בראשית המאה ה-17 אירע אסון לעדה השומרונית: מנהיגה הדתי, שלפי המסורת היה הנצר האחרון מגזע בני פנחס בן אלעזר בן אהרון, הכהן הגדול, שלמה בן פנחס, מת. תחתיו כיהן צדקה בן טביה ומאז, במשך כ-400 שנה, הכהנים הגדולים הם ממשפחתו. צדקה בן טביה היה לפי המסורת השומרונית מבני שבט לוי מזרע עוזיאל בן קהת, דוֹד משה רבנו, ולכן למעשה הכהנים הגדולים אינם מזרע אהרון. אך לאחר כמה דורות החלו הכהנים הגדולים לטעון שגם הם מזרע אהרון רק לא מזרע אלעזר בן פנחס בן אהרן אלא מבני איתמר בן אהרון. גרסה זו היא הגרסה המקובלת היום על השומרונים וכך היא מסורתם.
באמצע המאה ה-18 הצליח שומרוני בעל השפעה משכם, אברהם בן יעקב הדנפי, לרכוש בראש הר גריזים חלקת אדמה לשם הקרבת זבח הפסח. כך חודשה המסורת של הקרבת זבח הפסח על ההר. אך לאחר מותו, משנת 1785 עד 1820, נאסר על השומרונים לעלות להר לשם הקרבת זבח הפסח.
רעידת האדמה בשכם בשנת 1837 גבתה עשרים נפש מהשומרונים מתוך קהילה של 200 נפש.
בסכנת כליה.
בשנים 1831–1840, אברהים פחה המצרי שלט על סוריה ועל ארץ ישראל. אברהים פחה התנכל לעדה השומרונית והחלה תקופה קשה בתולדותיהם. ד"ר א. לוי, מזכירו של משה מונטפיורי שביקר בשכם בחודש אב שנת תקצ"ח 1838, כותב על הפחה: "נחשבו לו השומרונים לעובדי אלילים, אשר לא אבה לתת להם ניר בארצו. ותהי להם עת צרה אשר כמוה לא נהייתה, כי ידעו כי נכון המוות מידו". לאחר גירוש המצרים מארץ ישראל, בשנת 1840, אליזבט רוג'רס, אשת הקונסול האנגלי, כותבת כי תושבי שכם רדפו אותם באכזריות מפני שלא רצו לקבל עליהם את דת האסלאם. חכמי הדת המוסלמים טענו שלשומרונים אין דת ואין זכות לחיות במשטר האסלאם, היות שהם אינם מאמינים באחד מהספרים שנכתבו ברוח הקודש: תורת משה, הברית החדשה, ספר תהילים, הנביאים או הקוראן. השומרונים טענו כי הם מאמינים בחמישה חומשי תורת משה, אולם המוסלמים, שלא ידעו עברית ולא הכירו את הכתב השומרוני, לא קיבלו את דבריהם.
השומרונים פנו בבקשה לעזרה אל הרב הראשי של יהודי ירושלים, רב חיים אברהם גאגין, המכונה מירקאדו גאגין, שהיה החכם באשי. בשנת 1841 הרב נתן לשומרונים תעודה בכתב המאשרת כי "העם השומרוני הוא ענף מבני ישראל המודה באמיתות התורה".
הסכנה לשומרונים בשכם לא הייתה מדומה שכן בדמשק, במאה ה-17, קרה אירוע דומה ורוב חברי העדה נרצחו.
ממשלות צרפת ואנגליה התערבו בדבר וביקשו מהשלטון העות'מאני להגן על השומרונים. השומרונים נותרו בחיים, אך כל רכושם ועושרם נשדד.
בשנת 1838 נמנו בשכם 150 נפש, בשנת 1876 – 135 ובשנת 1901 – 152. במפקד ממשלת המנדט נמנו בשנת 1922 163 נפש: 83 גברים ו-80 נשים.
על רדיפות נגד השומרונים תעיד עובדה נוספת, המורגשת עד היום בשומרון. משפחות מוסלמיות מרובות באזור מתייחסות לשומרונים: משפחת סמארה מטול כרם, הנחשבת לאחת המשפחות החשובות באזור, דאר שירי-עיש, משפחת סוחרי תבואה עשירה, משפחת בית צופאן המשכילה מכפר קדום ומשפחת הדנפים בירושלים, משומרי המסגדים על הר הבית. יצחק בן-צבי, לימים נשיא מדינת ישראל ואז חוקר תולדות השומרונים, מציין בספרו כי מספר הנפשות של כל אחת מהמשפחות הללו עולה על מספר בני העדה השומרונית כולה.
