בימי חג סוכות 1951 יצאו הר-ציון בן ה-17 ואחותו שושנה בת ה-15, לטיול בגליל, שחלקו האחרון היה הליכה מהחולה לאורך הירדן, כאשר נקודת הסיום אמורה הייתה להיות כפר נחום שעל שפת הכנרת. לדברי הר-ציון, מתוך בירורים שערך לפני הטיול לגבי הסיכון שבטיול בקרבת הגבול עם סוריה, נאמר לו כי מדובר באזור מפורז, המותר למעבר אזרחים ללא נשק, ובנוסף לכך, לאחר שצעדו לאורך אזור המפעל לייבוש החולה, הגיעו לגשר בנות יעקב, שם פגשו שוטר שלא אמר להם דבר על כך שאסור להם להמשיך בדרכם. לאחר שהמשיכו דרומה על צלע ההר לכיוון הכנרת, הוקפו על ידי ערבים חמושים שצרחו עליהם וירו באוויר. החמושים הכו בילקוטיהם ואחד מהם אף הכה את האח והאחות עצמם בקת הרובה. עיניהם נקשרו והם הולכו מזרחה, תוך חציית הירדן, אל דרך עפר שהובילה לבקעת הבטיחה. לאחר חקירה קלה הועברו למשרד חקירות בקוניטרה, שם הציגו עצמם החוקרים כ"בנימין" ו"אייזיק", העובדים בשירות ישראל. לאחר שנלקחה שושנה לחדר נפרד, הבטיחו החוקרים להר-ציון, שיניחו לו אם ייתן להם רשות לאנוס את אחותו. בתגובה לסירובו, הוכה בפניו עד שהתנפחו ולאחר מכן במקל על כפות רגליו הקרות, בזמן שחוקר אחר מאיים על שושנה שיכו את אחיה עד שימות. למחרת בצהריים הם הועברו למשטרה בדמשק ובלילה לבית הסוהר הצבאי בעיר. בתקופה בה הוחזקו בכלא, ישבה שושנה בחדר עם צעירה ישראלית נוספת. הר-ציון קיבל חבילת כלי-רחצה מביתו ומכתב עידוד מבית אלפא וכן הותר לו לכתוב מכתב לביתו בעין חרוד. לאחר 3 שבועות בכלא ושבועיים וחצי שלא נפגשו, קיבלו מאיר ושושנה הודעה על שחרורם. הם שוחררו לאחר חודש בתיווך האו"ם והצלב האדום.
השירות הצבאי.
ב-30 ביולי 1952 התגייס לנח"ל, עבר קורס מ"כים וקורס סמלי סיירים ולאחר מכן הדריך בקורס. במאי 1953, במהלך חופשה בקורס, ערך הר-ציון מסע יחד עם חברתו רחל סבוראי ל"עיר האסורה" - פטרה שבירדן. מסעו זה עורר השראה בקרב בני נוער ישראלים רבים שביקשו אף הם לערוך מסע דומה. חלקם קיפחו את חייהם במהלכו של המסע.
באוגוסט 1953 צורף הר-ציון ליחידה 101 שזה עתה הוקמה כיחידת קומנדו על ידי אריאל שרון, בזכות השם שיצא לו כסייר, הוא לקח חלק ברבות מפעולותיה. בין היתר פיקד על מבצע כפפות משי, פשיטה לחברון שנחשבה לקשה במיוחד עקב תנאי מזג האוויר החורפיים והשטח ההררי. הכוח צעד 42 קילומטר בליל שלג, ביצע את המשימה ובכך הציב רף חדש לדבקות במשימה עבור יחידות מיוחדות בצה"ל. עם מיזוג היחידה לגדוד הצנחנים 890, מונה הר-ציון למפקד מחלקת הסיור של הגדוד שהייתה מורכבת מלוחמי 101 ולוחמים מגדוד 890. שרון כתב עליו, "תוך זמן קצר הפך מאיר ללוחם הנועז ביותר של יחידה 101 והצנחנים, לסייר מעולה ואולי המעולה ביותר שידע צה"ל מעודו". בהמלצת אריק שרון ומשה דיין הרמטכ"ל הוסמך ביוני 1954 לקצונה ללא קורס קצינים, והוענקה לו דרגת סגן משנה. זהו מקרה נדיר והיחיד בתקופת דיין.
רצח שושנה ונקמת הדם.
