בבחירות למושלות של 1812 הוכתר גבריאל סלוטר, לימים מושל קנטקי השביעי, למועמד הפוטנציאלי לזכייה. עם זאת, הסלמת היחסים בין האימפריה הצרפתית, ארצות הברית והאימפריה הבריטית איימה לפריצת מלחמה עתידית בין שלוש המעצמות. כשהסיכוי התגבר הועלה שמו של שלבי לתפקיד המושל. סלוטר, שהתגורר בסמוך לשלבי, ביקר אותו ווידא כי אין ברצונו לרוץ שוב לתפקיד. שלבי ציין בפניו כי אלמלא יפרוץ משבר חירום לאומי, הוא לא יתמודד במסע הבחירות. מרוצה מתשובה זו החל סלוטר בקמפיין הבחירות שלו. במרוצת תקופת הבחירות הסלימו היחסים עם המעצמות האירופיות, וב-18 ביוני 1812 הכריזה ארצות הברית מלחמה על הממלכה המאוחדת, מלחמת 1812. תחושת הפחד ששררה ברחובות קנטקי הביאה את אזרחיה לעודד את שלבי להתמודד שוב לתפקיד. חודש אחר כך נרשמה מועמדותו של שלבי אצל רשם הבחירות.
בעת קמפיין הבחירות מתחו יריביו הפוליטיים, ובראשם המפרי משרל, ביקורת ורסוס שלבי על תגובתו למכתב השני של ג'פרסון בנוגע לפרשת האזרח ז'נה, ואף הטילו ספק בנאמנותו לארצות הברית. שלבי חפה על עצמו כשטען כי תגובתו נועדה להסב את תשומת ליבה של ממשלת המדינה למשבר במערב המדינה, וציין כי ההסכם שנחתם על ידי וושינגטון עם הספרדים הוא עדות לכך. במהלך החודש האחרון טרם מועד הבחירות הוטחו כלפי שלבי השמצות מטעם מתנגדיו; על רחובות קנטקי רוסס המונח "אבא שלבי הזקן" – כינוי גנאי לגילו של שלבי בעת הבחירות (62), ובעיתון ידוע-שם במדינה פרסם מידע ממקור אנונימי הוכיח לכאורה כי שלבי נסוג בקרב על קינגס מאונטיין, ולניצחונו אין אחיזה במציאות. ידיעה זו לא הניבה את הרעש הדרוש כדי לחבל במסעו של שלבי לתפקיד המושל. – תגובתו של אחד מתומכיו של שלבי לידיעה בעיתון. ככל שמערכת הבחירות התקרבה למועדה, התמלא שלבי בביטחון, והחל בהכנות הדרושות להשבעתו. הוא ניבא ניצחון של כ-10,000. לאחר ספירת הקולות, הוכרז שלבי כזוכה לתפקיד המושל עם 17,000 קולות. כשנשבע לתפקיד הפך למושל הראשון שכיהן שתי קדנציות לא רצופות.
את חלקה הראשון של תקופת כהונתו העביר בהכנות למלחמה הצפויה עם מעצמות אירופה. יומיים קדם להשבעתו, נפגש שלבי עם צ'ארלס סקוט, המושל הקודם של קנטקי, בבית הנבחרים המדיני, כדי למנות את ויליאם הנרי הריסון למייג'ור גנרל של מיליציית המדינה. הדבר נעשה לא כדין, שכן על פי חוקת המדינה, מפקד המיליציה חייב להיוולד באדמת קנטקי. הריסון, שכבר פיקד על המיליציות אל אינדיאנה ואילינוי, גייס קלגסים בניו פורט, בטרפ יציאתו ללחימה בפורט ויין. שלבי ראה בטוב את הפעילות הצבאי של הריסון, והפעיל לחץ על נשיא ארצות הברית ג'יימס מדיסון למנותו למפקד הכוחות הצבאיים של צפון-מערב המדינה. מדיסון נענה לבקשתו של שלבי, והדיח את ג'יימס וינצ'סטר מהתפקיד. במטרה להגדילה, שלבי תיקן את חוקי המיליציה, ונתן זכות לכל זכר בגילאי 18–45 לשרת בה (שרי המדינה הודרו מהתיקון). שבעת אלפים מתנדבים התגייסו למאבק, ושלבי עודד את נשותיהם לתפור פריטי לחימה לקלגסים.
