במהלך השנים הראשונות של המושבה הספרדית, סבלה מערכת הדרכים של האינקה משלב של נטישה והרס שנגרמו כתוצאה מהירידה הפתאומית במספר הילידים עקב מחלות ומלחמות שהקטינו את האוכלוסייה מיותר מ-12 מיליון איש לכ-1.1 מיליון ב-50 שנה והרס המבנה החברתי שסיפק כוח אדם לתחזוקת הדרכים. השימוש בדרכי האינקה הפך לחלקי והותאם ליעדים הפוליטיים והכלכליים החדשים של המושבה ומאוחר יותר של מלכות המשנה של פרו שבה התבסס המבנה הכלכלי על הפקת מחצבים וייצור מסחרי. חל שינוי דרמטי בשימוש בשטח. השילוב הקודם של שטחים אורכיים ורוחביים צומצם לחיבור של עמקי האנדים והאלטיפלאנו עם החוף כדי לאפשר ייצוא של מוצרים, בעיקר זהב וכסף, שהחלו לזרום לחוף ומשם לספרד. גורם מרכזי בפירוק הרשת ברמה התת-יבשתית היה פתיחת נתיבים חדשים לחיבור מרכזי הייצור החדשים (אחוזות ומכרות) עם נמלי החוף. בהקשר זה, נעשה שימוש רק באותם מסלולים שכיסו את הצרכים החדשים, והשאר ננטשו, במיוחד אלו שהתחברו למבצרים שנבנו במהלך התקדמות אימפריית האינקה, או כאלו שקישרו בין המרחבים החקלאיים למרכזים המנהליים. אף על פי כן, הדרכים הפולחניות שאפשרו גישה למקדשים המשיכו לשמש תחת הסינקרטיזם הדתי שאפיין את ההיסטוריה של האנדים מאז הכיבוש.
סייסה דה לאון ציין ב-1553 את נטישת הדרכים וקבע כי אף שבמקומות רבים הן כבר הרוסות או אפילו לא קיימות, הן מראות את גדולת העבר. הערצתם של ההיסטוריונים למערכת הדרכים לא הספיקה כדי לשכנע את השליט הספרדי בצורך לתחזק ולגבש את מערכת הדרכים במקום לנטוש ולהרוס אותה. צמצום האוכלוסייה המקומית ליישובים חדשים שנבנו (הידועים כרדוקסיונס, מעין מחנות ריכוז) היה בין הגורמים לנטישת דרכי האינקה, ולבנייתם של דרכים חדשות לחיבור הרדוקסיונס למרכזי הכוח הספרדי. גורם חשוב נוסף היה חוסר ההתאמה של הדרך לסוסים ופרדות שהובאו על ידי הכובשים, שהפכו לבהמות המשא החדשות, שהחליפו את הלמות הקלות.
אפילו החקלאות החדשה, שמקורה בספרד, המורכבת בעיקר מדגנים, שינתה את מראה השטח, שלעיתים עבר טרנספורמציה, חתכה וחיברה כמה טרסות חקלאיות שצמצמו את האדמה הפורייה עקב סחיפה מגשם. הטכנולוגיות החקלאיות הפרה-היספניות ננטשו או הועברו לעבר שוליים.
חלק מרשת הדרכים המשיך להיות בשימוש, כמו גם חלק מהמבנים הנלווים שלה, כמו מבני הטמפו, שהפכו למחסנים וחנויות, תוך התאמה למסורת ספרד, ונלקחו אליהם התוצרים של האיכרים למכירה. מבני הטמפו נכנסו לשלב חדש כאתרי מפגש של סגנונות חיים שונים שבסופו של דבר שילבו באופן בלתי הפיך מבנים חברתיים וטריטוריאליים חדשים.
התקופה המודרנית.
לאחר העצמאות מספרד לא ביצעו הרפובליקות האמריקאיות שינויים משמעותיים בשטח לאורך המאה ה-19. במקרה של פרו, המבנה הטריטוריאלי שהקימה המושבה נשמר כשהקשר בין ייצור בהרים לפעילות בחוף התגבש תחת שיטת הכרייה ויצוא המחצבים.
בניית כבישים ומסילות ברזל מודרניים הותאמה לשיטה זו. היא נתנה עדיפות לקשר עם החופים והושלמה על ידי צירים רוחביים של חדירה לעמקים בתוך הרי האנדים לתיעול הייצור לכיוון ציר החוף ונמלי הים שלו. בסוף המאה השמונה עשרה פותחו אחוזות גדולות לאספקת חומרי גלם לשווקים בינלאומיים, יחד עם גואנו, כך שלנמלים של פרו הייתה משמעות מיוחדת. חלקים מסוימים של דרכי האינקה עדיין היו בשימוש בדרום האלטיפלאנו כשהם מאפשרים גישה למרכזים העיקריים לייצור צמר אלפקה וויקוניה, שהיו מבוקשים מאוד בשווקים הבינלאומיים.
