הנסיבות האלו הביאו את מפלגת הבעת לשלטון בשנת 1963. קצינים רדיקלים בראשות זיאד אל-חרירי ביצעו הפיכה צבאית ב-8 במרץ 1963. לאחר ההפיכה, נסע אל-חרירי מחוץ לגבולות סוריה ולא הורשה לחזור. בנוסף הקצינים ביצעו הפיכה שנכשלה ביולי 1963 – וגם הם הורחקו. הקצינים הבעת'ים שלטו מעתה לחלוטין ב"מועצה הלאומית של הפיקוד המהפכני" – הגוף בעל הסמכות הגבוהה ביותר. נציגי הבעת' אף תפסו את עמדות המפתח בממשלה.
העיקרון המרכזי של משטר הבעת' במדיניותו החברתית כלכלית בא לידי ביטוי בחוקה הזמנית של סוריה מ-1964, שבה הוכרז כי סוריה היא "מדינה דמוקרטית עממית סוציאליסטית". חוקה זו אימצה רשמית שיטה כלכלית סוציאליסטית כלומר: בעלות המדינה על אמצעי-היצור והשירותים הציבוריים, הגבלת הבעלות הפרטית, הבטחת תנאים סוציאליים לפועלים ועידוד הקואופרציה, אף על פי שהמדינה הלאימה מפעלים היא השאירה בתי עסק בינוניים וקטנים בבעלות פרטית כדי לא לפגוע טוטלית ביוזמה הפרטית.
הרפורמות החברתיות-כלכליות של משטר הבעת' בוצעו לא רק בערים אלא באופן מיוחד בכפרים ובקרב הפלאחים, שהם כ-70% מתושבי סוריה. בכפרים בוצעה רפורמה אגררית כך שהפקיעו אדמות וחילקו אותן לאיכרים.
לראשונה מאז עצמאותה, סוריה הייתה נתונה למשטר הבעת'. למשך שנים משטר זה הוכיח את יציבותו למרות מאבקים בצמרת. מאז הקמתו משטר זה פועל בשיטתיות להגברת תהליך הגיבוש של האוכלוסייה הסורית, זאת, תוך כדי ניצול ההישגים של המשטרים הקודמים בתחומים שונים.
מפלגת הבעת' בעיראק.
עם הקמת המפלגה בסוריה החלו הרעיונות הבעת'יסטים להגיע גם לעיראק. ב-1952 הכירה הנהגת המפלגה בדמשק בפיקוד האזורי העיראקי ולראשותו התמנה פואד אל-רִכאבי. עם זאת, המפלגה לא זכתה לתמיכה רבה בעיראק ומספר החברים ב-1955 לא עבר את ה-300.
תשעה חודשים של שלטון.
כחלק מתפיסת ההכלה של ברית המועצות במהלך המלחמה הקרה, סייע ה-CIA למפלגת הבעת' ולמתנגדים אחרים למשטר, בשל חשש ארצות הברית מקרבתו הגוברת של קאסִם לקומוניסטים. קציני צבא עם קשרים למפלגת הבעת' הפילו את שלטונו של קאסִם בהפיכה בפברואר 1963. מנהיגים בעת'יסטים מונו לקבינט, ועבד א-סלאם עארף הפך לנשיא. עארִף עצמו לא היה בעת'יסט, אך נתפש על ידי מנהיגי הבעת' כאדם חלש שיעשה כרצונם. זמן קצר לאחר הגעתם לשלטון, פרץ ויכוח אידאולוגי חריף בקרב חברי הבעת'. הפלג השמאלני של המפלגה טען כי יש להפוך את עיראק במהרה למדינה סוציאליסטית, ואילו הפלג השמרני גרס כי יש לקדם את המדינה לחזון הסוציאליסטי מבלי לנקוט צעדים חריפים העלולים למוטט את המשק; בנוסף, סברו חברי הפלג השמרני כי יש להמשיך לחזק את קשרי המפלגה עם קצינים בכירים שתמכו במהפכה ולא היו בעת'יסטים. הפלג של אחמד חסן אל-בכר נקט בגישה אמצעית, ולא תמך באף אחת מהגישות הקיצוניות. בכר ותומכיו ניסו להשלים בין הפלגים היריבים, אך לשווא. בדיון מיוחד של ההנהגה האזורית של מפלגת הבעת' ב-11 בנובמבר 1963, גורש הפלג השמאלני מהמפלגה.
