לאחר שעבר בהצלחה את בחינותיו הראשונות נסע ראשר לשווייץ בכדי לעבוד יחד עם אביו, אשר התגרש במהלך היעדרותו, ועבד כעת בתור אקטיביסט לצדו של הכימאי האנתרופוסופי , בדורנאך. ראשר המשיך בלימודיו בבזל והצטרף לכוחות ההתנדבות השווייצרים במשך כמה חודשים ספורים, בטרם שב למינכן באוקטובר 1934 על מנת לסיים את לימודיו.
עבודת התזה של ראשר עסקה בבדיקות היריון ויצרה עניין רב בקרב חוקרי הורמונים מאותה העת. הוא פיתח עניין כמעט אובססיבי במדידת הורמונים של היריון באמצעות , שיטה עליה שמע מפייפר. לצורך מימון מחקריו השתמש במענקים ותמריצים שונים שקיבל מידי , וב-1936 סיים בהצלחה את בחינות ההסמכה המדיניות וקיבל דוקטורט לרפואה.
בשלוש השנים הבאות התנדב ראשר כעוזר במחלקה הכירורגית של , ולמחייתו התפרנס ממענקים שקיבל מידי . הוא ערך מחקרים אנטומיים בקריסטלוגרפיה אונקולוגית, ומאמריו פורסמו בשבועון הרפואי של מינכן.
באותה תקופה הצטרף ראשר לשורות השטורמאבטיילונג והתקדם עד לדרגת רוטנפיהרר, בטרם הועבר לשוצשטאפל ב-11 באוקטובר 1939. לאחר שהתכחש בפרהסיה לאביו, אשר דעותיו הפרוגרסיביות משכו תשומת לב שלילית רבה, גויס ראשר ללופטוואפה, כך שהחזיק במינויים בכמה חילות.
עם גיוסו פגש ראשר את קרולינה "ניני" דיהל, זמרת פופ לשעבר ובת חסותו של רייכספיהרר אס אס היינריך הימלר, והשניים נישאו. בשנים הבאות נהנה ראשר מהשפעה רחבה בשל קשריו עם הימלר, אפילו מעבר לממונים עליו. פשר יחסיה של קרולינה עם הימלר אינו ברור דיו, ומספר השערות גורסות כי הייתה מאהבתו.
תחילה התנגד הימלר לנישואיהם בשל הבדלי הגילאים המשמעותיים שהתקיימו ביניהם, כאשר קרולינה הייתה מבוגרת מראשר בשש עשרה שנים בעת היכרותם, ושאלת פוריותה הייתה מוטלת בספק. על אף כן, ברכתו של הימלר הייתה הכרחית בשל חברותו של ראשר בשוצשטאפל, ולאחר לידתו של בנם השני מחוץ לנישואים, החליט להיעתר לבקשתם.
הימלר סיפק למשפחה הטרייה תמיכה כלכלית בדמות מאה שישים וחמישה רייכסמארקים אותם העביר לבני הזוג בכל חודש, וכן שלח מפעם לפעם סלסלות פרי, שוקולד, ומצרכים אחרים שלא היו ברי השגה ברייך באותה העת.
משפחתם הקטנה המשיכה לגדול עם לידתם של בנם השלישי, וב-1941 פנה הימלר לשני רופאים משורות השוצשטאפל, ארנסט רוברט גרוויץ ו, וביקש את דעתם המקצועית בנוגע ליכולתה של אישה בגילאי 49–50 להרות. עם מעצרו של ראשר ב-1944 התגלה כי קרולינה כלל לא הרתה, אף לא פעם אחת, וכי כל שלושת ילדיה נרכשו או נחטפו מידי זוגות אחרים.
ניסויים בבני אדם.
מחלת הסרטן.
שבוע אחד לאחר פגישתו הראשונה עם הימלר, הציג בפניו ראשר מסמך שנשא את הכותרת . מעט לאחר מכן מונה למשרת המנהל הראשי של מחקר אשר עסק באבחנה מוקדמת של מחלת הסרטן, תחת הנחייתו של פרופסור .
בשלבי המחקר המוקדמים החל צוות המדענים לבחון תרכיז צמחי מסוים כתרופה למחלה. קורט בלומה, נציגו של משרד הבריאות הנאצי והמומחה למחלת הסרטן במועצת המחקר של הרייך באותה העת, הציע לנסות תחילה את החומר על מכרסמים, אולם ראשר התעקש להשתמש בנסיינים אנושיים. הימלר תמך בהצעתו, ותוכנית חדשה לניסויים בבני אדם הוקמה במחנה הריכוז דכאו.
