הלורד דמיאן וֶספֶּר, חברו של גדעון קהיל, השולט על אדמות האי הקהילי ועל שטחים נוספים ביבשת האירית מזמן אליו את גדעון לאחר שעוזרת הבית של משפחת קהיל, שמרגלת עבור וספר, מגלה שגדעון קהיל מפתח שיקוי. דמיאן קורא את גדעון אליו, ורואה שגדעון נראה צעיר וחזק יותר משהיה. וספר דורש מגדעון את השיקוי, או לפחות את גרסתו הנוכחית, שנועד להיות תרופה למגפה השחורה. גדעון מסרב בטענה שדמיאן תאב כח וינסה לכבוש את העולם, כפי שמומחש בחלומותיו הגדולים של וספר על היבשת החדשה שהתגלתה במערב - אמריקה. וספר מנסה להרוג את קהיל במלכודת מתוחכמת, והדבר היחיד שמציל אותו הוא כוחו המוגבר והאינסטינקטים המחודדים שלו בזכות השיקוי. קהיל עוזב את אחוזת הלורד, ווספר דורש ממנו לעבור מן האי, על אף שבעבר השתייך למשפחתו של גדעון. גדעון מבין שעבודתו אינה מושלמת, ושלא יעלה בידו ליצור גרסה מושלמת של השיקוי שזורם בדמו והורג אותו כרעל. גדעון מחליט להשמיד את עבודתו, והוא מחלק את השיקוי לארבעה רכיבים חלקים, כל אחד מכיל חלק מהרכיבים, אשר כל אחד מהם בטוח לשימוש. בארוחה משפחתית אחרונה הוא מעביר לילדיו את השיקויים, ומסביר להם שכל אחד מהשיקויים ישפר תכונה אשר מאפיינת את הילד מראש. שיקויו של לוקאס ישפר את היכולת האסטרטגית שלו, שיקויו של תומס את היכולת הפיזית, שיקויה של אקטרינה את יכולת ההמצאה שלה ושיקויה של ג'יין את היצירתיות שלה. גדעון מתכנן בריחה מהאי עבור משפחתו, בזמן שהוא עצמו יישאר במעבדה שלו כדי להתעמת עם וספר. הוא מכין חומר נפץ כדי להשמיד את המעבדה, ולוקאס עובר במעבדה, אחרי שכבר שתה את השיקוי שלו, ומקבל הנחיות אחרונות מאביו. וספר מגיע עם שני משרתים, מבין שגדעון עומד לפוצץ את המעבדה, ועוזב. גדעון ושני המשרתים מתים בפיצוץ. לוקאס צופה עם אמו, אחיו ואחיותיו בפיצוץ. תומס ואקטרינה מאשימים את לוקאס בפיצוץ ועוזבים את האי לבדם, וגם לוקאס וג'יין עוזבים. אוליביה נותרת לבדה להתאבל על גדעון, ולוקחת מגופת בעלה את הטבעת, ירושה שקיבל מאביו ושמכילה סוד מסוכן. אוליביה מתעמתת עם וספר, מצליחה לשמור את הטבעת, ואנחנו מגלים שהיא בהיריון, על אף שאיש לא יודע זאת. היא מחליטה לקרוא לבתה מדליין, על שם סבתו של גדעון שגילתה את האי.
חלק 2: מדליין קהיל - 1526 (פיטר לרנג'יס).
מדליין קהיל, או בשם הבדוי מאדי באביט, בתה הנוספת של אוליביה, חיה עם אמה בבית רוקחות ולומדת אלכימיה. באחד הימים כשהיא חוזרת מלימודיה היא רואה את אנשי הלורד וספר מנסים לפרוץ לתוך הבית שלה ושל אמה. היא מבינה שבאחד הימים, כשהדגימה על עצמה שיקוי אמת שרקחה, הפרופסור שלה הבין שהיא קהילית והדבר הגיע לאנשי וספר. מדליין לוקחת מעט מדבריה של אוליביה ובורחת, תוך שהיא זוכרת את שלוש ההבטחות שהבטיחה לאמה:
בעודה מדליין מתרחקת מהמקום, היא רואה את אנשי וספר מציתים ומפוצצים את המקום - כשאוליביה אמה בתוכו. בהלוויה, בעודה מתאבלת על אימה, עם שאר אנשי העיר, היא מבחינה בלורד וספר בכבודו ובעצמו, ומתחילה לברוח משם, כשהוא ככל הנראה חושב שהיא מתה עם אמה.
