המצרים היו הראשונים שהחלו בהשקיה כזו. השימוש הראשון בנילוס במצרים לצורכי השקיה החל כשזרעים נקלטו באדמה הבוצית שנותרה לאחר ההצפות העונתיות. שיטה זו שוכללה, ונוצרה השיטה המסורתית הידועה כ"אגן ההשקיה". במסגרת שיטה זו, האדמות במישורים שהוצפו במים מדי שנה, חולקו על ידי גדות למספר רב של אגנים בגדלים שונים. במהלך ההצפות, האגנים הוצפו במים למשך זמן של עד שישה שבועות, ולאחר מכן נוקזו. כשגובה פני המים ירד נותרה שכבה של סחופת נהר עשירה על האדמה. שיטה זו אפשרה לגדל יבול אחד בלבד מדי שנה, כך שהחקלאים היו נתונים לחסדי השינויים בהצפות השנתיות (ראו נילומטר).
לאורך גדות הנהר, באזורים הנמצאים מעל גובה השטחים המוצפים, נעשה שימוש בשיטות השקיה רב שנתיות אשר מנתבות את המים במגוון שיטות מסורתיות כגון: שימוש בבעלי חיים, שימוש במוטות ארוכים, "גלגל מים פרסי" ועוד. בימינו החליפו משאבות מכניות את השיטות המסורתיות.
כתוצאה מהמגבלות של השקית האגן, לרוב מחליפות אותה שיטות ההשקיה הרב שנתיות. שיטת ההשקיה הרב עונתית נכנסה לשימוש במצרים לקראת סוף המאה ה-19, בשיטה זו נותבו מי הנילוס על ידי סכרים קטנים שנבנו על פני הנהר. במאה ה-20 הושלמה בנייתו של סכר אסואן וכך למעשה התבססה הדומיננטיות של שיטת ההשקיה הרב שנתית.
בסודאן.
מדינה נוספת העושה שימוש במי הנילוס לצורכי השקיה היא סודאן, אם כי ההסתמכות שלה על הנהר אינה מוחלטת, מאחר שבאזור הדרומי של המדינה יורדת כמות גשם נאה. השימוש בהשקיית האגן בסודאן הוא מועט מאחר שפני השטח באזור זה אינם שווים, כמות הסחופת העשירה שנצברת אחרי ניקוז מי ההצפות היא פחותה בהשוואה לזו שבמצרים, וכמות המים המציפים את השטח משתנה בתנודות גדולות יחסית מדי שנה. החל משנת 1950 פינו השיטות המסורתיות של ההשקיה את מקומן ברוב האזורים בסודאן לטובת משאבות ממונעות הפועלות על גדות הנילוס לאורכה של המדינה. ההשקיה הרב שנתית בסודאן החלה לאחר השלמת בנייתו של סכר סנאר על גדות הנילוס הכחול ב-1925. לאור הצלחת הסכר נבנו סכרים נוספים בהיקף גדול ברחבי המדינה.
סכרים ומאגרים.
בשנת 1843 התקבלה החלטה להקים סדרת סכרים לאורך הנילוס באזור הדלתא של קהיר כדי להעלות את מפלס המים, על מנת שיאפשר השקיה ושיט על הנהר. תוכנית הקמת הסכרים הושלמה רק בשנת 1861 ובמהלך השנים היא עברה הרחבות ושיפורים. התוכנית מהווה נקודת ציון משמעותית בתחילת תהליכי ההשקיה המודרנית בעמק הנילוס. בשנים שלאחר מכן נבנו מספר סכרים בולטים בהשראת תוכנית זו, בהם סכר זיפתה, סכר אסוט וסכר איסנה.
סכר אסואן הוקם בשני שלבים. תחילה נבנה באסואן סכר אסואן הנמוך (או 'הקטן'), בין השנים 1899 ל-1902. בסכר הותקנו ארבעה שערים המווסתים את גובה המים, במטרה לאפשר שיט לאורך הנהר. תכנונו הראשוני של הסכר התגלה כבלתי מתאים והוא הוגבה בשתי תקופות: 1908–1911 ו-1929–1934. הרחבות אלו תרמו להעלאת מפלס המים ולהגדלת תכולתו של הסכר. בסכר קיים גם מפעל הידרו-אלקטרי המסוגל לייצר למעלה מ-345 מגה ואט.
