מבנהו הייחודי של תפקיד היועץ המשפטי לממשלה, שאיננו מוסדר בחוק ייעודי ואיננו מקובל במדינות אחרות, הביא לדיון ציבורי במאפייני התפקיד.
פיצול התפקיד.
על פי הגדרתו כפשוטה, תפקידו של היועץ המשפטי לממשלה הוא לשמש כ"עורך הדין של הממשלה". מתוך חמשת התפקידים שהוגדרו לעיל, ניתן לציין את שלושת התפקידים הבאים כהולמים הגדרה זאת:
תפקיד נוסף שצוין, ראש התביעה הכללית מטעם המדינה (פרקליטות המדינה), אינו נגזר ישירות מהגדרת תפקידו של היועץ כעורך הדין של הממשלה.
יש הרואים סתירה וניגוד עניינים בין תפקידיו של היועץ כראש התביעה הכללית מטעם המדינה וכמייצג את רשויות המדינה בבתי המשפט. מחד, היועץ המשפטי מייעץ לממשלה ומסייע לה ליישם את מטרותיה באופן חוקי, ומגן על צעדיה בבית המשפט כפרקליטהּ. מאידך, בתפקידו כראש התביעה האחראי על כל כתבי האישום שמגישה המדינה, היועץ הוא בעל הסמכות להורות על הגשת כתב אישום כנגד חברי ממשלה (ובכירים אחרים), ובעצם ההחלטה האם להגיש את התביעה וכיצד לטפל בה, עומד היועץ המשפטי לממשלה בפני ניגוד עניינים מובנה. בנוסף לכך, יש טוענים שכל אחד מהתפקידים דורש התמחות והתמודדות עם היקף חומר שהם מעבר ליכולתו של אדם בודד.
קולות שונים, ובהם שרי המשפטים דניאל פרידמן (שאף קידם הצעת חוק בעניין), יעקב נאמן ואיילת שקד, קראו לפצל בין תפקיד התובע הכללי לבין תפקיד היועץ לממשלה. גם באקדמיה יש שהציעו לפצל את התפקיד. בשנת 2017 אמרה שקד שהיא שינתה את דעתה בעניין זה. לדבריה, "התובעים מן הסתם מעצם התפקיד הם נשכניים וטוב שכך, אבל טוב שיש שכבה מעליהם בדמות היועץ המשפטי לממשלה".
גם ארגון ה־OECD קורא לפצל את תפקידי היועץ המשפטי לממשלה והתובע הכללי. עמדת הארגון היא שמילוי שני התפקידים בידי אדם אחד מפריע לטיפול משפטי אובייקטיבי ומערב בין אינטרסים פוליטיים לכלכליים. הארגון אף דרש לבצע את הפיצול כתנאי להצטרפות ישראל לארגון, אך נסוג מהדרישה אחרי שהופעל עליו לחץ רב.
רבים במערכת המשפטית מתנגדים לשינוי מבני בתפקידי היועץ המשפטי. המתנגדים לפיצול המשרה, ובהם יועצים משפטיים לשעבר כמו נשיא בית המשפט העליון בדימוס, אהרן ברק וכן מני מזוז ויצחק זמיר, סבורים שהדבר יביא להחלשת מערכת אכיפת החוק בישראל. לפי וועדת שמגר, אם מפרקים את תפקידו לחלקים, נוצרת הפרדה המחלישה בסופו של דבר את כל אחד מן התחומים המפוצלים בשל הפיחות במעמדו, נעלמים הריכוז והשילוב ועימם הכוח המגובש, לרבות היסוד המרתיע אשר בסמכות לנקוט בהליכים פליליים".
שאלת הייעוץ המחייב.
בפסקי דין אחדים קבעו שופטי בג"ץ שחוות דעתו המשפטית של היועץ המשפטי לממשלה מחייבת את הממשלה. בריאיון עם אהרן ברק הוא נימק זאת כך:
בשאלה האם קביעות אלה הן הלכה מחייבת או שהן בגדר הערת אגב בלבד, נטושה מחלוקת בין המשפטנים.
