בתחילת 1893 התחילו להתעורר חששות שגורמים שונים יגלו התנגדות לקיומו של הקונגרס. עיקר החשש שהשלטונות העות'מאניים ינסו למנוע את הכינוס. פיאבי הנציג האפוסטולי בירושלים כתב לרומא שללא פירמן מהסולטאן לא יוכל לקבל באופן רשמי את פני באי הקונגרס, וביקש מראש "הפרופגנדה" לדוחובסקי רשות להיעדר מהעיר, אולם האחרון ביקש ממנו להישאר בירושלים. פיאבי גם חשש שזרם של צליינים צרפתי יפר את האיזון ביחסים עם הנוצרים המזרחיים ועם השלטונות העות'מאניים. ואכן אף אחת מ-11 הפגישות של הקונגרס לא התקיימה בפטריארכיה הלטינית.
באפריל 1893 כותב הקונסול הבריטי דיקסון, שבאמצע מאי יתקיים הקונגרס ומטרתו לדון בעניינים דתיים. הקונסול הבריטי ממשיך וכותב, שהכנסייה היוונית והכנסיות המזרחיות האחרות אינן מקבלות את הקונגרס בברכה.
התנגדות זאת, שניצניה הופיעו כבר בתחילת 1893, היא אחת הסיבות, שהוחלט לשים דגש על האופי הצלייני של הקונגרס. גם הקונסול הצרפתי Ledoux דווח, שהיוונים מתנגדים לקונגרס ויחד עם זאת בסיוע של 2 בישופים יוונים - קתוליים נעשה רבות להרגיע את היוונים.
ב-12 במאי 1893 יצאו כ-700 צליינים צרפתיים ממרסיי בדרכם לרומא שם קיבלו את ברכתו של האפיפיור. עוד קבוצה של 350 צליינים הפליגו ב-20 באפריל ישירות ממרסיי. הצליינים התבקשו להיות זהירים כדי לא לעורר את רוגזם של השלטונות הטורקיים, וכן לא לפגוע בכבודם של הכנסיות המזרחית.
ב-11 במאי 1893 כותב הקונסול הבריטי בירושלים דיקסון, שב-5 במאי 1893 הגיעו ליפו 2 אוניות קיטור. הקרדינל לנג'ניה הגיעו ליפו יומיים לאחר מכן ב-7 במאי 1893, שם התעכב זמן מה, היות שבקושטא התנהל משא ומתן עם השגרירות הצרפתית על תוכנה וצורתה של קבלת הפנים שתוכננה לנציגו האפיפיור. כן מדווח דיקסון, שנראה שגם יחידות צי צרפתיות יגיעו מביירות ליפו.
על פי דיווחו של Hallward סגן הקונסול מבירות מה- 26 במאי 1893 שהקרדינל הצרפתי לנג'ניה הגיע ברכבת מיוחדת מיפו ב-13 במאי 1893 ונתקבל על ידי הקונסול הצרפתי, ראש העיר ונציגים מכל הקונסוליות וקהל רב וביניהם צליינים צרפתיים. בין מקבלי פניו היו 38 בישופים מזרחיים ומערביים.
היה זה לדברי סגן הקונסול הבריטי ביקור ראשון של קרדינל בירושלים מאז ימי הצלבנים (כ 800 שנה קודם לכן). הקרדינל החליט שלא לבקר בכנסיית המולד בבית לחם לאחר שנודע לו שהיוונים אורתודוקסים לא יתירו לא להיכנס דרך הכניסה הראשית שנמצאת ברשותם.
הקרדינל לנג'ניה נשא את נאום הפתיחה של הקונגרס (שהעתק ממנו מצורף לדו"ח) ב-15.5.1893. בקונגרס השתתפו 27 בישופים 250 כמרים והנאומים נישאו בשפה הצרפתית.
לדברי המארגנים התאסף קהל של כ-100 אלף איש ברחובות ירושלים לקבל את באי הקונגרס שמספרם נאמר בכ-1,500 איש. באי הקונגרס צעדו לאורך מסלול של כ-12 ק"מ מלווים ביחידות צבאי ומשמר כבוד של הקוואסים (משרתים) של הקונסולים. ליד כנסיות הקבר קבלו את פני הקרדינל קבוצה גדולה של נזירים ויוונים. בתוך הכנסייה הקריא הקרדינל מכתב של האפיפיור (הבולה) והתקיימה תפילת הודיה (Te Deum). בתום התפילה הצהיר הקרדינל לנג'ניה חגיגית, שהפולחן הייחודי של הכנסיות המזרחיות ישמר. מתוך התוכנית שצורפה לדו"ח של Hallward, אנו למדים שבנוסף לנאום בכנסיית הקבר התקיימו ביקורים בכנסיית המולד, בבית לחם, במסגד עומר, בנהר הירדן ועוד מספר אתרים. כן התקיימו מספר מפגשים רוחניים בהם דנו במשמעות הדתית של ה"אויכריסט".
