וולטרס עקב אחר הבקיעים בין תומכיו של פורקר לבין תומכיו של שרמן החל מ-1887. עלייתו המטאורית של פורקר בשמי הפוליטיקה של אוהיו היוותה איום עבור שרמן, במיחוד על רקע העובדה שפורקר ככל הנראה היה אמור לשאוף לבחירה לתפקיד נוסף לאחר שישלים את ימי כהונתו כמושל. ב-1887 נפגשו מקינלי, האנה, שרמן ואחרים בביתו של מקינלי בקנטון, והחליטו לקדם את מועמדותו של שרמן לנשיאות בוועידת המפלגה המדינתית שתתקיים בטולידו באותה שנה, ולאיים על פורקר אם הוא יסרב להתיישר על פי קו זה. על אף תחושות נגד שרמן באוהיו, ההחלטה לקדם את בחירתו אומצה פה אחד על ידי הוועידה שחידשה את מועמדותו של פורקר למשרת המושל, ובהמשך אותה שנה הוא נבחר לכהונה שנייה.
שרמן היה המועמד המוביל במפלגה הרפובליקנית לנשיאות, כשלזכותו עמדה התמיכה של אוהיו, רובה של פנסילבניה ומדינות הדרום. חוסר הוודאות בנוגע למועמדותו של בליין ריחפה בחלל האוויר במהלך הוועידה הארצית של המפלגה שהתכנסה ביוני 1888 בשיקגו. אף על פי שבליין הצהיר שהוא לא יתמודד, תומכיו קיוו שהוא ישנה את דעתו. שרמן לא בטח באופן מלא בפורקר, והעביר את ניהול מסע הבחירות שלו להאנה. הוא גם דחה את ההצעה שפורקר יכריז בוועידה על שמו כמועמד, והעביר את התפקיד לדניאל הייסטינגס מפנסילבניה. בוועידה הביע פורקר את תמיכתו בהכרזה של הייסטינגס על מועמדותו של שרמן, אך זה האחרון קיבל בסבב ההצבעה הראשון מעט קולות מעבר למדינות שהיה ידוע שיתמכו בו. התמיכה של שרמן בדרום לא נלקחה בחשבון, שכן היה ברור שמדינות הדרום לא יצביעו עבור מועמד רפובליקני, ושרמן שילם את הוצאות הנסיעה של נציגי מדינות אלו, שלרוב היו שחורים.
בסבב ההצבעה הרביעי, שנערך בשבת, 23 ביוני, זכה שרמן בכמעט אותו מספר של קולות שהיו לו מלכתחילה, אך הוא אותגר על ידי הסנאטור לשעבר מאינדיאנה, בנג'מין הריסון. לאחר מכן התפזרה הוועידה עד ליום שני, 25 ביוני. כשנותרו כמעט יומיים לביצוע תחבולות, נפוצו שמועות בקרב משתתפי הוועידה שמועמדותו של בליין תוצג למרות הכל. בשעה מאוחרת בלילה של שבת, הוציא פורקר הצהרה שהוא יתמוך בבליין. וולטרס מנה מספר סיבות לצעדו זה של פורקר: פורקר היה סבור שלשרמן אין שום סיכוי, הוא היה ממורמר על כך ששרמן לא הודה לו על נאום התמיכה השני שלו בהצגת מועמדתו, והוא חש מירמור על כמות הקולות הזעומה שקיבל מקינלי, בהרגישו שזה האחרון הוכן למעשה כמועד לגיבוי עבור המחנה של שרמן. נפוצו גם שמועות שפורקר היה אמור להיות מועמד בעצמו, כנשיא או כסגן נשיא, אם כי הוא ציין שהוא לא יקבל על עצמו את המועמדות ללא הסכמתו של שרמן. השינוי בעמדתו של פורקר פגע במועמדותו של שרמן כאשר היה ברור שמושל המדינה שלו לא תומך בו, ואף על פי שפורקר שב לתמוך בשרמן לאחר שבליין שיגר מברק בו הוא מסיר את מועמדותו, הנזק כבר נעשה. בסבב ההצבעה השמיני נבחר הריסון כמועמד המפלגה. לדבריו של ויליאם הורנר, הנטישה הזמנית של פורקר את שרמן הייתה "המהלך שככל הנראה סגר באופן סופי את הגולל על מערכת היחסים שלו עם האנה". בכל אופן, פורקר נתן סיבות אחרות לניתוק היחסים בין השניים, בציינו לאחר מותו של האנה שאחת הסיבות לכך הייתה שהאנה רכש עודף של כרטיסים עבור נציגים אפרו-אמריקאים מהדרום לוועידה, מהלך שפורקר ראה כמושחת. ג'. ב. מורו, עורך העיתון שהשתמש בהצהרתו של פורקר כמקור לביוגרפיה משנת 1912 של האנה, פרי עטו של הרברט קרולי, לא הסכים עם קביעה זו: "היה ברור באותה עת שליבו [של פורקר] לא היה עם מועמדותו של שרמן... אין אני מסוגל להאמין לתחושות הזעם שלו על ההתמקחות של האנה עם נציגי הדרום". לדבריו של הורנר, לקרע בין פורקר לבין האנה היו השפעות עמוקות על התנהלותם של השניים לאחר מכן, על הקריירות הפוליטיות שלהם, ועל המפלגה הרפובליקנית באוהיו, שהתפלגה עקב הסכסוך בין השניים.
