שלושה ימים אחרי ההודעות הללו נפגשו קרי ולברוב וצוותי מומחים משני הצדדים, בז'נבה. הם הגיעו תחילה להסכמה, כי לאסד יש בערך 1,000 טון נשק כימי לסוגיו, כאשר האמריקאים מעריכים שהנשק מפוזר ב-45 אתרים שונים. רוסיה לא יכלה להסכים למספר זה, משום שתמכה כל העת, לפחות הצהרתית, בטענתו של אסד, שלא הוא האחראי למתקפה הכימית בע'וטה, אלא הכוחות המורדים. אם יש מספר ידוע ומוסכם של אתרים כימיים ואם כולם בשליטת כוחות אסד, ברור שרק הוא יכול להיות האחראי לתקיפה. להמחשת משמעותה של כמות הנשק הכימי הסורי, ניתן להשוותה לכ-40,000 טון נשק שכזה, שהיו בשעתו בידי רוסיה ואשר כשלושה רבעים מהם כבר פורקו נכון לדצמבר 2013, כ-30,000 טון שהיו בידי ארצות הברית וכ-90% מהם כבר הושמדו ומאידך, לכ-25 טון שהיו בידי לוב של קדאפי וכ-85% מהם כבר פורקו.
אחרי משא ומתן אינטנסיבי שנמשך שלושה ימים, 12 - 14 בספטמבר 2013, הגיעו שתי המעצמות להסכם לפירוק הנשק הכימי בסוריה ("Framework for Elimination of Syrian Chemical Weapons"). ההסכם כלל התייחסות לחומרים הכימיים מסוג סארין, גז חרדל ו-VX אולם לא התייחס לגז כלור שבו נעשה שימוש נרחב לאחר יישום ההסכם.
ההסכם קורא להסרתו או פירוקו של מאגר הנשק הכימי הסורי, עד אמצע 2014 ודוחה במקביל גם את האפשרות להתקפות אוויר אמריקאיות על סוריה. על פי ההסכם, אי ציות לו מצד סוריה, עלול לגרום להחלטה של מועצת הביטחון של האו"ם, על פעולה בינלאומית, לאו דווקא צבאית, כנגד סוריה. עם זאת, רוסיה לא התחייבה לתמוך בהחלטה מעין זו של מועצת הביטחון, ואף הודיעה במפורש על התנגדותה לפעולה צבאית, גם במקרה של אי ציות סורי ואילו ארצות הברית לא התחייבה שלא לתקוף במקרה כזה, גם בהיעדר החלטה של מועצת הביטחון.
אסד, בעודו ממשיך להכחיש שכוחותיו ערכו את המתקפה הכימית בע'וטה, הבהיר שהוא מחויב לקיום חלקו בהסכם הפשרה. לדברי מזכ"ל האו"ם באן קי מון, סוריה הודיעה כבר באותו יום בו נחתם ההסכם, על הצטרפותה לאמנה הבינלאומית לפירוק הנשק הכימי, אמנת הנשק הכימי, בתוקף החל מה-14 באוקטובר 2013. הכוחות המורדים באסד לעומת זאת, ראו בהסכם משום בגידה בהם מצד המערב, משום שאין בו שום התייחסות להמשך טבח האזרחים הסורים על ידי משטר אסד, גם אם הטבח לא ייעשה יותר באמצעות נשק כימי.
הכנות למימוש ההסכם.
סימן ממשי ראשון לנכונותו של אסד לעמוד במלוא חלקו בהסכם ניתן ב-20 בספטמבר 2013. הסעיף הראשון לביצוע על פי ההסכם קרא לאסד לספק ל-OPCW (הארגון למניעת הפצת נשק כימי) - "Organisation for the Prohibition of Chemical Weapons", בתוך שבוע ימים, רשימה מקיפה של המאגר הכימי שברשותו. הרשימה צריכה הייתה לכלול את כל הסוגים והכמויות של הנשק והגז הרעיל הסורי, מיקומו ואתרי המחקר והייצור שלו. ה-OPCW, בראשות הדיפלומט הטורקי אחמט אוזומצו הוא זוכה פרס נובל לשלום לשנת 2013, בגין פעילותו לפירוק הנשק הכימי בעולם. אוזומצו מכהן כמזכ"ל הארגון מאז 2010 והיה לפני כן (1999–2002) קונסול כללי של טורקיה בחלב.
אסד סיפק לכאורה רשימה שכזו ב-20 בספטמבר כאמור, בתוך ששה ימים מיום חתימת ההסכם. הארגון לאיסור על נשק כימי הכריז על הרשימה כחלקית בלבד ואסד השלים אותה למחרת היום, 21 בספטמבר, ועמד בסופו של דבר בתאריך היעד שנקבע לו.