נגד הגישה שביטא ברק טענו המבקרים שסמכות כה גורפת, המופקדת בידי אדם שאינו נבחר ציבור, מנוגדת לעקרונות יסוד דמוקרטיים. יתרה מזו, על פי דברי ברק, אפילו אם היועץ חושב שפעולה ממשלתית אינה ראויה, אף על פי שאינה נוגדת את החוק, הוא רשאי להתנגד לה ולכפות את עמדתו על הממשלה, ובכך מאותו הרגע, הלכה למעשה, היא אינה חוקית. שרי המשפטים חיים רמון, דניאל פרידמן ואיילת שקד ביקרו את גישת 'הייעוץ המחייב'. גם באקדמיה נמתחה ביקורת על תפיסה זו, בין השאר על ידי פרופ' רות גביזון, וד"ר איתן לבונטין.
גיל ברינגר, יועץ שרת המשפטים איילת שקד, טען שההתייחסות לחוות דעתו של היועץ המשפטי לממשלה כמחייבת את הממשלה - בטעות יסודה. אף כי כך הוחלט על ידי בית המשפט העליון במהלך שנות התשעים, הרי שהחלטת בית המשפט הסתמכה על פרשנות מוטעית של המסורת הנוהגת ובניגוד למסקנותיהן של ועדות מקצועיות שדנו באופי התפקיד וסמכותו לפני פסיקת בית המשפט ולאחריה. ברינגר טען בנוסף כי רק במהלך העשור האחרון החלו בתי המשפט להתייחס אל היועצים המשפטיים למשרדי הממשלה כאל "שומרי סף", וזאת תוך ניסיון לאמץ מאפיינים מהמשפט התאגידי האמריקאי למשפט הציבורי הישראלי, על אף ההבדלים הברורים בין התחומים השונים שאותם הוא מונה. חן מענית, פרשן משפט ועורך מחלקת תחקירים של העיתון "גלובס", שלל את גישתו של ברינגר וטען "ברינגר לא רוצה 'שומר סף' ולא רוצה 'יועץ משפטי לממשלה', הוא רוצה 'יס-מן'".
פסילת חוקים.
כחלק מתפקידו, היועץ המשפטי בתור ראש התביעה הכללית מטעם המדינה (פרקליטות המדינה) מנחה את הפרקליטות שלא להגיש כתבי אישום לגבי חוקים מסוימים ובכך הלכה למעשה פוסל חקיקה של הכנסת גם בדיעבד.
ייצוג.
בבג"ץ אמיתי נקבע כי "אם, לדעת היועץ המשפטי לממשלה, הרשות השלטונית אינה פועלת כדין, הרשות בידי היועץ המשפטי לממשלה להודיע לבית המשפט כי הוא לא יגן על פעולת הרשות". בהנחיות היועץ המשפטי לממשלה משנת 2003 נאמר בהקשר זה: "ייצוג המדינה בכל עניין אזרחי, מינהלי, בין־לאומי, פיסקלי, משפט העבודה ואחר, מופקד בידי היועץ המשפטי לממשלה ובאי-כוחו. על-פי הנוהג במדינת ישראל אין ייצוג חיצוני אלא בהסכמת היועץ המשפטי לממשלה. לכך חשיבות כדי שהמדינה לא תדבר בבתי-המשפט בקולות שונים, על ידי גורמים המייצגים אינטרסים מדינתיים מסוגים שונים."
שופט העליון (ולפני כן היועץ המשפטי לממשלה) מני מזוז, כתב בדעת רוב במרץ 2019: "שאלת העמדה שתוצג בשם המדינה נגזרת מההלכה לפיה היועמ"ש הוא הפרשן המוסמך של החוק עבור הרשות המבצעת, וחוות דעתו המשפטית מחייבת את כל זרועותיה של הרשות המבצעת".
עם זאת, בנובמבר 2018, התירו השופטים ניל הנדל, דוד מינץ ואלכס שטיין לשר המדע אופיר אקוניס לייצג את עצמו בבג"ץ שהוגש נגד החלטתו שלא לאשר מינוי, חרף התנגדות היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט, שהחליט לתמוך בעמדת העותרים והתנגד לייצוג משפטי או עצמאי של עמדת המשיב. זאת באופן חריג.
במהלך הדיון בהצעת חוק להסדרת ההתיישבות ביהודה והשומרון הביע היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט את עמדתו שלפיה אין לקבל את הצעת החוק שכן היא מנוגדת לדין הבין-לאומי ופוגעת במעמד בית המשפט העליון, והודיע שלא יגן על החוק אם זה יאושר בכנסת, משום שהוא בלתי חוקתי ועלול להוביל להגשת תביעה נגד ישראל בבית הדין הפלילי הבין־לאומי בהאג. כאשר הוגשה לבג"ץ עתירה לפסילת החוק, היועץ המשפטי נמנע מלייצג את הממשלה, ואף התייצב לצד העותרים, אך התיר לממשלה לשכור עורך דין מטעמה.
