היה ברור כי המטבחים הציבוריים לא יצליחו להאכיל את כל תושבי הגטו וכי המוות מרעב הוא רק עניין של זמן, רחל אוירבך ציינה כי "התוצאה היחידה של עבודתו היא אולי רק זאת, שכל הגטו לא ימות בבת אחת, שהמוות יהיה מסודר", כלומר לדעתה המטבחים הציבוריים לא מנעו את המוות מרעב אלא רק דחו אותו למספר אנשים ובכך גרמו למוות הדרגתי מן הרעב.
האוכל שהאנשים הצליחו להשיג לא היה מספיק, "רבע כיכר לחם לא תגרש את הרעב", גם האנשים שהגיעו אל המטבחים הציבוריים לא יצאו משם מסופקים דבר שמצביע על אחת הבעיות המרכזיות שהינה אי יעילות של האוכל המחולק כלומר כי גם אם תקבל אוכל הוא לא יפתור כלום ותישאר רעב - דברים אילו מראים כי המטבחים הציבורים לא היו יעילים לעצירת הרעב אלא רק להאטו ואמנם ייתכן שהאנשים שנשארו בגטו בסוף ניצלו בעזרת תרומת המטבחיים לעיכוב הרעב
המטבחים הציבוריים ועונג השבת.
בשנת 1941 מזכיר שותף של עונג השבת פנה אל רחל אוירבך וביקש ממנה לכתוב עבור הארכיון. בנוסף לכך היא התבקשה לספק אוכל לאנשים זרים שכתבו את הארכיון או שנשלחו על ידי ראש ארגון עונג שבת רינגלבלום.
אוירבך סיפרה על המאבק של הגטו ברעב ותיעדה את הקולות של הקורבנות כיחידים וכקהילה, היא תיעדה פגישות בין ראשי המטבחים ודיונים על הדרכים שבהן ניתן להקטין את הרעב, על השפעת הרעב.
האקציה הגדולה.
ב-21 ביולי 1942, ערב תשעה באב תש"ב 1942, הגיעה אל בניין היודנראט קבוצה מצומצמת של אנשי אס אס ואס דה, ו-11 מחברי הנהלת היודנראט ששהו אותה עת בבניין ועימם עשרות פקידים, הועלו על כלי רכב והובלו אל בית כלא בוורשה. באותה העת עברה פלוגה של חיילים ברחובות הגטו, וביצעה ירי ללא הבחנה באנשי הגטו.
למחרת, ביום תשעה באב, הקיפו כוחות צבא רבים את הגטו. הרמן האפלה, קצין במטה להגליית יהודים, נכנס אל משרד יושב ראש היודנראט והורה לכנס את 13 חברי היודנראט שנותרו. הוא הודיע להם כי שלטונות הצבא עומדים לפנות את הגטו אל המזרח. מפינוי זה יהיו פטורים עובדי ה"שופים", המפעלים הגרמניים שבשטח הגטו וקרבתו, וכן פקידים ועובדי היודנראט, אנשי שירות הסדר היהודי, עובדי סעד, חולים במצב קשה ובני משפחה מדרגה ראשונה. המכסה שעל היודנראט לספק עמדה על 6,000 איש ליום, אשר יפונו אל ה"אומשלגפלץ" (גרמנית: כיכר השילוח) - רחבה שבין בנייני בית החולים ברחוב סטאבקי (Stawki). כל מפונה ייקח מטען של עד 15 ק"ג ומזון לשלושה ימים.
ביומיים הראשונים התנהל הפינוי כפי שדרשו הנאצים. ב-23 ביולי נדרש היודנראט להגדיל את הכמות ל-7,000 איש ביום, ויומיים אחר-כך ל-10,000 איש ביום. יו"ר היודנראט אדם צ'רניאקוב ידע כי כל היהודים הללו מיועדים להשמדה. בהבינו כי כל הבטחות הנאצים שניתנו לו בעבר הן חסרות שחר, נטל את חייו. עם התחלת השילוחים מהגטו, פעילי תנועת ההתנגדות היהודית בגטו החליטו שלא לצאת כנגד הוראות האס-אס, מתוך אמונה שהיהודים נשלחים למחנות עבודה ולא אל מותם.
לאחר התאבדותו החליטו הנאצים לתת "תמריץ" לאנשי שירות הסדר היהודי, והעניקו להם תעודות שחרור מהפינוי גם לקרובי משפחה מדרגה שנייה; ואכן, אנשי שירות הסדר היהודי פעלו בשיטתיות ולהיטות למשימה.
