בספרו משנת 1977 עם ג'ון אקלס, "העצמי והמוח שלו" (The Self and its Brain), פופר מגבש לבסוף מודל דו-שלבי ברצף זמני. הוא משווה בין הרצון החופשי והאבולוציה הדרוויניסטית ולברירה הטבעית:"לרעיונות חדשים יש דמיון בולט למוטציות גנטיות. עכשיו, נסתכל לרגע על מוטציות גנטיות. מוטציות, כך נראה, הן תוצאה של אי-קביעתיות תאורטית-קוונטית (כמו השפעות הקרינה). לפיכך, הן גם הסתברותיים ולא נבחרו במקור בידי "עצמם", אבל פועלת עליהן הברירה הטבעית אשר מבטלת מוטציות לא הולמות או לא מסתגלות. עכשיו נוכל להעלות על הדעת תהליך דומה ביחס לרעיונות חדשים ולהחלטות חופשיות, ודברים דומים.כלומר, מגוון של אפשרויות נגרם כתוצאה ממערך הסתברותי-מסתורי וקוונטי של אפשרויות שהוצגו על ידי המוח. על אלה אפוא יש סוג של הליך סלקטיבי אשר מבטל את ההצעות האלה ואת האפשרויות שאינן מקובלות על המוח".
דת ואלוהים.
בראיון שהעניק בשנת 1969 (שאותו התנה שיש לשומרו בסוד עד לאחר יום מותו) פופר סיכם את עמדתו על אלוהים: "איני יודע אם אלוהים קיים או לא... יש מספר צורות של אתאיזם שהן יהירות ויומרניות בעיניי, ויש לדחות אותן. אבל אגנוסטיות - להודות שאיננו יודעים ולחפש - זה בסדר... כשאני מסתכל על מה שאני מכנה "מתנת החיים", אני מרגיש הכרת טובה שמזוהה עם כמה רעיונות דתיים על אלוהות, אבל ברגע שאני אפילו מדבר על זה, אני נבוך כי אני עלול לעשות לאלוהים משהו לא בסדר כשאני מדבר עליו". הוא התנגד לדת המאורגנת, ואמר כי "היא נוטה להשתמש בשמו של אלוהים לשווא", תוך שהוא מציין את סכנת הפנאטיות בשל קונפליקטים דתיים: "כל העניין חוזר למיתוסים שלמרות היותם בעלי גרעין של אמת, אין בהם אמת כלל וכלל. למה המיתוס היהודי צריך להיות נכון והמיתוסים ההודיים והמצריים אינם נכונים?".
במכתב נוסף בנושא הוא הדגיש את עמדתו הסובלנית: "אף על פי שאני לא בעד הדת, אני חושב שאנחנו צריכים להראות כבוד לכל מי שמאמין בצורה כנות בדת".
השפעה.
פופר מילא תפקיד חיוני ומרכזי ביצירת הפילוסופיה של המדע כתחום נפרד, מתוחם ואוטונומי מפילוסופיה "רגילה", בעיקר דרך יצירותיו הפורות והמשפיעות, וגם בזכות השפעתו על בני דורו ועל הסטודנטים שלמדו תחתיו.
בשנת 1946 ייסד את המחלקה לפילוסופיה, לוגיקה ושיטה מדעית ב"בית הספר לכלכלה של לונדון", ושם הרצה והשפיע על החוקרים אימרה לקטוש ועל פול פייראבנד, שניים מההוגים המובילים בפילוסופיה של המדע (שניהם הושפעו עמוקות מהגותו של פופר, אף על פי שפייראבנד חלק עליו לחלוטין ולקאטוס שינה חלקים מתורתו).
על אף שקיימת מחלוקת לגבי מידת ההשפעה, לפופר היה קשר הדוק וממושך עם הכלכלן פרידריך האייק, שגם הוא הגיע לבית הספר לכלכלה של לונדון מווינה. כל הוגה הצליח למצוא תמיכה ודמיון בעבודתו ובהגותו של האחר, והם אף ציטטו אחד את השני לעיתים קרובות. במכתב ששלח בשנת 1944, כתב פופר על האייק: "אני חושב שלמדתי ממך יותר מאשר מכל הוגה חי אחר, מלבד אולי אלפרד טרסקי". פופר הקדיש את ספרו "השערות והפרכות" להאייק. מצדו, האייק הקדיש אוסף של מאמרים ומחקרים בתחומים כמו פילוסופיה, פוליטיקה וכלכלה לפופר, ובשנת 1982 אמר עליו: "... מאז שספרו "הלוגיקה של הגילוי המדעי" יצא לראשונה ב-1934, הפכתי לחסיד שלם של התאוריה המתודולוגית שלו".
