במרץ 2016 חוסל אבו עומר א-שישאני (בכיר בארגון שלחם והיה אחראי על גיוס לוחמים), הוא חוסל בתקיפה אווירית של חיל האוויר האמריקאי. מלבד אבו עומר א-שישאני נהרגו בהתקפה עוד 12 פעילי הארגון.
ב-25 במרץ הודיע הפנטגון כי עבד א-רחמן אל-קדוואלי "מספר שתיים של הארגון" חוסל בפעילות של כוח מיוחד של צבא ארצות הברית, הפעילות הייתה מתוכננת כדי להביא אותו בחיים אך בעקבות תקלה לא ידועה הלוחמים נאלצו להרוג אותו.
ב-30 ביוני 2016 חוסלו 250 לוחמי הארגון כתוצאה מתקיפה אווירית מסיבית של כוחות הקואליציה על בסיסי הארגון בעיר פלוג'ה בעיראק.
ב-30 באוגוסט דיווחה סוכנות הידיעות של ארגון הטרור כי סגן מפקד הארגון ודובר הארגון אבו מוחמד אל-עדנאני נהרג בתקיפה אווירית של צבא ארצות הברית.
ב-7 בספטמבר חוסל וואיל עאדל חסן סלמאן אל-פיאד שר ההסברה של הארגון בתקיפה של כוחות הקואליציה מחוץ לביתו בעיר א-רקה.
באוקטובר הכריזו על מבצע לשיחרור העיר מוסול.
2017 ואילך:
ב-6 ביוני פתחו הכוחות הסוריים הדמוקרטיים במבצע לשחרור א-רקה. ב-9 ביולי הכריז ראש ממשלת עיראק, חיידר אל-עבאדי, על שחרור מוסול מידי המדינה האסלאמית. א-רקה שוחררה ב-17 באוקטובר. ב-9 בדצמבר הצליחו כוחות צבא עיראק להשתלט באופן מלא על הגבול עם סוריה. תמה מלחמת האזרחים השנייה בעיראק.
לחימה מתמשכת במדבר הסורי בין המדינה האסלאמית לבין צבא סוריה ותומכיו.
השלמת המבצע הבינלאומי נגד המדינה האסלאמית בעיראק בסוף שנת 2017, וההשתלטות על המעוז האחרון שבו החזיקה בסוריה במרץ 2019. במהלך שנת 2019 חוסל אבו בכר אל-בגדאדי.
לאחר תבוסת הח'ליפות.
לאחר הבסתו בעיראק ובסוריה, פעל הארגון במחתרת וביצע פיגועים ולוחמת גרילה. בתקופת מגפת הקורונה כאשר תשומת הלב העולמית הוסטה למגפה, שדרשה ממדינות האזור הקצאת משאבים רבה, נחלשה ההתנגדות המאורגנת מול המדינה האסלאמית והארגון הגביר את כמות הפיגועים שהוא מבצע ומיקד את מאמציו בניסיון להחזיר לשליטתו מרחב תנועה באזור הגבול בין סוריה לעיראק.
אף על פי כן, חיילים עיראקים, בעזרת אימון ומודיעין אמריקני, המשיכו ללכוד את לוחמי הארגון וסייעניו כדי לנסות ולמנוע את תחייתו המחודשת. בינואר 2021 חוסל מפקד הארגון בעיראק.
מדינות המערב ניסו לבלום את התפשטות השלוחות של הארגון באפריקה - בניגריה, באגן ימת צ'אד ובסאהל המדברי במערב אפריקה.
טרור עולמי והמדינה האסלאמית.
מוקד פעילותו של הארגון בסוריה ובעיראק. לצד זאת, שלוחות של הארגון ותנועות השואבות ממנו השראה פועלות ברחבי העולם. הבולטות שבהן נמצאות בלוב, בסיני (אנצאר בית אל-מקדס) ובתימן. ב-7 במרץ 2015, הכריז ארגון בוקו חראם, באמצעות סרט שפורסם באינטרנט, כי הוא נשבע אמונים לארגון המדינה האסלאמית, ובכך הפך לשלוחה של הארגון בניגריה.
ברצועת עזה קמו מספר ארגונים קטנים השואבים השראה אידאולוגית מהמדינה האסלאמית, הנמצאים בחיכוך עם החמאס ששולט ברצועה.
מאז 29 ביוני 2014 חותר הארגון להנהיג ח'ליפות אסלאמית עולמית (الدولة الاسلامية).
בעימותים האלימים בהם נוטל הארגון חלק ברחבי העולם, נהרגו, נכון לפברואר 2017, כ-50,000 מאנשיו.
