הסובייטים רצו לקרב אליהם את הערבים ולסגור את משבר האמון שנוצר בעקבות מפלתם במלחמת ששת הימים. במהלך התקופה נבנה כוח ימי סובייטי גדול באזור הים התיכון, שהתבסס בנמלי מצרים וסוריה. אוניית ביון הוצבה באופן קבוע כ-40 מיל ימי מחופי ישראל לקליטת תשדורות ומעקב אחרי השיט וחיל הים הישראלי.
הסובייטים סיפקו לצי המצרי ספינות טילים מדגם אוסה וצוללות. יועצים סובייטיים הדריכו את אנשי הצי המצרי בשימוש באמצעי הלחימה, פיקוד על כלי שיט, כלי שטח וצוללות, הכשרת מפקדים וסגלי כלי השיט לנהל קרבות ימיים, לתקוף יעדים בחופי ישראל, לאתר ולפגוע בצוללות ישראליות, לבצע החפת כוחות בחופי ישראל, ולהגן על חופי מצרים, בסיסי הצי, ומתקנים חיוניים שונים.
היועצים הסובייטיים היו שותפים בתכנון והשתתפו בפעילות המבצעית של הצי המצרי – טיבוע המשחתת אילת, הפגזת מוצבי צה"ל ברומאני. ביזמת היועצים הסובייטים קיימו המצרים שבעה מבצעי צוללות במהלכם אספו מודיעין על יעדים לאורך חופי ישראל מבלי להתגלות.
גזרות הפעילות בים.
גזרת התעלה.
פיצוץ קווי רכבת – המצרים המשיכו בפעילות מבצעית בסיני. ב-3 ביולי 1967 פוצצו פסי הרכבת בקו קנטרה אל-עריש. הוחלט על פעולת תגמול דומה מצדה המערבי של התעלה והביצוע הוטל על שייטת 13. השייטת התמחתה בסוג זה של מארבים וחבלה בדרך הים. המש"ט דב שפיר ראה בכך הזדמנות לחזור לפעילות מבצעית. הפעולה, שכונתה "ברזלית", כללה שני כוחות בפיקוד שאול זיו וגדי שפי, שפעלו במקביל, חצו את התעלה בשחייה וגילו את הזרם הקבוע השורר בה מצפון לדרום. מפקד חיל הים שלמה אראל ראה חשיבות בחזרתה של שייטת 13 לפעילות מבצעית והצורך המחודש בשירותי הצוללים.
מניעת השיט בתעלה – כאשר התברר שסירות שירות מצריות שטות באופן חופשי בתעלת סואץ ובאגמים הסתבר בדיונים מול האו"ם שהמצרים רואים את קו הפסקת האש על הגדה המזרחית של התעלה, בעוד ישראל ראתה את הקו כעובר במרכז התעלה, מרחק שווה מגדותיה. ב-14 ביולי 1967 נקבעה לשר הביטחון משה דיין פגישה עם ראש משקיפי האו"ם, הגנרל אוד בול, לדון בסוגיה. דיין שאף להציג שיט ישראלי בתעלה כעובדה. ללא נוהל מבצעי מסודר הובאו למקום סירות גומי, נושאות דגל ישראל, שהושטו על ידי אנשי חיל הים בשישה מוקדים לאורך תעלת סואץ. הפעילות זכתה מאוחר יותר לשם מבצע ברק.
סרן גדי שפי, משייטת 13, הביא למזח התעלה סירת 'ברטרם' על רכב מוביל, במגמה לרדת למים. המצרים הופתעו מסירות הגומי בתעלה וכשהבחינו בכלי שיט על המשאית, הגיבו בירי מיידי. כוחות צה"ל באזור דרום התעלה נערכו לתגובה עקיפה אך תנאי השטח לא אפשרו לתת חיפוי ישיר למזח ולסירות הדגל. האש המצרית פגעה בסירה ומשיטי הסירות נאלצו להפסיק את השיט ולחפש מסתור.
זוג שייטים שהיה קרוב למזח ומפעיל נוסף שחיכה לתורו בחוף הצליחו להתחמק. בזוג השני היו סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור שהיו במרכז התעלה ומול משטח רדוד. לאחר שסירתם טובעה, הסתתרו מאחורי עמוד עיגון. כוח מצרי בשתי סירות חתירה, הגיע בלא הפרעה ושבה אותם. באזור קנטרה הושטה סירה, עם דגל ישראל גדול, על ידי ישראל אסף ושלמה אסיף. במרכז התעלה נפתחה אש מקלעים שפגעה בקרבתם והם חזרו לחוף המזרחי. לאחר מחצית השעה יצאו שוב למרכז התעלה נפתחה אש ונערך דו-קרב טנקים משני צדי התעלה. לאחר שעתיים חזרו השנים לחוף המזרחי. סירתם הפגועה נסחפה לצד המערבי וקבוצת מצרים ניסו להוציא אותה מהמים. פגז של טנק ישראלי חיסל את הסירה והמצרים. שתי סירות שהפגינו שיט באגם המר עשו זאת ללא הפרעה.
