תחילתו של זרם דתי זה במרחב הרומני הייתה בשנת 1687 כשלאופולד הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה הגרמנית, מבית הבסבורג סיפח את אגן הקרפטים לאימפריה שלו. בהתאם לדיפלומה של לאופולד הראשון משנת 1691 טרנסילבניה הפכה לאזור שבחסותה הישירה של החצר בווינה. השלטון האוסטרי בטרנסילבניה באמצעות דיפלומה נוספת של הקיסר מ - 9 באפריל 1693 הכיר בארבע דתות רשמיות: רומית-קתולית, הכסייה הלוטרנית אוגוסטנית או אוונגלית, הכנסייה הרפורמית הקלוויניסטית והכנסייה היוניטריאנית. דתות אחרות - הנצרות האורתודוקסית, הכנסייה הפרוסטנטית הצווינגליאנית, הכנסייה האנבפטיסטית והיהדות הוכרו כדתות נסבלות. כבר בשנת 1693 התחילו הישועים ברוח ה"קונטרה-רפורמציה" לעסוק בפעילות מיסיונרית בקרב הנוצרים האורתודוקסים בשטחים המסופחים של טרנסילבניה ובאנאט. בעשרות שנים האחרונות היו אלה נתונים בחסותה המנהלית ובהשפעתה של ההכנסייה הרפורמית ההונגרית. למשל, החלטות ראשי הכנסייה האורתודוקסית באלבה יוליה היו טעונות אישור הבישופים הרפורמים ההונגרים.
בשנת 1697 החל משא ומתן בין המיטרופוליט האורתודוקסי הרומני תאופיל סרמי מאלבה יוליה ובין הישועי לאסלו באראני שסיכמו על הצעה להכרה בארבעת סעיפי פירנצה (Council of Florence), לרבות ההכרה במעמד העליון של האפיפיור, תמורת השוואת המעמד של הכמרים הרומנים למעמד הכמורה הקתולית (ההונגרית והגרמנית).
אחד הנימוקים שהעלו תאופיל ולאסלו באראני כדי לשכנע את הכמרים האורתודוקסים להסכים לאיחוד עם רומא, היה הצורך להגן על האמונה הנוצרית האורתודוקסית מפני המומרים לקלוויניזם.
המיטרופוליט תאופיל סרמי כינס בשנת 1697 סינוד ("סבור מארה" Săbor Mare) כללי באלבה יוליה שבו השתתפו רוב רובם של בני הדיוקסיה שלו. אתנסיה אנגל הזהיר את המשתתפים מפני סכנת היעלמות הכנסייה האורתודוקסית הרומנית בטרנסילבניה תחת לחצי הרפורמציה ההונגרית והציג את האיחוד עם רומא כפתרון היחיד להצלת האמונה האורתודוקסית וכסיכוי טוב לשיפור תנאי החיים והפעילות של הכמורה הרומנית, שהייתה עד אז מדוכאת.
הסינוד השתכנע ואישר ב-21 במרץ 1697 את ההכרה של ארבעת סעיפי פירנצה - ראשונות האפיפיור, מקור רוח הקודש גם מאלהים-הבן (filioque),קיום כור המצרף והשימוש במצה מבצק חיטה שלא הוחמץ באוכריסטיה, וכן הכרה בכללים שנוצרו על ידי שני תקדימים: האיחוד בברסט והקמת הבישופות היוונית-קתולית הרוטנית במונקאץ'. תמורת הכרה זו השאיר האיחוד על כנם את הפולחן הביזנטי, הקאנונים של הכנסייה, לוח השנה, ושפת הפולחן הרומנית. הכנסייה בצורתה החדשה הזאת הייתה עמדה לקבל רשות להחזיק כנסיות בכל מקום, אפילו באזורים שבהם הדת הזאת הייתה מיעוט. התקבלה הבטחה שבאף אחת מהכנסיות של הדת היוונית-קתולית שפת הפולחן לא תהיה הלטינית, להבדיל מהנצרות הרומית-קתולית.
על אף הסתייגותם של מושל טרנסילבניה גיירג' באנפי, ושל הקאנצלר שלו, בתלן, אישר הקיסר לאופולד הראשון את איחוד הרומנים עם רומא.
הובטח שבעקבות חתימת האיחוד עם רומא תוכרנה לכמרים הרומנים שיסכימו לכך אותן הזכויות והפריבילגיות שזכו להן כמרי שאר הדתות הנוצריות באימפריה. בנוסף האוכלוסייה הרומנית שתאמץ את האיחוד תזכה בזכות ללמוד בבתי הספר הממלכתיים, בדומה לבני "שלושת הלאומים" המועדפות בטרנסילבניה - ההונגרים, הסקסונים והסקלרים.
