עם עלות השחר ב-9 באפריל 1865, הגדוד השני של הקונפדרציה בפיקודו של רס"ן גנרל ג'ון ב. גורדון תקף את חיל הפרשים של שרידן ואילץ במהירות את הקו הראשון תחת גנרל צ'ארלס ה. סמית' לסגת אחורה. השורה הבאה, המוחזקת על ידי הגנרלים רנאלד ס. מקנזי וג'ורג' קרוק, האטה את התקדמות הקונפדרציה. חייליו של גורדון הסתערו דרך קווי האיחוד ותפסו את הרכס, אך כשהגיעו לפסגה הם ראו את כל חיל האיחוד מהגדוד ה-34 בקו קרב עם חיל האיחוד החמישי מימינם. הפרשים של לי ראו את כוחות האיחוד הללו ומיד נסוגו ורכבו לכיוון לינצ'בורג. חייליו של אורד החלו להתקדם נגד החיל של גורדון בעוד שחיל האיחוד השני החל לנוע נגד החיל של ג'יימס לונגסטריט מצפון מזרח. קולונל צ'ארלס ונבל מהצוות של לי רכב פנימה בזמן הזה וביקש הערכת מצב, גורדון נתן לו תשובה שהוא ידע שלי לא רוצה לשמוע: "תגיד לגנרל לי שנלחמתי עם החיל שלי עד הסוף, ואני חושש שאני לא אוכל לעשות כלום אלא אם כן החיל של לונגסטריט יתמוך בי באופן משמעותי". לשמע זאת לי קבע לבסוף את הבלתי נמנע: "אז לא נותר לי אלא ללכת ולראות את גנרל גרנט, ואני מעדיף למות אלף פעמים".
רבים מהקצינים של לי, כולל לונגסטריט, הסכימו שכניעה של הצבא היא האפשרות היחידה שנותרה. הקצין הבולט היחיד שהתנגד לכניעה היה מפקד הארטילריה של לונגסטריט, גנרל אדוארד פורטר אלכסנדר, שחזה שאם לי ייכנע אז "כל צבא הקונפדרציה ילך בעקבותיו".
לי החליט לבקש השעיית הלחימה בזמן שביקש ללמוד את תנאי הכניעה שגרנט מציע להציע. מגבת כלים מפשתן לבנה שימשה כדגל שביתת נשק של הקונפדרציה ונשאה על ידי אחד מקציני המטה של לונגסטריט אל שורותיו של הגנרל קאסטר, שהיה חלק ממפקדתו של שרידן. לאחר שנקבעה הפסקת אש, קסטר לווה דרך הקווים לפגוש את לונגסטריט. לפי לונגסטריט, קסטר אמר "בשם הגנרל שרידן אני דורש את הכניעה ללא תנאי של הצבא הזה". לונגסטריט ענה שהוא לא מפקד על הצבא, אבל אם כן הוא לא יתחשב בהודעות משרידן. קאסטר השיב כי חבל שיהיה יותר דם על המגרש, ולונגסטריט הציע לכבד את הפסקת האש, ולאחר מכן הוסיף "הגנרל לי הלך לפגוש את גנרל גרנט, ועליהם לקבוע את עתידם של הצבאות."
ב-8:00 בבוקר, לי יצא לפגוש את גרנט, מלווה בשלושה מעוזריו. גרנט קיבל את המכתב הראשון של לי בבוקר ה-9 באפריל כשנסע לפגוש את שרידן. גרנט נזכר שהמיגרנה שלו כאילו נעלמה כשקרא את המכתב של לי, והוא מסר אותו לעוזרו רולינס כדי לקרוא בקול לפני שחיבר את תשובתו:
תגובתו של גרנט הייתה יוצאת דופן בכך שהיא נתנה ללי המובס לבחור את מקום הכניעה שלו. לי קיבל את התשובה תוך שעה ושלח עוזר, צ'ארלס מרשל, למצוא מיקום מתאים לאירוע. מרשל בחן בקפדנות את בית המשפט של אפומטוקס, כפר קטן של כעשרים בניינים ששימש כתחנת ביניים למטיילים על הכביש של ריצ'מונד-לינצ'בורג. מרשל דחה את הבית הראשון שנראה לו רעוע מדי, במקום זה התיישב בבית הלבנים של וילמר מקלין משנת 1848. מקלין התגורר ליד צומת מנאסס במהלך הקרב הראשון בבול ראן, ופרש לאפומטוקס כדי להימלט מהמלחמה. (על האירוניה ההיסטורית של האתר נכתב: שהחקלאי מקלין, שהעתיק את מקום מגוריו כדי להימנע ממלחמה לאחר שאחד הקרבות הראשונים של מלחמת האזרחים התרחש על אדמתו, יגיע לדיון על סיום המלחמה בחדר הישיבה שלו.)
