במחקרים החדשים של העשורים האחרונים, הולכת ונקבעת דעה אחרת. בשלהי הבית השני לא הייתה בישראל יהדות הומוגנית אלא צורות יהדות שונות שחיו בצוותא, בחברה מעורבת של כיתות וזרמים. בתוך כלל זרמים יהודיים אלו ניתן למצוא גם קבוצה מסוימת של יהודים המאמינים במשיחיותו של רבם, הלא הוא ישו. לאחר המרד וחורבן הבית השני, החלה הפרדה הדרגתית בתוך זרמים אלו. הפרדה זו לא הייתה מהירה אלא נמשכה מאות שנים. במשך מאות שנים אלו, רוב זרמי היהדות התחברו יחדיו לזרם שהפך, לבסוף, ליהדות הרבנית. הזרם היהודי של מאמיני ישו החל פונה לכוון שונה אך עדיין הכנסייה ובית הכנסת היו אחיות, השפיעו אחת על השנייה וההפרדה המלאה חלה רק במאה ה-4 עם ועידת ניקיאה, הפיכת הנצרות לדת הרשמית בקיסרות הרומית ועם פרסום כתביו של אוגוסטינוס בסוף אותה מאה. במחקרים אלו, פאולוס כבר לא מתקבל כמייסד דת חדשה אלא כיהודי בלידתו ובמותו, אשר ניסה לבצע רפורמה משמעותית ביהדות.
גם משמעות המושג "יהודים-נוצרים" השתנה במחקר של העשורים האחרונים. עד אז, החוקרים חילקו את המאמינים בישו לשתי קבוצות:
הקבוצה הראשונה כונתה "יהודים-נוצרים". בשלב מאוחר יותר, אבות הכנסייה התייחסו אליה כאחת מקבוצות המינים ונלחמו בה בכל כוחם. הקבוצה השנייה היא זאת שממנה צמחה הנצרות ה"אמיתית". המחקרים המודרניים שוללים חלוקה זו. לדעתם, גם הנצרות הנוכרית, הפאולינית, כללה יהודים שהמשיכו לשמר את המצוות או חלקן, נוכרים שקיבלו את האמונה בישו אך ביחד עמה גם מנהגים יהודיים וחלק מהמצוות ונוכרים שקיבלו רק את האמונה בישו אך חיו בקהילות מעורבות עם שאר סוגי המאמינים. על כן, בתקופה הנדונה, אין לדבר על "יהודים-נוצרים" ו"נוצרים" כשתי קהילות נפרדות אלא כקהילה אחת המאמינה בישו המשיח אך רוב מרכיביה מושפעים עדיין, במידה זו או אחרת, מהיהדות.
הסיפור הנוצרי הראשוני.
המייחד את הנוצרים הראשונים מהיהודים או הפגאנים שסביבם, היא האמונה בישו כמשיח שהוצא להורג, קם לתחיה ועלה השמימה. האמונה הזאת, היא האמונה הבסיסית והמכוננת של הנצרות.
המושג "משיח" היה קיים גם לפני ישו. לדעת רוב החוקרים, מקורו של מושג זה הוא יהודי, ארץ ישראלי. הוא הפך למושג היסוד באמונה הנוצרית הקדומה, עד כדי כך ששמו של המשיח שונה מישוע בן יוסף לישו המשיח (Christus) והמאמינים הפכו ל"משיחיים" ברוב השפות.
משמעות המושג "משיח" אינה אחידה ועברה שינויים במשך הדורות. במובנו הראשוני המשיח הוא אדם שממונה לתפקיד מנהיגותי. התפקיד יכול להיות חילוני - כמו משיחת אדם למלוכה, דתי - כמו משיחת אדם לכהונה או רוחני כמו משיחתו (הרוחנית) של אדם לנבואה. בהדרגה, המושג השתנה והפך למשיח עתידי שיופיע בעתיד הרחוק וימלא את תפקידו המיועד. עם הזמן, עתיד זה הלך והתרחק ונוצר מושג חדש של משיח, משיח שיופיע בקץ הימים, לאחר סוף ההיסטוריה האנושית, אחרי האפוקליפסה. משיח זה של אחרית הימים יהיה בעל שלושת התפקידים - מלך (בן דוד), כהן (בן אהרון) ונביא.
