בשנים 1964–1984 היא עבדה כמורה בבית הספר התיכון ליד האוניברסיטה העברית. בנוסף, בשנים 1972–1973 שימשה כחוקרת ומרצה אורחת במחלקה ללימודי המזרח התיכון ויהדות באוניברסיטת ברנדייס, ובין 1982–1984 שימשה גם כמדריכה במכון ליהדות זמננו ובבית הספר לחינוך באוניברסיטה העברית. בשנים 1982–1983 דליה שהתה כבתר דוקטור באוניברסיטת הרווארד וכעמיתת מחקר באוניברסיטת ברנדייס. ב-1983 התמנתה למרצה באוניברסיטה העברית ובשנת 1989 מונתה למרצה בכירה. ב-1995 התמנתה לפרופסור חבר ובאותה שנה הופקדה על הקתדרה ע"ש מקס וריתה הבר לחקר השואה ויהדות זמננו. בשנת 2000 היא התמנתה לפרופסור מן המניין. בשנים 1988–1989 שהתה כחוקרת אורחת בספריית הקונגרס בוושינגטון, וב-1989 שהתה כחוקרת אורחת באוניברסיטת קולומביה; בשנת 1993 היא שימשה כפרופסור אורח באוניברסיטת מרילנד. ב-1994 שהתה כחוקרת אורחת במכון המחקר הבינלאומי של יד ושם בירושלים. בשנים 1998–1999 שהתה כפרופסור אורח באוניברסיטת ייל. ב-2003 שהתה כחוקרת אורחת במכון המחקר הבינלאומי של יד ושם. ב-2007 הייתה עמיתת קרן רבסון במכון המחקר במוזיאון השואה בוושינגטון, וב-2008 שהתה כפרופסור אורח ללימודי השואה בקולג' ריצ'רד סטוקטון בניו ג'רזי. בשנת 2009 שהתה כפרופ' אורח בבית מנדלבאום באוניברסיטת סידני, אוסטרליה.
עופר מונתה לראש המערכת בסדרת השואה של הוצאת פרגמון בשנים 1991-1988; בין 1994–1996 הייתה חברת הוועד המנהל בבית הספר התיכון ליד האוניברסיטה, ובשנים 1995–2007 עמדה בראש הוועד המנהל של בית הספר. בשנים 1992–1995 שמשה כחברת הנהלה במרכז הבינלאומי לחקר האנטישמיות על שם וידאל ששון, ובין 1995–2002 עמדה בראש המרכז. בשנים 1995–2002 היא הייתה חברת מערכת של כתב העת "בשביל הזיכרון" היוצא לאור מטעם יד ושם ומאז 2007 משמשת כיועצת מדעית של כתב העת. בשנים 1996–2007 הייתה נציגת האוניברסיטה העברית בוועד האקדמי של מכון המחקר הבינלאומי של יד ושם. בין 2001–2002 עמדה בראש הוועדה האקדמית של מרכז מלטון לחינוך יהודי באוניברסיטה העברית. בשנים 2004–2007 עמדה בראש המכון ליהדות זמננו ע"ש אברהם הרמן באוניברסיטה העברית. בין 2004- 2006 עמדה בראש הוועדה ללימודי ההיסטוריה במשרד החינוך. בשנים 2004–2008 שמשה כחברת הוועדה האקדמית של "אלול". מאז 2007 היא חברת הוועד המנהל של מכון שכטר למדעי היהדות. בשנת 2008 פרשה לגמלאות מן האוניברסיטה כפרופסור אמריטה.
היא נשואה לפרופסור גור עופר ואם לארבע בנות.
מחקריה.
מחקריה של דליה עופר עוסקים בעלייה הבלתי לגלית לארץ-ישראל בתקופת השואה, בעלייה הגדולה לישראל, בעיצוב זיכרון השואה בישראל, ובחיי היהודים בגטאות במזרח אירופה.
העלייה לארץ-ישראל.
העלייה הבלתי-ליגאלית.
זהו נושא ספרה הראשון של עופר, "דרך בים: עלייה ב' בתקופת השואה 1939–1944", שראה אור בהוצאת יד יצחק בן-צבי בשנת 1988. הספר הוא עיבוד והרחבה של עבודת הדוקטורט שלה, והוא זכה בפרס בן-צבי לשנת 1992. הגרסה האנגלית יצאה לאור בהוצאת אוניברסיטת אוקספורד בכותרת: "Escaping the Holocaust: Illegal Immigration to the Land of Israel"; מהדורה זו זכתה בפרס 'Jewish Book Award' לשנת 1992.
