אלקיביאדס הסביר להמון, שביצוע תוכנית זו יגרום לפתיחת מלחמת אזרחים באתונה, יחשוף את אתונה למכה ניצחת מצד הספרטנים, ויביא לאובדן ודאי של השליטה האתונאית במספר נקודות אסטרטגיות באיוניה ובאזור ההלספונטוס. בעזרת תראסיבולוס הוא הצליח להרגיע את אספת החיילים, וביקש מהשליחים לחזור לאתונה, ולהודיע שם, שאין הוא מתנגד לשלטון ה-5,000, כל עוד הם מחזירים את מועצת ה-500 לתפקידה.
במקביל לדברים אלו, אלקיביאדס הפליג לאיוניה בראש חלק מהצי האתונאי. לפי פלוטרכוס ותוקידידס, מטרתו הייתה לשכנע את טיספרנס למנוע מהצי הפרסי, אשר עגן באספנדוס, לסייע לליגה הפלופונסית, נגד אתונה. תוקידידס גם משער, שאלקיביאדס קיווה להרשים את טיספרנס בכוח שעמד עתה תחת פיקודו, במטרה להגדיל את השפעתו על האחרון. תוקידידס טוען במקום אחר, שאלקיביאדס ידע מראש, שכוונתו של טיספרנס היא להימנע ממעורבות פרסית במלחמה הפלופונסית, וכל כוונתו הייתה "להחשידו ככל היותר בעיני הפלופונסים בשל ידידותו לו עצמו ולאתונאים, כדי שייאלץ מתוך כך להתחבר יותר ויותר לאתונאים".
קרבות אבידוס וקיזיקוס (410 לפנה"ס).
אלקיביאדס נקרא לשוב לאתונה על ידי שלטון ה-5,000 כבר בשנת 411, אולם סביר להניח שחיכה עד 407, טרם חזר בפועל לעיר. פלוטרכוס מסביר, שאף על פי שהאתונאים הצביעו בעד החזרתו של אלקיביאדס, ביוזמת בן בריתו הפוליטי, קריטיאס, ועל אף הפצרותיהם של תושבי העיר, אלקיביאדס היה נחוש לחזור לאתונה עטור תהילה וכבוד. הסיבה העיקרית לכך, ככל הנראה, הייתה רצונו להבטיח, שתרחיש של הרשעה חוזרת בפשעי העבר לאחר חזרתו לאתונה, לא יהיה אפשרי. שני קרבות ימיים חשובים בהם השתתף, כאחד ממפקדי הצי האתונאי - באבידוס ובקיזיקוס - סיפקו לו הזדמנות לרכוש לעצמו תהילה צבאית.
אלקיביאדס נשאר בסאמוס בראש כוח צי קטן, בעוד שני מפקדים אחרים של הצי האתונאי, תראסיבולוס ותראסילוס הובילו את הכוח העיקרי של הצי לעבר מיצרי ההלספונטוס (כיום מיצר הדרדנלים). הוא הצליח לגייס כספים מקאריה ושכנותיה באזור, כדי לשלם לחותרים בספינותיו וכך זכה בנאמנותם.
לאחר הניצחון הימי האתונאי בקרב קינוסמה נקראו כל כוחות הצי האתונאי בים האגאי להתרכז בנקודה אחת, לקראת הקרב הבא עם הצי הספרטני, שהיה צפוי בקרוב. בזמן שכוחו של אלקיביאדס היה בדרכו לנקודת המפגש בהלספונטוס, נפגשו הציים היריבים ליד אבידוס, שם עגנו כוחות הצי של הליגה הפלופונסית. הקרב התנהל במשך זמן רב ללא הכרעה, ואלקיביאדס, בשומעו שהקרב החל, מיהר לשם עם כוחו, שכלל 18 ספינות. אלקיביאדס הגיע לשדה הקרב עם רדת החשיכה, וכדי לבלבל את הספרטנים, הורה להוריד את דגל הברית האטית-דלית בספינותיו. הא התקדם עם ספינותיו לעבר הצי הפלופונסי, מהלך שעורר חשש בקרב האתונאים, שחשבו שהוא מתכוון לערוק עם ספינותיו לצד הספרטנים. אולם כאשר ספינותיו הגיעו לטווח קרוב מהצי הספרטני, אלקיביאדס הורה להם לחזור להניף את הדגלים, ופתח במתקפה על הצי הספרטני. גורם ההפתעה, יחד עם רדת החשיכה ועייפות הקרב של הספרטנים פעלו לטובתו, ושרידי הצי הספרטני החלו לנוס לעבר החוף האסיאתי של המיצרים. אלקיביאדס זינב בספינות הנמלטות, אך בעקבות התערבות האחשדרפן הפרסי המקומי, פרנבזוס (שהחליף את טיספרנס), שהורה לצבאו להגן על הכוח הפלופונסי שנמלט לחוף, ניצל הצי הפלופונסי מהשמדה.
