בתחילת המבצע תמך הממשל בישראל, אך מרגע שהובהר כי אין שלום הגליל מבצע מוגבל אלא מאבק חזיתי בין ישראל לאש"ף וסוריה העלול להגיע עד לביירות ולהצית חזית לוחמה נוספת ברמת הגולן, נמוגה התמיכה. ביום הרביעי למלחמה, שבמהלכו חיל האוויר הישראלי השמיד 19 סוללות טילים סוריות שהוצבו בלבנון, יצא הנשיא בדרישה להפסקת אש. למחרת הודיעה ממשלת ישראל כי תבצע במיידי הפסקת אש חד-צדדית. ביום שלמחרת נכנסה הפסקת האש לתוקף, אך היא הופרה במיידית. הפגיעה הישראלית בתשתיות אזרחיות לבנוניות, שנגרמה בין לבין עקב לקיחת המסתור של מחבלים מטעם אש"ף באזורים עירוניים, הובילה לעליית ההתנגדות של ממשל רייגן לפעולה הישראלית כמו גם שינוי בדעת הקהל האמריקאית נגד ישראל. באוגוסט, במהלך המצור על ביירות, נערכה בוושינגטון פגישה מתוחה בין רייגן ושר החוץ הישראלי יצחק שמיר במהלכה דיבר רייגן על כך שהוא רואה רייגן זעם על הפרות של הפסקת האש מטעם ישראל וטען כי עם הזמן נהיה קשה יותר ויותר עבורו ועבור ארצות הברית להצדיק את הטענה כי השימוש בנשק אמריקאי בידי ישראל נעשה בעבור מטרות הגנה.
בספטמבר הגיעה ההוקעה של ישראל בידי הקהילה הבינלאומית לשיאה בעקבות טבח סברה ושתילה, שבוצע נגד תושבים פלסטינים בביירות בידי אנשי הפלנגות הנוצריות שישראל מימנה. ההגבלות שהטילה ארצות הברית על ישראל בתחום הסחר במודיעין וטכנולוגיה לא פגעו בליבת היחסים ולא הספיקו לפגוע במערך הביטחון הישראלי, כך שבנוסף גם זכו לאהדת רוב בציבור האמריקאי. לאחר רצח נשיא לבנון הנבחר בשיר ג'ומאייל והטבח בסברה ושתילה בספטמבר 1982 יזם רייגן את הקמתו של כוח רב לאומי חדש. הכוח הגיע לביירות בשלהי ספטמבר במשימת שמירת שלום - לסייע לממשלה ולצבא הלבנונים לייצב את המדינה. באוקטובר 1983, ארגון הטרור חזבאללה, הפועל בחסות משמרות המהפכה האסלאמית באיראן, ביצע את הפיגועים בבסיסי הכוח הרב-לאומי בביירות. בעקבות הפיגועים, המאבקים בין מזכיר המדינה שולץ למזכיר ההנגה ויינברגר בקבינט והידלדלות התמיכה בקונגרס במעורבות האמריקאית בלבנון, בפברואר הורה רייגן על נסיגת עיקר הכוחות האמריקאים מן הבוץ הלבנוני. עם תחילת הנסיגה הישראלית והסדר רצועת הביטחון ב-1985, שבה תמיכת רוב נרחב בציבור האמריקאי בישראל.
פרויקט הלביא ופרשת פולארד.
בעקבות הפגיעה הישראלית במטרות אזרחיות בלבנון, בספטמבר 1982 הטיל רייגן וטו על העברת מידע מודיעיני וטכנולוגי לישראל שהיה קריטי עבור פיתוח פרויקט הלביא. הייתה זאת הפעם הראשונה מאז מלחמת סיני שארצות הברית ביצעה חפיפה מלאה בין הקשר הביטחוני עם ישראל לבין מדיניותה במזרח התיכון. בעקבות המאבק בלבנון, היציאה האמריקאית מהמדינה והנסיגה הישראלית לרצועת הביטחון, ולנוכח התמשכות מלחמת איראן–עיראק, החליט הממשל לבצע הערכה מחדש של ההתנהלות האסטרטגית עם ישראל, כאשר חשיבותה כבעלת ברית אזורית עלתה והוחלט להחשיב משברים שונים שעלולים לפרוץ כמינוריים ביחס לצורך בשימור השותפות האסטרטגית והיחסים המיוחדים. בשנים הבאות לכהונת רייגן ידעו היחסים סדרת קשיים, בהם הוויכוח סביב פיתוח מטוס הלביא ושערוריית פרשת פולארד. במהלך אותם משברים באה לידי ביטוי ההערכה מחדש שבוצעה בעקבות המאבק בלבנון, הממשל האמריקאי גם נמנע מלהכפיף את עמדתו על ישראל בתחום הסכסוך הישראלי-פלסטיני.
