עד מאי 2017, דאעש איבד כ-50% מעמקי מוהמנד ופצ׳ה בנפת אצ׳ין לצבא האפגני, ובתגובה לכך החל להתפשט שוב מערבה ומזרחה לעבר נפות נאזיאן, דה באלה וצ'פאראר כשהוא כובש מידי הטליבאן את אזור וואזיר-טנקי וטורה בורה האסטרטגים וממשיך בהפעלת רשתות הטרור בערים. הפעולות של הצבא הפקיסטני באזור השבטים הפדרלי נגד מיליטנטים במסגרת מבצע ח׳ייבר 3 וח׳ייבר 4, פגעו במידה מסוימת בנתיבי האספקה והגיוס של מחוז ח'וראסאן, אולם מאידך הובילו למעבר של לוחמים חדשים לשטחי דאעש. בנקודה זאת, מחוז כונר הסמוך לננגרהאר הפך בהדרגה לבסיס הלוגיסטי החשוב ביותר עבור הארגון במקום מחוז ח'ייבר הפקיסטני.
התבססות בכונר.
באמצע יוני 2015, כאשר מחוז ח'וראסאן היה במומנטום כיבוש שטחי טליבאן במחוז ננגרהאר, הקהילה הסלפית הגדולה במחוז כונר הסמוך הביעה מיד אהדה והזדהות עם הארגון, מכיוון שחלקה את אותם שורשים תאולוגיים והג'יהאדיסטים הכונרים היו מתוסכלים מהצורך להילחם נגד הממשלה תחת הטליבאן החנפי שנחשב בעיניהם כבעל ברית של פקיסטן. יחידים וקבוצות של סלפים מקונר נהרו לטריטוריות של דאעש בננגרהאר והצטרפו לארגון, ולוחמי טליבאן מקומיים החלו בהדרגה להביע נאמנות לדאעש. קבוצה של כ-40 לוחמי טליבאן סלפים מעמק דוואגאל בנפת צ'אווקאי שהסתכסכה עם הנהגת הטליבאן המקומית, יצאה למחנות האימונים של דאעש בנפת אצ'ין בננגרהאר, והלוחמים הכונרים פנו להנהגת דאעש המקומית והזמינו אותם להקים בסיסים בעמק שבו רוב האוכלוסייה הייתה פרו-דאע"שית. מאוחר יותר באותה שנה, הטליבאן עשה טעות דרסטית כאשר החליף את מושל המחוז מטעמו - קארי סייד במאולאווי באסיר. קארי סייד הממורמר שהיה מנהיג בולט במחוז, החליט להחליף נאמנות ולהישבע אמונים למדינה האסלאמית עם קבוצה של כ-40 לוחמים, והוזמן על ידי מטה דאעש בננגרהאר לבוא לביקור בטריטוריות. קארי חזר מביקור בננגרהאר בתחילת 2016, והניף עם לוחמיו את דגלי דאעש בכפרים שבשליטתו בעמק דוואגאל. הוא ארגן כינוסים המוניים בעמק לצורך גיוס לארגון, והרחיב את הקמפיין הפרו-דאעשי שלו לאזורים נוספים כמו עמק מזר ועמק באדל; כתוצאה מכך, הצטרפו אליו מאות כונרים.
בסוף 2016, קארי סייד הזמין משלחת של דאעש מננגרהאר לבקר בעמק דוואגאל. המשלחת בראשות שייח' אטאוללה ומוואלווי רבאני ערכו פגישות עם סייד ולוחמים או תומכים מקומיים, והכריזו על מספר כללים עבור המצטרפים החדשים. הם התרשמו שהאזור יכול להוות בסיס עורפי מוצק עבור דאעש לאור התמיכה המקומית. המשלחת חזרה עם מסקנותיה להנהגה בננגרהאר, ושבה לקונר כעבור חודשיים (בתחילת 2017) עם אישור מטעם המדינה האסלאמית להקים סניף במחוז כונר. כ-250 לוחמים נשבעו אמונים בפומבי לדאעש, וקארי סייד מונה למפקד מחוז כונר מטעם הארגון; דריסת הרגל הרשמית בכונר עודדה מפקדים סלפים רבים מהטליבאן להחליף צד. קארי סייד הגביר את מסע התעמולה הפרו-דאעשי ואף הביא מומחה לתעמולה מננגרהאר שעבד בחשאי 3 חודשים בשטחי הטליבאן בכונר והוציא לאור עשרות חוברות, עלונים ודגלים שחולקו על ידי אנשיו של סייד במחוז. כתוצאה מכך, 500 מקומיים נוספים נשבעו אמונים והשפעת הארגון במחוז התרחבה. דאעש החל ליישם את חוקי השריעה בטריטוריות החדשות שלו בכונר, אולם כדי לא לאבד את התמיכה המקומית נקט בתחילה בגישה רכה ואכף רק תקנות שנחשבו למקובלות על ידי מנהיגי השבטים המקומיים. הוא לא הכריח מקומיים להתפטר מעבודות ממשלתיות או לספק מזון ומקלט ללוחמיו וכיבד את החלטות מועצות הזקנים המקומיות.
