תוכניתו של קלישר כללה את בנייתו של בית המקדש השלישי וחידוש עבודת הקורבנות. הוא קיבל תמיכה עקרונית מהחתם סופר, את התמיכה הייתה מסויגת משום שהסולטן הטורקי "הוא קפדן גדול, כי אמר לבל יקרב שם (למקום המקדש) מי שאינו מאמונת ישמעאל, כי שם נבנה בית עבודה שלהם. ואומרים שאבן השתייה באמצע הכיפה ההיא ולא יקרב שם איש זר שאינו מאמונתם."
במכתב של יהוסף שוורץ לאחיו מאותה שנה נכתב כי אבראהים פאשא לא הסכים מעולם לבניית בית מקדש, ומדובר בשמועות חסרות בסיס.
גם הרב יהודה אלקלעי תמך בבניית בית מקדש על הר הבית, וכתב בספרו "שלום ירושלים" את הדברים הבאים: "ברור שמשיח בן דוד לא יופיע יש מאין במרכבה דוהרת עם סוסים לוהטים, אלא יגיע אם בני ישראל יירתמו למשימה להכין את עצמם לקראתו."
חזונו של בנימין זאב הרצל בספרו האוטופי "אלטנוילנד", שראה אור ב-1902, כולל בשיאו תיאור של סיור בבית המקדש, שעל פי חזונו עתיד לקום לצד המסגדים שעל הר הבית.
בעיתון היידי "דאס אידישע פאלק", שראה אור בניו יורק, הודפס בשנת 1904 איור בו נראה הרצל משקיף אל הר הבית, והמוני יהודים נכנסים למסגד אל-אקצא דרך אחד משעריו, כאשר על כיפתו מתנוסס דגל ישראל. איור זה הודפס שוב באפריל 1920, לרגל הצהרת ועידת סן רמו והחלת המנדט הבריטי בארץ ישראל. תיאור הר הבית בספרו של הרצל עורר ביקורת חריפה מצידו של אחד העם, שדגל בערכים אוניברסליים של עזרה, חירות ושוויון והמעיט בערכם של תכנים יהודיים.
במאה ה־20.
בשנת 1919 כתב הרב אברהם יצחק הכהן קוק, שהיה אז רבה של ירושלים ונשיא ישיבת תורת כהנים, כי בסיס הציונות צריך לכלול את הקמת בית המקדש בהר הבית לצד השאיפה להקמת מדינת לאום. לאחר מכן חזר על עמדתו במקומות רבים אחרים.
ב-7 ביוני 1967, היום האחרון והמכריע של הקרב על ירושלים במלחמת ששת הימים, נכנסה חבורת הפיקוד של חטיבה 55 להר הבית ומוטה גור הודיע ברשת הקשר "הר הבית בידינו". לאחר מכן עלו חיילי צה"ל אל בניין המחכמה וממנו הניפו את דגל ישראל מעל לכותל המערבי. הרב שלמה גורן הכריז: "עיר הקודש בידינו. נפתחו ימי המשיח של העם היהודי, אך אני מבטיח לעולם הנוצרי שאנחנו נדאג לשמור על העיר." החיילים התפללו בכותל המערבי, ולאחר מספר ימים ערך הרב גורן תפילה הפגנתית ברחבת הר הבית.
ב-17 באוגוסט 1967 נפגש שר הביטחון משה דיין עם מנהיגי הווקף של ירושלים. לאחר הפגישה הורה דיין להוציא את חיילי צה"ל ממתחם ההר ולהסיר את דגל ישראל מהר הבית. בפגישה סוכם כי השליטה המנהלית על הר הבית תישאר בידי הווקף, וכי תותר כניסת יהודים לביקור אך לא לתפילה. כמו כן הוסכם כי מחלקת העתיקות תוכל לערוך מחקר ארכאולוגי באזור סביב הר הבית. הסכמים אלו מהווים את הסטטוס קוו בהר הבית.
הווקף המוסלמי, האחראי על המתחם, ממונה על ידי מלך ירדן, ומעמדו מעוגן בהסכם השלום בין ישראל לירדן. בסוף מרץ 2013 חתמו המלך עבדאללה השני ויו"ר הרשות הפלסטינית על הסכם המדגיש מחדש את תפקידו של מלך ירדן כאחראי על המקומות הקדושים בירושלים בכלל ועל הר הבית בפרט. עם הזמן, מסגד אל-אקצא וכיפת הסלע הפכו לסמלים מרכזיים בלאומיות הפלסטינית. לעיתים אנשי הדת במסגדים נושאים דרשות בעלות אופי של אסלאם קיצוני תחת הסיסמה "אל-אקצא בסכנה" הכוללות אנטישמיות מוסלמית והסתה לאלימות.
