פטריארך מוסקבה ורוס כולה, טיחון התנגד נחרצות לאוטונומיה של הכנסייה בפולין. לדברי ההיסטוריון מירוסלאווה פפירז'ינסקה-טורק , הוא רצה לשמור על הכנסייה הרוסית האורתודוקסית בצורתה כפי שקדמה למהפכת אוקטובר, למרות השינויים במפה הפוליטית ובזה קריסת האימפריה הרוסית והחלפת המשטר הישן בשלטון קומוניסטי אנטי-דתי. למרות זאת, ב-15 בספטמבר 1921, הוא הסכים להעניק לארכיבישוף יז'י את תואר המטרופוליטן האקזרחי (בכנסיות המזרחיות תואר בדרגה נמוכה מפטריארך) של הכנסייה האורתודוקסית בפולין, ובינואר בשנה שלאחר מכן - להעלות אותו לדרגה של מטרופוליטן, המאפשר מתן אוטונומיה רחבה לגופים הכפופים לו. עם זאת, מועצת הבישופים של הכנסייה הרוסית האורתודוקסית שלחה גם היא למשרד הדתות הפולני טיוטת חוק להסדרת מעמד הכנסייה האורתודוקסית בפולין, תוך שמירה על כפיפות הכנסייה האורתודוקסית בפולין למוסקבה. בהתכתבותו המאוחרת יותר עם המטרופוליטן יז'י ובשיחות עם השליח הפולני במוסקבה, טען הפטריארך טיכון כי אוטוקפליה של הכנסייה האורתודוקסיה הפולנית אינה בלתי אפשרית. הקושי היחיד היה היעדר התנאים לכינוס מועצת הבישופים של הכנסייה האורתודוקסית הרוסית, כדי לתת לכך את החותם הרשמי. כתוצאה מכך, ממשלת פולין טענה כי הפטריארך חסר רצון טוב.
בינואר 1922, הוציאה הממשלה הפולנית צו המכיר בכנסייה האורתודוקסית ומטיל עליה את מרות המדינה. באותה תקופה מונה אוקראיני, יז'י (ירושבסקי), למטרופוליטן על ידי הפטריארך של מוסקבה. לבסוף החל ירושבסקי לדחות את סמכותו של פטריארך מוסקבה ורוס כולה, וב-8 בפברואר 1923 נרצח בידי הבישופ סמארגד שהתנגד לאוטוקפליה. יומיים לאחר מכן, הארכיבישוף דיוניזי, כבכיר הבישופים, קיבל על עצמו את תפקיד המטרופוליטן. אלכסיי, הבישוף של גרודנה, הפך לחבר בסינוד. ב-25 בפברואר 1923 הוסמך ארכימנדריט אנטוני (מרצ'נקו) לבישוף של לובלין, והשלים את מניין מועצת הבישופים. בהרכב כזה התאפשר למועצת הבישופים להמשיך בבחירת מטרופוליטן חדש. ב-27 בפברואר 1923 מועצת הבישופים החליטה למנות את הארכיבישוף של וולהיניה, דיוניזי לראש הכנסייה.
ב-8 באפריל 1923 החליטה מועצת הבישופים להעניק לארכיבישוף דיוניזי את התואר "מטרופוליטן ורשה וווליניה וכל הכנסייה האורתודוקסית בפולין". בנוסף, סוכם כי במהלך הטקס ההכתרה של המטרופוליטן, יוזכר הפטריארך של קונסטנטינופול, מלטיוס הרביעי , ישירות לאחר הפטריארך של מוסקבה, טיכון. ב-29 באפריל 1923 הוכתר המטרופוליטן דיוניזי בכנסיית מנזר ההתגלות בקרמנץ . ב-6 באפריל, באותו מקום, הוסמך ארכימנדריט שמעון (איוואנובסקי), הממונה על מנזר ההתגלות, לבישוף של קז'מיינייץ'.
דיוניזי המשיך לפעול למען האוטוקפליה של הכנסייה האורתודוקסית הפולנית. בינתיים במוסקבה, פטריארך טיכון הודח מתפקידו ביולי 1923. במצב זה, ב-18 בנובמבר 1923, שלח המטרופוליטן דיוניזי מכתב לפטריארך טיכון המודיע על מותו של המטרופוליטן יז'י ועל בחירתו לתפקיד מטרופוליטן בברכת הפטריארך מלטיוס הרביעי . במכתב ביקש מטרופוליטן דיוניזי מהפטריארך הרוסי להעניק אוטוקפליה לכנסייה האורתודוקסית במסגרת חבר העמים הפולני-ליטאי. בתגובה למכתבו של המטרופוליטן דיוניזי, סירב הפטריארך טיכון ב-23 במאי 1924 לאשר אוטוקפליה. הוא נימק את החלטתו במשפט הקאנוני, לפיו רק מועצת בישופים יכולה להסכים לאוטוקפליה ולא הפטריארך לבדו. ההיררכיה קבעה שלפטריארך של קונסטנטינופול אין סמכות שיפוט בתוך הפטריארכיה של מוסקבה, שהכנסייה הפולנית היוותה חלק ממנה. פטריארך טיכון הוסיף כי בשל מידע לא מספיק וסותר, הוא לא יכול היה להביע את הסכמתו עד שיוצגו כל הנסיבות והטיעונים הקאנוניים בפני מועצת הבישופים של הכנסייה הרוסית האורתודוקסית.
