בשנת 1962 יזמה המועצה לארכאולוגיה את קידום נושא הסקר הארכאולוגי. המטרה הייתה להקים גוף מסודר שיתמחה בנושא סקרים ארכאולוגים ויפעל במקביל ל"אגף העתיקות".
ב-1964 הוקמה על ידי ארכאולוגים שונים "האגודה לסקר ארכאולוגי של ישראל". מטרתה הייתה להפיק סקרים מדעיים באופן שיטתי. המנהל הראשון של האגודה היה ד"ר זאב ייבין. כנס יסוד האגודה התקיים בחיפה ב-19 ביולי 1964. אגודת הסקר לבקשתו של אבא חושי החלה את פעולתה בסקר באזור חיפה כדי לסייע בתוכנית מיתאר העיר. ראש העירייה דאז אבא חושי תמך באגודה על ידי מימון חלק מפעולותיה. יו"ר האגודה היה אברהם בירן ששימש במקביל בתפקיד מנהל אגף העתיקות. מזכיר האגודה היה זאב ייבין החברים האחרים היו: בנימין מזר, יוחנן אהרוני ומשה דותן.
הקמת האגודה הביאה להתארגנות חוליות סקר רבות שיעבדו בצורה שיטתית לפי מפות בקנ"מ 1:20,000. הסקר השיטתי הביא לגילוי אתרים ארכאולוגים רבים וחדשים. לכל מפה תהיה חוליית סקר שתהייה גם אחראית לפרסום המדעי של מפת הסקר. בשלב ראשון נקבעו 2 חוליות סקר, אחת באזור חיפה והשנייה בשדה בוקר. נקבע שכל חוליית סקר מנה 4-3 אנשים שיכללו 2 ארכאולוגים מוסמכים, מודד וצלם או אדריכל. בנוסף לכל חוליה יצורפו 4-3 מתנדבים שיסייעו בעריכת הסקר.
החוליה באזור חיפה כללה את אברהם רונן שעמד בראש החוליה, חוליה זאת כללה גם את יעקב עולמי שסייע בידו. בראש החוליה הדרומית עמד רודולף כהן. המפה הראשונה שנסקרה הייתה מפת סקר עתלית שהעבודה עליה הסתיימה תוך שנה (פורסמה ב-1978). החוליה החלה בסקר של מפת חיפה. במקביל הסתיימה העבודה על מפת סקר שדה בוקר. ממשלת ישראל תמכה בפעילות זאת שזכתה ליחסי ציבור ענפה. ב-1966 פעלו באזור חיפה שתי חוליות סקר.
חלק מפעילות האגוד הייתה סקירת הכפרים הערבים שניטשו במלחמת העצמאות כדי לאתר מבנים בעלי ערך ארכאולוגי-היסטורי. הסקר החל בשנת 1965 לפני מלחמת ששת הימים והוא נמשך עד שנת 1970. ביוני 1967 בעקבות מלחמת ששת הימים החל גם סקר נרחב בשטחי יהודה ושומרון במטרה לקבל מפת אתרים ארכאולוגית מעודכנת באזור. הסקר נעשה מטעם משרד הביטחון. הסקר החל באוקטובר 1967 ונמשך גם בשנת 1968. ראשי החוליות של סקר יהודה ושומרון היו:
תוצאות הסקר יצאו לאור בשנת 1972 בספר "יהודה שומרון וגולן - סקר ארכיאולוגי בשנת תשכ"ח" שהיה הפרסום הראשון של האגודה. הסקרים הרבים שנערכו הביאו לריבוי סוקרים שצברו ניסיון, ובשנים שלאחר מכן הפכו למובילי הסקרים והארכאולוגיה בישראל.
במשך הזמן גדל מספר חוליות הסקר. בשנות ה-70 של המאה ה-20 פעלו חוליות הסקר הבאות:
הסכם השלום בין ישראל למצרים שנחתם בשנת 1979 וסופו היה עם פינוי סיני ב-1982, הביא להעברת כוחות צבא מסיני לנגב. בעקבות כך החל סקר חירום בנגב. אחד הסקרים החשובים היה "סקר בקעת עובדה" במקום בו יועד לבנות את בסיס חיל האוויר נמל התעופה עובדה. בסקר התגלה ריכוז גדול של אתרים בצדה המזרחי של הבקעה במקום בו יועד הבסיס להיבנות. בנייה זאת הייתה מוחקת 104 אתרים. בעקבות כך שונו התוכניות של בניית הבסיס, רק אתר אחד נשאר התחום הבסיס והוא נחפר בחפירת הצלה.
