ג'פרסון נחשף לאידיאלים הפוליטיים של ג'ון לוק, פרנסיס בייקון ואייזק ניוטון, שאותם החשיב לשלושת האנשים הגדולים ביותר שחיו. בנוסף הושפע מכתביהם של גיבון, יום, מונטסקייה ושל וולטר. הוא סבר שחיים חקלאיים בארצות הברית היו האידיאל הרפובליקני. הוא לא סמך על הערים ועל הבנקאים, העדיף ביזור כוח הממשל, והאמין שהעריצות שפגעה בפשוטי העם באירופה התרחשה בגלל שחיתות ומונרכיה. הוא תמך בפירוק הכנסייה האנגליקנית, כתב את ההצהרה בדבר חופש דתי במדינת וירג'יניה, ולחץ להפריד בין הדת והמדינה. הרפובליקנים בתקופתו הושפעו מהוויגים הבריטים, שהאמינו בהגבלת הממשלה. המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית הפכה למפלגה הבכירה, והשקפותיו נודעו כ"דמוקרטיה ג'פרסונאית".
חברה וממשלה.
לפי השקפתו של ג'פרסון, לאזרחים יש זכויות בלתי ניתנות לערעור שלא ניתן לכופף. הוא תמך בשיטת שיפוט עם חבר מושבעים. השקפתו אסרה על יחידים לפגוע בחירותם של אחרים, והתנגדה לעריצות הרוב. ג'פרסון תמך בתחילה בהגבלת זכות ההצבעה לאלו עם סף רכוש מסוים, אולם לאחר מכן תמך במתן זכויות הצבעה כלליות.
הוא סבר שהחירות האישית הייתה הפרי של השוויון הפוליטי, שנפגע בידי ממשלה שהתערבה בחיי האזרחים. הדמוקרטיה יכלה להיכשל, להשקפתו, לא בגלל הטבע האנושי, אלא בגלל שחיתות ממסדית. הוא התנגד למינויים הפוליטיים של הפדרליסטים. בנוסף ניסה לאזן בין הממשל המרכזי והממשל המקומי, כמו שנכתב בתקנון הקונפדרציה, עם רצון לחזק את הממשל המקומי בו שלטה מפלגתו.
ג'פרסון הושפע מהוויגים הבריטים, שטענו שרוב מדוכא נלחם במפלגת המלוכה המנותקת בפרלמנט. הוא תמך במרידות קטנות כדי לחסל את המונרכיה ולהביא חירות לעם. במשטר רפובליקני שבו הרוב שולט, הכיר בכך שיכולות לקרות מרידות לא מוצדקות, וטען שיש לחון מורדים. השקפתו על ארצות הברית כאימפריית החירות גדלה לאחר שמפלגתו הפכה למפלגה המרכזית במדינה. לאחר עזיבתו את תפקיד הנשיא, טען שאמריקה היא היחידה שמקדשת זכויות אדם וממשל עצמי.
דמוקרטיה.
ג'פרסון טען שדמוקרטיה היא רצון החברה, וקידם ממשל עצמי, אחידות תרבותית וחינוך לגברים. הוא תמך בחינוך ציבורי ובעיתונות חופשית.
לאחר שהתפטר מתפקידו כמזכיר המדינה ב-1795, התמקד בבסיסם האלקטורלי של הרפובליקנים והפדרליסטים. לטענתו הרפובליקנים היו צריכים להתמקד בבעלי האדמות, ובמקומות בהם היו פועלים ללא אדמה. הרפובליקנים התאחדו מאחוריו כסגן נשיא, והבחירות של 1796 הרחיבו את הדמוקרטיה. הוא קידם מועמדים רפובליקנים לתפקידים מקומיים.
כשנבחר לנשיאות, התמקד בחקלאים. הוא טען שהבחירות של 1800 היו מהפכה בעקרונות הממשל, לא בעזרת החרב אלא בעזרת קולות העם. זכות ההצבעה התרחבה במהלך כהונתו בהשוואה לתקופה הפדרליסטית, כשעלתה מ-67,000 ב-1800 ל-143,000 ב-1804.
עם תחילת המהפכה, קיבל את דעתו של ויליאם בלקסטון לפיה בעלות על רכוש צריכה להיות מגבלה על זכות ההצבעה, אולם ניסה להרחיב את זכות ההצבעה באמצעות חלוקת אדמות לעניים. במהלך המהפכה, מדינות רבות הרחיבו את זכות הבחירה לכל הגברים הלבנים ששילמו מיסים, בתמיכתו. עם פרישתו, ביקר את מדינת מגוריו על כך שהפרה את עיקרון זכות ההצבעה. הוא דרש מתן זכות הצבעה כללית לכל המשרתים בצבא ולמשלמי המיסים, וייצוג יחסי באספה הכללית לאוכלוסייה כדי לתקן את ההעדפות כלפי מדינות העבדות.
