יישוב אנושי היה קיים ברואנדה מתקופות פרה-היסטוריות. התושבים הידועים המוקדמים ביותר של האזור הנקרא כיום רואנדה היו עם פיגמי של נוודים שהתקיימו מצייד ולקט וחיו בקבוצות קטנות, אבותיהם של בני הטווה. באמצע האלף השני התיישבו באזור הכולל את רואנדה ובורונדי וסביבותיהם בני ההוטו, שעיסוקם המרכזי הוא עבודת אדמה, והטוטסי, שהם עם של רועים. הגירת ההוטו הייתה חלק מתנועה רחבה יותר של התפשטות עמי בנטו ברחבי אפריקה. מקורם של הטוטסי שנוי במחלוקת, בהיעדר מקורות כתובים. לא ברור אם הם צאצאים לעם שמקורו במזרח אפריקה, אשר הגיע לרואנדה בהגירה ממושכת או בכיבוש אלים, או שהם קבוצה שנבדלה מתוך ההוטו עם השנים על בסיס מעמדי.
ברואנדה נוצרה ממלכה ריכוזית למדי, בעלת צבא חזק, ששלטה בשטח רואנדה של ימינו ובחלק משטח קונגו. המלך ומרבית האצולה היו בני טוטסי, ובצבא שירתו שני העמים. המקנה, בקר, עזים וכבשים, שבו החזיקו בני טוטסי, שימש עדות לעוצמה ומעמד חברתי. ככל הידוע התקיימו שני העמים בהרמוניה יחסית, וניתן היה לבן הוטו להפוך טוטסי אם צבר מקנה.
היסטוריה קולוניאלית.
השלטון הגרמני קיבל חסות על רואנדה במסגרת ועידת ברלין של 1884 וב-1890 החליטו המעצמות האירופיות לכלול את רואנדה ובורונדי בשטח ההשפעה של האימפריה הגרמנית. הגרמנים, שכוח האדם שהשקיעו בשליטה באזור היה קטן מאוד, חדרו לאזור בהדרגה. הם שלטו באופן עקיף תוך הסתמכות על האצולה המקומית ועל המלך, שהסכים לקבל את חסותם כהגנה מפני מדינות שכנות ובהן בוגנדה. הגרמנים ראו ברואנדה חלק מ"מזרח אפריקה הגרמנית",
על ידי תמיכת הגרמנים הקולוניאליסטים במונרכיה וההיררכיה הקיימת, תוך העדפת הטוטסי על-פני ההוטו ומינוים לתפקידים משמעותיים במוסדות השלטון והאדמיניסטרציה, החלה להתבסס ההפרדה בין הטוטסי להוטו ברואנדה. הבדלה והפרדה זו נעשתה תוך הבניית תודעה מעמדית בין השתיים, כזו המקבילה לתודעה המעמדית באירופה.
השלטונות הגרמנים יצרו הפרדה בין ההוטו לטוטסי על פי תווי פנים, גובה וצבע עור. בשנת 1916, במהלך מלחמת העולם הראשונה, כבשו כוחות בלגים מקונגו הבלגית את האזור, ולאחריה נמסרה המושבה לאימפריה הבלגית, כחלק מהקולוניה רואנדה-אורונדי שכללה גם את בורונדי של ימינו. הבלגים המשיכו בהפרדה בין הטוטסי להוטו והעדיפו את הטוטסי על פני ההוטו.
לאחר מלחמת העולם הראשונה, כאשר חולקה אפריקה בין המעצמות המנצחות באירופה, ניתנה רואנדה לבלגיה. הקולוניאליזם הבלגי אופיין כבעל צורת שלטון ישיר, כאשר ניתן לראות את מעורבותו בתחומי החינוך, החקלאות, הבריאות והכלכלה. הבלגים המשיכו במגמה בה החלו הגרמנים והכניסו את הזהות האתנית לתעודות הזהות, וכן חובת נשיאתם, החל משנת 1935. הבלגים השרישו וחיזקו את התפיסה כי אלו הם גזעים נפרדים לגמרי, כאשר לרוב החלוקה הייתה על בסיס מראה פיזי או על-פי אמצעים כלכליים. נקודה זו הפכה אקוטית להבחנה בין שתי הקבוצות, ובתקופות מאוחרות יותר, אף היוותה גלגל הצלה לבני ההוטו.
