בעבודה במקדש, הכהנים נדרשים ללבוש בגדי כהונה מיוחדים, ארבעה בגדים לכהן רגיל, הנקרא כהן הדיוט, ושמונה בגדים לכהן הגדול. העבודות של הכהנים במקדש כוללות בין השאר, זריקת דם הקרבנות על המזבח, העלאת בשר הקרבנות למזבח, הדלקת הנרות במנורה, תקיעה בחצוצרות, הקטרת קטורת ודישון המזבח.
ברכת כהנים.
הכהנים נצטוו להעביר את ברכתו של ה' אל עם ישראל, כפי שמתואר בספר במדבר:
הוראת הלכה.
הכהנים, כחלק משבט לוי, מתוארים בכמה מקומות במקרא כממונים על הוראת ההלכה לעם ישראל.
עם זאת, פוסקים קבעו כי מדובר בתיאור של המציאות הקדומה ולא בקביעה נורמטיבית שהכהנים תמיד צריכים להיות אלו שמורים הלכה. נפסק כי ראוי שחלק מדייני הסנהדרין יהיו כהנים, אולם זו אינה חובה הלכתית.
הרב צבי הירש חיות טען כי באופן גורף ההוראה ההלכתית בישראל מוטלת על שכמי הכהנים בלבד, אולם זו שיטה יחידית שלא התקבלה על ידי שאר הפוסקים. כך לדוגמה הרב חיות עצמו שלח את חיבורו לחתם סופר, והלה כתב בתגובה:
זכויות ואיסורים מיוחדים.
מתנות הכהונה.
במקום נחלה בארץ, ותמורת עבודתם, התורה מעניקה לכהנים עשרים וארבע מתנות כהונה הכוללים חלקים מהקרבנות המובאים לבית המקדש, חלק מהתוצרת החקלאית הנקרא תרומה ומתנות נוספות.
איסורים הלכתיים.
התורה אוסרת על הכהנים איסורים מיוחדים אשר אינם חלים על שאר היהודים. איסורים אלו כוללים מגבלות על הנישואין ואיסור להיטמא למת אלא לבני משפחה מדרגה ראשונה. בעקבות זאת, כהנים אינם מורשים להיכנס לבית קברות לעמוד בד' אמות של מת או לשהות בחדר בו נמצא יהודי שמת.
למעמדו של כהן יש בעיקר משמעות הלכתית, אך מכוח חוקי הנישואים בישראל, המכירים רק בנישואים דתיים (או בנישואים שנערכו בחו"ל), חלים בישראל איסורי הנישואים של הכהנים גם על יהודים שאינם שומרי מצוות. יהודי המבקש להתחתן בישראל עם אשה האסורה לכהן חייב להוכיח שאינו כהן.
חז"ל קבעו את הכלל האומר כי הכהנים זריזים הם ולכן אין לחשוש שמא הם יתרשלו בעבודתם או שיזלזלו באיסורים המוטלים עליהם.
היעדר נחלה.
לאור תפקידם במקדש, ככל שבט לוי, הכהנים אינם מקבלים נחלה בארץ ישראל:
מצוות קידוש הכהנים.
התורה קובעת שעל בני ישראל לכבד את הכהנים: . המצווה נמנית במניין המצוות.
על יישומי מצווה זו נכתב בברייתא בתלמוד: חז"ל קבעו שיש לכבד את הכהן בעליה ראשונה לקריאת התורה, נתנו לו קדימות בהובלת אמירת ברכת המזון, חייבו לתת לו לבחור ראשון מנה יפה, וקבעו שאל לאדם לבקש מכהן לשרת אותו. כבודו של הכהן גדול, עד שדמי הבושת שמוטלים על מי שמבזה כהן, יותר גדולים משל איש אחר.
כהנים קודמים אף לזקנים, בעניין זה, כפי שנאמר .
חובת כיבוד הכהן מבוססת אך ורק על היותו ממשפחת כהנים, ולא על בסיס חכמתו או הישגיו האישיים. לפי דעות אחדות מעלת הכהונה מאפילה על כל הישג אישי, כמו שמפרש הספורנו על הפסוק: , "אף על פי שלא יהיה גדול בחכמה... ראוי שתדבר עמו בזה דרך כבוד". לעומת גישה זו ישנן דעות לפיהן על הכהן להיות "יודע דת וספר": "כהן וישראל שוין בחכמה אז חל החיוב ד"וקדשתו", דהיינו בכל דבר שיראה גדול הוא מקודש", ובמקום אחר: "חכם ישראל קודם לכהן".
