פרסום המקורות המוסלמים על ממלכת הכוזרים ותגליותיו – האמיתיות והמזויפות – של פירקוביץ' העצימו את התעניינות המשכילים היהודים ברוסיה בסיפור הכוזרי. ב-1867 פרסם יוסף יהודה לערנער באודסה ספרון בשם "הכוזרים" ואברהם אליהו הרכבי, מראשוני ההיסטוריונים היהודים ברוסיה, שפרסם את נוסח מכתב המלך הכוזרי יוסף שאברהם פירקוביץ מצא בגניזה, התייחס לנושא במחקריו. בתנועת חיבת ציון ובין סופרי תקופת התחיה היו שנמשכו אל הסיפור הסיפור הכוזרי וראו בקיומה של ממלכה יהודית עצמאית ולוחמת בעבר הוכחה לאפשרות תקומת הלאום היהודי.
ראשיתה של ההיפותזה על מוצא היהודים האשכנזים מן הכוזרים קשורה בדיונים על מהות מושג הלאום והגדרתו שנכרכו במאה ה-19 בסוגיות שהעלתה תורת הגזע. אחד הראשונים שהציג את ההיפותזה של קשר אפשרי בין מוצא היהודים האשכנזים במזרח אירופה ובין הכוזרים היה הפילוסוף וחוקר הדתות ארנסט רנן. בהרצאה שנשא בפריז ב-1883 שהוכתרה בשם "היהדות – כדת וכגזע". שאלות על הקשרים בין לאום, דת וגזע עלו בדיונים על מעמד היהודים ומקומם בחברה, שהחריפו דווקא לאחר האמנציפציה, ככל שתורת הגזע התפשטה והקונפליקטים הלאומיים באירופה לא נפתרו. כך העלה איזידור לב, רב, ומזכיר חברת כל ישראל חברים ב 1885 את ההיפותזה על מוצא היהודים האשכנזים מן הכוזרים במאמר שבו ניסה לנמק את זכותם של היהודים לשוויון זכויות מלא במדינה ובחברה בטענה שאין הם מגזע שונה ולכן אינם זרים. האנתרופולוג היהודי רוסי סמואל ויסנברג העלה את ההיפותזה כדי לטעון שליהודי רוסיה יש שורשים עתיקים דווקא בקווקז ובערבות רוסיה. ב 1909 הוצגה התאוריה בספר בשם הכוזרים שפרסם הוגו פון-קוצרה, שזכה לתהודה ניכרת.
ההיסטוריונים גרץ, דובנוב, ובן-ציון דינור ששילבו את סיפורה של הממלכה הכוזרית כפרק בתולדות היהודים בימי הביניים, התייחסו ליהדותם של הכוזרים במידה רבה של אמון. עם זאת הם לא קישרו בין היהודים האשכנזים לבין הכוזרים והתעלמו מתיאורית מוצא האשכנזים מן הכוזרים. בשונה מהם, ההיסטוריון היהודי-פולני יצחק שיפר מצא בתיאוריה על הגירת כוזרים מיוהדים הסבר לגידול הדמוגרפי של היהודים בפולין ומזרח אירופה.
ההיפותזה על מוצאם של יהודי מזרח אירופה מן הכוזרים זכתה במחקר מקיף ומפורט בספר "כזריה – תולדות ממלכה יהודית באירופה", שכתב המזרחן וההיסטוריון אברהם פולק. הספר שפורסם לראשונה בתל אביב ב-1944 יצא בשתי מהדורות נוספות ואף זכה בפרס ביאליק. בניגוד לדעה המקובלת על מרבית ההיסטוריונים סבר פולק שממלכה כוזרית מוחלשת ומצומצמת בשטחה המשיכה להתקיים עד המאה ה-12, וכי כוזרים מיוהדים היגרו מערבה לפולין, ליטא, הונגריה וגליציה. פולק סבר שההתיהדות הקיפה בזמנו את כל תושבי הממלכה הכוזרית וכי אוכלוסייה גדולה זו שהיגרה מערבה במאה ה-12 ואחריה, הייתה היסוד לקהילה היהודית במזרח אירופה ויהודים שהיגרו למזרח אירופה מגרמניה וממרכז אירופה נטמעו בה. פולק ביסס את טענותיו על הימצאות יסודות סלאביים וטורקיים בשפת היידיש, על שמות של מקומות ישוב שיש בהם, לדעתו, רמז כוזרי, על יסודות טורקיים-כוזריים המשוקעים בשמות משפחה של יהודים במזרח אירופה ואפילו על היבטים גזעיים אנתרופולוגיים. הוא מצביע על מאפיינים של "הטיפוס הגזעי המונגולי" בקרב יהדות מזרח אירופה ואפילו רואה בסגנון הלבוש היהודי כמו כובע השטריימל מאפיין שמקורו עשוי להיות טאטארי ולכן כוזרי. ספרו של פולק, שלא היה מעיקרו היסטוריון של תולדות היהודים, התקבל בהערכה אך גם בביקורת רבה. דווקא שלום בארון, בספרו המונומנטלי "היסטוריה חברתית ודתית של עם ישראל", ראה סבירות רבה בכך שמהגרים ופליטים יהודים ומתיהדים מכזריה הגיעו לאזורים נרחבים במזרח אירופה והניחו את הבסיס לקהילות היהודיות שם ביחד עם יהודים שהגיעו מהמערב.
