באופן רשמי מורכבת מפלגת אגודת ישראל מארבע סיעות המיוצגות במליאת המזכירות: "הסיעה המרכזית" המייצגת את חסידות גור (בעבר: את יוצאי פולין), "הסיעה המאוחדת" המייצגת את חסידות ויז'ניץ (בעבר: את יוצאי הונגריה ורומניה), סיעת "שלומי אמונים" המייצגת קבוצה של חסידויות קטנות ולא מיוצגות וכן בלתי מזוהים רבים (בעבר את תושבי ירושלים), וסיעת צא"י (צעירי אגודת ישראל) שייצגה בעבר את הציבור הליטאי הבני ברקי. עם פרישת מפלגת דגל התורה ב-1989 ממסגרת "אגודת ישראל" עזבו עמה רובם הגדול של אנשי צא"י את המפלגה.
בשנת תשל"ו-1976 נערכו הבחירות היחידות לוועידה הארצית של המפלגה, כשרוב המצביעים מגיעים ממחוזות הבחירה של בני ברק, ירושלים ותל אביב. מאז ועד היום תוצאות בחירות אלה מכתיבות את יחסי הכוחות הפנימיים בתוך המפלגה, כאשר הסיעה המרכזית של חסידי גור מחזיקה במספר המקומות הרב ביותר:
הסמכות העליונה במפלגה היא מועצת גדולי התורה בה חברים רבנים, אדמו"רים וראשי ישיבות בולטים. בשנת תשמ"ט לאחר פרישת דגל התורה והקמת מועצה משלה, נשארו במועצת גדולי התורה של אגודת ישראל בעיקר נציגי החסידים, ובהם אדמו"רי חסידות גור, סדיגורה, ויז'ניץ, ערלוי וחצרות קטנות נוספות וכן מספר רבנים. פעילות המועצה שככה עם השנים עד שכמעט הפכה למוסד רשמי בלבד אך בשנת תשע"ג חודשה פעילותה והוכנסו חברים חדשים למועצה.
חסידות בעלז סבלה במשך השנים מחוסר הזדהות פוליטי בין הסיעות השונות, דבר שגרם לה לחוסר ייצוג שוויוני בהתאם לגודלה עד היום. ב-1989 פרשה בעלז מאגודת ישראל ותמכה ב"דגל התורה", והאדמו"ר מבעלז אף כיהן במועצת גדולי התורה של דגל התורה, אך לאחר ריצתן המשותפת של המפלגות שבה בעלז לשורות אגודת ישראל, והיא מיוצגת בהסכמי רוטציה שונים בינה ובין הסיעות האחרות.
המפלגה פועלת למען מצביעיה בתחומי החינוך, הדיור, שירותי-הרווחה, אי-שירות צבאי מטעמי דת, ופועלת לשמירת הצביון היהודי-דתי של מדינת ישראל. עמדתה בעניינים המדיניים ואחרים היא הלכתית ובניגוד למפלגות הלא חרדיות אינה נגזרת ממחויבות קודמת לעמדות יוניות או ניציות. מתוך גישה זו היא מחויבת לשולחן ערוך בלבד, מסיבה זו התנגדה להסכמי אוסלו ולתוכנית ההינתקות מחמת פיקוח נפש. באופן מסורתי אגודת ישראל מתרחקת ממפלגות השמאל המזוהות אצלה עם חילוניות אידאולוגית.
באופן מסורתי נמנעה אגודת ישראל מסיבות אידאולוגיות מלשבת ליד שולחן הממשלה, והיא נהגה לקחת תפקידי סגן שר בלבד. ב-2015, בעקבות עתירה שהגישה סיעת יש עתיד, קבע בג"ץ כי ליצמן לא יוכל להמשיך לכהן כסגן שר במעמד שר, ובעקבות כך הוא מונה לשר. ב-2017 התפטר מתפקיד זה עקב חילולי שבת, ובעקבות כך אישרה הכנסת תיקון בחוק המאפשר לו לכהן כסגן שר גם כשאין שר פעיל מעליו. ב-2019 מונה שוב לשר הבריאות, בממשלת מעבר, בעקבות התפטרות ראש הממשלה מתפקידו; ולאחר הבחירות לכנסת ה-23 מונה לשר הבינוי והשיכון. המינוי ספג ביקורת של הרב אברהם וינברג מסלונים.
בעקבות עתירה לבג"ץ התחייבה המפלגה, בינואר 2019, למחוק מתקנונה את הקביעה שרק גברים יוכלו להצטרף אליה. עם זאת, הבהירו אנשיה שגם בעתיד לא יוכלו נשים להצטרף משום שהחברים במפלגה מחויבים לעמדות מועצת גדולי התורה, המתנגדת לכך.
