משהגיע הממשל למסקנה כי המידע שסיפקה לו ממשלת שמיר בחודשים שלאחר חתימת ההסכם על היקף הבנייה בגדה המערבית היה לוקה בחסר וחלקי, עוכבה קבלת הערבויות. ב-14 בפברואר 1991, בעיצומה של מלחמת המפרץ, נהפכה התגלעות המחלוקת השקטה בין וושינגטון די. סי. וירושלים לקרע פומבי וחריף. ביום זה העניק שגריר ישראל בארצות הברית, זלמן שובל, ריאיון עיתונאי לסוכנות הידיעות "רויטרס", ובו התאונן על הסחבת והבירוקרטיה בקבלת הערבויות, וכן על העיכוב באישור הסופי של חבילת הפיצוי האמריקאית לישראל בגין נזקי המלחמה שנגרמו לישראל. תגובתו של מזכיר המדינה בייקר הייתה חריפה: הוא תקף בגלוי את שובל על כך שחרג בדבריו "מגבולותיה של ההתנהלות הראויה לשגריר של מדינה ידידותית", ובו בזמן הוקיע את "כפיות הטובה" של ישראל לנוכח הצבת טילי הפטריוט האמריקאים (שנועדו ליירט את טילי הסקאד העיראקיים ששוגרו לישראל) על אדמתה ושיגורי צוותים אמריקאים להפעלתם. בייקר הוסיף ואמר כי בזכות מלחמת המפרץ חוסל האיום העיראקי על ביטחונה הלאומי של ישראל, ועל כן על ישראל להיות אסירת תודה לאמריקה.
ב-18 בפברואר 1991 התנצל ראש הממשלה שמיר בפניו של הנשיא בוש על דבריו של השגריר שובל ודומה היה כי המחלוקת הובאה לידי גמר. בחולף ימים אחדים העניק ממשלו של בוש את הערבויות המבוקשות בסך 400 מיליון דולר. ברם, עד מהרה התברר שמשבר זה היה יריית הפתיחה במחלוקת וקרע מחריפים, על רקע הצורך הישראלי הבהול למתן ערבויות נוספות, הפעם בהיקף גדול הרבה יותר מקבלת הערבויות הראשוניות. ממדיה הרחבים של העלייה מברית המועצות שהתפרקה הובילו להאצת בנייתן של מאות אלפי יחידות דיור ולתלות ישראלית גוברת בארצות הברית. במהלך קיץ 1990 גיבש ממשל בוש מדיניות חדשה כלפי ישראל, נוכח המשקעים שהצמיחו הן המשבר בתחום סכסוך הישראלי-פלסטיני והן משבר הערבויות. המדינות החדשה שאפה ליצור קרבה הדוקה ומרובה בין הענקת הערבויות, שהיקפן המבוקש הגיע הפעם לכעשרה מיליארד דולר בפריסה של חמש שנים, לבין התנהלותו של שמיר בסוגיית ההתנחלויות ובסוגיית התהליך המדיני, אותו ביקשו בוש ובייקר להאיץ בתום מלחמת המפרץ.
נוסף על כך שהבית הלבן לא ריכך את התנאים למתן הערבויות, הבית הלבן ביקש באוגוסט 1991 לדחות את הטיפול בהן לאחר כינוסה של ועידת מדריד. למעשה, בקשה זו הייתה אמצעי להפעלת לחץ שנועד לאותת לראש הממשלה שמיר על קיומו של קשר ישיר בין נכונותה של ישראל לקחת חלק בוועידה (שכן שמיר התנגד לה כאשר הרעיון לכינוסה הועלה ב-1988 ואשתקד) ואישור הערבויות בשלב מאוחר יותר. ספקנותו של הנשיא בוש באשר לכוונותיה ויעדיה של ממשלת שמיר נבעה במידה רבה מכישלון יוזמתו הראשונה של ממשלו בסוגיה הפלסטינית ומהחלטתו של שמיר ממרץ 1990, לדחות את "תוכנית חמש הנקודות" שגיבש מזכיר המדינה בייקר, תוכנית שנועדה להוביל לכינונו של ממשל פלסטיני אוטונומי שינהל משא ומתן ישיר עם מדינת ישראל על הסדר ביניים והסדר קבע.
