בנוסף, נערכת גם מועצה ארצית אחת לארבע שנים אשר עוסקת בנושא ההגשמה בתנועה ובחבריא ב'. המועצה שונה מהוועידה בכך שדנים בה בנושאים כלליים יותר. בשנת תשע"א נערכה המועצה הראשונה שנקראה "עושים הגשמה". במועצה הראשונה הוחלט על תגבור הפעילות ההגשמתית בחבריא ב', ועל הקמת מחלקה חדשה בהנהלת התנועה שתהיה ממונה על נושא ההגשמה. בשנת תשע"ה נערכה המועצה השנייה שנשאה בשם "חיים בתנועה".
תנועה מעורבת - בדיעבד או לכתחילה.
שאלת הפעילות המעורבת של בנים ובנות גם יחד עלתה מאז הקמתה. ויכוחים רבים התנהלו בין רבנים ומנהיגים בציונות הדתית לגבי פעילות זו.
הפעם הראשונה שבה עלתה שאלה זו לדיון הייתה בוועידה השנייה של תנועת המזרחי, שבה הוחלט על הקמת שתי תנועות נוער: "בני ציון" לבנים ו"בנות ציון" לבנות. עקב כך שרובם של בני הנוער הדתיים לאומיים באותה תקופה הלכו לתנועות נוער חילוניות (ביחוד בית"ר, שבה אף הארוחות היו כשרות), הוחלט לייסד תנועה מעורבת, על מנת שילכו לתנועת נוער עם ערכים דתיים.
מתנגד בולט לפעילות מעורבת הוא הרב שלמה אבינר, שבשנת 1980 פרסם את החוברת "חסד נעוריך" (שמאוחר יותר הורחבה לספר "גן נעול") לגבי חובת ההפרדה בין בנים לבנות בכל מקום שניתן (כולל בתנועת נוער). מזכ"ל התנועה אמנון שפירא יצא נגד דעתו של הרב אבינר באגד אחר. מצדד נוסף בהפרדה הוא הרב זלמן מלמד. מן הצד השני של המתרס עומדים אנשי הקיבוץ הדתי ורבנים נוספים כמו הרב אליקים אלינסון והרב צפניה דרורי, רבה של קריית שמונה, שצידדו בפעילות מעורבת. בהסכמתו לספר "קדושים תהיו" של הרב שמואל כץ כתב הרב משה צבי נריה, אחד ממקימי התנועה, שהתנועה קמה מעורבת אך פניה מועדות להפרדה מגדרית שתבוא כאשר הרמה הרוחנית תאפשר זאת.
הסממן הראשון להפרדת הפעילות היה סניף "בין החומות" שברובע היהודי בירושלים (שבין מקימיו היה הרב אליעזר מלמד, בנו של הרב זלמן מלמד), שהחל להפריד את פעילותו בשנת 1980. אי קבלתה של התנועה את הסניף הנזכר, ואי הסכמתה לקיום סניפים נפרדים, הביאו לידי כך שהתפצלה ממנה תנועת אריאל, הקרובה לחוגי ישיבת מרכז הרב ודוגלת בהפרדה מלאה בין המינים. לאחר מספר שנים חזר סניף "בין החומות" להיות סניף של תנועת בני עקיבא, במתכונת נפרדת.
בסניפים נוספים של בני עקיבא (בעיקר בהתנחלויות ויישובים אך גם באזורים עירוניים) הופרדה הפעילות בין בנים לבנות, אם כי ברוב המקרים לא לכדי סניפים נפרדים בהווייתם כדוגמת תנועת אריאל. בזמנו של מוטי יוגב כמזכ"ל, בעקבות סניפים שרצו לעבור לתנועת אריאל, בה יש הפרדה בין בנים לבנות, רבו הקולות שנתנו לגיטימציה לפעילות נפרדת, בין השאר על מנת להשאיר סניפים אלו בבני עקיבא. כנגדם, נשמעו קולות המתנגדים להפרדת הסניפים, בהם קולו של הרב יובל שרלו שטען כי אין לחנך לאידיאל של חברה נפרדת, אלא ל"חברה צנועה ומעורבת לכתחילה", ואף הוציא בנושא חוברת במסגרת פרויקט "עצ"ה לדרך" (הנחלת ערכי הציונות הדתית לדור הבא) של תנועות נאמני תורה ועבודה והקיבוץ הדתי (יחד עם רן חורי). מצדד נוסף בעמדה זו הוא הרב יואל בן נון, שטען כי יש לסמוך על דבריו של רבי מרדכי יפה (בעל "הלבוש"), והיתר הרב יחיאל וינברג (ה"שרידי אש") אשר ניתן לתנועת הנוער "ישורון" בצרפת להוביל פעולות מעורבות חלקית על מנת למשוך את הנוער ולבלום התבוללות] ושהחומרה היתרה שבה מנסים ליצור הפרדה מגדרית בציבור של רווקים, תביא בסופו של דבר להרס גדול. גם בין המצדדים בהפרדה, רבים מקבלים את היתרו של הרב וינברג כהיתר שבדיעבד, וסבורים שכאשר האלטרנטיבה היא שהחניכים לא יבואו לתנועת נוער דתית, יש לקיים סניפים מעורבים. בעמדה זאת צידד הרב משה צבי נריה.