יושבי ראש התנועה מקום המדינה היו: הרב יצחק מאיר לוין, רבי פינחס מנחם אלתר והרב משה זאב פלדמן.
כיום יו"ר אגודת ישראל בישראל הוא הרב יוסף קופרברג. מזכ"ל המפלגה הוא חנוך זייברט.
הישגי המפלגה בבחירות.
בבחירות לאספה המכוננת התמודדה אגודת ישראל כחלק מהחזית הדתית המאוחדת וזכתה לשני נציגים (ולאחר פרישת אחד מהחברים ברשימה קיבלה נציג נוסף) בכנסת הראשונה. בכנסת השלישית, הרביעית והשמינית רצה יחד עם פא"י תחת השם "חזית דתית תורתית".
להלן תוצאות הבחירות, שבהן התמודדה אגודת ישראל לבדה.
החל מהבחירות לכנסת השלוש עשרה רצה אגודת ישראל כחלק מרשימת יהדות התורה, יחד עם מפלגת דגל התורה.
מרדכי אליהו
הרב מרדכי אליהו (כ"א באדר א' ה'תרפ"ט, 3 במרץ 1929 – כ"ה בסיוון ה'תש"ע, 7 ביוני 2010) היה פוסק, מקובל ומנהיג דתי. כיהן בתפקיד הראשון לציון והרב הראשי לישראל בשנים ה'תשמ"ג–ה'תשנ"ג (1983–1993).
ביוגרפיה.
ראשית דרכו.
נולד בעיר העתיקה בירושלים לרב סלמאן אליהו, מקובל שעלה מבגדד לפי הוראת רבו יוסף חיים מבגדאד (ה"בן איש חי"), ולמזל לבית צדקה, אחותו של הרב יהודה צדקה ונכדת אחותו של ה"בן איש חי". העוני בביתם היה רב, ובגיל אחת עשרה נפטר אביו. בשל המצב הכלכלי נאלץ לעבוד בגיל צעיר כמוכר חומוס מבושל בשוק הירושלמי. מאוחר יותר היה מתייג מזוזות שכתב אחיו הרב נעים בן אליהו.
מילדותו התבלט בכישרונו. כיוון שבבית משפחתו לא היו מצויים ספרים רבים, קיבל מהרב בן ציון חזן מפתח להיכל ישיבת פורת יוסף ושם היה לומד מדי ערב. בצעירותו למד אצל הרב עזרא עטיה בישיבת פורת יוסף ואצל הרב צדקה חוצין. במלחמת העצמאות, השתתף בהקמת ביצורים שסייעו לכוחות המגן של הרובע היהודי.
באפריל 1950 נמנה עם חברי "ברית הקנאים". הייתה זו מחתרת שמטרתה הייתה כפיית חוקי הדת היהודית במדינת ישראל והקמת מדינת הלכה. הרב אליהו, שכּונה "יאיר", עסק בקבלת חברים לקבוצה, בגיוס הון לפעולתה ובאיתור מקומות מחבוא לנשק. במאי 1951 נעצר עם עוד 40 מחברי הארגון. במשפטו הודה ב־24 סעיפי אישום, בהם גרימת נזק לאטליז, הטפה להשמדת תיקי יוצאי צבא, החזקת מכשיר מסוכן, החזקת נשק, גרימת נזק למכוניות שנסעו בשבת ושליחת מכתב איום בחבלה לנהגי מוניות שייסעו בשבת. הוא נדון לעשרה חודשי מאסר. במשפטו אמר:
לימים אמר: .
הרב אליהו שימש רבנים אחדים, בהם הרב אברהם ישעיה קרליץ (ה"חזון איש") והרב יצחק נסים, והיה מקורב לרב מרדכי שרעבי ולרב ישראל אבוחצירא (הבבא סאלי).
בכ' באייר ה'תש"ך (17 במאי 1960) הועלו עצמותיו של החיד"א מליבורנו שבאיטליה לישראל. הרב יצחק נסים מינה את הרב מרדכי אליהו לטפל בקבורתו בהר המנוחות בירושלים.
כדיין וכרב ראשי לישראל.
בראשית שנת ה'תש"ך (1960) השלים את לימודיו בבית המדרש לרבנים ולדיינים של הרב יצחק נסים וקיבל כושר דיינות ממועצת הרבנות הראשית.
הוא התמנה לדיין הצעיר ביותר בארץ, בבית הדין הרבני בבאר שבע. לאחר ארבע שנים עבר לבית הדין הרבני האזורי בירושלים ובשנת תש"ל התמנה כחבר בית הדין הרבני הגדול.