באמצע 2017, בתגובה להתבססות הדאעשית בכונר, מושל הצללים של הטליבאן - מאולאווי באסיר יזם פגישה בהולה של הנהגת הטליבאן המקומית בכונר בטריטוריות הטליבאניות בעמק דוואגאל כדי לדון בדרכי התמודדות עם המתחרה החדש. בפגישה שנמשכה מספר ימים השתתפו מנהיגים ומפקדים רבים של הטליבאן בכונר, כולל מושלי נפות מטעם הארגון. ביום השלישי של הפגישה, הכפר שבו נערכה הפגישה הוקף בכ-500 לוחמי דאעש בפיקודו של קארי סייד, והם הורו לטליבאן להניח את נשקם ולהיכנע. בשל העדיפות המספרית, מפקדי הטליבאן נכנעו וחששו שיוצאו להורג בדומה למנהיגי ההתקוממות העממית-טליבאנית בננגרהאר ביולי 2015. למזלם, קארי סייד קיבל הוראה ממטה דאעש בננגרהאר לשחרר את הטליבאנים אם זקני השבטים המקומיים ידרשו זאת. הוראה זאת נבעה מהחשש לאבד את התמיכה העממית המקומית כפי שקרה בננגרהאר לאחר דיכוי ההתקוממות העממית. לאחר משא ומתן עם מנהיגי השבטים המקומיים בעמק, מפקדי הטליבאן הורשו לעזוב ולהשאיר את נשקם מאחור. באותו יום עמק דוואגאל הוכרז כנקי מהטליבאן, דבר שהיווה מכה עצומה למוניטין של הטליבאן בכונר. בעקבות כך, התרחשו גלי עריקה נרחבים בקרב הטליבאן בכונר, ותומכי דאעש ברחבי המחוז כבר לא חששו להצהיר על נאמנותם לארגון: קרי אזימולה למשל, שבעברו היה מפקד טליבאן ופעל בנפות מנוגאי ופצ'-דארה מתחת לפני השטח בהגברת התמיכה בדאעש, הקים מעוז דאעשי בפצ'-דארה ופתח בתעמולה איטנסיבית בנפות מנוגאי וצ'אפה דארה שגרמה לעריקה נרחבת בטליבאן שהגיעה למאות לוחמים.
במהלך 2017, מחוז ח'וראסאן הרחיב בהדרגה את השליטה הטריטוריאלית שלו בכונר על חשבון הטליבאן. לאחר התנגדות קצרה מצד הטליבאן, לוחמי דאעש מננגרהאר וכונר כבשו את עמק מזר האסטרטגי בנפת נורגל, ועד סוף השנה גם את עמק סוראיק ועמק קרונגל (בנפות וואטפור ופצ'-דארה). הניצחונות של דאעש גרמו לגלי עריקות נוספים, עד כדי שאפילו מושל הצללים של הטליבאן מאולאווי באסיר ערק לבסוף לדאעש עם קבוצה של כ-100 לוחמים. לוחמים זרים אוזבקים וטג'יקים החלו להופיע בטריטוריות, כמו גם נוריסטנים, פאשאים ופשטונים לא-כונרים ממחוזות אחרים. חשיבותו של כונר עבור מחוז ח'וראסאן עלתה במהירות לאור השחיקה המתמדת בננגרהאר מול הטליבאן, הצבא האפגני והצבא האמריקני. במקביל לכך, מדיניות אכיפת חוקי השריעה בכונר השתנתה והפכה לנוקשה יותר תוך התנגשות עם המנהגים המקומיים וקוד הפשטונאוולי, כשאלה שסירבו ליישמם אולצו לעזוב את הטריטוריות.
