ב־25 באוגוסט הרג כוח של סיירת דובדבן 5 מבוקשים של הגא"פ וחזבאללה שהיו מעורבים בפיגועי הסטייג' ונתניה, כאשר נפגשו בלילה בטולכרם, 2 מאלה שנהרגו נחשבו לפעילים בכירים. כ־3 שבועות לאחר מכן נהרגו עוד 3 מחבלים בג'יהאד האסלאמי אך תשומת הלב עברה דווקא לרצועת עזה, בה חמאס והגא"פ הפגיזו את שדרות ברקטות לאחר "תאונת עבודה" קטלנית בתהלוכת חמאס בג'באליה. במסגרת התגובה של צה"ל – מבצע גשם ראשון – נהרגו מספר מחבלים, ביניהם מוחמד שייח' חליל.
ניסיונות הגא"פ להוציא פיגועים ופשיטות צה"ל על טולכרם המשיכו גם באוקטובר. ב־24 באוקטובר נהרג לואי סעדי, ראש הגא"פ בגדה ו"המבוקש מספר 1". הגא"פ הבטיח נקמה קשה וכבר באותו ערב נורו רקטות אל עבר שדרות. ב־26 באוקטובר ביצע מחבל מתאבד מטעם הגא"פ פיגוע התאבדות בחדרה, בו נרצחו 6 ישראלים. לטענת ישראל, ההוראה לבצע את הפיגוע נתנה ממפקדות הג'יהאד בדמשק, בעידודה של סוריה. ב־5 בדצמבר ביצע הג'יהאד פיגוע בנתניה בו נרצחו 5 ישראלים.
גא"פ משנת 2006 ואילך.
גם בשנים 2006–2008 פעל הגא"פ להוצאת פיגועי התאבדות, אך כמעט כל הניסיונות נכשלו. הלחץ הצבאי שהפעילו צה"ל והשב"כ הביא לפגיעה משמעותית בארגון וביכולתו להוציא פיגועי תופת קטלניים. לעומת זאת, ברצועת עזה, הגדיל הגא"פ את נפח פעילותו, והצטרף לירי הרקטות על ישראל, לעיתים גם בתקופות שהייתה "הפסקת אש" לא רשמית בין ישראל לחמאס.
החל מסוף 2021 החל הג'יהאד האסלאמי, בראשות באסם א-סעדי, להשתלט על ג'נין ולזרוע אנרכיה בעיר, תוך סילוק כוחות הרשות הפלסטינית משם. הג'יהאד האסלאמי הפך את ג'נין לקן טרור שממנו יצאו מחבלים רבים לבצע פיגועים נגד ישראל במסגרת גל הטרור שפרץ בחודש מרץ 2022. בתגובה, פתחו כוחות הביטחון של ישראל במבצע שובר גלים שכלל פעולות רבות בג'נין, כולל מעצר והריגת מחבלים רבים שפעלו במחנה. ב-2 באוגוסט 2022 נעצר באסם א-סעדי בידי כוחות צה"ל, מג"ב ושב"כ.
טרור מרצועת עזה וירי ארטילרי על ישראל.
בעקבות התהדיאה ב־2005 והבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית שנקבעו לינואר 2006 הפך הג'יהאד האסלאמי ליורה העיקרי של רקטות קסאם על ישראל מרצועת עזה. הירי גבר בעקבות ביצוע תוכנית ההתנתקות בספטמבר 2005. את עיקר הרקטות שנורו קיבל הג'יהאד מהחמאס, שהיה לו אינטרס לא להיות מעורב ישירות בירי עקב השתתפותו בבחירות. בנוסף לרקטות הקסאם ירו בג'יהאד רקטות "אל קודס 101", "קודס 2" ו"קודס 3" לטווח בינוני, כולן מתוצרת עצמית. לגא"פ מערך ייצור הפועל היטב, ולכן עיקר הירי הרקטי המבוצע מהרצועה מבוצע על ידי ארגון הגא"פ כפי שהוזכר למעלה. עקב היותו ארגון שלא מעורב בפוליטיקה הפלסטינית ניתן למצוא פעמים רבות כי הוא איננו מחויב ל"הודנה" או ל"תהדיה" (רגיעה). בנוסף, מבריח הארגון רקטות גראד דרך רפיח, אותן הוא שיגר לעבר אשקלון.
בתחילת פברואר 2010 שלח הגא"פ דרך הים כ־8 חביות נפץ מרצועת עזה אל עבר חופי ישראל. 3 חביות התגלו בחופי אשקלון, אשדוד ופלמחים ונוטרלו או פוצצו פיצוץ מבוקר בידי חבלנים של משטרת ישראל.
