לקראת סוף שנת 2000 ביטלו רובסון ולאקט את חלק התביעה שלהן נגד נואלס ורולנד לאחר שהושגה פשרה ביניהן. אולם השתיים המשיכו במסען המשפטי נגד מת'יו. במסגרת ההסכם בין הבנות נאסר על שני הצדדים לדבר זה על זה בכלי התקשורת ובמדיה. רוברסון ולאקט הקימו עד העת הזו להקת בנות אחרת בשם "אנג'ל", אך במרוצת הזמן גם אותה עזבו עקב סכסוך עם חברת התקליטים. אף על פי שחברות הדסטיניז צ'יילד הושפעו לרעה מהמהומה התקשורתית, הפכה הקבוצה עצמה למובילה בתחום הפופ של אותה תקופה: "Say My Name" הגיע למקום הראשון בבילבורד הוט 100 למשך שלושה שבועות רצופים, ואילו "" דורג במקום השלישי ובראשון במצעד השירים הקצביים ובמצעד 40 שירי המיינסטרים בהתאמה. בשנה הראשונה לצאתו נמכר "The Writing's on the Wall" בכשמונה מיליון עותקים ברחבי ארצות הברית. על נתוני מכירות אלה קיבל מאיגוד תעשיית ההקלטות האמריקאי תואר פלטינה מתומנת. הוא נמכר בכ-11 מיליון עותקים ברחבי העולם והפך לאחד מהאלבומים הנמכרים ביותר לשנת 2000. באותה תקופה החלה להקת דסטיניז צ'יילד להופיע כפתיחה לקונצרטים של בריטני ספירס וכריסטינה אגילרה.
בהרכבה החדש הוציאה הלהקה שיר נושא לפסקול הסרט "המלאכיות של צ'רלי". שמו היה "Independent Women Part I", והוא פורסם כסינגל באוקטובר 2000 כסינגל. לאחר מכן הגיע למקום הראשון בבילבורד הוט 100 למשך 11 שבועות רצופים (מנובמבר 2000 עד לינואר 2001) – הסינגל שנשאר במקום הראשון לפרק הזמן הארוך ביותר באותה השנה במצעד. פרסומו הפך את הפסקול לרב-מכר: כ-1.5 מיליון עותקים נמכרו ב-2001.
2000–2003: "Survivor", הוצאות נוספות, הפסקה ופרויקט סולו.
בטקס פרסי המוזיקה של בילבורד לשנת 2000 זכתה דסטיניז צ'יילד בפרס האמן המוביל ובפרס הלהקה המובילה. בשנה שלאחר מכן זכו בפרס השני פעם נוספת. בספטמבר 2000 קיבלה הלהקה שני פרסים בטקס הסול טריין, כולל אלבום ה-R&amp;B/נשמה הטוב ביותר עבור "The Writing's on the Wall". החל ממחצית שנת 2000 עד תחילת 2001 הקליטו חברות הדסטיניז צ'יילד את אלבומן השלישי, "Survivor", שהופק ונכתב על ידי נואלס בלבד, למעט הרצועה "Emotion", שהייתה גרסת כיסוי לשיר מ-1997. "Survivor" החל להימכר בחנויות התקליטים באביב 2001. הוא נמכר בלמעלה מ-663,000 עותקים ברחבי ארצות הברית בשבוע הראשון לצאתו. על נתוני מכירות אלה, נכנס למקום הראשון בבילבורד 200. שלושת הסינגלים, "Survivor", "Bootylicious" ו-"Independent Women Part I", הגיעו לשלושת השירים הפותחים בבילבורד הוט 100. נכון ל-27 ביולי 2001 נמכר האלבום בכ-6 מיליון עותקים ברחבי העולם. הוא קיבל מעמד פלטינה מרובעת ומעמד פלטינה כפולה על ידי איגודי תעשיית ההקלטות של ארצות הברית ושל אוסטרליה בהתאמה.
