נעשו מאמצים לקידום החינוך ולימוד הרפואה. לסוחרים אירופאים, בהם היה תלוי במכירת היצוא, נתן מוחמד עלי טובות רבות, ובהשפעתו שוב עלה חשיבותו של נמל אלכסנדריה. בעידודו של מוחמד עלי גם חודש המעבר היבשתי של סחורות מאירופה להודו דרך מצרים.
הסולטאן מהמוט השני תכנן גם רפורמות שהושאלו מהמערב, ומוחמד עלי, שהייתה לו הזדמנות לבחון את עליונותן של שיטות הלחימה האירופיות, היה נחוש להקדים את הסולטן ביצירת צי וצבא בסגנון אירופי.
לפני פרוץ מלחמת העצמאות היוונית בשנת 1821, הוא כבר השקיע זמן ואנרגיה רבים בארגון צי ובהכשרה, בפיקוחם של מדריכים צרפתים, קצינים ילידים ואומנים.
עד 1823, הוא הצליח לבצע את ארגון מחדש של צבאו בקווים אירופיים, כאשר האלמנטים הטורקים והאלבנים הסוערים הוחלפו בסודנים ובפלאחים. יעילות הכוח החדש הודגמה בדיכוי מרד האלבנים בקהיר בשנת 1823 על ידי שישה רגימנטים סודנים ממושמעים; לאחר מכן מוחמד עלי לא היה מוטרד יותר מעימותים צבאיים.
פלישות ללוב וסודאן (1820).
בשנת 1820 נתן מוחמד עלי פקודות להתחיל בכיבוש מזרח לוב. כוונתו של עלי כלפי סודאן הייתה להרחיב את שלטונו דרומה, ללכוד את סחר השיירות היקר לים סוף, לפזר את הממלוכים שברחו דרומה, ולאבטח את מכרות הזהב העשירים שלדעתו היו קיימים בסנאר. הוא גם ראה במערכה אמצעים להיפטר מחייליו הבלתי ממושמעים, ולהשיג מספר מספיק של שבויים כדי ליצור את גרעין הצבא החדש.
את הכוחות המיועדים לשירות זה הוביל אסמאעיל כמיל פאשה, בנו הצעיר של מוחמד עלי. הם כללו בין 4,000 ל-5,000 איש, וכללו טורקים וערבים. הם עזבו את קהיר ביולי 1820. נוביה לא עוררה מאבק רב, שבט שייג'יה מעבר למחוז דונגולה הובס, שרידי הממלוכים התפזרו וסנאר נהרסה.
הרחבה לסומליה (1821).
אף שתימן הייתה חלק נומינלי של האימפריה העות'מאנית מאז 1554, הרי שבין 1821–1841, שלט בה מוחמד עלי, הפאשא של מצרים. לאחר שהמצרים נסוגו מחופי תימן בשנת 1841, רכש מהם חאג' עלי שרמרקי, סוחר סומאלי מצליח ושאפתן, זכויות שלטון על זאילה. ממשלת שרמרקי השפיעה באופן מיידי על העיר, שכן הוא תמרן למונופול של כמה שיותר מהסחר האזורי, כששאיפותיו היו עד הרר ואוגדן (אזור סומלי באתיופיה של ימינו). בשנת 1845 שלח שרמרקי כוח צבאי כדי להילחם בשליטה על ברברה השכנה מרשויות סומליות שהיו נתונים במחלוקת בעיר. הדבר הבהיל את אמיר הרר, שכאחר שכבר הסתכסך עם שרמרקי בעניינים פיסקאליים, הוא היה מודאג מההשלכות של התנועות הללו בסופו של דבר על המסחר בעיר שלו. כתוצאה מכך, האמיר קרא למנהיגי ברברה להתפייס ולהתנגד לכוחות שרמרקי. את שרמקי ירש מאוחר יותר כמושל זילה אבו בכר פאשה, מדינאי אפאר מקומי.
בשנים 1874–1875, המצרים השיגו פירמאן מן העות'מאנים שבאמצעותם הבטיחו תביעות על העיר. במקביל, המצרים קיבלו הכרה בריטית בשטח השיפוט הנומינלי שלהם עד המזרח עד קייפ גארדאפוי. אולם למעשה, למצרים הייתה סמכות מועטה על פנים הארץ ותקופת שלטונם על החוף הייתה קצרה ונמשכה שנים ספורות בלבד (1870–1884). כאשר חיל המצב המצרי בהרר פונה בשנת 1885, נקלעה זאילה לתחרות בין הצרפתים לבריטים על השליטה במפרץ עדן האסטרטגי. אי.אם לואיס מזכיר כי "עד סוף 1885 התכוננה בריטניה להתנגד לנחיתה צרפתית צפויה בזילה". עם זאת, שתי המעצמות החליטו במקום זאת לפנות למשא ומתן.
