בינואר 1798 פרסם גודווין את: 'זכרונות מחברת הגנת זכויות האישה'. אף על פי שגודווין התכוון לתאר את דמותה של אשתו באהבה, בחמלה ובכנות, קוראים רבים לא ראו בעין יפה פרטים רבים שחשף מחייה, כגון ילדיה הלא חוקיים, חיי האהבה שלה וניסיונותיה לשים קץ לחייה. המשורר הרומנטי רוברט סאות'י האשים אותו ב"רצון להפשיט את גופת אשתו המתה מכל רגש". כמו כן פורסמו סאטירות מרושעות כגון: "הנקבות הלא מיניות". זכרונותיו של גודווין מתארים את וולסטונקראפט כאישה אמוציונלית שאוזנה על ידי הרציונליות שלו וכספקנית מבחינה דתית יותר מכפי שתואר בכתביה. השגותיו של גודווין באשר לאישיותה של וולסטונקראפט הונצחו במהלך המאה התשע עשרה וכמו כן הונצחה בשיריהם של מספר משוררים, ביניהם רוברט בראונינג וויליאם רוסק.
בעקבות זכרונותיו של גודווין, הושמצה וולסטונקראפט במשך מאה שנה והוקעה על ידי סופרים רבים. מרי הייז (חברתה הקרובה שסייעה לסעוד אותה בימיה האחרונים), שרלוט טרנר סמית, פאני ברני וגיין ווסט, יצרו בכתיבתן דמויות דומות לדמותה של וולסטונקראפט, כדי ללמד לקח מוסרי את קוראיהן. החוקרת קורה קפלן כתבה בשנת 2002, כי מורשתה של וולסטונקראפט "מסקרנת" ותיארה אותה כ"סופרת פעילה ומיומנת בז'אנרים רבים...עד לרבע המאה האחרונה קורות חייה של וולסטונקראפט נקראו בקפידה יותר מאשר כתביה". ברוח דומה כתבה החוקרת וירג'יניה ספירו, כי מעטים קראו את יצירותיה של וולסטונקראפט במאה התשע עשרה "כפי שתוקפיה רמזו או הכריזו שאף אישה המכבדת את עצמה לא תקרא את יצירותיה".
מהדורות חדשות של זכויות האישה הופיעו בבריטניה בשנת 1840 ובארצות הברית בשנים 1830, 1840, ו-1850. אליזבט בארט בראונינג, הייתה מהבודדים שקראו את 'זכויות האישה'. ג'ורג' אליוט, סופרת פורה שכתבה ביקורות, מאמרים, רומנים ותרגומים קראה אף היא את כתביה של וולסטונקראפט. בשנת 1855 הקדישה מאמר לתפקידיהן של הנשים וזכויותיהן וערכה השוואה בין וולסטונקראפט ומרגרט פולר, שהייתה עיתונאית אמריקנית, מבקרת ופעילה למען זכויות הנשים, שבדומה לוולסטונקראפט ילדה ילד מבלי להינשא.
עם עלייתה של התנועה לשוויון זכויות לנשים, עבודתה של וולסטונקראפט קמה לתחייה. אליזבט רובינס פאנל, כתבה ביוגרפיה על חייה של וולסטונקראפט שהופיעה בשנת 1884, כחלק מסדרה של האחים רוברט על נשים מפורסמות. מיליסנט גרט פאוסט, סופרז'יסטית ולימים נשיאת ההתאחדות הארצית של אגודות זכות בחירה לנשים, כתבה את ההקדמה למהדורה של 'זכויות האישה', שבה טיהרה את זכרה של וולסטונקראפט והכריזה עליה כאם המאבק לזכות הבחירה. נשים כגון וירג'יניה וולף ואמה גולדמן שזוהו עם התנועה הפמיניסטית המודרנית, אימצו את סיפור חייה של וולסטונקראפט. וולף תיארה את כתיבתה, טיעוניה וחוויות חייה כאלמותיים: "היא חיה ופועלת, היא טוענת ומתנסה, אנו שומעים את קולה ואת עקבות השפעתה גם עכשיו בין החיים". אחרים, לעומת זאת, המשיכו לגנות את אורח חייה.