ג'פרסון הוטבל בנעוריו והצטרף אל הכנסייה האפיסקופלית. הוא הושפע מדאיזם ונטש את הנצרות המסורתית לאחר לימודי הברית החדשה. ב-1803 טען שהוא נוצרי כפי שישו רצה להיות. הוא טען שנוצרי הוא מי שמאמין בישו. ג'פרסון כתב ביוגרפיה על ישו, ללא התייחסויות על טבעיות. הוא טען שהוא מאמין באלוהים בגלל שלמות הטבע.
ג'פרסון התנגד להשפעת הכנסייה, בטענה שהיא השחיתה את הדת. הוא תמך בהפרדת הדת מהמדינה בווירג'יניה, שאסרה על נוכחות חובה או על תרומות למוסדות דתיים. הוא חקק את כתיבת ההצהרה על הפרדת הדת מווירג'יניה על קברו. ב-1802, טען שהדת היא בין אדם ואלוהיו. הוא פירש את התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית כאחד שמפריד בין הדת למדינה.
ג'פרסון תרם לאיגוד התנ"ך האמריקני בטענה שארבעת השליחים הביאו מוסריות לאנושות. הוא ידע שהדת המאורגנת תמיד תיכנס לפוליטיקה, והעדיף את ההיגיון על פני העל טבעי. הוא האמין באל עליון, בעולם הבא ובדת כאהבת האדם והאלוהים. אולם בנוסף לכך התנגד לשילוש הקדוש ולמעמדו של ישו כבן אלוהים.
אמונתו של ג'פרסון הפכה לנושא חשוב במהלך הבחירות של 1800, כשהפדרליסטים תקפו אותו וטענו שהיה אתאיסט. כנשיא, שיבח את הדת בנאום ההשבעה שלו ונכח בדרשות.
בנקים.
ג'פרסון לא סמך על בנקים ממשלתיים והתנגד למלווה מהציבור, שטען שיצר חוב לטווח ארוך, מונופולים ועודד ספוקלנטיות על חשבון עבודה יצרנית. במכתב למדיסון, טען שכל דור צריך לחסל את חובו בתוך תשע עשרה שנים, ולא לכפות חוב לטווח ארוך על הדורות הבאים.
ב-1791, שאל הנשיא וושינגטון את מזכיר המדינה ג'פרסון ואת מזכיר האוצר המילטון האם לקונגרס יש סמכות ליצור בנק לאומי. המילטון האמין שכן, ואילו ג'פרסון ומדיסון סברו שבנק לאומי יתעלם מצרכיהם של היחידים והחקלאים, ויפר את התיקון העשירי לחוקת ארצות הברית, בכך שייקח סמכויות שלא הוענקו לממשל הפדרלי בידי המדינות.
ג'פרסון השתמש בתמיכת החקלאים כנגד הבנקים ועימות זה יצר את מפלגת האופוזיציה. כנשיא, השתכנע ג'פרסון להשאיר את הבנק על כנו, אולם ריסן את השפעתו. הבנק בוטל ב-1811 בידי הקונגרס הרפובליקני.
עבדות.
ג'פרסון חי בכלכלה של מטעים שהייתה תלויה בעבדות, וכבעל מטעים, הוא השתמש בעבדים. ב-1774 רשם שהיו לו ארבעים ואחד עבדים. במהלך חייו החזיק בשש מאות עבדים בערך. הוא ירש 175 והשאר נולדו במטעים שלו. הוא רכש עבדים כדי לאחד משפחות ומכר 110 מסיבות כלכליות, בעיקר עבדים מחוות מרוחקות. היסטוריונים רבים טענו שהיה בעל עבדים הוגן, שלא התיש את עבדיו, וסיפק להם מגורים נאותים עם חימום, אוכל וביגוד. בנוסף ג'פרסון נתן לעבדיו עזרה פיננסית כשהרשה להם לגדל ערוגות ירקות ולגדל עופות. הוא הלקה את עבדיו רק במקרים נדירים של ריבים וגנבות.
ג'פרסון טען ששאיפתו היא שיתייחסו טוב לפועלים. עבדיו לא עבדו בחג המולד ובימי ראשון והוא הרשה להם לקבל זמן פנוי בחודשי החורף. היסטוריונים אחרים מפקפקים בכך, בטענה שבהיעדרו עבדים רבים הולקו. מפעל המסמרים שלו נוהל בידי עבדים ילדים.
