בשל התגברות הביקורת על מפעל ההתנחלות ביהודה, שומרון ועזה במהלך השנים, ובשל היחס השלילי של חלקים בציבור למתנחלים ולהתנחלויות, יש המבקשים להימנע מייחוד התואר "מתנחלים" לתושבים בשטחים אלה, בטענה שאין הבדל מהותי בינם לבין היהודים שחיים בשאר חלקי ארץ ישראל, ושייחוד התואר "מתנחלים" להם נובע ממגמה לתייגם ולהדירם אל מחוץ למחנה. עם זאת, המושגים "התנחלויות" ו"מתנחלים" ממשיכים לשמש לתיאור היישובים והתושבים הישראליים ביהודה ושומרון. ביטויים אלה משמשים הן את מתנגדי ההתנחלויות, הן את הנייטרלים ביחס אליהן, ולעיתים אף את המתנחלים עצמם.
בקרב חלקים בשמאל הרדיקלי הישראלי, כגון עמותת זוכרות, וערביי ישראל רווח השימוש במונח "התנחלות" גם לתיאור יישובים יהודיים היושבים על מקום כפרים שחרבו במלחמת העצמאות או באזורים בעלי רוב ערבי.
רקע היסטורי להקמת ההתנחלויות.
מלחמת ששת הימים העמידה את ישראל בפני דילמה. מצד אחד, רצתה ממשלת ישראל להשתמש בשטחים שכבשה למטרות ביטחון, ולהמשיך ולהחזיק בכולם או ברובם לאורך זמן. גם הזיקה ההיסטורית לאזורים אלה עודדה צעד זה. מצד שני, סיפוח יהודה ושומרון למדינת ישראל היה עלול לעורר התנגדות בינלאומית (כפי שאכן עורר סיפוח מזרח ירושלים ולימים סיפוח רמת הגולן), וכן היה מחייב להעניק לתושבים הפלסטינים במקום, שהיו חפצים בכך, זכויות אזרח במדינת ישראל, מה שהיה מעמיד בסכנה את הרוב היהודי במדינה, רוב שכל ממשלות ישראל רואות בו חשיבות.
הדרישה הציבורית להקים יישובים ישראליים בשטחים שנכבשו החלה להישמע זמן לא רב אחרי המלחמה, והשאלה שנותרה בלתי פתורה גרמה ליחס דואלי של ממשלות ישראל לחבלי ארץ אלו. כמה ממשלות מימין ומשמאל תמכו ואף יזמו הלכה למעשה את ההתנחלויות, אך הותירו את האזורים שבהן הוקמו מחוץ לשטחה הריבוני של מדינת ישראל. ממשלות אחרות פעלו להגבלה ואף לפינוי של ההתנחלויות. ברבות הימים הוקמו התנחלויות בכל השטחים שנכבשו ובחצי-האי סיני בכלל זה, אך לא בשטחים שנכבשו מאוחר יותר, כמו דרום לבנון.
הסכם השלום בין ישראל למצרים הוביל לפינוין של ההתנחלויות בחצי האי סיני, ותוכנית ההתנתקות הביאה לפינוי ההתנחלויות ברצועת עזה ובצפון השומרון. אף ממשלה לא הכריעה בצורה חד משמעית את גורלם של יהודה והשומרון. עקב כך, נוצרה מציאות שבה קיימת התיישבות של מאות אלפי ישראלים יהודים על אדמות, שמצד אחד לעם היהודי יש זיקה היסטורית ודתית אליהן, ורבים בימין הפוליטי סוברים שהן גם בעלות חשיבות ביטחונית למדינת ישראל, ומצד שני אינן בתחומה הריבוני של מדינת ישראל, והן בתוך אזור המיושב במספר רב של פלסטינים, שעל כולו או מרביתו סוברים אש"ף ורבים בקהילה הבינלאומית בהנהגת האו"ם שיש להקים מדינה פלסטינית.
היסטוריה.
ההתנחלויות הראשונות היו היאחזיות הנח"ל רפיח ותרשיש, שהוקמו מיד לאחר מלחמת סיני ב-1956 ופונו עם נסיגת צה"ל מסיני ועזה.