המערכה היוונית (1824–1828).
ראיית הנולד של עלי בחיזוק כוחותיו הצבאיים זכתה לתגמול בהזמנתו של הסולטאן לסייע לו במשימה להכניע את המורדים היוונים, ולהציע לו כתגמול את הפשאליקים של מוראה ושל סוריה. בסתיו 1824, צי של 60 ספינות מלחמה מצריות שנשא כוח גדול של 17,000 חיילים ממושמעים התרכז במפרץ סודה, ובמרץ שלאחר מכן, עם אבראהים כמפקד הראשי נחת במוראה.
עליונותו הימית ביטלה מהיוונים את השליטה ברחבי הים, שבה בסופו של דבר היה גורל המרד תלוי, בעוד ביבשה הכוחות הבלתי סדירים היוונים, הכו במידה רבה את הכוחות העות'מאנים, הם פגשו סוף סוף באויב ראוי, הכוחות הממושמעים של אבראהים. ההיסטוריה של האירועים שהובילו לקרב נאווארינו. נסיגת המצרים ממוראה נבעה בסופו של דבר מפעולתו של האדמירל סר אדוארד קודרינגטון, אשר בתחילת אוגוסט 1828 הופיע בפני אלכסנדריה וגרם לפאשה לחתום על הסכם להחזרת אבראהים וצבאו למצרים.
מלחמה עם הסולטאן (1831–1841).
עלי יצא למלחמה נגד הסולטן בתואנה על עזותו של הממלוכי לשעבר עבדאללה פאשא מעכו, על כך שסירב לשלוח בחזרה את הנמלטים המצרים מהשפעות הרפורמות של מוחמד עלי. הסיבה האמיתית הייתה סירובו של הסולטאן מחמוד למסור את סוריה בהתאם להסכם. במשך עשר שנים ממועד זה נותרו יחסי הסולטן והפאשה בחוד החנית של השאלות שהסעירו את העולם הדיפלומטי. נראה היה כי לא רק עצם קיומה של האימפריה העות'מאנית על כף המאזניים, אלא שמצרים עצמה הפכה יותר מתמיד למושא תשומת לב, במיוחד למדינאים בריטים, ובנושא המאבק היו מעורבים האינטרסים של הבריטים אימפריה בשני המסלולים להודו דרך מצר סואץ ועמק הפרת.
אבראהים, שפיקד שוב בשם אביו, פתח במבצע מבריק נוסף שהתחיל במצור על עכו וכיבושה ב-27 במאי 1832, והגיע לשיאו בלכידתו של רשיד פאשה בקוניה ב-21 בדצמבר. אולם זמן קצר לאחר מכן הוא נחסם בהתערבות האימפריה הרוסית. כתוצאה מדיונים אינסופיים בין נציגי המעצמות, השער הנשגב והפאשה, נחתמה אמנת קוטאהיה ב-14 במאי 1833, שבאמצעותה הסכים הסולטן להעניק למוחמד עלי את הפשליקים של סוריה, דמשק, חלב ואיצ'לי, יחד עם מחוז אדנה.
מוחמד עלי שלט כעת על אימפריה עצמאית כמעט, כפופה רק למחווה מתונה, המשתרעת מסודאן ועד הרי הטאורוס. עם זאת היסודות הלא-בריאים של סמכותו לא איחרו לחשוף את עצמם. כמעט שנה לאחר החתימה על אמנת קוטאיה גרם היישום של אבראהים על שיטות השלטון המצריות, בעיקר של המונופולים והגיוס, למורדים הסורים הדרוזים והסונים למרוד נגדו. התסיסה דוכאה על ידי מוחמד עלי באופן אישי, והסורים הופתעו, אך חוסר שביעות רצונם עודד את הסולטן מחמוד לקוות לנקמה, והתחדשות הסכסוך נבלמה רק על ידי המאמצים של המעצמות האירופיות.
הצבא העות'מאני (עם תמיכתו הצבאית של השליח הפרוסי הלמוט פון מולטקה לפקד על הארטילריה), פלש תחילה לשטח המצרי בלבנט וירד דרומה עד אשר התנגש בכוחותיו של בן עלי, אבראהים פאשא בעיר נזיפ של היום. היו אלו בין 30,000–80,000 חיילים עות'מאנים, נגד החיל המצרי שמנה 30,000–46,000 חיילים. מיומנות ההנהגה המצרית, ביחד עם המורל הצבאי הנמוך של החיילים הכורדים הרבים בצבא העות'מאני אשר היו מגויסים חדשים הביאו לתבוסה עות'מאנית מרכזית ונסיגת החיל הפולש.
