ב-7 במרץ התלכדו שתי הקבוצות בערך בגובה 1,830 מ', וכולם התקדמו יחד לעבר הפסגה. למחרת היום עיכבה אותם סופת שלגים, אבל בשעה מוקדמת ב-9 במרץ התחדש הטיפוס; מאוחר יותר אותו יום הגיעו המטפסים אל הלוע העיקרי, הנמוך יותר. בשלב זה היו כפות רגליו של ברוקלהרסט קפואות מכדי להמשיך, ועל כן הושאר במחנה בעוד שהאחרים התקדמו בדרכם אל הלוע הפעיל והגיעו אליו כעבור ארבע שעות. במקום התבצעו כמה ניסויים מטאורולוגיים, ונאספו דגימות סלעים רבות. לאחר מכן החלה ירידה מהירה, בעיקר בגלישה במדרונות שלג בזה אחר זה. הקבוצה הגיעה אל הצריף של כף רוידס, "מותשת כמעט עד מוות", לדברי אריק מרשל, ב-11 במרץ.
חורף 1908.
צריף המשלחת, מבנה טרומי שמידותיו 10X5.80 מ', היה מוכן לאכלוס בסוף פברואר. הצריף חולק לשורה של תאים שנועדו ברוב המקרים לשני אנשים, עם שטח מטבח, חדר חושך, מחסן ומעבדה. סוסי הפוני שוכנו בתאי אורווה, שנבנו בצד המוגן ביותר של הצריף, ואילו מלונות הכלבים נקבעו סמוך למרפסת. סגנון המנהיגות הכולל של שקלטון, בניגוד לזה של סקוט, התבטא בכך שלא הייתה הפרדה בין הסיפון העליון לתחתון - כל האנשים גרו, עבדו ואכלו בצוותא. המורל היה גבוה; כאמור ברשימותיו של עוזר הגאולוג פיליפ ברוקלהרסט, לשקלטון "היה חוש לנהוג בכל חבר וחבר במשלחת כמי שחשיבותו לה רבה".
בחודשים הבאים של חשכת החורף הדפיסו ג'ויס ו-ויילד כ-30 עותקים של ספר המשלחת, "אורורה אוסטרליס", שנתפרו ונכרכו תוך שימוש בחומרי אריזה. ואולם, עבודת החורף החשובה ביותר הייתה ההכנה לקראת המסעות הגדולים של העונה הבאה, שנועדו לכלול ניסיונות להגיע הן אל הקוטב הדרומי והן אל הקוטב הדרומי המגנטי. בכך שהקים את בסיסו במצר מקמרדו, יכול היה שקלטון להשיב על כנו את הקוטב המגנטי כיעד המשלחת. שקלטון עצמו היה אמור הוביל את המסע לקוטב הדרומי, שסבל ממכשלה חמורה במשך החורף, כשארבעה מן הפונים הנותרים מתו, בעיקר עקב אכילת חול וולקני לשם תכולת המלח שבו.
המסע דרומה.
הצעידה הלוך.
בחירתו של שקלטון בצוות בן ארבעה אנשים למסע דרומה אל הקוטב הדרומי נקבעה במידה רבה על ידי מספר הפונים שנותרו בחיים. בהשפעת התנסויותיו במשלחת דיסקברי, בטח בפונים ולא בכלבים במסע הארוך אל הקוטב. המזחלת הממונעת, שנסעה היטב על קרח שטוח, לא יכלה להתמודד עם פני המחסום ולא נלקחה בחשבון למסע אל הקוטב. האנשים ששקלטון בחר להתלוות אליו היו מרשל, אדמס ו-ויילד. ג'ויס, שניסיונו באנטארקטיקה עלה על כל האחרים פרט לויילד, הוצא מן הקבוצה אחרי שבדיקה רפואית שביצע בו מרשל העלתה ספקות לגבי כושרו.
הצעידה החלה ב-29 באוקטובר 1908. שקלטון חישב את המרחק הלוך וחזור אל הקוטב כ-2,767 ק"מ. תוכניתו המקורית לקחה בחשבון 91 יום למסע הלוך ושוב, חישוב שדרש ממוצע יומי של 30 ק"מ ביום. לאחר התחלה איטית עקב שילוב של מזג אוויר גרוע וצליעה של הסוסים, הפחית שקלטון את מכסת המזון היומית כדי להאריך את זמן המסע הכולל האפשרי ל-110 ימים. יעד זה תבע ממוצע יומי קצר יותר, של כ-24 ק"מ (כ-13.5 מייל ימי) ביום. בין 9 ל-21 בנובמבר התקדמה הקבוצה היטב, אבל הפונים סבלו על פני החומה הקשים, וכשהגיעו אל 81° דרום נאלצו לירות בפוני הראשון. ב-26 בנובמבר הושג שיא חדש של קצה הדרום, כשהקבוצה עברה את סימן '17 82° דרום שנקבע בצעידה דרומה של סקוט בדצמבר 1902. קבוצת שקלטון כיסתה את המרחק ב-29 ימים בהשוואה ל-59 של סקוט, משום שהשתמשה בנתיב מזרחי בהרבה לזה של סקוט, כדי להימנע מבעיות שטח שהמסע הקודם נתקל בהן.
