נשיא המועצה פנה למרי רובינסון, שכיהנה בעבר כנשיאת אירלנד וכנציבה העליונה לזכויות אדם באו"ם, לעמוד בראש צוות הבדיקה, אך היא סירבה להצעה מכיוון שלטענתה ההחלטה על מינוי צוות הבדיקה הייתה חד-צדדית ולא איפשרה גישה מאוזנת לחקירת המצב בשטח, בהפנותה מלכתחילה אצבע מאשימה כלפי ישראל.
מאוחר יותר פנה נשיא המועצה לריצ'רד גולדסטון. בתחילה סירב גולדסטון מנימוקים דומים לנימוקי מארי רובינסון. לפיכך הורחב המנדט של ועדת הבדיקה לחקור הפרת החוק הבינלאומי מצד ישראל ומצד כוחות לחימה פלסטיניים. גולדסטון נענה וב-3 באפריל 2009 מונה לעמוד בראש צוות הבדיקה. יחד עם גולדסטון היו בצוות פרופסור כריסטין צ'ינקין מבית הספר לכלכלה של לונדון ועורכת הדין הינה ג'ילאני מפקיסטן.
פעולת צוות הבדיקה.
צוות הבדיקה התמקד בבחינת האירועים החל מ-19 ביוני 2008, מועד תחילת הפסקת האש בין צה"ל לחמאס, ועד ל-31 ביולי 2009. כמסגרת נורמטיבית לעבודת הוועדה שימשו המשפט הבינלאומי, מגילת האומות המאוחדות, חוקים הומניטריים בינלאומיים וחוקים פליליים בינלאומיים. במהלך עבודתו קיים הצוות 188 ראיונות ובחן למעלה מ-300 דו"חות. רוב חומר הראיונות נאסף במטה אונר"א בעזה ב-28 וב-29 ביוני 2009. ממשלת ישראל הודיעה כי היא מסרבת לשתף פעולה עם צוות הבדיקה ועל כן לא ראיינו חברי הצוות אנשי ממשל מישראל ונמנע מן הצוות להיפגש עם נפגעים ישראלים מן התקופה שנבדקה, או להיפגש עם גורמי ממשל פלסטינים ביהודה ושומרון.
דו"ח הבדיקה.
ב-15 בספטמבר 2009 פרסם האו"ם את דו"ח צוות הבדיקה. הדו"ח מתח ביקורת על התנהגות ממשלת ישראל בעת מבצע עופרת יצוקה. בדו"ח קבע צוות הבדיקה כי התקפות צה"ל על מבני ממשל, מתקני משטרה, מסגד, בית ספר, בית החולים אל-קודס, מתקנים של אונר"א, מקורות מים, ביוב ומזון, טחנת קמח, ציוד חקלאי ומתקנים אזרחיים נוספים בתחומי רצועת עזה מהווים למעשה התקפה צבאית על אזרחים, האסורה על פי החוק הבינלאומי. בכך דחה הצוות את טענת ישראל כי התקפות אלה כוונו רק כנגד "תשתית החמאס שהוא ארגון טרור". בפרט מציין הדו"ח את ההתקפה על בניין המועצה המחוקקת הפלסטינית בעזה וכן התקפות על שישה מתקנים של המשטרה הפלסטינית במהלכם נהרגו כ-240 שוטרים. לטענת צוות הבדיקה, השוטרים שהותקפו היוו כוח שיטור אזרחי ולא היוו חלק מן הזרוע הצבאית של חמאס, ואף על פי שחלק מהם היו חברים בהתארגנויות צבאיות של החמאס, ההתקפה לא עמדה באיזון ראוי בין המטרה הצבאית של פגיעה באותם פעילים, לבין הגנה על חייהם של שוטרים אזרחיים ואזרחים אחרים שנהרגו באותן תקיפות. הצוות טען שממשלת ישראל לא נקטה בכל האמצעים המתאימים להגן על האוכלוסייה האזרחית בעזה, וכי שיחות הטלפון והכרוזים שחולקו מן האוויר לא היו אמצעי אזהרה יעיל להרחקת אזרחים ממוקדי הקרבות. צוות הבדיקה דחה את שיטת "הקש על הגג", בה היה צה"ל מפוצץ על גגות בתים מטעני נפץ חלשים כאמצעי להוצאת אזרחים מתוך בניין, וקבע כי שיטה זו לא היוותה אזהרה יעילה.
