ב-1782 ניתנה פקודה לגרש את כל יהודי גליציה החיים בצ'רנוביץ. היהודים שלחו משלחת לווינה, בבקשה לבטל את גזרת הגירוש, אך המשלחת נתפסה על ידי השלטונות האוסטריים בעיר הסמוכה טישמייניצה, וחבריה נכלאו, עונו וגורשו. גם שתי משלחות יהודיות נוספות לא הצליחו לשכנע את השלטונות לבטל את רוע הגזרה. ב-1783 נצטוו כל יהודי העיר לעסוק בחקלאות פן יגורשו ממקום מושבם. ב-1784 הם נדרשו להחליף את שמות השמפחה שלהם לשמות גרמניים. בד בבד, הוטלו על היהודים מיסים רבים. הגזירות הביאו לירידה דרמטית במספר היהודים שישבו בבוקובינה בכלל ובצ'רנוביץ בפרט. עד 1786 פחת בשליש מספר היהודים המתגוררים באזור.
ב-1786 הסתיים הממשל הצבאי בבוקובינה, והיא סופחה לאוסטריה ואוחדה עם מחוז גליציה. עם סיפוח זה הסתיים שלטונו של אנצנברג בבוקובינה, ולשלטון התאפשר להקל על מצב היהודים בעיר. ואכן, ב-1 בנובמבר 1789 הוחל כתב הסובלנות המיטיב עם יהודי בוקובינה, לאחר שהוחל עוד קודם לכן על אזורים אחרים באוסטריה. כתב הסובלנות ביטל חלק מהגזרות שהוטלו על יהודי העיר, ובהן חובת העבודה בחקלאות, קשיים בתחום אישור נישואים, המיסוי הגבוה ועידוד ההגירה. גם לאופולד השני, שעלה לשלטון לאחר מותו של יוזף השני, המשיך בקו המקל על היהודים. עם זאת, זרם ההגירה של יהודים מגליציה לבוקובינה לא פסק עם פרסום כתב הסובלנות. הגירה זו הביאה את השלטונות האוסטריים לחזור למדיניותם הקודמת ולהוציא ב-1810 פקודה שמטרתה גירוש של יהודי צ'רנוביץ שהיגרו אליה מגליציה באופן בלתי חוקי. בתגובה לכך החלו בני הקהילה, ובראשם הרב הראשי חיים טירר, לאסוף כספים על מנת למנוע את הגירוש. שנה אחת לאחר מכן הצטמצמו ממדי הגירוש, וב-1817 הוא פסק לחלוטין, עקב הצורך הכלכלי של האוסטרים ביהודי הסביבה. תחת זאת, שבו האוסטרים לנקוט צעדים שימנעו בעקיפין את ההגירה. כך, למשל, ב-1830 הוחל חוק גיוס חובה על יהודי העיר, כפי שנהוג היה בגליציה.
לאחר מתן האמנציפציה.
לאחר אביב העמים - סדרת מהפכות לאומיות שהתרחשו באירופה בשנים 1849-1848 - נאלצה האימפריה האוסטרית לנסח חוקה חדשה, כדי לפייס את העמים השונים באימפריה שהיו בעלי שאיפות לאומיות. בחוקה ניתן שוויון זכויות ליהודי אוסטריה, ובכללם ליהודי צ'רנוביץ. בטווח המידי, שוויון הזכויות אפשר ליהודים לייסד בעיר בית כנסת גדול (ב-1853) ובית ספר עצמאי (ב-1855). ב-1859 פרצה שרפה בעיר: מבנים רבים, וביניהם בקתות עץ שהיוו את חלק הארי של המבנים ברובע היהודי, ניזוקו, אך אלה תוקנו עד מהרה בידי הקהילה היהודית. ב-1867, עם חתימת הפשרה האוסטרו-הונגרית והפיכתה של אוסטריה לקיסרות דואלית, אושררה האמנציפציה ליהודים באופן רשמי. האמנציפציה אפשרה להם להתערות בחיים הציבוריים באימפריה: למשל, בראשית המאה העשרים כיהנו שני ראשי עיר יהודיים בצ'רנוביץ, וב-1897 נבחר יהודי בן העיר לכהן בפרלמנט האוסטרי. האמנציפציה הביאה גם לגידול מסיבי באוכלוסיית יהודי העיר: בין 1857 ל-1914 היא הכפילה את עצמה פי שבעה.