הקולוניאליזם הגרמני והבלגי כאחד, אופיין בגילויי ברוטאליות ואכזריות קשים ביותר. הונהגו עבודות כפייה בצורת עבודות חקלאיות, סיוע למסחר, התקנת טרסות למרגלות ההרים, סלילת כבישים ובניית מבני ציבור, כאשר בני ההוטו היוו את רוב כוח העבודה.
מגמה זו של עבדות אשר הונהגה ברואנדה על ידי מדינות אירופה, היוותה מעין "מפעל משותף" – לאירופים וכן לצ'יפים המקומיים, אשר הפיקו תועלת אישית, מההיבט הכוחני והחומרי כאחד. אותם צ'יפים מתוגמלים נמנו מבני שבט הטוטסי, אשר בנוסף לכך מילאו תפקידים מנהלתיים, בעוד בני ההוטו הועבדו קשות בעבודות הכפייה ונמצאו תחת איום מתמיד של עונשים אכזריים ביותר. החלוקה האירופאית העצימה את ניצני האיבה בין שתי הקבוצות, אשר מכורח המציאות דוכאו והושתקו עד כדי תרגומם לרגשות קנאה ושנאה של ממש.
במהלך תקופה זו, החלו עולות ומתפתחות באירופה תאוריות הגזע השונות. אלו הגיעו ליבשת אפריקה כתורה תפיסתית של חוקרים שונים אשר הגיעו לרואנדה וניסו "להלביש" תאוריות אלה על האוכלוסייה המקומית. דה פקטו, שועתקו כל הסטריאוטיפים הגזעניים של רוח הזמן המערבית כלפי התושבים המקומיים. כך, בעוד בני הטוטסי הוצגו כיפי-תואר, אינטליגנטים, חרוצים ונאמנים, שבטי ההוטו והטווא נתפסו כגזע שפל ונחות וכאנשים עצלנים, מכוערים ופרימיטיביים. ניתן לראות בקידום בני הטוטסי ככלי אירופאי שלטוני-פוליטי הנועד למנוע מצב בו ההוטו, שהוא רוב מוחלט במדינה, יתגבש לגוף אחד חזק מספיק, כזה שיהווה אלטרנטיבה ותחליף לשלטון הקולוניאליסטי האירופאי במדינה.
השליטה של בלגיה באזור הייתה ישירה בהרבה מזו של גרמניה. הבלגים הנהיגו מדיניות של עבודה כפויה, בעיקר במטעי קפה, תחת פיקוח של בני טוטסי. בכך הוחרפה האיבה וחודדו ההבדלים בין הטוטסי להוטו.
לאחר מלחמת העולם השנייה, נעשתה רואנדה לשטח חסות של האו"ם, תחת ניהולה של בלגיה. החלו מהלכים של דמוקרטיזציה במושבה וצומצמה אפליית ההוטו. בתקופה זו נשמעו קריאות לעצמאות רואנדה ולשחרור מעול שלטון האדם הלבן בעיקר מצד הטוטסי. כתוצאה מלחץ פנימי וחיצוני כאחד על דרך התנהלות העניינים ברואנדה, החליפו הבלגים את עמדתם והעבירו תמיכתם להוטו.
מהפכת ההוטו - 1962-1959.
עד שנת 1959 השליטה ברואנדה הייתה בידי המיעוט במדינה, מיעוט זה היה שבט הטוטסי, כפי שהזכרנו קודם לכן, שבט הטוטסי תועדף על ידי אותם קולוניאליסטים אשר שלטו ברואנדה טרם הכרזת העצמאות. משנה זו, התעצם המתח בין שתי הקבוצות, כאשר הכריז השלטון הבלגי בריש-גלי כי הוא מעביר תמיכתו מבני הטוטסי להוטו, נקודה אשר הגבירה במהלך תקופה זו את רוח ההרס והאיבה בין השניים. בני ההוטו החלו פורעים בטוטסי, בקריאות נקמה על שנים של דיכוי. לאחר הבחירות הראשונות, הפכו הטוטסי ל"נחותים" ואת השלטון תפסו ההוטו. לאחר ההפיכה, אכן התקיימו בחירות אך ברור היה לכל שבשלטון יזכה נציג שבט ההוטו וזאת מכיוון שלשבט זה עליונות מספרית ברורה.