לבסוף, האוטוקפליה ניתנה על ידי הפטריארך האקומני של קונסטנטינופול בטומוס (צו) שלו מ-13 בנובמבר 1924. כיוון שרוב חברי הקהילה היו אוקראינים ובלארוסים המתגוררים באזורים המזרחיים של הרפובליקה הפולנית השנייה אשר זה מכבר הכריזה על עצמאותה, היה לפטריארך של קונסטנטינופול בסיס קאנוני להעניק את הטומוס לכנסייה הפולנית כממשיכו של המטרופוליה בקייב, השטח לשעבר של רוס של קייב אשר הכנסייה בקונסטנטינופול המשיכה לראות בה כטריטוריה הקאנונית שלה (אף על פי שהסכימה לאפשר למוסקבה להיות הפטרונית שלה בשנת 1686). ההכרזה הרשמית על אוטוקפליה (בטקס, כולל מסירת כתב ההסכמה) לא התרחשה במהרה, כי תחילה מת הפטריארך גרגוריוס השביעי , ובסוף ינואר 1925 גורש יורשו, הפטריארך קונסטנטינוס השישי על ידי השלטונות הטורקיים מקונסטנטינופול, ועד יולי אותה שנה כס הפטריארך היה פנוי. רק ביולי 1925 עלה בזיל השלישי לכס הפטריארכלי, ובמכתב מ-20 באוגוסט הודיע למטרופוליטן דיוניזי על הגעתה המתוכננת באמצע ספטמבר של משלחת הפטריארכליות והמסירה הרשמית של הטומוס. המטרופוליטן דיוניזי שרצה לנצל את הרגע הזה כדי להסדיר את מעמדה המשפטי של הכנסייה האורתודוקסית בפולין התאכזב מהכתף הקרה שקיבל מהממשלה הפולנית וכאות מחאה לא הגיע לחגיגות בתרצו היעדרות בולטת זו בצורך בהבראה בקרלסבאד שבגרמניה. ב-25 בספטמבר 1925 הוכרזה באופן רשמי האוטוקפליה של הכנסייה.
המטרופוליטן דיוניזי שאף להכניס שינויים בתקנות הזמניות, שלא תאמו את חוקת מרץ ולא הסדירו כראוי את ענייני הכנסייה האורתודוקסית בפולין. המטרופוליטן דרש להסדיר את מעמדה המשפטי של הכנסייה באופן סטטוטורי. תהליך טיוטת החוק עמדה בפני מכשולים רבים. טיוטת החוק על היחסים בין המדינה לכנסייה האורתודוקסית הוכנה בספטמבר 1923 ונשלחה למטרופוליטן. בטיוטה זו נקטו רשויות המדינה את העמדה כי הממשלה רשאית להלאים את רכוש הכנסייה. בתורו, המטרופוליטן דיוניזי האמין שהכנסייה האורתודוקסית היא הבעלים החוקי של הנכסים שברשותה. ההתייעצויות על הטיוטה הראשונה של החוק החלו באפריל 1924, אך נקטעו עד מהרה כיוון שראש הממשלה ולדיסלב גרבסקי סבר כי יש לדחות את הדיונים עד לחתימת קונקורדט עם הכס הקדוש, כדי שטיוטת החוק לא תסבך את המשא ומתן עם הוותיקן. לאחר חתימת הקונקורדט , ב-28 במרץ 1925, הודיע שר הדתות בישיבת הממשלה, כי הנקודות העיקריות של הצעת החוק על מעמדה המשפטי של הכנסייה האורתודוקסית יפורסמו בקרוב. ב-13 באפריל, רשויות הכנסייה, תוך התחשבות בעבודה על טיוטת החוק שבוצעה על ידי משרד הדתות, פרסמו הצעה לקוד תקנות על פעילות מערכת הכנסייה בשם "החוק הבסיסי של המערכת הקאנונית הפנימית של הכנסייה האוטוקפלית הפולנית". מועצת הבישופים קיבלה את זה במושבה ב-13 באפריל וב-5 ביוני 1925, והכריזה על כך בפומבי ב-1 ביולי 1926. אף על פי כן, הממשלה הפולנית דחתה על הסף את ההצעה של הכנסייה בטענה שהיא לא נכונה מבחינה משפטית וחורגת מסמכויותיה של הכנסייה. לבסוף, רק בינואר 1938 הוגשה הצעת חוק בנושא מתן סמכויות לנשיא פולין להוציא צו על יחסה של המדינה לכנסייה האורתודוקסית. למרות הביקורת על הצעת החוק מצד חוגים קתולים, הממשלה לא נסוגה מעמדתה ולאחר קבלת חוק ייפויי הכוח, ב-18 בנובמבר 1938, חתם הנשיא איגנצי מושצ'יצקי על צו המגדיר את יחסי המדינה עם הכנסייה האורתודוקסית הפולנית. ב-7 בנובמבר 1938 החליט הסינוד, לאחר בחינת טיוטת הצו של הנשיא, כי הטיוטה תואמת במלואה את שיטת הכנסייה המזרחית ומספקת את האינטרסים שלה. צו זה היה המסמך הראשון בהיסטוריה של הכנסייה האורתודוקסית ברפובליקה הפולנית השנייה המסדיר את יחסה של המדינה עם כנסייה זו.
הנתונים הסטטיסטיים המלאים הראשונים אודות הכנסייה האורתודוקסית ברפובליקה הפולנית השנייה פורסמו בשנת 1922, אז התייצבו לבסוף גבולות המדינה הפולנית. הכנסייה האורתודוקסית כללה חמש דיוקסיות. דיוקסיית ורשה הייתה הגדולה ביותר וכללה שטח שיפוט של 231,585 קמ"ר. הבישופות המטרופוליטניות כללו את מחוזות לובלין, לודז', ורשה, קילצה, לבוב, פומורסקי, פוזנן, טרנופול, סטניסלבובו ושלונסקי, וכן את העיר ורשה. השלטון בוורשה חולק ל-7 דקנאטים ו-53 קהילות מאמינים.
מלחמת העולם השנייה.