בסיום כתיבת האותיות על גבי הקלף, תופרים את היריעות זו לזו עם גיד. התפירה צריכה להיעשות לשמה. את היריעה הראשונה והאחרונה תופרים לעץ החיים, ישנם מקומות שבהם נשים היו תופרות את היריעות.
קלף משוח.
בדורות האחרונים היו מעבדים שציפו את הקלף בשכבה המיוצרת מסיד ומקלף שהותך. על ידי משיחה זו מתייפה הקלף, והכתיבה עליו קלה ומהירה יותר, סביב שיטה זו נחלקו הפוסקים האם יש במשיחה זו חציצה בין הדיו לקלף. בשו"ת פנים מאירות התיר ואף פסק שמצווה והידור לכתוב על קלף משוח, שכל הבא לייפות את הכתב אינו חוצץ. אמנם גם לשיטה זו יש להיזהר לא למשוח משיחה עבה מדי, העלולה ברבות בימים להתפורר ולבקע את האותיות שעל גבה. לעומתו פסק בספר "בני-יונה" שהמשיחה מהווה חציצה בין הדיו לקלף אם הדיו לא נספג בגוף הקלף, על כן יש לבדוק אם כשיקלפו את המשיחה לא יישאר רושם דיו על הקלף – הספר פסול, אך אם הדיו עובר דרך המשיחה ונספג בקלף – הספר כשר. הרב שלמה גאנצפריד כתב כי לכתחילה יש להחמיר ולא למשוח את הקלף, אמנם במקום שיש ספר משוח, מותר לקרוא בו בברכה. לעומתו הרב עובדיה יוסף צידד בדעת המתירים את המשיחה.
כתב סת"ם.
כתב סת"ם הוא כתב שבו משתמשים לכתיבת ספרי תורה, מגילות, מזוזות ותפילין. כתב זה משמש את סופרי הסת"ם ונכתב באמצעות קנה או נוצה בדיו-סת"ם על גבי קלף. לכתב הסת"ם צורה מרובעת אופיינית, והוא מעוטר בתגים מעל האותיות ש, ע, ט, נ, ן, ז, ג, צ, ץ. כתב זה איננו מפוסק או מנוקד. קיימים שני סוגי כתב עיקריים, כתב אשכנזי (הנקרא גם כתב בית יוסף, משום שדיניו נכתבו בספר בית יוסף) וכתב ספרדי (כתב וועליש, שדיניו נכתבו בספר מור וקציעה).
הלכה למשה מסיני היא שיש לכתוב את הסת"ם בדיו. דיני דיו הסת"ם מרובים הם, אך שתי הדרישות העיקריות לדיו הסת"ם הן שחרוּת וקיום לאורך זמן. הדיו עשוי מפיח להבת נר, שרף אילן, מי עפצים, גומא וממרכיבים נוספים.
בלאי טבעי של הקלף או הדיו עשוי לפסול את ספר התורה, עקב דהיית אותיות או מילים, או שחיקת הדיו מן הקלף. ספר תורה שנפסל יש לגונזו.
דיני הכתיבה.
דיני העשייה והכתיבה של ספר התורה הם המורכבים והחמורים ביותר מבין תשמישי הקדושה ביהדות. כתיבת ספר התורה נעשית בידי אדם שהוכשר לכך במיוחד, הקרוי סופר סת"ם. ספר התורה עלול להיפסל בגלל בעיות שונות שהנפוצות שבהם הן טעות בכתיבה, מילה חסרה או מיותרת או מילה שכתובה באופן לא מדויק. בספר תורה פסול לדעת רוב הפוסקים אסור לקרוא בציבור, ויש לתקנו אם הדבר אפשרי. על פי הרמב"ם ישנם עשרים דברים שפוסלים את ספר התורה, ואם אחד מהם קיים בו, הוא נחשב .
אחד המנהגים הנפוצים כיום בכתיבת ספר תורה הוא ווי העמודים, ולפיו כמעט כל עמודה בספר מתחילה באות ו', למעט חמש עמודות המסומנות בראשי התיבות בי"ה שמ"ו, שהם:
סימונים בספר התורה.
בין יהודי תימן יש שנהגו לסמן בספר התורה סוף פסוק ואתנחתא, כדי לסייע לקוראים בתורה. הסימון אינו נעשה על ידי כתיבה, אלא על ידי חקיקה של עגול בעור ספר התורה. הדברים נשענים על שיטת רביד הזהב שהתיר זאת. בעל אגרות משה כתב שיכולים הם להמשיך במנהגם, ואילו הרב עובדיה יוסף כתב שיש בעיה במנהג הזה, אך הוסיף: "ומכל מקום, קהלות יוצאי תימן שנהגו לעלות לספר תורה שיש בו סימנים כאלה, ולברך על קריאת התורה, אין למחות בידם בחזקה ולעורר מחלוקת, כי גדול השלום".