לפופר היו גם חברויות ארוכות עם הוגים נוספים כמו ההיסטוריון לאומנות ארנסט גומבריץ', הביולוג הבריטי פיטר מדאוור, ומדען המוח האוסטרלי ג'ון קרו אקלס. המשפטן הגרמני ריינהולד ציפליוס העיד על עצמו כי הוא משתמש בשיטתו של פופר של "נסייה וטעייה" בפילוסופיה המשפטית שלו.
השפעתו של פופר, הן באמצעות עבודתו בפילוסופיה של המדע והן באמצעות הפילוסופיה הפוליטית שלו, התרחבה גם מעבר לשערי אקדמיה. אחד מתלמידיו של פופר בבית הספר לכלכלה של לונדון היה ג'ורג' סורוס, שהפך מאוחר יותר לאיש עסקים מצליח, שתרם כספים ל"מכון החברה הפתוחה", מכון מחקר לכבוד ספרו של פופר "החברה הפתוחה ואויביה".
ביקורת.
רוב הביקורת הפילוסופית על פופר נוגעת לעקרון ההפרכה. פופר מציג את יכולת ההפרכה כאידיאל וכעיקרון חשוב בשיטה מעשית של פתרון בעיות אנושי יעילה; לפיכך, המסקנות הנוכחיות של המדע הן חזקות יותר מפסאודו-מדע או מלא-מדע כלל, אם הן שרדו את שיטת הברירה הזו.
הוא אינו טוען כי מסקנות כאלה הן אמת, או שהמסקנות מתארות את השיטות המעשיות של מדען מסוים. במקום זאת, העקרון מוצע כעיקרון בסיסי למתודולוגיה (באם ייחקק על ידי המערכת או הקהילה המדעית) ויוביל להתקדמות איטית אך יציבה של המדע (מידת ההתקדמות תיקבע על פי השילוב השיטה על ידי המערכת או הקהילה).
נטען כי רעיונותיו של פופר טועים לעיתים קרובות סוג של לוגיקה "קשה" של אמת, בעיקר בגלל המאורעות ההיסטוריים המשותפים של הופעתם בעת ובעונה אחת עם הפוזיטיביזם לוגי, שחסידיו טעו במטרותיו שלו.
בפילוסופיה של המדע ישנה השערה הנקראת "הוליזם אפיסטמולוגי" (Epistemological Holism, או התזה של קווין-דוהם) הטוענת כי אי-אפשר לבחון היפותזה אחת בפני עצמה, שכן כל היפותזה מגיעה כחלק מסביבת תאוריות שלמה. לכן, אנו מסוגלים לומר כי כל "החבילה" של התאוריות הרלוונטיות הופרכו, אבל איננו יכולים לומר בוודאות איזה רכיב של החבילה צריך להיות מוחלף בעקבות כך.
דוגמה לכך ניתנת על ידי גילוי כוכב הלכת נפטון: כאשר תנועתו של אורנוס נמצאה לא תואמת את התחזיות של חוקי ניוטון, התאוריה של שבעה כוכבי לכת במערכת השמש נדחתה, אך חוקי ניוטון עצמם לא נדחו. פופר התייחס לביקורת זו על עקרון ההפרכה בפרקים 3 ו-4 של "היגיון התגלית המדעית", ואף בכתבי יד שקדמו לו. עבור פופר, הניסיון הבין-אישי לצמצום ולבידוד השגוי במערכת התאורטית שלנו - באופן פליבילי הוא בעצמו חלק מהפעילות המדעית.
ספריו.
