ברמה הלאומית הייתה הפוליטיקה האמריקאית מפולגת בין סיעותיהם של ג'פרסון ומדיסון, שהעדיפו את הקשרים עם צרפת, ולבין הפדרליסטים בהנהגתו של המילטון, שראו בבריטניה בעלת ברית טבעית ולפיכך שאפו לנרמל את היחסים עמה, במיוחד בתחום הסחר. וושינגטון צידד בהשקפתו של המילטון, שהתווה מסגרת למשא ומתן, והנשיא וושינגטון שלח את נשיא בית המשפט העליון של ארצות הברית, ג'ון ג'יי, ללונדון כדי לשאת ולתת על הסכם מקיף.
לממשלה האמריקאית היו כמה סוגיות חשובות במשא ומתן על ההסכם:
תנאי ההסכם.
שני הצדדים השיגו מטרות רבות. כמה סוגיות נשלחו לבוררות, שלאחר כמה שנים של דיונים נפתרו בדרכי שלום, בעיקר לאחר שהבריטים שילמו סכום של 11,650,000 דולר לנזקים לספנות האמקריקאית וקיבלו סכום של 600,000 ליש"ט על חובות מלפני 1775. בעוד שעל הבוררות הבינלאומית לא היה ידוע הרבה, הסכם ג'יי נתן תנופה חזקה ובאופן כללי נחשב לראשיתה של הבוררות הבינלאומית המודרנית.
הבריטים הסכימו לפנות את המוצבים שבשטחה של ארצות הברית, שישה באזור הימות הגדולות ושניים בקצה הצפוני של אגם שמפליין, עד ליוני 1796, וכך אכן היה. המוצבים היו:
ההסכם היה "נדיב באופן מפתיע" כשהוא אפשר לאמריקאים לסחור עם בריטניה בתנאים הטובים ביותר. בתמורה העניקה ארצות הברית לבריטניה מעמד של מדינה מועדפת ביחסי הסחר שלה, ונעתרה למדיניות הימית הבריטית נגד צרפת. סוחרים אמריקאים קיבלו זכויות סחר מוגבלות באיי הודו המערבית הבריטיים. הוקמו שתי ועדות גבול משותפות כדי להתוות את קו הגבול בצפון-המזרח ובצפון-המערב (ועדה זו לא התכנסה וסוגיית הגבול שם הוכרעה רק לאחר מלחמת 1812).
ג'יי, שהיה מתנגד תקיף לעבדות, השמיט את סוגיית הפיצוי עבור העבדים הנמלטים, ובכך הוא עורר את זעמם של מחזיקי העבדים בדרום ושימש מטרה למתקפותיהם של הג'פרסונים. לעומת זאת, לא עלה בידו לדון עם הבריטים על גיוסם הכפוי של מלחים אמריקאים לצי המלכותי הבריטי, סוגיה שבהמשך הייתה גורם מרכזי לפרוץ מלחמת 1812.
זכויות האינדיאנים.
בסעיף 3 להסכם נאמר, "מוסכם שבכל עת יותר לנתיניו של הוד מלכותו, ולאזרחי ארצות הברית, וכן לאינדיאנים המתגוררים משני צידיו של הגבול המדובר, לעבור הלוך ושוב באופן חופשי, בדרך היבשה או בחציית נהרות או אגמים אל הטריטוריות ואל הארצות של שני הצדדים בתחומי יבשת אמריקה (למעט ארץ רופרט)... ולשאת באופן חופשי סחורות במעבר מארץ אחת לשנייה". בסעיף זה הוכרה זכויות האינדיאנים, האזרחים האמריקאים, והנתינים הקנדים לסחור ולנסוע בין ארצוות הברית הברית לבין קנדה, שאז הייתה בשלטונה של בריטניה. חלק ממומחי המשפט חלוקים בדעתם אם הזכויות הללו על פי ההסכם בוטלו בשל מלחמת 1812. על כל פנים, ארצות הברית הכניסה את הזכות הזאת לספר החוקים שלה בסעיף 289 לחוק ההגירה והאזרחות של 1952 וכפי שהוא תוקן ב-1965. כפועל יוצא מהסכם ג'יי, "ילידים אינדיאנים שנולדו בקנדה זכאים איפוא להיכנס לארצות הברית למטרת תעסוקה, לימודים, נופש, השקעות ו/או הגירה" אם הם יכולים להוכיח שלכל הפחות 50% ממוצאם הוא אינדיאני, ושלא ניתן לגרשם משום סיבה. סעיף 3 להסכם הוא הבסיס לרוב התביעות של האינדיאנים. שלא כמו מהגרים חוקיים, ילידים אמריקאים ילידי קנדה המתגוררים בארצות הברית זכאים להטבות המדינה ולחינוך בדיוק כמו אזרחים רגילים.
