עם תום המלחמה עברה המשפחה לתל אביב. יזהר החל לימודיו היסודיים בבית הספר היסודי "בלפור" בתל אביב. בהיותו כבן 11 עברו הוריו לרחובות ויזהר סיים את לימודיו היסודיים בבית הספר היסודי ברחובות.
אחיו הבכור ישראל נהרג בתאונת דרכים בעת שנסע לנגב בשליחות הקרן הקיימת, בשנת 1941.
בגיל שש עשרה הכיר יזהר את נעמי וולמן, איתה התחתן בשנת 1942. באותה שנה נולד בנם ישראל, בשנת 1944 נולדה בתם הילה ובשנת 1954 נולד בנם זאב.
יזהר סיים לימודי הוראה בבית המדרש למורים (ע"ש דוד ילין) בבית הכרם בירושלים, והיה מורה ביבנאל, בכפר הנוער בן שמן וברחובות. בשנת 1937 התחיל את לימודיו האוניברסיטאיים במדעי הטבע אך לא סיימם. במלחמת העצמאות היה קצין המודיעין של חטיבת מחוז השפלה "המחוקה מרוב צניעות". את לימודיו האקדמיים החל בפועל בהיותו כבן 52, והפעם במדעי הרוח - חינוך: "איך ללמד לקרוא סיפור". המשיך את לימודיו באוניברסיטה עד לתואר השלישי, ושימש כפרופסור לחינוך באוניברסיטת תל אביב וכמרצה במכללת לוינסקי לחינוך עד פרישתו.
יזהר היה חבר הכנסת מטעם מפא"י החל מהכנסת הראשונה. הוא הוכנס לרשימת מפא"י בלי רשותו, ופותה להישאר בה בעסקה "שלושה ימים בשבוע תוכל לכתוב". הוא העריץ ואהב את בן-גוריון, לימים היה ממייסדי רפ"י, והתפרסם בעיקר בפעילותו למען חוקי שמירת הטבע. ס. יזהר כיהן בכנסת בין השנים 1949–1967, למעט הפסקה של כשנה ורבע בראשית ימי הכנסת השלישית, שאליה הצהיר אמונים במרץ 1957. הוא היה חבר בוועדת החינוך, התרבות והספורט, בוועדת החוץ והביטחון ובוועדת חוקה חוק ומשפט.
בכהונתו בכנסת עסק בנושאים הנוגעים לחינוך ולתרבות. חלק חשוב בפעילותו כחבר הכנסת הייתה היזמה ל"מידוע המדינה" כלומר, להפכה למדינת היי-טק. בכך הלך בדרכי אביו שטען עוד לפני מלחמת העולם הראשונה ואילך, שעתיד המדינה היהודית בתעשייה מתוחכמת ולא בחקלאות. הנהגת מפא"י זלזלה ביוזמתו. כמו כן הקדיש מאמצים רבים בנושא "הפרדת הרשויות" ונאבק ב"ועדת השבעה" שבה הממשלה שפטה בתואנה כי: "כדאי עדיף על צודק". למרות חברותו במפלגה השלטת לא היסס יזהר להביע ביקורת מסוימת על הטיפול של רשויות המדינה בנושא החינוך ובאחד מנאומיו הקדיש את רוב הנאום לביקורת על מוסדות המדינה שלא עושים מספיק למען הדור הצעיר ומאלצים אותו להיות " דור האספרסו". המדובר בדור "המבקש לו חוויית-מעט ובלבד שתהא חריפה, מהירה וזולה. ומונים כאן בנשימה אחת את תאוות המהירות, את ביטוי הזלזול, ה'סתם', ה'נמאס לנו', ומספרים מעשים ברדיפה אחר עינוגים של חטף חפוז, מקדירים עפעפיים של אובדן האמונה בכל אוטופיה שהיא, ועל הריצה 'להעביר את הזמן הפנוי', להתבדר, להשתעשע, ולהסתלק מנטילת אחריות, ולהשתמט מהליכה אנושית גדולה ומעפילה". ביולי 1964 הגיש את הצעת החוק ערכי טבע מוגנים, החוק התקבל בסוף שנת 1964.
במשך רבות מ"שנות השתיקה הספרותית" של יזהר, שבאו לאחר פרסום ספרו הגדול "ימי ציקלג" הוא לא פרסם יצירות ספרותיות, והיה פעיל מאוד בפרסומים פובליציסטיים מעל דפי העיתונות.
