במקביל חזר מצ'ילה גם פליפה ורלה (Felipe Varela) שארגן כוח קטן איתו פלש לקטמרקה, תוך שהוא נעזר בתומכיו שם.
הם ניסו להיעזר באורקיסה, הנשיא לשעבר מאנטרה ריוס שנחשב עדיין כמנהיג המפלגה הפדרלית, שהתנער לחלוטין מכל הנושא.
תגובת הממשל של מיטרה.
הנשיא מיטרה היה בחזית הפרגוואית עקב המלחמה שם, אך משהגיעו אליו הידיעות על המרד בקוז'ו - הוא עבר לרוסריו יחד עם חלק מהיחידות מהחזית.
הוא הורה לגנרל אנטוניו טבואדה (Antonio Taboada) להתקדם מסנטיאגו דל אסטרו ללה ריוחה, ואת היחידות מחזית פרגוואי הכפיף לגנרל וונססלאו פאונרו (Wenceslao Paunero) ששם פעמיו לסן לואיס.
כוח החלוץ של פאונרו הצליח להביס את הגנרל חואן סאה (Juan Saá) - מושל סן לואיס - בקרב סן איגנסיו (San Ignacio) ב-1 באפריל 1867.
הפדרליים נפוצו ורבים מהם נמלטו לצ'ילה, והצבא השתלט על סן לואיס, מנדוסה וסן חואן.
טבואדה כבש את בירת לה ריוחה. פליפה ורלה עמד לפלוש אז מלה ריוחה לקטמרקה בראש צבא בן 5,000 איש, ולשמע הבשורה הוא פנה חזרה לכיוון טבואדה, בשל בעיות לוגיסטיות נקלע למחסור במים, וחרף יתרונו המספרי הוא הדבר פגע קשות בחייליו והוא ניגף בקרב פוסו דה ורגס (Pozo de Vargas) ב-10 באפריל 1867.
המערכות האחרונות של ורלה.
ורלה עבר לאחר תבוסתו למערב לה ריוחה, ומשם לקטמרקה ולקורדובה, אך סירב לברוח לצ'ילה. הוא אף הצליח לכבוש לתקופה קצרה את בירת לה ריוחה, אך נאלץ מהר מאוד לנטוש אותה.
באפריל 1867 פרץ מרד של בסלטה שהצטרפו אליו יחידות בפיקוד הגנרל אניסטו לטורה (Aniceto Latorre), אך הוא הובס בקרב מול האוניטרים.
ורלה עבר לעמקי קלצ'אקי (Valles Calchaquíes) המשתרעים בין סלטה, טוקומן וקטמרקה; ובאוקטובר 1867 השתלט על סלטה אך פינה אותה כמעט מייד. משם עבר לחוחוי ולבסוף מצא מקלט בבוליביה.
מטאו לוקה (Mateo Luque), המושל הפדרלי של קורדובה, נמנע מלהצטרף למרידות. קצינים פדרליים ניסו להניעו להתערב, אך מיטרה שם סוף לכך ופיזר את המפלגה הפדרלית בקורדובה.
בינואר 1869 ורלה ניסה לחזור אך הובס, וכך נכשל הניסיון האחרון להקים מחדש את המפלגה הפדרלית בפרובינציות הפנימיות.
עדיין נמשכה ההתנגדות של המונטונרוס הפדרליים בקוז'ו, אך היה מדובר במיליציות מקומיות ולא בצבאות.
באוקטובר 1868 מיטרה סיים את כהונתו כנשיא כשהוא מותיר אחריו כ-8,000 ארגנטינאים הרוגים במהלך המרידות כנגד הצנטרליזם שלו.
סוף הפדרליזם בליטורל: המרד של לופס חורדן.
תבוסת המפלגה הפדרלית לא הייתה מוחלטת, זאת בזכות אורקיסה שהכיר בנפילת הקונפדרציה לאחר קרב פאוון, והעדיף למשול באנטרה ריוס, הרחק מהשפעתה של בואנוס איירס.
אחרית דבר: מפלת הפדרליים בקוריינטס.
בקוריינט ניטשה במהלך 1868 מלחמת אזרחים פנימית בין הפדרליים לליברלים, שבסיומה הליברלים ניצחו בזכות כוחות הסיוע שנשלחו אליהם מבואנוס איירס על ידי הנשיא מיטרה - בשלהי כהונתו; ומנהיג הפדרליים נאלץ להימלט לאנטרה ריוס.
רצח אורקיסה.
כמה ממנהיגי הפדרליים באנטרה ריוס ביקרו את מדיניותו הממלכתית של אורקיסה שתמך בשלטון המרכזי במהלך מלחמת פרגוואי, ואי התערבותו לטובת צ'אצ'ו פניילוסה ופליפה ורלה - המורדים מלה ריוחה; וביניהם בלט בביקורתו - ריקרדו לופס חורדן הבן (Ricardo López Jordán - לאביו הגנרל היה אותו שם).
ב-11 באפריל 1870, מעט לאחר סיום מלחמת פרגוואי, לופס חורדן פתח בהפיכה נגד אורקיסה שהחלה בהתקפה על ביתו והסתיימה במותו של הנשיא לשעבר.
שלושה ימים לאחר מכן לופס חורדן נבחר למלא את מקומו של אורקיסה בידי הרשות המחוקקת, בבחינת "הרצחת וגם ירשת?".
הנשיא סרמיינטו שלח לשם כוח צבאי המורכב מבוגרי מלחמת פרגוואי, לופס חורדן אסר עליהם להיכנס לפרובינציה, ומשהם נכנסו הוא הכריז מלחמה על שלטונו של סרמיינטו.
גם הנשיא, מצידו, הכריז מלחמה באפריל 1870; והקונגרס הלאומי יפה את כוחו של סרמיינטו באופן פורמלי באוגוסט אותה שנה, כשמעשי האיבה החלו זה מכבר.
המלחמה של לופס חורדן: 1870–1871.
הכוחות של הממשלה פלשו לאנטרה ריוס ממספר כיוונים.
לצבא של אנטרה ריוס הייתה עדיפות במספר החיילים ובניידות - יותר פרשים וסוסים, ובזכות כך זכו למספר ניצחונות מקומיים; אך הכוחות הלאומיים שנהנו מפיקוד מנוסה ומקצועי ומציוד טוב יותר וששלטו בערי הפרובינציה - חיפשו עימות כללי בו עדיפותם תוכל לבוא לידי ביטוי.
ב-20 במאי 1870 לופס חורדן הובס בקרב אל סאוסה (El Sauce) בה הוא ניסה לכבוש את העיר פרנה; בקרב הראשון בהיסטוריה הארגנטינאית בה נעשה שימוש במקלעים.
ב-12 ביולי 1870 לופס חורדן כבשו את בירת הפרובינציה - קונספסיון דל אורוגוואי (Concepción del Uruguay) - אך נאלצו לסגת מייד לאחר מכן.
זמן קצר לאחר מכן הוא נטש את כל הערים בהן שלט ונסוג לאזורי הכפר, תוך שהוא ממשיך בהתכתשויות מקומיות עם צבא ארגנטינה, ולבסוף ניסה לפתוח חזית חדשה ולפלוש לקוריינטס תוך הסתייעות בפדרליים המקומיים; אך ספג מפלה ניצחת בקרב נייאמבה (Ñaembé) ב-26 בינואר 1871 מידי מושל קוריינטס - סנטיאגו בייביאנה (Santiago Baibiene).
לופס חורדן נאלץ לסגת חזרה לאנטרה ריוס, נמלט לאורוגוואי, ובסוף פברואר לברזיל.
המערכה השנייה של לופס חורדן.
הממשל ארגן בחירות ללא נציגים פדרליים, והמושל אמיליו דופורטל (Emilio Duportal) ומחליפו לאונידס אצ'אגואה (Leonidas Echagüe) הדיחו את כל בעלי התפקידים המזוהים עם הפדרליים - שהיוו ככל הנראה רוב מוחלט בפרובינציה, כולל מורים וכמרים.
הפדרליים הזעיקו לעזרתם את לופס חורדן הגולה בברזיל, ובמאי 1873 הוא חצה את נהר אורוגוואי וחזר לפרובינציה.
תוך יומיים הוא השתלט על כל הפרובינציה למעט הערים הגדולות, וגייס צבא בן 16,000 איש שכלל גם ארטילריה.
הנשיא סרמיינטו הורה על התערבות צבאית.
הוא אף נקב בפרס כספי על ראשו של לופס חורדן; אך הקונגרס דחה זאת.
שר המלחמה מרטין דה גאינסה (Martín de Gainza) מונה כמפקד כוח ההתערבות שכלל שלוש דיוויזיות.
שוב פרצו קרבות בכל רחבי הפרובינציה, וב-9 בדצמבר 1873 לופס חורדן הובס בקרב דון גונסלו (Don Gonzalo) ורבים מקציניו שנפלו בשבי - חוסלו.
הפדרליים המובסים ניסו עדיין להתנגד, אך ב-25 בדצמבר 1873 לופס חורדן נאלץ שוב להימלט לאורוגוואי.
הניסיון האחרון.
