בתחילה נראה היה שהיחסים בקהילות הופכים לתקינים, אולם הרב אהרנפרייז התעלם מהנהגת התנועה הציונית בבולגריה והמשיך לפעול כמנהיגם הפוליטי של יהודי בולגריה. עימות גלוי נוצר בין הרב לתנועה הציונית על רקע תמיכתו של אהרנפרייז ברשת החינוך של כל ישראל חברים. ב-1909 תקף יו"ר התנועה הציונית וחבר הקונסיסטוריה יקיר רומנו את תוכנית הלימודים של הרשת, ובתגובה ביקש אהרנפרייז לפטרו מהקונסיסטוריה אך לא זכה לתמיכה משמעותית מהקהילות השונות. במאי 1910 פנה יקיר רומנו לכל קהילות בולגריה במכתב גלוי ובו ציין שהרב אהרנפרייז מתחמק מחובת כינוס הקהילות, שהקונסיסטוריה הפכה לכלי שרת בידיו ושניהם מזיקים לתנועה הציונית. רומנו הודיע על התפטרותו מהקונסיסטוריה ולמעשה הודה בכישלון "מדיניות הפיוס" מול הרב אהרנפרייז. בהדרגה יצאו מרבית קהילות בולגריה בקריאה לרב ולקונסיסטוריה להכריז על כינוס הקהילות. הרב נאלץ להסכים וחברי ועדת הקונסיסטוריה הזמנית הגישו את התפטרותם. נערכו בחירות ונקבע הרכב קונסיסטוריה חדש. בישיבת הקונסיסטוריה הראשונה שנערכה לאחר הבחירות הוחלט לקבוע תקנון מתוקן לפעילות הקונסיסטוריה ולצמצם את סמכויות הרבנות הראשית. ב-1912 ערך הרב אהרנפרייז הצעת תקנון חדשה לקונסיסטוריה היהודית וב-22 באפריל 1912 הוזמנו ראשי 19 קהילות לדיון בהצעת התקנון. הוחלט שנציגי הקהילות לקונסיסטוריה יבחרו על ידי ועדי הקהילות ולא בבחירות ישירות. העימות נמשך על רקע רצונה של התנועה הציונית למסד רשת מוסדות חינוך קהילתיים עם זיקה אליה והוא לווה בפרסומים בעד ונגד בעיתונות היהודית. ב-11 במאי 1912 נערכה בסופיה הוועידה הראשונה של נציגי ועדי בתי הספר היהודיים ובהחלטת הסיכום שלה נכתב ש-12 שנות כהונתו של הרב אהרנפרייז הזיקו לחינוך הציוני בבולגריה ויש להוציא מידי הקונסיסטוריה את השליטה בבתי הספר היהודיים בבולגריה. ב-1 ביוני 1912 נערכה הוועידה הציונית השמינית ובמסגרתה הוצהר: "אהרנפרייז רודף את חברי התנועה הציונית בבולגריה, מזיק לעניינה, הכניס שחיתות מוסרית לחיים הציבוריים ויש להדיחו".
