במסגרת המלחמה מספר מדינות בלקניות צידדו עם רוסיה בהן ממלכת רומניה, נסיכות סרביה ונסיכות מונטנגרו. אלכסנדר השני היה מעורב בצורה עמוקה בקבלת ההחלטות ובהנהגה הכללית של הצד הרוסי במלחמה. בנו, יורש העצר אלכסנדר אלכסנדרורוביץ', הצארביץ' של רוסיה, נשלח לפקד ישירות על חלק נרחב מהמערכה בבלקן. במהלך המצור על פלבן (יולי עד דצמבר 1877) של כוחות הברית הרוסית על העיר פלבן שפתחה את הדרך לתוך בולגריה מצפון, אלכסנדר השני פיקד ישירות על המצור לצידו של קרול הראשון, מלך רומניה שגם כן היה מעורב בשדה הקרב. היות שהקיסר אלכסנדר השני עצמו היה בשדה הקרב, הדבר תרם למורל החיילים הרוסים והרתיע את הכוחות העות'מאנים. בנוסף על כך, הקיסר הרוסי "המשחרר" התקבל בברכה ואהדה אצל תושבי בולגריה שהחשיבו את הגעת הכוחות הרוסים לשחרור לאומי משלטון הצוררות העות'מאני. אלכסנדר השני הוציא מנשר רשמי שקרא לגיוס אזרחים בולגרים ליחידה מיוחדת בשורות הצבא הרוסי; האוֹפֶּלְצֶ'נְצִי.
צבא האימפריה הרוסית נע דרך חבל הדלקן והגיע עד לפרברי בירת האימפריה העות'מאנית, קונסטנטינופול. רק במרחק של מספר קילומטרים מהעירם, חיל הרגלים הרוסי עצר במקומו לנוכח הפניית תותחים מצד אוניות מלחמה בריטיות וצרפתיות שנעו דרך מצרי הבוספורוס בין הים השחור לים השיש (ממוקם בין הבוספורוס והדרדנלים). הממשלות של בריטניה וצרפת הטילו אולטימטום על האימפריה הרוסית שנועד להביא לסיום המלחמה. שתי המעצמות חששו שעם כיבוש קונסטנטינופול, האימפריה העות'מאנית תקרוס ותוקם אימפריה רוסית אדירה שתאיים על כל אירופה. במהלך חוזה סן סטפנו שסיים את המלחמה הוסדרה ריבונותם של מספר מדינות בבלקן שהיו דה פקטו תחת חסות רוסית כך שבעת מלחמה נוספת יכול היה הצבא הרוסי פשוט לנוע דרכם ללא התנגדות ולהגיע עד לשערי קונסטנטינופול. נוסף על כך רוסיה שוחררה מכל הסעיפים המשפילים בחוזה השלום הקודם בסופה של מלחמת קרים וסופחו לידיה שטחים בעבר הקווקז.
חוזה סן סטפנו הפך את רוסיה לשליטה בלתי-מעורערת בחבל הבלקן ורק ממלכת יוון, אלבניה העות'מאנית ובוסניה (שהייתה תחת חסות אוסטרו-הונגרית) נותרו מחוץ למעגל ההשפעה שלה. בתגובה, ראש ממשלת הממלכה המאוחדת, בנג'מין דיזראלי, השתמש במאבקי חלוקת המושבות באפריקה בין מעצמות אירופאיות שונות במטרה ללחוץ על אוטו פון ביסמרק לוציא לפועל את קונגרס ברלין, ועידה בין סדרת מעצמות אירופאיות שמטרתה הייתה להסדיר מחדש אזורי השפעה באירופה במטרה להסדיר יציבות השפעה בין המעצמות כמו גם לחלק את יבשת אפריקה בין מושבות אירופאיות בצורה שתמנע מאבקים עתידיים. האימפריה הרוסית, שבפועל הייתה מרוצה מהישגיה הצבאיים, נדחפה להשתתף בקונגרס במטרה להשתתף בסדר הכוחות האירופאי החדש. המטרה הראשית של רוסיה, שיוצגה בידי הנסיך אלכסנדר גורצ'קוב, הייתה לפתור את המחלוקת עם אוסטרו-הונגריה בנוגע לחלוקת ההשפעה. בפועל רוסיה יצאה מקונגרס עם הגב לקיר, כאשר הוסדרו מחדש הגבולות של הבלקן בצורה שייצבה את ההשפעה העות'מאנית לעומת ההשפעה הרוסית. בולגריה הפכה למדינת חסות עות'מאנית ונחצתה לשניים בשטחה. ליוון (בת ברית בריטית) הועברו שטחים על חשבון האימפריה העות'מאנית אך ריבונותן של מונטנגרו, סרביה ורומניה נותרו על כינן. מצב זה של היחלשות בהמשך לקונגרס הוביל את הקיסר אלכסנדר לראות את הפעולה כבגידה של בעלות הברית אוסטרו-הונגריה וגרמניה, מה שהוביל את רוסיה לצאת מברית שלושת הקיסרים.
