בעוד שהפרושים ראו בסנהדרין ובנציגי העם שותפים מלאים לשלטון, העדיף ינאי לשלוט ללא שותפים. הפרושים ראו בכך סטייה מהחלטת מועצת העם בימי שמעון, אשר היוותה את הבסיס לשלטונו של ינאי. הסכסוכים הפנימיים האלו הובילו בסופו של דבר למלחמת אחים, שכתמריץ לה שימשה העדפתו של ינאי את סיעת הצדוקים, וסכסוך עם גיסו, שמעון בן שטח, ראש סיעת הפרושים. הסכסוך נמשך 6 שנים, ולפי עדותו של יוסף בן מתתיהו הפיל חמישים אלף הרוגים, כשינאי מדכא את ההתקוממות באכזריות רבה בעזרת חיל שכירים. במסגרת הענישה הוא הורה להמית בצליבה כשמונה מאות מורדים. אף על פי שהמספרים נחשבים בעיני חוקרי זמננו כמופרכים מעיקרם, יש בהם כדי להצביע על עוצמת הבעייתיות שבתחומי ממלכתו של אלכסנדר ינאי.
צוואת ינאי.
כאיש מלחמות ניהל אלכסנדר ינאי את ממלכתו, וכאיש מלחמות נהרג בשעה שצר על אחת הערים בעבר הירדן המזרחי. בשנות מלכותו האחרונות ביקש לאחות את הקרע בינו לבין העם, ואף ציווה על אשתו, שלומציון אלכסנדרה, להשלים עם הפרושים, כי הבין לבסוף שמלך לא יוכל לשלוט בעם על חודם של כידונים ולהתבסס על חיל שכירים.
בשעה שנפטר ינאי, בשנת 76 לפנה"ס, התפלגה ירושתו והתפצלה לשלושה בעלי תפקידים: אשתו שלומציון נטלה את כתר המלוכה, בנה הבכור, הורקנוס השני, היה לכוהן גדול והפיקוד על הצבא נמסר לבן הצעיר, יהודה אריסטובולוס השני.
האם הייתה זו צוואתו של ינאי או יוזמתה של שלומציון, אין לדעת בבירור. על כל פנים, שלומציון הייתה מנועה כאשה מלשמש בתפקיד כהונה וגם הפיקוד על הצבא היה זר למגדרה ולהכשרתה. פעולה זו הייתה טובה כדי לקרב את לב הפרושים אליה, שכן עניין זה - האחיזה בשני הכתרים: כתר הכהונה הגדולה וכתר המלכות ואף הפיקוד על הצבא - היה למורת רוחם של הפרושים ועורר את חמתם על בית חשמונאי.
יחס שלומציון לפרושים.
שלומציון, לאור צוואת ינאי ומתוך ראייה פרגמטית, קידמה את סיעת הפרושים: היא הכירה בתקנותיהם והעניקה להם תפקידים מדיניים חשובים, עד כדי כך שהשפעתם על קביעת המדיניות הייתה רבה ביותר. את הפרושים הנהיג שמעון בן שטח, שלפי המסורת היה אחיה של שלומציון. הוא היה נשיא הסנהדרין ומשנה לו היה יהודה בן טבאי כאב בית הדין. ביוזמת שניהם הייתה התקופה מבורכת בפעילות משפטית ותחיקתית. במסכת אבות מובא משמו של שמעון בן שטח המשפט החשוב הבא: "הווי מרבה לחקור את העדים והווי זהיר בדבריך, שמא מתוכם ילמדו לשקר" (אבות א' ט').
שמעון בן שטח ביקש לחזק את חיי המשפחה בישראל ולצורך זה דאג להרמת קרנה של האשה וניסח תקנות וחוקים להבטחת מעמדה. כך למשל, הוא הקשה על גירוש האשה, כדי שהבעל לא יפעל מתוך פזיזות וקלות דעת. כן דאג לגרושות ולאלמנות ואף נתן דעתו לחינוך הילדים בתקנתו: "שיהיו תינוקות הולכים לבית הספר" (תלמוד ירושלמי, כתובות ח' י"א).
הצדוקים נדחקים לפינה.
מגמת קירובם של הפרושים לשלומציון ומסירת ענייני המדינה הפנימיים בידיהם, גרמה לכירסום במעמדם של הצדוקים (האצולה המקורבת לבית חשמונאי). הם הורחקו לאט-לאט מהשפעתם הגדולה, כמו מן הסנהדרין, אבל כדי שלא יראו עצמם מקופחים הפקידה שלומציון בידיהם את רוב המבצרים בשטחי הממלכה וכן הם הוסיפו להחזיק גם בכל המשרות החשובות בצבא.
