באותם ימים התקיימה בבירה סנקט פטרבורג ועידה של ארגון ימני קיצוני בשם "חברות האצילים", שבמהלכה הופצה חוברת תרגום לרוסית של חיבור השמצה אנטישמי בלטינית בשם "התלמוד והנוצרים", שחיבר ב-1892 יוסטינאס פְראנַייטיס , כומר קתולי ממוצא לטבי, שהתיימר להוכיח, ממקורות יהודיים כביכול, כי קיים אצל היהודים רצח פולחני-דתי. ספרו של פראנייטיס התבסס על חיבור בשם "סודם של היהודים", שפורסם לראשונה ב-1803 ביאסי על ידי יהודי מומר בשם נח מלמד, שהפך לנזיר בשם "ניאופיט". חוברת זו, שלוותה בנאומים אנטישמיים בוועידה, נועדה לסייע במאבק נגד ביטול חוקי האפליה נגד היהודים.
מנדל בייליס.
מנחם מנדל בייליס (1874–1934) היה בן למשפחה של סוחרים מהחבל הדרום-מערבי של רוסיה. אביו היה יהודי חסידי. חוקי האפליה נגד היהודים בחבל זה פגעו קשות במצבם הכלכלי של הסוחרים היהודים, ועקב כך, לאחר שירותו הצבאי, התחתן בייליס ועבר לגור בעיירה מג'יגוריה, ליד קייב, שם עבד בבית חרושת ללבנים של דודה של אשתו. מאוחר יותר קיבל עבודה בבית חרושת ללבנים בקייב, שהיה שייך לבית החולים על שם זייצב ועמד על הגבול בין רובע לוקיאנובקה לרובע ה"פולסקי". רובע לוקיאנובקה היה אזור שליהודים לא הותר להיכנס אליו. זייצב היה רשאי להעסיק פקיד יהודי אחד, וכך היה בייליס היהודי היחיד בין 500 פועלים נוצריים. תפקידו היה משרדי: הוצאת תעודות המשלוח ללקוחות, קוני הלבנים. לבייליס היו יחסים טובים עם הכומר המקומי. הוא היה מתיר למסעות ההלוויה של הכומר לעבור דרך מגרש בית החרושת וגם העניק לו לבנים במחיר מוזל עבור בניין בית הספר. הכומר, מצדו, העניק לבייליס הגנה בזמן הפוגרומים של שנת 1905 . גם אשתו הייתה בידידות עם שכנותיה הנוצריות. בשנת 1911 היה בייליס אב לחמישה ילדים ובעל ותק של 15 שנות עבודה בבית החרושת. בשל עומס העבודה, לא שמר שבת.
רצח הנער אנדריי יושצ'ינסקי.
אנדריי יושצ'ינסקי נולד לאלכסנדרה יושצ'ינסקי, מחוץ לנישואין, ממאהבה תיאודוס צ'רקוב. לאחר שזה עזב אותה, נישאה ללוקה פריכודקו ונולדו להם שני ילדים. עד מאי 1910 התגוררה המשפחה בשכונה לוקיאנובקה בקייב ולאחר מכן עברה לפרבר ניקולסקאיה סלובודקה. סבתו ודודתו של אנדריי עברו להתגורר באותו פרבר, והוא היה מבקר אותן כמעט מדי יום. הייתה זו משפחה ענייה ודודתו נשאה בעול החזקתו וחינוכו. מדי פעם היה חוזר לבקר בשכונתו הקודמת, כדי להיפגש ולשחק עם חבריו, במיוחד עם ז'ניה, בנה של ורה צ'בּריאק.
ביום שבת, 12 במרץ 1911, יצא אנדריי אל בית ספרו בקייב, אולם לא נראה באותו יום בבית הספר וגם לא חזר הביתה. למחרת, נתברר לאמו כי הוא לא נשאר ללון אצל דודתו והיא החלה לחפשו. ביום שני הודיעה על היעדרו למשטרה והזמינה מודעה על כך בעיתון. ב-20 במרץ נתגלתה גופתו באחת המערות בחצרו של ברגר בשכונת מגוריו הקודמת בקייב.
בכתב האישום תואר גילוי גווייתו של הנער:
על גופו ובגדיו של הנרצח נמצאו שרידי טיט ספוג בדם. בכיס בגדיו נמצא גזיר של בד ועליו שרידי זרע-אדם מעורבים בטיפות דם.
