בתחילת 1962, הסמיך קנדי את הסלמת המעורבות כשחתם על חוק שדרש הגברת המעורבות האמריקנית. מזכיר המדינה דין ראסק תמך במעורבות אמריקנית רחבה. מבצע רנץ' האנד, סדרה של תקיפות חישוף בהיקף גדול, החלו בדרום וייטנאם. אלפיים גלונים של חומר מנשיר פוזרו בניגוד להסכמי ז'נבה. בסוף 1962, כבר עלתה כמות אנשי הצבא בווייטנאם מ-2,600 ל-11,500. 109 איש נהרגו בהשוואה לארבעה עשר בשנה הקודמת. ב-1962 גדל הווייטקונג מ-15,000 ל-24,000. לא הייתה התקדמות בבלימת התוקפנות הקומוניסטית בתמורה למעורבות האמריקנית.
באפריל 1963, הבין קנדי שאין תוחלת להישארות בווייטנאם בגלל עוינות המקומיים לצבא האמריקני. בסוף 1961 היה מספר היועצים האמריקניים בווייטנאם 3,205, ועם מותו של קנדי עלה המספר ל-16,700. במאי 1963, התכוון קנדי להוציא את הצבא מווייטנאם. הוא החליט כך בעיקר בשל ריאיון של דיים בו טען שיש יותר מדי יועצים צבאיים במדינתו. קנדי הבין שהוא לא יכול היה לצאת מווייטנאם ולהיבחר מחדש. ביולי המשבר היה ברור: למרות העלייה במעורבות האמריקנית, הצבא הדרום וייטנאמי לא הצליח מול כוחות הווייטקונג.
ב-21 באוגוסט, כשהגיע לאזור השגריר החדש הנרי קבוט לודג' הבן, ציוו דיים ואחיו על צבא דרום וייטנאם, שאומן בידי ה-CIA, לפזר הפגנות בודהיסטיות. רבים ציפו להפיכה שתדיח את דיים. ההוראה ללודג' הייתה להוביל להתפטרותו של דיים ולעזוב את המדינה. דיים סירב להקשיב.
ב-24 באוגוסט הכריזה וושינגטון שלא תסבול את פעולות צבא דרום וייטנאם, ולודג' קיבל הוראה להוביל להתפטרות דיים, אחרת יחפשו האמריקנים מנהיגות חלופית. לודג' טען שהפתרון היחיד הוא לעודד הפיכה צבאית בידי הגנרלים.
בסוף השבוע, גילה לודג' לקנדי שממשלת דיים כנראה מנהלת משא ומתן סודי עם הקומוניסטים ותבקש מהאמריקנים לעזוב. נשלחו פקודות לוושינגטון ולסייגון להשמיד כל תכתובת שעודדה הפיכה. באותה התקופה, החלה להתעורר התנגדות למלחמה בווייטנאם בידי כמרים.
פגישה בבית הלבן בספטמבר חשפה את הדעות השונות. מחלקת ההגנה ומחלקת המדינה נתנו דיווחים סותרים: מחלקת ההגנה טענה שהצבא מנצח במלחמה, ואילו מחלקת המדינה טענה שארצות הברית מאבדת את השפעתה בווייטנאם. קנדי שאל האם נציגי המחלקה היו באותה המדינה, בלי לדעת שהם היו מסוכסכים ביניהם.
באוקטובר 1963, מינה קנדי את מזכיר ההגנה מקנאמרה ואת הגנרל מקסוול טיילור למשימה בווייטנאם כדי ליצור מדיניות לאזור. המשלחת נועדה לחקור את ההבדל בין גרסאות המחלקות השונות למתרחש בווייטנאם. בפגישות עם מקנאמרה, טיילור ולודג', שוב סירב דיים להצעותיה של ארצות הברית ומקנאמרה התייאש ממנו.
טיילור ומקנאמרה הופתעו כשסגן הנשיא של וייטנאם הודיע להם שהצבא פשוט לא מצליח להשתלט על המצב. קנדי התעקש ולבסוף הדו"ח שנכתב הציע לוח זמנים לנסיגה מדרום וייטנאם: 1,000 חיילים עד לסוף השנה ונסיגה מוחלטת עד 1965, בניגוד לעמדת המועצה לביטחון לאומי. הדו"ח הסופי הכריז שהצבא התקדם, שממשלת דיים הבלתי אהודה לא חשופה להפיכות, ושאפשרי להתנקש בדיים.
