אוכלוסיית העיר בשנת 1880 נאמדת בכ-10,000 נפש: 6,730 מוסלמים, 2,070 נוצרים ו-1,200 יהודים. בשנת 1886 דווח שמספר תושבי יפו היה 17,000 נפש. אוכלוסיית העיר בשנת 1900 נאמדת בכ-30,000 נפש: 18,000 מוסלמים, 7,200 נוצרים ו-4,800 יהודים.
ההתיישבות האמריקאית והגרמנית.
ספינות קיטור שהגיעו לנמל הביאו מתיישבים חדשים, טמפלרים מארצות הברית ומגרמניה.
הקבוצה הראשונה הגיעה ב-1852, ובראשה קלורינדה מינור מפילדלפיה. אנשיה קראו ליישובם "הר התקווה" (Mount Hope). היישוב התקיים חמש שנים ונעזב. ניסיון התיישבות נוסף היה בהקמת "חוות מודל פרם", על ידי נוצרי שביקש להקים משק חקלאי לדוגמה. מבנה החווה שוחזר ומצוי היום בחצר משרדי חברת החשמל בתל אביב.
בשנת 1865 ניסו חברי "כנסיית המשיח" (אנגלית: Church of Messiah), בראשות א. אדמס וי. ג'ייקובס, להתיישב ביפו כדי "לעזור לבנות את בית המקדש". הקבוצה כללה 158 נוצרים ממדינת מיין בארצות הברית, שהביאו עמם לוחות עץ לבניית בתים. חלק מהבתים שוקמו ומשמשים לאכסון עד היום. התיישבות האמריקאים עודדה את היהודים, שקיוו כי תשפיע לטובה על היישוב היהודי, אך המושבה נעזבה ב-1868.
אחריהם הגיעו גרמנים. תחילה הקימו שכונה זעירה בשם "ולהאלה", בדרך יפו-תל אביב של היום. אבל את מרכזם הם בנו במקום שבו הייתה המושבה האמריקאית.
בשנת 1878 הצטרף אליהם ציר רוסיה ביפו, הברון פלאטון פון אוסטינוב, שהתגורר ביפו עד 1913. ב-1895 הוא פתח את "מלון פארק", שמבנהו עומד על תלו עד היום. בנובמבר 1898 התארח בבית המלון וילהלם השני, קיסר גרמניה בביקורו בארץ ישראל. הברון היה חובב עתיקות ובחצרו נאספו מצבות בית העלמין היהודי שהתגלו באבו כביר. הוא נטע גן עצי פרי, שנתן השראה לטמפלרים, שהחלו לגדל פרי הדר בפרדסים במושבות שרונה ווילהלמה ושיווקו את תפוזיהם דרך נמל יפו במותג "Jaffa Oranges" הקיים עד היום.
חידוש הקהילה היהודית.
בשנת 1740 הקים ועד פקידי קושטא בסמוך לנמל יפו אכסניה ליהודים העולים לרגל לירושלים, ואשר היה החאן היהודי היחיד שפעל בעיר עבור עולים יהודים. המבנה נודע גם בשם "בית זונאנה" על שמו של רבי יעקב בן דוד זונאנה, הגביר היהודי שרכשו, וכלל גם מקווה טהרה. בין המזכירים את המקום נמצא החיד"א, שביקר במבנה ב-1757, עם זאת, כעבור מספר שנים השתלטו ערביי יפו על המבנה, והתירו ליהודים להתפלל בו רק בשלושה ימים בשנה. מאוחר יותר נאסר על היהודים לעשות בו שימוש כלל ועיקר. במשך השנים שימש המבנה לצרכים שונים, כולל בית חרושת לסבון, אך האוכלוסייה הערבית המשיכה לכנותו "הבית היהודי". המקום חזר לבעלות יהודית רק לאחר מלחמת העצמאות לכשהוקם בו בית הכנסת לעולי לוב. בשלהי המאה ה-18 פקדו את העיר מלחמות תכופות ומגפות מה שהביא לדלדול הקהילה היהודית.
