בעידן העות'מאני בו למדו תלמידי הקהילה במלדארי נסמכה מערכת החינוך על תרומות ותשלומי הורים. לאחר עצמאות בולגריה הוכרה מערכת החינוך היהודית כחלק ממערכת החינוך הארצית והוכפפה לאמות המידה הכלליות ובכלל זה ניהול תקציבי. הקונסיסטוריה היהודית פעלה לקבלת תמיכה ממשלתית ועירונית במערכת החינוך היהודית מתוקף אותה ההכרה, וזו ניתנה בהדרגה. המשבר הכלכלי החריף שפקד את בולגריה לאחר מלחמת העולם הראשונה, הקשה על הממשלה הבולגרית לתמוך באופן משמעותי במערכת החינוך היהודית ועיקר הסיוע ניתן מתקציבי הרשויות המקומיות בכפוף לגודלה של מערכת החינוך היהודית ביישובים השונים ומידת מעורבותם של נכבדי הקהילות השונות במערכת השלטון המקומי. לדוגמה חיים אהרן פרחי שהיה חבר מועצת עיריית סופיה וחבר הפרלמנט הבולגרי, פעל להגדלת התמיכה העירונית במערכת החינוך היהודית והיא גדלה לכדי רבע מתקציב מערכת החינוך היהודית. ראשי הקהילה הסתייעו בקשריהם של ראשי התנועה הציונית מחוץ לבולגריה כדי לנסות ולהשפיע על הממשלה הבולגרית להגדיל את תמיכתה בתקציב מערכת החינוך. לדוגמה, ב-26 במרץ 1926 בעת ביקורו בפריז של ראש הממשלה הבולגרי אנדריי ליאפצ'ב, פנה אליו ליאו מוצקין בבקשה להגדיל את התמיכה במערכת החינוך היהודית. ליאפצ'ב נעתר לבקשתו והתקציבים הוגדלו, אך בשל המצב הכלכלי הקשה בבולגריה לא עלתה התמיכה הממשלתית על 10 אחוזים מתקציב מערכת החינוך היהודית.
משכורתו החודשית הממוצעת של מורה במערכת החינוך הקהילתית עמדה בשנת הלימודים 1927/28 על 2,350 לבות (כ-17 דולרים אמריקניים). בשנת הלימודים 1928/29 עמדה משכורתו הממוצעת של מורה בחינוך הקהילתי על 2,640 לבות (כ-19 דולרים אמריקניים), בשנת הלימודים 1929/30 על 2,854 לבות (כ-21 דולרים אמריקניים) ובשנת הלימודים 1930/31 על 2,557 לבות (כ-20 דולרים אמריקניים).
מלחמת העולם השנייה.
לאחר עליית הנאצים לשלטון בגרמניה הוחל במדיניות גזע כלפי היהודים. מדיניות זו יוצאה אל מחוץ לגרמניה והוחלה גם על שלוחות בתי הספר הגרמניים באירופה ובכלל זה בבולגריה. העיתונות בגרמניה הבליטה את מספרם הגדול של תלמידים יהודים בבתי הספר הגרמניים בבולגריה וגינתה את המשך שילובם במוסדות הגרמניים. ב"גימנסיה הגרמנית" בסופיה, נמנו 200 תלמידים יהודים מתוך כלל 900 תלמידי הגימנסיה והם עזבו בהדרגה את המוסד או מרצונם, או בהחלטת הוריהם. זו הייתה גם מנת חלקם של 76 התלמידים היהודים של "הגימנסיה הגרמנית" בפלובדיב.
בינואר 1941 חוקק בבולגריה החוק להגנת האומה ובמסגרתו הוטלו מגבלות על בני הקהילה היהודית ובכלל זה הטלת נומרוס קלאוזוס במוסדות להשכלה גבוהה (שהגביל את מספר היהודים הלומדים במוסדות אקדמיים), בהתאם לאחוז היחסי של היהודים בכלל האוכלוסייה.
