הכוח המצרי בים סוף גדל וב-4 ביוני כלל שתי צוללות, שלוש משחתות, פריגטה, מקשת, 4 ספינות טילים קומאר, 9 טרפדות וסד"ג (ספינת דיג) חמוש. סיורים של משחתת ושלוש ספינות טורפדו קוימו במפרץ אילת מדי פעם. ב-4 ביוני הייתה למצרים כוונה לבצע מפגן כוח של הנחתת טנקים אמפיביים בדהב ונבק, על ידי שתי נחתות בחיפוי משחתת ומטוסי קרב, אך ההנחתה לא בוצעה. במקביל הוכנו כוחות סעודיים לפרישה באיים טיראן וסנפיר על מנת למנוע תקיפתם. כוונת הסעודים לא מומשה וכוחות אלה לא נפרשׂו.
תגובות להסגר.
על מנת להבהיר לעולם את החומרה שבה ישראל רואה את חסימת המצרים, הודיע ב-30 במאי שר החוץ הישראלי, אבא אבן, שחזר מביקורו בארצות הברית, במסיבת עיתונאים שישראל תהיה מוכנה לחכות זמן מוגבל בלבד לפתיחתם המחודשת. הציפייה היא עניין של ימים או שבועות או שישראל תסיר את ההסגר בעצמה.
מבצע מנחם - אוניית סוחר ARION שהופעלה בחכירה על ידי צים והייתה בכווית, נקנתה מבעליה בפינלנד ב-100,000 דולר, מחיר כפול משוויה, ונשלחה למאסאווה. ב-26 במאי 1967 הוטס אל"ם (מיל') מנחם כהן עם כ-30 אנשי צוות לאסמרה באריתראה וברכב לנמל מאסאווה. האונייה נרשמה בחיפה קיבלה שם חדש DOLPHIN ואות קריאה בינלאומי 4XMT. האנייה "דולפין" בפיקודו של כהן הוכנה בנמל מאסאווה לפריצת ההסגר. אחד הקצינים באנייה היה אברהם אשור. האנייה יצאה מהנמל ב-3 ביוני בשעות הבוקר ויציאתה עוררה רעש גדול בעולם ובמצרים. העיתוי לא היה רצוי למטה הכללי של צה"ל, ובהוראת מפקד חיל הים חזרה האונייה לנמל מאסאווה. לאחר שבוע יצאה שוב לדרכה והגיעה אחרי פתיחת המצרים לשיט ישראלי.
מבצע שמשון – חיל הים התכונן להעביר גם את המכלית Samson של חברת אל-ים בדגל ליבריה שהצוות המקורי שלה, שכלל ברובו ימאים זרים, סירב להפליג. צוות בפיקודו של סא"ל רב חובל דוד כהן גויס למילואים, הוטס והוסע לנמל מאסאווה. הצוות המתין בנמל כ-10 ימים אך ההפלגה יצאה לפועל רק לאחר המלחמה.
כוונת הפעילות הייתה לבדוק באופן מעשי את הצהרות המצרים לצרכים מדיניים וצבאיים. לשתי הפעולות נקבעו שתי אפשרויות פעולה:
נעשתה גם תוכנית לשלוח ספינת מאילת ב-3–4 ביוני, למעבר במצרים ואם יירו עליה, תחזור. היה בכך סיכון גדול להיפגעות הצוות והתוכנית לא אושרה לביצוע.
פעילות ההונאה.
עקב הפעילות המצרית שהחלה בחסימת מצרי טיראן החליטה ממשלת ישראל על מלחמה כוללת. תוכנית המתקפה הצה"לית קבעה את מאמץ ההבקעה לצפון סיני. התוכנית כללה צעדי הונאה במגמה להציג את המאמץ העיקרי לפריצה בדרום הנגב בציר נח'ל-כונתילה, בדומה לפריצה במלחמת סיני. מטרת ההונאה בזירה הימית הייתה למשוך כלי שיט מזירת הים התיכון החיונית, לזירת ים סוף שהוערכה כמשנית. על בסיס אילת הוטל לביים הכנות להנחתת כוחות במפרץ אילת.
מול התצפיות שהציבו המצרים בנמל עקבה נערכו מ-28 במאי מדי יום הצגות של כלי נחיתה המגיעים במשאיות ויורדים למים. כמו כן הועמסו טנקים מסוג AMX-13 לנחתת ובלילה הונחתו הטנקים בחוף הדרומי וגם הנחתות הועלו לחוף והוסתרו בוואדי מאחרי הבסיס. בוימו גם תנועות של כוחות צבא אל הנמל והעמסת רכב משוריין על אוניית משא "עמליה" שנרכשה בנוהל מזורז מבעליה היווניים. לפנות ערב יצאו הטרפדות ברעש גדול דרומה ובמהירות רבה ובלילה שבו בשקט לבסיס.
