בינתיים, גואייקיל (Guayaquil, אקוודור) וטרוחיו (Trujillo) הכריזו על עצמאותן וביצרו את מעמדו של סן מרטין בצפון פרו.
כדי להגביר את הלחץ על המשנה למלך החדש - ארנלס יצא למסע נוסף בהרים, והאנגלי גיז'רמו מילר (Guillermo Miller) נחת בדרום פרו, במקביל לסן מרטין שנחת סמוך יותר ללימה, החל לתור את סביבותיה ויזם מגעים מחודשים עם דה לה סרנה - המשנה למלך - בסוף אפריל 1821.
סן מרטין לא היה מוכן להתפשר על פחות מעצמאות מלאה לפרו, מה שהיה בלתי קביל מבחינת דה לה סרנה, והם הסתפקו בחילופי שבויים.
הכוח של מילר התאחד לאחר נחיתתו עם מתנדבים פרואנים, והביס את הכוח המלוכני שעמד בדרכו בקרב מיראווה (Mirave).
בינתיים התקומם כוח מלוכני מוונצואלה שתמך בעצמאות, וקוצ'רנה לכד את אוניית הדגל של המלוכנים; ולאחר כיבוש לימה - דה לה סרנה נאלץ לנטוש אותה ב-15 ביולי 1821 ולברוח להרים. ארנלס ניסה ללכוד אותו, אך לא הצליח למצוא את מקומו.
סן מרטין כבש את לימה וכינס קבילדו פתוח ב-15 ביולי, וב-28 ביולי הכריז על עצמאות פרו כפרוטקטורט בו הוא ישמש כמושל אזרחי וצבאי החל מ-3 באוגוסט.
יד ימינו היה ברנרדו דה מונטאגודו מהצבא הצ'ילאני.
קייאו (Callao) נותרה עוד חודשים רבים בידי המלוכנים עד שנפלה בידי המורדים, ובינתיים רוב הכוחות הצ'ילאניים חזרו לארצם עם שוך הקרבות, כולל קוצ'רנה וחלק מהספינות (היתר נותרו בפיקודו של בוצ'רד).
באוקטובר 1821 סן מרטין יצר את דגל פרו שתחתיו ילחם בהמשך הצבא המאוחד של פרו הכולל פרואנים ולוחמים מבואנוס איירס.
בוליבר והמערכה בפרו.
ב-9 באוקטובר 1820 גואייקיל הוכרזה בתור הפרובינציה החופשית של גואייקיל.
המושל חוסה חואקין אולמדו (José Joaquín Olmedo) ביקש סיוע בתקיפת קיטו מסימון בוליבר (Simón Bolívar) ששחרר את קולומביה בקרב בויאקה (Boyacá) ושלח לשם יחידה בת 650 חיילים בראשות אנטוניו חוסה דה סוקרה (Antonio José de Sucre) שהצטרפו ל-1,400 שכבר היו לגואייקיל; וב-15 במרץ 1821 נחתם הסכם שהעניק לגואייקיל את חסותה של קולומביה הגדולה שכללה את תת ממלכת גרנדה החדשה ואת הקפיטניה הכללית של ונצואלה (Capitanía General de Venezuela).
סוקרה התקדם לקיטו אך הובס בדרך בקרב אמבטו (Ambato), ונאלץ לסגת לגואייקיל, וביקש תגבורת מסנטנדר (Santander) - סגן נשיא קולומביה הגדולה, ומסן מרטין; ושניהם נעתרו לבקשתו.
סוקרה החל שוב להתקדם, כבש את קואנקה (Cuenca) בסוף פברואר 1822 וצירף מתגייסים משם; ובהמשך, ב-21 באפריל 1822, ניצח בקרב ריובמבה (Riobamba) כוח שנהנה מעדיפות עליו.
ב-24 במאי 1822 המורדים העפילו על הר הגעש פיצ'ניצ'ה (Pichincha) שלמרגלותיו שוכנת קיטו, בקרב שהתפתח שם ניצחו את המלוכנים, וקיטו צורפה לקולומביה הגדולה.
בגואייקיל היו חילוקי דעות לגבי ההצטרפות לקולומביה הגדולה - כולל בין סן מרטין ובוליבר, אך היא צורפה לבסוף ב-15 ביולי 1822.
סן מרטין היה מודע לכך שלא ניתן יהיה לסיים את המערכה ללא עזרה חיצונית, ביקש עזרה מהפרובינציות השונות, ונענה בכך שקופתן ריקה, כולל זו של בואנוס איירס שהעדיפה לשמור לעצמה את מה שהיה ברשותה. עקב כך סן מרטין נאלץ לפנות בבקשת עזרה לבוליבר ופגש אותו בגואייקיל.