בד' בניסן ה'תשמ"ג נבחר לתפקיד הראשון לציון והרב הראשי לישראל במקומו של הרב עובדיה יוסף, כאשר קיבל 87 קולות וגבר על הרב אליהו בקשי דורון, שזכה ב־49 קולות. הכתרתו התקיימה בבית הכנסת רבן יוחנן בן זכאי שבעיר העתיקה בירושלים. לצדו כיהן הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא.
תקופת כהונתם התבלטה בשיתוף פעולה בין הרבנים הראשיים, בין השאר הנהיגו שישיבות מועצת הרבנות הראשית תתקיימנה לסירוגין - שבוע אצל האחד מהם ושבוע אצל עמיתו, כמו כן הציב כל אחד מהם בלשכתו כיסא תואם לשלו - עבור עמיתו. והקפידו להיפגש בכל שבוע ולדון יחדיו בנושאים שעל הפרק. הם פעלו להעלאת רמת הכשרות של הרבנות הראשית והקפידו להיות מעורבים בפרטיה, תוך שליחת שליחים ברחבי העולם, זימונים של רבנים ואנשי מקצוע, ובדיקה אישית של רשימות מוצרים וחמרי גלם. במסגרת כך הם יזמו כללים ותקנות בענייני כשרות ארציים ובענייני היבוא ושחיטת הבשר בחו"ל, והפעילו ביקורת קפדנית על צוותי השחיטות היוצאים לחו"ל, שהעלתה את רמת הכשרות של שחיטת חו"ל.
מלבד העיסוק בנושאי רבנות קלסיים, כגון כשרות ונישואים, עסקה הרבנות בנושאים ציבוריים, כמו שביתת האחיות. כן בלט החידוש בהכרעת הרבנות הראשית בהנהגתם בעניין קביעת רגע המוות, פסיקה שסללה את ההכשר ההלכתי להשתלת איברים בישראל.
כרב ראשי הרבה לבקר ביישובים ובבתי ספר חילוניים, וכן בקהילות יהודיות בעולם.
בשנת ה'תשס"ט (2009) החל להוציא סדרת ספרים בשם שו"ת הרב הראשי המבוססים על שאלות שהופנו אליו כאשר כיהן כרב הראשי לישראל. התשובות בספר קצרות, בניגוד לדיון הלמדני המאפיין את סדרת ספריו שו"ת מאמר מרדכי.
מנהיג ציבור.
גם לאחר שסיים את כהונתו כרב ראשי, היה הרב אליהו המנהיג הרוחני של רבים בציבור הדתי לאומי, אך גם של מי שאינם ציוניים. היה ידוע כמקובל וכ'עושה נסים'. הוא קיבל קהל וחילק ברכות ועצות למבקשים.
זוהה עם חוגי ישיבת מרכז הרב ורבים מהם עמדו איתו בקשר קרוב, במשך תקופה מסוימת הוא מסר שיעור יומי קבוע לקבוצה של תלמידים מהישיבה, בהם בנו הרב שמואל. היה ידיד קרוב של ראשה הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא. כשקבוצה מהישיבה שערערה על הרב שפירא פרשה והקימה את ישיבת הר המור, כתב מכתב חריף בגנות המעשה ובחומרת איסורו, והרחיב בו על היות הרב שפירא רבם המובהק של רוב ככל רבני וגדולי הציונות הדתית.
הרב אליהו שימש נשיא "קרן מורשת", רשת הגרעינים התורניים הגדולה ביותר בזמנה, שנסגרה ב־2005. פרסם מדי שבוע מאמר קצר בעלון פרשת השבוע של "תנועת מעייני הישועה".
הרב אליהו היה נשיא של הכולל "דרכי הוראה" בירושלים, שבראשות בנו הרב יוסף אליהו. כולל זה מכשיר אברכים לרבנות ודיינות ולהנהגת קהילות בישראל ומחוצה לה. ברחבי העולם ישנם למעלה מ־60 שליחים של הרב במדינות שונות ועוד שליחים נוספים בארץ.
הרב אליהו העביר שיעור שבועי בהלכה ואגדה בכל יום שני בערב בבית הכנסת שלו בשכונת קריית משה בירושלים. שיעורים אלו היו מועברים באמצעות לווין לאלפי אנשים מהארץ ומהעולם הצופים בהם. לאחר מכן היו השיעורים משוכתבים ומופצים בבתי כנסת רבים באלפי עותקים באמצעות עלון פרשת שבוע שנקרא "קול צופיך".
הרב אליהו היה רבו של המרגל האמריקאי־ישראלי יונתן פולארד, השתתף במאבק לשחרורו, ואף ביקר אותו בכלאו שבארצות הברית תשע פעמים.