לאחר שהסכים ריש לקיש לחזור ללימודיו, אכן נתן לו רבי יוחנן את אחותו היפה לאישה, אך הוא גם החל ללמד אותו תורה. ריש לקיש שקד בצורה בלתי רגילה על לימודיו בתורה, הוא לא הפסיק את תלמודו אף ליום אחד, והיה לומד אף בלילות. פלפולו של ריש לקיש היה כה גדול, עד שאמר עליו עולא: "הרואה את ריש לקיש בבית המדרש, כאילו עוקר הרים וטוחנם זה בזה". לא עבר זמן רב, וריש לקיש הגיע למעלתו של רבי יוחנן, כמעט. רבי יוחנן התייחס לריש לקיש בכבוד רב, ולא פעם אחת מינהו למשנהו ואף קיבל את דעתו בהלכות.
למרות הידידות שבין רבי יוחנן לריש לקיש, זה הראשון הוא שגרם לבסוף למותו. על פי המסופר בגמרא, דנו השניים בבית המדרש בסוגיה טומאתם של כלי נשק, והיו חלוקים ביניהם. לאחר שאמר רבי יוחנן את דעתו, וריש לקיש חלק עליו, אמר לו רבי יוחנן "לסטאה בלסטיותיה ידע" משמע אתה הוא המומחה בנושא כלי נשק משום עברך כשודד. בעקבות האמירה, ריש לקיש התעצב על כך שאפילו לאחר שחזר בתשובה אין מקבלין אותו לגמרי אלא מזכירים לו את עברו, ואמר בתרעומת לרבי יוחנן "כשהייתי ראש השודדים קראו לי "רב", וגם כעת קוראים לי "רב". רבי יוחנן הקפיד עליו ועקב כך ריש לקיש חלה ודעתו של ר' יוחנן נחלשה. אשתו של ריש לקיש (שהייתה אחותו של ר' יוחנן) בקשה מר' יוחנן שיסלח לריש לקיש, אבל רבי יוחנן לא הסכים ולבסוף נפל ריש לקיש למשכב ומת. על פי המסופר בגמרא, רבי יוחנן התעצב מאוד על כך שגרם למותו של ריש לקיש. ניסיונות רבים של החכמים לעודד את רוחו, אם בלימוד איתו ואם בדיבור לא הועילו, ולבסוף נטרפה דעתו ולאחר שחכמי דורו ביקשו עליו רחמים, כשלא יכלו לראות בסבלו - הוא נפטר.
בנוסף, מסופר בגמרא כי ר' יוחנן התפעל מאחיינו, בנו של ריש לקיש ונתן בו עיניו. לפתע באה אם הילד (שהייתה אחותו של ר' יוחנן), לקחה את בנה כדי שלא יעשה לו ר' יוחנן כפי שעשה לאביו.
רבי אלעזר.
הוזכר הסיפור בו התרעם רבי יוחנן על רבי אלעזר, תלמידו המובהק, ורבי יעקב בר אידי פייס את רבי יוחנן והסביר לו שמעשיו של רבי אלעזר נעשו מתוך יראת הכבוד יתירה לרבו. אודות יחסיהם של שני החכמים, מסופר עוד בתלמוד, כי רבי יוחנן היה חולה ושכב בחדר אפל. כאשר נכנס רבי אלעזר רצה רבי יוחנן להאיר את החדר, ולכן הוא גילה את בשר זרועו שהבהיק כמרגלית (אודות יופיו של רבי יוחנן ראה לעיל פרק: ביוגרפיה) דבר שגרם להאיר את החדר. רבי אלעזר שראה זאת - בכה. רבי יוחנן לא הבין מדוע תלמידו בוכה ואמר לו: מדוע הינך בוכה? אם מפני תורה שלא למדת דייך - הרי "אחד המרבה ואחד הממעיט ובלבד שיכוין לבו לשמים". אם מפני עניותך - הרי לא כל אחד זוכה לשני שולחנות, שולחן תורה ושולחן עושר, ודייך בחכמתך הגדולה בתורה. ואם מפני בנים שאין לך - גם אני איבדתי את כל בני, וזו היא העצם הקטנה שנותרה מבני העשירי שנפטר. בסופו של דבר אמר רבי אלעזר לרבי יוחנן: האם חביבין עליך ייסורין? השיב רבי יוחנן - איני חפץ לא בייסורין ולא בשכרן. נתן רבי אלעזר את ידו לרבי יוחנן, והקימו ממיטתו בדרך נס.
זעירי.
