בהספד שפרסם נשיא המדינה, יצחק נבון, הוא הזכיר את הדמות התנ"כית שאלון העריץ משחר ילדותו: .
ב-26 בנובמבר 1978 נחגג בכפר תבור יום הולדתו ה-60 של אלון. האירוע צולם לטלוויזיה ונערך בסגנון "חיים שכאלה", אולם שודר רק ביום "השלושים" למותו, אז גם נערכה עצרת לזכרו בהיכל התרבות.
לזכרו והנצחתו הוקם בגינוסר המוזיאון לתולדות הגליל והמרכז החינוכי בית יגאל אלון. על שמו נקראו היישובים אלון וקלע אלון, בסיס צה"ל מחו"ה אלון, וכן שכונות (בהן רמות אלון בירושלים, קריית אלון בפתח תקווה ורמת אלון בחיפה), רחובות ובתי ספר בערים רבות בישראל. ב-2016 נחנך פסל ברונזה בדמותו בכיכר "יגאל אלון" שבכפר תבור, מעשה ידיו של הפסל אסף ליפשיץ. נוסף על כך, קרוי על שמו רחוב ארוך ומרכזי המחבר בין העיר גבעתיים ובין תל אביב. כמו כן, המרכז הקהילתי בכפר תבור קרוי על שמו "בית יגאל אלון". מדי שנה מחלקת עמותת דור הפלמ"ח את פרס יגאל אלון למעשה מופת חלוצי.
הערכת דמותו.
כמפקד.
אם יצחק שדה התווה את דרכו של הפלמ"ח, הרי שיגאל אלון היה המוציא לפועל של תורתו. הוא נטע בפקודיו הרגשת ביטחון שכל אחד מהם ממלא תפקיד חשוב, והטמיע בפועל את הדוקטרינה של שדה, לחנך את המפקד הצעיר לא להיות רק מפקד כיתה אלא גנרל-מפקד כיתה, שכל מפקד ידע לתפקד גם כסמכות עליונה בשטח. הוא התבלט ביחסו האישי והחברי לפקודיו, והשתמש במערכת היחסים האישית שפיתח עמם, כדי להקנות להם מוטיבציה ואחריות וגם כדי לגייסם לפעילות. תרם לכך ההווי החברתי המיוחד שהתפתח אצל הפלמ"חניקים, אשר ראו באלון ידיד-מפקד והרבו לספר שיש להיזהר מיגאל, כי "אם הוא טופח לך על הכתף- אתה נשאר בפלמ"ח עוד שנתיים. לחץ לך את היד – אתה נשאר שלוש".
אלון היה לאחד האישים המשפיעים ביותר על קביעת קווי הפסקת האש ועיצוב גבולות המדינה במלחמת העצמאות. במהלך המלחמה התגלה כמצביא וטקטיקן רב-תחבולות ונחוש, המבכר את היוזמה ההתקפית והגישה העקיפה; הללו אפשרו לו להשיג את המטרות הצבאיות בכוחות שהיו לרוב, ובעיקר בהתחלה, נחותים במספר הלוחמים, באמצעי לחימה ובציוד – מול כוחות של צבאות מדינות ערב הפולשים וערביי ארץ ישראל. אלון העדיף בדרך כלל את התחבולה, ההפתעה והלוחמה הפסיכולוגית על פני ההתקפה החזיתית בלחימה, בוודאי עבור יחידות צה"ל הצעירות, שעדיין לא התגבשו לצבא מאומן וחזק דיו. ההיסטוריון הצבאי והאסטרטג באזיל לידל הארט ראה במבצעיו של אלון, כדוגמת מבצע יואב, הגשמה של אסטרטגית הגישה העקיפה שלו. הוא גם שאף תמיד לנצל את ההצלחה עד תום, גם תוך לקיחת סיכון מדיני וצבאי, כך למשל כשדחף לכיבוש מיידי של באר שבע ואילת (שהתבצע) או מצד שני, כשלחץ לכיבוש הגדה המערבית (הצעה שלא התקבלה).
כפוליטיקאי ומדינאי.
אלון הצליח להגיע לצמרת מפלגת השלטון בישראל ולשרת בהצלחה במשרדים חשובים כמו החינוך והחוץ, לפרסם תוכנית מדינית לעתיד השטחים שהייתה ראשונה בזמנה, ולהיות שותף להסדרים הראשונים מול מצרים ב-1975. עם זאת, אנשים רבים, גם מתומכיו, הודו שפעילותו הפוליטית הייתה למעשה החמצה. עקב חולשה פוליטית בתוך מפלגתו, הוא לא התמנה לשני התפקידים שחשק בהם: שר ביטחון וראש הממשלה, על אף שרבים בציבור ובתקשורת ראו בו את ממשיך דרכם של אשכול וגולדה מאיר.
