באותה שנה קיבלה שמר את פרס ישראל לזמר עברי. ועדת השופטים כתבה: "פרס ישראל לזמר עברי מוענק לנעמי שמר על שיריה, אשר מטבעם מזדמרים בפי כל בזכות איכותם השירית והמוזיקלית, בזכות המיזוג המופלא בין המילה והלחן ובזכות הביטוי הניתן בהם לרחשי לב של העם". בנוסף הוענק לה תואר דוקטור לשם כבוד מהאוניברסיטה העברית וממכון ויצמן ותואר אזרח כבוד של תל אביב.
בשיריה מסוף שנות ה-70 ואילך ניכרת נוכחות הולכת וגוברת של תכנים יהודיים ומסורתיים. אלו היו קיימים גם בשירים מוקדמים יותר, כמו "שירו של אבא" ("יבנה המקדש") ו"לא אמות כי אחיה", אך הפכו מודגשים יותר ויותר בשירים כמו "שירת העשבים", או "אל בורות המים". לצדם, בלטו בתקופה זו שירים אלגיים (כמו "בכל שנה בסתיו, גיורא") ושירי-המנון בנוסח "עוד לא אהבתי די".
בין אמצע שנות ה-70 לאמצע שנות ה-80 הלך וגבר הניכור בין הימין הישראלי והשמאל הישראלי, על רקע מלחמת יום הכיפורים, המהפך של 1977, הסכם השלום בין ישראל למצרים שכלל את פינוי סיני, מלחמת לבנון הראשונה ופרוץ האינתיפאדה. שיריה של שמר נותרו פופולריים במשך רוב התקופה הזו. באמצע שנות ה-80 הציבור החל לזהות אותה עם הימין (ראו סעיף זיהויה הפוליטי), "הילת הממלכתיות" הוסרה ממנה ואישי ציבור ואמנים שונים הדירו אותה וביקרו אותה בחריפות.
מאמצע שנות השמונים, הצלחותיה המסחריות של שמר פחתו. לאלבומו של יהורם גאון "סימני דרך" מ-1982 כתבה שמר את שיר הנושא. לאלבומו "אמצע הדרך" מ-1984 כתבה את השיר "לא תנצחו אותי". למופע "הכל לא עובר חביבי" של להקת הכל עובר חביבי מאותה שנה כתבה את השיר "האורח".
בשנת 1985 יצא האלבום "אדמה" של עופרה חזה. האלבום, שבמקור תוכנן לכלול שירים שכולם פרי שיתוף פעולה בין חזה ושמר, כלל לבסוף רק שיר אחד של שמר - "התחדשות". שאר השירים היו של יוצרים ותיקים אחרים. עוד באותה שנה כתבה את השיר "תלבשי לבן" עבור אלבומם המשותף של הדודאים והפרברים.
לאלבומו של יהורם גאון "אלף נשיקות" שיצא ב-1986 כתבה והלחינה את השירים "דיוקן אמי" ו"כמו חצב". באותה שנה התפרסם שירה "כד הקמח" בביצוע להקת פיקוד הצפון.
בשנת 1987 הקליט משה בקר את האלבום "חפצים אישיים", שהורכב כולו משיריה. כמה משירי האלבום, כמו "גג" ו"תות" זכו להשמעות רבות בתחנות הרדיו השונות, אך מכירת האלבום נכשלה באופן יחסי. שמר נטתה לייחס את כישלונו לזיהויה עם הימין הפוליטי בישראל, אך ייתכן שלכישלון תרמה גם מידה של מאומצות בלחנים וביצועיו התיאטרליים יתר על המידה של בקר. בשנת 1988 כתבה את השיר "אור" לשושנה דמארי. השיר, שנכלל באלבומה של דמארי בשם זה, זכה להצלחה עצומה, תרם להחזרת דמארי לאור הזרקורים והפך לריקוד עם פופולרי.
מאמצע שנות ה-90 ואילך.
בשנת 1991, עקב שמועה לפיה שמר חולה במחלה קשה, נערך לכבודה ערב מחווה בערוץ הראשון בהפקת דליה גוטמן בשם "הדרן לנעמי שמר". בערב השתתפו אמנים רבים, ביניהם חוה אלברשטיין, נורית גלרון, יהודית רביץ ומוטי קירשנבאום, וזכור ממנו במיוחד ביצועם של גידי גוב, מוני מושונוב ושלמה בראבא לשיר "סרנדה לך", בעיבודו של יוני רכטר. מאוחר יותר הסתבר שמחלתה של שמר לא הייתה חמורה כפי שנחשב והחשש ממותה היה מוקדם מדי. ערב מחווה נוסף לכבודה נערך בפסטיבל ישראל של שנת 1998, בניהולו האמנותי של עדי רנרט ובהשתתפותם של אמנים רבים נוספים.