תיוג.
כיום נהוג לתייג את האותיות "שעטנז גץ" שלשה תגים מעל כל אות. תגים אלו נזכרו בתלמוד. מנהג נוסף לתייג גם את האותיות "בדק חיה" תג אחד מעל כל אות. ואותיות "מלאכת סופר" אין לתייג.
צורת התג המקובלת היא קו שעולה מגג האות, ובראשה ריבוע קטן (כיום הרוב עושים עיגול עקב המאמץ הכרוך בריבוע), ואם עשה את התגים ללא ראש, כשרים.
בתגים אין את הפסול "חק תוכות", ולכן אם נדבקו התגים מותר להפרידן.
טוב לומר לפני התיוג: "אני מתייג לשם קדושת ספר תורה", ולפני תיוג שם השם: "לשם קדושת ה'", אך אם לא אמר כשר ואינו מעכב.
מיקום שלושת התגים: באותיות: ג' ז' נ' (ון') – מעל גג האות, ובאותיות ט' ע' צ' (ו'ץ') וש' – מעל הראש השמאלי. מיקום התג היחיד: בשמאל גג האות (בשלישו השמאלי).
מצווה מן המובחר לתייג עם דיו של ס"ת, אך אם תייג בעט רפידוגרף גם כשר, אף על פי שהתיוג יוצא דהוי מעט. ישנם עטים כשרים, וישנם לא כשרים.
אם חסרים תגים וגילו את הדבר באמצע קריאת התורה, אין להוציא ספר תורה אחר, ויש לתקנו לאחר מכן. ואם אין תגים כלל, ואין ספר תורה אחר, הספר תורה כשר בדיעבד ומותר לקרוא בו וגם לברך עליו.
תיקונים בספר תורה.
אם נמצא פסול בספר תורה, כגון שחסרה אות או יתירה אות, או שהאות לא כתובה כהלכתה מותר לתקן, כי בספר תורה לא צריך שהכתיבה תהיה כסדרה כתפילין ומזוזות. ואם נמצא הפסול באמצע קריאת התורה מוציאין ספר תורה אחר.
אם נמצא פיסוק בין האותיות, אם השתנה צורתה ונראית כשתי אותיות כגון: מ' שנפסקה באמצע ונראית כמו אותיות כו, מוציאין ספר תורה אחר, ואם לא השתנתה צורתה אין להוריד את הספר תורה, ויתקנו אחרי הקריאה.
חק תוכות.
אם האות נוצרת על ידי מחיקה ולא על ידי כתיבה, הרי זה "חק תוכות" והאות פסולה, כגון שנכתב ו' במקום י' אסור לגרד את חלקו התחתון של הו' כדי שיהיה י', משום שהי' נוצרה על ידי מחיקה ולא על ידי כתיבה. דבר זה נלמד מהפסוק "וְכָתַב לָהּ סֵפֶר כְּרִיתֻת" ודרשו חז"ל: "וכתב ולא חקק". וכמו שכך ההלכה בגיטין, הוא הדין גם לספר תורה.
הפסול "חק תוכות" חל בין אם מתחילתה האות לא נכתבה כראוי, בין שאות אחת נדבקה לחברתה ואיבדה צורתה, ובין שנפלה טיפת דיו על האות וקילקלה את צורתה, ובין אם נכנסה אות אחת לתוך חברתה ואיבדה צורתה (כגון אות ל' שנכנסה לתוך הך' שמעליה והך' נראית כאות ה').
נדבקה אות לחברתה באופן שלא השתנתה צורת האות, מותר להפריד ביניהם ואין בזה "חק תוכות".
אופן תיקון האותיות.
מבחינה טכנית.
מגרדים את האות רק לאחר שהתייבשה, בעזרת סכין גילוח, או בעזרת מחק חשמלי.
מבחינה הלכתית.
אם איבר מהאות נדבק בגוף האות כגון שנדבק חלקו הימני של הא' בגוף הא', על הסופר לבטל את צורת הא' ורק לאחר מכן לגרד. ואם זה קרה לו תוך כדי כתיבה לא ימשיך לכתוב את הי' השמאלית של הא', כי כל מה שנכתב לאחר הדיבוק צריך לגרד.
