גורמי ביטחון הצליחו לשים את ידם על צילומי סי טי של גופתה של העיתונאית הפלסטינית שירין אבו עאקלה שנהרגה יום קודם לכן במהלך עימותים במחנה הפליטים ג'נין בין לוחמי צה"ל למחבלים פלסטינים. גורמי הביטחון ערכו התייעצות עם גורמי המקצוע בנוגע לצילומי ההדמיה, וקבעו כי לא ניתן להגיע למסקנות מהנתונים.
13 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, כוחות הביטחון עצרו שני חשודים בכפר כיפל חארת' ואיתרו נשק במהלך סריקות אחר אמצעי לחימה בעיר חברון.
בהמשך בשעות הבוקר, לוחמי סיירת גולני וימ"מ כיתרו את ביתו של המבוקש מחמוד אדבעי, פעיל הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני בכפר בורקין במטרה לעצור אותו. במהלך הפעילות החלו עימותים וחילופי אש בין כוחות הביטחון למחבלים פלסטיניים. במהלך חילופי האש נורו אלפי כדורים לפי הכוחות ששהו במקום, מספר כלי רכב צה"לים ממוגנים ניזוקו. בזמן יציאת הכוחות מהכפר נפצע קשה לוחם ימ"מ רס"ב נעם רז, בן 47, בהיתקלות עם מחבלים חמושים. הוא פונה במסוק לבית החולים רמב"ם, ולאחר מספר שעות נקבע מותו. לפי דיווחים פלסטיניים, 13 חמושים פלסטינים נפצעו במהלך חילופי האש, בהם שישה באורח קל, חמישה באורח בינוני ושניים באורח קשה. אחד מהם הוא דאוד זביידי, אחיו של זכריא זביידי, שהיה מפקד גדודי חללי אל-אקצא והשתתף בבריחה מכלא גלבוע. לבסוף, פעיל הג'יהאד האסלאמי מחמוד אדבעי נכנע ונעצר יחד עם אחיו, שהסגיר את עצמו. במקביל, כוחות צה"ל ערכו תחקור ושחזור של אירוע הירי בו נורתה כתבת אל-ג'זירה שירין אבו עאקלה במחנה הפליטים ג'נין. בסך הכל, בכל אזור יהודה ושומרון נעצרו חמישה חשודים.
15 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, לוחמי צה"ל וכוחות הביטחון עצרו שלושה מבוקשים החשודים במעורבות בפעילות טרור בכפר בית אומר. חמישה מבוקשים נוספים נעצרו במחנה הפליטים ג'ילזון ובכפרים קלנדיה וג'בע. בנוסף הכוחות איתרו אמצעי לחימה.
באותו היום, המחבל דאוד זביידי, אחיו של זכריא זביידי, שנפצע באורח קשה בחילופי האש עם כוחות הביטחון יומיים קודם לכן בכפר בורקין, מת מפצעיו לאחר שהועבר לבית החולים רמב"ם. היה פעיל בגדודי חללי אל-אקצא ושהה בכלא הישראלי כ-12 שנים במצטבר. בעקבות מותו קרא ארגון פת"ח בשכם לקיים למחרת יום זעם, ולערוך תהלוכות לכיוון מחסומים ומוקדי חיכוך עם צה"ל.
16 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, לוחמי צה"ל וכוחות הביטחון פעלו במספר מוקדים ביהודה ושומרון למעצר מבוקשים החשודים בפעילות טרור, בין היתר בכפרים ביתוניא, אכתבתא ובעיר טולכרם, שם עצרו ארבעה חשודים. במקביל הכוחות פעלו בכפר אל-יאמון למעצר מבוקש נוסף. במהלך הפעילות, מחבלים פתחו באש אל עבר כוחות הביטחון. חמישה מבוקשים נוספים נעצרו בכפר אל-בירה.
17 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, לוחמי צה"ל וכוחות הביטחון עצרו חמישה מבוקשים החשודים בפעילות טרור בעיר קלקיליה ובמהלך פעילות הכוחות בכפר ראס עטייה נעצר חשוד נוסף והוחרם נשק בלתי חוקי מסוג M16. בנוסף, כוחות צה"ל פעלו במחנה הפליטים פארעה למעצר שני מבוקשים נוספים. במהלך הפעילות מחבלים חמושים פתחו בירי אל עבר הכוחות. לא היו נפגעים לכוחות צה"ל. עשרה מבוקשים נוספים נעצרו על ידי כוחות הביטחון בכפרים קראות בני חסן, חבלה, חלחול, דאהרייה, מחנות הפליטים עאידה ודהיישה ובעיר שכם.