חיוב זה חל כלפי כהנים גדולים בשנים בלבד, ואין ביכולת הכהנים להתנער מכבוד זה.
על משמעותו של מצווה זו נכתב בתלמוד: "שאלו תלמידיו את רבי פרידא במה הארכת ימים? אמר להם מימי... לא ברכתי לפני כהן".
הכהן הגדול.
הכהן הגדול הוא תוארו של ראש הכהנים בעם ישראל, האדם שעמד בכל דור בראש הממסד הדתי היהודי. בתקופות הפרסית וההלניסטית הכהן הגדול המנהיג העיקרי של העם היהודי תחת השלטון הזר.
משרת הכהן הגדול עד לימי יאסון עברה בירושה, והמחזיקים בה התייחסו לאהרון "הכהן הגדול הראשון" ופינחס בן אלעזר.
הכהן הגדול נבדל משאר הכהנים במעמדו, השפעתו, תפקידיו הדתיים, חובותיו הדתיים והפרטיים, וזכויות היתר הנוספות שקיבל. ההבדל הבולט ביותר היה לבושו, שתפקידו היה להציג מעין הדרת מלכות ויחוד.
שני בחשיבותו לכהן הגדול הוא "סגן הכהנים", שהיה אחראי על עבודת כל הכהנים, והיה מיועד להחליף את הכהן הגדול אם זה ייפסל לעבודת המקדש.
משמרות כהונה.
ב מסופר שהכהנים נחלקו בימי דוד המלך לעשרים וארבע משמרות, המשמרת הראשונה הייתה משמרת יהויריב והאחרונה משמרת מעזיהו. מדי שבוע עבד במקדש משמר אחר, ושמו היה נרשם על החותמות לנסכים באותו שבוע.
ישנה דעה האומרת שכל משמר חולק לשבעה בתי אב, ובכל יום מימי השבוע שבו שירת המשמר במקדש, שירת בית אב אחר (ר' עובדיה מברטנורא, תענית ב, ו). לעומת זאת לפי ה, נראה שכל משמר חולק לשישה בתי אב - בית אב לכל אחד מששת ימי השבוע הראשונים, ובשבת עבדו כל כהני המשמר יחד (ראו גם בפירוש התפארת ישראל, מסכת תמיד א, א (בועז, אות ב)). מסתבר שמכיוון שהנושא שם הוא קרבנות נדבה שלא מוקרבים בשבת לכן השמיטו את בית האב של שבת.
היסטוריה של הכהונה בישראל.
בראי הפרשנות המסורתית.
המשנה במסכת זבחים (יד, ד) אומרת: "עד שלא הוקם המשכן, היו הבמות מתרות, ועבודה בבכורות. משהוקם המשכן, נאסרו הבמות, ועבודה בכהנים". בזמן הקמת המשכן היו רק חמישה כהנים - אהרן וארבעת בניו - אך התורה מציינת בפירוש: "לְמַעַן אֲשֶׁר לֹא יִקְרַב אִישׁ זָר אֲשֶׁר לֹא מִזֶּרַע אַהֲרֹן הוּא לְהַקְטִיר קְטֹרֶת לִפְנֵי ה'", כלומר: הבחירה באהרן נצחית. בנוסף לבחירת אהרן ישנה בחירה בכל שבט לוי לתפקיד עזרה לכהנים ושמירת מקום המקדש.
הפרשנים נותנים סיבות שונות להעברת הכהונה אל אהרן וזרעו. יש מסבירים, כי החלטת אלוהים לרכז את הכהונה במשפחה יחידה היא כדי שאבי המשפחה ילמד את בניו עבודות הכהונה, והבנים יגדלו תוך בית שכולו בנוי ומשוקע מסביב לרעיון עבודות הכהונה - וכך יצליחו בעבודת הכהונה. בתוספתא מבואר הרעיון שריכוז עבודת שימוש המלך בקבוצת אנשים מצומצים נחשב כשבחו של מלך.
תרגום הירושלמי מסביר שאהרן נבחר בזכות יוכבד ומעשיה, שהצילה ילדי ישראל הזכרים מגזר דין מוות שהטיל פרעה על העבריים. המדרש רבה מסביר שבגלל שקהת זכה להיות מטועני הארון ואהרן בעצמו היה הבכור מבין נכדיו זכה לעבודת הכהונה ולהיקרא קודש קודשים. בנוסף, יש פרשנים שהסבירו שאהרן הכהן בעצמו - ובניו אחריו - נבחרו לעבודת הכהונה מאת בריאת העולם. הספורנו בפירושו על הפסוק ולעמוד לפני העדה לשרתם מסביר שאחת ממטרות בחירת שבט לוי הייתה להקניט את העדה על השתתפותם בחטא העגל.
