באנדה החל לתור את הארץ ולנאום נגד האיחוד הפדרטיבי של נייסלאנד ורודזיה הצפונית, נגד האימפריאליזם ובעד הצטרפות התושבים לתנועת הקונגרס האפריקני של נייסאלאנד. נוכחותו סחפה המונים, אף על פי ששפת הצ'יצ'ווה שבפיו הייתה משובשת לאחר שחי חיים שלמים בעולם דובר אנגלית והוא נעזר במתורגמן. בפברואר 1959 החלו ההמונים שהאזינו לו בהפגנות שדוכאו על ידי חיילי רודזיה הצפונית. במרץ נאסרו באנדה ומנהיגים נוספים והושמו במאסר ברודזיה ובטריטוריה הוכרז מצב חירום. יחד עם זאת בבריטניה החלו יותר ויותר להשמע קולות בזכות דה קולוניזציה. בפברואר 1960 נפתח עם באנדה משא ומתן על שחרורו ממעצר וב-1 באפריל 1960 הוא שוחרר כדי לנהל שיחות עם הבריטים על החוקה של נייסאלאנד. לבני עמו קרא לשמור על השקט ולחכות לתוצאות השיחות. באנדה דרש ניתוק ניאסלאנד מהפדרציה עם רודזיה ושלטון עצמי של תושבי ניאסלאנד. עם זאת, הוא הבהיר שאין לו דבר נגד לבנים שאינם מבקשים להשתלט על השחורים וכי הוא מתנגד להחרמת רכוש.
באוגוסט 1961 התקיימו בחירות בהן זכתה מפלגתו של באנדה ב-22 מתוך 33 מושבים במועצה המחוקקת ובאנדה הפך לשר לאוצרות טבע וממשל מקומי ולראש ממשלה דה פקטו של הטריטוריה, תחת המושל הבריטי. בנובמבר 1962 הושג הסכם על מתן אוטונומיה לניאסאלנד תוך ניתוקה מהפדרציה עם רודזיה, וב-1 בפברואר 1963 היה באנדה לראש ממשלה של האוטונומיה, תוך שבריטניה הכריזה על כוונתה לתת עצמאות מלאה למדינה, בין היתר לאור תפקודה התקין של הממשלה המקומית.
היה זה באנדה עצמו שבחר בשם מלאווי, אותו ראה במפה צרפתית ישנה של האזור כשמו של אגם מלאווי והצליל מצא חן בעיניו. ב-6 ביולי 1964, שש שנים בדיוק לאחר חזרתו, הכריז באנדה על כינון מדינת מלאווי כחברה בחבר העמים הבריטי. תפקידו של באנדה היה ראש הממשלה, כאשר כראש המדינה המשיכה לכהן מלכת בריטניה, אליזבת השנייה.
ראש המדינה.
דיקטטורה.
בממשלה שהקים באנדה הוא החזיק בנוסף לתיק ראש הממשלה את תיקי ההגנה, הפנים, הפיתוח, הבריאות, המסחר והתעשייה, התחבורה והאינפורמציה. באנדה הסביר שהוא אינו יכול למסור תיקים כלכליים רגישים לשרים שלו מכיוון שנציגים זרים ינסו לשחד אותם כדי לקבל זכויות כלכליות שונות והוא אינו יכול לסמוך על שריו שיעמדו בפיתוי. הוא התייחס בזלזול כלפי שריו, עקץ אותם בפומבי ובביקורים בארמונו שלח אותם להשתמש בשירותי המשרתים. באנדה נטל לעצמו סמכויות רבות, התערב בענייני המשרדים של השרים מעל ראשיהם וריכז בידו באופן אישי את כל ענייני הביטחון. מדיניותו של באנדה כלפי פורטוגל הייתה בלתי פופולרית והרגיזה את שריו. כך גם התעקשותו להשאיר בתפקידם יועצים אירופאים, במקום למנות אפריקאים מקומיים. ב-26 באוגוסט 1964 הציגו השרים בפני באנדה רשימה של טענות שלטענתם מעוררות אי שקט בקרב הציבור. אלו כללו גביית כספים עבור טיפולים בבתי חולים, הישארותם של אירופים רבים בתפקידם. ומדיניות החוץ הפייסנית כלפי פורטוגל ודרום אפריקה. בתחילה באנדה הסכים לדרישות השרים והבטיח שהשינויים הנדרשים יבוצעו עד תחילת אוקטובר. אולם בהמשך הגיע באנדה למסקנה שהשרים מייצגים רק את עצמם וב-7 בספטמבר הוא פיטר שלושה שרים. בתגובה לכך, שני שרים נוספים התפטרו. בישיבה של הפרלמנט ב-9 בספטמבר 1964 זכה באנדה לתמיכה גורפת ובמקום השרים המודחים מונו שרים נאמנים לבאנדה. מחוץ לפרלמנט, בקרב העם, הייתה תמיכה רבה לשרים המודחים וברחובות התפתחו מהומות. באנדה הגיב בהנהגת תקנות לשעת חירום.