ב-19 באוגוסט חלה הקפאה בגירושים, אשר התחדשו לאחר מכן ב-3 בספטמבר. הנאצים הטילו סגר על שטחי המפעלים, ה"שופים", ודרשו לספק את מכסת היהודים בלי קשר למידת חיוניותו של העובד למפעל; היה זה מהלך בלתי צפוי לחלוטין - עד לאותו יום נחשבה תעודת העובד כמסמך של "ביטוח חיים" בשל החיוניות לכאורה של העובד לאינטרס הנאצי. למחרת, במוצאי שבת, פקדו הנאצים על שירות הסדר היהודי לגדר מתחם של רחובות בגטו ולהכניס לתוכו את כל יושבי הגטו, כשעימם מזון ליומיים. הפקודה בוצעה ביום המחרת והמוני היהודים הוזרמו למקום שזכה לכינוי "קוטיול" (הדוּד). במשך שבוע הוחזקו האנשים ב"דוד" הצפוף ועברו רישום מדוקדק על ידי אנשי אס אס. בכל יום פונו ממנו אנשים אל ה"אומשלגפלץ". בסך הכל פונו ממנו 50,000 בני אדם; 2,648 נורו בשל "הפרת הסדר" ו-60 התאבדו.
ב-21 בספטמבר, (יום כיפור), הקיפה פלוגת אס אס את גוש הבתים של הרחובות אוסטרובסקה וולינסקה - אזור מגוריהם של אנשי שירות הסדר היהודי ומשפחותיהם - הוציאו מהם 200 בני אדם וצרפו אותם אל הרכבת האחרונה של המפונים.
לפי מסמכי הגרמנים, במשך 58 ימי האקציה גורשו 300,000 גברים, נשים וילדים; כולם נשלחו להשמדה במחנה טרבלינקה.
בגטו נותרו לאחר מכן כ-50 עד 60 אלף יהודים בלבד. צביה לובטקין סיפרה על שחשו: "כשהתאספנו בגמר האקציה, ומאלפי חברינו נשארו מאות, התביישנו להביט איש בפני רעהו... התביישנו בכך שאנו חיים".
האקציה השנייה וההתנגדות הראשונה.
הגירוש הגדול שעבר הגטו הביא את היהודים למסקנה כי הגירוש הבא יבשר את סופו של הגטו. הגישה האקטיביסטית התחזקה משמעותית, וארגוני המחתרת גדלו. הארגון המחתרתי שהוקם זה מכבר, אי"ל, התרחב: אל בני הנוער נוספו פעילי מפלגות פוליטיות - הבונד, פועלי ציון שמאל והיהודים הקומוניסטים. ארגון המחתרת המקביל, אצ"י, המשיך בתהליך אגירת החימוש והציוד.
ב-18 בינואר 1943 החל גירוש נוסף בגטו. אקציה זו החלה בעקבות ביקור של היינריך הימלר בגטו 9 ימים קודם לכן, אשר בו הביע תרעומת על כך שתוכניות הפינוי אינן מתבצעות. הגרמנים פרסמו הוראה אשר לפיה על היהודים להתייצב מחוץ לבתיהם ולהציג את תעודותיהם; הוראה זו לא בוצעה על ידי יהודי הגטו. כיום ידוע כי כוונת הגרמנים לא הייתה לחסל את הגטו כליל, אולם ארגוני המחתרת ראו בכך סימן ופתחו בפעולות קרב. אל קבוצה בת כ-1,000 איש שאספו הגרמנים במטרה להעבירם אל עבר רחבת השילוחים הסתננו כ-30 לוחמי ארגון אי"ל. לאחר סימן מוסכם שלפו הלוחמים את כלי נשקם ופתחו בקרבות ירי פנים אל פנים כנגד השוטרים הגרמנים. מרדכי אנילביץ, אשר לחם עימם, היה הניצול היחיד מביניהם. במקום אחר בגטו התפתח קרב של קבוצה מבוצרת בפיקודו של יצחק צוקרמן, שבו נסוגו הגרמנים. אנשי הארגון אצ"י נלחמו בחוליות קטנות חמושות בנשק קל במספר קרבות רחוב, שחלקם הוכתרו כהצלחה. בסך הכל נפלו שישה מחברי הארגון.
בידי הגרמנים עלה לגרש בין 5,000 ל-6,000 יהודים באקציה זו, אשר נמשכה עד ה-22 בינואר. במהלכה סירבו היהודים להתייצב, חרף פקודת הגרמנים. בין היהודים שגורשו היו חברי יודנראט רבים, אשר התייצבו להוראת הגרמנים בסוברם כי תפקידם יקנה להם הגנה מפני הגירוש. היו גם יהודים לא מעטים אשר סירבו להיכנס אל קרונות הרכבות, או ברחו מהם.
תוצאותיו של הגירוש נתפסו ככישלון גרמני וכהצלחת כוחות ההתנגדות, תפיסה אשר דחפה את ארגוני המחתרת להעלות תוכנית אסטרטגית לקראת הקרבות העתידיים בגטו במקרה של גירוש סופי, וכן קירב את המחתרת הפולנית לסייע ליהודים בחימוש וכלי נשק. לאחר מאורעות ינואר איבדו היודנראט ושירות הסדר היהודי את האחיזה בגטו, וזו עברה לידי ארגוני המחתרת אשר אף החלו להתנקש במשתפי פעולה עם הנאצים. בזמן שלאחר מכן היו תושבי הגטו עסוקים בבניית בונקרים תת-קרקעיים ומקומות מסתור שבהם אוחסנו שתייה ומזון לתקופה ממושכת, לצד דרגשים, תרופות, פתחי אוורור וקווי חשמל מאולתרים. היו גם שניסו להימלט אל ורשה ה"ארית", אולם הגרמנים הפעילו מאמצים רבים ללוכדם. הכנות אלו של תושבי הגטו עלו בקנה אחד עם התארגנותם של אנשי המחתרות לקראת הקרבות האחרונים.
מרד גטו ורשה וחורבן הגטו.
החיסול הסופי של הגטו החל בערב פסח תש"ג, ה-19 באפריל 1943. הגטו כבר עמד בכוננות מסוימת, והרחובות היו ריקים מאנשים. כאשר נכנס אל הגטו כוח גרמני חמוש הוא הותקף על ידי לוחמי המחתרות היהודיות, אי"ל ואצ"י. טנק אשר הוכנס לגטו הוצת על ידי פצצות וחסם כוחות נוספים. בקֶרֶב הגרמנים נרשמו אבדות ומפקד כוח האס אס הסיג את כוחותיו לאחור. בשלושת הימים הראשונים של המרד התקיימו קרבות רחוב. ב-22 באפריל שינו הגרמנים את פעולתם והחלו להבעיר באופן שיטתי את בתי הגטו. בימים הבאים אחזו את הגטו להבות ענק, והשהייה בתוך מקומות סגורים הייתה לבלתי אפשרית. עם זאת, המשיכה להתנהל לחימה עיקשת של חוליות המחתרות בגטו. יהודים בגטו נאלצו לנטוש את בתיהם הבוערים וליפול אל ידי הגרמנים, אשר הובילו אותם אל רחבת השילוחים. לצד זאת היו רבים שהצליחו להמשיך ולהתחבא, מה שאילץ את הגרמנים לפוצץ ולשרוף את הגטו כולו. כ-6,000 יהודים נשרפו במחבואם או נחנקו בעשן. ב-8 במאי נפל הבונקר של מפקדת אי"ל, ובו מרדכי אנילביץ. בימי תחילת מאי כבר נפלו חלל גם רוב לוחמי האצ"י. ב-16 במאי הכריז הגנרל יירגן שטרופ, אשר הובא אל ורשה לצורך חיסולו של הגטו, כי הסתיימה האקציה. הוא דיווח כי "אין עוד רובע יהודי בורשה", ופקד לפוצץ את בית הכנסת הגדול של ורשה. עם זאת, שורדים בודדים ניהלו עוד מספר קרבות ירי עד יוני מתוך החורבות.
לפי רישומי שטרופ נתפסו 65,065 יהודים, שמתוכם נרצחו 13,292. 631 בונקרים ומקומות מחבוא נהרסו. הנותרים בחיים הועברו אל מחנה ההשמדה טרבלינקה.
לאחר חורבן הגטו.
באוגוסט ובאוקטובר 1943 הובאו לשטח הגטו שתי קבוצת יהודים יווניים מאושוויץ-בירקנאו לצורך פירוק לבנים מהמבנים בגטו. לבנים אלו הוצאו מהגטו על ידי עגלונים פולנים שסיפרו על רעב כבד אצל פועלי הכפייה. לאחר מכן הגיעו פועלי כפייה יהודים נוספים, הונגרים ואחרים, כדי להחליף את העובדים שמתו.
במהלך פינוי הלבנים נמצאו בונקרים ומקומות מחבוא בהם הסתתרו עדיין יהודים. רובם נרצחו במקום ומקצתם נשלחו להשמדה באתרים אחרים.
בינואר 1944 פרצה מגפת טיפוס אצל עובדי הכפייה שעסקו בפינוי אבני הגטו, ועם התקרבות החזית ונסיגת הגרמנים הוצעדו הנשארים למחנה הריכוז דכאו. ומשם נשלחו למחנות עבודה אחרים.