מורל החיילים בצד האיחוד היה במצב רעוע. המורל בקרב חיילי האיחוד נחלש בשלב מוקדם בלחימה, עוד קודם למערכת חצי האי כאשר התנפצה האפשרות שהמלחמה תסתיים במהרה. בתחילת המלחמה האיחוד שילם שכר, ואף העביר שכר נוסף על גיוסם של מתנדבים חדשים, לעיתים קרובות סכום של עד 300 דולר על גיוס. רבים התגייסו, אספו את כספם ואז ערקו. בעוד שעריקת חיילים מהאיחוד נמשכה במהלך כל המלחמה, היו תקופות שזינקה במספר, בעיקר בין החורף והאביב של 1863 בעקבות התבוסה ההרסנית של צבא האיחוד בקרב פרדריקסברג ונסיגתו בעקבות קרב צ'נסלרוויל. עריקות מהאיחוד הוכיחו גם את מידת ההתמודדות של הצפון עם התנועה אנטי-מלחמתית ואת ההשפעה שהייתה לתנועה על מורל החיילים. מזכיר המלחמה אדווין מק'מסטרס סטנטון קרא להוצאות להורג של עריקים במאמץ להרתיע עריקות עתידיות. לינקולן נאבק ברעיון שהצבא יורה באדם על עריקתו, ובכל זאת הממשלה נותרה חסרת אונים להעניש את אלה בבית שדגלו בגלוי בעריקה ובנטישת מאמץ המלחמה. ההתכתבויות בין לינקולן לבין סטנטון מראים כי לינקולן דרש ובדק באופן אישי קבצים רבים של עריקים מורשעים שנידונו למוות. לינקולן סירב לאפשר עינויי הלחמה בעריקים מתחת לגיל 18, וברוב המקרים האחרים הוא העניק חנינות לחיילים עריקים שנתפסו.
אינדיאנים במהלך מלחמת האזרחים.
במהלך מלחמת האזרחים 20,000 אינדיאנים היו מעורבים בצבאות האיחוד והקונפדרציה וזאת בעיקר במטרה להשיג תמיכה מצד הממשלה שלמענה הם נלחמו. רוב האינדיאנים יושבי השמורות של אוקלהומה צידדו עם הקונפדרציה ולאורך כהונתו של לינקולן היה ממשל האיחוד הפדרלי ביחסים קרים עם רוב קהילות האינדיאנים. חוק הומסטד וחוק הרכבות לאוקיינוס השקט משנת 1862 סייעו לזרז את בניית מסילת הברזל החוצה יבשתית מהאוקיינוס האטלנטי ועד לשקט, מה שהוביל לאובדן משמעותי של אדמות ומשאבי טבע אשר פגעו בעיקר באינדיאנים מקומיים. בנוסף, השחיתות המשתוללת במשרד האינדיאנים, (המשרד שקדם ללשכה לענייני אינדיאנים), נמשכה ללא הפסקה לאורך תקופת כהונתו של לינקולן והרבה מעבר לה. במקרים רבים, סוכנים ממשלתיים שמונו בידי ממשל לינקולן גנבו על הסף משאבים שהיו אמורים להגיע לשבטים. בינואר 1862 ביקש ויליאם דול, מזכיר הממשל הפדרלי של האיחוד לענייני האינדיאנים, להתחיל בגיוס של אינדיאנים מאזורי השמורות.
היחסים של לינקולן עם האינדיאנים קדמו לתקופת נשיאותו בשנים רבות. סבו נהרג על ידי אינדיאנים בשנת 1784, מה שהותיר את אביו תומאס לינקולן ללא אב בגיל 6 ותרם לקשיי המשפחה. לינקולן כאמור התנדב למלחמת ה"נץ שחור" בשנת 1832. בשנות נשיאותו פיתח לינקולן גישה לאינדיאנין שהונהגה משיקולים פוליטיים. בשנתו הראשונה בנשיאות התעמת לינקולן נגד המאמצים הנמרצים של הקונפדרציה לכרות בריתות עם האינדיאנים מהשמורות באוקלוהומה ומהדרום. הקונפדרציה אף העניקה ייצוג פדרלי לאומת הצ'רוקי בתמורה לברית אשר נוסדה באוקטובר 1861. עד דצמבר באותה שנה נאלץ לינקולן להודות בקונגרס בכך שיחסי הממשלה עם השבטים האינדיאנים הופרעו קשות עקב מלחמת האזרחים. בתגובה הציע ללינקולן הסנאטור מקנזס, ג'יימס ליין, להתחיל בגיוס של אינדיאנים לצבא האיחוד. בשנת 1862 פרצה בדקוטה מלחמה בין האיחוד ושבטי סוּ. את המאבק באיחוד הנהיגו בעיקר אנשי שבטי מדווקנטון ווהפקוט (תת-שבטים של הסוּ). מתוך כ-6,500 אנשי דקוטה שחיו על אדמות השמורה של מינסוטה בשנת 1862, ההיסטוריונים חושבים שלא יותר מ -1,000 לחמו בפועל, כולל כאלה שנאלצו להכריח את הקרבות.
