בשנת 1995 נערכו ביפו חפירות מטעם רשות העתיקות, כהכנה לבניית פרויקט המגורים "גבעת אנדרומדה". במקום נתגלו קברים רבים ופעילי "אתרא קדישא" דרשו את הפסקת החפירות. פעילי מנוף - המרכז למידע יהודי עתרו לבג"ץ נגד המשך העבודות, אך בית המשפט דחה את העתירה והחפירות נמשכו. במקום החלו הפגנות סוערות, והמשטרה הפעילה כוח רב במטרה לפזר אותן. בסופו של דבר הוכתר המאבק בהצלחה חלקית, כאשר נמנעו היזמים מבניית החניון התת-קרקעי שתוכנן באזור הקברים. כך ניצלו קברים רבים מפגיעה. החרדים הטילו על המעורבים בפרשה זו קללת "פולסא דנורא", וזקפו לקללה זו את מותם של שלושה מעובדי הפרויקט.
בשנת 2010 חודשו העבודות במקום, לשם בניית בית מלון, ובמקביל גם המחאות, במהלכן נרשמו מספר ימים סוערים באתר העבודות עם מספר רב של עצורים, במהלכן הוחלט לאיים בחרם על חברת "אלקטרה", שרשומה כיזם מרכזי באתר הבנייה (אף שחדלה להיות מעורבת במיזם), איום שגרם לעצירת העבודות במקום. לאחר מכן חודשו שוב העבודות ובעקבות כך יצא בג' תמוז תש"ע, כרוז מטעם רבנים אחדים "להימנע מקשרי מסחר עם חברת אלקטרה - עד שיחזרו בתשובה". עתירה לבג"ץ להפסקת העבודות נדחתה.
ביום 27 במרץ 2011 דיווחה רשות העתיקות שבקברים נמצאו פגרי חזירים שהוטמנו לצד הנקברים, עובדה זו היא הוכחה שהקברים הם קברי פגאנים ולא קבורה של יהודים.
ירושלים (תל אל פול), כביש מס' 1.
בשנת 1997 נערכו בתל אל פול חפירות מטעם רשות העתיקות, כהכנה לסלילתו של כביש מס' 1 בקטע שמחבר את צומת הגבעה הצרפתית עם שכונת נווה יעקב. החפירות במקום נוהלו על ידי ד"ר יובל ברוך מטעם רשות העתיקות שגילה באתר עשרות קברים. עם גילוי הקברים, דרשו פעילי "אתרא קדישא" את הפסקת החפירות. שתדלנים חרדיים בראשותו של הרב מיכה רוטשילד מירושלים נקראו למצוא פתרון לבעיה. בסיועו של הרב רוטשילד הגיע הרב אלישיב לפתרון, לפיו לצד כל קבר יערך קידוח ממפלס הקרקע לתוך מעבי הסלע. לתוך הצינור הקדוח יוכנסו העצמות כשהן ארוזות בכדי חרס. כך האמין הרב אלישיב לא יוזזו העצמות ממקום קבורתם. פתרון זה לא התקבל על ידי אנשי "אתרא קדישא" ואלה יחד עם מאות חרדים (בעיקר מחסידות סאטמר) ארגנו הפגנות אלימות קשות. בסופו של דבר הפרויקט נעצר וסלילת הכביש לא הושלמה.
מחלף הרכבת בעכו.
בקיץ 2004, במהלך חפירות הצלה שערכה רשות העתיקות בסמוך לגבעת נפוליאון לצורך הקמת מעבר תת-קרקעי מתחת לפסי הרכבת ברחוב בן עמי בעכו (חלקו המערבי של כביש עכו-צפת), התגלו במקום קברים עתיקים. הארכאולוג שחפר במקום טען כי מדובר בקברי חיילים רומאים מהעת העתיקה, אך "אתרא קדישא" ו"האגודה למניעת חילול קברים" (ארגון שהתפלג מ"אתרא קדישא") טענו כי מדובר בבית קברות יהודי עתיק, שבו טמונים חלק מבעלי התוספות שעלו לארץ ישראל. הם הסתמכו על עדותו של תלמיד הרמב"ן שכתב: , על מקורות נוספים שלפיהם באזור זה נהגו יהודי עכו לקבור את מתיהם ואף על דברי יוסף ברסלבי שחקר את המקום ב-1946 וכתב כך בספרו.
