גל ההתנכלויות המשיך ביתר שאת לתוך המאה ה-20, על רקע נסיבות רבות, מגוונות ומשולבות אחת בשנייה. צמיחת הציונות והתגובות העוינות לה בעולם הערבי, צמיחת הלאומיות הערבית, הקולוניאליזם האירופי, התפוררות האימפריה העות'מאנית ותעמולה פאשיסטית שימשו כדלק נוסף להסתת הציבור הערבי כנגד הקהילות היהודיות. לאלה התווספה אנטישמיות מסורתית כלפי יהודים, שמתוארים בקוראן בתור אלה שהפנו גב למוחמד בראשית דרכו וסילפו את התנ"ך כדי להקשות על מאמינים אחרים, ולעיתים הצליחו מבחינה כלכלית יותר מהאוכלוסייה המוסלמית המקומית. בין הפרעות כנגד קהילות יהודיות באמצע המאה ה-20, בשנים שבהן החל זרם העזיבה ההמוני של מדינות ערב, ניתן למנות את הפרהוד, פרעות טריפולי, פרעות עדן, פרעות חלב (1947), פרעות אוג'דה וג'ראדה, ועוד.
בנוסף למאורעות אלימים, בשנות השלושים והארבעים של המאה ה-20 ואחרי הקמת מדינת ישראל הטילו השלטונות על הקהילות היהודיות עונשים ואיסורים שהקשו על חיי היומיום הפגנות המוניות נגד יהודים התקיימו במצרים, תימן ועיראק. לבנון, שחלק ניכר מאוכלוסייתה היו נוצרים, לא רדפה את היהודים למעט מאורעות אחדים, ואף חלק ניכר מיהודי סוריה ברחו אליה עם הקמת המדינה. למרות זאת עם שינוי האווירה בחלוף השנים, נותרו בלבנון רק כ-50 יהודים.
במהלך מלחמת העצמאות העריכו גורמים במשרד החוץ כי הטענה שכל היהודים בארצות ערב מצויים בסכנה קיומית דחופה היא מוגזמת, אם כי אכן יש כאלו המצויים בסכנה. וממילא אין דרכים מעשיות לסייע להם, אלא דרך ארגוני סיוע בינלאומיים. עזרא דנין, שהיה יועץ לענייני ערבים במשרד החוץ באותה עת, טען כי מבקשי הסיוע מונעים על ידי "שיקולים עדתיים" והתנגד למעורבות המשרד. כך כתב אז: "יום־יום מרעישים אותנו באיומים ובהודעות על יהודים אומללים אלה שנשארו כבני־תערובות. אני משוכנע שהתמונה היא מסולפת ומוגזמת, אם כי יש בה סכנות חמורות."
יהדות ארצות האסלאם היוותה חלק משמעותי מיהדות התפוצות. מספרם הכולל של היהודים שחיו במדינות מוסלמיות לפני התמוטטות הקהילות מוערך בכמעט מיליון נפש. מספרם הכולל של יהודי מדינות מוסלמיות שהגיעו לישראל בין 1948 ל־1951 היה כ-340,000. כשליש (כ-130,000) באו מקהילות שונות בטורקיה, איראן, סוריה לבנון, מצרים, מרוקו ותוניסיה, אך רובם (כ-210,000) באו מתימן, מלוב ומעיראק, שלוש קהילות שהתפנו כמעט בשלמותן לישראל במסגרת "עליית הצלה". העלייה צמצמה את מספר היהודים במדינות האסלאם והנותרים התרכזו בעיקר באיראן ובטורקיה, מדינות מוסלמיות לא ערביות. הרוב היהודי הגדול שחי במדינות ערב באותן שנים היה בצפון אפריקה: יותר מחצי מיליון יהודים חיו במרוקו, באלג'יריה ובתוניסיה. כ-30,000 נפש, עלו לישראל בשנותיה הראשונות.
ב-1956 לאחר שתוניסיה ומרוקו זכו בעצמאות הצטמצמה העלייה ממדינות אלה וחודשה רק בראשית שנות השישים. מרבית יהודי מרוקו הגיעו לישראל, והיתר עברו בעיקר לצרפת. ב-1962, משזכתה אלג'יריה בעצמאות, התפנו כמיליון מתיישבים בעלי אזרחות צרפתית והועברו לצרפת, ועמם כמעט כל יהדות אלג'יריה, כ-130,000 נפש.
