החלוקה הפורמלית בין מוזס ליודקובסקי הייתה שנח היה אחראי על ההנהלה וההפצה ויודקובסקי היה אחראי על המערכת. בפועל יודקובסקי היה מעורב גם בענייני הניהול ומוזס היה מעורב עמוקות בענייני המערכת. הוא השתתף מדי יום בישיבת המערכת היומית, תרם רעיונות, השיג קשרים בצמרת השלטון, גייס כישרונות, ויצר יחד עם אשתו פולה את האווירה המשפחתית שאפיינה את "ידיעות אחרונות".
כמה ימים לאחר מותו של מוזס כינס יודקובסקי את היורשים, שמעולם לא היו מעורבים בענייני העיתון, צאצאי ילדיו של המייסד יהודה מוזס. אלה היו: עודד מוזס בנו של אלכסנדר, מרים נופך-מוזס (אשת יצחק נופך-מוזס בנם של ראובן מוזס וחמדה נופך-מוזס) וזאב מוזס בנו של מאיר מוזס. בעלי המניות הגיעו להסכמה שבמסגרתה מונו עודד מוזס וארנון (נוני) מוזס, בנו של נח, למנכ"לים משותפים ויודקובסקי - לעורך. באותה תקופה מינה יודקובסקי את "פורום המערכת", שעם חבריו נמנו זאב גלילי, דב עצמון, צבי קסלר ואדם ברוך, שהתכנס בקביעות בביתו של יודקובסקי לקביעת דרכו של העיתון. צעד זה הביא לפרישת משה ורדי, במחאה על כך שלא מולאה ההבטחה שניתנה לו להתמנות למרכז המערכת במקומו של יודקובסקי. פרישתו של ורדי גרמה לזעזוע קשה בעיקר בדסק החדשות (הוא עמד בראש הדסק מאז לקה יודקובסקי בהתקף לב בתחילת שנות ה-80).
את המושכות תפס דב עצמון, לשעבר המייסד ועורך מוסף הספורט של "ידיעות אחרונות", שהיה העיתונאי בעל הניסיון המגוון ביותר בעיתון. לאחר תקופת ביניים נכנס לתפקיד סמי גרינשפן ואחריו עמוס רגב.
מיום מותו של נח מוזס ועד שעבר ל"מעריב" בשנת 1989, היה יודקובסקי טרוד במלחמת הירושה על העיתון. מולו התייצב ארנון (נוני) מוזס כשבאורח הדרגתי עברו בני המשפחה האחרים לצדו.
תקופת נוני מוזס.
בשנת 1989 התפטר יודקובסקי מהעיתון ועבר ל"מעריב". הוא ניסה להעביר עמו עיתונאים בכירים, אך אלה בחרו להישאר בידיעות. לעורך העיתון נתמנה משה ורדי, בנו של הרצל רוזנבלום. ורדי כיהן כעורך "ידיעות אחרונות" לסירוגין עד לנובמבר 2004, אז פרש לגמלאות.
בשנת 1994 נפטרה אלמנתו של נח מוזס, פולה מוזס, ממחלת הסרטן. בירושתה השאירה את השליטה בעיתון לבנה, נוני מוזס, המנהל את העיתון עד היום. לאחיותיו ג'ודי שלום ניר-מוזס ותמי מוזס-בורוביץ' ניתן חלק בבעלות, אך הן אינן עוסקות בניהול השוטף. סביב ירושת העיתון התנהל קרב עתיר תככים, עד שלבסוף נדחקו החוצה בני המשפחה "המורדים" והעיתון נשאר בבעלותו של נוני מוזס. ג'ודי הפקידה את מניותיה בעיתון בידי אחיה נוני, והאחות הקטנה, תמי, לא התייאשה ובמשך ארבע שנים נוספות ניהלה מאבק עד שהחליטה גם היא לעזוב ומכרה את מניותיה לאיש העסקים אליעזר פישמן, בעל העיתון גלובס. עסקה זו מוערכת בכ-45–60 מיליון דולר. לאחר שפישמן פשט רגל עברו מניותיו לידי בנק הפועלים.
ב-2004 הורשע התאגיד, יחד עם רשת שוקן, עיתון "מעריב" ואחרים, בעבירה של פרסום מתן שירותי זנות.
לאחר פרישתו של ורדי, מונה לעורך ראשי איש הטלוויזיה רפי גינת. במחצית 2007 מונה שילה דה-בר לעורך הראשי של העיתון. בפברואר 2011 מונה רון ירון לעורך הראשי של העיתון, תפקיד שבו כיהן עד אוגוסט 2018 אז מונה לתפקיד נטע ליבנה, המכהן בו עד היום.
