מנתון מספר שאחד ממלכי מצרים בשם אמנופיס רצה "לראות את האלים" וסיפר זאת לנביא שגם שמו אמנופיס (בן פפיאס). הנביא אמר למלך כי יוכל לראות את האלים רק "אם יטהר את כל ארץ מצרים מן המצורעים ומיתר האנשים הטמאים". המלך ציווה לאסוף את כל המצורעים במצרים וגירש אותם (80 אלף נפש) לעבודה במחצבות ממזרח לנילוס, כדי להפרידם משאר האוכלוסייה. אמנופיס הנביא חשש מזעם האלים על סבל המצורעים, חזה שאלה ישתלטו על מצרים, והחליט להשאיר למלך את נבואתו בכתב והתאבד. לאחר זמן רב, נעתר המלך לבקשת המצורעים והרשה להם לבנות מחדש את העיר אווריס ולהתגורר בה. אולם המצורעים מרדו במלך, בהנהגת כהן מהליופוליס בשם "אוסרסיף", שנתן להם תורה חדשה וציווה אותם שלא לעבוד את אלוהי המצרים, אלא להקריב את החיות הקדושות שלהם ולהתנכר לכל מי שלא מצטרף לדתם החדשה. הוא הורה לבצר מחדש את העיר ושלח שליחים אל החיקסוס בירושלים עם הצעה לחבור למצורעים במלחמה במצרים ולשוב לעירם המקורית, אווריס. 200 אלף לוחמים הגיעו מירושלים לאווריס ואמנופיס נבהל וברח עם צבאו לממלכת כוש. שתי האוכלוסיות, החיקסוס מירושלים והמצורעים, השתלטו יחד על מצרים, שרפו ערים וכפרים, חיללו מקדשים, טימאו את פסלי האלים ואילצו את הכהנים והנביאים לזבוח את החיות הקדושות ולשחוט אותן.
רק בשלב זה, לאחר תיאור ה"תועבות" שנעשו על ידי החיקסוס והטמאים, חושף מנתון את זהותו של מנהיגם: כשחבר אוסרסיף לחיקסוס, שינה את שמו למשה.
כעבור 13 שנות גלות באתיופיה, חזרו אמנופיס ובנו רעמסס למצרים, גרשו ממנה את הרועים והמצורעים "ורדפו אחריהם עד הרי סוריה".
מוטיב דומה על תשוקת מלכי מצרים לראות את האלים חזר כמה פעמים בספרות העתיקה.
בספר שמות מסופר שידו של משה הפכה "מצורעת כשלג" אך מיד חזרה לאיתנה, אולם עניין הצרעת הועלם בתרגום השבעים וגם על ידי פילון ויוספוס עצמו, שהסתפקו בכך שהפכה ללבנה. ייתכן והדבר נבע מאי נוחות בגלל עלילת המצורעים.
מנתון כולל בסיפורו שני מוטיבים בולטים: הכפירה/חילול הקודש והסירוב להתחבר עם אחרים (מיזנתרופיה).
הוא בחר שלא לנקוט בעמדת התגוננות על ידי כתיבת דברי הזמה בלבד, שיכולים להתפרש כאפולוגטיקה וכסימן של חולשה, אלא לנקוט במתקפה תעמולתית כוללת נגד היהדות והיהודים, כשלצורך המשימה אימץ את השיטה הספרותית של כתיבת "היסטוריה נגדית". מטרת התעמולה הייתה להוכיח שעם ישראל בתקופתו נושא איתו את המורשת הרעה של אבותיו. בכך מנתון אינו שונה מסופרים אתנוגרפיים אחרים בעת העתיקה, שחקרו את תולדותיהם של עמים שונים כדי לחשוף את דמותם בהווה.
תגובת יוסף בן מתתיהו.
יוסף בן מתתיהו מצביע דווקא על ההתאמה שבין גרסת מנתון לסיפור המקראי, בכך שאבותיהם של היהודים הגיעו למצרים מארץ זרה ויצאו ממנה כבר בזמן קדום מאוד.
