ההר תחום ממזרח בנחל קדרון המפריד בינו לבין רכס הר הזיתים; הגיא המרכזי (המכונה עמק הטירופיאון) ממערב (רחוב הגיא) ובנחל בית זיתא מצפון. צדו הדרומי תחום בשלוחת 'גבעת העופל', ממנה משתפלת גבעת עיר דוד.
בעקבות בניית רחבת הר הבית בידי המלך הורדוס בהר הבית במאה ה־1 לפנה"ס (ראו להלן), נעלם כמעט כליל תוואי ההר הטופוגרפי המקורי, ו"נקבר" תחת הרחבה הגדולה ומאחורי קירות התמך שבנה הורדוס. רחבה גדולה זו "גולשת" מעבר לגבולות ההר הטופוגרפי, ונשענת גם על הר ציון מדרום־מערב, ועל רכס בית זיתא מצפון. גובה הרחבה מעל פני הקרקע בנקודה הגבוהה ביותר (בפינת הכותל המזרחי והכותל הדרומי), מגיע לכדי 50.6 מטרים.
במהלך בניית המתחם הושארה פסגתו המקורית של הר המוריה כשהיא בולטת מתוך הרחבה, בחלק המכונה היום בערבית: 'מצטבא', בפסגת הר הבית. פסגה זו אינה ממוקמת במרכז הרחבה, אלא בחלק המערבי של המתחם, ומהווה את רצפתה של כיפת הסלע, אותה סובבים המבקרים במקום. על פי השיטה המרכזית במסורת היהודית, נקודה זו היא אבן השתייה, ממנה הושתת (נבנה) העולם, והיא מקום קודש הקדשים שבמקדש, אך יש הקובעים את מקום אבן השתייה מצפון, ממערב או מדרום למקום זה, ובהתאם לכך את מקום המקדש כולו.
היסטוריה.
תקופת בית ראשון.
על פי המקרא, כאשר חולקו הנחלות לשבטי ישראל, נשארה ירושלים עיר יבוסית מבוצרת שנקראה "יבוס". דוד המלך החליט לכבוש את יבוס והפך אותה לבירת ממלכתו, ומאז שמה 'עיר דוד'. הר הבית היה אז מחוץ לעיר, ועל פי המקרא שימש כגורן של ארוונה היבוסי שהיה מלך. דוד קנה מארוונה את הגורן בחמישים שקלי כסף, בעקבות אירוע עצירת מגפת דבר שאיימה על ירושלים. הוא בנה שם מזבח, והקריב שם קורבן לאלוהי ישראל כדי לעצור את מגפת הדבר שפגעה בעם, כעונש על המפקד שערך דוד. דוד תכנן להקים את בית המקדש במקום, ואף החל לעשות זאת, אלא שגד הנביא עצר בעדו והורה לו להשאיר את המלאכה לבנו שימלוך אחריו. בנו שלמה בנה את בית המקדש הראשון על הר הבית בערך בשנת 967 לפנה"ס, סביב אבן ענקית שהייתה במקום, המכונה "אבן השתייה". יש הסוברים כי סביב אותה אבן עמד בעבר מקדש יבוסי פגני, לעומת זאת על פי פשט המקרא נראה שהמקום שימש כגורן של ארוונה היבוסי שנשאר שם אף לאחר כיבוש העיר.
על פי המקרא, הוקם בית המקדש הראשון בהר הבית כמקדש לאלוהי ישראל על ידי שלמה המלך. בית המקדש שימש כמרכז פולחני, דתי, ולאומי, שבו נמצאו הכהנים והחכמים. מבנה בית המקדש היה על בסיס תבנית המשכן אותו הקים משה במדבר סיני, אך בממדים גדולים יותר ובשכלול ופאר רבים יותר. ארכאולוגים שונים מצאו הקבלות במספר פרמטרים בין המקדש לבין מקדשים אחרים בלבנט העתיק. על פי המתואר בתנ"ך, התקיימה במקדש בתקופות מסוימות גם עבודת אלילים, במיוחד בתקופת מנשה המלך. בית המקדש הראשון עמד על תילו עד 586 לפנה"ס, עת ערך נבוכדנאצר מלך בבל מסע עונשין נגד ירושלים המורדת, החריב את העיר ואת המקדש, בזז את כלי המקדש והגלה את שארית העם היהודי שנותר בארץ לאחר גלות יהויכין.
