על אף שימוש ברטוריקה אנטי מוסלמית במהלך מסע הבחירות, הדגש של מודי השתנה בקדנציה השנייה שלו מהינדוטבה, לפיתוח הכלכלי של גוג'ראט. ההחלטות שקיבל מודי, קיצצו מהשפעתם של ארגוני סנג פריוואר דוגמת Bharatiya Kisan Sangh (הארגון היציג של החקלאים ההודים' המזוהה עם ראשטריה סווג'מסווק סאנג) ו-Vishva Hindu Parishad (ארגון הינדי ימני המבוסס על האידאולוגיה של הינדוטבה ואשר מטרתו העיקרית "לארגן ולגבש את החברה ההינדית ולהגן על הדהרמה ההינדית"), אשר הכו שורש בגוג'ראט, לאחר שקיעתה של תעשיית הטקסטיל באחמדאבאד.
מודי ניפה מהקבינט את גורדן זדפיה, בעל ברית של עמיתו לשעבר של מודי בסנג פריוואר. כאשר החלו ה-Bharatiya Kisan Sangh להסית חקלאים, הורה מודי על פינויים מבתים שסופקו להם על ידי ממשלת המדינה. החלטתו של מודי להרוס 200 מקדשים בלתי חוקיים בגנדינגר (בירת מדינת גוג'ראט), העמיקה את הקרע עם Vishva Hindu Parishad. ארגוני סנג פריוואר שונים הוצאו ממעגל ההתייעצויות, ואף לא יוּדעו, על החלטותיו המינהליות של מודי טרם חקיקתן.
השינויים שהנהיג מודי בתקופה של 2002 - 2007, הפכו את גוג'ראט ליעד אטרקטיבי להשקעות. אדיטי פאדניס, מחבר Political Profiles of Cabals &amp; Kings ובעל טור בעיתון Business Standard (עיתון הודי יומי בשפה האנגלית), כותב כי "יש ראיות אנקדוטליות מספיקות המצביעות על כך שהשחיתות ירדה באופן משמעותי במדינה... אם אכן הייתה שחיתות כלשהי, מודי היה צריך לדעת על זה".
מודי הניע את תחילת פעילותם של פארקים פיננסיים וטכנולוגיים במדינה. במהלך פסגת Vibrant Gujarat (פסגת משקיעים דו-שנתית הנערכת על ידי ממשלת גוג'ראט; האירוע מיועד להפגיש אנשי עסקים, משקיעים, תאגידים, מובילי דעה, מעצבי דעת קהל וקובעי מדיניות) שהתקיימה בגוג'ראט ב-2007, נחתמו עסקות נדל"ן בשווי 6.6 מיליארד רופי הודי.
על אף התמקדותו בסוגיות כלכליות במהלך כהונתו השנייה, הוסיף מודי לספוג ביקורת בגין יחסיו עם מוסלמים. ראש ממשלת הודו דאז, אטאל ביהארי ואג'פאי, אשר ביקש ממודי שלא להפלות בין אזרחים בעקבות המהומות שהתחוללו בגוג'ראט ב-2002, ואשר דחף להתפטרותו של מודי מתפקיד ראש השרים של גוג'ראט, הרחיק עצמו ממודי, והושיט את ידו למוסלמים בצפון הודו, לפני הבחירות ללוק סבהה ב-2004. לאחר הבחירות זיהה ואג'פאי את האלימות בגוג'ראט כאחת הסיבות לתבוסה שנחלה ה-BJP, והודה בכך כי אי הרחקתו של מודי באופן מיידי לאחר המהומות האלימות, הייתה טעות.
טרור ובחירות ב-2007–2008.
בנתיב לבחירות של 2007–2008, הגבירה ה-BJP את הרטוריקה שלה ביחס לטרור. ב-18 ביולי 2006 מתח מודי ביקורת על ראש ממשלת הודו דאז, מאנמוהאן סינג, על מה שכינה "חוסר רצונו להחיות את החקיקה נגד טרור, דוגמת Prevention of Terrorism Act, 2002 (חוק נגד טרור שנחקק על ידי הפרלמנט של הודו ב-2002, בשל מספר מקרי טרור שהתרחשו במדינה ובפרט התקפה על הפרלמנט). מודי ביקש מהממשלה הלאומית לאפשר למדינות להפעיל חוקים קשוחים יותר, בעקבות הפיגועים שאירעו במומבאי ב-2006 על ידי לשקאר-א-טייבה. בתקופה זאת דרש מודי לעיתים קרובות את הוצאתו להורג של אפזל גורו, אזרח הודי שהורשע בשיתוף פעולה עם ג'יהאדיסטים פקיסטנים [לשקאר-א-טייבה וצבא מוחמד (באורדו: جيش محمد)], אשר ביצעו את ההתקפה על הפרלמנט ההודי ב-2001, ואשר הוצא להורג, בסופו של דבר, ב-9 בפברואר 2013. כפועל יוצא של מתקפת הטרור במומבאי (2008), קיים מודי ישיבה על מנת לדון באבטחתם של קווי החוף הארוכים (כ-1,600 קילומטרים) של גוג'ראט, אשר תוצאתה הייתה אישור שהעניקה הממשלה המרכזית של הודו להכנסתן לשירות של 30 סירות מעקב מהירות.
ביולי 2007 השלים מודי 2,063 ימים ברציפות כראש השרים של גוג'ראט, מה שהפך אותו לאדם שהחזיק במשרה הזאת בפרק הזמן הארוך ביותר אי פעם. בבחירות שנערכו לאספת המדינה ב-2007, זכתה ה-BJP ב-122 מ-182 המושבים, ומודי המשיך למלא את כהונתו כראש השרים.
כהונה שלישית (2007–2012).
פרויקטי פיתוח.
רציפות ממשלות ה-BJP תחת פאטל ומודי נתמכה על ידי ארגונים לא ממשלתיים ועל ידי קהילות ביצירת פרויקטים תשתיתיים לשימור מי תהום. גוג'ראט היא מדינה צחיחה למחצה, ולדברי טושאר שאה "מעולם לא נודעה בזכות הדינמיות החקלאית שלה". עד דצמבר 2008, מתוך 500,000 מבנים שנבנו, 113,738 היו Check dams [סכר קטן, שיכול להיות זמני או קבוע, אשר נבנה על פני ערוץ קטן, אדמה טובענית, תעלת ניקוז או Bioswales (מרכיבי נוף שנועדו להסיר סחף וזיהום ממי נגר עיליים)]. בעוד שרוב ה-Check dams נותרו ריקים בעונה שלפני המונסון, הם סייעו למלא מחדש את האקוויפרים שנמצאו מתחתיהם. 60 מתוך 112 ה-tehsils (tehsil היא חלוקה מנהלית בחלק ממדינות דרום אסיה) אשר נמצא כי ניצלו יתר על המידה את ה-Water table (Water table הם פני השטח בהם העומד ההידראולי של המים שווה ללחץ האטמוספירי) ב-2004, השיגו מחדש את מפלס מי התהום הרגיל שלהן עד 2010, כלומר, גוג'ראט הצליחה להגדיל את רמות מי התהום שלה, בזמן שאלו צנחו בכל שאר מדינות הודו. כתוצאה מכך, הייצור של כותנה מהונדסת גנטית מסוג Bt cotton, אשר כעת ניתן היה להשקות אותה באמצעות tube wells ( (tube well היא צורה של באר מים שבה צינור נירוסטה רחב באורך של 100 עד 200 מילימטר, נקדח לתוך אקוויפר תת-קרקעי), גדל לכדי הפיכתו לגדול ביותר בהודו. הפריחה בייצור כותנה והניצול של קרקע צחיחה למחצה, הביאו לגידול בשיעור הייצור החקלאי של גוג'ראט ל-9.6% בשנים 2001–2007.
על אף העובדה שאמצעי השקיה ציבוריים באזורי המרכז והדרום, לא הצליחו בהשגת מטרותיהם במידה דומה, נרשם בגוג'ראט, בעשור 2001 - 2010, שיעור צמיחה שנתי מורכב (Compound annual growth rate) של 10.97%, הגבוה ביותר בכל מדינות הודו. עם זאת, סוציולוגים הצביעו על כך ששיעור הצמיחה תחת הממשלה בראשות מפלגת הקונגרס בשנים 1992–1997, עמד על 12.9%.
