פרח החובלים ג'ונתן מונקהאוס הציע לאטום את החור באמצעות בד מפרשים, כפי שעשו לדבריו בהצלחה באוניית סוחר בה שירת. קוק הפקיד בידיו את ביצוע המשימה, ובהנחייתו תפרו פיסות של נעורת חבלים וצמר למפרש ישן; המפרש הורד למים ונמשך אל מתחת לגוף האונייה, ולחץ המים הידק אותו אל החור. התחבולה הצליחה ובתוך זמן קצר פסקה חדירת המים כמעט לחלוטין, כך שניתן היה להפסיק את הפעלתן של שתיים מתוך שלוש המשאבות.
"אנדוור" חידשה את הפלגתה בקורס צפון-מערב במקביל לריף, והצוות חיפש אחר מעגן בטוח שבו יוכלו לתקן את הנזקים. ב-13 ביוני הגיעה האונייה אל מֵרוֹץ-מים רחב שקוק העניק לו את השם "נהר אנדוור". הניסיון להיכנס אל תוך שפך הנהר נכשל בשל הרוחות העזות והגשם, ורק בבוקר 17 ביוני הצליחה "אנדוור" לחצות את הרְדֵדָה שבפתחו. האונייה התיישבה לזמן קצר על שרטון החול, אך שבה וצפה שעה אחר כך, ובשעות אחר הצהריים המוקדמות נמשכה באמצעות עוגן נְגִידָה אל תוך הנהר עצמו. האונייה הועלתה ללא דיחוי על גדתו הדרומית של הנהר והוטתה על צדה, כדי שאפשר יהיה לתקן את הנזקים שנגרמו לגוף. תוך כדי כך הוחלפו המפרשים והחבלים הבלויים ותחתית הגוף נוקתה מבלוטי-הים שנצמדו אליה.
כאשר בדקו את הגוף נוכחו לדעת, כי חתיכת אלמוג בגודל אגרוף אדם פערה חור בתחתית האונייה ואחר כך ניתקה. שבר אלמוג זה, אליו היו דבוקות פיסות של נעורת פשתן ממזרן ההנצלה, סייע לסתימת החור ומנע את טביעתה של "אנדוור" על הריף.
צפונה אל בטאוויה.
לאחר המתנה לרוח נוחה, חידשה "אנדוור" ב-5 באוגוסט 1770 בשעות אחר הצהריים את הפלגתה, ובחלוף חמישה-עשר יום הגיעה אל הנקודה הצפונית ביותר של חצי האי כף-יורק. ב-22 באוגוסט ירד קוק בסירה אל אי קטן בקרבת החוף והכריז על חלקה המזרחי של יבשת אוסטרליה כריבונות בריטית. קוק העניק לאי את השם "פוזשן" (Possession Island), והטקס הסתיים במטחי כבוד מן החוף ומסיפונה של "אנדוור".
"אנדוור" המשיכה בדרכה מערבה לאורך החוף בין השרטונות והריפים, כשסירת המשוטים של האונייה שטה לפניה ומודדת את עומק המים. ב-26 באוגוסט התרחקה מן החוף ונכנסה אל מרחביו הפתוחים של מפרץ טורס, בין אוסטרליה וגינאה החדשה. על מנת לשמור בסוד את נתיבי ההפלגה של "אנדוור" וזהות המקומות שגילתה, החרים קוק את כל היומנים באונייה, ופקד על אנשי הצוות לא לגלות לאיש היכן היו.
ב-10 באוקטובר, לאחר שהייה של שלושה ימים לחופי האי סבו, הפליגה "אנדוור" אל בטאוויה, בירת איי הודו המזרחיים ההולנדיים. יום לאחר מכן נקלעה האונייה לסערה טרופית פתאומית וברק הכה בה, אך הודות לכליא הברקים שקוק ציווה לחבר לראש התורן, לא נגרם לה כל נזק.
מצבה של האונייה לאחר שנחלצה מן השרטון בשונית המחסום הגדולה נותר רעוע. נגר האונייה ג'ון סיטרלי בדק ומצא כי "האונייה דולפת מאוד – היא מקבלת בין 6 ל-12 אינץ' מים מדי שעה, מפני שהשדרית הראשית שלה ניזוקה במקומות רבים ומחציתה האחורית של השדרית המשנית ניתקה ונפלה. נזקים נגרמו גם לצדה השמאלי של האונייה, שם הדליפה היא הגדולה ביותר, אבל לא יכולתי לתקנם כל עוד המים חודרים פנימה." בבדיקת גוף האונייה התגלה, כי בלוחות אחדים העמיקו תולעי האוניות לחדור עד שנותר עובי עץ של 1/8 אינץ' (3 מ"מ). קוק ציין ביומנו, כי "כל מי שראה את תחתית האונייה התפלא איך המשיכה "אנדוור" לצוף על פני המים" בשלושת חודשי הפלגתה עד עתה בים הפתוח.