בשעות הערב התקיימה פעילות מודיעינית ומבצעית משותפת של יחידת מגלן ושב"כ, בכפר דורא אל-קרע אשר במהלכה נעצרו ארבעה מבוקשים החשודים בניהול תא הסטודנטים של חמאס ושל הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני באוניברסיטת ביר זית. המעצרים נעשו ערב לפני הבחירות לאגודת הסטודנטים באוניברסיטה.
18 במאי.
בשעות הבוקר פעלו לוחמי יחידת דובדבן, סיירת גולני ומג"ב בכפר בורקין למעצר מבוקש החשוד במעורבות בפעילות טרור. במהלך הפעילות מחבלים פלסטינים חמושים פתחו בירי במרחב וזרקו מטענים לעבר הכוחות. הלוחמים הגיבו בירי לעבר המחבלים. כוחות הביטחון פעלו במספר מוקדים ברחבי אוגדת יהודה ושומרון, למעצר מבוקשים נוספים החשודים בפעילות טרור, בין היתר בכפרים אל-ח'דר, דיר איסתיא, זובובא ואל-יאמון. בסך הכל נעצרו 14 מבוקשים. לא היו נפגעים לכוחות הביטחון.
19 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, לוחמי צה"ל וכוחות הביטחון עצרו חמישה מבוקשים החשודים במעורבות בפעילות טרור ואיתרו אמצעי לחימה. כמו כן, הכוחות פעלו בכפר בית רימא שבמרחב החטיבה המרחבית אפרים, שם הם עצרו שני מבוקשים נוספים ואיתרו נשק מסוג M16 ותחמושת. במהלך הפעילות עשרות מחבלים פלסטינים פתחו בהפרת סדר אלימה. המחבלים יידו אבנים וירו זיקוקים לעבר הלוחמים אשר הגיבו באמצעים לפיזור הפגנות. מבוקש נוסף נעצר במחנה הפליטים עין בית אילמא. במהלך הפעילות עשרות מחבלים פלסטינים פתחו בהפרת סדר אלימה. המחבלים יידו אבנים וזרקו מטענים לעבר הכוחות שהגיבו גם הפעם באמצעים לפיזור הפגנות. הכוחות איתרו אמצעי לחימה נוספים ועצרו חמישה מבוקשים נוספים בכפרים אל-ערוב, עובידייה, ריפידה, בידו ובמחנה הפליטים קלנדיה.
20 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, לוחמי צה״ל וכוחות הביטחון פעלו במספר מוקדים ברחבי אזור יהודה ושומרון למעצר מבוקשים החשודים בפעילות טרור, בין היתר בכפרים מידיא, נעלין וקרוואת בני חסן. שבעה מבוקשים נעצרו ברחבי החטיבה המרחבית אפרים. כמו כן, הכוחות עצרו מבוקש אחד בעיר חברון ואיתרו נשק מסוג M16, תחמושת, מחסניות ואמצעי לחימה נוספים. במהלך פעילות בכפר נור א-שמס, מחבלים חמושים פתחו באש אל עבר כוחות הביטחון. בסך הכל נעצרו 9 מבוקשים ברחבי יהודה ושומרון ולא היו נפגעים לכוחות הביטחון.
21 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, כוחות צה"ל ושב"כ עצרו חמישה מבוקשים החשודים במעורבות בפעילות טרור בכפר חיזמא ובמרחב הכפר קלנדיה. כמו כן, מבוקש נוסף נעצר בכפר אל-פוואר.
במהלך פעילות של הכוחות באזור כפר דאן הסמוך לג'נין, מחבלים פלסטינים חמושים ירו לעבר לוחמי צה"ל מרכב חולף וזרקו לעברם בקבוקי תבערה. בתגובה החיילים ירו לעברם. במהלך העימות, מחבל אחד נהרג ומחבל נוסף נפצע באורח קשה. המחבל ההרוג השתייך לג'יהאד האסלאמי הפלסטיני ומספר תמונות שלו עם כלי נשק, מדי ודגלי הארגון הופצו ברשתות החברתיות מיד לאחר מותו.
22 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, כוחות צה"ל ושב"כ עצרו מבוקש החשוד במעורבות בפעילות טרור בעיירה בית פג'אר שבמרחב החטיבה המרחבית עציון.
