ציורי קיר שרדו מקבוצות המערות המוקדמות וגם המאוחרות יותר. כמה קטעים של ציורי קיר שהשתמרו מהמערות הקדומות יותר (מערות 10 ו-11) הם למעשה שרידים ייחודיים של ציור עתיק בהודו מתקופה זו, ו"מראים כי בימי סאטאווהאנה, אם לא קודם לכן, שלטו הציירים ההודים בסגנון נטורליסטי קל וזורם, והתמודדו עם קבוצות גדולות של אנשים באופן בר השוואה לתבליטי הסורגים הצולבים בטוראנות של המונומנטים הבודהיסטיים בסאנצ'י". ניתן לציין גם כמה קשרים עם אמנות גנדהארה, ויש עדויות לסגנון אמנותי משותף.
בארבע מהמערות המאוחרות יותר יש ציורי קיר גדולים ושמורים היטב, שלדברי ג'יימס הארלה, "באו לייצג את ציור הקיר ההודי בפני שאינו מומחה", ומייצגים "את התהילה הגדולה לא רק של גופטה אלא של כל האמנות ההודית". הם מתחלקים לשתי קבוצות סגנוניות, כשהמפורסמות ביותר במערות 16 ו-17, וככל הנראה ציורים מאוחרים יותר במערות 1 ו-2. הקבוצה האחרונה נחשבה כמי שצוירה כמאה שנה ואילך מאוחר מהאחרות, אך הכרונולוגיה המתוקנת שהציע ספינק הייתה להציב גם אותה במאה החמישית, אולי בני אותה תקופה, אבל בסגנון מתקדם יותר, או כזו המשקפת צוות מאזור אחר. הפרסקו של אג'אנטה הם ציורים קלאסיים ועבודת אמנים הבטוחים בעצם, ללא קלישאות, עשירים ומלאים. הם מפוארים, חושניים וחוגגים יופי גופני, היבטים שצופים מערביים מוקדמים חשו כי הם מזעזעים בצורה שאינה הולמת מערות אלה, הנחשבים כמיועדים לפולחן דתי ולחיי נזירים סגפניים.
הציורים נעשו ב"פרסקו יבש", צבועים על גבי משטח טיח יבש ולא על טיח רטוב. נראה כי כל הציורים הם יצירתם של ציירים הנתמכים על ידי פטרונים מתוחכמים. אנו יודעים ממקורות ספרותיים כי אמנות הציור הייתה נפוצה ומוערכת בתקופת גופטה. שלא כמו ציורי קיר הודים רבים, הקומפוזיציות לא הוכנו ברצועות אופקיות כמו אפריז, אלא מראות סצנות גדולות המתפשטות לכל הכיוונים מדמות או מקבוצה אחת במרכז. גם התקרות צבועות במוטיבים דקורטיביים מתוחכמים ומשוכללים, רבים מהם מקורם בפיסול. הציורים במערה 1, שעל פי ספינק הוזמן על ידי הארישנה עצמו, מתרכזים באותם סיפורי ג'טאקה המציגים את חייו הקודמים של בודהה כמלך, ולא כצבי או פיל או חיית ג'טאקה אחרת. הסצנות מתארות את בודהה כמי שעומד להתנער מחיי המלוכה.
באופן כללי נראה כי המערות המאוחרות נצבעו על שטחים מטויחים כאשר עבודות החציבה נמשכו במקומות אחרים במערה, כפי שמודגם במערות 2 ו-16 בפרט. על פי תיאורו של ספינק על כרונולוגיית המערות, נטישת העבודות בשנת 478 לאחר תקופה עמוסה קצרה מסבירה את היעדר הציורים במערה 4 ובמקדש מערה מספר 17, כשהאחרונה טויחה כהכנה לציורים שמעולם לא נעשו.
הציורים ועבודות האומנות במערה נשחקו עקב בליה ופעילות אנושית. לכן, אזורים רבים של הקירות, התקרות והעמודים הצבועים הם מקוטעים. הנרטיבים המצוירים של סיפורי ג'טאקה מתוארים רק על הקירות, שדרשו את תשומת הלב המיוחדת של המאמינים. הם דידקטיים באופיים, שנועדו ליידע את הקהילה על תורתו של בודהה וחייו באמצעות לידות מחדש. הצבתם על הקירות חייבה את המאמין לעבור דרך המעברים ול"קרוא" את הנרטיבים המתוארים בפרקים שונים. הפרקים הנרטיביים מתוארים בזה אחר זה, אם כי לא בסדר ליניארי. זיהויים מהווה תחום מרכזי במחקר מאז גילוי האתר בשנת 1819.
