יוסף וכארבעים פליטים נוספים התחבאו במערה. לאחר הלשנת אשה על הנצורים במערה, ניסו נציגי הצבא הרומי לשכנע את בן מתתיהו לצאת ולהסגיר עצמו. אנשי המערה לא הסכימו למעשה שכזה ואף איימו עליו שירצחוהו במקרה שיערוק. לבסוף כרתו הנצורים ברית התאבדות, התחלקו לזוגות והרגו זה את זה. רק יוסף הצליח לשכנע את בן זוגו כי עדיף להיכנע לרומאים, וכן עשו. אספסיאנוס קיבל את מנהיגו הצבאי של הגליל בסבר פנים יפות, לאחר שבדברי חלקות הצליח יוסף לשכנעו כי הוא נביא, וכי הוא מנבא את עלייתו של אספסיאנוס לשלטון ברומא.
במקביל ליודפת כבשו הרומאים בפעולה משולבת את המבצרים יפה (היא יפיע) ואת הר גריזים בו נאספו השומרונים, אשר אספסיאנוס חשש כי יצטרפו אל היהודים במרידתם.
יודפת הייתה המבצר החשוב ביותר בגליל, ונפילתה הייתה המפתח לכיבוש הגליל כולו.
נפילת טבריה וטריכיי.
לאחר נפילת יודפת, נכנעה טבריה ללא קרב, והקנאים שישבו בה נמלטו אל טריכיי (מגדלא) הסמוכה. טריכיי נכבשה על ידי טיטוס בהתקפה פתאומית, והמורדים שישבו בה יצאו בסירות אל הים. הרומאים התארגנו באופן מהיר, בנו רפסודות, ויצאו בעקבות המורדים. בקרב הימי שהתרחש נהרגו כל המורדים, ויוסף בן מתתיהו כותב כי הכנרת האדימה מדמם. תושבי טריכיי נפלו בידי טיטוס. אלף ומאתיים מן הזקנים והחולים נרצחו במקום, ואילו חמשת אלפים ניתנו כמתנה לקיסר נירון כעבדים. שלושים וארבעה אלף תושבים נוספים של העיר נמכרו כעבדים. אלה מהם שהיו תושבי ממלכתו של אגריפס השני ניתנו לו במתנה. אגריפס יכול היה לשחררם, אך הוא מכר אותם לעבדות.
נפילת שארית הגליל.
עתה נותרו בידי המורדים רק גמלא, גוש חלב והר תבור. אספסיאנוס עלה עם חייליו מטבריה אל חמת גדר ומשם אל גמלא, והחל במצור על העיר. במהלך המצור נפגע המלך אגריפס השני בידו הימנית, מקלע שהשליך אליו אחד מן הנצורים בעיר. אספסיאנוס עצמו מצא עצמו באחד מסבבי הלחימה, כשהוא מכותר מכל עבריו, לאחר שחייליו נסוגו והוכו כשהתמוטטו גגות הבתים תחת רגליהם, ורק "מבנה יהלום אנושי" שטבעו סביבו קומץ נאמניו, אפשר לו לסגת בשלום מהמערכה אל מחנהו. תוך כדי המצור כבש אספסיאנוס אף את הר תבור כשמשך את הלוחמים היהודיים אל עמק הסמוך להר ושם הרג בהם. רבים מתושבי התבור נסו אל ירושלים.
לאחר שבועות של מצור שבו הצליחו היהודים להחזיק מעמד ואף לגרום לרומאים אבדות כבדות, גרמה רוח חזקה לכך שהיהודים לא יוכלו לירות חצים וקלעים לכיוון הרומאים, והגבירה את הטווח ואת החוזק של קלעי הרומאים וחציהם. חמשת אלפים מן המגינים התאבדו בקפיצה מן הצוק בגמלא, ביניהם נשים וילדים, וארבעת אלפים מתושביה נשחטו על ידי הרומאים לאחר נפילתה. ילדים קטנים רבים הושלכו על ידי חיילי רומא מראש ההר אל התהום, ואיש מן המגינים לא נשאר בחיים, למעט שתי נשים אצילות, קרובות למלך אגריפס השני, ששהו במקום במקרה.
לאחר כל הדברים האלו הגיעו הרומאים אל המעוז האחרון של היהודים בגליל. הייתה זו גוש חלב שבה שהה המנהיג יוחנן מגוש חלב. יוחנן פנה אל טיטוס וביקש שהות להתחלת המלחמה, שכן לטענתו לא רצה להילחם ביום השבת. טיטוס הסכים לבקשה זו, ובחסות החשיכה נמלטו יוחנן ועמו אלפי אנשים מן העיר. טיטוס רדף אחרי הבורחים והרג בהם רבים, אך יוחנן עצמו ועמו אלפי אנשים הצליחו להגיע עד לירושלים. טיטוס הורה להחריב את חומות העיר, אך לא פגע באנשיה, משום שהיו שוחרי שלום, והמורדים שבהם היו בעיקר אנשי יוחנן שברחו. חיל מצב הושאר בעיר. לאחר נפילת גוש חלב היה הגליל כולו בידי אספסיאנוס.
