את ברית המילה ראה הרש"ר הירש כמצווה לאומית, ואת קרבן פסח כ"קרבן הלאומי". ומתוך כך, המאפיינים של קרבן הפסח גם היוו מאפיינים ליסוד האומה הישראלית. לכן החיוב לאכול את קרבן הפסח בבית אחד הבין כך "לא יחידים ולא המון עם, אלא בתים, אנשים שהתאחדו בקבוצות משפחה – הם הם היסוד שעליו בונה ה' את עמו", וכך ברית המילה מהווה תכונה אישית של הבא להצטרף לבית ששם ה' נקרא עליו. ויתר על כן כתב: "כשם שחפץ ה' לראות את הציבור רק כהשתקפו בבתים, כן ביקש ה' לראות את הבית רק במסגרת הכלל. אל יהיה הבית יחידה בודדת השייכת רק לעצמה, אלא כל בית הוא מקום - מטע, בו רוחו הלאומית ותפקידו הלאומי של הכלל יטופחו ויגיעו לידי השלמתם". ממילא, מתוך השקפה זו, מובנת מאד ההווא אמינא של התורה שדווקא הבכורים ישמשו ככהנים, שכן המייצג של כל משפחה הוא הבכור שלו, וכנציגי המשפחות של האומה היהודית היה לבכורים להתלכד יחד לחבר את כל "קבוצות משפחתיות אלה לציבוריות לאומית אחת".
הרב הירש ראה בתכונות אופי השונות בכל שבט מישראל כמכוון לכך ש"כל שבט ייצג סגולה לאומית מיוחדת", שאז עם ישראל בכללותו "יגלה לאומות את כוחו של האל המתגבר ומשתלט על כל דבר ארצי ואנושי ומעצב אותו כרצונו, לפיכך - אל תהא דמותו חד צדדית, כעם למופת ייצג סגולות לאומיות שונות זו מזו", ובעצם עם ישראל אמורים להוות בבואה של כל האנושות כולה, וכל אדם בעולם ימצא בתוך עם ישראל סגולה לאומית המותאמת לאופיו וכך גם הוא יוכל לעבוד את ה' לפי הדרך שהשבט ההוא בעם ישראל מייצג.
ההשקפה הלאומית של הרש"ר הירש נותנת הסבר נוסף לשאלת שורש האנטישמיות. ובאמת, אי אפשר לא לראות שדווקא הרפורמים, אלה שהרש"ר הירש נלחם בהם במלחמת קודש, השילו מעל עצמם הסממן הלאומי בו הרש"ר הירש רואה כסיבה לשנאתם של האומות: "עצם הופעת ישראל כגוי, כעם בין העמים, כשהוא חסר את כל מה שיתר העמים מבססים עליו את קיומם הלאומי, מערער את כל השיטה החברתית והמדינית של שאר אומות העולם, עד שאין לך דבר שהוא מבקש יותר מלמחות את ישראל מבין העמים". אמנם כאמור, מצד שני, דווקא הלאומיות היהודית הזאת עוד תביא לישועת העמים ותיקון העולם כאשר כל גויי הארץ יכוונו את דרכם ומוסרם על פי תורת ישראל.
בדרשתו בט' באב תרט"ו (1855) תקף רב רפורמי שטען כי המשך האבלות ביום הצום מהווה בגידה במולדת. הרש"ר אמר כי לו היו היהודים מייחלים לחידוש לאומי בלבד - היה הלה צודק לחלוטין, אך הדבר היחיד שמתאבלים עליו הוא ריבונות התורה. באוקטובר 1850, במכתב תשובה ששלח לשי"ר מפראג בנוגע לילד שלא נימול ושהוריו תבעו לרשמו כחבר הקהילה, הביע רש"ר הירש את עמדתו כי ראשית כל, אסור לבקש את הרשויות להתערב. הפתרון לסחף ההמון מהדת לא היה בניסיון לכפותה עליו כמימים ימימה אלא בהיפרדות: .
יחסו לפרשנות אגדות חז"ל.
הרש"ר הירש כתב, שאגדות חז"ל מבטאות את רוח היהדות, אך לא באופן מפורש, כי אם ברמזים. זאת על מנת שעיקר התורה תישאר בעל פה והכתובים ישמשו רק כמזכירים.
ביחס לסמכות דברי חז"ל בחלקי האגדה שבתלמוד ובמדרש, נקט הרש"ר הירש גישה מבדלת בין דברי חז"ל ההלכתיים לאלו העוסקים בענייני אגדה:
יחסו לארץ ישראל ולגלות ולשיבה לארץ ישראל.
