מבין מחקריו על תקופות היסטוריות אחרות תופס מקום מיוחד מאמרו המקורי והמקיף על פראג וארצות מרכז אירופה במאה ה-16, בשם "הרקע ההיסטורי של משנתו הלאומית והחינוכית של המהר"ל מפראג", שראה אור בכרך יובל החמישים של כתב העת ציון, בכותרתו האנגלית מקופלת התיזה של מחקרו: “The Historical Background of the National and Educational Teachings of Rabbi Juda Loeb Ben Bezalel of Prague: A Suggested New Approach to the Study of MaHaRaL”. נקודת המוצא במחקרו של קולקה הם רעיונותיו של המהר"ל שעוררו תמיהה של חוקרים רבים. גם הוא עומד על ייחודם של רעיונות אלה, כגון המובאות הבאות שמביא מחיבורו של המהר"ל נצח ישראל ביחס למהותן של האומות, אמונתן הדתית ומקומן בתוך הבריאה: "אין ראוי שתהיה אומה משעבדת באחרת להכביד עול עליה כי הש"י [השם יתברך] ברא כל אומה ואומה לעצמה. [...] כי האדם בוחר לו אלוהות אשר ידמה אשר הוא לחלקו. [...] כל אומה נחלקת לאלוהות כפי אשר במחשבתם אשר היה לחלק[ה]...". ובאשר לעם ישראל, גלותו מארצו וגאולתו על פי אותו סדר של הבריאה, הוא ממשיך לצטט מדברי המהר"ל בסגננו המיוחד:
בתמצית הנלווית למאמרו הוא מסכם תחילה את מצב המחקר המתייחס לתמיהה זו.
במחקרו זה ניסה קולקה להאיר באור חדש את אפשרויות המחקר ההיסטורי בתורתו הלאומית והחינוכית של המהר"ל על רקע מגוון מקורות שונים והמציאות הפוליטית, החברתית והדתית של אירופה המרכזית בזמנו של המהר"ל. לדבריו אין די בניתוח השקפות המהר"ל על רקע כתבי בני זמנו וקודמיו היהודים בלבד. ייחוד רעיונותיו של המהר"ל בשני הנושאים הללו של הגותו, ואף הקשר ביניהם עשויים להתפרש מתוך התבוננותו במציאות זמנו ובדיקת דרכי ההשפעה האפשריות של רעיונות והלכי רוח מיוחדים ונסיבות היסטוריות ספציפיות בארצות שבהן פעל.
עיקרו של מחקר זה בנושא תורתו הלאומית של המהר"ל בוחן את הערוצים השונים בהם נחשף המהר"ל לצירוף המיוחד של דת ולאומיות של בוהמיה הפוסט-הוסיטית בעידן הרפורמציה והקונפליקטים בין האומות וחייהן זו בצד זו. בקונטקסט היסטורי זה מוצא קולקה מענה משכנע: הן לייחודה ומקוריותה של מחשבתו היצירתית היהודית של המהר"ל, והן לרלוונטיות שלה למציאות תקופתו.
בגישה מתודולוגית דומה בוחן קולקה את תורתו החינוכית החדשנית של המהר"ל. אחת הדוגמאות הבולטות במחקרו היא פתרון התמיהה וחוסר הפשר לכאורה של קווי הדמיון, בין משנתו החינוכית של המהר"ל לבין זו של "מורה העמים" יאן עמוס קומניוס במחקרו של אהרון קליינברגר. העובדה שקומניוס היה בן 17 בלבד בשנת מותו של המהר"ל, מוציאה לדעתו מכלל אפשרות את השפעת קומניוס על המהר"ל. וממילא אין להעלות על הדעת את השפעת המהר"ל על קומניוס. אך קולקה מוכיח שקומניוס, שהיה הבישוף האחרון של הזרם הנוצרי ההומניסטי "האחים הבוהמיים" (בלטינית: Unitas Fratrum), והיה ממשיכם ומסכם תורתם ושיטתם החינוכית של מוריו מזרם זה, שהיו בני דורו ובני שיחו של המהר"ל מפראג. עיקר המחקר הזה מתרכז בעשרים שנות כהונתו של המהר"ל כ"ראש קהילות מדינת מורביה", בקרבת מרכזם החינוכי של "האחים הבוהמיים". במרכזם זה תרגמו, והוציאו לאור, כהבראיסטים מעולים, את התרגום הצ'כי המפואר של התנ"ך (בצ'כית: Bible kralická). מקצת מדיוניו וויכוחיו של המהר"ל עם "חכמים נוצרים", המשוקעים בכתביו, מתרחשים בסביבה זו. אך קולקה עומד גם על כך שמחקרו, המעמיד את רעיונותיו ופועלו של המהר"ל בהקשר ההיסטורי הרלוונטי שלהם, אינו מחייב ויתור על ראיית מקוריותם היצירתית. רעיונות אלה אף שהם קשורים במציאות זמנו שואבים ממקורות עמוקים הרבה יותר ונושאים מסרים הרחק מעבר לכך. בעייתיות זו, ובתוכה מחקרו של קולקה, נדונה בהרחבה בכנס הבינלאומי של חוקרי המהר"ל, שנערך לציון 400 שנה לפטירתו, מטעם האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים והחברה ההיסטורית הישראלית בשנת 2009 בירושלים, ונועדו להתפרסם מטעמן.