ג'פרסון הרגיש שהעבדות מזיקה לעבד ולאדון, אולם לא שחרר עבדים שחשב שלא היו מוכנים לחופש ותמך בשחרור הדרגתי. ב-1779 הציע למועצת וירג'יניה תוכנית של הכנה לחיים ויישוב מחדש, וחוקק חוק שהרשה לאדונים לשחרר עבדים. בהכרזת העצמאות, הוא כלל פסקה, אותה מחקו הצירים הדרומיים, שבה ביקר את תפקידו של ג'ורג' השלישי בקידום העבדות במושבות. ב-1784, הציע את ביטול העבדות במערב המדינה ואת הגבלת ייבוא העבדים במשך חמש עשרה שנה. הקונגרס דחה את ההצעה על חודו של קול. ב-1797, העביר הקונגרס חוק שביטל את העבדות בטריטוריה הצפון מערבית. ג'פרסון שחרר את העבד שלו ב-1794 ואת הטבח שלו ב-1796. במהלך נשיאותו הרשה לעבדות לחדור ללואיזיאנה, כשהוא מקווה למנוע מרידות עבדים בווירג'יניה ופרישה של קרוליינה הדרומית מהאיחוד. ב-1804, בפשרה על נושא העבדות, אסר הקונגרס על יבוא עבדים פנימי אל לואיזיאנה. ב-1806 חוקק חוק רשמי נגד יבוא עבדים. ב-1819, התנגד לתיקון לחוקה שיקבל את מיזורי לאיחוד בתמורה לאיסור יבוא עבדים ושחרור עבדים בגיל עשרים וחמש, בטענה שצעד זה יהרוס את האיחוד. הוא שחרר את שפחתו הנמלטת ב-1822. לאחר מותו, שחרר חמישה עבדים בצוואתו.
ג'פרסון, כמו רבים בתקופתו, סבר שהשחורים היו נחותים מהאדם הלבן מבחינה שכלית וגופנית, אולם טען שהיו להם זכויות אדם. ב"הערות על מדינת וירג'יניה" יצר שערורייה כשקרא לעבדות רשע שהאומה תצטרך לתת עליו את הדין בפני האל. הוא תמך בהעברת עבדים משוחררים למדינות כמו ליבריה או סיירה לאון, אף על פי שהכיר בכך שהצעד אינו מעשי.
בשנות נשיאותו היה שקט בנוגע לנושא העבדות, כיוון שהוויכוח בקונגרס פילג בין הצפון והדרום. ההתקפות על בעלי העבדים הלבנים במהלך מרד העבדים בהאיטי איששו את חששותיו בנוגע למלחמת גזעים, והוא לא קידם את שחרור העבדים. לאחר ניסיונות להביא לשחרור העבדים, כתב ב-1805 מכתב שבו טען שוויתר על רעיון ביטול העבדות לעת עתה.
הערכה היסטורית.
היסטוריונים נותרו חלוקים בנוגע לתמיכתו של ג'פרסון בעבדות. תומכיו טענו שג'פרסון התנגד לעבדות כל חייו, ושעשה מה שיכול היה במסגרת טווח הפעולה המוגבל שלו כדי לעצור אותה, כשניסה לשחרר עבדים ודאג לעבדיו. אחרים טענו שג'פרסון היה גזען ופעל בניגוד למילותיו, כיוון שלא שחרר את רוב עבדיו ושתק בנושא במהלך תקופתו כנשיא. אחרים טוענים שג'פרסון תמך בשחרור העבדים לפני 1783, אולם לאחר שגילה את דעת הציבור בנושא, הפסיק זאת ב-1794, כשניסה להיבחר לנשיאות.
המחלוקת בנוגע להמינגס.
מאז 1802, נטען שג'פרסון היה אב ילדיה של סאלי המינגס. ב-1998, מחקר בנוגע לצאצאיו של ג'פרסון ולצאצאיה של המינגס הראה התאמה גנטית. ההיסטוריונים מאמינים בכך שהייתה ביניהם מערכת יחסים. אחרים טענו שאין ראיות מספקות להוכחת אבהותו. לאחר מותו, הרשתה בתו מרתה לסאלי המינגס לחיות כשחורה חופשית עד למותה.
תחומי עניין.
ג'פרסון היה חקלאי שהתלהב מגידולים חדשים, מצב האדמות, שיטות גידול ועיצוב גנים. הוא גידל בעיקר טבק, אולם מחיר הטבק היה נמוך. הוא ניסה לגדל גם ירקות, חיטה, תירס, חזירים, פשתן, כבשים, עופות ובקר כדי לתמוך במשפחתו, אולם תמיד היה בחובות.