צוות הבדיקה טען עוד בדו"ח כי צה"ל ערך במהלך מבצע עופרת יצוקה התקפות חסרות הבחנה על אזורים מאוכלסים, ונתן כדוגמה את ארבע פצצות המרגמה שנחתו בצומת אל-פחורה במחנה הפליטים ג'בליה, סמוך לבית ספר של ארגון אונר"א בו מצאו מקלט למעלה מ-1,000 אזרחים, אשר אחת מהן גרמה למותם של 11 איש שהתאספו בחצר בית במקום. צוות הבדיקה דחה את טענת ישראל כי זמן קצר טרם ההפגזה שוגרו מן המקום פגזי מרגמה לכיוון ישראל. הצוות קבע כי אף אם הייתה במקום קבוצה לוחמת, הרי שהתגובה הישראלית לא הייתה מידתית, סיכנה אזרחים חפים מפשע, והיוותה הפרה של החוק הבינלאומי ושל זכותם לחיים של אזרחים פלסטינים שנהרגו בתקרית זו. הדו"ח דחה את הטענות בדבר שימוש של החמאס באזרחים פלסטינים כמגן אנושי, אך העיד כי העדים "לא ששו לדבר על נוכחותן של קבוצות פלסטיניות חמושות או על מעשי איבה של קבוצות אלו". הצוות אף בחן 11 אירועים של התקפות צה"ל על אזרחים במהלך מבצע עופרת יצוקה ומצא כי ב-10 מתוכם לא הייתה להתקפה כל מטרה צבאית, בשבעה אירועים נורו אזרחים שעה שניסו לעזוב את בתיהם, עת שהם מנופפים בדגל לבן. בדוח נכתב כי בכל האירועים הללו הייתה שליטה של כוחות צה"ל בזירת האירוע ובחלקם היה מגע קודם בין הכוחות לבין האזרחים שנורו, כך שלא היה צריך להיות ספק בדבר זהותם.
צוות הבדיקה סקר בדו"ח את התקפות הטילים והמרגמות מתוך רצועת עזה על ריכוזי אוכלוסייה ישראלים, ובאופן מיוחד על העיר שדרות וקיבוץ ניר-עם, התקפות אשר גרמו להרג שלושה אזרחים בתקופה הנבחנת בדו"ח, כאלף פצועים ופגועי הלם, וכן להפרעה משמעותית לשגרת החיים. הדו"ח קבע כי התקפות אלה של ארגוני טרור פלסטיניים, אשר כוונו נגד ריכוזי אוכלוסייה, עמדו בניגוד לחוק הבינלאומי.
צוות הבדיקה סיכם כי הפרות החוק שנמצאו היו צריכות להתברר בבתי המשפט של המדינות הנוגעות לדבר, אולם לאור כשלים שהצוות מצא במערכת הצדק במדינת ישראל וברשות הפלסטינית יש מקום כי אומות העולם יתערבו בעשיית הצדק במקרה זה. לדעת הצוות האחריות לבירור ההפרות החמורות של אמנת ז'נבה הרביעית כפי שתוארו בדו"ח נחה על המדינות החתומות על האמנה באמצעות מערכות המשפט שלהן, ואילו ההפרות של החוק הבינלאומי בנושאים הומניטריים צריכות להתברר בפני בית הדין הפלילי הבינלאומי. הצוות המליץ למועצת האומות המאוחדות לזכויות האדם להעביר את דו"ח הצוות לתובע הכללי של בית הדין הפלילי הבינלאומי לצורך העמדתם לדין של האחראים להפרות החוק המתוארות בדו"ח. לדעת הצוות העמדתם לדין של האחראים להפרות החוק הבינלאומי, הכוללות פשעי מלחמה ופשעים כנגד האנושות, תתרום לסיום מעשי האלימות, להגנת אזרחים ולשמירת השלום. הצוות הציע למועצת הביטחון של האו"ם לתת לממשלת ישראל פרק זמן של שלושה חודשים להקים ועדת חקירה בהתאם לסטנדרטים הבינלאומיים לצורך בירור הפרות זכויות האדם והחוק הבינלאומי כפי שנטענו בדו"ח, ולחייב את ממשלת ישראל בתוך שלושה חודשים נוספים לדווח למועצת הביטחון על הצעדים שננקטו כנגד האחראים להפרות החוק.
תגובות לדו"ח.
באו"ם.
ב-16 באוקטובר 2009, אימצה מועצת זכויות האדם של האו"ם את הדו"ח וקראה לעצרת הכללית של האו"ם לדון בו.
