לאחר מכן מתקופת החשמונאים (167 – 37 לפנה"ס) יש לנו עדות נרחבת להתיישבות באזור ממצאי חורבת כעכול הממוקמת מדרום לפסגת זאב מזרח ובה נמצאו מערות קבורה מתקופת החשמונאים (הלניסטי + רומי קדום), גת, תנורים, קולומבריום, מקוואות ובורות מים. בנוסף לממצאים אלו, ממצאי יער מיר כוללים (באתר מספר 35, 31.8319499296862, 35.2383256788437) חלק מרָאס אֶ־טַּוִיל (מערב) שתי מערות קבורה חצובות בסלע במדרון. שימשו גם בתקופה החשמונאית וגם תחילה בתקופת הברזל ב'. בערוץ בקרבת המערות אותרו בור מים רבוע, טוח אפור, ופיר חצוב, סתום בעפר כיום. בשנת 1981 ערך שי גיבסין, חפירה במערות וגילה מערה אחת בכעלת חדר רבוע; בקרקעיתו נחצב בור עמידה, בשלוש מדפנותיו הותקנו אצטבות, גומחת קבורה נחצבה בדפנו הדרומית, כוך קטן, ככל הנראה לליקוט עצמות, נחצב בדפנו הצפונית, ובפינת החדר הדרומית־מזרחית נחצב בור ליקוט מעוגל. במערה נמצאו בקבוק דמוי כישור ושברי קנקנים מן התקופה החשמונאית (סוף המאה הב׳ לפני הספירה). המערה השנייה היא חדר אחד, שאצטבות הותקנו בשלוש מדפנותיו. על קרקעית המערה נמצאו נר ושברים של סיר בישול, כנראה מן המאה הב׳ לפני סה׳׳נ; באדמת הסחף, שנצברה במערה, נמצאו שברי מכסה של גלוסקמה ושברים של בקבוק כדורי.
התקופה הביזנטית (638 -395) בתולדות עם ישראל מקבילה תקופה זו לתקופת התלמוד וראשית תקופת הגאונים. באתר מַקְטַעַת כַּרְכִּיס (באתר מספר 14, 31.8356474246021, 35.2386436445627), סמוך לאנדרטת הצנחנים, איתרו בחפירה ב 1985 גת חצובה בסלע בקרבת מתלול, משטח הדריכה עם גומה לקביעת קורה. מסביב לגת — ספלולים. בקרבת מקום — כבשן סיד. הלאה במורד, בקרבתו של ואדי אל־ח'אפי — מחצבה קדומה. בנוסף נמצאו שרידי דרך קדומה, הנמשכת מצפון-מערב לדרום־מזרח, ושרידים של שתי מערות, שבשלב מאוחר שימשו למגורים באתר נוסף בשטח היער בתוארך לתקופה הביזנטית (באתר מספר 22, 31.8355555657273, 35.2457214751631).
הגתות שאותרו שימשו לדריכת ענבים ליין ומעידות שבאזור זה היו בעבר כרמים. כבשני הסיד בהם שרפו אבני גיר לסיד, ששימשו את התושבים הקדומים לבנית בתים וטיוח בורות המים. הדרכים הקדומות חיברו את אזור קו פרשת המים (כביש ירושלים רמאללה, כביש 466) עם אזור המדבר. המצאות שני בורות מים בסמוך לדרך אולי שימשו את העוברים והשבים כחלק משרותי הדרכים בתקופות קדומות. כפי שהטיב לסכם בכתביו יוסי שפנייר בבלוג המאמרים שלו: "התמונה הכללית המתקבלת משלל האתרים שאזור פסגת זאב הקרוב לירושלים הקדומה היה אזור חקלאי בו נבנו חוות ומנזרים שהיו עורף כלכלי חשוב של ירושלים בתקופת הבית השני, המשנה והתלמוד."
