עם פרוץ מלחמת העולם השנייה התנדב קורצ'אק לצבא הפולני כקצין, אך לא התקבל לשורות הצבא מפאת גילו. בזמן הכיבוש הגרמני הוא לבש את מדי הצבא הפולני וסירב לציית לפקודה הנאצית המצווה על היהודים לענוד סרט מעוטר במגן דוד, משום שראה בכך חילול הסמל. בחודשים האחרונים של חייו (ממאי 1942) חי בגטו ורשה. נברלי, שכתב מאוחר יותר את הביוגרפיה של קורצ'אק, ניסה להשיג לו תעודות מזויפות מן האזור הארי של העיר, אך קורצ'אק סירב לעזוב את הגטו ובעצם לעזוב את חניכיו.
בגטו ורשה חזר קורצ'אק לכתיבת יומנו, אותה החל בשנת 1939 והפסיק למשך כשנתיים וחצי, כאשר הקדיש את זמנו ומרצו לטיפול ודאגה לחניכיו בבית היתומים ופעילות הקשורה במצבם של הילדים בגטו. היומן נמסר לידי ידידו הסופר איגור נברלי ופורסם לראשונה בוורשה בשנת 1958. בהיותו בן חמש, כך כתב ביומנו ב-1942(בגטו ורשה) "גיליתי לסבתא בשיחה אינטימית את תוכניתי... להשליך החוצה את הכסף כולו. כיצד להשליך ולאן, ומה לעשות לאחר מכן, לא ידעתי, כפי הנראה..."
הרישום האחרון ביומנו הוא מ-4 באוגוסט 1942.
בבוקר 5 או 6 באוגוסט 1942, שטחו של הגטו הקטן הוקף על ידי פלוגות אס-אס ושוטרים אוקראינים ולטביים. בזמן קיומה של האקציה הגדולה, כלומר השלב העיקרי של השמדת אוכלוסיית גטו ורשה, קורצ'אק דחה שוב ושוב הצעות להצלה, כי לא היה מוכן לנטוש את ילדיו ועובדיו בבית היתומים. ביום הגירוש הוביל קורצ'אק את מסע חניכיו לאומשלאגפלץ, משם יצאו טרנספורטים למחנות ההשמדה. קורצ'אק צעד בראש, בראש גלוי, בנעליים צבאיות גבוהות אוחז בידיהם של שני ילדים. במסע השתתפו כ-200 ילדים וכעשרה מטפלים, ביניהם סטפניה וילצ'ינסקה. המסע שלהם הפך לאגדה, מיתוס של המלחמה, הנשען על זיכרונות שלא היו תמיד מהימנים וחסרו לכידות בפרטיהם.
על פי גרסה אחרת, הילדים צעדו ברביעיות ונשאו את דגלו של "המלך מתיא הראשון", גיבור אחד מספריו של קורצ'אק. כל ילד נשא עמו צעצוע או ספר אהוב. אחד הנערים, שהלך בראש, ניגן בכינור. האוקראינים ואנשי האס-אס הצליפו בשוטיהם וירו באוויר מעל להמון הילדים. אף על פי שאחד מהם הוביל את המצעד, נראה שחש מעין סימפתיה אל הילדים.
באותו יום נשלחו מגטו ורשה 4,000 ילדים ומטפליהם מבתי היתומים בעיר. קורצ'אק נרצח יחד עם חניכיו במחנה ההשמדה טרבלינקה. בשנת 1948, לאחר מותו, הוענק לקורצ'אק "צלב אבירי מסדר תחיית פולין".
קורצ'אק כמחנך.
תפיסתו החינוכית.
עוד בנעוריו התעניין קורצ'אק בתאוריות חינוך פרוגרסיבי והושפע מהרעיונות של זרם "החינוך החדש". הוא שאב השראה מתאוריית החינוך הפרוגרסיבי שעוצבה על ידי ג'ון דיואי ומרעיונותיהם של דקרולי ומונטסורי וכמו כן מפדגוגים מוקדמים יותר – פסטלוצי, ספנסר ופרבל והכיר את רעיונותיו הפדגוגיים של טולסטוי. בקיץ 1898 נסע לשווייץ על מנת להתוודע לפעילותו ויצירתו הפדגוגית של יוהאן היינריך פסטלוצי, נסיעה אותה תיאר מאוחר יותר בכתב העת "חדר קריאה לכל".
בתקופה שבין שתי מלחמות העולם הוא הרצה במכללות שונות בפולין, בין היתר במכון הממלכתי לחינוך מיוחד (היום האקדמיה לחינוך מיוחד ע"ש מריה גז'גוז'בסקה), בסמינר הממלכתי למורים בני דת משה ובמכון הממלכתי למורים.
