שגרירת המינברים דלן מתגלה כחברה במועצה האפורה, הגוף השליט של המינברים. בסופו של דבר, היא מתחילה לעבור תהליך שינוי צורה להיבריד של בן אנוש/מינברי מתוך תקווה לגשר בצורה טובה יותר בין בני האדם למינברים. לאחר שקבוצות שונאות זרים מתנגדות ליחסי הברית הארצית עם הגזעים החייזרים, השנה מסתיימת עם מותו של נשיא ברית הארץ לואיס סנטיאגו, כשצוות התחנה מאמין שמדובר בהתנקשות מאחר שתמך ביחסים אלה.
עונה שנייה: ביאת הצללים (1995-1994).
בתחילת שנת 2259, קפטן ג'ון שרידן נוטל את הפיקוד על תחנת בבילון 5 לאחר שסינקלייר מועבר לעולם הבית של המינברים ללא כל הסבר. הוא והסגל הפיקודי של התחנה מאמינים שמותו של סנטיאגו היה חלק מקונספירציה, שכן הנשיא המתמנה קלארק נוקט בצעדים כדי לבודד את ממשלת הארץ ולהפעיל משטר טוטליטרי. קונפליקט פורץ בין צוות התחנה לבין 'חיל הטלפתים', ארגון אוטוקרטי שמבקש לשלוט בכל הטלפתים האנושיים, כאשר מתגלה שקומנדר איבנובה, השנייה בשרשרת הפיקוד בתחנה, היא טלפתית רדומה שברחה מרישום החיל.
בצל גסיסתו של קיסר הסנטאורים המזדקן, לונדו מולארי פועל יחד עם בן בריתו לורד ריפא לחסל כל מתנגד לשלטון. בנוסף, הוא ממשיך לעבוד עם "בן בריתו" החדש מר מורדן ושותפיו המסתוריים ותוקף את הנארנים. כאשר קיסר הסנטאורים מת, מולארי מחליף אותו ללא רצונו באחיינו קתרג'ה הבלתי יציב. בעזרתם של הצללים - בני בריתו של מורדן - הסנטאורים מתקיפים את עולם הבית של הנארנים ובעזרת נשק להשמדה המונית הם כובשים אותו.
ממשלת הארץ הופכת לרודנית יותר ויותר, והיא מדכאת קולות מחאה ושידורי תעמולה. שגריר הוורלונים קוש חושף בפני שרידן שהוורלונים הם אויביהם של הצללים, והוא מבקש את עזרתו ללחום בהם.
עונה שלישית: נקודת האל-חזור (1996-1995).
בשנת 2260, ממשלת הארץ ממשיכה להיות קסנופובית, בעוד שבתחנת החלל בבילון 5, שרידן ודלן - שהחלו במערכת יחסים רומנטית - יצרו את "קונספירציית האור" כדי לנסות ולחשוף את האמת על השפעתם של הצללים. יחסים מתוחים בין ממשל הארץ למושבת מאדים מגיעים לנקודת רתיחה כאשר מאדים מכריזה על עצמאותה וממשל הארץ מכריז על משטר צבאי ותוקף אותה. בזעמו, שרידן מושך את בבילון 5 מהברית הארצית, בתמיכתם של המינברים.
גורלה של תחנת בבילון 4 מתגלה כאשר סינקלייר חוזר לבבילון 5 ומבקש עזרה משרידן. מתגלה שגורלו של סינקלייר הוא להשתמש במסע בזמן כדי לקחת את בבילון 4 חזרה בזמן לתקופת מלחמת ארץ-מינברים, שם הוא משנה את צורתו למנהיג המינברים הנערץ ויילן באמצעות אותו מתקן ששימש את דלן לשינוי הצורה שלה.
השגריר מולארי מבין שהעסקה שערך עם הצללים נהפכה למסוכנת והוא מנסה לנתק קשרים עם מר מורדן, אך נכשל. קוש מגלה לשרידן שניתן להילחם בצללים בעזרת טלפתים. בהתעקשותו של שרידן, הוורלונים מתקיפים את הצללים, אך כעונש הצללים הורגים את קוש.
אשתו של שרידן, שנחשבה למתה באתר ארכאולוגי בכוכב הלכת זא'הדום לפני מספר שנים, מגיעה לתחנה ומשכנעת את שרידן ללוות אותה חזרה לזא'הדום. הצללים מנסים לכפות על שרידן להצטרף למטרתם וספינותיהם מאיימות על בבילון 5. מונחה על ידי מילותיו של קוש, שרידן מטיס מרחוק ספינה עמוסה בחומרי נפץ גרעיניים אל תוך הכוכב וקופץ לתוך תהום גדולה. ספינת הצללים נסוגה מבבילון 5, אך גריבלדי שהשתגר עם חללית קרב כדי להגן על התחנה מבחוץ, נעלם.
