האיחוד כשל בסופו של דבר. בעקבות הפיכה צבאית נוספת, שהתרחשה ב-28 בספטמבר 1961, פרשה סוריה מהאיחוד, והקימה עצמה מחדש כמדינה עצמאית. לא פחות מ-18 הפיכות צבאיות אירעו במהלך 18 החודשים הבאים, כאשר המשמעותית שבהן ארעה ב-8 במרץ 1963, כאשר קצינים סוציאליסטיים-לאומניים מהצבא הסורי, הקימו את ה"מועצה הלאומית של הפיקוד המהפכני", קבוצת קצינים ופקידים אזרחיים, אשר השתלטה על כל סמכויות החקיקה והממשל. ההשתלטות תוכננה על ידי חברי "מפלגת התחייה הערבית הסוציאליסטית" (מפלגת הבעת'), אשר פעלה בסוריה ובמדינות ערביות נוספות, מסוף שנות הארבעים. חברי הבעת' הם שהיוו את הרוב בממשלה החדשה.
הפיכת הבעת' בסוריה באה חודש לאחר הפיכת הבעת' בעיראק. הממשלה הסורית החדשה בחנה את האפשרות לכונן פדרציה משותפת עם עיראק הבעת'ית ומצרים. הסכם לכינון ישות פוליטית מעין זו נחתם בקהיר, ב-17 באפריל 1963, אולם מחלוקות שנתגלעו בין הצדדים הביאו לביטולה של הפדרציה המשולשת. לאחר מכן, פעלו משטרי הבעת' בסוריה ובעיראק להקמת איחוד ביניהן, ואולם סילוק מפלגת הבעת' מהשלטון בעיראק, בנובמבר 1963, קטע תוכניות אלה. במאי, 1964, ניסח נשיא סוריה, אמין אל-חאפז, חוקה למדינה הסורית, שקבעה את קיומן של שתי זרועות. הזרוע המחוקקת הורכבה מנציגי הארגונים הגדולים - פועלים, איכרים ואיגודים מקצועיים, ואילו הזרוע המבצעת כללה מועצה נשיאותית וממשלה.
ב-23 בפברואר 1966, ביצעה קבוצת קציני צבא, עלווים ברובם, חברי מפלגת הבעת', הפיכה צבאית פנים-מפלגתית. הם כלאו את הנשיא אל-חאפז, פיזרו את הממשלה ואת מועצת הפיקוד המהפכני, ביטלו את החוקה ומינו ממשלת בעת' אזרחית. מנהיגי ההפיכה, שנודעה כהפיכת הנאו-בעת', תיארו אותה כ"אשרור" עקרונות מפלגת הבעת'. על קבוצה זו נמנו שניים מבכירי העדה העלאווית: צלאח ג'דיד, וחאפז אל-אסד, שכיהן בתקופה זו כשר ההגנה הסורי. התבוסה המוחצת שהנחילה ישראל לסוריה הנאו-בעת'ית ולמצרים, במלחמת ששת הימים (יוני 1967) – מלחמה שפרצה, בין היתר, בעקבות הקיצוניות הלאומנית וחוסר הניסיון שאפיינו את המשטר הסורי – החלישה משטר רדיקאלי זה. מתיחות עזה נתגלעה בין היסודות הצבאיים, המתונים יותר, במפלגת הבעת' לבין היסודות האזרחיים הקיצוניים. נסיגת כוחות הצבא הסורי, שנשלחו לסייע לאנשי אש"ף בירדן, במהלך אירועי ספטמבר השחור, (1970), שיקפו את חוסר ההסכמה בקרב חברי מפלגת הבעת'. ב-13 בנובמבר 1970, הוביל שר ההגנה הסורי חאפז אל-אסד את "מהפכת התיקונים" – הפיכה צבאית ללא קרב, אשר סילקה את ההנהגה האזרחית של מפלגת הבעת' מהשלטון.
שלטון משפחת אסד (1970 עד ימינו).
גיבוש השלטון.
