בעבר, בשנת גשמים ממוצעת סיפקה הכנרת כשליש מצריכת המים בישראל, אך רצף שנות בצורת, בצירוף תצרוכת המים העולה של ישראל כתוצאה מגידול האוכלוסייה והתפתחות התעשייה הביאו למצב שהמפלס התדרדר. מנגד נבנו מתקני התפלת מים ומפעלים לטיהור מי שפכים שמפצים על יכולת השאיבה המוגבלת של הכנרת בימינו. כיום הכנרת מספקת רק 2% מתצרוכת המים הכללית של ישראל. היקף חופי הכנרת נע בין 55 ל־60 ק"מ לפי גובה המפלס. במפלס הגבוה ביותר שטחה הוא כ־169 קמ"ר ובמפלס הנמוך ביותר 161 קמ"ר.
המערכת האקולוגית.
מאז שנות ה־90 סובלת הכנרת מתנודות מפלס קיצוניות כגון הבצורת של השנים 1999–2001 ובשנים 2008–2011. המערכת האקולוגית של הכנרת מצויה במצב רגיש והיא סובלת מחוסר יציבות כתוצאה מפעילות אדם, הבאה לידי ביטוי במופעים אקולוגיים שונים: אצות כחוליות (Cyanobacteria) המייצרות רעלנים פלשו לכנרת, והן פורחות מדי שנה בקיץ; הפריחה האביבית של אצת הפרידיניום (Preidinium gatunense), שחזרה על עצמה מדי שנה, מתרחשת רק בשנים גשומות; שלל הדיג הגיע ב־2008 לשפל של כל הזמנים; אוכלוסיות הזואופלנקטון קרסו בשנת 1993 ושוב ב־2004 וב־2010; חילזון פולש (מסוג "Thiara scabra") השתלט על חופי הכנרת תוך דחיקת המינים הטבעיים.
בכנרת 19 מיני דגים טבעיים לאגם ועוד 8 מינים זרים שאוכלסו בה. המין הנפוץ ביותר באגם, הלבנון (הידוע גם כ"סרדין") הוא דג קטן שחי כבוגר בלהקות במים הפתוחים שם הוא ניזון מזואופלנקטון ומהווה כ־80% מסה"כ הדגים באגם. בכנרת גם מיני אמנוניים שונים, הידוע שבהם הוא אמנון הגליל, בגלל ערכו המסחרי הרב. מין זה ניזון בעיקר מאצת הפרידיניום. למינים אחרים ממשפחת האמנוניים (אמנון מצוי, אמנון ירדן, אמנונית יוסף, 2 מיני טברנון) תפקידים במארג המזון כאוכלי אצות, זואופלנקטון, דטריטוס וחסרי חוליות.
כמו כן חיים במעמקי הכנרת שפמנונים. טברנון לסתני ("Tristramella sacra") היה מין דגים אנדמי לכנרת בלבד ממשפחת אמנוניים. מין זה לא נראה מאז שנות ה־90 ונחשב נכחד עקב התייבשות הימה. מין נוסף של אמנון, טברנון סימון כנרתי (שם עממי: מרמור, שם מדעי: "Tristramella simonis simonis") נעלם מהכנרת מאז שנת 2013.
דיג וייצוב המערכת האקולוגית.
הכנרת מהווה מקור דגה לדייגים מקצועיים וחובבים. מדי שנה נידוגים כ־2,000 טון דגים בכנרת, כשליש מתוכם לבנון הכנרת ("Acanthobrama terraesanctae"), שליש קיפון (בורי, דג המאוכלס בכנרת ואינו יכול להתרבות בה) והשאר אמנון הגליל, אמנון הירדן, כסיף שפל־עין ומספר מינים נוספים.
האגף לדיג ולחקלאות ימית שבמשרד החקלאות מאכלס בכנרת מדי שנה דגיגי אמנון, דגיגי כסיף ודגיגי קיפון (בורי). אכלוס זה, מתבצע בתאום עם יחידת ניטור כנרת ברשות המים על פי החלטות ועדה מקצועית המשותפת למשרד החקלאות ורשות המים. מטרת האכלוס היא קודם כל שיפור וייצוב המערכת האקולוגית של האגם בשילוב עם העשרת האגם בדגים והגברת שלל הדייג.
משרד החקלאות גם אחראי לאכוף את חוקי הדיג בכנרת, ובעיקר על איסור הדיג בעונת ההטלה של הדגים באזורים מוגדרים.
פיתוח על קו המים.
