בשנת 393 הכריז תאודוסיוס על הנצרות כדת הרשמית של האימפריה הרומית והחל תהליך ארוך של איסור על פולחן פגני וסגירת מקדשים עד המאה ה-5.
הכמורה קיבלה מעמד היררכי ובראשה עומד האפיפיור - ראש הכנסייה. בתחילת ימי הביניים הייתה הכמורה כפופה במידה רבה לאצולה, ובחלק גדול מהמקרים מונו אנשי הדת על ידי האצילים. עם הזמן צברה הכנסייה עושר וכוח, וכחלק מתהליך זה קיבלה עצמאות מהשלטון החילוני עד שהפכה את היוצרות ורכשה לעצמה יכולת השפעה רבה ואף שליטה על האצולה.
על מנת להעמיק את שליטתה, הקימה הכנסייה הקתולית את המיסיון הנוצרי: תנועה שמטרתה העיקרית להחדיר את הדת הנוצרית בקרב עמים לא-נוצריים, אשר פעולתה הביאה במהלך ההיסטוריה להפצת הנצרות ברחבי העולם.
הנסטוריאניזם והאימפריה הסאסאנית.
בתחילת המאה ה-5 בבית ספר לדת באדסה שהיה אחד המוסדות התאולוגיים המשמעותיים באזור בתקופה זו, לימדו נקודת מבט ישועית ייחודית, שעיקרה הדגשת הבידול בין טבעו האלוהי לטבעו האנושי של ישו. תוצאה מסוימת של פרספקטיבה זו הייתה כי לא ניתן לכנות את מרי "יולדת האלוהים" (תאוטוקוס), אלא "יולדת ישו המשיח". מי שהיה ידוע בתקופה זו בייצוג נקודת מבט זו היה פטריארך קונסטנטינופול נסטוריוס, והוא החזיק בדעת מיעוט מול הדעה הרווחת של הכנסייה בעת ההיא.
הקיסר הרומי תיאודוסיוס השני כינס את ועידת אפסוס, מתוך כוונה ליישב את הסוגיה. הוועידה דחתה את דעתו של נסטורוס. כנסיות רבות שצידדו בנקודת המבט של הנסטוריאנים התנתקו מהכנסייה הרומית וגרמו לפילוג גדול. הכנסיות הנסטוריאניות נרדפו וחסידים רבים ברחו לאימפריה הסאסאנית שבה התקבלו.
האימפריה הסאסאנית הייתה רשמית זורואסטרית ושמרה בדבקות קפדנית על אמונה זו, בין השאר, כדי להבדיל את עצמה מהדת של האימפריה הרומית (בתחילה הדת הרומית הפגאנית ולאחר מכן הנצרות). בהדרגה, הנצרות הפכה נסבלת באימפריה הססאנית וככל שהאימפריה הרומית גלתה יותר ויותר את מי שהגדירה ככופרים במאות ה-4 וה-6, גדלה הקהילה הנוצרית הסאסאנית במהירות. בסוף המאה ה-5 הכנסייה הפרסית הייתה מבוססת היטב והייתה עצמאית מהכנסייה הרומית. כנסייה זו התפתחה למה שמכונה היום ככנסיית המזרח.
הנזורה.
הנזורה הנוצרית היא סוג של סגפנות לפיה אדם פונה להסתגרות עצמית ופרישות מהעולם, לצד התמסרות לעבודת האל. על הנזיר לנדוד לבדו או להצטרף לקהילה מאורגנת היטב. רעיון הנזורה אינו רעיון נוצרי מקורי אלא התפתח בהדרגה תוך שילוב מסורות של חיי פרישות, שיתוף וצניעות שהיו נהוגים אצל כתות במזרח התיכון, למשל אצל האיסיים והתרפויטים.
יוחנן המטביל נחשב לנזיר ארכיטיפי, וכן הנזורה קיבלה השראה מהמסופר במעשי השליחים.
בין הנזירים זרמים שונים. ישנם נזירים מתבודדים החיים בניתוק מהחברה, ואילו הקוינוביוניסטים חיים בקהילות, בדרך כלל בקוינוביון, תחת שלטון (או קוד התנהגות) של אב המנזר. במקור, כל הנזירים הנוצרים היו מתבודדים, והתחקו אחר הדוגמה של אנטוניוס הגדול. עם זאת, הצורך בצורה כלשהי של הדרכה רוחנית מאורגנת הוביל את פכומיוס בשנת 318 לארגן את חסידיו הרבים שלו בארגון שעתיד היה להיות המנזר הראשון. עד מהרה הוקמו מוסדות דומים ברחבי המדבר המצרי וכן באזורים רבים נוספים בחצי המזרחי של האימפריה הרומית. נשים נמשכו במיוחד לתנועה.
