בספטמבר 1963, בביקורו בפורטוגל, ניסה מזכיר האו"ם, או תאנט, לשכנע את סלזאר להעניק ריבונות בעבור המושבות באפריקה אך סלזאר סירב. אופי המאבק שכאמור כלל לוחמת גרילה ודוקטרינת "מידה כנגד מידה" הפך אותו לאלים במיוחד והוביל לכלילת אזרחים בתוכו. העובדה שהמאבק בגינאה קיבל התעניינות מעטה מצד המשטר של סלזאר ביחס למאבקים באנגולה ומאוחר יותר במוזמביק, הוביל לסדרת ניצחונות של לוחמי העצמאות ולכינוי המאבק "וייטנאם הפורטוגזית". המאבק הצבאי שפרץ במוזמביק החל רק לאחר המאבק באנגולה וגינאה. בשנת 1964 החלה לוחמת גרילה שהתבתאה בסדרת חבלות ממושכות אשר בוצעו בידי ארגון פרלימו-החזית לשחרור מוזמביק. כוחות הגרילה השתמשו בחילופי העונות לטובתם, שכן החיילים הפורטוגזים לא יכלו לאתר אותם ביערות הסבוכים במהלך עונת המונסון. לצד הפגיעה באוכלוסייה האזרחית, הצבא הפורטוגזי סבל אבדות קשות במלחמות הקולוניאליות וגורמים בתוכו התמרמרו עם הזמן יותר ויותר נגד משטר סלזאר ו"המדינה החדשה". המאבקים הקולוניאלים מסמלים את הפעם הראשונה שבה סלזאר התפשר על כשלים כלכליים בעבור שלמות לאומית שהייתה קריטית למשטרו.
כאשר התרחשה בשנת 1965 הכרזת העצמאות החד-צדדית של רודזיה בהנהגת ממשלת אפרטהייד לבנה, סלזאר וידא לסבסד יחסים חמים עם רודזיה העצמאית כדי לשמר את השליטה הקולוניאלית של פורטוגל, שכן מהפכה ברודזיה עלולה הייתה להתפשט לתוך אנגולה ומוזמביק. תמיכת פורטוגל ברודזיה הייתה חלק מאסטרטגיה לאומית שמטרתה לקשר בין אנגולה ומוזמביק אל הממשל הלבן באפריקה הדרומית. תיעודי ארכיון בסולסברי מגלים שלוש סיבות עיקריות להחלטת האסטרטגית של סלזאר. ראשית, סלזאר היה מודע לכך ששמירת הממשל הלבן ברודזיה תבלום את ההשפעה הבריטית האנטי-קולוניאלית באזור. שנית, סלזאר סבר שאף על פי שתהיה תגובה בינלאומית חזקה נגד הכרזת העצמאות הרודזית, שהונהגה בעיקר על ידי בריטניה וארצות הברית, היא לא תימשך זמן רב בגלל השיקולים האסטרטגיים של המלחמה הקרה. שלישית, סלזאר האמין כי הצלחת מאמץ המלחמה, שהוחל בשנת 1961 באנגולה והורחבה לגינאה ומוזמביק, נשענה על תרומת איחוד דרום אפריקה, וכי קשר חזק עם ממשלת רודזיה הלבנה פירושו קשר הדוק יותר עם איחוד דרום אפריקה.
בריטניה, שהייתה במאבק נגד רודזיה, הטילה את הסגר ביירה על נמלי מוזמביק הפורטוגזית כדי למנוע מעבר נפט במסחר מסחר בין פורטוגל ורודזיה. ההסגר הוביל את סלזאר לשנות את נתיב המסחר לרודזיה דרך אנגולה ודרך דרום אפריקה אך במקביל הוביל לעלייה בהוצאות עבור מסחר זה עקב יוקר הסחר בנתיבים אלו. המלחמות הקולוניאליות היו בסטטוס קוו ממושך בניסיון של המוצבים הפורטוגזים למנוע את ההשתלטות של כוחות הגרילה. מהלכם של המאבקים הקולוניאליים היה גורם מרכזי בהיחלשות משטר סלזאר לאורך שנות השישים, הם הובילו להוצאות כספיות אסטרונומיות ולהתמרמרות נגד הממשל מצד הצבא. סלזאר כל עת זאת עסק במקביל גם במהלכי הרפורמות הכלכליות ושינה את התנהלותו כך שהיה פתוח יותר כלפי ביקורת מצד שריו ועמיתיו בממשלה, כל זאת עבור שימור המשטר הקיים.