התגובות להסכם.
ביוני 1795 הגיש הנשיא וושינגטון את ההסכם לאשרור הסנאט של ארצות הברית. לאשרור נדרש רוב של שני-שלישים. בתחילה לא היה ההסכם פופולרי והוא נתן לג'פרסונים פלטפורמה לגיוס תומכים חדשים. כפי שהסביר ההיסטוריון פול וארג,
הג'פרסונים התנגדו לקשרים עם בריטניה והעדיפו את צרפת במלחמות שהתחוללו באירופה. הם טענו שההסכם עם צרפת מ-1778 היה עדיין בתוקף. הם החשיבו את בריטניה כמרכזה של האריסטוקרטיה וכאיום הראשי על הערכים הרפובליקנים של ארצות הברית. הם הוקיעו את המילטון ואת ג'יי (ואף את וושינגטון) כמונרכיסטים שבגדו בערכי האמריקאים. הם ארגנו מחאה ציבורית נגד ג'יי וההסכם שלו. אחת מזעקות הגיוס שלהם הייתה: "ארור ג'ון ג'יי! אורורים כל אלו שלא גידפו את ג'ון ג'יי! ארור כל מי שלא האיר את חלונותיו וישב כל הלילה מולם. ארור ג'ון ג'יי!".
ההסכם היה אחד מהזרזים ליצירתה של "מערכת המפלגות הראשונה" בארצות הברית שבה התפלגו שתי המפלגות העיקריות של האומה האמריקאית. המפלגה הפדרליסטית, בהנהגתו של אלכסנדר המילטון, תמכה בהסכם. מנגד, המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית, בהנהגתם של תומאס ג'פרסון וג'יימס מדיסון, התנגדה לו. לג'פרסון ותומכיו הייתה הצעת נגד להקמת "מערכת ישירה של עוינות מסחרית כלפי בריטניה הגדולה", אף תוך כדי הסתכנות במלחמה. הג'פרסונים עוררו את דעת הקהל באמצעות האשמת הבריטים בקידום מעשי הזוועה של האינדיאנים באזורי הספר. העימותים העזים בנוגע להסכם בשנים 1794–1795, לדברי אחד ההיסטוריונים, "הפכו את התנועה הרפובליקנית למפלגה הרפובליקנית". כדי להיאבק בהסכם, הג'פרסונים "דאגו לתיאום פעולה בין מנהיגים בבירה, ומנהיגים, פעילים ופופולריים במדינות, במחוזות ובערים".
הפדרליסטים החזירו מלחמה שערה והקונגרס דחה את הצעות הנגד של ג'פרסון ומדיסון. וושינגטון הטיל את יוקרתו לטובת ההסכם, והפדרליסטים גייסו את דעת הקהל באופן משמעותית יותר בהשוואה לדרכם של יריביהם. המילטון שכנע את וושינגטון שזהו ההסכם הטוב ביותר שניתן היה לקוות לו. וושינגטון עמד על כך שארצות הברית חייבת להישאר נייטרלית במלחמות האירופאיות. הוא חתם על ההסכם ויוקרתו עלתה בקונגרס. הפדרליסטים פנו באופן עז ושיטתי לדעת הקהל, שגייס את תומכיו שלו והיטה את הכף בוויכוח. וושינגטון והמילטון תמרנו את מדיסון, שהיה מנהיג האופוזיציה. באותה עת היה המילטון כבר מחוץ לקבינט, והוא היה הדמות הראשית שסייעה להבטיח את אישורו של ההסכם ברוב הדרוש של שני שלישים בסנאט. הסנאט העביר את ההחלטה ביוני, וייעץ לנשיא לתקן את ההסכם באמצעות השעיית סעיף 12 בו, שנגע לסחר בין ארצות הברית לבין איי הודו המערבית. באמצע אוגוסט, הסנאט אשרר את ההסכם ברוב של 20 תומכים מול 10 מתנגדים. בסוף אוגוסט חתם הנשיא וושינגטון על ההסכם. ההסכם נכנס לתוקף ב-29 בפברואר 1796 ובית הנבחרים אישר את מימונו באפריל אותה שנה בסדרה של הצבעות צמודות ולאחר מאבק קשה.