קורצ'אק היה חסיד של האמנציפציה של הילד, ההגדרה העצמית שלו וכבוד לזכויותיו. גופי המנהל העצמי של החניכים שפעלו במוסדותיו כמו פרלמנט הילדים ובית הדין, הגשימו בחיי היום-יום את עקרונות הדמוקרטיה, שהיו תקפים בעיניו באופן שווה הן לילדים והן למבוגרים, והכינו את "האנשים הקטנים" לעולם המבוגרים. "ילד מקשר ומבין כמו אדם מבוגר - הוא חסר רק את מטען הניסיון של האיש" – היה אומר. העיתון שפורסם עבור ועל ידי הילדים היה הפורום שלהם, בית היוצר לכישרונותיהם ואפיק חשוב להתבוללות שלהם בתרבות הפולנית, בעיקר לילדים ממשפחות אורתודוקסיות. קורצ'אק הרופא תמך בשיקום וטיפול חדשני ומורכב בילדים משולי החברה.
קורצ'אק טען שמקומו של הילד בחברת בני גילו ולא בפינה הביתית המוגנת. הוא שאף לכך, שילדים יעמתו בינם לבין עצמם את דעותיהם המתגבשות והשקפות העולם הראשוניות, וכך יעברו תהליך של סוציאליזציה (חיברות) ויכינו את עצמם לחיים מבוגרים. הוא השתדל להבטיח לילדים ילדות ללא דאגות – אך אין פירוש הדבר שתהיה נטולת חובות. למרות עשרות השנים שהפרידו בינו לבינם, קורצ'אק התייחס לילדים ברצינות וניהל עמם דיאלוג פתוח. הוא סבר שילד צריך לחוות מצבים נתונים ולהבינם בעצמו, להתנסות, ולהגיע בעצמו למסקנות ובמידת הצורך - למנוע תוצאות משוערות. "אין ילדים – יש רק בני אדם" – הוא כתב.
כל הילדים שריפא או גידל היו בעיניו כילדיו שלו. עמדותיו האלטרואיסטיות לא אפשרו לו להעניק יחס מיוחד או להעדיף קבוצה קטנה של חניכים אהובים. הוא לא האמין שהמשפחה המסורתית היא החוליה החשובה והבסיסית ביותר של הקשר החברתי, וחלק על התפקיד שמילאה בחוגי החברה הנוצרית השמרנית והחברה היהודית המסורתית.
היסודות החשובים של תפיסתו החינוכית של קורצ'אק:
הערכת גישתו החינוכית.
פרסומים רבים דנים בתאוריה הפדגוגית של קורצ'אק, וכיום הוא זוכה להכרה רחבה יותר ויותר כמבשרם של מספר זרמים פדגוגיים. הוגים מודרניים רבים רואים את זכויות הילד כפי שהוגדרו על ידי קורצ'אק. הסיסמה "לתקן את העולם – פירושו לתקן את החינוך" – הייתה דעתו של קורצ'אק.
בשנות האלפיים, מוכר קורצ'אק כאחד החלוצים של הזרם הפדגוגי המכונה כיום "חינוך מוסרי" (Moral Education). זאת, על אף העובדה שלא יצר תאוריה שיטתית בנושא ורעיונותיו החדשניים התבססו על פרקטיקה. הוא התנגד לדוקטרינות בדידקטיקה, אף על פי שהיה מעודכן היטב בזרמים הפדגוגיים והפסיכולוגיים בני זמנו. לפי איגור נוורלי, קורצ'אק לא הזדהה עם אף אידאולוגיה מדינית ספציפית או דוקטרינה פדגוגית.
קורצ'אק, כאמור, מוכר היום כמבשרם של מספר זרמים. לורנס קולברג טוען, שהתאוריה שלו "קהילת הצדק של הילדים" (Children just community) מבוססת על הפרקטיקה של קורצ'אק. יש המניחים, שלקורצ'אק ולפאולו פריירה יש השקפות דומות על דמוקרטיה בבית הספר ועל התאוריה של הדיאלוג. חסידי "האהבה הפדגוגית" (Pedagogical Love) מבססים את התאוריה שלהם על מודל היחסים מורה-תלמיד שעוצב על ידי קורצ'אק. כותבים אחרים מוצאים אצל הן אצל קורצ'אק והן אצל מרטין בובר התחלות של זרם "החינוך הדתי". הרעיונות של קורצ'אק מיושמים ב"אידאולוגיה של נירמול", חינוך של ילדים עם ליקויים שכליים. גישתו החינוכית של קורצ'אק השפיעה על יוזמות חקיקה לטובת הילד, שהופיעו אחרי מלחמת העולם השנייה. לפולין היה חלק גדול בהן - היא לקחה חלק פעיל בהכנות להצהרת זכויות הילד בשנת 1959 ויזמה את "אמנת זכויות הילד", שהתקבלה בשנת 1989 על ידי האו"ם.