סקר החירום של הנגב עמד במרכז העשייה של אנשי האגודה באותן שנים והיה אחד ממפעלי הסקר החשובים שנעשו. באותה עת העסיקה האגודה מאות עובדים שעסקו בסקרים השונים. סקר הנגב נמשך לאורך שנים. עד שנת 1988 נסקרו 4,300 קמ"ר והתגלו בנגב 11,000 אתרים. נכון ל-1988 הושלמו בנגב סקירת 28 מפות ו-25 מפות סקר היו בתהליכי עבודה.
בשנת 1984 פעלו בשטח במקביל עשרים חוליות סקר. נסקרו עד אז כ-60 מפות סקר ונמצאו למעלה מ-20,000 אתרים חדשים. בשנת 1985 הוקם באגודה ועד עובדים וב-1986 נחתם הסכם העבודה הראשון.
אחת הבעיות שהתגלעו בתקופת פעילותה של האגודה היה פרסום מפות הסקר שהעבודה עליהן הסתיימה. ראשי האגודה היו מודעים לבעיה זאת. עד לסיום פעילות האגודה נסקרו 71 מפות אבל רק 8 מתוכן פורסמו.
הסקר במסגרת רשות העתיקות.
בקיץ 1988, קיבל אמיר דרורי את ניהול אגף העתיקות במשרד החינוך. הוא הביא למהלך של הקמת רשות העתיקות. ב-1 בספטמבר 1989 אושר חוק רשות העתיקות, המגדיר את תחומי פעולתה ואחריותה של רשות העתיקות, וב-1 באפריל 1990 נוסדה רשמית רשות העתיקות, הכפופה למשרד החינוך. ואמיר דרורי היה מייסדה ומנהלה הראשון.
בעקבות הקמת הרשות חדלה האגודה לסקר ארכאולוגי להתקיים. האחריות על נושא הסקרים עבר מהאגודה לרשות ורבים מעובדי האגף והאגודה נקלטו ברשות העתיקות. ברשות העתיקות הוקם ענף סקרים בתחום חפירות סקר ומחקר ברשות העתיקות שמרכז את פעילות הסקרים. האגודה העבירה לרשות העתיקות את כל ארכיון הסקרים שלה. אחת הבעיות שבהן ניתקל נושא הסקר בעת המעבר לרשות העתיקות היה נושא מיעוט הפרסום. הסקר סבל ממיעוט תקציבים. מהקמת הרשות ועד שנת 2014 נסקרו במסגרת הרשות 13 מפות חדשות.
הרשות עסקה בקידום פרסום הסקרים שכבר נעשו באתר האינטרנט של הסקר. בין השנים 1995-1990 בתקופתו של ראש התחום אלון דה גרוט, פורסמו 15 מפות. אחריו בין השנים 2002-1995, ניהל את תחום הסקר ד"ר מרדכי היימן. בתקופתו פורסמו 10 מפות וכן הוכנס השימוש במערכת GIS שהיא מערכת מידע גאוגרפית. בתקופתו החל גם לפעול "סקר פיתוח" הנעשה באזור מסוים המיועד לפיתוח במטרה לאתר את האתרים הארכאולוגים הקיימים בשטח לפני פיתוחו. סוג סקר זה הפך במשך הזמן למקור העיקרי למימון סקרים ארכאולוגים ברשות העתיקות. בין השנים 2010-2002 תחום הסקר נוהל על ידי יהודה דגן. בתקופתו פורסמו 10 מפות. בתקופה זאת גם הוחלט להפסיק לפרסם את הסקרים בכתב ובמקום זאת להעלותם לאתר האינטרנט כולל העלאת כל הסקרים שכבר יצאו בדפוס. בשנת 2011 מונה לראש תחום הסקר עפר שיאון. בתקופתו עד שנת 2014 הושלם פרסומן של 30 מפות הנותרות מתקופת ימי האגודה.
שיטת העבודה במסגרת הסקר.
השטח של מדינת ישראל חולק לריבועים ששטחם 100 קמ"ר. השטחים שמיועדים לפיתוח מקבלים עדיפות בבחירת אזורי הסקר וזאת במטרה להקדים את הפיתוח ולמפות את האתרים בטרם ייהרסו על ידי פעולות פיתוח ובנייה. עורכי הסקר עובדים עם מפות בקנה מידה של 1:20,000, שטח כל מפה הוא 10X10 ק"מ, המהווה יחידת סקר בסיסית של חוליית סקר ספציפית. הסוקרים עוברים שיטתית ברגליים באזור של יחידת הסקר הבסיסית. המידע הנאסף בשטח מעובד בהמשך ביחד עם מידע הנאסף ממקורות שונים.
