מרכז המידע להגנה על פרטיות אלקטרונית (EPIC) ביקר את החוק כבלתי חוקתי, במיוחד כאשר "התקשורת הפרטית של אזרחים שומרי חוק עלולה להיות מיורטת באופן אקראי" ואילו קרן החזית האלקטרונית קבעה כי הסטנדרט הנמוך יותר ליישום האזנות סתר "נותן ל-FBI 'צ'ק פתוח' להפר את הפרטיות התקשורת של אין-ספור אמריקנים חפים מפשע". אחרים, לעומת זאת, לא רואים כמדאיגה את החקיקה ביחס להאזנות סתר נודדות. פרופסור דייוויד ד. קול ממרכז החוק של אוניברסיטת ג'ורג'טאון, מבקר של רבות מההוראות בחוק, מצא שלמרות העלות של פגיעה בפרטיות, אלו הם צעדים הגיוניים בעוד פול רוזנצווייג, עמית בכיר למחקר משפטי במרכז ללימודי חוק ומשפט של Heritage Foundation טוען כי האזנות סתר נודדות הן רק תגובה לטכנולוגיית התקשורת המשתנה במהירות, אשר אינה קבועה בהכרח למיקום או מתקן ספציפי.
חוק הפטריוט מאפשר גם גישה למשיבון באמצעות צו חיפוש, ללא צורך להזדקק לכותרת השלישית של wiretap order. פרופסור אורין קֶר מבית הספר למשפטים של אוניברסיטת ג'ורג' וושינגטון סבור כי חוק הפרטיות בתקשורת אלקטרונית (Electronic Communications Privacy Act) "מאמץ כלל די מוזר על מנת להסדיר תא קולי המאוחסן אצל ספקי שירות" מפני ש"תחת חוק הפרטיות בתקשורת אלקטרונית, אם הממשל ידע שיש עותק אחד של הודעה פרטית שטרם נפתחה בחדר השינה של האדם ועותק נוסף על תא קולי המאוחסן הרחק, היה זה בלתי חוקי עבור ה-FBI פשוט להשיג את התא הקולי. החוק למעשה מאלץ את המשטרה לפלוש לבית עם רובה דרך חדרי השינה של בני אדם, כדי לא להטריד את התא הקולי הפרטי יותר". לדעתו של פרופסור קר, לתיקון זה היה היגיון מועט ביותר והתיקון שנעשה על ידי חוק הפטריוט היה סביר והגיוני.
הרחבת תחום השיפוט של בית המשפט בחוק הפטריוט, כך שיתאפשר שירות כלל ארצי של צווי חיפוש, הוכחה כבעייתית על ידי קרן החזית האלקטרונית. בקרן מאמינים כי סוכנויות יוכלו לבצע "שופינג" בקרב שופטים שהראו הטיה חזקה לטובת רשויות אכיפת החוק בכל הקשור לצווי חיפוש, וישתמשו אך ורק בשופטים שהכי פחות סביר שיסרבו להוצאת הצו, גם אם הצו לא מספק את הדרישות המחמירות של התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית, וכי הוא מפחית את הסבירות שספקי שירותי אינטרנט קטנים או חברות טלפון ינסו להגן על הפרטיות של הלקוחות שלהן על ידי אִתגור הצו בבית משפט תחת ההנמקה ש"לא סביר שלספק שירותי אינטרנט קטן מסן פרנסיסקו שקיבל צו כזה יהיו המשאבים להופיע בפני בית המשפט בניו יורק שהנפיק אותו". הקרן מאמינה כי זהו מצב גרוע, שכן רק ספק התקשורת יוכל לערער על הצו שכן רק הוא יידע על כך - צווים רבים מוּצאים במעמד צד אחד, כלומר היעד של הצו אינו נוכח בעת הוצאת הצו.
במשך זמן מה, חוק הפטריוט התיר לסוכנים לבצע חיפושי "sneak and peek". המבקרים, כמו ה-ACLU (האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיותׂ) ו-EPIC (מרכז המידע להגנה על פרטיות אלקטרונית) מתחו ביקורת חריפה על כך בשל ההפרה של התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית, כשהאיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות מרחיק לכת עד כדי שחרור פרסומת המגנה אותו וקוראת לבטלו. אולם תומכי התיקון, דוגמת פרשנית העיתונות הת'ר מקדונלד, עמיתה ב-Manhattan Institute for Policy Research כמו גם contributing editor בסיטי ג'ורנל הביעו אמונה בנחיצותו, בשל העובדה שהעיכוב הזמני בהודעה על צו החיפוש מונע מטרוריסטים להזהיר את עמיתיהם שמתוחקרים. ב-2004 השתמשו סוכני FBI בהוראה זו על מנת לחפש ולבחון בחשאי את ביתו של ברנדון מייפילד אשר נכלא שלא בצדק למשך שבועיים בחשד שהיה מעורב בפיגועי 11 במרץ 2004 במדריד. בעוד שהממשל האמריקאי התנצל בפומבי בפני מייפילד ומשפחתו, מייפילד עצמו לקח את הסוגיה לבית משפט. ב-26 בספטמבר 2007 מצאה השופטת אן אייקן כי החוק היה, למעשה, בלתי חוקתי בשל העובדה שהחיפוש היה בלתי סביר ובכך הפר את התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית.
