תומכי תאוריות הקשר טוענים כי הדבר הראשון הברור לעין כל המסתכל על CE399 הוא כי על אף שחלף דרך שני אנשים וגרם לשבעה פצעים שונים, תוך שהוא שובר בדרכו שתי עצמות גדולות ומאסיביות, ומשיל חלקיקי מתכת (שנמצאו באמת ידו של קונלי) הכדור נראה כאילו זה עתה יצא מפס הייצור. היה על כדור זה לאבד חלקיקי מתכת רבים יותר, להתעוות בצורתו, ולמעשה להתרסק, כפי שהתרסק "הכדור השלישי" אשר פגע בראשו של קנדי, ורק חלקיקים ממנו נמצאו. למרות זאת סבורה הוועדה כי כדור זה CE399 הוא אשר גרם לכל פצעיו של קונלי, ולפצעים בקנדי שאינם תוצאה מהפגיעה בראשו.
כן הצביעו המבקרים על כי אם קנדי ישב מאחורי קונלי, ובהתחשב בזווית היריה ממחסן הספרים, היה על הכדור לסטות ממסלולו בצורות בלתי סבירות על מנת לפגוע בקנדי ובקונלי בדרך המיוחסת לכדור זה על ידי הוועדה. המבקרים הצביעו על אי התאמות ותיקונים בדו"חות מן הניתוח הפתולוגי שעבר קנדי, באופן שלכאורה תוקנו הדו"חות כך שיתאימו בדיעבד למסלול "כדור הקסם" כפי שקבעה אותו ועדת וורן.
תומכי תאוריית היורה הבודד הצביעו על כך שבבדיקת מרכיבי הכדור מתאימים אלו לחלקיקים שנמצאו באמת ידו של קונלי, כך שהיה כדור זה שפגע בקונלי בידו. כן הצליחו תומכי התאוריה להראות כיצד ישב קונלי בעת הפגיעה בזווית מסוימת אשר התאימה למסלול הכדור כפי שייחסה לו הוועדה. לטענת המנתחים שניתחו את הגופה אין כל אמת בטענה כי הדו"חות שונו על מנת להתאים למסלולו של "כדור הקסם".
הוויכוח בעניין "הכדור הבודד" עודו נמשך.
לאחור ולשמאל - ראשו של קנדי מושלך לכיוון הלא נכון.
הצופים בסרטו של אברהם זפרודר, וכן רבים מאלו שניתחו את תמונותיו הבודדות (ובמיוחד רצף התמונות Z313 עד Z318) שמו לב לתנועה האלימה בה מושלך ראשו של קנדי לאחור ולשמאל, וזאת לאחר שנפגע בכדור שהגיע מבניין מחסן הספרים, הנמצא מאחור ולשמאל. ראשו של אדם שנפגע משמאל ומאחור אמור לנוע עם כיוון תנע הכדור הפוגע בו, קדימה ולימין, ולפיכך הגיוני כי היריה שלמעשה הרגה את קנדי, זו שפגעה בראשו, הגיעה מקדימה ומימין - מכיוון גבעת הדשא.
סרטו של אוליבר סטון "JFK תיק פתוח" מייחס את התנועה לאחור ל"כדור החמישי" שירה מתנקש מגבעת הדשא.
ניתוח מדוקדק יותר של סרטו של זפרודר וכן של סרט דומה שצילם אורוויל ניקס מראה כי בין Z313 ו-Z314 הושלך הראש מעט קדימה ולאחר מכן החל בתנועתו לאחור. אין, ככל הנראה, הסבר לתנועה החריפה אחורה, כשמדובר ביריה שבאה מאחור.
מחקרו של זוכה פרס נובל לכימיה לואיס אלוורז, שכלל הדגמה באמצעות ירי במלון, הראה כי קיים אפקט נוסף שאותו יש לקחת בחשבון, והוא אפקט "הנעת הסילון" לפיו הלחץ של הדם והמוח המותזים אל מחוץ לחור שיוצרת פגיעת הכדור בראש, יוצר אפקט סילון ההפוך לכיוון ממנו בא הכדור, ודוחף את ראשו של הקורבן לירי אל הכיוון ממנו הגיעה היריה.