בראשית ספטמבר 1991, החלה מערכת הסברה ענפה בידיהם של נציגי איפא"ק בגבעת הקפיטול, כאשר חברי הקונגרס של ארצות הברית שבו מפגרת הקיץ ודורבנו לתמוך בבקשת הערבויות. לעימות ניתן פומבי רחב. בעוד שהנשיא בוש הודיע על התנגדותו המפורשת לדון בערבויות בעיתוי זה, מצדדי ישראל פתחו בפעולות שדלנות אינטנסיביות על מנת לקדם את הנושא. ברצונו של בוש היה למנוע בכל מחיר את קבלת הערבויות. הוא תבע מממשלת שמיר להאציל לו את סמכות הפיקוח והבקרה על יישום מדיניות ההתנחלות של ישראל, אך לא הסתפק בתביעה זו. ב-12 בספטמבר 1991 כינס בוש מסיבת עיתונאים, בה השמיע דברים נוקבים וחריפים בנושא. דומה היה כי דבריו העלו את סגנונו ודפוס התבטאותו של ג'ון פוסטר דאלס, מזכיר המדינה בממשלו של דוויט אייזנהאואר. בוש תקף בחריפות את מצדדיה של ישראל בקונגרס בפרט בדעת הקהל האמריקאית בכלל על כך שעמדתם בסוגיית הערבויות נגזרת כל כולה משיקולים פנימיים וצרים ולפיכך מתעלמים מהאינטרס הלאומי של ארצות הברית.
בעוון התבטאויות חריפות אלו, שילם בוש מחיר אלקטורלי כבד. התבטאויותיו הפחיתו את תמיכת קולותיהם של יהודי ארצות הברית בו במהלך הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1992 לחמישה עשר אחוזים בלבד. אך גם אמירותיו לא ציינו את שיאו של משבר הערבויות. כשהתברר לממשל שלא ניתן לממש במהירות וביעילות את רעיון משטר הפיקוח ובקרה שהציע, שכספי הערבויות יוכלו לאפשר למדינת ישראל לשחרר סכומים אחרים מתקציבה השוטף לשם בנייה ביהודה ושומרון ומשהוקדמו הבחירות לכנסת השלוש עשרה, הקצין בוש את עמדתו ומשבר הערבויות האמיר. ניהול המערכה הציבורית של איפא"ק, חרף ניסיונותיו של בוש להציג פעילות זו כבלתי-לגיטימית וסותרת את האינטרס הלאומי-אמריקאי, עוררו את חמת הממשל. ב-21 בפברואר 1992 הכריז הנשיא בוש כי הערבויות המבוקשות יועברו לישראל ויאושרו אם ממשלת שמיר תפסיק באופן מוחלט את הבנייה ביהודה ושומרון.
הבחירות לכנסת השלוש עשרה.
הסיבות שבגללן הגיע המשבר לשיאו היו: תחושת העצמה מוגברת, הקשיים בהם נתקל עם תום ועידת מדריד בניסיונות לשכנע את ממשלת שמיר לרכך עמדותיה בסוגיה הפלסטינית (בייחוד בעניין שיתוף נציגים פלסטינים מהפזורה הפלסטינית, ולא משטחי הגדה המערבית, בוועדות המשא ומתן שנוסדו במדריד), התלות הגוברת של ישראל בערבויות האמריקאיות לבניית שיכונים לעולים והקדמת מועד הבחירות לכנסת השלוש עשרה. לעת עתה, נדמה היה שיחסי ארצות הברית–ישראל נמצאים בנקודת שפל שאין ממנה דרך חזור. המדיניות האמריקאית המסורתית בנושא ההתנחלויות, פרי חקיקתם של דייוויד אוביי , חבר בית הנבחרים של ארצות הברית מטעם מחוז הקונגרס השביעי של ויסקונסין והסנאטור פטריק לייהי מורמונט, קובעת כי יקוזזו מכספי הסיוע האזרחי שמעניקה ארצות הברית לישראל הסכומים שהשקיעה בהתנחלויות מדי שנה, מעבר לשיעור מוסכם מראש. בניגוד למדיניות מסורתית זו, הכריז הנשיא בוש בשלהי פברואר 1992 על מדיניות חדשה. את מקומה של "מדיניות הקיזוז" תפסה נוסחה טוטלית ומרחיקה לכת בהרבה, שהתנתה את הענקת כספי הערבויות בהפסקה מוחלטת של כל פעולות הבנייה בגדה המערבית.
