באותה תקופה תנועת הבונים החופשיים שיחקה תפקיד חשוב במאבק הפוליטי של תושבי פיליפינים. ב-1 בינואר 1895 אגינלדו עצמו הצטרף ללשכת הבונים החופשיים פילאר מס. 203 באימוס, קאביטה. מאוחר יותר הוא הכריז כי "המהפכה המוצלחת משנת 1896 קיבלה השראה מהבונים החופשיים, הונהגה על ידי הבונים החופשיים ובוצעה על ידי הבונים החופשיים. ואני מעז לומר שהרפובליקה הפיליפינית הראשונה שנשיאה היה עבדכם הנאמן, היה הישג שאנחנו חבים במידה רבה לבונים החופשיים ולתנועתם".
המהפכה הפיליפינית בהנהגת חברי קאטיפונאן פרצה בשבוע האחרון של אוגוסט 1896 בסן חואן דל מונטה (בימינו חלק מהמטרופולין מנילה). עם זאת אגינלדו ומורדים נוספים מקאביטה סירבו בהתחלה להצטרף למתקפה בטענה שאין להם נשק. בנסיבות אלה נחל אנדרס בוניפסיו תבוסה ונסוג למלחמת גרילה. אגינלדו, שהיה, להבדיל מבוניפסיו, פחות כריזמטי אך נהנה מכישורים צבאיים מצוינים, הצליח יחד עם מרעיו מקאביטה, לגרש את הספרדים מרוב האזור שלהם, בקרבות פנים אל פנים. בידי הספרדים נשאר רק חצי האי קוויט בלבד.
ב-17 בפברואר 1897 בקרב על גשר זפוטה (Zapote) בקביטה, בראש קבוצת קאטיפונרוס ניצח אגינלדו כוח ספרדי בפיקודו של הגנרל קמילו דה פולאווייחה. מחוז קביטה היה לעריסת המהפכה.
האספה בטחרוס והוצאתו להורג של בוניפסיו.
הסכסוך בין שני הפלגים של הארגון קאטיפונאן, "מאגדאלו" ו"מאגדיוואנג" הוביל להתערבותו של בוניפסיו במחוז קביטה. המורדים בקביטה הציעו להקים ממשלה מהפכנית שתחליף את קאטיפונאן. אז בוניפסיו, שבעיניו ה"קאטפונאן" עצמו היווה כבר סוג של ממשל, הסכים לכך וכינס אספה גדולה בטחורס בקביטה, ב-22 במרץ 1897. הוכרזה שם הרפובליקה של פיליפינים ואגינלדו נבחר לנשיאה. בוניפסיו נבחר לכהן כמעין שר פנים. אולם כשדניאל טירונה העמיד את סמכויותיו של בוניפסיו בסימן שאלה, הוא זעם והצהיר שהוא מפזר את האספה ומבטל את כל החלטותיה.
בוניפסיו סירב להכיר בממשלה המהפכנית בראשות אגינלדו וניסה להחזיר לעצמו את מעמדו כמנהיג, תוך הטחת האשמות בגידה נגד אגינלדו והוצאת הוראות שסתרו את אלה של אגינלדו ואנשיו. משום כך אגינלדו הורה על מעצרם של בוניפסיו ואחיו ואחרי משפט דמה שנמשך יום אחד, הם נידונו למוות. בהתחלה אגינלדו היסס וביטל את עונש המוות אך בסופו של דבר, ב-10 במאי 1897 אנדרס ופרוקופיו בוניפסיו הוצאו להורג על ההר בונטיס, במאראגונדון (קביטה), על ידי כיתת יורים.
ביאק-נה-באטו והגלות.
ביום שבו הוצאו האחים בוניפסיו להורג יצא הצבא הספרדי למתקפה ואילץ את כוחות המורדים ואגינלדו בראשם לבצע נסיגה כללית. אגינלדו הגיע לביאק-נה-באטו בסן מיגל, מחוז בולאקאן, וקבע שם את מפקדתו. המקום נמצא בימינו בפארק הלאומי ביאק-נה-באטו, במה שנקרא "מערת אגינלדו". בסוף אוקטובר 1897 כינס אגינלדו אספת מפקדים בביאק נה באטו והיא הצביעה על הקמת רפובליקה חוקתית. את החוקה חיברו לפי דגם קובני איסבלו ארטאצ'ו ופליקס פרר. בהתאם לחוקה עמדה לקום מועצה עליונה שכללה נשיא, סגן נשיא, שר המלחמה ושר אוצר. גם הפעם אגינלדו התמנה לנשיא.
החל משנת 1897 המושל הכללי הספרדי של פיליפינים, פרננדו פרימו דה ריברה, עודד נכבדים פיליפינים ליצור מגעים עם אגינלדו על מנת לפתור את הסכסוכים. ב-9 באוגוסט 1897 עורך הדין פדרו פאטרנו ממנילה נפגש עם אגינלדו בביאק-נה-באטו והציג בפניו הצעת שלום המבוססת על רפורמות וחנינה. בחודשים הבאים המשיך פאטרנו לערוך מסעות דילוגים ולתווך בין ריברה ואגינלדו. ב-14 בדצמבר וב-16 בדצמבר 1897 אגינלדו חתם על מה שיוודע כ"הסכם ביאק נה באטו". לפי הסכם זה, החליט אגינלדו לשים קץ לעימות הצבאי ולפזר את ממשלתו תמורת הבטחות לרפורמות, חנינה ופיצויים בשווי 800,000 דולרים מקסיקנים. המסמכים נחתמו ב-14 בדצמבר - 15 בדצמבר 1897. אגינלדו יחד עם קצינים שלו יצאו מרצונם לגלות הונג קונג. מחצית הסכום שהובטח לו הופקדה בחשבונו בבנקים בהונג קונג.
בגלות ארגן אגינלדו מחדש את ממשלתו המהפכנית בשם "חונטת הונג קונג" אחר כך הרחיב אותה למה שהוא כינה "המועצה העליונה של האומה".
שובו לפיליפינים והכרזת העצמאות של פיליפינים.
ב-25 באפריל 1898 פרצה מלחמת ארצות הברית–ספרד. בעוד שהמלחמה התמקדה בעיקר בקובה, הפלגה האסייתית של חיל הים האמריקאי התמקמה בהונג קונג ובפיקודו של קומודור ג'ורג' דיואי הפליגה לפיליפינים, שהייתה אז אחת משתי המושבות של ספרד באוקיינוס השקט (השנייה הייתה גואם). בקרב מפרץ מנילה ב-1 במאי 1898 נכנסה הפלגה האמריקאית לקרב עם "הפלגה הפציפית" של חיל הים הספרדי, הרסה אותה והתכוננה להטיל מצור ימי על מנילה. כעבור ימים אחדים ב-26 במאי 1898 גייס דיואי את אגינלדו למאבק נגד הספרדים ודאג להסיע אותו מהונג קונג לפיליפינים.
ב-24 במאי 1898 הכריז אגינלדו בקוויטה כי מינה את עצמו מפקד של כל הכוחות הפיליפינים והקים ממשל דיקטטורי בראשותו. ב-12 ביוני 1898 הוא הכריז על עצמאות פיליפינים כלפי ספרד וב-18 ביוני הוציא צו שבו הודיע על הקמת ממשלו הדיקטטורי. ב-23 ביוני הודיע בצו על החלפת ממשלו הדיקטטורי בממשלה מהפכנית.
בספטמבר אותה שנה גם אספה מהפכנית אשרה את הכרזת העצמאות.
חוקת מאלולוס. הנשיא הפיליפיני הראשון.
הרפובליקה הפיליפינים הראשונה המורדת קמה עם אימוץ החוקה במאלולוס (מחוז בולקן) ב-21 בינואר 1899 ונמשכה עד נפילתו של אגינלדו בשבי האמריקאי ב-23 במרץ 1901 בפאלאנאן, איזבלה. טקס השבעתו של הנשיא בן ה-29, התקיים בכנסיית באראסואין במאלולוס. בימי כהונתו מינה אגינלדו שני ראשי ממשלה - אפולינריו מאביני ופדרו פטרנו. אולם לרוב ניהל אגינלדו את ענייני המדינה באמצעות צווים.
מלחמת ארצות הברית בפיליפינים.
ב-12 באוגוסט 1898 כוחות אמריקאים כבשו את מנילה בעקבות קרב מנילה וב-14 באוגוסט 1898 השכינו בה ממשל צבאי אמריקאי בראשות הגנרל מייג'ור טסלי מריט, שהתמנה למושל צבאי. תנאי ההסכם שנחתם ב-10 בדצמבר 1898 בפריז בין ארצות הברית ולספרד כללו ויתורה של ספרד על פיליפינים, גואם ועל פוארטו ריקו לטובת ארצות הברית.
בלילה של 4 בפברואר 1899 זקיף אמריקאי ירה למוות תושב פיליפיני. התקרית היוותה טריגר למלחמת ארצות הברית בפיליפינים ולקרב מנילה השני בין צבא ארצות הברית ולכוחות פיליפינים. כוח האש של האמריקאים הכריע ודחף את לוחמים המקומיים מחוץ להעיר הבירה. במהלך המערכה נאלצה ממשלת אגינלדו לעקור ממקום למקום. אגינלדו ניסה להמשיך בהתנגדות לכיבוש האמריקאי ונסוג בחודש נובמבר 1899 אל צפון לוזון כשהאמריקאים בעקבותיו. משם ניהלו לוחמיו מלחמת גרילה ממושכת.