23 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, כוחות מסיירת גולני עצרו מבוקש החשוד במעורבות בפעילות טרור ואיתרו שני רובי ציד ותחמושת בכפר רומאנה. כמו כן, במהלך פעילות של כוחות ימ"ס ומג"ב איו"ש במחנה הפליטים בלאטה נעצרו שני מבוקשים החשודים בפעילות טרור ואותר כלי נשק בלתי חוקי מסוג קרלו. תשעה מבוקשים נוספים נעצרו על ידי כוחות הביטחון בכפרים נעלין, א-זבאבדה, בית ליקיא, ותקוע.
24 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, כוחות צה"ל פשטו על מספר יעדים בכפר חרמלה, ממנו יצא המחבל אשר חדר ליישוב תקוע בתחילת חודש מאי. במסגרת פעילות של כוחות ימ"ס ומג"ב איו"ש בעיר חברון נעצר מבוקש החשוד בהחזקת אמצעי לחימה בלתי חוקיים ואותר אקדח שהוחרם. בנוסף, לוחמי לביאי הבקעה עצרו חשוד במעורבות בפעילות טרור והחרימו נשק בלתי חוקי בכפר עקבת ג'באר. שלושה מבוקשים נוספים נעצרו בכפרים סוואחרה, צוריף, קראות בני חסן ובעיר שכם. במהלך פעילות הכוחות בכפר ג'בע וביריחו, מחבלים פלסטינים פתחו במטח בקבוקי תבערה ובירי חי לעברם.
כלי תקשורת פלסטינים דיווחו כי כוחות הביטחון הישראליים עצרו את המחבל המאם חאזם, אחד מאחיו של המחבל רעד חאזם אשר סייע לו לבצע את פיגוע הירי ברחוב דיזנגוף כחודש וחצי לפני כן. המאם חאזם היה על הכוונת של כוחות הביטחון עוד כשהצליח להימלט מכוחות צה"ל לאחר שניסו לעוצרו ב-10 באפריל. כמו כן, פתחי חאזם, אביו, סירב להסגיר את עצמו לישראל ודרש לקבל לידיו את גופת בנו שביצע את פיגוע הירי ברחוב דיזנגוף.
זמן קצר לאחר השעה עשר בבוקר, כוחות מיחידת דובדבן, סיירת גולני ומג"ב נכנסו לכפר בורקין למעצר מבוקש שהיה שותף לירי בעימות בו נהרג לוחם הימ"מ רס"ב נעם רז 11 ימים קודם לכן. בשעות הלילה שיגר צה"ל כטב"מים מעל הכפר ומעל מחנה הפליטים בג'נין. בעקבות זאת, המחבלים הפלסטינים החמושים היו בטוחים שהכוחות ייכנסו לכפר במהלך הלילה ונותרו ערים בכוננות לכניסתם, שלא הגיעה. כניסת הכוחות בשעה עשר בבוקר לכפר בורקין תפסה את המחבלים כשהם עייפים ולא מוכנים. במהלך הכניסה של הכוחות לכפר, מחבלים פלסטינים חמושים פתחו בירי מסיבי לעברם. במהלך חילופי הירי, שלושה מחבלים חמושים נפצעו. כוחות צה"ל פתחו בנוהל סיר לחץ על ביתו של המבוקש. המבוקש, מוחמד א-טובאסי, קצין בביטחון המסכל של הרשות הפלסטינית, פעיל הג'יהאד האסלאמי ואסיר לשעבר בכלא הישראלי, נעצר על ידי הלוחמים ונלקח לחקירת שב"כ. במהלך מעצרו, הכוחות איתרו שני רובי M16 בביתו, הרובים נלקחו לבדיקה בליסטית על מנת לאשש את מעורבותו של המבוקש בחילופי הירי. בעקבות המעצר, עשרות מחבלים חמושים פלסטינים מהג'יהאד האסלאמי הפסלטיני, יצאו אל רחובות ג'נין וקראו לטרור נגד ישראל.
25 במאי.
בשעות הבוקר המוקדמות, כוחות צה"ל, מג"ב ושב"כ פעלו בכפר בית כאחיל, ועצרו חשוד במעורבות בפעילות טרור, כמו כן, הוחרמו כעשרות אלפי שקלים שעל פי החשד יועדו לפעילות טרור. במקביל, פעלו לוחמי צה"ל בעיר קלקיליה ועצרו שלושה מבוקשים החשודים במעורבות בפעילות טרור. שני מבוקשים נוספים נעצרו על ידי כוחות הביטחון בכפר חוסאן.