היסטוריון השואה האמריקאי ראול הילברג טען, כי לא התקווה להינצל עמדה בבסיס החלטת היהודים להימנע מהתנגדות לנאצים, אלא חוסר מיומנותם בלחימה, ומנטליות הציות שהשתרשה אצלם לאורך היסטוריית הגלות.
לטענתו, במשך דורות רבים יהודי הגולה למדו שכדי לשרוד צריך להימנע מהתנגדות. בהיותם מיעוט הנתון תמיד בסכנה, הם למדו שאפשר למנוע סכנה ולשרוד לאורך זמן - על ידי פיוס וריצוי אויביהם.
לכן, בניסיון למנוע "התגרות" מיותרת, נענו היהודים תמיד לכל צו והוראה של הגרמנים, בקוותם שעם הזמן הכיבוש הנאצי יגיע לקיצו.
לעומתו, חוקר השואה ישעיהו טרונק מדגיש היבטים אחרים של ההתנגדות הפיזית לגרמנים, ביניהם:
מעל לכל מדגיש טרונק במיוחד את ההיבט האחרון – האחריות הקולקטיבית. כל פעולת מרידה או הימלטות מהגטו, בין של יחידים או של קבוצות, לוותה מיידית בענישה קולקטיבית שגרמה לרציחת יהודים המונית, והרעת התנאים בכל הגטאות. אפשרות בריחה כזו הייתה רק לצעירים חסרי משפחה. מבוגרים ובעלי משפחות נמנעו מבריחה מהגטו, ובוודאי התקשו לשרוד את התנאים הקשים ביערות - לשם התנקזו רוב הבריחות. טרונק מביא כמה דוגמאות לסיטואציות כאלה, ולדעתו זו הסיבה העיקרית לקונפליקטים שהתגלעו בין ההנהגות היהודיות לבין גורמי מחתרת יהודיים.
מערכת היחסים בין המחתרות ליודנראט ואסירי המחנות.
עמדת המחתרות הלוחמות בדבר הצורך להתקומם כנגד הנאצים נגדה פעמים רבות את עמדת יושבי המחנות והנהגתם היהודית - היודנראטים.
שלב ראשון: מחלוקת על מטרת ההשמדה.
המחלוקת העקרונית הראשונה בין תנועות הנוער והמחתרות לבין האוכלוסייה והנהגות היהודים התמקדה בשאלה, האם יש לראות בהרג שהתבצע תופעה זמנית ומוגבלת, או שמדובר בהשמדה עקבית ושיטתית הנובעת מתפיסה אידאולוגית שמגמתה חיסול כל יהדות אירופה.
כל עוד לא הייתה ודאות ליהודי הגטאות כי פני הגרמנים להשמדה פיזית מוחלטת של יהדות אירופה, וכל עוד הייתה להם תקווה כי קיים סיכוי כלשהו שחלק מהיהודים יצליחו לעבור את המלחמה בשלום ולשרוד - הם סברו כי אסור למרוד, זאת מכיוון שמרידה היא פעולה הרפתקנית וחסרת אחריות. היודנראטים סיגלו להם תפיסה האומרת, כי הפיכת יהודים לאלמנט יצרני התורם למאמץ המלחמתי הגרמני תשכנע את הנאצים לספק ליהודים תנאי מחיה מינימליים. בתחילת תהליך ההשמדה לא שיערו יושבי הגטו את הגורל הצפוי להם. גם כשנפוצו שמועות מחרידות, היהודים לא האמינו שאכן יכולה להתרחש השמדת עם. משהתחוורה האמת כבר נכחדו מרבית הקהילות.
פעילי תנועות הנוער שאלו עצמם, לאור מה שראו במחנות, ולאור הידיעות שהסתננו על השמדת יהודים במקומות שונים - האם רציחות אלו הן תופעות מקומיות או ראשיתו של מבצע השמדה כולל; הם הגיעו למסקנה שאין לסמוך על הגרמנים וכי מדובר באידאולוגיה כוללת להשמדת העם היהודי. התנועות הפיצו מנשרים רבים במחנות השונים והחלו להתארגן כדי להקים ארגוני לחימה.