בשלב השני, נבנה סכר אסואן הגבוה, הממוקם כ-965 ק"מ דרומית לקהיר ו-6.5 ק"מ דרומית לסכר אסואן הראשון, בנקודה שבה רוחב הנהר הוא כ-550 מטר. הסכר מתוכנן לשלוט במימי הנילוס כך שישמשו לעיבוד אדמות חקלאיות, ייצור אנרגיה הידרו-אלקטרית והגנה מפני הצפות של אזורי חקלאות והתיישבות אוכלוסייה הנמצאים במורד הזרם. העבודה על הסכר החלה ב-1959 והושלמה ב-1970. הוא מתפרס על פני כארבעה קילומטר וגובהו כ-111 מטרים. ביכולתו לייצר כ-2,100 מגה ואט של אנרגיה הידרו-אלקטרית. הסכר יצר אגם גדול הקרוי אגם נאצר.
המטרה המרכזית לשמה הוקם סכר אסואן הגבוה היא כדי לאגור כמות מספקת של מים וכך להגן על מצרים מפני סכנות כדוגמת מספר שנים רצופות של הצפות מעל הממוצע, או להפך, חוסר מים. כל זאת נועד כדי להבטיח זרימת מים קבועה מן הנילוס למצרים ולסודאן. בהסכם שנחתם בין שתי המדינות בשנת 1959 נקבעה הכמות המקסימלית של המים בה תוכל כל מדינה לעשות שימוש. הקצאת המים נקבעה ביחס של 1:3 לטובת מצרים.
סכר אסואן הגבוה היווה מקור למחלוקת במהלך הקמתו וגם לאחר שהחל לפעול. המבקרים מאשימים את בוני הסכר בכך שמים נטולי סחופת הזורמים תחת הסכר מביאים לפגיעה ביסודות של סכרים נוספים באזור. בנוסף, החלשת זרם הנהר כתוצאה מבניית הסכר הביאה לכך שהשטחים הנמוכים הוצפו במים מלוחים שמקורם בים התיכון. הדבר גרם לכך שאוכלוסיית הדגים הצטמצמה באורח דרמטי כתוצאה מאובדן סחופת מזינה וחדירתם של מים מלוחים לסביבה טבעית של מים מתוקים. מנגד, המצדדים בבניית הסכר טוענים כי למרות חסרונותיו, העובדה שהסכר מספק מלאי מים קבוע וכמות אנרגיה גדולה, מהווה יתרון עצום שעולה על החסרונות. למשל, נראה כי הסכר סייע למצרים להימנע ממחסור חמור במים בין השנים 1984–1988.
סכר סנאר, הממוקם על תוואי הנילוס הכחול שבסודאן, מספק מים למישור אל ג'זירה בתקופות השנה שבהן מפלס המים של הנילוס הכחול הוא נמוך. בנוסף, סכר זה מייצר אנרגיה הידרו-אלקטרית. סכר אחר, הידוע בשם ג'בל אל-אווליה, אשר ממוקם על הנילוס הלבן, החל לפעול בשנת 1937. מטרת הקמתו הייתה כדי להגדיל את מכסת המים הזמינה למצרים בתקופה שבה מפלס המים נמוך (בין החודשים ינואר ליוני). סכרים נוספים, ובהם הסכר בקאשם אל-קירבה (החל לפעול בשנת 1964) וסכר אר-רוסייריס על הנילוס הכחול (הושלם בשנת 1964) אפשרו לסודאן לנצל את מכסת המים המקסימלית שהוקצבה לה מאגם נאצר.
באוגנדה, אגם ויקטוריה הוסב למאגר לאחר השלמתו בשנת 1954 של סכר מפלי אוון (כיום: סכר נאלובל). הסכר מאפשר אגירה של עודפי מים בשנים של הצפות גדולות, ובכך ניתן להשלים את כמות המים הדרושה בשנים בהן מפלס המים נמוך מן הממוצע הדרוש. במקום מצוי גם מפעל המנצל את מפלי המים להפקת אנרגיה הידרו-אלקטרית שמשמשת את התעשיות של אוגנדה וקניה.
