"אורורה" עזבה לבסוף את הובארט, טסמניה, ב-24 בדצמבר 1914. ב-16 בינואר 1915 נחתה הקבוצה במצר מקמרדו, שם הקים מקינטוש מחנה בסיס במטה הישן של קפטן סקוט בכף אוונס. הוא סבר, שקיימת אפשרות ששקלטון התחיל כבר בצעידה מים ודל, והיה נחרץ בדעתו, שיש להתחיל ללא דיחוי בציוד המצבורים. ג'ויס, חוקר אנטארקטיקה המנוסה ביותר במשלחת - הוא יצא במשלחת דיסקברי של סקוט בשנים 1904-1901 ובמשלחת נמרוד - התנגד בטענה, שהקבוצה זקוקה לזמן לשם התאקלמות ואימונים, אבל התנגדותו נדחתה. ג'ויס היה המום מן הדחייה; הוא ציפה, שמקינטוש יכבד את דעתו בענייני מסע מזחלות: "לו שאקס [שאקלטון] היה כאן אתי, הייתי משכנע אותו להתחשב בטיעון שלי", כתב ביומנו. מסע ציוד המצבורים החל את דרכו בשורה של תקלות. סופת שלגים עיכבה את היציאה, מזחלת ממונעת התקלקלה לאחר קילומטרים ספורים, ומקינטוש וקבוצתו תעו בדרכם על ים הקרח בין כף אוונס להאט פוינט. התנאים על חומת הקרח היו קשים לאנשים חסרי הניסיון, שלא הוכשרו להם. רבים מן המצרכים שנלקחו אל חומת הקרח הושלכו על הקרח כדי להפחית את כובד המטענים ולא הגיעו אל המצבורים. עקב התעקשותו של מקינטוש, בניגוד למחאותיו הדוחקות של ג'ויס, לקחת את הכלבים כל הדרך עד 80° דרום, מתו כל הכלבים עד האחרון בהם בדרך חזרה. האנשים, מוכי כוויות קור ומותשים, הגיעו אל הצריף הישן של משלחת דיסקברי בהאט פוינט ב-24 במרץ, אבל נותקו מן האונייה ומבסיסם בכף אוונס בגלל קרח-ים מסוכן למעבר, ונאלצו לחכות שם בחוסר-מעש במשך קרוב לשלושה חודשים. לאחר ההתנסות הזאת, היה האמון במנהיגותו של מקינטוש בשפל המדרגה ומריבות היו דבר שבכל יום.
אובדן "אורורה".
כשמקינטוש וקבוצת ציוד-המצבורים הגיעו לבסוף אל כף אוונס באמצע יוני, נודע להם ש"אורורה", עם 18 איש על סיפונה ורוב אספקת הקבוצה וציודה, ניתקה ממעגן החורף שלה בשעת סופה. תנאי הקרח במצר מקמרדו מנעו את חזרת הספינה; עשרת האנשים של קבוצת החוף נשארו תקועים ללא מוצא, עם מעט מאוד משאבים לקיומם. אף על פי כן, רוב המצרכים שנדרשו למצבורי הצידה נפרקו כבר מן האונייה. מקינטוש החליט לפי כך, שעבודת העונה הבאה תימשך לפי המתוכנן: מצבורי צידה יונחו על פני מדף הקרח רוס לכל אורך הדרך עד קרחון בירדמור. הקבוצה תעשה כמיטב יכולתה לפצות על המחסור במצרכי מזון ובציוד בשימוש במצבורי המצרכים שהשאירו משלחות קודמות, בעיקר אלה שנותרו משהותו של קפטן סקוט בכף אוונס. הקבוצה כולה הקדישה את כל מאמציה למטרה זו, אף על פי שהיה ברור להם, כך כתב מקינטוש, שלשם כך יצטרכו לשבור שיא במסע קוטבי. מכל מקום, חודשי ההכנות הארוכים לא היו קלים למקינטוש. כקצין היחיד בקבוצה, התקשה ליצור קשרים קרובים עם חבריו לקבוצה. מעמדו בודד אותו יותר ויותר וחשף אותו לביקורות תכופות וקולניות, בעיקר מצד ג'ויס.
הצעידה אל הר התקוה (מאונט הופ).
ב-1 בספטמבר 1915 החלו תשעה אנשים, בצוותים של שלושה, במשימה של העברת כ-2,250 ק"ג של צידה מבסיס כף אוונס אל מרומי מדף הקרח - המדען אלכסנדר סטיבנס נשאר לבדו במחנה בבסיס. מבצע זה היה השלב הראשון בתהליך הנחת מצבורי האספקה ברווחים של מעלת קו רוחב אחת (110 ק"מ), עד להר התקווה למרגלות קרחון בירדמור. בסיס חלוץ גדול הוקם אז במצבור השונית, מעט צפונית ל-79°, משם נוח יהיה להוציא את המסעות האחרונים אל מאונט הופ בראשית 1916. במהלך השלבים המוקדמים הללו, אירעו התנגשויות חוזרות ונשנות בין מקינטוש לג'ויס בנושא שיטות הפעולה. בעימות שהתחולל ב-28 בנובמבר, כשהוצגו לפני מקינטוש ראיות בלתי ניתנות לערעור ליתר היעילות של שיטותיו של ג'ויס על פני אלה שלו, נאלץ מקינטוש לסגת מעמדותיו ולקבל תוכנית מתוקנת, ששרטטו ג'ויס וריצ'רדס. ההערה הפרטית של ג'ויס הייתה "מעולם בכל נסיוני לא נתקלתי באידיוט כזה בתפקיד אחראי על אנשים".
הצעידה העיקרית דרומה ממצבור השונית החלה ב-1 בינואר 1916. תוך ימים ספורים, נאלץ צוות אחד של שלושה לחזור לבסיס, עקב תקלה בפרימוס שלהם. שאר השישה המשיכו בדרכם: מקינטוש, ג'ויס, ארנסט ויילד, דיק ריצ'רדס, ארנולד ספנסר-סמית וויקטור היוורד. מצבור ה-80° שצויד בעונה שעברה תוגבר, ומצבורים חדשים נבנו במעלה ה-81 ו-82. עם התקדמות הקבוצה הלאה, לקראת הר התקווה, החלו הן מקינטוש והן ספנסר-סמית, צלם המשלחת, לצלוע. זמן קצר לאחר שעברו את ציון המעלה ה-83, התמוטט ספנסר-סמית והושאר באוהל, בעוד שיתר אנשי הקבוצה השתרכו בעמל לאורך הקילומטרים הספורים שנשארו. מקינטוש דחה את ההצעה להישאר עם החולה ועמד על דעתו, שחובתו לוודא שכל מצבור יצויד כראוי. ב-26 בינואר הגיעו אל הר התקווה והניחו את המצבור האחרון במקום המיועד.
בצעידה חזרה, היה עליהם לגרור את ספנסר-סמית על המזחלת. מצבו של מקינטוש התערער במהירות; נבצר ממנו להשתתף בגרירה, והוא דשדש כושל הלאה, מותש מהשפעותיה הגוברות והולכות של צפדינה. כשהוחמר מצבו, נאלץ מקינטוש להצטרף לפרקי זמן אל ספנסר-סמית כנוסע על המזחלת. גם חברי הקבוצה הכשירים יותר סבלו מכוויות קור, עוורון שלג וצפדינה, והמסע היה למאבק הישרדות נואש. ב-8 במרץ התנדב מקינטוש להישאר באוהל בזמן שהאחרים ניסו להביא את ספנסר-סמית אל הביטחון היחסי של האט פוינט. ספנסר-סמית מת למחרת היום. ריצ'רדס, ויילד וג'ויס גררו את עצמם הלאה עד האט פוינט, עם היוורד, שהיה עכשיו מוכה והמום-חולי, לפני שובם לחלץ את מקינטוש. ב-18 במרץ, נמצאו כל חמשת השורדים בהאט פוינט, מתאוששים לאחר שהשלימו את מה שהביוגרפים של שקלטון, מרג'ורי וג'יימס פישר, מתארים כ"אחד המעללים הבולטים ביותר, ובלתי אפשריים לכאורה, של כוח סבל והתמדה בתולדות מסעות הקוטב."
היעלמות ומוות.
בעזרת בשר כלבי-ים טרי, שעיכב את נזקיה ההרסניים של הצפדינה, התאוששו השורדים בהדרגה בהאט פוינט. אי-היציבות של קרח הים במצר מקמרדו מנעה מהם להשלים את המסע אל בסיס כף אוונס. התנאים בהאט פוינט היו קודרים ומדכאים, בדיאטה משמימה באחידותה וללא אמצעי רווחה ונוחות רגילים. מקינטוש, בייחוד, לא יכול היה לשאת את העזובה והזוהמה של הצריף. האפשרות, שבגלל העיכוב הכפוי בצריף יחמיצו את שיבת הספינה, החרידה אותו. ב-8 במאי 1916, אחרי סיורים לבדיקת מצב הקרח, הודיע מקינטוש, שהוא והייוורד מוכנים להסתכן בהליכה אל כף אוונס. בניגוד לעצתם הדוחקת של חבריהם למסע, יצאו השניים לדרך ועמם מלאי קל של צידה.
