ב־1995, התקבלה בממשלת רבין החלטה על הקמת גדר, לא כתגובה לטרור, אלא כדי ליצור גבול בין ישראל לבין הרשות הפלסטינית. השר לביטחון פנים, משה שחל, מונה לעמוד בראש ועדה שתדון בהקמת גדר ההפרדה. החלטה זו לא יושמה מסיבות שונות (בהן: רצח רבין).
ביולי 1996, שר הביטחון, יצחק מרדכי, מודיע שהוא מתנגד לתוכנית ההפרדה של ממשלת רבין והתוכנית מוקפאת.
ב־1999 המליצה "מנהלת השלום" בממשלת אהוד ברק להקים חלק מהאלמנטים של הגדר אולם ברק דחה את ההמלצה. לאחר ועידת קמפ דייוויד הודיע ברק על הקמת שתי גדרות, אחת על הקו הירוק והשנייה סביב גושי ההתנחלויות אולם לא נקט צעדים כלשהם בנושא. הדיון בנושא הופסק לאחר בחירתו של אריאל שרון. באפריל 2001 העביר שרון, שהתנגד תחילה להקמת הגדר, את הטיפול בנושא למועצה לביטחון לאומי. אבל במחצית 2002 החל לשנות את עמדתו ביחס לגדר.
את המאבק הציבורי למען הקמת גדר הפרדה ביטחונית רציפה החלה תנועת "גדר לחיים – התנועה הציבורית להקמת גדר ביטחון", שהוקמה ביוני 2001 לאחר הפיגוע בדולפינריום על ידי אזרחים מכל רחבי הארץ.
הבולט ביותר במאבק היה חיים רמון, שניהל במפלגתו (העבודה), בכנסת ובציבור, החל ב-2001, מסע למען גדר ההפרדה (לימים כינה אותו ראש הממשלה אריאל שרון "אבי תוכנית ההפרדה"). בלטו בתמיכתם בגדר האלוף במיל. עוזי דיין, ראש השב"כ אבי דיכטר והעיתונאי דן מרגלית. החל משלב מוקדם הצטרף גם אהוד ברק לתומכיה של הגדר, ובהמשך הצטרפו לתומכים בנימין נתניהו, אז שר האוצר בממשלת שרון, והנשיא דאז משה קצב. עם זאת, נתניהו הדגיש, כי יש לְגדר כחלק מתוכנית ההתנתקות את כל גושי ההתיישבות וגם את בקעת הירדן.
בהדרגה, לאחר מאות קורבנות כתוצאה מפיגועי התאבדות, התעצמה התמיכה הציבורית בגדר הפרדה ושכנעה לבסוף גם מתנגדים, כמו שר הביטחון בנימין בן אליעזר, הרמטכ"ל ושר הביטחון שאול מופז, הרמטכ"ל משה יעלון, ראש "שינוי" יוסף לפיד ואחרים. בעיקר היה זה ראש הממשלה אריאל שרון שהביע במשך תקופה ארוכה התנגדות לרעיון הגדר, אולם הוא שינה את דעתו לבסוף. בשל השתהותו הועלתה דרישה להקמת ועדת חקירה ממלכתית שתבדוק את אחריותו לעיכוב בבניית הגדר שהביאה, על פי המציעים, למותם של מאות ישראלים.
באפריל 2002 אישרה הממשלה את בניית הגדר, ללא תוואי סופי וסוכם כי משרד הביטחון יקבע קריטריונים, וביוני באותה שנה החלה בנייתה באופן רשמי. בסוף 2002, כאשר הושלמו 4 הקילומטרים הראשונים של הגדר באזור צומת מגידו התברר כי לא תואמה העברתם לצה"ל ולכן התעכבה הפעלתם. לאור הלחץ הציבורי הוטלה משימת התיאום של הקמתה על עמוס ירון, מנכ"ל משרד הביטחון.
שלבים בבניית הגדר.
