הקראים רואים בבית הכנסת מקדש־מעט, ומקום מרכזי וייחודי שבו האדם מתייחד עם בוראו, ולכן כל הנכנס לבית התפילה חייב להיות נקי וטהור בגופו ובלבושו מכל טומאה. בבתי הכנסת הקראיים לא נועלים נעליים מפאת קדושת המקום: הקראים אומרים שמן הראוי להתנהג בהתאם לקדושת המקום ולא להיכנס לבית הכנסת בנעליים אשר דורכים בהן במקומות מזוהמים וטמאים. חליצת נעליים במקומות קדושים היא כלל ידוע מימים ימימה שנאמר גם למשה וגם ליהושע: "שַׁל נַעַלְךָ מֵעַל רַגְלֶךָ, כִּי הַמָּקוֹם אֲשֶׁר אַתָּה עֹמֵד עָלָיו, קֹדֶשׁ הוּא". רצפת בית הכנסת הקראי מכוסה בשטיחים עליהם מקיימים את כל תנאי התפילה הנלמדים מתוך התפילות שמצוינות במקרא.
בראשית המאה ה-21 נמצאו בעולם מספר עשרות בודדים של בתי כנסת קראים פעילים, ועוד מספר בתי כנסת שאינם עוד בשימוש. רוב בתי הכנסת הפעילים נמצאים בישראל, ובמזרח אירופה.
לוח השנה וחגים.
הקראים משתמשים בלוח שנה שאינו קבוע מראש ומבוסס על חשבון, אלא על 'ראיית הירח': היום שבו נראה סהר הירח בפעם הראשונה בחודש, אחרי שהירח של החודש הקודם נעלם, נקבע כראש החודש. שיטה זו במקורה היא שיטה רבנית חז"לית, המתוארת בהרחבה במשנה ובתלמוד במסכת ראש השנה. מאחר שלא מצוין מפורשות במקרא כיצד היו מחשבים את חודשי השנה ועונות השנה, קיבלו הקראים עליהם את שיטת קידוש החודש החז"לית כשיטתם בפועל, אולי גם בשל כך שהם לא הכירו כל שיטה אחרת לחישוב החודשים. שהרי לא היה ידוע בראשית הקראות על הכתות היהודיות מימי הבית השני, שהנהיגו לוח שנה משלהם החולק על שיטת קידוש החודש הפרושית. הבשלת השעורה בארץ ישראל היא הסימן לאביב, שבו אמור לחול חודש ניסן, ולעיבור השנים.
לגבי מועד תחילתה של ספירת העומר ואופן הספירה, ישנה מחלוקת בין היהדות הרבנית לבין הקראים. הקראים טוענים שצריך להתחיל לספור ממחרת שבת בראשית שאחרי ליל הסדר כלומר מיום ראשון בשבוע כמו שכתוב "וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת". ושאת הספירה צריך לסיים לאחר שבעה שבועות שלמים כמו שכתוב "שִׁבְעָה שָׁבֻעֹת, תִּסְפָּר־לָךְ", ביום ראשון ש"מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת", וכך יוצא שלחג השבועות אין מועד קבוע בלוח העברי. לעומתם, הרבניים פירשו שבביטוי "ממחרת השבת", המקרא התכוון ליום טוב ראשון של פסח. שכן מצינו שהביטוי "מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת" חופף לביטוי "מִמָּחֳרַת הַפֶּסַח" בעניין איסור חדש. שכן נאמר בעניין איסור אכילת תבואה חדשה: "...מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת יְנִיפֶנּוּ הַכֹּהֵן. וַעֲשִׂיתֶם בְּיוֹם הֲנִיפְכֶם אֶת הָעֹמֶר כֶּבֶשׂ תָּמִים בֶּן שְׁנָתוֹ לְעֹלָה לַה'. וְלֶחֶם וְקָלִי וְכַרְמֶל לֹא תֹאכְלוּ עַד עֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה עַד הֲבִיאֲכֶם אֶת קָרְבַּן אֱלֹהֵיכֶם חֻקַּת עוֹלָם לְדֹרֹתֵיכֶם בְּכֹל מֹשְׁבֹתֵיכֶם" (). כלומר, אסור לאכול תבואה חדשה עד הבאת הקורבן ממחרת השבת. לעומת זאת, בספר יהושע מתואר שבני ישראל אכלו מהתבואה החדשה של הארץ דווקא "מִמָּחֳרַת הַפֶּסַח": "וַיֹּאכְלוּ מֵעֲבוּר הָאָרֶץ, מִמָּחֳרַת הַפֶּסַח--מַצּוֹת וְקָלוּי: בְּעֶצֶם, הַיּוֹם הַזֶּה" (). הרבניים מביאים לטענתם זו ראיות נוספות מהמקרא.
