בדצמבר 1540 הגיבו בני הטיווה על מסכת התעללויות בהורגם בין 40 ל-60 מהסוסים והפרדות של המשלחת שרעו בחופשיות. בתגובה הכריז קורונדו על מלחמה של "אש ודם", שכונתה מלחמת טיוואי. הוא שלח את קרדנס יחד עם כוח גדול של ספרדים ובני הברית אינדיאנים על מנת לכבוש פואבלו של בני טיווה שהספרדים כינו בשם ארנל (Arenal). כל המגינים של ארנל נטבחו כולל כ-30 שהספרדים שרפו על המוקד. בני הטיווה נטשו את כפרי הפואבלו סמוך לנהר והתבצרו במצודה על הר שולחן שהספרדים כינו בשם מוהו (Moho). ייתכן שהייתה מצודה נוספת, אבל הדיווחים הספרדיים בנושא אינם חד-משמעיים. קורונדו לא היה מסוגל לכבוש את המצודה בכוח ולכן הטיל מצור על מוהו (ועל המצודה השנייה אם הייתה קיימת) במשך כ-80 יום, בין ינואר למרץ 1541. לבסוף אזלו המים למגיני מוהו והם ניסו להימלט בחשכת הלילה. מלחמת טיוואי הסתיימה בטבח שהספרדים שמעו את הנמלטים והרגו את מרבית הגברים וכמה מהנשים. הנשים שנשארו בחיים עתידות היו לשרת בשבי את הספרדים במהלך השנה שאחר-כך.
בני הטיווה נטשו את כל כפרי הפואבלו עד שמשלחתו של קורונדו יצאה לחפש את ממלכת קיווירה, ואז נטשה אותם שוב כשהמשלחת חזרה. במהלך כל חורף 1541–1542 ניהלו בני הטיווה מלחמת גרילה כנגד הספרדים ממחבואם בהרים. קורונדו נסוג למקסיקו באפריל 1542 והספרדים לא חזרו לאזור במהלך 40 השנים הבאות.
המסע לקיווירה.
ב-23 באפריל 1541 עזב כל הצבא הספרדי את קופור ונע לסיקויה, שם שוחרר ביגוטס. תחילה הם נעו לדרום-מזרח והגיעו למישורים הגדולים כשה"טורקי" מוביל אותם. משערים כי "הטורקי" השתייך לשבט ויצ'יטה (Wichita) או פאוני (Pawnee) וכי מטרתו הייתה להטעות את קורונדו בתקווה שהצבא ילך לאיבוד בשממה הנרחבת.
בהנחיית "הטורקי" חצו קורונדו וצבאו את הערבה השטוחה והמונוטונית הקרויה לאנו אסטקדו (Llano Estacado) בפנהנדל של טקסס (Texas Panhandle), כשהם עוברים דרך המקומות שכיום שוכנות העיירות הרפורד (Hereford) וקנדיאן (Canadian). הספרדים היו מוכי תדהמה ממראות הלאנו."הארץ שבה הם (הביזונים) עברו הייתה כה חלקה שאם אם מישהו יביט עליהם הוא יכול לראות את השמיים בין רגליהם". האנשים והסוסים חשו אבודים במישור חסר תוואי נוף וקורונדו חש כאילו נבלע בים.
בלאנו נתקל קורונדו בעדרי הביזונים העצומים.
הקרצ'וס והטאייאס.
במסעו לקיווירה נתקל קורונדו ביישוב של אינדיאנים אותם כינה קֶרֶצ'וֹס (Querechos). הקרצ'וס לא הוכו בתדהמה למראה הספרדים ונראה שלא התרשמו מנשקם ומה"כלבים הגדולים" (הסוסים) שלהם. "הם לא עשו דבר יוצא דופן כשראו את הצבא שלנו, מלבד לצאת מאוהליהם להביט בנו, ואז באו לדבר עם חיל החלוץ ושאלו מי אנחנו". כפי שקורונדו מתאר אותם היו הקרצ'וס נוודים שנעו בעקבות עדרי הביזונים במישורים. מספרם של בני הקרצ'וס היה רב. רושמי תולדות המסע מזכירים יישוב אחד שבו כמאתיים טיפי – עובדה המרמזת על אוכלוסייה של יותר מאלף נפשות שחיה יחד לפחות חלק מהשנה. החוקרים מסכימים שהקרצ'וס היו אינדיאנים משבט האפאצ'י.
