בין השנים 1662–1668 הובס עסק, בין השאר, בכתיבה אודות מלחמת האזרחים האנגלית ולקחיה. הובס איגד את עמדותיו לגבי המלחמה בספר "בהמות" (שם מלא: Behemoth: the history of the causes of the civil wars of England, and of the counsels and artifices by which they were carried on from the year 1640 to the year 1660) אותו הוא הציג למלך צ'ארלס השני בתקוה לפרסמו. על אף שהספר היה ביקורתי מאוד כלפי מתנגדי המלוכה בזמן המלחמה, הוא טען גם לטעויות של בורות ושיפוט מוטעה, מצד המלך צ'ארלס הראשון וסביבתו. ייתכן שביקורת זו היא ששכנעה את בנו, צ'ארלס השני, לאסור על פרסום הספר, אולם הנימוקים לאיסור מעולם לא פורסמו ברבים. למרות זאת, ארבע מהדורות פיראטיות של הספר פורסמו בדצמבר 1679, לאחר מותו של הובס, ובניגוד לרצונו.
מקור שמו של הספר הוא מהמילה העברית "בהמות". היצור המיתולוגי בהמות מוזכר בתנ"ך כיצור הגדול ביותר על פני האדמה. בספר איוב פרק מ' בהמות מוזכר לצד היצור "לויתן".
הספר כתוב כדיאלוג בין מורה ותלמיד, שני אזרחים אנונימיים, הנקראים A ו-B. ההבדל המרכזי בין הדמויות הוא גילם. בעוד ש-A, המבוגר, חווה את המהפכה כאדם בוגר, B הצעיר חווה אותה כנער. שתי הדמויות הם אזרחים נאמנים שמתנגדים למרד ותומכים בגישתו של הובס. הדיאלוג בין השניים מחולק לארבעה פרקים הדנים באופן כרונולוגי בשלבים שונים של המהפכה. החלק הראשון דן בנסיבות לפרוץ המלחמה ובחלקה של הכנסייה. החלק השני דן בתקופה שבין 1640 – עת כינוסו של הפרלמנט הארוך – לבין 1642 – השנה בה הפרלמנט הכריז על מלחמה. החלק השלישי דן בתקופה עד הוצאתו להורג של צ'ארלס הראשון בשנת 1649. החלק הרביעי דן בתקופתו של אוליבר קרומוול ובסיום המלחמה.
מעבר לפירוט ההיסטורי של הגורמים למלחמה, החלק הראשון של הספר מחזק את הטענה של הובס בלויתן, לפיה הכנסייה מהווה סכנה לשלום כאשר היא אינה בשליטת הריבון. הובס ביקורתי במיוחד כלפי הכנסייה הקתולית ושאיפתה להוות סמכות על-מדינתית בענייני דת. בנוסף לקתולים, הובס דן גם באחריותן של קבוצות אחרות בתוך אנגליה, במיוחד אנשי דת פרסביטריאניים, וכתות נוצריות עצמאיות. הובס מאשים גם את האוניברסיטאות באנגליה ומכנה אותן סוס טרויאני הפועל כנגד המלוכה. הערצה של מקורות יוונים וראייתם כסמכות היא סיבה נוספת. כמו כן, הובס מונה גם סיבות סוציולוגיות, כמו התחזקותה של העיר לונדון כמוקד למסחר, העוני שמביא אנשים לחפש עבודה כשכירי חרב, והבורות של העם.
ככלל הסיבות שעליהן הובס מצביע מראות על האחריות של קבוצות דתיות שונות להתדרדרות של הממלכה. עם זאת, הן מראות גם על כשל של הריבון עצמו ויועציו, שלא השכילו למנוע את ההתדרדרות. על פי הדוברים בדיאלוג, יועצי המלך כשלו כיוון שגם הם האמינו המשטר מעורב (mixed monarchy). עוד הוא טוען כי בין יועצי המלך היו גם אנשים שהתנגדו תחילה למלוכה ושינו צד רק כאשר זיהו הזדמנות עם התערערותה של היציבות. הביקורת של הובס על הרעיון של משטר מעורב באה לידי ביטוי גם בחלק השני המתאר את השלב הראשון במלחמה וההכנות לקראתה. התלמיד והמורה מראים יחד כיצד הפרלמנט חרג מגבולות תפקידו ופעל כנגד המלוכה.
