בתקופה שלאחר מלחמת ששת הימים הורחבה הזירה הימית מאוד וחייבה פעילות הרבה. ב-1 בספטמבר 1968 בעת שקיבל אברהם בוצר את הפיקוד, היה נמצא חיל הים בנחיתות מבצעית קשה. תוכנית בנין הכוח טרם הניבה פירות. פעילות חבלנית עוינת של פלסטינים חייבה אבטחה פעילות ביטחון שוטף על חופי המדינה.
במהלך מלחמת ההתשה נמשכה בנייתו של הכוח הימי. בשנים 1967 עד 1969 הגיעו לישראל ספינות הטילים הראשונות. הספינות הגיעו ללא חימוש וכל מערכות הלחימה הורכבו בישראל. הספינות צוידו בנשק קטלני טילי גבריאל מתוצרת התעשייה האווירית. בניית הספינות הקדימה את פיתוח ייצור מערכות הנשק. שלוש הספינות הראשונות הופעלו כספינות תותחים ונקראו "סער 1". בשלוש הספינות הבאות הותקנו מערכות הטילים והן נקראו "סער 2". שש הספינות הבאות תוכננו להתקנת תותח 76 מ"מ והן נקראו "סער 3".
בסוף דצמבר 1969 בוצע מבצע נועה למילוט ספינות שרבורג - 5 ספינות סער שעוכבו בנמל שרבורג עקב הרחבת האמברגו הצרפתי שהושת על ישראל על ידי נשיא צרפת, שארל דה-גול.
במקביל לפיתוח הטילים פיתח חיל הים מערכות לוחמה אלקטרונית, שנועדו לסייע ספינות להימנע מפגיעת טילי הסטיקס אף כי היו בעלי טווח כפול מזה של טילי "גבריאל". בעיית הטילים הסובייטיים בידי הערבים העסיקה רבות את חיל הים. במשך תקופה קצרה מאוד מיוני עד אוקטובר 1967 הייתה הערכת חסר ליכולת הזאת שנבעה מכך שהטילים לא באו לביטוי במלחמת ששת הימים. גובש מענה טקטי רחב שכלל את מערכת "שלדג" לגילוי מכ"ם, "אבשלום", רקטה לפיזור מוץ להטעיית מכ"ם האויב, ומערכת "אמנון" להגנה עצמית.
פותחה תורת לחימה שתורגלה בים ובמתקן תרגול טקטי, ועל פיה זיהו ספינות הטילים ממרחק את ספינות האויב על פי שידורי המכ"ם שלהן, הטעו את הטילים שנורו לכיוונן, וצמצמו את הטווח עד לטווח היעיל של טילי "גבריאל" וכל זאת תוך ביצוע תמרוני התחמקות.
תוכנית בנין הכח זכתה לתמיכה מכיוון בלתי צפוי. שר הביטחון משה דיין אישר בניית ספינות עבור גזרת ים סוף. ב-19 בפברואר 1973 הושקה במספנות ישראל, ספינת טילים חדישה – אח"י רשף. וב-21 באוגוסט אותה שנה אחותה אח"י קשת.
ספינות הסער החדשות שהחלו להתחמש בנשק אפקטיבי גרמו להרגשת יכולת. המורל הגבוה בחיל לא גרם לזחיחות דעת ולא נוצרה שאננות. התזכורות הכואבות ליכולת טילי הסטיקס שבידי המצרים ובעיקר מצב הנחיתות בטווח של טילי גבריאל סייעו לשמור את רמת הכוננות. המשפט נעשה נחלת הכלל. צוותי כלי השיט ראו עצמם יחידות לחימה והיו מוכנים לכך טכנית פיזית ונפשית.
חיזוק הקומנדו הימי.
לוחמי קומנדו ימי פועלים בחוליות והסיכוי להצלחה מותנה בחדירה בהסתר. רמת העוז הנחישות והדבקות במטרה הייתה גבוהה בקרב לוחמי שייטת 13 מכל הדורות. הכישורים הגופניים והנפשיים הנדרשים מלוחמי קומנדו ימי היו תמיד גבוהים במיוחד. מלחמה מתמשכת התאימה ביותר לפעילות כוחות מיוחדים וקומנדו ימי בכלל זה היות שניתן להפתיע את האויב במועד וביעד התקיפה. מנגד מגמת המצרים להתיש את ישראל ולגרום להרוגים רבים חייבה להקטין סיכונים בפעולות המיוחדות. לקומנדו הימי הישראלי יש עיקרון מבצעי, שהצלחת משימה נמדדת גם בהחזרת הלוחמים. יש לכך משמעות באורך הזמן הניתן לפעולה.
