ב-25 בדצמבר מסרה הוועדה את הדו"ח לבן-גוריון, ובו קבעה מפורשות כי "לבון לא נתן את ההוראה והמעשה לא בוצע בידיעתו". הדבר יצר משבר ממשלתי חריף. בן-גוריון יצא ל"חופשה" וב-31 בינואר 1961 התפטר מראשות הממשלה. אנשי מפא"י, שחששו לפעול ללא מנהיגם, הדיחו את לבון מתפקידו כמזכיר הכללי של ההסתדרות. בחירות חדשות, הבחירות לכנסת החמישית, נערכו באוגוסט. הממשלה החדשה שהוקמה לא נשענה על הרוב הגדול שהיה לממשלה הקודמת, והייתה תלויה בשותפים קואליציוניים שיכלו להפילה. לוי אשכול הוא שהביא להקמת הממשלה, והיה לבעל תפקיד מפתח. בן-גוריון, שעמד בראש הממשלה החדשה נראה מותש ונקמני. הממשלה והעומד בראשה התקשו להתמודד עם הבעיות שעמדו לפיתחה של מדינת ישראל - משבר המדענים הגרמנים במצרים, המאבק עם ארצות הברית בעניין הכור הגרעיני בדימונה ובעיות נוספות. מעל לכל אלו ריחפה "הפרשה" כעניין בלתי פתור, כנושא שנקבר באופן זמני, אך עדיין לא הגיע לכלל מיצוי.
ממשלתו של אשכול.
ב-16 ביוני 1963 התפטר בן-גוריון מראשות הממשלה, ונשאר חבר בכנסת. הוא נימק את התפטרותו ב"מניעים אישיים". נראה כי המדובר בהצטברות גורמים, ובהם "הפרשה". ישנה גרסה כי אחת הסיבות להתפטרות הייתה לחץ כבד מממשל קנדי שחשף את התוכנית הגרעינית הסודית של ישראל והפעיל לחץ לא מתון בנושא זה. למחליפו של בן-גוריון מונה לוי אשכול. אשכול, שמזה זמן רב סומן כ"איש שיהיה ראש ממשלה" (כפי שהכריזה כותרת ראיון בעיתון ידיעות אחרונות עם אשכול, כשבוע לפני התפטרות בן-גוריון) היה אמנם מאנשי "דור הביניים", אך נחשב לנאמנו של בן-גוריון ולממשיך דרכו. אשכול מינה את פנחס ספיר לשר האוצר, התפקיד בו נשא הוא בטרם מונה לראש ממשלה, אך כבן-גוריון, שמר לעצמו את תואר "שר הביטחון".
תדמיתו של אשכול הייתה של עסקן אפרורי, מאלו "היושבים בקומה החמישית". המועמדים הטבעיים למשרת שר הביטחון היו שמעון פרס ששימש שנים רבות כמנכ"ל המשרד, ולאחר מכן כסגן שר הביטחון, ושהיה בעל שורת הישגים ביטחוניים, ובמיוחד קידום הקשרים הביטחוניים עם צרפת והקמת הכור בדימונה, ומשה דיין, רמטכ"ל מבצע קדש, ובאותם הימים האישיות הביטחונית הראשונה במעלה. השארת תיק הביטחון בידי אשכול סימנה להם, כמו גם לבני דורם, כי דרכם אל ההנהגה חסומה, כל עוד דורו של אשכול, דור העלייה השלישית, בין החיים.
בתחילה התפטר דיין, אך לאחר משא ומתן חשאי שב לממשלת אשכול, "על מנת למנוע זעזועים", בתפקיד שר החקלאות. פרס המשיך בתפקיד סגן שר הביטחון.
אנשי "דור הביניים" ביצרו את מעמדם. זלמן ארן חזר לשרת בממשלה כשר החינוך והתרבות, פנחס ספיר מונה לשר האוצר, לאחר ששימש בתפקיד שר המסחר והתעשייה, וגולדה מאיר אף היא הייתה בעלת השפעה רבה. פרט לאבא אבן שמונה לסגן ראש הממשלה, נותרו "הצעירים" בעלי השפעה מועטה, רגליהם נדחקו, ומנהיגם, בן-גוריון, היה מחוץ למעגלי ההשפעה הפוליטיים.
בן-גוריון מחדש את המאבק.
