ב-22 במאי 1945, מייג'ור גנרל ריינהרד גהלן נכנע ל"חיל הריגול המסכל" (CIC) של צבא ארצות הברית. גהלן שהיה, בשלוש השנים הקודמות, האחראי על יחידות הריגול של הצבא הגרמני בחזית המזרחית הכיר, בזכות כך, מספר רב של סוכנים ומסמכים שהעידו על אופיו ופריסתו של הצבא האדום באירופה. הוא הציע לאמריקאים לנהל משא ומתן כדי להעביר להם את המידע שברשותו ולאחר שנענו להצעה, פרנק וויזנר תשאל אותו אודות המידע שברשותו. חקירתו של מייג'ור גנרל ריינהרד גהלן והערכת אמינות המידע שמסר, נערכה יותר משנה. אחת השאלות שנבחנו בהערכת אמינות המידע שסיפק הייתה, האם גהלן הוא לא חלק מפעולת עוקץ של ריגול נגדי סובייטי. בשנת 1947, ביקש הפנטגון מה-CIA לקח לידיו את האחריות על תיק גהלן. אף על פי שונדנברג ביצע את כל ההחלטות המכריעות בתיק העוסק בארגון גהלן, כתב הלמס מאוחר יותר כי "האחריות המתמשכת הייתה שלי".
גהלן הצליח להקים מחדש את רשת הסוכנים ואנשי הקשר, ואף הכשיר סוכנים חדשים. הלמס טען, שבתקופת שיתוף הפעולה עם גהלן, הושגו כמויות משמעותיות של מידע איכותי על הסובייטים. עם זאת, נלוו לכך גם צרות. לפי הלמס, ה"יחידה לשירותים אסטרטגיים" (SSU) התמודדה עם מחסור בסוכנים שמתאימים לעבודות שטח. המועמדים לתפקיד הגיעו ממגוון רב של רקעים ונטיות כמו: מתנגדים לפשיסטים שנחשדו ישירות כתומכי קומוניסטים. בשל כך, רבים נפסלו. בארגון גהלן, גם כן, רבים מהמועמדים נחשדו מאחר ששירתו במשטר הנאצי. עקב אי יציבותה של אירופה שנמשכה עד סוף שנות הארבעים של המאה העשרים, כל מי שהיה מעורב בפעילות תחת משטר של מדינה זרה בזמן המלחמה, נחשד וסווג בבחינה זהירה. בנוגע למידע ומקורותיו של ארגון גהלן, איכות התוצאות של עבודתם המודיעינית החלה להתדרדר, ובסופו של דבר, סוכנים סובייטים הצליחו לחדור גם לארגון גהלן. בעקבות כך, למד הלמס כי אופורטוניסטים עלולים לפברק מידע במטרה לשמור על שכרם. בהמשך היו רפורמות וקיצוצים ב-SSU והוגדר כי יש להיזהר ממידע מטעה ששתלו הסובייטים. הלמס ציין כי ארגון גהלן היווה את הבסיס לשירותי הביון של הרפובליקה הפדרלית החדשה של גרמניה.
כשהסובייטים ערכו ניסויים, שכללו פיצוצים מבוקרים, של נשק גרעיני בספטמבר 1949, הממשל האמריקאי הגדיל את התקציב במטרה לרגל אחר האירוע ולהשיג מידע מרבי. עד מהרה, "לגיון של פוליטיקאים גולים, קציני מודיעין לשעבר, סוכנים לשעבר ויזמים שונים" החלו לסחור ב"מידע מפוברק לפי הזמנה". כמה ארגונים, שבראשם עמדו פוליטיקאים בכירים לשעבר, החלו ליצור תעשייה של מידע מפוברק, שהגיעה לשיאה בשנת 1952. אותם נתונים מזויפים יכלו להימכר לארגוני ביון של מדינות זרות. במאמץ לחשוף את ההונאות, ה-CIA גילה שחקירה ולמידה של דרכי השגת המידע המפוברק, אפקטיביים הרבה יותר מהניסיון להעריך אם המידע השגוי שהופק נכון. כל זאת בתקופה בה היה מחסור בסוכני שטח מנוסים. לבסוף ה-CIA העביר שורת נהלים נגד הונאות וזיופים והדריך שירותי ביון נוספים של הממשל האמריקאי לפיהם. גנרל וולטר סמית, ראש ה-CIA בין השנים 1950–1953, תמך בהלמס וגישתו לארגונים האחרים של הממשל האמריקאי שאיפשרה לו לעמוד במשימתו נגד "תעשיית הפברוק".
