בתחילת מאי 1938 פתח כצנלסון את הוועידה הגדולה של מפא"י ברחובות בתביעה ל"איחוד המפלגה": איחוד התנועה הקיבוצית, איחוד תנועות הנוער והקמת בית מדרש לחינוכו של נוער מפא"י. הוועידה החליטה פה אחד "כי הגיעה השעה לעשות כל המאמצים לאיחודה של התנועה הקיבוצית כולה", בירכה על הסכמת הקיבוץ המאוחד וחבר הקבוצות לפתוח במשא ומתן, הטילה על מרכז המפלגה להשתתף באופן פעיל בתהליך האיחוד, וחייבה אותו לכנס את נציגי תנועות הנוער במטרה לאחדן. אלא שבחירת מזכירות המפלגה ביטאה את החלוקה הגושית בה וכצנלסון התפטר ממרכז המפלגה. מצב בריאותו הידרדר והוא שקע בייאוש בשל העובדה שלא הצליח להוציא לפועל את תוכניותיו. בקיץ אותה שנה עבר להתגורר בירושלים. את שובו לפעילות במפלגה התנה בביצוען של החלטות ועידת רחובות.
בספטמבר 1938 נסע כצנלסון ללונדון, לקראת פרסום דו"ח ועדת וודהד. כשנודע שהממשלה הבריטית נטשה את תוכנית החלוקה ועומדת להטיל מגבלות קשות על הבית הלאומי, וזאת במקביל להחמרת מצוקת הפליטים היהודים מגרמניה, החל לגייס כספים למען עלייה ב'. בתחילת פברואר 1939 חזר ללונדון, שם היה חבר ב"פאנל" יהודי שהשתתף לצד הנהלת הסוכנות במשא ומתן עם ממשלת המנדט בועידת סנט ג'יימס. באביב שב לארץ ישראל. בימי המאבק נגד הספר הלבן החל גל חדש של טרור יהודי, שזכה לאהדה בקרב בני נוער רבים, גם בחוגי תנועת הפועלים. ביוני 1939 היה כצנלסון היחיד מעסקני תנועת הפועלים שצירף את חתימתו ל"קול קורא נגד הטרור מבפנים", שעליו חתמו גם הנרייטה סאלד, ש"י עגנון והוגו ברגמן, וביולי נאם באספות נוער "למען טוהר מלחמתנו". באוגוסט 1939 השתתף בקונגרס הציוני ה-21 בז'נבה. נאומו ביידיש ב-20 באוגוסט בזכות העלייה ה"בלתי ליגאלית" זכה לתשואות ממושכות. בקונגרס גם דיבר בזכות מדיניות ההבלגה והסביר: "הבלגה משמע: יהי נשקנו טהור... אנו מתייצבים בפני הקמים עלינו. אך איננו רוצים שנשקנו יוכתם בדם נקיים". הופעה זו של כצנלסון הייתה האחרונה בקונגרס הציוני. לאחר סיום הקונגרס, נקרא לפריז, שם נפגש עם ז'בוטינסקי, שהזמין אותו אליו ללונדון, אחרי שנפגשו לראשונה בזמן ששירתו בגדוד העברי. ב-31 באוגוסט נערכה פגישה בין השניים בביתו של ז'בוטינסקי בלונדון, שנמשכה מהבוקר ועד הערב, ולמחרת הגיע ז'בוטינסקי אל כצנלסון. בסך הכל נערכו ארבע שיחות שנסתיימו ללא הסכם. נושאן העיקרי היה פעולות הטרור של אצ"ל והבעיה שעמדה במרכזן הייתה שאלת מרותה של ההסתדרות הציונית. ב-21 בספטמבר חזר כצנלסון לארץ ישראל ומאז לא יצא ממנה יותר.
