גם עם מתנה של הרגע האחרון בסך 4,000 ליש"ט מדודנו של שקלטון, ויליאם בל, עוד לא הגיעה המשלחת לסכום הנדרש בסך 30,000 ליש"ט, אבל די היה בכך כדי להשלים את הכשרת הספינה להפלגה. גיוס התרומות נמשך באוסטרליה לאחר שהגיעה הספינה לשם; עוד 5,000 ליש"ט ניתנו כמענק מממשלת אוסטרליה, וממשלת ניו זילנד העניקה 1,000 ליש"ט. בדרך זו, ובתוספת עוד הלוואות ותרומות קטנות יותר, נצברו 30,000 הליש"ט, אף כי עד תום המשלחת הגיעו סך העלויות, לפי אומדנו של שקלטון, לכדי 45,000 ליש"ט. בסופו של דבר נדרש מענק של 20,000 ליש"ט מן הממשלה הבריטית כדי לאפשר לשקלטון לשלם לאנשים שערבו לו, וסביר להניח, שכמה חובות נמחקו.
שקלטון ציפה להרוויח סכומים גדולים מן הספר שכתב על המשלחת ומהרצאות. הוא גם קיווה להפיק רווח ממכירות בולי דואר מיוחדים, שיישאו את חותמת משרד הדואר של אנטארקטיקה, ששקלטון, במינוי זמני של מנהל דואר מטעם ממשלת ניו זילנד, התכוון לייסד שם. אף לא אחת מן התוכניות האלה נשאה את פירות העושר המקווים, אף כי משרד הדואר קם והיה בכף רוידס ושימש לקבלה והעברה של דואר המשלחת. משרד דואר אנטארקטי נוסד באיי אורקני הדרומיים ב-1904 בתחנה המטאורולוגית אורקדאס, על ידי המשלחת הסקוטית הלאומית לאנטארקטיקה בראשות ויליאם ספירס ברוס.
סגל המשלחת.
שקלטון קיווה לגייס קבוצת ייצוג חזקה ממשלחת דיסקברי, והציע לעמיתו מן המשלחת, אדוארד וילסון את משרת המדען הראשי ואת תפקיד סגנו. וילסון סירב, על יסוד עבודתו עם הוועדה של משרד החקלאות, הדייג והמזון של הממלכה המאוחדת לחקר מחלת תרנגול הבר. סירובים הגיעו מאנשי "דיסקברי" נוספים - מייקל בארן, רג'ינלד סקלטון ולבסוף ג'ורג' מאלוק, שגילה שלא במתכוון לשקלטון, שכל קציני דיסקברי התחייבו לסקוט ולתוכניותיו למשלחת שעוד לא הוכרזה. אנשי "דיסקברי" היחידים שהצטרפו לשקלטון היו שני הקצינים הזוטרים, פרנק ויילד וארנסט ג'ויס. נראה ששקלטון הבחין בג'ויס בקומה העליונה של אוטובוס שעבר על פני משרדי המשלחת בלונדון, ומישהו נשלח לאתר אותו ולהביאו למשרדו.
סגנו של שקלטון - אם כי דבר זה לא הובהר עד שהמשלחת הגיעה לאנטארקטיקה - היה ג'יימסון אדמס, סגן במילואי בצי המלכותי, שוויתר על ההזדמנות לקבל משרת קצין בקבע כדי להצטרף לשקלטון. אדמס פעל גם כמטאורולוג המשלחת. גם רב החובל של "נמרוד" היה קצין צי במילואים, רופרט אינגלנד; ג'ון קינג דייוויס בן ה-23, שיעשה לו שם בהמשך כרב חובל אנטארקטי, מונה ברגע האחרון לקצין ראשון. אניאס מקינטוש, קצין בצי הסוחר בקו הספנות Pֲ&amp;O היה במקור קצין שני, אבל בהמשך הועבר לקבוצת החוף ומחליפו בתפקיד קצין שני היה א. א. הארבורד. בקבוצת החוף היו גם שני רופאים, אליסטר מקיי ואריק מרשל, ברנרד דיי המומחה למנועים, וסר פיליפ ברוקלהרסט, החבר התורם, שצורף לסגל כעוזר גאולוג.
הבטחה לסקוט.
הודעתו של שקלטון מפברואר 1907, שבדעתו לקבוע את בסיס המשלחת שלו במטה הישן של משלחת דיסקברי, עוררה את תשומת לבו של סקוט, שתוכניותיו העתידיות לאנטארקטיקה עוד לא הובאו בשלב זה לידיעת הציבור. במכתב אל שקלטון תבע סקוט זכות קדימה על מצר מקמרדו. "אני מרגיש, שיש לי זכות מסוימת לתחום העבודה שלי עצמי", כתב, והוסיף: "כל מי שיש או היה לו עניין בחקר ארצות יראה חבל ארץ זה כשייך לי, קודם כל ולפני הכל". הוא סיכם את מכתבו בהזכירו לשקלטון את חובת הנאמנות שלו כלפי מפקדו לשעבר.
