אבל באותה תקופה התחיל סוהארטו שעמד בעימות עם גורמים בצבא, לנסות לנכס לעצמו את זרם הדתי על ידי הקמת איחוד האקדמאים המוסלמים ICMI בהנהגת נאמנו, המהנדס יוסף חביבי ושכלל מנהיגים בולטים כמו אמיין ראיס ד"ר נורצ'וליש מג'יד המכונה "צ'אק נור". וחיד האשים את הארגון החדש בכיתתיות וראה בו כלי לחיזוק כוחו של סוהארטו. לפיכך סירב להצטרף אליו ולהפך הקים את ה"פורום הדמוקרטי" האלטרנטיבי בעל הרכב של 45 אקדמאים מובילים, בני קהילות דתיות וחברתיות שונות.
לקראת הבחירות הפרלמנטריות בשנת 1992, המשטר התנכל לאסיפות שאורגנו על ידי הפורם הדמוקרטי.
במרץ כשביקש לארגן אספת ענק לחגיגת 66 שנה של התנועה "נהדלתול עולמאא" ולתמיכה בתורת ה"פנצ'א סילא", הבולשת של סוהארטו הפריעה להסעות של הפעילים והצליחה לצמצם את ממדי האספה לרק 200,000 משתתפים. וחיד כתב מכתב מחאה לסוהארטו שבו התלונן כי לא נותנים סיכוי להפיץ סוג של אסלאם פתוח, הוגן וסובלני.
עם זאת, עם הזמן הרעיונות הליברלים של וחיד התחילו להרחיק ממנו חוגים בתנועתו.
וחיד לא הירפה ממאמציו להשיג דו-שיח בין דתי והחליט אף להסכים להזמנה לבקר בישראל באוקטובר 1994.
קדנציה שלישית כיושב ראש של "נהדלתול עולמאא".
למרות מאמצי סוהארטו להתערב ולחבל בבחירתו החוזרת של וחיד בראש תנועתו, המנהיג נבחר גם בפעם השלישית בשנת 1994.
התחיל בשנים הבאות להתקרב למפלגה הדמוקרטית האינדונזית, במיוחד למגוואטי סוקרנופוטרי הפופולרית, בתו של הנשיא הראשון סוקרנו, על מנת להשיג שינויים דמוקרטיים במדינה. למרות עצותיו של וחיד לנהוג בזהירות, סוקרנופוטרי מיהרה להעמיד את מועמדותה בבחירות לראשות מפלגתה והוכשלה על ידי פוליטיקאים שנתמכו על ידי המשטר ובראשם סוריאדי.
בנסיבות אלה וחיד חיפש פשרה עם סוהארטו ונפגש איתו בנובמבר 1996. בלי לוותר על התקווה לרפורמות דמוקרטיות, בדצמבר 1996 יצר וחיד קשר גם עם המנהיג המוסלמי היריב אמין ראיס, ראש התנועה "מוחמדיה" שנעשה בינתיים יותר בקורתי כלפי המשטר.
ביולי 1997, בימי פריצת המשבר הפיננסי במזרח אסיה, סוהארטו התחיל לאבד שליטה במצב במדינה.
דווקא כשהתכונן להעצים את התנועה לרפורמות בברית עם סוקרנופוטרי ועם אמין ראיס, בינואר 1998 לקה וחיד בשבץ. בעקבות מחלתו נפגעה מאוד ראייתו. ממיטת חוליו המשיך לעקוב במתרחש - בחירתו בפעם השביעית של סוהארטו לנשיאות, ההפגנות הסוערות של הסטודנטים במאי 1998 אחרי ש-4 מהם נורו למוות בהפגנה שיצאה מאוניברסיטת תריסקתי.
ב-19 במאי 1998 יחד עם עוד שמונה מנהיגים מוסלמים הוזעק וחיד לביתו של הנשיא שביקש להציג בפניהם תוכנית להקים ועדה לרפורמה והציע להם להצטרף לוועדה כזאת. המבקרים דחו את ההצעה אם כי וחיד היה יותר פשרני וביקש להפסיק את הפגנות המחאה כדי לתת לסוהארטו פסק זמן למלא הבטחותיו לשינוי, גישה שלא הייתה מקובלת על אמיין ראיס.
אבל ב-21 במאי 1998 סוהארטו נאלץ להתפטר וסגן הנשיא חביבי לקח את מקומו.
אחרי נפילת סוהארטו.
PKB מפלגת התחייה הלאומית והצהרת צ'יגנג'ור.
