האגיוס ניקולאוס א' הפליגה לארץ ישראל במסגרת מפעל העפלה פרטי מצ'כוסלובקיה, אשר נוהל על ידי הרמן פלש יוצא התנועה הרוויזיוניסטית. במסעה הראשון הובילה 700 מעפילים רובם בני הקהילה היהודית בצ'כוסלובקיה ממעמד הביניים. מקצת מהמעפילים היו פליטים מאוסטריה שלאחר האנשלוס. ה"אגיוס ניקולאוס" הייתה במקורה ספינת משא בת 1,800 טונות שנחכרה מאיש עסקים יווני בשם וורדולקיס. היא הותאמה להעברת מעפילים אם כי בדוחק רב, כאשר לכל מעפיל הוקצה דרגש באורך 70 סנטימטרים. בשל נסיבותיה, מתוארת הפלגתה הראשונה בחלק מהמקורות הכתובים העוסקים בהעפלה כשתי הפלגות שונות, אך מדובר בהפלגה אחת בת שני חלקים של אותה קבוצת מעפילים. בהפלגתה השנייה של ה"אגיוס ניקולאוס א'" עלו לישראל 860 מעפילים שכללו את ניצולי אניית המעפילים רים אשר עלתה באש ליד רודוס וכן מקצת מבני הקהילה המקומית.
החלק הראשון של ההפלגה הראשונה.
בבוקר יום שני, 12 במרץ 1939, יצאו ברכבת מברנו 700 מעפילים. לכל מעפיל סופקה חבילת מזון בת 5 קילוגרמים. הרכבת אובטחה על ידי המשטרה הצ'כוסלובקית ובשעות הערב המאוחרות הגיעו המעפילים לברטיסלאבה. בברטיסלאבה עלו המעפילים על שתי ספינות נהר בשם "מינרבה" ו"טולון" וב-13 במרץ בשעות הבוקר המוקדמות הפליגו הספינות במורד הדנובה. ב-16 במרץ עגנו הספינות בנמל רוסה בבולגריה ולאחר הצטיידות המשיכו לכוון נמל ג'יורג'יו שברומניה. למחרת, המשיכו הספינות לנמל טולצ'אה. המעפילים שהו בטולצ'אה מספר ימים וב-22 במרץ הועלו על סיפון ה"אגיוס ניקולאוס", אשר הפליגה מנמל טולצ'אה לנמל סולינה ומשם לים השחור. ב-25 במרץ עברה הספינה את הבוספורוס ובהמשך עגנה באיסטנבול להצטיידות. המעפילים ירדו מהספינה והתארחו בקרב בני הקהילה היהודית בעיר. למחרת הפליגה הספינה לכיוון הדרדנלים ובהמשך, בשל מזג אוויר סוער, נאלצה לעגון בנמל מיטילנה שבאי לסבוס. לאחר שוך הסערה, הפליגה הספינה וב-28 במרץ התקרבה לחופי רודוס. בשל הרעה בתנאי מזג האוויר ותנאי ים קשים, נאלצה האגיוס ניקולאוס לשנות כיוון ולעגון באי סאמוס.
ב-30 במרץ הפליגה הספינה ונעה בסמוך לאי קפריסין וצפונית לו. התוכנית הייתה להגיע לחופי ארץ ישראל ולהוריד את המעפילים באמצעות שתי סירות מנוע קטנות, אשר היו על ה"אגיוס ניקולאוס". ב-31 במרץ הגיעה הספינה לחופי ארץ ישראל והוחל בניסיונות הורדת המעפילים. הוברר, כי שתי סירות המנוע אינן תקינות. ב-1 באפריל, בשעה 00:45 הגיעו לקרבת הספינה, שתי ספינות משמר חופים בריטיות והחלו להאיר את האזור בפצצות תאורה. אש נורתה מספינות משמר החופים אל עבר הארובה וגשר הפיקוד של האגיוס ניקולאוס. האגיוס ניקולאוס התרחקה בכוח מנועים מלא מחופי ארץ ישראל לכיוון כרתים, כשהיא מלווה בספינות משמר החופים ולאחר התרחקותה ניתקו הספינות הבריטיות מגע. מירי הבריטים, נפצע קשה מעפיל אחד, ששמו אֶבֶּל, למחרת מת מפצעיו ונקבר בים. כן נפצעו קל שני מעפילים ואיש צוות אחד.