הרש"ר הירש רואה בארץ ישראל את "ארץ התורה", המקום הייעודי – גם מבחינה גשמית גרידא – לקיום התורה, וה' רוצה שהיא תתקיים דווקא שם, והיא איננה רק כאמצעי בר תחליף בכל ארץ אחרת. הרש"ר הירש מכנה את הארץ: "גן עדן לעם התורה האלוהית", וזה מפני שהיא אחד משלושת העדים הנצחיים על גילוי כבוד ה' בעולם, בכך שהיא מגיבה בשפת שכר ועונש בהתאם לקיום או אי קיום התורה, דבר שלא קיים בשום ארץ אחרת. לכן גם ממילא, הצעד הראשון בגאולת ישראל - וגאולת העולם בכלל - הוא בכניסה לארץ ישראל, ודווקא משם יהיו אור לגוים.
אמנם, מצד שני, אין ארץ ישראל סיבת התאחדות של שבטי ישראל, ולא מתוך הארץ נולדה האומה הישראלית, אלא דווקא במדבר. דווקא שם הרחק מגבול הארץ נהיו ישראל לעם וקיבלו את החוקה שלהם התורה, וגם ניתן לקיים אותה – אמנם באופן מוגבל – בכל תפוצות תבל. רק אחרי שקיבלו את החובה המוטלת עליהם – עלו לארץ התורה ששם יקימו את מצוותיה, ורק בקיומה של התורה תלוי כל השגשוג של עם ישראל בארצו.
מפורסם מכתב שהרש"ר הירש כתב בתגובה לאיגרת ששלח אליו הרב קלישר מראשוני חובבי ציון. שם רואים בבירור שהרש"ר הירש התנגד לרעיון לאומי מצד עצמו, ללא ריח התורה, וחשש מפני הפיכת הרעיון הלאומי של ארץ ישראל למטרה בפני עצמה, שיכול להביא לשכחת העיקר – קיום התורה. ממילא, גם לא איבדו עם ישראל תפקיד וייעוד בגלות, וגם שם עליהם לקיים את הייעוד של גילוי מלכות ה' בעולם, שגם יגיע לפסגה שלו כאשר ישוב ה' ויקבץ אותנו חזרה לארץ ישראל שוב להקים את "מדינת התורה". לא יוכלו ישראל לקיים את תפקידם בין אומות העולם בצורה מושלמת, אלא דווקא בארץ ישראל כשהם "בטח בדד עין יעקב" פרודים מן האומות.
מתוך כך מובן, אם כן, מה שכותב הרש"ר הירש – על פי דברי ירמיהו הנביא – שבארצות הגולה, יחד עם האבל על חורבן ארצנו והתקווה לגאולה, עלינו מצד אחד לדעת להשתלב בנאמנות למדינה המארחת ולדעת שכאשר תגיע העת ה' ידאג לגאול אותנו מהגלות, דבר שרק יתקיים כאשר נמלא את חובותינו על פי התורה. הרי התורה יכולה להתקיים בחוץ לארץ מחד, וגם לא נוכל לשוב ללאומיותנו השלמה בארץ בלי קיום התורה כהלכה.
בנוסף, מדבריו בחורב ומהמכתב שלו לרב קלישר משתמע שהייתה לו עוד סיבה להתנגדות לפעולה אקטיבית לקידום הגאולה, וזהו איסור שלושת השבועות שבחז"ל, אך הוא לא שלל עקרונית פעולות התיישבות של יחידים בארץ ישראל, והיה שותף בפעילות ארגון הפקוא"מ, שסייע ליישוב הישן בארץ, ואף פרסם מכתב קריאה לסיוע למושבה פתח תקווה.
ספריו.
"איגרות צפון".
בשנת ה'תקצ"ו 1836 הוציא רש"ר הירש את ספרו הראשון, איגרות צפון, בשם העט "בן עוזיאל". הספר נכתב בשפה הגרמנית כחליפת מכתבים בין בנימין, הצעיר היהודי המתלבט, לבין חברו נפתלי, רב צעיר השומר אמונים למסורת. בנימין שוטח את טענותיו ותלונותיו על היהדות, ונפתלי מעורר אותו לשים לב לכך שכל היכרותו עם היהדות היא חלקית, חיצונית ושטחית, והוא לא בחן מעולם את השקפותיה של היהדות ביחס לשאלות היסוד, לתכלית האדם, ולתפקידו של עם ישראל. לאורך האיגרות נפתלי סוקר את משמעותה של היהדות ואת תפקידן של המצוות, ודרך כך משיב לתלונותיו של בנימין. הוא מסביר שבמהלך הדורות נשמר במסירות הקיום המעשי של המצוות, אך הרוח שעומדת בבסיסן נשכחה, ובשל כך בני הדור פוגשים יהדות בלתי מובנת ורבים מהם עוזבים אותה. הוא מציב כמשימה לדור את שאיבת רוח היהדות מתוך היהדות עצמה - התנ"ך ודברי חז"ל, ולא ממקורות חיצוניים, ובכך להפוך את היהדות למובנת. הוא מציג את תוכניתו לכתיבת ספר שיבאר את המצוות וטעמיהן; ספר זה יצא כתקדים לספר חורב, ע"פ דרישת המו"ל לבחינת ההתעניינות בנושאי הספר.
