"הסבירות שהמצרים מתכוונים לחדש הלחימה היא נמוכה". משפט זה, שמופיע במסמך הערכה של חטיבת המחקר של אגף המודיעין (אמ"ן) מיום 5 באוקטובר 1973, יממה לפני פתיחת הקרבות, מתמצת את גודל הכישלון של אגף המודיעין במתן התרעה על המלחמה המתקרבת. מבחינת תושבי ישראל, צופרי האזעקה שהופעלו ב-6 באוקטובר בשעה שתיים בצהריים באו כהפתעה מוחלטת, ללא כל רמז מקדים. הפתעה דומה הייתה מנת חלקם של מרבית חיילי צה"ל. חרף כל זאת, ההפתעה לא הייתה מוחלטת: ידיעות מודיעיניות וסימנים רבים בשטח העידו על מלחמה מתקרבת, והכישלון היה במתן פרשנות נכונה לידיעות ולסימנים אלה (ראו: מבצע ניצוץ (1973)), באופן העברת המידע המודיעיני למקבלי ההחלטות, ובאופן קבלת ההחלטות על סמך המידע הפגום שהועבר.
הכישלון של אמ"ן טמון בהנחת יסוד, שכונתה מאוחר יותר "הקונספציה", שבה היו מספר מרכיבים עיקריים:
הנחות אלה היו נכונות והתאימו לתוכנית המלחמה המצרית. אך לפי הוראת סאדאת, תוכנית המלחמה המצרית לכיבוש סיני הוחלפה בשנת 1973 לתוכנית מוגבלת של כיבוש אזור תעלת סואץ, תוך הסתמכות על ההגנה האווירית המצרית לנטרול מקומי של העליונות האווירית הישראלית. כמו כן קיבלו המצרים מהרוסים חטיבה של טילי סקאד B שיכלה לפגוע בעומק ישראל ובכך היוותה מענה לחשש מפני התקפות עומק של ישראל במצרים.
תוכניות המלחמה המעודכנות של המצרים והסורים הגיעו מ"המוסד" לידי הרמות הגבוהות ולאמ"ן חודשים לפני המלחמה, אך אלופי הפיקודים למשל, לא ידעו על תוכניות אלה. ועדת אגרנט מתחה ביקורת על אמ"ן על שבפועל הצבא לא התכונן למלחמה לפי תוכניות אלה: "אילו היה אמ"ן רואה אל נכון את ריכוזי הכוחות של האויב, שלא היו דוגמתם, על רקע תוכניות האויב שהיו בידינו, ומחדיר תודעה זו אצל הפיקוד העליון, אפשר היה להתכונן כראוי לקראת הבאות."
בעקבות קונספציה זו התעלם אמ"ן מכל הסימנים המעידים על הכנות מצרים והסורים לצאת למלחמה, תוך שהוא מוצא פרשנות מקלה לכל ההתרעות. למשל, אמ"ן התעלם מיכולתו של צבא מצרים להגביל את חופש הפעולה של חיל האוויר בשמי מצרים באמצעות טילי נ"מ, וטען שבגיזרה המצרית עומד להתרחש רק תרגיל צליחה, "תחריר 41", שכמוהו היו רבים בעבר. בגיזרה הסורית כבר שררה כוננות גבוהה עוד מ-13 בספטמבר, כאשר 12 מטוסי מיג סוריים הופלו על ידי כוחות צה"ל. לאחר קבלה מוחלטת של מסקנות אלו, לא ניתן ערך רב מצד ראשי אמ"ן לסימנים חד-משמעיים שהעידו כי פני הערבים למלחמה. סיבה נוספת שגרמה להתעלמות מהסימנים המקדימים, היא התרעת המלחמה שלא התממשה במאי 1973, כחצי שנה לפני פרוץ מלחמת יום הכיפורים, שבעקבותיה הופעלה כוננות כחול לבן במשך ארבעה חודשים, עד שבוטלה חודשיים קודם לפרוץ המלחמה, בסופו של דבר התברר כי המצרים רצו לתקוף במאי אך הסורים התנגדו בעיקר מכיוון שחסרו את הטנקים החדישים מסוג T-62 וטילי הנ"מ מסוג SA-6.
כשלים מודיעיניים חשובים נוספים:
יש המונים בין כשלי המודיעין ניתוח שגוי של מטרות המלחמה המצריות. לפני המלחמה ובמהלכה מקבלי ההחלטות בישראל היו סבורים שהמצרים מתכוונים לפלוש לעומק סיני, ואולי אף לחדור אל תוך ישראל. ככל הנראה, הערכה זו לא הייתה נכונה, והמצרים מעולם לא התכוונו להגיע אל מעבר למטריית סוללות הנ"מ שנמצאו ממערב לתעלה.
