עם התפשטות מהפכת 1905 מרוסיה לאסטוניה, קראו האסטונים לחופש עיתונות ולחופש בית-המחוקקים, לזכות הצבעה אוניברסלית ולאוטונומיה לאומית. התוצאות היו זניחות, אך המתח שגבר בין 1905 לבין 1917 עודד את האסטונים לשאוף לעצמאות מדינית. בנובמבר 1917 לאחר מהפכת פברואר, עם התפרקותה של האימפריה הרוסית, הכריזה על עצמה כרשות המחוקקת של הממשל האוטונומי של אסטוניה , והאסיפה הזמנית של אסטוניה , שנבחרה באביב אותה שנה, הכריזה על עצמה כסמכות העליונה באסטוניה. זמן קצר לאחר מכן פירקו הבולשביקים את האספה ואילצו את חבריה לרדת למחתרת בבירה טאלין. כמה חודשים לאחר מכן, תוך ניצול מרווח הזמן שבין הנסיגה של הצבא האדום לבין הגעת הצבא הגרמני, הכריזה המועצה הזמנית על העצמאות אסטוניה בטאלין ב-24 בפברואר 1918 והקימה את הממשלה הזמנית של אסטוניה . ביום למחרת פלש הצבא הגרמני למדינה. בעקבות תבוסת גרמניה במלחמת העולם הראשונה ונסיגת צבאה מאסטוניה פלש הצבא האדום לשטחה של המדינה הצעירה ב-28 בנובמבר 1918, והגיע במרחק של 30 ק"מ מטאלין. בכך החלה מלחמת העצמאות האסטונית. בינואר 1919 יצא הצבא האסטוני, בראשות יוהאן ליידונר, שמנה כ-75,000 חיילים, בעזרת צבא מתנדבים מפינלנד, שוודיה, דנמרק והצי המלכותי הבריטי למתקפת נגד והצליח להדוף את הצבא האדום מתוך שטח אסטוניה בתוך מספר חודשים.
התקפות הנגד הסובייטיות נכשלו, ובאביב התקדם הצבא האסטוני בשיתוף פעולה עם הכוחות הרוסים הלבנים לרוסיה וללטביה.
ב־2 בפברואר 1920, נחתם חוזה טארטו בין הרפובליקה האסטונית לרוסיה הבולשביקית, שבו הסתיימה מלחמת העצמאות האסטונית בהכרה רוסית בעצמאותה של אסטוניה ונקבע גבול מוסכם בין שתי המדינות.
בשנת 1920 סוכם על חוקת המדינה ונערכו בחירות לפרלמנט. בהתאם לחוקה ונשים היו זכויות שוות, אמה אסון הייתה האישה הראשונה שנבחרה לפרלמנט האסטוני.
העצמאות ארכה 22 שנים. אסטוניה עברה מספר רפורמות כלכליות, חברתיות ופוליטיות, שנדרשו כדי שתגיע למעמדה כמדינה ריבונית. במהלכן הפכו סקנדינביה, בריטניה ומדינות נוספות באירופה המערבית לשווקיה הראשיים, במקביל לייצוא לארצות הברית ולרוסיה. הוקמו בתי ספר ששפת ההוראה בהם הייתה אסטונית, חיי תרבות מגוונים שגשגו, וניתנה אוטונומיה תרבותית למיעוטים, ביניהם ליהודים.
בשנת 1921 הצטרפה אסטוניה לחבר הלאומים.
הסכם אי-התקפה בין אסטוניה לגרמניה הנאצית נחתם בברלין ב־7 ביוני 1939. אחת הסיבות שגרמו להנהגה האסטונית לחתום על ההסכם הוא החשש מפני איום הכיבוש מצד ברית המועצות.
ברית המועצות הגישה אולטימטום לאסטוניה, שבו התחייבה האחרונה לאפשר לצבא האדום הקמת בסיסים והצבת 25,000 חיילים בשטחה. אולטימטום דומה הוגש גם ללטביה. בעקבות כך חתמה אסטוניה ב-28 בספטמבר על הסכם לסיוע הדדי עם ברית המועצות.
ב-16 ביוני 1940, בעקבות פרובוקציה של סוכני הנקוו"ד, טענה ברית המועצות להפרת ההסכם לסיוע הדדי והגישה אולטימטום לאסטוניה, שבו דרשה ממנה להחליף כמה שרים בממשלתה באישים קומוניסטים. למחרת פלש הצבא האדום למדינה. גורמים קומוניסטים הכריזו ב-21 ביולי 1940 על הקמתה של הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית של אסטוניה, שהצטרפה רשמית לברית המועצות ב-9 באוגוסט אותה שנה.
