ברוב החופים בישראל לא מתקיימת הפרדה מגדרית, אך זו קיימת בחופים שנועדו לאוכלוסייה הדתית, שבהם יש שני מצבים אפשריים - או שבשעות/ימים מסוימים החוף פתוח לנשים בלבד, ובשעות/ימים אחרים לגברים בלבד, כמו בחוף שרתון, או שיש שני חופים צמודים, אחד לנשים והשני לגברים, כמו בחוף כינר. חופים אלו מכונים חופים נפרדים. מצב דומה לזה קיים בבריכות שחייה.
בחינוך.
הפרדה מגדרית בין בנים ובנות מתקיימת בהקפדה בחינוך החרדי עם גני ילדים ובתי ספר נפרדים לבנים ולבנות החל מגיל 3. כאשר ההבדל בתכנים הניתנים בחינוך העצמאי, הם שונים בין בנים לבנות לכל אורך שלבי החינוך
בזרם החינוך הממלכתי הכללי והערבי מקובלת הפרדה כמעט אך ורק בשיעורי ספורט או חינוך מיני ובעיקר בחט"ב ותיכון, ועירוב מלא מתקיים בכיתות ובשאר המסגרות.
בחינוך הממלכתי-דתי אין מדיניות אחידה וישנם מודלים שונים של הפרדה מגדרית, בעיקר בחינוך היסודי: בתי ספר נפרדים, בתי ספר מעורבים עם כיתות נפרדות ובתי ספר עם כיתות מעורבות. בנוסף, ישנם מוסדות שבהם נהוגה הפרדה מגדרית רק בכיתות העליונות, וישנם מוסדות שבהם ההפרדה היא אופציה, כשלצד כיתות נפרדות פועלות גם כיתות מעורבות. ישנה מגמה לכיוון הפרדה; בעוד שבשנת 2000 למדו 43% מתלמידי בתי הספר היסודיים של החינוך הממלכתי-דתי בכיתות נפרדות, עד שנת 2015 עלה שיעור זה ל-61%. בחינוך הממלכתי דתי מקובל שבתי הספר היסודיים הם מעורבים אך עם כיתות נפרדות, ובהמשך, בנוסף לתיכונים דתיים, המוסדות נפרדים, כאשר הבנים לומדים בישיבות תיכוניות, והבנות באולפנות.
בכל האוניברסיטאות בישראל הלימודים מתקיימים ללא הפרדה מגדרית. באוניברסיטת בר-אילן פועלים בהפרדה "המכון הגבוה לתורה", שבו בית מדרש לגברים בלבד ומדרשה לנשים בלבד. במסגרת המאמץ לשילוב חרדים בשוק העבודה ובאקדמיה קידמה המועצה להשכלה גבוהה מסלולי לימוד ייעודיים למגזר החרדי באוניברסיטאות. היום קיימים מסלולי לימוד לתואר ראשון הייעודיים לאוכלוסייה החרדית, וההרשמה אליהם מתאפשרת לחרדים בלבד. מסלולים אלה מאפשרים הפרדה מגדרית בכיתות הלימוד בין גברים חרדים לנשים חרדיות, אך בהתאם לפסיקת בג"ץ ילמדו בהן מרצים וגם מרצות. ההרשמה לתוכניות לימוד אלה נועדה להיות מצומצמת, וכיום מתאפשרת הרשמה בעיקר לחרדים שלמדו בחינוך החרדי או בישיבות מסוימות, ובנוסף מתאפשר רישום של עד 10% סטודנטים חרדים שלא נכללים בהגדרה זו.
במכללות הפרדה מגדרית נפוצה יותר. דוגמאות: המרכז האקדמי לב מקיים לימודים בקמפוסים נפרדים לגברים ולנשים. בקריה האקדמית אונו פועל, בנוסף לקמפוס המשמש
את שני המינים, קמפוס חרדי, באור יהודה ובירושלים, שבו מתקיימים לימודים בהפרדה מגדרית. בשאנן - המכללה האקדמית הדתית לחינוך בחיפה מתקיימים הלימודים ברוב המסלולים בהפרדה מגדרית. מכללת תלפיות בחולון מיועדת לנשים בלבד.
ד"ר יופי תירוש ואחרים מבקרים את ההפרדה באקדמיה, בטענה שהיא פוגעת בשוויון וחמורה מהנדרש לצורך שילובם של החרדים באקדמיה ובתעסוקה.
בתנועות נוער.
בתנועות נוער חרדיות קיימת הפרדה מגדרית כדבר מובן מאליו, כמקובל בחברה החרדית. באחדות מתנועות הנוער הדתיות, ובראשן "בני עקיבא", מתקיים פולמוס בסוגיה זו מאז הקמתן.