כיבוש קיני ההתנגדות שמחוץ לירושלים.
לאחר כיבוש הגליל, נמלטו אלה מן המורדים שנותרו בחיים לירושלים. נראה שלירושלים פנה אספסינוס רק בסוף, משום שירושלים הייתה מעוז מבוצר, והוא שיער שכיבושה יהיה קשה וכרוך במאמץ ובקורבנות. לעומת זאת, שאר חלקי הארץ לא היו מבוצרים, וקל יותר היה להכניע אותם. שיקול נוסף היה כי בירושלים השתוללה מלחמת אחים, אשר החלישה מאוד את תושביה, ואספסיאנוס סבר כי ככל שייתן למורדים להיאבק בינם ובין עצמם, כן יקל לו לכבוש את העיר לכשיחפוץ בכך.
באביב שנת 68 יצא אספסיאנוס בראש צבאו מקיסריה שם חנה לאחר כיבוש הגליל, וכבש את אנטיפטריס, לוד ויבנה. יפו אבדה עוד בעת כיבוש הגליל, אך נכבשה בשנית לאחר שהפכה למפלט לתושבי ערי הגליל החרבות, שעסקו בה בשוד כלי שיט, בכל קו החוף של ארץ ישראל. לאחר כיבושה השני הותיר אספסיאנוס במקום חיל מצב כדי למנוע ניסיונות התיישבות נוספים.
לאחר מכן פנה מזרחה לארץ אדום, ולעבר הירדן היהודי המכונה פראיה, אשר אך זה עתה קם והתמרד כנגד השלטון הרומאי. פעולותיו של שמעון בר גיורא הביאו את הצבא הרומאי למלחמת נקם באזור הסמוך לירושלים - גופנה, עקרבתא, בית אל, אפרים וחברון נכבשו, עד חודש יולי 69. בשלב זה הקיף הצבא הרומי את ירושלים מכל עבריה. המורדים החזיקו עתה רק בירושלים, ובמצודות מצדה, הרודיון ומכוור. צבאו של אספסיאנוס חנה במבואות העיר, אך אספסיאנוס לא מיהר לעלות על העיר המסוכסכת והמפולגת.
אספסיאנוס ידע אפוא כי הקרב על ירושלים אינו כשאר הקרבות שקדמו, בשל כמה סיבות: ייעודה כעיר מלוכה, היותה מקום המפלט וההתבצרות של פליטי המערכות השונות, תעוזתם ועוז-רוחם של תושביה, מיקומה הטופוגרפי וביצורה בחומות. מחמת כך נתן אספסיאנוס ללוחמים תקופת התאוששות ואגירת כוחות, ובמקביל – ערך אימונים נרחבים.
מלחמת אחים בירושלים במהלך מסע הדיכוי.
למרות ההצלחה בתפיסת שלטון העיר בידי היהודים, עברו על ירושלים ימים קשים ביותר. המאבק על השלטון בידי הקבוצות הפוליטיות היה איום, והעיר ניתנה ללהבי החרבות. אוכלוסיית המורדים התדלדלה והותשה איש מרעהו, מה שהכשיר לרומאים את הקרקע כשיבואו בעתיד לכבוש את העיר.
מאבקי ההנהגה המתונה מול הקנאים.
הנהגת העיר התפצלה לשני מחנות עיקריים; האחד – יוסף בן גוריון וחנן בן חנן שמונו להנהגת העיר לאחר הבסת קסטיוס גאלוס, אלו תאמו בשיתוף פעולה עם הכהן הגדול יהושע בן גמלא והתנא ונשיא הסנהדרין רבן שמעון בן גמליאל הזקן. הנהגה זו אופיינה במתינות ונקטה במדיניות כפולה: היערכות למלחמה ובד בבד נִטרול המורדים הקיצוניים, בתקווה שעל ידי-כך יוכלו לבוא בהמשך להסכם שלום עם הרומאים ויצילו את העיר והמקדש. המחנה השני היה מחנה הקנאים בראשותו של אלעזר בן שמעון שתחת ידו היה שלל מלחמה רב שתפס בעת נסיגתו של קסטיוס גאלוס. מצב המחנות הפוליטיים היריבים היה על סף מלחמת אחים. המונים מתושבי הארץ שנושלו מאחוזתם וברחו מהצבא הרומי הכובש, באו ועלו לירושלים. הבורחים לא נתנו אֵמון בהנהגה המתונה וברגשי זעם ומרירות על ממשלת המרד המתונה אשר לדעתם גרמה לאובדן הגליל, הצטרפו אל הקנאים שפעלו למיטוט הממשלה המתונה, אשר אותה האשימו בנפילת הגליל. בין הפליטים נמנה גם יוחנן מגוש חלב, שזיקתו הקיצונית הוסיפה רבות לעיצוב וחיזוק המפלגה הקנאית בעיר. המתונים, אנשים שהיו שייכים לשורות הצדוקים, האצולה, הכוהנים, ועשירי העיר, היו עתה במיעוט. הכהן הגדול מתתיהו בן תאופילוס הודח, והובא במקומו כהן אלמוני בשם פינחס בן שמואל מכפר חבתא.
