גרנט המשיך להתיש את כוחותיו של לי, ושיחות שלום החלו. לינקולן סירב להכיר במדינות הקונפדרציה כשוות אליו- מטרתו הייתה לסיים את הקרבות. ב-1 באפריל 1865, כוחותיו של גרנט ניצחו באופן סופי את כוחותיו של לי, וממשלת הקונפדרציה נטשה את ריצ'מונד. כעבור כמה ימים, ביקר לינקולן בעיר. הלבנים הביטו עליו בזעם, אולם העבדים המשוחררים קיבלו אותו כגיבור. ב-9 באפריל, לי נכנע בפני גרנט.
מינויים לבית המשפט העליון.
לינקולן הושבע לנשיאות בידי נשיא בית המשפט העליון רוג'ר טוני אשר היה תומך העבדות מטעם המפלגה הדמוקרטית. לאורך נשיאותו של לינקולן התנגד טוני למדיניותו במסגרת מלחמת האזרחים ולהרחבת הסמכויות הנשיאותיות בידיו. אף על פי כן, טוני נשאר נאמן לאיחוד לאורכה של המלחמה והמשיך לכהן בתפקיד נשיא בית המשפט העליון עד למותו בשנת 1864. לאחר פטירתו של טוני מינה לינקולן את סלמון צ'ייס מהמחנה הרדיקלי במפלגה הרפובליקנית לנשיא בית המשפט העליון החדש. צ'ייס שינה לגמרי את מדיניות בית המשפט העליון והחל לפעול לביטול החקיקה שמנעה זכויות אזרח מאפרו-אמריקאים. אחת מההחלטות המוקדמות שלו הייתה לאפשר למשפטנים אפרו-אמריקאים להופיע בפני בית המשפט העליון. צ'ייס היה נשיא בית המשפט העליון הראשון מטעם המפלגה הרפובליקנית. במהלך נשיאותו מינה לינקולן את נוח סוויין, סמואל מילר, דייוויד דייוויס וסטיבן פילד לשופטים בבית המשפט העליון.
הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1864.
בעת המלחמה, נאלץ לינקולן לנסות להיבחר שוב. לינקולן שלט במפלגה הרפובליקנית, והחליט לצרף דמוקרטים שתמכו במלחמה, כאנדרו ג'ונסון, אליה. הוא השיג תמיכה במדיניותו ומנע ניסיון של הרפובליקנים הרדיקלים להדיחו. המפלגה בחרה בג'ונסון כסגנו של לינקולן, והמפלגה קראה לעצמה "מפלגת האיחוד הלאומי". המצע של המפלגה קרא להמשך המלחמה עד לכניעת הקונפדרציה בכניעה ללא תנאי, תיקון חוקתי לביטול העבדות, תמיכה ממשלתית בחיילי האיחוד שנפצעו במלחמה, המשך קידום דוקטרינת מונרו למניעת דריסת רגל אירופאית ביבשות אמריקה, טיפוח של הגירה לארצות הברית ובניית תשתיות ובהם מסילת רכבת בין-יבשתית מהאוקיינוס האטלנטי ועד לאוקיינוס השקט. במטרה להדגיש את האחדות הלאומית, אנדרו ג'ונסון מונה למועמד לסגן הנשיא תחת לינקולן.
במהלך הקרבות הקשים של גרנט, רבים פקפקו ביכולתו של לינקולן לנצח בבחירות, מכיוון שאזרחים רבים באיחוד מאסו במלחמה הממושכת. אף על פי שהצפון היה בסדרת ניצחונות צבאיים באותה העת, הנהגת הקונפדרציה סירבה להעלות על הפרק אפשרות של כניעה ולכן עלתה הטענה האזרחית בצפון כי המלחמה הופכת להקזת דמים אין-סופית. הוא עצמו נשבע שינצח את הקונפדרציה לפני שיעזוב את הבית הלבן. קולות מתוך המפלגה הרפובליקנית, כגון הוראס גרילי וסלמון צ'ייס התפרקו מתוך המפלגה והקימו את "המפלגה הרדיקלית של הדמוקרטיה" שנקטה בקו חריף נגד הקונפדרציה והתנגדו לשיקום של הדרום בסיומה של המלחמה. חברי המפלגה החדשה כונו "רפובליקנית רדיקלים". הרדיקלים מינו את ג'ון פרימונט למועמד הנשיאות מטעמם ואת הגנרל ג'ון קוקרן () למועמד סגן הנשיאות. תנועת "הרפובליקנים הרדיקלים" נוסדה בתגובה ל"מפלגת האיחוד הלאומי" אך במהלך הבחירות ג'ון פרימונט העניק תמיכה פוליטית ללינקולן מחשש שהקרע בתוך הרפובליקנים יוביל לניצחון הדמוקרטים.
