בשלב זה, מצבם של הילידים היה גרוע ביותר, ותנאי חייהם היו נמוכים אפילו מאלו של הפועלים הפשוטים, וזאת אף על פי שהם מהווים למעלה ממחצית האוכלוסייה. כמעט כל בני אוכלוסיית הילידים היו חסרי קרקע, תוצאה של עיקול האדמות על ידי חוסטו רופינו באריוס לפני כמעט שבעים שנים.
פרוץ המלחמה ושלביה הראשונים: 1960–1970.
המרד הראשונה כנגד משטר אידיגוראס פואנטס.
המהלך האזרחי הראשון כנגד השלטון הגיע, באופן יוצא דופן, דווקא מתוך שורות הצבא. ב-13 בנובמבר 1960, קבוצה קטנה של קציני צבא זוטרים, חלקם ילידים, אשר החזיקו בדעה סוציאליסטית ומאסו בשלטון הצבאי, הובילו מאבק קצר וכושל כנגד הממשלה האוטוקרטית בשליטת הגנרל אידיגוראס פואנטס , שעלה לשלטון בשנת 1958 לאחר התנקשות בחייו של השליט הקודם, קסטילו ארמאס. הקצינים הצעירים זעמו על השחיתות הבלתי נפסקת של משטר פואנטס ושיטת השלטון שלו, שאותה ראו כייצוג של חוסר יכולת ניהול מובהקת, כמו גם גוזמה וגזענות. אולם הגורם המיידי שלהם למרד היה החלטתו של פואנטס לאפשר לצבא ארצות הברית להכשיר על אדמת גואטמלה כוח צבאי גדול שישמש בפלישה למפרץ החזירים שבקובה, וזאת מבלי שגואטמלה תקבל כל תגמול על כך. גם בכירים בצבא גואטמלה הביעו דאגה נוכח ההפרה הבוטה של ריבונות המדינה כאשר מטוסי קרב אמריקאיים לא מסומנים חלפו ללא הפסקה בשמי גואטמלה וחיל האוויר של ארצות הברית הקים שדה תעופה גדול בעיר רטַלהוּלֵאוּ (Retalhuleu) על חשבון שטחים ציבוריים. המרד נפתח ב-13 בנובמבר ונמשך זמן קצר. המורדים הקימו מספר בסיסים בהם החזיקו נשק וניסו לבצע ניסיון הפיכה, אולם סוכנות הביון המרכזית האמריקאית (CIA) התריעה על התארגנות צבאית והצבא שלח מפציצי B-26 מחופשים למטוסים של צבא גואטמלה לפוצץ את בסיסי המורדים בטענה שהמרד מסכן את התכנית שהאמריקאית לפלוש לקובה (התכנית אכן נכשלה מאוחר יותר מסיבות אחרות). המורדים נמלטו לאזור הררי במזרח גואטמלה וחלקם אף ברחו מחוץ לגבולות גואטמלה להונדורס השכנה, שם ייסדו את הארגון MR-13 ("תנועת המהפכה של ה-13 בנובמבר"), תנועה צבאית שהתנגדה לשלטון הדיקטטורי הגואטמלי.
בתחילת 1962 חזרו המורדים מהונדורס, מצוידים בנשק ומאורגנים כתנועה צבאית איתנית, גם כדי להפיל את השלטון הדיקטטורי בגואטמלה אך בעיקר כדי לפגוע בתאגידים האמריקאיים שישבו במדינה. הונדורס השתחררה שנים מעטות קודם לכן משלטון דיקטטורי ארוך שנים ודומה במאפייניו לזה שבגואטמלה, ולכן המורדים שהתארגנו בהונדורס קיבלו השראה מהמהפכה שהובילה שם המפלגה הקומוניסטית.
ב-6 בפברואר של אותה שנה התקיפו המורדים את בניין משרדי חברת הפירות המאוחדת בגואטמלה, בפעולה הרואית שזכתה לתשומת לב ציבורית נרחבת. המתקפה עוררה השראה בקרב סטודנטים רבים בגואטמלה סיטי שפתחו בשביתה וצעדות תחילה בתוך העיר ולאחר מכן בערים רבות נוספות ברחבי המדינה. הצעדות הללו זכו לתגובה אלימה מצד המשטרה בהוראתו של הנשיא פואנטס. ההיסטוריון מיכאל מק'קלינטוק טוען בספרו "הקשר האמריקאי: טרור מדיני והתנגדות אזרחית בגואטמלה" כי התגובה האלימה של משטרת פואנטס היא הפעולה הספיציפית שהביאה לפרוץ מלחמת האזרחים.
