המחלוקת סביב דרישותיו הקשוחות של לנין ביחס למבנה הארגוני עמדה במוקד העניינים של המפלגה בשנה שלאחר מכן. בחיבור "צעד אחד קדימה, שני צעדים אחורה", שפרסם במרץ 1904, שב לנין והדגיש את הצורך במפלגה בעלת מנהיגות קשוחה ומבנה היררכי ברור, תוך שהוא מגנה בחריפות את מתנגדיו. המנשביקים, לעומתו, שנתמכו על ידי מנהיגים סוציאליסטים בכירים מארצות המערב (כגון רוזה לוקסמבורג וקרל קאוצקי), האשימו את לנין בניסיון להפוך את המפלגה לדיקטטורה אישית שלו. בקיץ 1904 פעלה קבוצה דומיננטית של בולשביקים בוועד המרכזי לגישור מחודש במפלגה, ומשלא הסכים לכך לנין, נטשו הללו את תמיכתם בו. נידויו מצד מרבית הגורמים במפלגה הביא לבידודו הכמעט מוחלט של לנין בזירה הפוליטית, והוא נותר עם חוג מצומצם של תומכים חסרי השפעה.
באותה שנה פגש לנין את אלכסנדר בּוֹגְדָנוֹב, ובחודשים האחרונים של 1904 החלו השניים בגיוס מחודש של פעילים לסיעה הבולשביקית מרחבי האימפריה הרוסית. יחד עם בוגדנוב ואנטולי לוּנָצַ'רְסקי ייסד בדצמבר את העיתון "קדימה" ("Вперёд"), ששימש כבמה העיקרית להפצת דעותיו. החל ממאי 1905 הוחלף זה בָּעיתון "פְּרוֹלֶטָארִי" (פירוש השם: 'של מעמד הפועלים'). שיתוף הפעולה עם בוגדנוב הביא לסיעתו של לנין תועלת משמעותית מבחינה כלכלית, היות שבאמצעותו יכול היה להתקרב לסופר הסוציאליסט הפופולרי מקסים גורקי, שהשתמש בקשריו על מנת להשיג עבור הבולשביקים כסף מתעשיינים עשירים.
מהפכת 1905 ואחריה.
לנין ושאר הסוציאל-דמוקרטים הגולים קיבלו בהפתעה את מהפכת 1905, שפרצה ברוסיה בעודם עוסקים במאבקים סיעתיים. עם פרוץ המהפכה החל לנין להתאים את רעיונותיו הפוליטיים לנסיבות שנוצרו, ועל אף לחץ מצד חבריו למפלגה לא שב לרוסיה אלא לאחר פרסום מניפסט אוקטובר, שבו הודיע הצאר ניקולאי השני על הקמת הדּוּמַה ועל הענקת חירויות פוליטיות נרחבות. בנובמבר הגיע לבירה סנקט פטרבורג, אך כעבור זמן קצר עבר למקום בטוח יותר בפינלנד; לנין לא הצטרף לסובייטים שהוקמו ברחבי המדינה, ובמשך ימי המהפכה עסק בעיקר בכתיבת רעיונותיו. עם דעיכתה של רוח המהפכה, ופתיחת משטר הדיכוי המוגבר תחת סטוליפין, שבה ונשקפה סכנה לפעילים המהפכניים. בנובמבר 1907, לאחר שהאוכרנה פשטה על אזור מגוריו, נאלץ להימלט לשוודיה, ממנה נדד בין מספר ארצות במערב אירופה.
בקונגרס השלישי של המפלגה, שהתכנס בלונדון באפריל 1905 (שהוחרם על ידי המנשביקים, כך שהשתתפו בו הבולשביקים בלבד), העלה לנין את תוכניתו להקמת "דיקטטורה דמוקרטית-מהפכנית של הפועלים והאיכרים", שקיבלה ביטוי נרחב בכתבים שפרסם בחודשים הבאים. הוא טען כי לאחר המהפכה הדמוקרטית העתידה לבוא, על הפועלים לעמוד בכוננות מיידית לביצוע מהפכה משלהם, תוך כריתת ברית עם מעמד האיכרים; מהפכה כזו אפשרית במדינה מפגרת כרוסיה, שבה הבורגנות חלשה, כך שאין צורך להמתין להתפתחות קפיטליסטית של עשרות שנים. בייחוד עמד לנין על חשיבות שמירת ה"הגמוניה" של הפרולטריון ושל התנועה הסוציאליסטית בתוך אירועי המהפכה הבורגנית, שלצורכה נדרשת התקוממות מזוינת של הפועלים. הוא לקח חלק מרכזי, יחד עם ההנהגה הבולשביקית, בייזומו של מרד הפועלים במוסקבה בדצמבר.
