חיל רגלים המוקדוני שתמיד היה משני ושירתו בו איכרים נבערים חסרי אימון צבאי, עבר מהפכה של ממש בתקופתו. הוא יסד את הפלנקס המוקדוני, חימש את חייליו ברומח כבד שאורכו מגיע עד 5.5 מטרים בשם סריסה. רומח זה היה כפול באורכו מחנית הדורי הסטנדרטית של ההופליטים היוונים. הרפורמה כללה לא רק שינוי חימוש, אלא בעיקר אימון אינטנסיבי. חייליו למדו להשתמש בכלי נשקם וגם לצעוד מרחקים ארוכים.
בנוסף, יסד חיל חדש ההיפספיסטים. חימושם איננו ודאי, אך ידוע שרגלים אלה היו חיילי עלית. בקרב הוצבו בדרך כלל בין הפלנקס לחיל הפרשים הכבד. בנוסף, פעמים רבות יצאו למסעות איגוף או תמרונים מורכבים אחרים. היו בין הראשונים להסתער על חומות העיר הנצורה.
פיתוח חשוב נוסף היה בחיל ההנדסה. פיליפוס יזם את הבאת כלי הארטילריה החדשים לארצו. מגוון קטפולטות, בליסטראות ושאר ההמצאות היווניות התחילו לזרום למוקדון.
שינוי חשוב נוסף היה בלוגיסטיקה. פיליפוס אסר על חייליו להביא משרתים רבים, כפי שהיה מקובל בצבא היווני. משרתים אלה או עבדים היו צריכים לסחוב את הציוד של החיילים ולטפל בהם בעת מסע המלחמה. בצבא היווני היה נהוג משרת אחד על כל חייל. פיליפוס צמצם את המספר למשרת אחד לעשרה חיילים ובכך הקטין באופן דרסטי את הסיבוך הלוגיסטי שאפיין את הצבאות היוונים ואיפשר מסעות בזק במונחי העת העתיקה. חייליו נדרשו לחיות מהקרקע - לשדוד או לקנות מצרכי מזון מהאוכלוסייה המקומית. מטחנות קמח ידניות עשויות אבן חולקו לחייליו כדי לטחון את גרעיני החיטה לקמח לאפיית לחם.
על כל המרכיבים הלאומיים נוספו שכירי חרב ובעלות ברית. התרקים סיפקו חיל פרשים קל ורגלים קלים. שכירי החרב היוונים שירתו בצבא בתור הופליטים. בנוסף לחייליו, צירף פיליפוס לחצרו 50 פרחי קצונה - בניהם הצעירים של אציליו הבכירים. אלה היו צריכים לשרת אותו באופן אישי ולהתאמן באמנויות צבאיות. כך השיג את נאמנות האריסטוקרטיה.
מעבר לכל זה, החלק החשוב ביותר היה פיליפוס עצמו. הוא הצליח לשלב בין הפרשים לרגלים. שילוב זה היה חדש יחסית בהיסטוריה הצבאית של יוון. אמנם היו מקרים שבהם שיתוף פעולה הדוק בין חיל רגלים לפרשים הביא לניצחון כמו למשל בקרב דליום כשפגונדס הורה לפרשיו לתקוף את האגף האתונאי שהצליח להבקיע דרך צבאו, אך היה זה היוצא מהכלל שהעיד על הכלל - היוונים נלחמו בדרך כלל בעזרת חיל הרגלים. חיל הפרשים היה לא יותר מחיל מסייע, שנלחם בדרך כלל ללא תיאום עם חיל הרגלים. פיליפוס הצליח לשלב את הפרשים בתוכנית קרב סדורה. כעת, תחת הנהגתו, הפלנק שימש ככח רתק שעליו נשבר האויב ואילו הפרשים, שהיו כח הלם נייד, שברו את התנגדות המערך שערער הפלנקס. זה היה חידוש טקטי גדול לשעתו.
הרכב הצבא.
הפרשים.
הפרשים בצבא המוקדוני התחלקו לשני סוגים עיקריים: כבדים וקלים. הכבדים היו מוגנים בשריון ונלחמו במערכים צפופים. מטרתם של הפרשים הכבדים הייתה השגת הכרעה בקרב. הפרשים הקלים נועדו לסיור, אבטחה ומודיעין בין הקרבות. בקרב עצמו סוככו לרוב על הפרשים הכבדים מהתקפות הקשתים של האויב. היו חמושים לרוב בכידוני הטלה. לא היו מוגנים בדרך כלל בשריון גוף.
