הטיעון הפסיכולוגי: הפסיכולוגיה של הדת טוענת כי האמונה באל, לפחות כמו שהוא מוצג בדתות האברהמיות, עונה לאינדיבידואל על דחפים פסיכולוגיים. לפי הדעה הרווחת בני אדם מאמינים באל, במתכונות דתיות כאלה, מפני שהם מחפשים אחר דמות אבהית שתספק להם הגנה מפני העולם הגדול; מישהו או משהו שיספק להם משמעות ותכלית כבירה לחיים; משהו שעוצר מבעד המוות להיות סוף הדרך; משהו שיגרום להם להאמין שהם חלק חשוב מאוד ביקום האינסופי, ושהאחראי על היקום המורכב והאינסופי הזה דואג להם ומכבד אותם (ברא את האדם בצלמו כדמותו, סיבת הבריאה היא האדם וכדומה). האמונות הללו מתקיימות מפני שהן מאפשרות לאנשים להתמודד עם פחדיהם הבסיסיים, משרות תחושת ביטחון ומפחיתות לחצים. גישה זו לא שוללת את קיום האל, היא רק מסבירה שבני האדם מעדיפים מבחינה פסיכולוגית להאמין באל. כמו כן, הגישה יוצאת מנקודת הנחה שקיום האל וודאי כולל מערכת מטא-פיזית של שכר ועונש.
חיי נצח: דוגמה למילוי דחפים פסיכולוגיים על ידי הדת. המכנה המשותף כמעט לכל הדתות המונותאיסטיות והפוליתאיסטיות, ואפילו דתות נטורליסטיות כמו הבודהיזם, הוא הנצחיות של המאמין שממלא אחר חוקי הדת ומאמין בעיקרי האמונה שלה. יש הטוענים כי האדם הוא אולי היצור החי היחיד בממלכת בעלי החיים אשר יודע ומצפה את מותו. משחר ההיסטוריה דתות ותרבויות קדומות האמינו בחיים לאחר המוות, כך לדוגמה, המצרים חנטו את מתיהם ובנו עבור הפרעונים פירמידות והשאירו להם שלל אוצרות שיטיבו עמם בעולם הבא. הדתות המונותאיסטיות גורסות כי המאמין הצדיק יתוגמל על אמונתו האדוקה בעולם לאחר המוות בגן העדן, ואילו הכופרים והחוטאים ייענשו בגיהנום. האמונה בחיים שלאחר המוות מדחיקה את הפחד מפני הסוף שאינהרנטי אצל אנשים. אמונה זו היא המקל והגזר של הדתות שמעודדות לדבוק במעשים הטובים ולהימנע מן הרעים כדי לקבל תגמול נצחי בהגיע יום הדין. אמונה זו תורמת גם למאמינים להתמודד עם מות קרוביהם. מכאן קל להבין מה התועלת באמונה בדת כלשהי, וכמה פשוט ליצור משם מיתוסים ואלים המשגיחים מפני הסוררים ומעודדים את הצדיקים.
טיעון הפחד: טיעון זה מבוסס על כך שכוהני דת מעודדים את "יראת השמיים" כבסיס למוסריות, אתאיסטים שוללים טענות אלו וטוענים כי פחד הוא דרך קלה לתעתע בהמונים, והמוסריות אינה צריכה לנבוע מהדת או מדברים שליליים כמו פחד.
הטיעון הסוציולוגי: הדת בכלל ואלוהים בפרט ממלאים פונקציות חשובות בחברה האנושית, מה שמעיד על הצורך הבלתי-תלוי בהגיון או באמיתות שלהם. הדת סייעה לאנשים ליצור קבוצות מגובשות בעלי תפיסה קולקטיבית, הזדהות שמקורה באידיאלים משותפים, נורמות משותפות ומקובלות, מערכת תפקידים הדדית. כמו כן הדת העניקה לאנשים משמעות "עילאית" לחיים; הכתיבה תחומים נרחבים של התנהגות על ידי הצבת אמות מידה של טוב ורע וקבעה תקדימים להתנהגות נאותה, וכך סייעה לשמור על הדבר החברתי; היא הסירה מן הפרט והחברה את נטל קביעת הערכים והטילה את האחריות לכך על האלים; היא מילאה תפקיד חשוב בסולידריות החברתית; היא הבטיחה את הנחלת המסורת והבטחת רציפותה של התרבות באמצעות טקסים, חגים ומנהגים עממיים וכן חינוך בעל פה או בכתב שהעבירו את שרביט קסמי הדת הלאה. יתרונותיה של הדת מורגשים עד עצם היום הזה וזה מספיק כדי לתת לאנשים תחושה של משהו על-טבעי ואמונה ביסוד הדת שהוא בדרך כלל אלוהים.
טיעונים התלויים בהגדרות מסוימות של אלוהים.
הוספת תכונות לא הכרחיות: רבים מהטיעונים התומכים בקיומו של אל מצביעים על מורכבות היקום ומציגים את האל כבוראו של עולם זה. עם זאת, אין צורך לייחס לבורא עולם תכונות של טוב ורוע, ידיעת כול וכו'. מכיוון שאל הוא לרוב ישות על-טבעית בהגדרתו, אין טעם לכנותו אלוהים ומספיק להניח שהיקום "פשוט קיים" (כלומר, קיומו הוא בגדר אקסיומה), או ישות פשוטה מההגדרה הקונבנציונלית של אלוהים "פשוט קיימת", במקום שהאל קיים. טיעון זה שייך גם לדוגלים בפנתאיזם, אך יש הסבורים שהפנתאיזם הוא בעצמו השקפת עולם אתאיסטית.
בעיית הרוע: הואיל ואלוהים מוגדר, במרבית הדתות, ככל-יכול, יודע הכול ומקור הטוב, נשאלת השאלה מדוע עולמנו שופע ברשעות וסבל, המעיד על חוסר צדק לפי הסתכלות עולמו של השואל ? אם אלוהים הוא כל-יכול ויודע הכל, אז הוא יכול ויודע כיצד למנוע את העוולות בעולמנו. אם אלוהים הוא טוב ונדיב אז הוא רוצה להשכין ערכים טובים של שלום, אהבה וחמלה, ולמנוע רשעות, חוסר צדק וסבל. אם אלוהים יכול, יודע ורוצה למנוע את הרע בעולמנו – אזי הוא יעשה כן. אם אלוהים רוצה למנוע רוע, אך אינו יכול – אזי אינו כל-יכול. אם הוא יכול אך אינו רוצה – אזי הוא רשע. אם הוא גם יכול וגם רוצה – הוא יעשה כן. אם הוא גם לא יכול וגם לא רוצה, אזי הוא אינו אלוהים והוא רשע. יוצא מכך שאלוהים טוב באופן מוחלט וכל-יכול אינו יכול להתקיים. בני הדתות האברהמיות יעידו כי הפריבילגיה שיש לרוב האנשים, היא בחירה חופשית אשר ניתנה על ידי האל, אך היא מקור הרע, ולא האל עצמו, ולכן, יש להאשים את האדם כמקור רצוני בפני עצמו בעשיית רוע.
פרדוקס הכל-יכול: תכונת האומניפוטנטיות (יכולת-כל) שמיוחסת לאלוהים, מכילה פרדוקס (שצורותיו שונות) מפני שהגדרה נאיבית שלה (שאיננה מתייחסת במפורש להיעדר התייחסות עצמית) אינה קוהרנטית מבחינה לוגית. אלוהים כל-יכול, יכול ליצור ולעשות דברים שהם בגדר הבלתי-אפשרי (לא לוגיים). האם אלוהים יכול ליצור סלע שאינו יכול להרים? האם אלוהים יכול ליצור משהו יותר כל-יכול ממנו? זו סתירה, ולכן אלוהים אינו כל-יכול. על פרדוקס זה יש העונים כי חוקי הלוגיקה עצמם נוצרו על ידי אלוהים, אשר אינו כבול אליהם. תשובה אחרת היא שטענות המכילות סתירה הן חסרות משמעות ולפיכך אינן תיאור של יכולת.