ב-27 בספטמבר 2013 אימץ ה-OPCW את ההסכם וכמה שעות אחר כך, עוד באותו יום אישרה אותו גם מועצת הביטחון של האו"ם, פה אחד (החלטה 2118). ההסכם בין רוסיה לארצות הברית הוכנס כחלק בלתי נפרד מההחלטה בשני הגופים.
השלב האחרון בהכנות למימוש פירוק הנשק הכימי בסוריה התבצע בתוך כחודש ימים בלבד. הוקם צוות מומחים מטעם האו"ם ו-OPCW, עם בסיס לוגיסטי עורפי בקפריסין. ראשוני אנשי הצוות הגיעו לסוריה והחלו בעבודתם כבר ב-1 באוקטובר. מספרם היה 27 בשלב ראשון זה, אך הוא גדל בהתמדה עם עבור הזמן והגיע בסופו של דבר לכ-100. ב-13 באוקטובר מינה מזכ"ל האו"ם באן קי מון את הדיפלומטית ההולנדית סיגריד קאאג (Sigrid Kaag), למנהלת הצוות וכעבור שלושה ימים אושר מינויה במועצת הביטחון. המומחים בראשות קאאג בדקו אחד לאחד את כל האתרים שהסורים מסרו שיש בהם נשק כימי, ועד סוף אוקטובר סיימו לוודא, שמה שהסורים אמרו לגבי אותם אתרים, נכון. הם אמנם לא בדקו ולא היו אמורים לבדוק אם אין אתרים נוספים שהסורים מסתירים.
ביצוע.
ב-6 באוקטובר יצא לפועל השלב הראשון במימוש ההסכם - מומחי או"ם ו-OPCW, בראשות קאאג פשטו ופירקו 21 מתוך 23 אתרי הייצור המוצהרים של הנשק הכימי, לרבות אתרי ערבוב החומרים לצורכי הכנת הגז, ואתרי מילוי הפגזים, הפצצות וראשי הקרב בגז רעיל; אתרים עליהם דיווחו הסורים עצמם.
הפירוק בפועל בוצע על ידי מומחים סורים בפיקוח המומחים הבינלאומיים.
בשלב הראשוני הזה, הדיווח היה כאמור, שהפירוק הושלם, כאשר לגבי שני האתרים המוצהרים הנוספים, התקבלו ב-OPCW, שוב, לפי דיווחי הארגון, הוכחות מספיקות מהסורים, כי גם שניהם פורקו. צוותה של קאאג אף הצליח להגיע מאוחר יותר אל אחד מהם, פיזית, לוודא זאת. לשני הוא לא הצליח להגיע כלל, בשל היותם שניהם אזורי קרבות, במסגרת מלחמת האזרחים בסוריה.
ב-15 בנובמבר 2013 אימץ ה-OPCW תוכנית מפורטת להוצאת כל הנשק הכימי הסורי, להבדיל מאמצעי ייצורו, כ-1,290 טון גז להשמדה המונית, בעיקר גז חרדל, סארין ו-VX, אל מחוץ לגבולות סוריה. ב-7 בינואר 2014 יצא מתחומי סוריה, המשלוח הראשון של נשק כימי המיועד לפירוק.
תהליך ההוצאה על פי התוכנית אמור היה להסתיים עד 5 בפברואר 2014 ואילו השלמת פירוק הגז לפי התוכנית אמורה הייתה לעמוד בתאריך הסיום המיועד לתהליך כולו על פי הסכם ארצות הברית - רוסיה, סוף יוני 2014.
אחת הבעיות שהתוכנית לא התייחסה אליהן הייתה, שלא נמצאה תחילה, ולו מדינה אחת בעולם כולו, שתסכים לקלוט לתוכה לצורכי תהליך הפירוק, את אותם 1290 טון גז רעיל מסוכן ביותר. בעיה זו נפתרה, כשארצות הברית הודיעה על נכונותה ויכולתה לבצע את התהליך בלב ים ואף הקצתה וציידה לשם כך ספינה מיוחדת - "The Cape Ray". בריטניה וגרמניה עזרו גם הן, כאשר התנדבו בסופו של דבר לקבל לשיטחן, לצורכי השמדה, חלק מהגז הפחות מסוכן. נורווגיה ודנמרק הקצו ספינות, שיובילו את הנשק הכימי מנמל לטקיה, בצפון מערב סוריה, אל הספינה האמריקאית, שתעגון בנמל Gioia Tauro באיטליה, שם תעמיס את הנשק הכימי. התוכנית היא, שמשיועמס הנשק על סיפונה, תצא הספינה האמריקאית אל הים הפתוח ושם תפתח בתהליך פירוקו.