הקונגרס התקיים במנזר הפרנציסקני ובין המשתתפים החשובים הארכיבישוף היווני קתולי יוסף, הפטריארך פיאבי, הקרדינל דוטרלו וראש הקסטודיה הפרנציסקנית של ארץ הקודש קאסטלמדה (Castlemada). זמן רב הוקדש לכנסיות המזרחיות, שדובריהם דיברו ארוכות.
מטרת הקונגרס הייתה לקרב הזרמים השונים של הכנסייה הקתולית במזרח ויחד עם זאת ניתנה הבטחה שאין כוונה להחליף את הפולחן הייחודי של הכנסיות המזרחיות בפולחן הקתולי.
סגן הקונסול מסיים את הדיווח באמרו שלקונגרס אין משמעות פוליטית אם כי הוא מציין שמעמדה המיוחד של צרפת בארץ ישראל נשמר.
הקונגרס הסתיים ב-21 במאי 1893 ואת נאום הסיום נשא הקרדינל לנגניה. ב-25 במאי 1893 נערכה ארוחה חגיגית על ידי הקרדינל, שאליה הוזמנו נציגי כל הקונסוליות.
הקרדינל לנג'יה ניהל במהלך הקונגרס שיחות עם הבישופים המזרחיים, עם הפטריארך היווני גראסימוב ועם הבישופים הסורים והקופטים, כשחלק מהפגישות התקיים בכנסיית סנטה אנה, הנמצאת בדרך הייסורים (ויה דולורוזה).
התגובות לאחר הקונגרס.
הקהילות הלא קתוליות התייחסו לקונגרס בצורה קורקטית ומנומסת. בעת הגעת הקרדינל לארץ היוונים קבלו אותן באופן חגיגי בכנסיית הקבר, הארמנים קבלו אותו בצורה מכובדת הבישוף הסורי יעקוביטי מירושלים והבישוף הקופטי נפגשו עם הקרדינל והפגינו כלפיו רגשי ידידות (פגישה זאת התקיימה כאילו במקרה).
הקונגרס חיזק את מעמדם של ראשי הכנסיות המזרחיות. הבישוף דוטרלו, ראש הוועדה המארגנת, דווח לוותיקן על התקרבות בין הכנסייה היוונית - האורתודוקסית ולכנסיות המזרחיות. האפיפיור אמר בפגישה עם הקרדינל לנג'ניה לאחר הקונגרס, שהוא סבור שהכנסיות המזרחיות צריכות להמשיך בפולחן הייחודי שלהם. האפיפיור קבע, גם מתוך התחשבות ברוסים, שאינו רוצה להתקרב יתר על המידה ליוונים - אורתודוקסים.
עיקר הביקורת של הקרדינל הייתה מכוונת דווקא נגד הפטריארך הלטיני פיאבי, שבו ראה יריב קשה, וכן הייתה לו הסתייגות מסוימת מהפרנציסקנים. פיאבי היה מרוצה ממהלך הקונגרס, אך חשש מכך שהוא מעלה את יוקרת צרפת. הכומר הגרמני שמיץ דווח בעיתון Der heilige land, שהקונגרס העלה את קרן הצרפתים.
בעקבות הקונגרס החליט ראש המסדר הפרנציסקני ברומא, האיטלקי קנאלי (Canali), לערוך ביקור בא"י, לאחר שמזה מאות שנים לא נערך ביקור כזה. הוא הגיע שבוע לאחר סיום הקונגרס והקונסול הצרפתי היה סבור שהביקור נועד לאזן את השפעתם הגוברת של הצרפתים.
מיד לאחר הקונגרס השתררה מתיחות בין צרפת לרוסיה ביחס לארץ ישראל וזאת בשל פגיעה בסטטוס קוו בבית לחם על ידי כומר רוסי, ורצח של פרנציסקני על ידי מדריך תיירים רוסים. עם זאת, פעל הקונסול הצרפתי אצל עמיתו הרוסי ארסנייב והודיע לו, שליוזמי הקונגרס אין כל כוונות אנטי רוסיות.
