במהלך שיחות השלום, התעקשה מצרים שקו הגבול בין ישראל למצרים יעבוד בדיוק בתוואי הגבול הבינלאומי - קו עקבה רפיח, שנקבע 75 שנה לפני כן, בשנת 1906 בין האימפריות הבריטית והאימפריה העות'מאנית, מבלי להתחשב במציאות שהשתנתה בינתיים. העיר רפיח התפשטה על ומעבר לקו הגבול הבינלאומי ההיסטורי כבר החל מתקופת המנדט. ובמיוחד במהלך השנים שישראל שלטה ברפיח וצפון סיני (בין 1967 ל-1982), בנוסף הקימה ישראל שכונה חדשה לפליטי רפיח - שכונת קנדה, בצדו המצרי של הגבול. שטח השיפוט של העיר רפיח באותה עת היה 14,000 דונם. קו הגבול החדש חצה אותה לאורך 5 ק"מ והשאיר 20% מתושביה בצד המצרי, מאות בתים נבנו ממש על הגבול.
הקמת ציר פילדלפי והגדר לאורכו החלה בינואר 1982. עבודות ההקמה נמשכו עד אפריל 1983, במהלכם פונו ונהרסו 330 בתים, נוצרה רצועה ברחוב 40 מטר, נבנתה גדר מערכת אלקטרונית והוקם מעבר רפיח שסביבו 4 גדרות. תושבים רבים נשארו בצד המצרי, כולל תושבי שכונת קנדה, מצבם הכלכלי התדרדר במהירות מאחר שנותקו ממקורות הפרנסה שלהם. כבר עם הקמתה של הגדר נעשו ניסיונות חדירה רבים ותושבים היו זורקים אספקה ומוצרים מעבר לגדר. בעיתונות קיבלה הגדר את הכינוי "חומת ברלין של המזרח התיכון". בעקבות חלוקתה של רפיח והפרדתם של בני משפחה החלה חפירת מנהרות לצורך קשרים בין בני משפחות שהיו משני צידי הגבול, ועד מהרה הובן הפוטנציאל הכלכלי של המנהרות ונעשה בהם שימוש להברחת סחורות וסמים, וכך לראשונה תועדה מנהרה בשנת 1983. במהלך האינתיפאדה הראשונה החלו הגבלות על היתרי כניסה לישראל וכל העובר בין המעברים נדרש לקבל היתרי כניסה אישיים מהמפקד הצבאי בכל אזור.
לאחר הסכמי אוסלו נעשה שימוש במנהרות בין שטחי הרשות הפלסטינית למצרים מתחת לציר פילדפי, לצורך הברחת נשק כבד לרשות הפלסטינית, בניגוד להסכמי אוסלו. בנשק זה נעשה שימוש באירועי מנהרת הכותל ב־1996, ובעקבותיהם החל צה"ל במאמץ לאיתור המנהרות והריסתם.
עם פרוץ האינתיפאדה השנייה החל מאמץ פלסטיני להרחבת מערך המנהרות, לצורך השגת תחמושת ונשק כבד. בתגובה על גילוי מנהרות ההברחה החלה ישראל להגביר נוכחות על הציר: חיל ההנדסה ופיקוד דרום הקימו את פלוגת צמ"ה עזה ("אבירי הפלדה") וצוות מיוחד שהוקדש ללחימה במנהרות ההברחה, וכוחות צה"ל ביצעו פעולות חישוף על מנת לגלות מטעני צד וגחון ופתחים של מנהרות הברחה.
כחלק מתוכנית ההתנתקות צה"ל נסוג מרצועת עזה בשנת 2005, כאשר ציר פילדלפי עבר לשליטת הרשות הפלסטינית. בחודש ינואר 2006, ארבעה חודשים לאחר שישראל השלימה את נסיגתו בעזה, החמאס זכה בבחירות למועצה המחוקקת הפלסטיניות. ממצאי סקר שערכה אוניברסיטת א-נג'אח בשכם עלה כי כמעט 88 אחוזים מהפלסטינים תומכים בממשלת אחדות של החמאס עם כל הארגונים הפלסטינים בעקבות מהומות מעברים רבים נחסמו במהלך השנה ולאחר חודש יוני 2006, כאשר החייל הישראלי גלעד שליט נחטף על ידי חמושים הפלסטיני והוברח במנהרה, ישראל סגרה שוב את המעברים.
