בשנת 1980 הציג גרשוני מיצב גדול במוזיאון תל אביב לאמנות שכונה "בדם ליבי". המיצב כלל 150 צלחות חרסינה לבנות שהוכתמו בכתמי צבע אדומים. גרשוני המשיך את הכיוון האמנותי הזה במיצב "" שהוצג בביתן הישראלי בביאנלה לאמנות בוונציה. בשנה זו ביצע גרשוני פעולות של איטום סדקים בחלל הביתן בצבע אדום עז והוסיף פריטים הקשורים לביוגרפיה שלו. פעולת האטימה בעבודה התפרשה, בעיני גרשוני, כסימן וכנוכחות מהדהדת של עול אשר אינה יכולה להיעלם. בהמשך אף הציג גרשוני את העבודה "כמו סצנה של רצח". אמנון ברזל, אוצר התערוכה, תיאר את העבודה כתיאור טרנסצנדנטי המנגיד בין פעולת הטבע לבין פעולת האדם. אולם ציטוט של דברי גרשוני על העבודה יכול להאיר אותה כזעקה אירונית אל מול עוולות העולם: "אני מכנה את הפרויקט שלי בשם תיאטרון", כתב גרשוני, "משום שהספק שיצירת אמנות, או צבע אדום, מסוגלים להעיד על החיים עצמם או להגיב עליהם במידה מספקת [...] הצעקה של היחיד היא הצידוק היחיד לחברה, ויצירות אמנות הן ההצדקה היחידה לקיום בתוך אי-הצדק והמלחמות". עבודות אלו הציגו מגוון של דימויים חדשים וכן התפתחות איקונוגרפית בולטת ביצירתו של גרשוני. מלבד זה, הן חסרו את האופי המינימליסטי של יצירתו.
בסיומו של העשור חווה גרשוני תקופה של דיכאון ומשבר זהות עמוק. אישית סימנה תקופה זו גם את גילוי נטייתו המינית של גרשוני כהומוסקסואל. בשנת 1981, לאחר כמה התנסויות מיניות עם גברים, עזב גרשוני את בית המשפחה ועבר מרעננה לדירה ולסטודיו ברחוב יוסף הנשיא בתל אביב-יפו. כמו כן הוא פגש אז את יצחק, בן זוגו עד מחצית שנות התשעים.
"חיילים בקברט", 1980–1982.
בתחילת שנות ה-80 של המאה ה-20 זנח גרשוני את הפיסול ה"פוסט-מינימליסטי" ואת הגישה המושגית לטובת יצירה של סדרה של ציורים. עידוד להמשך יצירתם קיבל גרשוני במסגרת טיפול פסיכולוגי שעבר בתקופה זו. בציוריו הראשונים מאותה עת הופיעו כתמי צבע מעוגלים בצבע אדום או סגלגל בוהק, מטושטשי גבולות, המצוירים בצבעי זכוכית על נייר מבריק. לצד הכתמים, הופיעו כתובות קצרות כגון "מה שלומך חייל". לאחר עבודות ראשוניות אלו, מציגה סדרה זו של עבודות שכלול גדל והולך של הקומפוזיציה הציורית. בעבודות כגון "הי חיילים" (1980), מופיע דימוי מופשט בצבע צהוב ואפור מלוכלך, המוכתם בכתמי צבע אדום בוהק, והמרחף מעל משטח הנייר המבריק, הדוחה את הצבע. בעבודה "ואיה השה לעולה" (1980) כבר הופכים כתמי הצבע לדימוי סכמטי של חיה, והנתונה בתוך מסגרת של כתמי צבע אדום-אש.
עד שנת 1981 הופיעו בציוריו דימויים ברורים יותר, בעלי איקונוגרפיה ספציפית. בין הדימויים דמויות גבריות בהם הודגשו סממנים מיניים "נשיים", כגון שפתיים מודגשות. דימויים נוספים היו דגלים, בעיקר בצבע צהוב וירוק ומדורה עם אבוקת עשן. האיקונוגרפיה של דימוי זה קשורה אל עקדת יצחק ואל הקרבת החיים הטקסית שבו. ציון השם המפורש "יצחק" בכמה עבודות איננו משמש רק כסימן לדמותו של יצחק, כי אם גם לציון דמויות מן הביוגרפיה הפרטית של גרשוני כגון יצחק, מאהבו של גרשוני באותה עת, או של הפסל יצחק דנציגר, ששימש מעין "אב רוחני" בעיניו.
