המשיבים (אגילארד וכ-30 אחרים, שאוגדו על ידי ACLU) יוצגו פרו בונו על ידי משרד עורכי דין גדול מניו יורק, ועורך הדין ג'יי טופקיס טען בעל פה בשמם בפני בית המשפט. טיעונם נתמך על ידי 72 מדענים אמריקאים זוכי פרס נובל, 17 אקדמיות למדעים ו-7 ארגונים מדעיים אחרים, שהגישו לבית המשפט את עמדתם כידידי בית המשפט. טופקיס פתח את דבריו בטענה שהמילה "בריאה" עצמה מסגירה את האופי הדתי של החוק. לטענתו, העותרים מבקשים להלביש כעת את החוק בתחפושת מדעית, תוך שימוש במילים כמו "התפרצות פתאומית" כתחליף לבריאה יש מאין, אך מילים אלה לא מופיעות בחוק ועל המשמעות הדתית של החוק ניתן ללמוד מההיסטוריה של חקיקתו. טופקיס טען גם שלא ניתן לקבל את עמדת העותרים שהחוק מקדם חופש אקדמי, שכן על פי החוק "למורה מותר ללמד אבולוציה רק במחיר של לימוד דברים שהוא יודע שהם פסאודו-מדע".
פסק הדין.
פסק הדין ניתן ב-19 ביוני 1987. בהחלטה של 7 שופטים מול 2 מתנגדים אישר בית המשפט העליון את ההכרעה של הערכאות הנמוכות וקבע שהחוק בלואיזיאנה אינו עומד בתנאי התיקון הראשון לחוקה ולכן הוא אינו חוקתי ובטל. השופט ויליאם ברנן כתב את החלטת הרוב. ברנן דחה את הטענה שתכלית החוק היא לקדם חופש אקדמי וקבע שתכליתו היא לקדם דת. השופטים ת'ורגוד מרשל, הארי בלקמן, לואיס פאוול וג'ון פול סטיבנס הצטרפו לדעתו במלואה. פאוול כתב בנפרד כדי לדון בהיסטוריה של חקיקת החוק בלואיזיאנה ולהדגיש שלמועצות חינוך ולבתי הספר יש שיקול דעת נרחב בכל הקשור לתוכניות לימודים. השופטת סנדרה דיי או'קונור הסכימה עם דעתו של פאוול במלואה ועם המסקנה והנימוקים של ברנן, למעט החלק השני, שבו הסביר ברנן מדוע על בית המשפט להחמיר באכיפת התיקון הראשון בבתי ספר. ביירון וייט הסכים עם המסקנה של ברנן, אך לא הצטרף לנימוקיו ונימק את דעתו בנפרד. אנטונין סקאליה כתב את דעת המיעוט, בה הוא דחה את הטיעונים והמסקנה של הרוב, ונשיא בית המשפט העליון ויליאם רנקוויסט הצטרף לדעתו.
דעת הרוב.
ברנן ביסס את הכרעתו על "פסוקית המיסוד" (Establishment Clause) בתיקון הראשון לחוקה. פסוקית זו קובעת ש"הקונגרס לא יחוקק שום חוק בעניין מיסודה של דת", ובשנת 1947 קבע בית המשפט, בפסק דין אוורסון נגד מועצת החינוך , שהאמור בה הוחל על ידי התיקון ה-14 גם בנוגע לפעולות של מדינות האיחוד. בשנת 1971 ניסח בית המשפט את "מבחן למון", שקובע קריטריונים ללגיטימיות של חוקים לאור פסוקית מיסוד. לפי מבחן זה, על כל חוק לקיים את כל שלושה התנאים הבאים: (1) תכלית החוק היא חילונית; (2) ההשפעה העיקרית של החוק אינה קידום דת או הפרעה לדת; (3) החוק לא יוצר קשר מופרז בין המדינה לדת. ברנן בחן את חוק היחס המאוזן בלואיזיאנה לאור מבחן זה. הוא כתב שמספיק להראות שהחוק לא עומד בתנאי הראשון בכדי להכריע שהוא לא חוקתי. בנוסף, על בית המשפט להקדיש תשומת לב מיוחדת לפעולות שנוקטת המדינה בנוגע לבתי ספר. המדינה מפעילה סמכות וכוח באמצעות חוקים לחינוך חובה, והמשפחות מצפות שסמכות זו לא תשמש כדי לקדם השקפות דתיות שנמצאות בקונפליקט עם אמונותיהן.
