פקיסטן לא החמיצה כל הזדמנות להפגין את מדיניותה הפרו-ערבית, האנטי-ציונית והאנטי-ישראלית המובהקת, שנבעה בראש ובראשונה מתחושת הזדהות מוסלמית עם מדינות ערביות אחרות. מדיניותה של פקיסטן נגד מדינת ישראל הלכה והקצינה במרוצת השנים. מדינות ערב שנחשבו בשנות ה-50 של המאה ה-20 לפרו-מערביות, כדוגמת ערב הסעודית, ירדן ועיראק, נטו לטובת הפקיסטנים, ואילו מדינות ערב שנחשבו לנייטרליות (כגון סוריה ומצרים) גילו לעיתים תכופות נטיות פרו-הודיות. פקיסטן מצדה לא רק נמנעה מלהעניק הכרה דיפלומטית לישראל, אלא גם תמכה בכל שעה בערבים באו"ם ללא כל סייג או התניה. היא גם סירבה להשתתף באירועי ספורט שישראלים השתתפו בהם (פרט לאולימפיאדת לוס אנג'לס שנערכה ב-1984). פקיסטן נמנעה גם מלהתיר לנציגים ישראלים להשתתף בוועידות בינלאומיות שנערכו בה.
פקיסטן הייתה המדינה היחידה, מלבד הממלכה המאוחדת, שהכירה בריבונות ירדן על שטחי יהודה ושומרון שנשארו בידיה עם סיום הקרבות במלחמת העצמאות ב-1949. ב-1962 הודיעה ממשלת פקיסטן באופן רשמי לכל מדינות ערב שהחרם הכלכלי, התרבותי והמסחרי שהטילה על ישראל הוא מלא וכי היא רואה בישראל "מדינה גזלנית". היא הבטיחה לפעול "לצד מדינות ערב להחזרת הארץ הקדושה הזאת ליושביה החוקיים". ב-4 ביולי 1967, לאחר מלחמת ששת הימים, קיבלה העצרת הכללית של האו"ם הצעה פקיסטנית בעניין המצב בירושלים, שהביעה דאגה על הצעדים שנקטה ישראל לשינוי מעמדה.
איבתה של פקיסטן לישראל לא מנעה בעד ממשלת ישראל מלהסכים בשנים 1961 ו-1963 למכירת תת-מקלעים מסוג "עוזי" דרך חברת FN Herstal הבלגית שייצרה תת-מקלעים אלו ברישיון ישראלי. אך שנים אחדות אחר כך, בעת המלחמה בין הודו ופקיסטן על קשמיר ב-1965, ייעץ מומחה אמריקאי לענייני פקיסטן לשגריר ישראל בארצות הברית אברהם הרמן שישראל תגלה רצון כלפי פקיסטן בתחום הצבאי. הרמן השיב בשלילה.
שנות ה-70 עד 1992: הידוק היחסים עם ארצות ערב ותוכנית הגרעין הפקיסטנית.
בשלהי שנת 1970 פקד את פקיסטן המזרחית ציקלון בולה, שבעקבותיו קיפחו את חייהם כחצי מיליון נפש. ישראל נתבקשה על ­ידי יושב­ ראש העצרת הכללית יחד עם יתר המדינות החברות באומות המאוחדות, להגיש עזרה לנפגעי האסון דרך הצלב האדום הבינלאומי, עזרה במשלוח מרפאות ניידות, תרופות ומזון. פקיסטן סירבה לקבל סיוע זה.