גם נקודה זו, ככל ה"תעלומות" הכרוכות ברצח קנדי, שנויה במחלוקת, וישנם הסבורים כי אלוורז התעלם מהבדלים רבים שבין מבנה המלון ומבנה הגולגולת של קנדי, וכי אף אפקט הסילון לא יכול להתגבר על התנע של הכדור שפגע בראשו של קנדי. חוקרים רבים כתבו מחקרים בנקודה זו, והגיעו למסקנות סותרות. המורכבות של הבעיה (התנועה לפנים ולאחר מכן לאחור, במערכת הכוללת את ראשו של קנדי, עמוד השדרה שלו, המחוך האורתופדי שלבש, ואת תנועותיה של ג'קלין לידו), היא כנראה גדולה מאוד.
ראיות אקוסטיות.
את השאלה המכרעת בדבר מספר הכדורים שנורו במהלך הרצח, וכיוונם, ניתן היה לפתור באמצעי פשוט - אם הייתה הקלטה של המתרחש במקום, ניתן היה לשמוע את היריות הבודדות, לספור אותן, ולנסות לשער את כיוונן. מסתבר כי הקלטה כזו אכן קיימת. בפני ועדת בית הנבחרים בנוגע להתנקשויות שפעלה בשנת 1978, הובאה הקלטה, שנטען כי היא תוצאה של מכשיר קשר על אחד האופנועים שליוו את שיירת הנשיא, אשר נותר פתוח במהלך כל ההתנקשות, ושידר את המתרחש למטה המשטרה, שם הוקלטו הקולות על מכשיר דיקטפון.
מכשיר הדיקטפון הוא שיטה מיושנת להקלטה. בגרסה שהיה בה שימוש בדאלאס, נוצרו חריצים ברצועה פלסטית (הנקראת "דיקטבלט"), והשמעת הקולות היא בדומה לשמיעת תקליט ויניל ישן, באמצעות מחט המועברת דרך החריצים שברצועת הדיקטבלט.
בפני הוועדה הובאו ראיות של שני מומחים - וייס ואשכנזי, אשר קבעו בבירור כי בהסתברות של 95% ניתן לשמוע ארבע יריות. שוטר בשם מקליין העיד כי הוא השוטר שרכב על האופנוע בדילי פלאזה בסמוך לרצח, וכי מכשיר הקשר שלו נתקע ושידר את כל מהלך ההתנקשות.
על סמך עדויות אלו קבעה הוועדה כי בניגוד לקביעת ועדת וורן במהלך הרצח נורו ארבע יריות - שלוש מאחור, על ידי אוסוואלד, מן הקומה השישית של מחסן הספרים, ורביעית מלפנים, מגבעת הדשא. מכאן, שרצח קנדי הוא תוצאה של קשר, ולא פעולתו של מתנקש בודד.
חוקרים כפוזנר ומק'אדמס מותחים ביקורת על קביעה זו. פוזנר מוכיח, על פי גרסה שמסר לו מקליין לאחר עדותו בוועדה, כי לא ייתכן שמקליין היה זה שמכשיר הקשר שלו פעל, וכי מסיבה זו יש סבירות שההקלטה לא באה מדילי פלאזה אלא ממקום אחר.
ועדה של האקדמיה הלאומית האמריקאית למדעים בחנה את ההקלטה, והגיעה לתוצאה כי לא ניתן להסיק קיומה של ירייה רביעית.
אדם בשם סטיב בארבר, שהאזין להקלטה (אשר צורפה בפורמט של תקליט ויניל כמקדם מכירות למגזין לגברים בשם "גלרי מגזין", וניתן לכל רוכשיו), שמע בבירור, לאחר האזנות רבות, את המילים "Hold Everything Secure", הנאמרות בקול גברי מיד לאחר שנשמעות היריות. הקלטות אחרות ועדויות אחרות מראות כי אכן המילים נאמרו ברשת הקשר המשטרתית על ידי השריף ביל דקר, אך הן נאמרו כדקה לאחר שנורתה היריה האחרונה. מכאן שהקולות שהוקלטו על המכשיר אינם יכולים להיות היריות שנורו בהתנקשות.
