במאי 1939 פרסמו שלטונות המנדט את הספר הלבן השלישי. הספר כלל מגבלות חמורות על העלייה ועל רכישת קרקעות על ידי יהודים. הייתה זו הכרזה כי שיתוף הפעולה בין היישוב היהודי והממשלה הבריטית אינו קיים עוד. מעתה, היו הצדדים נחושים להפעיל כוח זה כלפי זה. אמנם, כאשר פרצה מלחמת העולם השנייה שינתה ההגנה, שייצגה את כוחה הסדיר של האוכלוסייה שסרה למרות ההנהגה הציונית הנבחרת, את המדיניות האנטי-בריטית והפסיקה את המאבק האלים בספר הלבן, אך עדיין נותרו מחתרות שלא קיבלו את מרות ההנהגה, כאצ"ל וכלח"י, שהמשיכו בפעולות כנגד השלטון הבריטי גם בזמן המלחמה (אם כי האצ"ל נמנע מכך, ואף שיתף פעולה עם הבריטים במלחמה, עד לשנת 1944).
בשנים אלו הפך הכוח מכוח מקומי עם פיקוד בריטי לכוח שעיקרו סגל בריטי שגויס בבריטניה לתקופה קצובה (וזאת למעט כוח הנוטרים). בשנת 1938 נערך גיוס נרחב שבמהלכו גויסו כ-1,200 אנשי מילואים של הצבא הבריטי, אשר היו מיומנים בשימוש בנשק. עם פרוץ המלחמה לא ניתן היה עוד לגייס שוטרים בבריטניה, ותקנה חדשה הקפיאה את חוזיהם של השוטרים המגויסים ומנעה שחרורם. שוטרים חדשים הגיעו בדרך כלל ממשוחררי יחידות לא לוחמות ששירתו במזרח התיכון. בשנת 1940 הוקמה המשטרה הניידת, כוח שכל הסגל שלו בריטי אשר שימש כלי במלחמה כנגד המחתרות. הכוח, שמנה בתחילתו כ-500 איש, צמח במספרו עד לכ-2,000 איש, עת פורק בשנת 1946.
במהלך המלחמה עצמה שהו בארץ כוחות צבא רבים, והדבר סייע לשמור על השקט בזירה הפנימית. כן הוקמו והופעלו כוחות נוטרות מיוחדים, כגון כוחות שהוקמו לשמירה על נתיני אויב, משמר שדות התעופה והנמלים ומשמר חופים.
במאי 1942, כאשר התקדמו כוחותיו של רומל והיה חשש כי ארץ ישראל תהיה לזירת קרבות (תקופה המכונה "מאתיים ימי חרדה"), הוכרז כי המשטרה היא כוח צבאי, וכי ניתן להעסיקה במשימות צבאיות. הדבר הביא לארגון מחדש של הכוח, שכלל במיוחד את ביטול הפיקוד המרכזי על כוחות הנוטרות והכפפת יחידות הנוטרים המקומיות למפקדי המשטרה המקומיים.
בשנת 1944 הביאה פעילותה של המשטרה לסיכול מבצע אטלס, ניסיון להצניח צנחנים גרמנים שיתסיסו את האוכלוסייה המקומית, יציתו את אש המרד, וירעילו את בארות מי השתייה של תל אביב. פעולותיו של מפקד מרחב ירושלים, פאיז ביי אל-אידריסי, הביאו לתפיסת הצנחנים הגרמנים זמן קצר לאחר צניחתם בסמוך ליריחו.
עם סיום המלחמה מנו כוחות המשטרה הסדירים (למעט כוחות הנוטרות) 6,285 שוטרים, מהם 3,259 בריטים, 2,376 ערבים ו-650 יהודים. היחס בין מספר השוטרים לאוכלוסייה היה יותר משוטר לכל מאה תושבים, יחס חסר תקדים באימפריה הבריטית.
ארגון המשטרה בין סיום המלחמה וסיום המנדט.
בשנת 1946, עם פירוק המשטרה הניידת ופיזור שוטריה בין היחידות השונות, הייתה המשטרה מאורגנת בשני אגפים: אגף המבצעים והאימונים וה-CID. בכל תחנת משטרה נמצא "ענף חקירות" (I Branch) שעסק במודיעין ובעניינים פוליטיים. מבחינה מרחבית הייתה המשטרה מאורגנת למחוזות, לפי החלוקה האדמיניסטרטיבית של מחוזות המנדט, ובנוסף כללה המשטרה גם אגף ימי, משטרת תנועה ומשטרת רכבות.