הכריזמה של אלון וההערצה שנלוותה אליו עם כניסתו לפוליטיקה הלכה ודעכה עם השנים. הילת הפלמ"ח ומלחמת העצמאות נמוגה, והוא לא הצליח לסחוף אחריו תומכים מאוכלוסיות חדשות. אלון היה לדעת רבים ישר, נאמן למפלגה ולחברים, תמים מדי וותרן מדי בכל הנוגע למעמדו, ולא יכול היה להתחרות בכריזמה הגדולה ובהערצת ההמון בעמיתו-יריבו, משה דיין. יגאל ידין תיאר אותו כ"שתיל שצמח בערוגה - שתיל בריא וחזק לתפארת, אבל נשאר חלק מן הערוגה" לעומת דיין, שהומשל לעץ בודד שצמח מחוץ לערוגה. אלון ודיין נחשבו בזמנו ליורשים הפוטנציאליים לראשות הממשלה, והיריבות הסמויה-גלויה ביניהם השפיעה רבות על הפוליטיקה הישראלית למשך למעלה מעשור, למשל באי ההסכמה ביניהם על עתיד השטחים וההסדרים המדיניים.
אלון החל את פעילותו הפוליטית כנץ מדיני בתוך תנועת העבודה ועם השנים פנה מעט שמאלה, בעיקר לאור הצעת הפשרה המדינית של תוכנית אלון, אך לא הפך ליונה פוליטית (תוכניתו כללה למשל סיפוח חלק מהשטחים), לצד היותו איש שמאל מובהק מבחינה כלכלית-חברתית. לדברי אודי מנור (שכתב עליו ביוגרפיה פוליטית), אלון, כמו אשכול וגלילי, היה חסיד התפיסה של יצירת תהליך מדיני מול הערבים, בניגוד לבן-גוריון, פרס ודיין שתמכו בזמנו בשמירה על סטטוס-קוו בטענה ש'אין עם מי לדבר'. אלון חשב שכיבוש שטחים במלחמה מהווה פתח למשא ומתן לשלום ולקבלת תמורה מדינית. תמיכתו בכיבוש הגדה המערבית במלחמת העצמאות ובששת הימים היה להשגת שתי מטרות: גבולות בני הגנה שיפרידו בינינו לבין מדינות ערב, ויצירת תהליך מדיני שיוביל לשלום שיושג משילוב של אינטרסים הדדיים. זה גם מה שהוביל אותו בהסכם הביניים עם מצרים.
בניגוד לאלון הפוליטיקאי, אלון האדם היה דמות מקובלת הן בציבור הרחב והן במערכת הפוליטית. אנשים משני צידי הקשת הפוליטית נטו לאהוב אותו בזכות דימויו כסמל הצבר "יפה הבלורית והתואר", אופיו הנוח ונועם הליכותיו. כך למשל תיארה אותו גאולה כהן: .
יחסו לערבים.
עוד בנעוריו התייחס אלון לערבים בחשדנות ובקשיחות, בהגנתו מפני פשיטות הכנופיות על שדות מסחה. המרדפים והפשיטות על היישובים הערביים כמפקד בפו"ש, בפלמ"ח ובצה"ל, ותמיכתו בבריחת הערבים ביישובים שכבש במלחמת העצמאות תוך השארתו נתיב מילוט בשבילם, הראו על מפקד קשוח וחסר רחמים. אולם, הוא תמיד התייחס לערבים בכבוד, גם כשניצב מולם במערכה, ולא המעיט בערכם.
