במסגרת ניהול מחלקת הבריאות הוא אף יזם את המחקר המדעי המחתרתי על הרעב והיה הרוח החיה שעמדה מאחוריו. הוא אפשר לקבוצת מדענים ורופאים בגטו לארגן בסודיות בית ספר לרפואה ותמך בקיומן של הרצאות והשתלמויות לרופאים שנעשו בסתר. במבוא למחקר הרעב שנערך בגטו ד"ר מילייקובסקי כתב:
המחקר החל בפברואר 1942 ונמשך כחמישה חודשים. כאשר ההקצאה היומית בגטו הייתה 180 קלוריות, הבין מילייקובסקי שכדי לשרוד את הרעב צריך לחקור אותו. יחד עם מאות רופאים יהודים, ביניהם המובילים בתחומם באירופה, הקים מילייקובסקי שתי מערכות – אחת גלויה שתפקידה לטפל בחולים בגטו, והשנייה מערכת רפואית סודית, מחתרתית. כ-800 רופאים ורופאות, מדענים וכו' לקחו חלק באותו מחקר מחתרתי שעמד בראשו מילייקובסקי מחקר זה התמקד בפתולוגיית הרעב ומנגנון הרעב של גוף האדם. למילייקובסקי לא היו אשליות לגבי הגטו. זו הייתה קללה עבורו שבה היהודים נאלצו להפוך לחיות ראווה שמנסות לשרוד. בשנת 1942, כשהגרמנים החלו לפנות את גטו ורשה, הבין ד"ר מילייקובסקי שהוא חייב לסיים את המחקר. בינואר 1943 הוא נעצר על ידי הגרמנים ובכך הגיע סופו של המחקר הנרחב שערך.
בזמן מלחמת העולם השנייה.
החיים בגטו.
בהיותו בן 53 ולאחר שהתאלמן, פלשה גרמניה לפולין ובורשה הוקם הגטו שכלל בתוכו את מקום מגוריו של ד"ר מיליקובסקי. בתו היחידה חיה מחוץ לשטחו של הגטו ולא נאלצה לעבור לחיות בתחומו. מכל משפחתו היה בגטו ככל הנראה רק אחיו אברהם, גם הוא בנוסף למילקובסקי ולעוד חברי משפחה היה רופא.
ד״ר מיליקובסקי עמד בראש האיגוד הרפואי היהודי בגטו שהיו בו יותר משמונה מאות רופאים. הוא עמד גם בראש המחלקה לבריאות, לרפואה ותברואה ביודנראט של גטו ורשה ובתפקידו זה היה אחראי על מערך הרפואה בגטו שלו הוקדש חלק נכבד מתקציב היודנראט. תפקיד זה נחשב כבעל חשיבות יתרה, מעמד וכוח אותו הוא מילא עד מותו. בתקופת הגטו המשיך מילייקובסקי להתרועע עם בני חוגו, אנשי האינטליגנציה היהודית. עם בני חוגו אלה נהג לבלות במפגשי עונג שבת שנערכו אצל מנחם קירשנבוים, מנהיג "הציונים הכלליים" בגטו.
בית הספר המחתרתי לרפואה.
בגטו השתוללה מחלת הטיפוס וממנה מתו רבים. מילייקובסקי נתפס כאחראי לטיפול בנושא הן בעיני הגרמנים והן בעיני היהודים. מיליקובסקי ספג ביקורת בנושא הטיפול במגפת הטיפוס לא רק מהגרמנים אלא גם מתוך ציבור הרופאים היהודיים. לאור אי שביעות רצונם של הגרמנים מהטיפול במגפת הטיפוס, כאשר הגיעה ההצעה מטעם היודנראט לפתוח קורס לסניטציה ולהכשיר אנשים בתחום התקבל הדבר בברכה על ידי השלטונות הגרמנים. הגרמנים הסכימו להצעתו של היודנראט לקיים שני קורסים לסניטציה בתחומי הגטו. בכך נפתח פתח להקמת מוסד יוצא דופן - בית ספר לרפואה, מתחת לאפם של הגרמנים הנאצים, שפעל תחת סיפור כיסוי של קורס להיגיינה ובריאות הציבור משנת 1941, עד האקציה הגדולה ביולי 1942. מוסד זה שפעל במשך כשנה וחצי תפקד כפקולטה מחתרתית לרפואה בגטו ורשה לכל דבר. הלימודים נערכו בבניין נטוש של גימנסיה לשעבר, ליד חומת הגטו. על לוח הכיתה נרשמו באופן קבוע נוסחאות ושמות של חומרי חיטוי ואילו על הרצפה פוזרה אבקת חיטוי להסוואת תוכנם האמיתי של השיעורים. כ-500 סטודנטים הוכשרו במוסד זה ברמות שונות וכ-14 מרצים לימדו בו. לגטו ורשה נכנסו רופאים רבים, בהם בעלי שם בתחומי רפואה שונים, וכמו כן גם סטודנטים לרפואה שלימודיהם הופסקו בעל כורחם עקב המלחמה. שילוב זה יחד עם תעוזתו של מילייקובסקי כראש מחלקת הרפואה והתברואה, יחד עם רופאים מאוניברסיטת ורשה כגון פרופ' ויטולד אורלובסקי ופרופ' אדוארד לוט, יצרו את אחת התופעות הבלתי יאומנות בגטו תוך סיכון חיים בלתי רגיל. תוכניות ההוראה נלמדו בהתאמה ללימודים בפקולטה לרפואה של אוניברסיטת ורשה. תלמידים בשנתיים הראשונות ללימודיהם למדו מקצועות יסוד כביולוגיה, כימיה, אנטומיה והיסטולוגיה, ותלמידים מתקדמים יותר למדו מקצועות קליניים והתמחו בבתי החולים בגטו.