בבחירות לנשיאות שהתקיימו בנובמבר ניצח הריסון את הנשיא המכהן קליבלנד. ב-1889 כבר התגבשה באוהיו סיעה של רפובליקנים שהתנגדה בגלוי לפורקר והובלה על ידי האנה, שרמן ומקינלי. פסק הזמן נתן לפורקר תחושת הקלה. הוא כתב לאחד מידידיו, "בנסיעה מטולידו לשיקגו חשתי שעול מונח על צווארי, אך כעת אני חופשי". על אף ההתנגדות כלפיו, הוא שאף להיבחר לכהונה שלישית ב-1889, בתקווה שאם הרפובליקנים ישמרו על הרוב שלהם בבית הנבחרים המדינתי, הוא יוכל להיבחר כסנאטור כעמיתו הזוטר של שרמן בבחירות שעמדו להתקיים בינואר 1890. בוועידת המפלגה המדינתית שהתקיימה בקולומבוס, נבחר פורקר כמועמד בסבב ההצבעה השני, שכן האופוזיציה נגדו הייתה מפולגת.
בתקופת כהונתו של פורקר כמושל עבר חוק לסגירת בתי המרזח בימי ראשון. כאשר הודיע ראש עיריית סינסינטי, ג'ון ב. מוסבי, על כוונתו לאכוף את החוק לנוכח התנגדות מקומית, שיגר לו פורקר מברק שהוא יקבל את תמיכת המדינה. צעד זה עורר את זעמם של רבים ממתנגדי חוק היובש במפלגה הרפובליקנית. תקרית נוספת שגרמה נזק הייתה טענתו של פורקר, שהתבססה על מסמכים שהגיעו לידיו ומאוחר יותר התבררו כמזויפים, שמועמד הדמוקרטים למשרת המושל, ג'יימס קמפבל תמך בהכנסת השימוש בקלפיות שיוצרו על ידי חברה שלכאורה היו לו בה אינטרסים עסקיים. המסמך גם נשא את חתימותיהם של שרמן, מקינלי ויריבים פוליטיים אחרים של פורקר. בהמשך הוכח שהחתימות נלקחו ממכתבים מבוילים. למעשה לקמפבל לא היה כל קשר עם החברה, והפרשה עלתה לפורקר באובדן קולות. ועדה של הקונגרס ניהלה ב-1891 חקירה, וניקתה מחשד את כל אלו שחתימותיהם התנוססו על המסמך. על כל פנים, הוועדה האשימה את פורקר בכך שעשה שימוש במסמך מבלי לבדוק את מקוריותו. באותה עת פורקר כבר לא כיהן כמושל, לאחר שנוצח על ידי קמפבל בהפרש של 10,873 מכלל 750,000 קולות המצביעים במדינה. הביוגרף של מקינלי, ה. ויין מורגן, ציין, "ברור שפורקר נהג בחיפזון ובחוסר תבונה, שכן הוא היה נואש להאבק נגד קמפבל והיה ממורמר כלפי חסידיו של שרמן". לתבוסתו של פורקר היו השלכות עבורו. לדבריו של ביוגרף אחר של מקינלי, קווין פיליפס, "כשפורקר נוצח בבחירות השלישיות, הפך מקינלי לבא בתור בין הפוליטיקאים של אוהיו כמועמד המועדף לנשיאות".
תקופת המדבר.
שובו לעריכת דין והניסיון להתמודד לסנאט.