בהחליטו לנקוט באסטרטגיה מרחיקת-לכת וחדשה ניסה בוש לנצל את הבחירות לכנסת השלוש עשרה שמועדן קרב ובא, ואת הצורך המידי של ראש הממשלה שמיר לגייס למחנה תומכי מפלגת הליכוד את עשרות אלפי העולים ממדינות ברית המועצות לשעבר שסוגיית הדיור הייתה בראש מעייניהם, במטרה להניע את ממשלתו לשנות את עמדתה בסוגיית ההתנחלויות מן היסוד תוך קשירת קבלת הערבויות בהפסקה מוחלטת של הבנייה בגדה המערבית. לכאורה, האסטרטגיה החדשה לעיל נועדה לאלץ את שמיר לסוג מעמדותיו המקובעות והנציות בסוגיות אלו. אך ההערכה בבית הלבן הייתה שאם שמיר יסרב להכיר בה, אזי האסטרטגיה תסייע ליריבו של שמיר ומנהיג מפלגת העבודה הישראלית, יצחק רבין (שיומיים קודם להצהרת בוש ניצח את שמעון פרס ונבחר למנהיג ומועמד מפלגת העבודה לראשות הממשלה בבחירות לכנסת) לנצח את שמיר בבחירות. התבצרותו של שמיר בעמדתו וחוסר נכונותו לנהל משא ומתן לגלות גמישות מול ממשל בוש הובילו לכך שהפסיד באופן ניכר את הקול הרוסי בבחירות ביוני 1992.
הבחירות לכנסת השלוש עשרה, שנערכו ב-23 ביוני 1992, הסתיימו בניצחונה של מפלגת העבודה בראשותו של ראש הממשלה לשעבר יצחק רבין לאחר מערכת בחירות שסוגיית הבנייה בגדה המערבית עמדה במרכזה והייתה למוקד עימות חריף בין מפלגת העבודה של רבין למפלגת הליכוד של שמיר. בערב הבחירות ניסה ראש הממשלה שמיר, באופן נואש, לגייס את חברי הקונגרס של ארצות הברית למאבק במדיניותו החדשה של ממשל בוש, ניסיון שנחל כישלון. רק שישה סנאטורים - פחות מעשירית מהמניין הנדרש לסכל וטו נשיאותי צפוי על החלטת הסנאט בעד הענקת הערבויות - גילו נכונות להתעמת עם הנשיא בוש בסוגיית התנאים להענקת הערבויות. הסוגיה הוצגה על ידי הממשל כקשור בנושא הטעון והשנוי במחלוקת בדבר הבנייה הישראלית בשטחי הגדה המערבית, ולא בשיפור איכות חייהם של העולים מברית המועצות.
רבין בשלטון וסיום המשבר.
משנתפרסמו תוצאות הבחירות לכנסת השלוש עשרה, שנגמרו בניצחונו של רבין ומפלגת העבודה, הגיע המשבר לידי גמר ויושב במהרה. התחייבותו של רבין לצמצם - אם לא להקפיא לחלוטין - את היקף הבנייה בגדה המערבית, לצד שאיפתו של הנשיא בוש (שבסופו של דבר נכזבה) להרחיב את תמיכתו האלקטורלית בקרב יהודי ארצות הברית ערב הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1992 באמצעות נרמול יחסי ארצות הברית–ישראל, הכשירו את הקרקע ליישובו המהיר של משבר הערבויות. בחודש יולי 1992 אשרר רבין התחייבותו זו, ובעקבות זאת נסוג בוש מתביעתו להקפאה מוחלטת של הבנייה בגדה המערבית כתנאי לאישור הערבויות. הסכם הערבויות נחתם ביום 11 באוגוסט 1992, שבמהלכו ערך ביקור רשמי בארצות הברית. ממשל בוש חזר לנהוג לפי "מדיניות הקיזוז" ובו בזמן אישר את מלוא סכום הערבויות שדרשה ישראל - עשרה מיליארד דולר לכחמש שנים.