יחסו לערביי ארץ ישראל היה יחס של בן הארץ, המכיר אותם היטב ואף אוהד אותם במישור האישי, אך עם זאת מודע למציאות של העימות הלאומי. אף על פי שהיה מודע לטרגדיה של ערביי ארץ ישראל במלחמת העצמאות, לא הביע אלון חרטה: "אני לא מציע לעצמנו להלקות את עצמנו על התופעה הזאת. מלחמה היא מלחמה. במלחמה יש למדוד את העניינים לפי אמת־מידה של מהפכה. זו הייתה אחת המהפכות שלנו. זו הייתה מהפכה לאומית". ב-17 ביוני 1950 נשא אלון הרצאה על מלחמת העצמאות, בה התייחס לתופעת ההגירה ההמונית של ערביי ארץ ישראל בזמן המלחמה והסביר אותה ב-3 גורמים. הגורם הראשון היה אימת היהודים: "היה כאן משהו שנבע מהרהורי לבם הם: הם חשבו מה הם היו עושים אילו כבשו יישוב שלנו". הגורם השני היה עידודם על ידי מנהיגיהם ועל ידי הבריטים להתפנות מהמקומות בהם הייתה ידם על התחתונה, כדי שלא ישמשו בני ערובה אצל היהודים, בהנחה שישובו למקומותיהם עם ניצחון צבאות ערב. הגורם השלישי: "היו תופעות די רבות וגדולות של גירוש האוכלוסייה הערבית". אלון ראה בפינוי האוכלוסייה הערבית את הגורם לבלימת התקפות הלגיון הערבי: "כל זמן שהערבים היו בלוד ורמלה, הלגיון לא פסק מערוך התקפות-נגד על המשלטים שלנו במגמה להתחבר מחדש עם הערבים בלוד ורמלה... אולם מרגע שחל הפינוי... נחלשו התקפות הלגיון". אלון טען שאי אפשר להשאיר בזמן מלחמה ריכוזי אוכלוסייה עוינים, "אפילו אם הם מעמידים פני נכנעים זמנית", משום שהם עלולים לשמש "מכשיר לפעולות חבלה, לפעולות ריגול ואפילו לפעולות מתואמות עם צבאות הפולשים". בהתייחסו לבריחת הערבים באופן כללי, אמר: "אני סבור כי תהליך הבריחה הערבית היה תהליך חיובי... פעילותנו לפינוי שטחים גדולים בעלי ערך צבאי מאוכלוסייה ערבית עוינת, גם היא הייתה אין-ברירה שיש לה הצדקה, לא רק לשעה אחת, שעת הקרבות, אלא הצדקה לאורך ימים". אלון התייחס גם לאפשרות של כיבוש הארץ עד לירדן: "אילו קרה שעל ידי השלמת שחרור הארץ בגבולות עבר הירדן המערבי, הייתה מתפנה אוכלוסייה ערבית נוספת ועוברת לארצות ערב השכנות, לא היה בכך משום עוול היסטורי; הייתה בכך שאנסה היסטורית שהתגלגלה לא בזכותנו אלא רק נוצלה על ידינו לפתור בעיה זאת, שהייתה נשארת במשך הרבה זמן בעיה קשה גם מבחינה מדינית וגם מבחינה צבאית".
לאחר שפשט את מדיו, התבלט אלון ביחסו החם אל ערביי ישראל ואל אוכלוסיית הבדואים, נהג להתארח תכופות ביישוביהם, חדר אל לבם בהכירו את המנהגים, המסורת והשפה הערבית עוד מנעוריו, ופעל למען שוויון זכויותיהם. הוא נהג לומר כי "היחס אל הערבי כיחיד ואל הערבי כקולקטיב הוא מן המבחנים ההומניים הראשיים שבו עומדת החברה הישראלית". בשנת 1954 ייסד את "מפגשי האביב" ואירח מדי שנה בחורשת האקליפטוסים בגינוסר מפגש של מנהיגים יהודים וערבים. בשנת 1972 תמך מאוד בחזרת עקורי איקרית ובירעם לכפריהם. בעת ההפגנות הסוערות של ערביי ישראל ביום האדמה בשנת 1976, לא היסס להגיע לביקורים אצל ידידיו ביישובים הערביים ללא ליווי משטרתי, למרות האזהרות שקיבל, על מנת לנסות להרגיע את השטח. ידידו מחמוד דיאב מטירה אמר עליו: .
משפחתו.
אחיו הבכור, משה פייקוביץ (אלון) (1896–1972), כיהן כמנהלה הראשון של רכבת ישראל. בנו של משה, דרור אלון, היה מראשוני רכבת ישראל. דרור היה נשוי לסופרת והמתרגמת חמדה אלון (נכדתה של פועה רקובסקי); בנם, פרופ' נוגה אלון, הוא מתמטיקאי ומדען מחשב.
אחיו של יגאל, מרדכי אלון (פייקוביץ) (1898–1975), היה מראשוני המושבה בנימינה ועסקן ציבור שכיהן במשך עשרות שנים כראש המועצה.
אחיו של יגאל, צבי אלון (פייקוביץ)(1900–1971), היה יו"ר ועד הכפר נתניה הראשון ("מוכתר" הכפר).
אשתו של יגאל, רות (1919–2016), הייתה ממייסדי גינוסר, שליחה לילדים ניצולי השואה בגרמניה ב-1946, נמנתה עם מייסדי מלון "נוף גינוסר" בקיבוץ.
בתם הבכורה נורית, נולדה ב-1940. היא נמצאה על הספקטרום האוטיסטי ונפטרה בינואר 2022.