ביולי 2012 פורסם כי קבוצת "ידיעות אחרונות" החליטה על צעדי התייעלות ופיטורים של עשרות עיתונאים ועורכים. כמו כן, כחלק ממהלך זה של קיצוץ העלויות, הופצו חלק מהמוספים רק למנויי העיתון. הנהלת הקבוצה החליטה לפטר כ-10 עיתונאים במערכת "ynet" וכ-10 במערכת "כלכליסט". בו בזמן, עיתונאים רבים בחרו להתנער מאגודת העיתונאים - שלטענתם יצגה אך עיתונאים מועטים - ועברו להתאגד בהסתדרות הכללית.
בשנת 2020 רכש העיתון מידי כונסי הנכסים מטעם בנק הפועלים, כ-34% מהמניות, שעברו לחזקת הבנק לאחר שאליעזר פישמן, שהחזיק בהן קודם לכן, לא עמד בהלוואה של 1.1 מיליארד ש"ח לבנק. הרוכשים שילמו לבנק 215 מיליון ש"ח על המניות. בסוף 2020, לאחר שכשלו נסיונותיהם לסכל את רכישת אחזקות הבנקים במניות ידיעות אחרונות, מכרו גם בני משפחת יודקובסקי את מניותיהם ויצאו סופית מן החברה.
בשנת 2021 התאחדו חטיבות החדשות של ynet וידיעות אחרונות. חטיבת החדשות המאוחדת תפעל בכפיפות לעורכי ידיעות אחרונות ו-ynet. המטרה של איחוד המערכות הייתה למנוע כפילויות של עובדים בתפקידים זהים.
בעשור הראשון של המאה ה-21 התפתחה תחרות עזה לעיתון מהחינמון "ישראל היום", וזו הובילה לביטול הכרזתו של "ידיעות אחרונות" כמונופול.
פרשות.
טענות על קשרי הון־שלטון.
העיתונאי מיקי רוזנטל, שעבד בעיתון בשנות ה־90, אמר בכנס ב־2007 כי מעולם לא התערבו בעבודתו בעיתון משיקולים זרים, אך עם זאת הייתה רשימת אישים שאין לעסוק בהם, לדוגמה שר התקשורת, וזאת בשל פעילותו העסקית של נוני מוזס (שהחזיק בבעלות של כ־16% מחברת הטלוויזיה בכבלים HOT). נוהל דומה היה גם כלפי אישים אחרים שהיו קשורים לאינטרסים עסקיים של מוזס.
בתצהיר שהגיש משה ורדי, עורך העיתון בראשית העשור הראשון של המאה ה־21, במהלך תביעה של העיתונאי מירון רפופורט כנגד העיתון, נאמר כי רפפורט פוטר עקב הפרת משמעת שנגעה להוראה לנהוג באופן מתון עם ראש הממשלה, אריאל שרון.
ניר בכר, שכיהן כעורך מוסף בעיתון, טען בתצהיר שהגיש לבית המשפט כי העורך רפי גינת והמו"ל מוזס עיכבו תחקירים כנגד ראש הממשלה אריאל שרון ובנו עומרי בקיץ 2003, תחקירים שהובילו לבסוף להרשעתו של עומרי שרון בדין. מקרה דומה אירע לטענת בכר בפרסום כנגד איש העסקים מרטין שלאף בפרשת סיריל קרן. כמו כן, טען בכר כי גינת ומוזס יזמו תחקירים כנגד אישים שונים עימם היה למוזס עימות, כדוגמת דוידה לחמן-מסר, המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, שפעלה כנגד בעלות צולבת (בעלות של גוף ביותר מכלי תקשורת אחד) בתקשורת הישראלית.
