ב-1999 חזר מוריסי להופיע בתיאטרון בתפקיד כפול של פיפ ותיאו במחזה "Three Days of Rain" בבימויו של רובין לפברה (Robin Lefevre) בתיאטרון דונמר ורהאוס. הוא המשיך לקבל הצעות לתפקידים בתיאטרון אך דחה אותם כי לא רצה להיות רחוק ממשפחתו. בהמשך כיכב בסרט "קולות" לצידם של דניאל קרייג וקלי מקדונלד בתפקיד פיט, אחיו של ריי (קרייג) הסובל מסכיזופרניה. כהכנה לתפקיד של פיט שהיה שף עקב מוריסי אחרי עבודתו של שף במסעדת " Terrace Restaurant" בקנזינגטון וחתך ירקות במטבח במשך שעתיים ביום. תפקידו הבא היה כקפטן ובר הנאצי בסרטו של ג'ון מאדן "המנדולינה של קפטן קורלי" משנת 2001. הוא חקר את נושא הנוער ההיטלראי וקרא את הביוגרפיה של אלברט שפר "Albert Speer: His Battle with Truth" מאת גיטה סרני (Gitta Sereny).
בטלוויזיה הופיע מוריסי בשנת 2002 בתפקיד פרני רות'וול בפרק בסדרה "דופקים שעון" של פול אבוט, בו הוא מגלם דמות של עובד במזנון שרוצה לאמץ את בן אחותו המתה. עוד שיחק בתפקיד עיתונאי בצהובון בסדרה בת ארבעה פרקים "Murder" של ה-BBC, ובתפקיד מאולתר בחלקו כסוהר בסרט הטלוויזיה "Out of Control". עבור תפקיד זה לווה מוריסי במשך שבוע סוהרים במוסד לעבריינים צעירים. בתחילת 2003 השתתף בסדרה "This Little Life" בתפקיד ריצ'י מקגרגור, דרמת טלוויזיה על אמא (בגילומה של קייט אשפילד) המתמודדת עם לידת תינוק לפני זמנו. אף על פי שדמותו של מוריסי, הבעל והאב, לא הייתה במוקד הסרט הוא התכונן לתפקיד בשיחות עם רופאי ילדים בבית חולים.
הצלחה בתפקידים דרמטיים.
תפקידו הגדול הבא של מוריסי היה כחבר הפרלמנט סטיבן קולינס בסדרת הטלוויזיה "שם המשחק" שכתב פול אבוט וביים דייוויד ייטס ב-2003. מוריסי קיבל את התסריט של שלושת הפרקים הראשונים והיה להוט לקרוא את הפרקים הבאים. כיוון שהתסריט עדיין לא הושלם סיפר לו אבוט מה יקרה לקולינס בהמשך הסדרה. בעצת חברו הבמאי פול גרינגראס נפגש מוריסי על הפוליטיקאים קווין ברון ופביאן המילטון. משניהם למד כמה קשה לנסוע ללונדון ממחוז הבחירה שלהם שנמצא מחוץ לעיר הבירה. בנוסף ליווה מוריסי את איש מפלגת הלייבור פיטר מנדלסון במשך שבועיים בבית הנבחרים.
באותה שנה גילם את דמותו של גורדון בראון בדרמה של פיטר מורגן "העסקה" שביים סטיבן פרירס, על ברית שכרתו בראון וטוני בלייר (בגילומו של מרטין שין) בשנת 1994. בניגוד לדרמה הבדיונית "שם המשחק", הפוליטיקאים לא ששו לדבר איתו על הסרט המבוסס על מקרה אמיתי, והוא פנה לעיתונאים ג'ון סנואו וסיימון הוגארט. בנוסף נסע מוריסי לעיר הולדתו של בראון, קירקלדי (Kirkcaldy), ושקע בקריאת ביוגרפיות על האיש כולל צפייה בסרטים דוקומנטריים של רוס וילסון על הבחירות משנת 1997. הוא הרבה לשוחח עם חבריו של בראון והתרשם מתכונותיו שאינן מוצגות בפרסונה הציבורית שלו. כדי להיות דומה לבראון מבחינה חיצונית צבע מוריסי את שערו והעלה במשקל כ-13 ק"ג. הבמאי סטיבן פרירס רצה ללהק לתפקיד שחקן סקוטי, אך חברים בצוות ההפקה שכנעו אותו לקחת את מוריסי.
