לצד מקדש שהוקם בעבור פרעה איי, נמשך בימי יורשו חורמחב, והושלם רק בימי רעמסס השלישי במדינת האבו, נחשף מבנה מקני סוף בסגנון בית ארבעת המרחבים אשר מיוחס לישראלים הקדומים שנהגו לבנות כך את בתיהם בתקופת הברזל בארץ ישראל (1200-586 לפנה"ס), היו חוקרים כדוגמת מנפרד ביטק שהציעו לזהות בכך מגורי עבדים ישראלים או פרוטו-ישראלים במצרים, מה שיכול להתקשר לסיפור יציאת מצרים. לפי הנחה זו נוודים בני שסו-יהו, שייתכן ומזוהים עם ישראלים, מדרום כנען נשבו בידי המצרים והובאו למצרים כעבדים כבר במאה ה-12 לפנה"ס.
נוודי העפירו והשה-סו.
בתקופה זו גם נדדו במזרח התיכון העפירו והשסו-יהו. את השם עפירו ניתן לקרוא זאת גם "עבירו", "חבירו" או "חפירו", כיוון שהאותיות הללו מתחלפות בכתב המצרי.העבירו המוזכרים בתעודות רבות מן המזרח התיכון במאה ה־15 לפנה"ס, ובייחוד במכתבי אל עמרנה. הדמיון הרב בין "עפירו" ל"עברים", כמו גם התעודות המלמדות על פלישתם לארץ־ישראל, מסייעות לטענה שבני ישראל נכנסו אז לארץ, ומשמע שהם גם יצאו ממצרים באותה תקופה. שיטה זו מתאימה למסורת היהודית שצוינה לעיל, וכן לסברה שיוסף מונה למשנה למלך בתקופת החיקסוס ויציאת מצרים חלה לאחריו.השסו-יהו היו ככל הנראה שבט נודדים שנדד באזורי דרום ישראל ועבר הירדן ונבדל מקבוצות נוודים אחרות בשיוכו ל"יהו" שם המזכיר את השם המפורש, לפי היסטוריונים כישראל קנוהל מדובר במדיינים, ידוע לנו שיתרו חותן משה נקרא גם רעואל כלומר היה כהן לאלוהים, וכי המדיינים התנגדו לעשיית פסלי אלים וסגדו לאל במבנה דמוי משכן, בשרידי המשכן המדייני בתמנע התגלה גם נחש נחושת המזכיר את נחש הנחושת שעשה משה.
יציאת מצרים והתפרצות סנטוריני.
במאה ה-16 או ה-17 לפנה"ס התפרץ הר געש באי סנטוריני באחת ההתפרצויות הגעשיות החזקות ביותר בעשרת אלפי השנים האחרונות. ההתפרצות גרמה לצונאמי ענק בים האגאי, הפיצה אפר געשי בעיקר באנטוליה ובמזרח אגן הים התיכון, וייתכן שגרמה גם לרעידות אדמה נוספות ולירידת טמפרטורות. הועלו השערות שההתפרצות גרמה לתופעות המזכירות את מכות מצרים וקריעת ים סוף בסיפור המקראי. לחלופין הוצע שהשפעות ההתפרצות שולבו בזכרונות היסטוריים במצרים, ויצרו את הבסיס למסורות יציאת מצרים שהובאו לכנען מאוחר יותר. עם זאת, לדעת האגיפטולוג מנפרד ביטאק אין ראיות שמצרים הושפעה באופן משמעותי מתופעות כאלו.
התיארוך המדויק של התפרצות סנטוריני עדיין שנוי במחלוקת, אך מוסכם כיום כי אירעה במאה ה-16 לפנה"ס לכל המאוחר, ולפיכך קדמה לתאריכים המקושרים ליציאת מצרים על ידי כמעט כל החוקרים, במאות ה-15 או ה-13 לפנה"ס.
יוצאת דופן מכלל זה היא הגאולוגית האמריקאית ברברה סיוורטסן, שהציעה כי היו למעשה שתי יציאות מצרים, הראשונה מביניהן בשלהי המאה ה-17 לפנה"ס בסמיכות להתפרצות המינואית. לפי הצעתה גרם ענן האפר של ההתפרצות לחלק ממכות מצרים, וגל הצונאמי הוא שהטביע את צבא המרכבות המצרי שרדף אחר היוצאים. על הצעה זו, כמו גם על הצעות דומות בתקשורת הפופולרית, נמתחה ביקורת מצד גאולוגים, ארכאולוגים וחוקרי מקרא. מודל גאולוגי העריך כי לגל הצונאמי לא הייתה השפעה משמעותית מחוץ לים האגאי, וכי לא היה מסוגל לגרום בפני עצמו לקריעת ים סוף.
