חפירה נוספת נערכה ב־1970 על ידי הווקף במטרה להקים בריכת חירום בסמוך לפינה הצפון מזרחית של המשטח המוגבה. חפירה זו התבצעה ללא פיקוח ארכאולוגי, והארכאולוג זאב ייבין, שביקר במקום, ראה שנתגלתה בה קיר מסיבי קדום, ולאחר שבוע, כשהגיע למקום לתעד את הממצא, גילה שהקיר נעקר ממקומו. עניין זה הגיע לטיפולה הישיר של ראש הממשלה דאז, גולדה מאיר, ונשמר בסוד כשמונה שנים, עד שפורסם על ידי חוקר הר הבית והמקדש, הפיזיקאי אשר קאופמן.
ב־1989 התפרסם ספרה של מרים רוזן־איילון "המבנים המוסלמיים הקדומים בהר־הבית: מחקר איקונוגרפי" (The early Islamic Monuments of al-Haram al-Sharif: an iconographic study). בספר נותנת רוזן־איילון אינטרפרטציה חדשה בניתוח המבנים והתכנון שלהם. היא בודקת את הקשר בין המבנים בהר הבית, המשמעות שלהם וההתפתחות שלהם. היא ממפה את הר הבית בתקופה האומאית ובודקת את היחס בין המבנים והשתקפותם בשטח. טענתה היא שדרך הקמתו של כל מבנה אינה מקרית והיא מעניקה לכך סיבות טופוגרפיות ואיקונוגרפיות. אחת מהן היא שכיפת השלשלת נמצאת במרכז הר הבית, בנקודת ההצטלבות של הציר צפון־דרום־מזרח־מערב.
המאה ה־21.
בשנת 2004 הארכאולוגים גבריאל ברקאי ויצחק צויג הקימו את פרויקט סינון עפר הר הבית שמטרתו לסנן כמויות עפר עצומות שנזרקו מהר הבית אל נחל קדרון במסגרת חפירה בלתי חוקית מול החזית של אורוות שלמה (ראה למעלה). הפרויקט מתקיים עד היום (2021) וצפוי להימשך עוד כ־5 שנים. הממצאים מפרויקט זה הם הממצאים הארכאולוגיים הראשונים שנתגלו מתחת למפלסו של הר־הבית ושנחשפו על ידי ארכאולוגים. מכיוון שהממצאים לא נתגלו באתרם, המשמעות המדעית שהחוקרים מייחסים להם דומה לזו של ממצאים המגיעים מסקר ארכאולוגי באתר שמעולם לא נחפר.
באוגוסט 2007 ערך ד"ר יובל ברוך, ארכאולוג מרחב ירושלים מרשות העתיקות, מספר בדיקות בהר הבית כחלק מהפיקוח על עבודות שיקום תשתיות החשמל, ובהן הוא מצא בין יתר הממצאים שרידים מתקופת בית ראשון שהתגלו באתרם, על גבי מפלס של רצפת גיר מהודקת. החפירה נעשתה בחטף ובלילה תחת עינם הפקוחה של שומרי הווקף ובחסות משטרת הר הבית. חפירות בדיקה מצומצמות נוספות בחלקו הצפוני של הר הבית נערכו על ידי יובל ברוך בשנות 2008 ו־2009 ובהן נתגלו קטעי רצפת פסיפס.
הרס עתיקות בהר הבית.
בנובמבר 1999 התפרסם מקרה של הרס עתיקות לצורך פתיחת כניסה ראשית למסגד חדש שהוקם שלא כחוק באורוות שלמה: נחפר בור ענק שנעשה ברובו תוך ארבעה ימים בשטח של כ־2,000 מ"ר ולעומק 12 מ', תוך שימוש בציוד מכני כבד וללא כל פיקוח ארכאולוגי. כ־12,000 טון מילויים רוויי עתיקות הוצאו מהבור, תכולתם הועברה באמצעות למעלה מארבע מאות משאיות ונשפכה במזבלה העירונית ובמספר מקומות נוספים. מנכ"ל רשות העתיקות אמיר דרורי הגדיר אז את החפירה "פשע ארכאולוגי", והיועץ המשפטי לממשלה אליקים רובינשטיין אמר שמדובר ב"בעיטה בהיסטוריה של העם היהודי". לימים, בעקבות פרויקט סינון עפר הר הבית, התברר כי אפילו העפר שהושלך אוצר בקרבו אלפי ממצאים זעירים מתקופות רבות ומגוונות החל כבר מלפני כ־10,000 שנה. בין היתר הושלכו גם ממצאים כבדים, בהם עמודים ושברי שער מפואר המתוארך לימי בית שני. מקרה זה היה ביטוי נוסף להתנהלות שיטתית של הרס, מחיקה והסתרה של סממנים וממצאים קדומים המעידים על היסטוריה יהודית במתחם הר הבית.
שבתאות
תנועת השבתאות הייתה תנועה משיחית-קבלית שקמה באמצע המאה ה-17 סביב שבתי צבי, שהכריז על עצמו כמשיח, ועוזרו נתן העזתי שסיפק את הגושפנקא הנבואית למשיחותו של צבי. היא סחפה חלקים נרחבים בעולם היהודי. צבי ביטל חגים וציוויים והנהיג חדשים במקומם, מתוך תפישה קבלית קיצונית שגרסה תיקון עולם בעזרת העלאת הניצוצות השבויים בקליפות. עוד בנסיקתה הוקעה השבתאות על ידי מיעוט של רבנים ובראשם יעקב ששפורטש ויעקב חגיז, ככת מינות, וביתר שאת על ידי רבני הזמן לאחר שצבי התאסלם ב-1666 ושליחותו כמשיח התגלתה ככישלון. תלמידיו וממשיכיו, כמו הדונמה ביוון וטורקיה והפרנקיסטים במזרח אירופה, נרדפו בידי הממסד עד ירידת קרנם במאה ה-19. שרידי השבתאים כיום אינם נחשבים ליהודים.
רקע היסטורי.
עוד מימי הנביאים ציפה עם ישראל לבואו של אדם אשר יגאל את העם מסבלותיו, ילחם בשונאי ה', יכחיד את האלילות, יבנה את בית הבחירה ויתקן עולם במלכות שדי. אדם זה הוא המשיח.
בעקבות גזירות ת"ח ת"ט באוקראינה ובמזרח אירופה היה שרוי עם ישראל בהלם. שנת ת"ח נחשבה בידי רבים כשנת גאולה על פי חישוב בספר הזוהר, וההרג ההמוני של יהודים ובהם רבנים חשובים הותיר את העם מבולבל וצמא לגאולה. בתקופה זו רבנים גדולים החלו לעסוק בחישובי קיצין, לימוד הקבלה ותורת הסוד, שעד לאותה העת היה נחלת מעטים, גבר ונפוץ. בייחוד גברה ההתעניינות בשיטת האר"י, בזכות מרכזיותו של מושג הגאולה בהגותו. על פי קבלת האר"י, תהליך הגאולה נמצא בסופו, ומרבית התיקונים בעולמות העליונים כבר נעשו.
גם ברחבי העולם היהודי, בצפון אפריקה ובמזרח התיכון, היה המתח המשיחי בעיצומו, בשל רדיפות בלתי פוסקות ובשל הפצתה המהירה של קבלת האר"י באזורים אלו.
ובה בעת יש למקם השבתאות בזמנה ובמקומה, כלומר - כתולדת התקוות המשיחיות שפרחו במאה ה-17 על הקרקע הפורייה להשפעות ההדדיות - האימפריה העות'מאנית, שמיקומה בין מזרח למערב הפך אותה לנקודת מפגש בין העולם הנוצרי לעולם המוסלמי ובין יהודי אירופה ליהודי המזרח.
אירופה הנוצרית והעולם המוסלמי ראו במלחמות העות'מאניות באירופה מאבק להמלכת השליט המשיחי של העולם. המוסלמים האמינו כי הניצחון ישיב את "המהדי" - המשיח הנעלם, והנוצרים האמינו כי זו מלחמת אחרית הימים, אות לביאתו השנייה של ישו. אלה גם אלה ראו ביהודים שליחי השטן, והיהודים הגיבו בחזון משיחי משלהם, שבו יובסו עמי שתי הדתות המתנכלות להם.
על רקע אירועים אלו צמחה תנועת השבתאות, תנועה שהשפיעה על כל עם ישראל ומהווה לדעת מרבית החוקרים את אחד המשברים הקשים ביותר שעברו על היהדות.
היסטוריה של השבתאות.
שבתי צבי, שנולד באיזמיר ב-1626 (תשעה באב ה'שפ"ו), נחשב בעיני חסידי הכת למשיח ישראל ואולי אף להתגשמות האלהות בגוף בשר. כבר מגיל צעיר עסק בקבלה והיה בקיא בשיטות השונות של המקובלים. הוא הכיר היטב את קבלת האר"י אך לא קיבל את עיקריה.
