חלק גדול מהשטח הירושלמי הבנוי הוקדש לווקף וכלל גם מנזרים, מסגדים ומוסדות ציבור. וקף הר הבית היה הגדול במוסדות ההקדש וברשותו היו רוב בתי הרובע היהודי. וקף גדול נוסף היה "אל תכיה" (בי"ח הלנה לשעבר). כמו כן לכל מסדר נוצרי גדול היה וקף. שטח פרטי של אדם שנפטר ולא הותיר יורש זכר, עבר לרשות הווקף של העדה. אף על פי שתפקיד הווקף היה לדאוג לתחזוקת הבתים, הדבר נכשל בירושלים ומצב התחזוקה היה גרוע, משום שהמחסור בבתים ובקרקע זולה זמינה איפשר לווקף להשכיר את בנייניו גם במצב גרוע. נראה כי ברובע המוסלמי התושבים לא ניצלו את זכותם המשפטית לכפות על הווקף תיקונים וברובע היהודי הייתה הזנחה מכוונת שנועדה להקשות על היהודים את חייהם בעיר. עם זאת הווקף השקיע הרבה במבני הציבור והתפילה בעיר.
צבא.
ההערכות הן כי בין 500 ל-1,600 חיילים שהו בעיר דרך קבע בתקופות שונות. לאחר הכיבוש המצרי הוחלף חיל היוניצ'רים בצבא שהיה כפוף ישירות לאיסטנבול. החיילים התרכזו במצודת דוד, בקסרקטין מחוץ לשער יפו ובסראיה. הם היו ממושמעים אך לא בכושר לחימה. תואר מפקד הצבא היה מקביל בחשיבותו לתואר פחה. החיילים היוו את רובה של אוכלוסיית העות'מאנים בעדה המוסלמית בעיר.
יחס השלטון למיעוטים.
הנוצרים והיהודים שילמו מס גולגולת מיוחד – אות למעמדם הנחות. הם לא הורשו לשאת נשק, נאלצו ללבוש בגדים בצבעים שונים ונאסר עליהם לבנות ולשפץ בתי תפילה. עדותם של המיעוטים לא הייתה קבילה בבתי המשפט. במקרה שנזקקו לשירותי בית המשפט, נאלצו לשלם הוצאות משפט כפולות. הכיבוש המצרי, בשנים 1831–1840, הביא רווחה קלה ליהודים ולנוצרים, השלטון היה מסודר יותר, והתיר זכויות בנייה ופולחן חופשיים יותר. הסדר לא איפשר להתחמק מעול המיסים שהלך והכביד ולכן פרצו האזרחים בארץ ישראל ובסוריה במרידות (בירושלים ב-1834). בעזרת המעצמות האירופיות שבו העות'מאנים לשלוט בארץ.
הבריטים עמדו על כך שלא ייערכו פרעות וביזה ביהודים ובנוצרים, שנחשבו לידידי השלטון המצרי.
הרפורמות לאחר הכיבוש המצרי.
לאחר 1840 הונהגו מספר שינויים. חיל היוניצ'רים הוחלף בצבא סדיר הכפוף לשלטון המרכזי. שיטת גביית המיסים הפכה לגבייה ישירה על ידי השלטון המרכזי. זו ידועה בתור תקופת ה"טנזימאט" (הרפורמות) בשלטון העות'מאני, שנועדה לייעל את המשטר ולרצות את המעצמות שעזרו להדוף את המצרים. נחקקו תקנות בדבר שוויון לנתינים לא מוסלמים והענקת מעמד מיוחד לקונסולים שרבים מתושבי ירושלים הלא-ערבים חסו בצל חסותם (משטר הקפיטולציות.
הקונסוליה הבריטית בירושלים נפתחה ראשונה, כבר ב-1839. ב-1842 נפתחה הקונסוליה של פרוסיה, ב-1843 נפתחו הקונסוליות של צרפת ושל ממלכת סרדיניה, ב-1844 נפתחה הקונסוליה של ארצות הברית, ב-1849 נפתחה הקונסוליה של אוסטרו-הונגריה ובשנות השישים נפתחה הקונסוליה של רוסיה, שהסתפקה עד אז בנציגות ביפו בלבד.