עם יריות שעדיין נשמעו בחזיתו של גורדון ולוחמי האיחוד עדיין מתקדמים בחזיתו של לונגסטריט, לי קיבל הודעה מגרנט. לאחר מספר שעות של התכתבות בין גרנט ולי, חוקקה הפסקת אש וגרנט קיבל את בקשתו של לי לדון בתנאי הכניעה.
כְּנִיעָה.
לבוש במדים הלבנים הטקסיים שלו, לי חיכה שגרנט יגיע. גרנט, שכאב הראש שלו הסתיים כשקיבל את הפתק של לי, הגיע לבית מקלין במדים מנותזי בוץ - מעיל שק מטעם ממשלתי עם מכנסיים תחובים במגפיים בוציים, ללא זרועות צד, ורק רצועות הכתף המוכתמות שלו מציגות את דרגתו. זו הייתה הפעם הראשונה ששני הגברים התראו זה את זה פנים אל פנים מזה כמעט שני עשורים. לפתע מוצף בעצב, גרנט התקשה להגיע לנקודה של הפגישה, ובמקום זאת שני הגנרלים דנו בקצרה במפגש הקודם היחיד שלהם, במהלך מלחמת מקסיקו-אמריקאית. לי החזיר את תשומת הלב לנושא שעל הפרק, וגרנט הציע את אותם תנאים שהיו לו בעבר:
התנאים היו נדיבים ככל שלי יכול היה לקוות להם; אנשיו לא ייכלאו או יועמדו לדין על בגידה. קמינים הורשו לשמור על נשק הצד, הסוסים והמטען האישי שלהם. בנוסף לתנאיו, גרנט גם התיר לגברים המובסים לקחת הביתה את סוסיהם ופרדותיהם כדי שיהיו להם לעזר בזמן נטיעת האביב, וסיפק ללי אספקה של מזון לצבאו המורעב; לי אמר שזה ישפיע מאוד על הגברים ויעשה הרבה למען פיוס המדינה. תנאי הכניעה נרשמו במסמך שנכתב בכתב ידו של עוזרו של גרנט אילי ס. פרקר, יליד אמריקאי משבט סנקה, והושלם בסביבות השעה 16:00, 9 באפריל. לי, כשגילה שפרקר הוא סנקה, העיר "טוב שיש כאן אמריקאי אמיתי אחד". פרקר ענה: "אדוני, כולנו אמריקאים". כשלי יצא מהבית ורכב משם, אנשיו של גרנט החלו לצהול בחגיגה, אבל גרנט הורה לעצור מיד. "עם זאת שלחתי מיד הודעה שיפסיקו את זה", אמר. "חיילי צבא הקונפדרציה היו עכשיו בני ארצנו, ולא רצינו להתמוגג על נפילתם", אמר. קסטר וקציני איגוד אחרים רכשו ממקלין את ריהוט החדר בו נפגשו לי וגרנט כמזכרות, ורוקנו את החדר מרהיטים. עד מהרה ביקר גרנט בצבא הקונפדרציה, ואז הוא ולי ישבו על המרפסת של בית מקלין ונפגשו עם מבקרים כמו לונגסטריט וג'ורג' פיקט לפני ששני האנשים יצאו לבירותיהם.
