במקביל, צצו בעיתונים באירופה שמועות שהפרואנים כרו כמעט כל הגואנו באיכות טובה, והאירופאים לא האמינו, ובצדק, לניסיונות ההכחשה של ממשלת פרו. בפועל, נוצלו המרבצים הטובים ביותר של גואנו באיי צ'ינצ'ה כמעט עד תומם, ופעילויות הכרייה שהתנהלו במשך כל השנה הרסו את אתרי הקינון, ומנעו את חידוש המלאי. החלו לצוץ טענות על שינויים גדולים באיכות הגואנו והחלו להופיע דשנים מתחרים בשוק. עקב כך נאלצה ממשלת פרו לקבוע סולם מחירים בהתאם לתכולת החנקן בגואנו, עובדה שחיזקה את השמועות בדבר הידלדלות הגואנו. עם זאת, למרות מספר רב של דשנים מתחרים (זבל, אשלג, פוספטים, סופר-פוספטים) המשיך הגואנו מפרו למשול בכיפה עד שנות ה-70 של המאה ה-19 עד אשר היבוא של מלחת מצ'ילה ומבוליביה לאירופה גדל בצורה משמעותית.
בינתיים נקלע סינדיקט הגואנו לקשיים. החתימה על החוזה הייתה ב-1869, אבל הסוחרים הקודמים החזיקו במלאי גדול של גואנו ורק בדצמבר 1872 יכול היה הסינדיקט לכפות את המונופול על הגואנו, אבל את התשלומים החודשיים לממשלת פרו היה חייב לשלם מחתימת החוזה, והסינדיקט החל לסבול מקשיי נזילות. בנוסף, היה הנשיא החדש של פרו, מנואל פרדו (Manuel Pardo), קשור לסוחרים והתנגד בעבר לקשר עם הסינדיקט, והוא דרש את הגדלת התשלומים. השותפים בסינדיקט היו חלוקים בשאלה אם לדבוק בתנאי החוזה או להיענות לדרישה. העוינות בין הממשלה לסינדיקט הובילה לעימות גלוי והממשלה הפרואנית הפסיקה את המשלוחים עד חתימת הסכם חדש באפריל 1874 שהוגבל עד לינואר 1876.
ממשלת פרו לא חידשה את ההסכם עם סינדיקט הגואנו, והלה הפסיק בסוף 1875 לשלם את הריבית על החוב החיצוני של פרו שעמד על 32 מיליון, ופרו הכריזה שוב על חדלות פירעון. הממשלה בפרו חיפשה לחדש את החוזה עם חברה חדשה, אבל הדיונים בנושא הסתבכו בשל טענת הלווים לממשלת פרו, מרביתם בריטים, שהגואנו שייך להם כיוון שניתן כעירבון על ההלוואה. בסופו של דבר הוקם סינדיקט בריטי-פרואני "חברת הגואנו הפרואנית" (Peruvian Guano company), אבל לסינדיקט הגואנו היה עדיין מלאי של חצי מיליון טון גואנו, ופתאום היו בשוק שני גורמים מתחרים שמכרו גואנו. בינתיים צץ מדרום איום על הגואנו כדשן המוביל, המלחת.
במהלך השליש השלישי של המאה ה-19, פעלו חברות צ'יליאניות במדבר אטקמה, כולל בחלקיו הבוליביאניים והפרואניים, והפיקו מלחת וגואנו בהתאם להסכמים בין המדינות. פרו ובוליביה לא ראו את ההתפשטות הצ'יליאנית בעין יפה ובשנת 1873 כרתו ברית סודית. בשנת 1875 הלאימה פרו את תעשיית המלחת, ובכך פגעה בחברות הצ'יליאניות, ובשנת 1878 הפרה בוליביה את הסכמיה עם צ'ילה והעלתה את המיסים על ייצוא המלחת. בראשית 1879 אסרה בוליביה את ייצוא המלחת בידי הצ'יליאנים, צ'ילה שלחה את חיל הים הצ'יליאני לאזור, ניתקה את יחסיה הדיפלומטיים עם בוליביה וב-14 בפברואר כבשה את העיירה אנטופגסטה, בה היו למעלה משלושת רבעי תושביה צ'יליאנים, והכריזה חד צדדית על קו גבול חדש בין המדינות. שבועיים לאחר מכן, ב-1 במרץ, הכריזה בוליביה מלחמה על צ'ילה. פרו הציעה לתווך בין הנצים אולם כאשר נודע לצ'ילה אודות ההסכם הבוליביאני-פרואני הסודי, היא סירבה לתיווך, תבעה את שבירת ההסכם, וכשלא נענתה - הכריזה מלחמה גם על פרו. החלה מלחמת האוקיינוס השקט (Guerra del Pacífico).