למרות מגבלות מסוימות שהוטלו על מערכת החינוך הקהילתית, הפעילות במוסדות השונים נמשכה. שנת הלימודים 1941/1942 התנהלה כסדרה להוציא את העיר וידין שנפגעה קשות מהצפה בשל עליית מי הדנובה. מפקחים מטעם משרד החינוך הבולגרי המשיכו לבקר במוסדות החינוך שלא נסגרו, משום שהוגדרו חלק ממערכת החינוך הארצית בהתאם ל"חוק השכלת העם" הבולגרי. בנוסף, התיר משרד הפנים לבתי הספר להמשיך וללמד תכנים לאומיים ודתיים וכן להמשיך בלימודי העברית. פעילותן העצמאית של תנועות הנוער אשר נאסרה במסגרת החוק נמשכה בין כותלי בתי הספר הקהילתיים. שנת הלימודים 1942/1943 נפתחה כסדרה אך גירוש יהודי סופיה לערי השדה ומאוחר יותר גם מאות יהודים מערים אחרות, הוביל לשיכונם של הפליטים במוסדות הקהילתיים בערים השונות ובכלל זה בבתי הספר. כך, לא ניתן היה לסיים את שנת הלימודים. במרבית ערי בולגריה לא נפתחה שנת הלימודים 1943/1944 ובמקצתן היא נפתחה באיחור והתקיימו לימודים מקוטעים ולפרקי זמן קצרים במספר אתרים.
המצב בחזית המזרחית והתקדמותו המהירה של הצבא האדום, הובילו לשינוי מדיניותה של בולגריה ובכלל זה כלפי בני הקהילה היהודית. ביולי 1944 התמנה איוון בגריאנוב הפרו-מערבי לראש ממשלת בולגריה. בגריאנוב חידש את פעילות הקונסיסטוריה היהודית ואף הביא לתחיקה שהובילה לביטול החוק להגנת האומה. ב-9 בספטמבר 1944, התחוללה ברחבי בולגריה הפיכה שהובלה על ידי חזית המולדת הבולגרית ונתמכה על ידי כוחות הצבא האדום, אשר כוחותיו כבשו את סופיה בערבו של אותו היום. קימון גאורגייב התמנה לראש הממשלה ואנטון יוגוב מהמפלגה הקומוניסטית לשר הפנים. תקופת שלטון חזית המולדת הייתה תקופת ביניים בין משטר מלוכני פרו פאשיסטי ובין הטוטליטריזם הקומוניסטי. במשך שלוש שנים התנהל מאבק אלים על אופייה הפוליטי של בולגריה והוא הוכרע לטובת הקומוניסטים. מאבק דומה, אם כי פחות אלים, התנהל גם בתוך הקהילה היהודית בין הקומוניסטים היהודים חברי תא חזית המולדת היהודית (בבולגרית: אברייסקה סקצייה) לבין התנועה הציונית והוא נסב סביב השליטה בקהילות, במוסדות החינוך ובמנגנון העלייה לישראל. הקומוניסטים שאפו לבטל כל סממן לאומי ודתי בחינוך הקהילתי והתמקדו בלימודי העברית. התנועה הציונית מנגד ראתה בלימוד העברית ובעברית את לב פעילותם של בתי הספר הקהילתיים.
מתום המלחמה ועד העלייה ההמונית לישראל.
בספטמבר 1944, לאחר הפיכת חזית המולדת הבולגרית וביטול החוק להגנת האומה, החלו מגורשי סופיה לחזור בהדרגה לעירם. בלחץ הקומוניסטים היהודים, הועבר הטיפול בקהילה היהודית ממשרד החוץ הבולגרי בראשות פטקו סטאינוב למשרד הפנים בראשות אנטון יוגוב. בתי הספר הקהילתיים שלא נפגעו בהפצצות נפתחו מחדש ומונה להם ועד מנהל מטעם חזית המולדת היהודית. בית הספר ע"ש אנה ונטורה ברובע יוצ'בונאר היה הראשון שנפתח ולאחריו חזרו לפעילות בתי הספר בפלובדיב, רוסה, פאזארג'יק, בורגס, פלבן, קיוסטנדיל, דופניצה, ימבול ווידין. באוקטובר 1946 פורסם "החוק לבתי הספר של קהילות המיעוטים" ובמסגרתו הולאמו למעשה בתי הספר של הקהילה היהודית ורכושם הופקע על ידי הממשלה. ניהול בתי הספר הועבר מידי הקהילות למשרד החינוך הבולגרי.
