מתחת ל-2,400 מטרים מעל גובה פני הים, יש אזורים קטנים עם עצי ערער וארז וכרי דשא. השטחים עברו שינוי כתוצאה מפעילות אנושית: מחקלאות ומהתיישבויות.
בעלי חיים.
מיני חיות הבר באזור נעים בין מינים האופייניים לאקלים סובטרופיים ובין מינים מהאזור התת-ארקטי, כולל מספר מינים אנדמיים רק לאזור זה. בין המינים: אייל פרדי לבן-זנב, זאב ערבות, סמור ארך זנב, שועל אפור מצוי, ארנבון יער, עורב שחור, קתרטס תרנגולי, אוח וירג'יניה, וכן סוגים שונים של קוליבריים, זוחלים ודו-חיים.
ישנן 14 מושבות פרפרים עיקריות הממוקמות בהרים מיוערים טרשיים אלה, המהווים יותר ממחצית מהמושבות של אוכלוסיית הדנאית המלכותית במזרח ארצות הברית/קנדה. ההערכה היא שעד מיליארד פרטים מבלים כאן בחורף בכל שנה נתונה. מושבות אלו צפופות, בין שישה לשישים מיליון פרפרים להקטאר. אזורי השמורה נמצאים במועצות המקומיות , , ו במיצ'ואקאן ו, ו במדינת מקסיקו. הם מחולקים לחמישה אזורים או גרעינים עיקריים.
שמונה מתוך ארבע עשרה המושבות נמצאות בשטח המוגן. המושבות בעצם מכסות רק 47 דונם, אך שטח הביוספירה המוגן משתרע על 562,590 דונם. חמש מושבות פתוחות למבקרים: סיירה צ'ינקואה (Sierra Chincua) ואל רוסריו (El Rosario) במיצ'ואקאן, ולה מסה (La Mesa), פיידרה ארדה (Piedra Herrada) ואל קפולין (El Capulin) במדינת מקסיקו. ישנן מושבות נוספות ליד סן חוסה וייה דה איינדה ואיקסטאפן דל אורו (Ixtapan del Oro), אך הן אינן מקודמות באופן פעיל לתיירות בגלל הסיכון לפגיעה במושבות הפרפרים הללו. אל רוסריו הוא המקלט הגדול ביותר במיצ'ואקאן, שבו הפרפרים מכסים כ-1,500 עצים.
בעוד לביוספרה עדיין יש בעיות עם התשתית, במיוחד עם אשפה סביב החניה ואזורי המסחר, בוצעו מספר שיפורים, בעיקר במקלט אל רוסריו. אלה כוללים שבילים מוגדרים היטב עם סיורי אבטחה ומדרגות אבן/או בטון במקומות תלולים כדי לסייע נגד סחיפה. גם שבילי סוסים בוטלו מסיבות של סחיפה. רק בשני אזורים יש מתקנים משמעותיים. בסיירה צ'ינקואה יש מתקן מחקר המוקדש לדנאית המלכותית ומשתלה למאמצי ייעור מחדש. בסרו דה קומפנאריו (Cerro El Companario) יש מתקנים לתיירות.
שימור.
דפוסי נדידה ומאמצי שימור.
מיליוני פרפרים מעופפים דרומה לתוך מקסיקו, מטקסס ולאחר מכן עוקבים אחר רכס ההרים אל השמורה. הפרפרים מתקהלים, מתקבצים על עצי אורן ואשוח קדוש. לרבים, העצים נראים כתומים והענפים צונחים מהמשקל. באביב, הפרפרים הללו נודדים ברחבי אמריקה, ולפעמים מגיעים למזרח קנדה. במשך הזמן שלוקח להם לעשות את המסע הזה, ארבעה דורות של דנאית מלכותית נולדים ומתים. דפוסי הנדידה של הדנאית המלכותית משתנים עקב שינויי אקלים. במהלך הנדידה, הפרפרים עפים צפונה ברגע שהם נחשפים לטמפרטורות קרירות יותר. משערים שקהילות צפופות נחשבות שומרות על חום. אם השמש מחממת אותם, הפרפרים מתעופפים. משק כנפיהם הושווה לקולות של גשם קל. הפרפרים רגישים לטמפרטורות קפואות שהן קטלניות עבורם.
מאמצי השימור, שנועדו תחילה להגן על הפרפרים, מתמקדים כעת בשימור בית הגידול. הישרדות אוכלוסיית הדנאית המלכותית תלויה במספר רב של בתי גידול ברחבי אמריקה הצפונית. אין מספיק מידע על הפרפרים. ההיקף המלא של אזורי החורף שלהם והאקולוגיה של האזור אינם ידועים היטב. לכן, לא ידוע כמה גדולה צריכה להיות השמורה בפועל כדי לשמר ביעילות את אוכלוסיית הדנאית המלכותית.
מאז החלו מאמצי השימור, חלה התקדמות. אף שעדיין חסרות תשתיות, הושגה התקדמות בתחומים כמו טיפול באשפה ובקרה על הגישה לאזורים המוגנים. לדוגמה הקרן העולמית לשימור חיות הבר תיאמה בין ביולוגים ואקולוגים בינלאומיים לשיפור עיצוב השמורה. הוקמה מערכת ניטור קבועה על מנת להבטיח שהיערות יישארו בריאים ולשלוט בכריתת עצים חשאית ושריפות יער. בצד מדינת מקסיקו, המקלט הגדול ביותר ממוקם בין סן חוסה וייה דה איינדה לאיקסטאפן דל אורו. לא מקדמים את התיירות באופן אקטיבי כדי לצמצם את הנזק לאזור למינימום. במהלך חורף 2008–2009, היו תוכניות לתייג כמה שיותר מהפרפרים החורפים באמצעות ציוד מעקב קל במיוחד כדי לא לעכב את מעופם. המטרה של מבצע זה הייתה לקבוע את נתיב הנדידה המדויק של הפרפרים כשהם טסים חזרה צפונה לארצות הברית וקנדה באביב. ספירת הפרפרים שהגיעה מארצות הברית ומקנדה הייתה יציבה יחסית בשנות ה-2000, עם תריסר מושבות מאושרות נכון לחורף 2007–2008. מספר המושבות משתנה; ב-2004–2005 היו רק שבעה. באופן כללי, מספר המושבות משתנה בין שמונה לשתים עשרה.
ניצול הקרקעות.
רוב שטח השמורה שייך לקהילות חקלאיות כפריות מפוזרות של הקבוצות האתניות של האוטומי והמזאווה, במיוחד בחלק של השמורה במדינת מקסיקו. חלק גדול מהשטחים המוגנים אינם שייכים ישירות לממשלה, והשמורה מחולקת בגבול בין שתי המדינות, מה שמקשה על מאמצי השימור. בתוך שמורת הביוספרה במקסיקו, האיומים הגדולים ביותר על בית הגידול של הפרפרים הם בירוא יערות, כריתת עצים בלתי חוקית, תיירות לא מאורגנת, שריפות יער וחוסר שיתוף פעולה בין הרשויות השונות. רוב הסיכונים הללו נובעים מהיישובים שמסביב, המפעילים לחץ על משאבי הטבע.
האינטרסים של תושבים, בעלי קרקעות, חקלאים, קואופרטיבים של חקלאים וקהילות מקומיות נלקחו בחשבון בנוגע לשימור, אך עדיין נותרו אינטרסים מנוגדים. אף על פי שממשלת מקסיקו ייעדה את האזור כשמורה ביוספרית, רוב השמורה נמצאת בבעלות 38 , שבע קהילות ילידים ו-16 שטחים פרטיים. המרכז העירוני הקרוב ביותר הוא סיטאקוארו, ששגשוגו קידם את צמיחתם של יישובים אחרים, כפריים יותר.
קהילות רבות באזור זה עניות, עם גישה מועטה לשירותים בסיסיים, ושיעורים גבוהים של אנאלפביתיות ותת-תזונה של הילדים. בעבר, הכרייה סיפקה רבות מעבודות האזור, אך המכרות הדלדלו מאז. לקהילות אלו יש גם מסורת של ניצול שטחי יער, בעיקר כדי להשיג עץ לרהיטים ולמלאכות אחרות. אבטלה גבוהה, במיוחד בקרב בני נוער, דוחפת גם הגירה לאזורים אחרים של מקסיקו, כמו גם לארצות הברית ולקנדה. כיום יש באזור השמורה פעילויות כלכליות, לרבות חקלאות בת קיימא, גידול בעלי חיים ומכירת עבודות יד ומזונות לתיירים. קהילות שיסכימו להשתתף עשויות לקבל פיצוי באמצעות מערכת הנקראת תשלום עבור שירותי מערכת אקולוגית (PES). תוכנית זו הוקמה כניסיון לקדם את מאמצי השימור על ידי "תשלום מזומן עבור 'השירותים' הניתנים על ידי היערות שהקהילות לא כורתות".
תיירות.
בתחילת שנות ה-2000 בוצעו התאמות באזורי הגבול של השמורה, שכללו התרת תיירות עונתית. חמש מתוך שמונה המושבות ממוקמות במיצ'ואקאן, אך רק שתיים פתוחות לקהל הרחב: סיירה צ'ינקואה באנגנגאו ואל רוסריו באוקמפו. שתיהן מקבלות מבקרים החל מנובמבר עד מרץ, כאשר התושבים מציעים סיורים מודרכים. במדינת מקסיקו פתוחות לציבור המושבות לה מסה ואל קפולין. בשמורות מבקרים אלפי תיירים מקסיקנים ותיירים מחו"ל, בעיקר מארצות הברית, קנדה, ספרד, צרפת, גרמניה ויפן. הידועה והמתוירת ביותר מבין מושבות הפרפרים היא אל רוסריו. כמה שומרי איכות הסביבה מודאגים מההשפעות הסביבתיות של התיירות מכיוון ש"אין דרך קלה לנהל תיירות מסיבית... ללא טביעת רגל אקולוגית".
בפברואר חוגגים באנגנגאו את "פסטיבל הדנאית המלכותית"(Festival de la Mariposa Monarca). פסטיבל זה החל בשנת 1992 כדי לקדם את המודעות לבית הגידול של הפרפרים, לנצל את התיירות האקולוגית שהוא מציע ולקדם את התרבות והאומנויות של האזור. הפסטיבל כולל אירועים הקשורים לאוכל, מוזיקה, מחול ותערוכות של אומנויות, מלאכת יד ועוד. רבות מהקהילות הסובבות את אנגנגאו משתתפות בפסטיבל. בשנת 2010 כלל הפסטיבל את השתתפות התזמורת הסימפונית של מיצ'ואקאן, אנסמבל אנריקו קארוסו, והצגת תערוכה על הפרפרים בשם "פפאלואפן" (Papaloapan) מאת האמן החזותי לואיס מורו, וכן סדנאות ריקוד וצילום. אירועים אלו התרחשו במקומות באנגנגאו ובקהילות סמוכות אחרות. תערוכת צילום חדשה הוכנה כדי להדגיש את הקשר בין הנדידה של הפרפרים לתושבי מיצ'ואקאן.
בינואר 2016 הקדישה גוגל שרבוט גוגל ליום השנה ה-41 לגילוי הר הפרפרים.
הביקורת של ד"ר גונסלס-דוארטה על ניהול השמורה.
השימור נעשה בעיקר באמצעות הגבלות על הקרקעות, אך לא הייתה השתתפות ישירה בניהול השמורה של הקהילות המושפעות ממנה. כמה גופים ציבוריים ופרטיים עבדו עם קהילות כדי לפתח תמריצים לשימור יערות ולנצל את התיירות שהפרפרים מביאים. עם זאת, ההצלחה בכך הייתה נקודתית. חלק מהקהילות נרתעות מההגבלות ודורשות לאפשר להם להשתמש בשטח נוסף לחקלאות.
במאמרה משנת 2021, משלבת ד"ר גונסלס-דוארטה נתונים היסטוריים ואתנוגרפיים כדי לבקר את האג'נדות הנאו-ליברליות שהופעלו על ידי ארגונים חוץ ממשלתיים בינלאומיים גדולים על ארצות הילידים. היא מתארת את ההיסטוריה הארוכה והשנויה במחלוקת של השמורה. לאחר שמוסדות פרטיים וציבוריים הפכו מעורבים בסוף המאה ה-20, המעבר מנכס קהילתי לנכס פרטי ובשליטה ממשלתית יצר "מכלאה סביב הקרקע במטרה כביכול "להגן על המערכת האקולוגית" ובפועל לקידום התרחבות קפיטליסטית וזכות מעמדית... ו[מרחב] להקמת כלכלות נאו-ליברליות... באמצעות התרחבות המוסדות הפיננסיים וביזור."