מדיקר Part D נכנס לתוקף ב-1 בינואר 2006. כל מבוטח ב-Part A או ב-Part B זכאי ל-Part D. הדבר התאפשר הודות להעברת חוק מודרניזציית מדיקר (Medicare Modernization Act). על מנת לקבל הטבה זו, אדם עם מדיקר חייב להירשם לתוכנית עצמאית לתרופות מרשם (PDP - Prescription Drug Plan) או לתוכנית Medicare Advantage עם כיסוי לתרופות מרשם. תוכניות אלו מאושרות ומוסדרות על ידי תוכנית מדיקר, אך מעוצבות ומנוהלות בפועל על ידי חברות ביטוח בריאות פרטיות. שלא כמו מדיקר המקורית (תוכניות Part A ו-Part B), אין סטנדרטיזציה ביחס לכיסוי של Part D. התוכניות הללו הן שבוחרות אילו תרופות (או אפילו אילו קבוצות של תרופות) הן בוחרות לכסות, באיזו רמה (או מדרגה) הן בוחרות להעניק את הכיסוי, והן חופשיות לבחור לא לכסות כלל תרופות מסוימות. החריג לכך הוא תרופות שמדיקר באופן ספציפי אינה כוללת בכיסוי שלה, כולל, אך לא רק, בנזודיאזפינים, תרופות לשיעול וברביטורטים. תוכניות שמכסות את התרופות שאינן נכללות בכיסוי הרגיל, אינן מורשות להעביר את העלות שלהן למדיקר, והתוכניות נדרשות לפרוע את התשלומים למרכזים לשירותי מדיקר ומדיקייד (CMS) אם הן מצאו לנכון לחייב את מדיקר בעלויות אלו.
למוטבים בעלי זכאות כפולה (הן למדיקר, הן למדיקייד), מדיקייד יכול לשלם בעבור תרופות שאינן מכוסות על ידי part D של מדיקר כגון בנזודיאזפינים, וחומרים מפוקחים מוגבלים אחרים.
הוצאות "מתוך הכיס".
הן Part A והן Part B לא משלמים את הכיסוי לכל ההוצאות הרפואיות של אדם. התוכנית כוללת פרמיות, השתתפות עצמית וביטוח משותף שבו הפרט המכוסה מחויב להוצאות מתוך הכיס. מחקר שפורסם ב-2008 על ידי Kaiser Family Foundation מצא שחבילת הטבת תשלום-עבור-פעולה של מדיקר הייתה נדיבה פחות הן מתוכנית ארגון הספק המועדף הטיפוסית למעסיקים גדולים, הן מהתוכנית הסטנדרטית של הטבות בריאות לעובדים הפדרליים. אנשים מסוימים עשויים לזכות בתוכניות ממשלתית אחרת (דוגמת מדיקייד) דרכן ישולמו חלק או כל העלויות הכרוכות במדיקר.
פרמיות.
רוב מבוטחי מדיקר לא משלמים פרמיית Part A חודשית, בשל העובדה שהם או בני זוגם צברו לפחות 40 תקופות רבעונים בני שלושה חודשים בהם שילמו את מִסי חוק ה-Federal Insurance Contributions. אנשים הזכאים למדיקר שאין להם ארבעים רבעונים או יותר של תעסוקה המעניקה כיסוי למדיקר, יכולים לרכוש את Part A בעבור פרמיה חודשית של:
כל מבוטחי מדיקר Part B משלמים פרמיית ביטוח עבור כיסוי זה; פרמיית Part B הסטנדרטית עומדת, נכון לשנת 2012, על 99.90 דולר אמריקני לחודש. מודל חדש לפרמיה מבוססת הכנסה נכנס לתוקפו בשנת 2007 ובמסגרתו פרמיית Part B גבוהה יותר למוטבים עם הכנסה הגבוהה מ-85,000 דולר אמריקני ליחיד, או 170,000 דולר אמריקני לזוגות נשואים. בהתאם למידה בה שכרם של המוטבים יעלה על הכנסת הבסיס, פרמיות Part B הגבוהות יותר הללו עומדות על: 139,90, 199.80, 259.70 או 319.70 דולר אמריקני, נכון לשנת 2012, כשהפרמיה הגבוהה ביותר שולמה על ידי יחידים המרוויחים יותר מ-214,000 דולר אמריקני או זוגות המרוויחים יותר מ-428,000 דולר אמריקני. בספטמבר 2008 הודיע המרכז לשירותי מדיקר ומדיקייד, כי פרמיות Part B תישארנה ללא שינוי (96.40 דולר אמריקני לחודש) בשנת 2009, בעבור 95% ממוטבי מדיקר. הייתה זו השנה השישית ללא העלאה בפרמיה, מאז נוסדה מדיקר ב-1965.