בעשורים האחרונים, עקב שאיבת מים מהכנרת מחד גיסא, והתמעטות המשקעים ומקורות המים הזורמים אליה מאידך גיסא, ירד מפלס המים בכנרת אל מתחת לקו האדום התחתון (213- מ' מתחת פני הים). בעבר ניתנו אישורים על ידי עיריית טבריה לגופים שונים, לפתח את חופי הכנרת לצורך בילוי והפקת רווחים משטחים אשר יהפכו יבשתיים וישמשו למטרות שונות, אולם יותר מאוחר הפכו פעולות אלה לשנויות במחלוקת, ואף הוגשו עתירות לבג"ץ על ידי גופים ציבוריים שונים למניעתן. ב־2008 הוקם על פי חוק הסדרת הטיפול בחופי הכנרת "איגוד ערים כנרת" אשר נועד להסדיר את הטיפול בחופי הכנרת. איגוד ערים כנרת מוביל להכנתה של תוכנית מתאר ארצית חדשה תמ"א 13/13 שתסדיר את הטיפול בחופי הכנרת, תציין היכן מותר לפתח חוף לצורכי תיירות ובאיזו מידה והיכן אסור ויש לשמר. השטחים אשר יובשו בעבר אושרו לכך בתמ"א 13 הישנה. על פי טענת עיריית טבריה, ייבוש מקטע מהכנרת לצורכי פיתוח תיירותי אינו מפחית את כמות המים באגם, וכאשר זה נעשה על פי הנחיות מקצועיות אף אינו פוגע במערכת האקולוגית שלו.
הידרולוגיה.
מקורות מי אגם הכנרת הם מעיינות הירדן, מי נגר עילי המתנקזים אל הכנרת משטח אגן ההיקוות שלה (כ־800 מיליון מ"ק), מעיינות הנובעים בתוך הכנרת וגשם היורד ישירות על האגם (כ־70 מלמ"ק). מקור נוסף למי הכנרת הוא הטיית מי שיטפונות מהירמוך לכנרת.
שטח אגן ההיקוות של הכנרת הוא 2,730 קמ"ר, רובו של שטח זה נמצא במדינת ישראל ומקצתו (660 קמ"ר) בתחום לבנון. האחרון כולל חלקים מדרום לבנון המנוקזים על ידי נחל שניר (אזור חאצביא), עמק עיון המנוקז על ידי נחל עיון וחלק קטן נוסף המנוקז על ידי נחל דישון. שטח אגן ההיקוות אשר בשליטת ישראל כולל את הר החרמון ורובה המוחלט של רמת הגולן, את עמק החולה והגליל העליון המזרחי (מהר מירון ומזרחה), וחלק קטן של הגליל התחתון המזרחי.
על פי מחקרים שהתבססו על גובה פני הכנרת מהמאה ה־19 ועד הקמת סכר דגניה בשנת 1932, העריכו החוקרים שלפחות באלף השנים האחרונות שקדמו להקמת הסכר, מפלס הכנרת לא ירד מתחת לרום 212.50- מ'.
כמות המים השנתית הממוצעת הנכנסת לאגם נאמדת בכ־870 מלמ"ק, כאשר הנתון המקסימלי הוא 1538 מלמ"ק בעונת הגשמים 1968–1969, וכל 1.65 מלמ"ק קוב שווה ערך לעלייה של כסנטימטר במפלס הכנרת. ההתאדות השנתית הממוצעת מהאגם מסתכמת בכ־270 מלמ"ק, וכ־70 מלמ"ק גולשים לירדן הדרומי דרך סכר דגניה, בממוצע שנתי. שאיבת המים למוביל הארצי מסתכמת בכ־430 מלמ"ק, ושאיבה ישירה מהאגם לצרכנים וכן כמות מים המועברת למדינת ירדן על פי הסכם שנחתם עמה מסתכמת בכ־120 מלמ"ק נוספים. כמות המים המקסימלית הניתנת לשאיבה דרך המוביל הארצי בחודש היא 50 מלמ"ק. פתיחה מקסימלית של סכר דגניה מאפשרת הזרמה של כ־13.5 מלמ"ק ליום לירדן הדרומי, שהם כ־8 ס"מ ממפלס הכנרת. בחורף 1968–1969 שוחררו כ־900 מלמ"ק דרך סכר דגניה, על מנת למנוע את הצפת חופי הכנרת. פתיחה נוספת של סכר דגניה נעשתה בשנת 1992 וחורף שנת 2003/4 בעקבות כמות רבה של משקעים. ב־24 במאי 2013 נפתח סכר דגניה שוב במסגרת התוכנית לשיקום הירדן הדרומי מהכנרת ועד לאזור שפך נחל בזק.
הרוב המוחלט של מי הנגר העילי המגיעים לכנרת (כ־70% בממוצע בשנים 1975–2008) מגיעים מנהר הירדן, והשאר מנחלי רמת הגולן המתנקזים ישירות אל הכנרת (נחל משושים, נחל יהודיה, נחל דליות ונחל סמך) ומנחלי הגליל המזרחי המתנקזים ישירות לכנרת (נחל עמוד ונחל צלמון). בנוסף, הגשם הישיר על פני האגן והמעיינות מוסיפים ביחד כ־100 מלמ"ק. בניגוד לסברה רווחת, רק כעשרה אחוזים ממי הכנרת מגיעים מהפשרת שלגים בחרמון לאחר עונת הגשמים.
העלייה השנתית הממוצעת במפלס הכנרת עומדת על 157 ס"מ לשנה. העלייה היומית הגבוהה ביותר שנמדדה הייתה של 36 סנטימטר ב־23 בינואר 1969.
ריבוד בכנרת.
במשך חודשי הקיץ נוצרות בכנרת שכבות מים נפרדות בעקבות הפרשי טמפרטורה, תופעה הקרויה "ריבוד אגמים" או "ריבוד תרמי". כאשר השכבה העליונה (אפילמיניון) מתחממת בעקבות קרינת השמש המחממת את פני המים עד לעומק של כ־15 מטר ומביאה את המים עד לטמפרטורה של 25°–30° מעלות צלזיוס, ואילו השכבה התחתונה (ההיפולמיניון) נשארת קרה כמו טמפרטורת הימה בחורף (כ־15° מעלות). הבדלים אלו נגרמים בגלל צפיפות המים – מים חמים קלים יותר ממים קרים, ולכן עולים כלפי מעלה. בין שתי השכבות ישנה שכבת ביניים החוצצת ביניהם (מטלמיניון או תרמוקלינה) שעוביה נע בין 2–5 מטר. התרמוקלינה מתחילה להיווצר בחודש אפריל ומתייצבת באזור חודש מאי, ואז מתחילה לרדת בקצב של 3 סנטימטר ביום עד שהיא מגיע לעומק שבין 22–25 מטר. בין שתי השכבות יכולים להגיע הבדלי הטמפרטורות עד ל־15° מעלות.
בשל הניתוק בין השכבות נוצרת תופעה שבה רק החלק העליון של האגם מקבל חמצן בעקבות מגעו עם האוויר, ואילו החלק התחתון נטול חמצן לחלוטין במשך 8–9 חודשים, בתחילת החורף השכבה העליונה מתחילה להתקרר והבדלי הטמפרטורה והצפיפות קטנים עד שבתחילת ינואר משתוות הטמפרטורות של שתי השכבות ונוצר ערבול מלא של האגם עד לקרקעית במשך 3–4 חודשים (היפוך), בזמן ההיפוך חמצן מגיע לכל חלקי האגם.
אגם הכנרת הוא אגם מונומקטי חם כלומר בעל היפוך אחד בשנה.
הכנרת כמקור מים של מדינת ישראל.
הכנרת סיפקה בעבר כרבע מכמות המים השנתית הנצרכת בישראל. בשל חשיבות זו, מפלס הכנרת ואיכות המים, מעוררים עניין רב בציבור בישראל. מקורות הכנרת היו מקור לעימות צבאי בין ישראל לסוריה שכונה המלחמה על המים. כיום מספקת הכנרת בין 2 ל-13 אחוזים בלבד מתצרוכת המים, מחד גיסא בשל ירידת המפלס בעקבות רצף שנות בצורת, ומאידך עקב הקמת מפעלי התפלה רבים על חוף הים התיכון.
מפלס.
לצורכי ניהול אגם הכנרת נקבעו לאגם "קו אדום עליון" – מפלס מקסימלי שאסור לעבור היות שבמקרה של גאות ישנה סכנת הצפה לאתרים מסביב לאגם, ו"קו אדום תחתון" שמתחתיו אסור לשאוב עקב סכנה לפגיעה במערכת האקולוגית ובאיכות המים. הקווים עוגנו בתקנות ובצו, בעקבות חורף סוער בצפון הארץ (חורף 1968–1969) שהביא לספיקות שיא בנחלים הזורמים אל הכנרת, ולעליית מפלס חריגה שהובילה לנזקים לאורך חופי הכנרת. הקו האדום העליון נקבע לרום של 208.9 מטרים מתחת לגובה פני הים (מאוחר יותר שונה ל־208.8) והקו האדום התחתון נקבע ל־212 מטרים מתחת לגובה פני הים.
בעקבות 3 שנות בצורת רצופות בשנים 1989–1991 נשבר שיא חדש של המפלס הנמוך בכנרת. אך בעקבות חורף 1991/92 המאוד גשום, מפלס הכנרת עלה ב-4 מטרים ונפתח סכר דגניה.