נוכחות באגם המר – כדי לוודא שלא מתקיימת פעילות מצרית הורדה חולית שייטים משייטת 13 מצוידים בסירות גומי וערכו סיורי יום ולילה באגם.
מארב ממערב לתעלה – ב-11 במאי 1969, במבצע בולמוס 3, צלחו צוותים של סיירת מטכ"ל ושייטת 13 את תעלת סואץ, צליחה שקטה, ללא מנועים. עם הגיעם לחוף הכינו מארב על הכביש, הסתערו על רכב מצרי, פגעו בו, הרגו שני חיילים מצרים ושבו לגדה המזרחית. שני לילות לאחר מכן ב-13 במאי 1969 יצאו הכוחות למבצע בולמוס 4, פשיטה נוספת לגדה המערבית של תעלת סואץ. המצרים גילו את כוחות היחידה בעת החציה ופתחו באש חזקה. סג"ם חיים בן יונה נהרג ובנימין נתניהו כמעט טבע.
מבצע סרג'נט – בגזרת התעלה היה מערך מצרי צפוף ומבוצר בעמדות. למרות הקושי בוצעו פשיטות על ידי סיירת שקד ושייטים מיחידה 707 ששותפו בלחימה. פשיטה על עמדות מצריות התקיימה ב-13 מרץ 1970 וכללה פיצוץ העמדות. בפשיטה נמנו 8 הרוגים מצריים והרוג ישראלי.
מבצע ויקטוריה – בליל 10/11 יוני 1970 קיימה סיירת שקד בשיתוף 20 לוחמים מיחידה 707 פשיטה על גזרת מוצבים בת שלושה ק"מ מעבר לתעלה. 21 מצרים נהרגו. לכוחות ישראל ארבעה הרוגים ו-17 פצועים. יחידה 707 הפכה במבצע זה ליחידה לוחמת ושמה של היחידה השתנה מיחידת צוללים הגנתית ליחידה לחבלה ימית.
הפעילות בזירת ים סוף.
גזרת מפרץ סואץ.
הפגנת נוכחות – בתקופה הראשונית שאף שר הביטחון, משה דיין, להוכיח למצרים את עובדת קיום ישראל ביציאה הדרומית מהתעלה. מדי שבוע קוימו סיורים באור יום על ידי טרפדות 16 מטר ונחתת. כלי השיט הופגזו מתותחי סוללת החוף אך לא היו נפגעים.
הפקת נפט – לאחר מלחמת ששת הימים השתלטה ישראל על שדות הנפט בסיני ובמפרץ סואץ, והפיקה נפט מהשדה היבשתי והימי של אבו רודס. שדה הנפט באבו רודס נמנה עם 100 שדות הנפט העשירים בעולם. היו בו כ-100 בארות מתוכם 12 בארות ימיות במפרץ. ב-11 ביוני 1967 ליוו אנשי שייטת 13 את מנהלי חברת "נתיבי נפט", מוטי פרידמן ודן קמחי, למקום. המכלים בערו ורוב הציוד ניזוק. במקום נמצאו 16 אנשי נפט איטלקים שחזרו לארצם. ב-21 ביולי 1967 יצאה המכלית "סמסון" של חברת אל-ים אניות עם 24 אלף טון נפט ממעגן בלעים לאילת. הכמות המצטברת שהועברה תוך שישה חודשים הגיעה למיליון טון דלק. ומאז לא פסקה הובלת הנפט – למעט בימי הקרבות במלחמת יום הכיפורים – עד למסירת השדה למצרים בנובמבר 1975.
בצפון המפרץ עסקה מכלית קטנה, "סירינה", בהעברת נפט משדה ראס סודר למכלים בחוף אבו רודס ומשם הועבר הדלק לאילת במכליות גדולות. השדות הופעלו על ידי חברת "נתיבי נפט" ובמקום הוקם יישוב לעובדים בשם שלהבת. תפוקת הנפט הייתה משמעותית, עד כמחצית מהתצרוכת של ישראל. אף כי שאיבת הנפט על ידי ישראל הייתה לצנינים בעיני המצרים נשמר באזור שקט מתוח.