בעומק היער ישנו בונקר עשוי בטון כנראה מתקופת הלגיון הירדני באזור בין 1967-1948 (נ.צ. 638450 / 223924 בגובה 584 מ'). תחילה כאשר התחילו לישב את האזור כונה היישוב "הכפר העברי נוה-יעקב", התיישבות הנמצאת קילומטרים ספורים צפונית-מזרחית למיקומו המקורי של היישוב נווה יעקב של היום (באזור פסגת זאב צפו, רחוב שמחה הולצברג), מאחר שהייתה תקווה והתחלה להתיישבות ראשונה ליישובים הכפריים שיבואו אחריה. "נוה-יעקב", על שם יוצר תנועת המזרחי ומנהיגו הראשון, הרב יצחק יעקב ריינס. המושבה נוסדה בשנת 1924 בידי אגודת ה'כפר העברי' מיסודה של הסתדרות "המזרחי הצעיר הארצ-ישראלי", יושבה לראשונה בשנת 1925 וחרבה במלחמת העצמאות, שכונת נווה יעקב הנוכחית בירושלים הוקמה בשנת תשכ"ז (1967). ביום ראשון ז' באייר (16.5.1948) הותקף היישוב, בהתקפה היו מאות אנשי כנופיות שהסתערו בליווי שריוניות עם מרגמות. ישראל פונט ושמוליק הרם פנו למחוז ודרשו מהמג"ד (ישורון שיף) שידאג לתגבור (בין ההרוגים היה מיכאל שטראוס). ביום ראשון בלילה אור לח' באייר (17.5.1948) נסוג הכוח ובניהם המפקדים ישראל פונט, אברהם וכסלר (לימים תימור) ושמוליק הרם. בשנת 2002 הוקם "גן הגבורה" בשכונת פסגת זאב במקום בו עמדה המושבה נווה יעקב, ובו לוחות עם 58 שמות מונצחים וסיפור הקרבות על עטרות ונווה יעקב של חיילי חי"ש (חיל שדה של ההגנה) שנפלו בשיירות וקרבות באזור במלחמת העצמאות.
פיתוח השכונות על חשבון שטח היער.
שטח היער קטן ופיתוח השכונות השכנות לא פעם מציב את שטחו וקיומו בסכנה. ליער חשיבות היסטורית, נופית וקיומית. מגוון החי והצומח באזור נבנה תוך יחסי גומלין עם היער, היעלמותו תוביל גם להעלמות חלק מהמינים הקיימים כיום בזכותו באזור ייחודי זה של יער במדבר צל־גשם. ליער ישנה חשיבות נופית סביבתית, שכן פסגת זאב ונווה יעקב מרוחקות מרחק רב מכל שאר משאבי הטבע של ירושלים וליער הנ"ל חשיבות לספק פנאי וריאה ירוקה לצפון ירושלים.
בשנת ה'תש"ס (2000) הוגשה למשרד השיכון תוכנית בנייה על שטח היער שאמורה הייתה להביא לחיסולו, התושבים יצאו למאבק על היער המהווה ריאה ירוקה יחידה בצפון מזרח ירושלים לטובת קהילות נווה יעקב ופסגת זאב. בשנת 2006 קיבל היער מעמד חוקי שייעודו יער ושטחי נוף פתוח, אולם תוכניות בניה חדשות ממשיכות לצמצם את שטחו של היער ולפגוע בחי והצומח שבו.
במסמך 5800 תוכנית אב למטרופולין ירושלים נכתב לגבי מערכת השטחים הפתוחים: "כדי לפתח את המודעות לחשיבות היערות העירוניים יש להקים מערך של שימור וטיפוח היערות ברמה השכונתית, ברמה הקהילתית וברמת בתי הספר" (עמוד 41), אולם טרם יושמה תוכנית כזו ביער הקהילתי של נווה יעקב ופסגת זאב.
בשנת 2019 הוגשה תוכנית לוועדה המחוזית ירושלים המייעדת שטח הנמצא בחלקו בתוך תחומי יער מיר ובשטח הנמצא בין יער מיר ממזרח לבין שכונת נווה יעקב ממערב, ברחוב הרב יוסף אליאך, להקמת מבני ציבור הכוללים תלמודי תורה, בית כנסת, מעון יום ומרכז תעסוקה ומסחר לשכונת נווה יעקב. יער מיר הוא מאחרוני השטחים הטבעיים בירושלים בהם מערכת האקולוגית של בתת-ספר מדבר הררית. בית גידול נדיר באיכויותיו לחי ולצומח של בתת-ספר המדבר באזור ירושלים עצומה. זהו מרחב רגיש מאוד וכל תהליך פיתוח בו עלול לפגוע באוכלוסיות חיות הבר ובפרט בצבאים (מתוך חוות דעת אקולוגית יער מיר של החברה להגנת הטבע).
טבע.
