על פי מדריך מאת הכותבים של "", הטווח היעיל של הטרנספורטר הוא 40,000 ק"מ, למרות ששכבות עבות של סלעים יכולות להפחית את הטווח הזה (הפרק "Legacy", "). בפרק "Obsession"" עם זאת, נראה שמצביע על כך שהטווח המרבי של הטרנספורטרים, במהלך אותה תקופת הזמן בהיסטורית מסע בין כוכבים, הוא למעשה כ-30,000 ק"מ. הפעלת הטרנספורטרים משובשת או נמנעת על ידי מתכות צפופות (הפרק "Contagion", "), אבק מגנטי (הפרק "The Enemy Within", "), התפרצויות שמש (הפרק "Symbiosis", "), וצורות אחרות של קרינה, לרבות אלקטרומגנטית (הפרקים "The Enemy" ו-"Power Play", "), וגרעינית (הפרק "Schisms", "), ומושפעת מסופות יון (הפרק "Mirror, Mirror", "). תהליך השיגור, בעודו מתרחש, גם כן נעצר על ידי כוחות טלקינטיים (הפרק "Skin of Evil", "), וכוח הזרוע (הפרק "The Hunted", "). בפרק "Bloodlines" של "" נעשה לראשונה שימוש מסוכן וניסיוני ב-"טרנספורטר תת-חלל" המסוגל להגיע למרחקים בין-כוכביים ולדומיניון יש את היכולת לשגר מרחקים גדולים (הפרק "Covenant", ""). קיימת התייחסות להגבלה של עד 40,000 ק"מ גם בפרק "Daedalus" של ".
טרנספורטרים של צי הכוכבים מעידן " כוללים בתוכם את היכולת לזהות ולנטרל נשק פעיל (הפרק "The Most Toys", "), ומסנן ביולוגי על מנת להסיר חיידקים או וירוסים מדבקים מאדם המשוגר (הפרק "Shades of Gray", "). הטרנספורטר יכול גם לשרת מטרה טקטית, כגון לשגר רימון יד פוטוני או טורפדו פוטוני, על מנת לפוצצם במקומות מרוחקים (הפרק "Legacy", "; הפרק "Dark Frontier", "), או להרוס אובייקטים (הפרק "Captain's Holiday", "). בפרק "A Taste of Armageddon" של ", מוזכר כי במסגרת משחק מלחמה תאורטי בין שני כוכבי הלכת "ונדיקאר" ושכנו "אמיניאר VII", כוחות "ונדיקאר" שיגרו פצצות-היתוך אשר התגשמו מעל למטרות אויב.
בכל פעם שאדם או חפץ משוגר דרך הטרנספורטר, המכונה יוצרת קובץ זיכרון של הדפוס. לפחות פעם אחת בסדרות "מסע בין כוכבים" נעשה שימוש בדפוס זה, על מנת להחזיר למצבם המקורי אנשים שנפגעו או שונו על ידי הטרנספורטר.
פעולות הטרנספורטר יכולות גם להיות מקוצרות כאשר נקודת המוצא ו/או אתר היעד המיועד נעים במהירויות עיוות. בפרק "The Schizoid Man" של "", היה צורך בטרנספורטר ארוך טווח, שיפעל במהירות הקרובה למהירות עיוות, שכן קרן הטרנספורטר אינו יכולה לעבור דרך שדה עיוות. על מנת לשגר צוות אל פני כוכב לכת, ובאותו הזמן להגיב לאות מצוקה שהתקבל, האנטרפרייז נדרשה להאט ממהירות עיוות למשך הזמן שנדרש להפעיל את קרן הטרנספורטר. ג'ורדי לה פורג' ביצע את הפעולה העדינה הזו בעצמו, אשר הייתה כרוכה בפיצוי על המהירות היחסית של הספינה. לאחר התגשמות צוות הנחיתה על פני כוכב הלכת, אחד מאנשי הצוות ציין שלרגע חשב שהוא נכלא בתוך קיר סמוך, ועמיתו השיב לו: "לרגע, אכן היית". פרקים מאוחרים יותר ("The Emissary", "; "The Best of Both Worlds", ") מאשרים כי הטרנספורטר יכול לפעול במהירות עיוות רק אם הן אתר השליחה והן אתר הקבלה נעים באותן המהירויות.