מתנגדים בולטים לפעילות מעורבת הם הרבנים השייכים לציבור החרדי לאומי. בהם שלמה אבינר וזלמן מלמד. מצד שני אנשי הקיבוץ הדתי ורבנים נוספים כמו הרב אליקים אלינסון והרב צפניה דרורי, רבה של קריית שמונה, צידדו בפעילות מעורבת. באותה עת ד"ר אמנון שפירא שהיה מזכ"ל תנועת בני עקיבא הוציא חוברת ובה קיבץ דעות הלכתיות להתיר פעילות מעורבת. בהסכמתו לספר "קדושים תהיו" של הרב שמואל כץ כתב הרב משה צבי נריה, אחד ממקימי התנועה, שהתנועה קמה מעורבת אך פניה מועדות להפרדה מגדרית שתבוא כאשר הרמה הרוחנית תאפשר זאת. כיום ישנם ב"בני עקיבא" סניפים נפרדים לגמרי ליד סניפי מעורבים כאשר לכל סניף קיימת האוטונומיה להחליט איך תראה הפעילות בתחומו. גם במפעלים השונים יצרה "בני עקיבא" מסגרת לסניפים נפרדים לצד מסגרת לסניפים המעורבים.
בעקבות הפולמוס התפצלה ב-1980 מתוך "בני עקיבא" תנועת הנוער "אריאל", שאחד מעקרונותיה הוא פעילות נפרדת לבנים ובנות.
בתחבורה ציבורית.
ב-1986, עקב תלונות שהועלו בנושא, החליטו מספר פוסקי הלכה חסידיים מאזור גוש דן, ובהם שמואל הלוי וואזנר ומשה יהודה ליב לנדא, להורות על הפרדה מגדרית בקו 54ב משני צדי האוטובוס. ב-1991 פרסם בד"ץ העדה החרדית בירושלים אזהרה מפני נסיעה מעורבת לרחצה במעיינות מרפא, תוך שהוא מתיר בלית ברירה נסיעה שכזו כאשר גברים יישבו מלפנים ונשים מאחור. במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20 התקיימו בישראל מערכי היסעים פרטיים ומקומיים, ללא רישיון להפעלת תחבורה ציבורית, שהפעילו הסדר הפרדה מגדרי תחת השם "קווי מהדרין" עבור הציבור החרדי. התחילת המאה ה-21 הופעלו קווי מהדרין בקווים בינעירוניים ששימשו בעיקר נוסעים חרדים ומספר קווים עירוניים בירושלים, העיר היחידה בה הונהגו קווי מהדרין עירוניים. בשנים 2003–2006 הנהיגה "אגד" מדיניות של הקמת קווים חדשים בהתאם לצורכי הציבור החרדי ורבים מקווים אלו היו קווי מהדרין. בשנת 2009 הופעל גם בבית שמש קו מהדרין עירוני על ידי חברת סופרבוס.
בעקבות עתירה שהוגשה לבג"ץ לביטול קווי המהדרין, מינה שר התחבורה ב-11 במאי 2008 ועדה בראשות מנכ"ל משרדו, אלכס לנגר, לבחינת סוגיה זו. בדו"ח שהגישה קבעה הוועדה שכל נוסע יוכל לשבת בכל מקום פנוי. שר התחבורה אימץ את המלצות הוועדה, ובהמשך לכך פסק בג"ץ שהפרדה כפויה בין נשים לגברים ב"קווי המהדרין" אינה חוקית, וכי הטרדת נוסעות בעניין, כמו גם לגבי לבושן, עשויה להיות עבירה פלילית. בג"ץ התיר את המשך ההסדר של העלאת נוסעים ונוסעות מהדלת האחורית כדי לאפשר הפרדה מרצון.
בבתי כנסת.
בבתי כנסת אורתודוקסיים מתקיימת הפרדה בין גברים לנשים, כאשר לנשים מוקצה אזור נפרד בתוך בית הכנסת - עזרת נשים, ונשים אינן משתתפות בחלק הפומבי של התפילה, כגון עלייה לתורה. בבתי כנסת קונסרבטיביים ורפורמיים לא מתקיימת הפרדה כזו.
אזור תחום ברחבת הכותל המערבי, המשתרע עד הכותל עצמו, נחשב כבית כנסת אורתודוקסי, שבו נערכים מאות של מניינים במהלך כל היום ולפיכך קיימת בו הפרדה בין נשים לגברים.
