בשובו לווינה, התקבל הרצל בלעג במערכת העיתון "נויה פרייה פרסה". העיתון התעלם מהקונגרס לחלוטין. עורכיו לא לחצו עתה בעניין סגירת "די ולט". הרצל התפשר בכך שכתב בו בשם בדוי, ועורכיו הסתפקו בכך.
עתה הקדיש עצמו הרצל לגיבוש הארגון הציוני החדש. במאמר ב"די ולט" פרסם תוכנית לייסוד "בנק קולוניאלי יהודי", שיממן את יציאת היהודים מאירופה ואת התיישבותם בארצם החדשה. הוא הסביר כי "התנועה הלאומית אסור שתהיה תלויה בחסדם של נדבנים", ולכן עדיף שהמוני העם יממנו אותה. לטענתו הדבר אפשרי, משום כל היהודים העניים ביחד עשירים יותר ממשפחת רוטשילד. הרצל הטיל את המשימה לגיוס הון היסוד על דוד וולפסון, אלא שעשירי היהודים באירופה דחו את פניותיו והגוף הפיננסי היחיד שהיה מוכן להנפיק את המניות היה בנק לא-יהודי קטן. הרצל חשד שבית רוטשילד הוא העומד מאחורי הסירובים, ובהודעה פומבית איים על משפחת רוטשילד בחרם בינלאומי מטעם המעמד הבינוני היהודי. זעמו של הרצל על הבנקאים היהודים הגדולים הביא אותו לפרסם בגיליון אוקטובר השני של "די ולט" מאמר-השמצה קיצוני בשם "Mauschel" ("יהודון"). סגנונו הזכיר את התעמולה האנטישמית. היהודים המתנגדים לציונות תוארו בו כטיפוסים מנוונים, המעוררים "בחילה", "אנוכיים", "מזוהמים" ו"נבזים". המאמר עורר סערת מחאות.
חג המולד של 1897 היה הראשון שלא הוצב בו עץ חג המולד בבית משפחת הרצל. במקום זאת, הדליק הרצל חנוכייה וסיפר לילדיו על מרד המכבים ועל נס חנוכה. הוא כתב על החלטתו זו ועל המשתמע ממנה בסיפור אוטוביוגרפי בשם "המנורה", שפרסם ב"די ולט": "על ידי אותם ייסורים פנימיים עמומים הגיע אל מקורם, אל יהדותו. בימים נעימים יותר אולי לא היה מוצא אותה לעולם... עכשיו התחיל לאהוב אותה בכל לב". את אור נרותיה של מנורת החנוכה, דימה הרצל ליקיצה אטית של אומה: "תחילה נדלק נר אחד. עדיין שוררת חשיכה ואותו נר יחיד נראה נוגה. ואז מצטרף עוד נר, ועוד נר... ואין מלאכה שיש בה אושר גדול יותר מלשמש את האור".
בתחילת ינואר 1898 הועלה המחזה "הגטו החדש" על ידי מפיק פרטי בקארלתיאטר בווינה. באכר ובנדיקט זעמו על כך שהכתב המפורסם שלהם יהיה מעורב ב"מחזה יהודי". באכר דרש מהרצל לאסור על הצגת המחזה, אולם הוא סירב, ובעקבות המריבה הקשה אירע לו התקף־לב קל. הצנזור המשטרתי של וינה, שחשש ממהומות נוספות על אלו שאירעו לאחרונה בעיר, דרש לקצץ קטעים מהמחזה, אך הרצל והמפיק ערערו על החלטתו בפני מושל אוסטריה תחתית, והיא בוטלה. ההצגה אכזבה הן את הרצל והן את הצופים, והמבקרים נותרו אדישים. לאחר מכן עבר המחזה לברלין, וגם שם נקטל בידי המבקרים. כישלון המחזה והקשיים בהקמת הבנק גרמו להרצל דיכאון עמוק. הוא ביקש מנורדאו לקבל עליו את הנהגת התנועה, אך נורדאו סירב.
מגעים עם העות'מאנים והגרמנים, הקונגרס הציוני השני (1898).
לאחר שובו מן הקונגרס, חידש הרצל את קשריו עם הממשלה העות'מאנית באמצעות נבלינסקי, אלא שהפעם התשלום לא יצא רק מכיסו, אלא גם מהכנסות "השקל הציוני". הרצל כתב על נבלינסקי: "הוא מלמדני מאה ואחד דקדוקי נוהג דיפלומטי". הם ניסחו יחד איגרת חדשה לסולטאן, בה הציעו הקמת מדינת־חסות יהודית בארץ ישראל, שתמורתה יכסו היהודים את חובות החוץ של הממשלה העות'מאנית. האיגרת הועברה לסולטאן באמצעות נורי ביי, המזכיר הכללי של משרד החוץ העות'מאני, תמורת תשלום שוחד. בתחילת פברואר 1898 נועד הרצל בברלין לשלוש שיחות עם שגריר טורקיה בברלין, אחמד תופיק נאשה, ערב מינויו לשר החוץ (בהמשך מונה גם לווזיר הגדול). תופיק הסכים להגירת יהודים לשטחי האימפריה העות'מאנית, אך לא למתן אוטונומיה טריטוריאלית. תמורת קבלת היהודים, יצטרכו לשלם הון עתק. הרצל שלל את הפתרון, וקבע כי היהודים לא יהיו "הארמנים החדשים", ושעדיף להמתין "שמצבה של טורקיה יהיה גרוע עוד יותר". לאחר מכן נפגש הרצל עם פרידריך-קארל פון לוקאנוס, ראש לשכת הקיסר הגרמני, וביקש ראיון אצל הקיסר כדי להסביר לו את הציונות. לוקאנוס השיב כי הקיסר מכיר את הנושא אולם נכבדי הקהילה היהודית "אינם להוטים ביותר" לגביו. לוקאנוס הביע אהדה לציונות, והבטיח למסור לקיסר עותק של הספר "מדינת היהודים".
