המיתון הארוך לאחר המשבר של 1893 הסתיים בסוף 1896, והמדדים הכלכליים הראו שיפור ב-1897. עיתונים עסקיים היו מלאים בכתבות חיוביות ב-1897. בינואר 1898 הוכרז על עידן של שגשוג. נקודת התורפה היחידה הייתה בתעשיית הכותנה. האבטלה עדיין לא התאוששה במשך כמה שנים. אף על פי שזרם ההגירה דעך במהלך המיתון, הוא חזר ב-1897, והגדיל את מספר מבקשי העבודה.
מקינלי המשיך במדיניות הלסה-פר של ממשל קליבלנד כלפי הטראסטים. התובעים הכללים ניסו לפעול כנגד מונופולים בזכות חוק שרמן ופסיקות בתי המשפט, אולם מקינלי טען שעדיף לשתף פעולה עם העסקים. העימות בנושא נמשך במהלך תקופתו והפך לחשוב במיוחד לאחר מותו.
מכסי המגן ודו-מתכתיות.
שני הנושאים החשובים ביותר היו מכסי המגן והכסף החופשי, והם התאחדו ב-1897. מקינלי היה מזוהה עם מכסים גבוהים, מיסוי גבוה נחשב בעיניו כאמצעי ראוי לסולם שכר סביר ועבור ייבוא. הוא ורוב הרפובליקנים ראו במכסים גבוהים הכרחיים להגנת התעשייה האמריקנית, ואילו הדמוקרטים טענו שהמכסים הגבוהים פגעו בצרכנים והעלו מחירים. מקינלי הצליח להעביר חוק שהעלה מכסי מגן על צמר, סוכר וטובין, אולם הצרפתים, יצואנים מרכזיים, דאגו מכך. החוק עבר בבית הנבחרים בקלות, אולם התעכב בסנאט. הצרפתים הציעו לשתף פעולה עם ארצות הברית ולפתח הסכם בינלאומי על דו-מתכתיות אם המכסים יופחתו. הרפובליקנים תומכי הכסף היו מוכנים לתמוך בכך, והיה צריך תמיכה מהם כדי להעביר את החוק. הסנאט אישר הורדת מכסים מסוימים ומקינלי חתם על החוק, כשהוא מסכים להתחיל משא ומתן על תקן דו-מתכתי בינלאומי.
מקינלי הבטיח דו מתכתיות ב-1896. ארצות הברית וצרפת ביקשו לשתף פעולה עם בריטניה בתחום. ראש הממשלה, רוברט גסקוין ססיל, הסכים לאשר הטבעת מטבעות כסף בהודו. התומכים בתקן הזהב התנגדו מאוד, והממשל ההודי סירב להסכם. הדבר הוביל לקריסת ההסכם.
לאחר מכן החליט מקינלי לתמוך בתקן הזהב ולזנוח את הדו מתכתיות. השגשוג חזר והתמיכה בכסף החופשי פחתה לאחר שהתגלה זהב באוסטרליה ובאלסקה שהעלה את היצע הכסף. ללא הסכם בינלאומי, הצליח מקינלי ללחוץ על העברת תקן הזהב, למרות כוח תומכי הכסף בסנאט. ב-1900, כשהמצב הכלכלי היה טוב, הצליח מקינלי להעביר את החוק, וחתם עליו ב-14 במרץ 1900. הדמוקרטים ניסו לנצל את נושא הכסף ב-1900, אולם לא הצליחו למשוך תשומת לב.
פלורליזם.
מקינלי הדגיש את הפלורליזם בבחירות של 1896. הוא הצהיר שאסור לאסור על אף קבוצה באמריקה, ושכל קבוצה יכולה ליהנות מהשגשוג החדש. מקינלי משך גזעים, מוצאים, דתות ומעמדות רבים. ברייאן לעג לבנקאים ולחברות הרכבות, אולם מקינלי תמך בהם. הוא תמך במכסים הגבוהים שיגנו על השכר הגבוה של עובדי המפעל. הצעות להגבלת הגירה, ותוקפנות כלפי יהודים ומזרח ודרום אירופאים לא התרחשו במהלך ממשלו. הוא מינה מנהיג פועלים קתולי לתפקיד אחראי על ההגירה. הגבלות הגירה שהוצעו בידי הנרי קאבוט לודג', כולל מבחני קרוא וכתוב, אמנם נכללו במצע, אולם מקינלי חסם אותן. ההתנגדות לקתולים החלה להופיע בשנות התשעים אולם נעלמה במהירות.
