ב-1959 פורקה המעברה, ובמקומה הוקם יישוב קבע שהוכרז כמועצה מקומית. כראש המועצה המשיך לשמש מענית. בשנת 1962, כאשר ביישוב התגוררו כ-1700 תושבים, שונה שם היישוב ל"ירוחם". כעבור שנתיים הוקמה ביישוב מעברה נוספת, ונוספו כמעט 3000 תושבים.
במהלך שנות ה-60 סבל היישוב מכמה שינויים - אף על פי שנפתח בו מפעל ראשון, בשנת 1965 נפתח כביש הערבה שהסיט ממנה את התנועה לאילת. בסוף העשור נפתח הכביש בין באר שבע ומצפה רמון, וירוחם נותקה מכל ציר תחבורה ראשי. בגלל גורמים אלו, בנוסף לריחוקה של ירוחם ממרכז הארץ (כ-150 קילומטר), עזבו צעירים רבים את שטחה והיא סבלה שנים רבות מהגירה שלילית.
שנות ה-70 וה-80.
בשנות ה-70 הביאה התנועה להפצת התורה למקום משפחות חרדיות שחיפשו מקום מגורים זול, והקימו קהילה קטנה ומוסדות חינוך, כשבמרכזה עמדה ישיבה גבוהה בראשה עמד משנת תשמ"ו 1985 הרב רפאל טיקוצ'ינסקי, ששיטת הלימוד המיוחדת בה דגל הביאה למקום תלמידים רבים.
בשנת 1978, הגיע פרופ' מנחם אלכסנברג עם גרעין משמיע שלום, שאיגד בתוכו משפחות דתיות-ציוניות שעלו מרחבי העולם.
הגרעין הקים במקום מכללה לאמנות ויהדות. המכללה פעלה בתור שלוחה של אוניברסיטת בר-אילן, אך נסגרה לבסוף. קבוצות אלו הביאו לגיוון רב בעיר גם מבחינה דתית.
בפברואר 1977, נחנך אצטדיון הכדורגל המקומי, במשחק במסגרת גביע המדינה בכדורגל בין הפועל ירוחם להפועל ירושלים.
בשנת 1979 מונתה בפעם הראשונה ועדה קרואה ביישוב. בראשות הוועדה עמד ירח גלטר, איש חינוך מקומי שהיה מנהל המתנ"ס. המועצה כיהנה במשך ארבע שנים, והביאה לשיפור מצבה של ירוחם.
ב־1983 נבחר לראשונה ברוך אלמקייס כראש מועצה. אלמקייס נחשב "אאוטסיידר", כי היה ראש מועצה צעיר מאוד וגם אחד מראשי המועצות הבודדים בתקופתו, בעיירת פיתוח, שבא ממפלגת העבודה. הוא היה כריזמטי ובעל חזון יוצא דופן, אך עם זאת מתנגדיו מגדירים אותו כבזבזן, לא מציאותי ורחוק ממנהל תקין. במהלך כהונתו נחנכו מוסדות תרבות רבים בעיר, אך שיעור האבטלה הגיע עד ל-39 אחוז בשנת 1986. אחת מהשקעותיו המרכזיות היו "אגם ירוחם" בפארק ירוחם, שהוקם ב־1992. בתחילה זכה האגם להצלחה רבה, אך כיום נחשב כפרויקט בעייתי שהשחיה אסורה בו על פי המשרד להגנת הסביבה. אחת מהצעותיו יוצאות הדופן של אלמקייס הייתה למחות על קיפוח עיירות הפיתוח באמצעות הקמת מדינת ירוחם.
החל משנת 1984 הגיעו למקום גרעיני נח"ל של בני עקיבא, אותם הדריך שמוליק בן שלום, ורבים מבוגריהם התיישבו במקום. ב-1993 יזמו חלק מבוגרי גרעיני הנח"ל את הקמתה בעיר של ישיבת הסדר בראשות הרב אליהו בלומנצויג, שכיום עומדים בראשה גם הרבנים הרב אוריאל עיטם והרב חיים וולפסון. הישיבה משכה לעיר מאות תלמידים, אשר חלקם השתקעו בה יתרמו לפיתוחה של העיר.
שנות ה-90 וה-2000.
בשנות ה-90 הגיעו למקום עולים מברית המועצות והיישוב גדל מעט. כיום כמחצית מהתושבים הם יוצאי צפון אפריקה, כרבע הם יוצאי חבר המדינות, 14% יוצאי הודו והשאר ממערב אירופה וארצות הברית. כ-2000 תושבים (22%) הם עולים חדשים (עלו אחרי 1990), כמעט כולם מחבר המדינות.