סכר אסואן היווה מקור לתקוות גדולות מצד העם במצרים. נאצר הכריז כי סכר אסואן יהפוך את מצרים לגן עדן עלי אדמות. הוא היה אמור להרחיב את שטחי החקלאות, להגדיל את ייצור המזון, תוכננו להיפתח שטחי חקלאות בעמקים בלתי מיושבים במערב מצרים, למנוע הצפות בעונת הגאות (יולי-אוקטובר), הספקת מים קבועה לנילוס במשך כל השנה, הגדלת מספר הגידולים בגלל השקיה קבועה, לספק חשמל הידראולי זול ובאופן קבוע, לפתח אתרי תיירות באגם נאצר, וכן פיתוח דייג באגם.
תחבורה.
נהר הנילוס משמש כנתיב ימי חשוב לתעבורת אנשים וסחורות. הדבר קורה בעיקר בעונת ההצפות אז התחבורה הממונעת אינה בת ביצוע. במצרים וסודאן, מרבית הערים ממוקמות על גדות הנהר כך שהמעבר ביניהן מתבצע לעיתים רבות באמצעות כלי שיט.
בסודאן, שירות התחבורה המסופק לאורך הנילוס מתפרס על פני כ-3,860 ק"מ. עד 1962 שירות זה היה היחיד שחיבר בין חלקיה הצפוניים לדרומיים של המדינה.
במצרים, הנקודה הדרומית ביותר אליה ניתן להגיע באמצעות שיט בנהר היא אסואן. אלפי סירות קטנות שטות בנתיבים הימיים של הנילוס ואזור הדלתא.
צמחייה ובעלי חיים בנילוס.
באזורים שבהם לא קיימת השקיה מסודרת, חיי הצמחייה הפראית הטבעית מתאפשרים במידה רבה, הודות לכמויות הגשמים היורדות לאורך השנה. צמחייה אופיינית בחלק מאזורי הנילוס, בשל השילוב בין הגשמים והחום, היא יערות גשם טרופיים, המשתרע לאורך הנהר באזור קונגו, במישורים שסובבים את האגמים ובדרום מערב אתיופיה. ביערות אלו גדל מגוון רחב של עצים וצמחייה טרופיים, כגון עצי הובנה, בננה, גומי, במבוק ושיחי קפה. עירוב של קרקע מיוערת ואדמה ערבתית בא לידי ביטוי בדלילות ופיזור רחב של עצים בגובה בינוני המעוטרים בעלים דקיקים, כאשר הקרקע סביבם מכוסה בדשא ועשב רב עונתי. מראה זה אופייני לחלקים גדולים הסובבים את האגמים, חלקים מהרמה האתיופית, האזורים שבשולי הנילוס הכחול ליד אר-רוסייריס ובדרום אזור נהר הגזאל.
במישור הסודני, הנוף מתאפיין בתערובת של שיחים דקים, עצים קוצניים ואדמה ערבתית. סביבה זו סובלת מהצפות במהלך עונת הגשמים, בייחוד באזור הסאד של דרום מרכז סודאן, המהווה שטח של כ–100,000 מיילים רבועים. אדמה זו, יחד עם הגשמים המציפים אותה בעונתם, מהווים כר גידול נוח לצמחייה כגון גומא פפירוס, חזרן, קנה מצוי, סוף מצוי, חסה, מינים של חבלבל ויקינטון המים.
באזור שמצפון לקו רוחב 10 מעלות, נוצרה חגורה של סוואנה קוצנית, המתאפיינת באוכלוסייה מעטה של עצים, שיחים קוצניים ועשבייה העולה על פני השטח לאחר הגשמים. צפונית משם, במקומות בהם כמות הגשמים דלה יותר, מדלדלת הצמחייה עוד יותר ואזור זה מנוקד בשיחים קוצניים קטנים בלבד. מאזור ח'רטום וצפונה מתפרס מדבר בו כמות המשקעים זעומה. במקום זה כמעט שלא קיימת צמחייה, ועשבים קטנים לאחר הגשמים מחזיקים מעמד שבועות ספורים בלבד.
צפונה משם, במצרים, הצמחייה שעל גדות הנילוס היא ברובה תוצר של טיפוח והשקיה מלאכותית.