קיימות גישות שונות המנסות לפתור או להסביר קונפליקטים שבין מוסכמות דתיות ומדעיות, כאשר הן חלוקות ביניהן הן ביחסן השונה למוסכמות אלו, בעיקר בתחום הסמכות שהן מייחסות להן, והן בדרכים ובכלים השונים המשמשים אותן.
ביקורת המקרא.
הקונצנזוס המדעי בתחום המדעי של חקר המקרא ולימודי דתות, הוא שכתבי הקודש נכתבו והאמונות הדתיות עוצבו בידי בני-אדם שהחזיקו באמונות ובדעות שהיו מקובלות בתקופתם, אך אינן בהכרח נכונות. לפיכך במקומות שבהן כתבי קודש או אמונות דתיות נמצאת בקונפליקט עם מוסכמות מדעיות עדכניות, הראשונות יידחו כשגויות. ביקורת המקרא רואה בו נושא למחקר היסטורי, אנתרופולוגי וספרותי בדומה לכל מקור ספרותי אחר, במטרה להסביר, בין השאר, מדוע וכיצד נוצרו שגיאות אלו. ביהדות ניתן למצוא את הדוגמאות המובהקות הראשונות לגישה כזו אצל ברוך שפינוזה:
חקר המקרא בגישה זו מזוהה כיום בעיקר עם ספקנים ואתאיסטים, אם כי שותפים לו גם חוקרים דתיים כגון משה דוד קאסוטו וישראל קנוהל. לעומת זאת שאר הגישות שיוצגו להלן מזוהות בעיקר עם חוקרים והוגים דתיים, אם כי שותפים להם גם חילונים כמרטין בובר ואליה שמואל הרטום.
גישת הפרדת התחומים.
גישת הפרדת התחומים טוענת כי המדע והתורה מדברים בשני מישורים שונים, שאין ביניהם התנגשות או סתירה. טענה זו הועלתה לראשונה על ידי המהר"ל מפראג, שכותב (באר הגולה, הבאר השישי):
המהר"ל מדגים את דבריו על הגמרא "על ארבעה דברים החמה לוקה..." ושואל איך ייתכן שתלו זאת בחטא, "שודאי לקוי המאורות תלוי במהלך המאורות, אבל חז"ל נתנו את סיבת הסיבה. כי אם לא היה חטא בעולם... לא היה סדר הבריאה נותן שיוצר ליקוי המאורות שהוא פחיתות וחיסרון" אלא היה נברא עולם ללא ליקוי חמה.
מרטין בובר ואליה שמואל הרטום הגדירו את הגישה בצורה מדעית והסבירו כי לא תיתכן סתירה בין התורה והמדע, אלא כתוצאה מערבוב התחומים בטעות. המדע עוסק באיך של המציאות, בעוד התורה עוסקת בלמה של המציאות. אין לתורה עניין לתאר אסטרונומיה, גאולוגיה או היסטוריה, ואין לה כל משמעות כטקסט מדעי, אלא כטקסט הגותי-מוסרי-הדרכתי בלבד.
פרופ' ישעיהו ליבוביץ הפריד את הדברים בצורה שונה. לדבריו, מטרת התורה אינה מתן מידע לאדם, אלא הצגת דרישה ערכית בפניו. על פי ליבוביץ, היהדות מוגדרת כדת תאוצנטרית שתכליתה היא עבודת האל, וממילא לא יכולה להיווצר סתירה בן המדע לכתבי הקודש, שאינם בעלי ערך אינפורמטיבי כלל.
הגישה המגבילה של החקירה המדעית.
הגישה המגבילה כלפי המדע טוענת שהסתירה נובעת מחריגה של המדע מעבר לגבולותיו, בהסקת מסקנות מוטעות מהעובדות הנצפות, ובהרחבה שלהן לתחומים לא ידועים.
גישה זו מפרידה בין המדע האמפירי, המתייחס לתופעות המתרחשות בהווה וניתן להוכחה בניסוי, ובין המדע העוסק באירועים שהתרחשו בעבר, כמו ארכאולוגיה, גאולוגיה, ותאוריות העוסקות בהתפתחות המינים או במפץ הגדול, המסיקות מתוך תצפיות שנעשו בימינו לגבי מה שקרה לכאורה לפני מיליוני ומיליארדי שנים. לפי גישה זו תאוריות שאינן ניתנות לבדיקה בניסוי אינן יכולות להיחשב מדעיות, ולכן אינן סותרות את התורה. הרמב"ם בספרו "מורה נבוכים", השתמש בגישה דומה לזו ביחס לשאלת קדמות העולם, אם כי הוא קדם למהפכה המדעית.