הוא מדגיש שדברי מנתון שנלקחו מתוך הכתבים המצרים העתיקים סותרים את טענות הבסיס של הסופרים המצרים-יוונים המאוחרים יותר, על כך שהיהודים אינם עם עתיק ומוצאם ממצרים.
יוסף מבדיל בין שני חלקי הסיפור של מנתון, כאשר הוא מאמץ את הראשון (זיהוי היהודים עם החיקסוס) ושולל את אמינותו של השני (סיפור המצורעים).
לטענתו, הסכים מנתון לדברי היהודים שהם לא היו ילידי מצרים מלכתחילה, אלא באו אליה מארץ נכריה, מָשלו בה ואחרי כן יצאו ממנה, אולם מנתון הודה בעצמו, שאת השתלשלות האירועים לאחר הגירוש הראשון של החיקסוס לא לקח מתוך כתבי הקודש המצרים העתיקים, אלא מתוך סיפורים מיתולוגיים ששמע מאנשים בעל פה. יוסף טוען כי מדובר ב"שיחות הבל ושקרים" "אשר לא נודע מי אביהן", שמנתון הוסיף להם "דברים אשר אין להם שחר" כדי לייחס את מוצאם של היהודים ל"המון מצרים מצורעים ומוכּים בתחלואים רבים" ולפיכך "אין להאמין בדברי שקריו".
יוסף מביע את תמיהותיו בסדרה של שאלות רטוריות עוקצניות ולעגניות:
מי הם האלים שאמנופיס רצה לראות ולמה בכלל רצה לראותם? ולמה שיסתירו האלים את פניהם בגלל בני אדם כרותי איברים ומצורעים? הם נוהגים הרי לכעוס על מעשי רֶשע ולא על מומי הבשר. והנה אותו "קוסם" ציווה לגרש את בעלי המומים ממצרים כדי לטהר את הארץ, ואילו המלך גירש אותם אל המחצבות, כאילו עשה זאת בגלל מחסור בעובדי פרך.
אולם לטענת יוסף, גם בדברים אלה לא היה די ומנתון לא השכיל להבין ש"לא יֵאָמנו כזביו":
גם אם כעסו המצורעים על המלך בגלל מה שעשה להם, הרי שאחרי שיצאו לחופשי מהמחצבות וקבלו ממנו את אווריס, היה עליהם למתן את שנאתם אליו. וגם אם רחשו אליו שנאה רבה, היו תוקפים אותו בלבד ולא יוצאים למלחמה על כל העם המצרי, כי ברור הרי שהיו להם קרובים רבים במצרים. וגם אם החליטו להילחם בכל העם, מדוע החליטו להילחם גם באלים שלהם בכך שתיקנו להם חוקים חדשים הנוגדים את חוקי אבותיהם? יוסף מוסיף בציניות, שיש לזקוף לזכות מנתון שלא הטיל את האשמה הזאת על אנשי ירושלים, אלא על המצרים עצמם (המצורעים) ובראשם הכוהנים שלהם (אוסרסיף), ומוסיף לתהות: האם לא מוזר הדבר שאף אחד מקרובי האנשים הטמאים לא הצטרף למלחמתם עד שהיו צריכים לבקש עזרה מירושלים, ואיזו ידידות או קרבת משפחה הייתה עד אז בין הטמאים ובין בני ירושלים? הרי גם המצורעים היו מצרים ולכן היו אויבים לבני ירושלים ומנהגיהם היו שונים מאוד. ואנשי החיקסוס מירושלים עטו מיד על הצעת המצורעים לכבוש את מצרים, כאילו לא הכירו כבר את הארץ ממנה גורשו בעבר בכח. אילו היו החיקסוס במחסור ובמצוקה, ברור היה מדוע הסכימו לסכן את חייהם, אך הם ישבו בעיר משגשגת ואכלו מפרי אדמה טובה בהרבה מאדמת מצרים, אז מה גרם להם לחרף את נפשותיהם לעזרת מי שרק לא מזמן היו אויביהם, אנשים שאין איבר שלם בגופם ושאפילו קרוביהם נטשו אותם? הרי לא יכלו לנחש מראש שהמלך יברח מהם.
