סיים לימודי תואר ראשון בכלכלה באוניברסיטת בר-אילן, לאחר מכן היה סגן מפקד סיירת מטכ"ל בשנים 1975–1976 בעת שמפקדה היה יוני נתניהו, ופיקד על כוח מהיחידה במבצע אנטבה ב-1976. לאחר מכן מונה למפקד גדוד 202 של הצנחנים, בין היתר במבצע מנורה, ובתפקידו הבא כיהן כסגן מפקד חטיבת הצנחנים. במבצע שלום הגליל היה מפקד עוצבת חירם שלחמה במסגרת אוגדה 36. יצא לשנת השתלמות בארצות הברית במכללה לפיקוד ולמטה של הצבא האמריקאי ובתפקידו הבא, בשנים 1984–1986, שימש כמפקד בה"ד 1. בשנים 1986 - 1988 פיקד על חטיבת הצנחנים הסדירה. כמח"ט הוביל את החטיבה במבצעים התקפיים כנגד חזבאללה בדרום לבנון, ובהם מבצע רוח קיץ ופעולת הצנחנים בכפר מיידון בשנת 1988 (מבצע חוק וסדר).
ביולי 1988 הועלה לדרגת תא"ל ומונה למפקד עוצבת עידן, תפקיד בו כיהן עד שנת 1990. לאחר מכן מונה למפקד עוצבת הגליל בין השנים 1990–1992. בשנת 1993 מונה למפקד אוגדת איו"ש. לאחר מספר חודשים, בעודו בתפקיד, הועלה לדרגת אלוף (על אף היות התפקיד בתקן תת-אלוף). אז נחשף לראשונה לציבור הרחב, כאשר נחקר ארוכות על ידי ועדת שמגר שדנה בטבח מערת המכפלה. במהלך התפקיד פיקד על המבצע לחילוץ נחשון וקסמן שלא צלח. בהמשך שירותו בצה"ל שירת בתפקיד מפקד פיקוד הדרום, ראש אגף התכנון, סגן הרמטכ"ל וראש אג"ם. ב-9 ביולי 1998 מונה לרמטכ"ל על ידי שר הביטחון, יצחק מרדכי, תוך שהוא גובר על המועמד האחר לתפקיד, האלוף מתן וילנאי.
לחלק מהחיילים הקרביים בצה"ל נודע מופז גם בזכות ההמצאה המיוחסת לו, ה"מופזית", מתקן להחזקת המחסנית שחולק לחיילי צה"ל משנות השמונים ואילך.
רמטכ"ל.
בתחילת כהונתו כרמטכ"ל כיהן בנימין נתניהו כראש הממשלה ויצחק מרדכי היה שר הביטחון, אך לאחר ניצחון "ישראל אחת" בבחירות, קיבל אהוד ברק תפקידים אלו. פעולתו המשמעותית ביותר של מופז בתקופה זו הייתה הכנת צה"ל לנסיגה מלבנון. אף על פי שלא תמך בנסיגה חד צדדית מלבנון, ואף הביע דעתו זו בפורומים שונים ובהם ועדת החוץ והביטחון של הכנסת, ביצע את הוראתו של שר הביטחון ועמד בראש המבצע של נסיגת צה"ל מלבנון ב-24 במאי 2000. באוקטובר 2000, לאחר כישלון שיחות קמפ דייוויד בין אהוד ברק ליאסר ערפאת, החלו אירועי האינתיפאדה השנייה. צה"ל, בפיקודו של מופז, התכונן לאירועים אלו, מתוך תפיסה שאלה ידמו לאירועי מנהרת הכותל בשנת 1996, והגיב למתקפות הפלסטיניות בתקיפות, כפי שהנחה מופז. אך עד מהרה התדרדרו האירועים למתקפת טרור פלסטינית כוללת שגררה תגובות חריפות מצד ישראל וחוזר חלילה. בתחילת האירועים התרחשה תקרית קבר יוסף, שבמהלכה נהרג החייל מדחת יוסף בקבר יוסף שבשכם, לאחר שדימם למוות במשך שעות מבלי שחולץ. קושי מבצעי משמעותי בחילוצו, ובעיקר מגעים עם הרשות הפלסטינית בעניין זה גרמו לעיכוב גדול בחילוצו. עד שהגיעו אליו כוחות צה"ל, נפטר יוסף. תקרית זו גרמה להפסקה מוחלטת של שיתוף הפעולה הביטחוני עם הרשות. יש שמתחו ביקורת חריפה על תפקודו של מופז כרמטכ"ל ופגיעתו בערך הרעות הצה"לי באירוע זה.