צ'ילה השתלטה על מרבצי הגואנו בחודש הראשון של המלחמה בת ארבע השנים, ובכך ניתקה את פרו ממקור הכנסתה העיקרית. בוליביה ופרו הובסו במלחמה, במהלכה כבשו הצ'יליאנים את לימה. ב-20 באוקטובר 1883 חתמו הפרואנים על הסכם שלום המכונה הסכם אנקון (Tratado de Ancón) שבו העבירו לצ'ילה את האזורים טרפקה (Trapacá), טאקנה (Tacna) ואריקה (Arica). טאקנה הוחזרה לפרואנים בהסכם ב-1929. שנה אחר כך נאלצה גם בוליביה לחתום על הסכם שלום שבו איבדה את המוצא שלה לים, מחוז אנטפגוסטה.
היה זה סוף עידן הגואנו בפרו. פרו אומנם חתמה על חוזה חדש עם חברה צרפתית נוספת, "החברה המסחרית והפיננסית של הפסיפיק" ("Compagnie Financière et Commerciale de la Pacifique"), אבל בכך נוסף שחקן שלישי בשוק מוכרי הגואנו, שמחירו צנח בלאו הכי גם בגלל התחרות מול המלחת. פרו נאלצה להתמודד עם כמה גורמים להם הייתה חייבת כסף, בהם סינדיקט הגואנו, ובעלי איגרות החוב שעליהן הכריזה חדלות פירעון. החל מערכה משפטית ארוכה ובסופו של דבר נאלצה פרו להתפשר עם בעלי החוב החזקים ביותר, בעלי איגרות החוב שיוצגו על ידי הסוחר מייקל גרייס (Michael Grace). חוזה גרייס (Grace Contract) נחתם באוקטובר 1889 ובו, בין השאר, העבירה פרו את הבעלות על מערכת הרכבות בפרו לחברה חדשה שהקימו בעלי איגרות החוב למשך 66 שנים. בעלי החוב האחרים, בהם סינדיקט הגואנו, פנו לערכאות בוררות בינלאומיות בלוזאן ב-1901 ובבית הדין הבינלאומי לצדק ב-1921, שחייבו את פרו לשלם חלק מחובה.
משערים שבמהלך תור הזהב של הגואנו בפרו, בשנים 1840-1880, כרו הפרואנים יותר מ־20,000,000 טון של גואנו ליצוא, שהכניסו להם כשני מיליארד דולר. עם זאת, בסוף העשור הראשון של המאה העשרים התדלדלו עתודות הגואנו של פרו בצורה חריפה, וסיפקו רק כ־48,000 טון לשנה.
עידן הגואנו בפרו הסתיים בפשיטת רגל כלכלית שבסופה היו משאבים רבים של כלכלת פרו בידיהם של חברות זרות שפעלו על פי האינטרס של בעלי המניות הבריטים שלהם.
עבדים וקולים.
העבודה באיי הגואנו הייתה עבודה קשה שהייתה כרוכה גם בסיכוני בריאות. הכרייה התבצעה באקלים חם בסביבה מדברית בתוך ענני האבק הצהוב בעל ריח האמוניה שהיתמרו בשל פעולות הכרייה, שיש שדימו אותם לסצנה מהגיהנום. לכן התקשו חברות הגואנו למצוא עובדים. החברות פנו לשני מקורות של כוח אדם זול: עובדי כפיים בשכר נמוך שמוצאם מסין, אשר כונו "קולים", ועבדים.
הקבוצה הראשונה בת 79 עובדים סיניים הגיעה לפרו ב-1849, ועם סיום המסחר בגואנו כרבע המאה לאחר מכן "יובאו" למעלה מ-100,000 מבני ארצם לפרו. לא כולם הועסקו בכריית הגואנו, חלקם עסק בהקמת מסילת הברזל, וחלקם במטעי הסוכר והכותנה, אבל אלו שהועסקו בכריית הגואנו סבלו במיוחד והיו לא מעט מקרים של התאבדויות בקרב העובדים. בעקבות מקרים אלו עצרה הממשלה הפרואנית את ייבוא העובדים בין 1856 ל-1861 והחוזים החדשים שנחתמו עם העובדים בשנות ה-60 של המאה ה-19 כללו סעיפים האוסרים על עבודה במכרות הגואנו שלא תמיד כובדו. מורשת העובדים הסינים בפרו בולטת בקהילה של יוצאי סין המוערכת בין 1.3 מיליון ל-1.6 מיליון המהווים בין 3% ל-4% מתושבי פרו.
