בתיאור גבולות המדינה הערבית המתוכננת לפי תוכנית החלוקה של האו"ם (נובמבר 1947) מכונה שדרת ההר שבמרכז הארץ "חבל הארץ ההררי של שומרון ויהודה" התוכנית מגדירה לאזור גבולות רחבים יותר מאלה של אזור "יהודה ושומרון" כיום, והיא מייעדת אותו לחלקה המרכזי של המדינה הערבית.
בין השנים 1949–1967 היה האזור בשליטת ממלכת ירדן, שהעניקה לו את השם המנהלי "הגדה המערבית" (כלומר, הגדה המערבית של נהר הירדן; בערבית: الضّفّة الغربيّة, הגייה מקורבת: א-דפֿה-לר'רבּייה, תעתיק מדויק: אלצ'פה אלע'רביה), לאחר חתימת הסכם שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות עם ישראל.
הכינוי העברי "יהודה ושומרון" נקבע ב-22 ביולי 1968 לאחר מלחמת ששת הימים, לאחר שנדחה השם "יהודה ואפרים", על ידי ועדת השמות הממשלתית בזיקה למקום, שהוא ערש ההיסטוריה והתרבות היהודית. השם "הגדה המערבית" נותר נפוץ בישראל אף בשימוש רשמי, עד עלייתו של מנחם בגין לשלטון, אשר תבע את שינוי המינוח.
במהלך המשא ומתן לשלום בין ישראל למצרים הוחלפו מכתבים בין ראש ממשלת ישראל מנחם בגין, נשיא מצרים אנואר סאדאת, והמתווך, נשיא ארצות הברית ג'ימי קרטר. באחד מחילופי המכתבים, בחודש ספטמבר 1978, כתב קרטר לבגין:
השם "הגדה המערבית" הפך לשם הרווח בשפות זרות. כיום זהו עדיין השם הרווח בהתייחס ליחידה הגאו-פוליטית (להבדיל מהשמות הגאוגרפיים, הדתיים וההיסטוריים של האזור בשפות השונות). תרגום השם לאנגלית הוא "The West Bank" (ולצרפתית: Cisjordanie – מילולית: "צד זה של הירדן", להבדיל מ-Transjordanie - "עבר הירדן"). בעקבות הסכמי אוסלו והקמת הרשות הפלסטינית החל שימוש בביטוי "השטחים הפלסטיניים" (באנגלית: The Palestinian Territories) בהתייחס לכלל שטח האזור ולרצועת עזה. הרשות הפלסטינית עצמה ניסתה סמוך להקמתה לבטל את השם "הגדה המערבית" ולהנהיג במקומו את השם "המחוזות הפלסטיניים הצפוניים" (المحافظات الفلسطينية الشمالية, להבדיל מרצועת עזה שנמצאת מדרום), אולם כיום השימוש במונח הזה נדיר ומוגבל רק למסמכים רשמיים של הרשות.
הכינוי "מחוז יהודה ושומרון" משמש במסמכים רשמיים של מדינת ישראל בהתייחס ליישובים הישראלים באזור, להיערכות צה"ל בו, לסטטיסטיקה בנוגע לאוכלוסייתו, לרישום תקציבים המופנים אליו וכיוצא באלה. על אף הכינוי "מחוז", הוא אינו מחוז במובן הרגיל של המילה, שכן החוק השורר בו שונה מהחוק השורר בישראל גופא. היחידה במשטרת ישראל שאחראית ליישובים הישראלים באזור מכונה "מחוז ש"י" (ש"י - שומרון ויהודה). בצה"ל נקרא האזור "איו"ש", ראשי תיבות של "אזור יהודה והשומרון".
בשיח הישראלי רווח הכינוי "יהודה ושומרון" בחוגי הימין והמרכז. לעומת זאת, בקרב חוגי שמאל המתנגדים לשליטה הישראלית בחבלי ארץ אלה, יש הרואים במונח זה כלי בהשתלטות הישראלית עליהם ומעדיפים על-כן את המונח "הגדה המערבית" או "השטחים הכבושים" (מונח רחב יותר, הכולל גם את רצועת עזה ורמת הגולן ובעבר כלל גם את סיני). כך, למשל, כאשר ראש הממשלה בנימין נתניהו השתמש בביטוי "הגדה המערבית" (באנגלית) בנאום היו שראו בזה סטייה מעמדותיו. המתנגדים לביטוי "השטחים הכבושים", רואים בשימוש במונח זה, ניסיון לטשטש את זהותו וזיקתו של האזור לעם ישראל. לעיתים, נעשה שימוש בביטוי המקוצר "השטחים". באחדים מחוקי מדינת ישראל משמש המושג "אזור" להתייחסות ליהודה והשומרון וחבל עזה.
