לפי האגדה, בחר אל סיד לחוס על השליט המורי בתמורה לכך שזה ישבע אמונים למלך פרננדו, ובכך זכה לתואר "אל סיד". עוד לפני כן, באביב של 1063, לחם בקרב גראוס, שבמהלכו הטיל רמירו הראשון, מלך אראגון, אחיו למחצה של פרננדו, מצור על העיר המורית גראוס, שהייתה על אדמות סרגוסה. אל-מוקטדיר לחם באראגונזים לצד יחידה מקסטיליה, שכללה את אל סיד. רמירו הראשון נהרג, והאראגונזים ברחו משדה הקרב. על-פי אחת האגדות, נלחם אל סיד עם אביר אראגונזי בדו-קרב של אלופים שהמנצח בו היה מעניק לצבאו שליטה על העיר. אל סיד הרג את יריבו, והניצחון העניק לו את תואר הכבוד "קמפיאדור".
שירותו תחת סנצ'ו.
חלוקת אדמותיו של פרננדו.
כמו אביו לפניו, במותו (28 בדצמבר 1065) חילק פרננדו את אדמותיו בין ילדיו. בניו קיבלו את מרבית האדמות: סנצ'ו השני, מלך קסטיליה "החזק", קיבל את קסטיליה ואת המיסים שהועלו מסרגוסה; אלפונסו השישי, מלך לאון, "האמיץ", קיבל את לאון ואת המיסים שהועלו מטולדו; וגרסיה השני, מלך גליסיה קיבל את גליסיה. בנותיו, אלווירה ואוּרָקָה, קיבלו את טוֹרָה ואת סַמוֹרָה, בהתאמה. על אף שפרננדו הכריח את ילדיו להבטיח שיחיו בשלום ביניהם, לא כך היה.
ניצחונות צבאיים מוקדמים.
כתושב קסטיליה, אל סיד היה כעת נתינו של סנצ'ו. סנצ'ו האמין שהוא, בתור בנו הבכור של המלך, צריך היה לרשת את כל אדמותיו. לאחר שכבש את לאון ואת גרסייה, החל להילחם בכל אחיו ואחיותיו.
יש אומרים כי בשלב זה, לאחר שהוכיח את עצמו כאביר נאמן ואמיץ בקרב נגד האראגונזים, מונה אל סיד ל"נושא הדגל", משרה שנתנה בידיו את הפיקוד על צבאות קסטיליה.
ניצחונות נגד אלפונסו ומותו של סנצ'ו.
לאחר שאלפונסו הובס בלנטדה בגבול לאון-קסטיליה בשנת 1068, ושוב בגולפחרה שעל גדות נהר קריון ב-1072, אילץ סנצ'ו את אחיו להימלט לעיר הווסאלים המורית טולדו, שם שלט מאמוּן. טורה, עירה של אחותו אלווירה, נפלה במהרה, ונדמה היה כי דבר לא יעצור את סנצ'ו. אולם במהלך המצור על זמורה, עירה של אורקה, הוא נרצח, ב-7 באוקטובר 1072.
שירותו תחת אלפונסו.
רב הנסתר על הנגלה באשר למותו של סנצ'ו. יש אומרים שהרצח היה תוצאה של ברית בין אלפונסו ואורקה; יש אף שאומרים שהיו ביניהם יחסים של גילוי עריות. היות שסנצ'ו נהרג רווק וחסר ילדים, עבר כל רכושו לאלפונסו - אותו אדם שבו נלחם.
אלפונסו חזר כמעט לאלתר מהגלות בטולדו ותפס את מקום אחיו כמלך לאון וקסטיליה. בקסטיליה נחשד בידי רבים, כנראה בצדק, במעורבות ברצח סנצ'ו. האגדה מספרת כי האצילים הקסטיליאנים, בראשות אל סיד ותריסר "עוזרים לשבועה", הכריחו את אלפונסו להישבע בפומבי, מול כנסיית גדיאה הקדושה בבורגוס, שלא היה מעורב בקנוניה לרצח אחיו. יש באגדה זו להצביע על אומץ ליבו של אל סיד, שהרי מעטים היו מעזים לדרוש שבועה כזו ממלך חדש. השבועה לא השקיטה כליל את חשדותיהם של הקסטיליאנים, ונותרה עוינות רבה בין קסטיליה (ואל סיד) לבין לאון (ואלפונסו). תפקידו של אל סיד כנושא הדגל נלקח ממנו וניתן ליריבו, הרוזן גרסיה אורדונייס.
טקטיקות קרב.