בחלק מספריו עברה תקופה ארוכה בין פרסומם במקור, בדרך כלל בגרמנית, לבין תפוצתם בשפה האנגלית. סדר הספרים לפי ההופעה המקורית:
אמפיריציזם
אֶמְפִּירִיצִיזְם (לפי האקדמיה ללשון העברית "נְסוּתָנוּת"; מקור המילה במילה "אמפירי" שמשמעותה תצפיתי) הוא זרם מרכזי באפיסטמולוגיה (תורת ההכרה) של תקופת הנאורות. על פי האמפיריציזם המקורות היחידים של הידע האנושי הם הניסיון החושי והתצפית המדעית. על פי האמפירציזם כל ידע הוא אפוסטריורי (ידע הנובע מהניסיון) ולכן מה שמכונה "ידע א-פריורי" (שאינו תלוי בניסיון, הנובע מהשכל בלבד) אינו אפשרי. כל ידיעה מקורה או בניסיון או בהסקה אינדוקטיבית (הסקה מאוסף מקרים פרטיים אל הכלל) מן הניסיון. הזרם המקביל והמנוגד לאמפיריציזם באותה תקופה, היה הרציונליזם על פיו הרציו (השכל) הוא מקור הידע האנושי. האמפיריציזם והרציונליזם היו ניסיונות לבנות את הידע האנושי מאפס, גישה רדיקלית זו אפיינה את הפילוסופיה של תקופת הנאורות שבהשפעת המהפכה הקופרניקאית דחתה את כל הפילוסופיות שקדמו לה. שלושת ההוגים המרכזיים של האמפיריציזם היו דוברי אנגלית: ג'ון לוק (אנגלי), ג'ורג' ברקלי (אירי) ודייוויד יום (סקוטי). לרעיונות האמפיריציסטים, מקום מרכזי גם בזרם פילוסופי מאוחר יותר (במאה ה-20) המכונה פילוסופיה אנליטית או פילוסופיה אנגלו-אמריקאית.
מבוא לאמפיריציזם: פרנסיס בייקון והמרד בסכולסטיקה.
מבשר האמפיריציזם היה פרנסיס בייקון, מדינאי שחי בין השנים 1561-1626, כלומר במהלך המהפכה הקופרניקאית בה אמיתות בנות מאות שנים החלו להתערער. בייקון היה רדיקליסט והגותו התבססה על דחיית הסכולסטיקה שהייתה אופן הדיון הפילוסופי של זמנו, הוא ניסה לגרום למהפכה בפילוסופיה כפי שגלילאו גרם במדע. הוויכוחים הפילוסופיים בני זמנו נראו לבייקון ויכוחי סרק: כל פילוסוף מפרש את העולם באמצעות דעותיו, יוצא שהוא מבין מה שדעותיו מלמדות אותו ולכן העובדות תואמות תמיד את הדעות בלי קשר לאמיתותן. לגישתו, בני אדם רואים מה שנוח להם ונוח להם לראות שצדקו, כך הופכת כל דעה לשיפוט מוקדם, לדעה קדומה ולאמונה טפלה. הפילוסופים הם דיקטטורים של ממלכת הרוח וצריך להשתחרר מהם. בעוד שעל פי הפילוסופיה הקלאסית תפקיד הוויכוח הוא גילוי האמת, על פי בייקון תפקיד הוויכוחים (על אף שהם רציונליים) הוא שכנוע הזולת בצדקת הטוען. בייקון הסכים עם הפילוסופיה הקלאסית שגילוי האמת עומד במרכז המדע אך טען שהאסטרטגיה לגילוי האמת אינה הוויכוח אלא הוויתור מרצון של המתדיינים על דעותיהם האישיות. בייקון ניסה לפתח שיטה מובנית לחיסול ויכוחים ולמיגור אמונות קדומות וכשלים, אותם חילק לארבעה סוגים:
שיטתו של בייקון לגילוי האמת המדעית מבוססת על התצפית המדעית והביקורתיות המדעית. הוא היה איש חזון והעניק למדע אופי ציבורי, המדע הוא גוף שצריך להתקשר אל הקהילה ולהיות ממומן על ידה. בניגוד למיתוס "המדען הבודד", המדע על פי בייקון הוא מפעל אדיר עם חלוקות עבודה מתוכננות. באמצעות מבנה זה, ניתן יהיה לחלץ את האמת המדעית מתוך דיוק בתצפיות והסקת מסקנות אנליטיות הכרחיות. בעוד שהמחשבה המדעית האריסטוטלית עסקה בתיאור הטבע כפי שהוא, בייקון דיבר על ניסוח חוקי טבע ונוסחאות שהן האלמנט הנסתר של התופעות. מאחר שהמדע מצריך הסברים, יש לייחס חשיבות לדוגמאות השליליות והמפריכות, כלומר לאלמנטים הביקורתיים במדע. כך בשיטת האלימינציה, יצבור המדע עוד ועוד עובדות מדעיות מבוססות והידע האנושי ילך ויגדל. בייקון קרא למיסוד דוקטרינות לברירת העובדה המדעית מן הדעות הקדומות וליצירת חברה חדשה המושתתת על המדע. לחזונו של בייקון היה תפקיד מרכזי בהקמת החברה המלכותית של לונדון למדע.
ג'ון לוק.