עם התקדמות המלחמה הסתבר שהמשחתות אינן מתאימות בהכרח לתפקידי ליווי שיירות. התפקידים הרבים אותן מילאו יצרו צורך מתמשך במשחתות בזירות ובמשימות שונות, ולפיכך לא תמיד היו מספיק משחתות לתפקידי ליווי. בנוסף, המשחתות שהותאמו לכתחילה לפעול עם אוניות השטח הגדולות לא התאימו לליווי שיירות: הן היו מהירות מדי ובעלות טווח קצר מיד, ועלותן הייתה גבוהה מדי. בשל כך בנו ארצות הברית ובריטניה אוניות קטנות וזולות יותר שהתמחו בתחום זה, שנקראו קורבטות ופריגטות בצי הבריטי ומלוות משחתות (Destroyer Escort) בצי ארצות הברית. גם הצי הקיסרי היפני החל בתוכנית בניית כלי שיט ללוחמה נגד צוללות, אך בשלב מאוחר בהרבה במלחמה. אוניות אלו, מסדרת מאטסו, היו בגודלן של משחיתות ספינות טורפדו המקוריות, שמהן צמחה המשחתת המודרנית.
המשחתות של הצי הקיסרי היפני היו בדרך כלל גדולות מהמשחתות בציים אחרים, למעט הצי הצרפתי. בשנים הראשונות של המלחמה היווה גודלן של המשחתות היפניות יתרון חשוב, שאיפשר להן להביס בהצלחה את הכוחות הקטנים והלא מאורגנים של בעלות הברית ואת כלי השיט שלהן, שהיו בדרך כלל מאיכות נמוכה יותר. יתרון חשוב נוסף של הצי היפני היו הטורפדות המעולים שלהן, מטיפוס 93, שכונו על ידי בעלות הברית "חנית ארוכה" (Long Lance). עם זאת, בהמשך המלחמה החלו היפנים לפגר אחרי בעלות הברית ברמה הטכנולוגית (למשל, במשחתות היפניות לא הותקן מכ"ם), וצי המשחתות היפני הלך ונשחק. הצי היפני שם דגש על משחתות שתפעלנה עם צי המלחמה, ולא ניתנה תשומת לב למשחתות ליווי לשיירות, בניגוד לדגש המרכזי שקיבל תפקיד זה אצל ארצות הברית ובריטניה. הדבר בא לידי ביטוי חריף במערכת הצוללות של בעלות הברית נגד יפן. עד תום המלחמה הוטבעו חצי מהמשחתות היפניות.
בתחילת המלחמה עמדו לרשות הקריגסמרינה, הצי של גרמניה הנאצית, 22 משחתות בלבד, שכן עם תום מלחמת העולם הראשונה לא נותרו בידי גרמניה משחתות. עם זאת, היה בכך יתרון, שכן בשל כך לא היו לגרמנים משחתות מיושנות כלל. במהלך המלחמה נבנו עבור הקריגסמרינה 19 משחתות ועוד כמה נתפסו מציים זרים, כמו משחתות של הצי האיטלקי שנתפסו לאחר כניעת איטליה.
בתחילת המלחמה עמדו לרשות הצי המלכותי הבריטי 173 משחתות, מדגמים חדישים וגם מיושנים יותר, ו-52 משחתות נוספות בשלבי ייצור. רוב המשחתות הבריטיות בנקודת זמן זו היו מבוססות על המשחתות מסדרת V ו-W המוצלחות, שנבנו במהלך מלחמת העולם הראשונה. בכל שנה יוצרו מספר משחתות, שהיו מבוססות על תכנון זה, עם שיפורים ושדרוגים שונים. פרוץ מלחמת העולם הביא לכך שנוצר צורך דחוף לייצור משחתות בהיקף נרחב, גם כתגבורת לצי הקיים וגם כדי למלא את החסרון שנוצר בשל אבדות בקרב. חלק מן המענה לחוסר במשחתות התמלא על ידי העברתן של 50 משחתות אמריקניות, במסגרת הסכמי החכר השאל, ובנוסף החלו הבריטים בתוכנית חירום לבניית אוניות מלחמה, במהלכה יוצרו משחתות מתכנון פשוט יותר וזול יותר לייצור, עם חימוש מוגבר נגד צוללות ונגד מטוסים. עד תום המלחמה שירתו בצי הבריטי 461 משחתות מסדרות שונות, מתוכן הוטבעו 153.
