בישראל קיים חשש לשרידותם של המקומות הקדושים ליהודים ולשמירת זכויות הפולחן הדתי לבני כל הדתות אם יעברו לשליטה פלסטינית, כך למשל, ב-1996 במהלך בנייה בלתי חוקית בהר הבית- מסגד אורוות שלמה, חפרו הפלסטינים כ־12,000 טון מילויים רוויי עתיקות ושפכו אותם לנחל קידרון. בשנת 2000, המון פלסטיני השתלט על קבר יוסף אשר נחשב קדוש גם ליהודים וגם למוסלמים, בזז ושרף את המבנה והפך אותו למסגד.
ישראל, לעומת זאת, חסמה לעיתים נדירות בלבד את הגישה למקומות הקדושים בפני הדתות האחרות. סוכנויות הביטחון הישראליות מנהלות מעקב אחר גורמים קיצוניים פנימיים ובעבר אף עצרה תכנון לפגיעה בהר. כתוצאה מכך לא היו כמעט אירועים רציניים באזור זה במהלך עשרים השנים האחרונות. יתרה מזאת, ישראל העניקה אוטונומיה כמעט מלאה לוקף על הר הבית.
ישראל הביעה דאגה בדבר ביטחונם של תושביה אם שכונות ירושלים יעברו לשליטה פלסטינית. ירושלים מהווה יעד עיקרי לטרור מאז שנת 1967. בעבר התבצע ירי לעבר שכונות יהודיות שונות מן האזורים בהם מתגוררת אוכלוסייה ערבית. אם האזורים הללו יהיו חלק ממדינה פלסטינית, הקרבה לשטחי האוכלוסייה הערבית תהווה איום על ביטחונם של תושביה היהודים של העיר.
הפלסטינים הביעו בעבר את דאגתם מכך שהמקומות הקדושים לנוצרים ולמוסלמים נמצאים תחת שליטה ישראלית. הם מציינים מספר התקפות אשר התרחשו במסגד אל-אקצא משנת 1967 על ידי גורמים יהודים קיצוניים, שרפה קשה אשר הוצתה על ידי נוצרי בשנת 1969 והרסה את האגף הדרומי, וכן את הגילוי בשנת 1981 של מנהרות עתיקות מתחת למבנה המסגד אשר ארכאולוגים מוסלמים סבורים שגרמו להחלשת יציבות מבני מסגד אל אקצא.
בעיית הפליטים וזכות השיבה.
הפלסטינים דורשים פתרון של בעיית הפליטים של 1948 ו-1967, פיצויים על ידי ממשלת ישראל, ואת זכות השיבה. ישראל אינה מוכנה ליישוב פליטים בשטחה אלא רק בשטחי הישות הפלסטינית שתקום, ומסרבת לקחת אחריות להיווצרות בעיית הפליטים.
מדינת ישראל וגורמים בינלאומיים דורשים כי במסגרת משא ומתן להשגת שלום צודק ובר קיימא תועלה גם תביעה בשם כ-900,000 פליטים יהודים ממדינות ערב ואיראן להכרה והם יפוצו בגין הלאמת רכושם על ידי ממשלות מדינות ערב לרבות רכוש שהיה בבעלות הקהילות היהודיות, כתמיכה בתביעה זו נחקק החוק לשמירה על זכויותיהם לפיצוי של פליטים יהודים יוצאי ארצות ערב ואיראן, התש"ע-2010.
מספר הפלסטינים אשר גורשו או ברחו מישראל לאחר הקמתה הוערך בשנת 1949 בכ-711,000. משום שההגדרה של אונר"א לפליטים הפלסטינים כוללת את כל צאצאי הפליטים, בניגוד להגדרה של נציבות האו"ם לפליטים שאיננה מעניקה זכויות פליט לצאצאי פליטים. על פי אונר"א, נכון ל-2015, מספר הפליטים הרשומים עומד על כ-5.15 מיליון. רוב האנשים הללו נולדו מחוץ לישראל אך הם טוענים לזכות שיבה לארץ ישראל. גורמים פלסטינים אשר השתתפו לאורך השנים בתהליך המשא ומתן מול ישראל, אשר הבולט בהם היה יאסר ערפאת, התעקשו על העיקרון לפיו לפליטים הפלסטינים הזכות לחזור אל המקומות שם חיו לפני 1948 ולפני 1967, ותיקפו את תביעתם בהכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם ובהחלטה 194 של העצרת הכללית של האו"ם.
