בשלב זה דרייפוס לא היה מסוגל יותר לעמוד מנגד. הוא קם וצעק על מרסייה: "כך היית חייב לעשות". גל של מחיאות כפיים שטף את האולם. מרסייה החוויר כליל, וניסה להמשיך את נאומו: "ביקשתי לומר..." אולם דרייפוס קם שוב וצעק: "זו חובתך". שאר הנאום של מרסייה נבלע כליל בגלל מחיאות הכפיים. הוא סיים את הנאום וירד מדוכן העדים. מיד כשסיים את נאומו, עלה על הדוכן הנשיא לשעבר פרייה, אשר טען כי מרסייה שיקר בנוגע לכמה עובדות, ודרש להתעמת עמו פנים אל פנים. השופטים קבעו שהעימות יתקיים ב-14 באוגוסט. הדרייפוסרים המתינו להזדמנות הזו כדי להלום במרסייה. העובדה שמרסייה שלף את כל הקלפים אפשרה ללאבורי להכין נאום נגדי אשר בו פרך כמה וכמה מטענותיו. אולם כאשר פסעו פיקאר ולאבורי ב-14 באוגוסט בדרכם לאולם הישיבות, הופיע לפתע צעיר וירה בלאבורי בגבו תוך שהוא צועק "הרגתי את דרייפוס!". פיקאר ניסה לרדוף אחריו, אולם הוא נעלם ועד ימינו לא נודעה זהותו. נטען כי מרסייה שלח אותו, אולם מעולם לא נמצאה ראיה לכך. לאבורי עצמו לא נפצע קשה, אולם נזקק למספר ימי מנוחה. דרייפוס אישית ביקש לעכב את המשפט עד 21 באוגוסט, אז העריכו הרופאים שלאבורי יוכל לעמוד שוב על רגליו ולדבר, אולם השופטים סירבו מתוקף נהליו הרשמיים של בית המשפט, אשר אסרו על עיכוב של נידון למעלה מ-48 שעות. בהיעדרו של לאבורי, שאל דמאנז' את מרסייה מספר שאלות, אולם לא הייתה להן אותה השפעה. גם העימות בין פרייה למרסייה לא הניב תוצאות, כיוון שפרייה לא הצליח להוכיח דבר.
עמדתה של גרמניה.
בשלב זה, ההגנה נחלשה מאוד בשל יריבות פנימית וחלוקי דעות. לאבורי החלים, אולם מצב רוחו היה רע כל הזמן והוא חיפש ללא הרף הזדמנויות להתנגחות עם השופטים. עמדת הממשלה בשלב זה הייתה שעדיף שדרייפוס יזוכה כדי שהפרשה תיגמר, אולם מתנגדי דרייפוס לחמו כעת בכל הכח ומרבית המשקיפים שנכחו מטעם הממשלה התרשמו כי המשפט עתיד להיות מוכרע לרעתו. לאבורי פנה אל ראש הממשלה ולדק-רוסו וטען כי הסיכוי היחיד להציל את דרייפוס יהיה אם שוורצקופן עצמו יבוא ויעיד. שוורצקופן כבר חזר לברלין בסוף 1897, ולא יכול היה להעיד ללא אישור ממפקדיו. ב-24 באוגוסט פנה ולדק-רוסו למינסטר וביקש ממנו לדבר עם הנוגעים בדבר, כדי ששוורצקופן יוכל לבוא ולהעיד. וילהלם השני, קיסר גרמניה, עקב בהתעניינות אחר הפרשייה, ואף רשם הערות על עותק הבורדרו שהוגש לו, אולם כאשר מסר לו הנסיך בילוב, ששימש כקנצלר שלו, את בקשתו של ולדק-רוסו, הוא הצהיר: "במה נוגע לי עניין זה? אינני קיסר הצרפתים". יום למחרת שלח בילוב מכתב מנומס אך תקיף לוולדק-רוסו, בו הבהיר כי:
ולדק-רוסו פנה אל בילוב פעם נוספת ב-28 באוגוסט, יחד עם שר המלחמה החדש המרקיז דה גאליפה, אולם שוב נתקל בסירוב נחרץ. לאבורי זעם על כך, וב-7 בספטמבר שלח מברקים לקיסר גרמניה ולמלך איטליה בדרישה ששני הנספחים יבואו ויעידו. בילוב הגיב באיגרת נזעמת: "הוד מלכותו הקיסר והמלך, אדוננו רב החסד, בדעה כי בשום פנים ואופן אין זה אפשרי, ואין זה טבעי להיענות, בכל צורה שהיא, להצעתו המוזרה של עורך הדין לאבורי." ליתר ביטחון, פרסם בילוב את עמדתו גם בביטאונו הרשמי של הקיסר "מוניטור הקיסרות". לטענתה של ברברה טוכמן, הימנעותה של גרמניה מהתערבות לכל אורך הפרשה, לא נבעה רק מרצון לא להסתבך, אלא גם מתוך כוונה להחליש את צרפת מבחינה פנימית, בעוד שהתערבותה יכלה לסגור את הפרשה בקלות.