עונה רביעית: ללא כניעה, ללא נסיגה (1997-1996).
בתחילת 2261, שרידן חוזר מזא'הדום בעזרת ישות מסתורית הידוע בשם לוריין, שהעניק לשרידן 20 שנים נוספות לחיות. הוורלונים גורמים לבהלה בקרב שאר הגזעים כאשר הם מתחילים להשמיד כוכבים שלמים אשר הושפעו מהצללים. מולארי מפחד שהוורלונים ישמידו את סנטאורי פריים, והוא משמיד את בסיס הצללים שעל הכוכב ומוציא להורג את מר מורדן. שרידן מגלה שהוורלונים והצללים נשלחו בידי הראשונים להשגיח על הגזעים הצעירים, אך עקב שוני אידאולוגי ביניהם הם לחמו אחד בשני במשך עידנים והשתמשו בגזעים הצעירים במלחמה באמצעות שליח. בעזרתם של גזעים עתיקים אחרים, שרידן משכנע את הוורלונים והצללים לעזוב ולהפסיק ולהתערב בגזעים הצעירים.
גריבלדי חוזר לבבילון 5 ללא כל הסבר להיעלמותו. הוא מרחיק את עצמו משאר הצוות הפיקודי וחווה שינויים קיצוניים במצב הרוח. הוא מתפטר מתפקידו ונוסע למאדים כדי לעבוד עם איש העסקים ויליאם אדגרס. הוא גם מכניע את שרידן ומאפשר לו להיחטף. מתגלה שגריבלדי אולץ בידי חיל הטלפתים לרגל אחרי אדגרס, אשר פיתח וירוס שנועד להשמיד את הטלפתים. כעת שהוורלונים והצללים אינם עוד, הממשל הטוטליטרי של הארץ מנסה להשתמש בשרידן הכלוא ככלי תעמולה, אך גריבלדי - שהשתחרר מהשפעתו של חיל הטלפתים - מציל אותו. מלחמת אזרחים פורצת בכדור הארץ, שבסופה הנשיא קלארק מתאבד ושרידן נכנע לכוחות הארץ בשל התמרדותו. איבנובה נפצעת אנושות במהלך הלחימה ועוזבת את התחנה כדי לפקד על ספינה משלה.
ליגת העולמות הבלתי מאוחדים מאורגנת מחדש בתור הברית הבין-כוכבית, כאשר ארץ, מינבר, נארן וסנטאורי פריים מתפקדים בתור האו"ם ברחבי הגלקסיה, וכוח הסיירים משמש כאוכפי החוק שלהם. חברי הליגה החדשה ממנים את שרידן לנשיא הברית הבין-כוכבית, והוא ודלן נישאים.
עונה חמישית: גלגל האש (1998).
בשנת 2262, קפטן אליזבת לוקלי מקבלת פיקוד על תחנת בבילון 5, שהיא כעת גם מפקדת הברית הבין-כוכבית החדשה. קונפליקט מתפתח בין חיל הטלפתים לבין קבוצת טלפתים עריקים שמחפשים עולם בית משלהם ומבקשים מקלט בתחנת בבילון 5, וזאת אחרי שגילו שהוורלונים יצרו את הטלפתים כנשק נגד הצללים. כאשר כמה טלפתים עריקים מתים מות קדושים, ליטה מובילה מתקפה נגד חיל הטלפתים והופכת לאויבת מדינה.
בינתיים, ספינות מסחר אזרחיות ושל הברית הבין-כוכבית מותקפות בידי גורם בלתי ידוע, והעדות מצביעה על כך שהסנטאורים אשמים בכך כביכול. מולארי מגלה שגזע הדראק - בן בריתם של הצללים - אילצו על ההנהגה הסנטאורית להנחיל מלחמה עם הברית הבין-כוכבית, כחלק מהעונש על כך שמולארי פעל נגד הצללים. מולארי נאלץ לשתף פעולה כשהוא הופך לקיסר, ומושך את הרפובליקה הסנטאורית מהברית הבין-כוכבית. ויר הופך לשגריר הסנטאורים בתחנת בבילון 5.
עשרים שנים מאוחר יותר, שרידן עורך מפגש איחוד אחרון עם חבריו לפני שהוא עוזב עם לוריין והגזעים העתיקים "אל מעבר לשולי הגלקסיה".
הפקה.
רעיון.