בשנת 1825 נתמנה הרב רפאל יהודה מנחם לוי המכונה יהודה מרגוזה מטעם רבני ירושלים כנציגם ביפו לקבל את פני עולים יהודים. בימים ההם לא היה ישוב יהודי ביפו והיהודים שעלו דרך נמל יפו לא פעם סבלו בגלל חוסר עזרה יהודית. ישיבתו של הרב בבדידות, בעיר שאין בה יהודי אחר לא הייתה נוחה ונעימה כל עיקר, ואפילו אם עלה מפעם לפעם לשבת קצת בירושלים. בשנת 1829 השפיע הרב על 12 הניצולים של אוניית עולים יהודים ממרוקו שטבעה ליד עכו להיות היהודים הראשונים להצטרף אליו ולהתיישב ביפו. במשך הזמן התלקטו עוד יהודים ליפו והקהילה כללה הן אשכנזים והן ספרדים.
בשנת 1832 תחת שלטון מוחמד עלי, שהגביר את הביטחון הפנימי בארץ, החל היישוב היהודי ביפו לגדול. ב-1834 רכשה הקהילה חלקת שדה בעיר בכדי להקים בו בית עלמין יהודי.
לפי מפקד שערך משה מונטיפיורי ב-1839, היו ביפו 122 יהודים. אליהם הצטרפה ב-1840, גם חלק מקבוצת העולים ממרוקו ואלג'יר שעלתה בראשות אברהם שלוש. ב-1848 דיווח ויליאם פרנסיס לינץ' כי ביפו 300 יהודים.
בשנת 1842 רכש הרב יהודה מרגוזה, יחד עם חכם אברהם פנסו וחכם יחיאל בכר, חלקת אדמה בגודל של 103 דונם על גדות נחל איילון, צפונית-מזרחית ליפו, כיום שכונת מונטיפיורי ומגדלי עזריאלי. הרב נטע על השטח פרדס ובו 5,310 עצים. בשנת 1953, שלח הרב יהודה מרגוזה מכתב למשה מונטיפיורי, השריף של לונדון, וכתב: "בחסד האל, הירני מצהיר בזה, שאני הישראלי הראשון שבא הנה ליפו אחד משבט דן... אני התחלתי יחידי לעבד את האדמה על-ידי נטיעת גן, כפי שאני עומד לספר לכבודו, ואילו יכולתי לבצע את תוכניתי, הייתי גורם לכך שיהודים אחרים היו עושים כמוני, לפי הדוגמה שלי. אלא שידוע לכל אחד, שההתחלות של כל דבר חדש קשות מאוד הן, ואף הישמעאלים כאן השתוממו לראות יהודי מעבד את האדמה... אעשה ככל שביכולתי לעודד עבודת אדמה בין אנשי קהילתי מונה שבעים משפחות. כל זה נכתב על ידי הרב הנמצא כאן, והוא הפקיד הממונה על היהודים המתפללים לאל לשלומך. רפאל יהודה מנחם לוי, יפו 28 ביולי 1853". יהודה מרגוזה המשיך להנהיג את הקהילה עד מותו בשנת 1879.
בשנת 1856 אחרי מלחמת קרים וקביעת ההסדרים לגבי השליטה על כנסיית הקבר בירושלים, נחתמו הסכמים בין מעצמות אירופה לבין האימפריה העות'מאנית על הנהגת משטר הקפיטולציות, שסיפקו ביטחון פיזי לאזרחים הזרים שבאו לתחום האימפריה. כך גדל מספר עולי הרגל הנוצרים לארץ הקודש, שרובם הגיעו דרך נמל יפו. העיר זכתה להתפתחות כלכלית ופיזית מהירה. היא הייתה זירה של התערבות אירופית מתעצמת, דבר שבא לידי ביטוי בהקמת נציגויות קונסולריות, כנסיות, בתי-ספר, שירותי-רווחה ומוסדות-מסחר. בעקבות ריבוי עולי הרגל והגידול במסחר החליטו מספר ירושלמים, ובראשם חיים אמזלאג, להשתקע ביפו. בעקבותיהם ירדו לעיר אשכנזים נוספים וכך נוסדה העדה האשכנזית ביפו.
