קיימת אי-הסכמה לגבי השנה שבה ניסה הגר"א לעלות לארץ ישראל. דב אליאך, בספרו "הגאון", מנסה להוכיח מדקדוקים בלשון האיגרת, כי ניסיון זה היה כאשר הגאון היה בסביבות גיל ארבעים, לדבריו כנראה בחורף תק"כ (1760-1759). בספר 'קול התור' מופיע כי הוא ניסה לעלות לארץ בשנת תקמ"ב (1782). לעומתם, ד"ר אריה מורגנשטרן טוען כי הניסיון היה בסביבות שנת תקל"ח (1778), על פי מסמכים של הקהילה היהודית בהולנד המזכירים אדם בשם "ר' אליהו מווילנא", אולם לא ברור האם הכוונה במסמכים אלה לגאון. אלי אליאך הציע כי מדובר בקיץ של שנת תקכ"ז (1767).
כפי המסופר ב'קול התור', הוא ביקש לחדש את היישוב היהודי בארץ, להפריח את שממותיה של ארץ ישראל, וליצור בה זן של אנשים חכמים ומוסריים שקרא לו "אנשי אמנה", ולסלול בזאת את בואו של המשיח שהאמין כי אמור להופיע בשנת הת"ר (1840), כאשר הוא הכריז "קול התור נשמע בארצנו" (על פי שיר השירים ב יב).
בעקבותיו וביוזמת תלמידו רבי חיים מוולוז'ין עלו רבים מתלמידיו לארץ החל משנת תקס"ח (1808), בעלייה הידועה כ"עליית תלמידי הגר"א" בראשות תלמידו רבי מנחם מנדל משקלוב. תחילה התיישבו בצפת והקימו בה את קהילת ה"פרושים". החל משנת תקע"ו (1816) עברו חלקם והתיישבו גם בירושלים, והקימו בה מחדש את הקהילה האשכנזית.
מאבקו בתנועת החסידות.
הגר"א התנגד לתנועת החסידות בשל עיוותים שונים שראה בה, שגרמו לו לסווגה כמינות וכתנועה שיונקת מהטומאה. כבר בשנת ה'תקל"ב (1772) מופיעה חתימתו של הגר"א על חרם קהילת וילנה נגד החסידות. בשנת ה'תקמ"א (1781) הטיל עליה שוב חרם. במסגרת החרם סירב לפגוש את האדמו"ר המייסד של חסידות חב"ד, רבי שניאור זלמן מלאדי, והורה לשרוף בפומבי את הספר "צוואת הריב"ש".
יש דעות שונות לגבי העיוותים שהגר"א ראה בחסידות. שמעון דובנוב טען שהיא איימה על התשתית הקהילתית של דת הספר הרבנית בהעמידה את הרגש לפני השכל, בנוסף לחשש שמדובר בתנועה משיחית פרנקיסטית חדשה שקמה על היהדות (ראו להלן). אחרים טענו שהיא נתפסה כתנועה ליצנית שזלזלה בתלמידי חכמים שהתנגדו לה, בצירוף מעשים שנתפסים כקלות ראש, כגון זלזול בזמני התפילות, עמידה על הראש ועוד. הרב יוסף דוב הלוי סולובייצ'יק מבוסטון מוסיף כי הגר"א ראה כי החסידות מתפשטת במהירות רבה, וזה גרם לו לחשוש שמדובר ב"מעשה שטן", כי קדושה כובשת ומתפשטת לאט.
יש הטוענים שההתנגדות נבעה בשל כך שהגר"א סבר כי בחסידות יש מאפיינים אשר שונים מהאמונה היהודית כפי שהייתה מקובלת עד אז. באיגרת מפורשת של הגר"א עצמו, הוא מכנה את החסידות כעבודת עץ ואבן, התבטאות המלמדת על הפן התאולוגי של התנגדותו לחסידות, המזהה אותה כסוטה מעיקרי האמונה היהודית. ייתכן והתכוון לוולגריזציה פשטנית של רעיונות קבליים מורכבים, כמו נוכחותו של האל בעולם הפיזי, והימצאותם של "ניצוצות קדושה" בעולם, גם בדברים פשוטים כמו עצים ואבנים, לצורך "בירור הניצוצות", שהוא אחד המרכיבים היסודיים בהגות החסידית. ייתכן ויש כאן רמז לחשדותיו כי החסידות ממשיכה או דומה למגמות אפיקורסיות ואנטינומיות מסוכנות, כפי שנתגלעו בתנועות השבתאות והפרנקיזם.
