קליטת סטי"לים בצי המצרי בתחילת שנות ה-60 של המאה ה-20 ואחר כך בצי הסורי, הפכה את המשחתות לכלים מסורבלים ופגיעים. בהתאם לתורת הלחימה שפותחה בחיל הים, בעת היתקלות בסטי"לים, שטילי ה-SS-N-2 סטיקס שלהם היו מיועדים לפגוע בכלי שיט גדולים, היה על הטרפדות להסתער לעבר הסטי"לים ולכפות עליהם קרב תותחים מטווח קצר, והמשחתות היו צריכות להתרחק מטווח הטילים. טקטיקת קרב זו יושמה בפעולת פורט סעיד במלחמת ששת הימים ובקרב רומני.
במלחמת ששת הימים.
במלחמת ששת הימים לחיל הים הישראלי היו תשע טרפדות: שש בפלגה 914–915 בים בתיכון – שלוש טרפדות דיזל ושלוש טרפדות בנזין מתוצרת צרפת, ובים סוף שלוש טרפדות איטלקיות בפלגה 912.
מבין הטרפדות בים התיכון, ט-205 בהנעת בנזין הייתה בשיפוץ כללי ולא השתתפה בפעילות. משימתה העיקרית של הפלגה הייתה לתקוף בטורפדו את המשחתות המצריות שעלולות היו להפגיז את החוף הישראלי. מצב הנחיתות הקרבית של חיל הים הישראלי מול הצי המצרי היה אמור להתאזן בהפעלת מטוסי קרב של חיל האוויר. במשך תקופת ההמתנה עברו הטרפדות סדרת אימונים מואצת, שכללה שיט במבנים צמודים בלילה וביום וירי תותחים. כאשר פרצה המלחמה היה הכוח מוכן ומאומן.
זירת הים התיכון.
ניסיון חילוץ טייס מהים, 5 ביוני 1967.
בפרוץ הקרבות, בבוקר יום 5 ביוני, הוטלה על הטרפדות משימה ראשונה: לחלץ טייס שנטש את מטוסו מעל לים מול חוף עזה. כוח בפיקודו של סרן אלי רהב, שכלל את הטרפדות ט-204 בפיקוד קרן גיל וט-207 בפיקוד אריה רונה, סרק את הים והתקרב לחוף, אך הטייס נאסף על ידי סירה לשבי המצרי. הטרפדות נראו היטב מהחוף בים השקט וספגו ירי תותחים משם, אבל הנפילות לא סיכנו אותן. הן התרחקו ומאוחר יותר הוחזרו צפונה.
לחימה בפורט סעיד, ליל 5–6 ביוני 1967.
ב-5 ביוני אחר הצהריים הצטרפו חמש טרפדות לכוח בפיקודו של אל"ם בנימין תלם שכלל את המשחתת אח"י יפו (ק-42) בפיקוד סא"ל יצחק קט ועליה לוחמי שייטת 13 בפיקודו של רס"ן זאב אלמוג, בדרכו לפעולת פורט סעיד. תוך כדי התארגנות הכוח ליד אשדוד הוחזרו שתי ספינות לחיפה. שלוש הנותרות בפיקוד המפל"ג סא"ל משה אורן נשארו עם המשחתת.
במהלך התנועה לכיוון פורט סעיד, לאור מידע מודיעיני על צוללת מצרית בדרכה לפורט סעיד, החליט אל"ם תלם על פיצול כוח הטרפדות. את ט-206 בפיקוד רפי אפל הורה להצמיד לירכתי המשחתת אח"י יפו (ק-42) ומפקד הפלגה אורן נשאר עם שתי טרפדות. ספינת הפיקוד הייתה ט-203 בפיקוד רמי רפאלי וט-207 בפיקוד אריה רונה. בכוח הטרפדות היה תותח בופורס 40 מ"מ אחד וארבעה תותחי אורליקון 20 מ"מ.
לוחמי הקומנדו הימי חדרו לנמל פורט סעיד במטרה לחבל בכלי שיט מלחמתיים, אולם אלה לא היו שם. בעת המתנת הכוח הימי ללוחמי הקומנדו הימי, תקפו שתי הטרפדות שני סטי"לים מצריים מדגם אוסה שנעו בקרבת הנמל.
מפקד הכוח בנימין תלם, שידע כי ספינות האוסה קיבלו הוראה להיכנס לנמל וגם קיבל דיווח מטרפדת ט-207 שהיא "קצרה בדלק", הורה לטרפדות שלא לרדוף אחריהן ולמעשה הקרב הופסק לאחר הפתיחה באש. הספינות המצריות נכנסו לפורט סעיד מבלי להשיב אש לטרפדות.
