מעמדו ופעולותיו של חיים פרחי סייעו לצמיחתו של היישוב היהודי ובימיו מנתה קהילת עכו כ-800 נפשות, ב-1820 מנתה קהילת יהודי ירושלים כמחצית מתושבי העיר, בטבריה היו היהודים כבר רוב תושבי העיר וגם בצפת ערב רעידת האדמה בשנת 1837 היו היהודים מרבית תושביה. אולם בשל הירצחו של חיים פרחי, והאסונות הנוספים שפקדו את היישוב הן מידי הטבע והן מידי תושבי הארץ הידלדלו שוב קהילות היהודים הגדולות.
עול מסים כבד רבץ על היהודים, מלבד המיסים שהוטלו על כלל האוכלוסייה: הח'ראג' והג'אפר (מס שמירה שהוטל על העוברים בדרכי הארץ), חויבו יהודי ירושלים בשלושה מיסים נוספים, כמאמיני "דת נסבלת"; ולאחר "מרד הפלאחים" בתקפ"ה 1825, חויבו בסדרת מיסים נוספת. הנטל הכבד הביא להרעה במעמדם הכלכלי והחברתי הכללי. הכומר האירי ו"ב לואיס שביקר בשנת תקפ"ד 1824 בארץ התרשם כי . עוד הוא סיפר: . לואיס סיפר גם על מצב היהודים הנוהגים לעלות לקברי צדיקים: "מתנפלים עליהם בגסות וגונבים כל אשר להם, ואם ינסו היהודים להתנגד, יכּוּם עד מוות. ואין דבר זה נעשה בידי שודדי־דרכים או בדווים, אלא בידי אותם האנשים הרואים אותם ומשוחחים איתם יום־יום".
במקביל, המשיכו להגיע חבורות עולים לארץ, ומהם שרכשו קרקעות במקום ישובם. הרב חיים ישועה בג'איו ראש קהילת יוצאי ספרד ופורטוגל בחברון, רכש בשנת תקס"ז (1807), קרקעות בעיר, ובהן נכללו תל רומיידה וקבר רות וישי, והעבירן כתרומה לידי הקהילה. בתקע"ז (1817), הגיעו עולים מצפון אפריקה והתיישבו בגליל ובחיפה, בהם משפחת עבו מאלג'יר, שבניה היו רבנים וסוחרים. בשנות העשרים של המאה ה-19, קיבל רבי שמואל עבו מונופול למסחר בצבע הבגדים אינדיגו הגדל בארץ ישראל ובסביבתה ממשפחת ששון; בשנת תק"ף (1820), הקים ישעיהו אג'ימן את בית אג'ימן ביפו כאכסניה ליהודים הבאים לארץ דרך נמל יפו.
משנת 1822 מתיישבים חסידי חב"ד בחברון, אחד מהם ר' ישראל יפה "המדפיס מקפוסט" נוטע בה כרם גפנים. לימים יסייע לשיקום בית הדפוס של ר' ישראל ב"ק מהגליל, כבית דפוס העברי הראשון בהיסטוריה של ירושלים.
תמורה חשובה במצב היישוב התחוללה בעקבות יוזמותיו ומפעליו של משה מונטיפיורי; הם סללו דרך להתרחבות וליוזמה יהודית ברחבי הארץ; הגם שחלקן לא יצא אל הפועל. ביקורו הראשון היה בשנת תקפ"ז (1827); הוא ירד עם בני לווייתו בנמל יפו, ומשם עלו על גבי גמלים לירושלים ולקבר רחל. בין השנים 1839–1875, ערך מפקדים בקהילות היהודים בארץ על ארגוניהם השונים, ויזם תוכניות סיוע ופיתוח רבות לשינוי מצבו של היישוב היהודי בכללו. מונטיפיורי סייע ל"יישוב הישן" לשנות חלק מאורחות חייו; ולהוציא מהמחשבה אל המעשה יוזמות יישוביות קיימות, שנכשלו בהיעדר ידע מקצועי או אשראי. רבות מתוכניותיו, שעליהן שוחח עם שליטים טורקיים מקומיים, קונסולים זרים, ומנהיגי הקהילות נסובו על הקמת "מושבות חדשות", בעיקר בגליל; "בסביבות צפת ... כי יש שם יערי עצי זית כבירים לימים מאד, כרמים, אדמת מרעה, המון מעיינות ומים טובים. גם תאנים, אגוזים, שקדים, תותים וכו' וגם שדי תבואות: חטים, שעורים ועדשים". בין מפעלותיו, הקים בירושלים בתי-ספר למלאכה לנערות, בית חרושת לאריגה, טחנת קמח, ויזם את הקמת השכונה "משכנות שאננים" בירושלים (1860), השכונה היהודית הראשונה מחוץ לחומות העיר העתיקה. בשנת 1874, "לציון יום הולדתו ה-90, נוסדה קרן "מזכרת משה" למפעלי פיתוח בארץ-ישראל ובהקשר לכך בא מונטיפיורי בשביעית לארץ בגיל מופלג זה".