ב-23 בדצמבר 1954 יצאו שושנה הר-ציון, אחותו של מאיר, וחברה עודד וגמיסטר בני ה-18 לטיול במדבר יהודה. על פי עדותם של אנשי עין גדי, שהיו האחרונים שראו אותם, השניים יצאו לטיול חמושים ברובה. השניים נרצחו, וגופותיהם נמצאו לאחר שישה שבועות תחת גל אבנים באזור האפיק של נחל ערוגות מצפון-מערב לעין גדי, במרחק 7–8 ק"מ מעבר לגבול עם ירדן, בשטח שבו התגורר השבט הבדואי א-רשאידה. בפברואר 1955 חצו בדואים ישראלים את הגבול בהסכמת צה"ל כדי להשיב את הגופות, אך הותקפו באש בזמן שליחותם. הם נסוגו תוך שהם משיבים אש כשבידיהם רק חלקים מגופת הנערה וללא הגופה השנייה. לאחר מכן הסכימה ממשלת ירדן לביקור משקיפי או"ם במקום, לצורך השבת הגופות.
בתגובה לרצח, בלילה שבין ה-4 וה-5 במרץ 1955, יצאו לאזור מאיר הר-ציון (שפרש זמנית מהשירות בצה"ל כ-3 שבועות לאחר הרצח) וחבריו מיחידה 101 יורם נהרי, זאב סלוצקי (סולל), ישי צימרמן, איתן בן טוב, ועמירם הירשפלד (מדגניה ב'), ופשטו על מקבץ אוהלים בדואים משבטי עזאזמה וג'הלין בוואדי אל-ע'אר ממערב לעין גדי, כ-9 קילומטרים מעבר לגבול בשטח ירדן, ורצחו כנקמת דם חמישה בדואים. אחד נורה ונהרג כאשר ניסה להימלט וארבעה אחרים נרצחו בדקירות סכינים לאחר שנכשלו הניסיונות לתחקרם. אדם נוסף, זקן, שוחרר כדי שיספר לבני שבטו מדוע נרצחו האחרים.
הר-ציון וחבריו נעצרו בשובם, והיו שחשבו, דוגמת ראש הממשלה משה שרת, שיש להעמידם לדין באשמת הריגה או רצח. שרת התייחס לאירוע ביומנו כתקרית "מהסוג החמור ביותר" ומכיוון שהתרחש רק כמה ימים לאחר פעולה בעזה, חשש כי מעשה זה "עלול לשמש הוכחה ניצחת, כי אצלנו הוחלט לעבור להתקפת דמים כוללת". שרת חשב כי אם לא יתקיים משפט פלילי נגד הנוקמים, "לא נינקה בעיני דעת הקהל, גם לא נהיה זכאים לדרוש מהמדינות השכנות כי ייענשו רוצחים".
שרת מפרט ביומנו ששר הביטחון הטרי דוד בן-גוריון מסר בישיבת הממשלה שהתכנסה למחרת דו"ח מפורט של פרטי המקרה, "איך תפסו ארבעת הבחורים שלנו נערים בדואים, אחד אחד, ואיך הובילום לוואדי ואיך רצחום בתקיעת סכינים זה אחרי זה, ואיך ניסו לחקור כל אחד לפני מותו בדבר זהות רוצחי הנער והנערה ונבצר מהם להבין את התשובות על שאלותיהם, כי לא ידעו כלל ערבית". בן-גוריון הציע להעמידם לדין וועדה בת 3 חברים שכללה את ראש הממשלה, שר הביטחון ושר המשפטים החליטה באותו יום שיהיה זה בפני בית דין צבאי, אולם באותו ערב התברר כי זה אינו בר-ביצוע ושרת החליט להעביר את החשודים לידי המשטרה. לאחר שהחשודים סירבו לדבר בחקירה ולא הודו באשמתם, שמע שרת כי "כל מבצע הנקמה נערך בעזרתו של אריק, מפקד גדוד הצנחנים. הוא צייד את הארבעה בנשק ובמזון ובשאר ציוד, הסיע אותם כברת דרך ברכב הגדוד, גם שלח חוליות לקראתם להבטיח את דרכם חזרה" והוסיף ביומנו כי "אין להוציא מכלל אפשרות שדיין עצמו ידע על המבצע". בשיחה בין שרת לבן-גוריון, טען שר הביטחון כי "ידו של הצבא לא הייתה במעל", אך ראש הממשלה טען כי שרון סייע "למסע הארבעה בכל האמצעים הצבאיים שבידו והוא שפקד עליהם לכלוא דבריהם במשטרה".
משה שרת ביטא ביומנו את חרדתו ממצב של היפוך נורמטיבי: "תהיתי על מהותו וגורלו של עם זה, המסוגל לעדינות נפש כה דקה, לאהבה עמוקה כזו של הבריות... ועם זה הוא מוציא מתוך שורות טובי הנוער שלו בחורים המסוגלים לרצוח נפש בדעה צלולה ובדם קר על ידי תקיעת סכינים בגופותיהם של בדואים צעירים חסרי מגן. איזו משתי הנשמות המתרוצצות בין דפי התנ"ך תנצח את יריבתה בקרב העם הזה?".