ב-5 בנובמבר 2009 אימצה העצרת הכללית את הדו"ח, וקראה לישראל לחקור את "פשעי המלחמה" שביצעה. 114 מדינות הצביעו בעצרת הכללית של האו"ם בעד האימוץ, 44 מדינות נמנעו ו-18 מדינות התנגדו. בעקבות תוצאות ההצבעה יועבר הדו"ח למועצת הביטחון של האו"ם.
ב-26 בפברואר 2010 קיבלה העצרת הכללית של האו"ם החלטה הקוראת הן לישראל והן לפלסטינים לחקור באופן מקיף את ממצאי דו"ח גולדסטון.
תגובות בארצות הברית.
בתחילת נובמבר 2009 גינה בית הנבחרים של ארצות הברית ברוב קולות (334 בעד, 36 נגד ו-22 נמנעו) את דו"ח גולדסטון. בית הנבחרים קרא בהחלטה לנשיא ברק אובמה ולמזכירת המדינה האמריקנית, הילרי קלינטון, לבלום את הדו"ח במוסדות הבינלאומיים.
ב-4 בנובמבר 2009 החרימה ארצות הברית את הדיון בעצרת האו"ם בנושא הדו"ח.
בנובמבר 2009 האשים פרופסור אלן דרשוביץ את גולדסטון בהפצת שקרים על ממשלת ישראל, שלדבריו ניסתה להרוג פלסטינים רבים ככל האפשר במבצע עופרת יצוקה. הוא טען כי האבסורד שנוצר הוא ששר הביטחון אהוד ברק שניסה להביא שלום לפלסטינים ולישראלים לא יכול להסתובב בלונדון ללא חשש שיעצר, ואילו רב מחבלים כחאלד משעל יכול להסתובב שם חופשי.
תגובות בישראל.
מדינת ישראל, שהחרימה מראש את הוועדה, הגיבה בביקורת חריפה על מסקנותיה. משרד החוץ הישראלי הודיע כי "בישראל מזועזעים ומאוכזבים מהדו"ח המשווה בין ישראל לחמאס ונותן פרס לטרור". נשיא מדינת ישראל, שמעון פרס אמר כי "דו"ח ועדת גולדסטון עושה צחוק מההיסטוריה," וכי "הדו"ח אינו מבחין בין ארגון טרור תוקפן, לבין מדינה שנאלצת לגונן על אזרחיה, בדיוק כפי שכל מדינה אחרת הייתה עושה". ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, אמר כי "דו"ח גולדסטון הוא בית דין שדה, שתוצאותיו נכתבו מראש. הדו"ח שמעניק פרס לטרור, מקשה על דמוקרטיות להילחם בטרור".
בנאום שנשא נתניהו באו"ם, הוא ביקר בחריפות את הדו"ח וקרא לאו"ם ולממשלות העולם לדחות ולגנות אותו. לדבריו "הדו"ח האחרון על עזה מבלבל בין הטרוריסטים לקורבנות" ו"אי דחייה וגינוי של הדוח יביא לחיזוק ארגוני הטרור ויהפוך את האו"ם למוסד לא רלוונטי". כמו כן אמר ש"ישראל הגנה על עצמה בצדק מול הטרור" והזהיר שקבלת הדו"ח תפגע בשלום שכן "אנו צריכים לדעת את התשובה עכשיו, לא אחר כך - כדי לדעת שהאו"ם יתמוך בישראל במהלך המשא ומתן לשלום." בסיום אמר ש"הדו"ח הזה מספק מבחן לכל הממשלות האם תעמדו עם ישראל או האם תעמדו עם הטרוריסטים".
פרופ' רוברט ויסטריך, מנהל המרכז הבינלאומי לחקר האנטישמיות באוניברסיטה העברית בירושלים, אמר כי מועצת זכויות האדם של האו"ם מתמחה בגינוי ישראל, ומקדישה כשני שלישים מזמנה לנושא הישראלי, ולהחלטות אינסופיות לגינוי ישראל, אף שיש הפרות זכויות אדם, חמורות יותר, באלף מקומות אחרים. בנוסף, הזהיר ויסטריך כי ישנו שינוי של "שפת הגינוי", ויש משפטיזציה של יחסים בינלאומיים, דבר שעלולות להיות לו השלכות חמורות מצד ישראל. עוד הוא קבע, כי הדו"חות הכביכול אובייקטיביים של גופי האו"ם מושפעים רבות מארגונים פרו-פלסטינים לטענתו, כמו "בצלם" והמרכז הפלסטיני לזכויות אדם, כך שידוע מה ידון בהם ובאיזה אופן.