לאחר התפרקות ברית המועצות בשנת 1991, המתיחות הבסיסית בין טרנסניסטריה למולדובה הגיעה לשיא במלחמת טרנסניסטריה בחודשים מרץ עד יולי 1992. לפני המלחמה גברה ההתנגדות ללאומיות המולדובנית והתרחשו פשיטות וניסיונות לכבוש את השטח. חיילים רוסים התייצבו לצד הבדלנים במהלך הסכסוך, כאשר חברי צבא המשמר ה-14 הרוסי סיפקו נשק לכוח הצבאי החדש של טרנסניסטריה. בדצמבר 1991, מפקד הצבא ה-14 יקובלב הפך גם לראש צבא טרנסניסטריה. הפסקת האש ביולי אותה שנה יצרה אזור ביטחון שהורכב מחמישה גדודים רוסיים, שלושה גדודים מולדובניים ושני גדודים טרנסניסטריים. במהלך המלחמה, כמה כפרים במרכז טרנסניסטריה מרדו נגד השלטונות הבדלניים. כמה כפרים בגדה המזרחית של הדניסטר (כולל קוצ'יירי, מהלה ופוהריבה ) נותרו בשליטת מולדובה, וחלק מהאזורים בגדה המערבית של נהר הדניסטר (כולל העיר טיגינה) נשלטים על ידי כוחות טרנסניסטריה.
כוחות רוסיים בטרנסניסטריה.
כוחות שמירת השלום מכל צד, כולל חיל מרוסיה, מסיירים באזור הביטחון. ועדת בקרה משותפת (המורכבת מכוחות מולדובה, טרנסניסטריה ורוסיה) מפקחת על אזור הביטחון, והארגון לביטחון ולשיתוף פעולה באירופה (OSCE) משקיפה. מולדובה מתנגדת לכוחות הרוסיים בטרנסניסטריה, וטוענת כי היא מפרה את ריבונותה. הנייטרליות של מולדובה מתוכננת בחוקתה: "רפובליקת מולדובה מצהירה על נייטרליות קבועה ואינה מודה בהצבת יחידות צבאיות זרות בשטחה". בשנת 1994 חתמו רוסיה ומולדובה על הסכם לפיו רוסיה תסיג את חייליה שלוש שנים לאחר האשרור; עם זאת, הדומה הרוסית לא אישרה אותו. במהלך פסגת OSCE בשנת 1999 באיסטנבול, רוסיה התחייבה להסיג את חייליה מטרנסניסטריה עד סוף 2002. שוב, הדומה הרוסית לא אישרה את הסכמי איסטנבול. בהחלטת נאט"ו מ-18 בנובמבר 2008, רוסיה נקראה "לכבד את התחייבויותיה שנלקחו בפסגת OSCE באיסטנבול ב-1999 ועליה לסגת מהנוכחות הצבאית הבלתי חוקית שלה מאזור טרנסניסטריה במולדובה בעתיד הקרוב". ואדים פיסארי, אזרח מולדובני, נסע דרך מחסום אזור ביטחון בשנת 2012 ונפצע אנושות על ידי חייל רוסי. התקרית הגבירה את המתיחות בין רוסיה למולדובה והובילה לוויכוח נוסף על המשך הנוכחות הרוסית. מולדובנים רבים הפגינו, במיוחד מחוץ לשגרירות הרוסית בקישינב, בירת מולדובה, וקראו לנסיגה של החיילים הרוסים מהאזור. נכון לשנת 2022, הצבא הרוסי עדיין נשאר באזור הביטחון.
מעמד ומשא ומתן.
אין משרדים יצוגיים, קונסוליות או שגרירויות מולדובניות בטרנסניסטריה. ריבונות טרנסניסטריה מוכרת על ידי שלוש מדינות לא מוכרות אחרות: אבחזיה, נגורנו קרבאך (ארצאך) ודרום אוסטיה. טרנסניסטריה, אבחזיה ודרום אוסטיה הן חברות בקהילה לדמוקרטיה ולזכויות האומות, ארגון של מדינות בברית המועצות לשעבר שיש להן הכרה בינלאומית מוגבלת. למרות שרוסיה אינה מכירה בטרנסניסטריה כמדינה עצמאית, היא מחזיקה בקונסוליה בטירספול, בירת טרנסניסטריה.