לעימותים בין ישראל לשכנותיה הערביות הייתה השפעה על הקהילות שנותרו במדינות ערב לאחר גלי העלייה של שנות ה-50 וה-60. בעקבות מבצע קדש גירשו שלטונות מצרים יותר מ-30,000 יהודים. הקהילות היהודיות הקטנות בעיראק ובלוב שידעו שגשוג ופריחה סבלו לאחר מלחמת ששת הימים מהתנכלויות ונאלצו לברוח. יהודי איראן עזבו ברובם לאחר המהפכה האירנית ב-1979. בסוריה הוחזקה ההקהילה היהודית כבת ערובה ויציאתם הותרה רק בשנות ה-90. גם שארית יהודי תימן עזבו בשנות התשעים.
כשני שלישים מיהודי מדינות האסלאם היגרו לישראל והשאר לארצות שונות במערב אירופה, בעיקר לצרפת, וכן לצפון ודרום אמריקה. כיום נותרו בארצות האסלאם פחות מ-30,000 יהודים, רובם כאמור באיראן ובטורקיה, מדינות לא ערביות. במדינות ערב נותרו כ-7,000 יהודים.
סקירה לפי מדינה.
הנסיבות ליציאת הקהילות היהודיות מהמדינות המוסלמיות היו שונות בין ארץ לארץ, מרביתן לאו דווקא מסיבות ציוניות: היהודים בארצות שלקחו חלק בעימות עם ישראל, חששו מהתדרדרות פוליטית, בצפון אפריקה ובאיראן המניעים היו כלכליים, ובטורקיה הם נפגעו קשות מרדיפות כלכליות. כמעט בכל ארצות ערב התרחשו פרעות אלימות נגד יהודים, אשר גרמו לנזק וחרדה שחיזקו את מגמת בריחת היהודים. בארצות מסוימות, כגון מצרים, היהודים גורשו מהמדינה בהוראת הממשלה, ובמדינות אחרות הממשלות נקטו באמצעים שונים כדי לעודד את עזיבת היהודים. לעומת זאת במדינות כגון סוריה הוטלו מגבלות על עזיבת היהודים, ואלה נאלצו להימלט מהמדינה בחשאיות או בעזרת שוחד. בארצות המגרב היהודים עזבו בעיקר על רקע האלימות וחוסר היציבות שליוו את המאבקים הלאומיים הצפון אפריקאים לעצמאות מצרפת, אך גם לעיתים על רקע הסלידה שיצרה התקשורת המקומית כלפי ישראל לאור המצב והמלחמות בישראל. סלידה שהושלכה לכיוון היהודים המקומיים, ומתוך חשש למעמדם העתידי במדינות צפון אפריקה העצמאיות.
על פי פרופ' נורמן סטילמן, חוקר תולדות יהדות ארצות האסלאם, מקובל בקרב היסטוריונים לחשוב ששילוב כוחות דחיפה (Push) ומשיכה (Pull) גרמו ליהודים לעזוב את ארצות ערב. כלומר, בזמן שגורמים כגון פרעות, סנקציות, מגבלות, פחד לגבי עתידם ויחס חברתי עוין גרמו ליהודים לרצות להימלט מארצות ערב, הקמת מדינת ישראל מצד שני עוררה את רצונם של רבים לעלות לארץ ישראל. השילוב בין הגורמים הוביל לתנועת ההגירה ההמונית של היהודים מארצות ערב לישראל.
סוריה.
בשנת 1947 פרצו בחלב פרעות אלימות נגד יהודים (פרעות חלב (1947)), במהלכן הרובע היהודי בעיר הוצת ועלה בלהבות. 75 יהודים נרצחו, מאות נפצעו, וכמחצית מהקהילה היהודית נמלטה מהעיר. במהלך הפרעות ניזוק קשות בית הכנסת המרכזי של חלב, ששימש כמקום פולחן יהודי לפחות מהמאה ה-5. בשנת 1948 יהדות סוריה מנתה כ-30,000 נפשות. בשנים לאחר מכן ממשלת סוריה הטילה מגבלות חמורות על היהודים במדינה, כולל מגבלות על הגירה. יהודי סוריה ניסו להימלט מהמדינה, ובעזרת סיוע מאישים כגון ג'ודי פלד קאר אלפים מהם הצליחו בכך. באוגוסט 1949 רימונים הושלכו על בית כנסת בדמשק, ו-11 יהודים נהרגו.
