ידידו לסינג כתב בשנותיו האחרונות את המחזה "נתן החכם", שהדמות המרכזית בו מבוססת על מנדלסון. לאחר מותו של לסינג ב-1781 יצא הפילוסוף פרידריך היינריך יעקבי בהכרזה כי לסינג היה למעשה פנתאיסט ואתאיסט והחזיק בדעותיו של שפינוזה. מנדלסון, שתכנן בתחילה לכתוב את תולדות חייו של לסינג, יצא להגנתו בחיבור בשם "An die Freunde Lessings" ("אל ידידיו של לסינג"), ובו פרס בהרחבה את טענותיו נגד שפינוזה והפנתאיזם, וקבע כי לסינג לא אחז בהשקפות כאלה. חיבור זה, יחד עם "מועדי שחר", פתח את "הפולמוס הפנתאיסטי" שהתנהל בשנים הבאות בין הוגי דעות בברלין סביב תורתו של שפינוזה. ואולם מנדלסון לא הספיק להשתתף בו, שכן טרדות הוצאת הספר לאור גרמו לו להצטננות קשה, והמחלה הביאה למותו בה' בשבט תקמ"ו, 4 בינואר 1786, והוא בן חמישים ושש. הוא נקבר בהלוויה מכובדת ורבת משתתפים בבית הקברות היהודי הישן בברלין.
השקפת עולמו.
השקפת עולמו של מנדלסון מצויה גם במרחב הפילוסופי הכללי וגם בתוך עולם האמונות והדעות היהודי.
במרחב הפילוסופי הכללי החזיק מנדלסון בשיטה הפילוסופית האופטימית מבית מדרשם של לייבניץ ושל כריסטיאן וולף, שלפיה עולמנו הוא "הטוב שבכל העולמות". במחלוקת שבין הנאורות בנוסחה הצרפתי, שגרסה יציאה אקטיבית מול המסורת והעולם הישן, ובין הנאורות בנוסח הגרמני, שהייתה סובלנית יותר, וקראה לפעולה הדרגתית ומתונה, היה מנדלסון מן המנסחים הברורים ביותר של מחנה הנאורות הגרמנית. הוא קרא להנחלת ערכי הסובלנות הדתית והרחבת ההשכלה בדרך של שכנוע והסברה לאורך זמן.
בניגוד לכמה מהמושפעים מהגותו, כגון דוד פרידלנדר, לא היה מנדלסון דאיסט במובן המלא של המילה. לשיטתו, הדת – ובפרט היהדות – מחויבת להחזיק גם במצוות מעשיות. הוא ראה בניסיון לאחד את המאמינים הנוצרים והיהודים תחת כנפי האמונה הדאיסטית ב"דת הטבעית" דרך סמויה של כפייה דתית. הוא התנגד בחריפות גם לתפיסה הפנתאיסטית מבית מדרשו של שפינוזה. לשיטתו, האמונה באל ניתנת להוכחות רציונליות, והיא מחויבת מן השכל האנושי; וכמסקנה מכך יכולים להיות עקרונות תאולוגיים משותפים לדתות השונות. הנצרות כופה על מאמיניה השקפות המנוגדות לשכל, וגם פועלת במיסיונריות להפיץ את השקפתה גם למי שאינם נוצרים, ומשום כך היא פחות נאורה וסובלנית מן היהדות.