אם בשנים הראשונות לקיומה שמה פקיסטן ביחסי החוץ שלה דגש על קשריה עם העולם המערבי, בפרט עם ארצות הברית, הרי בראשית שנות ה-70 של המאה ה-20 חל שינוי כיוון במדיניות החוץ הפקיסטנית. מדיניות זו אמנם נותרה ברובה פרו-מערבית מתונה, אך נטתה לכיוון מוסלמי יותר. גרמה לכך אכזבתה של פקיסטן ממדינות המערב עקב הפסדה במלחמת הודו-פקיסטן 1971 ובעיקר התעצמות הרגשות האסלאמיים בציבור ועליית כוחן של מדינות המערב. הידוק הקשרים עם המדינות המוסלמיות בכלל ועם מדינות ערב בפרט נבע ממספר סיבות:
בין הארגון לשחרור פלסטין לפקיסטן התפתחו יחסים קרובים וחמים. הפעם הראשונה בה קיבל אש"ף הכרה כנציג הלגיטימי והיחיד של העם הפלסטיני הייתה בכנס הפסגה האסלאמית שנערך בלאהור בפברואר 1974. הכרה זו אושררה שישה חודשים לאחר מכן בפסגה הערבית שנערכה ברבאט, מרוקו. נציגויות אש"ף בקראצ'י ובאסלאמאבאד, בירתה של פקיסטן החל מ-1960, זכו להכרה דיפלומטית מלאה ללא התניה ב-1975. בתקופת האינתיפאדה הראשונה נערכו הפגנות תמיכה באש"ף, וממשלת פקיסטן שיגרה לארגון מזון וציוד רפואי. בעניינה של ישראל הקפידה פקיסטן שלא לנקוט צעד כלשהו העלול לסכן את יחסיה עם ארצות ערב או להסית גורמים אסלאמיים בתוך המדינה. נוסף על כך, התוקפנות הקולנית והבוטה מצד פקיסטן נגד ישראל היוותה פעמים תכופות גורם לחיכוך בינה לבין ארצות הברית. למשל, במרץ 1984 הזהירה פקיסטן את ארצות הברית מפני העברת שגרירותה בתל אביב-יפו לירושלים וכאמצעי הרתעה ניתקה את יחסיה הדיפלומטיים עם קוסטה ריקה לאחר שהאחרונה העבירה את שגרירותה לירושלים באפריל של אותה השנה.
תוכנית הגרעין הפקיסטנית.
ב-1974 הצליחה הודו לייצר נשק גרעיני. פקיסטן הלכה מיד בעקבותיה תוך התעלמות מוחלטת מלחצי ארצות הברית, שלא היו נמרצים, שניסתה להניאה מכך. עבור מאמציה הגרעיניים קיבלה פקיסטן סיוע כלכלי מלוב ומערב הסעודית בסך מאות מיליוני דולרים. ישראל עקבה בדאגה ובחשש אחר פיתוח "הפצצה האסלאמית", שם הנשק הגרעיני שפיתחה פקיסטן בפי קהילת המודיעין הישראלית, שכן נודע על ידיעות כי עיראק קיבלה ידע גרעיני מפקיסטן ובעקבותיהן איראן וערב הסעודית תקבלנה גם כן ידע כזה. בישראל לא היה ספק שעיראק מתכננת להשתמש בכור הגרעיני שבנתה למטרות צבאיות. שיתוף הפעולה הגרעיני בין עיראק לפקיסטן היה עלול לקרב את המועד שבו נשק גרעיני יהיה ברשות עיראק.
ראש ממשלת ישראל, מנחם בגין, ושר החוץ יצחק שמיר פעלו ב-1980 בוושינגטון הבירה ובבירות שונות באירופה לנטרל סכנה זו. הסנאטור אלן קרנסטון התריע בנאום שנשא במליאת הסנאט ב-27 באפריל 1981, על הסכנה שפקיסטן בעלת הנשק הגרעיני עלולה להתערב בסכסוך במזרח התיכון בלחץ מדינות ערב. ישראל הודאגה מאוד לאור ההתפתחויות בפקיסטן, אם כי היו ידיעות כי פקיסטן ביקשה את סיועה של ישראל להפעיל את השפעתה בוושינגטון כדי להביא לפירוק נשק גרעיני של תת-היבשת ההודית ועצירת מרוץ החימוש בינה להודו. הפקיסטנים חזרו והבטיחו שאין להם כל סיבה להתערב בסכסוך הישראלי-ערבי.
חששות מתקיפה ישראלית על מתקני גרעין פקיסטניים.
