נוכח התגברות ההתנגדות למלחמות באזור ונוכח הביקורת על התנהלותו של בוש, נרשמה ירידה בפופולריות שלו. בשלהי שנת 2006 יצא בוש בסדרת נאומים בנושא המלחמה בעיראק, שבהם הודה כי נעשו שגיאות אסטרטגיות בעיראק ואמר כי הוא נוטל אחריות עליהן. למרות זאת טען כי על ארצות הברית "להמשיך במסלול", והאשים את אלו הקוראים לנסיגה, ברצונם "לברוח" מעיראק, מבלי לקחת בחשבון את האינטרס הלאומי האמריקני. מאוחר יותר קבע בוש: "אני לא מתכוון להסיג את חיילנו משדה הקרב לפני שהמשימה תושלם". ב-10 בינואר 2007, הציג בוש אסטרטגיה חדשה לניהול המלחמה ("The New Way Forward", "The Surge"), שמטרתה הייתה להשיג הכרעה בעיראק ולייצב את הביטחון במדינה באמצעות תגבור הצבא האמריקני ששוהה במדינה בכוח נוסף של כ-21,500 לוחמים. לצד תמיכה מצומצמת בתוכניתו של בוש, היא עוררה התנגדות חריפה ונרחבת, בין השאר גם בקרב נציגים רפובליקניים שהביעו מורת רוח מכוונות הממשל. גם בקרב הציבור האמריקאי שהיה שבע מלחמות, שררה ההתנגדות מקיפה לתוכנית, שמשמעותה הייתה העמקת המעורבות האמריקנית בלחימה. מכל מקום, התוכנית יצאה אל הפועל כבר באותו חודש. בתחילה לא היה כל שינוי משמעותי במפלס האלימות, אך לאחר מספר שבועות החלה להירשם ירידה מתמדת במספר ההרוגים, דעיכה משמעותית בעוצמת הטרור, ושליטה יציבה יותר של ממשלת עיראק במדינה. גורמים רשמיים בארצות הברית ובעיראק ציינו לטובה את תגבור הכוחות האמריקנים שיזם בוש, כגורם להחזרת השקט לעיראק. גם במערכת הפוליטית ובתקשורת, רווחה בדיעבד דעה חיובית על המהלך. במרץ 2007 הורה בוש על תגבור הכוח האמריקני באפגניסטן ב-3,500 לוחמים נוספים.
המשבר הכלכלי העולמי.
נתוני הצמיחה הכלכלית שהיו חיוביים בתום כהונתו הראשונה של בוש, החלו להצביע על מגמת ירידה החל מראשית כהונתו השנייה.
בראשית שנת 2006 התפוצצה בועת הנדל"ן בארצות הברית ובחודש דצמבר 2007 חוותה המדינה משבר כלכלי רחב, שהיה המשבר הכלכלי הגדול ביותר שפקד את ארצות הברית מאז השפל הגדול שהתרחש בשנת 1929. ההשלכות המידיות של המשבר, היו צניחה במדדי המניות השונים בבורסות, ערעור יציבותם של מוסדות פיננסיים, קריסה של ענף המשכנתאות, עלייה ניכרת במחירי הנפט וירידה בערך הדולר. כמו כן האבטלה המריאה ועברה את סף ה-8% בשנת 2009, הכנסות המדינה צנחו, והצמיחה הכלכלית ירדה באופן חד.
תגובת ממשל בוש למשבר הייתה גיבוש תוכנית חילוץ חסרת תקדים שמטרתה הייתה לייצב את כלכלת ארצות הברית. התוכנית כללה העברת מהלך חקיקה בקונגרס (Emergency Economic Stabilization Act of 2008) שיסמיך את הממשל להשקיע 700 מיליארד דולר מכספי הציבור האמריקאי לצורך רכישת משכנתאות בעייתיות מידי הבנקים האמריקאים שנקלעו למצוקה, על מנת להצילם מפשיטת רגל. ב-29 בספטמבר 2008 דחה בית הנבחרים של ארצות הברית את הצעת החוק המקורית של תוכנית החירום, ברוב של 228 מתנגדים מול 205 תומכים. ב-3 באוקטובר 2008 אישר בית הנבחרים גרסה מתוקנת של החוק ברוב של 263 תומכים מול 171 מתנגדים. שעות ספרות לאחר אישור החוק בקונגרס, חתם עליו בוש והוא נכנס לתוקף. התומכים בתוכנית החילוץ טענו כי התערבות הממשל בשוק נועדה למנוע משבר אמון בתחום האשראי, ולמנוע את החרפת המצב הכלכלי. המתנגדים לתוכנית החילוץ מחו על עלות התוכנית והרחבת הגירעון, וטענו בין השאר כי לא נלקחו כלל בחשבון אלטרנטיבות נוספות.