צי ארצות הברית הפעיל 100 משחתות עם כניסתה של ארצות הברית למלחמה, ב-7 בדצמבר 1941. הטורפדו אותו נשאו היה נחות יחסית לטורפדו של הצי היפני, ולרובן היו ארבעה תותחים לעומת שישה תותחים במשחתות היפניות. כאמור, 50 משחתות אמריקניות הועברו לצי הבריטי ב-1940, למרות התנגדותם של ראשי הצי. עם תחילתה של המלחמה באירופה החל מטה הצי בתכנון משחתת חדשה בעלת חמישה תותחים וגוף גדול יותר. זה היה הבסיס שעל פיו יוצרו המשחתות מסדרת פלטשר, סדרת המשחתות הגדולה ביותר בכל צי אי פעם: 175 אוניות יוצרו מסדרה זו. בנוסף, יוצרו עוד 67 משחתות מסדרת אלן מ. סמנר ו-45 מסדרת גירינג, שהיו מבוססות על התכנון של סדרת פלטשר. יש הרואים בסדרות אלו את המשחתות המוצלחות ביותר בין כל המשחתות במלחמה. עם סיום המלחמה הפעיל צי ארצות הברית 377 משחתות, מכל הסוגים. 87 משחתות אבדו במלחמה.
אחרי מלחמת העולם השנייה.
לקראת סוף המלחמה השיק הקריגסמרינה צוללות חדישות מטיפוסים XXI וXXIII, שמהירותן הייתה כפולה ממהירותן של הצוללות מטיפוס VII, "סוס העבודה" של הצי הגרמני במלחמת העולם השנייה. בנוסף למהירותן הגבוהה, הצוללות החדשות היו בעלות כושר שהייה מתחת למים גדול בהרבה ויכולת צלילה מהירה והיו חרישיות הרבה יותר. יכולות חדשות אלו שמטו את הקרקע, למעשה, מתחת לכל תורת הלחימה בצוללות שגובשה במהלך המלחמה, אך מכיוון שעד סוף המלחמה הצליחו הגרמנים להכניס לשירות מבצעי רק צוללות ספורות מדגמים אלה. לא הייתה להן השפעה על מהלכה. עם זאת, בתום המלחמה הצליחו שני הצדדים - ברית המועצות וארצות הברית - להשיג את הידע הגרמני, ושני הצדדים החלו לפתח צוללות משלהם,
איום נוסף שהופיע בסוף המלחמה היו מטוסי הסילון. מטוסי סילון ראשונים (בעיקר של הלופטוואפה הגרמני) נטלו חלק בלחימה בשלהי המלחמה, ומיד לאחריה החלו חילות האוויר השונים לקלוט מטוסי סילון במספרים גדלים והולכים. מערכות בקרת האש הקיימות לא היו יכולות להתמודד עם המהירות הגבוהה של מטוסים אלו, ויכולת התגובה של הנשק נגד המטוסים שעל האוניות ירדה. מול אתגרים החדשים שהציבו הצוללות ומטוסי הסילון היה על הציים השונים לפתח משחתות חדישות, שתהיינה מהירות יותר, בעלות אמצעי גילוי (מכ"ם וסונאר) ומערכות שליטה ובקרה משופרות, ובעלות כלי נשק שיוכלו להתמודד עם האיום החדש. נדרשה גם הטמעת לקחים שונים שנלמדו במהלך המלחמה.
