בתלמוד מקובל לפתוח דיון בסוגיה בציטוט ממשנה או מברייתא. אמרות אלו מהוות סמכות, וחכמי התלמוד לרוב אינם רואים עצמם רשאים לחלוק עליהן, אלא לפרשן בלבד. אחרי הבאת הציטטה, עולות בדרך כלל כמה שאלות: מאין נשאב הדין האמור במובאה, האם הוא סותר דין המפורש במקור אחר, האם הוא כולל סתירה פנימית בתוכו, האם יש בו מילים מיותרות שאינן נצרכות להבנת הדין העולה ממנו, האם ניתן ללמוד ממנו דברים נוספים ועוד שאלות דומות לאלו.
לעיתים יסיק התלמוד שיש צורך להבין את המשנה בצורה שונה מהמשמעות הפשוטה של הקורא הרגיל על ידי הוספה או חיסור בנוסח המשנה המקורי. מהות פרשנות זו היא שאלה שבה התחבטו רבים.
לעיתים מהווה דווקא שאלה מחיי המעשה או מהתאוריה פתיח לדיון, אך גם אז נעשה ניסיון לפתור אותו באמצעות שימוש במקורות הקדומים וליבונם.
הדיון התלמודי מנוהל בצורה דיאלקטית ואסוציאטיבית, כאשר כל שאלה נענית בתשובה, שמצדה גוררת שאלה אחרת. לעיתים מצוין שמם של השואלים והעונים ולעיתים לא. לא תמיד הוכרע הדיון בתלמוד להלכה, דבר שגרר מחלוקות בדורות שאחר כך. לפעמים אין מובא תירוץ לכל הקושיות והן נותרות בחזקת "קשיא" ('קשה', אך ביטוי זה מתפרש כאמירה לפיה השאלה אינה מוצקה די הצורך לפרוך את השיטה הנידונה לדעת רוב רבותינו הראשונים,אך עי' רשב"ם ב"ב נב:) או "תיובתא" ('תשובה', כלומר הקושיא על השיטה הנידונה אכן משיבה עליה ומפריכה אותה ).
התלמוד עושה שימוש רב בליבון הלכות במתודות "דרשניות", מפי הלל הזקן ורבי ישמעאל, הקרויות מידות שהתורה נדרשת בהן ואשר על-פי המסורת אלו "מידות" שנמסרו למשה בסיני.
אגדה בתלמוד.
בנוסף על דברי הלכה, מכיל התלמוד דברי אגדה רבים. חלקם נתפרסמו והפכו לנכסי צאן ברזל של עם ישראל. לעיתים באים דברי האגדה להטעים עיקרון הלכתי, כמו סוגיית תנורו של עכנאי. חלקם מעוררים פליאה כמו "אגדתא דרבה בר בר חנה" בבבא בתרא, ומשום כך נוטים פרשנים בולטים לבאר אותם על דרך בצורה אליגורית בדרך הסוד. יש באגדות אלו גם חומר היסטורי רב, אם כי אמינותו ההיסטורית נתונה לוויכוח. כמה מקטעי האגדה, בעיקר אלו מהם העוסקים בישו, הושמטו בידי מצנזרים נוצריים, ושבו לתלמוד רק במהדורותיו החדשות.
בין פרשני התלמוד חלוקות הדעות איזו מידת סמכות יש לאגדות. יש מבין הראשונים, כגון רבי שמואל הנגיד, רבי יצחק אברבנאל, הרמבן ואחרים המטעימים שאין לאגדות את האוטוריטה של החלקים ההלכתיים בתלמוד. על כולם מוסכם, על כל פנים, שכעיקרון אין ללמוד מהן הלכה.
הרמב"ם, בהקדמותיו לפרק חלק, מביא כמה גישות נפוצות בימיו בלימוד אגדות התלמוד. הוא דוחה את הגישות הטוענות להבנה פשטנית של האגדות, ובעקבות כך קבלתן כאמת או כשקר, ומקבל את הגישה הטוענת כי חז"ל רצו ללמד מסר עמוק באגדות אלו, ועלינו להשכיל להבין אותן בצורתן האליגורית.
עריכת התלמוד.
התלמוד עצמו מציין ש"רב אשי ורבינא" הם "סוף הוראה", כלומר בהם נסתיימה תקופת חכמי התלמוד. קיימת מחלוקת בנוגע לזהותם של שני אלה. רש"י והרמב"ם מזהים אותם עם רב אשי המפורסם, ראש ישיבת מתא מחסיא ועם חבירו בן דורו רבינא. רב שרירא גאון באיגרתו מזהה את רבינא עם רב אבינא בריה דרב הונא, ראש ישיבת סורא שחי יותר משבעים שנה לאחר רב אשי, ונפטר בי"ג בכסלו ד'ר"ס (499).
