לאחר שהקשרים ביניהם התגלו, החלה חרושת שמועות אנונימיות - אפשר שהופצו על ידי אשתו של יונג - על 'חציית הגבול הטיפולי' ביניהם, שאף עלתה ליונג במשרתו באוניברסיטת ציריך. יונג החל להחליף מכתבים עם מורהו ומדריכו פרויד, ונועץ בו על ההשלכות של היחסים ביניהם. תכתובת זו היוותה לאחר מכן את הבסיס ל"אנליזה לימודית", שיטה שלפיה על כל סטודנט להיות מטופל בעצמו בטרם יטפל בחולים. בנוסף הביאה מערכת היחסים האינטנסיבית בין השניים לפיתוחם של כמה ממושגי היסוד החשובים ביותר של הפסיכואנליזה, כגון אנימה, העברה נגדית, ו"אינסטינקט המוות". בשנת 1909, לאחר ששמע הקשר הגיעה לאוזניה, נסעה אמה של שפילריין לציריך על מנת להיפגש עם יונג, אך הלה סירב להיפגש עמה. זמן קצר לאחר מכן הופסק הטיפול של יונג בשפילריין. בנובמבר 1910 ניהלו שוב השניים מערכת יחסים רומנטית לתקופה קצרה. לאחר שסיימה את לימודיה בפברואר 1911 עם עבודת דוקטורט, שהתה שפילריין זמן מה במינכן ולאחר מכן בווינה, שם פגשה בפרויד, שעודד אותה להתנתק מיונג ולהגיע לווינה, והצטרפה לאגודה הווינאית לפסיכואנליזה.
פרסום "הספר האדום" ו"הספרים השחורים" לאחר מותו.
"הספר האדום" נכתב על ידי יונג בשנים 1913–1928, ונמסר לקריאה רק לאחדים מעמיתיו. יונג דחה את פרסומו כי חשב שעדיין אינו מתאים לרוח הזמן, והשאיר ליורשיו את ההחלטה אם להוציאו לאור. בשנת 1994 שכנע העורך סונו שמדסאני (Sonu Shamdasani) את משפחתו של יונג לפרסם את הספר, ובשנת 2009 יצא הספר לאור בפורמט מעוצב הדומה לכתב היד המקורי. הספר כתוב באותיות גותיות ומכיל איורים ועיטורים, מלווים בדיאלוגים שערך יונג עם דמויות דמיוניות בניסיון להבין את התת-מודע שלו. התהליך שתועד בספר הניב תובנות שהן הבסיס לתורתו.
ב-2020 פורסמו "הספרים השחורים", רישום של שבע מחברות פרטיות שבהן כתב יונג בין 1913 ל-1932.
תורתו של יונג: פסיכולוגיה אנליטית.
תאוריית אישיות וה"אינדיבידואציה".
אליבא דיונג קיים תהליך אינדיבידואציה, המורכב משני חלקים. ראשית, אצל האדם בצעירותו באה ההבחנה בין הדברים שהם הוא לבין הדברים שאינם הוא – הצל שלו. בשלב מאוחר יותר מגיע הרצון לאינטגרציה, איחוד הניגודים הפנימיים באישיות, המושפע מארכיטיפ "העצמי". לפי יונג, ה"פסיכו" (Psyche) - הנפש - היא למעשה המהות המוחלטת והמלאה של האינדיבידואל - הכללה של המודע והתת-מודע. יונג הבחין בשני ממדים של הבדלים בין אישיים: העמדה החברתית והאופן שבו מכירים את העולם. העמדה החברתית יכולה להיות כזו של מופנמות או מוחצנות, זהו מימד אישיות שנעשה בו שימוש רב לאחר מכן בתאוריית התכונות. הכרת העולם יכולה לבוא על ידי חשיבה, רגש, תחושה ואינטואיציה. יונג העריך כי אינטגרציה נעשית רק דרך התבוננות עצמית פנימית, וראה מטרה זאת כמטרה נעלה עיקרית בחיים ובעצם חקר ולימוד הפסיכולוגיה.
לפי יונג, קיים שיתוף פעולה ממושך בין המודע והתת-מודע, שיתוף שמתוכו נוצרת הדמות המלאה והמוחלטת של הנפש. עיקר תהליך זה נעשה ללא הבנת התודעה ומחוץ לתחום ההבנה המיידי. לפי כך, חלק נרחב מאישיותו, אופיו, פעולותיו ואהבותיו של האינדיבידואל מבוססים על תחום שהבנתו אינה בהישג יד של אותו האינדיבידואל. לשם ההבנה הזאת קיים תהליך ה"אינדיבידואציה", שנועד לעזור לאינדיבידואל לבצע אינטגרציה בין המודע והתת-מודע.
