סיסקו מגשים את התפקיד שהנביאים ייעדו לו בפרק סיום הסדרה "What You Leave Behind", כאשר הוא מתעמת עם דוקאט, הנמצא תחת השפעת הקוסט אמוג'אן - אלי שקר שמטרתם להרוס את הגלקסיה. השניים נלחמים זה בזה, ודוקאט נראה שמנצח, אולם במאמץ אחרון, סיסקו קופץ אל עבר דוקאט, ומשליך את שניהם אל תוך התהום הלוהטת של מערות האש של באג'ור. סיסקו עצמו נמשך אל מימד הקיום של הנביאים, על מנת להמשיך ולחיות איתם וללמוד מהם. סיסקו נפרד מקסידי ייטס, אשתו ההרה, ומודיע לה כי אף על פי שאיננו יודע מתי הוא יוכל לחזור אליה - בסופו של דבר הוא יחזור.
חיים פרטיים.
סיסקו היה נשוי לג'ניפר, אם־בנו ג'ייק. בפרק הבכורה של הסדרה "Emissary", סיסקו מטפח כעס ותיעוב עמוק כלפי ז'אן לוק פיקארד, בשל העובדה שהיה זה פיקארד, כלוקוטוס, שהוביל את המתקפה של הבורג נגד הפדרציה בקרב "וולף 359", בו סיסקו איבד את אשתו. על מנת לטפל בג'ייק כהורה יחיד, סיסקו החליט להשהות את הקריירה שלו בצי הכוכבים, ולקח על עצמו תפקיד די זניח - מפקד מספנות צי הכוכבים "Utopia Planitia" שעל מאדים.
סיסקו נשאר אלמן והורה יחיד במשך שנים רבות. בסופו של דבר, סיסקו מסכים לקבל הצבה כמפקד תחנת החלל חלל עמוק 9, אשר נמצאת במסלול היקפי סביב כוכב הלכת באג'ור, שם פוגש בקפטן ספינת משא אזרחית בשם קסידי ייטס, אשר איתה, בסופו של דבר, הוא מתחתן ומביא ילד לעולם.
סיסקו אוהב בייסבול, ספורט שכמעט ואיננו קיים במאה ה-24, המתקיים כמעט אך ורק באמצעות קבוצות קטנות של חובבים. הוא מחזיק כדור בייסבול על השולחן במשרדו, אשר ניתן לו על ידי חייזר אשר התחזה לדמותו של באק בוקאיי, שחקן הבייסבול האהוב על סיסקו. לעיתים קרובות, סיסקו מרים את הכדור ומסובב אותו סביב עצמו, כאשר הוא שקוע במחשבות. כאשר הדומיניון משתלט על חלל עמוק 9, ואנשי הפדרציה נסוגים, הוא משאיר מאחור את הכדור על השולחן במשרדו, כהודעה כי בכוונתו לחזור (ניתן לראות זאת הן בטרילוגית הפרקים ""Homecoming", "The Circle" ו-"The Siege" בתחילת עונה 2, וכן בפרק הסיום של עונה 5 - "Call To Arms"). לאחר מותה של ג'דזיה, בפרק "Tears of the Prophets"", סיסקו עוזב את התחנה וחוזר לכדור הארץ, תוך שהוא לוקח את כדור הבייסבול איתו, ובכך גורם למייג'ור קירה לחשוש שהוא לא מתכוון לחזור.
כמו אביו, ג'וזף סיסקו, הבעלים של מסעדה המתמחה באוכל קריאולי בניו אורלינס, גם סיסקו נהנה מבישול.
כמו כן, ידוע לכל כי קפטן סיסקו מעוניין להפוך לאדמירל, והוא מצהיר על כוונתו זו בפני אדמירל רוס, כאשר הוא מוצב זמנית בתחנת חלל, כשלישו של רוס.
אלטר אגו.
דמותו של בנג'מין סיסקו מזוהה, ביקום של "מסע בין כוכבים", עם שתי דמויות בדיוניות אחרות: גבריאל בל ובני ראסל.
גבריאל בל.
בעקבות מסע בזמן, המתואר בפרק הכפול "Past Tense", סיסקו מוצא את עצמו על כדור הארץ בתחילת המאה ה-21. שלא במתכוון, נוכחותו גורמת למותו של גבריאל בל, דמות שעתידה להיות חשובה באמריקה של אותה תקופה. סיסקו לוקח על עצמו את זהותו של בל, על מנת לתפוס את מקומו ולשמר על ציר הזמן. סיסקו יוזם את מה שייקרא בעתיד "מהומות בל", אשר סייעו לשנות את מהלך ההיסטוריה האנושית.
