ב-1397 אוחדו דנמרק, שוודיה, נורווגיה והשטחים שבחסותם, תחת שלטונה של מרגרט הראשונה, מלכת דנמרק, ונקראו איחוד קאלמאר. בעקבות מתחים רבים בין דנמרק ונורווגיה לבין שוודיה, יצאה שוודיה מן האיחוד בשנת 1521. כשעזבה שוודיה, דנמרק ונורווגיה המשיכו לשתף פעולה בתור אוניה פרסונלית שנקראה, דנמרק-נורווגיה. במאה ה-16 החלה תנועת הלותרניזם לשלוט בדנמרק, דבר שגרם להתנגדות הקתולים ולמרד שדוכא ביד קשה על ידי השלטונות הדנים.
במאה ה-17 השתתפה דנמרק במלחמת שלושים השנים והובסה בה קשות. ב-1657, הצטרפה דנמרק למלחמה הצפונית השנייה, וגם בה נחלה מפלה. בסוף המלחמה נחתם הסכם קופנהגן שקבע את הגבולות בין דנמרק, נורווגיה ושוודיה, וגבולות אלו תקפים עד היום.
היסטוריה מוקדמת.
דנמרק יושבה לראשונה לפני יותר מ-100,000 שנה, אך ככל הנראה תושביה הראשונים אולצו לעזוב את האזור בתקופת עידן הקרח האחרון, והתושבים הקבועים הראשונים הגיעו לאזור בסביבות האלף ה-13 לפני הספירה. בסביבות האלף ה-4 לפני הספירה התפשטה ההתיישבות החקלאית. החברה באזור, בזמן תקופת הברונזה הנורדית, קברה את מתיה עם חפציהם הגשמיים מתחת לרגמים. הרבה דולמנים וקברים הבנויים מאבן הם במקור מתקופה זו. באזור נמצאו כלי ברונזה רבים הכוללים חפצי דת מרהיבים וכלי מוזיקה המספקים את ההוכחה הקדומה ביותר למעמדות ורבדים חברתיים.
במהלך עידן הברזל הפרה-רומאי, בין השנים 500 לפני הספירה לבין שנת 1 לספירה, התקרר האקלים בדנמרק ונעשה רטוב יותר, תהליך שהקשה על החקלאות באזור וגרם לכך שחברות רבות היגרו דרומה, לאזור גרמניה. הפקת ברזל, ממחצבות שבביצות, על ידי אנשים החלה בתקופה זו. ההוכחות מראות שמתקופה זו, בדנמרק ובשאר צפון מערב אירופה, הייתה תרבות קלטית שהשפיעה על האזור רבות.
בעקבות מציאת מטבעות רומיים באזור, הוכח כי הקיסרות הרומית, שהגיעה כמעט עד לאזור דנמרק של היום, שמרה על קשרי מסחר עם השבטים המקומיים באזור, שהיו באותה התקופה מושפעים רבות מהתרבות הקלטית. הרונות הראשונות הידועות באזור באו כנראה מן הדרום בסביבות שנת 200 לפני הספירה. דבר שתרם לעליית ההגירה החיובית בצפון אירופה והגביר את הסכסוך בין התושבים הרומים בגאליה לבין הטווטונים היה מיצוי של אדמה מעובדת במאה הראשונה לפני הספירה. רוב החפצים הרומים שנמצאו באזור ייוצרו בסביבות המאה ה-1 לפני הספירה. על פי ממצאים מסוימים שירתו חלק מהלוחמים מהאצולה הדנית בצבא הרומאי.
בתקופה זו היו רציחות רבות והגופות של הנרצחים נזרקו לביצות. בכמה מן המקרים כמה מן הגופות שהושלכו לביצות, התגלו במצב די טוב, דבר שסיפק לחוקרים מידע רב ערך על האנשים שחיו באזור של דנמרק בעידן זה.
תקופת הברזל הגרמנית.
התרבות החומרית בצפון אירופה בזמן ההגירה החיובית העצומה באזור, שהתרחשה בין המאה ה-5 למאה ה-7 לספירה, מיוחסת, על פי ההיסטוריונים, כתקופת הברזל הגרמנית. כמה מן השרידים הידועים ביותר מתקופה זו כוללים "גופות כבולות מן הביצה", שביניהם גופות של 2 אנשים, שנחנקו בכוונה, במצב שימור טוב, שסיפקו מידע שימושי לגבי החיים בתקופה זו.