הכרונולוגיה של ספינק וההיסטוריה של המערות.
וולטר ספינק פיתח בעשורים האחרונים כרונולוגיה לתקופת העבודה השנייה באתר, שבניגוד לחוקרים קודמים, הוא מציב את כולה במאה החמישית. זאת בהתבסס על עדויות כמו כתובות וסגנון אמנותי, תיארוכים של אתרי מקדשי מערות סמוכים, כרונולוגיה השוואתית בין השושלות ובשילוב עם האלמנטים הרבים שלא הושלמו במערות. הוא מאמין שקבוצת המערות הקדומה יותר, שכמו חוקרים אחרים הוא מתארך רק בערך, לתקופה "בין 100 לפנה"ס - 100 לספירה", ננטשה בשלב מאוחר יותר לחלוטין ונותרה כך "במשך יותר משלוש מאות שנים". מצב זה השתנה במהלך תקופת הקיסר ההינדי הארישנה משושלת וקאטאקה, ששלט מ-460 עד מותו בשנת 477, שמימן חציבת מערות חדשות רבות בתקופת שלטונו. שלטונו של הארישנה הרחיב את אימפריית וקאטאקה של מרכז הודו, כך שהיא כללה גם רצועה של החוף המזרחי של הודו. אימפריית גופטה שלטה בצפון הודו באותה תקופה, ו במרבית החלק הדרומי.
לדברי ספינק, הארישנה עודד קבוצה של מקורבים, ביניהם ראש ממשלתו וראהאדבה ואופנדרגופטה, מלך המשנה שבתחומו שכנה אג'אנטה, לחצוב מערות חדשות שהוזמנו באופן אינדיבידואלי, חלקן מכילות כתובות המתעדות את התורמים. פעילות זו החלה במערות רבות בו זמנית בסביבות 462. פעילות זו הושעתה בעיקר בשנת 468 בגלל איומים מצד מלכי אסמקה הסמוכים. לאחר מכן נמשכה העבודה רק במערה 1, התרומה של הארישנה עצמו, ומערות 17–20, בהזמנת אופנדרגופטה. בשנת 472 המצב היה כזה שהעבודה הופסקה לחלוטין, בתקופה שספינק מכנה "פסק הזמן", שנמשכה עד שנת 475 לערך, אז החליפו מלכי אסמקה את אופנדרגופטה כשליטים המקומיים.
העבודות חודשו אז, אך שוב הופרעו על ידי מותו של הארישנה בשנת 477, זמן קצר לאחר מכן הופסקה החציבה הגדולה, למעט במערה 26, שמלכי אסמקה מימנו בעצמם. מלכי אסמקה פתחו במרד נגד בנו של הארישנה, שהביא לסיומה של שושלת וקאטאקה. בשנים 478–480 לספירה החציבה העיקרית של פטרונים חשובים הוחלפה בפריחה של "מחדרים" - פסלים שנוספו למערות קיימות, ומקדשים קטנים במקום בו היה חלל ביניהם. אלה הוזמנו על ידי אנשים פחות חזקים, כמה נזירים, שלא הצליחו בעבר להוסיף תוספות לחציבות הגדולות של השליטים ואנשי החצר. הם התווספו לחזיתות, למשקופים של הכניסות ולקירות בתוך המערות. לדברי ספינק, "אחרי 480 לא נוצרה שוב ציור אחד באתר". עם זאת, קיימת כתובת רשטרקוטה מחוץ למערה 26 המתוארכת לסוף המאה השביעית או תחילת המאה השמינית, מה שמרמז על כך שהמערות לא ננטשו עד אז.
ספינק אינו משתמש במונח "בקירוב" בתאריכים שלו, אך אומר כי "צריך לאפשר מרווח טעות של שנה או אולי אפילו שנתיים בכל המקרים".
חסות הינדית ובודהיסטית.