ההתנחלות הראשונה לאחר מלחמת ששת הימים הייתה קיבוץ מרום גולן שהוקם ברמת הגולן ב-14 ביולי 1967, כחודש לאחר מלחמת ששת הימים. ההתנחלות הראשונה ביהודה ושומרון הייתה כפר עציון בגוש עציון, ששוקם ב-27 בספטמבר 1967 על חורבותיו של הכפר שנכבש במלחמת העצמאות, ובמקביל הוקם בית ספר שדה הר גילה על ידי יהורם בן-מאיר, שקבל מעמד רשמי ב-1969. ההתנחלות הראשונה ברצועת עזה הייתה כפר דרום שהוקמה ב-1970. בדומה לכפר עציון, גם התנחלות זו הוקמה על חורבות יישוב יהודי שנכבש במלחמת העצמאות.
רוב ההתנחלויות הוקמו במהלך שלוש ממשלות הליכוד הראשונות. בין 1977 ל-1986 גדלה כמות ההתנחלויות בתוך הגושים מ-6 ל-17, וכמות ההתנחלויות מחוץ לגושים מ-32 ל-110. גם מספר המתנחלים עלה באופן יחסי בכמות הרבה ביותר בתקופה הזו, כשכ-1,900 המתנחלים שבשנת 1977 הפכו עד שנת 1986 לכ-50,000, גידול של פי 25. מאז המספר נשאר דומה, ובשנת 2015 מספר ההתנחלויות עמד על 19 יישובים בתוך הגושים ו-106 יישובים מחוץ להם.
עשור ראשון (1967 - 1977).
בקיץ 1967 הציג שר החקלאות יגאל אלון לראש הממשלה לוי אשכול את תוכנית אלון, שהמליצה לספח לישראל את בקעת הירדן, מדבר יהודה, גוש עציון ושטחים בין ירושלים ורמאללה (לצורך הרחבת פרוזדור ירושלים הצר), ואת רמת הגולן ושטחים בסיני ודרום רצועת עזה. התוכנית התחשבה בעיקר בשיקול הדמוגרפי, והשטחים שהמליצה לספח היו בעלי אוכלוסייה פלסטינית דלילה. על אף שהתוכנית לא אומצה על ידי הממשלה ולא קיבלה מעמד רשמי, ממשלות ישראל פעלו על פי רוחה עד למהפך של 1977, והתנחלויות הוקמו בשטחים שייעדה התוכנית לסיפוח. כך הוקמו התנחלויות בקעת הירדן ומדבר יהודה: ארגמן, מחולה וקליה (1968), גלגל, ייטב, מעלה אפרים ומשואה (1970), חמרה ומצפה שלם (1971), גיתית ומכורה (1973), מעלה אדומים ופצאל (1975), נתיב הגדוד ורועי (1976), אלמוג, כוכב השחר, נירן ותקוע (1977). בנוסף, הוקמו ושוקמו יישובי גוש עציון: כפר עציון (1967), ראש צורים ואלון שבות (1969-1970), אלעזר (1975) ומגדל עוז (1977), והוקמה (ב-1971) קריית ארבע בסמוך לחברון. כן הוקם מבוא חורון (1968) בכיס לטרון כדי למנוע ויתור על הכיס בכל הסכם עתידי.
בפברואר 1973 התקבלה בוועדת השרים להתיישבות ההחלטה על הקמת העיר ימית ביוזמת השר ישראל גלילי ובתמיכת שר הביטחון משה דיין.
ב־3 בספטמבר 1973 אישרה מזכירות מפלגת העבודה את מסמך גלילי, שקרא להתיישבות בפתחת רפיח, רמת הגולן, בקעת הירדן והרכסים מעליה בהתאם לתוכנית אלון, כחלק ממצעה של המפלגה לקראת הבחירות לכנסת השמינית.