הגרסה המצרית-יוונית ליציאת מצרים.
לאחר חורבן בית ראשון והיווצרותה של קהילה יהודית במצרים, בקרב האוכלוסייה המצרית החלו להתפתח מסורות על מוצא היהודים, כתגובת-נגד למסורת היהודית על יציאת מצרים. מסורות אלו חלחלו לאוכלוסייה היוונית שהתיישבה במצרים לאחר כיבושה על ידי אלכסנדר הגדול ועם העלאתן על הכתב ביוונית בתקופה ההלניסטית התגבשו לגרסה אלטרנטיבית שהתפשטה לעולם היווני שמחוץ למצרים, ולאחר מכן גם לספרות הלטינית ולחוגים הגבוהים באימפריה הרומית. כל הגרסאות מתארות את יציאת מצרים כגירוש אוכלוסייה מצרי יזום, ולא כיציאה יזומה של אוכלוסיית מיעוט. רוב הגרסאות מציגות את היהודים כמצרים חולים (בעיקר מצורעים), חלקם כזרים שגורשו על ידי המצרים, וחלקם כשילוב של אוכלוסייה זרה ואוכלוסייה מצרית. חלק מהגרסאות מציגות את היהודים כזרים ששיעבדו את מצרים לתקופה מסוימת, עד שגורשו ממנה על ידי המצרים.
גרסת גירוש הזרים.
הגרסה הקדומה ביותר הידועה לנו של הסיפור המצרי-יווני האלטרנטיבי על מסורת יציאת מצרים הופיעה ככל הנראה ב"אגיפטיאקה" של הקטאיוס איש אבדרה סביב שנת 300 לפנה"ס:
גרסת גירוש החיקסוס והמצורעים.
ההיסטוריון והכהן המצרי-הלני מנתון, כתב את הגרסה שלו לסיפור יציאת מצרים במאה ה-3 לפנה"ס, זמן קצר אחרי הקטאיוס. על פי גרסה זו, המובאת בספר השני של החיבור "דברי ימי מצרים", מתחלקת יציאת מצרים לשתי תקופות שונות, שביניהם הבדילו 500 שנים, ובהם היו מעורבות שתי אוכלוסיות שונות, חלקה אוכלוסייה זרה וחלקה אוכלוסייה מצרית.
מנתון מתאר פלישה גדולה של זרים למצרים בתקופת שלטונו של מלך בשם טימַיוס:
מנתון מכנה את העם הפולש בשם "חִקסוס", הלחם המילים "חִק" ("Hyk", "מלך" בכתב החרטומים העתיק הקדוש) ו"סוֹס" (רועה), כלומר "המלכים הרועים". יוסף בן מתתיהו מעיר שבספר אחר של מנתון מופיע פירוש הפוך לשם "חיקסוס", אמין יותר בעיניו: "רועים-עבדים". המילה "חִק" כתובה שם אחרת, בהדגשה גרונית, ומשמעותה "עבדים שבויי מלחמה".
לאחר 510 שנות שלטון החיקסוס, הם גורשו ממצרים, ברחו לעיר אווריס והתבצרו בה. בנו של מלך מצרים צר על העיר, אך לא הצליח לכבוש אותה ולכן הגיע עם יושביה להסכם לפיו יוכלו לעזוב את העיר ואת מצרים ללא פגע. מנתון מזהה את 240 אלף בני החיקסוס שגורשו ממצרים עם היהודים:
לאחר כ-500 שנים נוספות, אחד ממלכי מצרים בשם אמנופיס החליט לטהר "את כל ארץ מצרים מן המצורעים ומיתר האנשים הטמאים", וגירש אותם לעבודה במחצבות ממזרח לנילוס. לאחר זמן רב, נעתר המלך לבקשת המצורעים והרשה להם לבנות מחדש את העיר אווריס ולהתגורר בה. אולם המצורעים מרדו במלך, בהנהגת כהן מהליופוליס בשם אוסרסיף, שנתן להם תורה חדשה וציווה אותם שלא לעבוד את אלוהי המצרים. הוא הורה לבצר מחדש את העיר ושלח שליחים אל החיקסוס בירושלים עם הצעה לחבור למצורעים במלחמה במצרים ולשוב לעירם המקורית, אווריס. החיקסוס שהגיעו מירושלים השתלטו יחד עם המצורעים על מצרים, שרפו ערים וכפרים, חיללו מקדשים, טימאו את פסלי האלים ואילצו את הכהנים והנביאים לזבוח את החיות הקדושות ולשחוט אותן. מנהיגם של שתי האוכלוסיות היה אוסרסיף, שכשחבר לחיקסוס שינה את שמו ל"משה".