מחוזות ירושלים, שכם ועזה אוחדו ליחידה מנהלית אחת תחת איילט צידון. המולא נבחר לשלוש שנים במקום לשנה וכוחו גדל מזה של הפחה, דבר שהיקשה על הפחה להשתמש בתפקידו לרעה. מס הגולגולת המשפיל הוחלף במס בדל (אי שירות בצבא). בירושלים מונתה מועצה (מג'לס) שהורכבה מ-14 חברים וכללה, בנוסף לקאדי, שריף ונציגים מוסלמים גם נציג יהודי, לטיני, ארמני ויווני. המג'לס הייתה מועצה אדמיניסטרטיבית של כל המחוז והתכנסה בצורה מלאה פעמיים בשבוע. למרות הכוונות הטובות, לאחר שנים של דיכוי, למג'לס לא הייתה השפעה ממשית, והפחה שלט על ידי הפחדה על כל החלטותיה. מכיוון שהיה רוב מוסלמי במועצה, נציגות המיעוטים שימשה כעלה תאנה ציבורי למעשי העושק של הפחה.
המועצה קבעה מיסים לשם שיפור פני העיר ועמם דאגה לתחזוקה, ניקוז ורופא חינם לתושבים, הקמת מבני ציבור ותכנון כולל של שטחי העיר. עירייה זו, שאיננה מאפיינת את השלטון, היא השפעה מובהקת של דרך החשיבה המערבית. בתי המשפט האזרחיים שהוקמו הגבילו את כוח המג'לס והשלטון, אם כי הם פסקו ברוח דומה לזו של בתי המשפט המסורתיים.
לקראת סוף השלטון העות'מאני הפכה ירושלים לבירת סנג'ק ולמרכז מנהלי של מותצרף גדול, שכלל כמעט את כל מרכז ודרום ארץ ישראל והיה כפוף ישירות לממשל באיסטנבול.
במקרה מוות של בעל קרקע, הירושה הייתה מחולקת לפיסות קטנות בין היורשים. משקיעים מבחוץ שרצו לקנות קרקע בעיר נתקלו בדרך כלל בהתנגדות של לפחות אחד מהיורשים. מכאן שההשפעה הגדולה של הרפורמה העות'מאנית באה לידי ביטוי בעיקר מחוץ לחומות.
מערך העיר: השטח הבנוי.
במחצית הראשונה של המאה ה-19 שטח העיר בתוך החומות היה 850 דונם. העיר נחלקה לארבעה רבעים: מוסלמי, נוצרי, ארמני ויהודי. השכונה המוגרבית הוגדרה לעיתים גם כרובע. הרבעים לא היו הומוגניים ונבדלו בגודלם, ברמת האוכלוסייה ועוד. ברבעים הגדולים הייתה חלוקה פנימית לפי כתות וטופוגרפיה.
העיר מוקפת חומה ובעלת מגדלים בשערים. לעיר היו ארבעה שערים מרכזיים לארבע רוחות השמים, שנבנו עם תפנית של זווית ישרה למניעת פריצה של כרכרות וסוסים. השער הפעיל יותר היה שער יפו, שבסמוך לו שכן בית המכס. בנוסף היו בחומות חמישה שערים נוספים שהיו סגורים להולכי רגל. השערים הראשיים היו נפתחים בבוקר ונסגרים עם רדת הלילה בשל החשש מבדואים. הם היו סגורים גם בזמן תפילת יום השישי.
מבנה הרחובות.
שטחים רבים בתוך החומות בצפון-מזרח וצפון-מערב לא היו בנויים והיו מאוכלסים בדלילות. מערך הרחובות נשמר עוד מהתקופה הרומאית וכלל שני רחובות עיקריים מאונכים זה לזה. הקארדו והדקומנוס (נחל צולב), שחצו את העיר משער אחד למשנהו.
שאר הרחובות היו צרים ומתפתלים, מלוכלכים ומלאי הריסות. חלקם ללא מוצא וחלקם מתחת לקמרונות חשוכים. במרכז הרחובות היה משטח צר במפלס נמוך לניקוז הביוב. ישנם עדויות על זוהמה רבה ואפילו פגרי חיות בסמטאות. "ניקוי" הפגרים נעשה באמצעות צבועים ששוחררו בעיר בלילה.
מבנים ציבוריים.
המבנים הציבוריים הקיימים כיום שוקמו ברובם במאה ה-19. הראשון בחשיבותו הוא הר הבית הכולל את כיפת הסלע ומסגד אל-אקצא. השני בחשיבותו הוא כנסיית הקבר והשלישי הוא המנזר והכנסייה הארמנית.
הרחבות הציבוריות כמעט ולא היו קיימות, החשובה שבהן היא רחבת הר הבית. לא הייתה תאורה בעיר עד סוף השלטון העות'מאני. התנועה בלילה התבצעה באמצעות נרות ועששיות.