ב-9 בנובמבר, לאחר שעמדה שבועיים על עוגן, נמשכה "אנדוור" אל החוף והוטתה על צִדָה כדי שניתן יהיה לעשות בה את התיקונים הדרושים. לוחות נגועים בתולעי אוניות פורקו וסולקו, כדי למנוע את התפשטותן. לוחות שבורים תוקנו, והתחתית נוקתה מ"זקן", נאטמה מחדש בנעורת פשתן ונצבעה. חלקי החיבל הבלויים הוחלפו, משאבות השיפוליים שופצו, ואל האונייה הועלתה אספקה טרייה לקראת ההפלגה חזרה לאנגליה. התיקונים וההצטיידות הושלמו בחג המולד 1770, ולמחרת הרימה "אנדוור" עוגן והפליגה מערבה אל עבר האוקיינוס ההודי.
ההפלגה הביתה.
מצבה של "אנדוור" היה טוב משקודם, אך לא כך היה מצבם של אנשי צוותה. במהלך השהייה בבטאוויה חלו 84 מתוך 94 אנשיה במלריה ובדיזנטריה. עד היציאה לים ב-26 בדצמבר מתו שבעה אנשי צוות, וארבעים אחרים לא יכלו מפאת חוליים לבצע את תפקידם. במהלך שנים-עשר השבועות הבאים מתו 23 אנשים נוספים ונקברו בים, וביניהם ספורינג, גרין, פרקינסון ורופא האונייה ויליאם מונקהאוס.
קוק סבר כי הגורם למחלה הם מי השתייה המזוהמים ופקד לטהר אותם במיץ לימון, אך הדבר הועיל מעט. ג'ונתן מונקהאוס, שהציל את האונייה מטביעה על הריף באמצעות מזרן ההנצלה, מת ב-6 בפברואר, ושישה ימים אחריו מת נגר האונייה ג'ון סיטרלי. בריאותם של אנשי הצוות ששרדו את המגפה השתפרה לאיטה עם חלוף הזמן, והקורבנות האחרונים של המחלה היו שלושה מלחים כשירים, שמתו ב-27 בפברואר.
ב-13 במרץ 1771 הקיפה "אנדוור" את כף התקווה הטובה, ויומיים אחר כך נכנסה לנמל קייפטאון. אנשי הצוות שעדיין היו חולים הורדו לחוף לקבלת טיפול רפואי. האונייה נשארה בנמל ארבעה שבועות בהמתנה להחלמתם וניצלה את הזמן לביצוע תיקונים קטנים בתרנים. ב-15 באפריל הוחזרו החולים לאונייה ואיתם עשרה אנשי צוות חדשים שגויסו בקייפטאון, ו"אנדוור" יצאה שוב לים בדרכה הביתה. ב-10 ביולי נגלתה לעיני מלחי "אנדוור" אדמת אנגליה, ויומיים לאחר מכן נכנסה האונייה לנמל דובר.
כחודש ימים אחרי שובו הועלה קוק לדרגת קומנדר, ובנובמבר 1771 הופיע שמו בפקודה שהוציאה האדמירליות לקראת שיגורה של משלחת שנייה, הפעם באה"מ "רזולושן". קפטן קוק נהרג במהלך עימות אלים עם בני הוואי במפרץ קאלקאוקה ב-14 בפברואר 1779.
המשך קורות האונייה.
בניגוד לקוק, שזכה לפרסום ולאהדה ציבורית בעקבות הפלגתו המוצלחת, "אנדוור" נשכחה מלב. שבוע ימים לאחר שובה לאנגליה נשלחה למספנת וולוויץ', שם הוסבה לאוניית תובלה. תחת פיקודו של לוטננט ג'יימס גורדון ביצעה האונייה שלוש הפלגות סֶבֶב אל איי פוקלנד.
מטרת ההפלגה הראשונה הייתה להוביל "אספקת מזון שתספיק למחייתם של 350 אנשים עד סוף שנת 1772". האונייה יצאה מפורטסמות ב-8 בנובמבר 1771, אך בשל תנאי מזג האוויר הגרוע הגיעה אל פורט אגמונט (הבסיס הבריטי באיי פוקלנד) רק ב-1 במרץ. "אנדוור" עזבה את פורט אגמונט ב-4 במאי והטילה עוגן בפורטסמות לאחר הפלגה רצופה של שלושה חודשים.
