על פי הדו"ח הרשמי שהגיש הרפר, הוא עצר את המכונית בה נהג אקולי והורה לו לעבור למושב האחורי כדי שהשוטר פורסטר – שהגיע בינתיים למקום – יוכל לבדוק את רישיונו ומסמכיו. על פי הדו"ח, אקולי נענה להוראותיו, ואז, כשהרפר נשען לתוך המכונית כדי לראות את מסמכי רישום הרכב, פורסטר צעק ונופף בתרמיל כדורים בזמן ששאקור שלפה מתוך תיקה האדום אקדח, וירתה בו. בדו"ח מצהיר הרפר שהוא אז רץ לאחורי המכונית וירה בשאקור, שיצאה מן הרכב והחלה לירות ממצב כריעה.
חבר המושבעים.
408 מושבעים פוטנציאלים עברו וואר דיר (חקירה לשם קבלה או פסילה), בתהליך שהסתיים ב-14 בפברואר. כל המושבעים (10 נשים ו-5 גברים) היו לבנים, ורובם מתחת לגיל 30. חמישה מושבעים היו בעלי קשר אישי לאנשי המשטרה (חברה אחת, שני אחיינים ושני חברים). מושבעת נוספת נפסלה לפני שהמשפט התחיל כשהתגלה קשר משפטי בינה לבין ג'וזף דמרינו, השריף של המחוז. ההגנה ביקשה שהשריף יושעה מתפקידו למשך המשפט בשל אי-גילוי הקשר, והשופט אפלבי דחה את העתירות החוזרות ונשנות.
אחד המושבעים הפוטנציאלים נפסל כי קרא בזמן ההמתנה לתשאול את הספר "Target Blue", מאת רוברט דיילי, סגן מפקד משטרת ניו יורק לשעבר, אשר עסק בין היתר בשאקור. הוא מצא את הספר בחדר המושבעים. לפני שהרשה לחבר המושבעים להיכנס לאולם המשפט, הורה אפלבי לצוות ההגנה להסיר משולחנם את הספר "שורשים" אשר עובד לסדרת טלוויזיה זמן קצר לפני המשפט, באמונה שהוא יגרור תחושות "אשמה לבנה" מצד המושבעים.
ההגנה גם ביקשה משפט חדש מכיוון שאחד המושבעים, ג'ון מקגוברן, הפר את צו הבידוד של המושבעים. אפלבי דחה את הבקשה. מקגוברט מאוחר יותר תבע את עורך הדין קונצלר על דיבה; התביעה הסתיימה בהתנצלות מצד קונצלר. קונצלר כתב באוטוביוגרפיה שלו שמאוחר יותר, הוא שמע מסוכן אכיפת חוק שחבר בית הנבחרים של ניו ג'רזי הגיע למלון בו שהה חבר המושבעים המבודד לכאורה, ונאם בפניהם ועודד אותם להרשיע את שאקור.
ראיות רפואיות.
אלמנט מרכזי בהגנתה של שאקור היה העדות הרפואית לפיה היא נורתה כאשר ידיה היו מורמות באוויר, ושהפציעה שלה מנעה ממנה את היכולת לירות בנשק. נוירולוג העיד כי העצב המרכזי בזרועה הימנית ניגדם מהכדור השני, ושאי אפשר ללחוץ על הדק עם פציעה כזו. הנוירוכירורג ד"ר ארתור טרנר דייווידסון, פרופסור בבית הספר לרפואה על שם אלברט איינשטיין, העיד כי הפציעות בזרועה העליונה, בבית השחי, ובחזה של שאקור, וכן העצב הגדוע, אשר גרמו לשיתוק מלא ומיידי של זרועה, יכלו לקרות רק אם ידיה היו מורמות, ושלהיפצע באופן הזה ממצב כריעה ובעת ירייה בנשק, כפי שהרפר העיד שקרה, "הוא בלתי אפשרי מבחינה אנטומית".
דייווידסון העיד על סמך בדיקה שערך על שאקור ב-4 באוגוסט 1976, ועל צילומי רנטגן שצולמו מיד לאחר הירי. התובע בארון פקפק בכישוריו של דייווידסון להגיע למסקנות אלו חודשים לאחר הפציעה, והציע תאוריה חלופית, אותה הדגים באולם המשפט בעזרת חברה מלשכת השריף, לפיה שאקור נורתה בזרוע ימין ובעצם הבריח, ו"הדף הכדור סובב אותה כך שהכדור השני נכנס לחלק הבשרני של זרוע שמאל"; לכך דייווידסון השיב, "בלתי אפשרי".
