במזרח אורוגוואי נמצאו רגמים רבים ששימשו לקבורה והם מעשה ידי אדם, חלקם בני כ-5,000 שנה, אולם מעט מאוד ידוע על הקבורים בהם או האנשים שבנו אותם. ככל הנראה, מדובר היה בעמים נודדים, שלא השאירו תיעוד כתוב ונעו ממקום למקום. נמצאו עדויות ארכאולוגיות לגידול של כלבים מבויתים וחקלאות.
הקבוצה האתנית הילידית באורוגוואי נקראה צ'רואה, ומרבית תושביה הילידים השתייכו לקבוצה זו. האזור היה מיושב על ידי עמים נודדים שונים, כמו צ'אנה, אראצ'ן וגוארני. עמים אלה התבססו על ציד, דיג וחקלאות אירעית, וככל הנראה אף אחד מהם לא כלל באף זמן יותר מ-10,000-20,000 איש.
קולוניאליזם.
התקופה הקולוניאלית המוקדמת.
הפורטוגלים היו האירופים הראשונים ש"גילו" את אזור אורוגוואי של ימינו ב-1512. הספרדים הגיעו מעט אחריהם ב-1516. ההתנגדות העזה של הילידים והקרבות הקשים איתם, לצד היעדר זהב וכסף בצורה נרחבת בשטח, הוביל להתיישבות איטית של האירופאים בין המאות ה-16 וה-17. ההתיישבות של הספרדים והפורטוגלים בשטח במקביל הובילה למתח הולך וגובר בין הצדדים, שהתפרץ לעיתים לכדי קרבות ממשיים. בשנת 1603 החלו הספרדים להפיץ בקר ברחבי אורוגוואי. התנאים הגאוגרפיים של אורוגוואי - מישורים רחבים ועתירים צמחייה נמוכה ואקלים קריר - היו אופטימליים לגידול בקר, והוא הפך למקור הכנסה משמעותי של הספרדים. על כן, ה החלו להגדיל את ההתיישבות שלהם באזור, ויישוב הקבע הספרדי הראשון נוסד בשנת 1624 על גדות הריו נגרו. בתגובה, בשנים 1669–1671 בנו הפורטוגלים מבצר ראשון בעיר קולוניה דל סקרמנטו.
מונטווידאו נוסדה על ידי הספרדים בתחילת המאה ה-18 כמעוז צבאי מול הפורטוגלים. מיקומה על גדות הריו דה לה פלטה הפך את הנמל שלה למשגשג מאוד, והיא הייתה המתחרה הכלכלית העיקרית לבואנוס איירס, שמצידו השני של הנהר. בשנים 1806 ו-1807 ניסה הצבא הבריטי לכבוש את בואנוס איירס ומונטווידאו כחלק ממלחמות נפוליאון. מונטווידאו למעשה הייתה תחת כיבוש בריטי מפברואר עד ספטמבר 1807.
מאבק לעצמאות.
בשנת 1811, המצביא חוסה חרוואסיו ארטיגס, שנחשב לאבי האומה האורוגוואית, פתח במרד נגד השלטונות הספרדיים, והביס אותם ב-18 במאי בקרב על לאס פידראס .
ב-1813 כינסה הממשלה החדשה של ארגנטינה, שתכריז על עצמאותה 3 שנים מאוחר יותר, אספה מכוננת בבואנוס איירס, בה השתתף גם אריטגס והביע תמיכה ברעיון הפדרליזם, בדרשו אוטונומיה פוליטית וכלכלית לכל אזור ובפרט לאורוגוואי, תחת משטר מרכזי אחד. אולם, האספה קבעה שלטון ריכוזי ודחתה את רעיון הפדרציה. כתוצאה מכך, הודיע ארטיגס על היפרדותו מארגנטינה ובתחילת 1815 כבש מידי הספרדים את מונטווידאו. מעט לאחר מכן הפך ארטיגס לשליט החדש של משטר עצמאי דה פקטו באורוגוואי. האזור שהיה תחת שליטתו כלל גם מחוזות שעתידים להיות חלק מארגנטינה.
