עד מלחמת ששת הימים גרסה תורת הלחימה של צה"ל כי בעת מלחמה כוללת יש להעביר את הלחימה מהר ככל האפשר לשטחו של האויב. ההנחה הייתה שישראל אינה יכולה להרשות לחימה בשטחה, בייחוד באזור השרון שבו המרחק בין חוף הים לקו הירוק עומד על 15 - 20 קילומטר בלבד. תורת הלחימה הזו הוכחה כיעילה - כשלושה שבועות לאחר היווצרות האיומים הראשונים, וכשנראה כי המלחמה אינה נמנעת, פתח צה"ל במתקפת מנע ופלש אל השטחים שמעבר לקו הירוק.
במלחמת ששת הימים כבשה ישראל שטחים נרחבים בכל החזיתות, הרבה מעבר לקו הירוק:
כיבושים אלה יצרו בעיה מורכבת עבור ישראל והתושבים הפלסטינים כאחד: בתום המלחמה, שלטה ישראל על שטח גדול פי כמה משטחה המקורי, ועל אוכלוסייה של כ-3 מיליון פלסטינים. הפלסטינים, תושבי יהודה ושומרון והרצועה (חלקם היו אזרחים ירדנים וחלקם ללא אזרחות) נאלצו לקבל משטר צבאי זר.
ישראל החליטה שלא לספח את רוב השטח הכבוש, שכן צעד כזה היה עלול ליצור משבר ביחסי החוץ של המדינה, וכמו כן צעד כזה היה מחייב אותה להעניק אזרחות לתושבי השטחים המסופחים, מהלך שהיה מקטין במידה ניכרת את שיעור היהודים באוכלוסיית המדינה, עד כדי איום על הרוב היהודי. מצד שני, ישראל לא רצתה לסגת מהשטחים, הן מטעמים ביטחוניים-אסטרטגיים, הן מטעמים מדיניים (השטחים עתידים להפוך לקלף מיקוח עבור ישראל) והן מטעמים אידאולוגיים. ישראל הנהיגה ממשל צבאי בשטח הכבוש, ברוח אמנת ז'נבה הרביעית, אך במקביל סיפחה את שטח מזרח ירושלים בצו שפורסם חודשים ספורים לאחר המלחמה, על-פי חוק של הכנסת. הצו הורה על החלת החוק הישראלי על שטח שכלל את החלק הירדני של ירושלים וכן כמה כפרים ועיירות בסביבתה. שטח זה מכונה מזרח ירושלים והוא שייך לשטח המוניציפלי של עיריית ירושלים. לתושבי האזור הוענק מעמד של תושבי קבע. כמו כן החלה ממשלת ישראל בהקמת יישובים ישראליים בשטחים שנכבשו. תחילה הוקמו יישובים על-פי תוכנית אלון, שגרסה כי יש להחזיק בשטחי בקעת הירדן ואזורים אסטרטגיים אחרים, ולהחזיר את היתר. מאוחר יותר הוקמו יישובים גם באזורים אחרים.
הקו הירוק נשאר גבול אדמיניסטרטיבי בין השטחים שנתונים למרות ישראל. החוק הישראלי חל על השטחים שבגבולות הקו הירוק, אך לא על השטחים שמעבר לו. בשטחים אלה המשיך לחול החוק של המדינות ששלטו בהם לפני מלחמת ששת הימים וצווים של הממשל הצבאי הישראלי. &lt;BR&gt;
זמן קצר אחרי המלחמה הנהיג שר הביטחון דאז, משה דיין, מדיניות שכונתה "הגשרים הפתוחים". במסגרת המדיניות הזאת, נשארו גשרי נהר הירדן (בייחוד גשר אלנבי) פתוחים למעבר אנשים וסחורות, כך שנשמר הקשר בין ממלכת ירדן לבין יהודה ושומרון (הגדה המערבית). במקביל נפתח הקו הירוק לתנועה חופשית, ובוטלה הדרישה מן הפלסטינים להצטייד באישור מיוחד לשם ביקור בישראל גופא. לפיכך, נוצר קשר עקיף אך רצוף בין ישראל לירדן. המדיניות הזאת החזיקה מעמד עד האינתיפאדה הראשונה (שפרצה בדצמבר 1987). עם התמשכות האינתיפאדה ובגלל הסכנה לביטחון ישראל הוטלו עוד ועוד מגבלות על מעבר פלסטינים אל תוך תחומי הקו הירוק, עד שלבסוף נסגר הקו הירוק לתנועת פלסטינים כמעט לגמרי. תנועה חופשית של ישראלים מעבר לקו הירוק נמשכה עד קריסת הסכמי אוסלו (ראו להלן) כעשר שנים מאוחר יותר. ישראל ממשיכה לספק שירותי חשמל, מים, טלפון ודואר לפלסטינים, אם כי באופן פחות סדיר מכפי שנהגה בעבר. &lt;BR&gt;
הקו הירוק בין רמת הגולן לגליל נשאר פתוח לגמרי מאז מלחמת ששת הימים. עם קבלת חוק הגולן בכנסת ב-1981 החלה ישראל להתייחס לרמת הגולן כאל חלק בלתי נפרד משטחה.