סן מרטין הגיע לגואייקיל ב-25 ביולי 1822 ופגש למחרת את בוליבר לשיחה ארוכה בארבע עיניים שתוכנה נשמר בסוד, אך לאחריה סן מרטין הודיע על התפטרותו מתפקידו כמושל פרו, והעברת האחריות להשלמת המשימה לבוליבר.
הקונגרס של פרו מינה כיו"ר החונטה השלטת את חוסה דה לה מר (José de La Mar), וסן מרטין חזר לבואנוס איירס, ומשם היגר לאירופה.
כישלונות ואובדנה של לימה.
סן מרטין הטיל על רודסינדו אלווראדו (Rudecindo Alvarado) את ניהול המערכה נגד הנמלים שבין פרו וצ'ילה כדי למנוע מכוחותיו של המשנה למלך לצאת.
באוקטובר 1822 יצא כוח בראשותו שמנה 4,490 ארגנטינאים, צ'ילאני ופרואנים; הם נחתו בחוף הדרומי של פר וכבשו מספר עיירות, ומשם פנו מזרחה לכיוון ההרים, אך הובסו שם בטורטה (Torata) ובמוקגה (Moquegua) על ידי חרונימו ואלדס (Jerónimo Valdés) המלוכני, ונאלצו לסגת חזרה ללימה תוך שמגפה מכה באלו ששרדו מהקרבות.
כתוצאה מהתבוסה - דה לה מר שמונה כיו"ר החונטה של פרו עם פרישתו של סן מרטין הודח בהפיכה בפברואר 1823, ובמקומו מונה חוסה דה לה ריווה אגוארו (José de la Riva Agüero).
הוא ביקש מבוליבר להתערב ונשלחו אליו 6,000 חיילים מגואיאקיל בפיקוד סוקרה ששימש גם כאיש הקשר עם ממשלת פרו.
אחת מפעולותיו הראשונות של סוקרה הייתה להשתלט שוב על נמלי הביניים שבין צ'ילה ולימה, והוא שלח דרומה 2,500 חיילים בפיקוד סנטה קרוס מלווה בשייטת בפיקוד מרטין גיסה (Martín Guisse).
בינתיים חוסה קנטראק (José Canterac) המלוכני ארגן כוח בן 8,000 איש וכבש ללא קרב את לימה שהייתה בלתי מוגנת ב-18 ביוני 1823, אך עזב לאחר כחודש ופנה דרומה.
סוקרה פנה אף הוא דרומה אך דרך הים, כבש את ארקיפה ב-18 באוגוסט ולאחר מכן את פונו (Puno); אך בשל חוסר תיאום עם סנטה קרוס - סוקרה נותר מבודד נוכח הצבא המלוכני ונאלץ לסגת בחפזון צפונה תוך שהוא מפנה את ארקיפה באוקטובר ומחזיר לצ'ילה כוח בן כ-2,500 חיילים לסייע בהגנתה.
בינתיים בוליבר הגיע עם תגבורות ללימה, אלא שכעת פרץ עימות בין הנשיא החדש של פרו - חוסה ברנרדו דה טגלה (José Bernardo de Tagle) ויו"ר החונטה אגוארו שיצר קשר עם המלוכנים וניסה לתאם איתם מהלכים, וכתוצאה מכך בוליבר פנה נגדו (נגד אגוארו) ועצר אותו בסוף נובמבר 1823.
ב-5 בפברואר 1824 פרץ בקייאו מרד של הכוחות שרובם הגיעו מבואנוס איירס נגד קציניהם בשל תנאי המחיה ואי תשלום משכורותיהם במועדן, והם מינו קצינים מלוכנים שהיו עצורים כמפקדים והניפו את דגל ספרד. במקביל פרץ מרד של יחידת פרשים שעברה לצד המלוכנים.
כתוצאה מכך בוליבר נאלץ לפנות את לימה מתוך חשש שלא יוכל להמשיך ולהחזיק בה, והיא נפלה לידי המלוכנים בפיקוד חוסה רמון רודיל (José Ramón Rodil), ויחידות נוספות ערקו לצד המלוכנים.
במקביל, גם המלוכנים סבלו ממאבקים פנימיים שפיצלו והחלישו אותם: אולנייטה האבסולוטיסטי מרד נגד המשנה למלך דה לה סרנה, והשתלט על 4 פרובינציות באלטו פרו בפברואר 1824. המשנה למלך שלח את ואלדס שניהל מרדף אחריו ברחבי אלטו פרו, ואף על פי שלא היו למאבק תוצאות משמעותיות לכאן או לכאן - המשאבים של המערכת בוזבזו לריק.
המערכה באייקוצ'ו.
