בנובמבר 2004 עתרה "שלום עכשיו" לבג"ץ נגד השימוש בתקציב רשויות מקומיות לשם מימון פעילות של מועצת יש"ע נגד תוכנית ההתנתקות. בג"ץ הוציא צו ביניים האוסר על העברת הכספים מהרשויות, אך במאי 2006 נפסק שהעברת הכספים היא חוקית, וכיום מקור המימון העיקרי של מועצת יש"ע הוא דמי החבר של הרשויות המקומיות.
בדצמבר 2004 יצאה בקמפיין להחתמת אנשים המוכנים להתנדב למילואים כדי להחליף את החיילים הסרבנים ולפנות התנחלויות כחלק מתוכנית ההתנתקות. ב־19 במרץ 2005, לקחה "שלום עכשיו", במסגרת "מטה הרוב", חלק בארגון הפגנה נוספת הקוראת ליציאה מעזה. בהפגנה נכחו כ - 10,000 משתתפים. במהלכה דיבר מזכ"ל "שלום עכשיו", יריב אופנהיימר, על נכונות תנועתו להתגייס למאבק.
ביוני 2005, בעקבות קמפיין הסרט הכתום של מועצת יש"ע (שמסמל את ההתנגדות לתוכנית ההתנתקות), יצאה התנועה בקמפיין לחלוקת סרטי-בד כחולים, לתמיכה ביציאה מרצועת עזה, במקביל לקמפיין דומה של המפקד הלאומי. הקמפיין של שלום עכשיו זכה להצלחה פחותה מהקמפיין של הסרטים הכתומים.
עתירות בדרישה לפינוי מאחזים.
עמונה.
כחלק מהמעקב של התנועה אחרי בנייה בלתי חוקית במאחזים והתנחלויות ביש"ע הגישה שלום עכשיו ב-3 ביולי 2005 עתירה לבג"ץ, אשר דרשה את ביצוע צו ההריסה שהוצא כנגד בתים במאחז עמונה, הסמוך להתנחלות עפרה, כיוון שנבנו על קרקע פרטית של פלסטינים. בג"ץ קיבל את העתירה. ב-1 בפברואר 2006 נכנסו כוחות יס"מ, משטרה וצבא ליישוב, ולאחר מאבק קשה, אלים ומתוקשר, נהרסו 9 הבתים שעליהם הוגשה העתירה.
ששת המאחזים.
שלום עכשיו עתרה לפינוי מבנים בשישה מאחזים שנבנו לטענתה על קרקע פרטית פלסטינית: מצפה לכיש (מערבית לחברון), צומת הטי-גבעת אסף (מזרחית לרמאללה), רמת גלעד-גבעת הדגל (מערבית לשכם), מעלה רחבעם (מזרחית לבית לחם), מצפה יצהר-נ.ג. 693 (דרומית לשכם), וגבעת הרואה – עלי 762 (צפון מערבית לרמאללה). בסופו של דבר נהרסו מבנים בגבעת אסף ובמעלה רחבעם. בכוונת המדינה להסדיר את שאר המאחזים.
נתיב האבות.
מאחז נתיב האבות הוקם בשנת 2001 בגוש עציון על אדמות בלתי מוסדרות של הכפר אל-ח'אדר. כנגד הבנייה במאחז הוגשו מספר עתירות ובקשות לבית המשפט, והוצאו מספר צווי הריסה על ידי המדינה שלא מומשו. ב-2014 עתרה שלום עכשיו עם כמה מבעלי הקרקעות הפלסטיניים, להריסה ופינוי של שבעה-עשר בתים. בית המשפט קיבל את העתירה והורה על הריסת הבתים, וביום 12.6.2018 פונו הבתים על ידי המדינה.
מלחמת לבנון השנייה.
עם פרוץ מלחמת לבנון השנייה, רבים מאנשי התנועה תמכו בעמדת ממשלת ישראל ובתגובתה הצבאית נגד חזבאללה על רקע חטיפת החיילים וירי הקטיושות המאסיבי כלפי יישובים אזרחיים שביצע הארגון עם פרוץ הקרבות ב-12 ביולי 2006. עם זאת, עם התמשכות המלחמה החלו ויכוחים בתנועה לגבי העמדה אשר עליה להמשיך ולהציג. חלקים בתנועה טענו כי התנגדות למלחמה תקבע את התנועה בתודעה הישראלית כפציפיסטית וככזו התומכת באופן עקבי בצד המתנגד למדינת ישראל. חוגים אחרים בתנועה, טענו כי על התנועה להתנגד למלחמה - חלקם מחשש להסתבכות ישראלית נוספת בלבנון, וחלקם משום שחשבו שהתקפות חזבאללה לא הצדיקו פעולות נגד בסדר גודל כזה.
