לפי סקירה מדעית משנת 2016, קיימות ראיות מוצקות להגירה אנושית מאירואסיה לקרן אפריקה ככלל ולאתיופיה בפרט לפני כשלושת אלפים שנה. ההגירה הייתה משמעותית עד כדי כך שכמחצית מהמטען התורשתי של בני תיגראי ואמהרה בימינו הוא אירואסיאתי במקורו. לדעת החוקרים, ממצאים תורשתיים אלו מתיישבים עם ממצאים ארכאולוגיים על חדירת גידולים שבויתו במזרח התיכון (כגון חיטה, שעורה ועדשים) לקרן אפריקה לפני כשלושת אלפים שנה, כמו גם עם ממצאים בלשניים על חדירת שפות שמיות לקרן אפריקה לפני כשלושת אלפים שנה. עם זאת, עדיין לא ברור כמה גלי הגירה היו, מה היה עיתוים המדויק ומי היו המהגרים. בפרט, לא ניתן להכריע על פי הממצאים התורשתיים הקיימים אם גלי ההגירה הנדונים כללו גם יהודים. אמנם לכל הדעות הייתה ליהדות השפעה עמוקה ומקיפה על התרבות החבשית הקדומה, טרם הגעת הנצרות לאתיופיה, אולם לא ניתן להסיק מכך בוודאות על משקלה המספרי של ההגירה היהודית הקדומה לאתיופיה, מתוך כלל ההגירה האנושית המשמעותית מאסיה לאתיופיה.
מוצא העדה על פי מסורת העדה.
על פי מסורת העדה מוצאה ממהגרים יהודים שהיגרו ממצרים לחבש דרך הנילוס ומשם דרך העטברה והתכזה (מזוהה עם הפישון) אל עבר סאמיאן או לחלופין דרך הנילוס הכחול (מזוהה עם הגיחון). המסורת מספרת כי לאחר חורבן בית ראשון יהודים היגרו למצרים שם הם הקימו קהילות גדולות בייחוד באלכסנדריה ולאחר מכן על גדות הנילוס, במצרים התרחש פולמוס בין שתי עדות שונות לגבי הקרבת קורבנות מחוץ לארץ ישראל. העדה שצידדה בהמשך עבודת הקורבנות היגרה אל מעבר לנהרות הנילוס והגיעה לחבש. על פי המסורת מנהיגם של מהגרים יהודים אלו היה אונייה אשר היה כהן, בחירתה של חבש כיעד הייתה מכיוון שהיה ידוע שבאזור זה נשתמרו מנהגים עתיקים מתקופת ממלכת שבא. כאשר היהודים הגיעו הם התקבלו בשמחה על ידי החבשים והתיישבו סביב העיר אקסום וקידמו את היהדות באזור. עם הזמן חל נתק בין שתי הקהילות השונות ובכך הקהילה בחבש נשארה מנותקת משאר העם היהודי.
סיפור זה יחד עם מנהגי העדה מראים כי לאחר שנחרב בית ראשון היהודים החלו להקים קהילות במצרים, קהילות אלו שגשגו בתקופת בית שני במאה ה-4 לפנה"ס אזור הלבנט יחד עם מצרים נכבש על ידי אלכסנדר מוקדון וכך מתחילה תקופת התרבות ההלניסטית שבה שלטה התרבות והשפה היוונית במזרח התיכון לרבות מצרים תחת שלטון בית תלמי, בתקופה זו ליהודי מצרים היו שני בתי מקדש בלאונטופוליס וביב שבהם השתמרה עבודת הקורבנות. בשלהי המאה השנייה לפנה"ס כתבי קודש יהודיים רבים לרבות התורה תורגמו ליוונית (תרגום השבעים) שאחד ממטרותיה היו לשימוש בידי יהודים שהשתמשו בלשון היוונית ולא העברית, לאחר תקופה זו התנ"ך נחתם ולא הוכנסו בו ספרים המכונים הספרים החיצוניים. כנראה בתווך תקופה זו היהודים היגרו אל עבר חבש ושם הקימו את הקהילה היהודית, ייתכן כי השם "סאמיאן" שפירושו "צפון" התכוון לקהילה זו. במקביל לכך הייתה השפעה יהודית על אזור חבש בגלל השפעותיהם של יהודי תימן על האזור המסביר את היחס הטוב שקיבלו המהגרים היהודים ממצרים בחבש. יהודי שאר הארצות בייחוד במרכזים היהודיים הגדולים בזמנו בבל וארץ ישראל לאחר חורבן בית שני השתמשו בשפה הארמית כמו כן התלמוד נכתב בשפה זו ולא תורגם לשום שפה לרבות היוונית שבה השתמשו רבים מיהודי העולם בתקופה זו, מצב זה של אי תרגום ספרי הלכה רבים לשפות לטינית ויוונית גרם להתבוללות של קהילות יהודיות רבות באירופה לרבות ספרד, מצרים ואף חבש.
