אף על פי שהצעותיו של אלקיביאדס שירתו את האינטרסים של הפרסים, הם היו מבחינתו רק אמצעי להכשיר את הקרקע להשגת מטרתו העיקרית, טיהור שמו והחזרתו לאתונה, תוך ניצול יכולת ההשפעה שלו על טיספרנס, לשם כך.
החזרה לשירותה של אתונה (408-411 לפנה"ס).
הקשר עם תומכי האוליגרכיה באתונה (411 לפנה"ס).
אלקיביאדס הניח שכל עוד תמשיך אתונה להיות דמוקרטיה רדיקלית, אין סיכוי שיותר לו לשוב לשם. לפיכך, הוא החליף מסרים עם מפקדי הצי האתונאי, שנמצאו באי סאמוס - שבמזרח הים האגאי בסמוך לאסיה הקטנה - והציע להם, שאם יוכלו להשליט באתונה משטר אוליגרכי, הוא יחזור לעיר, ויביא עמו כסף פרסי וייתכן שגם צי פרסי של 150 תלת חתריות לסייע לאתונה במלחמתה בספרטה.
אלקיביאדס הצליח לשכנע חלק מהמפקדים של הצי האתונאי לאמץ את תוכנית שלושת השלבים שלו: בשלב הראשון תשונה שיטת הממשל באתונה ותוקם בה אוליגרכיה. בשלב שני תיערך הצבעה שתאפשר לאלקיביאדס לשוב לאתונה, ובשלב האחרון ישכנע אלקיביאדס את האחשדרפן טיספרנס ואת המלך הפרסי לתמוך באתונה במלחמתה בספרטה. מפקדי הצי, שתמכו בתוכניתו של אלקיביאדס, אימצו אותה בעיקר בשל רצונם לצמצם את המעורבות (המזיקה) של אספת העם האתונאית בקבלת ההחלטות לגבי דרך ניהול המלחמה נגד ספרטה, וההנחה שאלקיביאדס מסוגל לגייס את תמיכת האימפריה הפרסית למען אתונה. על פי תוקידידס, רק אחד מהקצינים שהיו בסאמוס, אדם בשם פריניכוס, התנגד לתוכנית, בטענה שאלקיביאדס אינו פועל למען האינטרסים של אתונה, אלא רק שואף לחזור לאתונה בכל דרך אפשרית. עמדתו של מצביא נוסף, תרסיבולוס, איננה ברורה. ככל הנראה הוא התנגד להשלטת אוליגרכיה באתונה, ואף נמנה עם המפקדים הבודדים שנבחרו לאחר מכן כדי לכונן בסאמוס שלטון דמוקרטי, אולם במקביל הוא מילא תפקיד משמעותי בהשבתו של אלקיביאדס לצי האתונאי כדי שישרת לצדו כמפקד.
על פי תוקידידס, הקצינים הבכירים, שרעיון האוליגרכיה קסם להם, חזרו לסאמוס לאחר המפגש עם אלקיביאדס, והחלו להשפיע על מקורביהם באתונה לתמוך בהצעתו. לאחר הכנת דעת הקהל באתונה, הם התכוננו להביא את התוכנית בפני אספת העם האתונאית ולשכנע את האזרחים, שתמורת הסכמתם לוותר על שיטת הממשל הדמוקרטית הנוכחית ולהחזיר את אלקיביאדס כאזרח מן המניין, יקבלו האתונאים יתרונות משמעותיים בצורת כסף ותמיכה צבאית מצד האימפריה הפרסית.
תומכיו של אלקיביאדס בקרב הפיקוד הבכיר של הצי החליטו לשלוח את פייסאנדרוס לאתונה בשביל להכשיר את הקרקע לשובו של אלקיביאדס. פריניכוס, אשר חשש שאלקיביאדס ינקום בו על התנגדותו לתוכניתו, שלח מכתב סודי לנאוארכוס הספרטני אסטיוכוס, בו עדכן אותו בפרטי תוכניתו של אלקיביאדס, והסביר לו שהאחרון מתכוון לפגוע באינטרסים הספרטנים על ידי הטייתו של האחשרדפן טיספרנס לצד אתונה. אסטיוכוס פנה לאלקיביאדס וטיספרנס ששהו במאגנסיה על מאנדרוס (באזור איוניה) והעביר לידיהם את מכתבו של פריניכוס, בציינו מה היו מעשיו. אלקיביאדס הגיב מיד בהעבירו מסר למפקדים האתונאים בסאמוס על מעשיו של פריניכוס, ודרש להטיל עליו פסק דין מוות. הסבר אפשרי לפנייתו של אסטיוכוס לאלקיביאדס וטיספרנס עם המכתב היא רצונו להוריד מחינו של אלקיביאדס אצל האחשדרפן הפרסי וכמו כן לגרום לבהלה ועיכוב בביצוע התוכניות בקרב הצד האתונאי.
