בשנת 1961 עזב דב סטרליץ את היחידה. תקופתו התאפיינה בהגדלת היחידה מכ-20 חיילים ל-6 צוותי סיור סדירים שמנו כ-30 חיילים. במהלך שירותו גברה תחושת השייכות וחייליה חדלו לחוש כאילו הם נפלטים בעייתיים של יחידות שונות. שופר שיתוף הפעולה עם מטוסי הסיור והמסוקים, הוגדל מספר הסיורים היומיים והליליים והגזרה המערבית והמרכזית נסרקו ברציפות 24 שעות ביממה. פעילות זאת הגדילה מאוד את כמות המסתננים שנתפסו ואלה שחוסלו.
למרות המשמעת החופשית ששררה בתקופתו, הקפיד דב מאוד על משמעת מבצעית. לדב הייתה גישה ישירה לאלוף פיקוד הדרום שטיפח את היחידה. חוסר המשמעת והאווירה החופשית לא הטרידו במיוחד את הפיקוד הבכיר כל עוד ביצעה היחידה את משימותיה.
עמוס ירקוני כמפקד היחידה.
באמצע 1961 עזב דב את היחידה ועמוס ירקוני סגנו קיבל את הפיקוד עליה. אחד החידושים שהנהיג עמוס, היו גיוס חיילים ליחידה ישר מבקו"ם. בנובמבר 1961 גייס עמוס ירקוני לראשונה 7 בני קיבוצים שעמדו להגיע ליחידה לאחר טירונות סדירה בצנחנים. עמוס הגיע אישית לבקו"מ וראיין את המגויסים החדשים. עם בואם ליחידה בסיום הטירונות בצנחנים, נפתח מסלול גיוס חדש בו הגיעו מדי שנה מגויסים ליחידה לאחר שעברו טירונות רגילה בחיל הצנחנים. אל גרעין זה הצטרפו מדי שנה חיילים שנשרו מקורסי טייס ומשייטת 13. למרות כל המצטרפים לא עלה מספר המשרתים ביחידה עד אמצע שנות השישים על 30 לוחמים. למרות מספר האנשים הקטן יחסית, הצליחה היחידה לקיים מעקב צמוד ולסכל חדירות רבות לאורך גבולות הדרום והנגב.
כאן החל לראשונה מסלול ייחודי אותו גיבש עמוס: שבעת הלוחמים החדשים עברו תחת פיקודו של סגן יואב וספי (לימים סא"ל בשריון, נהרג כמג"ד טנקים ברמת הגולן ביום כיפור) קורס קצר בן שבועיים בו הוכשרו בעיקר בניווט ובגישוש. בהמשך נשלחו אותם חיילים לקורסי נהיגה בבסיס טירה וקורסי מכ"ים בבסיס הנח"ל במחנה שבטה. חלקם גם המשיכו לקורס קצינים.
כפי שלדב סטרליץ היה קשר ישיר עם אלוף הפיקוד הקודם אברהם יפה, כך היה לעמוס קשר ישיר עם אלוף הפיקוד צבי זמיר.
כמו דב גם עמוס לא הקפיד על משמעת ושגרה כגון מסדר בוקר, מסדר נשק, תרגילי סדר, התעמלות בוקר וכדומה. הצוותים נהגו בגמר הסיור לשבת על רחבת הדשא עם חצי גוף ערום או עם גופיות בלבד, להשתזף ולנקות כל אחד בצורה חופשית את נשקו מהאבק שהצטבר במהלך הסיור. ככלל, למרות האווירה הבלתי אמצעית בדומה לאווירה ששררה בפלמ"ח, נשמרה המשמעת המבצעית היטב והוערכה על ידי כל אנשי היחידה.
מבצע תפוס.
במסגרת "מבצע תפוס" ב-14 בספטמבר 1955 גילה סמל החבלה נדב נוימן מ-890 עקבות כניסה של שני סיירים מצרים,
שבאו מפרדס בית חנון האחד נעול נעלי ספורט והשני נעול סנדליי טייר.
העקבות אבדו בפרדס של קיבוץ ארז.
ב-15 בספטמבר 1955 גילה שוב נדב נוימן את אותם עקבות על שביל עפר מכיוון חוות איבים לכיוון ארז,
מה שהוביל לתפיסתם של שני הסיירים המצרים.
זו הייתה התפיסה הראשונה שבוצעה על ידי עקבות כניסה.
את המרדף ניהל סגן צבי עופר.
יחידת "עטלף" והשתלבותה ב"שקד".
