תביעתו של בר כוכבא למעמד המשיח התבטאה גם ברדיפת אלו שסירבו לקבלו ככזה. אוסביוס מקיסריה ויוסטינוס מרטיר כתבו כי עינה והוציא להורג נוצרים שמיאנו להאמין במשיחיותו ולהתכחש לישו; היסטוריונים רבים שיערו כי דמות האנטיכריסט המופיעה בפירוש בטקסטים נוצריים בני התקופה, כמו חזיון פטרוס, מושפעת לפחות חלקית מבר-כוכבא ההיסטורי, אם כי אין לכך בסיס חד-משמעי.
אדריאנוס, אשר בתחילה לא ייחס חשיבות למרד, עמד עתה מול התמוטטות צבאותיו. הוא שלח לדיכוי המרד חיל גדול ממצרים ומפרובינציות אחרות בראשותו של המצביא הבכיר ביותר שיכול היה לגייס - נציב בריטניה יוליוס סברוס. אל מול לוחמת הגרילה של בר כוכבא נקט סברוס באסטרטגיה של בידוד מעוזי הלוחמים, ניתוק דרכי האספקה והכנעת הנצורים במחבואם. בזה אחר זה נפלו כך מעוזי בר כוכבא. המעוז האחרון שהוחזק בידי בר כוכבא בשנתו השלישית של המרד היה העיר ביתר, אך גם לאחר נפילת ביתר נמשכו פעולות גרילה פזורות במדבר יהודה ובאזורים נוספים.
נפילת ביתר.
ביתר נמצאת כ-11 ק"מ דרומית מערבית לירושלים, ומזוהה עם החורבה הקרויה "ח'רבת אליהוד", בסמוך לכפר הערבי בתיר. העיר הקדומה נמצאת בראש גבעה המוקפת גאיות עמוקים ממזרח, ממערב ומצפון. רק מדרום מחוברת הגבעה לרכס על ידי אוכף צר. באוכף זה נחפר חפיר עמוק. לפי הסקרים וחפירת הבדיקה שנעשו בביתר, ביצורי העיר הוקמו בחיפזון, ומכאן שהכוח הרומאי שצר על ביתר כנראה לכד את בר כוכבא בהפתעה, עם חלק מכוחותיו, אך לא הצליח להשתלט על העיר בהתקפה, והטיל עליה מצור. הרומאים מנו כ-8,000 חיילים שהתגוררו בשני מחנות גדולים מדרום לביתר, וכן במספר מחנות קטנים. לצורך המצור הרומאים בנו סביב העיר דייק (במקורות נקרא "כרכום") בהיקף של קרוב ל-5,000 מ' שסגר על העיר מסביב. בנוסף הוקמו עמדות תצפית ומחנות קטנים בכמה נקודות סביב הדייק.
המצור נמשך כנראה כחודשיים עד שלושה חודשים, באביב ובקיץ של שנת 135, ובמהלכו ניתן להניח שהרומאים ניסו לפרוץ לעיר בעזרת אמצעים הנדסיים כמגדלי מצור תחת חיפוי של בליסטראות, אבני קלע וחצים. היהודים ניסו למנוע זאת על ידי ירי של אבני קלע וחצים, ועל ידי גלגול של אבני דרדרת אל הרומאים המנסים לעלות. כמו כן, קבוצות לוחמים היו יוצאות מן העיר כדי לפשוט על הדייק או על המחנות הרומאיים.
על פי המדרש, נפלה ביתר בעקבות פעולתו של בוגד. אלעזר המודעי, שהיה מנהיגם הרוחני של הנצורים בביתר, היה שרוי בצום ובתענית, והיה ידוע כי כל עוד עומדת לנצורים זכותו של אלעזר, הרי שהעיר לא תיפול. כותי (שומרוני) אחד חדר לעיר, ודיבר עם אלעזר המודעי דברים של מה בכך. משתפס בר כוכבא את הכותי, החשיד הכותי את אלעזר המודעי בכך שהוא מתכוון למסור את העיר לאויב. בר כוכבא חקר את אלעזר בדבר חשד זה, ואלעזר הכחיש את הדברים. בר כוכבא לא האמין להכחשות, בעט באלעזר, והלה מת. לאחר מות אלעזר נפסקה ההגנה האלוהית על העיר, והתאפשר לאדריאנוס לכבשה. על פי המסורת נפלה ביתר ביום תשעה באב המועד לפורענות, הוא היום שבו חרבו בית המקדש הראשון ובית המקדש השני. בר כוכבא עצמו לא מת מידי הרומאים, כי אם הוכש על ידי נחש, כעונש מאלוהים. אולם גם בסיפור זה יש מגמת שבח: בר כוכבא היה כל כך גיבור, עד שהרומאים לא היו מסוגלים לגבור עליו ורק אלוהים היה מסוגל לכך.
