לאחר המלחמה חזר ברואר לעבודתו בהוצאה לאור של אוניברסיטת קליפורניה, וב-1946 החל לערוך את "Sierra Club Bulletin", ביטאון מועדון סיירה. בין 1947 ל-1954 היה אחראי על המסעות השנתיים הממושכים בהרי הסיירה המכונים "מסעות גבוהים" (High Trips). ב-1952 מונה למנכ"ל (executive director) הראשון של מועדון סיירה. והוא שירת בתפקיד זה במשך 17 שנים. אף שמספר החברים במועדון צמח מ-2,000 בעת שהתמנה ל-77,000 בעת שפרש, חלוקות הדעות על תפקודו בתקופה זו.
המאבק נגד הסכרים בפארק אקו.
כבר בתחילת דרכו כמנכ"ל מועדון סיירה הצטרף ברואר למאבק נגד ההצעה של לשכת הטיוב של ארצות הברית (USBR) להקים במסגרת מיזם אגירת מי נהר הקולורדו זוג סכרים בפארק אקו (Echo Park) בשטח המונומנט הלאומי דינוזאור. שנים רבות קודם כשל מועדון סיירה, אז בהנהגת ג'ון מיור, בניסיון למנוע את הקמת סכר אושונסי מזרחית לסן פרנסיסקו, שהציף את עמק הץ' הצ'י בתחומי הפארק הלאומי יוסמיטי. תוך ניצול הרקע שלו כעורך בהוצאת ספרים הוציא ברואר לאור בזריזות את הספר "זהו דינוזאור" ("This is Dinosaur") אותו ערך וולאס סטגנר (Wallace Earle Stegner; 1993-1909) בלוויית תמונות שצילמו מרטין ליטון (Martin Litton) ופיליפ הייד (Philip Hyde) בהוצאת אלפרד קנופף (כיום חלק מהוצאת הספרים רנדום האוס), ובו פרקים שנכתבו על ידי ברואר, קנופף ואחרים ותמונות מהאתר. הספר נשלח לכל אחד מחברי הקונגרס בתוספת איור של עמק הץ' הצ'י המוריק לפני הקמת הסכר ותמונות עדכניות מחופו הבוצי המכוער.
תוך שימוש בטענה "בניית סכר לא רק תהרוס אזור פרא ייחודי, אלא גם תקבע תקדים רע לניצול משאבים בפארקים ובמונומנטים הלאומיים של אמריקה" הצליחה שדולת תומכי שימור הסביבה לשכנע את חברי הקונגרס להתנגד למיזם פארק אקו. ב-1955 הסכימה ה-USBR שלא לבנות את שני הסכרים בפארק אקו והאתר הושמט מחוק מיזם אגירת מי נהר הקולורדו כפי שאושר ב-1956. ההחלטה התקבלה כניצחון גדול לתנועה לאיכות הסביבה האמריקנית, כשמועדון סיירה בהנהגת ברואר קיבל את מרבית הקרדיט להצלחה זו. ניצחונו של מועדון סיירה במאבק נגד סכר פארק אקו גרם להכפלת מספר החברים במועדון.
עם זאת, לשכת הטיוב הסכימה לוותר על צמד הסכרים הללו בתנאי שלא תהיה התנגדות לסכרים אחרים שתוכננו במסגרת מיזם אגירת מי הקולורדו, בנקיק פליימינג (Flaming Gorge Dam) ובקניון גלן. בפועל תמכו ברואר ומועדון סיירה בהרחבת הסכר בקניון גלן על מנת להוסיף למאגר שמאחורי הסכר (אגם פאוול) את המים שהיו אמורים להיות מאחורי הסכר בפארק אקו. הדבר היחיד ממנו חששו שוחרי איכות הסביבה לגבי סכר קניון גלן היה שגובה פני המים במאגר המתוכנן אמור היה להציף את המונומנט הלאומי ריינבו ברידג'.
ברואר, שלא טייל בקניון גלן קודם להסכם הפשרה, התחרט אחרי שביקר במקום כשעבודות הקמת הסכר כבר עמדו להסתיים ותיאר זאת "כשגיאה הגרועה ביותר של הקריירה שלי" ו"החטא הגדול ביותר שביצעתי". ב-1963, כשבניית סכר קניון גלן כבר הייתה בעיצומה, הדפיס מועדון סיירה ספר על קניון גלן, "המקום שאיש לא הכיר" (The Place No One Knew), שבו קונן על אובדן הנקיק הנופי לפני שלרוב הציבור האמריקני היה סיכוי לבקרו, או אפילו לדעת על קיומו.