קורונדו הותיר את הקרצ'וס מאחוריו והמשיך בכיוון דרום-מזרח בכיוון שהטורקי סיפר לו שבו שוכנת ממלכת קיווירה. הצבא ירד מהרמה של הלאנו אסטקדו לתוך ארץ הקניונים של מתלול קייפרוק (Caprock Escarptmen). באזור זה פגשו הספרדים קבוצה נוספת של אינדיאנים, הטאייאס, אויבי הקרצ'וס.
מספרם של הטאייאס, כמו הקרצ'וס היה רב וגם הם צדו ביזונים, אם כי היו להם מקורות מזון נוספים. בקניונים שבהם התגוררו גדלו עצים וזרמו בהם פלגי מים והם גידלו או תרו אחרי שעועית, אבל ככל הנראה לא תירס משום שאף אחד מרושמי תולדות המסע לא מזכיר זאת. מכל מקום, הספרדים ציינו שבאזור גדלו עצי תות, ורדים, ענבים, עצי אגוזים ושזיפים.
מאורע מעניין התרחש כשבין הילידים בני הטאייאס פגש קורונדו באדם מזוקן זקן עיוור ששנים רבות קודם לכן הוא פגש "ארבעה כמונו". הוא דיבר קרוב לוודאי על קבסה דה ואקה, שיחד עם שלושה נוספים מאותה ספינה (אחד מהם היה אסטווניקו שנרצח אחר-כך בסיבולה) עשה דרכו לאורך דרום טקסס עשור לפני קורונדו.
החוקרים חלוקים בדעתם לאיזה קבוצה אינדיאנית היסטורית היו הטאייאס שייכים. מרביתם מאמינים כי היו דוברי קדואן וקרובים לאידיאנים משבט ויצ'יטה. בין ההשערות היה כי מדובר בעם שהספרדים כינו "טאחס" (Tejas), שם שהפך אחר-כך לשם האזור תחת שלטון הספרדים והתגלגל לשפה האנגלית כטקסס. גם המקום בו מצא קורונדו את הטאייאס שנוי במחלוקת. ייתכן שהמסתורין הובהר בעקבות גילוי מה שנראה כמחנה של קורונדו. בעוד צבא קורונדו שוהה באזור הקניונים, הוא נחשף לאחד מתופעות האקלים הקיצוניות הנפוצות במישורים. "סערה הופיעה יום אחד אחר הצהריים יחד עם רוח עזה וברד... הברד שיבר אהלים רבים ופגם בקסדות, ופצע רבים מהסוסים, ושבר את כל כלי החרס והדלעות שהיו אובדן לא קטן".
ב-1993 מצא ג'ימי אואנס (Jimmy Owens) ראשי חץ של קשת מוצלבת בקניון בלנקו (Blanco Canyon) במחוז קרוסבי בטקסס. חפירות ארכאולוגיות באתר חשפו שברי חרס, יותר מארבעים ראשי חץ, ועשרות מסמרי פרסות מתוצרת ספרד, בנוסף ללהב אבן בסגנון מקסיקני. ממצאים אלו מחזקים את העדות שקורונדו גילה את הטאייאס בקניון בלנקו.
קיווירה.
הטאייאס סיפרו לקורונדו שהוא צועד בכיוון שגוי. קיווירה שוכנת צפונה. נראה כי בנקודה זו איבד קורונדו את אמונו שמחכה לו עושר בהמשך הדרך. הוא שלח את מרבית הצבא בחזרה לניו מקסיקו והמשיך עם ארבעים חיילים ספרדיים, כמרים, מספר לא ידוע של חיילים אינדיאנים, משרתים ומורי דרך. מכך ניתן להסיק שקורונדו התכוון לערוך סיור ולא מסע כיבוש.
לאחר מסע שערך יותר משלושים ימים, במהלכו חצה קורונדו את מדינת אוקלהומה של ימינו וחצה את הנהר קנדיין (Candian River) גילה קורונדו נהר גדול מכל הנהרות שנתקל בהם עד אז. היה זה נהר הארקנסו, ככל הנראה כמה קילומטרים מזרחית לעיירה דודג' סיטי בקנזס. הספרדים ובני בריתם האינדיאנים עקבו אחרי הנהר בכיוון צפון מזרח במשך כשלושה ימים וגילו קיווריאנים צדים ביזון. האינדיאנים חששו מפני הספרדים, אבל נרגעו כשאחד ממורי הדרך של קורונדו פנה אליהם בשפתם.
קורונדו הגיע לקיווירה אחרי כמה ימי מסע נוספים. הוא מצא שהיישובים של קיווירה "ממוקמים היטב...לאורך נהרות". קורונדו העריך כי בקיווירה היו 25 יישובים. הקיווריאנים היו אנשים פשוטים. הן הגברים והן הנשים היו כמעט ערומים לחלוטין. קורונדו התרשם מגודלם הפיזי של בני קיווריה וכל האינדיאנים שפגש. הם היו "אנשים גדולים הבנויים היטב". קורונדו שהה בקרב הקיווריאנים 25 ימים בניסיון להבין האם יש ממלכות עשירות יותר מעבר לאופק. הוא לא מצא דבר מלבד כפרי בקתות קש שבהם עד כמאתיים בתים ושדות של תירס, שעועית וסקווש. תליון מנחושת היה העדות היחידה לעושר שגילה. בני קיווירה היו כמעט ללא כל ספק האבות הקדמונים של האינדיאנים מבני ויצ'יטה.
תוך הסתייעות במורה דרך מקומי הגיע קורונדו לגבולה של קיווירה המכונה טבס (Tabas), שם התחילה ארץ האראהי (Harahey). הוא זימן את "אדון האראהי" שיחד עם מאתיים מנתיניו, הגיע לפגוש את הספרדים. הוא היה מאוכזב. האינדיאנים של האראהי היו "כולם עירומים – עם קשתות, וכל מיני דברים על ראשם, וחלקיהם המוצנעים מכוסים חלקית". הם לא היו האנשים העשירים אותם חיפש קורונדו. מאוכזב, הוא חזר לניו מקסיקו. לפני שעזב את קיווירה הורה קורונדו להוציא להורג בחניקה את "הטורקי".
היכן היו קיווירה, טבס והאראהי?
עדויות ארכאולוגיות מחזקות את ההשערות שקיווירה הייתה במרכז קנזס. הכפר המערבי ביותר היה בסמוך לעיירה הקטנה ליונס (Lyons) על הנהר קאו קריק (Cow Creek), והיא התפשטה עד כ-30 קילומטרים מזרחית ליובל הארקנסו "ליטל ארקנסו" , וצפונה 30 קילומטרים נוספים לעיירה לינדסבורג (Lindsborg) על יובל של הנהר "סמוקי היל" (Smoky Hill River). טבס הייתה ככל הנראה על הנהר סמוקי היל. הארכאולוגים מצאו אתרים רבים מהמאה ה-16 באזורים אלו שכללו ככל הנראה כמה מהיישובים בהם ביקר קורונדו.
בהאראהי "היה נהר, עם יותר מים ויותר תושבים מאשר במקומות אחרים". על פי תיאור זה נראה שקורונדו הגיע לנהר סמוקי היל בסמוך לסאלינה (Salina) או אבילן (Abilene). זהו נהר גדול יותר מאשר קאו קריק או ליטל ארקנזס והוא שוכן בערך במרחק של 25 ליגות מליונס המרחק שקורונדו כתב שהוא עבר בקיווירה. נראה כי תושבי האראהי היו קדואן, משום "שהיה זה סוג המקום, עם יישובים כמו אלו, ובערך באותו גודל" כמו קיווירה. ככל הנראה הם היו אבות קדמונים של פאוני.
סוף המשלחת.