הרכב הנפש לפי יונג.
הרכב הנפש לפי יונג מושפע מזה של פרויד אך פותח מעבר לכך באופן עצמאי. בעיקרון, ישנו המודע, התת-מודע והתת-מודע הקולקטיבי. המודע הוא התחום של המודע העצמי איפה שהתודעה מבינה ומזוהה באופן מוחלט עם פעולותיה ואופייה. בלב המודע נתון האגו המעניק לאדם את ההבנה של הבדלה פרטית שלו עצמו מהסביבה ויוצר את התודעה של האדם לפי איך שהוא רואה ומבין את עצמו (על בסיס המודל הסטרוקטורלי של מודל הנפש הפרוידיאני). פעולה זאת של האגו מבוטאת דרך הפרסונה, התדמית שעוטה אדם כלפי הסביבה ובה נמצא מרכיב של זיוף (ראו לעיל מפורט בפסקה ארכיטיפים). בשביל לשמר את התדמית שאדם רוצה לייצר עבור עצמו ביחס לסביבה, האגו מסנן חוויות שונות והשפעות שלהן על האינדיבידואל בין לקרבם או להרחיקם מהמודע. התנהגויות, חוויות ופרטי אישיות שאין האגו רוצה לשמר ולהביע דרך הפרסונה, הוא מדחיק ומרחיק מן המודע אך אינו יכול להעלים אותם, שכן הם נשמרים במסגרת התת-מודע.
מהלך שמבדיל את יונג באופן חד-משמעי מחוקרים שונים בני דורו היא העובדה שבתוך מודל הנפש, בין המודע לתת-מודע, הוא מפצל את רעיון התת-מודע בין תת-מודע פרטי ותת-מודע קולקטיבי, כאשר התת-מודע הפרטי תואם את התת-מודע לפי עקרונותיהם של פרויד ופסיכולוגים אחרים. בעקבות חלום על בית רב קומות שבו יש מרתף, ובמרתף יש פתח למערה שמתחתיו, פיתח יונג את מושג הלא מודע הקולקטיבי, הכולל בתוכו את מאגר החוויות המשתמרות מדור לדור. יונג מצא קשר נרחב בין תוכני החלום לבין המיתוסים של תרבויות הקדם, וחידש בעקבות כך את מושגי הארכיטיפ ותת המודע הקולקטיבי. הופעתם החוזרת של אותם דימויים בתרבויות שונות היוותה לדעתו הוכחה לכך שהלא מודע הקולקטיבי אכן קיים. את אותם דימויים הוא כינה בשם ארכיטיפים (ראו בהמשך). הארכיטיפ הוא תמונה כלל אנושית קמאית שמגיעה מתת המודע הקולקטיבי שמכיל זיכרונות ותכנים כלל אנושיים. יונג הסיק שהיחיד בחלומו מתחבר אל אוצר זיכרון קולקטיבי, ושללא הכרת מורשת התרבות הטבועה במעמקי הלא-מודע של האנושות, לא ניתן להבין את עולמו הפנימי של היחיד על רבדיו השונים. דימויים ארכיטיפיים אלו מהווים כוח דוחף לאישיות ומימושם. יישומם במציאות, קרוי בפי יונג קומפלקס.
בצד התכנים האפלים וההרסניים של הלא-מודע האישי, גילה יונג את כוחה המרפא של הנפש ואת מגמות ההתפתחות והאינטגרציה הטבועות בה ממאגר הלא מודע הקולקטיבי, שמהווה שכבה עמוקה יותר. תת-המודע הפרטי קרוב יותר לעולם המודע מאשר תת-המודע הקולקטיבי. שניהם משפיעים על המודע ועל ההתנהלות של האדם על שלל גווניה. לתת-המודע הקולקטיבי גוון אוניברסלי הנוגע להשפעה של תרבויות העולם עלי אדמות לאורכם של דברי הימים על מוחו ואישיותו של הפרט. לדברי יונג:
בעקבות יונג הוקמו קבוצות שדגלו בשיטתו ברחבי העולם. חברות אלו שמטרתן היא הפצת הפסיכותרפיה בשיטת יונג, מקבלות אליהן חברים בעלי הכשרה אקדמית מתאימה, לאחר הסמכתם לפי תקנון החברה לאנליטיקאים יונגיאניים.