באפריל 1906 התכנס בסטוקהולם קונגרס המפלגה הרביעי, שנועד להביא לאיחוד בין הסיעות, אך חילוקי הדעות הובילו שוב לפיצול. לנין התנגד לרצונם של חלק מהמנשביקים, שכונו "ליקווידטורים", לנטוש את הפעילות המחתרתית ולעבור לפעילות חוקית במסגרת הסדר הקונסטיטוציוני החדש; הוא אף קרא להחרמה כוללת של ההשתתפות בדומה, שהתכנסה לראשונה באותה שנה. אולם לאחר כינוס הדומה השנייה ב-1907, שינה לנין את דעתו ותמך בהשתתפות של הסוציאל-דמוקרטים בבחירות לדומה, בשאיפה להרחיב בדרך זו את הפופולריות של המפלגה ואת בסיס הפעולה שלה. עם זאת טען כי על המפלגה להשתתף בפרלמנט כסיעה עצמאית, והתנגד לחתירתם של פלחנוב ומנשביקים אחרים לשיתוף פעולה עם הליברלים ממפלגת הקדטים. לצורך מימון פעילות המפלגה הרבו הבולשביקים לבצע מעשי שוד בנקים ברחבי רוסיה, שכונו על ידם "החרמות", ובקונגרס המפלגה החמישי, שהתקיים בלונדון בקיץ 1907, התנגד לנין להחלטה שאסרה על מעשי שוד כאלו. זמן קצר לאחר הקונגרס נערך בהוראתו שוד הבנק של טיפליס המפורסם.
במהלך 1908 הובילו מחלוקות אידאולוגיות בין לנין לבוגדנוב לפילוג בתוך הסיעה הבולשביקית עצמה. בוגדנוב הנהיג את פלג ה"אוֹטְזוֹבִיסטים" (Отзовисты, 'מחזירנים'), שדרש את החזרתם של נציגי המפלגה מהדומה ואת הפסקתה של כל פעילות חוקית במסגרת מוסדות השלטון. קבוצתו של בוגדנוב קראה תיגר ככלל על מנהיגותו הדומיננטית של לנין בסיעה. לפילוג בין השניים תרמה העובדה שהצורך המעשי של לנין בשיתוף פעולה עם בוגדנוב נמוג, מאחר שהוא קיבל כעת תמיכה כספית ישירה מגורקי.
לנין ניסה לערער על מעמדו של בוגדנוב גם כפילוסוף החשוב של הסיעה, ובמאי 1909 פרסם את הספר "מטריאליזם ואֶמְפּיריוקריטיציזם" – תגובה לחיבורו של בוגדנוב "אמפיריומוניזם" – ובו תקף את האחרון בחריפות, בטענה כי השקפותיו המוניסטיות נוגדות את המטריאליזם הדיאלקטי. ביוני ניצח לנין בוועידה של מועצת העריכה של "פרולטארי", שהתכנסה בפריז, שבה הוחלט על סילוקו של בוגדנוב מהסיעה. פילוג זה הביא להצטמקות מספר החברים בסיעה הבולשביקית, שגם כך לא נהנתה מפופולריות רבה.
בשנת 1910 נפגש לנין עם הפעילה הבולשביקית אינסה ארמנד, עמה יצר קשר קרוב בשנים שלאחר מכן. היסטוריונים חלוקים בדעותיהם באשר למהותו ולמידת הרומנטיות של הקשר שפיתח לנין עם ארמנד, שיש הסבורים שהיה בו משום בגידה באשתו, קרופסקאיה, אף שהדבר לא העיב על נישואיהם ועל פעילותם המשותפת.
לבסוף החליט לנין להתנתק מהמפלגה הסוציאל-דמוקרטית ולהכריז רשמית על הבולשביקים כעל מפלגה נפרדת. בינואר 1912 כינס בחשאי, ללא ידיעתם של שאר חברי המפלגה, ועידה מפלגתית בפראג שכמעט כל המוזמנים אליה היו בולשביקים. הוועידה בחרה בוועד מרכזי נפרד למפלגה הבולשביקית, שלנין היה הנציג הבולט ביותר בו. בשנתיים הבאות גברה השפעתה של המפלגה בקרב הפועלים בערי רוסיה, שהחריפו את מאבקם נגד השלטונות ונמשכו אחר מדיניותם הרדיקלית יותר של הבולשביקים בהשוואה לפלגים הסוציאליסטיים האחרים. באפריל 1912 הוקם ברוסיה העיתון "פראבדה" - לימים הביטאון החשוב של המפלגה - שזכה לתפוצה הרבה ביותר מבין העיתונים הסוציאליסטיים עד מלחמת העולם הראשונה. לנין עצמו חיבר את מרבית מאמריו, אף שלא יכול היה לשמש כעורך העיתון. קבוצה בת שישה חברים, בראשותו של רומן מַלִינוֹבְסְקִי (שמאוחר יותר התגלה כסוכן כפול), ייצגה את הבולשביקים בדומה הרביעית וקיבלה דרך קבע הוראות מלנין בנוגע לפעולותיה.
