הסוכנות היהודית מממנת קורסים מיוחדים לחיילים העולים במהלך שירותם הצבאי במטרה לסייע בקליטתם בחברה הישראלית, ובנוסף מקיימת סדנאות הכנה לגיוס והכשרה לחיים האזרחיים לפני השחרור מצה"ל. פרויקט "נתיב", בשיתוף ממשלת ישראל, מתמקד בחיזוק הזהות היהודית והזיקה לארץ בקרב חיילים עולים חדשים. הקרן למען עולים בודדים, בשיתוף עם האגודה למען החייל, מעניקה לחיילים מלגות מיוחדות לצרכיהם האישיים ולשמירת הקשר עם הוריהם שנותרו בחוץ לארץ.
חברת עמיגור.
חברת הדיור של הסוכנות היהודית, עמיגור, נוסדה ב-1972, כתוצאה מפיצול חברת עמידר בעקבות סכסוך שפרץ בין ממשלת ישראל והסוכנות, לאחר הקמת משרד העלייה והקליטה והעברת הטיפול בעולים לישראל מהסוכנות למדינה. לטענת הסוכנות, כספים שמגיסת המגבית היהודית בארצות הברית, לצורך רכישת דירות לעולים, אינם יכולים להיות מנוהלים על ידי חברה ממשלתית. עמיגור קיבלה את האחריות לטיפול בדיור לעולים חדשים, למרות ביקורת שהקמת החברה תיצור מנגנון כפול ומיותר ביוני 1972, נחתם הסכם בין "עמיגור" ל"עמידר" שלפיו 180 עובדים וכ-30,000 דירות שהיו בבעלות עמידר (מתוך 200,000 שהחזיקה אז) הועברו אל "עמיגור". נכון ל-2018 החברה מנהלת 17,500 יחידות דיור, מתוכם 11,000 בדיור הציבורי ו-6,500 יחידות דיור בבתי גיל הזהב.
בתחום החינוך יהודי-ציוני בקהילות העולם.
מדי שנה הסוכנות היהודית משקיעה כ־360 מיליון דולר עבור הקשר עם יהדות התפוצות.
עשרות אלפי צעירים יהודים מכל העולם מגיעים לישראל בכל שנה באמצעות הפרויקטים "מסע" ו"תגלית". "מסע" (במסגרת החוויה הישראלית) מציע לצעירים מגוון אפשרויות לשהות בישראל במהלך סמסטר או שנה שלמה, במסגרת חינוכית או התנדבותית. "תגלית" מביא לישראל צעירים יהודים, ובתוכם בני ישראלים, במסגרת תוכנית חינוכית מגוונת בת 10 ימים, ללא תשלום.
עשרות אלפי אנשים לומדים עברית ונחשפים לתרבות ולהווי הישראלי, ההיסטוריה והאזרחות באולפנים ובכיתות שמפעילה הסוכנות היהודית בקהילות.
בברית המועצות לשעבר, מחזקים את הקשר בין היהודים למורשתם באמצעות רשת בתי-הספר של חפציב"ה, המציעה חינוך יהודי פורמלי לכל הגילאים. למחנות קיץ בני שבוע יוצאים אלפי ילדים, כתמריץ לפיתוח זהותם היהודית.
היחידה לשליחות.
היחידה לשליחות היא שיתוף פעולה ארוך שנים בין הסוכנות היהודית וההסתדרות הציונית העולמית, ששמו לעצמם למטרה לפעול למען חיזוק הקשר בין ישראל והתפוצות ולחיזוק הזהות היהודית על ידי מערך שליחים ושליחות הפרוש ברחבי העולם. היחידה לשליחות אמונה על יציאתם של למעלה מ-2000 שליחים למחנות קיץ, קהילות יהודיות, תנועות נוער, קמפוסים, שנת שירות ובתי ספר בתפוצות.
היחידה לשליחות הקימה בשנת 2018 בית ספר לשליחות בקריית מוריה בירושלים.