התרשים הבא מתאר את מבנה המשטרה, וכוח המשטרה העיקרי, ה-CID, בשנת 1947 -
ניתן להתרשם מהמבנה הארגוני כי בשנים אחרונות אלו של משטרת המנדט, היווה העניין היהודי את עיקר עניינה של המשטרה, וכוח האדם והמשאבים שהוקדשו לטיפול בעניינים אלו עלו על אלו שהוקדשו לנושאים אחרים.
הגיוס למשטרה בשנים אלו היווה בעיה. עם סיום המלחמה השתחררו השוטרים הוותיקים, שפרישתם עוכבה ערב המלחמה, והגיוס לא הצליח למלא את התקנים. בשנים 1946–1947 נעשו מבצעי גיוס באימפריה הבריטית ובקנדה על מנת לנסות ולמלא את התקנים החסרים, והוקם משרד מיוחד לגיוס שוטרים, שתקציב הפרסום שלו עמד על 40,000 ליש"ט. מאמצים אלו נפסקו כאשר התברר כי ימיו של המנדט ספורים.
במאבק נגד העלייה והמחתרות.
יחסי המשטרה והיישוב בין פרסום הספר הלבן לבין תחילת מלחמת העולם.
באפריל 1939, כאשר עמד להתפרסם הספר הלבן השלישי, ונראה היה כי תיכללנה בו גזרות על העלייה ורכישת הקרקעות, עמדה הנהגת היישוב בפני קרע גלוי עם המשטרה, שעמה שיתפה פעולה בימי המרד הערבי. עם קבלת הספר הלבן, יצאו רבבות יהודים להפגנות ונתקלו ביד חזקה של המשטרה. בירושלים ירו אנשי "ההגנה" אל תחנת המשטרה והרגו שוטר בריטי. בתגובה לכך פרצה המשטרה למשרדי ועד הקהילה וערכה שם חיפוש אלים. שוטרים לבושים בגדים אזרחיים השתוללו ברחובות, ירו לכל עבר והכו בעוברים ושבים. הייתה זו הכרזת מלחמה בין הצדדים ותחילתה של תקופה חדשה בתולדות משטרת המנדט, בה יינתן עיקר הדגש לעניין היהודי.
עם פרוץ המלחמה ניסח דוד בן-גוריון את הסיסמה "עלינו לעזור לאנגלים במלחמתם, כאילו לא היה ספר לבן; ועלינו לעמוד כנגד הספר הלבן כאילו לא הייתה מלחמה". על אף שמאבק "ההגנה" כנגד הספר הלבן חדל, למעשה, לא מיהרו הבריטים להשבית אף את פעולותיהם כנגד "ההגנה". משפט מ"ג אסירי ההגנה ומשפט דומה באוקטובר 1939 בו נשפטו חברי קיבוץ גינוסר שפעלו כנוטרים כנגד ערבים בכפר סמוך עמם היה להם סכסוך קרקעות, סימנו לכל כי גם מי שנושא כובע נוטר לא יהיה חסין. אירוע דומה, אותו ניהל מפקד ה-CID ביפו, ג'פרי מורטון, היה חיפוש בינואר 1940 בכפר הנוער בן שמן. בחיפוש נמצאו סליקים רבים ונאסף נשק רב. מחזיקי הנשק נשפטו למאסר ממושך. אירוע חמור אירע עם פרסום חוק הקרקעות, שיישם את מדיניות הספר הלבן ולווה אף הוא בהפגנות המוניות, בו הרגו שוטרים נער באלות בירושלים. בחיפה פרצו אנשי "ההגנה" אל בניין המשטרה בהדר הכרמל ואל בית המשפט המחוזי. השוטרים הגיבו בירי, והתוצאה הייתה עשרות פצועים והרוג. אך שוב, הנהגת היישוב הורתה לחדול מהמאבק האלים סמוך לחידושו.
ב-1940 הוקמה יחידה חדשה שבתחילה מנתה כ-500 איש. המשטרה הניידת הייתה כוח משטרה שכולו בריטי, שנועד באופן ייעודי למאבק במחתרות היהודיות. הכוח היה פרוס בארבעה בסיסים - ג'נין, שפרעם, כפר ויתקין ושרונה, ובשנים שלאחר מכן שימש כלי מרכזי במאבק שבין הצדדים, כאשר עם סיום פעולתו עלה כוחו עד כדי 2,000 איש.
עליית כוחו של היטלר, עם המערכה על צרפת והקרב על בריטניה, הביאו לשיתוף פעולה בין שני הצדדים והסיטו הצידה את המאבק. ב-11 ביוני 1940 הודיעה תחנת הרדיו החשאית של ההגנה, קול ישראל כי "לא שעת ויכוח היא בינינו ובין השלטונות. אנו מפסיקים את הוויכוח מתוך רצון למסור את כל כוחותינו להגנת המולדת, ומתוך תקווה כי גם הממונים על הגנת הארץ לא יאלצו את היישוב ואת עם ישראל לחדש את הוויכוח איתם בעצם שעות הסכנה המשותפת".
גם בתקופה זו, בה לחמו הצדדים באותם מדים כנגד אותו אויב, לא חדלה משטרת המנדט מפעילות כנגד העלייה וכנגד החזקת נשק בלתי חוקית. אירוע בולט הוא חיפוש הנשק ברמת הכובש בנובמבר 1943 עליו פיקד ריימונד אוסוואלד קפראטה שהידרדר לתגרה אלימה בין אלפי אנשי "הגנה" ובין מאות שוטרים בריטים.
המאבק כנגד האצ"ל והלח"י.
אנשי "ההגנה" ייצגו את דרכה של הנהגתו הנבחרת של היישוב, אך לצדם פעלו מחתרות שקיבלו מרותה של הנהגה אחרת. עם תחילת המלחמה הודיע זאב ז'בוטינסקי על תמיכתו בבריטים, והאצ"ל הודיע כי הפסיק את המאבק המזוין כדי לאפשר לבריטניה להילחם "באויבו הגדול ביותר של העם העברי בעולם - הנאציזם הגרמני". אנשי האצ"ל שיתפו פעולה עם הבריטים, ומפקדם, דוד רזיאל, נהרג בלבשו מדים בריטים בפעולה כנגד מרד רשיד עאלי אל-כילאני בעיראק. קו זה לא היה מקובל על הקיצונים שבין אנשי האצ"ל. באוגוסט 1940 הושלמה פרישתם של אנשי הלח"י מהאצ"ל. הארגון החדש היה קיצוני מקודמו, ולא היסס לנקוט אלימות חריפה. מנהיג הלח"י, אברהם שטרן (יאיר), הכריז על מאבק אלים בכובש הבריטי. התוצאה הייתה תקופה של טרור עירוני ולוחמה כוללת בין אנשי הלח"י ובין משטרת המנדט, שגבתה מחיר דמים משני הצדדים.
הירייה הראשונה נורתה ברחובות ב-17 בנובמבר 1941, עת רצחו חברי הלח"י שוטר יהודי ושמו יעקב צ'פיוב. בכרוז שפרסם הלח"י הזהיר הארגון כי מותו של צ'פיוב הוא "התראה לכל שוטרי החרש - מקצועיים וחובבים". ב-20 בינואר 1942 פוצץ הלח"י מטען בתל אביב מתוך כוונה לפגוע בשני מפקדי ה-CID השנואים שפעלו במקום, תומאס ג'יימס וילקין וג'פרי מורטון. המטען הביא למותם של שני שוטרים יהודים ושוטר בריטי. ב-12 בפברואר איתרו אנשי המשטרה את שטרן בדירת מסתור בתל אביב. שטרן, שנכנע לידי השוטרים הבריטים, נרצח בדם קר על ידי מורטון.
לאחר רציחתו של שטרן קם ללח"י דור חדש של מנהיגים, שהנהיגו מדיניות של התנקשויות אישיות ומעשי נקם. יעקב בנאי (מזל), יצחק שמיר ויהושע כהן ניהלו מאבק עקוב מדם. בריחת ה-20 מלטרון באוקטובר 1943 נתנה לקו זה חיזוק משמעותי. בספטמבר 1944 הצליחו אנשי הלח"י לרצוח את וילקין. באוגוסט 1944 ניסו אנשי הלח"י להתנקש בחיי הנציב העליון הרולד מקמייקל, ובנובמבר 1944 היו אחראים לרצח הלורד מוין.
בסוף שנת 1943 היה מנחם בגין למפקד האצ"ל. ב-1 בפברואר 1944 הכריז על מרד בבריטים. בחודשים שלאחר מכן תקפו אנשי האצ"ל והלח"י תחנות משטרה ובולשת, וניהלו מסע של התנקשויות אישיות כנגד פקידי הממשל הבריטי ואנשי המשטרה.
תנועת המרי העברי.