בשנותיו הראשונות של נאסר א-דין שאה קאג'אר בשלטון, רוב הסמכות ניתנה בידי השאה הצעיר לשר הראשון, מירזא תאקי ח'אן, שנודע בכינוי "אמיר כביר". אחד האירועים החשובים ביותר בתקופת אמיר כביר היה המרד של חסן ח'אן סלאר, בנו של ח'אן אסיף אל-דולה, השר הראשי בתקופת כהונתו של פתח' עלי שאה, שהתמרד לאחר תום שלטונו של מוחמד שאה בטענה לכתר. אמיר כביר שלח את המפקד הצבאי מוראד מירזא חסאם אל-סלטאנה כדי לדכא את המרידה, שאחרי שלוש שנות מאבק הסתיימה לבסוף בחיסולו של סלאר ובהסדר שלטונו של נאסר א-דין. כמו כן, בתקופה זו דוכאו מנהיגי הבאביזם והבאב עצמו הוצא להורג בידי כיתת יורים לפי פקודתו של השאה.
כאשר הגיעו אמיר כביר ונאסר א-דין לטהראן עבור הכתרתו של השאה החדש, הם מצאו את הצבא הפרסי מוזנח לנוכח קיצוצים בתקציב. אמיר כביר, שהיה בעצמו מפקד צבאי במהלך עברו, העביר תקציב צבאי נרחב שהוביל לחלוקה צבאית מחודשת, הבאת יועצים צבאיים מאירופה עבור הפיקוד הפרסי ותמיכה בפריחתה של תעשיית המלחמה. השאה הורה להסיר תוארי כבוד מרובים בעת ההתכתבויות רשמיות, ולפי פקודתו אפילו הוא כונה בתואר הפשוט 'כבוד מעלתו'. אמיר כביר גם ניסה למנוע הונאות כספיות בחצר המלוכה ופעל להסדיר את הכנסות של בירוקרטים ועובדי ממשלה בכלל בכדי להפחית הוצאות.
אמיר כביר ניסה נוסף על כך להסדיר סמכות שלטונית על טהראן בכדי לקבוע את התפתחות הבירה, בהקשר זה החל לבנות שני שווקים (באזארים) חדשים בתוך העיר. הוא גם דאג לניקיון המרחצות ותכנן תשתית שנועדה לשאוב חלק ממי נהר קראג' לשתיית תושבי טהראן, תשתית אשר ננטשה בסיום שלטונו.
פעולותיו של אמיר כביר, שהיו לטובת ההמונים האיראניים ולרעת נסיכים, אצילים, מולאים ומקורבי ממשל אחרים, עוררו את כעסם של קבוצות אלה, ומאחר ואמיר מנע פעמים רבות את ההתערבות של המעמדות העליונים בהליך הממשל, כלל ההנהגה המדינית התכנסה סביבו. יועץ השאה מהד אוליה ניסה להחליף את אמיר כביר במירזא א'עא ח'אן נורי, שהיה אז שר החלוקה המדינית. אז פעל מהד, בתמיכת ג'האן חאנום, לשכנע את נאסר א-דין להדיח את אמיר, אם כי השאה הצעיר התנגד בתחילה לבקשתו. אט עם הזמן, החל משנת 1850, חל קרע בין השאה לאמיר כביר, והשאה נעשה חשדן כלפי השר הראשי של ממשלתו. חילוקי דעות התגלעו בין השאה לאמיר. למשל, פעם השאה שלח את אחד מאחיו הצעירים למשול בקום, אך האמיר החזיר אותו לטהראן, והשאה, בזעם על כך ששרו המרה את פיו, החזיר את אחיו לקום. דרך קרע זה הדיח השאה את אמיר כביר מהכס ומינה אותו לשלוט בכאשאן; אך זמן קצר לאחר ששגריר רוסיה נקט בפעולה צבאית לכאורה לטובת אמיר כביר, נאסר א-דין שאה, שנבהל מהמהלך, שלח את עמיר לכלא באג'ה סנפיר בכאשאן, וזמן קצר לאחר מכן אמיר כביר נרצח בפקודת השאה.
חיסולו של אמיר כביר התרחש בינואר 1852. לאחר רצח אמיר כביר, נחישותו של נאסר א-דין הצעיר לשנות את המנגנון הממלכתי של השושלת הקאג'ארית לא חזר על עצמו, אך הוא גרם לנאצר אלדין שאה להתעניין במידת מה ברפורמה שיבצע בצורה עצמאית, כל זאת בכדי למנוע גורם סמכותי בממשל שיאיים על מעמדו. מדיניות החוץ ומדיניות הפנים של נאסר א-דין שאה בשנים הבאות שלאחר מכן, הושפעה במידה רבה מהמדיניות של אמיר כביר.