בספרה של פרופ' ניצה בן ארי "סיפור חיים" מובאים פרטים על קשרים רומנטיים שניהל בעת שהיה נשוי לנעמי סמילנסקי. לפי הכתוב בספר זה - נעמי בחרה להמשיך בחיים אלה, אף על פי שידעה על אורח חייו.
בין הפרסים שהוענקו לו ניתן למנות את: פרס עיריית רמת-גן, 1943, על סיפוריו הראשונים; פרס רופין, 1948 על "החורשה אשר בגבעה" ; פרס ברנר ב-1950, על "שיירה של חצות".
בשנת 1959 הוענק ליזהר פרס ישראל, והוא בן 43 בלבד, מצעירי הזוכים בפרס. לצד כתיבתו הספרותית, כתב כתיבה פובליציסטית עשירה, ומאמריו עשו להם שם בעיקר בעת מלחמת לבנון הראשונה ואחריה.
בשנת 1994, קיבל תואר דוקטור לשם כבוד מטעם אוניברסיטת חיפה. וכן קיבל תואר דוקטור לשם כבוד ממכון ויצמן למדע ואוניברסיטת בן-גוריון בנגב.
הוא נפטר ב-2006 ונקבר בבית העלמין של מועצה אזורית גדרות.
יחסו לערכים.
תפיסתו המרכזית של יזהר סמילנסקי היא שחינוך לערכים הוא בלתי אפשרי, הן מפני שטבעם של ערכים להשתנות עם רוח הזמן; הן מפני שהמציאות המשתנה מעמידה דילמות חדשות; והן מפני שאי אפשר לכפות על אדם לחיות לאורו של ערך מסוים בניגוד לרצונו הממשי. נגד דבריו יצאו רבים ובהם רוב המורים הדוגלים בלימוד וחינוך לערכים.
בשלושה מקרים יש לערכים מקום ריאלי בחינוך. האחד שלילי: כאשר כולאים את "קרבן" החינוך וכופים עליו לבלוע בלי להתנגד, אלא שאז אין זה עוד חינוך. ושניים חיובים: האחד כשמציעים אותם בעקיפין כמעט בשתיקה, והשני על ידי הסכמה שמחייבת את המסכים, לאחר שהמסכים בחר להיות מסכים. יזהר מגיע למסקנה ש"לא צריך לחנך לערכים וגם אי אפשר".
אשר להוראת הספרות, הוא קרא לשחרר את הספרות מידי מערכת החינוך, מהמחקר התאורטי, מהתורות השונות למיניהן ומהמיפויים הספרותיים.
יחסו לחילוניות והדת.
במאמרו "עוז להיות חילוני" שהתפרסם בשדמות בשנת 1981 והכה גלים בחוגים שונים, כותב יזהר כי:חילוני אינו חילוני מחמת ש"נתרוקן לו", מחמת ש"אמונתו נתייבשה", אלא מחמת שבחר לעמוד בעולם על חזקתו שלו, בלתי מודה באמונת הדתי, ובלתי נדון לחיי אמונה אחת, כל-כוללת, שלימה מאופק עד אופק, אמונת "כיפת הסלע". להיות חילוני, זה להיות בעל תביעה לריבונות על חייו. בלתי מחויב מראש למצוות או לחיובים שלא באו מהכרעתו ומהסכמתו האוטונומית, לרבות חולשתו, שגיאותיו ומחיר השגיאות, שעל ראשו.""החילוני הוא מי שמקבל עליו עמידה מתמדת במצב מהפכני. אין לו את מי להאשים ואין לו אל מי לפנות. כל האחריות עליו. האחריות ומחירה, האחריות וכאב בדידותה, אבל גם האחריות וריבונותה. הוא בעול אחריותו שבחר בה. הכל עליו עד שיימצא לו מה שיימצא, אם יימצא, ובלבד שתתיישב לו עם בחירתו וחופש רצונו - ואם לא - לא. הוא מבקש לעמוד בלא הזה, ככל האפשר, בלי להתפשר מדי. ובלי לרוץ מהר מדי לחפש לו הקלה או שלווה.""הדתי המצוי אינו מחפש. הוא כבר יש לו. עליו רק לקיים, רק לציית, רק לעשות כמצווה. לכל היותר לפרש סתירות. הוא, עומד וידיו מלאות לו, מלאות הלכות, תשובות ופסקים, ומנגנונים שלפיהם מכריעים בחוש שעוד לו נודע. אלא, שמי שידיו מלאות הוא לא יוכל לקחת עוד. רק מי שידיו ריקות יוכל לקחת - כשיימצאו. מבחינה זו, אשרי הידיים הריקות, הן יכולות לקחת - כשיימצא. ידיו הריקות של החילוני - הן יתרונו: הן עשויות לחיפוש, וכשימצא ייקח.
יצירתו.
חוקרי ספרות רבים מעריכים כי הפרוזה של יזהר היא בין ההישגים הגדולים ביותר של הפרוזה העברית החדשה, אם כי בתקופה שבה פרסם את עיקר יצירותיו היה שרוי במחלוקת עזה. פניה עוז-זלצברגר כינתה אותו "גדול סופרי דור המדינה, וירטואוז-העברית הבלתי ניתן לתרגום כמעט". דן מירון כתב על יצירתו: "ההישג הוודאי והמעניין ביותר (אם לא ההישג הוודאי והמעניין היחיד) שהושג עד כה ביצירתם של המספרים בני הארץ". לאה איני קראה לו "אביה מולידה של הספרות העברית החדשה". יזהר שאב לא מעט מיצירתו של אורי ניסן גנסין, והשפעתו בולטת ביצירתו המוקדמת. הוא שאב גם ממקורות אחרים, ובהם גם מן המדעים הקשורים בארץ ישראל, כמו הגאולוגיה של ישראל, הגאומורפולוגיה שלה, אקלימה, ובעיקר עולם הצומח שלה. יש האומרים שהיחס בין האדם למרחב, בין איש הארץ לארץ ישראל, בין האמן והנוף, הם ליבת יצירתו הספרותית.
דן מירון מתרשם שביצירתו של יזהר הגיעה הספרות העברית לראשונה ליכולות גבוהות מאוד של מבע תיאורי ולשוני של מראות הטבע הישראלי על כל פרטיו ודקדוקיו. זריחה ושקיעה, שמים זרועי כוכבים, קולותיו הסמויים של הלילה, צמחים וחיות - כולם קיבלו בלשונו העשירה והחדשנית של יזהר תיאור שמותיר בקורא חוויה לא רגילה. "כיבושו האמנותי הלשוני של עולם המרחבים הארץ ישראלי" ביצירתו של יזהר הוא, לדעת מירון, אחת התרומות האמנותיות החשובות לספרות העברית. הוא היה מחדש גדול הן מבחינה לשונית והן מבחינת יכולת המבע המיוחדת והמדויקת של לשונו.
כתיבתו מתאפיינת בלשון מיוחדת במינה. בניסוחיו הארוכים הוא גורר את הקורא אל תוך זרם התודעה של גיבוריו, ומשמשים אצלו בערבוביה גבהות לשון וציטוטי רחוב. יזהר החל לפרסם את יצירותיו בסוף שנות השלושים. פרסם מספר נובלות ובהן "אפרים חוזר לאספסת", "בפאתי נגב", "החורשה בגבעה", "לילה בלי יריות", "מסע אל גדות הערב", "שיירה של חצות", השבוי, חרבת חיזעה, וכן כמה קובצי סיפורים קצרים.
בסוף שנות החמישים הופיעה יצירת הענק שלו "ימי צקלג" – יצירה בת שני כרכים ובהם למעלה מאלף עמודים, המספרת על מחלקה של חיילים במלחמת העצמאות הנערכת לקרב, ותיאור סיפור חייהם האישיים וכל המתרחש בלבם: אהבותיהם, פחדיהם ומצוקותיהם. יצירה זו שינתה לחלוטין את נוף הפרוזה העברית מחד, ואת "ספרות המלחמה" העברית מאידך.
מבקר הספרות, ברוך קורצווייל, תקף באופן חריף את "ימי צקלג". הוא הגדיר את הספר כ"מעשה אונן מילוליים". כלשונה של כותבת הביוגרפיה של יזהר, ניצה בן ארי: " בזאת פתח קורצווייל פתח רווח והצלה לכל מי שלא צלח את 1143 העמודים של הספר". הבקורת הקשה ומצב המכירות הגרוע בין השאר השתיקו את כתיבתו של יזהר לכמה עשרות שנים.
על חייו ועל יצירתו של יזהר מוטל צל כבד: מותם של שני אנשים קרובים: אחיו, ישראל, וחברו האהוב מכולם, יחיעם ויץ.