חוקים המסדירים את תחום התמיכה החומרית בטרור הוכחו כשנויים במחלוקת. נמתחה על כך ביקורת על ידי קרן החזית האלקטרונית בתואנה של פגיעה בחופש ההתאגדות. קרן החזית האלקטרונית טוענת כי לו היה נחקק החוק בתקופת האפרטהייד, אזרחי ארצות הברית לא היו יכולים לתמוך בקונגרס הלאומי האפריקני בשל העובדה שהקונגרס הלאומי האפריקני היה מסווג, אליבא דקרן החזית האלקטרונית, כארגון טרור. הם משתמשים גם בדוגמה של עובד סוציאלי הומניטרי שלא מסוגל לאמן אנשי חמאס כיצד לטפל בילדים יתומים בסכסוך הישראלי-פלסטיני, עורך דין שאינו מסוגל ללמד את חברי הצבא האירי הרפובליקני (ה-IRA) אודות החוק הבינלאומי ועובדים בתחום השלום שאינם מסוגלים להציע הכשרה בדבר הדרך לנהל משא ומתן יעיל להשגת שלום או כיצד לעתור לאומות המאוחדות בנוגע להפרת זכויות אדם. קבוצה נוספת, פרויקט המשפט ההומניטרי (the Humanitarian Law Project) התנגדה אף היא להוראה האוסרת "ייעוץ וסיוע ממומחה" לטרוריסטים, והגישה תביעה כנגד הממשל הפדרלי של ארצות הברית על מנת שההוראה תוכרז כבלתי חוקתית. הם הצליחו, ובית משפט פדרלי מצא כי החוק מעורפל מספיק כדי לגרום לאדם סביר לנחש אם הוא עובר על החוק או לא. בשל כך נקבע על ידי בית המשפט כי ההוראה מפרה את התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית, וביטל אותה.
אולי אחת המחלוקות הגדולות הנוגעות לחוק הפטריוט כרוכות בשימוש במכתבי הביטחון הלאומי על ידי ה-FBI. גופים רבים מתחו ביקורת על כך שהמכתבים מאפשרים ל-FBI להאזין לטלפונים ולחפש ברשומות כספיות ובדואר אלקטרוני ללא צו בית משפט. בנובמבר 2005 דיווח הביזנסוויק כי ה-FBI הוציא עשרות אלפי מכתבי ביטחון לאומי והשיג מיליון רשומות בתחומי הפיננסים, האשראי, התעסוקה ובחלק מהמקרים גם רשומות בתחום הבריאות מהלקוחות של עסקים בלאס וגאס. בין העסקים נכללו בתי קזינו, מחסני אחסון וסוכנויות להשכרת רכב. פקיד משפטי אנונימי טען כי בקשות מסוג זה הותרו על פי סעיף 505 לחוק הפטריוט ולמרות נפח הבקשות התעקש כי "אנחנו לא נוטים לבקש את בית המשפט לאמץ 'מסעות דיג'". עם זאת, לפני כן התגלה כי האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות עירער על חוקתיותם של מכתבי הביטחון הלאומי בבית המשפט. באפריל 2004 הגיש האיגוד תביעה נגד הממשל מטעם ספק שירותי אינטרנט לא ידוע שחויב לפעול בהתאם למכתבי הביטחון הלאומי מסיבות לא ידועות. בתיק ACLU v. DoJ טען האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות כי מכתבי הביטחון הלאומי הפרו את התיקונים הראשון והרביעי לחוקת ארצות הברית, בשל העובדה שחוק הפטריוט לא מצליח לפרט כל תהליך משפטי לפיו חברות טלפון או אינטרנט יכולות לנסות להתנגד לזימון לבית משפט על פי מכתבי הביטחון הלאומי. בית המשפט הסכים ומצא, שבשל העובדה שמקבל הזימון לא יכול לערער עליו בבית המשפט, היה הזימון בלתי חוקתי. הקונגרס של ארצות הברית ניסה לתקן זאת מאוחר יותר בחוק האישור מחדש, אך משום שלא הסירו את סעיף האי-גילוי, שוב פעם מצא בית משפט פדרלי את מכתבי הביטחון הלאומי כבלתי חוקתיים משום שהם מנעו מבית המשפט לעסוק בביקורת שיפוטית משמעותית.
הוראה אחרת של חוק הפטריוט גרמה מבוכה רבה בקרב ספרנים. סעיף 215 מאפשר ל-FBI לבקש צו להפקת חומרים המסייעים לחקירה המתחייבת לצורך הגנה מטרור בינלאומי או פעילויות מודיעין חשאיות. בין ה"דברים המוחשיים" שעשויים להיות יעד נכללים "ספרים, רשומות, ניירות, מסמכים ופריטים נוספים". תומכי ההוראה מציינים כי רשומות אלה מוחזקות על ידי צדדים שלישיים ולכן הם פטורים מציפיות סבירות של האזרח לפרטיות, ובנוסף גורסים כי ה-FBI לא ניצל לרעה את ההוראה. לראיה, ב-2003 שחרר התובע הכללי ג'ון אשקרופט מידע שהראה כי מעולם לא נעשה שימוש בהוראות סעיף 215. כך או אחרת, למרות הצהרות מנוגדות, איגוד הספריות האמריקאי התנגד להוראה, מתוך האמונה שרשומות הספרייה שונות באופן מהותי מרשומות עסקיות רגילות וכי להוראה יהיה chilling effect על חופש הביטוי. האיגוד הפך כה מודאג עד שחבריו כוננו החלטה המגנה את חוק הפטריוט ואף קראה לחבריו להגן על חופש הביטוי ועל פרטיות הלקוחות. הם דחקו בספרנים לפנות לייעוץ משפטי לפני ציות לצו חיפוש וייעצו לחברי האיגוד לנהל רשומות רק למשך פרק הזמן המחויב מבחינה חוקית. כתוצאה מכך, נכתבו דוחות על ספרנים המרטשים רשומות כדי להימנע מהצורך למלא אחר צווים כאלו.