לכיבוש נלוו החרמת רכוש כגון- עסקים, קרקעות ונדל"ן, סובייטיזציה של חיי התרבות וחדירת הקומוניזם הסטליניסטי לחיים הפוליטיים. ב-14 ביוני 1941 נערכו גירושים המוניים בכל שלוש המדינות הבלטיות (כעשירית מיהודי אסטוניה היו בין המגורשים), ושבוע לאחר מכן, ב-22 ביוני, תקפה גרמניה הנאצית את ברית המועצות. האסטונים קיוו לזכות שוב בעצמאותם, אך מדינתם נהפכה לחלק מ"אוסטלנד". הגדודים הגרמנים עצרו כ־5,500 איש. עם פלישת הנאצים לאסטוניה נמלטו רוב היהודים לשטחי רוסיה, ובאסטוניה נשארו תחת הכיבוש הנאצי כ-1,000 מיהודי אסטוניה. רוב היהודים שנשארו נרצחו ומיעוטם הועסק בעבודות כפייה.
ב-1944 החריבו פשיטות אוויר סובייטיות את נרבה, ושליש ממבני המגורים בטאלין נהרסו. עד סוף ספטמבר אותה שנה הצליח הצבא האדום לגרש את הצבא הגרמני מכל שטחי אסטוניה. באותה שנה העבירה ברית המועצות את מחוזות הספר האסטוניים נרבה ופטסרי, שתושבים רוסים רבים התגוררו בהם, לשליטה רוסית, ותומכים בפועל בכיבוש הגרמני או אזרחים שלא גילו נאמנות מספקת לברית המועצות נעצרו.
במלחמת העולם השנייה סבלה אסטוניה קשות: נמלים הושמדו, 45% מהתעשייה ו-40% ממסילות הברזל ניזוקו. אוכלוסיית אסטוניה קטנה בחמישית (כ-200,000 איש) ו־10% מהאוכלוסייה (יותר מ-80,000 איש) גלו למערב. יותר מ־30,000 חיילים נהרגו בתקיפה.
לאחר המלחמה נהפכה המפלגה הקומוניסטית של הרפובליקה הסוציאליסטית האסטונית־סובייטית לארגון , ומספרם של האסטונים ברפובליקה פחת. לאחר מות סטלין הרחיבה המפלגה את בסיסה החברתי כדי לכלול אסטונים רבים יותר בשורותיה, ועד אמצע שנות ה-60 התייצב אחוז חברות האסטונים בארגון בסביבות 50%. באפריל 1988 נוסדה מפלגת "החזית האסטונית העממית", עם מצע עצמאי, מנהיגות וציבור בוחרים רחב. המועצה העליונה של הרפובליקה נהפכה לגוף המחוקק, ורשות זו הכריזה על ריבונות בתאריך 16 בנובמבר 1988 וחוקקה חוק עצמאות כלכלית, חוק שהעניק לאסטונית מעמד של שפה רשמית וחוקי הצבעה מקומיים וממלכתיים. שנה לאחר מכן התרחב הספקטרום הפוליטי ונוצרו מפלגות חדשות.
אסטוניה ערכה בחירות חופשיות למועצה העליונה ב־18 במרץ 1990. כל האזרחים היו זכאים להשתתף בבחירות, בכללם 50,000 החיילים הסובייטים שנמצאו בתחומי אסטוניה. החזית העממית, שהייתה מורכבת ממפלגות שמאל ומרכז, צברה רוב פרלמנטרי. במאי 1990 הוחלט לשמור את השם "רפובליקת אסטוניה" ורק חוקי אסטוניה הוכרזו כתקפים.
אחרי יותר משלוש שנות משא ומתן, ב־31 באוגוסט 1994, עזב צבא הפדרציה הרוסית את אסטוניה, ומאז הייתה למדינה עצמאות מלאה.
פוליטיקה.
צורת השלטון היא דמוקרטיה פרלמנטרית. באספה הלאומית הריגיקוגו (Riigikogu) ישנם 101 צירים הנבחרים אחת ל־4 שנים ב־11 מחוזות בחירה. נשיא המדינה נבחר לרוב בידי האספה הלאומית לכהונה בת חמש שנים. עקב היותה של אסטוניה דמוקרטיה פרלמנטרית אין לנשיא תפקיד שלטוני ממשי, ואין בידיו את הסמכות הביצועית (בדומה לישראל), אולם הוא משמש כראש הכוחות המזוינים של אסטוניה.