אנשי האגודות הציעו להקים במקום גשר במקום מעבר תת-קרקעי, אך חברת יפה נוף שביצעה את הפרויקט התנגדה לכך מנימוקים כלכליים. מהנדס העיר עכו הביע אף הוא התנגדות להצעה, בעיקר מטעמים אסתטיים. בעקבות כך פרצו שוב הפגנות מחאה בירושלים ובאתר החפירות בעכו. המשטרה פעלה באלימות והנושא אף עלה לדיון בוועדת הפנים של הכנסת. בסופו של דבר הקפיא ראש הממשלה אריאל שרון את עבודות החפירה.
העבודות חודשו רק בקיץ 2008, לאחר שמבצעי הפרויקט הסכימו להשאיר את הקברים במקומם ולכסותם בשכבת בטון עבה, והמעבר נפתח לתנועת כלי רכב פרטיים בספטמבר 2012. עם זאת, בשל הקברים המנהרה נמוכה (כ־2.2 מ'), דבר המונע מאוטובוסים ומשאיות להשתמש במעבר, ומאלץ את קווי התחבורה הציבורית לשני הכיוונים לבצע עיקוף של כ־2.5 ק"מ.
כביש 6.
בדצמבר 2004, במהלך עבודות בקטע 18 שבכביש 6, התגלו בסמוך לקיבוץ רגבים מערות קבורה. "אתרא קדישא" ו"האגודה למניעת חילול קברים" החלו למחות נגד מה שנחשב בעיניהם חילול הקברים, ומאות חרדים באו למקום לנסות למנוע את המשך העבודות. פשרה שגובשה אפשרה את המשך העבודות, אך תוך זמן קצר נתגלו מערות קבורה נוספות והעבודות הופסקו בשנית. המאבק נמשך זמן רב, ומשרד התחבורה וחברת דרך ארץ הציעו פתרונות שונים שנדחו על ידי "אתרא קדישא". בירושלים ובאתר העבודות התקיימו הפגנות סוערות והועמדו משמרות קבועות מצד החרדים. מחלוקת חדשה שהתעוררה בין הצדדים נסבה סביב השאלה האם ניתן לסלול את הכביש במקום שממנו פונו הקברים. היזמים טענו שמכיוון שכרגע אין במקום קברים אין מניעה לסלול שם כביש, ואילו אנשי "אתרא קדישא", שחששו מקביעת תקדים, טענו ש"לא יהא חוטא נשכר", ואין להתיר את הסלילה על גבי המערות המרוקנות. גם בקרב פוסקי הלכה התעורר ויכוח, והרב ישראל רוזן טען כי אין מניעה הלכתית להמשיך עבודות שכבר החלו.
לפי הערכות שפרסמה חברת דרך ארץ, הנזק הכלכלי שנגרם כתוצאה מההפגנות והעיכוב בבניית הכביש עומד על 150 מיליון ש"ח המהנדס הראשי של כביש 6, ראובן לב-און, העריך את הנזק הכלכלי שנגרם ב-80 או 90 מיליון ש"ח. לדבריו, פעילי "אתרא קדישא" נהגו באלימות קיצונית, שכללה איומים טלפוניים ברצח ותקיפה של בתי מנהלי חברת דרך ארץ. בדבריו הוא משווה את התנהלותם של פעילים ירוקים לפעילותם של פעילי "אתרא קדישא", וקובע כי האחרונים נהגו באלימות רבה וכי "אנחנו נמצאים עמוק בתוך מלחמת תרבות". מנגד נטען כי פעילותם של הירוקים לא נשאה פרי, ולולי אלימות מצד פעילי "אתרא קדישא" לא היו הרשויות נענות לדרישותיהם.
לאחר יותר משנתיים של השעיה הוחלט להסיט את תוואי הכביש במספר מטרים, וכך התאפשרה סלילתו של הקטע הצפוני בכביש.
בית החולים ברזילי באשקלון.
אחרי שבמבצע עופרת יצוקה פונו רוב המטופלים ממרכז הרפואי ברזילי באשקלון, משום שהוא אינו ממוגן נגד רקטות, החלו תוכניות הרחבה לבית החולים. רשות העתיקות ביצעה סקר ארכאולוגי מקדים באתר הבנייה, ובו התגלו קברים מהתקופה הביזנטית, על סמך מיעוט הממצאים לא היה ניתן לקבוע בוודאות את זהות הנקברים, אך להשערת הארכאולוגים הקבר הוא חלק ממערך של קברים של לא יהודים מהתקופה הרומית והביזנטית. עם זאת לא נשללה האפשרות שמדובר בקברי יהודים . "אתרא קדישא" ו"האגודה למניעת חילול קברים" טענו כי מחמת הספק יש לנהוג בקברים שנמצאו כקברי יהודים, ופעלו למניעת המשך העבודות. משרד ראש הממשלה הורה לרשות העתיקות להפסיק את העבודות בשטח הקברים עד למציאת פתרון מוסכם לבעיה.
