תפקידו של באך כלל הן חינוך והן הלחנה. הוא הדריך את תלמידי בית-הספר בשירה, וכן לימד לטינית, אך לשם כך היה רשאי להעסיק תחתיו עוזר. כמלחין היה עליו לספק מוזיקה מדי שבוע לשתי הכנסיות הראשיות בלייפציג, של תומאס הקדוש ושל ניקולאס הקדוש. במטלה זו עמד בפרץ יצירתיות מרשים, שבא לביטוי בחמישה מחזורי קנטטות (שניים מהם אבדו כנראה) בתוך שנתיים במהלך שש שנותיו הראשונות בעיר. עבודות אלו מקיפות את כתבי הבשורה לכל יום ראשון ויום חג בשנה הלותרנית, ורבות מהן שאבו השראה ממזמורים כנסייתיים מסורתיים. במהלך החזרות והביצוע של יצירות אלו בכנסייה באך ניגן בצ'מבלו או בעוגב או עמד מול המקהלה. במקרה האחרון החליפו אותו במקלדת נגן העוגב של הכנסייה או אחד משני בניו הבכורים (מאשתו הראשונה).
המועצה העמידה לו שמונה נגנים קבועים בלבד, מה שהוביל לחיכוך מתמשך עם באך, שנאלץ לגייס כ-20 נגנים נוספים לביצוע אותם לחנים, המתוזמרים להרכב בינוני ומעלה. זמרי הסופרן והאלט הגיעו מבית הספר ואילו הטנורים והבאסים מבית-הספר או מהעיר. הרכבים אלה התפרנסו בנוסף גם מנגינה בחתונות ולוויות וכנראה למטרה זו, ולצורך אימון בבית-הספר, כתב באך מספר מוטטים (חלקם למקהלה כפולה). בעבודתו השוטפת בכנסייה ביצע באך מוטטים של האסכולה הוונציאנית ושל גרמנים כגון היינריך שיץ. אלה היוו מודלים למוטטים שלו. מאחר שבילה חלק ניכר משנות העשרים של המאה ה-18 בהלחנת קנטטות, צבר רפרטואר עצום של מוזיקה כנסייתית עבור הכנסיות הראשיות בעיר. עם זאת שאף להרחיב את דרכי ההבעה שלו וליצור מוזיקה שאינה דתית.
במרץ 1729 לקח באך על עצמו את ניהול ה-Collegium Musicum, הרכב חילוני שייסד ב-1701 מכרו הוותיק, המלחין הנודע גאורג פיליפ טלמן. היה זה מוסד פרטי נפוץ בערים גדולות של דוברי-גרמנית, שתפס בהדרגה מקום חשוב בתרבות המוזיקלית הציבורית. בדרך-כלל הקימו את ההרכבים הללו תלמידי אוניברסיטאות פעילים מוזיקלית והובילו אותם מוזיקאים מקצועיים בולטים בעיר. כריסטוף וולף תיאר את קבלת הניהול על ידי באך כמהלך פיקחי, אשר "ביסס את אחיזתו האיתנה של באך במוסדות המוזיקליים העיקריים בלייפציג". רוב ימות השנה ערך ההרכב קונצרט בן שעתיים מדי שבועיים. אולם גדול הועמד לרשותם ומספר כלי נגינה נרכשו לשימושם. סביר להניח, שרבות מיצירות באך מאז ועד מותו נכתבו עבור ה- Collegium Musicum ובוצעו על ידו, למשל חלקים מה-Clavier-Übung ומרבית הקונצ'רטי לכינור ולצ'מבלו. בסוף שנות השלושים הוחלף באך בניהול ההרכב על ידי תלמידו לשעבר, קרל גוטהלף גרלך.
ב-1733 הגיש באך לנסיך הבוחר של סקסוניה את התווים לכמה חלקים מהמיסה בסי מינור, כדי לשכנע את השליט למנותו למלחין חצר מלכותי. מאוחר יותר הרחיב את עבודתו למיסה קתולית שלמה, אשר מרבית המוזיקה שלה נשאלה בשלמות ממיטב פרקי הקנטטות שלו. יצירה זו, שלא בוצעה כנראה במהלך חייו, נחשבת לאחד משיאי המוזיקה הכוראלית שלו. באך מונה למלחין חצר ומבחינתו היה זה, ככל הנראה, שלב במאבק הממושך להגדיל את כוח המיקוח שלו מול מועצת העיר.
