על רקע מלחמת לבנון הראשונה הפכה הסרבנות לתופעה חברתית רחבה. הקמת תנועת "יש גבול" העלתה על נס את הלגיטימציה לסרבנות פוליטית. במהלך המלחמה נשפטו ונכלאו 168 חיילים בשל סרבנותם. המקרה הסרבנות המפורסם ביותר הוא של אלי גבע, מפקד חטיבה בחיל השריון שהודיע שאינו מוכן להוביל את חייליו לפריצה לתוך העיר ביירות משיקולי מוסר מלחמה ובשל כך פרש מתפקידו. תופעת הסרבנות במהלך המלחמה חרגה בחינת היקפה ובחינת אופיים של הסרבנים - תופעת הסרבנות, שעד כה הייתה נחלתם של חברים בקבוצות שוליים, הפכה לתופעה המאפיינת גם חלקים מרכזיים במערכת הפוליטית. במהלך שנות האינתיפדה הראשונה המשיכה תופעת הסרבנות הסלקטיבית לצבור תאוצה. כ-180 חיילים נשפטו ונשלחו לתקופות מאסר שונות.
בעקבות החתימה על הסכמי אוסלו נרשמה גם סרבנות עקרונית לשירות בצה"ל מצד הימין. כך סרב, למשל, מוטי קרפל, לימים ממקימי תנועת "מנהיגות יהודית", לשרת בשירות מילואים משום שהתנגד למדיניות ממשלת השמאל. במקביל לכך, התפרמו בעקבות הסכם אוסלו גילויי-דעת של רבנים לפיהם יש לסרב לפקודת פינוי יישובים או בסיסי צבא והעברתם לידי הפלסטינים: הראשון היה של הרב שלמה גורן והשני של הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא, הרב שאול ישראלי והרב משה צבי נריה. לא ידוע על חיילים שסירבו באותן השנים בעקבות קריאות אלו, אולי מכיוון שלא פונו בהן יישובים.
סרבנות האינתיפאדה השנייה.
האינתיפדה השנייה שפרצה בשלהי חודש ספטמבר 2000, העלתה שוב את נושא הסרבנות לסדר היום. סרבן השטחים הראשון באינתיפאדה היה נועם כוזר, ובשנים 2001 ו-2002 פורסמו 2 מכתבי שמיניסטים שנשלחו לשר הביטחון ובהם הצהירו כי יסרבו לשרת בשטחים וחלקם הביעו התנגדות לשירות בצבא בכלל. באפריל 2003 הועמדו לדין חמישה מחותמי המכתב במשפט שזכה לכינוי "משפט הסרבנים".
בספטמבר 2003 חתמו 27 טייסי חיל האוויר במילואים על מכתב בו הצהירו כי הם מסרבים לעשות מילואים בשטחים, וחודשים ספורים לאחר מכן חתמו 13 לוחמי סיירת מטכ"ל. בעקבות 2 המכתבים פורסם מכתב נוסף עליו חתמו 51 קצינים לוחמים, צעד שהוביל להקמת תנועת "אומץ לסרב". מכתבים אלו היוו עוד שלב בהפיכת הסרבנות לתופעה מרכזית, שכן באו מצד חיילי יחידות עילית בצבא.
בגופים ומפלגות בשמאל היו כמה גישות. היו מנהיגים אשר לא הביעו התנגדות נחרצת לסרבנות וחלקם - אף ששללו את המהלך - הביעו הערכה כלפי הסרבנים (למשל תנועת שלום עכשיו). אחרים אף תמכו בגלוי בסרבנות, למשל ח"כ זהבה גלאון וח"כ רומן ברונפמן ממרצ. לעומתם, פוליטיקאים במפלגת העבודה וכן אמנון רובינשטיין, רן כהן ואבשלום וילן ממרצ הביעו התנגדות נחרצת לסרבנות. הממסד הביטחוני, בראשות ראש הממשלה אריאל שרון, שר הביטחון שאול מופז והרמטכ"ל משה יעלון הביעו התנגדות חריפה לסרבנות והזהירו שהיא עלולה לפגוע בחוסן הלאומי. גם בג"ץ פסק כנגד הסרבנות הסלקטיבית והזהיר שאם תותר סרבנות שמאלנית, לא תהיה ברירה להתיר גם סרבנות ימנית, והצבא יהפוך "לצבא של עממים המורכבים מיחידות שונות שלכל אחת מהן תחומים שבהם מותר לה לפעול מצפונית, ותחומים אחרים שבהן נאסר עליה מצפונית מלפעול".
