על פי חוקי המוסר הציבורי, עבריינים צפויים לעונשי מאסר נוספים, הצלפות וקנסות.
סעיף 637 מצהיר כי כל גבר ואישה שאינם נשואים ומבצעים פשע נגד המוסר הציבורי, למעט ניאוף, צריכים להיגזר על הצלפת מלקות (99). אם אחד מהם לא הסכים לביצוע הפשע, יש להעניש רק את מי שיזם את קיומו.
סעיף 638 מצהיר כי כל מי שמפר במפורש כל טאבו דתי בפומבי מלבד עונשו על המעשה צריך להיאסר בין עשרה ימים לחודשיים, או להיצלף במלקות (74). נשים המופיעות בפומבי ללא חג'אב ראוי אמורות להיכלא בין עשרה ימים לחודשיים או לשלם קנס של 50,000 עד 500,000 ריאל.
סעיף 639 מצהיר כי יש לכלוא את האנשים הבאים בין שנה עד עשר שנים, ובמקרה של קטגוריה (א) יש להחרים את רכושם על פי החלטת בית המשפט. (א) כל מי שמנהל נכס שבו מתקיימות פעולות נגד מוסר הציבור, (ב) כל מי שמעודד אנשים להפר את המוסר הציבורי.
סעיף 640 מצהיר כי יש לכלוא את האנשים הבאים בין שלושה חודשים לשנה בעודם אמורים להיקנס בסך 1,500,000 עד 6,000,000 ריאל, וכן להיצלף על ידי 74 מלקות, על רקע העונשים הבאים, (ג) כל מי שמפרסם כל תמונה, טקסט, תמונה, ציור, מאמר, ניוזלטר, עיתון, סרט או כל דבר אחר הפוגע במוסר הציבורי, (ד) כל מי שנכלל במחזור הפריטים הנ"ל.
עונש מוות.
פעילי זכויות אדם ומתנגדי השלטון באיראן טוענים שבין 4,000 ל-6,000 הומואים ולסביות הוצאו להורג במדינה בשל פשעים הקשורים לנטייתם המינית מאז שנת 1979. על פי קרן בורומנד, ישנם רישומים של לפחות 107 הוצאות להורג עם האשמות הקשורות להומוסקסואליות בין השנים 1979 ל-1990. בפגישה שנערכה בנובמבר 2007 עם עמיתו הבריטי הודה חבר הפרלמנט האיראני מוהסן יחיאבי כי הממשלה באיראן מאמינה בעונש מוות של הומוסקסואלים אשר לדבריו, "להומואים מגיע עינוי, רצח או שניהם".
ב-19 ביולי 2006 וב-19 ביולי 2007, הפגנה שאורגנה על ידי ארגון הלהט"ב הרוסי "Gayrussia.ru" מול שגרירות איראן ברוסיה במטרה "למשוך תשומת לב להוצאה להורג של קטינים ולדרוש את ביטול עונש המוות" אושרה באופן חריג על ידי המחוז של האזור האדמיניסטרטיבי המרכזי של מוסקבה. הבקשה לא התייחסה במפורש למחאה עבור זכויות להט"ב. עם זאת, אותה מחאה נאסרה ביולי 2008 וביולי 2009 לאחר שנוספו המילים "הומוסקסואלים" בבקשת ההיתר לקיומה. באפריל 2009, "Gayrussia.ru" העביר את האיסור על המחאה ביולי 2008 לוועדת זכויות האדם של האו"ם, בעוד מטרת הארגון הייתה קבלת פסיקה נגד רוסיה הן בבית הדין האירופי לזכויות אדם והן בוועדת זכויות האדם של האו"ם. בדו"ח הסופי שלה, הוועדה הביעה את דאגותיה לגבי אלימות כלפי לסביות, הומואים, טרנסג'נדרים וביסקסואלים ברוסיה וכן מהאפליה השיטתית על בסיס נטייה מינית, לרבות דברי שטנה של פקידי ציבור, מנהיגים דתיים ובכלי התקשורת. הוועדה הביעה בנוסף את חששותיה באשר לפגיעה "בזכות לחופש האספה וחופש ההתאגדות" בקרב חברי קהילת הלהט"ב.