כעבור 13 שנות גלות, חזרו אמנופיס ובנו רעמסס למצרים, גרשו ממנה את הרועים והמצורעים "ורדפו אחריהם עד הרי סוריה".
סיפור יציאת מצרים ועלילת המצורעים של מנתון הם בבחינת תגובה לסיפור יציאת מצרים המקראי. ייתכן מאוד שתרגום התורה ליוונית ("תרגום השבעים") במאה ה-3 לפנה"ס היה הגורם שעורר במנתון את החרדה לתדמית מצרים. מנתון בחר שלא לנקוט בעמדת התגוננות על ידי כתיבת דברי הזמה בלבד, שיכולים להתפרש כאפולוגטיקה וכסימן של חולשה, אלא בחר במתקפה תעמולתית כוללת נגד היהדות והיהודים, על ידי כתיבת "היסטוריה נגדית". עלילת המצורעים של מנתון שימשה תשתית עלילתית לכל מסורות השטנה המאוחרות יותר. ייתכן ולגרסתו של מנתון אף הייתה השפעת גומלין על הגרסה היהודית הכתובה ביוונית. בספר שמות מסופר שידו של משה הפכה "מצורעת כשלג" אך מיד חזרה לאיתנה, אולם עניין הצרעת הועלם בתרגום השבעים וגם על ידי פילון האלכסנדרוני ויוסף בן מתתיהו, שהסתפקו בכך שהפכה ללבנה. ייתכן והדבר נבע מאי נוחות בגלל עלילת המצורעים.
גרסת גירוש המצורעים והחולים.
בהמשך השנים רווחו גרסאות מגוונות של יציאת מצרים כגירוש חולים ומצורעים ממצרים, שהתקבצו יחדיו והתיישבו לבסוף ביהודה. על פי רובן של גרסאות אלו, המגורשים היו למעשה ברובם מצרים, בניגוד לגרסאות הקודמות המתארות (לפחות בחלקם) גירוש זרים.
הסופר המצרי ליסימכוס כתב את התיאור המפורט ביותר של יציאת מצרים שהגיע לידינו מהתקופה ההלניסטית-רומית. (יוסף בן מתתיהו רואה בו את התיאור העוין ביותר מבין כל הגרסאות לסיפור.) על פי גרסתו יציאת מצרים היא למעשה גירוש כללי של יהודים, מצורעים וחולי עור בשל ציווי האל אמון, שציווה על מלך מצרים לטהר את המקדשים "מכל האנשים המזוהמים והחוטאים", לגרש אותם ולהטביע אותם בים, כי רק אז תסתיים הבצורת. הרצח ההמוני של 110,000 המגורשים בוצע באופן חלקי על ידי הצבא המצרי, ואלו שנשארו בחיים התקבצו יחד במדבר, ואז "איש אחד ושמו משה" הציע להתחיל ללכת עד שיגיעו לארץ מיושבת. הוא ציווה עליהם שלא לדבר שלום "לשום בן אדם" ולא לייעץ לו טובה "רק עצת-רשע ולהרוס את כל מקדשי האלים והמזבחות אשר ימצאו בדרכם". הם הלכו במדבר ולאחר צרות רבות הגיעו לארץ מיושבת "ועשו רעות ליושביה", שדדו את המקדשים והעלו אותם באש, "והגיעו אל הארץ הנקראה בימינו יהודה", שם יסדו עיר שקראו לה "הירוסולה", ביוונית "שוד המקדש", בגלל מנהגם. לאחר זמן רב, אחרי שגדלו והתחזקו, התביישו היהודים בשם הזה וקראו לעיר "הירוסולימה" (ירושלים).
ההיסטוריון הרומי טקיטוס חזר על עיקריה של גרסת ליסימכוס, תיאר את אבות היהודים כמצרים שהושחתו על ידי נגע ממאיר, וגורשו ממצרים בציווי האל אמון. דרך הסברו העוין של טקיטוס למוצא היהודים הפכה גרסה זו של יציאת מצרים לנחלת הכלל של הציוויליזציה המערבית.
המדקדק המצרי-יווני אפיון טען ששמע "מפי זקני מצרים" שמשה היה מצרי יליד הליופוליס, והוא הוציא את המגורשים היהודים ממצרים, שלא היו אלא מצרים מצורעים, עיוורים, פסחים ונגועים במחלות. היהודים הלכו 6 ימים ולאחר שכולם לקו בדלקת המפשעות, נחו ביום השביעי, כאשר הגיעו לארץ שנקראה אחר כך "יהודה".