במהלך מסעות הקרב שלו ציווה אל סיד פעמים רבות כי יוקראו בפניו ובפני חייליו, בקול רם, ספרים מהקלאסיקה היוונית והרומית על נושאים צבאיים - הן למטרות בידור והן כדי לספק השראה בעת קרב. לצבאו של אל סיד הייתה גישה ייחודית ומקורית לתכנון אסטרטגי, ומפקדיו קיימו את מה שניתן לכנות ישיבות "סיעור מוחות" לפני כל קרב כדי לדון בטקטיקות אפשריות. הם עשו שימוש רב באסטרטגיות בלתי-צפויות, ונקטו במה שניתן לכנות כיום "לוחמה פסיכולוגית"; צבאם המתין ליריביו עד שקפאו מפחד, ואז תקף אותם לפתע, או שעשה שימוש בקבוצות קטנות של חיילים למטרות הטעיה והסחה. אל סיד היה אדם צנוע ולא היסס לקבל הצעות שבאו מקרב חייליו, אם חשבן לראויות. הוא הכיר בכך שאין הוא חסין מטעות. האיש ששירת כיועצו הקרוב ביותר היה קרוב משפחה בשם אלוור פאנייס מינאיה.
נישואין וחיי משפחה.
אל סיד נישא ביולי 1074 לקרובתו של אלפונסו, דוניה חימנה דיאס, בתו של הרוזן מאוביידו. הנישואין באו כנראה בעקבות הצעתו של אלפונסו, כמהלך שקיווה כי ישפר את היחסים בינו לבין אל סיד. לחימנה ולאל סיד היו שלושה ילדים. בנותיהם, כריסטינה ומריה, נישאו שתיהן לבני אצולה: כריסטינה לרמירו סאנצ'ס, הנסיך ממחוז ארגון; מריה לרמון ברנגר השלישי, הרוזן מברצלונה. בנו של אל סיד, דייגו רודריגס, נהרג כשלחם בפולשים המוסלמים מצפון אפריקה, המוראביטון, בקרב קונסואגרה (1097). נישואיו שלו ושל בנותיו העלו את קרנו של אל סיד משום שקישרו אותו בקשרי משפחה עם משפחת המלוכה; עד היום ישנם מלכים המתפארים בשושלת יוחסין המגיעה עד משפחת אל סיד.
שירות בתפקידים פקידותיים.
בנוסף לתפקידיו הצבאיים שירת אל סיד תחת אלפונסו גם כשופט. הוא ניהל במהלך חייו ארכיון פרטי, ובו היו מצויים עותקים של מכתבים ששלח ושל תעודות חשובות שחתם עליהן כחלק מפעילותו בשירות המלך.
גלות.
בקרב כברה (1079) ליכד אל סיד את כוחותיו והביס את האמיר עבד-אללה מגרנדה ובן-בריתו גרסיה אורדונייס. אולם, מסעו הבלתי-מאושר של אל סיד לגרנדה הרתיח את אלפונסו, שגירשו. זוהי הסיבה הרשמית לגלותו של אל סיד, למרות שישנן אולי סיבות אחרות שתרמו להחלטה לגרשו: אצילים קנאים שהסיתו את אלפונסו כנגד אל סיד, טינתו של אלפונסו עצמו לאל סיד (אולי בעקבות הכרחתו להישבע שלא היה שותף לרצח אחיו), האשמות בדבר גזילת חלק מהמסים שהגיעו מסביליה, ומה שמקור אחד מתאר כ"חיבתו" של אל סיד להעלבת בעלי משרות בכירות.
אולם הגלות לא הייתה סופו של אל סיד, לא פיזית ולא מבחינת חשיבותו. ב-1081 הציע אל סיד, שפעל כעת כשכיר-חרב, את שירותיו למלך המורי של סרגוסה, אל מותאמין; הוא שירת אותו ואת יורשו, אל מותאמין השני:
ראשית פנה לברצלונה, שם האחים רמון ברנגר השני (רוזן ברצלונה בין השנים 1076-1082) וברנגר רמון השני (1076-1097) סירבו לקבלו לשירותם. אז נסע לסרגוסה ובה זכה לקבלת פנים חמה יותר. הממלכה הייתה מחולקת בין אל מותאמין (1081-1085) ששלט בסרגוסה גופה לבין אחיו אל מונדהיר, ששלט בלרידה ובטורטוסה. אל סיד עמד לשירותו של אל מותאמין והגן בהצלחה על סרגוסה בפני התקפותיהם של אל מונדהיר, סנצ'ו הראשון מארגון, ורמון ברנגר השני, שאף נפל בשביו לזמן קצר ב-1082.
