שני הציים נעו עתה דרומה, כאשר נתיביהם הובילו אותם למפגש. ואולם, ג'ליקו החליט שלא לסכן את אוניותיו בקרב לילה, מכיוון שחשש שלגרמנים יש אמצעים לראיית לילה טובים יותר מאלו שלו(מה שלמעשה התברר כנכון). ג'ליקו העריך ששר יפליג אל בסיסיו בפתח נהר אמס, ולפיכך הורה לאוניותיו להיערך במבנה הגנתי ללילה, ולנוע בכיוון זה, במטרה לחסום את דרך הנסיגה של שר חזרה לבסיסיו. ג'ליקו קיווה שיצליח למצוא שוב את הכוח הגרמני עם עלות השחר, ואז להנחיל לו תבוסה מוחצת. הייתה אפשרות נוספת, דחוקה יותר, והיא שהגרמנים ינסו לפנות לכיוון ריף הורנס (Horns Reef), שונית הנמצאת סמוך לחוף חצי האי יוטלנד, ומשם ינועו לאורך החוף דרומה, כשהם מוגנים על ידי שדות המוקשים שהשתרעו לאורך החוף. כדי למנוע אפשרות כזו הורה ג'ליקו לכוחות הקלים יותר שבפיקודו, משחתות וסיירות, לסייר מצפון לו - כלומר, בחלקו האחורי של הטור הבריטי, ולדווח על פעילות כזו. ג'ליקו גם קיווה שאם אכן יחליטו הגרמנים לנוע בדרך זו, יוכלו המשחתות לבלום אותן באמצעות ירי טורפדות.
שר בחר בדיוק באפשרות זו, והחליט לנוע לכיוון שונית הורנס. למזלו של שר, רוב האוניות הבריטיות שנתקלו בו לא דיווחו לג'ליקו על המתרחש. הדיווחים הבודדים בקשר רדיו שאכן היו לא נקלטו באוניית הדגל של ג'ליקו; ייתכן והדבר נגרם בשל חסימות קשר שהגרמנים הפעילו. המשחתות גם לא הצליחו לנצל את רוב ההזדמנויות שנקרו בפניהן כדי לתקוף את האוניות הגרמניות, למרות ציפיותיו של ג'ליקו. האדמירל הבריטי ואנשי צוותו גם לא הבינו שמטחי הירי וההתפוצצויות שהם רואים מצפון להם הם לחימה של המשחתות באוניות המערכה הגרמניות; הם סברו שהמדובר בקרב בין ספינות הטורפדות הגרמניות והמשחתות הבריטיות. גם אוניותיו של אוון תומאס, שהיו בחלקו האחורי של הצי הבריטי, הבחינו באוניות המערכה הגרמניות החומקות, אך רב החובל של אוניית המערכה "אה"מ מלאיה" החליט, על דעת אוון תומאס, שלא לפתוח באש; שניהם לא דיווחו על כך לג'ליקו, מתוך הנחה שהוא מודע למצב ומתוך חשש שדיווח בקשר רדיו יחשוף את מיקומם.
כישלון המודיעין הבריטי.
כבר בשלב מוקדם של הקרב התערער אמונו של ג'ליקו באמינות המסרים המודיעיניים שהועברו אליו על ידי האדמירליות, זאת לאחר שגילה שהצי הגרמני יצא לים, בניגוד למסר המודיעיני שקיבל על פיו נמצאים הגרמנים בנמל. המפענחים בחדר 40 המשיכו בפיענוח מסרים במשך הקרב, אך הקצינים האחראים עליהם טיפלו בהם ברשלנות, ומנעו מג'ליקו מידע חיוני.
בשעה 21:58 קיבל מסר מהאדמירליות, על פיו האויב נמצא מדרום מערב לו. לג'ליקו היה ברור שהמסר מוטעה, שכן האויב נצפה מצפון מערב לו. אמונו של ג'ליקו בידיעות המודיעיניות התערער עוד יותר, וכעת חש שאינו יכול יותר לסמוך על המודיעין. לפיכך, בשעה 22:41, כאשר קיבל ג'ליקו את המסר שהגרמנים החלו לנוע לכיוון שונית הורנס, לא האמין לו. ואולם, מסרים שהיו יכולים להחזיר את אמונו של ג'ליקו בידיעות המודיעיניות, ולתת לו את המידע הנכון, לא הועברו לג'ליקו: ידיעה שעל פיה דרש שר סיור של צפלינים מעל שונית הורנס עם שחר לא נשלחה אליו, וכך גם פענוח המסר של שר לשייטות המשחתות להתאסף ליד שונית הורנס עד השעה 2:00 - גם פענוח זה לא הועבר לג'ליקו. בסך הכל לא הועברו לו שמונה הודעות מעין אלו; הקצין באדמירליות שהיה אחראי על מחדל זה תייק אותן בצורה מסודרת בתיק המתאים, אך לא חשב להעביר אותן הלאה.