פרישתו של בן-גוריון שפורשה כתוצאה של "הפרשה" איפשרה לו להשקיע את עיקר מאמציו בעניין זה, שהפך למעין דיבוק אישי. באוקטובר 1964 שב בן-גוריון והעלה את הנושא באוזני ראש הממשלה לוי אשכול, זאת על סמך בדיקתם של העיתונאי חגי אשד, עורך הדין אהרן חטר-ישי (לשעבר הפרקליט הצבאי הראשי) ועורך דין יצחק טוניק (לשעבר התובע הצבאי הראשי ולעתיד ראש לשכת עורכי הדין בישראל ומבקר המדינה), כי ועדת השבעה עיוותה את הדין. הייתה זו יריית הפתיחה במאבק שעתיד היה לפלג את מפא"י, ולהביא להקמת רפ"י, אך קדם לה מאבק ממושך מאחורי הקלעים.
אשכול, אשר עם מינויו לראשות הממשלה פעל בתיאום עם בן-גוריון ולפי הקווים שהתווה, הלך והתרחק מבן-גוריון. עם הצגת ממשלתו בכנסת, ב-24 ביוני 1963, הכריז אשכול כי הממשלה היא "ממשלת המשך" ודיבר על בן-גוריון במילים חמות כ"אחד מגדולי החזון וההגשמה של עמנו בכל הדורות", אך עד מהרה החל לפעול באופן עצמאי, ועורר עליו את זעמו של בן-גוריון. פעולות כפיוס עם תנועת חרות, שנואת נפשו של בן-גוריון האחראי לסיסמה "בלי חרות ומק"י" שבאה לידי ביטויה הבולט בהעלאת עצמות ז'בוטינסקי וקבורתו בטקס ממלכתי, הראו עד כמה התרחק אשכול מבן-גוריון.
הקרע הסופי הגיע בעת שנדונה הליכה ברשימה משותפת לכנסת עם אחדות העבודה, מה שעשוי להביא לצירופה למפא"י ואולי לחיזוק מעמדו של לבון ואף להשבתו למפא"י יחד עם קבוצת "מן היסוד". צירוף אחדות העבודה - פועלי ציון למפא"י היה צפוי גם לחזק את בני דור הביניים במפא"י במספר משמעותי של אישים, שהיו זהים עמם מבחינת הגיל או ההשקפה הפוליטית - ישראל גלילי, יצחק בן-אהרן, ישראל בר-יהודה ומשה כרמל וכן היה הדבר מביא לקדמת הבמה הפוליטית את יגאל אלון, יריבם המר של "הצעירים" במפא"י, ומתחרה על ההנהגה העתידית.
ככל הנראה, הפריעה לבן-גוריון ההתחברות לאחדות העבודה מן הסיבות המנויות לעיל, אולם, הפגיעה העיקרית הייתה בציפור נפשו של בן-גוריון, שינוי שיטת הבחירות, לה הטיף זה מכבר, אשר האיחוד בין אחדות העבודה ובין מפא"י הביא, למעשה, לזניחתה. כאשר פנה בן-גוריון אל אשכול בעניין "הפרשה" באוקטובר 1964 כבר היו השניים מסוכסכים, ובעלי היסטוריה קצרה אך רועמת של חילופי מכתבים זועמים, האשמות ומאמרים משמיצים.
ההתנגשות בין אשכול ובן-גוריון.
כאמור באוקטובר 1964 חידש בן-גוריון את המאבק. חמוש בדו"ח המשפטנים, פנה בתחילה לאשכול, ולאחר מכן לשר המשפטים, דב יוסף, כי יחקרו הן את השאלה "מי נתן את ההוראה" והן את "ועדת השבעה". אשכול, שהיה הרוח החיה מאחורי כינוס "ועדת השבעה", לא יכול היה להסכים לכך.
על פי ההיסטוריון שבתי טבת, בספרו "עונת הגז", נבעו חילוקי הדעות בין אשכול ובין בן-גוריון בעניין זה, מן העובדה שידידתו האינטימית של אשכול, דליה כרמל, אשר שימשה בזמן שירותה הצבאי כמזכירתו של בנימין גיבלי, סיפרה לאשכול כי זייפה מסמך, לבקשתו של גיבלי, אשר שימש כבסיס לזיכויו של גיבלי בוועדות השונות, ולהטלת האשמה על לבון. אשכול לא רצה לספר זאת באופן מפורש לבן-גוריון, אלא רמז כי "אחד מסר לו סוד, שהוא משנה כל הדבר", ובן-גוריון מצידו סבר כי "אם רק הוא שמע סוד - אינו קיים בשביל העולם".
לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה, מרדכי בן זאב, חיווה דעתו כי ועדת השבעה קיבלה על עצמה לקבוע עובדות בעניין שנוי במחלוקת מבלי שיהיה לה מעמד שיפוטי המוכר בחוק, וכי חוות דעתה אינה בעלת ערך מעבר להבעת דעתם האישית של השרים שהרכיבו אותה, החל בן-גוריון במאמצים לכנס את מרכז מפא"י על מנת שיחליט על חידוש החקירה.
משראה אשכול כי נראה שמרכז המפלגה יחליט על חידוש החקירה, נקט בצעד דרמטי, וב-15 בדצמבר 1964 הודיע על התפטרותו מתפקיד ראש הממשלה, שכן אינו חופשי להחליט ברצונו בעניין ממלכתי, הוא הקמת ועדת חקירה משפטית. ההתפטרות טרפה את קלפיו של בן-גוריון. עתה סירב בן-גוריון להופיע בפני מרכז המפלגה שכן "לא אשחית דברי על אוזן לא שומעת". שרי מפא"י ראו כי הם נדרשים לבחור בין עמדתו של בן-גוריון, שהיא בבחינת "יקוב הדין את ההר", לבין עמדתו של אשכול. רובם בחרו באשכול. לאחר הפצרות השרים, ולאחר שנשיא המדינה הטיל על אשכול להרכיב ממשלה, שב אשכול והרכיב את הממשלה, בהרכבה הקודם, בתוך שבוע ימים לאחר התפטרותו.
ועידת מפא"י בפברואר 1965.
עתה נותר לבן-גוריון רק פורום אחד שבפניו יכול להביא את עניינו, והוא ועידת מפא"י. כבר עם כינוס הוועידה התברר כי אנשי בן-גוריון הם במיעוט. מאמציו של "ממליך המלכים" במפלגת העבודה, שרגא נצר, להביא לכדי פשרה בין הניצים, נתקלו בחומה של סירוב מטעם אנשי הרוב, שראו הזדמנות להסיט מדרכם את מתנגדיהם. אנשי המיעוט, ביניהם משה דיין, שמעון פרס, יוסף אלמוגי, אבא חושי ואחרים לא כללו את כל מחנה "הצעירים" וכמה מנאמניהם לא עמדו לצידם, כאבא אבן, אריה אליאב, אברהם עופר ואשר ידלין. בפגישה דרמטית במלון "שרתון" בתל אביב, עשה אף נשיא המדינה, זלמן שזר, מאמץ להביא לפיוס בין אשכול ובין בן-גוריון, אך נכשל בכך.
בוועידה עצמה נשאו אישים מרכזיים במפלגה דברים חריפים ביותר כנגד בן-גוריון. משה שרת, אשר היה על ערש דווי, הגיע על כיסא גלגלים, ונשא נאום חריף נגד המנהיג בן ה-79. בסיומה של הוועידה נשא אשכול נאום שבו קרא להפסיק את העיסוק ב"פרשה" ולהקים את המערך החדש. הוא קרא לבן-גוריון - "תן לי אשראי!" בסיום הוועידה הצביעו רוב הצירים כנגד הצעת בן-גוריון לבירור "הפרשה" בוועדת חקירה משפטית. הוועידה עסקה אף בעניין המשא ומתן עם אחדות העבודה. הצעת אנשי המיעוט הייתה כי המשא ומתן ינוהל בתנאי שתהיה הסכמה כי הדבר לא יפגע ביוזמה לשינוי שיטת הבחירות. גם הצעה זו נדחתה ברוב קולות.
היה ברור כי עתה הייתה מפלגת השלטון בשלה לתת גט כריתות למנהיגה מזה שלושים שנה, אך בן-גוריון עדיין לא ויתר. ב-3 ביוני 1965 העמיד בן-גוריון את עצמו כמועמד המפלגה לראשות הממשלה, אך מרכז מפא"י בחר ברוב גדול דווקא את אשכול.
הקמת המפלגה.
הסכסוך בין אשכול ובין בן-גוריון, הביא בסוף מאי 1965 לפרישתם של יוסף אלמוגי ושל שמעון פרס מן הממשלה, לאחר שמשה דיין כבר היה מחוץ לממשלה מאז חודש נובמבר 1964.
ב-26 במאי 1965 נערך כנס של אנשי "המיעוט", באביחיל. יזהר סמילנסקי אשר היה הנואם המרכזי, הזהיר מפני "הרתיעה מוויכוח פומבי וחופשי, אי הסובלנות, להיפטר מבעלי דעה אחרת". על אף שמינויו של אשכול כמועמד מפא"י לראשות הממשלה היה עדיין רחוק מספר ימים, נראה כי כלה ונחרצה עם חברי המיעוט לפרוש ממפא"י.