מלחמת העצמאות.
עם פרוץ מלחמת העצמאות, ממלכת עבר הירדן פלשה מערבה לנהר הירדן והגיעה עד ירושלים, לרבות כיבוש העיר העתיקה. עיראק פלשה אף היא מעבר לנהר הירדן וכבשה את כל אזור הרי השומרון עד מבואות עמק יזרעאל והשרון, לרבות אזור ואדי עארה. מצרים, אשר פלשה מדרום, כבשה את הרי חברון ויהודה והגיעה לירושלים מדרום. מספר יישובים יהודיים באזור פונו מתושביהם בעקבות התקפות של מיליציות מקומיות בסיוע צבא מצרים וירדן, וכן בעקבות כיבוש גוש עציון טבח מגיני כפר עציון ונפילת הלוחמים בשבי. רוב התושבים היהודים מהיישוב הישן עזב מכבר את בתיהם בחברון, בעיר העתיקה (חצר גליציה וכדומה) ובכפרים שבהם היה רוב ערבי, כמו עזה, יפו, מי נפתוח (ליפתא) שכם, שפרעם וכפר זיתים. כמו כן תושבי הרובע היהודי בעיר העתיקה פונו או נפלו בשבי הלגיון הירדני. במהלך המלחמה הגיעו לאזור פליטים פלסטינים רבים מיישובים שנכבשו על ידי המחתרות העבריות וצה"ל. הפליטים הגיעו מיישובים באזור מישור החוף, שפלת החוף, הרי ירושלים ("פרוזדור ירושלים"), השכונות של ירושלים המערבית שנשארו בשליטת ישראל ואזורים אחרים, והם יושבו על ידי הירדנים במחנות פליטים סמוך לערים הגדולות - שכם, חברון, ירושלים ועוד.
בסוף המלחמה, הסכם שביתת הנשק בין ישראל וירדן יצר שטח חדש ממערב לנהר הירדן, אשר נקרא בפי רוב העולם הגדה המערבית (אף על פי שמונח זה שימש לתאר את כל ארץ ישראל ממערב לירדן טרם המלחמה). השטח נשלט על ידי ירדן אשר סיפחה אותו אליה באפריל 1950, ונחשב על ידי הממלכה כחלק אינטגרלי ממנה. הסיפוח זכה להכרה רשמית של בריטניה אך לא הוכר רשמית על ידי מדינות אחרות. חלק ממדינות הליגה הערבית התנגדו לסיפוח, ראו בו פגיעה ברעיון "אחדות פלשתינה הערבית", ואף איימו לגרש את ירדן מהארגון, אך זמן קצר לאחר מכן החליטה הליגה כי השטחים יישארו בידי ירדן כ"שטח נאמנות" עד שיימצא פתרון קבע.
קו הגבול בין ישראל לירדן היה חלק מקו הגבול המכונה "הקו הירוק".
מלחמת ששת הימים.
במלחמת ששת הימים נכבש השטח בידי כוחות צה"ל מידי הירדנים, לאחר שאלו הצטרפו ללחימה כנגד ישראל. לאחר המלחמה היה ויכוח ער, בו חלק משרי הממשלה צידדו בהחזרת האזורים שנכבשו בעקבות הלחץ הבין-לאומי לאחר מבצע קדש. על מזרח ירושלים החליטה הממשלה בשנת 1967 להחיל בצו את "המשפט, השיפוט והמינהל הישראליים" – בפועל, לספחה לישראל ולתת לתושביה תושבות קבע בישראל. בהמשך ניתנה להם הזכות להיעשות אזרחי המדינה. בספטמבר אותה השנה נערך ביהודה ושומרון (להוציא מזרח ירושלים) מפקד אוכלוסין, בו נמנו 595,900 נפש. כבר בשנים הראשונות לשלטון הישראלי, 1967–1969, נערכו בערי הגדה פעולות חבלה וניסיונות למרי אזרחי, שכללו שביתות, הפגנות והתפרעויות.