פרמיות מדיקר Part B בדרך כלל מנוכות אוטומטית מהמחאות קצבת הביטוח הלאומי החודשיות של המוטבים. ניתן גם לשלמן אחת לרבעון באמצעות חשבון הנשלח ישירות למוטב.
Part C ו-Part D יכול לחייב ויכול גם שלא לחייב פרמיות, בהתאם לשיקול דעתם של מפעילי התוכניות. תוכניות Part C יכולות גם לבחור להחזיר חלק מפרמיית Part B לחבר.
השתתפות עצמית וביטוח משותף.
Part A - עבור כל תקופת הטבה, ישלם המוטב:
Part B - לאחר שמוטב מגיע להשתתפות העצמית בסך 140 דולר אמריקני (בשנת 2012), הוא יידרש לשלם ביטוח משותף של 20% מסכום המדיקר שאושר עבור כל השירותים המכוסים על ידי Part B, למעט רוב שירותי המעבדה אשר מכוסים ב-100%, וטיפולי בריאות הנפש שאינם אשפוזיים אשר ב-2010–2011 מכוסים ב-55% (45% הם copay - תשלום המוגדר בפוליסת הביטוח ומשולם על ידי המבוטח בכל פעם שהוא מקבל שירות רפואי). ה-copay לטיפולי בריאות הנפש שאינם אשפוזיים אשר עמדו בתחילה על 50%, ירדו בהדרגה במשך כמה שנים, עד שהתייצבו על רמה של 20% התואמת את התשלום הנהוג עבור שירותים אחרים. הם נדרשים גם לשלם תשלום עודף של 15% על שירותים שניתנו על ידי ספקים רפואיים שאינם משתתפים במדיקר.
ההשתתפות העצמית והביטוח המשותף שנגבים עבור Part C ועבור Part D, משתנים מתוכנית לתוכנית.
מדיניות מדיקר מושלם (Medigap).
אנשים מסוימים בוחרים לרכוש סוג של כיסוי משלים הנקרא תוכנית Medigap, על מנת לסייע בסתימת החורים של המדיקר המקורית (Part A ו-Part B). המרכזים לשירותי מדיקר ומדיקייד הם המכתיבים את הסטנדרטים לפוליסות ביטוחי Medigap, אולם Medigap נמכר ומנוהל על ידי חברות פרטיות. פוליסות Medigap מסוימות, אשר נמכרו לפני 2006, עשויות לכלול כיסוי לתרופות מרשם. לפוליסות Medigap שנמכרו לאחר הצגת מדיקר Part D, ב-1 בינואר 2006, אסור לכסות תרופות. תקנות מדיקר אוסרות על מבוטח מדיקר להחזיק גם בתוכנית Medicare Advantage וגם בפוליסת Medigap. פוליסות Medigap יכולות להירכש על ידי מוטבים שקיבלו הטבות ממדיקר המקורית (Part A ו-Part B).
היו שטענו כי על ידי צמצום דרישות חלוקת העלויות בתוכנית מדיקר, פוליסות Medigap מגדילות את השימוש בביטוח בריאות על ידי מוטבי מדיקר וכך מגדילות את הוצאות מדיקר. אחד המחקרים האחרונים מצביע על כך שחשש זה עשוי היה להיות מוגזם עקב בעיות מתודולוגיות במחקרים קודמים.
תשלום עבור שירותים.
