דגל צלב הקרס עוצב בידי היטלר עצמו בקיץ 1920 כדגל התנועה: דגל אדום עם דסקה לבנה ומרכזה צלב קרס שחור. הבחירה בשילוב הצבעים שחור-לבן-אדום לא הייתה מקרית, הצבעים הללו שימשו את דגל האימפריה הגרמנית והיוו . אך בנוסף לקשר ההדוק לצבעים האימפריאליים, לצבעי הדגל הנאצי הייתה משמעות נוספת; בספרו של היטלר מיין קמפף מוסבר כי .
הגרסה הימית לדגל צלב הקרס כללה את הדסקה הלבנה מוזחת לשמאל בעבור כלי שיט אזרחיים אשר הפליגו תחת דגל הרייך וכדגלון החרטום בעבור ספינות המלחמה של הקריגסמרינה (הצי הנאצי).
משנת 1933 ועד 1938 טרם כניסתו לשימוש של כל דגל צלב קרס, הדגל הועבר בטקס בו הוצמד לדגל הדם, דגל-קמע אשר שימש את הנאצים בזמן הפוטש במרתף הבירה משנת 1923, בכל מצעד נירנברג. אולם, לא ידוע אם מסורת זו נמשכה גם אחרי 1938, שנתו של מצעד נירנברג האחרון.
באביב 1933 הונף הדגל הנאצי על גג הקונסוליה הגרמנית בירושלים. הדגל התנוסס במקומו במשך 6 שנים, עד סגירת הקונסוליה בפרוץ מלחמת העולם השנייה ב-1939.
עם נפילתו של המשטר הנאצי וסיום מלחמת העולם השנייה באירופה, נכבשה גרמניה על ידי כוחות בעלות הברית וחולקה לארבעה אזורי כיבוש. החוק הראשון שהעבירה מועצת השליטה המאוחדת היה ביטולם והחלפתם של כל החוקים הנאצים ובכללם איסור הנפתם והצגתם של דגלים וסמלים נאציים, תהליך הדה-נאציפיקציה. הצגתם של דגלים נאציים נחשבת עד היום בלתי חוקית ברוב ארצות המערב ובייחוד בגרמניה.
לאחר מלחמת העולם השנייה.
לאחר תבוסת הנאצים במלחמת העולם השנייה, וכניעתה של גרמניה, נכבשה גרמניה וחולקה בין מעצמות הברית בהתאם להחלטות ועידת יאלטה מפברואר 1945. בהיעדרה של ממשלה לאומית ודגל לאומי חויבו ספינות צי הסוחר של גרמניה בידי ממשל הכיבוש, בהנפתו של דגל הסימון הבינלאומי של האות "C" כדגל זנב סנונית (דגל זה כונה באנגלית C Pennant ובגרמנית C-Doppelstander). על הדגל, כך קבע הממשל, . באופן דומה חויבו ספינות צי הסוחר היפני בהנפתו של דגל הסימון לאות E גם הוא חתוך כדגל זנב סנונית.
מערבית לקו אודר-נייסה החלו להתגבש מחדש המדינות הגרמניות בהתאם לקווי הכיבוש של בעלות הברית והממשלות המדיניות הוקמו. בתוך אזור הכיבוש האמריקני מוזגו צפונה של וירטמברג ובאדן ליצירתה של וירטמברג-באדן ב-1946. כדגלה, אימצה המדינה הצעירה את דגל השחור-אדום-זהב. אולם, לבחירת צבעי הדגל לא היה קשר ליצוגם ההיסטורי של הצבעים אלא לצבעי השחור והאדום של וירטמברג נוסף צבע הזהב. צבעי האדום-זהב היו במקרה גם צבעיה ההרלדיים של באדן, וכך ניתן לטעות ולחשוב כי הדגל הוא שילוב צבעי השחור-אדום של וירטמברג והאדום-זהב של באדן. בשנת 1952 הפכה וירטמברג-באדן לחלק ממדינת המחוז בת-ימינו באדן-וירטמברג אשר דגלה נקבע כביקולור שחור-זהב.
לאחר המלחמה הוקמו שתי מדינות נוספות על בסיס אזורי הכיבוש, ריינלנד-פפאלץ (האזור הצרפתי) וסקסוניה התחתונה (האזור הבריטי), אשר אימצו את הדגל השחור-אדום-זהב, מושחת בסמל המדינה כדגלן. שתי מדינות אלו הוקמו מחלקיהן של מדינות היסטוריות בעוד ששילוב צבעיהם בדגל אחד לא התקבל בדגל חדש להן. הוחלט לא להשתמש בשילוב השחור-אדום-זהב משום שלשילוב הצבעים לא היה קשר ישיר לאף אחת מן המדינות ההיסטוריות, והשימוש בדגל מתקופת רפובליקת ויימאר סימל את הדמוקרטיה החדשה.
