תופעת הבריחה הנ"ל עוררה חכמי סנהדרין, כגון רבי יוחנן, להגן בחוקי ההלכה על בעלי הקרקע, ועל כן קבעו שלאריס או לבן אריס אין כל טענת חזקה על קרקע גם אם הוא "אריס לשעה", משום שייתכן שהמעביד נהנה מעבודתו של האריס והוא נהפך לאריס קבוע (בניגוד לשיטת רב הונא שסובר שאריס זמני יש לו חזקה). בגלל מצוקת הזמן ביקש רבי יוחנן להקל גם על ערר-המחאה, שצריך בעל הקרקע למחות כנגד מי שתפס את השדה וטוען עליו חזקה. רבי יוחנן קבע כי , שהרי לבוא לפני בית דין כדי לערער, הרי זה לחשוף עצמו לפני עיניהם הבולשות של השלטונות.
בין שליחי השלטון נמצאו פונקציונרים יהודים, שמילוי תפקידם גרר ביקורת והיו שכינו אותם גזלנים ואלימים. נגד טיפוסים אלה יצא רבי יוחנן וקבע כי "כל הגוזל את חברו שוה פרוטה, כאילו נוטל נשמתו ממנו".
היחס לגויים.
היחס ההוגן והנאות לרומא הביא גם להתקנת מערכת היחסים עם הסביבה הלא-יהודית, ההלניסטית והאחרת, הן בערים המעורבות והן ביישובים חקלאיים מעורבים. היחסים הכלכליים החקלאיים והמסחריים המשותפים הביאו לביסוס ולקביעת חוקי היחס כלפי ה"גויים", כפי שמכונים בספרות התנאית והתלמודית, וזה מבחינתו הפשיר יותר את היחס הפיזי בין שני הצדדים. החכמים עשו לילות כימים על מנת לקבוע תקנות ברורות ליחס לגוים העשוי להביא לידי דרכי שלום. עם זאת נמנעו מלמסור שטחים ל"נוכרים" כגון בעסקאות קנייה-ומכירה וכן נמנעו מלמכור בהמה גסה ל"נוכרים". גם איסורים אלה מוסברים על רקע התרחבות העסקים בין שני הצדדים. ביטוי נוסף להפשרת היחסים הוא הרחבת תפוצת הלשון היוונית בקרב הציבור היהודי ונמצאו בין האמוראים כאלה שהיו בקיאים בלשון זו.
אודות גישתו של רבי יוחנן למלכות ולגויים ניתן עוד ללמוד ממספר ממאמריו: רבי יוחנן אמר כי . הוא קבע כי לגוי יש ייחוס, וגוי שהיו לו בנים ונתגייר - נחשבים הם בניו לעניין מצוות פריה ורבייה ולעניין בכורה. הוא אף אמר שהמזבח מכפר על כל שבעים האומות שבעולם. לפי גישתו, גם על המצריים מרחם אלוהים, והוא אינו שמח במפלתן בקריעת ים סוף, ולכן אינו מניח למלאכים לומר שירה. הוא כיבד לא רק זקנים יהודים כמתחייב ממצוות "מפני שיבה תקום" אלא עמד גם לפני זקנים גויים.
הקלות באיסורי מסחר עם גויים.
רבי יוחנן נחשב למקל בפסיקה יותר מחברו ריש לקיש, אך יש שמצאו גישה מקילה במיוחד בפסיקותיו לאיסורים הקשורים למגע גויים מחשש עבודה זרה. כך למשל במשנה מובא: . בתלמוד הירושלמי שם פורש כי עיר שיש בה יריד אסור המסחר בכל העיר ובכל מקום שעליו נגבה מכס. רבי אבא, בנו של רבי חייא בר אבא מסר משמו של רבי יוחנן שעם זאת מותר להתאכסן בפונדק בעיר משום שבעל הפונדק אינו משלם מכס. כמו כן הוא צמצם גם את איסור המסחר בתוך היריד עצמו שבו משתלם מכס לעבודה זרה, והוא מתיר לקנות שם מצרכים חיוניים המוגדרים כ"חיי נפש". אף לאיסור לסחור ב"יום אידם" - ימי חגיהם של הגויים הקשורים לעבודה זרה באופן ישיר או עקיף, מתייחס רבי יוחנן. במשנה, במסכת עבודה זרה, נראה כי האיסור חל על מסחר כללי עם גויים, ולא רק עם עובדי עבודה זרה - , אך בתוספתא נאמר כי האיסור חל רק על עובדי עבודה זרה. בעוד רב פוסק כשיטת רבי מאיר במשנה, פוסק רבי יוחנן כשיטת התוספתא, פסיקה דומה הוא פוסק לגבי יום איד נוסף המכונה בשם "סטרנלייה" שגם עליה פוסק רבי יוחנן שאין המסחר בה אסור, אלא עם הגוים העובדים אותה.
