דיפנבייקר הורה על הקמת רשת של עשרות בונקרים לשעת חירום, מחשש להתקפה גרעינית שהיו אמורים להגן על אנשי ממשל וצבא ולשמש כמפקדות אזוריות וארציות (השם הרשמי של הפרויקט היה Emergency Government Headquarters - מפקדות חירום ממשלתיות). הבונקרים, חסיני נשורת גרעינית, נבנו בסודיות באזורים כפריים מחוץ לערים הגדולות והיו מסוגלים לאכסן עשרות אנשים למשך שבועות. הבונקרים מכונים בסלנג הקנדי "דיפנבונקרס", על שמו.
מדיניות פנים.
חירויות האזרח, אינדיאנים והקוד הפלילי.
באופוזיציה דיפנבייקר היה תומך ידוע ונועז של חירויות האזרח. בשנת 1958, כראש ממשלה, הבטיח להגן על הזכויות "המוגדרות ומובטחות במונחים מדויקים ופרקטיים לכלל האנשים על פי חוק הארץ". לאחר שנתיים של דיון אינטנסיבי על היתרונות של תיקון חוקתי המחייב את כל רמות השלטון לעומת העברת החקיקה הפדרלית ההצהרתית, דיפנבייקר בחר בחקיקה פרלמנטרית רגילה במקום תיקון חוקתי. הצעת החוק, הכריז, תשמש לחינוך אזרחים על זכויותיהם הקיימות ותשמש כריסון וכמדריך למחוקקים הפדרליים. דיפנבייקר הודה - בהיעדר תיקון חוקתי - כי הצעת החוק שלו הייתה רק צעד ראשון עבור קנדה, אך בכל זאת הייתה התחייבות לכלל האזרחים כי מעתה יכובדו זכויותיהם. הוא נאם לבית הנבחרים על המשמעות של השינוי הזה עבורו:
הצעת החוק אומצה פה אחד באוגוסט 1960, ובדיעבד הייתה הישגו הבולט ביותר של דיפנבייקר. הוא הכיל שני סעיפי פעילות לעקוף את החקיקה, האחד מאפשר לפרלמנט לעקוף את הערבויות הכלולות בחקיקה, והשני הוא מצב חירום מלחמתי. החקיקה פורשה בזהירות על ידי בתי המשפט, אך הייתה לו חשיבות פוליטית למופת. תחת ראש הממשלה פייר אליוט טרודו, הוא יועבר לאמנת הזכויות והחירויות הקנדית, הכוללת את אותם פטורים גם כן. בהמשך שנת 1960 הרחיב הפרלמנט את הזיכיון הפדרלי לאוכלוסיית הילידים האמריקאים בקנדה. כרזת "מגילת זכויות האזרח" הקנדית הייתה הפעם הראשונה בה הוגדרו זכויות האזרח בקנדה. למגילה היה תוקף הצהרתי ומוסרי חשוב, אך היא לא נכללה בחוקה ולא עוגנה בחוקים עם סמכויות אכיפה שיאפשרו לבתי משפט לפסוק בהתאם לרוחה. כמו כן לא נמנעה אפשרות של בתי נבחרים של פרובינציות לחוקק חוקים מקומיים שיעמדו בסתירה למגילת הזכויות. אולם למגילה היה תוקף ציבורי והיא צוטטה בפסקי דין רבים כקו מנחה. רק ב-1982 נחקקו חוקים שעיגנו חלק מהפרקים.
בשנה שלאחר מכן עסק הקבינט של דיפנבייקר בנושא מצפוני אחר שהטריד את ראש הממשלה. במשך שלוש השנים לאחר שתפס את השלטון, הקבינט בדק את כל ההרשעה הפלילית הכרוכה בעונש מוות ארוך ומייסר, אישר כמה עונשים והטיל וטו על אחרים. משימתם הוקלה לאחר מעבר תיקוניו של שר המשפטים פולטון לחוק הפלילי, שיצרו שתי קטגוריות של עבירות רצח והגבילו את עונש המוות למגוון צר של עבירות מכוונות. ב-1960 החל דיפנבייקר להפעיל רפורמות בחקלאות וסיוע לחקלאים ומתיישבים בצפון, שסייעו להם לצאת מן המשבר הכלכלי. הוא אף מינה שרה ראשונה לקבינט שלו, הפעם הראשונה בה כיהנה בקנדה אשה במשרת שר. התקציב הראשון של ממשלת דיפנבייקר, בשנת 1958, היווה את קו השיא להוצאות נוספות לנוכח מיתון כלכלי, אך העדפתו של ראש הממשלה לסיוע לחקלאים בערבה ותוכנית בלתי מתואמת של פרויקטים לפיתוח בפרובינציות האטלנטיות ובמערב ערערה בהדרגה את התקציב.