נכון לשנות העשרים של המאה ה-21 ישנם בבני עקיבא סניפים הפועלים בכל רמות ההפרדה, מסניפים נפרדים לגמרי, דרך כאלה שבהם פעילויות שוטפות נערכות בנפרד (אך אירועים שנתיים במתכונת של סניף שלם), כאלה שבהם המפקד וחבר'ה ב' משותפים, עד סניפים מעורבים לחלוטין, כאשר לכל סניף ישנו חופש בחירה להחליט כיצד תתנהל הפעילות בתחומו. גם במפעלים השונים יצרה התנועה מסגרות לסניפים נפרדים לצד המסגרות לסניפים המעורבים. דוגמאות לסניפים נפרדים לחלוטין הם סניפי נצר אריאל - בעיר אריאל, של קהילת מפוני נצרים בראשות הרב ציון טוויל, מרום נווה ברמת גן (הקשור לישיבת ההסדר רמת גן ולרב יהושע שפירא), נוף איילון, וסניף "בין החומות".
בוועידה הארצית הכ"ד התקבלה החלטה שכל סניף החפץ בכך יוכל לצאת למפעלי התנועה במסלול נפרד.
סוגיית מגבלות האיסור "קול באישה ערווה" שנויה אף היא במחלוקת בקרב התנועה, ועולה לדיון בעיקר באירועים שונים או בשאלת קיומו של צוות הווי מעורב.
מחוזות וסניפים.
בתנועה קיימים בסך הכל למעלה מ-400 סניפים בישראל, ועוד הרבה בהקמה. בתנועה קיימים שמונה מחוזות, כאשר כל מחוז אחראי על תפקוד הסניפים שבתחומו:
פעילות "הגשמה".
מאז סוף העשור הראשון של המאה ה-21 שמה בני עקיבא דגש על חיזוק תחום הפעילות המעשית והחברתית ("הגשמה") בתנועה, בעיקר בשלב חבריא ב'. להלן רשימה של מסגרות הגשמה ועשייה:
כמו כן, התנועה מפתחת מסגרות הגשמה נוספות לבוגרי התנועה.
מדרשת בני עקיבא.
מדרשת בני עקיבא הוקמה בשנת ה'תשע"ג (2013), מתוך גישה שלפיה קיים צורך להקים גוף מקצועי בתנועה העוסק בבניית והעברת תכנים מקצועיים לחבריה, ובחיבור בין החינוך הפורמלי לבלתי פורמלי וייצור רצף חינוכי אחיד.
במדרשה פועלות בנות שירות לאומי. בשנותיה הראשונות הוקצו למדרשה ארבעה תקני שירות לאומי, עד הוספתם של שניים נוספים בשנת ה'תשע"ה. המדרשה פועלת כחלק ממחלקת תוכן בתנועה, ובראשה עומדת רותם עשוש, המנהלת את הפעילות השוטפת של המדרשה ומנחה את פעילותה מבחינה מקצועית.
בנות המדרשה פועלות בכמה מוקדים:
צוות הווי.
צוות הווי בני עקיבא ירושלים.
הייתה הלהקה הייצוגית של התנועה במחוז ירושלים, אשר ייצגה את התנועה בטקסים ובאירועים רשמיים, עד לפירוקה במהלך שנות ה-2000. הלהקה נוסדה בשנת 1984 על ידי המוזיקאי בוגר התנועה גלעד לרר. חברי הלהקה - בנים ובנות, חניכים ומדריכים בתנועת בני עקיבא. הלהקה הפכה במרוצת השנים מודל לחיקוי על ידי להקות ומקהלות נוער דתיות ברחבי הארץ, והיוותה השראה ל"מהפכה האומנותית הגדולה" של הציונות הדתית - מגמות האמנות בתיכון, מסגרות אקדמיות, גל אומנים חדשים וקבוצות יוצרות. רפרטואר השירים כלל שירי ארץ ישראל, שירים ישראלים חדישים, שירים מן המקורות, שירי תנועה ושירים מקוריים פרי עטם של חברי הצוות.
