ב-1987 הגיע משרדו ל-1,135 שאלונים של בחינות שונות לבגרות, אך בהרכבים שונים הגיעו מספר הבחינות לכ-12,000, מה שיצר תוהו ובוהו בכל מפעל הבגרויות. באותו זמן קבעה ועדה בין-אוניברסיטאית למדיניות הקבלה לאוניברסיטאות בישראל בראשות פרופסור אלעזר כוכבא את תנאי הקבלה לאוניברסיטאות ובכך אילצה את משרד החינוך להתיישר לפי דרישותיה. תנאי הקבלה שנקבעו חשפו את הפער שבין משרד החינוך הקורא לפשט ולהקל על השכבות החלשות לבין הגישה ה"אליטיסטית" לכאורה של הנהלות האוניברסיטאות. מסמך כוכבא קבע שתנאי ההרשמה לאוניברסיטה הם עמידה בבחינה במתמטיקה ברמה של שלוש יחידות לימוד או יותר, ובאנגלית ברמה של 4–5 יחידות, בעוד שמשרד החינוך התיר לתלמידים לבחור בין מתמטיקה לאחד מן המקצועות המדעיים. באנגלית הסתפק המשרד בדרישה של 3 יחידות. מדיניות זו של משרד החינוך, שלא תאמה את דרישות המועצה להשכלה גבוהה, באה להבטיח שתלמידים משכבות חלשות יהיו זכאים לתעודת בגרות.
המחלוקת בין משרד החינוך למוסדות ההשכלה הגבוהה פתחה מחדש את הדיון בשאלות כגון כמה מקצועות בחירה וכמה מקצועות חובה יש ללמד ולהיבחן בהם, עד כמה משקפות הבחינות את הישגי התלמידים, עד כמה מגביל ריבוי בחינות את החינוך לערכים, עד כמה מאפשרות תוצאות הבחינות מיון נכון ומדויק של הבוגרים לצרכים השונים של מוסדות ההשכלה הגבוהה, המשק וצה"ל. שוב ושוב עלה הרעיון של ביטול מוחלט של בחינות הבגרות, שבבסיסו המגמה להעביר את שלב המיון אל המוסד הקולט בתום 12 שנות לימוד. לפי שיטה זו – בוגרים הפונים להכשרה מקצועית במוסדות להשכלה גבוהה או במסגרות הכשרה אחרות ימוינו על ידי המוסד המקבל ואין לתהליך זה קשר עם המוסדות התיכוניים המקיימים הוראה וחינוך במסגרת המטרות הלאומיות שנקבעו.
נבון נדרש לסוגיה זאת כבר מראשית כהונתו במשרד החינוך והתרבות, ויזם דיונים על מתכונת בחינות הבגרות ועל העקרונות לפיהם יקבלו התלמידים את תעודת הבגרות שתזכה אותם בכרטיס כניסה למוסד להשכלה גבוהה. בדין וחשבון שהגיש למשרד החינוך ב-1984 הגדיר דוקטור ברוך נבו מאוניברסיטת חיפה את הבעיות המרכזיות: ריבוי שאלוני הבגרות, איחור בהנפקת תעודות הבגרות וכתוצאה מכך גם בקבלת המשוב הסטטיסטי של הבחינות, מאורעות רמייה במהלך בחינות, גישות שונות של בתי הספר לציוני המגן ועל כן חוסר שוויון ואחידות וכיוצא בזה. באפריל 1985, יוסף באשי הוסיף לפרט את מגרעותיה של השיטה הנהוגה. חודש לאחר מכן כתב באשי מסמך נוסף ובו חיווה את דעתו בנוגע לשינויים במתכונת בחינות הבגרות באמרו שמדובר בתהליך דינמי וסחבתי מדי, והמליץ לאמץ תעודת בגרות אחידה, גג יחידות לימוד מקסימלי, איזון בין השונות בנטיות התלמידים והתעניינותם לבין הצורך בפישוט תהליכים מנהליים המכתיבים אחידות וכיוצא בזה.
