התכנון של סכר קניון גלן היה מבוסס באופן כללי על זה של סכר הובר: מבנה בטון מסיבי קשתי המעוגן לסלע המוצק, בתוספת כמה שינויים. המהנדסים רצו שהסכר יסתמך בעיקר על צורתו הקשתית על מנת שיסיט את הלחץ העצום של המים הכלואים על דפנות הקניון בחזרה, כפי שנעשה בסכר הובר. עם זאת, מרבית המסלע באתר מורכב מאבן חול נאוואחו הנקבובית והחלשה, יחסית לסלע המוצק באתר סכר הובר. עובדה זו חייבה להיצמד לתכנון שמרני יותר על ידי הרחבה ניכרת של הבסיסים, ובכך להגדיל את שטח הפנים שבו משקל הסכר והמאגר יושלך על הסלע ולהקל את הלחץ על הצוקים השבירים מאוד. המתכנן הראשי והמפקח על הבנייה היה המהנדס הוותיק לם פ. ויילי (Lenuel F. "lem" Wylie; 1984-1906), שעבד גם על פרויקט סכר הובר והיה המהנדס הראשי של שישה סכרים אחרים של לשכת הטיוב של ארצות הברית.
לפני שבנתה את הסכר, איתרה הסוכנות שני מקומות אפשריים, שניהם שוכנים במבואות הצרים שבמורד קניון גלן, במרחק קצר במעלה הנהר מליז פרי. הראשון, 6.5 קילומטרים במעלה הנהר, נחשב תחילה לאתר המועדף, אבל ההחלטה הסופית הייתה לבנות את הסכר 26 קילומטרים במעלה הנהר בשל הסלע החזק יותר והגישה הקלה יותר לאתר כריית החצץ במפגש ערוץ ואוויפ (Wahweap Creek) עם נהר הקולורדו. אתר הסכר שכן באזור מרוחק ומבותר של רמת קולורדו, יותר מ-50 קילומטרים מהכביש הסלול הקרוב ביותר (U.S. Highway 89). היה צריך לסלול כביש חדש, שהתפצל מכביש 89, צפונית לפלאגסטאף שבאריזונה, ושהמשיך דרך אתר הסכר לנקודת הקצה שלו בקנאב שביוטה. קטע כביש זה הפך לחלק מכביש 89 וקטע הכביש הקודם שחצה את הקולורדו בסמוך לליז פרי קרוי מאז כביש 89A. בשל המיקום המבודד, לא היה קשה לרכוש את הקרקע באזור המיועד לסכר ובאתר המאגר, אבל עדיין פרצו עימותים עם החוואים והכורים באזור (רבים מהם מבני שבט הנאוואחו). חלק נכבד מהקרקע שנרכשה היה בעסקאות של חילופי שטחים עם הנאוואחו, שבהן ויתרו בני השבט על מנסון מסה (Manson Mesa), דרומית לאתר הסכר, עבור קרקע בשטח זהה בניו מקסיקו, שהנאוואחו רצו בה מזמן.
כיוון שהיה ברור שנדרש כביש להובלת מטענים, שיחצה את הקניון ויחבר בין שני קצות הסכר, היה גם ברור שחייבים לבנות גשר כמה מאות מטרים במורד הסכר, שמסוגל לא רק לשאת את הפועלים, אלא גם חומרי בנייה כבדים. הגשר הראשון באתר נבנה מסורגי מתכת עטופים ברשת ויועד להולכי רגל ולא התאים לצרכים. החוזה לבניית הגשר הוענק לחברות Peter Kiewit Sons ו-Judson Pacific Murphy Co תמורת 4 מיליון דולר. הבנייה החלה ב-14 בפברואר 1956, והושלמה ב-14 באוגוסט 1957. הגשר נחנך רשמית ב-20 בפברואר 1959. עם השלמתו היה גשר קניון גלן בעצמו פלא הנדסי. הגשר, באורך 387 מטרים ובגובה של 210 מטרים מעל הנהר, היה הגשר הגבוה מסוגו בארצות הברית ואחד הגבוהים בעולם. ב-1959 הפך הגשר לאתר משיכה לתיירים ונאמר ש"נהגים סטו מדרכם עשרות קילומטרים רק כדי להתרגש מגובהו המסחרר".