לאחר התפטרותו של אהוד ברק מראשות הממשלה, נבחר בבחירות שנערכו ב-6 בפברואר 2001, אריאל שרון לראשות הממשלה, והקים ממשלת אחדות לאומית במסגרתה מונה בנימין בן אליעזר לשר הביטחון. הרכב פרסונלי זה הוביל נקיטה של קווים חדשים במה שהוגדר כ"עימות נמוך עצימות". השלושה סברו ש"אין פרטנר פלסטיני" ויש צורך לנקוט במדיניות שתביא אצל הפלסטינים ל"צריבה תודעתית" כי לא ישיגו את מטרותיהם באמצעים של טרור, ורק לאחר השגת "צריבה תודעתית" זו ניתן יהיה לנקוט צעדים מדיניים. גם במהלך תקופה זו היו חילוקי דעות של מופז עם הדרג המדיני, כשהתקרית החריפה ביותר הייתה ב-15 באוקטובר 2001, אז הביע בן אליעזר את דעתו כי על מופז להתפטר מתפקידו, לאחר שזה מתח ביקורת על החלטת הממשלה לסגת מהשכונות הפלסטיניות בחברון. הממשלה החדשה החלה במדיניות תקיפה, שעיקרה סיכול ממוקד של פעילי טרור, כניסת צה"ל לחלק משטחי הרשות הפלסטינית, ונקיטת יד קשה יותר ויותר כנגד האוכלוסייה הפלסטינית. צעדים אלו, כמו גם מגעים מדיניים שנערכו במקביל, לא הצליחו לעצור התדרדרות המצב לפרק זמן משמעותי. חודש "מרץ השחור", שבו נהרגו יותר מ-110 ישראלים, הביא לערעור של תחושת הביטחון האישי בערי ישראל.
ב-29 במרץ 2002 יצא צה"ל למבצע הגדול ביותר במהלך האירועים עד אז, "מבצע חומת מגן", במסגרתו נכנס צה"ל לערים הפלסטיניות כבית לחם, רמאללה וג'נין, ונלחם כנגד הפלסטינים שהתנגדו לו בערים אלו. במבצע הרג צה"ל כ-250 פלסטינים ועצר מאות מחבלים. תקריות בולטות במהלך הלחימה היו הקרב בג'נין, קרב קשה בשטח בנוי שבו נהרגו 23 חיילי צה"ל, שגרר האשמות שקריות על טבח שביצעה ישראל במחנה, והמצור על כנסיית המולד בבית לחם, שבה התבצרו כ-13 מבוקשים פלסטינים. בתחילת המבצע קלט מיקרופון פתוח את שאול מופז לוחש לאריאל שרון כי זו ההזדמנות לגרש את יאסר ערפאת. אם זו אכן הייתה עמדתו, היא לא התקבלה, וערפאת נותר נצור במשך זמן רב בלשכתו במוקטעה ברמאללה. מאוחר יותר נשמעו טענות כי תקרית זו נועדה ליצור לחץ פסיכולוגי על ערפאת. לאחר המבצע, הצליחו תשתיות הטרור להתאושש, דבר שהביא את צה"ל לבצע סדרה ארוכה של פעולות שכונו "מבצע דרך נחושה" וניצלו את הישגי חומת מגן. ב-9 ביולי 2002 פרש מתפקידו כרמטכ"ל ובמקומו מונה משה יעלון.
בשנת 2003 הוציאה להקת הבילויים את השיר "שאול מופז", המתאר באופן סאטירי-ביקורתי את דמותו של הרמטכ"ל כמי שעובר בין בתי משפחות חיילים ומביא לפתחיהן את בשורת השכול עם שיירי גופות הבנים.
פוליטיקאי.
שר הביטחון.
פירוק ממשלת האחדות, בחודש אוקטובר 2002, לאור הבחירות המתקרבות, הביא לפרישת בנימין בן-אליעזר מתפקיד שר הביטחון. אריאל שרון זימן את מופז לשמש בתפקיד, על אף שזה פרש מצה"ל רק זמן קצר לפני כן. שרון הסביר כי המדובר ב"מינוי מקצועי", ומופז נכנס למשרד הביטחון ב-4 בנובמבר 2002. כשני רמטכ"לים שקדמו לו, אהוד ברק ואמנון ליפקין-שחק, גילה מופז מהר מאוד את נטיותיו הפוליטיות והצטרף למפלגת הליכוד, ואף נבחר למקום ריאלי ברשימתה לכנסת בבחירות מקדימות. מישאל חשין, שעמד בראש ועדת הבחירות המרכזית, קבע כי תקופת הצינון הדרושה בין פרישתו של מופז מתפקיד הרמטכ"ל ובין מועד הבחירות לא חלפה, וכתוצאה מהחלטה זו, שאושרה בבית המשפט העליון, נמנע ממופז להיבחר לכנסת השש עשרה.