ההפלגה השנייה נועדה להחזיר חלק מחיל המצב ולהחליף את סלוף הוד מלכותו "האונד", בפיקוד ג'ון בר, בכלי שיט קטן יותר – השאלופ "פינגווין" בן 36 הטונות בפיקודו של סמיואל קלייטון. הספינה פורקה לחלקיה ונטענה על "אנדוור". "אנדוור" הפליגה בנובמבר עם הצוות הנוסף של "פינגווין" וארבעה נגרי-אוניות, עליהם הוטל להרכיב את חלקי הספינה המפורקת, והגיעה ליעד ב-28 בינואר 1773. ב-17 באפריל שבו "אנדוור" ו"האונד" לאנגליה. סמיואל קלייטון וכמוהו גם ברנרד פנרוז, אחד מאנשי צוותה של "פינגווין", העלו על הכתב את קורות ההפלגה.
ההפלגה השלישית יצאה לדרכה בינואר 1774, כשמשימתה פינוי מוחלט של איי פוקלנד. באותם ימים הייתה בריטניה טרודה בדיכוי המרד של מושבותיה בצפון אמריקה, והיה חשש כי ספרד אויבתה תנצל זאת, תשתלט על האיים, תיקח בשבי את חיל המצב הקטן בפורט אגמונט ואולי אף תחסלו כליל, מה שיצית מחאה ציבורית נגד הממשלה. "אנדוור" יצאה מאנגליה בינואר 1774 והפליגה חזרה מאיי פוקלנד ב-23 באפריל עם כל תושביהם הבריטיים.
בספטמבר 1774 הוצאה "אנדוור" משירות פעיל, ובמרץ 1775 נמכרה לבעל האוניות ג'יימס מאתר (Mather) במחיר של 645 ליש"ט. בבעלותו היא ערכה הפלגה מסחרית אחת לפחות אל ארכנגלסק שברוסיה.
עם פרוץ מלחמת העצמאות האמריקאית נזקקה הממשלה הבריטית לאוניות כדי להוביל חיילים ואספקה אל מעבר לאוקיינוס. ב-1775 הציע מאתר לצי המלכותי לחכור את "אנדוור" כאנית תובלה, אך הצעתו נדחתה. הוא שינה את שם האונייה ל-"לורד סנדוויץ'", כדי לנסות להערים על מספנת דפטפורד, והגיש שוב את הצעתו. גם הפעם נדחה, בנימוק כי האונייה "אינה תקינה לשירות. הוצאה מן הצי ונמכרה. נקראה הבארק אנדוור. נדחתה כבר". מאתר ביצע את התיקונים הדרושים, ובניסיון השלישי הצעתו נתקבלה. האונייה נרשמה בשם "לורד סנדוויץ' 2", מאחר שהייתה כבר אוניית תובלה אחרת בשם זה.
"לורד סנדוויץ' 2", בפיקודו של רב החובל ויליאם אָוּתוֹר, הפליגה ב-5 במאי 1776 מפורטסמות כחלק מצי של 100 כלי שיט, 68 מהם היו אוניות תובלה. משימתם הייתה לסייע לגנרל האו במערכה לכיבוש ניו יורק. על סיפונה נמצאו 206 חיילים, בעיקר מהרגימנט Hessian du Corps של חילות העזר ההסים. בעת חציית האוקיינוס פרצה סערה עזה ואוניות צי המשלוח התפזרו לכל עבר. הן שבו ונאספו בהָליפקס, ומשם הפליגו אל מקום הכינוס בסֶנְדִי הוּק, אליו הגיעה "לורד סנדוויץ'" ב-15 באוגוסט. באותו צי משלוח נמצאה גם "אדוונצ'ר", שהפליגה עם "רזולושן" במסע השני של קוק, וכעת שימשה אוניית אספקה בפיקודו של קפטן ג'ון הֶלוּם. אונייה אחרת בצי המשלוח הייתה אה"מ "סירן", בפיקודו של טוביאס פֶרְנוֹ, מי שפיקד על "אדוונצ'ר" בהפלגת החקר השנייה של קוק.
ניו יורק נפלה בסופו של דבר לידי הבריטים, אך מאחר שניופורט נותרה בידי האמריקנים והיה חשש כי תשמש בסיס כדי להשיב לידיהם את ניו יורק, שלחו הבריטים בנובמבר 1776 צבא לכיבושה של רוד איילנד. בצי המשלוח הייתה גם "לורד סנדוויץ' 2", שהובילה חיילים הסים. אחרי ההשתלטות על ניופורט שימשה "לורד סנדוויץ' 2" כאוניית כלא.
מקום מנוחתה האחרונה.