רמות ביטוי יכולות להיות מחולצות באמצעות רנ"א-סק רק בהתאם ליכולת שליפה של רצף נתון. מחקרי טרנסקריפטומיקה בשמרים למשל, הראו שנדרש כיסוי של פי-4 (Fourfold coverage) לאמפליקונים (amplicons) על מנת שאלו יהיו מאופיינים ומוגדרים כגן מבוטא. כאשר הטרנסקריפטום מקוטע לפני הפיכתו לדנ"א-קומפלמנטרי, מספר הקריאות המיוחסות לאקסון מסוים, מנורמל לאורכו בחיה (in vivo), מניב רמות ביטוי לגן שהם בקורולציה לאלו המושגים באמצעות qPCR.
גילוי שונות ברמת הנוקליאוטיד הבודד.
שונות ברמת הנוקליאוטיד הבודד בטרנסקריפטום נחקרה בתירס באמצעות פלטפורמת רוצ'ה 454 (Roche 454 sequencing). באמצעות טכנולוגיה זו חולצו בערך 7,000 פולימורפיזמים חד-בסיסיים (SNPs) שונים. לאחר אימות בעזרת שיטת סאנגר, אושרו כמעט 5,000 פולימורפיזמים חד-בסיסיים שונים המשתרעים על פני למעלה מ-2,400 גנים בתירס.
כיסוי/עומק.
כיסוי ועומק יכולים להשפיע על המוטציות שמתגלות במהלך הריצוף. בהתחשב שדינמיקת התא היא תלוית ביטוי, אלל מסוים עשוי לא להתגלות הן מפני שאינו מצוי בגנום והן מפני שהגן אינו מבוטא בזמן המדידה. רנ"א-סק יכול להניב אינפורמציה נוספת אודות רמות הביטוי של כל אלל של גן מסוים וע"י כך לנסות ולכמת את אופי ההטרוזיגוטיות של גן נתון. במחקרים אסוציאתיבים, גנוטיפים מיוחסים למחלה, ורמות ביטוי עשויות להיות מיוחסות למחלה גם כן. באמצעות רנ"א-סק ניתן למדוד את הקשר בין שני משתנים מיוחסים אלה, כלומר מהו טיב הקשר לרמות ביטוי של אלל מסוים. עומק הריצוף הנחוץ לאפליקציה מסוימת יכול להיות מחולץ מניסוי מקדים קטן יותר (Pilot experiment).
השוואת רמות ביטוי אללים לתאי הרבייה.
הדרך היחידה להיות בטוח בוודאות במוטציות של פרט מסוים, היא על ידי השוואת רצפי הטרנסקיפטום של הפרט לרצפי הדנ"א הגנומי בתאי הרבייה של אותו פרט. תהליך זה מאפשר להבדיל בין גנים הומוזיגוטים לבין שונות בביטוי של אחד מהאללים. כמו גם, תהליך זה יכול לספק מידע אודות גנים לשלא התבטאו כלל במהלך לקיחת הדגימה לניסוי.
אפיון שינויים שלאחר-שיעתוק.
באמצעות השוואת רצפי הטרנסקריפטום לגנום של פרט מסוים ניתן לזהות עריכות שלאחר-שיעתוק. כך למשל, במקרה שפרט מסוים הוא הומוזיגוט לגן מסוים, אך כל תעתיקי הרנ"א שהתגלו היו מטיפוס של אלל אחר שלא תואם לגרסה הגנומית, ניתן לקבוע שאכן התרחש אירוע עריכה שלאחר-שיעתוק.
באופן כללי וריאציות ברמת הבסיס הבודד באמ-רנ"א אינן נחשבות כמשפיעות על שונות פונקצינאלית בין תאים. הסיבה לכך היא מפני ששינויים אלה נעלמים עם דגרגציית מולקולת הרנ"א ואינם תמידיים, אולם הם בהחלט עשויים להשפיע על תהליכי התרגום והשיחבור של אותו תעתיק. כמו כן מכיוון שמנגנוני תיקון הדנ"א היעילים אינם פועלים על מולקולות רנ"א ניתן לזהות וריאציות כאלה בתדירות גבוה יחסית, ואף הוצע לקשור הליך זה למחלות פריון (חלקיק חלבוני זיהומי) כמו TSE) Transmissible Spongiform Encephalopathies).
גילוי איחוי גנים.
