התיקון הסמיך את חוק ההגירה והאזרחות (1952) להוסיף הוראות חדשות לאכיפת דיני המעצר. אלו יחולו על כל זר אשר עוסק בטרור או מי שעוסק בפעילות המסכנת את הביטחון הלאומי של ארצות הברית. כמו כן יחול על מי שאינו קביל להיכנס למדינה, או שחובה לגרשו כי יש מידע מוסמך שהוא מנסה להיכנס על מנת לבצע ריגול בלתי חוקי; על מי שמייצא סחורות, טכנולוגיה או מידע רגיש באופן בלתי חוקי; או מנסה לשלוט או להפיל את הממשלה; או שהיה או שיהיה מעורב בפעילות טרור; התובע הכללי או סגנון יכולים להורות על משמורת של זרים כגון אלו עד שיורחקו מארצות הברית, אלא אם כן יוחלט לגביהם כי אין עוד חובה לסלקם, ובמקרה זה הם משתחררים. ניתן להחזיק זרים במעצר למשך 90 יום, אולם ניתן לעצרם לפרק זמן של שישה חודשים לאחר שנחשבו כאיום לביטחון הלאומי. עם זאת, חובה להאשים זרים אלו בפשע, או שההליכים לגירושם יחלו לא יותר משבוע לאחר יום מעצרם, אחרת ישוחררו. כך או אחרת, מעצרים אלו חייבים להיבחן מדי חצי שנה על ידי התובע הכללי אשר יכול להחליט לבטלם, אלא אם כן נמנע ממנו לעשות כן על פי חוק. כל שישה חודשים הזר יכול לבקש, בכתב, לבחון מחדש את האישור. ביקורת שיפוטית על כל פעולה או החלטה בעניין סעיף זה, לרבות ביקורת שיפוטית לגופו של אישור, ניתן לקיים בהליכי הביאס קורפוס. ניתן ליזום הליכים אלו בהגשת בקשה לבית המשפט העליון של ארצות הברית, על ידי כל שופט של בית המשפט העליון של ארצות הברית, על ידי כל שופט ב-Circuit court של בית המשפט לערעורים של ארצות הברית בוושינגטון די. סי., ובכל בית משפט מחוזי של ארצות הברית שיש לו סמכות לשקול את הבקשה. הצו הסופי נתון לערעור של בית המשפט לערעורים של וושינגטון די. סי. התובע הכללי אף מגיש דו"ח על צווי מעצר אלו בכל חצי שנה לוועדה של בית הנבחרים המפקחת על מערכת המשפט ולוועדה של הסנאט המפקחת על מערכת המשפט.
פרק המשנה האחרון, אשר הוצגה על ידי הסנאטורים ג'ון קוניירס ופטריק ליהי, מאפשרת שמירה על יתרונות ההגירה של נפגעי טרור, ושל משפחות של נפגעי פעולות הטרור. הם הכירו בכך שמשפחות מסוימות, שלא באשמתן, עלולות להיות לא מתאימות לקבלת היתר לישיבת קבע בארצות הברית בשל אי יכולתן לעמוד בתאריכי יעד חשובים בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, או שהפכו לא כשירים להגיש בקשה לקבלת מעמד הגירה מיוחד מכיוון שאהובם מת בפיגוע.
פרק V: הסרת מכשולים לחקירת טרוריסטים.