באך ניהל קשרים פעילים עם כמה חברי סגל של האוניברסיטה בלייפציג. ראויים לאזכור יחסיו הפוריים עם המשורר פיקנדר. הזוג באך קיבל בביתו חברים, בני משפחה, ומוזיקאים עמיתים מכל רחבי הממלכות הגרמניות. מוזיקאי-חצר מדרזדן ומברלין, בהם טלמן, ערכו אצלו ביקורים תדירים או החליפו עמו תכתובות. אבל דווקא עם גאורג פרידריך הנדל לא הזדמן לו להיפגש. הם נולדו באותה שנה ועיר מולדתו של הנדל הייתה קרובה ללייפציג. הנדל חי אומנם באנגליה באותה תקופה, אך ערך בכל זאת מספר טיולים לגרמניה, אולם באך לא הספיק לפגוש אותו, דבר שכנראה התחרט עליו עמוקות (יש המספרים, שבאך יצא ברגל לפגוש את הנדל מבלי ליידע אותו, אך הנדל עזב עד שהגיע באך).
סוף חייו.
בערוב ימיו הלחין באך שתיים מהיצירות המורכבות ביותר שלו מבחינה פוליפונית. ב-1747, בזמן ביקור בפוטסדאם בארמונו של פרידריך השני, מלך פרוסיה, ניגן המלך, שהיה מוזיקאי חובב, מנגינה קצרה, ואתגר את באך לאלתר עליה פוגה בשישה קולות. מאחר שהייתה זו מנגינה בעייתית לקונטרפונקט, הסתפק באך באותו זמן בפוגה בשלושה קולות. לאחר שחזר לביתו, נענה באך לאתגר המקורי והרחיב אותו קמעה. הוא שחזר מהזיכרון את מה שניגן מול המלך, הוסיף פוגות וקאנונים על בסיס "הנושא המלכותי", וכן, בעזרת שינוי מזערי, יצר ממנו פוגה בשישה קולות. הוא שלח את התווים למלך בכותרת המנחה המוזיקלית. היצירה השנייה, אמנות הפוגה, גם היא סדרה של פוגות מורכבות וקאנונים על בסיס נושא פשוט יותר. סביר שהיצירה נכתבה מספר שנים לפני מותו של באך, ודעה מקובלת היא שהוא לא השלים את הפוגה האחרונה בה (באופן שהיה ממצה באופן עילאי את יכולותיו), אך היא התפרסמה רק אחרי מותו. בשל השימוש היצירתי בפיתוחי נושא ובטכניקות קונטרפונקטיות מסובכות ביותר, רואים ביצירה זו לעיתים קרובות את פסגת ההלחנה הפוליפונית.
בריאותו של באך הידרדרה במהלך 1749. כבר באמצע השנה החלו אבות העיר לחפש יורשים לתפקיד הניהול המוזיקלי שלו. באך הלך והתעוור, עד שנאלץ לעבור ניתוח מידי רופא-העיניים הבריטי המהולל, ג'ון טיילור, שניתח גם את הנדל, כשזה ביקר בלייפציג ב-1750, אך ללא הועיל. ייתכן שהניתוח אף הזיק – עיתון מקומי תלה את סיבת מותו של באך בהשלכות הניתוח הכושל (אגב, גם הניתוח שביצע בהנדל כשל). באך נפטר ב-28 ביולי בן 65. היסטוריונים משערים, שהמוות נגרם משבץ, שהוחמר על ידי דלקת ריאות. היצירה האחרונה אותה השלים באך הייתה פרלוד על כוראל, לעוגב, שהוכתבה לחתנו, יוהאן אלטניקול, על ערש דווי, שהרי עיניו של באך חשכו לקראת מותו. תווי הקדנצה המסיימת מאייתים ראשי התיבות "JSB". כוראל זה מנוגן לעיתים לאחר הפוגה הארבע עשרה הבלתי-גמורה מ"אמנות הפוגה", בה מופיעים תווי מוטיב "BACH", כמו ביצירות שונות של המלחין.
מורשתו של באך.