המצע הדמוקרטי, שתמך בסיום המלחמה וראה בה כישלון, לא קסם למועמד המפלגה, ג'ורג' מקללן. לצד מקללן תומך המלחמה מונה ג'ורג' פנדלטון מתנגד המלחמה למועמד לסגן הנשיאות. המטרה במינוי תומך ומתנגד למלחמה נועדה כדי למנוע קרע בתוך שורות המפלגה הדמוקרטית. לינקולן סיפק לגרנט עוד חיילים והתמיכה בגרנט גברה. לאחר שאטלנטה נפלה לידי כוחות האיחוד בפיקודו של ויליאם שרמן, התמיכה במלחמה גברה. דמוקרטים רבים תמכו בלינקולן, וגם רוב החיילים תמכו בו. כשהתבררו התוצאות כמה ימים לאחר ה-8 בנובמבר, נתברר כי לינקולן קיבל את מירב הקולות – שני מיליון ו-200 אלף. באספת הבוחרים קיבל רוב גדול יותר, וחוץ מקנטקי, דלאוור וניו ג'רזי הוא זכה בכל המדינות, מה שזיכה אותו ב-212 קולות מול 21. לינקולן היה הנשיא הראשון בתולדות המדינה להיבחר לקדנציה שנייה מאז אנדרו ג'קסון במהלך הבחירות בשנת 1832. 73.8 אחוזים מכלל תושבי האיחוד שלהם הייתה הזכות להצביע הצביעו במהלך מערכת הבחירות בשנת 1864.
ב-4 במרץ 1865 הושבע לינקולן לנשיאות בשנית. את נאומו הוא פתח במילים אלו: "בני ארצי! זו הפעם השנייה הריני בא להישבע אמונים ולקבל עלי את משרת הנשיאות. עתה אין משמעות כה רבה לנאום מפורט כבפעם הראשונה..." בהמשך דבריו אמר: "התקדמותנו הצבאית, בה תלוי עתה הכול, ידועה לכולכם היטב לא פחות משהיא ידועה לי, והריני מאמין כי יש בה כדי להשביע רצון ולעודד. תקוותנו לעתיד רמה ואין צורך לנבא על כך..." וסיים: "ללא רגשות שנאה כלפי איש, תוך רחמים כלפי הכול ואמונה בצדקתנו, כאשר נתן לנו להבינה, נוסיף לחתור במלוא התוקף לסיום המלאכה בה אנו עוסקים, לחבוש את פצעי האומה, לדאוג לאלה אשר נשאו את עול המלחמה על שכמם לאלמנותיהם ויתומיהם, ולעשות הכול להשגתו והתמדתו של שלום צודק ונצחי לנו ולכל העמים".
הנשיאות לאחר בחירות 1864.
תקופת השיקום וביטול העבדות.
לינקולן ועוזריו נאלצו לטפל במדינות הדרומיות הכבושות, ולהתעסק בשאלת מנהיגי הקונפדרציה והעבדים המשוחררים. לאחר שלי נכנע, טען לינקולן שאין להפעיל יד קשה כלפי אנשי הקונפדרציה. הוא הוביל קו מתון, שאליו התנגדו הרפובליקנים הרדיקלים ובראשם תדיאוס סטיבנס. לינקולן לא רצה לפגוע בדרום, דרש בחירות מהירות באזורים והעניק חנינה למורדים רבים שנשבעו אמונים. לינקולן מינה את ג'ונסון למושל צבאי בטנסי, והציע שעשרה אחוזים מהאוכלוסייה בלבד תיאלץ להישבע אמונים למדינה כדי לחזור להיות מדינה. הרפובליקנים הרדיקלים דרשו קו קשה יותר, ומנעו מנציגי קונגרס מהמדינות הכבושות לתפוס את מקומם.
לאברהם לינקולן היה חלק חשוב בהעברת התיקון ה-13 לחוקת ארצות הברית שביטל את קיומה של העבדות בכל המדינות וכיום אוסר על קיומה. התיקון אושר בסנאט ב-8 באפריל 1864, ובבית הנבחרים ב-31 בינואר 1865.
לשם העברת התיקון המוצע נדרש אישור של שלושה רבעים מהמדינות. לאחר שבאפריל 1864 נדחתה הצעת התיקון לחוקה, ביקש הנשיא מהקונגרס בנאומו השנתי בדצמבר באותה שנה להעלות את ההצעה להצבעה חוזרת. בסוף ינואר 1865 עלתה הצעה עוד פעם, ולאחר עבודה מאומצת מאחורי הקלעים עלה בידי לינקולן להעבירה ברוב קטן, כאשר 120 קולות היו בעד, 56 נגד, ו-8 נמנעים, כלומר ברוב של שלושה קולות בלבד.
