בשנים תרכ"ה-תרכ"ו (1865-1866) סבל היישוב בכל הארץ מבצורת, ממספר מכות של ארבה וממגפת הכולרה. מצב זה הביא אף את התומכים והקוראים להתפתחות היישוב להודיע כי לא עת לבנות בתים ולקנות שדות אלא להושיט עזרה דחופה לרעבים ולחולים. באותה שנה הקימו שניארסון ועזריאל זליג הויזדורף את "חברת יהודה וישראל" שפעלה להקמת מחסן לאגירת חיטה ופחמים בירושלים; בקיץ כאשר מחירם היה זול אגרו, כדי למוכרם במחיר נוח לעניים בחורף. האגודה קיבלה תמיכה משמעותית מקונסול פרוסיה, והמחסן שהתקיים לאורך זמן הקל על תושבי העיר העניים, יהודים ומוסלמים. עקב המגפה תיקנו רבני ירושלים תקנה שלא לנגן בכלי נגינה בחתונות.
שכונת מחנה ישראל הוקמה ממערב לחומה על ידי אנשי "העדה המערבית" יוצאי צפון אפריקה, ושנתיים אחר כך נוסדה השכונה היהודית נחלת שבעה בדרך אל שער יפו. לאחר שנה, החליטו מנהיגי קהילת "הפרושים" להקים בית חולים באמצעות חברת "ביקור חולים". לצורך כך נרכש מגרש ועליו שני בתים ומרתף, ובו שוּכן בית החולים ביקור חולים בחסות הקונסוליה הגרמנית שבעיר.
ממערב לירושלים, על אם הדרך מירושלים ליפו, נרכשו קרקעות בשנת תר"ך (1860), שעליהן הוקמה לאחר שנים המושבה מוצא. יהושע ילין סיפר בזכרונותיו על הרכישה, שכללה גם מערה, מעיינות, וכרם זיתים בכפר הערבי קאלוניה. הרוכשים אנשי ירושלים, נעזרו בקונסול הבריטי ג'יימס פין. כאשר התבשרו תושבי המקום על העסקה, הם הציעו למכירה שטחי קרקע נוספים. בשל הבצורת נטשו חלק מתושבי הכפר לעבר הירדן ולחורן שבסוריה, וכך נרכשה הקרקע שכונתה "ארץ' אל-בזוניה". גדר אבנים הוצבה מסביב לקרקע והחזקה עברה לידי הרוכשים היהודים.
ובשנת 1871 הקים ילין בשטחו חאן ואת בית הכנסת העתיק במוצא, שהפכו לתחנה חשובה לשיירות שנעו בין יפו לירושלים.
בשנים אלה בקירוב העביר משה בן יונה מחרסון את בית המלאכה שהקים בירושלים לייצור סיד ולבנים אל המשק של גר הצדק פטר דוד בן אברהם קלאסן ביפו.
עם גידולה והתפתחותה של הקהילה היהודית ביפו, יזם הרב יהודה הלוי מרגוזה בשנת 1863 את הקמת "ועד העיר יפו", שהיה הוועד הציבורי הראשון בארץ שקם לא על בסיס עדתי-קהילתי, והיו שותפים בו ספרדים ואשכנזים, חסידים ופרושים יחד; ומפעולותיו הראשונות, הקמת סניף של חברת "כל ישראל חברים" ביפו. בעזרת חברת כי"ח שבפריז הקים הוועד בעיר את בית הספר לבנים בשנת 1868.
בשנת 1866 הקים חיים שמרלינג שהיה ממייסדי הקהילה האשכנזית ביפו, את עמילות המכס שמרלינג, שירות חדש שלא היה קודם לכן בנמל יפו, לשם טיפול בפריקת סחורות ייבוא מהאניות, שחרורן מהמכס, שילוח למזמינים ברחבי הארץ וכן הטענת סחורות ייצוא על האוניות בנמל. באותן שנים גם הקים ביפו מפעל לייצור וחברה למסחר בטבק.
שנות השבעים.
בשנות השבעים התגברה היציאה מן החומות, הוקמו שכונות חדשות בקרקעות במערב ירושלים, והוכנו תוכניות מרחיקות לכת במושגי הזמן ברחבי הארץ. מקימי השכונות החדשות והמושבות נאלצו להתגבר על התנגדות עזה של חלק מהמנהיגים וקובעי דעת קהל בחברה היישובית. רבים חיפשו דרך לאורח חיים עצמאי ויצרני, פרנסה מחקלאות ועבודת כפיים.
