אפליה והטרדות המופנות לטרנסג'נדרים אינן נדירות, אם כי אלימות פיזית מוגדרת די נדירה, בעוד החוק האינדונזי אינו מגן במפורש על טרנסג'נדרים מפני אפליה או הטרדה על רקע זהות מגדרית או ביטוי מגדרי. טרנסג'נדרים שאינם מסתירים את זהותם המגדרית האמיתית לעיתים קרובות עלולים לא לשמור על תעסוקה לגיטימית ולכן נאלצים לעיתים קרובות לזנות טרנסג'נדרית ולפעילויות בלתי חוקיות אחרות כדי לשרוד כלכלית. מועצת אולמה האינדונזית קבעה כי טרנסג'נדרים "חייבים לחיות במגדר שאיתו נולדו" באומרה, "אם הם לא מוכנים לרפא את עצמם מבחינה רפואית ודתית, הם חייבים להיות מוכנים לקבל את גורלם שילעגו ויוטרדו". עם זאת, מערכת המשפט האינדונזית נוקטת בעמדה הפוכה, עם מקרים כמו ויויאן רוביאנטי, אשר הייתה לטרנסג'נדרית האינדונזית הראשונה שהוכרה כנקבה מבחינה חוקית בנובמבר 1973 לאחר שעברה ניתוח להתאמה מגדרית בסינגפור בינואר 1973, זאת אף על פי שעד אז לא היה חוק אינדונזי הנוגע להכרה בשינוי מגדר משפטיים המביאים להכרה משפטית במגדרים דה פקטו של טרנסג'נדרים אינדונזים על ידי המדינה. עם זאת, לאורך השנים דווחו מקרים בהם בוצעו פשעי שנאה נגד הקהילה הטרנסג'נדרית האינדונזית בעוד התוקפים נעצרו והועמדו לדין על ידי הרשויות.
בשנת 2012, יולי רטובלאוט, טרנסג'נדרית אינדונזית והמטפלת של נשיא ארצות הברית ה-44 ברק אובמה במשך שנתיים, הגישה בקשה פומבית להיות ראש הוועדה הלאומית לזכויות אדם של המדינה.
בינואר 2018, נשים טרנסג'נדריות נעצרו, הופשטו, ועברו השפלה פומבית במחוז אצ'ה על ידי פשיטת המשטרה המקומית בתמיכת הממשלה האוטונומית של המחוז אשר במהלכה, עינתה המשטרה את מי שנחשבו כחלק מקהילת הלהט"ב, והצעידה את הנשים תוך כדי שהיא מאלצת אותן לצעוק "להיות גברים". האירוע גונה בחריפות על ידי ארגוני זכויות אדם בינלאומיים. מאוחר יותר בחודש מרץ, הסוכנות החברתית של ג'קרטה הכריזה על וואריה כ-"דיסידנט חברתי" בעוד מקורות דיווחו כי "הסוכנות ערכה באופן קבוע פשיטות נגד נשים טרנסג'נדריות". טרנסג'נדרים עצורים נלקחים על ידי הסוכנות למרכזי "שיקום" בבעלות העיר, שם הם כלואים, יחד עם חסרי בית, קבצנים ואנשי רחוב, ומשוחררים רק אם התקבל תיעוד המעיד על מעמד כחסרי בית, בעוד הצהרה נחתמת במקום בו הפרט מבטיח "לא לחזור על עבירתו". גורמים רשמיים הצהירו כי הדבר נעשה כדי ליצור הרתעה מפני שייכות לזהות טרנסג'נדרית, בעוד כי הפרות מתמשכות יגרמו לעונש מאסר.
מאז יוני 2021, משרד הפנים ביצע מאמצי הסברה להנפקת תעודות זיהוי לאינדונזים טרנסג'נדרים. עד כה, עבור תושבים טרנסג'נדרים ברחבי המחוזות של בנטן, מערב ג'אווה, מרכז ג'אווה, מזרח ג'אווה, צפון סומטרה, דרום סומטרה, דרום סולאווסי, לאמפונג ופפואה, הונפקו תעודות זיהוי. הנימוק המוצהר למעשה היה שרבים היו חסרי תיעוד, במיוחד כאשר משפחותיהם דחו אותם לאחר גילוי זהותם המגדרית, מה שהותיר אותם ללא גישה לתעסוקה או לשירותים חברתיים. כמו כן, המשרד קבע כי רק מתארי המין "זכר" ו-"נקבה" יוכרו לעת עתה, ללא אופציה למגדר שלישי / X, בעוד טרנסג'נדרים אינדונזים יוגדרו תחת מינם אשר הוקצה בלידם בלבד, אלא אם קיבלו הכרה מבתי המשפט לשינוי מגדרם.
