סטלין האשים את ה"הקולאקים" בירידה בייצור המזון, וכינה אותם פרזיטים קפיטליסטיים שארגנו התנגדות לקולקטיביזציה. הם דוכאו בשיטות אכזריות תוך הכרזת מדיניות חיסול מעמד הקולאקים תוך הרג והגליה למחנות עבודה במזרח הרחוק כמו באזור קולימה הידוע לשימצה. הגדרת המילה "קולאק" התרחבה מהוראתה המקורית - בן מעמד האיכרים האמיד, לכל מי שהתנגד לקולקטיביזציה או נחשד כמתנגד לה, הגדרה שכללה אנשים רבים שהיו רחוקים מלהיות עשירים.
הקולקטיביזציה הכפויה גרמה לרעב המוני באזורים רבים והביאה למותם של מיליונים רבים בשנים 1932 ו-1933, במיוחד באגן הוולגה התחתון באוקראינה (הולודומור). דובר אף על קניבליזם כתוצאה מן הרעב.
הטיהורים הגדולים.
בשנות השלושים של המאה ה-20 השיג סטלין כוח כמעט אבסולוטי כנגד מתנגדיו במפלגה הקומוניסטית ויריביו האידאולוגיים. למעשה הצליח סטלין לחסל פיזית את רוב אנשי הוועד המרכזי של המפלגה שהיו בזמנו של לנין (עד שבפרוץ מלחמת העולם השנייה נותרו רק שניים מהם, ויאצ'סלב מולוטוב וסטלין עצמו), ולמעלה ממחצית הצירים לוועידה המרכזית של המפלגה שהתכנסה בינואר 1934. האמצעים כנגד קורבנות אלו נעו מהגליה למחנות עבודה במזרח הרחוק, עד להוצאה להורג, או התנקשות כבמקרה של טרוצקי או רצח סרגיי קירוב. מאות אלפי אנשים נעצרו לפי "סעיף 58" שאסר על "פעילויות אנטי סובייטיות", ורבים חששו לחייהם ולחירותם.
סטלין נעזר במנגנון טרור גדול ומסועף של משטרה חשאית שנקראה בתחילתה צ'ה קה ולאחר מכן לסירוגין או גה פה או, נ.ק.ו.ד. וק.ג.ב.. בראשה עמדו גנריך יגודה, אשר הוצא להורג באשמת "טרוצקיזם" בשנת 1938, ולאחר מכן מחליפו יז'וב, ולבסוף לברנטי בריה.
חלון הראווה של הטיהורים הגדולים, היו משפטי הראווה, שכונו משפטי מוסקבה שנוהלו על ידי התובע אנדריי וישינסקי, אשר לאחר מכן שימש במגוון תפקידים, לרבות שגריר ברית המועצות באו"ם. במשפטים אלו הוכרחו גדולי הקומוניזם והמהפכה כזינובייב, קמנייב ובוכרין להתוודות על "פשעים" שלא ביצעו, על קשר כנגד הקומוניזם, לרוב בשיתוף מעצמה זרה כבריטניה, קשר שכלל גם ניסיון לרציחתו של סטלין. לאחר הווידוי הוצאו הנשפטים להורג.
השפעה הרסנית הייתה למשפטים אלו על הצבא האדום. עד שנת 1938 הוצאו להורג רוב אנשי הקצונה הבכירה, ובראשם המפקד המרשל מיכאיל טוכאצ'בסקי. המדובר היה בטיהור של מאות קצינים, עד לדרגת מפקד פלוגה. הנזק ירד ממש עד לבסיס הצבא, והפך את הצבא האדום לגוף ענקי, אך מסורבל ונטול יכולת לפעולה עצמאית. הדבר בא לידי ביטוי במלחמה הרוסית פינית שבה סבל הצבא הסובייטי אבדות כבדות ובשלבים הראשונים של הפלישה הגרמנית לברית המועצות, שבה הובס הצבא הסובייטי ונאלץ לסגת משטחים נרחבים של ברית המועצות. חולשות הצבא נבעו מפיקוד לקוי, פוליטיזציה של הצבא ושרשרת פיקוד לקויה.