מזכר מוסקבה משנת 1997, הידוע גם בשם מזכר פרימקוב, הוא הסכם שנחתם על ידי נשיא מולדובה פטרו לוצ'ינסי ונשיא טרנסניסטריה איגור סמירנוב, המכונן יחסים משפטיים ומדיניים בין מולדובה לטרנסניסטריה. שני הצדדים אישרו מחדש את הסכם הפסקת האש, ומאמצי התיווך של רוסיה, אוקראינה ו-OSCE התבקשו להמשיך.
מזכר קוזאק משנת 2003 היה ניסיון נוסף לשאת ולתת על פתרונות המחלוקת. הדיונים בין נשיא מולדובה ולדימיר וורונין לבין איגור סמירנוב מטרנסניסטריה היו בתיווך הפוליטיקאי הרוסי (ובן בריתו של פוטין) דמיטרי קוזאק. עיקרון ההצעה היה יצירת פדרציה אסימטרית, כאשר מולדובה מהווה את הרוב וטרנסניסטריה המיעוט. ההצעה הייתה מאפשרת לטרנסניסטריה להטיל וטו על שינויים עתידיים בחוקת הפדרציה החדשה, והייתה מתירה נציגות רוסית לשמירת שלום בטרנסניסטריה עד 2020. התעוררה מחלוקת בנוגע למספר המושבים הפוטנציאלי שיוקצו לטרנסניסטריה בסנאט העתידי, והמשך נוכחותם של הכוחות הרוסיים עוררה תגובת נגד ממולדובה. המסמך נדחה בשל הלחץ שהופעל על וורונין.
בשנת 2005, ארצות הברית והאיחוד האירופי הצטרפו למשא ומתן של מולדובה וטרנסניסטריה כמשקיפים. כולל רוסיה, אוקראינה ו-OSCE, המשא ומתן נודע כפורמט 5+2 (או שיחות 5+2). משא ומתן לא רשמי התנהל בין השנים 2006 ל-2011, עקב תסכול טרנסניסטרי מהניסיונות של מולדובה ואוקראינה לפקח על הגבול השנוי במחלוקת. למרות שהשיחות נמשכות, אין הסכמה לגבי מעמדה הפוליטי של טרנסניסטריה.
ב-20 בספטמבר 2017, הפרלמנט של טרנסניסטריה אישר פה אחד הגשת בקשה לאומות המאוחדות לקבלת מעמד משקיף. הבקשה, שנשלחה למזכ"ל האו"ם אנטוניו גוטרש ולנשיא העצרת הכללית של האו"ם מירוסלב ליצ'אק, ביקשה גם מהאו"ם להקים קבוצת עבודה בינלאומית קבועה ולגנות פעולות שמובילות ל"הפרה של זכויות וחירות בלתי ניתנים להסרה ...ועליית המתיחות בכל האזור". הבקשה צוטטה את הרשות הפלסטינית, שאינה חברה באו"ם אך בעלת מעמד משקיף.
ב-22 ביוני 2018 הגישה מולדובה החלטה של האו"ם הקוראת ל"נסיגה מוחלטת ובלתי מותנית של כוחות צבא זרים משטחה של רפובליקת מולדובה, כולל טרנסניסטריה". 64 מדינות חברות הצביעו בעד ההחלטה, 83 נמנעו ו-15 הצביעו נגדה. מדינות שהתנגדו להחלטה כללו את רוסיה, ארמניה וקוריאה הצפונית.
משאל העם בשנת 2006.
בשנת 2005, מולדובה העבירה חוק על "ההוראות הבסיסיות של מעמד משפטי מיוחד של התנחלויות בגדה השמאלית של דניסטר", שיצר את היחידות המנהליות-טריטוריאליות של הגדה השמאלית של הדניסטר (יחידה טריטוריאלית אוטונומית של מולדובה). לחוק התנגדה טרנסניסטריה, מאחר שההתייעצות עם הרשויות בטרנסניסטריה הייתה מוגבלת. ב-17 בספטמבר 2006, נערך בטרנסניסטריה משאל עם המבקש מהבוחרים לבחור בין ויתור על עצמאות והפיכה לחלק ממולדובה לבין תביעת עצמאות והפיכה אפשרית לחלק מהפדרציה הרוסית בעתיד. משאל העם העדיף שילוב בין רוסיה למולדובה, בין 98.07 ל-96.61 אחוזים. OSCE, האיחוד האירופי ומדינות רבות אחרות, כולל רומניה, בולגריה וטורקיה, לא הכירו בתוצאות משאל העם. החוק המולדובני על הוראות יסוד עדיין בתוקף, והסדרי השלום עלולים להסתבך בשל המשך קיומו.