הירי על ספינת המעפילים ומותו של אחד המעפילים עוררו הדים בבריטניה ובתקשורת העולמית. חבר הפרלמנט הבריטי וידיד התנועה הציונית, ג'וזאיה קלמנט וג'ווד, הגיש שאילתה למלקולם מקדונלד, שר המושבות דאז, וביקש לברר האם נערכה חקירה לגבי הירי. מקדונלד השיב שנפתחה אש מ"האגיוס ניקולאוס" לכיוון ספינות המשמר הבריטיות והן השיבו אש, אך מדובר היה באש אזהרה ואיש לא נפגע. וג'ווד התעמת עם מקדונלד תוך שהוא מציג תמונות של הנזק שנגרם לספינה ותיאור הנפגעים. בהמשך, הודה מקדונלד שאחד מנוסעי הספינה נהרג מהאש הבריטית.
החלק השני של ההפלגה הראשונה.
ב-4 באפריל עגנה האגיוס ניקולאוס בנמל הרקליון שבכרתים ונוסעיה חגגו את ליל הסדר. למחרת הפליגה לאי קיאה ובצהרי יום 6 באפריל עגנה הספינה בנמל האי. ב-7 באפריל, עזב צוות הספינה את האגיוס ניקולאוס. נוסעי הספינה היו במצב גופני קשה ורבים מהם חלו בדיזנטריה. המעפילים שהו באי קיאה במשך קרוב לשלושה חודשים, אשר במהלכם הלך מצבם והדרדר, תוך שנוצרו חיכוכים חברתיים. הנהגת הקבוצה שהורכבה מאנשי בית"ר, ניסתה לארגן את חיי המעפילים ובכלל זה הנהגת שיעורי עברית והפעלת מקהלה. המזון למעפילים סופק על ידי הקהילה היהודית באתונה. ב-24 באפריל עגנה בקיאה ה"אגיוס ניקלאוס ב'" שארגן ד"ר ברוך קונפינו וב-1 במאי הפליגה לארץ ישראל. השהות הממושכת הוביל לכעס גובר על אנשי הנהגת הקבוצה וב-6 במאי הודחו אנשי בית"ר שהנהיגו את המעפילים ובראשם ארווין פילגוט ונבחרה הנהלה חדשה. ההנהגה החדשה ניסתה ליצור קשר עם הרמן פלש כדי שירכוש ספינה נוספת אשר תוביל אותם לארץ ישראל. לבסוף חכר בעליה של האגיוס ניקולאוס ספינה בשם "סאלומיה" וב-19 ביוני היא עגנה בנמל קיאה. ה"סאלומיה" הייתה קטנה יותר מהאגיוס ניקולאוס ונפחה 1,600 טונות. ב-25 ביוני הפליגה ה"סאלומיה" לכיוון ארץ ישראל כשהיא גוררת אחריה סירה קטנה יותר וב-2 ביולי הגיעה לחופי הארץ.
ב-3 ביולי הורדו מעפילי ה"סאלומיה" לסירה המלווה ונחתו לחופי חיפה. המעפילים נעצרו על ידי הבריטים ונכלאו במחנה מעצר ליד בית החרושת שמן. מדיווחי משטרת המנדט עולה כי נעצרו 697 מעפילים, מתוכם 470 גברים, 190 נשים ו-37 ילדים. העצורים שוחררו מאוחר יותר ומספרם הופחת ממכסת אשרות הכניסה של יהודים לארץ ישראל באותה שנה. קיימת אי בהירות לגבי הכללת מעפילי "פלש טרנספורט" במכסות הכניסה המאושרות של יהודים לארץ ישראל באותה השנה. ישנן גרסאות הטוענות כי הוקצו על ידי הבריטים למעפילי אגיוס ניקולאוס א' 700 סרטיפיקטים.
ההפלגה השנייה של אגיוס ניקולאוס א'.
בהפלגתה השנייה של "אגיוס ניקולאוס א'" הגיעו לישראל 860 מעפילים. 600 מהם היו ניצולי ספינת המעפילים רים שעלתה באש ליד האי רודוס ונוסעיה נאספו על ידי ספינה איטלקית וניצלו. בנוסף, עלו על הספינה 260 מעפילים נוספים, שכללו את בני הקהילה המקומית ופליטים נוספים שהתקבצו באי. ב-19 באוגוסט 1939, הורדו המעפילים לשתי ספינות מפרש וספינת מנוע אחת מול חופי נתניה. אחת מהספינות, ה"טאסו", ועליה 350 מעפילים עלתה על שירטון. בסיוע תושבי נתניה, הורדו המעפילים לחוף וקיבלו טיפול ראשוני. מאוחר יותר הובלו על ידי המשטרה הבריטית באוטובוסים לצריפין. שתי הספינות הנוספות, שנקראו "טאוס" ו"רוזטה" אותרו אף הן על ידי משמר החופים הבריטי והובלו לנמל חיפה בלווי ספינות בריטיות.
אגיוס ניקולאוס ב'.
ספינת המעפילים אגיוס ניקולאוס ב' נשכרה על ידי ד"ר ברוך קונפינו והייתה ראשונת ספינות המעפילים במסגרת מפעל ההעפלה הפרטי שלו. ב-14 באפריל 1939, הפליגה הספינה מנמל בורגס שעל סיפונה 309 מעפילים. בכרתים הועברו המעפילים לספינה קטנה יותר בשם "קרליצה מריה" וב-19 במאי נחתו בחופי ארץ ישראל.
קונפינו חבר לאקוש אפשטיין, פעיל עלייה מהונגריה וחבר הציונים הכלליים א', ויחדיו פעלו להעלאת עולים מהונגריה ומבולגריה. הוא שכר את הספינה "אגיוס ניקולאוס" מסוכן ספנות יווני בשם ליקידיס, אשר היה נציג הבעלים. ה"אגיוס ניקולאוס" הייתה ספינת מטען בנפח של 1,500 טונות אשר הותאמה להובלת עד 600 מעפילים וכללה גם אביזרי בטיחות מינימליים. קונפינו ניצל את קשריו הטובים עם שירותי הביטחון הבולגריים והשיג את אישורם למעבר העולים מהונגריה לבולגריה. כמחצית מהמעפילים הגיעו מהונגריה ומחציתם מבולגריה. בגין ההפלגה שילמו המעפילים 1,000 פנגו הונגרי בהונגריה או 2,000 לבות בבולגריה והיה זה סכום שווה ערך ל-200 דולרים אמריקניים.
בשל אי בהירות לגבי אופן הורדת המעפילים בארץ ישראל התעכבה הפלגת הספינה, תוך שקונפינו נתון היה ללחץ של המעפילים מחד ושל המשטרה הבולגרית מאידך, להוציא את ההפלגה לפועל. למרות אי הבהירות החליט קונפינו ש"האגיוס ניקולאוס" תפליג, דבר שהוביל לקרע מיידי עם "אגודת הציונים הכלליים" בסופיה, אשר קונפינו היה סגן יושב ראשה. האגודה התנערה מקונפינו והודיעה שפעילותו נוגדת את החלטות ההסתדרות הציונית.
ב-14 באפריל יצאה האגיוס ניקולאוס לדרך והפליגה בים השחור לכוון הבוספורוס. ב-24 באפריל עגנה באי קיאה להצטיידות כאשר היא עוגנת לצד ה"אגיוס ניקולאוס א'" וב-1 במאי הפליגה לכוון כרתים. בכרתים הוברר כי קברניט הספינה מסרב לסכנה ולהפליג עימה לחופי ישראל. המעפילים והקברניט רכשו ושיפצו ספינת מפרשים בשם "קרליצה מריה" ועימה הפליגו לישראל, כאשר היא גוררת עימה ספינת דיג קטנה בת 200 טונות לצורך הורדת המעפילים. במהלך ההפלגה, הצליח קונפינו לתאם את הנחיתה מול אנשי ההגנה וסוכם שתתבצע בסמוך לבית-חנן. הצוות הסתבך בניווטה של הספינה ולאחר שהתקרבו לחופי אלכסנדריה, פנתה הספינה צפונה במטרה לאתר את החוף הקרוב לבית-חנן.