לפני שפרץ המאבק, קבוצת בני שבט מדווקנטון הקימו קבוצת ציידים. עם הזמן הצטרפו אליה אינדיאנים שהתנגדו להתבוללות עם "האומה האמריקאית" ונאסר על חקלאים לבנים מלהצטרף. המצב הסלים וגרר מאבק בין האינדיאנים והחקלאים הלבנים תושבי המקום. ב-17 באוגוסט ארבעה אינדיאנים בני שבט הסו נעו על גדות נהר מינסוטה דרומה והרגו חמישה מיישבים לבנים בעיירת אקטון, מערבית למחוז מיקר. התקרית הובילה לפריצתה של המלחמה. בתוך הממשל הרדוף על ידי תבוסה צבאית ומתוסכל על ידי מחסור בכוח אדם, חדשות אלו על פריצתה של מלחמה חדשה הובילו לדאגה ממושכת. ממשל לינקולן בשלב זה שקל ברצינות את האפשרות למזימה של הקונפדרציה בצפון מערב, אף שהנשיא היה זהיר יותר בעניין זה מרוב כפופיו החשדנים. לינקולן עצמו פנה אל הקונגרס בנושא: "התקבל מידע על כך שבוצעה התקפה מתוזמנת על מתיישבים לבנים בידי יישובים של כל השבטים בין נהר המיסיסיפי והרי הרוקי. לקחו חודשיים עד שכוחות צבא האיחוד - רובם הופנו מהמערכה נגד הקונפדרציה - הפילו את אחרון המורדים האינדיאנים והביאו לסיומה של המלחמה באוקטובר 1862.
הצהרת האמנציפציה.
לינקולן הבין שכוח הממשל הפדרלי לביטול העבדות הוגבל בידי החוקה, שלפני 1865, סברה שמדובר בעניין למדינות. הוא טען שבעזרת מניעת התפשטות העבדות לטריטוריות תיכחד העבדות, וניסה להציע פיצויים למדינות שיאשרו אמנציפציה. הנשיא דחה כל ניסיון של גנרלים מקומיים לבצע שחרור עבדים.
ב-19 ביוני 1862, העביר הקונגרס חוק שאסר על העבדות. ביולי, נקבע חוק שאפשר לממשלה לשחרר עבדים של כל אדם שעזר למרד. לינקולן לא סבר שהיה זה עניינו של הקונגרס להחליט על כך, אולם אישר את החוק. הוא הרגיש שרק לו יש היכולת לבטל את העבדות, והחליט לבצע זאת. הוא ניסח טיוטה של ההצהרה, וטען שב-1 בינואר 1863, העבדים ישוחררו.
לינקולן הניח שיש לחסל את בסיס העבדים של הקונפדרציה, אולם אחרים טענו שדבר זה יהווה מכשול לשלום ולאיחוד. ההצהרה הוגשה ב-22 בספטמבר 1862, ואושרה בינואר, כשהעבדים בעשר המדינות שלא היו תחת שליטת האיחוד שוחררו. לינקולן הכין את הצבא ואת האומה לשחרור העבדים, והדמוקרטים הציגו את הסכנה ללבנים הצפוניים בשחרורם. לאחר ששחרור העבדים הפך למטרה צבאית, הצבא התקדם דרומה, ויותר ויותר עבדים שוחררו. באביב 1863, לינקולן התחיל לגייס חיילים שחורים.
מדיניות חוץ לנוכח המלחמה.