פרופ' הירשפלד לימד בפקולטה, וכתב : "אוירה מוזרה שררה בהרצאות אלה... הן התקיימו בין חמש לשמונה בערב. לעיתים קרובות היה הכרח להרצות לאור נרות, כי החשמל היה נפסק. מפעם לפעם שמענו ירייה. אז ידענו: יהודי נהרג בידי שוטרים".
בזכות שיתוף פעולה בין רופאים יהודים לעמיתיהם הפולנים כדוגמת פרופ' אדוארד לוט, אוניברסיטת ורשה הכירה בבית הספר המחתרתי כמוסד אקדמי לכל דבר והעניקה תואר פרופסור לחלק מהמרצים כך שיוכלו להכשיר סטודנטים לרפואה גם בתחומי הגטו. כמו כן דאגה לחומרי הלימוד, חומרים וכלים. נוסף לכך, התחייבה הפקולטה לרפואה לקבל אליה עם סיום המלחמה את הסטודנטים היהודים ולהכיר בלימודים אותם למדו בתקופת שהותם בגטו. הפולנים אכן עמדו בהבטחה - רבים מהסטודנטים ששרדו התקבלו לאוניברסיטאות עם סיום המלחמה היישר לשנה השלישית, ללא בחינות, על בסיסי לימודיהם וציוניהם בבית הספר המחתרתי בגטו. מקצתם נעשו לפרופסורים ולרופאים ידועי שם בכל העולם. מילייקובסקי, כמי שעמד בראש מחלקת רפואה ותברואה, דאג לתקצוב הדפסת חומרי הלימוד. הוא גם לימד בעצמו ואף נאם בפתיחת הפקולטה .
מחקר הרעב (כולל סופו).
ד"ר מילייקובסקי חש שנחוץ לעולם לדעת על מצב הרעב, והציע לנצל את התנאים הקשים והבלתי אנושיים ששררו בגטו כדי שהשפעות הרעב יתועדו על ידי טובי המוחות הרפואיים בגטו וכאלה לא חסרו. במציאות של הגטו - רעב, ייאוש ומוות הוא רצה להביט על הדברים מנקודת מבט אמפירית ולהמשיך בעבודה מדעית ואינטלקטואלית, כחלק מהמאבק לאחוז בנורמליות במציאות א-נורמלית.
מילייקובסקי יזם את המחקר הזה, לקח בו חלק פעיל כחוקר, היה הרוח החיה מאחוריו, ערך אותו וסיכם אותו. בראש הצוות שאסף עמדו ד"ר אמיל אפלבוים, ראש המחלקה הקרדיולוגית בבית החולים צ'יסטה. ד"ר יוליאן פליידרבאום, בוגר אוניברסיטת פטרוגראד (סנט פטרבורג), פנימאי מוינה שהגיע לוורשה כפליט והיה כעת מנהל בית החולים סטווקי; ד"ר אנה בראודה-הלר, רופאת ילדים ידועה בפולין והמנהלת הרפואית של בית החולים לילדים באומן-ברסון; ד"ר מיצ'לב קוצן (כהן) מלודז', מומחה למחלות דם; ד"ר יוסף שטיין, פתולוג ומנהל בית החולים צ'יסטה; פרופ' לודוויג הירשפלד, מומחה לבקטריולוגיה ואימונולוגיה, ואחרים.
