כבר בישיבת הכנסת הראשונה שבה השתתף (ב-13 באוגוסט 1984) חרג מהנהלים, כאשר הוסיף לנוסח המקובל: "מתחייב אני", אותו אומרים כל חברי הכנסת, את הפסוק "ואשמרה תורתך תמיד לעולם ועד" (תהילים קי"ט, ), לאחר דין ודברים קצר שהיה במליאה, קיבל יושב ראש האספה את שבועת האמונים (מחמת הספק). היו מקרים שחברי הכנסת השתמשו בנוסח "מתחייב אני, בעזרת השם", אשר לא נחשב לחריגה, אך הייתה זו פעם ראשונה שחבר הכנסת הוסיף את הפסוק הנ"ל. דא עקא, כהנא היה אזרח ארצות הברית, ואזרחותו הייתה חשובה לו משום שאילו נשללה, יכלה ממשלת ארצות הברית למנוע ממנו לקבל ויזה וכך לא היה יכול לגייס כספים שם. לפי החוק בארצות הברית, מי שנשבע אמונים למדינה זרה – מתבטלת בכך אזרחותו, ואכן הוגשה נגדו תביעה על בסיס חוק זה. בדיון שהיה בבית המשפט על תביעה זו, טען הרב כהנא שבכוונה הוסיף את הפסוק, כדי להדגיש שחוקי התורה עומדים מעל חוקי המדינה ולכן אין זה נחשב כהצהרת אמונים למדינה אחרת. כתוצאה מכך, החליטה ועדת הכנסת לשלול ממנו את סמכויותיו כחבר הכנסת. הוא עתר לבג"ץ, ובג"ץ דחה את עתירתו. עקב כך נאלץ לחזור שנית על הצהרת האמונים ללא הוספות כלשהן.
בישיבת הכנסת שבה נבחר חיים הרצוג מחדש לנשיא שלף כהנא בקבוק חומץ כשהוא מכנה את הנשיא "חומץ בן יין", ברמזו על ההבדל לדעתו בין הנשיא לבין אביו, הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג.
בסקר "מודיעין אזרחי" שהתפרסם במעריב כשנה לאחר בחירתו, ב-28 באוגוסט 1985, זכה כהנא ל-11 מנדטים.
רבים מחברי הכנסת ראו בכהנא מוקצה מחמת מיאוס ונהגו לצאת מהמליאה בזמן נאומיו, לימים סיפרו חברי הכנסת והרבנים יעקב יוסף וחיים דרוקמן, שהם היו בין היחידים שנשארו להקשיב לנאומיו של הרב כהנא.
חלק מהצעות החוק ואי האמון שהעלה נדחו בשני קולות מתנגדים לעומת קולו שלו (זאת לאחר שבית המשפט העליון פסק כי אין לפסול הצעות חוק גזעניות בהיעדר הסמכה בתקנון הכנסת המאפשרת זאת במפורש. בהמשך שונה בשל כך התקנון). חלק גדול מחברי הכנסת נמנעו מכל שיח ושיג עמו. הוא כינה אותם "מתיוונים". כשיצאו מהמליאה בזמן נאומו אמר שהתקיים מה שנאמר: "מהרסייך ומחריבייך ממך יצאו" (ישעיהו מ"ט, י"ז), וגם השתמש בביטוי: "אדוני היושב ראש, כנסת ריקה".
כשנה לאחר בחירתו, הגיש כהנא שתי הצעות חוק. אחת מהן הציעה שאזרח מדינת ישראל יכול להיות רק בן העם היהודי. לא-יהודי שיקבל את מרות היהודים, יסכים לשלם מס ויוותר על כל תפקיד שיש בו שררה ייחשב לגר תושב. הוא לא יוכל להתגורר בתחומי ירושלים. לא-יהודי שיסרב לקבל עליו את המגבלות הללו – יורחק מהמדינה, בהסכמה או בכפייה, אולם יקבל על כך פיצוי. הצעת החוק השנייה כונתה "חוק למניעת התבוללות בין יהודים ללא יהודים ולקדושת ישראל". בין היתר, קבעה ההצעה שיוקמו חופי ים נפרדים ליהודים וללא יהודים, שלא יינתן ללא יהודים לגור בשכונה יהודית ללא הסכמת רוב הדיירים היהודים, שייאסר על אזרחי המדינה היהודים להינשא ללא יהודים או לקיים יחסי מין עמם (ולעוברים על כך נקבע עונש מאסר), ושזוגות מעורבים יוכרחו להיפרד. ההצעות הועתקו בחלקן מספרו של הרמב"ם "משנה תורה". מתנגדיו של כהנא כינו את ההצעות "חוקי נירנברג", עקב הדמיון, לדבריהם, לחוקים שבהם אסרה גרמניה הנאצית על יהודים להיות אזרחי גרמניה או להתחתן עם גרמניות. נשיאות הכנסת סירבה להתיר לכהנא להעלות את הצעות החוק הללו לדיון ובעקבות זאת הוא פנה לבג"ץ וזכה. בפסק הדין, שניתן ב-31 באוקטובר 1985, קבע אמנם השופט אהרן ברק כי הצעות החוק "מעוררות זיכרונות מחרידים" והן עלולות לפגוע באופי הדמוקרטי של מדינת ישראל, אולם אמר גם כי "כוחנו בשמירה קפדנית על שלטון החוק ועל חוקיות השלטון, גם כאשר משמעות הדבר מתן ביטוי לדעות שאנו סולדים מהן".
