המעבר לתוכנית מודרנית לא היה מהיר והלימודים במדרש תלמוד תורה התבססו בעיקרם על לימודי קודש. הילד נכנס למדרש תלמוד תורה בגיל חמש ואם לא נשר תוך כדי לימודיו הוא סיים בגיל בר מצווה. אם הישגיו היו טובים, הוא המשיך ללמוד בישיבה ואם לא יצא לחיי עבודה. שינויים כלשהם בתוכנית הלימודים היו מלווים במאבקים ומשברים קשים שבהם היו מעורבים החכמים, הגבירים וחלקים גדולים מן הקהילה.
במדרש היו שלוש עשרה כיתות. בחמש הכיתות הראשונות הקנו המלמדים לתלמידים קריאה בשלבים שונים, דהיינו קריאה שוטפת בתורה. רוב התלמידים הגיעו לרמה זו בגיל שבע. במדרש תלמוד תורה היו שתי חצרות, פנימית וחיצונית ומסביב להן היו חדרי הכיתות. כל חצר שימשה גם כבית כנסת ולכל מלמד הייתה כיתה קבוצה, אך לא תלמידים קבועים. פעמיים בשנה התקיימו בחינות רשמיות בעיקר בכיתות הגבוהות בנוכחות רבנים, לפני סוכות ולפני פסח. הלימודים התקיימו כל השנה ללא חופשות אביב וקיץ. עד שנת 1936, למדו בשתי משמרות. משמרת ראשונה משעה שמונה עד שתים עשרה ומשמרת שנייה משעה אחד וחצי עד ארבע. בשנת 1936 עבר יום הלימודים למשמרת אחת משעה שמונה עד אחת וחצי. המשמעת הייתה חמורה תוך שימוש בעונשים רבים למפריעים ולמתרשלים בלימודים. העונשים היו גופניים או הורדה לכיתה נמוכה יותר.
לעומת ההוראה הכמעט פרטית בחדר, הייתה דרך ההוראה במדרש תלמוד תורה קולקטיבית ופרונטלית. במדרש היו 2 סוגי מורים. מורה המקרא או הגמרא שנקרא "אסתאד" או "חכם" והמורה כללי שנקרא "אפנדי" (אדון) והוא לימד מקצועות כלליים כשהללו הוכנסו לתוכנית הלימודים.
עד לראשית שנות ה-40 של המאה ה-20 התפללו הילדים יום יום במדרש. כשנמסרה הנהלתו של המדרש לוועדת בתי הספר היהודים בשנת 1942, מונו מורים בעלי השכלה תיכונית שלא היו מסורתיים וטענו שהתפילה היא ענינו הפרטי של התלמיד או של הוריו. מורים אלו אף הופיעו בגילוי ראש וטענו כי כיסוי ראש הוא עניין לתפילה ולטקסים דתיים. בשנים האחרונות של קיום המדרש חל שיפור ניכר בדרכי ההוראה ונוספו מקצועות כלליים הדרושים לילד בחיי יום יום. בוטלו העונשים הגופניים והותאמה רמת הלימודים לבתי הספר הכלליים כדי שיוכלו התלמידים לעבור אליהם עם סיום חוק לימודיהם בבית המדרש. אי לכך, כל הניסיונות למודרניזציה של החינוך המסורתי לא הועילו ומוסדות החינוך היהודי המודרני משכו אליהם בסופו של דבר את רוב ילדי הקהילה. על אף כל זאת, למדרש תלמוד תורה מקום נכבד בתולדות החינוך היהודי בעיראק בהיותה בית הספר הראשון לאחר תקופה ממושכת בה היו החדרים מוסדות הלימוד היחידים.
כניסת החינוך המודרני לעיראק נתנה את אותותיה על המדרש. חברת כי"ח התערבה למען שיפור התנאים הפיזיים במדרש וניסתה להכניס מקצועות לימוד כלליים בנוסף ללימודי הקודש. ניצנים בכיוון זה החלו לצמוח עוד בשנות ה-60 של המאה 19. יצחק לוריאן (אירופאי שהתגורר בבגדאד והיה יו"ר סניף חברת כי"ח בעיר) פעל בכיוון הוראת המקצועות הדרושים לחיי היום יום. "אמנם טובה מאוד כוונת המיסדים להחזיק ידם בלימוד התורה והדת אבל כל תורה שאין בה מלאכה סופה לבטלה ויפה תלמוד תורה עם דרך ארץ".
