללי מערב, לכיוון העיירה למבורק (Lebork). בפקודה הובאו נתונים נוספים, כגון מספר טורי האסירים שייצאו את המחנה, מספר השומרים המלווים ודרכי ההצטיידות. הפקודה גם מבארת את הנוהל לטיפול בגופות האסירים שימותו במהלך הצעדה - יש להעבירן לקבורה בצורה מרוכזת ולדווח על כך למפקד הפינוי, מאייר.
ב-25 בינואר 1945 בשעה 04:00 לפנות בוקר הוצאו האסירים לרחבת המסדרים ועל פי פקודה מסודרת הוצעדו אל מחוץ למחנה בטורים שחולקו לפי ה"בלוקים" שבהם שכנו בזמן שהותם במחנה, כל אסיר קיבל לפני צאתו 500 גרם לחם ו-120 גרם מרגרינה.
התכנון המקדים המדויק נועד להקל על המורכבות הלוגיסטית הכרוכה בפינוים של 46,331 אסירים (מהם כ-35,000 יהודים) מהמחנה הראשי ועוד 22,521 אסירים (מהם כ-18,000 יהודים) ממחנות המשנה. לאמיתו של דבר, התכנון המקדים לא הורגש במחנות המשנה מאחר שפקודתו של הופה התעלמה מהם לחלוטין. הדוגמה הקיצונית ביותר למנת חלקם של אסירי אותם מחנות הייתה ברשת מחנות המשנה שבאזור קניגסברג (Kenigsberg). בין 15 ל-20 בינואר פונו כ-7,000 אסירים, כולם יהודים, ממחנות האזור ורוכזו במחנה קניגסברג. התקדמות החזית, שסגרה בפניהם את נתיב הנסיגה בדרך היבשה, ואובדן הקשר עם המחנה הראשי, הם אלו שככל הנראה הובילו את פיקוד האס אס המקומי להחליט על הובלת האסירים למכרה נטוש בקרבת פלמניקן (Palmnicken) שלחוף הים הבלטי ושם לנסות ולחסלם על ידי שימוש בחומר נפץ או באמצעות הזרמת גז רעיל, החלטה שבסופו של דבר לא יצאה לפועל. יציאתם של האסירים מהמחנה, נתנה את האות לתחילתו של מסע רצח רצוף שהתנהל בשלג הכבד ובקור העז, האסירים נורו על ידי השומרים ללא הבחנה ובמשך עשרת ימי המסע נרצחו למעלה מ-700 אסירים. ב-31 בינואר הגיעו האסירים לפלמניקן, שם הריצו אנשי האס אס את האסירים הימה, וקצרו בהם במכונות ירייה. ידוע על 33 ניצולים בלבד מאותו טבח נורא.
ממחנה גרוס-רוזן פברואר 1945.
שיכונם הזמני של אלפי האסירים שפונו מערבה במחנה גרוס-רוזן ושימושו כתחנת מעבר לאסירים שפונו מאושוויץ, גרמו לכך שהצפיפות ששררה במחנה בסוף ינואר ובתחילת פברואר 1945 הפכה לבלתי נתפסת: בצריפי המחנה, שבדרך כלל הכילו 100–200 אסירים, שוכנו כעת 300–400 אסירים, ובמספר צריפים נדחסו מעל ל-1,500 אסירים.
רק ב-6 בפברואר התקבלו במפקדת המחנה הוראות באשר לפינוי האסירים, ובתוך כיומיים החל פינויו החפוז של המחנה. עשרות צעדות מוות יצאו את שערי המחנה במהלכו של פינוי הרה אסון זה, וכ-44,000 אסירים מצאו את מותם במהלכן. ב-13 בפברואר 1945, עם שחרור המחנה על ידי הצבא האדום, נמצאו במקום כ-70 אסירים שהושארו על ידי הגרמנים על מנת למחוק את עקבות המחנה.
המצב במחנות במרץ 1945.