למרות המחלוקת, בשלב זה נמנע קונפליקט גדול בין תנועות הנוער והמחתרות לבין יושבי המחנות והיודנראט, מכיוון שעד תחילת ההשמדה ההמונית בשנת 1942 לא היוותה הלחימה אלטרנטיבה למצוקת היהודים ולרצון להצלת החיים.
שלב שני: מחלוקת על הצלה חלקית או מרד.
המחלוקת השנייה בין המחתרות לבין יהודי המחנות והיודנראטים הייתה בשאלה אם להעדיף הצלה חלקית של יהודים, גם במחיר שליחת יהודים אחרים למוות - כפי שהוכרחו היודנראטים לנהוג - או שמא עדיפה אופציית הלחימה, בה דגלו המחתרות.
היודנראטים נדחקו בהדרגה להשלמה עם הגירושים החלקיים להשמדה, ובמקרים רבים גם לסיוע פעיל לנאצים במהלך גירושים אלה, מתוך הנחה שיעלה בידם לחלץ ולהציל חלק מתושבי הגטו. התגברות תהליך הגירושים היווה קו אדום בעיני תנועות הנוער וארגוני הלחימה, שראו באנשי היודנראט בוגדים. תנועות הנוער וארגוני הלחימה קראו לאסירי המחנות לא להישמע להוראות היודנראט, ולהתארגן לפעולה לקראת התקוממות. גם בלב תושבי המחנות עצמם התעורר ספק לגבי אפשרות ההצלה החלקית, ורובם פסחו על שתי הסעיפים ולא הצטרפו לתנועות ההתנגדות. לעיתים אף גילו יחס עוין למורדים, בעיקר אחרי פעולות עונשין קשות של הנאצים אחרי כל אירוע של התנגדות ומרי. גם תחושות החרדה שחשו היהודים לקרוביהם ולמשפחתם תרמו להתנגדות לניסיונות מרי. כך למשל, הייתה הסתערות-זעם של המון יהודי על אנשי הארגון הלוחם בגטו וילנה בגלל החשש לחיסול הגטו אם המחתרת לא תסגיר לנאצים את מפקדם, יצחק ויטנברג.
מול עמדתם של אנשי המחתרות, הייתה עמדות היודנראטים וחלק ניכר מאסירי הגטאות - שבלי מרד אפשר יהיה להציל מספר רב יותר של יהודים. ארגוני הלחימה הפכו בשלב זה להנהגה אלטרנטיבית, לגוף המבקש להצביע על דרך פעולה בה יש לנקוט, ולהדריך לקראתה את הציבור. רק בתום האקציות הגדולות בגטאות השונים היה ברור כבר למעט היהודים שנשארו הגורל הצפוי להם, ואז הם השתכנעו שעדיפה התנגדות, גם במחיר מוות תוך כדי לחימה, על פני שילוח פסיבי למחנות ההשמדה.
יחס היודנראט בגטאות השונים.
בחלק מהגטאות כאמור, אנשי היודנראט התנגדו להתקוממות ואף פעלו להכשילה. בגטו וילנה הייתה התנגשות אלימה בין המשטרה היהודית (הכפופה ליודנראט) בפיקודו של יעקב גנס, לבין המחתרת היהודית; בגטו לודז' ראש היודנראט, חיים מרדכי רומקובסקי, התנגד בכל מאודו למרידות ופעל נגד לוחמי המחתרת.
עם זאת, קיים תיעוד על יודנראטים שתמכו באנשי המחתרות, ואף היו ביניהם כאלה שהצטרפו למרידות נגד הנאצים:
המרידות.
מרידות בגטאות.
כשנודע ליהודים בגטאות על פעולות האיינזצגרופן מ-1941, ועל מה שקורה במחנות ההשמדה, הם הבינו כי נגזר גורלם למוות. ב-31 בדצמבר 1941 פרסם אבא קובנר כרוז מגטו וילנה, בו תיאר את השמדת העם היהודי, ועורר את תושבי הגטאות למרד במילים: "אל נלך כצאן לטבח!".
חברי תנועות הנוער הציוניות התארגנו במחתרות והמשיכו בפעילותם האידאולוגית. הם הגישו עזרה, יצרו קשר בין הגטאות השונים תוך סיכון חייהם, הבריחו צעירים רבים למקום בטוח והעבירו אותם לארצות נייטרליות, הפיצו עיתונים מחתרתיים בהם ידיעות על המצב, וקריאה ליהודים להצטרף למרד, ומעל לכל הם ארגנו תנועת התנגדות מזוינת נגד הנאצים.