המשבר הכלכלי.
התקציבים השנתיים נקלעו לגירעון. מעבר לשכנועו שההגינות מחייבת דאגה חדשה לעניים, מובטלים, חולים וקשישים, דיפנבייקר נעדר מלהסדיר אסטרטגיה כלכלית קוהרנטית. כשהאבטלה המשיכה לגדול בשנים 1959, 1960 ו-1961 למרות הורדתן של הוצאות ציבוריות חדשות, דיפנבייקר הוטרד מהטענות של הליברלים כי "הזמנים הטוריים [השמרנים] הם זמנים קשים ורדופים בזיכרונות על אובדן השלטון של בנט בשנת 1935". בלחץ בלתי פוסק מצד קבינט למדיניות הרחבה, פלמינג התחיל לחלוק על אמונתו של דיפנבייקר כי השבת השגשוג נעשתה על ידי מדיניות הריבית המגבילה של בנק קנדה, דבר אשר הוביל להתנגדות חריפה של מושל הבנק הפדרלי, ג'יימס אליוט קווין. במשך חמישה חודשים בשנת 1961 דיפנבייקר ופלמינג ניהלו מאבק ציבורי ממושך עם קווין, כשדרשו את פיטוריו והוא סירב לקבלם. ניסיון הממשלה להדיח את קווין באופן פרלמנטרי כשל בהצבעה בסנאט. ב-14 ביולי, מרגע שקוין הורשה להשמיע את טענתו בפני ועדת סנאט, הוא הציע את ההתפטרות שסירב לה בעבר. הסכסוך הביא להסכמים בין הבנק לממשלה למניעת סכסוכים דומים בעתיד, אך ההשפעה הפוליטית המיידית הייתה לערער את האמונה העממית בכשירותו של משטר דיפנבייקר.
בקוויבק הפכה המהפכה השקטה את הפרובינציה ומקומות אחרים ברחבי קנדה לדורשי עירוב נרחב יותר של הקהילה הצרפתית בהליכים המדיניים. דיפנבייקר, שהיה עצמו דובר צרפתית, היה אדיש לסימני השינוי. הוא סירב לשקול הצעות לוועדה מלכותית בנושא פיוס קנדי ביחסי הממלכה המאוחדת–צרפת. באוטווה גלריית העיתונאים שהעריצה את ראש הממשלה בעבר התפכחה ויצאה נגדו כאשר התגלו נתונים על כשלי שיתוף פעולה בין ראש הממשלה והקבינט. חוסר הארגון של דיפנבייקר וחוסר ההחלטיות הגובר, ייאשו וחילקו את הממשלה שלו. כשפוזר בית הנבחרים לבחירות כלליות שיתקיימו ב-18 ביוני 1962 (יום הבחירות), הגדיר הכתב ג'יימס סטיוארט מהעיתון 'כוכב מונטריאול' את כל הקדנציה הפרלמנטרית של ראש הממשלה כ"לעיתים חסרת מטרה, לעיתים קרובות חסרת מזג ותמיד עשויה להתפרץ". כאשר מערכת הבחירות החלה, הממשלה עמדה בפני משבר מוניטרי גדול. מיתון מתמשך, סדרת גירעונות בתקציב, שלילת האיזון בסך הסחר השוטף ואי ודאות כללית בנוגע למדיניות הממשלה עוררו אובדן אמון בשוק החליפין שקידמה הממשלה. במשך שבועות מכר בנק קנדה עתודות זרות כדי לשמור על ערך הדולר הקנדי הצף באינפלציה גוברת ובמאי נאלץ הקבינט להפחית את שער הדולר ולהחליפו על 92.5 סנט (אמריקאים) על מנת למנוע קריסה מדורגת של המטבע. הפיחות הופנה באופן קיצוני נגד הממשלה על ידי העיתונות והאופוזיציה במהלך מערכת הבחירות.