במהלך שנות קיומה, הופיעה הלהקה במאות הופעות ברחבי הארץ בפני אוכלוסיות שונות במגוון רחב של אירועים ומגזרים - חברתיים וממלכתיים. על דגלה חרתה: "תרבות המערב – אפשר גם אחרת!", תוך קריאה לתרבות ציונית-דתית-שורשית במיטבה, ועם זאת, מסר של אחדות, גשר וסובלנות. הלהקה הוציאה ארבעה אלבומים: "מעט מן האור", "קשת בענן", "סגנון לאומי ואישי", "תמיד בתנועה".
צוות הווי בני עקיבא דן.
היא הלהקה הייצוגית של התנועה במחוז המרכז, שהוקמה בקיץ 1988 על ידי בוגר התנועה מנחם ששון. בלהקה חברים בגילאי 15 - 18 הפעילים בתנועה מסניפים ברחבי מחוז דן ומייצגים את התנועה בהופעותיהם השונות בישראל ובעולם. עם ייסוד הלהקה, שמה לה ההנהלה מטרה כפולה של יכולת מקצועית בשירה, לצד ייצוג ערכי התנועה בבית ומחוצה לו. הלהקה מעלה תוכנית הכוללת שירים משירי ארץ ישראל היפה, שירי להקות, שירי פולקלור ומסורת, לחנים מקוריים פרי עטם של חברי הלהקה ובוגרי התנועה.
מעבר להופעות והפעילות השוטפת של הלהקה, נטל צוות הווי פרויקטים ואירועים מיוחדים ובהם: סרט תדמית על הלהקה שהופק במסגרת המחלקה לתקשורת באוניברסיטת בר-אילן, ליווי קולי לזמרים ידועים בהם: דקלון, נתי לוי, צביקה פיק, והשתתפות בסרט גמר עלילתי בבית הספר לקולנוע וטלוויזיה על שם סם שפיגל ("איך אתה בנקמות"). הלהקה הוציאה שני אלבומים: "שיר למילה" ו"ארץ אהבה ושלום".
בשנת 2009, במסגרת אירועי ה-80 לתנועה, הפיק צוות ההווי של גוש דן דיסק מיוחד, בהשתתפות זמרים אורחים כמו דודו פישר, חיים צינוביץ' ואחרים, אבל כאשר פנתה הלהקה להנהגת בני עקיבא, בראשות הרב בני נכטיילר, בבקשה לקבל סיוע בגיוס תורמים להפצה, היא נתקלה בסירוב תקיף ואף דרישה להתנער כליל מהצוות כולל הסרת כל סממן המזהה את בני עקיבא עמם. זאת בשל התנגדות ההנהלה לעובדה שבצוות שרות גם נשים.
שמות השבטים.
בשבת ארגון, חניכי שבט הרא"ה עוברים להיות בקבוצת "חבריא ב" ומקבלים במוצאי השבת שם קבוע הנשמר בסודיות עד לרגע חשיפתו. לפני כל החלטה של שם שבט חדש נערכים דיונים והצבעות. השם החדש יהיה לרוב בעל משמעות המשקפת את ערכי התנועה וחזונה
תנועת בני עקיבא העולמית.
בני עקיבא מפעילה בתפוצות תנועת בת בשם בני עקיבא העולמית אשר בין מטרותיה בניית מנהיגות יהודית צעירה בקהילות בתפוצות, עידוד עלייה לארץ ישראל ומניעת התבוללות. עיקר הפעילות מתבצעת על ידי שליחים מהארץ, אך השאיפה היא שאת הפעילות יובילו בני הנוער או הסטודנטים בוגרי התנועה העולמית. למרות השם המשותף תנועת בני עקיבא העולמית איננה קשורה בקשר ישיר לבני עקיבא ישראל ואינה מחויבת להחלטותיה, ולעיתים אף מתגלים חילוקי דעות בין מנהיגי התנועות. הקשר העיקרי בין התנועות נעשה בפגישת עדכון חודשית בין המזכ"לים שלהן.
תנועת הבוגרים של בני עקיבא.
תנועת הבוגרים של בני עקיבא נמצאת כעת בהקמה ובהתפתחות מתמדת. תנועת הבוגרים כוללת למעלה מ-20 גרעיני סטודנטים ושבעה גרעיני משפחות.