ב-6 ביולי 1966 קיבלה מלאווי חוקה חדשה שהגדירה אותה כרפובליקה בעלת משטר נשיאותי. באנדה, שהיה מועמד יחיד, נבחר לכהן כנשיא הראשון לכהונה של חמש שנים. לנשיא הוענקו סמכויות רחבות ומפלגת הקונגרס הוכרזה כמפלגה החוקית היחידה, דבר שהפך את משטרה של מלאווי רשמית למשטר חד-מפלגתי. ב-1971 הכריז הקונגרס על באנדה כנשיא לכל ימי חייו. כינויו הרשמי היה "הוד רוממותו נגוואזי דוקטור הייסטינגס קאמוזו באנדה", כאשר נגוואזי פירושו "צ'יף הצ'יפים" והוא הגדיר את עצמו כאביו של העם. ב-1974 העביר את בירת המדינה מהעיר זומבה, ששימשה כבירה הקולוניאליסטית ללילונגווה.
על אף שהחוקה הבטיחה להלכה חירויות אישיות, המדינה התנהלה כמדינת משטרה בה בוצעו מעקבים אחר אזרחים, הונהגה צנזורה על דברי הדואר וציתות לשיחות הטלפון, שנותקו עם השמעת דברי ביקורת על המשטר. באנדה עודד מלשנות ומעקב הדדי של האזרחים אחר מתנגדי משטר. גורמים שנחשדו כאופוזיציה דוכאו באכזריות, נאסרו, עונו, הוגלו ונרצחו. לדבריו של באנדה "כל עניין מענייני המדינה הוא ענייני וכל מילה שלי היא חוק.. מילולית". כל אזרחי המדינה הבוגרים חויבו להיות חברי מפלגת הקונגרס וכל הצעירים, חברי תנועת הנוער המפלגתית, הפיונירים הצעירים. משורות הפיונירים קמה מיליציה חמושה שהשליטה סדר ציבורי ואכפה את הוראות השלטון באלימות ומשורותיהם צמחו גם שומרי ראשו של הנשיא. הצנזורה פעלה על כל דבר ספרות, עיתון או סרט. עמודים נתלשו ממגזינים כטיים מגזין או ניוזוויק שנמכרו במדינה והפצתם של ספרים "בלתי ראויים" רבים נאסרה. גם הפולחן הדתי עבר בקרה ממשלתית. באנדה רדף את בני השבטים הצפוניים ואירופאים שלא נענו להנחיותיו גורשו לצמיתות.
באנדה קיים פולחן אישיות מפותח. כל מבנה ציבור או בית מסחר חויב להציג את דיוקנו הרשמי של המנהיג באופן בולט יותר מכל קישוט אחר. לפני כל סרט קולנוע הוקרנה דמותו ולקראת ביקוריו הרשמיים הוגדר טקס מפורט לקבלת פניו.
באנדה הופיע בציבור לבוש תמיד בחליפה שלושה חלקים אנגלית ובידו אחז שוט טקסי עשוי שיער-סוס. הוא לא דיבר בשפתה הרשמית של המדינה, צ'יצ'ווה ונזקק תדיר למתורגמן.
פעילויות לשיפור המדינה.
באנדה הדגיש תמיד את מטרתו "די מזון, מספיק בגדים ובתים שאינם דולפים כשיורד גשם" לכל הציבור. באנדה טיפח את זכויות הנשים וקידם את שוויון הנשים במדינה באופן יוצא דופן לאזור ולתקופה. נשים עודדו להצטיינות בלימודים, הממשלה פתחה עבורן משרות רבות והפעילה תוכנית לעידוד נשים לקחת תפקידים מובילים בקהילה ובעסקים.
