גרשום שוקן, שהיה בן 28 כאשר קיבל לידיו את "הארץ", רצה בתחילה לעסוק אך ורק בניהול הכלכלי של העיתון. לפיכך מינה עצמו כמנכ"ל והקדיש עצמו לקיצוץ עלויות השכר של העיתון. אולם בתוך זמן קצר התגלעו חילוקי דעות בינו לבין העורך החדש, שביקש להגן על העיתונאים ועל מה שראה כטובת הקוראים. ב-1939 מינה עצמו גרשום שוקן לעורך העיתון, במקביל להיותו המו"ל והבעלים, כפילות תפקידים חריגה שנמשכה למעלה מחצי מאה. בתקופה זו עוצב "הארץ" כפי שהוא מוכר כיום.
בשנים הראשונות לכהונתו עסק שוקן בעיקר בקיצוץ עלויות. הסופרים הארץ-ישראלים שמילאו את דפי העיתון ולעיתים שאבו ממנו את משכורתם פוטרו, ובמקומם מונו עיתונאים צעירים, רובם עולים חדשים מהונגריה. כך פרש מ"הארץ" ב-1943 המשורר נתן אלתרמן, שהעדיף לעבור לעיתון "דבר" מאשר להסכים לקיצוץ בשכרו.
מעט אחרי מלחמת העולם השנייה הגיע "הארץ" לאיזון תקציבי. אולם עלייתם החדה של עיתוני ערב מסוג חדש, ובראשם "ידיעות אחרונות", אילצה אותו להתמודד עם האיום. כאשר "מעריב" ראה אור, ב-1948, החליט שוקן שוב לנסות להוציא עיתון-ערב שיהיה שייך ל"הארץ". שמו היה "יום-יום", ולמרות כותבים מהשורה הראשונה, ובראשם בנימין תמוז, העיתון החדש נכשל והכניס את "הארץ" לחובות חדשים, שגררו צורך בקיצוץ נוסף.
ב-18 במאי 1948 הפציצו מטוסי חיל האוויר המצרי את בניין העיתון. בהפצצה נהרגו שלושה פועלי דפוס ונער שליח, מספר פועלים נפצעו, חלק מהבניין נהרס ומחסן הנייר עלה באש. לאחר מספר ימים מת אחד הפצועים ומספר ההרוגים עלה לחמישה.
בעשור הראשון לכהונתו המעיט שוקן לעסוק בעריכה עצמה, והשאיר את רוב ההחלטות למזכיר המערכת, ישראל פינקלשטיין. עם זאת, כבר מראשית הדרך הקדיש תשומת לב רבה לקו המערכתי של "הארץ" בסוגיות כלכליות. כך מינה לעורך כלכלי את ברוך בר, עיתונאי שעלה מהונגריה, בה כיהן בממשלה הסטליניסטית בימי מתיאש רקושי והפך בהמשך לאנטי-קומוניסט מושבע. בתקופת גליקסון היה "הארץ" שופרה הנאמן של התנועה הציונית והרבה לפיכך לתמוך בכלכלה סוציאליסטית. עם העברת הבעלות למשפחת שוקן ניכר מפנה בעמדות העיתון, והוא הביע התנגדות חריפה ועקבית לכלכלת שיתוף, לסובסידיות לחקלאות, להגבלת התחרות ולמודל הקיבוצים.
מבחינה פוליטית עבר העיתון מהפך מערכתי, והחל להתבלט בפלורליזם שלו. אפשר שהפלורליזם היה הדבר הקרוב ביותר לדת בשביל גרשום שוקן, ועיתונו שיקף תורה זו, לא אחת עד כדי הטלת ביקורת על משפחת שוקן עצמה. מאז ראשית שנות ה-50 ועד היום מתפרסמים בעיתון באופן קבוע מאמרים המנוגדים בתוכנם לעמדותיו של בעליו.
הפלורליזם בעיתון, שהידרדר בתקופות מסוימות לקקופוניה רעיונית, הותנה מלכתחילה על ידי גרשום שוקן בהפרדה ברורה בין מאמרים המייצגים רק את דעת כותביהם, למאמרים המייצגים את דעת המערכת. לצורך כך עלתה מאוד חשיבותו של מאמר המערכת הבלתי חתום. טובי הכותבים של "הארץ" הקדישו לפחות שעה ביום, ולעיתים הרבה יותר, לניסוח עמדות העיתון בישיבה משותפת בחדרו של גרשום שוקן.
