הוועדה קבעה כי אכן, לי הארווי אוסוואלד הוא שירה שלושה כדורים לעבר הלימוזינה הנשיאותית, וכי שניים מהם פגעו בנשיא. עם זאת, הוועדה קבעה כי אוסוואלד לא פעל לבד, וכי ירייה נוספת, רביעית, באה מלפנים, מכיוון "גבעת הדשא" (Grassy Knoll), מקום שבו רבים מתומכי תאוריות הקשר מיקמו את המתנקשים הנוספים. לאור זאת, קבעה הוועדה כי רצח הנשיא קנדי היה "קרוב לוודאי כתוצאה של קשר".
ועדת העיון מחדש ברשומות הנוגעות להתנקשות.
לאחר ששתי ועדות, ועדת וורן וועדת בית הנבחרים, הגיעו למסקנות הפוכות, ולאחר שגאריסון הצליח במשפטו המתוקשר של שאו להביא את התאוריות העיקריות של תומכי "תאוריות הקשר" לתודעתו של הציבור האמריקני, הביא סרטו של אוליבר סטון אל הקהל הרחב, בצורה מוחשית, את ההבנה כי המדובר בעניין סבוך שרב בו הנסתר על הנגלה. הסרט אף הרחיק לכת וטען כי ייתכן שרשויות אכיפת החוק הן חלק מן הקשר, וכי רשויות אלו מסתירות מהציבור האמריקני מסמכים שיש בהם כדי לשפוך אור על הפרשה. רשומות רבות הנוגעות לרצח עדיין היו חסויות, והייתה תחושה כי לאחר כשלושה עשורים שחלפו מאז הרצח, ולאחר סיומה של המלחמה הקרה, אין לכך כל הצדקה.
באווירה ציבורית זו החליט בית הנבחרים של ארצות הברית בשנת 1992 על חקיקת "חוק הרשומות הנוגעות לרצח הנשיא ג'ון פ' קנדי". על פי החוק (המכונה בקיצור "חוק JFK") הוקמה ועדה, שנקראה "ועדת העיון מחדש ברשומות הנוגעות להתנקשות" (Assassination Records Review Board) בת חמישה מומחים - היסטוריונים, משפטנים וארכיבאים. הוועדה הייתה גוף עצמאי הכפוף ישירות לנשיא ארצות הברית. תפקידה היה לבחון את כל הרשומות הנוגעות לרצח הנמצאות בידי הרשויות השונות, ולאשר את פרסומן לציבור. מתוך אוסף של כחמישה מיליון מסמכים, 88% שוחררו לציבור הרחב. 11% נוספים שוחררו כשחלק מתוכנם הוסתר, ואחוז אחד מהמסמכים, שהיו קשורים ישירות להתנקשות, אורכבו ותוכננו להיחשף לציבור הרחב לאחר 25 שנה, באופן מלא או חלקי, בהתאם ל"חוק JFK". לאחר 25 שנה, ב-24 ביולי 2017, נחשפו 3,810 מסמכים (מתוכם 441 מסמכים שלא נחשפו בעבר ו-3,369 מסמכים שנחשפו בחלקם). ב-26 באוקטובר 2017, בהתאם לחוק, נחשפו לציבור 2,891 מסמכים נוספים. בנוסף, הארכיון הלאומי חשף לציבור את התיעוד האלקטרוני הלא מסווג של תכתובות ועדת העיון מחדש ברשומות הנוגעות להתנקשות, במספר כולל של למעלה מ-69 אלף קבצים ומסמכים. עם זאת, בהוראת הנשיא דונלד טראמפ, קיימים מסמכים שנותרו חסויים משיקולי ביטחון. סוכנות ה-CIA הודיעה כי תבחון את 18 אלף המסמכים הנותרים בארכיון הסוכנות ותבדוק מה ניתן לשחרר לציבור הרחב עד אפריל 2018.
חקירות פרטיות.
מלבד הוועדות הרשמיות שהוקמו לחקירת רצח הנשיא קנדי, קמו היסטוריונים, סופרים ועיתונאים, שביצעו חקירות משלהם אודות הרצח ונסיבותיו, צפו בסרטו של אברהם זפרודר, בצילומי עיתונות וביומני קולנוע, קראו חומר ראיות וקטעי עיתונות, ופרסמו את תוצאות חקירותיהם בספרים. יש מהם שהגיעו למסקנה כי הרצח היה פרי תאוריית קשר ואחרים תמכו במסקנות ועדת וורן כי לי הארווי אוסוואלד פעל לבדו ועל דעת עצמו. בין חוקרי רצח קנדי מסוג זה בולטים אחדים:
התעלומות.