התכנון לפוצץ את המסגדים במהלך מלחמת העצמאות.
ביולי 1948 תכנן יהושע "מאיר" זטלר, מפקד הלח"י בירושלים, לפוצץ את המסגדים על הר הבית, בהשפעת סעיף י"ח של עיקרי התחייה שנכתבו על ידי אברהם שטרן. בסעיף זה נכתב כי אחת ממטרות התנועה היא בניין הבית השלישי "כסמל לתור הגאולה השלמה". כמו כן הושפע משירתו המשיחית של אורי צבי גרינברג. זטלר ארגן חוליה של שלושה חברי לח"י, צייד אותם בעשרים תרמילים עמוסים בחומר נפץ ותידרך אותם כיצד לפוצץ את המסגדים לאחר שהעיר העתיקה תשוחרר. הוא לא תיאם פעילות זו עם מנהיגי הלח"י או עם ארגונים אחרים שפעלו במלחמת השחרור. בדיעבד נודע שגם קבוצה של אנשי אצ"ל הכינה מטענים דומים לאותה מטרה.
ב-16 ביולי 1948 ניסה כוח משולב של "ההגנה" והאצ"ל, בפיקודו של דוד שאלתיאל, לפרוץ את חומת העיר העתיקה באמצעות מטען נפץ בן 150 ק"ג, אך הניסיון נכשל, והעיר העתיקה נותרה בשליטת הלגיון הערבי. עקב כישלון זה נגוזה גם תוכניתו של זטלר.
האפשרות לפוצץ את מסגד אל-אקצא במהלך מלחמת ששת הימים.
לאחר כיבוש העיר העתיקה במלחמת ששת הימים, הרב שלמה גורן היה בין הראשונים שהגיעו להר הבית ולכותל המערבי, שם תקע בשופר, אמר את ברכת שהחיינו, אל מלא רחמים והלל בברכה. לאחר מכן הוא שוחח עם מספר גורמים על האפשרות להרוס את מסגדי הר הבית. כאשר הציע הרב גורן לאלוף עוזי נרקיס, שפיקד על מבצע הכיבוש, לפוצץ את מסגד אל-אקצא, נרקיס סירב, ואיים על גורן כי יורה לעצור אותו אם לא יחדל לדבר על כך. לאחר מכן סיפר גורן מספר פעמים כי הציע לפוצץ את המסגדים. רמי גורן, בנו של הרב גורן, טען כי הסיפור אינו נכון: "אבי אמר לו: חס וחלילה. הוא אמר שלא יוכל לשאת את הביזיון שמדינת ישראל תגייס כסף כדי לבנות מחדש את המבנה הזה. אבא שלי היה אדם מציאותי והמציאות אמרה לו שאי אפשר להחריב את כיפת הסלע כיום."
הרב ישראל אריאל, באותם ימים חייל צעיר בחטיבת הצנחנים, הוצב כשומר בשער מבנה כיפת הסלע. לדבריו הוא ציפה שצה"ל ישלח לשם חבלנים עם מטעני חומר נפץ כדי לפוצץ את המסגד. לאחר מכן סיפר: "הייתי משוכנע שהיכל התפילה המוסלמי ייוותר ריק מאדם עד שתשלח המדינה את החבלנים ומטעני חומר הנפץ על גבם, כדי להסיר את המסגד."
פיגועים ועימותים אלימים במסגדים.
הצתת מסגד אל-אקצא (1969).
ב-21 באוגוסט 1969, מייקל רוהאן, תייר נוצרי מאוסטרליה, הצית את מסגד אל-אקצא. כבאים נאבקו בשרפה במשך ארבע שעות בזמן שהמון מוסלמי זועם צעק "לחסל את ישראל". נשיא הווקף האשים את מכבי האש בתגובה איטית מכוונת, אף שבפועל מכבי האש הגיעו תוך זמן קצר להר וההמון הערבי בהר מנע מהם לכבות את השרפה. מדינות ערב האשימו את ישראל בתקרית, אף על פי שרוהאן הזדהה כנוצרי וכחבר ב"כנסיית האל". השרפה הרסה את המינבר ההיסטורי העתיק שהובא למסגד על ידי צלאח א-דין. במשפטו אמר רוהאן כי הוא מאמין שהוא "שליח האל" בהתאם לנבואה של זכריה הנביא. בית המשפט הרשיע את רוהאן, אך לאחר מכן הכריז עליו כלא-שפוי, והוא אושפז בבית חולים לחולי נפש בישראל.