ההדים מפרשת פארק אקו הפכו את מועדון סיירה לארגון שימור סביבה לאומי, ותומכי שימור הסביבה החלו ליטול יוזמה במאבקים בתוכניות פיתוח של אזורי הבר. החל מ-1949 ארגן המועדון יחד עם חברת אזורי הטבע הבראשיתי (The Wilderness Society) כנסים דו-שנתיים בשם "כנס אזורי הטבע הבראשיתי" (Wilderness Conference) שהיו כוח מניע חשוב במסע התעמולה, בהנהגת ברואר, שהוביל לחקיקת חוק אזורי הטבע הבראשיתי (Wilderness Act) ב-1964.
סדרת ספרים.
ב-1960 יזם ברואר הוצאה לאור של סדרת ספרים בפורמט גדול שכותרתה "זו היא האדמה האמריקנית" ("This Is the American Earth"), וב-1962 סדרה נוספת שכותרתה "שימור העולם הוא באזורי הבר" ("In Wildness Is the Preservation of the World") עם תמונות צבע מרהיבות מעשה ידיו של אליוט פורטר (Eliot Furness Porter; 1990-1901). ספרי מתנה מהודרים אלו, שהודפסו באמצעות חטיבת ספרי מועדון סיירה, הביאו לידיעת ציבור נרחב את פועלו של מועדון סיירה. בארבע השנים הראשונות נמכרו כ-50,000 עותקים מספרים אלו והיקף המכירות עלה על 10 מיליון דולר. ברואר החל להדפיס מדי שנה שני כותרים חדשים בפורמט של ספרי מתנה, אבל לא כולם זכו להצלחה של "שימור העולם". אף שהספרים היו הצלחה בכך שהביאו את מועדון סיירה ואת נושא שימור אזורי הבר לידיעת הציבור האמריקני, הם גרמו הפסד כספי לארגון, כ-60,000 דולר מדי שנה לאחר 1964. הניהול הכספי של הארגון הפך להיות נושא למחלוקת בין הדירקטוריון של הארגון לבין ברואר.
מערכת הגרנד קניון.
מסע הצלב המפורסם ביותר של מועדון סיירה בשנות ה-60 היה במאמץ לעצור את התוכנית של לשכת הטיוב לבנות שני סכרים שהיו אמורים להציף חלקים מהגרנד קניון במסגרת מיזם המכונה Pacific Southwest Water Plan (תוכנית המים של דרום מערב הפסיפיק).
ב-1964 ארגן ברואר מסע סירות במורד נהר הקולורדו שבו השתתפו הצלמים מרטין ליטון ופיליפ הייד והסופר פרנסואה ליידה (Francois Leydet). בעקבות המסע יצא לאור הספר "הזמן והנהר זורמים" ("Time and The River Flowing") שחיזק את ההתנגדות הציבורית לסכרים המוצעים.
ב-1966 פרסם המועדון מודעה על פני עמוד שלם בעיתונים הניו יורק טיימס ווושינגטון פוסט, בכותרת "הפעם הם רוצים להציף את הגרנד קניון". בתגובה להצהרה של פלויד דומיני, מנהל לשכת הטיוב, שמהאגם שייווצר יטיבו התיירים לצפות בקירות הקניון, שאל ברואר בציניות "האם אנו צריכים להציף את הקפלה הסיסטינית על מנת שהתיירים יתקרבו לתקרה?". המודעות יצרו גל של מכתבי מחאה לקונגרס, והמריצו את מס ההכנסה האמריקני, ה-IRS, להודיע על השעיית ההגדרה של מועדון סיירה כמוסד ללא כוונת רווח שהתרומות לו פטורות ממס (במינוח של מס ההכנסה האמריקני ארגון מסוג (c)(3)501) עד תום החקירה בעניינו. דירקטוריון הארגון נקט אמצעי זהירות מקדים כנגד צעד כזה כשהקים ב-1960 את "קרן מועדון סיירה" (Sierra Club Foundation) כארגון מסוג (c)(3), לשם קבלת מענקים ותרומות לפעילות חינוך ופעולות שאינן קשורות בשדלנות. למרות זאת, הייתה ירידה בתרומות למועדון, שהחמירו את הגרעון התפעולי השנתי. החברות בארגון, לעומת זאת, טיפסה בחדות בתגובה לחקירה על תוקף הגדרת המיסוי של המועדון על ידי ה-IRS, מ-30,000 ב-1965 ל-57,000 ב-1967 ו-75,000 ב-1969.