הפתולוג ד"ר דייוויד ספיין העיד שהצלקות של שאקור בנוסף לצילומי הרנטגן מאמתים את גרסתה שידיה היו מורמות, ו"אין כל אפשרות" שהכדור הראשון יכול היה לפגוע בעצם הבריח אם ידיה לא היו מורמות.
השופט אפלבי בשלב זה אסר על ההגנה להוציא כספים נוספים על עדות מומחים. שאקור, באוטוביוגרפיה שלה, וויליאמס, בספרו "Inadmissible Evidence", שניהם כתבו שההגנה התקשתה למצוא עדים מומחים הן בגלל העלות, אך גם כי רוב המומחים סירבו בשל ניגוד עניינים, מכיוון שרובם מדי פעם העידו כמומחים מטעם התביעה וסוכנויות אכיפת החוק.
ראיות אחרות.
בבדיקה שנערכה מיד אחרי הירי, לא נמצאו שרידי אבק שרפה על ידיה של שאקור, ועל פי ניתוח פתלוגי שנערך במעבדת הפשע בטרנטון, ניו ג'רזי, ובמעבדת הפשע של ה-FBI בוושינגטון די. סי., לא נמצאו טביעות אצבע של שאקור על אף אחד מכלי הנשק שהיו נוכחים בתקרית. על פי הקלטות של המשטרה ודו"חות שנרשמו בשעות שאחרי הירי, הרפר לא דיווח באותו זמן על נוכחותו של פורסטר בזירת הירי, ואף אחד במפקדת המשטרה לא ידע על מעורבותו עד שגופתו התגלתה ליד הניידת שלו, יותר משעה לאחר סיום התקרית.
הרשעה וגזר דין.
ב-24 במרץ, בלילה השני לדיוניהם, שמעו המושבעים הקראה מחודשת של עדותו של הכימאי מטעם המשטרה לגבי הדם שנמצא בזירת הירי. הם גם ביקשו הבהרות לגבי הוראותיו של אפלבי לגבי ההאשמות בתקיפה, דבר שהעלה ספקולציות שחבר המושבעים מתכוון לזכות את שאקור מן ההאשמות האחרות, לרבות ההאשמות ברצח. אפלבי הבהיר שעל המושבעים לדון בכל האשמה לגופה (האשמות התקיפה כללו תקיפה חמורה, תקיפת שוטר, תקיפה בנשק קטלני, ותקיפה בכוונת רצח), כאשר כל האשמה נפרדת דינה עד 33 שנות מאסר. ההאשמות הנוספות בהן הואשמה שאקור היו רצח מדרגה ראשונה (של פורסטר), רצח מדרגה שנייה (של זייד שאקור), אחזקת נשק שלא כדין, ושוד מזוין (בנוגע לנשקו של פורסטר). המושבעים גם בקשו מאפלבי הבהרות לגבי המונחים "כוונה פלילית" וכן "ספק סביר".
שאקור הורשעה בכל האישומים נגדה. התביעה לא נדרשה להוכיח ששאקור ירתה את היריות הקטלניות שהרגו את פורסטר וזייד שאקור, קביעה משפטית שהיא סייעה בפשע שהיא למותם נשא עונש מאסר עולם לפי חוק ניו ג'רזי. כששמעה את פסק הדין, אמרה שאקור בקול כמעט בלתי נשמע שהיא "מתביישת שבכלל נטלתי חלק במשפט הזה" ושחבר המושבעים הוא "גזען" ושהם הרשיעו "אישה שידיה מורמות". אפלבי הורה על הסרת האסירה, ושאקור ענתה, "האסירה תצא מכאן על שתי רגליה". היה זה אחרי שיו"ר חבר המושבעים ג'וזף לואיס הקריא את פסק הדין, שקונצלר ביקש להוציא את המושבעים מן האולם, והעלה את האשמתו כי המושבע מקגוברן הפר את בידוד המושבעים.
במסיבת העיתונאים שנערכה עם חתימת המשפט, האשים קונצלר את התוצאה בגזענות, והצהיר כי "הגורם הלבן הגיע כדי להשמיד אותה". כשנשאל על ידי כתב שאם כך, למה לקח למושבעים 24 שעות להחזיר פסק דין, קונצלר ענה שהייתה זו העמדת פנים. כעבור מספר דקות מסר התובע בארון הצהרה לפיו אין הוא מסכים עם קונצלר, ושהתוצאה נקבעה "רק על פי העובדות".
