אף על פי שאגודת מאטאשין הייתה קיימת מאז שנות החמישים, רבות מהשיטות שלהן נראו קלות מדי עבור אנשים שהיו עדים או קיבלו השראה מהפרעות. מאטאשין זיהה את שינוי הגישה בסיפור בעלון שלהם שכותרתו, "טיפת סיכת הראש שנשמעה ברחבי העולם". כאשר חבר מאטאשין הציע הפגנת נרות "חביבה ומתוקה" הקהל זעם וצעק, "מתוקה? בולשיט! זה התפקיד שהחברה אילצה את המלכות האלה לשחק".עד מהרה הוקמה החזית השחרור הגאה (חזית שחרור ההומואים באנגלית), הארגון ההומוסקסואלי הראשון שהשתמש במילה "הומו" בשמו.
עיתונאות.
תוך חצי שנה מפרעות סטונוול, הפעילים פתחו עיתון ברחבי העיר בשם "Gay", הם ראו בכך צורך מכיוון שהפרסום הליברלי ביותר בעיר - "The Village Voice" - סירב להדפיס את המילה "גיי" בפרסומות המחפשות חברים ומתנדבים חדשים. שני עיתונים נוספים נפתחו בתוך שישה שבועות: "!Come Out" (צא החוצה! - כוונה למונח "יציאה מהארון") ו-"Gay Power" (כוח גיי). קהל הקוראים של שלושת כתבי העת עלה במהירות בין 20,000 ל-25,000 איש.
הברית לפעילות גאה.
פשיטות על ברים הומוסקסואליים לא נעצרו לאחר פרעות סטונוול. במרץ 1970 פשט סגן המפקח סימור אורן על "גלגל המזלות" ו-"רחוב בארו 17", לאחר הצהריים ללא רישיון משקאות חריפים או אכלוס. כ-167 אנשים נעצרו. אחד מהם היה דייגו וינאלס, אזרח ארגנטינאי שנבהל כל כך עד שהוא עלול להיות מגורש על היותו הומוסקסואל עד שהוא ניסה להימלט ממתחם המשטרה על ידי קפיצה מחלון בן שתי קומות, תוך שהוא משליך את עצמו על קצה של גדר 14 אינץ' 14 (36 ס"מ). הניו יורק דיילי ניוז הדפיס בעמוד הראשון תמונה גרפית של הצעיר. חברי הברית לפעילות גאה ארגנו צעדה מפארק כריסטופר אל המתחם השישי בו מאות גברים הומוסקסואלים, לסביות ואוהדים ליברלים התעמתו בשלום עם כוח הסיור הטקטי. הם גם נתנו חסות למסע כתיבת מכתבים לראש העיר לינדזי בו המפלגה הדמוקרטית בגריניץ' וילג' וחבר הקונגרס אד קוץ' הגיש תביעות לסיום פשיטות על ברים הומוסקסואלים בעיר. פונדק סטונוול נמשך לפעול כשבועות ספורים לאחר המהומה. באוקטובר 1969 הועמד להשכרה.
מצעד הגאווה.
ציוני יום השחרור של רחוב כריסטופר, ב-28 ביוני 1970, חגגו את יום השנה הראשון לפרעות בסטונוול באספה ברחוב כריסטופר, עם צעדות גאווה בו זמנית בלוס אנג'לס ובשיקגו, אלו היו צעדות הלהט"ב הראשונות בהיסטוריה של ארצות הברית. בשנה שלאחר מכן התקיימו מצעדי גאווה בבוסטון, דאלאס, מילווקי, לונדון, פריז, מערב ברלין וסטוקהולם. מצעד הגאווה בניו יורק כיסה כ-51 רחובות, מרחוב כריסטופר לסנטרל פארק. המצעד ארכה פחות ממחצית הזמן המתוכנן בגלל התרגשות הצועדים, אך גם עקב הזהירות לגבי הליכה בעיר עם כרזות גאות ושלטים. אמנם היתר המצעד הועבר שעתיים בלבד לפני תחילת הצעדה, אך הצועדים נתקלו בהתנגדות מועטה מצד הצופים. הניו יורק טיימס דיווח בעמוד הראשון כי הצועדים תפסו את הרחוב כולו במשך כ-15 בלוקים עירוניים. הדיווח של וילג' ווייס היה חיובי לגבי המצעד אשר תיאר את "ההתנגדות החזיתית שצמחה מפשיטת המשטרה על פונדק סטונוול לפני שנה". בשנת 1972 נכללו הערים אטלנטה, באפלו, דטרויט, וושינגטון הבירה, מיאמי, מיניאפוליס, פילדלפיה וסן פרנסיסקו.