כעבור חודש צורף ראשר למחלקת אננארבה. באותו יום הגיש תזכיר שנועד לעיניו של הימלר, בו הציע לבחון את מחלת הסרטן מבחינת חמישה היבטים: חלקם היו קשורים לעבודתו המוקדמת במינכן, ואחרים הצביעו על קשר אפשרי בין דשן מלאכותי לבין גידולים סרטניים שהתגלו בבקר. בנוסף ניסה להאיץ את התקדמות המחלה בעכברים בניסיון למצוא גורם קטלני שיסייע בהדברת חולדות.
לפקודתו של הימלר התבקש ראשר לערוך תיעוד ארוך טווח של ספירת דם בקרב אסירי עולם, כך שנתונים על התפתחות אפשרית של המחלה יהיו קיימים עוד מראשיתה. מטרת הניסוי הייתה לאפשר אבחנה של המחלה בעזרת בדיקות דם פשוטות.
ראשר החל את שלל מחקריו באופן צנוע בדירתו הפרטית, בה הקים מעבדה לבדיקות דם. ב-13 במאי 1939 ציווה הימלר בכתב כי מחלקת אננארבה תישא בכל הוצאותיו, לרבות תשלומי המים והחשמל של ביתו. קרולינה דיהל, אשר הייתה ארוסתו באותה העת, התגוררה בדירתו יחד עם חברתה ג'ולי מושלר, אשר שימשה כעוזרת מעבדה וכמנהלת משק הבית.
מאמר שעסק ב של ראשר במחקריו על מחלת הסרטן פורסם בכתב העת . וולפרם סיברס, המזכיר הכללי של מחלקת אננארבה, גילה תדהמה רבה בפני הצלחתו המהירה של ראשר, אשר הפכה אותו תוך זמן קצר לבכיר במחלקה.
לחץ אוויר.
ראשר גויס למערך המילואים של הלופטוואפה כקצין רפואה באוגוסט 1939, על אף עבודתו המשותפת זה מכבר עם הצבא הגרמני מתוך שורות השוצשטאפל. הוא הוצב בבסיס הדרכה ללוחמה ארטילרית נגד מטוסים, כיום , ב. פקודותיו הראשונות בחיל האוויר הורו לו לפתח , אשר תסייע במיוני הטיס של הצבא.
על אף משימותיו החדשות, לא נטש ראשר את מחקריו הקודמים, וב-1 בדצמבר 1940 שלח מכתב לשטנדרטנפיהרר במחנה הריכוז דכאו, וביקש כי יסייע לו להמשיך בהתחייבויותיו הקודמות בכך שישלח דגימות דם לעוזרת המעבדה שלו, מושלר, על בסיס שבועי.
לאחר שנחל תבוסה בקרב על בריטניה ב-1940 עמל הלופטוואפה בניסיונות קדחתניים על פיתוח מטוסי סילון המסוגלים לטוס בגובה רב. במכתב ששלח להימלר בו הודה לו על הפרחים ששלח לכבוד לידתו של בנו השני, ניסח ראשר את הבקשה הרשמית:
הימלר שהה באותה העת באוסלו, ועוזרו האישי, רודולף ברנדט, ענה במקומו כי הרייכספיהרר לספק את האסירים את הנחוצים. ראשר הועבר למכון לרפואה אווירית במינכן ופתח בסדרת ניסויים בבני אדם תחת הנחייתו המקצועית של במחנה הריכוז דכאו. ההכנות לניסויים החלו בדצמבר 1941, וצריף מספר חמש פונה לחלוטין וצויד בתא לחץ אשר הושאל מהפיזיולוג . כמו כן הוסב אחד התאים במקום לחדר ניתוח.
הניסויים הראשונים החלו בפברואר 1942, והתעכבו במשך זמן מה בעקבות מחלוקות שהתעוררו בין הלופטוואפה לשוצשטאפל. לבסוף הסכימו שני הצדדים כי השוצשטאפל יספק את האסירים הדרושים, אשר היו עתידים לשמש כנסיינים, וכי אנשיו יוכלו לפקח על המחקר לצדו של ראשר.
חדר הבקרה של המיזם הוקם גם הוא בצריף מספר חמש של המחנה. הרופא שימש כמפקח על הניסויים מטעם הלופטוואפה, והיה אחראי להקמתו של נייד בין צריף מספר שלוש לצריף מספר חמש. הניסויים דימו צניחות מגובה של עשרים ואחד קילומטרים, ונמשכו עד למאי 1942. ממצאיהם הסופיים נחתמו בידי רוף, רומברג וראשר.