ב-10 באפריל נשא לי את נאום הפרידה שלו לצבאו. באותו יום התכנסה ועדה בת שישה אנשים כדי לדון בטקס רשמי של כניעה, למרות שאף קצין בקונפדרציה לא רצה לעבור אירוע כזה. הגנרל ג'ושוע ל. צ'מברלין היה קצין האיחוד שנבחר להוביל את הטקס. בזיכרונותיו בשם "The Passing of the Armies", צ'מברלין הרהר במה שראה ב-12 באפריל 1865, כאשר צבא צפון וירג'יניה צעד פנימה כדי למסור את זרועותיהם ואת סרטיהם:
התיאור של צ'מברלין הוטל בספק על ידי ההיסטוריון ויליאם מארוול, שטוען כי "מעטים קידמו את האגדות שלהם באופן פעיל ומוצלח יותר ממנו". מארוול מציין שצ'מברלין למעשה לא פיקד על פרטי הכניעה הפדרלית (אלא רק על אחת מהבריגדות בדיוויזיה של גנרל ג'וזף ג'יי ברטלט ) ושהוא לא הזכיר שום "הצדעה" במכתביו העכשוויים, אלא רק בזיכרונות שנכתבו עשורים רבים לאחר מכן כאשר רוב עדי הראייה האחרים כבר מתו. גנרל הקונפדרציה ג'ון בראון גורדון, האחראי בפיקוד על החיל השני של ארמיית צפון וירג'יניה, אכן נזכר שהצדעה הייתה והוא הוקיר את מעשהו של צ'מברלין להצדיע לצבא הנכנע שלו, וכינה את צ'מברלין "אחד החיילים האבירים ביותר של הצבא הפדרלי". גורדון הצהיר כי צ'מברלין "קרא לכוחותיו בתור, וכשאנשיי צעדו לפניהם, הוותיקים בכחול העניקו הצדעה חייל לגיבורים המנוצחים". הצהרה זו של גורדון סותרת את תפיסת האירוע של מארוול.
בטקסי הכניעה עברו במקום כ-28,000 חיילי הקונפדרציה וערמו את זרועותיהם. החשבון של הגנרל לונגסטריט עמד על 28,356 קצינים וגברים "נכנעו ושוחררו על תנאי". רשימת ה-Appomattox מונה כ-26,300 גברים שנכנעו. התייחסות זו אינה כוללת את 7,700 שנלכדו בנחל סיילור שלושה ימים קודם לכן, אשר טופלו כשבויי מלחמה.
לאחר הקרב.
בעוד הגנרל ג'ורג' מיד (שלא נכח בפגישה) צעק שוב ושוב ש"הכל נגמר" כששמע שהכניעה נחתמה, בערך 175,000 חיילי הקונפדרציה נותרו בשטח, אך רובם היו מורעבים ומאוכזבים. רבים מהם היו מפוזרים ברחבי הדרום במוצביםאו בקבוצות גרילה בעוד השאר רוכזו בשלושה פיקודים מרכזיים של הקונפדרציה. בדיוק כפי שחזה פורטר אלכסנדר, כשהידיעות על כניעתו של לי התפשטו הבינו מפקדי קונפדרציה אחרים שכוח הקונפדרציה נעלם, והחליטו להניח את נשקם.
צבאו של גנרל ג'וזף א. ג'ונסטון בצפון קרוליינה, המאיים ביותר מבין שאר צבאות הקונפדרציה, נכנע למייג'ור ויליאם טי שרמן בבנט פלייס בדורהם, צפון קרוליינה ב-26 באפריל 1865. 98,270 חיילי הקונפדרציה שהניחו את נשקם (הכניעה הגדולה ביותר של המלחמה) סימנו את הסוף של הסכסוך. הגנרל ריצ'רד טיילור מסר את צבאו, הגדדים של אלבמה, מיסיסיפי ומזרח לואיזיאנה, בסיטרונל, אלבמה ב-4 במאי 1865. הנשיא ג'פרסון דייוויס נפגש עם קבינט הקונפדרציה שלו בפעם האחרונה ב-5 במאי 1865 בוושינגטון, ג'ורג'יה, ופיזר רשמית את ממשלת הקונפדרציה. דייוויס ואשתו ורינה, יחד עם הליווי שלהם, נתפסו על ידי כוחות האיחוד ב-10 במאי באירווינוויל, ג'ורג'יה.
לאחר ששמע על כניעתו של לי, נכנע גם הגנרל נתן בדפורד פורסט, מנהיג קו קלוקס קלאן לעתיד, וקרא את נאום הפרידה שלו ב-9 במאי 1865 בגיינסוויל, אלבמה. הגנרל אדמונד קירבי סמית' נכנע למחלקת הטרנס-מיסיסיפי של הקונפדרציה ב-2 ביוני 1865 בגלווסטון, טקסס. כמו כן, ב-26 במאי 1865, מועצת מחנה נפוליאון של שבטי אינדיאנים, כולל מספר שצידדו בקונפדרציה, נפגשה באוקלהומה והחליטה להציע לנציבים שלום עם ארצות הברית. צ'ירוקי וגנרל סטנד וואטי, האחראי בפיקוד על גדוד רובאי צ'רוקי רכובים הראשון, מסרו את הכוח המאורגן האחרון של הקונפדרציה ונכנעו ב-23 ביוני 1865 במחוז צ'רוקאו, אוקלהומה.