עם זאת, יסודות שמרניים בכנסייה, ובעיקר ראשיה, אסרו על הכרה בתגליות מדעיות. ב-1616 קבעה הכנסייה הקתולית כי אסור להורות "שהשמש עומדת ללא תנועה במרכז השמיים; שהארץ אינה נמצאת במרכז השמיים ואינה חסרת תנועה, אלא נעה בתנועה כפולה", סביב השמש וסביבה-עצמה. בין דעותיהם של גליליאו ושל האפיפיור אורבן השמיני הייתה סתירה אינטלקטואלית. גליליאו טען שהמציאות בטבע היא אבן הבוחן של כל תאוריה: "בדיונים על בעיות פיזיקליות אין להסתמך על פסוקים במקרא אלא על ניסיון החושים ועל הוכחות... אלוהים מתגלה בפעולות הטבע לא פחות מאשר בדבריו המקודשים של המקרא." אורבן השמיני דרש שגליליאו יצהיר בספרו כי אסור להרהר במעשי אלוהים: "העזה בלתי נסבלת היא, שאדם ינסה להגביל את הכוח האלוהי ואת החכמה האלוהית כדי להוכיח השערה משלו." שמונה שנים לאחר מכן הקים אורבן השמיני ברומא את "המכון להפצת האמונה" – de propaganda fide. זה מקורה של המילה "פרופגנדה" (תעמולה) בדת הקתולית.
האפיפיור אורבנוס השמיני סירב לאשר לגליליאו להגיע למסקנות פוזיטיביות ואף לשלול מסקנות שגויות כמו המודל הגיאוצנטרי של הקוסמולוגיה התלמאית. הוא סבר שבכך שולל גלילאו מאלוהים את הזכות לנהל את היקום בדרך נס במקום לפי חוקי הטבע. ב-1571 הוסמכה האינקוויזיציה לשפוט ספרים שכללו רעיונות של כפירה, ואז החלה בהכנת רשימת ספרים אסורים בקריאה – האינדקס. העבריין היה נשפט בבית משפט של האינקוויזיציה, בלי העתק מכתב האישום, בלי לדעת מה העדויות נגדו ובלי פרקליט שיגן עליו. ספרו של גליליאו, "שיחה על שתי שיטות העולם הגדולות", שהודפס ב-1632, היה ברשימה זו במשך כמאתיים שנה.
מקובל לראות בעידן הנאורות ערעור של יסודות המחשבה התאולוגית, דחיית המסקנות שנשענו על מחשבה זו ומיסוד דרך המחשבה הרציונלית של ספקנות ביקורתית, תוך נכונות ויכולת לבחון את תופעות הטבע וההיסטוריה באמצעות התבונה האנושית הבלתי משוחדת. בניגוד לסברה זו, לא אחת פעלה הנאורות דווקא בכיוון ההפוך והעניקה מעין אצטלא רציונלית לטיעונים התאולוגיים הוותיקים.
מדענים קתולים רבים בתקופת הרנסאנס היו אדוקים בדתם, ואת מחקריהם המדעיים ראו בתור דרך לגלות את צפונות העולם האלוהי וכך לעבוד את האל בצורה שלגישתם הוא בוודאי רוצה בה. תיעוד המאובנים גובש לראשונה לא על ידי חוקרי אבולוציה אלא בעבודות של גאולוגים שהיו בריאתנים בהשקפתם וקיבלו את סיפור תולדות החיים כפי שהוא מסופר בספר בראשית. גאולוגים אלה ערכו לפי הסדר את שכבות הסלע הראשונות שמצאו. במקרים רבים היו אלה ממצאים שעלו מחפירת התעלות הראשונות של תקופת התיעוש באנגליה, במאה ה-18. הביולוג ומגלה הדינוזאורים ריצ'רד אוון ראה בחקר מדוקדק של האנטומיה והזואולוגיה את הדרך הטובה ביותר להעיד על תהילת מעשי האל, וכך ג'יימס האטון וגילברט וייט. האנטומולוג הבריטי פיליפ הנרי גוס סבר שאין סתירה בין סיפור הבריאה התנ"כי לבין הראיות לעתיקותו של העולם. המדען הצרפתי פרנסואה-רנה דה שאטובריאן כתב ב-1802: "אלוהים יכול היה לברוא, וללא ספק ברא, את העולם עם כל סימני עתיקותו ושלמותו, אותם מפגין העולם כעת." הנצרות והמדע לא נתפסו כסותרים זה את זה: ב-1811 התקבל שאטובריאן כחבר באקדמיה הצרפתית.
