נתן החל לכתוב דרושים קבליים המראים ששבתי צבי הוא המשיח. דרושיו עמוקים מאוד ורואים בהם את עמקותו הרעיונית והיקף ידיעותיו:
נתן ושבתי צבי הכריזו על ביטולן של חלק מהמצוות המעשיות והתירו לעבור על עברות חמורות, בעיקר אלו שיש בהם חיוב כרת, בנמקם זאת בכך שמצוות אלו היו אמצעי להביא את המשיח וכשזה כבר בא, בטלה תקפותן ממילא. תיקון חצות כאבלות על חורבן הבית בוטל. צום תשעה באב בוטל אף הוא וביום זה היו חוגגים חברי הכת את יום גאולתם של ישראל. כמו כן בוטלו כוונות האר"י, בנימוק שהן שייכות לזמן הגלות בלבד. מתנגדי הכת טענו כי שבתי צבי ותלמידיו מקיימים טקסי אורגיה המוניים, וגם יחסים הומוסקסואליים.
ההתאסלמות.
בפומבי הייתה הקריאה שיצאה מתנועת השבתאות קריאה לחזרה בתשובה. שמועות על מלכות המשיח, ועל כך שהוא עומד להדיח את השליט העות'מאני ולתפוס את מקומו, רדפו זו את זו. סופר שעשרת השבטים התגלו, ושמכה ופרס נפלו לידי המשיח. בתימן חיבר רבי שלום שבזי שירי הלל לשבתי צבי. אפילו העיתונות הבינלאומית הקדישה מקום רב לשמועות. מרבית העם האמין כי בא לציון גואל ופסה מלכות הרשעה מן הארץ, ואנשים מכרו את בתיהם ורכושם בגולה בתכנון לעלות לארץ ישראל. מקורבי הכת פסקו לקיים חלק מהמצוות כהלכתם וחיכו למוצא פיו של נתן שיאמר להם את המעשה אשר יעשו והדרך בה ילכו. לא יהודים בלבד היו שותפים לאמונה זאת, אלא גם בחוגים נוצריים רווחה באותה שעה האמונה שזוהי אחרית הימים. תעניות לאות תשובה היו מתערבים בהתפרצויות של שמחה, והיהודים הרימו ראש כנגד הגויים.
בשנת 1666 (ה'תכ"ו) יצא שבתי צבי מאיזמיר לקושטא, על מנת להפגש עם השולטן במטרה שיכיר במשיחיותו. עם הגיעו לקושטא נאסר שבתי צבי והוגלה לכלא במבצר גליפולי. חסידיו, שראו בכך סימן ליסורי המשיח עליהם דובר רבות במסורת, נהגו לבקרו לעיתים תכופות. עד מהרה הפך הכלא למקום עלייה לרגל והחסידים כינו את בית המאסר "מגדל עוז". צבי ישב בגליפולי והמשיך להנהיג את חסידיו, אך בחודש אלול ה'תכ"ו החליטו השלטונות לסיים את הפרשה. שבתי צבי הובא בפני מועצת השולטן וניתנה לו האפשרות לבחור בין הוצאה להורג לבין התאסלמות. שבתי צבי בחר להתאסלם.
התאסלמותו הכתה בתדהמה את מאמיניו ומרביתם זנחו את התקווה המשיחית שתלו בו, אך רבים ממאמיניו, בראשות נתן העזתי, הוסיפו להאמין בו בדבקות, ורבים אף התאסלמו בעקבותיו. נתן העזתי המשיך להפיץ את תורתו ונימק את התאסלמות המשיח כצורך הכרחי לרדת לקליפות האסלאם כדי להעלות מתוכן ניצוצות של קדושה. הוגים שבתאיים אחרים, דוגמת אברהם מיכאל קרדוזו, נתנו פרשנויות אחרות להתאסלמות. צבי נשאר באדריאנופול כמנהיגן של המשפחות שהתאסלמו יחד אתו; התגלויותיו לא פסקו והוא ניהל יחד עם קהילתו אורח חיים דתי ספק יהודי ספק מוסלמי. בשנת ה'תל"ב (1672) נעצר שבתי צבי בשנית בעוון בגידה באסלאם בעת שביקר בבית כנסת בקושטא, והוגלה למבצר אולציניו שבאלבניה (כיום במונטנגרו), בו שהה עד מותו.
