ב־14 במאי 1948 הכריז דוד בן-גוריון בתל אביב על הקמת מדינת ישראל. הכרזת המדינה התייחסה להחלטת העצרת הכללית של האו"ם כאל ההצדקה המשפטית להקמת המדינה. בנוסף לכך ההכרזה קבעה, בהתאם לתוכנית החלוקה של האו"ם, כי מדינת ישראל תקיים שוויון זכויות חברתי ומדיני גמור לכל האזרחים ללא הבדל דת, גזע ומין ותבטיח חופש דת ומצפון, לשון וחינוך.
סיום המנדט הבריטי בארץ ישראל והכרזת הקמתה של מדינת ישראל הובילו למלחמה כוללת (ראו מלחמת העצמאות) אשר פרצה ב-14 במאי 1948. בעקבות ההכרזה פלשו חמישה צבאות של מדינות ערב: לבנון, סוריה, ירדן, עיראק ומצרים ותקפו את מדינת ישראל שזה עתה קמה. המלחמה הסתיימה בניצחונו של צה"ל, שהדף את צבאות ערב והרחיב את תחום המדינה מעבר לגבולות שנקבעו למדינה היהודית בהחלטת עצרת האו"ם. ירדן, סוריה, לבנון ומצרים חתמו על הסכמי שביתת הנשק עם ישראל. הטריטוריות אותן ישראל לא כבשה - הגדה המערבית ורצועת עזה, עברו לשליטת ירדן ומצרים, בהתאמה. בנוסף לכך, לאחר מלחמת העצמאות שלטה ישראל על אזור מערב ירושלים ואילו ממלכת ירדן שלטה בעיר העתיקה ובשכונות המזרחיות של ירושלים, בהן גם הרובע היהודי אשר תושביו היהודים הועברו לישראל. בשנת 1950 סופחו השטחים שבשליטת ירדן כולל מזרח ירושלים באופן חד צדדי לממלכת ירדן והוחל עליה החוק הירדני, שטח זה זכה להגדרה המדינית "הגדה המערבית", ביטוי הנמצא בשימוש עד היום.
במהלך מלחמת העצמאות עזבו רוב הערבים תושבי שטחי ארץ ישראל שנכללו במדינת ישראל את בתיהם והיו לפליטים. ההערכות הן שמדובר בכ-700,000 עד 750,000 פליטים. חלק מן הערבים עזבו את מקום מושבם עוד לפני המלחמה, חלקם נמלטו במהלך הקרבות, ובחלק מהמקומות גורשו תושבים ערביים מיישוביהם בכוח או שהתבקשו להתפנות מהם באופן זמני על ידי ההגנה וצה"ל. רוב הפליטים הערבים לא הורשו לחזור לשטחי מדינת ישראל לאחר המלחמה, ולא קיבלו חזרה לרשותם את האדמות והרכוש שהשאירו מאחור. תוצאות אלה של מלחמת העצמאות מכונות על ידי הערבים הנכבה, שפירושה "האסון". במרבית מדינות ערב, למעט ירדן, לא הוענקה לפליטים וצאצאיהם אזרחות.
בשנת 1949, הציעה מדינת ישראל לשחרר חשבונות בנק קפואים ולאפשר לכ-100,000 שהיו חלק מבני המשפחות אשר התפצלו במהלך המלחמה לחזור לשטח המדינה. מדינות ערב דחו פשרה זו, בין היתר משום שהם לא היו מעוניינים לבצע כל פעולה אשר תכיר בקיומה של מדינת ישראל. בשנת 1950 חוקקה הכנסת את חוק נכסי נפקדים שהסדיר את הפקעת רכושם של הפליטים הערבים. נכון להיום (2022), חלק ניכר מהפליטים עדיין חיים במחנות פליטים ושאלת הסטטוס שלהם עדיין נותרה אחת מהסוגיות המרכזיות בסכסוך הישראלי פלסטיני וידועה כבעיית הפליטים הפלסטינים.
1949–1967: מהקמת מדינת ישראל עד מלחמת ששת הימים.