עם תפיסת השלטון פעל אסד במהרה על מנת ליצור תשתית ארגונית ריכוזית למשטרו. הוא כונן את מועצת העם (מג'לס א-שעב) – מוסד חקיקתי בן 173 צירים, 87 מתוכם נציגי מפלגת הבעת'. יתר המושבים חולקו בין "ארגונים עממיים" ומפלגות זעירות אחרות. במרץ 1971, מפלגת הבעת' בחרה ב-21 נציגים שיכהנו כשרים בממשלה. באותו חודש, "משאל עם" נערך במטרה לאשר את מינויו של אסד לנשיא לפרק זמן בן 7 שנים. שנה לאחר מכן, במטרה להרחיב את בסיס משטרו, כונן אסד את "החזית הלאומית הפרוגרסיבית", קואליציה של מפלגות שבראשה עמדה מפלגת הבעת', ונערכו בחירות לצורך הקמת מועצות מקומיות בכל אחד מ-14 המחוזות של סוריה. במרץ 1973 נכנסה לתוקפה חוקה חדשה, אשר קבעה, בדומה למפלגות הקומוניסטיות בגוש הקומוניסטי, כי מפלגת הבעת' היא המפלגה המובילה במדינה. זמן מה לאחר מכן נערכו בחירות פרלמנטריות ראשונות מאז 1962, למועצת העם.
מלחמת יום הכיפורים.
ביום הכיפורים 1973 פתחו סוריה ומצרים במתקפה מתואמת נגד ישראל שפתחה את מלחמת יום הכיפורים. לאחר שלושה ימי מלחמה בהם היו לצבא הסורי הישגים קרקעיים בדרום רמת הגולן הדף צה"ל את הצבא הסורי אל מחוץ לרמת הגולן וכבש מובלעת בתוך סוריה. בהסכם הפרדת הכוחות בין ישראל לסוריה מ-1974, בסופה של מלחמת ההתשה במובלעת הסורית, הוסכם על הקמת אזור מפורז בין סוריה לישראל בצד הסורי של הגבול, וישראל נסוגה מהשטח שכבשה במהלך ״קרבות המובלעת". קו ההפרדה שנקבע חפף ברובו את קווי הפסקת האש של 1967 למעט שטח בגודל 60 קמ"ר הכולל את העיר קוניטרה וסביבותיה שהועבר לשליטה סורית. מוצבי החרמון נמסרו לשליטת האו"ם. מאז 1974, היה הגבול הסורי-ישראלי שקט כמעט לחלוטין.
המעורבות בלבנון.
ב-1976 שלחה סוריה כוח סיוע בן כ-40,000 חיילים ללבנון השכנה, במטרה לסייע למחנה המארוני-שמרני במלחמת האזרחים מול המחנה הפלסטיני-רדיקאלי. לבנון נתפסה בעיני סורים רבים - וייתכן שגם בעיני אסד עצמו - כחלק מסוריה, באופן העולה בקנה אחד עם חלום "סוריה הגדולה". שליטה בלבנון נתפסה כאינטרס סורי. אף שתמיכת אסד ומשטרו הייתה נתונה באופן מסורתי לפליטים הפלסטינים בפתחלנד (מתוך מגמה להחליש את ישראל), הבין אסד בהדרגה כי בכוחה של מלחמת האזרחים לפורר את המדינה הלבנונית ולפגוע אגב כך באינטרסים הסורים. מסיבה זו התערב דווקא לטובת הנוצרים, לקול מחאות הפלסטינים והעולם הערבי.
עד מהרה שקעה סוריה בבוץ הלבנוני, כשהיא לוקחת חלק פעיל במלחמת האזרחים ומשנה את תמיכתה במחנות הלוחמים לפי הטוב בעיני שליטה. בחמש-עשרה שנות המלחמה הבאות סוריה לחמה הן על מנת להדק את אחיזתה בשכנתה המערבית והן על מנת לפגוע בישראל בגזרה הדרום-לבנונית. רבים נוטים לראות בנוכחות הצבאית הסורית בלבנון, במיוחד עם סיומה של המלחמה בשנת 1990 (בעקבות הסכם טאיף), ככיבוש לכל דבר. נוכחותו הגלויה של צבא סוריה בלבנון התקיימה עד שנת 2005; במהלך תקופה זו נתן הצבא הסורי את אותותיו בפוליטיקה הלבנונית, מה שעורר את חמתם של רבים בלבנון.
קרוב למיליון פועלים סורים נכנסו ללבנון בתום המלחמה כדי למצוא עבודה. כוח העבודה הסורי הועדף על פני זה הפלסטיני והלבנוני כיוון שהיה זול יותר, ואולם היו שטענו כי בכך שממשלת סוריה מעודדת את אזרחיה להיכנס למדינה קטנה ומשותקת-צבאית יש משום הוכחה לקולוניזציה הסורית בלבנון. פועל יוצא של צעד זה היה תלות הדדית אבסולוטית של המערכות הכלכליות של סוריה ולבנון. בשנת 1994, בעקבות לחץ שהפעילה דמשק, העניקה ממשלת לבנון אזרחות לכ-200,000 תושבים סורים.
