מאפייני האתר וממצאים שהתגלו בחפירות הם ייחודיים וחשובים. מדובר באתר ישראלי מבוצר בחומת סוגרים, המתוארך על פי הממצא האורגני לשנים 1020–980 לפני הספירה. האתר נמצא ליד ציר התנועה הראשי בעמק האלה – אזור גבול והתנגשות בין ישראל ופלשת, על פי התיאור המקראי. התגלו בו שני אוסטרקונים בעברית, האחד נושא שם דמות הנזכרת במקרא והשני כולל מושגים שהיו קיימים רק בעברית בתקופה ההיא (כמתואר בהמשך). במקום לא נמצאו כלי קרמיקה פלשתית או אחרת ואף לא עצמות חזיר. האתר שרד במשך 20–30 שנה וננטש עד התקופה ההלניסטית, כך שהשכבה הארכאולוגית הישראלית נבדלת בבירור מאחיותיה העליונות, המאוחרות לה בכ-700 שנה. במקום נמצאו שני דגמים מוקטנים של מקדשים. אחד מהם זוהה בידי חוקר האתר הארכאולוג יוסף גרפינקל כתואם את תיאור מקדש שלמה בספר מלכים - זיהוי שהתקבל בספקנות על ידי חוקרים אחרים דוגמת נדב נאמן ואהרון מאיר. מתוך ממצאים אלה הגיעו החופרים למסקנה כי חרבת קייאפה הייתה עיר מבצר חזקה בגבולה המערבי של ממלכת יהודה, ככל הנראה מתקופתו של דוד המלך. לטענת פרופ' גליל, הממצאים שנחשפו באתר הם הוכחה לקיומה של ממלכה חזקה ביהודה, בתקופת דוד ושלמה - טענה שעליה חלקו נאמן ומאיר.
על פי ממצאים אלו, העשויים להצביע על קיומה של ממלכה ביהודה ולקיומן של ערים בצורות ביהודה כבר במאה ה-10 לפנה"ס, הסיקו החוקרים כי לא ייתכן שהמעבר מחברה כפרית (תקופת הברזל I) לחברה עירונית (תקופת הברזל II) בישראל וביהודה התרחש רק בסביבות שנת 900 לפנה"ס, ולפיכך לא נכונה גישת הכרונולוגיה הנמוכה של הארכאולוגים הסבורים כי ביהודה כלל לא הייתה ממלכה של ממש במאה ה-10 לפנה"ס ומלכי יהודה היו לכל היותר מנהיגים מקומיים. זאת, משום שלא ניתן להקים ולתחזק עיר בסדר גודל שכזה עם יכולות ארגוניות וטכנולוגיות המאפיינות את החברה הכפרית של תקופת הברזל I.
הפרופסורים ישראל פינקלשטיין ואלי פיסצקי מאוניברסיטת תל אביב אינם מקבלים את תארוך האתר לתקופה 1020–980 לפנה"ס ולדעתם הטווח המתקבל מבדיקות אלה הוא בין 1050 ל-915 לפנה"ס. תארוך זה משתלב עם הכרונולוגיה הנמוכה של פינקלשטיין.
הממצאים באתר.
שערים.
בעונות החפירה הראשונות 2007 - 2008 נחפרו 600 מ"ר בצדו המערבי של האתר (שטח B), ונחשפו בתי מגורים צמודים לחומה. החומה היא כפולה ונקראת בשל כך "חומת סוגרים". הבתים צמודים כאמור לחומה ומשתלבים זה בזה, צורת בנייה המוכרת מארבעה אתרים ארכאולוגיים אחרים, כולם באזור יהודה (תל בית מירסים, תל בית שמש, תל א־נצבה (מצפה) ותל באר שבע).
האלמנט הארכיטקטוני הבולט והחשוב ביותר שנמצא בקטע זה של החומה היה השער המערבי של העיר, שרוחבו כ-10.5 מטר ובכל אחד מצדדיו נמצאו עמדת שמירה, ותא בגודל כ-3.5×2.2 מ'. שני עמודים שיצרו את השער הבנויים מאבנים מגליתיות, במיפתח של 10.5 מ', מעידים על עוצמתו. תעלת ניקוז בצדו הדרומי של השער נמצאה ללא כיסוי אך נמצאו גם תעלות ניקוז מקורות. החומה, בתי המגורים והשער נבנו כולם בתקופת הברזל II א', לקראת סוף המאה ה-11 לפנה"ס, תקופה המזוהה כתקופת דוד המלך. הבנייה המתוארת מתקופת הברזל, בנויה ישירות על סלע-אם ואין שכבות ארכאולוגיות מתקופות קודמות. כל השכבה מתקופת הברזל II א' מכוסה בשכבת חורבן.
בהתאם למדיניות רשות העתיקות, עבר השער הראשון תהליך של שימור ושחזור, והוא כולל כעת נדבכים נוספים על אלו שנתגלו בחפירה, וכן "קו שחזור" המבדיל בין הנדבכים שנחשפו לאלו שנוספו. במסגרת עבודות אלו נחשף גם סף השער, שהיה קבור תחת חומה מהתקופה ההלניסטית.
החפירות בשטח B הורחבו בעונות הבאות ונחפרו גם שטחים חדשים בצדו המזרחי של האתר (שטח C). השער השני התגלה עם סיום העונה השנייה, וחפירתו החלה בעונה השלישית (2009). השער השני, הדרומי, הוא השער הראשי של העיר, והוא פונה לכיוון עמק האלה.
שני השערים זהים בממדיהם ובטיפולוגיה, אבל השער הדרומי מאופיין בשני גושי סלע מונומנטליים, אחד בכל צד, אשר משקלם כ-10 טון כל אחד. זהו השער המסיבי ביותר המוכר בארץ ישראל מבין הערים המבוצרות מתקופת המקרא. עד היום לא נמצאה בארץ ישראל עוד עיר מבוצרת מתקופת המקרא עם שני שערים (שעריים).
דגם בית המקדש הראשון.
בשנת 2011 נמצאו באתר כלי פולחן שתוארכו לראשית המאה ה-10 לפנה"ס, תקופת ראשית שושלתו של דוד המלך, ובהם שני דגמים מוקטנים של מקדשים, כשאחד מהם הוא דגם מקדש מפואר עשוי אבן ומגולף בעיטורים אדריכליים. מאפיינים אלו זוהו בידי חוקר האתר הארכאולוג יוסף גרפינקל כתואמים את תיאור מקדש שלמה בספר מלכים, זיהוי שחוזק מכוח העדרן של עצמות חזיר ופסלי אדם או בעלי חיים מהאתר, בשונה מאתרים כנעניים טיפוסיים מהתקופה. זיהוי זה התקבל בספקנות בקרב חוקרים שונים, ביניהם פרופסור אהרון מאיר מאוניברסיטת בר-אילן, שטען שמאפיינים שונים באתר, דוגמת תמונות אריות וציפורים, שאינם טיפוסיים לממלכת יהודה, מחלישים את פרשנותו של גרפינקל. נוסף על כך, מאיר וחוקרים נוספים, דוגמת פרופסור נדב נאמן מאוניברסיטת תל אביב, רואים במספר מאפיינים משלימים סימן לכך שקאייפה הייתה מיושבת על ידי קבוצה דמוגרפית כנענית מקומית, שלא הייתה חלק מיהודה, ולכן מסופקים שיש קשר ישיר בין הדגם המדובר לבין בית המקדש היהודאי, ובמיוחד בהתחשב בהשפעות התרבותיות ההדדיות הנפוצות באזור, בו מאפיין פולחן מסוים עשוי להיות נפוץ בכמה ערים סמוכות.
בעיני חוקרים מזרמים מקסימליסטים יחסית, דוגמת יוסף גרפינקל, הממצא מהווה עדות הנוספת לעדויות המקדש בתל ערד ולמקדש במוצא לפולחן יהוויסטי ביהודה, והעדות הראשונה בתולדות המחקר הארכאולוגי לפולחן יהודאי המרחיקה לתקופת דוד.
כתובת עברית קדומה.
בעונת החפירות השנייה בקייאפה (2008) התגלה אוסטרקון, שבר חרס בצורת טרפז, באורך של 16.5 ס"מ וברוחב של 15 ס"מ. חרסים כאלו היו בשימוש באותה תקופה, לרוב כטיוטה למכתב רשמי, שנכתב על גבי פפירוס או על קלף. עם זאת, החוקרים התפלאו למצוא את החרס במבנה פשוט, שאינו מאפיין בית עקד ספרים, או מעון מגורים של אדם מהשכבות האמידות. באותה תקופה נדיר היה למצוא ממצא שכזה בבית רגיל.
על גבי האוסטרקון כתובות בדיו חמש שורות, משמאל לימין, בשפה העברית, באלפבית פרוטו-כנעני. הכתוב על גבי החרס כולל בתוכו מספר מונחים כמו "אל תעש" ו"עבד", שהיו ייחודיים באותה תקופה אך ורק לעברית, ולא לשום שפה דומה אחרת, כאוגריתית ועוד. משום כך נחשב האוסטרקון הזה לחרס הקדום ביותר הכתוב בשפה העברית.