במאה ה-18 מיינו ביולוגים את המינים מתוך הנחה שהם יציבים, אינם משתנים ומורישים את תכונותיהם לצאצאיהם באופן מדויק. קארולוס ליניאוס ביקש להשליט סדר בעושר המינים שהתגלו במאות שנים של מסעות ותגליות וארגן את עולם החי והצומח במינים לפי תבניות שנבראו למיטב הבנתו על ידי האל בימי בראשית. יוהאן קספר לוואטר, תאולוג ומדען, חיפש בממצאי המדע את ההוכחה לבריאה. ותרגם לגרמנית את מחקרו של הביולוג הצרפתי שארל בונה (Bonnet, 1720-1793) שראה בסדר הביולוגי את התגלמות הרצון האלוהי. גם את בני האדם מיינו הביולוגים. הקריטריונים שלהם היו מגוונים, וכך גם סוגי בני האדם שהגדירו. האנטום סמואל תומאס פון זומרינג (Sommerring, 1755-1830) מיין את בני האדם לפי גיל, מין, לאומיות, תזונה, נטייה לחלות, סגנונות חיים ואף לבוש. בסוף המאה ה-18 מיין חוקר הטבע הגרמני יוהאן פרידריך בלומנבאך (Blumenbach, 1752-1840) את בני האדם לחמישה סוגים – קווקזים, מלאים, אתיופים, אמריקאים ואירופים, אך תהה מדוע שונים צאצאים מהוריהם. לינאוס סבר שאין חשיבות לשוני בין הפרטים, כי כולם פרי תוכנית של האל. לפי הבנתו, המהות האלוהית טבועה בכל ישות שבטבע.
הביולוג הצרפתי ז'ורז'-לואי לקלר דה בופון הדגיש עדויות על השתנות המינים, ותלמידו ז'אן-בטיסט דה לאמארק העלה תאוריה של השתנות של המינים – אבולוציה. כך היה לאמארק מהראשונים שערערו על מושג המין כישות מהותית של מעשה בריאה חד פעמי. כמו היפוקרטס היווני, כאלפיים שנה לפניהם, העלו לאמארק ובופון את הסברה שתכונות ההורים מיוצגות בצאצאים על ידי מנגנון שמעביר לצאצא תכונות משני ההורים. היכולת של משביחי צמחים ובעלי חיים לשנות את הצמח או החיה הטרידה את הביולוגים, והם הגיעו למסקנה שאפשר לשנות מינים על ידי הכלאות. הם עדיין לא חשבו על הסביבה בתור הגורם שמאלץ את המינים להשתנות. לאמארק אמנם השתמש במושגים כגון "רצון" או "צורך", וסבר כי הם גורמים להתנהגויות שמביאות לשינויים פיזיולוגיים, אבל הוא הדגיש שוב ושוב שהוא מחויב לא להניח קיומו של גורם לא מדעי, פיזיקלי או כימי שגורם להתפתחות המינים. לאמארק לא דיבר על "כוונה של היצור החי" או על "רצון אלוהי". הוא הקפיד להימנע מכך.
צ'ארלס דרווין כתב:
נראה שעקב לחציהם של דתיים הוסיף דרווין ל"מוצא המינים" אזכור של אלוהים כמפיח החיים. בשנת 1863, ארבע שנים לאחר פרסום "מוצא המינים", כתב לידידו, הבוטנאי ג'וזף הוקר: "זה זמן רב אני מצטער על שחיזרתי אחר דעת הקהל והשתמשתי במונח הלקוח מתוך החומש, בריאה, בעוד שהתכוונתי בעצם ל"הופעה" מכוחו של תהליך כלשהו שאינו ידוע כלל."
בתקופתו של דרווין ניסו ביולוגים רבים, בהם אסא גריי , לשלב בין אמונתם הדתית לבין העדויות לאבולוציה.
בשנת 1864 פרסם האפיפיור פיוס התשיעי את האנציקליקה Quanta Cura, מנשר אפיפיורי בו מנה "רשימת טעויות" (Syllabus of Errors). במסמך זה גינה את המודרניות על כל צורותיה: ליברליזם, סוציאליזם, פנתאיזם, מטריאליזם, רציונליזם ומדענות (Scientism) – הפילוסופיה לפיה המדע הוא הפתרון למצוקותיה של האנושות, הן מצוקותיה החומריות, הן מצוקותיה האינטלקטואליות (השאיפה לידע) והן מצוקותיה הנפשיות (השאיפה למצוא משמעות, למצוא את הסיבה לקיומו של הסבל בעולם). בין השאר הצביע האפיפיור על ההשקפות הבאות כחטאים:
כל אלה נחשבו חטאים לפי האמונה הקתולית של אמצע המאה ה-19.
