ממשל רייגן על כן העביר נשק לאיראן אשר הועבר דרך מדינת ישראל, זאת על אף המאבק בין ארצות הברית וישראל לבין איראן. הכספים שהועברו מאיראן לארצות הברית דרך מכירת הנשק שומשו עבור מימון הקונטראס בניקרגואה. דרך ה-CIA (סוכנות הביון המרכזית), העברת הכספים התקיימה בחשאי. ממשל רייגן טען מאוחר יותר כי מכירת הנשק לאיראן נעשה בעבור השבת השבויים האמריקאים בלבנון אך בפועל מכירת הנשק החלה עוד לפני פרוץ משבר בני הערובה בלבנון. בנובמבר 1986 העיתון הלבנוני "א-שראע" פרסם ידיעה על הסכם סחר הנשק. בהמשך צצו דיווחים על גילויים נוספים בעניין הפרשה ברחבי התקשורת האמריקאית והתובע הכללי אדווין מיס הורה על פתיחת ועדת חקירה של האחראים בפרשה אשר במהלכה הממשל האמריקאי פעל נגד החלטת הקונגרס. ועדת החקירה העלתה את שמו של לוטננט קולונל אוליבר נורת' מחיל הנחתים שהוצב במועצה לביטחון לאומי. נורת' הודה על מעורבותו בהעברת כספים בצורה בלתי-חוקית מאיראן אל הקונטראס וטען כי רייגן היה מודע לכל הפרשייה לאורכה. רייגן מצידו טען כי לא היה מעורב בעניין כלל וכלל.
השערורייה התגלתה רק 15 שנים לאחר פרשת ווטרגייט ועל כן אזרחים רבים לא סמכו על דבריו של רייגן באומרו כי לא היה מעורב בפרשה. במרץ 1987 יצא רייגן בהצהרה ששודרה בטלוויזיה וטען כי הוא לוקח אחראיות על מהלך האירועים. מאוחר יותר, חקירת עומק שנקראה בידי הקונגרס הגיעה למסקנה שרייגן אכן לא היה מודע לחלק נרחב מהפעילות של הכפופים לו במסגרת הפרשייה. בסיומה של החקירה מצא הקונגרס 11 מקורבי ממשל אשמים, בהם היה מזכיר ההגנה לשעבר, קספר ויינברגר; אוליבר נורת'; היועצים לביטחון לאומי רוברט מקפרלן וג'ון פוינדקסטר ואחרים. פרשת איראן-קונטראס נחשבת להיות השערורייה הפוליטית הגדולה ביותר בתקופת נשיאותו של רייגן ופגעה במורשתו המדינית בכל הנוגע למדיניות חוץ.
יחסי חוץ בנוגע למדינות נוספות.
בדרום אמריקה, החליש רייגן באופן ניכר את התמיכה במשטרים הצבאיים ששלטו במדינות אמריקה הלטינית שהוקמו ונתמכו על ידי ניקסון, והטיל עליהם לחץ למסור את השלטון לידיים אזרחיות. ובכך עודד את ניסיונות הדמוקרטיזציה בארצות כמו ברזיל, אוורוגאי וארגנטינה. בשנת 1983, לאחר ההפסד במלחמת פוקלנד ועקב משבר כלכלי ממושך, נפל המשטר הצבאי בארגנטינה ונבחר מועמד אזרחי, ראול אלפונסין, לתפקיד נשיא ארגנטינה. בשנת 1985 הביא נשיא ברזיל הצבאי, ז'ואאו פיגיירדו, סוף לדיקטטורה הצבאית בברזיל כאשר התיר בחירות דמוקרטיות ובסופן ירד מתפקידו. בצ'ילה לעומת זאת, נותרו מושכות השלטון בידי הדיקטטור הצבאי אוגוסטו פינושה, אך זה החל במהלכים פוליטיים לקראת סיום שלטונו והעברת הממשל לגורמים אזרחיים בלי לפגוע בסדר השלטוני. רייגן הבין נכון את רחשי הציבור לפחות ברוב המדינות ביבשת ברצונם לעבור למשטר דמוקרטי עם ימין ושמאל פוליטיים ולא לדיקטטורה קומוניסטית ובכך אפשר חופש למדינות השונות ממשטרי בובות אמריקאים. צעד זה תרם לשיפור ושיקום היחסים הקשים בין צפון אמריקה לאמריקה הלטינית.