שטח היער בעל ערכיות אקולוגית גבוהה ומאופיין ברובו בבית גידול של בתה עשבונית וגריגה של ספר מדבר על פני ואדיות והרים. בתה עשבונית ובפרט בתת-ספר מדבר הוא בית גידול שהולך ונעלם בארץ, בשל לחצי פיתוח, בנייה, שימושים חקלאיים וייעור. אזור הבתה מתקיים בטווח קטן שונות רבה של מספר מטרים ומספקת מגוון של נישות, משאבים, מחסה, מזון ותנאים אקלימיים מקומיים. על כן, בתה היא בית גידול מועדף למינים רבים, ביניהם מינים נדירים וכאלו שנמצאים בסכנת הכחדה, אשר חלקם הם ”מתמחי בתה" (מתוך חוות דעת אקולוגית יער מיר של החברה להגנת הטבע).
צומח.
סקר הצומח האחרון בוצע ביער הקהילתי בשנת 2009 על ידי אבנר רינות. בין הממצאים המינים הנדירים: פרג מוארך, קערורית שיחנית, פרג זיפני, עפעפית עגולת עלים, לשון-פר איטלקית, עיריוני קצר, חלבלוב מרושת, כדן סגול, דבורנית צהובה, אירוס הסרגל, אכילאה קטנת פרחים, אפון קיפח, בוצין סיני, כפיות שעירות ועיריוני צהוב הנדירים באזור ירושלים ואריסימון תמים באזור ההרים הגבוהים. מיני הדגל שאותרו בסקר הם סתוונית היורה, כרכום חורפי, סייפן התבואה, פרגה אדומה, לוע-ארי גדול. נמצאו גם מינים אנדמיים למזרח אגן הים התיכון: אלקנה סמורה, אנדמיים לישראל: בוצין שיחני וסתוונית ירושלים, ומינים אנדמיים לישראל ושכנותיה: שערות-שולמית מצויות, דבקת האפונים, דבקת יהודה, דרדר כחול, זמזומית מצויה, חוחן הקינרס, לוענית גדולה, לוף ארץ-ישראלי, מרוות יהודה, עכנאי יהודה וחרשף מצוייץ. חוחן ארץ-ישראלי, מין אנדמיים ללבנט, בעל תחם תפוצה קטן וזיקה לחגורת הסְפָר, ופִילָגוֹן אֶרֶץ-יִשְׂרְאֵלִי שצומח באזורי אקלים ים-תיכוני, מדבריות ובתות הספר, אותרו בסקר הצומח והם מינים ברשימת המינים בסכנת הכחדה.
סה"כ תוארו 92 מיני צומח שונים בסקר הנ"ל המעידים על עושרו של תא שטח זה בצמחייה ומגוונה.
בסקר שנערך לא ניתן דגש לבעלי החיים בשטח אלא לצמחייה. אולם הסוקר כן ציין מספר פרטים לגבי החי באזור. נצפו 7 מיני יונקים: דרבן, חולד, צבי ישראלי (יפורט בהמשך), קיפוד, שועל מצוי, שפן הסלע ותן זהוב. אותרו 40 מיני עופות בשטח, ביניהם בז אדום שהוא מין בסכנת הכחדה, שרקרק מצוי שעתידו בסכנה ומספר מינים בסיכון נמוך בירושלים: תפוחית מצויה, עפרוני מצויץ, עקב חורף, חוגלה, חוגת העצים, כוס החורבות ונחליאלי לבן.
נצפו שני מיני זוחלים שעתידם בסכנה: חומט גמד וצב-יבשה מצוי. נצפו לטאה זריזה וחרדון מצוי צפוני. בעמוד היער בפייסבוק פורסם גם תיעוד תושבים משנת 2014 של זַעֲמַן מַטְבְּעוֹת וקרפדה ירוקה. הממצא השני מחזק את הערכת הסוקר ב-2009 כי ביער מקור מים עונתי, שיכול לשמש מקום מחיה אפשרי לדו - חיים. ערוץ הנחל הנמצא במרכזו של היער הקהילתי המכונה בעברית 'הנחל הנסתר' ובערבית ואדי אל ח'פי (מקור השם בערבית לא ברור) הוא נחל אכזב. המים זורמים בו בעוצמה בחורף, זרימה חזקה נצפתה גם בירידה בכמה מדרגות סלע היוצרים מפלים גועשים קרבת שכונת קמיניץ בנווה יעקב. זרימת החורף אף מותירה אחריה שלוליות חורף, המהוות בית גידול לדו - חיים, והרבה אחרי החורף מקווה מים לשתייה עבור שאר חיות היער.