ב-1086 החלה הפלישה הגדולה של המוראביטון לספרד דרך ומסביב לגיברלטר. המוראביטון, תושבים ברבריים של מרוקו ואלג'יריה של ימינו, הובלו בידי יוסוף הראשון, שנודע גם כיוסוף אִבן תָשוּפין. הם נתבקשו לעזור להגן על המורים מפני אלפונסו. הקרב גדול, קרב א-זלאקה, התרחש ביום שישי, 23 באוקטובר 1086, בסגראחאס. האנדלוסים המורים, ובכלל זה הצבאות של בנדחוס, מאלגה, גרנדה, וסביליה, הביסו את הצבאות המאוחדים של לאון, אראגון, וקסטיליה. לפי תומאס:
האנדלוסים חנו בנפרד מהמוראביטון. חיל החלוץ הנוצרי, בהנהגת אלוור פנייז, הפתיע את המחנה האנדלוסי לפני השחר; אנשי סביליה (אל-מותמיד) עמדו בפרץ, אך שאר האנדלוסים הופצו בידי חיל הפרשים האראגונזי. אז, עיקר הכוח הנוצרי תקף את המוראביטון, אך נהדף בידי הלמטומה, ואז נסוגו למחנם בתגובה למהלך איגוף מצד אבן תשופין. האראגונזים חזרו לשדה הקרב, לא אהבו את מה שראו והחלו בנסיגה שנהפכה למנוסה. האנדולסים התאספו והמוסלמים הבריחו את אלפונסו לגבעה קטנה. בחסות הליל, ברחו אלפונסו ו-500 מאביריו לטולדו.
מפחד, לאחר תבוסתו המוחצת, החזיר אלפונסו לשירותו את הגנרל הנוצרי הטוב ביותר - אל סיד הגולה. ואכן, מסמכים מראים שאל סיד היה בחצר המלך ביולי 1087.
כיבוש ולנסיה.
בערך בתקופה זו החל אל סיד, בראש צבא משולב של נוצרים ומורים, לפעול כדי לבנות לעצמו אחוזה פאודלית משלו בעיר ולנסיה שעל חוף הים התיכון. כמה מכשולים עמדו בדרכו. הראשון היה ברנגר רמון השני, שכעת כיהן כשליט יחיד בברצלונה הקרובה. במאי 1090 הביס אל סיד את ברנגר בקרב לבר ושבה אותו. ברנגר נפדה תמורת כופר לאחר מכן, אך מאוחר יותר נשלח לגלות בירושלים במסגרת מסע הצלב הראשון לאחר שלא הצליח להוכיח את חפותו באשמת מעורבותו ברצח אחיו, רמון ברנגר ה-2.
אחיינו, רמון ברנגר השלישי, נישא למריה, בתו הצעירה של אל סיד, כדי למנוע סכסוכים עתידיים. אל סיד צבר אט-אט השפעה בוולנסיה, שנשלטה בידי אל קאדיר. באוקטובר 1092 התחולל מרד בוולנסיה, בהנהגתו של אִבן ג'אהאף, השופט הראשי בעיר, ואל סיד החל במצור עליה. המצור נמשך מספר שנים; ניסיון שנעשה לשבור אותו בדצמבר 1093 נכשל. במאי 1094 הסתיים המצור, ואל סיד קיבל ממלכה משלו על חוף הים התיכון. רשמית שלט אל סיד במקום בשמו של אלפונסו; בפועל, אל סיד היה עצמאי לחלוטין. חיו בעיר מוסלמים (מורים) ונוצרים, ואלו גם אלו שרתו בצבא. ב-1096 "נוצרו" תשעת המסגדים של ולנסיה ונהפכו לכנסיות, ומונה בעיר ארכיבישוף צרפתי בשם ז'רום.
מותו.
ב-10 ביולי 1099 מת אל סיד. אשתו חימנה שלטה בעיר במשך שנתיים נוספות. אז הטילו המוראביטון מצור על העיר והיא פנתה אל אלפונסו בבקשת עזרה. אלפונסו הורה לה לשרוף את העיר, כדי שלא תיפול בידי המורים. ולנסיה נפלה בידי המורים ב-5 במאי 1109, ולא שבה להיות עיר נוצרית במשך יותר מ-125 שנים. חימנה עצמה הצליחה להימלט לבורגוס, עיר הולדתו של בעלה, עם גופתו של אל סיד. הוא נקבר במקור בקסטיליה, במנזר סן פדרו דה קרדניה (San Pedro de Cardeña) אך הקבר נהרס ונבזז בזמן כיבושי נפוליאון בונפרטה ב-1808 וכתוצאה מכך הועברו שרידיו לקבורה בקתדרלת בורגוס המרשימה.