לאחר גילויו של המכתב הראשון, כתב פריניכוס שוב לאסטיוכוס הספרטני והציע לו הזדמנות להרוס את הצי האתונאי בסאמוס, מתוך תקווה שהתקפה ספרטנית אולי תציל אותו ממוות. אולם אסטיוכוס העביר שוב את המכתב לאלקיביאדס, והאחרון הראה אותו לקצינים האתונאים בסאמוס כהוכחה לבגידתו של פריניכוס. פריניכוס, שצפה את המהלך של אלקיביאדס, הקדים תרופה למכה ואמר לקציני הצי ולאנשי סאמוס, שהגיע אליו מידע בדבר תוכנית של הספרטנים לתקוף את האי. לכן כאשר אלקיביאדס שלח להם איגרת המזהירה מפני בגידתו של פריניכוס, דבריו נתפסו כחיזוק לאזהרתו של פריניכוס שהאויב עומד לתקוף את סאמוס. ניתן להבין את חוסר האמון שגילו הקצינים האתונאים בסאמוס ביחס לאיגרתו של אלקיביאדס נוכח שיתוף הפעולה של האחרון עם ספרטה בשנים הקודמות.
על אף אירועים אלו, פיסאנדרוס ורוב הקצינים הבכירים של הצי הגיעו לאתונה, ונאמו שם בפני אספת העם. למרות ההתנגדות החריפה שחשו רבים מהאזרחים באתונה כלפי אלקיביאדס בעקבות בגידתו, פיסאנדרוס הצליח לשכנע אותם בסופו של דבר לקבל את הצעותיו, ולהסמיך את מפקדי הצי בסאמוס לנהל משא ומתן עם האחשדרפן הפרסי טיספרנס לשם גיוס תמיכה פרסית באתונה במלחמתה בספרטה. כמו כן, החליטה אספת העם להדיח את פריניכוס מתפקידו כאחד ממפקדי הצי האתונאי.
אולם תוכניתו של אלקיביאדס נתקלה במכשול רציני. האחשדרפן טיספרנס לא היה מוכן לתמוך באף אחד מהצדדים היריבים במלחמה הפלופונסית, עקב רצונו לשמור על נייטרליות במלחמה שקרעה את העולם היווני, עיקרון אשר אלקיביאדס עצמו המליץ לו לאמץ. לדעתו של קגאן, הוא העדיף לתת לצדדים היריבים להתיש את עצמם במאבקים הפנימיים (כדי להחליש את האיום היווני על שליטת פרס באסיה הקטנה), ולא היה לו עניין כלשהו לערב כוחות צבא פרסיים במלחמה. כשאלקיביאדס הבין זאת, הוא הציג לאתונאים דרישות נוקשות יותר ויותר, כביכול בשמו של טיספרנס, כדי לגרום להם להפסיק את המשא ומתן עם הפרסים מיוזמתם. הוא קיווה שבדרך זו לא יתגלה לאתונאים, שאין לו השפעה על קביעת המדיניות הפרסית ביחס לאתונה. תוקידידס כותב שהמשלחת האתונאית עזבה את המשא ומתן, לאחר שהבינה שאין קץ לדרישות הפרסיות מאתונה, ועם תחושה שאלקיביאדס יכול היה להשיג הסכם עם הפרסים, אולם העדיף להוליך שולל את נציגי אתונה.
כישלון המגעים עם טיספרנס, שם קץ לקשר בין מפקדי הצי האתונאי לבין אלקיביאדס. הקבוצה שתמכה בהפיכה אוליגרכית באתונה, הייתה משוכנעת שאלקיביאדס לא מסוגל לקיים את חלקו בהסכם עימה, ולכן חבריה זנחו את תוכניתם להשיבו לאתונה.
חזרה לפיקוד צבאי - אלקיביאדס והצי האתונאי בסאמוס (411 לפנה"ס).