על אף שתוכנית הגרעין של פקיסטן הייתה ככל הנראה ידועה לישראל, ישראל לא ניהלה מתקפת הסברה נגד האיום הפקיסטני. זאת משום שפקיסטן הצטיירה כמדינה שקולה ואחראית ולא כמדינת טרור כדוגמת איראן ועיראק, ואיום הייחוס מולו בנתה את תוכנית הגרעין היה הודו ולא ישראל. עם זאת, רווחו בפקיסטן, בעיקר בשנת 1988, חששות מפני התקפה משותפת של הודו וישראל על מתקניה הגרעיניים בקהוטא (Kahuta), לא הרחק מגבול קשמיר. ראש ממשלת פקיסטן, נוואז שריף, אמר בריאיון שנערך ב-29 ביולי 1991 לעיתון הפקיסטני "דון" כי הוא חושש שישראל תתקוף את המתקנים הגרעיניים הפקיסטניים. ישראלים שהחזיקו בעמדות מפתח ממשלתיות באותן השנים הכחישו שהייתה כוונה ישראלית לפעול צבאית נגד המתקנים הגרעיניים בפקיסטן. כל זאת למרות הסיוע שהגישה פקיסטן לערבים במלחמת ששת הימים ובמלחמת יום הכיפורים והבטחות שניתנו לסוריה בדבר מעורבות עמוקה יותר במלחמה עתידית, לכשתפרוץ.
שנות ה-90 עד ראשית שנות ה-2000: מגעים.
המגעים הראשוניים.
לאחר כינון יחסי ישראל–סין והנורמליזציה ביחסי הודו–ישראל בינואר 1992 החל משרד החוץ לעקוב אחר המדינות המוסלמיות הגדולות באסיה, בהן פקיסטן. נראו אז כמה סימנים חיוביים שעוררו רושם כי חל שינוי תפיסתי מסוים ביחסה של פקיסטן כלפי ישראל. הסימן הראשון והבולט ביותר היה ראיון שהעניקה שגרירת פקיסטן בוושינגטון, עאבדה חוסיין (באורדו: عابدہ حسین) ב-31 בינואר 1992 עקב העלאת דרג היחסים בין הודו לישראל יומיים קודם לכן. היא אמרה כי לאור העובדה שהפלסטינים נושאים ונותנים עם ישראל וכן הודו מחזקת את יחסיה עמה אין מניעה שפקיסטן תכונן גם היא יחסים דיפלומטיים או בילטרליים עם ישראל. דובר משרד החוץ של פקיסטן פרסם הכחשה לדברים אלו.
נציג הקונגרס היהודי העולמי במלבורן שבאוסטרליה דיווח שנודע לו מפי אנשי עסקים בפקיסטן אשר עמם היה קשור, שמזכיר החוץ הפקיסטני, שהאריאר מוחמד ח'אן (شہریار محمد خان) יהיה מוכן לפתוח בדיאלוג חשאי עם ישראל מאחר שהיה סבור כי פקיסטן תפיק מכך תועלת. ביוני אותה השנה נפגש בוושינגטון חבר הקונגרס סטיב סולרז עם מזכיר החוץ ועם השגרירה ושמע מהם שאינם שוללים פגישה עם נציגי ארגונים יהודיים בארצות הברית. ממשלות ידידותיות שלחו גם הן פניות לממשלת פקיסטן בעניין נורמליזציה ביחסי מדינתם עם ישראל. פגישות אקראיות נערכו בין נציגים פקיסטנים לעמיתיהם הישראלים. באותה תקופה חל שינוי לטובה בעמדתה הפומבית של פקיסטן כלפי ישראל וברטוריקה של נציגים מטעמה בפורומים בינלאומיים. ההנחה שרווחה הייתה שמצבה הכלכלי הקשה של פקיסטן, יחסיה הרעועים עם ארצות הברית באותה עת בעיקר בגלל תוכניותיה הגרעיניות, ורצונה העז לשיפור תדמיתה, עשויים להוות מנוף שישכנע את פקיסטן שהגיעה השעה לשיפור יחסיה עם ישראל. דברים מפורשים בעניין זה נשמעו בפגישות עם נציגים פקיסטנים, בייחוד מי שצידדו בשינוי היחס לישראל ולא נרתעו מקיום מגעים אתה.
פגישת משה יגר ואכרם זאכי.