הרגל היבשה המכונה רגל לונדון שהוזכרה לראשונה בשנת 1665 והועברה למוזיאון הבריטי במאה ה-18, הוצגה עד שנת 1840 ליד הציור "הדודו של אדוארד" שצייר סאברי. גם רגל זו נותחה על ידי סטריקלנד ומלוויל ולאחר מכן לא הוצגה עוד. כיוון שהרגל לא כוסתה בשכבת הגנה, יש להניח כי רק עצמותיה השתמרו, אם כי לא ידוע היכן הן.
גולגולת קופנהגן (דגימה מס' ZMUC 90-806) הייתה חלק מהאוסף של הרופא ההולנדי ברנרדוס פלודנוס (Bernardus Paludanus). לאחר מכן עברה בשנת 1651 לטירת גוטורף (Gottorf Castle) בשלזוויג-הולשטיין בגרמניה ומשם נטמעה בשנת 1702 עם חפצים נוספים, באוסף המוזיאון המלכותי הדני. הגולגולת התגלתה שוב בשנת 1840 על ידי אוצר המוזיאון הזואולוגי בקופנהגן, יוהנס תיאודור ריינהרט. כיוון שגולגולת זו קטנה ב-13 סנטימטר מגולגולת אוקספורד, מניחים כי אף היא גולגולת של נקבה.
חלק קדמי של גולגולת (דגימה מס' NMP P6V-004389) ומספר עצמות רגל נמצאים במוזיאון הלאומי של פראג. הממצאים הללו התגלו במוזיאון בשנת 1850. ייתכן כי אלה שרידים של אחד מפוחלצי הדודו שהיו בגן החיות של הקיסר רודולף השני, אולי הפוחלץ ששימש מודל לצייר סאברי או יוריס הופנאחל.
גילוי תתי-מאובנים במאוריציוס.
עד שנת 1860, שרידי הדודו היחידים שהיו מוכרים הם ארבעת השרידים החלקיים שנותרו מן הציפורים הללו שהגיעו לאירופה במהלך המאה ה-17. בשנת 1860 התגלו כנראה לראשונה עצמות דודו על ידי הפיזיקאי והבוטנאי הבריטי פיליפ ברנארד איירס (Philip Burnard Ayres), ששלח אותן לריצ'רד אואן, שהיה באותה עת מנהל המחלקה להיסטוריה של הטבע במוזיאון הבריטי ומומחה לאנטומיה של שלדי בעלי חיים. עצמות אלה התערבבו עם עצמותיו של רודריגז סוליטר שנמצאו במערה בפטיט ריבייר (Petite Rivière), שנשלחו אליו אף הן באותה עת על ידי חוקר הטבע לואי בוטון (Louis Bouton). על פי דיווחים מאוחרים יותר, טען איירס כי אואן אישר שחלק מהעצמות שנשלחו אליו היו שייכות לפחות לדודו אחד.
בשנת 1828 פרסם ג'ון דנקן, אוצר במוזיאון אשמוליאן באוקספורד, סקירה על הדיווחים והראיות שנמצאו עד אותה עת אודות הדודו. הפרסום עורר עניין במאוריציוס, ותרם להקמתה של החברה להיסטוריה של הטבע, ששמה לה למטרה בין השאר להקדיש משאבים למציאת שרידי דודו באי. 32 שנים מאוחר יותר הציע ד"ר פיליפ איירס לג'ורג' קלארק להצטרף אליו ולחפש יחדיו עצמות דודו באתר פורט הנדריק, אך חיפושים אלה לא הניבו תוצאות. קלארק היה אחד מהמורים שהגיעו בשנת 1838 למאוריציוס עם אשתו ועם קבוצה של מיסיונרים, בעקבות החלטה של הממשל הבריטי להקים בתי ספר וכנסיות במאוריציוס, במטרה להנחיל את השפה ואת התרבות הבריטית במקום. הוא ניהל את בית הספר הממשלתי במָאהֶבּוּר (Mahébourg) (עיר קטנה בחוף הדרום מזרחי של האי מאוריציוס), והקדיש את רוב זמנו הפנוי ללימוד היסטוריה של הטבע ולעריכת חיפושים אחר שרידי דודו. כישלונותיו וכישלונות החברה להיסטוריה של הטבע במציאת שרידי דודו, הובילו אותו למסקנה כי הקרקע באתרי החיפוש הייתה כנראה מכוסה בסלעים וולקניים ובחומרים קשים שלא אפשרו לעצמות להיטמע בה. הוא סבר כי בעקבות גשמים כבדים שפקדו את האזור, נשטף כל מה שהיה מונח על הקרקע וזרם לנהרות. לפיכך האמין כי המקומות שבהם ניתן יהיה למצוא עצמות דודו, הם באדמות הסחף הנמצאות בשפכי הנהרות.