עם הופעתה של הביקורת הפמיניסטית באקדמיה בשנות השישים והשבעים, ערכם של עבודותיה השתקף בגל השני של התנועה הפמיניסטית. בתחילת שנות השבעים, 6 ביוגרפיות עיקריות שנכתבו על וולסטונקראפט פורסמו והציגו את חייה כ"חיים מלאי תשוקה בניגוד לאג'נדה הרדיקלית והרציונלית שלה". בשנות השמונים והתשעים, תוארה וולסטונקראפט כאישה בת זמנה. חוקרים כמו קלאודיה ג'ונסון, גארי קלי ווירג'יניה שפירו סברו כי יש קו ליניארי בין מחשבתה של וולסטונקראפט לרעיונות חשובים אחרים מהמאה השמונה עשרה המתייחסים לנושאים כגון: כלכלה, רגישות ותאוריה פוליטית.
לעבודתה של וולסטונקראפט הייתה השפעה גם על הפמיניזם שפרח מחוץ לכותלי האקדמיה. עיאן הירסי עלי, סופרת פוליטית ומוסלמית לשעבר, מבקרת של האסלאם ותכתיביו כלפי נשים בפרט, התייחסה לזכויות האישה בספרה האוטוביוגרפי 'הכופרת', בו כתבה על ההשראה שהעניקה לה "מרי וולסטונקראפט, חלוצת ההגות הפמיניסטית, שאמרה לנשים כי יש להן אותה היכולת לנמק כלגברים ומגיע להן זכויות שוות".
חתן פרס נובל אמרטיה סן, כלכלן ופילוסוף הודי שזיהה לראשונה את הנשים המודרות של אסיה, תיאר את וולסטונקראפט כפילוסופית פוליטית בספרו רעיון הצדק שיצא לאור בשנת 2009 .
בשנת 2020 נחנך בניואינגטון גרין פסל ברונזה לזכרה שיצרה , שבבסיסו חרותים דבריה: "אני לא מייחלת לכך שנשים ישלטו בגברים, אלא שתהיה להן שליטה על עצמן".
יצירות עיקריות.
יצירות חינוכיות.
רוב כתיבתה המוקדמת של וולסטונקראפט התרכזה בנושאי חינוך, שבאו לידי ביטוי בספר 'מחשבות על חינוך של בנות' (1787) ובספר הילדים: "סיפורים מקוריים מחיים אמיתיים" (1788). וולסטונקראפט דגלה בשיטות חינוך הילדים תחת האתוס המתפתח של המעמד הבינוני דהיינו, משמעת עצמית, יושר, הסתפקות במועט ושביעות רצון חברתית. שני הספרים מדגישים אף את חשיבות החינוך לרציונליות וחושפים את החוב האינטלקטואלי של וולסטונקראפט לפילוסוף החינוכי החשוב מהמאה השבע עשרה ג'ון לוק. עם זאת, החשיבות שהעניקה לאמונה הדתית ולרגש הפנימי מייחדת את עבודתה משלו, ומקשרת אותה לדיון על רגישות שהיה נושא פופולרי בסוף המאה השמונה עשרה. שני הטקסטים הללו תומכים אף בחינוכם של נשים, נושא שהיה שנוי במחלוקת באותם ימים. במהלך הקריירה שלה חזרה לעסוק בנושא, בעיקר בספרה 'הגנת זכויות האישה', בו טענה כי נשים משכילות תהיינה רעיות ואימהות טובות יותר, ובשל כך יתרמו באופן חיובי יותר למדינה.
הגנה על זכויות האדם.
ספרה של וולסטונקראפט 'הגנה על זכויות האדם', שיצא לאור בשנת 1790, נכתב כתגובה לספר 'הרהורים על המהפיכה הצרפתית' פרי עטו של אדמונד ברק, שיצא לאור מוקדם יותר באותה שנה. בספר זה הגן ברק על המונרכיה החוקתית, על האצולה ועל הכנסייה של אנגליה. וולסטונקראפט קראה תיגר בספרה על האריסטוקרטיה ותמכה בערכי הרפובליקה. תגובתה הייתה מהניצנים הראשונים של המאבק, שנודע מאוחר יותר כ"מחלוקת המהפכה". הספר 'זכויות הגבר' שכתב תומאס פיין (1792), הפך לקריאת הקרב של המהפכנים והרדיקלים.