שבתי צבי מת ביום כיפור שנת תל"ז (1676) כשהיה בן 50, ואף מותו נחשב על ידי חסידיו כפרק נוסף בתהליך הקוסמי בדרך לגאולה הסופית. נתן העזתי המשיך להסביר כל תופעה על פי שיטתו בקבלה וטען שבמותו, שבתי צבי נבלע באורות האצילות, כלומר הפך לחלק מהאלוהות. נתן העזתי מת בי"א בשבט ה'ת"ם (1680) בסקופיה שבמקדוניה.
הכתות השבתאיות לאחר מותו של שבתי צבי.
התאסלמותו ומותו של שבתי צבי הכו בהלם את רבבות מאמיניו. רובם המכריע נטש את האמונה בו ושב לאמונה המסורתית, אך חלקים גדולים באומה התקשו לזנוח את התקוות המשיחיות שפיתחו. במשך שנים רבות עדיין התקיימו קבוצות שבתאיות, חלקן בסתר וחלקן בגלוי, ברחבי אירופה ובעיקר בבלקן ובטורקיה. בין השבתאים עצמם לא שררה תמימות דעים באשר לסיבת ההמרה והמוות. היו שכפרו בהמרה, ואפילו במוות, וטענו שמדובר באחיזת עיניים וכי שבתי צבי עצמו ישוב ויתגלה. היו שתלו בכך טעמים קבליים ומיסטיים, והיו שטענו כי נשמת שבתי צבי התגלגלה באנשים אחרים, דוגמת ברוכיה רוסו, מראשי כת הדונמה, ויעקב פרנק, מנהיג הפרנקיסטים בפולין. שבתאים אחרים גרסו ששבתי צבי לא מת אלא "נבלע באורות העליונים", וקבעו תאריכים שונים להתגלותו מחדש. מרבית השבתאים האמינו שבגאולה האחרונה תינתן תורה חדשה, ובביטול כמה מן הדינים על ידי שבתאי צבי ראו את תחילתה של תורה חדשה זו. סביב השאלה אם עד מתן התורה החדשה יש להמשיך לקיים את מצוות היהדות או אם אפשר כבר להפסיק לקיימן התנהלו מחלוקות רבות.
עם השנים החלה גוועת התנועה השבתאית. בשנת 1683, שבע שנים לאחר מותו של שבתי צבי, התאסלמו כשלוש מאות משפחות בסלוניקי שבראשם יוסף פילוסוף. משפחות אלו, בצירוף עם המתאסלמים מימיו של שבתי צבי, היוו את הגרעין לכת הדונמה. מרכזם היה בסלוניקי וחלקם התיישבו באדריאנופול. לבסוף התפצלו הללו לשלוש כתות שונות, שהעיקרית והקיצונית בהן היא הכת שהנהיג ברוכיה רוסו. רוסו נחשב למשיח השבתאי הבא, ובפולחן עדתו נפרצו גדרי העריות בצורה חריפה יותר מאשר בימי שבתי צבי. מרכז גדול נוסף של כתות שבתאיות היה באיטליה, שם רבו הגילויים מפי מגידים מן השמיים, והפן הנבואי גדול בה יותר מאשר מקומות אחרים. במהלך המאה ה-18 התמעטו שרידי השבתאים בקרב היהודים, והרבנים ומנהיגי הקהילות ניהלו נגדם מלחמה עיקשת. באירופה ידועים המקרים של המטיפים השבתאיים נחמיה חייא חיון, חיים מלאך, יצחק קיידאנר מזולקווא, ומרדכי מוכיח מאייזנשטט.
אחד הלקחים שהופקו מפרשת השבתאות הייתה הטלת איסורים והגבלות חמורות על העיסוק בקבלה ובמיסטיקה. ועד ארבע ארצות פרסם איסור גורף על לימוד קבלה קודם לגיל ארבעים ועיסוק מוקדם בלימוד תלמוד ופוסקים. גם לאחר הטלת האיסורים נחשדו עדיין רבנים רבים שעסקו בקבלה בנטייה לשבתאות, אך להבדיל מתנועת השבתאות המקורית, רובם היו שבתאים חסידים שלא התירו עבירה על איסורים הלכתיים, אך באמונתם היו גם מוטיבים שבתאיים, והם תמכו חומרית בשבתאים מכל סוג. הרבנים יעקב עמדין ומשה חגיז שפעלו בגרמניה ובירושלים התפרסמו ברדיפה האובססיבית והקנאית נגד כל חשוד בשבתאות. בין השאר נחשד בשבתאות רבי יהונתן אייבשיץ, מחשובי רבני גרמניה, על ידי רבי יעקב עמדין. עמדין טען כי אייבשיץ נהג למסור לחולים קמעות לרפואה ובהם רמזים שבתאיים. המחלוקת שפרצה בין עמדין ואייבשיץ גרפה רבים מרבני אירופה, שמרביתם צידדו בצדקתו של אייבשיץ, אך כיום מקובלת במחקר דעתו של פרופ' גרשם שלום שקיבל את גרסתו של עמדין כי אייבשיץ היה שבתאי. מלחמה מפורסמת שניהל רבי משה חגיז הייתה נגד רבי משה חיים לוצאטו (רמח"ל), אותו האשים חגיז בנבואת שקר ובשבתאות. רמח"ל מצידו חיבר ספר בשם "קנאת ה' צבאות" בו הוא מתפלמס עם השבתאות מנקודת מבט תאולוגית-קבלית באופן שיטתי. עמדין עצמו גם עסק בניסיונות תאולוגיים לקעקע את יסודותיה הקבליים של השבתאות. לצורך כך הוא חיבר את ספרו "מטפחת ספרים", בו פקפק בקדמותם של חלקים מספר הזוהר ובאמינות גרסאותיו המצויות בידינו. הוא גם גינה את העיסוק בפילוסופיה, וכפר בכך שהרמב"ם חיבר את ספרו מורה נבוכים.
