לאחר התהוות הנצרות נוצר סוג נוסף של שנאת ישראל שמקורו ביריבות דתית. הקבוצה הדתית החדשה והקטנה שהייתה בעמדה יריבה ליהדות ונדחתה על ידיה, הפגינה שנאה כלפי הדת שדחתה אותה וניסתה לעשות לה דמוניזציה כבר בכתבי הקודש שלה. בבשורה על-פי יוחנן, (פרק ח', פסוק 44) היהודים מתוארים כבני השטן על שסירבו לקבל את ישו. בוויכוח המתואר שם בין ישו ליהודיים, שמסרבים לקבלו, הוא טוען כי השטן הוא אביהם, והם חפצים בתאוותו שהיא רצח ושקר. בכל ארבע הבשורות של הברית החדשה הממסד היהודי של אותה תקופה מתואר כמי שנטל חלק מסוים בהריגת ישו, אם בחריצת דינו, אם במסירתו לפונטיוס פילטוס, אם בקטרוג והסתה כנגדו, לבל יחון אותו העם, ואף בהוספה ללגלג עליו כאשר כבר נצלב. בבשורה על פי מתי אף מסופר כי פילטוס רחץ את ידיו לאות כי הוא נקי ממות ישו, והעם קיבל אחריות על הריגתו במילים "דמו עלינו ועל בנינו". שילוב דברים אלו בכתבי הקודש היה בסיס חשוב לשנאת יהודים.
בימי הביניים, כחלק ממשטר הגילדות, היו רוב העיסוקים סגורים בפני יהודים וחלק נכבד מהם נאלץ לעסוק בהלוואה בריבית לפרנסתם, שכן עיסוק זה היה אסור על נוצרים. מקור הכנסה זה היה פתח לפרנסה ליהודים, אך יצר אצל הציבור הנוצרי מרירות ואיבה נגדם. ההלוואה בריבית הצטיירה כעושק, הן משום שנטילת הריבית אסורה מבחינה דתית (על פי הכנסייה הנוצרית), (על פי ההלכה היהודית אסורה ההלוואה בריבית ליהודים בלבד) והן משום שראתה זאת כגזל, שכן כאן נהנה אדם מרווח על חשבון עמל זולתו בלא שיצטרך לטרוח. כך צויר היהודי כאוהב בצע וכטפיל המתפרנס על חשבון אחרים.
הנוצרים רחשו שנאה דתית ליהודים וזאת מפני שלפי האמונה הנוצרית, היהודים דחו את ישו (שהתחיל את זרם הנצרות), משיח שנולד בתוכם, ולטענתם אף הביאו למותו, כפי שמתואר בספרי הברית החדשה. הכמרים השתמשו בדרשותיהם ובטקסיהם כדי להסית את העם הפשוט והבוּר נגד היהודים.
היריבות הדתית וההלוואה בריבית הצטרפו לאמונות הטפלות הרבות שרווחו בימי הביניים והולידו יחד את עלילות הדם, דהיינו האשמה של יהודים ברצח נוצרים על לא עוול בכפם. היהודים גרסו שהם חפים מפשע, אך ההמון הבור ושטוף האמונות הטפלות, שהורגל בשנאה, שפך זעמו על היהודים, בהאמינו שמצוות היהדות היא לרצוח ילדים נוצרים ולהשתמש בדמם לפולחנים דתיים (הכנת מצות, בעיקר).
האנטישמיות ושנאת הזרים באירופה במשך מאות שנים התבטאו בגירוש, אפליה, השפלות (חיוב באות קלון), כליאה בגטאות, נידוי חברתי ופוגרומים (פרעות), בהם היהודים היו מוכים, נשדדים ונרצחים בהמוניהם. היהודים הגיבו בפחד לפרעות, לא ידעו כיצד להתנגד ולא השיבו מלחמה. לעיתים השתדלו אצל השליט, שיסיר את רוע הגזירה או שיגונן עליהם, או חיברו תפילה כמו "אב הרחמים" שנתקנה לאחר מסע הצלב הראשון.
לשנאה היו כמה מקורות תומכים:
סטריאוטיפים (אב-טיפוס) – דימוי שלילי, שטופח על ידי הכנסייה הנוצרית: יש להשפיל את היהודי הבזוי, הרע והמסוכן, כל עוד הוא אינו מוכן להתנצר.
דעות קדומות: הנטייה לייחס תכונות לאדם, בעיקר בגלל השתייכותו לקבוצה כלשהי. שימוש בדעות קדומות – שימוש בהכללה המעוותת את המציאות. דעות קדומות נלמדות, באמצעות חינוך או באמצעי תקשורת כגון ספרים, עיתונים וסרטוני תעמולה. הן עוברות מדור לדור, נשמרות וקשה לשנותן.
