חלק מסוים מאזור זה נבנה מחדש בתקופה הרומאית. רוב האזור נזנח ונהרס ונכון למאה ה-21 הוא נראה כחולות משובצים ערימות לבנים ופסולת.
העיר המרכזית.
העיר המרכזית נבנתה בחלק הסופי של דרך המלך. זה היה האזור המנהלי של העיר שבו רוכזו רוב הבניינים הרשמיים ובו גרו ועבדו אנשי המנהלה. המבנים בחלק זה נבנו מאבן על גבי יסודות המאפשרים לחוקרים לזהות את מקומם. רוב האבנים פורקו ועברו שימוש נוסף לאחר נטישת העיר.
הארמון המלכותי הגדול - נבנה בקצה דרך המלך ובמקביל אליה. המבנה השתרע לאורך כ-580 מטר בין דרך המלך לגדת הנהר. נמצאו שרידים המעידים על תכנון אסתטי קפדני. החומרים שנמצאו הם פאיאנס מצרי, בהט (אלבסטר), פסלי גרניט וקוורץ. לבני הבוץ היו מצוירים, העמודים מעוטרים והרצפות עשויות גבס. רצפות אלו התגלו על ידי פיטרי ב-1891 ותוארו על ידו. אולם נהרסו מאוחר יותר. היו בו חצרות פתוחים שהכילו פסלי ענק של המלך וששם התקבלו שליחים ואורחים. מחובר על ידי גשר היה מבנה ששימש כנראה את אספת השרים של המלך. מקושר אליו בגשר היה הארמון המלכותי הקטן היכן שהיה המשכן הטקסי של בני המלוכה.
המקדש הגדול - שימש כמרכז העצבים של כת האתון בעמארנה. על בסיס תרשימים שהתגלו במבנים בשטח, ארכאולוגים הסיקו שהמבנה היה בשטח של 800X 300 מטר. רובו הכיל חצר פתוחה והיו בו שני בניינים: המקדש הארוך, קרוב לחזית וקודש הקודשים בחלק האחורי. החצר הייתה מלאה בכ-365 שולחנות עולה. המקדש היה מאוכלס בפסלים רבים של אחנתון, נפרטיטי, אמנחותפ השלישי ואשתו השנייה של אחנתון, קיאה. נמצאו שברים של פסלים אלו על ידי הווארד קרטר כאשר עבד במשלחתו של פיטרי ב-1892. מחקר מחודש של המקדש התחיל ב-2012.
דרומית למקדש, נמצאו מספר בתים, ביניהם ביתו של הכהן הגדול.
המקדש הקטן - המקדש הקטן הקיף שטח של 191X111 מ'. נמצאו בשטח מספר לבנים עם הציון "האחוזה", שאולי מתאים לשם המופיע על אחת מאסטלות הגבול, "אחוזת אתון". המקדש נחלק לשלושה חלקים. לכל חלק הייתה גישה בין שני עמודים. החצר הראשונה הכילה 106 שולחנות עולה, החצר השנייה הכילה מבנה קטן המכונה היום כ"בית הכוהן", והחצר השלישית הכילה מבנה שהיה קודש הקודשים.
הארכיון המרכזי - השטח מאחורי בית המלך והמקדש הקטן היה מאוכלס על ידי מבנים מסודרים בשורות וביניהם רחובות צרים. נראה שהם שימשו את סופרי המלך. ביניהם נמצא המבנה שבו נמצאו רוב מכתבי עמארנה והמכונה "הארכיון המרכזי".
אזור המגורים הדרומי.
אזור המגורים הדרומי הוקצה לאנשי המעלה העשירים, בהתאם לכך היו שם אחוזות גדולות מאוד ואנדרטאות של אנשי מעלה.
הווילה המפורסמת ביותר באזור זה הייתה של , פסל, שהיה אמון על בניית פסלי הפורטרטים המלכותיים. בביתו, ב-1912 נמצאו הרבה פורטרטים כאלו על ידי משלחת גרמנית, ביניהם הפורטרט המפורסם, חסר העין של המלכה נפרטיטי, הנמצא מאז במוזיאון בברלין.
באזור הפרברים הדרומי התגוררו האיכרים ועובדי האדמה וכן בוני הקברים שבנקרופוליס.
קום אל-ננה
דרומית-מזרחית לאזור המגורים, בקום-אל-ננה נמצאו בין השנים 1988 ו-2000, שרידי מקדש אבן גדול שהיה מוקף בגן עצים ומספר מבני שרות וביניהם גם מאפייה. בזמנו חשבו שהמקום הוא שרידי מחנה רומאי.