עובדים רבים הגיעו לאתר הסכר בשלהי שנות ה-50, ומחנה הבנייה שהוקם עבורם החל כמחנה קרוונים בלתי מאורגן שגדל ככל שגדל כוח העבודה. במהלך בניית גשר קניון גלן, החלה לשכת הטיוב לתכנן עיירה לשכן בה את העובדים. הייתה זו תחילת העיירה פייג' שנקראה על שמו של מנהל הסוכנות לשעבר ג'ון ק. פייג' (John C. Page). בהגיע 1959 הייתה פייג' מקבץ של מבנים זמניים, ובית ספר קטן שבו למדו ילדי העובדים. ככל שהעיירה גדלה, כך נוספו לה מבנים פונקציונליים, כולל מספר חנויות, בית חולים ואפילו צורף. העיירה תוכננה לשרת אוכלוסייה מרבית של שמונת אלפים, הכוללת את משפחות העובדים. מספר העובדים באתר הגיע לשיא של 2,500 בשיא הבנייה.
הסטת הנהר.
העבודה החלה ב-1956 בחפירת שתי מנהרות שנועדו להסיט את מי הנהר מאתר הסכר. כל אחת מהמנהרות הייתה באורך של 820 מטרים ובקוטר של 12 מטרים, וביחד הן יכלו להוביל 5,700 מ"ק מים בשנייה. המנהרה שבימין הנהר נועדה להוביל את מי הנהר בתקופות של זרימה רגילה, בעוד שהמנהרה בשמאל הסכר, בגובה 10 מטרים מעל פני המים, נועדה לשימוש רק במקרה של שיטפונות. חלקן התחתון של המנהרות נועד לשמש מאוחר יותר כחלקם התחתון של מברצי הגלישה של הסכר. ב-15 באוקטובר 1956 לחץ דווייט אייזנהאור, נשיא ארצות הברית, על כפתור שעל מכתבתו בבירה וושינגטון, ושלח בכך איתות טלגרפי שהפעיל את פיצוץ מטען הדינמיט בכניסה למנהרת ההסטה הימנית.
חפירת המנהרות באבן חול נאוואחו הנקבובית, שעליה עתיד היה הסכר להיסמך, הציבה קשיים כבדים בפני צוותי החפירה של חברת הבנייה מאונטיין סטייטס (Mountain States Construction Company), שזכתה בחוזה לחפירת מנהרות ההסטה ב-1956.
הסעת עובדים והובלת ציוד לתחתית הקניון הייתה קשה מאוד. בתחילה בוצעה ההובלה על ידי רפסודה מאתר כריית החצץ במפגש ערוץ ואוויפ (Wahweap Creek) עם נהר קולורדו, מרחק קצר במעלה הזרם, אך שיטה זו הייתה מסוכנת והוחלפה במעלית כבל, לאחר שהרפסודה טבעה תוך אובדן טונות של ציוד. בהמשך נחפרה מנהרת שירות באורך מעל ל-3 קילומטרים שהחלה מהרמה שמעל האתר והסתיימה למרגלות הסכר המיועד. מנהרה זו משמשת גם כיום להובלת ציוד ואספקה.
גם הגאולוגיה של האתר הציבה קשיים. במהלך החפירה נשבר הסלע לעיתים קרובות והתמוטט לתוך המנהרות, ונדרש לחזק את הסלע באמצעות בורגי פלדה שנקדחו לתוכו. באירוע הגדול ביותר מסוג זה, שהתרחש ב-5 באוגוסט 1958, התמוטטו 4,000 מ"ק של סלעים לתוך פתח הכניסה העליון של מנהרת ההסטה השמאלית. סלעים ועפר שהוצאו מחפירת מנהרות ההסטה, ממנהרת השירות ומהחפירות להקמת בסיסי הגשר, שימשו להקמת שני סכרי עצירה. האחד, הגדול יותר, הוקם במעלה הנהר ונועד לתעל את מי הנהר למנהרות ההסטה, והשני הוקם במורד הנהר ונועד למנוע זרימת מים בחזרה אל אתר הסכר. מטרת הסכרים הייתה לשמור את אזור הסכר יבש במהלך בניית הסכר עצמו. האחרון שבהם הושלם בפברואר 1960. גובהו של הסכר שנבנה במעלה הנהר היה 51 מטרים, והוא לבדו היה מסוגל לאגור מאחוריו כמה מיליוני מ"ק של מים על מנת להגן על אתר הסכר מהצפה למקרה שספיקת המים תעלה על קיבולת המים של מנהרות ההסטה. המנהרה הימנית הושלמה ב-11 בפברואר 1959 והחלה להוביל את מי הקולורדו. המנהרה השמאלית הושלמה שלושה חודשים אחר-כך, ב-19 במאי 1959, עיכוב קל מול לוח הזמנים המתוכנן.
יציקת הבטון והשלמת הבנייה.
