מעט לפני היבחרו של ג'פרסון, נפוליאון הפך לשליט צרפת, ולאחר מרד העבדים בהאיטי שלח כ-20,000 חיילים להחזיר את העבדות לאי, כדי להגדיל את הכנסות צרפת ממכירת קני סוכר. המלחמה השתבשה, ונפוליאון העדיף, במקום להתרכז בשטחים מחוץ למדינה, למכור את לואיזיאנה למדיסון ולג'פרסון ב-1803. הצרפתים נסוגו מהאיטי, שהפכה ב-1804 לרפובליקה השנייה בחצי הכדור המערבי.
רבים טענו שמדיסון וג'פרסון עקפו את החוקה כשרכשו את לואיזיאנה. ג'פרסון ניסה לתקן את החוקה כדי לאפשר את הרכישה, אולם מפאת קוצר הזמן לא הצליח. הסנאט אישר את ההסכם במהירות. בית הנבחרים אשרר את ההסכם גם הוא. במהלך המלחמות באירופה, מדיסון ניסה לשמור על נייטרליות, והתעקש על זכויותיה של ארצות הברית כמדינה נייטרלית.
הבריטים והצרפתים לא כיבדו את הנייטרליות האמריקנית, והמצב החמיר בכהונתו השנייה של ג'פרסון. לאחר ניצחונו של נפוליאון באוסטרליץ, הוא הטיל מצור על בריטניה וניסה להכריע אותה. מדיסון וג'פרסון החרימו את הסחר עם בריטניה וצרפת. החרם נכשל וגרם למחאה פדרליסטית, שהובילה לביטול החרם.
נשיאותו.
כשכהונתו השנייה של ג'פרסון הסתיימה, מדיסון נבחר בידי המפלגה להיות המועמד לנשיאות. הוא ניצח את ג'יימס מונרו, יורשו בתפקיד הנשיא, כדי להיות המועמד. כיוון שהמפלגה הפדרליסטית כבר הייתה לא רלוונטית מחוץ לניו-אינגלנד, מדיסון זכה ברוב גדול בבחירות לנשיאות מול צ'ארלס קוטסוורת' פינקני.
לאחר שנכנס לתפקיד ב-1809, למדיסון היה קושי במינוי אלברט גלטין לתפקיד מזכיר המדינה, ולכן שמר עליו בתפקיד מזכיר האוצר. גלטין השווייצרי היה היועץ המרכזי של מדיסון, איש סודו וקובע המדיניות שלו. מדיסון מינה את רוברט סמית' לתפקיד מזכיר המדינה, ולתפקיד מזכיר הצי את פול המילטון. הקבינט שלו הורכב מפשרות פוליטיות. כשנכנס לתפקיד לממשלה היה עודף תקציבי של 9.5 מיליון דולרים, וב-1810 החוב הממשלתי פחת והמסים ירדו.
הבנק של ארצות הברית.
מדיסון נלחם כדי להמשיך במדיניות ג'פרסון - בעיקר לשנות את המדיניות הפדרליסטית מתקופת וושינגטון ואדמס. אחד מהעניינים החשובים שעסק בהם היה הבנק הראשון של ארצות הברית. לאחר הקמתו ב-1791, תקופת עשרים השנים שהוקצבה לו עמדה לפוג. בעוד שגלטין טען שהבנק היה הכרחי, הקונגרס לא הצליח לאשר אותו מחדש. היעדרו של בנק מרכזי הקשה על מימון המלחמה עם בריטניה, ולכן הקונגרס העביר ב-1814 חוק שהקים בנק מרכזי שני. מדיסון ביטל את החוק. ב-1816, הקונגרס ניסה להעביר עוד חוק, ולאחר שמדיסון הבין את נחיצותו, הוא חתם על החוק ואישר הקמת בנק מרכזי שני.
לפני המלחמה.
ב-1809 המפלגה הפדרליסטית כבר לא הייתה משמעותית. אנשים שהיו חברים בה, כג'ון קווינסי אדמס, שהפך לשגריר של מדיסון ברוסיה, הצטרפו למפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית. אף על פי שהמפלגה הייתה המפלגה היחידה, היא סבלה מפילוג קשה בתוכה, שיצר את המפלגות לעתיד. כשהמלחמה מול בריטניה התחילה להתקרב, תומכי ומתנגדי המפלגה יצרו שדולות בקונגרס. תומכי המלחמה הובלו בידי הנרי קליי, דובר בית הנבחרים. כשהמלחמה פרצה, קליי הוביל את הקו הלוחמני אף יותר ממדיסון.
נפוליאון ניצח בקרב אוסטרליץ ב-1805, ואירופה נשארה שלווה בשנים הבאות. הקונגרס ביטל את החרם של ג'פרסון קצת לפני כניסתו של מדיסון לתפקיד. המדיניות הנייטרלית של ארצות הברית הרשתה לה לסחור עם צרפת ועם בריטניה, כל עוד ההגבלות על משלוחי ספינות יבוטלו. מדיסון ניסה לשאת ולתת עם בריטניה באפריל, אולם באוגוסט 1809, היחסים עם בריטניה הידרדרו. מדיסון התנגד לקריאה למלחמה, כיוון שלטענתו, המלחמה הייתה אויב לחירות הציבור. הוא התנגד לצבא, למיסים ולחוב שיבוא בעקבות המלחמה, וטען שאף מדינה לא תוכל לשמור על חירותה במהלך מלחמה ממושכת.
לאחר שהשגריר הבריטי העליב את מדיסון, מדיסון סילק אותו ממחלקת המדינה. בנובמבר 1809, הוא נאם לראשונה את נאום מצב האומה, וביקש מהקונגרס עצה וחלופות למשבר הסחר האמריקני-בריטי, כשהוא מזהיר מפני מלחמה. באביב 1810, מדיסון ביקש מהקונגרס לתגבר את הצבא ואת הצי. הכלכלה האמריקנית כבר התחילה להתאושש בתקופתו של מדיסון כתוצאה מהשלום האירופאי. לקראת היבחרו מחדש, מלחמת חצי האי התחילה בספרד, ובאותו הזמן, נפוליאון פלש לרוסיה, כשאירופה שוב נכנסה למלחמה.
מלחמת 1812.
ארצות הברית נכנסה למלחמת 1812, והפכה לחלק מהמלחמות הנפוליאוניות. נפוליאון ניסה להכריח מדינות אחרות להצטרף לחרם שהטיל על בריטניה. בתחילה החרם הצליח, אולם פורטוגל סירבה לשתף פעולה, והובילה למלחמת חצי האי. אחיזתה של ספרד בדרום אמריקה התרופפה. בריטניה הפכה לכוח המרכזי היחיד באוקיינוס האטלנטי.
בריטניה הגבירה את לחץ הצי שלה על נפוליאון, אולם גם פגעה בספינות אמריקניות. בריטניה השתמשה בצי כדי למנוע מספינות אמריקניות לסחור עם צרפת, ועוררה את זעם האמריקנים. ארצות הברית הנייטרלית ראתה בכך הפרת החוק הבינלאומי. הצי המלכותי פשט על ספינות אמריקניות ואסר את המלחים שלהן. ארצות הברית גרסה שזאת הייתה פגיעה בריבונותה. בריטניה גם חימשה שבטים אינדיאניים בצפון-מערב המדינה ועודדה אותם לתקוף מתיישבים, אפילו שב-1783 וב-1794 בריטניה נתנה את השטח לארצות הברית.
האמריקנים קראו ל"מלחמת עצמאות שנייה" כדי להחזיר את הכבוד הלאומי. הציבור הכועס בחר בקונגרס ניצי במיוחד, שהובל בידי הנרי קליי וג'ון קלהון. מדיסון ביקש מהקונגרס להכריז על מלחמה, כשהפדרליסטים ואנשי צפון מזרח המדינה (שסבלו מהחרם הכלכלי של ג'פרסון) התנגדו.
מדיסון הצליח להגדיל את הצבא, סיים את בניית האקדמיה הצבאית, הכין תחמושת והרחיב את הצי. המכשולים הגדולים שלו היו קבינט מפולג, מפלגה עוינת, התנגדות בקונגרס, מושלים שניסו להכשיל אותו וגנרלים לא מתאימים, יחד עם מיליציה שסירבה להילחם מחוץ למדינה שלה. מדיסון לא זכה לתמיכה מאוחדת. ניו אינגלנד איימה בפרישה מהאיחוד, הייתה מעורבת בהברחות מקנדה וסירבה לשלוח חיילים. עוד בעיה הייתה פירוק המערכת שהמילטון והפדרליסטים בנו. הצבא הוקטן, הבנק המרכזי נסגר, והמסים היו נמוכים. ג'פרסון ומדיסון לא האמינו בבנקים ובצבאות, ופירוק מערכת המיסוי גרם לכך שלא יכלו לממן את הגיוס המהיר. כשהמלחמה התחילה, הכוח הצבאי של מדיסון הכיל בעיקר חברי מיליציות לא מאומנים.
הדרג הפיקודי לא פעל טוב - הגנרל בדטרויט נכנע לכוח בריטי קטן יותר ממנו בלי קרב. גלטין גילה שאי אפשר לממן את המלחמה ללא בנק מרכזי, וללא תמיכה מצפון מזרח המדינה. מדיסון האמין שארצות הברית תוכל לכבוש את קנדה ולעצור את אספקת המזון לאינדיאנים במערב, ושיוכל לכפות הסכם לאחר מכן. אולם הפלישה של ארצות הברית נכשלה. מדיסון האמין שהמיליציות יסכימו לפלוש לקנדה, אולם המושלים מצפון מזרח המדינה סירבו. הבריטים חימשו את האינדיאנים בצפון מערב המדינה, בעיקר את שבטיו של טקומסה. לאחר שהפסידו בקרב על ימת אירי ב-1813, הבריטים נאלצו לסגת. הגנרל ויליאם הנרי הריסון הדביק אותם וניהל קרב על התמז, שבמהלכו השמיד את הצבאות הבריטים והאינדיאנים, הרג את טקומסה, והשמיד את הכוח האינדיאני בכל אזור גרייט לייקס. מדיסון היה הנשיא היחיד שהוביל את הצבא לקרב כשהיה בתפקיד, אף על פי שקרב פלטסברג ב-1814 לא היה טוב עבור האמריקנים. הבריטים פשטו על וושינגטון, כשמדיסון הוביל את המיליציה המפורקת שלו. דולי מדיסון חילצה פריטים יקרים ומסמכים מהבית הלבן מעט לפני שהבריטים שרפו את הבית הלבן, את בניין הקפיטול ועוד בנייני ציבור. האגדה מספרת, שכאשר הגיעו הבריטים לבית הלבן, הם מצאו את ארוחת הערב של הנשיא ערוכה על השולחן, ועדיין חמה.
ב-1814, אנדרו ג'קסון והריסון השמידו את האיומים האינדיאניים בדרום ובמערב. כחלק מהמאמץ המלחמתי, האמריקנים בנו שתים עשרה ספינות מלחמה. בסוף 1814, מדיסון ומזכיר המדינה, ג'יימס מונרו, ניסו לגייס 40,000 איש. התנגדות עזה מנעה זאת.
הבריטים ניסו לכבוש את מבצר מקהנרי, שחלש על דרך הים אל העיר. ההגנה המוצלחת על המבצר, מול הפצצה של 24 שעות, הובילה את עורך הדין והמשורר החובב פרנסיס סקוט קי שראה את הדגל ממשיך להתנוסס מעל המבצר בבוקר לאחר ליל הפגזה, להתרגש ולהתלהב מן המחזה, ולכתוב את השיר "הדגל זרוע הכוכבים" (The Star-Spangled Banner), שהפך להמנון ארצות הברית. אנדרו ג'קסון המשיך להילחם בניו אורלינס, אף על פי שהסכם שלום נוסח כבר שבועיים לפני כן (אך עוד לא נחתם). האמריקנים הצליחו לעצור את הבריטים בניצחון גדול. הסכם גנט סיים את המלחמה בפברואר 1815, ללא שינויים טריטוריאליים. אמריקנים רבים הרגישו שניצחו ב"מלחמת העצמאות השנייה". ב-3 במרץ 1815, הקונגרס אישר שימוש בצי מול אלג'יראים, וכך המלחמה הברברית השנייה סיימה התקפות שודדי ים על אמריקנים.
רצף האירועים המהיר בסוף המלחמה (שריפת הבית הלבן, הקרב על ניו אורלינס, הסכם גנט) גרם לציבור האמריקני לראות את הניצחון בניו אורלינס כמכריע. אף על פי שדבר זה לא היה נכון בהכרח, אופוריה פשטה בציבור, ונמשכה כמעט כעשור. אפילו אם המלחמה נכשלה מבחינה אסטרטגית, היא הפכה למיתוס. נפוליאון נוצח בקרב ווטרלו בסיום כהונתו של מדיסון, ולאחר סיום המלחמות הנפוליאוניות, גם מלחמת 1812 הסתיימה. בסיום תקופתו של מדיסון היה שלום ושגשוג, וכך נפתח "עידן הרגשות הטובים". מדיסון חיזק את מעמדו כנשיא, והאמריקנים האמינו שארצות הברית ביססה את עצמה כמעצמה עולמית.
כלכלה ושיפור פנימי.