תשובתו הראשונית של שקלטון הייתה מרצה: "הייתי רוצה להתאים את עצמי להשקפתך עד כמה שאפשר, בלי ליצור מצב, שיהיה בלתי אפשרי בשבילי לעמוד בו." ואולם אדוארד וילסון, ששקלטון ביקש ממנו לתווך ביניהם, נקט עמדה קשוחה עוד יותר מזו של סקוט. "אני חושב שאתה צריך להסתלק ממצר מקמרדו", כתב, ויעץ לשקלטון שלא לערוך שום תוכניות עבודה מכל מקום שהוא בתחום ים רוס כולו, עד שסקוט יחליט "אילו גבולות הוא שם לזכויותיו הוא". לכך ענה שקלטון: "אין ספק בלבי, שזכויותיו מסתיימות בבסיס שביקש לעצמו [...] כפי שאני רואה זאת, הגעתי לקצה הגבול שלי ורחוק מזה לא אלך".
העניין נשאר ללא פתרון כשסקוט חזר משירותו הימי במאי 1907. סקוט לחץ לקבוע קו תיחום ב-170° מערב - כל דבר מערבית לקו זה, לרבות האי רוס, מצר מקמרדו וארץ ויקטוריה, יהיו בחזקתו של סקוט. שקלטון, שעניינים אחרים העסיקו אותו, ראה עצמו נאלץ לוותר. ב-17 במאי חתם על הצהרה בה קבע כי הוא "משאיר את מצר מקמרדו לך", ויחפש מעגן בנקודה מרוחקת יותר מזרחה, או במפרץ הלווייתנים, שבו ערך ביקור קצר במשלחת דיסקברי, או בארץ אדוארד השביעי. הוא לא ייגע כלל בחופי ארץ ויקטוריה. הייתה זו כניעה לסקוט ולוילסון, שממנה השתמע ויתור על מטרת המשלחת, להגיע לקוטב הדרומי המגנטי שנמצא בתחומי ארץ ויקטוריה. היסטוריון הקטבים בו ריפנבורו סבור, שהייתה זו "הבטחה שאסור ובלתי מוסרי היה לדרוש אותה ואסור היה לתת אותה, בשל האיום שהייתה עלולה להציב על מכלול הבטיחות של משלחת שקלטון." המחלוקת העכירה את היחסים בין שני האנשים (ששמרו עם זאת על הנימוס המקובל בפרהסיה), והביאה לנתק גמור בידידות הקרובה, ששררה קודם לכן בין שקלטון לוילסון.
בדין וחשבון שלו על המשלחת אין שקלטון מזכיר ולו במילה את הריב עם סקוט. הוא מסתפק באמירה, כי "לפני שיצאנו לבסוף מאנגליה החלטתי, שבמידת האפשר אציב את הבסיס שלי בארץ אדוארד השביעי במקום [...] במצר מקמרדו".
המשלחת.
המסע דרומה.
לאחר סקירה של המלך אדוארד השביעי והמלכה אלכסנדרה, הפליגה "נמרוד" ב-11 באוגוסט 1907. שקלטון נשאר מאחור לטפל בענייני המשלחת; הוא וחברי משלחת אחרים באו בהמשך בספינה מהירה יותר. סגל המשלחת בשלמותו התכנס יחדיו בניו זילנד, מוכן ליציאת האונייה לאנטארקטיקה ביום השנה החדשה, 1908. כאמצעי לחיסכון בדלק, הסדיר שקלטון עם ממשלת ניו זילנד את גרירת "נמרוד" עד החוג האנטארקטי, מרחק 2,520 ק"מ בערך. את עלויות הגרירה מימנה בחלקן הממשלה ובחלקן החברה המאוחדת לאוניות קיטור, כתרומה למשלחת. ב-14 בינואר, בטווח ראייה של גושי הקרח הראשונים, נחתך כבל הגרירה; "נמרוד" התקדמה בכוח מנועיה דרומה, אל תוך מצופי הקרח הדחוס, בכיוון מפרצון המחסום, שם עצרה שש שנים קודם לכן "דיסקברי" כדי לאפשר לסקוט ולשקלטון לבצע טיסות כדור פורח ניסיוניות.
ה"מחסום" (שנודע בהמשך כמדף הקרח רוס) נצפה ב-23 בינואר, אבל המפרצון נעלם; שפת המחסום השתנתה במידה רבה בשנים שעברו מאז משלחת דיסקברי, והקטע שכלל את המפרצון ניתק ויצר מפרץ רב-ממדים, ששקלטון כינה בשם מפרץ הלווייתנים, עקב מספרם הרב של הלווייתנים שנראו שם. שקלטון לא היה מוכן להסתכן בחניית חורף על פני המחסום, שהיו מועדים להתנתק ולהיסחף אל הים הפתוח, על כן הפנה את האונייה אל ארץ אדוארד השביעי. לאחר שמאמצים חוזרים ונשנים להתקרב אל החוף עלו בתוהו, ונוכח החשש, שתנועת הקרח המהירה תלכוד בתוכה את האונייה, נאלצה "נמרוד" לסגת. הברירה היחידה שעמדה עכשיו לפני שקלטון, מלבד ויתור גמור על מטרות המשלחת, הייתה להפר את ההבטחה שנתן לסקוט. ב-25 בינואר הורה לאונייה לפנות אל מצר מקמרדו.
כף רוידס.
הקמת הבסיס.
עם הגיעה למצר מקמרדו ב-29 בינואר 1908, נבלמה התקדמותה של "נמרוד" דרומה אל בסיס "דיסקברי" בהאט פוינט בים הקפוא. שקלטון החליט לחכות ימים אחדים, בתקווה שהקרח יישבר. בזמן העיכוב הזה, ארעה לקצין השני אניאס מקינטוש תאונה שהביאה לאיבוד עינו הימנית. לאחר ניתוח חירום בידי מרשל ומקיי, נאלץ לוותר על מקומו בקבוצת החוף ולחזור לניו זילנד עם "נמרוד". הוא החלים במידה מספקת לחזור לאונייה בעונה הבאה.
ב-3 בפברואר החליט שקלטון שלא להמתין לתזוזת הקרח אלא לקבוע את מטה המשלחת באתר הקרוב ביותר המתאים לעגינה וירידה לחוף, כף רוידס. בשעת ערב מאוחרת עגנה הספינה ונקשרה לחוף, ונבחר מקום מתאים להצבת הצריף הטרומי של המשלחת. בין אתר זה להאט פוינט הפרידו 36 ק"מ של ים, ללא נתיב יבשתי לדרום. לדעת שקלטון, "שיחק המזל לקבוצה להשיג מגורי חורף קרובים כל כך לנקודת המוצא שלנו לדרום."
בימים הבאים התמקדה הפעילות בפריקת אספקה וציוד. העבודה התעכבה מחמת קשיי מזג האוויר וזהירותו של רב החובל אינגלנד, שחזר והוציא את הספינה אל המפרץ עד שתנאי הקרח בשטח המעגן נראו לו בטוחים יותר. השבועיים הבאים נמשכו באותה מתכונת, שהביאה למחלוקת לחריפה בין שקלטון לרב החובל. במקרה אחד ביקש שקלטון מאינגלנד לפנות את מקומו בטענה שהוא חולה, אך אינגלנד סירב. משימת הפריקה נעשתה, במילים של ריפנבורו, "קשה במידה שלא תתואר" אך הושלמה לבסוף ב-22 בפברואר. "נמרוד" הפליגה לבסוף בדרכה צפונה, כשמכונאי הספינה הארי דאנלופ נושא עמו, שלא בידיעת אינגלנד, מכתב משקלטון אל סוכן המשלחת בניו זילנד, ובו בקשה להחליף את רב החובל למסע חזרה בשנה הבאה. ידע זה היה סוד גלוי בין אנשי קבוצת החוף; מרשל רשם ביומנו, שהוא "שמח לראות אותו (אינגלנד) מסתלק ... כל העניין הוא לחרפה לשם של מדינה!"
ההעפלה אל הר ארבוס.
אחרי הפלגת "נמרוד", נשבר קרח הים וניתק את נתיב הקבוצה אל המחסום, כך שאי אפשר היה לצאת למסעות הכנה במזחלות ולהנחת מצבורים. שקלטון החליט לתת תנופה למשלחת במתן הוראה לצאת מיד לניסיון להעפיל על הר ארבוס.
איש לא טיפס קודם מעולם על הר זה, שגובהו 3,150 מ'. קבוצה ממשלחת דיסקברי (שכללה את פרנק ויילד וארנסט ג'ויס) סיירה במורדות ההר בשנת 1904 אך טיפסה לגובה של לא יותר מ-1,000 מ'. איש מהשניים לא היה בקבוצת ארבוס העיקרית של משלחת נמרוד, שכללה את אדג'וורת דייוויד, דאגלס מוסון ואליסטר מקיי. עם מרשל, אדמס וברוקלהרסט כקבוצה מסייעת, החל הטיפוס ב-5 במרץ.