המערות בפארק, כמו מרבית המערות בסיירה נבדה של קליפורניה, הן בעיקר מערות המסה. כאשר מים הזורמים על פני השטח חודרים לעומק הם ממיסים את השיש בהיותם מעט חומציים. סלע השיש הוא בעיקרון אבן גיר שעברה התמרה כתוצאה מהחום והלחץ של יצירת והתרוממות הבתולית של הסיירה נבדה. ההתרוממות המהירה של הבתולית ב-10 מיליון השנים האחרונות גרמה לסחיפה מהירה של הסלעים המותמרים באזורים הגבוהים, וחשפה את הגרניט שמתחתם; לכן, רוב המערות בסיירה נבדה נמצאות באזורים הבינוניים והנמוכים (סביב 2,100 מטרים), אם כי ישנן מערות הנמצאות בגובה 500 מטרים ומערות בגובה של 3,000 מטרים, כדוגמת "מערת הצ'יף הלבן" (White Chief cave) ו"מערת הקרקס" (Cirque Cave) בעמק מינרל קינג בדרום הפארק הלאומי סקוויה. כתוצאה מכך הטמפרטורות במערות משתנים על פי הגובה ממעל ל-15 °C ועד נקודת הקיפאון. פתחי המערות במקומות הנמוכים ביותר מצויים בינות לאלונים ושיחים והמעברים יבשים, חמימים ומאובקים, ובניגוד לכך במערות באזור האלפיני יש קרקעית או קירות של קרח. המערות הללו נחצבו בסלע על ידי הנחלים העונתיים השופעים הזורמים בפארק. ברוב המערות הגדולות שבפארק יש (או היו) נחלים הזורמים דרכן.
במערות יש מגוון של ספלאותמים כולל מסכים, זקיפים ארוכים, בריכות עם אבני שוליים, נטיפים שלהם יש תעלה מרכזית שממנה מתפצלים ענפים או ספירלות שנראה כאילו הם קוראים תיגר על כוח המשיכה הקרויים הלקטיטים. כמו כן יש במערות מקבצים מגוונים של מינרלים היוצרים משקעים לאורך הקירות, התקרות והקרקעית בשלל גוונים: כחול, ירוק, שחור, לבן, כתום ואדום. במערות שוכנים בעלי חיים שחלקם אנדמיים לפארק.
אקולוגיה.
הפרש הגובה בין האזור הנמוך ביותר לאזור הגבוה ביותר שמגיע לכ-3,000 מטרים מהמורדות המערביים של הסיירה נבדה ועד לפסגות הגבוהות מקיים מגוון בתי גידול של צמחים ובעלי חיים ואורגניזמים אחרים. ב-1976 הכריז ארגון אונסק"ו על השטח המשותף לפארק הלאומי קינגס קניון ולפארק הלאומי סקוויה כשמורת ביוספרה בינלאומית בשם "סקוויה-קינגס קניון" (Sequoia-Kings Canyon) בשל התפקיד החשוב שהוא ממלא בשימור המגוון הביולוגי.
מערכת אקולוגית ייחודית קיימת במערות הרבות בפארק. מאז 1965 התגלו לפחות 40 מינים חדשים של חסרי חוליות, רבים מהם אנדמיים לשטח הפארק. בחלק מהמקרים הם קיימים רק באגן ניקוז בלבד או אפילו במערה אחת. בסך הכל תועדו 58 מינים כולל עכבישים, עקרבים, דמויי-עקרב, נדלים, רבי-הרגליים, זבובים, אקרית וסוגים רבים נוספים של חסרי חוליות.
צמחייה.
במגוון הטופוגרפי של הפארק יש 1,200 מינים של צמחים וסקולריים בעשרות חבורות צומח ייחודיות. אלו כוללות לא רק את החורשות המפורסמות של הסקוויה הענקית, אלא גם אזורים נרחבים של יערות הרריים, בתי גידול אלפינים וחורשות אלונים ובתה.
העושר של מיני הצמחים בפארק משקף את עושר מיני הצמחים בקליפורניה כולה. מתוך כ-6,000 מינים של צמחים וסקולריים המתועדים במדינה, מעל ל-20% מהם מצויים בשטחי הפארק הלאומי סקוויה והפארק הלאומי קינגס קניון.
אתר הפארק מחלק את הצמחייה לארבעה אזורים:
בעלי חיים.
