עם זאת, עליית השושלת הסאסאנית לשלטון שינתה מהותית את הסדר הפוליטי הפנימי באימפריה, כאשר האוטונומיות המקומיות של התקופה הפרתית התערערו במידה מסוימת על ידי מדיניות ריכוזית יותר של פולחן של דת הזורואסטריות, שהפכה לדת המרכזית של האימפריה במהלך שגרם לעליות ומורדות ביחס השלטון או ההמון כלפי דתות מיעוט, ובמיוחד סבלו היהודים בהקשר זה החל מאמצע המאה ה-5. הזורואסטריות תיארה את העולם כמאבק מתמיד בין כוחות "טוב" וכוחות "רע". מכיוון שבאותה תקופה ישבה בגבולות האימפריה הסאסאנית אוכלוסייה יהודית משכילה ודומיננטית, תפיסה הקיימת במחקר מציעה שבמאות השנים הללו חדרו בהדרגה אל המיינסטרים של הדת היהודית העדכנית מוטיבים שכמעט ואינם מצויים בתנ"ך עצמו, ומושפעים מרעיונות זרתוסטרים, דוגמת קיומו של השטן, מלאכים ושדים, גן עדן וגיהנום, מלחמת גוג ומגוג ועוד.
חרף השינויים, נותרו היהודים נאמנים לשלטון הסאסאני ובתמונה במרבית התקופות יכלה הקהילה לשגשג בהיטב של זהותם הדתית היהודית. אחרי חתימת התלמוד, המשיכה היצירה התורנית בבבל לפרוח בראשותם של הסבוראים, ולאחריהם הגאונים, שיצרו ושכללו צורה חדשה של ספרות הלכתית הנקראת ספרות השו"ת, המבטאת את עלייתם של מרכזי תורה במקומות נוספים, כגון ספרד.
ראש הקהילה היהודית בבבל, שהיה מוכר כנציג היהודים על ידי השלטונות הפרסיים, נקרא בשם "ראש הגולה" (בארמית: 'ריש גלותא').
בימי הביניים.
במאה ה-7 סייעו היהודים בידי הכובשים הערבים וזכו בשל כך ליחס הוגן ולאישור זכויותיהם. ישיבות סורא ופומפדיתא נפתחו מחדש. ראשיהן, הגאונים, משכו תלמידים מכל תפוצות ישראל, שכן התפשטות האסלאם הקלה על הקשרים בין היהודים, שהיו עתה תחת שלטון אחד. היו מקרים בהם השליטה הועברה לסירוגין בין ה"ריש גלותא", אשר ייצג את הסמכות השלטונית, לבין הגאונים, אשר ייצגו את הסמכות הדתית. במאה ה-8 עלה בבגדאד פלג דתי, המוכר בשם יהדות קראית, בראשות ענן בן דוד הנשיא.
מצבם של היהודים היה תלוי ביחס של השליט. לרוב נהנו מביטחון, אך היו נתונים תחת איום של גזירות - כגון איסורו של הח'ליף עומר השני בראשית המאה ה-8 להתלבש בהידור או לחיות חיי מותרות, או גזרתו של החליף אל-מתוכל במאה ה-9, שחייב אותם לענוד אות קלון צהוב. בתקופת הח'ליף אל-מאמון, צו בשם הח'ליף הגדיר את היהודים כ"אומה הגרועה ביותר" והורה על הריסת בתי כנסת בבגדאד. כמו כן יש דיווחים על גירוש יהודים מהעיר.
באמצע המאה ה-11 חלו תמורות רבות באזור שהשפיעו עמוקות על יהדות בבל. כתוצאה מגל קור קיצוני שנמשך משנת 1027 ועד 1060, והשפיע באופן עקבי בגידולי החקלאות, כבר בשנים 1031-1027 תיעדו תושבי המקום בכתביהם רעב גדול, מגפות ותופעות של נוודים אלימים, אשר מחפשים מזון וכרי מרעה פוריים ומבצעים פשיטות ביזה על יישובים קטנים כגדולים. בשנת 1038 נסגרו הישיבות הגדולות סורא ופומפדיתא, ובשנים הבאות נסגרות גם ישיבות נוספות באזור.
בסוף שנות ה-30 של המאה ה-11 החלו אירועי תסיסה ואלימות שונים בבגדאד בפרט ובשטחה של השושלת הבויהית בכלל. נמצאה קורלציה בין אירועים אלימים אלו לבין שינויי האקלים (שגרמו לעליית מחירי המזון). בעיצומן של אחת מנקודות השיא של אירועי אלימות אלו, נעלמות גם הישיבות של בגדאד. עד תקופה זו עמדות הכוח בבגדאד הבויהית חולקו באופן מסורתי בין סונים ושיעים, אולם החל מסוף שנות ה-30 החלו ביניהם חיכוכים ואירועים אלימים, בעקבות חוסר היכולת של ההנהגה הבויהית השיעית להחזיק בשלטון יציב, ועלייתם של גורמי אופוזיציה סונים שהובילו ניסיונות הפיכה אלימים כנגד הממשל. בעקבות חוסר יכולתו של השלטון הבויהי לשלם לחיילים באופן סדיר נוצר מרד גם בקרב הצבא, במהלכו חיילים הציתו מבני ציבור ובזזו בתים בעיר. כחלק מההתנגשויות האלימות בין השיעים לסונים בתקופה זו, בשנת 1045/1046 (שנת 437 לספירה המוסלמית) פשטו שני הצדדים הלוחמים על בתי היהודים בעיר ובזזו אותם, והרסו בתי כנסת עתיקים.
בשנת 1121, תחת הח'ליף אל-מסתרשד, יצא בבגדאד צו שחייב את היהודים ללבוש שני טלאים צהובים, שרשרת סביב הצוואר עליה כתוב "ד'ימי", ושאר סממנים מזהים. על פי מכתבים מהגניזה הקהירית, הצו נאכף על ידי "גברים ונשים מוסלמים אכזריים" שתפקידם היה להשפיל ולהכות יהודים שהפרו את הצו, וקבוצות של צעירים שהכו יהודים ברחובות ברחבי העיר בגדאד. במהלך תקופות אחרות יצאו המונים בבגדאד להפגנות בעד הטלת מגבלות חמורות יותר על הלא-מוסלמים, והח'ליפים נענו להם.
רבי בנימין מטודלה דיווח שמצא במסעו בבבל בסוף המאה ה-12 כ-40,000 יהודים.
עם שקיעת הח'ליפוּת בבגדאד, ירידת כוחה הכלכלי של יהדות בבל וגזירות של השלטונות בבבל, עזבו אותה יהודים רבים אל עבר חלקים אחרים של העולם שנכבשו על ידי המוסלמים, ובמיוחד ספרד, וכן לשטחים שהיו תחת שלטון האימפריה הביזנטית ולעבר האימפריה הפרנקית שבה ישבה יהדות אשכנז. כל אלה הביאו לסוף מוסד הגאונות, ולירידת כוחה המכריע של יהדות בבל. בימי הכיבוש המונגולי במאה ה-13 היה מצב היהודים תקין, ואחדים מהם שירתו במשרות חשובות בחצר הסולטאן. בתקופת השלטון הפרסי הורע מצב היהודים.
התקופה העות'מאנית.
בין המאה ה-15 למאה ה-16 התפתחה הקהילה ובראשה עמדו למשך כמאה וחמישים שנה רבנים בני משפחת ברזאני. הראשון שבהם היה הרב שמואל מזרחי (ברזאני). במהלך שנת 1743 התחוללה בבגדד מגפה שבה נספו יהודים רבים, כולל מנהיגות הרבנית, בשל כך פנתה הקהילה לקהילה היהודית בחלב בבקשה לקבל רבנים שינהיגו אותם במקום אלה שמתו. רבה הראשי של חלב - הרב שמואל לניאדו, החליט לשלוח את תלמידו הרב צדקה חוצין (הראשון) לכהן ברבנות העיר, ובעקבותיו החליטו להגר אף 50 משפחות של מגורשי ספרד מחלב לעיראק. חלק מבני משפחות אלו הפכו לבית הדין של בגדד ובצרה, והנחילו בקרב יהודי בבל בפרט ויהודי עיראק כולה את הנוסח היהודי ספרדי, היהודים הספרדים הללו הביאו עמם מקורות רבניים ופיוטיים מחלב, מליבורנו, מסלוניקי ואף חיבורים עתיקים שנטען כי נכתבו עוד בספרד לפני גירוש ספרד. לפני המהלך הזה בשלהי המאה ה-18, יהודי בגדד היו מושפעים מיהדות פרס שתמכה בהם כלכלית ואילו מעתה ואילך היו משפיעים עליה.
