מ-1989 עד 1992, 2.3 מיליון בני אדם נמלטו מבתיהם כתוצאה מהתמוטטות שש הרפובליקות של יוגוסלביה, על פי נתוני נציבות האו"ם לפליטים. מתוך נתון זה, 600,000 איש היו פליטים שמוצאם ברפובליקת בוסניה והרצגובינה. כפרים, עיירות וערים נהרסו במהלך המלחמה, ומקרי אונס נפוצו, והולידו עקירה רחבת היקף. הסלמת הסכסוך הובילה לליקויים בתשתיות ובשרתי הרווחה בין 1989 ל-1992. "סרביה הגדולה" בכללה סבלה ממחסור קיצוני במזון. סך של 12,000 תושבים נהרגו בסרייבו במהלך הסכסוך. הבקשה לקבלת אשרה בקרב בוסנים זינקה ב-1991. עם זאת, ייתכן שנדחו אשרות בשל היקף הבקשות שהתקבלו. ב-1995 גייסה נציבות האו"ם כספים בהיקף של 458 מיליון דולר עבור יישוב מחדש וסיוע הומניטרי. עם השילוב של ממשלות שונות באירופה וגופים אחרים, נציבות האו"ם פעלה לסייע לפליטים לחזור לביתם. עוד באותה שנה, יותר מ-130,000 פליטים מבוסניה והרצגובינה יושבו מחדש בהצלחה בארצות הברית. רובם התיישבו בשיקגו ובמדינת מיזורי. זו הייתה אחת הדוגמאות המוצלחות והמשמעותיות ביותר להגירה והתיישבות המונית של אותה תקופה.
בבחינת קבלת משבר הפליטים הבוסני באירופה הנתונים מוצגים להלן: 320,000 בוסניאקים עקרו לגרמניה (0.4% מתוך האוכלוסייה הכללית), 86,500 עקרו לאוסטריה (1.1% מהאוכלוסייה הכללית), 58,700 עקרו לשוודיה (0.7% מהאוכלוסייה הכללית), 22,000 עקרו להולנד (0.1% מהאוכלוסייה הכללית) ו-17,000 עקרו לדנמרק (0.3% מהאוכלוסייה הכללית).
בתחילה, כל מדינות אירופה המערבית העניקו הגנה זמנית לפליטים בוסניאקים בעת הגעתם. עבור מדינות מארחות רבות, זו הייתה הדרך היחידה להתמודד עם זרם הפליטים הגדול מבלי לתקן או להכביד על מערכות המקלט שלהם. עם זאת, לסוכנות הפליטים של האו"ם היו חששות עמוקות. הארגון היה מעוניין לקדם את נושא חלוקת הנטל של הפליטים ברחבי מדינות האיחוד האירופי. ההגנה הזמנית השאירה את הדלת פתוחה לעירוב המאוחר יותר של אותן מדינות מערביות שלא קיבלו בתחילה פליטים רבים ממדינות יוגוסלביה לשעבר. אסטרטגיה זו התבררה כלא מוצלחת ברובה והפליטים והעקורים התיישבו ברובם במדינות הראשוניות שהעניקו להם מחסה. דאגה נוספת, בהתחשב במניע הטיהור האתני למלחמה, הייתה ההשפעה הפוטנציאלית על הצדדים הלוחמים דרך מתן תושבות קבע באופן מיידי לכלל הפליטים והעקורים. היה חשש שניתן לראות בתושבות הקבע כקבלה בשתיקה שלא תתאפשר שיבה לבוסניה והרצגובינה לאחר המלחמה.
למרות הסדר השלום, ההיבט האתני של המלחמה גרם לכך שהחזרה הייתה לעיתים קרובות מסובכת. גם לאחר חתימת הסכם הסדר השלום, בוסניאקים רבים שנעקרו מבתיהם לא יכלו, או לא היו מוכנים, לחזור לבתיהם הקודמים באזורים בהם נותרו מיעוטים כביכול, שבהם חששו מרדיפות. גם התנאים הכלכליים של השבים היו קשים, כאשר שיעור האבטלה הרשמי היה סביב 40% במשך תקופה ארוכה לאחר המלחמה. כתוצאה מכך, עד 2005 רק גרמניה השיבה את רובם המכריע של הפליטים הבוסנים, בעוד שאחרים עברו למדינות שונות. העובדה שהבוסנים עזבו את גרמניה - ואף אחת מארבע המדינות האחרות - במספרים גדולים, נובעת ככל הנראה מהעובדה האמורה שתושבות קבע ניתנה רק לעיתים רחוקות בגרמניה.
שינוי עמדת העולם המערבי בעקבות האירועים.
במקביל לרצח העם המלחמה התמשכה, ועמדת העולם המערבי - בראשות ארצות הברית - ביחס לה, השתנה גם כן. השינוי העיקרי ביחס האמריקאי למלחמות יוגוסלביה נבע מהחלפת הממשל בבחירות לנשיאות ב-1992. הנשיא היוצא, ג'ורג' בוש האב, דגל במדיניות של התבודדות ביחס לאירופה והפחתת המעורבות בה לאחר המלחמה הקרה. בוש ראה במאבק ביוגוסלביה משבר פנים-אירופי וטען כי על האיחוד האירופי ומדינות אירופה בכלל לנהל אותו בעצמו. מחליפו, הנשיא הנכנס ביל קלינטון, דגל במדיניות חוץ לפיה על ארצות הברית כן להתערב במלחמות יוגוסלביה. במקביל, האו"ם הטיל סנקציות חריפות על סרביה ומונטנגרו ומנע התערבות ישירה שלהן במלחמה. במקום זאת, מילושביץ' העביר חיילים, שכירי חרב, נשק ואספקה לידי הרפובליקה סרפסקה. בנוסף, ב-1993 פרצו שוב קרבות בין המיליציות הסרביות לצבא הקרואטי עם סיום הפסקת האש.
תחת לחץ אמריקאי, המלחמה הקרואטית-בוסנית הגיעה להסדר ושני הצדדים פעלו להסדיר חזית לוחמה משותפת נגד הכוחות הסרבים. הכוחות הבוסנים והקרואטים נלחמו בשטח, והחל באמצע 1995 הם נתמכו בידי גיחות אוויריות של נאט"ו. לבסוף, לנוכח כישלונות צבאיים בחזית והתנגדות נרחבת מצד הקהילה הבינלאומית, הרפובליקות הסרביות והרפובליקה של יוגוסלביה הגיעו להסדר שלום. בדצמבר נחתם בפריז הסכם דייטון - הסכם המסגרת הכללי לשלום בבוסניה והרצגובינה בשמו המלא. על ההסכם חתמו מילושביץ' מטעמה של יוגוסלביה, איזטבגוביץ' מטעמה של בוסניה והרצגובינה וטוג'מן מטעמה של קרואטיה. לפי ההסכם, הרפובליקות הסרביות חדלו מלהתקיים וסופחו לתוך בוסניה והרצגובינה ולתוך קרואטיה על בסיס הגבול הבינלאומי המקורי שנקבע בהכרזות העצמאות שלהן. בנוסף, בוסניה והרצגובינה חולקה כפדרציה לשלוש ארצות: סרפסקה, הפדרציה של בוסניה והרצגובינה ומחוז ברצ'קו.
בהמשך, במסגרת לקחי רצח העם שאירע בבוסניה, כוחות נאט"ו מיהרו להגיב נגד פעילות תוקפנית מחודשת של יוגוסלביה הסרבית. ב-1998 החלה מלחמת קוסובו כאשר צבא שחרור קוסובו פעל להשגת עצמאות מיוגוסלביה. הצבא היוגוסלבי החל לבצע פרעות באוכלוסייה האלבנית של קוסובו וארצות הברית ונאט"ו מיהרו להגיב. קואליציית מדינות נאט"ו הוציאה לפועל את מבצע כוח מאוחד, שהיה לסדרת מתקפות אוויריות ממושכות שפגעו באופן חריף בתפקוד מערכות המלחמה של יוגוסלביה והכריחו אותה להגיע לכדי הסדר שלום. כוח קוסובו הוקם לשמור על הסדר המדיני בארץ. במהלך המלחמה הסרבים פעלו לבצע טיהור אתני של אלבנים, ובמקביל צבא שחרור קוסובו ביצע טיהור אתני בתושבים סרבים וצוענים יושבי חבל הארץ. התבוסה בקוסובו כרסמה במעמדו של מילושביץ'. בספטמבר 2000 הוא סירב להודות בניצחונה של האופוזיציה בבחירות לנשיאות. הפגנות ענק ומחאות אלימות התקיימו בבלגרד ב-5 באוקטובר, ובעקבותיהן נאלץ מילושביץ' לפרוש מתפקידו. למחרת מונה מועמד האופוזיציה, ווייסלב קושטוניצה, לנשיא יוגוסלביה.
בית הדין הפלילי הבינלאומי לאחר המלחמה.
כבר ב-1993, בית הדין הפלילי הבינלאומי ליוגוסלביה לשעבר הוקם לפי החלטה של מועצת הביטחון של האומות המאוחדות. סמכות השיפוט שלו השתרעה על ארבע קבוצות של פשעים שבוצעו בשטח יוגוסלביה לשעבר: הפרות חמורות של אמנות ז'נבה, הפרות של דיני המלחמה, רצח עם ופשעים נגד האנושות. העונש הכבד ביותר שבית הדין מוסמך להטיל על נאשם שהרשיע הוא מאסר עולם. מאז ראשית פעולתו ב-1994 התנהלו בפניו משפטיהם של 161 איש. בית הדין נסגר ב-21 בדצמבר 2017, לאחר 24 שנות פעילות. בתוך בית המשפט התנהלו מספר סדרות של משפטים שחולקו לפי המערכה שלה היו קשורים במסגרת מלחמות יוגוסלביה. אחת מהן הוקדשה לרצח העם בבוסניה.
התביעה מטעם העם הבוסניאקי הוגשה בידי פרנסיס בויל, יועץ לנשיא בוסניה איזטבגוביץ'. פרשת ההעמדה לדין של המעורבים בפשעי המלחמה ובפשעים נגד האנושות שאירעו במסגרת רצח העם הבוסני נסגרה סופית ב-26 בפברואר 2007. סגל השופטים חולק להרכב בינלאומי, כאשר רוזלין היגינס כיהנה בתור הנשיאה ועון שווכת אל-ח'סאונה (לימים ראש ממשלת ירדן) מונה לסגן הנשיאה. המשפט היה לתביעה של בוסניה והרצגובינה נגד סרביה ומונטנגרו (הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה). בית הדין הפלילי הבינלאומי קבע כי לפי הרישום הדמוגרפי שלו מוערך כי 69.8%, משמע 25,609 מהאזרחים שנהרגו במלחמת בוסניה היו בוסניאקים (בנוסף נהרגו 42,501 חיילים בוסנים).
במהלך ההעמדה לדין של המעורבים ברצח העם הבוסני נקבעו שתי פרשנויות משפטיות להגדרה של רצח העם הבוסני: לפי פרשנות אחת רק טבח סרברניצה נחשב להיות רצח עם מכוון, בעוד כל ההשמדות שבוצעו נגד בוסניאקים קודם לכן במהלך המלחמה נחשבים לפשעים נגד האנושות והקדמה לקראת רצח עם. זוהי הפרשנות הרשמית של בית הדין הפלילי הבינלאומי ליוגוסלביה לשעבר. לפי הפרשנות השנייה מחנות הריכוז שנוהלו בידי הרפובליקה סרפסקה ואירועי הטבח וההשמדה שבוצעו במהלך שלוש שנות המלחמה שקדמו לסרברניצה (כגון טבח פריידור ווישגרד), מהווים ביחד הוכחה לכך שמלכתחילה הייתה קיימת כוונה לבצע רצח עם בבוסניאקים. מכאן שאותם מחנות ריכוז ואירועי טבח המוניים היו חלק מרצח העם הבוסני. זוהי העמדה הרשמית של בית הדין האירופי לזכויות אדם ובית המשפט העליון של גרמניה.
להלן רשימה חלקית של הנאשמים, חלקם בפשעים וגזר דינם:
הכחשת רצח העם הבוסני.
הכחשה מטעמן של מדינות.