בתכנון של המבצע נקבע כי 8 לוחמי שייטת 13 יצמידו מוקשי עלוקה לקוער של הטרפדות, שיטה המאפשרת השהיה לנסיגת הכוחות. בליל 5 בספטמבר 1969 בוצע ניסיון ראשון לטיבוע הספינות המצריות, אך הטרפדות יצאו מהנמל לסיור והכוחות הישראלים חששו שהם התגלו ונסוגו.
בליל 7 בספטמבר פשטו לוחמי שייטת 13 על שתי הטרפדות המצריות במעגן הצי המצרי בראס סאדאת, דרומית לעיר סואץ. 8 לוחמי שייטת 13 הגיעו אל הספינות באמצעות שני "חזירים" והטביעו אותן באמצעות מוקשי עלוקה. הפעולה הוכתרה כהצלחה אך במהלך הנסיגה פעל מעצמו מנגנון ההשמדה העצמית של אחד ה"חזירים" (כנראה בשל חדירת מים למגופה של מנגנון ההשמדה העצמית) וכתוצאה מכך נהרגו 3 לוחמים: סגן , רב-סמל ורב-סרן . הלוחם אריה יצחק (אריו), שנהג ב"חזיר" היה היחיד שנותר בחיים. הוא אותר על ידי מסוק סופר פרלון כשהוא שוחה פצוע יותר מ-6 שעות, גורר איתו את גופות שלושת חבריו, ועם חילוצו הפנה את המסוק לחילוץ תחת אש של גופות שלושת חבריו.
מהלך המבצע.
ב-8 בספטמבר, בשעה 22:00, הועמס כוח השריון בראס סודר על גבי שלוש הנחתות, כשעל כל נחתת הועמסו 2 טנקים ונגמ"ש אחד. עוד באותו הלילה הפליגו הנחתות לעבר החוף המצרי, כשהן מאובטחות על ידי לוחמי שייטת 13 ויחידה 707, שהפליגו לצידן בסירות גומי. כוח מפלחה"ן צנחנים, בפיקוד עוזי בן יצחק, תפס את ראש החוף ואבטח אותו בסיוע אנשי הקומנדו הימי דרומית לביר תמדה ואל חפיר, באזור א-דיר כ-40 ק"מ דרומית לעיר סואץ. הנחיתה החלה ב-9 בספטמבר ב-3:35 בלילה מבלי שנתגלתה על ידי המצרים. מיד לאחר הנחיתה החל הכוח המשוריין לנוע במהירות דרומה. הכביש הצר נחסם לתנועת תגבורת מצרית על ידי פיצוצו ומיקושו באמצעות שני מטעני מזלף שפותחו ביפת"ח בנקודה בה היתמר מצוק משני צדדיו. במהלך תנועתו, לאורך 70 ק"מ, השמיד הכוח הפושט נקודות משמר, בסיסי צבא, תחנות מכ"ם ימיות ואוויריות, כלי רכב צבאיים ואזרחיים שנעו לאורך הכביש, עמודי חשמל ומאהלים.
תוך כדי תנועה ירו הטנקים בסלעים מעל הכביש כדי שידרדרו ויחסמו אותו בפני הגעת תגבורת מצפון. הכוח נע במהירות ומעט לפני השעה 7:00 בבוקר תקף את בסיס משמר החופים המצרי בראס אבו דראג'. המחנה ותחנת המכ"ם הימי שבו הושמדו בתוך כ-20 דקות. משם המשיך הכוח דרומה לכיוון מחנה צבאי בראס זעפרנה בו שכנה מפקדה מרחבית של חטיבת נ"מ. במהלך הנסיעה דרומה הגיע לאזור התקיפה מפקד הגזרה המצרי, גנרל חסן כאמל. הוא ניסה לעצור את הטנקים שחשב למצריים, ונדרס בתוך מכונית השרד שלו. לצורך כיבוש המחנה חסמו הטנקים את האזור משני צדדיו ושני כוחות הטיהור על בסיס טנקים ונגמ"שי BTR-50 נכנסו לתוך מתחם המחנה, השמידו 3 נגמ"שים ופוצצו מבנים, לרבות תחנת מכ"ם אווירי, על ידי ירי פגזים והשלכת מטענים מתוך הנגמ"שים.
בעקבות הפעלת כוח אש מאסיבי על ידי הטנקים וכפי הנראה כתוצאה מההטעיה המוצלחת, התגובה המצרית בשני היעדים העיקריים הייתה חלושה ולא נשלחה כל תגבורת. לקראת סוף המבצע זיהו הכוחות הפושטים חניון רק"ם מצרי בסדר גודל של גדוד בהמשך החוף, דרומית למחנה בראס זעפרנה, אך לא קיבלו אישור לתקוף אותו, בהתאם להנחיית הרמטכ"ל לא ליזום קרבות עם שריון מצרי אלא אם הכוח הפושט יהיה תחת איום ישיר מהטנקים המצריים.
