חלק גדול מ-64 האפיזודות השונות המרכיבות את היצירה בנויות לפי מודל נרטיבי דומה: שליט מקומי הנתון ללחץ מצד מעמד הכמורה או מצד ההמונים מטיל גזירה על הקהילה היהודית שחיה תחת חסותו. ברוב המקרים, השליט המקומי (בדרך כלל המלך או האפיפיור) דווקא מוקיר את הנתינים היהודים, ויודע לזהות את ההאשמות המופנות כלפיהם כשקריות. עם זאת, בדרך כלל נאלץ השליט להיכנע ללחץ מצד הגורמים השונים בכדי למנוע התקוממות. גרעין סיפורי זה מופיע כאמור ברוב האפיזודות המרכיבות את היצירה, אך במקרים רבים מתווספים אליו אלמנטים נרטיביים שונים. בחלק מהאפיזודות, הגירוש מתרחש לאחר עליה של קבוצה דתית פנאטית שמבקשת למחוק את הקהילה היהודית כחלק ממשימה לטיהור דתי. באפיזודות אחרות, הגירוש מתבצע כתוצאה מעלילת דם, שבמסגרתה מוטמנת גופה בביתו של יהודי בכדי להפליל אותו, וכדרך לתקוף את הקהילה כולה.
באפיזודות רבות ביצירה משולבים פולמוסים דתיים בין נציג השלטון המקומי לבין נציגי הקהילה היהודית, שמטרתם להגיע לפתרון בנוגע לגירוש הקהילה היהודית. אפיזודות אלו מתחילות בדרך כלל בתיאור עלילת דם כלפי יהודי אחד או כלפי קהילה, אשר מובילה לגזירה שמטיל השליט (לרוב המלך ובמקרים מסוימים האפיפיור) על הקהילה היהודית כתוצאה מלחץ המופעל עליו. בכדי לנסות ולמנוע את הגזירה, נשלחים נציגים מהקהילה היהודית לעמוד למשפט בחצר השליט ולשמש כסנגורים של הקהילה בראי ההאשמות. מול הסנגורים היהודים עומד בדרך כלל יהודי מומר ממעמד הכמורה המשמש כקטגור, ומהלך המשפט מתנהל מול השליט. התנהלות המשפט לא נמסרת באפיזודה כפרוטוקול של דיון משפטי. בשונה מכך, הדיון תופס צורה של פולמוס היסטורי ותאולוגי, העוסק פעמים רבות בירידה במעמד הדת היהודית אל מול העלייה במעמדה של הדת הנוצרית, ובניתוח הסיבות שהביאו למאזן הכוחות כפי שהוא באותה נקודה.
בדומה לאפיזודות אחרות, חלק מהפולמוסים הדתיים ביצירה מתעדים אירועים היסטוריים אותנטיים, וחלקם מורכבים מטקסטים פרי עתו של אבן וירגא. אחת מהאפיזודות המוכרות והעשירות ביצירה היא אפיזודה 40 המתעדת את ויכוח טורטוסה. ויכוח זה הוא שם כולל לסדרה של פולמוסים דתיים פומביים בין יהודים לנוצרים. אחד מנושאי הדיון המרכזיים בוויכוח היה הלגיטימיות של היהדות הרבנית והתלמוד. בעוד שוויכוח טורטוסה הוא אירוע היסטורי שאין מחלוקת בנוגע לאותנטיות שלה, הייצוג שלו בשבט יהודה אינו מהימן בהכרח, בדומה לאירועים היסטוריים אחרים המופיעים ביצירה. אפיזודה 40 משנה באופן דרסטי את פרטי הריאליה שבהתחרשות ויכוח טורטוסה ההיסטורי. האפיזודה ממקמת את הפולמוסים בזמן ובמקום שונים, בעוד שהוויכוח ב'שבט יהודה' מתרחש ברומא ולא בטורטוסה, כשישים שנה לפני המקרה ההיסטורי. בנוסף, השליט המתפקד כסמכות המשפטית בסיפור הוא האפיפיור, בעוד שאת הוויכוח בטורטוסה ניהל האנטי-אפיפיור בנדיקטוס השלושה עשר.
השימוש של היצירה ברטוריקה ובשפה.
שבט יהודה נכתב במלואו בשפה העברית, ומלאכת העריכה של וירגא ובניו שילבה ביצירה גם טקסטים לטיניים או ספרדיים שתורגמו לעברית. כאשר פורסמה היצירה לראשונה, היא הייתה רלוונטית בעיקר לקהל הגולים היהודיים מספרד. קהילה זו הייתה משכילה מספיק בשביל לקרוא עברית ולהבין את הלע"זים השונים שבהם היצירה רווייה. היבט זה הביא חוקרים כגון אלעזר גוטווירת' לטעון כי שבט יהודה נכתב באופן ייחודי עבור קהילה זו.