בניגוד להערכת הכוונות של אמ"ן, אגף המבצעים סבר שסוריה ומצרים מתכננות מתקפה, והתנגד לגישת "הסבירות הנמוכה". ראשי אג"ם, ישראל טל ועוזרו לתכנון אברהם טמיר, התנגדו לעמדת הרמטכ"ל דוד אלעזר בדיון שהתקיים ב-30 בספטמבר 1973, ודרשו לגייס אוגדות ולהעלותן לרמת הגולן. גם ראש מחלקת המודיעין בחיל הים, רמי לונץ, וקצין קשר ואלקטרוניקה ראשי, שלמה ענבר, העריכו שצפויה מלחמה, ותרמו להיערכות חילותיהם.
ההערכות השגויות אומצו על ידי הדרג המדיני בראשות שר הביטחון משה דיין וראש הממשלה גולדה מאיר. המלך חוסיין נפגש עם גולדה מאיר מספר פעמים לפני המלחמה. הפגישה האחרונה התקיימה ב-25 בספטמבר 1973 בתל אביב, בה נכחו גם ראש ממשלת ירדן זייד אל-ריפאעי, מנכ"ל משרד ראש הממשלה מרדכי גזית, לו קדר, מזכירתה של מאיר, ובכירי אגף המודיעין שצפו והקשיבו לשיחה. לפי צבי זמיר, ראש "המוסד" באותה עת, המלך חוסיין התריע בפגישות אלה מפני מלחמה קרובה. לפיכך התייעצה גולדה עם שר הביטחון שאמר שהדברים ידועים והרגיע אותה.
בתום פגישה של זמיר עם סוכן "המוסד" אשרף מרואן שהתקיימה בלונדון בליל יום הכיפורים, העביר זמיר התרעה טלפונית על המלחמה העומדת להיפתח באותו יום, ובהמשך אותו לילה שלח מברק מפורט על תוכנית המלחמה של מצרים וסוריה, ובסופו הצעה של מרואן, שאליה הצטרף זמיר, "לסכל את הפתיחה במלחמה על ידי פרסום ידיעות על כך ברדיו ובעיתונות, אשר יוכיחו למצרים, כולל הפיקוד הצבאי כי הישראלים מכירים את התוכנית ומוכנים לה".
כשלים מבצעיים.
כשלים עד לקבלת הידיעה על מלחמה.
לצד הכישלון המודיעיני התאפיין צה"ל בשורה של כשלים מבצעיים שהקשו מאוד על התגובה בעת פרוץ הקרבות:
כשלים לאחר קבלת הידיעה על מלחמה.
גם לאחר קבלת הידיעה מסוכן המוסד על מלחמה אירעו שורה של כשלים עד לפרוץ האש:
השתלשלות המלחמה.
ביום הכיפורים עצמו, שעות לפני פרוץ המלחמה, הכריעה מאיר לגייס את המילואים לבקשתו של הרמטכ"ל דוד אלעזר, בניגוד לדעתו של דיין, שחשש שהעולם יראה זאת כהתגרות וכתוקפנות. עם זאת, היא סירבה להצעתו של הרמטכ"ל להנחית מכה מקדימה על שדות התעופה המצריים, מתוך הנחה שהצבא הסדיר מסוגל לבלום את האויב ומחשש שכך תמנע הגעת עזרה בינלאומית במהלך המלחמה. בשעות אלה, דרש שר החוץ האמריקאי קיסינג'ר מישראל לא להנחית מכה מקדימה, וקיבל אישור על כך מגולדה. גם אילו הייתה מונחת מכה מקדימה על שדות התעופה לא הייתה לכך השפעה ישירה על יכולתם של המצרים לצלוח את התעלה בחסות מטריית הנ"מ שלהם. המלחמה פרצה בעת דיונים על מכה מקדימה.
ביום שבת, 6 באוקטובר, יום הכיפורים, בשעה 13:55, פתחו הכוחות המצריים והסורים בהתקפה מתואמת מראש על כוחות צה"ל בדרום ובצפון. מהלך התקיפה הראשון כלל הפגזה ארטילרית כבדה לאורך כל החזית, ותקיפה אווירית רבת עוצמה בהיקף של כ-750 גיחות, מהן כ-450 נגד מטרות בסיני ובצפון, במטרה לפגוע בשדות תעופה ובמרכזי שליטה ובקרה של צה"ל. למרות מספר הגיחות הרב, הנזק שהן הסבו היה קטן יחסית. מ-9 באוקטובר עד ל-12 באוקטובר האמריקאים לחצו על הפסקת אש בקווי החזית הקיימים. ישראל סירבה וארצות הברית סיפקה לישראל נשק ותחמושת בהיקף מוגבל.