ב-22 באפריל 1898 כינס הרצל את הוועד הפועל הציוני לישיבה שדנה בהכנת הקונגרס הציוני השני. הרצל רצה לכנס עוד קונגרס זמן קצר לאחר הקונגרס הראשון, כדי לערוך עוד הפגנה פומבית של התנועה, ולהמשיך בכך תנופתה. ליאון קלנר ביקר אותו על תאוות-הראווה שלו, וטען: "תנועה זו כל־כולה שאון והמולה – לא יותר!". הרצל השיב לכך: "בפוליטיקה המולה היא הכול! המולה מתמשכת הריהי כשהיא לעצמה עובדה ראויה לציון. ההיסטוריה העולמית כולה אינה אלא המולה". הרצל לחץ על נורדאו לעשות ככל יכולתו כדי שיהודים מאסיה, פרסים ובוכרים, יהיו נוכחים בקונגרס הבא, לשם יצירת "רושם ציורי". הרצל ראה חשיבות עליונה בבחירת הדגל הציוני. בקונגרס הראשון נתלה מעל לפתח הכניסה דגל כחול לבן מעוטר במגן דוד, אותו הזמין וולפסון, אולם הרצל לא היה מרוצה מבחירתו המהירה. לביקורתו של מקס בודנהיימר בדבר העיסוק המוקדם בדגלים ובסמלים, השיב: "מי שרוצה להנהיג אומה, זקוק לדגלים ולחצוצרות. אחרת אי־אפשר לתת הוראות להמון". בעקבות כישלון גיוסם של בנקאים יהודים לעזרת התנועה, החליט באוגוסט 1898 לייסד את הבנק בקונגרס עצמו. במקביל כתב הרצל קומדיה קלה בשם "אונזר קטכן" ("קטכן שלנו"), שעסקה בכישלונם של נישואים בורגניים בתקופתו.
ב-28–31 באוגוסט 1898 התקיים הקונגרס הציוני השני בבזל, שנפתח לצלילי "טנהויזר" של וגנר. הרצל התייחס בנאום הפתיחה שלו לביקור הקיסר הגרמני בארץ ישראל בחודש הבא, ואמר שזו הוכחה לחשיבותה של ארץ ישראל לאנושות כולה. זמן קצר לאחר סיום הקונגרס, הגיע להרצל מסר מהסולטאן הטורקי, בתגובה לכבוד שחלק לו הקונגרס, שנוסח בנימה אדיבה ולבבית באופן יוצא דופן. במקביל הגיעה להרצל גם הזמנה לבקר את פרידריך, הארכידוכס מבאדן. הרצל הגיע יחד עם הכלר ישר מן הקונגרס למעון הקיץ של פרידריך באי מאינאו. פרידריך בישר לו שממשלת גרמניה פועלת בנושא המדינה היהודית בארץ ישראל, וששגריר גרמניה בקושטא קיבל תשובה שלפיה הסולטאן רואה את התוכנית של הרצל "בעין יפה". פרידריך סיפר לו שדן בנושא עם אחיינו הקיסר, וזה שוכנע באפשרויות הגדולות שפותחת הציונות. הוא יעץ להרצל ליצור מיד קשר עם שגריר גרמניה בווינה, הרוזן פיליפ פון אוילנבורג, שהוטל עליו לחקור את הנושא ולדווח לקיסר. הארכידוכס סיפר להרצל גם על תוכניותיו החשאיות של הקיסר: מסעו בחודש הבא לארץ הקודש הוא מסע פוליטי במסווה של מסע דתי, ומטרתו האמיתית היא להרחיב את השפעת גרמניה במזרח. הקיסר רוצה להשיג זיכיון להקמת מסילת ברזל לבגדאד, ולשם כך ייוועד תחילה עם הסולטאן בקושטא. פרידריך סיפר לו שיעץ לקיסר להמליץ על תוכניתו של הרצל בפני הסולטאן. הרצל אמר לפרידריך שהיהודים זקוקים לפרוטקטוראט, ושהוא מעדיף פרוטקטוראט גרמני. הוא הוסיף שהקמת מדינה יהודית תבלום את זרימת היהודים אל המפלגות המהפכניות, ושהפרוטקטוראט הגרמני יסייע להתפשטות גרמנית במזרח. הוא ציין ש"סופרים גרמנים – אמנם ממוצא יהודי – עומדים בראש התנועה הציונית", ושלשון הקונגרסים היא גרמנית, וזו ראיה לכך ששיבת היהודים לארצם תחדיר למזרח את התרבות הגרמנית. למחרת בבוקר נפגש הרצל בשגרירות גרמניה בווינה עם השגריר אוילנבורג, שהיה ידיד קרוב של הקיסר ובעל השפעה רבה בחצר המלוכה. הקיסר הגרמני, ששהה באותו זמן בווינה לרגל הלווייתה של סיסי, קיסרית אוסטריה שנרצחה, התגורר בבניין השגרירות. הרצל שכנע את השגריר בטיעוניו על הכדאיות לגרמניה ולקיסר שלה, והשגריר הפנה אותו לשוחח מיד עם שר החוץ, הנסיך ברנהרד פון בילוב. למחרת שב הרצל לשגרירות ונפגש עם בילוב. בסוף השיחה ביקש ראיון אישי אצל הקיסר, אולם הקיסר עזב את וינה מבלי להיפגש איתו.