לוק לא מציין באופן חד משמעי את הקתולים כחריג שכנגדו מותר לנהוג בחוסר-סובלנות, אך חלק מפרשניו סבורים שאי-סובלנות כלפי קתולים משתמעת מכתביו. פרשנות זו מתבססת על שני טיעונים של לוק לגבי דתות, שלפי לוק אין להן זכות לדרוש סובלנות מהשלטון. ראשית, השלטון המדיני לא צריך להיות סובלני כלפי כנסיות שבהן המאמינים מכירים בסמכות מדינית של שליט חיצוני, כיוון שכנסיות אלה מעודדות, הלכה למעשה, התערבות של שלטון חיצוני בעניינים ציבוריים. בכלל זה, השלטון לא צריך להיות סובלני כלפי דתות שטוענות שהמשמעות של אקסקומוניקציה של שליט מכנסייתם היא עילה לאובדן שלטונו, או שהזכות לשלטון מבוססת על חסד אלוהי . חלק מבני תקופתו של לוק זיהו טענות אלה עם הקתוליות. ניתן לפרש טיעון זה כהתרת אי-סובלנות כלפי קתולים, שמאמינים בסמכותו של שליט חיצוני, האפיפיור. אולם, הדוגמה שלוק עצמו מספק היא זו של מאמין מוסלמי שרואה עצמו כפוף לסמכותו של המופתי של קונסטנטינופול. לפי ריצ'רד אשקרפט, הדוגמה של המאמין המוסלמי היא מטאפורית בלבד, בעוד שהמטרה האמיתית של לוק היא יורש העצר הקתולי ג'יימס השני.
הטיעון השני שניתן לפרשו כקריאה לאי-סובלנות כלפי קתולים הוא שאין חובה להיות סובלניים כלפי דתות שמתירות לא לשמור אמונים עם כופרים, כיוון שמשמעות הטענה היא שמחויבות המאמינים לקיים הבטחות תקפה רק בינם לבין בני דתם. גם טענה זו זוהתה בתקופתו של לוק עם הקתוליות.
בעוד שטענות אלה פורשו כהתרת אי-סובלנות כלפי קתולים, במקומות אחרים הוא כולל במפורש את האמונה הקתולית במסגרת הסובלנות הנדרשת מהשלטון. לדוגמה, הוא מציג את האמונה הקתולית שלחם הקודש הוא גופו של ישו כמגוחכת, אך מציין שאין בה פגיעה בזולת, ושסגידה לאלוהים לפי הפולחן הרומי-קתולי צריכה להיות מותרת כפי שמותר הפולחן בנוסח ז'נבה. קביעות אלה ואחרות הובילו חלק מפרשניו למסקנה שהוא לא פסל את האמונה הקתולית כשלעצמה, אלא אנטינומיזם ודוקטרינות פוליטיות מסוימות שזוהו בתקופתו עם הקתוליות. פרשנים אחרים טוענים שאי-סובלנות כלפי קתולים הייתה אחד הרעיונות בהם לוק תמך כל חייו.
שתי מסכתות על ממשל מדיני.
על רקע המשבר הפוליטי באנגליה פנה לוק לכתיבת שתי מסכתות על ממשל מדיני, טקסט פוליטי ששוטח את ביקורתו על משטר מלוכני אבסולוטי ואת תפיסתו לגבי טבעו וגבולותיו של ממשל מדיני לגיטימי.
במסכת הראשונה מבקש לוק להפריך את הטיעונים שהציג רוברט פילמר בספרו "פטריארכה". פילמר כתב את ספרו ב-1631, אך ב-1680, יותר מ-20 שנה לאחר מותו, הודפס הספר מחדש ושימש את המצדדים במלוכה של צ'ארלס השני ובזכותו של ג'יימס, יורש העצר הקתולי, לכתר. פילמר טען שהזכות לשלטון מדיני ניתנה לאדם הראשון על ידי אלוהים ועוברת מדור לדור כירושה. הוא יצר בספרו הקבלה בין שלטון האב במשפחה לבין השלטון המדיני. הפרשנות של פילמר לכתבי הקודש נועדה להצדיק מלוכה אבסולוטית העוברת בירושה. כנגד טיעון זה הציג לוק פרשנות משלו לכתבי הקודש, אשר סותרת את הפרשנות של פילמר.
