מתנחלים רבים (בהם תמכו גם אנשי שמאל וקיבוצים מתנועת ארץ ישראל השלמה כמו יצחק טבנקין, מנהיג הקיבוץ המאוחד) רואים את עצמם כממשיכי דרכם של הקיבוצים ושל יישובי חומה ומגדל המממשים את הקריאה הציונית להתיישב בכל ארץ ישראל, אף בלב יישוב ערבי (כדוגמת תל חי שהייתה דגל הציונות וחניתה שהייתה סמל ליישובי חומה ומגדל), שכן "במקום בו תחרוש המחרשה היהודית את התלם האחרון שם יעבור גבולנו" (יוסף טרומפלדור). חרף זאת, לא זכתה תנועת "גוש אמונים" לתמיכה רבה בקרב אנשי ההתיישבות העובדת.
חלק מהמתנחלים ראו בהתנחלויות בחבלי ארץ התנ"ך הזדמנות להקים חברת מופת המשלבת תורה ועבודה, יהדות וציונות. כך, למשל, נטען על ידי המתנחלים שדגם היישוב הקהילתי, השכיח באזורים רבים בארץ, הומצא לראשונה ביישוב עפרה. רבות מההתנחלויות הן בעלות אופי של יישוב קהילתי-דתי, ובלא מעט מהן הוקמו מוסדות חינוך ממלכתיים-דתיים ותורניים, לרבות ישיבות, ישיבות הסדר ומכינות קדם-צבאיות (המכינה הקדם צבאית הראשונה, מכינת בני דוד, הוקמה בהתנחלות עלי). רבים מתושבי גוש קטיף התגאו בקהילה שהקימו ובנווה המדבר הירוק שהקימו בלב החולות של רצועת עזה. רוב היישובים הללו היו יחסית סגורים ואפשרו הקפדה על אורח חיים דתי אדוק, ובמקומות מסוימים אף חרדי.
התיישבות חרדית.
ברחבי יהודה ושומרון קיימים מספר יישובים עירוניים בעלי אוכלוסייה חרדית: ביתר עילית ומודיעין עלית שהן שתי ההתנחלויות הגדולות ביותר, אך גם בגבעת זאב, תל ציון (כוכב יעקב), עמנואל, מעלה עמוס ומיצד ישנה אוכלוסייה חרדית משמעותית. האידאולוגיה של התנחלויות אלה מבוססת על הרצון לחיות ביישוב שיהיו בו חרדים בלבד, והקמתן נבעה כפתרון דיור ולא ממניעים אידאולוגיים לאומיים. בחלק מיישובים אלה פועלת ועדת אכלוס, אשר תפקידה לדאוג לצביונה החרדי של אוכלוסיית העיר. התיישבות החרדים איננה זוכה להדים רבים בשיח אודות ההתנחלות, אף על פי שהם מהווים כשליש מאוכלוסיית המתנחלים. בחלק מיישובים אלה קצב גידול האוכלוסייה הוא המהיר ביותר, בפרט בשל ריבוי טבעי.
מעמד משפטי.
אחת הטענות של מתנגדי ההתנחלויות היא שהקמתן מנוגדת לחוק הבין-לאומי, ובעיקר לאמנת ז'נבה הרביעית, האוסרת העברת אוכלוסייה לאזור כבוש, כשהדיון גולש גם לשאלה על זכותה של ישראל על יהודה ושומרון.
ישראל סיפחה את מזרח ירושלים מיד אחרי מלחמת ששת הימים בהחלטת ממשלה שהתבססה על סעיף 11ב לפקודת סדרי השלטון והמשפט ואת רמת הגולן על ידי חוק רמת הגולן ב-1981, אך אף מדינה לא הכירה בסיפוחים אלה, למעט ארצות הברית בשנת 2019. אוסטרליה גינתה מספר החלטות של האו"ם נגד ההתנחלויות. בשנת 1988 הכריזה ירדן כי היא מוותרת על כל תביעותיה לריבונות בשטחים ביהודה ושומרון, אך ישראל לא סיפחה שטחים אלה ולא החילה עליהם את החוק הישראלי. מעמדם החוקי של אזרחי ישראל הגרים באזורים אלה הושווה בחלק מחוקי המדינה לזה של תושבי ישראל (למשל: ו), אולם השטח עצמו אינו מוגדר מבחינה חוקית כחלק ממדינת ישראל.
