החל מן המאה ה-12 ועד למאה ה-16 נשלטה מצרים על ידי שושלות ממלוכיות שונות. רשמית הפכה מצרים לאיילט עות'מאני בשנת 1512 עם תבוסת הצבא הממלוכי על ידי הסולטאן סלים הראשון, אך למעשה המשיכו ביים ממלוכים לשמור על צבאות העבדים שלהם ובעזרתם לשלוט על הארץ, במקביל לנציב מטעם האימפריה העות'מאנית - הוואלי. שלטון דו-ראשי זה נמשך עד 1798, אז נכבשה מצרים על ידי נפוליאון. על אף שב־1801 עזבו אחרוני הכוחות הצרפתיים את אדמת מצרים, השתנה מאזן הכוחות הפנימי במצרים באופן דרמטי, הביים הממלוכים נחלשו מאוד במלחמה וקופתם המדוללת הקשתה עליהם מאוד לרכוש עבדים חדשים ולאמנם כחיילים. גם האימפריה העות'מאנית הוכיחה את אוזלת ידה במלחמות נגד נפוליאון שגורש בסופו של דבר על ידי הצי הבריטי. את המצב ניצל מוחמד עלי, קצין עות'מאני צעיר ממוצא אלבני שתפס את השלטון במצרים בשנת 1805. מוחמד עלי ייסד שושלת שהנהיגה את מצרים עד שנת 1952. רשמית המשיכה להיות מצרים חלק מן האימפריה העות'מאנית עד 1882, עת הועברה לחסות האימפריה הבריטית. למעשה, שמרו מוחמד עלי ויורשיו על אוטונומיה רבה ואף על יכולת לפתח קשרי חוץ באופן עצמאי. למן המחצית המאה ה-19 הפכה מצרים לציר תנועה חשוב בין אנגליה והודו. מיקומה אסטרטגי זה חשף אותה להתערבות בלתי פוסקת מצד אנגליה ויריבתה האימפריאליסטית צרפת, התערבות שהגיעה לשיא עם פתיחת תעלת סואץ בשנת 1869. התעלה לא רק שלא תרמה דבר לכלכלתה של מצרים עד הלאמתה בשנת 1956 על ידי גמאל עבד אל נאצר, אלא אף חייבה את גיוסם בכפייה של עשרות אלפי פלאחים מצריים לבנייתה, והכניסה את מצרים לחובות ענק למלווים בינלאומיים.
במלחמת העולם הראשונה שימשה בסיס אנגלי, שממנו תקפו הבריטים את הטורקים בארץ ישראל. במלחמת העולם השנייה שימשה מחסום אחרון בפני גייסות הוורמאכט בפיקודו של רומל, ומנעו ממנו את כיבוש ארץ ישראל והשתלטות על תעלת סואץ.
עוד קודם למלחמת העולם השנייה, בשנת 1922, הכריזה מצרים עצמאות חלקית. לאחר המלחמה הפכה מצרים למדינה ריבונית תחת שלטון מלוכני של המלך פארוק. בשנת 1952 התבצעה מהפכת הקצינים החופשיים שבה קצינים בצבא המצרי העלו לשלטון את הגנרל מוחמד נגיב. שנתיים מאוחר יותר הדיח אותו גמאל עבד אל נאצר שכיהן כנשיא מצרים עד מותו בשנת 1970.
בשנת 1958 התאחדה מצרים עם סוריה ליצירת "הרפובליקה הערבית המאוחדת". במסגרת ניסיונה לצרף גם את תימן לאיחוד, היא התערבה במלחמה שם. האיחוד התפרק בשנת 1961, אולם מצרים המשיכה להלכה להיקרא בשם זה עד 1971.
אנואר סאדאת החליף את נאצר בשלטון, ושלט עד הירצחו בשנת 1981. חוסני מובארכ החליף את סאדאת בתפקיד הנשיא ושלט במדינה עד 11 בפברואר 2011.
בין השנים 1991–1996 הלך והסלים במצרים המאבק האלים בין קיצונים איסלמיסטים, בעיקר מארגון גמעיה אסלמייה, לבין כוחות הביטחון, וגבה את חייהם של מאות בני אדם מדי שנה, בעיקר באזורים הכפריים במצרים העליונה ובפרברי העוני של הערים הגדולות. הקיצונים המוסלמים ביצעו פעולות טרור נגד תיירים, ואנשי משטרה ונציגי השלטון פגעו בבני המיעוט הקופטי והתנקשו באנשי רוח חילונים.