לאחר הקרב על פרנצ'טאון, שגבה את חייהם של מאות חיילי קנטקי, התערער ביטחונם של שלבי ושל הריסון. במרץ 1813 ביקש הריסון תגבורת צבאית המונה כ-1,200 מתנדבים ללחימה בפורט מייגס. שלבי שלח את הקלגסים המבוקשים, הכוללים את בנו הבכור ג'יימס, תחת הגנרל גרין קליי. בהגיעם לשדה הקרב, פעלו החיילים לשחרור העיר מהמצור הבריטי–אינדיאני שהוטל עליה. כוחו של קליי צלח במשימה זו, אולם איבד חיילים רבים, שנלכדו ונטבחו על ידי האינדיאנים. דיווחים ראשוניים הכניסו את ג'יימס, בנו של שלבי, במניין ההרוגים, אך מאוחר יותר התגלה כי נלכד על ידי האינדיאנים ושוחרר בעסקת חילופי שבויים.
ב-30 ביוני 1813 שבו חייליו של הריסון בבקשה נוספת לגיוס מתנדבים. אולם הפעם דרשו כי שלבי יפקד עליהם. שלבי גייס כוח של 3,500 חיילים, כפול מהמספר שביקש הריסון. ג'ון קריטנדן, מושל קנטקי ה-17, מונה לשלישו האישי של שלבי בלחימה. כעת, הוביל האלוף שלבי את המתנדבים להצטרף להריסון במערכה שהסתיימה בניצחון אמריקני בקרב תיימז בקנדה. בחלוף המלחמה שלח הריסון למזכיר המלחמה ג'ון ארמסטרונג את דו"ח המלחמה, שם ציין לטובה את גבורתו הצבאית של שלבי. , כתב הריסון בדו"ח. בשנת 1817, בשלהי כהונתו, הוענקה לשלבי מדליית הזהב של הקונגרס על שירותו במלחמה. חבריו של שלבי עודדו אותו להתמודד לתפקיד סגן נשיא ארצות הברית, אך זה דחה את ההצעות.
בערוב ימיו ומותו.
כהונתו השנייה של שלבי הסתיימה ב-1816. הנשיא ג'יימס מונרו הציע לו את תפקיד מזכיר המלחמה של ארצות הברית, אך הוא נאלץ לסרב בשל גילו. באותה השנה הסכים לכהן כנשיא ארגון התנ"ך החדש בארצות הברית. שלבי נחשב לאישים החשובים ביותר בבניין הכנסייה פרסביטריאנית. בשנת 1818 ליווה את אנדרו ג'קסון בקניית חבל הארץ "ג'קסון". בנוסף, כיהן שלבי כנשיאה הראשון של החברה החקלאית בקנטקי, וכיושב ראש מועצת הנאמנים הראשונה של מכללת סנטר.
בשנת 1820 שותקו רגלו וזרועו הימנית. הוא נפטר ב-18 ביולי 1826, בביתו, לאחר שלקה בשבץ מוחי. בצוואתו, הוריש שלבי את כל רכושו ועבדיו לצאצאיו. גופתו נטמנה בחצר האחורית של אחוזתו. בשנת 1827 הוקמה מעל קברו אנדרטה לזכרו. בשנת 1952 הפך קברו של שלבי לאחד מאתריה ההיסטוריים של קנטקי. במרוצת השנים הוקמו תשעה מחוזות, אחת עשרה ערים ושלושה בסיסים צבאיים על שמו.
פרשת מותו של פנחס סגלוב
פנחס סגלוב היה יהודי חרדי תושב ירושלים שמצא את מותו בהפגנות השבת בשנת תשט"ז (1956).
לטענת עד ראייה סגלוב הוכה באגרוף על ידי שוטר, הוטח למדרכה והתעלף. מנגד טענה המשטרה כי על אף האלימות בהפגנה האמצעים שבהם השתמשו השוטרים לפיזורה לא חרגו מהחוק וכי אין ממצאים המוכיחים באופן וודאי כי סגלוב מת כתוצאה ממכה של שוטר.
בעקבות מותו ועל רקע הפגנות השבת הרבות שהתקיימו באותה תקופה החליטה הממשלה על הקמת ועדת חקירה בראשות השופט אליהו מני שקבעה כי המשטרה פעלה בהתאם לחוק ומשום כך אין להטיל אחריות פלילית על איש מהשוטרים שפיזרו את ההפגנה.
מותו של סגלוב איחד את היהדות הדתית על כל גווניה במחאה על האלימות המשטרתית העזה שהופעלה כנגד מחאות השבת בירושלים.
מותו של סגלוב.