עם זאת, המצב בשטח נשאר לא ברור. גם אחרי פרסום הצהרת האיחוד ולמרות הדיפלומה של הקיסר לאופולד משנת 1691, עדיין נשאר המטירופוליט הרומני עדיין תחת חסותה המשפטית בפועל של הכנסייה רפורמית. ביולי 1697 המיטרופוליט תאופיל סרמי נפטר באופן פתאומי ויש שחשדו כי הורעל.
חיזוק האיחוד עם רומא - הסינודים ב-1698 ו-1700.
המיטרופוליט האורתודוקסי החדש אתנסיה אנגל נסע לבוקרשט, עבר שם טקס הסמכה במיטרופוליה הרומנית וחזר עם מתנות מידי נסיך ולאכיה, קונסטנטין ברנקוביאנו. מצד שני ב-2 ביוני 1698 הקרדינל קולונויץ', ארכיבישוף פרימאט של הונגריה, אישר את תנאי האיחוד משנת 1698. בנסיבות אלה כינס אתנסיה אנגל סינוד חדש באוקטובר 1698 שהחליט להצהיר פעם נוספת על הכרה באיחוד. ההחלטה הידועה כ"מנשר האיחוד" נשאה את התאריך 7 באוקטובר 1698 והיא חתומה על ידי 38 פרוטופופים של הכנסייה הרומנית בטרנסילבניה. היא אושרה גם בחתימות של 2270 כמרים שנתנו הסכמתם לשינוי ההיסטורי. אתנסיה אנגל החליט להפר במודע את ציוויו של פטריארך ירושלים דוסיתאוס שאסר איסור מוחלט להנהיג את השפה הרומנית כשפת הפולחן במקום יוונית או סלאבונית.
בדרך כלל נחשב "מנשר האיחוד" מ-7 באוקטובר 1698 לתעודת הולדתה של הכנסייה היוונית-קתולית הרומנית.
ב-16 בפברואר 1699 הוציא הקיסר לאופולד את אותה "דיפלומה לאופולדינית" שבה קבע שהכנסיות והכמרים שהתאחדו עם רומא יזכו לאותן הזכויות כמו אלו של הכנסייה הרומית-קתולית. המאורעות עוררו מחאות רמות בקרב הקלוויניסטים ולכן הקיסר הבהיר בדיפלומה נוספת (ב-12 בדצמבר 1699) כי הרומנים חופשיים להתאחד עם אחת מארבע הדתות הרשמיות של האזור או להישאר בדתם כפי שהייתה.
סינוד רומני חדש שהתכנס ב-4 בספטמבר 1700 הזדהה שוב עם האיחוד עם רומא ואחרי ביקור בווינה בשנת 1701, הכריז המיטרופוליט אתנסיה אנגל כי הכנסייה הרומנית המאוחדת עם רומא איננה כפופה שוב למיטרופוליה בבוקרשט. לכן שנת 1700 נחשבת תכופות כשנת הקמת הכנסייה הרומנית המאוחדת עם רומא.
ההחלטה עוררה תגובות זעם מן הפטריארכיות של קונסטנטינופול וירושלים ומצד המיטרופוליט של "אונגרו-ולאכיה" בבוקרשט.
אתנסיה אנגל, שהצליח להשלים את המהלך הדתי-פוליטי של קודמו, תאופיל סרמי, הוקע כ"יהודה החדש". בעת המרד הטרנסילבני של פרנץ ראקוצי השני הקלוויניסטי, שבצבאו לחמו הונגרים לצד רומנים, סלובקים ורוטנים, הייתה הקפאה מסוימת בקשרים עם הכנסייה הרומית-קתולית וגברו הלחצים להעביר את הרומנים לדת הרפורמית. בהתחלה הייתה הסכמה מדעת להחליף את החסות מצד הכנסייה הקלוויניסטית בפיקוח של הישועים. תאולוגים ישועים הוסמכו על ידי הארכיבישוף של אסטרגום להשגיח על הסינודים הרומנים, ללוות את ביקורי הבישוף, לצנזר את ספרי הכנסייה המאוחדת החדשה, לעקוב אחרי מכתבי הבישוף הרומני ואחרי פנקסי הוצאותיו ולבדוק את המועמדויות לכמורה.
הרחבת העצמאות ושטח השיפוט.
תחילה, בשנים 1700–1853 הייתה הכנסייה היוונית-קתולית הרומנית כפופה לארכיבישוף הרומי-קתולי של אסתרגום, שהיה פרימאט של הונגריה. מנהיג הכנסייה היה הבישוף היווני-קתולי של העיר בלאז'. אליו הצטרף בשנת 1777 בישוף יווני קתולי שני באוראדיה מארה (בהונגרית - נאג' ואראד).