ב"שבט יהודה" נעשה שימוש נרחב בדיאלוגים, מה שמייחד את היצירה בהשוואה ליצירות היספנו-יהודיות אחרות בנות אותה תקופה. השימוש של "שבט יהודה" ברטוריקה ובדיאלוגיות הוא ייחודי גם השוואה ליצירות דיאלוגיות אחרות בנות התקופה כגון "ספר הכוזרי". אחד המוטיבים הדיאלוגיים הבולטים ביצירה הוא שימוש נרחב בהומור ובאירוניה כאמצעי אמנותי.
גוטווירת' מקנה חשיבות רבה לשימוש של היצירה בהומור ובאירוניה במסגרת הדיאלוגים ביצירה. לפיו, השימוש בהומור נותן ליצירה את אופייה העממי והאוראלי, באופן שמשקף את צורת הדיבור של יהודים מומרים בני אותה תקופה. כך, מסביר גוטווירת', דרך קריאת היצירה, מקבל הנמען נקודת מבט לאופן שבו התבטאו יהודים מומרים, וכפועל יוצא לנושאים שאותם הם ראו כחשובים וראויים לדיון. למשל, מסביר גוטווירת', דרך הדיאלוג ההומוריסטי, ניתן לזהות את האירוניה של חלק מהיהודים המומרים בייחס לנצרות, מה שאי אפשר היה לבטא באופן אחר.
גרסאות היצירה והוצאות שונות לאור.
לפי יוסף חיים ירושלמי, עד סוף המאה ה-19 יצאו לאור לפחות 17 מהדורות שונות של שבט יהודה. היצירה תורגמה לאורך השנים לשפות שונות וביניהן ספרדית, לטינית יידיש, הונגרית, גרמנית ולאדינו.
בהקדמתו להוצאה מחודשת של ספר יהודה, מתעד מאיר בן דוד הכהן ויינר את שמונה ההוצאות הראשונות של היצירה:
דפוס ראשון בשנת 1550 בעיר קונסטטנטינופול
דפוס שני בשנת 1554 המיוחס לעיר אדריאנופול
דפוס שלישי בשנת 1608 בעיר פראג
דפוס רביעי בשנת 1640 בעיר אמסטרדם
דפוס חמישי בשנת 1651 בעיר אמסטרדם
דפוס שישי בעיר הרודנה
דפוס שביעי בשנת 1845 בעיר לבוב
דפוס שמיני בעיר ורשה
תקצירי הגזרות והשמדים (דפוס ורשה תרפ"ח).
החרבן הראשון
מתרחש בזמן שלטון הקיסר הרומי אנטוניוס, שהתכוון לכבוש את ירושלים.
בדרך אל העיר, אנטוניוס שומע כי קלאופטרה מלכת מצרים התאלמנה ומחפשת חתן. המלכה מסכימה לקחת את אנטוניוס לבעל בתנאי שיתגרש מאשתו שנמצאת ברומא. שונאי היהודים ברומא מפיצים שמועה שקלאופטרה מקורבל ליהודים, ושהנישואים הם מזימה שרקמו בכדי להתקרב לשלטון. במקביל, תופס אוגוסטוס את השלטון ברומא ומחליט לכבוש את ירושלים כנקמה על מזימת היהודים. בסופו של דבר העיר נכבשת והיהודים בירושלים חיים תחת שלטון רומא, עד המרד והגלות.
השמד השני
בזמן ימי בן סירא, מתועד כי שלושים אלף יהודים מצאו את מותם על קידוש השם.
השמד השלישי
יהדות פרס, הרקע הוא הכיבוש המוסלמי של פרס.
הנתינים הפרסים מעורערים כי הם חושבים שהיהודים בוגדים מבית, והמלך שדווקא אוהב את היהודים מנסה לשכנע אותם להמיר את דתם. היהודים לא מסכימים ומתחילה מלחמת אזרחים שנגמרת עם הכיבוש המוסלמי שמשחרר את היהודים.
השמד הרביעי
שליט מקומי מוציא צו המחייב את היהודים להמיר את דתם, ולא יהרגו.