גזר הדין.
משאפסה התקווה להיעזר בגרמניה, נעשו תומכי דרייפוס עצבניים ומתוחים וחילוקי הדעות גברו. בעוד שלאבורי ופיקאר לא הסכימו להתפשר על פחות מזיכוי מוחלט, דמאנז' ומתייה, שכבר נמצאו במאבק זמן רב יותר, קיוו להשיג פשרה כלשהי. בעקבות חילוקי הדעות, עזב פיקאר את רן וחזר לפריז ב-9 בספטמבר. יום למחרת היה אמור לאבורי לשאת את נאום ההגנה המסכם אשר עליו עמל זמן רב. אולם לאבורי נעשה יותר ויותר זועף ונחוש, ומריבותיו עם השופטים לא חדלו. מתייה החל לחשוש שדווקא נאום ההגנה ישכנע את השופטים באשמתו של אחיו. לפיכך, ב-8 בספטמבר הוא שלח את ברנאר לזר וז'אן ז'ורס שיבקשו מלאבורי לוותר על נאום ההגנה. בהמשך אותו היום הוא הגיש לו מכתבים מריינאך וקלמנסו, שגם כן ביקשו ממנו לעשות זאת. לאבורי הסכים בזעם, אף על פי שדמאנז' הפציר בו כן לנאום. בהמשך היום שינה גם מתייה את דעתו והתחנן בפניו לנאום, אולם לאבורי סירב, בטענה שוודאי לו שדרייפוס יצא חייב בדין והוא אינו רוצה שיאמרו כי זה באשמתו. דמאנז' נאם לבד, נאום פייסני ומתון, ומכיוון שהיה ימני ולאומן, הוא הילל את הצבא והחניף לו.
ב-9 בספטמבר נאם אחד מעורכי הדין של התביעה, ומכיוון שלאבורי לא נאם, ב-3:15 אחר הצהריים פרשו השופטים לדיון בלשכתם. כעבור שעה וחצי הם יצאו, ואב בית הדין, קולונל אלברט ז'ואסט, הקריא את פסק הדין: "בשם העם הצרפתי, ברוב של חמישה קולות נגד שניים, כן, הנאשם נמצא אשם." עם זאת, בית הדין החליט להכיר ב"נסיבות מקילות" ובניגוד לפעם הקודמת, דן את דרייפוס לשלילת דרגותיו בפעם השנייה ולעשר שנות מאסר בצרפת עצמה. דמאנז' פרץ בבכי ולאבורי היה זה שנאלץ לבשר לדרייפוס כי המאבק נכשל, ופעם נוספת הוא יצא אשם.
צעדים אחרונים.
חנינה.
גזר הדין הפתיע מאוד את כל הצדדים. כל מי שהיה מעורה בפרטי המשפט ידע היטב כי הראיות כנגד דרייפוס הוכחו כקלושות ביותר והראיות כנגד אסטרהאזי נראו מוצקות וברורות. בנוסף על כך, הוכח כי בית הדין עצמו מודע לקלישות האשמה, לנוכח העובדה שהוא דן את דרייפוס רק לעשר שנות מאסר. עובדה זו הומחשה עוד יותר למחרת היום, כאשר שבעת השופטים מסרו לנשיא את בקשתם שלא להחיל על דרייפוס את גזר הדין הקובע כי עליו לעבור פעם נוספת טקס שלילת דרגות. בשלב זה פרשת דרייפוס כבר הפכה למוקד סקרנות בינלאומי, ועיתונים מכל רחבי העולם עקבו אחריה. גזר הדין התקבל בשאט נפש בכל מקום. כמה עיתונים דרשו להטיל סגר על צרפת ולהחרים את התערוכה העולמית שעמדה להתקיים בפריז ("אותו מקום מושחת") באביב הבא. המלחין הנורווגי אדוורד גריג ביטל סבב הופעות מתוכנן בצרפת. הפגנות מחאה התקיימו באנטוורפן, מילאנו, נאפולי, לונדון, שיקגו וניו יורק ובכמה מקומות נאלצה המשטרה להגן על השגרירות הצרפתית. ולדק-רוסו היה מודאג מאוד. הפתרון היחיד אשר עמד בפניו היה הענקת חנינה, אולם הוא היה משוכנע שהדרייפוסרים לא יקבלו את ההצעה כיוון שמשמעותה היא הכרה באשמתו של דרייפוס. הוא ראה את ארצו נגררת לעוד סבב של מאבקים ואלימות.