הפעילות נקלטה היטב אצל המצרים: משחתת Z דיווחה כי רדפה אחרי מטרות מהירות שגילתה במכ"ם מצפון לדהב, ונערכו סיורים של טרפדות. היו ידיעות על הכנת כוח סעודי לאיים, אך במקום זאת הועברו חיילים מצריים לאי טיראן במסוקים. להונאה הייתה השפעה רבה על עריכת כוחות היבשה המצריים ומועד תחילת המלחמה ל-5 ביוני נקבע כדי לאפשר להם לדלל את הכוחות בגזרה הצפונית.
כהצלחת ההונאה ניתן לראות שהכוח הימי המצרי בים סוף תוגבר עד כדי שליש מכלי השיט הפעילים. ב-4 ביוני כלל הכוח 3 משחתות, פריגטה אחת, מקשת אחת, 9 טרפדות, 4 סטי"לי קומאר, שתי צוללות, שני סמ"רים וסד"ג חמוש. חלק מצבר הכוחות נעשה עוד לפני תחילת ההונאה ומטרתו הייתה הרתעת ציי מעצמות המערב מלפתוח בכוח את המצור על מצרי טיראן.
הגנת העיר אילת.
במהלך ימי הכוננות התקבלה ב-25 במאי ידיעה שהמצרים יפתחו בעוד יומיים במתקפה על אילת. ידיעות המודיעין הועברו לאבא אבן בניו יורק שהתריע לאמריקאים. אלה פנו לסובייטים והשגריר הסובייטי במצרים הזדעק לשיחה עם גמאל עבד אל נאצר ומסר לו שברית המועצות לא תתמוך במהלך כזה. לציבור בישראל לא נודע דבר עד אחרי המלחמה.
לאחר פתיחת המלחמה, בצהרי היום ב-5 ביוני, התקבלו במפקדת חיל הים ידיעות על כוח ימי מצרי, המונה שתי משחתות מדגם Z ו-6 ספינות טורפדו P-183, שמשימתו הפגזת אילת. מפקד הזירה, אל"ם אברהם בוצר, קיבל הוראה להציב את הטרפדות במארב מכיוון החוף הסעודי. במקביל נדרש ביצוע סיור אווירי לאיתור הכוח המצרי.
בוצר החליט לשלב במארב כוחות נוספים שעמדו לרשות חיל הים בזירה - סירות מרוץ ואמצעים של שייטת 13. המטרה שקבע לכוח הייתה פגיעה במשחתות שתותחיהן היוו את עיקר האיום על אילת. צורף כוח שייטת 13 בפיקוד שאול זיו, שכלל שתי סירות נפץ מוכוונות מספינת ברטראם שהפעילה מכ"ם והגוררת "צאלה" לתמונה ופיקוד.
היערכות הכוחות נעשתה כאשר שלוש ספינות הטורפדו בפיקוד רס"ן אברבנאל ימצאו דרומיות ביותר בצמוד לחוף המערבי, סירות שייטת 13 בצמוד לחוף הסעודי. תוכנן לתת לטרפדות המצריות לעבור ואז לתקוף את המשחתות בטורפדו ממערב ובסירות נפץ ממזרח. סירות המירוץ בפיקוד רס"ן שני ימצאו בצד המערבי כשישה קילומטר צפונה מהטרפדות. משימתן להעסיק באש את הטרפדות המצריות על מנת להגדיל את סיכויי התקפת הטורפדו וסירות הנפץ על המשחתות. והגוררת "צאלה" בפיקוד רס"ן מגורי נערכה במרכז המפרץ בראש המארב. הוזמן סיוע במטוסי תקיפה לשעת העימות המשוערת.
התנועה להיערכות הייתה קשה. רוח צפונית חזקה וגלים גבוהים יצרו תקלות בכלי השיט הקטנים. סירת מרוץ אחת לא הגיעה למקום המארב, סירת נפץ אחת התמלאה מים וטבעה. בוצר החליט שלא לפתוח בפעילות הנצלה ונתן עדיפות לביצוע המשימה. הכוח המשולב התמקם במקומות המיועדים בשעה 21:30 כלי השיט ציפו למגע עם אויב בעוד 4.5 שעות.
מכ"מי "צאלה"' והטרפדות לא איתרו מטרות עד 55 קילומטר דרומה מאילת. התברר שהכוח הימי המצרי חזר בו מכוונתו לתקוף את אילת. מטוסים שהוזנקו בשעה היעודה כסיוע למארב חזרו. בקשת מפקד חיל הים מחיל האוויר לזנב במצרים הנסוגים כל עוד הם במפרץ אילת נדחתה. משחתת נחשבת כסוללת תותחי נ"מ מוכווני מכ"ם ניידת והיא מטרה לא קלה למטוסים בלילה.