ב-1863 החלה הקהילה היהודית ביפו להתמסד. הרב יהודה מרגוזה יזם את הקמת "ועד העיר יפו". פעולתו הראשונה הייתה הקמת סניף של "כל ישראל חברים", שנשיאו היה אמזלאג. ב-12 במרץ 1868 ייסדה החברה בעיר בית-ספר לבנים. בשנת 1866 הקים ר' חיים שמואל שמרלינג, מן האשכנזים, יליד חברון, את עמילות המכס שמרלינג. בשנת 1869 החלו לנסוע לירושלים בעגלות רתומות לסוסים במקום על חמורים. בעגלה הראשונה שעלתה לירושלים נסע פרנץ יוזף הראשון קיסר האימפריה האוסטרו-הונגרית. במסע הקיסר חנכו את הדרך החדשה לעיר ואת הקמת פונדק הדרכים בשער הגיא. כך החלה תנועה ערנית של נוסעים ותיירים במסלול יפו-ירושלים: תוך שש שנים נסעו בדרך לירושלים חמישים עגלות. בין השנים 1868 - 1879 גדלה אוכלוסיית העיר ונהרסו החומות שהקיפו אותה.
עיתון המגיד מפרסם בי"ד טבת תרמ"ח (1887) על ידי לייב ישעיהו ראובן'ס את הכתבה הבאה : "עובדות ומספרים על יפו", ובהמשך הידיעה : "זאת העיר יפו העומדת על חוף הים התיכון, אשר לפני ארבע או חמש שנים עוד לא נמצאו בה אך כעשרה יהודים אשכנזים כדי לצרפם למניין, בה תשב עתה קהילה לא קטנה מאחינו האשכנזים, והא לך מספרים אשר אספתי על מכסת בעלי המלאכה והסוחרים אשר בתוכה : חרשי עץ - 24, חרשי ברזל ומסגרים - 6, חייטים - 10 (בתוכם שלושה שיש להם חנויות גדולות), מנגנים על הכנור - 3, סנדלרים - 5, בעלי ריחים של קיטור - 2, שוחטים ובודקים - 2, בעלי עגלות ועגלונים - 20, רוקחים - 5, דרעקסלער -2, כורכי ספרים - 2, מעבדי עורות - 2, מפתח אבנים ומתכות - 1, מסתתי אבנים - 3, סופר סת"ם - 1, מתקני מורי שעון - 7, מחזיקי בתי אכסניא - 5, חנויות שונות - 20, והעוסקים בהן - 45, אופים - 2, בית חרושת לעשית בורית - 1, בתי משרפי יין - 2, בית עשית מאקאראגאן - 7, עושי כובעים, ונוסף על כל אלה בית-המסחר הגדול אשר להאדון הנכבד הערצענשטיין כי בביתו בית-חרושת המעשה לעשית נרות סטערין, ימצאו רבים מאחינו את לחמם לנפשם".
העיתון חבצלת מדווח בז' כסליו תרמ"ט (1888), "מועדון אכסקלוסיבי ביפו", ובהמשך הכתבה : "לפני איזו שבועות נפתחו ביפו שתי בתי מרזח ! האחת יהודית, מבעל בית-המלון "אשל ירושלים", הוא האדון הנכבד ר' ליפא קאמעניץ, הנודע בכישרונו הנפלא בהערכת בתים כאלה, כחוק בתים כאלה באייראפא, והשנית כונן האדון באסט הצרפתי עבור "צרפתים. האדון באסט לקח נער עברי אחד ושמו אברהם לנדא לשרת שם.
בשנת 1887 הוקמה השכונה היהודית הראשונה בפרברי יפו, נווה צדק ובשנת 1890 - השנייה, נווה שלום. בהמשך הוקמו שכונות נוספות, בהן שכונת שבזי, שעתידות היו להיכלל בתל אביב כשזו הוקמה ב-1909.
יהדות יפו הייתה לקהילה מגובשת בשנות השמונים של המאה ה-19. בתחילה נבחר יהודה ליב חפץ, מהקנאים שבחוג הרב יהושע לייב דיסקין, כרב העיר, אך לאחר שישה חודשים שב לירושלים. אחריו נבחר הרב נפתלי הרץ הלוי, גם הוא ירושלמי מחוגו של דיסקין, ונשאר בתפקידו עד מותו בי"ב בסיוון תרס"ב. עוד קודם לכן פרשו מן הקהילה חלק מהחסידים אשר הביאו לעצמם רב נפרד בשנת תר"ס-1900, הרב הוא רבי שניאור זלמן סלונים. אברהם יצחק הכהן קוק היה רב העיר מתרס"ד עד תרע"ט, על אף שבפועל לא נכח בעיר החל משנת תרע"ד, עקב פרוץ מלחמת העולם הראשונה.
ב-1889 דווח מרדכי בן הלל הכהן שביפו כ-2,000 יהודים.