גורמים אלה הביאו במשולב להחלטה לאפשר לדנמרק לקיים יחסים מועדפים עם גרמניה הנאצית. הממשלה הושארה במידה זו או אחרת של תפקוד והפרלמנט המשיך לפעול פחות או יותר כמו לפני הכיבוש. הם יכלו להמשיך ולשלוט בכל הנוגע למדיניות הפנים של המדינה. המשטרה ובתי המשפט נותרו בשליטה דנית ושלא כמו רוב הארצות הכבושות, נשאר כריסטיאן העשירי, מלך דנמרק בארצו כראש המדינה. הרייך השלישי יוצג בדנמרק באופן רשמי על ידי נציג דיפלומטי. בתפקיד זה החזיק מי שכיהן מאז 1936 כשגריר גרמניה בקופנהגן, ססיל פון רנטה-פינק (Cécil von Renthe-Fink) שהוחלף בנובמבר 1942 בעורך הדין חבר האס אס ורנר בסט.
דעת הקהל הדנית נתנה באופן כללי גיבוי לממשלה, בעיקר לאחר נפילת צרפת ביוני 1940. הייתה תחושה כללית שיש להתייחס למצב הלא נעים של הכיבוש הגרמני בצורה המציאותית ביותר האפשרית. הפוליטיקאים הבינו שעליהם להתאמץ באופן מיוחד כדי לשמור על הזכויות של דנמרק על ידי הצגת חזית אחידה כלפי השלטונות הגרמניים וכל המפלגות הדמוקרטיות מהזרם המרכזי הקימו יחדיו ממשלה. הפרלמנט והממשלה הסכימו לעבוד יחד באופן צמוד. אף על פי שההשפעה של צעדים אלה הייתה קרובה ליצירת משטר חד-מפלגתי, עדיין נותרה זו ממשלה ייצוגית.
מפלגת הרוב בממשלת דנמרק הייתה המפלגה הסוציאל-דמוקרטית שבין חבריה היה ראש הממשלה שכיהן לפני המלחמה, תורוואלד סטאונינג (Thorvald Stauning), שהיה מתנגד של הנאציזם. סטאונינג עצמו היה מדוכדך למראה מצבה של אירופה תחת שלטון הנאצים. יחד עם זאת, נקטה מפלגתו במדיניות של שיתוף פעולה, בתקווה לשמור על המשטר הדמוקרטי ועל ממשל עצמי דני ככל האפשר. היה עליהם לטפל יחד עם הגרמנים בסוגיות רבות בחודשים שלאחר הכיבוש. כדי להבטיח את שביעות רצונם של הגרמנים, התפשרה הדמוקרטיה הדנית על כמה נושאים:
בתמורה לוויתורים אלה, דחתה ממשלת דנמרק את דרישות הגרמנים לחוקק חוקים מפלים כנגד יהדות דנמרק. כמו כן נדחתה הדרישה למסד עונש מוות ולאפשר הקמתם של בתי דין צבאיים גרמניים כנגד אזרחים דנים. דנמרק סירבה גם לאפשר שימוש ביחידות של צבאה לצרכיה של גרמניה.
סטאונינג נותר בתפקידו כראש ממשלה עד למותו בשנת 1942 והוא עמד בראש ממשלת אחדות לאומית שכללה את כל המפלגות, להוציא את המפלגה הנאצית הדנית הקטנה ואת המפלגה הקומוניסטית, שכאמור הוצאה מחוץ לחוק. את מקומו של סטאונינג מילא וילהלם בול (Vilhelm Buhl), שלאחר זמן קצר הוחלף על ידי שר החוץ אריק סקווניוס (Erik Scavenius), שהיה איש הקשר עם הנאצים עד לתום המלחמה. סקווניוס היה דיפלומט, לא פוליטיקאי נבחר, וככזה נקט בגישה אליטיסטית כלפי הממשלה. בלבו קינן החשש שדעת הקהל תכשיל את מאמציו ליצור פשרה בין הריבונות הדנית לבין המציאות של שלטון הכיבוש הגרמני. הייתה לו הרגשה חזקה שהוא המגן הנלהב ביותר שיכול היה להיות לדנמרק. לאחר המלחמה הוטחו האשמות על תפקודו, בעיקר מצדם של חברי המחתרת הדנית, שהרגישו שהוא הפריע לפעולותיה של המחתרת ואיים על הכבוד הלאומי הדני. לדעתו של סקווניוס היו אלה האשמות שווא והוא טען שמאשימיו מנסים לגרוף הון פוליטי על חשבונו.
