ההתבססות של דאעש בכונר וניסיונות ההתפשטות שלו למחוזות נוריסתאן ולגמן השכנים גרמה לדאגה רבה בהנהגת הטליבאן והובילה אותו לנקוט בצעדי מנע רציניים; לאחר מיגור נוכחות דאעש בלגמן, הם החלו לתקוף את מעוזי דאעש בכונר בתחילת 2018 תוך כדי ניסיונות לזכות בתמיכת האוכלוסייה המקומית. לאחר הצטרפות כוחות מקומיים לטליבאן, הוא הצליח בשל כוחותיו העדיפים להניס את דאעש ממזאר-דרה וצ'אפה-דרה. בסוף פברואר 2018, מנהיגי דאעש המקומיים בכונר התכנסו כדי לדון כיצד להשתלט מחדש על האזורים שאבדו לטליבאן. שיחות השלום בין הטליבאן לארצות הברית הובילו לחשש מברית משולשת של הצבא האפגני, האמריקני והטליבאן נגד הארגון, והמפקדים המקומיים החליטו להרחיב את השליטה בכונר כהכנה לקראת עימות עתידי עם הברית האפשרית.
מפברואר עד אוקטובר 2018 דאעש והטליבאן היו עסוקים במלחמת התשה קשה, ובאזורים מסוימים במחוז השליטה עברה מצד לצד לעיתים קרובות. באוקטובר 2018, קארי עבדאללה איש דת סלפי בולט מפשאוור החל לתווך בין הצדדים ולהוביל להפסקת אש בכונר. התיווך שלו נשא פרי, ושני הצדדים התחייבו להילחם רק נגד האויבים המשותפים (הרפובליקה האפגנית והכוחות הזרים). הפסקת האש החזיקה מעמד עד סוף דצמבר 2018, ובמהלך הזמן הזה כל צד היה עסוק בלחזק את עמדותיו. בדצמבר 2018, ההסכם התפרק בעקבות פעולות מסיביות של הטליבאן נגד מעוזי דאעש בננגרהאר שהובילו למעבר של מאות לוחמי דאעש לכונר. הלוחמים הננגרהארים גייסו את הלוחמים הכונרים כדי לנקום על פעולות הטליבאן בננגרהאר, ופתחו בהתקפה על כפרי טליבאן בצ'אפה-דארה ומנוגאי וכבשו אותם. הם טבחו בתומכי טליבאן ובזזו את בתיהם, נכסיהם ואדמותיהם החקלאיות.
הטליבאן שנואש מחוסר הצלחתו במחוז, פתח ביוזמה להפסקת אש במחוז עם הרפובליקה האפגנית במטרה לאחד כוחות נגד דאעש. הפסקת האש נכנסה לתוקפה באפריל 2019, והטליבאן התארגן להתקפה חדשה. כל האזורים בשליטת הטליבאן הפכו לבטוחים עבור כוחות הרפובליקה, ומנגד הטליבאן נהנה מתנועה חופשית באזורים של הרפובליקה שאיפשרו לו לפתוח קווי חזית חדשים מול דאעש ואף קיבל ממנה עזרה בשינוע לוחמים ואספקה. במאי 2019, עמדות דאעש ברוב המחוז הותקפו בו זמנית ממספר כיוונים על ידי כוחות הטליבאן וכוחות התנגדות מקומיים בגיבוי ממשלתי; דאעש איבד שטחים רבים בצ'אפה-דארה, מנוגאי ועמק קורנגל ונסוג בחלקם לאזור ההרים. במעוז הראשי בעמק דוואגאל לעומת זאת, התקפת הטליבאן השתבשה לאחר תקיפות אוויריות מסיביות של ארצות הברית שפגעו בטעות גם בטליבאן ולא רק בדאעש. בגלל העדר תיאום וחשש מתקיפות אוויריות נוספות, הטליבאן הפסיק בהתקפה בעמק דוואגאל ובמקומה החל לצור על העמק ולנתק את נתיבי האספקה. האבידות הכבידות התישו את לוחמי דאעש, ולוחמים ומפקדים רבים יצרו קשר בנפרד עם כוחות הממשלה במטרה להיכנע. למרות חיזוק מסוים בעקבות הגעת קבוצה של לוחמים זרים לתמוך בלוחמים המקומיים, מאזן הכוחות היה עדיין לרעת דאעש.
