תפקיד החוף הראשון של בורדה היה מדריך נשק בבית הספר למשחתות, בניופורט. בשנת 1971, לאחר השתתפותו במכללת המלחמה של הצי רכש גם תואר ראשון באוניברסיטת רוד איילנד. קיבל את תפקיד סגן המפקד במשחתת הטילים ברוק. נשלח לתקופת לימודים קצרה באוניברסיטת אוקלהומה. מכאן עבר בדרגת רס"ן לתפקיד במספן כח אדם, בוושינגטון. תפקידו היה אחראי לשיבוץ קצינים בדרגת אלוף-משנה.
משנת 1975 עד 1977, פיקד בורדה על משחתת הטילים (Farragut (DDG-37. תפקידו הבא היה כעוזר בכיר לסגן מזכיר הצי לנושאי כוח אדם וענייני מילואים. בתפקיד זה החזיק עד 1981, כאשר קיבל את הפיקוד על שייטת המשחתות מס 22.
בשנים 1983–1984, שימש כעוזר בכיר לראש מספן כח אדם. בדצמבר 1984, קיבל את דרגת האדמירל והמשיך כסגן ראש מספן כח אדם עד יולי 1986. בשנה זאת קיבל פיקוד על שייטת סיירות-משחתות 8 שבסיסה בנורפוק; בהמשך פיקד על קבוצת הקרב שבמרכזה נושאת המטוסים סרטוגה (CV-60), וכמפקד כוח הקרב של הצי השישי בשנת 1987.
באוגוסט 1988, מונה בורדה לקצין כוח אדם ראשי של חיל הים האמריקאי. בנובמבר 1991, הועלה בדרגה וקיבל את הכוכב הרביעי כאדמירל. בדצמבר 1991, מונה למפקד כוחות ברית נאט"ו בדרום אירופה, CINC SOUTH – ומפקדתו בנאפולי ובמקביל תיפקד גם כמפקד כוחות חיל הים של ארצות הברית באירופה CINC USNAVEUR – ממפקדתו בלונדון. בתפקידו זה היה מפקדם של כל כוחות נאט"ו העוסקים בפעולות לאכיפת הסנקציות של האו"ם במהלך מלחמות יוגוסלביה.
ב-1 בפברואר 1993, בעת ששירת בתור מפקד כוחות בעלות הברית באירופה, פיקד על מבצע Provide Promise והיה אחראי לאספקת סיוע הומניטרי לבוסניה-הרצגובינה דבר שבוצע בהצנחות והנחתות מהאוויר. כן הפעיל כוחות במשימות אחרות של האו"ם ברחבי הבלקן.
ב-23 באפריל 1994, מונה בורדה לראש המבצעים Chief of Naval Operations (ה-25) של חיל הים האמריקאי. התפקיד זה נחשב לבכיר ביותר מבין קציני הצי. בורדה היה הראשון (ועד עתה היחיד) שהגיע לתפקיד Chief of Naval Operations מהקצינים שלא היו בוגרי האקדמיה הימית של ארצות הברית. וכן היהודי היחידי שהגיע לתפקיד זה.
פעילות כראש המבצעים הימיים (CNO).
התחלה קשה.
כניסתו של בורדה לתפקיד ראש המבצעים הימיים (CNO) הייתה בתקופה שבין המלחמות וכשמעמד הצי נשחק בדעת הקהל. נושא שילוב נשים בתפקידי לחימה נכנס בעצלתיים בצי עקב ההתנגדות המסורתית לכך מצד הימאים. על רקע זה הייתה בקורת מארגוני הנשים בנושא רגיש זה.
בשנת 1991 התרחש אירוע נופש שגרר בעקבותיו תגובה קיצונית, כמעט טיהור בתחום האוויראים של הצי. הכינוס השנתי של עמותת האוויראים (Tailhook Association) התקיים בספטמבר 1991 במלון הילטון שבלאס וגאס. לכנס, שהנושא המרכזי בו היו סיפורי מלחמת המפרץ שהסתיימה, הוזמנו האוויראים בשירות סדיר אך נשותיהם לא הוזמנו.
באווירת החופש של לאס וגאס, בתי המלון המפוארים ומתקניהם, בגדי הנופש, השתייה שניתנה חינם והמחסור בנשים, נעשו האוויראיות שהשתתפו בכנס, מושא לחיזורים לא רצויים, להצעות מגונות ולהטרדות מיניות. עמותת האוויראים והצי לא היו ערוכים למנוע את ההטרדה. לאחר הכנס החלו להגיע תלונות של הנפגעות כלפי חלק מאוויראים, ונטען כי מפקדים לא מנעו את ההטרדות. בארצות הברית ישנו פתגם "מה שקורה בלאס וגאס נשאר בלאס וגאס", אך הפעם לא כך קרה. הצי ניסה להכיל את האירועים אך לא הצליח לרצות את כל האוויראיות הנפגעות. סגנית שר הצי ברברה פופ איימה להתפטר ולפרסם את הדברים בתקשורת, אם האירועים לא יחקרו כראוי. בהחלטת שר הצי הועברה החקירה למחלקה משפטית של משרד ההגנה.
כך אירוע שהמשתתפים בו נהגו לפי כללי מסיבת מכללה, הביא לבדיקה משפטית לפי כללים צבאיים. בסופה של החקירה לא היו כתבי אישום, אך השר לענייני הצי Henry L. Garrett III נאלץ להתפטר. ה-CNO, אדמירל פרנק קלסו נאלץ לעזוב את תפקידו חודשיים לפני המועד. ראשי המחלקה המשפטית של הצי ועוד כ-100 אוויראים בדרגות גבוהות נאלצו להשתחרר מהצי. קידומם של כ-300 אוויראים אחרים היה טעון בדיקה, שנועדה לוודא שאינם קשורים לשערורייה וגם קשר עקיף מנע את קידומם.
בורדה, שלא היה טייס בעצמו, לא היה קשור לשערורייה והגיע לתפקידו רק לאחר תום החקירות. הוא קיבל לידיו את הצי כאשר ענף האוויראות, שמייצג את עיקר כושר התקיפה של הצי, פגוע ביותר. הכלל הוא שקידום לדרגת אל"ם ומעלה נעשה באישור הנשיא וועדת הכוחות המזוינים בסנאט. נוצר מצב שאנשים שלא הועמדו למשפט, לא הואשמו לכן גם לא יכלו להוכיח את חפותם. רשימת המיועדים לעיכוב הייתה חסויה, והמועמדים לא יכלו לברר עד תום במה בדיוק הם מואשמים. בורדה לא הצליח להשפיע על ממשל קלינטון לשנות את העדיפות שנתן לארגונים הפמיניסטים על פני מורל הצי. האוויראיות והנשים בצי בכלל נעשו מושא לשנאה. מפקדים בדימוס וכאלה שהיו שרי צי לשעבר הביעו את דעתם בפומבי, שבעימות מול הפמיניסטיות "הרים הצי דגל לבן".
קושי בתקציבים - בתקופת כהונתו של בורדה כ-CNO שררה אווירה של קיצוצים בהוצאות הביטחון. ברית המועצות חדלה להתקיים כמעצמה עולמית, ולא נראה היה צורך בכוח צבאי רב. פרויקטים חשובים של הצי לא תוקצבו, ובורדה נתפש כמי שאינו מצליח לשכנע את הממונים עליו להביא את התקציבים הדרושים לצי. עם זאת קידם בורדה מספר תוכניות שייחס להן חשיבות מתוך ניסיונו האישי.
נושאים בעדיפות.
מימאי לאדמירל - בורדה שהיה תוצר של תוכנית הגיוס מתוך השורות שהופעלה בתחילת שנות ה־60, חידש את התוכנית ההיסטורית, ונתן לה שם Seaman to Admiral. במרבית הצבאות הקצונה נבחרת מבין החיילים המצטיינים. כנגד זאת במרבית ציי העולם גם בצי ארצות הברית נתפשת הקצונה כמקצוע שיש להכשיר אותו בנפרד מהימאים. אנשים מגיעים לקצונה במסלול מיוחד מהאקדמיות המיוחדות לכך או מקורס קציני הים, אליו נכנסים בוגרי מכללות ללא שירות קודם בכלי השייט. עליה לקצונה מושטת מתוך צוותי הים נעשית רק במקרים חריגים.
בעידן המודרני, בו כח האדם מגיע מאותו מקור, ההפרדה יוצרת עוינות בין הקצונה לצוות הימאים. בורדה האמין שיש לתת את ההזדמנות להצטיין, לאנשים טובים מתוך צוותי הספינות. מעצמו ידע את הערך והתרומה של קצינים שעלו מהשורות עם ניסיון מעשי, שלא במסלול המסורתי. התוכנית שממשיכה להתקיים גם כיום, מספקת הזדמנות לצעירים מוכשרים להתקדם. התוכנית מעלה את המוטיבציה לשירות בצי ומסייעת בגיוס כוח אדם, בעל כישורים יוצאי דופן.
