נבחר לחבר האקדמיה האמריקאית לאמנויות ולמדעים בשנת 1986. ב-1995 זכה בפרס על מחקר היסטורי מידי הקרן הלאומית לתרבות יהודית. קיבל תוארי דוקטור לשם כבוד מבית המדרש לרבנים באמריקה, היברו יוניון קולג', אוניברסיטת חיפה (1997), אוניברסיטת מינכן ו-École Pratique des Hautes Etudes. ב-2006 ייסדה אוניברסיטת קולומביה קתדרה על שמו.
חיים אישיים.
היה נשוי לעפרה פרלי, מוזיקאית ישראלית לשעבר. אב סבה, הרב אברהם צבי פרלמוטר, היה הרב הראשי של ורשה בין שתי מלחמות העולם וחבר בסיים, הפרלמנט הפולני (מטעם מפלגת אגודת ישראל). בני הזוג נותרו נשואים עד מותה. נולדה להם בת, אריאל ירושלמי.
מחקריו.
משומדים ואנוסים.
ירושלמי נחשף לאנוסים לראשונה בהיותו בן עשר, כאשר קיבל מתנה מהוריו, ביוגרפיה לילדים ביידיש של המלומד היהודי ומנהיג הקהילה בספרד ובפורטוגל, דון יצחק אברבנאל.
בנושא זה עסק מאמרו הראשון של ירושלמי "האינקוויזיציה של יהודי צרפת בזמנו של ברנארד גוי", בו הוא טוען שאין כל קשר בין הכופרים האלביגנזים לבין היהודים הנסתרים. מסקנה נוספת של המאמר היא שיש דמיון רב בין האינקוויזיציה של יהודי צרפת במאה ה-13, לאינקוויזיציה הספרדית שתבוא אחריה, הדבר מתבטא בתאוריה, במנהל, ובפרקטיקה.
מהחצר הספרדית לגטו האיטלקי.
זוהי הדיסרטציה זוכת הפרסים של ירושלמי מאוניברסיטת קולומביה ב-1970, שראתה אור כמונוגרפיה. בספר הוא מתחקה אחר הקריירה של יצחק קרדוזו, שנולד כנוצרי חדש בשם פרננדו בשנה הראשונה של המאה ה-17 בפורטוגל ונהפך לאינטלקטואל ורופא בולט במדריד, שהיה בן בית בחוגי האצולה. בשיא הקריירה המקצועית שלו, החליט קרדוזו לנטוש את אורח חייו בספרד בה עלה לגדולה ו"לשוב" ליהדות. אחיו של יצחק, אברהם, היה תאולוג חשוב של התנועה השבתאית. ירושלמי נחשף לחיבורו של קרדוזו "Las exellencias le les hebreos", שנכתב אחרי מעברו של קרדוזו לאיטליה. הוא מתאר את הימצאותם של שני האחים קרדוזו זה בצד זה, שבבורחם מהאינקוויזיציה הם הלכו בשני נתיבים שונים בתכלית – האחד אנוס שהפך לשבתאי והשני – אנוס שחזר ליהדות. ירושלמי טווה היסטוריה חברתית, תרבותית ואינטלקטואלית של היהודים דרך סיפור בריחתו של יצחק קרדוזו ולשם כך הוא נעזר במגוון חומר ארכיוני, תוך היעזרות בספרות המקרא, ספרות אפולוגטית שכתבו היהודים בימי הביניים והעת החדשה המודרנית ושימוש בהיסטוריוגרפיה המודרנית.
בספרו זה ובמספר מאמרים שכתב לאחריו מתאר ירושלמי את הבעיות שעמדו בפני היהודים בקבלת הסמכות הרבנית ומנהגי היהדות, לאחר שהם עזבו את חצי האי האיברי. ירושלמי מתבסס על טיעונו של גרשום שלום שסבר שהגירוש מספרד היה נקודת שבר ללא תקדים בדברי ימי היהדות.