דיפנבייקר ערך קמפיין בהתנגדות נוכח האופוזיציה הנמרצת של המפלגה הליברלית, המפלגה החדשה והמפלגה הדמוקרטית החדשה, ובקוויבק הכפרית עלתה מפלגת 'מראלי דס קרדיטס', שתחת מנהיגה הכריזמטי, ראל קואט, נתמכה בידי מפלגת התמיכה החברתית. מאז 1961, הקמפיין השמרני לא הציעה שום רפורמה לבוחרים. העיתון "גלוב אנד מייל" של טורונטו דיווח כי מבחינתו של דיפנבייקר, תוצאות הבחירות היו הרסניות. הוא שמר על אחיזתו בממשלה, אך בפרובינציות האטלנטיות, בקוויבק הכפרית, באונטריו העירונית ובקולומביה הבריטית, השמרנים איבדו את שליטתם. חמישה שרים איבדו את מחוזות הבחירה שלהם. דיפנבייקר החזיק 116 מושבים נגד 100 ליברלים, 30 לתמיכה החברתית ו-19 לדמוקרטים חדשים. בעקבות הקמפיין, ממשלת דיפנבייקר הסדירה כי קניות בדולרים אמריקאים חייבו הטלת מכס, צמצמה הוצאות ממשלתיות והוציאה לפועל הלוואות חירום מקרן המטבע הבינלאומית, ארצות הברית ובריטניה. דיפנבייקר נסוג לשבועות של התבודדות לפני שבנה מחדש את הממשלה שלו והתכנס מחדש אל מול הפרלמנט בסתיו.
הקדנציה השנייה ומשבר הגרעין.
בחירות 1962 ותוצאותיהן.
בסופן של הבחירות של 1962 זכה דיפנבייקר ברוב דחוק והקים קואליציה שברירית. הוא האשים את ארצות הברית בהתערבות בתוצאות הבחירות. הסיבה לכך הייתה מחלוקת עמוקה בין ממשל דיפנבייקר לבין הממשל האמריקאי בנושא הגרעין. עם ביטול תוכנית האוורו חתמה קנדה על הסכם הגנה עם ארצות הברית במסגרתו רכשה קנדה מארצות הברית טילים מסוג בומראק (Bomarc) ומטוסי וודו (Voodoo). ארצות הברית דחקה בקנדה לחמש את הטילים בראש קרב גרעיני ולרכוש פצצות אטום כחלק ממעטפת ההגנה שאמורה קנדה לספק לארצות הברית מפני תקיפה סובייטית מצפון. דיפנבייקר סירב ל"גִרעוּן" ממספר טעמים. ראשית, הדבר מפר את הניקיון הגרעיני של קנדה, החיוני לה כגוף בעל מעמד מתווך בזירה הבינלאומית, מעמד אליו חתר דיפנבייקר תמיד ובפרט בזירת הפיקוח על הנשק הגרעיני. שנית, ארצות הברית שמרה לעצמה את הזכות להכריע בנוגע להפעלת הנשק הגרעיני שעל אדמת קנדה, תוך מה שנדמה כהפרת הריבונות הקנדית. שלישית, דיפנבייקר סירב לשמש שדה ניסויים לשכנה מדרום ולסכן את תושבי מדינתו בכך שיעמידם בזירת קרב גרעיני עתידי, אותו מעוניינת ארצות הברית להרחיק משטחה-שלה.
עוד כשקנדי ביקר באוטווה במאי 1961 המתח התגבר. דיפנבייקר הסביר את הקושי הפוליטי שלו לקבל החזקת ראשי נפץ גרעיניים לנוכח הרגש הגובר נגד הגרעין ברחבי הארץ; קנדי הגיב כי כישלון חימוש הנשק החדש יהפוך את קנדה למדינה נייטרלית במלחמה הקרה. כשדיפנבייקר גילה בטעות תזכיר חסוי של הבית הלבן המייעץ לקנדי "לדחוף" את קנדה במספר נושאים, ראש הממשלה בחר להתעלם מעצת עובדיו מלהציג אותה לקנדי, במקום להגיש אותה לשימוש פוטנציאלי עתידי נגד הנשיא. (התזכיר הודלף לציבור במהלך מערכת הבחירות בשנת 1963) משא ומתן רשמי להסכם על ראשי הנפץ לא התקדם באווירה זו של חוסר אמון - אם כי באותה תקופה קנדי ​​לא הגיש תלונה פומבית על היסוסה של קנדה. בעת משבר הטילים בקובה ב-1962 סירב לאשר העמדת כוחות צבא קנדיים בכוננות עליונה, שר ההגנה שלו העמיד את כוחותיו בכוננות על אף שלא קיבל לכך הנחיית קבינט.
משבר הגרעין ונפילתו של דיפנבייקר.