במהלך פרסום פרשת איראן–קונטראס התברר עומק השותפות האסטרטגית בין ישראל לארצות הברית, וממשל רייגן נמנע מלבקר את ממשלת ישראל (באותה העת ממשלת האחדות בראשות יצחק שמיר ושמעון פרס), על אף הביקורת מבין ומחוץ שהופנתה כלפי רייגן וצמרת הממשל. במהלך פרשת פולארד התברר כי ישראל העסיקה מרגל מטעמה בשירות מודיעין הצי האמריקאי, מהלך שהוביל להתרעמות תקשורתית וציבורית נרחבת נגד ישראל בארצות הברית. לצד זאת, רייגן וממשלו לא יצאו בפומבי נגד ממשלת פרס ולא הוציאו לפועל הענשות נגד ישראל. הפרשה כן הובילה לסלידה מישראל בקרב הציבור האמריקאי ולטווח הארוך הובילה להתפתחותה של טינה ארוכת שנים לישראל בשדרת המודיעין האמריקאי, בעיקר בקרב סוכנויות כגון ה-CIA וה-FBI. ב-1987 נידון פולארד למאסר עולם.
כאשר התברר לממשל האמריקאי כי הפיתוח הישראלי של הלביא עלול לאיים על מעמדו של ה-F16, הממשל פעל להעריך את עלול הפרויקט, להביא לדחייתו בידי הממשלה הישראלית ולאיים במניעת העברת תקציבים המיועדים לישראל. מחירו הגבוהה של פרויקט הלביא הוא שהוביל לעצירת פיתוחו עוד ב-1983 וב-1987 לגניזתו בהצבעה צמודה של שרי ממשלת האחדות בראשות שמיר. צוות מומחים אמריקאי שנשלח להעריך את מחירו של הלביא, הגיש את דו"חו בפברואר 1986. בדו"ח נטען כי ההערכה הישראלית נמוכה ב־40 אחוזים ממחירו של הפרויקט, מחירו של מטוס בשער המפעל הוערך ב־22.1 מיליון דולרים. בפברואר 1987 פורסם דו"ח אמריקאי נוסף שהעריך את עלותו של כל מטוס בשער המפעל ב־17.3 מיליון דולרים והטיל ספק ביכולת מדינת ישראל לעמוד בהוצאה בלי לפגוע בביטחון השוטף.
כך קרה שבאוגוסט 1987 החליטה הממשלה על ביטול הפרויקט, זאת לאחר דיונים סוערים והפגנות סוערות של עובדי התעשייה האווירית. שמיר עמד בלחצים חמורים, כאשר יורשו המיועד וחברו לדעה, משה ארנס, עמד בראש התומכים בפרויקט, ומולו עמד הלחץ האמריקאי, כאשר ממשל רייגן, לפי הערכת התעשייה הצבאית האמריקאית, חשש כי המטוס יתחרה בתוצרת האמריקנית, וכן העובדה כי צה"ל, משיקוליו הוא, הפחית בהרבה את כמות המטוסים שהיה בדעתו לרכוש. על אף שהדבר נגד כמה מגישותיו הבסיסיות של שמיר, הוא עמד אחרי החלטת הממשלה לבטל את תוכנית הלביא, החלטה שהתקבלה ברוב של קול אחד.
"יוזמת שולץ".
