בשנת 2003 החלה ישראל בהקמתה של גדר הפרדה, שתחצוץ בין השטחים שבהם מתגוררים הפלסטינים ביהודה ושומרון ובין השטחים הישראלים, כדי לצמצם את האפשרות של מחבלים מתאבדים להיכנס לשטחי ישראל גופא. הקמת הגדר ספגה ביקורת כיוון שחלקים ממנה תוכננו להקמה ממזרח לקו הירוק, ובחלק מהמקרים היא אף תוכננה לחצות יישובים פלסטינים, תוך איבוד שטחים חקלאיים שלהם. הוויכוח על הגדר נסוב אף סביב המינוח - "גדר" או "חומה" (התנגדותה של ישראל למילה חומה נבעה מתדמיתה של חומת ברלין). ישראל טענה שהגדר מיועדת להגנה מפני טרור ואכן מצליחה למנוע פיגועים רבים, ומתנגדיה טענו שהיא כולאת את הפלסטינים, ושמטרתה אינה רק להגן מפני טרור אלא גם לספח שטחים לישראל ולקבוע עובדות בשטח להסכם עתידי, ולכן יש להסירה. הוויכוח על הגדר נגרר לדיונים בבית הדין הבינלאומי לצדק בהאג, אליהם הוטס במיוחד על ידי ישראל שלדו המפויח של אוטובוס בו אירע פיגוע, אך בסיכום הדיונים לא התקבלה החלטה שמחייבת את ישראל לפרק את הגדר.
שלבים מאוחרים.
לאחר מותו של יאסר ערפאת וחיסולה של מרבית הנהגת החמאס, בעקבות המעטת השימוש בסיכולים ממוקדים ובפעילויות צבאיות בהיקף גדול וכן בשל מספר אירועים חשובים שהתרחשו בשנותיה האחרונות של האינתיפאדה כגון ביצוע תוכנית ההתנתקות, המלחמה בעיראק ומלחמת לבנון השנייה, הוסטה תשומת הלב העולמית מהסכסוך הישראלי-פלסטיני אל מוקדים אחרים. הסטת תשומת הלב תרמה לרגיעה היחסית ששררה בין ישראל לארגונים הפלסטיניים (במקביל לפעילות מוצלחת של סיכול פיגועים). השתלטות החמאס על רצועת עזה קבעה את תדמיתו השלילית בדעת הקהל ונתנה לצה"ל חופש יחסי בפעילותו נגד משגרי הקסאם.
בעקבות נאומו של נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בפני מועצת זכויות האדם של האו"ם, נשיא המועצה הודה בספטמבר 2007 כי תשומת לב רבה מדי הוקדשה לסכסוך הישראלי-פלסטיני בעוד הביקורת של מוקדי עימות אחרים הוזנחה, ושעל המועצה "לבחון את מעשיהם של כל הצדדים ולא רק של מדינה אחת".
תוצאות מדיניות של האינתיפאדה השנייה.
ישראל.
אחת התוצאות הראשונות של האינתיפאדה השנייה הייתה נפילת ממשלתו של אהוד ברק, ובחירתו של אריאל שרון לראש הממשלה, בפברואר 2001. לאחר הצגת ממשלתו של שרון ב־7 במרץ 2001, היו המובילים בהחלטות הצבאיות בצד הישראלי ראש הממשלה שרון, שר הביטחון בנימין בן אליעזר, והרמטכ"ל שאול מופז. בינואר 2003 נבחרה ממשלה חדשה, שבתקופת כהונתה הצוות המוביל בישראל כלל את ראש הממשלה שרון, שר הביטחון מופז, הרמטכ"ל משה יעלון וראש השב"כ אבי דיכטר.
המשך פיגועי ההתאבדות ותרומתה של הרשות הפלסטינית לטרור גרמו לעוינות וחשדנות גוברת בציבור הישראלי כלפי הציבור הפלסטיני, ולהטלת ספק בכך שיש פרטנר לשלום. אריאל שרון הצליח גם לשכנע מנהיגים בעולם - לרבות נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש - שיאסר ערפאת מעורב בטרור ולכן איננו פרטנר. תזת ה"אין פרטנר" פגעה קשות בשמאל הישראלי, בעיקר במפלגת מרצ, שהתמיכה בה קטנה מאוד. בבחירות 2003 קרסו מפלגות השמאל בכנסת וזכו למספר כולל של 36 מנדטים (8 מתוכם של המפלגות הערביות). הליכוד זכה ב־38 מנדטים (40 לאחר האיחוד עם ישראל בעליה), שינוי ב־15 ואילו האיחוד הלאומי, זכתה ב־7 מנדטים.