הנתיחה הראשונה.
ב-22 במרץ נערכה נתיחת הגופה על ידי ד"ר קרפינסקי, הרופא העירוני הממונה על בדיקות רפואיות משפטיות, וב-24 במרץ הוא הוציא את מסקנותיו:
הנתיחה קבעה כי על פי שיירי המזון בקיבה, הרצח בוצע כ-4–5 שעות לאחר אכילת ארוחת הבוקר.
הפצת עלילת הדם נגד היהודים.
מיד לאחר הרצח, החלו החוגים האנטישמיים בקייב להפיץ את השמועה כי הנער נרצח על ידי היהודים כדי להשתמש בדמו לצורך עשיית מצות לחג הפסח, בין השאר באמצעות מכתבים אנונימיים לראש האגף הפלילי של בית המשפט המחוזי ולהורי הנרצח. ב-27 במרץ, יום קבורתו של יושצ'ינסקי, הופצו כרוזי הסתה:
ב-17 באפריל הופיע מאמר בעיתון הריאקציוני של סנקט פטרבורג, "רוסקאייה זנאמיה", בו נכתב כי "יושצ'ינסקי נרצח בידי יהודים". למחרת הגישה המפלגה הימנית-קיצונית בדומה שאילתה: "האם ידוע לממשלה, כי קיימות רציחות פולחניות בכלל, וכי בקייב נרצח הנער יושצ'ינסקי למטרות דתיות?". באותו יום נתקבל שר המשפטים איוואן שצ'גלוביטוב לראיון אצל הצאר ניקולאי השני, ומיד לאחריו שלח השר מברק לתובע הכללי בקייב, גאורגי צ'פלינסקי , שהיה ידוע כבעל דעות אנטישמיות, בו דרש ממנו לעקוב באופן אישי אחרי החקירה.
הנתיחה השנייה.
בשל העובדה שדו"ח נתיחת הגופה לא קבע כי הייתה כוונה מוקדמת להקיז דם רב מן הגוף, יזם פרקליט המחוז נתיחה שנייה. זו בוצעה ב-26 במרץ על ידי פרופסור ניקולאי אובלונסקי והאנטומיסט טופאנוב מאוניברסיטת קייב. ב-25 באפריל פורסם הדו"ח:
לדו"ח הנתיחה השנייה ניתן פרסום רב יותר בעיתונות האנטישמית וב-29 באפריל הגישו הצירים האנטישמיים ניקולאי מרקוב , גיאורגי זמיסלובסקי וולדימיר פורישקביץ', שאילתה חוזרת: "האם ידוע לשר המשפטים ולשר הפנים, כי קיימת ברוסיה כת של רוצחים יהודים, המשתמשים בדם נוצרים לצרכים דתיים, וכי חברי כת זו עינו למוות את הנער אנדריי יושצ'ינסקי בחודש מרץ?". בתגובה לשאילתה, הותקפו הצירים החתומים עליה על ידי הצירים הקונסרבטיביים, הליברליים והשמאליים, שגינו את העלילה כחזרה לדעות קדומות מימי הביניים וכהסתה לפוגרומים. השאילתה נדחתה ברוב של 108 נגד 93. לאחר תוצאות ההצבעה, החליט שצ'גלוביטוב לשלוח לקייב את סגן המנהל של משרדו, א. ו. ליאדוב, כדי שיפקח ישירות על חקירת הרצח.
השלטונות לא הסתפקו בדו"ח הנתיחה השנייה, שלא קבע כי הרצח בעל אופי דתי, ולכן ביקשו את חוות דעתו של פרופסור איוואן סיקורסקי (אביו של איגור סיקורסקי), פסיכיאטר אנטישמי מאוניברסיטת קייב, שסיפק לו הסבר "גזעי". הוא קבע במסקנותיו, כי לרצח יש סימנים אופייניים למעשי רצח דומים שנעשו בעבר על ידי יהודים, ברוסיה ומחוץ לה: "הבסיס הפסיכולוגי לרציחות אלו הוא רגש הקנאה הגזעית וה'ונדטה' של בני־יעקב כלפי בני הגזעים האחרים", אולם בחירת הילדים כקורבנות והקזת דמם נעשות גם מ"נימוקים אחרים, שיש להם כנראה משמעות דתית". בעקבות מסקנותיו של סיקורסקי, פנו אנשי הממשל בשנית למומחים הרפואיים אובלונסקי וטופאנוב, בבקשה שיעדכנו את דו"ח הנתיחה שלהם. עדכון זה נעשה רק כעבור שישה חודשים, בדצמבר 1911. נוסף בו ההסבר כי הנער "מת משטף דם, כלומר, כתוצאה מהפצעים שנגרמו לו, והדבר איפשר לרוצחים לאסוף את דמו של הנרצח". אלא שבסוף פסקה זו נכתבה גם ההסתייגות: "אם אמנם אספו הרוצחים את דמו של הנרצח".