נקודת המוצא של לוק במסכת הראשונה, היא שהעולם ניתן לבני האדם כקניינם המשותף. בניגוד לטענה של פילמר לגבי זכותו של אדם הראשון, טען לוק שאלוהים נתן לאדם את הזכות לרדות בבעלי החיים ביבשה, בים ובשמיים, אך לא את הזכות לשלוט בבני אדם אחרים. יתרה מכך, לוק טוען שהזכויות שקיבל אדם ניתנו לו במשותף עם חוה. בנוסף, גם אם ניתן היה לפרש את כתבי הקודש כאילו נתן אלוהים לאדם את הזכות לשלוט, אין בתנ"ך מידע מספיק על האופן בו עברה זכות זו בירושה, וממילא לא ניתן להוכיח כי המלכים הנוכחיים הם יורשים חוקיים של אותה זכות. לפיכך טוען לוק שפילמר מצדיק למעשה כל שלטון קיים, בין אם נתפס בכוח או עבר בירושה. לוק תוקף גם את ההקבלה שיוצר פילמר בין אבהות לשלטון אבסולוטי. לפי לוק, חובתם של ילדים לציית להוריהם פוקעת כאשר הם בוגרים מספיק כדי לשלוט בעצמם, ואילו חובת כיבוד אב ואם, שתקפה לגבי ילדים גם בבגרותם, לא מקימה חובת ציות. יוצא מכך שאין הקבלה בין אבהות לשלטון, וגם אם הייתה הקבלה כזו לא היה משתמע ממנה ששלטון מדיני הוא אבסולוטי. לוק טוען שהגישה של פילמר מובילה הלכה למעשה להצדקה של עבדות, דבר שהופך את טיעונו לאבסורד.
משהופרכה גישתו של פילמר פונה לוק במסכת השנייה לטיעון בדבר המקור האמיתי של הממשל הלגיטימי, תכליתו, וגבולות סמכויותיו. לוק פותח את המסכת בתיאור מצב הטבע, שהוא המצב הקדם מדיני, ושל חוק הטבע, שהוא החוק היחיד לו כפופים בני אדם במצב הטבע (פרק ב'). מצב הטבע מאופיין בשוויון, במובן שאף אדם לא כפוף לכוחו של אחר, ובחירות מושלמת של כל הפרטים. אולם, חירות אינה הפקרות: בני אדם כפופים גם במצב זה לחוק הטבע, שמחייב אותם לדאוג לשימור עצמם, וכאשר שימור עצמם אינו בסכנה, לדאוג גם לשימור שאר המין האנושי. מהחובות במצב הטבע עולות גם הזכויות הטבעיות של הפרטים: זכותם לקניין במובנו הרחב - חיים, חירות ורכוש - וזכותם לשפוט ולהעניש את מי שפעל בניגוד לחוק הטבע. חוק הטבע מבטא את רצון האל וניתן להבינו באמצעות התבונה.
מצב הטבע על פי לוק הוא אופטימי יחסית להוגים אחרים, כגון תומאס הובס, ואין הכרח שהיעדר השלטון יוביל למלחמה. אולם קיימים בו "אי-נוחויות" שעשויות להוביל למצב המלחמה (פרק ג'). כבכל מצב ייתכנו מקרים בהם אנשים לא יקשיבו לתבונתם ויפעלו בניגוד לחוק הטבע. בהיעדר שופט מוסכם, ובהינתן שלבני אדם קשה לשפוט בעניינים הקשורים לעצמם ולהסכים על המידתיות של עונשים, הזכות לשפוט ולהעניש עשויה להוביל למעגל של נקמה ולמלחמה.
פרק ה' במסכת השנייה דן במקורו של הקניין הפרטי ובזכות לקניין פרטי. נקודת המוצא של לוק היא שהעולם ניתן לכל בני האדם במשותף, וזאת כדי שישתמשו בו לנוחיותם ולצורך שימור עצמם בעזרת תבונתם. לוק מבקש למצוא הצדקה לניכוס של קניין פרטי בהיעדר חוק מדיני. לטענתו, הזכות להפקיע דבר מה מחזקת כולם מתחייבת, משום שבני אדם לא היו יכולים לשרוד אלמלא הייתה להם אפשרות להפוך דברים שניתנו לכולם במשותף לרכושם הפרטי. השאלה היא, אם כן, כיצד יכול אדם להפקיע דבר מה מחזקת הכל באופן לגיטימי ומהם הגבולות לזכות זו.
