קרטר סירב לאפשר לשאה להיכנס למדינה, גם לצורך טיפול רפואי. ב-22 באוקטובר, החליט קרטר להכניס את השאה לארצות הברית לצורך טיפול בסרטן. לאחר מכן עבר השאה לפנמה ב-15 בדצמבר 1979. בתגובה לכניסת השאה לארצות הברית, ב-4 בנובמבר, צרו מאות סטודנטים איראנים על השגרירות האמריקנית בטהראן, בעקבות קריאה של ח'ומייני לפגוע באינטרסים אמריקניים וישראליים, ובכך התחיל משבר בני הערובה באיראן. היה בכך שילוב של הפגנת כוח של השלטון החדש כנגד ארצות הברית, ונקמה על עשרות שנות תמיכה בשלטון העריץ של השאה. אחרי ששישה מהאמריקנים הצליחו לברוח בחסות המהומה, והנשים והאפרו-אמריקאים שוחררו לאחר מספר ימים, נותרו בשגרירות 52 בני ערובה. האיראנים דרשו:
קרטר הטיל מיד חרם על יצוא הנפט האיראני, הקפיא נכסים איראנים בארצות הברית וגירש מהמדינה אזרחים איראניים, עוד ב-14 בנובמבר 1979. הנכסים המוחרמים היו בשווי של שמונה מיליארד דולרים. על אף מות השאה במצרים ביולי 1980, קרטר סירב לתנאים. קרטר פנה לתכנון פעולה צבאית לשחרור בני הערובה – החלטה שהובילה להתפטרות מזכיר המדינה ואנס. בליל 24–25 באפריל יצא מבצע טופר העיט לפועל, אולם מספר מסוקים שובשו בשל סופות חול, ומסוק אחד התרסק ושמונה חיילים נהרגו. האיראנים הציגו לראווה את המסוקים ואף את גופות החיילים האמריקאים שהושארו מאחור. הייתה זאת מכה קשה עבור אמריקה וקרטר בראשה.
אחרי מותו של השאה ביולי, ותחילת מלחמת איראן–עיראק בספטמבר 1980 הבשילו התנאים למשא ומתן על שחרור החטופים, אך הוא החל רק לאחר הפסדו של קרטר בבחירות – הפסד שפרשת בני הערובה תרמה לו רבות. בימים לפני כניסתו של רייגן לתפקיד, נפתח המשא ומתן לשחרור בני הערובה. לבסוף בני הערובה שוחררו ביום האחרון לכהונתו של קרטר, 20 בינואר 1981. קרטר חתם על צווים ששחררו נכסים איראניים ואת נכסי השאה, והבטיח שארצות הברית לא תתבע את איראן בנושא בני הערובה. איראן גם הסכימה להקציב חלק מהסכום (כשני מיליארד דולרים) כפיצוי לשבויים. קרטר קיבל את פניהם של השבויים בבסיס חיל האוויר האמריקאי בגרמניה.
מלחמת איראן–עיראק.
לאחר המהפכה האיראנית, המשיך לראות ממשל קרטר את איראן כחומת מגן מול עיראק וברית המועצות, ולכן ניסה ליצור ברית אסטרטגית עם ממשלתה הזמנית של איראן בראשות מהדי באזרגאן. האיראנים היו מעוניינים במודיעין אמריקני על עיראק, ולכן האמריקנים הסכימו להעניק להם מידע על ההכנות הצבאיות של עיראק לקראת הפלישה לאיראן. במרץ 1979, הזהיר הפנטגון שעיראק מתכננת לפלוש אל ח'וזסתאן, המחוז העשיר בנפט באיראן, ומנסה לעודד התקוממות בקרב הערבים תושבי המקום. האיראנים עצמם לא פעלו בהתאם להנחיות, ולא היו מוכנים למלחמת איראן–עיראק. בספטמבר 1980 פלשה עיראק אל איראן, לאחר תקופת מתח בין שתי המדינות, כולל היתקלויות בגבול וקריאות מצד חומייני לשיעים למרוד במפלגת הבעת', כולל האשמות מצד איראן שעיראק מממנת מורדים באיראן. חוסיין שאף לכפות את הסכם אלג'יר על איראן, והמצב הלא יציב באיראן הוביל אותו לנסות לפלוש אליה.