וולסטונקראפט כתבה בספרה כי על הנשים להיות זכאיות לכל אותן זכויות שהפילוסופים הליברליים של אותה תקופה טענו כי הן הזכויות הטבעיות של כלל בני האדם. היא ראתה באי החלתן של זכויות אלה על נשים אפליה בוטה ומתמשכת הסותרת את עקרונות הצדק הבסיסיים. וולסטונקראפט טענה שהגורם למעמדן הנחות של נשים הוא מחסור בחינוך ובהקניית "תבונה" ורציונליות, וכי הענקת חינוך והשכלה הולמים לנשים היא המפתח לפתרון אפלייתן ודיכוין, וכי אין כל הבדל מולד ביכולת השכלית בין נשים לגברים, כפי שאין הבדל מולד בין בני גזעים שונים ובני מעמדות שונים. ההבדלים בין נשים וגברים, כך סברה, מקורם בחינוך שונה וביחס שונה, שהחברה ומערכת המשפט מעניקות לגברים ולנשים החל מילדותם. לפי השקפתה, על המדינה לחוקק חוקים שוויוניים כדי לבטל מסורות בחוק ובחינוך המגבילות נשים ומנציחות את נחיתותן וכי נשים משכילות ועצמאיות מבחינה כלכלית, תקדמנה לא רק את עצמן, אלא גם את המין האנושי כולו.
וולסטונקראפט תקפה בספרה לא רק את המלוכה ואת הזכות להורשת הכתר, אלא גם את השפה שבה נקט ברק כדי להגן עליהם ולרומם אותם. באחד הקטעים המפורסמים מתוך ספרו, קונן ברק על עלבונה של מארי אנטואנט: "חשבתי כי עשרת אלפים חרבות קפצו מנדניהן כדי לנקום אפילו במבט שאיים עליה בעלבון, אבל עידן האבירות נעלם". רוב מתנגדיו של ברק הביעו מורת רוח באשר לרחמים התיאטרליים שהפגין ברק כלפי המלכה הצרפתית, וסברו כי רחמים אלה משקפים עמדות המנצלות את העם. וולסטונקראפט תקפה בספרה 'חקירה פילוסופית של מקור הרעיונות שלנו לנשגב וליפה' (1756), את השפה המגדרית שבה נקט ברק, את הרטוריקה שלו ואת טיעוניו. היא הגדירה מחדש את המונחים יפים ונשגבים, שאותם פירש ברק באופן שונה ממנה. ברק קשר את היפה עם חולשה ואת הנשיות והנשגבות עם כוח וגבריות. וולסטונקראפט השתמשה בהגדרותיו כנגדו, בטענה כי דמויותיו הפכו את קוראיו לנשים חלשות המושפעות מהצגתן של דמויות תיאטרליות. כמו כן תקפה וולסטונקראפט את התאוריה של ברק שסבר כי החברה אינה שוויונית, כיוון שהיא מתבססת על הפסיביות המאפיינת את הנשים.
באמצעות טיעוניה בעד ערכי הרפובליקה, עוררה וולסטונקראפט את האתוס של המעמד הבינוני שהיה מנוגד לפי השקפתה לקוד הנימוסים החבול של האצולה. בהשראת הוגים משכילים, האמינה בקדמה ולעגה לברק שהסתמך לדעתה על מסורת ועל מנהגים מיושנים. היא טענה לרציונליות וציינה כי השקפת עולמו של ברק תוביל להנצחת העבדות, כחלק ממסורת אבות.
הספר 'הגנה על זכויות האדם' היה עבודתה הפוליטית והפמיניסטית הראשונה שלה. ג'ונסון טען: "נראה כי במעשה הכתיבה, בחלקים המאוחרים יותר של זכויות האדם התגלה לה נושא שיעסיק אותה לכל אורך הקריירה שלה".
הגנה על זכויות האישה.
ספרה "הגנה על זכויות האישה" שיצא לאור בשנת 1792, הוא אחד היצירות המוקדמות של הפילוסופיה הפמיניסטית. וולסטונקראפט טענה בספר זה, כי הנשים ראויות לחינוך ההולם את מעמדן בחברה, כי הן חיוניות לאומה כיוון שהן מחנכות את הילדים וכי הן יכולות להיות "חברות" לבעליהן ולא רק רעיות. במקום להתייחס לנשים כאל קישוט בחברה או כאל רכוש שסוחרים בו בנישואין, טענה וולסטונקראפט כי הן בני אדם הראויות כגברים לאותן זכויות יסוד. פרקים רבים בספר מתייחסים למחברי ספרי חינוך כגון ג'יימס פורדיס וג'ון גרגורי ולפילוסופים חינוכיים כגון ז'אן-ז'אק רוסו, שרצה למגר את החינוך הנשי. בספרו 'אמיל' (1762), גרס כי השכלתן של הנשים מיועדת להנאתם של גברים.