הצעות חלקיות לקריאת האוסטרקון פורסמו בדצמבר 2009 על ידי חגי משגב ועדה ירדני. הצעת משגב היא:
הוא מסיק כי הכתובת פותחת במילות ציווי, אולי משפטי או מוסרי, ובסופה מונחים שאולי הם מהתחום הפוליטי, אך כל שניתן לומר בוודאות הוא שמדובר בטקסט בעל משמעות רציפה, ואיננו סתם רשימת שמות. הוא מנוסח כמסר מאדם אחד אל אדם אחר. קריאת השורה הראשונה תומכת באפשרות שמדובר בטקסט עברי.
בינואר 2010 פורסמה בהודעה לעיתונות הצעתו של גרשון גליל מאוניברסיטת חיפה:
על קריאה זו של גליל נמתחה ביקורת על ידי החופרים והמפענחים. כתב עת תאולוגי הולנדי פרסם מאמר המבוסס על קריאה זו.
ב-2012 פרסם האפיגרף של בית הספר הצרפתי למקרא ולארכאולוגיה, אמיל פואש , קריאה מעט שונה ומעודכנת יותר של הכתובת. על פי קריאתו, הכתובת מתייחסת לאירוע ההמלכה של אחד ממלכי ממלכת ישראל המאוחדת הראשונים, דוד או שאול, ככל הנראה שאול.
הצעה אחרת לתרגום:
...אל תעשק ועבד א...
...(מ)שפט ובו אלמן שפט...
...לגר ובעל לקבר יחד...
...אתן ושרן ביד מלך...
...חקם עבדם מדות...
לפי קריאה זו, נכתבים זכויות העבד ובעליו, זכויות האלמן וחוקי הביזה והמידה.
כתובת אשבעל.
כתובת נוספת נמצאה בחפירות בשנת 2012 ודבר קיומה התפרסם ב-2015. הכתובת חרוטה על חלקו העליון של כד חרס שנמצא בבניין באזור C שבדרום האתר בכתב כנעני עתיק. הכתובת מתוארכת לתקופת הברזל IIA. תיארוך רדיומטרי שנעשה לשכבות הארכאולוגיות הרלוונטיות העלה את התאריך 1020–980 לפנה"ס. מספר אותיות בתחילת הכתובת שבורות ומטושטשות, ולאחריהן כתוב אשבעל בן בדע. הכתובת נקראת מימין לשמאל. השם "אשבעל" מוכר במקרא כשמו של מלך ישראל, בנו של שאול, שמלך כשנתיים לאחר מות שאול (כך הוא נקרא בדברי הימים; בספר שמואל הוא נקרא איש-בושת). לדברי החופרים הכתובת מצביעה על הקשרו הישראלי-יהודאי של האתר, בניגוד לטענה שהוא כנעני. בין מפענחי הכתובת היו גם ד"ר מיתקה גולוב וד"ר חגי משגב. החוקרים מעריכים שחריטת השם על הקנקן מצביעה על מעמדו החשוב של האיש ועדות לריבוד חברתי. להערכתם אשבעל היה בעל אחוזה חקלאית, והתוצרת מהחווה נשלחה בקנקנים שנשאו את שמו. בראיון בתוכנית לונדון את קירשנבאום ב-16 ביוני, אמר פרופ' גרפינקל כי גודל האותיות הזהה, המרווחים בין האותיות ואיכות החריתה, מצביעים על כותב מיומן. כמו כן, אמר כי מציאת כתובת זו, יחד עם כתובות אחרות, שומטת את הקרקע תחת הטיעון המינימליסטי בארכאולוגיה המקראית לפיו לא התקיימה ממלכה של ממש ביהודה במאה ה-10 לפנה"ס.
הקנקן נמצא בשטח C בצידה הדרומי של העיר. השטח צמוד לחומת העיר. החדר בו נמצא הוא בגודל 5X6 מטר, החדר הגדול ביותר שנמצא בעיר מתקופת הברזל. קירות החדר ששרדו הגיעו לעיתים לגובה של 1.5 מטר. הקירות בנוים מאבנים גדולות במיוחד. לחדר יש כניסה גדולה אחת. החוקרים מציינים שאולי מדובר בחצר פתוחה ולא בחדר מכוסה גג. החדר היה מכוסה באבנים שנפלו מהקירות. בחדר לא נמצאו עמודים או בסיסי עמודים. במרכזו נמצא מוקד אש. רצפת החדר הייתה עשירה בממצאים ומתקנים כולל קנקן שלם. הקנקן עם הכתובת נמצא בצידו הצפוני של החדר.