הפיגוע של אלן הארי גודמן (1982).
ב-11 באפריל 1982 ביצע אלן הארי גודמן פיגוע בהר הבית. גודמן, יהודי מארצות הברית שהתנצר וחזר בתשובה, מעורער בנפשו שלקה בסינדרום ירושלים, היה חייל סדיר בצה"ל באותה עת ותומך של תנועת "כך". הוא פרץ למסגד אל-אקצא עם רובה M-16, הרג את השומר ואדם נוסף ופצע 44 מתפללים מוסלמים. תקרית זו גרמה למהומות ושביתות בירושלים, בגדה המערבית וברצועת עזה. במשפטו אמר גודמן לבית המשפט כי ציפה להפוך ל"מלך היהודים על ידי שחרור המקום הקדוש הזה". הוא הורשע ונדון למאסר עולם ועוד שתי תקופות מאסר של עשרים שנה. לאחר שריצה 15.5 שנות מאסר הוא שוחרר וגורש לארצות הברית.
התארגנויות מחתרתיות.
ניסיונות הפיגוע של יואל לרנר (1982).
באוקטובר 1982 נעצר יואל לרנר, חבר תנועת "כך" של מאיר כהנא, והואשם בתכנון פיגוע באחד המסגדים בהר הבית. לרנר נאסר שלוש פעמים בקשר לתוכניות לפגוע במסגדי הר הבית, במסגרת פעולות "מחתרת גל" ("גאולה לישראל"). מחתרת זו האמינה שפיצוץ מסגדי הר הבית יזעזע את מדינת ישראל והעולם כולו, ויביא להקמת מדינת הלכה. במחתרת היו 45 חברים פעילים, והם תכננו סדרה של 13 פעולות טרור ששיאן פיצוץ המבנים המוסלמיים על הר הבית.
לרנר הורשע בתכנון פיגוע שיפוצץ את כיפת הסלע, ונידון לשנתיים וחצי מאסר. הוא שוחרר כעבור שנה, ולאחר שחרורו היה שותף בתוכנית נוספת לפיצוץ המסגדים.
המחתרת היהודית (1984).
אחת התוכניות המעשיות ביותר לפגוע במסגדי הר הבית הייתה זו של "המחתרת היהודית", ארגון טרור יהודי שנחשף בידי שירותי הביטחון ב-1984. ההתארגנות של יהודה עציון שמה לה למטרה לפגוע בכיפת הסלע כדי "לטהר" את הר הבית, ובכך להביא לגאולה שלמה ולהקמת מלכות ישראל המובטחת. עציון, מפעילי גוש אמונים וממייסדי עפרה, צירף אליו את הרב ישועה בן־שושן, דן בארי (נוצרי־קתולי שהתגייר והתיישב בחברון) ומנחם לבני, מהנדס מכונות מקריית ארבע. בהמשך הצטרפו אליהם מספר אנשים נוספים. אנשי הארגון הכינו חומרי נפץ וערכו תצפיות על הר הבית. כמויות גדולות של חומר נפץ נאגרו במושב נוב ברמת הגולן ובדירה בשכונת בית וגן בירושלים. לאחר זמן מה פרשו מהארגון לבני וחברים נוספים, אך עציון, בן־שושן ובארי המשיכו לדבוק במשימה. בן־שושן קיבל, ככל הנראה, הסכמה של שני מקובלים חשובים לפעולה זו.
חברי המחתרת נעצרו במאי 1984. מבין 27 העצורים, 16 הורשעו ב"קשירת קשר לפוצץ את מבנה כיפת הסלע" וקיבלו עונשי מאסר. יהודה עציון ישב 7 שנים במאסר וסירב להביע חרטה על מעשיו.
השופט צבי כהן ציין בגזר דינו כי "הקשר להחריב את מסגד כיפת הסלע, שיסודו במניע דתי, פירושו הוא פתיחת חשבון חדש עם יותר משלוש מאות מיליונים מוסלמים ברחבי תבל, נוסף לחשבון הקיים, העקוב מדם, בין הלאום היהודי ובין הלאום הערבי. בטווח שאינו רחוק בהרבה - גם חשש התלקחות עולמית. המזימה הזאת מטילה על עם ישראל לשלם את מחיר כיסופיהם של המבקשים להגשים את חזון מלכות ישראל."
ניסיון הפיגוע של כנופיית ליפתא (1984).