בשנת 2007 ארגון החמאס תפס את השלטון ברצועת עזה וציר פילדלפי מצדו הפלסטיני נפל לשליטתו. בתגובה ישראל ומצרים הטילו סגר על רצועת עזה בעקבות התנערות חמאס מההסכמים שחתמה הרשות הפלסטינית עם ישראל ומצרים. מנגד חמאס התעצם יותר, הוא זכה לתמיכה כלכלית והמשיך בבניית המנהרות שהפך לעסק רווחי. בערבו של מבצע עופרת יצוקה מספר המנהרות גדלו מכמה עשרות ללפחות לכחמש מאות. בשנת 2005, פדיון המסחר על המנהרות עלה מ-30 מיליון דולרים/שנה בממוצע, ל-36 מיליון דולרים/חודש. ישראל ומצרים הגיבו באופן שונה להקמתם של המנהרות. תחילה מצרים זכתה לרווחים נאים מן המנהרות, באזורים אשר קודם לכן היו חסרי הכנסה. הזליגה והאיום מפני ארגוני הטרור עודדו את ישראל ומצרים לפעול כנגד המנהרות ולהשמידן.
כחלק מהפסקת האש במבצע עופרת יצוקה, בתיווך בינלאומי, ישראל הגיע להסכם יחד עם ארצות הברית לפעול כנגד נתיבי ההברחה שבעזה. ההסכם חוזק במפגש בקופנהגן שנערך בפברואר 2009 עם פקידי ארצות הברית ומדינות אירופה. מצרים תחת פיקוח צבא אמריקאי התחייבה לבנות מחסום פלדה תת-קרקעי בעומק של עשרים וחמישה מטר לאורך גבולה עם עזה בתוך שנה.
העיר רפיח ממוקמת על גבול רצועת עזה ומצרים. בשל מיקומו האסטרטגי, אזור זה מאכלס מנהרות והוא בעל היסטוריה ידועה של הברחות.
מאפייני המנהרות.
בתחילה יעודן העיקרי של המנהרות היה אספקת סחורה ובמרוצת השנים הפכו לתעשייה של ממש ולאמצעי משמעותי להברחות אנשים, פנימה והחוצה, וסחורות כגון מזון תרופות וביגוד, סיגריות, משקאות חריפים וסמים, חלקי מכוניות המורכבות מחדש ברצועת עזה, מכוניות שלמות שכבר הורכבו, דלק, בעלי חיים וחומרי בניה. אולם
הם הפכו גם לנתיב לאספקת אמצעי לחימה שונים לארגוני טרור. לפי נתוני השב"כ, במהלך שנת 2007 קיבלה הזרוע הצבאית של חמאס חלק ניכר מתקציבה, המוערך בעשרות מיליוני דולרים, דרך המנהרות. הערכות לתקופות מאוחרות יותר על ידי גורמים אזרחיים ציינו כי כ-40% מהכנסות החמאס מגיעות באמצעות ההברחות מהמנהרות.
המנהרות נחפרות לרוב על ידי קבלנים עצמאיים, ממרתפי בתים או מטעי זיתים אל מתחת לגבול בעומק של כ-15 מטר, ועשויות להגיע לאורך של כקילומטר ויותר. זמן בניית מנהרה נמשך בין שבועיים לחודשיים. במקרים מסוימים בעלי הבתים שבפתחי המנהרה עשויים לקבל אחוזים מהרווחים מההברחות ואף פיצוי כספי במקרה שהמנהרה מתגלית והבית נהרס. כיום בעלי המנהרות מחויבים ברישיון הפעלה מעיריית רפיח, ובתשלום בגין חיבור לחשמל ומים, ובמקביל החמאס גובה מסים על הסחורות המוברחות ממצרים.
תהליך בניית המנהרות עבר תמורות רבות במרוצת השנים, והפך למורכב ומאורגן. יותר ויותר אנשים נהיו מעורבים במה שנהפך לאחד הענפים הרווחיים ביותר ברצועת עזה, ועל פי העיתון המצרי אל-אהראם מספרם מוערך כיום ב-70,000 איש. כיום מהנדסי חפירה קובעים את פתחי המנהרה, גודל המנהרה, עומקה ואורכה, תוואי המנהרה, בחינת תאימות סוג הקרקע, כלי החפירה החשמליים והידניים, מספר פועלים שיחפרו, הלוגיסטיקה החשאית של פינוי האדמה ודרכים נוספות למניעת גילוי המנהרה. מרבית המנהרות נחפרות באמצעות ילדים. חלק מהמנהרות מכילות מסועים חשמליים להעברת המטען המוברח, וקווי טלפון להתקשרות בין המבריחים.
הרווחים העצומים שעסקי ההברחות הניבו גרמו למתיחות ומאבקים אלימים בין החמולות והשבטים השונים ברצועה על השליטה בהברחות.