מותו של בר כוכבא.
גורלו של בר כוכבא אינו ידוע בוודאות. לפי התלמוד הבבלי הסנהדרין דן אותו למוות באשמת משיח שקר (=אמר להם לחכמים, אני משיח. אמרו לו, במשיח כתוב שדן באמצעות רוח הקודש, נראה אנחנו אם אתה מסוגל לדון ברוח הקודש. כיוון שראו שאינו מסוגל לכך, הרגוהו).
גורל הרואי יותר מופיע במדרש איכה רבה ב' ובירושלמי תענית ד ה: ונלכדה ביתר ונהרג בן כוזיבא. הביאו את ראשו לאדריאנוס, אמר: מי הרגו לזה? אמר לו חייל אחד: אני הרגתיו. אמר (אדרינוס) לו: לך והביאהו אצלי, הלך והביאו ומצאו נחש כרוך על צוארו. אמר אדריאנוס: "אלולא אלהים הרגו לזה, מי יכול היה להורגו? (איכ"ר ב)
תוצאות המרד.
ההיסטוריון דיו קסיוס מוסר כי חמישים מצודות נפלו, 985 כפרים נחרבו, חמש מאות ושמונים אלף איש מתו בקרב, ורבים אחרים ברעב ובמגפות, וכי יהודה כמעט התרוקנה מתושביה. אל מול הנתון של ארבע מאות אלף לוחמים בצבא בר כוכבא שנותן המדרש, נראה כי נתוניו המחרידים של דיו קסיוס תואמים את המציאות.
המדרש מתאר את החורבן במילים קשות ביותר:
נראה כי גם הרומאים ספגו אבדות בקנה מידה רחב היקף, שכן הקיסר אדריאנוס, אשר דיווח על המרד לסנאט הרומי, נמנע מלנקוט בלשון המקובלת "אם לכם ולבניכם שלום, טוב הדבר, שכן גם לקיסר ולצבאותיו שלום".
הערכה היסטורית של בר כוכבא.
בעת העתיקה.
חז"ל כאמור היו חלוקים ביחסם אל בר כוכבא. מחד גיסא - היה האיש נערץ על ידי רבי עקיבא, וקשה לקום כנגד הערכתו של רבי עקיבא. מאידך גיסא, היו הם עדים לאסון ההיסטורי שהתרחש בעקבות המרד הכושל, לגזירות השמד שהטיל אדריאנוס ולמותם של רבים על קידוש השם, ובהם עשרת הרוגי מלכות. בר כוכבא מתואר בספרות חז"ל כמנהיג כריזמטי ותקיף בעל כוח פיזי רב, אך מתוארת גם הריגתו של אלעזר המודעי, ועל בר כוכבא נדרש הפסוק מספר זכריה יא יז: "הוי רֹעִי האליל עֹזבִי הצאן, חרב על זרועו ועל עין ימִינו".
פרופ' יהושע אפרון טוען שניתן להבחין באופן שיטתי בתיאור אותנטי המזוהה עם המרד במקורות הארץ-ישראליים, התלמוד הירושלמי ומדרש איכה, לעומת הסתייגות מבר-כוכבא ובדה-פוליטיזציה של המרד, שאינה משקפת את המציאות ההיסטורית - בתלמוד הבבלי. ככל שהייתה התרחקות מהמאורעות נראה שדמותו גונתה במקורות האמוראים.
בימי הביניים היו מחכמי ישראל שתמכו בבר כוכבא, והדגישו את הפוטנציאל המשיחי שהיה בו כמו הרמב"ם (1135–1204, משנה תורה), יצחק אברבנאל (1437–1508), אברהם זכות (1452–1515, בעל ספר יוחסין), הרלב"ג (1288–1344) ורבי חיים ויטאל (1543–1620), והיו שהדגישו את כישלונו של בר-כוכבא וגינוהו כמו רבי אברהם אבן דאוד (הראב"ד הראשון, 1110–1180, ספר הקבלה), רבי מנחם המאירי (1249–1315) שהלך בעקבותיו, ורבי יוסף אבן כספי (1279–1340, אדני כסף). למרות הכישלון היו מחכמי ישראל שהדגישו את הצלחת המרד לכמה שנים, ואת גבורתו הגדולה של בר כוכבא, ואף חישול הדור למסירות נפש וקידוש ה'.