שיבושים, תקלות ותאונות.
במספר פרקים של " ו-" נעשה שימוש במכשירי אנטי-טרנספורטר, שנועדו לעכב או לערבל את פעילות הטרנספורטר, ובכך למנוע את השימוש בו. "מעכב" מונע מקרן הטרנספורטר "להינעל" על מי או על מה שהוא מחובר אליו. "מערבל" גורם לעיוות של הדפוס של האובייקט שנמצא בתהליך המעבר, וממש מפזר לכל עבר את האטומים שאמורים להתגבש מחדש בסדר מסוים, וכתוצאה מכך - הרס של חפצים דוממים והרג של יצורים חיים, על ידי עיוותם לרקמה אקראית; שימוש במכשיר שכזה הודגם באופן מבעית בפרק "The Darkness and the Light" של ".
הטרנספורטר רגיש לאנומליות חריגות ולתנאים סביבתיים יוצאי דופן, שיכול לגרום לתוצאות בלתי צפויות. עפרות מגנטיות לא ידועות יצרו העתק פיזי של קפטן קירק (הפרק "The Enemy Within", "), וקרן שיגור משופרת, אשר ניסתה לשגר את לוטננט ויליאם רייקר דרך אטמוספירה לא יציבה, "השתקפה" והתפצלה לשתי אלומות זהות, כאשר הקרן הנוספת מייצרת העתק פיזי של רייקר, אשר נותר לא ידוע על פני שטח של כוכב לכת במשך שמונה שנים, עד אשר חולץ משם על ידי קומנדר ויליאם רייקר (הפרק "Second Chances", ").
מלבד השפעות חיצוניות הגורמות לשיבושים בפעילות הנורמלית של הטרנספורטרים, עובדה ידועה היא כי הטכנולוגיה עצמו נכשלת לעיתים, וגורמת לפציעה חמורה או מוות לאלו ששוגרו. הדבר בא לידי ביטוי בסרט ", כאשר תקלה במעגלי חיישן הטרנספורטר הביאה לכך שאות בלתי מספיק הוצג במסוף שעל האנטרפרייז והעיד שיגור מוצלח של שני בני אדם, אולם בצד השני, בצי הכוכבים, לא הצליחו למשוך אותם החוצה למקום שבו הם היו אמורים להתגשם מחדש. מערכת הטרנספורטר ניסתה לגרום לאות החלש שהיה זמין להתגשם מחדש, ולמרות המאמצים של קירק וסקוטי, המערכת נכשלה, ושני המשוגרים נעלמו ממשטח טרנספורטר. קירק, מזועזע למראה הזוועה לה היה עד, שואל: "צי הכוכבים, יש לכם אותם?", אך נענה בתגובה: "אנטרפרייז, מה שהגיע לכך בחזרה לא האריך ימים, למרבה המזל".
עד לזמן של "", הטכנולוגיה של הטרנספורטר התקדמה במידה ניכרת, כלומר: תאונות כעת מתרחשות בסבירות נמוכה הרבה יותר, אם לא בסבירות הקרובה לבלתי אפשרית. למעשה, בפרק ""Realm of Fear", ג'ורדי לה פורג' מציין כי היו לא יותר מ-2–3 תאונות טרנספורטר במהלך 10 השנים האחרונות. כמו כן ישנה התייחסות באותו הפרק אל ההתקדמות הרבה בטכנולוגיית הטרנספורטר, של צ'יף או'בריאן שמצהיר כי לכל משטח יחיד של טרנספורטר יש ארבעה סורקים מיותרים, וכי במקרה שסורק אחד נכשל - השלושה האחרים תופסים את מקומו.
בפרק "Tuvix"" של "", תאונת טרנספורטר גורמת למיזוגם הפיזי וההתנהגותי של לוטננט טובוק ושל ניליקס אל תוך ישות אחת.
מגבלות טכנולוגיות ומדעיות.