מיני החולייתנים החיים בפארק כוללים:
בדומה לצמחייה מסווגים בעלי החיים בפארק על פי חגורות האקלים והצמחייה הנקבעים מהפרשי הגובה.
השפעות הפעילות האנושית וניהולן.
אף שרוב הפארק מוגדר כיום כאתר טבע בראשיתי, שינו פעילויות אנושיות באופן משמעותי את האקולוגיה של האזור מאז ימי הילידים האמריקאים. על מנת לפנות אזורים לציד חיות ולעודד נביטה של צמחים מסוימים, נהגו הילידים אמריקאים ליזום שריפות מבוקרות באזורים של צמחיית עשבים ושיחים עבותה. מדיניות מניעת השריפות המוחלטת במהלך ראשית המאה העשרים, הובילה להצטברות של חומר צמחי יבש רב ביערות הפארק. עד שנות השישים של המאה ה-20 התברר שהדבר מפריע למחזור הרבייה של עצי הסקוויה בפארק, שקליפתם עמידה בפני אש, אך מצריכה שריפות קבועות כדי לסלק גידולים מתחרים כדוגמת אשוח לבן. בשנת 1963 הציתו מדענים בכוונה חלק מחורשת רדווד מאונטיין (Redwood Mountain Grove), שרפת היער הראשונה מזה 75 שנה באחת מחורשות הסקוויה בפארק. אלפי שתילי סקוויה חדשים נבטו. הצלחת הניסוי הובילה להקמת תוכנית השריפות המתוכננות הראשונה שנקבעה בפארק בשנת 1972.
מקור נזק עיקרי לפארק בשלהי המאה ה-19 ובתחילת המאה ה-20 היה רעיית חיות משק בקיץ, בעיקר כבשים, באזורים כמו עמק טהיפיטי ועמק הנהר רורינג (אם כי כבשים מעולם לא נכנסו לחורשת סידר, בגלל הקושי להגיע לקרקעית קניון קינגס לפני הקמת כביש 180). חוואים הוליכו את עדריהם לסיירה נבדה כדי להימלט מהבצורת והחום של עמק סן חואקין. כרי דשא נרמסו על ידי אלפי טלפיים, מה שהוביל לסחיפה מוגברת ופגיעה באגני ניקוז. דובי גריזלי וזאבים שטרפו את חיות המשק נורו, נלכדו והורעלו במספרים גדולים, והטורפים הגדולים נכחדו מהסיירה נבדה בראשית המאה העשרים.
אף ששמורת יער סיירה (Sierra Forest Reserve), כולל מה שיהפוך לפארקים הלאומיים קינגס קניון וסקוויה, הוקמה בשנת 1893, רעו שם לפחות כחצי מיליון כבשים באופן בלתי חוקי. בשנת 1917 החל הממשל הפדרלי לנקוט בצעדים כנגד רעיה בלתי חוקיות והקים מערכת של ניהול מוסדר ושיקום הרכס, לפני שנאסר על כניסת כבשים לקינגס קניון לחלוטין לאחר הקמת הפארק בשנת 1940. מרעה של חיות משק עדיין מותר בכמה אדמות יערות לאומיים סביב הפארק. לעיתים מטיילים עשויים להיתקל בשערים מגודרים באזור הטבע הבראשיתי המיועדים לשלוט על תנועת חיות המשק. על המבקרים לסגור את כל השערים מאחוריהם כדי למנוע את בעלי החיים לנדוד לאזורים מוגנים.
היעלמותם של הטורפים הטבעיים בתחילת המאה העשרים הובילה לעלייה עצומה באוכלוסיית האיילים, שגדלה עוד יותר בגלל מבקרי הפארק שהאכילו אותם. בסופו של דבר, הדבר הוביל לרעיית יתר ותת-היער כמעט ונעלם לגמרי באזורים גדולים בפארק. כאשר הורחב הפארק בשנת 1940, החל שירות הפארקים לירות באיילים במאמץ לצמצם את גודל העדרים. אף על פי שההרג המתוכנן הקטין את מספר האיילים לרמה יציבה יותר מבחינה אקולוגית, נמתחה ביקורת על התוכנית על הסתמכותה על כוח הזרוע ולא על שיטות טבעיות יותר, כמו החזרת הטורפים לפארק. חיות המשק היחידות שמותר להכניס כיום לפארק הם סוסים ופרדות משא, המותרים לנוע באזורים מסוימים ולאורך השבילים המרכזיים, ובדרך כלל לא בתחילת העונה במטרה להגן על כרי הדשא באביב כאשר העשב עדיין לח ורך.