מדיניות החוץ עד פלישת גרמניה לברית המועצות.
במהלך שנות השלושים צפה סטלין מהצד בהתחמשותה ובהתעצמותה של גרמניה הנאצית תחת שלטונם של אדולף היטלר והמפלגה הנאצית. עם זאת, עד אוגוסט 1939, ניהלה ברית המועצות מדיניות חוץ אנטי פשיסטית ואנטי נאצית. היא סיפקה סיוע ישיר ועקיף לרפובליקה הספרדית במהלך מלחמת האזרחים בספרד כנגד כוחותיו של פרנקו, שקיבלו סיוע מאיטליה וגרמניה הנאצית, וניסתה לגבש ברית צבאית עם מעצמות המערב, במאמץ לבלום את שאיפות ההתפשטות של היטלר (בין השאר, במהלך משבר הסודטים ב-1938). מצד שני, הוראת הקומינטרן למפלגה הקומוניסטית בגרמניה, שלא לפעול בשיתוף פעולה עם המפלגה הסוציאל-דמוקרטית במאבק כנגד הנאצים, סייעה לכיבוש השלטון בגרמניה על ידי המפלגה הנאצית.
בחודש מאי 1939, החליף סטלין את שר החוץ שלו, מקסים ליטבינוב, אדם מתון בעל נטייה פרו מערבית מסוימת, בויאצ'סלב מולוטוב. מהלך זה בישר על תחילת השינוי במדיניות החוץ הסובייטית כלפי גרמניה הנאצית. אולם, עד אוגוסט 1939 המשיכה ברית המועצות לנהל משא ומתן עם משלחת אנגלית-צרפתית, במטרה לגבש ברית צבאית בין הצדדים, שתכוון נגד גרמניה הנאצית, למקרה שהאחרונה תתקוף את פולין. המשא ומתן לא הניב תוצאות, בשל סרובה של ממשלת פולין לאפשר לצבא הסובייטי לעבור דרך שטחה, כדי לתקוף את גרמניה ממזרח, וכן בשל חוסר האמון של הנהגת ברית המועצות ברצינות כוונותיהן של בריטניה וצרפת לתקוף את גרמניה במקרה שהאחרונה תתקוף את פולין.
ב-23 באוגוסט 1939, הגיע שר החוץ הגרמני יואכים ריבנטרופ לביקור במוסקבה, וחתם על "הסכם אי התקפה" (שנודע בשם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב) בין גרמניה הנאצית לברית המועצות, במסגרתו הסכימו שני הצדדים לחלק ביניהם את אירופה המזרחית לאזורי השפעה. ההסכם סימן תפנית חדה במדיניות ברית המועצות כלפי גרמניה הנאצית. סטלין כרת ברית עם היטלר, שהיה עד אז הגרוע באויביו. אדם שנשבע (במסגרת ספרו "מיין קאמפ") לכבוש את ברית המועצות, לשעבד את אוכלוסייתה, להשמיד את האלמנטים "הנחותים מבחינה גזעית" ולעקור את השיטה הקומוניסטית מן השורש. הסיבה העיקרית לתפנית במדיניות הסובייטית כלפי גרמניה, ולחתימת הסכם ריבנטרופ–מולוטוב, הייתה חששו של סטלין, שלאחר כיבוש פולין על ידי הנאצים, ברית המועצות תהפוך ליעד הבא של הצבא הנאצי, ותמצא את עצמה לבד במערכה כנגד גרמניה. הוא חשב, שמעצמות המערב חותרות לבודד את ברית המועצות, ולהסיט את שאיפות ההתפשטות של היטלר כלפיה. לכן הוא החליט להקדים תרופה למכה. סיבה נוספת לחתימת הברית עם הנאצים הייתה שאיפתו של סטלין לספח חלקים ממזרח אירופה לברית המועצות, בין השאר, במטרה ליצור "אזור חיץ" בינה לבין האימפריה הנאצית.