ואכן, הדרייפוסרים נחלקו בשאלה האם לבקש חנינה. מתייה, אשר דאג לאחיו כעניין אישי ולא עקרוני, והיה מותש כליל מהמאבק בו הוא נמצא כבר כמעט חמש שנים, היה מוכן להתפשר על חנינה. כמוהו גם ריינאך ולזר. לעומת זאת, קלמנסו, ז'ורס ופיקאר התנגדו לרעיון. ריינאך פנה אל ולדק-רוסו ב-11 בספטמבר והציע מעין פשרה: דרייפוס יקבל חנינה, אולם היא תוענק באופן מיידי כך שהכל יבינו כי אף על פי שמבחינה רשמית היא מהווה הכרה באשמתו של דרייפוס, למעשה היא אינה כזו. דרייפוס עצמו פגם במהלך, כאשר הגיש ערעור על גזר הדין. הנשיא לובה דרש שדרייפוס יוותר על הערעור בטרם תוענק לו חנינה. פירושו של דבר היה למעשה הודאה באשמה. היה קשה לשכנע בכך את מתייה, אולם לבסוף הוא הצליח להגיע לפשרה מסוימת. ז'ורס ניסח עבור אלפרד דרייפוס הצהרה שאותה היה אמור לפרסם לאחר שחרורו, בה הוא מצהיר שהוא אכן חף מפשע והוא מתכוון להמשיך במאבק. למתייה לקח שעה לשכנע את דרייפוס להסכים לכך.
ברגע האחרון, חזר בו הנשיא לובה ודרש להמתין מעט כדי לשמור על כבודו של בית הדין הצבאי. בתגובה, הגיש ולדק-רוסו את התפטרותו, וכמוהו גם שר המלחמה המרקיז דה גאליפה. כדי למנוע משבר פוליטי חדש, נכנע לובה והבטיח לחון את דרייפוס תוך שבוע. ב-19 בספטמבר חתם הנשיא על הצו. באותו היום, הלך לעולמו אוגוסט שויירר-קסטנר, אחד מהבולטים שבתומכי דרייפוס. כדי לפייס את הצבא, פרסם גאליפה פקודת יום, בה קבע כי "התקרית" הסתיימה בהרשעתו של דרייפוס והוא שוחרר רק הודות ל"רגשי חמלה עמוקים". דרייפוס הוסע לנאנט, שם נפגש עם מתייה, שלקח אותו להתאחד עם משפחתו שהמתינה באביניון. אחרי ארבע שנים ועשרה חודשים, הוא היה משוחרר.
שיקום משפטי.
ב-17 בנובמבר עבר ולדק-רוסו לשלב הבא של תוכניתו לריפוי הפילוג בעם הצרפתי, והעניק חנינה כללית "על כל המעשים הפליליים, או העברות הקשורות בפרשת דרייפוס, או שנכללו בתביעות משפטיות המתייחסות לאחד ממעשים אלה". הצעד העניק חנינה לזולא, פיקאר ולבלוא, אך עורר את זעמם של רבים כיוון שהוא חיפה למעשה גם על מרסייה, בואדפר, גונז, ביו, פאטי, פלייה ואחרים, אשר נחשדו בזיוף ושקרים. ז'ורס, קלמנסו, לאבורי, זולא ופיקאר החלו לתקוף בגלוי את מתייה דרייפוס ואף את אלפרד דרייפוס עצמו על כך שהסכימו לחנינה ולא התעקשו לקבל צדק. קלמנסו כתב בזעם בעיתונו: "דרייפוס מטפל בדרייפוס, וטוב שכך. אנו חושבים על המולדת שלנו, הכורעת תחת הנטל הכבד של עוול חסר רחמים". החנינה חידדה את חילוקי הדעות שבין אלו שראו במאבק למען זיכויו של דרייפוס עניין עקרוני לבין אלו שראו בו עניין אישי בלבד, והובילה לנתק סופי בין המחנה הדרייפוסרי למשפחת דרייפוס עצמה.