במאמר "טמיעה וגזענות אנטישמית" משווה ירושלמי את הניסיון ההיסטורי של היהודים הספרדים מהמאה ה-15, ליהודים הגרמנים המודרניים. הוא עוסק לא רק באימוץ התרבות הזרה, אלא בעיקר בהופעה בשני המקרים של תפישות חדשות של גזע. במיוחד הוא מציין את החידוש בחוקי limpieza de sangre (טוהר הדם). שנחקקו נגד הנוצרים החדשים בספרד באמצע המאה ה-15. הוא מראה שהטענה הגזענית לגבי טוהר הדם, מהווה מקור פוטנציאלי לטענה הגזענית המודרנית יותר של אי-השתנות יסודית במצב היהודים.
במאמרו "דברי שפינוזה על קיום העם היהודי" מנסה ירושלמי להסביר כיצד שפינוזה תופש את ההיסטוריה היהודית ובמיוחד את הישרדות היהודים. הוא צירף את היסטוריית האנוסים עם הספרות הנוגעת לשפינוזה בנושאים ספרדיים וקריאה קפדנית ב"מאמר תאולוגי-מדיני" של שפינוזה. לדעת ירושלמי שפינוזה סבר שבשל דבקות במערך של נורמות, שבגינן היהודים הופרדו מהגויים, זו הובילה לשנאת הגויים וסיפקה רציונל חדש לזהות היהודית.
טבח ליסבון של 1506 והדימוי המלכותי של שבט יהודה.
בספר זה מתאר ירושלמי את אלימות האספסוף הנוצרי בליסבון נגד הנוצרים החדשים באפריל 1506, מהומות שהובילו ללמעלה מאלף הרוגים. ירושלמי חקר בספרו את המיתוס של "הברית המלכותית", שרווח בקרב, שלפיו היהודים היו בקשרי נאמנות עם השלטונות שהגנו עליהם. הוא ניסה להבין מדוע הנוצרים החדשים בפורטוגל, שהומרו בכוח כאיש אחד על ידי המלך מנואל ב-1497 עדיין הרגישו נאמנות עמוקה למלך הפורטוגזי לאחר הטבח בליסבון. הוא מראה שהנאמנות הזו של היהודים שרדה לא רק את אלימות האספסוף, אלא גם את טיפולו הרופף של המלך מנואל בהתפרצות. לצורך הבנת התופעה ירושלמי נעזר בבארון שחקר את היחסים הקרובים בין היהודים בימי הביניים לשלטונות, שהעניק פעמים רבות את המעמד של בני חסות. ירושלמי חקר את הספר "שבט יהודה" של שלמה אבן-ורגה, בו אבן-ורגה מתייחס לטבח בליסבון ומציין שהמלך מנואל היה "רב-חסד" וש"בכה ומחה בקול כנגד האירוע הרע". ירושלמי שואל כיצד אבן-ורגה יכול להרעיף שבחים נדיבים כל כך על אדם שהיה אחראי להמרת הדת ההמונית של 1497, עובדה שאבן-ורגה היה מודע לה בוודאי. ירושלמי מציע רציונל להתנהגותו של אבן-ורגה בהעמידו אותה על מיתוס "הברית המלכותית".
כבר בספר זה ירושלמי מתאר כיצד היהודים מעצבים מחדש את עברם על מנת להתאימו למודעות בת זמנם.
במאמרו על שפינוזה מנתח ירושלמי היפוך היסטורי שמבצע שפינוזה, בפרק השלישי של "מאמר תאולוגי-מדיני". לדעת שפינוזה דווקא בפורטוגל התוודעו המומרים להתנגדות החברתית הנרחבת, שלבסוף לבשה צורה של אפליה דרך חוקי טוהר הדם. הנוצרים החדשים התערו בחברה הפורטוגזית כחצי מאה לאחר המרתם. היה זה בספרד ולא בפורטוגל, שסטנדרטים של דם הוצגו לראשונה, על מנת להפריד את הנוצרים החדשים מהישנים. ירושלמי משער שייתכן ששפינוזה הושפע בתזה ההיסטורית שלו מאנטוניו ויירה, הישועי-פורטוגזי שמשימתו הייתה לעקור מן השורש אפליה כנגד מומרים על מנת להגשים מטרה גדולה יותר, שהיא לעקור מן השורש את היהדות. לדעתו של ירושלמי שפינוזה פירש את ההיסטוריה של הנוצרים החדשים בחצי האי האיברי על מנת להתאים אותה לטענתו המרכזית והיא שהאנטישמיות ולא ההשגחה העליונה היא ששימרה את הזהות היהודית, דבר המוביל לחילון ולהיסטוריזציה של היהדות.