כך למשל כתב יוסף מיוחס בספר זיכרונותיו:
בשנת תרל"ד (1874), הוקמה שכונת מאה שערים על ידי "חברת מאה שערים" שמנתה אז 177 חברים. שכונה זו הייתה הגדולה והמרוחקת מחומות העיר העתיקה מכל שאר השכונות שהקימו היוצאים מהחומות עד אז.
אנשי "ועד העדה הספרדית בירושלים" ו"כנסת ישראל" רכשו קרקעות בסביבות מערת שמעון הצדיק, 15 שנה מאוחר יותר הוקמה באתר שכונה ובה חלקות לגידול זיתים ולעיבודם.
ממערב לירושלים, בסמוך ליפו, הוקם בשנת 1870 בית הספר החקלאי "מקוה ישראל" על ידי שליחה של חברת "כל ישראל חברים" בארץ, קרל נטר. ביפו נוסד באותה שנה בית הכנסת האשכנזי הראשון וב-1876 מקים חיים שמרלינג את הבתים הראשונים מחוץ לחומות יפו.
בשנת תרל"ח (1878) הקימו אנשי ירושלים, רבי עקיבא יוסף שלזינגר, יהושע שטמפפר, יואל משה סלומון, זרח ברנט, דוד גוטמן ויהודה ראב, את המושבה פתח תקווה, בקרקעות שנקנו סמוך לכפר הערבי אומלבס שליד מעיינות הירקון. כמושבה היהודית הראשונה בארץ ישראל, זכתה פתח תקווה לכינוי "אם המושבות". זמן קצר לאחר הקמתה, היא ננטשה בשל מחלתם של המתיישבים בקדחת, משום שנעקצו מיתושים שנפוצו בביצות שנוצרו משיטפונות נחל הירקון סביב המושבה, וכן בעקבות התקפת השכנים הבדואים. המושבה הוקמה מחדש בראשית "העלייה הראשונה".
אנשי ירושלים תכננו תוכניות התיישבות גם ממזרח לעיר. יהושע ילין חכר אדמות בשותפות עם בייניש סלאנט ויצחק גולדשמידט, באמצעות קשרים עם בדואים בעבר הירדן המזרחי, כדי לגדל בהם תבואה. אך לאחר כשנתיים, עקב פרישת שותפיו, נאלץ לפרוש. שמעון ברמן הקים את "חברת הארץ הקדושה". הצטרפו אליו כ-150 מתושבי טבריה בניסיון שלא צלח להקים התיישבות חקלאית בחלקו התחתון של נחל צלמון.
הוקמה החברה לקניית אדמת יריחו בשנת תרל"ב (1872). בין חברי קבוצת הרכישה היו הרב מאיר אוירבאך, יואל משה סלומון, יהושע ילין והרב בנימין סלנט. כוונת מקימיה הייתה לרכוש קרקעות בכיכר הירדן ליד יריחו מידי השלטונות העות'מאנים ואת קרקעות דוּראֵן, לימים המושבה רחובות; החברה ניסתה לרכוש קרקעות גם בחברון; אולם נסיונותיה הושמו לאל על ידי השלטונות העות'מאניים.
החלה "יציאה מן החומות" גם בעיר חברון, עם עליית קבוצת עולים מטורקיה, בראשות הגביר חיים ישראל רומנו, שהתיישבו מחוץ לתחומי הרובע היהודי (חומה לא ממש הייתה לעיר), ואליהם הצטרפו משפחות סלונים, ריבלין ואחרות. באותה שנה, גם הוקמה "החברה לעבודת האדמה וגאולת הארץ".
אליעזר רוקח מצפת רכש עם חבריו בני היישוב הישן מחצית מקרקעות הכפר הערבי ג'אעונה, וב-1878 התיישבה במקום קבוצה של 17 משפחות יהודיות מצפת וקראה ליישוב היהודי החדש גיא אוני. גיא אוני ננטשה אף היא לאחר תקופה קצרה (חוץ ממשפחות קלר, פרידמן, ושוורץ), ושוקמה ב-1882 בשמה החדש – ראש פינה.
אל התנופה הכלכלית היחסית נלוותה גם התפתחות תרבותית, ובשנת תר"ל (1870) החל להופיע שוב עיתון "הלבנון".
בשנים 1876–1879 פרסם איש ירושלים יהושע שטמפפר, בעיתון ג'ואיש כרוניקל שיצא לאור בלונדון, 15 מכתבים וסיכומים בענייני מצבו של "היישוב הישן" וניסיונותיו להתיישבות, זאת לאחר שהיה מעורב בניסיונות לרכוש קרקעות באזור יריחו, רמלה ובין חברון לבית ג'יברין.
שנות השמונים.