במרץ 2011 החל הגא"פ בשיגור רקטות קסאם וגראד לעבר אשקלון, אשדוד ובאר שבע. בבאר שבע נפגע אזרח בן 56 מרסיסים. כמו כן נורו גם כמה פצצות מרגמה לעבר יישובי עוטף עזה. ב־23 במרץ התרחש גם פיגוע בירושלים שאותו בירך הג'יהאד האסלאמי, בו נהרגה אישה אחת ונפצעו קשה 3 אנשים.
בהתלקחות שהחלה באוגוסט 2011 בעקבות מתקפת הטרור בכביש 12, סמוך לאילת, לקח הג'יהאד האסלאמי חלק בירי עשרות רקטות גראד לעבר הערים אשקלון, אשדוד, אופקים ובאר שבע, בהם נמנו הרוג אחד ועשרות פצועים.
ב־27 באוקטובר 2011 ירתה חוליית משגרים של הג'יהאד האסלאמי רקטת גראד אל עבר גן יבנה. ב־29 באוקטובר הרג חיל האוויר הישראלי את אותה חוליית מחבלים, בעת שהכינו רקטה נוספת לירי על ישראל. בתקיפה נהרגו 6 מחבלים. בתגובה שיגר הג'יהאד האסלאמי למעלה מ־30 רקטות אל עבר אשדוד, גן יבנה, אשקלון, באר שבע, קריית גת, אופקים ונתיבות, מהן נהרג אדם אחד.
ב-30 באוקטובר 2017 פוצצו כוחות צה"ל מנהרת טרור שחפר הג'יהאד האסלאמי מרצועת עזה אל קיבוץ כיסופים וחדרה לשטח ישראל, למרחק של 2 ק"מ מהקיבוץ. בהשמדת המנהרה נהרגו בין 7 ל-12 מחבלים פלסטיניים, בהם מחבלים בכירים בג'יהאד האסלאמי (בדרגת מפקדי חטיבה) ומפקד ביחידת המנהרות של חמאס, ומחבלים נוספים נפצעו. הג'יהאד האסלאמי לקח אחריות על חפירת המנהרה ואמר שמדובר ב"הכרזת מלחמה מצד ישראל". בערב אמר דובר צה"ל רונן מנליס שמטרת הפיצוץ לא הייתה לפגוע בבכירים אלא רק לנטרל את המנהרה, ושהמחבלים – שהגיעו למנהרה אחרי הפיצוץ – נהרגו כתוצאה מנזק משני שנגרם למנהרה, כגון קריסות ושאיפת אבק.
ב-12 בנובמבר 2019 נהרג בסיכול ממוקד מפקד החטיבה הצפונית ברצועת עזה, והארגון הגיב בירי מאסיבי של כ-450 רקטות לעבר ערי הדרום והמרכז במשך 4 ימים. רוב מוחלט של הרקטות יורטו על ידי מערכת כיפת ברזל או נפלו בשטחים פתוחים. במהלך הסבב היו 2 פצועים. צה"ל בתגובה תקף אווירית בסיסים וחוליות של הג'יהאד האיסלאמי, ודווח על כ־30 הרוגים ערבים.
ב-5 באוגוסט 2022 פתח צה"ל במבצע עלות השחר נגד הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני ברצועת עזה והרג את תייסיר אל-ג'עברי, מפקד מרחב צפון ואת חאלד מנצור, מפקד מרחב דרום בזרוע הצבאית בארגון.
איאד חרדאן
איאד מחמוד נאיף חרדאן, (1971–5 באפריל 2001), תושב עראבה שבמחוז ג'נין, היה ראש הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי בג'נין.
חרדאן שוחרר מהכלא הפלסטיני בחודש אוקטובר 2000 והחל לארגן פעילות טרור ענפה של הג'יהאד האסלאמי בשומרון - בין היתר הוא אחראי לפיצוץ מכונית התופת בשוק מחנה יהודה ב-2 בנובמבר 2000 (שני הרוגים) ולפיצוץ מכונית התופת בשכונת תלפיות בירושלים במרץ 2001.
הוא נהרג בהתפוצצות מטען נפץ שהוטמן בתא טלפון ציבורי והופעל מרחוק, כשיצא מהכלא בעיר ג'נין ב-5 באפריל 2001.
עלי ספורי
עלי סלימאן סעיד אל סעדי (ספורי) הוא פעיל בכיר של הג'יהאד האיסלמי, שנמנה עם ראשי הארגון באזור ג'נין. במוצאו ממחנה הפליטים ג'נין. ספורי עומד מאחורי שורה של פיגועי תופת וניסיונות פיגוע שבוצעו בישראל במהלך שנת 2001. הוא מוחזק במעצר בישראל מאז מבצע חומת מגן.
פעילות טרור.
