אחד ממבצעיו הראשונים של ינאי היה השתלטות על צפון הארץ, ולאחר מכן ניסיון כיבוש העיר עכו (פטולמאיס), שהייתה עיר נמל חשובה ועוינת ליהודים, שהפריעה לשלטון החשמונאי בגליל. אלכסנדר ינאי צר על עכו בשנים 103–102 לפנה"ס, ובמצוקתם פנו תושבי עכו לתלמי לתירוס (תלמי התשיעי), בנה המודח של מלכת מצרים קלאופטרה השלישית, ששלט בקפריסין. תלמי לתירוס הביס את צבא ינאי בקרב צפון, לא הרחק מנהר הירדן, והביא הרג נורא ביהודים וכישלון צורב לינאי. ינאי, מצדו, הזעיק את קלאופטרה השלישית והזהיר אותה שניצחון בנה תלמי יסכן את מלכותה שלה. היא בתגובה שלחה לעזרת אלכסנדר ינאי צבא בפיקודם של שני מצביאים יהודיים, חלקיה וחנניה, בניו של חוניו הרביעי, ממשפחת הכהונה הגדולה, שירד בזמנו למצרים והקים בה מקדש. תלמי לתירוס ניגף לפני הצבא המצרי, אך סכנה חדשה ריחפה עתה על הארץ - סיפוחה למצרים. אולם, בעיקר בזכות נאמנותם של שרי הצבא היהודיים, ששכנעו את מלכת מצרים, ואף לחצו עליה לוותר על כוונת הסיפוח שלה, וגם בשל שיקולים פרגמטיים של הסתכנות בהסתבכות בכיבוש, כמו החשש מתגובת הרומאים ומערכת מצור ממושכת, ניצל אלכסנדר ינאי מהשתעבדות לקלאופטרה.
לאחר שהגיע להסכמה עם קלאופטרה השלישית שעכו תישאר מחוץ לתחומו, השתלט ינאי על שורה של ערי חוף הלניסטיות כמו דור, מגדל סטרטון (לימים קיסריה) ואפולוניה. מגמה זו השתייכה להתרחבות טריטוריאלית של יהודה לכיוון צפון-מערב בעיקר להשתלטות על בסיסי צי מסחרי וצבאי קיימים, וכן על קווי הגנה קדמית חשובה.
בשנת 101 לפנה"ס ניהל ינאי מסעות מלחמה מוצלחים בעבר הירדן המזרחי, הבשן והגלעד, ובמהלכם כבש את גדר לאחר מצור שנמשך עשרה חודשים, ואת חמתן (בקרבת סוכות). מסעות אלה יצרו פרצה בקו הערים ההלניסטיות בעבר הירדן, ואולי נערכו כדי לעצור בעד השבטים הנבטיים שאיימו לעבור גם לעבר הירדן המערבי.
בשנת 100 לפנה"ס פנה ינאי דרומה וכבש את עזה, לאחר שבודד אותה מכל צדדיה, ולאחר שכבש את אנתדון ורפיח ואף רינוקורורה (אל-עריש של ימינו). בשנת 96 לפנה"ס פקד ינאי להרוס את עזה, עיר הנמל וצומת המסחר הבינלאומי החשוב, במקום לנצל אותה כנמל קיים, וזאת מן הטעמים הבאים: נימוק כלכלי - כדי לחנוק את המסחר הנבטי על ידי ניתוקו מן הים, ובכך לחזק את כוחה המסחרי של יהודה, וטעם סמלי - מאז קרב עזה, שנת 312 לפנה"ס, החל פרק שעבודה של יהודה לממלכות ההלניסטיות. ינאי ביקש אפוא למחוק כתם זה מדפי ההיסטוריה היהודית ולפתוח דף חדש בדברי ימי ריבונותה של יהודה.
בין השנים 99 ל-95 לפנה"ס ניהל ינאי מסעות מלחמה כנגד מואב שנועדו להשתלט על מוקדי המסחר הנבטי, וקרב את כל האזור שממזרח לים המלח, בהם הערים ליבה, אגליים, חורוניים, צוער, בקעתה ומחוזה. ובכך ים המלח הפך לאגם פנימי של הממלכה. בין השנים 83 ל-80 לפנה"ס ערך ינאי מסע נוסף לעבר הירדן המזרחי ובמהלכו השתלט על שרשרת ערי הפוליס המקומיות כמו פחל, דיאון, גרשה, גמלא, פניון, אנטיוכיה (של תל דן), היפוס (סוסיתא), ופילוטריה (בדרום הכנרת) ועוד. לאחר מסע זה ינאי כבש את כל הערים ההלניסטיות בעבר הירדן למעט פילדלפיה.
