בשנת 2014 נבדקה דגימת DNA שנלקחה מהיונה הירוקה המנוקדת ("Caloenas maculata") שנכחדה אף היא. החוקרים הגיעו למסקנה כי יש לה קרבת משפחה הדוקה עם יונת הניקובר, ולפיכך גם עם הדודו וסוליטר רודריג. מסקנה זו הובילה לתאוריה כי אבותיו של הדודו שהגיעו לאיי מסקרין – לרודריגז ולמאוריציוס, התפתחו לסוליטר רודריג ולדודו וכן ליונה הירוקה המנוקדת שמוצאה בתחנה אחרת באחד האיים. המידע על יונה זו הגיע מדגימה של השריד היחיד שנמצא ב'מוזיאון העולם' בליברפול (the World Museum of the National Museums Liverpool). שריד זה הגיע כפי הנראה למוזיאון מפולינזיה הצרפתית (כנראה מטהיטי) בין השנים 1783–1823.
אטימולוגיה.
אחד משמותיו המקוריים של הדודו היה השם ההולנדי walghvogel שמשמעותו ציפור מתפלשת או ציפור מתועבת. הוא הוזכר לראשונה בכתב העת של סגן אדמירל וייברנדט ואן וארווייק שביקר באי בשנת 1598. בשנת 1599 תורגמה הרשימה לאנגלית ומשמעות השם באה לידי ביטוי בתיאור הבא: "...מצאנו במקום הזה כמות רבה של יצורים מגעילים גדולים פי שניים מברבורים שנקראו Walghstocks ("ציפורים מתפלשות"). בשרם היה קשה, אך טוב למדי. בשעה שנמצאו יונים בשפע שבשרן היה טוב יותר, נדחה בבוז כל מי שהעז לאכול את בשרם של היצורים הדוחים".
מרשימה נוספת מאותו מסע ניתן ללמוד כי הפורטוגזים התייחסו ליצורים הללו כאל פינגווינים. (המשמעות לא נגזרה מהציפור פינגווין אלא מהמילה pinion שמשמעותה כנף קטנה).
בשנת 1602 כינה צוות האוניה ההולנדית Gelderland את הציפור בשם "Dronte" שמשמעותו נפוח. שם זה שגור עד עצם היום הזה במספר שפות.
האטימולוגיה של המילה דודו אינה ברורה דיה. יש המייחסים אותה למילה ההולנדית Dodoor שמשמעותה עצל ויש המייחסים אותה למילה Dodaars שמשמעותה עכוז שמן המצביעה על גוש הנוצות שנמצא בקצה האחורי של גופו. מילה זו הופיעה לראשונה בשנת 1602 ביומן של הקפטן וילם ואן ווסטסאנן (Willem van Westsanen). ההיסטוריון האנגלי סר תומאס הרברט (Thomas Herbert) היה הראשון שהזכיר את המילה Dodaars בדפוס בשנת 1628. הוא טען כי כך כונתה הציפור על ידי הפורטוגזים עם הגיעם לאי בשנת 1507. ככל הידוע הפורטוגזים לא הזכירו מעולם את הציפור, עם זאת על פי מספר מקורות כגון המילון אנקרטה (Encarta Dictionary) והמילון של האטימולוגיה (Chambers Dictionary of Etymology), המילה דודו נגזרה מהמילה Doudo בפורטוגזית עתיקה ומהמילה Doido בפורטוגזית עכשווית, שמשמעותן הן בעבר והן בהווה, שוטה או משוגע, וכי כך הוא כונה כיוון שהיה איטי ולא חשש מבני האדם ומחיות הבית שהביאו עמם. השם Dodar, נכנס אף הוא לשפה האנגלית באותה עת, אך היה בשימוש רק עד המאה ה-18. דייוויד קוואמן ציין בספרו 'The song of the Dodo', שיצא לאור בשנת 1996, כי המילה דודו היא אונומטופאית לצליל שהשמיע הדודו: "דו-דו" ("doo-doo"). בשנת 1766 טבע קארולוס לינאוס את השם 'Didus ineptus' שמשמעותו דודו מגושם, כשם מדעי נוסף לשם 'Raphus cucullatus' שהיה קיים זה מכבר.
מראה הדודו.