לאחר שנוצח בבחירות לכהונה שלישית כמושל, שב פורקר לסינסינטי לעיסוקו בעריכת דין. אף על פי שבתחילה הוא הצטרף מחדש למשרד עורכי הדין שבו החל את דרכו, ב-1893 הוא פתח משרד משל עצמו. באותה שנה סיים בנו, ג'וזף בנסון פורקר הבן, את לימודיו בקורנל והיה לעוזר במשרדו של אביו. פורקר הבן היה הילד הראשון של בוגר קרונל שסיים בעצמו את לימודיו באוניברסיטה. פורקר האב, אף על פי שקיבל על עצמו מגוון של סוגי תיקים, היה "פרקליט פוליטי", שביצע פעולות שדלנות בבית המחוקקים כדי שיוענקו זיכיונות ללקוחותיו, ודאג לביטול חוקים שלא היו נוחים ללקוחותיו, ביניהם חברת החשמל של אדיסון, חברת הטלפונים בל של סינסינטי וחברת החשמליות של סינסינטי.
פורקר זעם כאשר במרץ 1890 נשא מארק האנה נאום בניו יורק בהצהירו, "פורקר מת כגורם בפוליטיקה שלנו ואוהיו היא שוב מדינה רפובליקנית שניתן לסמוך עליה כפי שהיא תמיד הייתה". פורקר היה נחוש בדעתו להיבחר לסנאט של ארצות הברית. אף על פי שבית הנבחרים של אוהיו, שהיה בשליטת הדמוקרטים, בחר באותה שנה בקלווין ברייס, מושבו של שרמן עמד לבחירה בינואר 1892. בבחירות של נובמבר 1890 נוצח מקינלי כאשר ביקש להיבחר לכהונה נוספת בבית הנבחרים, אך כוחו בפוליטיקה של אוהיו לא נחלש בשל ההפסד, שכן נראה היה שהוא נפל קורבן לגֶ'רימנדרינג. כאשר התמודד מקינלי על משרת המושל בשנה שלאחר מכן, הוא ביקש מפורקר שיציג את שמו כמועמד. אף על פי שהיו אנשים שראו זאת כהתקרבות מחודשת בין סיעתו של שרמן לבין זו של פורקר, תומכיו של פורקר, כמו קורץ והתעשיין המיליונר מספרינגפילד אסא בושנל, החלו כבר לקדם את בחירתו של פורקר לסנאט.
בנובמבר 1891 נבחר מקינלי כמושל, והרפובליקנים זכו ברוב של שני שלישים בבית הנבחרים של אוהיו. במהלך מסע הבחירות, הן תומכיו של פורקר והן אלה של שרמן ביקשו התחייבויות מהמועמדים ולאחר הבחירות לבית הנבחרים שניהם הביעו את ביטחונם בבחירתם. המגבלות של שרמן היו גילו, 68, חוסר הפופולריות שלו, ואופיו הקריר. לדבריו של הורנר, "פורקר היה פשוט יותר איש של העם בהשוואה למה ששרמן יכול היה אי פעם לקוות לו". עוזרו של שרמן, ג'ייקוב דונלדסון, כתב מאוחר יותר, "המצב היה גרוע, כמעט נואש". האנה תרם תרומות משמעותיות למועמדים לבית הנבחרים, והוא זעם כאשר מחוקקים שהוא האמין שיעדיפו את שרמן הכריזו במקום זאת בפומבי שהם יצביעו עבור פורקר. לדברי הביוגרף של האנה, הרברט קרולי, "המצב נראה נואש, אך בסופו של דבר הוטב, כך שמר שרמן בעצמו הצהיר בפני ידידיו, על סמך האנרגיות, ההתלהבות והיכולות של מר האנה לכפות על האנשים האחרים את רצונו. שלושה מהנציגים מקליבלנד, שהתחבאו והתחמקו, התגלו בסופו של דבר ואולצו להתיישר עם הקו. דונלדסון ציין, "כמה מהם פגעו בעצמם בשל בגידתם". בבחירות המקדימות של הרפובליקנים נוצח פורקר בהפרש נמוך, בתחילה בהצבעה שהייתה חשאית (שממנה הוא יכול היה להרוויח), ולאחר מכן בהצבעת האשרור, שבה התמיכה ניתנה לשרמן, שבסופו של דבר נבחר על ידי בית הנבחרים. לדבריו של הורנר, קשה לדעת מה הטריד יותר את האנה - להבטיח שידידו הוותיק שרמן ימשיך להחזיק בתפקידו או להבטיח שפורקר לא יקבל אותו".