ארגונה הרשמי של הכנסייה כחלק מהכנסייה הקתולית נקבע ב-6 ביולי 1716 על ידי הצו "Indulgendum esse" של האפיפיור קלמנס האחד עשר.
לבקשת הקיסר בווינה, הרומנים שתמכו באיחוד עם רומא הציעו בשנת 1714 מועמד לתפקיד של בישוף - את יואן ג'ורג'ו פאטאקי ממחוז סולנוק. הוא היה כומר מיסיונר רומי-קתולי, שלמד ברומא. מינויו אושר על ידי הקיסר וב-23 בדצמבר 1715 הסכים פאטאקי להכיר בפולחן נוסח ביזנטיון, קיבל על עצמו את עול הנזירות והוכתר כבישוף יווני קתולי. בלחץ הכנסייה הרומית-קתולית באלבה יוליה בשנת 1721 אולצה הכנסייה הרומנית המאוחדת עם רומא להעביר את מושב הנהגתה לעיירה פגראש. באותה שנה נחנכה על ידי פאטאקי הקתדרלה היוונית-קתולית החדשה על שם ניקולאיה הקדוש בפגראש.
בשנים 1732–1744 בראש הכנסייה עמד הבישוף יואן אינוקנטיה מיקו-קליין אדם, שנשא תואר ברון ובשנת 1732 התקבל באופן יוצא מן הכלל כחבר בדיאטה של טרנסילבניה. אינוקנטיה מיקו-קליין ניסה להיאבק במגמת ההתבוללות של הרומנים מטרנסילבניה ובעד השוואת מעמדם לשאר הלאומים בחבל ארץ זה. שיגר לקיסר קארל השישי ואחר כך לקיסרית מריה תרזה 24 קובלנות בקשר למצב העגום של הרומנים בטרנסילבניה (לרבות תזכיר מפורסם משנת 25 בנובמבר 1743 ו"סופלקס ליבלוס" משנת 1744). בגלל מאבקו זה היה עלול להיזרק דרך החלון על ידי חברי הדיאטה הטרנסילבנית, התקומם נגד הפיקוח הישועי על כנסייתו, ונאלץ להתמודד עם אכזבת חלק מהקהל והכמרים הרומנים מאי מילוי ההבטחות הקיסריות שליוו את תהליך הקמת הכנסייה המאוחדת עם רומא, וכן עם התעמולה האנטי-קתולית של "עושה הנפלאות" האורתודוקסי הסרבי ויסריון סאראי. נקרא לחקירה בווינה והודח מתפקידו בפועל בשנת 1744 (התפטר סופית בשנת 1751). מחשש לעונש מאסר, יצא לגלות רומא. .בשנת 1737 העביר מיקו-קליין את מושב הבישופות מפגראש לעיר בלאז' ובשנת 1741 חנך את אבן הפינה של מנזר בלאז' שבנייתו הסתיימה ב-1747. מיקו-קליין התחיל גם את מיזם הקמת בתי הספר הרומנים בבלאז' שנפתחו בעת כהונת יורשו לתפקיד, הבישוף פטרו פאבל ארון.(1754).
הכנסייה היוונית קתולית המשיכה להיות ביריבות קשה עם המיסיונרים הקלוויניסטים ועם הכמרים של הכנסייה "היוונית-אורתודוקסית" הרומנית, שמעמדה נשאר נחות, והייתה כפופה לכנסייה הסרבית מקרלובאץ.
בקרב הרומנים אורתודוקסים המקופחים על ידי השלטונות המשיכה תסיסה נגד הכנסייה החדשה המאוחדת עם רומא, והיא היגיעה לשיא בשנת 1760 כשתקפו מורדים את בלאז' ואילצו את הבישוף פטרו פאבל ארון להימלט לסיביו.
בשנת 1761 אישרה הקיסרות את הקמתה של בישופות רומנית אורתודוקסית בעיר סיביו. בשנת 1784 במרד נגד הדיכוי של האיכרים הרומנים בראשות הוריה, קלושקה וקרישאן השתתפו רומנים בני שתי הדתות - נוצרית אורתודוקסית ומאוחדת עם רומא. הבישוף מבלאז' גריגורה מאיור תמך בחשאי במרד ומשנודע הדבר הודח על ידי השלטונות ונשלח למנזר. באותו זמן ההנהלה הסרבית של הכנסייה האורתודוקסית שיתפה פעולה עם השלטון נגד המורדים וזכתה משום כך לתגמולים מצדו.