בתקופה זו, הצלחותיה המסחריות של שמר היו נדירות ונקודתיות. אחת הבולטות בהן הייתה השיר "הכל פתוח" ("ראיתי ת'כנרת סוערת בטורקיז...") שנכתב לכבודה של הכנרת, בעונת 1992/3, כאשר סכר דגניה נפתח לרווחה. ב-1993 השתתפה שמר לצד מיקי קם, משה בקר, חיים צינוביץ ורינת גבאי בקלטת הווידאו לילדים "אצלנו בפסנתר", שהתבססה על שיריה. שמר ביצעה גם בקלטת זו את "הכל פתוח" יחד עם שאר המשתתפים. שנה לאחר מכן הוקלט השיר בגרסה ים-תיכונית בפיהם של לאה לופטין ועופר לוי והפך ללהיט. שמר הצטערה שההקלטה נעשתה בלא ידיעתה, מאחר שעופר לוי טעה מעט בתווים ובמילים (שר "זוהרת" במקום "סוערת").
לכבוד תוכנית של ערוץ 1 ששודרה באוקטובר 1993 כמחווה לזמר בני אמדורסקי, כתבה את השיר "אני גיטרה". תוכנית זו צולמה כשהזמר התמודד עם מחלת הסרטן, ממנה לא החלים ואותותיה ניכרו בו, אף כי השתדל להפגין הופעה מאוששת. זכור במיוחד הביצוע המרגש של השיר, המסתיים במילים: "אני אומר תודה". בסיום הודה לה אמדורסקי על השיר, והיא ניסתה בלא הצלחה להסתיר את סערת רגשותיה.
ב-1995, בעקבות רצח ראש הממשלה יצחק רבין, תרגמה נעמי שמר את השיר "הו רב חובל" - שירו של המשורר האמריקאי וולט ויטמן "Oh Captain, My Captain" שנכתב לאחר הירצחו של אברהם לינקולן, ולזכרו, מאה ושלושים שנה לפני כן. נעמי שמר חשה שהמילים מתאימות לבטא את כאבה וכאב העם בתקופה שלאחר הרצח. היא תרגמה את השיר לעברית, הלחינה אותו, והוא בוצע לראשונה בפי הזמרת מיטל טרבלסי ביום השנה לרצח רבין.
שמר לא הסתפקה בכתיבה והלחנה, ולכל אורך הקריירה שלה הופיעה גם כזמרת. אף שלא התבלטה בקולה וביצועיה היו לרוב טובים פחות משל מבצעיה, היה חשוב לשמר להימצא במגע עם קהלה ולזכות באהבתו.
משנת 2000 ועד פטירתה, הופיעה במופע משיריה בשם "אלף שירים ושיר", בעיבודיו, נגינתו וניהולו המוזיקלי של רמי הראל.
את המופע הנחה יחד איתה היוזם-עורך ומלווה דודו אלהרר, ובו גם שרה וניגנה רונית רולנד. למופע זה כתבה את השירים "המעיל", "פלוגת יסמין", "המנגן" ו"אקטואליה".
זמן קצר לפני פטירתה, פנתה שמר אל המבצעת דורית ראובני ובישרה לה כי בידה שיר חדש שנקרא "אילן", לזכרו של אילן רמון. דורית ראובני הספיקה להיפגש עימה ואף שכנעה את שמר לנסות ולנגן את השיר למרות היותה חולה מאוד. שמר נענתה וראובני הקליטה את הביצוע לשירה האחרון של שמר, ובוצע בביצוע בכורה במופע המחווה לשמר בשלושים לפטירתה בפארק הירקון.
לאחר פטירתה, פורסמו מספר שירים "חדשים" של שמר. אריאל זילבר הקליט את "הכריש" לאלבומו "אנבל" ורוחמה רז הקליטה את השיר "ערבי נחל" שיר עממי אנגלי ששמר תרגמה את מילותיו כשש שנים לפני כן (הפרברים הקליטו אותו לראשונה לאלבומם 'מוזיקה') ורז הקליטה אותו לאלבומה 'פיסת שמיים'.