לאחר השגתה של אנגולה עצמאות מידי האימפריה הפורטוגזית, נכנסה המדינה הצעירה למלחמת אזרחים בין האיחוד לעצמאות מוחלטת של אנגולה (UNITA) שנתמך בידי רפובליקת דרום אפריקה, לבין התנועה העממית לשחרור אנגולה (MPLA) שנתמכה בידי קובה. ההתנגדות הבינלאומית כלפי משטר האפרטהייד שהונהג בידי המיעוט הלבן השלט בדרום אפריקה הקשה על ארצות הברית להתערב במאבק לצידה של האחרונה נגד קובה הקומוניסטית. אף על פי כן, ממשל רייגן תמך ב-UNITA בהנהגתו של ז'ונאס סאווימבי והאשים את ה-MPLA בביצוע פשעים נגד האנושות. ממשל רייגן התנגד מבחינה רשמית לאפרטהייד אך לא לחץ על דרום אפריקה להביא לסיומו מחשש שלחץ אמריקאי יתרום לאי-יציבות שלטונית שעלול לערער את היסודות האנטי-קומוניסטים בממשל הדרום אפריקאי. כאשר הכומר דזמונד טוטו זכה בפרס נובל לשלום על מאבקו למען זכויות שחורים בדרום אפריקה, רייגן בירך אותו. בשנת 1984 חידש רייגן את יחסי ארצות הברית–הוותיקן, לארצות הברית לא היו יחסים דיפלומטיים עם הוותיקן מאז 1867.
רייגן וישראל.
באופן כללי נחשב רייגן לאחד מאוהדי ישראל הגדולים שישבו בבית הלבן ובתקופת שלטונו התרחב משמעותית הסיוע הצבאי והכלכלי של ארצות הברית לישראל. הנשיא רייגן תמך בגלוי במאבקם של אסירי ציון והתנה בפני גורבצ'וב את שיפור היחסים בין המדינות וחתימה על הסכמים כלכליים בשיפור יחסה של ברית המועצות ליהודיה, ובפרט הצליח להביא לשחרורו של אנטולי (נתן) שרנסקי, שהיה אחד מסמלי המאבק. בשל דימויו החיובי הזה, זכה רייגן לתמיכה רבה בקרב יהודי ארצות הברית, דבר יוצא דופן עבור נשיא מהמפלגה הרפובליקנית. למרות זאת, ביקורת הוטחה בו ב-1985, כאשר התעקש להניח זר בבית קברות גרמני שבו נקברו גם אנשי אס אס.
עם זאת, רייגן ביקר את ישראל בעקבות הפצצת הכור העיראקי ואחרי טבח סברה ושתילה. כמו כן, בתקופתו הכירה ארצות הברית באש"ף כנציג העם הפלסטיני. מזכיר המדינה בממשלו, ג'ורג' שולץ, עמל על תוכניות שיאפשרו לפלסטינים בשטחים אוטונומיה, למורת רוחה של ממשלת ישראל, אך סופן שלא יצא מהן דבר. ב-31 ביולי 1983 הכריז רייגן כי . יום לאחר ההכרזה הזו קמה היאחזות נח"ל חדשה בשומרון, ליד הר גריזים. כתגובה על הכרזת רייגן, קראו לה מייסדיה "רוגן". ההיאחזות התאזרחה כעבור כשנה והיא היישוב יצהר.
"תוכנית רייגן".