תקופת בית שני.
כורש מלך פרס, שהעניק חופש פולחן דתי לעמים רבים, פרסם את הכרזת כורש, אשר על פי המקרא מזכירה באופן פרטני את בנייתו המחודשת של בית המקדש בירושלים. במסגרת הצהרה זו איפשר כורש את שיבת ציון – חזרת הקהילה היהודית מגלותה בבבל לארץ ישראל.
על פי המקרא, חידוש בניית בית המקדש השני (שהושהתה בעקבות מכתבי השטנה ששלחו הכותים למלך פרס) היה בשנה השנייה למלכות ארתחשסתא מלך פרס. על פי חז"ל היה זה בשנת 3410 לבריאת העולם, ועל פי המחקר היה זה בשנת 516 לפנה"ס. מבנה בית המקדש השני, בראשיתו, היה קטן יחסית לבית המקדש הראשון, ובדומה לו, שימש כמרכז רוחני, ציבורי, משפטי וכלכלי, שבו ישבו הסנהדראות השונות, הקטנות והגדולות. במשך רוב שנות קיומו התקיים בו הפולחן היהודי, גם תחת שליטים זרים.
חריגה מכך ארעה בידי אנטיוכוס הרביעי הסלאוקי בשנת 169 לפנה"ס, כאשר יאסון הכהן הגדול המודח ניסה לכבוש את ירושלים מחדש בעזרת בית טוביה. אנטיוכוס שאולץ על ידי הרומאים להפסיק את המצור על אלכסנדריה שבמצרים, עלה על ירושלים והר הבית, שינה את שמה לאנטיוכיה, בזז את אוצרות בית המקדש והפך את מקום המקדש למקום פולחן לאל היווני זאוס, פולחן שכלל העלאת קורבנות חזיר, חיה טמאה בעיני היהודים ואסורה להקרבה על פי התורה. תופעה זו של הקרבת חזיר היא אחד הגורמים לפרוץ מרד החשמונאים, שהוביל לעצמאות יהודית בארץ ישראל, ולהחזרת עבודת הקרבנות וטיהור המקדש.
בעקבות סכסוך ירושה בין צאצאי החשמונאים, באביב 63 לפנה"ס, עלה עם צבאו מדמשק גנאיוס פומפיוס מגנוס המפקד הרומאי של אסיה הקטנה, לאחר שהכריע בשאלת המלוכה לטובת הורקנוס השני על פני אחיו אריסטובולוס השני. אריסטובלוס ונאמניו לא קיבלו את הדין והתבצרו בסרטבה ובהר הבית. לאחר שאריסטובלוס ונאמניו בסרטבה נכנעו, המשיכו אנשיו להתבצר בהר הבית, דבר שהביא את הרומאים לצור על ההר, להקים דייק סביבו ולשפוך סוללות בצפונו ובמערבו. לאחר מצור שארך שלושה חודשים כבשו בשבת את ההר והרגו באלפי המגינים. פומפיוס נכנס בעצמו לקודש הקודשים, אך לא פגע במבנה, ואיפשר את המשך עבודת הכהנים תחת כיבושו. (ראו גם כיבוש ירושלים על ידי גנאיוס פומפיוס מגנוס).
בניין הורדוס.
במאה האחרונה לקיומו של בית שני (במחצית השנייה של המאה ה־1 לפנה"ס), הרחיב המלך הורדוס את הר הבית משמעותית, ועל פי יוסף בן מתתיהו למעשה הכפיל את שטחו, ובנה את המתחם בעל צורת הטרפז הניכר עד היום. הורדוס גם בנה סטווים סביב (פרט לצד המזרחי שכבר עמד בו סטיו קדום יותר).
יש אומרים שהורדוס פילס את כל רחבת הר הבית המוכרת לנו כיום באמצעות בניית קשתות וקירות תמך, ומילוי מלאכותי של אדמה, אך אין אזכור לכך בתיאוריו של יוסף בן מתתיהו שמספר רק על פילוס באמצעות מילויים באזור ה'תחום המקודש השני' (התחום הפנימי המקודש יותר שתחם את בית המקדש והעזרה). בתחום זה נבנה מחדש בית המקדש כמבנה מפואר וגדול – גולת הכותרת של המפעלים ההנדסיים בירושלים, ובעולם כולו עד אותה העת.