בעוד שהיסטוריונים כמו פולק ובארון לא חששו שתיאורית הקשר הכוזרי-אשכנזי עשויה לפגוע בזכויות הלאומיות של העם היהודי היו מי שראו בה מכשיר לניגוח התביעות הציוניות לארץ ישראל. בהרצאה בשנות החמישים של המאה העשרים, האשים משומד בעל דעות אנטישמיות ומכחיש שואה את היהודים שבהיותם כביכול כוזרים, גרמו להרחבת מלחמת העולם הראשונה, ולתבוסת גרמניה על ידי הכנסת ארצות הברית למלחמה, וכל זאת למען הצהרת בלפור על מדינה שאינה מגיעה להם, היות שאינם צאצאי עם ישראל המקורי. תאוריה זו שימשה ומשמשת קבוצות פרו-פלסטיניות, שביקשו להשתמש בה לשלילת זכותם של היהודים על ארץ ישראל.
השיח על הקשר הכוזרי-אשכנזי, שהיה בעיקר נחלתם של היסטוריונים, הפך למחלוקת חריפה ופומבית שלקחו בה חלק גורמים אנטישמיים ואנטי-ציוניים בעקבות פרסום הספר "השבט השלושה עשר" של הסופר האנגלי-יהודי יליד הונגריה, ארתור קסטלר ב-1976. התזה המרכזית בספרו של קסטלר הייתה כי מוצאה של יהדות אשכנז הוא מן הכוזרים. קסטלר האמין שיהיה בכך כדי לפגוע בבסיס לאנטישמיות באמצעות שלילת הקשר בין היהודי האירופאי ובין היהודי המקראי, לו מיוחסת הריגתו של ישו. הספר זכה להתקפות רבות וגם לפופולריות עצומה. שיח זה הועצם והחריף לאחר פרסום ספרו של ההיסטוריון שלמה זנד "מתי ואיך הומצא העם היהודי" ב-2008. הספר מציג את התגיירות הכוזרים כחלק מתנועת גיור רחבה ביותר שהחלה כבר בתקופת הבית השני שהביאה להקמת קהילות של מתייהדים ברחבי האימפריה הביזנטית, בתימן ובצפון אפריקה. לטענתו אין בסיס למושג "עם יהודי" וכי היהודים הם בעיקרם עדה דתית, וכמו "עמים" רבים אחרים הם "אומה מדומיינת" שאין כל קשר אתני בין מרכיביה. המגמה הגלויה והמוצהרת של זנד בספרו הייתה לערער את הבסיס ההיסטורי-עובדתי של האידאולוגיה הציונית הרואה את היהודים כעם וכאומה ששורשיה ההיסטוריים הם בארץ ישראל. הספר עורר עניין רב בישראל ובעולם ותורגם לשפות רבות. גורמים אנטי-ציוניים קיבלו את הספר בהתלהבות רבה אך מרבית החוקרים של תולדות היהודים ביקרו אותו בחריפות רבה בטענה שהעובדות המוצגות בו הן סלקטיביות ומוטות.