יחסים כלכליים.
היחסים הכלכליים בין מולדובה לטרנסניסטריה מאופיינים במשברים ולחצים. למרות שחלק נכבד מהפוטנציאל התעשייתי של מולדובה נמצא בטרנסניסטריה (מיטיבה עם כלכלתה של האחרונה), מספר משברים כלכליים הגבירו את המתיחות בין שני הצדדים.
בשנת 1990, טרנסניסטריה הייתה אחראית ליותר מ-40% מהתמ"ג של מולדובה ול-90% מאספקת החשמל שלה. לאחר שמולדובה חתמה על הסכם ההתאגדות של האיחוד האירופי ב-2014, טרנסניסטריה יכלה לייצא סחורות לאיחוד האירופי ללא מכסים. כתוצאה מכך, 27% מהיצוא של טרנסניסטריה הלך למדינות החברות באיחוד האירופי והיצוא לרוסיה ירד ל-7.7%. לחץ מולדובני גרם למשבר כלכלי בטרנסניסטריה; כדי ללחוץ על טרנסניסטריה להשתלב מחדש במולדובה, הורידה האחרונה את מחיר הרכש עבור החשמל בטרנסניסטריה בכ-30% ב-2016. קושי רב יותר לכלכלה טרנסניסטרית מונעת את היצוא לגישה לשווקים בינלאומיים, וההזדמנויות למשוך השקעות זרות מוגבלות. זה הביא לעליות של הגירה המונית ושוק שחור; בשל חוסר ההכרה הבינלאומית בטרנסניסטריה, ישנו קושי רב יותר לנקוט בצעדים משפטיים נגד חברות הקשורות לשווקים שחורים. בשנת 2005, לבקשת נשיא מולדובה וורונין ונשיא אוקראינה, ויקטור יושצ'נקו, השיק האיחוד האירופי משלחת סיוע בגבולות (EUBAM) כדי לסייע בהגבלת פעילות פלילית חוצת גבולות. על פי הנציבות האירופית, ל-EUBAM שלוש מטרות מרכזיות: "לתרום לשיפור יכולות ניהול הגבולות והמכס הכוללות ואת היכולות של רפובליקת מולדובה ואוקראינה להילחם בפשע חוצה גבולות ומאורגן, להתקרב לגבול ולחוק. תקני רשויות האכיפה לאלה של האיחוד האירופי, ולסייע לרפובליקת מולדובה ואוקראינה במילוי התחייבויותיהן במסגרת תוכניות הפעולה של מדיניות השכנות האירופית (ENP AP) והסכמי השותפות והשיתוף (PCA)".
סכסוך מכס גבולות.
ב-3 במרץ 2006 הציגה אוקראינה תקנות מכס חדשות בגבולה עם טרנסניסטריה. אוקראינה הצהירה כי תייבא סחורות מטרנסניסטריה רק עם מסמכים שעובדו על ידי משרדי המכס במולדובה כחלק מפרוטוקול המכס המשותף שהוסכם בין אוקראינה למולדובה ב-30 בדצמבר 2005. חברות טרנסניסטריות שרוצות לייצא לאוקראינה ולחברות במדינות חבר המדינות חייבות להיות רשומות במולדובה. הסכם המכס החדש זכה לביקורת בטרנסניסטריה, כאשר שרת הכלכלה אלנה צ'רננקו אמרה כי המצור דה פקטו עלה לטרנסניסטריה כ-2–2.5 מיליון דולר ליום.
רטוריקה פוליטית.
דעת הקהל על היחסים בין מולדובה וטרנסניסטריה עוצבה על ידי הרטוריקה של מנהיגיה.
מולדובה.