במבצע המשולב השתתפה גם רביעיית מטוסי סקייהוק מטייסת העמק, שתקפו תחנות מכ"ם ועמדות נ"מ באזור אל חפיר וראס זעפרנה. מטוסו של מוביל המבנה, , נפגע מאש נ"מ באזור ראס זעפרנה והקשר עמו נותק. רונן הפנה את מטוסו לכיוון חוף חצי האי סיני ונטש אותו מעל מפרץ סואץ. ככל הנראה חלה תקלה בציוד החילוץ ורונן נעלם במי המפרץ. החיפושים אחריו לא העלו דבר והוא הוכרז חלל.
סיוע נוסף לכוח הפושט ניתן על ידי סוללת תותחי 130 מ"מ שנפרסה בצדו המזרחי של מפרץ סואץ. במהלך המבצע חבר לכוח הפושט מסוק מדגם אלואט 2 שפינה פצוע וסיפק לכוח ציוד לתיקון זחל באחד הטנקים.
כ-10 שעות לאחר הנחיתה חבר הכוח המשוריין אל הנחתות צפונית לראס זעפרנה, בנקודה שהייתה שונה מזו שנקבעה בתכנון המקורי. אנשי יחידה 707 בדקו, סימנו והנחיתו את הנחתות שפינו את כלי הרק"ם לאבו זנימה בחוף הישראלי של מפרץ סואץ ואילו הלוחמים פונו באמצעות מסוקים לראס סודר.
הנחתת פ-53, נתקעה בחוף בשל עליית טנק ומיד אחריו גם נגמ"ש מה שלא לפי הנוהל, בשל העומס ולא הצליחה לצאת מהנחיתה. ביקשו עזרה מהחוף ונגמ"ש ניגש ודחף אותה לים.
תוצאות המבצע.
במבצע נהרגו בין 100 ל-150 חיילים ושוטרים מצרייםובהם מפקד הגזרה המצרי בדרגת אלוף וקולונל סובייטי ששימש כיועץ. מספר כלי הרכב המצריים שהושמדו מוערך ב-70, מהם 3 נגמ"שים. צה"ל איבד מטוס מדגם סקייהוק שננטש מעל מפרץ סואץ וטייסו, רס"ן חגי רונן, הוכרז כנעדר ובהמשך כחלל. בקרב הכוח הקרקעי נפצע קצין המודיעין באורח קל בעת שירד מהנגמ"ש בו נסע על מנת לקחת רכיב חשוב מהמכ"ם הימי בבסיס ראס אבו דראג'.
המבצע ותוצאותיו פורסמו בעיתונות זרה, אך ההנהגה המצרית לא ידעה עליהם מאחר שדרג הפיקוד המקומי לא דיווח עליהם למפקדיו. ב-4:00 אחר הצהריים דווח על המבצע ברדיו קהיר, אך עם אי דיוקים רבים. משנודע על היקף הפעולה לנשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר, הוא הדיח את צמרת הפיקוד הצבאי המצרי, ובכללה הרמטכ"ל, גנרל אחמד איסמעיל עלי, מפקד חיל הים פואד אבו זיכרי ומפקד זירת ים סוף.
למחרת המבצע, ב-10 בספטמבר, לקה נאצר באוטם שריר הלב - ושנה לאחריו מת מהתקף נוסף. הצלחת המבצע הייתה בין הגורמים לביסוס העליונות האווירית של חיל האוויר הישראלי בזירה ונודעה לה חשיבות טקטית ומורלית. ההצלחה עזרה גם לבסס את הקונספציה הצה"לית על יתרונם המוחץ של כוחות הקרקע הישראליים על המצריים ובכך ייתכן שתרמה לכשלים במלחמת יום הכיפורים.
הרמטכ"ל, חיים בר-לב, הביע את שביעות רצונו ממהלך המבצע:
עם זאת התבטא בר לב בזהירות ובאיפוק. הוא סבר כי המבצע אמנם התיש את הכוחות המצריים, אבל יחד עם זאת סבר כי הוא לא יביא לסיום מלחמת ההתשה בחזית הדרום:
בשונה מבר לב, הנימה הכללית בצד הישראלי הייתה של זחיחות:
כשנה לאחר מכן כתב אלי לנדאו:
כיומיים לאחר המבצע, ב-11 בספטמבר 1969 יזמו המצרים, בתגובה למבצע, סדרה של הפצצות על יחידות צה"ל במערב סיני באמצעות כ-60 מטוסי קרב. בקרבות האוויר שהתפתחו הפיל חיל האוויר הישראלי 11 מטוסים ואיבד מטוס אחד.