אף על פי שסיסקו מצליח בהגשמת המטרה שלו - להגיש את יעודו של בל ולשמור על ציר הזמן - בתמונות היסטוריות של המאה ה-24, נראות פניו של בנג'מין סיסקו.
בני ראסל.
בפרק "Far Beyond the Stars", סיסקו שוקל להשתחרר משירותו, לאחר שהוא מאבד חבר ותיק במלחמת הדומיניון. הנביאים מתערבים, וגורמים לסיסקו לחיות, בקצרה, את חייו של בני ראסל: סופר מדע בדיוני שחור בשנות ה-50 באמריקה. בני עובד במשרד בו מספר סופרים המאגדים בכל חודש את סיפוריהם לקובץ, אך הוא נתקל שוב ושוב בגילויי גזענות מטעם המוציא לאור שלו. בני כותב סיפור מדע בדיוני קצר, בשם "חלל עמוק 9", אשר מתרחש ביקום בו אין דעות קדומות או צרות אופקים. המו"ל שלו מסרב לפרסם את הסיפור, מאחר שדמות הגיבור - מפקד תחנת החלל - היא אדם שחור. עוול זה, בסופו של דבר, מביא את בני לכדי מצב של טירוף. זמן קצר לאחר מכן, הוא מוצא את עצמו בחזרה כסיסקו, במאה ה-24, בהבינו את מקומו על התחנה, מעלה שאלות בדבר טבעה של המציאות.
מאוחר יותר, בפרק ""Shadows and Symbols", סיסקו חווה סדרה של פלאשבקים אל תוך חוויות מחייו של בני ראסל - שכעת מאושפז בבית חולים פסיכיאטרי, אובססיבי לכתוב על הקיר סיפור קצר - המתאר באופן סינכרוני את עלילת הפרק "Shadows and Symbols"". אף על פי שבסוף הפרק כשעדיין לא ברור האם חייו של בני הם מציאות, או יצירתם של הנביאים, הפרק מסתיים בכך שאחד מחייזרי חור התולעת (אחד הנביאים של באג'ור) אומר: "קוסט אמוג'אן ניסה לעצות אותך עם חיזיון שווא", ובכך הוא רומז כי אויביהם של הנביאים - רוחות הפא - הם ששתלו את פנטזיית בני ראסל במוחו של סיסקו, על מנת להסית אותו מהשלמת משימתו.
בראיון שהעניק בשנת 2006 אירה סטיבן בהר, ממפיקי "", אמר בהר כי שקל להפוך את הסדרה כולה ליצירה שנכתבה על ידי דמותו של בני ראסל.
אפיון.
בעוד שהוא חולק ערכי ליבה הזהים לאלו של קפטן ז'אן לוק פיקארד וקפטן קתרין ג'יינוויי, סיסקו מראה נטייה להתפשר על הערכים האלו במצבים קיצוניים. הדוגמה הבולטת ביותר לכך היא בפרק ""In the Pale Moonlight", שבו סיסקו משקר, משבש הליכי משפט והופך, שלא במתכוון, לשותף לרצח, כל זאת - על מנת להביא למהפך בהתנהלות (ובסופו של דבר - לניצחון) מלחמת הפדרציה בדומיניון. לאחר מכן, סיסקו מקליט יומן אישי לגבי רגשותיו על הפרשה כולה, ומבכה על העובדה שאין לו חרטה על מעשיו (אשר הביאו לכניסת הרומולאנים למלחמה, לצד הפדרציה והאימפריה הקלינגונית, נגד הדומיניון, קרדאסיה והברין, ובכך גדל בצורה משמעותית סיכויי הניצחון של הפדרציה), לא לפני שהוא מבקש מהמחשב למחוק לחלוטין את הרישום כולו.
דוגמה נוספת לגישה המקיאווליסטית המאפיינת את סיסקו ניתן למצוא בפרק "For the Uniform"", אשר בו סיסקו מרעיל אטמוספירה של כוכב לכת שלם, רק משום שקיימת בו מושבה של ארגון המחתרת "המאקי", וזאת על מנת לתפוס את מייקל אדינגטון, לשעבר קצין הביטחון הראשי של חלל עמוק 9, תחת פיקודו הישיר של סיסקו, אשר בגד וערק לשורות המאקי.
סיסקו מפגין אישיות נועזת ולא מתפשרת עד לנקודת שבירה, אפילו על פי קנה המידה של חברו הטוב ביותר - דקס (הסימביונט), שאף אומר לו (בעת היותו בתוך הפונדקאית אזרי טיגאן) כי אישיותו מטילה אימה על וורף. ביחס לקפטנים אחרים ב-"מסע בין כוכבים", סיסקו מפגין חוזק בתכנון צבאי אסטרטגי / תפעולי, כפי שמעיד התפקיד המרכזי שהוטל עליו במאמץ המלחמתי של הפדרציה נגד הדומיניון. אמנם הוא איננו בקיא בפילוסופיה כז'אן לוק פיקארד, או במדעים מדויקים כקתרין ג'יינוויי, אך סיסקו מפגין ידע נרחב בתחום ההנדסה (כפי שניתן לראות בפרקים כמו ""Explorers", "The Visitor" ו-"Civil Defense"), זאת לאחר ששימש, בטרם מינויו למפקד תחנת החלל חלל עמוק 9, כמפקד מספנות צי הפדרציה "Utopia Planitia"" על מאדים.
אסמאעיל ספואת
אִסמאעיל ספואת סעיד (בערבית - اسماعيل صفوت سعيد; תעתיק מדויק - אסמאעיל צפות סעיד; 1896–1972) היה איש צבא עיראקי בעל תפקיד חשוב בהכנת צבאות מדינות ערב למלחמת העצמאות.
החל מספטמבר 1947 החלו מדינות הליגה הערבית בדיונים שבהם ניסו לגבש עמדה מאוחדת, צבאית ומדינית, באשר לתוכנית החלוקה. בשלוש ישיבות של הליגה הערבית, בסאופר שבלבנון בספטמבר 1947, בעאליי שבלבנון באוקטובר 1947 ובקהיר בדצמבר 1947 נערכו דיונים בעניינים אלו, בהם הייתה עיראק בהנהגת ראש הממשלה סאלח ג'בר הכוח המניע להתנגדות לתוכנית, וקראה לצעדים קיצוניים. ראשי הליגה הערבית העמידו את ספואת, שהיה אז בדרגת לואא' (דרגת קצונה עיראקית המקבילה לדרגת אלוף) בראש "ועדה טכנית קבועה" שתדון בנושא הצבאי של הסכסוך היהודי ערבי. הוועדה ובה קצינים נוספים ממדינות ערב ונציג פלסטיני התמקמה במחנה קטנא בסוריה והחלה בעבודתה.
לאחר ועידה נוספת של ראשי הליגה בקהיר, בפברואר 1948 התמנה ספואת ל"מפקד כללי של הכוחות הערבים בפלשתינה", שכללו אז, בין היתר, את צבא ההצלה בפיקודו של פאוזי קאוקג'י שלחם מינואר 1948 ובאפריל ספג תבוסה משמעותית בקרב משמר העמק. ספואת מעולם לא נטל לידיו את הפיקוד בפועל, והיחסים בינו ובין קאוקג'י שפיקד בפועל על הכוחות לא היו תקינים.
בתחילת אפריל 1948, ערב מבצע נחשון, נפגש ספואת עם עבד אל-קאדר אל-חוסייני שדרש לקבל נשק כבד, אחרת יפלו לידי היהודים יפו וחיפה. ספואת, שלא היה לו עניין, כמייצג השושלת ההאשמית, לחזק את מעמדו של חוסייני שייצג את משפחת חוסייני השיב שאנשיו של חוסייני אינם מנוסים דיים בהפעלת תותחים, ואם הוא ימסור אותם לידיו הם עלולים ליפול בידי היהודים, והוסיף "אם תכבוש ההגנה את חיפה או יפו, נחזיר לך אותן בתוך שבועיים ימים". למשמע דבריו תפס חוסייני את תיק הניירות שעל השולחן שביניהם והטיח אותו בראשו של ספואת, כשהוא צועק "אתה בוגד". למרות זאת נפגש חוסייני שוב עם ספואת מיד אחרי כיבוש הקסטל על ידי הפלמ"ח ב-3 באפריל. הוא שוב ביקש נשק מספואת והלה סירב שוב וענה לו ש"אם לא יוכלו אנשיך לכבוש את הקסטל מחדש, הרי נבקש מקאוקג'י לעשות זאת".