פעולותיו ודבריו של הרב כהנא עוררו פולמוס גם בקרב רבנים. נטען כלפיו שהוא מתעלם מהמקורות המסורתיים הרבים המצדדים בסובלנות ומאידך שהוא מתעלם מהאיסור על "התגרות באומות". עם זאת, הוא זכה להערכה מצד הרב צבי יהודה הכהן קוק, שאף פרסם מכתב תמיכה ברב כהנא לקראת הבחירות, והרב מרדכי אליהו שהספיד אותו במסע הלווייתו.
כהנא טען שילדי עדות המזרח חולנו במכוון, והציע לקבוע בתענית אסתר יום זיכרון במתכונת יום הזיכרון לשואה ולגבורה שייוחד ל"שואה הרוחנית" של נוער העולים מיהדות המזרח.
כששלח מכתבים מהכנסת לאזרחי ישראל הערבים ואיים עליהם בתוצאות חמורות אם לא יקבלו עליהם את תנאי "גר תושב" או יעזבו את המדינה, נשללה ממנו הזכות, המוקנית לחבר כנסת לצורך עבודתו, למשלוח דואר חינם.
ב-29 באוגוסט 1984 ניסה לבקר באום אל-פחם "על מנת לעודד את תושביו להגר למדינות ערב". כמחאה על ניסיון זה נערכה הפגנה בת 30,000 איש, יהודים וערבים, אשר הידרדרה למהומות אלימות שבהן נפצעו אזרחים ושוטרים. בעצרות שקיים בארץ נכח קהל רב והן היוו מוקד להתנגשויות בין תומכיו לבין אנשי שמאל שבאו להפגין נגדו. בעצרת שערך בכיכר יהדות ווהלין בגבעתיים הפגינו נגדו גם אנשים מן הימין המתון.
ב-11 ביוני 1986, בעת דיון בכנסת על עברו של קורט ולדהיים בזמן מלחמת העולם השנייה, קרע כהנא את דגל אוסטריה על דוכן הנואמים.
בא' באלול ה'תשמ"ז (1987) הקים את ישיבת הרעיון היהודי בירושלים, בראשה עומד הרב יהודה קרויזר. בנו, הרב בנימין זאב כהנא היה בין ראשוני התלמידים. שיחותיו בישיבה נכתבו על ידי תלמידו נתנאל עוזרי, ונדפסו בספר "צופה ומנהיג".
ההתנגדות לכהנא והצרת צעדיו.
עם כניסתו לכנסת, ולאחר החשיפה למסריו ולפעולותיו (כגון הביקור באום אל-פחם), התגייסו רבים מן החברה הישראלית, בהם גופים ממשלתיים ומוסדיים כיועץ המשפטי לממשלה, צה"ל, רשות השידור, משטרת ישראל וחברי כנסת, לבלימת התופעה שהוצגה על ידם כסכנה לדמוקרטיה ולאיזון הקיים במדינת ישראל ביחסי היהודים והערבים. היועץ המשפטי לממשלה, יצחק זמיר, התבטא בריאיון לעיתון על המשמר כי בעבר ראה בכהנא וברעיונותיו תופעה חולנית אך , אולם לאחר כניסתו לכנסת ברור שיש להילחם כנגדה. זמיר פנה אל ועדת הכנסת בבקשה להגביל את צעדיו של כהנא. חברי הכנסת יוסי שריד ועדנה סולודר יזמו דיון בעניין זה בדצמבר 1984. ברוב של 12 כנגד 8 קיבלה ועדת הכנסת החלטה להגביל את חסינותו הפרלמנטרית של כהנא, ולא לאפשר לו גישה חופשית לכל מקום בו יחפוץ. לאחר מכן אישרה מליאת הכנסת החלטה זו ברוב של 58 נגד 36. כהנא עתר לבג"ץ נגד ההחלטה וערעורו נדחה מסיבה פרוצדורלית, הוא לא טרח להגיע אל הדיון. משטרת ישראל פעלה בהתאם להחלטה, והגבילה מאוד את תנועותיו, כך נמנע ממנו להופיע אף בקמפוס אוניברסיטת בר-אילן בטענה כי נוכחותו תביא להסתה כנגד סטודנטים ערבים.