בפברואר 2005 נרצח רפיק אל-חרירי, ראש ממשלת לבנון לשעבר וממנהיגי האופוזיציה האנטי-סורית במדינה, בפיגוע מכונית תופת, שאת תכנונו ייחסה חקירת האו"ם לסוכני מודיעין סוריים. תחת לחץ אמריקני ובינלאומי ניכר הורה הנשיא הסורי בשאר אל-אסד להוציא את כל אנשי הצבא וסוכני המודיעין הסורים מלבנון. עם זאת, רבים מטילים ספק באשר להסתלקותם של סוכני ממשלת סוריה משטח לבנון.
למרות יציאתה הרשמית של סוריה מלבנון היא המשיכה לספק נשק ותחמושת לחזבאללה. לאחר שהחלה ההתקוממות בסוריה (2011) הגבירה סוריה את העברות הנשק והתחמושת לחזבאללה, מחשש שאלה ייפלו לידי המתקוממים.
אופוזיציה, מרידה ודיכוי.
המשטר הדיקטטורי, שנלוו לו גילויים של פולחן אישיות, שהקים חאפז אל-אסד, ספג ביקורת רבה מקבוצות שונות, אך כל גילוי התנגדות מהותי דוכא במהרה. אסד העריץ את הרודן הרומני, ניקולאה צ'אושסקו, ופעל נגד מתנגדיו באופן דומה. משבר חמור במיוחד פרץ בסוף שנות השבעים, כאשר סונים אסלאמיסטיים קיצוניים, התנגדו לעקרונות משטר המיעוט העלאווי (העלווים נחשבים לכופרים גמורים על פי זרמים של האסלאם הסוני), הבעת'י, החילוני. בין השנים 1976 ועד לדיכוי ההתקוממות האסלאמית בפברואר, 1982, הוביל ארגון האחים המוסלמים בסוריה מרד מזוין כנגד השלטון. אסד הגיב למרד בתוקפנות חסרת תקדים; הוא ריסק בטבח חמאת כל ביטוי להתנגדות אסלאמית פונדמנטליסטית, כשהוא משתמש באש ארטילרית כדי להחריב את העיר חמאת ולהרוג אלפי אזרחים, ללא אבחנה. מאז, התבטאויות האופוזיציה היו מצומצמות ביותר. אתגר פנימי למשטר הגיע בשנת 1984, כאשר חאפז אל-אסד אושפז בעקבות התקף לב. אחיו הצעיר, רפעת אל-אסד, ניסה לתפוס את השלטון במדינה באמצעות מנגנוני הביטחון שבראשם עמד. חרף בריאותו הרופפת, הצליח אסד לדכא באיבו את ניסיון הפוטש של אחיו, ולשלוח אותו לגלות.
מלחמת המפרץ.
השתתפותה של סוריה בקואליציה הרב-לאומית בראשות ארצות הברית, שהוקמה בשנת 1991 כדי לתקוף את שליט עיראק סדאם חוסיין, סימלה תפנית מהותית ביחסיה של סוריה עם המערב והעולם הערבי. סוריה השתתפה בוועידת השלום המזרח תיכונית במדריד (אוקטובר 1991) ובמהלך שנות התשעים ניהלה משא ומתן ישיר עם ישראל לגבי עתיד הגולן ושלום אפשרי בין המדינות. המגעים הללו הסתיימו בכישלון צורב; למעשה, מאז מרץ 2000, מועד פגישתם של נשיא ארצות הברית דאז ביל קלינטון עם חאפז אל-אסד בז'נבה, לא התקיים כל מגע רשמי גלוי בין סוריה לישראל, זאת אף שהנשיא הנוכחי בשאר אל-אסד שידר מפעם לפעם הצהרות לפיהן הוא מעוניין בהמשך הדיונים.
תקופת שלטונו של בשאר אל-אסד.
במשך רוב שנות התשעים היה חאפז אסד אדם חולה מאוד וב-10 ביוני 2000 מת מהתקף לב בתום 30 שנות שלטון. ב-10 ביולי 2000 נבחר בנו בשאר אל-אסד לנשיא ב"משאל עם" שהעניק לו 97.29% מהקולות. בנאום הפתיחה שלו הבטיח אסד הבן רפורמות פוליטיות, כלכליות ודמוקרטיות ברוחן, אך רוב הבטחותיו לא קוימו. זאת אף שחלה הקלה מסוימת בנוכחות המשטרה החשאית, והמדינה נפתחה מעט למערב מבחינה טכנולוגית.