במהלך המאה ה-19 החלו שיפוצים בעיר. הורחבו הרחובות והשווקים. נבנו בתי שימוש ציבוריים, החל ריצוף חלקי וחלק מהרחובות נסגרו למעבר בהמות גדולות והחל פרויקט תאורת רחוב. המשחטות ובתי הבורסקאות הוצאו מחוץ לעיר. הוצבו שעונים בחזיתות בתים ונבנו מבנים חדשים. השיפוץ הגדול ביותר היה באזור שער יפו.
השינוי נבע מהגירת אוכלוסייה של יהודים אשכנזים, שהגדילו את אוכלוסיית העיר ולבסוף הובילו את היציאה מהחומות.
מבני השלטון העיקריים בעיר העתיקה בתקופה העות'מאנית היו:
הבתים.
הבתים עצמם היו בנויים בצפיפות. הגגות היו בעלי כיפות על-פי מספר החדרים. הסיבה לבניית הכיפות היא מחסור בקורות עץ לבניית גג שטוח וניקוז מים בחורף. ניתן היה ללכת בין הגגות שהיו מצוידים במעקי בטיחות שגם הפרידו בין מתחם למתחם. כך נוצר מפלס חיים נוסף למפלס הרחוב.
רצפות הבתים היו בנויות בדרך כלל מעל מפלס הרחוב. בקיר שפונה לרחוב לא היו חלונות בקומת הקרקע. הבתים היו בנויים אבן בגובה של יותר מקומה אחת. המוסלמים הניחו לבתים להיחרב אם לא הצליחו להשכיר אותם ליהודים או נוצרים.
הבתים היו בנויים סביב חצר פנימית שכונתית שבמרכזה בור מים. בשולי החצר היו מדרגות לקומות העליונות. עם התגברות הצפיפות בעיר החלו לבנות בחצרות חדרים נוספים. כמו כן השירותים ופינת האשפה תפסו חלק מהחצר. עיקר החיים התנהלו בחצר - בישול, כביסה, צרכים חברתיים וכו'.
המים של תושבי ירושלים לא הגיעו ממעיינות, אלא היו מי גשמים שנקוו בבורות בבתים.
התרחבות העיר.
עד אמצע המאה ה-19 השתרעה ירושלים על השטח המתוחם בין חומות העיר העתיקה בלבד. שהייה מחוץ לחומות, בייחוד בשעת לילה, נחשבה מסוכנת ביותר בשל כנופיות שודדים שהפילו חיתתן על האזור. בשלהי התקופה העות'מאנית הגיעה הצפיפות בעיר שבין החומות לממדים בלתי נסבלים, דבר שהשפיע על תנאי המחיה, התברואה והכלכלה של העיר.
גורמים שונים, בהם מעצמות זרות וכנסיות שנדרשו לשטח למפעליהם המתוכננים בירושלים, החלו במחצית המאה ה-19 לגלות התעניינות ברכישת קרקעות בשטחים הסובבים את העיר - בעיקר ממערבה ומצפונה. בין אלה היה הנדבן היהודי-אנגלי משה מונטיפיורי, שבביקוריו בעיר הוטרד ממצוקת הדיור של יהודי ירושלים בין חומות העיר העתיקה, מהיעדרם של שרותי רווחה ובריאות הולמים, ומהיעדר אמצעי כלכלה שיאפשרו ליהודים להשתחרר מן התלות בנדבות לקיומם.
ל"משכנות שאננים", השכונה הראשונה שנבנתה מחוץ לחומות העיר-העתיקה, קדמו מספר מפעלים פרטיים שהוקמו בשנות החמישים של המאה ה-19. בין היתר הוקמו באותה עת בית הקיץ של הקונסול ג'יימס פין בטלביה ומפעלו בכרם אברהם, ביתו של יוהאן לודוויג שנלר בליפתא ובית הספר הפרוטסטנטי שהקים הבישוף סמואל גובאט על הר ציון. ב-1860, כמעט בו זמנית עם משכנות שאננים החלו בהקמת מגרש הרוסים ובית היתומים של שנלר. לאחר משכנות שאננים נבנו מחוץ לחומות העיר העתיקה גם השכונות נחלת שבעה, מאה שערים, מחנה ישראל, מחנה יהודה ואחרות.
כלכלת העיר.
כלכלת העיר נסמכה על תעשייה, מסחר (בעיקר פנים מחוזי ולתיירים) וכספי תרומות.