לרשויות השלטון הדניות הייתה את היכולת להשיג וויתורים חשובים עבור ארצם. הם סירבו בעקביות לאפשר איחוד מכסים ואיחוד מוניטרי עם גרמניה. הדנים היו מודאגים הן מההשלכות הכלכליות השליליות של ההצעות הגרמניות והן מההשלכות הפוליטיות. פקידי הממשל הגרמנים לא רצו לסכן את יחסיהם המיוחדים עם דנמרק על ידי כפיית הסכם עליהם, כפי שעשו בארצות אחרות. ממשלת דנמרק הצליחה לעכב את המשא ומתן על החזרתה של דרום יוטלנד לגרמניה, למנוע צעדות במדים של נאצים גרמנים או דנים, להשאיר את המפלגה הנאצית הדנית מחוץ לממשלה ולקיים בחירות חופשיות, שבהם זכתה המפלגה הנאצית הדנית במספר קולות לא גדול יותר מבעבר, בעיצומה של המלחמה. לקציני הצבא הדני הייתה גישה למידע צבאי רגיש של הגרמנים, שאותו הם העבירו לבעלות הברית. ההשלכות הכלכליות של הכיבוש היו גם הם חיוביות כתוצאה מהשיתוף פעולה גרמני-דני. האינפלציה עלתה בצורה חדה בשנה הראשונה לכיבוש, עקב ההוצאות המרובות של הצבא הגרמני. על פי תנאי הכיבוש, נאלץ הבנק הלאומי של דנמרק להמיר מארקים גרמנים לקרונות דניות ובכך בעצם להעניק לגרמנים הלוואות עצומות ללא ביטחונות עם הבטחות שווא שהכספים ישולמו בסופו של דבר, מה שלא קרה בסופו של דבר. בהמשך, היה באפשרותה של ממשלת דנמרק לנהל משא ומתן על שער החליפין שבין המארק הגרמני לבין הקרונה הדנית, כדי להקטין את חומרת הבעיה.
ההצלחה הבולטת ביותר של מדיניותה של ממשלת דנמרק הייתה בנוגע לאופן שבו הגנה על יהודי המדינה. במשך שלוש שנות קיומה, סירבה הממשלה באופן עקבי לקבל את הדרישות הגרמניות בנוגע ליהודים. הרשויות לא חוקקו חוקים מיוחדים בנוגע ליהודים וזכויותיהם האזרחיות נותרו שוות לאלה של שאר האזרחים. השלטונות הגרמנים לא היו שבעי רצון מעמדה זו, אך הבינו שכל ניסיון לנהוג ביהודים באופן אחר לא יתקבל מבחינה פוליטית. אפילו ורנר בסט בעצמו, שהיה איש הגסטפו, האמין שכל ניסיון להתעמר ביהודים יהרוס את היחסים המיוחדים שבין שתי המדינות והמליץ להימנע מכל פעולה נגד יהדות דנמרק.
המלך כריסטיאן העשירי נשאר בדנמרק עד לסוף המלחמה, כסמל של אומץ שהוערך מאוד על ידי נתיניו, אף על פי שהסיפור על כוונתו לענוד את הטלאי הצהוב במקרה שהיהודים ידרשו לעשות זאת, התגלה כלא נכון.
הגייסות החופשיים הדנים.
ב-29 ביוני 1941, כמה ימים לאחר הפלישה הגרמנית לברית המועצות, הוקמו "הגייסות החופשיים הדנים" (בדנית: Frikorps Danmark) ככוח מתנדבים שמטרתו הייתה להילחם כנגד הסובייטים. הגייס הוקם כיוזמה של האס אס ושל המפלגה הנאצית הדנית (DNSAP) ומפקדו הראשון היה כריסטיאן פיטר קריסינג (Christian Peder Kryssing), לוטננט קולונל בצבא המלכותי הדני.