מוצא העדה על פי המסורת.
במאה ה-9 מועלה לראשונה האזכור כי מוצא העדה הוא משבט דן, באמצע המאה ה-15 כותבים מספר רבנים כגון רבי עובדיה מברטנורא, הרדב"ז והמוהריק"ש. הרב יצחק בן אברהם עקריש, המקובל ר' אברהם הלוי ועוד, כי מוצאם משבט דן. הרב עובדיה יוסף הסתמך עליהם בקביעתו כי הם יהודים וכתב "באתי למסקנא שהפלשים הם צאצאי שבטי ישראל שהדרימו לכוש ואין כל ספק שהגאונים הנ"ל שקבעו שהם משבט דן חקרו ודרשו והגיעו למסקנא זו על פי עדויות וראיות מהימנות ביותר".
במאה ה-16 כותב רבי ישראל מפירושא כי מוצאם של ביתא ישראל הוא מארבעה שבטים, שמעון, יששכר ועוד שניים שכנים לנוצרים. רבי משה באסולה כותב שחלק מיהודי העדה הם מתקופת בית ראשון וחלק מתקופת בית שני, הרב מנשה בן ישראל כותב שמוצאם מעשרת השבטים אך לא מפרט. הרב ש"י רמפורט מעלה את ההשערה כי מקור העדה הוא מיהודים שישבו בחצי האי ערב ובתימן והיגרו לאתיופיה כמו כן הוא מעלה השערה נוספת שלפיה הדת היהודית הייתה נפוצה בקיסרות אקסום לפני קבלת הנצרות ב-325.
הדעות.
במהלך השנים הועלו מגוון רחב של דעות לגבי מוצאם של ביתא ישראל באתיופיה.
הדעות העיקריות ביחס למוצא ביתא ישראל הן:
הגורסים שההתיישבות החלה עוד בתקופת הבית הראשון מביאים סימוכין לעמדתם מדבריהם של הנביאים ישעיהו וצפניה על יהודים שהתיישבו מעבר לנהרות כוש.
מתקופת בית ראשון.
על פי חלק מהחוקרים בתקופת בית ראשון, ככל הנראה החל מהמחצית השנייה של המאה ה-10 לפנה"ס, כבר נדדו אנשים משבטי ישראל ומעממי כנען במורד אגן הים האדום והתיישבו בממלכות השונות שלחופיו, משני עברי שער הדמעות - מצרים, כוש, מרואה, דעמת, סבא, חצרמוות, מעין ועוד.
לנדידות אלה תרמו המניעים הבאים:
קשרי מסחר.
על פי המקרא, בתקופת שלמה המלך היו קשרי מסחר ענפים בין הממלכות שבשער הדמעות לבין ממלכת ישראל המאוחדת בשיתוף פעולה עם צור. בתנ"ך כתוב כי שלמה שלח אנשים שיביאו זהב מאופיר. הסברה המקובלת במחקר ממקמת את אופיר באזור קרן אפריקה או בדרום חצי האי ערב לצד ממלכת שבא (המזוהה עם סבא). המסחר עם אופיר עמד ברקע ביקורה של מלכת שבא אצל שלמה:
בפרק י' מסופר על ביקורה של מלכת שבא וכן שהיא הגיעה עם אוצרות רבים מאופיר, בפרק זה אנו למדים שהמסחר בין שתי הממלכות העמיק ובראש הצי הישראלי לאופיר ושבא עמד חירם מלך צור שהיה שותף בכיר במסחר:
בספר מלכים א' ובדברי הימים ב' מסופר שיהושפט ואחזיהו מלך ישראל, הקימו צי אוניות להפלגה לאופיר כדי להביא משם זהב. סערה שהטביעה את הספינות עכבה את התוכנית ויהושפט סירב להצעת אחזיהו לחדש אותה. תיאור זה מלמד הן על אחיזתה של יהודה בראש מפרץ אילת והן על התנופה המסחרית בימי יהושפט:
"יְהוֹשָׁפָט עָשָׂה אֳנִיּוֹת תַּרְשִׁישׁ לָלֶכֶת אוֹפִירָה לַזָּהָב וְלֹא הָלָךְ כִּי נִשְׁבְּרוּ אֳנִיּוֹת בְּעֶצְיוֹן גָּבֶר. אָז אָמַר אֲחַזְיָהוּ בֶן אַחְאָב אֶל יְהוֹשָׁפָט יֵלְכוּ עֲבָדַי עִם עֲבָדֶיךָ בָּאֳנִיּוֹת וְלֹא אָבָה יְהוֹשָׁפָט", "וְאַחֲרֵי כֵן אֶתְחַבַּר יְהוֹשָׁפָט מֶלֶךְ יְהוּדָה עִם אֲחַזְיָה מֶלֶךְ יִשְׂרָאֵל הוּא הִרְשִׁיעַ לַעֲשׂוֹת. וַיְחַבְּרֵהוּ עִמּוֹ לַעֲשׂוֹת אֳנִיּוֹת לָלֶכֶת תַּרְשִׁישׁ וַיַּעֲשׂוּ אֳנִיּוֹת בְּעֶצְיוֹן גָּבֶר".