אות שנכתבת בפעם אחת כגון ו' אם נפסלה לא מספיק לבטל את צורתה ולתקן, אלא צריך למחוק את האות ולתקן.
אות שנכתבת בשתי פעמים כגון מ', וכתב את החלק הראשון (הכ') בכשרות, ואת החלק השני (הו') בפיסול, כגון שחלקה השני של האות נדבקה לחלקה הראשון ונפסלה, משאיר את מה שכתב בכשרות (הכ'), ומוחק את הו' השמאלית שנכתבה בפיסול, ומתקן.
נפלה טיפת דיו על האות, לדעת הב"ח וקסת הסופר צריך למחוק את כל האות ואחר כך לתקן, ולדעת השו"ע והמשנה ברורה מספיק לבטל את האות מצורת ולתקנה.
אם נדבקו שתי אותיות, כגון שהאות הראשונה נכתבה בכשרות והאות השנייה נדבקה לראשונה ואיבדו צורתן ונראות כאות אחרת כגון נ ו שנדבקו בחלקן התחתון ונראות כט', מוחק את האות השמאלית, ומבטל את צורתה של האות הראשונה ומתקן.
מסורת ספר התורה.
בנוסח ספר התורה, במילים ובאותיות, ישנה מסורת מדויקת, העוברת מדור לדור בעם ישראל. בתקופת הגאונים נהגו שתי מסורות בנוסח התורה, המסורת הבבלית והמסורת הטבריינית, למעשה המסורת הבבלית נדחתה מפני המסורת הטברנית. וכן כותב הרמב"ם (הלכות ספר תורה, פרק ח, הלכה ד'):
נוסח ספרי התורה בקהילות היהודיות כקהילות אשכנז, ארצות האסלאם ותימן כולם על פי המסורת הטברנית, וכולם אחידים בנוסח רוב ספר התורה, למעט שינויים בודדים שנפלו בין הספרים, כדלקמן. זאת בגלל ההעתקות רבות במשך מאות שנים ספר מספר, ולא היה כתר ארם צובא לעיני הסופרים. אף במסורת הטעמים והנקודות כמעט ולא נפלו שינויים. לשימור זה תרמה רבות ההלכה המייחסת חשיבות עצומה לדיוק נוסח ספר התורה, הקובעת כי ספר תורה שחסרה בו אפילו אות אחת, או נוספה בו אות אחת, ואפילו אות זו אינה משנה את משמעות המילה – ספר התורה פסול. וכן נפסקה הלכה, שאסור להשהות ספר תורה עם טעות יותר משלושים יום, אלא יתוקן או יגנז.
בימינו נתגלו כמה מכתבי יד המקוריים של המקרא של חכמי טבריה, דוגמת כתר ארם צובא, כתב יד לנינגרד, וכתב יד קהיר לנביאים. בלנינגרד יש עוד כתב יד טברייני, שיש טוענים שהוא מהדורה קמא של אהרן בן אשר.
שינויים במסורות.
כאמור, למרות הדיוק הכמעט מוחלט בכתיבת ספרי התורה של הקהילות השונות, בעקבות ריבוי ההעתקות ספר מספר, והעובדה שכתבי היד המקוריים של חכמי טבריה לא היו לעיני הסופרים בארצות השונות, נפלו שינויים מעטים בין המסורות השונות בנוסח התורה. נוסח התימנים זהה לכתבי היד שנמצאו מספרי חכמי טבריה, ככל הנראה זה בהשפעת הרמב"ם שראה את הכתר והגיה את ספר התורה על פיו.
צורת ספר התורה.
לגבי צורתם ומראיהם של ספרי התורה ישנם שני סגנונות עיקריים:
את ספרי תורה בתוך תיק (הסגנון הראשון שהוזכר) נהוג לכנות "ספרי תורה ספרדיים" בעוד הספרים העטופים ב'מעיל' (הסגנון השני) מכונים "ספרי תורה אשכנזיים". כינויים אלו הם כוללניים ואינם מדויקים, שכן גם בעוד אצל האשכנזים הסגנון השני הוא אכן בלעדי, הוא אינו ייחודי רק ליהודי אשכנז ומשמש גם קהילות ספרדיות במקומות שונים.
עיטור ספרי התורה.
לספרי התורה נלווים קישוטים וכלים שונים כגון: "כתר", "רימונים", "מגן" ו"אצבע" המורה לקריאה בתורה. את תיקי הספרדים נהוג לצפות בכסף וזהב, ולעטרו במטפחות מבד משובח.
קדושת ספר התורה.