מייד עם תום הקרבות החלו תקריות האש. משימתו של מפקד השייטת לארגן את היחידה למלחמה מתמשכת. האווירה של הניצחון בחילות היבשה והאוויר פעלה כנגד המורל הכללי בחיל הים. אך אנשי השייטת חזרו, אנשי מילואים התגייסו והשייטת הוכנה לפעולות. שפיר ניתח את צורכי השייטת כדי להתגבר על הקשיים שהתגלו במלחמת ששת הימים ולאפשר פעילות גם בעת מלחמה כנגד אויב עירני. ובעיקרם:
מערך פיתוח אמצעי הלחימה המיוחדים לקומנדו הימי התקדם. פותחו אטימות למכשירי קשר ומתקנים אחרים שיוכלו להתלוות ללוחמים גם בעת הצלילה. נרכשו אמצעי ניווט וגם סירות הובלת פושטים נושאות מכ"ם.
הכשרת הלוחמים הועברה לבסיס ראס סודר. זאת כדי להוות כח עתודה כנגד פעילות מצרית בחוף סיני. מפקד השייטת נעשה חבר קבוע בפורום מח"ט התעלה שמואל גונן. הלוחמים במקצועות הצוללים ונהגי סירות רכשו מיומנות בהפעלת הנשק כלוחמי חיל רגלים.
במאי 1968 מונה זאב אלמוג למפקד שייטת 13. המפקד החדש שם דגש על דרישות המשמעת בשייטת ושיווק את היחידה בציבור. מפקד חיל הים אברהם בוצר נתן גיבוי למהלכיו. נעשה שימוש בפרסומים גלויים כדי לחזק את מעמדה של השייטת בתודעה הציבורית.
רצף הפעולות חידד את הדחיפות בהשלמת האמצעים. מערך סירות הנפץ והתובלה מתוצרת איטלקית היה ישן והפעלתו רצופת תקלות. להחלפתן נרכשו 10 סירות מהירות מחברת ברטראם 28 רגל, שקיבלו את השם "סנונית". הורכב עליהן מכ"ם ולצורך לחימה במחבלים חומשו במקלעים. סירות הגומי ששימשו את השייטת היו זודיאק דגם 3 מצרפת. במלחמה הובהר הצורך בסירות גדולות יותר. מספר סירות גומי זודיאק מרק 5 הובאו בטיסה מצרפת והיו חיוניות לביצוע הפשיטה על האי גרין.
באותה עת מונה תא"ל רפאל איתן לקצין חי"ר וצנחנים ראשי תפקיד חדש שהוקם על מנת לקבוע את הרמה המקצועית והיזמה ההתקפית ליחידות המיוחדות בצה"ל. בתפקידו יכול היה איתן לקבוע עדיפויות קרביות ולקיים שיתוף פעולה בין היחידות המיוחדות. במהלך המלחמה ביצעה שייטת 13 מבצעי סיוע רבים לסיירת מטכ"ל שפעלה לאורך תעלת סואץ, בחציית התעלה ובאבטחת הפעילות בה. מפקד השייטת לא הסתפק בהתמחות בהשטה ובצלילה ושם דגש על העלאת רמת הלחימה הרגלית של הלוחמים. שיתוף פעולה זה נוצל גם להעלאת הרמה בלחימת חי"ר. לקראת כל מבצע נערך נוהל קרב, המודיעין נלמד היטב והכוחות יצאו לדרך בקיאים במשימתם.
שיפורי חימוש – לוחמי השייטת צוידו ברובה סער AK-47 קלשניקוב. אם כי חלק מהלוחמים המשיכו להעדיף את תת מקלע עוזי בהיותו נשק קל ונוח לתפעול במקומות צרים ובטווחים קרובים. העוזי צויד במשתיק קול אך עדיין נשמע רעש רב בהפעלתו. בעת חדירה לשטח אויב קרה מספר פעמים שהנשק הקל הכזיב עקב חול במנגנון הירי. ביזמתו של רפאל איתן הובא נשק כבד יותר, תותח ללא רתע קרל גוסטב, 84 מ"מ – "קרגו" – ללוחמים אשר עשו בו שימוש גם בפעולת הפשיטה על האי גרין.
מי הים, החול והתנועה התת-מימית העמידו במבחן קשה את אמצעי הלחימה. במשך כל המלחמה סבלו הלוחמים מתקלות בירי נשק ומעצורים בנשק הקל. רימונים שלא התפוצצו, רקטות שלא יצאו או לא התפוצצו. התקלות ליוו את הלחימה ואנשים גיבו אחד את השני אך היה חוסר ביטחון בהפעלת הנשק שבא לידי ביטוי בקרבות.
יחידת חבלה ימית.
יחידה 707 הוקמה בשנת 1964 כ'יחידת צלילה הגנתית'. אוישה בקצינים ולוחמים בכושר קרבי, משייטת 13 ויחידות החיל הים, שמצאו את מקומם ביחידה 707. בנוסף החלה היחידה להכשיר אנשים בבית הספר של עצמה.
כאשר החלו הפעולות המבצעיות לאחר המלחמה נוצרו משימות רבות שדרשו צלילה, השטת סירות ומעברי מכשולי מים. מפקד היחידה באותה עת היה סא"ל שאול סלע כמות הלוחמים כ-50 איש, והיא התבססה בחלקו המזרחי של נמל חיפה. כדי לשחרר את שייטת 13 לרכז מאמץ במבצעי יזמה התקפית הוטלו עליה המשימות התת-מימית וסיוע להשטת כוחות ועברו לחבלה ולחימה.
פשיטות על ריכוזי מחבלים בגבול המזרחי חייבו חציה של נהר הירדן הלוך וחזור. אנשי היחידה התמחו בפעילות זאת ואפשרו מעבר לכוח הפושט. פעילות בסירות גומי להשטת כוחות הוטלו על אנשי היחידה ביניהם הובלת הפושטים מסיירת מטכ"ל למבצע אביב נעורים בבירות.
כדי לציין את הכרת צה"ל לשותפות בלחימה הוענק ללוחמי יחידה 707 אות התמנון ב-16 אפריל 1969.
בשייטת הצוללות.
הצוללות מסדרת T נרכשו עוד לפני מלחמת ששת הימים והחלו את פעילותן במלחמת ההתשה. שייטת הצוללות וחיל הים ספגו מכה קשה בינואר 1968 עם אובדן אח"י דקר. בצוותה נהרגו צוללנים רבים כולל מפקדה אשר יועד לפיקוד על השייטת.
אח"י לויתן הייתה הצוללת הפעילה במרבית התקופה וביצעה משימות אופייניות לצוללת. חלק מהזמן פעלה גם אחותה, הצוללת אח"י דולפין. למעשה הייתה מרבית הפעילות מיועדת לשמירת הרמה המקצועית של הצוותים עד להגעת הצוללות מסדרת גל.
הצוללות, אח"י לויתן ובהמשך גם אח"י דולפין קיימו סיורים ממושכים במבואות נמלי אלכסנדריה, פורט סעיד, לטקיה וטרטוס. ביצעו מעקב אחר תנועות כלי השיט של האויבים, של אניות הצי הסובייטי וכן של האניות הסובייטיות המבצעות אספקה של נשק למצרים וסוריה. בצוללת נעשה שימוש בעיבוד נתוני הסונר והאלינט.
בתקופה זו בוצעו ניסויים ואימונים רבים בתחום השת"פ בין אח"י לויתן ליחידות שייטת 13 במטרה ליישם את ההתקנות המיוחדות שנעשו בצוללת לשם כך.
יכולת הנחתה ותובלה.
תנאי הים והזירה במפרץ סואץ הראו ישימות למבצעי הנחתה. חיל הים התארגן להנחתת כוחות שריון ורגלים.
נחתות 36 מטר – לשם כך הועברו בשנת 1967 3 נחתות 36 מטר בחצאים על גבי מובילים בכביש לאילת שם חוברו יחד וחזרו להיות נחתות. הנחתות ביצעו סיורים במפרץ סואץ ותובלות אחרות ושימשו כח הנחיתה במבצע רביב.
נחתת 90 מטר – משיקולים גאוגרפיים ובעיקר לאחר הצלחת המבצע נעשתה ההנחתה למשימה ראשית של זירת ים סוף. לצורך כך נקנתה אונית מעבורת בנמל דר א סלאם באורך 90 מטר שהובאה למומבסה ומשם לבסיס שלמה. האניה שופצה הותקן לה סיפון קשיח שאיפשר הנחתת מסוקים. מחיצה ראשית אטומה להפרדת המחסן ותוספת מנועים. כך שונתה מעט אופיינית האונייה ממעבורת הפכה לנחתת ונקראה אח"י בת שבע. כושר נסיעה שלה של 16 טנקים טירן במחסן ועוד 24 נושאי גייסות משוריינים על הסיפון. נחתת זאת עשתה הפלגות רבות של תובלה וסיורי ביטחון שוטף בזירה.