אחד המקרים הידועים לשמצה הקשור לעבדים באיי הגואנו אירע בשנת 1862 כאשר ספינות סוחרי עבדים פרואנים פשטו על אי הפסחא ושבו כ־1,000 איש לעבודה במכרות הגואנו. שנה אחר כך, כשהשלטונות הפרואנים נאלצו, בלחץ הבישוף של טהיטי, להחזיר את התושבים לאי, נותרו בחיים רק 100 מהם, ורובם מתו בדרך חזרה לאי ממחלת האבעבועות השחורות.
חוק איי הגואנו.
במאה ה-19 החל מחירו של הגואנו הפרואני לעלות, בשל איכותו המעולה. הביקוש הגובר לגואנו, מחקלאים אמריקאים, בריטים ואירופאים, עודד את הממשלה הפרואנית להעלות את המס על מקור העושר החדש שנתגלה. הבריטים, בהבינם כי כמות הגואנו היא סופית ולפיכך סופיים גם הרווחים מהמסחר בו, בקשו וקיבלו מממשלת פרו מונופול על כריית הגואנו ויצואו. פעולה זו הפכה את האמריקנים ללקוחות של הבריטים. החקלאים האמריקנים התנגדו נחרצות לשלם לכתר הבריטי תמורת הגואנו הפרואני, ופנו בנושא לבית הנבחרים.
עיקר מחאתם הייתה כנגד עלותו של הגואנו המיובא. הקונגרס ניסה להתמודד עם נושא זה באמצעות סדרה של דרכי פעולה כלכליות ודיפלומטיות, אך אף אחת מהשיטות לא צלחה. גם הטלת מיסים מצד אחד והצעת תמריצים מצד שני לא גרמו לירידה במחירי הגואנו.
לאחר הכישלון בנושא הגואנו מפרו, חיפשו האמריקנים מקורות חדשים של החומר. בשנת 1856 עברה בקונגרס הצעת חוק בשם "חוק איי הגואנו" (Guano Islands Act), והיא אושררה על ידי הנשיא ג'יימס ביוקנן. בחוק נאמר:
בשפה פשוטה: מותר לאזרחים אמריקניים להשתלט על כל אי בעולם המכיל מרבצי גואנו, ובלבד שאינו מיושב או שייך כבר למישהו אחר. החוק מתיר לנשיא ארצות הברית להשתמש בכוח על מנת לשמור על אי שהושג בדרך זו. החוק גם קבע שארצות הברית אינה מחויבת להחזיק באי לאחר שכל הגואנו שבו ייכרה, אך לא קבע מה יהיה מעמדו של האי לאחר שהחברה הפרטית שניצלה את הגואנו שבו תנטוש אותו.
חוק זה קיים עדיין בספר החוקים הפדרלי.
איי הגואנו האמריקנים.
יזמים ארגנו משלחות חקר לאיתור גואנו, שהשתמשו בידע של הקרטוגרפים וחוקרי הטבע האמריקנים הטובים ביותר שיכלו היזמים לשכור. ערים כמו בולטימור שימשו נקודת מוצא למשלחות יקרות, מסובכות ומסוכנות. המשלחות הצליחו לאתר כ-60 איים זעירים בלתי ידועים, בעיקר באוקיינוס השקט, כדוגמת האיים האולנד, בייקר וג'רוויס, אך גם באוקיינוס האטלנטי, כדוגמת איי סרנילה (Serranilla), נבאסה ופטרל (Petrel), שחלקם ננטשו לאחר שהביקוש לגואנו דעך בתחילת המאה ה-20.
גילוי האיים אילץ את הקונגרס ובתי המשפט להתערב, על מנת להגן על הרכש האמריקני החדש ועל האנשים שעבדו בו. בזמן שהמדינאים התווכחו על חקיקה שתגן על הרכוש החדש, עבדים לשעבר ממרילנד הועסקו בתנאי עבדות מפרכים באי נבאסה, שבין האיטי לג'מייקה בים הקריבי. האי ננטש ב-1889, כאשר העובדים התמרדו ורצחו את מנהלי העבודה הלבנים.