ככל שהקבוצה העמיקה אל תוך אזור לא-נודע, נעשו פני השטח קשים, מלאי מהמורות ומחורצים יותר ויותר; עוד שני פונים כרעו תחת העומס. ממערב התעקלו הרים לחסום את דרכם דרומה, ותשומת לבה של הקבוצה נמשכה אל "נוגה אור בוהק" בשמיים לפניהם, לפי יומנו של פרנק ויילד. הסיבה לתופעה זו התבררה ב-3 בדצמבר כשראו לפניהם, לאחר טיפוס בגבעות שלמרגלות שרשרת ההרים, את מה ששקלטון תיאר לאחר מעשה כ"דרך פתוחה אל הדרום, [...] קרחון גדול, שנמשך כמעט מדרום לצפון בין שני רכסי הרים ענקיים".
שקלטון קרא לקרחון הזה בשם "בירדמור", על שם המממן העיקרי של המשלחת. ההתקדמות על פני הקרחון הייתה קשה ומייסרת, בייחוד לסוקס, הפוני האחרון שנותר, שהתקשה מאוד למצוא מדרך רגל בטוח לפרסותיו. ב-7 בדצמבר נעלם סוקס בתוך בתרון עמוק, וכמעט שלקח עמו גם את ויילד. למזלה של הקבוצה, נקרעה רתמת הפוני והמזחלת, שהכילה את הצידה שלהם, נשארה על פני הקרחון. מכל מקום, ליתרת המסע דרומה ולכל אורכו של המסע חזרה נאלצו האנשים לסמוך על כוח שריריהם לגרירת המזחלת.
עם התקדמות המסע, התגלעו חילוקי דעות וטינות אישיות בין חברי הקבוצה. ויילד הביע משאלת-לב פרטית, שמרשל "ייפול אל תוך בתרון בעומק אלף רגל". מרשל כתב, שהליכה בעקבות שקלטון אל הקוטב "כמוה כהליכה אחרי אישה זקנה. בהלה מתמדת". אף על פי כן, חג המולד נחוג בקרם דה מינת וסיגרים. מיקומם היה 85° '51 דרום, עדיין 450 ק"מ מן הקוטב, והצידה שנשאו עמם הייתה מספיקה בקושי לחודש, כיון שהשאר אוחסן במצבורים לדרך חזרה. לא היה זה אפשרי לעבור את הדרך עד לקוטב וחזרה בכמות זו של מזון. ואולם, שקלטון לא היה מוכן עדיין להודות, שהקוטב אינו בהישג ידם, והוא החליט להמשיך הלאה אחרי קיצוץ נוסף של מכסות המזון והשלכת כל הציוד פרט להכרחי ביותר.
ביום שלאחר חג המולד הושלמה לבסוף העלייה בקרחון, והחלה הצעידה על פני רמת הקוטב. התנאים לא היה קלים יותר; שקלטון תיעד את 31 בדצמבר כ"יום הקשה ביותר שהיה לנו עד כה". למחרת ציין, כי לאחר שהגיעו אל 87° '6.5 דרום, השיגו שיאי צפון ודרום גם יחד. אזכור הצפון התייחס לקצה הצפון של רוברט פירי באותה עת, 87° '6 צפון.
ב-4 בינואר 1909 השלים שקלטון לבסוף עם העובדה, שאין להם סיכוי להגיע אל הקוטב, ושינה את מטרתם להישג הסמלי של הגעה למרחק 160 ק"מ מן הקוטב. הקבוצה כשלה הלאה, נאבקת לשרוד, עד שב-9 בינואר 1909, לאחר הסתערות אחרונה קדימה ללא המזחלת או ציוד אחר, הסתיימה הצעידה. "עשינו כמיטב יכולתנו", כתב שקלטון, "והסיפור הוא 88° '23 דרום". קצה הדרום שלהם היה במרחק 156 ק"מ מן הקוטב הדרומי. הדגל הבריטי נתקע במקום כדת וכדין. ושקלטון נתן לרמת הקוטב את שמו של המלך אדוארד השביעי. שלוש שנים אחר כך, עם הגיעו אל הקוטב הדרומי, קרא רואלד אמונדסן לאותה רמה בשמו של הוקון השביעי, מלך נורווגיה. אף לא אחד משמות אלה אינו מופיע במפות מודרניות.
