צ'רניאק הצטרף כרופא לגדוד הפרטיזנים על שם פיליפ קירוב. הגדוד היה מתואם עם מוסקבה, תוספק באמצעות מטוסים רוסיים, וקיבל מידע על תנועות הגרמנים מאיכרי הסביבה. הוא הקים ביער מרפאה מאולתרת, ערך בדיקות דם ושתן, וטיפל במחלות הלוחמים. הוא וגניה רקחו תרופה בעזרת שומן חזיר ואבקת גופרית וריפאו את הגרדת שהפריעה לפרטיזנים לישון בלילות. את הציוד והתרופות השיגו הפרטיזנים מבתי האיכרים ולקחו שלל מהגרמנים. מלבד טיפול במחלות טיפל בפציעות קרב ושברים, ולמד לירות ברובה. הוא ארגן קורס חובשים ל-18 בחורות מקרב הכפריים אותן לימד כללי עזרה ראשונה בסיסיים: כיצד לעצור דימום, לטפל בשבר בעזרת מקלות ולחבוש באופן סטרילי. הפרטיזנים נשאו עימם לקרב תחליף לעירוי דם אותו הכינה גניה בעזרת תמיסת מים ושבעה אחוז מלח. שלושה גדודי פרטיזנים חברו ביחד לתקוף את אנטופול, ותפסו מכשיר רדיו בו שמע צ'רניאק ידיעות על המתרחש בעולם. את החדשות ששמע רשם, והדפיס דפי מידע אשר הופצו בין חמישה כפרים באזור. בזמן המלחמה השתוללו המגיפות, אשר הנפוצה בהם הייתה מגפת טיפוס הבהרות. הוא הצליח לבלום את המחלה על ידי ביעור הכינים שהעבירו אותה. על כל חייל שחזר מקרב היה לחטא את בגדיו בחדר חיטוי מאולתר: חפירה אליה נפלטו אדי מים רותחים. במשך הזמן תכנן, יזם והקים בית חולים שדה ובו 13 מיטות. ב-22 ביוני 1944 שוחררה אנטופול. לאחר 18 חודשי לחימה עם הפרטיזנים חזר צ'רניאק לביתו אחרי שטיפל באלפי חולים. ב-22 באוגוסט 1944 עוטר בעיטור הכוכב האדום מטעם הצבא האדום על תרומתו למאבק בנאצים.
משפחתו וחייו האישיים.
בגיל שלושים, לאחר שחזר לאנטופול בסיום למודיו, הכיר צ'רניאק את גניה (גיטל) פלדשטיין, רוקחת שעבדה בבית המרקחת של העיירה. הם התחתנו בטקס צנוע ובמאי 1942 נולדה בתם הראשונה עירית (אירני) אשר נקראה על שם אביו אריה שנפטר ב-1936 עקב סרטן הכבד. על מנת להציל את חייה של עירית, מסר אותה צ'רניאק בספטמבר 1942 לוורה אוחריץ, פולניה נוצרייה מאנטופול, אשר גידלה אותה בזהות בדויה במשך כל תקופת המלחמה תוך כדי סכנת נפשות (על כך קיבלה וורה ב-2007 הכרה כחסידת אומות עולם וסיפורה מתועד ביד ושם). לאחר בריחתם מהגטו, לחמו עם הפרטיזנים ביערות וחזרו לאנטופול ב-1944. שפרה-צילה נולדה ב-1945. ב-13 בספטמבר 1948 נולד בנו אברהם (רמי) בוורצלב. ביום רביעי, הרביעי באפריל 1950 עלה על האונייה הישראלית "נגבה" בדרך לארץ ישראל. תחילה שוכן עם משפחתו במעברת בת גלים, ובהמשך עברו למעברת מחנה ישראל ולבת-ים. כאשר החל לעבוד בבית החולים הדסה, גרו ברחוב יהודה המכבי 1 בירושלים. יהודית נולדה ביום העצמאות של שנת 1951. באותה שנה החל לעבוד בבית החולים תל-השומר והמשפחה עברה לרחוב שולמית 3 בתל אביב, בין השאר כדי להיות קרובים למשה סתוי, דודה של גניה. ב-4 ביוני 1972 נפטרה גניה כתוצאה מסיבוך של מחלת לב בה הייתה חולה כל חייה. כעבור שנה וחצי נישא למניה קרסוביצקיה. לאחר שנפטר בינואר 1993 פרסם פרופסור יעקב רותם (עורך ביטאון הרפואה) מאמר הספד בביטאונו בו כתב, בין השאר: "העבודה הייתה תמצית חייו. הוא לא ידע מנוחה מהי. שיקע בעבודה את כל מירצו ואת להט אישיותו, ללא לאות וללא הפסק ... פנחס צ'רניאק ניחן בכושר מיוחד ובחוש של חוקר לראות דברים רבים מתחת לפני השטח, דברים אשר נעלמו מרבים אחרים, לגלות באירועים רפואיים פן חדש, מקורי, מתסיס, גרעין חבוי שלימים הניב פירות ... אורח חייו היה פשוט וצנוע. הוא לא נדרש לאורות הבמה, לא ביקש כותרות, לא נדחק לכלי התקשורת. לא הפגין גינוני חשיבות, לא הבליט את ה'אני' שלו, לא דרש זכויות יתר, או זכות ראשונים. לא רדף אחרי כבוד וכיבודים ... לעיתים קרובות עשה לילות כימים, כשהשעה דחקה. בישיבות ההן היו אלה ה-'גלעזעלע תה' וביסקוויטים שהפיגו את מתח העבודה. בעבודה היה קפדן ולא סבל דחיות למחר. דרש הרבה מעוזריו, אבל לא יותר מאשר מעצמו ולרוב פחות ... איש מדע מהשורה הראשונה."