הסכם ריבנטרופ–מולוטוב כלל התחייבות הדדית, שאף צד לא יתקוף את משנהו, וישמור על נייטרליות במקרה של הצטרפות צד שלישי למלחמה. סעיף זה בהסכם הבטיח את עורפו של היטלר במהלך פלישת צבאו לפולין, ולאחר מכן במהלך פלישת הצבא הנאצי לנורווגיה, דנמרק, ארצות השפלה וצרפת ב-1940. ההסכם כלל גם נספח סודי, במסגרתו חילקו שני הצדדים את פולין ואת המדינות הבלטיות ביניהם. הוא מהווה עד היום דוגמה לציניות עילאית במערכת היחסים הבינלאומית.
ב-1 בספטמבר 1939, פרצה מלחמת העולם השנייה בפלישה הגרמנית לפולין. ב-17 בחודש הצטרף הצבא האדום למלחמה נגד פולין ופלש לשטח פולין המזרחית. שני הצדדים נפגשו בקו שהוסכם עליו מראש, תוך שהם מחלקים את פולין ודנים את אוכלוסייתה לשנים של סבל ושיעבוד.
בשנת 1943 גילו הנאצים ב"יער קאטין", ליד סמולנסק, קברים המוניים ובהם גופותיהם של יותר מ-22,000 קצינים פולנים, שנפלו בשבי הסובייטי במהלך הפלישה לפולין, ונרצחו בפקודת סטלין מאוחר יותר. מכונת התעמולה הנאצית מיהרה לעשות שימוש בסיפור הטבח במטרה לגרום לקרע בין ברית המועצות לבעלות בריתה המערביות, ללא הצלחה יתרה. סטלין הכחיש בתוקף את מעורבות ברית המועצות בטבח, וברית המועצות טענה שהקצינים הפולנים נורו על ידי הנאצים עצמם ב-1941. לאחר שהאזור נכבש מחדש על ידי הצבא האדום, הקימו הסובייטים ועדת חקירה, כדי לאשש את גרסתם לגבי טבח יער קאטין. לאחר פירוק ברית המועצות הודו הרוסים, בפעם הראשונה, באחריותם לטבח, ומדובר באחד מפשעי המלחמה הגדולים להם אחראי סטלין.
עם כיבושה של פולין התפנה סטלין לפעול לסיפוח שטחים נוספים לברית המועצות, הפעם בגבולה הצפוני. הוא דרש מממשלת פינלנד להסכים לסיפוח שטח קטן יחסית מצפון-מערב ללנינגרד לברית המועצות, בטענה שקרבת הגבול הפיני אל העיר, מהווה איום על העיר השנייה בחשיבותה בברית המועצות, וכן לפיקוח סובייטי על מפרץ פינלנד. לאחר שהפינים סירבו לדרישותיו, הוא פתח במלחמה נגדה בדצמבר 1939, והקים ממשלת בובות קומוניסטית פרו-סובייטית, שנועדה לתפוס את מקומה של ממשלת פינלנד. אולם במהלך מלחמת החורף נגד פינלנד נחשף גודל הנזק שנגרם לצבא האדום כתוצאה מהטיהורים שערך סטלין בצמרת הפיקוד שלו. ההתקדמות הסובייטית בפינלנד הייתה איטית ביותר, אל מול התנגדות עזה ויעילה של הצבא הפיני הקטן, והצבא האדום ספג שורת מפלות קשות בשלבים הראשונים של המלחמה. רק לאחר כשלושה חודשים של לחימה, במסגרתה ספג הצבא האדום מאות אלפי נפגעים, הצליחו כוחותיו לפרוץ את קו מנרהיים, וההנהגה הפינית נאלצה להסכים לחתום על הסכם הפסקת אש, במסגרתו קיבלה פינלנד את הדרישות הטריטוריאליות של ברית המועצות, אך שמרה על עצמאותה. על אף שסטלין השיג בסופו של דבר את יעדי המלחמה, "מלחמת החורף" חשפה את חולשתו של הצבא האדום לעין כל.