בתחילת כהונתו של רייגן כנשיא נקט בעמדה ניצית כלפי הגוש המזרחי וראה את ישראל כשותפה האסטרטגית המרכזית של אמריקה במזרח התיכון במסגרת המלחמה הקרה השנייה, במיוחד לאחר המהפכה האסלאמית האיראנית שהתרחשה בתקופת קודמו, קרטר, וגנזה מאמריקה שותפה אסטרטגית אזורית גדולה. לכן, רייגן איחד בבחינת מדיניות החוץ שלו בין האינטרס האסטרטגי הלאומי לבין תבנית "היחסים המיוחדים" בין ארצות הברית לישראל. עיקר עניינו של הממשל במזרח התיכון נגע למפרץ הפרסי ולא לסכסוך הישראלי-ערבי. לצד עליית הערכת חשיבותה האסטרטגית של ישראל, הממשל גם פעל להכפיף אותה לדרישותיו דרך הטלת מעין "עונשים" בדמות עיצומים והגבלות על פעולות הנוגדות את עמדותיה של ארצות הברית במישור הבין-מדיני או הבינלאומי הרחב. דוגמה לכך היא השעיית משלוח של ארבעה מטוסי ג'נרל דיינמיקס F-16 פייטינג פלקון לישראל בעקבות "מבצע אופרה" - תקיפת הכור הגרעיני בעיראק. בנובמבר 1981 פורסם מזכר הבנה שביסס מבצעית את משמעות ההעמקה האסטרטגית בין הממשל האמריקאי וישראל בהנהגת מנחם בגין.
בספטמבר 1982, במהלכו של מבצע שלום הגליל הישראלי בלבנון, פרסם הממשל האמריקאי את "תוכנית רייגן", שהייתה מתווה לפתרון סכסוכים וקשיים במזרח התיכון. התוכנית התבססה על ההערכה שישראל תסדיר, כמטרתה, ממשל לבנוני חדש ויציב ותיסוג באופן הדרגתי חזרה אל גבול ישראל–לבנון. בהתייחס לסכסוך הישראלי-פלסטיני, התוכנית נשענה על האופציה הירדנית שירדן תיקח חלק בהסדר רשויות שלטון סדירות ביהודה ושומרון וחבל עזה מהם ישראל אמורה כביכול לסגת בדרך להקמת ממשל פלסטיני עצמאי. ראש ממשלת ישראל מנחם בגין התנגד באותה עת לנסיגה מיידית מלבנון, וכך נטל את העוקץ מהתוכנית, ממנה חשש, והיא לא התממשה והכריז כי הוא דחוף את התוכנית על הסף ואף אישר הקמת יישובים חדשים ביהודה ושומרון (בתגובה להצהרותיו של בגין החליט רייגן לעצור את אספקת המטוסים לישראל לתקופה של כ-3 חודשים), אם לא די בכך מתנחלים התראיינו לתקשורת הישראלית ודרשו חרף הצעתו של רייגן שממשלת ישראל תחיל את הריבונות בשטחים. על אף התנגדותה הנחרצת של ממשלת ישראל לתוכנית, נוצר תקדים שאנשי ציבור יהודים-אמריקאים כגון תומאס דיין, מראשי איפא"ק, תמכו נחרצות בתוכנית.
מלחמת לבנון הראשונה.
טרם תחילת מבצע שלום הגליל ביוני 1982, מלחמת האזרחים בלבנון זלגה לשטחי ישראל דרך הפצצת מטרות אזרחיות בגליל בידי מאחזי אש"ף אשר בדרום לבנון (חבל פתחלנד). בחודשים שקדמו לפתיחת המבצע ותחילת מלחמת לבנון הראשונה, התקיים דיאלוג פנימי בתוך הממשל לגבי העמדה שיש לנקוט ביחס לפעולה ישראלית נרחבת נגד אש"ף בלבנון. הממשל שלח את פיליפ חביב כשליח מיוחד למזרח התיכון למניעת הסלמה בין ישראל לסוריה ולאש"ף בזירת המאבק בלבנון. אמריקה וישראל ראו עין בעין חשיבות אסטרטגית להחלשת אש"ף וניטרול ההשפעה הסורית על לבנון, אך בעוד מזכיר המדינה אלכסנדר הייג הביע עמדה של חפיפת מטרות, מזכיר ההגנה קספר ויינברגר טען שהמהלך יפגע במכלול האינטרסים האמריקאים במזרח התיכון, בפרט יחסיה עם מדינות המפרץ הפרסי הערביות, בעלות בריתה ומייבאות הנפט העיקריות שלה. למעשה, הממשל לא העניק אור ירוק לפתיחה הישראלית במבצע שלום הגליל, אלא נקט במדיניות של עמימות ביחס לעמדתו הרשמית, עמימות שחלק ממקבלי ההחלטות בישראל, כגון שר הביטחון אריאל שרון, ביטאו כתמיכה בישראל בעת פתיחת מבצע.