כברה נגסת.
האפוס האתיופי-נוצרי כברה נגסת מציג גרסה משלו לזיקה בין בית המלוכה האתיופי לבין בית דוד. לפי הכברה נגסת, השושלת הסולומונית מקורה בשושלת מנליק שהיא עצמה מוצאה מבנה של מלכת שבא ושלמה המלך, מנליק. ספר זה גורס כי יחד עם מנליק הגיעו ישראלים רבים.
כשבגר מנליק הוא נסע לבקר את אביו, שלמה המלך, יחד עם אוצרות רבים. מנליק פגש את המלך ושניהם שמחו מאוד. כאשר הסתיים ביקורו של מנליק ניסה אביו לשכנעו להישאר ולהיות יורשו. הוא נתן לו זהב, תכשיטים וכסף רב. מנליק לא השתכנע ולכן שלמה המליך אותו למלך אקסום. לאחר שהומלך שלמה ארגן פמליה מבני ישראל שישובו איתו לממלכתו, הפמליה כללה גברים שהיו חלק ממשפחות האצולה שבירושלים, שכללו בין היתר כהנים, לווים וכאלף נציגים מכל אחד משבטי ישראל - כעשרים אלף איש בסך הכל. האנשים שהלכו עם מנליק היו בעיקר רופאים, שופטים, אנשי דת וכן גם משפחות רבות. האדם החשוב ביותר בפמלייה היה עזריהו בן צדוק שהיה בנו של הכהן הגדול צדוק, שאר האנשים החשובים בפמליה היו:
שלמה המלך נתן למנליק גם העתק של ארון הברית אך לא ידע שבנו של צדוק הכהן החליף בין הארון האמיתי להעתק. במהלך שובו לממלכתו מגלה מנליק שהארון שברשותו הוא הארון האמיתי. שלמה מגלה זאת גם, אך אינו יכול לעשות דבר. בצר לו פונה שלמה לאשתו, בת פרעה, שתנחם אותו והיא ניצלה זאת והדיחה אותו לעבודת אלילי מצרים. מנליק הגיע לאתיופיה עם הפמליה הגדולה שאיתה ארון הברית. המסורת מוסיפה ומספרת שמנליק החל לראות את עוצמתו של הארון ולכן הוא החליט להחביאו באי טאנה קירקוס באגם טאנה, במשמורת הכהנים שבאו יחד איתו וכך הפכו לשומרי ארון הברית.
כיוון שרוב החוקרים מתארכים את הכברה נגסת לתקופה שאחרי המאה ה-7 לספירה, או מאוחר הרבה יותר, הסיפור שעליו מדבר אפוס זה קדום בהרבה לזמן העריכה, דבר העשוי כמובן להטיל ספק בנאמנותו.
אלדד הדני.
סיפור אחר על מוצאם של ביתא ישראל הועלה במאה ה-9 על ידי אלדד הדני שהיה סוחר יהודי והגיע לעיר קירואן, שם סיפר ששבט דן יושב "מעבר לנהרות כוש", אלדד מספר ומפרט שכאשר ממלכת ישראל המאוחדת התפלגה, שבט דן רצה להימנע ממלחמת האחים וכאשר ירבעם בן נבט דרש מהם להילחם בשבט יהודה הם סירבו ועברו לרמה האתיופית הפורייה:
אלדד ממשיך ומספר שלאחר מות סנחריב שהגלה את שבטי נפתלי, גד ואשר לאשור, שבטים אלו נסעו וגלו מיוזמתם אל מקום מושבו של שבט דן. כמו כן נמצאים איתם גם בני משה, לפי הרב צמח גאון נדד שבט דן לארץ כוש 135 שנים לפני החורבן. ההיסטוריון הערבי איבן האוקל כותב שיהודית המלכה מלכתם של ביתא ישראל במאה ה-9 הייתה מלכת "הדנים", עם זה אינו מזוהה באופן חד משמעי ניתן רק לשער כי מדובר בבני שבט דן:
הנביאים ישעיהו וצפניה.