עלילות דם: הדעות הקדומות מעוררות עלילות דם, על רקע דתי: שונאי ישראל טענו כי היהודים משתמשים בדם ילדים נוצרים, הנרצחים על ידם, לצורכי פולחן – אפיית מצות. היהודים הואשמו גם בהרעלת בארות והפצת מגפות.
תוקפה של הדת היהודית הועמד על ידי האל רק כהקדמה לבוא המשיח, ישו, ולגלגול לדת המושלמת הנצרות, שהיא כביכול גלגולה של היהדות. שנים מאוחר יותר, בשנת 313 לספירה הפכה הנצרות לדת מותרת באימפריה הרומית. זמן-מה קודם לכן נחלשו הקהילות היהודיות שהיו כפופות לאימפריה הרומית, בפרט אלה שישבו בארץ ישראל, עקב מרידות בלתי-מוצלחות בשלטון הרומי (המרד הגדול, מרד בר כוכבא). בשנת 380 תאודוסיוס הראשון הכריז על הפיכת הנצרות מדת נסבלת לדת רשמית באימפריה הרומית, וב-392 הנצרות הפכה לדת המותרת היחידה, כל פולחן שאינו נוצרי נאסר לחלוטין. הענקת מעמד רשמי ובכיר לנצרות, החליש עוד יותר את הקהילות היהודיות באימפריה. עם הזמן, לאור דבקות היהודים בדתם, התפתח והתחזק רעיון תאולוגיית החילופין. עם הפיכת הכנסייה לדת הרשמית ברומא על ידי הקיסר קונסטנטינוס רעיון "הדחייה האלוהית" שימש צידוק לצמצום שיטתי בתנאים המגנים על היהודים תחת האימפריה הרומית. כאשר נמנעו מן היהודים זכויות מהן נהנו שנים רבות, והוטלו עליהם הגבלות ואפליות רבות, כדי להמעיט את השפעתם ולהשפילם. הכנסייה בראשיתה לא ראתה בעין יפה במיוחד את ההתנגדות היהודית למיסיון הנוצרי וכן את התייהדותם של עובדי האלילים הרומיים, שכן הנצרות נדרשה לעוקבים רבים על-מנת להבטיח את קיומה.
חוקרים מודרניים טוענים כי ייתכן והיהדות הייתה לדת מיסיונרית במאות הראשונות לספירה, ולכן ייתכן והתחרתה מול הנוצרים על נאמנותם הדתית של הגויים. לאור זאת ייתכן וגורם התחרות היווה מניע לאנטי-יהדות הנוצרית, תוך העללת עלילות נגד היהודים. שכן רוב הנוצרים הראשונים לא היו בקיאים בתורה ולא ידעו עברית ולכן לא היה ביכולתם לספק הגנה מספקת על עמדתם, אלא בצורה זו. עם עלייתו לשלטון של קונסטנטינוס, האחרון הדחיק את המיסיונריות היהודיות ואסר על היהודים למול את עבדיהם. הוא אף התקין חוק שדן יהודים שסקלו כופרים למוות, למוות בשיפוד יתד. החל מהמאה החמישית הפסיקה הכנסייה להשתמש בדיונים הפומביים למטרות אפולוגיות לאור כך שהן הוכחו כעקרות, ולרוב משמשות לחיזוק האמונה היהודית. יוחנן כריסוסטומוס העביר ביקורות נוקבות נגד הנוצרים שבילו זמן במחצית, בחברת, בבתי-הכנסת ובחגים של הדת היריבה, היהדות, והתנגד לכך באופן נחרץ. זאת בדומה לאיזידורוס מסביליה, וננטיוס פורטונטוס, גנאדיוס ממאסיליה , סולפיקיוס סוורוס, פאולוס אורוסיוס, פרודנטיוס , הילריוס מפואטייה, אנסטסיוס סינאיטה, קוסמס אינדיקופלאוסטס, תאודורטוס , תאודור ממופסואסטיה , דיודורוס התרסי ואפיפניוס מסלמיס. נראה כי המדיניות היהודית למיסיון וגיור ליהדות, שהיה נפוץ בעולם ההלניסטי, נפסקה עם תום המלחמות היהודיות-רומיות וגיבוש ערכי היהדות בתקופה שלאחר חורבן בית המקדש.