בנוסף לבהמות הובס כתב גם את Historia Ecclastica, חיבור שעוסק בהיסטוריה של הכנסייה. החיבור כתוב כמעין פואמה ארוכה בלטינית. הוא פורסם בלטינית ב-1688, אחרי שהובס נפטר. ב-1722 פורסמה לראשונה גרסה ערוכה באנגלית.
מורשת וביקורת.
כתביו של הובס זכו לתפוצה רחבה יחסית עוד בימי חייו. באנגליה, רוב הביקורת על הובס נגעה לנושאים הקשורים בתאולוגיה, מוסר, ויחסי דת ומדינה. על אף הכחשותיו של הובס הוא הואשם תדיר בכך שגישתו מובילה לאתאיזם ולחורבן היסודות המוסריים. מתנגדיו השתמשו בכינוי הגנאי "הוביזם" כדי לתאר את גישתו. לצד הביקורת התאולוגית על הובס היו שהאשימו אותו כי הפילוסופיה שלו מהווה דווקא הצדקה של מרד בריבון. עם זאת, גישתו של הובס הייתה אהודה יותר בצרפת, ובחוגים מסוימים החשיבו אותו לאחד מגדולי הפילוסופים. החוקר נואל מלקולם כותב כי "השבחים שהובס קיבל מ[אינטלקטואלים ב]צרפת, עמדו בוודאי בניגוד כואב למטח הביקורות העוינות שהובס פגש באנגליה, מה שגרם לו להרגיש יותר ויותר כנביא ללא כבוד במדינתו שלו".
במאה ה-18 ובמאה ה-19 הדיון על תורתו של הובס הלך והתמקד בהדרגה בתפיסתו המדינית האבסולוטית, בתפיסתו לגבי טבע האדם, משפט הטבע, והריבונות.
על אף שהובס לא ראה עצמו חלק ממסורת של פילוסופיית "האמנה החברתית" הוא התקבע בתחום ההיסטוריה של הרעיונות כעמוד תווך במסורת זו, שכוללת את הפילוסופים ג'ון לוק, ז'אן-ז'אק רוסו, עמנואל קאנט, ג'ון רולס ואחרים.
כיום ישנה הסכמה רחבה שתורתו המדינית של הובס היא מהחשובות והמשפיעות בהגות המודרנית המוקדמת. עם זאת, חוקרים ופרשנים אינם תמיד מסכימים בשאלה מהי עיקר תרומתו של הובס. קיים ויכוח בשאלה האם הובס קשור בהתפתחות הליברליזם המודרני. כמו כן, חוקרים אינם מסכימים לגבי המידה בה הובס תמך בסובלנות דתית, וישנה אי הסכמה בנוגע לשאלה באיזו מידה הובס אכן קידם רעיונות אתיאיסטים.
הפסיכולוג הקנדי סטיבן פינקר בספרו המלאכים הטובים של טבענו ביסס חלק נכבד מן התזה שלו לגבי דעיכתה של האלימות בעולם על תאוריית הלווייתן של הובס. פינקר התייחס לטענתו של הובס שבחברות אדם פראיות ואנרכיות האלימות צפויה להיות נפוצה יותר מאשר במדינות שבהן שליטים וממשל משליטים סדר כאל "השערה מדעית ניתנת לבדיקה", וטען שהמדע כיום מסוגל לראשונה לבדוק אותה באמצעות נתונים אמפירים כמותיים שאספו אנתרופולוגים על אורחות חייהם של ציידים-לקטים וחקלאים-ילידים. מסקנתו של פינקר מבדיקה זו הייתה שהמחקר המודרני הצדיק את טענת הובס ב"לווייתן": "כאשר חיו בני אדם ללא כוח מרכזי שיטיל עליהם את חתיתו, הם חיו במצב של מלחמה" וב"פחד תמידי וסכנת מוות אלים". אך פינקר טען שהמחקר גם הפריך טענות אחרות של הובס בלווייתן: בני חברות שבטיות אינם עסוקים באלימות רוב הזמן, הם משתפים פעולה באופן נרחב עם קרוביהם ובני-בריתם, חייהם רחוקים מלהיות "בודדים", והם "קשים, אכזריים ועניים" רק לפרקים.
ביקורות במאה השבע-עשרה.
מחלוקת עם הבישוף ברמהול.