הציורים נעשו תוך שימוש באצבעות למריחת הצבע, כשהוא כורע על הרצפה מעל הציור. בעבודות רבות החלו להופיע ציטוטים משירים ישראליים ופסוקי שירה מן התנ"ך, שגרשוני העיד ששר לעצמו בזמן היצירה. פיתוחו של סגנון ציור זה הושפע מסגנון ה"ציור הרע" (Bad painting) שהתפתח באמנות האירופית והאמריקנית בשנים אלו.
תערוכה ראשונה של ציורים אלו התקיימה בגלריה גבעון בתל אביב ונקראה "היי, חייל". בין העבודות נכללו ציורים כגון "חייל! חייל!" (1981) או "" (1981). בדצמבר 1981 הופיע בגיליון השלישי של כתב העת לאמנות "קו" מאמרה של שרה ברייטברג-סמל "משה גרשוני – חיילים בקברט", שדן בקבוצת העבודות החדשה של גרשוני. מקום מרכזי במאמר הוקדש לציור "אני חייל" (1981), שהוצג בתערוכה. ברייטברג-סמל טענה כי יצירתו של גרשוני עסוקה באופן ישיר באופן שבו היא נתפשת בעיני הצופה. מן הצד האחד העבודות מכילות טקסטים בעלי ממד "וידויי" כגון "אני חייל" או "אני וינסנט", מן הצד השני העבודה הדגישה את המלאכותיות שבייצוג האמנותי בעזרת שימוש בצבעים מבריקים ובנייר שהצבע איננו נספג בו. עבור ברייטברג-סמל השינוי באופי הטקסטים בעבודותיו של גרשוני – מציון טקסטים קאנונים של "ארץ ישראל היפה, הסוציאליסטית", ל"פסוקים המהללים את נשגבות הבריאה בצד פסוקי אבלות שעניינם מוות" – היוו סמל להתמוטטות של "השקפת עולם אחת, מיליטנטית ומוצקה, ובמקומה באה ראיה מורכבת, פתוחה וחסרת פתרון, של שאלות קיומיות, מלווה בכיסופים מיסטיים".
בגיליון הרביעי של כתב-העת "קו" (נובמבר 1982) הופיע על הכריכה רפרודוקציה של ציורו "יצחק, יצחק, ברחמים גדולים אהבתיך!" (1982). בגוף הגיליון הופיע טקסט קצר של גרשוני הדן ביחס אל ה"מקום" וחיזק את פרשנותה של ברייטברג-סמל. "אני יהודי!" כתב גרשוני, "כן, עם כל המיסטיקה שנשמעת מזה. אני ישראלי כי אני יהודי. אחרת אין לי צורך להיות דווקא כאן". בהמשך הטקסט תיאר גרשוני את פעולתו כאמן כ"חייל בודד" במערכה על דמותה של החברה הישראלית.
מאמרה של ברייטברג-סמל קבע את הפרשנות הרווחת ליצירתו של גרשוני בשנות השמונים. פרשנות זו אמנם הדגישה את הגופניות והחושניות שבאופן הציור, אולם מאבקו של גרשוני כ"חייל" נתפש במונחים של לאומיות. במידה מסוימת הוצנע האספקט ההומוסקסואלי שביצירותיו. "בשנות השמונים אפילו לצייר חייל עם עגיל היה בלתי נתפס", טען גרשוני בראיון מאוחר, אולם יש לזכור כי הצנעת הממד ההומוסקסואלי נבעה גם מבקשתו של גרשוני עצמו, שהעדיף כי העיתונות לא תפרסם במפורש את יציאתו מן הארון בגלל ההשלכות על משפחתו.
"יום אביב יבוא ורקפות תפרחנה", 1982–1989.