מצב זה גרם לכך שנוצרה ברית אמיצה בין הצדוקים, האצילים ומפקדי הצבא לבין אריסטובולוס, בנה הצעיר של שלומציון. הוא ראה בדאגה את התחזקותם של הפרושים וקיווה כי יעשה יד אחת עם הצדוקים כדי לתפוס את רסן השלטון. הוא ראה בהם, בצדוקים, כמי ששלטו על המבצרים והחזיקו בתפקידים בכירים בצבא, שותפים אידיאליים להתחזקות כוחו.
הנה כי כן, מתחת לפני השטח החריפו בימי שלומציון מתחים בין כוחות מתחרים ביהודה, שעתידים להתפוצץ לאחר מותה.
מדיניות החוץ של שלומציון.
בתחום זה הייתה מדיניותה של שלומציון מתונה. היא השלימה את המצור על רגב (השטח היחיד שנוסף לממלכה בזמנה), שבו החל בעלה ודאגה לחזק את ממלכתה ובעיקר את צבאה, ומשום כך, כנראה, לא הותקפה הממלכה על ידי שכניה. שלומציון מנעה את סכנת פלישתו של טיגרנס מלך ארמניה ליהודה. היא העדיפה לפייס אותו במתנות במקום להתמודד עמו בשדה הקרב והצליחה.
עם מותה של שלומציון בשנת 67 לפנה"ס באה אל קיצה תקופת הזוהר של בית חשמונאי, והחלה תקופה של ריב אחים ושקיעה. ההיסטוריון צבי גרץ כותב כי "כשם שהייתה שלומית אלכסנדרה (היא שלומציון) המלכה האחת ביהודה, אשר נשאר שמה לזיכרון כבוד בדברי ימי עמה, כן הייתה גם המלכה האחרונה לעם יהודה החופשי והעומד בזכות עצמו".
מלכי חשמונאי האחרונים.
הריב בין הורקנוס ואריסטובולוס.
לאחר מותה של שלומציון, נותרו שני בניה הורקנוס השני, הבכור, ואריסטובולוס השני הצעיר. הורקנוס היה לכאורה הזכאי לתואר המלוכה, ואף שירת כבר ככהן הגדול. אך אריסטובולוס, הצעיר והנמרץ ממנו, היה בעל מוטיבציה אדירה לזכות במלוכה. לאחר שאריסטובולוס העלה צבא על ירושלים, נאלץ הורקנוס לוותר על המלוכה. הוויתור נערך במעמד חגיגי בבית המקדש והשניים אף השיאו את בנו של אריסטובולוס, אלכסנדר, לבתו של הורקנוס, אלכסנדרה. נראה כי היה זה מטיבו של הורקנוס, הפאסיבי וחסר השאיפות, לוותר לאחיו, וכי ההדורים יושרו.
כאן עולה על במת ההיסטוריה של עם ישראל משפחה אשר לפי דברי ההיסטוריון צבי גרץ נצמדה אל החשמונאים כערפד ומצצה את דמם. אנטיפטרוס היה נכבד אדומי, אשר הפך ליועצו של הורקנוס, ושכנע אותו כי ויתורו על המלוכה היה שגיאה, ועליו לתקנה. שניים אלו חברו אל חרתת מלך הנבטים, ויחד עמו עלו על ירושלים, ושמו עליה מצור.
בואו של פומפיוס.
בעוד אלו רבים ביניהם, מעשים הרי עולם התרחשו באזור: גנאיוס פומפיוס מגנוס, אחד מהאנשים החזקים ברומא, ערך מסע מלחמה נוסף לאסיה הקטנה כנגד מיתרידטס השישי, מלך פונטוס. במסגרת מלחמה זו כבש פומפיוס את ממלכת הסלאוקים, והפכה לפרובינציה בשם סוריה. האחים הניצים, שראו צבא אדיר חונה לידם, פנו אל פומפיוס כי יכריע ביניהם.