חולי, פיטורין ומוות.
ב-1968, בעוד עבד סלזאר במשרדו במבצר סנטו אנטוניו דה בארה, קשקאיש (פרברי ליסבון), סבל סלזאר בן ה-79 מדימום מוחי באונתו הימנית כאשר נפל מכיסאו. סלזאר המשיך בתפקודו הסדיר למשך שישה עשר הימים הבאים עד שהודה בפני מקורביו כי הוא מרגיש חולה. סלזאר נלקח בידי מקורביו לאשפוז בבית החולים סאו ז'וזה (São José) בבירה, שם מצבו המשיך להחמיר. בהנחה כי ראש הממשלה המבוגר יגיע לסיום דרכו בתוך מספר ימים, הנשיא תומאש הודיע על פיטורו של סלזאר והחלפתו בראשות הממשלה במרסלו קייטנו. באורח מפתיע, החלים סלזאר מהאירוע המוחי ושב לתפקוד פרטי מלא. כאשר השתקם, מקורביו סירבו לספר לו על כך שפוטר מראשות הממשלה, ובמקום זאת אפשרו לו "לכהן" באופן פרטי עד מותו ואפשרו לו להיתנהל כאילו היה עוד בראשות המדינה. סלזאר נפטר בשיבה טובה בגיל 81, ב-27 ביולי 1970. ארבע שנים בלבד לאחר מותו, נפטר משטר "המדינה החדשה" בראשות קייטנו להפיכה צבאית שהסדירה משטר דמוקרטי (ראו מהפכת הציפורנים).
עשרות אלפי אזרחים העניקו כבוד אחרון לסלזאר במהלך הרקוויאם שלאחר מותו אשר התקיים במנזר ז'רונימוש. רכבת מיוחדת הסיעה את ארון קבורתו מליסבון אל וימיירו, עיירת הולדתו ליד סנטה קומבה דאום, שם נקבר. לפי דרישתו של סלזאר קודם למותו, הוא נקבר ליד מקום הולדתו על יד קברי הוריו. בשל שלטונו הארוך של סלזאר, הערכה היסטורית נייטרלית אודות פועלו היא בעייתית. הוא נחשב, בגדר המחנות הפוליטיים השונים, מחד למושיע של פורטוגל שהוליך אותה בשלום במהלך מלחמת העולם ואדם שהעריך וכיבד את מקומה של הפילוסופיה הנוצרית הקהילתית בפוליטיקה, ומאידך לדיקטטור שנטה בעת שלטונו לפשיזם אשר חסם את פיתוחה הדמוקרטי של פורטוגל. אחד מהישגיו הגדולים ביותר של סלזאר נוגעים לתחום החינוך. בשנת 1930 רק 33% מכלל הילדים בפורטוגל בין גילאי 7 עד 14 ידעו קרוא וכתוב. נתון זה עלה ל-97% נכון לשנת 1960. במקביל, סלזאר זכור בשל החלטתו, אשר לעיתים נחשבת שנויה במחלוקת, לערב במסגרת החינוכית גם את הדת, בקביעתו כי לימוד הנצרות הקתולית תהיה למקצוע חובה בבתי ספר.
סלזאר, היהודים והשואה.
מדיניות הגירת יהודים לפורטוגל.