קודם למלחמת האזרחים המוניטין של ארצות הברית בעיני המעצמות האירופאיות לא היה של מעצמה ולכן מבחינה פוליטית רוב המעצמות האירופאיות לא מצאו את מלחמת האזרחים כאירוע בעל חשיבות פוליטית מרכזית. המצור הימי של האיחוד על הקונפדרציה תחת פיקודו של דייוויד פראגות' מנע מייצוא תוצרת הקונפדרציה מלהגיע לאירופה. הקונפדרציה הייתה מייצאת הכותנה הגדולה ביותר לאירופה, ועל כן היה על המעצמות האירופאיות לפנות למצרים והאימפריה העות'מאנית כתחליף כלכלי. ארצות הברית הייתה ביחסים חמים עם האימפריה הרוסית ואלכסנדר השני, קיסר רוסיה היה ידיד קרוב של לינקולן. למעשה, לינקולן הושפע מרפורמת 1861 שהנהיג הקיסר הרוסי שהובילו לביטול מוסד הצמיתות באימפריה הרוסית. במהלך מלחמת האזרחים נשלחו אוניות בריטיות תחת חסות ממשלתית במטרה ליצור קשרים דיפלומטיים עם הקונפדרציה. צי האיחוד מנע מאוניות בריטיות אלו להגיע לחופי הקונפדרציה מה שגרר תקריות צבאיות בין בריטניה לאיחוד ומשבר ביחסי ארצות הברית–הממלכה המאוחדת.
אחד הגורמים הבעייתיים ביותר בנושא מדיניות החוץ במהלך מלחמת האזרחים היה כאשר הקיסרות הצרפתית השנייה, בתמיכת רוב המעצמות האירופאיות, פלשה למקסיקו לאחר שממשלתה של האחרונה סירבה לשלם הלוואות ובכך החלה במלחמה הפרנקו-מקסיקנית. כוחות צרפתים כבשו את מקסיקו סיטי והכתירו את אחיו של פרנץ יוזף הראשון, קיסר אוסטריה בתור מקסימיליאן הראשון, קיסר מקסיקו במטרה להשיב את דריסת הרגל האירופאית בתוך חצי הגלובוס המערבי, דריסת רגל שאבדה ברובה בתחילת המאה ה-19. היחידים שתמכו במונרכיה המקסיקנית שהייתה לבובה צרפתית היו מעטים באליטה המקסיקנית השלטת, הקונפדרציה והאימפריה הברזילאית. בפועל, הצרפתים נעצרו מהתקדמותם לנוכח מלחמת גרילה. הממשל האמריקאי של האיחוד זעם על דריסת הרגל הצרפתית, לינקולן אף שקל להכריז מלחמה על צרפת אילולא ידיו היו קשורות במלחמת האזרחים. לבסוף החליט לינקולן שלא לצאת בפעולה ישירה נגד צרפת מחשש שזאת האחרונה תתמוך בקונפדרציה. אף על פי זאת, הדבר לא מנע מממשלו לתמוך במיליציות פרטיות של אזרחים אמריקאים שחצו את הגבול להילחם לצד המקסיקנים נגד הפולשים הצרפתים. למעשה, נפוליאון השלישי, קיסר הצרפתים, פלש למקסיקו במהלך מלחמת האזרחים האמריקאית מכיוון שראה זאת כהזדמנות פז שבמהלכה ידיה של ארצות הברית קשורות ואין היא תוכל לאכוף את דוקטרינת מונרו כמשקל נגד לדריסת הרגל האירופאית.
פיקוד צבא האיחוד בידי הגנרל גרנט.
במרץ 1864 מינה לינקולן למפקד כוחות הפדרציה את יוליסס סימפסון גרנט, לאחר שזה הרשים אותו בהצלחותיו בקרבות שכללו בין היתר את כיבוש העיר ג'קסון בירת מדינת מיסיסיפי, וכיבוש ויקסבורג, שם לקח גרנט 38 אלף שבויים וכמאה תותחים. לינקולן העריך את גרנט בשל יוזמתו לצאת לקרבות, שלא כקודמיו לפיקוד שנמנעו לצאת לקרבות. הוא נלחם למרות קשיים רבים עד השמדתו המוחלטת של האויב. מעלה נוספת ראה הנשיא בגרנט בכך שהכיר בכפיפותו של הצבא לשלטון האזרחי, הכרה זו ראה הנשיא כחיונית למפקד צבאי.
גרנט החל לנסות להתיש את וירג'יניה, ולמרות אבדות כבדות לצבא האיחוד, גם הקונפדרציה ספגה קורבנות רבים. גרנט איבד כבר שליש מהצבא שלו. לקונפדרציה הייתה חסרה תגבורת. צבאו של גרנט התקדם דרומה, והטיל מצור על פיטרסבורג, וירג'יניה. לאחר מכן אישר לינקולן לגרנט לפגוע בתשתיות הקונפדרציה כדי להחליש את יכולתה הכלכלית. הדרום החל בתקיפה על הצפון כדי לאיים על הבירה, והם אף הגיעו למרחק קטן מהבית הלבן לפני שנהדפו.