ב-1939 החל כצנלסון לערוך קובץ שהוקדש לאיחוד התנועה הקיבוצית. כאשר נודע על כך לטבנקין, שלח ב-1 במאי מכתב לכצנלסון, בו אסר עליו להכניס מדבריו לקובץ. באוגוסט שלח מכתב נוסף, בו פסל את כצנלסון מלשמש עורך-יחיד בעניין האיחוד, שבו הוא אינו נייטרלי, ודרש עריכה משותפת עם נציגי הצד השני. לאחר שקרא את הקובץ הערוך טרם הדפסתו, טען גם כי עריכתו מוטית לרעת הקיבוץ המאוחד. בעקבות זאת, הסיר כצנלסון מעליו את האחריות להוצאתו והעביר אותה לידי מזכירות הוועד הפועל של ההסתדרות, וזאת על אף שכבר השלים את עריכתו ועיצובו והעניק לו את השם "הקיבוץ והקבוצה". הספר הודפס בנובמבר, אך לא יצא לאור וקיבל את הכינוי "הספר הגנוז". לאחר שביולי 1940 עלו מחדש הערעורים על עריכת הספר, הודיע כצנלסון ב-31 ביולי למזכ"ל ההסתדרות דוד רמז על התפטרותו מעריכת "דבר" ונימק: "מי שפסול לערוך קובץ בעניין השנוי במחלוקת – פסול לעריכת עיתון ההסתדרות". עוד במהלך שנות ה-30 חלה התרחקות של כצנלסון מהעיתון, במקביל לירידה ברמתו שחלה בעקבות נסיונותיו של כצנלסון לשוות לו צביון פופולרי יותר. על אף ששמו הופיע על גבי העיתון כעורך האחראי, פעילותו של כצנלסון בעיתון הלכה ופחתה. אכזבתו מהעיתון הביאה לכך שאיבד את העניין בעבודת העריכה ואת מקומו מילא בילינסון. לאחר פטירתו ב-1936, עברה מלאכה זו לידי רובשוב.
כצנלסון היה בצד האקטיביסטים בפולמוס הגדול עם המתונים, וקבע שלושה תחומים שבהם על היישוב היהודי להתנגד לשלטון הבריטי: מניעת עלייה לארץ ישראל, מניעת התיישבות ואיום בפירוק מנשק. האקטיביזם היה כלי במאבק על דעת הקהל בבריטניה ובארצות הברית, אולם כצנלסון ראה בו גם כלי חינוכי חשוב להכשרת היישוב היהודי לעמידה בסבל ונשיאה בקורבנות. לאחר טביעת אניית המעפילים "פאטריה" בנובמבר 1940, בשל פעולת חבלה כושלת של ה"הגנה", האשימו המתונים את האקטיביסטים בשפיכת הדם. בתגובה לכך, אמר כצנלסון במועצת ההסתדרות שנערכה ב-9 בדצמבר בכפר סבא, כי ייתכן שהאירוע היה נמנע, אילו ההתנגדות לגירוש הייתה מתבצעת מוקדם יותר, וטען: "הנכונות להסתכן, יש שהיא מצילה מסכנות!". מספר ימים לאחר מכן הותקף יצחק לופבן, עורך "הפועל הצעיר", בשל מאמר בעיתונו שתקף את פעולת "פאטריה", וכצנלסון הואשם במפלגתו בהתרת דמם של המתונים. במועצת האיחוד העולמי של "פועלי ציון" שהתכנסה ב"עיינות" ב-17 בדצמבר, קבע כי מלחמת העולם השנייה היא קיצה של יהדות אירופה, ש"גורלה נחתם". ב-9 בינואר 1941 ביטא את מסקנתו במרכז מפא"י, כי יש "להרים את הדגל של פתרון שאלת היהודים, של מדינה יהודית". אולם הן נבואתו לגבי יהדות אירופה והן מסקנותיו, לא נתקבלו על דעת תנועתו. כצנלסון פרשׂ בפני חברי מפלגתו את מחשבותיו לגבי עתיד ארץ ישראל ופתרון הבעיה הערבית. הוא לא ראה דרך להידברות עם התנועה הלאומית הפלסטינית ובעקבות בן-גוריון, שהציע זאת קודם, הציע עתה גם הוא תמיכה בהקמת הפדראציה הפאן-ערבית תמורת הסכמת הערבים להפיכת ארץ ישראל המנדטורית למדינה יהודית, אלא שעשה זאת מתוך הנחה שתוכנית זו לא תתקבל על דעתם. מאז שהועלה רעיון הטרנספר בהצעותיה של ועדת פיל ב-1937, ראה בו כצנלסון תשובה אמיתית ופתרון לטווח ארוך לבעיית ערביי ארץ ישראל, על פי דוגמת חילופי האוכלוסין בין יוון וטורקיה, שבוצעו לאחר מלחמת העולם הראשונה ופתרו בעיה דמוגרפית לשתי האוכלוסיות. עתה, בהיותה שותפה בממשלת בריטניה, אישרה מפלגת ה"לייבור" מחדש את תמיכתה בתנועה הציונית וכללה בהחלטותיה את הטרנספר כחלק מן הפתרון לשאלת ארץ ישראל (בדרכי שלום ומתוך הסכם הדדי). כצנלסון שמח על כך והאמין כי לאחר מלחמת העולם השנייה, ניתן יהיה לבצע שינויים מהפכניים ובהם גם חילופי אוכלוסין.
