אחרי שגרמניה סיפחה לעצמה את חבל הסודטים, גם הונגריה תבעה מארבעת המנהיגים שחתמו על הסכם מינכן, שצ'כוסלובקיה תחזיר את האזורים שנלקחו ממנה בתום מלחמת העולם הראשונה. מנהיגי צ'כוסלובקיה היו נחושים הפעם לא להיכנע יותר ולהתנגד לדרישות הטריטורליות, גם אם ארבעת המנהיגים ידרשו זאת. הנשיא הצ'כוסלובקי בנש נתן להבין שהוא לא יתן לכפות עליו שוב ויתורים.
ביום רביעי, ה-5 באוקטובר נודע כי נשיא צ'כוסלובקיה אדווארד בנש התפטר. רשמית נמסר שהוא התפטר בגלל אי סבילותו את המשך הלחצים הצפויים מצד צרפת ובריטניה נוכח הדרישה ההונגרית, והוא הציע על כך את התפטרותו; אך הסיבה האמיתית להתפטרות הייתה דרישה תקיפה מכיוון ברלין, והיא זו שאילצה אותו לעשות את הצעד. הוא אף נאלץ לברוח מצ'כוסלובקיה, בעקבות מידע מודיעיני שהגיע לארגוני הביון הצ'כיים, על תוכנית גרמנית לחסל את בנש. ימים ספורים לאחר ההתפטרות הוא נמלט ללונדון.
התפטרותו של בנש שהיה איש מוערך, מדינאי מוכשר ובעל כישרון מנהיגות מבריק, הייתה מכה קשה בעבור צ'כוסלובקיה כולה. השאלה שנשאלה בפי ההמון הצ'כוסלובקי הייתה: "אם בנש אינו הנשיא, מי ינהל וינהיג את צ'כוסלובקיה בתקופת המשבר הזאת?". ואכן, זה מה שרצו בברלין להשיג. ההתפטרות של בנש הייתה התקדמות ניכרת בדרך לחיסולה של צ'כוסלובקיה.
באופן ארעי הועברה הנשיאות לידי ראש ממשלת צ'כוסלובקיה הגנרל יאן סירובי, וכמה שבועות מאוחר יותר מונה נשיא בית המשפט העליון בצ'כוסלובקיה, ד"ר אמיל האכה, לנשיא, והממשלה התחלפה. הממשלה החדשה שינתה את המדיניות הנחושה של בנש, והיא החלה לרַצות את היטלר. מנהיגיה החדשים של צ'כוסלובקיה ציפו שבדרך זו היטלר יתרצה ולא יחסל את שאריות המדינה. אחד הצעדים במדיניות זו היה התרת המפלגה הקומוניסטית של צ'כוסלובקיה. מיעוטים אתניים שונים שתחת שלטונו המבוסס של בנש, לא העזו להרים את ראשם, החלו עתה לדרוש חופש פוליטי.
ההונגרים והפולנים שהיו בצ'כוסלובקיה החלו לגלות לאומנות, בהרגישם שהזמן הנכון לכך הגיע.
סיפוח שטחים להונגריה ולפולין.
הונגריה ופולין תבעו שתיהן מצ'כוסלובקיה טריטוריות שונות. הונגריה תבעה את סלובקיה ואת זקרפטיה, ופולין תבעה חלקים משלזיה ואת אזור העיר טשן. שתיהן איימו במלחמה אם דרישותיהן לא ימולאו. ממשלת צ'כוסלובקיה לא הייתה נכנעת לדרישות, אילולא התערבותם של ארבעת המנהיגים שחתמו על הסכם מינכן, אשר דרשו שצ'כוסלובקיה תתפשר. לממשלה הצ'כוסלובקית לא נשארה כל ברירה, ופולין קיבלה שטח של כ-1900 קמ"ר בסביבות העיר טשן, עם אוכלוסייה של כ-300,000 תושבים שרובם היו צ'כים ורק מיעוטם פולנים. שר החוץ של צ'כוסלובקיה, ד"ר קרופטה אמר לשר החוץ של פולין יוזף בק: "על טשן תשלמו בוורשה". אמירה שאכן התגשמה כשנה מאוחר יותר בתחילת מלחמת העולם השנייה, כשפולין נכבשה על ידי גרמניה.
ב-2 בנובמבר נועדו שרי החוץ של "ארבעת הגדולות" – כינוין של גרמניה, צרפת, בריטניה ואיטליה בעת ועידת מינכן – בווינה, והחליטו לכפות על צ'כוסלובקיה למסור חלקים גדולים מסלובקיה (בעיקר את דרום סלובקיה) ומזקרפטיה, בהם גרו הונגרים רבים, לידי הונגריה. כ-20,000 קמ"ר מצ'כוסלובקיה סופחו להונגריה, עם אוכלוסייה של כחצי מיליון תושבים. בחודש נובמבר נכנס צבא הונגריה לשטחים והשתלט עליהם, כשצבא צ'כוסלובקיה נסוג במהירות לשרידי המדינה.