בשנת 1934, לנוכח תחילת הרדיפות של יהודי גרמניה הנאצית, שהוצדקו בידי הממשל הגרמני בשם הלאומיות הגרמנית ותורת הגזע, יצא סלזאר בנאום בו טען שהלאומיות הפורטוגזית אינה כוללת את בשנת 1937, בספרו, 'איך קמה מדינה' (Como se Levanta um Estado), סלזאר תקף את מדיניות הגזע של גרמניה, שיושמה במסגרת חוקי נירנברג. שנאת סלזאר כלפי גרמניה הנאצית הפשירה רק לנוכח העובדה שגרמניה הייתה ליריבתה האידאולוגית הגדולה של ברית המועצות. בשנת 1938 דרש סלזאר נחרצות, דרך טלגרף, שהשגרירות הפורטוגזית בברלין תסביר להנהגה הנאצית כי החוק הפורטוגזי אוסר על כל הפרדה שהיא על בסיס גזע, ומכאן שחוקי הגזע הגרמנים לא תקפים על יהודי פורטוגל הנמצאים בגרמניה. בפרוץ המלחמה הציע סלזאר ל'היאס' (החברה לסיוע למהגרים יהודים), להעביר את מפקדת הפעולה שלה מפריז אל ליסבון. חלק נרחב מההתנגדות העממית בפורטוגל לאנטישמיות, אשר סלזאר היה שותף לה, נבעה מאדיקות דתית קתולית. האפיפיור פיוס השנים עשר, לדוגמה, שסלזאר רחש כלפיו הערכה רבה, יצא בהצהרות פומביות נגד המדיניות הגזעית של גרמניה הנאצית ונגד הפשעים נגד האנושות שבוצעו ברחבי השטחים הכבושים במהלך השואה. מעבר לאפיפיור, סמכויות דתיות מקומיות יצאו בהצהרות ברחבי פורטוגל נגד האנטישמיות ונגד כל מדיניות גזעית שהיא. יהודי פורטוגל מנו באותה העת פחות מ-1,000 איש, אך חלק נרחב מכלל תושבי פורטוגל היו בעלי שורשים יהודיים אשר הוטבלו לנצרות בשנת 1497. סלזאר גם העריך את חשיבותה הכלכלית של הקהילה היהודית ואת השפעת בניה על פיתוחה של פורטוגל. דוגמה לכך ניתן למצוא בחבר הקהילה, אלפרדו בנסאודה, אשר הקים את המכון הטכני הגבוה בליסבון.
מכר יהודי קרוב של סלזאר היה הפרופסור משה בן-שבת אמזאלג, נשיא הקהילה היהודית במדינה וגורם רב השפעה בהנהגה הפורטוגזית אשר הוביל את סלזאר לקרוא להעברה של 'היאס' האמריקאית מפריז אל ליסבון. אמזאלג, שהיה כלכלן בקוימברה במקצועו המקורי, ארגן מספר פגישות של כלכלנים פורטוגזים לדיין על מצב הכלכלה הלאומית לאחר מלחמת העולם הראשונה, ושם פגש את סלזאר. במשך מספר שנים נראה היה שאמזאלג יירש את סלזאר בתפקיד ראש המחלקה לכלכלה של אוניברסיטת קוימברה.
המדיניות של סלזאר בנוגע לפליטים יהודים מאז תחילת רדיפות היהודים בגרמניה הייתה לאשר את כניסתם הזמנית כל עוד הם יוכלו לעזוב את פורטוגל במהירות, כלומר מדיניות מעבר למדינות אחרות, בעיקר לארצות הברית ולברזיל. סלזאר דרש מעבר מהיר של הפליטים היהודים מחשש שיהוו מקור פוטנציאלי למתחים עם גרמניה הנאצית, אשר יכלו לפגוע ביחסי החוץ של פורטוגל ולהוות איום על המשך היחסים עם גרמניה.
מדיניות האנטישמיות שהשתחררה בגרמניה בשנת 1938, ואשר הגיעה לשיאה בפוגרום "ליל הבדולח" הידוע לשמצה, עורר את חששותיו של שגריר פורטוגל בברלין, וויגה סימוז לגבי הגירה המונית לפורטוגל של יהודים משוללי כספים שיתיישבו במדינה. סימוז הזהיר את סלזאר מכך והציע מספר פעולות למנוע מצב שכזה. סימוז ניסה להבטיח שקונסולים ישמרו על הזכות הבלעדית להעניק או לסרב לאשרות, זכות שעורערה על ידי ה-PVDE בתמיכתו של סלזאר. סימוז הצדיק את עצמו בפני סלאזר בכך שהאשרות הונפקו אך ורק לאנשים שהוא מעוניין בהם, משמע מהגרים בעלי מיומנויות שיוכלו לתרום לפיתוח של פורטוגל. לאחר ליל הבדולח הביקוש לאשרות פורטוגזיות גבר. אשרות רבות אושרו על ידי ה-PVDE עצמו בהוראת סלזאר. אזרחים פורטוגזים ביקשו אישית הנפקת אשרות למכרים יהודים בגרמניה אשר אושרו בידי ה-PVDE ונשלחו אל הקונסוליות בגרמניה להסדר ביניהן לבין מקבלי האשרות.
הברחת היהודים בבורדו והונגריה.