בשלביו המוקדמים של המאבק היווה ארגון ה-MR-13 את הגורם העיקרי שמאחורי המחאות בשל המתקפות שביצע כלפי מוסדות השלטון והתאגידים האמריקאיים. אחרי כן, כאשר המאבק האזרחי גבר והתלקחו קרבות אלימים בין המפגינים למשטרה, חברה תנועת המהפכה למפלגת הפועלים של גואטמלה, שהוגדרה אז כלא חוקית בשל התנגדות לשלטון פואנטס; המפלגה הונהגה על ידי קומץ אינטלקטואלים שהושפעו מרעיונותיו של קרל מרקס לצד סטודנטים מן המעמד הבינוני הבורגני (לאדינוס). שני הארגונים חברו לארגון שלישי - תנועת ה-12 באפריל, שהייתה הכוח המלבה של מאבק הסטודנטים נגד המשטר. שלושת הארגונים התאחדו לכדי תנועה אחת בשם FAR (שנקראה גם Rebel Armed Forces - בעברית, כוחות המורדים המזוינים). שלושת הארגונים שהרכיבו את התנועה פעלו ארגונית יחד, אך פעלו דה פקטו בשלוש חזיתות שונות; ה-MR-13 התבסס בעיקר בעיירות איזבל וזאקפה, הזרוע הצבאית של מפלגת הפועלים התבססה ברכס הרי סיירה דה לאס מינאס ותנועת ה-12 באפריל התבססה בערים הגדולות, שם ניהלו מלחמת גרילה בלתי מאורגנת. האירוניה היא שכל שלושת המנהיגים הללו היו קצינים שיצאו מתוך שורות צבא גואטמלה, והוכשרו בעצמם בידיי צבא ארצות הברית בלחימה נגד התקוממויות.
סיוע מודיעיני ומבצעי אמריקאי לשלטונו של פואנטס.
בשנים 1964 ו-1965 החלו הכוחות הצבאיים של גואטמלה במבצע נרחב למיגור ההתקפות של MR-13 במזרח המדינה. בחודש פברואר ומרץ 1964 פתח חיל האוויר של גוואטמלה במסע הפצצות סלקטיבי נגד בסיסי MR-13 בעיר פוארטו באריוס. כתגובה התעוררה התנגדות גדולה שהתבטאה במחאה ואלימות אזרחית כנגד הצבא, בעיקר בעיר זאקפה.
בשלב זה של הסכסוך שלחה ארצות הברית סיוע של הכוחות המיוחדים של צבא ארצות הברית וסוכנות הביון המרכזית האמריקאית כדי להכין את הצבא הגווטמאלי ללחימה מול ארגוני טרור (מלחמת גרילה). בנוסף, יועצי "ביטחון הציבור" נשלחו מטעם המשטרה האמריקאית כדי לעזור ולתמוך במשטרה. ביוני 1965, בתגובה למחאות ההולכות וגוברות בבירה, אורגנה על ידי המשטרה והמסייעים האמריקאים יחידה מובחרת שנקראה "קומנדו סיס" ('קומנדו שש') שמטרתה הייתה להילחם ב'קבוצות הגרילה'. היחידה קיבלה הכשרה מיוחדת מטעם "התוכנית לביטחון הציבור של ארצות הברית" וחומשה על ידי המשטרה האמריקאית.
בנובמבר 1965 הגיע היועץ האמריקאי לבטיחות הציבור ג'ון לונגן לגואטמלה בגיחה זמנית מתפקידו בוונצואלה כדי לסייע לבכירי הצבא והמשטרה בהקמת תוכנית התמודדות עם כוחות צבא בלתי-סדירים. בסיועו של לונגן, הצבא הגואטמלי השיק את מבצע "לימפיזה" ("טיהור" או "ניקוי") שמטרתה להתמודד עם התקוממות עירונית בפיקודו של אלוף-משנה רפאל אריאגה בוסקה. המבצע בוצע בתיאום בין כל הרשויות (המשטרה, הצבא והכוחות האמריקאיים), ופעל בדרכים גלויות וסמויות, שחלקן מוגדרות כפשעי מלחמה. בהנחיית אריאגה, כוחות הביטחון החלו לחטוף, לענות ולהרוג בכירים במפלגת הפועלים.
הסלמת הטרור המדיני.