לפי הכרעת הרוב, החוק במדינת לואיזיאנה כושל במבחן למון, משום שאין לו תכלית חילונית, ומטרתו המרכזית היא להתאים את תוכנית הלימודים להשקפה דתית. ברנן כתב כי "בעוד שבדרך כלל אנחנו מקבלים את האופן שבו המדינה מנסחת את התכלית החילונית של החוק, על ניסוח זה להיות כן ולא התחזות (a sham)". בהתאם, ברנן דחה את הטענה של העותרים, שתכלית החוק היא קידום חופש אקדמי או הוגנות באופן כללי.
מסקנת בית המשפט התבססה על ההיסטוריה של חקיקת החוק ועל הלשון של החוק עצמו. מבחינת ההיסטוריה של החקיקה, ברנן הביא ציטוטים של דברי מציע החוק, הסנטור קית', ומחוקקים אחרים שבהם נאמר כי עדיף שתלמידים בלואיזיאנה לא ילמדו אף אחת מהגישות ושהדחף להעביר את החוק נוצר בעקבות אמונות דתיות של המחוקקים. מבחינת לשון החוק, לא ניתן לטעון שהוא מקדם חופש אקדמי משום שלפני העברתו מורים היו חופשיים ללמד כל תאוריה שמבוססת על עובדות, כך שהחוק רק מגביל אותם ולא מוסיף להם סמכות. ברנן מצא גם שהחוק לא מקדם הוגנות, שכן הוא מורה על הכנת חומרי לימוד ותמיכה בהוראת בריאתנות, אך הוא לא מורה על תמיכה דומה בלימודי אבולוציה. החוק אוסר על אפליה נגד מי שיבחר ללמד את "מדע הבריאה", אך לא כולל איסור דומה על אפליה נגד מי שיבחר ללמד את תורת האבולוציה.
דעות מסכימות.
דעתו של לואיס פאוול.
לואיס פאוול כתב שתכלית דתית לבדה לא מספיקה כדי לשלול את התוקף של חוק. תחת זאת, החוק אינו חוקתי רק אם התכלית הדתית היא התכלית הדומיננטית. החוק מצהיר על תכלית שאינה דתית, שמירה על "חופש אקדמי", ואף שהרצון לאכוף חופש אקדמי לא מתיר לחוקק בשם ערך זה תוכניות לימוד שמקדמות דת, הצהרה זו הופכת את לשון החוק למעורפלת מספיק בשביל לעבור מניתוח של לשון החוק לניתוח של ההיסטוריה של חקיקתו.
לפי פאוול, ההיסטוריה של החוק מסגירה את העובדה ש"אמונה דתית היא תכלית קיומו של החוק". פאוול התעכב על שני פנים של ההיסטוריה הזו. ראשית, הוא הראה שהחוק נוצר בהשראת חוק לדוגמה של המכון למדע הבריאה, ושתוכנו נוקה מהתייחסות לבריאה יש מאין ("creatio ex nihilo") ולמבול רק לאחר שהוגשה עתירה נגד החוק מארקנסו. שנית, הוא התייחס לאופי של שני מוסדות מעורבים - המכון למדע הבריאה והחברה למחקר הבריאה - והראה ששניהם מקדמים במפורש סדר יום דתי. המכון הוקם בעקבות "הצורך הדחוף לחזור לאמונה בבורא כל יכול... שבפניו כולם מחויבים בסופו של דבר לתת דין וחשבון"; החברה למחקר הבריאה מקבלת לשורותיה רק חברים שמאמינים כי "התנ"ך הוא המילה הכתובה של אלוהים... וכל האמור בו הוא אמת היסטורית ומדעית".
פאוול הדגיש בחלק II של פסק דינו ש"תלמידים יכולים וצריכים ללמוד על כל הפנים של המורשת הדתית של האומה". לפי פאוול, הדת קשורה בכל ההיסטוריה של ארצות הברית, והשימוש בטקסטים דתיים, כמו התנ"ך, בבתי ספר אינו אסור כשלעצמו, אלא רק כשהתכלית היא לקדם דת מסוימת.
דעתו של ביירון וייט.