אבטחה בגזרה הסורית.
זוג הטרפדות בפיקוד סגן המפל"ג אלי רהב, שהוחזרו מאשדוד לחיפה – ט-204 בפיקוד גיל קרן וט-208 בפיקוד חיים גבע - קיבלו בחצות הלילה משימה חדשה. לצאת צפונה כדי לשמש אבטחה לכוחות שייטת 13 שפעלו נגד הנמלים בחוף הסורי. הטרפדות יצאו צפונה והגיעו למפגש עם אח"י נגה (ק-22) בשעה 07:55 הבוקר. הספינות נשארו בקרבת אח"י נגה עד שהתקבלה הוראה לכל הכוחות בגזרה הסורית לחזור לנמל.
תקיפת האנייה ליברטי, 8 ביוני 1967.
אירוע משמעותי בזירה הימית היה תקרית ליברטי, שבה תקפה ישראל אניית ביון אמריקאית, עקב טעות בזיהוי. שלש טרפדות בפיקוד המפל"ג משה אורן לקחו חלק בתקרית, שהתרחשה ביום השלישי של המלחמה. בליל 7/8 ביוני הפגיזה משחתת מצרית כוח טנקים בפיקוד ישראל גרנית באזור רומאני. בלא קשר אירעו התפוצציות באזור חוף אל עריש. מסקנת הפיקוד הייתה שהמצרים מפגיזים מהים וחיל הים נדרש להגיב. הטרפדות ט-204 בפיקוד קרן גיל, ט-203 בפיקוד רמי רפאלי וט-206 בפיקוד רפי אפל נשלחו נגד המשחתת המצרית.
כתוצאה מסדרת טעויות של האנייה האמריקאית והכוחות הישראליים נוצרה טעות בזיהוי. אניית הביון האמריקאית הותקפה על ידי מטוסים וטרפדות שאף ירו לעברה טורפדות. מפקד האנייה מנע את טביעתה בכך שסגר את הדלתות האטומות בין המדורים, אך תוך כך גרם למותם של אנשי צוות נוספים. בתקרית נהרגו 34 מלחים וקצינים אמריקאים ונפצעו 172.
כשהובררה זהות האניה הציעו הטרפדות עזרה אך מפקד הליברטי מק-גונגל דחה אותה.
זירת ים סוף.
היערכות למניעת התקפה מהים על אילת, ליל 5–6 ביוני 1967.
בתחילת המלחמה הגיע לחיל הים מידע ששתי משחתות ושש טרפדות מצריות מפליגות צפונה במטרה לתקוף את אילת. כוח ימי בפיקודו של אל"ם אברהם בוצר, שכלל שלוש טרפדות מפלגה 912 בפיקודו של חיים אברבנאל, סירת ברטראם חמושה במקלעים, שתי סירות נפץ וסירות מרוץ מגויסות, נערך למארב מדרום לאילת, באזור ג'זירת פרעון (אי האלמוגים). סירות המרוץ המגויסות נועדו לבצע התקפת דמה על הכוח המצרי לקראת תקיפתן על ידי הטרפדות וסירות הנפץ. ברם, הכוח המצרי נסוג לאחר שהגיע לאזור דהב בדרום מפרץ אילת, לפני שהתפתח קרב.
כיבוש שארם א-שייח', 7 ביוני 1967.
ב-6 ביוני הוחלט על כיבוש שארם א-שייח'. התוכנית הייתה להצניח כוח צנחנים שישתלט על המקום. על חיל הים הוטל לסייע לכיבוש בהנחתת טנקים והובלת אספקה בנחתות בליווי הטרפדות. שלוש הטרפדות שהמתינו בצפון מפרץ אילת במארב למשחתות מצריות, החליפו חימוש: הטורפדות הוסרו והן נעשו ספינות תותחים.
לאחר שהתקבלו ידיעות על נסיגת הצבא המצרי בסיני הוקדם הביצוע ל-7 ביוני. בשעה 07:01 יצא מאילת כוח שכלל ארבעה נמ"כים שנשאו ארבעה טנקים מסוג AMX-13 וג'יפ, בליווי שלוש טרפדות, סירת ברטראם והגוררת המגויסת "צאלה" כספינת הפיקוד וכוננות לגרירה. כאשר הכוח הגיע למחצית הדרך הגיעה הודעה כי מתנהלת לחימה במצרי טיראן. מפקד הכוח אברהם בוצר עבר לטרפדת תרשיש ונע במהירות למצרי טיראן. בטרפדת "שבא", ארעה תקלה במנוע שהאטה את מהירותה והיא נותרה מאחור עם הנחתות.
