קבר אור החיים בשיפולי הר הזיתים הפך ברבות הימים לאתר עלייה לרגל, בעיקר ביום השנה לפטירתו. אנשי היישוב הישן בירושלים נהגו לעלות לתפילה לצד קברו בכל עת צרה; תפילה מרכזית ידועה נערכה בעת מלחמת העולם השנייה כשעלתה האפשרות שהצבא הגרמני יפלוש מצפון אפריקה לארץ ישראל.
ישיבת אור החיים המשיכה להתקיים אחרי מותו, ובראשה עמד זמנית תלמידו רבי יוסף אמזלג, שסירב ליטול את התפקיד באופן רשמי. בשנים הבאות עשה ועד הישיבה בליבורנו מאמצים להציב בראשה דמות תורנית חשובה, ולשם כך באו במגעים עם רבי יעקב שאול רבה של איזמיר ולחלופין עם רבי שלמה אלגאזי רבה של קהיר. לאחר שניסיונות אלו כשלו, התמנה לתפקיד רבי יונה נבון ואחריו מחותנו רבי חיים מונדובי ורבי יהודה עייאש. כשבעים שנה מאוחר יותר, לאחר עליית תלמידי הגר"א וכינון הקהילה האשכנזית בירושלים עם מעברם של רבים מתלמידי הגר"א אליה מצפת בעקבות המגפה של 1802, נרכש בית המדרש עבור הקהילה, שערכה בו תפילות בימות החול. ממתפללי בית המדרש, שנקרא "אור החיים" על שם מייסד הישיבה בו, היה רבי מנחם מנדל משקלוב.
בית המדרש "אור החיים", שבו התקיימה ישיבת "מדרש כנסת ישראל", נמצא בעיר העתיקה בירושלים ונכלל לאחר מלחמת ששת הימים כחלק ממוזיאון חצר היישוב הישן.
דרך לימודו.
רבי חיים בן עטר נחשב כבר במרוקו ל"מעיין" ו"עוקר הרים", כלומר: דרך לימודו התאפיינה בהתמקדות מקומית בסוגיה שעל הפרק ופירוק כל הגורמים והמוקשים לצורך הבנתה. מלבד עדותם של חכמים ממרוקו בני זמנו שנחשבו ל"מעיינים", דוגמת רבי חנניה בן זכרי, שכתב עליו בהסכמתו כי הוא עוקר הרים; וחברותו הקרובה עם "מעיינים" נוספים כמו רבי שם טוב בן אמוזג, ורבי יהודה בירדוגו, בעל "מים עמוקים" - מעיד על כך ספרו "חפץ ה'" - שחידושיו מתאפיינים בסגנון זה. עצם הדפסת ספר חידושים על הש"ס הייתה תופעה לא נפוצה בקרב חכמי מרוקו באותה עת..
לימוד בסגנון זה מכתיב בדרך כלל קצב לימודים איטי. ולמרות זאת, רחב"ע כתב במכתבו לוועד מדרש כנסת ישראל בליבורנו בדיווח על סדרי הלימוד בישיבה הזמנית שהקים בעכו, לאחר חודשיים של פעילות בלבד: ; ובמכתב שאחריו המסכם את תקופת הלימודים של קיץ ה'תק"ב בעכו הוא כבר כותב: . חידושים אלו היוו את התשתית לספרו "ראשון לציון" (קושטא ה'תק"י) והם מלמדים שלמרות סגנון לימודו המעמיק שמר על קצב לימודים מהיר. תלמידו רבי חיים יוסף דוד אזולאי (החיד"א), כתב על כישרונו זה בספרו "שם הגדולים": .
משפחתו.
רבי חיים בן עטר היה נשוי במקביל לשתי נשים: פאצוניה בת קרובו העסקן העשיר רבי משה בן עטר, ואסתר לבית ביבאס. פאצוניה ואסתר עלו עמו לארץ ישראל והשתתפו בכל מסעותיה של החבורה המייסדת של "מדרש כנסת ישראל" וחיו עמו עד פטירתו בירושלים. לשתיהן לא היו ילדים עד יום מותן, אולם יש המיוחסים כצאצאיו ואולי בנות היו לו ורק בנים לא. שתיהן נפטרו בשנים הסמוכות לאחר פטירתו בסוף שנות ה-40 של המאה ה-18; השתמר תאריך פטירתה של אסתר: כ"ט באב ה'תק"ט, 13 באוגוסט 1749. שתיהן נקברו סמוך לקברו של בעלן בבית הקברות בהר הזיתים, ומצבותיהן שוקמו וחודשו לאחר מלחמת ששת הימים.
