יום לאחר כישלון ניסיון ההדחה, קונגרס צירי העם קבע משאל-עם כללי ל-25 באפריל בארבעה נושאים: על אמון בנשיא ילצין, על אישור מדיניותו הסוציו-כלכלית, על עריכת הבחירות המוקדמות לנשיאות ועל הבחירות המוקדמות לקונגרס. בוריס ילצין דחק בתומכיו להצביע "כן" על כל הארבעה ואילו התומכים עצמם נטו להצביע "כן-כן-לא-כן". על פי תוצאות משאל העם על אמונו של ילצין, הוא קיבל 58.7% מהקולות, ואילו 53.0% הצביעו בעד הרפורמות הכלכליות. בסוגיות הבחירות המוקדמות לנשיאות ולקונגרס, רק 49.5% ו-67.2% מאלה שהשתתפו בהצבעה הצביעו "בעד", בהתאמה, אולם לא התקבלו החלטות משמעותיות מבחינה משפטית בנושאים אלה (שכן, על פי החוקים, למטרה זו היה צורך ביותר ממחצית מכלל בעלי זכות הבחירה שיצביעו בעד. כאשר אחוז ההצבעה עמד על 64.05%). התוצאות הסותרות של משאל העם פורשו על ידי ילצין ופמלייתו כמשאל עם לטובתם.לאחר משאל העם מיקד ילצין את מאמציו בניסוח ואימוץ חוקה חדשה. ב-30 באפריל פרסם העיתון איזווסטיה את טיוטת החוקה הנשיאותית, ב-18 במאי הוכרז על פתיחת המועצה החוקתית, וב-5 ביוני התכנסה המועצה החוקתית לראשונה בפגישה במוסקבה. לאחר משאל העם, עצר ילצין למעשה את כל המגעים עם הנהגת הסובייט העליון, אם כי במשך זמן מה המשיך לחתום על חלק מהחוקים שהסובייט אימץ. הוא איבד את אמונו בסגן הנשיא אלכסנדר רוצקוי וב-1 בספטמבר הוא הודח זמנית מתפקידו בחשד לשחיתות.
בערב ה-21 בספטמבר 1993 הודיע בוריס ילצין, בנאום ששודר בטלוויזיה, כי הוא חתם על צו מספר 1400 "אודות רפורמה חוקתית בפדרציה הרוסית" והורה להפסיק את פעילותם של קונגרס צירי העם והסובייט העליון ולקבוע עריכת בחירות ל-11–12 בדצמבר לבחירת צירי האספה הפדרלית של רוסיה, גוף חקיקה חדש. בית המשפט לחוקה, שהתכנס בליל 21–22 בספטמבר, מצא בצו הפרה של מספר סעיפים בחוקה שהיו בתוקף באותה תקופה וקבע את קיומה של עילה להדחת הנשיא מתפקידו. הסובייט העליון, על בסיס סעיפים שונים בחוקה, אימץ החלטה על סיום סמכויותיו של הנשיא ילצין החל מהשעה 20:00 ב-21 בספטמבר 1993 לאחר חתימת הצו הנשיאותי ועל העברת סמכויות הנשיא לסגן הנשיא אלכסנדר רוצקוי. עם זאת, ילצין המשיך בפועל למלא את סמכויותיו כנשיא רוסיה.
מאז 22 בספטמבר, בהוראת ילצין, בניין הסובייט העליון נחסם על ידי המשטרה ונותק ממים וחשמל. הצירים מצאו עצמם במצב של מצור. הסובייט העליון הודיע על כינוס הקונגרס העשירי של צירי העם ב-22 בספטמבר. אך במציאות, הקונגרס יכול היה להתכנס רק בערב ה-23 בספטמבר. ב-24 בספטמבר, בישיבת קונגרס צירי העם, אומצה החלטה מספר 1–5807 "אודות המצב הפוליטי בפדרציה הרוסית", בו הוערכו פעולותיו של הנשיא ילצין כהפיכה, כל הצווים המשפטיים שנחתמו על ידו החל מהשעה 20:00 ב-21 בספטמבר הוכרו כבלתי חוקיים והנשיא עצמו התבקש שלא להחמיר את אשמתו בפני העם והחוק ולהתפטר מרצונו. ב-27 בספטמבר, בראיון לחברת הטלוויזיה "אוסטנקינו", אמר ילצין כי לא יעשה שום פשרה עם רשויות כלשהן נגד הבחירות המוקדמות לנשיאות ולצירי העם.
