בעקבות הפלישה הישראלית לעזה ב־27 בדצמבר 2008 במסגרת מבצע עופרת יצוקה, החליטה מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם על הקמת ועדת החקירה (צוות הבדיקה של האו"ם למבצע עופרת יצוקה) ב־3 באפריל בראשות ריצ'רד גולדסטון. מטרת ועדת החקירה הייתה לבדוק את פעילות צה"ל במבצע עופרת יצוקה ואת מעשי החמאס שהובילו למבצע. ישראל בחרה שלא לשתף פעולה עם הוועדה. דו"ח הוועדה הותקף על ידי דוברי ממשלת ישראל כעוין וחד צדדי.
במאי 2021 החליטה מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם להקים את שנועדה לאסוף ראיות להפרת החוק הבינלאומי במהלך המהומות בירושלים, אירועי פינוי תושבים בשייח ג'ראח ובמבצע שומר החומות. בראשות הוועדה עומדת המשפטנית נאווי פילאי. לאחר זמן מה הוחלט לשנות את שם הוועדה לשם "ועדת החקירה הבינלאומית העצמאית של האו"ם על השטח הפלסטיני הכבוש, כולל מזרח ירושלים, וישראל" וכן הוחלט כי הוועדה לא תוגבל לתקרית או פרק זמן ספציפיים, אלא תעבוד באופן מתמשך ותגיש דו"חות פעמיים בשנה.
הסכמים עם האו"ם.
בהסכמים רבים של ישראל עם שכנותיה האו"ם היה מעורב באופן אקטיבי ככח צבאי חוצץ, כמשקיף, או כנותן ערבויות לקיום ההסכם.
בהסכמי שביתת הנשק בסיום מלחמת העצמאות נקבע מנגנון פיקוח של משקיפי או"ם באמצעות ארבע ועדות שביתת נשק מעורבות של נציגי ישראל ונציגי כל אחת מארבע המדינות שחתמו עמה על ההסכמים. ב־11 באוגוסט 1949 החליטה מועצת הביטחון שתפקיד המשקיף על הפסקת אש ימסר לידי מפקד אונטס"ו. חוסר שביעות רצונה של ישראל מהתנהגות האו"ם הוביל אותה לפרוש מהוועדה עם סוריה בשנת 1951 ומהוועדה עם ירדן בשנת 1954.
אחרי מבצע קדש הוקם כוח החירום של האומות המאוחדות (UNEF) להפרדה בין ישראל ומצרים, במידה רבה תוצאה של המאמצים הדיפלומטיים של מזכ"ל האו"ם דאג המרשלד ועל פי הצעתו של השר החוץ הקנדי לסטר פירסון.
ב־8 בנובמבר, שגריר ישראל הודיע למזכ"ל האו"ם כי ישראל מוכנה להסיג את כוחותיה ממצרים מיד לאחר קביעת הסדרים משביעי רצון עם האו"ם בנושא כוח החירום שירש למעשה את תפקידיו של אונטס"ו באזור זה. לאחר שסוכם שכוח האו"ם יחצוץ בין מצרים לישראל, הסיגה ישראל את כל כוחותיה מסיני.
ב־16 במאי 1967 נמסר למפקד כוחות האו"ם בסיני, גנרל הודי בשם ריקיה, מכתב מטעם רמטכ"ל הצבא המצרי, בו הוא נדרש לפנות את כוחותיו מרצועת הקרקע בה החזיקו בסיני (אם כי לא נדרש סילוקו של הכוח אשר חלש על מצרי טיראן). מזכ"ל האו"ם או תאנט החליט כי הדרישה היא בלתי חוקית, אך אמר כי מצרים תחליט בין שמירת המצב הקיים, ובין פינוי כלל כוחות האו"ם מסיני. ב־18 במאי העביר שגריר מצרים לאו"ם, מוחמד אל קונילתאנט איגרת בה נדרש תאנט להורות על יציאת כל כוחות האו"ם מסיני ומרצועת עזה ואו תאנט החליט להסיג את כוחות האו"ם מסיני. יציאת כוחות האו"ם מסיני לוותה בהשתלטות מצרית על העמדות שהחזיקו כוחות אלו, ובסגירתם של מצרי טיראן, דבר שהיווה סכנה קיומית למדינת ישראל, והיווה את העילה המיידית ליציאה למלחמת ששת הימים.
