ג'ונסון השתמש ברטוריקה דתית כדי להשיג תמיכה בחוק. הוא טען שאנשים שמזדהים עם אלוהים רחום וחנון לא יוכלו לתמוך באפליה גזעית, אלימות משטרתית ובהפרדה גזעית.
חוק זכות ההצבעה.
ב-23 בינואר 1964, נכנס לתוקף התיקון ה-24 לחוקת ארצות הברית, שאסר מהקונגרס והמדינות להתנות את זכות ההצבעה בתשלום מס גולגולת או כל מס אחר. המס היה אחד מהחוקים שבהם השתמש הדרום כדי למנוע מאזרחים שחורים לבחור, ללא הפרת התיקון ה-15 לחוקת ארצות הברית, שאסר את שלילת זכות ההצבעה "בשל גזע, צבע או מצב קודם של עבדות", זאת כיוון שכל הבוחרים נאלצו לשלם את מס הגולגולת והוא גם פגע בלבנים עניים. המדינות המשיכו להתנות את זכות ההצבעה במבחני קרוא וכתוב. על אף שחוק זכויות האזרח הגן במידה מסוימת על זכויות ההצבעה, הוא לא פעל נגד האפליה. ג'ונסון הכיר בכך, ולאחר היבחרו ב-1964 ביקש מהתובע הכללי שלו להגיש חוק בנושא. הוא לא לחץ להעביר את החוק בשל ההשלכות הפוליטיות שלו, והתחושה שהוא יפגע בהעברת חוקי הרווחה שלו בשל התנגדות הדרום.
מעט לאחר הבחירות, החלו ארגונים כהתאחדות ההנהגה הדרומית-נוצרית לתמוך בחוק ממשלתי להגנת זכויות ההצבעה. צעדות מחאה למען החוק הותקפו בידי השוטרים, ומאות שחורים נכלאו. ב-7 במרץ, החלו המצעדים מסלמה למונטגומרי, בו תושבי סלמה צעדו אל בירת אלבמה, מונטגומרי, כדי להציג את דרישותיהם בפני המושל ג'ורג' וולאס. בצעדה הראשונה, עצרה המשטרה את המוחים. משהגיעו הצועדים לגשר אדמונד פטוס שעל נהר אלבמה הם נתקלו במחסום של משטרת המדינה ושוטרים ממשרד השריף המקומי, השוטרים תקפו את הצועדים באלימות תוך שהם משתמשים בגז מדמיע והדפו את הצועדים בחזרה לסלמה. באירוע נפצעו 17 מפגינים. על גבי מסכי הטלוויזיה נראו תמונות קשות של מפגינים מופלים לקרקע ומוכים באלימות עד זוב דם, אירועי היום העניקו לאירוע את השם יום ראשון העקוב מדם (אנגלית: Bloody Sunday).
בתגובה ללחץ הפוליטי, החליט ג'ונסון לקדם את החוק בקונגרס. הוא הוצג לאומה על ידי ג'ונסון בנאומו לאומה במרץ 1965, בו טען שבשם הדמוקרטיה וכבוד האדם, על כל המפלגות לתמוך בחוק.
חוק זכות ההצבעה הוגש לקונגרס ב-17 במרץ. הסנאט העביר את החוק כעבור חודשיים וחצי, בתמיכה של 77 סנאטורים מול 19, ובית הנבחרים אישר אותו ביולי, 333 לעומת 85. החוק היה ציון דרך חשוב בחקיקה האמריקאית כנגד ההפרדה הגזעית שהייתה נקוטה ברחבי ארצות הברית בין אזרחים לבנים לבין אזרחים ממוצא אפרו-אמריקאי. מטרת החוק הייתה לתת כלים לאכיפת התיקון ה-15 לחוקת ארצות הברית, שכבר עיגן חוקתית את איסור האפליה במתן זכות בחירה על רקע גזעי ב-1870. ג'ונסון חתם על החוק ב-6 באוגוסט 1965. בין השנים 1968 ו-1980, הוכפל מספר הנבחרים השחורים. בין 1964 ל-1967, עלה מספר הבוחרים השחורים במיסיסיפי מ-6.7% מהאוכלוסייה ל-59.8%.
בסוף מרץ 1965, לאחר רצח של פעילה למען זכויות האזרח, הכריז ג'ונסון על מעצרם של ארבעה חברי קו קלוקס קלאן שרצחו אותה. הוא גינה את הקלאן, טען שהם "חבורת קנאים לובשי ברדסים", וציווה עליהם לחזור לחברה התרבותית לפני שיהיה מאוחר מדי. בנוסף, ציווה על חקירה ממשלתית בנוגע לפעילות הקלאן. לאחר שחבר מושבעים לבן שחרר את הרוצחים, ציווה ג'ונסון על מחלקת המשפטים להשתמש בחוק זכויות האזרח ולהגיש נגדם כתבי אישום. בית המשפט הרשיע שלושה מהמעורבים ושפט אותם לעשר שנות מאסר. כך היה ג'ונסון לנשיא הראשון מאז יוליסס סימפסון גרנט שפעל נגד הקלאן.
ג'ונסון גם נאם נגד אי צדק גזעי ופערים כלכליים בין השחורים והלבנים בנאומו ב-4 ביוני 1965. הוא נאם נאום פרוגרסיבי במיוחד. הוא הכריז שהחירות, הזכות לחלוק את החברה האמריקנית, אינה מספיקה. אין זה מספיק רק לפתוח את שערי ההזדמנות. יש לאפשר לכל האזרחים לצעוד דרך השערים. בנוסף, טען שיש לפעול למען שוויון מהותי בזכויות.
חוק זכויות האזרח של 1968.
ג'ונסון ציפה לאבד מושבים בבחירות אמצע הכהונה של 1966, ובחר לקדם חוק נגד כחוק המשמעותי האחרון במושב הקונגרס. באפריל 1966, הגיש ג'ונסון לקונגרס חוק שמנע מבעלי בתים לסרב להיכנס להסכם על בסיס גזעי. החוק זכה להתנגדות דווקא מהצפון, שתמך בשני חוקי זכויות האזרח. אף על פי שגרסה של החוק עברה בבית הנבחרים, החוק נעצר בסנאט, והייתה זאת התבוסה החקיקתית הראשונה של ג'ונסון. החוק צבר תאוצה לאחר רצח מרטין לותר קינג ב-4 באפריל 1968, ולאחר מצעד האביונים והמהומות שנוצרו בעקבותיו. ב-5 באפריל, כתב ג'ונסון מכתב לבית הנבחרים וביקש להעביר חוק זכויות אזרח נוסף (Civil Rights Act of 1968). המחוקקים הדמוקרטים פעלו בנושא, ולבסוף עבר החוק, שהקנה שוויון הזדמנויות ברכישת בתים ללא קשר לגזע, מוצא ואמונה, ברוב גדול ב-10 באפריל. חוק הדיור ההוגן, שהתווסף לחוק, הוביל למעבר של שחורים רבים לפרוורים.
המלחמה בעוני.
לאחר העברת חוק הקיצוץ במיסים ב-1964, ובזמן הדיונים על חוק זכויות האזרח ב-1964, רצה ג'ונסון להשיג עוד חקיקה משמעותית לפני הבחירות של 1964. שני החוקים הקודמים היו שייכים לממשל קנדי, וג'ונסון בחר להתמקד במלחמה בעוני. באפריל 1964, הציע את חוק ההזדמנות הכלכלית של 1964, שהקים משרד להזדמנות כלכלית, שנועד לפקח על סוכנויות עבודה קהילתית מקומיות, שנועדו לספק סיוע לעניים. החוק גם הקים את חיל העבודות, תוכנית הכשרה לעבודה, ואת אמריקורפס, גרסה פנימית לחיל השלום. ג'ונסון זכה לתמיכה מספקת מצד השמרנים להעברת החוק, וחתם עליו ב-20 באוגוסט. סרג'נט שרייבר, גיסם של ג'ון ורוברט קנדי, הפך לראש המשרד להזדמנות כלכלית הראשון. בנוסף, קרא לקונגרס להפוך את תוכנית תלושי המזון, שאותה הציג הנשיא קנדי באופן זמני ב-1961, לקבועה. לאחר שהבטיח טובות פוליטיות רבות, אישר לבסוף הקונגרס את חוק תלושי המזון, שהקציב 75 מיליון דולרים ל-350,000 איש בארבעים מחוזות ושלושה ערים. הנשיא טען שתלושי המזון הם צעד מציאותי ואחראי לניצול חכם יותר של עודפי התוצרת.
באוגוסט 1965, חתם ג'ונסון על חוק הדיור והפיתוח העירוני. החקיקה, שטען שהייתה החשובה בתחום הדיור מאז שנות העשרים, הרחיבה את המימון לתוכניות דיור ציבוריות והוסיפה תוכניות חדשות לדיור מסובסד לקשישים ונכים, מענקי שיקום לבעלי בתים עניים, הטבות ליוצאי צבא בתחום המשכנתאות, רשות חדשה שתפקידה היה לשכן משפחות הזכאיות לדיור בדיור פרטי ריק (עם סובסידיה לבעלי הקרקעות), ומענקים לרשויות לצורך הנחת צינורות מים וביוב, הקמת מרכזים קהילתיים באזורים עם הכנסה נמוכה, ושיקום עירוני. כעבור ארבעה שבועות, ב-9 בספטמבר, חתם הנשיא על חוק להקמת המחלקה לדיור ופיתוח עירוני.
ג'ונסון המשיך במלחמה בעוני במאמציו לחידוש עירוני, ובינואר 1966 הציג תוכנית לערים לדוגמה. על הערים היה להדגים את מוכנותן לפתח את עצמן. ג'ונסון ביקש השקעה של 400 מיליון דולר בשנה בסכום של 2.4 מיליארד דולרים. בסתיו 1966 העביר הקונגרס תוכנית מצומצמת יותר בעלות של 900 מיליון דולר. החוק עצמו, כעבור עשרים ושתיים שנה, נחשב לכישלון.
מימון לחינוך.
ג'ונסון, שבעזרת החינוך הציבורי יצא ממעגל העוני, האמין שהחינוך היה המפתח לחיסול העוני, וחלק חיוני מהחלום האמריקני, בעיקר למיעוטים שלא זכו לתקצוב נאות. בשנות השישים, המימון לחינוך היה קטן, בעיקר בגלל הקושי הדמוגרפי של דור הבייבי בום, אולם הקונגרס סירב להעלות את המימון לחינוך ציבורי. ג'ונסון הדגיש את החינוך כחלק מתוכנית "החברה הגדולה", בדגש על עזרה לילדים עניים. לאחר הניצחון ב-1964, שהביא איתו חברי קונגרס ליברלים רבים, החל ג'ונסון בחקיקה שהסתיימה בחוק החינוך היסודי והתיכוני של 1965. החוק הכפיל את ההשקעה הממשלתית בחינוך, מארבעה מיליארד לשמונה מיליארד. הבית הלבן לחץ על הקונגרס, ו-263 חברי בית הנבחרים תמכו בו לעומת 153 ב-26 במרץ, ובסנאט הוא עבר ברוב גדול של 73 מול שמונה. היה זה הישג היסטורי, כשהחוק עבר ללא שינוי לאחר שמונים ושבעה ימים בלבד. בפעם הראשונה, הושקע כסף ממשלתי רב בבתי ספר ציבוריים. החוק נועד לסייע לכל מחוזות בתי הספר הציבוריים, כשכסף רב יותר ילך למחוזות עם אחוז גבוה של תלמידים עניים. ג'ונסון הצליח להעביר את החוק מכמה סיבות: חוק זכויות האזרח של 1964 אסר על הפרדה גזעית בבתי ספר ציבוריים, הרצון להשקיע בתלמידים הסיר את המחלוקת שבמימון בתי ספר דתיים, והרוב הדמוקרטי ביטל את השפעת הרפובליקנים שלא אהבו את איגודי המורים.
תוכניתו השנייה של ג'ונסון בחינוך הייתה חוק הלימודים הגבוהים של 1965, שהתמקד בתלמידים בעלי הכנסות נמוכות, וכלל מענקים, כסף לשכר לימוד והלוואות ממשלתיות. שיעורי הסטודנטים קפצו לאחר העברת החוק, ובין 1964 ל-2013, הוכפל שיעור יוצאי המכללות פי שלושה. ג'ונסון חתם על חוק שלישי ב-1965, שהנהיג תוכנית למתן מענקים לגני ילדים.
יוזמות תרבותיות.
ג'ונסון יצר תפקיד חדש לממשלה בתמיכה באמנות, במדעי הרוח ובשידור ציבורי. הוא הקים את הקרן הלאומית לאמנויות ואת הקרן הלאומית למדעי הרוח, כדי לתמוך באומנים ובאנשי הרוח (כפי שמנהל הקדמה והעבודה עשה פעם). ב-1967, חתם ג'ונסון על חוק השידור הציבורי שיצר תוכניות טלוויזיה חינוכיות. הממשלה הקצתה תחנות רדיו לתכנים חינוכיים בשנות החמישים, ורשות התקשורת הפדרלית של הנשיא קנדי העניקה את הזיכיונות הראשונים לתחנות טלוויזיה חינוכיות, אולם ג'ונסון תמך ביצירת שידור ציבורי שיקדם את הגיוון המקומי. החקיקה הקימה תחנות מקומיות רבות.
רפורמות בבריאות.