בעקבות זאת עלו לוחמי שייטת 13 על הספינות, והשתלטו עליהן מחוץ למים הטריטוריאליים של ישראל. בחמש מהאוניות ההשתלטות נתקלה בהתנגדות פסיבית והיו בהן מעט נפגעים, אך במהלך ההשתלטות על האונייה הגדולה ביותר, "מאווי מרמרה" (מכונה בקצרה "מרמרה"), התרחש עימות אלים. חלק מהנוסעים תקפו את החיילים באלות, מוטות ברזל, סכינים, ולטענת צה"ל גם רימוני הלם, בקבוקי תבערה, וירי מאקדחים שנחטפו מהחיילים. נוסעים אף חטפו חלק מהחיילים. החיילים פתחו באש לעבר התוקפים, הרגו 9 מנוסעי האונייה ופצעו 20. 10 מחיילי צה"ל נפצעו, בהם שניים שנפצעו קשה. רוב ההרוגים והפצועים זוהו עם ארגון IHH או עם ארגונים אסלאמיים טורקיים.
הפעולה תועדה על ידי כלי תקשורת ישראליים וזרים שנכחו על ספינות המשט. למעט מקרים בודדים, כל החומרים שצולמו על ידי הפעילים על הספינות הוחרמו על ידי צה"ל ולא יצאו לציבור. יחידת דובר צה"ל תיעדה אף היא את ההתרחשויות ופרסמה מספר סרטוני וידאו בעיתונות ובאתר יוטיוב.
הציוד שהיה על הספינות נפרק מהאוניות בנמל אשדוד, אך כאשר צה"ל החל בהעברתו לרצועה סירב החמאס לקבלו.
בשל הפעולה ותוצאותיה החלה סערה תקשורתית בישראל ובעולם, שהעלתה לדיון את הסגר על עזה ופעולות ישראל. בזירה הדיפלומטית ספגה ישראל גינויים ממדינות רבות וכן במועצת הביטחון של האו"ם, ושגריריה זומנו לשיחות או גורשו. בייחוד הורעו היחסים בין ישראל לטורקיה, שרוב נוסעי המשט היו אזרחיה. בעקבות הסערה הציבורית הוקמו כמה ועדות חקירה ישראליות ובינלאומיות לבדיקת אירועי המשט.
ועדת טירקל לבדיקת אירועי המשט, שבין חבריה היו שני משקיפים זרים, קבעה שבעת ההשתלטות על "מרמרה" חיילי השייטת פעלו באופן סביר, ישראל פעלה בהתאם לחוק הבינלאומי, פעילי IHH הם שאשמים באלימות הקשה, והטלת הסגר הימי על רצועת עזה נעשתה בהתאם לדין הבינלאומי ולהנחיות אמנת סן רמו הנוגעות להטלת מצור ימי.
בתחילת 2013, בסיועו של נשיא ארצות הברית ברק אובמה, התנצלה ישראל בפני טורקיה במהלך שיחה טלפונית שניהל ראש הממשלה בנימין נתניהו עם עמיתו הטורקי רג'פ טאיפ ארדואן, בה הוא הבהיר שהתוצאות הטרגיות של המשט לא היו מכוונות, הביע בשם ישראל צער על פגיעה ואובדן חיי אדם, והתנצלות על כל טעות שיכלה להוביל לאובדן חיי אדם. ביוני 2016 הכריזו ישראל וטורקיה על הסכם פיוס ביניהן, במסגרתו תשלם ישראל פיצוי של כ-20 מיליון דולר לנוסעי המרמרה.
רקע.
הסגר על רצועת עזה.
הסגר על רצועת עזה הוטל ביוני 2007 על ידי ישראל ומצרים בתגובה להשתלטות החמאס המוגדר כארגון טרור על רצועת עזה. בעקבות הסגר, מעבר הסחורות במעברים בין הרצועה למצרים וישראל הושם תחת פיקוח הדוק ורק סחורות מאושרות בכמויות מוגדרות הורשו לעבור לרצועה - בעיקר סיוע הומניטרי ובפרט מזון, דלק וציוד רפואי. על הסגר נמתחה ביקורת רבה ברחבי העולם ונטען שאיננו חוקי ושעל אף מעבר האספקה ההומניטרית לרצועה - נוצר בה משבר הומניטרי. ישראל דחתה טענה זאת ואמרה כי המצב בעזה טוב ומתאפשרת העברת סחורות וציוד הומניטרי.
ארגון IHH.
