במאה השביעית נכבשה על ידי המוסלמים ומאז ועד המאה השש-עשרה הייתה מרכז חשוב של הח'ליפות המוסלמית שהשתרעה מבגדאד ועד קורדובה. גם כאשר לא הייתה קהיר בירת הח'ליפות, היא הייתה צומת דרכי המסחר החשוב ביותר. בקהיר ובאלכסנדריה הצטלבו דרכי המסחר בים וביבשה ממערב (צפון אפריקה וספרד) מזרחה (עיראק ואף הודו) ומדרום (אתיופיה ותימן) צפונה (סוריה, אסיה הקטנה, יוון, איטליה ואיי הים התיכון). היא נהנתה מכספי המכסים שהוטלו על הסחורות שעברו דרכה ומלומדיה העתיקו ספרים ואגרות שעברו דרכה (כפי שמדגימה הגניזה הקהירית).
קהיר הייתה בירתן של שלוש שושלות בח'ליפות האסלאמית: שושלת טולון (868–905), שהגיעה למעמד עצמאי לאחר שנפרדה הלכה למעשה מהשלטון המרכזי של הח'ליפות העבאסית שנשלטה מבגדאד, השושלת הפאטמית (969-1171) והשושלת האיובית (1172-1250).
אחמד אבן-טולון היה חייל של חיל-משמר ממוצא טורקי, שהוקם על ידי העבאסים ושכן בבגדאד. בשנת 868 נשלח אבן-טולון למצרים כדי למשול בה מטעם הח'ליף העבאסי אל-מועת'ז. במצרים נטל לעצמו אבן-טולון סמכויות נוספות וניהל באופן עצמאי את הכלכלה ואת כוחות הצבא המקומיים, כשהוא שולט על אוצר המחוזות סוריה ומצרים. בשנת 877 נשלח כוח עבאסי להדיח את אבן-טולון מכסאו כיוון שהלה לא הסכים לשלם מס מספיק גדול לח'ליף, אך אבן-טולון הצליח להדוף את המתקפה על שטחו ואף השתלט על סוריה בשנה שלאחר מכן. עם אוטונומיה מלאה, לאחר שכבר לא היה צורך לשלם מיסים לח'ליף העבאסי, התפנה אבן-טולון להשקעת משאבים בבניית תעלות השקיה וצי ימי נרחבים, שהעבודה עליהם תמרצה את הכלכלה המצרית באופן משמעותי. אבן-טולון העביר את הבירה מפוסטאט לאל-קטאיע (שתי הערים הן חלק מקהיר של ימינו) והקים שם את מסגד אבן טולון המפואר, אחד המסגדים הגדולים בעולם. הוא הותיר אחריו צבא עצמאי סדיר ומאומן היטב, כלכלה יציבה וממסד בירוקרטי יציב. האמירים המאוחרים יותר של השושלת לא היו מוצלחים והותירו את ניהול ענייני המדינה לעבדיהם ממוצא טורקי ואפריקאי. השליט החמישי והאחרון של שושלת טולון היה שייבן אבן אחמד אבן טולון, שלא הצליח להתנגד לפלישה הצבאית העבאסית, שהביאה לסופה של שושלת טולון בשנת 905.
השושלת הפאטמית נוסדה בשנת 909 על ידי עבדאללה אלמהדי באללה, שטען לזכות לשלטון על בסיס היותו צאצא של מוחמד, דרך בתו של מייסד האסלאם פאטִמה א-זהרה (ומכאן שמה של השושלת) ובעלה עלי בן אבי טאלב, בן דודו של מוחמד והאימאם השיעי. במהלך השנים כבשו הפאטימים את כל שטחי הח'ליפות העבאסית. ב-969 כבש אבו תמים מעד אל-מועיז את מצרים וקבע את מרכז הח'ליפות בקהיר. בסוף המאה ה-11 נאלצו הפאטמים להתמודד עם מסעות הצלב, ומצאו עצמם מבססים את שלטונם בתחומי מצרים בלבד. במאה ה-12 החלה המערכת הפוליטית הפאטמית להתערער, ומצרים נכבשה ב-1169 על ידי צלאח אל-דין, שפעל בשליחותו של השליט הסלג'וקי נור א-דין. צלאח א-דין כבש את מצרים לכאורה רק למטרת תשלום החוב ששליט מצרים, שאוואר, היה חייב לשלם לנור א-דין. אלא שבמהלך הכיבוש, שאוואר נהרג, והח'ליפות הפאטמית נותרה ללא יורשים. לאחר מותו של נור א-דין בשנת 1174 השתלט צלאח אל-דין על מצרים והשתמש בה כקרש קפיצה לשליטה בסוריה ובמרחבי הסהר הפורה, בראש השושלת הסונית האיובית.