המדינה דיכאה את הארגונים הקיצוניים ביד קשה, עצרה רבבות פעילים והוציאה להורג עשרות. המאבק נשא פרי, ובנובמבר 1997 הכריז הזרם המרכזי בארגון גמעיה אסלמייה על נטישת האלימות. במקביל למאבק תקיף בקיצונים האלימים, נסוגה המדינה מן המורשת החילונית של מהפכת 1952 והגדילה את חופש הפעולה של מטיפים ופעילים מוסלמים אדוקים שנמנעו מאלימות. פעילים אלה זכו להשפעה גוברת בתקשורת, בחינוך ואף במערכת המשפט.
פוליטיקה.
תקופת שלטון מובארכ.
מצרים היא באופן רשמי רפובליקה, אך למעשה מדובר במדינה שנשלטת על ידי שלטון יחיד. חוסני מובארכ היה נשיאה של מצרים מ-14 באוקטובר 1981 ועד התפטרותו ב-11 בפברואר 2011. מובראכ היה מנהיג המפלגה הלאומית דמוקרטית שהנהיגה את מצרים מאז הקרע עם סוריה ב־1978. נכון להיום הסמכויות מרוכזות בידי הצבא המצרי. מצרים הייתה המדינה הערבית הראשונה שחתמה על הסכם שלום עם ישראל. בקהיר, נמצאים משרדיה הקבועים של הליגה הערבית. במצרים יש בחירות רב-מפלגתיות, אך משקיפי זכויות האדם בינלאומיים מעלים דאגה באשר לחופש הביטוי ולחירויות אזרח במצרים. במרץ 2007 הוכנסו 34 תיקונים לחוקה המצרית, אשר חיזקו את מעמדו של מובארכ והגבירו את הסבירות שיוכל להעביר את הנשיאות לבנו גמאל מובארכ, בדומה לדרך שבה נעשו הדברים בסוריה בשנת 2000. תיקונים אלו קבעו כי לא יתאפשר למפלגה בעלת אופי דתי להתמודד בבחירות במצרים וכי נשיא המדינה חוסני מובארכ יוכל לפזר את הפרלמנט ללא צורך במשאל עם כפי שהיה נהוג. בשל שינויים אלו, התנגדו חוגי האופוזיציה במצרים לשינויים בחוקה. התיקונים בחוקה אושרו במשאל עם שנערך ב-28 במרץ 2007. לטענת המשטר במצרים, אחוזי ההשתתפות הגיעו לשליש מבעלי זכות ההצבעה וכי התיקונים זכו לתמיכה של כ-75 אחוזים של המצביעים. לטענת חוגי אופוזיציה אשר החרימו את המשאל, רק 6% מאזרחי מצרים השתתפו במשאל שתוצאותיו זויפו.
לאחר רצח סאדאת, נקבע מצב חירום במצרים. מצב החירום מוארך כל שנתיים מאז 1981. הוא מאפשר לשלטונות להטיל פיקוח צמוד על התקשורת, להפעיל צנזורה על כל פרסומיה ולסגור אמצעי תקשורת, לעצור אזרחים "המסכנים את הסדר הציבורי" או החשודים בטרור או בסחר בסמים, להחזיקם במעצר ממושך ולשופטם בפני בתי דין מיוחדים ללא זכות ערעור. רק לנשיא מובארכ יש הסמכות לאשר או לבטל את גזר הדין. במאי 2010 אישרה מועצת העם המצרית את הארכתו של מצב החירום בשנתיים נוספות, אף על פי שהנשיא מובארכ הבטיח מספר פעמים כי מצב החירום יבוטל ובמקומו יחוקק חוק מיוחד למאבק בטרור. מובארכ קיבל את ההחלטה בידיעה ברורה שהיא תשמש דלק לגלגלי האופוזיציה, אשר תראה בה נימוק טוב להגביר את מאבקה בשלטון לקראת הבחירות הקרובות.
ההפיכה במצרים (2011).
