היצירה היא אמנם לא מז'אנר הגראנד-אופרה, אך היא סיפקה לסאליבן הזדמנות לכתוב מוזיקה שאפתנית יותר. הביקורת, שהיללה את יצירתו האחרונה של סאליבן, האורטוריה "אגדת הזהב", החשיבה את המוזיקה ל"אנשי המשמר" למשובחת אף יותר. בכלל זאת זכתה לשבחים גם האוברטורה, אשר הייתה במקרה זה בצורת סונאטה, יותר ממחרוזות השירים אשר תפקדו כאוברטורות במקרים הקודמים. העיתון "דיילי טלגרף" כתב:
האופרה הייתה להיט בזמנו, ורצה מעל לשנה, גם בניו יורק ובהפקות פיראטיות. במהלך ההצגה מ-12 במרץ 1889, כתב סאליבן לגילברט: "איבדתי את חיבתי לכתיבת אופרה קומית, ויש לי ספקות רציניים באשר ליכולתי להמשיך בכך... אתה טוען, שבאופרה "רצינית" אתה מוכרח, פחות או יותר, להקריב מעצמך. אני אומר, שזה בדיוק מה שעשיתי אני בכל יצירתנו המשותפת, ומה שאצטרך להמשיך ולעשות בכל אופרה קומית מוצלחת."
סאליבן התעקש, שהאופרה הבאה שייכתוב תהיה גראנד-אופרה. גילברט סבר, שלא יוכל לכתוב ליברית לגראנד-אופרה, אך הוא הציע פשרה, סאליבן הסכים לה, בסופו של דבר. השניים ימשיכו לכתוב אופרות קומיות בעבור הסבוי, ובאותו זמן יכתוב סאליבן גם גראנד-אופרה לבית תיאטרון חדש אשר ד'וילי קארט בנה על מנת להציג בו אופרות בריטיות. לאחר מבוי סתום קצרצר אליו הגיעו השניים, הוחלט על כתיבת אופרת-סבוי חדשה אשר תתרחש בוונציה ותעסוק בחיי הוונציאנים, כפי שסאליבן תיאר זאת "נראה לי, שטמונה כאן הזדמנות גדולה לכתיבת מוזיקה צבעונית וסוחפת".
שייטי הגונדולות.
עלילת "שייטי הגונדולות" (The Gondoliers 1889) מתרחשת בחלקה בוונציה ובחלקה בממלכה בדיונית, הנשלטת בידי שני שייטי גונדולות אשר מנסים לעצבה ברוח של "שוויון רפובליקני". גם באופרה זו משחזר גילברט כמה מן המוטיבים שבהם עשה שימוש בעבר, ביניהם סאטירה על האבחנה בין המעמדות בחברה, אשר מככבת ברבות מן הליבריות שכתב. הלברית משקפת גם את יחסו של גילברט כלפי חוק חברות הבורסה, אשר ריתק אותו. הנושא הזה מופיע בהרחבה רבה אף יותר באופרה הבאה שכתבו גילברט וסאליבן "אוטופיה בערבון מוגבל". ביקורות העיתונות כלפי האופרה היו כמעט כולן אוהדות.
שותפו של סאליבן לאופרה Cox and Box, ס. כ. בורננד, כתב לו: "מגניפיקו! אני מקנא בך ובגילברט על יכולתכם להעמיד יצירה כה שלמה בסגנונה". האופרה זכתה להצגות רבות מאוד – ההרצה השלישית באורכה אחרי האופרות "המיקאדו" ו"אוניית הצי פינאפור". בשנת 1891 הוזמנה האופרה לביצוע לפני המלכה ויקטוריה והמשפחה המלכותית בטירת וינדזור. זו האופרה הראשונה של הצמד אשר זכתה לכבוד זה. "שייטי הגונדולות" היא גם ההצלחה האחרונה של גילברט וסאליבן בתור צמד יוצרים.
מריבת המרבד.
בעבודתם המשותפת של גילברט וסאליבן נתגלעו לא פעם מתחים, אשר נבעו בחלקם מהעובדה, שכל אחד מהם ראה את עבודתו שלו כמשועבדת לזו של חברו, ובחלקם מן השוני באופיים של שני האמנים; גילברט נטה לעימותים והיה ידוע לשמצה ברגישותו (אך היה גם אדם אדיב מאוד), בעוד סאליבן נמנע מקונפליקטים. בנוסף, גילברט השתית את הלבריות שלו על מצבים אבסורדיים, לעיתים עד חוסר סבירות, בעוד סאליבן שאף לריאליזם ולתוכן רגשי. גם הסאטירה הפוליטית והלעגנית של גילברט נמצאה בעייתית בעיניו של סאליבן, משום שהאחרון רצה בידידותם ובחסותם של בעלי ההון וההשפעה.
