בעקבות זאת עתרה קבוצת הנשים לראשונה לבג"ץ נגד הממונה על הכותל, משרד הדתות, הרבנים הראשיים לישראל והמשטרה, בדרישה לאפשר להן להתפלל בטליתות ולקרוא בתורה בכותל, בשם חופש הדת והפולחן והזכות לשוויון. בחודשים ובשנים שלאחר מכן, התפילות נערכו בעזרת הנשים, אך הקריאה בתורה נערכה במקום אחר, לרוב בחצר מרים. חלק מהתפילות עברו בשקט יחסי וחלקן הופרעו בגילויי אלימות כנגד המתפללות.
עמדת המדינה.
בטרם הגישה המדינה את תשובתה לעתירה, הרחיב שר הדתות את תקנות השמירה על מקומות קדושים ליהודים החלים על הכותל, כך שיאסרו . עמדת המדינה בתשובתה לבג"ץ הייתה שלאור תקנה זו ומטעמי ביטחון והסדר הציבורי, נמנע מהנשים להתפלל בכותל בדרכן: הגעה בקבוצה, התעטפות בטלית, נשיאת ספר תורה וקריאה בו.
פסק הדין הראשון.
בג"ץ פסק בסוגיה רק בינואר 1994. הנשיא מאיר שמגר ציין בפסק דינו:
ועדות מטעם הממשלה.
באמצע 1994 הקימה הממשלה ועדת מנכ"לים שהתבקשה "להציע פתרון אפשרי שיקיים את חופש הגישה לכותל המערבי ואת חופש התפילה ברחבתו, תוך צמצום הפגיעה ברגשות המתפללים במקום". כעבור שנתיים, ב-2 באפריל 1996, הגישה הוועדה דו"ח שבו קבעה: "כדי להגיע לאיזון הנדרש מהוועדה בהחלטת הממשלה, בין חופש הגישה לכותל לבין צמצום הפגיעה ברגשות המתפללים, לא מצאה הוועדה כי בשלה העת לאפשר תפילה ברחבת הכותל המערבי גופא, אשר היא שונה מהתפילה המסורתית המקובלת בו".
כעבור שנה החליטה ועדת השרים לענייני ירושלים לאמץ את המלצות הוועדה, והחליטה "לפעול לבחינת אפשרות להסדרת אתר תפילה חילופי מתאים". ועדה נוספת שמינתה הממשלה, בראשותו של שר האוצר, יעקב נאמן, המליצה שהקבוצה תתפלל בקצה הכותל המערבי, באזור קשת רובינסון, הנמצאת בתחומי הגן הארכאולוגי ירושלים ליד רחבת הכותל.
פסק הדין השני.
בשנת 2000 פסק בג"ץ שיש לאפשר את תפילת הקבוצה, תוך שהוא מותח ביקורת על פעולתן של הוועדות, והורה לממשלה "לקבוע את ההסדרים והתנאים המתאימים, בגדרם תוכלנה העותרות לממש את זכותן לתפילה כמנהגן ברחבת הכותל המערבי".
קבוצה של חברי כנסת חרדים הגישה בשנת 2001 הצעת חוק לתיקון חוק השמירה על המקומות הקדושים, המכוונת ישירות נגד הקבוצה ופסיקת בג"ץ: הוצע לקבע בחקיקה שרחבת התפילה של הכותל המערבי תחולק באמצעות מחיצה לעזרת גברים ועזרת נשים, "לא יקוים טקס דתי בעזרת הנשים שליד הכותל המערבי, הכולל הוצאת ספר תורה וקריאה בו, תקיעה בשופרות, לבישת טליתות ותפילין". הצעת החוק לא אושרה.
דיון חוזר והצעת קשת רובינסון.
המדינה ביקשה דיון נוסף בו הציעה, בהתאם להמלצתה של ועדת נאמן, שהנשים יתפללו כמנהגן בקשת רובינסון, ונימקה שתפילה במקום זה:
השופט מישאל חשין העיר על כך:
השופט חשין ציין את הצורך לאזן בין שתי זכויות:
כפתרון לצורך זה פסק: פסיקה זו נתקבלה ברוב קולות.
המשך פעילות כעמותה רשומה.