משהשתכנע בנימין בן אליעזר בנחיצות המכשול הפיזי בין ישראל לשטחים פעל במרץ לקדמו. בספטמבר 2002 שתי חברות זכו במכרז ההקמה והתחזוקה של הגדר, חברת מגל מערכות בטחון, שהייתה אחראית על הקמת הגדר מכפר סאלם בצפון ועד כפר קאסם והחברה האמריקאית "דיטקשיין" שזכתה במכרז להקמת הגדר בגזרת עוטף ירושלים. תחילה נבנה על ידו קטע הגדר על ואדי עארה, בדחיפת דני עטר, יו"ר המועצה האזורית גלבוע מטעם מפלגת העבודה. עם פרישת מפלגת העבודה מהממשלה והקמת ממשלת שרון השנייה, החליטה הממשלה על המשך הבנייה, אולם בתוואי שהשאיר את רוב המתנחלים בתוך הגדר, חצה ערים וכפרים פלסטיניים והשאיר בצד הישראלי של הגדר מאות אלפי תושבים פלסטיניים. התוואי אמור היה אף להקיף את אריאל וקדומים ולהגיע עד פאתי שכם. בלחץ אמריקאי הוחלט להשאיר את בניית חלק זה לסוף, ולהותיר בינתיים חלל לא בנוי בתוואי הגדר. עקב שינויים אלו בתוואי, איבדה הגדר את תמיכתם של רבים בשמאל שטענו כי גדר שמספחת פלסטינים רבים לישראל כלל אינה אפקטיבית מבחינה ביטחונית. מבצע בניית הגדר כונה "דרך אחרת".
בלחץ ציבורי ובינלאומי שונה תוואי הגדר פעמים רבות. גם לקראת שלהי 2004 עדיין היה התוואי הסופי שיינתן לגדר מעורפל. עם זאת, פסיקת בג"ץ (ראו להלן) והלחץ הבינלאומי נתנו את אותותיהם, והגדר שעליה דובר היא כזו שתהיה צמודה יותר לקו הירוק מאשר זו שתוכננה מלכתחילה.
פרויקט "מרחב התפר".
לשם הקמת הגדר הוקמה במשרד הביטחון מִנהלת מרחב התפר, שעסקה בניהול פרויקט הקמת הגדר, תוך הפעלתם של גופים קיימים במערכת הביטחון. המִנהלת עסקה בתיאום בין גורמי הממשלה המעורבים בפרויקט (משרד הביטחון, צה"ל, המשרד לביטחון פנים, משטרת ישראל). בגיבוש וריכוז של דרישות מבצעיות עסק פיקוד המרכז. בפיקוח על הקבלנים המבצעים את הפרויקט עסק אגף הבינוי במשרד הביטחון, בתיאום עם מרכז בינוי באט"ל. בסוגיות המקרקעין טיפל אגף אמו"ן במשרד הביטחון.
מאפייני הגדר.
הגדר מצוידת באמצעי חישה אלקטרוניים, באמצעי תצפית ובכלי נשק להפעלה מרחוק, ובחלק קטן מהתוואי שלה – בתוך השכונות הפלסטיניות של ירושלים ומערבה לקלקיליה ולטולכרם, היא חומת בטון גבוהה (מאפיין שעליו מסתמכים הפלסטינים בקוראם לה "חומת ההפרדה"), וזאת בין השאר כדי למנוע ירי אל עבר כלי רכב ואזרחים ישראלים.
תיאור של מאפייני הגדר מופיע בפסק דינו של נשיא בית המשפט העליון, אהרן ברק:
תוואי הגדר.
אורך תוואי הגדר המתוכנן הוא כ-708 קילומטר, מטירת צבי בצפון מזרח עד ים המלח בדרום מזרח. עד אוקטובר 2007 הושלמו כ-430 קילומטר. מנובמבר 2007 הוקטנה ההשקעה בגדר והעבודות מתנהלות בעצלתיים, בין השאר בגלל חוסר עניין ציבורי. עד סוף 2012 הושלמו 525 ק"מ ואילו עוד 183 ק"מ נמצאים בשלבי תכנון. בקטע בן 7 ק"מ מנחל ערוגות עד ים המלח לא מתוכננת כלל גדר בשל מכשול גאוגרפי טבעי קשה למעבר ובשל הימצאות תוואי גדר מתוכנן בתוך שמורות טבע.
קטעי הגדר:
תוואי הגדר המתוכנן ארוך יותר מכפליים מאורך הקו הירוק (320 ק"מ). הגדר נצמדת בחלקה הקטן (15%) לאורך הקו הירוק, וברובה הגדול (85%) נכנסת לתוך הגדה המערבית, לעיתים בצורה מינורית ולעיתים – כמו במובלעות טל מנשה, לטרון וגבעת זאב – עד מספר קילומטרים מעבר לקו הירוק. בסך הכל היא עוטפת 9.4% משטחה של הגדה המערבית, כולל מזרח ירושלים.