בדיון גזר הדין ב-25 באפריל הטיל אפלבי על שאקור עונש של 26 עד 33 שנות מאסר בכלא (10–12 בגין האשמות התקיפה, 12-15 בגין האשמת השוד, 2-3 בגין שוד מזוין, ועוד 2–3 על סיוע למעשה רצח) אשר יתקיימו בד בבד עם מאסר העולם שהטיל עליה בעוון רצח. את ההרשעה ברצח מדרגה שנייה של זייד שאקור ביטל אפלבי מכיוון שהחלטה מאותה תקופה של בין המשפט העליון של ניו ג'רזי שינה את הגדרות הפשע הזה. בנוסף, הטיל אפלבי על שאקור 30 יום בבית העבודה של מחוז מידלסקס בגין ביזיון בית המשפט, כי סירבה לקום כשהוא נכנס לאולם בית המשפט, אשר יבוצעו בד בבד עם העונשים האחרים. כדי להיות מועמדת לשחרור מוקדם, היה על שאקור לשרת מינימום של 25 שנים בכלא (כאשר ארבע השנים שכבר ריצתה בהמתנה למשפט יקוזזו מהם).
ביטול ההאשמות ברצח נלסון.
באוקטובר 1977, ביטל שופט בית המשפט לערעורים של ניו יורק, ג'ון סטארקי, את האשמות הרצח והשוד נגד שאקור הקשורים למותו של ריצ'רד נלסון במהלך שוד במועדון חברים בברוקלין ב-28 בדצמבר 1972, בקביעה שמדינת ניו יורק התמהמהה מידי בהבאתה למשפט, וכי לנאשמים יש זכות למשפט מהיר. הוא אמר כי "יש לאנשים זכויות חוקתיות, ואי אפשר פשוט להעביר אותם ממקום למקום". המשפט נדחה בשל הסכם בין המושלים של ניו יורק וניו ג'רזי לגבי סדר העדיפויות בין כל ההאשמות השונות שהובאו נגד שאקור. היו שלושה נאשמים נוספים במקרה זה, אף הם לא הובאו למשפט מסיבות שונות: מלווין קירני מת ב-1976 כשנפל מקומה שמינית בעת ניסיון הימלטות מבית מעצר בברוקלין; טווימון מאיירס נהרג על ידי המשטרה כשהיה על תקן נמלט מן החוק; וההאשמות נגד אנדרו ג'קסון בוטלו כאשר שני עדי התביעה לא הצליחו לזהות אותו במסדר זיהוי.
ביטול ההאשמות בניסיון לשוד.
ב-22 בנובמבר 1977 כפרה שאקור בהאשמה בניסיון לשוד מזוין בתקרית משנת 1971 בבית מלון סטאטלר הילטון שבמנהטן. שאקור הואשמה שניסתה לשדוד אורח במלון בסכום $250 ופריטים אישיים נוספים. ההאשמות בוטלו ללא משפט.
כליאה.
לאחר תקרית הירי בניו ג'רזי, הוחזקה שאקור לזמן קצר במוסד לעבריינים צעירים של ניו ג'רזי, ואחר כך הועברה לכלא הנשים ברייקרז איילנד שבניו יורק, שם היא הוחזקה בבידוד במשך 21 חודשים. היא נכנסה להריון עת ישבה במאסר, בעת משפטה בסוף 1973 על השוד בברונקס. בתה היחידה, קאקויה שאקור, נולדה ב-11 בספטמבר 1974, במחלקה הפסיכיאטרית של בית החולים אלמהרסט שבקווינס, שם שהתה שאקור למשך מספר ימים עת המתינה להחזרתה לרייקרז איילנד. באוטוביוגרפיה שלה היא כתבה שהיא הוכתה ונקשרה על ידי מספר שומרות כשסירבה לבדיקה על ידי רופא בית הכלא מיד לאחר שילדה.
לאחר שהיה איום בפצצה נגד השופט אפלבי ב-1977, השריף ג'וזף דמרינו שיקר לבית המשפט לגבי העברתה של שאקור לבית הכלא קלינטון, בטענה שזה היה מסיבות ביטחוניות. היא הועברה מקלינטון לאגף מיוחד במוסד לעבריינים צעירים תחת שמירתן של שומרות שירות בתי הסוהר, שם הייתה האסירה-האישה היחידה, גם בטענת "סיבות ביטחוניות". כשקונצלר רק הצטרף לצוות הגנתה של שאקור, עוד לפני שפגש אותה, הוא תיאר את תאה במרתף הבניין כ"סביר", מה שכמעט גרם להדחתו מן ההגנה. ב-6 במאי 1977 דחה השופט קלרקסון פישר מבית המשפט הפדרלי המחוזי, את עתירתה של שאקור לעבור מכלא הגברים לאגף נשים בכלא אחר. הדחייה אושרה בערעור.