אנשי ימין טוענים שסרבנות השמאל מעודדת את הפלסטינים להמשיך בטרור ולראיה הם מביאים ציטוט מהספר "המלחמה השביעית" של העיתונאים עמוס הראל ואבי יששכרוף, בו הם מצטטים פעיל חמאס שטוען שמכתב הטייסים ומכתב סיירת מטכ"ל עודדו אותם להמשיך בפיגועי ההתאבדות. כמו כן, נטען כי יש להבחין בין סרבנות מימין, הנוגעת לאי מילוי פקודות פוליטיות, כגון פינוי יישובים, שאינן קשורות לביטחון אזרחים ישראלים ולתפקיד הצבא ככוח מגן, לבין סרבנות משמאל, הנוגעת לאי מילוי פקודות הקשורות לביטחון אזרחים ולתפקיד הצבא ככוח מגן, דוגמת עמידה במחסומים.
יועצו של רה"מ שרון, דב וייסגלס, סיפר שתנועת הסרבנות, יחד עם יוזמות כמו יוזמת ז'נבה, הבהירו לשרון עד כמה הציבור בישראל אינו מרוצה מהמשך האלימות ודורש התקדמות בתהליך השלום – דרישה שתוכנית ההתנתקות באה, לפי חלק מהדעות, לסכל, לא למלא.
סרבנות להתנתקות.
בעקבות תוכנית ההתנתקות שהציג אריאל שרון ב-2004 ואישורה בממשלה ובכנסת, הודיעו מספר רבנים שיש איסור מוחלט "לעקור יישוב ולגרש אחים". ויכוח עז ניטש בחוגים הדתיים לאומיים בשאלת הלגיטימיות של הסרבנות. הוויכוח נגע בסוגיות היסוד של התפיסה הציונית דתית וביחסה למדינת ישראל.
אנשי ציבור בקרב המתנחלים, כגון אורי אליצור, הודיעו שיסרבו להתפנות בשקט. בעקבות ההכרזה על תוכנית ההתנתקות גבר החשש שחיילים דתיים לאומיים יסרבו לפקודת הפינוי. החשש גבר בעקבות פסיקת הלכה של הרב אברהם שפירא, מבכירי הרבנים של הציונות הדתית שהשווה את הפקודה לפנות התנחלויות לפקודה של חילול שבת, או אכילת טרפה - לה חייב כל יהודי לסרב. היו גם אנשי אקדמיה דתיים כמו פרופ' הלל ויס מהמחלקה לספרות באוניברסיטת בר-אילן וד"ר יאיר ויסמן מהמחלקה למדעי המחשב שם שפרסמו בעיתונות מאמרים הקוראים לסרב פקודה.
לעומתם, אפי איתם, הסמן הימני של המפד"ל דאז ותא"ל (במיל') בצה"ל, גינה בחריפות את הסרבנות וחזר על עמדתו שאסור לסרב לפקודות ואסור להרים יד על חיילי צה"ל. בראש הרבנים המתנגדים לסרבנות התייצב הרב שלמה אבינר, ששילם על עמדתו מחיר אישי. עם זאת, אפילו הרב אבינר הבהיר כי למעשה הוא מצפה מחייל שלא למלא את פקודת הפינוי, לא מתוך סירוב הפגנתי, אלא מתוך היעדר יכולת מוסרית ונפשית למלאה. יש שראו אף בהבהרה זו מעין קריאה ל"סרבנות אפורה".