בתפקידו כשר הביטחון המשיך מופז במדיניות אותה יישם כרמטכ"ל. מדיניות "הסיכול הממוקד" נמשכה, ושימשה כאחד הכלים העיקריים ששימשו את הממשלה בניהול הלחימה עם הפלסטינים. מדיניות זו, הכוללת מטבעה גם פגיעה בחפים מפשע (דוגמת מקרה סלאח שחאדה שבו הופצץ מהאוויר בניין בו שהה מפקד הזרוע הצבאית של החמאס, ויחד עמו נהרגו אזרחים רבים שאינם קשורים אליו) הביאה לתופעה של סרבנות, בקרב חיילי המילואים.
במסגרת תפקידו הוביל מופז מהלכים לשינויים מבניים מהותיים בצה"ל, על מנת להתאימו לשינויים שחלו באזור לאחר מלחמת עיראק, המצב הכלכלי הקשה בו הייתה נתונה מדינת ישראל והצורך בקיצוץ תקציבי. בין היתר פורסמו תוכניות להפוך את צה"ל מצבא שעיקרו מילואים לצבא שעיקרו חיילים סדירים, ואשר שירות המילואים בו הוא למעטים בתפקידים נבחרים, וגם זאת לתקופות קצרות של אימונים.
החלטות שנויות במחלוקת של מופז היו ההחלטה לקרוא לציבור לשאת את ערכות המגן במהלך מלחמת עיראק, פרשת טננבוים במסגרתה הוחלפו אנשי חזבאללה ומחבלים נוספים עבור אלחנן טננבוים וגופות שלושת חיילי צה"ל שנחטפו בהר דב בשנת 2000. בנוסף, התעורר דיון ציבורי בנוגע למבצע קשת בענן שערך צה"ל ברפיח בחודש מאי 2004, שכלל הריסת בתים, ירי (שלא במתכוון לדברי צה"ל) של פגז טנק לעבר מפגינים פלסטינים וחיפושים אינטנסיביים ומסוכנים של חלקי גופות חיילים שנהרגו.
במסגרת תפקידו כשר ביטחון החל מופז ברפורמה בשירות המילואים שמטרתה הפחתת הנטל על חיילי המילואים, קיצור הזמן שנדרש חייל המילואים לשרת, הפניית רוב משימות הבט"ש לצבא הסדיר ולאנשי הקבע והתרכזות כוחות המילואים באימוני כשירות לקראת מלחמה. הדבר קרה בין השאר בעקבות לחציהם של ארגוני המילואים ושדולת המילואים בכנסת. בפועל הייתה בימיו של מופז ירידה חדה בימי המילואים שהוקדשו לאימון יחידות המילואים למלחמה.
מופז שינה דעתו במהלך תקופת כהונתו כשר הביטחון בשתי שאלות חשובות. בשאלת גדר ההפרדה נמנה בתחילה עם מתנגדי הגדר, אך לאחר גבור הלחץ הציבורי, החל לפעול להקמתה. בשאלת הנסיגה החד-צדדית מרצועת עזה או "תוכנית ההתנתקות" הביע מופז את דעתו פעמים רבות כי אין לסגת ללא הסכם, כפי שסבר שאין לסגת באופן חד-צדדי בלבנון. בין השאר נאם בפני תלמידי מכללת "שערי משפט" ביום 26 באוקטובר 2003 ואמר כי "לא יוצאים מעזה לא תחת טרור ולא תחת כפייה". עם זאת, משהובהר כי שרון נחוש להמשיך בתוכנית, יצא מופז להגנתו, והפך לאחד מתומכיה העיקריים של תוכנית ההתנתקות.
מופז היה אחראי על הכנת מערכת הביטחון לביצוע תוכנית ההתנתקות, ומגדולי תומכיה בממשלה (יחד עם השרים אהוד אולמרט וציפי לבני). הרמטכ"ל משה יעלון התבטא כנגד נסיגה חד-צדדית מעזה, ובין השאר אמר שנסיגה כזאת תיתן "רוח גבית לטרור". בעקבות התבטאויות אלה, ויחסים שהיו בין כך וכך מתוחים בין השניים, החליט מופז שלא להאריך את כהונתו של יעלון בשנה, למרות הנוהג המקובל. מופז טען שהמהלך לא כוון אישית כנגד יעלון אלא מדובר בחלק מתוכנית שינויים שהוא רוצה לבצע בצה"ל. במקומו של יעלון מונה לרב-אלוף דני חלוץ, שנכנס לתפקידו ב-1 ביוני 2005.
המעבר ל"קדימה" ותוכנית ההתנתקות.