כיוון שאין בנמצא שרידים של דודו שלם, יש קושי רב להגדיר את מראהו החיצוני או לאשש תיאור זה או אחר באופן מדעי. איורים וציורים שצוירו ורשימות שנכתבו החל מהמאה ה-16 ועד להכחדת הדודו וכן שרידיו שנמצאים במעבדות מחקר ובמספר מוזיאונים, הם הראיות העיקריות שמספקות רמזים בנוגע למראהו.
על פי רוב התיאורים, נוצותיו של הדודו היו אפרפרות או חומות וציצת נוצות מתולתלת עיטרה את חלקו האחורי. ראשו היה אפור וחשוף מנוצות, מקורו היה מעוקל בקצהו, אורכו היה כ-23 סנטימטרים וצבעו היה ירוק, שחור וצהוב. רגליו היו חסונות וצהבהבות, היו לו 3 אצבעות לפנים ואחת לאחור וטפריו היו שחורים. צווארו של הדודו ורגליו היו קצרים באופן יחסי למידות גופו. על פי שרידים שהובאו לאירופה במאה ה-17, ניתן היה להניח כי גובהו של הדודו היה מטר ומשקלו הגיע עד 23 קילוגרם.
דוקטור פטרה לנג ברנדט מהמחלקה להיסטוריה של האמנות בקולג' האוניברסיטאי של לונדון, העוסקת בזיקה שבין אמנות למדע, טוענת כי לרוב המודלים של הדודו שנמצאים כיום במוזיאון לתולדות הטבע בפריז, בלונדון או בניו יורק, יש מכנה משותף. הם נראים מפוטמים ועגלגלים וצבע נוצותיהם כחול בהיר או אפור. "נדמה כאילו חלק מהנוצות נלקחו מאווזים לכיסוי עיקר הגוף וחלק מהם נלקחו מיענים ליצירת ציצת הזנב שנראית כמו מקל נוצות מיושן לאיבוק אבק".
חלק ניכר מתכונות השלד של הדודו מיוחסות להיותו חסר כושר תעופה. האלמנטים של אגן הירכיים שהיו עבים יותר מאשר אלה של היונים שמסוגלות לעוף, נועדו לתמוך בכובד משקלו. כמו כן הוא ניחן באזור חזה בלתי מפותח ובכנפיים קטנות.
רוב תיאורי הדודו שנכתבו על ידי מלחים ורבי חובלים, תועדו ביומני הספינות ובכתבי העת של חברת הודו המזרחית ההולנדית (Vereenigde Oostindische Compagnie, או בראשי תיבות: VOC), שספינותיה עגנו במאוריציוס כאשר האימפריה ההולנדית שלטה באי. רשומות אלה היו פועל יוצא של מדיניות החברה, לתעד מדי יום את כל האספקטים הקשורים למסעות השיט, כגון ציור מפות טופוגרפיות הכוללות מסלולי שיט ונמלי עגינה בטוחים שישמשו כמורה נבוכים למסעות עתידיים. חלק מהתיעוד התמקד בתיאור כתוב ומצויר של הצמחייה והחיות המקומיות. הדיווחים הללו הפכו במרוצת השנים כמקור חשוב עבור מדענים, ציירים ומולי"ם. מבין הדיווחים מאותה תקופה, רק מעטים היו אמינים. רבים מהם התבססו על דיווחים קודמים, שבחלקם התגלו סתירות, ואף אחד מהם לא נכתב על ידי מדענים.
אחד התיאורים המוקדמים ביותר של הדודו מופיע בשנת 1598 ביומנו של ואן וארוויק, במילים הבאות:
בשנת 1634, כתב סר תומאס הרברט את אחד מהתיאורים המפורטים ביותר של הדודו בספרו A Relation of Some Yeares Travaille into Afrique and the Greater Asia, לאחר שביקר במאוריציוס בשנת 1627:
משקל הדודו.