החוזים של מדיקר עם חברות ביטוח אזוריות מעבדים למעלה ממיליארד תביעות תשלום-עבור-פעולה בשנה. ב-2008 היוותה מדיקר 13% (386 מיליארדי דולרים) מהתקציב הפדרלי של ארצות הברית. בעשור שבין 2010 ל-2019, הוצאות מדיקר צפויות להסתכם ב-6.4 טריליארד (6,400 מיליארד) דולר אמריקני, או 14.8% מהתקציב הפדרלי לתקופה זו.
החזרים כספיים עבור שירותי Part A.
לטיפול מוסדי כגון טיפול בבית חולים וטיפול במוסד סיעודי, מדיקר משתמשת במערכות תשלומים פוטנציאליות. מערכת תשלומים פוטנציאלית היא מערכת שבה מוסד שירותי הבריאות מקבל סכום קבוע של כסף עבור כל אפיזודה של טיפול המסופקת לפציינט בהתעלם מהמינון הממשי של טיפול שנצרך. ההקצאה בפועל של הכספים מבוססת על רשימה של קבוצות הקשורות לאבחון (DRG - diagnosis-related groups). הסכום בפועל תלוי באבחון הראשוני שנעשה בפועל בבית החולים. ישנן כמה בעיות סביב השימוש של מדיקר בקבוצות הקשורות לאבחון, משום שאם המטופל משתמש בפחות טיפול, בית החולים זוכה לשמור על יתרת התשלום. באופן תאורטי, מצב זה אמור לאזן את העלויות עבור בית החולים. מצד שני, אם המטופל צורך יותר טיפול, בית החולים צריך לכסות את הפסדיו בעצמו. תוצאת מצב זה היא הסוגיה של "upcoding" בה הרופא קובע אבחנה חמורה יותר, להגנה מפני עלויות מקריות.
החזרים כספיים עבור שירותי Part B.
תשלום עבור שירותי רופא תחת מדיקר התפתח מאז נוצרה התוכנית ב-1965. בתחילה, פיצתה מדיקר רופאים בהתבסס על חיוביו של הרופא והתירה לרופאים לחייב את מוטבי מדיקר בסכום העולה על ההחזר של מדיקר. בשנת 1975, שיעור העלייה השנתית בשכר הרופאים הוגבל על ידי (Medicare Economic Index (MEI. MEI תוכנן למדוד שינויים בעלויות זמנם של הרופאים והוצאות תפעול, מותאם לשינויים בפריון הרופאים. בשנים 1984–1991 השינוי השנתי בשכר הוסדר בחקיקה. מסלול זה נבחר מאחר ששכר הרופאים צמח בשיעור גבוה מהחזוי. חוק ה-Omnibus Budget Reconciliation של 1989 הכניס מספר שינויים בתשלומים לרופאים תחת מדיקר. ראשית, הוא הציג את Medicare Fee Schedule שנכנס לתוקף בשנת 1992. בנוסף, הוא הציג את ה-Medicare Volume Performance Standards (MVPS) (קיבולת הסטנדרטים הרפואיים של מדיקר) כדרך לשלוט בעלויות.
ב-1 בינואר 1992 הציג מדיקר את ה-Medicare Fee Schedule, (MFS), רשימה של כ-7,000 שירותים שניתן לחייב בעבורם. כל שירות מתומחר בתוך סולם הערכים היחסי מבוסס משאבים (RBRVS) עם שלוש יחידות ערך יחסיות (RVUs), ערכים שבמידה רבה קובעים את העלות. שלוש יחידות הערך היחסיות להליך משוקללות גאוגרפית ויחידת הערך היחסית המשוקללת מוכפלת במקדם המרה גלובלי (Conversion Factor) המניב מחיר בדולרים. יחידות הערך היחסי עצמן מוכרעות במידה רבה על ידי קבוצה פרטית של 29 רופאים, בעיקר מומחים מה-Specialty Society Relative Value Scale Update Committee של American Medical Association.
מ-1992 עד 1997, התאמות לתשלומים לרופא הותאמו על ידי Medicare Economic Index ועל ידי MVPs (קיבולת הסטנדרטים הרפואיים של מדיקר), מנגנון אשר ניסה, ביסודו, לפצות על הנפח ההולך וגדל של שירותים הניתנים על ידי רופאים, באמצעות הפחתת ההחזר שלהם לשירות.