עניינים אחרים.
לינקולן תמך בגישה הוויגית, שנתנה לקונגרס זכות לחוקק חוקים ולו לאכוף אותם. הוא ביטל רק ארבעה חוקים של הקונגרס, ואחד מהם היה חוק שיקום קיצוני. הוא חתם על חוק לחלוקת אדמות בחסות הממשל במערב המדינה. בנוסף הוא נתן מענק להקמת אוניברסיטאות לחקלאות במדינות. הוא חוקק חוק שנתן מימון ממשלתי למסילת רכבת מהמזרח למערב, שבנייתה הסתיימה ב-1869. העברת החוקים התאפשרה בשל היעדרות הדרום.
כדי להעלות את הכנסות הממשלה, העלה לינקולן מכסי מגן והטיל מס הכנסה חדש. המס הטיל מס של שלושה אחוזים על הכנסות מעל 800 דולרים (כיום 21,100 דולרים), ולאחר מכן הפך אותו למס פרוגרסיבי.
לינקולן תמך בהרחבת המעורבות הכלכלית של הממשל. הוא יצר בנק לאומי ויצר משרד חקלאות לאומי.
לינקולן אחראי להפיכת חג ההודיה לחג לאומי. לפני נשיאותו, החג היה חג אזורי בניו אינגלנד. ב-1863, הכריז לינקולן שחג ההודיה יחול ביום שלישי האחרון של חודש נובמבר. ב-30 ביוני 1864 חתם על חוק, המקנה למדינת קליפורניה את הזכות לקבל לידיה את עמק יוסמיטי, ולהקים בו אזור פתוח לציבור, מה שהפך לימים לפארק הלאומי יוסמיטי.
סוף המלחמה.
ב-9 באפריל 1865 הודיע המצביא גרנט לנשיא על כניעתו של רוברט לי מפקד כוחות הדרום, לפי תנאיו של גרנט. הובטחה לו ולחייליו חנינה והאפשרות לחזור לבתיהם, יחד עם נשקם וסוסיהם. תנאים אלו היו לפי הוראותיו הנדיבות של הנשיא, ועל פי רצונו. הוא לא היה מרוצה מכך שכמה מחברי מפלגתו הציעו ביצוע פעולות נקם כנגד הדרום. נציגי מדינות הדרום שהוקמו על ידו מחדש לא הורשו לחזור לתפוס את מקומותיהם בקונגרס. נשמעו דיבורים על שלילת זכויות בחירה ויחס אל מדינות הדרום כאל שטחי כיבוש.
מטחי תותחים ירו עם שחר בוושינגטון הבירה, עיתוני הבוקר הודיעו בכותרות גדולות על הידיעה המשמחת, עסקים שבתו, דגלים נתלו על הבתים והמונים יצאו לרחובות, מתאספים לפני הבית הלבן. לינקולן הופיע בחלון, ובנו טד, נפנף בשמחה בדגל דרומי שבוי. הנשיא, שהיה מרוצה אך עייף מאוד, דחה את נאומו לליל המחרת. בנאומו למחרת בלילה דיבר הנשיא על פייסנות וסליחה למדינות הדרום. עתה נתכוון הנשיא לאחד את העם תחת ממשלת שלום יציב ובטוח, ולשקם את המדינה מהריסות ונזקי המלחמה.
ההתנקשות.
ב-14 באפריל 1865, ימים ספורים לאחר כניעת כוחות הדרום, ישב הנשיא בתא הנשיאותי בתיאטרון פורד שבוושינגטון וצפה בהצגה "בן דודנו האמריקני". מתנקש חדר לתא הנשיאותי, ירה בראשו של הנשיא, וקפץ אל הבמה תוך כדי שהוא שובר את רגלו. הוא צעק בלטינית: "Sic semper tyrannis" (כך תמיד לרודנים), על פי גרסה אחרת צעק: "זוהי נקמת הדרום". בחסות המהומה שהתפתחה הוא נמלט מהמקום.
לינקולן נפצע קשה ונכנס לתרדמת. הוא הועבר אל בית פרטי – בית פטרסן, שעומד מול תיאטרון פורד. רופאים, שרים, חברי קונגרס ופקידי ממשלה מילאו את החדר הקטן בו שכב. מזמן לזמן נתנו לו הרופאים סמים מעוררים והחליפו לו תחבושות להקל על הלחץ מעל מוחו. לאט לאט נחלשה נשימתו, ובשעה 07:22 בבוקר ב-15 באפריל 1865 הוא מת.