מדענים רבים בני זמננו הם קתולים אדוקים, ובהם קן מילר, וגם הם אינם רואים סתירה בין אמונתם הדתית לבין מדעי החיים בכלל והאבולוציה בפרט.
היסטוריה של היחסים בין הדת היהודית והמדע.
במאה העשירית כתב הרב סעדיה גאון בזכות החינוך המדעי:
הרמב"ם מגדולי הפוסקים, שכתב את אחד מספרי ההלכה המקיפים והחשובים בהיסטוריה היהודית, היה גם איש מדע מובהק ועסק רבות ברפואה ופילוסופיה, תוך שהוא טען כי השתמש במדעים כ"רקחות וטבחות" לחכמת התורה. הותיר אחריו יבול מרשים מאוד של ספרי רפואה (כ-11 במספר). לתפיסת הרמב"ם ידיעת האל נעשית בשני אופנים: באמצעות לימוד תורה ובאמצעות התבוננות בבריאה שכוללת בתוכה לימוד מדע שגורמים לאדם להכיר את עולם הטבע.
ב-1305 קבע הרשב"א בספרד שמנוע אדם מישראל ללמוד פילוסופיה וחוכמות חיצוניות טרם הגיעו לגיל 25.
הרלב"ג (1288 – 1344) מחשובי הפילוסופים היהודיים ומגדולי הלוגיקנים, שפעל בחבל פרובאנס שבדרום צרפת, הוכיח משפטים שונים בקומבינטוריקה, כתב הוכחות באינדוקציה מתמטית, ופיתַּח שני מכשירי תצפית אסטרונומיים משוכללים, מחקריו באסטרונומיה זכו להערכה רבה ותורגמו ללטינית בפקודת האפיפיור קלמנס השישי.
המהר"ל מפראג מגדולי ההוגים בישראל, שחי במאה ה-16, צידד וחייב לימוד מדעים, וראה בהם סולם לעלות אל חכמת התורה והכרת הבורא. אחת מראיותיו היא שיש לברך על ראיית חכם מאומות העולם - "ברוך שנתן מחכמתו לבשר ודם". אחד מגדולי תלמידיו רבי דוד גנז אף למד בברכתו אסטרונומיה (שהמהר"ל החשיב כמדע יהודי) אצל האסטרונום טיכו ברהה.
החתם סופר שנולד באמצע המאה ה-18 סבר שאפשר ללמוד גם לימודים כלליים בתנאי שהם באים אחרי לימוד התורה. עיקר חששו היה שההשכלה תשמש כשער להתבוללות, כאשר איננה מלווה בתודעה יהודית ראויה ולכן הסתייג ממנה במקומות אחדים. את הברכה "אשר נתן לנו תורת אמת, וחיי עולם נטע בתוכנו" פירש: תורת אמת היא התורה, וחיי עולם הם מדעים ודרך ארץ של העולם הזה. קודם תורה ואחר כך מדע. הוא ראה את המדעים כמסייעים להבנת התורה. בדרשתו בפרשבורג ב-1811 אמר "כי כל החכמות הם רקחות לתורה, והמה פתחים ושערים לה."
הגאון מווילנא, אבי השיטה הליטאית במאה ה-18, תמך באופן מובהק בלימוד רוב המדעים (למעט פילוסופיה), ואף כתב ספרים בעניין. בהקדמה לספר "אוקלידוס" מובא בשמו: "כפי מה שיחסר לאדם ידיעות משארי החכמות - לעומת זה יחסר לו מאה ידות בחכמת התורה... וציווה לי (=הגאון) להעתיק מה שאפשר ללשוננו הקדוש מחכמות כדי להוציא בולעם מפיהם וישוטטו רבים ותרבה הדעת בין עמינו ישראל.".
בתחילת המאה ה-19, בעיצומו של עידן הנאורות, הביע הרב נחמן מברסלב חרדה מעוצמתן של "החכמות החיצוניות":
כשחכמי ירושלים החרימו את לימודי החול הגיב הראי"ה קוק:
גישות ליישוב קונפליקטים ביהדות.