עם פרסום החוק, מונו לבתי הספר מנהלים בולגרים מטעם, בוטלה חופשת השבת והונהגה חופשה ביום ראשון והוחל בפיטוריהם של מורים יהודיים תוך התמקדות במורים המלמדים עברית או בעברית. צומצמו בהדרגה לימודי העברית ובוטלו לחלוטין לימודי הדת. בתגובה, סירבו הורי התלמידים בקהילות השונות לרשום את ילדיהם לבתי הספר הקהילתיים. בהנחיית הממשלה סירבו בתי הספר הממלכתיים לקבל לשורותיהם את תלמידי הקהילה היהודים וההורים נאלצו לרשום את ילדיהם לבתי הספר הקהילתיים. בהמשך, סירבו ההורים לשלוח את ילדיהם ללימודים בשבת, אך לחץ של הנהלות בתי הספר תוך איום בנקיטת הליכים כנגד התלמידים, הוביל לוויתורם גם בנושא זה.
בשלהי 1946 חזר ארגון אורט לפעול בבולגריה. נפתחו בתי מלאכה לתחומי הנגרות, החייטות, כריכת הספרים והתפירה בסמוך לבית הספר היהודי ובהמשך נפתח בית ספר תיכון מקצועי. בספטמבר 1947 נפתח גם בפלובדיב בית ספר תיכון מקצועי של הרשת למכונאות וחשמל. ב-1947 הקימה הקונסיסטוריה היהודית במימון הג'וינט את "המכון היהודי למדעים" שאמור היה לרכז חומר היסטורי ומסמכים על יהדות בולגריה ותולדותיה ובכלל זה הקמת ספריה מרכזית לנושא. למנהלי המכון מונו הרב ד"ר אשר חננאל, אלי אשכנזי וד"ר מוריץ מרקוס שהחלו בפעילות בקרב קהילות בולגריה לאיסוף ותיעוד החומר. לאחר הקמת מדינת ישראל התעצם מאוד גל העלייה מבולגריה ועד לסוף 1949 עלתה מרבית הקהילה לישראל.
תנועות נוער.
לאחר עצמאות בולגריה הוקמו בקרב קהילות יהודי בולגריה אגודות נוער שונות שעיקר מטרתן הרחבת ההשכלה, הספורט והעזרה ההדדית. בהמשך, התמקדה פעילותן של התנועות בזיקה לציונות ולשפה העברית. ככל שהתרחבה פעילות התנועה הציונית בבולגריה על פלגיה וסיעותיה, כך נשא אופי פעילות התנועות השונות גוון פוליטי בהתאם לסיעה עימה היו מזוהים. התנועה הקומוניסטית הייתה במיעוט ברחוב היהודי וכך גם המצטרפים מקרב בני הקהילה לתנועות הנוער השונות המזוהות עימה. במהלך מלחמת העולם השנייה, עת היה בתוקף החוק להגנת האומה ונאסרה פעילות תנועות הנוער הציוניות, הצטרפו בני נוער יהודיים לתנועות הנוער אשר זוהו עם המפלגה הקומוניסטית שהוצאה אל מחוץ לחוק וחלקם כגון אנה ונטורה, השתלבו בפעילות המחתרתית של הקומוניסטים נגד השלטונות.
ב-1892 יסדו תלמידי תיכון בסופיה את ארגון הנוער "פרוגרס" וב-1895 הוא שינה את שמו ל"השחר" ומטרתו איסוף כספים ועזרי לימוד לתלמידים נזקקים. ב-1893 הוקמו בפלובדיב אגודות הנוער "נווה צדק" ו"נווה אור" שעסקו בפעילות חינוך וספורט. ב-1897, שינה ארגון "נווה צדק" את שמו ל"שמשון", חבריו הוו בהמשך את הגרעין להקמת תנועת מכבי הצעיר והחשיבו מועד זה לשנת יסודו של ארגון "מכבי בולגריה". ב-1894 נוסד על ידי תלמידי התיכון למסחר בסליבן, הארגון "לה מנסיביס" (בלאדינו: "הנוער") שעסק בסיוע לתמידים ובפעילויות תרבות. בהמשך, נוסדו ארגונים דומים גם בקהילות נוספות ובכלל זה גם ארגוני ספורט. הקמת ההסתדרות הציונית בבולגריה והשתלטותה ההדרגתית על הרחוב היהודי הובילה גם לשינוי אופיין של תנועות הנוער והן הפכו למכשיר להפצת תורתה של התנועה והכשירו את הזיקה לעלייה לארץ ישראל. ניתן לציין את "ההסתדרות לשפה ולתרבות העברית בבולגריה", שהייתה תנועת נוער בראשה עמד אלברט רומנו אשר לימים התמנה לנשיא ההסתדרות הציונית במדינה. במהלך מלחמות הבלקן ומלחמת העולם הראשונה פסקה כמעט לחלוטין פעילות תנועות הנוער.