"נופים ממטרופולין המוות".
ספרו האחרון של קולקה: נופים מטרופולין המוות. ובכותרו האנגלי: "Landscapes of the Metropolis of Death. Reflections on Memory and Imagination", ראה אור בשפות רבות באירופה ובחוצה לה והוא שונה במהותו מפרסומיו המדעיים.
בעקבות פרסומו זכה הספר לדיון נרחב בעיתונות ובמדיה האלקטרונית בישראל, וברחבי העולם, במיוחד באנגליה,
צרפת וגרמניה. רוב הדיונים עמדו על השוני של הלשון וההתבוננות בספר זה בתוך הספרות העשירה על תקופת השואה, ועמדו על מקומו המיוחד לצד ספריהם האוטוביוגרפיים של שאול פרידלנדר, פרימו לוי ואימרה קרטס. כך כתב תומאס ו. לקוויר בעיתון גארדיין הלונדוני:
"על עדותו של פרימו לוי נאמר לעיתים קרובות שהיא עדות של כימאי. צלולה, קרה, מדויקת, מרוחקת. על עבודתו של קולקה ניתן לומר אם כן שהיא תוצר של מאסטר היסטוריון: אירונית, חקרנית, נוכחת בעבר, מסוגלת לקשר בין הפרטיקולרי והקוסמי". וניקולס וייל בלה מונד הפריזאי כתב: "ספר שאי-אפשר לשייכו לשום ז'אנר מקובל. ... הצלילות והפיכחון שמלווים את השיבה המדהימה הזאת לעבר מעוררים פליאה השתאות". בצורה תמציתית וקולעת ביותר נוסחו הדברים בנימוקי חבר השופטים ל"פרס וינגייט" בפברואר 2014: Landscapes of the Metropolis of Death achieves the impossible: it invents a wholly new language for living with Auschwitz.
ב-2018 עלה לאקרנים סרטו של הבמאי הגרמני שטפן אאוך "Die vorletzte Freiheit. Landschaften des Otto Dov Kulka" (החירות הלפני אחרונה – הנופים של אוטו דב קולקה), שנעשה בעקבות הספר. הקרנת הבכורה נערכה בפסטיבל הקולנוע היהודי בירושלים. בסרט "הקהל צולל לתוך עולמו של אוטו דב קולקה, בעקבות מחשבותיו לגבי היסטוריה שבלתי ניתן להסביר".
כתביו (מבחר).
מאמריו (מבחר).
מאמרי ביקורת נבחרים
בלועזית
ספרית אפקים
ספרית אפקים היא סדרת ספרי עיון שיוצאת לאור בהוצאת עם עובד.
הסדרה נוסדה ב-1969, והעורך הראשון שלה היה אהוביה מלכין. בתחילה הסדרה הוגדרה בתור "ספריה לבעיות החברה בת-זמננו", אך מאוחר יותר בחירת הספרים שהופיעו בה הלכה והתגוונה לתחומים רבים, בעיקר במדעי החברה ובמדעי הרוח.
סדרת ספרי העיון של ספרית אפקים כוללת ספרים במגוון רחב מאוד של תחומים, מאת מחברים ישראלים (לדוגמה אהרן קציר, יעקב טלמון, שלמה בן עמי, אליעזר שביד, שלמה אבינרי, גרשם שלום, עמוס עוז, עמנואל סיון, זאב שטרנהל, בני מוריס, אביעזר רביצקי, אניטה שפירא, בעז נוימן) ומאת מחברים בולטים מן העולם (לדוגמה רמון ארון, אלבר קאמי, ישעיה ברלין, פואד עג'מי, פרימו לוי, ארווין יאלום, איאן קרשו, ג'ארד דיימונד, ניל פרגוסון).
עורך ספרית אפקים מאז 1987 הוא פרופ' אלי שאלתיאל.
הספרים שראו אור בסדרה.
להלן רשימת ספרי הסדרה (הטבלה ניתנת למיון לפי פרמטרים שונים: מספר סידורי בסדרה, כותר ושם מחבר):
שודד הקן
שודד הקן (בהולנדית: De Nestenrover; 1568) הוא ציור שמן על לוח עץ, מאת הצייר הפלמי פיטר ברויגל האב. התמונה היא בגודל 59 על 68 ס"מ, ומוצגת במוזיאון לתולדות האמנות בווינה.
התמונה מתארת ילד התלוי על ענף בעת ניסיון לגנוב ביצים מקן של ציפור, ואיכר המצביע על הילד. הציור מתאר את הפתגם ההולנדי "מי שיודע היכן הביצים בקן הציפור, יודע זאת. מי שלוקח את ביצי הציפור, הביצים ברשותו". הפתגם מעודד ביצוע פעולה באופן אקטיבי, במקום רק לדבר ולתכנן אותה.
למרות שם התמונה, ברויגל אינו מציב בקדמת הציור את האדם האקטיבי, מבצע הפעולה: את הילד הגונב את ביצי הציפור; אלא דווקא את האיכר המצביע עליו. האיכר, שאינו איש המעשה, מתואר בציור כמהורהר, חולמני, סמוק פנים ומגושם, הלבוש בבגדים מגוחכים (אזור החלציים בולט באופן מופגן, ועוד). הוא אינו שם לב לדרך ואינו מודע לכך שבצעד הבא אותו יעשה יפול למים. בכך חוזר ברויגל על תפיסת התמימות (ואולי "העיוורון") האנושית, אותה הדגיש בציור "משל העיוורים".
בעוד הילד השודד את קן הציפור נמצא למעלה ותופס חלק קטן מהתמונה, בחר ברויגל לצייר את האיכר בקדמת הציור, כשהוא גדול פי שלושה מהילד הגונב את קן הציפור והוא ממוקם במרכז הציר האנכי של הציור. גודלו ומיקומו נותנים לו חשיבות כה רבה, עד שלכאורה הוא הדמות העיקרית בציור. יתר על כן, מיקומו של האיכר על הגבול התחתון של התמונה, מביא אותו למצב של קרבה ישירה אל המתבונן. האיכר בעל הגוף המסורבל עם ההבעה המוזרה על פניו נראה כמעט כנופל מן התמונה אל הצופה. בתחתית התמונה נמצאים מים, אליהם עתיד האיכר ליפול בצעד הבא שיעשה, דבר המהווה הקדמה לאפיזודה קומית ומעלה חיוך על פני המתבונן.
בדומה לציור "משל העיוורים", אף כאן משתעשע ברויגל בסוגיית שיווי המשקל של הדמויות בתמונה. בנוסף לאיכר בקדמת התמונה, שהצופה יודע כי ימעד בעוד רגע ויפול למים, גם הילד שודד הקן אינו יציב. כובעו כבר נפל מראשו, והוא נאלץ להיאחז בשתי ידיו וברגליו בענפים על מנת שלא ליפול.
הצבת הדמות במרכז התמונה, כשמעליה ענפי העץ, מאפשרת חלוקה כמעט דיכוטומית של התמונה לגוונים: צד השמאל הקרוב אל הצופה הוא כהה, בעוד הצד הימני, הנחווה כמרוחק, הוא חלש ודהוי. הצבת דמות האיכר במרכז התמונה, בצבעי חום על גווניו השונים, מאפשרת את חלוקת התמונה לשניים מבלי שהדבר יפגע בקומפוזיציה. הצבע האדום במכנסיו של הילד שודד הקן הוא ייחודי בתמונה וצעקני, ובכך מאפשר התמקדות בו למרות קטנו ואזכורו הצידי כביכול.
הילד שודד הקן הוא הנגדה לאיכר במובנים רבים. הוא אינו "מהורהר" אלא פועל באופן אקטיבי. הוא שולט בגופו למרות הקושי שבטיפוס על העץ, בניגוד לאיכר העומד ליפול. בגדיו מהודרים יותר מבגדי האיכר, ובעיקר: הוא עושה מעשה.