התוואי הסופי של הגדר אינו ברור בשל מחלוקות פוליטיות בציבור הישראלי, דיונים מתמשכים בבג"ץ ולחץ בינלאומי על ישראל. לפי הדרישה הערבית ודרישת בית הדין הבינלאומי לצדק, על הגדר להיות ממוקמת על הקו הירוק ולא בתוך שטחי יהודה ושומרון. מנגד טוענת ישראל, כי אם מופקעות קרקעות בשטחם של הפלסטינים, הרי מדובר בהכרח שנועד להצלת נפשות ולא פועל יוצא של הסכמה על גבול מדיני בינלאומי. לטענת ישראל אין הגדר קובעת את קו הגבול, אלא מדובר בגדר ביטחונית זמנית. כך מנוסחת עמדה זו בידי משרד הביטחון: "התוואי נקבע על סמך שיקולים ביטחוניים אסטרטגיים. בעתיד, לכשיקבעו הסדרי קבע עם הרשות הפלסטינית ייקבע הגבול ואם יהיה צורך, ישונה תוואי הגדר".
מטרת הגדר ותוצאות הלוואי שלה.
מטרתה המוצהרת של הגדר, לפי מדינת ישראל, היא ביטחונית: מניעת כניסתם של מחבלים לישראל, ובפרט מניעת כניסתם של מחבלים מתאבדים. גורמים שונים בישראל ובעולם טוענים כי קיים פער בין הצהרותיה לבין כוונותיה האמיתיות של מדינת ישראל, וכי מניעיה של ישראל בהקמת הגדר אינם ביטחוניים בלבד, וכוללים גם סיפוח קרקעות והרחבת התנחלויות. מדינת ישראל עצמה הודתה בדיון שנערך בבית המשפט בעניין תוואי הגדר ליד אזור עזון ונבי אליאס, כי תוואי הגדר באזור נקבע על בסיס תוכנית מתאר להרחבת ההתנחלות הסמוכה צופין, ולא משיקולים ביטחוניים בלבד.
יש מקומות בהם הקשתה או מנעה הגדר מעבר של חקלאים פלסטינים אל אדמות אותן עיבדו.
הכניסה המבוקרת של פלסטינים דרך המעברים שנועדו לכך, מאפשרת אכיפה טובה יותר של דיני העבודה. זאת בניגוד למצב ששרר קודם להקמת הגדר, שבו התאפשרה כניסה חופשית של פלסטינים לישראל והעסקתם הלא מבוקרת תוך התעלמות מדיני העבודה ומחוקים נוספים.
לעיתים גם בישראלים פוגעת הגדר – התנחלויות רבות נותרו מעבר לגדר (אם כי מספר התושבים בהתנחלויות אלה מועט יחסית), והנסיעות דרך המעברים גורמות מטרד לתושבי היישובים ולאורחיהם.
השפעות ביטחוניות.
בשנים בהן נבנה החלק הצפוני של גדר ההפרדה חלה ירידה משמעותית בפיגועים, בייחוד בערי השרון כגון חדרה, כפר סבא ונתניה. בשנים 2004 ו-2005 ירד מספר פיגועי ההתאבדות בערים אלה כמעט לאפס, כאשר הפיגועים התרכזו באזורים מרכזיים יותר (ירושלים, תל אביב ובאר שבע) – שם עדיין לא נבנתה הגדר. תומכי הגדר טוענים שקיים קשר בין הקמת הגדר לבין הירידה במספר הפיגועים. חלק מהמתנגדים לגדר טוענים שהירידה במספר הפיגועים החלה כבר לפני תחילת בניית הגדר וכי הסיבות לירידה במספר הפיגועים אינן קשורות כמעט או בכלל לבניית הגדר.
אף על פי שגדר ההפרדה מצמצמת את אפשרויות המעבר הבלתי חוקי, היא אינה מונעת אותו לגמרי. היו מקרים בהם מחבלים עברו דרך תחנות המעבר בגדר כדי לבצע פיגועים. בנוסף, באזור הר חברון היו מקרים בהם בעזרת מזרן או שמיכה עברו פלסטינים את הגדר ונעלמו לפני שהחיילים שקיבלו התראה על מעבר הגדר הגיעו למקום. בנוסף לכך, לאורך תוואי הגדר ישנן פרצות, דרכן עוברים פלסטינים את הגדר בלי אישורי מעבר. דווח שלעיתים פרצות אלה מסייעות לפשיעה חקלאית.
תוצרי לוואי של הגדר.
לגדר תוצאות לוואי חיוביות מבחינתה של ישראל: צמצום ההגירה הלא חוקית של פלסטינים לישראל והקטנת היקף גנבות הרכב, הגנבות החקלאיות ושוד העתיקות על ידי פלסטינים.
פרצות בגדר.