הקראים מנמקים את עמדתם בכך שהמילה 'שבת' בביטוי 'ממחרת השבת' אינה מציינת בכל התורה יום טוב, אלא רק שבת. הקראים אומרים שלא ייתכן שבאותו קטע המילה שבת תציין פעם יום טוב ופעם שבוע. ולכן, לדברי הקראים, הפירוש ההגיוני היחיד הוא שהמילה שבת מציינת שבת בראשית, ואז יש גם משמעות לכך שחג השבועות צריך להיות מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת, כלומר ביום ראשון.
לעומתם, הרבניים מציינים שהמילה "שבת" או "שבתון" כן מופיעה במועדים אחרים, כגון ביום הכיפורים, בראש השנה וכן בחג הסוכות ובשמיני עצרת. כמו כן מציינים הרבניים, שאי אפשר לפרש את המילה "שבת" בפסוק על ספירת העומר בהקשר של "שבת בראשית", שכן אמנם כתוב "ממחרת השבת" אך לא מפורש על איזו שבת מדובר - אם השבת שבתוך חול המועד, או בשבת שלאחר המועד. כמו כן המשך הפסוק מורה שהמילה "שבתות", משמעה "שבועות", שכן כתוב: "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה", ואם מפרשים זאת על "שבת בראשית" הביטוי "שבתות תמימות" איננו מובן - איך אפשר לספור שבת לא שלמה? אלא אם מפרשים ש"שבתות" הם "שבועות", הדבר מתבאר כ"תספרו שבע שבועות שלמות בלי להחסיר אף יום", ובכך הביטוי "עד ממחרת השבת השביעית" מקבל משמעות של "עד ממחרת השבוע השביעי.
נימוק נוסף שהקראים מביאים לחיזוק עמדתם הוא שחג השבועות הוא החג היחיד שלא נקבע לו בתורה תאריך קבוע, והדרך לחישוב מועד החג היא באמצעות ספירה. לפי שיטת הרבניים יש לחג תאריך קבוע, כמו כן קשה על פירושם - אם סופרים מהיום הראשון של חג המצות יכול היה להיות מצב שבו יהיו שמונה שבתות בין פסח לשבועות, דבר הסותר את כוונת התורה באמרה "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת". הרבניים לעומת זאת טוענים שגם לפי שיטתם אין לחג השבועות תאריך קבוע, שכן הלוח התלמודי אינו לוח קבוע, ושני ראשי החודשים שבין חג המצות לחג השבועות יכולים להיות מקודשים (חודש חסר) או לא מקודשים (חודש מלא), ובכך חג השבועות יכול לצאת בשלושה תאריכים שונים. ורק בלוח הקבוע הנוכחי, שנקבע כך עקב גזירות הנוצרים על הסנהדרין, הוא זה שגרם לכך שיתבטל קידוש החודש, וחג השבועות יחגג תמיד בתאריך ו' בסיוון. ולגבי "שבתות תמימות", מפרשים הרבניים את המילה "שבתות" כ"שבועות", ובכך אין סתירה, כנזכר לעיל.
לקראים אין "יום טוב שני של גלויות" שאינו כתוב בתורה. בנוסף על כך, אפילו יום תרועה (שמו הקראי של ראש השנה) נמשך אצל הקראים יום אחד בלבד, ואינו מציין את תחילת השנה, שכן לפי לוח השנה המקראי הראשון בחודשים הוא ניסן. המסורת הרבנית היא זו שקובעת שהציווי "הַחֹדֶשׁ הַזֶּה לָכֶם רֹאשׁ חֳדָשִׁים" שמצווה אלוהים את משה ואהרון מדבר על חודש ניסן. אולם לא מפורש באף פסוק שניסן הוא החודש הראשון.
הקראים אינם חוגגים את חנוכה משום שאינו מוזכר בתנ"ך, ומשום שלגרסתם, אי אפשר לשמוח על חנוכת בית המקדש, שכן הוא חָרַב מאז; ומציינים את פורים במשך שני ימים בכל מקום שהוא. בשנה מעוברת חוגגים את פורים באדר א'.
דיני אישות וטהרה.