זמן קצר לאחר קרב אבידוס, הגיע טיספרנס להלספונטוס, ואלקיביאדס יצא לפגשו נושא מתנות, בתקווה לחזור ולזכות בתמיכתו. אולם כפי שהתברר לו במהרה, הוא טעה בהערכת יחסו של טיספרנס כלפיו, והושם במעצר מיד עם הגעתו. חודש לאחר מכן הצליח אלקיביאדס לברוח משביו, על אף שטען שטיספרנס שחרר אותו ביוזמתו, ולחזור לפיקוד בצי. תקרית זו הבהירה לאתונאים, שאלקיביאדס איבד את יכולתו להשפיע על הפרסים, ושאין לו עוד קשרים מיוחדים עימם. מנקודה זו ואילך, הוא נשפט אך ורק על סמך הישגיו בשדה הקרב, ולא על סמך הבטחותיו.
לאחר פסק זמן של מספר חודשים, שנוצל לתיגבור כוחות ולשיפור עמדות, שבו הצדדים היריבים ונפגשו בקרב ימי גדול, שנערך סמוך לנמל קיזיקוס. אלקיביאדס, שכוח הצי הקטן בפיקודו לא היה מסוגל להתמודד עם הצי החדש שבנתה הליגה הפלופונסית, הפליג לקרדיה, כדי לחבור עם הכוח העיקרי של הצי האתונאי. במהלך שהותו בקרדיה קיבל אלקיביאדס מידע לפיו האחשדרפן פרנבזוס ומפקד הצי הפלופונסי, מינדארוס, חונים עם כוחותיהם בקיזיקוס ומתכננים שם את השלב הבא של המערכה נגד אתונה. הוא שכנע את שאר מפקדי הצי האתונאי, שיש לתקוף באופן מיידי את כוחות האויב בקיזיקוס, ולהפתיע אותם שם. הצי האתונאי הצליח להגיע לקיזיקוס מבלי להתגלות, בין השאר בזכות תנאי מזג אוויר קשים וסערה שפקדה את האזור. אלקיביאדס התקרב לקיזיקוס בראש כוח צי קטן, והצליח למשוך את הצי הספרטני לנטוש את הנמל ולרדוף אחריו ללב ים. כאשר הספינות הספרטניות התרחקו מהחוף, הכוח העיקרי של הצי האתונאי, בפיקודם של תראסיבולוס ותיראמיניס, הופיע לפתע משני עבריהן, וניתק אותן מעורפן.
הכוחות הספרטנים המופתעים, שהותקפו במקביל מחזיתם ומעורפם, ספגו אבדות קשות במהלך ניסיונם לסגת לעבר הנמל, אולם אלקיביאדס, שדלק אחרי הספינות הנמלטות, לא הסתפק בכך, והנחית את אנשיו על החוף, שם התנהל קרב קשה ואכזרי. הוא תקף את כוחות האויב הנמלטים ביבשה, והרג רבים מהם, כולל מפקד הצי הספרטני, מינדארוס, אשר מת מידיו. אלקיביאדס ניסה גם לתפוס את פרנבזוס, אשר נכח בזירת הקרב עם כוחותיו, אולם האחרון הצליח להימלט משם יחד עם שרידי הכוח הספרטני. האתונאים לקחו שלל את כל ספינות האויב, שלא הושמדו בקרב, כבשו את קיזיקוס עצמה, והשתלטו על אזור ההלספונטוס האסטרטגי, שחלש על המעבר מהים השחור לים האגאי. האתונאים הצליחו ליירט מסר לספרטה, שנשלח מאת אחד האפורים שהתלוו לצי הספרטני, שבו נכתב : "חלפה הטובה, מינדראוס מת, האנשים רעבים; אין אתנו יודע מה לעשות". זמן קצר לאחר התבוסה בקיזיקוס, שלחו הספרטנים הצעת שלום לאתונה, אולם זו נדחתה בידי האתונאים.
ניצחונות צבאיים נוספים (408-409 לפנה"ס).