מלחמת הבלקן הראשונה ומייד לאחריה השנייה הובילו להקפאת החיים הציבוריים בקרב יהדות בולגריה, משום שרבים מבניה התגייסו לצבא הבולגרי ו-277 מהם נהרגו בקרבות. הקונסיסטוריה היהודית והרב אהרנפרייז בראשה היו מעורבים במאבק הדיפלומטי על זכויות היהודים בערים סלוניקי וסיליסטרה. בתום מלחמת הבלקן הראשונה ביקשה הממשלה הבולגרית לנצל את יחסיה הטובים עם אהרנפרייז כדי שיפעל לרתום את יהודי סלוניקי לתמיכה באינטרסים הבולגריים, משום שתוכנן לקיים משאל עם בנושא הריבונות על העיר. אהרנפרייז ביקש לבקר בסלוניקי אך בלחץ שלטונות יוון, כתב לו רבה הראשי של סלוניקי יעקב מאיר שהביקור עלול להזיק ליהודי העיר ואהרנפרייז ויתר. אהרנפרייז ביקר בלונדון ונועד בעניין עם שר החוץ הבריטי אדוארד גריי, אך פרוץ מלחמת הבלקן השנייה סיכל את מאמציו. לאחר תבוסת בולגריה במלחמה וחתימת הסכם בוקרשט הועבר חבל דרום דוברוג'ה ובכלל זה העיר סיליסטרה לחזקת ממלכת רומניה. שוב פעלה הקונסיסטוריה ובראשה אהרנפרייז כדי לשמור על זכויות יהודי העיר, אשר תחת השלטון הבולגרי נהנו משוויון זכויות. בהסכמת הממשלה הבולגרית הגיש אהרנפרייז דין וחשבון לנציגים הדיפלומטיים של המעצמות שהוצבו בסופיה. הדו"ח שהכין אהרנפרייז עורר הדים באירופה ולואיג'י לוצאטי פרסם בעיתונות האיטלקית מאמר התקפה חריף על התנהלותה של רומניה בעניין, סוגיה שהובילה להצהרה מטעם הממשלה הרומנית, שיהודי סיליסטרה יהנו מאותן זכויות שהיו להם תחת השלטון הבולגרי. אהרנפרייז ערך ביקור באיטליה ונפגש עם המלך ויטוריו אמנואלה השלישי כדי לדון בסוגיית זכויות יהודי רומניה.
בדצמבר 1913, לאחר שנערכו בחירות לקונסיסטוריה התחדשו מאבקי השליטה בקרב הנהגת יהדות בולגריה בין הציונים לנוטאבלים ולרב אהרנפרייז, כאשר מוקד המתיחות היה בקהילת סופיה. הוקמה ועדה מיוחדת כדי לפשר בין הציונים ובין הנוטאבילים ובמרץ 1914 הגישה הוועדה הצעת פשרה, הכוללת עקרונות לתקנון חדש שיוסכם על כל הפלגים הפוליטיים ועל הנוטאבלים. עוד נקבע שהקונסיסטוריה תפעל רק לפי תקנון זה. נציגי התנועה הציונית הבהירו, שאם יאושר התקנון הם "לא יתעניינו עוד באישיותו של הרב אהרנפרייז". הצעת פשרה זו לא הייתה מקובלת על אהרנפרייז והוא התפטר ממשרתו ועזב את בולגריה. במאי 1916 פנו חברי הקונסיסטוריה בגיבוי הנוטאבלים, אל הקהילות בבקשה להחזיר את הרב אהרנפרייז למשרת הרב הראשי של בולגריה. התנועה הציונית התנגדה וההצעה נפלה. סוגיית המאבק בין ראשי התנועה הציונית בבולגריה לרב אהרנפרייז וחברי הקונסיסטוריה העסיקה גם חברי ההסתדרות הציונית העולמית. אחד מראשי התנועה הציונית בבולגריה ד"ר מרצ'ל כלב ציין בזכרונותיו, כי נפגש בברלין עם ליאו מוצקין וויקטור יעקובסון והם ציינו בפניו כי בתחילה לא היה מובן להם מדוע נולד העימות עם הרב אהרנפרייז, אך בהמשך הוברר להם כי גם במהלך כהונתו בשוודיה נטה הרב אהרנפרייז לטובת "הגבירים", שלא היו מתומכי הציונות. בספר זכרונותיו מקדיש אהרנפרייז פרק לכהונתו כרב הראשי של בולגריה, אך רק חלק מאוד מצומצם ממנו עסק במאבק הפנימי על הנהגת הקהילה והקונסיסטוריה. בהתייחס לקונסיסטוריה, ציין אהרנפרייז בספרו:
ביסוס פעולת הקונסיסטוריה.
סוגיית התקנון.