לאחר מלחמת יום כיפור הוקם בגבול ישראל-מצרים כוח החירום השני (UNEF II) שפרס נקודות תצפית לאורך חצי האי וקבוצת המשקיפים בסיני של אונטס"ו צורפה אליו. בגבול ישראל-סוריה, תצפיות אונטס"ו על קו לפיקוח על הפסקת האש המשיכו בקו הפסקת האש החדשה. קבוצות המשקיפים דמשק וגולן (המגזר הסורי) של אונטס"ו הוקמו מההסכם מה־31 במאי 1974 שהקים את כוח UNDOF והן עדיין פעילות. המלחמה גם הביאה להתרחבות ניכרת של כוח אונטס"ו, תחילה על ידי הוספת חיילי מרינס אמריקאיים ולאחר מכן על ידי הוספת משקיפים סובייטיים נוספים.
בעיות ייחודיות.
קבוצות אזוריות.
הקבוצות האזורית באו"ם נוצרו בשנת 1961 והרוב ממנו נהנו מדינות ערב בתוך קבוצת מדינות אסיה איפשר להן לחסום את כניסתם של ישראל לקבוצה. במשך עשרות שנים, ישראל הייתה אחת המדינות היחידות שאינן חברות בקבוצה (המדינה האחרת היחידה שנמצאה במצב קבוע כזה הייתה ארצות הברית) ומצב זה מנעה את השתתפותה של ישראל בפעילות משמעותית באו"ם.
בשנת 2000, ישראל התקבלה ל־WEOG (קבוצת מערב אירופה ואחרות), ובכך התאפשר לה להציג מועמדים לבחירות לגופים שונים של האו"ם, אך ישראל חברה מטעם WEOG רק בסניף ניו יורק של האו"ם. בשאר הסניפים (ז'נבה, ניירובי, רומא, וינה) ישראל היא במעמד של משקיפה בלבד, ללא זכויות חברות מלאה בקבוצה ולפיכך דיוני האו"ם על זכויות האדם, גזענות ומספר נושאים אחרים במשרדים אלו חסומים בפניה.
בעיה נוספת נובעת מחלוקה של WEOG לשתי קבוצות קטנות יותר המשמשות להתייעצויות - מדינות אירופה הנפגשות במסגרת האיחוד האירופי ושאר המדינות (יפן, ארצות הברית, קנדה, אוסטרליה וניו זילנד) מהוות קבוצה המכונה JUSCANZ. ישראל איננה מהווה חלק משתי קבוצות אלו ובעוד היא משתתפת ב־JUSCANZ עבור המועצה הכלכלית-חברתית, הרי חסרת מעמד כזה במועצת זכויות האדם.
מושבי חירום מיוחדים.
בעיות המזרח התיכון היו הנושא של שש מתוך עשר "ישיבות חירום מיוחדת" של העצרת הכללית. ישיבת החירום המיוחדת העשירית נמשכת מאז 1997 ולמעשה הפכה לוועדה כמעט קבועה בשאלת פלסטין.
טרור.
הקושי בתוך האו"ם להגדיר טרור נובע בחלקו מחוסר יכולת להגיע להסכמה בשאלה האם האלימות הפוליטית הפלסטינית היא צורה של התנגדות או טרור ובעיקר בעקבות טענות חברות ארגון המדינות האסלאמיות כי הפלסטינים נלחמים בכיבוש זר.
מעשי האלימות הפוליטית הפלסטינית גונו שוב ושוב בהודעות לעיתונות של המזכ"ל הטקסט של החלטות העצרת הכללית אינו מבחין בין הטרור ופעולות צבאיות. למשל בהחלטה 61/25, משנת 2006, שכותרתה "יישוב בשלום של שאלת פלסטין": "הוקעה של כל מעשי האלימות והטרור נגד אזרחים משני הצדדים, כולל פיגועי התאבדות, ההוצאות להורג ללא משפט ושימוש מופרז בכוח".
החלטה החלטה 37/43 של העצרת הכללית ב־3 בדצמבר 1982 אישרה מחדש את הלגיטימיות של המאבק של העמים נגד כיבוש זר על ידי כל האמצעים, כולל מאבק מזוין:
פליטים.
הפליטים מטופלים בשתי סוכנויות של האו"ם, נציבות האו"ם לפליטים (UNHCR) ואונר"א המסייעת לפליטים הפלסטינים באופן בלעדי. הפליטים מוגדרים באופן שונה על ידי שני הארגונים הללו, כאשר ההבדל העיקרי הוא הכללת צאצאים והכללת חצי מהפליטים בתוך השטחים הפלסטיניים אשר, לפי הקריטריונים UNHCR, הם אנשים פליטים פנימיים.
בשנת 2006:
חוות שבעא.
מעמדם של שבעה כפרים קטנים המכונים חוות שבעא ונמצאים ליד הר דב על הגבול הבינלאומי בין לבנון לישראל, הוא שנוי במחלוקת.
האו"ם מחשיב טריטוריה זו כטריטוריה סורית הכבושה על ידי ישראל מאז מלחמת ששת הימים. מועצת הביטחון קיבלה את הדו"ח הקובע כי ב־16 ביוני 2000 הסיגה ישראל את כוחותיה מלבנון בהתאם להחלטה 425 ועל פי החלטה זו המפה הנוכחית של יוניפי"ל בשטח קובעת כי השטח הוא סורי. מאז שנת 2000, מצדיק חזבאללה את המשך מאבקו בישראל כמאבק בכיבוש של לבנון על ידי ישראל, בחוות שבעא. בעקבות מלחמת לבנון השנייה, האו"ם קיבל את בקשת ממשלת לבנון כדי לבדוק מחדש את הבעלות על השטח הזה והבטחה זו נכללה בהחלטה 1701 של מועצת הביטחון. ממשלת לבנון אימצה את טענת חזבאללה כי "זכותם של אנשי לבנון, הצבא וההתנגדות לשחרר את כל השטחים של חוות שבעא, הר שבעא וע'ג'ר".
צוות הערכה בלתי תלוי לקביעת גבול לבנון ("LIBAT") הוסמך על ידי האו"ם, אך עדיין לא השלים את פעולתו.
תפקידים של ישראל במוסדות האו"ם.
לנציגי ישראל יש קושי להשתלב בתפקידים משמעותיים באו"ם, בשל התנגדות אוטומטית של הגוש הערבי. עם זאת מספר פעמים הצליחו נציגי ישראל להתגבר על התנגדות לבחירתם. חלוקת האו"ם לקבוצות אזוריות ב־1961, כך שאופיו המוסדי של האו"ם הפך למפלגתי-אזורי, הביא להדרה בפועל של ישראל ממרבית הפעולות של הארגון. שבשל התנגדות מדינות האסלאם לכלול את ישראל בקבוצתן, נמנע מישראל מלהתקבל לקבוצות האזורית הפוטנציאליות למיקומה, ולפיכך נמנע מנציגיה להיבחר לתפקידים בארגוני האו"ם השונים.
בפברואר 2003 נבחר נציג ישראלי לקבוצת העבודה על פירוק נשק של העצרת הכללית. בהמשך נבחר הנציג להיות אחד משלושת סגני יושב ראש הקבוצה. באפריל 2003 נבחר נציג ישראלי לוועדת הסמים הממכרים של האו"ם. ביולי 2005 מונה דני גילרמן, שגריר ישראל באו"ם, לתפקיד סגן נשיא העצרת הכללית. באותה שנה נבחר גם מאיר יצחקי, מאגף בקרת הנשק של משרד החוץ לסגן היושב ראש של ועדת האו"ם לפירוק נשק (UNDC). ב־15 בינואר 2006 קיבל ארגון יד שרה מעמד של גוף מייעץ לוועדת הכלכלית חברתית של האו"ם (NGO) לאחר ששנה קודם לכן הוכר על ידה כגוף לא ממשלתי. בשנת 2007 הצליח דיפלומט ישראלי, מנהל מחלקת האו"ם, רון אדם, להיבחר לראשונה בהיסטוריה של יחסי ישראל והאו"ם לתפקיד יושב ראש ועדה של האו"ם. הוועדה, שעמד בראשה, הייתה הוועדה לתכנון ותיאום CPC, והוא נבחר בקונצנזוס, ללא הצבעה על ידי 34 חברות הוועדה, כולל איראן. בעקבות המינוי אימץ הקונגרס האמריקאי החלטה המברכת את ישראל ואת אדם על המינוי הראשון בהיסטוריה. ב-2009 נבחר, דני כרמון, לראשות "ועדת האוכלוסין של האו"ם", למרות התנגדות נחרצת של מדינות ערב. לאחר היבחרו לתפקיד, פרסמה הליגה הערבית הודעת גינוי.
ב-2016 נבחר שגריר ישראל באו"ם, דני דנון, ליו"ר וועדת המשפט של האו"ם. זו הייתה הפעם הראשונה בה נבחר נציג ישראלי לראשות וועדה קבועה של האו"ם. באוקטובר 2020 נבחרה נציגה ישראלית - היועצת המשפטית של המשלחת הישראלית לאו״ם, עו״ד שרה וייס-מעודי - לסגן יו"ר הוועדה.
ב-2021, ישראל נבחרה לראשונה ל, יחד עם עוד 53 מדינות אחרות, מתוך 193 המדינות באו"ם.
כוחות שמירת השלום של האו"ם.