דו"ח כשירות קצין – Officer Fitness Report כמי שעשה שנים רבות במערך כוח האדם, הוביל בורדה עדכון כדי להפוך את דו"חות הערכת הקצינים והימאים ליותר שיטתי ועקבי.
נושאי השליטה בכח הימיC4I – בורדה התעניין במיוחד ויזם התקדמות בנושאי פיקוד, בקרה, תקשורת, מחשבים ומודיעין בספינות הצי והמפקדות השונות. היזמה באה לידי ביטוי במרכזי ידיעות הקרב של האניות, קשר לוויינים.
אמצעי נגד טילים - בתקופת שירותו הקצרה כ-CNO לא הייתה לבורדה מעורבות משמעותית בבנין כלי שיט, אך הצליח לקבוע שאניות נחיתה שתוכננו אז יצוידו באמצעי הגנה מודרניים, על מנת שיוכלו להתגונן בעצמם מפני האיומים בזירה. היה בכך חידוש, וחסכון במשחתת שנדרשה להגנה קרובה בעבר. הספינות הנבנות תוכננו לשאת אמצעי הגנה נגד טילים, נגד טורפדו וכן הגנה גרעינית כימית ובקטריולוגית. תוצאות מאמציו ניכרו בתחילת שנת 2006, תשע שנים לאחר מותו, כאשר הוכנסו האניות האמפיביות מסדרת LPD17 לפעילות.
אוקיינוגרפיה לאזורי החופים – בורדה העריך שהשינוי במצב האסטרטגי הבין מעצמתי יוביל לכך שהמשימות העתידיות של הצי יהיו באזורי החופים יותר מבעבר. על כן על האוקיינוגרפים של הצי לחזק את המידע שיש בנוסף על המידע על עומק הים. תחומים המרכיבים את מדע החופים littorals, או אזורים ליד החוף: תופעת הגאות, פרופילים של החוף, שוניות, שולחנות, מים רדודים, סלעי החוף, ערוצים, הזחת משקעים, הידרוגרפיה מדויקת, עכירות, כיסוי הקרקע, אבק, תעבורה, גשם, עירוב מי הנהרות, מאפיינים מתחת לקרקעית, וכן דפוסי מזג האוויר ומאפיינים של כל אזור החוף.
חזונו של בורדה מיקד את הצי על פעולות מהים אל החוף Naval Projection, כדי לענות על דרישות אלה, נדרש חיל הים האמריקאי להרחיב את המאמץ האוקיינוגרפי מפלטפורמות מסורתיות (ספינות, סירות, מטוסים לטכנולוגיות חדשות (לוויינים, חיישנים מרוחקים, וכו') ולשתף פעולה עם גורמים אחרים, לאומיים ובינלאומיים.
צרות בצמרת.
בתפקיד ה-CNO היה אדמירל בורדה מטרה לתלונות מסוגים שונים:
פרשת אדמירל סטן ארתור – הקשיים של בורדה מול ממשל קלינטון לא התבטאו רק בנושאים תקציביים. קצינים בכירים בעיקר מקרב טייסי הצי גילו כלפיו עוינות ואף טענו שבגד בחיל הים בכך שהתפשר לבקשת קלינטון בנושא של הצבת אדמירל ארתור כמפקד זירת האוקיינוס השקט "USPACOM". ארתור היה אז סגנו של בורדה, אדמירל ארבעה כוכבים, הטייס הבכיר ביותר בצי והוערך כמתאים ביותר לתפקיד. לא כך חשב סנטור ממינסוטה, ד. דורנברגר, ניצל את יכולתו לעכב את המינוי ודרש דיון בוועדת המינויים בהאשמות לכאורה שארתור לא טיפל כיאות, בתלונה של הטרדה מינית שהוגשה על ידי צוערת טיסה. הצוערת שהייתה מבין מצביעיו של אותו סנטור, הודחה מקורס הטיס עקב ביצועים לא מספקים. לאנשים בצי נראה העניין כהתנקמות. הסנטור מראה את יכולתו למצביעיו.
שר ההגנה העריך שהמשך תהליך המינוי ידרוש דיוני שימוע ממושכים. וחשש שכל אותה עת תהיה זירת האוקיינוס השקט ללא מפקד. על כן החליט לבטל את המועמדות. אדמירל סטן ארתור החליט להקל על המערכת והחליט לפרוש מהצי. מיד הוזמן לתפקיד נשיא חברת הטילים ובקרת האש בקבוצת לוקהיד מרטין במשכורת משולשת.