במהלך 1987 התקיימו מגעים בין שר החוץ הישראלי שמעון פרס וחוסיין, מלך ירדן שהבשילו בדמות הסכם לונדון באפריל. התוכנית בין לבין נועדה להפוך את ירדן חזרה לנציגה הלגיטימית (בעיני הקהילה הבינלאומית) של הפלסטינים במקום אש"ף שגורש לתוניסיה. ההסכם נועד לקדם את "האופציה הירדנית", כלומר את הרעיון שלפיו ממלכת ירדן תחזור לשלוט באוכלוסייה הפלסטינית בשטחים במתכונת כלשהי, ובמקביל תחתום על חוזה שלום עם ישראל. סוכם כי העניין הפלסטיני ייוצג במסגרת המשלחת הירדנית לוועידה הבינלאומית, וכי נציגי אש"ף לא ישתתפו בוועידה. פרס, אשר יזם את הפגישה עם חוסיין, קיבל את אישורו של ראש הממשלה יצחק שמיר להוציאה אל הפועל. אולם לשניים היו מטרות שונות. בעוד פרס קידם בהתלהבות את "האופציה הירדנית", שמיר הסתייג ממנה ובעיקר חשש מן האפשרות שבמתווה של ועידה בינלאומית האחרונה תכפה על ישראל פתרון המנוגד לאינטרסים שלה כפי שהוא ראה אותם, ולכן העדיף משא ומתן ישיר.
עם שובו לארץ, עדכן פרס את ראש הממשלה שמיר בדבר ההסכם אולם סירב, לפי עדותו של פרס, להעביר לראש הממשלה עותק של ההסכם "מחשש להדלפות". בעוד פרס קידם את ההסכם ופנה לממשל רייגן על מנת שיציג אותו כיוזמתם, כפי שסיכם עם חוסיין, שמיר החליט לטרפד את המהלך - בעיקר לנוכח הניסיון של פרס לקדם את ההסכם במתווה הוועידה הבינלאומית על אף התנגדותו שלו. הוא שלח את איש אמונו משה ארנס לארצות הברית להיפגש עם מזכיר המדינה שולץ, על מנת להבהיר לו כי ישראל רואה בניסיונה של ארצות הברית ליזום ועידת שלום ניסיון פסול להתערבות בענייניה הפנימיים. בעוד ממשלת ישראל מדברת בשני קולות, העדיף ממשל רייגן שלא לקדם את היוזמה ונמנע מללחוץ על ישראל. ההסכם הוצג בפני הקבינט במאי, אולם לא הושג רוב לאישורו. פרס עוד ניסה לקדם את "האופציה הירדנית", אולם המלך חוסיין, מאוכזב מגוויעתו של ההסכם ומן הפגיעה במעמדו, נסוג מתמיכתו בה. בדצמבר 1987 פרצה האינתיפאדה הראשונה, וביולי 1988 הודיע חוסיין כי ירדן מוותרת על כל תביעה ריבונית בגדה המערבית.
בדומה למלחמת לבנון, האינתיפאדה הראשונה הובילה עם הזמן לשחיקת התמיכה הציבורית האמריקאית בישראל, כאשר גם בכירים יהודים אמריקאים נקטו עמדה נגד המדיניות הישראלית, וביניהם מזכ"ל הקונגרס היהודי האמריקאי הנרי זיגמן. לנוכח ההתקוממות בשטחים, מזכיר המדינה שולץ הציע באפריל 1988 הקמה של ועידה בינלאומית שמטרתה להשגיח על הסדר אוטונומיה ביהודה ושומרון וחבל עזה בטווח של שלוש שנים. פעם נוספת עמדה הוועידה הבינלאומית בלב המניעים להתנגדותו של ראש הממשלה שמיר, ולנוכח ההערכה האסטרטגית של ישראל, ממשל רייגן פעם נוספת נמנע מללחוץ על ישראל להשתתף ביוזמה. חמישה חודשים לאחר פרסום יוזמת שולץ הכריז המלך חוסיין על ניתוק הזיקה הירדנית מהגדה המערבית, מהלך שמוסס את "האופציה הירדנית".
לאחר נשיאותו 1989–2004.
מחלתו, מותו והלווייתו.
רונלד רייגן פרש מהבית הלבן לביתו הפרטי בשכונת בל אייר בלוס אנג'לס. במשך שש השנים הבאות, הוא בילה את זמנו בארגון זיכרונותיו ופיקוח על יצירת הספרייה הנשיאותית של רונלד רייגן בסימי ואלי, קליפורניה. הוא עלה לכותרות על קבלת שכר טרחה של 2 מיליון דולר בעבור נאום ביפן, אך הגיב לביקורת על כך בכך שסירב לתזמן נאומים זרים אחרים. עד שחלה במחלת האלצהיימר, הוא נהנה מהפנסיה שלו, נסע פעם או פעמיים בשבוע לבניין המשרדים שלו במתחם מגדל סנצ'ורי סיטי הסמוך ורכב בחווה שלו צפונית-מערבית לסנטה ברברה בכל הזדמנות אפשרית.