בכל ימי הלחימה, גם בעת הקרבות בירושלים ובגדה המערבית, הקפידו הירדנים על שקט באזור עקבה. עם זאת עמדות התותחים באילת התכוננו לכל תרחיש.
כיבוש שארם א-שייח'.
לצורך השטת כוחות הקרקע ביצע חיל הים נוהל החרמת אונייה באילת תוך פיצוי הבעלים. האונייה נרשמה כ"עמליה", רב חובל מונה רמי זולברג. האונייה הוכנה להעברת טנקים למפרץ שלמה.
ב-6 ביוני הוחלט על כיבוש שארם א-שייח', על חיל הים הוטל לסייע לכיבוש בהנחתת 4 טנקים והובלת אספקה בנחתות בליווי ספינות הטורפדו. לאחר שהתקבלו ידיעות על נסיגת הצבא המצרי בסיני הוקדם הביצוע ל-7 ביוני.
ספינות פירקו את הטורפדו ונעשו ספינות תותחים. בשעה 07:01 יצא מאילת כוח שכלל 4 נחתות שנשאו 4 טנקים מסוג AMX-13 וג'יפ, בליווי 3 טרפדות, סירת ברטראם והגוררת "צאלה" כספינת הפיקוד וכוננות לגרירה. כאשר הכוח הגיע למחצית הדרך הגיעה הודעה כי מתנהלת לחימה במצרי טיראן. מפקד הכוח אברהם בוצר עבר ל"אח"י תרשיש" ונע במהירות למצרי טיראן. בטרפדת "אח"י שבא" חל קלקול במנוע והיא נשארה מאחור עם הנחתות.
בשעה 09:00 הגיעה הודעה שצניחה מתוכננת של כוח צנחנים ישראלי תתקיים בשעה 12:30. בוצר החליט להגיע למפרץ שארם א-שייח' עם שתי טרפדות במקביל לצניחה ולסייע בכיבוש המקום. באותה עת לא היה ברור האם עמדת התותחים המצרים ברס נצראני, החוסמת את המצר, מאוישת. כאשר הגיעו לטווח התותחים מרס נצראני התברר כי היו עזובים.
הטרפדות הגיעו למפרץ בשעה 11:30 ובשעה 12:12 הונף דגל ישראל על בנין בית החולים של כוחות האו"ם בשארם א-שייח'. בוצר התקשר למפקד כוח הצנחנים והודיע לו על תפיסת המקום. כתוצאה מכך בוטלה הצניחה ובשעה 14:00 נחתו הצנחנים במסוקים.
אחרי הצהריים התגלו שתי ספינות דיג שנעצרו רק לאחר ירי לפני החרטום. הסירות לא היו חמושות אך נשאו בתוכם 33 חיילים מצריים עם נשק וציוד מחלקתי. היו אלה אנשי הקומנדו המצרי שהונחתו על האי טיראן ערב המלחמה. השבויים נמסרו לכוח היבשתי והספינות נקשרו לרציף. בשעה 17:00 הגיע כוח הנחיתה והנחית את הטנקים בחוף המפרץ. למחרת נכנסה הכבאית של נמל אילת, שהביאה כ-60 חביות דלק לטרפדות.
עם כיבוש שארם א-שייח' הסתיים גם ההסגר על אילת. האנייה הראשונה שעברה הייתה ה"דולפין" בפיקודו של רב חובל מנחם כהן ב-9 ביוני 1967 והגיעה לאילת באותו יום.
גלריה.
התוכנית שבוטלה לתקיפת מעגן ע'רדקה.
בזירת ים סוף הייתה תוכנית לפעולת קומנדו ימי של פריצה למעגן ע'רדקה. הצוללים בכלי שיט קטנים היו מתוכננים להגיע במסוקים לקרבת היעד. מפקד הפעולה היה שאול זיו וכוונת חיל הים הייתה לבצע אותה בלילה הראשון. תוך כדי תכנון הוברר שלא יועמדו מסוקים לעניין והתוכנית נפלה. ציוד חיוני של ראיית לילה ומפגש שנמצא בידי הצוללים בזירה היה חסר בפעולת אלכסנדריה.
גזרת מצרים בים התיכון.
התוכנית שבוטלה למבצע נחיתה ממזרח לאל עריש.
הוטל על חיל הים לסייע לכוחות היבשה הפועלים בגזרת אל עריש על ידי הנחתה מהים. בכך היה נוצר איגוף למערך המוצבים המצריים במעבר הג'יראדי ושיח' זוויד.