החל משנות ה-80 של המאה ה-20 אימץ בג"ץ מדיניות של ביטול החלטות מנהליות גם כשהתקבלו לפי סמכות שבחוק, במקרים שבהם סבר שההחלטות לוקות בחוסר סבירות קיצוני. בנוסף הרחיב בג"ץ את זכות העמידה ופתח את דלתותיו בפני עותרים ציבוריים כדוגמת האגודה לזכויות האזרח והתנועה למען איכות השלטון בישראל, בניגוד לתפיסה הקודמת לפיה רק מי שנפגע אישית רשאי להגיש עתירה לבג"ץ. "זכות העמידה" שימשה בעבר ככלי מרסן, והיא זכורה מן העתירה להעמיד לדין את לאה רבין, אשר נדחתה על הסף בטענה שמגיש העתירה לא נפגע אישית, ועל כן אין לו זכות עמידה.
אהרן ברק ואחרים קשרו את השינויים לשינויים דומים שהתרחשו בפסיקה במדינות מערביות אחרות. הנשיא מאיר שמגר הצביע על שינויים בפסיקה האנגלית, בהקשר לשינוי עמדתו בעניין זכות העמידה.
תחת הנהגתו של הנשיא אהרן ברק אימץ בג"ץ את הגישה המכונה אקטיביזם שיפוטי, שיצרה מצב שבו "בית המשפט העליון הרחיב במידה משמעותית את תחומי ההתערבות שלו". לכך מצטרפת המהפכה החוקתית, שגם אותה הוביל ברק, ולפיה פסקאות ההגבלה שבשני חוקי יסוד, ו, שנחקקו בשנת 1992, מקנה סמכות לבתי המשפט להכריז על בטלותם של חוקים שעומדים בסתירה לחוקי היסוד. בנוסף, גם חוקים שקדמו לחוקי היסוד ואינם כפופים לפסקאות ההגבלה, פורשו לפי עקרון המידתיות: הסמכות המוקנית בהם לפגיעה בחירויות הפרט כפופה לכך שהפגיעה אכן צפויה להוביל להשגת המטרה, שלא יהיה ניתן להשיגה באמצעות פגיעה פחותה יותר, ושיש יחס ראוי בין חומרת הפגיעה לבין גודל התועלת. במקרים שבהם סברו שופטי בג"ץ כי החלטה של גורמי הממשל אינה ממלאת תנאים אלה הם פסלו אותה.
יש שטענו כי התערבותו של בית המשפט העליון בשיקול דעתה של הרשות המבצעת והסמכות שנטל לעצמו לבטל חוקים של הכנסת מהווים פגיעה משמעותית בדמוקרטיה, משום שהכנסת והממשלה נבחרו בבחירות דמוקרטיות, בניגוד לשופטים. עוד טענו גורמים משפטיים ואחרים שהתערבות זו פוגעת בעקרון הפרדת הרשויות ובשלטון החוק, המסמיכים את הכנסת והממשלה לפעול בתחומי סמכותם.
מנגד, המצדדים באקטיביזם השיפוטי טענו כי הוא מאזן את כוחו של השלטון ומעניק הגנה רחבה יותר לזכויות הפרט. עוד הם טענו כי תפקיד בית המשפט העליון, בין השאר, למתוח ביקורת שיפוטית על החלטות הרשות המבצעת.
גבולות סמכותו של בג"ץ מעסיקים לא רק את הפוליטיקאים אלא גם את המשפטנים. ויכוח ציבורי התעורר סביב הסכמתו של בג"ץ לדון בעתירה נגד מינויו של דני חלוץ לרמטכ"ל. דוגמה לכך הם דבריה של פרופ' רות גביזון:
גם שופט בית המשפט העליון בדימוס יעקב טירקל הביע דעתו שבג"ץ דן בנושאים שאינו אמור להתערב בהם.
עוד נטען כלפי בג"ץ שבעקבות "המהפכה החוקתית" והאקטיביזם השיפוטי שהנהיג אהרן ברק, נטו שופטי בג"ץ לפסוק לפי ערכיהם ותפישותיהם ולא לפי החוק שחוקקה הכנסת. היו שטענו כי בג"ץ פועל כ"דיקטטורה שיפוטית".
אופן פעולתו של בג"ץ.