בשלהי המאה ה-19 חלה התעוררות לאומית בקרב יהודי מזרח אירופה, ובכללם יהודי צ'רנוביץ. בספטמבר 1908 נבחר אולם התיאטרון שבעיר לארח את ועידת צ'רנוביץ, ששמה לעצמה למטרה לקבוע מה תהיה הלשון הלאומית של העם היהודי: עברית או יידיש. בתום הוועידה הוחלט להכריז על היידיש כשפתו הלאומית של העם היהודי, אך בלי לציין שהיא שפתו הלאומית היחידה.
עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה נמלטו יהודים רבים מצ'רנוביץ, בעיקר לווינה, עקב היותה של צ'רנוביץ עיירת ספר ששכנה בסמוך לגבול האימפריה הרוסית. היהודים חששו מרוסיה ומיחסה העוין ליהודים, ורבים מהם גויסו לצבא האוסטרו-הונגרי. ב-2 בספטמבר 1914 נכבשה צ'רנוביץ על ידי הכוחות הרוסיים. הרוסים הגלו מהעיר כמה מנהיגים יהודים, ובהם ראש העיר היהודי סאלו וייסלברגר ומאיר אבנר, חברי הפרלמנט הרומני לעתיד. במהלך המלחמה החליפה צ'רנוביץ ידיים מספר פעמים בין שני הצבאות. עם שוך הקרבות, שבו לצ'רנוביץ יהודים שנמלטו ממנה במהלכם. איתם הגיעו יהודים שנמלטו מפרעות פטליורה - כינוי לפוגרומים שאירעו באוקראינה במהלך המלחמה - וכך גדלה האוכלוסייה היהודית בעיר במידה ניכרת.
תחת השלטון הרומני.
מדיניות הרומניזציה.
בשלהי מלחמת העולם הראשונה נראה היה כי אין מנוס מחלוקתה של האימפריה האוסטרו-הונגרית למדינות לאום. על מנת למנוע את התפרקותה, הכריז קרל הראשון, קיסר אוסטריה, כי ברצונו להפוך את הקיסרות לפדרציה, שבה לכל עם תהיה אוטונומיה משלו. אי לכך הוא ביקש מכל אחד מעמיה שדרש שיכירו בו כעם להקים מועצה לאומית משלו. בשל כך, ההנהגה היהודית ששבה לעיר החליטה ב-14 באוקטובר 1918 להקים "ועד לאומי יהודי" כדי לייצג את יהודי בוקובינה בעניין עתיד החבל שלהם. חרף כך, תוכניתו של הקיסר לא התממשה, כיוון שהאימפריה שלו קרסה עם תום המלחמה. ב-11 בנובמבר 1918, ביום שבו הסתיימה מלחמת העולם הראשונה, פלשו לצ'רנוביץ כוחות רומניים בפיקודו של הגנרל יאקוב זדיק. הרומנים ניצלו את קריסתה של האימפריה האוסטרו-הונגרית כדי לספח שטחים ממנה, ובוקובינה בתוכם.
הממשל הרומני פעל כדי לפגוע ביהודים. ניהול העיר הועבר לשכבת פקידים מהרגאט - השטחים המצומצמים שבהם שלטה רומניה טרם המלחמה. השלטון התווה את מדיניות הרומניזציה. במסגרת התוכנית, הרומנית הייתה שפה הרשמית שהוחלה בכל מוסדות הציבור. יהודים רבים שעבדו בשירות הציבורי, בבתי ספר ובאוניברסיטאות נפלטו מהם, מפני שלא ידעו רומנית. עוד במסגרת הרומניזציה הפכה הרומנית לשפת ההוראה היחידה בבתי הספר הממלכתיים, ותלמידים יהודיים שניגשו למבחני סיום הלימודים הוכשלו במכוון. ב-1926, במהלך משפטם של יהודים בצ'רנוביץ שמחו על הכשלתם המכוונת במבחני סיום הלימודים, נרצח דוד פאליק, אחד המוחים. אירוע זה עורר הדים ברחבי רומניה והיווה את נקודת השבר ביחסים בין הקהילה היהודית בעיר לבין השלטון.
התגברות האנטישמיות.
