בדומה למרבית קודמיו מאז ריצ'רד ניקסון, בוש ריכז כוח ביצועי רב במשרד הרשות המבצעת של נשיא ארצות הברית. מושל ניו המפשייר ג'ון סונונו, תומך נלהב של בוש במהלך מסע בחירתו לנשיאות ב-1988, מונה לראש סגל הבית הלבן. סונונו פיקח על מדיניות הפנים של הממשל עד להתפטרותו ב-1991. ריצ'רד דארמן, לשעבר איש מחלקת האוצר, מונה למנהל משרד הניהול והתקציב. ברנט סקוקרופט מונה ליועץ לביטחון לאומי, תפקיד שהחזיק גם בממשלו של הנשיא פורד. בעקבות פרשת איראן-קונטראס, בוש וסקוקרופט ארגנו מחדש את המועצה לביטחון לאומי של ארצות הברית כגוף חשוב למדיניות הביטחון הלאומי האמריקאית. סגנו של סקוקרופט, רוברט גייטס, נודע כחבר בעל השפעה במועצה לביטחון לאומי. בעל השפעה רבה אחר על מדיניות החוץ של ממשל בוש היה גנרל קולין פאוול, היועץ לביטחון לאומי לשעבר שנבחר ליושב ראש המטות המשולבים ב-1989.
החל מאמצע מאי 1991, פרסומים שליליים אודות ראש סגל הבית הלבן, ג'ון סונונו, שסיפרו על טיולים שערך במטוסי חיל האוויר של ארצות הברית על חשבון משלם המיסים, התפרסמו באמצעי התקשורת. בוש לא רצה לפטר את סונונו מתפקידו אך בדצמבר 1991 האחרון התפטר מתפקידו. מזכיר התחבורה סמואל סקינר, שזכה לשבחים על טיפולו באסון הנפט של אקסון ואלדז, החליף את סונונו כראש הסגל. מזכיר החקלאות קלייטון יוקר הצטרף גם הוא לממשל כיועץ הנשיא לענייני מדיניות פנים.
סגן הנשיא דן קווייל נהנה מקשרים חמים עם בוש, ולעיתים שימש כקָשַׁר עם חברי קונגרס שמרנים. עם זאת, השפעתו לא עלתה על אלו של חברי סגל ופקידי ממשל אחרים כדוגמת בייקר וסונונו. התבטאויותיו בנושאים שונים וטעויותיו הרבות הפכו אותו לחוכא ואיטלולא בעיני התקשורת, וסקרי דעת קהל שנערכו באמצע 1992 הציגו אותו כסגן הנשיא הכי פחות פופולרי מאז ספירו אגניו. רפובליקנים אחדים קראו לבוש לבחור עמית אחר, אבל בוש החליט שבחירת עמית חדש למרוץ תהא טעות.
מינויים משפטיים.
בית המשפט העליון.
בוש מינה שני שופטים לבית המשפט העליון של ארצות הברית. ב-1990 מינה בוש את שופט בית המשפט לערעורים עבור הסבב הראשון, דייוויד סוטר האלמוני-מה, במקומו של ויליאם ברנן הליברלי. סוטר היה מועמד לבית המשפט העליון בזכות מאמציו של ראש סגל הבית הלבן סונונו, יליד ניו המפשייר, מדינה שכלולה תחת הסבב הראשון עליו אמון היה סוטר. מינויו של סוטר אושר בקלות והוא כיהן בבית המשפט העליון עד 2009, אך הצטרף לגוש הליברלי של בית המשפט, ואכזב קשות את בוש ותומכיו הרפובליקנים. ב-1991 מינה בוש את קלרנס תומאס השמרן להחליף ת'ורגוד מרשל, ליברלי ותיק ותקיף. תומאס, לשעבר ראש וועדה לשוויון זכויות בתעסוקה (EEOC), התמודד לתפקיד כשמולו ניצבת התנגדות כבדה בסנאט, וכן מצד שדולות תומכות-הפלה מלאכותית ו-האגודה לקידום אנשים צבעוניים. מינויו נתקל בקושי נוסף כשאניטה היל האשימה את תומאס בכך שהטריד אותה מינית במהלך כהונתו כיו"ר ה-EEOC. מינויו של תומאס עבר בסנאט בהצבעה צרה ברוב של 52-48; 43 רפובליקנים ו-9 דמוקרטים הצביעו בעד מינויו של תומאס, בעוד 46 דמוקרטים ו-2 רפובליקנים הצביעו נגד המינוי. תומאס נהפך לאחד השופטים השמרנים ביותר בתקופתו.
