למשחק נוספו ארבעה מצבים חדשים מלבד מריו בוער וסופר מריו - מריו צפרדע, מריו דביבון, מריו פטיש, ומריו טנוקי. בהשפעת כל מצב, יכולותיו ומראו של מריו משתנים בהתאם - למריו צפרדע יכולות שחיה וקפיצה משופרות, מריו דביבון מסוגל להתקיף בזנבו, לדאות ואף לעוף, מריו פטיש ניחן בזריקת פטישי יד ומריו טנוקי הוא מעין שדרוג של מריו דביבון, היכול להפוך לפסל אבן בלתי פגיע. שלבי המשחק רצופים סודות, וחבויים בהם שלוש משרוקיות קסם המאפשרות דילוג בין עולמות. לראשונה אם מריו ישיג כוכב ויקפוץ, הוא יעשה גלגול באויר.
גרסאות מחודשות למשחק יצאו לסדרת ה-Super Mario All-Stars וה-Super Mario Advance, אשר בה, המראה של הנסיכה פיץ' השתנה לגמרי. כמו כן המשחק מופיע בשירות ה-Virtual Console של ה-Wii, ה-Wii U וה-3DS.
אם מחשיבים את מכירות גרסאותיו השונות של המשחק, ניתן להכתירו ככותר הנמכר ביותר, אך בשיא עדיין מחזיק Super Mario Bros.
האחים סופר מריו 3 הוא המשחק האחרון בסדרת Super Mario Advance. בגרסה זו ניתן לסרוק שלבים חדשים דרך מכשיר ה-e-Reader (תוסף ל-Game Boy Advance). בשלבים אלו, צריך לאסוף מס' מסוים של מטבעות Advance, שמבוססים על מטבעות יושי מסופר מריו וורלד, אשר מאפשרים לפתוח מעין "מיני משחקים" ולקבל חיים. שלבים אלה כוללים יכולות ממשחקים שונים, כמו האויבים, הירקות, קוביות הפיצוץ וקוביות פטרייה שניתן לזרוק על אויבים מהאחים סופר מריו 2, ירקות ענקיים, עזרים לכודים בבועות וקוביות פיצוץ ענקיות מ-Super Mario Advance, מספר גדול של אויבים, קוביות שנותנות עזרים באופן אקראי, קוביות הליכה על הקיר, עזר נוצת הגלימה, ירח המביא 3 חיים מ-Super Mario World, אויב הפינגווין מסופר מריו וורלד 2: האי של יושי, והפטרייה הרעילה והצמחים הטורפים האדומים מ-Super Mario Bros: The Lost Levels. במספר מצומצם מאוד של שלבים ניתן לאסוף מטבעות e נדירים. חלק מהשלבים הם שלבים שהיו במשחק המצליח Super Mario Bros. בגלל "החיים הקצרים" של ה-e-Reader באמריקה, מתוך 38 השלבים ביפן, יצאו לאמריקה רק 12 שלבים. כמו כן, ניתן לסרוק עזרים כגון הבומראנג, אשר מאפשר לחסל אויבים ולאסוף מטבעות, מטבעות Advance ומטבעות e, וכן סרטונים שעוזרים לעבור שלבים במשחק הרגיל. באירופה התמיכה במכשיר זה התבטלה, ולא שוחררו כלל כרטיסים.
סופר מריו וורלד (Super Mario World).
כשקונסולת ה-SNES ראתה אור ב-1990, ימאוצ'י הורה למיאמוטו לפתח משחק המנצל את יכולות הקונסולה במלואן. המשחק שפותח הלך בנתיב של קודמיו: האחים מריו ולואיג'י, הנופשים יחד עם פיץ' בארץ הדינוזאור, יוצאים במשימה להציל את הנסיכה מבאוזר, תוך מעבר בין שלבי המשחק השונים והבסת שבעת ילדיו בדרכם. הפעם, מריו ולואיג'י אינם לבד - הדינוזאור יושי, המופיע בפעם הראשונה, משמש כחיית הרכיבה שלהם. יושי יכול להשתמש בלשונו הארוכה כדי לבלוע ולזרוק אויבים. יושי מופיע בארבעה צבעים שונים - ירוק, כחול, אדום וצהוב, בהתאם לאויב שבפיו. בכל צבע מקבל יושי יכולת מיוחדת. במשחק זה ישנם מטבעות יושי אשר השחקן צריך להשיג בשביל לקבל חיים. ישנם עולמות מיוחדים, כמו עולם הכוכב, אשר ניתן להיכנס אליו באמצעות דרכי הכוכבים, אשר מתגלות אם השחקן מגלה יציאות סודיות בשלבים מסוימים, ואם השחקן מגלה את היציאה הסודית בשלב האחרון בעולם הכוכב, הוא מקבל גישה לעולם הספיישל, אשר אם מסיימים אותו, עונת השנה במשחק מתחלפת מאביב לסתיו, מה שמשפיע על האויבים, למשל: השריון של קופה טרופה הופך למסכה של מריו בצבעים שונים, הצמחים הטורפים הופכים לדלעת טורפת ועוד.