ראשית הטרור עולמי.
אבו איוב אל-מסרי הודיע ב-24 באוקטובר 2008 כי הארגון יתמקד גם בתקיפות מחוץ לעיראק. בהודעתו רמז אל-מסרי כי ארגונו אחראי לפיגוע הכושל בנמל התעופה הבינלאומי בגלאזגו שבסקוטלנד ביוני 2007. בנוסף לפעילותו בעיראק, הארגון ושלוחותיו ביצעו פיגועים גם במצרים, ירדן, לבנון, תימן, קנדה, אוסטרליה, צרפת ובלגיה.
החשש של מדינות העולם.
החשש הכבד של מדינות אירופה הוא שצעירים, אשר נלחמו תחת ארגון המדינה האסלאמית יחזרו לאירופה וימשיכו לתפקד בה כאזרחים רגילים אשר בהמשך יוציאו פיגועים בתוך המדינה עצמה. בשל כך אזרחים השמיעו קולות בבריטניה לשלול אזרחות מג'יהאדיסטים. גם ארצות הברית ביקשה ממדינות להחמיר עם אזרחים שיצאו להילחם בשורות הארגון. בקארדיף, מוסלמים רבים דאגו מהטפות במסגדים ומחו על כך. הבעיה העיקרית היא שמנהלי המסגדים עצמם עלולים להיות קיצונים.
טרור במדינות שלא בגבולות המדינה האסלאמית.
ארגון המדינה האסלאמית ותומכיו ביצעו מספר רב של פעולות טרור מחוץ לשטחים שבשליטת הארגון. בין פעולות הטרור הבולטות שבוצעו בהכוונת הארגון או בהשראתו נמנים הפיגועים הבאים:
פגיעה בדתות מיעוט בשטחה.
באזורים שנכבשו על ידי המדינה האסלאמית, מפעיל הארגון לחצים שיטתיים ואגרסיביים נגד בני דתות המיעוט שחיים באזורים אלו.
במהלך מלחמת האזרחים השנייה בעיראק באוכלוסייה ביצע הארגון טבח מכוון נגד האוכלוסייה היזידית בצפון עיראק.
במהלך האירועים הוצאו להורג אלפי יזידים ולקחו בשבי כ-3,000 נשים וילדות יזידיות, על מנת שאלו ישמשו כשפחות מין בשביל חברי הארגון. אף על פי שהמספרים נמוכים בהרבה ממקרים אחרים שהוכרו כג'נוסייד, רבים מחשיבים את הטבח בסינג'אר ככזה מכיוון שמטרתו הייתה למחוק את האוכלוסייה היזידית משטח המדינה האסלאמית בשל מוצאם ואמונתם בלבד, וללא כל חשיבות אסטרטגית לכך.
פרט ליזידים, המדינה האסלאמית ביצעה מספר מתקפות קטלניות גם כנגד יישובים המזוהים עם המיעוט הכאכאי. בשנת 2020 דווח בתקשורת שכ-300 כאכאים נהרגו במתקפות אלו. במקביל מדווחים כאכאים לתקשורת העולמית שמופעילים עליהם לחצים לנטוש את זרם הדת שלהם.
התייחסות לישראל וליהודים.
בשנת 2014, הארגון הודיע שלחימה בישראל אינה על סדר היום הנוכחי שלו, אך הארגון טוען שהשטח ששייך לו כולל את מדינת ישראל, וש"פלסטין תשוחרר". על פי האידאולוגיה של הארגון ופרשנותו לקוראן, המלחמה במוסלמים שהפכו לכופרים חשובה הרבה יותר מאשר המלחמה בכאלו שהם כופרים מלכתחילה ולכן במיוחד מרכז הארגון את תקיפותיו נגד מנהיגי מדינות ערב. להשקפתו, רק לאחר נפילתם, יש טעם "לפעול לשחרור ירושלים". עם זאת, טענו אנשי הארגון לא פעם שהוציאו להורג כאלו ש"שיתפו פעולה עם מדינת היהודים" וכאלו ש"ריגלו" למענה.
במסגרת העימות עם חמאס במסגרת מבצע צוק איתן, השתתפו ארגונים, המזוהים עם המדינה האסלאמית, בירי לכיוון ישראל מסיני ומרצועת עזה. ב-3 ביוני 2015 ירה הארגון שלוש רקטות לעבר שטח ישראל לאחר שפג אולטימטום בן 48 שעות שהציב הארגון לחמאס לשחרור פעילי הארגון, לאחר ירי הרקטות הציב שוב אולטימטום של 24 שעות. כמו גם, מאחר שפעולות טרור עולמיות בוצעו לא פעם נגד ארגונים פרו-ישראלים או יהודים, המשיכה מדינת ישראל באזהרת תושביה מחופשות מחוץ לישראל.