גם זעירי נמנה עם תלמידיו. רבי יוחנן רצה שזעירי ישא את בתו, אבל זעירי התחמק ממנו מכיוון שהוא היה מבבל הנחשבת למיוחסת יותר ביחס לארץ ישראל שבה התערבו פסולין. פעם אחת הגיעו לשלולית מים וזעירי הרכיב את רבי יוחנן על כתיפו. אמר לו רבי יוחנן באותה שעה: תורתי כשירה לך, ואילו בתי אינה טובה בשבילך? אך למרות זאת זעירי המשיך להתחמק ממנו. והגמרא מסבירה כי רבי יוחנן לא ידע את אמרתו של רבי אלעזר "לא עלה עזרא מבבל עד שעשאה סולת נקייה", שממנו נראה שבבל הייתה נקייה לגמרי מפסולי יחוסין, ולכן זעירי סירב לקחת את בתו של רבי יוחנן לאשה, עקב מוצאו הבבלאי, שהיה נחשב יותר מאשר רבי יוחנן הארץ-ישראלי.
רבי יעקב בר אידי.
רבי יעקב בר אידי, תלמידו של רבי יוחנן, זכה להערכה מיוחדת מרבו. מעשה שהיה, שרבי יוחנן כעס על רבי אלעזר תלמידו המובהק, שאמר בבית המדרש הלכה ששמע ממנו, שלא בשמו. בא לפניו רבי יעקב בר אידי ואמר לפני רבי יוחנן: הגיב רבי יוחנן:
רב כהנא.
רב כהנא היה תלמידו של רבי יוחנן לאחר שברח מבבל. במסכת בבא קמא מסופר שבעת שלמד רב כהנא אצל רב בבבל, הגיע לשם מלשין, והצהיר בפני רב על כוונתו למסור ממון ישראל לגויים. לאחר שלא נענה לדבריו של רב שלא לעשות כן ואף הכריז ברמה על כוונתו הברורה למסור, קם עליו רב כהנא והרגו וזאת על פי ההלכה הקובעת שמצווה להרוג אדם שהוא מוסר לאחר התראה. רב הורה לרב כהנא לברוח לארץ ישראל, ושם לא להקשות בשיעוריו של רבי יוחנן במשך שבע שנים. שמע רב כהנא בעצתו, והגיע לישיבתו של רבי יוחנן, בשעה שריש לקיש חזר על שיעורו של רבי יוחנן, ושם הראה לריש לקיש כמה גדול כוחו בתורה.
הלך ריש לקיש לרבי יוחנן ואמר לו: "ארי עלה מבבל" - כלומר חכם שכוחו גדול בתורה, בא מבבל. למחרת הושיבו את רב כהנא בשורה הראשונה בבית מדרשו של רבי יוחנן. רב כהנא קיים את עצת רב, ושתק במשך כל לימודו של רבי יוחנן, וכיוון שכך, הזיזוהו לאחור, שורה אחר שורה, עד לשורה השביעית האחרונה, שבה ישבו צעירי התלמידים. אמר רבי יוחנן לריש לקיש: , כלומר: מתברר, כי אותו חכם שכינית אותו בתואר "אריה" אינו כזה כלל ועיקר. כאשר שמע זאת רב כהנא, הוא אמר לעצמו: יהי רצון שהבזיון הגדול שעברתי בשבע השורות שהזיזוני לאחור, יחשבו לי במקום שבע השנים שעליהם ציוותי לא להקשות בשיעור של רבי יוחנן כדי למנוע ממני כבוד. החל מרגע זה, רב כהנא קם והקשה קושיות על רבי יוחנן, וזה לא מצא להן מענה, על כל קושיא קידמו אותו שורה עד שהושיבו אותו בשורה הראשונה מול רבי יוחנן, ולבסוף אף שמטו מתחת מושבו של רבי יוחנן את שבעת הכרים שעליהן ישב. לרב כהנא היה מום בשפתיו שגרם לרבי יוחנן לחשוב שרב כהנא מחייך חיוך ניצחון, חלשה דעתו של רבי יוחנן ומיד מת רב כהנא.
למחרת כאשר רבי יוחנן סיפר לחכמים על כך שרב כהנא לגלג עליו, הסבירו החכמים לרבי יוחנן שרב כהנא לא חייך, אלא זהו מראה פניו. התחרט רבי יוחנן והלך למערת הקבורה של רב כהנא. ראה נחש שומר על פתח המערה, זנבו נתון לתוך פיו. אמר לו: "נחש, נחש, פתח פיך וייכנס הרב אצל תלמיד", ולא פתח; "ייכנס חבר אצל חבר", ולא פתח; "ייכנס תלמיד אצל הרב", פתח לו. ביקש עליו רחמים והחזירו לחיים. שאל רבי יוחנן את רב כהנא את כל הספקות שהיו לו, ורב כהנא פתר אותן. זהו שאמר רבי יוחנן בכמה מקומות: "דילכון אמרי, דילהון היא", כלומר: "מה שאני אומר לכם, שלהם (של בני בבל) הוא".