ארגון IHH הטורקי חבר לתנועת Free Gaza ופעילים פרו-פלסטיניים שונים בארגון המשט. אלו אספו מימון והכינו שש אוניות ועליהן ציוד ואספקה והצהירו כי ישוטו עמן לעזה.
ישראל הוציאה בעבר את ארגון IHH אל מחוץ לחוק לאחר שהתברר כי זה מעביר כספים לארגון החמאס. במחקר אירופאי על הארגון נטען כי זה נחשד על ידי טורקיה בקשרים עם כוחות מוסלמים באפגניסטן, בצ'צ'ניה ובבוסניה, ובפשיטה על משרדיו באיסטנבול נמצאו כלי נשק וחומרי חבלה. משרד החוץ של ישראל האשים את הארגון גם בקשרים לאל-קאעידה והג'יהאד העולמי, וגם נציג האיחוד האירופי בארצות הברית למאבק במימון טרור, ז'אן לואי בורגייר, העיר על קשרים בין הארגון לאל-קאעידה ואף קבע כי מדובר בארגון טרור וחלק מרשת טרור עולמית.
מטרות המשט.
על פי עדויות מארגניו ומשתתפיו, למשט היו שלוש מטרות:
בנאום שנשא מנהיג ה-IHH, בולנט ילדרים, כחודשיים לפני המשט הוא תיאר את הסכסוך בין ישראל לחמאס כחלק מ"מתקפה" בה נתונים אסלאמים ברחבי העולם. הוא הציג את מטרת המשט בהסרת המצור מעל עזה ובבידודה של ישראל בעולם, והביא שלושה תרחישים אפשריים לגבי אופן התנהלות המשט. לדבריו, כל צורה בה תגיב ישראל תוביל להצלחת יעדי המשט. "ברגע שאנחנו מתניעים את המשט, אנחנו מנצחים".
בהודעה שפרסם ראש מנהלת התיאום והקישור בעזה ב-26 במאי נאמר, כי זו פעולה פרובוקטיבית. עוד נאמר בהודעה כי קיימת אספקה קבועה של ציוד לרצועת עזה והתושבים שם נמצאים במצב הומניטרי טוב.
כמה חודשים לאחר אירועי המשט אמר בולנט ילדרים כי ראשי המשט כלל לא תכננו להגיע לעזה או להתעמת עם כוחות צה"ל. לדבריו, המשט תוכנן להגיע לנמל אל עריש וממשלות ישראל וארצות הברית אף קיבלו הודעה על כך.
המשט.
על פי התכנון המקורי, במשט היו אמורות להיכלל 9 אוניות ממדינות שונות, בהן יוון, שוודיה ואירלנד. בפועל 3 מהאוניות לא יצאו לדרך, ובכיר צה"ל מסר כי בוצעו בהן "פעולות אפורות". האוניות הראשונות התכנסו בטורקיה ויצאו משם לכיוון קפריסין ב-22 במאי 2010, שם תכננו לפגוש באוניות נוספות ולהפליג אל עבר רצועת עזה. יציאת המשט מטורקיה לוותה במפגן הזדהות בהשתתפות אלפי משתתפים, בה נכחו פוליטיקאים בכירים מטורקיה, השייח' ראאד סלאח ואישים נוספים. על פי המרכז למורשת המודיעין בעצרת נטלו חלק גם אישים המזוהים עם האחים המוסלמים.
במשט השתתפו 679 נוסעים על גבי האוניות, לרבות פעילי שלום וזכויות אדם, עיתונאים, דיפלומטים ופוליטיקאים זרים, בני אזרחויות שונות, כאשר הייצוג הבולט הוא לטורקים. בין נוסעי המשט היו גם מספר ישראלים, בהם חברת הכנסת חנין זועבי מבל"ד והשייח' ראאד סלאח. כמו כן, לטענת דובר צה"ל, בין משתתפי המשט הייתה גם קבוצה של כ-40 שכירי חרב, אשר היו ללא מסמכי זיהוי, מצוידים היטב במסכות אב"כ, אמצעי ראיית לילה ואפודי מגן ובכיסיהם נמצאו סכומי כסף נכבדים. דובר צה"ל אף פרסם כמה סרטונים בהם נראים כמה מנוסעי האונייה מצהירים על רצונם למות כשהידים וחלקם אף נפרדו מבני משפחותיהם. בסרטונים נוספים נראים פעילים המשמיעים קריאות קרב ושירים בגנות היהודים ונערכים לקראת העימות עם חיילי צה"ל. על פי דיווחים עיתונאים אלו היו הנוסעים אשר תקפו את החיילים. חלק מהאוניות נשאו עמן מטען של ציוד לרצועת עזה, לרבות ציוד רפואי (חלקו פג תוקפו), בגדים, וציוד בנייה., שלוש מהאוניות לא נשאו כלל מטען הומניטרי או ציוד בנייה.