מדי פעם נבדקת רצועת הדיקטבלט, וחוקר נוסף מגיע למסקנה לכאן או לכאן. באוגוסט 2004 פרסם העיתון "הגארדיאן" (בכתבה שפורסמה אף בעיתון הארץ) כי סרט הדיקטפון ייסרק אלקטרונית במטרה ליצור הדמיה דיגיטלית של תוכנו, שתוכל לסייע ולבודד את היריות משאר רעשי הרקע. על אף שתוצאות פעולה זו עדיין לא פורסמו, נראה כי אף בהן לא יהיה סיום לוויכוח בדבר הקלטת הרצח ומספר היריות שנורו במהלכו.
אוסוואלד 2.
קיימת תאוריית קונספירציה שהיו שני אנשים בשם אוסוואלד שהיו דומים במקצת. המואשם רשמית ברצח על ידי ועדת וורן היה אמריקני לעומת אוסוואלד השני - שהיה רוסי בעל דעות קומוניסטיות סוציאליסטיות שרצה להפיל את קנדי כמה שיותר מהר. התאוריה מסבירה שייתכן והקומוניסט רצח את קנדי אבל כל הראיות - הובילו לאמריקני.
בנוסף לכך הייתה עדות לשיחה בין אוסוואלד הרוסי לבין ג'ק רובי - הרוצח של כפילו האמריקני.
שם כנראה תכננו חלק מהרצח.
החשודים.
ועדת וורן, שפעלה מיד לאחר רצח קנדי, הגיעה למסקנה, כי לי הארווי אוסוואלד הוא הרוצח, וכי פעל לבדו. אלו שאינם מקבלים מסקנה זו (ובהם ועדת בית הנבחרים בנוגע להתנקשויות) סבורים כי ג'ון פ' קנדי נפל קורבן לקשר, וכי אוסוואלד היה אחד מחבורה של רוצחים, אם בכלל הייתה לו נגיעה לרצח, ולא היה קורבן שעליו העלילו גורמים עלומי שם את האחריות לרצח. מיהם, אם כן, אלו שעמדו מאחורי הקשר?
בבחינת החשודים ברצח, יש לבחון מספר גורמים העולים מחקירת ועדת וורן ומחקירת ועדת בית הנבחרים. כל גורם "מוסדי" פרט לאוסוואלד, לא הוכח כשותף לקשר, ויש להדגיש כי ככל שמדובר בגורמים מחוץ לאוסוואלד, יהא זה ה-CIA או ה-FBI, המאפיה או פידל קסטרו, מדובר בחשדות המבוססים על שמועות וחלקי מידע. בסקירת "החשודים" העיקריים, יש לבדוק את המניע, ההזדמנות והיכולת. לרוב החשודים, כארגונים מרכזיים ובעלי עוצמה ישנה היכולת וההזדמנות. נותר לבדוק את המניע, והמצב הוא כי בנובמבר 1963, היו לכל אחד מחשודים אלו מניע אפשרי וחזק להביא למותו של הנשיא, או שניתן לייחס לו מניע כזה.
קיימות גם תאוריות קשר נוספות. לפי תאוריה אחת נרצח קנדי על ידי "המוסד", מכיוון שעמד לאסור על מדינת ישראל את המשך הפיתוח הגרעיני בכור בדימונה. תאוריה זו, ביחד עם התאוריות המתייחסות למעורבות חייזרים, מכונות זמן, או טקס הוצאה להורג של הבונים החופשיים, לא תיסקרנה כאן. חלק מתת התרבות שנוצרה בעקבות הרצח, כולל אנשים המקדישים את מלוא זמנם ומרצם להעלאת תאוריות פרועות ואישושן.
אלו אם כן החשודים העיקריים, אלו שיש כנגדם יותר מהעלאת ספקולציה גרידא.
לי הארווי אוסוולד.
אין כיום חוקר רציני של הרצח, המטיל ספק במעורבות כלשהי של לי הארווי אוסוואלד ברצח. הגרסאות לפיהן כל האירוע, מתחילתו ועד סופו (כולל רצח טיפיט) הודבק על שעיר לעזאזל תמים, אינן נראות נכונות לאור הגוף המכריע של הראיות הקושרות את אוסוואלד אל הרצח:
כל הראיות הללו מראות כי בדרגה גבוהה של ודאות אוסוואלד היה האדם אשר ירה שלושה כדורים מחלון הקומה השישית של מחסן הספרים בעת הרצח, ולאחר מכן רצח את השוטר ג'פרסון דייוויס טיפיט.