המנהיגים האיראנים חומייני ועלי ח'אמנאי האמינו שארצות הברית נתנה לעיראק "אור ירוק" לפלישה, דבר אותו הכחישו אנשי ממשל. רוב העולם הערבי מאמין שארצות הברית תמכה בפלישה. האיראנים חשדו בשימוש בעיראק לצורך השגת קלף מיקוח בנושא בני הערובה עוד לפני הפלישה, כפי שכתב קרטר ביומנו באפריל 1980. הסיבות לכך היו שממשל קרטר שאף לפיוס עם עיראק. לאחר הניתוק ביחסי איראן-ארצות הברית, האמריקנים והעיראקים החלו בהתקרבות, ששיאו היה בנאום בו חוסיין גינה את הפלישה הסובייטית לאפגניסטן. ה-CIA שמר קשר עם האופוזיציה האיראנית, וגם זאת עודדה את חוסיין לפלוש. הפיכת נוז'ה הכושלת נגד חומייני רק החריפה את החשד האיראני בארצות הברית. באוגוסט, נסע חוסיין אל ערב הסעודית וח'אלד, מלך ערב הסעודית נתן את ברכתו לפלישה. בסיכומו של דבר, רוב החוקרים טוענים שארצות הברית לא אישרה את הפלישה לאיראן, בעיקר בשל הסיכון לבני הערובה.
ב-9 באפריל, התקבל מידע מודיעיני לפיו עיראק עשויה לפלוש לאיראן. ב-11 באפריל הבהיר ניתוח של ה-CIA שעיראק מתכוונת לפלוש באופן ודאי לאיראן ולהשיג תמיכה אמריקנית בנושא. קרטר עצמו טען שהחשש שבני הערובה יוצאו להורג במקרה של פלישה הייתה הסיבה לאישור מבצע טופר העיט ב-24 באפריל. ממשל קרטר זלזל ברצינות כוונותיו של חוסיין לפלוש לאיראן. עם תחילת המלחמה, נקט קרטר במדיניות נייטרלית. מדינות המפרץ הפרסי סירבו לסייע לעיראק במלחמה. באוקטובר ייעץ בז'ז'ינסקי לקרטר לנסות לסייע לאיראן כדי לאלץ את עיראק לסגת, כדי לחסום התפשטות סובייטית. ארצות הברית מנעה משלוחי נשק מירדן לאיראן, אולם אישרה משלוחי נשק ממצרים לעיראק, זאת בתמורה לכך שעיראק תחדש את יחסיה הדיפלומטיים עם מצרים, שהייתה מבודדת מאז הסכם השלום עם ישראל. בנוסף הבטיחה ארצות הברית את יכולתה של עיראק לייצא נפט במפרץ. רונלד רייגן תמך בעיראק בהמשך המלחמה. מחלקת המדינה המליצה לתמוך באיראן לצורך פיוס עתידי. קרטר ביקר אותו על כך.
קובה ופנמה.
קרטר קיווה להקל על היחסים עם מדינות אמריקה הלטינית, והצליח להגיע להסכמים שקבעו שפנמה תקבל את השליטה על אזור תעלת פנמה ב-1999. הציבור האמריקאי, בעיקר השמרנים, התנגד לכך, וטען שקרטר מוותר על "נכס אסטרטגי". שמרנים ניסו להכשיל את ההסכם, וקרטר הטיל את כל כובד משקלו, כשהוא משיג מעט יותר מהרוב של שני השלישים הדרושים כדי לאשרר את ההסכם.
במהלך כהונת קרטר, התרחשה הגירה המונית של קובנים לארצות הברית וקרטר אישר זאת, בין 15 באפריל ל-31 באוקטובר 1980. הדבר נגרם בגלל הידרדרות הכלכלה הקובנית שהובילה למתחים באי ולבריחה של 10,000 קובנים לשגרירות הפרואנית. ממשלת קובה אישרה לרוצים בכך לעזוב, וכך החלה הגירה המונית, אותה ארגנו קובנים-אמריקנים. לאחר שהתברר שמספר רב מהגולים שוחררו מבתי כלא וממוסדות לחולי נפש, ההגירה פגעה בקרטר. לבסוף הסכימו שתי הממשלות באוקטובר 1980 לעצור את ההגירה. עד אז, כ-125,000 קובנים עברו לפלורידה.
המזרח הרחוק.
קרטר ניסה להמשיך את מדיניות ניקסון ולהתקרב אל הרפובליקה העממית של סין. ב-1979, הוא הציע הכרה דיפלומטית בסין. ההחלטה הובילה לעלייה בסחר בין ארצות הברית וסין. בינואר 1980, ביטל קרטר באופן חד צדדי את הסכם ההגנה האמריקני עם הרפובליקה הסינית, שבמהלך מלחמת האזרחים הסינית איבדה את שליטתה בסין היבשתית וגורשה לאי טאיוואן. הרפובליקנים השמרנים בהנהגת בארי גולדווטר ניסו לתבוע את קרטר בבית המשפט העליון על כך, אולם התביעה נדחתה על ידי בית המשפט אשר קבע שהנושא פוליטי ואינו שפיט. ארצות הברית המשיכה את קשריה עם טאיוואן.
ב-9 במרץ 1977, במהלך מסיבת עיתונאים, הודיע קרטר על כוונתו להסיג באופן הדרגתי את החיילים האמריקנים מקוריאה הדרומית כדי שהמדינה תוכל להגן על עצמה מפני קוריאה הצפונית. ב-21 באפריל 1978, הכריז קרטר על הקטנת החיילים האמריקנים שהוצבו בקוריאה הדרומית בשני שלישים עד לסיום השנה. בין 30 ביוני ו-1 ביולי 1977, נפגש עם פאק צ'ונג-הי, נשיא קוריאה הדרומית, ושוחח איתו על היחסים בין המדינות.
ממשל קרטר הגביר את מכירת הנשק לממשלת סוהארטו האינדונזית במהלך כיבוש מזרח טימור. בריאיון, טען סגן מזכיר המדינה ריצ'רד הולברוק שהיה זה אינטרס אמריקני: אינדונזיה הייתה המדינה בעלת האוכלוסייה החמישית בגודלה בעולם, לא הייתה מזוהה עם הגושים במלחמה הקרה, הפיקה נפט והייתה במקום אסטרטגי. במהלך כהונת קרטר, קיבל משטר סוהארטו האוטוקרטי כל שנה נשק בשווי של כשישים מיליון דולרים, כפול מתקופת פורד שנעשה עקרונית נגד מדיניות ההתחשבות בזכויות האדם של קרטר. בריאיון ב-2007, טען קרטר שלא תודרך כראוי בנושא מזרח טימור והיה עסוק בנושאים אחרים בעולם.
ביקורים בינלאומיים.
קרטר נסע מחוץ לארצות הברית שתים עשרה פעמים ל-25 מדינות במהלך כהונתו.
האשמות וחקירות.
בארט לאנס, אחראי התקציב בממשל קרטר, התפטר ב-21 בספטמבר 1977, בגלל האשמות בפעילות בנקאית מושחתת לפני מינויו. הוא היה אחד מחבריו הקרובים של קרטר. לאנס עמד למשפט אולם זוכה. הפרשה הביכה את קרטר, ובנוסף גם התרחשה מעט זמן לאחר פרשת ווטרגייט.
באפריל 1979, מינה גריפין בל, התובע הכללי, את פול קורן בתור יועץ מיוחד לחקירת הלוואות שניתנו לעסקי הבוטנים של קרטר בידי הבנק של בארט לאנס. בניגוד לתובעים המיוחדים שנקבעו לפרשת ווטרגייט, קורן היה יועץ מיוחד, ולכן לא יכול היה להגיש כתבי אישום אלא באישור סגן התובע הכללי. קרטר היה לנשיא המכהן הראשון שהעיד תחת שבועה כחלק מחקירה שלו עצמו. החקירה הסתיימה באוקטובר 1979, וקורן הכריז שלא נמצאו ראיות שהעידו שהלוואות מהבנק של ג'ורג'יה נמסרו למסע הבחירות של קרטר.
דייוויד מרסטון מונה בידי הנשיא פורד לכהן כתובע המחוז המזרחי של פנסילבניה. הוא חקר חבר דמוקרטי בבית הנבחרים עבור כסף שקיבל, שנטען שהיה חלק ממענק ממשלתי לבית חולים באזור. התובע הכללי בל פיטר את מרסטון. ב-1978 הפסיד חבר בית הנבחרים בבחירות, וכעבור שלושה חודשים הודה בניגוד עניינים, מה שהוביל למאסר על תנאי בן חמש שנים וקנס של עשרת אלפים דולרים.
הבחירות לנשיאות 1980.