רובסון אימן את הקבוצה למשך עונה אחת, 1996/97. בעונה זו נרכש החלוץ הברזילאי רונאלדו בן ה-20 מפ.ס.וו. איינדהובן תמורת 19.5 מיליון דולר. למרות גילו הצעיר, כבר היה רונאלדו לאחד השחקנים הטובים בעולם ואף זכה בינואר 1997 בפרס כדורגלן השנה בעולם בגיל 20 בלבד, שיא שטרם נשבר. בעונתו היחידה במועדון כבש רונאלדו 47 שערים ב-49 משחקים והוביל את ברצלונה לזכייה בגביע המחזיקות (ניצחון 1–0 על פריס סן-ז'רמן בגמר), גביע המלך (3–2 על ריאל בטיס) והסופר קאפ הספרדי (6–5 על אתלטיקו מדריד בסיכום שני המשחקים). בליגה הבקיעה ברצלונה 104 שערים, שיא שיישבר רק בעונת 2008/09, אך למרות זאת סיימה שנייה בליגה, 2 נקודות מתחת האלופה ריאל מדריד. רובסון ספג ביקורת על שגיאות טקטיות ועל הסתמכותו הרבה על רונאלדו ופוטר בסוף העונה. רונאלדו זכה על עונה מדהימה זו בכדור הזהב (והיה לזוכה הצעיר ביותר בפרס, שיא שעדיין לא נשבר), כדורגלן השנה בעולם (בפעם השנייה ברציפות), נעל הזהב האירופית, פרס בראבו ופרס הפיצ'יצ'י, כל זאת בגיל 21 בלבד. אך למרות זאת נמכר לאינטר האיטלקית תמורת 27 מיליון דולר, לאחר שהמשא ומתן עם הנהלת ברצלונה על הארכת חוזהו כשל.
לקראת עונת 1997/98 מונה המאמן ההולנדי לואי ואן חאל למאמן הקבוצה במקום רובסון. ואן חאל מינה את רונאלד קומאן לעוזרו וגיבש קבוצה חזקה שנשענה על ז'וזפ גוארדיולה (שהתמנה לקפטן לאחר עזיבתו של גאורגה פופסקו), לואיש פיגו, לואיס אנריקה (שהגיע עונה לפני כן מריאל מדריד), אבלרדו והחלוץ הברזילאי ריבאלדו, שנרכש תמורת 26 מיליון דולר מדפורטיבו לה קורוניה. אליהם צירף ואן חאל מספר שחקנים הולנדים, כמו מיכאל רייזיחר ורוד הספ. ואן חאל זכה להצלחה מיידית, כאשר זכה בדאבל בעונתו הראשונה. בליגה, זכתה ברצלונה בפער של 9 נקודות מסגניתה (כולל שני ניצחונות בקלאסיקו, לראשונה מאז עונת 1993/94). בגמר גביע המלך ניצחה ברצלונה 5–4 בדו-קרב פנדלים את מיורקה וזכתה בגביע בפעם השנייה ברציפות. כמו כן זכתה ברצלונה בסופר קאפ האירופי לאחר ניצחון 3–1 על בורוסיה דורטמונד, מחזיקת הגביע בליגת האלופות, משעריהם של ריבאלדו ולואיס אנריקה. בליגת האלופות הודחה ברצלונה כבר בשלב הבתים, ואת הסופר קאפ הספרדי הפסידה לריאל מדריד לאחר הפסד 3–5 בסיכום שני משחקים.
לקראת עונת 1998/99 החתים ואן חאל בברצלונה מספר גדול של שחקנים הולנדים, בהם פטריק קלייברט (ממילאן תמורת 8.75 מיליון אירו), האחים רונאלד ופרנק דה בור (מאייאקס תמורת 22 מיליון אירו), פיליפ קוקו ובודווין זנדן. כמו כן עלה מהנוער הקשר הספרדי בן ה-18 צ'אבי, שעתיד להיות שיאן ההופעות של ברצלונה בכל הזמנים ואחד מהשחקנים הגדולים בתולדותיה. צ'אבי שיחק באותה עונה כמחצית מהמשחקים והפך במהרה לשחקן הרכב קבוע עד לפרישתו, 17 עונות לאחר מכן. לאחר פתיחת עונה מהוססת (19 נקודות בלבד ב-14 המחזורים הראשונים), התאוששה ברצלונה וזכתה באליפות הליגה בפעם השנייה ברציפות, עם פער של 11 נקודות מסגניתה, ריאל מדריד. בליגת האלופות, הודחה ברצלונה שוב בשלב הבתים, לאחר שהוגרלה ל"בית המוות" יחד עם באיירן מינכן ומנצ'סטר יונייטד. את הסופר קאפ הספרדי הפסידה למיורקה, ומגביע המלך הודחה על ידי ולנסיה ברבע הגמר.