על תפקידיו ב"שם המשחק" וב"העסקה" זכה מוריסי בשבחים רבים. הוא היה מועמד לפרס באפט"א כשחקן הטוב ביותר על תפקידו כקולינס ב"שם המשחק" אך הפסיד את הפרס לשותפו לסדרה ביל ניי.
תפקידים בקולנוע ובדרמות תקופתיות.
בשנים הבאות לוהק מוריסי לתפקידים בסרטי קולנוע בולטים. בזמן צילומי הסרט "Stoned", סרטו של סטיבן ווליי מ-2005 על חייו של בריאן ג'ונס, הוזמן לאודישן לסרט "אינסטינקט בסיסי 2" לתפקיד הפסיכיאטר ד"ר מייקל גלאס. הוא טס ללוס אנג'לס וערך מבחן בד במשך שעה עם שרון סטון. בין השניים נוצרו מיד יחסי קרבה שהובילו לכך שמוריסי קיבל את התפקיד. מוריסי נהנה מהסרט הראשון בסדרה ואהב את התסריט של סרט ההמשך. הוא קרא חומר בנושא פסיכיאטריה, והתעמל בחדר כושר כהכנה לסצנות העירום. הסרט נכשל בקופות וגם בביקורת. מוריסי קיבל ביקורות רעות שדיכאו אותו, לזמן קצר חשב לוותר על קריירת המשחק, אך לבסוף ראה בכישלון זה הזדמנות ללמוד.
ב-2007 מיד אחרי סיום צילומי "אינסטינקט בסיסי 2", החל להשתתף בצילומי סרט האימה "עשר המכות", סרטו של סטיבן הופקינס, בלואיזיאנה, בה שיחק לצידה של "הילרי סוונק" בתפקיד מורה למדעים דאג בלקוול. התפקיד הוצע לו בשלב מאוחר בהפקה והוא מיד טס לבאטון רוז'. כמעריץ של סוונק ושל הסרט "חיי פיטר סלרס" של הופקינס, שמח לקחת על עצמו את התפקיד. שבוע אחרי תחילת הצילומים פגעה במדינה סופת ההוריקן קתרינה וההפקה הושעתה. לוח הזמנים היה תובעני למדי, בעיקר שלושה שבועות של צילומי לילה וסצנה בה להקת ארבה תוקפת את הדמות שלו. מרבית הארבה נוצר בגרפיקה ממוחשבת, אך חלק מהלהקה היו אמיתיים וצולמו במצלמת קולנוע. הסרט יצא לאקרנים ב-2007 ואף הוא נכשל. למרות כישלון שני הסרטים, מוריסי היה אסיר תודה על כך שסרטים אלה היו פתח להצעות נוספות שהגיעו מהוליווד.
במרץ 2006 היה מוריסי בניו זילנד בצילומי הסרט סוס המים של ג'יי ראסל. בהיותו שם הוצע לו תפקיד בסדרת הטלוויזיה "Cape Wrath" בהפקת חברת "Ecosse Films", העוסקת במשפחה הנמצאת בתוכנית להגנת עדים, ועוברת להתגורר בכפר מסתורי. צילומי הסדרה נמשכו עד לסוף אותה שנה, וב-2007 שודרה בבריטניה ובארצות הברית. שנה אחר כך גילם את דמותו של קולונל ברנדון בעיבוד של אנדרו דייוויס לרומן "תבונה ורגישות" מאת ג'יין אוסטן. כאשר קיבל את התסריט, תהה אם יש צורך בעיבוד נוסף לרומן של אוסטן, אולם השתכנע לקחת את התפקיד כשראה שדייוויס נתן לדמויות הגבריות יותר זמן מסך מאשר בגרסה הקולנועית משנת 1995. עוד גילם את דמותו של תומאס הווארד, דוכס נורפוק בסרט "נערת בולין האחרת, סרטו של ג'סטין צ'דוויק. הוא השווה את נורפוק לכוכב רוק דוגמת למי הבסיסט של להקת מוטורהד, וכהכנה לתפקיד קראה ספרות היסטורית וספרות והמאה ה-16.
בשנת 2007 שיחק לצד הילרי סוונק בסרט האימה "עשר המכות" בבימויו של סטיבן הופקינס.
