בשנת ה'תק"א (1741), לאחר שהצרפתים כבשו את פראג, נבחר לכהן כרבה של העיר מץ בצרפת, שהייתה בה קהילה יהודית גדולה ומרכזית. הוא החליף בתפקידו את רבי יעקב יהושע פלק (ה"פני יהושע") שעבר אז לכהן כרבה של פרנקפורט דמיין. בעקבות הגירתו לצרפת האשימו אותו האוסטרים בבגידה והחרימו את רכושו שנשאר בפראג.
במץ דרשה ממנו עבודתו הציבורית זמן מועט בהרבה מאשר בפראג, והוא הקדיש את הזמן שהתפנה לו להעלאת חידושי תורתו על הכתב. הוא הכין לדפוס בתקופה זו את ספריו "כרתי ופלתי" ו"בני אהובה". גם במץ החזיק ישיבה גדולה, אך נראה שנחשבה פחות מהישיבה בפראג. בישיבה זו העביר שני שיעורים שבועיים בני שבע שעות כל אחד. מתלמידיו בישיבה במץ, רבי ידידיה טיאה וייל. בעת גירוש פראג (1745) ישב רבי יהונתן בצרפת וממנה הפעיל את קשריו כדי להשיג את התערבותם של ראשי כמה ממדינות אירופה אצל מריה תרזה לביטול פקודת הגירוש.
בתקופת מץ זיהה שהמניע לעזיבת הדת בקרב רבים מיהודי האזור לא נבע במישרין מקעקוע יסודות הדת, אלא מהיסחפות בזרם החיים ובורות באשר לדרישות ההלכה. לשם כך, בצעד חריג עבור רב במעמדו כתב קיצור הלכות שבת ביידיש כדי להפיץ את תודעת ההלכה גם בקרב מי שהשכלתם לא אפשרה להם קריאה והבנה בעברית.
במשך שנות ישיבתו במץ בדק רבי יהונתן את האפשרות לקבל משרת רבנות בעיר שיש בה בית דפוס עברי, כדי שיוכל לטפל בהדפסת כתביו המוכנים לדפוס (במץ עצמה הוקם בית דפוס רק לאחר עזיבתו). ב-1746 השיג מינוי כזה בקהילת פיורדא, אך אנשי קהילת מץ הצליחו לעכב אותו ובהמשך להניא אותו מתוכניתו. הוא נותר בעיר עוד ארבע שנים עד שנקרא לכהן כרבן של קהילות אה"ו - יהודי העיר המבורג והעיירות אלטונה וואנדסבק הסמוכות לה, שלימים היו לשכונות בעיר.
רבנות קהילות אה"ו.
בשנת ה'תק"י (1750), לאחר פטירתו של רבי יחזקאל קצינאלפוגין (ה"כנסת יחזקאל"), נבחר לכהן כרבן של קהילות אה"ו. רבנות זו נחשבה אז לאחת המשרות החשובות והמכובדות ביותר ביהדות אשכנז. על אף חשיבותה האזרחית של המבורג הגדולה, אשר הייתה מרכז כלכלי ופיננסי, המרכז התורני של קהילות אה"ו היהודיות היה באלטונה. גם לאחר איחוד שלוש הקהילות, נותר מושב אב בית הדין המשותף שלהן, באלטונה.
קמעות שחילק זמן קצר לאחר בואו לאלטונה ליולדות בשל אחוזי תמותה גבוהים באופן חריג, נפתחו בידי אנשים בקהילה וכמה מהם הגיעו לידיו של רבי יעקב עמדין (היעב"ץ) שהתגורר אז כאדם פרטי באלטונה ולא נשא במשרה רבנית. הרב עמדין, בעל השכלה תורנית רחבה והבנה גם בתורת הנסתר חשד שנוסח הקמעות מראה על אמונה שבתאית של כותבם, והחל מנהל מאבק להוקעתו של הרב אייבשיץ. המאבק היה למחלוקת שהתפשטה ברחבי אשכנז ויהדות פולין וארכה שנים (על המחלוקת ראו בהרחבה בפרק "החשד בשבתאות").
