אך עד מהרה תוסב תשומת הלב של הממשלה החדשה למצב הכלכלי. ביום הגעתו של סקאלין לקנברה פרסם העיתון "סידני מורנינג הרלד" ידיעה על הפסדים גדולים בבורסה לניירות ערך בניו יורק. ב-24 באוקטובר, יומיים בלבד לאחר שממשלתו של סקאלין הושבעה, החלו להגיע לאוסטרליה הידיעות על יום חמישי השחור. ההשלכות הצפויות של אירועים אלה על הכלכלה האוסטרלית לא היו ידועים עדיין אז, שכן מצב הכלכלה כבר היה אז בכי רע, אך האותות להגעתו של המשבר הכלכלי כבר היו שם. שלושה מתוך ארבעת התקציבים שקדמו לשנה זו התבססו על פיגור משמעותי בהחזר הלוואות ממקורות חוץ וערכו של החוב הלאומי של אוסטרליה החל לרדת בשווקים העולמיים. שנים קשות עבור המגזרים התעשייתיים והחקלאיים הפכו את הבעיה למורכבת עוד יותר, אך הנתון המדאיג ביותר היה שיעור האבטלה שעמד בסופה של שנת 1929 על 13%. בעיה נוספת הייתה ירידה בהיקף סחר החוץ של אוסטרליה. מחירי הצמר והחיטה, שני ענפי הייצוא העיקריים של אוסטרליה, ירדו בכמעט שליש במהלך אותה שנה. עם גידול בחובות ועם ירידה ביכולת לשלם אותם, עמדה אוסטרליה בתחילתו של משבר כלכלי קשה עם תחילת כהונתו של סקאלין כראש ממשלה.
הממשלה התמודדה עם הגבלות משמעותיות על היכולת שלה להגיב על המשבר הכלכלי. באותה שנה לא התקיימו בחירות לסנאט ומשמעות הדבר שהרוב של המפלגה הלאומנית בסנאט שנבחר עוד ב-1928, נותר על כנו. הסנאט השמרני הוכיח את עצמו כעוין לרובה של התוכנית הכלכלית של הלייבור. סקאלין היה צריך להתמודד עם ראשי הממסד הפיננסי של אוסטרליה (בעיקר יושב ראש Commonwealth Bank of Australia, סר רוברט גיבסון) ושל בריטניה (כמו נציג בנק אנגליה באוסטרליה, סר אוטו נימייר), שהתנגדו בתקיפות לסטייה כלשהי מהכלכלה השמרנית כתגובה למשבר הכלכלי הגדול. נהפוך הוא, חילוקי דעות נתגלעו בתוך סיעת הלייבור בפרלמנט על הדרכים לטיפול במשבר ורבים הסכימו עם הרעיונות שנחשבו אז רדיקלים, כמו הצגת תקציב גרעוני וגישות נוספות של הכלכלה הקיינסיאנית. יותר מכך, סקאלין ושר האוצר שלו, טד תאודור, התנגדו בתוקף להצעות של האופוזיציה ושל ה-Commonwealth Bank לצמצם את הגרעון על ידי קיצוץ בתקציבי הרווחה הפדרליים. בכך החלו שנתיים של התנגשויות בין הממשלה למתנגדיה, אחת התקופות הקשות ביותר בהיסטוריה של הפוליטיקה האוסטרלית.
משבר ומבוי סתום.
סכסוכי העבודה המתמשכים בשדות הפחם של מחוז הנטר וניוקאסל המשיכו לאורך תקופת כהונתה של ממשלת סקאלין. עקב חוסר הסמכות של הממשלה הפדרלית לכפות פתרון, כשלו הדיונים הרבים מספור בין בעלי המכרות והעובדים. כראש ממשלה מטעם הלייבור, עלו הציפיות מסקאלין שיכפה על בעלי המכרות להיכנע לדרישות העובדים. סקאלין רחש אהדה לעובדים, אך סירב להתערב. רבים בסניף הלייבור בניו סאות' ויילס רתחו מזעם וחשו נבגדים ובכך זירזו את תחילתו של תהליך ההפרדה בין הסניף המדינתי בהנהגתו של ג'ק לאנג לבין כלל המפלגה בראשותו של סקאלין.