בשנים 1982–1983 החל גרשוני ביצירת סדרת עבודות המכילות דימויים של פרח הרקפת. הרקפת, על פי גרשוני, מהווה מוטיב לאומי המופיע בשירי ילדים עבריים. מקור איקונוגרפי נוסף היה שירו של חיים גורי "באב אל-ואד" (1948). בציור "יצחק הקטן, לאן אתה הולך?" (1982), לדוגמה, בצידו השמאלי של הציור מופיע שרבוט בצבע כהה, המאזכר עלי כותרת, ולצדו מערכת מסועפת של קווים, בעפרון ובצבע, היוצרים מעין דימויים של שרפה ושל סימן שאלה. בעבודות משנת 1983 כבר מזוהות הרקפות כדימוי ברור אף בשמם של הציורים וסקלת הצבעים הופכת לכהה יותר. בנוסף, החל גרשוני לשלב בעבודות סממנים של זרות וגלות – "יצחק" הופך ל"יצחק'לה" וכן מופיעים דימויים של צלבי קרס. בשנת 1984 יצר גרשוני את סדרת הציורים "ח"י רקפות", שהוצגה בתערוכה בגלריה גבעון בשנת 1984. הסדרה הכילה 18 ציורים, שכל אחד מהם עשוי משני גיליונות נייר המחוברים בפס של סרט דביק לגודל של 140x200 ס"מ. בנוסף לדימוי של עלי-כותרת ועלי רקפות, היוצרים סבך צפוף העולה כלפי מעלה, מופיעים בציורים גם ציטוטים משירו של חיים גורי ופסוקים מ: "הסולח לכל עווניכי / הרופא לכל תחלואיכי: הגואל משחת חייכי / המעטריכי חסד ורחמים". טקסטים אלו מסודרים בשולי הציורים, כמעין מסגרת.
יגאל צלמונה תיאר את מוטיב הרקפות אצל גרשוני כדימוי תחליפי לחייל. כמשלבת חושניות ביחד עם אזכור לשכול לאומי. הרקפות, טען צלמונה, "מאונשות לעיתים: עליהן מזכירים צורות גוף, אברי מין ועכוזים. התנוחות שלהן חגיגיות או רפויות, הן לעיתים קמולות, לעיתים מצויות בפריחה מפוארת – השלכה של מצבי-נפש אנושיים".
במקביל לציוריו האקספרסיביים החל גרשוני ביצירתם של הדפסים רבים שנוצרו ב"סדנת ההדפס ירושלים". בין עבודותיו במדיום זה בולטות סדרת התצריב "קדיש" (1984), שעבודותיה מכילות את מילות תפילת הקדיש היהודי, ההדפס "אבינו מלכנו" (1984), סדרת הדפסים "י"ג תחריטים לשירי חיים נחמן ביאליק". משנת (1986) ועוד.
בשנת 1986 נערכה במוזיאון ישראל תערוכה גדולה מציוריו של גרשוני באצירתו של צלמונה. התערוכה – "מקרה בני האדם ומקרה הבהמה..." – הציגה את סדרת עבודותיו העיקריות של גרשוני מאז עבר למדיום הציור. בקטלוג התערוכה הציג איתמר לוי פרשנות איקונוגרפית ליצירותיו של גרשוני, וקישר את הדימויים אל יצירות אמנות מתולדות האמנות המערבית. המפגש בין אלו לבין גרשוני "היהודי" יוצרת מרחב בו סדרי העולם הישנים התערערו ו"הפנייה אל הנשגב נכתבת במיצי הגוף ובמדרך הגפיים". גם צלמונה ציין במאמרו בקטלוג את הפן האירוטי שבעבודות והציג אותו כסמן של חיפוש זהות עצמית.
סדרת הציורים "במראה ובחידות" (1986), שהוצגה לראשונה בתערוכה במוזיאון ישראל, הציגה אף היא את השאיפה אל הנשגב. לבד מן הטקסט מופיעים בציורים אלמנטים אסכטולוגים אשר היו אופייניים ליצירתו של גרשוני בתקופה זו כגון כוכבים, פנטגרם, סימני שאלה ועוד. אלמנט איקונוגרפי מעניין המופיע בחלק מציורי הסדרה היא הספרה 8. השימוש בדימוי זה, אשר הופיע קודם לכן ביצירתו של אריה ארוך כייצוג של האינסוף, מופיע ביצירה כביטוי לשאיפה לנשגב ולאהבה אלוהית, בתוך מסגרת כאוטית ו"ארצית".
בסוף שנות השמונים חזר גרשוני ויצר עבודות העושות שימוש בכלי חרסינה ישנים. עבודות אלו, כ"הנני", "צדק לפניו יהלך" או "ואיפה כל היהודים?", כולן משנת 1988, הכילו דימויים טקסטואליים השואבים מן המקורות היהודיים. גרשוני עימת אותם עם דימויים גרפיים כגון כוכבים או מגני דוד, צלבי קרס וטביעות אצבעות.
קדיש, 1989–1999.
זרים.
בשנת 1990 נערכה במוזיאון תל אביב תערוכת יחיד גדולה לגרשוני בשם "עבודות 1987–1990", באוצרתו של איתמר לוי. התערוכה הציגה דימויים חדשים שנוספו לאיקונוגרפיה של גרשוני ובהם זרי פרחים.