לימים תורגמו 'איגרות צפון' גם לעברית (מספר פעמים ועל ידי מתרגמים שונים). בהוצאה החרדית נצח הודפס החיבור עם צנזורה ועריכה של חלק קטן מן האיגרות, כך שיסתירו את ביקורתו של רש"ר הירש על החרדיות המזרח אירופית (לה הוא רומז בדבריו כנגד היצמדות טכנוקרטית לדקדוקי מצוות מעשיות מצוות אנשים מלומדה), את הבעת ריחוקו מעולמה הרעיוני והספרותי של הקבלה, ביקורתו על גישתו של הרמב"ם וכן על הנטייה הישיבתית להתעלם מלימוד התנ"ך במקורו. ההוצאה האחרונה היא של מוסד הרב קוק משנת תשע"ז, תרגום של ד"ר אברהם פורת, ובלי הצנזורה של הוצאת נצח.
"חורב".
לאחר הצלחתו של איגרות צפון, בשנת ה'תקצ"ז הודפס הספר 'חורב'. הספר מחולק למאמרים בנושאי המצוות ו"המידה המוטלת עלינו לקיימן". הספר כתוב בסגנון דיבור רטורי, כמו היה הרב הירש נואם אל הקורא דרך דפי הספר. חורב זכה לתפוצה רחבה ולביקוש רב, בגרמניה ומחוצה לה. לספר היה תפקיד מכריע בתהליך השיבה ליהדות המסורתית בגרמניה וגלילותיה. תקדים זה פתח שערים בפני רחוקים לשוב אל היהדות בשפתם, והביא בעקבותיו רבנים ואנשי חינוך לכתוב ספרים נוספים בהגות והשקפה יהודית בשפה המדוברת. תפוצת הספר 'חורב' הביאה למינויו של הרב הירש לתפקיד רב הקהילה החדשה האותודוקסית בפרנקפורט.
כאמור, ספרי הרב הירש נחלו הצלחה כבירה. צבי גרץ, לימים היסטוריון נודע, שהיה אז בחור צעיר, התרשם מהם כל כך עד שהגיע לביתו של הרש"ר הירש כדי ללמוד ממנו ועשה במחיצתו שלוש שנים מחייו. בהמשך חייו, אף על פי שפנה והפך לאחד ממבשרי היהדות הקונסרבטיבית ולאויבו המושבע, כינה גרץ את הרש"ר הירש "מורה בלתי נשכח" ו"ידיד אבהי".
כתבים נוספים.
מעבר לספריו המפורסמים של הירש, חורב, איגרות צפון ופירושו הגדול לתורה (במסגרתו גם תרגם את התורה וההפטרות) כתב הירש עוד מגוון גדול של ספרים ומאמרים בתחומים שונים ביהדות. חלק ממאמריו של הירש התפרסמו לראשונה בכתב העת "ישורון" אותו יצר הירש ולימים נאספו ופורסמו באוספים ייעודיים. עד כה תורגמו רק חלק מכתביו הנוספים של הירש לעברית ולאנגלית, ואלו פורסמו בבמות שונות. כלל כתביו הוצאו לאור במקובץ בין 1902 ל-1910, בדפוס קאופמן שבפרנקפורט, בשישה כרכים. אוסף זה תורגם ברובו לאנגלית על ידי הוצאת פלדהיים בשם Collected Writings of Rabbi Samson Raphael Hirsch. כמו הצנזורה של "איגרות צפון" בהוצאת נצח, אי-פרסום של כתבים אחרים נבע מהקושי של העולם האורתודוקסי עם דעותיו. דרשתו הנלהבת לזכר פרידריך שילר, לדוגמה, עוררה מבוכה לאחר השואה ולא תורגמה. בין כתבים וספרים נוספים אלו ניתן למנות: