בשעות הבוקר המוקדמות ב-11 במאי 2022 פעלו חיילי צה"ל בנפת ג'נין על מנת לעצור פעילי טרור ולאתר אמצעי לחימה. הפעילות הייתה חלק ממבצע שובר גלים שהחל במרץ 2022 וכלל פשיטות ומעצרים בשטחי יהודה ושומרון. במחנה הפליטים ג'נין פתחו פלסטינים חמושים בירי והשלכת מטענים לעבר כוחות צה"ל, שהשיבו אש.
בשש בבוקר באותו יום הודיעה אבו עאקלה למערכת אל-ג'זירה ברמאללה שהיא מגיעה לג'נין ותדווח משם, ונקבע שתועלה לשידור חי בסביבות שבע. כעבור 20 דקות נודע ברשתות החברתיות שהיא נהרגה. היא נורתה בחלק חשוף בעורפה מתחת לקסדה שחבשה, והועברה לבית החולים אבן סינא שבג'נין, שם נקבע מותה. עיתונאי פלסטיני נוסף מאל-ג'זירה נפצע מהירי באופן בינוני.
תחקירים.
שירין אבו עאקלה הייתה עם חמישה עיתונאים עמיתים מאל-ג'זירה ושני עיתונאים נוספים, סמוך לכניסה למחנה הפליטים בהצטלבות של רחוב בלט אל שוהאדה עם הרחוב שבו היו חיילי צה"ל, הנמשך מצפון לדרום. העיתונאים חבשו קסדות ועטו אפודי מגן שעליהם הכתובת PRESS ("עיתונות", באנגלית). הם העידו שעם הגיעם התייצבו כקבוצה במשך חמש או עשר דקות לנגד עיניהם של חיילי צה"ל המרוחקים כדי שיראו שהם עיתונות, וזהו מנהגם בכל אירוע שצה"ל נוכח בו. הצטרפו אליהם מספר צעירים תושבי המקום שהתרגשו מנוכחותה של הכתבת המוכרת להם מהטלוויזיה. בסרטון מטלפון נייד נראים העיתונאים שהגיעו והתושבים שליוו אותם הולכים בשלווה ואף מצטחקים, אין קולות ירי קרוב או רחוק.
לדברי צה"ל, הקבוצה הייתה ממוקמת מצפון לחיילים במרחק של כ-200 מטר. הלוחמים הישראלים ירו בעיקר לכיוון לדרום, לעבר מטרות ספציפיות כמו פעיל חמוש שנראה על גג בית, חמוש שהציץ מחלון, ואנשים נוספים. צה"ל מסר גם שהיו שישה מקרים של ירי צה"לי צפונה.
הקליע שפגע בראשה של שירין היה בקליבר 5.56 מ"מ, כזה שמשמש רובה M16, שנמצא בשימוש צה"ל וגם אצל חוליות פלסטיניות חמושות, ורובים נוספים (למשל רובה M4).
בתחילה פרסם צה"ל סרטון שבו נראים פלסטינים חמושים יורים בסמטה במחנה הפליטים בג'נין, ואחד מהם קורא "פגענו בחייל, הוא שכוב על האדמה". ראש הממשלה נפתלי בנט העלה את הסרטון לטוויטר וכתב שאף חייל לא נפגע, לכן יש אפשרות שפלסטיני הרג את אבו עאקלה. תחקיר של אתר התחקירים Bellingcat מיקם את הסרטון באזור צפוף דרומית-מזרחית לעיתונאים שאין בו קו ראייה אליהם, וכך נמצא גם בתחקיר של "בצלם" ותחקיר של "הארץ".
בתחקיר של צה"ל שפורסם ב-13 במאי 2022 נאמר שיש שתי אפשרויות למקור הירי, האחת שהחמושים הפלסטינים שהיו מדרום מזרח לחיילי צה"ל ירו בצורה לא מובחנת לכיוון כלי הרכב הצבאיים שהוא גם הכיוון הכללי שבו הייתה הכתבת, והאפשרות השנייה היא שחייל צה"ל ירה מתוך חרך בג'יפ לעבר חמוש שעמד בסמוך לאבו עאקלה.