עם כיבושה של רגבה (בתחום גרסה) זמן קצר לאחר מותו של ינאי, הגיעה ממלכת החשמונאים לשיא התפשטותה: בגבולותיה נכללו כל ארץ ישראל המערבית עד ללב הנגב (מלבד מובלעת אשקלון וחוף עכו מצפון לכרמל), וכן אזורים נרחבים ממזרח לירדן, ממואב בדרום ועד לקצה הגולן הצפוני.
ההיסטוריון דוד משה הר מעיר כי בניגוד לכיבושיהם של יוחנן הורקנוס הראשון ושל יהודה אריסטובולוס הראשון, שכיבושיהם נספחו לדורות ליהודה, כיבושיו של ינאי בוטלו בשנת 63 לפנה"ס על ידי הרומאים, כיוון שלא הצליח להטמיע את האוכלוסייה שהייתה בהם בגוף המדינה החשמונאית, וכיוון שבאותה העת החשמונאים כבר לא היו במעמד של בני ברית של הרומאים.
סמכותיות ינאי.
ינאי ראה עצמו כשליט יחיד, ואף היה הראשון שטבע מטבעות בהם מופיע הביטוי "מלך" וביוונית - "בסיליאוס". כדי להבליט את מידת ריכוזיות שלטונו ואת הבלעדיות שלו ביטל את הטבעת התואר "חבר היהודים" (כלומר נציגי ה"גירוסיה", נציגי העם ונציגי הכהנים) לצד השליט, כפי שהיה נהוג במטבעות שקדמו לזמנו. בכך יש ביטוי לסילוק חבר היהודים ממעמד שלטוני או לפחות לצמצום כוחה והשפעתה. כמו כן, בקביעת מעמדו כמלך בדומה למלכים הלניסטיים, הוא נטל את סמכויות החקיקה והשיפוט לידיו, וכיוון שמלך היה החוק החי, ובכך צמצמם את כוח הסנהדרין.
במטבעות שבהם מכונה המלך כוהן גדול מופיעים הסמלים המסורתיים: זר ובתוכו כתובת וצמד קרני שפע, ואילו במטבעות שבהם מופיעה הכתובת "יהונתן המלך", מופיע בצד אחד חישוק, ובצד האחר - עוגן. השם "יהונתן" מופיע בעברית וביוונית.
בעוד שהפרושים ראו בסנהדרין ובנציגי העם שותפים מלאים לשלטון, העדיף ינאי לשלוט ללא שותפים. הפרושים ראו בכך סטייה מהחלטת מועצת העם בימי שמעון התרסי, אשר היוותה את הבסיס לשלטונו של ינאי.
בתלמוד הבבלי, שנערך שנים רבות אחרי זמנו, מסופר שכאשר הגיע לסנהדרין עקב משפט עבדו, סירב לעמוד בפניה, וזו לא העזה להתעמת איתו. התוצאה הייתה החלטה כי "מלך לא דן ולא דנין אותו". המהרש"א מוסיף שעבדו של ינאי המלך שהרג את הנפש ובשל כך זומן לדין הוא הורדוס. במחקר המודרני (למשל ישראל פרידמן בן-שלום, ורד נעם) מקובלת המסקנה כי הסיפור הוא גרסה על זימונו של הורדוס למשפט הסנהדרין, עוד כאשר היה מושל הגליל, בטרם הפך למלך יהודה.
המרד נגד ינאי.
הצלחתו הצבאית טבעה בים הסכסוכים הפנימיים בין הפרושים והצדוקים. הפרושים תבעו החזרת סמכויות השיפוט שנלקחו מהסנהדרין, וסמכויות ההנהגה של חבר היהודים, ויש הטוענים גם הפרדה בין משרת הכהונה הגדולה לבין משרת המלוכה. גיסו, על פי המקורות היהודיים, היה שמעון בן שטח, ראש חכמי הפרושים, אך הדבר לא תרם לשיפור היחסים ביניהם. לפרושים הייתה השפעה רבה על המון העם, אך ינאי העדיף את תמיכת עדת הכהנים הצדוקים שבראשה עמד ככהן גדול, שהרכיבה גם את האריסטוקרטיה הצבאית והפוליטית ביהודה. הסכסוכים הפנימיים האלו הובילו בסופו של דבר למלחמת אחים. הסכסוך נמשך 6 שנים, והפיל לפי עדות יוסף בן מתתיהו חמישים אלף הרוגים, כשינאי מדכא את ההתקוממות באכזריות רבה בעזרת חיל שכירים. במסגרת הענישה מסופר כי הוא הורה לצלוב כשמונה מאות פרושים מורדים ושחט את בני משפחותיהם לעיניהם; מאורע אחרון זה מוזכר הן על ידי בן מתתיהו והן במגילות קומראן. אף כי המספרים נחשבים בעיני חוקרי זמננו כמופרכים מעיקרם, יש בהם כדי להצביע על עוצמת הבעיות שבתחומי ממלכתו.