בעקבות פיגועי 11 בספטמבר ביטלה הלהקה את סיבוב ההופעות המתוכנן שלה באירופה, ובמקום זאת הופיעה בקונצרטים לזכרם של הנרצחים. באוקטובר 2001 הוציאה לאור את אלבום חג המולד הראשון שלה, ', שכלל מספר גרסאות כיסוי לשירי חג מולד מוכרים כמו "O Holy Night", "Silent Night" ו-"White Christmas". ' הגיע למקום ה-34 במצעד הבילבורד 200. בפברואר 2001 זכתה הקבוצה בשני פרסי גראמי עבור "Say My Name": שיר ה-R&amp;B הטוב ביותר וביצוע ה-R&amp;B הטוב ביותר לצמד או ללהקה מוזיקלית. היא גם זכתה בפרס המוזיקה האמריקאית ללהקת הנשמה/R&amp;B האהובה ביותר. כמו כן, באותה השנה שרו בנות הדסטיניז צ'יילד קולות רקע בשיר הנושא של סולאנג' נואלס לסדרת האנימציה של דיסני "The Proud Family". במרץ 2002 פורסם אלבום רמיקס בשם "This Is the Remix". הוצאת האלבום נחשבה על ידי מעריציה כרמז להוצאת אלבום אולפן חדש בעת הקרובה. אלבום הרמיקס הגיע למקום ה-29 בבילבורד 200. זמן קצר לאחר מכן החלו להישמע טענות מצד רוברסון ולאקט על כך ש-"Survivor" נכתב עליהן, על מנת להשמיצן בפומבי מול קהל המעריצים של הקבוצה. בעקבות כך הגישו השתיים תביעה נוספת נגד הלהקה ונגד סוני מיוזיק. ביוני 2002 תיקי התביעה נדחו בהתאם להסדר טיעון.
בשלהי 2000 הכריזו מנהלי הלהקה על הפסקה, לטובת קידום קריירות הסולו של חברותיה. ב-2002 הוציאה ויליאמס את אלבום הסולו הראשון שלה, "Heart to Yours", שהגיע למקום הראשון במצעד אלבומי הגוספל השבועי. באותו היום בו הופץ לחנויות כתקליט וכתקליטור פרסמו חברות הלהקה את האוטוביוגרפיה הרשמית שלהן, "Soul Survivors". רולנד השתתפה בסינגל של הראפר נלי בשם "Dilemma". הוא זכה בפרס גראמי לביצוע הראפ המלודי הטוב ביותר, והגיע למקום הראשון בבילבורד הוט 100 – רולנד הפכה לחברת הקבוצה הראשונה שמגיעה למקום הראשון במצעד זה. כדי לנצל את הצלחתו של השיר הוציאה רולנד במהירות את אלבום הבכורה שלה, "Simply Deep". הוא הגיע למקום הראשון במצעד האלבומים הבריטי. ב-2003 אף השתתפה בסרט האימה "פרדי נגד ג'ייסון". במקביל כיכבה נואלס בסרט "אוסטין פאוורס - גולדממבר", והקליטה את סינגל הבכורה שלה, "Work It Out", שנכלל בפסקול הסרט. לאחר מכן הופיעה ב-"The Fighting Temptations", והופיעה כאמנית אורחת בשיר "" של ג'יי-זי, שהפיק את אלבום הבכורה שלה.
כתוצאה מהצלחתו של "Dilemma" הוצאת האלבום הראשון של ביונסה, "Dangerously in Love", נדחתה פעמים רבות ליוני 2003. נואלס נחשבת לאמנית המוצלחת ביותר מבין שלוש חברות הלהקה שהוציאו אלבום סולו. "Dangerously in Love" נכנס לראשונה לבילבורד 200 במקום הראשון, לאחר שנמכר בכ-317,000 עותקים טהורים בשבוע הראשון לצאתו בארצות הברית בלבד. הוא הניב שני להיטים שהגיעו למקום הראשון בבילבורד הוט 100, "Crazy in Love" ו-"Baby Boy", ושני שירים נוספים שהגיעו לחמישייה הפותחת במצעד: "Me, Myself and I" ו-"Naughty Girl". על נתוני המכירות שלו בארצות הברית קיבל מאיגוד תעשיית ההקלטות האמריקאי תואר פלטינה משושת. נכון ליוני 2016 נמכר האלבום בכ-5 מיליון עותקים ברחבי ארצות הברית ובכ-11 מיליון עותקים בעולם כולו – האלבום הנמכר ביותר של ביונסה. "Dangerously in Love" זכה בחמישה פרסי גראמי בטקס אחד. בינואר 2004 הוציאה ויליאמס את אלבומה השני, "Do You Know".