צעד ברור נוסף של שוקן בעניין זה היה ליצור הפרדה ברורה בין הידיעות לדעות. עד אז, ההבדל בין שתי הסוגות היה מטושטש, והדיווח העיתונאי מעל דפי "הארץ" שיקף את דעת העיתון, כשלעצמה ראי מדויק של עמדת ראשי היישוב.
גרשום שוקן שינה את המצב המטושטש הזה בתוך זמן קצר. מאמרי פרשנות ורקע שיש בהם משום הבעת דעה לוו בכותרת בולטת, "פרשנות", והחל מ-1952 נוצר בהארץ עמוד דעות ברור מופרד מעמודי הידיעות, שהודפס בעמוד האחורי של העיתון. מאמר המערכת הראשי, שנותר בלתי חתום, התפרסם מעתה בעמוד 2, ממוסגר ומנותק מהידיעות.
אולם ההפרדה הפיזית לא תמיד סייעה לשמור על דיווח עיתונאי אובייקטיבי. בשני העניינים הציבוריים המרכזיים שעליהם נלחם "הארץ" בתחילת שנות ה-50, הטלת סלקציה על העלייה ההמונית מצפון אפריקה (ראו להלן) והפסקת התמיכה בהתיישבות העובדת, לא התקיימו העקרונות המערכתיים של גרשום שוקן, פלורליזם והפרדה בין דעה לידיעה. הכתב אריה גלבלום נשלח לקיבוצים ודיווח על "בריכות שחייה ראוותניות", על "יום עבודה של חמש שעות" ועל "עצלנות כרונית ושנאה לעבודה", בהתאם למאבקו המערכתי של העיתון נגד התמיכה הממשלתית בקיבוצים.
מאבקים אלה לא רק שיקפו את האידאולוגיה הכלכלית והחברתית של "הארץ", אלא גם ייחדו אותו ממתחריו העיקריים, "דבר" ו"מעריב". שני עיתונים אלה תמכו בדוד בן-גוריון באותן שנים ללא ערעור, ו"הארץ" היה למעשה עיתון אופוזיציה, עמדה שעליה שמר גם בהמשך דרכו.
מרכזיותו של "הארץ" בשיח הציבורי התבססה גם על המקום הנרחב שהקדיש לאמנויות, ובראשן הספרות. המוסף הספרותי הפופולרי ביותר של התקופה היה "תרבות וספרות" בעריכת בנימין תמוז, ומבקר התיאטרון בעל ההשפעה הרבה ביותר היה מבקר "הארץ" חיים גמזו, שביקורת שלילית שלו (שאפרים קישון כינה "לִגְמוֹז") עלולה הייתה להוריד הצגה מהבמה.
היחס לעליה מצפון אפריקה בתחילת שנות ה-50.
בסוף שנות ה-40 פרסם אריה גלבלום סדרת כתבות תחת הכותרת "חודש ימים הייתי עולה חדש". באחת הכתבות בסדרה ששירתה את הקו המערכתי של העיתון אז, תיאר את יהודי מרוקו כמי שייקח דורות לשלבם בחברה הישראלית, והזהיר מפני עלייה המונית שלהם. בין היתר תיארם . הכתבה עוררה תגובות רבות שחלקן פורסמו בעיתון, וגלבלום הגיב למשיבים וטען שאין חולק שיש להעלות את יהודי מרוקו אך יש לעשות זאת בקצב מתון כך שישתלבו בחברה הישראלית ולא ישנו את אופייה.
גם בתחילת שנות ה-50 נלחם "הארץ" למען עלייה סלקטיבית שתצמצם את העלייה ההמונית מצפון אפריקה. בשנת 1953 שלח "הארץ" למרוקו ולתוניסיה את העיתונאי עמוס אילון, שפרסם סדרה של שמונה כתבות שבהן שם ללעג את יהודי צפון אפריקה וקרא להעלות רק את יהודי האטלס ובתנאי שיסתפקו בישראל בתנאי החיים שיש להם באטלס.