בשנת 1645 הובס כתב מסה בשם "על החירות וההכרחיות" (Of Libertie and Necessitie). המסה, שכותרתה המשנית היא "מסכת בה כל המחלוקת אודות פרדסטינציה, בחירה, רצון חופשי, חסד, תוכחה וכו' מבוארת ומוכרעת באופן מלא, כתשובה למסכת מעת הבישוף של לונדון-דרי על אותו הנושא", נכתבה כנגד הבישוף האנגליקני ג'ון ברמהול והובילה למחלוקת פומבית וארוכת ימים בין השניים. בשנים 1654–1655 ברמהול פרסם את המסה ואת התכתובת עם הובס ללא אישורו ויחד איתה פרסם את תגובתו "כתב הגנה על החירות האמיתית של פעולות אנושיות מפני הכרחיות קודמת או חיצונית". הובס ענה עם תגובה משלו ב-1656, "שאלות אודות חירות, הכרחיות, וגורל". ב-1658 הבישוף ענה שוב עם תגובה משלו. מעבר לוויכוח התאולוגי, ההתכתבות בין השניים עסקה בשאלה של רצון חופשי. הובס טען שהרצון של בני אדם הוא תמיד תולדה של הכרחיות, ובכך תרם לגישה הדטרמיניסטית; ברמהול ביקש להראות כי פעולות של בני אדם יכולות לנבוע מהרצון עצמו ללא תלות בגורמים אחרים. ברמהול ביקר את הובס גם בשאלה כיצד יש לנהוג כאשר ציווי הריבון סותר את ציווי האל. על פי ברמהול, כאשר ציווי המלך נוגד את החוק של אלוהים ואת חוק הטבע, יש לציית לאלוהים ולא לריבון.
בנוסף לברמהול, הובס ספג ביקורת גם מתאולוגים אנגליקנים אחרים, כגון תומאס טניסון הארכיבישוף של קאטנברי, והבישוף ויליאם לוסי. הובס כתב באוטוביוגרפיה שלו כי הביקורות עליו מצד אנשי דת אנגליקניים הן עבודות של אנשים גאוותנים ואגואיסטיים וכי הוא עצמו אנגליקני נאמן.
המתקפה של הובס על האוניברסיטאות הפכה לעניין ציבורי בשנת 1653 כאשר הוצע בפרלמנט הקטן לבטל את כלל האוניברסיטאות. בשנת 1654 שני מדענים מאוקספורד, סת' ווארד וג'ון וילקינס, פרסמו כתב הגנה על האוניברסיטאות שכלל מתקפה חריפה על הובס.
מחלוקת עם ג'ון ואליס.
במשך כמעט שני עשורים מאז יציאתו לאור של De Corpore הובס ניהל התכתבות עוקצנית עם יריבו, המתמטיקאי ג'ון ואליס. וואליס ביקש להגן על האוניברסיטאות ועל אנשי הכנסייה מפני מתקפתו של הובס על ידי הפרכה והגחכה של רעיונותיו המתמטיים. האנקדוטה המפורסמת ביותר מהתכתבות זו היא ההפרכה של וואליס לפתרון של הובס לבעיה של תרבוע העיגול, בעיה שהוכחה כחסרת פתרון רק בסוף המאה ה-19. אולם, מעבר לאנקדוטה זו, היריבות בין וואליס להובס נגעה בחילוקי דעות מהותיים לגבי מתמטיקה וגאומטריה. הובס, שלפי עדותו עצמו, התאהב בגאומטריה האוקלידית, סלד מהשילוב של אריתמטיקה ואלגברה בפתרונות גאומטריים, ובאופן כללי יותר הוא התנגד לתחום שנקרא כיום גאומטריה אנליטית. הובס לא היה היחיד בתקופתו שהתנגד לגישה זו, שהתפתחה מאוד במהלך חייו, ואשר וואליס היה מתומכיה. בנוסף, הובס התנגד לפיזיקה הניסויית שהתפתחה בהשפעתו של רוברט בויל. הובס כתב כנגד בויל וגישתו במסה בשם "Dialogus physicus, sive De natura aeris". וואליס תקף את המסה של הובס בטענה שהובס משתמש ברטוריקה וסמנטיקה כדי לערער על גישות מדעיות. בויל עצמו כתב גם כן תגובה להובס. הביקורת של וואליס ואחרים הצליחו לקעקע את המוניטין של הובס בעיני רבים מבני תקופתו, וייתכן שזו הסיבה שהוא לא התקבל בחייו לחברה המלכותית.
על אף המתקפה על גישתו המדעית של הובס, הוא זכה גם להערכה מבני זמנו. כך למשל, הפילוסוף גוטפריד וילהלם לייבניץ ביקש להתכתב עם הובס, והוא שאל ממנו רעיונות מסוימים.
ביקורת מצדם של תומכי המלוכה.