הישג נוסף של ממשלת מודי, נרשם בהצלחתה להבטיח אספקת חשמל לכל הכפרים, על אף שדיפנקר גופטה (סוציולוג הודי) הצביע על כך שכל הכפרים בגוג'ראט, פרט לכ-170 מהם, חוברו לחשמל תחת הממשלים הקודמים. מודי גם הביא לשינויים גדולים במערכת הפצת החשמל במדינה, שינויים שנשאו בחובם השפעות עמוקות על חקלאים. המדינה גם הרחיבה בצורה משמעותית את תוכנית Jyotigram Yojana, בה חווטה מחדש אספקת החשמל לחקלאים, על מנת להפריד אותה מאספקת החשמל לכפרים אחרים. החשמל שסופק באותה העת היה נתון בקיצוב, על מנת שיתאים לביקוש המתוכנן להשקיה, עם תוצאה צפויה של צמצום העלויות. מחאות האיכרים הראשוניות שככו, כאשר נמצא שהחקלאים שהשתתפו בתוכנית, נוכחו לגלות שהאספקה הפכה לסדירה יותר. מחקר הערכה מצא, כי תאגידים וחקלאים גדולים נהנו מהמדיניות בצורה משמעותית, בעוד שהעובדים והחקלאים הקטנים הושפעו מהתוכנית לרעה.
הוויכוח על הפיתוח בגוג'ראט תחת מודי.
ממשלתו של מודי פעלה על מנת למתג את גוג'ראט כמדינה של פיתוח דינמי, שגשוג וצמיחה כלכלית, תחת הסיסמה "Vibrant Gujarat" ("גוג'ראט התוססת"). עם זאת, מבקרים הצביעו על מצבה העלוב יחסית של גוג'ראט בתחומי הפיתוח האנושי, צמצום העוני, תזונה וחינוך. גוג'ראט ממוקמת במקום ה-13 בהודו מבחינת עוני ובמקום ה-21 בחינוך, 44.7% מהילדים מתחת לגיל חמש נמצאים בתת-משקל ו-23% סובלים מתת-תזונה, מה שממקם את המדינה בקטגוריית alarming במדד הרעב של הודו. לעומת זאת, גורמים רשמיים במדינת גוג'ראט טוענים, כי המדינה הציגה ביצועים טובים יותר מאלו שהציגה הודו בכללותה, בשיעורי השיפור של אינדיקטורים אנושיים מרובים, כגון חינוך לנשים, בין 2001 ל-2011. יתר על כן, גורמים אלו טוענים כי שיעורי הנשירה בבתי הספר צנחו מ-20% בשנת 2001, לכדי 2% בלבד ב-2011, וכי תמותת אימהות (מותה של אישה בזמן הריון או בתוך 42 ימים מהפסקת הריון, מכל סיבה שקשורה להריון או שהוחמרה בגינו) ירדה ב-32% בשנים אלו.
כריסטוף ג'פרלוט, מרצה למדע המדינה המתמחה בדרום אסיה, בפרט הודו ופקיסטן, טוען כי הפיתוח בגוג'ראט הוגבל למעמד הביניים העירוני, בעוד שתושבי כפרים, והנמנים עם קאסטות נמוכות, נדחקו יותר ויותר לשוליים. ג'פרלוט מצטט את העובדה שגוג'ראט מדורגת במקום העשירי מבין 21 מדינות הודו במדד הפיתוח האנושי, מיקום אותו מייחס ג'פרלוט לפיתוח הנמוך יותר באזורים הכפריים של גוג'ראט. ג'פרלוט קובע כי מספר המשפחות החיות מתחת לקו העוני גדל בתקופתו של מודי וכי האדיוואסי והדלית (קבוצה המתייחסים אליה בדרך כלל כווארנת הטמאים; הדליתים הם אוכלוסייה מעורבת, המקיפה קבוצות חברתיות רבות מכל רחבי הודו) הכפריים, הודרו ונדחקו לשוליים בצורה משמעותית.
ביולי 2013 מתח חתן פרס נובל לכלכלה, אמרטיה סן, ביקורת על ממשלתו של מודי, ואמר כי "תחת ממשלו של מודי לגוג'ראט יש רקורד די גרוע בתחומי החינוך והבריאות". עם זאת, הכלכלנים ארווינד פאנאגארייה וג'אגדיש בהאגוואטי קבעו שהמדדים החברתיים של גוג'ראט השתפרו מנקודת התחלה נמוכה הרבה יותר ממדינות הודו האחרות. הם ציינו את ביצועי גוג'ראט בהעלאת שיעורי האוריינות, שהיו עדיפים על אלו שהפגינו מדינות אחרות בהודו ואת השיפור ה"מהיר" במדדי הבריאות בגוג'ראט כראיה לכך ש"ההתקדמות שלה לא הייתה גרועה בשום אופן".
אזהרת ועדת הבחירות.