באמצע שנות ה-50 התערער המצב הביטחוני של יהודי מרוקו ותוניסיה. בניגוד לעמדת מרבית העיתונים בישראל אותה עת, "הארץ" קרא להימנע מלאפשר עלייה חופשית של יהודי מרוקו לישראל. חבר הכנסת ממפא"י, אברהם כלפון תיאר: "כל העיתונות העברית הציונית בישראל נוקטת עמדה שיש להחיש ולזרז את העזרה ליהדות צפון אפריקה, חוץ מעיתון אחד, הארץ… שמתוך סאדיזם מיוחד תוקף ומשמיץ את היהדות המרוקנית, שרבות זכויותיה בהקמת מדינת ישראל". שליח "הארץ" שבתי טבת ביקר אותה עת במרוקו ובחזרתו לישראל שלח מכתב לראש מחלקת העלייה ובו הביע את חרדתו לגורל יהודי מרוקו והמליץ להעלותם לישראל במהירות, אך תוכן המכתב לא קיבל כל ביטוי בכתבות שפורסמו אותה עת ב"הארץ" בנושא.
"הארץ" בשנות ה-60: המפנה.
ב-1959 התפטר העורך הכלכלי ברוך בר ובמקומו מונה סגנו, אברהם שוויצר, גם הוא עולה אנטי-קומוניסט מהונגריה. שוויצר האמין באופן קיצוני בתורת הכלכלה החופשית והחריף מאוד את ההתקפות של העיתון נגד שר האוצר הסוציאליסטי, פנחס ספיר. באוקטובר 1965 מת מזכיר המערכת, ישראל פינקלשטיין, מהתקף לב. במקומו מונה הכתב לענייני יהודים אליהו סלפטר, חבר ילדות של אברהם שוויצר מהונגריה. בנוסף לכותבים החדשים, שדיברו ביניהם בהונגרית בישיבות המערכת וכונו "הקבוצה ההונגרית", הצטרף לעיתון פובליציסט בעל משקל נוסף, ד"ר שלמה גרוס (פולס) (שאת מאמריו החתומים פרסם בשם פולס, אשר תמך כמוהם בעמדותיו הניציות של משה דיין). גרוס גם כתב רבים ממאמרי המערכת הלא חתומים של "הארץ", עד ליום מותו.
אחד מהתומכים הבודדים במפא"י ובבן-גוריון במערכת "הארץ" היה הפרשן הצבאי, ישראל בר. מעצרו ב-1961 בחשד לריגול לטובת ברית המועצות הכה בתדהמה את גרשום שוקן והחריף את עמדותיו נגד מפא"י. במקומו של ישראל בר מונה הכתב הצעיר זאב שיף, גם הוא מתומכי הניצים.
אולם הפרשה שטילטלה את ישראל ואת עיתון "הארץ" באותה עת הייתה העסק הביש. כאשר בן-גוריון כינס את ועדת העורכים והציג בפניהם את עיקרי הפרשה כפי שהייתה ידועה לו, ב-1960, החליט גרשום שוקן לשמור על הסודיות המתבקשת, ואת הסקופ פרסם השבועון "העולם הזה". "הארץ" המשיך לתמוך בבן-גוריון גם בעת הקמת ועדת החקירה. אולם החל מ-1963 עבר העיתון לתמוך בעמדותיו של משה דיין, וכמעט מדי יום לחץ העיתון על בן-גוריון להתפטר. עם זאת פרסם העיתון לקראת ועידת מפא"י ב-1965 סדרת מאמרים של חגי אשד בעמוד הראשון תחת הכותרת "מי נתן את ההוראה?".
עם פרישתו של דיין ממפא"י, פנה "הארץ" באופן מובהק ימינה. מאמרי המערכת תמכו ברפ"י ובנקיטת קו נוקשה כלפי מדינות ערב, ומשה דיין היה לדמות נערצת על כותבי המאמרים. בראש התומכים בו היה העיתונאי שבתי טבת, שהפך במהירות לכותב הפופולרי ביותר בעיתון. שני כותבים צעירים נוספים התבלטו באותה השנה מעל דפי "הארץ" במהירות רבה – עמוס אילון ואמנון רובינשטיין, שעתידים היו לקשור את גורלם בגורלו של העיתון לשנים ארוכות.
העיתון שמר על עמדה ניצית מובהקת בעת מלחמת ששת הימים, ופולחן דיין ב"הארץ" הגיע אז לשיאו. גרשום שוקן, שבתי טבת, אברהם שוויצר, זאב שיף והכתב לענייני מפלגות נפתלי לביא פרסמו מאמרי הערצה ממש לדיין ולרפ"י, וטבת אף הפך לביוגרף הרשמי שלו.