בעקבות גירוש הפלג השמאלני, המשמר הלאומי שהיה כפוף לראש הפלג השמאלני עלי צלאח אל-סעדי ותומכים אחרים של הפלג יצאו לרחובות בגדאד, ולאחר שורת מעשי טבח ואונס נזעקה הנהגת הבעת' מסוריה לעיראק כדי להרגיע את הרוחות. לאחר שהניסיונות לסיים את הסכסוך בין הפלגים כשלו, החליטה הנהגת הבעת' כי המוצא היחיד מהמשבר הוא גירוש תומכי הפלג השמרני גם כן מהמפלגה. כדי למלא את החלל שנוצר במפלגה בעקבות הטיהורים, לקחו על עצמם מנהיגי המפלגה מדמשק את הנהגת שלוחת הבעת' בעיראק. הציבור העיראקי הפסיק לראות בבעת' מפלגה עיראקית אותנטית, והתמיכה במפלגה ירדה לשפל. עארִף ניצל את הירידה במעמד המפלגה בעיני הציבור כדי לגרש את הבעת'יסטים מהשלטון. כך, לאחר תשעה חודשים, בנובמבר 1963 הסתיימה תקופת השלטון הראשונה של המפלגה בעיראק.
הפיכת הבעת' השנייה.
באפריל 1966 נספה נשיא עיראק עבד א-סלאם עארף בתאונת מסוק, ואחיו עבד א-רחמן עארף מונה תחתיו. לאחר תבוסת מדינות ערב במלחמת ששת הימים יצאו העיראקים לרחובות במחאה, ומפלגת הבעת' ניצלה את מעורבותה המוגבלת של עיראק במלחמה כדי להכריז על המשטר כלא חוקי. בחודשים לאחר מכן ערכו חברי המפלגה כנסים והפגנות בהם הואשם המשטר בשחיתות ובאי-כשירות, ודרשו שיוחלף.
למפלגת הבעת' היה חסר כוח צבאי כדי להפיל את השלטון בהפיכה, ועל כן נאלצה לשלב כוחות עם קצינים בכירים מזרועות הביטחון העיראקיים. עם עלות שחר ה-17 ביולי 1968 הודיעו הקצינים לאערף כי הוא אינו נשיאה של עיראק מעתה. על פי הגרסה הרשמית, סדאם חוסיין ישב בטנק הראשון שפרץ לארמון הנשיאות, אולם אין מקורות עצמאיים המאמתים זאת.
קבוצת הקצינים שבראשה עמדו נאיף, שמונה לראש הממשלה, ודאוד, שנטל את כס שר הביטחון, לא בטחו בבעת'יסטים שבראשם עמד אל-בכר, שמונה לנשיא. הבעת'יסטים חששו כי כוחות הביטחון שהיו נאמנים לקצינים שבאו משורותיהם, יסייעו לקבוצת הקצינים לסלקם מהשלטון פעם נוספת. שני המחנות חלקו שווה בשווה את המושבים במועצת הפיקוד המהפכני, שהוקמה לאחר המהפכה, והייתה לגוף השלטוני החזק ביותר בעיראק; מושבי הקבינט נחצו גם הם בין המחנות.
לאור חששות אלו החליטו הבעת'יסטים לפעול: נאיף זומן לפגישה עם הנשיא אל-בכר שבסיומה התפרץ חוסיין לחדר יחד עם מספר קצינים. חוסיין, שעמד עם אקדח שלוף, הכריז בפני נאיף כי המפלגה החליטה שעליו לעזוב את עיראק. חוסיין החמוש ליווה את נאיף עד למטוסו שעזב למרוקו, בה הוא מונה לשגריר. עשר שנים לאחר מכן, ביולי 1978, נרצח נאיף ליד ביתו בלונדון. דאוד זומן לירדן, כביכול לצורך בדיקת היחידות העיראקיות שהיו מוצבות במדינה. היות שדאוד העביר את השליטה על כוחות הביטחון לרמטכ"ל, לא היה ביכולתו לעשות דבר כשהורו לו הבעת'יסטים להישאר בירדן ולעמוד בראש הנספחות הצבאית שם. תומכיהם של הקצינים גורשו ממשרותיהם הממשלתיות. סדאם חוסיין, לעומת זאת, קודם לסגן יו"ר מועצת הפיקוד המהפכני, תפקיד השני בחשיבותו רק ליו"ר המועצה (הנשיא), בהיותו רק בן 31.
מסע הטיהורים.