בעבר פירשו הקראים בדרך מיוחדת את הפסוק "על כן יעזוב איש את אביו ואת אמו ודבק באשתו והיו לבשר אחד": לדעתם, היות הגבר והאשה "בשר אחד" הופכת את קרובי האשה לפסולי חיתון עבור קרובי הבעל, ולהפך. שיטה זו נקראה שיטת הריכוב בעריות. בשל היותם של הקראים מועטים, איסור זה איים על המשך התקיימותם. חכמים קראיים מאוחרים גרסו כי שיטת הריכוב בעריות היא הוספה על דברי התורה, ולכן במשך השנים בוטל הריכוב בהסכמה כללית. על פי היקש מהתורה אוסרים הקראים נישואים בין אישה לבין דודהּ, אחי אביה או אחי אימהּ, נישואים שמותרים אצל הרבניים.
הקראים מחמירים בדיני טהרה. הטמאים (גברים או נשים) אוכלים בשולחן נפרד וצריכים לשמור על בידול ולא להיכנס לבית הכנסת. טומאת נידה אצל האישה נמשכת רק שבעה ימים "שִׁבְעַת יָמִים תִּהְיֶה בְנִדָּתָהּ", ואין צורך לספור שבעה ימים נקיים לאחר סיום הווסת, כבטומאת זבה. נוהגי הטהרה דומים למנהגם של יהודי אתיופיה, ויש שאפילו שיערו שהתקיימו קשרים בין הקהילות. ואולם הקראים טוענים שהדמיון הרב בין ההלכה הקראית להלכה של יהודי אתיופיה נובע מכך שיהודי אתיופיה גלו מהארץ בתקופה שבה עדיין לא הייתה תורה שבעל־פה, ומכך שיהודי אתיופיה היו מבודדים משאר יהודי העולם ולא נתונים להשפעתם. זמן הנידה מגיע לשבעה ימים לאחר לידת בן ולארבעה עשר ימים לאחר לידת בת. לימים אלה נוספת תקופה שנקראת "ימי טהרה" שאורכה שלושים ושלושה ימים ללידת בן, ושישים ושישה ימים ללידת בת, כמפורש בפרשת תזריע בספר ויקרא.
הקראים לא מקבלים את הטענה הרבנית שחובה להיטהר מטומאה במקווה, ורואים בה המצאה מאוחרת. הקראים סבורים שאפשר להיטהר מטומאה בכל מים זורמים ואפילו במקלחת.
בקרב הקראים בישראל קיימת שחיקה במידה בה נשמרת הרחקת הטמאים, אך עדיין מקפידים עליה מאוד בבית הכנסת.
מעמד האישה.
לפי הגישה הקראית נחשבות הנשים כשוות לגברים, וחכמי הקראים הביעו יחס חיובי ולא מגביל לנשים. גישה זו באה לידי ביטוי בהבדלים אחדים בין מנהגי הקראים למנהגי הרבניים:
עם זאת, חוקי הטהרה מכבידים על הנשים שבמשך שבעה ימים (זמן נידתן) צריכות להימנע מסוגים מסוימים של מגע חברתי ולאכול בשולחן נפרד (כאמור לעיל).
בבתי הכנסת הקראים בארץ לא נהוג שאישה תעלה לתורה (עלייה לתורה היא חלק מהתקנה של היהדות הרבנית לקריאת התורה במחזור שנתי בשבתות ומועדים והתקבלה על ידי היהדות הקראית).
שבת.
בעבר החמירו הקראים מאוד באיסורים בשבת, למשל חלקם לא קיבל את העקרון לפיו ספק פיקוח נפש דוחה שבת. כמו כן אסרו בתחילה להשאיר אש דולקת מערב שבת, ולכן לא האירו או חיממו את בתיהם ומזונם. רבים אסרו לטלטל חפצים מחוץ לבית בשבת כלל. היו שאסרו לצאת מהבית (למעט תפילה וצרכים חיוניים) בשבת ואף למול. הקראים אוסרים עד היום קיום יחסי אישות בשבת כי לפי פירושם הביאה דומה לחריש וקציר וכתוב "בחריש ובקציר תשבת" (). כמו כן הם אוסרים ביצוע עבודה על ידי גוי עבור יהודי בשבת (אפילו על ידי רמיזה).
החל מהמאה ה־11 חלה הקלה הדרגתית בדינים אלו, הותר להשאיר אש למאור מערב שבת לשבת, וחלק אף קיבלו את ההלכה הרבנית של "תחום שבת" בן אלפיים אמה. בכל זאת, עדיין גישתם מחמירה יותר מזו הרבנית.