בנובמבר 2009 עוכבה חברת הקבוצה, על ידי המשטרה כיוון שיחד עם נשים נוספות התעטפה בטלית והשתתפה בקריאת התורה בעזרת הנשים. עשרות מתפללות התאספו מול התחנה שבה נעצרה ומחו על המעצר. ביולי 2010, נעצרה ענת הופמן, יו"ר הארגון, בנימוק שיחד עם קבוצת נשים ניסתה לקיים תהלוכה ברחבת הכותל כשבידיה ספר תורה. כתנאי לשחרורה הוסכם שתורחק מהכותל לחודש. באירועים אחרים נעצרו גם נשים נוספות. העילה החוקית למעצרים הייתה חשד לעבירות של 'התנהגות במקום ציבורי באופן העלול להביא להפרת שלום הציבור', 'הפרת הוראה חוקית' ו'מעשה אסור בתחומי המקומות הקדושים', אך לא הוגשו כל כתבי אישום. עד 2012 במרבית המקרים הקבוצה קראה בתורה בקשת רובינסון ולא ניסו להיכנס עם ספר התורה לעזרת הנשים.
בפברואר 2013 פנתה הופמן למפכ"ל המשטרה בבקשה שתמנע נגיעת שוטרים גברים בנשות הקבוצה, בנימוק שנגיעה זו פוגעת באמונתן הדתית.
בשנת 2012 צילם הצלם דוד רובינגר, מספר חברות של הארגון בתנוחה הדומה לתנוחת הצנחנים מתצלום הצנחנים בכותל המערבי המקורי שצילם. בפברואר 2013 הצטרפו לתפילתן החודשית של הקבוצה גם חלק מלוחמי חטיבת הצנחנים שהשתתפו בקרבות לשחרור הכותל. ב-12 במרץ 2013, ראש חודש ניסן, הצטרפו שלוש חברות הכנסת, סתיו שפיר, תמר זנדברג ומיכל רוזין לנשות הכותל. באותו מועד, לראשונה לאחר חודשים רבים, אף אחת מהמתפללות לא נעצרה בידי המשטרה.
באפריל 2013 דחה בית משפט השלום בירושלים את בקשת המדינה להתנות בתנאים מגבילים את שחרורן של חמש נשים שנעצרו.
השופטת שרון-לארי בבלי פסקה כי "לא התקיים כל יסוד למעצרן של המשיבות". לדבריה, הפרת הסדר לא הייתה מצד המתפללות, ולא "נשות הכותל" החלו בפרובוקציה - כי אם המפגינים והמפגינות נגדן.
המשטרה ערערה על ההחלטה, והעניין הובא בפני בית המשפט המחוזי ב-25 באפריל 2013. שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, משה סובל, דחה את ערעור המדינה ופסק שמעשי הנשים אינם מהווים הפרת הוראה חוקית שיש בה עילה למעצרן, בנימוק שבג"ץ פירש את "מנהג המקום" האמור בתקנות השמירה על המקומות הקדושים בפרשנות "פלוריאליסטית-חילונית-לאומית". כמו כן פסק בית המשפט כי ההחלטה הקודמת, שראוי לקבוצה להתפלל כמנהגן במתחם קשת רובינסון, נוסחה כהמלצה לה ולממשלה ו"פסק הדין בדנג"ץ הופמן לא הטיל על נשות הכותל איסור תפילה - למצער לא איסור שהפרתו מקימה סנקציה פלילית". בנוסף לא ניתנה קביעה שיפוטית שתאשר כי בעבודות שביצעה המדינה באתר קשת רובינסון הממשלה מילאה אחר התנאי שנקבע בדנג"ץ הופמן שהאתר יוכשר כראוי וכיאות. פסק הדין נחשב למהפכני כיוון שהוא למעשה קבע כי אין בתפילת הקבוצה בעזרת הנשים שבכותל המערבי דבר עבירה.
בעקבות פסיקתו של סובל, החליט היועץ המשפטי לממשלה לבחון תיקון בתקנות השמירה על המקומות הקדושים אשר לא יאפשר את תפילת הקבוצה כדרכה. עד לתיקון הותר לקבוצה להתפלל כמנהגה ברחבה, דבר שיישמו בראש חודש סיון - 10 במאי 2013
ביוזמת ארגון "נשים למען הכותל" (מוצג בהמשך) ובתמיכת מנהיגים חרדים הגיעו אלפי בנות סמינרים להתפלל במקביל לתפילת עשרות "נשות הכותל", שנקבעה על ידי המשטרה לשעה 6:30 בבוקר. גם אלפי גברים הגיעו למקום, ולאחר התפילה יידו כמה מהם אבנים לעבר קבוצת נשות הכותל ושלושה מהם נעצרו.
ב־15 במאי הודיעה שרת המשפטים לבני כי לתיקון תקנות השמירה על המקומות הקדושים נדרשת הסכמת שרת המשפטים, ועמדתה היא שקביעת בית המשפט מקובלת עליה ועולה בקנה אחד עם קידום שוויון לנשים ויישום מדיניות סובלנית ופלורליסטית בכותל המערבי.
בראש חודש אב, למעלה מחמשת אלפים חרדיות באו להתפלל בכותל לפני תפילת קבוצת "נשות הכותל", ומילאו את עזרת הנשים. המשטרה אפשרה את תפילת נשות הארגון רק ברחבה העליונה, שם התפללו ביחד עם הגברים שנלוו אליהן, אל מול מפגינים חרדים. בחודשים שלאחר מכן הנוכחות החרדית הייתה דלילה יותר ותפילת נשות הכותל חזרה להתקיים בעזרת הנשים.
באוקטובר 2014 יצא הארגון בקמפיין על גבי אוטובוסים הקורא לנערות לבוא לחגוג בת מצווה בעלייה לתורה עם נשות הכותל, יוזמה שמומשה לראשונה ב-24 באוקטובר בקריאה בספר תורה זעיר בן 200 שנה שהוברח לעזרת הנשים. גם בתפילת ראש חודש סיוון שהתקיימה בחודש מאי 2015, קראו נשות הקבוצה בתורה לאחר שגברים התומכים בה העבירו ספר תורה מעזרת הגברים לעזרת הנשים דרך המחיצה. בעקבות כך עוכבו הגברים לחקירה.
בינואר 2021 הגיש הארגון תביעה לבית משפט השלום בירושלים נגד רב הכותל והמקומות הקדושים והקרן למורשת הכותל, בטענה שהם אחראים לבידוק גופני של נשות הכותל באופן מפלה ומשפיל.
תקציב.
הכנסות העמותה כמעט כולן מתרומות. תקציבה גדל במידה ניכרת בעשור השני של המאה ה-21. בשנת 2009 היו הכנסות העמותה 102,077 ש"ח, ובשנת 2010 גדלו ל-425,560 ש"ח. בשנת 2013 עלו ההכנסות ל-983,510 ש"ח. בשנת 2015 היו הכנסות העמותה מתרומות 899,342 ש"ח (ועוד 151,170 ש"ח לפעילות עתידית) ובשנת 2014 היו 711 אלפי ש"ח.
התורמת המרכזית של העמותה היא הקרן החדשה לישראל, שהעבירה כמחצית מהכנסות העמותה בשנת 2014 ובשנת 2015 כ-97,000 דולר, שהם כ-42% מהכנסות העמותה. תורמת בולטת נוספת היא קרן מאיירהוף.
הפולמוס הציבורי סביב פעילות העמותה.
אישים בציבור החרדי הביעו את מורת רוחם מפעילות הקבוצה. הרב עובדיה יוסף התייחס למעשי העמותה באומרו: . רב הכותל המערבי והמקומות הקדושים, שמואל רבינוביץ, אמר עליהן: . רבנים מהציונות הדתית קראו "לא לתת לקבוצה קטנה לפגוע במאות אלפי המתפללים הבאים להתפלל בקביעות במקום המקודש הזה", ורבנים במועצת הרבנות הראשית תיארו את פעילות הקבוצה כפרובוקציה. ההתנגדות לפעילות העמותה באה לידי ביטוי גם במקרי אלימות נגד הקבוצה, שכללו השלכת חפצים עליהן. רונית פסקין, חרדית מירושלים, הקימה תנועה בשם "נשים למען הכותל" שמטרתה לדבריה למנוע את הפיכת הכותל ל"קרקס תקשורתי". תנועה זו השתתפה בהתכנסות של אלפי בנות חרדיות שנערכה במקביל לתפילת הקבוצה בראש חודש סיון תשע"ג.
מנגד, יזהר הס, מנכ"ל התנועה המסורתית בישראל, כתב על המצב הקיים בכותל המערבי שבו האתר פועל כמו בית כנסת אורתודוקסי: העמותה מציינת את התנועה הרפורמית כתומכת בפעולותיה וכן קיימת התארגנות קונסרבטיבית התומכת בעמותה, בארצות הברית פועלת קבוצת תמיכה בשם "ועד בינלאומי למען נשות הכותל".
באפריל 2013 הגיע הוויכוח סביב פעילותה של הקבוצה לדיון משותף של הוועדה לקידום מעמד האישה וועדת הפנים של הכנסת.
דורית ביניש, נגידת האוניברסיטה הפתוחה ונשיאת בית המשפט העליון לשעבר, אמרה בראיון: וכן אמרה: .
ליטל טובגו