גנים מאוחים, הנוצרים בעקבות מודיפיקציות מבניות שונות בגנום, זכו לאחרונה להרבה תשומת לב עקב הקשרם לסרטן. היכולת של שיטת הרנ"א-סק לנתח טרנסקיפטום שלם מדגימה בצורה רנדומלית, הפכה את השיטה לכלי שימושי לגילוי אירועים שכיחים אלו בסרטן.
הרעיון מתבסס על אותו הליך של יישור קריאות טרנסקריפטומיות קצרות לגנום מקור. רוב הקריאות הקצרות יותאמו לאזורי אקסונים או לצמתים בין אקסונים בלוקוס נתון, אך ייתכן מצב בו יהיו קריאות אשר יותאמו לקטעי אקסונים משני גנים שונים. מצב כזה יוכיח איחוי אפשרי בין גנים, אך עקב אורכם הקצר של הקריאות יהיה הרבה "רעש" במדידה. גישה אחרת היא שימוש בקריאות צמד-סוף (Paired end), כאשר מספר רב של קריאות כאלה יותאמו לקצוותם של שני אקסונים שונים, ברמת כיסוי גבוה, יהיה ניתן לגלות אירועי איחוי חדשים.
נושאים שיש להתחשב בהם.
איסוף מידע על ידי ריצוף הטרנסקריפטום, נתון לאותן המגבלות המשויכות לאנליזות ביטוי רנ"א אחרות:
עקב כך, יש להיזהר מהסקת מסקנות מתוצאות מחקרי ריצוף שכן חלק מהמידע שנאסף אולי לא משקף את הפרט עצמו. דוגמה לכך היא גילוי וריאציות ברמת הבסיס הבודד ברנ"א שמתבטא, אשר לא בהכרח משקפות את הגנוטיפ של אותו הפרט. ייתכן ואלל המקור פשוט לא מתבטא באותה רקמה ו/או זמן, ומודיפיקציות תלויות רקמה/זמן שינו את התעתיק בדגימה הספציפית הנחקרת.
פליפר ולופקה
פליפר ולופקה (באנגלית: Flipper and Lopaka) היא סדרת אנימציה אוסטרלית שנוצרה על ידי היוצרים של משטרת האגדות "רון אייזק" ו"ליאורה קמנצקי" מחברת יורם גרוס אי.אמ.טי.וי. הסדרה דובבה גם לעברית.
העונה השנייה והעונה השלישית לא דובבו לעברית.
העלילה (עונה ראשונה).
הסדרה מתמקדת בלופקה ופליפר שנלחמים בכוחות הרשע של דקסטר שרוצה לשלוט בקווטסו. לופקה חי באי לוקה (אי שנמצא בהוואי) ובו הוא אוהב את נולה ומתמודד עם בולו, (בנם שצ'יף קאפונה וביאה) ועם אביו בומאנה, (שלא מאמין בפליפר). פליפר צריך להתמודד מול דקסטר סרג' והכרישים ובסוף העונה מתגלה שדקסטר גרש את הוריו של פליפר אבל כשהוריו של פליפר חזרו גרשו את דקסטר מהמלכות ישר לגלות. פליפר נהיה לנסיך ואביו של לופקה בומאנה סוף סוף מאמין בפליפר, אלא שאז קלאבש מתגלה כקראבה כשהוא נכנס למים.
העלילה (עונה שנייה).
לעונה מצטרף ספייק חבר של פליפר ולופקה אשר עובר איתם הרפתקאות ומתמודד עם דקסטר והכרישים. בסוף העונה ספייק חוזר עם משפחתו לניו יורק.
העלילה (עונה שלישית).
לעונה מצטרפת הדולפינה אולטרה שמחליפה את ספייק שעזב את אי לוקה וחזר לניו יורק. בנוסף מצטרפים נבלים חדשים שמשתמשים בצוללת ומפריעים למילהונים ולחיות הים. בסוף העונה והסדרה דקסטר מובס ופליפר ולופקה נפרדים לכמה דקות עד שלבסוף לופקה מקבל את כוחותיו בחזרה לנשום מתחת למים ולהצליח לדבר עם פליפר ובכך הפכו לחברים לנצח
בנטם
בַּנְטָם היא הגדרה למספר מצומצם של עופות, בעיקר תרנגולות, הקרויים על שם המחוז האינדונזי בנטם.
נמל בנטם שימש בעבר מוקד חשוב למסחר בינלאומי וספנים ארופאיים שהצטיידו במזון חי להפלגותיהם כינו את העופות הקטנים שמצאו באזור על שמו. מאז השתרש השם בנטם לתיאור זני עופות קטנים, חלקם כאלה שפותחו על ידי האדם וחלקם טבעיים.