בסוף אוקטובר, שוב דיווחו הסוכנויות שמתוכננת הפיכה כנגד ממשלת דיים. המקור, הגנרל הווייטנאמי דונג ואן מין (שנודע כ"מין הגדול") רצה לדעת את עמדתה של ארצות הברית. קנדי הורה ללודג' להציע תמיכה סמויה בהפיכה, אולם לא בהתנקשות, ולהבטיח את יכולתה של ארצות הברית להכחיש בכך מעורבות. מאוחר יותר באותו החודש, החלה ההפיכה, וקנדי ציווה שכל תשדורת תעבור דרכו. קנדי שלט על תגובותיה של ארצות הברית.
ב-1 בנובמבר 1963, הדיחו הגנרלים הווייטנאמים בהובלת מין את הממשלה, עצרו ואז הרגו את דיים ואת אחיו. קנדי נדהם מהמוות, וגילה לאחר מכן שמין ביקש מה-CIA לאפשר מעבר בטוח לדיים אל מחוץ למדינה, אולם נאמר לו שהיה צורך בעשרים וארבע שעות והוא לא יכול היה להחזיק אותם כל כך הרבה זמן.
החדשות על ההפיכה הובילו לביטחון ראשוני - באמריקה ובדרום וייטנאם - שאפשר לנצח במלחמה. מקג'ורג' באנדי שלח מזכר לקנדי שהיה אמור להישלח אליו כשיחזור מדאלאס.
המזכר דרש הגברת הלוחמה בווייטנאם, העלאת הסיוע הכלכלי והצבאי לאזור והרחבת המבצעים אל לאוס ואל קמבודיה. לפני שעזב לדאלאס, ביקש קנדי שבתחילת השנה החדשה יוכן לו דו"ח מעמיק בנושא.
מקנאמרה עצמו טען שקנדי שקל לצאת מווייטנאם לאחר הבחירות של 1964. גם ג'ונסון טען שקנדי תכנן לסגת, עמדה שג'ונסון לא הסכים איתה. קנדי חתם על מזכר לביטחון הלאומי ב-11 באוקטובר שדרש נסיגה של 1,000 אנשי צבא מהאזור עד לסוף השנה. מאז נאומו ב-10 ביוני 1963, החל קנדי לנקוט מדיניות פחות ניצית.
כשנשאל רוברט קנדי ב-1964 מה היה אחיו עושה אם דרום וייטנאם הייתה עומדת ליפול, הוא טען שהיה מתמודד עם הנושא. לפני מותו של קנדי לא נקבעה המדיניות הסופית לגבי וייטנאם. ב-2008 נטען שקנדי היה יכול למצוא דרך להוציא את כל הצבא מווייטנאם, אולם שהוא עצמו לא ידע מה הוא עומד לעשות בנושא. וייטנאם נחשבת לנושא החוץ היחיד שקנדי הוריש לג'ונסון במצב גרוע יותר. המעורבות האמריקנית באזור הסלימה עד שג'ונסון החל לשלוח חיילים אמריקניים ומלחמת וייטנאם פרצה באופן רשמי. לאחר ההתנקשות בקנדי, חתם הנשיא ג'ונסון על מזכר לביטחון הלאומי ב-26 בנובמבר 1963. הוא שינה את מדיניות קנדי, התכחש לנסיגות וחיזק את המחויבות לדרום וייטנאם.
קנדי והמזרח התיכון.
קנדי היה נשיא ידידותי למדינת ישראל, ואף נפגש לפגישה היסטורית בהיותו סנטור עם ראש ממשלת ישראל, דוד בן-גוריון. ב-1960, במהלך מסע הבחירות, הצהיר קנדי:
לאחר מכן כנשיא, יזם את תחילתם של הקשרים הכלכליים והביטחוניים עם ישראל, והוא זכה להוקרה כמי שייסד את השותפות הצבאית בין ארצות הברית לישראל. ממשלו של קנדי סיים את אמברגו הנשק על ישראל שהטילו ממשליהם של טרומן ואייזנהאואר, כאשר קנדי יזם מכירה של טילי "הוק" לישראל. כמי שתיאר את ההגנה על ישראל כחובה מוסרית ולאומית, היה קנדי הראשון להציג את רעיון ה"יחסים המיוחדים" (כפי שתיאר זאת לגולדה מאיר) בין ארצות הברית לישראל.
כנשיא ארצות הברית סיפק לישראל אשראי לרכש של מכונות חקלאיות.
קנדי הרחיב את המחויבויות הביטחוניות לישראל ב-1962. בתחילת 1963, אישר למכור לישראל טילי MIM-23 הוק מתקדמים וסיפק תמיכה דיפלומטית למדיניות ישראל שאליה התנגדו מדינות ערב, כמו פרויקטים בנהר הירדן.
בסמוך לפני בחירתו, גילו האמריקנים באמצעות תצלומי לוויין את בנייתו של הכור הגרעיני בדימונה. ישראל נדרשה לתת הסברים, ולאחר זמן מה סיפקה לארצות הברית את מלוא המידע. ביום 21 בדצמבר 1960 הכריז בן-גוריון בכנסת כי ישראל בונה כור גרעיני בנגב, אך הכור ישמש לצורכי שלום. קנדי, שנכנס לתפקידו מספר ימים לאחר מכן, קיבל כפי הנראה את ההסברים, ולא דרש פעולות נוספות, שהיה בהן כדי למנוע פיתוחה של פצצה גרעינית על ידי ישראל. בפגישתו עם דוד בן-גוריון בניו יורק ב-30 במאי 1961, השיג הנשיא הסכמה עקרונית של ישראל למתן פומבי לביקור מדענים מטעמה בכור, וכן לביקור של מדענים ממדינות נייטרליות בכור.
בתקופה זו בנתה ישראל את כוחה הצבאי, שהופגן מספר שנים לאחר מכן במלחמת ששת הימים. על אף שבעלת הברית העיקרית, וספקית הנשק הראשית של ישראל הייתה צרפת, גילתה אף ארצות הברית אהדה, וסייעה לצה"ל, גם אם בהיסוס ותוך הימנעות מהאצת מרוץ החימוש, באספקת נשק מתוחכם, ובין היתר טילי נ"מ חדישים מסוג "הוק", שביקש בתחילה ראש הממשלה דוד בן-גוריון בפגישתו עם הנשיא בניו יורק. הטילים סופקו רק מאוחר יותר, בקיץ 1962, בלחץ חברי קונגרס דמוקרטיים בעיצומן של הבחירות לקונגרס. ביקור חשוב נוסף, שבו הושגו הסכמות הדדיות בין הצדדים, היה של שרת החוץ גולדה מאיר עם הנשיא בפאלם ביץ' שבפלורידה ב-27 בדצמבר 1962.
קנדי, מתוך ניסיון לשמור על הקול היהודי, מינה את מאיר "מייק" פלדמן כיועצו, ופלדמן היה זה שניהל את רוב המשא ומתן עם בן-גוריון ומאיר.
למרות הלחץ הפרו ישראלי, ביקש קנדי לשתף פעולה גם עם העולם הערבי. בתקופתו נאלץ להתמודד עם הפאן-ערביות של ממשל גמאל עבד אל נאצר. ביוני 1962 כתב נאצר לקנדי איגרת בו טען שאמנם ישנן חילוקי דעות בין ארצות הברית ומצרים, אולם שיוכלו לשתף פעולה. כאשר בן-גוריון ביקר בארצות הברית, קנדי שלח אגרות הרגעה לשליטי סעודיה ומצרים.
בנוסף, ניסה קנדי לנקוט מדיניות אוהדת כלפי מצרים ונאצר כדי להחזיר את האזור להשפעה אמריקנית. במקרים רבים התבטא שיש "לביית" את נאצר. הוא הגיש למצרים הטבות כלכליות וסיוע חקלאי שלוש שנים מראש כדי לשכנע את נאצר להתקרב לארצות הברית.
קנדי גם סבר שניתן היה לפתור את בעיית הפליטים הפלסטינים וניסה להתנות את אספקת הנשק בתמורה לוויתורים ישראלים בנושא. קנדי דרש סיוע כלכלי ויישוב הפליטים מחדש.
לאחר פרוץ מלחמת האזרחים בתימן, חשש קנדי שתוביל לעימות רחב בין מצרים וערב הסעודית (שבגללה תיאלץ גם ארצות הברית להתערב) ולכן הכיר במשטר המהפכני. הוא קיווה שהמשטר יוכל לייצב את המצב בתימן, וניסה לשכנע את נאצר להוציא את חייליו מתימן.
עיראק.