בניגוד לעיקרי האמונה, המצוות המעשיות אינן מסורות לכל יחיד להחליט עליהן לפי שיקול דעתו העצמאי, אלא חיובן נובע מן הסמכות הדתית; כלומר, אין "דת נגלית" אלא רק "הלכה נגלית". משום כך רשאים המוסדות הדתיים לכפות על היחיד את קיום המצוות המעשיות – בעיקר את אלה הנחוצות לצורך שמירה על קיום הקהילה הדתית ואורח חייה – אולם אין הם רשאים לכפות על היחיד עניינים שבתחום האמונות והדעות. התגלות האל אין מטרתה להציג לאדם משנה תאולוגית, שכן אליה הוא יכול להגיע בעצמו בכוח העיון הרציונלי; אלא לפרוס בפניו את המצוות המעשיות שאינן מוסקות בכוח השכל. משום כך גם אין זהות בין המצוות המעשיות של היהדות לאלה של הנצרות, וזאת בניגוד לטענתם של הדאיסטים. היהדות גם מעולם לא קבעה מצווה או חובה להאמין בעקרונות מסוימים, אלא חייבה רק לקיים את ההלכה, שעוסקת במעשים בלבד – מעשים שמטרתם היא ליישם את העקרונות הדתיים המופשטים, בחיי הקהילה והפרט. מבחינת השקפתו הדתית, מנדלסון האמין בכך שהתורה נצחית, קבועה ובלתי-משתנה, ואינה נתונה לשום תמורה היסטורית. מבחינה זו, כתב עליו מיכאל מאיר,
את ההשקפות האלה יישם מנדלסון בתוך המרחב היהודי. לפי השקפתו, שלקהילה אין זכות לכפות דעות על היחידים בתוכה, הוא התנגד לשימוש של רבנים בכלי החרם והנידוי כלפי הוגי דעות שהציגו אלטרנטיבות לאליטה הרבנית בתחום ההגות וההנהגה. בצעירותו הוציא לאור את כתב העת "קהלת מוסר", שבו ניסה להציג ליהודים בעברית רעיונות של אסתטיקה, של אופטימיות ושל עבודת האל מתוך הכרת הטבע והבריאה, וזאת בניגוד לקו הקפדני והקודר שהטילה ספרות המוסר בסגנון "קב הישר" שהייתה נפוצה באותה תקופה ביהדות אשכנז. הוא פעל לעידוד השימוש בשפות תרבות גבוהות – עברית לצרכים תוך-יהודיים וגרמנית לצורכי תרבות כללית – על חשבון השימוש ביידיש, שהייתה בעיניו ובעיני רוב המשכילים אחריו שפת כלאיים נחותה ומשובשת. עם כל השקפותיו אלה, לא תמך בגישות שקראו להתנגשות חזיתית עם העולם הרבני, והעדיף לפעול בדרך של שכנוע והפצת רעיונות. כשפתחו בשנותיו האחרונות המשכילים הצעירים שורה של חזיתות כנגד האליטה הרבנית, בין אם על רקע פולמוס "דברי שלום ואמת" של וייזל, בין אם על דפי "המאסף", ובין אם באירועים אחרים, לא השתתף מנדלסון בפרובוקציות, והעדיף לפעול מאחורי הקלעים ובדרכים שקטות.
רעיונות לאומיים במשמעותם המודרנית לא היו מוכרים למנדלסון, כפי שלא היו מוכרים לשאר בני תקופתו. הוא אמנם התנגד להתבוללות דתית או דמוגרפית של היהודים בנוצרים, והאמין שהיהודים צריכים להמשיך לקיים את כל המצוות המעשיות ולהישאר קהילה עצמאית, אבל סבר שלא יכול להתקיים שלטון ריבוני של היהודים על עצמם במדינה משלהם. כשהעלו בפניו רעיון מעשי ברוח זו, השיב כי העם היהודי אינו מוכן עדיין למפעל כזה ושאין לו כוח הרצון הדרוש למשימה. דווקא הקיום היהודי בגלות היה עדיף בעיניו על המדינה התאוקרטית היהודית מימי המקרא, שכן בו יכול היהודי לבחור בעצמו, ולא על ידי כפיית השלטון, לקיים את מצוות הדת. לשיטתו, היהודי צריך להיות אזרח שווה זכויות ושווה חובות במדינה האזרחית האירופית, והוא התאכזב בכל פעם שנתקל ביחס שונה אליו בשל יהדותו מצד הנוצרים, ובכל פעם שפגש בהתבדלות אזרחית מצד אחיו היהודים. נקודה זו של חסרון הלאומיות בשיטתו של מנדלסון עתידה להיות מקור עיקרי לביקורת כלפיו בדור האחרון של תנועת ההשכלה, כמאה שנים לאחר מותו, כשפתח פרץ סמולנסקין, על ידי פרסום מסה ביקורתית חריפה על מנדלסון "עת לטעת", את תקופת הלאומיות העברית שהובילה אל הציונות.
