המקדש הידוע ביותר של האינקה היה מקדש השמש בקוסקו. מקדש גדול נוסף שעדיין קיים מצוי בווילקאסוואמן (Vilcashuamán). במאצ'ו פיצ'ו ובסביבתה התגלו כמה מקדשים (לשמש, לירח, לקונדור, ולוויראקוצ'ה). מקדשים נוספים היו קיימים בסמוך לפסגות הגבוהות בפרו, בקאראנקי (Caranqui) שבאקוודור, בפיסאק (Pisac) שבעמק הקדוש, בפצ'אקמק, ועל האי טיטיקקה (הקרוי גם איסלה דל סול – "אי השמש") שבלב אגם טיטיקקה.
מקדש השמש (קוריקנצ'ה בקצ'ואה) המצופה לוחות של זהב, חלש על הכיכר המרכזית של קוסקו, ובכך הדגיש את חשיבותה של קוסקו כעיר קדושה וכמרכזה הדתי של הממלכה. הוא היה בנוי כמיטב המסורת של האינקה מאבנים שהותאמו זו לזו ללא שימוש במלט. היקפו היה 360 מטרים. בתוך המקדש היה תבליט גדול עשוי זהב של השמש. בחלק אחד של המקדש, המתחם המוזהב, היו דגמים מזהב של קלחי תירס, למות ורגבי אדמה. בסמוך למקדש השמש היה משכנן של "בתולות השמש" (אקיאוואסי Aqllawasi או אקיה קונה Aclla Cuna).
מקומות קדושים.
בבני האינקה האמינו כי אלים, רוחות ואבות קדמונים שמתו זה מכבר יכולים לבוא לידי ביטוי על פני כדור הארץ בצורה של תוואי נוף טבעיים כמו פסגות הרים (apu), נהרות, מעיינות, מערות, מחשופי סלע ואפילו אבנים בעלות צורה מוזרה. מקומות אלה שונו לעיתים כדי להדגיש מאפיינים יוצאי דופן והתייחסו אליהם כאל מקדשים בעלי כוח מיוחד המשפיע על המציאות. הם נודעו כוואקה ובמקרה של אבנים, נלקחו לשמירה בארמונות ובקברים, מדי פעם, אפילו צורפו למשלחות צבאיות. אנשים השאירו מנחות בוואקה, במיוחד קונכיות, בדים, עלי קוקה, מוצרים יקרים, פסלוני חימר וקורבנות, לרוב של למות ושרקנים. אתרי ואקה חשובים היו גדולים ונשמרו על ידי כוהנים ובהם בדרך כלל היו הקרבת קורבנות.
ואקה יכול להיות גם מקום המשמש לתצפיות אסטרונומיות. אולי המפורסם ביותר הוא 'עמוד החיבור של השמש' (אינטיוואטנה - intihuatana) בנקודה הגבוהה ביותר של מאצ'ו פיצ'ו ששימש לחיבור סמלי של השמש לכדור הארץ באמצעות חוט מיוחד בכל נקודת היפוך. אולם התצפית החשובה ביותר הייתה האושנו - פלטפורמה מוגבהת ברחבה בקוסקו. היה בה עמוד אבן ששימש לתצפיות אסטרונומיות וכיסא זוהר שממנו יכול קיסר האינקה לצפות בפסטיבלים דתיים. כל האתרים הקדושים הללו - כ-328 - נקשרו אז לקוסקו, מרכז עולם האינקה, באמצעות 41 קווים הידועים כסקה (ceque) שהיו יכולים להיות שבילים פיזיים או קווי ראייה ובכך ליצור רשת קדושה דמיונית כשקוסקו בלבה.
ואקה הייתה יכולה להיות גם מומיה, בייחוד של קיסר אינקה. במעברי הרים היו נוהגים להקים גל-עד (אפאצ'טה - apacheta) שעוברי אורח היו נוהגים להוסיף עוד אבן ולהתפלל להצלחה בהמשך הדרך.
כוהני דת ונשים נבחרות.
כוהני הדת חיו בכל המקדשים והמקומות המקודשים. הכוהן היה מנבא עתידות, מכשף, מוודה ומרפא. הכוהן העליון (וייאק אומו (Villac umu) בשפת האינקה) התגורר בקוסקו. לכוהן העליון הייתה סמכות למנות ולפטר כוהנים ואחריות על כל המקדשים והמקומות הקדושים. בהיררכיה של האינקה הוא היה שני במעמדו רק לקיסר.