רוב הציבור האמריקני סבר כי בוש היה האחראי המרכזי למשבר הכלכלי. מומחים רבים טענו כי המדיניות הרגולטורית שהנהיג בוש בתחומי הנדל"ן הייתה בעייתית וכי הסחר בניירות ערך היה אחד מהסיבות לפרוץ המשבר. עוד טענו נגדו כי הקיצוצים במיסים ומימון המלחמות במזרח התיכון תרמו אף הם לגידול בגירעון ולהתפתחות המשבר. אחרים טענו כי המדיניות הרגולטורית של בוש הונהגה כבר על ידי הנשיא ביל קלינטון, וכי בוש דווקא מיתן מדיניות זו.
יחסו לישראל.
בוש נכנס לתפקידו בבית הלבן בעיצומה של האינתיפאדה השנייה, כארבעה חודשים לאחר שפרצה, וזמן קצר לפני עלייתו של אריאל שרון לשלטון בישראל. לנוכח כישלון ועידת קמפ דייוויד, החל ממשל בוש למתן את התערבותו בכל הקשור לסכסוך הישראלי-ערבי בכלל, ולסכסוך הישראלי פלסטיני בפרט. בוש נחשב לנשיא ידידותי במיוחד למדינת ישראל, ולפיכך זכה לאהדה רבה בקרב הציבור הישראלי. בוש הגן באופן עקיב על ישראל בשדה הדיפלומטי, וביטא את תמיכתו בה בהזדמנויות שונות. היו שהסבירו כי מספר גורמים תרמו להיווצרות היחסים ההדוקים עם ישראל: יחסיו הטובים של בוש עם גורמים בפוליטיקה הישראלית טרם היבחרו לנשיא, קרבתו לחוגים נוצריים אוונגליסטיים פרו ישראלים, התגברות הנטייה הפרו ישראלית בארצות הברית לאחר פיגועי 11 בספטמבר, והתמקדות הממשל האמריקאי במלחמה בטרור. במהלך הקדנציה הראשונה של בוש, שחפפה במידה רבה את זו של שרון בישראל, התעצמה תמיכתו של הממשל האמריקני בישראל. החל משנת 2002 ניתק ממשל בוש כמעט לחלוטין את הקשר עם הנשיא הפלסטיני יאסר ערפאת, והאשימו בעידוד הטרור ובהכשלת תהליך השלום. עם זאת באשר לנושאים כמו הקמתם והרחבתם של התנחלויות וכן חדירת תוואי גדר ההפרדה אל עומק תחומי יהודה ושומרון, שמר הממשל על התנגדותו לכל שינוי בסטטוס קוו.
במהלך כהונתו הראשונה, ניסה בוש מספר פעמים להחיות את תהליך השלום בין ישראל לפלסטינים. ב-24 ביוני 2002 נשא נאום בבית הלבן שכונה לימים "חזון הנשיא בוש", נאום שבו הציע מתווה שעיקרו פתרון שתי המדינות. ניסיון נוסף נעשה ב-26 בפברואר 2003, כאשר הציג את תוכנית "מפת הדרכים לשלום", שהייתה דומה מחד במתכונתה לתוכניתו הקודמת, אך הציגה מאידך לוח זמנים ברור יותר לפתרון הדרגתי של הסכסוך. ב-5 ביוני 2003, התקיימה ועידת פסגה בעקבה בהשתתפות בוש, אריאל שרון, אבו מאזן, והמלך עבדאללה, שהייתה אמורה לסמן את תחילת יישום מפת הדרכים אך ההתקדמות בתהליך הייתה איטית, שכן לאור ההידרדרות הביטחונית בשטח, וההסתבכות האמריקנית בעיראק, מיתנה ארצות הברית את פעילותה בזירה הישראלית-פלסטינית.
