במשך כל שלוש תקופות הכהונה של אדוארדס כמושל טריטוריית אילינוי, הוא הביע את רצונו להפעיל את סמכויותיו כדי להרחיב את הדמוקרטיה ההשתתפותית בטריטוריה. עד 1812, כאשר הייתה אילינוי טריטוריה מדרגה ראשונה, החזיק אדוארדס בסמכויות למנות פקידי ממשל מחוזיים ומקומיים. עם זאת, הוא נהג לשקול ככל יכולתו את דעות המקומיים כאשר מינה בעלי תפקידים, ולעיתים קרובות נתן משקל לעצומות שנחתמו על ידי התושבים המקומיים. לזמן מה הוא ניסה לפעול באופן דומה למינוי קציני המיליציה, בהתירו לאנשי יחידות המיליציה לבחור את מפקדיהם, אך עד מהרה הוא ויתר על מדיניות זו לאחר שנוכח שהיא בלתי מעשית.
ב-1812 שיכנע אדוארדס בהצלחה את הקונגרס לתקן את הסעיף בצו של 1787 שהגביל את זכות ההצבעה לבעלי קרקעות בשטח של 50 אקרים (200 דונם) ומעלה. בשל ויכוחים ממושכים על קרקעות שנמכרו במרמה, עמדו מעטים מבין תושבי אילינוי בתנאי סעיף זה. בדרבונו של אדוארדס, העניק הקונגרס לטריטוריית אילינוי זכות הצבעה כללית לכלל הגברים הלבנים, ובכך הפך אותה לטריטוריה הדמוקרטית ביותר בארצות הברית בכל הזמנים. באפריל אותה שנה קיים אדוארדס משאל עם להפיכת אילינוי לטריטוריה מדרגת ממשל שנייה, ובכך אפשר לתושביה לבחור את חברי בית המחוקקים שלה ואת נציגיה (שהיו ללא זכות הצבעה) לבית הנבחרים של ארצות הברית. הצעה זו עברה במשאל העם, ובאוקטובר נערכו בחירות שבהן נבחר שדרק בונד כנציג הראשון של טריטוריית אילינוי בבית הנבחרים.
מלחמת 1812.
אדוארדס לא היה מושל טריטוריית אילינוי זמן רב כאשר היא הפכה לזירת הקרבות של מלחמת 1812. היחסים בין המתיישבים בטריטוריה לבין האינדיאנים החמירו בכל רחבי ארצות הברית במהלך 1810 ו-1811. ביוני 1811 הורה אדוארדס על בניית מערך של מבני בלוקהאוס וגייס שלוש פלוגות מיליציה.
צעדים אלו היו תגובה למתיחות שנוצרה כתוצאה מהרצח הברוטלי שהתרחש ב-2 ביוני בבקתה ששכנה 3 ק"מ מצפון-מזרח לכפר פוקהונטס. שלושה בני שבט הפוטוואטומי פרצו לבית ומצאו שם את אילייז'ה קוקס בן ה-20 ואת אחותו הצעירה רבקה. התוקפים חתכו את הקרקפת של אלייז'ה והסירו את ליבו. כנופיית הפושטים חיפשה אחר כספים לאחר פשיטה כושלת על השבט השכן אוסייג'. האנשים שבו את רבקה, שדדו את הבית ופנו צפונה לשטחים שבשליטת השבט שלהם. כוח מיליציה נשלח להתערבות והציל את רבקה זמן קצר לאחר מכן מדרום לספרינגפילד. התנגשות אלימה נוספת התרחשה עוד לפני סוף החודש והיא הציתה את אש המלחמה. ב-20 ביוני, במקום בו נמצאת כיום אלטון התחתונה, התקרבו חמישה אנשי שבט המנמאני לשני מקומיים, פרייס ואליס. פרייס, שהאמין שהילידים היו ידידותיים, ואפשר להם להיכנס לתחומי המחנה שלהם. לרוע המזל נהרג פרייס, ואליס הצליח להמלט על גבו של סוס ליישוב שעל נהר ווד. מעשי רצח אלו גרמו לפאניקה בקרב תושבי אזור הספר והזינו שמועות בלתי מבוססות על מעשי רצח ומעשי תקיפה נוספים בטריטוריה. חשש זה הוביל למותו של צ'יף אינדיאני אחד לפחות. קבוצה של אנשי פוטוואטומי שטה במורד הנהר ליד אלטון כאשר הבחין בהם מפעיל המעבורת מייקל סקווירס. הוא פתח באש על הקבוצה כאשר הם התקרבו אליו יותר מדי.
אדוארדס הורה במהירות לנסות ולשמור על השקט, ופקד על המיליציה להקים שרשרת של מוצבים סביב ליישובים במרחק של 30 ק"מ בין אחד לשני על גדת נהר אילינוי, ולהציב בהם כוח מספיק, שקיבל פקודות לסייר בין המוצבים מדי יום. הבולט מבין מוצבים חדשים אלו נבנה במהלך הקיץ של 1812 על ידי קולונל ויליאם ראסל ונקרא קמפ אדוארדס לכבודו של המושל, אף על פי שכינויו היה פורט ראסל. חשיבותו הייתה במיקומו האסטרטגי בין נהר המיסיסיפי לבין נהר קסקסאיה. אדוארדס בילה זמן משמעותי במבצר זה, ובתור המפקד העליון של המיליציה, היה לו ידע מועט בענייני צבא או על אודות האינדיאנים.
הכרזת המלחמה ו ב-15 באוגוסט 1812, שכנעו את אדוארדס שהפוטוואטומי והקיקאפו בטריטוריה מתכוננים לשגר מתקפה רבתי על היישובים הדרומיים. הנחה זו באה בעקבות ההפוגה במתקפות הילידים באוגוסט ובספטמבר. החשד על מקום המתקפה היה בפאוריה, שם התכנסו שבטי הקיקאפו, הפוטוואטומי והפאנקאשו בכוחות גדולים, ומשם הם ביצעו קודם לכן פשיטות כושלות על יישובים אמריקאים. לאדוארדס חסר סיוע מחוץ לטריטוריה ותחת זאת הוא הסתמך על משאביו שלו. הוא העריך שבין נהר המיסיסיפי לבין נהר ובאש לא היו יותר מ-2,000 גברים לבנים, בעוד שיותר מ-1,000 אינדיאנים היו מסוגלים להתכנס בפאוריה תוך כמה ימים. כדי להקים כוח מיליציה משכן אדוארדס את משאביו האישיים כדי להבטיח תשלום למתנדבי המיליציה.
בתוקף תפקידו כמפקד העליון, קיבץ אדוארדס 350 סיירים ומתנדבים רכובים ליד אדוארדסוויל ובאופן אישי הוביל את חיל המשלוח צפונה לפאוריה. סגל הפיקוד הבכיר שלו כלל רבים מאזרחיה הבולטים של טריטוריית אילינוי. בין אלו נכללו מזכיר הטריטוריה נתניאל פופ, בנג'מין סטיבנסון, מושל אילינוי לעתיד תומאס קרלין, וויליאם, אליאס ונלסון רקטור. הכוח חולק לשני רגימנטים קטנים יותר, אחד בפיקודו של סטיבנסון, שקיבל מינוי בפועל של קולונל, והשני בפיקודם של האחים רקטור. ב-18 באוקטובר יצאו אדוארדס וצבאו מפורט ראסל. לאחר שחצו את מחוז לוגאן, הם נתקלו בשני כפרים נטושים של שבט הקיקאפו ליד המקום בו שוכנת כיום סולט קריק. הרגימנט גילה עבודות אומנות אינדיאניות, שחלקן תיארו מעשי קרקוף של מתיישבים אמריקאים. שני הכפרים הנטושים הועלו באש.
לאחר שריפת שני הכפרים שעל נהר סנגמון, התקדם הכוח לפאוריה עצמה. הכפר שאותו התכוון הכוח לתקוף שכן על קצהו של אגם פאוריה והיה מיושב בבני השבטים פיאנקשאו וקיקאפו שככל הנראה הונהגו על ידי ראש שבט הפוטוואטומי. הכוח החל להתקדם עם שחר, ואדוארדס גרם לאנשי הכפר האינדיאנים תבוסה מוחצת. צבאו של אדוארדס לכד 80 סוסים, ביניהם כאלו שנגנבו זמן מה קודם לכן במחוז סנט קלייר, קישוטי כסף, 200 קומקומים מפליז, רובים ושש קרקפות שהם סברו שהיו שייכות לנשים ולילדים של משפחת המתיישבים אוניל ממיזורי. אדוארדס העריך שכ-30 ילידים נהרגו בפשיטה, אף על פי שהערכות מאוחרות יותר של אנשי הקיקאפו דיברו על מספר שקרוב יותר ל-80.
תוצאות מערכה זו הסתכמו כאמור בכמה כפרים שרופים ובכמה עשרות הרוגים עד שהכוח שב ב-31 באוקטובר לאדוארדסוויל. המתקפה גרמה לזעם הן לאנשי פאוריה והן לממשלת ארצות הברית, שכן היא בוצעה נגד אינדיאנים שהיו נאמנים ל"פסיון שחור" (Black Partridge) ול"גומו" (Gomo ), שני מנהיגי שבטים שלא הצטרפו ל ונחשבו לידידותיים כלפי האינטרסים של ארצות הברית. במתקפה שנייה בפיקודו של קפטן תומאס קרייג נהרגו מתיישבים צרפתים רבים מפאוריה וכן בני שבט הפוטוואטומי. ב-1813 הצטרפו כוחות המיליציה של אילינוי ושל מיזורי לכוחות הרגלים של צבא ארצות הברית תחת פיקודו של בנג'מין האוורד כדי למגר את כל הילידים הרחק מפאוריה ולהקים את פורט קלארק.
מעשיו של אדוארדס גרמו לניכור מצד שבטי האינדיאנים באזור שהיו ידידותיים לארצות הברית. אדוארדס, שאיבד את האמון בממשלו של ג'יימס מדיסון, המתין מחוץ לזירת הלחימה בקנטקי. עם זאת, הוא מונה ב-1812 לתקופת כהונה שנייה כמושל וב-1815 לשלישית, ונמנה עם שלושת נציגיה של ארצות הברית במשא ומתן על הסכמי השלום עם האינדיאנים ב-1815.
תקופות כהונתו השנייה והשלישית.
במהלך תשע שנות כהונתו של אדוארדס כמושל הטריטוריה, הוא צבר סכום כסף גדול באמצעות כמה מיזמים עסקיים מכניסים, כולל ניהול חוות, ביצוע ספקולציות בקרקעות, והשקעות במנסרות, בטחנות קמח ובמחסנים.
יריבותו הפוליטית של אדוארדס עם ג'סי ב. תומאס המשיכה עד תום כהונתו כמושל הטריטוריה. אדוארדס, יחד עם רבים מחברי בית המחוקקים של הטריטוריה, מתח ביקורת על שופטי הטריטוריה על חוסר פעילותם. תלונותיהם היו בין השאר שהשופטים לא הפעילו את בתי המשפט בתדירות מספקת ושהם בילו זמן רב מדי בהיעדרות מחוץ לטריטוריה. ב-1814 העביר בית המחוקקים חוק לביצוע רפורמה במערכת המשפט. השופטים סירבו לקבל את החוק, בטענה שהם נמצאו מחוץ לסמכות שיפוטו של בית המחוקקים. ב-1815 נפתר הנושא על ידי הקונגרס, שהעביר חוק שתמך באדוארדס ובבית המחוקקים של הטריטוריה.
בדצמבר 1817 המליץ אדוארדס, כתגובה לתנועה להפיכתה של אילינוי למדינה בהובלתו של בעל בריתו דניאל פופ קוק, שבית המחוקקים יגיש בקשה לקבלה לאיחוד. הוא גם המליץ שקודם כל יערך מפקד אוכלוסין, נוהג מקובל, אך בית המחוקקים דחה את הצעתו. חברי הבית, במיוחד אלו שהתנגדו לעבדות, חששו שכל עיכוב עלול לאפשר למיזורי להגיש את הבקשה להתקבל כמדינה לפני אילינוי, ובשל העובדה שמיזורי הייתה מדינת עבדות, עלול הדבר לגרום למהומה בקונגרס, ובכך תתעכב קבלתה של אילינוי לאיחוד אף יותר.
כדי להדגיש לקונגרס שאילינוי תהיה מדינת חירות, העביר בית המחוקקים בינואר 1818 הצעת חוק שביטלה את מערכת המשרתים החוזיים, שהייתה עבדות דה-פקטו, ואסר על אילינוי להשיב אותה לחוקתה בעתיד. הייתה זו הפעם היחידה שאדוארדס הטיל וטו על הצעת חוק והשיב אותה לבית המחוקקים, והיא מעולם לא הועלתה מחדש. התנגדותו לחוק הייתה על בסיס שיקולים חוקתיים, אך גם היה לו ניגוד עניינים כמי שהחזיק בבעלותו מספר עבדים.
במהלך תקופת כהונתו של אדוארדס כמושל הטריטוריה, גדלה אוכלוסייתה ביותר מפי שלושה. ב-1810 מנתה אוכלוסיית הטריטוריה 12,282 תושבים, וב-1818 היא הגיעה ל-40,258 (מפקד האוכלוסין נערך בסופו של דבר מאוחר יותר באותה שנה). אוכלוסיית הטריטוריה לא הגיעה ל-60,000 איש שהיה תנאי הסף של תקנות צפון-מערב לדרישה לקבלה כמדינה, אך הן תושבי אילינוי והן הקונגרס ציפו להמשך הגידול באוכלוסין.
סנאטור.