המשחק נחל הצלחה גדולה, ונחשב למשחק ה-SNES המצליח ביותר. כקודמיו, גם הוא הגיע ל-Virtual Console של ה-Wii, ה-Wii U וה-3DS ומופיע כשני בסדרת Super Mario Advance. כמו כן, ישנה גרסה מיוחדת של Super Mario All-Stars, בשם Super Mario All-Stars: Super Mario World, אשר כוללת את משחק זה. בגרסה זו, המראה של לואיג'י התעדכן למראה שלו כיום, מאשר מראה של מריו בצבע ירוק.
בגרסת ה-Super Mario Advance של המשחק נוספו חידושים רבים, כגון פתיחה המספרת את עלילתו של המשחק, סרטונים כגון גמירה של כל 96 השלבים במשחק, שינויי אויבים חדשים בעונת הסתיו וגם שינויים רבים, כגון הוספתו של לואיג'י בקרדיטים ובסיום המשחק, פתיחתה של עונת הסתיו רק אם השחקן גומר את כל 96 השלבים ומטבעות הפיץ', אשר מחליפים את מטבעות היושי לאחר סרטון המעיד על אספתם של כל מטבעות היושי.
בשנת 1995, שוחררה גרסה של משחק זה לקונסולת ה-NES באופן פיראטי על ידי החברות Hummer Team (הידועה במשחקיה הפיראטיים, כגון Somari), והחברה JY Company. לגרסה זאת של המשחק יש שתי גרסאות: האחת אינה גמורה, ומסתיימת לאחר העולם הרביעי (ומגיעה בקלטת רגילה של NES), והשנייה גמורה לחלוטין (ניתן למצוא אותה ברב קלטת JY-120 45-in-1). בגרסה זאת של Super Mario World, כמו המשחק Somari, כאשר רצים בשיא המהירות וקופצים, הקפיצה תהיה במהירות הרגילה.
סופר מריו וורלד 2: האי של יושי (Super Mario World 2: Yoshi's Island).
נינטנדו הפיצה את משחק הסדרה השני, Super Mario World 2: Yoshi's Island, ב-1995. לאחר שדחתה את גרסתו של מיאמוטו למשחק, בטענה שהגרפיקה מיושנת מדי, במיוחד כשמשחקים תלת-ממדיים כגון Donkey Kong Country הבטיחו הצלחה מרובה. מיאמוטו שב לעבודה עד שלבסוף הוציא תחת ידו משחק עם גרפיקת ציורי פסטל תינוקית-מה, בהשפעת המשחק, המשלבת אלמנטים תלת-ממדיים.
Super Mario World 2: Yoshi's Island היא בעצם הקדמה לסיפורו של מריו לפני שהוא נהיה שרברב. במשחק השחקן שולט ביושי הדינוזאור, יחד עם מריו התינוק הרוכב על גבו. השחקן עובר בשלבים השונים כדי להציל את לואיג'י התינוק, שנחטף בידי קאמק, הקופה הקוסם הרשע אשר חוטף תינוקות בשביל באוזר התינוק. ליושי נוספו יכולות חדשות, כגון הפיכת האויב לביצה, זריקת הביצים, התקפת מחיצה וטרנספורמציה לסוגי מכונות "צעצוע", כגון צוללת. הביישנונים חזרו כאויבים הנפוצים ביותר במשחק, בנוסף לעשרות סוגי אויב חדשים אשר הופיעו יחד איתם. כל אחד משלבי המשחק מציב אתגר חשיבה חדש לשחקן, ושתולים בו סודות רבים, כדוגמת מקומות מוסתרים וחפצים חבואים. מלבד מצבים חדשים של יושי, גם מריו זכה בסוג חדש, "מריו סופר כוכב", היכול ללכת על קירות, לדאות עם מצנח, לחסל כל אויב בנגיעה וכו'.
לדעת רבים, הכותר הוא ממשחקי הפלטפורמה הטובים ביותר, וכמצופה, הוא זכה בגרסה מחודשת לסדרת ה-Super Mario Advance, הכוללת 6 שלבים חדשים אשר ניתן לשחק בהם רק לאחר סיום המשחק.
למשחק זה יצא בשנת 2006 משחק המשך לקונסולת ה-Nintendo DS, בשם Yoshi's Island DS, אשר ניתן לשחק בו עם הנסיכה פיץ', דונקי קונג, וואריו ובאוזר התינוקות, והמטרה היא להציל את לואיג'י התינוק ועוד הרבה תינוקות מרחבי העולם. בשנת 2014 שוחרר משחק לקונסולת הנינטנדו 3DS בשם Yoshi's New Island, אשר כולל גרפיקת תלת-מימד ועוד שיפורים רבים. בשנת 2015 יצא המשחק Yoshi's Woolly World - בעל הפרזנטציה דמוית-הפרווה - ל-Wii U, וב-2017 יצא המשחק גם ל-3DS. בשנת 2019 שוחרר לקונסולת ה-Nintendo Switch המשחק Yoshi's Crafted World, עם פרזנטציה המדמה קרטונים והאפשרות לשחק כל שלב מהסוף להתחלה.
סופר מריו 64 (Super Mario 64).
משחק נוסף בסדרה יצא יחד עם קונסולת הבית הבאה של נינטנדו - הנינטנדו 64. ב-Super Mario 64 השרברב מוצג לראשונה במשחק פלטפורמה תלת-ממדי. עלילת המשחק פשוטה - מריו יוצא לחיפוש אחר 120 כוכבי הכוח של טירת הנסיכה פיץ', אשר נגנבו על ידי באוזר. במשחק יכול מריו לראשונה להשתמש במהלכים נוספים מלבד ריצה, קפיצה ושחיה - הוא יכול ללכת בכל כיווני המישור, להשתמש בכובע מכונף, לקפוץ קפיצה משולשת ולהכות עם אגרוף.
הגרסה המחודשת שיצאה לנינטנדו DS כללה שיפורים רבים, חוץ משנוי הגרפיקה. השחקן יכול לשחק גם עם דמותם של יושי, לואיג'י, ווואריו. העלילה נותרה כשהייתה, אך ארבע הדמויות יצרו מצב שעל כל אחת מן הדמויות מוטלת המשימה להציל דמות אחרת. כמו כן, המשחק הגיע לשירות ה-Virtual Console. למשחק זה היה אמור לצאת משחק המשך בשם: Super Mario 64 2, אך המשחק בוטל במהלך הפיתוח.
סופר מריו סאנשיין (Super Mario Sunshine).
Super Mario Sunshine הגיע ב-2002 לגיימקיוב, ומלבד היותו משחק המריו השני בתלת-ממד. בכותר זה, באוזר ג'וניור מופיע לראשונה. רבים מבלבלים אותו עם באוזר התינוק ממשחקי Yoshi's Island, אך הוא בעצם אחד מבניו של באוזר שלא הוזכר ב-Super Mario Bros. 3. על פי עלילת המשחק, מריו ופיץ' מגיעים לאי הטרופי דֶלפינו ("האי דולפיק" ביפן) כדי לנפוש שם, אך מגלים לחרדתם שהוא זוהם כולו בנוזל מוזר ומושחת בגרפיטי. מריו נעצר על ידי תושבי האי בטענה שראו אותו מזהם את האי. בעזרת ה-FLUDD (משאבת מים מתקדמת) שמצא, משימתו של מריו היא לנקות את האי דלפינו, להוכיח את חפותו, ולהחזיר את האי למצבו הקודם. העלילה מסתבכת בהמשך המשחק כשמריו-צל (Shadow Mario), אשר זה באוזר ג'וניור שהתחפש, מופיע וחוטף את הנסיכה פיץ'. מלבד מריו, גם יושי נתון לשליטת השחקן. ליושי יכולות שונות משל מריו, אך מסיבה לא ברורה הוא "נמס" במגע עם מים ונעלם אם לא מאכילים אותו בפירות. מריו צריך לאסוף כמה שיותר כוכבי זהב (Shine Sprite) כדי להחזיר את האור לאי ולקבל תוספות בסוף המשחק. השחקן צריך למצוא כוכבי זהב בדרכים רבות, לדוגמה: לפי מטבעות זהב (יותר ממאה), מטבעות כחולים ואדומים (יותר מעשרה), מסתורים בשלבים, שלבי בונוס ועוד. המשחק מכר למעלה מ-5.5 מיליון עותקים ונחשב למשחק הפחות נמכר בסדרה.