גורמים פלסטיניים ובינלאומיים שונים העלו לאורך השנים מספר טענות בדבר הצדקת מתן זכות השיבה לפליטים הפלסטינים:
יש ישראלים המוכנים להתפשר בנושא בעיית הפליטים, באמצעים שונים כגון מתן פיצויים כספיים כפי שהוצעו על ידי אהוד ברק בפסגת קמפ דייוויד בשנת 2000. אחרים, עם זאת, התנגדו לכך. הטענות הנגדיות הנפוצות ביותר הן:
התנחלויות ביהודה, שומרון ורצועת עזה.
הפלסטינים דורשים את הפסקת הבנייה בהתנחלויות ופינוין. ישראל מוכנה לדון על פינוי חלק מההתנחלויות אך מתנגדת בתוקף לפגיעה בגושי ההתנחלויות ובבקעת הירדן. בפועל, מאז הסכמי אוסלו כמות המתנחלים הוכפלה ונבנו מאחזים שונים, שגם עליהם מתרעמים הפלסטינים.
בשנים שלאחר מלחמת ששת הימים, ובעיקר במהלך תהליך השלום בשנות התשעים, ישראל בנתה מחדש יישובים אשר הוחרבו ב-1948 וב-1929 וכמו כן הקימה התנחלויות חדשות רבות באזורי יהודה, שומרון ורצועת עזה. בהתנחלויות הללו גרים נכון ל-2016 כ-421,400 איש. רוב ההתנחלויות ממוקמות בחלק המערבי של יהודה ושומרון, ואילו התנחלויות אחרות ממוקמות בעומק השטח ליד יישובים פלסטינים ומשקיפות על הערים הפלסטיניות.
עד 2005 סוגיית ההתנחלויות הישראליות בגדה המערבית וברצועת עזה סומנה על ידי התקשורת הבינלאומית ועל ידי גורמים פוליטיים בינלאומיים רבים (לרבות ארצות הברית, בריטניה, והאיחוד האירופי) כמכשול מהותי בדרך לפתרון הסכסוך בדרכי שלום. גורמים אלו ציינו גם כי ההתנחלויות הישראליות הן בלתי חוקיות לפי המשפט הבינלאומי, יתר על כן, בית הדין הבינלאומי לצדק וארגוני זכויות אדם בינלאומיים וישראליים רואים את ההתנחלויות כבלתי חוקיות. אף על פי כן, ישראל מערערת על מחלוקת זו. אף על פי שסוגיה זו נמצאת גם במחלוקת בקרב מספר רב של חוקרים ופרשנים, הפולמוס לא שינה את השקפת הקהילה הבינלאומית וארגוני זכויות האדם.
עד שנת 2006, התגוררו 267,163 ישראלים באזור הגדה המערבית ומזרח ירושלים. הקמת והרחבת ההתנחלויות בגדה המערבית וברצועת עזה סומנו על ידי מועצת הביטחון של האו"ם במספר החלטות כהפרות של אמנת ז'נבה הרביעית. האיחוד האירופי וכן העצרת הכללית של האומות המאוחדות רואים את ההתנחלויות כבלתי חוקיות. המצדדים בהתנחלויות מצדיקים את חוקיותן באמצעות נימוקים אשר מתבססים על סעיף 2 ו-49 של אמנת ז'נבה הרביעית, כמו גם החלטה 242 של מועצת הביטחון של האו"ם. ברמה המעשית, טיעוני הנגד אותם מעלים הפלסטינים הם שההתנחלויות משתמשות במשאבים הנדרשים לערים הפלסטיניות, כגון קרקע, מים, ומשאבים אחרים, וכן, כי עצם קיומן של ההתנחלויות בגדה המערבית אינו מאפשר לפלסטינים לנוע בחופשיות בכבישים המקומיים בשל שיקולים ביטחוניים.
