במסגרת ההכנות לתקיפה בחוף הסורי תוכננה פעולה על כלי שיט של הצי הסורי בנמל לטקיה. ארגון הכוח כלל ארבעה צוללים, ארבע סירות גומי על אח"י נגה (ק-22) ומפקד אח"י נגה, רס"ן זאב אריאל, יוצא שייטת 13, כמפקד הפעולה. המשחתת אח"י יפו תוכננה להמצא באזור לסריקת פעילות מכ"ם ומידע בזמן אמת, כאשר המפקד הבכיר בזירה, אל"ם נפתלי רוזן, על אח"י יפו. עם הטלת משימת הנחיתה יועדה אח"י נגה להיות אניית הפיקוד של הכוח הנוחת. ב-5 ביוני בוטלה משימת הנחיתה, והנגה קיבלה את משימת הובלת הצוללים לחוף הסורי.
באותו יום נמצא בצילום אוויר כי חמש טרפדות מדגם K-123 עוגנות על הרציף במעגן הבניאס, על כן שונה היעד מלטקיה לבניאס. הפעולה בנמל בניאס לא הייתה אחת מהאלטרנטיבות שכוח התקיפה היה ערוך להן. רמ"ח ים יצחק רהב העריך שהיות ומעגן בניאס הוא מקום קטן ניתן יהיה לבצע ללא תיק מודיעין. אחד מקציני שייטת 13 שעל הסיפון, סגן רפי מילוא, היה היחידי שזכר פרטים מתכנון קודם.
האונייה הגיעה לנקודת ההורדה בשעה 23:00. מפקד כוח הסירות קיבל תדרוך על מכ"ם האנייה לזיהוי החוף. כאן יש חילוקי דעות. מפקד הנוגה טען שניתן היה לראות את מפרץ בניאס בבירור אך מפקד כוח הסירות טוען שתמונת המכ"ם הייתה לא ברורה ולא שוכנע במיקום שקיבל. על הגשר הראו לו מצפון את מגדלור לטקיה ואחר כך התברר שמגדלור לטקיה לא עבד באותו לילה. הסירות התקרבו לחוף במגמה להגיע מצפון למעגן אך נראה שהגיעו מדרומו. בתנועה דרומה לאורך החוף מעגן בניאס לא נמצא.
בעת שאח"י נגה (ק-22) חיכתה בנקודת האיסוף, התגלו בשעה 01:10 בצג המכ"ם שלוש מטרות בכיוון 220 ובטווח 7 קילומטר. המטרות נצנצו באור לבן בדומה לסימן המוסכם עם סירות הגומי. השעה הייתה מוקדמת והכיוון היה שונה מהצפוי. באח"י נגה תפשו עמדות קרב והמתינו לבאות. היו אלה שלוש טרפדות סוריות מדגם K-123 שעברו במהירות רבה בטווח קרוב אך נראה כי חשבוה לספינה סורית ולא פתחו באש. גם אח"י נגה לא פתחה באש, מעייניו של מפקד הנגה היו לאסוף את הסירות החוזרות.
סירות הגומי החוזרות לא ידעו מהאירועים ליד הנגה. בשעה 02:50 החלו הסירות לנוע לנקודת המפגש. כאשר לא מצאו את הנגה כי זו הרחיקה ל-45 קילומטר מהחוף, הורה מפקד הכוח על השמדת סירה אחת. חילק את הדלק והאנשים בין שלוש סירות וכך המשיכו מערבה. הטווח היה גדול ורק בשעה 04:00 נוצר קשר בין הסירות לאנייה, ובשעה 05:00 נוצר מפגש והסירות הועלו. מטוסים שנשלחו לעזרת הכוח הוחזרו. בשעה 07:55 נוצר מפגש עם זוג טרפדות בפיקוד אלי רהב שנשלחו לאבטחה.
מפקד הפעולה, זאב אריאל, שלח מברק על אי ביצוע פעולת שייטת 13 בגלל טעות בניווט. במשך היום ב-6 ביוני נודע כי המצרים והסורים הפנימו את תקיפות חיל הים והכוחות הימיים שלהם קיבלו הוראה להיכנס לנמלים ולאבטח אותם היטב. הוראת מפקדת חיל הים הייתה להישאר בים ולהתכונן לפעולה בליל 7/8 ביוני באותו יעד.
בחקירות מאוחרות התברר כי הסירות שהוכוונו בקורס 070 הגיעו דרומה למעגן בניאס. הקורס הנכון היה צריך להיות 045.
פעולת טרטוס.
נמל טרטוס נמצא בשלבי בנייה סופיים אך טרם הופעל רשמית ולא הייתה אליו תנועת אניות. עם הגברת הכוננות בצי הסורי התבססו בו באופן זמני כלי שיט של הצי הסורי שכללו 6 טרפדות ק-123 ושתי ספינות טילים קומאר.
