טרומן ביקש להקטין את האפליה כלפי השחורים, אולם בגלל כוח הצירים הדרומיים, לא הצליח להעביר חוקים בקונגרס והחליט לפעול בצווים נשיאותיים. דו"ח מ-1947 הציג מצע בן עשר נקודות על נושאי זכויות האזרח. בפברואר 1948, הגיש טרומן דו"ח בנושא זכויות האזרח לקונגרס ודרש יצירת משרדים לשמירה על זכויות ההצבעה וההוגנות בתעסוקה. הדמוקרטים הדרומיים ביקרו את טרומן לקראת הוועידה הלאומית, אולם טרומן סירב להתפשר איתם. הוא טען שאבותיו היו מהקונפדרציה, אולם שהוא כעס כשגילה שחיילים שחורים נזרקו ממשאיות צבא במיסיסיפי והוכו לאחר ששירתו את המדינה במלחמה. האלימות שיוצאי הצבא השחורים דיווחו עליה לאחר חזרתם מהמלחמה הכעיסה אותו, ולכן פרסם ביולי 1948 את צו נשיאותי 9981, שדרש שוויון הזדמנויות בצבא. לאחר כמה שנות תכנון, החלו היחידות הצבאיות להפוך למעורבות בתחילת שנות החמישים. ב-1948 עבר חוק שאפשר לנשים לשרת בצבא בעתות שלום.
עוד צו מ-1948 אסר להפלות מבקשים להתקבל לשירות האזרחי לפי גזע. צו שלישי מ-1951 הקים וועדה שהבטיחה שמעסיקים שעובדים עם הממשלה לא יבצעו אפליה גזעית.
גם אם מדיניות זכויות האזרח של טרומן הייתה לוקה בחסר, הוא היה הנשיא הראשון שעסק בנושא, והראשון שגינה את האפליה באמריקה.
עסקה הוגנת.
כשהתכונן לקראת הבחירות של 1948, הבהיר טרומן שהוא דמוקרט תומך ניו דיל, ותמך בביטוח בריאות לאומי, ביטול חוק טאפט-הארטלי, סיוע ממשלתי לחינוך, הרחבת תוכנית הדיור הציבורי, העלאת שכר המינימום, עוד פרויקטים לחשמל ציבורי כרשות עמק טנסי, ומס פרוגרסיבי. ההצעות ככלל נקראו "העסקה ההוגנת". ההבדל בין העסקה ההוגנת לבין הניו דיל היה הדגש על זכויות האזרח. הקונגרס, גם זה עם הרוב הדמוקרטי לאחר 1948, לא קיבל את ההצעות. הדרום סירב לזכויות האזרח ותמך בהפרדה גזעית. רק חוק אחד שהוצע, חוק הדיור של 1949, עבר. מצד שני, תוכניות הניו דיל לא בוטלו וחלקן הורחבו.
שערוריות.
הפשע המאורגן בערים הגדולות, שרובן היו מעוזים דמוקרטיים, זכה להתנגדות הרפובליקנים והתקשורת. שיעורי הפשע עלו לאחר 1945, כשמספר הצעירים ברחובות והכסף עלה. כנופיות מקצועיות ארגנו פשע מאורגן. מחלקת המשפטים ניסתה לבצע חקירות גדולות, וחקרה את החזרי המס של תעשיות ההימורים. אולם חוסר תיאום בין הממשלה לרשויות המקומיות הוביל לכישלון התוכנית. טרומן ניסה להעביר את האחריות לרשויות המקומיות, והסנאט, בראשות הסנאטור הטירון אסטס קאפובר, ניסה לחקור את הפשע המאורגן במסחר בין המדינות. קאפובר זכה לכותרות ובמרץ 1952 ניצח את טרומן בבחירות המקדימות בניו המפשייר. לאחר מכן פרש טרומן מהמירוץ. קאפובר היה המועמד לתפקיד סגן הנשיא ב-1956.
הקשרים של טרומן עם המנגנון הדמוקרטי בקנזס סיטי הביכו אותו רבות. הפשע המאורגן לא היה קשור לטרומן, אולם נחשב לתחום שחשף את השחיתות בממשלו. כמה פקידים בכירים בממשל טרומן לקחו שוחד, וכך גם פקידי מס הכנסה. אייזנהאואר השתמש בשחיתות כאחת משלוש הביקורות שלו נגד ממשל טרומן בבחירות של 1952, יחד עם קוריאה וקומוניזם.
ניסיון ההתנקשות.