טיעון חוסר האמונה: הוא טיעון בעל הנחת-יסוד מאנישה, הטוען שאם אלוהים קיים (והיה "רוצה" שהאנושות תדע על כך), הוא היה גורם למצב שבו כל האנשים הספקניים יאמינו בו, או במילים אחרות, לא היה מאפשר קיומן של פילוסופיות שאינן תאיסטיות. אבל מכיוון שיש אנשים שאינם מאמינים בקיומו, או שאינם בעלי דעה מוצקה בנושא, הרי שלפי הטיעון, או שהוא לא קיים או שהוא לא מתעניין בנעשה בעולמנו. אם אלוהים מסוגל לתקשר עם האינדיבידואל האנושי לשם העברת דבריו בכתבים שונים (כפי שטוענות דתות רבות לגבי כתבי הקודש שלהן והדרך בה הם נכתבו), מדוע הוא אינו מתקשר עם כל המין האנושי באופן ישיר וגורם לכולם להאמין בו?
טיעון חוסר המוטיבציה: אם אלוהים הוא כל-יכול, אזי הוא יכול לספק את כל רצונותיו, שאיפותיו וחלומותיו מבלי לברוא דבר. היות שישנו יקום ונטען כי אלוהים ברא אותו, לכן יש לו צרכים – הוא אינו כל-יכול. אם אלוהים קיים כישות מושלמת, הרי שלא היה בורא את היקום – לישות מושלמת אין רצונות וצרכים. אלוהים ברא את היקום, כלומר יש לו רצונות וצרכים – לכן הוא לא מושלם.
בעיית הרצון החופשי: אם אלוהים יודע הכול אזי הוא יודע את כל אשר יתרחש בעתיד, כולל את החלטותיו ובחירותיו בכל רגע נתון. אם אלוהים יודע את כל בחירותיו בעתיד אזי אין לו רצון חופשי, הוא מוגבל. אם הוא יכול לשנות אותן, אזי הוא לא יכול לדעת מה יהיו החלטותיו בעתיד, ולכן הוא לא כל-יכול.
יחסי אלוהים-זמן: אלוהים לא "מעל הזמן" מכיוון שהוא פועל ולכן כפוף לשינויים וסיבתיות, ועל כן כפוף לזמן (ומובן שלא ברא אותו). אלוהים אינו נצחי מכיוון שהייתה לו סיבה לברוא את היקום והמניע לסיבה לא התקיים אלא אחרי שעברה לה תקופה אינסופית. במשך תקופה אינסופית לא הייתה לאלוהים סיבה לברוא את היקום, ובנקודה כלשהי על ציר הזמן, צצה סיבה לברוא את היקום. לא ייתכן כי במשך תקופה אינסופית לא הייתה לאלוהים סיבה לברוא את היקום ואחר כך – משום שסיבה כזאת הייתה בין שאר האפשרויות שהיו לאלוהים בקשר לאופי מעשיו בהמשך.
טיעונים שונים.
קיומו של אלוהים: יש קיים ויש שאינו קיים אך ורק דבר שהוא חומר או אנרגיה יכול להיקרא דבר קיים, ממה אלוהים עשוי? איך הוא רואה ושומע אותנו ? איפה הוא נמצא? איך המחשבה שלו פועלת ויודעת הכל?
טיעון האלוהות הטבעית של שפינוזה: אם אלוהים קיים, הוא תופס את כל המרחב-זמן ("לית אתר פנוי מיניה"). על כן, לאלוהים אין תחושת "אני" אישית; אין לו מודעות עצמית מפני שכל דבר הוא חלק ממנו, ואינו מבדיל בין "אני" ו"לא אני". אם לאלוהים אין מודעות עצמית, אזי אין הבדל בינו לבין יקום חסר מודעות שנשלט בידי חוקי הטבע.
טיעון חוסר המשמעות המדעית: האמונה באלוהים אינה תאוריה מדעית, מכיוון שלא ניתן לבחון את אמיתותה באופן אמפירי. היא גם אינה פסוק אמת מתוך הגדרה (בניגוד, למשל, למשפט "למרובע יש ארבע צלעות"). מכאן שלא ניתן לבחון את שאלת קיומו של אלוהים באמצעים מדעיים, ולכן אין טעם להתייחס ברצינות לאמונה בו. כמו כן, זה חסר משמעות לשאול האם אלוהים קיים מכיוון שאין שום דרך פיזיקלית לבדוק את קיומו, אלא רק דברים אשר מיוחסים לכך שהם נבראו על ידיו (וכמו כן ניתנים להסברה באמצעות דרכים אחרות).