מארו-אתון
כ-3 ק"מ דרומית לאזור המגורים, נמצאת . זהו ארמון או מקדש שמש. מבחינים בו שני אזורים מוקפים חומה עם מזבחות, אגם קטן ושבילים מעוטרים בציורי טבע. במקור חשבו שהמקום נבנה עבור קיאה, אולם לאחר מותה, שונו השמות והתמונות לאלו של מרית-אתן, בתו של אחנתון.
האתר נחפר בשנים 1896 על ידי ברסאנטי וב-1921 על ידי ליאונרד וולי. בזמן המודרני המקום נכבש על ידי שדות מעובדים והוא בחזקת אבוד.
אתרי המדבר.
צפונית לדרך המובילה לאתרי הקבורה, נמצאו שרידים של מבנים הבנויים מלבני בוץ. מבנים אלו מכונים "מזבחות המדבר". כמו כן נמצא כאן כפר העובדים, 64 בתים רגילים, בתוך חומה תוחמת ובית תפילה. המקום היה מיושב גם בימי תות ענח' אמון, אולי כדי לשרת את הקברים, לשמור עליהם או אולי כדי לפרק אותם. אתר דומה נמצא מזרחית לכפר העובדים, לא רחוק ונקרא "עיר האבן" על שם סלעי אבן הגיר המרוכזים באופן בולט במקום. יש לו דמיון מה לכפר העובדים. המקום נחקר מעט מאוד ואינו פתוח למבקרים.
אתרי הקבורה.
אתרי הקבורה שנמצאו של עמארנה, אינם כוללים אתרים המיועדים לאנשים מהשורה. נמצאו קברי המלך ומשפחתו, קברי אצילים ונושאי משרות.
בשנות ה-2000 נמצאו מדרום לעיר בתי קברות שהכילו כ-3,000 מתים. רובם לא עברו חניטה, לא היו בהם כתבים, לעיתים הם נעטפו ונמצאו על ידם כלי חרס.
הקברים הצפוניים
צפונית למישור המדברי, בקצה שיפוע שמוביל לצוק של 85 מטר, נמצאים שישה קברים של יועציו הקרובים ביותר של המלך. כמו כן נמצאו שם הכנות למספר קברים נוספים. הקברים מוגנים באמצעות שער ברזל. ניתן לבקר בהם.
רשימת הקברים:
בתקופה הרומית, במאות החמישית והשישית לפנה"ס, התיישבה במקום קהילה נוצרית קופטית. ניתן לראות שרידי בקתות אבן שלהם. קבר מס. 6 (פנהסי) הוסב על ידם לכנסייה תוך ביצוע שינויים בקבר.
הקברים הדרומיים
קבוצה גדולה יותר ומכילה 19 קברים, ממוספרים 7–25.
מבנה הקרקע כאן הוא באיכות נמוכה, אבל הגישה מרובעי המגורים היא קלה יותר. שוכני קברים אלו שייכים למגוון רחב יותר, החל ממפקד המשטרה (מס. 9) וכלה בקברו של "הסנדק" איי שהפך לפרעה לאחר תות ענח' אמון (מס. 25). בקברו של איי, יש תיאור כיצד הוא מעלה תפילה, ההמנון של המלך פרעה אחנתון על השמש.
חלק גדול מהקברים אינם מעוטרים כלל וחלקם לא יושבו לפני שהעיר ננטשה.
הקבר המלכותי
בתחילת מלכותו, אמנחותפ הרביעי עוד תכנן להיקבר בעמק המלכים, בסמיכות לאביו, אמנחותפ השלישי. הוא התחיל לבנות לעצמו קבר, WV25. בהמשך התקבלה ההחלטה לנטוש את תבאי ואז הופסקה העבודה על הקבר. הקבר שהוא בנה לעצמו באל-עמארנה, מסומן במספר 26. הוא נמצא במרחק של כ-6 ק"מ מהוואדי. המבנה של הקבר שונה מהמבנה של הקבר של אמנחותפ השלישי, הארכיטקטורה שלו היא בקו ישר. כמו כן, היות שהקבר יועד ליותר מבן משפחה אחד, נמצאו מספר חדרי קבורה במקום. בקבר נקברו הנסיכה מקט-אתן שנפטרה לפני אביה, אמו, אשתו המשנית, קיאה וגם הוא עצמו.
בגלל איכות הקרקע הנמוכה, הרבה עיטורים בוצעו על גבי ציפוי גבס של הקירות ולכן נשחתו עם הזמן.