זמן קצר לאחר שיצאו מטווח ראייה מהאט פוינט, התחוללה סופת שלגים קשה, שנמשכה יומיים. לאחר שוך הסערה, יצאו ג'ויס וריצ'רדס בעקבותיהם לפי טביעות הרגליים, שנראו עדיין לעין, עד לסדק גדול, שם נפסקו העקבות. לא מקינטוש ולא היוורד הגיעו אל כף אוונס ושום זכר לשניהם לא נמצא מעולם, על אף חיפושים מקיפים שערך ג'ויס אחרי שהוא, ריצ'רדס ויילד הצליחו לבסוף להגיע לכף אוונס ביוני.
אחרי ש"אורורה" חזרה לבסוף לכף אוונס בינואר 1917, נערכו חיפושים נוספים, שגם הם לא העלו דבר. כל הסימנים העידו על כך, שמקינטוש והייוורד נפלו אל תוך בקיע בקרח או שהקרח שעליו צעדו נסחף אל הים הפתוח בסופת השלגים.
מצבת זיכרון למקינטוש הוקמה על קבר אמו אני, בבית הקברות שבחצר כנסיית סנט ג'ונס בבורגס היל, מערב סאסקס. על גבי המצבה מוזכרים גם שניים מאחיו של מקינטוש, שמתו בגיל צעיר בתאילנד וברודזיה הדרומית ואחות, שהאריכה ימים ומתה בשנת 1962.
הערכה.
יומני המשלחת של מקינטוש עצמו, המכסים את התקופה שעד 30 בספטמבר 1915, לא יצאו לאור; הם נשמרים במכון סקוט לחקר הקוטב. שני הדיווחים העיקריים הזמינים לציבור הקוראים הכללי הם יומני ג'ויס, שהתפרסמו ב-1929 בשם "הנתיב לקוטב הדרומי", והדו"ח של דיק ריצ'רדס: "קבוצת החוף של ים רוס 1917-1914".המוניטין של מקינטוש אינם נשכרים לו מן האחד ולא מן השני, בייחוד התיעוד הפרטיזני של ג'ויס, הפרשן אחד מתאר כ"אפוס לתפארת עצמו". עיקר דבריו של ג'ויס הם ביקורת קטלנית כלפי מנהיגותו של מקינטוש; הדין וחשבון של ריצ'רדס קצר בהרבה, כן וגלוי יותר, אם כי עשרות שנים אחר כך, כשהיה חבר המשלחת היחיד שעודנו בחיים (הוא מת בשנת 1985, בגיל 91), דיבר בגילוי-לב וטען, שבצעידה להנחת המצבורים, היה מקינטוש "פאתטי אם אין לה שיעור", "היה חסר-ביטחון ומפוחד לחלוטין", וכי ההליכה הגורלית על הקרח הייתה "התאבדות".
בעקבות נסיבות מותו של מקינטוש נטו פרשנים לשים דגש על קלות-דעתו ואי-כשירותו. עם זאת, לא כל עמיתיו הסכימו עם הדעה השלילית הזאת פה אחד. סטיבנס, מדען המשלחת, ראה את מקינטוש כ"יציב, איתן ומהימן" וגרס, שקבוצת ים רוס הייתה משיגה הרבה פחות אלמלא הדחף הבלתי-נלאה של מקינטוש. גם ג'ון קינג דייוויס התפעל ממסירותו המוחלטת של מקינטוש ותיאר את המסע להנחת המצבורים כ"הישג מפואר". שקלטון פסח על שתי הסעיפים. ב"South" הוא מאשר, שמקינטוש ואנשיו השיגו את מטרתם, משבח את סגולות כוח-העמידה וההקרבה העצמית של הקבוצה, וקובע, שמקינטוש מת למען ארצו. לעומת זאת, במכתב הביתה, הוא ביקורתי מאוד: "נראה שלמקינטוש לא היה מושג מה טיבם של משמעת או ארגון; ..." שקלטון תרם, בכל זאת, חלק מן הרווחים ממסע הרצאות קצר בניו זילנד לסייע למשפחת מקינטוש. בנו, לורד שקלטון, כתב, בהערכה מאוחרת בהרבה של המשלחת: "שלושה אנשים מתגלים במיוחד כגיבורים: קפטן אניאס מקינטוש, ... דיק ריצ'רדס, וארנסט ג'ויס."