1941–1944.
בסוף ינואר 1941 החליטה מועצת ההסתדרות להקים הוצאת ספרים ובחרה בכצנלסון כעורך, על אף התנגדותן של מפלגות השמאל להקמת הוצאת ספרים של ההסתדרות או לבחירתו של כצנלסון כעורך יחיד.
בי"ג אדר תש"א פתח כצנלסון "ירח כלה" – סמינר המיועד לאוכלוסיית הפועלים, בהשתתפות 138 איש מכל חלקי הארץ, רובם מן ההתיישבות העובדת. מושב הירח התקיים בבית המכון החקלאי של האוניברסיטה העברית ברחובות. הפעילות התנהלה בחוגים, ששלושת העיקריים שבהם עסקו בענייני ההסתדרות, בספרות עברית ובתרבות (עסק בשאלות חגי ישראל). חוגים נוספים עסקו בהיסטוריה יהודית, סוציאליזם ומדיניות.
בקיץ 1941 התגורר כצנלסון בירושלים. בסתיו אותה שנה התירו שלטונות המנדט לבקשת הסוכנות היהודית שידור רדיו מיוחד של היישוב היהודי אל יהדות ברית המועצות. כצנלסון נשא ביידיש את דבר תנועת הפועלים הארצישראלית. הוא פתח במילים "אחים יהודים" ודיבר על אחדות הגורל היהודי. בסוף ינואר 1942 חזר לתל אביב. באפריל אותה שנה חנך את הוצאת הספרים "עם עובד", בה ראה כלי חשוב מאוד בעיצוב דמותה ותרבותה של החברה העברית.
אחרי פטירתו של מנחם אוסישקין, הפך כצנלסון לאיש המרכזי בהנהלת הקרן הקיימת לישראל, ובשנים 1942–1944 היה יושב ראש משותף של הקרן. כמו כן, היה גם דירקטור באוניברסיטה העברית.
בתאריך ט"ו בשבט תש"ב 2.2.1942 התמנה כצנלסון להיות חבר בוועד הלשון העברית, בבחירות שהתקיימו בירושלים כחודשיים לאחר פטירתו של דוד ילין (מיסד וועד הלשון העברית). יחד עם ברל כצנלסון נבחרו פרופ' ד, קאסוטו ומר ד. רמז. חברותו של כצנלסון בוועד הלשון העברית הייתה סמלית למדי והוא השתתף במעט מאוד ישיבות עד למותו, נראה היה שוועד הלשון מעוניין היה להכניסו כחבר משיקולי יוקרה זאת לאחר שש"י עגנון פרש מהוועד באותה אספה לאחר פטירת דוד ילין, עם זאת ברל כצנלסון מופיע ביומני ועד הלשון כמשתתף פעיל בלשכת ועד הלשון של תל אביב.
כצנלסון קיבל את דעתו של בן-גוריון, שבלי מדינה יהודית לא ייבנה הכח היהודי ולכן הקמת המדינה קודמת לבניית הכח. משום כך, העניק את תמיכתו המלאה לבן-גוריון במאבקו להשיג את תמיכת התנועה הציונית בתוכנית בילטמור, שהתקבלה ב-1942. תמיכתו בתוכנית "הכשירה" אותה גם בעיני חברי האופוזיציה בתוך "הקיבוץ המאוחד", ובנובמבר אותה שנה, היא אושרה על ידי ההסתדרות הציונית בארץ ישראל, במושב הוועד הפועל הציוני המצומצם בירושלים.
בשנת 1944 השתתף כצנלסון בפגישה עם צנחני היישוב ונתן להם את ברכת הדרך לפני צאתם לאירופה. לשאלתם מהו התפקיד המרכזי המוטל עליהם, השיב: "הצילו יהודים, כל היתר – אחר־כך. אם לא ייוותרו יהודים, גם ארץ־ישראל והמפעל הציוני ייכחדו". מנגד, לדברי הביוגרפית אניטה שפירא, כצנלסון לא היה פעיל בשאלות ההצלה, לא עשה דבר למען הצלת היהודים ושתיקתו בעניין השואה "הייתה כמעט מוחלטת".
אף שלא נשא בתפקידים רשמיים, החזיק ברל במעמד של מנהיג בין בני דורו עד סוף ימיו, הודות למשקלו הסגולי כאדם.
לאחר שכל חייו סבל מבעיות בריאות, נפטר כצנלסון בירושלים ממפרצת (שטף דם במוח) במוצאי שבת, 12 באוגוסט 1944, בגיל 57.