לאחר תקופה זו החלה תקופת הסבוראים, שהתאפיינה בצרות וגזירות שנחתו על הקהילה היהודית בבבל. עקב צרות אלו, כך לפי האיגרת, התערער הלימוד בישיבות, ורוב החכמים אף נפטרו בגיל צעיר. הסבוראים ערכו את התלמוד, וכללו בו "פירושים המתקרבים להוראה". תקופה זו נמשכה קרוב למאתיים שנה.
העלאה על הכתב.
סביר להניח שחלקים מהתלמוד הבבלי הועלו על הכתב בתקופת האמוראים עצמם, וייתכן שחלקים ממנו נכתבו במועד קדום יותר. אולם, יש להבחין בין המתואר לעיל לבין העלאת חיבור התלמוד על הכתב כחיבור שלם וגמור ובנוסח קבוע. מועד העלאתו על הכתב כחיבור שלם אינו ידוע, והחוקרים חלוקים על כך בהשערותיהם, אולם ניתן להתחקות אחר העדויות הראשונות המתייחסות לקיומם של נוסחים כתובים של התלמוד כחיבור גמור.
עדויות לקיומם של כתבי יד של חיבור התלמוד הבבלי (בצורתו הסופית) ישנן בידינו החל מאמצע המאה ה-8 לספירה; כבר רב שרירא גאון, בן המאה ה-10 לספירה, נשאל באגרתו המפורסמת, אגרת רב שרירא גאון - "כיצד נכתב התלמוד". בדברי הגאונים מוזכר על קיומם של כתבי יד תלמודיים מהמאה ה-8 לספירה. סמוך למאה ה-9 נמסר שרב פלטוי גאון . רבי שמואל הנגיד, בן המאה ה-11 לספירה, מוסר על אדם בשם נטרונאי בר חכינאי . הרמב"ם, בן המאה ה-12, מספר שהגיע לידו ממצרים גוויל כתב יד של התלמוד הדומה לכתבי יד שנכתבו 500 שנה קודם לזמנו (המאה ה-7 לספירה) .
עדות עקיפה נוספת עולה משני מקומות בתלמוד, ב וב, בהם מובאת מעין ברייתא 'תנא דבי אליהו', העוסקת בתאריכים, וכך כתוב בה:"ששת אלפים שנה הוי העולם: שני אלפים תוהו, שני אלפים תורה, ושני אלפים ימות המשיח. ובעוונותינו שרבו יצאו מהם מה שיצאו ועדיין משיח בן דוד לא בא."
במקום 'יצאו מהם מה שיצאו' הסתמי בתלמוד שבדפוס, כתוב בכתבי היד של התלמוד במפורש כמה יצאו. כלומר בשני המקומות מופיעים תאריכים בתוך הברייתא.
מעבר לעדויות עקיפות אלו, מצויים בידינו כתבי יד קדומים של התלמוד הבבלי שצוין עליהם תאריך כתיבתם. בכתב יד לנינגרד (על מסכתות כתובות וגיטין) צוין לפי עדות אחת כי הוא נכתב בשנת ד'תתל"ב (1072). במסכת כריתות בכתב יד בודלי 2673 צוין התאריך ד'תתפ"ג (1123) חלק קדשים שבכתב יד פירנצי משנת ד'תתקל"ז (1177) הוא כתב היד הקדום ביותר של מסכת שלמה שנקוב בו תאריך. כתב יד מינכן (95) שנכתב בשנת ה'ק"ג (1343) הוא כתב היד היחיד ששרד המכיל את כל התלמוד.
צנזורה ואנטישמיות בעקבות התלמוד.
מאז חתימת התלמוד היו מי שהתנגדו לו, במה שראו פסקאות בתלמוד כמסיתות לשנאת נוצרים או סותרות את ההשקפה הנוצרית. יש סוגיות שצונזרו מהגמרא מאחר שעסקו או ששוער שעסקו במייסד הנצרות, ישו (ראו גם ישו ביהדות). לדוגמה, על פי הגמרא שצונזרה ממסכת סנהדרין מופיע תיאור הוצאתו להורג של ישו על ידי הסנהדרין כיוון ש"כישף והסית והדיח". כמו כן, מסופר סיפור יציאתו לתרבות רעה, כיוון שאחד מהזוגות, יהושע בן פרחיה, נידה אותו.