תנאי מחיה.
על פי משרד הבריאות האינדונזי בשנת 2012, במדינה נודעו כמיליון גברים המקיימים יחסי מין עם גברים, בעוד ההערכה היא שקהילת הלהט"ב מהווה כ-3% מאוכלוסיית אינדונזיה, שהם כ-8 מיליון אזרחים. 86% מאזרחי אינדונזיה מזהים את עצמם כמוסלמים. המדיניות המשפחתית של השלטונות, הלחץ החברתי להינשא והשפעת הדת גורמים לכך שהומוסקסואליות מתקבלת בעוינות בדרך כלל. לאינדונזיה ישנו מעמד של אומה מוסלמית מתונה וסובלנית יחסית, שיש לה יישום מסוים עבור אזרחי להט"ב בשטחה בעוד ישנם מספר אישיים השייכים לקהילה ברחבי התקשורת, והממשלה הלאומית אפשרה לקיים קהילת להט"ב דיסקרטית, שלעיתים מארגנת אירועים ציבוריים. עם זאת, שיטות חברתיות אסלאמיות שמרניות נוטות לשלוט בחברה הרחבה יותר, בעוד הומוסקסואליות וקרוס-דרסינג נותרו לנושאי טאבו ומדי פעם הופכים אזרחי להט"ב למטרות רדיפה של חוקי דת מקומיים או קבוצות ערנות פנאטיות. קבוצות פונדמנטליסטיות אסלאמיות רבות בהן חזית המגנים האסלאמית ומועצת אולמה האינדונזית ידועות כעוינות בגלוי כלפי אזרחי להט"ב אינדונזים על ידי תקיפת ביתם או עבודתם של אלה אשר לטענתם מהווים "איום על ערכי האסלאם".
גל רטוריקה הומופובית במדינה החל בינואר 2016 כששר ההשכלה הגבוהה מוחמד נאסיר הצהיר "יש לאסור על אנשי להט"ב מלהגיע לקמפוסים באוניברסיטאות". השר קרא לאסור על קבוצות להט"ב להשתתף בקמפוסים לאחר שקבוצת סטודנטים מאוניברסיטת אינדונזיה (UI) הקימה קבוצת ייעוץ ותמיכה בשם "קבוצת התמיכה ומרכז המשאבים לחקר מיניות" (SGRC) אשר נועדה לשירות ייעוץ, מרכז משאבים וקבוצת תמיכה בנושאי מיניות ומגדר, בדגש עבור בני נוער ותלמידי להט"ב, הסובלים לא פעם מהתעללויות, הטרדות, אלימות ואפליה בשטחה. הקבוצה הגיבה באומרה כי חבריה לא "הופכים" או "מעודדים" אנשים להיות הומוסקסואלים, וגם לא ניסו "לרפא הומוסקסואלים". בעיצומה של הסוגיה, אוניברסיטת אינדונזיה סירבה להיות אחראית לפעולות הקבוצה והכריזה שהיא אינה ארגון סטודנטים רשמי. גורם רשמי אחר לחץ בתגובה על שירותי הודעות מיידיות של טלפונים ניידים לחסום אימוג'ים הקשורים להומואים ולסביות ברשתות חברתיות.
האיגוד הפסיכיאטרי באינדונזיה (PDSKJI) מסווג הומוסקסואליות, ביסקסואליות וטרנסג'נדריות כהפרעות נפשיות. בהתייחסתו לחוק מס' 18/2014 בנושא בריאות הנפש ולהנחיות האגודה לאבחון בריאות הנפש והפרעות נפשיות באינדונזיה, האיגוד מסווג הומוסקסואלים כ-"אנשים עם בעיות פסיכיאטריות" וטרנסג'נדרים כבעלי "הפרעות נפשיות".
מספר דמויות צבאיות השתמשו במשך השנים ברטוריקה של תאוריית קונספירציה חברי קהילת הלהט"ב באינדונזיה. שר ההגנה ריאמיזארד ריאקודו כינה את תנועת זכויות הלהט"ב במדינה כ-"מלחמה באמצעות שליח" וטען שהיא קיבלה "מימון זר".