באמצע המאה ה-18 הייתה התפרצות שבתאית גדולה בפולין, כאשר הקים יעקב פרנק את התנועה הפרנקיסטית וטען שנשמתו של שבתי צבי התגלגלה לתוכו. הפרנקיסטים המשיכו במנהגי הפריצות וגילוי העריות של השבתאים, ויש האומרים כי יעקב פרנק עצמו נהג לקיים יחסי מין עם בתו רחל כחיקוי לזיווג זעיר אנפין והמלכות. סופה של התנועה הפרנקיסטית היה כאשר מאמיניה התנצרו בשנת 1759. שנים מעטות לאחר התנצרותם של הפרנקיסטים וגוויעת התנועה השבתאית באירופה, זכרה התעורר לתקופה קצרה כאשר פרץ הפולמוס על תנועת החסידות, שהואשמה בידי מתנגדיה בהיבטים מסוימים של שבתאות. בתורת החסידות יש כמה דברים שזוהו בידי מתנגדיה כדעות שבתאיות, כגון תמיכה בהשקפה השבתאית בתפיסה של "עבירה לשמה", מקום גדול לאמונה בכוחו של הצדיק וביכולותיו לשנות סדרי עולם ולהתקשר עם העליונים, התעסקות בחומריות במטרה לקדש את עולם החולין, וזלזול בפרטים הלכתיים, שהתקיים בחצרות חסידיות מסוימות, שטענו כי הכוונה יותר חשובה מהעשייה. דרכם של מתנגדי החסידות לא צלחה והיא התקבלה כזרם לגיטימי ביהדות, ההאשמות נגדה פחתו וכמעט שנעלמו בדורנו.
פרופסור יהודה ליבס חקר רבות את ספריו של רבי מנחם מנדל משקלוב, תלמידו של הגאון מווילנה, ומצא בהם יחס אמביוולנטי לשבתאות ולשבתי צבי. הוא מצא גימטריאות רבות הרומזות לשבתי צבי ולרבי העשיל צורף, מקובל שבתאי שפעל בווילנה, שמפירושם עולה שרבי מנחם מנדל ראה בשבתי צבי משיח אמיתי, שלולא היה נגוע בגאווה ובשאיפה חקרנית מדי היה זוכה להיות המשיח בפועל, וגם כשלא זכה לכך, הרי שפעילותו עדיין מהווה שלב הכרחי לקירוב הגאולה. כמו כן קיימת עדות לפיה הכת הפרנקיסטית ראתה את הגר"א כרבה ומורה דרכה הרוחני, למרות שהגר"א עצמו בוודאי התנגד לשבתאות.
השבתאים כיום.
בימינו הכת השבתאית היחידה ששרדה היא כת הדונמה, שמרכזה העיקרי נמצא בטורקיה. מוסטפא כמאל אטאטורק (1881-1938), אבי הטורקים, התחנך בבתי-ספר של כת הדונמה, ויש הטוענים שמוצאו מבני הכת זאת.
אחד ממנהיגי מזימת הרצח נגד הנשיא אטאטורק באיזמיר לאחר הקמת הרפובליקה הטורקית היה מהמט ג'וויד ביי שהוא דונמה, החבר המייסד של ועדת האיחוד והקידמה ושר האוצר לשעבר של האימפריה העות'מאנית. לאחר חקירה ממשלתית נרחבת, ג'וויד ביי הורשע ולאחר מכן הוצא להורג בתלייה ב-26 באוגוסט 1926 באנקרה.