גם באיגרת של רבי שניאור זלמן מלאדי לחסידיו בווילנה, הוא מציין כי התנגדותו של הגר"א כלפיו נובעת ממחלוקת על הגדרת נוכחות האל בעולם הפיזי.
מתלמידיו.
לגר"א לא היו תלמידים במובן הרגיל של המילה והוא לא כיהן בראשות ישיבה. עם זאת בחורף ה'תקכ"ח (1767) הוא הקים בית מדרש צמוד לביתו, שם מסר לעיתים שיעורים, בעיקר בצעירותו, בו למדו תלמידי חכמים מובחרים, שהיו מביאים לפניו את קושיותיהם וספיקותיהם. תלמידיו חשו את הפער העצום ביניהם ולא אבו להיקרא "תלמידיו".בני הגר"א בהקדמת ביאור הגר"א לשולחן ערוך ערכו רשימה של כמה מבחירי תלמידיו:
בני הגר"א כותבים שבסוף ימיו התקרבו אל הגר"א שני האחים בני שקלוב, רבי בונים ואחיו רבי מנחם מנדל:
כתביו.
מתורתו של הגר"א נדפסו ספרים העוסקים בחלקים רבים של התורה, ובהם ביאורים לתורה, לנביאים, למגילות, לספר דברי הימים, למשניות זרעים וטהרות, פירושים לתלמוד ירושלמי, לתוספתא, למסכתות קטנות, לתורת כהנים ועוד. בחכמת הקבלה נדפסו מתורתו פירושים לחלקי הזוהר, ספרא דצניעותא, היכלות, לספר יצירה ועוד. גם את אגדות חז"ל הגר"א מבאר פעמים רבות על דרך הקבלה.
הביבליוגרף ישעיהו וינוגרד ערך ספר שלם אוצר ספרי הגר"א בו אסף את כל ספרי הגר"א למהדורותיהם, כפי שנדפסו עד שנת ה'תשנ"ח.
את עיקרי חיבוריו כתב עד גיל 40, ומאז מיעט בכתיבה.
תלמידו רבי חיים מוולוז'ין כותב כי "אף גם אם יזכו הדור שיתפשטו כל חיבוריו הקדושים, אפס, מקצת מן המקצת מקצה תורתו וחכמתו תראו, וכולם לא תראו ולא תוכלו לשערו, אך תדעו ותאמינו כי אין חקר לתבונתו וחכמתו ודעתו הרחבה מני ים, וכערך טיפה נגד הים הגדול, כך ערך חיבוריו נגד חכמתו המרובה".
חלק מספריו נערכו בשנים האחרונות בצורה מוארת ומוערת על ידי הרב שלמה ברעוודה.
משפחתו.
הגר"א היה הבכור והיו לו ארבעה אחים:
כל שמונת ילדיו של הגאון מווילנה נולדו מאשתו הראשונה, חנה:
הנצחה.
על שמו של הגר"א הוקמו בתי כנסת, בפרט בשכונת שערי חסד בירושלים. כמו כן הוקמה על שמו ישיבת הגר"א (כיום כולל אברכים) בחיפה, ישיבת אדרת אליהו וקהילת אדרת אליהו בעיר העתיקה בירושלים, השואפת ללכת על פי דרכו.
תמונות דיוקן של הגאון מווילנה החלו להתפרסם כהדפסי אבן בין השנים 1821–1825. הצייר המקורי היה ראש המחלקה הליטוגרפית באוניברסיטת וילנה, הצייר הליטאי-פולני ג'וסף הילרי גלובצקי.
המוזיאון היהודי הממלכתי של ליטא נושא את שמו של הגאון.
שנת 2020 שבה מלאו 300 שנים להולדת הגאון, הוכרזה על ידי הפרלמנט הליטאי כשנת הגאון מווילנה וכשנת ההיסטוריה היהודית.
צלם אלוהים
צלם אלוהים הוא ביטוי ומושג תאולוגי, שמשמעותו שהאדם נבדל מכל היצורים החיים מכיוון שהוא נברא בצלם אלוהים וטבועה בו מהות אלוהית, הקובעת לו הערכה מיוחדת, וכן סטנדרטים של התנהגות.
מקור.
המקור למושג צלם אלוהים הוא בספר בראשית, שם מתואר שהאדם נברא בדמותו ובצלמו של האלוהים.
צלם אלוהים במשמעות של הידמות לאל.
רש"י מפרש שהצלם הוא חותם כמו תבנית של מטבע, ואותה תבנית היא תבנית אלוהית ודמות דיוקנו של האל, כלומר שצלם אלוהים עניינו הידמות האדם לאל, דבר הבא לידי ביטוי בכמה מישורים.