הפרשים היו מאורגנים לרוב בפלוגות הידועות בשם "אילה" בנות 200 לוחמים כל אחד. האילות קובצו לחטיבות גדולות יותר על בסיס מוצא. כך התסלים נלחמו יחד עם התסלים, היוונים יחד עם היוונים וכך הלאה. סך הכול היו לאלכסנדר כ-5,000 פרשים בתחילת המסע. לאחר מכן המספר הזה גדל, בעיקר בזכות שילוב העמים הכבושים בצבאו.
הטיירוי.
בגלל סיבות פוליטיות היו ההייטירוי סוג הפרשים החשוב ביותר בצבאו של אלכסנדר הגדול. הם גויסו לרוב מקרב האצולה המוקדונית והיו לפיכך החלק המיוחס בצבאו. סך הכול היו לאלכסנדר כ-1,800 הטיירוי. כמו כן, נותרו כמה מאות הטיירוי במוקדון עצמה. בקרבות נועדו בדרך כלל להשיג הכרעה על ידי פריצה בין שורות האויב ותקיפת אגפו. היו מקרים שבהם אלכסנדר השתמש בהם במסעות עומק שנועדו להשיג הפתעה.
הטיירוי היו חמושים ברומח בשם "קסיסטון" באורך של כ-3 או 4 מטרים ובחרב כנשק משני. כהגנה היה להם שריון שכיסה את כל גופו של הפרש וקסדה מדגם בויוטי.
הפרשים התסלים.
הפרשים התסלים גויסו מקרב האצולה התסלית והם נודעו בתור הפרשים הטובים ביותר ביוון הקלאסית. הם לא נפלו אפילו מההטיירוי ובמלחמה שפרצה עם מותו של אלכסנדר הגדול הידוע בשם מלחמת לאמיה הם הביסו מספר פעמים את ההטיירוי בקרב. סביר להניח שגם התסלים חולקו ל-8 פלוגות וסביר להניח שגם אצל התסלים אחת הפלוגות הייתה גדולה יותר מהיתר. סך הכול היו קצת פחות מ-2,000 פרשים תסלים בצבאו של אלכסנדר. החטיבה התסלית פורקה באקבטנה, אך 130 התנדבו להישאר עם הצבא.
המידע על כלי נשקם איננו ודאי, אך סביר להניח שהם היו חמושים בדומה להטיירוי, להוציא השימוש ברומח הארוך. סביר יותר להניח שהם השתמשו בחנית היוונית הקצרה יותר. חוץ מזה, אין הבדלים ניכרים בין שתי החטיבות. בניגוד להטיירוי שנלחמו במערך הטריז, התסלים נלחמו במערך דמוי מעוין עם מפקד בקודקוד המעוין.
פרודומוי.
פרודומוי או "רצים" היו הפרשים הקלים של ממלכת מוקדון. הם גויסו מנתינים בעלי המוצא התראקי של הממלכה. הפיקוד על היחידות האלה נמסר לידיהם של קצינים ממוצא מוקדוני. השם "פרודמוי" מתאר לעיתים פרשים אחרים שגויסו מקרב בעלות הברית התראקיות, אבל בדרך כלל שמור לפרשים אלו. (ראו את הקושי במקורות עתיקים בפרק "מקורות"). סך הכול היו בצבאו של אלכסנדר 4 פלוגות של פרודומוי, סביר להניח גם כן בנות 200 פרשים כל אחת.
תפקידם כלל בראש ובראשונה סיור והשגת מודיעין על תנועות האויב. לצורך העניין חוזקו הפרודומוי לעיתים קרובות ביחידות של רגלים קלים או פרשים כבדים. בקרב אבטחו את אגפי הפרשים הכבדים ולעיתים הצטרפו אליהם להסתערות.
בתחילת שלטונו של אלכסנדר בעת מסעות המלחמה שלו באירופה חימושם הורכב ככל הנראה מכידוני הטלה וקסיסטון שהיה בשימוש ההטיירוי. לאחר מכן, עם התחלת המסע הפרסי, נזנח הכידון ונותר רק הקסיסטון. לעיתים, נקרא הרומח של הפרודומוי "סריסה" והפרשים "סריסופורים", אך לא סביר להניח שהם היו חמושים ברומח באורך של 6 מטרים וככל הנראה מדובר בטעות שמקורה בחוסר תשומת לב של ההיסטוריונים העתיקים. שריונם היה דל וכלל לרוב קסדה בלבד.
פרשים תראקים.