במאי 2021, נרצח עלי פאזלי מונפרד, הומוסקסואל בן 20 על ידי עריפת ראשו בידי אחיו למחצה ובני דודיו לאחר שנחטף סמוך לעיר אהוואז בפרובינציית ח'וזסתאן ימים לאחר שצבא איראן שלח לו בדואר מסמך הפוטר אותו משירות צבאי בשל נטייתו המינית. אמו של מונפרד אושפזה לאחר שנודע לה על מותו. על פי ארגון הלהט"ב האיראני "6Rang", אחיו החורג ובני דודיו נעצרו. ארגוני זכויות אדם, פעילים, פוליטיקאים וסלבריטאים, ביניהם הזמרת דמי לובאטו, גינו את הרצח והצהירו על קיומו ברשתות החברתיות כדי להעלות את המודעות להומופוביה באיראן. אזרחי להט"ב איראנים רבים צילמו בחשאי סרטונים שלהם הולכים עם בני זוגם ומראים דגלי גאווה כדי למחות נגד הרצח. ארגון זכויות האדם אמנסטי אינטרנשיונל קרא לקיום חקירה מלאה של הרצח ולביטול החוקים האנטי-הומוסקסואלים של איראן.
אינוס.
ב-19 ביולי 2005 הורשעו מחמוד אסגרי ואייאז מארחוני, שני נערים ממחוז ח'וראסאן, על ידי בית המשפט בכך שאנסו ילד בן 13 לכאורה ונתלו בפומבי למוות. המקרה משך תשומת לב תקשורתית בינלאומית. קבוצת הלהט"ב הבריטית "!OutRage" טענה כי בני הנוער הוצאו להורג בגין מעשים הומוסקסואליים בהסכמה ולא ממעשה אונס. בתקשורת היה מחלוקת האם ההוצאות להורג של שני בני הנוער, או של שלושה גברים נוספים שהוצאו להורג בשנת 2011 במחוז חוזהסטן, הן עונש על פשעים אחרים או שבוצעו במיוחד בשל פעילותם ההומוסקסואלית.
הוצאה להורג שנויה במחלוקת נוספת הייתה זו של מקוואן מולודזאדה ב-6 בדצמבר 2007 אשר הורשע בעבירה של אונס והוצא להורג בגין אונס של שלושה נערים בגיל 13, אף על פי שכל העדים חזרו בהאשמותיהם. כבן 13, הוא לא היה זכאי לעונש מוות על פי החוק באיראן. עם זאת, למרות זעקה בינלאומית וביטול גזר דין המוות על ידי השופט העליון, אייתוללה סייד מחמוד האשמי שהרוד, מולודזאדה נתלה מבלי שמשפחתו או עורך דינו נודעו לכך עד לאחר המעשה. ההוצאה להורג עוררה סערה בינלאומית מאחר שהיא הפרה שתי אמנות בינלאומיות שנחתמו על ידי הממשלה באיראן, המוציאות מחוץ לחוק עונש מוות על פשעים שביצעו קטינים - האמנה הבינלאומית בדבר זכויות אזרחיות ופוליטיות והאמנה בדבר זכויות הילד.
מעשה סדום.
מעטים מהמשתתפים אשר מסכימים לקיום מעשי סדום (lavāt) נידונים למוות, אם כי לפני 2012, שני בני הזוג יכלו לקבל עונש מוות. ב-15 במרץ 2005 דיווח העיתון היומי "אטמד" כי בית המשפט הפלילי בטהרן גזר גזר דין מוות על שני גברים בעקבות גילוי סרטון המראה אותם עוסקים במעשים חד מיניים בהם הודו. על פי החשד, שני גברים נוספים נתלו בפומבי בעיר גורגן שבצפון המדינה בגין יחסים רומנטיים בנובמבר 2005.
ביולי 2006, שני צעירים בצפון-מזרח איראן נתלו על "פשעי מין", אשר התפרשו כמעשים הומוסקסואלים בהסכמה.
ב-16 בנובמבר 2006, סוכנות הידיעות המנוהלת על ידי המדינה דיווחה על הוצאתו להורג פומבית של אדם שהורשע במעשי סדום בעיר קרמנשה שבמערב המדינה.
מעצרים.
ב-10 במאי 2007 עצרה משטרת עוספיה 87 בני אדם במסיבת יום הולדת, כולל 80 חשודים בהומוסקסואלים, כשהם הכו ועצרו אותם במהלך סוף השבוע. כל הגברים מלבד 17 שוחררו. אלה שהושארו נחשדו כי לבשו בגדי נשים. תמונותיהם של הגברים המוכים פורסמו על ידי הארגון מסילת הרכבת האיראנית לפליטים קווירים, שבסיסו בטורונטו.