גנרל וולטר סמית הביא את ה-CIA למידת השפעה בירוקטית ניכרת בכך שהצליח להשיג, בפעם הראשונה בתולדות הסוכנות, השפעה על התיאום בין שאר סוכנויות הביון האמריקאיות, כמו: מחלקת המדינה של ארצות הברית ומחלקת ההגנה של ארצות הברית. בין השינויים הארגוניים הבסיסים של סמית נמנו גם יצירת "המשרד להערכות הלאומיות" (ONE), הקשור בפעילות "הערכת המודיעין הלאומי" (NIE). בתקופת ניהולו של סמית, העסיק ה-CIA חמישה עשר אלף איש וניהל יותר מחמישים שלוחות בעולם. לסמית הייתה היכולת לעצב את ה-CIA כ"ארגון שצופה רחוק מאוד ומתכנן לחמישים השנים הבאות". הלמס כתב בנוגע לסמית, לפני שהצטרף ל-CIA, שהגנרל "הרוויח את דרגותיו ביושר, עבודה קשה, משמעת ברזל וגישתו חסרת הרחמים בעסקים". תחת פיקודו של סמית, ה-CIA פעל במיקוד רב והיה מכוון מטרה.
פיל וגורילה.
פעולות ארגוניות נוספות המיוחסות לסמית הן איחוד "המשרד לתיאום המדיניות" (OPC) ו"המשרד לפעולות מיוחדות" (OSO), יורשו של "היחידה לשירותים אסטרטגיים" (SSU). ה-OPC הייתה מחלקה חשאית שנטלה על עצמה פעולות של כוח צבאי למחצה ופעולות חשאיות נוספות בשטחן של מדינות זרות. "המשרד לפעולות מיוחדות" (OSO) של ה-CIA עסק גם כן בפעילויות חשאיות כמו ריגול מחוץ לארצות הברית אך אסף מידע מסוג שונה. המוניטין שצבר לעצמו גנרל סמית איפשר לו שליטה מלאה בכל הפעולות החשאיות שבהן עסק ה-CIA באותה תקופה. הוא השתלט על פעילותו של ה"משרד למדיניות התיאום" (OPC), שעד אז פעל תחת הנחייתה של מחלקת המדינה של ארצות הברית יותר מאשר (אך גם) תחת הנחייתו של ה-CIA, על ידי פיקוח ישיר שלו. ובאשר להלמס, באותה התקופה השתייך ל-OSO, יריב ארגוני של ה-OPC, ועקב כך, שמר הלמס על האינטרסים של ה-OSO יותר מאשר על אלו של ה-OPC לאחר האיחוד.
בעיתון פנימי של ה-CIA פורסם על ידי קצין ותיק מאחת מיחידות הריגול הנגדי מאמר "שראוי לשים לב אליו" אך עם זאת שנוי במחלוקת ובו הוזכר ששם הקוד למנתח מידע מודיעיני הוא "פיל" ושם הקוד לסוכן שטח הוא "גורילה", במטרה להמחיש את השוני בנטיות המקצועיות שלהם. כלומר, תפקידו של המנתח הוא למצוא את העקרונות והמטרות במידע שהתקבל ואילו תפקידו של סוכן השטח הוא לחפש מניעים ויעדים. מאמר זה הפנה את תשומת הלב לסימביוזה שבין מנתחי המידע למלקטי המידע, האחרון כולל איסוף חשאי באמצעות פעולות ריגול. מטפורות זואולוגיות אלו אומצו כדי להבדיל בין אנשי ה-OSO לאנשי ה-OPC. עם זאת, שתי הקבוצות הללו מוזגו לתוך ה-CIA תחת פיקודו של סמית. תהליך האיחוד הושלם בשנת 1951 על ידי סגן ראש ה-CIA, אלן דאלס, שגם פיקד עליו עד שנת 1952, בה עבר הפיקוד לראש היחידה, פרנק וויזנר, ראש ה-OPC לשעבר. הלמס החל לפעול במשרד המשנה לראש השירות החשאי החדש. עקב כך, הלמס מעתה השתייך ליחידה הממוזגת החדשה, שהייתה ידועה גם בשם "השירות החשאי".