עם הקמת מדינת ישראל בוטלו ההגבלות על הגירת יהודים. בעקבות כך היגרו מאות אלפי עולים יהודים, רובם ניצולי שואה מאירופה או פליטים מארצות האסלאם. בעקבות מלחמת העצמאות, קרוב ל-856,000 יהודים גורשו או נמלטו מבתיהם במדינות ערב ועלו לישראל, תוך שהם נאלצים להותיר מאחור את רוב רכושם. יהודי לוב, עיראק, תימן, סוריה, לבנון וצפון אפריקה עזבו את מדינותיהם עקב חוסר יציבות פוליטית וסכנה ממשית לחייהם, כאשר רובם נאלצו לנטוש את נכסיהם. 260,000 פליטים יהודיים הגיעו לישראל בין השנים 1948 - 1951, ו-600,000 עד 1972.
מרבית התושבים הערבים-פלסטינים אשר נותרו בשטחי מדינת ישראל לאחר המלחמה קיבלו אזרחות ישראלית. אף על פי כן, יחסן של שלטונות המדינה לאזרחים הערביים היה חשדני, ועל ריכוזי האוכלוסייה הערביים הוטל ממשל צבאי ומגבלות רבות. באמצעות מגוון אמצעים משפטיים הועברה בהמשך הבעלות על הקרקעות אשר ננטשו על ידי הפליטים הערבים במהלך המלחמה לבעלותה של מדינת ישראל. בשנת 1966, ביטל ראש הממשלה, לוי אשכול, את הממשל הצבאי על ערביי ישראל. בעקבות ביטול הממשל הצבאי, בוטלו גם החוקים אשר הפלו לרעה את האוכלוסייה הערבית במדינה ולערביי ישראל הוענקו אותן הזכויות אשר הוענקו לשאר האזרחים במדינת ישראל.
לאחר מלחמת העצמאות, חלק מהפליטים הערבים-פלסטינים אשר שכנו בסוריה, בגדה המערבית תחת שליטה ירדנית וברצועת עזה תחת שליטה מצרית ניסו לחזור לתחומי מדינת ישראל, לאזורים בהם הם שכנו לפני המלחמה. כמו כן, חלק מן הערבים אשר נותרו בישראל הוכרזו כמסתננים וגורשו מהמדינה. ישראל התנגדה לשיבת הפליטים הערבים בחריפות - הן מסיבות מעשיות (ישראל טענה שהגירת הפליטים לישראל תביא לחיסולה כמדינה יהודית ותגרור מלחמת אזרחים) והן מסיבות מוסריות (ישראל טענה שמדינות ערב והפלסטינים עצמם הם האחראיים לבעיית הפליטים).
העימותים בין ישראל לפלסטינים לאורך הגבול הירדני החמירו באופן הדרגתי. בתחילה בוצעו פשיטות בקנה מידה קטן של כוחות פלסטינים בשטחי מדינת ישראל אשר הובילו בהמשך למספר פעולות תגמול ישראליות גדולות יותר באזור הגדה המערבית בהם, הפעולה בבית ג'אלה (1952), פעולת קיביה (1953), טבח מעלה עקרבים (1954), פעולות התגמול בראנטיס ופאלאמה (1953) ופעולת התגמול בנחאלין (1954). מבצע ישראלי כושל במצרים שכונה בישראל עסק הביש, הוביל להסלמת היחסים בין הציבור המצרי לקהילה היהודית במצרים, משום שסוכני המבצע גויסו מתוך הקהילה היהודית במצרים. בהמשך, בפברואר 1955 בעת פשיטה ישראלית על מוצב מצרי ברצועת עזה נהרגו 37 חיילים מצרים. בעקבות כך, החלה ממשלת מצרים לממן, לאמן ולחמש יחידות פדאיון אשר מנו מתנדבים פלסטינים מעזה. לאחר מבצע סיני בשנת 1956 הכריזה הממשלה המצרית על גירוש יהודי מצרים. יחידות הפדאיון הפלסטיניים הוציאו לפועל לאורך השנים פיגועים רבים נגד האוכלוסייה היהודית בישראל אשר יצאו מרצועת עזה וממצרים.