הסקרים שהוצעו פורסמו כספרים. כל סקר כלל מפת סקר ורשימת האתרים, אופי האתרים תוך תיאור השרידים שנמצאו בו על פי תקופות, המקום שלהם בנוף, איורים, צילומים, מפות תקופתיות וכן רשימה ביבליוגרפית. כן כלל כל ספר מפתחות האתרים לפי א-ב של שמות האתרים ומפתח נוסף לפי תקופה. האתרים במפה מוצגים בסדר גאוגרפי מצפון לדרום וממערב למזרח.
שמות האתרים מתבססים על מקורות שונים, ביניהם השמות שמופיעים במפת הקרן לחקר ארץ ישראל, השמות מימי השלטון הבריטי וכן השמות המוכרזים ב"רשימת מצבות ואתרים היסטוריים"
מפת ארץ ישראל חולקה במקור ל-267 ריבועים. הספרור מתחיל בצפון מערב והולך בשורות מזרחה ודרומה. רוב הריבועים על קו החוף כוללים גם שטחים בתוך הים. מפה מספר 1 היא מפת אכזיב. מפה מספר 267 מפת אילת הדרומית ביותר. לאחר מלחמת ששת הימים נוספו ריבועים נוספים של שטחי רמת הגולן ויהודה ושומרון שעברו לשליטת מדינת ישראל. הספרור המקורי לא שונה, והריבועים החדשים באותו גודל של 10X10 ק"מ קיבלו מספרי משנה של הריבוע הקרוב אליהם. ברמת הגולן נוספו 14 מפות סקר. וביהודה ושומרון נוספו 44 מפות סקר. בנוסף נוספו עוד 3 מפות סקר: מפה 48/1 הנמצאת בתוך הים מול קיסריה ממערב למפת בנימינה שמספרה 48. מפת הרצליה-מערב, נמצאת בים ממערב למפת הרצליה שמספרה 69, ומפה 251/1 מפת הר עיט מזרח בערבה. סה"כ כל שטחה של ארץ ישראל מחולק ל-328 ריבועים, כשכל ריבוע הוא מפת סקר נפרדת. המפות הצפוניות ביותר הן ברמת הגולן: מפות 8/1 מפת הר דב, ומפה 8/2 מפת כתף חרמון. המפות המזרחיות ביותר נמצאות ברמת הגולן: מפת הר עקש - 15/2, דרומית לה מפה הר פרס - 18/3 ומפת גבעת אורחה - 36/3 מדרום למפת הר פרס.
אתר האינטרנט של הסקר.
בשנת 2006 לערך, החליטה רשות העתיקות להפסיק להדפיס את ספרי הסקר ובמקומו להעלות לרשת אתר אינטרנט, כך שכל המידע יהיה זמין לציבור. האתר הושק בשנת 2009 אז עלתה לאתר מפה 49, מפת רגבים. בשנת 2010 עלתה מפה 256, מפת בקעת סיירים שבנגב. האתר קיבל תנופה גדולה בשנת 2011 ובשנה זאת הועלו מפות נוספות רבות. בדף הראשי של האתר מופיעה מפת ארץ ישראל מחולקת לריבועים של מפות הסקר, המסומנים בצבעים שונים לפי מצב הסקר. לחיצה על ריבוע המפה תביא להעלאת המידע הקשור לאותו ריבוע סקר. המידע מופיע בשתי לשוניות:
לחיצה בלשונית אתרים על אתר מסוים מעלה בלשונית נוספת את המידע על האתר. והוא כולל את שם האתר בעברית, שמות נוספים, מספר שדה, קואורדינטות ברשת ישראל החדשה וברשת הבינלאומית, התקופות ההיסטוריות שנמצאו באתר על פי הממצאים בשטח, וכן תיאור הממצאים והשרידים בשטח. רשימה ביבליוגרפית המתייחסת ספציפית לאתר, תמונות ומפות אם יש כאלה וכן שרטוט ממצא קטן. לא כל אתר כולל את כל המידע פי רמת הפירוט שצוינה. לחיצה על הלשונית, גורמת גם לסימון האתר במפת הסקר בנקודה חומה בולטת, המקלה על מציאת האתר במפה.
האתר מאפשר באמצעות קישור בראש האתר מימין לקבל את רשימת כל המפות שנסקרו לפי סדר א-ב של שמות מפות הסקרים. הרשימה כוללת ליד השם את מספר המפה ושמות הסוקרים. בנוסף האתר מאפשר לבצע חיפוש לפי הפרמטרים הבאים:
מצב השלמת הסקר.
המפות באתר מסומנות בצבעים שונים לפי מצב השלמת הסקר (נתוני ההשלמה נכונים ליום ה-3 במאי 2015):