רדיפת הבאביזם.
עם עלות השחר בבוקרו של יום שישי, 30 באוגוסט 1856, כאשר נאסר א-דין שאה היה בדרכו לציד מחוץ לארמון הקיץ של ניוואראן, קבוצת צעירים שפעלו בחסותו של שייח' עלי עזים, תקפה את השאה במרחק קצר מהארמון. הם עתרו להתקרב לפמילייה של השאה, שבה נכללו אנשים ספורים בלבד שנעו על רגליהם ללא סוסים או מרכבות, ודרשו פיצוי בגין הפגיעה המרה שנעשתה לדתם לאחר ההתנקשות בסייד עלי מוחמד שיראזי, הבאב. שלושה מהם ירו שלושה חצים, בהתאמה, מהם החץ השני פגע בנאסר א-דין. בהתכתשות, שומרי השאה הרגו את אחד התוקפים ועצרו שניים אחרים.
ג'האן חאנום חשדה בבנה השאה שהוא מתכנן להתנקש בחיי השר הראשי מירזא אע'א ח'אן נורי, ומירזא אע'א ח'אן נקט נמרצות בכדי לזכות את עצמו מהכפשות והשמצות על שהיה מעורב בניסיון ההתנקשות בכך שהורה על דיכוי וסדרת עצירות נרחבות של תומכי הבאב. היו תומכי באב שנתפסו בידי הרשויות הרוסיות בניסיום לברוח דרך הגדול ולאחר מכן, חלק מאותם עצורים הועברו לידי הרשויות הפרסיות.
נאסר א-דין ספג רק פצעים שטחיים בניסיון חיסול זה, אך הורה לטבח בכל תומכי הבאב. מאמינים באבים רבים, ואפילו אלה החשודים בהיותם באבים, עונו והוצאו להורג באכזריות בטיהור פוליטי אלים שהוצא לפועל בהנהגתם של האולמה, פקידי הממשל, הנסיכים הקאג'ארים, בירוקרטים ואנשי עסקים רבים. כדי להפחית את הסבירות לפעולת תגמול מצד הבאבים, הורה מירזא אע'א ח'אן נורי לחלק את הקורבנות בין קבוצות שונות, כמו אנשי הצבא, האצילים המלומדים והתלמידים (רבים מאלו שהוצאו להורג התלמדו בבית המדרש דאר א-פונון), כך שהאחריות לאירוע תתחלק בין כיתות מבצעיו. כמה אלפי אנשים נהרגו בטבח.
נאסר א-דין שאה, שאיבד את נסיך הכתר הראשון שלו, הסולטאן מחמוד מירזא, עקב פטירתו בגיל ינקות בשנת 1849, בחר בבנו השני, סולטאן מוין א-דין מירזא לנסיך הכתר; אף על פי כן, בשל גילו הצעיר של מוין א-דין מירזא, הוא לא יכול היה להיות שאה עצמאי אילולא נאסר א-דין היה נהרג. שגרירי רוסיה ובריטניה בטהראן העריכו כי אחיו של נאסר א-דין, עבאס מירזא, היה ראוי ומתאים לרשת את המלוכה. בשעה זו ניצלו השאה ואמו ג'האן חאנום (שלא הייתה אם ביולוגית לעבאס מירזא) את ההזדמנות לחסל את עבאס מירזא, וזמן מה לאחר ניסיון ההתנקשות האשימו את האחרון על שהיה מעורב בפרשה. על מנת להעניש את עבאס מירזא, השאה החליט תחילה לעוור אותו, אך באזהרת השגרירים הרוסיים והבריטים הוא הסכים לכלוא אותו. לפי תרבות הממשל הפרסית, נאסר על עיוורים לרשת את כתר המלוכה הפרסי.
שאלת הראת והמאבק בבריטניה.
בתחילת שנות ה-50 של המאה ה-19, הענקת התמיכה של ממשלת בריטניה באישים פרסים משפיעים לצד ההתערבות התכופה של שגרירים בריטים בענייניה הפנימיים של פרס, גרמו לנאסר א-דין שאה לחשד יותר ויותר כלפי אותה ממשלה בריטית. האידיאלים שבהם דגל המחנך מירזא מאלכ ח'אן, המתרגמן המיוחד של השאה ואחד ממורי בית המדרש של דאר א-פונון, השפיעו גם על שכנוע השאה להתנגד להשפעה הבריטית. בסופו של דבר, העניקה השגרירות הבריטית בטהראן חסות ליריבו הפוליטי של נאסר א-דין שאה, מירזא האשם נורי בשנת 1856, משבר דיפלומטי שנוצר מהדבר הוביל לניתוק היחסים בין שתי המדינות. האשם נורי לקח איתו לשגרירות גם את אשתו פרווין חאנום, אחותו של טאג' אל-דולה (אחת מנשותיו הנשואות של השאה).