יוסף מסכם וטוען שגם על פי גרסת מנתון מוצא העם היהודי לא מהמצרים (אלא החיקסוס בלבד) ולא התערבו בו ילידי מצרים (המצורעים), ואפילו אם ייחס מנתון את מוצא היהודים למצורעים והחולים, יש להניח שרבים מהם נספו במחצבות אחרי שהתענו שם זמן רב, ורבים מהשורדים מתו במלחמות שבאו לאחר מכן.
הוא גם מפריך את הרמיזה לכך שמשה היה מצורע בעצמו ומדגיש שלפי התורה משה הקפיד מאוד בחוקי טומאה ואסר על כל איש שיש בו מום קל לשרת בקודש, ואם היה מצורע בעצמו, הרי שהיה צריך לחוקק חוקים לטובת מצורעים כמותו.
לדברי יוסף, כל זה מוכיח שמנתון לא סטה הרבה מן האמת כל זמן שנצמד למקורות העתיקים שלו.
הוא טוען שדברי מנתון הם שקר ואם היה בהם יסוד כלשהו של אמת, הם לא היו סותרים בפרטים רבים כל כך את אלה שבאגיפטיאקה של כאירמון.
דיודורוס.
מלבד הקטעים המצוטטים מתוך כתביו של הקטאיוס איש אבדרה, חיבורו של ההיסטוריון היווני דיודורוס סיקולוס (המאה ה-1 לפנה"ס) כולל קטעים נוספים הנוגעים ליהודים. דיודורוס מציין את הקטאיוס כמקור העיקרי שלו למוצא היהודים וכותב שהמצרים מספרים שמושבות מצריות רבות הוקמו ברחבי העולם המיושב על ידי מהגרים מארצם ובהן גם "זו של היהודים, השוכנת בין ערב לסוריה".
במקום אחר בחיבורו, מתאר דיודורוס את המצור של אנטיוכוס השביעי סידטס על ירושלים (ייתכן ומקור התיאור היה טימוכארס), שם הוא מספר שרוב חבריו של אנטיוכוס יעצו לו "למחות כליל את העם היהודי, מאחר שרק הם מכל העמים נמנעו מקשרים עם כל עם אחר וראו בכל בני־האדם אויבים. עוד הם ציינו שאבות אבותיהם של היהודים גורשו מכל שטח מצרים בתור כופרים שנואי־האלים. שכן במטרה לטהר את הארץ, כל אלה שנשאו על גופם סימנים לבנים וסימני צרעת קובצו יחדיו וגורשו אל מעבר לגבול, כמי שמארה רובצת על ראשם; הפליטים כבשו את סביבות ירושלים, ומשארגנו את עם היהודים הפכו את שנאתם לאנושות למסורת, ולשם כך הנהיגו חוקים תמוהים בתכלית: לא להסב לסעודה עם בני עם אחר כלשהו, וגם לא לגלות כלפיהם ולו שמץ של רצון טוב".
פומפיוס טרוגוס.
פומפיוס טרוגוס, ההיסטוריון רומאי מתקופת אוגוסטוס, משלב בתיאורו הרחב על היהודים את המסורת המצרית-אלכסנדרונית העוינת על יציאת מצרים ומספר שהמצרים, לאחר "שניחתו עליהם גרדת וצרעת" והוזהרו על ידי אורקל, גרשו ממצרים את משה יחד עם אלה שחלו במחלה, כדי שהמחלה לא תתפשט.
טרוגוס מוסיף ש"בזוכרם כי גורשו ממצרים מחשש להפצת זיהום, הם הקפידו, פן יהפכו להיות שנואים על שכניהם מאותה סיבה, שלא לבוא במגע עם זרים", ומסביר שחוק זה אומץ על ידיהם באותה הזדמנות והפך בהדרגה למוסד דתי.
ליסימכוס.
הסופר המצרי ליסימכוס, שגם הוא כתב חיבור על דברי ימי מצרים, כתב את התיאור המפורט ביותר של יציאת מצרים שהגיע לידינו מהתקופה ההלניסטית-רומית, שיוסף בן מתתיהו הכריז עליו כעל העוין ביותר מבין כל הגרסאות לסיפור.