בראי ביקורת המקרא.
כהונה הוא בעיקר תפקיד פולחני ולא מוצא משפחתי. עם זאת, ברור מהכתוב במקרא כי לפחות חלק מתפקידי הכהונה עברו בירושה מאב אל בנו, גם ממצאים מהמזרח הקדום מוכיחים זאת. להלן התאוריה המקובלת בביקורת המקרא לגבי התקבעות הזכות לשמש בכהונה בישראל:
המקרא מתייחס לשלוש הגדרות שונות לגבי מוצאם המשפחתי והשבטי של הרשאים לעסוק בכהונה:
בנוסף, קיימות במקרא עדויות רבות כי עד שלב מסוים השירות בקודש לא היה ייחודי לבני שבט מסוים - למשל בסיפור פסל מיכה ששימח מיכה כשמצא איש מבני לוי לכהן לו לפסל; , סיפור עלי הכהן בו לא מצוין מוצאו של עלי אך תפקיד הכהנים המשתמע ממנו שונה לחלוטין מהמוכר בתקופות מאוחרות יותר, ואף שאול המלך המעלה עולה בעצמו ודוד המלך אשר שואל באלוהים באמצעות האפוד (עוד בטרם היותו למלך).
ההיסטוריה של הכהונה היהודית אינה ברורה למסתמך על המקרא בלבד. עם זאת, גם בקרב חוקרי המקרא לא קיימת הסכמה מלאה לגבי השלבים הראשונים של התפתחות הכהונה בישראל וקיימות מספר תאוריות בנושא. על השלבים המאוחרים (מהרפורמה של יאשיהו המלך ואילך), לעומת זאת, מצויות עדויות ברורות למדי.
שלבי ההתפתחות כפי שמציגים אותם מבקרי המקרא הם:
בית המקדש חרב כמה עשורים לאחר מות יאשיהו ובכך התקבעה הרפורמה של יאשיהו. יחד עם זאת, נוצרו כתוצאה מחורבן הבית מספר מחלוקות שמוצאות את ביטוין הנרחב הן בספרי המקרא והן בתורה שבעל פה, ביניהן המחלוקת בשאלה מיהם הזכאים לשמש בכהונה - כל שבט לוי (כאמור לעיל בספר דברים), בני אהרון או צאצאי צדוק בלבד. רק בספרי יחזקאל ועזרא שנכתבו במובהק לאחר גלות יהויכין, מצוין במפורש כי הכהנים הם בני צדוק בלבד.
זיהוי כהנים בימינו.
כהן הוא מי שאביו כהן, ואמו הייתה כשרה להינשא לאביו. בהתאם לכך כהן הוא קודם כל מי שמסורת משפחתו אומרת שזו משפחת כהנים.
הגמרא מציינת שתי רמות ודאות של כהונה: כהני ייחוס וכהני חזקה. כהני ייחוס הם כהנים ברמת ודאות גבוהה שכן יש להם כתב ייחוס המראה את שושלת ייחוסם עד כהן שעלה בעבודה על גבי המזבח. כהני חזקה, לעומתם, אין להם ספרי ייחוסין אלא הם מוחזקים ככהנים כי הם נוהגים במשפחתם ככהנים.
ישנה מחלוקת הלכתית האם הכהנים בימינו - שכולם כהני חזקה - הם רק ספק כהנים או שהם כהנים ודאים. ישנם הטוענים שהם ספק כהנים מכיוון שאין להם ספרי ייחוס. לעומתם טוענים, שמעמד ספק כהנים ניתן רק בזמן שהיו כהנים שהיו מיוחסים. אבל בימינו שאין כהנים מיוחסים, כהני חזקה הם ודאי כהנים.
בדיקות תורשתיות.
בשנות התשעים של המאה העשרים, עם התפתחות הביולוגיה המולקולרית החל המחקר התורשתי של הכהנים, על ידי בדיקת כרומוזום ה-Y של כהנים. בניגוד לכרומוזומים אחרים, רצף כרומוזום ה-Y אינו מופרע בשחלוף, אלא רק במוטציות, ומשום שמוטציות הן נדירות, רצף כרומוזום ה-Y עובר בשלמותו מאב לבן ומאפשר לערוך מעקב אחר שושלות זכריות במחקרים בגנטיקה אבולוציונית אנושית.