ביטוי לגישה זו ניתן למצוא בדברי רבינו בחיי על התורה:גישה מודרנית יותר של טיעון זה הוצגה על ידי המתמטיקאי והביולוג ד"ר יצחק רפאל עציון אשר כתב כי הגאומטריה לא-אוקלידית הוכיחה כי אקסיומות שבמשך אלפי שנים נחשבו לאמת מוחלטת (כגון שדרך שתי נקודות עובר רק קו ישר אחד) הן למעשה שרירותיות וקיימות גאומטריות עם אקסיומות חלופיות. כך גם הנחות היסוד של "המדעים ההיסטוריים", כגון העדר כוח עליון וקצב קבוע של תהליכים טבעיים מסוימים עליהם נשען התיארוך הן אמונות שרירותיות שאין בכוחן לערער אמונה בתורה.
גישה דומה מצויה אצל הרב מנחם מנדל שניאורסון. לדבריו בניגוד לעבר, המדע המודרני אינו מתיימר לטעון לאמת מוחלטת אלא הוא רק שכלול של הידע האנושי שיכול להשתנות ומשתנה מדור לדור, ולכן אינו סותר את כתבי הקודש, המייצגים את האמת האבסולוטית.
מתנגדי הגישה המגבילה טוענים כי היא פוטרת את עצמה במובנים רבים מלהתייחס לכל טענה היסטורית בנפרד, ומגדירה כל טענה היסטורית-מדעית כבלתי תקפה, ללא קשר לשאלה עד כמה הגיוני ההסבר המדעי.
הגישה האמונית פרשנית.
הגישה המפרשת כלפי התורה, רואה את מקור הסתירה בהבנה לא נכונה של היגדים דתיים בכתבי הקודש. על פי שיטה זו, במקום שיש סתירה בין תורה ומדע יש לחפש פרשנות חלופית לכתבי הקודש, או להציגם כאנלוגיה בלבד. על פי גישה זו, סתירה בן הידע המדעי לתורה מצוי בבני האדם, ובתפיסת התורה בצורה פשטנית. בשיטה זו דגלו פרופ' אברהם פרנקל, שטען בין השאר כי פרשת הבריאה היא סימבולית, בדומה לשיטתו של הפילוסוף הקדום פילון האלכסנדרוני. פרופ' אליעזר גולדמן סבר גם הוא כשיטה זו, אך טען בדומה לישעיהו ליבוביץ שבאופן עקרוני לא תיתכן סתירה בין התורה והמדע, כיוון שהאמירות בתורה אינן 'טענות' במובן המדעי מעצם העובדה שהן עוסקות באלוהות. והן אינן יכולות לשמש הסבר לאירועים בעולם.
דוגמה לגישה זו ניתן למצוא בדברים שכותב הרמב"ם במורה נבוכים:
הגישה הדיאלקטית.
הגישה הדיאלקטית של פרופ' שמואל הוגו ברגמן סוברת, שאף אם יש סתירה בין המדע לתורה, הדבר משקף את מגבלות התפיסה האנושית, שאיננה יכולה לתפוס את האינסופי והמוחלט. ע"פ גישה זו המדע וכתבי הקודש צודקים שניהם. לדעתו, הסתירה נובעת מכך שהחזון האמוני והלוגיקה המדעית אינם יכולים להתחבר לכלל הרמוניה אחת. וכך דבריו במאמר "צבת בצבת":
לדברי הראי"ה קוק,
הגישה הטרנסצנדנטלית.