לאחר התפטרותו של אהרנפרייז מינה שר הדתות הבולגרי את עורך הדין חזקיה דוידוב ליושב ראש הקונסיסטוריה. ב-18 בינואר 1915 נערכו בקהילות בולגריה בחירות לוועדי בתי הספר והתנועה הציונית זכתה ברוב. באוקטובר 1915 הצטרפה בולגריה למלחמת העולם הראשונה לצד מעצמות המרכז, רבים מבני הקהילות היהודיות התגייסו לצבא וחלה האטה משמעותית בחיים הציבוריים. ב-1916 מונה אברהם דודצ'ון לוי ליושב ראש הקונסיסטוריה. מצב המלחמה שבו הייתה שרויה בולגריה הוביל לפיוס פנימי בקהילות השונות וראשי הקונסיסטוריה פנו לשר הדתות כדי שימנה ועדה שתגבש תקנון לניהול יהדות בולגריה. שר הדתות מינה ועדה ובה שני נציגים מטעם משרד הדתות ו-8 מטעם הקונסיסטוריה בראשות אברהם דויצ'ון לוי, יהושע כלב וחזקיה דוידוב. בראשית 1918 הוגשה לשר הדתות הבולגרי הצעת תקנון שנקראה: "מבנהו והנהלתו של הציבור הדתי היהודי בממלכת בולגריה". במסגרת התקנון הוצע שהקונסיסטוריה תהיה אוטונומית בענייני הדת, החינוך היהודי וניהולה הכספי יהיו תחת פיקוח משרדי הממשלה הרלוונטיים. בכל מקרה של מחלוקת פנימית יכריעו משרדי הממשלה. שיוכו של אזרח יהודי לקהילה יתבצע לפי מקום מגוריו. בכל קהילה יבחר ועד אחת לחמש שנים, כאשר הן הנבחרים והן הבוחרים חייבים להיות בעלי אזרחות בולגרית. לא תתבצע כל פעילות פוליטית בבתי הכנסת, הרב הראשי יכהן כנציג הדתי של יהודי בולגריה והשתתפותו בישיבות הקונסיסטוריה תהיה על תקן של יועץ בלבד. עוד נקבע כי כינוס נציגי הקהילות היהודיות הוא המנגנון שיבחר בבחירות חופשיות את הקונסיסטוריה ואת הרב הראשי. לפי ההצעה תמנה הקונסיסטוריה 15 חברים ומתוכם 5 מסופיה. עוד נקבע כי כינוס הקהילות יתקיים אחת לשנתיים בחודש אוקטובר וכינוסים שלא מן המניין יתקיימו לפי דרישת הקונסיסטוריה או 40 אחוזים מחברי ועדי הקהילות ובאישור משרד הדתות הבולגרי.
הגשת ההצעה לאישור משרד הדתות עוררה תרעומת רבה בציבור היהודי והיא התבטאה גם בפרסומים בעיתונות, וזאת על רקע שיעור המגויסים הגבוה מקרב בני הקהילה, עובדה שמנעה קיום דיון רציני בהצעת התקנון. ראשי הקונסיטוריה קיבלו את הביקורת, משכו את ההצעה ממשרד הדתות והביאו אותה לדיון בכנס הקהילות שנערך בסופיה והחל ב-29 באוגוסט 1920. ב-5 בספטמבר 1920 אישרו חברי הכינוס את התקנון שמנה 152 סעיפים וקבעו שהארגון הארצי של יהודי בולגריה יהיה חילוני ודמוקרטי. בשינוי להצעה המקורית נקבע כי הקונסיסטוריה תורכב מ-17 חברים ומתוכם 7 מהבירה סופיה. חיים אהרן פרחי מונה ליושב ראש הקונסיסטוריה. הוחלט כי הקונסיסטוריה הוא המוסד העליון המייצג את יהדות בולגריה ובין שאר תפקידיו למנות מפקחים על בתי הספר היהודיים ולהציע תוכניות לימודים. הכנסות הקונסיסטוריה הגיעו ממענקים ממשלתיים, (בשל אי ההכרה הרשמית בתקנון, הוגדרה התמיכה כמענק ולא כתקציב) מתמיכה שנתית של הקהילות המאורגנות, מדמי רישיונות לנישואים, מפרסום הודעות נישואים בעיתון הקונסיסטוריה ומקנסות שונים שהטילו בתי הדין הרבניים.