באמצע יוני 2019, הטליבאן נקט באסטרטגיה של התקפות ממוקדות חזקות על כל מעוז בנפרד במקום בהתקפה כוללת; בדרך זו נכבשו חלקים מעמק דוואגאל, עמק קרונגל וקלייגאל והובילו לנסיגה דאעשית לאזור ההרים. ההתקפות הבלתי פוסקות על דאעש הובילו למחסור בלוחמים בכל הגזרות בכונר (עמק דוואגאל, עמק מזר, עמק באדל ועמק שורייק), ודאעש ניסה לפתוח בקמפיין גיוס לארגון בקרב המקומיים באזורים שבשליטתו ללא הצלחה. הוא הידק את הלחץ והריגול על האוכלוסייה, והוצאות להורג של "סוכני טליבאן" ו"סוכני ממשלה" הפכו לנפוצים מאוד. המורל של לוחמי דאעש הגיע לשפל, וגלי כניעה משמעותיים התרחשו בעיקר אצל לוחמי טליבאן לשעבר שערקו לדאעש.
קריסת המחוז.
אובדן ננגרהאר.
במקביל לשיחות השלום בין הטליבאן לרפובליקה האפגנית שנמשכו ב-2018 וב-2019, אצל שני הצדדים הייתה תמימות דעים בנוגע לחיסול מחוז ח׳וראסאן שהיווה מכשול לתהליך השלום לאחר שביצע פיגועים ללא הפסקה במרכזים עירוניים כנגד הטליבאן, הרפובליקה ומיעוטים שיעים וסיקים. הטליבאן חשש שהצטרפותו לשיחות השלום תוביל לגלי עריקה של קיצונים ממורמרים למדינה האסלאמית, וחיסול מעוזי דאעש בננגרהאר עמד בראש סדר העדיפויות של מנהיג הטליבאן הייבתוללה אח'ונדזאדה. בעוד שמתקפות קודמות של הטליבאן נוהלו על ידי מפקדים אזוריים או מושלי מחוזות, ההתקפה החדשה אורגנה ונוהלה על ידי הוועדה הצבאית של הנהגת הטליבאן, ולננגרהאר נשלחו תגבורות מקנדהאר, זאבול, לגמן, לוגאר, ע'זני, פקטיה, חוסת', קאבול ומחוזות נוספים כמו גם הכוחות המיוחדים של הטליבאן - היחידה האדומה. כוחות השבטים המקומיים התארגנו גם הם לקראת התקפה בגיבוי ממשלתי.
בספטמבר 2019 הצבא האפגני פתח במבצע איטנסיבי שנמשך כחודשיים נגד מעוזי הארגון האחרונים באזורים הנמוכים ובעמקים בהשתתפות הצבא, המשטרה, סוכניות הביטחון האפגניות וכוחות המרד של השבטים המקומיים. הכוחות האפגנים והשבטים תקפו תחילה בגיבוי אווירי אמריקני את עמק בנדר שהיה בשליטת דאעש מאז הקמת הארגון ובו שכנו חלק ממפקדותיו הראשיות; לאחר שחרור העמק בסיוע המקומיים, הכוחות האפגנים ביצעו פעולות דומות נגד מעוזי דאעש נוספים בעמקים ואזורים נמוכים בפאצ'יר-וואגם, חוגיאנו ושרזאד. לוחמי דאעש נאלצו בעקבות כך לסגת בכל הנפות מהעמקים לבסיסים הבלתי נגישים שלהם בהרים. במקביל למתקפות האפגניות-אמריקניות, במהלך החודשיים הללו כוחות הטליבאן העדיפים פתחו במתקפה כללית מ-10 כיוונים על כל מעוזי דאעש הנותרים בהרים בנפות ננגרהאר (דה באלה, פאצ'יר-וואגם, חוגיאנו, שרזאד ומומנד-דרה), כשהם מתקדמים באיטיות יחסית בשל הטופוגרפיה הקשה; בעקבות המתקפות הטליבאניות העזות, מרבית לוחמי דאעש נסוגו לעבר המעוז ההררי האחרון באזור פאחה בנפת אצ'ין שנמצא על מורדות הרי ספין-גאר וכותרו שם בהדרגה על ידי הטליבאן. בתחילת נובמבר, שלג כבד שירד בהרי ספין-גאר גרם לבעיות חמורות עבור המעוז הדאעשי האחרון בשל חסימת צירי האספקה והבריחה לעבר נפת ח'ייבר בפקיסטן והורגש מחסור חמור בתחמושת ובמזון.