לאחר שהיא בורחת היא מפליגה מאירלנד אל אנגליה, ומתחילה לחפש את אחיה לוקאס, שידוע לה שהוא משמש יועץ למלך הנרי השמיני. כשהיא מגיעה ללונדון, היא מוצאת מודעה שאומרת שבחצר המלך מחפשים אומנת. לאחר שהיא מעוררת מהומה בשוק, היא מגיעה לארמון, שם היא פוגשת את לוקאס ואת בנו מאסטר וינתרופ, שזקוק לאומנת לאחר שהקודמות פרשו בזו אחר זו. היא מחליטה להסתיר את הטבעת בחמת חלילים, ומלמדת את וינתרופ לנגן בה, אבל במהלך הופעה לוקאס רואה את הטבעת וחושד במדליין. היא מנסה לשכנע את לוקאס שהיא אחותו, אך הוא מסרב להאמין לה. היא נשלחת לכלא, בורחת במבצע מתוחכם, ומוותרת על הניסיון להתאחד עם אחיה לוקאס.
בהמשך, לוקאס ומאסטר וינתרופ רוכבים ליער, ולורד וספר מנסה להרוג אותם. לוקאס מנסה לנקום בווספר, אבל וספר שורד והרכב שלו בורח. לוקאס ווינתרופ מבחינים בכתובת באדמה: "היזהרו מהמדריגלים".
חלק 3: גרייס קהיל - 1942 (גורדון קורמן).
גרייס קהיל בת ה-13, בתם של אדית' וג'יימס קהיל, נמצאת עם אחיה הקטן פיסקה ואחותה הגדולה ביאטריס באחוזת המשפחה במונטה קרלו, מונקו, לאחר שאביה נטש אותם עקב מות אשתו בלידתו של פיסקה התינוק (לימים "האיש בשחור"). לילה אחד היא מסתכלת מחוץ לחלון ושם רואה ספינה שמאותתת לכיוונה בקוד מורס. לפי ההברות הראשונות היא מבינה שההודעה מיועדת לאביה, שהיה סוכן קהילי. המסר הוא:
בהתחלה המסר לא מובן לה, אך בהמשך היא מפרשת חלק ממנו: הכוחות האמריקאים פלשו באותה עת לקזבלנקה (בספרדית, קאזה=בית, בלאנקה=לבן) בפיקודו של ג'ורג' ס. פטון (או בראשי תיבות גס"פ) במבצע ששמו מבצע לפיד. היא מחליטה לטוס, על דעת עצמה וללא ידיעת אחותה הגדולה, לקזבלנקה כדי למלא את המשימה שהוטלה על אביה. לאחר שהיא פורצת לכספת של אביה ולוקחת את כספו, היא שוכרת מטוס וטייס וטסה למחנה של פטון. בעודה טסה במטוס הטייס, דראגו שמו, מת מכדור שנורה בקרבות על העיר, המטוס מתרסק והיא שוברת את ידה. לאחר שהיא פוגשת את פטון, והרופא שלו שם גבס על ידה, פטון וגרייס מחליפים מידע. היא ממשיכה לפרש חלקים מהמסר - אמ היא אנסיין מדינה, אזור עתיק בקזבלנקה, והכוונה ב"וס" היא לווספרים. גרייס מגיעה למסקנה שפטון הוא הנציג הקהילי באזור, ולכן מעדכנת אותו במסר, והוא מודה לה ומארגן לה טיסה ללונדון דרך ליסבון. גרייס משתכנעת שפטון הגיע כדי להשיג את הטבעת, היא מתגנבת מהמפקדה של הכוחות האמריקאים ומתחילה לחפש בעיר אחר לוחות פגיעה למטרה (עין המטרה = בול פגיעה). היא מסתובבת בכל המועדונים בקזבלנקה, עד שהיא מוצאת את "קפה הלפיד", ומבינה שהכוונה בלפיד במסר היא בין היתר גם למועדון. במועדון היא מבינה שעין המטרה (באנגלית bullseye, עין השור), הכוונה לעין של ממש שנמצאת בפסל של ראש שור. כשהיא מגיעה לשם היא רואה שהטבעת איננה, ומוצאת את פטון שאומר לה שהסוכן הווספרי כבר לקח את הטבעת, אבל מבטיח לה שהוא לא יעזוב את קזבלנקה בלעדיה. היא מתרצה אבל מבחינה בגוש בכיסו של פטון שהיא מזהה כטבעת, ומבינה שפטון הוא הווספרי, ושאביה היה אמור להתחרות בו ולא להצטרף אליו. באחד הלילות היא מתגנבת לחדרו של פטון, גונבת את הטבעת ובורחת חזרה הביתה.
חלק 4: דן ואיימי קהיל - ההווה (ג'וד ווטסון).