פיוס עם הלבנים מהדרום.
דוגמה לפלורליזם של מקינלי הייתה תמיכתו בהחזרת הדרום למדינה. ההשקפה הזאת פגעה בניסיון להבטחת זכויות האזרח של השחורים. מקינלי ניסה לפייס את הדרום. הפיוס הושג במלחמה עם ספרד, כשהדרום התגייס בהמוניו אל הצבא. הניצחון המהיר חיזק את תהליך הפיוס.
זכויות האזרח.
המנהיג השחור בוקר טי. וושינגטון נאם באטלנטה ב-1895, וקרא לשחורים להכיר בשלטון הפוליטי הלבן בתנאי שהדרום הלבן ידאג למתן חינוך בסיסי בשחורים ולהליך משפטי הוגן. וושינגטון הפך למנהיג חשוב של הקהילה השחורה וגייס תרומות להקמת שבעה בתי ספר לשחורים. מקינלי והנשיאים הרפובליקנים התייעצו בו בנוגע למינויי שחורים. באותה התקופה רוב השחורים איבדו את זכותם להצביע בדרום.
השחורים תמכו במקינלי ב-1896. לאחר היבחרו, קיוותה הקהילה השחורה לשוויון. מקינלי התנגד ללינצ'ים בתקופתו כמושל, ורוב האוכלוסייה השחורה שיכלה להצביע תמכה בו. אולם מקינלי דרש סיום השסעים המקומיים, ורבים התאכזבו ממדיניותו. הוא מינה אפרו-אמריקנים למשרות בדרג הנמוך, אולם פחות מרפובליקנים אחרים. מקינלי נכנע למחאות של לבנים ואף פיטר שחורים שמינה לתפקידים. השחורים במדינות הצפון הרגישו שמזלזלים בתרומתם לניצחונו של מקינלי.
תגובת הממשל לאלימות הגזעית הייתה מינימלית, ומקינלי איבד תמיכה מצד השחורים. הוא לא גינה תקיפה של מפגינים שחורים. תומכיו של מקינלי אמרו שכנשיא הוא לא יכול היה להתערב בכך, אולם מתנגדיו טענו שהריסון לפחות גינה את המקרים.
לפני המלחמה מול ספרד, נחשב מקינלי לידיד השחורים. המלחמה נחשבה להזדמנות עבורם להציג את הפטריוטיות שלהם והם אכן נלחמו במסגרת היחידות שלהם. אולם החיילים הלבנים התנכלו להם. מקינלי הסכים למנות אותם לדרגות גבוהות יותר מסגן, אולם הגבורה של השחורים לא הקלה על המתיחות הגזעית ועל האלימות בדרום שפרצה במחצית השנייה של 1898. מקינלי ניסה לפייס את הדרום ב-1898, וביקר את בוקר טי. וושינגטון. הוא ביקר בבית קברות של חיילי הקונפדרציה. בסיורו בדרום הוא לא הזכיר את המתיחות הגזעית או את האלימות. הנשיא זכה לתמיכה מצד הלבנים בדרום, אולם השחורים הרגישו נבגדים.
בהתחשב באווירה הפוליטית בדרום, כשמועצות לבנות העבירו חוקים נגד השחורים, לא היה הרבה שמקינלי יכול היה לעשות, אף על פי שהוא התנהג טוב יותר מתאודור רוזוולט, שפקפק בשוויון הגזעי, ובוודרו וילסון, שתמך בהפרדה. אולם היה חסר לו החזון להתעלות מעל הדעות הקדומות ולכוון לעתיד טוב יותר לכל האמריקנים.
מדיניות חוץ.
מלחמת ארצות הברית–ספרד.
הרקע למלחמה.
במשך עשרות שנים, גרמו מרידות בקובה לרצון לחופש מהשלטון הספרדי. ב-1895, החלו הקובנים במלחמה לעצמאות, והספרדים הקשיחו את מדיניותם וריכזו משפחות במחנות ריכוז לצד בסיסים צבאיים למניעת תמיכה במורדים. לארצות הברית ולקובה היו יחסי סחר קרובים, והמרד פגע בכלכלה שכבר נחלשה עקב המיתון. האמריקנים תמכו במורדים, ומקינלי התנגד למדיניות הספרדית. הנשיא קליבלנד תמך בהמשך שלטון ספרדי, מתוך חשש שעצמאות קובנית תוביל למעורבות מעצמה אירופאית או למלחמה גזעית. רבים קראו לשחרור קובה, אולם מקינלי העדיף משא ומתן, שיעניק לקובה עצמאות, או לפחות אוטונומיה. ארצות הברית וספרד החלו שיחות ב-1897, אולם היה ברור שהספרדים לא היו מוכנים לעצמאות קובנית, והמורדים לא היו מוכנים להסתפק בפחות מכך.
העסקים תמכו במדיניות הזהירה של מקינלי. וול סטריט והעסקים הגדולים התנגדו למלחמה ודרשו שלום. אחרי שנים של מיתון, ב-1897 הכלכלה שוב חזרה לאיתנה. חוסר ביטחון בנוגע למלחמה היה איום על כך. מקינלי הרגיש את ההתנגדות למלחמה בקרב העסקים והחליט להמשיך בדיפלומטיה למתן עצמאות קובנית. מצד שני, מנהיגי הכנסייה ופעילים לזכויות אדם קראו למעורבות צבאית. מנהיגי המדינה לחצו על מקינלי. מקינלי החליט לפנות לקונגרס, שידע שיכריז מלחמה.
בינואר 1898, הבטיחה ספרד לוותר למורדים, אולם מהומות התחילו בהוואנה. מקינלי שלח לשם ספינה כדי להגן על רכוש וחיים אמריקניים. ב-15 בפברואר, הספינה התפוצצה ו-266 אנשים נהרגו. העיתונות והציבור דרשו מלחמה, אולם מקינלי התעקש לנהל חקירה בנוגע לפיצוץ. המשא ומתן המשיך, וב-20 במרץ הוכרע שהספינה התפוצצה בגלל מוקש תת-ימי. הקונגרס לחץ להילחם, ומקינלי המשיך לנסות לנהל משא ומתן. ספרד סירבה לדרישותיו של מקינלי, וב-11 באפריל הוא החליט להעביר את העניין לקונגרס. הוא לא ביקש מלחמה, אולם הקונגרס הכריז על מלחמה ב-20 באפריל, בנוסף להצהרה שקובה לא תסופח לעולם לארצות הברית. המעצמות האירופאיות דרשו מספרד לוותר במשא ומתן. בריטניה תמכה באמריקה. ספרד התעלמה והחליטה להילחם לבד.
מהלך המלחמה.
התרחבות רשת הטלגרף והטלפון נתנה למקינלי שליטה רחבה על המלחמה, יותר מנשיאים לפניו. הוא כיוון את תנועות הצבא והצי. הוא לא הסתדר עם אלגר ועם הגנרל נלסון מיילס. המלחמה הובילה לשינוי בקבינט של מקינלי, כששרמן התפטר מתפקידו ודיי שירת כמזכיר המדינה עד לסופה של המלחמה. מקינלי לא רצה רק ניצחון אלא גם פיוס לאומי, והדרום הלבן תמך במלחמה בהתלהבות. גנרל לשעבר מהקונפדרציה הפך למפקד בכיר. מקינלי תמך באחדות בין הצפון והדרום, הלבן והשחור, שילחמו ביחד למען המדינה. השחורים קיבלו גם תפקידים - ארבעה גדודים שחורים שירתו בקובה - ומקינלי ביקר עם בוקר טי. וושינגטון במכון טקסיגי. השחורים היו משניים בהשוואה למטרה של השגת תמיכת הדרום. השחורים מהצפון התלוננו אולם וושינגטון הוביל את השחורים בדרום לתמוך במקינלי.
בתוך שבועיים, ניצח הצי את הספינות הספרדיות בקרב מפרץ מנילה בפיליפינים, והשמיד את הצי הספרדי בלי לאבד אף ספינה. הניצחון הרחיב את המערכה לכל המושבות הספרדיות באזור. כעבור חודש, נשלחו החיילים לפיליפינים וקיבלו אישור להקים מערכות משפטיות ולגייס מיסים- כעדות לתחילתו של כיבוש ארוך. ביוני 1898, דרש מקינלי שספרד תיאלץ לוותר על הפיליפינים לארצות הברית. הוא האמין שהציבור רצה את האיים כשלל, וגם חשש שיפן וגרמניה ינסו להשתלט על האיים.
בקריביים, כוח גדול של מתנדבים וחיילים התאסף בטמפה, לצורך פלישה אל קובה. לצבא היה קשה לטפל בכך, ופי שבעה חיילים מתו ממחלות מאשר אלו שמתו בקרב. הקולונל ויליאם ג'נינגס ברייאן שהה בפלורידה כל המלחמה כיוון שהמיליציה שלו לא נשלחה להילחם.