נושאת המטוסים "אה"מ הרמס (R12)" ואיתה שש פריגטות ושולות מוקשים נמצאו בנמל עדן, ולא לקחו חלק במלחמה. נושאת המטוסים "אה"מ ויקטוריוס (R38)" הייתה בנמל ולטה במלטה עם כעשרה כלי שיט, אך גם היא לא יצאה מהנמל בעת המלחמה.
ההיערכות למלחמה בישראל.
גורמי המודיעין בחיל הים הישראלי לא חזו קרבות בשנים הקרובות, למרות זאת הכין חיל הים תוכניות למלחמה בסד"כ הקיים (טרפדות ומשחתות) כנגד משחתות וספינות טילים מצריות. בין היתר נערכה סדרת תרגילים טקטיים במתקן הדימוי הטקטי של הצי המלכותי הבריטי במלטה. לסדרה זו, שנמשכה שבוע, נשלחו כל מפקדי כלי השיט בחיל הים. במהלך הסדרה הזינו הבריטים את נתוני אמצעי הלחימה של שני הצדדים. טרפדות נעו מלפנים כנגד ספינות הטילים כאשר המשחתות מתרחקת מחוץ לטווח מכ"ם. כאשר החלו התרגולים הוברר כי כאשר המשחתות לא התרחקו מטווח הטילים והסתערו יחד עם הטרפדות הן נפגעו והוטבעו (תרגילית). הטרפדות שהסתערו עם טורפדו נגד משחתות הסקורי המצריות הוטבעו לפני שהגיעו לטווח ירי טורפדו. האימון המחיש את הנחיתות הקרבית של חיל הים הישראלי.
תקופת הכוננות לקראת המלחמה נוצלה על ידי חלק מהיחידות לאימונים והגברת כשירות. שררה אווירת פעילות ורצון לתרום להבסת האויב בכל דרך אפשרית. האווירה של "נעשה ונשמע" גרמה לשינויים ותוספות במשימות ויצירת אמצעים מאולתרים. חילופי הכוחות לא איפשרו הכנה נאותה. עקב הצורך בחשאיות לא התקיימו תהליכי חשיבה משותפים עם יחידות אחרות.
הערכת האיום המצרי בזירה הימית לקראת המלחמה כללה בים התיכון:
בגזרת ים סוף העריך חיל הים הישראלי דרכי הפעולה האפשריות למצרים:
הערכת דרך הפעולה של חיל הים הסורי הייתה מתקפת טילים על נמל חיפה ואזור החוף הצפוני של ישראל. כן היה חשש מהתבססות כלי שיט מצריים במעגנים הסוריים.
משימות חיל הים הישראלי.
המטה הכללי הישראלי היה מודע ליכולות המוגבלות של חיל הים באותה עת. לכן לא ציפה מחיל הים לפתוח חזית נוספת בזירה הימית, וייעד לו את המשימות הבאות:
למפקד חיל הים, שלמה אראל, היה ברור כי לא ניתן יהיה להסתיר העברת כוחות קרקע לאל עריש בדרך הים על ידי נחתות שיצאו מנמל אשדוד, ושחיל הים המצרי ינסה למנוע מהלך כזה. אולם על אף הפער האיכותי והכמותי הגדול בין הכוח שעמד לרשותו לבין המצרים, הוא קיבל את המשימה ונערך ללחימה בגזרת פורט סעיד.
משימת אבטחת שיט חופשי לישראל וממנה לא הוטלה על חיל הים, בזירת הים התיכון מתוך הנחה שהמלחמה תהיה קצרה ולא יהיה בכך צורך, ובזירת ים סוף מתוך הערכה שחיל הים לא יוכל לפרוץ את המצור הימי המצרי באמצעות כוחות ימיים בלבד.
משימת תקיפת נמלי סוריה שתוכננה במסגרת המאבק נגד תעלת ההטיה, ושחיל הים היה ערוך בכוננות לביצועה זה מספר חודשים, לא נדרשה והכוננות בוטלה, אולם התפישה שניתן לתקוף בו זמנית את כל הנמלים של האויב נשארה בעינה. וחיל הים הכין תוכנית למתקפה חשאית על כל נמלי מצרים וסוריה בים התיכון. המטה הכללי הישראלי ושר הביטחון משה דיין לא ראו צורך בביצוע התוכנית, אך מפקד חיל הים הסביר, שדווקא ההצלחה הצפויה של המבצעים המתוכננים בזירה היבשתית והאווירית, עלולה לגרום למצרים לסוריה לרכז מאמץ בזירה הימית, במטרה לחסום את נתיבי השיט לישראל ולהפגיז בטילים ארוכי טווח את חופיה, ולכן יש צורך במתקפת מנע, כדי לפגוע ביכולות הימיות של האויב. דיין לא קיבל את טיעוניו, אך הסכים להעלות את הנושא להכרעת ראש הממשלה, לוי אשכול.