ביוגיאקרטה, בפברואר 2016, כ-23 פעילי זכויות להט"ב הוטרדו על ידי המשטרה, אשר הצהירו לאחר מכן לתקשורת המקומית כי נעצרו מלקיים עצרת נגדית מול קבוצת מפגינים איסלאמיסטים אשר קיימה הפגנה נגד להט"ב בקרבת מקום מלווה בהצהרות הומופוביות. עם זאת, למרות פעולות שנאה הומופוביות עזות, מספר גורמים רשמיים בהם מושל ג'קרטה לשעבר בסוקי צ'אג'ה פורנאמה ושר המשפטים והביטחון לשעבר, לוהוט בינסאר פנג'איטן, הגנו על חברי קהילת הלהט"ב המקומית מפני הומופוביה. "מי שהם, באשר הם עובדים, הוא או היא ממשיכים להיות אזרחים אינדונזים. יש להם גם את הזכות להיות מוגנים", אמר פנג'איטן. הנשיא ג'וקו וידודו הביע גם כן תמיכה בזכויות להט"ב וקרא להפסקת האפליה.
בשנת 2018, העיר פריאמן בסומטרה העבירה תקנה לקנוס את תושביה ההומואים במיליון רופי אינדונזי (70 דולר) על הפרת "הסדר הציבורי" על ידי איסור "מעשים הנחשבים כלהט"ב"בציבור
התקנה אוסרת מערכת יחסים בין זוגות חד מיניים בטענת "מעשים לא מוסריי ואוסרת על התושבים להציג קרוס-דרסינג בציבור. עם זאת, חוק זה דווח כ-"מפורק" החל משנת 2020. מספר ערים במחוז סומטרה המערבית, נקטו בתגובה צעדים לצמצום כוחן של קבוצות עבור זכויות להט"ב באזור.
ביוני 2019, ראש אוכלוסיית התכנון המשפחתית, תייג את אזרחי הלהט"ב במדינה כ-"אויב העיקרי של הפיתוח הלאומי"
מדיה.
החוק נגד פורנוגרפיה ופורנואקציה משנת 2006 אוסר על "כל כתיבה או מצגת אודיו-ויזואלית - לרבות שירים, שירה, סרטים, ציורים ותצלומים המראים או מרמזים על יחסים מיניים בין בני אותו המין". על הפרה של החוק ניתן לקנס או להטיל עונש מאסר של עד שבע שנים למורשעים. במשך השנים דווח כי החוק שימש עבור רדיפת אזרחי להט"ב באינדונזיה. עם זאת, עד לא מזמן, תיאורם של חברי קהילת הלהט"ב היה גלוי למדי בתקשורת האינדונזית, במיוחד בטלוויזיה, עם אנשי טלוויזיה מפורסמים, מארחים, אמנים וידוענים בעלי התנהגות נשית, או אף קרוס-דרסינג היו נפוצים למדי בתוכניות טלוויזיה. עם זאת, לאחר השערוריות ההומוסקסואליות לכאורה בהן היו מעורבים ידוענים אינדונזים בשנת 2016, במרץ אותה שנה, וועדת השידור הלאומית הדגישה מדיניות האוסרת על תוכניות טלוויזיה ורדיו הגורמות ל-"התנהגות להט"ב להיראות נורמלית", ואמרה שהדבר נועד להגן על ילדים ובני נוער "רגישים לחיקוי התנהגויות להט"ב סוטות".
פוליטיקה.
רוב המפלגות הפוליטיות הגדולות שותקות בעניין חקיקת זכויות להט"ב באינדונזיה. מפלגות איסלאמיסטיות כגון מפלגת הצדק המשגשגת (PKS) ומפלגת הפיתוח המאוחדת (PPP) דיברו בחריפות נגד זכויות להט"ב במדינה ואף הציעו הצעת חוק לאומית להפללת פעילות הומוסקסואלית בהסכמה. במרץ 2016, הציעו "PKS" ו-"PPP" הצעת חוק לאסור על פעילות למען זכויות להט"ב במדינה, ולהטיל עונשים פלילים על התנהגויות הומוסקסואליות או טרנסג'נדריות. אף על פי שחלקה רגשות הומופוביות יחד עם המפלגות, מפלגת המנדט הלאומית (PAN) ביקשה מאנשים באינדונזיה "לא להפלות ולהטריד את קהילת הלהט"ב". עם זאת, קראה בנוסף שלא לקדם זכויות להט"ב במדינה.