על אף כישלון המשא ומתן עם הפרסים, הצליחו תומכי האוליגרכיה להשתלט על אתונה, ולהחליף את השלטון הדמוקרטי באוליגרכיה, שנקראה בשם שלטון הארבע מאות, שלטון שפיריניכוס ופיסאנדרוס נמנו על ראשיו. מאחר שאלקיביאדס לא מימש את חלקו בעסקה, האוליגרכים לא החזירו אותו מהגלות לאתונה. אלקיביאדס, אשר מאן לוותר על שאיפתו לחזור לאתונה, החליט לשנות כיוון ולעבור לתמוך במחנה הדמוקרטי. הוא הזהיר את האתונאים באי סאמוס מפני קיום מזימה לבצע הפיכה אוליגרכית גם בסאמוס, כדי לזכות באמונם של תומכי הדמוקרטיה באתונה. בזכות התראתו התגלתה הקנוניה האוליגרכית, ואנשי הצי האתונאי שעגן בסאמוס, בהנהגת המצביאים ליאון ודיומאדון, הטריארך (קפטן ובעל ספינה) תראסיבולוס וההופליט תראסילוס, החליטו להתייצב נגדה.
תומכי הדמוקרטיה בסאמוס, בסיוע הלוחמים האתונאים שהוצבו באי, הצליחו לנצח את 300 האוליגרכים שניסו לתפוס את השלטון בסאמוס. לאחר מכן, קיימו הכוחות האתונאים בסאמוס אספה, בה הוחלט להדיח את מפקדי הצי הנוכחיים מתפקידם (עקב תמיכתם באוליגרכים), ולבחור במקומם מצביאים אחרים, כולל תראסיבולוס ותראסילוס. באספה טענו נואמים שונים, שמעשיהם בסאמוס אינם מהווים מרד נגד אתונה. למעשה, לאחר שהשתלטו על הצי האתונאי, מפקדי הצי החדשים לא היו זקוקים לתמיכה או לשיתוף פעולה מצד אתונה, שכן עמדתם האסטרטגית בסאמוס איפשרה להם להמשיך לנהל את המלחמה בליגה הפלופונסית, ובמקביל לסכל כל ניסיון מצד האוליגרכים באתונה להשתלט מחדש על הצי.
תראסיבולוס, אשר תמך בהחזרתו של אלקיביאדס לשירות אתונה, עקב אמונתו כי קשריו הטובים עם האחשרדפן טיספרנס הם המפתח לניצחונה של אתונה במלחמה נגד ספרטה, שכנע את אספת החיילים בסאמוס להסכים להעניק לו מחילה מלאה, ולהחזיר אותו מגלותו. לאחר מכן הוא הפליג לאסיה הקטנה ושב עם אלקיביאדס לסאמוס. לפי פלוטרכוס, החיילים האתונאים בסאמוס רצו להשיב את אלקיביאדס, ולתת לו את הפיקוד על הצי, כדי שהוא יעמוד בראש משלחת צבאית שתפיל את המשטר האוליגרכי באתונה. האוליגרכים באתונה השהו באותה עת את המלחמה נגד ספרטה, בשל חששם ליציבות שלטונם, וגם משום שהניחו שהספרטנים, אשר מבכרים אוליגרכיה על פני דמוקרטיה, יראו בעין טובה את השינוי בשלטון באתונה ולכן לא יחפזו להתעמת עימם.
לדעת קגן, אלקיביאדס לא היה מרוצה לגמרי מנסיבות הזמנתו לסאמוס. לא הייתה לו ערובה, שהחנינה שהוענקה לו על ידי אספת החיילים בסאמוס, תישאר תקפה גם במקרה של השבת השלטון הדמוקרטי לאתונה, ובנוסף לכך, החזרתו לשירות אתונה לא נעשתה מתוקף המוניטין והיוקרה שצבר, כפי שקיווה, אלא כתוצאה מפטרונותו של תראסיבולוס, ומיכולת השכנוע של האחרון. בנאומו הראשון לפני אספת החיילים, אלקיביאדס מחה על נסיבות גלותו מאתונה, והדגיש את השפעתו הרבה על טיספרנס, במטרה להעלות את חשיבותו בעיני החיילים האתונאים בסאמוס. בתום נאומו, החליטו החיילים למנותו מיידית כאחד המצביאים של הצי האתונאי.
לאחר חזרתו של אלקיביאדס, הגיעו לסאמוס שליחים מטעם האוליגרכים באתונה, כדי לשכנע את לוחמי הצי המורדים לשוב ולקבל את מרותם, ולהסביר להם, ששלטון הארבע מאות באתונה, הוחלף בשלטון אוליגרכי מתון יותר, במסגרתו ניתן ייצוג לכל אזרח אתונאי, שרכושו הספיק לקניית ציוד צבאי של הופליט (שלטון ה-5000). ההמון המשולהב באספה סירב להקשיב לדבריהם, והצעות שהצי כולו יפליג באופן מיידי לפיראוס, כדי לתקוף את האוליגרכים באתונה שבו ועלו, בדומה לקריאות שנשמעו בזמן נאום חזרתו של אלקיביאדס.