במהלך הקונגרס הוצע לרוסיה תחילה להשתתף בחלוקת המושבות באפריקה (ראו המרוץ לאפריקה) ובהמשך הוצעה גם הכרה בהקמת מושבה רוסית בחציו המזרחי של האי גינאה החדשה (החצי המערבי היה נתון לשליטת איי הודו המזרחיים ההולנדיים, מושבה של האימפריה ההולנדית). בדומה למצב באלסקה, אלכסנדר לא ראה חשיבות כלכלית בגינאה החדשה וביחד עם המשאבים הנדרשים כדי לשמור על מושבה שכזאת לא ראה ערך בהקמת מושבות בתוך האוקיינוס השקט. למרות ראיית המצב של הממשלה הרוסית, תנועה פרטית של קוזאקים הרפתקנים בראשות ניקולאי אשינוב יצאה לכיבוש וסיפוח שטחים בקרן אפריקה במטרה להפוכם למושבה רוסית. אשינוב ומיליציית הקוזאקים התיישבו באזור ג'יבוטי, אשר באותה העת כבר הוכרה תחת ריבונות צרפתית. על כן אשינוב גורש בידי הרשויות הצרפתיות חזרה לרוסיה, איפה שאלכסנדר השני הביא לגירושו לגלות בסיביר. אלכסנדר השני התנגד להצעותיו הממושכות של אשינוב לשרתו במטרה לספח שטחים באפריקה ולהפוכם למושבות רשמיות תחת ריבונות האימפריה הרוסית וכך גם יורשו אלכסנדר השלישי.
רצח הצאר.
אופוזיציה לשלטון.
למרות הרפורמות שהנהיג, שעוררו את חמת האצולה, נחשב הצאר מתון מדי בעיני הליברלים והרדיקאלים, ועורר התנגדות עזה בקרב חוגי האינטליגנציה, שדוכאה על ידיו. לאורך שלטונו התרחבה ההתמרמרות העממית הכוללת כלפי השלטון. בשנים הראשונות לתקופת שלטונו של אלכסנדר השני הייתה דרישה מסוימת מצד חוגים ליברלים בקרב האצולה לממשלה ייצוגית ברמה הלאומית - לא לשלטון פרלמנטרי מלא, ולא זכות בחירה דמוקרטית, אלא אספה מייעצת בה לציבור ניתן לדון בסוגיות ואשר יכולות לשים לפני הקיסר לפחות את דעותיו של החלק המושכל בעם הרוסי. הצאר וביורוקרטים שלו סירבו לשקול זאת, יותר מכל מכיוון שהם ראו ברפורמה החוקתית מדרון חלקלק שיוביל להתפוררות המדינה והאימפריה ולמלחמה מעמדית בין בעלי קרקעות לאיכרים. עקרון האוטוקרטיה חייב היה להישאר מקודש; כזו הייתה ההשקפה לא רק של ביורוקרטים, אלא גם של מדינאים והוגי דעות כמו ניקולאי מליוטין ויורי סמארין, שניהם הניחו את תקוותם לרפורמות שלא יפגעו בסמכויות הצאר. עמדתם הייתה כי אסור לריבון להיות "קשור בזרועותיו" וכך למנוע ממנו לממש את "התוכניות שהיו לטובת האומה." בראשית שנות ה-60 של המאה ה-19 יצאה החלטה ממשלתית אשר שללה מרוסיה את האפשרות לחינוך פוליטי ציבורי כמו שהיה קיים, למשל, בממלכת פרוסיה באותה העת, והיא שללה מהממשלה אפשרות גיוס עתידי של רבים לתפקידים מדיניים.