הורדוס שינה לחלוטין את הטופוגרפיה של אזור הר הבית לצורך הרחבת מתחם הר הבית. קודם לפעולת ההרחבה, היה הר הבית רבוע, וממדיו היו 500 אמה על 500 אמה (250 על 250 מטרים). מדרום להר הבית עמדה מצודה (כנראה החקרא). הורדוס הרחיב את שטח הר הבית לשלושה כיוונים (עיקר ההרחבה הייתה לכיוון דרום, וצפון, והרחבה מועטת הייתה לכיוון מערב). בפי מורי דרך ומדריכים במקום נהוג לומר שהורדוס שיטח את ההר שהיה צפונית להר הבית וגבוה ממנו, מילא את העמק הקטן שהבדיל ביניהם, וכך אפשר בניית רחבה ישרה לכיוון צפון, אך פרט זה אינו נזכר במקורות ההיסטוריים, ומדובר בהשערה בלבד. כמו כן הקים הורדוס את מצודת האנטוניה, בסמוך לרחבת ההר מצפון.
בחומה המזרחית של הר הבית ניתן לראות עד ימינו את 'קו התפר' – הנקודה בה מתחברת הבנייה החשמונאית עם הבנייה ההרודיאנית הנשענת עליה, המרחיבה את הר הבית לכיוון דרום. תפר זה נמצא 32 מטרים צפונית לקצה הדרום מזרחי של חומת הר הבית של ימינו. תיאור העבודות מופיע בספר "קדמוניות היהודים" של יוסף בן מתתיהו, ולפיו לא פסקה הקרבת הקרבנות בעת עבודות ההרחבה. מקדש הורדוס נודע עד מהרה כפנינה אדריכלית, כמתחם המקודש הגדול ביותר בעולם העתיק, וכמיזם הבניה הגדול ביותר בארץ ישראל עד ימינו.
ממצאים ממיזם הורדוס הם שרידי מרפסת בית התקיעה, והסורג עם הכתובת האוסרת את מעברם של מי שאינם יהודים מרחבת הר הבית לתוך הרחבה המקיפה את בית המקדש.
הבית השני עמד על תלו עד שנת 70 לספירה. בשנה זו, 3830 לבריאת העולם, בי"ז לחודש תמוז, נכבשה ירושלים בידי טיטוס המצביא הרומאי במהלכו של המרד הגדול, שהחריב ושרף את בית המקדש השני.
שלהי התקופה הרומית.
בשנת 130 לספירה ביקר הקיסר אדריאנוס בארץ והחליט להקים בירושלים עיר רומית בשם איליה קפיטולינה. ידוע שהתכוון לבנות על הר הבית מקדש ליופיטר, אך העדויות ההיסטוריות על הקמתו בפועל של מקדש זה הן ספורדיות, והעדר החפירות הארכאולוגיות על ההר אינו מאפשר להכריע האם אכן נבנה מקדש כזה, אמנם יש דעה בודדת של האדריכל, טוביה שגיב, המשייכת את סגנון בניית המתחם הכולל את כיפת הסלע ומסגד אל־אקצא לדפוס בנייה שהיה נהוג בכמה מקומות בעולם בהם הוקם מקדש ליופיטר, לפי שיטה זו, לא המוסלמים הם אלו שבנו את שני המבנים הללו אלא הם עשו שימוש במבנים קיימים. החוקרים נחלקים אף בשאלה האם הקמת מקדש הקפיטוליני (מתחם מקודש עבור האלים יופיטר, יונו ומינרווה) בהר הבית זה היה בין הגורמים המרכזיים לפריצת מרד בר כוכבא, או שמא מדובר בצעד ענישתי שנעשה לאחר דיכוי המרד, ונועד לטשטש את הסממנים היהודיים בארץ, כמו גם שינוי שמה של ארץ ישראל ל"פלשתינה".
מרבית החוקרים נוטים לדעה כי המורדים לא הצליחו להגיע לירושלים, אולם יש מהחוקרים המחזיקים בדעה הפוכה, ואף כאלו המרחיבים אותה ודורשים כי אכן שוקם המקדש, או לכל הפחות, שוקם המזבח והקריבו עליו קורבנות.
לאחר דיכוי מרד בר כוכבא, נאסר על היהודים להתיישב בירושלים.
השלטון הרומי הנוצרי.