ב-1816 כבשה ממלכת ברזיל את אורוגוואי עם כוח של כ-10,000 חיילים; בינואר 1817 נפלה מונטווידאו ושלטונו העצמאי הקצר של ארטיגס הסתיים. לאחר כמעט ארבע שנים נוספות של מאבק, סופחה לבסוף אורוגוואי לממלכת ברזיל באופן רשמי, כמחוז בשם "מזרח בנדה". האימפריה הברזילאית זכתה לעצמאות מפורטוגל בשנת 1822. מושל מחוז מזרח בנדה, חואן אנטוניו לאוואליה , התנגד למעבר השלטוני, ובתמיכת הפרובינציות המאוחדות של ריו דה לה פלטה, כיום ארגנטינה, הכריז על עצמאות אורוגוואי ב-25 באוגוסט 1825. ההכרזה הובילה למלחמת ארגנטינה–ברזיל, בה השתתפה גם אורוגוואי. לאחר סיום המלחמה וחתימת הסכם מונטווידאו, הוכרה אורוגוואי כמדינה עצמאית. ה-25 באוגוסט נחגג כיום העצמאות, שהוא חג לאומי. חוקת אורוגוואי אומצה ב-18 ביולי 1830.
המאה ה-19.
בזמן הכרזת העצמאות, אוכלוסיית אורוגוואי הייתה מוערכת בקצת פחות מ-75,000 איש. מרבית המאה ה-19 באורוגוואי הייתה נתונה למלחמות אזרחים בין שתי המפלגות הגדולות - הבלנקו והקולורדו. הסצנה הפוליטית באורוגוואי התפצלה בין שתי המפלגות: הבלאנקו היו שמרנים ובראשם עמד נשיאה השני של אורוגוואי מנואל אוריבה, שנתמכו על ידי הכפריים בעיקר; והקולורדו הליברלים בראשות הנשיא הראשון פרוקטואוזו ריברה, שנתמכו בעיר על ידי תושבי הערים. הפוליטיקה האורוגוואית סבלה זמן רב גם כן מהתערבות זרה של ארגנטינה, שהובילה למלחמות שונות.
האוכלוסייה המקורית של אורוגוואי, בני שבט הצ'ארואה, הושמדה בהדרגה במשך כשלוש מאות שנה, תהליך שהגיע לשיאו ב-11 באפריל 1831 ברצח המוני בסלסיפוודס. הרצח ההמוני הונהג על ידי הגנרל פרוקטואוסו ריברה, הנשיא הראשון של אורוגוואי.
לאחר מכן חדלו בני צ'ארואה להתקיים כעם ותרבותם נכחדה. למרות זאת, ישנם עדיין אורוגוואים כיום שבעורקיהם זורם דם של שבט הצ'ארואה, זאת בשל הערבוב של ספרדים עם בני הצ'ארואה בתקופה הקולוניאלית.
בעוד שהקולורדו ניסו להתנתק ממעורבותה של ארגנטינה בניהול הממשל באורוגוואי, הבלאנקו שימרו את היחסים והושפעו מאוד מהשליטים מעבר לגבול. אוריבה, מנהיג הבלאנקו, היה אף חבר קרוב של הפוליטיקאי הארגנטינאי חואן מנואל דה רוסאס. ב-15 ביוני 1838, צבא בראשות מנהיג הקולורדו ריברה הפיל את הנשיא אוריבה משלטונו, והוא נמלט לארגנטינה. ריברה הכריז מלחמה על הבלנקו בשנת 1839, במה שהפך למלחמת האזרחים באורוגוואי . הסכסוך נמשך 13 שנים ונודע בשם Guerra Grande (המלחמה הגדולה).
בשנת 1843, כדי להחזיר את אוריבה לשלטון נכנס צבא ארגנטינה לשטחי אורוגוואי במטרה לבצע שם הפיכה. המצור על מונטווידאו, שהחל בפברואר 1843, נמשך תשע שנים. האורוגוואים הנצורים שיוועו לסיוע חיצוני, מה שהוביל לכניסה של פלוגות איטלקיות וצרפתיות לאורוגוואי, בהובלתו של ג'וזפה גריבלדי.
ב-1845, בריטניה וצרפת התערבו נגד הבלאנקו וארגנטינה, כיוון שהמלחמה באורוגוואי מנעה סחר סדיר הן דרך מונטווידאו והן דרך בואנוס איירס, שהיו שתי ערי הנמל החשובות בדרום אמריקה. מאמציהם להפסקת המלחמה עלו בתוהו, וב-1849, לאחר שעייפו מהמלחמה, נסוגו המעצמות האירופאיות מאורוגוואי. כשכבר היה נדמה שמונטווידאו תיפול לכוחות הארגנטינאים, פרץ מרד נגד רוסאס בהובלת חוסטו חוסה דה אורקיסה, מושל מחוז אנטרה ריוס בארגנטינה. המרד החליש את תפקודו של רוסאס באורוגוואי, ולצד ההתערבות הברזילאית לטובת הקולורדו במאי 1851 התהפכו היוצרות ואוריבה נפל מכסאו. המצור על מונטווידאו הוסר והשקט המסחרי שב על קנו. אולם, הבלאנקו לא הצליחו להפסיק את ההתערבות הזרה במדינה; כתנאי לעזרתם במלחמה, נחתמו בין ממשלת אורוגוואי החדשה לממשלת ברזיל הסכמים חדשים, המתירים לה חופש צבאי נרחב בשטחי אורוגוואי.
