התקדמות נוספת במחקר אירעה בשנת 1932 כאשר הארכאולוג הגרמני אדולף שולטן עלה למצדה ושהה במקום במשך חודש. עבודתו, המפות שערך ושרטוטי המבנים היו הבסיס למחקר לאחר מכן. עם זאת הוא הגיע למסקנות מוטעות בנוגע לחלק מהמבנים על מצדה. הוא זיהה את הארמון הצפוני כמערכת ביצורים שנבנתה בקצה העליון של שביל הנחש ובעקבות זאת קבע את מיקום השביל בחלק הצפוני של מצדה, הוא גם חזר על קביעתו המוטעית של קונדר שהארמון המערבי הוא ארמונו של הורדוס.
השלב הבא במחקר של מצדה נערך על ידי חוקרים ישראלים, בשנת 1953 נערך סקר של המבצר על ידי שמריהו גוטמן. גוטמן עלה לראשונה למצדה בגיל עשרים וארבע בשנת 1933 והשפיע יותר מכל אדם אחר על חשיפת שרידיה ושחזורם והפיכתה לסמל. הוא ארגן בינואר 1942 את "סמינר מצדה" שבו 46 אנשי הנוער העובד סקרו את מצדה ומצאו קטעים נוספים משביל הנחש, והוא מי שהביא להקמת המשלחת הארכאולוגית הראשונה למצדה ב-1953. המשלחת חפרה את מערכת אספקת המים, גילתה את התוואי המלא של שביל הנחש, חשפה ושחזרה את שער שביל הנחש וזיהתה את הארמון הצפוני כארמונו של הורדוס. המשלחת גם חפרה את המחנות הרומאיים A ו-C. משלחת נוספת ובה גדולי הארכאולוגים הישראליים חזרה למצדה בשנת 1956 לסקר בן 10 ימים, בין החופרים היו נחמן אביגד, מיכאל אבי-יונה, יוסף אבירם, יוחנן אהרוני וגוטמן. תוצאות החפירות הביאו לחשיפת המחסנים והארמון המערבי, בתום הסקר פורסמו שרטוטים מדויקים של מצדה.
גולת הכותרת במחקר של מצדה הגיעה עם החפירות הארכאולגיות המקיפות, שבמהלכן נחפר האתר כולו על ידי משלחת ישראלית בראשות יגאל ידין, במהלך שתי עונות חפירה מאוקטובר 1963 עד אפריל 1964 ומדצמבר 1964 עד מרץ 1965. בעקבות שחזור העתיקות שידין הוביל במצדה נקבע המושג "קו ידין" – זהו קו משורטט שחור, לעיתים קו מלט בולט, המבדיל בין הנדבכים שנמצאו באתר לבין הנדבכים שהתוספו במהלך השחזור.
חפירת חלקים במצדה נמשכת גם לתוך המאה ה-21, עונת חפירות בשנת 1989 שנערכה על ידי אהוד נצר הובילה לחפירות נוספות בשנת 1995 עד לשנת 2000 על ידי נצר וגיא שטיבל. חפירות נוספות נערכו על ידי גדעון פרסטר במחנה הרומאי הראשי.
משנת 2017 פועלת במקום משלחת חפירות בראשות גיא שטיבל ומטעם אוניברסיטת תל אביב, אשר חופרת וחושפת חלקים נוספים במבצר.
היסטוריה.
מקורות מידע.
המקור ההיסטורי המשמעותי היחיד בתקופת בית שני המספר על מצדה הוא יוסף בן מתתיהו, שנותן תיאור קצר של ההיסטוריה והמבנה של מצדה, וכן של מהלך האירועים בזמן המרד הגדול. בתקופת המצור הרומאי על מצדה כבר שהה יוספוס ברומא, וידיעותיו על מהלכו יכלו לבוא רק מכלי שני, דרך דיווחיהם של החיילים הרומים השבים (מצדה נזכרת בחטף גם בכתבי סטראבון ופליניוס הזקן).