הסעיף מאפשר לתובע הכללי של ארצות הברית לשלם תגמולים על סיוע למחלקת המשפטים של ארצות הברית על מנת להילחם בטרור ולמנוע טרור, אם כי סכומים של מעל 250,000 דולר יוצעו או ישולמו אך ורק באישור אישי של התובע הכללי או של נשיא ארצות הברית וברגע שפרס מאושר, התובע הכללי חייב לתת על כך הודעות בכתב ליושב ראש ולחברי ועדת ההקצבות והרשות השופטת של הסנאט של ארצות הברית ושל בית הנבחרים של ארצות הברית. החוק State Department Basic Authorities Act of 1956 תוקן על מנת לאפשר למחלקת המדינה של ארצות הברית להציע פרסים, בהתייעצות עם התובע הכללי, על פירוק מלא או משמעותי של כל ארגון טרור ולזיהוי המנהיגים המרכזיים של ארגוני טרור. למזכיר המדינה של ארצות הברית ניתנה הסמכות לשלם יותר מחמישה מיליון דולר אם הוא משוכנע שהדבר ימנע פעולות טרור נגד ארצות הברית וקנדה. חוק ה-DNA Analysis Backlog Elimination Act תוקן כך שיכלול טרור או פשעי אלימות ברשימת העבירות הפדרליות המכשירות פעולה. סוגיה נוספת שנתפשה כמכשול, הייתה הצורך לאפשר לרשויות פדרליות לחלוק מידע עם רשויות אכיפת חוק פדרליות. לפיכך, החוק מאפשר עתה לקצינים פדרליים הרוכשים מידע באמצעות מעקב אלקטרוני או חיפושים פיזיים, להתייעץ עם אנשי אכיפת חוק פדרליים לצורך תיאום מאמצים על מנת לחקור או להגן מפני התקפות או חבלה פוטנציאליות או מוחשיות, או מפני טרור בינלאומי או פעילויות מודיעין חשאיות על ידי שירות מודיעין או רשת של כוח זר.
השירות החשאי של ארצות הברית הורחב כך שיחקור גם הונאות מחשב, הונאות באמצעות access device, מסמכי זיהוי מזויפים או התקנים מזויפים, או כל פעילות הונאה נגד מוסדות פיננסיים בארצות הברית. חוק החינוך הכללי (The General Education Provisions Act) תוקן כך שאִפשר לתובע הכללי של ארצות הברית או לעוזר התובע הכללי של ארצות הברית לאסוף ולשמר רשומות חינוכיות רלוונטיות לחקירה מוסמכת או להעמדה לדין על עבירה המוגדרת כפשע פדרלי של טרור, אשר סוכנות חינוכית או מוסד חינוכי מחזיקים ברשותם. התובע הכללי של ארצות הברית או עוזרו חייבים "לאשר כי ישנן עובדות מסוימות הנותנות סיבה להאמין שרשומות חינוכיות מסוימות עשויות להכיל מידע" (שפשע פדרלי מסוג טרור יכול להתבצע). למוסד חינוכי המפיק רשומות חינוכיות בתגובה לבקשה כזאת ניתנת חסינות משפטית מכל אחריות העולה מהפקה כזו של רשומות.
אחת הסוגיות השנויות ביותר במחלוקת בחוק הפטריוט, נמצאת בסעיף V בהתייחס למכתבי הביטחון הלאומי. מכתבי הביטחון הלאומי הם סוג של זימון (subpoena) לבית דין מנהלי הנמצא בשימוש ה-FBI, ומדווח שגם על ידי סוכנויות אחרות של ארצות הברית, דוגמת ה-CIA ומחלקת ההגנה של ארצות הברית. זהו מכתב דרישה שהוצא לישות או לארגון מסוים למסור מידע ורישומים שונים הנוגעים לבני אדם. הם אינם מחייבים עילה סבירה או ביקורת שיפוטית, וכן כוללים צו איסור פרסום המונע מנשוא המכתב לגלות שהמכתב הוצא אי פעם. סעיף V מאפשר לסוכן מיוחד הממונה על משרד שטח של ה-FBI להשתמש במכתבי הביטחון הלאומי, כאשר קודם לכן רק מנהל ה-FBI או העוזר לסגן ראש ה-FBI יכלו לאשר בקשות מסוג זה. האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות (ACLU) עירער על הוראה זו מטעם צד לא מוכר נגד הממשל של ארצות הברית תוך שהוא מתבסס על הטענה שמכתבי הביטחון הלאומי מפרים את הוראות התיקון הראשון והרביעי לחוקת ארצות הברית בשל העובדה שאין דרך משפטית להתגונן מפני צו זימון שהוצא על פי מכתבי הביטחון הלאומי בבית משפט, ושמניעת יכולתו של הנפגע ליידע את עורך דינו על ההליך בשל צו איסור הפרסום שחל על המכתבים, היא בלתי חוקתית. מאוחר יותר אושר חוק הפטריוט מחדש ונעשו תיקונים שהגדירו ביקורת שיפוטית על מכתבי הביטחון הלאומי ועל מנת לאפשר לנמען המכתבים לחשוף את דבר קבלת המכתב בפני עורך דינו או אנשים אחרים הנדרשים על מנת להתגונן מול הצו. כך או אחרת, בשנת 2007 בית משפט מחוזי ביטל את האישור מחדש של מכתבי הביטחון הלאומי בשל היות צו איסור הפרסום בלתי חוקתי משום שבית המשפט עדיין לא יכול היה לבצע ביקורת שיפוטית משמעותית של צווים אלו.
