במאי 1948 עזבו הבריטים את העיר והמלחמה התעצמה. העיר העתיקה נפלה בידי הכוחות הירדניים, אשר השתלטו על מזרחהּ של העיר. בד בבד, השתלט הכוח היהודי על השכונות הערביות במערבה של העיר, בכללן קטמון, טלביה ובקעה. המצור על העיר נמשך עד פילוס דרך בּוּרְמָה, ביולי 1948, אשר לאחריו יכלו שיירות שסיפקו מזון וציוד לתושבי העיר, לנסוע אליה ברציפות ובביטחון יחסי.
בנובמבר 1948 הוכרזה הפסקת אש בעיר והמלחמה הסתיימה. שנה לאחר מכן, ב-5 בדצמבר 1949, הכריז דוד בן-גוריון על ירושלים כבירת ישראל.
בין השנים 1948–1967 הייתה העיר חצויה. הקו העירוני היה קו שביתת הנשק, כפי שסוכם בהסכמי רודוס, כקטע של הקו הירוק. אורכו היה שבעה קילומטרים, והוא חילק את העיר בין מזרח ירושלים, שהייתה אז חלק מהממלכה הירדנית ההאשמית, ובין מערב ירושלים, שהייתה בשליטת מדינת ישראל. משני צידי הקו פרסו הצדדים ביצורים ומכשולים, ובניינים שונים לאורכו שימשו כעמדות צבאיות. כל העיר העתיקה, השכונות שמצפון לה, והר הזיתים נכללו בתחום השליטה הירדני. מערב העיר, וכן מובלעת על הר הצופים בצפון-מזרחהּ של העיר – נכללו בתחום השליטה הישראלי. באזור ארמון הנציב היה שטח מפורז, בשליטת האו"ם, והארמון עצמו נקבע כמטה משקיפי האו"ם. שער מנדלבאום הפריד בין שני חלקי העיר, ודרכו ניתן היה לעבור מחציה האחד של העיר למשנהו. המעבר נוהל על ידי אנשי מכס ישראליים וירדניים, שימש בעיקר למעבר דיפלומטים ואנשי או"ם, וכן למעבר צליינים נוצריים בחג המולד. משער זה יצאה שיירת חיילים ושוטרים, דו-שבועית, אל המובלעת הישראלית בהר הצופים.
שכונות ירושלים המערבית שלאורך הקו היו לשכונות סְפָר, שאליהן צלפו מפעם לפעם חיילים ירדניים; על כן הן הפכו לשכונות מצוקה והתאפיינו בעוני. עם שכונות אלה נמנו: שמואל הנביא, מאה שערים, מוסררה, ממילא וימין משה.
אחרי 1967.
עם פרוץ מלחמת ששת הימים ב-5 ביוני 1967, הפגיז הלגיון הערבי את ירושלים. צה"ל הגיב בהשתלטות על מזרח העיר.
מאז מלחמת ששת הימים, נבנו שכונות רבות בשטח שנוסף לעיר (חלקן היו יישובים יהודיים אשר ננטשו במהלך מלחמת העצמאות). כיום, חלק ניכר מהאוכלוסייה היהודית בירושלים מתגורר בשכונות אלו.
מאז שנות ה-90 של המאה ה-20 ניכרת מגמת התחרדות בירושלים. מדי שנה, החל מאמצע שנות ה-90, יורד באופן עקבי מספר ילדיה היהודים החילונים, בעוד שאחוז ילדי האוכלוסייה החרדית עולה בהתמדה במהלך שנים אלה. בשנת 2010 נרשמו לחינוך הממלכתי-חילוני 13% מכלל הנרשמים לכיתות א' בעיר, יהודים וערבים. חלקהּ היחסי של האוכלוסייה הערבית-נוצרית בעיר יורד בשל הגירת תושבים ממנה, בפרט למדינות אחרות.
בעיר ניטש מאבק על צביונה הדתי. בין המאבקים הבולטים בתחום זה: ההפגנות בכביש בר-אילן, ההתנגדות לבניית אצטדיון טדי בצפון העיר, פתיחת חניון קרתא בשבת וקיום אירועים בו.
במהלך האינתיפאדה הראשונה, אשר פרצה בשנת 1987, אירעו במזרח ירושלים ובשכונות על קו התפר ניסיונות חבלה והצתות כלי רכב. במהלך האינתיפאדה השנייה, אשר פרצה בראשית המאה ה-21, אירעו בה פיגועי התאבדות, בהם: הפיגוע במסעדת סבארו, הפיגוע בקפה מומנט, הפיגוע במדרחוב בן-יהודה, הפיגוע בשוק מחנה יהודה, הפיגוע בקפה הלל והפיגוע בקו 32א.
המאה ה-21.
בעשור הראשון של המאה ה-21 פחתה הבנייה הפרברית בשולי העיר ומרכז העיר שופץ. נוסף על אלו, הוקמה בה הרכבת הקלה, המשרתת עשרות אלפי אנשים מדי יום.
במהלך מבצע עמוד ענן, ב-2012, שוגרו לראשונה רקטות קרקע-קרקע מרצועת עזה לכיוון ירושלים, נשמעו בה אזעקות והתושבים נאלצו להיכנס למקלטים. מציאות זו חזרה על עצמה גם במהלך מבצע צוק איתן, ב-2014, ומבצע שומר החומות, ב-2021, שנפתח ב-7 רקטות שנורו אל עבר העיר עקב המהומות בירושלים (2021) באותה תקופה.
החל מסוף שנת 2015 ועד סוף 2016 פקד את העיר, כמו מקומות נוספים בישראל, גל טרור. גל זה התאפיין בתקיפת עוברי אורח ואנשי כוחות הביטחון בידי ערבים, בפרט בחלקה המזרחי של העיר, תוך שימוש בירי, בדקירה ובדריסה.
קדושתהּ של ירושלים.
ביהדות.
ירושלים היא העיר הקדושה ביותר ליהדות. קדושתה נובעת מהמבואר במקרא שהיא המקום שבו בחר הבורא לשכן את שכינתו ושמו (ועל כן היא נקראת בתהילים עיר האלוהים), כמו גם מהעובדה ההיסטורית שבירושלים שכן בית המקדש הראשון בתחילת האלף הראשון לפני הספירה, ובית המקדש השני שהתקיים בירושלים מן המאה השישית לפני הספירה עד המאה הראשונה לספירה. בזמן שבית המקדש היה קיים, היו קורבנות שהיו מותרים באכילה רק בין חומות העיר. במסורת היהודית נאמר גם שאבן השתייה, שהייתה מתחת לקודש הקודשים, היא הסלע שממנו הושתת כל העולם, ומקום עקידת יצחק.
ירושלים אינה מופיעה בחמשת חומשי תורה בשמה המפורש, אלא כ , אם כי יש השערה לפיה העיר "שָלֵם" הנזכרת בספר בראשית () היא ירושלים. עם זאת, מוזכרת העיר פעמים רבות בשאר ספרי התנ"ך (667 פעמים), ומספר דומה גם במשנה, בתלמוד ובתפילות. כמו כן, היא מופיעה בשם "ציון". רבים הם המייחסים את "הר המוריה", מקום עקידת יצחק, להר הבית.
המקרא וההלכה מציינים כמה מצוות הכרוכות בירושלים, וכולן סובבות סביב ריכוז הפולחן ובניית בית המקדש. המצווה המרכזית הקשורה בה היא העלייה לרגל, שלוש פעמים בשנה ("שלוש רְגָלִים"): בחג הפסח, בחג השבועות ובחג הסוכות. בזמן שבית המקדש היה קיים חלה על העולים לירושלים מצוות הקרבת קרבנות, לשם התרת נדרים או בקשת כפרה על חטאים. מצוות נוספות הן הבאת ביכורים לירושלים החל חג השבועות וכן מצווה להביא את פירות השנה הרביעית לנטיעת עץ – ולאוכלם בירושלים ("נטע רבעי"). בשנים מסוימות ישנה מצווה להביא מעשר שני ולאוכלו בירושלים. כאשר ישנן בעיות משפטיות חמורות, מצווה להגיע לבית הדין הגדול בירושלים, כדי לבררן בפניו.
במהלך תפילה נהוג להפנות את הפנים לכיוון ירושלים (ובירושלים עצמה – לכיוון הר הבית), על פי הנאמר בתפילת שלמה המלך, בחנוכת בית המקדש הראשון:
על פי המסורת היהודית, חל איסור לקבור מתים בתוך העיר, מתוך חשש שהמת יטמא את פירות המעשר שעוברים לירושלים והקורבנות המוקרבים בירושלים. לכן, נהוג היה לקבור את המתים מחוץ לעיר, באתרים כמו הר הזיתים, עמק יהושפט, גיא בן הינום וגבעות רבות נוספות המקיפות את העיר הקדומה, המוקפת חומה (אזור העיר העתיקה ועיר דוד). עם זאת, בספר מלכים ובספר דברי הימים נכתב, כי מלכי בית דוד נקברו בתוך תחומי העיר. בחפירות ארכאולוגיות נמצאו קברים של בני אצולה מימי בית שני בתוך תחומי החומה אז. עם קברים אלו נמנה גם קברו של דוד המלך, שיש הסוברים כי מקום קבורתו נמצא ב"קבר דוד" שבהר ציון.