בני הזוג התגוררו במושב מיוחד בגולחאק זמן רב ליד מושבו הרשמי של השגריר הבריטי. תקרית זו הובילה לשמועות נרחבות בטהראן על הרומן הסודי של פרווין ח'אנום עם השגריר הבריטי. למרות האזהרה של השגריר, נאסר א-דין לא נרתע והשתלט על השגרירות הבריטית בטהראן, מהלך שהוביל לניתוק הקשרים הדיפלומטיים הרשמיים ולהנפת דגל פרס מעל בניית השגרירות הבריטית.
לאחר התקרית הורה נאסר א-דין על גיוס צבאי לכל מושלי מחוזות פרס והורה לצבא המדינה בהנהגת אחיינו, הסולטאן מוראד מירזא חסאם אל-סלטנה, להתקדם לעבר כיבוש העיר הראת. במקביל לכל זאת, הייתה פרס במאבק אסטרטגי שאפתני מול חברת הודו המזרחית הבריטית שפעלה לחזק את שליטתה והשפעתה על מרכז אסיה מול ההשפעה הרוסית באזור. פרס מזה זמן רב הייתה בעלת השפעה על הישויות המדיניות באזור אפגניסטן ונשענה כלכלית על העיר הראת שהייתה מרכז מסחר וצומת דרכים אזורית אשר הייתה לאינטרס בריטי ורוסי גם כן. זמן קצר לאחר תחילת המצור הפרסי על הראת הודיע שגריר בריטניה בקונסטנטינופול לממשל בטהראן כי הוא נמצא במגעים לכינון היחסים מחדש. בתגובה, שלח השאה שגריר מטעמו להתדיין על הסדר אשר לא הגיע עקב חילוקי דעות בין הצירים. במהלך חודש הרמדאן הונפקה האזהרה הבריטית הראשונה לממשלת פרס נגד המצור.
עקב סירובו של נאסר א-דין להיענות לאולטימטום שהוצב בידי הבריטים, פרצה ב-1 בנובמבר המלחמה האנגלו-פרסית שבמהלכה נשלחו כוחות בריטים לפלוש לפרס ולשחרר את המצור מעל הראת. כישלונות טקטיים במהלך המצור על הראת וכריתת חוזה פריז (1856) בתום מלחמת קרים, לא הובילו לנסיגתו של השאה. במהלך המאבק נאסר א-דין שאה אף החליט לנוע מטהראן לח'וראסאן בכדי לפקד על המערכה, אך נורי עצר בעדו. השאה ציפה לתמיכה רוסית מול בריטניה שלא הגיעה, בעיקר עקב העובדה שידיה של רוסיה היו קשורות באותה העת במלחמת קרים. בחיפוש אחר תומכים חדשים, פנה השאה לצרפת. הוא ביקש מנפוליאון השלישי, קיסר הצרפתים, עזרה בפתרון הסכסוך הטריטוריאלי בין פרס לבריטניה, ושלח לו מתנות יקרות ערך, כולל עיטור מסדר האריה והשמש, פסל של הומרוס (שנגד את דת האסלאם) וכמה מחרוזות פנינים. נאסר א-דין שאה גם קרא לכריתת חוזה של ידידות עם ארצות הברית, ובכך מצא אמצעי חדש להפעלת לחץ על בריטניה במהלך המשא ומתן עימה. השאה עודד את ארצות הברית להקים בסיסים צבאיים במפרץ הפרסי, אך ממשל הנשיא ג'יימס ביוקנן לא מיהר להתערב במים הטריטוריאליים הפרסים. כמו כן ניסיונו של השאה להשיג תמיכה כלכלית מארצות הברית לא נחלה הצלחה.
הדרישות הבריטיות הועברו דרך אמין אל מולק, השליח הפרסי לדיונים עם הבריטים בקונסטנטינופול. הדרישות הבריטיות כללו העברת ריבונות על האי חרג' במפרץ הפרסי והעיר בנדר עבאס לחופי המפרץ, כמו גם הדחה של נורי מתפקידו בתור השר הראשי של השאה. כעבור שבועיים בלבד, הגיעה ההודעה לשאה על ניצחון הכוחות הפרסים במערכה לכיבוש הראת במקביל להודעה על מות בנו ויורשו סולטאן מוין א-דין מירזא.