במרץ 1986 זימן נבון אנשי חינוך לדיונים בסוגיה זו בכנס בכפר המכביה. במפגש הובעו דעות שליליות על עצם השינויים במתכונת והרוב העדיפו להשאיר את המצב הקיים על כנו. רוב הביקורת הייתה מצד המגזר הטכנולוגי. ניתן ביטוי לדאגה שהמתכונת החדשה תגרום לירידה במספר מקבלי תעודת הבגרות, ואף נשמעה ביקורת גם מן המגזר הדתי, מן המגזר הערבי ומעיירות פיתוח. היו דעות שמוטב לאמץ שני סוגים של תעודות, אחת לצורכי קבלה לאוניברסיטאות ואחת למוסדות אחרים. עלתה הצעה לתעודה שלישית ברמה של תעודת גמר תיכון. הוצעו גם שני שלבים של בחינה, בגרות בכתה י"א וכניסה לאוניברסיטאות בי"ב. והייתה דעת יחיד בעד ביטול בחינות הבגרות. בדיוני המשרד בהובלתו של נבון התקבלו מספר החלטות ובהן: יהא סוג אחד בלבד של תעודת בגרות ותעודה זו תקנה זכות הרשמה לכל המוסדות להשכלה גבוהה בארץ ללא יוצא מן הכלל; המתכונת תתבסס על מקצועות חובה; בחירה מחייבת ובחירה חופשית אחת; צמצום רשימת המקצועות והתאמתם לדרישות האוניברסיטאות, הקמת ועדה משותפת שתקבע את שיטת החישוב ואת נהליה; ביצוע מנהלי תקין של הבחינות והעברת הציונים והתעודות במועד לבוגרים ולאוניברסיטאות.
עסקת ג'יבריל.
ב-6 וב-13 במרץ 1985 נערכו שתי ישיבות של הקבינט המדיני-ביטחוני בנושא שחרור מחבלים פלסטינים בתמורה לשבויים ישראלים. נבון דרש לתת פומבי לגילוי שמות המחבלים שבדעת הממשלה לשחרר, בדגש על אותם רוצחים שנכלאו בגין מעשי זוועה כדוגמת פיגוע כביש החוף, ובהם קוזו אוקומוטו שביצע את הטבח בנמל התעופה לוד. נבון הזהיר כי אם מחבלים אלו ישתחררו תבוא תגובה קשה בקרב האזרחים הישראלים ויהיה לחץ אדיר לכשיתפרסמו שמותם של המחבלים המשוחררים. נבון הדגיש כי יש לחשוף את שמות המחבלים המשוחררים. בישיבת הקבינט הראשונה עוד היה בדעתו שעדיין אין צורך לאמץ את ההצעה וקודם יש לדעת במי מדובר. בישיבת הקבינט השנייה ביקש נבון לקיים דיון חוזר בפורום הקבינט, על מנת שיוכל לערער על ההחלטה שנפלה בישיבת הקבינט הראשונה.
נבון הסתייג, אך בשעת המעשה לא הצביע נגד ההחלטה. נבון טען כי בעולם הערבי יראו את העסקה הזו כביטוי לחולשה. מלבד נבון, כל תשעת השרים שהיו חברים אז בקבינט ולקחו חלק בדיונים לא הביעו התנגדות מילולית לעסקה. מאוחר יותר נימק נבון את החלטתו באומרו: .
כשנודע לציבור כי ממשלת ישראל העשרים ואחת שחררה 1,150 מחבלים תמורת שלושה שבויים ישראלים, פרצה (כמו שצפה נבון) סערה ציבורית. בעקבות הסערה נאם שר הביטחון יצחק רבין בפני מליאת הכנסת ואמר כי "ההחלטה נפלה בקבינט פה אחד". נבון מיהר להגיב לדברים אלו של רבין ברדיו וציין כי החלטה לא עברה פה אחד, הרי הוא התנגד. בדיעבד, רבין דבר אמת. מבחינה פורמלית, לא נערכה כל הצבעה. מיד לאחר שהתראיין לרדיו, ביקש נבון מידידו העיתונאי עקיבא אלדר מעיתון "הארץ" וביקש שדבריו יתפרסמו בעיתון, ונענה בחיוב. משהדברים לא התפרסמו, גילה נבון שב"הארץ" נמנעו לפרסם את תגובתו של נבון שכן ממשרד ראש הממשלה וממשרד הביטחון נמסר למערכת העיתון כי לא נערכה הצבעה. אי-ההבנה התפרסה בציבור ובשבועון "כותרת ראשית" נכתב: "יצחק נבון, הנשיא לשעבר, לוקח טרמפ על התנגדות הציבור לעסקה וטוען שהיה נגדה".
פרישה מן החיים הציבוריים.