מתוך כוונה לפגוע בכלי שיט אלה כחלק מפעולה כוללת נגד הצי הסורי. גויסה ב-27 במאי ספינת הדיג "שקמונה" שהייתה בבעלות המכון לחקר ימים ואגמים שמנהלו, אלוף (מיל') יוחאי בן-נון, מונה למפקד הפעולה. על סיפון השקמונה הועמסו שני חזירים, 3 סירות גומי וקבוצה כוללת של 12 לוחמים משייטת 13. סגנו של בן-נון היה מפקד השייטת לשעבר סא"ל אהרון בן-יוסף והצטרף גם קצין המכונה חנוך בן אליהו. מפקד הלוחמים משייטת 13 היה סרן עמנואל פז (פאולין), שהתמחה בחזירים. יעד אלטרנטיבי של כוח ה"שקמונה" היה מעגן בניאס.
"שקמונה" חומשה בשני מקלעים, כמו יתר ספינות הדיג לסיור הגנתי, ונקבעו התקנים לנשיאת החזירים על סיפון הירכתיים. ב-4 ביוני בשעות הערב הועמסו הלוחמים, החזירים וסירות הגומי בנמל חיפה. הספינה יצאה לים לנקודה מתוכננת בטווח 80 קילומטר מהחוף הסורי. ב-5 ביוני בצהריים נתקבל אישור עקרוני לביצוע הפעולה. הספינה יצאה לים ונתקלה בים צפוני גלים חזקים מול כיוון התנועה שהאטו את התקדמותה.
בשעה 18:45 התקבל אישור סופי והספינה הגיעה לנקודת ההורדה, 18 קילומטר מהיעד, בשעה 22:40. כאן שקל מפקד הפעולה, יוחאי בן-נון, כי לוח הזמנים לא יאפשר ביצוע ואיסוף בחשיכה והחליט לדחות את ביצוע הפעולה. השקמונה התרחקה לכיוון קפריסין ובן-נון דיווח למפקדת חיל הים בן-נון חשב לבצע בליל 6/7 יוני. מפקדת חיל הים הורתה על כוננות לביצוע בליל 7/8 ביוני אך מאוחר יותר הוברר שהמטכ"ל לא ייתן לכך אישור, והחזירה את הכוח לחיפה.
הגנת חופי ישראל.
הגנה מפני צוללות.
משימת הגנת החוף מפני צוללות הוטלה על המשחתות אח"י אילת, אח"י יפו ואח"י חיפה שהוחזרה לפעולה. כן הופעלה הצוללת אח"י רהב בפיקודו של מיכאל ברקאי, שכבר לא יכלה לצלול, ככלי שיט נצ"ל. לפי נתוני המודיעין נמצאו מול חופי ישראל שלוש צוללות מצריות. כל משחתת בתורה איתרה צוללת ואף תקפה אותה. פריסקופ שהתגלה ביום השני למלחמה מול נמל אשדוד הותקף בירי על ידי הטרפדות הצוללת עצמה כנראה לא נפגעה. הצוללות חזרו למצרים בלא שהצליחו לפגוע בשיט ישראלי. צוללת אחת מתוכן נזקקה לתיקונים במבדוק.
מספר ספינות דיג גויסו וחומשו בפצצות עומק, והצוותים עברו הכשרה בתחום הלוחמה נגד צוללות. הסד"גים המגויסים סיירו בקרבת הנמלים, רעש מדחפיהן ופצצות העומק שהטילו מדי פעם השפיעו על צוללת האויב לצלול ולהתרחק.
קוים שיתוף פעולה בין הצוללת אח"י רהב לבין סד"גים המגויסים. הצוללת לא הייתה כשירה לצלילה, אולם הייתה מצוידת בסונאר לגילוי צוללות, ואילו הסד"גים המגויסים צוידו בנשק ללוחמה בצוללות, אולם לא עמדו לרשותם אמצעי גילוי תת-מימיים. מסיבה זו הוחלט להפעיל את אח"י רהב יחד עם סד"גים כדי שישלימו זה את זה. אח"י רהב בפיקודו של מיכאל ברקאי סיירה על פני השטח ועסקה בגילוי מטרות תת-מימיות. כאשר היא גילתה מטרה, היא כיוונה אליה את הסד"גים באמצעות הקשר, ואלה תקפו את המטרה בפצצות עומק. לא הובחן מגע עם צוללת אויב בצורה הזאת.
אבטחת החוף.
חיל הים נערך למשימת הגנת החוף בהקמת תחנות מכ"ם, תצפיות עין, ביצוע סיורי כלי שיט וסיורי אוויר. פלגת הטרפדות חומשה בטורפדו והייתה בכוננות ליירוט כלי שיט.