"הנשים הנבחרות" (בקצ'ואה: aqllakuna) היו נערות נאות שנלקחו ממשפחתן בגיל 10 ושוכנו ביישובים של האינקה תחת חסות המושל בבניין מבודד המיועד לנשים הנבחרות (aqllawasi). שם לימדו אותן בתולות שהקדישו את חייהן למוסדות הדתיים: לימודי דת, לטוות, לבשל ולהכין צ'יצ'ה. במבנים הגדולים ביותר שוכנו עד 200 נשים בגילאים שונים. הנערות והנשים לא היו מוגבלות למגוריהן, אלא גם השתתפו בטקסים רבים מחוץ למשכנן. בתום 4 שנים חלקן נישא לגברים שזכו לכבוד זה על שירותם לאינקה, וחלקן הפכו לכוהנות (Mama Kuna). הבגדים שטוו והצ'יצ'ה שהכינו שימשו בפולחן לשמש כמנחה. קבוצה קטנה מתוכן הוגדר כ"ככלות השמש" והוקרבו לאינטי אל השמש.
חיזוי עתידות.
האינקה האמינו שהחיים נשלטים על ידי כוחות בלתי נראים, ולכן נהגו הכוהנים לפנות לאורקלים שהאמינו כי יש להם קשר ישיר עם האלים. כך למשל תואר האורקל שליד הגשר מעל האפורימק כבול עץ עם שדיים המרוח בדם קורבנות שדרכו דיבר שד הנהר אל החוצים. האורקל הידוע ביותר היה במקדש בפצ'אקמק. לפני כל בצוע פעולה חשובה נהגו האינקה להיוועץ בכוהנים שחזו את העתיד. חיזוי עתידות שימש לאבחון מחלות, ניבוי מה יארע בקרבות, וזיהוי פשעים. חיזוי עתידות שימש גם להחלטה על סוג הקורבן שיועלה, ולאיזה אל.
היו לכוהני האינקה דרכים שונות לחיזוי העתיד: צפייה בלהבות אש, התבוננות בתנועת עכבישים, צפייה בתצורת עלי הקוקה בכלי שטוח, חקר הריאות של למה לבנה שהועלתה כקורבן (הריאות נופחו על ידי נשיפת אוויר לקנה הנשימה החתוך, ואז הוצאו על ידי הכוהנים שבדקו ביסודיות כל וריד). דרך אחרת לניבוי העתיד הייתה לשתות איוואסקה - סם הזיות המשפיע על מערכת העצבים המרכזית. האינקה האמינו שסם זה מאפשר לאדם ליצור קשר עם הכוחות העל טבעיים והכוהנים ניצלו קשר זה לקבלת תשובות לשאלותיהם. מכיוון שהאינקה האמינו שאסונות טבע או אירועים בלתי רגילים הם תוצאה של כישלון של מישהו לקיים בקפדנות את הפולחן הדתי היה הווידוי על פשעים חלק מתהליך חיזוי העתיד.
קורבן.
קורבן בהמה (למה או שרקנים) או אדם הועלו בכל מאורע חשוב, בזמנים קשים כמו מלחמה או בצורת וגם בחגיגות. קורבנות רבים בדמות תירס, או בגדים הועלו כל יום באש בטקס לכבוד זריחת השמש. קורבנות הועלו כשנבחר שליט חדש לאימפריה. ידועים מקרים שבהם הועלו 200 ילדים כקורבן. אפילו הנשים הנבחרות ("בתולות השמש") נלקחו לעיתים לשמש כקורבן. עם שהובס שילם בקורבנות רבים מבניו כמס לאינקה.
קורבנות בהמה שהוקרבו היו למות שחורות לחלוטין או לבנות לחלוטין. ילדים היו קורבן האדם העיקרי של האינקה. פולחן המכונה קפאקוצ'ה (Capacocha או Qhapaq hucha) בשל האגדה על ילדת אינקה בת עשר מושלמת מבחינה גופנית, שאביה החליט להביאה כקורבן לקיסר האינקה, כל הקורבנות היו חייבים להיות בלא מומים, ובמצב בריאות טוב. ברגע שנבחרו הם פגשו את הקיסר ונערכו חגיגות בשמם. האינקה האמינו שהילד המוקרב הופך לאל ברגע מותו. הילד הושקה בצ'יצ'ה (משקה אלכוהולי עשוי מתירס, הנפוץ גם כיום) לפני שנקבר חי, במטרה להקהות את חושיו. כדי לכבדם, הכוהנים ערכו טקסים בעת שנשמותיהם נפרדו מגופם. לפי ממצאים כימיים שנמצאו במומיות בנות 500 שנה של קרבנות אלו, שהתגלו בשנת 1999 בהר ז'וז'איז'קו בצפון-מערב ארגנטינה, לצד המשקה האלכוהולי (צ'יצ'ה) צרכו הילדים עלי קוקה ואיוואסקה בטרם הובאו אל מותם.