בסופו של דבר, ברוב הגטאות נערכו ניסיונות מרד, חרף הקשיים הנוראים. המרידות פרצו בעת כניסתם של הגרמנים לגטו לביצוע "אקציה".
המרידות המזוינות הראשונות בגטאות התרחשו בניאסוויז', בגטו קלצק הסמוך וכן בלחווא. ככלל, העדויות מעלות כי תגובת היהודים במחוז נובוגרודק שבמזרח פולין התאפיינה בהתנגדות לכובש הגרמני ובלחימה נגדו. כאשר נכנסו הגרמנים לגטו לחווא, הבעירו הלוחמים מבנים באש וחברי המחתרת תקפו את הגרמנים שנכנסו לגטו. גדר הגטו נפרצה, וכ-1,000 יהודים הצליחו לברוח בחסות המחתרת.
מרד גטו ורשה היה המרד הגדול מכולם, שנערך בגטו הגדול ביותר, הוא גטו ורשה. ייחודו של מרד גטו ורשה הוא בכך שכל יושביו של הגטו נטלו חלק במעשה המרד. ב-18 בינואר 1943, פרץ השלב הראשון במרד, בעת שהגרמנים ביצעו אקציה. באפריל אותה שנה, בערב פסח, פרץ המרד, ובו השתתפו שני ארגוני ההתנגדות שפעלו בגטו במקביל, הארגון היהודי הלוחם והארגון הצבאי היהודי. חברי המחתרת היהודית ארבו לגרמנים, ולאחר כניסתם לתוך הגטו פתחו עליהם באש. הגרמנים נאלצו לסגת, להתארגן, ולשוב אל הגטו בכוחות מחודשים. הלחימה במורדים היהודים התנהלה מבית לבית, בתוך חדרי המסתור ובמרתפים. הלחימה ארכה זמן רב, וגבתה קורבנות מן הגרמנים. מעטים בלבד מן הלוחמים היהודים הצליחו לברוח מן הגטו לאחר הקרב, דרך תעלות ביוב. ב-8 במאי 1943 נפל הבונקר הראשי של לוחמי הארגון היהודי הלוחם, ועימו נפל מרדכי אנילביץ', מנהיג הארגון. הגטו הוקף בכוחות צבא גדולים וב-16 במאי הועלה סופית באש.
מורדי גטו וילנה, ובראשם אבא קובנר, נתקלו בהתנגדות מצד יהודים רבים בגטו, שהעדיפו להאמין כי השמועות על ההשמדה אינן נכונות, וגם אם הן נכונות, רובם העדיפו לנסות הצלה חלקית על פני מרד שסיכוייהם להינצל בו קטן יותר. הנאצים פתחו בהשמדת הגטו, שבוצעה ביער פונאר הסמוך לעיר, על ידי ירי ביהודים לתוך בורות פתוחים.
בגטו ביאליסטוק המורדים רצו לפרוץ את הגטו בעת חיסולו, אך הגרמנים הצליחו לנתק את המוני האסירים מן הלוחמים, לחסום את דרך הנסיגה ולירות אש מקלעים מרוכזת על הלוחמים. ההגנה נשברה והמרד נכשל למעשה.
מרידות במחנות ההשמדה.
גם במחנות ההשמדה והעבודה פרצו מרידות, כמו בגטאות, בשלבים האחרונים של המלחמה, כאשר הגרמנים החלו בחיסול כל יושבי המחנה. מטרת המרידות הייתה לנסות להימלט מן המחנה אל היערות הסמוכים לו. רוב המרידות החלו בשעת המיפקד, כאשר רוכזו כל האסירים ברחבה המרכזית של המחנה. הם היו מסתערים על השומרים ועל הגדרות על-פי תכנון מוקדם ובורחים מן המחנה. הצלחתן של המרידות הייתה מועטה, ורוב הבורחים נורו למוות בעת מנוסתם. מי שהצליח לברוח התקשה לשרוד ביערות, ורבים מצאו בהם את מותם.