בתחילת המאה ה-20, התגוררה חמולת סמארה בחורבת סמארה שעל גדת נחל אלכסנדר ובניה עסקו בגידול אבטיחים שיוצאו באמצעות רפסודות וכלי שיט לעבר אגן הים התיכון ובמיוחד למצרים. בדמשק מתגוררות משפחות שמייחסות את מוצאן לשומרונים שאוסלמו במאה ה-17 ומכונות "מושם".
דמוגרפיה.
במאה ה-4 מנו השומרונים יותר ממיליון נפש. במאה ה-12 הצטמצם מספרם לכ-2,000. במאה ה-16 מנתה הקהילה כ-200 שומרונים, במאה ה-17 – 140, במאות ה-18 וה-19 – כ-150. ב-1919 דיווח של נשיונל ג'יאוגרפיק העריך את מספרם בפחות מ-150.
במהלך המאה ה-20 השתנתה המגמה, והקהילה החלה לגדול. ב-1948 היה מספר בני הקהילה 250 נפש, מהם 192 בשכם ו-58 בתל אביב (לימים עברו לחולון). ב-1969 היו 414 שומרונים וב-1997 – 595. במחקר שנערך ב-2003 ומיפה את כל השומרונים נספרו 654 שומרונים, מתוכם כ-30 נשים ממוצא יהודי שנישאו לשומרונים (כמעט כולן בחולון). הפורשים מהקהילה אינם נספרים במניין השומרונים.
ב-1 בינואר 2017 מנתה הקהילה 796 נפשות, מתוכם 415 במדינת ישראל, ו-381 בהר גריזים. בחלוקה לפי מגדר: 414 גברים ו-382 נשים, ולפי מעמד אישי: נשואים – 372; רווקים – 218; רווקות – 170; אלמנים – 7; אלמנות – 24; גרושים – 2; גרושות – 0.
מספרם הקטן של השומרונים, בצירוף סירוב היסטורי לקבל מומרים, מוביל למחלות גנטיות בקהילה. כדי להילחם בכך הוחלט כי לגברים שומרונים יותר להינשא גם ללא-שומרוניות, בתנאי שתקבלנה את מנהגי השומרונים. הנישואים הראשונים מסוג זה נערכו ב-1924 בין שומרוני בשם יפת צדקה שהיגר משכם ליפו לבין מרים חייקין, יהודייה שעלתה מרוסיה. תאורטית, גם גברים לא-שומרונים יכולים לקבל על עצמם את מנהגי השומרונים ולהינשא לנשים שומרוניות, אך בפועל אין תקדים לכך. הנישואים בתוך הקהילה מבוקרים על ידי גנטיקאים מבית החולים תל השומר. מקרי הנשירה מהקהילה נדירים.
לפי הערכת כהן יפת, מנכ"ל מוזיאון השומרונים - גריזים, עד 2007 הצטרפו לעדה השומרונית 60 נשים יהודיות, נשים מוסלמיות בודדות מטורקיה ובעשור האחרון גם מספר נשים מאוקראינה. לדבריו תהליך קבלת עיקרי הדת השומרונית וההשתלבות של הכלות הזרות עבר בהצלחה. הסיבה לכך היא שהדרישות הדתיות מהנשים בעדה השומרונית אינן רבות.
מוצאם השומרוני של תושבי שכם.
על פי מספר מחקרים, חלק גדול מאוכלוסיית העיר שכם הם צאצאיהם של שומרונים שהתאסלמו. לפי ההיסטוריון פיאד אלטיף, מספר רב של שומרונים התגייר עקב רדיפות תחת שליטים מוסלמים שונים, ומכיוון שהאופי המונותאיסטי של האסלאם הקל עליהם לקבל זאת. השומרונים עצמם מתארים את התקופה העות'מאנית כתקופה הגרועה ביותר בהיסטוריה המודרנית שלהם, שכן משפחות שומרוניות רבות נאלצו להתאסלם במהלכה. גם כיום, שמות משפחה מסוימים של פלסטינים מוסלמים תושבי העיר כדוגמת אל-עמד, אל-סמרי, מסלמני, יעיש ושקשיר לצד אחרים, מרמזים על עברם השומרוני.
צו שפרסם הח'ליפה הפאטמי אל-חאכם בשנת 1021, במסגרתו נצטוו כל היהודים והנוצרים בארץ ישראל להתאסלם או לעזוב, תרם להצטמצמות המהירה של קהילת השומרונים. כתוצאה מכך, הם פחתו מכמעט מיליון וחצי בשלהי התקופה הרומית ל-146 אנשים בסוף התקופה העות'מאנית.