דמויות מרכזיות בהתפתחות הנזורה היו בסיליוס הגדול במזרח, ובנדיקטוס מנורסיה במערב, שיצר את תקנון בנדיקטוס המפורסם, שנכתב ב-540 לערך, והפך לקו המנחה הנפוץ ביותר בכל ימי הביניים, ולנקודת המוצא עבור הכללים במנזרים השונים.
הנצרות בימי הביניים.
עם שקיעתה של האימפריה הרומית, השטחים המזרחיים של האימפריה המשיכו לכונן שלטון רומי אימפריאלי המכונה כיום האימפריה הביזנטית. אפילו בשטחים המערביים, שם הלכה ודעכה השליטה הפוליטית האימפריאלית, נמשכה התרבות הרומית במובהק זמן רב לאחר מכן; ולכן ההיסטוריונים מעדיפים היום לדבר על "טרנספורמציה של העולם הרומי" ולא על "נפילת האימפריה הרומית". הופעת ימי הביניים המוקדמים הייתה תהליך הדרגתי ולעיתים קרובות מקומי. במערב - אזורים כפריים הפכו למרכזי כוח, בעוד אזורים עירוניים איבדו את עוצמתם.
עם הפלישות המוסלמיות של המאה השביעית החלו זרמי הנצרות המערבית (הלטינית) והמזרחית (היוונית) ללבוש צורות ייחודיות. בעוד שבמזרח הכנסייה שמרה על מבנה ואופי בסגנון שמרני שהאט את התפתחותה של הדת, הבישופים של רומא במערב (כלומר, האפיפיורים) נאלצו להסתגל מהר יותר ובגמישות לנסיבות המשתנות בצורה קיצונית. הדבר בא לידי ביטוי בכך שכאשר הבישופים של המזרח שמרו על נאמנות ברורה לקיסר הרומי המזרחי, נאלץ הבישוף של רומא, תוך שמירה על נאמנות רשמית לקיסר המזרחי, לנהל את המערכת הדתית תוך משא ומתן רגיש עם "שליטי הברברים" של הפרובינציות המערביות לשעבר. על אף שמספרם הגדול של הנוצרים היה במזרח, ההתפתחויות במערב הכינו את הבמה להתפתחויות מרכזיות בעולם הנוצרי במאות שבאו לאחר מכן.
האפיפיורות של ימי הביניים המוקדמים.
לאחר שחצי האי האיטלקי נפל למלחמה ולסערה בגלל השבטים הברבריים, נאבק הקיסר הביזנטי יוסטיניאנוס הראשון ממעוזו שבמזרח באצולה הגותית בניסיון להחזיר את השליטה האימפריאלית באיטליה אל ידי הקיסרות.
ניסיונות הקיסרות היו מוצלחים במידת מה, ומושל מטעם הקיסר אמנם מונה עבור איטליה, אך ההשפעה הקיסרית הייתה מוגבלת. כשהלומברדים פלשו לחצי האי, שעדיין לא היה מספיק יציב פוליטית, רומא מצאה את עצמה במצב בו עליה לדאוג לעצמה. כישלונו של המזרח לשלוח סיוע הביא את האפיפיורים עצמם להאכיל את העיר עם תבואה מאחוזת האפיפיור, לשאת ולתת עם בני ברית פוטנציאלים, לשלם דמי הגנה לשר הצבא הלומברדי, וכשזה לא הועיל, לשכור חיילים כדי להגן על העיר. בסופו של דבר האפיפיורים פנו לגורמים אחרים לתמיכה, במיוחד לפרנקים.
המאה ה-6 הייתה הרסנית לעיר רומא, כאשר לאורך המאה העיר נבזזה מספר פעמים והגורם השולט בעיר התחלף בין המלכים האוסטרוגותים וההאימפריה הביזנטית, אך בשנת 598 חוותה העיר נקודת מפנה כאשר נחתם הסכם שלום שהכיר באפיפיור כ"פטריארך של רומא" ובכך הקנה לעיר מעמד מוגן ועצמאי. בשנים שלאחר מכן, עם העברת שטחים לשליטה ישירה של האפיפיורים, הפכה רומא לבירת מדינת האפיפיור.