כשהחובות בעלייה וכשהמצב החמיר, נקטו סקאלין ותאודור בצעדים חדשים בניסיון לשנות את הדרך בה התקדמה המערכת הכלכלית. הם פנו הן לציבור האוסטרלי והן לשווקים העולמיים, לתת אמון באיגרות החוב הממשלתיות. מסע תעמולה שנקרא "גדלו יותר חיטה" (Grow More Wheat) הושק ב-1930 ומטרתו הייתה לעודד את החקלאים להגדיל את היבולים ולנסות לשפר את מצב הגרעון המסחרי של אוסטרליה, למרות שבסופו של דבר לא הצליח סקאלין לשכנע את הסנאט או את ה-Commonwealth Bank לתמוך בתוכנית על ידי הבטחת מחירים. באותה תקופה הגיע שיעור האבטלה לשיא של 14.6% ברבעון הראשון של 1930. הבטחת הבחירות של סקאלין לדמי אבטלה, הייתה בדיון באותה תקופה, אך התחזיות הקשות על מצבה הכלכלי של הממשלה מנעו את קיומה של ההבטחה. סקאלין הציע שינויים משמעותיים לשינוי תהליכי תיקון החוקה: הרחבת סמכויות הממשלה הפדרלית בתחומי המסחר והתעשייה ופיצולו של ה-Commonwealth Bank לשני גופים. הסנאט עצר את שתי ההצעות או שינה אותן לבלתי היכר. בשלב זה עמד על הפרק פיזור של שני בתי הפרלמנט, למרות שמסיבות שונות, מעשיות ופוליטיות, סקאלין לא נקט בצעד זה. ביוני 1930 נאלץ תאודור להתפטר לאחר שנמתחה עליו ביקורת על ידי הוועדה המלכותית שחקרה את השערורייה הידועה כפרשת מונגנה, שבמסגרתה היה תאודור מעורב במעשי שחיתות בתקופת כהונתו כראש ממשלת קווינסלנד. סקאלין לקח על עצמו את תפקיד שר האוצר עד לשובו של תאודור מקווינסלנד, שנסע לשם כדי להתמודד עם ההאשמות והוא נאלץ להגיש את תקציב 1930 בעצמו.
על רקע השערורייה הפוליטית, התקציב, שכלל העלאת מיסים, קיצוצים בהוצאות, ועדיין לא שיפר את המצב, זכה לאהדה מועטה ביותר בכל המגזרים בציבור. יתר על כן, התקציב היה אופטימי מדי, שכן רמת ההכנסות המשיכה לשקוע והגרעון עלה. באוגוסט 1930, התקיימו פגישות שבהן דרשו גיבסון ונימייר קיצוצים נוספים בהוצאה הממשלתית. נימייר, נציגו של בנק אנגליה, הגיע לאוסטרליה כדי להשגיח על התנאים הפיננסיים בשמם של נושי החובות ושיגר דוח עגום שעל פיו "האשראי האוסטרלי בשפל, שפל נמוך עוד יותר מאלה של שאר הדומיניונים" ואם לא ינקטו צעדים משמעותיים, מובטחת התמוטטות כלכלית. גיבסון תמך בדעתו וכיושב ראש מועצת המנהלים של ה-Commonwealth Bank הייתה לו את הסמכות לא לאשר את ההלוואות שלקחה הממשלה לממן את התקציב מבלי שיבוצעו קיצוצים בתקציביהן של הממשלה הפדרלית ושל ממשלות המדינות. לאחר פגישה של סקאלין עם ראשי ממשלות המדינות, הוסכם על קיצוצים ניכרים בתקציב, למרות התנגדות לכך במפלגת הלייבור.
בשיאו של המשבר, הוחמר המצב עקב החלטתו של סקאלין לנסוע ללונדון כדי להשיג מימון חרום ולהשתתף בוועידה האימפריאלית. בזמן שהותו בלונדון, הצליח סקאלין להשיג הלוואות עבור אוסטרליה בריבית מופחתת. הוא גם נחל הצלחה בשיכנוע המלך ג'ורג' החמישי למנות את סר אייזק אייזקס לתפקיד המושל הכללי של אוסטרליה (הראשון שנולד באוסטרליה והיהודי הראשון בתפקיד זה), למרות התנגדותו האישית של המלך למינוי והתנגדותם של חוגי הממשל בבריטניה ושל האופוזיציה באוסטרליה, שתקפה את המינוי כנטייה רפובליקנית. במקביל היה באוסטרליה ואקום שלטוני, עקב היעדרותו של סקאלין במשך כל המחצית השנייה של 1930 וג'יימס פנטון (כראש ממשלה בפועל) וג'וזף ליונס (כשר האוצר בפועל), נשאו בינתיים באחריות על ענייני הממשלה. הם עמדו על כך שתנוהל מדיניות דפלציונית ועוררו בכך התנגדות בחוגי מפלגת הלייבור. כשהתקשורת עם סקאלין השוהה בלונדון, נוהלה באמצעי המסורבל של מברקים, חש סקאלין שאין לו ברירה אלא להסכים עם ההמלצות של יועציו הכלכלים, ובתמיכתם של ליונס ופנטון, שיש לבצע קיצוצים רחבים בהוצאה הממשלתית, למרות הנזק שצעדים כאלו יחוללו לבסיס התמיכה במפלגת הלייבור. אחדות המפלגה החלה להסדק והפער בין האגפים המתונים והרדיקלים של המפלגה החל לגדול.
פילוגים בלייבור ותוכנית תאודור.
עם שובו של סקאלין לאוסטרליה ב-1931, הוא התמודד עם מחלוקת קשה במפלגה על דרך ההתמודדות עם המשבר הכלכלי. ג'ק לאנג זכה בבחירות לראשות ממשלת ניו סאות' ויילס והיה למוביל של דעה חלופית במפלגת הלייבור כשהוא מטיף לנקיטת צעדים רדיקלים כולל הטלתה של ריבית הפרה על חובות לבריטניה והדפסת כסף לצורך מימונם של עבודות ציבוריות ופיחות ערך הכסף. נציגי ניו סאות' ויילס בפרלמנט הפדרלי תמכו בדעותיו של לאנג והחלו להיות מאוכזבים ממנהיגותו של סקאלין ומהפשרות שעשה עם השמרנים. בישיבת הממשלה הראשונה לאחר שובו של סקאלין, הוא החמיר את המצב על ידי מינויו מחדש של טד תאודור כשר האוצר, למרות ששמו עדיין לא טוהר במסגרת פרשת מונגנה. למרות שניתן היה לטעון שתאודור היה האיש המוכשר ביותר ליישום תוכניתו הכלכלית של סקאלין, התנגדו לכך ליונס, פנטון ואחרים בתקיפות והתפטרו מהממשלה במחאה. כדי להחמיר את המצב, נעשה תאודור ליריב אישי מר של לאנג במסגרת פעילותם בסניף ניו סאות' ויילס של המפלגה ושובו של תאודור לכיסא שר האוצר, ניתק בהמשך גורמים רדיקלים מהמפלגה. בו זמנית, המשיכה הכלכלה האוסטרלית לשקוע ושיעור האבטלה המשיך לזנק, כשרוב הצעדים שתוכננו על ידי הממשלה להתמודד עם המשבר עדיין היו תקועים עקב התנגדות הסנאט ועקב הסירוב של ה-Commonwealth Bank לממן אותם.
בפברואר הציגו סקאלין ותאודור בכינוס של ראשי הממשלות של מדינות אוסטרליה תוכנית מקיפה שניסתה לקלוע הן לגישה השמרנית והן לגישה הרדיקלית. במקביל לקיצוצים נרחבים בתקציב, התבססה התוכנית גם על סיוע למובטלים ולחקלאים ועל תשלום חובות קצרי טווח שהיו לממשלה בבנקים הבריטים. תוכנית זו הצריכה מימון נוסף מצדו של ה-Commonwealth Bank, אך עד מהרה הבהיר גיבסון שזה לא יקרה ללא קיצוצים משמעותיים בתקציבי הרווחה. סקאלין סירב לעשות כן והחליט להרחיב את היקף הדפסת הכסף. תוכנית זו, שכונתה "תוכנית תאודור", אושרה ברוב דחוק של ראשי הממשלות של המדינות ושל חברי סיעת הלייבור בפרלמנט. עם זאת, לאנג התנגד לתוכנית, באומרו שעל אוסטרליה להימנע מתשלומי חובותיה לבריטניה כל עוד לא יהיו לכך מקורות מימון מוסכמים. ליונס והחוגים השמרניים בלייבור היו מזועזעים, כפי שהייתה האופוזיציה, שמבחינתה הרחבת היקף הדפסת הכסף הייתה הדרך הבטוחה להיפר-אינפלציה ולחורבן מוחלט של הכלכלה.