באיסורים שבהם היה חשש ממשי לעבודה זרה או ל"אבזרייהו דעבודה זרה" (כלים המשמשים עבודה זרה ועלולים להביא לידי קרבה אליה) רבי יוחנן אינו מקל כלל, (כמו: באיסור שווקים המעוטרים בהדס או בפירות, בעבודה זרה שנשברה, ביצה שהשתחוו לה לשם עבודה זרה, ודמי עבודה זרה שביד גוי, והוא מקל רק באיסורים שאינם אלא חשש רחוק - כמו המסחר ביום אידם שאינו אלא משום חשש שמא הגוי יבוא להודות לעבודה זרה שאותה הוא עובד בזכות הצלחתו במסחר עם היהודי בתקופה זו, או שמא יקריב את בעל החיים שקנה מהיהודי - לעבודה זרה.
ניתן גם לראות מגמת הקלה של רבי יוחנן במעשה המובא בתלמוד הירושלמי, שממנו נראה שלא מחה על תופעה של ציור שרטוטים מסוימים על כותל, אף שהיה זה מנהג עובדי אלילים בתקופה מסוימת עוד בימי התנאים. לדעת כמה חוקרים, הקלה זו קשורה גם לכך שבאותה תקופה נחלשה תופעת הציורים כמשקפים משמעות אלילית.
כפי שמסרו משמו תלמידיו (רבי חנינא בר שילקא ור' יהושע דסכנין ור' לוי), הוא התאונן על כך ש. מכאן אנו למדים על מגמה של התרחקות של הגוים מהיהודים. ייתכן שבעקבות כך פחת החשש להגברת קשרי החברה בין היהודים לגוי, שזו אחת מהסיבות לכמה מהתקנות האוסרות על מגע גוי (כמו יין ופת עכו"ם). על כך, ככל הנראה התבססה המגמה של רבי יוחנן להגן על היתר השמן ולהתיר פת עכו"ם בשדה.
הקלות באיסורי מגע, שמן ובישול עכו"ם.
במחלוקת אמוראים בדין יין נסך שהתערב עם יין היתר ומים, סבר חזקיה, רבו של רבי חייא, שאם היין האסור נפל לתערובת בסוף הוא אסור, ואם היין המותר נפל רק לאחר שהיין נסך התבטל ברוב המים, התערובת מותרת. אך רבי יוחנן סבור שגם במקרה כזה, היין האסור מתבטל ברוב המים. על משנה הקובעת כי , מעיר רבי יוחנן שגם בשעת שלום חביות היין מותרות ואין חשש שמא נגעו בהם גוים. בעניין בישול עכו"ם מקל רבי יוחנן וקובע שאם ליהודי היה חלק בבישול המאכל גם אם חלקו האחר - ההתחלה או הסיום נעשה על ידי הגוי - המאכל כשר לאכילה. כאשר רבי יהודה נשיאה התיר שמן של גוים הוא הגן על פסקו בטענה שבדקו ומצאו שרוב הציבור לא יכול לעמוד בגזירה זו, והרי "אין גוזרים גזירה על הציבור אלא אם כן רוב הציבור יכולים לעמוד בה".
מצד שני, רבי יוחנן אסר על מכירת קרקע לגוי, ר' זעירה בשם רבי יוסי בן חנינא, רבי אבא רבי חייה בשם רבי יוחנן: "לא תחנם" (דברים ז, ב)... לא תתן להם חניה בארץ. ואף הורה הלכה למעשה לרבי סימון שהיו לו שדות בהר המלך, שגם אם אינו מוצא להם שום קונה והם עומדים בשממונם לא ימכרם לגוי.
יחסו של רבי יוחנן להנהגה.
עיקר פעילותו של רבי יוחנן חלה בתקופת נשיאותו של רבי יהודה נשיאה הראשון, שהיה נכדו של רבי יהודה הנשיא, והיה מכובד על העם ומוכר על ידי השלטונות. אנו מוצאים אותו מכריז תעניות, וראשי החכמים, רבי יוחנן וריש לקיש, נאלצים להכיר בהן.