במהלך שנות ה-60 האופוזיציה הליברלית התרכזה בעיקר בקבוצות בדלנים, שרוסקו באירועים כגון מרד ינואר בפולין הקונגרסאית. בשנות ה-70 של המאה ה-19 התחדשה הפעילות המהפכנית. מרכזו היה הנוער באוניברסיטאות, שהושפע יותר ויותר ממגוון רעיונות סוציאליסטים שמקורם במרכז אירופה. צעירים אלה ראו באיכרים את הפוטנציאל העיקרי לפעילות מהפכנית. בשנים 1873–1874 מאות בני הנוער, כולל נשים, "הלכו לעם", פלשו לאזור הכפרי וביקשו לעורר את האיכרים בנאומיהם. האיכרים ברובם לא מצאו אכפתיות באידאולוגיה המהפכנית והמשטרה עצרה את המהפכנים הצעירים. חלקם נידונו למאסר, ומאות גורשו לגלות במחוזות נידחים או בסיביר. התברר כי לא ניתן לצפות להתקדמות מפעילות מהפכנית גלויה ועל כן פנו רוב המהפכנים אל פעילות קונספרטיבית. בשנת 1876 נוסד ארגון פוליטי חדש שקיבל את הכינוי זמליה אי ווליה ("ארץ וחופש"). כמה מחבריה העדיפו חיסול של פקידים בולטים בתגובה בגין התעללות בחבריהם וגם כאמצעי ללחוץ על הממשלה כדי ללחוץ על הצאר לחלץ חירויות פוליטיות מהמערב. הניסיון גם הראה להם שבשונה מהאיכרים, העובדים בערי התעשייה החדשות הציעו קהל מבטיח יותר.
סיעה זו נפגשה בהתנגדות על ידי אחרים במפלגה ששללו את מבצעי ההתנקשות, המשיכו לשים לב יותר לאיכרים מאשר לעובדים והיו אדישים בכל הנוגע להשגת חירויות פוליטיות ליברליות ובעיקר פעלו לחלוקת סמכויות האוטוקרט. בשנת 1879 המפלגה התפצלה ובתוך הפלג הקיצוני שלה קמה תנועה מהפכנית בשם "נרודניה ווליה" (בתרגום חופשי: "רצון העם"). השלטון עצר ושפט מאות סטודנטים, והדבר הביא לתגובה של טרור. וניסיונות התנקשות אחדים שנכשלו. היו מספר ניסיונות להתנקש באלכסנדר השני בשנות ה-60 וה-70 של המאה ה-19. מהניסיון הראשון ב-4 באפריל נחלץ בנס. על מנת להנציח את הצלתו בנס, נבנו מספר כנסיות ברחבי רוסיה. גם נציגי הקהילה היהודית הביעו את שמחתם וכתבו לכבוד האירוע תפילה מיוחדת.
ההתנקשות בחיי אלכסנדר.
ב-1 במרץ 1881 היה הקיסר אלכסנדר השני בדרכו מאקדמיית הרכיבה בזירת מייקל אל ארמון החורף בסנקט פטרבורג. קהל של תושבי העיר עמד על המדרכות בצדי הכביש לצפות בשיירה הקיסרית. בשעה 14:15 בצהריים, בעת עברה השיירה ליד המהפכן ניקולאי ריסאקוב (חבר הנרודניה ווליה), זרק האחרון פצצה לעבר הכרכרה הקיסרית. אחד מבין הקוזאקים שרכבו לצד הכרכרה נפצע אנושות ונפטר מפצעיו בהמשך היום. מספר עוברי אורח נוספים נפגעו מהפיצוץ. הודות להיות הכרכרה חסינה בפני יריות רק חלק ממנה התפרק מהפיצוץ והצאר אלכסנדר השני יצא ללא פגע. ריסאקוב נתפס בידי אנשי הז'נדרמריה והצאר דרש לראותו לפני שימשיך לפי התוכנית המקורית לנוע לארמון החורף. אלכסנדר השני היה מוכן להמשיך בנסיעה כאשר התקרב מאחוריו מהפכן נוסף ממוצא פולני, איגנצי הרינייוצקי, עם פצצה בידיו. במרחק של מספר מטרים בלבד זרק איגנצי את הפצצה לעבר רגליו של אלכסנדר השני והפצצה העיפה את שניהם. רגליו של אלכסנדר התנפצו מתחת לברך והוא נפצע באורח חמור גם בבטנו ופניו. לפי הפרוטוקול של הסובבים אותו, אלכסנדר השני קרא במילותיו האחרונות לעוזריו לקחת אותו אל הארמון, שם ימות. אלכסנדר השני מת מפצעיו החריפים בארמון החורף, לצד בני משפחתו, בשעה 15:30. רופאו האישי סרגיי בוטקין, קבע כי לא ניתן להציל אותו.