חמש שנותיו הראשונות של רבי יהונתן אייבשיץ באה"ו עמדו בצל המאבק נגדו. למרות המאבק המשיך להעביר את שיעוריו בבית המדרש המקומי ואף יסד 'קלויז' שבו ישבו בקביעות חמישה תלמידי חכמים נשואים שלימדו את קהל הלומדים והתפרנסו מקופה מיוחדת שהקים עבורם. הוא גם קיבל הזמנות לרבנות בקהילות חשובות כמו קראקא, ניקלשבורג ומוראביה, אך דחה אותן ונשאר באה"ו. במהלך השנים התדרדר מעמדו והוא התקשה להטיל את מרותו על חלק מבני הקהילה. כדי לייצב את עמדתו הרבנית, אסף מכתבי תמיכה מגדולי רבני אירופה וראשי הקהילות החשובות והדפיסם בקובץ בשם "לוחות עדות" (אלטונה תקט"ו). המהלך ייצב את מעמדו והמחלוקת דעכה אף כי לא שככה לגמרי.
פטירתו.
בשנת ה'תקכ"ג (1763) הספיק להדפיס את הכרך הראשון של ספרו "כרתי ופלתי" על יורה דעה, וזמן מה לאחר שהודפס הספר, נפטר בכ"א באלול ה'תקכ"ד, 18 בספטמבר 1764, והובא למנוחות בבית הקברות היהודי באלטונה .
על מצבת קברו נחקקו לבקשתו דברי מוסר באקרוסטיכון שמו "יהונתן ז"ל":
מספריו וכתביו.
רבי יהונתן אייבשיץ כתב עשרות ספרים בנושאי הלכה, פרשנות, אגדה וקבלה, אך רק ספרו "כרתי ופלתי" נדפס בחייו (אלטונה תקכ"ג). בשנים שלאחר פטירתו נדפסו הספרים שהכין בעצמו לדפוס, ואחריהם במשך למעלה מ-250 השנים שחלפו מאז פטירתו נדפסו רוב כתביו, כתבים בודדים שלו ובעיקר רשימות מחידושיו שכתבו תלמידיו לא נדפסו, והם מתפרסמים מעת לעת בכתבי עת תורניים. כל ספריו זכו למהדורות רבות, הם שבים ונדפסים גם בעשור השני של המאה ה-21 במהדורות פאר מוערות.
דרכו.
מלבד ידיעתו הרבה בתורה, היו לו גם ידיעות בחכמות חיצוניות, והתחבב על הרבה שרים ומלכים. ישנה מסורת על ויכוחים רבים שלו עם מלכים ואנשי כמורה נוצריים, שבהם הצטיין בתשובות פקחיות ומחודדות, וקיימות אנקדוטות רבות על ויכוחים אלו, ועל נטייתו, עוד מילדות, לסוג כזה של תשובות. כך, למשל, מסופר עליו:
מה שמאפיין את יצירתו התורנית הוא הפלפול המחוכם. פלפול זה מלווה הן את דברי התוכחה והמוסר שהרבה ר' יהונתן אייבשיץ להטיף והן את חידושיו בהלכה. הוא כולל חיבור של רעיונות ואימרות שונים זה לזה, כאשר הצירוף מאפשר לפתור קושיות ולהתמודד עם סתירות ותמיהות.
כפוסק, הרב אייבשיץ מחמיר למדי ומהסס להקל גם כשיש לכך מקום, במיוחד אם הדבר הוא כנגד מנהג. דבקותו בשולחן ערוך גדולה, והוא מציע להתעלם מדעות שלא מוזכרות בו.
ידועה תשובתו הארוכה לבטל את היתרו של ה"חכם צבי" בעניין תרנגולת שניטל ליבה שפסק השולחן ערוך לאוסרה. ר' יהונתן טרח ושאל את חכמי אומות העולם, אם אפשרי שתרנגולת תחיה זמן מה בלי לב, והם ענו לו כי לפעמים יש תחליף במקום הלב, אך אין לתרנגולת אפשרות לחיות כך לאורך זמן רב. לפיכך פסק כי תרנגולת זו טרפה ואפילו בעודה בחיים.
כשהוא מתפלפל בהלכה, כמו ב"אורים ותומים", הוא מחבב במיוחד את הדיון בדברי התוספות, שמשמשים לו רקע לחידוש.
החשד בשבתאות.