במהלך שנת 1860 הונחו קווי הרכבת הראשונים במאוריציוס וקלארק קיווה כי ימצא שרידי עצמות באזור החפירות של המסילות. במהלך החיפושים התוודע למהנדס בריטי צעיר בשם הארי היגינסון שהגיע למאוריציוס בשנת 1862 כדי לעבוד בפרויקט הרכבת. מספר שנים מאוחר יותר תיאר היגינסון ביומנו את הממצאים הראשונים של עצמות דודו שראה בביצת מאר או סונז', באחד מהסיורים שערך באזור:
כיוון שספרו של פרופסור Owen לא יצא לאור לפני חודש אוגוסט 1866, יש להניח כי היגינסון וקלארק השוו את העצמות לאיורים שהודפסו בספרו של סטריקלנד The dodo and its kindred (הדודו וקרובי משפחתו), שיצא לאור בשנת 1848.
לאחר חיפושים עקרים רבים באזור הביצה, החליט קלארק למקד את החיפושים באזור העמוק של הביצה ומצא שם עצם שוק של דודו. בעקבות התגלית, הוא עקר מסה עצומה של עשב צף שכיסה את אזור החיפוש ומצא אוסף גדול של עצמות דודו: כף רגל, שוק, אגן הירכיים, לסת וחוליות של עמוד השדרה.
ביומנו תיאר את הביצה ואת הסיבות לכך שעצמות הדודו הצליחו להשתמר:
עצמות הדודו נשלחו למוזיאונים רבים ברחבי העולם ושמשו בידי האורינתולוגים כחומר גלם לבניית צורת השלד של הדודו. כיוון שהעצמות הללו הוצאו מן הביצה בתפזורת, רבים מהשלדים שנבנו, הורכבו מעצמות של ציפורים שונות. ריצ'רד אוון שזכה לקבל מאות עצמות מקלארק חקר אותן והרצה בכל רחבי בריטניה על מסקנותיו, שעיקרן היה כי הדודו היה עוף מגודל עם כנפיים קטנות ממשפחת היונים, שניזון מפירות. בשנת 1866 פרסם את ספרו "Memoir on the Dodo" (זכרונות על הדודו), המכיל סקירה היסטורית על מה שהיה ידוע על הדודו עד אותה עת ותיאורים של העצמות שהתגלו בביצת מאר או סונז' בשנת 1865.
גילוי עצמות הדודו עמד בצילה של מגפת מלריה שפקדה את מאוריציוס בין השנים 1865–1868, שבה מצאו את מותם 75,000 איש, כחמישית מאוכלוסיית מאוריציוס. רק בשנת 1889 קידמה הממשלה הקולוניאלית של מאוריציוס, מחקר נוסף בביצת מאר או סונז', בראשות תיאודור סאוזייר (Théodore Sauzier), שמצא בין השנים 1891–1892 עצמות דודו נוספות
ומינים של ציפורים אחרות שנכחדו, שתואמים את תיאוריו של קפיטן וילם ואן ווסטסאנן שביקר במאוריציוס בשנת 1602.
בשנת 1904, מצא לואי אטיין טיריו (Louis Etienne Thirioux), חובב טבע מפורט לואיס, שלד שלם של דודו יחיד הכולל את פיקות הברכיים שהשתמרו, במערה במאוריציוס הנמצאת בקרבת הר Le Pouce. הוא תרם אותו למוזיאון דז'ארדן (Desjardin), כיום המוזיאון לתולדות הטבע במאוריציוס, ושם הוא עדיין מוצג.
גילויים במאה ה-21.
באוקטובר 2005 הגיע לביצת מאר או סונז' צוות חוקרים בינלאומי שערך חפירות במקום. הצוות נאלץ להסיר את השכבה הקשה שכיסתה את הביצה, שאותה יצקו הבריטים בתקופת שלטונם במאוריציוס, כדי למנוע התפרצות נוספת של קדחת המלריה. מתחת למעטה נמצאו שרידים רבים הכוללים 17 ציפורי דודו בשלבים שונים של בגרות (אך לא קטינים), ומספר עצמות משלד של דודו יחיד שנשתמרו במצב הטבעי שלהן. הממצאים הללו פורסמו בדצמבר 2005 בנטורליס (Naturalis Biodiversity Center) – המוזיאון הלאומי להיסטוריה של הטבע בליידן, הולנד, המשמש גם כמרכז מחקר ביולוגי. 63% מהמאובנים שנמצאו בביצה היו של צבים שנכחדו מהסוג Cylindraspis ו-7.1% של ציפורי דודו. מניתוח הממצאים, הגיעו החוקרים למסקנה כי המערכת האקולוגית במאוריציוס הגיבה לבצורת קיצונית שהתרחשה לפני 4,200 שנים, שהובילה לתמותה המונית של בעלי חוליות ובהם צבים וציפורי דודו שניסו להגיע למקור מים באזור.
ביוני 2007 התגלה במערה במאוריציוס שלד של דודו, שנחשב כשלד השלם והשמור ביותר שנמצא אי פעם. הדגימה כונתה "פְרֶד" על שם האדם שמצא אותה. בת' שפירא, גנטיקאית מאוניברסיטת אוקספורד, הסבירה כי התנאים ששררו במערה וצורת השימור של הדודו, שעצמותיו לא נחשפו לאור ונשמרו בטמפרטורה יציבה, אפשרו למדענים להפיק DNA בתנאים טובים יותר מבעבר. לדבריה, רוב עצמות הדודו שהוצאו מביצת מאר או סונז' ניזוקו מהחום, מהלחות ומהסביבה החומצית, שהשפיעו לרעה על ממצאי ה-DNA שהופקו משרידי הדודו עד אותה עת. לכן היא סבורה כי זוהי פריצת דרך משמעותית שעשויה לשפוך אור נוסף על התנהגותו של הדודו ומראהו.
בשנת 2011 התגלתה מחדש מגירת עץ ובה עצמות דודו מהתקופה האדוארדית, במוזיאון הזואולוגי גרנט בלונדון, במהלך הכנות למעבר המוזיאון למשכנו החדש ב-Edwardian former medical library. עצמות הדודו אוחסנו עד אז ביחד עם עצמות תנין, עקב טעות בזיהוי. לדברי הגארדיאן, שדיווח על הגילוי, "החיים" שלאחר המוות שפקדו את הדודו במוזיאון, הם טרגיים כמעט כמו הכחדתו במאוריציוס במאה ה-17.
החזרה לטבע.
לאחר הצלחה בריצוף ה-DNA של ציפור הדודו, אחד הרעיונות שהציע צוות המחקר מאוניברסיטת קליפורניה שאחראי לריצוף, הוא שימוש בשיבוט לצורך החזרתה לטבע, זאת תוך שימוש ביונת הניקובר, לה יש את ה-DNA הדומה ביותר לדודו.
הדודו בתרבות המודרנית.
הדודו נחשב לאחד מבעלי החיים הידועים ביותר שנכחדו. הוא תועד בציורים רבים החל מהמאה ה-17, בשל מראהו המיוחד ובשל הנסיבות שהובילו להכחדתו בידי האדם. במהלך השנים הפך לדמות פופולרית בספרות ובתרבות, במיוחד לאחר שהופיע כדמות בספרו של לואיס קרול – הרפתקאות אליס בארץ הפלאות, שיצא לראשונה לאור בשנת 1865, בעת שג'ורג' קלארק החל לפרסם את הדיווחים הראשונים על מאובני הדודו שמצא בביצת מאר או סונז'.
לואיס קרול, ששם לידתו הוא צ'ארלס לוטווידג' דודג'סון, הכניס את דמות הדודו לספרו, בעיקר בגלל שהזדהה עם הדמות ועם שם הציפור המשקף את שמו וגמגומו: "Do-Do-Dodgson" (דו-דו-דודג'סון).
במשך השנים אומץ הביטוי "מת כדודו" ("dead as a dodo") כמטפורה לאובייקט מיושן, או לדבר מה שנכחד, שהפך לנחלת העבר. במילון המקוון של אוניברסיטת קיימברידג', מוגדר הביטוי כ"לא להיות עוד חשוב או פופולרי" ("to not be important or popular any longer").
בשנת 1896, יצא לאור ספר שיריו של הילר בלוק (Hilaire Belloc) "ספר החיות של הילד הרע", שבו מופיע שיר על הדודו:
טרם הכחדתו, זכה הדודו למוניטין של יצור טיפש, גרגרן ושמן, בשל איטיותו, גודל גופו וחוסר הפחד שהפגין כלפי האדם שצד אותו. בשנת 1993 כתב אנדרו קיצ'נר מאמר שכותרתו "עשיית צדק עם הדודו".