מנדלסון לאחר מותו; הערכת דמותו.
אף כי מנדלסון עצמו קיים בחייו אורח חיים יהודי-דתי, ארבעה מבין ששת ילדיו המירו את דתם לנצרות, ומבין תשעת נכדיו (ובהם המלחין פליקס מנדלסון-ברתולדי) רק אחד נותר יהודי. התופעה של המרת דת לנצרות הייתה נפוצה מאוד בברלין בדור שאחרי מנדלסון, בעיקר בקרב הדור הצעיר שההשכלה הייתה אמורה להציע לו חלופה לטמיעה גמורה בתרבות הגרמנית: המרת דת פורמלית מצד צעירים נאורים כמו רחל ורנהגן, שנעדרו כל אמונה דתית שהיא אך ביקשו להתקבל בחברה הפרוסית וחשו רק דחייה כלפי מורשתם היהודית, התרחשה בעשרות מדי שנה. תלמידו של מנדלסון, דוד פרידלנדר, שהיה דאיסט, אף ניסה לשמור על השקפתו תוך קבלת זכויות של נוצרי. הוא הציע לכומר אברהם טלר, שהיה בעצמו רציונליסט והואשם בכפירה על ידי שמרנים, להיטבל עם משפחתו וחבריו בלי שיוכרחו להצהיר על אמונה בעיקרי הנצרות, הצעה שטלר דחה.
עוד בחייו הפך מנדלסון דמות מפורסמת הן אצל היהודים והן אצל הנוצרים. תמונתו נדפסה בפרסומים רבים והייתה מוכרת לכל; הוא ייצג את רוחה של הנאורות ואת יכולתו של האדם, גם אם הוא יהודי עני מעיר שדה, להפוך בכוח עצמו לדמות מרכזית בעולם האינטלקטואלי והתרבותי. קשריו עם ידידיו הנוצרים ומעמדו בחברה הברלינאית נתפסו כראשיתו של תהליך האמנציפציה ליהודים. המשך התהליך של הפיכת דמותו למיתוס היה בביוגרפיה שפרסם יצחק אייכל בכמה המשכים בכתב העת "המאסף" מיד לאחר מותו, ואחר כך הוציא לאור כספר בפני עצמו (ברלין, תקמ"ט-1788). מנדלסון תואר על ידי אייכל ושאר המשכילים כאב המייסד של תנועת ההשכלה. נקשרו בו תיאורי גבורה (למשל, כאילו הלך ברגל את הדרך מעיירת הולדתו דסאו לברלין - כ-120 ק"מ) ותיאורים בעלי אופי מיתולוגי (למשל כמנהיג המוביל אחריו עדת תלמידים; היום מחזיקים ההיסטוריונים בדעה, שקשה להצביע על חוג תלמידים של מנדלסון, במובן הרגיל של המילה). הוא תואר כ"משה השלישי" (אחרי משה רבנו והרמב"ם), ונכתבו עליו שירי הלל, כגון השיר הקצר הבא שפורסם ב"המאסף" לאחר מותו, ומחקה את אמרתו של אלכסנדר פופ על אייזק ניוטון:
עם זאת, באופן מעשי לא היו כתביו והשקפותיו של מנדלסון במוקד הפעילות של תנועת ההשכלה. רוב כתביו, למעט הביאור, נכתבו בגרמנית ובוודאי שלא היו מוכרים למשכילים במזרח אירופה. "ירושלים" תורגם לעברית במלואו רק כשמונים שנה אחרי מותו של מנדלסון. כאמור לעיל, מנדלסון גם לא השתתף בפעולות הממוסדות של תנועת ההשכלה הפרוסית, ולמעשה הביאור היה המפעל העיקרי שלו שהשפיע על המשכילים. חלק מההיסטוריונים משייכים את מנדלסון אל תופעת המשכילים המוקדמים שפעלו לאורך המאה ה-18, עדיין לא במסגרות ממוּסדות.