אף סופרי העלייה השנייה, שהגיעו לארץ ישראל בתחילת המאה ה-20, כגון ש' בן־ציון, ברנר ועגנון, התנגשו איתו בשל חידושיו הבלתי ראויים לדעתם, ולא פחות מכך, בשל אופיים הקליל והצהוב של עיתוניו.
ב־9 בספטמבר 1905 (ט' באלול תרס"ו) נפטרה אמו של בן-יהודה ונטמנה בבית הקברות בהר הזיתים. עד סוף ימיה דיברה יידיש.
בשנת 1913 היה בן־יהודה שותף ל"מלחמת השפות" – הוויכוח על מקומה של העברית המתחדשת במערכת החינוך היהודי בארץ ישראל. הוויכוח פרץ בשל דרישתה של חברת "עזרה", שסיפקה מימון להקמת הטכניון, ששפת ההוראה במוסד זה תהיה גרמנית. הוויכוח התרחב לשאר מערכת החינוך בארץ. בפברואר 1914 הסתיימה "מלחמת השפות" בניצחונם של תומכי העברית. בשנת 1919 שכנע את הנציב העליון הבריטי, הרברט סמואל, להכריז על העברית כאחת משלוש השפות הרשמיות של המנדט הבריטי בארץ ישראל.
אליעזר בן־יהודה נפטר בירושלים בכ"ו בכסלו תרפ"ג (16 בדצמבר 1922) ממחלת השחפת, ונקבר בבית הקברות בהר הזיתים. ההיסטוריון אורי קציר מספר כי חברה קדישא סירבה לקבור את בן יהודה משום שנחשב בעיני ראשיה ובעיני רבים מחבריה ככופר. דבר הסירוב פשט מפה לאוזן, והגיע לאוזניו של צעיר דתי בשם מרדכי דוד אפרים מנשה סגל, שהיה תומך נלהב של בן־יהודה ומפעלו, והוא התנדב לטהר את גופת הלשונאי המפורסם, לעוטפה בתכריכים ולהביאה לקבורה.
קברו נמצא בחלקה מגודרת בחלקת הקדושים כשלצידו קבר בנו איתמר וקברה של חמדה, אשתו השנייה.
ארכיונו האישי של אליעזר בן-יהודה, הכולל מסמכים, צילומים ותעודות שמור בארכיון הציוני המרכזי בירושלים.
משפחתו.
בנו של בן־יהודה מדבורה איתמר בן־אב"י, נישא ללאה אבושדיד, בת למשפחה עשירה ומיוחסת שמקורה ממרוקו, שהייתה חלק מהיישוב הישן הספרדי.
בתם דרורה בן אב"י הייתה עובדת בכירה בתחנת הרדיו "קול ישראל"; היא נישאה לאיש הרדיו משה חובב, מבכירי קרייני החדשות בארץ, ובנם הוא העיתונאי ואיש הטלוויזיה גיל חובב. בתם הצעירה של איתמר ושל לאה רינה נישאה לרוקח הירושלמי אבי רז בעל בית המרקחת "אלבא". לימים היה יו"ר הסתדרות הרוקחים.
בתם של אליעזר ושל דבורה ימימה נישאה ליהודה ברק (לודוויג פרנקל), נוצרי גרמני, ולהם נולדה רות (לימים סטאנר). לאחר גירושיה מברק (ופטירת אביה), נישאה ימימה לפיליפ גאי, סקוטי.
מאשתו השנייה חמדה נולדו לבן יהודה שישה ילדים: אהוד ודבורה (שנפטרו בגיל צעיר), עדה, אהוד–שלמה, דולה וזלפה. דולה נישאה ב-1936 למקס ויטמן, גרמני נוצרי. היא נמנתה על מדליקי המשואות בטקס הדלקת המשואות בשנת תש"ן (1990), שציינה את שנת הלשון העברית.
תחומי פעילותו.
בן־יהודה פעל במספר רב של תחומים כדי לקדם את הדיבור העברי בארץ ישראל:
דיבור עברי בתוך המשפחה: בן־יהודה הקפיד לדבר רק עברית עם בני משפחתו, ואף ניסה, בהצלחה מועטת, להשפיע על משפחות נוספות שינהגו כמוהו. לפי עדות בני המשפחה, בנו בן-ציון לא דיבר כלל עד גיל שלוש. אמו לימדה אותו רוסית בסתר, וכשבן-יהודה גילה את הדבר התפרץ בכעס, ואז החל הילד לדבר. לצורך גידול הילד חייב היה בן־יהודה ליצור מילים חדשות כגון "בובה", "גלידה", "אופניים" ועוד. ההצלחה בדיבור העברי הביאה ארבע משפחות ירושלמיות נוספות לדבר עברית (יודליביץ, מיוחס, הורביץ וגרזובסקי – האחרון הוא יהודה גור, לימים מחבר מילון גור), אולם ההצלחה לא סחפה אחריה רבים.