לפי פסיקת בית המשפט העליון, אחיזתה של ישראל בשטחים שלא סופחו היא בגדר תפיסה לוחמתית. לפי התפיסה המקובלת בעולם, הקמת יישובים בשטחים אלו מהווה הפרה של עקרונות אמנת ז'נבה הרביעית, לפיהם "המעצמה הכובשת לא תגרש ולא תעביר חלקים מאוכלוסייתה האזרחית לשטח שכבוש על ידה", אולם יש החולקים על תחולת פסקה זאת של האמנה על ההתנחלויות. טענה נוספת שהועלתה נגד חוקיות ההתנחלויות היא שישראל מפלה לרעה את הפלסטינים ומונעת מהם לבנות בתים, בעודה נותנת למתנחלים סיוע לבנייה.
מעמדם של יהודה ושומרון.
קיימת מחלוקת לגבי המעמד המשפטי של שטחי יהודה ושומרון שמעבר לקו הירוק. לרוב רואים בשטחים אלו שטח כבוש - זו העמדה הרשמית של רוב מדינות העולם, המשתקפת בהחלטות רבות של האו"ם, והדעה המקובלת בקרב מומחים למשפט בינלאומי, ביניהם גם מומחים ישראליים כגון פרופ' ארנה בן-נפתלי וד"ר אייל גרוס.
מנגד, יש הרואים בהם "שטחים שנויים במחלוקת", ומועלית הטענה שמכיוון שישראל כבשה את השטחים במסגרת הגנה עצמית במלחמת ששת הימים, זכותה להחזיק בשטחים עד השגת הסכם מדיני שיקבע גבולות אחרים. כך, למשל, המשפטן פרופ' סטיבן שוובל, יועץ משפטי למחלקת המדינה האמריקנית ולאחר מכן נשיא בית הדין הבינלאומי לצדק בהאג. פרופ' יוליוס סטון, פרופ' יוג'ין רוסטוב, ממנסחי החלטה 242, וכן משפטנים ישראלים, כגון פרופ' טליה איינהורן, ונשיאי בית המשפט העליון לשעבר שמעון אגרנט, ומאיר שמגר, אשר שוללים את הראייה של יהודה ושומרון כשטח כבוש, ואף רואים בישראל את בעלת הזכויות החזקות ביותר בשטחים אלה: יותר מירדן, שסיפוחה את יהודה ושומרון לא הוכר רשמית על ידי רוב מדינות העולם, ויותר מהפלסטינים, שמעולם לא הייתה להם ריבונות שם.
התומכים בהתנחלויות מבססים את חוקיותן מבחינת המשפט הבינלאומי על ההכרה הבינלאומית בזכותם של היהודים להקים בית לאומי בארץ ישראל. בועידת סן רמו (1920) החליטו 52 מדינות חבר הלאומים להפקיד בידי בריטניה את המנדט לשלוט בארץ ישראל לצורך מימוש סעיף 22 באמנת חבר הלאומים, הקובע כי "קהילות שבעבר נשלטו בידי האימפריה הטורקית הגיעו לשלב התפתחות בו ניתן להכיר באופן זמני בקיומן כאומות עצמאיות, וזאת בכפוף למתן סיוע וייעוץ מנהלי על ידי המעצמה המנדטורית עד לרגע בו יוכלו לעמוד על רגליהן". כתב המנדט הבריטי קבע כי "שום שטח ארצישראלי לא יינתן בצמיתות או בחכירה לממשלתה של מעצמה זרה כלשהי ולא יושם באיזה אופן שהוא תחת שלטונה" בנוסף, קבע כתב המנדט כי ממשלת ארץ ישראל תעודד "התיישבות צפופה של יהודים על הקרקע". לדברי המצדדים בגישה זאת, זכויות אלו נשארו בתוקף גם לאחר סיום המנדט הבריטי והקמת ארגון האו"ם במקום חבר הלאומים, וזאת על סמך סעיף 80 פרק 12 למגילת האומות המאוחדות המעגן את כל ההסכמים והחוקים הבינלאומיים הקודמים. לדבריהם, גם תוכנית החלוקה מ-1947 אין בכוחה לבטל זכויות אלו, כיוון שהיא נדחתה על ידי העולם הערבי. פרופ' דאגלס פיית' ששימש תת-מזכיר ההגנה אף הוסיף כי "אם ליהודים אין עתה שום זכויות חוקיות מוכרות בתביעתם ליהודה ושומרון כחלק ממדינתם, כי אז אין להם זכויות כאלה בשום מקום בארץ ישראל".