גרמניה המחולקת.
גרמניה המערבית.
לאור יחסיהן המידרדרים והולכים של ארצות הברית וברית המועצות, נפגשו נציגי שלוש המעצמות המערביות הכובשות (ארצות הברית, הממלכה המאוחדת וצרפת) במרץ 1948 והובילו לאיחודם של אזורי הכיבוש המערביים ליצירתה של מדינה גרמנית חדשה, היא הרפובליקה הפדרלית של גרמניה, הידועה גם בשם "גרמניה המערבית", אשר הוכרזה רשמית בשנת 1955. במקביל התגבשה בשטחי הכיבוש הסובייטיים במזרח הרפובליקה הדמוקרטית של גרמניה, היא גרמניה המזרחית.
במהלך ההכנות שבוצעו לקראת חקיקתה של חוקת גרמניה המערבית החדשה, נערכו באוגוסט 1948 דיונים סביב שאלת הסמלים הלאומיים בעבור הרפובליקה החדשה. אף על פי שנשמעו קולות אשר קראו שלא לבחור דגל לאומי טרם איחודם של המזרח עם המערב, הוחלט להמשיך במעשה. החלטה זו הושפעה בעיקרה מטיוטת החוקה של גרמניה המזרחית אשר הוצעה בידי מפלגת האיחוד הסוציאליסטי של גרמניה בנובמבר 1946, שם צבעי השחור-אדום-זהב הוצעו כצבעים הלאומיים בעבור הרפובליקה העתידית.
בסופם של הדיונים על הדגל החדש, נותרו לבסוף שתי הצעות סופיות. בשתיהן נעשה שימוש בצבעי השחור-אדום-זהב. הראשונה הוצעה בידי המפלגה הסוציאל-דמוקרטית וכללה את החזרתו של דגל רפובליקת ויימאר הישן בעוד המפלגות השמרניות תמכו בהצעתו של ארנסט וירמר שכיהן כחבר המועצה הפרלמנטרית והיה ליועצו של הקנצלר הראשון קונראד אדנאואר. וירמר הציע שתי גרסאות של "דגל המחתרת" משנת 1944 אשר עוצבו בידי אחיו ושותפו לקשר, יוזף וירמר. לבסוף נבחר הטריקולור וזאת על מנת להציג את הקשר וההמשכיות בין המדינה החדשה לרפובליקת ויימאר. עם קבלתה של החוקה ב-23 במאי 1949 הפך הטריקולור השחור-אדום-זהב לדגלה הרשמי של הרפובליקה הפדרלית של גרמניה.
בשנת 1955 הצביעו תושבי שטח החסות הצרפתי בחבל הסאר בעד איחוד עם גרמניה. מאז הקמתה ב-1947 כשטח חסות צרפתי נפרד, הונף בחבל הסאר דגל צלב נורדי לבן על רקע כחול ואדום. על מנת לציין את זיקתו של החבל לגרמניה המערבית, נבחר דגל חדש ב-9 ביולי 1956; דגל טריקולור שחור-אדום-זהב אשר הושחת בסמלה החדש של המדינה אשר נבחר גם הוא באותו היום. דגל זה נכנס לשימוש רשמי ב-1 בינואר 1957 עם הקמתה של המדינה הגרמנית "חבל הסאר".
גרמניה המזרחית.
השימוש בדגל שחור-אדום-זהב החל בגרמניה המזרחית ב-1946 וקיבל תוקף רשמי ב-1948 בכינוסו של הקונגרס העממי השני אשר החליט לאמץ את הטריקולור השחור-אדום-זהב כדגלה הלאומי של גרמניה המזרחית. בעקבות הצעתו של פרידריך אברט הצעיר, נבחר הדגל כדגל הרפובליקה הדמוקרטית של גרמניה עם הקמתה ב-7 באוקטובר 1949. כך הניפו בשנים 1949 עד 1959 הן גרמניה המזרחית והן גרמניה המערבית דגל זהה. ב-1 באוקטובר 1959 הוטען דגל גרמניה המזרחית בצו ממשלתי בסמל הרפובליקה הדמוקרטית של גרמניה. השינוי בדגלה של גרמניה המזרחית התקבל במערבה כניסיון מכוון להביא לפילוג בין שתי המדינות הגרמניות. הצגתו של הדגל החדש בגרמניה המערבית ובמערב ברלין שם הוא נודע כ"דגל הפילוג" (Spalterflagge) נאסרה להצגה עד סוף שנות ה-60 של המאה ה-20.