הרב הראשי האשכנזי יונה מצגר קבע "לאור העובדה שכל שינוי במקומו של הבניין יעכב את הקמתו בכמה שנים ומכיוון שבפיקוח נפש עתידי וצורכי רבים עסקינן, ומכיוון שהקברים אשר נמצאו הם ספק קברי יהודים... יש להתיר את פינוי הקברים אשר נמצאו באתר למקום מכובד וראוי". חשובי הפוסקים החרדים חלקו על היתרו של הרב מצגר, וטענו כי "הזכרת היתר פיקוח נפש לדברים עתידיים כאלה הוא סילוף שיש בו עקירת התורה... ולפי מה ששמענו שישנה אפשרות לבנות את בית החולים מצד אחד שבו לא תהיה פגיעה בקברים, הרי כל הדיון הוא ללא צורך", כתבו הרב ניסים קרליץ והרב שמואל וואזנר. הוסיף על כך הרב יוסף שלום אלישיב: "על פי הבירורים והנתונים שהוצגו לפניי, אין מקום להתיר לפנות המתים במתחם בית החולים באשקלון, ויש להקים את האגף החדש בצורה שלא יפגעו בבית הקברות". לעומת זאת רבנים אחרים הביעו את דעתם שמותר לפנות את הקברים אף אם יוברר שאלו קברי יהודים, לדוגמה רבני צֹהר והרב מאיר מאזוז.
סגן שר הבריאות יעקב ליצמן החליט, חרף העמדה שהביע מנכ"ל משרדו, לקדם את העברת בניית האגף החדש של בית החולים לצד צפון של המבנה הקיים, ובכך למנוע את הפגיעה בקברים. במרץ 2010 אישרה הממשלה את תוכניתו של ליצמן.
הפרשה הסתיימה לאחר שהממשלה החליטה לפנות את הקברים מהמתחם. הפינוי בוצע תחת אבטחה משטרתית, שמנעה מפעילי "אתרא קדישא" להפריע לעבודות הפינוי.
מתחם גולובנציץ בית שמש.
בפרויקט בנייה המיועד לציבור החרדי בבית שמש התגלו מערות שלדברי אתרא קדישא ייתכן שהן קברי יהודים עתיקים. הארגון נאבק במטרה למנוע את הבנייה. בין רבני העדה החרדית נתגלעו חילוקי דעות, כאשר הגאב"ד, הרב יצחק טוביה וייס, אסר את הבנייה והראב"ד, הרב משה שטרנבוך, התיר אותה. במקום התגלה שדה קבורה גדול, אולם הרב שטרנבוך ואחרים סברו שאין איסור לבנות במקום משום שאין מדובר בקברי יהודים. בעקבות המחלוקת התפטר היזם, אברהם סלונים, והרוכשים החליטו בהצבעה למנות ועדה שתקדם את המשך הבניה. אנשי הארגון הפגינו במשך תקופה ארוכה במקום. הם תקפו את היזמים אריה גולובנציץ ואברהם סלונים והשמיצו את הרב שטרנבוך. מאבק זה החליש את הארגון וגרם להתנגדות לו בקרב חלק מהקבוצות השייכות להעדה החרדית, כמו תולדות אהרן וחסידות דושינסקי, שלהן חסידים רבים שרכשו דירות בפרויקט.
ב-2019, פורסמו מכתבים מחלק מרבני העדה החרדית, שבהם נקרא הציבור להחרים את המתחם. מנגד פורסם מכתב מהרב חיים קניבסקי שלפיו מותר להתגורר שם אף לכהנים.
פעילויות נוספות.
כחלק מפעילויות שימור הקברים, מסייע "אתרא קדישא" בשיקום ושימור בית הקברות היהודי בהר הזיתים. לאחר מלחמת ששת הימים החלו פעילי הארגון במיון העצמות שהתפזרו בשטח ההר בתקופת שלטונם של הירדנים. הפעילים סייעו גם באיתור קברים נעלמים של העדה הבוכרית, ופיקחו על הקמת המצבות המחודשות. הארגון גם מפקח על פעולות שיקום המצבות שמבצעת החברה לפיתוח מזרח ירושלים בהר הזיתים.
פעילות הארגון בחו"ל.