ב-23 בינואר 2008, חמזה חווי, בן 18, ולוגמן חמזהפור, בן 19, נעצרו בסרדשט, מערב אזרבייג'ן, בגין פעילות הומוסקסואלית. עצומה מקוונת לשחרורם החלה להסתובב ברחבי האינטרנט. הנערים ככל הנראה התוודו בפני השלטונות שהם נמצאים בזוגיות ומאוהבים, מה שגרם לבית משפט להאשים אותם ב-"מלחמה נגד אלוהים" (mohārebe) ומעשה סדום.
על פי ארגון זכויות האדם "Human Rights Watch", בפברואר 2008 פשטה המשטרה בעוספיה על מסיבה בבית פרטי ועצרה 30 גברים, שהוחזקו ללא הגבלת זמן ללא עורך דין בחשד לפעילות הומוסקסואלית.
באפריל 2017, 30 גברים נעצרו בפשיטה במחוז עוספיה בעודם נאשמו ב-"מעשי סדום, שתיית אלכוהול ושימוש בסמים פסיכדליים".
בקשות מקלט.
בשנת 2001, הנציב העליון של האו"ם לזכויות אדם דחה בקשה של גבר איראני שנמלט מבית סוהר במדינה לאחר שהורשע ונידון למוות על רקע פעילות הומוסקסואלית. חלק מהבעיה במקרה הייתה כי האיש נכנס למדינה באופן לא חוקי ולאחר מכן הורשע בהריגת בן זוגו, לאחר שגילה כי "בגד בו".
בשנת 2005, ממשלת יפן דחתה בקשת מקלט של הומו איראני. באותה שנה, גם ממשלת שוודיה דחתה טענה דומה של ערעור מאת הומוסקסואל איראני בעוד הולנד החלה לעבור סקירה של מדיניות המקלט שלה ביחס לאיראנים הטוענים כי הם קורבנות של המדיניות נגד הומוסקסואליות במדינה. בשנת 2006 הפסיקה הולנד לגרש גברים הומוסקסואלים בחזרה לאיראן באופן זמני. במרץ 2006 הצהיר שרת ההגירה ההולנדית ריטה ורדונק כי "כעת ברור שאין שאלה של הוצאות להורג או גזרי דין מוות המבוססים רק על העובדה שנאשם הוא הומו באיראן", והוסיפה כי "הומוסקסואליות מעולם לא הייתה האשמה העיקרית נגד אנשים אלו". עם זאת, באוקטובר 2006, לאחר תגובות שליליות רבות הן בתוך הולנד והן מחוצה לה, שינתה ורדונק את עמדתה והודיעה כי אזרחי להט"ב איראנים לא יגורשו מהמדינה עוד.
הממלכה המאוחדת ספגה ביקורות שליליות גם כן בשל המשך מדיניות הגירוש שלה כלפי פליטי להט"ב איראנים, בשל דיווחים בחדשות שתיעדו הומוסקסואלים איראנים שהתאבדו כשעמדו בפני גירוש. חלק מהמקרים עוררו קמפיין ממושך למען מגורשים פוטנציאליים, ולעיתים הביאו לכך שהאיראנים הומוסקסואלים קיבלו מקלט מדיני, כמו במקרים של קיאנה פירוז ומהדי קאזמי.
בשנים האחרונות דווח כי תושבי להט"ב איראנים נמלטו מהמדינה בתקווה לזכות במקלט מדיני באירופה.
זהות מגדרית.
כפי שסעיף 20 ב-14 מחוזות באיראן קובע, כי אדם שעבר ניתוח להתאמה מגדרית יכול לשנות את שמו ומינו באופן חוקי בתעודת הלידה על פי הוראת בית המשפט. סעיף 215 של הקוד האזרחי של איראן, קובע כי מעשיו של כל אדם צריכים להיות כפופים לתועלת רציונלית. כלומר, ניתוח להתאמה מגדרית יהיה לטובתו של מי שפונה לתמיכה ממשלתית. עם זאת, הסתייגויות כוללות את הצורך לקבל אישור רפואי מרופא התומך בדיסוננס בין המגדר המוקצה למגדר האמיתי של האדם. על אף ששינוי מגדר הוכר חוקית על ידי המנהיג העליון של איראן, האייתוללה עלי ח'אמנאי, האייתוללה יוסף מדאני תבריזי התייחס לניתוח להתאמה מגדרית כ-"בלתי חוקי" ו-"לא מותר על פי השריעה".