בשנת 1940 יצחק בן צבי, לעתיד נשיא ישראל השני, כתב מאמר בו טען כי שני שלישים מתושבי שכם והכפרים הסמוכים לה הם ממוצא שומרוני. הוא הזכיר את שמן של מספר משפחות מוסלמיות כבעלות מוצא שומרוני, כולל משפחות אל-עמד, אל-סמרי, בווארדה וקאסם, שהגנו על השומרונים מפני רדיפות מוסלמיות בשנות ה-50 של המאה ה-19. עוד טען כי למשפחות אלו היו רישומים כתובים המעידים על מוצאן השומרוני, שנשמרו על ידי זקני המשפחה.
על-פי האקונומיסט, רוב השומרונים האתניים הם היום מוסלמים אדוקים.
הפריסה היישובית.
מידע היסטורי ושרידים ארכאולוגיים של אוכלוסייה שומרונית נמצאו בעיקר בחבל ארץ השומרון אך גם בשאר חבלי ארץ ישראל ובארצות השכנות, בעיקר בסוריה ובמצרים.
השומרונים במאה ה-21.
יותר ממחצית השומרונים מתגוררים בחולון והשאר בעיקר בשכונת קריית לוזה שבהר גריזים. כמו כן יש ארבע משפחות ביישובים אחרים בארץ: שתי משפחות בבנימינה וגבעת עדה, משפחה אחת באשדוד ומשפחה אחת במתן. עד לפני האינתיפאדה הראשונה היו שומרונים שהתגוררו בתוך שכם, בשכונה השומרונית העתיקה, אך עברו להר גריזים, בתחום שליטה צבאית ישראלית, סמוך ליישוב היהודי הר ברכה. השכונה השומרונית בחולון, נווה פנחס, הוקמה ב-1954 ביוזמת הנשיא יצחק בן-צבי. לכל בני הקהילה, מרחבי הארץ, יש בתי מגורים בקריית לוזה בשכם, אליהם הם עולים לרגל בשלושת הרגלים, המקובלים עליהם כמו שהם מקובלים ביהדות. רוב שומרוני חולון (ובעיקר הדור הצעיר) דוברים עברית כשפת אם ואילו השומרונים תושבי הר גריזים דוברים עברית בניב השומרוני במהלך היום. אך הם גם דוברים עברית רגילה וערבית.
לכל השומרונים יש אזרחות ישראלית. לתושבי קריית לוזה שנכללת בתחום המוניציפלי של שכם יש גם אזרחות פלסטינית, ובנוסף, יש להם אזרחות ירדנית. השומרונים מוכרים כעדה דתית נפרדת על ידי ישראל ועל ידי הרשות הפלסטינית. גם במועצה הלאומית הפלסטינית יש להם נציג. כקהילה קטנה הנמצאת בין שתי קבוצות יריבות, השומרונים נמנעים מלתמוך בגלוי באחד מהצדדים.
הכוהן הגדול השומרוני הוא הגבר המבוגר ביותר במשפחת הכהנים. ב-2004 מת הכוהן הגדול השומרוני שלום בן עמרם והוחלף באלעזר בן צדקה. ב-4 בפברואר 2010 נפטר אלעזר בן צדקה בגיל 83, והוא הוחלף על ידי אהרן בן אב-חסדה, בן גילו. באפריל 2013 מת אהרן בן אב-חסדה בגיל 87. הכוהן הגדול השומרוני (נכון ל-2014) הוא עובדיה כהן בן וואסף כהן. על פי המסורת השומרונית עובדיה כהן הוא הכוהן הגדול ה-134 מאז אהרן, אחי משה, וצאצא ישיר שלו. אחיו הצעיר יפת הוא כהן העדה של השומרונים בהר ברכה, הוא ממלא את תפקידו של הכהן הגדול בהיעדרו.
ארבעה בתי אב.
ניתוח אילן יוחסין, עץ משפחה, ב-13 הדורות האחרונים מראה כי לשומרונים ארבעה ענפים משפחתיים:
צדקה – מיוחס לשבט מנשה, יהושע-מרחיב והדנפי (ששוני ואלטיף) – מיוחסים לשבט אפרים והכהנים – מיוחסים לשבט לוי.
הקהילה השומרונית מנהלת מעקב מדויק אחר מספר בני העדה. נכון ל-26 באפריל 2012 מונה העדה 751 נפש (כ-0.01% מכלל תושבי מדינת ישראל): כמחציתם בשכם ומחציתם בחולון.
אין שומרונים מחוץ לארץ ישראל. קהילת השומרונים מחולקת לארבעה בתי אב: