לאחר כיבוש פרספוליס, שינה אלכסנדר את כיוון תנועתו ופנה צפונה לעבר הים הכספי כדי לעקוף את המדבר, והמשיך את התקדמותו ללב האימפריה הפרסית. אקבטנה, הבירה העתיקה של הממלכה האחמנידית נפלה לפניו. אלכסנדר השתהה מעט באזור וארגן פעם נוספת מחדש את צבאו. הפעם עסקו הרפורמות בהקטנת הצבא. רבים מהחיילים שירתו עוד מתחילת המערכה שהתחילה כארבע שנים לפני כן וביקשו לחזור לביתם. רבים שוחררו משירות בכבוד וקיבלו רשות לחזור לביתם תוך כדי תשלום שכרם ופרסים כספיים על שירותם. בין המשוחררים היו פרשים תסלים ובעלי ברית יווניים. עם זאת, חלק ניכר מהחיילים בחרו להמשיך לשרת בצבאו. היתר חזרו ליוון.
בינתיים המשיך דריווש השלישי במנוסתו. הוא נדרש לוותר על כיסאו לטובתו של בסוס, אחד מקרובי משפחתו שפיקד על האגף השמאלי בקרב גאוגמלה. משסירב דריווש, הוא נבגד בידי קציניו שפגעו בו אנושות. אלכסנדר הצליח להשיגו כשכבר היה על ערש דווי. לאחר שאלכסנדר לכד את בסוס, הוא הורה להמיתו בגין "מרידה במלכות". לאחר שהבוגדים הומתו, נכרתו אפיהם ואוזניהם, על פי המנהג הפרסי.
בניגוד ליוונים רבים אחרים, לא הפלה אלכסנדר בין עמים על רקע גזעי או אתני, ולא רק שלא הרחיק מפניו את הפרסים, כפי שדרשו היוונים, אלא אף קירב אותם. הוא חילק לפרסים משרות בכירות, כמו ניהול של פרובינציות פרסיות, ואף קיבלם כחיילים שווי זכויות לצבאו. כל יחידות הצבא היו פתוחות בפניהם, ורבים מהם השתלבו בחילות המובחרים כמו ההטיירוי. הוא אף תמך בנישואי אציליו עם בנות האצילים המקומיים, וברבות הזמן לקח לעצמו את בתו של דריווש לאישה, שהייתה לאחת מארבע נשותיו.
מסעות מלחמה באסיה התיכונה.
אלכסנדר לא הסתפק בשטחים שכבש, אלא חפץ להגיע לגבולות האויקומנה, "הארץ הנושבת" בפי היוונים. הוא המשיך במסעו מזרחה, לתוככי אסיה. הוא התקדם לאזור חופי הים הכספי וכבש את באקטריה (צפון - מזרח אפגניסטן של היום) ואת סוגדיאנה (כיום באוזבקיסטן - קזחסטן - טורקמניסטן). באזורים אלו לא היה שלטון מרכזי שניתן להביסו בקרב בודד ולכן דרש הכיבוש זמן רב יותר. בשלב זה התחיל אלכסנדר לדרוש את מחוות ההשתחוות הפרסית המסורתית, הפרוסקינסיס מנתיניו היוונים והמוקדונים. אלה הסתייגו ממנהג זה בהיותו מנהג זר וגרוע מכך, ראו בו משום סגידה לאדם חי.
פני השטח ההרריים ומיקומם של חלק מהערים על ראשי צוקים, הקשו על אלכסנדר. אף על פי כן הוא הצליח להשליט את מרותו על המקומיים, ושלטונו הגיע עד להודו, וגם במקומות שבהם לא הייתה אחיזה פרסית קודמת. כיבושיו של אלכסנדר באזורים אלו ארכו ארבע שנים, עד לשנת 327 לפנה"ס. במהלך הלחימה הוא נישא לרוקסנה, בתו של שליט מקומי, נישואיו היו בעלי אופי פוליטי. מנישואים אלו נולד בנו ויורשו החוקי אלכסנדר הרביעי.
יאקסארטס.
באביב 329 לפנה"ס הגיע צבאו של אלכסנדר הגדול לסוגדיאנה. הייתה זו פרובינציית ספר חשובה באימפריה הפרסית, אשר שימשה כמגן לפנים האימפריה מהשבטים הסקיתיים הנודדים. העיר הראשית באזור זה הייתה מרקנדה (סמרקנד המודרנית), אשר נכבשה על ידי אלכסנדר הגדול ללא מאמץ גדול.