הלמס נזכר איך תיפקד לראשונה בסמוך למשרדי ה-OPC, דבר שלווה בחוסר נוחות ויריבות פנימית בין האנשי ה-OSO לאנשי ה-OPC. יריבות זו החלה להתפתח משנת 1948, בה גייס וויזנר קציני OPC שנתפסו כעשירים המשתייכים לאוניברסיטאות ליגת הקיסוס ובהם עורכי דין ובנקאים. לוויזנר היה תקציב המאפשר פיצוי נאה ותעוזה שהתאפשרה בזכות המוניטין שצבר ב-OPC. אדרבה, חברי ה-OSO החשיבו עצמם כאנשים הנאמנים למקצוע קשה ותובעני, המשרתים בו לאורך זמן רב (לעיתים קרובות החל בזמן המלחמה) ולא נהנים ממשכורות דומות. הלמס ציין ש"הסממן הגרוע ביותר (של היריבות) היה שלעיתים קרובות התחרנו על אותם סוכנים". מכל מקום, הלמס הצליח לשלב את ההיבטים השונים של שני הצדדים בתחום המקצועי שלו. הוא שירת כמשנה לראש אגף המבצעים, בתפקיד ראש הפעילויות ושני בשרשרת הפיקוד באגף. "זה שאב זמן מהעשייה המקצועית...אך המיזוג הושג" כתב הלמס. השירות החשאי הלאומי החדש עתיד לשלוט ב-80% מתקציב ה-CIA.
התהוותו המקצועית של הלמס.
כתוצאה מניסיונו הקודם בשירות החשאי, הלמס הסתייג, בדרך כלל מסיבות מעשיות, ממעורבות ה-CIA בפעולות חשאיות. הלמס לא רק חשב שמאמצים כאלה מניבים פירות לעיתים רחוקות ובטווח הארוך, אלא גם שפעולות חשאיות בדרך כלל לא בוצעו כמתוכנן, העמידו בסכנה סוכני שטח בעת ביצוען ולעיתים קרובות מדי נכתב עליהן בעיתונות. "אך בשנות החמישים התחולל ב-CIA עידן של פעולות חשאיות גדולות" וכך הלמס נחשף למשהו שנקרא "האנומליה של ה-CIA של דאלס". למרות כל זאת, קיים הלמס יחסי עבודה ממושכים בשנות החמישים של המאה העשרים עם וויזנר, אחד מהתומכים הגדולים של הפעולות החשאיות של ה-CIA.
יחסו של הלמס לאלימות פוליטית היה כמי שנוהג בה בזהירות ברורה. הוא לא טען לרוב שהאלימות עצמה שגויה - היה בו, אחרי הכל, מזג של חייל - וככזה היה לעיתים קרובות גס, משבש, ולא יעיל. טענותיו נגד התנקשות היו מאותו הסוג.
באופן מקצועי, תואר הלמס כ"חייל טוב", אחד שיכול למחות כנגד המדיניות בעת דיון אך גם יכבד כל החלטה שהתקבלה בסופו. ויליאם קולבי, ראש ה-CIA בין השנים 1973–1976, ציטט את הלמס באומרו "האומה חייבת לקבל באמונה שגם אנחנו אנשים נכבדים שהוקדשו לשירותה". עם זאת, מבקריה של הסוכנות קראו תיגר באופן ממוקד כנגד קלישאות אנוכיות שכאלה. לאורך הקריירה שלו הלמס העדיף בדרך כלל איסוף מודיעין חשאי, במגמת התנגדות למבצעים חשאיים שהוצעו.
הלמס פיתח מיומנות למצבים רגישים המצריכים עבודה שקטה בעת איסוף מודיעין, בייחוד טיפוח חשאי של סוכנים זרים. מאמצים דיסקרטיים כאלה משאירים עקבות מסגירות רק לעיתים נדירות למשקיף מבחוץ, אך עם זאת, התועלת שמביא המידע שנאסף יכולה להאיר את הנוף הפוליטי המעורפל. לעיתים עבודה סמויה ושקטה שכזו מניבה תוצאות, תובנות חיוניות, מידע בעל ערך גבוה למקבלי ההחלטות הפוליטיות בכלל ולנשיא בפרט. מצד שני, פעולות חשאיות היו הרבה יותר מסוכנות באופן אינהרנטי עקב המשתנים הרבים ואי הוודאויות שדרשו לבצע הימורים ופעולות שעלולות להיכשל ואף לחזור כבומרנג כדי להשיג את התוצאות הרצויות. בנוסף, מצב של כישלון מתפרסם ומעורר חשדות מוגברים אצל מדינות נייטרליות ואף אצל מדינות בעלות ברית. לפיכך, הלמס העדיף שהסוכנות תתמקד באיסוף מודיעין, גלוי או סמוי, ובמקביל תגן על עצמה מפני סוכנים כפולים, תחבולות מודיעיניות אחרות של האויבים ומודיעין מסכל.