היה זה למעשה סיומה הרשמי של הפרשה. מרבית הסיעות הסכימו לקבל את הפשרה, בין היתר בשל התערוכה העולמית שהתקיימה בפריז החל מה-15 באפריל 1900. צרפת כבר שכחה מהפרשה, עד שבעקבות הבחירות ב-1902 הורכבה ממשלת שמאל בראשות אמיל קומבס. ז'ורס קיבל חזרה את מקומו בפרלמנט, וב-7 באפריל 1903 הוא נשא נאום סוחף בו חזר על הליקויים המשפטיים שנערכו במהלך הפרשה ושלל מכל וכל את האשמתו של דרייפוס. ועדת חקירה חדשה הוקמה, והיא קבעה עד מהרה כי הבורדרו נכתב ללא כל ספק בידי אסטרהאזי. תאוריית הזיוף העצמי של ברטיון נשללה מכל וכל. קצינים שבדקו את הביוגרפיה של דרייפוס, קבעו חד וחלק כי לא היה לו המידע המתאים כדי לכתוב את הבורדרו. ב-9 במרץ 1905 הסתיימה החקירה, והיועץ המשפטי לממשלה, מנואל באודוין, הגיש לקומב וז'ורס דו"ח בן 800 עמודים, בו קבע חד וחלק כי דרייפוס הורשע בתחילה ללא כל ראיות אמתיות ובהמשך נפל קרבן לקנוניה צבאית. ב-12 ביולי 1906 ביטל בית המשפט העליון את האשמתו של דרייפוס מ-1894 וקבע כי אין כל ראיות להאשמתו של דרייפוס. ההאשמה ממשפט רן בוטלה מאליה. יום לאחר מכן הוחזרו דרייפוס ופיקאר לשירות צבאי. הדרייפוסרים זכו בניצחון סופי.
סוף דבר.
עם חזרתו לשירות, הוענקה לדרייפוס דרגת לוטננט קולונל, הדרגה אליה על פי ההשערה היה מגיע, לו הייתה הקריירה שלו נמשכת כרגיל. עם זאת, דרייפוס עצמו אוכזב כיוון שקיווה לקבל דרגה גבוהה יותר. כמו כן, הוא קיבל את אות אביר לגיון הכבוד בטקס פומבי. ביוני 1907 הוא נאלץ לפרוש מהשירות בשל בעיות בריאותיות ועייפות כרונית, שנבעו מתקופת מאסרו באי השדים. ב-4 ביוני 1908, הועברו עצמותיו של זולא (אשר נפטר ב-1902 ויש הטוענים שנרצח) ל. במהלך הטקס, עיתונאי ממורמר בשם לואי גרגורי ניסה לירות בדרייפוס. גרגורי הצהיר שהוא לא רק מעוניין לשבש את הטקס של "שני הבוגדים" דרייפוס וזולא, כי אם גם לגרום לפתיחתה של פרשה מחודשת. דרייפוס נפצע קל בידו, וגרגורי זוכה לאחר משפט מהיר. במהלך מלחמת העולם הראשונה, התגייס דרייפוס לצבא פעם נוספת. פרט לפאטי, הוא היה הקצין היחיד מבין המעורבים בפרשה שהשתתף במלחמה. בין היתר, השתתף בשחרור מולדתו אלזס. הוא נפטר ב-1935. פיקאר לעומת זאת, קודם לדרגת ז'נרל דה בריגדה ובהמשך הועלה לדרגת ז'נרל דה דיוויזיה. קלמנסו הפך ב-1909 לראש ממשלה, ומינה את פיקאר לשר המלחמה בממשלתו. פיקאר החזיק בתפקיד זה עד מותו ב-1914 מתאונת ציד.
השפעות הפרשה.
השפעות פוליטיות.
בקרב ההיסטוריונים רווחת הדעה כי הפרשה גרמה להיחלשות ניכרת בכוחם של המלוכנים, שאיבדו את אהדת הקהל והעיתונות. העובדה שמרבית המלוכנים התנגדו לדרייפוס גרמה לכך שהם זוהו עם האלימות הרבה והעוולות שליוו את הפרשה. בדיעבד, הסדר הרפובליקני יצא מחוזק מהפרשה כפי שלא היה לפניה, והתקוות לחזרה למשטר הישן נמוגו כליל. עם זאת, יש הסבורים כי המלוכנים נמצאו בלאו הכי בתהליך איטי של איבוד כוחם והפרשה רק הבליטה אותו. בטווח המידי, אין ספק כי הפרשה הכשילה את ממשלת המרכז וסייעה לחיזוק כוחן של סיעות השמאל. מנגד, הפרשה ליכדה את הלאומנים, עזרה להם לחדד את טענותיהם ומטרותיהם ולבסס את כוחם בהדרגה. גם על הסוציאליסטים בצרפת הייתה לפרשה השפעה ניכרת, כיוון שלראשונה הם נאלצו להתמודד עם השאלה האם עליהם לקחת חלק בסכסוך בין בורגנים, כפי שהייתה הפרשה, ולמעשה האם מפלגה סוציאליסטית מסוגלת לשבת בממשלה בורגנית. סוציאליסטים רבים (כמו ז'ורס ובלום) הביעו תמיכה בדרייפוס, אף על פי שההוראה הרשמית של מנהיגי הסוציאליסטים הייתה כי אין לקחת חלק בסכסוך.
השפעות חברתיות.
פרשת דרייפוס ליוותה את צרפת במשך קרוב לשש שנים, אשר במהלכן היא הייתה הנושא העיקרי בפוליטיקה ובחדשות עד כדי כך שכונתה פשוט "הפרשה". הפרשה החריפה את הניגודים שבין הימין והשמאל הפוליטיים, ויצרה בחברה הצרפתית קרע עמוק שלא אוחה עד סוף ימיה של הרפובליקה השלישית. הפילוג החליש מאוד את צרפת מבחינה פנימית, ויש אף המונים אותו כאחד הגורמים לנפילתה המהירה של צרפת במלחמת העולם השנייה 40 שנה לאחר מכן. לטווח הקרוב יותר, מוסכם כי כוחה של הכנסייה ירד, ויוקרתו של הצבא נפגמה. גם מעמדה של האנטישמיות בצרפת התערער מאוד. הפרשה הבליטה נקודה חשובה נוספת, אשר חרגה בהרבה מעבר לגבולות צרפת, והיא עליית כוחה של דעת הקהל והעיתונות. התעמולה הארסית שהופצה בעיתונות כנגד דרייפוס הייתה בין הגורמים להאשמתו, כשם שהמאמר "אני מאשים" אשר פורסם בעיתונות הנגדית סייע לזיכויו. הפוליטיקאים בצרפת החלו יותר ויותר לקרוץ לדעת הקהל ולנסות להשיג סיקור אוהד בעיתונות.
מקומה של הפרשה בהיסטוריה היהודית.
בהיסטוריה היהודית, הפרשה סימלה את התחזקות האנטישמיות המודרנית. אף על פי שצרפת הייתה הראשונה שנתנה אמנציפציה ליהודים, הפרשה הוכיחה כי אין בהכרח תקווה שהאמנציפציה המושגת בחוק תהיה לאמנציפציה של ממש במבנה החברתי. היא הוכיחה כי אף על פי שהיהודים השתלבו היטב בחברה הצרפתית, הרי שהאנטישמיות פעפעה מתחת לפני השטח. הפרשה נתנה לעיתונות האנטישמית את הלגיטימציה לפרוח ולהפיץ קריאות כי היהדות היא מחלה שמתפתחת על בסיס "מצע גידול", אותו מהווה צרפת עצמה. הקהילה היהודית בצרפת הייתה מודעת היטב לכך, ולפיכך, במהלך הפרשה, התמיכה לה זכתה משפחת דרייפוס בקהילה הייתה מעטה.
הדעה המקובלת היא כי הפרשה חוללה מפנה אצל בנימין זאב הרצל, שסיקר את המשפט ככתבו של העיתון הווינאי "נויה פרייה פרסה". הרצל לא האמין תחילה בחפותו של דרייפוס, אולם בהמשך היה משוכנע יותר ויותר, כי דרייפוס חף מפשע. הוא היה בין העיתונאים המעטים שהורשו להיות נוכחים בעת מתן גזר הדין של 1894. הרצל נכח גם בטקס שלילת דרגותיו של דרייפוס והתרשם מעמידתו האיתנה. הוא שמע את ההמון צועק "מוות ליהודים!", אולם בכתבה שלו שוּנתה הקריאה ל"מוות לבוגדים!". עורכי העיתון שלו סברו שעדיף שלא ללבות עוד יותר את אש האנטישמיות שבערה בווינה באותם ימים. הרצל קיבץ את כל הכתבות שפרסם במשפט דרייפוס בספר "ארמון בורבון".
עם זאת, הרצל כתב את ספרו "מדינת היהודים" עוד בימים בהם דרייפוס והפרשייה שנשאה את שמו היו אלמוניים כמעט לחלוטין, כשהרצל מסכם בעיתונו את האירועים החשובים של שנת 1894 אין משפט דרייפוס נכלל ברשימה. בדיווחי הרצל מהמשפט תופס ההיבט האנטישמי מקום שולי, ורק ב-1899, לאחר שהפרשייה כבר התפוצצה, ציין לראשונה ביומנו כי משפט דרייפוס עשה אותו לציוני. כמו כן, מכיוון שהרצל כתב מאמרים ל"נויה פרייה פרסה" על האנטישמיות בצרפת כבר ב-1892, סביר להניח שהוא לא הופתע לחלוטין מגילויי האנטישמיות שהתגלמו בהטלת האשמת שווא על דרייפוס ובגל האנטישמי ששטף את דעת הקהל בצרפת. גם אם משפט דרייפוס היה אבן דרך חשובה בתפיסת היהודים את האנטישמיות בעת החדשה, נראה שהרצל הגיע אל רעיון הציונות המדינית עוד לפני כן, מתוך הבנתו את התפתחותה של הפוליטיקה והחברה באירופה, שהאנטישמיות – שאותה חווה על בשרו מאז היותו בן 22 לפחות – הייתה אחד הגורמים המרכזיים בה. עם זאת, לטענת עמוס אילון, פרשת דרייפוס הייתה בבחינת הקש ששבר את גב הגמל.
היסטוריוגרפיה.
על פרשת דרייפוס נכתבו ספרים רבים במהלך השנים. ממשלת צרפת שחררה לציבור את כל הרשומות המשפטיות מימי הפרשה. הן זמינות ב ובארכיון הצבאי שבטירת ונסן וחלקן גם באינטרנט. עם זאת, מכיוון שחלקים גדולים מהפרשה היו לא רשמיים, במחקר ההיסטורי נודעה חשיבות רבה לכתביהם של בני אותו דור אשר מספקים עדויות אישיות לאירועים. המחקר הראשון שעסק באופן מסודר בפרשת דרייפוס, הוא החוברת של ברנאר לזר: "טעות משפטית - פרשת דרייפוס", אשר פורסמה בעצם ימי הפרשה. דרייפוס עצמו, ניהל יומן בתקופה בה היה כלוא באי השדים, ולאחר שחרורו ב-1899 ערך אותו לכדי ספר זיכרונות ושילב בו את המכתבים שכתבה לו לוסי. ב-1901 יצא הספר לאור בשם "חמש שנים בחיי" והיה מיד לרב מכר. ב-1907 הוא פרסם ספר נוסף בשם "פנקסים, 1899-1907". אחיו מתייה פרסם את זכרונותיו בספר "הפרשה כפי שחייתי אותה". חלקים מזיכרונותיו שלא פורסמו, נאספו והודפסו ב-1965 בשם "דרייפוסר!".
ז'וזף ריינאך פרסם סדרה בת חמישה כרכים בשם "תולדות פרשת דרייפוס", אשר נחשבת ליצירת מופת ולאחד המקורות החשובים של חקר הפרשה. ספר חשוב נוסף הוא ספרו של מוריס פאליאולוג "יומני הסודי על פרשת דרייפוס". כעובד משרד החוץ, פאליאולוג עקב מקרוב אחר כל שלבי הפרשה, אולם בפרשה עצמה הוא מילא תפקיד שולי בלבד ולפיכך נקודת מבטו נחשבת לנייטרלית. ספרים בולטים נוספים המשמשים את המחקר ההיסטורי, הם "העדויות" מאת ז'אן ז'ורס, אשר יצא לאור כבר ב-1898, "פרשת דרייפוס" מאת לואי לבלוא, שיצא לאור ב-1929, "זכרונות על הפרשה" מאת ליאון בלום, שיצא לאור ב-1935, ואחרים. ב-1930 פורסמו זיכרונותיו של שוורצקופן, אשר בהם הוא הודה בכך שהעסיק את אסטרהאזי. זיכרונות אלו שפכו אור על נקודות רבות בפרשה, אולם במחקר ההיסטורי מקובל להסתכל עליהם בזהירות רבה, כיוון ששוורצקופן היה מעוניין להמעיט ברשלנות שגילה במהלך הפרשה.