ב-15 במאי התראיין הפיזיקאי נחום שחף בערוץ 14 ובערוץ 7 וטען שפלסטינים הרגו את שירין אבו עאקלה כדי שמותה יזכה אותם באהדה במסגרת מאבקם על דעת הקהל העולמית. הוא טען שהיא הסתתרה מאחורי קיר שחצץ בינה לבין החיילים, והחיילים היו במרחק של קילומטר ממנה. במציאות הקיר שלידו נהרגה פונה אל הרחוב, והחיילים היו בהמשך אותו רחוב במרחק 200 מטר ממנה.
ב-19 במאי צה"ל הודיע שחיילים העידו שלא ראו את העיתונאית וכיוונו את האש שלהם לעבר חמושים שראו בסמוך לה, וכן זוהה רובה צה"לי שייתכן שממנו נורתה הירייה, אך זיהוי ודאי יהיה לאחר בדיקת הקליע. באותה עת הודיע צה"ל שלא יפתח בחקירת מצ"ח של האירוע, בנימוק שאין חשד לפלילים.
ב-23 במאי פורסם תחקיר של רשת CNN האמריקאית שהתבסס על סרטונים חדשים מהזירה, עדויות של שמונה עדי ראייה ומומחה לזיהוי פלילי, לפיו אבו עאקלה נהרגה מירי כוחות צה״ל. על פי ממצאי התחקיר, שלושה סימני קליעים על גזע העץ שלידו נורתה אבו עאקלה סמוכים זה לזה מכדי להיות תוצאה של ירי לא מובחן והירי לכיוונה של אבו עאקלה התבצע, ככל הנראה, על ידי חיילי צה"ל.
הפלסטינים סירבו תחילה למסור לחקירת ישראל את הקליע שהוצא מראשה של אבו עאקלה ודרשו חקירה בין־לאומית, ובפרט חקירה אמריקאית מאחר שאבו עאקלה הייתה אזרחית המדינה. הם ניהלו חקירה משל עצמם, וב-26 במאי פורסם התחקיר הפלסטיני, לפיו שירין נורתה מאחור כשניסתה לברוח לאחר שהחיילים פתחו באש על העיתונאים. לא היו פלסטינים חמושים בקרבת העיתונאים. מאוחר יותר הסכימו למסור את הקליע לחקירה ישראלית תחת פיקוח אמריקאי.
העיתון "וושינגטון פוסט" פרסם ב-12 ביוני תחקיר משלו, המבוסס על יותר מ-60 סרטונים, תמונות מהזירה ופוסטים ברשתות החברתיות, בנוסף לשתי בדיקות שנערכו במקום, וכן ניתוח אקוסטי של קולות הירי, שטוען כי אבו עאקלה כנראה נורתה בידי כוח צה"ל. לדברי התחקיר, מצביעות הראיות השונות על כך שלא התנהלו חילופי אש בדקות שקדמו למותה של העיתונאית, וכי היא נהרגה כתוצאה מירי בודד של אדם אחד. כמו כן מציע התחקיר כי אותו קליע נורה ככל הנראה מכיוון שיירת כלי הרכב של הכוח הצבאי הישראלי ששהה במקום. דובר צה"ל הגיב שסירובם של הפלסטינים לספק את הקליע שממנו נהרגה אבו עאקלה, כמו גם סירובם לבצע חקירה פורנזית משותפת מונעים את האפשרות להגיע לאמת, וגם אם אבו עאקלה נהרגה מאש צה"ל לא היה זה מתוך כוונה לפגוע בעיתונאית.
ב-20 ביוני פרסם גם העיתון "הניו יורק טיימס" תחקיר שקבע שאבו עאקלה נפגעה מירי של צה"ל, וכן שלא היו פלסטינים חמושים סמוך לה. התחקיר מצא שנורו לעבר קבוצת העיתונאים 16 קליעים במרווח זמן של כארבע דקות, בניגוד לדברי צה"ל על 5 קליעים. התחקיר לא מצא הוכחה לכך שהיורה זיהה את שירין וירה בה באופן מכוון, וגם לא הצליח לקבוע אם הוא ראה את האפודים של העיתונאים שכתוב עליהן PRESS. לפי התחקיר וצילום וידאו קליעים נורו גם בעת שניסו לחלץ את הכתבת אחרי שנפגעה.
ב-24 ביוני הודיעה מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם שאבו עאקלה נהרגה מירי שהגיע מכיוון כוחות צה"ל, ושהמידע שנאסף בידי האו"ם מצביע על כך שלא התקיימה כל פעילות פלסטינית בסביבה הקרובה של העיתונאים.
ב-2 ביולי העבירה הרשות הפלסטינית את הקליע שהרג את אבו עאקלה לידי ארצות הברית לצורך בדיקה בליסטית שתתקיים בידי ישראל תחת פיקוח אמריקאי. הבדיקה לא העלתה תוצאות משום שהקליע התעוות לאחר שניתז בתוך הקסדה של אבו עאקלה, ולא ניתן היה לשייך אותו לרובה מסוים. צוות הבדיקה האמריקאי קיבל גישה מלאה הן לחקירות צה"ל והן לחקירות הרשות הפלסטינית מהחודשים האחרונים, ומתוך סיכום של שתיהן הגיע למסקנה שהכדור נורה ככל הנראה על ידי כוחות צה"ל, אך לאו דווקא במכוון. צוות הבדיקה מאמין שהאירוע היה תוצאה של צירוף מקרים טראגי.
ארצות הברית גינתה את האירוע ודרשה לפתוח בחקירה ולהעמיד את האשמים לדין. דובר מחלקת המדינה של ארצות הברית הגיב באמרו כי "מותה הוא פגיעה בחופש העיתונות בכל מקום".
הלווייתה.
גופתה של שירין אבו עאקלה הועברה מג׳נין לפקולטה לרפואה באוניברסיטת א-נג'אח בשכם, שבה התקיים ניתוח לאחר המוות. ב-12 במאי הועבר ארון הקבורה למוקטעה ברמאללה לטקס ממלכתי בנוכחות נשיא הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס, ולאחר מכן להלוויה בעיר הולדתה ירושלים. לפי מקורות במשטרה, מפקד מחוז ירושלים דורון תורג'מן הורה לפקודיו להחרים דגלי פלסטין ולא לאפשר את הנפתם, וביום שבו נהרגה הורדו דגלים מבית משפחתה ומהכנסייה שבה המשפחה קיבלה מנחמים.
ההלוויה יצאה ב-13 במאי 2022 מבית החולים סנט ג'וזף שבו נחה גופתה של שירין אבו עאקלה במשך הלילה. בשעות הבוקר קיימו מוסלמים תפילת אשכבה סלאת אל-ג'נאזה לזכרה ברחבת בית החולים, על אף שהייתה נוצריה, ולקראת אחר הצהריים התאספו אנשים ברחבה בהמתנה מסודרת לצאת הארון. הם הניפו דגלי פלסטין וקראו "ברוחנו ובדמנו אנחנו איתך שירין", כשמעבר לגדר המתחם ניצבים השוטרים. מפקד המשטרה במקום כרז מבחוץ למשתתפים שיחדלו מ"שירי הסתה" והנפת דגלים, שאם לא כן המשטרה תפזר את הלוויה, אך הקהל המשיך לקרוא ולהניף את הדגלים.
על פי תוכנית המשטרה הארון היה אמור לעבור לכנסייה במכונית, אך במקום זאת מכונית ההלוויות חיכתה מחוץ לרחבה והארון הוצא על כתפיהם של מספר גברים. שוטרים פרצו לרחבה, ירו רימוני הלם אל הקהל ודחפו את נושאי הארון חזרה לבית החולים כשהם מכים אותם באלות ובועטים בהם. תוך כדי כך הארון נשמט וכמעט נפל ארצה. מספר אנשים זרקו חפצים לעבר השוטרים.
הרחבה התרוקנה ולבסוף הוכנסה אליה מכונית ההלוויות המקושטת בפרחים ודגלים פלסטינים, נושאי הארון העבירו אותו אליה, ושוטרים הסירו ממנה את הדגלים. המכונית יצאה אל כנסיית הפטריארכיה היוונית-קתולית ״כנסיית הבשורה" בעיר העתיקה , שם התקיימה תפילת אשכבה. מהכנסייה יצאה תהלוכת אבל גדולה כשהארון נישא על כתפיים אל הר ציון.
מעל עשרת אלפים אנשים השתתפו במסע ההלוויה. סמוך לשער יפו נעקרו דגלי ישראל.
שירין אבו עאקלה נטמנה בבית הקברות הקתולי בהר ציון, ליד הוריה. באותו זמן, במחווה יוצאת דופן בעיר העתיקה, פעמוני הכנסיות של כל העדות הנוצריות השונות צלצלו יחד.
צילומים מהעימותים שהתרחשו במהלך ההלוויה התפרסמו בעולם וגררו ביקורת וגינויים בארץ ובעולם.