בהיעדרותו של רומברג, השתמש ראשר בתא הלחץ לצורך עריכת ניסויים נוספים פרי המצאתו, ונהג להכניס פנימה נסיינים ולהחזיקם תחת לחץ קיצוני. לאחר נעילתם בתא, הפחית ראשר את הלחץ הפנימי על מנת לדמות תנאים המצויים בגובה רב. הלחץ בתא יכל להשתנות בקלות ובמהירות רבה, מה שאיפשר לראשר לעקוב אחר התנאים מהם סבלו טייסים במהלך נפילה חופשית וללא כל חמצן.
במידה והנסיינים נותרו בחיים, או שעם הוצאתם החוצה הבחין ראשר בפעימות לב חלשות או אפילו בנשימות חנוקות, החל מיד לנתח את גופם בניסיון לתעד את פעילות המוח, הלב והריאות, בתגובה למצב שבו היו נתונים זה עתה.
ממצאי מחקריו הפרטיים של ראשר הועברו להימלר בלבד, אשר העיר כי יש להמתיק את עונשם של מי מהנסיינים אשר ישרדו את המחקר לכדי מאסר עולם. ראשר ענה בתגובה כי כל הקורבנות עד אותה העת היו פולנים וסובייטים בלבד, ושלדעתו אין להעניק להם חנינה מכל סוג. העיד כי ראשר נמנע מעריכת הניסויים אלא בהיעדרותו של רומברג, ונטה לעשות זאת באישון הלילה. לדבריו, מתו בסך הכל בין שבעים לשמונים אסירים לאורך המחקר.
היפותרמיה וקיפאון.
בתום המחקר הקודם החל ראשר להשקיע את מירב מאמציו בחקר היפותרמיה וקיפאון, דרך סדרת ניסויים חדשה שנערכה על שלוש מאות נסיינים אשר לא מסרו את הסכמתם להם. חוקרים אמריקאים גילו מאוחר יותר כי במקרה הזה שימש ראשר כמעין שעיר לעזאזל תחת ידיו של , המנתח הראשי של הלופטוואפה, אשר תכנן באופן אישי את הניסויים.
הצורך בניסויים התעורר לאחר שמטוסים גרמנים רבים נורו בידי כוחות האוויר והארטילריה של הבריטיים, ונאלצו לבצע נחיתות חירום או להתרסק בים הצפוני ובתעלת למאנש. לפיכך, הציע הלופטוואפה כי מחקר לחץ האוויר ילווה במחקר הנוגע להיפותרמיה. הימלר הורה לראשר ביוני 1942 להתחיל בהכנות לניסויים, וקבוצת המחקר הוקמה תחת ניהולו של פרופסור .
הנסיינים נאלצו לשהות בסביבה פתוחה תחת מזג אוויר קפוא למשך תקופות זמן ארוכות, לעיתים עד ארבע עשרה שעות ברציפות. לחלופין, הוכנסו חלקם לתאי מים מלאי קרח לאורך שלוש שעות, כאשר טמפרטורות הגוף והדופק שלהם נמדדו בעזרת סדרת אלקטרודות. לאחר מכן נבדקו דרכים אפשרויות לחימום גופם, לרוב באמצעות טבילה במים חמים. עד אחד סיפר כי חלק מהנסיינים הושלכו לתוך מים רותחים.
הימלר השתתף בכמה מהניסויים והציע לראשר לנסוע לים הצפוני על מנת ללמוד כיצד תושבי המקום נהגו לחמם חולי היפותרמיה. כמו כן נשמע אומר כי , בנוסף לכך ש היה בעל השפעה שונה מ. בהמשך הובאו ארבעה נשים צועניות ממחנה הריכוז ראוונסבריק לצורך עריכת ניסוי נוסף, בו אדם שסבל מהיפותרמיה הונח בין שתי נשים עירומות בניסיון לחממו.
נושאים נוספים שנחקרו היו התנהגות אנושית בתנאי קור קיצוניים, יעילותם של ביגוד ופריטי לבוש שונים כנגד הקור, וניסיונות אפשריים להאטת או למניעת מוות באמצעות התחממות. תוצאות המחקר הוצגו בכנס רפואי שהתקיים בנירנברג באוקטובר 1942, באמצעות שתי מצגות שנקראו ו.
באותה העת סופח ראשר חזרה לשורות השוצשטאפל וניסה להשיג את התעודות והאישורים המתאימים לצורך קבלת משרה אקדמית בכירה. על אף שניסויי ההיפותרמיה והקיפאון תמו באופן רשמי באותה שנה, הוא המשיך במחקריו על מנת להשיג ; עבודת התזה של הפוסט-דוקטורט שלו נקראה .