העוינות ששררה בין שתי הקבוצות האתניות (ההוטו והטוטסי) הייתה, כפי שכבר צוין, לרוב כתוצאה ממדיניות ההעדפה שנקטו גרמניה ובלגיה בתקופה בה הונהגה רואנדה כקולוניה אך לא זאת בלבד, אותה שנאה נבנתה לאורך השנים והגיעה לנקודת משבר כאשר יצאה רואנדה לעצמאות, העוינות בין שתי הקבוצות האתניות הייתה "עצמאית" לחלוטין וזאת כתוצאה מהיסטוריה עקובת דם ביחסי שתי הקבוצות (ההוטו והטוטסי). אומנם גם הטוטסי וגם ההוטו חשו תיעוב עמוק כלפי השלטון הקולוניאלי אך שנאה משותפת זו לא הביאה לכדי איחוד כוחות בין השניים כנגד האויב החיצוני; כפי שהייתה מחלוקת בין ילידי רואנדה והכובשים הזרים, כך הייתה מחלוקת בין הילידים עצמם.
בשנת 1959 התרחשה הפיכה ברואנדה, אשר הונהגה על ידי גרגואר קָיִיבּנדָה. קייבנדה הוביל את המאבק להפלת "המונרכיה של בני הטוטסי" בשנות ה-50. כתוצאה ממאבק זה, העבירו הבלגים את תמיכתם באופן רשמי לבני שבט ההוטו. שינוי זה הביא להגברת המתח הפנימי בין השתיים. המתח הגיע לשיא בין השנים 1959–1961 כאשר טבחו בני שבט ההוטו במאות מבני שבט הטוטסי, המאבק הגלוי החל בשנת 1959 לאחר שקבוצה השייכת לבני הטוטסי ניסו לפגוע באישיות מבני שבט ההוטו וכתוצאה מכך, החלו בני שבט ההוטו לפגוע בנציגים רשמיים מבני שבט הטוטסי ובהם אנשי ציבור ופוליטיקאים, כך החלה הסלמה במאבק המזוין בין שתי הקבוצות, הסלמה זו הביאה לכך שכ-100,000 פליטים (מבני הטוטסי) ברחו למדינות השכנות (אוגנדה, בורונדי, והרפובליקה הדמוקרטית של קונגו). בשנת 1961 הופלה המונרכיה של בני הטוטסי ורואנדה, כמדינה עצמאית, החלה להתכונן לבחירותיה הראשונות.
הרפובליקה הראשונה - 1962–1973.
ב-1 ביולי 1962 זכתה רואנדה בעצמאות באופן רשמי. באותה שנה נערכו הבחירות הראשונות ברואנדה. את הבחירות יזם גי לוז'יסט (Guy Logiest). בשנים שלאחר הבחירות ועליית כוחם של ההוטו בתוך גבולות רואנדה, החלה להתפתח אופוזיציה מטעם הטוטסי במדינות השכנות, שאליהן נסו מספר שנים קודם לכן. דוגמה לכך היא קבוצת הגרילה המשתייכת לשבט הטוטסי, "איניאנזה", קבוצה זו שיגרה התקפות חוזרות ונשנות ממדינות שכנות, על בני ההוטו בתוך גבולות רואנדה בין השנים 1961–1966. התקפות אלו גבו מחיר דמים גבוה מצד בני שבט ההוטו. קבוצת גרילה זו כונתה על ידי השלטון (בני ההוטו) ברואנדה "מקקים". כתוצאה מאותן התקפות מזוינות מצד ה"איניאנזה", גבר הדיכוי של בני שבט הטוטסי בתוך גבולות רואנדה, הדיכוי התבטא פעמים רבות ברצח המוני של טוטסי.
גרגואר קָיִיבּנדָה, שהנהיג את התנועה לשוויון-זכויות לבני הוטו, כיהן כנשיא המדינה למן עצמאותה ועד הדחתו ב-1973. בשנת 1965 הוא נבחר בשנית לנשיאות ובשנת 1969 הוא נבחר בשלישית. למרות שהמדינה הוגדרה "רפובליקה", שלטונו היה למעשה מלוכני-אוטוקרטי: מפלגות האופוזיציה הוצאו אל מחוץ לחוק, חלק מנהיגיהם נעצרו והוצאו להורג, ועל כלי התקשורת הוטלה צנזורה. הממשל קיים מדיניות מפלה נגד הטוטסי ואף עודד מעשי אלימות נגדם. לקראת סוף תקופת שלטונו של קייבנדה החלו להישמע קולות אופוזיציוניים כנגד השלטון על דרך פעולתו ועל שחיתות. בשנה זו היה גל התקפות נוסף על בני הטוטסי בגבולות המדינה ולפי הערכות, בשנה זו נרצחו כ-20,000 טוטסי וכ-300,000 טוטסי ברחו מהמדינה למדינות שכנות.
הרפובליקה השנייה - 1973–1994.