גילברט וסאליבן התווכחו פעמים אחדות על בחירת נושא האופרה הבאה שלהם. אחרי הצלחתן הצנועה מדי של האופרות "הנסיכה איידה" ו"רודיגור" בתוך רצף ההצלחות שבין "אוניית הצי פינאפור" ל"שייטי הגונדולות", ביקש סאליבן לפרק את השותפות, באומרו שהוא מוצא את עלילותיו של גילברט חוזרות על עצמן ושאין הן מביאות לו סיפוק אומנותי. בזמן שגילברט וסאליבן ליבנו את חילוקי הדעות האומנותיים ביניהם, דאג ד'וילי קארט לשמור על פעילות תיאטרון סבוי באמצעות הפקות מחודשות של אופרות ישנות של הצמד. בכל אחד מהמקרים, סיפק גילברט אחרי כמה חודשים ליברית אשר סיפק את דרישותיו של סאליבן, והשותפות יכלה להמשיך בדרכה בהצלחה.
במהלך ההרצה של האופרה "שייטי הגונדולות", התרה גילברט ב'אוילי קארט בעניין הוצאות ההפקה. קארט רכש שטיח חדש בעבור הלובי של תיאטרון סבוי על חשבון השותפות כולה, מה שגילברט ראה כשערורייה, כי האמין שעל קארט לבדו לצאת בהוצאות התחזוקה.
סאליבן עצמו צידד בקארט, שבנה באותה עת בית אופרה חדש בלונדון. לחנוכת בית האופרה החדש נועדה גרנד אופרה של סאליבן בשם "אייבנהו". שמעה של התקרית הגיע אף לאוזני הציבור, ובאותו זמן עבדו גילברט וסאליבן בנפרד; גילברט על The Mountebanks עם המלחין אלפרד סליר, ועל "חיפזון לחתונה" עם ג'ורג' גרוסמית'. סאליבן עבד על "אולם האדון" עם הליברתן סינדי גראנדי. לאחר הרבה ניסיונות פיוס כושלים בין צמד היוצרים והמפיק, נכנס לתמונה המו"ל של גילברט וסאליבן, טום צ'אפל, ובתוך שבועות הצליח לגשר ביניהם לבין ד'וילי קארט.
האופרות האחרונות והמורשת של גילברט וסאליבן.
האופרה הלפני האחרונה שכתבו גילברט וסאליבן יחד, "אוטופיה בערבון מוגבל" (Utopia Limited 1893) זכתה להצלחה צנועה, בעוד שהבאה אחריה, "הדוכס הגדול" (The Great Duke 1896) הייתה כישלון מוחלט (עם פחות ממאה הצגות). אף לא אחת מהן נכנסה ל"רפרטואר הקאנוני" של אופרות גילברט וסאליבן המבוצעות בתדירות גבוהה, עד שחברת האופרה ד'וילי קארט עמלה על הכנת הקלטה מלאה של שתי האופרות במהלך שנות ה-70. בתוך כך, הוצעה לסאליבן הלברית של גילברט "הוד מעלתו", אשר נדחתה, משום שגילברט התעקש שבת חסותו, ננסי מקינטוש, אשר כיכבה ב"אוטופיה", תשתתף בהפקה זו, ולכך סירב סאליבן. בסופו של דבר הולחנה האופרה הזו על ידי פרנק אוסמונד קאר.