ההיתקלויות במהלך קרב הלילה.
למרות העליונות הגרמנית בקרב הלילה, היה מהלכו מבולבל ולא ברור כמו בקרב היום. ההיתקלות הראשונה הייתה בין שייטות של סיירות; הסיירת הבריטית "סאות'האמפטון" נפגעה מאש כבדה של הגרמנים, אך הצליחה לשגר טורפדו ולהטביע את הסיירת הגרמנית "פראונלוב" על כל צוותה, למעט חמישה ניצולים.
מן השעה 23:20, ועד לשעה 2:15 בערך, תקפו משחתות בריטיות את צי המערכה הגרמני, באמצעות טורפדות. המתקפות היו בטווח קצר מאוד, לעיתים לא יותר מקילומטר אחד, ובהן טובעו חמש משחתות בריטיות ואחרות ניזוקו. מאידך, הסיירת הקלה הגרמנית "רוסטוק" נפגעה קשות וטבעה לאחר כמה שעות, ואוניית המערכה פרה-דרדנוט "פּוֹמֶרן" נפגעה מטורפדו, התפוצצה וטבעה, ועמה כל אנשי צוותה (844 קצינים ומלחים). הקרב התנהל במהומה ובחוסר סדר, בשל הלילה שסביב, וחוסר הוודאות של כל צד לגבי זהות האוניות שמולו. בתוך המהומה התנגשו שלוש משחתות בריטיות זו בזו, ואוניית המערכה הגרמנית "נאסאו" התנגשה במשחתת הבריטית "ספיטפייר"; "נאסאו" לא הייתה יכולה לירות ישירות במשחתת הבריטית מתותחיה הכבדים מכיוון שלא ניתן היה להנמיך אותם די הצורך, אך ההדף מעצם הירי כאשר שתי האוניות צמודות זו לזו גרם לאונייה הבריטית נזק רב. למרות הנזק הצליחה "ספיטפייר" לשוב לבסיסה. קטע באורך שלושה מטרים נפער בצידה של "נאסאו", ובשל כך נאלצה להנמיך את מהירותה ל-15 קשר. לוחות הצד של האונייה הגרמנית נותרו על סיפון האונייה הבריטית.
סיירת גרמנית נוספת, "אלבינג", התנגשה באוניית המערכה "פוזן". "אלבינג", שכבר נפגעה לפני כן בקרב, נפגעה קשות בהתנגשות, וטבעה בשעות הבוקר המוקדמות.
זמן קצר לאחר חצות הטביעו אוניות מערכה גרמניות את הסיירת הבריטית "בלק פרינס" מטווח קרוב; כל אנשי צוותה (857 איש) נספו. הייתה זו האונייה השלישית משייטת הסיירות הראשונה שנפגעה; כזכור, הסיירת "דיפנס" התפוצצה ו-"ווריור" נפגעה קשות. במקביל, מצאו את עצמן סיירות המערכה הגרמניות "מולטקה" ו"זיידליץ" בטווח קצר מאוניות המערכה הבריטיות, אך אלה לא פתחו באש כדי לא לחשוף את מיקומן.
בשעה 1:45 הסתבר לגרמנים שלא ניתן יהיה לחלץ את סיירת המערכה "לוצוב", שנפגעה קשות במהלך הקרב, ולפיכך נטש אותה צוותה והאונייה הוטבעה בידי ספינת הטורפדו G38. בשעה 2:15 חלה לפתע התפוצצות בחרטום ספינת הטורפדו הגרמנית V4; צוותה נטש אותה והאונייה הוטבעה בידי חברותיה. לא הייתה אוניית אויב בסביבה, והפיצוץ נגרם כנראה ממוקש.
לבסוף, בשעה 5:20, כאשר הצי הגרמני הצליח כבר להגיע לאזור בטוח מבחינתו, נפגעה אוניית המערכה הגרמנית "אוסטפריזלנד" ממוקש בצדה הימני. למרות הפגיעה, הצליחה האונייה לשוב לבסיסה. סיירת המערכה הגרמנית "זיידליץ", שנפגעה קשות, נגררה במשך היום והצליחה להגיע לנמל למחרת, 2 ביוני, כאשר היא נגררת מן הירכתיים.
סיום והכרעת הקרב.
בשעה 6:15 היה כבר רוב הצי הגרמני סמוך לחוף הדני, מוגן מאחורי שדות מוקשים ימיים, ועד לשעות הצהריים הגיעו רוב האוניות הגרמניות לנמליהן. ג'ליקו גילה בבוקר ים ריק; הוא הפנה את הצי לאחור כדי לסרוק אחר אוניות גרמניות שאולי נותרו בים, ומשהבין שהצי הגרמני חמק, הורה לצי הבריטי לשוב לבסיסיו. בשעות הערב של אותו יום כבר עגנו רוב האוניות הבריטיות בנמליהן.
מבחינת ההצלחה הטקטית והחומרית, לא היה ספק שהגרמנים ניצחו בקרב. להלן השוואת האבדות של שני הצדדים:
תוצאה זו הלהיבה מאוד את הציבור בגרמניה. הקייזר וילהלם כינה את הקרב "קרב ה-1 ביוני של הים הצפוני", על שם "קרב ה-1 ביוני המהולל" (Gloriuos First of June), הקרב הימי הראשון בין בריטניה וצרפת במלחמות הנפוליאוניות. הקייזר אמר לפקודיו:
הקרב נודע בגרמניה כ"קרב סקאגראק" (Skagerrakschlacht), על פי השם הדני של המצר המחבר בין הים הצפוני לים הבלטי, שבסמוך לו נערך הקרב.
הבריטים, לעומת זאת, היו מאוכזבים קשות מתוצאת הקרב. הציבור הבריטי קיווה לקרב שבו יושמד הצי הגרמני כולו, בסגנון קרב טרפלגר; תוצאות הקרב היו רחוקות מלהיות מכריעות, במקרה הטוב, ולא היה שום סימן להשמדת הצי הגרמני. האשמה הוטלה על ג'ליקו, שנתפס כזהיר והססן יתר על המידה, ובשל כך כמי שהחמיץ הזדמנות חד פעמית להשמיד את אויבו; וזאת, למרות העדיפות המכרעת שממנה נהנה.
למרות זאת, בטווח הרחוק יותר החלו תוצאות הקרב להיראות באופן שונה. אף על פי שהבריטים לא הצליחו להשמיד את הצי הגרמני, ואף על פי שספגו אבדות כבדות יותר, הרי הצי הבריטי היה זה ששלט בשדה המערכה בסיום הקרב, ואילו הצי הגרמני נסוג לבסיסו. הצי הגרמני לא העז יותר לצאת לקרב נגד הצי הבריטי, למעט שתי גיחות קצרות וכושלות באוגוסט ובאוקטובר, גיחות שהסתיימו תוך כמה שעות כאשר הסתבר לגרמנים שצי הים הגדול יוצא לקראתם, ואז נסוגו במהירות לבסיסם. מטרת המבצע הגרמני בקרב יוטלנד, להשמיד יחידה משמעותית מן הצי הבריטי, לא הושגה.
יתר על כן, למרות האבדות הבריטיות הרבות יותר, לא הצליחו הגרמנים לשנות את מאזן הכוחות ביניהם ובין הבריטים. אף על פי שכמה מן האוניות הבריטיות נזקקו לתיקונים, הרי שתגבורות הגיעו תוך ימים ספורים; עדיין היו לבריטים 24 אוניות מערכה מול 10 גרמניות. אפילו שייטת סיירות המערכה הבריטית, שספגה אבדות ניכרות, עדיין הייתה חזקה מזו הגרמנית. בסופו של דבר, לא הצליח הצי הגרמני לפרוץ את המצור הבריטי. כדברי מאמר מערכת בעיתון בארצות הברית:
מסקנות טכניות וטקטיות.
הגרמנים הוכיחו בקרב יוטלנד מיומנות גבוהה, כישורי ימאות מעולים, וכישורי לחימה בלילה שהיו טובים מאלה של הבריטים. מערכות רכישת הטווח שלהם היו טובות יותר, אם כי מערכות ניהול האש הבריטיות היו טובות מאלה של הגרמנים. דיוק הירי הגרמני היה טוב יותר, וקצב האש גבוה מעט יותר. שני הצדדים שיפרו את ציוד בקרת האש שלהם לאחר הקרב. הגרמנים השקיעו בשיפור יכולת ההגבהה של תותחיהם, כדי שיוכלו לירות לטווח רחוק יותר ולצמצם את היתרון הבריטי. אחת הסיבות שהאבידות הבריטיות היו גבוהות יותר היא דיוק התותחנים הגרמניים. הגרמנים ירו 3,597 פגזים מהם 122 פגעו, שיעור דיוק של 3.4%. הבריטים ירו 4,534 פגזים מהם 123 פגעו, שיעור דיוק של 2.7%.