הפיקוד העליון על הצבא הסלאוקי, בדומה לצבאות הלניסטיים אחרים, היה נתון בידיו של המלך אם נכח בשדה הקרב. אם לא, אז היה אחד הגנרלים שלו מקבל את הפיקוד. במקרה של מרד החשמונאים היה הפיקוד המיידי נתון בידיו של הנציב הסלאוקי של מחוז השומרון (מרידרך), אפולוניוס. אין אפשרות לקבוע אם הוא אותו אפולוניוס, מפקד השכירים המיסיים, ששמו נקשר בפרעות בירושלים. חוקרים אחדים סבורים שחד הם ואילו אחרים סבורים שאין זהות בין השניים. כמו כן, הוצבו באזור מפקד מצודת החקרא סוסטרטס ופיליפוס, הממונה על מימוש המדיניות הסלאוקית. במעגל הרחב יותר כללה שדרת הפיקוד הסלאוקית את ליסיאס, מושל קוילה-סוריה (ולימים העוצר של המלך הינוקא, אנטיוכוס החמישי), ניקנור וגורגיוס. עם מותו של אנטיוכוס הרביעי בשנת 164 התחולל מאבק פוליטי במדינה הסלאוקית (במהלכו נקטלו המלך הינוקא אנטיוכוס החמישי וליסיאס, העוצר), ובסתיו 162 לפנה"ס עלה דמטריוס הראשון על כס המלוכה. דמטריוס, בניגוד לליסיאס, לא יצא בעצמו לדיכוי המרד, אלא הסתפק בשליחת מצביאו הבכיר, בקכידס.
המקורות העתיקים חלוקים לגבי המספר הכולל של הכוחות הסלאוקיים שהשתתפו בדיכוי המרד. ספר מקבים א' מוסר על מספרים שנעים בין 20 ל-100 אלף לוחמים, אך פוליביוס בתיאורו של המסדר הצבאי בדרפנה מספר על 41,000 חיילים בלבד, שהיו זמינים בצבא השדה (מלבד החיילים במחוזות המזרחיים שלא לקחו חלק במצעד).
יתרה מכך, המרד ביהודה לא היה האירוע הצבאי החשוב ביותר בממלכה הסלאוקית. התסיסה במחוזות המזרחיים הייתה חשובה הרבה יותר, ואיימה על לב האימפריה הסלאוקית ועל עצם קיומה. מכאן, שסביר להניח שהרבה פחות מחצי מהצבא היה זמין לדיכוי המרד. גם ספר מקבים מזכיר את מסעו של אנטיוכוס הרביעי למזרח עם חצי מהצבא בסמוך לקרב אמאוס (165 לפנה"ס). חלק ניכר מהכוחות שיצאו עם אנטיוכוס חזרו לאנטיוכיה בשנת 163, היו זמינים לליסיאס במסעו השני לארץ ישראל והשתתפו בקרב בית זכריה.
המספרים פחתו שנית אחרי מרידה נוספת במזרח, הפעם בראשותו של טימארכוס, והכוחות שעמדו לרשותו של ניקנור היו קטנים בהרבה. המספרים גדלו שוב במסעו השני של בקכידס בשנת 160. המרד של טימארכוס דוכא כמה חודשים קודם לכן, וכוחות רבים היו זמינים לבקכידס והשתתפו בקרב אלעשה. כמו כן, חששו הסלאוקים מהתערבות רומית שכבר נתנה את אותותיה בבחישה במרד טימארכוס ובברית שכרתה רומא עם יהודה המכבי. סך הכל השתנה מניין הכוח הסלאוקי מאלפים אחדים עד מעל עשרים אלף חיילים, שאליהם ניתן הוסיף מיליציה בת כמה אלפים של מתייוונים ובעלי ברית מקומיים, שהיו מאומנים פחות מהצבא הסלאוקי.