שנות השלושים.
ישראל ב"ק הקים בשנת תקצ"ד (1834) יישוב וחווה חקלאית על הר מירון, שנקרא אז "ג'רמק", ובו ישבו כחמש עשרה משפחות יהודיות. לאחר שנים ספורות פעל באזור רבי שמואל עבו, בסיוע מונטיפיורי. הוא רכש קרקעות בגליל, ואף את חלקת קבר רבי שמעון בר יוחאי, והקים עליו את מבנה בית הכנסת. עד ראשית שנות השמונים רכשו בני משפחת עבו קרקעות בשטח של אלפי דונם בגליל ובמורדות דרום הגולן, שרובן נמכרו אחר כך ליהודים מאירופה, ועליהן הוקמו בשנת תרמ"ב (1881) היישובים ראש פינה, יסוד המעלה, משמר הירדן, מחניים ועין זיתים.
אברהם שלמה זלמן צורף השיג בשנת תקצ"ו (1836), בעזרת הקונסולים של רוסיה ואוסטריה, פירמאן (צו מלכותי) ממוחמד עלי באשא אישור לאשכנזים להתיישב בירושלים. והללו הגישו כתב בקשה לקבלת רישיון לקנות נכסים וקרקעות לחקלאות. בקשתם נדחתה בהסתמך על דיני השריעה וכן על החלטה קודמת של מועצת המג'ליס הירושלמית, שלא להתיר להם לרכוש אמצעי ייצור חקלאיים, ולאפשר להם רק זכויות של בני חסות, כמו עיסוק בייבוא ובייצוא של סחורות.
מונטיפיורי אף ניסה ליישב מספר משפחות איכרים בגליל. ההיסטוריון יצחק בן-צבי תיאר:
מרדכי סלומון חכר בשנת תקצ"ט (1839), יחד עם שותף מהעדה הספרדית, קרקעות בכפר הערבי אל מנסורה (בקרבתו הוקמה בהמשך המושבה עקרון-מזכרת בתיה), והקים בו חווה חקלאית. הוא תכנן תוכנית מפורטת בדבר ייסוד יישוב חקלאי לפרנסת יהודי ירושלים בארץ ישראל, והגיש אותה למשה מונטיפיורי שערך אז מסע בארץ, ובנוסף כתב שורה של תזכירים והצעות דומות.
שנות הארבעים.
בעשור זה נוסדו מספר מוסדות ומפעלות נודעים בירושלים, ביניהם נמנים, בית הדפוס העברי הראשון בירושלים של ישראל בק, שהוקם בשנת 1841. מלון "קאמיניץ", שראשיתו בשנת 1842, כאשר מנחם מנדל מקאמיניץ ורעייתו ציפה ייסדו את "בית הכנסת אורחים" ליד מגדל דוד, ולאחר מכן, בתוך העיר העתיקה, אכסניה גדולה ומאפייה ברחוב חברון (כיום רחוב מעלה חלדיה) ליד ישיבת תורת חיים. ב-1848 מוקמים יקבי משפחת שור.
על גדות נחל איילון (ואדי מוסררה) ניטע פרדס גדול על ידי רבי יהודה הלוי מרגוזה, רבה של העיר יפו, עם חכם אברהם פנסו וחכם יחיאל בכר, לאחר שרכשו שטח של 103 דונם. פרדס זה שכן בקרבת המשק והגן החקלאי שהקים גר הצדק פטר דוד בן אברהם קלאסן עוד קודם לכן. מאוחר יותר בשנת ה'תרט"ו (1855), נרכש הפרדס על ידי משה מונטיפיורי במטרה להעסיק בו יהודים. ולפיכך כונה על שמו.
שנות החמישים.
שנות החמישים התאפיינו בהמשך רכישת קרקעות ובבנייה. האחים שלמה, רפאל וחיים אמזלג רכשו קרקעות ברחבי הארץ, שנרשמו על שמו של נתין עות'מאני, בשל החקיקה העות'מאנית שמנעה זאת מנתינים זרים. לאחר הרפורמה בחוקי הקרקעות המשיכו ברכישותיהם.