במהלך כהונתו של טרומן עבר הבית הלבן שיפוצים רבים, ובשל כך הנשיא התגורר במשך תקופות רבות בבלייר האוס שבוושינגטון. בנובמבר 1950 ניסו שני לאומנים פורטוריקנים להתנקש בחייו, בעת ששהה בבלייר האוס. לאחר מרדף משטרתי, בו נהרג אחד החשודים במעשה, השני נפצע אנושות ושוטר אחד נהרג, המשיך טרומן בשגרתו וטען כי "נשיא צריך לצפות לדברים כאלה". כדי להסדיר את מעמדה של פוארטו ריקו, איפשר טרומן עריכת משאל עם ב-1952 בשאלת עצמאותה. 82% מן המשתתפים בו תמכו בהמשך המעמד שנתן הקונגרס לפוארטו ריקו ב-1950.
המתנקש שנותר בחיים, אוסקר קויאסו, הועמד למשפט בפני בית משפט פדרלי וב-1952 נדון למוות. אשתו רוזה (שנאסרה לאחר ההתנקשות ל-8 חודשים בחשד שהייתה שותפה לקשר לרצוח את הנשיא) השתתפה באיסוף 100,000 חתימות על עצומה נגד הוצאתו להורג, וטרומן המתיק את עונשו למאסר עולם. בשנת 1979 העניק לו הנשיא ג'ימי קרטר חנינה, וקויאסו שוחרר ושב לפוארטו ריקו. הוא נפטר ב-1994, בגיל 80.
בחירות האמצע.
בבחירות אמצע הכהונה השניות של טרומן ב-1950, שוב השיגו הרפובליקנים מושבים בשני הבתים בקונגרס. אולם בניגוד לבחירות של 1946, שמרו הדמוקרטים על רוב. הרפובליקנים התנגדו למדיניות הפנים של טרומן ולמדיניותו במלחמת קוריאה. טרומן הודאג מהצלחת המועמדים המקארתיסטיים.
בחירות 1952.
לקראת הבחירות המקדימות בניו המפשייר ב-1952, לא תמך טרומן באף מועמד ולא הודיע האם ירוץ לכהונה נוספת. חרף התיקון ה-22 לחוקת ארצות הברית, שאושרר סופית ב-1951, טרומן עדיין יכול היה לרוץ לעוד כהונה כיוון שתיקון זה לא חל עליו. לאחר סירובם של בכירים במפלגה הדמוקרטית להתמודד, דחף טרומן את תומכיו להכניס את שמו אל הפריימריז בניו המפשייר. אך טרומן, שאהדתו הציבורית בשלהי כהונתו הייתה נמוכה מאוד, הובס בידי קאפובר. כעבור שמונה עשר ימים הודיע שלא ינסה להיבחר שוב. הוא שכנע את עדלי סטיבנסון לרוץ, שנבחר בסופו של דבר למועמד המפלגה לנשיאות.
הגנרל דווייט אייזנהאואר נבחר להיות המועמד הרפובליקני, עם הסנאטור ריצ'רד ניקסון תחתיו. אייזנהאואר תקף את טרומן וטען שינקה את וושינגטון ויפתור את המשבר בקוריאה. הוא ניצח את סטיבנסון בקלות בבחירות 1952 והשיב לרפובליקנים נשיאות אחרי עשרים שנות שלטון דמוקרטי. הרפובליקנים גם השיגו רוב בבית הנבחרים ובסנאט.
מערכת היחסים בין טרומן ואייזנהאואר נפגעה במהלך מערכת הבחירות. טרומן כעס על כך שאייזנהאואר הופיע בעצרת עם מקארתי בוויסקונסין ולא הגן על קציני צבא אותם האשים מקארתי בקומוניזם. אייזנהאואר זעם כשטרומן נאם נאום תמיכה בסטיבנסון והאשים את אייזנהאואר בהתעלמות מכוחות אכזריים, מאנטישמיות, אנטי-קתוליות ואנטי זרים במפלגה הרפובליקנית. אייזנהאואר זעם ואיים לא לנסוע מהבית הלבן אל הקפיטול עם טרומן לפני ההשבעה.
לאחר הנשיאות.