העימות בין ילצין, כוחות אכיפת החוק הנאמנים לו ותומכי הסובייט העליון, עלה מדרגה לעימותים מזוינים. ב-3 באוקטובר הכריז ילצין על מצב חירום. תומכי הסובייט העליון הסתערו על אחד הבניינים של לשכת ראש עיריית מוסקבה בבניין קומקון, משם ירו קציני משרד הפנים לעבר המפגינים שהתקרבו לבניין הפרלמנט ואז התומכים של הסובייט העליון, בראשות אלברט מקשוב, צעדו אל מרכז הטלוויזיה באוסטנקינו במטרה לעלות לשידור. מסיבות לא ברורות, לוחמי היחידה הפרו-ממשלתית "ויטיאז", שהיו בבניין מרכז הטלוויזיה, פתחו באש לעבר תומכי הפרלמנט. ילצין, על פי הצעתו של סגן מפקד שירות הביטחון של נשיא הפדרציה הרוסית, גנאדי זכרוב, נתן הוראה להסתער על בניין הסובייט העליון באמצעות טנקים. בשעות הבוקר המוקדמות של 4 באוקטובר הובאו חיילים למוסקבה, ואחריהם הפגיזו את בית הסובייט על ידי טנקים, ואחרי השעה 17:00 - המפגינים נכנעו. במהלך האירועים הללו משני הצדדים, נהרגו 123 בני אדם, 384 נפצעו, כאשר אף אחד מצירי העם לא היה בין ההרוגים. שניים מהצירים (יורי אלשין וויאצ'סלב פדטוב), שסייעו לפצועים, נפצעו קל. אחרים הוכו על ידי שוטרים לאחר שעזבו את בניין הפרלמנט הבוער. ב-6 באוקטובר 1993 הודיעה מהדורת וסטי של ערוץ הטלוויזיה RTR על סילוק 36 גופות מהבית הלבן.
ב-7 באוקטובר, 3 ימים לאחר הסערת בבית הסובייט העליון, התקיימה מסיבת עיתונאים במשרד הפנים בנוכחות מפקד כוחות הפנים אנטולי קוליקוב, סגן הנשיא רוצקוי ושר הפנים ויקטור ארין. במהלך מסיבת עיתונאים זו התבשרו עיתונאים כי 49 גוויות הוצאו מבניין הסובייט העליון. בבוקרו של אותו יום צוות חקירה של משרד התובע הכללי הוכנס למבנה הפרלמנט. עם זאת, החוקרים לא מצאו שם גופות וחומרי החקירה לא אומרים דבר על מניין הקורבנות בבניין הפרלמנט. המידע על כך שהיו קורבנות בתוך בית הסובייט אושר במכתב של שר הבריאות של הפדרציה הרוסית אדוארד נצ'אייב שהופנה לראש הממשלה ויקטור צ'רנומירדין מיום 6 באוקטובר 1993, הקובע כי "בימים אלה מתבצעת עבודה על חילוץ וזיהוי ההרוגים מבית הסובייט" וכן הודאתו של מפקד בניין הפרלמנט שנתפס, סגן אלוף ארקדי בסקייב, כי בתקופה שבין השעה 18:00 ב-4 באוקטובר 1993 הוצאו 20–25 פצועים והרוגים על ידי חטיבות האמבולנס מהבניין.
לאחר פירוק הקונגרס והפרלמנט ריכז ילצין במשך זמן מה את כל השלטון בידיו וקיבל מספר החלטות: על פיטוריו של רוצקוי מתפקיד סגן הנשיא, השעיית פעילות בית המשפט לחוקה, סיום פעילות הפרלמנט, שינויים במערכת הממשל העצמי המקומי ועל קיום הבחירות למועצת הפדרציה. הצעד עורר תרעומת רבה בקרב משפטנים במדינה.
עם זאת, בפברואר 1994 שוחררו המשתתפים באירועים בהתאם לצו הדומה הממלכתית של הפדרציה הרוסית על חנינה (כולם, פרט לרוצקוי, הסכימו לחנינה, אף על פי שהם לא הורשעו). בין יוזמי החנינה היה מקורבו של ילצין סרגיי שחראי. מבחינה משפטית, אירועי אוקטובר 1993 סתרו את החוקה שהייתה בתקופה באותה תקופה. לפני אירועים אלה התגלעו מחלוקות קשות בין הנשיא לסובייט העליון. עוד במרץ 1993 תכנן ילצין להציג את מה שמכונה "נוהל מיוחד לשלטון במדינה" במקרה שהצירים לא יביעו אמון בנשיא. עם זאת, זה לא היה הכרחי.