רק לקראת סופה של המלחמה, כאשר הסתמנה האפשרות לפעילות קרקעית נרחבת בלבנון יצאה התנועה רשמית בעמדה כנגד המלחמה, ויחד עם מרצ קיימה ב-10 באוגוסט הפגנה נגד המלחמה מול משרד הביטחון.
עם תום המלחמה החלה שלום עכשיו בקמפיין למען הסכם מדיני עם סוריה תמורת נסיגה מלאה מרמת הגולן תחת הסיסמה: "אסד מחכה לאולמרט". בין השאר תלו את דגלי סוריה וישראל בירושלים.
מ-2011 ואילך.
בשנים 2011–2013 ארגנה "שלום עכשיו" את "כנס השמאל הישראלי" שדן בעתידו של השמאל הישראלי, בירידת מעמדו בדעת הקהל בישראל ובדרכים לשנות זאת.
בדצמבר 2015 פרסמה התנועה דו"ח על מקורות המימון של תשע עמותות המזוהות עם הימין הישראלי. לפי הדו"ח סך כל המימון מתרומות והשתתפויות של תשע העמותות שנבדקו עמד על כ-580.88 מיליון ש"ח בשנים 2006–2013, 485.81 מיליון ש"ח מתוכם רק מתרומות. לפי הדו"ח כ-455.26 מיליון שקל, שהם 93.7 אחוז מסך התרומות, הגיעו מתרומות חסויות ולא שקופות.
פעילי התנועה הניפו דגל שחור במליאת הכנסת במהלך דיון ב והורחקו בידי הסדרנים.
"שלום עכשיו" נמנתה עם 40 הגופים, ישראלים ופלסטינים, שעתרו לבג"ץ נגד חוק להסדרת ההתיישבות ביהודה והשומרון. ביוני 2020 התקבלה העתירה ובג"ץ ביטל את החוק.
בעקבות עתירה של "שלום עכשיו", שטענה כי כי רשויות מקומיות ביהודה ושומרון העבירו כספים שלא כדין ל"אמנה", תנועת ההתיישבות של "גוש אמונים", החליטה בסוף 2019 נשיאת בית המשפט העליון, אסתר חיות, בהחלטת ביניים, שבשנת 2020 יועברו תמיכות ל"אמנה" רק באישור בית המשפט. ביולי 2021 דחה בג"ץ את העתירה.
פעילות נגד התנחלויות.
פעילות מרכזית של "שלום עכשיו" היא מעקב אחרי ההתנחלויות בשטחי יהודה ושומרון ופרסום נתונים על שינויים החלים בהן. בראש צוות מעקב ההתנחלויות עמד דרור אטקס עד שהוחלף בשנת 2007 בידי חגית עופרן. פעילות הצוות כוללת:
כמו כן, התנועה מפעילה פעילות שטח הקוראת בפינוי ההתנחלויות, באמצעות נוכחות בצמתים, דוכני רחוב ומשמרות מחאה.
בנובמבר 2006 פרסמה "שלום עכשיו" דו"ח בשם "עבירה גוררת עבירה" שטען, בהתבססות על נתוני המנהל האזרחי, שכ-40% מהשטח עליו שוכנות ההתנחלויות הוא אדמות פרטיות של פלסטינים, ושבכ-80% מההתנחלויות יש שטחים כאלה, לפחות באופן חלקי. המנהל האזרחי סיפק נתונים אלה לאחר פנייה של "שלום עכשיו" לבג"ץ. לאחר הפרסום, טען המנהל האזרחי שהנתונים אינם מעודכנים, וסיפק ל"שלום עכשיו" קובצי נתונים חדשים. מהדו"ח המעודכן, שפורסם במרץ 2007, עולה כי לטענת "שלום עכשיו" 32% מהשטח עליו שוכנות ההתנחלויות הוא אדמות פרטיות של פלסטינים. על פי "שלום עכשיו", שיעור הקרקע היהודית הפרטית בתחום ההתנחלויות הוא אפסי. בתגובה, המנהל האזרחי טען כי התנועה "מציגה תמונה שאינה משקפת את המציאות, וכי חרף הבהרה מפורשת, ממשיכה התנועה לסמן יישובים שהוקמו במקרקעין בבעלות ישראלים כיישובים הנמצאים על קרקע פרטית פלסטינית, דבר שמביא להצגת תמונה עובדתית מוטעית מהיסוד". עיקר ההבדל נובע מהגדרת בעלות הקרקע של מעלה אדומים. בשנת 2008 שילמה "שלום עכשיו" פיצויים ופרסמה התנצלות על טענות שגויות בדו"ח (ראו להלן בפרק התביעות נגד התנועה).