ניתן לראות את תחילתו של ישו כמשיח בהטבלתו בירדן על ידי יוחנן המטביל. יוחנן קרא ליהודים לבוא לטבול בירדן כדי להטהר מחטאיהם ולהיות מוכנים למשיח ולגאולה שיגיעו בקרוב. ישו נטבל על ידי יוחנן ולאחר הטבילה ראה את השמיים נפתחים מעליו, ראה את רוח הקודש בצורת יונה צחורה ושמע את קול האל האומר לו "אתה בני אהובי, בך חפצתי" (מרקוס, א' 11). באירוע זה רואים את המשיחה הרוחנית ההופכת את ישו לנביא (הכוונה במילה "בני" היא כנראה "הנבחר" או "המועדף שלי"). את המשיחה המלכותית מקבל ישו בלידתו בבית לחם, עירו של דוד המלך ובשושלת היוחסין שלו המגיעה עד לדוד המלך. את הצד הכהני במשיחיותו מספקת אמו, מרים, קרובת משפחתו של יוחנן המטביל, בנו של כהן.
חמוש בשלושת תפקידים אלו, ישו הארצי מתגבר על השטן במדבר, מבצע נסים, מחייה מתים ומפרש את דברי התורה ודברי הנביאים שקדמו לו.
אך כאן אירע המשבר החמור של קהילת המאמינים הראשונים. ישו המשיח אינו מביא גאולה לעמו ולמאמיניו, אינו מחדש את מלכות ישראל ואינו בונה בית מקדש חדש (כפי שהבטיח). לעומת זאת, הוא מוצא להורג ומת מוות נורא על הצלב. הקהילה הנוצרית הייתה חייבת להתגבר על משבר מתסכל זה כדי להמשיך ולהתקיים. הפתרון נמצא במטמורפוזה בה ישו הופך (בדרשות השליחים, בייחוד פטרוס ופאולוס) ממשיח ארצי ל"בן האדם". "בן האדם" (מושג שישו לקח מחזיונו של הנביא דניאל) הוא ישו המשיח החדש, משיח שמת על הצלב, הוקם לתחייה על ידי אלוהים, עלה השמימה ושם יושב לימינו של האל. בעתיד הוא יחזור, רכוב על "ענני שמים" וייסד את מלכות האלוהים של אחרית הימים. מכאן שהגאולה כבר לא תהיה מיידית, בידי משיח ארצי, אלא בעתיד מעורפל, בידי משיח שמימי. עיכוב מתסכל זה בגאולה מתורץ על ידי השליחים בזה שנחוץ זמן כדי להכשיר את לבותיהם של האנשים, לפני שהגאולה המשיחית תבוא.
השינוי הבא במהותו של ישו מופיע בדרשותיו של פאולוס השליח. דרשות אלו נועדו ברובן למאמינים מחוץ לארץ ישראל, אנשים שנושא המשיח היה פחות מוכר וחשוב להם. בדרשותיו נוצר הנדבך הנוסף של הנצרות הקדומה - הכפרה. נדבך זה נוצר עקב השאלה המתסכלת של המאמינים היא שאלת סיבת מותו של ישו. פאולוס החל מעלה את היסוד האמוני שמותו של ישו נועד לכפר על החטא הקדמון המוטבע בבני האדם מימי בראשית ובכך, לאפשר את גאולתם בעתיד, לאחר שהם יטהרו לבם מחטאיהם הנוכחיים.
עקרונות אלו הוו את יסוד האמונה הנוצרית בתחילתה, האמונה לה הטיפו השליחים ותלמידיהם.
תקופת השליחים וראשית הכנסייה העולמית.