ארגון הכבישים במאה העשרים לאורך הרי האנדים נתן עדיפות לכביש הפאן-אמריקאי לאורך החוף, שמסלולו חופף לדרך החוף של האינקה. כביש מהיר זה חובר אז לנתיבים מערבה-מזרחית לתוך העמקים, בעוד שדרך האינקה מצפון לדרום על גב רכס ההרים הצטמצמה בעיקר לשימושם של הולכי רגל מקומיים.
בשנת 2014 הפכה מערכת הדרכים לאתר מורשת עולמית של אונסק"ו.
האדריכלות וההנדסה של דרכי האינקה.
בני האינקה בנו את מערכת הדרכים שלהם על ידי הרחבה וחיזוק של מספר רשתות קטנות יותר של דרכים, התאמת ושיפור תשתיות קודמות, הקמת מערכת של דרכים פורמליות והפעלת מערכת תחזוקה שתגן על הדרכים ותקל על הגירה וההחלפות של אנשים, סחורות ומידע. התוצאה הייתה רשת דרכים גדולה בממדים תת-יבשתיים, אשר הופנתה מקוסקו לארבעת הכיוונים של רוחות השמיים שסימנו את החלוקה הטריטוריאלית של הטוואנטינסויו (אימפריית האינקה), מה שאפשר לאינקה ולקציניו לקבל מידע על כל מה שהסתובב בדרכים, בלא תלות בשאלה עד כמה הם היו רחוקים מהאירועים המדווחים.
בני האינקה פיתחו טכניקות להתגבר על הטריטוריה הקשה של הרי האנדים: במדרונות תלולים הם בנו מדרגות אבן, בעוד שבאזורים מדבריים ליד החוף בנו חומות נמוכות כדי למנוע מהחול להיסחף ולהיערם על הדרך.
סלילה ותחזוקה.
כוח האדם הנדרש הן לסלילה והן לתחזוקה הושג באמצעות המיט'ה: מעין מס עובד, שאותו שילמו העמים שנכבשו, ושבאמצעותו ייצרה אימפריית האינקה את הסחורות הנדרשות וביצעה את השירותים הדרושים, שכללו אחזקת דרכים, והתשתיות הרלוונטיות שלהן (גשרים, טמפו, מחסנים וכו').
העבודה אורגנה על ידי מנהלים שהיו ממונים על פיתוח, בקרה ותפעול של דרכים וגשרים, וכן על תקשורת. הכרוניקן פליפה גואמן פומה דה איילה ציין כי פקידים אלו נבחרו מבין קרובי משפחתם של האצילים של האינקה, תושבי קוסקו. היו שלושה מנהלים עיקריים: מנהל דרכי המלוכה, מנהל הגשרים ומנהל הצ'סקי. היו גם כמה אמוחונדורס (amojonadores) או בוני ציוני דרך.
רכיבים אדריכליים.
הייסלופ ציין כי לא היה תקן לסלילת דרכים, מכיוון שהדרכים נבנו בסביבות ובנופים מגוונים מאוד.
דרכים וריצופן.
בהרים וביערות בהרים, שימשו לריצוף אבנים מסודרות במדויק, שהניחו אותן כשפניהן השטוחות כלפי מעלה, בניסיון לייצר משטח אחיד. אף על פי כן, לא כל הדרכים רוצפו; באלטיפלאנו של האנדים ובמדבריות החוף הדרך נעשתה בדרך כלל באמצעות אדמה דחוסה, חול, או פשוט כיסוי שטחי עשב באדמה או בחול. יש גם עדויות לריצוף בסיבים צמחיים כמו בדרך של פמפה אפוארה (Pampa Afuera) ב (מחוז אנקש בפרו).
רוחב הדרכים השתנה בין 1 ל-4 מטרים אם כי חלקן היו יכולות להיות רחבות בהרבה, כמו הדרך המובילה לוואנוקו פמפה שהייתה ברוחב 25 מטרים. בקטע של מערכת הדרכים בין קוסקו לקיטו, שהיה הפעיל ביותר, הרוחב היה תמיד מעל 4 מטרים אפילו באזורים חקלאיים שבהם האדמה הייתה בעלת ערך גבוה. חלקים מסוימים הגיעו לרוחב של 16 מטר. ליד מרכזים עירוניים ומנהליים יש עדויות לשתיים או שלוש דרכים שנסללו במקביל. הרוחב המרבי שנרשם בדרך החוף הצפונית הוא 35 מטר, בעוד שהרוחב הממוצע בדרך החוף הדרומית הוא 8.5 מטר.