מאוחר יותר כתב בן־יהודה בזיכרונותיו, כי "הניסיון הוכיח אחר כך" שחששותיו לגבי שמיעת בנו שפות אחרות, היו מוגזמים, משום שראה מאז הרבה ילדים "שגדלו באוויר לא כל־כך עברי טהור... ובכל זאת, אם הלשון העיקרית בבית הייתה עברית והאב והאם דברו עברית, גם הילדים דברו עברית".
עברית בעברית: בן־יהודה סבר שיש להקפיד על דיבור עברי בלבד גם בחינוך ובהוראה. הוא עצמו לימד תקופה קצרה בעברית בבית הספר "תורה ומלאכה" של אליאנס בירושלים, אולם פרש לאחר זמן קצר מטעמי בריאות. הרעיון של לימוד עברית בעברית מצא אוזן קשבת בחלק מן המושבות של העלייה הראשונה, שם קמו בתי ספר עבריים. גם תהליך זה התפתח בקצב אטי למדי.
אגודות לדיבור עברי: בן־יהודה הקים כמה וכמה אגודות וחבורות לשם קידום הדיבור העברי. כבר ב־1882 הקים את חברת "תחיית ישראל" לדיבור עברי, וב־1889 הקים את חברת "שפה ברורה", שמתוכה קם לאחר כשנה "ועד הלשון העברית". פעילות החבורות והאגודות נתקלה בקשיים מכיוונים שונים: מהתנגדות השלטון העותמאני לפעילות שיש בה מרכיבים לאומיים, מהתנגדות של אנשי היישוב הישן, וגם מאופיו האנטי־ממסדי של בן־יהודה עצמו.
עיתונות: בן־יהודה ייסד את עיתון "הצבי" כדי להראות את האפשרות לעשות שימוש יומיומי מודרני בעברית וכדי להפיץ את רעיונותיו בציבור, בפרט אצל הנוער. מלאכת העיתון גם הביאה ליצירת מילים ושימושי לשון רבים. קרנו של העיתון ירדה עם הזמן, הן מפני שהיה לו אופי סנסציוני למדי והן מפני שנקט עמדות שלא היו מקובלות על אנשי העלייה השנייה (הוא תמך בפעילות הברון רוטשילד במושבות וכן תמך בתוכנית אוגנדה). את מקומו של "הצבי" תפס "הפועל הצעיר", עיתונם של אנשי העלייה השנייה, שהביא גם סגנון עברי אחר שהתקבע בעברית.
עיתון לילדים – "עולם קטן" – עיתון הילדים הראשון שיצא בירושלים בתרנ"ג, 1892, בעריכת: אליעזר בן־יהודה, יהודה גור (גרזובסקי) ודוד יודילביץ.
המילון: כדי להראות את אוצר המילים הגדול שניתן להשתמש בו החל לחבר את המילון העברי, שנודע לימים כמילון בן־יהודה, שבו כלולים רבים מחידושי הלשון שלו. בחייו של בן־יהודה יצאו לאור חמישה כרכים, ועבודת המילון, שכלל בסופו של דבר 16 כרכים, הושלמה בידי נפתלי הרץ טור–סיני רק בשנת 1959. המילון הוא מילון היסטורי, ולכל מילה בו מובאת רשימה ארוכה של מובאות ממקורות עבריים קדומים שבהם היא מופיעה.
החייאת אוצר המילים וחידושי מילים: כשאליעזר בן־יהודה חידש את השפה העברית, הוא לא עשה בחינת יש מאין. התנ"ך שימר במשך דורות את שפת האבות, ספרות תורנית נרחבת במשך הדורות, ובן-יהודה צריך היה לשלוף את השפה מהכלי שבו היא נשתמרה ולהביאה שנית לחיים. לעיתים לקח מילים שהייתה להן בתקופת התנ"ך משמעות מסוימת, והתאימן לצרכים של ימינו, כגון: "אקדח", "תשבץ" ו"מלט", שמצאו את מקומן בגלגול חדש. מספר המילים שחידש בן-יהודה אינו עולה על 300, ובהן נכללות: "מדרכה", "מברשת", "גלידה" ו"רכבת". בין המילים שהציע ולא נקלטו בשפה נמצאות: "בדורה" – עגבנייה; "מקולית" – פטיפון; "עמונות" – דמוקרטיה; "פרקה" – אוגדה (דיוויזיה); "אבחמץ" – חמצן; "אבחנק" – חנקן; "אבמים" – מימן; "מדלק" – גפרור; "מכושית"- פסנתר.