האלוף אראל הציג בפני ראש הממשלה את הצורך לפגוע באויב בנמליו, כחלק מביצוע המשימה של הגנת חופי ישראל. אשכול אישר באופן עקרוני את ביצוע הפעולות המתוכננות של חיל הים. האישור ניתן לכך שיש לראות בכלי שיט של האויב בתוך הנמלים שלהם יעד לתקיפה. שיטת התקיפה של כל נמל, פרישׂת הכוחות לתקיפת יעדים רבים בו זמנית, ועיתויה של הפעולה נקבעו על ידי מפקדת חיל הים.
פיקוד, שליטה ונוהל קרב.
מוצב הפיקוד הימי, ממנו נשלטו הכוחות בים, ומפקדת חיל הים נמצאו באזור סטלה מאריס בחיפה. משרדי המטה הכללי ומוצב הפיקוד העליון נמצאו בקריה בתל אביב. מפקד חיל הים, שלמה אראל, נדרש להמצא גם בתל אביב וגם בחיפה. ראש מחלקת ים, יצחק רהב, ניהל את פעולות חיל הים באופן קבוע בחיפה. צוות קבוע של חיל הים בראשות שבתאי לוי נמצא בתל אביב. פיזור המפקדים בין שתי מפקדות פגע בניהול.
האלוף אראל הוזעק מחוץ לישראל ב-19 במאי וקיבל את תוכניות המלחמה כפי שנערכו על ידי יצחק רהב. דב שפיר חזר לפקד על שייטת 13, לאחר שבמהלך הכוננות שב מלימודים מחוץ לישראל. אל"ם בנימין תלם הוחזר מצרפת, שם נמצא במשלחת קליטת ספינות הסער, וקיבל לפיקודו את המשחתת אח"י יפו ואת הפיקוד על פעולת פורט סעיד. מפקד שייטת המשחתות, אל"ם נפתלי רוזן, קיבל אחריות על מבצע הנחיתה וקבע את מטהו באח"י נגה (ק-22).
בהפעלת צוללים וצוללות, המרחקים הגדולים בין מרכיבי הכוח כמו גם הצורך לשמור על דממת אלחוט, יוצרים תקופות ארוכות של חוסר קשר בין המבצעים במהלך הפעולה. גם כאשר קיימת אפשרות לקשר, נעשה בו שימוש מוגבל, כדי לא לאפשר איכון על ידי האויב. מצב זה של חוסר קשר אינו מקובל בחילות האחרים בצה"ל ויוצר מתח רב במפקדות. במבצעי קומנדו ימי קיים עקרון של הצבת , בצמוד למקבל ההחלטות, במוצב הפיקוד של כל מבצע. היו אלה יוסף דרור - מינת אל-ביידה, זאב אריאל - בניאס, יוחאי בן-נון - טרטוס, ואברהם דרור - אלכסנדריה. מפקד שייטת 13, סא"ל דב שפיר נמצא יחד עם ראש מחלקת ים, אל"ם יצחק רהב, במפקדת חיל הים.
מבצעי קומנדו ימי תוכננו לכל נמל סורי או מצרי והשתנו במהלך ימי הכוננות. לבסוף הופעלו הכוחות בלילה הראשון בשישה מוקדים בו זמנית. נוהל הקרב לפעולות האלה לא היה ברמה הנדרשת להצלחה.
זירת ים סוף.
חסימת השיט לאילת.
התנועה אל נמל אילת וממנו עוברת במצרי טיראן המצויים בתחום המים הטריטוריאליים של מצרים וסעודיה שהחכירה את האיים למצרים. לפי החוק הימי המצרים הם בינלאומיים והתנועה בהם חופשית. חסימתם בשנת 1956 הייתה עילה למלחמת סיני. נסיגת צה"ל מסיני ומעזה נעשתה רק לאחר קבלת ערבויות בכתב בדבר חופש השיט במפרץ אילת מנשיא ארצות הברית, דווייט אייזנהאואר, לראש הממשלה הישראלי דוד בן-גוריון, ב-20 בפברואר 1957.