תחת היחידה לשליחות פועלים מספר מסלולי שליחות. השליחות הארוכה, הוא מסלול שליחות האורך בין 2–3 שנים ברחבי העולם, בו השליחים השונים נמצאים בקו הראשון עם הקהילות ברחבי העולם, ותפקידם להיות הקול והמקור למתרחש בישראל ולמצוא את הסיפור המשותף בין ישראל לתפוצות. במסלול זה ארבעה סוגי שליחות:
השליח הקהילתי פועל בלב הקהילה היהודית במגוון תחומים ועם מגוון קהלים במטרה לחזק ולהעמיק את הקשר בין ישראל לקהילה. השליח אחראי על ניהול קהילה, פיתוח והובלת תוכניות חינוכיות וחברתיות בקרב חברי הקהילה, במוסדות הקהילתיים, בתנועות הנוער, בבתי הספר היהודיים ובבתי הכנסת.
תפקיד שליח עמיתי ישראל ("שליח הלל") הוא לחזק את הקשר של הסטודנטים בקמפוסים בתפוצות, לזהותם היהודית, הציונית ולמדינת ישראל. השליח עוסק בחינוך להסברה, הפקת אירועים, בניית קואליציות בקמפוס ויזמות והובלה של סטודנטים לפרואקטיביות בנוגע לישראל. עבודתם של שליחי עמיתי ישראל היא כתוצאה מהסכם שנחתם ב-2003 בין הסוכנות היהודית לבין ארגון הלל הבינלאומי, במטרה לשלוח שליחים לעבודה באוניברסיטאות ברחבי ארצות הברית.
השליח התנועתי נשלח מטעם אחת מתנועות הנוער הישראליות והעולמיות במטרה לחבר לחזק את הקשר בין חניכי התנועה למדינת ישראל ולזהותם היהודית. תפקיד השליח הוא להוביל ולהנהיג את פעילות התנועה בתכנים יהודיים, ציוניים, סמינרים של צוותי ההדרכה והקהילה ומפעילי הקיץ התנועתיים ולרכז את הפעילויות של התנועה המקומית או האזורית. התנועות השותפות: : FZY NFTY ,USY, בית"ר, בני עקיבא, הבונים דרור, החלוץ למרחב, הנוער הציוני, הנני, הצופים, השומר הצעיר, הנוער העובד והלומד, חזית הנוער, יהודה הצעיר, מכבי עולמי, נועם מרום, נצ"ר ועזרא.
שליחות הוראה פועלת בבתי ספר, בגנים ובקהילות יהודיות בכל העולם ועם כל זרמי היהדות במטרה לחבר ולחזק את הקשר בין התלמידים, הצוות וקהילת בתי הספר לישראל. המורה השליח הוא מורה מוסמך בעל ניסיון, המשמש כחלק מצוות ההוראה בבית הספר היהודי בגולה. היחידה לשליחות משמשת כ"שדכן" בין השליחים לבתי הספר המחפשים מורים ישראלים. הסיבות לקליטת מורים ישראלים בצוותי ההוראה של בתי הספר מחוץ לישראל הן בדרך כלל לימוד השפה העברית והכנסת ציונות לבתי הספר.
מסלולי שליחות נוספים הפועלים תחת היחידה לשליחות הם: תוכנית שנת השירות בתפוצות, הסמינרים הציוניים, מחנות הקיץ ומחנות הקיץ לדוברי רוסית.
מדי קיץ שולחת היחידה לשליחות למעלה מ-1,300 צעירים ישראלים לשליחויות קצרות באורך של כחודשיים לכ־200 מחנות קיץ יהודיים בצפון אמריקה. השליחים נשלחים במטרה לחזק את הקשר בין נוער יהודי בצפון אמריקה לבין צעירים מובילים בחברה הישראלית. השליח מביא עמו יכולות הדרכה, יצירתיות ואת הווי החיים והתרבות הישראלית למחנות הקיץ מחוץ לישראל, ומלווה את החניכים למגוון פעילויות לאורך כל היום. השליחים מדריכים במגוון רב של מקצועות, ביניהם: חינוך, אומנות (אומנויות הבמה ועבודות יד), טבע (מחנאות, גינון, עולם החי והדרכת טיולים), מקצועות המים (שיט, מצילים, שחייה וסקי מים), אמנויות לחימה, ספורט נבחרות (כדורגל, כדורסל, כדורעף וטניס), ספורט שטח (רכיבה על סוסים, חץ וקשת, ירי ורכיבה על אופניים) וטכנולוגיה (תכנות, רובוטיקה וטיסנאות).