אחרי כישלון "הדוכס הגדול", לא ראו גילברט וסאליבן לנכון להמשיך את השותפות האמנותית ביניהם. סאליבן, אשר בריאותו התדרדרה זה מכבר, נפטר ארבע שנים לאחר מכן (1900). עד מותו הספיק עוד לכתוב שתי אופרות קומיות בעבור הסבוי עם באזיל הוד, "הוורד מפרס" (1899) ו"אי הברקת" (1901) אשר הושלמה אחרי מותו על ידי אדוורד ג'רמן. מעט אחרי מותו של סאליבן, כתב גילברט כי הפילוג ביניהם "בא על פתרונו לחלוטין" וכי "שררו בינינו יחסים לבביים". הוא צוטט באומרו כי סאליבן "היה מלחין בעל גאוניות נדירה. עם כל גאוניותו גם גילה צניעות וענווה שראוי היה למלחין טירון לגלות, אלא ששם נדיר למצוא אותן. אני זוכר את כל אשר עשה בשבילי, בתתו לגאונות שלו להרעיף מזוהרה על שמי הצנוע". גילברט עצמו יצא למעין גמלאות, המשיך לביים הפקות מחודשות של אופרות בתיאטרון סבוי, וכתב מחזות מזמן לזמן. הוא כתב רק עוד אופרה קומית אחת, "פיות אבודות", יחד עם אדוורד ג'רמן (1909) אשר לא הצליחה. ריצ'רד ד'וילי קארט נפטר בשנת 1901, ואת תפעולה של חברת האופרה המשיכה אלמנתו הלן, לאחריה בנו, רופרט, ואחריו נכדתו, ברידג'ט. חברת האופרה יצאה לסיורי הופעות, נוסף לתוכנית ההפקות הלונדונית שלה, והציגה רק את האופרות של גילברט וסאליבן עד לסגירתה בשנת 1982. במהלך המאה ה-20 הציגה החברה מעל 35,000 פעמים.
המנצח סר הנרי ווד תיאר בשנת 1922 את הצלחתם המתמשכת של גילברט וסאליבן באופן הבא:
לאור הצלחתן היוצאת מן הכלל של האופרות, הרשתה לעצמה החברה מראשיתה, להפיץ רישיונות ביצוע לחברות אופרה מקצועיות אחרות, וגם לאגודות של חובבי האופרות. במשך למעלה ממאה שנה, עד לפקיעת זכויות היוצרים על היצירות בסוף שנת 1961 ואף אחר כך, המשיכה חברת האופרה ד'וילי קארט להיות דומיננטית, והשפעתה ניכרה בהפקות של חברות אופרה אחרות ברחבי העולם, בקביעת "מסורת ביצוע" לאופרות רבות, אשר לפיה עובדים גם במאים בימינו.
הקלטות של קטעים נבחרים מתוך האופרות של גילברט וסאליבן החלו לצאת לאור ב-1906. ב-1917, חברת גרמופון הבריטית (בעלת המותג "His Master's Voice") הפיקה אלבום ראשון המכיל את כל האופרה "המיקאדו", אשר בעקבותיה הוקלטו שמונה אופרות נוספות. הקלטות של המחזור כמעט בשלמותו נעשו בסוף שנות ה-20, בפיקוחו של רופרט ד'וילי קארט. חברת האופרה ד'וילי קארט המשיכה להפיק הקלטות מובחרות של האופרות עד שנת 1979, אשר תרמו לפופולריות של האופרות לאורך השנים. רבות מן ההקלטות הללו יצאו מאוחר יותר גם על גבי דיסקים. לאחר תפוגת זכויות היוצרים על האופרות, יכלו חברות אופרה נוספות להרשות לעצמן להעלות הפקות של היצירות ולהקליטן באופן חופשי. חברות חדשות קמו במיוחד על מנת להפיק ביצועים של האופרות, ביניהן "גילברט וסאליבן לכולם" בבריטניה וחברת האופרה הקלה של מנהטן, באמריקה. חברות קיימות, כגון האופרה האנגלית הלאומית ובית האופרה של אוסטרליה הוסיפו את האופרות של גילברט וסאליבן לרפרטואר הקבוע שלהן. חברות אלו גם הקליטו והוציאו לאור את ביצועיהן לאופרות. בין השנים 1988 ל-2003, חברת ד'וילי קארט המחודשת העלתה הפקות מחודשות של האופרות בווסט אנד, ערכה סיורים ברחבי העולם, ואף הקליטה שבע מן האופרות.
גם כיום ממשיכות חברות הפקה מקצועיות, בתי אופרה ותיאטרון קטנים, אגודות חובבים, כנסיות, בתי ספר ואוניברסיטאות, בעיקר בארצות דוברות אנגלית, להפיק אופרות מאת גילברט וסאליבן. האופרות הפופולריות ביותר מבוצעות מפעם לפעם בבתי האופרה הגדולים, ואלבומים של האופרות (בשלמותן או בחלקים נבחרים) מוקלטים ויוצאים לאור. מאז שנת 1993 מתקיים פסטיבל גילברט וסאליבן הבינלאומי בבוקסטון שבאנגליה. בפסטיבל זה עולים כ-20 ביצועים לאופרות בבית האופרה, ומספר אירועים קשורים אשר מתקיימים באתרים נוספים.
השפעתם על התרבות.