לגזעי תרנגול רבים יש גרסת בנטם וגודלם הוא כחמישית עד חצי מגרסתם הרגילה. תרנגולי בנטם מתאימים לגידול בחצרות קטנות ובמקומות בעלי שטח קטן והנקבות משמשות גם לצריכת ביצים ואף בשר. עם זאת, תרנגולת בנטם מפיקה פחות ביצים מגרסתה הרגילה (כ-150 בממוצע) וביציה קטנות בשליש עד מחצית.
תרנגולי בנטם (בהם ניתן למצוא את הגזעים סיברייט, פקין וסראמה) התחבבו במיוחד על מגדלי עופות נוי.
בנטם "אמיתי".
לעוף בנטם "אמיתי" אין גרסה גדולה והוא קטן באופן טבעי. קיימים חילוקי דעות בין מגדלי העופות בשאלה אלו עופות נחשבים לבנטם "אמיתי" ואלו לא, כמו גם הבדלי הגדרות בין אגודות שונות, בארצות שונות.
G-מודול
G-מודול הוא חבורה אבלית formula_1 שעליה פועלת חבורה formula_2 באופן קומפטיבילי למבנה האבלי של "formula_1". formula_2-מודולים משמשים להגדרת קוהומולוגיה של חבורות.
הגדרה.
תהי "G" חבורה ותהי "formula_1" חבורה אבלית כך ש-"formula_2" פועלת של "formula_1" משמאל, כלומר:
כך ש-formula_9 ולכל formula_10 ו-formula_11 מתקיים formula_12.
כדי ש-"formula_1" תהייה "formula_2"-מודול נדרוש שפעולת "formula_2" מכבדת את המבנה החבורתי האבלי של "formula_1", כלומר
במקרה זה אנו אומרים ש-"formula_1" הוא "formula_2"-מודול שמאלי. אם "formula_2" פועלת על "formula_1" מימין באופן דומה נקבל "formula_2"-מודול ימני. את קטגוריית ה-"formula_2" מודולים השמאליים מסמנים G-Mod ואת קטגוריית ה-"formula_2"-מודולים הימניים מסמנים Mod-G. אלו הן קטגוריות אבליות.
תכונות בסיסיות.
העתקה formula_25 תיקרא מורפיזם של formula_2-מודולים או העתקה formula_2-ליניארית או formula_2-הומומורפיזם אם היא שומרת על הפעולה של formula_2 (כלומר: G-equivariant). באופן מפורש:
האוסף של "formula_2"-מודולים שמאליים והמורפיזמים שלהם יוצרים קטגוריה אבלית G-Mod. ניתן לזהות אותה עם חוג החבורה formula_33.
תת-formula_2-מודול formula_35 של formula_2-מודול "formula_1" הוא תת-חבורה formula_38 כך ש-formula_39, כלומר formula_40 לכל formula_41 ו-formula_42. במקרה כזה אפשר להגדיר את formula_2-מודול המנה formula_44 כחבורת מנה עם הפעולה formula_45.
Shotgun sequencing
בגנטיקה, shotgun sequencing או shotgun cloning (בתרגום מילולי: ריצוף בשיטת רובה הציד) היא שיטה המשמשת לריצוף גדילי DNA ארוכים. שיטה זו נקראת כך כאנלוגיה לדפוס הירי האקראי למחצה והמתפשט במהירות של רובה הציד.
מאחר ששיטת ה-chain termination ("סיום השרשרת", מכונה גם שיטת סנגר) לריצוף DNA יכולה לשמש רק עבור גדילים קצרים יחסית (100 עד 1,000 בסיסים), יש לחלק את הרצפים הארוכים יותר לחתיכות קטנות יותר, ולאחר מכן לחבר אותן מחדש על מנת לקבל את הרצף הכולל. שתי שיטות עיקריות משמשות לצורך כך:
בשיטת ה-shotgun sequencing, שוברים את ה-DNA באופן אקראי למקטעים קטנים רבים והם מרוצפים בשיטת ה-chain termination על מנת לקבל את הקריאות (reads). לאחר ביצוע חזרות רבות של פרגמנטציה וריצוף מתקבלות חפיפות רבות של הקריאות עבור ה-DNA הנחקר. בשלב הבא, תוכנות מחשב משתמשות בקצוות החופפים של קריאות שונות על מנת להרכיב אותן לרצף יחיד.
שיטת ה-shotgun sequencing היא אחת הטכנולוגיות הראשונות שאיפשרו ריצוף מלא של הגנום.
דוגמה.