בנאומים פומביים השווה ערפאת את הסכמי אוסלו להסכם חודיבייה מספר פעמים (ביוהנסבורג ב-1994 ובקהיר ב-1995),
כמו כן בנאום סטוקהולם ב-1996, אמר לשגרירי מדינות ערב: "[אנחנו מתכננים] לסלק את מדינת ישראל וליסד מדינה פלסטינית טהורה. אנחנו נמאיס את החיים על היהודים בלוחמה פסיכולוגית ובהתפוצצות אוכלוסין. יהודים לא ירצו לחיות בקרבנו, הערבים".
הרצון למנוע את נפילת ממשלת שמעון פרס בבחירות הניע את ערפאת לערוך מבצע מקיף נגד חמאס לאחר פיגועי ההתאבדות במרץ 1996, כולל עריכת ועידה בינלאומית ללוחמה בטרור בשארם א-שייח'. ערפאת חתם על הסכם נסיגת ישראל מרוב חלקי חברון עם בנימין נתניהו, שאף לחץ את ידו. אחר כך, לאחר שיחות ממושכות בארצות הברית, חתם עמו על הסכם ואי.
ביולי 2000 נפגש עם ראש ממשלת ישראל אהוד ברק בקמפ דייוויד, בחסות נשיא ארצות הברית, ביל קלינטון. השיחות עם ברק, שמטרתו השאפתנית הייתה השגת הסדר סופי שיסיים את הסכסוך הישראלי-פלסטיני, עלו על שרטון. בישראל ובארצות הברית התגבשה ההנחה לפיה ערפאת הוא האשם בכישלון, לאור סירובו לוותר על זכות השיבה. אמנם היו כאלה שהטילו את האשמה גם על כתפי ברק, אף שהרחיק לכת בוויתורים שלא הציע שום ראש ממשלה ישראלי לפניו, בהם חלוקת ירושלים. ערפאת השיב תשובה מתחמקת למתווה קלינטון, שכלל ויתורים נוספים מצד ישראל, וגם שיחות שהתקיימו בטאבה בשלהי זמן ממשלת ברק (בעת שהאינתיפאדה השנייה כבר פרצה) לא הולידו פרי של ממש.
גם במשך השנים שעברו מהסכם אוסלו ועד לאינתיפאדה השנייה, שבהן התקיימה בשטחים שלווה יחסית (הופרה בעיקר באירועי מנהרת הכותל ואירועי יום הנכבה 2000), התבטא ערפאת בצורה מתסיסה בפורומים סגורים שונים (ולעיתים נדירות גם בתקשורת הערבית) ודיבר על "ג'יהאד" בדרך לירושלים. בימין עשו שימוש רב באמרות אלו, ובעיקר היה זה בני בגין שהרבה להזכירן ולעקוב אחריהן. בשמאל, לעומת זאת, ייחסו להן חשיבות מועטה.
אישים ישראלים שפגשו את ערפאת סיפרו כי קשה היה לנהל איתו שיחה של ממש בנושאי מדינה. הוא הרבה במחוות לבביות שהביעו קרבה, אך השתמט מניהול שיחה ממוקדת, הרבה לגלוש לאנקדוטות ולזיכרונות ולעיתים שב וחזר על טענות תמוהות. למשל, דבריו כאילו ישראלים עומדים מאחורי חלק מהפיגועים, או גזיר העיתון שנופף בו כדי להראות שישראל מסרבת לקבל פליטים פלסטינים – אך קולטת המוני לא-יהודים מרוסיה. כראש הרשות הפלסטינית, ערפאת נהנה משליטה על רוב התחומים הפלסטיניים ומסמכויות רבות שנבעו ממעמדו המשולש - יו"ר פת"ח, יו"ר אש"ף וראש הרשות הפלסטינית, כאשר סגנו בכל אחד מהגופים היה אדם אחר. לנוכח זאת, הועצם מעמדו של ערפאת בתור מייצגו של העם הפלסטיני, והוא נתפס בעיני רבים בישראל ובקהילה הבינלאומית בתור סמל הן של הבעיה הפלסטינית והן של פתרונה.
האינתיפאדה השנייה.