לאחר ועידת מדריד בשנת 1991 ממשלת ארצות הברית הטילה לחץ רב להקל את המגבלות ולאפשר למספר אלפי היהודים שנותרו במדינה לעזוב אותה. בפסח 1992 סוריה החלה לאפשר ליהודים להגר, בתנאי שיתחייבו לא לעלות לישראל. כתוצאה מכך רבים היגרו לארצות הברית, וחלק המשיכו בכל זאת לישראל.
לבנון.
בשנת 1948 היו בלבנון כ-24 אלף יהודים, שהשתכנו בעיקר בביירות. בניגוד לארצות ערב האחרות, הקהילה היהודית בלבנון לא פחתה לאחר 1948 אלא גדלה, בעיקר מכיוון שהגיעו אליה פליטים יהודים מארצות ערב האחרות, כגון סוריה ועיראק. מה שגם כן תרם לביטחונם היחסי של היהודים בלבנון הוא הדומיננטיות של הנוצרים המארונים בלבנון באותה תקופה. עם זאת, מחוץ לביירות מצבם של היהודים בלבנון היה יותר מעורער, ובעיר טריפולי נערכו פרעות בנובמבר 1945 בהן נהרגו 14 יהודים. בשנת 1948 התחוללו בעיר הפגנות שבמהלכן רכוש יהודי נפגע והושמעו קריאות אנטי-יהודיות. בעקבות חוסר הביטחון המתמשך רבים מיהודי טריפולי עזבו אותה לטובת ביירות בשנים אלו. בשנת 1950 פצצה הונחה תחת בית הספר של כל ישראל חברים בביירות, מנהל בית הספר נהרג בפיצוץ. בשנת 1953 נאסר על תנועת מכבי לפעול במדינה.
בשנות ה-50 המוקדמות התמעטו הפגיעות והפעולות כנגד היהודים בלבנון, שחיו ברובם באזור ביירות. עם זאת לאחר פרוץ מלחמת האזרחים הראשונה של לבנון בשנת 1958 ועד 1967 מרבית יהודי לבנון היגרו ממנה, בעיקר לישראל, אירופה וארצות הברית. בשנת 1971 ראש הקהילה היהודית בלבנון בן ה-69, אלברט אליה, נחטף על ידי סוכנים סורים, נעצר ועונה בדמשק יחד עם יהודים סורים שניסו להימלט מהמדינה. בקשה אישית לשחררו מצד ראש סוכנות האו"ם למען פליטים נענתה בהתעלמות מצד סוריה. בשנות ה-80, במהלך מלחמת האזרחים בלבנון ארגון חזבאללה חטף מספר אנשי עסקים יהודים לבנונים. שרידי הקהילה היהודית היגרו ברובם מאימת המלחמה.
מצרים.
בשנת 1948 מספר יהודי מצרים עמד על כ-75,000 נפשות. האווירה הציבורית החלה להשתנות כנגד יהודי מצרים, כמו גם כנגד בני מיעוטים אחרים במדינה, עוד מימי מלחמת העולם השנייה. תעמולה פשיסטית איטלקית וגרמנית ענפה פעלה במצרים, ותנועות כגון האחים המוסלמים והמצרים הצעירים פסלו את היהודים אם מפני שאינם מוסלמים ואם מפני שלא ראו בהם כ"מצרים אמתיים". יהודי מצרים היו נתונים לסדרה קשה של מעשי אלימות בשנים שלאחר מלחמת העולם השנייה. בשנת 1945, במהומות אלימות בקהיר ואלכסנדריה 11 יהודים נהרגו ועשרות נפצעו. בשנת 1948 שורה של פרעות, פיגועים, מעצרים המוניים ומעשי אלימות והתנכלות כוונו כנגד יהודי מצרים. כך ביוני 1948 פצצה התפוצצה ברובע היהודי-קראי בקהיר והרגה 22 יהודים. חודש לאחר מכן נערכו התקפות דומות על בית כנסת בקהיר וחנויות יהודיות, ו-19 יהודים נהרגו. מספר היהודים שנרצחו או נחטפו ונעדרו לאורך כל אותה שנה הוערך בדיווח בן הזמן ב-150 נפשות. באותה שנה נעצרו מאות יהודים על ידי הרשויות של מצרים ורכוש יהודי רב הופקע. עד שנת 1950 כ-40 אחוז מיהודי מצרים נמלטו ללא רכוש מהמדינה.