עם מתן הוראת המאסר החלה בציבור החרדי התארגנות מהירה לעצרות מחאה המוניות שבהן ילוו את ההורים לכלא. בארגון ההפגנה בירושלים היו שותפים חבר הכנסת מאיר פרוש וחבר מועצת עיריית ירושלים יוסי דייטש. בבני ברק צוות עובדי העירייה ובראשם ממלא מקום ראש העיר חנוך זייברט הוביל וארגן את העצרת. שתי העצרות נערכו בתיאום עם המשטרה והוצבו בהן פקחים חרדיים לשמירה על הסדר במטרה לייתר התערבות של המשטרה.
בעצרת בבני ברק השתתפו יותר מ-50,000 מפגינים חרדים (לדברי המארגנים כ-150,000), כולם גברים. נאמו בה הרב שמואל הלוי וואזנר והרב אליהו ביטון, רב קהילה ספרדית בעמנואל שבתו למדה במגמה החסידית. לאחריה נפתחה עצרת המחאה בירושלים, בה השתתפו על פי הערכת המשטרה יותר מ-100 אלף איש, ולטענת המארגנים כ-200 אלף איש, בהם תלמידי ישיבה רבים שנענו לקריאת מנהיג הציבור הליטאי, הרב יוסף שלום אלישיב. איש אמונו, הרב יוסף אפרתי, הכריז בנאומו כלפי השופטים כי "בדברים הנוגעים לציפור נפשה של היהדות החרדית, אין לכם חלק!".
מאיר אלמליח, אב לבת שלמדה ב"מגמה החסידית" נאם בעצרת: "לא נסכים לשום פשרה. אנחנו צועדים לכלא עם מה שגדולי הדור אומרים לנו". בעצרת נאמרו פרקי תהלים, תפילת אבינו מלכנו וקטעי סליחות על ידי הרב דוד בצרי. בסיום העצרת בירושלים ליוותה תהלוכת ענק את האוטובוס ובו ההורים לעבר מגרש הרוסים. בהתאם להנחיות הרבנים, לא השתתפו נשים בתהלוכת המחאה. בימים שההורים שהו במעצר בכלא מעשיהו הוקם מאהל מחאה של מפלגת יהדות התורה מחוץ לכלא, על ידי חבר הכנסת מאיר פרוש. במאהל התקיימה ישיבתה השבועית של הסיעה. במהלך ימי המאסר הגיעו חרדים רבים בסמוך לשערי הכלא, במטרה להזדהות ולעודד את ההורים היושבים בכלא, במקום הותקנה מערכת הגברה, נישאו הרצאות על ידי רבנים ואישי ציבור, והופיעו זמרים חסידיים. המקום, שהפך למוקד עלייה לרגל בציבור החרדי, כונה בפרפרזה על "שאגת אריה" - "שאגת עמנואל".
סיום הפרשה.
ב-27 ביוני 2010, בתום עשרה ימי מעצר, הודיע בא-כוח ההורים כי הצדדים הגיעו לפשרה בעקבות מאמצים שאליהם נרתמו גם הרב עובדיה יוסף והאדמו"ר מסלונים. סוכם כי בשלושת ימי הלימודים האחרונים שנותרו עד לסיום שנת הלימודים יתקיימו בעמנואל ימי עיון משותפים לכל בנות בתי הספר בעיר (המגמה החסידית, הכללית, מעיין החינוך התורני וחב"ד), בהשתתפות גדולי הרבנים והמרצים מכל העדות, כדי לקרב את הלבבות, ובמהלך החופשה יקיימו הצדדים דיונים באשר לשנת הלימודים הבאה. הפשרה התקבלה על ידי שופטי בג"ץ אשר ציינו בהחלטתם את עמדת הפרקליטות הרואה בה כקיום פסק הדין והאסירים שוחררו ממעצרם. לאור זאת הורו השופטים לשחרר את האבות המצויים במאסר מזה 10 ימים, וביטלו גם את עונשי המאסר של האמהות ושל יתר ההורים שלא התייצבו למעצר.