עד שנת 1964 התנהל המאבק עם המחבלים בעיקר כמאבק אישי בין הצייד לניצוד תוך הסתמכות על חושים טבעיים ויכולת אנושית. אהרון גיל לשעבר סמג"ד 525 ועתה סגן מפקד גוש מגן פיתח בשיתוף מהנדס התעשייה האווירית מתקן בשם "משאבה". בהמשך נוצרה בגוש יחידה שהפעילה את מתקני ה"משאבות" שנקראו גם בשם "שרביטים".
המתקן כלל זוג מקלעים שפעלו בצמוד לקרן אור תת-אדומה. חסימת הקרן גרמה להפעלת המקלעים שפגעו בנקודת החסימה. כל מי שחסם את הקרן נפגע. לפעמים חיות בר ולעיתים אנשי פח"ע.
באותה שנה הוכנסה לשימוש ה"קשת". מכ"ם צרפתי קטן שגילה תנודות יבשתיות בטווח של 1,200 מטר.
מתקן נוסף פשוט יותר היה ה"חרצית". זה היה זרקור תת-אדום עם משקפת מקבילה שאפשרה תצפית לטווח של כ-800 מטר. בהמשך הוכנסו למשקפת כוונות, היא הורכבה על מקלע שהוצב בקו ירי אחד עם ה"חרצית". יותר מאוחר הורכבו המקלעים והזרקור על קומנדקר וזכו לכינוי "דגן".
הכלים סבלו מתקלות שגרמו להפעלות שוא עקב מזג אוויר קשה או על ידי בעלי חיים. הפעלות סרק אלה גרמו להפעלת סרק של כוחות רבים. היו גם לא מעט הצלחות. כך למשל בשנות ה-70 חיסל מארב של סיירת "חרוב" בעזרת מתקן ה"דגן" 13 מחבלים במטח אחד.
בתחילת 1966 הוקמה רשמית יחידת עטלף שהפעילה "דגנים", "חרציות" ו"משאבות". בסוף אותה שנה שולבו 30 חיילי היחידה עם סיירת שקד. שילוב אנשי עטלף עם שקד יצר מיזוג מוזר: חיילים מעולים שנראו ככנופיה שפעלו יחד עם אינטליגנטים שעסקו באלקטרוניקה אופטית.
השילוב גרם גם להפיכת היחידה לגדוד מבחינת כוח האדם. שינוי נוסף שחל: החלו לפתח מארבים אלקטרוניים במקביל לסיור ומרדפים. סרן אלי מלמד מפקד עטלף הפך בהמשך לסמג"ד שקד.
מלחמת ששת הימים.
בתקופת ההמתנה שקדמה למלחמת ששת הימים, ישבה היחידה בפיקוד בנימין בן אליעזר, באזור הר צניפים שבנגב וערכה תצפיות ומארבים בגבול המצרי.
ערב פתיחת המלחמה, התפצלה היחידה לשני כוחות: כוח אחד היווה סיירת אוגדתית של אוגדה 38 (בפיקוד אריאל שרון) ונע מניצנה דרך בארותיים, קוסיימה ואום כתף לעבר נח'ל במטרה לנתק את הדיוויזיה השישית המצרית (בפיקוד סעד א-שאזלי). דיוויזיה זו הייתה פרוסה על הציר הרוחבי מנח'ל במרכז סיני דרך א-תמד עד כונתילה במזרח סיני.
כוח שני נע מכונתילה בעקבות דיוויזיה 6 המצרית שנסוגה מערבה דרך ביר תמדה עד נח'ל, שם נפגשו שני הכוחות. כוח מן הסיירת בפיקוד יואב גולן (לוי) כבש את האזור הסמוך לתעלת סואץ שעליו נבנה לימים מוצב "טמפו".
מלחמת ההתשה.
עם פרוץ מלחמת ההתשה, מעט אחר מלחמת ששת הימים, הוביל בנימין בן אליעזר את היחידה בלחימה לאורך תעלת סואץ ובפשיטות לירדן. בעת שדני רהב וולף פיקד על היחידה, היוותה היחידה את הסיירת הפיקודית של פיקוד הדרום. היחידה גדלה לסדר גודל של פלוגה מתוגברת (150 איש), קיבלה ציוד מתקדם ועמדה בחזית פעולות הביטחון השוטף שהתבצעו לאורך תעלת סואץ. סיירת שקד הייתה לכוח פשיטה שחצה את התעלה בפעולות סרג'נט ומבצע ויקטוריה, שהיוו שיא בפעילות היחידה במלחמת ההתשה. ב-1970 הוביל יואב גולן כוח מן הסיירת בפשיטה בירדן שבמהלכה הרג הכוח מספר מחבלים פלסטינים.
בתחילת שנות ה-70, בעקבות התגברות אירועי הטרור ורצח ילדי משפחת ארויו, עבר מרכז הפעילות של היחידה לאזור רצועת עזה והיא נטלה חלק מרכזי במערכה של אלוף פיקוד הדרום, אריאל שרון, נגד ארגוני הטרור הפלסטינים (בין השאר, פעלו במסגרת היחידה גם מסתערבים). רהב וולף ואמציה חן (פצי), שמילא את מקומו בהיעדרו, הובילו את פעילות היחידה ברצועת עזה שעסקה בו זמנית בפעילות ביטחון שוטף באזור תעלת סואץ, בערבה ובים המלח.
היחידה גדלה ל-6 פלוגות שהיו מפוזרות באזורים שונים של פיקוד הדרום כדלהלן:
לאחר שעמוס פרש מהפיקוד על היחידה, הוא הפך למונה למושל מרכז סיני. זה היה תפקידו הצבאי האחרון בטרם פרישתו מהצבא.
מלחמת יום הכיפורים.
בפרוץ מלחמת יום הכיפורים הייתה היחידה, תחת פיקודו של סא"ל משה ספקטור, יוצא חטיבת גולני, שבעברו היה מפקד "סיירת גולני". סיירת שקד הייתה בין היחידות שניסו לבלום את יחידות הקומנדו והמודיעין של הצבא המצרי. בימי הלחימה הראשונים ספגה הסיירת אבדות רבות. כוח מן היחידה, בפיקודו של ספקטור, לחם תחת פיקוד חטיבה 14 בקרב החווה הסינית, בצליחת תעלת סואץ ובקרב על מתחם אורחה. כמו כן בין היתר, השתתפו כוחות של הסיירת בניסיונות חילוץ ממעוז בודפשט וממתחם "חמוטל". פלוגה ה' מן היחידה, עליה פיקד אביחי רונצקי, יוצא הצנחנים, סופחה לגדוד שריון. בין היתר הוביל רונצקי את פלוגתו בקרבות בראס סודר כנגד לוחמי קומנדו מצריים שהונחתו באזור.
לאחר שהוכרזה הפסקת האש, בפקודת המטכ"ל כונסו כל יחידות הסיירת לבסיס חיל האוויר המצרי "פאיד" הממוקם ליד העיר סואץ כ-100 ק"מ מקהיר. כל לוחמי הסיירת התארגנו לביצוע פשיטה מוסקת על "ג'אבל עתקה". הפשיטה הוכתרה כהצלחה, ואפשרה לצה"ל נקודת שליטה אסטרטגית ממדרגה ראשונה.
כוח מילואים של היחידה לחם תחת פיקודו של אמציה חן ככוח סיור באוגדת שרון. בסיום הלחימה, התמקמה הסיירת בסמוך לחווה הסינית מול הארמייה השנייה. בין היתר, כדי למנוע תקיפות פתע של יחידות הקומנדו המצרי.
במהלך המלחמה נפצעו רבים בסיירת ונהרגו 32 מלוחמיה.
סיוע להקמת יחידות דומות.
סיוע בהקמת סיירת רימון ושיתוף פעולה מבצעי.
סיירת חרוב (יחידה 484).
בעקבות התגברות חדירות ואירועים בבקעת הירדן לקראת סוף שנות ה-60, הוחלט בפיקוד המרכז להקים יחידה שתפעל בגזרה זו במתכונת דומה לזו של סיירת שקד שפעלה בפיקוד הדרום.
הגשש הבכיר של סיירת שקד, סאלח אל- הייב עבר לשרת בסיירת חרוב במטרה להכשיר צוותי גששים ולהטמיע ביחידה החדשה את נוהלי העבודה כפי שהיו בסיירת שקד.
סיירת 525.
בסוף שנת 1962 ותחילת שנת 1963 חלה התגברות של פעילות מסתננים, פדאיון והברחות בערבה הדרומית. האזור היה רחוק יחסית לשקד וכל ירידה אליו של היחידה הצריכה לפחות שני צוותים למספר ימים. הדבר גרם לפגיעה בפעילות השוטפת של היחידה. על כן הוחלט להקים יחידה נוספת באזור במתכונת דומה לזו של סיירת שקד. הגזרה שלה היה הנגב הדרומי מניצנה במערב דרך פארן במרכז עד אילת.