מדיסון, שהיה אז חבר בית הנבחרים, טען שההסכם לא היה יכול, על פי החוקה, להיכנס לתוקף ללא אישור בית הנבחרים, בשל העובדה שהיה בו מרכיב של פיקוח על הסחר ושהוא כלל סמכויות חקיקתיות שהיו מסורות בידי הקונגרס. הוויכוח שהתחולל לאחר מכן היה דוגמה מוקדמת ל"מקוריות" , שבו מדיסון, שהיה "אבי החוקה", הפסיד. מאפיין מעניין אחד של הוויכוח החוקתי הלאומי הזה הייתה חוות הדעת בנושא שנכתבה על ידי נשיא בית המשפט העליון אוליבר אלזוורת', שבה הוא דחה כל זכות לכאורה של בית הנבחרים להחליט על אופיו של ההסכם. הפסדם של הרפובליקנים הג'פרסונים בוויכוח על ההסכם בקונגרס הוביל להפסדם בבחירות לנשיאות של 1796 בשל סוגיה זו.
ב-1801, כאשר נבחר ג'פרסון לנשיאות, הוא לא התכחש להסכם. הוא השאיר את השגריר הפדרליסטי בלונדון רופוס קינג, כדי לשאת ולתת על החלטה מוצלחת בנוגע לנושאים חריגים הנוגעים לתשלומי הכספים ולגבולות. הידידות בין שתי האומות נפגעה כאשר פג תוקפו של ההסכם ב-1805. ג'פרסון דחה את האפשרות של חידוש הסכם ג'יי באמצעות חתימת הסכם מונרו-פינקי ב-1806 כפי שנשאו ונתנו עליו הדיפלומטים שלו בלונדון. היחסים בין האומות הפכו לעוינים כהקדמה למלחמת 1812. ב-1815 החליף הסכם גנט את הסכם ג'יי.
הערכת חשיבותו.
ההיסטוריונים סטנלי אלקינס ואריק מק'קיטריק ציינו, שבמונחים דיפלומטים קונבנציונליים, וכ"התמקחות בין יריבים", הסכם ג'יי "השיג את האפשרות הגרועה ביותר בעסקה, והשקפה זו נמשכת במידה רבה מאז". הם סיכמו שג'יי לא הצליח בעמידה על הזכויות הטבעיות, אך הוא כן השיג את "התנאי בל יעבור האחר שלו". הוא לא השיג את אף אחד מהדברים שהיו "רצויים אך לא חיוניים". הם הוסיפו שההישג של ג'יי מהבחינה הסמלית ספג התנגדויות רבות. עם זאת, מההיבט הריאלי, "הייתה זו הצלחה ממשית, שכללה את מניעת פריצתה של מלחמה נגד בריטניה".
ההיסטוריון מרשל סמלסר טען שההסכם דחה באופן יעיל את המלחמה נגד בריטניה, או לכך הפחות דחה אותה עד שארצות הברית הייתה חזקה מספיק כדי להתמודד עמה.
ההיסטוריון בדפורד פרקינס טען ב-1955 שההסכם היה הצעד הראשון במיסוד היחסים המיוחדים בין בריטניה לבין ארצות הברית, מהלך שאותו המשיך הלורד סולסברי. להשקפתו, ההסכם הצליח במשך עשר שנים להבטיח שלום בין שתי הארצות. "העשור עשוי להתאפיין כתקופת 'ההתפייסות הראשונה'", כפי שסיכם פרקינס:
החל מ-1794 הפיג הסכם ג'יי את המתחים, מסכם פרקינס: "במשך עשור של מלחמה ושלום עולמיים, עלה בידן של הממשלות משני צידי האוקיינוס האטלנטי ליצור ולשמור על הלבביות שלעיתים קרובות הפכה כמעט לידידות צרופה". פרקינס מרמז שלהוציא אולי את פתיחת הסחר עם הודו הבריטית, "ג'יי כשל בלהשיג כל דבר שהאמריקאים לא היו זכאים לו באופן ברור, שחרור טריטוריה שריבונותם עליה הוכרה מאז 1782, ופיצוי על מעשים שאפילו בריטניה הודתה שהם לא היו חוקיים". הוא גם שיער ש"שנושא ונותן פיקח יותר מנשיא בית המשפט העליון" היה מצליח להשיג תנאים טובים יותר מאלו שהוא השיג. הוא ציטט את חוות דעתו של ההיסטוריון הנרי אדמס שההסכם היה גרוע: