בגמר ה-NBA של 1986 התמודדו הסלטיקס מול היוסטון רוקטס, כשבוסטון ניצחה בשישה משחקים והבטיחה את התואר ה-16 שלה. בירד נבחר ל-MVP של הגמר בפעם השנייה. ב-1987, הלייקרס והסלטיקס נפגשו שוב בגמר הפלייאוף. הלייקרס ניצחו בשני המשחקים הראשונים, אבל בוסטון ניצחה את המשחק השלישי. במשחק 4, הוק שוט של ג'ונסון שתי שניות לסיום העניק ללייקרס ניצחון 107–106 ויתרון 3–1 בסדרה. הלייקרס הפסידו במשחק 5, אך בסופו של דבר ניצחו במשחק 6 כדי לזכות בסדרה. ג'ונסון נבחר ל-MVP של הגמר בפעם השלישית.
בשתי העונות הבאות, הסלטיקס המזדקנים לא הצליחו להגיע לגמר, והיו בצל עליית הדטרויט פיסטונס. הלייקרס הצליחו להגן על התואר שלהם בגמר 1988, וניצחו את הסדרה ב-7 משחקים מול הפיסטונס. לאחר מכן הם הפכו לקבוצה הראשונה שזוכה בתוארי NBA פעמיים ברציפות מאז 1969. ב-1989, הלייקרס שחיפשו אליפות שלישית ברציפות חטפו סוויפ מהפיסטונס בשחזור הגמר הקודם. ב-1990, הפיסטונס זכו באליפות שנייה ברצף לאחר שהביסו את קלייד דרקסלר ופורטלנד טרייל בלייזרס בחמישה משחקים, וזכו לכינוי "ילדים רעים" ("Bad Boys") בשל המשחק הפיזי המחוספס שאפיין אותם. בהובלת חברי היכל התהילה בקו האחרוי ג'ו דיומרס ואייזיאה תומאס ושחקני המגרש הקדמי דניס רודמן וביל ליימביר, הפיסטונס זכו להצלחה גדולה.
1991–1998: שושלת הבולס.
רוב שנות ה-90 היה מאופיין על ידי עליונותם של השיקגו בולס. הבולס, בראשות המאמן פיל ג'קסון והכוכבים מייקל ג'ורדן וסקוטי פיפן, זכו בשישה תארים מתוך שש הופעות בגמר מ-1991 עד 1998. הקבוצה הנוספת היחידה שזכתה בתואר בתקופה זו הייתה יוסטון רוקטס שזכתה באליפויות ב-1994 וב-1995, במהלך הפרישה הראשונה של ג'ורדן מכדורסל מקצועני.
האליפות הראשונה של הבולס הגיעה על חשבון הלוס אנג'לס לייקרס, בסדרה שהייתה ההופעה האחרונה בגמר של מג'יק ג'ונסון. במשחק שסימן את חילופי הדורות בין ג'ונסון המבוגר וג'ורדן הצעיר ניצחו הלייקרס 93–91. עם זאת, במשך שאר הסדרה פיפן שמר על ג'ונסון, ואיפשר לג'ורדן להתמקד בעיקר בקליעות בהתקפה, ושיקגו ניצחה בארבעת המשחקים הבאים. הבולס חזרו לגמר בשנה שלאחר מכן, מול קלייד דרקסלר והפורטלנד טרייל בלייזרס. לאורך עונת 1991/1992, ג'ורדן ודרקסלר הובילו את קבוצותיהם למאזנים הטובים ביותר באזורים שלהם, מה שהוביל למספר השוואות בין שני השחקנים בציפייה למפגש הפלייאוף. שיקגו ניצחה את הטרייל בלייזרס במשחק 1 ב-33 נקודות הפרש, משחק בולט בכך שג'ורדן שבר את שיא השלשות במחצית הראשונה, עם שש. משחק 2 נכנס להארכה, כאשר הטרייל בלייזרס גברו על הבולס 18–7 בהארכה, בלי דרקסלר שביצע את העבירה השישית שלו ברבע הרביעי וסיים את המשחק. המשחקים 3 ו-4 חולקו בין שיקגו ופורטלנד, בהתאמה, אבל הבולס ניצחו בשני המשחקים האחרונים, וזכו באליפות השנייה שלהם.
ב-1993, הגמר הפגיש את ג'ורדן עם חברו הקרוב צ'ארלס בארקלי, שהיה ה-MVP המכהן בליגה במדי פיניקס סאנס. הבולס ניצחו בשני המשחקים הראשונים בפיניקס, 100–92 ו-111–108. הסאנס, שהובלו על ידי בארקלי, ניצחו במשחק 3, 129–121 בשיקגו בהארכה משולשת. הבולס ניצחו במשחק 4, 111–105, כאשר ג'ורדן קלע 55 נקודות והשווה את הישגו של ריק בארי במקום השני בכמות הנקודות במשחק גמר NBA. הסאנס ניצחו במשחק 5, 108–98, והחזירו את הסדרה לפיניקס. שיקגו ניצחה את הסדרה במשחק 6, 99–98, בשלשה של ג'ון פקסון, כאשר הבולס הפכו לקבוצה השלישית בהיסטוריה שזוכה באליפות שלוש פעמים ברציפות. לאחר הניצחון הזה, ג'ורדן פרש מכדורסל כדי לפתוח בקריירת בייסבול.
לאחר עזיבתו של ג'ורדן, יוסטון רוקטס, בראשות האקים אולאג'ואן, זכו באליפויות ה-NBA של 1994 ו-1995. במהלך תקופה זו, אולאג'ואן הפך לשחקן היחיד בהיסטוריה שזכה בפרס ה-MVP של העונה הסדירה, שחקן ההגנה של העונה וה-MVP של הגמר באותה עונה. זו הייתה השנה היחידה שבה הן גמר ה-NBA והן ה-NHL הגיעו לשבעה משחקים, כאשר הרוקטס התמודדו מול הניו יורק ניקס ב-1994. עם ניצחונם במשחק 7, הרוקטס מנעו מניו יורק לזכות הן בתוארי ה-NBA והן ב-NHL באותה שנה, כאשר הניו יורק ריינג'רס זכו בגמר גביע סטנלי ב-1994. לאחר טרייד על קלייד דרקסלר באמצע העונה, הרוקטס ניצחו את אורלנדו מג'יק של שאקיל אוניל ופני הארדוויי בגמר 1995. אולאג'ואן שוב זכה בתואר ה-MVP של הגמר, והרוקטס הפכו למועדון החמישי שזוכה בתארים רצופים והפכה לקבוצה המדורגת שישית הראשונה שזוכה בתואר ולקבוצה הראשונה שזוכה באליפות מבלי ליהנות מיתרון ביתיות באף אחת מסדרות הפלייאוף. הרוקטס גם ניצחו קבוצות עם לפחות 50 ניצחונות עונה סדירה בכל סיבוב של הפלייאוף ללא יתרון ביתיות. אף קבוצה אחרת בהיסטוריה של ה-NBA לא עשתה זאת. יוסטון רוקטס ירדו 3 משחקים ל-1 מול פיניקס סאנס בחצי הגמר וניצחו 2 מתוך 3 משחקים בחוץ, כולל משחק 7 כדי לעלות לגמר האזורי.
לאחר תקופתו הקצרה בבייסבול, ג'ורדן חזר לכדורסל בסוף עונת 1994/95. אף על פי שהוא לא הוביל את הבולס לגמר באותה עונה, הוא חזר לכושר שהיה לו לפני פרישה בעונה הבאה בזמן שהקבוצה רכשה את מלך הריבאונדים התמידי דניס רודמן. הבולס השיגו בעונת 1995/96 מאזן חסר תקדים של 72–10 שהיווה, באותה תקופה, את מאזן העונה הסדירה הטוב ביותר בתולדות ה-NBA. הם שלטו בפלייאוף, עם ניצחונות בסדרות של 3–0, 4–1 ו-4–0, לפני שהתמודדו עם סיאטל סופרסוניקס בגמר ה-NBA. לאחר שהבולס עלו ליתרון 3–0 בסדרה, סיאטל ניצחה בשני המשחקים הבאים לאחר שהרכז גארי פייטון ביקש ממאמנו ג'ורג' קארל לשמור על ג'ורדן, מה שהוביל למשחק שישי. ג'ורדן שינה את המשחק שלו כדי להתמודד עם פייטון, והבולס ניצחו במשחק 6 וזכו בתואר הרביעי שלהם.
ב-1997 ו-1998, הבולס פגשו את יוטה ג'אז בגמר פעמיים. בראשות שחקני הדרים טים, נבחרת ארצות הברית לאולימפיאדת ברצלונה, ג'ון סטוקטון וקארל מלון, הג'אז הפסידו בשני המפגשים בגמר על ידי הבולס בשישה משחקים. בשתי הסדרות, שיקגו ניצחה על ידי קליעות מנצחות במשחק השישי, הראשונה על ידי סטיב קר ב-1997 בשיקגו, והשנייה על ידי ג'ורדן ביוטה ב-1998. בפעם הזו שיקגו זכתה באליפות ה-NBA השישית, וזכתה בפעם השנייה בשלוש אליפויות רצופות. לפני שהשביתה קיצרה את עונת 1998/99, החליט המאמן ג'קסון לפרוש, מה שגרם לתגובת שרשרת שהביאה לכך שרוב הקבוצה, כולל ג'ורדן ופיפן, עזבה את הבולס. בלי שום בסיס של נוער שאפשר לבנות עליו, הבולס הפכו לקבוצת לוטרי לשש העונות הבאות.
1999–2010: דומיננטיות של הלייקרס והספרס.
הלוס אנג'לס לייקרס והסן אנטוניו ספרס זכו יחדיו בתשע אליפויות NBA במהלך תקופה זו, וייצגו את המערב בכל שנה מלבד 2006.
הספרס היו אחראים לזכייה בארבע אליפויות במהלך תקופה זו, ב-1999, 2003, 2005 ו-2007. בפלייאוף ה-NBA של 1999, הספרס סיימו במאזן 15–2, כולל סוויפים על הבלייזרס והלייקרס. עם קבוצה הגנתית בראשות דייוויד רובינסון וטים דאנקן, 84.7 הנקודות שספגה סן אנטוניו למשחק היה ממוצע נקודות החובה הנמוך ביותר שהותרו לאחר העונה ב-30 השנים האחרונות. בגמר באותה שנה, הספרס התמודדו מול הניו יורק ניקס, הקבוצה המדורגת שמינית הראשונה שהגיעה לגמר בתולדות ה-NBA, והחזיקו אותם על ממוצע של 79.8 נקודות למשחק. במהלך גמר ה-NBA 2003, הספרס ניצחו את ניו ג'רזי נטס ב-6 משחקים, סדרת הגמר הראשונה שהפגישה בין שתי קבוצות ABA לשעבר. במשחק 6, לדאנקן חסרו שתי חסימות לרשום את הקוואדרופל-דאבל הראשון בהיסטוריה של גמר ה-NBA, כשסיים עם 21 נקודות, 20 ריבאונדים, 10 אסיסטים ו-8 חסימות. הספרס המשיכו לניצחון 4–3 על הדטרויט פיסטונס בגמר 2005, ושתי עונות לאחר מכן הביסו את קליבלנד קאבלירס בראשות לברון ג'יימס 4–0 בגמר 2007. דאנקן זכה בפרס ה-MVP של הגמר ב-1999, 2003 ו-2005. בשנת 2007, טוני פארקר נבחר ל-MVP, והפך לשחקן האירופי הראשון שזכה בפרס.
מ-2000 עד 2002 הלייקרס, בראשות שאקיל אוניל וקובי בראיינט, זכו בשלוש אליפויות NBA רצופות. אוניל זכה ב-MVP של הגמר בכל שלוש הפעמים. האליפות הראשונה שלהם הגיעה על חשבון אינדיאנה פייסרס, אותה ניצחו הלייקרס ב-6 משחקים. במהלך הפלייאוף של 2001, הלייקרס ניצחו 4–0 את 3 הסדרות הראשונות שלהם וניצחו את הגמר ב-5 משחקים, וסיימו עם מאזן פלייאוף חסר תקדים של 15–1, המאזן הטוב ביותר בהיסטוריה של ה-NBA באותה תקופה. היריבה שלהם בגמר באותה שנה הייתה פילדלפיה 76', בראשות אלן אייברסון. בגמר 2002, הלייקרס הביסו את הניו ג'רזי נטס 4–0, והובילו כמעט כל הזמן בכל משחק; רק לזמן קצר לאחר תחילת משחק 4, הנטס השיגו יתרון משמעותי, וגם אותו איבדו.
אחרי עונת 2003 חתמו הכוכבים גארי פייטון וקארל מלון בלייקרס. יחד עם בראיינט ואוניל, הם הקימו את מה שרבים ציפו להיות אחת הקבוצות הטובות בתולדות ה-NBA, והיו הפייבוריטיות לזכייה באליפות ב-2004. עם זאת, דטרויט פיסטונס, בהדרכת המאמן לארי בראון, ניצחו את הלייקרס ב-5 משחקים. צ'ונסי בילאפס נבחר ל-MVP של הגמר. כעת, כאחת ממוקדי הכוח של המזרח, הפיסטונס חזרו לגמר ה-NBA בשנה שלאחר מכן, לפני שהפסידו לספרס בשבעה משחקים.