פועלו כרופא באירופה שלאחר המלחמה.
צ'רניאק עזב את אנטופול וחי עם משפחתו תחילה בלנדסברג ובלודג' עד שהגיע לוורוצלב, שם פתח בקריירה האקדמאית שלו. פרופ' מייז'צקי קיבל אותו כאסיסטנט בקליניקה האוניברסיטאית למחלות דרמונורולוגיות, וד"ר קנפה קיבל אותו לעבודה בבית החולים העירוני. צ'רניאק התפרסם בפיתוח שיטות לטיפול בעגבת ובזיבה, שתי מחלות שהתפשטו בממדי מגפה בפולין של אחרי המלחמה. בזיבה, טיפל בזריקות סטרפטומיצין והפחית את משך הטיפול בצורה משמעותית. בעגבת, טיפל בשילוב של פניצילין, ארסן וביזמוט ( PAB ). מאמרו "ריפוי מהיר של עגבת באמצעות PAB" פורסם בביטאון רפואה בוורשה ושיטתו זכתה להכרה בפולין ובארצות הברית ואומצה על ידי משרד הבריאות הפולני. הישגו המשמעותי באותה תקופה היה בתחום רפואת ההמונים. בעזרת שיטה חדשה של בדיקת דם יבשה למחלת העגבת, הכפיל פי ארבעה את קצב הבדיקות ובדק 30,000 איש בוורצלב. בעקבות הצלחה זו הועמדה לראשותו מעבדה ניידת שכללה רופא אחות ולבורנט אשר הייתה נוסעת מעיר לעיר ולוקחת דגימות דם מונעות. היה זה מבצע נרחב אשר השתכלל והתבצע בחמישה מחוזות בפולין. בתום המבצע הוענק לצ'רניאק אות הערכה מטעם משרד הבריאות הפולני על תרומתו לביעור העגבת בפולין. ב-1950 החליט לפרוש מתפקידיו ולעלות לארץ. בזמן שהמתין שארגזי המשפחה יגיעו לחיפה התנדב להיות רופא של ארגון הג'וינט בפריז, שם טיפל במהגרים יהודיים שהתקבצו בעיר. את ששת חודשי שהותו בפריז ניצל ללימודים במכון פסטר, בבית הספר אקול ד'סרולוג'י. מטרתו הייתה להתמחות בתחום הסרולוגיה - מחלות בדם. הוא עבד במרפאה האוניברסיטאית בהנהלת פרופ' גוז'רו, ואף זכה בדיפלומה מטעם מוסד זה.
פעילותו בהדסה.
כשעלה לארץ החל לעבוד כאסיסטנט במחלקת הרנטגן והטיפול ברדיום בבית חולים הדסה בירושלים אצל פרופ' אברהם הוכמן והתמחה ברפואה אונקולוגית. ב-1952, בעקבות בדיקות חלוציות שהנהיג ביוד רדיואקטיבי, התפרסם מאמרו "השימוש ביוד רדיואקטיבי לאיתור פגמים בבלוטת המגן" בביטאון "הרפואה". בעקבות המאמר הוזמן להרצות מטעם משרד הבריאות במפגשים אזוריים על מהותו של האיזוטופ ועל השימוש בו. מאוחר יותר קיבל תעודת הוקרה מטעם הוועדה לאנרגיה אטומית על היותו חלוץ הרפואה הגרעינית בארץ. עבד כחצי שנה במשרה חלקית במשרד הביטחון במעבדה במכון ויצמן על מנת לחקור דרכים להגן על אנשים מפני קרינה רדיואקטיבית. ב-1954 פנה פרופ' חיים שיבא אל צ'רניאק והציע לו להקים מכון לאיזוטופים בתל השומר.