לאחר שבעקבות השקעות נוספות (ביניהן דוברה יקרה שאמורה הייתה לשמש כמסעדה צפה) נקלעה ירוחם לגירעון תקציבי, החליט אריה דרעי, אז שר הפנים, לפזר את המועצה שבניהולו של ברוך אלמקייס. בבחירות של 1992 נבחר מוטי אביסרור, יליד ירוחם, שפעל להעלאת אחוז הזכאים לתעודת בגרות בעיר. בתקופת כהונתו במשך 12 שנים ירוחם הייתה סמל של הצלחה. שיעורי ההצלחה בבגרות קפצו מ-17% ב-1995 ל-73% ב-2003, שיא ארצי. מערכת החינוך קיבלה פרסים ממשרד החינוך, משרד הפנים העניק למועצה פרס על ניהול תקין וגם תיקצב אותה ביד נדיבה. חמש פעמים זכתה ירוחם בכוכבי יופי ודגל היופי. בעקבות המהפיכה בשיקומו הפיזי של היישוב, בשנת 1997 זכתה ירוחם בפרס היוקרתי אות 'מגשים ישראל יפה'.
בשנת 2003, על חודם של 56 קולות, ניצח שוב אלמקייס את אביסרור וזכה שוב בתפקיד ראש המועצה. תחת אלמקייס שקעה המועצה בחובות וחודשים רבים לא קיבלו עובדי המועצה משכורת, ובסופו של דבר פעילות המועצה הושבתה כליל. בעקבות הבעיות בניהול וסכסוכיו עם פקידים בכירים, קרנות שונות הפסיקו את תרומותיהן לפעילויות שונות ביישוב. אלמקייס עורר התנגדות רבה בשל כך ונערכו כנגדו הפגנות תושבים. אלמקייס הציע מספר הצעות מקוריות לשיקום העיר, כמו הקמת שכונה בדווית בירוחם לתושבי השבט השכן, ראשונה מסוגה בישראל בעיירת פיתוח יהודית.
בסתיו-חורף 2005, התרבו התלונות על אלמקייס שהגיעו גם לבית המשפט העליון, ולבסוף שר הפנים אופיר פינס הודיע על הדחתו של אלמקייס. כראש מועצה ממונה מונה חבר הכנסת האלוף במיל' עמרם מצנע, מי שהיה ראש עיריית חיפה ומועמד מפלגת העבודה לראשות הממשלה.
שנת 2006–2010.
כיו"ר הוועדה הקרואה בירוחם, פעל מצנע לשיפור מערכת החינוך ואיכות הסביבה וקידם פרויקטים לפיתוח תשתיות, ביניהם הקמת עיר הבה"דים (בסיסי הדרכה של צה"ל) באזור ירוחם. ירוחם היה בין היישובים הראשונים בהם הושם פרויקט מחשב לכל מורה. בתי הספר ביישוב צוידו באמצעים פדגוגיים כמו מעבדות למתמטיקה, מחשבים, שפות ולוחות חכמים. בירוחם מחשב אחד לכל ארבעה תלמידים (ממוצע הגבוה בארץ).
על התנדבותו והיחלצותו כיושב ראש הוועדה הקרואה ירוחם הוענק למצנע פרס בן-גוריון לשנת תש"ע, 2009.
בירוחם היו אמורות להתקיים בחירות בנובמבר 2008 אלא ששר הפנים, מאיר שטרית, החליט להאריך את כהונתו של מצנע בשנתיים נוספות בטענה כי לא הושגה בירוחם יציבות שלטונית מספקת על מנת לקיים מערכת בחירות. קבוצה מתושבי ירוחם עתרה לבג"ץ על החלטה זו בטענה שנמנעת מתושבי ירוחם הזכות הדמוקרטית לבחירות, לעתירה זו צורפה עצומה בחתימת 700 מתושבי ירוחם. מן העבר השני, למעלה מ-1,000 תושבים אחרים הביעו את שביעות רצונם מפועלו של מצנע, תמכו בהמשך כהונתו ואף חתמו על עצומת תמיכה שהוגשה לשר הפנים. בג"ץ פסק כי יש להשאיר את החלטת שר הפנים במקומה ואישר את החלטת שטרית להארכת הכהונה.
החל משנת 2010.