בשעה 09:00 נתקבלה הודעה שהצניחה תתקיים בשעה 12:30. בוצר החליט להגיע למפרץ שארם א-שייח' עם שתי טרפדות במקביל לצניחה ולסייע בכיבוש המקום. באותה עת לא היה ברור האם עמדת התותחים המצרים בראס נצראני, שחלשה על מצרי טיראן, מאוישת. כאשר הגיעו לטווח התותחים מראס נצראני התברר כי היו עזובים. הטרפדות עברו במצרי טיראן, הגיעו בשעה 11:30 למפרץ שארם א-שייח' שננטש על ידי המצרים והשתלטו עליו. בשעה 12:12 הניפו לוחמי הטרפדות את דגל ישראל על בניין בית החולים של כוחות האו"ם בשארם א-שייח'. כתוצאה מכך בוטלה הצניחה ובשעה 14:00 נחתו הצנחנים במסוקים והשלימו את כיבוש האזור.
אחר הצהריים התגלו על ידי הטרפדות מדרום לשארם א-שייח' שתי ספינות דיג שנעצרו רק לאחר ירי לפני החרטום. הסירות לא היו חמושות אך נשאו בתוכן 33 לוחמי קומנדו מצרים עם נשק וציוד מחלקתי, שהונחתו על האי טיראן ערב המלחמה. השבויים נמסרו לכוח היבשתי והספינות נקשרו לרציף. בשעה 17:00 הגיע כוח הנחיתה והנחית את הטנקים בחוף המפרץ. למחרת נכנסה הגוררת "צאלה", שהביאה כ-60 חביות דלק לטרפדות.
עם כיבוש שארם א-שייח' הוסר הסגר הימי על אילת שהיווה עילה מרכזית לפרוץ מלחמת ששת הימים.
במלחמת ההתשה.
מלחמת ההתשה החלה מיד לאחר מלחמת ששת הימים, ב-11 ביוני 1967 והסתיימה ב-8 באוגוסט 1970. הטרפדות נטלו חלק במלחמה זו במשך כשנתיים וחצי, עד שלהי 1969.
קרב רומני, 11 ביולי 1967
חודש לאחר מלחמת ששת הימים התחולל מול חופי צפון סיני קרב ימי – קרב רומני. שתי טרפדות מצריות מדגם P-183 חדרו מזרחה למימי צפון מערב סיני שהיו בשליטה ישראלית. באזור סיירו המשחתת אח"י אילת, בפיקוד סא"ל יצחק שושן, ושתי טרפדות בפיקוד סרן אלי רהב, סגן מפקד פלגה 914 - ט-203 בפיקוד רפי רז וט-204 בפיקוד גיל קרן. בקרב שהתפתח טובעו באש תותחים שתי הטרפדות המצריות. אחת על ידי המשחתת אילת, והשנייה על ידי הטרפדות הישראליות. לצוות המשחתת שמונה פצועים קל מפגיעת רסיסים.
סיורים במפרץ סואץ, יולי-נובמבר 1967 - כתוצאה ממלחמת ששת הימים התארך גבולה הימי של ישראל בזירת ים סוף וכלל את חופי מזרח ודרום חצי האי סיני ומפרץ סואץ. זירת העימות העיקרית בים הועתקה ממבואות אילת למפרץ סואץ ולאזור דרום סיני שחלש על הכניסות למפרץ אילת ולמפרץ סואץ.
טרפדות מפלגה 912 ונחתת בפיקוד יוסף הררי ("צוץ"), ביצעו סיורי הפגנת נוכחות לאור היום במפרץ סואץ. תותחי חוף מצריים ירו לעיתים לעבר ספינות אלה, ללא נפגעים.
חילוץ נפגעי אח"י אילת, 30-21 באוקטובר 1967
ב-21 באוקטובר 1967 הוטבעה המשחתת אח"י אילת בקרבת פורט סעיד על ידי סטי"לים מצריים. הטרפדות הוזעקו מבסיס אשדוד לחלץ את הנפגעים. הספינה הראשונה שהגיעה למקום הייתה ט-206 בפיקודו של רפי אפל. נוכחותה הייתה חיונית לתיאום מסוקי הפינוי ואיסוף ההרוגים. למחרת יצא לאזור הטיבוע זוג טרפדות אחר בפיקוד סרן אלי רהב. הטרפדות שהו בשטח לאיסוף גופות עד גמר הטיפול במשחתת הטבועה ופיצוצה על מנת למנוע ניסיונות מצריים לאיסוף ממצאים.
לכידת סירת מחבלים, 3 בנובמבר 1969.