ב-30 ביוני 2015 פרסם הארגון סרטון רשמי ובו הכריז בין היתר: "נעקור את מדינת היהודים משורשיה".
לאור הפיגוע במצרים שנעשה על ידי מחוז סיני של המדינה האסלאמית, שבו על פי הדיווחים נהרגו לפחות 17 חיילי צבא מצרים ביולי 2015, תוגברו הכוחות בגבול מצרים - ישראל. מחשש שאנשי הארגון ינצלו את ההזדמנות ויתקפו את מדינת ישראל לאחר שהשיגו נגמ"שים גבר החשש ש"ישכיבו" את הגדר ויכנסו לשטח ישראל.
ביולי 2015, בתקופת הרמדאן, פוזרו בירושלים כרוזים של המדינה האסלאמית נגד האוכלוסייה הנוצרית בעיר, ובהם איומים שהם "יישחטו כמו כבשים".
פלוגות השייח' עומר חדיד, שלוחת הארגון ברצועת עזה, שיגרו רקטות לעבר ישראל פעמים רבות מסיני ומרצועת עזה.
ב-23 באוקטובר 2015 פרסם הארגון הפועל בעיראק ובסוריה, לראשונה בתולדותיו, הכרזה כלפי ישראל, דוברת עברית. במהלכה, הדובר מאיים בהשמדת ישראל, לועג לכך שמספר קטן של פיגועי דקירה הכניסו את היהודים לחרדות, ומעודד את הפלסטינים להמשיך באלימות שלהם - ה"אינתיפאדה" כלשונם - ולהרג כמה שיותר יהודים, עד שלא ייוותר יהודי אחד בארץ ישראל. ההכרזה הופצה בידי הארגון ברשתות החברתיות.
ב-26 בדצמבר 2015 פרסם הארגון קלטת שמע שמיוחסת לאל-בגדאדי, מנהיג הארגון, בה הוא נשמע מאיים על ישראל ועל תושביה היהודים ואומר בין היתר: "לא שכחנו את פלסטין לרגע... אנו מתקרבים אליכם יום יום... (פלסטין) לא תהיה ביתכם או אדמתכם. פלסטין תהיה רק בית הקברות שלכם. אללה כינס אתכם בפלסטין כדי שהמוסלמים יהרגו אתכם".
ב-27 בנובמבר 2016 תקפה חוליית טרור של המדינה האסלאמית בגבול סוריה כוח של גולני. צה"ל פגע בחברי החולייה והרג אותם, ובתגובה הפציץ בנוסף מוצב של הארגון בסוריה סמוך לרמת הגולן, 70 פעילי הארגון נהרגו.
ארגון המדינה האסלאמית זוכה לשיתוף פעולה וסיוע מצד חמאס, דבר המתבטא בהעברת כספים, בהכשרת ואימון מחבלים, בסיוע בקשר ותקשורת ובטיפול בפצועים. הקשר עם שלוחת המדינה האסלאמית בחצי האי סיני מתבצע דרך מנהרות ההברחה של רצועת עזה מתחת לציר פילדלפי.
ישראל שותפה למאבק העולמי נגד המדינה האסלאמית ומסייעת בעיקר באמצעות מודיעין צבאי, אך לעיתים גם בפעולות צבאיות ישירות.
ב-2018 פרסם הניו יורק טיימס שחיל האוויר הישראלי הפציץ למעלה מ-100 מטרות טרור בחצי האי סיני, בהן רבות של המדינה האסלאמית, במסגרת סיוע צבאי חשאי למלחמה בטרור בסיני. ההפצצות נעשו בתיאום עם מצרים ונהרגו בהן מחבלים רבים. ב-21 בפברואר 2018 פורסם כי יחידה 8200 של צה"ל השיגה "ידיעת זהב" לגבי פיגוע אווירי גדול (פיצוץ מטוס נוסעים) שארגון המדינה האסלאמית עמד לבצע כחצי שנה מאוחר יותר באוסטרליה. היא העבירה אותו מבעוד מועד למודיעין האוסטרלי שסיכל את הפיגוע ועצר את המחבלים לפני ביצועו. בנוסף, אמר ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו שישראל סיפקה מידע מודיעיני שבאמצעותו סוכלו למעלה מ-30 פיגועים שתוכננו להתבצע ברחבי העולם בידי המדינה האסלאמית.
אידאולוגיה ומדיניות.