פרנק קאמני הבין עד מהרה את השינוי המרכזי שהביאו פרעות סטונוול. הוא היה מארגן אקטיביזם גאה בשנות החמישים, והוא היה רגיל לשכנוע הטרוסקסואלים שהומואים אינם שונים מהם. כאשר הוא ואנשים אחרים צעדו מול הבית הלבן, משרד החוץ והיכל העצמאות רק חמש שנים קודם לכן, מטרתם הייתה להראות שהם יכולים לעבוד עבור ממשלת ארצות הברית. כ-10 איש צעדו אז עם קאמני והם לא התריעו בפני שום עיתונות על כוונותיהם לעשות זאת. אף על פי שהיה המום מהמהפך על ידי המשתתפים בתזכורת השנתית בשנת 1969, הוא ציין מאוחר יותר כי, "בתקופת סטונוול היו לנו חמישים עד שישים קבוצות הומואים במדינה. שנה אחר כך היו לפחות 1,500. שנתיים אחר כך, עד כמה שניתן היה לספור עלו ל-20,500".
בדומה לצערו של קמני על תגובתו שלו לשינוי עמדותיו רק לאחר המהומות, הסופר והפעיל הגאה רנדי וויקר תיאר את מבוכתו בנטייתו המינית כ-"אחת הטעויות הגדולות בחייו". הדימוי של הומוסקסואלים המתנקמים במשטרה, לאחר כל כך הרבה שנים של התרת טיפול כזה ללא עוררין, "עורר רוח בלתי צפויה בקרב הומוסקסואלים רבים". קיי לאהוזן, שצילמה את הצעדות בשנת 1965, הצהירה כי "עד שנת 1969 נקראה תנועה זו בדרך כלל תנועה הומוסקסואלית או הומופילית... פעילים חדשים רבים רואים בסטונוול את התקוממות לידתה של תנועת השחרור הגאה. גאווה הומוסקסואלית בקנה מידה עצום". דייוויד קרטר, במאמרו "מה שהפך את סטוניוול לשונה", הסביר כי אף על פי שהיו מספר התקוממויות לפני סטונוול, הסיבה שסטונוול היה כה משמעותי היה שאלפי אנשים היו מעורבים, המהומה נמשכה זמן רב (שישה ימים), היא הייתה הראשונה שזכתה לסיקור תקשורתי גדול, והיא עוררה את הקמתן של קבוצות זכויות הומוסקסואליות רבות.
מורשת.
קהילה.
בתוך שנתיים מפרעות סטונוול ארגוני זכויות להט"ב החלו להתקיים בכל עיר אמריקאית גדולה, כמו גם בקנדה, אוסטרליה ומערב אירופה. לאנשים שהצטרפו לארגוני אקטיביסטים לאחר המהומות, היה מעט מאוד משותף למעט משיכתם המינית. רבים שהגיעו לפגישות נדהמו ממספר הרב של קיבוץ הומואים במקום אחד. גזע, מעמד, אידאולוגיה ומגדר הפכו למכשולים תכופים בשנים הראשונות שלאחר הפרעות. מכשולים אלו הודגמו במהלך עצרת סטונוול בשנת 1973, רגע אחרי שברברה גיטינגס שיבחה באופן נמרץ את מגוון הקהל, הפעילה הפמיניסטית ז'אן אולירי מחתה על מה שהיא רואה כ-"לעג של נשים על ידי מתלבשות ומלכות דראג". במהלך נאומה של אולירי, בו טענה כי מלכות דראג לעגו לנשים על ערך בידור ורווח, האקטיביסטיות סילביה ריברה ולי ברוסטר קפצו על הבמה וצעקו "את הולכת לברים בגלל מה שעשו מלכות דראג עשו עבורך ואת אומרת לנו להפסיק להיות אנחנו עצמנו!" גם מלכות הדראג וגם הפמיניסטיות הלסביות שנכחו בעצרת נותרו בתחושת "גועל" מנאומה של אולירי.