את מה שנותר מהצבא, כ-5,000 חיילים שמתוכם כ-500 ארגנטינאים, בוליבר ריכז בטרוחיו (Trujillo); ובעזרת תגבורות שהגיעו במאי 1824 מבוגוטה הגיע ל-8,000 חיילים, והחל ביוני לנוע לכיוון ההרים תוך שהוא מנצל את הפילוג בקרב המלוכנים.
ההתנגשות הראשונה על גדות אגם חונין (Junín) שנלחמו בה בעיקר פרשים וגרנדירים משני הצדדים - הסתיימה בניצחונו של בוליבר. הוא העביר את הפיקוד לידי סוקרה שהחל לנוע דרומה בחיפושו אחר המשנה למלך דה לה סרנה. ואלדס המלוכני נקרא לחזור עם כל כוחותיו מהדרום, ואולנייטה שנלחם עד כה נגד לה סרנה הגיע עמו להסכם לפיו הוא יעביר לרשותו 2,500 חיילים וימשיך למשול על אלטו פרו. בוליבר ניסה להעביר את אולנייטה לצידו, אך לא זכה לתגובה.
סוקרה המשיך לנוע דרומה, אך ניתקל בכוחותיו של ואלדס והובס בקרב קורפאוואיקו (Corpahuaico) ב-3 בדצמבר 1824. חרף זאת- סוקרה המשיך לנוע דרומה, וימים ספורים לאחר מכן ב-9 בדצמבר פרץ קרב אייקוצ'ו: חייליו של סוקרה נהנו ממורל גבוה ומיתרון טקטי, התקפת נגד של דה לה סרנה נכשלה והוא נפל בשבי, והקרב בו סבלו המלוכנים מ-1,800 הרוגים ו-700 פצועים לעומת 370 הרוגים ו-609 פצועים של המורדים - הכריע למעשה את המלחמה וקנטראק חתם על הסכם לפיו יותר לו ולחייליו לשוב לספרד.
עצמאות בוליביה.
חוסה מריה פרס דה אורדינינאה (José María Pérez de Urdininea) נלחם במסגרת הרפובליקטות - ההתקוממויות המקומיות באלטו פרו - ובמלחמת הגאוצ'וס, התגורר מ-1820 בסן חואן ונבחר שם למושל. הוא ניסה להקים כוח צבאי שיפלוש לאלטו פרו אך לא הצליח לקבל סיוע מבואנוס איירס, ואת הכוח הקטן בן 500 החיילים שהצליח למרות הכל לגבש הכפיף לחוסה מריה פס (José María Paz) שהציב אותן באומוואקה, אך הם נותרו חסרי תעסוקה במשך כשנתיים (1823–1824).
חואן אנטוניו אלווארס דה ארנאלס (Juan Antonio Álvarez de Arenales) הגיע לסלטה בתחילת 1823, נבחר למושל בתחילת 1824, והקדיש את עצמו לתכנון מערכה באלטו פרו בעזרת כוחות של אורדינינאה ופס.
ב-14 באוגוסט 1824 ארנאלס מינה את אורדינינאה כמפקד כוח המשימה - לבקשתו של סוקרה (שנלחם לצד בוליבר) - שיכנס לאלטו פרו וילחם באולנייטה המלוכני, והוא יצא לדרך ב-3 בינואר 1825 עם כ-600 חיילים.
פיו טריסטאן (Pío Tristán) המלוכני שלא הכיר בכניעה שנחתמה באייקוצ'ו לגבי סיום המלחמה בפרו ובאלטו פרו, מינה עצמו למשנה למלך ואולנייטה הכפיף עצמו אליו; אך המהלך לא צבר תאוצה, הניסיון נכשל, וגם הסכם לגבי הפוגה בת 4 חודשים בין סוקרה לאולנייטה נדחתה בידי בוליבר.
בקרב שהתחולל בין אולנייטה לבין אחד מפיקודיו שערק עם יחידתו לצד המורדים - נהרג אולנייטה. ארנאלס שלח את אורדינינאה לתוך אלטו פרו, ומשהגיע לשם - סירב להכפיף עצמו לארנאלס והפך לכוח עצמאי. ב-7 באפריל 1825 נכנע ואלדס המלוכני ובכך הסתיימה המערכה באלטו פרו.
מאחזים מלוכנים אחרונים.
מקסיקו הכריזה על עצמאותה בספטמבר 1821, אך למלוכנים נותר מאחז בסן חואן דה אולואה (San Juan de Ulúa) שבורה קרוס עד נובמבר 1825, וניסיונות נוספים לכיבוד מחדש המשיכו עד לקרב פואבלו ויאחו (Pueblo Viejo) בספטמבר 1829.