לינאי המלך איש הכיבושים היה בלא ספק צבא גדול ומיומן, שהורחב באמצעות שכירים מקיליקיה ופיסידיה וכנראה אף מתראקיה. לא הייתה עיר שהוא צר עליה ויכלה לעמוד בפניו, ינאי ניהל שורה של מבצעים צבאיים מזהירים, והצליח להרחיב את תחום הממלכה החשמונאית באופן מרשים, גם כנגד הנבטים והיתורים. ועם זאת בקרבות בשדות פתוחים מול כוח סלאוקי רציני יוספוס מספר שלא היה קרב שניצח בו, ולמעשה מתואר שהוא נחל שורה ארוכה של כישלונות צבאיים: בידי צבאו של תלמי לתירוס (תלמי התשיעי) ליד צפון, בידי עבדת הראשון מלך הנבטים ליד גדר בגלעד (90), בידי דמטריוס השלישי אאוקריוס באזור שכם (89), בידי אנטיוכוס השנים עשר-דיוניסוס, באזור נחל הירקון, ואף כנגד ארטס. נראה שינאי המלך לא היה יכול להביא את צבאו לרמה של מעצמה צבאית אמיתית בקנה המידה של אותה תקופה. וניכר שצבאו היה בנחיתות גדולה למול צבאה של מלכת מצרים קלאופטרה השלישית, אך שקול למול צבאו של תלמי לתירוס. בקרב בשכם כנגד דמטריוס השלישי, שהיהודים עברו אליו, מנו חייליו השכירים 8,000 רגלים ו-1,000 פרשים, עם עוד 6,000 יהודים שהצטרפו אליו בשלב מאוחר של הקרב (קדמוניות). על פי שצמן היו לינאי המלך כ-50 אלף איש, לא כולל כוחות מילואים. על פי בר כוכבא בתקופתו הוסבו יחידות החי"ר המובחרות בסדר גודל של שני לגיונות לשיטת לחימה רומית.
שלומציון המלכה לדברי יוספוס הכפילה את גודל הצבא שהיה לינאי, וגייסה חיל שכירים גדול מאוד, "עד שהפילה פחד על השליטים מסביב ולקחה מהם בני־תערובות", אבל למרות צבאה הגדול, המבצע הצבאי בדמשק שבראשו עמד אריסטובולוס בנה, כנגד תלמי בן מינאי (מניאוס), מלך היטורים, לא הניב הישגים כלשהם. כשטיגראנס הגדול מלך ארמניה פלש לסוריה בראש צבא של כ-30 אלף חיילים, וכבש את הממלכה הסלאוקית ואף המשיך לכיוון ארץ ישראל, חששה המלכה והעדיפה לפייסו באמצעות "מתנות רבות ויקרות" במקום לנסות להתעמת איתו בשדה הקרב.
החל מתקופתו של יהודה היו לצבא החשמונאי מספר לא ברור של פרשים, והם יכלו להגיע לכמה מאות בתקופתם של יונתן, הורקנוס ואלכסנדר ינאי. בתקופתו של שמעון בקרב נגד קנדיביוש נזכר שימוש בפרשים בצבא החשמונאי.
ביצורים וטקטיקת מצור.
לצבא החשמונאי היו מכונות מצור כנראה כבר בתקופת יהודה (חשבונות) שלפי הערכתו של בצלאל בר כוכבא נלקחו כשלל במסעות בעבר הירדן. במצור בגזר שנעשה בידי שמעון מתואר הלפוליס, מגדל ירי והבקעה שנעשה בו שימוש בגזר, אך את החקרא לא יכלו להפיל באמצעות מכונות, שלא היו מספיק משוכללות בידם, אלא באמצעות הרעבה.
חלק חשוב בביטחון הממלכה החשמונאית היוו הביצורים שהוקמו. שמעון התרסי ביצר את ירושלים, בית צור, גזר, יריחו (מבצר דוק), חדיד וטור שמעון (שמזוהה על ידי בועז זיסו עם חרבת טורה), שנבנה על ידו או על ידי בנו לזכרו, ואלכסנדר ינאי הוסיף עליו וביצר את גמלא, חמתן, אלכסנדריון (סרטבה), הורקניה, מכוור ומצדה. על פי יוספוס המתבסס על ניקולאוס איש דמשק, אלכסנדר ינאי גם הקים קו ביצורים מאנטיפטריס עד ליפו. קו זה כלל חפיר, חומה ומגדלי עץ לירי ארטילרי, ונועד לעצור פלישות מהים באזור זה. בצלאל בר כוכבא מפקפק בקיומו של קו ביצור זה מסיבות שונות.