המחקר עסק בהשפעות הרעב על בני האדם, ונערך מפברואר 1942 ועד האקציה הגדולה כחצי שנה לאחר מכן, ב-22 ביולי 1942 .הרופאים ביצעו מחקר קליני, פתולוגי, היסטולוגי, כימי, ביולוגי והמטולוגי על פי נתונים מפורטים שאספו מחולי הרעב. לימים, המחקר עורר עניין רב, תורגם לכמה שפות, נחקר במאמרים ובספרים אחרים ונדון ארוכות בכנסים רפואיים. מחקר הרעב היה אחד המפעלים המדעיים העצומים שנעשו בגטו ורשה בפרט, ואולי בעולם הרפואה של אותם שנים בכלל. בנוסף, יוזמה זו, שלא הייתה יוצאת אל הפועל ללא מחויבותם של הרופאים ובראשם ד"ר מילייקובסקי, הייתה לאחת העדויות המהימנות למצבם הבריאותי של יושבי גטו ורשה. המחקר סוכם בידי מילייקובסקי, הוברח אל מחוץ לגטו והושם למשמורת בידי פרופ' ויטולד אורלובסקי מאוניברסיטת ורשה שדאג לפרסומו עם סיום המלחמה.
מיליקובסקי וחבריו למחקר ראו במחקרם כ"התשובה היחידה למרצחים". במהלך השנים הנושא לא זכה למחקר היסטורי ולהנצחה. בשנים האחרונות ישנה התעניינות מחודשת בפרטי המחקר לימור בן חיים, דיאטנית קלינית, נסעה בשנת 2018 עם משלחת רפואית מטעם בית החולים איכילוב לפולין והתוודעה למחקר הרעב פורץ הדרך שרופאים יהודים ביצעו בגטו. היא חזרה משם חדורת מטרה להנגיש את ממצאיו לאנשי המקצוע ולציבור. מחקר הרעב מתקשר לנושא הדיאטני ותורם לחקר הפרעות נפשיות שקשורות ברעב כמו אנורקסיה וכו.
בנוסף למשלחת, ערוץ התאגיד כאן 11, הוציא ב 20 באפריל 2020 סרט דוקו על מחקר הרעב, שנקרא ״רעב - מחתרת רופאי גטו ורשה״ בסרט מספרים על גבורתם של רופאי גטו ורשה כפי שתועדה מרופאים וחוקרים שורדי שואה שהיו חלק במחקר. בתוכנית ניתן לראות הקלטות מיוחדות שערך החוקר הקנדי ד"ר צ'ארלס רונלד במהלך שנות ה-80'. הוא ראיין חמישה עשר אנשי רפואה יהודיים שהשתתפו במיזם יחיד במינו בגטו ורשה - מחקר הרעב.
על הפעילות הציבורית בגטו, ובין היתר על מחקר הרעב שאותו יזם סיפר מיליקובסקי:
"בנוסף, עבודה שקטה וצנועה נמשכת גם בתחומים אחרים... מטבחים ציבוריים, קורסים רפואיים, כמו גם לימודים אחרים על מנת לעזור לדור הצעיר לגדול עם מיומנויות. מחקר רפואי אינטנסיבי נערך בנושא מוות כתוצאה מרעב וטיפוס. החומר הרפואי (לרוע המזל, השופע) נלמד כולו ותוצאות רפואיות כוללניות של המחקר מצויות בהכנה... אנחנו פשוט רוצים יותר מאוחר... להיות מסוגלים להראות לעולם שאפילו הניסיונות הנוראיים האלו לא שוברים אותנו. ברגע זה ממש וועידה מדעית קטנה מתקיימת בבית החולים מוקדשת לבעיות הגטו שכוללות מסמכים מדעיים, כתבות ושיחה. התוצאה של עבודה זו תתפרסם בשלב מאוחר יותר, כך אני מקווה, ותמשוך התעניינות גדולה בכל העולם..."
חיים אישים.
ישראל מילייקובסקי נולד למאיר ובילה, לבית אנצלביץ, ב-17 ביולי 1887. בעיירה קטנה בשם קְרֶבֹו (קרעווא, Krewo )שבנפת אושמיאנה (Oszmiana) ,בלארוס של היום. מכלל 2201 התושבים שהתגורר בקרבו בשנת 1897 היו כ-809 יהודים, וביניהם משפחת מילייקובסקי.
משפחתו נמצאה במעמד כספי ותרבותי מכובד. על עושרו של האב, מאיר מילייקובסקי הסוחר, תעיד גם העובדה כי שלח את שלושת ילדיו ללימודים גבוהים: אברהם באוניברסיטת קייב ואילו ישראל ופניה באוניברסיטת וורשה. הבנים שניהם למדו רפואה.