לוק מניח שלבני אדם יש קניין ביחס לגופם ולעבודה שהם עושים באמצעות גופם. כאשר אדם משקיע את עבודת גופו ועמל כפיו בדבר מה שנמצא במצבו הטבעי הוא מערב בו משהו מקניינו ובכך הופך אותו לשלו. לוק קובע תנאי ראשון, לפיו הזכות לנכס דבר מה עומדת "על כל פנים כאשר כמות מספקת, באיכות לא פחות טובה, נותרה במשותף בשביל אחרים". תנאי שני הוא שהזכות לקניין פרטי היא ל"כל כמות שיכול היחיד להשתמש בה לתועלת חייו בטרם יתקלקל הדבר". עם זאת, המצאת המטבע כאמצעי לסחר חליפין מאפשרת לבני האדם לאגור רכוש רב מבלי לעבור על התנאי השני, וקיימות פרשנויות שונות למידת המחויבות של לוק לתנאים אלה.
מקור הממשל המדיני הלגיטימי, לפי לוק, הוא בהסכמה ראשונית בין בני אדם שהיו נתונים במצב הטבע וביקשו לפתור את אי-הנוחות הקיימת במצב זה (פרק ו'). הטענה שהסכמה כזו היא הבסיס לכינון המדינה היא זו שהופכת את התאוריה של לוק לחלק ממסורת האמנה החברתית. תהליך ההסכמה כולל שני שלבים. בשלב הראשון הפרטים מסכימים לכונן עדה. הם מוותרים על זכותם להעניש זה את זה ומוסרים אותה לעדה. בשלב השני מסכימים בני העדה בהחלטת רוב על המסגרת החוקתית ורשויות הממשל הדרושות לצורך חקיקה, אכיפה וביצוע של החוקים, וקידום טובת הכלל. הממשל פועל מכוח האמון שנתנה בו העדה. הסכמה הראשונית היא תמיד מפורשת, אך לוק מכיר בכך שקיים קושי מעשי בדרישה שכל נתין, בכל דור, יביע הסכמה מפורשת. תשובתו לבעיה היא שכל אדם שיש ברשותו חלק מנחלת הממשל נותן את הסכמתו שבשתיקה. מי שהסכמתו לא ניתנה באופן מפורש יכול למשוך את הסכמתו ולהקים חברה פוליטית חדשה, אך לצורך כך חייב הוא לוותר על כל ההטבות שהממשל הקיים מעניק לו.
לוק קובע במסכת השנייה (פרקים י"א-י"ב) שבממשל לגיטימי קיימות שלוש רשויות הנפרדות זו מזו בתכליתן: הרשות המחוקקת, שתפקידה לחוקק חוקים כלליים, קבועים ולא שרירותיים; הרשות המבצעת, שתפקידה להוציא את החוק לפועל ולאכוף אותו, לכנס את הרשות המחוקקת על פי הזמנים הקבועים החוק, ובמידת הצורך להשתמש בסמכות המיוחדת (פררוגטיבה) שניתנה לה כדי לטפל במקרים לא צפויים, כגון מצבי חירום; ורשות פדרטיבית, שעוסקת בענייני חוץ, כולל הזכות לעשות שלום ומלחמה, לכונן בריתות עם כוחות זרים, ולשלוט בסחר החוץ. חלוקה זו נחשבת לאחד המקורות לרעיון המודרני של הפרדת הרשויות במדינה, שפותח מאוחר יותר על ידי מונטסקייה, עמנואל קאנט, ובחוקת ארצות הברית.
בפרקים האחרונים של המסכת השנייה דן לוק בהגדרה של משטר רודני ובזכות למרוד כנגדו.
כסף ותאוריות כלכליות.
רקע.
לוק החל להתעניין בנושאים הקשורים בניהול הכלכלה המדינית ותפקידו של השימוש בכסף כחלק מעבודתו כמזכיר של שפטסברי. במסגרת תפקיד זה הוא היה מעורב בניהול עסקיו הכלכליים של פטרונו ובניהול השקעותיו מעבר לאוקיינוס. ב-1668 הוא כתב בפעם הראשונה טקסט שעוסק בנושאים כלכליים. לאחר שחזר מהולנד לאנגליה, הוא המשיך לעסוק בנושא, וב-1691 הוא פרסם בעילום שם את הפמפלט "מחשבות אחדות על התוצאות של הורדת שיעור הריבית והעלאת הערך של הכסף". בשנים לאחר מכן הוא המשיך לערוך את הפמפלט ופרסם מספר חיבורים נוספים בנושא. ב-1695 הוא פרסם, הפעם בשמו, את הפמפלט "מחשבות נוספות על העלאת ערך הכסף", וב-1696 יצא כרך שמאגד את כתביו בנושא.