בעיה נוספת שהתעוררה הייתה בעיית העברת הנשק, מהאתרים השונים בהם הוא היה מוצב, ברחבי סוריה, אל לטקיה. העברה זו הייתה חייבת להיעשות דרך אזורי קרבות, שסיכנו אותה בצורה רצינית. בין ה-18 ל-20 בדצמבר קיימה לפיכך רוסיה רכבת אווירית, במסגרתה 38 טיסות הביאו 75 משאיות משוריינות, על כל הציוד הנלווה להן והאבטחה הנדרשת, לנמל התעופה של לטקיה. משאיות אלה העבירו את הנשק הכימי הסורי, משנים עשר האתרים בהם הוא רוכז כבר, אל נמל לטקיה. לוויינים אמריקאים, כמו גם מצלמות מעקב סיניות אבטחו את ההעברה הזו גם הם. רוסיה גם הודיעה במקביל, כי הצי הרוסי בים התיכון יאבטח את מעברן של הספינות, הדנית והנורווגית, מלטקיה עד לספינה האמריקאית, בה כבר הותקן הציוד המיוחד לפירוק הנשק הכימי.
עיכובים בביצוע (ינואר - פברואר 2014).
ב-16 בינואר 2014 הודיעה סוריה לראשונה, כי בעיות ביטחון מעכבות את המשלוחים של הנשק הכימי לנמל לטקיה, וב-29 בינואר 2014 נודע ברבים לראשונה, כי סוריה "גוררת רגליים" ו"מושכת" את תהליך הפירוק.
מסתבר, על אף מימוש שלב ראשון הוא בר חזור לסוריה יכולת לחזור ולרכוש את אותה יכולת ייצור גז רעיל
ממנה התפרקה תוך זמן קצר.
במקביל גם נודע, כי אין שום סיכוי שעד המועד המתוכנן הראשוני, 5 בפברואר 2014, יוצא כל הנשק הכימי עצמו, מגבולות סוריה. על פי דיווחו של מזכיר האו"ם באן קי מון, למועצת הביטחון, מסתבר שעד 29 בינואר 2014 ביצעו הסורים בסך הכל שני משלוחים של נשק כימי, מרחבי סוריה אל נמל לטקיה ולפיכך הוצאו מסוריה עד אותו יום רק 4.1% מכלל הנשק הכימי. מזכיר האו"ם קבע בדיווחו למועצת הביטחון, שמדובר בעיכובים בלתי מוצדקים מצד הממשלה הסורית והאיץ בה לזרז את המשלוחים הללו. למחרת היום, 30 בינואר 2014, נאמרו דברים אלה ישירות לנציגי סוריה, בישיבה מיוחדת של ה-OPCW וב-31 בינואר אף איים שר החוץ האמריקאי ג'ון קרי, בפומבי, כי המשך גרירת הרגליים הסורית עלול לגרום לחזרתה של האופציה הצבאית כנגדה.
עד ה-14 בפברואר 2014 הוצאו מסוריה בסך הכל שלושה משלוחים ובהם 11% מהנשק הכימי המיועד לפירוק. כזכור, ספינה אמריקאית מיוחדת, "The Cape Ray" הוקצתה לצורכי ביצוע הפירוק בלב ים, של אותם חומרים שהוחלט שהם מסוכנים מכדי להעבירם למדינה כלשהי לצורכי פירוק. ספינה זו יצאה מנורפוק וירג'יניה כבר ב-27 בינואר, הגיעה לספרד ושם היא חיכתה בנמל רוטה עד שתצטבר כמות מספקת של החומר (שתאפשר לה לצאת לנמל Gioia Tauro, שבאיטליה, לפגוש את הספינות הנורווגית והדנית, לקבל מהן את הנשק ואז לצאת ללב ים להתחיל בתהליך פירוקו).
בנוסף לכל אלה, גורמי אופוזיציה סורים טענו זה מכבר, כי חלק מהנשק הכימי או אמצעי ייצורו הועברו בחשאי מסוריה, לעיראק או ללבנון. עד כה לא נמצאה כל הוכחה לנכונות טענתם, אולם העיתון הבריטי "סאנדיי טיימס" דיווח ב-2 בפברואר 2014, כי נשיא סוריה אסד מאחסן נשק מתקדם, ובכלל זה נשק כימי וביולוגי, באזורים ששולטת בהם עדתו, העדה העלאווית, במערב המדינה.
קצב הפירוק מואץ שוב (מרץ - אפריל 2014).