לצד הפרודומוי שהיו ממוצא תראקי, היו פרשים תראקים קלים נוספים בצבא. סביר להניח שחימושם היה דומה לזה של הפרודומוי, אך פחות מאורגן כי הם לא היו חלק אינטגרלי מהצבא המלכותי. תפקידם היה דומה לזה של הפרודומוי.
התראקים היו היסודות הפרועים בצבאו של אלכסנדר. אם היחידות של הפרודומוי היו תחת שליטה נומינלית, גם אם לא אדוקה, של קצינים מוקדונים, הרי שפרשים תראקים שלא באו משטחי הממלכה היו פרועים ביותר. הם נודעו בשתייה מופרזת, הוללות ואהבת הביזה. עם זאת, היו אלו חיילים אמיצים שתפקדו היטב בקרבות.
פרשים שכירים.
בתחילת מסעו הפרסי של אלכסנדר, צבאו סבל מנחיתות מספרית משמעותית בפרשים קלים שהיו נחוצים לו לסיורים. בנוסף לכך, הוא נאלץ להשאיר פלוגה אחת של פרשים קלים באסיה הקטנה על מנת לאבטח את עורפו. הפרשים השכירים השלימו את החסר בתחום זה. בקרב גאוגמלה השתתפו ככל הנראה כ-800 פרשים קלים שכירים. הם היו ממושמעים יותר מהפרשים התראקים, אך היו יעילים פחות מהתראקים בקרב.
פרשים של בעלות הברית היווניות.
אלכסנדר רצה לתת רושם של "מסע כלל-הלני" נגד הפרסים. כתוצאה מכך היו בצבאו יחידות של בעלות בריתו היווניות. ידוע על 3 פלוגות (ככל הנראה גם כן בנות 200 לוחמים) בתחילת המסע ויש עדויות נוספות לגבי 3 פלוגות נוספות שהשתתפו בקרב גאוגמלה. לכן, סביר להניח שהיו סך הכול כ-1,200 פרשים של בעלות הברית היווניות בצבא.
רוב בעלי הברית השתתפו במסעו של אלכסנדר שלא מרצונם החופשי וכתוצאה מכך היחידות שנשלחו היו קטנות. מהמקורות עולה שאף עיר לא שלחה יחידה מספיק גדולה על מנת להרכיב פלוגה מבני אותה עיר. עם זאת, אלכסנדר הסכים לסידור זה כי הסיבה העיקרית לשיתוף היוונים הייתה פוליטית ולא צבאית.
לא ברור באופן חד משמעי מהמקורות מה היה החימוש של פרשים אלו, אך סביר להניח שהוא היה דומה פחות או יותר לחימוש התסלים.
חיל רגלים.
חיל רגלים היה החיל העיקרי בצבאו של אלכסנדר מוקדון. חיל הרגלים הורכב משני סוגים עיקריים: קל וכבד. חיל הרגלים הקל שימש בעיקר לאבטחה, סיור ותמיכה בפרשים קלים. חיל הרגלים הכבד הרכיב את המסה העיקרית של הצבא בקרב. בנוסף אליהם היו כמה אלפי פלטסטים שמסווגים אותם לפעמים כ"חיל רגלים בינוני" ולפעמים כ"חיל רגלים קל", תלוי בספר.
גם חיל הרגלים גויס מכמה מקורות: בני מוקדון המקוריים, בעלי הברית היווניים, שכירי חרב ותראקים. רוב החי"ר הכבד הגיע ממוקדון ויוון, חלק משכירי החרב גם כן היו רגלים כבדים, ואילו היתר סיפקו את הרגלים הקלים.
המערך האופייני לחיל רגלים כבד היה הפלנקס ואילו הרגלים הקלים יותר נלחמו במערך מפוזר יותר. על אף החשיבות שהייתה לחיל זה, השירות בו נחשב, בדרך כלל, לנחות יחסית לשירות בחיל הפרשים.
אימון.
המקורות מוסרים מידע מצומצם בלבד אודות שגרת האימונים בצבאו של פיליפוס, שאותו ירש אלכסנדר הגדול. עם זאת, דיודורוס סיקולוס מזכיר שפיליפוס טרח לאמן את אנשיו והעלה את רמת המשמעת שלהם. פּוֹלִיאַינוֹס מזכיר גם כן אימונים שעבר צבאו של פיליפוס אחרי הרפורמות שלו. האימונים כללו בעיקר מסעות מפרכים באורך של כ-45 ק"מ בציוד מלא.