פיגועי 11 בספטמבר הביאו לחשש בישראל כי הממשל האמריקאי ינסה לקנות את תמיכתן של מדינות ערב באמצעות פגיעה בישראל, תוך יצירת הבחנה בין "טרור מקומי" (אליו ישויכו הארגונים הפלסטינים) לבין "טרור עולמי" (אליו ישויך אל-קאעידה). חששות אלו הביאו את שרון לנאום ב־4 באוקטובר 2001 את "נאום צ'כוסלובקיה" בו רמז על הפקרת צ'כוסלובקיה בידי בעלות בריתה בהסכם מינכן, והודיע כי ישראל לא תהיה מוכנה לפגיעה בה בניסיון לפייס את הערבים. על אף שהחששות התבדו לבסוף ואף התברר כי הפלסטינים היו הנפגעים העיקריים מהמלחמה כנגד הטרור, הרי שבינתיים נאלץ שרון להכריז ב־23 בספטמבר כי הוא מוכן להקמת מדינה פלסטינית ולהסכים לפגישת פרס עם ערפאת שנערכה בדהנייה ב־27 בספטמבר.
סקר שנערך במאי 2000 (שבע שנים אחרי חתימת הסכמי אוסלו ומספר חודשים לפני פרוץ האינתיפאדה) על ידי מרכז תמי שטינמץ למחקרי שלום הראה ש־39% מהציבור הישראלי תומך בהסכמי אוסלו וש־32% מאמינים שהוא יביא לשלום בשנים הקרובות. לעומת זאת, סקר שנערך במאי 2004 הראה שרק 26% מהישראלים תומכים בהסכמים ושרק 18% מאמינים שהם יביאו לשלום. כמו כן, הסקר מצא ש־80% מהישראלים מאמינים שצבא הגנה לישראל והשב"כ הצליחו להתמודד עם האינתפאדה באמצעים צבאיים.
מהבחינה המדינית ניכרו שני תהליכים סותרים במידה מסוימת. מצד אחד הפכה ישראל ליעד להתקפות תקשורתיות חוזרות ונשנות, במיוחד באירופה, בנושא הפרת זכויות האדם של הפלסטינים, לעיתים קרובות תוך התעלמות מאחריותם של הפלסטינים לאירועים. התפתחות זו הביאה לקריאות לחרם על ישראל מצד גופים שונים (לעיתים תוך סיוע של גורמים מהשמאל הקיצוני) ואף לניסיונות לממשו. בשנים אלה, חלה עלייה גדולה בתקריות אנטישמיות באירופה כנגד יהודים, שתורצו או הוצגו כהתנגדות לישראל ולציונות. גל חדש זה של אנטישמיות נקרא האנטישמיות החדשה ומערב אסלאמיסטים קיצוניים, פעילי שמאל רדיקלי, מכחישי שואה, נאו-נאצים ופעילי ימין קיצוני מסורתיים, שמאוחדים סביב שנאת ישראל ומתעלים את השנאה לפעולות של הסתה ואלימות נגד יהודים.
מצד שני, חוסר ההצלחה של האינתיפאדה להשיג את יעדיה וחשש ליציבות משטריהם הביאו את מדינות ערב ובמיוחד מצרים לניסיונות חוזרות ונשנים להשיג הסכם להפסקת אש או להשיג התקדמות מדינית. הניסיון המשמעותי ביותר נעשה בתחילת 2002 כאשר היוזמה הסעודית אושרה על ידי הליגה הערבית ב־28 במרץ. יוזמות אלו נכשלו ברובן בשל אי ההצלחה להביא לרגיעה בשטח. שתי הצלחות נרשמו לזכות מצרים כאשר הצליחה להביא להודנה בקיץ 2003 ולרגיעה לאחר מותו של ערפאת בסוף 2004. ניסיונות דומים של "הקוורטט" (גוף שיש בו נציגות לארצות הברית, אירופה, רוסיה ולאו"ם) הביאו לתוצאות מעורבות. הניסיונות האמריקאיים כמו דו"ח מיטשל (פורסם ב־30 באפריל 2001), נאום בוש (24 ביוני 2002) ומפת הדרכים (הוגשה רשמית ב־30 באפריל 2003, אושרה סופית בועידת עקבה ב־4 ביוני), אמנם התקבלו לכאורה על ידי ישראל והפלסטינים אולם לבסוף לא יושמו בפועל. הניסיונות של אירופה, רוסיה והאו"ם נדחו על הסף על ידי ישראל בשל טענות על הטיה לכיוון הפלסטינים.
