התקיפה הפכה במהרה לסוגיה מרכזית בקרב מפלגות הליכוד והמערך במערכת הבחירות לכנסת העשירית, שהתקיימו שלושה שבועות לאחר מכן. בין דברי הביקורת על המבצע בלטה התבטאותו של ראש מטה ההסברה של המערך אותה עת, ולימים נשיא מדינת ישראל, חיים הרצוג. בריאיון לכתב ה-BBC בישראל בוב סיימון, זמן קצר לאחר פרסום ההתקפה, אמר הרצוג כי "יש משהו מוזר מאוד במועד שנבחר (להפצצה)"
מודעות הבחירות של המערך טענו שהפעולה מעוררת שאלות קשות והגדירו את בגין כאדם קל לשון וחסר שיקול דעת שלא ניתן לסמוך עליו. בעקבות הביקורת הפנימית בישראל הגיב בגין בחריפות וטען כי הוא לא היה מסכן אנשים במוות ובשבי למען שיקולי בחירות. בתגובתו לביקורת מצד הממשל האמריקאי של רייגן, אמר בגין כי ההחלטה על עיתוי התקיפה נפלה לאור התקדמות הכור לעבר הפעלה מעשית, כך שאילולא הושמד באותו עיתוי, תוך זמן קצר הייתה פגיעה בו כרוכה ביצירת ענן של נשורת גרעינית שהייתה פוגעת בילדי בגדד.
הבחירות לכנסת העשירית.
לקראת תחילת שנת 1981 היה מצבו של הליכוד בסקרים קשה. היו אף סקרים שנתנו למערך רוב מוחלט בכנסת. סדרת פרשיות חשפה מתחים וליקויים בתוך הממשלה, ונראה כי מנחם בגין אינו שולט עוד במצב והצטייר כמנותק וכלא שולט במפלגתו. במצב זה, שבו לכל רכיב מרכיבי הממשלה היה סדר יום שונה, והמצב הכלכלי מתדרדר מדי יום, החליט בגין בחודש ינואר להקדים את הבחירות, ואלו נקבעו ל-30 ביוני 1981.
בחירות 1981 נערכו בעיקר בין הליכוד ובין המערך, אך למעשה נערכו גם לאורך קו שבר עדתי, בין האשכנזים שהתייצבו לצד המערך ובין המזרחים שתמכו בליכוד ובבגין. במשך שנים חשו המזרחים (בעיקר יוצאי ארצות המגרב) זנוחים ומנוכרים על ידי מערכות השלטון במדינת ישראל. הם חשו כי הם מופלים ומקופחים על ידי האליטות והשלטון האשכנזי של מפא"י. הליכוד, ובגין בראשו, התייחסו למזרחים באופן אחר, ופתחו את שורות המפלגה ושורות ההנהגה במידה גדולה הרבה יותר בפני דור חדש של צעירים מזרחים שבאו מעיירות הפיתוח. על בסיס זה ניהל מנחם בגין את מערכת הבחירות הסוערת בתולדות מדינת ישראל, בהובילו עצרות המונים ברחבי ישראל ואת הנושא העדתי הפך לנושא מרכזי בבחירות. הוא הרבה לתקוף את "הקיבוצניקים המיליונרים עם בריכות השחייה שלהם" ולהציגם כנצלנים. אסיפות בחירות רבות של פרס הופרעו באלימות על ידי תומכי בגין ונזרקו עליו עגבניות. בגין מצידו לא פעל על מנת להקטין את הלהבות, ככל שחלף הזמן והתקרבו הבחירות דומה היה שבגין שב להיות "במיטבו". ראש הממשלה בן ה-67 נראה כמי ששואב הנאה רבה ממסע הבחירות, ובמיוחד מהצלחתו להלהיב את שומעיו בכיכרות. המערך, מאידך, לא טמן ידו בצלחת וניהל מערכת בחירות שעיקרה התקפה על מנחם בגין בכל דרך אפשרית מבלי לברור מילים, במטרה לנסות ולבלום את ההתאוששות של הליכוד בסקרים שנתפסה כהתאוששות אישית של בגין.
נאום הצ'חצ'חים.
ביום שבת, 27 ביוני, נערכה בכיכר מלכי ישראל עצרת הבחירות המסכמת של המערך. הגיעו עשרות אלפי אנשים לעצרת, תוך כדי שהם מניפים דגלים אדומים ושרים שירי פלמ"ח. בתחילת הערב עלה לבמה השחקן דודו טופז. באותו הזמן עוד לא באו לאספה אנשי תקשורת, פרט לכתב מעיתון "הארץ", וצוות צילום של חיים יבין לכבוד הסדרה שיועדה לשידור לאחר הבחירות, "הנבחרים". בנאומו, טופז אמר: . דבריו זכו לתשואות בעצרת.