המנהרות משמשות לא רק להברחת אמצעי לחימה וסחורות, אלא גם למעבר של פעילי טרור בין רצועת עזה לחצי האי סיני. במספר פעמים, יצאו מחבלים מרצועת עזה, עברו דרך המנהרות של רפיח לסיני, ומשם (בסיוע מבריחים בדואים) חדרו לישראל דרך קטעים בגבול ישראל-מצרים בהם אין גדר הפרדה, וביצעו פיגועים. מסלול זה (רפיח-סיני-ישראל) מכונה על ידי מערכת הביטחון הישראלית בשם "ציר ה-ח'".
מסחר.
המנהרות מנוהלות כעסקים, בעיקר על ידי משפחת אבו סמהדאנה ואבו ריש, שתיהן ממוצא בדואי. ההברחות מניבות רווחים של עשרות אלפי דולרים לכל העברה. עלות בנייתה ותפעולה של מנהרה ממוצעת היא כ-90,000 דולר, ועשוי להגיע עד 120,000 דולר. המחזור היומי לכל מנהרה גבוה במיוחד, ועשוי להגיע עד 700,000 ש"ח. ידוע על משקיעים רבים שהשקיעו כספם במנהרות והולכו שולל. מקורות מסוימים דווחו על קשר כלכלי למשפחת ערפאת. נטען לכאורה כי חלק מהמנהרות נשלטו על ידי אחד ממנגנוני כוחות הביטחון של הרשות הפלסטינית ברשותו של מוסא ערפאת, קרוב משפחתו של יאסר ערפאת. עד להתנקשות בחייו בידי פלג פלסטיני יריב ב-2005, רבים האמינו כי הוא קיבל אחוזים מרווחי ההברחות. לפי הערכות של העיתון "אל-אהראם", יש בעזה כ-1,000 אנשים עם הון של יותר ממיליון דולר, שמקורו בהפעלת המנהרות.
על פי אחד הדיווחים, מחיר הברחת אדם ממצרים לרצועת עזה הוא 1,000 דולר. מחירו של רובה קלשניקוב ברצועת עזה עשוי להגיע ל-1,000 דולר לעומת מחירו בצד המצרי שעומד על 320 דולר לערך. עלותו של כדור בודד ברצועת עזה הייתה 3 דולר לעומת 0.8 דולר בצד המצרי, אולם לאחר הפיכת החמאס, ותפיסת מאגרי הנשק של הפת"ח, המחירים צנחו.
בתקופת ההפיכה במצרים (2013) כאשר מצרים סגרה חלק ניכר ממנהרות ההברחה שר הכלכלה של החמאס הצהיר כי רצועת עזה הפסידה בחודש אחד כ-225 מיליון דולר. לטענת הגרדיאן העיתון נחשף למחקר חשאי אודות המסחר העובר במנהרות ההברחה, ולפיו 65% מהקמח, 98% מהסוכר ו-52% מהאורז של רצועת עזה מגיעים ממנהרות ההברחה.
חשיפה והריסה.
ישראל.
לשם חשיפת והריסת המנהרות הקים צה"ל צוות של חיילים מחיל ההנדסה הקרבית שפעל בנושא. בשנת 2003 הוכפף צוות המנהרות לפלוגת הצמ"ה והמנהרות של אוגדת עזה, "אבירי הפלדה", ותחת פיקודו של אביב חקאני פיתח אמצעים ושיטות לחיפוש והריסת מנהרות. חלק מהשיטות פותחו על ידי חברת תמר חבלה. את המנהרות חשפו כלי צמ"ה ממוגנים ולוחמי הצוות, והן הושמדו באמצעות חומר נפץ שנישא בנגמ"שים. הצוות פעל תחת ירי כבד מצד הבתים של העיר רפיח ובתגובה לכך הרסו דחפורי D9 משוריינים מספר רב של בתים שנשקו לציר ושימשו כעמדות ירי או ככיסוי למנהרות.
ההצדקה או המניע להריסת בתים על ידי צה"ל במבצע נבעו מהרתעה, המושגת באמצעות פגיעה במסייעים לאלו שהוציאו לפועל, הריסת תשתיות טרור כגון מעבדות חבלה, מפקדות, מחסני נשק, מקומות מסתור, עמדות שולטות ויצירת מעבר לכלים משוריינים.
בין ספטמבר 2000 לבין מאי 2004 התגלו ונהרסו, על ידי צה"ל, 90 פתחי מנהרות שהובילו לכמה מנהרות המקשרות בין מצרים ורצועת עזה.