לאחר ניצחונם המוחץ בקרב קיזיקוס, אלקיביאדס ותראסיבולוס פתחו בשנת 409 במצור על העיר כלקדון עם כוח של משוער של 190 תלת חתריות. אלקיביאדס הצליח לנצח קרב יבשתי קטן מחוץ לחומות העיר ותראמנס הביא מערכה זו לסופה בעזרת הסכם עם הכלקדונים. זאת על אף שהאתונאים לא הצליחו להשיג ניצחון מוחץ במערכה. ברית זמנית אשר סוכמה עם האחשדרפן פרנבזוס, הבטיחה תזרים כספים, לו נזקקו מפקדי האתונאים בשביל משכורות לחיילים. אולם, למרות זאת אלקיביאדס נאלץ לעזוב בחפשו ממון נוסף לחייליו.
אלקיביאדס שם פעמיו אל עבר הכרסונסוס התראקי ושם תקף את סליבריה. הוא שיתף פעולה עם קבוצה פרו-אתונאית מתוך העיר, ובשל בלבול החל לתקוף את העיר טרם הגיעו כל חייליו, מתוך ההנחה שזו שעת הכושר. בהיכנס אלקיביאדס וכוח החיילים המצומצם שלו, נתקל באנשי העיר אשר היו נכונים לקרב. אלקיביאדס העריך את המצב במהירות ותקע בחצוצרה אשר השתיקה את ההמון והכריז "בל ירימו האתונאים את כלי מלחמתם על אנשי סליבריה". הצהרה זו הרגיעה את הרוחות וקנתה לאלקיביאדס את הזמן שהיה נחוץ לחבירת שאר כוחותיו אליו.
כאשר היה היתרון שוב לצידו, הציע אלקיביאדס לסליברים תנאי כניעה סבירים אשר הבטיחו שלא יאונה רע לאיש מאנשי העיר, ודאג לאכיפתם כך שאנשי העיר ידעו שהוא מפקח על מעשיהם. הוא הציב חיל משמר מחשש שהתראקים עצמם ירצו לשדוד את העיר, שרבים מתושביה באו לשרת תחת פיקודו ואהבוהו, לקח סכום כסף מאוצרות העיר ועזב לדרכו.
אלקיביאדס הצטרף, לאחר עזיבתו את סליבריה, למצור על ביזנטיון יחד עם תראמניס ותראסיבולוס. חלק מתושבי העיר, אשר סבלו מרעב וייאוש, החליטו למסור את העיר לידי אלקיביאדס בשביל תנאי כניעה דומים לאלו שקיבלו תושבי סליבריה. בלילה אשר הוסכם, נטשו אנשי ביזנטיון את עמדותיהם והאתונאים תקפו את חיל המצב הפלופונסי שבעיר ואת ספינותיהם בנמל. הלחימה הייתה קשה, ובסופה אלקיביאדס יצא עם ידו על העליונה. כפי שהבטיח לקושרים, לא הוצא להורג או הוגלה איש מתושבי ביזנטיון.
אלקיביאדס חוזר לאתונה (407 לפנה"ס).
רק לאחר הצלחות אלה החליט אלקיביאדס לחזור לאתונה באביב 407. קסנופון מספר שאלקיביאדס, אשר עדיין חשש מהמפגש הטעון עם בני עירו בהתחשב בשינויים במשטר, האישומים בפרשת המיסטריות כנגדו שלא בוטלו מעולם רשמית, וחבירתו בעבר לכוחות האויב של אתונה, הגיע ראשונה אל סאמוס לאסוף 20 ספינות, והתקדם לאחר אל עבר מפרץ קוס שם אסף 100 טלנטים. תחנתו האחרונה לפני אתונה הייתה העיר גיתיון שם חנה כדי לאסוף מידע על הכנותיהם של הכוחות הספרטנים באזור, ובו בעת ניסה אלקיביאדס לברר מהו הלך הרוחות באתונה כלפי חזרתו לעיר. בירוריו העלו שהעיר מוכנה לקבלו וחבריו הקרובים עודדוהו לחזור.
לבסוף, שם פעמיו לנמל אתונה שהיה בפיראוס שם התגודד קהל, אשר ציפה לראות את אלקיביאדס המפורסם. הוא נכנס לנמל בחשש גדול, עד שראה את בן דודו אֶוּרִיפְּטוֹלֶמוֹס, ושאר חבריו ומכריו שברכוהו לשלום "וכשדרכו רגליו על היבשה ראו בהם בהמוני בני-האדם, שהיו באים לקראתו, שאינם מרגישים בשרי הצבא האחרים שהיו שם, אלא הכל באים ומתקבצים סביבו ומריעים לו ומברכים אותו ומלווים אותו ומביאים לו עטרות, ומי שלא יכול להגיע אליו היה עומד ומסתכל בו מרחוק, והיו הזקנים שבהם מורים עליו באצבע לצעירים".