בנובמבר 2010 התקיימו בחירות בירוחם, בהן זכה מיכאל ביטון (לימים שר במשרד הביטחון) ברוב של 44.5%. בנובמבר 2014 התקיימו בחירות פעם נוספת בהן התמודד ראש המועצה המכהן, מיכאל ביטון, מול אילן אלמקייס, איש צוות אוויר לשעבר שגדל בירוחם, והתמודד גם בבחירות הקודמות. ביטון שוב זכה בבחירות, ברוב של 69% מהקולות עם 3 מנדטים במועצה.
משנת 2010–2015 הוביל ראש המועצה שלוש החלטות לגבי ירוחם, הראשונה היא נטילת חלק על ידי ירוחם בפיילוט ייחודי של משרד הפנים לחיזוק עוגנים כלכליים. השנייה בשם "ירוחם תחילה" לה הוקדש פרק מיוחד והוקצו לה עשרות מיליוני שקלים שיבואו לידי ביטוי בשיקום רחובות, חידוש דרכים, סיוע חברתי ועוד. השלישית נוגעת להקצאת תקציבים ליישובי הדרום לחינוך, רווחה ופיתוח כלכלי.
בינואר 2015 אושרה להפקדה הקמת שכונה חדשה בירוחם שקיבלה את השם "שכונת אופק", בה על פי התכנון יקומו כ-630 דירות חדשות ויבנה בה פארק בשטח של כ-135 דונם שלצידו תבנה טיילת לאורך נחל שועלים, נכון לינואר 2021 השכונה בחלקה בשלבי אכלוס ובחלקה האחר בשלבי הקמה מתקדמים.
בדצמבר 2019 פורסם בתקשורת כי מועצת העיר מתחילה לתכנן יחד עם מינהל התכנון תוכנית מתאר לעיר, באופן יוצא דופן לא צפויה להיות שנה יעד לסיום ביצועה של התוכנית. על פי התכנונים המוקדמים תוכנית המתאר צפויה להכיל הקמת מלון וחניון לילה בסמוך לאגם ירוחם, מלון נוסף בהר אבנון שממזרח לירוחם, חממות לגידול וייבוש קנאביס על שטח שמשתרע על כ-800 דונם ואף מעבדה שתקדם מיזמים להתמודדות עם משבר האקלים.
עיר הבה"דים.
עיר הבה"דים היא מתחם בו ממוקמים שמונה בסיסי הדרכה של צה"ל. העיר נבנתה במרחק של כ-12 קילומטרים מירוחם לכיוון צומת הנגב.
האזור בו הוקמה, למרות קרבתו לשטח המועצה מקומית ירוחם, השתייך למועצה אזורית רמת נגב.
לאחר תהליך של גישור בין שתי הרשויות, הוחלט בשנת 2014 על העברת תחום השיפוט של עיר הבה"דים לירוחם
העברת השטח לירוחם מאפשר לקבל מעיר הבה"דים את מיסי הארנונה על השטח, בסכום שנתי נכבד, ומעלה את הכנסות היישוב ממיסים באופן משמעותי.
אוכלוסייה.
להלן גרף התפתחות האוכלוסייה ביישוב:
עד שנת 2010 ירוחם הייתה קפואה מבחינה דמוגרפית. במהלך שנת 2015 הגיע מספר התושבים של ירוחם לכדי 10,001, גידול של 1500 תושבים מסוף שנת 2011. בסוף 2015 נבנתה שכונה צפונית חדשה בשם "אירוסים" על שם אירוס ירוחם הצומח באזור, וכן נמכרו 500 מגרשים בשכונת אופק. לצורך שמירה על האינטרסים של תושבי המקום החלה העירייה בנקיטת צעדים לאכיפת הבנייה. יוזמה בשם "בן ממשיך בפריפריה" נהגתה על ידי תושבי ירוחם כדי לעזור לצעירי העיר וערים נוספות בפריפריות הגאוגרפיות של מדינת ישראל לרכוש דיור במחירים מוזלים. בתחום הדיור הציבורי שיפצה חברת עמידר דירות לבעלי זכות לדיור ציבורי. בשנת 2015 החלו לשפץ את המרכז המסחרי של ירוחם לאחר הזנחה של עשרות שנים כדי להיות עוגן קהילתי ותרבותי עבור העיר.
תעסוקה.
כ-1,600 תושבים עובדים בתוך ירוחם, בשלוש מסגרות עיקריות:
קהילה ויזמות חברתית.