בשלהי דצמבר 1937, לאחר ששום מפלגה לא הצליחה להשיג רוב בבחירות לבית הנבחרים של רומניה, הטיל קרול השני, מלך רומניה, על אוקטביאן גוגה את הרכבת הממשלה. גוגה, ראש המפלגה הלאומית-נוצרית האנטישמית, הצליח לכונן ממשלת מיעוט בראשותו. חבר מפלגתו, אלכסנדרו קונסטנטין קוזה, כיהן באותה ממשלה כשר המדינה. ממשלה זו, שנודעה בשם "ממשלת גוגה-קוזה", הייתה הממשלה השנייה באירופה, בנוסף לממשלת גרמניה הנאצית, שהייתה לה מדיניות אנטישמית מוצהרת. ב-21 בינואר 1938 נחקק "חוק בדיקת האזרחות מחדש", שבמסגרתו נדרשו יהודי רומניה להוכיח את זכאותם לאזרחות רומנית במסגרת תנאים שהציבה הממשלה לאי-שלילתה. עקב חוק זה איבדו יהודים רבים בצ'רנוביץ את אזרחותם.
בצ'רנוביץ הוציאה הממשלה צווים להחרמת רכוש ומקרקעין יהודיים, הורתה לסגור עיתונים ובתי ספר יהודיים, אסרה על היהודים לדבר יידיש או עברית, וכפתה עליהם את הדיבור ברומנית. נפוצו אף שמועות על פוגרום שמתכוונים לבצע ביהודים תושבי היישובים הסמוכים. ממשלת גוגה-קוזה לא האריכה ימים. ב-10 בפברואר 1938, לאחר שישה שבועות, נפלה "ממשלת גוגה-קוזה" בעקבות לחץ בינלאומי כבד על רומניה, בעיקר מצד בריטניה וצרפת.
לאחר נפילת ממשלת גוגה-קוזה, הפך המלך קרול השני לשליט יחיד ברומניה, עקב אי-יכולתה של המערכת הפוליטית ברומניה לתפקד. תחילה הורגשה הקלה מסוימת בקרב היהודים ברומניה בכלל ובצ'רנוביץ בפרט, עקב ביטול הגזרות, אך הממשל החדש הטיל על היהודים הגבלות חדשות כדי לחקות את המודל הנאצי ולחזק את מעמדו. קרול מינה מטעמו את המשפטן גאורגה אלקסיאנו למושל בוקובינה. ב-1 בדצמבר 1938 הוציא אלקסיאנו צו שאסר מחדש על היהודים בחבל לדבר שפה אחרת פרט לרומנית בחנויות ובמוסדות מדינה. צו זה פגע במידה רבה ביהודי צ'רנוביץ, כיוון ששפתם הייתה בדרך כלל גרמנית או יידיש.
מלחמת העולם השנייה.
פרוץ המלחמה.
ב-23 באוגוסט 1939 נחתם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב, הסכם אי-תוקפנות בין גרמניה הנאצית לברית המועצות, לתקופה של עשר שנים. במסגרת ההסכם הוחלט על חלוקת מזרח אירופה לאזורי השפעה של שתי המעצמות שחתמו עליו: נקבע כי פולין תחולק בין שתיהן, וכי צפון בוקובינה, שסופח על ידי ממלכת רומניה, יועבר לידי ברית המועצות.
שבוע ימים לאחר מכן, ב-1 בספטמבר, פלשה גרמניה הנאצית לפולין כדי לחלק אותה בינה לבין ברית המועצות מתוקף ההסכם. הייתה זו יריית הפתיחה של מלחמת העולם השנייה. במהלך הפלישה נסו על נפשותיהם אלפי פליטים פולנים, רבים מהם לכיוון בוקובינה, שהייתה אזור גבול בין פולין לרומניה. בהם נמנו אנשי צבא רבים ואלפי יהודים, שנמלטו מאימת הנאצים. הממשל הרומני ניסה להעבירם דרומה, הרחק מאזור בוקובינה. עם זאת, בשלב מסוים התגברות זרם הפליטים מנעה מהם לעשות כן, מה שהביא רבים מהפליטים, לרבות היהודים, להישאר בצ'רנוביץ. תושבי צ'רנוביץ היהודים קלטו חלק נכבד מהפליטים בעירם וקיבלו אותם במאור פנים. הם הלינו אותם בבתיהם והעניקו להם מזון. פליטים אחרים שוכנו בבית העם היהודי ובבית החולים היהודי.
השלטון הסובייטי הקצר.