תחנות המכ"ם הוקמו בראש הנקרה, בחיפה, בגבעת אולגה, ביפו ובאשקלון. טווחי הגילוי לכלי שיט מתחנות אלה היו כ-20 קילומטר לגבי ספינות דיג ו-50 קילומטר למשחתות או אניות סוחר. בנוסף לתחנות אלה ניתנה תשומת לב גם בשתי תחנות מכ"ם של חיל האוויר שיכלו לגלות כלי שיט בגודל משחתת בטווחים גדולים.
סיורי האוויר נערכו במטוסי נורד שנשאו איתם צופי אוויר אנשי חיל הים. גזרות הסיור היו כ-140 קילומטר מהחוף. סיורים ימיים נערכו בטווח כ-20 קילומטר מהחוף על ידי משחתות ובקרבת החוף על ידי ספינות משטרת ישראל שגויסו לצורך כך.
הגנת נמלי חיפה ואשדוד הוטלה על גונדת הנ"מ בפיקודו של רס"ן אריה מוריס, שהקים יחידת הגנת נ"מ של תותחי 40 מ"מ, וערב מלחמת ששת הימים קרא לחבריו מקורס חובלים א', אברהם לוכסמבורג ואמנון תדמור, להצטרף במילואים ליחידה זו.
הפגזת תל אביב- בליל 5/6 ביוני התקבלה הערכה כי תל אביב מופגזת מהים. אח"י חיפה, שהייתה בקרבת מקום, הופנתה למטרה שהתגלתה במכ"ם בקרבת החוף ואף ירתה שני פגזי תאורה. לבסוף הוברר שהיו אלה תותחי "לונג טום" ירדניים מאזור קלקיליה שירו על העיר, וגילויי המכ"ם היו מצופי מעגן הדלק בתחנת הכוח רדינג.
הפגזת שריון בצפון סיני - "כוח גרנית" שהתקדם בציר הצפוני בסיני לכיוון תעלת סואץ ועצר באזור בלוזה. ספג שלושה טילי סטיקס שנורו מספינת טילים מצרית מפורט סעיד. הטילים נפלו כ-500 מטר מהכח ולא גרמו נזק.
פעולות נוספות.
תקרית ליברטי.
בליל 7/8 ביוני ספג כוח שריון ישראלי בפיקוד ישראל גרנית, שנע בציר העובר סמוך לחופי צפון חצי האי סיני, הפגזה מידי משחתת מצרית. בעקבות תקרית זו, הועברה דרישה לחיל הים לתקוף ולהשמיד את המשחתת המצרית, וכוח של שלוש טרפדות הוזעק לצורך איתורה. ב-8 ביוני 1967 הותקפה האונייה "ליברטי", אוניית ביון של הצי האמריקאי ששטה באזור, לאחר שזוהתה בטעות כמשחתת המצרית, באירוע הידוע כתקרית ליברטי. הספינה הותקפה תחילה על ידי מטוסים ישראליים ובהמשך הותקפה מן הים בירי טורפדו. במהלך התקרית ספג צוות הספינה האמריקאית נפגעים רבים, 34 הרוגים ו-172 פצועים. שני הצדדים, הישראלי והאמריקני, חולקים באחריות לשרשרת הטעויות, שהובילו לתקרית החמורה. לאחר שהפיקוד הישראלי הבין את טעותו, הועברו הצעות לסיוע בפינוי הפצועים במסוקים לטיפול בישראל, אך הם נדחו על ידי מפקד האנייה, שהצליח להשיט אותה לנמל ולטה.
מסע הצוללת אח"י לויתן.
הצוללת אח"י לויתן הייתה בתום עבודות השיפוץ, בוצעה סדרת ניסויי הנמל, בוצעו בדיקות הצלילה במים רדודים שעם השלמתן יצאה הצוללת לסקוטלנד לביצוע סדרת ניסויי ים בעומק צלילה מרבי. בפרק זמן זה בסיס האם היה בסיס פזליין (Faslane) שבמערב סקוטלנד, בסיסה של שייטת הצוללות השלישית של הצי המלכותי הבריטי. ניסויי הים, כולל בדיקות ב"שדה רעש", וניסויי מהירות מרבית, ניסויי תמרון וניסויי סונר בוצעו בהצלחה.
צוות ה"לויתן" נערך לתקופה אינטנסיבית של אימוני היבנות (working up), אולם, באחד הלילות בזמן ניסויי מהירות ב"" התקבלה פקודה ממפקדת חיל הים לטעון טורפדו קרבי, לתדלק מלא, לטעון הספקה למלחמה (Store for War) ולהפליג במהירות לישראל.