בתי משפט אחרים.
נוסף על שני המינויים לבית המשפט העליון של ארצות הברית, מינה בוש 42 שופטים לבתי המשפט לערעורים בארצות הברית ו-148 שופטים אחרים לבתי המשפט המחוזיים של ארצות הברית. בין מינויים אלו נמנה סמואל אליטו, המכהן נכון ל-2018 כשופט בבית המשפט העליון, וכן ווהן ווקר, שנחשף מאוחר יותר כשופט הפדרלי ההומוסקסואל המוצהר הראשון. תחת רזומה המינויים המשפטיים של בוש ישנם מינויים אחדים השנויים במחלוקת, שכן 11 ממועמדיו ל-10 משרות של שופטים פדרליים לא עברו בוועדת המשפטים של הסנאט, שנשלטה על ידי המפלגה הדמוקרטית. עם זאת, עם תום כהונתו של בוש, השופטים שמונו ביוזמת חברי המפלגה הרפובליקנית היוו את הרוב בכל אחד משלושה עשר בתי המשפט הפדרליים לערעורים.
מדיניות פנים.
מדיניות כלכלית.
בתחילת כהונתו, התמודד בוש עם הגירעונות התקציביים שנותרו מתקופת רייגן. ב-1990 גדל הגירעון ב-220 מיליארד דולר אמריקני – פי שלושה מאז 1980. בוש הקדיש את מאמציו לבלימת הגירעון. הוא ניסה לשכנע את הקונגרס (שנשלט בידי הדמוקרטים) לשמור על גבולות התקציב; בעוד הרפובליקנים מאמינים שהדרך הטובה ביותר לטפל במשבר הכלכלי היא קיצוץ בהוצאות הממשלה, הדמוקרטים היו משוכנעים שהדרך היחידה היא להעלות את המסים. בוש עמד בפני בעיות רבות כשניסה להשיג קונצנזוס בנושא זה.
בעקבות מאבק עם הקונגרס, והלחץ של הרוב הדמוקרטי, נאלץ בוש להעלות את מס ההכנסה; כתוצאה מכך, רפובליקנים רבים חשו נבגדים משום שבוש הבטיח לא להעלות מיסים במסע הבחירות שלו מ-1988. בגלל רגשות נקם נגד בוש, הדפו חברי קונגרס רפובליקנים את הצעתו של בוש, שעיגנה בחוק את קיצוץ ההוצאות ואת העלאות המס שיצמצמו את הגירעון ב-500 מיליארד דולר במשך חמש שנים. תוכנית הקיצוץ אומצה בבית הנבחרים בתום ישיבה סוערת בת 21 שעות, ולאחר מכן אושרה גם בסנאט של ארצות הברית. התוכנית כללה העלאות במחירי הדלק, והטילה מיסים חדשים על משקאות חריפים, טבק השיח וטיסות. הוא קיבל דרישות נוספות של הדמוקרטים – מיסים גבוהים יותר והוצאות נוספות, מה שהרחיק אותו מהרפובליקנים והוביל לירידת הפופולריות שלו. מאוחר יותר אמר בוש שהוא מעולם לא רצה לחתום על הצעת החוק.
לקראת סוף ימי הקונגרס ה-101, הגיעו הנשיא וחברי הקונגרס לפשרה בנוגע לתקציב שהגדילה את שיעור המס השולי והפסיקה את הפטור ממס הכנסה גבוה. על אף שהוא דרש תחילה צמצום מס רווחי ההון, הוא התרכך בנושא זה. הסכם זה עם ההנהגה הדמוקרטית בקונגרס היה נקודת מפנה בנשיאות בוש – הפופולריות שלו בקרב הרפובליקנים מעולם לא חזרה להיות גבוהה. אמריקה נכנסה למיתון, שנמשך חצי שנה. תוכניות ממשלתיות רבות, בתחום הרווחה לדוגמה, גדלו. עם עליית שיעור האבטלה בשנת 1991, חתם בוש על הצעת חוק המספקת הטבות נוספות למובטלים. שנת 1991 עמדה בסימן של "רה-אורגניזציה" של חברות רבות, שהובילו לפיטוריהם של מספר ניכר של עובדים. רבים מהמובטלים היו רפובליקנים עצמאיים, שהאמינו כי עבודתם בטוחה.
בשנה השנייה לכהונתו, נאמר ליועציו הכלכליים של בוש להפסיק את הטיפול במשק, שכן הם האמינו שעשה את כל הדרוש כדי להבטיח את בחירתו מחדש. בשנת 1992, שיעורי הריבית והאינפלציה היו הנמוכים ביותר, אך עד אמצע השנה הגיע שיעור האבטלה ל-7.8%, הגבוה ביותר מאז 1984. בספטמבר 1992 דיווחה לשכת מפקד האוכלוסין של ארצות הברית כי 14.2% מכלל האמריקאים חיים בעוני. במסיבת עיתונאים מ-1990, אמר בוש לכתבים כי הוא נהנה יותר להתעסק במדיניות חוץ.
חוקים מרכזיים.
ב-1990, חתם בוש על חוק האמריקאים עם מוגבלויות. החוק יצר הגנות משפטיות נגד אפליה כלפי אנשים עם לקויות. החוק גם דרש ממעבידים ומדירות ציבוריות "חדרי אירוח ולינה נגישים" עבור נכים. החקיקה עברה ברוב מוחלט של שני בתי הקונגרס האמריקני, אם כי חלק מחברי הקהילה העסקית התנגדו לו, מחשש לעלותן של הדרישות. בוש, שבנו ניל סבל מדיסלקסיה, הזדהה עם תנועת זכויות הנכים וניסה לתמוך בחקיקה דומה במהלך מסע הבחירות ב-1988.
בוש הטיל וטו על חוק זכויות האזרח משנת 1990, שנועד לסייע לנשים ולמיעוטים להוכיח אפליה בשכרם. בוש הצדיק את הטלת הווטו באומרו כי החוק יוביל למכסות גזעיות בשכר. הקונגרס לא הצליח לעקוף את הווטו, אלא חזר על הצעת החוק ב-1991. בסופו של דבר חתם בוש על חוק זכויות האזרח של 1991. בנושא הסביבתנות, בוש אישר מחדש את חוק אוויר נקי. החקיקה ביקשה לרסן את הגשם החומצי ואת הערפיח בדרישה להפחתת פליטות כימיקלים כדוגמת גופרית דו-חמצנית. תיקון זה היה העדכון העיקרי הראשון של חוק האוויר נקי מאז 1977, והיה תוצאה של פשרה בין הקונגרס לבין בוש.
בוש גם חתם על חוק זיהום הנפט של 1990 בתגובה לאסון הנפט של אקסון ואלדז. בוש חתם על חוק ההגירה של 1990, שהביא לעלייה של 40% בהגירה לארצות הברית. בוש התנגד לגרסה מוקדמת יותר של הצעת החוק, שאפשרה הגירה בהיקף גבוה יותר, אך תמך בהצעת החוק שהציג לו הקונגרס בסופו של דבר.
בוש היה חבר באיגוד הרובאים הלאומי בתחילת 1988 והתמודד לנשיאות כתומך בזכות לשאת נשק בתמיכת האיגוד בבחירות 1988. במרץ 1989 הוא הטיל איסור זמני על יבוא של רובים חצי אוטומטיים מסוימים. פעולה זו עלתה לו בתמיכתו של האיגוד ב-1992. בוש התפטר בפומבי מחברותו בארגון לאחר שקיבל מכתב מהאיגוד בו תוארו סוכני הרשות לאכיפת נושאי האלכוהול, הטבק, הנשק וחומרי הנפץ כ"בריונים עם מגפיים". הוא כינה מכתב זה כ"השמצה אכזרית של אנשים טובים".
מדיניות חוץ.
פנמה.
בשנות ה-80, מנהיג פנמה, מנואל נורייגה, היה בן ברית של הממשל האמריקני ושל ה-CIA. מאוחר יותר הוא הואשם בריגול לטובת פידל קסטרו ובהברחת קוקאין לארצות הברית, פעילות פשע מאורגן והלבנת כספים, והיה לאחד האנשים הידועים ביותר באמריקה ואוזכר באופן תדיר בעיתונות. המאבק להדחתו מהשלטון החל בימי ממשל רייגן, כאשר הוטלו סנקציות כלכליות על המדינה; חלק מהסנקציות כללו איסור על חברות אמריקאיות ועל הממשלה לשלם תשלומים לפנמה והקפאת 56 מיליון דולר מכספי פנמה בבנקים אמריקאיים. רייגן שלח יותר מ-2,000 חיילים אמריקאים לפנמה.