כדי להבין את הדיכוי הפוליטי והחיסולים הרבים בהתרחשו במהלך כהונת מפלגת הבעת', יש לזכור כי מפלגת הבעת' לא נהנתה מלכתחילה בתמיכה עממית (ויש האומרים כי היא מעולם לא זכתה בה). עם תום הפיכת ה-17 ביולי, על פי מקורות שונים השתייכו למפלגת הבעת' בין מאות ספורים ל-5,000 איש בלבד. הבעת' הייתה מפלגה סונית בעיקרה (אם כי שיעים מעטים נמנו בהנהגתה) בתקופה בה הסונים היוו כ-20 אחוזים מאוכלוסיית עיראק (כ-60 אחוזים היו שיעים והיתר היו כורדים [שאינם ערבים ודוגלים בעצמאות מעיראק], נוצרים, יהודים ומיעוטים אחרים). על כן, עם עליית הבעת' לשלטון פתח המשטר במסע מעצרים רחב היקף, "חינוך מחדש" של הציבור תוך שימוש באמצעי התקשורת ושינוי תוכנית הלימודים בבתי הספר. כל עובדי הממשל הבכירים גורשו מעבודתם אם לא נמנו עם מפלגת הבעת', ארגוני אופוזיציה דוכאו ביד קשה ורבים נאסרו באשמת חתירה נגד השלטון. מסע הטיהור נוהל ביד רמה על ידי חוסיין, שהיה אחראי על כוחות הביטחון וכבר החל להוודע בכינויים "האיש החזק בבגדאד" או "הקצב מבגדאד". גם הצבא לא ניצל ממסע הטיהורים; בדצמבר הודח הרמטכ"ל ונידון ל-12 שנות מאסר בשל השתתפות, כביכול, בקנוניה נגד המשטר. קצינים בכירים שלא הפגינו נאמנות מספקת למפלגה הודחו והוחלפו בבעת'יסטים. בסוף 1970 הקים סדאם מנגנון פיקוח אידאולוגי הדוק בצבא, שדיווח ישירות אליו. "בתי דין מהפכניים" מיוחדים הוקמו כדי לשפוט אשמים בריגול ובחתירה תחת המשטר מקרב הצבא והעובדים הממשלתיים. לעיתים המפלגה אף לא טרחה לשפוט את מתנגדיה ופשוט חטפה ורצחה אותם.
שיטה נוספת להחדרת פחד בקרב האזרחים העיראקים הייתה תליות פומביות. בין פברואר ואפריל 1969 נערכו מרבית התליות באזורי הדרום בהם חיו השיעים, ובייחוד בעיר בצרה הגובלת באיראן. ההוצאות הפומביות להורג נועדו לדכא כל ניסיון עתידי להפיכה מצד הרוב השיעי, ולהעביר מסר מרתיע לשאה האיראני שסוכניו הסיתו את השיעים נגד משטרם.
מסע הטיהורים הפנימי נמשך גם בשנת 1970. ב-20 בינואר נחשפה "קנוניה" בתוך הצבא העיראקי. באותו היום נשפטו עשרות קצינים בכירים, מתוכם 37 נדונו למוות לאחר שנמצאו אשמים בניסיון למוטט את המשטר ב"קנוניה ציונית-איראנית-סובייטית". מיליציית מפלגת הבעת' שבראשה עמד חוסיין החלה לפטרל ברחובות הערים ולעצור אנשים בבתיהם בשעות הלילה.
ב-16 בנובמבר 1969 צורפו כל חבריי ההנהגה האזורית וההנהגה הלאומית של מפלגת הבעת' למועצת הפיקוד המהפכני, גוף קבלת ההחלטות החשוב בעיראק. צעד זה הגדיל בשמונה את מספר האזרחים בגוף החשוב, על חשבון קבוצת הקצינים, וכך הופר האיזון שנשמר קודם לכך במועצה בין המחנות. לאחר שהחליש את קבוצת הקצינים, בין השאר בכך ששלל את משרותיהם של בכירים והגלה אחרים, החל סדאם להתמקד בקבוצה האזרחית במפלגה. מסע הטיהורים נועד לחזק את מעמדו הפנימי של סדאם במפלגה תוך סילוק כל מתנגד אפשרי. בבחירות למועצת הפיקוד האזורי (הנהגת מפלגת הבעת' בעיראק) ב-1973 רבים מהחברים החדשים היו מקורבים של סדאם חוסיין, והיו נאמנים לו יותר מלמפלגה.
נגד הקומוניסטים.