גאוגרפיה.
גבולות.
גבולות הממלכה היו דינמיים, והיו במגמה של התרחבות מתמדת עד לתקופתו של אלכסנדר ינאי.
הגבולות הראשוניים היו מחוז יהודה. בין הרי גופנה בצפון לבין בית צור בדרום, ובין יריחו במזרח לבין אמאוס במערב. בנוסף לגבולות הבסיסים של יהודה, יונתן קיבל מאלכסנדר באלאס את העיר עקרון וסביבתה. ואת בית צור. וכן ביצר את חדיד בשפלה, ליד לוד, אך בתקופתו במצודת החקרא בירושלים ישב עדיין חיל מצב. בשנת 146 או 145 לפנה"ס קיבל יונתן מידי הסלאוקים שלשה פלכים נוספים - עפריים (אפרים), לוד ורמתיים, וגבולות יהודה התרחבו איפוא על חשבון נציבות שומרון. שמעון הצליח לכבוש את גזר ויפו ולפתוח פתח לים. ואף הצליח לכבוש את מצודת החקרא ולסלק משם את חיל המצב הסלאוקי.
יוחנן הורקנוס הראשון ביסס את ממלכת יהודה החשמונאית, והחל את תנופת הכיבושים, ובכיבושיו הכפיל את שטחה של הממלכה, תוך התרחבות לצפון ולדרום. כיבושיו היו לקראת השליש האחרון של שלטונו, שבהם הכניע תחתיו את העמים השכנים: האדומים, הנבטים והיטורים, והנהיג מדיניות חדשה של גיור בכפייה של אומה או קבוצה שלמה, שהפכה לדפוס פעולה קבוע של בית חשמונאי. במסגרת כיבושיו כבש את מידבא (129), את מחוז הר אפרים, ובה העיר שכם, וסמריה-שומרון כשהוא מגיע עד לסקיתופוליס-בית שאן ואף לעמק יזרעאל. ואת אדומיאה (125) ובה הערים מרשה ואדורים, שהעניקה לו עומק אסטרטגי, ושליטה על הדרכים המובילות לעזה. כיבושיו בעבר הירדן נתנו לו שליטה על חלק מ"דרך המלך" שנמשכה לאורך הרכסים ההרריים של עבר הירדן, ועומק אסטרטגי לפראה ולממלכה עצמה.
אריסטובולוס הראשון בשנת 104 לפנה"ס השתלט על הגליל, פרט לרצועת החוף המערבי, וייהד את הגליל אם באמצעות גיור בכפייה של שבט היטורים הערבי, אם בגיור מרצון, ואם בגירושם ויישוב יהודים מיהודה שם.
אלכסנדר ינאי, הכובש הגדול של ממלכת החשמונאים, שאף מת בשדה הקרב (מקדחת), בשרשרת של מלחמות בלתי פוסקות בעיקר כנגד הערים היווניות, כבש שטחים נרחבים בעמק הירדן הצפוני והדרומי מהנבטים, וכן את הגולן ועמק החולה, ושטחים נוספים כגדר, פלה, סלוקיה, גמלא, אנתידון, רפיח, רינוקורורה, ועזה. לאחר ניסיונו הכושל לכבוש את עכו, השתלט ינאי על שורה של ערי חוף הלניסטיות כמו דור, מגדל סטרטון (לימים קיסריה) ואפולוניה. מגמה זו השתייכה להתרחבות טריטוריאלית של יהודה לכיוון צפון-מערב בעיקר להשתלטות על בסיסי צי מסחרי וצבאי קיימים, וכן על קווי הגנה קדמית חשובה. בתקופתו מעט ערי חוף כמו עכו ואשקלון נותרו הלניסטיות. מדיניות הכיבושים שלו נועדה להשיג שליטה בשתי דרכי המסחר בארץ, "דרך המלך" ו"דרך הים", ובמיוחד בעזה שער המסחר לארץ, שהעשירו מאוד את קופת המדינה.