הידע על מצדה שאוב מכתבי יוסף בן מתתיהו, ולא משום מקור יהודי אחר. אין לה אזכור במשנה ובמקורות המקבילים, וגם לא בתלמוד הבבלי או בתלמוד הירושלמי. גרסה של הסיפור מופיעה בספר יוסיפון, עם כמה שינויים (שמו של מנהיג המרד שונה, וכן גם סיפור ההתאבדות). סיפור מצדה אינו מופיע גם כאשר ישנה התייחסות בדיון הלכתי למצב שבו אדם שוקל להתאבד כדי לא ליפול בידי אויביו; הדוגמה המובאת בהלכה (בשולחן ערוך, חלק יורה דעה, סימן שמ"ה) היא של שאול המלך בהר הגלבוע (ספר שמואל א', ל"א) ולא הדוגמה של מצדה. הסיבה לכך אינה ברורה, וקיימות כמה השערות: יש המשערים שהסיבה לכך היא שהסיקריים היו מזרם שחלק על הפרושים, ששלטו לאחר חורבן בית שני, ולפיכך לא נחשבו כמושא ללימוד או לדיון. היו גם ששיערו שהפרושים רצו למנוע מרידות הרסניות נוספות כדוגמת מרד בר כוכבא, ולכן הוצנעו אירועים שעלולים היו להביא להתעוררות לאומית.
מנגד למקורות ההיסטוריים עומד הממצא הארכאולוגי - הכולל מעט דברי כתב שהשאירו אחריהם דיירי המצודה בדורות השונים, וכן ממצא "אילם" רב.
התקופות הקדומות.
השרידים הקדומים ביותר שהתגלו במצדה הושארו בידי אנשי התקופה הכלקוליתית, שעשו שימוש במערות בגוף המצוק הדרום-מזרחי של ההר. חרסים אחדים מתקופת הברזל בארץ ישראל נמצאו מפוזרים ברחבי ההר, אולם לא התגלה כל סימן לבנייה בתקופה זו.
התקופה ההלניסטית.
על פי יוסף בן מתתיהו, הראשון לבנות במצדה היה "הכהן הגדול יונתן". ייתכן שהכוונה ליונתן הוופסי או לאלכסנדר ינאי, ואילו במקום אחר הוא כותב כי המצודה נבנתה בידי "מלכים מימים עברו". במקומות שונים על גבי ההר נמצאו מספר חרסים בני התקופה החשמונאית וכן תריסר מטבעות תלמיים, ועשרות מטבעות של אלכסנדר ינאי. מהבנייה על ההר בתקופה זו לא נותר דבר, מלבד שני בורות מים שייתכן שנחצבו בתקופה זו.
התקופה ההרודיאנית.
ההיסטוריה של מצדה מתחילה, הלכה למעשה, עם ההיסטוריה של הורדוס הגדול. הורדוס, תוך ניצול ציני של המערבולת הפוליטית באימפריה הרומית אחרי רציחתו של יוליוס קיסר, ומאבקי הכוח בין הטוענים לכתר מבני בית חשמונאי הפך לדמות מפתח בפוליטיקה של ארץ ישראל וזכה לתמיכת השליטים ברומא כמלך המיועד של פרובינקיית יהודה. עם זאת, מעמדו של הורדוס ודרכו לשלטון ידעו עליות ומורדות.
בשנת 40 לפנה"ס פלשו הפרתים ליהודה, והושיבו על כס המלכות בירושלים את מתתיהו אנטיגונוס השני. הורדוס, שהתבצר בירושלים, הצליח לחמוק בלילה ביחד עם מרים ארוסתו, אמהּ אלכסנדרה וקבוצת שומרי ראשו. הנמלטים שמו פניהם למצדה, שם נותרו מרים ופמלייתה וכוח של 800 חיילים. הורדוס הצליח להימלט אל ממלכת הנבטים ומשם אל ברונדיסיום (ברינדיזי) ועל פי החלטת הסנאט הומלך למלך בשנת 40 לפנה"ס ברומא. בהיעדרו מצדה הושמה במצור על ידי אויבי הורדוס, הנצורים ניצלו רק בזכות גשמי פתע שמילאו את בורות המים, תוך שהם מצליחים לנהל מלחמת התשה מול הצרים. בשנת 39 לפנה"ס חזר הורדוס לארץ ישראל, שחרר את משפחתו מהמצור במצדה ובסדרת קרבות הצליח בשנת 37 לפנה"ס להשתלט על הארץ, ובחסותו של מרקוס אנטוניוס, מושלו הרומאי של המזרח, הכריז על עצמו כמלך.