בהתאם לפסיקת בג"ץ, ב-25 באוגוסט הודיע משרד החינוך כי החליט לאשר פתיחת בית ספר נפרד לבנות המגמה החסידית. בית ספר זה יהיה בגדר "מוסד פטור" ללא תקצוב המדינה (בהתאם לסעיף 5 לחוק לימוד חובה), אך גם בו תיאסר אפליה ביחס לבנות שיעמדו בתנאי הקבלה למוסד. כמו כן, לא יתוקצב המוסד החדש על ידי המדינה בשנת הלימודים תשע"א. ב-14 בספטמבר 2010 הודיע בג"ץ על סיום הדיון בעתירה, תוך שהוא מדגיש "ודאי שאין המועצה המקומית רשאית להעביר כספים, או שווי כסף, מתקציבה למוסד הפטור, בניסיון לעקוף את ההסכמה בדבר היעדר תקצוב, עליה הצהיר משרד החינוך". את החלטתו סיים בג"ץ במילים:
לאחר פסיקת בג"ץ הגישו כ-20 תלמידות תביעת נזיקין נגד משרד החינוך ובית הספר. רוב המשפחות חזרו בהן בהמשך. באוגוסט 2011 פסק בית משפט השלום בתל אביב על דרך הפשרה פיצויים לשתי תלמידות בסך 70,000 ש"ח כל אחת. במאי 2014 הגיש עו"ד יואב ללום תביעה על סך 300,000 ש"ח בגין לשון הרע כנגד העיתון החרדי 'יתד נאמן', בעקבות הקמפיין שניהל העיתון נגדו במהלך הפרשה. בינואר 2019 פסק בית המשפט לללום פיצויים בסך של 135,000 ש"ח והוצאות משפט בסך 30,000 ש"ח.
הדיון הציבורי.
פסק הדין, סירוב ההורים לציית לו, ומאסרם עקב כך, עוררו דיון ציבורי ומחאה, שנסובו סביב כמה צירים:
הבחנה מותרת או אפליה פסולה.
השאלה האם בבית הספר בעמנואל התקיימה הבחנה מותרת בין תלמידות, על פי הקפדתן והקפדת משפחתן על מצוות הדת, או שהייתה זו אפליה פסולה על רקע עדתי, עמדה במרכזו של פסק הדין. דו"ח בס עסק בשאלה זו וקבע שלא הייתה אפליה, אך בית המשפט, שדן בכך בהרחבה, גם לאורו של דו"ח בס, פסק שמדובר באפליה עדתית. פסק הדין לא הביא את הוויכוח לסיומו.
רבים בציבור החרדי האשכנזי וכן חלקים מהציבור החרדי ספרדי דחו את הטענות על אפליה עדתית, בטענה כי הקריטריון היחיד להתקבל בבית הספר הוא הרמה הדתית של המועמדת ומשפחתה, וכי גם תלמידות אשכנזיות מבתים פחות אדוקים אינן מתקבלות. בין השאר הם הצביעו על העובדה ש-27 אחוז מהלומדות במגמה החסידית הן ממוצא מזרחי, על ההצהרה הברורה של הורי המגמה החסידית כי כל תלמידה שהוריה יחתמו על התקנון תתקבל, ועל כך שאף הורה לתלמידה מהמגמה הכללית לא הצטרף לעתירה. מנגד נטען כי הוערמו קשיים בירוקרטיים על רישומן של תלמידות ממוצא ספרדי, כי אלו טענות סרק שנועדה להסוות את ההפלייה והגזענות, וכי בכל מקום שיש גזענות ניתן להצדיק אותה בטיעונים על "שמירת הזהות". גם בקרב ההורים מ"המגמה החסידית" נשמעו קולות הכאה על חטא בעניין גדר ההפרדה, כפי שהתבטא הדבר בדברי נציגיהם: "נעשתה שגיאה חמורה בבניית גדר ההפרדה, בזמנו, בין המגמות. אנו מודעים לכך ששגינו ומודים בזה".
חיים שיין, שבתחילה ראה בפרשה אפליה על רקע עדתי, חזר בו במאמר שפרסם, כיוון שראה כי אחת מהאמהות שבנותיהן לא התקבלו מעשנת, וציין: "אשה חרדית, אשכנזייה או ספרדית, אינה מעשנת סיגריות. בטוחני שכל בת לאשה (המתקרית חרדית) המעשנת סיגריות לא הייתה מתקבלת לבית ספר חרדי, מוצאה כלל לא היה רלוונטי. ייתכן שבחינוך החרדי האשכנזי יש אפליה על רקע עדתי, אך מסופקני אם זה היה העניין העיקרי בבית הספר בעמנואל."
