שר הביטחון דוד בן-גוריון חשש מאוד מיכולתו של חיל האוויר המצרי, שקיבל מטוסי מיג חדשים, לפגוע בערי ישראל. על כן במסגרת פרוטוקול סוור הועלתה גם דרישה להצבת אוניות הצי הצרפתי להגנת ערי החוף בישראל בפני מטוסי אויב. הדרישה נענתה בחיוב ובוצעה על ידי הצי הצרפתי. ב-28 באוקטובר הופיע כוח שכלל שלוש משחתות חדישות במפרץ חיפה. את הגעת השייטת בישר אל"ם יובל נאמן ממוקד המבצעים בקפריסין. הכוח הצרפתי קיבל הוראה להתייצב מול חיפה ותל אביב, בכוננות נגד מטוסים תחת פיקוד חיל הים הישראלי.
לאחר יומיים הודיע מפקד הכוח GUERIN, וגם יובל נאמן, כי הפקודות השתנו והמשחתות יוצאות להצטרף לכוח הימי של מבצע מוסקטר. לקראת ערב 30 באוקטובר עזב הכוח אך מספר שעות מאוחר יותר חזרה המשחתת KERSAINT עקב תקלה באחד מצירי המדחפים ועגנה במפרץ חיפה. אף כי לא היה בכך הגנה נגד מטוסים הורגשה תמיכה מורלית שקיבלה ביטוי ממשי באותו לילה נגד אבראהים אל-אוול.
הכנות בחיל הים.
חיל הים, שבאותה התקופה קלט את המשחתות אך השבית כלי שיט רבים אחרים, דרש לקבל התרעה ארוכה.
בתחילת אוקטובר החלו ההכנות, ונעשה מאמץ תחזוקתי מזורז שכלל הכנסת כלי שיט למערך וגיוס ספינות דיג. מרבית כלי השיט הגיעו לכשירות טובה ב-20 באוקטובר. נחתות המכוניות הועברו לאילת והורדו למים ב-1 בנובמבר. הפריגטות אח"י מבטח ואח"י משגב הוצאו משימור והגיעו לכשירות ב-3 בנובמבר. גויסו 1,350 אנשי מילואים שאיישו את מרבית כלי השיט. מוצב הפיקוד הימי הופעל במלואו. ארבע תחנות מכ"ם פעלו בחוף הים התיכון.
בדיקות בחופים.
ספינות חיל הים הנחיתו קבוצות בדיקה בחופי סיני בים התיכון ובים סוף. הבודקים מאנשי שייטת 13 מדדו את שיפוע הים באתרים שנחשבו אפשריים להנחתת רכב קרבי משוריין.
בחודש יוני 1955 נערך מבצע ירקון בו הונחתה חולית סיור על ידי ספינת דיג בצד המערבי של מפרץ אילת. משימת החוליה, בפיקודו של אשר לוי, הייתה בדיקת התוואי והערכת העבירות לקראת המסע המתוכנן של חטיבה 9 לכיוון שארם א-שייח'. תכנון התוואי וקצב ההתקדמות התבסס על הנחתת טנקים ודלק ואספקה על ידי נחתות חיל הים במטרה לדלג על קטעי דרך בלתי עבירים ולהקטין שחיקת הטנקים. סירת הדיג הובלה בפיקודו של סא"ל נפתלי רוזן. החוליה שהתה בשטח כחמישה ימים בלי שהתגלתה וחולצה על ידי מטוסי פייפר של חיל האוויר הישראלי.
תיאום וקישור.
לקראת מבצע מוסקטר הוקמה מפקדה משותפת לבריטים ולצרפתים בקפריסין. משלחת ישראלית התמקמה במפקדתו של האדמירל הצרפתי אדמירל BARJOT. ראש המשלחת היה אל"ם יובל נאמן, אז סגן ראש אמ"ן. נציג חיל הים שאיתו היה צבי תירוש. התיאום עם הכוחות הצרפתיים היה טוב, ואילו עם הכוחות הבריטיים היה חוסר תיאום מופגן שגרם במהלך המבצע לתקלה מבצעית וירי על פריגטה בריטית.
מפקד חיל הים הישראלי, האלוף שמואל טנקוס, פעל במטה החיל בחיפה. קצין הקישור למטה הכללי היה סא"ל אריה ברק. ראש מחלקת ים, אל"ם צבי קינן, נמצא פעמים רבות בצמוד לרמטכ"ל משה דיין והיווה קישור ממנו לחיל הים.
אירועים בזירה הימית.
הפלת מטוס המטכ"ל המצרי.