כניעתה של ממשלת צ'כוסלובקיה.
על אף שכאמור, הממשלה הצ'כית החדשה השתדלה לספק את הדרישות הגרמניות ככל שיכלה, היטלר לא הסתפק בכך. אחרי סיפוח השטחים הגדולים להונגריה ופולין, הוזמן שר החוץ החדש של צ'כוסלובקיה, ד"ר חוואלקובסקי על ידי שר החוץ של גרמניה, יואכים פון ריבנטרופ, לבוא לברלין, וכשהגיע הציע לפניו את דרישותיו של היטלר. ריבנטרופ הקדים ואמר את המשפט: "הפיהרר הציל את צ'כוסלובקיה מחיסול מוחלט!". הפיהרר, המשיך ריבנטרופ, דרש כי
ריבנטרופ סיים את דבריו באיום: "אם צ'כוסלובקיה לא תקבל תנאים אלה, היא צפויה לתוצאות קטסטרופליות!". שר החוץ הצ'כוסלובקי לא העז להתנגד לדרישות מרחיקות הלכת.
סלובקיה עצמאית.
בעיה אתנית גדולה בצ'כוסלובקיה הייתה האומה הסלובקית. החלקים המרכזיים שהרכיבו את צ'כוסלובקיה היו צ'כיה וסלובקיה (ומכאן שמה). אמנם, במשך 20 שנות קיומה של צ'כוסלובקיה הייתה סלובקיה חלק בלתי נפרד מצ'כוסלובקיה; אך במצב החדש שנוצר גם הסלובקים התחילו לדרוש אוטונומיה רחבה יותר במסגרת הרפובליקה הצ'כוסלובקית. בעצם, סלובקיה כולה הייתה כלולה בדרישת ההונגרים מצ'כוסלובקיה, אך היטלר מנע זאת מההונגרים, ונתן להם לכבוש רק את חלקיה הדרומיים. תוכניתו לגבי צפון סלובקיה הייתה שתתנתק מצ'כוסלובקיה, תקבל עצמאות, ותוקם בה ממשלת בובות פשיסטית, שתפעל לפי הוראותיו. דבר זה שירת את האינטרסים שלו יותר מאשר אם הונגריה תשתלט על סלובקיה כולה. מרד סלובקי בממשלה הצ'כוסלובקית היה רצוי, אם כן, בעבור גרמניה הנאצית שהתכוונה לפרק כליל את צ'כוסלובקיה, ועל כן השתמש היטלר בסלובקים ועודד אותם לחתור תחת ממשלת צ'כוסלובקיה ולדרוש עצמאות. הממשלה הנאצית הגרמנית עודדה את הנאצים הסלובקיים להתמרד בממשלה הצ'כוסלובקית, וכשזה אכן קרה, עמדה הממשלה הצ'כוסלובקית בחוסר אונים.
סלובקיה מקבלת אוטונומיה רחבה.
מפקד הלופטוואפה של צבא גרמניה, הרמן גרינג, נועד עם שני מנהיגים סלובקים, שניו מאך ופרדיננד דורצ'אנסקי, והדריך אותם כיצד לתבוע אוטונומיה רחבה ביותר. כמו כן, נפגש ריבנטרופ עם לאומנים סלובקים, ועודדם לתבוע אוטונומיה בתקיפות מממשלת צ'כוסלובקיה. במקביל, גם היטלר עצמו נפגש עם פרופסור וואיטך טוקה, אחד הלאומנים הסלובקים הגדולים באותה תקופה. טוקה היה אויב מושבע של הצ'כים, ולוחם מפורסם למען זכויות הסלובקים. הוא אף הורשע על ידי בית משפט צ'כי, בראשית שנות קיומה של צ'כוסלובקיה, בבגידה, ונגזרו עליו 15 שנות מאסר. טוקה הגיע להיטלר עם בקשה מוכנה: ש"הפיהרר יפעל לעצמאותה של סלובקיה". הוא אמר להיטלר: "אני שם את גורל עמי בידכם". היטלר שהיה מרוצה היתמם בערמומיות, ואמר שאילו ידע על רצונו של העם הסלובקי בעצמאות הוא כבר היה משיג זאת מזמן, עוד בועידת מינכן; אך גם עכשיו, אמר היטלר, עדיין לא מאוחר, והוא ידאג לעצמאות סלובקיה. טוקה הודה כשהוא התרגש ואמר: "זה היום היפה בחיי".