התקנות שתיקן רבי יהודה נשיאה, כמו התרת שמנם של גויים, לא היו מתקבלות על העם, נעשו בהסכמתם של החכמים ובתמיכתם, ובעיקר בהסכמתו של רבי יוחנן, כמי שעמד בראש בית-הוועד שבטבריה. רבי יוחנן מגלה בדרך כלל יחס של כבוד לנשיא, הן בשל הסתופפותו כנער בחצרו של רבי, סבו של הנשיא, הן בשל אישיותו של הנשיא והן מפני צורך השעה שלא הייתה קלה כלל ועיקר, כאשר דווקא אז נחוץ היה לציבור מנהיג סמכותי מקובל ונתמך. בעניין זה התפלמס לא פעם עם ידידו-יריבו ריש לקיש, וכפי שמובא במדרש: . למרות זאת, פעמים לא מעטות מתח רבי יוחנן ביקורת על הנשיא, אם כי באיפוק, הן משום הכרתו בו כנשיא ואם משום ענוותנותו וזהירותו המופלגת בכבוד אחרים. הביקורת כלפי הנשיא גברה מאמצעה של המאה השלישית, בשיאה של האנרכיה באימפריה הרומית.
למעשה מאז חורבן בית שני, בתהליך היסטורי גלי, מתנהלים ויכוחים ולעיתים עימותים בין הנשיאות לבין חברי הסנהדרין, ומלאחר ימי רבי יהודה הנשיא (שבמותו פילג את סמכויות הנשיאות בין בניו ותלמידו), החלה סמכות הנשיא להתעמעם מחד ועוצמת החכמים לעלות מאידך, וזוהי תקופת רבי יוחנן וחבריו. ביטוי למאבק זה עולה מתביעתו של הנשיא שהחכמים ישתתפו אף הם במימון בניית חומה סביב העיר טבריה. הנשיא הציג זאת כשוויון מוסרי בין העם לחכמים, ואילו החכמים הציגו את זכויות הפטור שלהם, כאשר רבי יוחנן קובע ש"תלמידי החכמים אינם צריכים שמירה" ולכן אינן צריכים להשתתף בדמי החומה. עם זאת, למרות חילוקי הדעות והניגודים, מהם אף חריפים ביותר, אנו מוצאים לעיתים קרובות את רבי יוחנן וריש לקיש פועלים בצוותא עם רבי יהודה נשיאה, או מבצעים פעולות בשמו.
אחד מנושאי המחלוקת המרכזיים בין הנשיאות לחכמים הייתה שאלת מינוי הפרנסים, מנהיגי הציבור בקהילות השונות. מינוים נמסר לידי חכמים, או לידי ועדות של חכמים, מטעמו של הנשיא, לרוב. אמנם היו חכמים ממנים, בהסכמתו של הנשיא, פרנסים ביישובים, אלא שמינוים היה זקוק להסכמתו של הציבור, ובפרט לבני האריסטוקרטיה שבו. בכך היה איפוא שילוב ידיים בין המוסד הנשיאותי, הסנהדראי והציבורי לטובת מינויים של מנהיגי ציבור, בבחינת מודוס ויוונדי. את רבי יוחנן אנו מוצאים כמי שמרבה למנות, וזאת מתוקף היותו ראש בית הדין הגדול שבטבריה.
הפצת תורה.
ישיבת טבריה.
פעילותו המגוונת של רבי יוחנן כמנהיג הדור, כמורה הוראה וכפוסק, כעומד בראש בית הוועד, וכמי שעיני החכמים, בארץ ובתפוצות, היו נשואות אליו, נתרחבה והעמיקה בעיקר מאז קבע ישיבתו בטבריה. זו התחרתה בציפורי ולבסוף אף הפכה למושב הנשיאות.
על מעמדה של טבריה מעיד רבי יוחנן, במסורת המפורסמת של עשר גלויות הסנהדרין, החל מלשכת הגזית בירושלים, דרך יבנה, אושא ובית שערים (ימי רבי) ולבסוף – לציפורי ולטבריה.
רבי יוחנן עקר מציפורי לטבריה בעיקר מן הטעם האישי-הנהגתי: להנהיג את הקהילה היהודית שבעיר המיוחדת ולהטביע בה את חותמו.
רבי יוחנן מפליג בשבחה של העיר על שום טיבה וסביבותיה כגון המעיינות החמים שבקרבתה והמרכזים החינוכיים שפעלו בה. הוא מציין את שווקיה, ובעיקר את המרכזי שנתכנה, מן היוונית, "דורמוס" וכן את השוק הרומי, או הנוכרי מן הסתם – "שוקא דארמאי". כפונקציה מהרחבת יחסי המסחר עם האוכלוסייה היוונית-רומית מפליג רבי יוחנן בשבחה של השפה היוונית עד כי "מותר לאדם ללמד את בתו יוונית, מפני שהוא תכשיט לה".