בקיץ 1999 עזב הבלם הוותיק מיגל אנחל נדאל. בעונת 1999/2000 הפסידה ברצלונה את הליגה לדפורטיבו לה קורוניה. לעומת זאת, בליגת האלופות לראשונה קצר ואן חאל הצלחות כשסיים את שני שלבי הבתים בראשות הבית עם 9 ניצחונות מתוך 12 משחקים. ברצלונה ניצחה 6–4 את צ'לסי ברבע הגמר, אך הפסידה 3–5 לולנסיה בחצי הגמר, והודחה מהמפעל. ריבאלדו סיים עונה זאת כמלך השערים של ליגת האלופות, עם 10 שערים. ב-20 במאי 2000, ימים ספורים לאחר אובדן האליפות, התפטר ואן חאל ממשרת המאמן. במקומו מונה לורנס סרה פרר, מאמן קבוצת הנוער. יחד עם ואן חאל עזבו גם מספר שחקנים הולנדים, רונאלד דה בור, וינסטון בוחארדה ורוד הספ. בעונה זו קידם ואן חאל את קרלס פויול בן ה-21 מהנוער כמגן ימני, במקומו של רייזיחר ממנו לא היה ואן חאל מרוצה. פויול עתיד להופיע במדי ברצלונה למעלה מ-600 פעמים והוא יהיה הקפטן בתור הזהב הגדול בתולדותיה.
ב-1 ביולי 2000 עבר כוכב הקבוצה, לואיש פיגו, באופן מתוקשר ליריבה המרה ריאל מדריד, לאחר שזו שילמה את סעיף השחרור המלא שלו, 37 מיליון אירו, מה ששבר את כל שיאי ההעברות באותם ימים. הבאתו של פיגו הייתה הבטחת בחירות של נשיא ריאל מדריד הנבחר פלורנטינו פרס כחלק מתוכנית ה'גלקטיקוס' שקידם, אך פיגו, שהיה השחקן האהוב ביותר על אוהדי ברצלונה וסגן הקפטן, שלל בפומבי מעבר לריאל מדריד, וכשהתגלתה האמת הפך פיגו לשנוא במיוחד על אוהדי ברצלונה, עד כדי כך שכשהופיע בקאמפ נואו במדי ריאל מדריד במסגרת הקלאסיקו בנובמבר 2002, הוא זכה לקריאות 'יודאס' (רמז ליהודה איש קריות) ואף נזרק עליו ראש חזיר.
ב-23 ביולי 2000 התפטר נונייס מנשיאות המועדון לאחר 22 שנה. בתקופתו כנשיא הפכה ברצלונה לאחד ממועדוני הכדורגל הגדולים, העשירים והמצליחים בעולם. מספר חברי המועדון גדל מ-77,905 ל-106,000, מספר מועדוני האוהדים גדל מ-96 המרוכזים בעיקר בספרד ל-1,300 ברחבי העולם כולו. נונייס הקים את אקדמיית הנוער של המועדון, "לה מאסיה", הרחיב את הקאמפ נואו לתכולה של 115,000 צופים, בנה את המיני אסטדי ב-1982, את "מוזאון בארסה" ב-1984, והרחיב את הפלאו בלאוגרנה ב-1994. למרות הצלחתו הרבה, נונייס ספג ביקורת בשל מדיניותו הקשוחה כלפי דרישות שכר מצד השחקנים, מה שהוביל לעזיבתם של שחקנים חשובים רבים, כמו מראדונה, רונאלדו, שוסטר ורומאריו.
עידן גספארט.
לאחר התפטרותו של נונייס, מונה ז'ואן גספארט, סגן הנשיא במשך 22 שנים, לנשיא. התפטרותם של נונייס וואן חאל גרמה לתקופה של חוסר יציבות ממושכת ותקופת נשיאותו של גספארט היא מן הגרועות בתולדות המועדון.
עונת 2000/01.