עתירה עשויה להיות מוגשת כנגד מעשה או מחדל של רשות מרשויות המדינה (הממשלה, משרדי הממשלה, פקידי ציבור, הכנסת וכדומה), שלדעת העותר עומדים בסתירה לעקרונות הצדק או לחוקי המדינה. רק מיעוטן של העתירות לבג"ץ מתקבלות. מספרן הרב של העתירות מטיל עומס על שופטי בית המשפט העליון.
אף על פי שבג"ץ הוא הערכאה הראשונה לדיון בעתירות, הוא ממעט לעסוק בבירורים עובדתיים, ובמחלוקות לגבי העובדות הוא נוטה לקבל את עמדת המשיבים, בהתאם לחזקת התקינות המנהלית. בעבר בג"ץ שמע עדים. אולם כיום בירורים עובדתיים נעשים כמעט אך ורק על ידי הגשת תצהיר.
תנאי סף לקבלת סעד.
בפסיקות בית המשפט העליון פותחו במהלך השנים מספר תנאי סף שבהם צריך העותר לעמוד על מנת שבית המשפט יעניק לו סעד. עם זאת, מאז שנות ה-80 מסתמנת מגמה של היחלשות תנאי הסף.
סדר הדין.
עם הגשת העתירה, יערוך בדרך כלל בג"ץ בירור ראשוני בעניינה. אם נראה לבית המשפט שיש בעתירה ממש, יינתן בעתירה צו על תנאי, שבו נדרשת הרשות לנמק את צעדיה או את מחדליה שנגדם הוגשה העתירה. אם תיכשל הרשות במתן נימוק משכנע לצעדיה, יוציא בג"ץ צו מוחלט, האוסר ביצוע צעדים אלה או המורה לרשות לפעול באופן מסוים.
לעיתים מלווה הדיון בעתירה בצו ביניים מטעם בית המשפט, האוסר על הרשות לשנות את המצב הקיים בצעדים בלתי-הפיכים כל עוד מתנהל הדיון בעתירה. לדוגמה: בעת דיון בעתירה שנועדה למנוע הריסה של בית, מורה צו ביניים שלא להרוס את הבית עד לסיום הדיון בעתירה; ללא צו כזה, תוכל הרשות להרוס את הבית, והדיון בבית המשפט יהפוך חסר תועלת.
סדר הדין בבית המשפט הגבוה לצדק נקבע ב, התשמ"ד-1984, ובנהגים שהשתרשו. בתיק טיפוסי, סדר ההתרחשויות הוא כדלקמן:
ניתן לעיין בתיקים באמצעות מנגנון הצגת התיקים של בית המשפט העליון, אשר מספק פירוט של כל הדיונים, ההודעות וההחלטות בתיק נתון.
שיבוץ השופטים לתיקים.
נשיא בית המשפט העליון מוסמך לקבוע את הרכבי השופטים שידונו בכל התיקים המגיעים לפתחו, ובכלל זה בעתירות לבג"ץ. בפועל, מסוף העשור השני של המאה ה-21, השיבוץ נעשה במרבית המקרים באופן אקראי לפי לוח תורנויות, למעט עתירות בנושאים רגישים כפי שהוגדרו על ידי הנשיא. באשר לעתירות הנדחות על הסף, עד שנת 2017, השופט היחיד שהיה דן בתחילה בעתירה היה בוחר את שני השופטים שיצורפו אליו לאישור ההחלטה על דחיית העתירה ללא זימון העותר. בעקבות עתירה שהגישה התנועה למשילות ודמוקרטיה עם תנועת רגבים, הורתה אסתר חיות – עם כניסתה לתפקיד הנשיאה – ששני השופטים הנוספים ייבחרו אף הם לפי לוח התורנויות.
החלטות בולטות.
רבות מהחלטותיו של בג"ץ השפיעו במידה רבה על צביונה של המדינה. דוגמאות להחלטות כאלה:
השפעה.