באמצע המלחמה, ב-12 באוקטובר, התקשה צה"ל להתמודד עם הדיפת הערבים אל מעבר לקווי הפסקת האש, ואף על פי שהסורים כבר נדחקו אל מעבר לקו הסגול המצרים עוד אחזו בחוזקה בגדה המזרחית של תעלת סואץ ועדיין הסבו אבדות גדולות לצה"ל בציוד ובנפש. הרמטכ"ל ראה צורך חיוני בהפסקת אש מהירה, מכיוון שמפקד חיל האוויר בני פלד הטעה ביודעין שחיל האוויר מתקרב לקו האדום מבחינת כמות המטוסים. גולדה קיבלה אז את ההמלצה לחתור להפסקת אש, במצב צבאי של יתרון מצרי, והודיעה על כך להנרי קיסינג'ר. לפי פרופסור ויליאם קוואנדט , עוזרו של הנרי קיסינג'ר בזמן המלחמה, קיסינג'ר לחץ על גולדה להסכים להפסקת אש מיידית כבר ב־12 באוקטובר, לאחר שישה ימי לחימה, והבטיח שמרגע הפסקת האש הנשק יסופק מידית. גולדה הסכימה, אך סאדאת דחה את ההצעה בטענה שמצרים מנצחת. בתגובה, וכדי שהצלחות ישראליות יביאו את סאדאת להסכים להפסקת אש, הורה נשיא ארצות הברית ריצ'רד ניקסון לפי המלצת קיסינג'ר על הפעלת רכבת אווירית לסיוע צבאי לישראל במסגרת מבצע ניקל גראס. הרכבת האווירית נועדה גם כדי להבהיר לסובייטים ולעולם כולו כי אספקת נשק סובייטי לערבים לא תשפיע על תוצאות המלחמה.
לפי יובל נאמן שהיה אחראי על הקשר עם ארצות הברית, ב-16 אוקטובר 1973 סאדאת איים על ישראל בטילים שישוגרו לתל אביב אם ישראל תפציץ ערים מצריות, ואכן 2 חטיבות טילי סקאד סובייטיות נראו כשהן פרושות במצרים ללא הסוואה, וכנראה עם ראשי נפץ גרעינים. בתגובה פרסה ישראל סוללה לא מוסווית של טיל יריחו.
השינוי החד לרעת המצרים החל מ-17 אוקטובר, התפרש במוסקבה כאסון, והסובייטים הפעילו לחץ כבד על האמריקאים לנסיגת ישראל. הלחץ הגיע לשיאו ב-24 באוקטובר במסר חריף מברז'נייב לנשיא ארצות הברית, יחד עם הכרזת כוננות סובייטית ותגבור של הפריסה הגרעינית הסובייטית בים התיכון. בתגובה הוציאו האמריקאים פקודת התרעה ליחידות שלהם.
האמריקאים רצו שבסיום הלחימה יהיו לשני הצדדים הישגים מספיקים ולכן קיסינג'ר רמז לישראל להמשיך בהתקדמות צבאית למרות הפסקת האש. אחר כך עצר את ישראל מלהשמיד את הארמייה המצרית השלישית הנצורה. בצל איום סובייטי להתערבות קונבנציונלית של ברית ורשה, וגרעינית באמצעות שתי חטיבות טילי סקאד גרעיניים באזור הדלתא של הנילוס, דבר שגרם לכוננות גרעינית בישראל, ולהעמדת הצבא האמריקני בכוננות שכללה כוננות גרעינית, שגרמה להסרת האיום הסובייטי. הפסקת האש נכנסה בשתי החזיתות לתוקף ב-24 באוקטובר.
בסוף המלחמה בדרום התבסס צה"ל ממערב לתעלת סואץ, החזית המצרית נפרצה, מערך ההגנה האווירית המצרי נפרץ, וכוחות צה"ל היו מרוחקים 101 ק"מ בלבד מקהיר. עם זאת, ארצות הברית מנעה מישראל לקצור את פירות הניצחון בחזית המצרית, כאשר הפעילה לחץ כבד מאוד על ישראל לפתוח את המצור על הארמייה הנצורה ולא להכניעה, ובכך מנעה מישראל ניצחון מזהיר וממצרים תבוסה מחפירה. בצפון אחז צה"ל בשטח שכבש מידי הסורים, והביא את דמשק לטווח תותחי צה"ל, אם כי הצבא הסורי בסיוע חיל המשלוח העיראקי הצליח לבסס קו הגנה חדש ופתח במלחמת התשה שנמשכה שבועות לאחר סיום הקרבות.