הקבר נפרץ בזמן עתיק, הסרקופג נותץ ויש הסוברים שהמומיה שלו נקברה מחדש, לאחר שפניה הושחתו בעמק המלכים בקבר KV55.
הוא התגלה בשנת 1880 על ידי אנשים מקומיים. ממצאים של הסרקופגים המנופצים של אחנתון וביתו וכן שרידים של כדים קנופיים, משוחזרים נמצאים במוזיאון המצרי בקהיר. נמצאו גם כ-200 דמויות אושבטי של אחנתון.
מדרום לוואדי יש מספר נוסף של קברים גדולים, כיאה למשפחת המלוכה, לא גמורים. מסומנים במספרים 27-30.
אסטלות הגבול.
נמצאו 16 אסטלות גבול שתחמו את העיר. סוברים שהיו יותר וחלק כוסה בחול ונעלם. אסטלות אלו נשאו כרזות וכתבים וכמעט כל מה שידוע על העיר נלמד מהן.
בין היתר מפורט באחת האסטלות כיצד נבחר האתר שבו נבנתה העיר: "מקום שלא שייך לאף אל ולאף מלך".
האסטלה הראשונה שנתגלתה על ידי , בטונה אל-ג'בל, במערב הנילוס, וסומנה כאסטלה A.
האסטלה הראשונה שנתגלתה בחלק המזרחי הייתה אסטלת U.
בעיקרון מחלקים את האסטלות לשתי קבוצות: אסטלת M, X ו-K, משויכות לשנת מלכותו החמישית של אחנתון ונושאות טקסט הידוע כ"ההכרזה הראשונה". אסטלות אלו נחצבו בתוך גומחה.
אסטלות A, B, F, J, N, P, Q, R, S, U ו-V, מתוארכות לשנת מלכותו השישית עם תוספת כתובית המתוארכת לשנה השמינית של מלכותו, והמחזקות את השבועה הקודמת.
על יד האסטלות ניצבו פסלי בני המשפחה. רובם נהרסו.
בהמשך נמצאה אסטלה נוספת, L, במצב פחות שמור. מכאן מסיקים שייתכן וימצאו אסטלות נוספות.
האסטלה הקדומה ביותר, K, מכילה את כרזת התחייבות לאל החדש.
הכרזה מתארת כיצד אתן הופיע לפני אחנתון בכרכרתו וציווה עליו להכין לו מקום. המלך נשבע לקבל על עצמו את מצוות האל ולבנות לו את אחוזתו ולהעביר אליו את כל המיסים.
אמנות עמארנה.
האמנות המצרית, בתקופת עמארנה הקצרה, שונה מהאמנות שהייתה מקובלת במצרים במשך מאות שנים לפני כן ושחזרה לקדמותה לאחר תקופת עמארנה.
אחד המקומות הראשונים שבהם נתקלים בתהליך השינויים האמנותיים הוא בקברו של ה. על קיר אחד מצוי ציור של אמנחותפ הרביעי הצעיר היושב מאחורי אביו ומצויר באופן המסורתי. ציור זה צויר עם מותו של אמנחותפ השלישי. בקיר אחר, מאוחר יותר, מופיעים אמנחותפ הרביעי ונפרטיטי מבורכים בידי הקרניים של אתון, ומצוירים בדרך חדשה, שלא כתמונות אופייניות של בני משפחת המלוכה משושלות אחרות. כלומר מזהים שינוי בביטוי האמנותי המקובל.
אחנתון ניסה להנחיל שנויים משמעותיים בתרבות המצרית, על מנת להלל את האל, אתן. הקו המנחה את אחנתון, היה "חיה על פי האמת". לכן האמנות הייתה יותר ריאליסטית מאשר קודם לכן. השינויים נגעו במספר תחומי אמנות:
ציור
הציור מאופיין על ידי תנועה ופעילות. הדמויות בעלות ידיים מורמות, דמויות רבות חופפות והרבה תרחישי צפופות. הדמויות רזות מרימות את ידיהן. הפרטים של הידיים מודגשים, כולל ציפורניים. הדמויות תמיד מתוארות בפרופיל, בתנועה ולהן רגל ימין וגם שמאל, בעוד שבתרבות מצרים העתיקה היו שתי רגליים זהות. אין הבדל בצבע הגוף של הגבר והאישה (בתרבות העתיקה, הגבר צבוע בגוון כהה יותר). צוירו תרחישים מחיי המשפחה תמונות חיבה זוגיות. אכילה ושתייה, משחק עם הצאצאים, חיבוק ונשיקה. המלכה מצוירת בגודל ריאלי, יחסית לגודל של המלך והיא מופיעה לצדו בפעילויות השונות שלו.