ב-23 במרץ 1901 תוך כדי מבצע שאורגן על ידי הגנרל האמריקאי פרדריק פונסטון, נשבה אגינלדו על ידי חיילים אמריקאים במפקדה החשאית שלו בפאלאנאן, איזבלה. בשבי ב-19 באפריל 1901. שוכנע על ידי הגנרל ארתור מקארתור להישבע אמונים לארצות הברית, הצהרה שסימלה את קץ הרפובליקה הפיליפינית הראשונה, ולהכיר בחסות ארצות הברית על ארצו. קיבל קצבה מהשלטונות האמריקאיים ופרש מן החיים הפוליטיים.
אחרי כניעתו של אגינלדו, מפקדים פיליפינים אחדים ניסו להמשיך במאבק. ב-30 ביולי 1901 פרסם הגנרל מיגל מלוואר מנשר שבו נאמר "קדימה, מבלי להביט אחורה, ... כל מלחמות העצמאות הועמדו (בעבר) במבחנים נוראים!". לבסוף גם מלוואר נאלץ ב-16 באפריל 1902 להיכנע בפני החיילים האמריקאים בליפה, בטנגס. המלחמה הסתיימה רשמית עם הכרזה חד צדדית של נשיא ארצות הברית תאודור רוזוולט על חנינה כללית בפיליפינים ב-4 ביולי 1902.
השלטון האמריקאי בפיליפינים.
בתקופת השלטון האמריקאי תמך אגינלדו בקבוצות שדרשו הענקת עצמאות מידית וסייע לווטרנים של המאבק הלאומי. הוא ארגן את "איגוד הווטרנים של המהפכה" שפעל למען הבטחת קצבאות לחבריו ולמעו הסדרים שאיפשרו להם לקנות אדמות מן הממשלה הקולוניאלית.
החוק בנוגע להתמרדות משנת 1907 אסר על הנפת הדגל הפיליפיני. ב-30 באוקטובר 1919 הוא בוטל ובעקבות זאת הפך אגינלדו את ביתו למוזיאון של הדגל, של המהפכה ושל הכרזת העצמאות. בית זה העומד על תילו עד ימינו כ"מזבח של אגינלדו".
אגינלדו עזב את החיים הציבוריים לשנים רבות. בשנת 1935 כשהוחלט על הקמת "חבר העמים הפיליפינים" (Commonwealth of the Philippines] כשלב לקראת העצמאות, הוא רץ לנשיאות אך הפסיד הפסד מובהק מול יריבו, מנואל ל. קזון. בעד קזון הצביעו 67.99% מהבוחרים, בעוד שאגינלדו השיג רק 17.54%. השניים התפייסו בשנת 1941 כש הנשיא קזון העביר את חג הדגל ל-12 ביוני, שהוא יום הכרזת העצמאות מ-1898.
מלחמת העולם השנייה.
בימי הכיבוש היפני בפיליפינים בעת מלחמת העולם השנייה אגינלדו שיתף פעולה עם היפנים באמצעות נאומים, מאמרים ופניות ברדיו בתמיכתם, כולל קריאה ברדיו לגנרל דאגלס מקארתור שנמצא אז במפקדתו בקורחידור להיכנע כדי "לחסוך בחיים התמימים של הנוער הפיליפיני".
ביוני 1944 התמנה על ידי שלטון הבובות תחת הכיבוש היפני למנהל "הקורופורציה הלאומית לחלוקה" NADISCO שהייתה אחראית לקיצוב המצרכים לאוכלוסייה.
אחרי שהפיליפינים נכבשו בחזרה על ידי כוחות משותפים אמריקאים ופיליפינים, אגינלדו נעצר יחד עם פעילים אחרים שהואשמו בשיתוף פעולה עם יפן, ונכלא למשך מספר חדשים בבית הסוהר ביליביד. שוחרר מן הכלא בעקבות חנינה על ידי הנשיא מנואל רוחאס. במשפטו נפסק כי שידוריו ושיתוף הפועלה של אגינלדו נעשו בהשפעת איומים - לרבות איומים ברציחת כל משפחתו, והוא זוכה.
אגינלדו היה בן 77 כשנחתם הסכם מנילה משנת 1946,שהתבסס, בין השאר, על המסמך טיידינגס-מקדאפי משנת 1934 ושדרכו הכירו ארצות הברית בעצמאות פיליפינים.
במדינה העצמאית.