מספר חודשים לאחר שנגמר המירוץ, ובעוד דן ואיימי מנסים להתאקלם מחדש בחייהם השגרתיים, מופיע אופנוען מגודל על יד מכוניתו של פיסקה קהיל, האפוטרופוס שלהם ודודם, שבא לאסוף אותם מבית הספר. דן ואיימי מבריחים את האופנוען וחוזרים הביתה. בביתם הם מגלים שהאופנוען הוא ארסמוס, סוכן מדריגלי (ולא חוטף, כפי שחשבו). פיסקה וארסמוס, ששב בשנית, מספרים להם על הווספרים ועל הטבעת שהועברה מדור לדור אצל המדריגלים. בעקבות כך הם נוסעים לפרובידנס, רוד איילנד ומשם לציריך, שווייץ, כדי להגיע לחשבון החסוי של גרייס בבנק שווייצרי, בשביל להעביר את הטבעת, שרמז למיקומה נמצא שם, לאיימי. בדרכם למלון משדה התעופה, מתברר שהווספרים עלו עליהם ושלחו נהג מונית משלהם, לכן הם בורחים מהמונית ישירות אל הבנק. בכספת יש מכתב מגרייס, הוראות מקודדות להגעה אל הטבעת, ומפעילים אזעקת שווא. אחד המאבטחים מפנה אותם ומתנהג בצורה חשודה, ומתגלה כווספר בשם קספר ויומינג. הם מתלוננים למנהל הבנק, אבל מצלמות האבטחה לא כללו דבר. הם נוסעים לעיירה צרמט, שם ממוקם אחד מבתיה של גרייס, ומוצאים את הטבעת, ולאחר מכן את עוזרת הבית שנחבלה בראשה ומוחבאת בארון. קספר ויומינג מופיע, והם בורחים ונעזרים ברכבל, אך סוכן וספרי טס במסוק וחותך את כבלי הרכבל. הם ניצלים, אבל קספר והסוכן השני מופיעים, ורודפים אחריהם בגלישה. ארסמוס ופיסקה מצילים אותם ומוצאים פתרון לבעיית הסתרת הטבעת - שען שווייצרי משלב אותה בשעון של איימי.
קהילים נגד וספרים.
בארצות הברית פורסם כי באפריל 2011 תצא לאור סדרת המשך ל-39 רמזים בשם קהילים נגד וספרים (Cahills vs. Vespers). הסדרה כוללת 6 ספרים וכמו ב-39 רמזים, כל ספר נכתב על ידי סופר אחר. כל הספרים יצאו באנגלית ובעברית. שמות הספרים הם "מזימת המדוזה" (The Medusa Plot), "אוצר המלך" (A King's Ransom), "אמצע הלילה" (The Dead of Night), "היהלום שבכתר" (Shatterproof), "משבר אמון" (Trust No One) ו"יום הדין" (Day of Doom).
מזימת המדוזה.
כעבור שנתיים מסיום מרוץ הרמזים, איימי ודן מתגוררים כעת בביתה של גרייס, יחד עם שינייד סטרלינג, ותחת השגחת האפוטרופוסים שלהם, פיסקה ונלי.
הסיפור נפתח בחטיפתם של מספר קהילים ברחבי העולם בו זמנית - פיסקה קהיל, רייגן הולט, פניקס (בן דודו של ג'ונה) ויזרד, אליסטר הו, נלי, טד סטרלינג ונטלי קברה. גם את איימי ודן מנסים לחטוף בהסעה לבית ספרם, אך הם מצליחים להשתלט על החוטפים, להפתעת חבריהם לבית הספר. השניים חוזרים הביתה מזועזעים, ושם מקינטייר מספר להם על חטיפת השבעה, ועל ארגון הווספרים - ארגון ששולטת עליו מועצה של שישה, המדורגים על פי חשיבותם. באותו הרגע, הם מקבלים דרך החלון פלאפון המאפשר קבלת מסרונים בלבד.
בני משפחות החטופים מתכנסים בשיחת ועידה, ושם מחליטים שאיימי ודן יבצעו את הוראותיו של וספר אחת. דן ואיימי מסכימים, והם יוצאים בעקבות ההוראות שקיבלו בטלפון לפירנצה. שם הם מקבלים הוראה לשדוד את הציור המפורסם של קאראווג'ו, הנקרא מדוזה. הם מצליחים לגנוב אותו במבצע פעולה ארוך ומתוכנן היטב, בין היתר בעזרתם של המילטון וג'ונה. הציור מתגלה כמזויף, והווספרים יורים לנלי בכתף כאות אזהרה.