בעוד שנטען על ידי מספר דמויות כי הטרנספורטר אינם יכולים לשגר דרך מערכות הגנה של ספינת חלל או של כוכב לכת, ישנם מקרים בהם "כלל" זה הופר באמצעות "פתרון רטורי" ("The Wounded", "; "Trials and Tribble-ations", ") או התעלמות מצד הכותבים ("Caretaker", ").
בסרט ", תת-אדמירל ג'יימס טי קירק ולוטננט סאביק מנהלים שיחה, במהלך שלב הפירוק של השיגור. בסרט "", ד"ר ג'יליאן טיילור קופצת אל תוך קרן הטרנספורטר של קירק במהלך שלב הפירוק, והשניים מתגשמים מחדש ללא כל השפעות שליליות. כנראה בשל "קרן הכליאה הטבעתית", מרכיב של הטרנספורטר שמוזכר בפרקי טלוויזיה השונים, המשמש כדי לשמור על דפוסים נפרדים זה מזה. באותו הסרט, ספוק משוגר תוך כדי הליכה.
על פי "Star Trek: The Next Generation Technical Manual", הטרנספורטר אינו יכול לשנע אנטי-חומר, אולם בפרק "Dark Frontier" של ", הוויאג'ר משגרת טורפדו-פוטון חי, המצויד באנטי-חומר, אל תוך ספינת חלל של הבורג. בפרק "One of Our Planets is Missing" מתוך ", האנטרפרייז משגרת נתח של אנטי-חומר אל תוך תיבת הקפאה.
ב-", שיגור מתוך ואל תא הטרנספורטר היה הכרחי. הדבר מוסבר בפרק "Day of the Dove"" של . ספוק וסקוטי כבר אמרו ששיגור "מאתר לאתר" (כפי שהם מתייחסים לכך בתוכנית הטלוויזיה) על סיפון ספינת חלל עשוי להיות מסוכן. המשוגרים עלולים להיות "משוגרים אל תוך סיפון" או חפץ דומה, ולהיתקע שם. אולם, ישנם, ככל הנראה, מנגנוני הגנה במקום, שנועדו מלמנוע מאנשים להיות משוגרים אל תוך סביבה עוינת, כמו מתחת למים או בתוך בו לבה, למרות שזה אפשרי לעקוף את אמצעי הבטיחות האלו; לדוגמה, בפרק "And the Children Shall Lead" של , שני מאבטחים שוגרו אל תוך החלל הפתוח. בסדרות הבאות, עם זאת, חדר הטרנספורטר נראה, בפועל, בעיקר מיושן. דמויות מוצגות מפעילות את הטרנספורטר מקונסולות רגילות ומשוגרים ממקום למקום, ללא כל בעיה הנראית לעין. המפעיל העיקרי יכול לשגר אותם בטרנספורטר לכל מקום בקלות. הסבר אפשרי לכך מוצע ב-"Star Trek: Deep Space Nine Technical Manual", ועל פיו ייתכן וצריכת האנרגיה של שיגור "מאתר לאתר" היא כפולה מאשר הצריכה הרגילה - מתוך או אל חדר הטרנספורטר עצמו, שכן האובייקט המשוגר צריך להיות משוגר אל הטרנספורטר, מאוחסן, ורק אז מועבר אל היעד. בנוסף, ששת המשטחים העגולים שעל הפלטפורמה משמשים בדרך כלל את האובייקטים המשוגרים בשביל לעמוד עליהם, אבל לא נראה כי הם מייצגים הגבלה כלשהי של החומרה לעד שישה אנשים.
למרות שהדבר מעולם לא נראה, דיאלוג ב-" מלמד על קיומם של טרנספורטרים ניידים, אם כי בפרק "Timescape" של " נעשה שימוש ב-"טרנספורטר חירום" שנענד על זרוע היד (אם כי ייתכן ואלו שימשו רק כדי להפעיל טרנספורטר מרחוק). כדי לבלבל את העניינים עוד יותר, בסרט הקולנוע "", נראה לראשונה האבטיפוס של "יחידת טרנספורטר חירום". טום פריס משתמש בטרנספורטר נייד, בפרק "Non Sequitur" של ".