מסקנות רבות באשר למראה הדודו היו מבוססות על ציורי שמן מהמאה ה-17, שבהם נראה הדודו כציפור בעלת עודף משקל. אנדרו קיצ'נר, אוצר ראשי וחוקר של בעלי חוליות וציפורים במחלקה למדעי הטבע במוזיאון הלאומי של סקוטלנד, העריך כי הציפורים שהגיעו ליבשת אירופה טופחו כחיות מחמד ופוטמו על ידי בעליהן. כתוצאה מכך משקלן כמעט הוכפל ממשקלן המקורי בעת שחיו בטבע. התרשמותו מהציורים המוקדמים שבהם נראה הדודו רזה, היא כי אלה צוירו על ידי אמנים שביקרו במאוריציוס וזכו לראות במו עיניהם את הדודו בסביבתו הטבעית ובגודלו הטבעי. התרשמות זו נתמכת על ידי תוצאות מחקר שערך על עצמותיו של הדודו. הוא נקט בשיטות שפותחו על ידי קרימינולוגים וארכאולוגים לשחזור בשר על העצמות, והגיע למסקנה כי תוצאת השחזור הייתה דומה במידה רבה לרישומים המוקדמים של הדודו, שבהם הוא נראה רזה. כמו כן, מניתוח היחסים בין אורך עצם הרגל של הדודו ומשקלה, ומהתפיסה המקובלת כי שלדי הציפורים מהווים גורם קבוע במשקלן הכללי, העריך קיצ'נר כי משקלו של דודו מבוגר בטבע נע בין 11–17 קילוגרם. משקל זה קרוב למשקלו של חובה גדולה ממין זכר, הנחשב כציפור המעופפת הגדולה ביותר. קיצ'נר מצא כי ההערכה הגבוהה ביותר של משקל הדודו הייתה 23 קילוגרם והיא תועדה בדפוס בשנת 1634. כמו כן ציין כי משקל הזכרים היה כ-4 קילוגרמים יותר ממשקל הנקבות.
קיצ'נר ציטט מתוך מחקר שכתב הזואולוג ההולנדי אנתוני קורנליס אודמנס (Anthonie Cornelis Oudemans) בשנת 1917, שבו הוצגו 2 היפותזות המבהירות את ההבדל הקיצוני בתיאור המראה החיצוני של הדודו שנראה בציורים, מחד שמן ומאידך רזה. האחת טמונה בהבדלים בזמינות המזון בין עונות השנה, והשנייה טמונה בהעדפתם של הציירים להתמקד דווקא בדמות ציפורי הדודו הגוצות, כיוון שהללו משכו תשומת לב רבה יותר. כמו כן, טען קיצ'נר כי רבים מהציורים צוירו על פי מודלים ודגימות שמולאו בגסות. על פי קיצ'נר, המסה של קליפת הביצים של הדודו, משמשת אף היא כמדד נוסף למשקל גופו, כיוון שהיא משתנה בפרופורציה למסה של הציפור המטילה. אמנם אין עדות חותכת לקיומה של ביצת דודו ששרדה, אך לפי תיאורי הביצים בספרות, הגיע קיצ'נר להערכה זהה באשר למשקל הדודו, לזו שהגיע כאשר חקר את היחס בין אורך עצם הרגל לאורכן של עצמות אחרות.
השתקפות הדודו בציורים במהלך השנים.
יומן המסע של הספינה ההולנדית גלדרלנד (1601–1603), התגלה מחדש בשנת 1860. הוא מכיל את הסקיצות הידועות היחידות שעל פי הסברה, צוירו במאוריציוס על פי דגמים חיים של ציפורי דודו או על פי דגימות שסיימו את חייהן לאחרונה. איורים אלה יוחסו לג'וריס יוסטנס לרלה (Joris Joostensz Laerle), שצייר ציפורים נוספות שנכחדו במאוריציוס, ולאמן נוסף בלתי ידוע שתרומתו הייתה דלה.
מלבד הרישומים הללו, לא ידוע כמה מהאיורים שנעשו במאה ה-17 התבססו על ציפורי דודו שהיו בחיים, וכמה מהם התבססו על דגימות ממולאות, שהשפיעו על אמינות הציורים. כל התיאורים שהופיעו לאחר שנת 1638 התבססו בעיקר על תיאורים קודמים. ההבדלים הניכרים בתיאורים הובילו סופרים כגון אנתוני קורנליס אודמנס ומאסאוג'י האצ'יסוקה (Masauji Hachisuka) להעלות השערות שונות לגבי תיאור הדודו. הם אפילו הרחיקו לכת בטענה כי ההבדלים נובעים מקיומם של מינים שונים שצוירו. השערות אלה אינן מקובלות היום בשל הנחת העבודה כי אמינות הציורים הללו מוטלת בספק.