בתקופת האינתיפאדה חלה האטה במשק, והשיא היה בשנים 2002–2003 שבו נסגרו בתי עסק וירדו ההשקעות מבחוץ. בנוסף, גופים בינלאומיים רבים (כגון קבוצות כדורגל) סירבו לשלוח אנשיהם לישראל מנימוקי ביטחון. בשנים 2004–2005, בד בבד עם ירידת הטרור, חלה התאוששות במשק והמסחר החל שוב לפרוח. גופים בינלאומיים רבים חזרו לישראל, והתאחדויות הספורט התירו שוב לישראל לארח בביתה.
ממשלת ישראל הכריזה על נקיטת שתי פעולות מדיניות חד צדדיות במטרה להקטין את הטרור, הראשונה הייתה בניית גדר ההפרדה שזכתה לקוצנזוס ציבורי, אך לביקורת קשה באירופה, והשנייה הייתה תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה וצפון השומרון, שזכתה לשבחים בעולם אך עוררה מחלוקת קשה בישראל.
פלסטינים.
עבור הפלסטינים, האינתיפאדה הייתה אסון כלכלי כבד. האבטלה זינקה באופן חסר תקדים ואלפי פלסטינים איבדו את מקומות עבודתם בישראל. תשתיות רבות נהרסו במהלך הקרבות עם כוחות צה"ל והפלסטינים איבדו כל מוניטין תיירותי או כלכלי (כיעד טוב להשקעה) שהיה להם לפני פרוץ האירועים. כתוצאה מכך, העוני בשטחים הפך לקשה ביותר, ומשפחות לא מועטות סבלו מרעב ונזקקו לסיוע ותרומות של ארגוני מתנדבים והאו"ם.
בתקופה זו, הידרדר המצב ברשות לאנרכיה רבתי, כאשר את השליטה בפועל נוטלות כנופיות חמושות מקומיות, שמשתמשות באש ורצח כשיטה לכפות את רצונן על התושבים. כנופיות כאלה, שחלקן הורכבו מאנשי פת"ח וחלקן האחר מחמולות מקומיות, גרמו למותם של לפחות 360 פלסטינים. גדודי חללי אל אקצא הוציאו להורג במעשי לינץ' אנשים החשודים בשיתוף פעולה עם ישראל, וירו בפלסטינים שסירבו להישמע להוראותיהם. האנרכיה בשכם גרמה להתפטרותו של ראש העיר באסם שקעה, שהטיח ביקורת קשה ברשות הפלסטינית ובתושבי שכם וטען שהם לא עשו דבר כדי להשיב את הסדר על כנו. בעזה, גל חטיפות של אזרחים זרים, הביא לצמצום הסיוע של מדינות זרות לרשות הפלסטינית. מנגד, את החלל שהותירה הרשות, מילאו ארגוני סיוע דוגמת אונר"א וכן ארגוני טרור דוגמת חמאס ואגודות צדקה איסלאמיות שהציעו סיוע בחינוך ורווחה אך גם תגמולים גבוהים למחבלים מתאבדים ומשפחותיהם.
יאסר ערפאת הוחרם בהדרגה על ידי ארצות הברית החל מגילוי שקריו לבוש בפרשת קארין איי, החרמה שהפכה רשמית לאחר נאום בוש בסוף יוני 2002. טיעוני ה"אין פרטנר" שהציג שרון שכנעו את נשיא ארצות הברית, ג'ורג' בוש, לתת לישראל יד חופשית כמעט לחלוטין לפעולות צבאיות כנגד הטרור. גם באירופה, שנהגה לצדד בפלסטינים, הורגש ייאוש מהמצב וממנהיגותו של ערפאת, והם הפסיקו בהדרגה את הלחצים והמחאות על פעולותיה הצבאיות של ישראל והסתפקו בגינויים רפים בלבד.
החל מסוף 2002 חדל ערפאת להיות גורם אפשרי בפתרון הסכסוך בעיני מרבית הצדדים והוא זכה להתעלמות כמעט מוחלטת, בין אם רשמית (על ידי הישראלים והאמריקאים) ובין אם מעשית (על ידי האירופים ובמידה רבה גם הערבים למעט מצרים). במקומו ניסו ישראל וארצות הברית, בתמיכה שבשתיקה של האירופים, לקדם את מחמוד עבאס שהתבטא בדבר הצורך להפסיק את הטרור כנגד ישראל ולחפש פתרון של שלום ולכן נחשב למתון יותר. אולם הלחץ של ישראל וארצות הברית הצליח להביא רק למינויו של עבאס לראשות הממשלה, תפקיד שסמכויותיו ברשות הפלסטינית מעטות.