במלחמת העולם הראשונה.
בעת הכרזת המלחמה של אוסטריה על רוסיה באוגוסט 1914, שהביאה לפתיחת מלחמת העולם הראשונה, שהה לנין בגליציה שתחת שליטת אוסטריה. לאחר שנעצר לזמן קצר על ידי השלטונות בחשד להיותו מרגל רוסי, נמלט מחשש לכיבוש המדינה על ידי הצבא הצארי, וחזר לשווייץ הנייטרלית, שבה התגורר עד סוף גלותו.
מעת שפרצה המלחמה ביטא לנין בגלוי את התנגדותו לה, ובייחוד בספר "המלחמה והסוציאל-דמוקרטיה הרוסית" שפרסם בספטמבר 1914. הוא קרא לפועלים להסב את המאבק ממלחמת עולם למלחמת אזרחים נגד ממשלותיהם-הם, וטען שהמלחמה אינה אלא כלי בידי המעמדות השליטים להסחת דעת הפועלים ממאבקם האמיתי. באותו זמן קרא למהפכה בינלאומית ולמאבק משותף של פועלי העולם, ללא הבדלי לאום.
בעקבות הצבעת חברי המפלגה הסוציאל-דמוקרטית הגרמנית בפרלמנט הגרמני (הרייכסטאג) בעד כניסת ארצם למלחמה, החליט לנין להתנתק מהאינטרנציונל השני, שאותו ייצגה המפלגה. פריצת המלחמה הביאה למעשה להתפרקותו ולהפסקת פעילותו של האינטרנציונל, שעד אז היה המוקד הראשי לפעילותה של התנועה המרקסיסטית הבינלאומית. גם לאחר סיום המלחמה התייחס לנין בבוז לניסיונות להחיות את האינטרנציונל.
בשנים 1915 ו-1916, בעודו משתתף בכינוסים אנטי-מלחמתיים שונים ברחבי שווייץ, כתב לנין את ספרו המפורסם "אימפריאליזם, השלב האחרון של הקפיטליזם" (פורסם ב-1917). הוא תיאר את האימפריאליזם כתופעה הנובעת מהשפעתם של כוחות ההון על השלטונות הלאומיים, המביאה למאבק מיליטריסטי למען הגדלת רווחי המדינה. בשל התפשטותו ברחבי כל העולם, ראה לנין את האימפריאליזם כתופעה שתגרום לשקיעתו הסופית של הקפיטליזם, מאחר שהוא ייפול בארצות שבהן אפשרויות התפתחותו מעטות יותר.
המהפכה הרוסית.
תחת הממשלה הזמנית.
בעקבות מהפכת פברואר של 1917 - מהפכה שפרצה בהפתעה גמורה עבור לנין הגולה בשווייץ, ובה לא לקחו הבולשביקים חלק משמעותי - ויתר הצאר ניקולאי השני על כסאו, והשלטון עבר לממשלה זמנית ליברלית בראשות גאורגי לבוב, שהמשיכה במלחמה עם גרמניה. לנין וקבוצה של סוציאליסטים אחרים קיבלו היתר מגרמניה, שקיוותה להחליש באמצעותם את מאמצי המלחמה של יריבתה, לחזור דרכה לרוסיה בקרון רכבת מיוחד, והם הגיעו לתחנת פינלנד שבפטרוגרד ב-3 באפריל.
מרבית חברי ההנהגה הבולשביקית, כולל העורכים הראשים של "פְּרַאבְדַּה", קאמנייב וסטלין, ביקשו לשתף פעולה עם הממשלה הזמנית, וחלקם אף תמכו בהמשך הלחימה בגרמניה עד הניצחון. לנין התנגד לכך באופן נחרץ, ועוד טרם חזרתו פנה ב"מכתבים מרחוק" לוועד המרכזי של המפלגה, בהם בז לדמוקרטיה הליברלית והגדיר את הממשלה הזמנית כממשלה של "קפיטליסטים ובעלי-אדמות".