בנוסף, רבים מהתומכים בזכות ישראל על יהודה ושומרון מדגישים את הזכות ההיסטורית של היהודים אשר שלטו בחבל ארץ זה במשך מאות שנים לסירוגין, עד לחורבן בית שני.
מעמד ההתנחלויות.
קיימת מחלוקת האם אמנת ז'נבה הרביעית חלה על יהודה ושומרון, מכיוון שהאמנה מגדירה בסעיף 2 שהיא חלה על שטח שנכבש על ידי מדינה החתומה על האמנה מידי מדינה אחרת החתומה על האמנה. ישראל טוענת שכיוון שיהודה ושומרון לא הוחזקה באופן חוקי על ידי ירדן, האמנה אינה חלה עליה, אך עם זאת, מחילה מרצון באופן כללי את רוח האמנה.
קיימת מחלוקת האם האמנה מתכוונת לאסור על אזרחי המדינה הכובשת לעבור באופן וולונטרי לשטח הכבוש או רק על מדיניות גירוש כפוי של אזרחים לשטח הכבוש. לטענת הטוענים לאי חוקיות ההתנחלויות, כוונת האמנה היא שבתקופת הכיבוש, המדינה הכובשת חייבת להתייחס אל אוכלוסיית השטחים הכבושים הכפופה למרותה כאל אוכלוסייה מוגנת, ועל כן המדינה הכובשת חייבת למנוע באופן אקטיבי שינוי של המאזן הדמוגרפי בשטח הכבוש, ולמנוע מאזרחיה להשתמש במשאבי השטחים שתחת כיבושן (ובכלל זה משאבי קרקע, מים, מחצבים וכדומה). לעומתם טוענים משפטנים כי האמנה העוסקת בפשעי מלחמה מכוונת רק למנוע גירוש כפוי של אזרחים לשטח הכבוש, הן מבחינה פורמלית (המינוח המדויק באמנה, לצד "דפורטציה", הוא "טרנספר", מונח המתייחס להעברה, בדרך כלל שלא מרצון, של אוכלוסייה גדולה מחבל ארץ אחד לאחר; בפרסומי האו"ם שאינם דנים ישירות בישראל, המונח "טרנספר" מיוחד להעברה כפויה של אוכלוסייה), והן מבחינת "כוונת המחוקק" - ניסוח זה נבחר לאחר מאמצים רבים מצד מדינות אירופאיות כגון צרפת ואנגליה, להגן על האוכלוסיות שלהן בשטחי האימפריות שלהן בעבר. עמדת ביניים גורסת שהאמנה אוסרת על התנחלות ביוזמה ובמימון ממשלתי, אך אינה אוסרת על התנחלויות שהן יוזמה פרטית.
נציגים ישראלים רשמיים טוענים לחוקיות ההתנחלויות, ויש משפטנים זרים התומכים בעמדה זו. ביולי 2012 הוועדה לבחינת מצב הבנייה ביהודה ושומרון בראשות שופט בית המשפט העליון בדימוס אדמונד לוי, שהוקמה בהחלטת הממשלה, פרסמה את מסקנותיה, לפיהן ההתיישבות הישראלית ביהודה ושומרון חוקית, גם לפי המשפט הבינלאומי, ולישראל יש זכות להתנחל בכל יהודה ושומרון. מאידך מועצת הביטחון של האומות המאוחדות וגופים בינלאומיים רבים נוספים טענו שהקמתן הייתה בניגוד למשפט הבינלאומי. רוב מדינות העולם מתנגדות למדיניות הקמת ההתנחלויות של ישראל.
פינוי.
במקומות רבים בעולם ממשל חדש מעודד התיישבות של תושבי מדינתו בשטחים שסיפח, כגון ההתיישבות הצרפתית בחבל הסאר אחרי מלחמת העולם השנייה ועד 1957, או ההתיישבות האינדונזית במזרח טימור ובפפואה וההתיישבות הטורקית בקפריסין. לפי פרופ' יוג'ין קונטורוביץ' מאוניברסיטאות שיקגו וג'ורג' מייסון, גם כשהשלטון הזר מסתיים והטריטוריה מקבלת שלטון עצמי, אין דרישה לפנות את ההתנחלויות, או את תושבי הטריטוריה המשתייכים לקבוצה אתנית מסוימת, והדרישה הפלסטינית לפינוי המתנחלים חסרת תקדים.
עמדת הקהילה הבינלאומית.