פינוי סיני.
בשנת 1979 נחתם הסכם שלום בין ישראל למצרים, אשר במסגרתו החזירה ישראל למצרים את כל חצי האי סיני והרסה את כל היישובים הישראליים שנבנו בו אחרי מלחמת ששת הימים, כולל חבל ימית. במשא ומתן שקדם לחתימת ההסכם, דרשה מצרים לקבל לידיה בחזרה את כל שטח חצי האי סיני, אך לא את שטח רצועת עזה. בהסכם השלום לא הוזכר הקו הירוק, אלא הגבול הבינלאומי האחרון שסומן - קו הגבול שקבעו האימפריה הבריטית והאימפריה העות'מאנית ב-1906. קו גבול זה זהה לתוואי הקו הירוק, למעט הקטע הצפוני שלו - הקו הירוק מכליל את רצועת עזה בתחומי מצרים, בעוד הסכמי השלום, כאמור, הותירו אותה בשליטה ישראלית. זו הייתה הפעם הראשונה שישראל נסוגה משטחים שכבשה במלחמת ששת הימים.
חוק ירושלים וחוק רמת הגולן.
בשנת 1981 התקבל בכנסת . החוק מגדיר את בירת ישראל כ"ירושלים השלמה והמאוחדת". באותה שנה התקבל בכנסת חוק רמת הגולן שמחיל את החוק והמשפט הישראלי על רמת הגולן. רוב מדינות העולם אינן מכירות בסיפוח מזרח ירושלים למדינת ישראל, ומחשיבות את השכונות הישראליות שנבנו שם כהתנחלויות.
הסכמי אוסלו.
בשנת 1993 נחתם ההסכם אשר היה הראשון בסדרת הסכמים, אשר כונו הסכמי אוסלו. במסגרת הסכמי אוסלו הוקמה הרשות הפלסטינית ושטחי יהודה ושומרון ורצועת עזה חולקו לשלושה אזורי שליטה:
מנהלה מיוחדת, מנהלת התיאום והקישור (מת"ק), המתפקדת למעשה כיחידה של צה"ל, מופקדת על תיאום בין פעולות צה"ל לפעולות המשטרה הפלסטינית.
הסכם השלום והגבול עם ירדן.
גם בהסכם השלום בין ישראל לירדן לא מוזכר הקו הירוק, אלא קו הגבול שקבעו רשויות האימפריה הבריטית בין שטח המנדט הבריטי לשטח אמירות עבר הירדן (מאוחר יותר: ממלכת עבר הירדן). כיוון ששתי הישויות היו בהשפעה בריטית, קו הגבול לא סומן בפועל אלא תואר ושורטט על מפות בלבד. הסכם השלום קובע שחלק מתוואי הגבול בין ישראל לירדן בשטח שבין חמת גדר וטירת צבי הוא הנהרות הירמוך והירדן, ובמקרה של שינוי זרימתם באופן טבעי, הוא יקבע מחדש לפי התוואי. בהסכם נאמר במפורש שאין בהסכם כדי לשנות את מעמדם של שטחי יהודה ושומרון (הגדה המערבית). הגבול בערבה סומן לראשונה בעקבות ההסכם. פירוש הגדרת תוואי הגבול במסמכים הבריטיים הישנים הייתה שנויה במחלוקת, ולבסוף קיבלה ישראל את הפרשנות הירדנית, והעבירה אליה בחזרה 300 קמ"ר, בהם שלטה החל משנות החמישים ועד לחתימת הסכם השלום. עם זאת, שונה קו הגבול כך שכ 14 אלף דונמים של אדמה שעובדה מעבר לקו הגבול המנדטורי לאורך נחל ערבה, הועברו לשטח ישראל ותמורתם העבירה ישראל שטחים בגודל דומה לאורך הערבה. שני שטחים, מול צופר שבערבה וליד נהריים, "אי השלום", הם שטחים בריבונות ירדנית המעובדים בהיתר על ידי חקלאים ישראליים. קטע הגבול מעין גדי ועד בית שאן לא סומן, מפני שלטעמה של ירדן אין כול ישות עצמאית השוכנת ממערב לקו זה כי הרשות הפלסטינית איננה מדינה עצמאית ומדינת ישראל לא סיפחה אליה שטח זה. בכול מקרה, קו הגבול בקטע זה עובר בתוך ים המלח ובמרכז נהר הירדן ולכן אין כול צורך לסמנו בפועל.