בדצמבר 2017, דאעש החל לראשונה לערוף ראשים של תושבים מקומיים בעמק דוואגאל שהפרו לשיטתו את חוקי השריעה. האכזריות של הארגון הובילה להתגייסות מקומית נגד הארגון; זקני השבטים במספר כפרים בעמק פנו לממשלה בבקשת תמיכה במאבק, והממשלה מצידה סיפקה תחמושת וציוד לכוח מקומי של 300 איש שהתקבץ באזורים מחוץ לשליטת הארגון. בינואר 2018, דאעש התמודד לראשונה בכונר עם התקוממות עממית: כוחות המרד פתחו בהתקפה על לוחמי דאעש בכפר צ'אמבל בעמק דוואגאל והרגו את מפקד דאעש המקומי. לאחר שחרור הכפר כוחות המרד הקימו בו עמדות מתוגברות בחיילי צבא אפגניסטן. עם זאת, כוח זה לא החזיק מעמד זמן רב; דאעש החליף את המפקד המקומי קארי סייד במופתי איסמעיל מננגרהאר, והלה אסף כוחות ופתח במתקפת נגד על הכפרים המורדים בעמק. הכוחות האפגנים וכוחות המרד נמלטו למרכזי הנפה ועזבו את בתיהם ורכושם. לאחר תבוסת כוחות המרד המקומיים, רוב התושבים המקומיים בכונר לא העזו להתקומם יותר נגד דאעש, והארגון הפך לחזק מתמיד במחוז כונר.
התבססות בג׳וזג׳אן.
צפון אפגניסטן נבדל מיתר המדינה בהרכבו האתני הבולט: האוזבקים, הטג׳יקים ובמידה פחותה גם הטורקמנים הן הקבוצות האתניות הדומיננטיות באזור, בעוד שהפשטונים מהווים בו מיעוט. מסיבה זאת, לתנועת הטליבאן הפשטונית היה קושי רב להתבסס באזור זה, ורק לאחר תהליך איטי שנמשך כ-10 שנים היא הצליחה להשיג אחיזה בקרב הקהילות האוזבקיות והטג'יקיות על ידי שילוב אוזבקים וטג׳יקים בפיקוד המקומי. גם לאחר מכן, הג'יהאדיסטים המקומיים שנלחמו בשם הטליבאן שמרו על אוטונומיה רבה ולעיתים נאמנותם לטליבאן הייתה חיצונית בלבד. בנפות הנידחות בדרומו של מחוז ג'וזג'אן - דרזאב וקוש-טפה שסמוכות למחוזות בלח' וסאר י-פול, הייתה נוכחות מינורית הן של הרפובליקה האפגנית והן של הטליבאן, ועד 2014 הן היו למעשה בשליטתן של קבוצות אוזבקיות בראשות קרי חכמתאללה, מופתי נמתאללה ומפקדים אוזבקים נוספים שפעלו רשמית תחת הטליבאן. תנועת הטליבאן השתמשה באזור כמקום מקלט ללוחמים ממחוזות שכנים, והחזיקה באזור לוחמים מועטים שבעיקר פיקחו מטעם הטליבאן על ההכנסות מגביית מיסים של המפקדים האוזבקים המקומיים. חכמתאללה ונמתאללה האוזבקים לא אהבו את ההתערבות הטליבאנית בטריטוריות שלהן ובמיוחד לא את הדרישות לתעד את ההכנסות מגביית מיסים ולהעביר נתח נכבד לתנועה. השניים זומנו לשימוע מול הנהגת הטליבאן בפקיסטן, והודחו לבסוף מהתנועה. בינתיים, בטריטוריות של חכמתאללה מצאו מקלט ג'יהאדיסטים אוזבקים וטג'יקים פרו-דאעש"ים מהארגונים ג'ונדאללה והתנועה האסלאמית האוזבקית שנמלטו מאימת הטליבאן בזאבול, תח’אר ובגלאן לאחר ניסיונות ההתבססות הכושלים שלהם בשם דאעש. חכמתאללה וקבוצתו שהיו כבר עוינים לטליבאן וחיפשו למתג את עצמם מחדש כדי לגרום סחף מקומי בקרב המיליטנטים המקומיים, פרסו את חסותם על הניצולים, והכריזו על עצמם בסוף 2015 כחלק ממחוז ח'וראסאן של המדינה האסלאמית.