אמצעי התקשורת הממלכתיים החרימו אף הם את כהנא. בתחילת אוגוסט 1984 החליט הוועד המנהל של רשות השידור, שהייתה אז בעלת המונופול על שידורי הרדיו והטלוויזיה בישראל, כי:
משמעות החלטה זו הייתה כי הסיקור החדשותי שניתן לכהנא ולדעותיו היה מינימלי. כהנא עתר לבג"ץ נגד ההחלטה ועתירתו התקבלה. השופט אהרן ברק קבע כי חופש הביטוי כולל גם את החופש לבטא דעות מסוכנות, מרגיזות וסוטות, ובכלל אלו דעות גזעניות.
צה"ל החליט אף הוא להילחם בתופעה. בחודש אוקטובר 1985 הקדישה תחנת גלי צה"ל יום שידורים "למאבק בגזענות ובכהניזם". לאחר יום השידורים, שלח כהנא לתחנה מכתב שבו הודה על הפרסום שניתן לו חינם. כמו כן, פורסם למפקדים תדריך מיוחד המתייחס בשלילה לכהנא ולתנועתו, וזאת בשל "הסכמה עם מוסדות המדינה ועם הרוב המכריע בחברה כי המסרים של כהנא הם גזעניים...".
הכנסת, כמוסד, הצרה את צעדיו של כהנא. בתחילה נקבע כי אינו ראוי להגיש הצעת אי אמון בממשלה, מן הטעם שסיעת יחיד אינה יכולה לעשות כן. כהנא עתר לבג"ץ נגד החלטה זו ועתירתו התקבלה. לאחר מכן התבצעו מספר צעדים שנועדו להגביל את יכולתו להציע הצעות חוק גזעניות, וגם אלו נדונו בבג"ץ, ואף הביאו לתיקון בתקנון הכנסת שתוקן כך שהוסף לו סעיף 134(ג) לפיו "יושב ראש הכנסת והסגנים לא יאשרו הצעת חוק שהיא, לדעתם, גזענית במהותה או שוללת את קיומה של מדינת ישראל כמדינת העם היהודי".
כן תוקן חוק העונשין וקבע את ההסתה לגזענות כעבירה פלילית, ב, עבירה הנושאת עמה עונש של עד חמש שנות מאסר. כן נאסרה החזקת פרסום גזעני. נראה כי החקיקה נחקקה בעקבות דבריו של כהנא שבירך את משגרה של רקטת לאו לעבר אוטובוס ערבי. בסמוך לחקיקה הביעה רות גביזון את הדעה כי היא תביא לצמצום יתר של חופש הדיבור לגבי הפתרון הראוי לבעיה היהודית-ערבית מחד, ומאידך תופעל במיוחד כנגד המיעוטים עליהם היא באה להגן. בפועל לא נעשה שימוש בחקיקה זו נגד כהנא גם לאחר שהפסיק להיות לחבר הכנסת, והאדם הראשון שהורשע על פיה היה הרב עידוא אלבה בשנת 1995.
התיקון המשמעותי ביותר, שנגע בחקיקה החוקתית הבסיסית במדינת ישראל, היה חקיקת , שקבע כי רשימת מועמדים לא תשתתף בבחירות לכנסת ולא יהיה אדם מועמד בבחירות לכנסת, אם יש במטרותיה או במעשיה של הרשימה או במעשיו של האדם, לפי העניין, במפורש או במשתמע, אחד מאלה:
חקיקה זו לא כוונה רק נגד כהנא ותנועתו, אלא גם כנגד הרשימה המתקדמת לשלום, שנתפסה על ידי ועדת הכנסת כשוללת את זכות קיומה של המדינה כמדינת העם היהודי, אך ככהנא, הורשתה לרוץ לבחירות בשנת 1984. עם זאת, בבחירות בשנת 1988 הורשתה הרשימה להתמודד, גם על פי החוק החדש, בעוד שתנועתו של כהנא נפסלה מהתמודדות.
חוק הבחירות לכנסת תוקן על מנת להתאים לחקיקה החדשה, ונקבע שאישור השתתפות רשימה בבחירות על ידי ועדת הבחירות המרכזית מותנה בכך "שאינה מנועה מלהשתתף בבחירות לכנסת לפי ".