על פי החוק הדני, הצטרפות לצבא זר לא הייתה בלתי חוקית, אך פעילות גיוס לצבא כזה על אדמת דנמרק הייתה בניגוד לחוק. האס אס התעלם מחוק זה והחל בפעולות גיוס, בעיקר של חברי המפלגה הנאצית הדנית ושל תושבי המיעוט הגרמני שחיו בדנמרק. כאשר התגלה הדבר על ידי ממשלת דנמרק היא החליטה לרכז את הלחץ שלה על הגרמנים כדי שלא יגייסו נערים מתחת לגיל הגיוס. מפקד הצבא הדני, הגנרל ויליאם פריור (William Wain Prior), רצה לפטר את קריסינג ואת מי שמונה לסגנו, הוא החליט להיוועץ בקבינט. הוחלט שקריסינג יפוטר, אך בהמשך בוטלה החלטה זו לאחר שסקווניוס, אז עדיין שר החוץ, שלא נכח בישיבת הקבינט, הודיע כי הגיע להסכמה עם מיופה הכוח הגרמני רנטה-פינק, שחיילי צבא דנמרק שירצו להתגייס, ישוחררו מתפקידם בצבא עד להודעה חדשה. הממשלה אישרה את ההודעה בהכריזה שקריסינג מונה להיות מפקד הגיס. הנוסח הדני של ההודעה דיבר בסך הכול על שינוי בתפקידו של קריסינג. לא הייתה זו הסכמה להקמתו של הכוח, שכן הדבר נעשה עוד קודם לכן מבלי לקבל את חוות דעתה של הממשלה. ביולי 1941 התלונן היינריך הימלר שבאופן בלתי רשמי מנסה דנמרק לעצור את הגיוס, מאחר שנפוצה שמועה בצבא הדני שכל מי שיתגייס לגיס החופשי יואשם בבגידה. בהמשך הנחתה הממשלה את הצבא ואת הצי לא למנוע מחיילים המעוניינים להתגייס לעשות כן ולשחרר אותם מהשירות. רוב רובם של המתגייסים היו חברי המפלגה הנאצית או מבני המיעוט דוברי הגרמנית או שניהם יחדיו. כ-6000 אזרחים דנים התגייסו לכוח, 1500 מתוכם היו בני המיעוט דוברי הגרמנית.
הסכם אנטי-קמינטרן.
ב-20 בנובמבר 1941, חמישה חודשים לאחר הפלישה לברית המועצות, קיבלה ממשלת דנמרק "הזמנה" להצטרף להסכם אנטי-קומינטרן. חמישה ימים לאחר מכן הסכימה פינלנד בחוסר רצון לחתום על ההסכם מתוך מחשבה שדנמרק תחתום עליו. שר החוץ אריק סקווניוס טען שדנמרק צריכה לחתום על ההסכם, אך שרי הממשלה סרבו, בציינם שבכך יפרו את המדיניות של שמירה על נייטרליות. סקווניוס דיווח על החלטת הממשלה לרנטה-פינק שהשיב למחרת כי "גרמניה לא תהיה מסוגלת להבין" את הסירוב הדני ודרש כי ההחלטה תשונה עד לסוף היום. הוא הבטיח לסקווניוס כי ההסכם לא כולל "התחייבות פוליטית או אחרת" (כלומר, הכרזת מלחמה על ברית המועצות). בישיבת הממשלה באותו יום הועלתה הצעה לבקש התחייבות בכתב להצהרה זו כנספח לפרוטוקול. ראש הממשלה, סטאונינג, הסכים לתנאי זה ביודעו שבכך יהפוך ההסכם לחסר משמעות. משרד החוץ הדני פרסם רשימה של ארבעה תנאים שהצהירו שדנמרק מחויבת אך ורק ל"פעולות משטרתיות" על אדמתה ושהמדינה נשארת נייטרלית. משרד החוץ הגרמני הסכים לתנאים, בתנאי שהפרוטוקול יישאר, דבר שהיה בכוונת משרד החוץ הדני לעשות ממילא.