ההיכרות של הורדוס עם מצדה והחשש שלו שכסאו בסכנה, הן מצד בני שושלת החשמונאים הן מצד נתיניו בני העם היהודי והן מצד קלאופטרה השביעית, מלכת מצרים וממשיכי דרכה, שראו ביהודה או בחלקים ממנה חלק ממצרים, הביאו אותו להשקיע בבניה של מפלט מבוצר במצדה.
המרד הגדול.
בשנת 66 לספירה, בתחילת המרד היהודי נגד הרומאים, כבשה קבוצת מורדים יהודים שנקראו הסיקריים את מצדה מידי חיל המצב הרומי שהוצב שם. בשנת 70 הצטרפו אליהם סיקריים נוספים ובני משפחותיהם שגורשו מירושלים מעט לפני חורבן בית שני. במשך השנתיים הבאות השתמשו הסיקריים במצדה כבסיס לפשיטות והתנכלויות ליישובים רומיים ויהודיים כאחד, כאשר בראשם מנהיגם אלעזר בן יאיר.
המצור על פי יוסף בן מתתיהו.
על פי תיאורו של יוסף בן מתתיהו, הטיל הנציב הרומי, פלביוס סילבה, בראש הלגיון העשירי ויחידות עזר אחרות, מצור על מצדה. הצרים בנו סוללת מצור על הצד המערבי של הרמה. שיא גובהה של הסוללה היה על פי תיאורו של יוסף בן-מתתיהו נמוך מגובה חומת מצדה, ולכן היה צורך בבניית פלטפורמה רחבה שהייתה בנויה מאבנים התואמות היטב זו את זו. מעל פלטפורמת אבן זו נבנה איל ניגוח שאפשר לרומאים לפרוץ את חומת המבצר.
כאשר התמוטטה חומת האבן התגלתה חומת עץ שהקימו המגינים בנקודת הפריצה, הרומאים העלו באש את חומת העץ והידקו את המצור לרגע הפריצה שנקבע למחרת. מנהיג המגינים החליט שאבדה התקווה לשרוד את המצור ולהדוף את הרומאים והחליט שהמוצא היחיד הוא התאבדות של כל הנמצאים על ההר. תיאורו הדרמטי של יוסף בן מתתיהו מגיע לשיאו בנאומו, בשני חלקים, של אלעזר בן יאיר, שבו טען אלעזר בזכות החירות, וטיעונו העיקרי הוא עדיפות החירות על פני החיים. למחרת היום, כשנכנסו הרומאים למבצר, הם גילו שמגיניו, כאלף איש ואישה ובתוכם ילדים זקנים וטף, העלו באש את כל המבנים והתאבדו. גרסה זו של סיפור המצור על מצדה נמסרה, על פי יוסף בן מתתיהו, על ידי שתי נשים שנצלו מההתאבדות כשהתחבאו בבור מים עם חמישה ילדים.
המצור על פי המחקר המודרני.
למרות הדיוק היחסי של כתביו של יוסף בן מתתיהו, שתיאוריו תואמים לממצא הארכאולוגי במצדה, הרי שבכל הנוגע לדיוק התיאור של יוסף לגבי המצור וכיבוש מצדה קיימים ספקות בקרב רוב החוקרים העוסקים בהיסטוריה של מצדה. עם סיום החפירות העיקריות, ובהמשך, תוך הסתמכות על ממצאים בחפירות מאוחרות יותר, הועלו מספר תאוריות כיצד השתלשלו האירועים במצדה בעת המרד הגדול.
מקובלת ההנחה, במחקר האקדמי העדכני, כי מגיני מצדה לא ניהלו קרב פנים אל פנים עם הרומאים ולא יצאו לגיחות אל מחוץ למבצר. הסוציולוג נחמן בן יהודה אף קובע כי על מצדה לא התנהל כל קרב. מנגד, חוקרים אחרים כגון מיכה ליבנה, מתארים בצבעים חיים את שגרת הקרבות בעת המצור בין המגינים על החומה לרומאים במחנותיהם, וביתר שאת בעת הפריצה למבצר. מרדכי גיחון מציין במחקרו "נפילת מצדה הכיצד" כי יחסי הכוחות, אותם הוא מעריך ב-1:10 לטובת הרומאים, לא איפשרו למגינים להיכנס לקרב פנים אל פנים מול הרומאים, וכי סביר להניח כי אלעזר בן יאיר בחר להילחם מול הרומאים בעת פריצת החומה, שכן בנקודה צרה זו לא היו הרומאים יכולים להביא את יתרונם המספרי לידי ביטוי.