באנדה אימץ את תורתו של וולט רוסטו להנחלת כלכלה חופשית במדינות מתפתחות. כלכלת המדינה כוונה להיות מספקת את צרכיה, ללא הסתמכות על ייבוא סחורות ושירותים ממדכאיה של אפריקה בעבר. הממשלה מימנה ביד רחבה פרויקטים יזמיים בתחומי התשתיות, החקלאות והמסחר. המימון התבצע על ידי גוף ריכוזי, שהפך עד מהרה למושחת ובלתי-יעיל.
תחום נוסף בו השקיע באנדה מעבר לנהוג באפריקה היה תחום החינוך. ב-1981 הקים באנדה בית ספר פנימייתי דמוי איטון קולג' בשם אקדמיית קאמוזו, אליו הגיע מיטב הנוער. הלימודים במקום התקיימו באנגלית ותלמידי המוסד למדו לטינית ויוונית עתיקה ונאסר עליהם לדבר זה עם זה בצ'יצ'ווה. בוגרי ובוגרות המוסד היוו את התשתית החברתית של המדינה בתחומי הפוליטיקה, הרפואה והכלכלה והוא אחד מבתי הספר הטובים ביבשת עד היום.
מדיניות חוץ.
על אף הצהרותיו נגד האימפריאליזם קיים קשרים דיפלומטיים עם דרום אפריקה ומשטרה הקולוניאליסטי של פורטוגל במוזמביק, שנחשבו מוקצים ביבשת. כן קיים קשרים עם מדינת ישראל, ביקר בישראל ביוני 1968 (ראש המדינה הראשון שביקר בישראל לאחר מלחמת ששת הימים) ולא ניתק את יחסי מדינתו עם ישראל, כפי שעשו כמעט כל מדינות אפריקה לאחר מלחמת יום כיפור. בשל היותו של באנדה נציג נאמן של המערב בפינה זו של העולם בעת המלחמה הקרה ובשל מצבה הסביר של האוכלוסייה זכה משטרו הרודני להעלמת עין של המערב וליחס סלחני כמו גם לסיוע ביטחוני וערבויות מערביות לסיוע של קרן המטבע הבינלאומית והבנק העולמי.
מלאווי הייתה המדינה האפריקנית היחידה שקיימה יחסים דיפלומטיים עם דרום-אפריקה בעת האפרטהייד. פיתוח עיר הבירה לילונגווה התבצע באמצעות קורפורציית הפיתוח של עיר הבירה (Capital City Development Corporation - CCDC) שנסמכה על ממון שגויס מדרום-אפריקה, עליה נשען באנדה יותר ויותר ככל שהכלכלה העולמית התערערה ומדינות רבות סירבו להעביר כספים למשטרו המושחת. תמיכתו בדרום אפריקה עלתה למלאווי באיום הדחה מארגון אחדות אפריקה. באנדה הוקיע את התנהגותם של ראשי מדינות אפריקה בנוגע לאפרטהייד כצביעות ואמר שמדיניותו תורמת יותר למיגור האפרטהייד ממדיניותם. לאחר תום שלטון האפרטהייד, בראשית שנות ה-90, אירח באנדה את נלסון מנדלה במלאווי.
באנדה תמך בממשלה הפורטוגלית הקולוניאליסטית ששלטה במוזמביק ופעל צבאית נגד החזית לשחרור מוזמביק (FRELIMO; פרלימו), תנועה מרקסיסטית שביקשה להשיג עצמאות. לאחר קבלת העצמאות של מוזמביק הורה באנדה לצבאו לתמוך בממשלתה, על מנת להגן על אינטרסים של מלאווי. באנדה נימק את מדיניותו באמירה: "אם זה לטובת האינטרסים של מלאווי, אהיה מוכן לקבל כבן ברית אפילו את השטן." במקביל ובחשאי הפעיל באנדה את חיילי מיליציית הפיונירים על מנת לתמוך במחתרת ההתנגדות הלאומית במוזמביק, שביצעה פעולות גרילה נגד ממשלת מוזמביק בעלת הנטייה הסובייטית, בתמיכת דרום אפריקה. פעילות זו נפסקה רשמית ב-1986 לאחר לחץ שהפעילה על באנדה משלחת בראשות רוברט מוגאבה וקנת קאונדה, אך נמשכה למעשה עוד מספר שנים.
שנות ה-90.