פינוי רצועת עזה.
בשנת 2004 החליטה ממשלת ישראל (בראשות אריאל שרון), בהחלטה שאושרה על ידי הכנסת, לפנות באופן חד-צדדי את כל היישובים הישראליים, כוחות הצבא ומתקניו מרצועת עזה ומארבעה יישובים בצפון השומרון. תוכנית זו, אשר מכונה "תוכנית ההתנתקות", נתקלה בהתנגדות מצד קבוצות גדולות בחברה הישראלית (במיוחד מצד הציבור הדתי), אך יצאה בכל זאת אל הפועל בשנת 2005. באוגוסט אותה שנה, פונו מרצועת עזה כל התושבים הישראליים, כל היישובים נהרסו וצה"ל פינה את כל כוחותיו ומתקניו מהרצועה. ישראל הודיעה כי היא מבטלת את הממשל הצבאי ברצועת עזה, והחלה להתייחס לקו הירוק ברצועת עזה כגבול לכל דבר, הגם שלא הכריזה על כך באופן רשמי. כיום רואה ישראל ברשות הפלסטינית את האחראית לשלטון ברצועת עזה, אם כי רשות זו אינה נחשבת כמדינה.
תמיכה והתנגדות לחזרה לגבולות הקו הירוק.
בצד הישראלי.
תמיכה.
עד אמצע שנות ה-80 התמיכה בחזרה לגבולות הקו הירוק בקרב הציבור בישראל הייתה מצומצמת, אולם היא הייתה נחלתם של כמה אישים בולטים. דוד בן-גוריון, שהיה ראש הממשלה בעת קביעת הקו הירוק, הביע לאחר המלחמה את עמדתו שיש לחזור לקו הירוק ברוב חלקיו, למעט בירושלים וברמת הגולן, ובלבד שמדינות ערב השכנות יסכימו לשלום מלא עם ישראל. בתקופה ההיא בן-גוריון כבר לא כיהן בשום תפקיד רשמי, ועל כן דבריו שיקפו את דעתו האישית בלבד. ב-16 באוגוסט 1972 דיווח זאב שיף בעיתון הארץ כי בן-גוריון שינה את דעתו וכי אין הוא תומך עוד בנסיגת ישראל לקו הירוק. שיף ציטט מקורבים לבן-גוריון שטענו כי חל שינוי בעמדתו כיוון שהתאכזב מהסיכוי לכונן שלום עם מדינות ערב, וכיוון שהתרשם מהצלחת ההתנחלויות. אישי ציבור אחרים שתמכו בחזרה לקו הירוק היו פרופסור ישעיהו ליבוביץ, אורי אבנרי, העיתונאי ירון לונדון ואחרים, כולם מזוהים כאנשי שמאל. האינתיפאדה הראשונה, שפרצה בדצמבר 1987, עוררה ביתר שאת את המחלוקת הציבורית בעניין שליטת ישראל בשטחים שמעבר לקו הירוק. בתחילת שנות התשעים, התמיכה בפינוי השטחים, או לפחות חלקם, החלה לצבור תאוצה, מה שאפשר לרבין לחתום על הסכמי אוסלו, על אף התנגדות עזה של הימין. בבחירות לכנסת ולראשות הממשלה שנערכו בשנת 1996, הובס השמאל ובנימין נתניהו זכה ברוב יחסי, שהבהיר כי חלק משמעותי בישראל התנגד להמשך הנסיגות. נתניהו השאיר את עמדתו בסוגיה זו בערפל מסוים - מחד הוא הביע התנגדות לנסיגה לקו הירוק, מאידך הוא הודיע כי ימשיך את ביצוע הסכמי אוסלו.