ביירון וייט לא הצטרף לנימוקים של ברנן וכתב בנפרד כדי להסביר מדוע הוא מסכים עם המסקנה של הרוב. הוא כתב שבאופן רגיל על בית המשפט לקבל את הפרשנות שנותנים בתי המשפט המחוזיים ובתי המשפט לערעורים לחוקים של מדינות, וזאת משום שלבתי משפט אלה יש יתרון בהבנת החוקים של המדינות שנמצאות בתחום שיפוטם. היות שהפרשנות שניתנה על ידי הערכאות הנמוכות היא סבירה ולא שגויה על פניה, והיות שבית המשפט העליון לא קבע בהחלטה זו פרשנות חוקתית חדשה ולא קבע שהערכאות הנמוכות טעו ביישום הפרשנות הקיימת, על בית המשפט העליון פשוט לקבל את עמדתם, מבלי לפרש מחדש את החוק.
דעת המיעוט.
אנטונין סקאליה, שמונה כשופט בבית המשפט העליון זמן קצר לפני הדיון בעתירה, כתב את דעת המיעוט, ואליו הצטרף נשיא בית המשפט ויליאם רנקוויסט. סקאליה פתח את דעתו בהטלת ספק בכך שניתן לבטל חוק של מדינה על סמך המוטיבציה של המחוקקים בלבד וללא התייחסות לתוצאות המעשיות של החוק. גם אם למחוקקים הייתה מוטיבציה דתית, ייתכן שהם תיעלו מוטיבציה זו ליצירה של חוק בעל תכלית חילונית. בהתייחס לשינוי החוק בעקבות הגשת העתירות נגד החוק בארקנסו, סקאליה טען שזה מעיד דווקא על הכוונה הלגיטימית של המחוקקים להתאים את החוק לדרישות החוקה. על בית המשפט להניח כוונה טובה מצד המחוקקים, שנשבעו להגן על החוקה הפדרלית. בית המשפט טעה, לדעת סקאליה, בכך שפירש את החוק וביטל אותו מבלי לתת לבתי המשפט של לואיזיאנה לפרש את החוק בעצמם. הבעיה המרכזית בחוק היא בעיה של הגדרה לגבי המשמעות של המושג "מדע הבריאה", כאשר צד אחד טוען במדובר בגישה מדעית והצד השני טוען שמדובר בגישה דתית מחופשת לגישה מדעית. לדעת סקאליה, היות שבית המשפט קיבל את החלטתו בהליך מקוצר מבלי לשמוע עדויות, על בית המשפט לקבל את גישת העותרים או להחזיר את הדיון לבית המשפט המחוזי לצורך חקירה ושמיעת עדויות.
לגבי דחיית ההצהרה של המחוקקים שתכלית החוק היא הגנה על החופש האקדמי, סקאליה טען שדעת הרוב מוטעה, משום שהיא מפרשת לא נכון את המשמעות של הצהרה זו. לדעת סקאליה, המחוקקים לא התכוונו לחופש של המורים ללמד כל שירצו, אלא לחופש של התלמידים והגנה עליהם מפני אינדוקטרינציה. בהחלטתו ביקר סקאליה בחריפות את טענת הרוב שהצהרת המחוקקים לגבי תכלית החוק היא העמדת פנים או בלוף ("a sham"). הוא כתב: "אני נדהם מהמוכנות חסרת התקדים של בית המשפט להגיע למסקנה כזו, שאותה אני יכול לפרש רק... [כ]תגובה אינסטנקטיבית, לפיה כל דרישה ממשלתית הקשורה בלימוד אבולוציה חייבת להיות הפגנה של דכאנות נוצרית פונדמנטליסטית. במקרה הזה... נראה לי שהחלטת בית המשפט היא הדכאנית. העם בלואיזיאנה, כולל הנוצרים הפונדמנטליסטים, רשאי כעניין חילוני, [לדרוש] שיוצגו ראיות מדעיות נגד אבולוציה בבתי הספר".
בדעתו, ביקר סקאליה לא רק את האופן שבו מיישמת החלטת הרוב את מבחן למון, אלא גם את מבחן למון עצמו. הוא טען שהפסיקה של בית המשפט העליון בעניין פסוקית המיסוד היא "מביכה" ו"כושלת". לדעת סקאליה, יש לזנוח את מבחן התכלית של החוק, שדוחק את בית המשפט לבחינת הכוונה הסובייקטיבית של המחוקקים.
לאחר פסק הדין.