צבי הכריז על עצמו כמשיח כבר ב-1648, אך לא זכה להכרה ציבורית וראו בו חולה נפש. יש הסבורים כיום כי סבל מהפרעה דו-קוטבית. בתקופה זו החל לעבור על איסורים הלכתיים תוך כדי שהוא הוגה את השם המפורש, שהוא איסור הלכתי חמור בפני עצמו. הרבנים ובראשם רבה של איזמיר ומורו של צבי, יוסף איסקפה ופרנסי הקהילה היהודית באיזמיר לא סבלו את פגיעותיו בהלכה היהודית והוא גורש מהעיר.
שבתי צבי נדד במשך שתים-עשרה שנים במקומות שונים, בהם החמירו שיגיונותיו ועברותיו ההלכתיות. מסופר כי התחתן עם ספר תורה, נטה להעביר ימי שבת וחג לתאריכים אחרים, ביטא בעקביות את השם המפורש, התיר אכילת חֵלב ונהג לברך בשעת עברותיו "ברוך מתיר איסורים", כפרפרזה לברכה הנאמרת בברכות השחר, בהתבסס על מדרש קדום בו מוזכר רעיון זה. הוא הגיע למצרים ואחר כך לירושלים. במצרים נשא אשה מעורערת בנפשה בשם שרה, שהייתה מופקרת במנהגיה ובהתנהגותה, ונהגה להכריז שתינשא למלך המשיח. מעלליה נודעו לשבתי צבי והוא ביקש להביאה אליו למצרים כדי לקיים את הנאמר בספר הושע 'קח לך אישה זונה'. הוא אסף כסף למען ירושלים ובדרכו חזרה אליה עבר דרך סיני והגיע לעזה, בה הוא פגש בשנת 1665 את אברהם נתן בן אלישע חיים הלוי אשכנזי העזתי, מי שיהיה נביאו.
נתן העזתי, יליד ירושלים, נחשב לעילוי עוד מגיל צעיר, וכאשר נפגש עם שבתי צבי כבר יצא שמעו כמקובל גדול וכאדם שביכולתו לרפא נשמות חולות, למרות גילו הצעיר (21) ואף על פי שלא עסק בכך אלא שנה אחת. בפגישתם אמר לו נתן כי ראה חיזיון סמוך לפורים 1665 בו נאמר לו ששבתי צבי הוא גואלם של ישראל, והוא הסביר לשבתי על מקור נשמתו על פי תורת הקבלה. יחד הם החלו להפיץ את אמונתם בביאת הגואל בדמותו של שבתי צבי, ונפשותיהם נקשרו זו בזו.
בעזה ובחברון נחלה התנועה הצלחה גדולה ונתקבלה על היהודים, אך בירושלים, אליה שב צבי, המצב היה שונה. אנשי ירושלים בראשות רבי יעקב חגיז התנגדו לכת בחריפות, ולעגו לשבתי צבי באומרם 'יצא שליח ובא משיח'. לנתן היה חשוב להתקבל על לבם של רבני העיר בשל השפעתם הבינלאומית. הוא כינס תריסר ממאמיניו, אותם כינה 'שנים עשר השבטים', כדי להקריב קורבן בירושלים, ומינה את רבי יעקב נג'ארה, רבה של עזה ומראשי נאמניו, לכהן גדול. רבני ירושלים התנגדו להקרבת הקורבן וטענו כי הדבר עלול לעורר את חמתם של המוסלמים. נתן נענה להפצרות וביטל את הטקס שתכנן. לבסוף יעקב נג'ארה יצא עם השליחים אל עבר הירדן, ושם עשה "תיקון" על קבר אהרן.
שבתי צבי עצמו הוחרם על ידי הרבנים והם הסגירו אותו לידי הקאדי בנימוק שהוא רוצה למלוך, אך זה קשר קשרי ידידות עם הקאדי והוא שיחררו והתיר לו לרכוב על סוס – דבר שנאסר אז על היהודים. שבתי צבי הקיף את העיר שבע פעמים, כשהוא לבוש בגד בצבע ירוק - צבעה של ספירת התפארת. תלמידיו הלכו אחריו כאחוזי דיבוק של שמחה, ושאר יהודי העיר, המומים מהשפעתו על הקאדי, השתאו לנוכח המחזה. לבסוף גברה ידם של רבני ירושלים והם הכריחו את צבי לעזוב את העיר. הוא שב לאיזמיר והתקבל כמלך ישראל, השתלט על הקהילה היהודית, הדיח את אחד הרבנים ממתנגדיו, ומינה במקומו את רבי חיים בנבנישתי, שאחרי תקופת פקפוקים היה לו תומך רבי חיים בנבנישתי חיבר את ספר הפסקים על שולחן ערוך, "כנסת הגדולה", ונחשב לאחד מגדולי פוסקי ההלכות בעת החדשה.