נוסף על מחנות הקיץ בצפון אמריקה, היחידה לשליחות מוציאה כל שנה 120 שליחים דוברי רוסית להדרכה במחנות קיץ בברית המועצות לשעבר. מטרת השליח היא לחבר את הקהילה לישראל על ידי חינוך בלתי פורמלי, הנחיית קבוצות של ילדים, נוער וסטודנטים בקהילות יהודיות בברית המועצות לשעבר. שליחות זו אורכת כשלושה שבועות ומתקיימת בשפה הרוסית.
משלחת הסמינרים הציוניים פועלת בבתי הספר ובקהילות היהודיות באוסטרליה במשך שלושה חודשים בחודשי הקיץ. מטרת השליחות חיבור הצעירים בקהילה היהודית באוסטרליה, לישראל ולזהותם היהודית על ידי יצירת מפגש ובאמצעות תכנים איכותיים יהודיים, ישראליים רלוונטיים, תוך כדי השתלבות בעשייה החינוכית בבתי הספר ובקהילה. השליח מעביר סמינרים מרוכזים, תוכניות ומפגשים העוסקים בנושאי זהות יהודית, ישראל וציונות ומפתח וכותב תכנים בנושאים הרלוונטיים ומתאים אותם לדרישות בתי הספר ולתוכנית הלימודים.
היחידה לשליחות שולחת מדי שנה כ-200 שליחים להתנדב בקהילות יהודיות בתפוצות למשך שנה כחלק מתוכנית שנת השירות בתפוצות במטרה לחזק את הזהות היהודית והקשר לישראל באמצעות מפגש רציף בין בני נוער בוגרי תיכון מהארץ עם ילדים ובני נוער מהקהילות היהודיות שמעבר לים. שליח שנת השירות נדרש לשלב פעילות חינוכית וציונית ולקשור את קהלי היעד השונים עם התרבות הישראלית, האקטואליה, המסורת היהודית ולימודי עברית.
בתחילת המאה ה-21, נתקלת הסוכנות היהודית בקשיים כלכליים גדולים. תרמו לכך המשבר העולמי, ירידת ערך הדולר וירידה בהיקף גיוס התרומות לארגון. כפועל יוצא מכך, נפגעים פרויקטים בתפוצות ונשלחים מספר מצומצם יותר של שליחים.
חיזוק הקהילה היהודית בישראל.
הסוכנות היהודית מובילה צמצום פערים בחברה הישראלית, על ידי קידום ההזדמנות השווה לרכישת השכלה ומצוינות והשקעה בבני נוער. "פותחים עתיד" היא יוזמה ייחודית וחדשנית, בהיקף כלל ארצי וארוך טווח, המיועדת לילדים ולנוער מהפריפריה הגאוגרפית והחברתית של ישראל. מטרת התוכנית לפתח מוטיבציה ולייצר הזדמנויות לצמיחה, תוך התחשבות בצרכיו ובכישוריו הייחודיים של כל משתתף. זאת באמצעות "נאמן" – דמות בוגרת, המלווה את הילד ודואגת כי יקבל את שירותי הקהילה להם הוא זכאי. התוכנית עובדת עם מגזרים שונים בחברה הישראלית, ביניהם המגזר החרדי והמגזר הערבי.
תוכניות נוספות שמפעילה הסוכנות הן "נטע", הכשרה בת 4 שנים והסמכה של בני נוער למקצועות ההיי-טק, "עתידים", מצוינות והעצמת בני נוער וסטודנטים בעלי כישורים גבוהים מהפריפריה, ו"ניצוצות של מדע", קידום המדעים המדויקים והטכנולוגיה בקרב תלמידי תיכון ישראלים יוצאי אתיופיה.
הסוכנות היהודית מפעילה חמישה כפרי נוער, המספקים סביבה נורמטיבית, בטוחה ותומכת בה זוכים הילדים, המוגדרים כ"ילדים בסיכון", לתמיכה רגשית וחינוכית. כפרים אלה יצרו מודלים שיקומיים לצמיחה ולשגשוג, והפכו דוגמה עבור בתי ספר בעולם כולו.
"שותפות ביחד" (לשעבר "שותפות 2000") היא יוזמה ייחודית המקשרת בין 550 קהילות יהודיות בכל העולם באמצעות 45 שותפויות בישראל. המעורבות ושיתוף הפעולה (בהתנדבות) יוצרים הפריה ותרומה הדדית בתחומים קהילתיים, חינוכיים, כלכליים ועוד.