מתוך חשש כי סנגורם של הר-ציון וחבריו, עו"ד שמואל תמיר, ינסה להעניק למשפט גוון פוליטי שבו יכוונו חצים נגד מדיניות החוץ והביטחון הרשמית של מפא"י, שבאה לביטויה במדיניותה של הממשלה - החליטו הרמטכ"ל משה דיין ושר הביטחון דוד בן-גוריון, שהחשודים לא יועמדו לדין, כאשר הסיבה הרשמית הייתה חוסר ראיות. עו"ד תמיר, שמונה על ידי קיבוץ עין חרוד באמצעות ח"כ שלמה לביא לפי דרישתם של הר-ציון וחבריו, הציע לנאשמים לכתוב מכתב בו הם מודיעים לו שהוא חדל מלייצגם, וזאת לאחר שגילו לעו"ד תמיר כי "בא אלינו איש מוסמך מאוד ורם דרג, בשליחותו של 'האיש הגבוה ביותר'... הם מוכנים לא להגיש משפט נגדנו בתנאי שנפטר אותך ונמנה תחתיך עורך-דין שהם יקבעו...". לאחר מכן התפרסמה הודעה שהוכנה מראש בהתאם להסכם שניסחו רמי דרג עם הר-ציון וחבריו כאילו ייצוגו של עו"ד תמיר הופסק לאחר שבמשפטו של מלכיאל גרינוולד פגע בכבודם של צנחני היישוב. לאחר 20 יום במעצר לצורך חקירה, שוחררו הארבעה והר-ציון חזר לשורות הצבא.
במקום הרצח המשוער של שושנה ועודד בנחל ערוגות, הוקמה אנדרטה מאולתרת על ידי המשפחה.
המשך שירותו הצבאי.
בספטמבר 1955 חזר הר-ציון לשירות הקבע מונה למפקד פלוגה א' בגדוד 890 שתחת פיקודו הפכה לסיירת הצנחנים.
הר-ציון עוטר בצל"ש על חלקו במבצע כנרת (מבצע "עלי זית"), בליל 11 בדצמבר 1955, בו פיקד על כוח בן כשבעים לוחמים מסיירת צנחנים. בשנת 1973 הומר הצל"ש בעיטור העוז. במהלך פעולת התגמול על משטרת א-רהווה בספטמבר 1956, נפצע הר-ציון בצווארו. חייו ניצלו הודות לתושייתו של הרופא הגדודי ד"ר משה אגמון (מוריס אנקלביץ'), שניתח אותו וביצע בו פיום קנה בשדה הקרב בתנאי חושך תחת אש. הר-ציון נותר עם 80% נכות. בין היתר, ידו הייתה משותקת חלקית, ומיתרי קולו נפגעו.
במהלך תקופת השיקום יצא עם חברו מיכה בן-ארי לטיול בבעלבכ שבלבנון כשהם רכובים על אופנוע, במהלך מסעם נתקלו במחסום של צבא לבנון ובהתקלות נהרגו אחד או שניים מחיילי המחסום ובן-ארי נפצע.
בסוף שנות ה-50, לאחר שהתאושש חלקית מפציעתו, נמנה הר-ציון עם מקימי סיירת מטכ"ל ושימש קצין הדרכה (כאזרח עובד צה"ל) בשנותיה הראשונות של היחידה. במלחמת ששת הימים הצטרף לסיירת צנחנים של חטיבה 80 בפיקוד מיכה בן ארי ולחם עמה בחזיתות ירושלים ורמת הגולן.
במלחמת יום הכיפורים, בשנת 1973, עלה הר-ציון לגולן על אף מגבלותיו וחילץ פצועים מהשטח הסורי. מספר פעמים אף התחזה כמת כשעברו בסמוך לוחמים סורים. את פועלו זה, והתנדבותו במלחמת ששת הימים, יזם על אף היותו נכה צה"ל, שלא חלה עליו חובת התייצבות בשעת מלחמה.
משה דיין כתב על מאיר הר-ציון בספרו "אבני דרך" (1976): "בעיני, הר ציון הוא החייל הטוב ביותר שקם לצה"ל. ייתכן שגם לולא נפצע לא היה מגיע לדרגת פיקוד גבוהה. כוחו לא היה במתן הוראות לאחרים, אלא בהבנת המתרחש בשדה הקרב, בידיעת המעשה הנכון ובכושרו המופלא בתור לוחם."
לאחר השירות הצבאי.