במותו של ינאי, הגיעה ממלכת החשמונאים לשיא התפשטותה. היא השתרעה מהגולן והגליל העליון ועד הנגב בדרום (באר שבע ודרומית לרפיח) ומחוף הים התיכון ועד עבר הירדן המזרחי כולל הבשן והגלעד ואף אזור מואב. למעט מובלעת ידידותית באזור אשקלון. בתקופתה של שלומציון נותרה הממלכה בגבולות שקדמו לה, ולא היה בה כל שינוי.
כיבוש גנאיוס פומפיוס מגנוס ביהודה היה סוף התרחבות הגאוגרפית של הממלכה החשמונאית. ביחד עם נטילת עצמאותה, פומפיוס קיצץ את גבולותיה, ונטל ממנה שטחים נרחבים: כל כיבושי אלכסנדר ינאי, יפו ואף עמק יזרעאל, כך שנותרו לה יהודה, אדום הדרומית, עבר הירדן היהודי והגליל. הוא גם שיקם את הערים ההלניסטיות שהחריבו החשמונאים, בחוף הים, בשומרון, בעמק יזרעאל, ואף בעבר הירדן הצפוני.
בירה.
החל משנת 140 לפנה"ס ועד שנת 63 לפנה"ס, הייתה ירושלים בירת ממלכה עצמאית.
כעיר בירה, ירושלים קיבלה תנופה ונבנו בה בנייני ציבור ומוסדות שלטון. מנהג העלייה לרגל העשיר אותה, ועליית יהודים מרחבי הארץ ומהתפוצות הרחיבה את גבולה באופן ניכר. ירושלים נהייתה מרכז פוליטי, דתי ותרבותי. והפכה מבירת פרובינציה יהודית לבירת ארץ רחבה, ובה נוכרים רבים.
אף שירושלים ממוקמת במקום מוגן בראש ההרים, ויש מעט צירים שמובילים אליה, שעל רובם קל להגן בכוחות מעטים, החשמונאים התכוננו לכל צרה שתבוא, והתחילו במפעל רב־ממדים של יישוב העיר העליונה וביצורה בהיקף רחב. בסביבות השנים 142–134 לפנה"ס, בתקופתו של שמעון, נבנתה החומה החשמונאית (המכונה החומה הראשונה), שהקיפה וביצרה את שטח הגבעה המערבית והעיר העליונה. החל מתקופה זו התמקמו עשירי ירושלים באזור העיר העליונה. החומה נמתחה מאזור מגדל דוד של ימינו (מגדל היפיקוס) מזרחה, לכיוון הר הבית, בתוואי נחל צולב; ודרומה, מהמצודה דרך הר ציון אל בריכת השילוח, ושוב צפונה, עד שפגשה בחומת הר הבית.
דמוגרפיה.
בתקופה החשמונאית, על פי רפפורט, שכנו בארץ ישראל ארבע קבוצות עיקריות: יהודים, הלניסטיים (שעיקרם היה 30 ערי פוליס), שבטי נוודים, ואוכלוסייה אוריינטלית מקומית. עיקר המאבק הצבאי באוכלוסיות, היה בין תושבי הפוליס לבין החשמונאים, שבניגוד למדינות ההלניסטיות, ביקשו ליצור מדינה לאומית שתהיה חטיבה אתנית רצופה. מטרתם המדינית של החשמונאים הייתה לעקור יסודות שאי אפשר לייהדם, ולכן ערים הלניסטיות (מאזור שפלת החוף והדקאפוליס) כמו סאמריה, פחל, עזה וגדרה נהרסו ותושביהם גורשו, כאשר האוכלוסייה האוריינטלית (שגם היא דוכאה על ידי ערי הפוליס והייתה במעמד נמוך) ראתה בדרך כלל בעין יפה מעשים אלו.
על פי יוסף בן מתתיהו ופטולמאיוס מדיניות השליטים החשמונאים בתקופתו של יוחנן הורקנוס הראשון הייתה לגייר בכפייה את התושבים הנכריים או לגרשם. לעומתם טען סטראבון היווני כי האדומים התגיירו מרצון.