מבחינת הרכב הצבא, יכלו הסלאוקים להסתמך על כוחות מגוונים. מהם חיילי פלנקס "כבדים" שרגילים להילחם בשטחים מישוריים, אך גם כוחות קלים יותר, בהם אלפי רגלים קלים, שכירי חרב שמוצאם מאזורים הרריים הרגילים להילחם בתנאים אלה, גם פלטסטים רבים, ואף יחידות שהוסבו לסגנון הלחימה הרומי. פרשים היו נפוצים מאוד בצבא הסלאוקי, אך בדרך כלל לא לקחו חלק בפשיטות הסלאוקיות ליהודה פרשים רבים. הכמות המקסימלית היא כ-2,000. פילי מלחמה, שהיו נפוצים למדי בתקופה מוקדמת יותר, התמעטו בתקופה זו, והשתתפו רק בקרב בית זכריה, ונטבחו כליל בהוראתו של ליסיאס בקיץ 162 על פי דרישת הסנאט הרומי.
מתייוונים.
התייוונות (מן "יוון") הוא התהליך בו יהודי ממיר את תרבותו, ולעיתים גם את דתו לתרבות ההלניסטית (שמקורה ביוון העתיקה), דתה, לשונה ומנהגיה.
ההתייוונות באה לידי ביטוי ברצון להידמות ליוונים באורח חיים, פיתוח החוש האסתטי, תרבות הגוף והספורט והפילוסופיה היוונית, נגד חכמת היהדות וסולם הערכים של היהדות, והמצוות שבין אדם לחברו. גם בתחום האמנות הפלסטית חל שינוי בעקבות תופעת ההתייוונות ואות לכך נמצא בבתי הכנסת ובפסלים מאותה תקופה. ההתייוונות היא תוצר של מפגש בין תרבויות: תרבות יוון ותרבות ישראל, כשהמפגש יצר באותה תקופה נהירה של יהודים אל הדת והתרבות היוונית ברובדיהם השונים.
ההתיוונות הייתה רווחת בעיקר בקרב השכבות העירוניות, המבוססות והאריסטוקרטיות של העם היהודי. בכפרים ובקרב דלת העם השקפה זו לא הייתה מקובלת כל כך. המתחים הפנימיים בין המתייוונים לשומרי המסורת והשינויים שנכפו על שומרי המסורת במסגרת הערים בכלל וירושלים בפרט הביאו לפרישתם מהערים, וכאשר ניסו גם במקומות אלה להביא לכפייה נגד קיום אורחותיהם ואמונותיהם נוצר מצב בלתי אפשרי שהיה בין הסיבות העיקריות לפריצת מרד החשמונאים בשלטון ההלניסטי בארץ ישראל.
השלטון הסלאוקי נסתייע בניסיונותיו לדיכוי המרד במיליציות של מתייוונים, שחלקם התנדבו מתוך האוכלוסייה היהודית, וחלקם מקרב העמים השכנים, כגון אדום ופלשת.
זירת המרד.
המרד פרץ במודיעין ועד מהרה עבר לאזור הרי גופנה (ג'יפנה של היום) שממזרח למודיעין הקשה למעבר כוחות גדולים וקל למארבים. תוך כמה שנים התפשטה ההשפעה של המורדים גם מחוץ לאזור הסמוך למודיעין ותומכים רבים במרד נמצאו גם דרומית לירושלים. בהמשך פלשו צבאות המורדים גם לעבר הירדן המזרחי, לגלעד, לבשן, לגליל ולאדום.
השליטה על מעברי ההרים בין ירושלים לאזורי השליטה הסלאוקית בשפלה ובמיוחד בשומרון, בה ישב הנציב הסלאוקי, הקשתה מאוד על השלטון הסלאוקי. השטח שהיה נתון להשפעת המורדים השתרע באזור קו פרשת המים דרומית לנחל שילה באורך של כ-60 ק"מ. דרך זו חיברה את שומרון עם ירושלים (1), בית צור וערים אחרות; מערבית לה נמצא מדבר אפרים ומזרחית לה מדבר יהודה. ממערב ליהודה היו שלוש דרכי גישה, שהיו רלוונטיות מבחינת השלטון הסלאוקי. הראשונה הצפונית ביותר מבית חורון (2), השנייה דרך שער הגיא (3), והשלישית הדרומית דרך עדולם (4). אך שתי האחרונות היו קשות למעבר צבאות גדולים מפני שעברו בגאיות, הקשו על התנועה, אפשרו מארבים נוחים למתגוננים, ולפיכך לא נוצלו לדיכוי המרד. דרך בית חורון הועדפה על ידי הסלאוקים, מפני שעברה על הרכסים, אך אותה הצליחו המורדים לנתק. מדרום ליהודה הדרך מבית צור (5) הייתה נוחה ואותה ניצל הצבא הסלאוקי פעמיים. אך היא הצריכה מעקף גדול דרך האדומים. ממזרח היה אפשר להגיע ליהודה דרך יריחו לירושלים (6), וגם דרך הגלגל לבית אל (7). אך נתיבים אלו לא היו מועדפים, והסלאוקים עשו בהם שימוש רק בשלבים האחרונים של המרד.
