בשנת 2010 פרסם החוקר תיאודור אברט את מחקרו, המפריך את הטענה כי דקארט מת כתוצאה מדלקת ריאות. על פי המחקר, שכלל סריקות ארכיוניות בפאריס ובשוודיה, רנה דקארט מת לאחר שטעם מלחם קודש ספוג במנה של זרניך (ארסן). החשד, על פי אברט, נופל על מיסיונר בשם ז'אק ויוגה, שפעל בסטוקהולם והרעיל את דקארט כי חשש שדעותיו בנושא דת יחבלו בהמרת הדת המתוכננת של כריסטינה, מלכת שוודיה הפרוטסטנטית לקתולית. "ויוגה היה מודע לנטיותיה הקתוליות של המלכה כריסטינה, וסביר שראה את דקארט כמכשול בדרכה להמרת דתה", אומר אברט. תאוריית הרצח התקבלה בספקנות מה, כיוון שמאז מותו של דקארט היה ברור שדלקת ריאות היא שגזלה מהעולם את אבי הפילוסופיה המודרנית. אברט הסתמך על כך שלאחר מותו של דקארט, ציין רופאו כי גילה "משהו מוזר" בשתן של הפילוסוף. הסברה של אברט היא שמדובר בדם. "זה אינו תסמין של דלקת ריאות אלא של הרעלה, בעיקר של הרעלת זרניך" אומר אברט. לטענתו, דקארט אף ביקש מרופאו שירשום לו תרופה הגורמת להקאה ושלשול. "איזו מסקנה אחרת אפשר להסיק, מלבד זו שהפילוסוף, שהיה בעל ידע ברפואה, האמין שהרעילו אותו"?
כפילוסוף.
דקארט ידוע בניסיונו להתמודד עם בעיית הספקנות בפילוסופיה ולמעשה מאז דקארט נושא הדיון העיקרי בקרב הפילוסופים, שהיה עד כה תורת ההוויה, הוחלף כעת בתורת ההכרה, כלומר שהדיון סביב השאלה "מה קיים?" הוחלף בדיון סביב השאלה "מה נוכל לדעת, אם בכלל?".
דקארט רצה למצוא בסיס מוצק לכל החקירה המדעית, ולשם כך רצה למצוא את בסיס הידע הוודאי ממנו יוכל להתחיל. על-מנת להגיע לאמת ודאית כלשהי, דקארט ניסה קודם לרוקן את ידיעתו מכל מה שניתן להטיל בו ספק, ולאחר-מכן לחזור להאמין שוב רק במה שיש הצדקה לכך. הוא עצמו דימה את מתודה זו לסוחר תפוחים המרוקן את כל ארגזיו מתפוחים, ומחזיר רק את אלו שאינם רקובים. ראשית, הטיל ספק בתעתועים שכבר השכל הישר יטען שאינם אלא אשליה (למשל: גודלו של גוף במרחקים שונים, שינוי צורתו של גוף שאנו מביטים בו כשהוא בתוך מים, חלום). לאחר-מכן, הטיל ספק בכל הידיעות שחושיו מוסרים לו, בכך הטיל ספק בכל העולם אשר ראה סביבו. לאחר מכן, הטיל ספק גם בחוקי ההיגיון, תוך הצעת ה"שד המתעתע": הוא הציע אפשרות לפיה קיים שד הגורם לנו לחשוב מחשבות שגויות, ובכך מתעתע בהיגיון שלנו. עצם האפשרות כי קיים שד שכזה, מונעת מאיתנו להניח בביטחון כי ההיגיון אליו אנו רגילים הוא הנכון. כעת, ניסה דקארט למצוא את העובדה הוודאית הראשונה, ממנה יתקדם ויחתור אל האחרות.
טיעון הקוגיטו - אני חושב, משמע אני קיים.
יש הרואים בדקארט את ההוגה המודרני הראשון אשר סיפק מסגרת פילוסופית למדעי הטבע כאשר אלו החלו להתפתח. כדי לנסות לומר דבר בעל משמעות על העולם, ביקש דקארט לצאת מנקודת מוצא כלשהי שעליה יוכל להישען בבואו לדון במהותו של העולם. נקודת מוצא זו, הוא קבע, תהיה אמת ודאית שלא ניתן להטיל בה ספק. את אותה נקודת מוצא גולל בספרו "ההגיונות". כדי להשיג זאת, הוא הפעיל שיטה (מתודה) הידועה בשם ספקנות מתודולוגית: הטלת ספק בכל רעיון שניתן להטיל בו ספק. מטרת הספקנות המתודולוגית היא להגיע לנקודת-הוודאות, וזאת בניגוד לספקנות המנסה לערער על תמונת-המציאות (כגון הספקנות הפירוניסטית, או הסטואית, אשר מטרתה להביא את הספקן לשלוות-הנפש).
לפי דקארט, העובדה הראשונית היחידה בה הוא יכול להיות בטוח היא שהוא עצמו קיים, וחושב. זאת מהסיבה הבאה: הוא טוען תחילה שהוא קיים וחושב. אם נטען שהוא טועה, ניאלץ לטעון עם זאת שהוא קיים (כדי שיוכל לטעות), וגם שהוא חושב. מכאן מוכרח שהוא קיים וחושב.
כך הגיע דקארט לקביעה אני חושב, משמע אני קיים (בלטינית: Cogito, Ergo sum, ובקיצור: הקוגיטו), שכוונתו היא למעשה הטענה כי גם הטלת הספק עצמה בקיומו, היא הוכחה לקיומו, כך שהוא לא יכול שלא להיות קיים.
על טיעון הקוגיטו הושגו השגות רבות במהלך ההיסטוריה, אשר רבות מהן מצביעות על כך שעל אף שדקארט מצהיר שהוא מטיל ספק בכל כלל לוגי הנקבע בידינו, בכל זאת הוא עושה שימוש בכלים לוגיים כדי להוכיח את קיומו שלו. עם זאת, ביקורות מסוג זה זכו להתייחסות בידי דקארט עצמו, שטען שכאשר עמד על כך שהוא ישנו לא גזר כלל ש"כל החושב נמצא, או קיים" אלא הכיר באופן פרטי במציאותו הוא. על כן, טוען דקארט, לא נעשה שימוש בהסקות לוגיות כלליות העשויות להיות מוטעות, אלא רק בהכרות פרטיות הנובעות ישירות מהאקסיומות (חשוב להדגיש, דקארט לא מטיל ספק בנכונותם של הכללים הבסיסיים ביותר של ההיגיון האנושי, כמו חוק הסתירה, למשל, אלא רק טוען כי בתהליך הסקת המסקנות מאותם טיעונים עלולה ליפול טעות, ועל כן התיארמות המתמטיות והמשפטים הלוגיים שאינם אקסיומטיים מוטלים בספק).
אלוהים.
לאחר שדקארט מגיע למסקנה כי הוא עצמו קיים, הוא מבקש להוכיח שגם אלוהים קיים.
לשם כך הוא מציג שלוש הוכחות שונות:
עולם חיצוני.
לאחר שהוכיח דקארט, לשיטתו, כי הוא עצמו קיים וכי יש אלוהים מושלם מכל הבחינות, הוא סבר שאלו מספיקים כדי להוכיח שכל העולם מסביבו אכן קיים. הוא טוען שמפני שאלוהים מושלם הוא מוכרח להיות ישר מבחינה אינטלקטואלית, כלומר שלא ישקר לאדם שמוכן ורוצה לחקור ולגלות. מכיוון שאותו אלוהים כל-יכול, הרי שלא קיים כל ספק לגבי העובדה שהוא גם יכול להשתיל בהכרתו של האדם את אידאות העולם האמיתי. כך דקארט מסיק שמפני שהוא זהיר בחקירתו, ואלוהים מושלם וישר מבחינה אינטלקטואלית בהכרח קיים, אלוהים בוודאות לא ירשה שבהכרתו של דקארט יושתל ידע שגוי, ולכן הידע אותו טרח להשיג בוודאי נכון.
עולם החומר ועולם הרוח.
דקארט חילק את היש הנוכח בעולם לשני סוגים מובדלים ומובחנים זה מזה, חומר ורוח. בספרו המרכזי "הגיונות" פורס דקארט באופן נרחב טיעונים המצביעים על המהות השונה והמובדלת של הגוף והנפש.
המפורסם שבטיעונים אלה הוא ניסוי מחשבה המכונה "משל השעווה" שתכליתו המקורית הייתה הפרכת ה"פיזיקה האריסטוטלית" שהייתה שלטת בכיפה עד ימי דקארט, והצעת ההנחה כי ביסודו של דבר, ובנוגע ליחידות החומר הבסיסיות, כל הגופים הפיזיקליים זהים.
ע"פ משל השעווה, כאשר ניטול פיסת שעווה קרה, נוכל להבחין באופן ברור בכל תכונותיה. היא קשה, יש לה ריח אופייני, היא קרה, מחוספסת וכו. עם זאת, כאשר תחומם שעווה זו, ישתנו כל תכונותיה החושיות באופן מידי. היא תגדל, תאבד את מרקמה, צורתה, צבעה וריחה. אף על פי כן, קבע דקארט, לא יחשוב איש לפקפק בעובדה שעדיין מדובר באותה פיסה של שעווה. בהתאם, קבע, אין ספק שכל התכונות הייחודיות של החומר אינן שייכות למהותו, שכן גם בהשתנותן החומר נשאר אותו חומר. מה אם כן הוא תכונה מהותית ובלתי נפרדת של החומר? ע"פ דקארט תכונה זו היא לא אחר מתכונת ההתפשטות. התכונה המשותפת והבסיסית לכל החומרים היא תכונת המרחביות, בעוד שהתכונות החושיות הן "חולפות" ואינן שייכות למהותן.
בניגוד חד לחומר הקרטזיאני, מהות הנפש היא היותה חושבת. היא אינה ממוקמת מרחבית, אינה חומרית, ואין לה תכונות חושיות כלל.
לטענת דקארט, הקשר בין הגוף והנפש הוא קשר סיבתי, כלומר, על אף הניגוד המהותי שבין תכונות החומר והרוח, הם משפיעים זה על זה באופן ישיר ומלא.
היקום הגאומטרי.
בעת היותו תלמיד בבית הספר הישועי שמע דקארט על הטלסקופ שבנה גלילאו גליליי, ועל התגליות האסטרונומיות שעשה בעזרתו, רק חודשים ספורים לאחר שפורסמו. בעוד שגלילאו ראה באריסטו את יריבו העיקרי, דקארט הצעיר ממנו בשנות דור כבר לא חש בצורך להתווכח עם תמונת העולם האריסטוטלית שאבד עליה הכלח, והתעניין יותר בבניית תמונת עולם חדשה. מסקנתו שאידאות העולם האמיתי הושתלו בשכלו של האדם על ידי אלוהים, כמו גם אהבתו למתמטיקה ולוודאות מתמטית, הוליכו אותו לראות במישור האוקלידי את המודל ליקום האמיתי - חלל אינסופי שאין בו גבולות ואין לו מרכז. זאת בניגוד ליקום האריסטוטלי הסובב כולו סביב מרכז הארץ ומופרד לאזורים ארציים ושמימיים באמצעות כיפות שקופות. דקארט גם פסל את הרעיון האריסטוטלי לפיו עצמים נעים על מנת לחזור אל מקומם הטבעי, ואימץ את רעיון ההתמד של גלילאו. ביקום הגאומטרי של דקארט תנועה מגדירה צורות כשם שבגאומטריה נקודה נעה מגדירה עקומה ועקומה נעה מגדירה יריעה.
פסילתו את מושג הריק, כמו גם הזהות שקבע בין מרחב וחומר, הוליכו את דקארט לטעון שרק התנועה מבדילה בין אזורים שונים בחלל. לדידו היה היקום מלא לחלוטין ב"גופיפים" (corpuscles) זעירים, רובם בלתי-נראים ונעים באופנים שונים. דקארט ראה את מערכת השמש כעין מערבולת עצומה, אשר רק תנועתה הסיבובית מבדילה אותה מן המרחב שסביבה, והיא אחת ממערבולות רבות שהן מערכות שמש אחרות.
אף על פי שדקארט לא היה אסטרונום, תמונת היקום שהציג בספרו "עקרונות הפילוסופיה" בשנת 1644 השפיעה מאוד על הקוסמולוגים בני תקופתו, והנחילה להם את הרעיון שהשמש היא רק אחד מבין אינספור כוכבים השוכנים בחלל הומוגני ובלתי-מוגבל, ושכוכבי הלכת סובבים את השמש במסלולים הנוצרים כתוצאה מהתמד, משולב בכוחות דחיפה שמפעילים ה"גופיפים" זה על זה. גם אייזק ניוטון הושפע מאוד מתמונת יקום זו, וכאשר נטש אותה לבסוף לטובת יקום ריק כמעט לחלוטין, שבו גופים מושפעים ממרחק על ידי כוח משיכה מסתורי, גרם הדבר לשערורייה בקרב רבים מבני-דורו. שם ספרו של ניוטון, "עקרונות מתמטיים של פילוסופיית הטבע", אף הוא הד לשם ספרו של דקארט "עקרונות הפילוסופיה".
כמתמטיקאי.