לאחר שנים רבות שבהן ניהלו יחידות הפדאיון הפלסטיניות את המאבק מול ישראל, בשנת 1964 נוסד הארגון לשחרור פלסטין (אש"ף). מאז הקמתו ב־1964 ועד סוף שנות ה-80 היו מטרות הארגון המרכזיות: ייצוג פוליטי של העם הפלסטיני ומאבק מזוין במדינת ישראל עד כדי חיסולה. במהלך כינוס זה התקבלה גם האמנה הפלסטינית, אשר תוקנה ב־1968 בפרטים טכניים. האמנה הגדירה מיהו פלסטיני, טענה לזכות בלעדית של העם הפלסטיני על פלסטין (היא ארץ ישראל), וקבעה שזכות זו תמומש רק במאבק מזוין נגד ישראל.
המתיחות בין ישראל למצרים הגיעה לשיאה בשנת 1967, כאשר כוחות יבשה מצריים צלחו את תעלת סואץ ונכנסו למרחבי סיני בעוד שמספר כוחות צבא נוספים איימו במקביל על ישראל מהחזיתות האחרים והכניסו את ישראל למצב חירום. בשל ההסלמה במצב והצפי הוודאי של תקיפה צבאית על ישראל בטווח הזמן המיידי, החליטה ישראל להנחית מכה מקדימה נגד הכוחות המצרים. המהלומה הצבאית הישראלית והפעולות הצבאיות שהתרחשו בעקבותיה הובילו למלחמת ששת הימים. בתום מלחמת ששת הימים, ישראל כבשה טריטוריות רבות בהן אזור רצועת עזה ממצרים ואזור הגדה המערבית מירדן (כולל את מזרח ירושלים). עוד באותו החודש החליטה ממשלת ישראל להחיל את החוק הישראלי על מזרח ירושלים, ולתושביה הפלסטינים ניתן מעמד תושב קבע. מעמדה של ירושלים כבירת מדינת ישראל וכיבושם של הגדה המערבית ורצועת עזה הפכו לסוגיות מהותיות בפני עצמן אשר התווספו למוקד המחלוקת סביב הסכסוך הישראלי-פלסטיני. בסיום המלחמה ישראל שלטה למעשה בכל האזור בו התקיים המנדט הבריטי. העובדה כי ארץ ישראל מעולם לא הייתה מדינה ריבונית העניקה תמיכה לטענתה של ממשלת ישראל לפיה מדינת ישראל לא כבשה טריטוריות ממדינה אחרת ולפיכך לא הפרה את הסעיף הרביעי של אמנת ז'נבה ואת החוק הבינלאומי.
בעקבות מלחמת ששת הימים, ב־20 בנובמבר 1967 התקבלה במועצת הביטחון של האומות המאוחדות החלטה 242 אשר קראה ליצירת שלום צודק ובר קיימא במזרח התיכון והצהירה בין היתר על הצורך להשיג פתרון צודק לבעיית הפליטים הערבים והיהודים במזרח התיכון. הסעיף בהחלטה הנוגע להשגת פתרון צודק לבעיית הפליטים גרם לפלסטינים להעלות דרישת זכות שיבה לישראל בעבור כל הפליטים הפלסטינים. ישראל התנגדה לכך. אולם בעבור הפלסטינים סעיף זה חיזק את רצונם להגדרה עצמית.
1967–1993: ממלחמת ששת הימים ועד הסכמי אוסלו.
תבוסת מדינות ערב במלחמת ששת הימים הביאה לפריחה של הלאומניות הפלסטינית והעלתה את קרנם של ארגוני "ההתנגדות המזוינת", ובראשם הפת"ח והחזית העממית לשחרור פלסטין. ביולי 1968 ארגונים אלה, השיגו רוב במועצה הלאומית הפלסטינית, וב־3 בפברואר 1969 בכינוס המועצה הלאומית הפלסטינית בקהיר נבחר מנהיג תנועת פת"ח, יאסר ערפאת לתפקיד יושב ראש הוועד הפועל של אש"ף ובכך הפך למעשה למנהיג הארגון, תפקיד בו החזיק עד למותו. כבר בראשית ימיו של ארגון אש"ף, השתמש הארגון באלימות אשר כוונה נגד מטרות אזרחיות וצבאיות ישראליות כדפוס קבוע במאבקו נגד ישראל. אש"ף ניסה תחילה להשתלט על האוכלוסייה בגדה המערבית אולם עד מהרה גורש על ידי כוחות צה"ל ונדחק לירדן.