כעת, עם תבוסת העות'מאנים וכיבוש סוריה, הגיע מוחמד עלי לשיא כוחו, ושלט במצרים, סודאן וסוריה. הוא ראה את הצבאות העות'מאניים מתמוטטים או קורסים באי-סדר לאחר תבוסתם בסוריה, ונראה היה שהמזרח התיכון ואנטוליה הם תחת שליטתו.
כשהאימפריה העות'מאנית נמצאת למרגלות מוחמד עלי, המעצמות האירופאיות נבהלו מאוד וכעת הוציאו לפועל תוכנית שהוכנה להתמודד עם מקרה דומה שנחזה זמן רב מראש. התערבותם במהלך המשבר המזרחי של 1840 הייתה מהירה, והם השמידו בזמן קצר את צבאו של מוחמד עלי. אך למעצמות המערב לא הייתה שום כוונה להסיר את עלי ואת הגוש שהציב על הכוח העות'מאני. לפיכך, למרות שהסכם השלום היה קשה, הוא השאיר את שושלת מוחמד עלי בשלטון.
סוף שלטונו של מוחמד עלי.
ממשלתו של הפאשליק של מצרים הוכרזה כתורשתית למשפחתו של מוחמד עלי בשנת 1841.
הגבלות שונות הוטלו על מוחמד עלי, והדגישו את עמדתו כוואסאל. נאסר עליו להחזיק צי וצבאו לא יעלה על 18,000 איש. הפאשה כבר לא היה דמות בפוליטיקה האירופית, אבל הוא המשיך לעסוק בשיפורים שלו במצרים. המלחמות הארוכות בשילוב מגפת בקר בשנת 1842 והצפת הנילוס ההרסנית. בשנת 1843 הייתה מכת ארבה שבה כפרים שלמים התרוקנו.
בשנים 1844–1845 חל שיפור כלשהו במצבה של המדינה כתוצאה מרפורמות פיננסיות שביצע הפאשה. מוחמד עלי, שקיבל את דרגת הכבוד של הווזיר הגדול בשנת 1842, ערך ביקור באיסטנבול בשנת 1846, שם השלים עם אויבו הזקן חוסרב פאשה, אותו לא ראה מאז שהציל את חייו בקהיר ב-1803. בשנת 1847 הניח מוחמד עלי את אבן היסוד של הגשר הגדול על פני הנילוס בתחילת הדלתא. לקראת סוף 1847, מוחו החד של פשה הזקן החל להתדרדר, וביוני שלאחר מכן כבר לא היה מסוגל לנהל את הממשלה. בספטמבר 1848 אבראהים הוכר על ידי השער הנשגב כשליט הפאשליק, אך הוא נפטר בנובמבר.
ממשיכי דרכו של מוחמד עלי.
עם מותו של אבראהים בנובמבר 1848 נפלה ממשלת מצרים בידי אחיינו עבאס הראשון, בנו של טוסון. עבאס שם קץ למערכת המונופולים המסחריים, ובמהלך שלטונו החלה הרכבת מאלכסנדריה לקהיר ביוזמת ממשלת בריטניה. בניגוד למנהיגים אירופים, עבאס חי בבידוד רב. לאחר שלטון של פחות משש שנים הוא נרצח ביולי 1854 על ידי שניים מעבדיו.
לאחר הרצח ירש אותו דודו סעיד פאשא, בנו המועדף על מוחמד עלי, חסר כוח נפש או בריאות גופנית הדרושה לביצוע הפרויקטים המיטיבים שהגה. הייתה לו התייחסות אמיתית לרווחת הפלאחים, וחוק מקרקעין משנת 1858 אפשר להם להחזיק מבחינה חוקתית בקרקעות.
הפאשה היה תחת השפעה צרפתית רבה, ובשנת 1854 העניק אישור למהנדס הצרפתי פרדיננד דה לספס לחפור את תעלת סואץ.
בינואר 1863 נפטר סעיד פאשה ואחיינו אסמאעיל, בנו של אבראהים פאשה, עלה לשלטון במקומו. שלטונו של אסמאעיל, משנת 1863 עד 1879, זכה לזמן מה כעידן חדש במצרים המודרנית. הוא ניסה תוכניות רפורמה נרחבות, אך אלו יחד עם הפזרנות האישית שלו הובילו לפשיטת רגל, וחלקו המאוחר יותר של שלטונו הביא להתערבות אירופית וכיבושה של מצרים.