מעמדו של ערפאת התערער במהלך האינתיפאדה השנייה, במהלכה הופרה תקופה של שקט יחסי, והפלסטינים חזרו לפעול בדרכים אלימות. מנהיגי ישראל האשימו את ערפאת בכך שארגן וליבה את האינתיפאדה, ובכך הפר את הסכם אוסלו (אם כי ראש השב"כ, יובל דיסקין, אמר ב-2009 כי מרואן ברגותי היה ). הם גם האשימו אותו בהסתה של הפלסטינים באמצעות מערכת החינוך ואמצעי התקשורת. בעקבות פיגוע התאבדות קשה במיוחד במלון פארק בנתניה, שבו נרצחו שלושים יהודים, רובם קשישים, במהלך ליל הסדר, פתחה ישראל במבצע חומת מגן במהלכו בוּדָד ערפאת במשכנו במוקטעה ברמאללה. למרות זאת נמנעה ישראל מלגרשו מהארץ, חרף איומים חוזרים ונשנים, ואף החלטה ממשלתית בנידון.
מידת מעורבותו של ערפאת באינתיפאדה אינה ברורה לחלוטין. מוסכם כמעט על הכול שבמהלכה לא פעל להגיע להפסקת אש, למרות שהתחייב לעשות כן עוד בזמן שלטון ממשלת ברק. לא רק זאת, אלא שהוא חתר תחת מאמצי דמויות שלטוניות פלסטיניות אחרות להשליט סדר ושלום. עם זאת, קשה לדעת האם התפרצות האינתיפאדה באה בהשראתו או שהייתה ספונטנית, ולא ברור האם נתן הנחיות ישירות לפיגועים. על פי מקורות מודיעין ישראלים, בתחילת האינתיפאדה תהה באוזני מקורביו "מדוע מתים כל כך מעט ישראלים לעומת פלסטינים רבים?". תהייה זו התפרשה כקריאה לפיגועי התאבדות בישראל. כך גם התפרשו התבטאויות נוספות שלו בשבח השהידיות. המודיעין הישראלי הציג מסמכים רבים (שרובם נתפסו במהלך חומת מגן) בפני ארצות הברית, שמהם עולה שערפאת תמך כספית באנשי טרור ובמשפחותיהם. תקרית ספינת הנשק האיראנית, "קארין איי", שלהגעתה לחופי עזה היו אחראים מקורבי ערפאת, שכנעה סופית את הממשל האמריקני כי אין תועלת במגעים איתו. במהלך האינתיפאדה נעשה ניסיון לקצץ בסמכויותיו, ובעקבות לחץ ישראל וארצות הברית מונה אבו מאזן לראשות ממשלה. כעבור 100 יום התפטר אבו מאזן, משערפאת סירב לסייע לו, והחליפו אחמד קריע, אך גם הוא התקשה לתפקד בשל רצונו של ערפאת להותיר את השליטה בכל עניין בידיו.
מותו.
לקראת סוף אוקטובר 2004 התדרדר מאוד מצבו הבריאותי של ערפאת. ב־29 באוקטובר 2004 הותר לו לצאת לפריז לשם קבלת טיפול רפואי, ומאז הוטל ערפול על מצבו הבריאותי. רעייתו סוהא, שלאורך כל שנות האינתיפאדה שהתה בפריז, שלטה על זרימת האינפורמציה מבית החולים (בסיוע החוק הצרפתי שמקנה את השליטה במידע המופץ לציבור לבני המשפחה הקרובה), ובציבור הפלסטיני והעולמי רווחו שמועות בלבד. הדוברים הפלסטינים ניסו ליצור רושם כאילו מצבו יציב והוא מתלוצץ עם רופאיו.
בקרב הפלסטינים שרר תסכול מאי־הוודאות בנוגע למצבו הבריאותי של ערפאת, אשר אף הועצם בעקבות התפרצות טלוויזיונית פומבית של סוהא ערפאת שהאשימה את בכירי הרשות בניסיון "לקבור את בעלה בעודו בחיים". התפרצות זו התקבלה בכעס בציבור הפלסטיני, שבו הייתה לסוהא פופולריות נמוכה מאוד. יש שהעריכו שמקורה היה בחששה של סוהא שחלוקת הרכוש אחרי מות ערפאת לא תתבצע לשביעות רצונה (לפי אחד הדיווחים, אחר מותו של ערפאת חתמה סוהא הסכם עם הרשות הפלסטינית שלפיו תקבל הקצבה של 22 מיליון דולר בשנה).
אחרי יותר מעשרה ימי אשפוז כבר היה ברור לכל שקרוב מותו של ערפאת. בהכנות להלווייתו הוחל עוד בטרם נמסרה ההודעה הרשמית על מותו ב־11 בנובמבר 2004 לפנות בוקר. למחרת נערך לערפאת טקס אשכבה בהשתתפות רבים ממנהיגי העולם בקהיר ולאחריו נטמן ברמאללה.