פועלו ברפואה גרעינית.
ב-1 במרץ 1954 החל צ'רניאק בתפקידו כמנהל המכון לאיזוטופים ורדיום בביתן 24 בתל השומר והתמקד בשימוש באיזוטופים ברפואה - למחקר, לבדיקות, ולטיפול בחולים. בין השנים 1953 ו-1975 פרסם 212 עבודות מדעיות ו-18 ספרים בתחום הרפואה הגרעינית, ונשא הרצאות רבות ברחבי הארץ והעולם. ב-1969 נתמנה לפרופסור לרפואה גרעינית בבית הספר לרפואה ע"ש סאקלר באוניברסיטת תל אביב והיה ראש החוג לרפואה גרעינית. צ'רניאק הקים באמצעות גיוס תרומות מיהודים בעלי אמצעים מצרפת ובשיתוף הקונסול המדעי בשגרירות צרפת את "מכון ברוך למחקר רדיו-קליני" בתל השומר, במסגרתו נערכו בין השאר כנסים מדעיים בהשתתפות חוקרים מישראל ומחו"ל. היה יועץ לענייני רפואה גרעינית במרכז למחקר גרעיני בנחל שורק. צ'רניאק נמנה עם מייסדי הארגון הבינלאומי ונשיאה הראשון של הפדרציה העולמית לרפואה גרעינית. היה שותף ליסודה של אוניברסיטת תל אביב ובה החוג לרפואה גרעינית וזכה על כך לאות הוקרה ב-1973. זכה גם בפרס האקדמיה הצרפתית למדעים ובאות הוקרה מטעם אוניברסיטת טאיוון על הקמת מכון לרפואה גרעינית בטייפה ב-1966. ב-1974 קיבל צ'רניאק תואר רפואי שני בהתמחות ברפואה גרעינית. בשנה זו אף נקבע שמו הנוכחי של ה מכון לרפואה גרעינית בתל השומר אותו ניהל עד יציאתו לפנסיה ב-1975. 5 שנים אחרי צאתו לפנסיה ניהל את המכון לרפואה גרעינית בבית החולים אסף הרופא, ופעל במסגרת מכונו הפרטי לרפואה גרעינית אשר הקים ב-1974 ובו עבד עד 1989. בתו של צ'רניאק, פרופסור צילה צבס, ניהלה את המכון לרפואה גרעינית בתל השומר בין השנים 1992 ל-2012.
פועלו במסגרת מכון ברוך למחקר רדיוקליני.
מכון ברוך למחקר רדיוקליני החל בפעולתו בשנת 1962. לא היו לו אמצעים להקמת מבנה מיוחד ו לכן פעל במסגרת המכון לרדיום ואיזוטופים בביתן 24 בתל-השומר. המכון פעל בעזרת מענקים ותרומות. הם הסתכמו במאות אלפי דולרים אשר הוצאו לרכישת ציוד, תשלום לחוקרים, בניית מעבדות ועוד. במסגרתו בוצעו עשרות עבודות מחקר, ניתנו מאות הרצאות והודפסו מאות פרסומים מדעיים. ב-1965 פנה פרופ' חיים שיבא לדיקאן בית הספר לרפואה בתל אביב לשם צירוף המכון לאוניברסיטה, סינוף אשר אושר רשמית ב-27 בינואר 1966 ובהמשך סונף לפקולטה ללימודי המשך ברפואה. באוקטובר 1972, ייסד פרס שנתי לרפואה גרעינית במסגרת קרן פרסים ע"ש גניה צ'רניאק לרפואה גרעינית ורדיופרמקולוגיה בישראל. עבודות מחקר מצטיינות של רופאים ודוקטורנטים פורסמו בסדרה של 6 ספרים תחת הכותרת Awards in Nuclear Medicine &amp; Pharmacology. הפרסומים זכו להכרה אקדמית. ב-1972 החל המכון לארגן כנסים שנתיים בהם השתתפו מדענים מהארץ ומחו"ל, ולהפעיל ספריה לרפואה גרעינית ורדיוביולוגית.
עובדיה טוביה
עובדיה טוביה (1920 – מרץ 2006) היה מלחין ישראלי, ממייסדי תיאטרון המחול ענבל ומנהל המדרשה למורי מוזיקה בתל אביב. בצעירותו הקים את תנועת הנוער "החלוץ הצעיר" בתימן ולקח חלק מרכזי בהעלאת יהודי תימן לישראל.
חייו.