אחד העימותים הגדולים הראשונים באזור פרץ בעת הגעתו של אלכסנדר הגדול לקירופוליס. העיר נוסדה על ידי כורש הגדול על גדות נהר יאקסארטס (סיר דריה המודרני). יאקסארטס הוא נהר ענק באורך של למעלה מ-2,000 ק"מ ועובר דרך שטח הידוע כיום בשם עמק פרגנה. נהר זה שימש כגבול טבעי בין האימפריה הפרסית והשבטים הסקיתים. הגבול בוצר לא רק על ידי הנהר, אלא גם על ידי שורת ערים בצורות, שהגדולה ביניהן הייתה קירופולופיס.
עם התפוררות האימפריה הפרסית כתוצאה מפלישתו של אלכסנדר התמוטט הגבול והסקיתים השתלטו על האזור, כולל על העיר קירופוליס. בעת המסע לעבר קירופוליס, נקלע צבאו של אלכסנדר למארב והוא נפצע מחץ ברגלו ששבר את עצם השוקית שלו. העיר לא נכנעה ואלכסנדר החליט להטיל עליה מצור שסופו היה כיבוש העיר בהסתערות.
מעשי קשר נגד אלכסנדר.
בינתיים החלה להצטבר מרירות באריסטוקרטיה המוקדונית שליוותה את אלכסנדר במסעו. האריסטוקרטיה לא ראתה בעין יפה את יחסו המתון של אלכסנדר כלפי הפרסים ובני מיעוטים אחרים, "ברברים", בפי היוונים. בנוסף, המנהגים המזרחיים כלפי השליט, שכללו השתחוות ארצה לפני מוקדון והסגידה לו כאל, גרמו להתמרמרות של המוקדונים והיוונים, שהתנהגות זו הייתה זרה להם.
הקשר הראשון נגד אלכסנדר הוא הקשר של דימנוס, אציל זוטר ששירת בחיל ההטיירוי (פרשים כבדים בצבאו של אלכסנדר הגדול). נטען שדימנוס זמם לרצוח את אלכסנדר. התוכנית נודעה כביכול לפילוטאס. פילוטאס היה גנרל בכיר בצבאו של אלכסנדר ופיקד על כל חיל ההטיירוי. היה מצופה מפילוטאס שיעביר את הדיווח לאלכסנדר או יפעל בעצמו נגד הקושרים, אך הוא לא עשה דבר. פילוטאס היה מהמתנגדים הקולניים ביותר לשילוב פרסים בצבאו של אלכסנדר וגם התנגד לאלהתו של אלכסנדר במצרים. עם זאת, לא סביר להניח שפילוטאס תכנן לרצוח את אלכסנדר בעצמו וסביר יותר להניח שגנרלים אחרים העלילו על פילוטאס על מנת לרשת את מקומו.
אלכסנדר לא הביע תמיכה בגנרל ונתן לדברים לזרום בצורתם הטבעית, מה שהביא לכך שהגנרלים המתחרים, שתמכו בעונש מוות לפילוטאס נתנו את הטון. בסופו של דבר, הוצא פילוטאס להורג לאחר משפט פומבי, כשאלכסנדר בכבודו ובעצמו דורש את עונש המוות. אלכסנדר הורה לרצוח את אביו של פילוטאס, פרמניון, על מנת להתחסן מנקמה אפשרית מצדו. שליח נשלח לפגוש את פרמניון באקבטנה, שם שמר על אוצר המלך, ורצח אותו בהוראת אלכסנדר.
חשיפת הקשר לא שמה קץ לביקורת הנוקבת מצידה של האריסטוקרטיה, והמתיחות בינה לבין אלכסנדר גברה. לכך נוסף מקרה חמור שאירע באחד המשתאות בשנת 328 לפנה"ס. אלכסנדר, שהשתכר במשתה, נגרר לוויכוח עם חברו הטוב, קליטוס השחור. קליטוס היה מפקד האגמה הרכובה של רעי המלך, פלוגת שומרי ראשו של אלכסנדר, והציל את חייו בקרב גרניקוס. אלכסנדר, שדעתו הייתה מעורפלת משכרותו, תפס כידון ובפרץ זעם הטיל אותו לעבר קליטוס הלא חמוש, והרגו. מזועזע מהמעשה הסתגר אלכסנדר באוהלו וסירב לצאת במשך מספר ימים. בסופו של דבר, על מנת לטהר את שמו, החליט להאשים את דיוניסוס, אל היין, שרצה להתנקם בו על הצלחותיו הצבאיות.