שלטון האפיפיורים קיבע את מעמדה של רומא כמרכז הנצרות וכמוקד כוח פוליטי למשך רוב ימי הביניים. במהלך ימי הביניים ישויות מדיניות שונות כמו האימפריה הרומית הקדושה ראו עצמן כפופות למרות האפיפיור במידה רבה.
התבססות הנצרות באירופה.
ככל שגבולותיה הפוליטיים של האימפריה הרומית פחתו ואז התמוטטו במערב, התפשטה הנצרות מעבר לגבולותיה הישנים של האימפריה ואל אדמות שמעולם לא היו תחת שליטתה של רומא.
אחד מהגורמים המרכזיים להתפשטות הנצרות באירופה והתבססותה, היה המיסיונרים.
באזורים שהיום נקראים ויילס ואירלנד, התפתחה החל מהמאה החמישית תרבות ייחודית סביב הים האירי. באזור זה התפשטה הנצרות מבריטניה הרומית לאירלנד, בסיוע משמעותי של הפעילות המיסיונרית של פטריק הקדוש, שלווה בכוהנים מיסיונריים, בדרך כלל ממוצא בריטי או אירי, שהוסמכו על ידו ועל ידי יורשים. פטריק נלכד לעבדות באירלנד, ולאחר בריחתו והסמכתו כבישוף, הוא חזר אל האי בו שועבד כדי שיוכל להביא להם את הבשורה של הנצרות. עד מהרה, מיסיונרים איריים כגון קולומבה וקולומבנוס הפיצו את גלגולה הזה של הנצרות, עם מאפייניה האיריים הייחודיים, לסקוטלנד ולחלקים נוספים של אירופה. תכונה ייחודית לדוגמה של נצרות זו, הייתה שיטת החרטה הפרטית, שהחליפה את פרקטיקת השיפוט הקודמת כטקס פומבי. פטריק הקדוש וממשיכיו הפכו את הכנסייה האירית לחלק בלתי נפרד מהכנסייה הנוצרית באירופה, שמרכזה ברומא, ובתוך כמאה שנים 'הדבירה' הנצרות את שאר הדתות הקדומות שהיו באזור זה.
בדרום בריטניה, שהייתה פרובינציה רומית עד סוף המאה ה-4, ננטשה ב-407 על ידי הלגיונות האימפריאליים, וכפועל יוצא גם על ידי האליטה הרומית שבאה בעקבותיהם. זמן מה לאחר מכן, מאות שבטים 'ברבריים' פשטו על חלקים אלו של האי הבריטי, בזזו אותם, והתיישבו באדמותיהם. שבטים אלה נקראים "האנגלו-סקסים", מאבותיהם התרבותיים של האנגלים. הם היו פגאניים לחלוטין, ומעולם לא היו חלק מן האימפריה הרומית, אבל עדיין חוו השפעה נוצרית מן העמים הסובבים אותם. הם הומרו על ידי המיסיון של אוגוסטינוס הקדוש שנשלח על ידי האפיפיור גרגוריוס הגדול. מאוחר יותר, תחת הארכיבישוף תיאודור, נהנו האנגלו-סקסים מתור זהב תרבותי. זמן מה לאחר התבססות הנצרות בבריטניה, מיסיונרים אנגליים חשובים כמו בוניפציוס הקדוש ורבים אחרים החלו בתהליך המרה ושכנוע לקרוביהם הסקסוניים בגרמניה.
ברוב האזורים של צרפת המודרנית (גאליה בעת ההיא) התושבים הגאלו-רומיים הנוצרים נכבשו על ידי פרנקים גרמאנים בתחילת המאה ה-5. השבטים הרבים במרכז היבשת היו מפולגים וזרמים שונים מביניהם נרדפו, מה שהחל להשתנות כשהמלך הפרנקי, כלוביס הראשון, המיר את דתו מעבודת אלילים לנצרות קתולית הרומית בשנת 496, מהלך שגם חיזק אותו מבחינה פוליטית. קלוביס עמד על כך שאחיו האצילים ילכו בעקבותיו, מה שהוא טען שיחזק את ממלכתו החדשה. הוא היה למלך הגרמאני הקתולי הראשון. לאחר כלוביס התנצרו שאר הפרנקים, ומכיוון שהם יכלו להתפלל יחד עם שכניהם הם מצאו הכרה מצד האוכלוסייה הגאלו-רומית בקלות יותר מאשר הוויזיגותים, הוונדלים או הבורגונדים, שהאמינו בנצרות אריאנית. כך שושלתו של כלוביס, המרובינגים, בנו את מה שתהיה הממלכה התורשתית המוצלחת והיציבה ביותר במערב אירופה.