בשנות השמונים של המאה ה-19, היה הרובע היהודי בירושלים מרכז החיים היהודים בירושלים ובארץ בכלל. אולם הגידול באוכלוסייה היהודית והכללית, הביא לצפיפות דיור רבה, ולתנאי תברואה גרועים. התושבים היהודים סבלו מנגישׂתם של בעלי הדירות הערבים, ומהאמרה מתמידה במחירי השכירות של הדירות. כל אלה זירזו את תהליך היציאה מהרובע, תחילה לבתים ודירות שנרכשו ברבעים אחרים שבין החומות, במיוחד ברובע המוסלמי.
אט אט התגברה הבנייה היהודית בשכונות החדשות שנבנו מחוץ לחומות. היוצאים התגברו על התנגדות עקרונית לכך, מצד רוב ראשי הכוללים, על הרגלים מימים ימימה ובעיות ביטחון ללא הגנת החומות ועל קשיי מימון להקמת השכונות החדשות; והצליחו לארגן קבוצות גדולות יחסית להתיישבות החדשה.
על פי האומדנים המקובלים במחקר, התגוררו כ-6,240 יהודים בשכונות ירושלים שמחוץ לחומות בשנת תרמ"ט (1889).
אנשי ירושלים שלחו ידם גם בהקמת בתי עסק למלאכה ולתעשייה זעירה. כך למשל, בשנת 1880 הקימו יהושע ילין ויחיאל מיכל פינס מפעל לרעפים במוצא.
הכלכלה ו"החלוקה".
"החלוקה".
רוב אנשי היישוב הישן נשענו על מגבית מעות א"י, ונדבנות, אשר שלחו להם כתמיכה שנקראה "החלוקה" (משום שחוּלקה, אמנם באופן לא שווה, בין חברי הקהילות). יהודי הארץ ראו עצמם ראויים לכספי "החלוקה", בשל ישיבתם בארץ, עיסוקם הרוחני בלימוד התורה, ובשל תפילותיהם לשלום כל עם ישראל, שבכך, להשקפתם, הם מקרבים את הגאולה.
הסוציולוג מנחם פרידמן, תיאר בספרו חברה ודת, האורתודוקסיה הלא ציונית בארץ ישראל את התפיסה הרווחת באשר לכספי החלוקה:
מוסד השד"רות, שבאמצעותו תמכו יהודי הגולה ביהודי ארץ ישראל, השתכלל בתקופה העות'מאנית, גם בהתאמה להתרחבותו של היישוב. שד"רים רבים נשלחו מארץ ישראל על ידי ראשי הקהילות בירושלים, בחברון, בצפת ובטבריה, אל קהילות הגולה כדי לאסוף כספים ולגייס תרומות למען קיום קהילותיהם בארץ, והיו שנשלחו אף לקהילות רחוקות כגון למרכז אסיה, לארצות הברית ואפילו לאוסטרליה. כספים אלו שימשו למימון הקמת מפעלי תורה וחסד, ישיבות, בתי יתומים, לבניית שכונות חדשות מחוץ לחומות העיר העתיקה בירושלים ולגאולת קרקעות. במהלך המאה ה-18 והמאה ה-19 התחוללו תמורות משמעותיות במנגנון גיוס הכספים בעקבות הקמת גופים ייעודיים וריכוזיים בקהילות מרכזיות בגולה לשם כך.
בראש ועד העדה הספרדית בירושלים, שעל פי המסורת ראשיתו בהנהגת הרמב"ן, עמד ראש חכמי ירושלים שבהמשך כונה בתואר הראשון לציון. נושא משרה זו הוכר החל משנות הארבעים של המאה ה-19 כחכם באשי, והיה לנציגו המוסמך של היישוב כולו כלפי השלטונות העות'מאנים ונחשב כסמכות עליונה בכל ענייני הדת היהודית. סמכות זו העלתה את החכם באשי על פני רבנים אחרים וגם את מעמד העדה הספרדית על פני עדות אחרות.
ועד העדה השתדל לדאוג לקהילות ברחבי הארץ. כך למשל, עקב דלדולה של הקהילה היהודית בשכם, תיקנו רבני ירושלים, בסביבות שנת 1785, שכל עולה רגל המבקר בקבר יוסף ישלם לקהילה ארבעה גרושים, ומבקרים בירושלים שאינם עולים לשכם יתרמו לקהילת שכם גרוש וחצי. בנוסף, בשנת 1726 נוסד באיסטנבול ועד פקידי קושטא - גוף כלכלי שהוקם על מנת לתמוך ביהודי ארץ ישראל בכלל וביהודי ירושלים בפרט.