תהליך הכללת מקצועות כלליים בתוכנית הלימודים לא היה קל. כל התערבות מבחוץ נתקבלה בחשדנות ובהתנגדות מרובה. בתוכן הלימודים חל שינוי רק משנת 1882 כאשר מונו מורים ללמד חשבון ובשנת 1889 מונה מורה ללמד טורקית בכיתות הגבוהות. הניסיון להכניס את השפה הערבית לתוכנית הלימודים גרם למחלוקת קשה בין רוב החכמים והגבירים לבין חסידי ההשכלה המודרנית וחלק מהורי התלמידים. התנגדות ההורים פרצה לאחר ניסיון קצר. "באו עניים רבים אל החכמים, הם רוצים שהילדים ילמדו רק תנ"ך, מטרתו של המדרש היא ללמד תורה. אם זקוק הילד ללמוד ערבית יעשה זאת מחוץ לבית המדרש או אחרי שיסיים אותו.. שוב ערכו החכמים התייעצות והחליטו לבטל את הוראת הערבית".
רק בשנת 1905 הוכנסה הערבית לתוכנית הלימודים באופן סדיר.
עם ייסוד בתי הספר המודרניים והתפשטותם, הלך ופחת מעמדו של החדר בכלל והפרטי בפרט עד כי החדר הפרטי כמעט התחסל כליל בבגדאד במחצית שנות השלושים למאה ה20, אך הוא המשיך להתקיים בעיירות וכפרים של יישובים יהודיים קטנים. בכל ישוב יהודי, גדול כקטן, היה קיים חדר פרטי או ציבורי. החדר המשיך לשמש כמקום לרכישת היסודות של האלף–בית העברי וכמה מיסודות המסורת הדתית. בחדר הציבורי בתקופת החינוך המודרני למדו בדרך כלל ילדי העניים, ושולבו בו גם כמה מקצועות חילוניים. לעיתים יש שלמדו בו גם ילדי העשירים לפני הליכתם לבית ספר יסודי או במקביל לביקורם בבית ספר יסודי ערבי – אחרי שעות הלימודים בבית ספרם. ברוב החדרים הפרטיים למדו בנים ובנות יחד, אולם בחדרים הציבוריים למדו רק בנים. בשנת 1894 יצא חוק שחייב את המלמדים בעמידה בבחינות מסוימות וקבלת רישיון לפתיחת חדר או המשכת החזקתו- דבר שהביא לצמצום רב בחדרים הפרטיים.
החל משנות ה-30 של המאה ה-20 החל לתפוס את מקום החדר הפרטי בבגדאד בית הספר הקדם יסודי (אווליה) שהלימודים בו הם עד כיתה ג' או ד' לכל היותר. זהו למעשה חדר פרטי מתוקן והיה מעין סינתזה בין החדר המסורתי ובית הספר המודרני. לימודי הדת בו תופסים חלק מתוכנית הלימודים אם כי לא רובה, ובדרך כלל רמתו הכללית נמוכה. מרבית בתי הספר האלה היו מעורבים בנים ובנות יחד ועובדים בכל חודשי השנה. לכן בזמן חופשת הקיץ של בתי הספר היסודיים היו חלק מילדיהם שבכיתות הנמוכות מצטרף לבתי הספר הקדם יסודיים האלה, הן כדי להתחזק בנושאים שבהם הם חלשים והן כדי להימנע משוטטות ברחוב.
לימודים דתיים גבוהים במסגרת מוסדית כנראה לא היו עד שנת 1840 כאשר בשנה זו הוקמה הישיבה הראשונה בבגדאד שנקראה בזמנו "מדרש אבו מנשה" על ידי החכם עבדאללה סומך, ובמהלך המאה ה-20 הוכרה יותר בשם "ישיבת בית זלכה". לאחר מכן הוקמו ישיבות נוספות כאלה, כנראה רק בבגדאד. ישיבות אלו נועדו להכשיר רבנים וכלי קודש אחרים. ככל שההשכלה המודרנית הלכה והתפשטה כן גם מעמדן של הישיבות הלך ופחת ומספר המצטרפים אליהן לשם קבלת הסכמה הלך והצטמצם.
החינוך המסורתי במסגרת בית ספר מודרני:
למרות השוני הרב בין התפיסות במערכת החינוך המסורתי והמודרני, נכללו השפה העברית ולימודי הקודש בבתי הספר המודרניים של חברת כי"ח. חשיבות לימודים אלה הייתה קטנה והוקדשו לה שעות מעטות. עם זאת עצם הכללתם בתוכנית הלימודים מצביעה על קשר הידברות בין החוגים הדתיים לבין אנשי הכי"ח. אלה האחרונים, כיבדו את רצונם של הרבנים והמורים לעברית.
ככל הידוע, הממונים על החינוך היהודי בעיראק לא דנו בצורה שיטתית ויסודית במטרות החינוך ושיטותיו או בדמות התלמיד, שהם מנסים ליצור. לא ידוע שאי פעם התכנסו ודנו בכך, גם לא כתבו רשימה כלשהי בנידון זה. לגביהם, הדבר היה ברור: הנער נשאר יהודי בכל מצב, בין שהוא יותר דתי או פחות דתי, יותר קרוב למסורת או פחות קרוב. לא הייתה שאלה של התבוללות וטמיעה, גם לא היו נסיבות ואווירה כאלה כפי שהיה המצב באירופה. לכן שאלת יהדותו של הצעיר או הדור לא הייתה מוטלת בספק, לא עוררה חששות בלב ולא הצריכה מחשבה ודיון בה. אי לימוד העברית כאחת השפות לא עורר, גם הוא, חששות ודאגה, כי ממילא היהודים רובם ככולם, גם בדורות קודמים לא ידעו עברית על בוריה, אף שהיו יותר דתיים ויותר מסורתיים. הם התפללו וקיימו טקסים דתיים בעברית, אם כי לא הבינו את אשר קראו. לעומת זאת, היה חשוב להם מאוד שהילד ידע את האלף–בית העברי, כדי להתפלל ולקיים מצוות דתיות בשפה המקורית. מאידך, האווירה וההתפתחות החברתית–תרבותית לא עודדה לימוד עברית כשפה או דבקות בה. לא היה צורך להשתמש בה או לקרוא ספרות בה, אדרבא – החשיבות רוכזה בידיעה טובה של הערבית ושפות לועזיות, בעיקר האנגלית והצרפתית בהתאם לתקופה. דאגתם של קברניטי החינוך היהודיים הייתה נתונה, לאופן שבו אפשר להעניק לצעיר או לדור הצעיר את המטען המתאים של השכלה כללית, כדי שיוכל להתקדם ולתפוס מקום מתאים בחברה העיראקית בכלל. מכאן, שהושם דגש על המקצועות הריאליים ובהתאם לכך, כל בתי הספר התיכוניים היהודיים היו כל העת ריאליים בלבד, ורק אחרי העלייה ההמונית הוכנסה מגמה מסחרית. מאחר ששאלת הזהות היהודית לא העסיקה אותם הרבה, הם גם לא עסקו בשאלת הזהות העיראקית.
המוזיקה של יהודי עיראק.
ליהודי בגדאד היה בית ספר מיוחד לעיוורים בו נלמדו בעיקר תחומי הנגינה והשירה, וכך מספר רב מהמוזיקאים המובילים היו עיוורים. מספר רב של יהודים היו מפורסמים בשל כישוריהם המוזיקליים, ובתחרות המוזיקה של העולם הערבי אשר נערכה בשנת 1932 בקהיר זכתה המשלחת העיראקית, שהורכבה ממוזיקאים יהודים וזמר אחד מוסלמי. בקרב מוסלמים בעיראק, מקצוע המוזיקה נחשב בתקופה זאת למקצוע ירוד, ולכן היהודים היו דומיננטיים בסצנת המוזיקה. יהודים זכו להרכיב את התזמורת הממלכתית העיראקית ביניהם הכנר הנודע והמלחין סאלח אל-כווייתי, המלחין ונגן הקאנון בעל השם העולמי יוסף זערור שהיה מנהל תזמורת רשות השידור בעיראק משנת 1941 ועד לשנת 1951, נגן הקאנון אברהם סלמאן, החלילן אלברט אליאס ועוד.
רובם של המוזיקאים עלו לארץ והמשיכו את יצירתם המוזיקלית, ביניהם יוסף זערור המלחין ונגן הקאנון, המהנדס והמלחין סלים אל נור, נגן העוד יוסף שם טוב, נגן העוד והזמר אליאס שאשא, האחים סלאח ודאוד אל כוויתי המלחינים והנגנים הידועים, הזמר פילפל ג'ורג'י ואחרים. חלק לא מבוטל מהנגנים, בהגיעם לישראל, המשיכו את מלאכת המוזיקה במטרה לשמר את ציביון המוזיקה העיראקית, ביניהם הכנר והזמר שלמה בנאי ונגן העוד אלי שגב. האחרונים ניגנו בחפלות של התזמורת העיראקית (צ'לרי) בשיתוף עם נגני תזמורת קול ישראל בערבית.