בשנים האחרונות של משטר הגנרל סוהארטו אושרה פעילותן של שלוש מפלגות בלבד: גולקר - מפלגת הנשיא, המפלגה המוסלמית PPP והמפלגה הדמוקרטית PDI.
אחרי נפילתו של סוהארטו מהשלטון, קמו מפלגות חדשות - כולל "מפלגת המנדט הלאומי" של אמיין ראיס, ו"המפלגה הדמוקרטית האינדונזית - מאבק" PDI-P של מגוואטי סוקרנופוטרי. למרות רתיעתו מהקמת מפלגה פוליטית ורצונו להרחיק את תנועתו "נהדתול עלמאא" מהפוליטיקה המפלגתית, וחיד הסכים לבסוף, ביולי 1998, להקים מפלגה בשם PKB - מפלגת התחייה הלאומית, המבוססת במידה רבה על "נהדתול עלמאא" אך כפי רצונו, "לא כיתתית" מוסלמית, אלא פתוחה לכל בני החברה האינדונזית. מטורי עבדול ג'ליל נבחר ליושב ראשה, כשווחיד שמר לעצמו את התפקיד של יו"ר המועצה המייעצת.
אחרי שדגלו באופוזיציה מתונה לממשלת חביבי, בנובמבר 1998 בפגישה ברובע צ'יגנג'ור, וחיד, סוקרנופורטי, אמיין ראיס והסולטאן המנגקובוואונו העשירי הצהירו מחדש על מחויבות לרפורמות בחיי המדינה. ב-7 בפברואר 1999 מפלגת PKB הכריזה על וחיד כמועמדה לנשיאות.
בחירתו לנשיא בשנת 1999.
בבחירות לפרלמנט MPR (האספה המייעצת העממית) שהתקיימו ביוני 1999, מפלגתו של וחיד זכתה ב-12% מהקולות, בעוד PDI-P של סוקרנופוטרי - ב-33% מהקולות. ביולי אמין ראיס בראש "ציר מרכזי" של מפלגות מוסלמיות הטה את הכף לטובת וחיד כמועמד לנשיאות בבחירות בפרלמנט. באוקטובר בתמיכתו של וחיד אמיין ראיס הנ"ל נבחר ליושב ראש הפרלמנט. האספה לא נתנה לחביבי להציג את מועמדותו המחודשת במירוץ לנשיאות והמפלגה שלו, גולקר, הצטרפה לתומכי וחיד. ב-20 באוקטובר 1999 וחיד נבחר כנשיא הרביעי של אינדונזיה עם 373 קולות מול 313 קולות בעד סוקרנופוטרי.
כשהתחילו מהומות מצד תומכיה של סוקרנפוטרי, וחיד חשב לנכון לצרף את המנהיגה של PDI-P כסגן-נשיא.
ואכן ב-21 באוקטובר מגוואטי סוקרנופוטרי נבחרה כסגן נשיא תוך ניצחון על המועמד של המפלגה הדתית PPP, המזה הז.
שנות נשיאותו 1999 - 2001.
מדיניות פנים.
הממשלה הראשונה של וחיד הייתה ממשלת קואליציה - "אחדות לאומית" בין מפלגות שונות מאוד בטיבן PDI-I, PKB, גולקר, PPP, PAN ומפלגת הצדק PK. השתתפו גם חברים אל-מפלגתיים ונציגי הצבא.
הרפורמות הראשונות שהוביל וחיד היו ביטול משרד המודיעין שהיה אחראי על הצנזורה, וארגון מחדש של משרד הביטחון שהיה נגוע בשחיתות קשה בעת המשטר סוהארטו.
פיטוריו די מהר את הגנרל וירנטו, השר האחראי על תיאום מדיני-ביטחוני ושל שני שרים נוספים שהאשים בשחיתות -גרמו להתקררות עם שתי שותפות לקואליציה - גולקר ו-PDI-P.
וחיד הראה רצון לפתור בדרכי שלום את בעיית האוטונומיה באצ'ה, והציע למנהיגי האוכלוסייה המקומית ב איריאן המערבית לקרוא למחוז "פפואה". גילה גישה פשרנית כלפי הדגל שהרימו הילידים במערב פפואה וביקש רק שדגל אינדונזיה יורם בגובה רב יותר. כיום אסור להניף את דגל בינתנג כג'ורא שמשמעו במלאית "כוכב השחר".
התחיל לבסוף משא ומתן עם התנועה הבדלנית באצ'ה ("תנועת אצ'ה העצמאית") והגיע עמה למזכר הבנות תקף עד שנת 2001.