בירושלים, נרכשה קרקע מצפון-מערב לעיר העתיקה על ידי ג'יימס פין, הקונסול הבריטי, בשנת תרי"א (1851). הוקמה בה חווה חקלאית וכרם שהועסקו בהם יהודי ירושלים. באתר, שנקרא כרם אברהם, הוקם בית כנסת, וכן גת, מחצבה, וקולומבריום. בנוסף, נרכשו קרקעות בארטאס בקרבת בריכות שלמה ובמקום התקיימה חווה חקלאית בה עבדו יהודים מומרים במשך כ-13 שנה.
ב-1854 - אלברט כהן מנהל פעילות הצדקה של הברון ג'יימס מאיר רוטשילד, עורך את מסעו הראשון בארץ ישראל ובארצות האזור לבקשת הקונסיסטוריה המרכזית של יהודי צרפת לבחינת מצבם של היהודים בהן. בעקבות מסעותיו אלה ישפיע על בניית תשתיות קהילתיות חשובות כבתי חולים, מוסדות חינוך ומוסדות סיוע.
מפעל אריגה קטן בירושלים ללימוד מלאכה זו לצעירים ולצעירות הוקם בשנת 1854 על ידי מרדכי סלומון, לאחר שלמד באנגליה את מלאכת האריגה בעזרתם של משה מונטיפיורי והברון רוטשילד. באותה שנה, בשל פעילות המיסיון, הקים הברון ג'יימס מאיר רוטשילד בחסות ממשלת אוסטריה בית חולים יהודי בעיר העתיקה בירושלים, שנשא את שמו.
בה'תרט"ו (1855) רכש משה מונטיפיורי בהיתר מיוחד מהשלטון מגרש גדול מעל בריכת הסולטאן מול הר ציון, ובשנת 1860 נבנתה בו השכונה היהודית הראשונה מחוץ לחומות, משכנות שאננים. על פיקוח וביצוע הפרויקט הופקד יצחק פיתוחי חותם רוזנטל. סמוך לשכונה נבנתה טחנת הקמח. באותה שנה הוקם בית הספר למל ידי ד"ר לודוויג אוגוסט פרנקל.
תמורה משמעותית התחוללה כשנחקק חוק עות'מאני ראשון שחייב הסדרת רישום זכויות היחיד במקרקעין בשנת תרי"ח (1858), ומאז החלו השלטונות ברישום מקרקעין בארץ ישראל. מאוחר יותר גם אושר לנתינים זרים יחידים לרכוש מקרקעין על שמם בארץ, אם כי גם אחרי זה היו הגבלות שונות בנוגע לזכויות של בעלי הקרקע ואופן השימוש בה בהתאם למעמדה המשפטי.
בשנת ה'תרי"ט (1859) החלו בני משפחת סלנט לגדל אתרוגים באופן מסחרי על מנת לשווקם ליהודי התפוצות. מאוחר יותר בשנות ה-70 מתקיים פולמוס גדול בין מגדלי האתרוגים הירושלמים בני העדה האשכנזית לבין מגדלי האתרוגים מיפו בני העדה הספרדית.
שנות השישים.
התרחבות היישוב והתפתחותו התרבותית כללו ייסוד עתונות ומוסדות חינוך. בשנת תרכ"ג (1863), החלו לצאת לאור העיתונים "הלבנון" ו"חבצלת". שנה לאחר מכן, הוקם בירושלים בית הספר לבנות אוולינה דה רוטשילד, הראשון שבו הייתה שפת ההוראה בשפה העברית.
באותה שנה התקיימה בירושלים אספה רבתי, ביוזמת השד"ר חיים צבי שניאורסון ובהשתתפות הראשון לציון חיים דוד חזן, נכבדי קהילות העיר. האספה עסקה בשאלות העסקת פועלים חקלאיים מהיישוב היהודי, איתור קרקעות לעיבוד חקלאי, בהשגת רישיון לכך מהשלטונות העות'מאניים, ובאמצעים למימון המיזמים הללו; בעקבות האספה הודיעו כמאה משפחות על רצונם לעבור לעבודת אדמה. אולם המיזם לא יצא אל לפועל בגלל דעיכתו של הגוף שנועד לממן אותה: ה"חברה ליישוב ארץ ישראל" בפרנקפורט. הנסיגה מהתוכנית באה גם בשל הרעה ביחס השלטונות, בשנת 1864, שכללה גם הוראה לסגור את שני העיתונים העבריים שהיו באותה עת בארץ.