השושלת האיובית הייתה משפחת שליטים מוסלמים ממוצא כורדי. בשיא כוחה שלטה על מצרים, סוריה, צפון עיראק, חלקים מארץ ישראל, ערב הסעודית ותימן. האימפריה האיובית, אותה הקים צלאח א-דין, התקיימה במרבית שנותיה כקונפדרציה של נסיכויות מקומיות שבראשן עמדו שליטים איובים. לכל השליטים המקומיים הייתה אוטונומיה שלטונית מסוימת בתחומם, והם נשבעו אמונים לסולטאן המרכזי שישב במצרים, אשר היה לרוב השליט המבוגר מבני השושלת.
חלק ממסעי הצלב כללו שאיפה לכבוש את מצרים או חלק משטחה. כך בשנים 1248 עד 1257 הונהג מסע צלב למצרים על ידי לואי התשיעי, מלך צרפת. המסע הסתיים בכישלון ובתשלום של כ-50,000 ביזאנטים (סכום השווה לכל ההכנסות הצרפתיות בשנה דאז), ששולמו ככופר על ידי המלך לואי עבורו ועבור אלפי חייליו שהובסו ונשבו על ידי הצבא המצרי.
התקופה הממלוכית.
במאה ה-13 עלה במצרים שלטון הממלוכים ששלטו בה עד המאה ה-16. הסולטנות הממלוכית נשלטה על ידי עבדים שרובם היו ממלוכים (עבדים-לוחמים שהתאסלמו). מרכז הסולטנות היה בקהיר, והיא השתרעה במשך מרבית זמן קיומה גם על ארץ ישראל ועל סוריה.
ראשית השלטון הממלוכי ב-1250, כאשר גדוד ממלוכי בשירות השושלת האיובית הביס את הצלבנים בקרב מנצורה ועצר את מסע הצלב השביעי. כשהבינו הקצינים הממלוכים שאין בכוונת הסולטאן האיובי החדש אלמלך אלמועט'ם תוראן שאה להעניק לממלוכים פרס על כך שהביסו את הצלבנים, חיסלו קוטוז וביברס את הסולטאן וייסדו למעשה את השושלת הבחרית. סגנו של קוטוז, קצין בשם אייבכ נשא לאשה את פילגשו של הסולטאן אל-מלכ אל-צאלח איוב, שג'ר אל-דור והפך לסולטאן הממלוכי הראשון. בני הזוג שלטו יחדיו, עד שבהתקף זעם רצחה שג'ר אל-דור את אייבכ. לאחר ששג'ר א-דור רצחה את אייבכ, תפס קוטוז את המלוכה. ב-1260 יצא הסולטאן קוטוז עם צבאו לבלום את פלישתו של מונגקה חאן המונגולי. קוטוז הצליח להביס את הצבא המונגולי בקרב עין ג'אלות (מעיין גוליית – הוא מעיין חרוד).
זמן קצר אחרי הקרב, רצח ביברס את קוטוז ועלה לשלטון. ביברס היה המחוקק שקבע את דמותה של ממלכת הממלוכים עד אחריתה, כ-250 שנה מאוחר יותר. במשך 17 שנות שלטונו קיצץ אט-אט במה שנותר מממלכת ירושלים הצלבנית. בשנים 1347–1382 סבלה האימפריה הממלוכית, כמו יתר העולם, מן המגפה השחורה והשלכותיה. אין מספר מדויק למתים, אך לפחות מאות-אלפים מתו במרחב המזרח התיכון. גם מקורות גיוס העבדים התדלדלו באופן חמור. הממלוכים פנו לרכישת ילדים-עבדים מן הבלקן ובעיקר מן העמים הצ'רקסים של הקווקז.
בשנת 1382 עלה לשלטון הסולטאן הצ'רקסי הראשון - ברקוק, אשר ייסד את השלטון הממלוכי הבורג'י (כיוון שמרכזה היה בבורג' - מצודת קהיר). ברקוק שלט שמונה שנים וממותו ואילך, במשך 125 שנה, התחלפו בשלטון סולטאנים צ'רקסים בתדירות גבוהה. בשנת 1453 עלה הסולטאן אל-אשרף לשלטון, אל-אשרף כונן יחסים חמים עם האימפריה העות'מאנית שכבשה באותן שנים את קונסטנטינופול, כיבוש אשר גרם לעושר רב במצרים. עם זאת, עם מינויו של חשק'דם כסולטאן ב-1463 התגלעה מחלוקת בין מצרים לאימפריה העות'מאנית ושני הצדדים ניהלו קרבות מדי פעם. שלטונם של הממלוכים במצרים הסתיים בשנת 1517 לאחר שזו נכבשה על ידי האימפריה העות'מאנית.