חגים.
בלוח השנה של האינקה היה חג בכל חודש. החגים עזרו בגיבוש האימפריה בכך שנתנו לתושבים תחושת שייכות. הכרוניקן פליפה גואמן פומה דה איילה שהיה אציל מבני האינקה. תיאר את הפסטיבלים בשתי רמות. האחת פסטיבלים ברמת המדינה שנערכו בקוסקו, והשנייה פסטיבלים בעלי אופי חקלאי מקומי באזורי ההרים. גם בשפלת החוף היו פסטיבלים אם כי במועדים אחרים, אך לא נותר תיעוד מהם.
החודשים והחגיגות על פי לוח השנה:
עד היום נחגג בעיר קוסקו "חג השמש" ב-24 ביוני (שלושה ימים לאחר נקודת ההיפוך החורפית), והחגיגות כוללות תהלוכות ססגוניות, ריקודים ותליית דגלים.
נוהגי קבורה.
האינקה, כמו תרבויות רבות אחרות של האנדים, חנטו רבים מהמתים שלהם וקברו יחד עם מנחות יקרות ערך כמו תכשיטי מתכת יקרים, כלי חרס משובחים ובדים מפוארים. המומיות הללו, שנחשבו כמקשרות בין החיים לאלים, יכלו להילקח ממקום מנוחתם ו"להתייעץ" בהם בהזדמנויות חשובות כדי שהידע שלהן ישרת את הקהילה החיה. ניתן להן כבוד והציעו להן אוכל ושתייה, מומיות היו מעורבות בטקסים כגון נישואים, זריעה וקציר, או כאשר אנשים בקהילה נדרשו לנסיעות ארוכות.
המומיות הונחו בתנוחת עוברית ונעטפו לצרורות באמצעות מספר שכבות של בדים, הקשורות בחוטים, ולעיתים בתוספת בד לראש. ניתן היה לקבור מומיות במערות או בחדרים ייעודיים בתוך קהילה, לעיתים קרובות בקבוצות, והתאים הללו נפתחו מחדש מדי פעם כדי שניתן יהיה להוסיף מומיות חדשות. מומיות של אנשים ממעמד גבוה היו לבושים ועטופים בבדים ותכשיטים משובחים במיוחד. רכושו של המנוח נטמן יחד עם בעליו, לעיתים גם בכלי מקצועם המסוים. האינקה נהגו גם לחנוט קורבנות, כולל "נשים נבחרות" וילדים (המנהג המכונה קפקוצ'ה), ולהכניס אותם למקדשים בראש ההר ובאתרים קדושים אחרים (ואקה). בין המנחות שנטמנו יחד עם הקבורים היו: כלי חרס, בדים, טבעות נחושת, חרוזים וקונכיות של שדרנית.
אותן מומיות (מאייקי mallqui בקצ'ואה) שניצלו משודדי קברים נשמרו, ברוב המקרים, במצב מצוין, הודות לאקלים היבש של אזור האנדים, והן מספקות תובנה ייחודית על התרבות, המנהגים הדתיים וחיי היומיום של האינקה.
הכיבוש הספרדי.
שנותיה האחרונות של אימפריית האינקה.
בשנת 1493 (שנה אחרי גילוי אמריקה על ידי קולומבוס) עלה לשלטון הקיסר ואיינה קאפאק. הוא השלים את מסכת הכיבושים של קודמיו כשהשתלט על החלקים המזרחיים של פרו ואקוודור של ימינו. אך הוא גם זרע את המחלוקת שעתידה הייתה להכשיל את האינקה. ואיינה קאפאק נעשה קשור יותר ויותר למחוז הצפוני של קיטו, ואף נשא לו לאישה נסיכה מבית המלכות של קיטו, שהיה כפוף לשלטון המרכזי בקוסקו.