ד'וויין ויגינס, שהפיק את הקלטותיה הראשונות של הלהקה, הגיש תביעה בשנת 2002 נגד עורכי דינו לשעבר, ודרש פיצוי של 15 מיליון דולרים בגין הפחתת הכנסתו מהקרדיט על הפקת חלק משיריה ללא ידיעתו. זה מבטל את החוזה המקורי שלו עם חברות התקליטים קולומביה רקורדס וסוני מיוזיק, במסגרתו הוא מחזיק למשך שבע שנים ב"תמלוגים מסוימים", ולא בתמלוגים רק משלושת אלבומיה הראשונים של הדסטיניז צ'יילד. התיק הוסדר בהסכם שלא פורסם. ביוני 2003 הודיע מת'יו על הצטרפותה של סולאנג' נואלס, אחותה של ביונסה, למצבת חברות הקבוצה. היא הקליטה מספר רצועות עם הדסטיניז צ'יילד, ואף החליפה את רולנד לכמה זמן לאחר ששברה את אצבעות רגליה בזמן הופעה. המטרה בהכרזה של מת'יו הייתה לבדוק את תגובת מעריצי הלהקה. לאחר מכן אישרה ביונסה שהצטרפותה של אחותה ירדה מהפרק, כיוון שהיא עסוקה כעת בקידום אלבום הבכורה שלה, "Solo Star".
2003–2006: "Destiny Fulfilled" ו-"".
שלוש שנים לאחר ההפסקה התאחדו חברות הלהקה כדי להקליט את אלבום האולפן הרביעי והאחרון שלהן, "Destiny Fulfilled". הרצועות בו קשורות זו בו רעיונית, ומספרות קו עלילה קשוח יותר המקרב לפירוק הקבוצה. "Destiny Fulfilled" נכתב באופן שווה על ידי נואלס, ויליאמס ורולנד והופק גם כן על ידן. הוא פורסם ב-15 בנובמבר 2004, והגיע למקום השני בשיאו עם 497,000 עותקים טהורים בשבוע הראשון לצאתו (לעומת 663,000 עותקים שנמכרו באותו פרק זמן באלבום הקודם). הוא קיבל תואר של פלטינה משולשת על ידי איגוד תעשיית ההקלטות האמריקאי, ואף על פי שלא זכה להצלחה בבילבורד עדיין נחשב לאחד מהאלבומים הנמכרים ביותר לשנת 2005 (8 מיליון עותקים ברחבי העולם). נכללו באלבום ארבעה סינגלים: "Lose My Breath", "Soldier", "Cater 2 U" ו-"Girl". השניים הראשונים הגיעו למקום השלישי בבילבורד הוט 100, ואילו "Soldier" ו-"Cater 2 U" קיבלו תואר פלטינה מ-RIAA בשנת 2006.
כדי לקדם את האלבום יצא הקבוצה לסיבוב הופעות עולמי בשם "Destiny Fulfilled... and Lovin' It". ב-11 ביוני 2005, בזמן שהייתה בפלאו סנט ג'ורדי שבברצלונה, הודיע מול קהל של 16,000 איש על כוונתה להתפרק באופן רשמי עם סיום סיבוב ההופעות. נואלס הצהירה שכותרת האלבום "Destiny Fulfilled" לא נבחרה באופן מקרי, והיא משקפת את העובדה שהפרידה הייתה מתוכננת כבר שהאלבום הוקלט. במהלך הכנת האלבום תכננו הבנות להיפרד לאחר ארבע עשרה שנות הקריירה שלהן כקבוצה, כדי להקל על המשך פיתוח קריירות הסולו שלהן. נואלס קבעה שגורלן התגשם. הקבוצה שלחה מטעמה מכתב ל-"MTV":