בארה של מרים
בארה של מרים היא, על פי המסורת, באר מים נסית שלוותה את בני ישראל בנדודיהם במדבר סיני, בזכותה של מרים הנביאה.
שירת הבאר.
שירת הבאר היא אחת מהשירות המופיעות בתורה, שירת הבאר מופיעה בפרשת חקת, מיד לאחר סיפור נחש הנחושת.
על פי פשוטו של מקרא השירה הזו היא איננה קשורה כלל לבארה של מרים, אלא לבאר שמשה ואהרון (=נדיבי העם) חפרו על ידי הכאת המקל (=במחוקק במשענותם). זמן השירה היה בסוף ארבעים שנה שבני ישראל היו במדבר לאחר שעזבו את נחל ארנון. לפי הפשט השיר מסתיים במילים במחוקק במשענותם, המשך המקרא מדבר על מסעות בני ישראל.
על פי המדרש
(הובא בפרשנות רש"י) מדובר על בארה של מרים שהייתה בדרך נס מלווה אתם כל זמן שהותם במדבר, ולאחר יציאתם מנחל ארנון סחפה הבאר את פגרי לוחמי האמורי (לאחר שתכננו מארב - שנכשל על ידי מחיצתם בין שני הרים). לפרשנות זו השיר מסתיים במילים ונשקפה על פני הישימון. שאותה באר המשיכה ללוות את עם ישראל עד שנגנזה בים כנרת.
במדרש.
על פי חז"ל במסכת אבות הבאר נמנית עם עשרה דברים שנבראו בסיום בריאת העולם:
ומפרש רבי עובדיה מברטנורא:
בתלמוד הבבלי מסופר כי במשך חייה של מרים, הרוותה הבאר את צימאונם של בני ישראל ההולכים במדבר. עם מותה של מרים פסקה הבאר מלנבוע:
במקום אחר בתלמוד תולים את שלושת נסי המדבר במעשיו של אברהם, ואת בארה של מרים בכך שאמר "יוקח נא מעט מים", על פי דברי הפסוק "באר חפרוה שרים".
אופי הבאר.
רש"י בפירושו במקום מסביר מדוע סירבה הבאר לתת מים לאחר מות מרים:
דהיינו, הבאר הייתה בעצם סלע שנבעו ממנו מים, והיה הסלע מתנהל עם בני ישראל במסעותם. משמתה מרים, הפסיקו המים לנבוע מן הסלע, והוא הסלע עליו הכה משה בפרשת "מי מריבה". למדים זאת מסמיכות המקרים של "ותמת שם מרים ... ולא היה מים לעדה לשתות". עם מותה של מרים נסתתמו המים. לאחר פרשת מי מריבה, ובזכותם של משה ואהרון, חזרה הבאר וסיפקה מים לבני ישראל עד כניסתם לארץ ישראל.
במקום אחר רש"י מרחיב מעט את תיאורו: לפרשנות המהר"ל מפראג בדברי רש"י אין הכוונה שהסלע היה מתגלגל עמהם, כי אם כן מדובר בנס נוסף שלא נזכר, אלא הכוונה שבכל מקום שישראל הלכו, המים היו עולים והיה נוצר פתח באופן נסי הוא פי הבאר.
בספר התודעה לרב אליהו כיטוב ישנו תיאור ציורי של הבאר על פי המדרשים והפרשנים:
בציורי בית הכנסת בדורה אירופוס נכלל גם ציור של בארה של מרים, שבמרכזו הבאר וממנה יוצאים נחלים לאוהלי שנים עשר השבטים.
גניזת הבאר.
בתלמוד הירושלמי ובמדרש רבא מובאת הדעה כי באר מרים נגנזה בתוך ים כנרת. על הפסוק "ונשקפה על פני הישימון" (במדבר כא), אומר המדרש: . בבבלי, לעומת זאת, כתוב שבאר מרים מצויה בים התיכון, סמוך להר הכרמל- נראה, לפיכך, שהבבלי מתכוון לאי עגול המכונה "אי היונים" מול חוף מעגן מיכאל, אשר נצפה יפה מהכרמל: .
במדרש תנחומא (פרשת חקת סימן א') מסופר על מוכה צרעת ועיוור שירד לטבול במי מערה. נזדמנה לו שם באר מרים ונתרפא מיד לאחר הטבילה. סיפור אחר מספר על חולה שחין:
בימי הביניים.
המסורת, לפיה נגנזה הבאר בכנרת, נקוטה במיוחד אצל יהודי טבריה והגליל.