ארכיטיפים.
ארכיטיפ הוא אבטיפוס. אדם, אובייקט או מצב שבו האנושות, על תרבויותיה השונות, חוותה תדיר והוא נשמר כמשקע בזיכרון האנושי. הפרט החווה את חייו הפרטיים חשוף תמיד הן להתרחשויות ההווה שהוא שותף להן, והן לאותם דימויים קדומים מעברה של משפחת האדם.
יונג מונה חמישה ארכיטיפיים יסודיים:
ארכיטיפים נוספים הם: דמות האם, הגיבור, הילד, אלוהים, אמא אדמה, בעלי חיים, הזקן החכם ועוד.
הלא מודע של יונג מכיל את הלא מודע האישי של פרויד, שיונג אינו כופר בקיומו, אך גם את הארכיטיפים, הלא מודע הקולקטיבי. לצד הארכיטיפים מודחקים גם קומפלקסים כושלים, ניסיונות עבר לא מוצלחים לממש ארכיטיפים. קומפלקסים נוירוטיים אלו יחפשו ביטוי. למשל, גבר שניסה לממש את האנימה שלו, הרצון לפגוש בת זוג, באישה בעלת אופי קר מזג, עלול לשוב ולהתאהב בכל פעם בנשים בעלות אופי כזה.
מורשת ותלמידיו.
MBTI - שיטת להערכת אישיות פותחה על בסיס רעיונות של יונג. ווייס דיאלוג היא שיטת טיפול שפותחה בשנות ה-70 של המאה ה-20 על בסיס רעיונותיו של יונג. בהתאם למחקר שפורסם בשנת 2002, יונג נמצא במקום ה-23 לפי היקף הציטוטים של הפסיכולוגים
בין תלמידיו ניתן לציין:
אדמה חרוכה
"אדמה חרוכה" היא טקטיקה צבאית של נסיגה תוך הרס כל דבר העשוי להיות שימושי לאויב. השם מתייחס לנוהג לשרוף יבולים כדי למנוע מהאויב משאבי מזון. הטקטיקה יכולה לשמש צד לוחם על אדמות אויב (אך אז הדבר אסור על פי המשפט הבינלאומי) או על אדמותיו הוא.
בימי קדם.
הסקיתים השתמשו בשיטת האדמה החרוכה כנגד המלך דריווש הראשון של פרס. כאשר הסקיתים נסוגו, הם הרסו את מאגרי המזון והרעילו את הבארות.
כתוצאה מכך, דריווש הגדול אולץ להודות בתבוסתו, כאשר חלק גדול מאנשיו מתו כתוצאה מרעב והתייבשות. גם הגנרל היווני קסנופון כתב באנבסיס שהארמנים שרפו את יבולם ואת מקורות המזון שלהם לפני הגעתם של שכירי החרב היוונים. דוגמה נוספת לשימוש בשיטת האדמה החרוכה בימי קדם ניתן לראות בהצעתו של ממנון מרודוס לאחשדרפן הפרסי להשתמש בשיטה זו כנגד אלכסנדר הגדול, כשזה עשה דרכו לתוך אסיה הקטנה. אך האחשדרפן סירב.
ביטוי נוסף לאדמה חרוכה ניתן למצוא אצל הרומאים אשר הרעילו את הבארות במקום שנאלצו לסגת ממנו.
בעת החדשה.
בזמן מלחמות נפוליאון שמשה מדיניות אדמה חרוכה בהצלחה את ספרד ואת רוסיה. בניגוד לדעה הנפוצה, בעיקר בעקבות הרומן "מלחמה ושלום" של טולסטוי, האיש שהציע להשתמש בטקטיקה זו לראשונה לא היה קוטוזוב אלא מיכאיל ברקלאי דה טולי.
בעת מלחמת העולם השנייה, אחרי פלישת גרמניה הנאצית לברית המועצות ביוני 1941 במסגרת "מבצע ברברוסה", שרף הצבא האדום את מפעלי הנפט שלו כדי למנוע מהנאצים להשתמש בנפט. לקראת סוף המלחמה הוציא אדולף היטלר את צו נרון בה פקד על כוחותיו את נוהל "אדמה חרוכה" בעת נסיגת הכוחות הנאציים במרץ 1945. היטלר גם פקד אישית על דיטריך פון קולטיץ מושל פריז לשרוף את העיר ולמנוע את שחרור פריז.