לאחר שעבד על מספר סדרות מדע בדיוני שחרגו כמעט תמיד מהתקציב, סטרזינסקי הסיק מכך שהיה צורך בתכנון לטווח ארוך וביקש ליצור סדרה שתופק באופן אחראי. הוא לקח רעיונות מסדרות טלוויזיה במיינסטרים, שבהן הסיפורים התרחשו במיקום יחיד ובודד כמו בית חולים, תחנת משטרה או משרד עורכי דין. לדבריו, "במקום לחפש אחר עולמות חדשים ולבנות אותם בכל שבוע מחדש, הרי שתחנת חלל קבועה תהפוך את העלויות לחסכוניות יותר". בהיותו חובב סאגות ספרים כדוגמת "סדרת המוסד" מאת אסימוב, "שר הטבעות" מאת ג'.ר.ר. טולקין, "העדשאי" מאת א.א. סמית', חולית מאת פרנק הרברט ו"קץ הילדות" מאת ארתור סי. קלארק, סטרזינסקי התפלא מדוע אף אחד לא יצר סדרת טלוויזיה באותו קנה מידה אפי. הוא החל לפתח את הרעיון לאפוס רחב ושאפתני הסוקר קרבות עצומים ואירועים כבדי גורל, והבין שגם הרעיון לסדרה הממוקמת במקום אחד וגם קנה המידה האפי יכול להתרחש באותה סדרה - מה שהוביל בסופו של דבר לסקיצה הראשונה שלו לסדרה "בבילון 5".
סטרזינסקי קבע מראש חמש מטרות לסדרה "בבילון 5" - שהיא תהיה מדע בדיוני טוב, ושעליה להיות סדרת טלוויזיה טובה, ו"נדיר שסדרות מדע בדיוני נחשבות לסדרות טלוויזיה טובות. זה או האחת או השנייה"; שהיא תעשה לסדרות המדע בדיוני מה ש"בלוז לכחולי המדים" עשתה לדרמות משטרתיות, על ידי נקיטת כיוון מבוגר ואחראי יותר לנושא; על הסדרה להיות מתוקצבת באופן הגיוני ושעליה להיראות כמו משהו שלא נראה עד אותו זמן בטלוויזיה ולהציג סיפורים נרחבים על פני רוחב יריעה גדול יותר. הוא הוסיף והדגיש שהגישה שלו היא לקחת את ז'אנר המדע בדיוני ברצינות, ליצור דמויות המיועדות לקהל יעד מבוגר, לשלב מדע אמיתי אך לשמור על הדמויות במרכזו של הסיפור. כמה מהמרכיבים המרכזיים של המדע בדיוני הטלוויזיוני היו גם הם לא באים בחשבון (הסדרה לא כללה "ילדים או רובוטים חמודים"). הרעיון היה לא לתאר עתיד אוטופי מושלם, אלא אחד הכולל תאוות בצע וחסרות בית; עתיד שבו הדמויות גדלות, מתפתחות, חיות ומתות וכי לא הכול נשאר על כנו בסוף יום. סטרזינסקי ציין את מארק טוויין כמקור השראה ורצה שהסדרה תשקף את החיים האמיתיים ככל שניתן ואשר תספק חומר למחשבה.
לאחר הפקת הסדרה "קפטן פאוור וחיילי העתיד", סטרזינסקי יצר קשר עם מפיקי הסדרה ג'ון קופלנד ודגלאס נטר, שהראו לו את התנ"ך ואת התסריט לפרק הפיילוט, ושניהם התפעלו מרעיונותיו. הם הצליחו להזמין פרק פיילוט מאולפני האחים וורנר, שביקשו למלא את לוח השידורים שלהם באותה תקופה. אף על פי שהם אישרו את פרק הפיילוט, האולפנים היו סקפטיים בנוגע לסדרה, ולדבריו של סטרזינסקי היו להם שלוש דאגות - היקף הצפייה של קהל הצופים האמריקני היה קצר מדי בשביל שסדרה בעלת נרטיב ארוך תעבוד, שיהיה זה קשה למכור את הסדרה לסינדיקציה, משום שרשתות סינדיקציה משדרות את הפרקים ללא רצף כרונולוגי, ושאף סדרה חוץ ממסע בין כוכבים לא החזיקה מעמד יותר משלוש עונות. אולם, סטרזינסקי הוכיח להם שהחשש שלהם אינו מוצדק משום שרשתות הסינדיקציה הבטיחו לו שהסדרות שבהפקתם משודרות לפי רצף כדי לעקוב אחר תמלוגים. הוא לא יכול להבטיח דאגות לגבי ביטול מוקדם של הסדרה או היקף צפייה, אך עדיין ניסה להוכיח להם שהם טועים.
כתיבה.