הספר מתאר את העלייה הבלתי-ליגאלית לארץ-ישראל בתקופת השואה כבעלת אופי דיאלקטי: היא החלה כתנועה סודית של צעירים בהנהגת פעילים של התנועה הרויזיוניסטית וכן של תנועת החלוץ, במתכונת עלייה של קבוצות קטנות וחשאיות - ומזה נהפכה אחר כך לתנועה המונית, באמצעותה ניסו יהודים להימלט מן המשטר הנאצי וממוראות המלחמה באירופה. ערב פרוץ מלחמת העולם השנייה התייחסה מנהיגות היישוב לעלייה ב' כאמצעי פוליטי לשם לחץ על הבריטים לשינוי הגבלות העלייה, כפי שנקבעו ב'ספר הלבן' ממאי 1939. עם פרוץ המלחמה, ונוכח התגברות הקשיים בעלייה - מחד, והרצון לשתף פעולה עם בריטניה במלחמה כנגד היטלר - מאידך, ראתה המנהיגות הציונית בעלייה זו מכשול לשיתוף הפעולה המדיני עם בריטניה. ואולם עם כישלונן של התוכניות האלטרנטיביות להקמת צבא יהודי בשיתוף עם בריטניה, ונוכח הידיעות על ממדי השואה משלהי שנת 1942, הפכה עלייה ב' (והמאמצים למלט יהודים משטחי הכיבוש הנאצי לבלקן, ומשם להעלותם לארץ ישראל) למכשיר ההצלה החשוב של היישוב בא"י, שהושקעו בו משאבים רבים בכסף ובכוח אדם.
העלייה הגדולה לישראל בשנת החמישים.
עופר עסקה בעלייה הגדולה לישראל בשנות החמישים ובקליטתה. בספר שבעריכתה "ותיקים ועולים בעלייה הגדולה", (ירושלים: יד בן צבי, 1996) עמדה על מערכת היחסים המורכבת שהתפתחה בין ותיקים לעולים. במחקריה על מדיניות העלייה הצביעה על מניעיה של מדינת ישראל להרחיב את העלייה בשנותיה הראשונות כביטוי לעמדה ציונית אידאולוגית וכביטוי לצורך הדחוף לפתור את בעיית ניצולי השואה במחנות המעבר בגרמניה ובשאר ארצות אירופה. ואולם מדיניות עידוד העלייה נבעה גם מהרצון להגדלת מספר היהודים במדינה, ומהצורך ליישב שטחים נרחבים שנכבשו במלחמת העצמאות. כן השפיעה גם החרדה בעקבות מלחמת העולם השנייה, שמא עוינות כלפי היהודים עשויה להתפתח לכדי אלימות רצחנית כלפיהם.
השואה בשיח הציבורי במדינת ישראל.
החברה הישראלית וזיכרון השואה.
עופר בדקה את עצוב זיכרון השואה והתפתחותו, בפוליטיקה, בחינוך, בספרות, בפעילויות התרבותיות ובשיח הציבורי. בסקירה רחבה שהתפרסמה בספרו של דייוויד ויימן,
ובמאמרים שכתבה תיארה את התפתחות הזיכרון של השואה ודרכי הנצחתה כתוצאה של דיאלוג מתמיד, משתנה בעוצמתו ובנושאיו בין הישראלים לשואה וכאירוע מכונן ברמות שונות של התודעה הלאומית, האישית והמשפחתית. רק באמצעות מעקב מדוקדק אחר הדיאלוג המתמשך הזה המעוצב בקשר לאירועים פוליטיים חיצוניים ופנימיים, בכללם מלחמות, משפטים של פושעים נאציים, עליות שונות לארץ והתמשכות הסכסוך הישראלי-פלסטיני, ניתן להבין את מקומה של השואה בעיצוב זהותם של הישראלים. מכאן שלדעתה של עופר קיים רובד עמוק של חיפושי דרך והתלבטות ברמות שונות כמה ועד כמה לזכור מן השואה וכיצד להציג את משמעותה בחיי אזרחי ישראל והעם היהודי בכללותו. דברים אלה הבאים לידי ביטוי בשדה התרבות, הספרות, התיאטרון, המוזיקה, המחול, האמנות הפלסטית; בחשיבה הפוליטית והדתית. בצידן קיימות גישות מניפולטיביות של שימוש לרעה בזיכרון השואה מצד גורמי שלטון שונים הבאים לידי ביטוי בדיונים בכנסת, בהתבטאויותיהם של פוליטיקאים מכל גוני הקשת ובפעילויות שונות בשדה החינוך.
