הממלוכים, שלא היו מוסלמים מבטן ומלידה אלא מתאסלמים, רצו להוכיח נאמנותם לאסלאם ולכן אימצו קנאות דתית מודגשת ומוצהרת כקו שלטוני. הם חידשו ובנו מבני דת ומדינה אסלאמיים רבים בארץ ישראל, בעיקר בירושלים ובאתרים המוזכרים בכתבי הקודש. כחלק מתפיסתם הדתית, אכפו הממלוכים בקפדנות את תנאי עומר, החוקים המגנים על בני החסות (ד'ימי), היהודים, השומרונים והנוצרים הלא-אירופאים. בחסות תנאי עומר זכו היהודים והנוצרים להגנה שלטונית על גופם, רכושם ואפשרות לקיום מצוות. מאידך היו במעמד מושפל, נאלצו לשלם מיסי-עושק (ג'יזיה) ולא יכלו להקים בתי-תפילה חדשים.
בשנים שבהן השלטון המרכזי היה חזק, רמת הביטחון האישי ורמת הסדר והארגון השלטוני היו גבוהות, אך עול המסים היה כבד, האדיקות הדתית המוסלמית הייתה רבה וחוקי האסלאם נאכפו בקפדנות וביד חזקה. מאידך, בשנות הרפיון וההתפוררות התחזקו מנהיגים מקומיים על חשבון השלטון המרכזי, וכנופיות בדואים ושודדי דרכים הטילו את אימתם על תושבי הארץ. ערים מרכזיות בתקופה זו היו עזה, שהייתה לבירת אזור הדרום, צפת שהייתה לבירת הגליל, רמלה, לוד ושכם.
התחזקות העות'מאניים למן אמצע המאה ה-15, התפוררות המבנה הכלכלי הממלוכי, ולבסוף כיבוש הארץ בידי הממלכה העות'מאנית העולה ב-1516 לאחר שהכו את הממלוכים מכה ניצחת אותה שנה בקרב מרג' דאבק הביאו לסיומו של השלטון הממלוכי בארץ ישראל.
העת החדשה.
התקופה העות'מאנית (1517 - 1917).
התקופה העות'מאנית בארץ ישראל מתחילה בכיבוש הארץ בידי הסולטאן הטורקי סלים הראשון בשנת 1517, ומסתיימת בשנת 1917, עם כיבוש הארץ בידי הבריטים במלחמת העולם הראשונה.
הארץ חולקה לחמישה מחוזות (מגידו, צפת, שכם, ירושלים ועזה) שנכללו בתוך פרובינציית דמשק. בראש כל מחוז עמד הפאשא (פחה). בתקופות הזוהר (המאה ה-16 בעיקר) הצליח שלטון זה לשמור על מנהל תקין וביטחון.
עד אמצע המאה ה-18 לא זכתה ארץ ישראל למעמד מיוחד בין השאר בגלל התמקדות האימפריה בשטחים אחרים בחבל הבלקן אך ממחצית המאה ה-18 ובהתחזקות הדרגתית אל אמצע המאה ה-19 עלה מעמדה, בין היתר בגלל המרד שערך איברהים פחה בטורקים. ב-1831 עלה איברהים בראש צבא בן 40,000 חיילים על ארץ ישראל. הוא כבש את עזה, רמלה, יפו, חיפה וירושלים ללא קרב, ואת עכו לאחר מצור אכזרי של שישה חודשים. כיבוש הארץ בידי אבראהים פאשא הביא לשינוי דמוגרפי מהותי.
במשך חלקים גדולים של התקופה, השלטון בפועל בחלקים שונים של הארץ היה בידי מנהיגים בדואים או דרוזים כגון פח'ר אל-דין השני במאה ה-17, ודאהר אל-עומר במאה ה-18. בסוף המאה ה-18 ערך נפוליאון את מסע הכיבוש שלו בארץ ישראל. למסע זה הייתה השפעה ישירה מועטה ביותר על הארץ. היחלשות האימפריה העות'מאנית הביאה במהלך המאה ה-19 גם להתגברות העניין של האימפריות האירופיות במתרחש בארץ ישראל, ולנסיונותיהן להגביר את השפעתן באזור.
היישוב היהודי בתקופה העות'מאנית.