בשנות חייו האחרונות וכן לאחר מותו, ירדה הפופולריות של באך כמלחין וכנגן. יצירתו החלה להיחשב כמיושנת בהשוואה לסגנון הקלאסי שהחל להופיע באירופה, אולם על אף הדעיכה בהערצה אליו, היה באך רחוק מלהישכח לגמרי, ולו רק בזכות ילדיו (ובעיקר קרל פיליפ עמנואל באך) שהיו מוזיקאים בפני עצמם ונשאו את שמה המוזיקלי של שושלתם. יצירותיו של באך לכלי מקלדת המשיכו להוות דוגמת מופת ליכולות הטכניות של הכלים השונים. ב-1774 התוודע שגריר ממלכת הבסבורג בברלין, גוטפריד ואן סוויטן, ליצירותיו של באך, שלא היו מוכרות לו לפני כן. עם שובו לווינה ב-1777 הביא עמו דפי תווים של באך (והנדל) והמריץ את מוצרט ומאוחר יותר את בטהובן להכיר ולנתח את עבודתו של באך. כך הפכו מוצרט ובטהובן למעריציו של באך וכתבו יצירות ברוחו.
תחייתה של הערצת הציבור הרחב לבאך התרחשה כאשר בשנת 1829 העלה המלחין היהודי-גרמני, פליקס מנדלסון-ברתולדי, בפעם הראשונה בביצוע קונצרטנטי, את אחת מיצירותיו הגדולות ביותר: המתאוס פסיון. המתאוס פסיון אומנם בוצעה מאז מותו של באך במסגרת הכנסייה, אך מנדלסון היה זה שערך את גרסת הביצוע הראשונה בהיסטוריה של המתאוס פסיון באולם קונצרטים, דבר שהיה הישג עצום כשלעצמו: הבאת מוזיקה ליטורגית, שמעולם לא בוצעה מחוץ לכנסייה, לאולם הקונצרטים ולקהל שאינו דתי (וראוי לציון שהדבר נעשה על ידי מלחין ומנצח יהודי). בעקבות הקונצרט החל גל מחודש של התעוררות וסקרנות בקרב אנשי אירופה שבעקבותיו הוקמה ב-1850 "חברת באך" (Bach Gesellschaft) אשר עסקה בפרסום יצירותיו של המלחין. ב-1854 טבע פטר קורנליוס את המושג שלושת ה-B כדי לציין את שלושת המלחינים הגדולים בהיסטוריה להשקפתו ששמותיהם מתחילים באות B: יוהאן סבסטיאן באך, לודוויג ואן בטהובן והקטור ברליוז.
הפופולריות שצבר באך בעקבות הקונצרט בברלין לא פסקה מאז לרגע, ובמהלכה של המאה ה-20 המשיכו חוקרי המוזיקה לגלות עוד ועוד רבדים ביצירותיו, חלקם בעלי ערך לימודי רב לעוסקים בלימודי המוזיקה. ההערצה לבאך תרמה באופן משמעותי גם לתנועה שהתהוותה במאה ה-20 וקראה לביצוע יצירות באופן אותנטי, עם כלים עתיקים ובעיבודים המקוריים כפי שנכתבו על ידי המלחין.
יצירותיו של באך לעיתים מצוטטות במוזיקה פופולרית. לדוגמה ללהקת ג'ת'רו טאל הקליטה עיבוד ליצירה בורה במי מינור. היצירה אריה על מיתר סול הייתה השראה לליווי האורגן בלהיט של פרוקול הארום "בהיר יותר מחוורון" והבסיס ללהיט הפופ "Everything's gonna be alright" משנת 1997. להקת הצ'רצ'ילים הישראלית עיבדה מספר יצירות של באך להרכב של להקת רוק וב-1969 הופיעה עם ההתזמורת הפילהרמונית הישראלית בניצוחו של זובין מהטה בהיכל התרבות (תל אביב). השיר "אל נא תלך" מאת הזמר ומלחין שלמה גרוניך מבוסס על הפרלוד מס' 1 בפסנתר המושווה מאת באך.
בג'אז, ההרכב הקולי, הסווינגל סינגרס הקליט עיבודים ג'אזיים ליצירות באך וב 1962 הוציא אלבום "ג'אז סבסטיאן באך" שהפך ללהיט בכל העולם. הפסנתרן הצרפתי ז'אק לוסייה התמחה בביצוע יצירות באך בסגנון ג'אז. רביעיית הג'אז המודרני הקדישה אלבום לבאך ובלוז.
בקולנוע נעשה שימוש נרחב בטוקטה ופוגה ברה מינור - לדוגמה כקטע הפתיחה בסרט המצויר "פנטסיה" של וולט דיסני משנת 1940, כפס הקול לכל סצנת הפתיחה של הסרט "רולרבול" משנת 1975 וכפתיח של סדרת הטלוויזיה "היה היה - האדם".
מדף הקרח באך באי אלכסנדר שבאנטארקטיקה נקרא על שמו של יוהאן סבסטיאן באך.
יצירות.