חומות ושורות אבנים.
אבנים וחומות שימשו לסימון רוחב הדרך ולסמן אותה. בחוף ובהרים, הזמינות של חומרי בנייה כמו אבן ובוץ להכנת לבני בוץ אפשרה לבנות חומות משני צידי הדרך, לבודד אותה מקרקע חקלאית כך שההלכים והשיירות עברו מבלי להשפיע על היבול. באזורים המישוריים ובמדבריות, קירות אלו מנעו כנראה מחול מלכסות את הדרך. בהיעדר חומות, הדרכים באזורים השוממים יותר השתמשו גם בשורות אבנים ובעמודי עץ שננעצו בחול כסימון תוואי. שורות אבנים נבנו תוך שימוש באבנים בגדלים וצורות דומות, המונחות זו לצד זו וממוקמות באחד או בשני קצוות הדרך, מסודרות כבמעין שוליים. בחלק מהמקרים היו דפנות האבנים הללו משולבות.
תלמים.
אף שלא מדובר אך ורק באלמנט בנייה המשמש לתיחום שולי הדרך, ישנם מקרים בהם תלמים תוחמים את הדרך משני הצדדים. דוגמאות לתלמים אלו נמצאו באזור החוף הממוקם מדרום למחוז צ'אלה בארקיפה.
קירות תמך.
קירות תמך נעשו מאבנים, אבני עץ או בוץ ונבנו על מורדות גבעות. קירות אלו עזרו בפילוס הבסיס לדרך או לתמוך באדמה שעלולה אחרת לגלוש במורד המדרון, כפי שרואים בדרך כלל בדרכים הרוחביות המובילים אל החוף מההרים.
ניקוז.
ניקוז על ידי מחפורות או תעלות היה תכוף יותר בהרים ובג'ונגל בגלל הגשם המתמיד. לאורך קטעי דרך אחרים בוצע ניקוז מי הגשמים באמצעות מערכת המבוססת על תעלות אורכיות וניקוזים קצרים יותר, לרוחב ציר הדרך. קירות תמך שימשו לאורך מדרונות ההרים, והם דומים לאלה ששימשו לתמיכת הטרסות. בעת חציית שטחי ביצות, הדרכים נתמכו לרוב על ידי חומות תמיכה או נבנו על סוללות.
סימני דרך.
במרחקים קבועים סומן כיוון הדרך באמצעות ערמות אבן (בספרדית mojones), סוג של אבן מיל, בדרך כלל משני צידי הדרך. הם היו עמודים של אבנים שנערמו היטב שבקצה שלהן הוצב סלע. לעיתים קרובות הן הוצבו בצורה אסטרטגית על מקומות מוגבהים כדי להבחין בהן ממרחק רב.
האפצ'טות (apachetas, כינוי לגל-עד באמריקה הדרומית) היו תלוליות של אבנים בגדלים שונים, שנוצרו באמצעות הצטברות הדרגתית של אבנים שההולכים בדרך הניחו כמנחה שנועדה להבטיח שלא יתקלו במסעם במכשולים ובכדי שיסתיים בהצלחה. האפצ'טות היו ממוקמות בצדי הדרכים במקומות מעבר כמו מעברים או "נקודות עניין" למטיילים. בתקופת המושבה הספרדית ובתקופת מלכות המשנה שאחריה, ספג מנהג זה גינוי בשל אופיו הפגאני, והכמרים הצטוו לפרק אותן ולנטוע צלבים במקומן. אף על פי כן, מסורת הכנת האפצ'טות לא פסקה וצלבים או מזבחות בגדלים שונים לוו בתלי אבן.
ציורים ודגמים.
בחלק מהמקומות כמו במחסות סלע או על צוקים לצד הדרכים מופיעים ציורי סלע. הציורים הצבועים בדרך כלל מייצגים בעלי חיים בדרך כלל דמויי גמלים מסוגננים, בעיצוב ובצבעי האינקה האופייניים. כמו כן נמצאו דמויות מגולפות ישירות על האבן.
סלעים בגדלים שונים בצד הדרך יכולים לייצג את צורות ההרים או הקרחונים החשובים של האזור, כביטוי לקידוש הגאוגרפיה; הם יכולים להיות מורכבים מסלע אחד או יותר.
סוללות.