המתקפות האפגניות-טליבאניות המשולבות יחד עם ניתוק דרכי האספקה ומזג האוויר הקשה, לא הותירו ללוחמי דאעש הרבה ברירות: בסוף נובמבר 2019, 250 לוחמי דאעש נכנעו יחד עם כ-650 בני משפחותיהם לכוחות האפגנים, והצבא האמריקני הכריז על התמוטטות מחוז ח׳וראסאן. נשיא אפגניסטן אף הכריז שדאעש חוסל לחלוטין בננגרהאר. שטחי מחוז ח'וראסאן בננגרהאר חולקו בין הטליבאן והרפובליקה האפגנית, כשהטליבאן משתלט על אזורים נידחים ועל ההרים והממשלה על העמקים והאזורים הנמוכים. התבוסה הדאעשית בננגרהאר נבעה משילוב של מספר גורמים, ובראשם אובדן התמיכה של השבטים המקומיים בשל פעולותיו האכזריות. רבים ממפקדי דאעש והלוחמים הזרים בננגרהאר נמלטו למעוזים שלהם במחוז כונר השכן או חצו את הגבול לאזור השבטים הפדרלי בצד הפקיסטני בסיוע מבריחים; עם זאת, נותרו מספר לא מבוטל של קבוצות לוחמי דאעש ננגרהארים שנטמעו בכפרים סלפים או מצאו מקלט באזורים נידחים ובלתי נגישים של הרי ספין-גאר והמשיכו לבצע לוחמת גרילה כנגד הטליבאן והצבא האפגני.
אובדן כונר.
בסוף אוקטובר 2019, הטליבאן שוב פתחו בהתקפה על הבסיס הראשי של דאעש בכונר בעמק דאווגאל וכבשו מספר כפרים, אולם תקיפות אוויריות אמריקניות על דאעש פגעו שוב בטעות גם בטליבאן והובילו לשיבוש המתקפה על כל העמק ולנסיגה ממנו חזרה לעמקי באדל וקורנגל. מאידך, התקיפות האוויריות גרמו לנפגעים רבים אצל דאעש - כולל מפקדים בכירים - ושברו את עמוד השדרה של הארגון שספג במקביל מכה אנושה במחוז ננגרהאר שהובילה לקריסת מעוזיו האחרונים ולכניעה המונית. מזג האוויר הקפוא בחורף שלווה בשלג כבד במיוחד עצר זמנית את התקפות הטליבאן בין דצמבר 2019 ל-פברואר 2020. במהלך הזמן הזה, הצטרפו לכוחות דאעש בקונר לוחמים שנמלטו ממחוז ננגרהאר לאחר התבוסה המוחצת שם.
בסוף פברואר 2020, התחדשו התקיפות האוויריות של ארצות הברית והלחץ של הטליבאן על לוחמי דאעש הנותרים בעמק דוואגאל. הפעם, התקיפות האוויריות האמריקניות נעשו בתיאום עם הטליבאן וכוונו רק לעמדות דאעש כחלק מההבנות של הסכם דוחא בין הטליבאן לארצות הברית, עד כדי כך שחיל האוויר האמריקני כונה בהומור "חיל האוויר של הטליבאן". כתוצאה מהמתקפה המשולבת ומכיוון שלא נותר מעוז דאעשי נוסף במדינה, ללוחמי דאעש לא נותרה בסוף ברירה אלא להיכנע: מפקדים בולטים בעמק וביניהם קארי סייד ושייח' אטאוללה נכנעו יחד עם מאות לוחמים לממשלת אפגניסטן ופונו לבירה המחוזית אסדאבאד; משם הם הועברו בטיסות לקאבול והיו עצורים לזמן מה עד ששולבו בתוכניות לשיקום טרוריסטים או שוחררו. חלק מלוחמי דאעש נכנעו לטליבאן, נמלטו לפקיסטן/לצפון אפגניסטן/להרים נידחים או נטמעו באוכלוסייה המקומית. בתחילת אפריל 2020, הטליבאן כבשו רשמית את עמק דוואגאל ושאריות שטחי דאעש בעמקי מזר ובאדל וחגגו את ניצחונם. הם פתחו בעונשי תגמול כנגד לוחמי ותומכי דאעש שנתפסו ובדיכוי האוכלוסייה הסלפית. גם לאחר מכן, כונר בדומה לננגרהאר נותר עדיין אזור עם נוכחות דאעשית, ומפקדים ולוחמים פעלו במחוז מתחת לרדאר לגייס לוחמים ותומכים תוך ביצוע פעולות גרילה מועטות.
מעבר לגרילה, קאמבק, והתקוממות נגד הטליבאן.