הנציג האפוסטולי בבגדד דווח על התעוררות גדולה אצל הנסטוריאנים בעיראק וקורדיסטן והיעקוביטים בסוריה. ב-1895 דווח הפטריארך גריגוריוס על חזרה בתשובה של אלפי נוצרים.
בTimes- הלונדוני פורסם ב-13 יוני 1893, דהיינו כ-3 שבועות לאחר סיום הקונגרס מאמר סיכום מפי כתב העיתון בווינה. העיתון מציין, שהאפיפיור רוצה לקרב את הכנסיות המערביות לכנסיות המזרחיות הלא קתוליות מחד, ולחזק מעמדם של הצרפתים במזרח הקרוב מאידך. הממשלה הצרפתית שלחה יחידות של הצי הצרפתי המוצב ליד חופי סוריה להפליג לארץ ישראל.
ברומא הגזימו בפרשנות כאילו חלה התקרבות אמיתיות בין הכנסיות במערב לבין הכנסיות במזרח ואין שנוי משמעותי ביחסי מערב ומזרח.
הקונגרס הראה פעם נוספת את הקשר החזק בין הוותיקן וצרפת, שתחת חסותה נמצאות רבות מהמשלחות הקתוליות במזרח. הברית בין הוותיקן וצרפת היא פרי עבודתו של הקרדינל לביג'רי המנוח, מייסד מסדר האחים הלבנים.
אלפונס אלונסו, בן לאחת המשפחות הקתוליות הקשורות בקסטודיה הפרנציסקנית, פרסם בשנת 1902 חוברת בת 226 עמודים, שיוחדה כולה לקונגרס וכתב, שלקונגרס הייתה השפעה מזיקה, היות שהכפיפה את המטרות הרוחניות של הקונגרס למען קידום אינטרסים פוליטיים של הצרפתים.
במאמר בביטאון הרוסי של החברה האמפריאלית לא"י נאמר, שהקונגרס היה במהותו צרפתי, שפר את מעמדה של צרפת באזור, הפגין זלזול בזרמים המזרחיים ולא הביא לשפור ביחסים עם הזרם היווני. אותה דעה מביע גם פדאפודולוס בספרו על תולדות הכנסייה היוונית בירושלים.
בין היתר, תוצאות נוספות של הקונגרס:
הוקמה הפטריארכיה באלכסנדריה כדי לסייע לקופטים בהקמת סמינרים לכנסיות המזרחיים (כמו בסנטה אנה בירושלים).
בקושטא הוקמו ליוונים ולסלבים סמינרים מזרחים כדוגמת זה שהוקם בסנטה אנה בירושלים. במצרים הוקם סמינר לקופטים, בארץ ישראל לכנסייה הסורית ובאדרינפול לבולגרים. כן הוקם מרכז יווני קתולי בקושטא והוקמו מכללות ברומא ובאתונה. הוקמו מרכזים קתולים בטורקיה, יוון, הונגריה, אמריקה לחברי הכנסיות המזרחים.
הקונגרס בעיתונות העברית של אותה התקופה.
ב־30 באפריל 1893, פרסם עיתונו של בן-יהודה "הצבי" את הידיעה הבאה:
שבוע לאחר מכן כותב העיתון, שחלק מהשיירה הקתולית הגדולה - כשמונים איש - כבר באו הנה, והחלק היותר גדול - כארבע מאות איש - הלכו לחיפה ומשם שבו ובאו במסילת ברזל לעירנו אתמול ביום החמישי לפנות ערב. בתוך הבאים יש דם הארשוך של המרוניתים וראש העדות של העם הזה. ביום השבת או ביום ראשון צריכים לבוא עוד כחמש מאות איש קתוליים מכל העמים והארצות.
האספה הקתולית הכללית תהיה בעירנו היום, י"א באפריל (צ"ל 13 במאי), הוא יום בשבוע הבא.
גם מאלכסנדריה בא הכומר הארמני, האב פטרוס אפליאן לעמר על האספה את האוק (ראש הכמרים) של הארמנים הקתולים במצרים.
שבוע לאחר מכן ב-12 במאי 1893 מופיעה בעיתון ה"חבצלת", שעורכו היה יהושע פרומקין וביטא את הדעות של היישוב הישן, ידיעה קצרה:
בן-יהודה נתן באותו יום בעיתונו סקירה רחבה וכתב:
הדווח האחרון בעיתונו של בן יהודה הופיע כעשרה ימים לאחר מכן:
השערת abc