שיחות השלום הובילו לבסוף לחתימתה של האמנה האנגלו-אירית ב-6 בדצמבר 1921, אשר אושררה בינואר 1922 בפרלמנטים של אירלנד והממלכה המאוחדת. במסגרת האמנה, צפון אירלנד הורשתה לבחור במשאל עם להתנתק ממדינת אירלנד החופשית ולחבור לממלכה המאוחדת, פעולה אותה אכן ביצעה ב-8 בדצמבר 1922. בעקבות התנתקות זו, התכנסה ועידה כלל-אירית לניסוח קווי הגבול החדשים בין המדינות, אשר שורטטו על פי מבנה האוכלוסייה המקומית - הוסכם כי רוב קתולי או רפובליקני יכלל במסגרת המדינה האירית ורוב פרוטסטנטי או יוניוניסטי יכלל במסגרת צפון אירלנד. אולם, לאחר הבחירות שנערכו באירלנד בשנת 1920, התגלה רוב מכריע לרפובליקנים במחוזות פרמנה וטיירון, בעיר דרי וברבים ממחוזות הבחירה במחוזות ארמה ולונדונדרי - מצב זה היה מותיר את צפון אירלנד קטועה ולא ברת-קיימא. לכן, במסגרת הוועידה הוסכם כי הגבולות יוותרו כשהיו - שש מחוזות צפון אירלנד בשלמותם נפרדו מהמדינה האירית העצמאית. בתמורה, הסכימו הבריטים לוותר למדינת אירלנד החופשית על החוב שנדרש ממנה כחלק מהאמנה.
בעקבות חתימת האמנה, נוצרה שיטת ממשל חדשה באירלנד, במסגרתה הכירה הממלכה המאוחדת בכוח המוסדות האיריים העצמאיים. אולם, למשך השנה הראשונה שלאחר תום המלחמה, בזמן חתימת ההסכם ואשרורו, כיהנו שני ממשלים בדרום אירלנד - הדאל אירן והאיירכט האיריים העצמאיים בראשותו של ארתור גריפית', ולצידם הממשלה האירית הזמנית שלהלכה עבדה יחד עם בית הנבחרים של דרום אירלנד ומונתה על ידי המושל הבריטי באירלנד.
חלק ממנהיגי התנועה לעצמאות אירלנד היו מוכנים לקבל את הפשרות שהיו כרוכות באמנה, לפחות באותה התקופה, אך לצידם היו גם רבים מהמנהיגים הניציים יותר שהתנגדו לה. מנהיגים אלו, בהנהגתו של ליאם לינץ', הוקיעו את האמנה ובמרץ 1922 אף התנערו מסמכותם של הדאל אירן והאיירכט (הממשלה האירית), אותם האשימו בבגידה ברעיון הרפובליקה האירית, ובשבועת האמונים לרפובליקה שניתנה על ידי הדאל אירן ב-1919. מתנגדי האמנה נתמכו על ידי נשיא הרפובליקה לשעבר איימון דה ואלירה והשרים קהל ברו ואוסטין סטאק.
כחלק מהאמנה, נדרש הדאל אירן להכריז על ביטול הרפובליקה ועל הקמת מדינת אירלנד החופשית לצד צפון אירלנד, שיועדה להיוותר כחלק מהממלכה המאוחדת. הפילוג בדאל אירן ובממשלה החריף עם התנערות המתנגדים מסמכותו של הדאל אירן בכלל לבטל את הרפובליקה האירית, בעקבות אותה שבועה מ-1919. בתגובה להצבעה שנערכה בדאל, בה הוסכם על קבלה האמנה, התבצרו מתנגדי ההסכם במספר מבנים ברחבי דבלין, בניסיון להתחיל מחדש את המלחמה עם הבריטים ובכך לבטל את האמנה. ביוני 1922, בניסיון לייצב את מדינת אירלנד החופשית ולרצות את הבריטים על מנת שיזרזו את יציאתם מהמדינה, החליט מייקל קולינס לתקוף את המתבצרים, בפעולה שהובילה לפרוץ קרבות דומים בכל רחבי המדינה. קרבו אלו הם שהובילו לבסוף לפרוץ מלחמת האזרחים של אירלנד. מלחמה זו נגמרה באמצע שנת 1923 בניצחון תומכי האמנה ועלתה בחייהם של רבים ממנהיגי תנועת העצמאות, משני צדי המתרס הפוליטי - ראש הממשלה מייקל קולינס, השר לשעבר קהל ברו, ומנהיגי מתנגדי-האמנה הארי בולנד, רורי או'קונור, ליאם מלואוס וליאם לינץ'. כמו כן, הנשיא ארתור גריפית' מת במהלך המלחמה מדימום מוחי. מניין האבדות במלחמת האזרחים שנוי במחלוקת, אך רוב ההערכות מכירות בכך שהמספר גבוה יותר מהאבדות במהלך מלחמת העצמאות.