לאחר הכיבוש העות'מאני, התרכז היישוב היהודי בירושלים (בשנת 1553 התגוררו בעיר כ-1,800 יהודים) וכן בערים צפת, טבריה, חברון, עזה (עד למסע נפוליאון ב-1799) ושכם. מעט יהודים התגוררו גם בחלק מכפרי הגליל. לרוב היה היישוב היהודי והנתין היהודי נחות, עד כיבוש הארץ בידי אבראהים פאשא ב-1831. האחרון התייחס באהדה לאוכלוסייה היהודית והנוצרית בארץ. החל ממחצית המאה ה-18 החלו לעלות לארץ, בעיקר מסיבות דתיות ואף משיחיות, קבוצות רבות של עשרות ומאות עולים מאירופה וצפון אפריקה, ביניהן עליית תלמידי הבעש"ט ועליית תלמידי הגר"א, ואלו תרמו לגידולו והתבססותו של כלל היישוב היהודי בארץ ישראל. בראשית המאה ה-19 מנתה האוכלוסייה היהודית בארץ כ-6,000 נפש, כמחצית מהם בירושלים. בשנת 1881 כבר מנה היישוב היהודי למעלה מ-25,000 בני אדם.
ראשית ההתיישבות הציונית, העלייה הראשונה והעלייה השנייה והקמת היישוב החדש, הביאו להתגברות משמעותית של קצב העלייה לארץ ישראל. תום מלחמת העולם הראשונה סימן תקווה עבור היישוב היהודי עם קבלת "הצהרת בלפור" בנובמבר 1917, בה הובטח ליהודים "בית לאומי בארץ ישראל".
המנדט הבריטי (1917 - 1948).
תקופת המנדט הבריטי בהיסטוריה של ארץ ישראל החלה בשנת 1917 ונמשכה עד להקמת מדינת ישראל בשנת 1948. המנדט היה ייפוי כוח שהוענק לבריטניה על ידי חבר הלאומים לשלוט בארץ ישראל, שנכבשה על ידי כוחות האימפריה הבריטית מידי האימפריה העות'מאנית. אחרי מלחמת העולם הראשונה (1914–1918). הייתה ארץ ישראל נתונה במשך שלוש שנים בממשל צבאי בריטי ובאפריל 1920 החליטו בנות הברית, בועידת סן-רמו להעניק את המנדט על ארץ ישראל לבריטניה. במקביל לכינון המנדט הבריטי בארץ ישראל כונן מנדט צרפתי על החלק הצפוני של האזור, בו נוצרו לימים מדינות סוריה ולבנון המודרניות.
המנדט, החל מתוך כוונה מוצהרת להקים בית לאומי ליהודים בארץ ישראל. בשלוש עשורי שנות קיומו נסוגה בריטניה בהדרגה מכוונה זאת. הדבר נגרם כתוצאה מהתעוררות הלאומיות הערבית הפלסטינית שבאה בתגובה לגלי העלייה היהודית, משינויים במדיניות הבריטית, שחלו עקב התהפוכות הפוליטיות השונות בבריטניה במהלך התקופה, ומיחס הפקידים המנדטוריים, שגיבשו גישה קולוניאליסטית כלפי הארץ ותושביה, על אף שארץ ישראל לא הייתה מושבה בריטית, אלא בחזקת פקדון שהופקד בידי בריטניה על ידי חבר הלאומים.
יחד עם זאת הקפידו הבריטים על שמירת מערכת שלטונית מסודרת שכללה חקיקה, מערכת בתי משפט על כל דרגותיה, מערכת מסודרת של מרשם מקרקעין ומשטרה, שהייתה תחת פיקוד בריטי אך שירתו בה גם בני הארץ, יהודים וערבים.
במהלך תקופת המנדט שימשו בתפקיד ראש המינהל המנדטורי - הנציב העליון שבעה אישים. לכל אחד מהם היה יחס שונה לציונות ולסכסוך היהודי - ערבי בארץ. רוב הנציבים העליונים גילו גישה עוינת כלפי העלייה וההתיישבות הציוניות, או לפחות העדיפו את האינטרס השלטוני הבריטי. השיא של התנכרות הממשל הבריטי לציונות ולתנועת ההתיישבות היהודית בארץ ישראל היה בספר הלבן של 1939 שהטיל הגבלות חמורות על העלייה היהודית לארץ ועל רכישת קרקעות על ידי יהודים, ונאכף בחוזקה בזמן השואה שהתחוללה באירופה.