החשד בשבתאות עורר פולמוס שלא שכך כל ימיו, ואף מנע ממנו להתמנות לרבה של פראג. ראש הלוחמים כנגדו במחלוקת קשה זו היה רבי יעקב עמדין, שכינה אותו, בין השאר, "מין ארור" ו"נחש". המחלוקת נתלבתה, כאשר קמיעות שכתב שנפתחו, והפיענוח שהוצע על ידי הרב עמדין לתוכנם העלה משפטים כגון: "ש"צ מלכא משיחא". בספר היחיד שכתב רבי יהונתן על הפולמוס, 'לוחות עדות', טען כי פיענוח זה שגוי, בין השאר משום שלפיו יהיה תוכן קמיעותיו דברי תפילה ובקשה בעלמא, בעוד שלפי האמת מדובר בסודות עליונים, צירופי אותיות וצרופי 'שמות קדושים'. (טענה זו גובתה לאחר זמן אף על ידי רבי נחמן מברסלב שאמר שמזה אין ראיה, ואף אם הוא היה כותב קמיעות היו מוצאים שם מילים שלפי הפשט אינן מתיישבות עם השכל.). מספר רבנים חשובים הצטרפו לרב עמדין במלחמתו כנגד הרב אייבשיץ; אולם רובם של רבני אירופה הביעו תמיכה פומבית ברב אייבשיץ במכתבים ששלחו אליו, וברבות מן הקהילות גם הוכרזו חרמות על כל התומכים במחלוקת, או שמחזיקים בביתם את כתבי מתנגדיו. הרב אייבשיץ שלח גם העתקים של קמיעותיו לכמה מקובלים חשובים (וגם לגאון רבי אליהו מווילנא), שאישרו כי תוכנם מובן על פי הקבלה המעשית ואין מקום לפיענוחם של מתנגדיו.
בהמשך לפולמוס על השבתאות, האשים הרב עמדין את רבי יהונתן גם בכך שבצעירותו (בהיותו כבן שלושים) ניסה לעשוק את הקהילה בהכריחו אותם לקנות עותק מצונזר של סידור התפילה ושל התלמוד הבבלי, ברישיון שניתן לו בידי הנוצרים. כיום ברור שהוויכוח המקורי בין הרבנים לפני הפולמוס על השבתאות, נסב על התלמוד המצונזר עצמו, ולא על הכסף שניסה לגייס בעבורו.
אף השלטונות הנוצריים עורבו במחלוקת, כשהרב אייבשיץ הואשם בידי מתנגדיו היהודים בריגול נגד שוודיה וצרפת אשר שלטו במץ באהדה פוליטית לשלטונות האוסטרים, ובהתנגדותו לנצרות אף בתלמוד המצונזר ובסידור שניסה למכור.
בשנת ה'תקי"ב (1752) שנה לאחר הכרזתו של רבי יעקב עמדין על הקמיעות, הרב יחזקאל לנדא, מחבר הספר "נודע ביהודה", הצעיר ב-19 שנה מרבי יהונתן, הביע מצד אחד תמיכה ברב אייבשיץ והכרה בכשרותו ובגדולתו, אבל הציע עם זאת פשרה, שהיא לדבריו 'קשה כגידים לכל אחד מהצדדים': שקמיעותיו של הרב אייבשיץ ייאספו ויגנזו, והוא יקבל על עצמו שלא לכתוב עוד קמיעות לעולם. בפשרה זו בקש הרב לנדא למנוע הכרזת חרם על הרב אייבשיץ, שביקשו להטיל חכמי הקלויז בברודי. הרב עמדין לא קיבל את הפשרה, והחל לתקוף את הרב לנדא על כך שאף הוא שבתאי. בסופו של דבר, אכן הוכרז החרם בברודי, בחודש אלול ה'תקי"ב. בערוב ימיו, משניסה לשוב לעיר הולדתו פראג, תחת שלטון מריה תרזה והממלכה האוסטרית, פנה לשגרירות דנמרק. הרב לנדא שלח מכתב בו הגדיר את הרב אייבשיץ כשבתאי, ובכך מנע ממנו את המעבר.
בסוף ימיו, רבי יהונתן האשים את החולקים עליו (ובראשם העסקן יהודה פרגר) בשבירת מטה לחמו, ובמות אשתו מצער.
בנו הצעיר של הרב, בנימין וולף אייבשיץ, היה נביא שבתאי חשוב ופעל בטרנסילבניה. גם הבן הבכור, מרדכי, נחשד בשבתאות על ידי ראש קהל פרשבורג והושלך לכלא בעוון זה ב-1761. יונה עתר לקיסרית מריה תרזה עבור אחיו והלה שוחרר בהתערבותה.
לאחר מותו, קהילות אה"ו מסרו את הבחירה ברב המחליף, בידי תומכיו של רבי יעקב עמדין, על מנת שלא להסתכסך עמו. במסגרת זו, דחה את מועמדותו של הרב לנדא - ה'נודע ביהודה', שבעבר קרא להתפשרות עם הרב אייבשיץ.
מלומדי חכמת ישראל וחוקרי תנועת ההשכלה שעסקו במלחמה בקבלה ובזוהר, טענו שאכן היה שבתאי.
העמדות לגביו כיום.