מרגע שהאתר שיועד לבניית הסכר התייבש, אפשר היה להתחיל לבנות את גוף הסכר. חוזה הבנייה הוענק לחברת מריט-צ'פמן וסקוט (Merritt-Chapman &amp; Scott) תמורת הסכום הנמוך להפליא של 107,955,552 דולרים. לרוע המזל, ממש לפני התחלת הבנייה פתחו 750 עובדים בשביתה, עקב הפחתת השכר לאור השלמת המבנים הציבוריים בפייג'. בשלהי 1959 הועלו המשכורות ב-4 דולר ליום, והשביתה הסתיימה. יציקת הבטון החלה ב-16 ביוני 1960, והתחילה בקצב איטי שהלך והתגבר. ב-1962 הגיעה מצבת העובדים בסכר לשיא של 2,500. הבנייה עלתה בסופו של דבר בחייהם של שמונה עשר עובדים ורבים נוספים נפצעו, אבל בניגוד לאגדה האורבנית, אף אחד מהעובדים לא נקבר חי בבטון. את הצמנט שנדרש ליצירת הבטון עבור הסכר יצרה חברת מלט פיניקס (Phoenix Cement Company), חברת בת של חברת המלט האמריקנית (American Cement Corporation) שהוקמה במיוחד למטרה זו. החברה הקימה לצורך זה מפעל בסמוך לעיירה קלארקדייל (Clarkdale) באריזונה, דרומית לעיר פלאגסטאף. נכון ל-2013 המפעל עדיין פעיל (אם כי בבעלות שונה).
באתר הוקם מפעל בטון ענק המסוגל לייצר 1,450 טון בשעה, ולרוחב הקניון נמתח זוג כבלים שעליהם נעו על גלגיליות שני מנופים, האחד עם כושר מעמס של 50 טון והשני עם כושר מעמס של 25 טון. המנופים הסיעו מכלי בטון במשקל של 12 טון למיקום הסופי על ראש הסכר ההולך ומתרומם. את הבטון יצקו לתוך תבניות הבנויות מלוחות עץ בגובה 2.3 מטרים. התבנית הגדולה ביותר הייתה בגודל של 18 על 64 מטרים. לצורך בניית הסכר נדרשו יותר מ-3,000 תבניות כאלו. לאחר שהבטון התייבש הוסרו פיגומי העץ והועלו כלפי מעלה על מנת לקלוט את מטען הבטון הבא. כוח האדם באתר פחת בהדרגה משום שהבנייה התייעלה כשהחלו ליישם שיטות חדישות של הובלה ויציקה, כולל מסועים ושליטה מרחוק על הפעלת מכלי הבטון. בשלהי 1962 יצקו בטון לתוך הסכר בקצב של 6,100 מ"ק בטון ליום, אף שמצבת כוח האדם ירדה ל-1,500 עובדים.
בתחילת 1963 היה הסכר גבוה מספיק על מנת להתחיל לאגור מים מאחוריו. ב-2 בינואר נאטמו פתחי מנהרות ההסטה באמצעות שערי פלדה ענקיים, ואגם פאוול החל להתמלא. באותו יום ביקר דייוויד ברואר, מנהל מועדון סיירה, בחדר הסגלגל שבבית הלבן בניסיון אחרון להציל את קניון גלן מהצפה - אבל נכשל בניסיונו לשכנע את נשיא ארצות הברית, ג'ון קנדי. הבנייה נמשכה, וב-13 בספטמבר 1963 הגיע הסכר לגובה המתוכנן. מנהרות ה נחצבו משני צדי בסיסי הסכר וצנחו בתלילות משערי הבקרה באגם פאוול על מנת להתמזג עם החלק התחתון של מנהרות ההסטה. שיטה זו חסכה עלות, אבל יצרה נקודת חולשה במברצים - בנקודה שבה נפגשו המברצים עם מנהרות ההסטה היה שינוי כיוון חד של 55 מעלות. חלקן העליון של מנהרות ההסטה נאטם בבטון. הפעם הראשונה שבה הופק חשמל מהסכר הייתה ב-4 בספטמבר 1964, כאשר החשמל נשלח לרשת החשמל האזורית באמצעות זוג קווי מתח גבוה ארוכים. עד 1966 הותקנו והופעלו כל שמונת הגנרטורים המתוכננים. קווי המתח הגיעו למרחקים עד פיניקס, בירת אריזונה ועד העיר פרמינגטון (Farmington) שבניו מקסיקו.
היסטוריה מאוחרת יותר.
השיטפונות של 1983 ומורשתם.