כשטוקה חזר לצ'כוסלובקיה הוא עוד יותר התאמץ להסית ולהזין את הלאומנות הסלובקית. בסופו של דבר לא נשארה כל ברירה לממשלה הצ'כוסלובקית, והיא אישרה אוטונומיה רחבה ביותר, עם ממשל סלובקי עצמאי, שהוקם בפרלמנט הסלובקי בברטיסלאבה, במסגרת הרפובליקה הפדרלית של צ'כוסלובקיה.
ממשלת צ'כוסלובקיה נוקטת אמצעים דרסטיים.
מרד בזקרפטיה.
את מה שעשו הגרמנים בסלובקיה, עשו גם בזקרפטיה. האוכלוסייה בחלק של זקרפטיה שעוד לא סופח להונגריה, הייתה מורכבת ממיעוטים של רוסינים, אוקראינים והונגרים. הגרמנים עודדו את המיעוטים השונים לחולל פרובוקציות, ובכך לתת עילה לגרמניה להתערב צבאית בקונפליקט. האוקראינים אכן דרשו מממשלת צ'כוסלובקיה אוטונומיה של זקרפטיה בדומה לסלובקיה. ההונגרים על גבול הונגריה-צ'כוסלובקיה ביצעו מספר פרובוקציות, וכשהצבא הצ'כי ירה לעבר שומרי הגבול ההונגריים, זה נתן להם עילה לתקוף בסיסי צבא צ'כיים על הגבול. כך התחוללו חילופי אש נקודתיים רבים, שאמנם לא הגיעו בדרך כלל לקרבות ממשיים, אך היו מספר חילופי אש שכן הפכו לקרבות של ממש. בשני מקרים דומים שאירעו בסביבות הערים מונקאץ' ואונגוואר, שם היו בסיסי צבא הונגריים (לאחר שהערים הללו סופחו מצ'כוסלובקיה להונגריה), הצבא ההונגרי המטיר באש את הצבא הצ'כי. הצבא הצ'כי הגיב בהפצצות כבידות ובמבצעים צבאיים מסיביים. הצבא הצ'כי נכנס באחת הלילות בתוך מונקאץ', עם טנקים ותותחים כבדים, וירה לכל עבר, כשהוא מסב נזק משמעותי לצבא הונגריה. אך עם זאת, בדרך כלל נמנעה הממשלה הצ'כוסלובקית מקונפליקטים צבאיים, מאחר שהיא הייתה בין הפטיש לסדן, כשמחד, הבלגה מול הפרובוקציות האלימות הייתה מעודדת את המרד עוד יותר, ומאידך, תגובה תקיפה הייתה נותנת עילה מספקת להיטלר להתערב.
נשיא צ'כוסלובקיה מתעשת.
ב-6 במרץ 1939, החליט נשיא צ'כוסלובקיה, האכה, סוף־סוף, לנקוט באמצעים מעשיים דרסטיים. האכה דחה בתקיפות את הדרישה לאוטונומיה של זקרפטיה, ושלושה ימים אחר כך, הורה על פירוק הממשל העצמאי הסלובקי, וביטול האוטונומיה הסלובקית. כמו כן, הממשלה הצ'כוסלובקית הורתה לעצור את ראש הממשלה הסלובקי הכומר יוזף טיסו, את סגנו דורצ'אנסקי, את טוקה ומספר מנהיגים סלובקיים לאומניים נוספים. במקביל, הוכרז מצב חירום ברחבי סלובקיה.
סלובקיה מכריזה עצמאות מלאה.
הצעדים הדרסטיים של ממשלת צ'כוסלובקיה נתנו להיטלר את ההזדמנות לה חיכה, והוא התערב מיידית. היטלר מינה את נציג סלובקיה בממשלת צ'כוסלובקיה, קרל סידור, לראש הממשלה העצמאית של סלובקיה, וכאשר התכנס הקבינט הסלובקי, נכנסו נציגי גרמניה, ותבעו שהפרלמנט הסלובקי יכריז על עצמאות של סלובקיה. סוכנים מיוחדים של גרמניה הצליחו גם לשחרר את טיסו ממעצרו, והוא – אף על פי שכבר לא היה חבר פרלמנט – דרש מסידור לכנס את הקבינט לדיון דחוף, בו מסר טיסו שהגנרל בירקל, הגאו לייטר באוסטריה מטעם גרמניה לאחר האנשלוס, הודיע לו שהיטלר הזמין אותו לדיון בברלין, כשהוא מזהירו שאם ידחה את ההזמנה מוכנות כבר שתי דיוויזיות גרמניות לפלוש לסלובקיה, ואז סלובקיה תחולק בין הונגריה לגרמניה.
כשטיסו הגיע יחד עם סגן ראש הממשלה הסלובקי, דורצ'נסקי, לברלין, הוא נועד עם היטלר, ריבנטרופ וראשי הצבא הגרמני, בראוכיטש וקייטל. היטלר הוכיח את טיסו על כפיית הטובה מצד הממשלה הסלובקית, אחרי שדאג לאוטונומיה של סלובקיה.