ימי הביניים.
המקורות הספרותיים הראשונים.
קיימים מספר מקורות שסיפקו כמה מהתיאורים המוקדמים ביותר על התרבות הדנית, בהם כתבי שירה באנגלית עתיקה כגון אלו של ביאוולף ווידסיט, וכן כתביהם של סקנדינבים כגון סקסו גרמטיקוס שחי בערך במאה ה-13. רובם למעשה שרידים של מיתולוגיה ואגדות. כמו הומרוס, כותבים אלו תיארו את ההיסטוריה בצורה לא מדויקת מנקודת מבט תקופתית מאוחרת יותר, אך עבודתם שפכה אור על כמה עובדות היסטוריות.
עידן הוויקינגים.
בתחילת המאה ה-8 לספירה, האימפריה הפרנקית של קרל הגדול התפשטה צפונה עד לגבול הדרומי של העם הדני. הדנים היו מודעים לטבח שבוצע בפגנים בגרמניה, ואיום זה גרם להם להתאחד יחד עם עמים סקנדינבים נוספים. החל מתקופה זו ובמשך מאות שנים, נקראו הדנים, יחד עם הנורווגים והגיטים, בשם ויקינגים ושלטו על הימים והחופים של אירופה. הוויקינגים הדנים היו פעילים בעיקר באיים הבריטים ובמערב אירופה, וכבשו חלקים מאנגליה, אירלנד, צרפת (ייסדו את נורמנדי) ועוד. הוויקינגים התיישבו ברוב שטחה של דנמרק במאה ה-8 לספירה עד המאה ה-11 לספירה. המבנה החברתי שלהם היה מסובך יותר מרוב החברות שהתיישבו באזור בעבר. בתחילת המאה ה-11 המלך קאנוט הגדול שלט בדנמרק ובאנגליה ביחד, למשך 20 שנה, כשליט יחיד.
נצרות, התרחבות והקמת ממלכת דנמרק.
רק מספר מועט של ממלכות התיישבו באזור שידוע היום כדנמרק במשך שנים רבות. דנמרק אוחדה כממלכה בשנת 980 לערך על ידי האראלד כחול-השן (Harald Blåtand) המלך הראשון של דנמרק. באותו הזמן מיסיונר גרמני שכנע אותו להתנצר. הנצרות, שהחליפה את המיתולוגיה הנורדית הישנה, הייתה מועילה ביותר עבור המלך החדש: היא הביאה עימה תמיכה מהאימפריה הרומית הקדושה, ואפשרה למלך להיפטר מכל מתנגדיו שלא הסכימו לוותר על דתם הפגנית.
יורשו של האראלד, סוון הראשון, מלך על דנמרק, אנגליה ועל חלק מנורווגיה משנת 986 ועד שנת 1014. בנו הבכור, האראלד השני, הומלך לאחר מותו של אביו. הוא מלך משנת 1014 עד שנת 1018 ואז נפטר והוחלף על ידי אחיו קאנוט הגדול, שמלך על חלקים נרחבים בסקנדינביה.
לאחר מותו של קאנוט הגדול ב-12 בנובמבר 1035, אנגליה התנתקה משלטון דנמרק, ודנמרק נכנסה למצב של אנרכיה לתקופה מסוימת. בזמן זה שלטו הארדיקאנוט ומגנוס הראשון. ויקינגים מנורווגיה פשטו על שטחה של דנמרק. סוון השני, אחיינו של קאנוט, הקים מחדש מלכות דנית חזקה ובנה מערכת יחסים טובה עם הארכיבישוף של ברמן, שהיה אז הארכיבישוף של כל סקנדינביה. לאחר מותו מלך בנו האראלד השלישי, שידוע בזכות שיפור הכלכלה בתקופתו. מחליפו היה ילדו מחוץ לנישואים של סוון ואחיו של האראלד השלישי, קנוט הרביעי, שמלך שש שנים (משנת 1080 עד שנת 1086) ואז נפטר. קנוט הרביעי היה הקדוש המגן של דנמרק. לאחר מותו הומלך אחיו של קנוט הרביעי ושל האראלד השלישי, אולף הראשון. הוא האשים את אחיו קנוט בכמה בעיות שצצו בתקופת מלכותו. הוא מלך משנת 1086 עד שנת 1095.