מדי פעם מתעוררות מחלוקות; למשל בעקבות ניסיונות של קבוצת "נשות הכותל" (חלקן שייכות לתנועה ליהדות מתקדמת) להתפלל ברחבת הכותל כשהן עטופות בטליתות. בעקבות עתירה לבג"ץ אישרה הממשלה בינואר 2016 את מתווה הכותל - הסדר שלפיו תורחב עזרת ישראל, רחבת התפילה המעורבת בחלקו הדרומי של הכותל המערבי, והיא תנוהל בידי מועצה שבה נציגי הזרמים הלא אורתודוקסים ונשות הכותל. בלחץ המפלגות החרדיות חזרה בה הממשלה מהמתווה וביטלה אותו ביוני 2017.
במופעים ובכנסים.
באולמות מופעים פרטיים המקיימים הופעות לציבור החרדי נהוגה הפרדה מגדרית: מופעים מסוימים מיועדים לגברים בלבד ואחרים מיועדים לנשים בלבד. בשמחות משפחתיות, כגון חתונה וברית מילה, מחולק האולם לשניים: אזור לגברים ואזור לנשים. בשמחות משפחתיות של דתיים-לאומיים נהוגה הפרדה מגדרית בריקודים.
בתגובה לקיומו של פסטיבל הזמר החסידי, שכלל השתתפותן של נשים בשירה בניגוד להלכה, נוצר "פסטיבל הזמירות" שארגן המלחין מונה רוזנבלום, וכלל שירת גברים בלבד והפרדה בין נשים לגברים ביציעים. הוא נערך בשנים 1979–1981, ולא זכה לפרסום רב.
קיום הפרדה מגדרית במופע שעיריית עפולה השתתפה במימונו הגיע לדיון ממושך במערכת המשפט בישראל. באוגוסט 2019 עתרה עמותת שדולת הנשים בישראל לבית המשפט המחוזי בנצרת כנגד קיום הופעה של הזמר מוטי שטיינמץ בעפולה עבור הציבור החרדי ובמימון ציבורי, שהמארגנים תכננו לקיימו בהפרדה מגדרית. המשיבה, עיריית עפולה, הסכימה שההפרדה המגדרית אסורה, אך טענה שאינה יכולה ומחויבת למנוע אותה. על בסיס הסכמת המשיבה, קיבל השופט יונתן אברהם את העתירה והורה לעירייה "למנוע כל ניסיון שנועד לבצע הפרדה מגדרית, לסכל כל ניסיון להציב שלטים המורים על הפרדה כאמור או מחסומים או אמצעי כריזה וכיוצא בזה, ולערב את משטרת ישראל הנוכחת במקום בכל מקרה שגורם כלשהו ינסה לבצע הפרדה כאמור". בעקבות כך ביטל שטיינמץ, שאינו מופיע בפני קהל מעורב, את הופעתו. הפסיקה עוררה דיון תקשורתי, שבו חברי כנסת דתיים תקפו את ההחלטה, ואילו חברי כנסת חילונים תמכו בה.
בעקבות החלטה זו הוגשה עתירה נוספת לבית המשפט המחוזי בנצרת, ובה פסק השופט עאטף עיילבוני: "אני מורה בטלות החלטת העירייה, אשר הסכימה לביטול ההפרדה המגדרית באירוע, ומורה על החזרת העניין לבחינתה של העירייה ולקבלת החלטה מושכלת בנדון" ובנוסף המליץ שאם העירייה תחליט על קיום האירוע, הוא יתקיים במתחם "שיחולק לשלושה מתחמים שהכניסה אליהם תהא וולנטארית, באופן שמתחם אחד ייועד לנשים, מתחם שני ייועד לגברים ומתחם שלישי ייועד לאוכלוסייה מעורבת". שדולת הנשים ערערה על החלטה זו לבית המשפט העליון, שביטל את החלטתו של השופט עיילבוני בנימוק של חוסר סמכות (ללא דיון לגופה של המחלוקת בין הצדדים), אלא שהחלטה זו ניתנה לאחר שהמופע בעפולה כבר היה בעיצומו, כך שלא כללה סעד אופרטיבי. בהתאם להמלצת השופט עיילבוני נוסף למתחם המופע אזור שלישי, לקהל מעורב, שבו הוצבו מסכי ענק שהקרינו את המופע. עתירת שדולת הנשים עוררה ביקורות על ההתעלמות מרצונן של נשים חרדיות, והעיסוק הגובר במגזר החרדי, תוך התעלמות מהפרדה מגדרית במגזר הערבי או הבדואי בישראל, אך גם לתמיכה מפוליטיקאים שונים.
ברחובות ובדרכים.