עם התפתחות מחקר הגנטיקה של אוכלוסיות נערכו כמה בדיקות גנטיות ביהודים אשכנזים בימינו והשוואתם לאוכלוסיות באזור הגאוגרפי שבו התקיימה ממלכת הכוזרים. ע"פ רובם ככולם של המחקרים, מוצאם של יהודי אשכנז הוא ממקור לבנטיני, הן ברמת תפוצת כרומוזום Y מהפלוגרופ ממקור מזרח-תיכוני, והן ברמת תפוצת גנום מיטוכונדריאלי אשר מקורו גם כן בלבנט. לא נמצאו תימוכין למוצא מאזור ממלכת הכוזרים דווקא, וההשערה הרווחת היא כי יהודי אשכנז בדומה לשאר יהודי העולם מקורם מאוכלוסייה ארץ-ישראלית קדומה, בהתאם לתפיסה היהודית המסורתית. כמו כן נמצא שכמעט כל היהודים בעולם חולקים מספר מצומצם של אבות (באמצעות כרומוזום Y )ואימות (באמצעות הגנום המיטוכונדריאלי) משותפים.
במהלך העשור השני למאה ה-21 ערך הגנטיקאי הישראלי ד"ר ערן אלחייק מספר מחקרים שבהם לטענתו מצא בגנום של יהודי אשכנז קשר גנטי עם אוכלוסיות דרום קווקזיות כגון הארמנים, יהודים הרריים, גאורגים ופרסים, אותן הוא מגדיר "כוזריות". כנגד מסקנותיו נטען כי אוכלוסיות אלה מעולם לא חיו בממלכת הכוזרים, והכוזרים מעולם לא שלטו בשטחי דרום הקווקז באופן ישיר, וכן שמרבית האוכלוסיות הללו כלל אינן מוגדרות "קווקזיות" ולמעשה קרובות גנטית לאוכלוסיות נוספות במזרח הקרוב. כמו כן, גם המתודולוגיה של המחקר נמצאה בעייתית לאחר שהחוקרים מהמאגר העולמי שממנו אסף אלחייק את הנתונים על עמי הקווקז; גילו ביחד עם חוקרים נוספים ש"הגן הכוזרי" שמצא אלחייק, נמצא נפוץ יותר בקרב יהודים ספרדים ומזרח תיכוניים מאשר בקרב אשכנזים. מנגד, מציעים אחרים הסבר חלופי לפיו המראה "האירופאי" של האשכנזים נובע מהתגיירות של נשים נוכריות מדרום אירופה שנטמעו בקהילות היהודיות המקומיות. מחקר נוסף טוען באופן דומה שהקבוצה המייסדת נוסדה מנשואי תערובת בין מהגרים יהודים מהמזרח התיכון למתגיירים דרום אירופאים.
כיום כל ההיסטוריונים החשובים ברחבי העולם של תולדות היהודים במזרח אירופה, וכן של תולדות האזור בימי הביניים שוללים בנחרצות את ההיפותזה על מוצא יהדות מזרח אירופה מן הכוזרים. מחקר מקיף של תעודות בארכיונים רוסים שנפתחו לחוקרים לאחר נפילת ברית המועצות מוצא בהן נוכחות ניכרת של יהודים, כוזרים, או יהודים-כוזרים, אך אין בהן כדי להעיד על הגירה מסיבית של כוזרים-יהודים לרוסיה ולארצות מזרח אירופה אחרות.
חלק מיהודי פודוליה טענו כי מוצאם מגירוש ספרד, לפי עדות מנחם נחום ליטינסקי מאודסה בספרו משנת 1895; לאחרים מביניהם היו טענות אחרות למוצא מקהילות יהודיות אחרות ממערב לפודוליה (מחבלי פולין, בוהמיה והונגריה) או ממזרח לה (מממלכת הכוזרים, מחצי האי קרים ומקייב) שמהן הגיעו.
ספרות בדיונית על הכוזרים.
כהמשך לספר הכוזרי, כתב הרב דוד ניטו מאנגליה את הספר מטה דן המכונה גם ה"כוזרי שני", בו הוא מתאר ויכוח של מלך הכוזרים עם חכם יהודי, המוכיח לו כי היהדות הרבנית היא דת משה האמיתית, ולא היהדות הקראית. בהקדמת ספרו הוא מציין כי על אף שלא ידוע אם התקיים הוויכוח המתואר בספר הכוזרי של ריה"ל, הוויכוח המתואר בספר זה הוא בדיוני לחלוטין.
"מילון הכוזרים", מאת הסופר הסרבי מילוראד פאביץ', הוא יצירה מפורסמת העוסקת בכוזרים. הספר, שעלילתו בדויה לחלוטין, בנוי כלקסיקון של ההיסטוריה הכוזרית ומחקרה לאורך השנים.