מערות אג'אנטה נבנו בתקופה בה סגדו בו זמנית גם לבודהה וגם לאלים ההינדים בתרבות ההודית. לדברי ספינק וחוקרים אחרים, המלכים נותני החסות של שושלת וקאטקה של מערות אג'אנטה סגדו ככל הנראה לאלים הינדים ובודהיסטים כאחד. על כך מעידים כתובות בהן השליטים הללו, הידועים בדרך כלל כהינדואיסטים אדוקים, קידשו מערות בודהיסטיות. לפי ספינק: "האפשרות לסגוד גם לבודהה וגם לאלים ההינדים עשויה בהחלט להסביר את השתתפותו של ורהאדבה כאן, בדיוק כפי שהיא יכולה להסביר מדוע הקיסר הארישנה עצמו יכול היה לתת חסות למערה 1 יוצאת הדופן, אף על פי שרוב החוקרים מסכימים שהוא בהחלט היה הינדי, כמו מלכי וקאטאקה הקודמים".
לוח טרקוטה של האלה דורגה, התגלה גם במנזר ויהארה הבנוי מלבנים שרופות ושוכן מול המערות בגדה הימנית של הנהר ואגור שנחפר לאחרונה. זה מצביע על כך שבעלי המלאכה סגדו לאלה. על פי יוקו יוקושי וולטר ספינק, החפצים שנחפרו מהמאה החמישית בסמוך לאתר מצביעים על כך שמערות אג'אנטה העסיקו מספר גדול של בנאים.
תיאור מפורט של המערות.
מערה 1.
מערה 1 נבנתה בקצה המזרחי של הצוק בצורת פרסה והיא כיום המערה הראשונה בה נתקל המבקר. המערה הזו, כשהיא נחצבה לראשונה, הייתה בעמדה פחות בולטת, ממש בסוף השורה. על פי ספינק, זו אחת המערות האחרונות שנחצבו, כאשר האתרים הטובים ביותר כבר נוצלו, ומעולם לא נחנכה לפולחן באופן מלא על ידי הקדשת דמות הבודהה במקדש המרכזי. ההוכחה לכך היא היעדר משקעים מפויחים ממנורות החמאה על בסיס הפסל במקדש, והיעדר נזק לציורים שהיה קורה אם הווים שנועדו לתליית זרים סביב המקדש היו בשימוש במשך תקופה כלשהי. ספינק קבע כי הארישנה קיסר משושלת וקאטאקה מימן את הקמת המערה, וזה בא לידי ביטוי בדגש על דימויים של מלוכה במערה, כאשר מסיפורי ג'טאקה נבחרו אלו שבהם מסופר על חייו הקודמים של הבודהה שבה היה מלך.
לצוק יש כאן מדרון תלול יותר מאשר במערות אחרות, ולכן כדי להשיג חזית גדולה גבוהה היה צורך לחצוב הרבה יותר לתוך המדרון על מנת לייצר חצר גדולה מול החזית. במקור הייתה אכסדרת עמודים מול החזית הנוכחית, שניתן היה לראות "גמורה למחצה בשנות ה-80 של המאה ה-19" בתמונות של האתר, אך היא התמוטטה לגמרי, והשרידים, אף על פי שהכילו גילופים נאים, הושלכו ברשלנות למטה במורד לתוך הנהר, ושם הם אבדו.
למערה זו (35.7 מטרים × 27.6 מטרים) יש את אחת החזיתות המגולפות המשוכללות ביותר, עם פסלי תבליט על האנטבלטורה והזיזים, ורוב המשטחים מעוטרים בגילוף דקורטיבי. יש סצנות מגולפות מחייו של בודהה, כמו גם מספר מוטיבים דקורטיביים. אכסדרה דו-עמודית, הנראית בתצלומים מהמאה ה-19, נחרבה מאז. למערה יש חצר קדמית עם תאים שמולם פרוזדורים עם עמודים משני הצדדים. לעמודים יש בסיס גבוה. למערה מרפסת עם תאים פשוטים משני קצותיה. היעדרם של פרוזדורים עם עמודים בקצותיהם מרמז כי המרפסת לא נחצבה בשלב האחרון של אג'אנטה כאשר הפרוזדורים עם העמודים הפכו למקובלים. רוב אזורי המרפסת היו מכוסים פעם בציורי קיר, מהם נותרו קטעים רבים, במיוחד על התקרה. ישנם שלושה פתחים: פתח מרכזי ושתי דלתות צדדיות. שני חלונות מרובעים נחצבו בין הפתחים כדי להאיר את חללי הפנים.