האדריכלות הממלוכית ניכרת במצרים במבנה המסגדים, המדרסות, הגשרים, הסבילים והספריות וניכר עד ימינו.
מצרים תחת הכיבוש העות'מאני.
בשנת 1517 נכבשה מצרים על ידי האימפריה העות'מאנית. לממלוכים שהמשיכו לשלוט במצרים נותרה אוטונומיה בענייני פנים בלבד. שלטון האימפריה העות'מאנית במצרים התקיים בשנים 1517 עד 1805 ובאופן רשמי עד 1882.
היסטוריה מודרנית.
מאבק צרפתי-בריטי על מצרים.
בשלהי התקופה העות'מאנית, בשנת 1798, פלש נפוליאון למצרים. כיבוש מצרים נעשה מתוך מטרה פוליטית לנתק את בריטניה, אויבתה המושבעת של המהפכה הצרפתית, מהודו, תוך פגיעה בממלוכים, בני בריתם. נפוליאון כבש עד מהרה את קהיר וסביבותיה, אך נותק מצרפת בעקבות השמדת הצי הצרפתי על ידי האדמירל הבריטי הוריישו נלסון בקרב אבוקיר. נפוליאון ביסס את שלטונו במצרים והחל לנוע לאורך חוף הים התיכון בכיוון ארץ ישראל, וכבש את ערי-החוף של אותה תקופה.
התקופה בה שהה נפוליאון במצרים הייתה בעלת חשיבות תרבותית נוסף על חשיבותה הצבאית: נפוליאון עצמו, וחוקרים שהגיעו עמו, תרו את מצרים בחיפוש אחר עתיקות. בתקופה זו החל המחקר על התרבות המצרית העתיקה, נתגלו קברים ומומיות של מלכיה, והתגלתה אבן רוזטה, בעזרתה פוענח מאוחר יותר הכתב המצרי העתיק. בנוסף, מיפה חיל ההנדסה של נפוליאון את האזור ויצר את המפה המפורטת, הידועה כמפת ג'קוטין, שהייתה בשימוש לאורך כל המאה ה-19 עד למיפוי הארץ על ידי הבריטים.
לאחר שלוש שנים של קרבות הובסו הכוחות הצרפתיים ונסוגו בשנת 1801. אבן רוזטה, אותה גילו, נתפסה על ידי הבריטים ונשלחה למוזיאון הבריטי בלונדון. עם זאת, נותרה מצריים עדיין תחת שלטון עות'מאני, ובשנת 1805 מונה מוחמד עלי לשליט מצרים. אף על פי שלהלכה היה וסל של האימפריה העות'מאנית, למעשה פעל באופן עצמאי ונחשב בדיעבד למייסד מצרים המודרנית.
שושלת מוחמד עלי 1805–1882.
מוחמד עלי באשא (1769–1849), גנרל, מדינאי, ובהמשך סולטאן מצרים, נחשב למייסד מצרים המודרנית. אף על פי שלהלכה היה וסל של האימפריה העות'מאנית, למעשה פעל עלי באופן עצמאי.
הוא מונה לסולטאן של מצרים בשנת 1805, לאחר שבמסגרת תפקידו הצבאי הצליח לעצור את התקדמות צבא נפוליאון. עם קבלת תפקיד הסולטאן והשתלטותו על המדינה טבח במנהיגים הממלוכים. בתחילה סייע לסולטאן העות'מאני מבחינה צבאית בסכסוכים אזוריים ומלחמות; אך בשנת 1831 נפרדו דרכיהם עד כדי מלחמה ביניהם.
מוחמד עלי ביצע רפורמות מקיפות במדינה, כגון הקמת צבא שהתבסס על האיכרים, שבו השתמש כדי להרחיב את גבולות מצרים. השקיע בתשתית ובנה תעלות ודרכים. במידה רבה היה אחראי להפיכתה של מצרים לאחת המובילות ביצור הכותנה. הוא הביא לרפורמות סוציאליות משמעותיות, בהן יצירת מוסדות לימוד מודרניים, אולם את עיקר מאמציו הפנה לחיזוק הכוחות המזוינים. מצרים הפכה למדינה חזקה, מתועשת ולמעצמה אזורית.