חרף כל התבוסות, הפדרליים ניסו שוב להתקומם וב-25 בנובמבר 1876 לופס חורדן שב לפרובינציה, אך בטרם גייס כוח משמעותי - הובס בקרב אלקרסיטו (Alcaracito) ונפל בשבי.
לאחר שלוש שנות שבי הוא הצליח להימלט לאורוגוואי ולא שב עוד לאנטרה ריוס. הוא חזר לבואנוס איירס ונרצח בה ב-1889.
כך בא אל קיצו המרד הפדרלי האחרון בארגנטינה, והמפלגה הפדרלית הובסה לחלוטין.
המפלגה האוטונומיסטית מילאה את החלל שהמפלגה הפדרלית הותירה אחריה במהלך סוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20, והיא הפכה במשך הזמן למפלגה השמרנית.
מלחמות האזרחים במהלך שנות ה-70 של המאה ה-19.
אף על פי שהמפלגה הפדרלית חוסלה, ממשיכי דרכם - הליברלים האוטונומיסטים - המשיכו להיאבק בנטיות של האוניטארים ושל ממשיכי דרכם - הליברלים תומכי מיטרה - לכפות את הדומיננטיות של בואנוס איירס על הרפובליקה.
שנות ה-70 המוקדמות.
המושל הליברלי של קוריינטס והמנצח בקרב נייאמבה - סנטיאגו באייביינה - סיים את כהונתו זמן קצר לאחר הקרב, הוביל לבחירתו של אגוסטין פדרו חוסטו (Agustín Pedro Justo) בסוף 1871, והתמנה למפקד הצבא בדרום הפרובינציה. ימים מעטים לאחר מכן פרץ מרד ודסידריו סוסה (Desiderio Sosa) הדיח את חוסטו והתמנה למושל במקומו.
חוסטו נמלט לבואנוס איירס וביקש מהנשיא סרמיינטו להתערב בנעשה בקוריינטס, אך סרמיינטו סירב.
בקרב טבקו (Tabaco) ב-4 במרץ 1872 הביס סוסה את באייביינה, אך איפשר לכוחותיו לעזוב את קוריינטס; ובבחירות ניצחו האוטונומיסטים (ממשיכי דרכם של הפדרליים).
בסנטיאגו דל אסטרו, המושל מנואל טבואדה (Manuel Taboada), מתומכיו של הנשיא הקודם - ברטולומה מיטרה, העביר את השלטון לאלחנדרו מונטס (Alejandro Montes) שהחליט למשול מבלי לשתף את משפחת טבואדה, וכתוצאה מכך - מנואל טבואדה הדיח אותו ביוני 1871.
אחת מיחידות צבא ארגנטינה ניסתה להחזיר את מונטס לתפקידו, אך בשל היעדר סיוע - הובסה.
מנואל טבואדה מת בספטמבר 1871, אך אחיו אנטוניו טבואדה (Antonio Taboada) והמושל אבסלון איבארה (Absalón Ibarra) המשיכו בדרכו. הם תמכו בבחירתו מחדש של מיטרה לנשיא בבחירות ב-1874, אך הוא הובס בידי ניקולאס אבז'אנדה (Nicolás Avellaneda).
ההפיכה של 1874.
מאז 1862 היו שתי מפלגות ליברליות: אחת מהן - המפלגה האוטונומיסטית - העלתה לנשיאות את דומינגו פאוסטינו סרמיינטו ב-1868; והשנייה נקראה "הליברלית", שאפה לדומיננטיות יתר של בואנוס איירס, ובראשה עמד ברטולומה מיטרה.
בבחירות לבית הנבחרים ב-1874 ניצחה בבואנוס איירס האופוזיציה הליברלית, אך הרשות המחוקקת שינתה את התוצאות והעניקה את הניצחון למפלגה האוטונומיסטית, פרקטיקה מקובלת באותה תקופה.
הליברלים המתינו לתוצאות הארציות בבחירות לנשיאות שנערכו ב-12 באפריל 1874 שבהן ניצח המועמד האוטונומיסטי - ניקולאס אבז'אנדה.
משאושרו התוצאות בידי בית הנבחרים ב-18 ביולי 1874, ברטולומה מיטרה העמיד את עצמו בראש קשר.
סרמיינטו ניסה למנוע הפיכה ולהעביר מתפקידם את המפקדים המזוהים עם מיטרה, אך מפקד הצי סירב לעזוב את תפקידו, פתח בהפיכה ב-23 בספטמבר 1874, ויחד עם מפקדים נוספים גייס כוח בן כ-5,000 איש בדרום הפרובינציה של בואנוס איירס שהפיקוד עליו עבר בהמשך לידי מיטרה עצמו.