בין הנוצרים, שגינוהו באופן שיטתי, היו שראו בכישלון המרד ונפילת ביתר עונש משמים על הסרבנות לקבל את משיחיותו של ישו ועל רדיפת הנוצרים, כמו אוסביוס מקיסריה ויוחנן כריסוסטומוס. אוסביוס כתב על בר-כוכבא: "הוא חשב את עצמו לגואל שירד אליהם ככוכב מן השמים לגאלם מאפלת צרותיהם, למעשה לא היה אלא מרצח ולסטים".
דווקא הרמב"ם בעל הגישה הרציונליסטית לנושא ימות המשיח רואה במקרה של בר כוכבא הוכחה לשיטתו שהמלך המשיח אינו צריך לעשות נסים ומופתים, אלא להיות מנהיג הלוחם את מלחמות ה', בונה המקדש, ומפיץ תורה בעם ישראל. כראייה לדבריו הוא מביא את מה שלהבנתו זו לא רק עמדת ר' עקיבא, אלא עמדת כל חכמי דורו, שתמכו בבר כוכבא עקב היותו גיבור מלחמה. ().
ריצ'רד מרכס, בספרו על בר-כוכבא, הצביע על הקרבה בעמדות שבין הרמב"ם לבין הרב חיים ויטאל. ביסוד הופעתו הוא היה משיח אמיתי, אך הוא לא הצליח לבוא לידי מימוש, ולכן אינו משיח שקר.
בעת המודרנית.
עם עלייתה של הלאומיות היהודית במאה ה-19, ובכלל זה הציונות, שב והתחדש הדיון באישיותו של בר כוכבא תוך העלאתו על נס כלוחם חירות. הציונים ראו בבר כוכבא משום חוליה בשלשלת ההיסטורית של מאבק העם היהודי לעצמאות במולדתו. המיתוס שנוצר סביבו העלים לחלוטין את כישלון המרד. החג הדתי ל"ג בעומר לציון סופה של מגפה שקטלה עשרים וארבעה אלף מתלמידיו של רבי עקיבא, כמו גם את יום פטירתו של רבי שמעון בר יוחאי, הפך לחג בעל סממנים לאומיים בו חוגגים את "ניצחון בר כוכבא על הרומאים", המסופר לפרטי הפרטים, מהדלקת המשואות והמדורות, ועד הירי בחץ וקשת. בבתי הספר ובגני הילדים שנו במיתוס והעשירוהו בשירים ובסיפורים, שרובם עוסקים במאבקו של בר כוכבא באריה.
סיפור זה, שמקורו אינו מן התקופה, אלא הומצא באמצע המאה ה-19 וקיבל נוסח פואטי בידי שאול טשרניחובסקי בשירו "ביתרה", עיקרו בכך שבר כוכבא הוטל לזירה בקיסריה, שם נלחם באריה ורכב על גבו עד ביתר, וכדברי המשורר טשרניחובסקי:
שיר זה עובד לשיר הילדים "בר כוכבא" על ידי המשורר וסופר הילדים לוין קיפניס:
בדומה לכך, גם המשורר היהודי-סובייטי שמואל הלקין השתמש בבר-כוכבא כסמל של מאבק לאומי ומעמדי מול מעצמה כובשת ומנצלת, דוגמת המאבקים האנטי-קולוניאליסטים בהם תמכה ברית המועצות. בשנת 1982 ערך הרב שלמה גורן (שהיה אז הרב הראשי לישראל) טקס קבורה ממלכתי בנוכחות ראש הממשלה מנחם בגין, לעצמות שאותן זיהה כלוחמי מרד בר כוכבא.
כשם שהציונים ניכסו לעצמם את בר כוכבא לצורכיהם, כך גם מתנגדיהם. אחד ממתנגדיה העיקריים של הציונות, הרב יואל טייטלבוים, מנהיג חסידות סאטמר בספרו "ויואל משה" מביע את הדעה כי בר כוכבא ראוי היה להיות המשיח, אך מכיוון שפעל לקבלת הגאולה והממשלה "טרם הזמן הראוי" - נענש, ועמו עם ישראל.