שמעון בר גיורא אף הוא החזיק בשלל רב שתפס בעת התקפתו על שיירתו של קסטיוס גאלוס, בבואו על ירושלים, מעמדו הציבורי התחזק ושוחרי-קרב התאספו סביבו. שאיפתו לשלטון עצמי בלעדי על ירושלים, הביאה לתגובת-נגד מצִדו של חנן שרדף את שמעון באמצעות חוליות-לחימה והצליח לסלק אותו מירושלים. שמעון פרש למצדה, חבר לסיקריים, ומשם ניהל את מסעי השוד והביזה שלו.
מחנה הקנאים הלך והתחזק, והללו נקטו יד קשה נגד אנשי האצולה והוציאו להורג את אלה מהם שהאשימו בשיתוף פעולה עם הרומאים. חנן בן חנן, מראשי הפלג המתון, נשא לעם נאום ארוך במיוחד בו קרא לעימות מול הקנאים ועצירת מדיניות ההרג. המון העם הצליח ללחום בהם ולסלק אותם ממרחב הר-הבית, שהיה לפני-כן בריבונותם, אל שטח מצומצם של החצר הפנימית של-הבית, שהוכתם מפציעתם של הקנאים.
יוחנן מגוש חלב תופס שליטה.
למרות ההתקדמות היפה של ההנהגה המתונה בהשתלטות על העיר, נמנע חנן בן חנן מתקיפת הקנאים שבמרכז הר-הבית המקודש. יוחנן מגוש חלב, ששאף אף הוא לשלטון בלעדי על ירושלים, הצליח להערים על חנן, שקיבל את הצעתו של יוחנן לשמש כמפשר בין המחנות. יוחנן תפס מהר מאוד את הפיקוד במחנה הקנאים במקום אלעזר בן שמעון, קומם אותם נגד חנן, בהציגו אותו כאכזר ובוגד.
בעצתו של יוחנן, הזעיקו הקנאים את האדומים לעזרתם נגד הפלג המתון, בתואנה שהללו מבקשים להסגיר את העיר לידי הרומאים. 20,000 הלוחמים האדומים שהתגייסו (בהם יעקב בן סוסא), הגיעו אל העיר אך מצאו את עצמם עומדים מבוישים מעבר לשעריה, אחר שאלו ננעלו מבעוד מועד על ידי חנן כדי למנוע את כניסתם. סופת-רעמים וברקים כבדה שבאה עם ליל, העניקה הזדמנות לקנאים: בחסות הסערה, התגנב קומץ קנאים אל השערים, ניסר אותם ואִפשֵׁר את כניסת האדומים. האדומים התפרצו אל העיר, ויחד עם הקנאים הרגו את השומרים ורצחו את הכוהנים הגדולים חנן ויהושע בן גמלא, בין יתר מנהיגי העם. בעיר השתולל קציר-דמים קשה. 8,000 איש איבדו את חייהם בלילה ההוא. מכאן העניינים החלו לדרדר בקצב מהיר, כדברי יוסיפוס: .
האדומים, שמצאו כי אין בעם כל כוונה להעביר את העיר לידי הרומאים, ודברי הקנאים היו תרמית בלבד לצורך מאבקם, עזבו חלקם את העיר. אולם גם לאחר שעזבו, המשיכו הקנאים במסע "טיהור" שכבת ההנהגה הלאומית ורצחו גם את יוסף בן גוריון וגיבור המלחמה ניגר איש עבר הירדן, אשר הצטיין בקרבות אל מול גאלוס. חלק מהאדומים נשאר ללחום כעת נגד הקנאים, והעם, בעזרת האדומים, הצליח לדחוק בחזרה את יוחנן והקנאים אל תחומי הר-הבית.
שמעון בר גיורא נגד יוחנן.