רצח קנדי הותיר שרשרת של תעלומות, שעד היום לא נפתרו, לשביעות רצונם של אנשי "תאוריות הקשר".
להלן תיסקרנה כמה מן השאלות הבולטות, לחלקן ניתנה תשובה, וחלקן נותרו בבחינת תעלומה. זוהי רשימה חלקית ולא ממצה.
גבעת הדשא.
הגרסה הרשמית, שניתנה על ידי ועדת וורן, קבעה כי הנשיא ג'ון פ' קנדי היה קורבן לשלוש יריות שנורו מאחור על ידי אוסוואלד שפעל לבדו. ניתוח של מסלול הלימוזינה מראה כי אם אכן היה קנדי קורבן לקשר, הרי שהמקום האידיאלי למקם בו את היורים הוא, בנוסף לבניין מחסן הספרים, גבעת דשא (grassy knoll) אשר נמצאת בסמוך.
ואכן, ועדת בית הנבחרים בנוגע להתנקשויות מיקמה את מקור הירייה הרביעית שאת קיומה הסיקה מהראיות האקוסטיות, בדיוק על אותה גבעת דשא. הן לפני פעולת הוועדה והן לאחריה, הצטברו ראיות רבות המראות כי על הגבעה נעו דמויות חשודות, נראה עשן רובים, והיה ריח חזק של אבק שרפה. הראיה המחשידה ביותר היא כי לאחר היריות רצו כל הנמצאים במקום בכיוונה של גבעת הדשא. מכאן מסיקים כי היו שם דברים שמשכו את לבם - חשודים, עשן, קולות וריחות.
ביום הרצח היו גבולות הגבעה - בצפון מזרח: בניין מחסן הספרים והעיקול החד ברח' אלם. בדרום: רח' אלם והמדרכה המובילה אל הכביש. בצפון מערב: חניון לרכב. במערב: מפגש פסי רכבת משולש. על הגבעה היה מבנה - מעין גדר או פרגולה העשוי מבטון, ומאחוריו עצים ושיחים.
את הנעשה על הגבעה צילמה העדה מארי אן מרמן, ועמה הייתה חברתה ג'ין היל. הן עמדו בצד הדרומי של הגבעה, מעבר לכביש, ונראו היטב בסרטו של אברהם זפרודר. ג'ין היל לבשה מעיל גשם ארוך ואדום, שנתן לה את הכינוי "האישה באדום". הרגע בו פגע הכדור בראשו של קנדי, מכונה Z-313. זוהי תמונה 313 בסרטו של זפרודר. ב-Z-315 כעשירית שנייה (1/9 שנייה, בהתחשב בכך שסרטו של זפרודר הוא במהירות של 18 תמונות לשנייה) לאחר מכן, צילמה מרמן את הלימוזינה. ברקע הלימוזינה הייתה גבעת הדשא.
תמונתה של מרמן היא מהבודדות בה נראית גבעת הדשא ברגע ההתנקשות, ומדובר בתמונת פולרואיד שצולמה על ידי חובבת, ואיכותה ירודה. חוקרים רבים בילו שעות רצופות בהתבוננות בצללים שיוצרים העצים בתמונה, ודימו לראות שם דמויות. הדמויות זכו לכינוי "איש הכלב השחור" ו"איש התג". אנשים אלו יכולים להשבע כי "איש התג" לובש תג, מחזיק ברובה, והרובה פולט ניצוצות של ירייה. אחרים רואים בתמונה רק את צללי העצים.
לאחר שהתברר להן כי הן מעורבות בהתנקשות, ניגש אל היל ומרמן (כך לפחות העידה היל בוועדת וורן) "סוכן" וסיפר להן ש"סוכן" אחר ראה כדור ניתז מן המדרכה לידן. בעת האירוע לא היו אמורים להיות כל "סוכנים" באזור דילי פלאזה. היל נבהלה והחלה לרוץ בכיוון גבעת הדשא, משם ראתה עשן עולה. אז ראתה אדם רץ מכיוון מחסן הספרים אל מגרש החניה שמאחורי הגבעה. בשנת 1978 הוסיפה היל כי ראתה יורה נוסף על גבעת הדשא. היל תמיד ראתה עצמה כשורדת, משום שבתור עדה לרצח הייתה אמורה כבר מזמן להיות מחוסלת, בנסיבות מסתוריות. בשנת 1992 כתבה ספר בשם "העד המתנגד האחרון".