במרץ 2000 החליט להסיר את האיסור על האידאולוגיה המרקסיסטית-לניניסטית שהונהג בשנת 1966.
היחסים עם הצבא התערערו כשביקש למנות את אגוז וירדיקוסומה לרמטכ"ל של הצבא וכשמתח בקורת על מעורבותם של חוגים מהצבא בתמיכה בפעילות המיליציה הקנאית הטרוריסטית לסקר ג'יהאד באיי מאלוקו נגד התושבים הנוצרים שם.
כשבשנת 2000 הידרדר המצב הביטחוני באיי מאלוקו נאלץ להנהיג שם מצב חירום.
שתי הסתבכויות פיננסיות ערערו על מעמדו של וחיד כנשיא. אחת הייתה העלמות סכום של 35 מיליארד רופיה מקופת הסוכנות הממלכתית ללוגיסטיקה, בצבא BULOG. הכסף, נמסר, נלקח על ידי המעסה האישי של וחיד, והיו טוענים שבידיעת הנשיא. לבסוף הכסף הוחזר. במקרה שני, הקרוי ברוניגייט, דובר בתרומה של הסולטאן מברוניי לטובת אצ'ה כאשר וחיד נחשד כי שמר אותה בשביל עצמו. נזכרה גם שערוריית "בולוג" שנייה.
בשנת 2000 הודיע וחיד בפני הפרלמנט כי היו לו חסרונות בתחום הניהול ושמתכוון למנות מישהו כשר-על אחראי על הניהול השוטף של המדינה. מגווטי סוקרנופוטרי ראתה את עצמה כמועמדת למשרה זו אבל וחיד מינה ב-23 באוגוסט 2000 ממשלה חדשה מוקטנת שרוב חבריה אינם חברים במפלגות וללא ייצוג של מפלגת גולקר.
מגוואטי לא התייצבה בטקס הצגת הממשלה.
בחג המולד 2000 - 24 בדצמבר 2000 - הייתה אינדונזיה קרבן למתקפת טרור מוסלמית נגד הכנסיות בג'קרטה ובשמונה ערים ברחבי המדינה.
בסוף שנת 2000 אמין ראיס הביע אכזבה רבה וצער על כי תמך בווחיד בבחירות לנשיאות.
בנובמבר 2000 151 חברי פרלמנט חתמו על עצומה שבה ביקשו להדיח את הנשיא.
בינואר 2001 הודיע וחיד שהשנה החדשה הסינית תוכרז כחג בחירה במדינה. כמו כן הודיע כי יוסר האיסור על שימוש בכתב הסימנים הסיני ועל יבוא כתבי עת וספרים סינים.
בפגישה עם ראשי האוניברסיטאות העיר וחיד כי ייתכן שיצטרך לבטל את בית הנבחרים DPR. בית הנבחרים המליץ להדיחו. כתגובה לכך פרצו מהומות של חסידי וחיד - חברי תנועת נהדלתול עלמאא. הנשיא הואשם כי עודד את המהומות. במרץ 2001 וחיד פיטר כמה שרים שצידדו בהדחתו. באפריל הDPR המליץ שוב על הדחת הנשיא. אז וחיד ביקש מהשר לתיאום הפוליטיקה וביטחון, הגנרל סוסיליו באמבאנג יודהויונו להכריז על מצב חירום המדינה. הלה סירב ואז פוטר מתפקידו.
ב-23 ביולי תוכננה ההצבעה בפרלמנט בנוגע לגורל הנשיא, כאשר האשמות שחיתות הביאו להליך הדחתו. הצבא גייס 40,000 חיילים בבירה וטנקים פיטרלו על יד ארמון הנשיא. עם 363 קולות וחיד הודח מהתפקיד והוחלף עם מגוואטי סוקרנופורטי. ב-25 ביולי וחיד עזב את ארמון הנשיאות ונסע לטיפולים בארצות הברית.
מדיניות חוץ.
וחיד ביקר בארצות החברות ב-ASEAN, ביפן, בארצות הברית, בקטר, כווית וירדן ומאוחר יותר בסין.
בנובמבר 1999 שר הרווחה המזה הז התפטר.
המשיך אחר כך לבקר בארצות רבות, כולל ערב הסעודית, באירופה המערבית, בהודו, פקיסטן, דרום אפריקה, ברוניי, איראן, מצרים קמבודיה וכו'.
קידם צעדים לפיתוח יחסים מסחריים עם ישראל, למורת רוחם של קבוצות מוסלמיות קיצוניות.
כמו כן עשה צעדים לפיתוח יחסים מסחריים עם ישראל.