הרמב"ם ורבנו בחיי בן אשר סברו שצלם אלוהים הוא התבונה המופשטת של האדם, שבה הוא משיג ומתבונן במהותו של העולם ויוצר הפשטה של העולם. הרמב"ם מבחין בין צלם, תואר ודמות. בעוד שתואר הוא צורתו החיצונית של הדבר, צלם הוא מהותו הטבעית וצורתו הפנימית, ואילו דמות הוא מלשון דמיון, שלשכלו של האדם יש דמיון מה לשכל האלוהי, ולכן נאמר על האדם שהוא בצלמו ובדמותו של אלוהים, וזוהי הסיבה שהוא שולט על הארץ.
הידמות נוספת של האדם לאל היא בהליכה בדרכיו בעשיית טוב לזולת, כפי שכתב הרמב"ם בספר המצוות (עשין ח), שהאדם מצווה להדמות אל ה' בהתנהגות של חמלה ורחמנות כלפי הזולת, וכפי שכתב "החפץ חיים" בספרו "אהבת חסד", שצלם האלוהים עניינו כוח בנפשו של האדם להידמות אל השם בדפוסי התנהגותו שהם רק להיטיב ולעשות חסד עם זולתו.
ברם לחזקוני קשה לקבל את הפרשנות שיש דמיון בין האדם לאלוהים ולכן הוא מפרש שלושה פירושים אחרים.
צלם אלוהים הכוח לבחור בטוב.
במקורות רבים משמעות בריאת האדם בצלם אלוהים היא, שלאדם יש הידמות אל ה' בכוח הבחירה החופשית שיש לו. וכדברי רבי המגיד מדובנא שקבע כי המושג "צלם אלוהים" "נאמר על הבחירה הרצוניית... כי מצד שהאדם בצלם הקדוש ברוך הוא נתן לאדם רשות לעשות מה שירצה ואין האדם מוכרח במעשיו... ודבר זה מפני כי האדם נברא בצלם אלקים...". וכן הראי"ה קוק גם הוא, בדומה למשך חכמה, מבאר כי "עיקר הצלם הוא החופש הגמור שאנו מוצאים באדם, שעל כן הוא בעל בחירה". כוח הבחירה הוא כוח אלוהי, ש"כמו ה' יתברך שהוא עושה מה שירצה, וכן האדם יש רשות בידו לעשות מה שירצה והוא בעל בחירה". וכך גם המשך חכמה טען שדווקא יכולת הבחירה החופשית שיש לאדם, בניגוד לכל נוצר אחר, ואפילו לפעול כנגד נטיותיו היא הצלם, כשם שהאלוהים חופשי באופן מוחלט לעשות כרצונו, כך האדם אינו נשלט בידי הטבע, אלא יכול לבחור בין טוב לרע.
הציפייה מהאדם, שינצל את כוח הבחירה החופשית לבחור בטוב, כמפורש בכתובים: "...החיים והמות נתתי לפניך הברכה והקללה, ובחרת בחיים למען תחיה אתה וזרעך. כוח הבחירה החופשית נועדה אפוא רק כדי לאתגר אותו, ולאפשר לו להתגבר על דחפיו ויציריו. לאור זאת המושג 'צלם אלוהים' משתף את המשמעות של כוח האדם להתגבר על עצמו, למשמעות גם של השתקפות רצון האל מתוך מעשה האדם, כאילו האדם נושא עליו את דיוקנו ה"צלם" של האל. ברוח זו כותב הרב הירש: "ברם אתה, בן אדם, רק אתה בלבד לצדק נוצרת. בין כל היצורים רק אתה בידך לפעול באי-צדק, כלומר, רק אתה בידך לשלול, כביכול, מאת ה' ומן העולם את שמגיע להם, וליטול יותר ושונה מן המגיע לך..." הבחירה החופשית היא זו שעל ידה הקדוש ברוך הוא "הפקיע אותך מן השיעבוד לחוקתו", וזאת כדי "שבחירות רצונך תנהג בצדק כלפי מצוות ה' וכלפי כל יצור. עליך להגביל מרצון את שליטתך, לרסן מרצון את מעשיך ומוצא פיך, להתגבר מרצון על צרות עינך – והכל רק על פי דרישת הצדק, כי לכך נוצרת. אם תקיים את מצות הצדק הזה, הרי שתזכה באמת להיות "צלם אלוקים", זעיר אנפין אלוקי של כבוד ה' הצדיק בכל דרכיו..."