חיי היום של היהודים בגטאות מזרח אירופה והיסטוריה חברתית של השואה.
גישתה לחקר השואה.
עופר היא תלמידתם של הפרופ' ישראל גוטמן ויהודה באואר, שראו את היהודים בשואה כנושא למחקר ולא רק כאובייקט בתהליכי קבלת ההחלטות של הרוצחים. היא חקרה את חייהם של היהודים תחת השלטון הנאצי ואסטרטגיות ההישרדות שאמצו בקשר להתפתחויות הפוליטיות, להתקדמות המלחמה ולאידאולוגיה האנטישמית הנאצית. לפי גישה זו, המכונה לא אחת האסכולה הירושלמית, בחינה של תגובות היהודים להתקפה הנאצית אינה נמדדת על פי התוצאה הסופית – חיים או מוות, אלא מתוך מגוון הפעילויות והכוונות של האוכלוסייה היהודית תחת השלטון הנאצי במאמץ לשרוד ולחיות לפי רעיונותיהם והאידיאלים שלהם.
פרשת קלאדובו-שאבאץ: מסע ההעפלה שלא הושלם.
ספר זה כתבה עופר ביחד עם חנה ויינר והוא יצא לאור בהוצאת עם עובד במסגרת ספריית ההעפלה והפרויקט הבין אוניברסיטאי לחקר מערכות ההעפלה 1992, ותורגם לאנגלית ויצא לאור בהוצאת האוניברסיטה של אמריקה בשנת 1996. פרויקט מחקרי זה מחבר בין עיסוקה הראשון של עופר בעלייה ב' לבין עניינה בחיי היום של יהודים בתקופת השואה. הוא מספר על פרשת קלאדובו-שאבאץ, מסע עלייה של 1,200 יהודים מהרייך השלישי לארץ-ישראל ועוקב אחר המכשולים שמנעו את השלמתו המוצלחת של המסע ורציחתם של העולים.
במהלך 18 החודשים בהם הם שהו כפליטים ביוגוסלביה עלה בידם להתכתב עם משפחותיהם, חבריהם, ארגונים יהודים ולבקש עזרה. עופר הצליחה ללקט למעלה מ-1,200 מכתבים ובהם הובע מידע אישי ולעיתים אינטימי. המכתבים מתארים את חייהם של המעפילים באוניות על הדנובה ובמחנות מעבר ביוגוסלביה – בעיירה קלאדובו ובעיר שאבאץ, את דרכי ההתארגנות וגיבוש מנהיגות והניסיון ליצור מסגרות נסבלות במצב הקיום הארעי ובאי ודאות מאיים. הם חושפים רגשות של תקווה וייאוש, בציפייה להשלים בהצלחה את מסע עלייתם לארץ-ישראל. המכתבים חושפים בצורה גלויה ובין השיטין את המתחים והקשיים לקיים חיי שגרה בקרב הקבוצה המגוונת הזו של מהגרים, שהקימה סוג של מסגרת קהילתית תחת נסיבות קשות ומעידים על הצלחות וכשלונות בעיצוב מערכת סולידרית בין קבוצות העולים השונות.
עופר ניסתה להבין את שיגרת הפעילויות היומיומיות אל מול חוסר הוודאות והאיום הנאצי וכיצד הפליטים ניסו לקיים חיים "נורמליים", ובדקה את השינויים שחלו בחייהם של האנשים הן ברמת הפרט והן ברמת הקבוצה. עופר השתמשה בסוגת המיקרו היסטוריה בניסיון להראות את נקודת המבט של האינדיבידואל, הגבר והאישה הפשוטים, בניסיון להוסיף מימד לחקר השואה, שעסק בעיקר בסוגיות כמו התנגדות, הצלה והישרדות וכך לקבל תמונה רחבה יותר של חיי היהודים תחת השלטון הנאצי.