לאחר הבחירות הפרלמנטריות מקיים הנשיא התייעצויות עם נציגי המפלגות וממליץ לריגיקוגו על מועמד לראשות הממשלה. המועמד צריך להיבחר בהצבעה בפרלמנט. בעל הסמכויות הביצועיות במדינה הוא ראש הממשלה.
בעקבות בחירות שנערכו בשנת 2019 חמש מפלגות נכנסו לפרלמנט. מפלגת העם השמרנית אסטוניה שהיא המפלגה השלישית בגודלה צפויה לראשונה להיות חלק מהממשלה.
בינואר 2021, התפטר ראש ממשלת אסטוניה, יורי ראטס, לאחר שנפתחה חקירה פלילית נגד מפלגתו.
חוקה.
החוקה הראשונה של אסטוניה אומצה בשנת 1920. החוקה השנייה אומצה ב-1934. חוקתה השלישית של אסטוניה אומצה בשנת 1938 והייתה בשימוש גם מיום חידוש העצמאות (20 באוגוסט 1991) ועד לאימוצה של החוקה הנוכחית (הרביעית) במשאל עם, שנערך ב-28 ביוני 1992 (נכנסה לתוקף ב-29 ביולי 1992).
יחסים עם ישראל.
מדינת ישראל הכירה ברפובליקת אסטוניה ב-4 בספטמבר 1991 וכוננה עמה יחסים דיפלומטיים ב-9 בינואר 1992. בשלב הראשון מינתה ישראל את השגריר שלה בריגה, בירת לטביה, כשגריר באסטוניה שאינו תושב. משנת 2003 שגריר ישראל לפינלנד, הוא גם השגריר לאסטוניה.
בשנת 1995 נחתם בין ישראל לבין אסטוניה הסכם לעידוד ואבטחת השקעות. ב-1997 חתמו שתי המדינות על הסכם לשיתוף פעולה בתחומי התקשורת, הדואר והמחשוב. בשנת 1998 נחתם בין ישראל לבין אסטוניה הסכם לשיתוף פעולה בתחומי התרבות, המדע והחינוך. ב-2001 חתמו שתי המדינות הסכם לביטול הדדי של הצורך באשרות כניסה.
במאי 2007 הוקמה הקבוצה הפרלמנטרית אסטוניה-ישראל בפרלמנט של אסטוניה. בסוף 2009 נוסדה בכנסת קבוצת-הידידות הפרלמנטרית ישראל-אסטוניה בראשותה של חברת הכנסת אנסטסיה מיכאלי.
אסטוניה פתחה שגרירות בישראל ב-18 בנובמבר 2009. לפני כן פעל בתל אביב קונסול הכבוד של אסטוניה ואילו שגריר אסטוניה לישראל ישב בטאלין.
ב-29 ביוני 2009 חתמו ישראל ואסטוניה על אמנה למניעת כפל מס.
צבא וביטחון.
אסטוניה הצטרפה לנאט"ו ב-29 במרץ 2004.
כלכלה.
אסטוניה היא המדינה בה יש מספר נמוך של חובות לעומת שאר המדינות באיחוד האירופי.
נכון לשנת 2017 התמ"ג לנפש של אסטוניה הוא 32,918 דולר על פי חישוב הבנק העולמי.
בשנים 2004–2007 ראתה הכלכלה אחוזי צמיחה גבוהים של מעל 10% בשנה, עם אחוזי האבטלה הנמוכים ביותר, חוב ציבורי אפסי ואוכלוסייה משכילה ביותר שנוטה בהתלהבות רבה לאמץ טכנולוגיות חדשות. כל אלה מדגישים את תדמיתו של האזור כהנמר הבלטי. למרות היותה חלק מברית המועצות לשעבר ומדינה קומוניסטית, היא הצליחה לעבור בנתונים הכלכלים מדינות קפיטליסטיות ותיקות כגון פורטוגל וקפריסין וצומחת מהר מהן בקצב של עד פי חמישה.
רוב המסחר מתבצע עם מדינות צפון-מערב אירופה. חברות טכנולוגיה רבות ממוקמות במדינה, מהמפורסמות שבהן היא סקייפ. המדינה נהנית מיחסים חמים במיוחד עם פינלנד שבה מדברים בפינית, שפה הדומה לשפה האסטונית.
כ־92% מכוח העבודה באסטוניה הם עובדים מועסקים (שכירים). אחוז האנשים המועסקים־עצמית הוא 5%, ומספר העסקים הפרטיים בעלי העובדים המקבלים משכורת הוא 16,500, שמקבץ כ־3% מהאוכלוסייה העובדת.
נשים מהוות כ־49% מכוח העבודה. יש פחות אבטלה בקרבן, ו־51.4% מהנשים הנמצאות בגיל העבודה אכן עובדות.