לדעתו של ברק מדינה, זכויות האדם מוקנות רק לאנשים פרטיים וזכות הייצוג נגזרת מזכויות האדם, ולכן לממשלה, ככל רשות שלטונית, אין זכות לייצוג משפטי.
מבקרי העמדה שהיועץ רשאי למנוע מהממשלה ייצוג בבית המשפט בניגוד לעמדתו, טוענים כי מאחר שלממשלה אין אפשרות למנות מחליף ליועץ או לפטרו, וכן אין באפשרותה לעתור לבג"ץ נגד החלטותיו, נוצר במקרה של מחלוקת בינה לבין היועץ על פירוש החוק מצב שבו היא מאבדת את זכותה לייצוג משפטי. השרה איילת שקד טענה כי נתינת סמכות ליועץ להטיל וטו בפועל על כל החלטת ממשלה כראות עיניו פוגעת במנהל התקין ובמשילות. לדבריה, נוצר כך מצב שבו לממשלה שנושאת באחריות אין סמכות ואילו ליועץ שאינו נושא באחריות יש סמכות גדולה מדי. גם משפטנים מן האקדמיה הביעו ביקורת על שיטה זו, בהם הפרופסורים גדעון ספיר ורון שפירא וד"ר איתן לבונטין.
על סמכויותיו של היועץ המשפטי לממשלה בתחום הייעוץ לממשלה וייצוגה בערכאות נמתחה ביקורת גם בטענה שסמכויותיו ייחודיות לעומת המקובל בעולם. מחקר השוואתי של ד"ר אביעד העלה כי המצב הקיים בישראל בנוגע לסמכויות הייעוץ והייצוג של היועץ המשפטי לממשלה, איננו מקובל במדינות שנבחנו, והומלץ לשנות מספר נקודות בהגדרת תפקידי היועץ.
ביקורת על תפקוד היועץ.
ככל גוף ציבורי, גם פעולתו של היועץ המשפטי לממשלה חשופה לביקורת שיפוטית. בעקבות בג"ץ שור נקבע שביקורת זו מוגבלת רק לבדיקה האם החלטת היועץ "יסודה ביושר ובתום לב; במניעים טהורים ולא נפסדים; במטרה הכרוכה באינטרס הציבורי ומכל מקום, שאינה עומדת – כאשר היועץ המשפטי מבקש, מטעמים שבצדק, את טובתו של הנאשם – בסתירה ברורה לאינטרס הזה". בשנות ה-80 בוטלה הגבלה זו, ונקבעה הסמכות לביקורת שיפוטית נרחבת, בהתאם לכל עילות הפנייה לבג"ץ. לדברי אהרן ברק, "עוצמתו של היועץ המשפטי נשענת על בית-המשפט העליון, המפקח עליו."
פעמים רבות הוגשו עתירות לבג"ץ נגד תפקודו של היועץ המשפטי לממשלה. דוגמה לכך היא בג"ץ גנור, שבו בוטלה החלטת היועץ המשפטי לממשלה, יוסף חריש, שלא להעמיד לדין את הבנקים ומנהליהם בפרשת משבר מניות הבנקים. לעומת זאת נדחתה עתירה נגד היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, על החלטתו להגיע להסדר טיעון עם נשיא המדינה, משה קצב, בעניין עבירות מין שנחשד בהן. במקרים חריגים התערב בג"ץ בהחלטות היועץ המשפטי והורה לו לשנות את החלטותיו.
בנוסף לדרך הפורמלית של פנייה לבג"ץ מתקיימת לעיתים מחאה ציבורית נגד תפקוד היועץ. דוגמה בולטת לכך היא המחאה נגד היועץ המשפטי לממשלה החל מנובמבר 2016, שהתבטאה בסדרת הפגנות שבועיות נגד היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, בטענה שהוא מתמהמה להגיש כתב אישום בפרשות פליליות שבהן מעורבים ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, רעייתו, שרה נתניהו, ואנשי ממשל נוספים. מנדלבליט התייחס להפגנות ואמר כי "ההחלטה על הגשת כתב אישום תתקבל אך ורק על בסיס האינטרס הציבורי. לעולם לא נהיה מונעים משיקולים זרים".
תפקידי משנה ליועץ המשפטי לממשלה.