תפיסת חבלנים - ב-15 בינואר 1969 תפסה אניית העזר אח"י בת גלים בפיקוד זאב אריאל סירה עם 7 מצרים שחזרו מהטמנת מוקשים באזור ראס סודר. למחרת תפסה האנייה סירה נוספת עם שני מצרים שבאו לחלץ את חולית החבלנים.
נזק לשאיבה המצרית – המצרים הפיקו נפט משדות ימיים בצד המערבי של מפרץ סואץ והיה חשוב להם שההפקה תימשך. לאחר גילוי פעולות מיקוש שנעשו על ידם בצד המזרחי הוחלט ללמדם לקח. במרץ 1969 הוטל על לוחמי שייטת 13 לחבל במתקן עגינה בשדה הנפט הצפוני. ה"חזירים" בפיקוד סרן עמנואל פז חיברו מוקשים לעמודי התמיכה. הפיצוץ נראה כאילו לא השפיע אך כאשר הגיעה מכלית וניסתה להתקשר קרס המתקן. לאחר מכן נעשו הכנות לחבלה במתקנים בשדה מורגן הדרומי יותר. ה"חזירים" הועמסו על אניית העזר אח"י בת ים (ת-83) ופורקו בצפון המפרץ. כדי להיערך לפיצוץ נמדדו העמודים וה"חזירים" חזרו לאונייה.
מטרות לפשיטה מהים – נתוני מודיעין ראשוניים העריכו קיום מכ"מים באי גרין ומעגן עדבייה שבצפון מפרץ סואץ. הערכה שהמכ"מים מפריעים להפעלת מטוסים והם הוצבו כמשימה לפשיטה. באזור בוצעו גיחות לילה של צרעות מראס סודר בפיקוד אמנון בן ציון. אחת המטרות לסיורים אלה הייתה לבדוק את מתכונת הזרמים במקום. הגאות והשפל בים סוף גורמים במפרץ סואץ הרדוד לזרמים חזקים. הנתונים שהועברו למודיעין חיל הים נדרשו לסייע בתכנון הפעולות. בן ציון דיווח שלא הובחנה פעילות מכ"ם במקום. המטרות היו מאתגרות לפשיטה מהים ונשארו כמשימה גם לאחר השינוי בהערכה לגבי המצאות מכ"מים.
פשיטת עדביה – בליל 21 ביוני 1969 נערכה פשיטה ראשונה מסוגה של שייטת 13 בחוף האויב בכינוי מבצע בולמוס 5. בפשיטה, שעליה פיקד מפקד שייטת 13, סא"ל זאב אלמוג, כוח בפיקוד רס"ן שאול זיו פשט מהים על תחנת משמר של צבא מצרים בראס עדבייה שבצפון מפרץ סואץ, והרס את המקום. שלא לפי נתוני המודיעין לא נמצאה במקום תחנת מכ"ם. בעת הביצוע התגלו תקלות בכלי הנשק ובמכשירי הקשר. הכוח הישראלי הרג את כל 32 החיילים המצריים שנמצאו בתחנה. שני פושטים נפצעו בפעולה.
תא"ל רפאל איתן, שפיקח על המבצע מסירה בקרבת החוף, הביע את מסקנתו שכוח האש של אנשי שייטת 13 מפוזר וטעון שיפור. הרמטכ"ל חיים בר-לב התרשם לטובה והביע את הערכתו במכתב לסא"ל אלמוג:
הפשיטה על האי גרין – בלילה שבין 19 ו-20 ביולי 1969 נערכה פעולה משולבת, שבמסגרתה פשטו כוחות של שייטת 13 וסיירת מטכ"ל על האי גרין שבצפון מפרץ סואץ, ולאחר לחימה קשה שלטו בו במשך כשעה וחיבלו במבנים שבו. צה"ל איבד שישה לוחמים, והכוחות המצרים ספגו בין 25 ל-36 הרוגים.
פעולה זאת הייתה אירוע מכונן עבור שייטת 13. ההגעה ליעד בצלילה על אף זרם חזק שהסיט את הצוללים ממסלולם. הגיחה מהמים למבנה בגובה שתי קומות תוך לחימה. מפקד השייטת זאב אלמוג פיקד על הפעולה כשמפקד סיירת מטכ"ל מנחם דיגלי מפקד על אנשי הסיירת ותא"ל רפאל איתן נמצא בסירה בקרבת האי. הופגנה דבקות במטרה בכל הרמות בעת התכנון והביצוע.