הצעידה חזור.
הקבוצה פנתה לחזור לבסיס לאחר 73 ימים במסע דרומה. המנות קוצצו פעמים אחדות כדי להאריך את משך המסע הכולל מעבר ל-אומדן המקורי של 110 ימים. היעד העכשווי של שקלטון היה להגיע אל האט פוינט תוך 50 ימים, כיון שלפי הוראותיו הקודמות הייתה "נמרוד" עתידה לצאת, לאחר שובה לקחת את המשלחת הביתה, לדרך ב-1 במרץ לכל המאוחר. ארבעת האנשים נחלשו בינתיים במידה רבה, אך במהלך הימים הבאים גמאו מרחקים מרשימים והגיעו אל ראש הקרחון ב-19 בינואר.
כשהתחילו בירידה, נשאר להם מזון לחמישה ימים במכסות מקוצצות למחצית, ואלה היו צריכות להספיק עד שיגיעו למצבור הקרחון התחתון; בעלייה בקרחון דרש אותו מרחק 12 ימים. מצבו הגופני של שקלטון עורר עכשיו דאגה רבה, אך לדברי אדמס, "ככל שהורעה הרגשתו, כן התאמץ יותר למשוך".
הקבוצה הגיעה למצבור ב-28 בינואר. ויילד, שהיה חולה בדיזנטריה, לא יכול היה להשתתף בגרירה ונבצר ממנו לאכול דבר פרט לביסקוויטים, שמהם נשארו מעט מאוד. ב-31 בינואר הכריח שקלטון את ויילד לאכול את ביסקוויט ארוחת-הבוקר שלו עצמו, מחווה שהניעה את ויילד לכתוב: "אלוהים עדי, לעולם לא אשכח. אלפי לירות לא היו קונות את הביסקוויט היחיד הזה". כעבור ימים אחדים נתקפו שאר אנשי הקבוצה בדלקת מעי חריפה, כתוצאה מאכילת בשר-פוני מזוהם. אבל לא הייתה ברירה אלא להתמיד בקצב הצעידה; כמויות המזון הקטנות שנשאו עמם בין מצבור למצבור היו הופכות כל עיכוב לקטלני. עקב רוח חזקה שנשבה מאחור, יכלו חברי הקבוצה להצמיד מפרש למזחלת ולקיים קצב צעידה נאות.
"אנחנו רזים כל כך, שעצמותינו כואבות כשאנחנו שוכבים על השלג הקשה", כתב שקלטון מן ה-18 בפברואר ואילך החלו להבחין בסימני דרך מוכרים, וב-23 בו הגיעו אל מצבור השונית, שאותו מצאו, למרבה הרווחה, מצויד מחדש בשפע על ידי ארנסט ג'ויס. מגוון המעדנים, מעל ומעבר לארגזי המצרכים הרגילים, מפורט ברשימה שערך שקלטון: "שזיפי קרלסבד, ביצים, עוגות, לפתן שזיפים, דובשנים ופירות מסוכרים". ויילד הסתפק בהערה לקונית, "בחור טוב, ג'ויס".
דאגות המזון שלהם באו עכשיו על פתרונן, אבל עדיין היה עליהם להגיע אל האט פוינט לפני תאריך היעד של 1 במרץ. הקטע האחרון של מסעם נתקל בסופת שלג, שעיכבה אותם במחנה למשך 24 שעות. ב-27 בפברואר, כשנמצאו עדיין במרחק 60 ק"מ ממקום מבטחים, התמוטט מרשל. שקלטון החליט, שהוא ויילד יתקדמו בכל המהירות האפשרית אל האט פוינט, בתקוה למצוא את האונייה ולעכב אותה עד שאפשר יהיה לחלץ את שני חברי הקבוצה הנותרים. הם הגיעו לצריף המשלחת בשעת ערב מאוחרת ב-28 בפברואר. בתקווה שהאונייה עוגנת בקרבת מקום, השתדלו למשוך את תשומת לב אנשיה בהצתת אש בצריפון עץ ששימש לתצפיות מגנטיות. כעבור שעה קלה התגלתה "נמרוד", שעגנה בלשון הקרח ארבוס; "מראה מרנין-לב מזה לא ראה עוד איש מימיו", כתב ויילד לאחר מכן. עוד שלושה ימים עברו עד שאפשר היה לאסוף את אדמס ומרשל ממדף הקרח, אבל ב-4 במרץ הייתה כל קבוצת הדרום על הסיפון ושקלטון יכול היה להורות על מלוא הקיטור קדימה, לצפון.
התקופה שלאחר המשלחת.