בחודש ינואר 2011 החלו מחאות והפגנות המונים בכיכר תחריר נגד מובארכ ושלטונו, בטענה לכישלון בתחום החברתי, המדיני והכלכלי, בהשראת ההפיכה בתוניסיה וגל המחאות בארצות ערב. המחאות הביאו לשינויים בשלטון במצרים. במהלך ההפגנות נהרגו עשרות אזרחים מירי של הצבא והמשטרה. בעקבות המהומות פיזר תחילה מובארכ את ממשלתו על מנת להרכיב ממשלה חדשה. מאמציו אלו להרגעת ההמון לא נשאו פרי, ולבסוף, בתאריך 11 בפברואר 2011, נאלץ להצהיר באמצעי התקשורת שלא ימשיך לכהונה נוספת והעביר את השלטון למפקד העליון של צבא מצרים. בנובמבר התחדשו הפגנות המחאה נגד מפקד הצבא שעומד בפועל בראש המדינה עד לבחירות והקמת ממשלה נבחרת. בניגוד למחאות הקודמות, הונהגו ההפגנות הפעם על ידי האחים המוסלמים וקיצונים אסלאמיים. בדצמבר 2011 התקיימו בחירות לפרלמנט המצרי. במאי 2012 נערכו בחירות לנשיאות מצרים. בבחירות זכה מוחמד מורסי, מתמודד מתנועת האחים המוסלמים במצרים, והמועצה הצבאית העליונה הבטיחה שתעביר את הכוח אליו.
ב-30 ביוני 2013 נערכה הפגנה כנגד הנשיא מורסי. ההפגנה תוארה בידי מקורות הצבא המצרי כהפגנה הגדולה בתולדות המדינה, בה השתתפו כ 30 מיליון בני אדם. ברם, מקורות עצמאיים הטילו ספק במדידה זו, וטענו כי המספר קרוב יותר למיליון מפגינים.
ההפיכה במצרים (2013) ואילך.
בליל 3 ביולי 2013, הודח מוחמד מורסי מתפקידו כנשיא מצרים. שר ההגנה ומפקד הצבא, הגנרל עבד אל-פתאח אל-סיסי, הכריז על סיום כהונתו של מורסי והודיע על השעיית החוקה ועל מינויו של ראש בית הדין החוקתי, עדלי מנסור, כנשיא זמני. בעקבות הדחת מורסי החלו התנגשויות בין הצבא והמשטרה המצרית לבין תומכי מורסי, שגבו מאות הרוגים ופצועים. מאוחר יותר, פתחה ההנהגה הצבאית במבצע נגד האחים המוסלמים, במסגרתו עצרה אלפים ושפטה מאות למוות, ביניהם את מנהיגי התנועה. משנרגע המצב במצרים, הכריזה ההנהגה הזמנית על בחירות חדשות. בעקבות הכרזה זו, התמודד א-סיסי מתפקידו כראש המועצה הזמנית והכריז על התמודדותו לנשיאות.
ביוני 2014 נבחר אל-סיסי לנשיא מצרים.
בתקופת שלטונו התגברו פיגוע הטרור במצרים, ובמיוחד הוא נאלץ להילחם בטרור בסיני. בתקופתו הגיעו ממצרים דיווחים של ארגונים מצריים שונים על תפוצתן הרחבה של תופעות כמו מאסר אזרחים על רקע דעות פוליטיות - ובהם עיתונאים ואנשי אופוזיציה, צמצום חופש הביטוי בכלל, וחופש הביטוי כנגד השלטון בפרט.
באפריל 2017, על רקע פיגועים קטלניים שבוצעו בכנסיות, הוטל במצרים מצב חירום, שהתיר ביצוע מעצרים המוניים. לאחר יותר מ-4 שנים, ב-25 באוקטובר 2021, הודיע הנשיא א-סיסי על הסרת מצב החירום ברחבי המדינה, בנימוק שכבר הוסדר המצב הביטחוני.
יחסי חוץ.
בעוד מצרים חברה בליגה הערבית אותה ייסדה בשנת 1945, ובחלקים נרחבים של המאה ה-20 טיפחה מעגלים דיפלומטיים של פאן-ערביות, בעשור השני של המאה ה-21 משתנה מדיניות החוץ שלה כך שתתאים לבריתות מקומיות המושפעות מהשינויים הגאו-פוליטיים בקרבת מצרים.
עם התחזקות איראן וטורקיה ככוח מקומי עולה בראשית המאה, נכנסה מצרים מצד אחד לברית אנטי-איראנית בשיתוף פעולה עם ערב הסעודית, ובאופן חלקי גם עם ישראל, ומצד שני לברית סביב מזרח הים התיכון, בה משתפת פעולה עם קפריסין ויוון - ובאופן חלקי גם עם ישראל - כנגד התוקפות הטורקית סביב הטריטוריות הימיות במזרח הים התיכון.
הברית המזרח ים-תיכונית מקדמת אינטרסים משותפים של ארבע המדינות בתחומי האנרגיה, התיירות, הסחר והתשתיות. מצרים משתפת פעולה עם מדינות אלו, ובראשן יוון, גם בתיאום צבאי וכן במניעת הגעתם של פליטים לאירופה דרך הים התיכון.