האדמו"ר מסלונים פרסם מכתב ובו כתב שאילו היה סבור שהשופטים אכן סבורים שזו באמת אפליה, אולי היה נוהג אחרת. אך "מאחר שאין לי כל שמץ של ספק שהם יודעים את האמת, שכל דבריהם בשקר יסודם, אין זה אלא מאבק בין אמונה לכפירה, בין כוח הקדושה לכוח הטומאה של הסטרא אחרא".
סמכות המדינה מול סמכות הרבנים.
מחויבות הציות לשלטון החוק נחשבת לאחת מאבני היסוד של החיים במדינה. בישראל מתנהל שנים רבות דיון בשאלה כיצד לנהוג במקרה של עימות בין המדינה ומוסדותיה ובין רבנים.
השופט אדמונד לוי התייחס לסוגיה זו באומרו לבא כוח ההורים: "שום פסק דין של בית משפט אינו טעון הסכמה של איש, גם לא של סמכות הלכתית, תהא אשר תהא". עמדה דומה בעניין ביטא עיתון "הארץ" בכותרת הראשית למחרת עצרות המחאה החרדיות: "יותר ממאה אלף חרדים השתתפו בעצרות מחאה נגד שלטון החוק". במאמר המערכת תקף "הארץ" את גישת הרבנים החרדים וחסידיהם, וציין: "זהו מאבק כוח, פשוטו כמשמעו, ולמי שרוצים בקיומה של מדינת חוק ושוויון, שההלכה אינה מכתיבה בה אורחות חיים, אסור להיכנע בו." פרופ' ידידיה שטרן מתח ביקורת על שני הצדדים לוויכוח אך הדגיש כי יש לכבד את החלטות בית המשפט.
חוקר המשפט העברי וחתן פרס ישראל פרופ' נחום רקובר טען כי במקרה שתתעורר מלחמה בין ערכי בית המשפט לערכים יהודיים היא אבודה מבחינת בתי המשפט, שהרי "אנשים לא ימירו את דתם (בלשון גוזמא) בגלל הכפייה שבית המשפט מנסה לכפות עליהם בניגוד למצפונם", ובמקרה הזה זו גם דרישה העומדת בניגוד לאמנות הבינלאומיות המחייבות לאפשר לכל קבוצה אתנית לקיים דרכי חינוך משלה. עוד אמר רקובר כי בשל היות המדינה מדינת היהודים, כאשר דן בית המשפט בנושאים ערכיים - ערכים יהודיים הם אלה שצריכים להכתיב את החלטותיו, והדבר מעוגן גם בחוק יסודות המשפט. לפיכך ככל שהשופטים אינם עושים כך הם אינם מצייתים למחוקק.
בשנת 2015 התפרסם כי הרב אלישיב התנגד תחילה למחאות כי ראה בפרשה עניין כספי ולא אידאולוגי, מאחר שההורים יכלו לפתוח בית ספר במעמד מוסד פטור או מוכר שאינו רשמי ללא תקצוב משרד החינוך, אך העדיפו להפעיל את בית ספרם במסגרת החינוך העצמאי הזוכה לתקצוב משרד החינוך. מאוחר יותר תמך בעצרת, משום שראה בפסק הדין של השופט לוי קריאה לציות למערכת המשפט ולא לרבנים.
הצבת הסוגיה כהכרעה בין סמכות תורנית למשפטית סייעה להתלכדות שורות נדירה בציבור החרדי, והדבר בא לידי ביטוי גם בכך שמפלגת ש"ס שהודיעה שהיא מתנגדת לאפליה, לא תמכה בפסק הדין עקב התנגשות זו, וגם בכך שאף חוגים אנטי-ציוניים כהעדה החרדית וחסידות סאטמר השתתפו במחאות למרות חילוקי דעות עקרוניים קשים עם החוגים מאחורי המאבק. לאחר החלטתו הסופית של בג"ץ תקף את בג"ץ ח"כ משה גפני, יו"ר ועדת הכספים, באומרו "בית-המשפט פוסק כל הזמן ללא הרף נגדנו", והזהיר כי הדבר עלול לגרום לכך ש"אנחנו נפסיק לשלם מיסים".
מאסר ההורים.
עונש המאסר הוטל על ההורים לאחר שקנס שהושת עליהם ואזהרה שהם צפויים למאסר לא הביאו לשינוי בסירובם לקיים את פסק הדין. כנגד המאסר הושמעו הסתייגויות ערכיות ופורמליות, ובהן:
קידוש השם או חילול השם.