הגישה הטרנסצנדנטלית בנויה על תורת האידאיליזם הטרנסצנדטלי הקאנטיאנית, המחלקת בין הדבר כשלעצמו ותופעותיו. לפי שיטה זו – התורה מדברת על הדבר כשהוא לעצמו, והמדע מדבר על התופעות. מכלול הכרתנו את מהותה של מציאות נעשה בשתי דרכים מקבילות: דרך מציאות שנבחנת על ידינו בחושים ועיבודם באופן סובייקטיבי, ודרך הנבואה האובייקטיבית שחודרת את מעטי הטבע, ומגלה לנו את מהות הבריאה. הרב שם טוב גפן אחז בשיטה זו וביאר על פיה את מהות הנבואה, ואף יישב על ידה את הסתירה בין הדת ולמדע בעניין גיל העולם. גם יצחק ברויאר היה מהאוחזים בשיטה זו באופן מובהק, ובדברו על המדע שכופר בנס, הוא טוען שלידתו של העולם היא עצמה נס גדול.
הגישה הסינתטית.
הגישה הסינתטית – גישתו של הרב קוק שמנסה ליצור הרמוניה בין כל הגישות השונות. בבסיס הדברים הוא טוען שמהותה האמיתי של הבריאה אינה ניתנת לתיאור מלא, והיא מסוד הצמצום, ויש בה מסתרי תורה, ולכן לא פורשה אלא נכתבה בצורה סתומה בפסוק אחד. לשיטתו, כאשר אנו נתקלים בסתירה, ראשית יש "לבנות את ארמון התורה ממעל לה", כלומר להמשיך באמונתנו תוך קבלת האמירה המדעית כנכונה (שהרי אין התורה מספרת לנו עובדות אלא "העיקר הוא התוכן, ההסברה הפנימית שבעניינים"), ואחר כך ניתן גם לטעון טענות אחרות, לפי העניין, לגבי התורה או המדע.
טענה נוספת שלו בהקשר זה היא שאין הסתירה בין מדע לדת גורמת לכפירה, אלא הטענות המוסריות כנגד הדת גורמות לה, ורק מתוך הכפירה באות הטענות ה'מדעיות'. לטענתו, המדע תוקף את הדת היום לא מתוך שיקול מדעי טהור, שהרי הוא יכול להיות לכל היותר אגנוסטי, הואיל ושערי האימות האמפירי בענייני האלוהות סגורים בפניו, אלא כיוון שהדת בעבר הונתה אותו, השתררה עליו, ודיכאה את חופש המחשבה של האנושות בעריצות רוחנית. אף שהוא אומר זאת על הנצרות הקתולית, ובעיקר של ימי הביניים, הוא דורש גם מן הדתיים ("בעלי תורה") לשפר את הנהגתם ומוסריותם, כדי "לסלק את היסוד המוטעה של הכפירה המוסרית".
קונפליקטים מרכזיים וההתייחסות הדתית אליהם.
להלן מספר סתירות לכאורה, המדגימות קונפליקטים מרכזיים ואת הפתרונות השונים של הגישות המפרשת והמגבילה, המתמודדות עימם (הביקורת המדעית וגישות הפרדת התחומים, הדיאלקטיקה והטרנסצנדנטליות, מנסות לפתור את כל הסתירות בתשובה אחת).
חלק מן קונפליקטים, ואולי מרביתם, אינם סתירות של ממש בין התורה והמדע, אלא בין מסורת דתית למדע או בין התורה להנחה מדעית.
גיל העולם.
המסורת היהודית גורסת שבריאת העולם הייתה לפני אלפי שנים מעטות – שנת היא השנה ה- ליצירה, בעוד שהקונצנזוס המדעי מתארך את גיל היקום בכ-13.8 מיליארדי שנים.
בהגות הדתית קיימות מספר גישות שמנסות לגשר על הפער, לרוב בהסתמך על פרשנויות קודמות של סיפור הבריאה היהודי.
חסידי הגישה המפרשת מסכימים עם מניין השנים המדעי, אך הם טוענים שמניין השנים היהודי מתחיל מסופה של הבריאה - אולי מיום בריאת אדם הראשון - ואילו סיפור הבריאה מתאר את התהליך שקדם למניין זה. לפי גישה זו המסורת בעצם איננה טוענת דבר לגבי גיל העולם, שכן ניתן להגדיר את "ששת ימי הבריאה" כפרקי זמן ממושכים, שנמשכו שנים רבות. סימוכין מהתורה לטענה זו אפשר לראות בכך שהטקסט המקראי עצמו משתמש במונח "יום" עבור הימים הראשונים בהם עדיין לא היו שמש, ירח וכוכבים. כלומר, ייתכן שהמילה "יום" משמשת כאן במשמעות שונה לחלוטין.