חיל המצב שאייש את מצודת החקרא לא הספיק הן להחזקת המצודה וירושלים והן לטיהור הדרכים, ולכן נאלצו אנשיו להסתמך על העזרה של נציב השומרון ואף על כוחות הממלכה לדיכוי המרד. באזור זה כמעט שלא גרו מתייוונים, ומרבית התושבים התגייסו הלכה למעשה לצבא המורדים, או לכל הפחות סייעו לו בהשגת מידע ובהגשת אספקה. מעבר עם צבא גדול דרך אזור עוין ללא תמיכת התושבים המקומיים, בדרך קשה העוברת בהרים, ללא אמצעי תובלה מודרניים היה קשה כשלעצמו. נוכחות צבאית של מורדים רבים, הפכה את המשימה לקשה שבעתיים.
מהלך המרד.
הקרבות הראשונים.
על פי המסורת המקובלת הנזכרת בספר מקבים א', כחלק מניסיונות השלטון המרכזי לממש את המדיניות של אנטיוכוס הרביעי, נשלחו פקידים למודיעין כדי לקיים את הטקסים הפגאניים. מתתיהו הכהן, בן יוחנן בן שמעון החשמונאי, שהיה כהן שגר בעיר וחמשת בניו לא יכלו לעמוד מן הצד והרגו את הפקידים. חלק מהחוקרים, בהם החוקר הגרמני בנדיקט ניזה ואחרים סבורים שסיפורו של מתתיהו שורבב לתוך האירועים בשלב מאוחר יותר כדי לפאר את העבר הרחוק של השושלת. הם מסתמכים על ספר מקבים ב' לפיו נראה שיהודה המכבי ברח להרים עוד בזמן המהומות שעורר אפולוניוס בירושלים ולפני הטלת הגזירות. חוקרים אחרים, בהם בצלאל בר כוכבא דוחים את הביקורת על המסורת המקובלת. כך או כך, בין אם סיפור מודיעין הוא נכון ובין אם לאו, אין ספק שהמרד פרץ בשנת 167 והיה למלחמה עקובה מדם נגד השלטון הסלאוקי ולמלחמת אזרחים אכזרית בין מתייוונים ליהודים שנותרו נאמנים למסורות העתיקות. מתתיהו, בין שנפטר כי היה זקן (כגרסת מכבים א') ובין שהופעתו היא המצאה מאוחרת, לא נזכר עוד. יהודה המכבי קיבל על עצמו את הנהגת המרד.
בשנה הראשונה של המרד לא פגעו המורדים בשלטון הסלאוקי, אלא ריכזו את התקפותיהם על המתייוונים. בנוסף, השתלטו המורדים על כפרי האזור, שמרבית תושביהם הזדהו עם המורדים, התנדבו לצבאם וסייעו לו בכל דרך אפשרית. השלטון הסלאוקי לא יכול היה לסבול נוכחות מרדנית בלב אזור שהיה נתון לשליטתו ונעשו הכנות לדיכוי המרד.
הכוחות הלא גדולים שישבו בחקרא לא הספיקו להחזקה במצודה ובו זמנית טיהור הדרכים ולדיכוי המרד ואפולוניוס, מושל שומרון, יצא בראש כוחותיו לדכא את ההתקוממות. בקרב מעלה לבונה, כוחותיו יורטו ליד שומרון והובסו, ואילו אפולוניוס עצמו נהרג בקרב. כדי לכבות במהירות את אש המרד נשלח המצביא סירון בראש כוחות צבא סלאוקים סדירים, כשהוא מספח אליו במהלך הדרך כוחות נוספים, ובכללם מתנדבים מקרב המתייוונים. גם סירון נתקל במארב, והובס בקרב בית חורון.