במרץ 1990 פרשו כל שרי המערך מממשלת ישראל העשרים ושלוש בראשותו של יצחק שמיר, בהוראת מנהיגם שמעון פרס. נבון קיווה לכהן כשר החוץ בממשלת המערך הקרבה ובאה. ב-11 באפריל מליאת הכנסת אמורה הייתה להצביע בעד כינון ממשלתו הצרה של פרס, אך בבוקר יום זה נעדרו שניים מחברי אגודת ישראל: אברהם ורדיגר ואליעזר מזרחי, מה שנודע כתרגיל המסריח. בעקבות זאת, פרש נבון מהממשלה, ובכך נחתם פרק של עשייה פוליטית בן כ-25 שנה. נבון אמנם סיים את כהונתו בממשלה ב-15 במרץ 1990, אך הוא נשאר חבר כנסת עד תום כהונת הכנסת השתים עשרה ב-13 ביולי 1992, כברווז צולע.
בערוב ימיו.
ב-1991, צוות טלוויזיה בהנהגת יגאל לוסין, מפיק סדרת הטלוויזיה "עמוד האש", החל בהפקות סרט תיעודי על יהודי ספרד ופורטוגל, לקראת שנת 1992 - בה מלאו 500 שנה לגירוש ספרד. לנבון נודע על כך, והוא ביקש מלוסין ומפיקת התוכנית, נעמי קפלנסקי, להצטרף לצוות. למחרת יום פגישתו עם לוסין וקפלנסקי, הציעו לו השניים האחרונים לכהן כמנחה בסדרה. נבון נענה בחיוב, אך הוטל וטו על השתתפותו בתוכנית ברשות השידור בגין סברה לפיה נבון יהיה מועמד לכנסת מטעם מפלגת העבודה הישראלית בבחירות הקרבות ובאות ולנבון יינתנו שעות תעמולה סמויות. לאחר פנייתו של נבון למנכ"ל רשות השידור אריה מקל, הובהר העניין והוסר הווטו. הסדרה בת שמונה הפרקים נקראה "ירושלים שהייתה בספרד", ובמהלך הפקתה וצילומיה יצאו נבון וצוות הטלוויזיה הישראלי למסע קולנועי-היסטורי ברחבי ספרד ופורטוגל לגילוי שרידיה של הקהילה היהודית המפוארת ששכנו בהן.
ב-1992 ציינה ספרד אירועים היסטוריים אחדים: השלמת איחוד ספרד עם כיבושה של ממלכת גרנדה, הממלכה המוסלמית האחרונה בחצי האי האיברי; גילוי אמריקה בידי כריסטופר קולומבוס; גירוש יהודי ספרד וגירוש המוסלמים. ציון אירועים אלו שימש לספרד הדמוקרטית אמצעי להגברת שילובה באירופה, שנמצאה בעיצומם של תהליכים שמטרתם הייתה להביא לידי איחודה. ישראל השתלבה במאמץ הספרדי משום שביקשה לציין, מטעמיה שלה, את מלאות חמש מאות השנים לגירוש ספרד. חבר הכנסת נבון התמנה לאחד ממארגני האירוע. נבון דיווח לנשיא הרצוג על פעילות זאת וסיכם איתו על הזנקת האירועים במשכן הנשיא ובבנייני האומה.
בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20 הציעו מיכל זמורה-כהן וראש עיריית ירושלים לשעבר מרדכי איש-שלום לנבון לעמוד בראש הוועד המנהל של האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים. נבון כיהן בתפקיד זה בשנים 1994–2004. עם פרישתו מתפקיד יו"ר הוועד המנהל הוענק לו התואר נשיא כבוד של האקדמיה. ב-1996 עמד בראש הוועדה לחקירת פרשת השמדת מנות הדם של עולי אתיופיה. מאז פרישתו מן החיים הפוליטיים כיהן כיו"ר של גופים ציבוריים שונים: חברת "נאות קדומים", שמוּרה המשחזרת את הצמחייה המוזכרת בתנ"ך ובתלמוד, האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים, ועד שנת 2015 גם כיו"ר הרשות הלאומית לתרבות הלאדינו. כיהן כנשיא הכבוד של "קרן אברהם", שמטרתה לעודד את ההבנה והדו-קיום היהודי-ערבי בישראל.
יצחק נבון הדליק משואה ביום העצמאות ה-59 של מדינת ישראל (2007) על תרומתו לעיר ירושלים, במסגרת ציון חגיגות 40 שנה לאיחוד ירושלים במלחמת ששת הימים. עוד קודם לכן, הוא הדליק משואה ביום העצמאות ה-24, בשנת 1972. בבחירות לכנסת ה-18, ה-19 וה-20 הוצב, באופן סמלי, במקום ה-120 והאחרון ברשימת מפלגת העבודה לכנסת.
פעילות ספרותית ומחזאית.