העיתונאי מוטי גילת התפטר מהעיתון בשנת 2007. לאחר שנכשל הליך גישור, הגיש תביעה נגד העיתון בדרישה לקבלת פיצויי פיטורים, מכיוון שלטענתו נאלץ להתפטר עקב פגיעה בתנאי העסקתו, ולאחר שראשי העיתון הצרו את צעדיו משיקולים אישיים. במסגרת התביעה האשים גילת את מוזס בכך שסירב לפרסם כתבות שחשפו עוולות שלטוניות או שחיתויות - או שביקש לקצרן ולהשמיט מהן חלק מהתכנים. לדברי גילת מדובר בחומרים שנגעו לפוליטיקאים עימם היה למוזס קשרים, כדוגמת אהוד אולמרט וחיים רמון. על פי גילת, מוזס התערב כדי למנוע את פרסום התחקיר על פרשת האי היווני, פרשה בה היו מעורבים אריאל שרון, אהוד אולמרט ודוד אפל. התחקיר פורסם לבסוף, אך בלחץ המו"ל והעורך משה ורדי, התחקיר פורסם בהדגשה מופחתת. כעבור כמה חודשים, בעקבות פרסום תחקירים אודות יושב ראש הכנסת, אברהם בורג, החליט מוזס על הפסקת פרסום הטור של גילת במוסף לשבת. לטענת גילת, הדבר נעשה על רקע הצעת חוק שנידונה אז בכנסת כנגד מונופול בעיתונות, הצעת חוק שהייתה צפויה לפגוע בעיתון. לטענת גילת, ב-2003 התערב מוזס בתחקיר כנגד דוד אפל שחשף את הנעשה מאחורי הקלעים של מרכז הליכוד, וקשרים בין אנשי פשע ואנשי שלטון. בהנחיית מוזס, התחקיר צומצם באופן מהותי, והושמטו ממנו חלקים שנגעו לקשר בין אפל לבין אריאל שרון, אהוד אולמרט, ורובי ריבלין. מוזס גם התערב להמעיט במקום שניתן לפרסום החוזה בין גלעד שרון ובין דוד אפל, שנגע לייעוץ שהיה אמור לתת גלעד שרון לאפל במהלך פרשת האי היווני. לטענת גילת, במהלך 2004 הודיע מוזס לגילת כי אינו מעוניין שיעסוק בנושאים הקשורים לאנשי שלטון. לטענת גילת, ב-2007 העיתון פרסם ידיעה שהייתה ידועה כשקרית בדבר כוונת המשטרה לחקור את מבקר המדינה בחשד להדלפת מידע, וזאת ככותרת ראשית, כחיסול חשבונות עם מבקר המדינה שהיה מעורב בחשיפת פרשיות בהן היה מעורב ראש הממשלה אהוד אולמרט. התביעה של גילת נסתיימה בפשרה וכל שהעלה כטענות נשארו בגדר טענות בלבד. עם התפטרותו עבר גילת לכתוב בחינמון "ישראל היום".
בינואר 2017 נחקר בעלי העיתון נוני מוזס במשטרת ישראל תחת אזהרה בחשד לניסיון לשחד את ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, במסגרת תיק 2000. על פי פרסומים, המשטרה תפסה הקלטות שנעשו ביוזמת נתניהו ובהן הציע מוזס כי "ידיעות אחרונות" ישנה לטובה את הסיקור של נתניהו ואף ימנה לעיתון כתבים לפי בחירת נתניהו, אם ידאג האחרון לפגוע בהצלחתו של ישראל היום, הפוגעת קשות ברווחי "ידיעות". המשטרה גבתה בעניין גם את עדותו של עורך העיתון, רון ירון. בסיום החקירה הוחלט להגיש כתב אישום נגד נוני מוזס בפרשה זו על כך שניסה לשחד לכאורה את ראש הממשלה, כחלק ממשפט נתניהו.
מעידות.
במספר מקרים מעד ידיעות אחרונות בראיונות שערך עם מתחזים. בשנת 2000 הקדיש העיתון כתבת שער במוסף "7 ימים" לסיפורו של זמר מזרחי אלמוני שהציג עצמו כ"השרוף", לאחר שנכווה בכל חלקי גופו כתוצאה מפיצוץ של בלון גז בביתו. מספר ימים לאחר מכן התראיין חיים צינוביץ בתוכניתו של יאיר לפיד וחשף את ההתחזות בשידור חי.
ביולי 2013 פורסמה כתבה נרחבת במוסף "7 ימים" על "פאטמה וורדי, הסטנדאפיסטית הבדואית הראשונה". אולם לאחר מכן התברר שמדובר בבדרנית היהודייה, גילה צימרמן מרמת גן.
ב-2017 הגישה תנועת "אם תרצו" תביעת דיבה נגד העיתון "ידיעות אחרונות" והעיתונאית סימה קדמון, לאחר שבידיעה בעיתון ובטור של קדמון נכתב כי "אם תרצו" ודוברה, אהוד טנא, המציאו מכתב שנכתב כביכול בשם משפחות שכולות. ביוני 2020 חויבו "ידיעות אחרונות" וקדמון לפצות את "אם תרצו" ב-30 אלף ש"ח ואת טנא ב-70 אלף ש"ח, וכן לשלם לתובעים הוצאות משפט בסך 20 אלף ש"ח.
מבנה העיתון.
ימי חול.
בימי החול כוללת מהדורת ידיעות אחרונות את החלקים הבאים:
מוספים המצורפים לעיתון בימי החול:
ימי שישי.