ההתנגדות הציבורית למיזם עצרה את התוכנית לבנות סכרים בגרנד קניון. אבל בראייה לאחור הייתה זו דווקא דוגמה לקוצר ראות. המטרה העיקרית של סכרים אלו הייתה הפקת חשמל, ומכיוון שהתוכנית נפלה היה צריך למצוא מקור אחר לחשמל. ההחלטה נפלה על הקמת תחנת כוח פחמית בשמורת הנאוואחו בסמוך לעיירה פייג' (Navajo Generating Station). הפעילות הציבורית הנוכחית של מועדון סיירה היא נגד השימוש בפחם משום היותו מזהם ובגלל פליטת גזי החממה. באופן אירוני, דווקא פעילות הארגון בשנות ה-60 הגבירה במקרה זה את השימוש בפחם.
סוף תקופת ברואר במועדון סיירה.
למרות הצלחת המועדון בעצירת התוכניות לסכור את הגרנד קניון, והמעבר ממעמד של ארגון במעמד 501(c)(3) למעמד 501(c)(4), שמשמעו שתרומות שניתנות למועדון אינן פטורות ממס, גברה המתיחות בין הדירקטוריון לבין ברואר על דרך טיפולו בכספי המועדון. הגירעון השנתי של המועדון צמח מ-100,000 דולר ב-1967 ו-1968 לכ-200,000 דולר ב-1969. עימות נוסף התרחש בנוגע למדיניות של המועדון כלפי תחנת הכוח הגרעינית שחברת החשמל והגז הפסיפית (Pacific Gas and Electric בראשי תיבות PG&amp;E) תכננה לבנות בקניון דיאבלו, בסמוך לעיר סן לואיס אוביספו בקליפורניה. על אף שהמועדון שיחק תפקיד ראשי בעצירת התוכנית של PG&amp;E לבניית תחנת כוח גרעינית בבודגה ביי (Bodega Bay) בתחילת שנות ה-60, במקרה ההוא ההתנגדות לתחנה נבעה מהשפעתה על הסביבה ומסכנת רעידות אדמה בשל הקרבה להעתק סן אנדראס, ולא מהתנגדות לשימוש באנרגיה גרעינית. בתגובה להעתקת תחנת הכוח מהאתר בחולות ניפומו (Nipomo Dunes), שבו הייתה פגיעה בסביבה, לקניון דיאבלו, הצביע הדירקטוריון לתמוך בתוכנית של PG&amp;E להקמת התחנה באתר זה. משאל בין חברי המועדון ב-1967 תמך בהחלטת הדירקטוריון, אבל ברואר הגיע למסקנה שתחנת כוח גרעינית בכל מקום שהוא היא שגיאה, והוא ביטא בעל פה את התנגדותו לתחנת הכוח בניגוד לעמדה הרשמית של המועדון. הקיטוב שחל בין הסיעות של חברי המועדון התומכות והמתנגדות לברואר הגיע לידי ביטוי בבחירות השנתיות לדירקטוריון. תומכי ברואר השיגו רוב בבחירות של 1968, אבל בבחירות של אפריל 1969 השתייכו כל חמשת חברי הדירקטוריון החדשים לסיעה שהתנגדה לברואר. אנסל אדמס והנשיא ריצ'רד לאונרד, שניים מידידיו הקרובים ביותר בדירקטוריון, הובילו את ההתנגדות לברואר, כשהם מאשימים אותו בפזיזות בטיפול בכספי המועדון ובאי-ציות להחלטות הדירקטוריון, וקראו לפיטוריו כמנהל כללי. הדירקטוריון הצביע עשרה כנגד חמישה לקבל את התפטרותו של ברואר.
שנים אחר-כך התפייס ברואר עם המועדון ונבחר כחבר דירקטוריון לתקופה שבין 1983 ל-1988 ושוב בין 1995 ל-2000. בסוף ימיו היה ברואר מוטרד מאוד מנושאי התפוצצות האוכלוסין וההגירה, נושאים שבהם היה חלוק על שאר חברי הדירקטוריון, ועל רקע זה התפטר מהדירקטוריון, כמה חודשים לפני מותו. "התפוצצות האוכלוסין היא ככל הנראה הבעיה הגדולה ביותר הניצבת בפנינו", כך אמר, "וההגירה היא חלק מבעיה זו. חייבים למצוא לה פתרון".