אולירי פעלה בתחילת שנות ה-70 להוצאת טרנסג'נדרים מפתרון בעיות של זכויות להט"ב משום שהיא הרגישה כי "קשה מדי להשיג זכויות לטרנסג'נדרים". סילביה ריברה עזבה את ניו יורק באמצע שנות ה-70, ועברה להתגורר בצפון מדינת ניו יורק, אך מאוחר יותר חזרה לעיר באמצע שנות התשעים כדי לסייע למען חסרי בית בקהילה הגאה. חילוקי הדעות הראשוניים בין המשתתפים בתנועות, לעומת זאת, התפתחו לעיתים קרובות לאחר הרהור נוסף. במשך השנים הצטערה אולירי על עמדתה כנגד מלכות הדראג שאמרה במהלך נאומה בשנת 1973 באומרה,
הצמיחה של הפמיניזם הלסבי בשנות השבעים של המאה העשרים התנגשה לעיתים כל כך עם תנועת השחרור ההומוסקסואלית, עד שכמה לסביות סירבו לעבוד עם גברים הומוסקסואליים. לסביות רבות מצאו את עמדותיהם של גברים פטריארכליים ושוביניסטים וראו אצל גברים הומואים את אותן תפיסות מוטעות לגבי נשים שראו אצל גברים הטרוסקסואלים. הנושאים החשובים ביותר לגברים הומוסקסואליים - לכידה ושידול ציבורי - לא חולקו על ידי לסביות. בשנת 1977 נערכה עצרת גאווה לסבית כאלטרנטיבה לשיתוף נושאים של גברים הומוסקסואליים. הפעילה הוותיק ברברה גיטינגס בחרה לעבוד בתנועה לזכויות הומואים והסבירה זאת באמורה כי "זה עניין של איפה זה הכי כואב? מבחינתי זה הכי כואב לא בזירה הנשית, אלא בזירה הגאה".
לאורך שנות השבעים, לאקטיביזם גאה היו הצלחות משמעותיות. אחד הראשונים והחשובים במהלכו היה ב-"זאפ" במאי 1970 בלוס אנג'לס בכינוס של איגוד הפסיכיאטרים האמריקני (APA) בכנס לשינוי התנהגות, במהלך סרט אשר הדגים את השימוש בטיפול בנזעי חשמלי כדי להפחית משיכה חד-מינית, קטעו מוריס קייט והחזית השחרור ההומו-לסבית (GLF) מהקהל את הסרט בקריאות של "עינויים!" ו-"ברבריות!". הם השתלטו על המיקרופון במטרה להודיע כי אנשי מקצוע בתחום הרפואה שקבעו טיפול כזה למטופליהם ההומוסקסואליים היו שותפים לעינויים. אף על פי שעזבו במהלך האירוע כ-20 פסיכיאטרים שהשתתפו, "GLF" אשר בילה את השעה במהלך אירוע הזאפ עם הנותרים, ניסה לשכנע אותם שהומוסקסואליים אינם חולי נפש. כאשר האיגוד הזמין פעילים הומוסקסואליים לשוחח עם הקבוצה בשנת 1972, הפעילים הביאו את ג'ון אפרייר, פסיכיאטר הומו שחבש מסכה, מכיוון שהרגיש שפעולתו בסכנה. בדצמבר 1973 בעיקר בגלל מאמציהם של פעילים הומוסקסואליים, הציע האיגוד פה אחד להסיר את ההומוסקסואליות מהמדריך האבחוני והסטטיסטי של הפרעות נפשיות.
גברים הומוסקסואליים ולסביות התכנסו בארגונים פוליטיים עממיים שהגיבו להתנגדות מאורגנת בשנת 1977. קואליציה של שמרנים אנטי-להט"בים בשם "הצילו את ילדינו" ערכה קמפיין לביטול פקודת זכויות אזרח במחוז דייד, פלורידה. הצילו את ילדינו הצליח מספיק כדי להשפיע על ביטולים דומים במספר ערים אמריקאיות בשנת 1978. עם זאת, באותה שנה הובס קמפיין אנטי-להט"בי בקליפורניה בשם "יוזמת בריגס", שהתכוון לפטר את עובדי בית הספרי ההומוסקסואליים במדינה. התגובה להשפעתם של הצילו את ילדינו וליוזמת בריגס בקהילה הגאה הייתה כה משמעותית עד כי היא כונתה "מהומות סטונוול השנייה" עבור פעילים רבים, וסימנה את התחלתם להשתתפות פוליטית. הצעדה הלאומית שהתקיימה בשנת 1979 בוושינגטון למען זכויות לסביות והומוסקסואלים נקבעה בתאום לחגיגות העשור למהומות סטונוול. ההיסטוריון מרטין דוברמן כתב כי, "העשורים שקדמו לסטונוול... ממשיכים להיחשב בעיני הומוסקסואלים ולסביות כתקופה נאוליתית עצומה".
השפעה והכרה מתמשכת.