גם גברים בני הקהילה היהודית גויסו לצבא העות'מאני במלחמת העולם הראשונה ונשלחו לחזיתות שונות, אחת מהן בארץ ישראל.
תהליך החילון והתפתחות ההשכלה.
במאה ה-19 עד המאה ה-20, חלו תמורות חברתיות מהותיות בקרב הקהילה היהודית בעיראק צד בצד לתמורות במצב הפוליטי, הכלכלי והחינוכי באזור. תמורות אלה באו לידי ביטוי בשינויים במעמדות החברתיים, בתעסוקה, באורח החיים, ביחס אל הדת, במבנה המשפחתי ובמעמד האישה. התנאים המדיניים והסוציאליים, הבעיות הכלכליות, צורות הארגון ולבסוף אימוץ דרכי החינוך החדשות, חברו יחדיו והביאו לשינויים אלה. ההשכלה המודרנית, בהיותה תולדה של התהליכים החברתיים והכלכליים באזור, לקחה חלק בהאצת התמורות השונות. כתוצאה מכך, עד תחילת שנות ה-50 מצבם הכלכלי–חברתי של יהודי עיראק היה הגבוה ביותר בחברה הכללית.
החברה העיראקית הכללית הייתה חברה מסורתית ביסודה והדת מילאה תפקיד חשוב הן בחיי היחיד והן בחיי הציבור. מבחינה זו, לא הייתה הקהילה שונה בהרבה מן החברה הכללית. החברה המודרנית מאידך, התאפיינה בפתיחות לקבלת שינויים בכל תחומי החיים.
דרכי החינוך החדשות ערערו את ערכי החברה והתרבות המסורתיים והרחיקו את הדור הצעיר ממסורת האבות. טבעי היה ששינויים אלה ילוו במאבקים בין החוגים המסורתיים לבין אלה של המשכילים המודרניים. הקהילה היהודית נחלקה בינה לבין עצמה, כאשר המנהיגות המסורתית מושכת לכיוון הערכים הדתיים, ומנהיגות חדשה של משכילים צעירים מושכת לכיוון חופשי ומאמצת את ההשכלה, הטכנולוגיה והמדע של העולם המערבי. החינוך המודרני היה אחד הגורמים החשובים ביצירת המציאות החדשה, בתי הספר המודרניים הכשירו את הקרקע לצמיחת רעיונות וקידמה.
עד אמצע המאה התשע עשרה הייתה החברה היהודית בעיראק חברה דתית מסורתית, כאשר הרבנים היו מנהיגי הקהילה, ומוסדות החינוך היו "חדר", מדרש תלמוד תורה, וישיבה – בה למדו בעיקר לימודי קודש. הדתות והתרבויות האחרות שבתוכן חייתה הקהילה היהודית מאות שנים, לא השפיעו במיוחד על היהודים. בשנות השישים של המאה ה-19 הייתה המשיכה אחרי החינוך המודרני מצומצמת למדי. בתחילה, נתקלו מוסדות ההשכלה הכללית בקשיים רבים. יש לזכור שהניסיונות הראשונים לחינוך יהודי כללי נעשו על ידי נציגי כי"ח שהיו אירופאים זרים שלא הבינו את תרבות הקהילה היהודית בעיראק ולעיתים אף זלזלו במנהגיה וערכיה: "כל היהודים חיים בגטו מוסרי שקשה לחדור אליו הרבה יותר מאשר למצודה בצורה. רובם קיבלו חינוך דתי, לא היה להם שום מושג מהקדמה ששינתה את פני אירופה, אינם מרחיקים לכת יותר מחיי יום יום".