במחצית השנייה של המאה ה-16 התמסד הטיפול בצנזור התלמוד (וספרים נוספים), בעיקר באיטליה. צנזורים - לעיתים קרובות יהודים מומרים - עברו על הטקסטים ומחקו בדיו חלקים בעייתיים מנקודת מבטם. אחד הצנזורים המפורסמים היה שמואל ויוואס, רב ודיין צפתי שהפך לרופא ולאחר שנים המיר את דתו לנצרות ושינה את שמו לדומניקו ג'רוזלימיטנו. ויוואס כתב את ספר הזיקוק, המכיל כללי צנזור ורשימת ספרים יהודיים הדורשים צנזורה. לפי הנחיותיו נדרשה מחיקה גם של אמירות שלפיהן אלוהים משתתף בצערם של ישראל, שעתיד לעמוד להם משיח, או שמכנות חכם יהודי מתקופה מאוחרת לישו כחכם או כצדיק.
הקטעים שצונזרו, ונמצאו בכתבי יד ובדפוסים ישנים (כמו בדפוס ונציה), לוקטו לחיבור שנקרא חסרונות הש"ס, המופיע בחלק מהוצאות התלמוד.
שריפת התלמוד.
במשך הגלות אירעו מספר פעמים טקסי שרפה פומביים של התלמוד, בעיקר בידי אנשי דת נוצריים או משומדים. הידועים שבהם הם שריפת פריז בשנת 1244, ושריפת איטליה בשנת 1553.
כתבי היד לתלמוד.
משום שריפות ורדיפות התלמוד לא שרדו בימינו כתבי יד רבים לתלמוד (יחסית), לפנינו נמצא רק כתב יד אחד שלם על כל התלמוד, כתב יד מינכן 95 שנכתב בשנת ה'ק"ג. צילום חלק מכתבי היד של התלמוד, נגיש באתרים שמפרסמים אותם, וכן על ידי המכון לתצלומי כתבי יד של הספרייה הלאומית שפעם הייתה בניהול האוניברסיטה העברית בירושלים.
קטלוג של כל כתבי היד התלמודיים בעולם שאותרו, של המשנה, תוספתא, תלמוד ירושלמי, תלמוד בבלי והרי"ף, יצא לאור בשנת תשע"ב (2012) בשם "אוצר כתבי-היד התלמודיים". נרשמו בו כל כתבי היד בעולם הידועים, השלמים וכל הקטעים, עד לגודל מזערי. הקטלוג כולל כ-8,000 פריטים. לכל פריט מצורפות הערות על מצב כתב היד, ביבליוגרפיה ועוד.
תפקידו והשפעתו של התלמוד.
סמכות הלכתית.
לאחר שנחתם, הפך התלמוד הבבלי לספר הלימוד העיקרי שנלמד בתפוצות ישראל, ואך מעטים עסקו בחיבור המקביל לו התלמוד הירושלמי, שהשפעתו הייתה קטנה הרבה יותר. חוקרים מנמקים זאת בעריכתו היסודית של התלמוד הבבלי ובשכלולו בידי הסבוראים ובהשפעתם הרבה של גאוני בבל, שפעלו להפיכת התלמוד הבבלי לסמכות הלכה בלעדית בעם ישראל. לתלמוד על שני יסודותיו - האגדתי-תרבותי וההלכתי-אינטלקטואלי, נודעה חשיבות עצומה בהשתמרות היהדות כאוטונומיה רוחנית לאורך מאות בשנים, וכן בגיבושו של עם ישראל כעם הרוח והספר. חוקרים נימקו עובדה זו בהיקפו ובאופיו של התלמוד.
תוכנו של התלמוד הבבלי התקבל כמחייב את כל תפוצות ישראל מבחינה הלכתית, ללא עוררין. כלשון הרמב"ם:
התלמוד מהווה אנציקלופדיה מתומצתת ומקיפה של היהדות שלאחר המקרא, ובעיקר של מכלול החוקים, האמונות, הדעות, התרבות והיצירה הרוחנית המקורית של היהדות בחמש מאות השנים הראשונות לספירה. לצד פירוט של דינים וביאוריהם, יש בו ידיעות כלליות רבות שעוסקות בתחומים ארציים כגון רפואה, משפט, עבודת האדמה ועוד. התלמוד היה איפוא מעין כל-בו של היהדות, של חכמת ישראל וחכמת העמים בימים ההם. גם הדינים אינם מובאים בו באופן של פסיקה שרירותית, אלא בצורה של משא ומתן בין החכמים, כמצע שימושי לשוחרי דעת והלכה. בהיותו בסיס לספר חוקים, קיים התלמוד את הייעוד שהורו עליו יוצרי התורה שבעל פה: "עשו סייג לתורה".
פרשנות התלמוד.