אחרי אישור התוכנית בכנסת ב-2005 ודחיית הקריאות למשאל עם, החלו חוגי ימין בפעולות הקוראות לסרבנות כנגד ההחלטה. עיקר הפעולות התמקדו בהחתמה המונית של חיילים בשירות סדיר המתחייבים להימנע מסיוע לפעולות צבאיות הכרוכות בהתנתקות או מסייעות לה. הקיצוניים שבתומכי הסרבנות ראו אף בהשתתפות בביצוע פעילות ביטחונית שוטפת בתקופת ההתנתקות כדי סיוע להתנתקות בשל העובדה שבאופן עקיף, השתתפות זו משחררת כח אדם לעסוק בביצוע ההתנתקות. עמותת "מטה חומת מגן" בראשות נועם לבנת (אחיה של לימור לבנת) פרסמה מכתב ובו חתימות של 13,000 חיילים המסרבים לקחת חלק בפינוי ההתנחלויות. תומכי הסרבנות אף חיזקו את טענתם בציטוט מדבריו של אריאל שרון עצמו בראיון שנתן לערוץ 7 בתקופת הסכמי אוסלו ובו הוא אמר: "כמי ששירת בצה"ל שנים רבות אני אומר שחייל חייב למלא פקודות. ואם החייל מרגיש שהפקודה שניתנה לו היא בניגוד למצפונו, עליו באופן אישי, ואני מדגיש - באופן אישי, להתייצב בפני מפקדו, להסביר לו זאת ולהיות מוכן לשאת בתוצאות, כפי שהיו דברים מעולם."
אל מול סרבנות הימין עלו טענות מצד השמאל והמרכז של המפה הפוליטית, כי הסרבנות למלא את פקודת הפינוי מוכיח כי בעיני המסרבים ותומכיהם, הדמוקרטיה הישראלית איננה אלא כלי למימוש שאיפותיהם המשיחיות, וכי נאמנותם למדינה היא אינסטרומנטלית בלבד.
בפועל, במהלך תוכנית ההתנתקות, היו כמה עשרות חיילים סרבנים בלבד (סרבנים הם כאלו שנשפטו בצבא על סירוב פקודה כלשהו, במקרים רבים הועברו סרבנים כאלו לשירות במקום אחר כגון הנח"ל החרדי או שמירה בבסיסי הציוד בלי שירשמו כסרבנים). זאת, משתי סיבות: ראשית, צה"ל איים בעונשים חמורים (עד כדי הדחה לאיש קבע) לכל סרבן, ושנית, למשימות הפינוי ("המעגל הראשון") נלקחו, בנוסף לשוטרים, בעיקר קצינים, נגדים וחניכי קורס קצינים בשירות סדיר, שאינם שייכים למערך השדה. חיילי מערך השדה ובייחוד חיילי חטיבת גולני, החוגרים בשירות סדיר והקצינים במילואים, שלהם היה יחסית מעט להפסיד מהדחה ובקרבם פוטנציאל הסרבנות נחשב לגבוה, כמעט שלא נטלו חלק בפינוי עצמו, ואילו מחלקות בני הישיבות, כמו גם הנח"ל החרדי, אשר בהם היה פוטנציאל הסרבנות הגבוה ביותר, לא השתתפו כלל בהינתקות. סיבה אפשרית נוספת היא שבניגוד לכפי שהצטייר, אחוז גבוה מבין החיילים הדתיים לא קיבל את עמדתו של הרב שפירא. בדיון שנערך בפני ועדת החוץ והביטחון של הכנסת אמר הרמטכ"ל דני חלוץ שבתקופת ביצוע תוכנית ההתנתקות היו 63 סרבנים, מהם 24 חיילי הסדר, וכי מחויבות הציבור הדתי לגישה ממלכתית והימנעות צה"ל מלכלול במעגלי הפינוי הראשוניים חיילים סדירים מיחידות בהן שיעור הדתיים גבוה תרמה לכך ששיעור הסרבנות היה שולי ונמוך בהרבה מרוב התחזיות. מאידך, טענו גורמים בימין הדתי כי מספר הסרבנים בפועל היה גבוה בהרבה וכלל "סרבנים אפורים" רבים שדאגו שאי-השתתפותם בפעולה לא תגיע לכדי סירוב פקודה והליכים משמעתיים. בקרב חוגים מסוימים בציבור הדתי לאומי הופיעה קריאה לחשבון נפש לאור ממדיה ה"בלתי מספיקים" של הסרבנות.
סרבנות במלחמת לבנון השנייה.
סרבנות מימין.