גספארט בזבז את הכסף שנכנס לקופת המועדון ממכירתו של פיגו על שחקנים שלא הביאו תועלת לקבוצה, כמו מארק אוברמארס (25 מיליון אירו מארסנל), עמנואל פטי (14 מיליון אירו מארסנל), ג'רארד לופס (בוגר ה'לה מאסיה', 22 מיליון אירו מולנסיה) ואלפונסו (16.5 מיליון אירו מריאל בטיס). המאמן החדש, לורנס סרה פרר, כשל, ברצלונה הודחה מליגת האלופות כבר בשלב הבתים הראשון, ונשרה לגביע אופ"א, שם הודחה על ידי ליברפול בחצי הגמר. סרה פוטר באפריל 2001, לאחר הפסד 1–3 לאוסאסונה, שגרם לברצלונה לרדת למקום החמישי בטבלה ובמרחק של 17 נקודות מהמוליכה, ריאל מדריד. במקומו מונה שחקן העבר קרלס רשאק, תחתיו הפסידה הקבוצה בחצי גמר הגביע, אך הצליחה לסיים במקום הרביעי בטבלה על חשבון ולנסיה (לאחר ניצחון 3–2 במחזור האחרון על ולנסיה, משלושער מרהיב של ריבאלדו), ובכך שמרה על מקומה בליגת האלופות בעונה הבאה.
עונת 2001/02.
בקיץ עזב גוארדיולה לאיטליה. החלוץ הארגנטינאי הצעיר חבייר סביולה נרכש מריבר פלייט תמורת 35 מיליון אירו. בליגת האלופות הציג רשאק הצלחה יחסית כשסיים בראשות הבית בשני השלבים, אך ברצלונה הודחה בחצי הגמר לאחר הפסד 1–3 ליריבתה המקומית ריאל מדריד (שגם זכתה בתואר). בליגה סיימה ברצלונה שוב במקום הרביעי, ובגביע המלך הודחה ברצלונה באופן משפיל כבר בשלב הראשון על ידי UE Figueres ששיחקה בליגה השלישית.
עונת 2002/03.
במאי 2002 מונה ואן חאל בשנית למאמן. ביוני החליטה ההנהלה לשחרר את ריבאלדו מחוזהו, שנה לפני מועד סיומו המקורי, והוא עזב את הקבוצה למילאן. ריבאלדו הבקיע 130 שערים ב-235 הופעות במדי ברצלונה והוא ממוקם במקום השמיני בטבלת מלכי השערים בכל הזמנים של ברצלונה. ביולי נרכש השחקן הארגנטינאי חואן רומן ריקלמה תמורת 10 מיליון אירו ששולמו לבוקה ג'וניורס. באותה עונה קיבל לואיס אנריקה את סרט הקפטן, לאחר עזיבתו של סרג'י ברז'ואן. ואן חאל נחל הצלחה בליגת האלופות עם מאזן של 11 ניצחונות מ-12 משחקים בשני השלבים הראשונים. אולם בגביע המלך הודחה ברצלונה שוב בשלב הראשון, הפעם על ידי Novelda CF, גם היא מהליגה השלישית, ובליגה הייתה ברצלונה במאזן איום, עם 23 נקודות לאחר 19 מחזורים. ואן חאל פוטר ב-27 בינואר 2003 לאחר הפסד 0–2 לסלטה ויגו שגרם לברצלונה לרדת למקום ה-12. במקומו הוחתם המאמן הסרבי רדומיר אנטיץ'. אנטיץ' אימן את הקבוצה עד סוף העונה, ותחתיו ברצלונה הודחה מליגת האלופות ברבע הגמר על ידי יובנטוס בתוצאה 2–3, את הליגה סיימה במקום השישי המוביל לגביע אופ"א. מכיוון שהגיע בעיצומה של העונה, היה אנטיץ' מוגבל מבחינת כוח אדם, והוא העניק הזדמנויות למספר שחקני נוער, ובמיוחד השוער בן ה-20 ויקטור ואלדס והקשר בן ה-18 אנדרס אינייסטה, שניהם יהיו מגדולי השחקנים של ברצלונה בכל הזמנים.
ב-12 בפברואר 2003 התפטר הנשיא גספארט, לאחר שהוביל את המועדון לשפל ספורטיבי וכלכלי. סגנו אנריק ריינה, מילא את מקומו עד מאי. ב-15 ביוני התקיימו הבחירות לנשיאות המועדון, ובהן ניצח ז'ואן לאפורטה הצעיר והכריזמטי, מנהיג תנועת הפיל הכחול, ברוב של 52.57% מהקולות. גספארט היה ועודנו הנשיא היחיד מאז שנות הארבעים שבתקופת כהונתו לא זכה המועדון באף גביע.
עידן לאפורטה (2003–2010).
תקופת רייקארד (2003–2008).
עונת 2003/04.