בשנת 2020 שירה של שמר "פרידה" הולחן לראשונה על ידי רמי קלינשטיין ויצא לאור בדואט בביצוע רמי קלינשטיין וטל סונדק במסגרת אלבומו של סונדק "שירתם".
פטירתה והנצחתה.
לקראת סוף שנות ה-70 סבלה שמר ממחלת הסוכרת וסיבוכיה ואיבדה הרבה ממשקלה, מה שעורר אצל רבים חשש לחייה. לאחר עשרים שנה התגלתה בגופה מחלת הסרטן שהביאה למותה בליל 26 ביוני 2004, ז' בתמוז ה'תשס"ד. שנים לפני מותה כתבה שמר את השיר "עצוב למות באמצע התמוז", לפני ניתוח שהייתה צריכה לעבור:
נעמי שמר נטמנה בבית הקברות כנרת, הסמוך לקבוצת כנרת שבה נולדה, לצד הוריה, מאיר ורבקה ספיר. על פי בקשתה, שר המוזיקאי דודו אלהרר על קברה ארבעה שירים פרי עטה: "כנרת" ("שם הרי גולן" למילות רחל המשוררת), "חורשת האקליפטוס", "לשיר זה כמו להיות ירדן" ו"נועה".
אחרי מותה הפכו קברה של נעמי שמר והבית שבו גרה לאתר עלייה לרגל לישראלים שרצו לחלוק כבוד לאשה שגילמה בשיריה ופזמוניה את "ארץ ישראל היפה".
לאחר מותה נקראו על שמה רחובות במספר ערים, ובהן קריית מוצקין, הרצליה, חולון, גבעת שמואל באר יעקב, קריית ביאליק ובאר שבע, וכן בתי ספר יסודיים. כמו כן נקראת על שמה מנהרת הר הצופים בירושלים.
בשנת 2005 הנפיקה החברה הממשלתית למטבעות ומדליות מטבעות בכסף וזהב עם דיוקנה.
בשנת 2010 מסרה משפחתה של שמר את ארכיונה ועזבונה האמנותי לספרייה הלאומית, אשר התחייבה להנגיש אותו לחוקרים ולאלו שיגלו בו עניין.
בשנת 2012 שודר בערוץ הראשון הסרט "הרוח, החושך, המים" של הבמאי יהלי גת שעקב אחרי יצירתה של שמר לאורך השנים ועל השפעתה על החברה והתרבות בישראל.
בשנת 2017 עלה בתיאטרון הבימה המחזמר "סימני דרך", אותו כתבו אורן יעקובי וגיורא יהלום, ובביומו של משה קפטן, המספר את סיפורה של שמר מאז שהייתה נערה ועד שנותיה האחרונות.
בשנת 2021 נחנך בפארק הלאומי ברמת-גן "שביל נעמי שמר", ובו תחנות מוזיקליות והסברים על השירים.
ביוני 2021 הושלם עיבוד והפקת השיר החדש שכתב יאיר לפיד בשם "הגבירה מול האגם" שנכתב על סיפור חייה של נעמי שמר לרגל יום הולדתה ה-90. השיר הולחן על ידי קובי אשרת ובוצע בידי מיקי גבריאלוב ויגאל בשן.
שנה לאחר מכן, ביוני 2022, הקליטו חברי "זהו זה!" (גידי גוב, דב גליקמן, מוני מושונוב ואבי קושניר) את "נעמי, אלא מי", שיר געגועים לשמר שכתב והלחין קובי לוריא במלאת 18 שנים לפטירתה.
משפחתה.
בשנת 1954 נישאה לשחקן גדעון שמר, וב-1956 נולדה בתם הללי (ללי) שמר. ב-1962 השניים נפרדו וב-1968 התגרשו.
בפברואר 1969 נישאה בשנית, לעורך הדין מרדכי הורוביץ, וב-1970 נולד בנם, הזמר והמלחין אריאל הורוביץ.
זיהויה הפוליטי.
שמר זוהתה במהלך השנים עם עמדות המקורבות לימין הפוליטי ול"גוש אמונים", במיוחד אחרי נישואיה למרדכי הורוביץ, שעמדותיו היו דומות.
היו שמתחו ביקורת על "ירושלים של זהב" בגלל 'היעדרם' של הערבים שישבו בירושלים המזרחית מן השיר ("כיכר השוק ריקה", "אין יורד אל ים המלח"). שמר הגיבה על כך לימים: .