הערכה כסופר וכהוגה.
ספריו של קורצ'אק נכתבו בפולנית ותורגמו לשפות רבות, בהן עברית, יידיש, אנגלית, גרמנית, יפנית ואפילו אספרנטו. חלק מספריו תורגמו לעברית מספר פעמים, בשמות שונים. כמו כן, חלק ממאמריו נכללו במספר אסופות שונות בעברית, לעיתים בתרגומים שונים. הספרים עוסקים בהתגברות על הפחד, בהתמודדות עם אלימות פנימית הבוקעת מתוך הילד, בהתחשבות באחרים וכן בשוויון בינלאומיים, והצטרפות לצד הטוב שבאדם.
רבים נדרשו למשנתו החינוכית והבנת משמעות ספריו וסיפוריו של קורצ'אק.
זכויות הילד ונשיאה באחריות.
חוקר הספרות אדיר כהן כתב מספר ספרים ומאמרים על משמעות הגישה של יאנוש קורצ'אק הנובעת מתוך ספרי הילדים שלו.
את ההשוואה לדיואי כתב פרופ' כהן על פי המאמר "החינוך לאידיאליזם מציאותי לפי יאנוש קורצ'אק - עיון בתודעת הייאוש והתקווה" של הרב ד"ר סטיב קופלנד ממכון פרדס, מכללת הרווארד, והמכללה העברית בבוסטון.
החוקר יובל דרור, כתב על גישת החינוך אשר בדרכה הלך קורצ'אק עצמו, עליו דנו בו אנשי חינוך עוד בתוך כותלי בית היתומים החי בוורשה, ועל הבעתו של גישה זו בתוך ספריו. לדברי רוב החוקרים, מסביר דרור, עיקר עניינו של קורצ'אק היה נתינת תחושת בית. דרור חולק על דעתם, והוכיח שגישת קורצ'אק היא חינוך, בראש ובראשונה לנשיאת אחריות, לערכי חברה, חירות ושלטון עממי בלתי עריץ. גם במאמרו של דרור מודגשת ההתמודדות עם מצבים אמיתיים, וההכרה בצדדים השליליים שבחיים. כך, בבית היתומים היה מוסד "מלך הילדים" שנשא באחריות רבה, ובו בזמן היה צריך להיזהר מנפילת מעמדו ל"מפונק של הדוקטור" או "חביבהּ של סטפה", ובמילים אחרות: ספרו "המלך מתיא הראשון" אינו רחוק מההווי בבית היתומים.
החוקרת עינב בן-דורי מפרטת את הערכים לילדים ולמבוגרים העולים מתוך שני ספריו של קורצ'אק על "המלך מתיא". זוהי הקדמה למאמר על כוחו של הסיפור לשנות אנשים, ועל משמעות הסיפור החסידי. לדעתו הספרים אינם רק "חינוכיים" עבור הילדים, אלא פונים גם לעולמם של המבוגרים, ומדגיש בפניהם את הצורך להתייצב לצד ערכי היושר והשוויון.
שאיפה לטוב, תקווה ואהדה.
בספר "הילד הוא אדם, הגותו החינוכית של יאנוש קורצ'אק", חוקר החינוך מרק סילברמן דן בהגותו וגישתו החינוכית של קורצ'אק העולה מתוך כתביו וגם סיפוריו, וכמו אחרים מדגיש את גישתו של קורצ'אק הקורא למבוגרים להתנהג ככל האפשר עם ילדים כבוגרים זעירים, וכך גם קרא לספרו. אך בנוסף לכך, הוא מנתח את עמדותיו על רקע עמדות דומות בפולין המשכילה - עמדות של פטריוטיות מחד (המופיעים באופן בולט בספרי הילדים הידועים שלו), אחוות האדם מאידך, אהבת הטבע והתבוננות בעין אוהדת אך מפוקחת בו, וב"תהליכי צמיחה וקמילה" (גם אלו בולטים בסיפורי קורצ'אק). בסופו של דבר, סילברמן מגיע למסקנה שחלק חשוב מדרכו החינוכית של קורצ'אק, הוא היחס החיובי הנדרש לחלומות ותקוות של האדם עצמו ושל חבריו.