בצאתו מן הנשיאות, חזר טרומן לאינדפנדנס שבמיזורי, והתגורר יחד עם אשתו בס בבית בו חלק במשך שנים רבות יחד עם חמותו. עם סיום תפקידו כנשיא, גרס טרומן כי אין זה ראוי עבורו לעבוד בחברה ולהשתכר בה, בתואנה כי ניצול של הזדמנות כלכלית כזו יפגע ביושרת התפקיד החשוב ביותר במדינה. הוא גם ויתר על הצעות רבות להעניק חסויות מסחריות. הואיל ועסקיו טרם שירותו הציבורי היו לא מוצלחים, נותר טרומן ללא חסכונות ממשיים לאחר שעזב את הבית הלבן, ומשכורתו היחידה הייתה הפנסיה הצבאית הישנה שלו, בסך 112.56 דולר בחודש. על אף שחברי קונגרס ובתי משפט פדרליים זכו לחבילת פנסיה בעת שסיימו את תפקידם באותה עת, ואף על פי שטרומן בעצמו דאג להבטיח שמשרתים לשעבר ברשות המבצעת יקבלו חבילה דומה, לא הייתה ב-1953 חבילה כזו לנשיאים לשעבר, והוא גם לא קיבל פנסיה על שירותו בסנאט.
טרומן לקח הלוואה אישית מבנק במיזורי עם סיום נשיאותו, וקבע תקדים שישומש רבות בקרב נשיאים עתידיים: ספר זכרונות הסוקר באופן מקיף את תקופת נשיאותו. ספר זכרונותיו, שפורסם בשני כרכים ב-1955 ו-1956, זכה להצלחה מסחרית וכן קיבל ביקורות חיוביות, אם כי הביא לטרומן רווחים זעומים, עקב מיסוי ותשלום לעוזריו. ב-1958 העביר הקונגרס האמריקאי חוק הנקרא "Former Presidents Act", הקובע כי נשיאים לשעבר ישתכרו בפנסיה בסך 25,000 דולר לשנה, וסביר מאוד כי למצבו הכלכלי הרעוע של טרומן בו היה שרוי לאחר נשיאותו היה קשר לחקיקת החוק. הנשיא לשעבר היחדי שחי באותה עת, הרברט הובר, הסכים לקבל את הפנסיה, אך לא נזדקק לה מבחינה כלכלית בניגוד לטרומן.
קודמו של טרומן בתפקיד, פרנקלין דלאנו רוזוולט, יזם בעצמו את בניית הספרייה הנשיאותית על שמו, אך לא הונחה חקיקה המאפשרת לנשיאים עתידיים לעשות זאת. טרומן אסף תרומות על מנת לבנות את הספרייה הנשיאותית על שמו, והעניק אותן לממשלה הפדרלית על מנת שתנהל ותשמור על המקום – וזו יוזמה שהתקבלה לאחר מכן על ידי יורשיו עם חקיקת חוק ב-1957. טרומן עצמו היה מלומד, בעיקר בנושאים היסטוריים.
עם עזיבתו את התפקיד המשיך לתמוך במועמדים דמוקרטים לנשיאות ולקונגרס, ואף השתתף בקמפיינים עבור מועמדים דמוקרטים רבים לסנאט. בגיל שמונים ב-1964, נסע לוושינגטון ונאם בפני הסנאט. לאחר נפילה בביתו בסתיו של 1964, מצבו הגופני התדרדר. ביולי 1965, חתם הנשיא לינדון ג'ונסון על חוק המדיקר בספרייה הנשיאותית על שמו של טרומן, במעמדו ובמעמד אשתו בס, והעניק את שני הכרטיסים הראשונים של התוכנית לזוג טרומן, כדי להוקיר את מאבקו של הנשיא לשעבר למען תוכנית בריאות ממשלתית בעת כהונתו.
מותו.
ב-5 בדצמבר 1972, נשלח טרומן לבית החולים בקנזס סיטי בשל גודש ריאתי הנגרם מדלקת ריאות. הוא סבל מכשל מערכתי ומת ב-7:50 בבוקר לפי שעון מיזורי, ב-26 בדצמבר, כשהוא בן 88. אשתו, בס, ביקשה לערוך עבורו טקס אשכבה צנוע ופרטי בספרייה הנשיאותית על שמו, במקום הלוויה ממלכתית בוושינגטון. כשבוע לאחר ההלוויה, נכחו נכבדים ממדינות זרות וגורמי ממשל רשמיים בטקס זיכרון שנערך לכבודו בקתדרלה הלאומית של וושינגטון. רעייתו בס נפטרה ב-1982. שניהם קבורים בספרייה הנשיאותית והמוזיאון על שם הארי טרומן באינדפנדנס, מיזורי.
דמותו ומורשתו.
טרומן נחשב לאדם עממי, חרוץ ומחובר לעם. הוא נחשב לפוליטיקאי חריף במיוחד, שהיה נאמן למפלגתו ללא שום ספק.
מורשתו.