המשט תוכנן לעבור דרך קפריסין, אך ממשלת קפריסין סירבה לאפשר לאוניות המשט להיכנס לתחומה, ולכן נאלצו האוניות לעגון בנמל גזימאוסה בשטח המדינה העצמאית דה פקטו קפריסין הטורקית. לאחר מספר ימים המשיכו האוניות בדרכן אל עבר הרצועה. על פי עדויות של כמה ממשתתפי המשט, בשל העובדה כי בעזה אין נמל מים עמוקים או תשתית מתאימה לפריקה של סחורות מספינות גדולות, תכננו מארגני המשט להוריד את המטען בעזרת סירות קטנות, או באמצעות מנוף של אחת מהספינות.
מבצע רוחות שמיים 7.
בלילה שבין 30 ל-31 במאי 2010 עם התקדמות המשט אל עבר נמל עזה, בעודו במים בינלאומיים כ-190 ק"מ צפון מערבית לעזה, צה"ל הוציא לפועל את "מבצע רוחות שמיים 7" להשתלטות על האוניות והבאתן לישראל.
כוחות חיל הים התקרבו אל אוניות המשט ופקדו עליהן לעצור ולא להפר את הסגר, ובמקום זאת לפנות לנמל אשדוד, שם הציוד ייפרק, ייבדק ויועבר לרצועת עזה דרך מעברי הגבול היבשתיים - תחת פיקוח אנשי המשט. ההצעה נענתה בשלילה ובקריאות גנאי מצד ספינות המשט.
חיל הים הזהיר כי אם לא ייענו להוראות - כוחות חיל הים יאלצו להשתלט על הספינות. בתגובה הווידה עראף, ממארגנות המשט, השיבה באריכות: "חיל הים הישראלי, זהו משט החירות. אנו שישה כלי שיט ממונעים המכילים נוסעים ומטען הומניטרי בלבד שיעדם רצועת עזה. אנו לא נושאים דבר שמהווה איום על כוחותיכם החמושים. לפיכך, אין הצדקה לכל שימוש בכוח מצדכם כלפינו. המצור על עזה הוא בלתי-חוקי תחת החוק הבינלאומי. יש לנו אישור מרשויות הנמל של עזה להיכנס. אנו חוזרים, איננו מהווים איום לכוחותיכם החמושים. אין הצדקה ל... [קטוע]... איום מצדכם כלפי אזרחים לא-חמושים." בהמשך נשמעו רעש ותשדורות אחרות, ולאחר זמן מה נשמעו קולות אשר לא הזדהו ואמרו: "שתקו, חזרו לאושוויץ" ו"אנחנו עוזרים לערבים שהולכים נגד ארצות הברית, אל תשכחו את 11 בספטמבר, חבר'ה." צה"ל טען כי מקור הקריאות הוא בספינות המשט. בעקבות הכחשות מצד משתתפי המשט וטענות לעריכת ההקלטה המקורית פרסם צה"ל את ההקלטה המלאה והלא ערוכה. למרות זאת, נשמעו עדיין טענות לזיוף.
בעקבות זאת יצאו לוחמי שייטת 13 ומספר לוחמי יחידת "קורל" של משמר הגבול לאוניות במטרה להשתלט עליהן ולנתבן לכיוון נמל אשדוד.
ההשתלטות על ה"מרמרה".
ההשתלטות על 5 אוניות מתוך ה-6 שהשתתפו במשט בוצעה ללא אירועים מיוחדים, אך במהלך ההשתלטות על האונייה "מרמרה" - האונייה הגדולה במשט - התרחש עימות אלים, ובמסגרתו לדברי צה"ל נורתה גם אש חיה לעבר החיילים.
על פי עדויות שפורסמו על ידי צה"ל, חלק מנוסעי האונייה "מרמרה" התכוננו והתארגנו מבעוד מועד להשתלטות הכוחות על הספינה ולעימות פיזי עם החיילים, הביאו עמם ציוד והכינו כלי נשק מאולתרים (כגון אלות, מוטות ובקבוקים שבורים) לתקוף בהם את החיילים.