כמו כן נהג בן־יהודה להשתמש במילים מהשפה הערבית (כמו בובה, ע"פ המילה הערבית בובו), בנמקו מנהג זה בכך שהשפה הערבית היא שפה הקרובה לשפה העברית; הוא אף הסתמך על תמיכתו של המשורר יהודה לייב גורדון בעניין הזה, אך הלה הכחיש שתמך בהוספת מילים ערביות לעברית.
הערכת פעילותו והנצחת דמותו.
שמו של אליעזר בן־יהודה הוא השם המזוהה ביותר עם תהליך תחיית הלשון העברית, כאשר עיקר תרומתו היה בתחומים הרעיוניים והסמליים; הוא העלה לראשונה את הצורך בחידוש העברית, פרסם מאמרים ועיתונים בנושא והוא שפעל ללא ליאות להשאיר את הנושא בתודעה ולהילחם נגד מתנגדי התהליך. אולם פעילותו לא הצליחה לסחוף אחריה מעגלים רחבים סביבו בירושלים. הפעילות המעשית שהביאה בסופו של דבר להחייאת העברית לא התקיימה, ברובה המכריע, בסביבתו של בן־יהודה בירושלים, אלא במושבות של העלייה הראשונה והעלייה השנייה ברחבי הארץ: שם הוקמו בתי הספר העבריים, שם הפכה העברית ללשון שבה מתנהלים ענייני הציבור ושם הפכה לבסוף ללשון מערכתית ולאומית.
דמותו של בן־יהודה עמדה בכל חייו במוקד ויכוחים קשים. מתנגדיו השמיצו אותו השמצות קשות, הטרידו אותו והעלו כלפיו תלונות שהביאו למאסרו בידי השלטונות העות'מאניים. לחברת "שפה ברורה" שהקים קראו "שפה ארורה". אחת הטענות נגדו הייתה שהוא יצר מילים שיש בהם זלזול בעניינים המקודשים ליהדות הדתית.
מנגד, תומכי תהליך התחייה העלו את דמותו לממדים מיתיים, והאדירו את פעילותו מעבר להיקפה הממשי. ניתן לומר שתרומתו של בן-יהודה לתחיית העברית מצויה רובה במישור הסמלי, כדמות שזוהתה עם התהליך והלהיבה את דוברי העברית בארץ ישראל.
על שמו של אליעזר בן-יהודה הוקמו בתי ספר בירושלים, תל אביב ונס ציונה. רחובות בכל ערי הארץ נקראים על שמו, בהם רחוב בן-יהודה בירושלים שסלילתו במסגרת תוכנית המע"ר החדשה הסתיימה עם פטירתו, וכן המושבה "אבן יהודה" (א' בן־יהודה) בשרון. על שמו נקרא גם "פרויקט בן־יהודה", שמטרתו לקרב את היצירות הקלסיות של הספרות העברית לכלל הציבור על ידי העלאתן למרשתת.
להנצחת דמותו של אליעזר בן-יהודה, חיבר ירון לונדון את השיר "אליעזר בן־יהודה". את השיר הלחין מתי כספי וחוה אלברשטיין ביצעה אותו; נוסף על כך השיר זכה לגרסאות כיסוי רבות.
בשנת 2008 פרסם ד"ר יוסף לנג את הביוגרפיה המקיפה שכתב על אליעזר בן־יהודה: "דבר עברית!".
בשנת 2007, לקראת מלאות 150 שנה להולדתו של אליעזר בן־יהודה, הכיר ארגון אונסק"ו של האומות המאוחדות בחגיגות לזכרו. בכך הפך ליקיר אונסק"ו. ב־2012 נקבע יום הולדתו כיום הלשון העברית.
בשנת 2013, במלאת 155 שנה להולדתו, ציינה גוגל את המאורע עם דודל ייעודי.
מצבת שץ ומסכת המוות.
עם מותו של בן־יהודה הוזמן ידידו הוותיק ושכנו הפסל בוריס שץ, מייסד בצלאל, בשביל ליצור מסכת מוות. את מסכת המוות שילב שץ במצבה שעיצב ושהייתה אמור להיות מוצבת על קברו. אך כיוון שהצגת מסכת מוות אינה מקובלת ביהדות, לא הוצבה המצבה בסופו של דבר על הקבר.