המשלחת הכלל-גרמנית למשחקים האולימפיים.
משנת 1956 ועד 1964 התחרו הספורטאים האולימפיים תחת דגל משותף לשתי המדינות במסגרת המשלחת הכלל-גרמנית. אולם, עם הטענתו של הדגל המזרחי בסמל הרפובליקה הדמוקרטית, היה צורך למצוא דגל חדש אשר יסמל את המשלחת המשולבת שכן אף אחת מן המדינות לא קיבלה את דגלה של השנייה. כפשרה, נבחר דגל טריקולור בצבעים הלאומיים אשר הוטען בסמל האולימפי - חמישה חישוקים לבנים המשולבים זה בזה במרכזו של הפס האדום. דגל זה שימש את חברי המשלחת באולימפיאדת מלבורן (1956), באולימפיאדת רומא (1960) ובאולימפיאדת טוקיו (1964). באולימפיאדת גרנובל (1968) התחרו הספורטאים הגרמניים בשתי משלחות נפרדות אך שתיהן הניפו את הדגל הזה.
1989 ועד היום.
לאחר נפילתה של חומת ברלין בנובמבר 1989 חתכו מזרח-גרמנים רבים את הסמל הקומוניסטי מדגליהם כפי שעשו זו הונגרים רבים בתקופת המרד ההונגרי בשנת 1956, וכפי שיעשו זאת הרומנים עם נפילת משטרו הקומוניסטי של צ'אושסקו. המעשה הנפוץ של גזירת הסמל מתוך הדגל המזרחי רמז על הטריקולור החלק כסמל לגרמניה מאוחדת ודמוקרטית. לבסוף, ב-3 באוקטובר 1990, כאשר מוזגה הרפובליקה הדמוקרטית אל תוך הרפובליקה הפדרלית, הפך הטריקולור לדגלה של גרמניה המאוחדת. בשנת 1998 נוסדה הקרן לפיוס עקב רודנותה של ה-SED. משימתה של הקרן, האחראית ישירות לממשלה הפדרלית, היא לבחון וללמוד את משטרה של גרמניה המזרחית. כסמלה, משתמשת הקרן בדגלה החתוך של גרמניה המזרחית.
הטריקולור השחור-לבן-אדום אשר שימש את האימפריה הגרמנית נמצא כיום בשימושם של תומכי המלוכה ושל חברי המלוכה הגרמנית אשר רוצים ומקדמים את רעיון המונרכיה החוקתית בגרמניה. השימוש בדגל למטרות אלו נותר בצל עקב השימוש בדגל האימפריאלי בידי קבוצות ימין קיצוני. מאחר שדגל צלב הקרס אסור לשימוש בגרמניה, קבוצות ימין קיצוניות מניפות את הטריקולור האימפריאלי, דגל שהנאצים בעצמם אסרו לשימוש בשנת 1935. האיסור על השימוש בסמלים נאציים בגרמניה ובמדינות רבות במערב הוא הסיבה מדוע משחקי מחשב רבים העוסקים במלחמת העולם השנייה אינם מציגים את הדגל הנאצי וחלקם אך מציגים את הדגל הגרמני של טרום 1918. הצגתו של הדגל האימפריאלי בידי אותן קבוצות ימין קיצוניות והניסיון לקשר בין דגל זה לבין התנועות האנטי-דמוקרטיות הדוגלות ברעיונות אנטישמיים ושנאת זרים הוא נושא אשר מלוכנים רבים דוחים אותו.
השימוש בדגל בגרמניה גופא אינו נפוץ כיום, כחלק מהרצון להתרחק מהמסורת הנאצית בה נעשה שימוש מופרז בדגלים. השימוש בדגל נעשה בעיקר בידי הרשויות הרשמיות או בידי אזרחים באירועי ספורט בינלאומיים. במדינות מסוימות (כבוואריה ושלזוויג-הולשטיין) או באזורים היסטוריים אחרים (כבאדן ופרנקוניה) עשויים האזרחים להעדיף את הנפתו של הדגל המקומי על פני הדגל הלאומי.
במהלך אירועי מונדיאל 2006 אשר נערך בגרמניה הפך השימוש בדגל לנפוץ עד מאד. אף-על-פי שהתפוצה בשימוש בדגל לוותה בידי רבים בתערובת רגשות של הפתעה ודאגה, הדאגה רבת השנים כי דגלים גרמניים מונפים וגאווה גרמנית ישובו ויזכירו את העבר הנאצי התבטלה עם סיומו של הטורניר בקרב כולם.
גרסאותיו של הדגל.
הדגל האזרחי.