בעקבות חקיקת "חוק החרם" קראה "שלום עכשיו" להחרים את תוצרת ההתנחלויות.
באפריל 2011 פורסם "התיק הישראלי" של אתר "ויקיליקס" ובו נחשף שאנשי "שלום עכשיו" קיימו קשר שוטף עם אנשי שגרירות ארצות הברית בישראל ועדכנו אותם בפעילות של ישראל והמתנחלים בשטחים.
באוקטובר 2011 קיבלה שלום עכשיו את "אות מגן המילואים" משר הביטחון.
בנובמבר 2011 רוססו כתובות נאצה על קירות משרדי שלום עכשיו באופן החשוד כפעולת תג מחיר.
יריב אופנהיימר תיאר את תדמית התנועה: "מחוץ לבועת השמאל, שלא בצדק, שלום עכשיו יצרה לעצמה שם בציבוריות הישראלית של סמן שמאלי קיצוני אשר לא בוחל בשום אמצעי על מנת להילחם בכיבוש ובהתנחלויות. להיותנו חוד החנית במאבק בימין ובהתנחלויות יש מחיר ציבורי רב, אותו אנו משלמים כמו שאר הארגונים והתנועות הפועלים בשמאל, גם ברמה האישית".
מבנה התנועה.
בראשית דרכה לא הייתה לתנועה היררכיה ארגונית, מוסדות רשמיים או נציגים נבחרים. הפעילות הייתה התנדבותית והתבססה על מאות פעילים בערים. מימון הפעילות נעשה על ידי תרומות מישראל ומחו"ל ואיסוף כספים בהפגנות. מדי פעם התכנס פורום ארצי, או "פורום-על" כפי שנקרא, וכן אורגנו מטות פעולה להפגנות ולפעילות. חברי פורום העל התחלפו אך הגרעין הקבוע עד 1981 כלל את עמרי פדן, צלי רשף, מוטי פרי, אבו וילן, דדי צוקר, יוסי בן-ארצי, יולי תמיר, ולימים גם ג'נט אביעד, נפתלי רז ויורם בן פורת. במהלך שנות ה-90 התמסדה התנועה והפכה לעמותה עם עובדים בשכר.
כיום "שלום עכשיו" מנוהלת על ידי העמותה "ש.ע.ל - שלום עכשיו לישראל מפעלים חינוכיים", אשר שמה הקודם עד לאוקטובר 2008 היה "שעל מפעלים חינוכיים". בעתירות לבג"ץ היא מזדהה כ"תנועת "שלום עכשיו" - ש.ע.ל. מפעלים חינוכיים", כ"תנועת "שלום עכשיו"- ש.ע.ל." או כ"שלום עכשיו - שעל מפעלים חינוכיים". בראש התנועה עומד מזכ"ל, ומדיניותה נקבעת על ידי מזכירות התנועה. "שעל מפעלים חינוכיים" רשומה אצל רשם העמותות כעמותה שמטרתה "פעילות חינוכית על ידי פרסום חומר הסברה, כינוס אסיפות הסברה, פרסום מודעות בעיתונים, ובכל דרך אחרת שיש בה כדי להשפיע על חינוכו של הנוער בפרט ושל הציבור בכלל".
בשנת 2007 עמד מחזור הפעילות של העמותה על כ-5 מיליון שקלים ובשנת 2008 על כ-3.6 מיליון שקלים. בשנה זאת הוקצו כ-1.5 מיליון שקלים עבור "מחקר בשטחים". רוב המימון הגיע מתרומות שמקורן בחו"ל, המועבר על ידי אגודות ידידים ברחבי העולם וכן על ידי האיחוד האירופי ומדינות אירופאיות שונות, בהן נורווגיה, בריטניה, גרמניה, הולנד ובלגיה. בשנת 2007 היוו התרומות ממדינות זרות כ-40% מכלל התרומות, ובשנת 2008 כ-50% מכלל התרומות בשנת 2011 הגיעו כמעט כל התרומות לתנועה מ"ישויות מדיניות זרות" והן יועדו עבור "מעקב שטחים".
מנהלי שלום עכשיו.
בשנים 1995 עד 2002 כיהנו בתנועה מזכ"ל ומנכ"ל נפרדים. המזכ"ל היה אחראי על "יחסי החוץ" של התנועה, עבודה מול התקשורת, ענייני מדיניות ועבודה מול פוליטיקאים, ואילו המנכ"ל היה אחראי על ההיבטים הארגוניים של התנועה, בהם ריכוז העבודה של רכזי השטח בסניפים השונים, ארגון פעילויות והפגנות ארציות.
משנת 2003 יש לתנועה מנכ"ל בלבד.
להלן מנהלי התנועה מאז הקמתה: