המאמצים לשלוט באזור כללו מאמצים להפיץ את הדת הקתולית, שרובם נכשלו לפני אמצע המאה ה-18. במהלך המאות ה-16 וה-17, היו ניסיונות לנצר את סיירה גורדה של קרטרו על ידי האוגוסטינים, הפרנציסקנים והדומיניקנים. עם זאת, כמעט כל המיסיונים הללו מעולם לא הושלמו או נהרסו זמן קצר לאחר שנבנו על ידי הקהילות הילידות. הדוגמה הידועה ביותר היא מיסיון בוקרלי (Bucarelí) השוכן בקהילת פוארטו דה טחמניל (Puerto de Tejamanil) ברשות המקומית פינל דה אמולס. המיסיון נוסד בשנת 1797 על ידי חואן גוואדלופה סוריאנו (Juan Guadalupe Soriano) הפרנציסקני במטרה לנצר את הילידים בני החונאס המקומיים. שמו המלא של המיסיון הוא פוריסימה קונספסיון דה בוקרלי (Purísima Concepción de Bucarelí, מיסיון בוקרלי של "העיבור ללא חטא"). הוא מעולם לא הושלם, כאשר רק חלק מהמנזר, המכרות והכנסייה נראים לעין. ב-4 בפברואר מתקיימת כאן מיסה לכבוד פרנציסקוס מאסיזי, בקפלה קטנה ששרדה, אף על פי שאין גג בשום חלק מהמתחם. המיסיון ננטש לחלוטין במהלך המהפכה המקסיקנית בשנת 1914 והבנייה הופסקה רשמית בשנת 1926.
בשנת 1740 החליטה הממשלה הקולוניאלית לחסל את ההתנגדות של הילידים במטרה לאבטח את נתיבי סחר לגואנחואטו, ולסקטקס. מטרה זו הושגה על ידי חוסה דה אסקנדון (José de Escandón), שהמסע הצבאי שהוביל הגיע לשיאו בקרב מדיה לונה, שבו הביס את החונאס והשימפקה. הכנעת האזור על ידי חוסה דה אסקנדון בשנות ה-40 של המאה ה-18 אפשרה בניית מיסיונים קבועים בלב סיירה גורדה. עם זאת, על פי החלטה של נבנו חמישה מיסיונים פרנציסקנים בשטחם של בני הפאמה, מכיוון שבני קבוצה אתנית זו היו נכונים יותר לקבל על עצמם שלטון ספרדי. הספרדים החליטו לשרוף את הכפרים המקוריים של הפאמה, וליישב מחדש את האוכלוסייה סביב המיסיונים לשם פיקוח טוב יותר. אלה שלא הסכימו למעבר התאבדו או שעברו להתגורר בהרים. מיקום המיסיונים נועד לחלק את הליבה של סיירה גורדה ולפתוח דרכים לסן לואיס פוטוסי.
חוניפרו סרה בילה שמונה שנים בפרויקט בניית המיסיונים עד לשנת 1770, כאשר מספר אירועים היסטוריים, כולל גירוש הישועים, אילצו להפקיר את המיסיונים, וסרה עבר לקליפורניה. מאז ועד סוף המאה ה-20 היו המתחמים נטושים, וחוו הידרדרות ונזקים. הדבר היה נכון במיוחד במהלך המהפכה המקסיקנית, כאשר כנסיות רבות באזור נבזזו וראשים של מספר דמויות בשערים על כנסיות פרנציסקניות אלה נערפו.
בשנות השמונים שח המאה ה-20, הלכה קבוצה ממשרד של של מקסיקו (בראשי תיבות INAH) לאיבוד באזור ונתקלה באחד המיסיונים. הגילוי הוביל למאמצים להצלת המיסיונים והגיע לשיאו עם הכרזתם כאתר מורשת עולמית בשנת 2003. עבודות שיקום ראשונות למבנה ולחיצוניות של כנסיות המיסיון החלו בשנות השמונים. בשנים 1991–1997 נעשתה עבודת פנים על המזבחות, בתי המקהלות, העוגבים והציורים. עבודה נוספת הייתה בחסות המדינה בין 1997 ל-2002, שכללה את הכיכרות והמונומנטים שמסביב. עלויות השיקום למיסיון טנקויול בלבד היו למעלה משלושה מיליון פסו עד 2008. הניסיון לרשום את המיסיונים כאתר מורשת עולמית החל בשנת 2000 על ידי קבוצת אינטלקטואלים מקסיקנים כולל ד"ר מיגל לאון פורטייה. ניסיונות השכנוע ארכו שנתיים וחצי, אך בסופו של דבר הצליחו בשנת 2003, כאשר האתר נוסף במהלך הכנס ה-27 של ועדת המורשת העולמית. חמשת המיסיונים מפורסמות על ידי רשות התיירות הממלכתית בשם Ruta de las Misiones (מסלול המיסיונים).
המיסיונים.
אף על פי שהמיסיון בחלפן הוקם לפני הגעתו של חוניפרו סרה לאזור בשנת 1750, ניתן לסרה קרדיט על בניית חמשת המיסיונים העיקריים של אזור זה והשלמת התנצרותם של התושבים המקומיים. במציאות, המיסיונים נבנו בידי בני הפאמה, בניהול נזירים פרנציסקנים שונים, כולל חוסה אנטוניו דה מורגיה (José Antonio de Murguía) בקונקה (Concá), חואן קריספי (Juan Crispi) בטילקו (Tilaco), חואן ראמוס דה לורה (Juan Ramos de Lora) בטנקויול (Tancoyol) ומיגל דה לה קמפה (Miguel de la Campa) בלנדה (Landa). עם זאת, החזון לבניית המיסיונים היה של סרה, שדמיין סוג של אוטופיה המבוססת על עקרונות הפרנציסקנים. סרה התעקש שהמיסיונרים ילמדו את השפות המקומיות ויחוו רעב יחד עם שאר האוכלוסייה. עדיין הייתה עוינות לנוכחות הספרדית, והתגובה של סרה הייתה כלכלית וגם רוחנית.
המאפיין העיקרי של כנסיות אלה הוא הקישוט המעוטר של השערים העיקריים, אם כי יש קישוט גם על מגדלי הפעמונים ובכמה כנסיות, גם באזורים אחרים. סוג עיטור זה מכונה על פי INAH "בארוק מסטיסו" או "אדריכלות מסטיסו". הקישוט המעוטר נועד בעיקר ללמד את הדת החדשה לילידים, אך בניגוד אפילו ליצירות הבארוק במבנים דרומה יותר, ההשפעה הילידית ברורה מאחר שהרעיון של סרה היה להפגין מיזוג של תרבויות ולא כיבוש מלא. אחד האלמנטים היה השימוש באדום, כתום וצהוב, כולל גוני פסטל, ומופיעים דמויות קדושות כמו ארנב ויגואר. לכנסיות המיסיונים ישנה ספינה אחת המכוסה קמרון חבית, אך לכל אחת מהן יש את האלמנטים הייחודיים שלה, במיוחד בשערים. סרה בילה אחת עשרה שנים בסיירה גורדה לפני שעבר צפונה בסוף שנות ה-60 של המאה ה-18. המיסיונים שהוקמו בקרטרו יהיו הראשונים מתוך שורה ארוכה של מיסיונים שיוקמו כשהספרדים יעשו את דרכם צפונה אל מה שהוא כיום דרום קליפורניה.
מיסיון סנטיאגו בחלפן (Misión de Santiago de Jalpan) הוקם לפני הגעתו של חוניפרו סרה בשנת 1744, אך סרה היה אחראי על בניית מתחם המיסיון הנוכחי בשנים 1751–1758, הראשון שנבנה. הוא מוקדש ליעקב הגדול, השליח הראשון. מתחם זה ממוקם במרכז העיר המודרנית מול הכיכר המרכזית וכולל אטריום, קלויסטר, השער לעולים לרגל וכנסייה, עם תוספת קפלה בצד שמאל. קיר האטריום המקורי אבד, אך שוחזר באותו סגנון, עם שלושה שערים וקשתות הפוכות. הדמויות העיקריות של השער המעוטר בחזית הם ו, שתיהן עם סממנים מסו-אמריקאים, כמו גם עיט כפול ראש, שנועד לסמל את מיזוגן של שתי התרבויות.