בהתאם לאמנות משנת 1851, ברזיל התנהלה בתוך אורוגוואי מבחינה צבאית כאילו הייתה שלה, והשתמשה בשטחה לכל צורך. בשנת 1865, נחתמה בין נשיא אורוגוואי ולנסיו פלורס , נשיא ארגנטינה ונשיא ברזיל ברית משולשת שבמסגרתה הכריזו מלחמה על פרגוואי במטרה לסלק את מנהיגה, פרנסיסקו סולנו לופס. הברית כבשה את פרגוואי תוך זמן קצר במה שכונה "מלחמת הברית המשולשת". בזמן זה אורוגוואי הייתה נתונה לצרכיו של הצבא הברזילאי, אולם הדבר לא הרע לה, להפך; מונטווידאו, ששימשה כתחנת אספקה ​​של הצי הברזילאי, חוותה תקופה של שגשוג ושלווה יחסית במהלך המלחמה, כאשר התבססות הצבא בה המריצה את הכלכלה.
בהובלתו של טימוטיאו אפאריסיו ממפלגת הבלאנקו השמרנים בוצע באורוגוואי ניסיון מהפכה מתמשך שנהפך למאבק מזוין בין המפלגות הפוליטיות במשך כשנתיים מ-1870 עד 1872. בתום השנתיים נחתם הסכם שלום ב-1872 שהוביל לשלטון משותף של הבלאנקו והקולורדו, כאשר הבלאנקו קיבלו כספים קואליציוניים, תפקידים בממשלה ושלטון על ארבעה מחוזות באורוגוואי.
על אף ההסכמים לשיתוף פעולה בין המפלגות, הבלאנקו המשיכו לחתור תחת משטר הקולורדו, בעוד שהקולורדו המשיכו לנסות ולדכא את המרידות השונות. ניסיונות הפיכה התרחשו ב-1875 וב-1886. המאמצים של הקולורדו לצמצם את תחום ההשפעה של הבלאנקו לשלושה מחוזות בלבד גרם להתקוממות ב-1897, שהסתיימה עם ידם של הבלאנקו על העליונה - במסגרת ההסכם שנחתם קיבלו עתה הבלאנקו משילות ב-6 מחוזות לעומת 4 שהיו להם קודם לכן. כמו כן הם קיבלו שליש מהמושבים בפרלמנט.
בין 1875 ל-1890, הצבא הפך לכוח מרכזי באורוגוואי, בדומה לשכנותיה בדרום אמריקה, שהדבר גרם לרבות מהן (וגם לאורוגוואי בעתיד) ליפול למשטרים צבאיים אכזריים. בתקופה האוטוריטרית הזו, נקטה הממשלה צעדים להפיכת אורוגוואי למודרנית, ועודדה שינויים חברתיים וכלכליים. בעקבות כך, הוקמו קבוצות אינטרסים רבות. תוך זמן מה כבר הייתה התחלה של מעורבות אזרחית ממשית במשטר.
לאחר תום מלחמת האזרחים חלה עלייה חדה במספר המהגרים לאורוגוואי, בעיקר מאיטליה וספרד. עד 1879, סך כל אוכלוסיית המדינה היה למעלה מ-438,500. בעקבות כך, הכלכלה חוותה עלייה תלולה והתמ"ג, הן של המדינה והן לכל נפש, עלה בהתאמה. כחלק מכך, מונטווידאו הפכה למרכז כלכלי מרכזי של האזור והייתה פעם נוספת ליריבה צמודה של בואנוס איירס הארגנטינאית מצידו השני של הריו דה לה פלטה, ולתחנה חשובה של סחורות מארגנטינה, ברזיל ופרגוואי, וכן גם של מדינות אירופה וצפון אמריקה שקיוו לסחור עם מדינות אלו.
המאה ה-20.