לאחר פרסום תוכנית ההתנתקות של שרון בדצמבר 2003, התייצב בוש לצידו של שרון ופרסם מכתב תמיכה במהלך, שמטרתו בין השאר הייתה לרכך את ההתנגדות להתנתקות של חלק מהציבור וממקבלי ההחלטות בישראל. בוש גרס כי בעיית הפליטים הפלסטינים אמורה להיפתר במסגרת המדינה הפלסטינית, וכי יש להתחשב בגושי ההתנחלויות בעת קביעת קו הגבול העתידי. בינואר 2006, מונה אהוד אולמרט לראשות הממשלה בישראל במקום אריאל שרון שחווה שבץ קודם לכן. בדומה לקודמו בתפקיד, רקם בוש יחסים קרובים גם עם ראש הממשלה החדש. בנובמבר 2007, לקראת סוף כהונתו של בוש, יזמה ארצות הברית את ועידת אנאפוליס – ועידה בינלאומית שהתכנסה בעיר אנפוליס, בירת מרילנד – שבמסגרתה חתמו כל הצדדים על הצהרה משותפת הקוראת להגיע לפתרון של פתרון שתי המדינות לא יאוחר מסוף שנת 2008 והייתה אחת התוצאות של השיחות בין אבו מאזן לאולמרט. כקודמותיה, גם יוזמה מדינית זו לא הצליחה להביא לפריצת דרך.
לאחר נשיאותו.
לאחר תום כהונתו כנשיא, שב ג'ורג' ווקר בוש לטקסס, רכש בית חדש בדאלאס, ועבר להתגורר שם עם רעייתו. במשך השנתיים הבאות מיעט להופיע בציבור. בשנים אלו הקדיש חלק ניכר מזמנו לכתיבת ספר זיכרונות (Decision Points), וכן להקמת מרכז נשיאותי הקרוי על שמו.
בשנים 2010 ו-2011, העניק שורה של ראיונות לתקשורת במטרה לקדם את ספר הזיכרונות שכתב. ב-2 במאי 2011, התקשר הנשיא המכהן, ברק אובמה, לבוש ובישר לו על חיסולו של אוסאמה בן לאדן, ולאחר מכן הזמינו להשתתף בטקס יום השנה העשירי לפיגועי 11 בספטמבר שנערך בניו יורק. זו הייתה הזדמנות עבור בוש להתייחס לנושא הפיגועים והטרור במספר ראיונות שהעניק באותה עת לתקשורת. בוש קידם גם יוזמות חברתיות שונות, ובין השאר הקים עם ביל קלינטון קרן סיוע לגיוס תרומות להאיטי, בעקבות רעידת האדמה שפקדה את המדינה בשנת 2010.
ב-2 באפריל 2013, חנך בוש בקמפוס של האוניברסיטה המתודיסטית הדרומית (SMU) את המרכז הנשיאותי ג'ורג' ווקר בוש (George W. Bush Presidential Center). המרכז כולל מוזיאון שבו מוצגים באופן אינטראקטיבי הדילמות שאיתן התמודד במהלך כהונתו, קורות חייו ומורשתו, ספריה נשיאותית גדולה, ומכון מחקר הנושא את שמו. בשנת 2014 פרסם בוש ביוגרפיה פרי עטו על אביו, (41: A Portrait of My Father) הנשיא לשעבר ג'ורג' הרברט ווקר בוש.
בשנים שלאחר כהונתו, מלבד הבעת תמיכה במועמד הרפובליקני מיט רומני בבחירות 2012 (וב-2008, הבעת תמיכה בג'ון מקיין, דבר אשר למעשה התרחש עוד קודם סיום כהונתו), נמנע בוש בדרך כלל ממעורבות משמעותית בפוליטיקה האמריקנית, ושמר לרוב על פרופיל נמוך בנושא. כך למשל הקפיד גם במעט הופעותיו התקשורתיות להימנע מהצגת ביקורת ישירה על יורשו בבית הלבן, ברק אובמה.