בבוקר יום א', 28 באוקטובר 1956, נתקבלה ידיעה מודיעינית על פיה צפויים הרמטכ"ל המצרי עבד אל-חכים עאמר וקצינים נוספים מצמרת הצבא המצרי לטוס בשני מטוסי איליושין Il-14 מדמשק לקהיר, לאחר שיחות תיאום של מבצעים משותפים נגד ישראל. הוחלט לירטם מעל הים התיכון.
באותו לילה שלפני תחילת מבצע "קדש", איתר מטוס גלוסטר מטאור מדגם קרב-לילה, שהוטס על ידי הטייס יואש צידון (צ'אטו) והנווט אלישיב ברוש מטייסת 119, את מטוס האיליושין Il-14. לאחר שזיהה בבירור כי הוא מטיס את חברי המטכ"ל המצרי, הפילו בירי תותחים. כל 23 הנוסעים, הקצינים המצריים וצוות המטוס נהרגו. הרמטכ"ל המצרי עבד אל-חכים עאמר לא היה במטוס שהופל.
המטוס המצרי הופל לים במרחק של כ-200 ק"מ מדרום לקפריסין. עם היוודע נפילת המטוס הוציא הצי המצרי מספר כלי שיט לאזור נתיב הטיסה לחפש ניצולים. ידיעות מודיעין מסרו שהכוח כולל משחתת Z, משחתת Hunt , ושתי קורבטות. כאשר התבררה למצרים פרישת הכוח הימי הבריטי-צרפתי, באזור נפילת המטוס, הוחזרו כלי השיט המצריים בלא שמצאו דבר.
חיל הים הישראלי נערך לפגוע בכלי השיט המצריים עם שייטת המשחתות בפיקודו של אל"ם שמואל ינאי ושייטת 5 בפיקוד סא"ל נפתלי רוזן. הכוחות יצאו למשימתם, אך לאחר הפלגה קצרה קיבלו הוראה לחזור, מבלי שהגיעו לאזור הפלת המטוס. המטה הכללי לא אישר את הפעולה.
היערכות להגנת החוף.
מאחר שחיל הים לא שותף למתקפה המתוכננת בסיני וגם תקיפת הכוח המצרי בים לא אושרה לו ערך מפקד חיל הים שמואל טנקוס את הכוח הימי כנגד האפשרות של הפגזת החוף. לא הייתה לכך ידיעת מודיעין אלא הערכת מצב
כוונת מפקד חיל הים שמואל טנקוס הייתה לרכז את הכוחות כאשר תתגלה מטרה עוינת.
הייתה הערכת המודיעין הימי שהקומנדו הימי המצרי יחדיר צוללים עם מוקשי עלוקה לנמל חיפה. נעשה שימוש ברשת ההגנה לסגירת הנמל כנגד צוללים כפי שהוצבה במקום על ידי הבריטים במלחמת העולם השנייה. הרשת סגרה את הפתח בשעות החשיכה ולא התאפשרה כניסת ויציאת כלי שיט.
פריצת מצרי טירן.
בנמל מסאווה בדרום הים האדום הוכנה אונית סוחר שאויישה בצוות ישראלי בפיקודו של רס"ן רפי אטלינגר מחיל הים. האונייה שנשאה דגל זר יצאה לכיוון אילת ובדרכה עוכבה על ידי אוניות בריטיות וצרפתיות. הגיעה ועברה במיצרי טירן אחרי שחרור סיני.
שביית משחתת מצרית.
כתגובה להפלת המטוס, נשלחה המשחתת איברהים אל אוול בפיקוד רס"ן רושדי טמזין מפורט סעיד כדי להפגיז את נמל חיפה. נראה שתכנון ההפגזה נעשה תוך כדי הפלגה באופן חפוז. בתי הזיקוק ונמל התעופה חיפה לא נכללו ביעדי ההפגזה משום שמיקומם לא סומן במפה הימית שהייתה במשחתת.
טעות בזיהוי.
בצהרי 29 באוקטובר הגיע הנספח הימי של ארצות הברית קפטן היגינס (Capt Higgins) למפקדת חיל הים, והתריע על הגעת כוח אמריקאי בן שלוש משחתות לנמל חיפה לצורך פינוי 1,800 אזרחים אמריקאיים מאזורי הקרבות. כאשר התגלתה מטרה במסכי המכ"ם חשבו במפקדת חיל הים כי זו אחת מהם. כך ב-31 באוקטובר לפנות בוקר, בהפתעה מוחלטת החלה משחתת מצרית, אבראהים אל-אוול להפגיז את נמל חיפה. במפקדת חיל הים חשדו במטרות שהתגלו במכ"ם 10 מייל מערבה יותר כחלק מכוח מצרי גדול. הם זוהו כמשחתות אמריקאיות. קיבלו הודעה על הקרב העומד לקרות והתרחקו.
משחתת צרפתית.
המשחתת הצרפתית "קרסן" (Kersaint). הייתה חלק מכוח צרפתי שיועד בתחילה להגנה בפני מטוסים. הכוח יצא להצטרף לכוחות מבצע מוסקטר. לקרסן קרתה תקלה בציר המדחף והיא חזרה לעגינה במפרץ חיפה. קצין הקישור מחיל הים בקרסן היה סרן רמי לונץ.
המשחתת הצרפתית פתחה באש מתותחיה ואף הרימה עוגן והחלה לנוע צפונה. הירי מהמשחתת הצרפתית שלא היה צפוי גרם להפסקת ההפגזה המצרית מבלי שנגרמו בחיפה נזקים. ה"קרסן" ירתה 64 פגזים נגד מטוסים שהתפוצצו לפני פגיעה וגרמו נזקים לסירות ההצלה ולצוות על הסיפון. הערכה הייתה כי דרך הנסיגה המתוכננת של האבראהים אל-אוול הייתה לכיוון חוף לבנון כדי להתרחק ולקבל סיוע אווירי סורי. נראה כי תנועת המשחתת הצרפתית צפונה גרמה למפקד המצרי לפנות מערבה וכך הגיע למפגש עם כוח המשחתות.
שייטת המשחתות.
כוח השטח בפיקודו של מפקד השייטת, אל"ם שמואל ינאי, כלל את שתי המשחתות אח"י אילת ואח"י יפו והפריגטה אח"י מזנק. הן נמצאו דרומה לחיפה והופנו לירוט המשחתת המצרית. במפגש פתחה אבראהים אל-אוול באש ונפילות הפגזים היו קרובות לאח"י יפו. מקורות האזנה העבירו למפקדת חיל הים מידע מדויק על שיחותיו של מפקד האנייה עם מפקדת הצי המצרי. דברי המפקד המצרי הועברו מהמודיעין הימי בזמן הקרב למפקד שייטת המשחתות אל"ם שמואל ינאי במשחתת אח"י יפו (ק-42).
ירי לילה של שתי משחתות על מטרה אחת מחייב רמה גבוהה של תיאום ומקצוענות. המשחתות הישראליות היו לאחר סדרת אימונים בסיסית מחוץ לישראל ולא ביצעו ירי אימונים מאז שהגיעו לישראל. רמת התותחנות הייתה נמוכה והירי לא היה מדויק. פגיעת פגז 4.5 אינץ' בכלי שיט גורמת נזק רב. אף כי נורתה כמות רבה של פגזים מעט הפגיעות שהיו גרמו לאבראהים אל-אוול לאבד את יכולת ההיגוי. פגיעת פגז נוספת שספגה אבראהים אל-אוול בחדר הדוודים הביאה להאטת מהירות כך שלא יכלה להתחמק מהמשחתות הישראליות. וכך למעשה אבדה לה יכולת הנסיגה. נקלטה בקשת המפקד המצרי ואף הובטחה לו עזרה מחיל האוויר הסורי. לאור זאת, דרשה מפקדת חיל הים סיוע אווירי להגנה.
סיוע אווירי.
מטוסי חיל האוויר הישראלי הגיעו אף כי מפקד השייטת שמואל ינאי לא רצה בכך. הם הופנו לתקיפת האבראהים אל-אוול, מה ששבר מורלית את הצוות המצרי. תקיפת מטוסי אוראגן של חיל האוויר הישראלי הביא את מפקדה להכריז על כניעה, לאחר שקיבל אישור לכך מהמפקדה המצרית. במקביל לכניעה ניסה צוות המשחתת המצרית להטביעה באמצעות פתיחת כניסות מי הים. המידע על פעילות זאת הועבר בזמן אמת לשמואל ינאי, שזירז הוצאת צוות השתלטות.
השתלטות.
צוות ההשתלטות מאח"י אילת, בפיקוד רס"ן אברהם בוצר, הגיע בסירה והשתלט עליה. צוות האוניה נמסר בנמל חיפה למשטרה הצבאית, פצועים טופלו ולא היו אבדות. האנייה הועלתה למבדוק, הוחזרה למצב ראוי לשימוש. שירתה בחיל 12 שנה בשמה החדש "אח"י חיפה".
פעילות הטרפדות.