למחרת נערכה במקום עצרת בחירות של הליכוד, ובה עלה מנחם בגין לנאום. את נאומו פתח בגין בניתוח ההבדל בין הליכוד לבין המערך. הוא טען שאנשי הקיבוצים הניפו דגלים אדומים, ואילו אנשי הליכוד מניפים דגלי תכלת לבן. הוא קישר בין תנועת העבודה לבין ברית המועצות, שסיפקה נשק לאויבי ישראל ושלחה עצירים פוליטיים למחנות ריכוז. הוא הוסיף וטען כנגד הקיבוצים, אותם הרבה לתקוף באותה מערכת בחירות, "הם שונאים קפיטליזם, אבל אוהבים את הקפיטל!". לאחר מכן הגיע שיא הנאום, אשר בו בגין תיאר בפני ההמון, שבעצרת המערך עמד על הבמה שחקן צעיר, וכאן הסתכל בגין בדף להיזכר בשם שקרא בעילגות מכוונת "דודו טופז". הוא ציטט את דבריו של טופז ותיאר כיצד כל תומכי המערך הריעו לדבריו של טופז, ואז פנה לדבר על עדות המזרח והצהיר כי טופז חילל את כבודו של שבט שלם בישראל. בגין גם תקף את חברי המערך מעדות המזרח, ובמיוחד את ח"כ שושנה ארבלי-אלמוזלינו (שהוצבה במקום השני ברשימה באותה מערכת בחירות), אשר לטענתו היו צריכים למחות על הפגיעה בעדות המזרח כפגיעה אישית. לסיום נאומו קרא בגין לנוכחים להתקשר אל כל מכריהם ברחבי הארץ: .
הקמת הממשלה.
ערב הבחירות נדמה היה כי ישנו שוויון בין המערך והליכוד. לאחר ספירת הקולות התברר, כי הליכוד ניצח את המערך בהפרש של עשרת אלפים קולות, והנשיא יצחק נבון הפקיד בידי מנחם בגין את הרכבת הקואליציה. בגין הצליח להקים קואליציה מבוססת על רוב דחוק של 61 ח"כים, והממשלה יצאה לדרכה ב-5 באוגוסט 1981, ה' באב תשמ"א. ביולי 1982 הצטרפה סיעת התחיה לקואליציה, וזו גדלה ל-66 ח"כים. ב-5 ביולי 1982 הצטרפה סיעת היחיד "התנועה להתחדשות ציונית חברתית", וחברה מרדכי בן-פורת מונה לשר בלי תיק.
קדנציה שנייה בראשות הממשלה.
יוזמות חקיקתיות.
בדצמבר החל תהליך חקיקה מזורז של "חוק רמת הגולן", אשר החיל את המשפט הישראלי על רמת הגולן. שמונה מחברי הכנסת של המערך הצביעו בעד החוק, וכל שלוש הקריאות הדרושות עברו ביום אחד. בנאומו מאותו יום הצדיק בגין את החוק:
הממשל האמריקאי הודיע כי הוא אינו מכיר בחוק וכי בתגובה לו הוא מבטל רכש מישראל. על כך הגיב בגין באומרו בזעם: "האם אנחנו מדינת וסאלים שלכם? האם אנחנו רפובליקת בננות?"
במרץ 1982 יזם בגין את הקמתה של ועדת חקירה ממלכתית בעניין רצח ארלוזורוב, שכונתה בשם ועדת בכור. הוועדה קבעה כי שני הצעירים הרוויזיוניסטים, אשר בשעתו הואשמו ברצח או באחריות לו, חפים מפשע, אך, מאידך, ציינה כי לא ניתן לקבוע מי היו הרוצחים והאם היה זה רצח פוליטי. החלטה זו לא שמה קץ למחלוקת בשאלת רצח ארלוזורוב, ונמתחה ביקורת על עצם הקמת ועדת חקירה ממלכתית לסוגיה היסטורית.
מלחמת לבנון.