עם התגברות המעורבות של בג"ץ בהתאם לאקטיביזם השיפוטי נכנס לשיח הציבורי דיון במה שנקרא "מבחן בג"ץ" - "האם פעולה מסוימת של השלטון תפסל בעתירה לבג"ץ?" ומוסדות השלטון נמנעים מלכתחילה מלבצע פעולות שיש סיכוי גבוה שייפסלו על ידי בג"ץ או כפי שהדבר מכונה - "לא יעמדו במבחן בג"ץ". כך למשל, המדינה בחרה את האמצעים שננקטו כנגד אלג'זירה תוך לקיחה בחשבון של "מבחן בג"ץ"; בלשכת השר לביטחון פנים הסבירו את אי ההיענות לבקשת ראש הממשלה למנוע צעדה של אנשי ימין בסילוואן בכך ש"היועץ המשפטי לא חשב שזה יעבור מבחן בג"ץ"; השר אביגדור ליברמן ביקש מאנשי משרדו לבחון האם התניית השתתפות בקורס צוערים בשירות צבאי ולאומי תעמוד במבחן בג"ץ. בהתאם לכך, ההשפעה של בג"ץ חורגת בהרבה מההחלטות עצמן בכך שהחלטות שונות לא הגיעו לידי עתירה בפני בית המשפט שכן כבר בתהליך קבלת ההחלטות שוקללה עמדת בית המשפט כפי שנראתה על בסיס פסיקות קודמות, על מנת למנוע את התערבות בג"ץ מלכתחילה.
ביקורת.
בג"ץ סופג ביקורת בחוגים רבים שאינם מרוצים מפסיקותיו, וכן מאלה המבקשים להגבילו ולצמצם חזרה את מרחב שיקול הדעת שלו, או לשנות את שיטת מינוי השופטים כך שהרכבו ייצג טוב יותר את אזרחי המדינה הן מבחינת התמהיל החברתי הן מבחינת מגוון הדעות הרווחות בציבור. פעמים רבות תוקפים אנשי ימין את בג"ץ על פסקי-דין שבעיניהם יש בהם לסייע להשגת מטרות השמאל. במיוחד יש המוטרדים מהמגבלות שמטיל בג"ץ על פעולתה של מערכת הביטחון בעקבות עתירות של פלסטינים ועמותות המייצגות את ענייניהם. ביטוי קיצוני לכך בא בדבריו של ראש הממשלה, יצחק רבין, שאמר לאחר חתימת הסכם אוסלו שהרשות הפלסטינית תילחם בטרור "בלי בג"ץ ובלי בצלם". מאידך, לעיתים תוקפים אנשי שמאל את בג"ץ על כך שלדבריהם הוא מקבל כמעט תמיד את עמדות מערכת הביטחון, גם כאשר יש בכך לדעתם פגיעות חמורות בזכויות האדם.
בקרב הציבור החרדי והדתי קיימת תחושת ניכור כלפי בג"ץ, בשל פסקי-דין המובילים לתוצאה השונה ברוב המקרים מהשקפת עולמם הדתית. הדבר בא לידי ביטוי במיוחד בהפגנת החרדים נגד בית המשפט העליון, שנערכה בשנת 1999, ובעצרות ענק שליוו למאסר את הורי עמנואל בשנת 2010, שעיקרו המרכזי היה מחאה נגד מה שנתפס על ידם כהתערבות פסולה של בג"ץ במהות החינוך החרדי.
נגד בג"ץ נמתחה ביקורת על כך שהוא מפלה לרעה בדין על סמך נטייה והשתייכות פוליטית. ביוני 2010 פרסמה עמותת רגבים דו"ח השוואתי המצביע לדבריה על עדיפות הניתנת בבית המשפט העליון לארגוני השמאל. הדו"ח בחן "מקרי ראי", עתירות שהגישו ערבים וארגוני שמאל כנגד בנייה בלתי חוקית בהתנחלויות לעומת עתירות זהות שהגישו ארגוני ימין כנגד בנייה ערבית בלתי חוקית והשווה את המרכיבים הפרוצדורליים של ההליך המשפטי בעתירות השונות. על פי מחברי הדו"ח קיימת אפליה בבית המשפט העליון לטובת ארגוני שמאל המתבטאת בפסיקות לטובתם, בזירוז הליכים, במתן צווים על תנאי למדינה ובהתערבות בהחלטות של רשויות המדינה. ביוני 2018 פורסם הארגון דו"ח נוסף ומקיף יותר, הבוחן 113 עתירות מימין ומשמאל, בנוגע למבנים בלתי חוקיים ביהודה ושומרון, שהוגשו בין השנים 2005 ו־2017. הדו"ח מצא פער משמעותי לטובת עתירות השמאל בכל הפרמטרים שנבדקו. מאידך, בעקבות ההיתר שנתן בג"ץ להריסת הכפר חאן אל-אחמר, נמתחה עליו ביקורת משמאל.