עדויותיהן של היל ומרמן מראות את הבעייתיות שבניסיון לאתר את היורים על גבעת הדשא - בעיות של זכרונם של עדים שוודאי היה מושפע מן האירועים ולאחר מכן מחלוף הזמן, בעיות של מתן פירושים מרחיקי לכת לאירועים ונסיבות תמימים, ופירושים מרחיקי לכת לראיות (כגון תמונת צללי העצים). הוויכוח על היריות מגבעתהדשא עודו נמשך.
שלושת הנוודים.
אחת ה"תעלומות" שהטרידו את מחפשי תאוריות הקשר במשך עשרות שנים לאחר הרצח הייתה מי הם "שלושת הנוודים" שנעצרו על ידי משטרת דאלאס, כשהוצאו מקרון רכבת שחנה ליד דילי פלאזה, כשעה לאחר הרצח, וצולמו על ידי העיתונות בדרכם אל המעצר.
במהלך השנים התפתחו תאוריות המייחסות לנוודים (אשר לפי אנשי תאוריות הקשר נראו לבושים טוב מכדי להיות נוודים), זהויות שונות, ורבים הם שטענו כי הם בעצמם הנוודים. לנושא נדרשו מנתחי תמונות מקצועיים, ואנתרופולוגים. ועדת בית הנבחרים בנוגע להתנקשויות שדנה בנושא, קבעה כי אין לזהות את הנוודים עם כל אנשי ה-CIA והרוצחים השכירים אשר זוהו בתמונות, אך הדבר לא הרתיע את הוגי התאוריות מלהמשיך ולחפש לרמזים בתמונת "הנוודים".
ב-1989 פתחה עיריית דאלאס את תיקי המשטרה של יום הרצח לעיון הציבור. ב-1992 מצא עיתונאי שחיפש בתיקים אלו את תיקי המעצר של "הנוודים" והסתבר כי המדובר בנוודים אמיתיים שישנו בקרון הרכבת בלילה שלפני הרצח, ושאין להם כל קשר לרצח. שניים מהם (ג'ון גדני והרולד דויל) עוד היו בחיים בעת שנפתחו התיקים, רואיינו על ידי עיתונאים, וסיפרו את סיפורם התמים. אחת מאבני היסוד של תאוריות הקשר (שהספיקה אף להיות מונצחת בסרט "JFK תיק פתוח" של אוליבר סטון), נשמטה.
איש המטרייה.
אחת התעלומות שהונצחו בסרט שצילם אברהם זפרודר הייתה אדם המחזיק בידו מטרייה, ופותח אותה. ה-22 בנובמבר 1963 היה יום שטוף שמש.
אחרי פניה לציבור של ועדת בית הנבחרים בנוגע להתנקשויות, טען אדם בשם לואיס סטיבן וויט כי הוא "איש המטרייה". הוא עדיין החזיק ברשותו את המטרייה בעת שהעיד בפני הוועדה בשנת 1978, ולא היה לו מושג כי הוא נושא לתאוריות קשר ולמחלוקת. הוא אמר שהביא את המטרייה על מנת להתגרות בקנדי, אשר אביו, ג'וזף קנדי היה תומכו של ראש ממשלת בריטניה נוויל צ'מברלין, בעת שזה חתם על הסכם מינכן, ולאחר מכן הופיע בציבור כשהוא מחזיק במטרייה שחורה. וויט טען כי בהחזקת המטרייה סבר שהוא מוחה כנגד משפחת קנדי.
אנשי תאוריות הקשר לא קיבלו הסבר זה. תאוריה אחת (המוצגת בסרט JFK של אוליבר סטון) היא כי המדובר בסימן למתנקשים כי שיירת הנשיא מתקרבת. תאוריה אחרת (שהגה החוקר ל. פלטשר פראוטי) טוענת כי המטרייה הייתה מתקן לירית חץ מורעל, אשר פגע בקנדי. יש הטוענים כי אדם אחד שעמד בסמוך ל"איש המטרייה" נראה מדבר למכשיר קשר. וויט טוען שהאיש שלידו לא החזיק כל מכשיר קשר.
בפני ועדת בית הנבחרים אמר וויט "אני חושב שאם ספר השיאים של גינס היה מציין את האיש שהיה במקום הלא נכון, בזמן הלא נכון, ועשה את הדבר הלא נכון, אני הוא שהייתי מס' 1 בקטגוריה זו, ללא כל מתחרה רציני".
כדור הקסם.
על פי ועדת וורן היה מסלולו של כדור CE399 כדלקמן: