בתקופה זו נהרגו בשדות הקרב מעל 22,000 איש, מתוך אוכלוסייה של כמיליון וחצי.
לאלה יש להוסיף אלפים רבים (יש הערכות שנעות בין 6,000 ל-16,000) שחוסלו או הוצאו להורג במהלך 22 שנות שלטונו של רוסס בבואנוס איירס.
בנוסף - נהרגו אינדיאנים רבים במערכות של רוסס נגדם בפמפה.
עד לקרב ספדה נהרגו ככל הנראה כ-400 איש במלחמות אזרחים.
לאחר קרב קסרוס.
אורקיסה מינה כמושל את ויסנטה לופס אי פלאנס (Vicente López y Planes) ששימש בעבר כמחליפו של ריוודוויה כנשיא למשך מספר ימים ומוכר כמחבר מילות ההמנון הלאומי.
בתקופה שלאחר הדחת רוסס שבו גולים רבים לבואנוס איירס, שיהיו חלק מדור המנהיגים הבא.
רבים מהמושלים המזוהים עם רוסס - הודחו: בחוחוי חוסל מריאנו איטורבה (Mariano Iturbe) במאי 1852, בסלטה הודח חוסה מנואל סראוויה (José Manuel Saravia), בקורדובה הודח מנואל לופס (Manuel López), ובמנדוסה חזר לתפקידו כמושל פדרו פסקואל סגורה (Pedro Pascual Segura) שהודח שנים מספר לפני כן בידי מושל סן חואן ומבעלי בריתו של רוסס - נסאריו בונאווידס (Nazario Benavídez).
אורקיסה הזמין את נציגי הפרובינציות לסן ניקולאס דה לוס ארוז'וס, שם נחתם הסכם סן ניקולאס ב-31 במאי 1852 לגבי כינוס קונגרס חוקתי, ומינויו של אורקיסה כדירקטור זמני של הקונפדרציה.
במהלך ההתכנסות, נסאריו בונאווידס - מושל טוקומן - וסלדוניו גוטיארס (Celedonio Gutiérrez) - מושל טוקומן, הודחו בהיעדרם. בונאווידס שב בקלות לתפקידו, אך גוטיארס נאלץ להשתמש בכוח לשם כך.
מספר חודשים לאחר מכן הודח בנחמין וירסורו (Benjamín Virasoro) - מושל קוריינטס - בידי חואן פוחול (Juan Pujol) ממקורביו של אורקיסה.
רק בארבע פרובינציות המושלים לא התחלפו בעקבות אירועי 1852: סנטיאגו דל אסטרו, לה ריוחה, סן לואיס ואנטרה ריוס (אורקיסה עצמו).
התקפות ליברליות בצפון.
גוטיארס - מושל טוקומן - פלש לקטמרקה והוביל להפיכה בינואר 1853 בה הודח המושל מנואל אספינוסה (Manuel Espinosa).
באוקטובר 1853, גוטיארס פלש לסנטיאגו דל אסטרו וכבש אותה ללא קרב, אלא שאז האחים אנטוניו ומנואל טובאדה (Antonio y Manuel Taboada) - מהבולטים בקאודיז'וס של סנטיאגו דל אסטרו - כבשו את טוקומן, וגוטיארס נאלץ לסגת כדי לכבוש אותה חזרה, אך לבסוף הובס בידיהם ב-25 בדצמבר 1853 ונאלץ לגלות לבוליביה.
את השלטון תפס חוסה מריה דל קמפו (José María del Campo) שרדף את הפדרליים, ואסר וחיסל רבים מהם.
מנואל טובאדה הנהיג בצפון מערב ארגנטינה ברית של מושלים "ליברלים" בטוקומן, סלטה וסנטיאגו דל אסטרו, שהיוו אופוזיציה לאורקיסה.
בקוריינטס הייתה שורת ניסיונות להדיח את המושל חואן גרגוריו פוחול (Juan Gregorio Pujol), מתומכי אורקיסה שתפס את השלטון בפרובינציה בעקבות ניצחונו, שנכשלו.
הקונפדרציה ומדינת בואנוס איירס.
ההתקוממות בבואנוס איירס.
בית הנבחרים של בואנוס איירס, בהשפעתו של ברטולומה מיטרה (Bartolomé Mitre) - לימים מושל הפרובינציה ונשיא הרפובליקה - דחה את הסכם סן ניקולאס בתואנה שלמושל בואנוס איירס, ויסנטה לופס אי פלאנס (Vicente López y Planes), לא הייתה סמכות לחתום עליו בשם הפרובינציה, ושהסמכויות שהוקנו לאורקיסה היו מוגזמות.
הסיבה האמיתית להתנגדות הייתה הייצוג השווה לפרובינציות בקונגרס שהיה מוטה לרעת בואנוס איירס ומנע ממנה להשפיע על קבלת ההחלטות כבקונגרסים הקודמים.
אורקיסה הגיב בפיזור בית הנבחרים, סגירת העיתונים של האופוזיציה, ומינה עצמו כמושל; צעד חסר תקדים מבחינת ההתערבות הפדרלית.
כשאורקיסה עזב את בואנוס איירס פרצה שם הפיכת 11 בספטמבר 1852: בית הנבחרים התכנס חרף פיזורו, ובחר במנואל גיז'רמו פינטו (Manuel Guillermo Pinto) כמושל, ולאחר מכן בוולנטין אלסינה (Valentín Alsina).
לאחר מכן אורגנו שלושה צבאות: אחד בסן ניקולאס דה לוס ארוז'וס בפיקוד הגנרל פס נועד לפלוש לסנטה פה, ועוד שניים שפלשו לאנטרה ריוס והובסו מהר מאור.
רוב הקצינים היו מצבאו של רוסס, והם התקוממו בסוף נובמבר 1852 נגד הממשל של בואנוס איירס שהיה בידי האוניטרים; והטילו מצור על העיר.
ניסיון של האוניטרים לארגן את הפרובינציה נגד אנשי רוסס הצרים הסתיים בתבוסה בקרב סן גרגוריו (San Gregorio).
אורקיסה הצטרף למצור, אך בשל התמשכותו - סבלנותם של החיילים פקעה, יחידות מבואנוס איירס ערקו לצד הנצורים, ובנוסף - מפקד הצי של אורקיסה שהטיל סגר על הנמל - שוּחד והעביר את הצי לידי בואנוס איירס; ואורקיסה נאלץ להסיר את המצור ביוני 1853.
מאז מדינת בואנוס איירס נותרה נפרדת מהקונפדרציה הארגנטינאית, ופרסמה חוקה משל עצמה שפתחה פתח להכרזת עצמאות.
אורקיסה עצמו נבחר לנשיא ארגנטינה (ללא מדינת בואנוס איירס) ללא התנגדות.
פלישות פדרליות לבואנוס איירס.
רוב הפדרליים היגרו מבואנוס איירס לפרנה (אנטרה ריוס), רוסריו (סנטה פה) ומונטווידאו (אורוגוואי); ומשם תכננו לשוב לפרובינציה בכוח הזרוע.
בינואר ובנובמבר 1854 נעשו שני ניסיונות שונים לפלוש לבואנוס איירס שנכשלו.
בדצמבר 1855 נעשה ניסיון נוסף: חוסה מריה פלורס (José María Flores) נחת בצפון מערב הפרובינציה במקביל לכוח משימה אחר.
המושל פסטור אובליגאדו (Pastor Obligado) קבע שמדובר בפושעים שאינם זכאים לכבוד הראוי לאנשי צבא, ושיש לחסלם ללא משפט; וכך קרה לאחר שהובסו ב-31 בינואר בסן חוסטו (San Justo) בידי אמיליו קונסקה (Emilio Conesa) ונכנעו.
חרף הדרישה לנקמה, אורקיסה העדיף להיות זהיר ולא להיגרר אחר הגולים מבואנוס איירס; וכך נשמר השקט בין בואנוס איירס לקונפדרציה למשך מספר שנים.
בשנים הבאות שרר שקט בליטורל, אך בואנוס איירס התערבה במהפכה של 1858 באורוגוואי ופלשה לשם, והפעם זה הסתיים בטבח של הפולשים והמורדים בהוראת נשיא אורוגוואי - גבריאל אנטוניו פריירה (Gabriel Antonio Pereira) - במה שנודע כטבח קינטרוס (Masacre de Quinteros) על שם המקום בו הוצא אל הפועל.
בעקבות כך חלה התקרבות בין בואנוס איירס לגולים במונטווידאו בחיפוש אחר נקמה.
אי סדר בקוז'ו.
השקט שהושג לאחר כה הרבה שפיכות דמים לא ארך זמן רב, ואי הסדר החל בלה ריוחה בה הגנרל אל-צ'אצ'ו (אנחל ויסנטה פניילוסה Ángel Vicente Peñaloza) הדיח ב-1848 את המושל ויסנטה מוטה (Vicente Mota) ומינה במקומו את מנואל ויסנטה בוסטוס (Manuel Vicente Bustos).
באפריל 1857 הודח מושל סן חואן נסאריו בונאווידס (Nazario Benavídez), ובמקומו נבחר מנואל חוסה גומס רופינו (Manuel José Gómez Rufino) האוניטרי על דעתו של אורקיסה, ובונאווידס המודח קיבל כפיצוי תפקיד בצבא הקונפדרציה.
גומס, המושל, חשד שבונאווידס עדיין חותר תחתיו, עצר אותו והורה על חיסולו באוקטובר 1858 בטרם יגיעו תומכיו לשחררו.
בתגובה נשלח כוח מצבא הקונפדרציה בפיקוד חוסה אנטוניו וירסורו (José Antonio Virasoro) להתערב שם בנעשה, והוא נבחר מאוחר יותר כמושל.
פניילוסה קיבל דרגת גנרל ואת הפיקוד על הדיוויזיה המערבית של צבא הקונפדרציה שעליה פיקד קודם הרצחו - בונאווידס.
קרב ספדה (1859).
לאחר כישלון הפלישות למדינת בואנוס איירס, אורקיסה פתח איתה במשא ומתן לגבי שיתוף פעולה אך נכשל גם כן. האלימות בבחירות בבירה הבטיחה את בחירתו של ולנטין אלסינה (Valentín Alsina) האוניטרי, ומבחינה כלכלית מצבה היה טוב לאין ערוך משל הקונפדרציה.
הקונגרס הסמיך את ידיו של אורקיסה להשתמש בכוח נגד בואנוס איירס אם תעמוד בסירובה להצטרף לקונפדרציה, ושני הצבאות החלו להתחמש, כשבראש הכוח מבואנוס איירס עומד ברטולומה מיטרה (Bartolomé Mitre) שהחל לנוע צפונה, והצי של בואנוס איירס מטיל סגר על פרנה - בירת הקונפדרציה. באוקטובר 1859 הצי של הקונפדרציה פרץ את הסגר, ועגן מול בואנוס איירס.
ב-23 באוקטובר 1859 פרץ קרב ספדה (Cepeda) השני: צבא הקונפדרציה היה גדול יותר (14,000 מול 9,000), אך צבא בואנוס איירס מצויד טוב יותר. חרף האבדות הגדולות יותר - הקונפדרציה ניצחה ומיטרה נסוג לכיוון בואנוס איירס.
אורקיסה התקדם לכיוון העיר, אך לא ניסה לכבוש אותה אלא חנה בסמוך אליה, המושל אלסינה התפטר, והתנהל משא ומן שבסופו נחתם הסכם סן חוסה דה פלורס ב-11 בנובמבר 1859:
זמן קצר לאחר מכן סיים אורקיסה את כהונתו, וסנטיאגו דרקי (Santiago Derqui) נבחר כנשיא.
מלחמת אזרחים בקוז'ו ובקורדובה.
בסן חואן לא התלהבו מהמושל חוסה אנטוניו וירסורו (José Antonio Virasoro) שמשל בחסות צבא הקונפדרציה, והוא נחשב לעריץ. דומינגו פאוסטינו סרמיינטו (Domingo Faustino Sarmiento) - יליד סן חואן ולימים נשיא ארגנטינה - קרא מבואנוס איירס להדחתו ולחיסולו של וירסורו, וכך אמנם נעשה בנובמבר 1860 על ידי קצינים אוניטריים שפרצו לביתו ורצחו אותו וכמה מבני משפחתו. במקומו נבחר אנטוניו אברסטיין (Antonino Aberastain).
הנשיא סנטיאגו דרקי (Santiago Derqui) הורה להתערב, ומינה כמפקד המשימה את מושל סן לואיס - הקולונל חואן סאה (Juan Saá) שדרש את הסגרת הרוצחים וכינוס הרשות המחוקקת. אברסטיין דחה את הדרישה, ובקרב רינקונאדה דל פוסיטו (Rinconada del Pocito) ב-11 בינואר 1861 הוא הובס, נלקח בשבי, והוצא להורג.
הקולונל סאה נאלץ לשוב לסן לואיס מפני שהאוניטרים ניצלו את העדרו כדי להדיחו, והם נמלטו לקורדובה.
מושל קורדובה מאז 1858 היה מריאנו פראגיירו (Mariano Fragueiro) האוניטריסט שנבחר שוב ב-1860, אך לאחר הפיכה צבאית העדיף להתפטר ולהעביר את המושכות לפליקס דה לה פנייה (Félix de la Peña) שחבר לממשל בבואנוס איירס בהתנגדותם לנשיא דרקי ותמך באופוזיציה האוניטרית בסן לואיס.