לאחר שהמיר קונסטנטינוס לנצרות ולאחר ועידת ניקיאה שלח האחרון מכתב תמיכה בהפרדת סעודת חג הפסחא מהפסח היהודי, וצוטט אומר: הקיסר הרומי קונסטנטינוס אף הנהיג מספר חוקים הנוגעים ליהודים: נאסרו עליהם להיות בעלים של עבדים נוצרים או למול את עבדיהם. המרת נוצרים ליהדות הוצאה מחוץ לחוק. השירות הדתי הוסדר ממלכתית, הקהילות הוגבלו, ויהודים הורשו להיכנס לירושלים רק בתשעה באב, יום השנה לחורבן בית המקדש.
במאה החמישית אפליית היהודים החמירה, קודקס תאודוסיאנוס אסר על יהודים מלשרת בשירות הציבורי, הצבאי והמשפטי. היקף בתי המשפט היהודיים הוגבל, בתי כנסת נהרסו על ידי נוצרים או הוסבו לכנסיות, ושיפוץ בתי-כנסת הותר רק במקרה של סכנת קריסה.
אבות הכנסייה מצדם נדרשו להסביר את קיומם של היהודים והיהדות גם בעידן שבו ניצחון הנצרות הוכח כביכול. אוגוסטינוס ואבות הכנסייה באותה העת פיתחו את "דוקטרינת העדות", שהייתה הדוקטרינה הרשמית של הכנסייה, שעל-פיה גלותם של היהודים ופיזורם ברחבי האימפריה הרומית היא אות אזהרה מתמיד לנוצרים שלא להתכחש לישו, לפיה האל מקיים את היהודים במצבם המושפל כעדות חיה לניצחון הנצרות. לשיטתו היהודים רשאים לחיות בארצות הנוצריות, אך מעמדם נחות בהכרח לעומת מעמדם של הנוצרים (ראו: "עיר האלוהים" ספר 18, פרק 46). על-פי דוקטרינה זו, שהייתה קו מנחה ביחס הכנסייה הקתולית והכנסייה האורתודוקסית ליהודים, עתידים היהודים להתנצר ולקבל את מרותו של ישו לכשישוב לארץ בשנית. בכך ייעודם של היהודים הוא שיעידו ברבות הימים על אמיתות הנצרות בהתנצרותם בביאתו החוזרת של המשיח. רעיון זה מיתן את פעילויות האיבה והצדיק את ההגנה על היהודים.
החל משנת 325, אך בעיקר החל מ-1229, נאסר על נוצרים לעיין לבדם בביבליה, ובמיוחד לתרגם אותה לשפת המקום בעצמם. ישנם הטוענים כי הסיבה הייתה להסתיר את יסודותיה היהודיים של הנצרות ואת "מסירותו לכל החיים של ישו, ליהדות ולמנהגים היהודים." כשבשיטה זו כפרה הכנסייה ברצונו ודבריו של ישו, ביצירת הנצרות והכנסייה כפי שהן קיימות כיום. כל זאת תוך הסתרת זהותם היהודית של ראשוני הנוצרים ואלו שהכירו ודבקו בדרכו של ישו כמו יעקב הצדיק ופטרוס; שהמשיכו לשמור על זהותם, מנהגם ודרכם היהודית, כפי שהורה רבם ישו. כשהסממן הנוצרי היחיד שהבדיל בינם ליתר היהודים היה האמונה שישו משיח כיתר המשיחים לפניו – לא אל, ושעלה לשמים כצדיקים לפניו, ועתיד לחזור בעתיד הקרוב ולהגשים את נבואות אחרית הימים כפי שאוזכר בתנ"ך. כשמאוחר יותר פאולוס, השליח לגויים, מיוזמתו קרע את הנצרות מהיהדות וממשנתו של ישו לתלמידיו ויצר דת אחרת; ולמרות זאת המשיכו גוים, מומרים חדשים לנצרות, להיכנס ולהתפלל בבתי הכנסת היהודים. עדות לכך ניתן למצוא בדרשותיהם של יוחנן כריסוסטומוס, פטריארך אנטיוכיה ופטריארך קונסטנטינופול הביזנטים (386-387 לספירה) שגינו את התערותם של הגויים שהומרו לנצרות בחברה ובתרבות היהודית; ולאור זאת החלו בתהליך הפרידה מהיהדות, תוך זירוז התהליך בהאשמת היהודים ב"רצח ישו" ו"עלילות הדם". מאחר שלא היה ניתן לספר את סיפורו של ישו ללא היהדות, בגרסאות הערוכות של הביבליה נערכו, נוספו והושמטו חלקים על מנת לנצר את ישו וסיפורו.