ב-3 וב-5 במרץ 1966 פשטו כוחות ה-"G-2" (המודיעין הצבאי) והמשטרה הגואטמאלית על שלושה בתים בעיר גואטמלה סיטי ועצרו כעשרים ושמונה אנשי איגודים מקצועיים וחברי מפלגת הפועלים, שהיוו חלק מאיחוד ה-FAR. השבויים כללו את רוב הוועד המרכזי של המפלגה ואת מנהיג התאחדות האיכרים, לאונרדו קסטילו פלורס. לכידתו וכליאתו של פלורס הייתה מכה קשה מצד השלטון כנגד המורדים. לאחר פרק זמן לא ידוע "הועלמו" עשרים ושמונה העצורים כשהם מוחזקים באופן רשמי על ידי כוחות הביטחון. בחודשים שלאחרי כן כונו פעילי שמאל אלה בעיתונות הגווטמאלית בשם "ה-28". לאחר היעלמותם של פעילים אלה פצח בעיקר בערים הגדולות גל נרחב של פשיטות משטרתיות ו"היעלמויות" מסתוריות של פעילי שמאל ואנשי מפתח בקבוצות המורדים, אך גם אזרחים חפים מפשע לכאורה שהואשמו בהתנגדות לשלטון.
כאשר הוסרה הצנזורה על העיתונות למשך תקופה קצרה, חלק מקרובי המשפחה של 28 הנעדרים פנו לתקשורת, בעוד שחלק אחר פנו לאיגוד הסטודנטים של גואטמלה (AEU). באמצעות המחלקה המשפטית שלו, ייצג האיגוד את משפחות הנעדרים במטרה לדרוש את השבתם, אם הם עודם בחיים. הממשלה מצדה הכחישה כל מעורבות בהרג ה-28 או בהעלמתם. ב-16 ביולי 1966 פרסם ה-AEU דו"ח מפורט על פגיעה בזכויות אדם לכאורה מצד הממשלה, הצבא והמשטרה, ונקב בשמם של שלושים וחמישה בכירים בארגונים אלו אותם הגדיר כמעורבים בהריגות ובהיעלמויות, כולל נציבי צבא ואנשי המשטרה הצבאית (PMA) בתיאום עם ה-"G-2". לאחר פרסום הדו"ח, החלו מתקפות של "חוליית המוות", גוף לא רשמי של הצבא, להיות יותר ויותר שכיחות כנגד איגוד הסטודנטים ואירעו מספר מתקפות על אוניברסיטאות בגואטמלה. סטודנטים רבים למשפטים שלקחו חלק במחלקה המשפטית של האיגוד נרצחו.
השימוש בטקטיקות מעין אלו כגון העלמת מתנגדים ותקיפת איגודים גברו באופן משמעותי עם כניסתו של חוליו סזאר מנדז מונטנגרו לתפקיד הנשיא. מונטנגרו, נחוש להבטיח את תמיכת הממסד הצבאי בו, נתן לצבא רשות מיוחדת להיעזר "בכל האמצעים הדרושים" בכדי להילחם במרד האזרחי. תחת אישורו של מונטנגרו ניהל הצבא את המלחמה במורדים באופן אוטונומי לחלוטין, ללא כל השגחה נשיאותית. הצבא דרש וקיבל למנות את סגן שר ההגנה, אל"ם מנואל פרנסיסקו סוסה אווילה, ל"ראש המערך למלחמה בהתקוממות-נגד". בנוסף, המטה הכללי של הצבא ומשרד הביטחון קיבלו סמכות בלעדית על סוכנות הביון הנשיאותית ושמה שונה ל"שירות הביטחון הלאומי של גואטמלה" (SSNG).
בעיר ובאזור הכפרי, אנשים שנחשדו באהדת השמאל החלו להיעלם או להופיע כגופות בקצב חסר תקדים. באזורים הכפריים רוב "ההיעלמויות" וההרג בוצעו על ידי כוחות צבא במדים, ואילו בערים החטיפות והעלמות נערכו בדרך כלל על ידי כוחות בלתי פורמליים של גברים חמושים בלבוש אזרחי, שפעלו מחוץ למסגרת הרשויות. הצבא והמשטרה הכחישו את האחריות והפנו את האצבע לעבר מליציות ימניות אוטונומיות, שאינן קשורות לממשלה.
הבולטת במליציות אלה, שנודעו בשם "חוליות המוות", הייתה מנו בלנקה ("יד לבנה"); הארגון הוקם על ידי MLN כזרוע צבאית ביוני 1966, במטרה למנוע מהנשיא מנדז מונטנגרו להיכנס לתפקידו, אולם עד מהרה נוצרה ברית בין הנשיא החדש למיליציה, ומנו בלנקה הפכה לחלק דומיננטי ובלתי פורמלי בצבא. אף על פי שמנו בלנקה הייתה המיליציה הדומיננטית היחידה שקיבלה אוטונומיה מן הממשלה, היא חלקה שותפות עזה עם הצבא, שהעניק לה נשק, אימונים וכוח אדם, וקיבלה מימון משמעותי מבעלי קרקעות עשירים.