הפארק ממשיך להיות משכן לאוכלוסייה יציבה של דובים שחורים, שאינם בדרך כלל תוקפניים כלפי בני אדם, אבל נוטים לגנוב מזון מבני אדם. שירות הפארקים התקין תאים ננעלים באתרי הקמפינג, מחייב לנעול מזון בקופסאות מתכת מיוחדות ממי שמטייל בשטח, ומנסה להרחיק את הדובים מאזורים שבהם יש מבקרים רבים. פעולות אלו הצליחו באזורי הטבע המרוחקים, שבהם הדובים הפסיקו לקשר בין מטיילים למזון, אבל זו עדיין בעיה סמוך לאתרי המחנאות המוסדרים. הפארק מעודד מבקרים לאחסן מזון ופריטים בעלי ריח בתאים הנעולים, ולהיפטר מאשפה בפחי אשפה חסינים לדובים. עם זאת, נאלצים שומרי הפארק לעיתים להרוג "דובים בעייתיים" שהתרגלו למזון האנושי.
היסטוריה.
ילידים.
אנשים שכנו בשטח הפארק הלאומי קינגס קניון של ימינו מלפני 6,000 עד 7,000 שנה. בני שבט מונו (המכונים גם פאיוט של עמק אוונס) מעמק אוונס ביקרו באזור מביתם שממזרח לסיירה נבדה, סביב אגם מונו. הפאיוט ליקטו בלוטים, שנמצאו במקומות הנמוכים יותר בפארק ושימשו כמזון, וצדו איילים וחיות קטנות אחרות. הם יצרו דרכי מסחר שחיברו בין עמק אוונס עם העמק המרכזי של קליפורניה מערבית לסיירה נבדה. גם בני היוקוט, שחיו בעמק המרכזי של קליפורניה, העזו לטפס להרים בקיץ במטרה ללקט צמחים, לצוד חיות ולסחור. הם לא יסדו כפרים קבועים באזור הגבוה בשל אקלים החורף הקשה. לפני המגע עם האירופאים מנתה האוכלוסייה של היוקוט בין 15,000 ל-20,000 נפשות ובני המונו כ-6,000.
סביב תחילת המאה ה-16 הגרו חלק מהמונו המזרחיים לרוחב הסיירה נבדה לתוך העמק המרכזי, והקימו בו יישובים בסמוך לטריטוריה של היוקוט למרגלות הרי הסיירה בסמוך לנהר קינגס. קבוצה זו ידועה בשם מונאצ'ים או מונו מערביים. בסופו של דבר הם התחלקו לשש חבורות נבדלות, שאחת מהן, הוובונוץ' (Wobonuch) חיה באזור סמוך לחורשת גרנט. האוכלוסייה הילידית סבלה קשה כשהגיעו האירופאים במאה ה -19 (מגפת אבעבועות שחורות קטלה את מרבית המונאצ'ים -1862), ומעט מאוד מהם נותרו באזור כיום.
חוקרי ארצות וכורתי עצים.
חוקרי הארצות הספרדים הראשונים שהגיעו לקליפורניה עקפו את האזור של הפארק של ימינו. ב-1805 הוביל גבריאל מורגה (Gabriel Moraga) משלחת מחקר דרך העמק המרכזי וחצה את הנהר שכיום מכונה הנהר קינגס והעניק לו את השם "ריו דה לוס סנטו רייס" (Rio de los Santo Reyes) שפירושו "נהר שלושת המלכים הקדושים" (רמז למלכים שבאו להעניק כבוד לישו התינוק). ציידי פרוות ביקרו גם הם באזור בשנות ה-20 של המאה ה-19, אבל נראה שלא חדרו לאזורים הגבוהים משום שבונים חיו רק בגבהים הנמוכים. אחריהם הגיעו מחפשי זהב בתקופת הבהלה לזהב בקליפורניה שהחלה ב-1848. עם זאת, נתגלה באזור מעט מאוד זהב, או מינרלים אחרים. הייל ת'ארפ (Hale Tharp), כורה זהב מאוכזב, הוא שגילה את היער הענק בפארק הלאומי סקוויה בשנת 1858, תגלית שהביאה למחקרים נוספים וגילוי של יערות הסקוויה האחרים באזור, כולל חורשת גרנט.