החקירה.
על פי החוק באימפריה הרוסית, התהליך המשפטי במקרי רצח מתחיל בחקירה ראשונה על ידי המשטרה, שמעבירה את ממצאיה הראשונים לשופט־חוקר. זה פותח בחקירה, שומע עדויות, ומעביר את החומר עם חוות דעתו למשרד התובע הכללי. אם התובע הכללי מחליט שיש מקום להמשיך בתהליך, הוא מנסח את כתב האישום, שמועבר עם כל חומר ההוכחות אל "הלשכה לקביעת האישום", שליד בית המשפט לערעורים פליליים. לשכה זו מורכבת מחמישה שופטים, שאם הם מחליטים כי יש יסוד להעמיד לדין באשמת רצח, הם מעבירים את התיק עם חוות דעתם לבית הדין, בו יושבים שלושה שופטים מקצועיים ולצדם חבר מושבעים המורכב מ-12 אזרחים.
השופט החוקר פננקו והמפקח מישצ'וק.
יומיים לאחר גילוי הגופה, החלה המשטרה לחקור. עיתונאי יהודי בשם ברשצ'בסקי, שעבד במערכת העיתון שאליו פנו הוריו של אנדריי, פנה ביוזמתו אל השופט־החוקר וסיפר שהתנהגותם הייתה מוזרה והאם לא נראתה מודאגת. ב-24 במרץ נעצרו האם ובעלה ולמחרת נערך חיפוש בביתם, אולם ב-5 באפריל הם שוחררו.
חקירת פרשת הרצח הופקדה בידי השופט החוקר פננקו. ב-1917 סיפר פננקו, לוועדת החקירה שחקרה את הפרשה, על פגישה שנכח בה בלשכתו של התובע הכללי צ'פלינסקי בקייב. ליאדוב אמר בה כי שר המשפטים שצ'גלוביטוב בטוח שהרצח בעל אופי דתי. צ'פלינסקי הסכים איתו, ובתגובה לאזהרתו של דמיטרי פיכנו , המוציא לאור של העיתון הימני "קייבליאנין" , כי פרסום העניין הדתי עלול להביא לפוגרום נגד היהודים, אמר כי אינו רואה משהו רע בכך, "שירביצו קצת ביהודים".
במאי 1911 הופיע בפני פננקו סטודנט בן 19 באוניברסיטת קייב בשם ולדימיר גוֹלוּבֶּב , שהיה חבר בארגון הריאקציוני "ברית העם הרוסי" ובארגון ימני מקומי בשם "הנשר בעל שני הראשים", והיה בן חסותו של ציר הדומה האנטישמי זמיסלובסקי, שהיה מקורב מאוד לשר המשפטים שצ'גלוביטוב. גולובב טען בפני פננקו כי הוא משוכנע שהרצח בוצע למטרות דתיות, על ידי מנהלו של בית החרושת ללבנים, שנמצא במרחק קטן מן המערה בה נמצאה גופת הנער. מנהל בית החרושת היה היהודי מנדל בייליס. לטענת גולובב, בייליס עשה זאת בסיוע עוזריו, בהתאם למנהגיהם של כת ה"חסידים" היהודית. אולם מפקח המשטרה מישצ'וק כבר התמקד בחקירתו בחבורת פושעים ידועה שהייתה נפגשת בביתה של ורה צ'בריאק, אם חברו של אנדריי, שגם ביתה נמצא במרחק קטן מן המערה. מישצ'וק התבסס על כך שבנה ז'ניה נפגש עם אנדריי בבוקר בו נעלם ועל כך שאחדים מחבורה זו עזבו את קייב לאחר הרצח. הוא רצה לעצור את ורה צ'רביאק, אולם צ'פלינסקי התנגד לכך והוא נאלץ להסתפק בהזמנתה לשיחה עם השופט החוקר.