בשל ריחוקו מהפרושים ובשל ניסיונו לבסס עצמו כמלך שהוא "החוק החי", לא היה אהוד על העם ונרגם באתרוגים כשהחליט לקחת כנגד ההלכה את עבודת הכוהן הגדול במקדש. המרירות כלפיו הלכה והצטברה. אחרי כישלונו הצבאי מול הנבטים, בעקבות מארב שנעשה לחילותיו במעבר נקיקים צר, הבשילו התנאים למרד, והחלה מלחמת אזרחים ארוכה. לשם דיכויה נעזר ינאי בשכירי חרב נוכריים. בעקבות מחשבתו כי לבם של תלמידי החכמים אינו נוח מעובדת היותו כהן גדול (מאחר שהשמועה טענה כי אימו הייתה שבויה ולכן היה פסול לכהונה כלשהי ובפרט לכהן גדול, שאין בסמכות אדם לקחת תפקיד זה לעצמו) הוציא אותם ינאי להורג.
שמעון בן שטח ניצל על ידי אחותו (שלומציון אשת ינאי) שהחביאה אותו, ואחרים כמו יהושע בן פרחיה, ברחו למצרים ושבו רק אחר ששמעון בן שטח הוחזר למעמדו ומונה כראש הסנהדרין בזכות אחותו המלכה.
המורדים, בייאושם ובזעמם, הזעיקו לעזרתם את דמטריוס השלישי, מלך סוריה, ומשהבינו כי שגו, הפנו חלקם עורף לסורים וחברו לינאי. בסופו של דבר נראה שהושגה פשרה שלפיה יוחזר "חבר היהודים" דהיינו השילוב של נציגי עם, מועצת זקנים ונציגי סנהדרין לעמדת השפעה. השלום הפנימי שב לארץ וינאי - למלחמותיו באויבים מבחוץ.
משפטו האחרון, לפי התלמוד, שזכה לפרסום רב, היה לשלומציון אלכסנדרה אשתו, שירשה אותו והנהיגה יחס אוהד יותר כלפי הפרושים: "אל תתיראי מן הפרושין ולא ממי שאינן פרושין, אלא מן הצבועין שדומין לפרושין, שמעשיהן מעשה זמרי ומבקשים שכר כפנחס" ().
סיבות המרד.
הסכסוך, או המרד כנגד ינאי, פרץ לאחר שהמלך נכשל במסע צבאי כנגד הנבטים בגולן ונחל שם תבוסה קשה.
היו מספר גורמים שהביאו למרד:
סכסוך זה הביא לידי כך שבמקורות (שנכתבו על ידי החכמים המאוחרים, שהיו בעלי זיקה לראיית העולם של הפרושים) מופיע ינאי כרודן עריץ. היסטוריונים כגון יוסף קלוזנר, רואים בו מלך חשוב ומוצלח, אשר תרם לקיומם של החיים היהודיים.
מדיניות החוץ.
בתחום מדיניות החוץ חרג ינאי מן הקו של קודמיו. הוא לא חידש את הברית עם רומא, בשל החרדה מפני ההתפשטות הרומית במזרח ומדיניות הניצול הכלכלי שלה, במסווה של בריתות, חרדה שהיו שותפות לה כל המדינות באזור ובראשם מיתרידטס השישי מלך פונטוס. כביטוי לחוסנו ולריבונות יהודה לא חש ינאי צורך להיות בקשרים גם עם הממלכה הסלאוקית שירד קרנה. יתירה מזו, ינאי יצר קשרים עם אויבי רומא במזרח, כמו הפרתים. לא ברור אם ינאי היווה כוח אנטי רומאי פעיל או שנקט במדיניות פסיבית, בכל מקרה מבחינת כללי הדיפלומטיה של הרומאים, אי חידוש הברית היה צעד עוין. הר סובר שאין לשפוט את מעשיו של ינאי, כיוון שהיו מעוגנים במציאות המדינית של ימיו.
ינאי שמר כאמור על קשרים טובים עם מצרים התלמיית. הדבר התבטא בהתקשרות עם קלאופטרה השלישית ובעובדה שינאי לא נגע לרעה באשקלון, שכנתה של עזה, בעלת בריתם של התלמיים.
פטירתו וצוואתו.