בשנת 2005 יושמה במלואה תוכנית ההתנתקות החד צדדית של ישראל, צעד אותו יזם ראש ממשלת ישראל אריאל שרון. במהלך תוכנית ההתנתקות כל תושביה היהודים של רצועת עזה פונו וכל בנייני המגורים נהרסו.
לאורך השנים מגוון מתווכים אשר היו מעורבים בתהליך המשא ומתן בין ישראל לפלסטינים, הציעו במסגרת ההסכמים השונים מידה מסוימת של פתיחות לכך שישראל תמשיך להחזיק בחלק קטן מההתנחלויות בגדה המערבית. פתיחות זו מבוססת על מגוון רחב של שיקולים, כגון, הרצון האמיתי למצוא פשרה טריטוריאלית בין הישראלים לפלסטינים, העמדה הישראלית אשר גורסת כי היא צריכה לשמור על חלק מהקרקעות וההתנחלויות בגדה המערבית כאזור חיץ במקרה של תוקפנות עתידית, ועמדת ישראל לפיה ההתנחלויות הן חלק לגיטימי מישראל, משום שהם נבנו בהיעדר הסדר דיפלומטי, ולכן הם לא הפרו כל הסכם.
נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש ציין כי הוא לא מצפה שישראל תחזור באופן מוחלט לגבולות 1949 משום ש"קיימת מציאות חדשה בשטח כיום". אחת מהצעות הפשרה העיקריות אשר הובאו מצד ארצות הברית במהלך הקדנציה של ביל קלינטון הייתה כי ישראל תמשיך להחזיק במספר התנחלויות בגדה המערבית, במיוחד גושי ההתיישבות הגדולים ליד גבולות 1967. בתמורה, הפלסטינים יקבלו מספר זיכיונות על קרקעות שונים באזורים אחרים של מדינת ישראל.
האמנה הלאומית הפלסטינית, שהיא המסמך המכונן של אש"ף, שוללת השארת יהודים בשטחם ודורשת כי השטח הנמסר להם ינוקה מיהודים, למעט יהודים שיוכלו להוכיח זיקה למקום לפני 1918, בחברון למשל. (האמנה הפלסטינית מציינת כי רק יהודים שגרו בארץ לפני 1917 יורשו להישאר בה). מרבית המתנחלים אולם לא כולם מסרבים לדון ברעיון זה.
ביטחון.
הפלסטינים תובעים נסיגה ישראלית מכל השטחים שנכבשו ב-1967. ממשלות ישראל האחרונות הודיעו כי הן מוכנות לוותר רק על חלק מהשטחים, מוכנות העולה בקנה אחד עם החלטה 242 של מועצת הביטחון, ללא גושי ההתנחלויות ובקעת הירדן. התייצבות גבולה של מדינת ישראל על הקו הירוק מתווה מדינה שרוחב מותניה 14 ק"מ, ושכל תשתיותיה הביטחוניות והאזרחיות במישור ושפלת החוף פגיעות באופן שאינו עולה בקנה אחד עם תביעתה של ישראל לגבולות בני הגנה - מהעקרונות המנחים את תפיסת הביטחון של ישראל.
ירי תלול מסלול ובכינון ישיר על ידי חמאס מרצועת עזה, לפני ההתנתקות וביתר שאת לאחריה, המשתק את כל דרומה ומרכזה של ישראל הוא המחשה לתרחיש דומה העלול להתרחש מכיוון יהודה ושומרון.
ולכן ישראל תובעת המשך שליטה ביטחונית בשטחי יהודה ושומרון בהינתן כל הסדר.
ישראל דורשת את הריבונות על בקעת הירדן בין השאר משום תביעתה לגבולות בני הגנה מפני סכנת התקפה ממזרח.
מעמד בינלאומי.
בהסכמי פריז (שהיוו את הפרק הכלכלי בהסכמי אוסלו) סוכם על כך שישראל תשלוט במעברי הגבול בין השטחים הפלסטיניים עם ירדן ומצרים וזאת כתוצאה מדרישתה של ישראל בתמורה לכך שהשטחים הפלסטינים יהוו יחידה כלכלית אחת עימה (מצב אליו שאפו הפלסטינים על מנת להקל על הייצוא והיבוא שלהם כמו גם על גביית המיסים).