החזית הוכנה בצורה מדוקדקת בעבודות סטוקו ואבן, כאשר צבע האוכרה של הפילסטרים מנוגד לצהוב של רבים מהפרטים הדקורטיביים. חלק גדול מהפרטים הם צמחים, יחד עם מלאכים ועיטים קטנים. אלמנטים אירופיים כוללים תמונות של קדושים כמו דומיניקוס הקדוש ופרנציסקוס מאסיזי ושלט האצולה הפרנציסקני. בתוך הדלת יש דמויות של הקדושים פטרוס ופאולוס. אלמנטים מקומיים כוללים עיט מקסיקני בעל ראש כפול הטורף נחש. בצד שמאל למעלה, יש תמונה של הבתולה מגוואדלופה בצד ימין למעלה, גבירתנו של העמוד. אלו הן דמויות הבתולה של מקסיקו וספרד בהתאמה. פסל זה נלקח על ידי גנרל בסוף המאה ה-19. הוא הוחלף בשעון מודרני יותר. בפנים, הכיפה של מיסיון חלפן מכילה סצנות של הופעת הבתולה מגוואדלופה.
מיסיון שני ממוקם בעיירה טנקויול ושמו נואסטרה סניורה דה לה לוס דה טנקויול (Nuestra Señora de la Luz de Tancoyol), כלומר "גבירתנו של האור". לחזית זו יש עיטורים צמחיים רבים, עם קלחי תירס בולטים והיא המפורטת ביותר מבין חמשת המיסיונים. סביר להניח שמיסיון זה נבנה על ידי חואן ראמוס דה לורה, שהתגורר כאן בשנים 1761–1767. המבנה דומה לאלה בחלפן ובלנדה. יש בו כנסייה בצורת צלב לטיני ואזור בית מקהלה, חדר תשמישי הקדושה, אטריום עם צלב וקפלות בפינות האטריום המכונות "קפלות פינתיות" (capillas posas). יש גם שער לצליינים, קלויסטר ומגורים לכומר. בפנים מספר פסלים כולל אחד של "גבירתנו של האור". בחזית בולט חלון טרפזי המוקף בתבליט של החבל שהפרנציסקנים משתמשים בו כדי לקשור את גלימותיהם. הנושא הבסיסי של החזית הוא רחמים, המיוצג על ידי מריה הבתולה וקדושים שונים. האיקונוגרפיה של שער זה היא המפורטת ביותר מבין חמשת המיסיונים. החזית מורכבת משלושה חלקים, גמלון וארבעה עמודים. בחלק התחתון פסלים של פטרוס ופאולוס ושלטי האצולה של הפרנציסקנים. בחלק השני יש פסלים של יהויקים הקדוש ואנה הקדושה עם מריה הבתולה בידיה, וגומחה במרכז. יש גם רמזים לפסיון של ישו בצורת תבליטים של מסמרים ורומח. הגומחה הכילה פסל של גבירתנו של האור, אך היא ריקה כעת. בין החלק השני והשלישי יש חלון גדול ומעליו ייצוג של הסטיגמטה של פרנציסקוס מאסיזי. הגמלון מכיל צלב גדול בתבליט של שני סגנונות הקשורים למסדר הפרנציסקני והדומיניקני. הצלב הראשי בראש החזית מייצג גאולה כשהצלבים של קלטרווה וירושלים משני הצדדים. אלמנטים ילידים נמצאים בתוך הכנסייה, עם פסל של יגואר ואדם בעל מאפיינים אולמקים. מגדל הפעמונים צר והבפטיסטריום נמצא בבסיס מגדל זה. בחלק התחתון יש חלון קטן המאיר את הבפטיסטריום. הכיפה של המגדל היא בצורת פירמידה ועליה צלב ברזל בסגנון בארוק.
סן מיגל קונקה (San Miguel Concá) ממוקם ארבעים קילומטרים מחלפן על כביש 69 לריו ורדה. הכנסייה נמצאת במרכז היישוב בצד אחד של רחוב גררו. היא מכוונת לדרום ומוקדשת למלאך מיכאל. זוהי הכנסייה הקטנה ביותר מבין כנסיות המיסיון ובנייתה הושלמה בשנת 1754, על פי כתובת הממוקמת בתוך הכנסייה. קונקה היא מילה בשפת הפאמה שפירושה "יחד איתי". סן מיגל קונקה הוא המיסיון הצפוני ביותר והקטן ביותר מבין המיסיונים. העיטור כולל פרחים גדולים, עלווה ודמויות גסות בסגנון ילידי. הפרט הבולט הוא ייצוג של השילוש הקדוש בצמרת יחד עם ארנב (סמל של הפאמה) ועיט כפול ראש.