ציפורי החל להסתמן כפעיל מרכזי במאי 2001, כשהיה חבר בחולייתו של עבד אל כרים עויס, פעיל תנזים בכיר במחנה הפליטים, ותפקידו כלל הכנת מטענים ופצצות מרגמה לטובת החוליה. מאז תחילת פעילותו החל ציפורי להיות שותף מלא ושווה לכל פעילותו של מחמוד (נורסי) טואלבה מראשי הג'יהאד האסלאמי באזור ג'נין. כמו כן עלה ציפורי כמי שמייצר מטענים לכל דורש ומעורב בביצועם או בהכוונתם של פיגועים וניסיונות פיגוע, ואחראי למותם של 9 ישראלים ולפציעתם של למעלה מ-100 ישראלים, כדלקמן:
איאד סוואלחה
איאד סוואלחה (1974 – 9 בנובמבר 2002) היה מחבל פלסטיני שרצח עשרות אזרחים ישראלים. ראש הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלמי בשומרון. היה בן 28 כשנהרג בידי כוח צה"ל שבא לעצרו.
קורות חייו.
איאד סוואלחה נולד בכפר ראעי דרומית-מערבית לג'נין. החל את פעילותו באינתיפאדה הראשונה בחוליית 'הפנתר השחור' השייכת לתנועת הפת"ח. נעצר בשנת 1992 וריצה עונש מאסר בישראל בגין רצח חשודים בשיתוף פעולה ובמהלך שהותו בכלא התקרב לאסלאם והפך לדתי קיצוני. בשנת 1998 השתחרר מהכלא הישראלי במסגרת הסכמי אוסלו.
סמוך לתחילת האינתיפאדה השנייה הצטרף סוואלחה לשורות ארגון הג'יהאד האיסלמי. במסגרת חברותו בארגון סייע לפעילי ג'יהאד בכירים, לרבות איאד חרדאן שנהרג בפיצוץ תא טלפון בג'נין באפריל 2001, וכן לתאבת מרדאווי שנעצר על ידי צה"ל במהלך מבצע חומת מגן. לאחר הפסקת פעילות של שנתיים חידש את פעילותו. בתחילה היה סוואלחה סייען לוגיסטי של פעילים צבאיים בשומרון, בעיקר באזור ג'נין וטול כרם, ועד מהרה הפך ליוזם ומכוון פעילות טרור צבאית, קישור בין תשתיות תנזים והג'יהאד האיסלמי בשומרון ומעורב בייצור מטענים, מכוניות תופת, גיוס פעילים, שילוח מפגעים והעברת הנחיות לפעילות.
בחצי שנה התקדם והיה לראש התשתית הצבאית של הג'יהאד בג'נין ובשכם, לאחר מות מפקד הזרוע הצבאית של הג'יאהד האסלאמי מחמוד טואלבה "נורסי" ומעצרם של סגניו עלי ספורי ותאבת מרדאווי, התארגנות שהוגדרה על ידי שירות הביטחון הכללי כאחת המסוכנות ביותר בגדה.
פיגועיו הבולטים.
להערכת גורמי ביטחון, סוואלחה היה אחראי להחדרת ג'יפ התופת שנתפס בוואדי עארה ועליו מאות ק"ג חומר נפץ. הג'יפ יועד, ככל הנראה, לביצוע "מגה פיגוע" באחת מערי החוף בישראל.
מותו.
ב-9 בנובמבר 2002 כוח של סיירת גולני בפיקוד סא"ל רון וייזל, מפקד גדס"ר גולני, ומפקד הסיירת, רפי מילוא, בשיתוף עם כוח של יחידת אגוז, צרו לפנות בוקר על ביתו של סוואלחה, בעקבות מידע מודיעיני שהגיע למערכת הביטחון. סוואלחה אותר בתוך סליק שנבנה בקיר כפול במטבח של אחד הבתים בקסבה של ג'נין. אשתו של סוואלחה הסגירה עצמה לידי כוחות הביטחון, אולם סוואלחה החל להשליך רימוני יד ולירות לעבר הכוחות. בשלב זה פרצו הכוחות אל תוך הבית בהוראת מפקד הפעולה, מפקד חטיבת גולני אל"ם משה (צ'יקו) תמיר, ובמהלך חילופי האש נהרג סוואלחה.
ת'אבת מרדאווי
ת'אבת עזמי סליימאן מרדאווי (בערבית: ثابت عزمي سليمان مرداوي) הוא איש הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני באזור ג'נין, טרוריסט אשר חימש וצייד 9 מחבלים מתאבדים, שלח אותם אל מותם וגרם לרציחתם של 20 ישראלים ופציעתם של 150. הוא נעצר במבצע חומת מגן, נשפט ומאז יושב בכלא בישראל.
קורות חייו.