הרפורמה החוקתית.
ב-2 בדצמבר 1993 התקיימו בחירות למועצת הפדרציה ולדומה הממלכתית וכן משאל עם ארצי על אימוץ טיוטת החוקה החדשה. ב-20 בדצמבר הודיעה ועדת הבחירות המרכזית של רוסיה על תוצאות משאל העם: 32.9 מיליון מצביעים (58.4% מהמצביעים) הצביעו "בעד", 23.4 מיליון נגד (41.6% מהמצביעים). החוקה אומצה, שכן בהתאם לצו הנשיא ילצין מיום 15 באוקטובר 1993 מספר 1633 "אוודת קיום הצבעה ארצית על טיוטת חוקת הפדרציה הרוסית" שתקף במהלך משאל העם, נדרש רוב מוחלט של קולות כדי שהחוקה החדשה תיכנס לתוקף. בהמשך, היו ניסיונות לערער על תוצאות ההצבעה בבית המשפט החוקתי של הפדרציה הרוסית, אך בית המשפט סירב לדון בכך. החוקה החדשה של הפדרציה הרוסית העניקה לנשיא סמכויות משמעותיות ואילו סמכויות הפרלמנט צומצמו משמעותית. החוקה נכנסה לתוקף לאחר פרסומה ב-25 בדצמבר בבטאון הממשלה, רוסיסקאיה גאזטה. ב-11 בינואר 1994, שתי בתי האספה הפדרלית החלו לעבוד והמשבר החוקתי הסתיים.
בתחילת 1994 יזם ילצין חתימה על הסכם על הסכמה ציבורית והסכם על תיחום סמכויות עם טטרסטן ולאחר מכן עם מחוזות אחרים, בצעד שנועד להגדיל את כוחה של המדינה על המחוזות.
העימות הצ'צ'ני.
באביב 1991, בהיותו יו"ר הסובייט העליון ומועמד לנשיא רוסיה, ביקר ילצין ברפובליקה הצ'צ'נו-אינגושטית במסגרת קמפיין הבחירות. הוא הביע את תמיכתו בריבונות הרפובליקה באופן כללי וחזר על התזה הידועה שלו: "קחו כמה שיותר ריבונות שאתם יכולים לשאת". בחלק מהאוטונומיות הדבר נתפס כקריאה לפעולה. ביולי 1991 הכריז ג'וחאר דודאייב על הרפובליקה הצ'צ'נית העצמאית (נחיצ'וואן). בספטמבר 1991 פיזרו אנשי דודייב את הסובייט העליון של צ'צ'ניה בגרוזני, בראשותו של דוקו זאבגייב. יו"ר הסובייט העליון של רוסיה רוסלן חסבולאטוב שלח להם אז מברק "שמחתי ללמוד על התפטרות כוחות הצבא של הרפובליקה". למשך זמן מה ילצין עצם את עיניו מהמתרחש באזור הקווקז. כתוצאה מכך, לאחר קריסת ברית המועצות, התחילו לפרוח רגשות בדלניים בכמה רפובליקות אוטונומיות בתוך רוסיה. גם לאחר שדודייב הפסיק לשלם מיסים לתקציב הפדרלי ואסר על כניסה של שירותים מיוחדים רוסים לרפובליקה, הממשל הפדרלי המשיך רשמית להעביר כספים לדודאייב. לשם השוואה, בשנת 1993 הוקצו 140 מיליון רובל למחוז קלינינגרד, ו-10.5 מיליארד רובל לצ'צ'ניה.
מוסקבה תמכה בשתיקה באופוזיציה נגד דודאייב, אך לא התערבה במלחמת האזרחים שהחלה באוטונומיה. בסוף נובמבר 1994, האופוזיציה החמושת עשתה ניסיון נוסף להסתער על גרוזני, שנכשל, למרות תמיכת השירותים החשאיים של ילצין. לאחר מכן קיבל ילצין החלטה: הכוחות הפדרליים יישלחו לצ'צ'ניה. האירועים הבאים בקרמלין כונו רשמית בשם "השבת הסדר החוקתי ברפובליקה הצ'צ'נית".