פרק VI: קורבנות טרור ומשפחותיהם.
הסעיף השישי מתקן את חוק קורבנות עבירה 1984 (VOCA) ביחס לדרך בה הקרן לקורבנות טרור מנוהלת וממומנת. שינויים נעשו ב-VOCA על מנת לשפר את מהירות האספקה של סיוע למשפחות נושאי משרות בתחום על ידי ביצוע תשלומים מהירים לנושאי המשרות או למשפחותיהם. על פי השינויים, חלה חובה להעביר את התשלומים לא יאוחר מ-30 יום לאחר היום בו נושא המשרה נפצע או נהרג במסגרת שירותו. לעוזר לתובע הכללי של ארצות הברית ניתנה הסמכות המורחבת, כאמור בסעיף 614 לחוק הפטריוט, להעניק מלגות לכל ארגון שמנהלת Office of Justice Programs (סוכנות במחלקת המשפטים של ארצות הברית שמתמקדת במניעת פשיעה באמצעות מחקר ופיתוח) הכוללת תוכנית הטבות לקציני בטיחות הציבור. שינויים נוספים בקרן לקורבנות הפשע הגדילו את סכומי הכסף בקרן ושינו את האופן בו חולקו הכספים. הסכומים הזמינים למענקים שבוצעו דרך הקרן לקורבנות פשיעה הזכאים לפיצוי, עלו מ-40% ל-60% מכלל הכספים בקרן. התוכנית יכולה להעניק פיצוי לאזרחי ארצות הברית אשר נפגעו מחוץ לגבולות ארצות הברית. בוטלו מבחני הזכאות לאלו אשר זכאים לפיצוי. תחת VOCA רשאי המנהל להעניק מענק שנתי לתמיכה בתוכניות סיוע לקורבנות פשע, מכספי הקרן הייעודית. הועבר תיקון כך ש-VOCA יכלול גם נושאים במשרה מתחומי וושינגטון הבירה, פוארטו ריקו, איי הבתולה של ארצות הברית וכל טריטוריה אמריקאית אחרת. VOCA מספק גם פיצוי וסיוע לקורבנות טרור ואלימות המונית. תיקון זה נעשה על מנת לאפשר למנהל להעניק מענקים משלימים למדינות לפיצוי קורבנות פשיעה ותוכניות סיוע, לארגונים המעניקים שירות לקורבנות, ארגונים וגופים ציבוריים (בממשל הפדרלי, המדינתי או המקומי), וכן ארגונים לא ממשלתיים המספקים סיוע לקורבנות הפשע. הכספים יכולים לשמש על מנת לספק סיוע חירום, כולל מאמצים לתגובה בשעת משבר, סיוע, פיצויים, הכשרה וסיוע טכני לחקירה ולהעמדה לדין של אנשים הקשורים לטרור.
פרק VII: שיתוף פעולה מוגבר להגנה על תשתיות קריטיות.
מטרת סעיף זה היא להגביר את היכולת של רשויות אכיפת החוק בארצות הברית להתנגד לפעילות טרור החוצה גבולות שיפוט. הסעיף עושה זאת באמצעות תיקון החוק Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968. הסעיף מאפשר למנהל הלשכה לסיוע משפטי "להעניק מענקים ולהתקשר בחוזים" עם קבוצות מסוימות כדי להתמודד עם ארגוני טרור החוצים גבולות שיפוט. בנוסף, הוא מתקצב את הלשכה כך שתוכל להוציא לפועל את העשייה הזאת. הסעיף עושה זאת תוך תיקון Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968 כך שהוא יכליל טרור בהגדרה של "פעילות פלילית".
פרק VIII: חוק הטרור הפלילי.