בפני פומפיוס הופיעו שלוש משלחות. אנשי הורקנוס, אנשי אריסטובולוס, ואנשי "העם" אשר דרשו לבטל את שלטון בית חשמונאי, אשר הפך את שלטון הכוהנים לשלטון מלכים. פומפיוס שמע את המשלחות, אך נמנע מלהחליט. לבסוף, בשנת 63 לפנה"ס חדר עם חייליו אל הארץ, כבש את ירושלים, אסר את אריסטובולוס, חילל את קודש הקודשים, והכריז על הורקנוס כ"אתנרך" דהיינו "נשיא העם", תואר הפחות מן התואר "מלך". אנטיפטרוס הפך לשליט בפועל, וניהל את ענייני הממלכה. חלקים נרחבים מן הממלכה נקרעו ממנה והפכו לפוליס חופשיות, ובהן ערי שפלת החוף, שומרון ובית שאן, וערים רבות בעבר הירדן (קבוצת ערים זו נקראה דקאפוליס).
התערבות זו סימנה את סופה של ממלכת החשמונאים העצמאית. אומנם הורקנוס, ולאחריו מתתיהו אנטיגונוס, עוד ישלטו ביהודה, במידה זו או אחרת של עצמאות, אך הדרך אל השיעבוד המלא לעול הרומאים נפתחה. תחת עול הרומאים מחד, ושאיפותיהם של אנטיפטרוס ובנו הורדוס מאידך, הסתמן בבירור סופה של השושלת החשמונאית, ועמו סופו של פרק זה של עצמאות ישראל בארצו.
שלטון הורקנוס.
שלטונו של הורקנוס כ"אתנרך" לא היה יציב. אלכסנדר השני, בנו של אריסטובולוס ונכדו של אלכסנדר ינאי, מרד. יוספוס פלביוס טוען שהמנהיג אלכסנדר גייס צבא גדול וכבש את ירושלים. אלכסנדר לקח לעצמו את משמרת בית המקדש. שמו העברי של אלכסנדר השני היה יונתן, כשם סבו ינאי. אלכסנדר כמעט שם קץ לשלטונו של הורקנוס. הורקנוס ברח מירושלים ואלכסנדר בנה מחדש את חומתה. גביניוס הרומאי חדר לארץ, יצא למלחמה לקראת אלכסנדר ואלכסנדר הסגיר אליו את המבצרים הורקניה ומכוור ואחרי כן גביניוס השיב את הורקנוס לירושלים ונתן לו מחדש את משרת הכהונה הגדולה.
לאחר מכן, בימי מלחמת האזרחים של יוליוס קיסר, ניסה קיסר להחזיר לארץ את אריסטובולוס לשלטון בראש שני לגיונות רומים, אך אריסטובולס הורעל. לאחר מותו של אריסטובולוס, הוצא להורג על ידי נאמני פומפיוס אף בנו אלכסנדר.
בתקופה זו התחזק מאוד מעמדו של אנטיפטרוס, וכן של בניו פצאל והורדוס אשר מונו למושלי מחוזות, וחיזקו את כוחם תוך כדי שהם מתמרנים בין שליטי רומא המתחלפים - יוליוס קיסר, מרקוס אנטוניוס ואוגוסטוס, ונאמנותם לשליט קונה להם מעמד ועמדות כוח על חשבון כוחו המידלדל של בית חשמונאי. בצעד שיביא אסון על בית חשמונאי השיא הורקנוס הזקן את נכדתו מרים החשמונאית להורדוס.
שלטון מתתיהו אנטיגונוס.
אחרון מלכי חשמונאי היה מתתיהו אנטיגונוס. בנו הצעיר של אריסטובולוס השני, ראה במותם הטראגי של אביו ואחיו, ובשעבודו של דודו לרומאים ולעושי דברם אנטיפטרוס והורדוס. בשנת 40 לפנה"ס פלשו הפרתים לסוריה. הורקנוס נלקח בשבי, ונשלח לבבל, לאחר שאוזנו קוצצה, על מנת לפסול אותו מלשמש בכהונה הגדולה. פצאל, אחי הורדוס התאבד בכלאו, ואילו הורדוס נמלט לאדום. אנטיגונוס ישב עתה על כס אבותיו בירושלים, ונשא את התואר מלך.
הורדוס מצא את דרכו אל מרקוס אנטוניוס שליט החלק המזרחי של האימפריה הרומית. בהסכמה עם שותפו לשלטון אוגוסטוס, ששלט על החלק המערבי, החליטו השניים למנות את הורדוס למלך יהודה, ושלחו ביחד עם הורדוס צבא על מנת להשליטו על יהודה. לאחר מלחמה עזה נלכד אנטיגונוס והוצא להורג, בשנת 37 לפנה"ס, והורדוס היה למלך יהודה.
אלכסנדרה השלישית.