בנצרות.
בראשית הנצרות (המאה ה-4), היה היחס לירושלים דואלי. בירושלים, על פי המסורת הנוצרית, שוכנים האתרים במהלכם חי ומת ישו, דוגמת ויה דולורוזה וכנסיית הקבר. חורבנהּ של ירושלים במרד הגדול נתפש כעונש לעם ישראל, על כך שדחה את ישו כמשיח. בתקופה הביזנטית, נבנתה ירושלים מחדש כעיר נוצרית, אולם הר הבית הושאר שומם, כסמל לחורבן העיר.
חשיבותהּ של ירושלים עבור הדת הנוצרית עלתה עם כיבושהּ מידי המוסלמים, במיוחד בתקופת מסעי הצלב (המאה ה-11). עם כיבוש הארץ בידי הצלבנים, הפכה ירושלים בירת ממלכת ירושלים הצלבנית. עם זאת, קיימות בנצרות גישות, המתייחסות לירושלים הנזכרת בתנ"ך ובברית החדשה באופן מטפורי כסמל למקום קדוש או טהור באשר הוא. לכן, מדובר בנצרות על "ירושלים של מעלה" (הרוחנית) כנגד ירושלים הגשמית (הפיזית). גישה זו התפתחה, כנראה, משום שירושלים מרוחקת מרוב המדינות הנוצריות וגם משום שמרכז הנצרות הקתולית נמצא בקריית הוותיקן.
באסלאם.
ירושלים היא אחת מהערים הקדושות לאסלאם. באסלאם הסוני נחשבת ירושלים האתר השלישי בחשיבותו הדתית, לאחר מֶֿכָּה ואַל-מַדִֿינָה; לפיכך היא מכונה: "תַֿ'אלִת' אַל-חַ'רַמָֿיְין" (ثالث الحرمين) – השלישי מבין המקומות הקדושים. באסלאם השיעי מהווה ירושלים את המקום הרביעי בחשיבותו, אחרי מסגד אימאם עלי בנג'ף ומקדש אימאם חוסיין בכרבלה.
אחד מתאריה של ירושלים באסלאם הוא "אֿוּלָא אַל-קִיבְּלַתָֿיְין" (أولى القبلتين) – הראשונה מבין שני כיווני התפילה. מקור הכינוי הוא במסורת המוסלמית שבראשית האסלאם מוחמד הורה להתפלל לכיוון ירושלים, ומאוחר יותר שינה את כיוון התפילה אל הכַּעְבָּה שבמֶֿכָּה. השינוי בכיוון התפילה משתקף בסורה 2, אל-בקרה / פסוקים 136–144. זכר לשני כיווני התפילה ניתן למצוא במסגד באַל-מַדִֿינָה המכונה "ד'וּ אַל-קִיבְּלַתָֿיְין" (ذو القبلتين), היות שיש בו שתי גומחות תפילה – האחת פונה לכיוון ירושלים, והאחרת - לכיוון מֶֿכָּה.
הסיבה לשינוי כיוון התפילה אינה ברורה, ובמסורת המוסלמית ניתנים לכך הסברים שונים. מסופר, למשל, כי מוחמד התפלל לכיוון ירושלים כדי לרצות את היהודים, אך הם לעגו לו ולכן פנה לכיוון הכַּעְבָּה. לפי גרסה אחרת התפלל מוחמד לכיוון ירושלים, עד שגילה שזהו כיוון התפילה של היהודים; לפיכך, פנה להתפלל לכיוון הכַּעְבָּה. הסברים אחרים נסובים סביב מעמדהּ הקדוש של מֶֿכָּה בחצי האי ערב עקב עליית האסלאם, בניגוד לירושלים, שהייתה מוכרת ומקודשת פחות באותה התקופה. על פי הסבר אחר, הכַּעְבָּה במֶֿכָּה הייתה מוקד של עבודת אלילים, על כן מלכתחילה לא ניתן היה לפנות לעברה בעת התפילה, ובמקומה נבחרה ירושלים לשמש ככיוון התפילה. לאחר שמוחמד סילק כל זכר לעבודת אלילים מהכַּעְבָּה, שוב לא הייתה מניעה להתפלל לכיוונהּ.