מלחמת יום הכיפורים, בפברואר 1974, ותחושת השבר שהיא יצרה, גרמו להקמת "גוש אמונים" על ידי תלמידי הרב צבי יהודה קוק והציונות הדתית נטלה לידיה את יוזמת ההתנחלות. התנועה, שנוצרה לאור החשש מנסיגות כתוצאה מהמלחמה, הצליחה להפיח תקווה בקרב תומכי ההתיישבות. בין תומכיה בציבור החילוני היו אנשי התנועה למען ארץ ישראל השלמה ובהם סופרים ואנשי ההתיישבות העובדת כגון משה שמיר, נעמי שמר, אריאל שרון, מאיר הר-ציון ויצחק טבנקין שראו במתנחלים את ממשיכי דרכם מבחינת התיישבות וציונות. התנועה יצרה את ההתיישבות בשומרון, על ידי הקמת עפרה במאי 1975, קדומים בשנת 1976 ואלקנה בשנת 1977.
עד 1977 התגוררו בהתנחלויות כ-1,500 איש, קרוב למחציתם בסיני.
עשור שני (1977–1986).
עם עליית הליכוד לשלטון, ציפו בגוש אמונים להאצה משמעותית של קצב הקמת ההתנחלויות לאור הבטחתו של מנחם בגין: "יהיו עוד הרבה אלוני מורה", אולם ממשלתו של מנחם בגין היססה והקימה התנחלויות מעטות. בשנים 1977–1978 הוכנה והוצעה על ידי גוש אמונים "הצעת תוכנית להתיישבות ביהודה ושומרון בקיץ תשל"ז" ובהתאם לכך, עלו להתיישבות גרעיני גוש אמונים במסגרת "מבצע 12 הגרעינים". ההתנחלויות היו: מצפה יריחו, נווה צוף, בית אל, שילה, שבי שומרון, גבעון, שא-נור, קרני שומרון, בית חורון, תקוע ואלון מורה. חלק מהנקודות שוכנו בתחילה בתוך מחנות צבא. הממשלה הייתה שותפה פעילה בבניית ההתנחלויות והיא תמכה בהן בהטבות כלכליות, בניית תשתיות והגנה משפטית, בניצוחו של שר החקלאות אריאל שרון, מתוקף תפקידו כיושב ראש וועדת השרים לענייני התיישבות.
בשנת 1978 הוקמה תנועת אמנה, כתנועה המיישבת של "גוש אמונים". בשנת 1979 אישרה ממשלת ישראל את "תוכנית שרון להתיישבות", שכללה הקמת יישובים עירוניים בגב ההר כדי לשלוט במישור החוף והקמת יישובים לאורך בקעת הירדן כדי להגן על גבולה המזרחי של ישראל.
לאחר הנסיגה מסיני בעקבות הסכם השלום בין ישראל למצרים, נכנסה התחייה לממשלה ויובל נאמן מונה ליושב ראש ועדת השרים לענייני התיישבות. בשנים 1983–1984 הקימה הממשלה עשרות התנחלויות חדשות ברחבי יהודה ושומרון. עם זאת, ההתנחלויות היו ברובן קטנות וכלל המתנחלים ביהודה ושומרון מנו כ-23,700 נפש, כ-0.6% מאוכלוסיית ישראל.
1986 - 1992.
הקמת ממשלת ישראל העשרים ואחת, שהייתה ממשלת אחדות לאומית, גרמה לעצירה והפסקה בהקמת התנחלויות חדשות. ההקפאה נמשכה גם במהלך כהונה של ממשלת ישראל העשרים ושלוש ורק התנחלויות מעטות הוקמו על ידה, לאור אילוצים מדיניים שלהם היה נתון ראש הממשלה. התנחלויות שהוקמו לאחר שנת 1990 הוקמו לרוב כ"הרחבות" של יישובים סמוכים ולא זכו לסמל יישוב נפרד. בין אלו ניתן למנות את שבות רחל, נריה וטל מנשה.
הגם שבמחצית השנייה של שנות ה-80 הוקמו אך מעט התנחלויות חדשות, הוחל אז בהרחבה מסיבית של ההתנחלויות הקיימות. האינתיפאדה הראשונה שכנעה חלק מהיישובים, כמו עפרה, להתרחב כדי להביא ציבור יהודי גדול ליהודה ושומרון. בנוסף, הוקמו בשנים הללו היישובים העירונייים החרדים הגדולים ביתר עילית (1988) ומודיעין עלית (1990), כפתרון מגורים מוזל בסמוך לריכוזים החרדים בירושלים ובני ברק.
בסוף 1990 הגיע מספר המתנחלים לכ-81,600.
משנת 1992.