חזרה לבמה, דוקטור הו, דרמות פשע.
מנובמבר 2008 ועד ינואר 2009 חזר מוריסי להופיע בתיאטרון, והשתתף בהצגת הבכורה הבריטית של המחזה "In a Dark Dark House" מאת ניל לביוט שעלתה בתיאטרון אלמיידה. הוא גילם את דמותו של טרי, אחד משני אחים שעברו התעללות בילדותם, ושיחק לצידם של סטיבן מקינטוש ולירה סטרנבך. הוא אהב את המחזה הקודם של ניל לביוט "The Mercy Seat" ולכן לקח את התפקיד. מוריסי חקר את הנושא של התנהגות מבוגרים אשר התעללו בהם בילדותם, וכיצד הם מתמודדים עם הבושה, ושילב רגשות אלה בגילום התפקיד. הוא היה יכול להתייעץ עם לביוט במהלך החזרות, אך נמנע מלשאול אותו איך בדיוק לשחק את טרי. המבקר צ'ארלס ספנסר כתב בדיילי טלגרף שבחים על הופעתו.
בדצמבר 2008 הופיע לצד דייוויד טננט, עמיתו לסדרת הטלוויזיה "בלקפול", בספיישל חג המולד של סדרת המדע בדיוני "דוקטור הו". בפרק שנקרא "הדוקטור הבא" גילם מוריסי את ג'קסון לייק, בן אנוש המאמין שהוא הדוקטור כיוון שמוחו נפגע מטכנולוגיה חייזרית. מוריסי קיבל הצעות להופיע בסדרה עוד קודם לכן, אך דחה אותן בגלל התחייבויות אחרות. הוא ניגש לגלם את הדמות כמו לכל תפקיד דרמטי אחר, והושפע משחקנים שגלמו את הדוקטור בעבר ויליאם הרטנל, פטריק טרוטון וטום בייקר. אופיו המדויק של הדמות הייתה אפופת סוד עד ליום השידור, והדמות כונתה רק בשם "הדוקטור האחר". בתקשורת הועלו השערות שמוריסי יחליף את טננט בתפקיד הדוקטור, אך למעשה הפרק שימש כ"כיסוי" לזהות האמיתית של השחקן שנבחר להיות הדוקטור ה-11 הוא מאט סמית.
במרץ 2009 החל מוריסי להופיע בסדרה "Red Riding" בתפקיד מוריס ג'ובסון, בלש משטרה מושחת. העיבודים לסדרת ספרי "Red Riding" מאת דייוויד פיס שודרה בערוץ 4. למוריסי הייתה הכרות קודמת עם הבמאים, התסריט מצא חן בעיניו, והוא שיתף פעולה בעבר (או רצה לשתף פעולה) עם השחקנים ששיחקו לצידו. הפגמים באופיו של ג'ובסון מצאו חן בעיניו, דבר שבידל אותו מדמויות השוטרים האופייניות בטלוויזיה. על הופעתו בסדרה היה מועמד לפרס "Broadcasting Press Guild" כשחקן הטוב ביותר. בסוף אותה שינה גילם את דמותו של בובי דיקינס בסרט "נער משום מקום" על נעוריו של ג'ון לנון. כמעריץ של הביטלס הוא התענג על ההזדמנות להשתתף בסרט על אודות לנון.
בשנת 2010 הרבה מוריסי להופיע בטלוויזיה. בדרמה הטלוויזיונית של ה-BBC "גברת מנדלה" הוא גילם את דמותו של Theunis Swanepoel מי שהיה החוקר של ויני מדיקיזלה-מנדלה (בגילומה של סופי אוקונדו). על הופעתו זו זכה לשבחים בעיתונים הגארדיאן והאינדפנדנט. עוד הופיע באותה שנה בעונה השנייה של סדרת הטלוויזיה "חמישה ימים", גילם חייל רומאי בסרטו של ניל מרשל "סנטוריון", שיחק בסרט הטלוויזיה "U Be Dead", ושיחק בתפקיד קולונל ג'ון ארבותנוט בעיבוד ל"רצח באוריינט אקספרס" לפי ספרה של אגאתה כריסטי. ב-2011 וב-2013 השתתף בסדרת הטלוויזיה "The Field of Blood".
ת'ורן, שייקספיר, המתים המהלכים.