נמל אילת שימש מוצא לכיוון המזרח. בשנת 1965 הסתיימה בניית הנמל החדש ובשנת 1966 - בניית מזח הדלק. היצוא דרך נמל אילת, בנוסף לפוספטים, היה ביטחוני, בעיקר לאיראן. תעשיית המכוניות היפנית נכנעה לחרם הערבי ומכוניות עדיין יובאו מאירופה לנמל חיפה. הדלק לישראל הגיע ברובו מדרום אמריקה לנמל חיפה. למעגן הדלק באילת הגיעו מכליות נפט מאיראן. על הקו שייטו המכליות "PATRIA" של חברת צים, "SAMSON" של חברת אל-ים ו-"SIRIS" של חברת אייזיק וולפסון, שלושתן בדגל ליבריה. צינור בקוטר 16 אינץ' הוביל את הדלק למרכז הארץ. חסימת השיט לאילת כשלעצמה לא היוותה נזק אסטרטגי או כלכלי רב, אך הזלזול באינטרס הישראלי סימן את אובדן כושר ההרתעה בעיני מדינות ערב.
כניסת הצבא המצרי לסיני החלה ב-18 במאי, וחסימת מצרי טיראן לשיט לישראל וממנה הוכרזה על ידי נאצר ב-23 במאי. ישראל ראתה בפעולה זו הכרזת מלחמה עליה. ספינת הדיג "ניצן", שעבדה בדרך כלל באריתריאה, יצאה לדרכה ב-22 במאי. בקרבת המצרים קיבלה הוראה להתעכב. בהוראת הרמטכ"ל יצחק רבין המשיכה בדרכה ועברה ללא עיכוב מצד מצרים. ב-23 במאי התקבלה ידיעה שהמצרים החלו בפעילות מיקוש במעבר גרפטון בים סוף. הידיעה לא אומתה.
ב-24 במאי חוזק אזור שארם א-שייח' והוצבו בו ארבעה תותחים 130 מ"מ ואנשי צפרדע של חיל הים המצרי. למצרים הייתה שליטה מלאה באזור אכיפת החסימה, משום שהמעבר במצרי טיראן היה בטווח תותחי החוף של ראס נצרני. בנוסף לחסימה היבשתית נשלח כוח ימי גדול שערך סיורים באזור המצרים ונכנס גם לתוך מפרץ אילת. מטרתו של נאצר בהצבת הכוח הייתה להרתיע את ציי המערב, בעיקר ארצות הברית ואנגליה, מלהתערב בנעשה.
כדי להדגיש את החסימה פרסמו עיתוני מצרים כי ב-30 במאי הורחקה מכלית אמריקנית תחת דגל ליבריה ממצרי טיראן, לאחר שספינת סיור מצרית ירתה יריית אזהרה מעבר לחרטומה. בוושינגטון ובשגרירות האמריקנית בקהיר אמרו שהם לא יודעים על הימצאה של ספינה אמריקנית באזור. הייתה זו מעין לוחמה פסיכולוגית מצד המצרים.
בשעות הבוקר של 31 במאי, במרכז מפרץ אילת (בין דהב לוואסט), עצרה המשחתת "אל-פאתח" אניית סוחר דנית שהייתה בדרכה מעקבה לג'דה והיא הוחזרה כלעומת שבאה. מאוחר יותר קיבלו כלי השיט המצרים הוראות לתת אפשרות למעבר לתנועה בינלאומית ולאכוף את המצור רק לגבי התנועה לאילת ואניות ישראליות בלבד.
בפגישה שנערכה ב-1 ביוני אמר גמאל עבד אל נאצר לשגריר הסובייטי בקהיר, פוזידייב, כי הנחה את משמר החופים בשארם א-שייח' וספינות חיל הים המצרי לא לעצור לבדיקה ספינות צבאיות זרות העוברות דרך מצרי טיראן. נאצר הוסיף כי גם אם אוניית מלחמה אמריקנית או בריטית תפתח באש על העמדות בחוף, התותחנים קיבלו הוראה לא לענות באש. נאצר אמר כי אמצעים אלה ננקטו כדי למנוע התנגשויות "בלהט ועצבנות." ואכן ב-2 ביוני הועברה לכוחות המצרים בים סוף הודעה על כך שהאוניה "דולפין" תעשה ניסיון מעבר. ניתנו הוראות לא לעכב את האונייה כי בשלב זה חששו המצרים שזה ניסיון של מעצמות המערב לבדוק את ההסגר ובאותו שלב לא רצו בהחרפה נוספת של יחסים עם המערב. נאצר פנה לנשיא ליבריה, ויליאם טאבמן- , וביקש ממנו לאסור על אוניות הנושאות דגל ליבריה להוביל דלק לאילת.