הלווייתו של ערפאת אופיינה בחוסר סדר ובפרץ רגשות בלתי נשלט של ההמון הפלסטיני. יריות רבות נורו במהלך הלווייתו, ואפילו דגל אש"ף שהונח על ארונו נקרע על ידי ההמון והוחלף בכאפייה (סמל היכר ידוע של ערפאת). במהלך ההלוויה נפצעו מספר פלסטינים שהשתתפו בטקס. ערפאת נקבר במתחם קבר מפואר, מעין מאוזוליאום שנבנה ליד המוקטעה, ואת בניית הקבר מימנה הרשות הפלסטינית.
רובו של הציבור בישראל התייחס בשלילה לערפאת, בשל מעורבותו בהתקפות מחבלים קטלניות נגד ישראלים לפני ואחרי הסכם אוסלו. עם זאת, היו שהמשיכו להתייחס אליו בחיוב גם לאחר מותו, כמו אורי אבנרי וגדעון לוי.
מנאומיו של ערפאת לאחר הסכם אוסלו ומעדויות עמיתיו עולה שערפאת לא נטש את דרך הלחימה, והוא ראה את הסכמי אוסלו כשלב בחיסולה של ישראל.
סיבות המוות.
גם כחלוף חודשים ארוכים ממותו של ערפאת, לא הובררו סיבות מותו. דו"ח הרופאים הצרפתים הודלף ופורסם בעיתונות בספטמבר 2005, אך עדיין לא היה בו לפתור את התעלומה. הועלו השערות לפיהם ערפאת מת מזיהום, מהרעלה או מאיידס.
בשנת 2007 טען אורי אבנרי שאורי דן שאל את אריאל שרון אם ערפאת מת באופן טבעי. שרון השיב: "עדיף לא לדבר על זה". לדבריו, אורי דן הבין זאת כאישור. בעיתון "הארץ" פורסם כשבועיים לאחר מכן כי ישראל לא חיסלה את ערפאת עקב הבטחה לנשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש. ראש המוסד דני יתום אמר שאין שום בסיס, ולו הקלוש ביותר, להאשמה שישראל אשמה במות ערפאת.
בנובמבר 2012 הוצאו עצמותיו של ערפאת מקברו על מנת לבדוק את סיבת מותו, ובפרט את הטענה הפלסטינית שערפאת הורעל על ידי ישראל. בנובמבר 2013 פורסם הדו"ח ועל פיו נמצאה כמות גבוהה של פולוניום 210 בשרידיו. לעומת זאת, דו"ח שפרסם צוות חוקרים צרפתיים מצא שערפאת מת בנסיבות טבעיות, וכך קבע גם צוות של מומחים רוסיים.
בדצמבר 2012 טען ראש הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס (אבו מאזן) כי מוחמד דחלאן הוא שהרעיל את ערפאת.
הנצחה.
בשנת 2016 נחנך ברמאללה "מוזיאון יאסר ערפאת", ובו תיעוד ופריטים שהיו שייכים לערפאת, מילדותו ועד לשנות חייו האחרונות.
על שמו של ערפאת נקרא נמל התעופה הבינלאומי יאסר ערפאת ברצועת עזה, שפעל כשנתיים ונסגר בשנת 2000, ובית חולים בעיר סלפית.
ביישובים הישראליים ג'ת וסח'נין נקראו רחובות על שמו של ערפאת, אך לאחר סערה ציבורית שונו השמות.
באבו גוש תוכננה הקמת מרכז תרבות לזכרו של ערפאת, במימונו של איש העסקים מוניב אל-מסרי, אך לאחר סערה ציבורית בוטל המיזם.
חייו האישיים.
מעט ידוע על חייו האישיים של ערפאת. במשך עשרות שנים סירב ערפאת להתחתן בטענה שהוא "נשוי למהפכה הפלסטינית". יון מיכאי פצ'פה, אוריאנה פלאצ'י ואחרים טענו שהיה הומוסקסואל. ב-17 ביולי 1990 התחתן עם סוהא טוויל, בת למשפחה פלסטינית נוצרית ידועה, וזו התאסלמה למענו. בחתונתם היה ערפאת בן 61 ואילו סוהא הייתה בת 27. לשניים נולדה ב-24 ביולי 1995 בת בשם זהווה, על שם אמו של ערפאת, שמתה בהיותו בן ארבע. זהווה נולדה בפריז, העיר החביבה על אמה. סוהא ובתה התגוררו בעזה למשך תקופה מסוימת, אך בתחילת 2001 חזרו לפריז.