גיסו, בעל אחותו, היה רבי שמואל די אבילה שכיהן כרב ודיין, ובנו-אחיינו היה רבי אליעזר די אבילה, ראש ישיבה ברבאט שבמרוקו, דיין ופוסק.
ספריו.
חפץ ה'.
חיבורו הראשון שנדפס. הספר כולל חידושים על כמה ממסכתות התלמוד הבבלי: מסכת ברכות, מסכת שבת, מסכת הוריות ועל חלקים ממסכת חולין. הספר מתמקד בפירוש שיטתי של הסוגיות, דף אחרי דף, ובדברי פרשני התלמוד בני תקופת הראשונים, בדגש על פירושי רש"י ובעלי התוספות, ואינו שם דגש על הסקת המסקנה ההלכתית המעשית מן הסוגיות. כפי הנראה רחב"ע כתב את חידושיו למסכת שבת לפני שכתב את חידושיו למסכת ברכות, אך שינה את הסדר בדפוס כדי להתאימו לסדר המסכתות בש"ס.
במקביל לעריכת ספרו זה, כבר התחיל לעסוק בספרו הבא, "פרי תואר". שיטת הלימוד שבה נקט בעת הכנת ספרו ההלכתי, מצאה חן בעיניו יותר, ולכן נטל פסק זמן מכתיבת חידושים על סדר התלמוד, והקדיש את זמנו לחקר ההלכתי בסוגיותיו.
פרי תואר.
ספר הלכה על שולחן ערוך חלק יורה דעה (סימנים א–קכב). ספר זה אף הוא עוסק בניתוח הסוגיות התלמודיות הרלוונטיות לפסיקת ההלכה, אבל בו מתמקד הדיון בהסקת המסקנה ההלכתית המעשית, בשונה מחיבורו הקודם "חפץ ה'". בהקדמה הוא מציין כי רבות מן ההלכות בספר לובנו יחד עם ידידו רבי שמואל אבן אלבאז.
הספר נדפס במקור בשם פירות גנוסר. בין חידושיו ההלכתיים הרבים כלולות השגות רבות על פסקיו של פוסק קודם, רבי חזקיה די סילוה, בספרו "פרי חדש". על כן בחר רבי חיים להדפיס את הספר כשפסקי השולחן ערוך מופיעים במרכז העמוד, ובצדדיו שני ה"פירות": פרי חדש ופרי תואר. משערים כי כבר בעת הדפסת הספר ב-1742, היו בידי רבי חיים בן עטר חידושיו על סימנים נוספים ביורה דעה, אלו שנדפסו לאחר פטירתו בספר "ראשון לציון", אך בגלל הפלטפורמה של "פירות גנוסר", המציגה את חידושיו אל מול חידושי ה"פרי חדש", נמנע מלהדפיסם כבר אז, כי הספר פרי חדש מסתיים בסימן קכב.
בהדפסת ספר זה, וגם בהדפסת הספר "אור החיים", טיפל ידידו שלמה בן יצחק אלוף, מיהודי ליבורנו, שאף גייס את המימון הדרוש להדפסתם. כתבי היד של שני הספרים נמסרו להכנה להדפסה כמעט במקביל, אך בשל סחבת שנוצרה בהדפסת הספר "אור החיים" בשל תהליכי הרישיון המייגעים שנדרשו בוונציה, נשלח כתב היד של "פרי תואר" להדפסה באמסטרדם.
בהקדמה לספר הזהיר רבי חיים שלא להשיג על דבריו, אלא אם כן יבקשו את ההתייחסות של חכמי ישיבתו להשגות, מחמת דבריו אלו חשש רבי יוסף זרקא (רבו של רבי יצחק טייב) להשיג על הספר, ואת קושיותיו הוא סידר בקונטרס מיוחד, אותו התכוון לשלוח אל חכמי ישיבת כנסת ישראל.
אזהרתו של רבי חיים דרשה התייחסות, ובהקדמה לספר "מזמור לדוד" (ליבורנו, תקע"ח), אותו חיבר רבי דוד פארדו כדי ליישב את ההשגות של רבי חיים על ספר "פרי חדש", מביא רבי דוד פינטו, נכד המחבר, את דברי סבו השני, רבי כליפא בן מלכא, שדחה את אזהרתו של רבי חיים: דברים אלו של רבי כליפא נחשבים ליסוד מוסכם בקרב פוסקים רבים (ראו למשל בהקדמה לשו"ת יביע אומר חלק ד).
ספר נוסף שהתחבר כדי ליישב את השגותיו של רבי חיים, הוא הספר "פרי מפרי", אותו חיבר רבי יונה נבון, מי שמילא את מקומו של רבי חיים בראשות הישיבה, מספר שנים לאחר פטירתו.