בתחילת המאה ה-12, בתקופת מלוכתם של נילס ושל אריק השני, דנמרק הפכה לבירתה של "מחוז הכנסייה הנוצרית העצמאית של סקנדינביה". זמן קצר לאחר מכן הקימו נורווגיה ושוודיה כנסיית ארכיבישוף משלהם ללא שליטה דנית. אמצע המאה ה-12 הייתה תקופה קשה לממלכה הדנית, במהלכה התרחשה במדינה מלחמת אזרחים אלימה. בסופו של דבר ולדמר הגדול, מחליפו של אריק השלישי, הצליח לייצב את המצב במדינה. המלך ולדמר והארכיבישוף אבסלון, הקימו את המדינה מחדש. בזמן תקופת שלטונו, ולדמר הקים טירה בכפר של אוון, שבסופו של דבר גרם להקמת קופנהגן, בירתה של דנמרק המודרנית. בשנת 1118 כבש ולדמר את הולשטיין. ולדמר ואבסלון הפכו את דנמרק למדינה עם כוח מרכזי בים הבלטי, ובשלב מאוחר יותר היא התחרתה על מסחר, שטח והשפעה באזור הים הבלטי עם ברית ערי הנזה, הולשטיין והמסדר הטבטוני. בשנת 1168, הכניעו ולדמר ואבסלון את הנסיכות של רוגיה, ובכך כבשו שטח נרחב ברצועת החוף הדרומית של הים הבלטי. בסביבות שנת 1180, עברו גם מקלנבורג ודוכסות פומרניה לשליטה דנית. במחוזות הדרומיים החדשים קידמו הדנים את הנצרות ואת ההתיישבות.
בשנת 1227 הפסידו הדנים את רוב השטח הכבוש בקרב בורנהפאד, וב-1325 הפסידו גם את הנסיכות של רוגיה ובכך הפסידו את כל השטחים הכבושים. מסעי צלב רבים נערכו על ידי ולדמר ומחליפו, שבהם תבעו חזקה על שטחים מסוימים וביניהם שטחה של אסטוניה המודרנית. על פי אגדה שנחשבת אהודה בקרב הדנים, אף על פי שהיא נתפסת כמיתוס - בתקופה זו אירע הקרב על לידניס, שנודע גם כקרב ואלמר ליד לידניס (טאלין בירת אסטוניה של ימינו), וב-15 ביוני 1219, בשלב קריטי ביותר בקרב, ירד מן השמיים דגל והביא לניצחונם של הדנים במלחמה. דגל זה נתפס כמקורו של הדנברוו, הוא דגל דנמרק.
בזמן ימי הביניים גבר השיתוף בין המלוכה לבין הכנסייה הקתולית. אלפי כנסיות נבנו בכל המדינה בזמן זה. הכלכלה, שבוססה בעיקר על דג המליח, צמחה במהלך המאה ה-12, אך במאה ה-13 היא נכנסה לתקופה של קשיים שגרמה לקריסה זמנית של הסמכות המלכותית.
קשיי המלוכה.
התנגדותם של האצולה ושל הכנסייה הקתולית הקשתה על מלכי דנמרק לבסס את שלטונם במדינה. התקופה הממושכת של היחסים המתוחים בין המלוכה לכס הקדוש ברומא, נקראת "הסכסוך הארכיבישופי". בסוף המאה ה-13, כוחו של המלך הצטמצם ואנשי האצולה אילצו את המלך להעניק להם זכויות נוספות, בהתחשבות בחוקתה הראשונה של המדינה. בעקבות קרב בורנהפאד ב-1227, דנמרק הפכה לחלשה יותר, דבר שפתח חלון הזדמנויות לברית ערי הנזה ולהולשטיין. רוזנות הולשטיין השיגה שליטה על חלקים גדולים בדנמרק מכיוון שהמלך העניק להם אחוזות בתמורה לכסף בשביל כס המלכות בשל המצב הכלכלי הבעייתי.