שלוש מתוך חמש העליות היהודיות - ציוניות לארץ ישראל, היו בתקופת המנדט, החל בעלייה השלישית וכלה בעלייה החמישית. במהלך עליות אלה גדל מספר היהודים בארץ מעשרות אלפים אחדים בראשית תקופת המנדט לכ-600,000 איש עם סיום המנדט. נוצרה ישות יהודית טרום-מדינית שקיבלה את הכינוי "היישוב". הארץ יושבה בהדרגה וחל בה פיתוח עצום, נוסדו ערים, מושבים וקיבוצים, נבנתה תעשייה, הוקמו מוסדות חינוך והשכלה, לרבות השכלה גבוהה ועיתונות עברית רבת תפוצה. ליישוב היו ארגונים ומערכת מוסדות מסודרת, שהחשובה ביניהן היו הנהלת הסוכנות היהודית, שהייתה ממשלה בדרך, וההסתדרות הכללית שהייתה כלי ארגוני ופוליטי רב עוצמה.
במהלך תקופת המנדט התחוללו ארבע פעמים מאורעות שהיו התקפות של ערביי ארץ ישראל על היישוב היהודי. הארוכה והמכוננת שביניהן היו מאורעות תרצ"ו - תרצ"ט שקיבלו את הכינוי המרד הערבי הגדול וארכו שלוש שנים. מאחר שהערבים פתחו בהן לא רק בהתקפה על היישוב היהודי אלא גם במרד נגד הבריטים, נוצר שיתוף פעולה צבאי בין היישוב היהודי לבריטים.
במהלך מלחמת העולם השנייה שימשה ארץ ישראל שתחת שלטון המנדט הבריטי כמקום לשהייה ולהתארגנות של מאות אלפי חיילים של הצבא הבריטי ושל כוחות הצבא של האימפריה הבריטית. בארגון וציוד של הבריטים הוקם הפלמ"ח. מארץ ישראל המנדטורית יצאו כוחות אלה למערכה בסוריה ובלבנון ב-1941 לשחררן מידי כוחות צרפת של וישי. היישוב התגייס להתנדבות לצבא הבריטי ועשרות אלפים מצעירי היישוב שירתו בו. לקראת סיום המלחמה הוקמה הבריגדה היהודית.
לאחר סיום מלחמת העולם השנייה, כשנתברר כי בריטניה לא תקיים הבטחותיה להקמת מדינה יהודית בארץ ישראל ונמשכה סגירת שערי הארץ לעליית שארית הפליטה מן השואה, התחולל המאבק של ההגנה וארגוני המחתרת אצ"ל ולח"י נגד השלטון הבריטי והוגברה תנועת ההעפלה, עד שהאירועים הובילו להקמתה בשנת 1946 של ועדת החקירה האנגלו-אמריקאית לענייני ארץ ישראל שהמליצה על סיום המנדט הבריטי ועל חלוקת ארץ ישראל לשתי מדינות יהודית וערבית. העניין הובא להכרעת האומות בפני העצרת הכללית של ארגון האומות המאוחדות. ב-29 בנובמבר 1947 אישרה עצרת האו"ם את תוכנית החלוקה. למחרת החל השלב הראשון של מלחמת העצמאות, כאשר ערביי ארץ ישראל וכוחות בלתי סדירים ממדינות ערב תקפו את היישוב היהודי והתחולל הקרב על הדרכים. ב-14 במאי 1948 עזב הנציב העליון האחרון את ארץ ישראל ובתאריך זה הכריז דוד בן-גוריון על הקמת מדינת ישראל ובא הקץ על המנדט הבריטי בארץ ישראל.
מדינת ישראל (1948 והלאה).
מיד לאחר הכרזת המדינה, החל השלב השני של מלחמת העצמאות, וצבאות מצרים, סוריה, ירדן ועיראק הצטרפו ללחימה לצד ערביי ארץ ישראל. ב-1949, במסגרת הסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות נקבעו קווי שביתת נשק, "הקו הירוק", שהפך למעשה לגבול הזמני של המדינה וכלל את שטחי הגליל והנגב. ירושלים חולקה בין חלקה המערבי בידי ישראל, וצידה המזרחי, כולל העיר העתיקה ובכללה הרובע היהודי, אשר נפל בידי ירדן. במלחמה נהרגו כאחוז מהאוכלוסייה היהודית (כ-6,000 איש). בעיית הפליטים הפכה לציר מרכזי בסכסוך הישראלי-פלסטיני שמלווה אותה עד היום. על התושבים הערביים שנשארו בתוך תחומי המדינה הוטל ממשל צבאי, שבוטל רק ב-1966.