היסטוריה וזיכרון.
הגדה והיסטוריה.
ספרו של ירושלמי "הגדה והיסטוריה" ראה אור ב-1975. הספר מכיל פקסימיליות של קרוב למאתיים הגדות מודפסות של פסח משלהי המאה ה-15 ועד לשלהי המאה ה-20, החל מהגדת סונצ'ינו ב-1486, עבור בהגדה הקומוניסטית של מוסקבה ב-1927 וכלה בהגדות מהשואה. ירושלמי מראה בספר שזיכרון קולקטיבי של האומה, כפי שזה נמסר באגדה, אינו מונוליטי, אלא מופיע בהקשרים שונים ומשתנה סגנונית בחלוף הזמן, כשהעת החדשה הופכת שינוי זה למובהק יותר. הוא סבור שכוחות החילוניות לקחו חלק בעיצובם מחדש של הטקסטים ובאו במקום הצורות המסורתיות של הזיכרון.
קליאו והיהודים.
מאמר זה, מ-1980, מהווה לדברי ירושלמי שלב חשוב בזיקוקו של ספרו הידוע "זכור" והוא מטרים הרבה מהנושאים החשובים המצויים ב"זכור". ירושלמי מנסה לבחון את ההנחות הסמויות העומדות בבסיס מדע ההיסטוריה של עם ישראל, שמהן ההיסטוריונים מתעלמים. אל נושא זה הוא הגיע מתוך מה שהוא ראה כמשבר בהשקפה ההיסטורית על העולם. ירושלמי בחן את הכתיבה היהודית לכל אורך ימי הביניים היהודים שהתרחשו מחורבן הבית השני ועד למאה ה-18 והוא הגיע לשתי מסקנות מנוגדות: מצד אחד, אין שום היסטוריוגרפיה יהודית לשמה עד העת החדשה ומהצד השני, כל טקסט היסטורי המציג עניין כלשהו בהיסטוריה, הוא היסטוריוגרפי. בין שני הקטבים הללו יש קורפוס מוגבל של עבודות יהודיות מימי הביניים שמספרות סיפור היסטורי, ביניהן ניתן למנות את אגרת רב שרירא גאון, ספר יוסיפון, כרוניקות מסעי הצלב העבריים ושלשלת הקבלה. ירושלמי נוטה לראות בעבודות אלה ככאלו שבמידה רבה אינן קשורות זו לזו ואינן טיפוסיות לימי הביניים באופן כללי. לדעתו היהודים לא זנחו את הכתיבה ההיסטורית בימי הביניים מתוך חוסר כישרון או ידע, אלא מכיוון שהם לא חשו כל צורך לעשות כן. אנשי ימי הביניים התעניינו בריטואלים שייצגו את הרגע המתמשך ולא בכתיבת ספרות היסטוריוגרפית שתיעדה את האירועים המשתנים. סטייה מהתנהגות זו הייתה לדעת ירושלמי במאה ה-16 והיא הייתה אחת מהתגובות לטראומת הגירוש מספרד, טענה שהעלה לראשונה סאלו בארון. ירושלמי מספר על עזריה דה רוסי, שעבודתו העיקרית, "מאור עיניים", וקריאתו החדשנית באגדות המסורתיות, היו לצנינים בעיני יהודים איטלקים רבים, תופעה המאפיינת את הפער המשמעותי בהבנה ההיסטורית בין הסופר לקהלו. ירושלמי מסיק מכך שלא ניתן לראות בעזריה דה רוסי ובבני זמנו את אבותיה המולידים של ההיסטוריה היהודית. הוא מציע שאבות ההיסטוריה היהודית לא היו יהודים כלל אלא הדמויות המייסדות של ההיסטוריוגרפיה כמו נייבור וראנקה שיצקו לתוך הכתיבה על אירועי העבר מימד של אובייקטיביות וריחוק.
זכור: היסטוריה יהודית וזיכרון יהודי.