מלחמת התעמולה.
מאפיין בולט של המלחמה היה השימוש בתעמולה על ידי שני הצדדים. הממשל הבריטי, לדוגמה, אסף חומרים על הקשרים שבין השין פיין לברית המועצות, בניסיון לצייר אותה כתנועת-בת קומוניסטית. דזמונד פיצג'רלד וארסקין צ'ילדרס היו המוציאים לאור של כתב העת של מפלגת השין פיין - העלון תיאר את הזוועות שהתרחשו במהלך המלחמה, זוועות אשר העיתונים האירים והבריטיים לא היו מוכנים או יכולים לפרסם. העלון יצא לאור בחשאי והופץ בכל רחבי אירלנד, לסוכנויות ידיעות בינלאומיות ולפוליטיקאים אמריקאים, אירופאים ובריטים שתמכו ברעיון העצמאות האירי.
בעוד שהמלחמה הפכה את אירלנד למקום שהבריטים לא שלטו בו להלכה משנת 1920, כוחותיהם לא התפנו מאף חלק של האי. אולם, הצלחת מלחמת התעמולה של השין פיין הפחיתה משמעותית את הסיכויים של הממשל הבריטי להעמיק את הסכסוך - הממשל הבריטי דאג במיוחד מהשפעת המלחמה על קשריו עם ארצות הברית, בה קבוצות אזרחיות ופוליטיות רבות, אשר כללו מנהיגים ציבוריים בכירים, הביעו את תמיכתם במאבק האירי לעצמאות.
גם הכנסייה הקתולית השתתפה במלחמת התעמולה, והביעה ביקורת כלפי האלימות שהפגינו שני הצדדים, אך בייחוד הצבא האירי הרפובליקני. ביקורת זו ממשיכה את מסורת הכנסייה ארוכת השנים לגנות כל אלימות מצד התנועה הרפובליקנית, שהייתה קתולית בעצמה. הבישוף של קילמור אמר כנגד התנועה:
הארכיבישוף של טואם הוציא הודעה לצבא האירי הרפובליקני ובה נכתב כי כל חייל שייקח חלק במארבים כנגד הבריטים "שובר את השלום של אלוהים, וממיט על עצמו אשמה ברצח". אולם, במאי 1921, הוציא האפיפיור בנדיקטוס החמישה עשר הודעה ובה הפציר ב"אנגלים וגם באירים לשקול בנחת רוח... מהלכים של הסכמה הדדית". ההודעה אכזבה והבהילה את הממשל הבריטי, מאחר שזה ציפה שהאפיפיור יגנה בחומרה את המרד - אך לא רק שלא גינה את המרד, אלא גם הציב את הממשלה הבריטית ואת המורדים האיריים בעמדת שוויון.
אבדות.