תקופת השליחים, המכונה גם "התקופה האפוסטולית", מתוארת בספר מעשי השליחים המיוחס לסופר ולרופא לוקאס, כותב הבשורה על שמו. בתחילת הספר, ישו מתגלה לשליחים, לאחר מותו, ואחר כך עולה השמימה. השליחים חוזרים לירושלים, רוח הקודש יורדת עליהם והם יכולים לבצע נסים, להתנבא ולהפיץ את בשורת ישו בכל הלשונות. ההנהגה היהודית הצדוקית בירושלים, אינה מקבלת בעין יפה את דרשותיהם של השליחים ופטרוס בראשם, ומתחילה לרדוף אותם. בהתחלה, הקהילה הקטנה של השליחים ותלמידיהם מנתה בסך הכל כ-120 אנשים (מעשי השליחים א' 15). הם חיו חיי שיתוף וחלוקת נכסים. אך גם בקהילה זו, שגדלה בהדרגה, הופיעו חילוקי דעות. הוויכוח הגדול הראשון היה בין שני מרכיבים של קהילה זו, המרכיב ה"עברי" (כנראה השליחים המקוריים ותלמידיהם, ילידי ארץ ישראל) ו"ההלניסטים" או "דוברי היוונית" (כנראה מאמיני ישו מחוץ לארץ ישראל שעלו לרגל אליה ונשארו בה). נושא הוויכוח היה האם הקהילה צריכה לעסוק רק בענייני קודש (כדעת "העבריים") או גם לדאוג לעניינים החומריים של הקהילה (כדעת "דוברי היוונית"). כתוצאה מהוויכוח מתמנים בעלי התפקידים הראשונים בקהילה (כנסייה, Ecclesia) הנוצרית, אלו הם שבעת השמשים (דיאקונים ביוונית). כל השבעה הם בני תפוצות מחוץ לארץ ישראל. דבר זה הוא בעל חשיבות רבה ביותר משלוש בחינות:
בראש ההנהגה החדשה הזאת עומד הדיאקון סטפנוס. הוא נעצר על ידי הסנהדרין באשמת נשיאת דברים נגד בית המקדש ונגד משה. בעומדו בפני הסנהדרין, נושא סטפנוס נאום בו הוא תוקף את היהודים על בגידתם בתורת משה בעבר ובישו המשיח בהווה. עקב כך הוא מוצא אל מחוץ לעיר ונסקל באבנים עד מותו. על כן, נחשב סטפנוס לנוצרי הראשון שמת על קידוש האמונה ("עד אמונה", מרטיר) ומכונה בשם פרוטומרטיר כלומר, המרטיר הראשון. הוא גם מסמל את המשך ההתנתקות של הנוצרים מהיהדות - מנהיג נוכרי, נרדף ומוצא להורג על ידי היהודים שבגדו בישו ובבשורתו. מכאן שהיהודים אינם ראוים יותר לבשורתו של ישו ויש להעביר בשורה זו מעם ישראל לאומות העולם.
אך המנהיג הראשי של המאמינים הראשונים, הוא המנהיג שישו מינה בעצמו כיורשו, הלא הוא פטרוס, השליח שקיבל מידו של ישו את מפתחות מלכות השמיים. במשך כל ההיסטוריה של הנצרות, פטרוס נחשב כמנהיג הפלג הארץ ישראלי או ה"עברי" של הנוצרים החדשים, זה שדורש להמשיך לשמור על המצוות ולהפיץ את הבשורה רק בקרב היהודים. אך עד מהרה קם המנהיג החדש והדומיננטי, פאולוס ותופס את מקומו. הברית החדשה אינה מתארת את תולדותיו של פטרוס לאחר מכן. לפי כתבים נוצריים חיצוניים (שלא נכללו בברית החדשה), פטרוס מגיע לבסוף לרומא ומייסד שם קהילת מאמינים שהוא עומד בראשה. על כן הוא נחשב גם לאפיפיור הראשון. לפי האגדה הוא נאסר ומוצא להורג ברומא ויורשו הוא לינוס, האפיפיור השני. אין שום הוכחה על הגעתו של פטרוס לרומא ויש הסבורים שמדובר באגדה של קהילת נוצרים רומאית קדומה שרצתה להראות שמוצאה ומוצא האפיפיורים היא מהשליחים עצמם.
לאחר מותו בסקילה של סטפנוס, התפזרו הדיאקונים ואנשיהם ה"הלניסטים" ברחבי הקהילות שבמזרח ים התיכון, הפכו למנהיגי הקהילות הנוצריות שהחלו להיווצר במרחב זה והיו הצעד הראשון ביסוד ההירארכיה הכנסייתית הנוצרית.
על פי הסיפור המובא ב"מעשי השליחים", היה זה בעיר אנטיוכיה שתלמידי ישו כינו עצמם לראשונה "משיחיים" ("כריסטיאנים", ביוונית: Χριστιανοί).
השליח פאולוס.