תחת הממשל הצבאי הישראלי, חולקו יהודה ושומרון לשבע נפות: ג'נין, טולכרם, שכם, רמאללה, ירדן (רצועה ממזרח לגב ההר לאורך בקעת הירדן), בית לחם וחברון.
בעקבות המהפך בשנת 1977 החלה ממשלת מנחם בגין להאיץ את הקמת ההתנחלויות בשטחי יהודה ושומרון וחבל עזה, וכן לחזק את הקשר של מזרח ירושלים לישראל. משרדי ממשלה והמטה הארצי של המשטרה נבנו בכוונה תחילה במזרח ירושלים. המונח "השטחים המוחזקים" הוחלף ברדיו בשנות ה-80 ל"יהודה ושומרון", והוחל שידור מזג האוויר באזור. בשנת 1980 נחקק המדגיש ש"ירושלים השלמה והמאוחדת היא בירת ישראל". יתר שטחי יהודה ושומרון מוחזקים עד היום בתפיסה לוחמתית, חלים עליהם ממשל צבאי וחקיקה צבאית ומעמדם הסופי לא הוכרע.
הקשר עם ממלכת ירדן.
מאז אובדן השטח ב-1967 ועד ל"ניתוק הזיקה" ב-1988, שאפה ממלכת ירדן להחזיר לעצמה את השליטה בגדה המערבית.
ב-1972, פרסם המלך את תוכנית הפדרציה לפיה תוקם פדרציה בשם "ממלכה ערבית מאוחדת" שבה יהיו שני מחוזות אוטונומיים: עבר-הירדן ובירתה עמאן; ופלסטין שבירתה ירושלים. עמאן תשמש גם בתור הבירה של הממלכה כולה, שבראשה יעמוד המלך שיהיה אחראי על כל נושאי החוץ והביטחון, כמו גם על נושא המיסים של הפדרציה כולה. ישראל הגיבה בשלילה ודחתה את התוכנית וכך עשה גם הארגון לשחרור פלסטין.
תוכנית רייגן מ-1982 דיברה על אוטונומיה פלסטינית מוגבלת בגדה המערבית תחת שלטון המלך הירדני, אולם בגין שלל את התוכנית ולכן לא קודמה.
ב-1983 הגו המלך חוסיין ויאסר ערפאת את תוכנית הקונפדרציה, לפיה ישראל תיסוג לקווי הפסקת האש משנת 1948 ותקום קונפדרציה ערבית שבה תהיינה חברות ירדן בגדה המזרחית ופלסטין בגדה המערבית. אולם ערפאת לא חתם על המסמך.
גורמים בישראל בחנו אפשרות להחזיר חלקים מהשטח לשלטון ירדני במסגרת מה שכונה "האופציה הירדנית". ב-1987 אף נחתם הסכם סודי בעניין זה – הסכם לונדון – בין שמעון פרס, שהיה אז שר החוץ, לבין המלך חוסיין, אולם ההסכם לא יצא לפועל עקב התנגדות ראש הממשלה באותה עת, יצחק שמיר.
ערפאת לא היה מוכן לקבל את החלטה 242 שהייתה בסיס לכל ההסדרים שהוצעו על ידי המלך, ולא היה מוכן לחתום על הסכמים שנוסחו לפי סיכומים בעל פה אתו, ולכן המלך הודיע ב-1986 על הפסקת התיאום הפוליטי עם אש"ף ובמקביל הצר את צעדי אש"ף בירדן. האינתיפאדה הראשונה גרמה למלך להבין שהפלסטינים לא מעוניינים בחסות הממלכה הירדנית ולכן, כמו גם מתוך חשש שהאינתיפאדה תפרוץ גם בירדן, הודיע המלך ב-1988 על ניתוק הזיקה בין ירדן לגדה המערבית, כך שמאז אין עוד תביעה ירדנית על השטח.
המעמד הנוכחי.
מאז מלחמת ששת הימים נמצאים יהודה ושומרון תחת שליטה ישראלית, אך פרט למזרח ירושלים עליה החילה מדינת ישראל את ריבונותה (צעד שרוב מדינות העולם אינן מכירות בו) נחשב האזור על ידי רוב מדינות העולם כ-"שטח שנוי במחלוקת" וב"תפיסה לוחמתית" על-פי אמנת ז'נבה הרביעית.
מדינת ישראל עצמה, מחילה את האמנה ביהודה ושומרון באופן וולנטרי.