מספר ההרוגים הכולל במלחמת הגרילה שהתרחשה בדרום אירלנד בשנים 1919–1921, הן בצד האירי והן בצד הבריטי, עומד על מעל 1,400 - מתוכם, 363 שוטרים, 261 חיילים בצבא הבריטי, 550 לוחמי הצבא האירי הרפובליקני (מתוכם 24 בהוצאות רשמיות להורג) וכ-200 אזרחים. מקורות אחרים מציינים מספרים גבוהים יותר. ב-21 בנובמבר 1921, קיים הצבא הבריטי טקס אזכרה לחייליו שנהרגו במלחמה, אותם מנה ב-162 חללים עד הפסקת האש ב-1921 ו-18 לאחריה.
557 נהרגו בפעולות ובתקריות בצפון אירלנד בשנתיים שבין יולי 1920 ליולי 1922. מניין מתים זה נספר בנפרד בשל השונות במאבקים ובשל משך הסכסוך השונה. מבין מתים אלו, 340 היו אזרחים קתוליים, 35 לוחמי הצבא האירי הרפובליקני, 196 אזרחים פרוטסטנטיים ו-82 שוטרים. רוב האלימות התרחשה בבלפסט, ומתוך המתים, 452 נהרגו בה. תנועת העצמאות האירית טענה כי המאורעות בצפון אירלנד צריכים להיחשב כפוגרום בקהילה הקתולית, מאחר שלמעלה מ-58% מהקורבנות היו מחבריה, אף מניינה עמד רק על כ-35% מהאוכלוסייה. בניגוד להם, היסטוריונים של התקופה דווקא טוענים כי המונח פוגרום לא מסייע בתיאור המאורעות מאחר שהאלימות לא הייתה ממוסדת או מכיוון צד אחד בסכסוך, ועל כן המונח לא מתאים לתיאור אירועים אלו.
מספר היסטוריונים טוענים כי רבים מהאזרחים שנהרגו בידי הצבא האירי הרפובליקני באשמת ריגול פשוט נחשבו על ידו כ"אויבים", ולרוב לא היו הוכחות להיותם מודיעים או מרגלים באמת. אויבים אלו היו לרוב פרוטסטנטים שחיו בדרום אירלנד, חיילים לשעבר בצבא הבריטי או אפילו קבצנים. בייחוד מנותח האירוע בדונמנווי, בו נהרגו 10 פרוטסטנטים ונעלמו שלושה נוספים במהלך האירוע שהתפרס על שני לילות. אולם, טענות אלו לא מוסכמות על כלל ההיסטוריונים.
פינוי הכוחות הבריטיים לאחר המלחמה.
באוקטובר 1921 הצבא הבריטי באירלנד מנה כ-57,000 חיילים ולצידם שירתו 14,200 שוטרי המשטרה האירית המלכותית ו-2,600 חברי המחלקה המשטרתית המסייעת והבלאק אנד טאנס. הפינוי המתוכנן של הצבא מעשרות בסיסיו בדרום אירלנד החל ב-12 בינואר 1922, לאחר אשרור האמנה האנגלו-אירית באופן סופי. הפינוי ארך כמעט כשנה ובוצע תחת פיקודו של הגנרל נוויל מקרידי - היה זה מבצע לוגיסטי בקנה מידה כביר. הבסיסים הראשונים להתפנות היו טירת דבלין ובסיסים צבאיים בבירה דבלין. המשטרה האירית המלכותית ערכה מצעד משטרתי אחרון ב-4 באפריל והתפרקה באופן רשמי ב-31 באוגוסט. עד סוף מאי הכוחות הבריטיים הנותרים התרכזו בדבלין, בקורק ובקילדייר, אך פינוים נדחה בעקבות המתיחות שהובילה בסופו של דבר לפרוץ מלחמת האזרחים האירית. בנובמבר כבר נותרו 6,600 חיילים בלבד, כולם מכונסים ב-17 מיקומים בדבלין. לבסוף, ב-17 בדצמבר, פונה הבסיס המלכותי האחרון בדבלין והפיקוד עליו הועבר לריצ'רד מולקהי - חיל המצב שלו עלה על אוניות בנמל דבלין כבר באותו הערב. אלו היו החיילים הבריטיים האחרונים על אדמת מדינת אירלנד החופשית.
תפקיד הנשים במלחמה.