היהודים מגיעים אליו בניסיון לשנות את דעתו באמצעות פולמוס דתי. המלך, שיודע שיהודים טובים בדיונים ("לא באתי בוויכוח איתכם כי ידעתי שתשיבו תשובות יהודיות") מנסה להגיע לפתרון בדרך אחרת. בסופו של דבר, משום שהרבה מהיהודים לא רצו לעזוב, רבים המירו את דתם. בסוף השמד המלך מת והבן שיורש אותו חושש שיקבל עונש כנגד מה שעשה אביו ליהודים והוא מבטל את הגזרה.
השמד החמישי
גרנאדה, עלילת דם נגד יוסף הלוי וקהלתו, אשר גובה את חייהן של 1500 משפחות שסירבו להמיר את דתן.
השמד השישי
"גזרת הרועים" שלא הייתה ולא תהיה כמוה עוד. וירגא מעיד שיש לסיפור נוסחאות מתחלפות והוא מסתמך ממקור שכבר היה בשם "דברי הימים למלכי ספרד".
ילד נוצרי מכנס את הקהילה של איגין ואומר שיש לו חזיונות על יונה שמגיעה אליו, מגלה לו נבואות וכשנוגע בה הופכת לנערה בתולה. היא אומרת לו שהוא ינהיג את העם והוא יביס את הישמעאלים. בסופו של דבר מבינים שאי אפשר להביס את המוסלמים כי הם חזקים מדי אז מחליטים להיטפל ליהודים ולשדוד אותם כדי להתחזק לפני הקרב. במקרה עובר יהודי אחד שצוחק עליהם, וזה נהיה התירוץ לפשוט על היהודים. המצב הולך ומתדרדר, היהודים מנסים להשיג הגנה אבל הרועים מצליחים להשמיד 120 קהילות יהודיות. יש עיירה אחת שמבצעת התאבדות המונית בשביל שהרועים לא יהרגו אותם.
בסופו של דבר מתקבלת פשרה שיהודים שיתנצרו ינצלו, ובטולושא כולם מתנצרים חוץ מאישה אחת שנחבאה בבית של שר שמציל אותה. בנוסף, מסופר כי שליט מקומי מחליט לצוד את הרועים ולחסל אותם. הוא מורה לפרש שלו לחסל את הנער, והארגון מתמוטט.
השמד השביעי
ויכוח בין המלך אלפונסו לטומאש החכם.
המלך בדילמה כי יש הגמון אחד שהגיע לעיר ומפיץ עלילת דם על היהודים. הוא "דורש לרבים" שהם חוגגים את פסח עם דם של נוצרים. המלך מבין שההגמון משקר אבל העם איתו, והם משחיתים את גינת הארמון במטרה לגרום לו להתייחס לסוגיה. המלך אובד עצות והוא מבקש עזרה מטומאש.
טומאש הוא יהודי מומר והמלך מבקש לשמוע אם יש הלכות של קיום פסח עם דם נוצרים בתלמוד. עיקר השמד הוא פולמוס דתי ודרשני רב משתתפים, ולא מסופר מה עלה בגורל היהודים.
השמד השמיני עמוד
בעיר איסיגא, בשנה הרבעית למלכותו של אלפונשו, בזמן חג הפסח, מתרחשת עלילת דם שבה משתילים גופה בבית של יהודי ומעלילים עליו שהוא רוצח.
היהודי נאסר, והנוצרים בעיר פותחים בגל של התקוממות נגד הקהילה היהודית, שמתפשט גם לערים אחרות. בכדי לנסות ולהרגיע את הרוחות, מתארגנת משלחת של חכמי הקהילה היהודית אל ארמון המלך, ועיקר השמד מתאר את הפולמוס בינם.
השמד התשיעי
מתרחש בזמן מלכות אומת גודוש על ארצות המערב, והאירוע מתחולל בעיר רומא.
המלך הנוכחי מבקש מכל היהודים להיטבל ואם יעשו כך יחשבו נוצרים לכל דבר ועניין, אבל במקביל יותר להם לקיין פולחן יהודי. היהודים מתכנסים לתענית ומתאבלים והנוצרים לא מבינים מדוע. הם אומרים להם שחבל שעל פרט כה שולי כמו הטבלה יאסרו את תורתם. היהודים אומרים שזה לא פרט שולי, אלא זה הבסיס לכל הדת, והם מעדיפים למות מאשר לבטל מצווה אחת. היהודים באים למלך ומבקשים ממנו לו להרוג אותם מהר כי לא יסכימו לעסקה בשום אופן. הם מנסים לשחד אותו אבל הוא לא מסכים כי יגידו שהוא עשה הכל מלתחילה בשביל לקבל מהם כסף.
בסופו של דבר הגזירה עוברת והרבה מהיהודים מתנצרים.
השמד העשירי