בסוף שנות ה-40 ובתחילת שנות ה-50 של המאה ה-20 נבנו מספר סדרות של משחתות קונבנציונליות, שבהן היה מענה ראשוני לאתגרים החדשים. הן היו גדולות משמעותית מן המשחתות ששירתו בזמן המלחמה: ההדחק של המשחתת הבריטיות במלחמת העולם היה בסביבות 1,700 טון, ואורכן בין 105 ל-110 מטרים. לעומתן, המשחתות מסדרת דיירינג שהושקו בין 1949 ל-1959 היו בעלות הדחק בשל 2,830 טון ובאורך 120 מטרים. משחתות אלה היו חמושות בדרך כלל בתותחים ראשיים אוטומטיים, מנועים ותמסורות שהיו בנויים ביחידות נפרדות (כלומר כל מנוע ויחידת תמסורת היו בנויים בנפרד, כדי לצמצם את הנזק בעת פגיעה באונייה), מכ"ם, סונאר מתקדם יותר, מחשבים אנלוגיים להתמודדות עם מהירותן הרבה של המטרות ומרגמות נגד צוללות. במקביל, הוסבו משחתות ישנות, מעודפי מלחמת העולם, לשאת עליהן אמצעי גילוי טובים יותר וכלי נשק יעילים יותר. זאת, כדי לחסוך זמן עד לכניסת המשחתות החדשות לשירות וכדי לחסוך במשאבים.
במהלך מלחמת העולם השנייה נשמרה הבחנה בין המשחתות, ובין אוניות שנועדו בעיקר לליווי שיירות וללוחמה נגד צוללות: פריגטות, שהיו זולות יותר לייצור, חימושן קל יותר מזה של המשחתות, ומשימתן בעיקר לוחמה נגד צוללות, וקורבטות, שהיו קטנות וקלות עוד יותר מהפריגטות. אולם, עם הופעתן של פריגטות מהירות ללוחמה נגד צוללות החל מעמדה של המשחתת המסורתית להשתנות. השינוי בהגדרות העמיק עוד כאשר החלו להופיע כלי נשק חדשים בזירה הימית - טילים נגד מטוסים וטורפדות מונעות בטילים (ASROC). כלי נשק חדישים אלה איפשרו גם לספינה קטנה יחסית לתת מענה טוב נגד מטוסים ונגד צוללות.
בשנים הבאות הופיעו פריגטות שהיו בגודלן של משחתות ממלחמת העולם השנייה, חמושות בתותחים אך ממוקדות בעיקר בלוחמה נגד צוללות או נגד מטוסים. כלי השיט שהוגדרו משחתות היו גדולים עוד יותר, והגיעו לממדיהן של סיירות קלות במלחמת העולם. כך למשל, המשחתות מסדרת קאונטי, שנכנסו לשירות בצי המלכותי הבריטי בין 1962 ל-1970, היו בעלות הדחק של 6,200 טון ובאורך 158 מטרים. המינוח בצי ארצות הברית היה שונה גם הוא: המונח "פריגטה" ניתן לאוניות שהיו למעשה בגודלן של סיירות והיו חמושות בטילים נגד מטוסים. הן נועדו לליווי נושאות מטוסים, להגנה מפני מטוסים וטילי שיוט, והיו אמורות לפעול יחד עם סיירות קונבנציונליות, ישנות יותר. לפריגטות אלו הייתה גם יכולת ללוחמה נגד צוללות, שלא הייתה לסיירות הישנות יותר, וחלקן הונעו על ידי כור גרעיני. ב-1975 החליט צי ארצות הברית על שינוי בהגדרות. הפריגטות הוגדרו מחדש כסיירות טילים, והמונח "פריגטה" הוחזר לאוניות קטנות ממשחתות, שמשימתן לוחמה בצוללות במטוסים.