מלחמת לבנון נפתחה כפעולה צבאית מוגבלת בשם "מבצע שלום הגליל". העילה למבצע הייתה התנקשות בשגריר ישראל בממלכה המאוחדת, שלמה ארגוב, על ידי מחבלים פלסטינים ב-3 ביוני 1982. את ההתנקשות ביצעו אנשיו של אבו נידאל, שהתנגדו לשלטון פת"ח באש"ף ונתמכו על ידי עיראק. הממשלה החליטה, חרף הסכם שביתת הנשק עם אש"ף מיוני 1981, על הפצצת מתקני אש"ף בלבנון, מאחר שנוכחותו והתבססותו נתפסה כמאיימת. אש"ף הגיב להפצצת ישראל בהפגזה על יישובים בצפון ישראל. ב-6 ביוני 1982 החליטה הממשלה ברוב קולות על מבצע צבאי בלבנון. בגין ואריאל שרון הורו על פתיחת מבצע רחב היקף בשם "מבצע שלום הגליל". מטרות המבצע השתנו במהלכו והן עד היום מקור לעימותים במערכת הפוליטית בישראל. בפקודת המבצע ועל פי ידיעת ראש הממשלה מנחם בגין, הוגבל המבצע לכניסת כוחות צה"ל עד 40 ק"מ צפונה מקו שביתת הנשק עם לבנון, מרחק הגדול מטווח הקטיושות. ברם, צה"ל לא עצר את כוחותיו עד הגיעם לביירות, בירת לבנון, ומטרת המבצע שונתה והייתה גירוש המיליציות של אש"ף מלבנון כולה וחבירה לפלנגות הנוצריות, ששיתפו פעולה עם ישראל, תוך יצירת ברית אסטרטגית עמן.
אחד האירועים התקשורתיים המפורסמים בזמן המלחמה אירע סביב כיבוש מצודת הבופור. אחר כיבושה הגיע מנחם בגין לביקור במצודה שצולם לטלוויזיה. במהלך הביקור פנה ושאל את אחד הקצינים "האם היו להם מכונות ירייה?" בהתייחסו למחבלים ששהו במתחם. שאלה זו נחרטה בתודעה כביטוי לחוסר בקיאותו של ראש הממשלה במהלכי הלחימה. בגין אף דיווח כי הבופור נכבש "ללא אבדות", אף על פי שהיה ידוע ששישה חיילים של סיירת גולני, בהם מפקדה, רס"ן גוני הרניק, נהרגו בעת הלחימה.
בגין קיווה כי המבצע לא יאריך ימים, כי כוחות צה"ל יישארו באזור קו ה-45 ק"מ מגבול ישראל, ושאחריו "תשקוט הארץ 40 שנה". אולם האירועים השתלשלו אחרת. ב-29 ביוני, בנאום שנשא בכנסת, הביא את ההצדקה ליציאה למבצע:
לאחר המצור על ביירות עזבו באוגוסט 1982 8,900 אנשי אש"ף, ובהם יאסר ערפאת, את לבנון דרך נמל ביירות והעבירו את מרכזם המדיני לתוניסיה. בכך הושג אחד היעדים של המבצע, אולם הדברים כבר הסתבכו, גם בהמשך, והלחימה הפכה, בעצם, למלחמה של ממש עוד לפני פינוי אנשי אש"ף לתוניסיה. צה"ל שקע בבוץ הלבנוני במלחמת הכול בכול, התעמת עם הצבא הסורי, הגיע עד ביירות, סבל מאבידות רבות, ובסופו של דבר הוכתם באחריות עקיפה לטבח שביצעו הפלנגות בפלסטינים במחנות הפליטים בסברה ושתילה. ועדת החקירה שקמה בעקבות הטבח, ועדת כהן, אמרה על מנחם בגין שלא שקל נכון את התוצאות הצפויות של מתן הרשאה לפלנגות להיכנס למחנות הפליטים. גם מעדותו בפני הוועדה עלה הנתק בין בגין לדרג הביטחוני.
המלחמה זכתה לפופולריות רבה בציבור בתחילת דרכה, וזיכתה את הממשלה ואת הליכוד בתמיכה גבוהה מאוד בסקרים. בראשית אוגוסט העניקו הסקרים לליכוד בין 57–61 מנדטים. אך ככל שהתקדמה המלחמה החלה עולה ביקורת ציבורית מחוגים שונים, אשר טענו כי המלחמה היא "מלחמת ברירה", טענה שחזרה והועלתה בהפגנות רבות נגד בגין מצד גורמים בשמאל. בחלק מהפגנות אלו נישאו שלטים שכינו את בגין ושרון רוצחים. מול בית ראש הממשלה התקיימה משמרת מחאה שקטה של אנשי שמאל, שבלטה בה כרזה עם מספר החללים, בהתאם לשינויים שחלו בו, במלחמת לבנון אשר בשלב כלשהו עבר את ה-600. שב"כ קבע כי הפגנה כזו, המתקיימת כ-8 מטרים מפתח בית ראש הממשלה עלולה להוות עבורו סיכון, אולם בגין סירב לבקש כי ירחיקו את המפגינים, על אף שמשמרת המחאה הטרידה את רוחו.