רב יוסף בר אבא.
רב יוסף בר אבא נמנה עם תלמידיו. מספר ממאמריו של רבי יוחנן פורשו על ידו. אחד מהם הוא אודות דין קיום שטרות שלא בפני בעל דין, בה הוא מסביר את טעמו של רבי יוחנן בראיה ממקום אחר בה רואים כי התורה הקפיד שלא לקיים שום דין משפטי גם כזה העוסק בראיות בלבד, כאשר בעל הדין אינו נמצא, מציווי התורה "והועד בבעליו", ציווי העוסק בדין אדם שבעל חיים שברשותו הזיק אדם אחר, שאסור להעיד על כך ולהופכו לשור מועד שלא בנוכחות בעליו.
רבי כרוספדאי.
עוד נמנה עם תלמידיו רבי כרוספדאי. אחד ממאמריו המפורסמים ביותר של רבי יוחנן נמסר על ידו:
רחל המשוררת
רחל בְּלוּבְשְׁטֵיין סלע (י"ט בתשרי ה'תרנ"א, 2 באוקטובר 1890 – כ"ט בניסן ה'תרצ"א, 16 באפריל 1931), המוכרת בשם העט "רחל" (בספרות העברית: רחל המשוררת), הייתה מן המשוררות הבולטות בשירה העברית הקלאסית המחודשת.
קורות חיים.
תחילת דרכה.
רחל (רעיה) בלובשטיין, בִּתם של איסר-לייב וסופיה (שרה) לבית מנדלשטאם, נולדה בסראטוב שברוסיה (אז חלק מהאימפריה הרוסית). סבה מצד אמה, הרב משה מנדלשטאם, שימש כרב הקהילה היהודית של קייב. אביה, במקור מפולטבה, הקפיד על קיום שמירת המסורת היהודית, על אף שנחטף בגיל 8 לצבא הרוסי ושירת שם 25 שנה. כאשר שוחרר, הורשה לגור היכן שיחפוץ בתחומי רוסיה, החל לסחור בפרוות והתעשר. הוא נשא אשה ונולדו להם ארבעה ילדים. לאחר שנפטרה, נישא בשנית לסופיה, שהייתה צעירה ממנו ב-20 שנים, ונולדו להם שמונה ילדים.
אמה של רחל, סופיה, הייתה אשה משכילה וידענית אשר הקפידה מאוד על חינוך והשכלת ילדיה. לרחל הוענקו שיעורים בעברית בילדותה. האם התכתבה עם לב טולסטוי ובביתם התארחו תדיר אנשים משכילים, ביניהם הסופר ולדימיר קורולנקו. בצעירותה עברו הוריה לפולטבה שבאוקראינה, שם למדה בבית הספר היהודי ובגימנסיה כללית. כבר בילדותה סבלה מתפקוד לקוי של הריאות ונשלחה לטיפולי מרפא, אליה הצטרפה אחותה ליזה שגם טיפלה בה. בהשפעת האח יעקב גילתה נטיות ציוניות והצטרפה לתנועת נוער ציונית. בגיל 15 החלה בכתיבת שירים ברוסית. האם סופיה נפטרה ב-1906 משחפת. בגיל שבע-עשרה עברה רחל עם אחותה שושנה לקייב, שם גרה האחות הבכורה ליזה, ולמדה ציור.
ב-1909, בהיותה בת תשע-עשרה, באה לסייר בארץ ישראל עם אחותה שושנה. השתיים, שהיו בדרכן לאיטליה ללמוד אמנות ופילוסופיה, החליטו להישאר בארץ ולהשתלב בבנייתה. הן התיישבו במושבה רחובות, ולמדו עברית מהאזנה לילדים בגן הילדים. בהמשך הצטרפה אליהן אחותן בת שבע, ובית משפחת ברוידא בו התגוררו מכונה מאז "מגדל שלוש האחיות" על שמן. ברחובות חוותה רחל את הרומן הראשון שלה, עם בן המושבה נקדימון אלטשולר. אביה של רחל עלה לארץ ישראל שנה אחריה עם רעייתו השלישית, מאשה נאומובנה, והתגורר בתל אביב.