אור החיים.
פירושו המפורסם על התורה. נתחבב על חוגי החסידים והרבה מהאדמו"רים העריצו ספר זה. ספר זה הודפס בחלק מהמהדורות של "מקראות גדולות" ומבוסס בחלקו על תורת הקבלה. מקובל לקרוא לספר "אור החיים הקדוש", ומפורסם שהוא בין שלושת הספרים שנתחברו בדורות האחרונים שזכו להיקרא בתוספת זו, לצד אלשיך הקדוש והשל"ה הקדוש. על ספרו זה נכתבו פירושים רבים במהלך הדורות, וישנם גם מורחבים המלקטים את פרשנות האור החיים ומודפסים בצמוד לטקסט הספר, בהוצאת מוסד הרב קוק ומכון עוז והדר.
ראשון לציון.
חידושים על סוגיות נבחרות במספר מסכתות מן התלמוד הבבלי: על מסכת ברכות שחידושיו השיטתיים עליה כבר נדפסו בספרו "חפץ ה'", ועל מסכתות שבחציו השני של סדר מועד: מסכת סוכה, מסכת ביצה, והמסכתות תענית, מועד קטן, מגילה וחגיגה. חלק נפרד בספר עוסק בחידושים על התנ"ך. בנוסף נדפסו בסוף הספר השלמות לביאורו של המחבר על השולחן ערוך, חלק יורה דעה, אותו החל בספרו פרי תואר; בהשלמה זו נדפסו חידושיו לסימנים רמ–רצב, ונוסף קונטרס העוסק בכללי ספק ספיקא.
בשונה מספרו "חפץ ה'", ספר זה אינו מכיל פירוש שוטף על סדר דפי המסכת, אלא מתמקד בסוגיות נבחרות, ומסיבה זו הדיון מתרחב עד לפסיקת ההלכה המעשית. הדבר ניכר בעיקר בכך שהוא דן רבות בדברי הפוסקים ולא רק בדברי פרשני התלמוד הקלאסיים. בין היתר הוא מרבה לעסוק בספר זה בפסקי הרמב"ם, בפרשנות שיש לתת לפיהם לדברי התלמוד ובעקבות כך הכרעת ההלכה.
מעמדו והשפעתו בתנועת החסידות.
מעמדו האישי במסורת החסידית.
לרבי חיים בן עטר התייחד במסורת תנועת החסידות מעמד מיוחד כאיש קדוש, בן עלייה ובעל רוח הקודש, ודמותו אומצה למעשה כחלק אינטגרלי מהתנועה החסידית בספרות הענפה של תנועה זו.
תופעה זו של הערצת החסידים בפולין ובאוקראינה לחכם "ספרדי" לא הייתה שגרתית, והייתה שמורה ליחידי סגולה בלבד, הדים ממנה הגיעו גם למרחב שבו פעלו תלמידיו. החיד"א, תלמידו של ר"ח בן עטר, מציין זאת בחיבורו הביבליוגרפי "שם הגדולים" בערך הספר "אור החיים": .
הבעש"ט, מחולל תנועת החסידות, שיבח מאוד את רבי חיים בן עטר ואת תורתו ואף ניסה לפגוש את בן עטר. לפי אחת המסורות הרווחות אמר הבעש"ט על רחב"ע כי שמע תורה מדי לילה מפי הקדוש ברוך הוא, ואף היה סבור כי התקשרות בין נשמותיהם תביא בהכרח לגאולה. רעיונות בדבר סגולותיו המשיחיות של רחב"ע חלחלו למורשת החסידית, והיו מגדולי החסידות בדורות הבאים שהעידו על רבי חיים בן עטר שהוא היה ראוי להיות משיח בדורו.
לפי מסורת חסידית אחרת, הבעש"ט הרגיש ממקום מושבו בפודוליה בפטירתו של רחב"ע. רחב"ע נפטר בירושלים במוצאי שבת, ובאותה עת אכלו החסידים בפודוליה סעודה שלישית עם רבם; בעת הסעודה פנה הבעש"ט לתלמידיו ואמר "כבה הנר המערבי" וסיפר להם שבעת שנטל ידיו לסעודה התגלתה לו כוונה מיוחדת שאינה מתגלה אלא ל"חד בדרא" [=יחיד בדורו], ומכך הסיק שנפטר בשעה זו אדם אחר שהחזיק בכוונה זו, שאינו יכול להיות אלא רבי חיים בן עטר. המסורת הזו טומנת בחובה את המסקנה לדעתם כי הבעל שם טוב הוא יורשו הרוחני של רבי חיים בן עטר.
מעמד הספר "אור החיים" בקרב החסידים.