ביום שבת כ"ה באלול תשט"ז (1 בספטמבר 1956) התקיימה עצרת תפילה של יהודים חרדיים בירושלים במחאה על חילולי השבת בעיר. העצרת בה השתתפו אלפי מתפללים התקיימה ללא תקריות אלימות, אולם בסופה התפתחו ברחובות הסמוכים לכניסה לירושלים התנגשויות אלימות בין חרדיים לחילוניים כאשר המשטרה מנסה להשליט סדר ולהפריד בין הניצים תוך שהיא משתמשת באלות ובזרנוקי מים.
פנחס סגלוב היה יהודי חרדי חוזר בתשובה, אב לשבעה (אחד מהם חייל בשירות קרבי) שבאותה עת היה בן 55. סגלוב השתתף בהפגנות השבת מפעם לפעם ועל אף שנעצר בחלקן, אין עדויות כי נהג באלימות כלשהי ולעיתים אף שימש כמגשר בין המשטרה לעצורים החרדיים בהפגנות. על פי עדותו של אחד השוטרים בהפגנה בה מצא את מותו ביקש ממנו סגלוב שיפעל להפסקת שפיכת מים על ראשיהם של המפגינים על ידי דיירי בניין סמוך שההפגנה החרדית הייתה למורת רוחם.
באזור השעה 9:00 נמצא סגלוב בסמטה סמוכה לבית החולים שערי צדק כשהוא במצב של עלפון, לאחר שעות של טיפול התדרדר מצבו ובשעה 20:30 נקבע מותו בבית החולים.
הלוויה והתגובות בציבור הדתי.
הלווייתו של סגלוב התקיימה ביום ראשון והשתתפו בה 10,000 מלווים. בהלוויה השתתפו בכירי הרבנים ונציגי הציבור הדתי והחרדי בארץ באותם ימים ובהם: הרב יצחק הרצוג - הרב הראשי לישראל, הרב פנחס אפשטיין - רב אב בית דין העדה החרדית, הרב יוסף כהנמן - מייסד וראש ישיבת פוניבז', השר יוסף בורג, סגן שר הדתות ד"ר זרח ורהפטיג וכן רבנים וחברי כנסת נוספים.
הזעזוע בציבור הדתי ממותו של סגלוב איחד את הציבור הדתי והציבור החרדי ובמאמר המערכת של עיתון הצופה באותם ימים נכתב: "ר' פנחס סגלוב שנרצח אתמול בידי זדים על שעמד ברחוב וביקש לא לחלל את השבת בירושלים, מצטרף למקדשי השם שקיימו בפועל ממש 'כי עליך הורגנו כל היום'... דמי של ר' פנחס סגלוב זועקים: מדוע אתם שוטרים ו'אזרחים חופשיים' שהתארגנתם בכוונה זדונית להכות בלי רחם, רצחתם יהודי ישר דרך ופצעתם עשרות שומרי שבת?"
קהילות יהודיות מרחבי העולם הצטרפו למחאה כנגד ממשלת ישראל ובניו-יורק התקיימה הפגנת אלפים בראשות הרב יואל טייטלבוים - האדמו"ר מסאטמר והרב אהרן קוטלר - מהבולטים שבמנהיגי הציבור החרדי בארצות הברית.
וועדת החקירה.
ב-2 בספטמבר 1956, יום לאחר מותו של סגלוב, התכנסה ממשלת ישראל ולאחר ישיבה סוערת קיבלה החלטה על הקמת וועדת חקירה בראשות השופט אליהו מני - נשיא בית המשפט המחוזי בירושלים. חברים נוספים בוועדה היו הרופאים ד"ר ולטר אבלס וד"ר אברהם שליזנגר (מנהל בית החולים שערי צדק), עו"ד חיים קורנגולד וד"ר יצחק נבנצאל מנהל המחלקה לפיתוח ירושלים בסוכנות היהודית ולימים מבקר המדינה.
נטורי קרתא התנגדו לוועדה בהרכבה זה ומנהיגם עמרם בלוי טען "זאת לא ועדה חוקרת, זאת ועדה מעלמת" וכי אנשיו יסכימו להעיד אך ורק בפני הבד"ץ של העדה החרדית.
גם סיעת חרות שישבה באותה עת באופוזיציה הביעה התנגדות להרכבה של הוועדה ודרשה להקים ועדת חקירה פרלמנטרית לחקר המקרה.
מטרות הוועדה היו לבדוק מי מארגן את הפגנות השבת בירושלים ואת הפגנות הנגד החילוניות, מהן סיבותיהן ותוצאותיהן של ההפגנות הללו, באלה אמצעים משתמשים המפגינים, מה קרה בשבת זו (כ"ה באלול תשט"ו) ומהן נסיבות מותו של סגלוב.
בנוסף התבקשה הוועדה להמליץ על אמצעים שיימנעו סכסוכים כאלו בעתיד.