הקרע בין המוקדונים והיוונים לבין מלכם, גבר כאשר דרש אלכסנדר שגם הם ישתחוו לו בדומה למנהג בעמי המזרח, דרישה שנדחתה בתוקף על ידי ההלנים, התנגדות שבראשה עמד קרוב משפחתו של אריסטו, הפילוסוף קליסתנס וידידו של אלכסנדר. אלכסנדר אולץ לוותר על דרישתו, אך החל לרחוש איבה לקליסתנס.
כעבור שנה התגלה קשר נוסף של האצולה נגד אלכסנדר, הפעם מצד נערי המלך שסופחו למטהו. הקשר נודע בשם "קשר נערי המלך". הקשר התגלה הודות להלשנה מצידו של אחד הנערים. כל הקושרים הוצאו להורג ויחד איתם הפילוסוף קליסתנס, על אף שלא נטל חלק בקשר.
הודו וחזרה לבבל.
מסע הכיבושים והחזרה.
בשנת 327 לפנה"ס הגיע אלכסנדר הגדול למעבר ח'ייבר המחבר בין אפגניסטן לפקיסטן ומשמש נתיב עיקרי שבו עברו הפולשים מאסיה המרכזית להודו. הוא שלח את עיקר הצבא דרך המעבר, אך הוא עצמו בחר להטיל מצור על סלע אאורנוס (Aornos), ככל הנראה פיר סאראי (Pīr Sarāi) במזרח אפגניסטן המודרנית שבו התבצר שותפו של בסוס, ברסנטס (Barsaentes). סלע זה התפרסם במיתולוגיה היוונית בכך שאפילו הרקלס בכבודו ובעצמו נכשל בניסיון הכיבוש של המקום. אלכסנדר לא יכול היה שלא לנסות את מזלו היכן שנכשל גיבור זה. הסלע היה תלול מאוד והגישה אליו הייתה כמעט בלתי אפשרית. אלכסנדר הצליח להפתיע את היריב בתמרון טקטי מבריק, אך הלחימה התבררה כקשה במיוחד. בסופו של דבר נסוגו המגינים וכך כבש אלכסנדר את הסלע הזה.
בהודו נתקל אלכסנדר באחד מאמצעי הלחימה החזקים של התקופה, פיל המלחמה. הודו הייתה אוסף של ממלכות מפוצלות, שנלחמו ביניהן והיו חסרות שלטון מרכזי. הממלכה הראשונה שבה נתקל נכנעה לו ללא קרב, אך שליט הממלכה הבאה, פורוס, יצא לקראתו לקרב באזור נהר הידספס (כיום הנהר ג'לום). בקרב הידספס ניצח אלכסנדר את פורוס והתקדם פנימה אל תוך תת-היבשת ההודית. אף על פי שנהג להעניש את אלה שהעזו להתנגד לו, הפעם בחר אלכסנדר שלא להעניש את פורוס והותיר אותו בשלטון.
לאחר הניצחון בקרב, התקרב אלכסנדר לגבולות אימפריית נאנדה אך חייליו שנרתעו מצבאה המאוחד והגדול, תשושים מעשר שנות לחימה, סירבו להתקדם לפנים הארץ. כדי לשמור על כבודו של אלכסנדר הועלה קורבן לאלים והכוהן פירש את האותות כמבשרי רעות. אלכסנדר ציית לאות מן האלים ופקד לחזור ולא להמשיך לפנים תת-היבשת ההודית. במקום לחזור על עקבותיו, פנה דרומה לאורך הגנגס והנהרות הגדולים של הודו. חלק מהצבא הועמס על ספינות עם המטען הכבד והחלק האחר, בעיקר הכוחות הניידים יותר של הצבא, המשיך להתקדם לאורך הגדות.
בדרך נתקל אלכסנדר באדמותיהם של המאלים. במצור על עיר המאלים (כיום מולטאן) נפצע אלכסנדר קשה מחץ שחדר את שריונו וקרע את ריאתו אך טיפול רפואי מסור הציל את חייו מפצע שבימיו היה יכול בקלות להסתיים במוות. לאחר הניצחון המשיך דרומה לאורך האקסינס לעבר האוקיינוס ההודי. בהמשך המסע, כשהגיע למפגש של האקסינס והאינדוס יסד את אלכסנדריה על האינדוס. בשלב זה פיצל את צבאו ושלח חלק גדול עם קרטרוס בחזרה לבבל.