לחימה נוספת נמנעה ב-12 בנובמבר כאשר נחתם הסכם ארדוט על ידי שר ההגנה בפועל, מילאן מילנוביץ ', על פי הוראות שהתקבלו מסלבודן מילושביץ' ופקידי הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה. בהסכם נקבע כי יש להחזיר את השטח הכבוש שנותר לקרואטיה, תוך תקופת מעבר של שנתיים. ממשל המעבר החדש באזור של האו"ם(UNTAES) הוקם כרשות המעבר של האו"ם למזרח סלאבוניה על ידי החלטה 1037 של מועצת הביטחון של האו"ם מיום 15 בינואר 1996. ההסכם מבטיח גם זכות הקמת מועצה משותפת לעיריות לקהילה הסרבית המקומית בקרואטיה. לאחר מכן הוארכה תקופת המעבר בשנה. ב-15 בינואר 1998 הסתיים מנדט UNTAES וקרואטיה קיבלה שליטה מלאה על האזור. כאשר ה-UNTAES החליפו את משימת UNCRO,חצי האי Prevlaka, שהיה בעבר בשליטת UNCRO, הועמד תחת שליטת משימת המשקיפים של האו"ם ב-Prevlaka (UNMOP). UNMOP הוקמה על ידי החלטת מועצת הביטחון של האו"ם 1038 מיום 15 בינואר 1996 והסתיימה ב-15 בדצמבר 2002. מהלכו אלו סימלו סופית את סוף המלחמה ואת הקמתה של מדינת קרואטיה על כל שטחי קרואטיה.
תוצאות.
נפגעים ופליטים.
מרבית המקורות מציבים את מספר מקרי ההרוגים במלחמה בסביבות 20,000. לדברי ראש הוועדה הקרואטית לנעדרים, אל"ם איוון גרוג'יץ ', קרואטיה ספגה 12,000 הרוגים או נעדרים, כולל 6,788 חיילים ו-4,508 אזרחים. מקור אחר נותן נתון של 14,000 הרוגים בצד הקרואטי, מתוכם 44% אזרחים. בנתונים הרשמיים משנת 1996 מופיעים גם 35,000 פצועים. איבו גולדשטיין מציין 13,583 הרוגים או נעדרים, ואילו ההיסטוריון האנגלו-קרואטי מרקו אטילה הואר מדווח על המספר שהוא 15,970 (תוך ציון נתונים מינואר 2003 שהוצג על ידי החוקר המדעי דראזן ž יביץ '). במהלך המלחמה דווח כי קרוב ל-2,400 איש נעדרים. מרכז התיעוד לזכר מלחמת המולדת פרסם נתונים חדשים, בהם עולה המספר של 22,211 הרוגים או נעדרים במלחמה: 15,007 הרוגים או נעדרים בצד הקרואטי ו-7,204 הרוגים או נעדרים בצד הסרבי. 1,077 מההרוגים בשטחי הרפובליקה של קרג'ינה הסרבית היו לא-סרבים.
בשנת 2010 ממשלת קרואטיה ביקשה לקבל מידע על 1,997 נעדרים מאז המלחמה. נכון לשנת 2009 היו יותר מ 52,000 אנשים בקרואטיה הרשומים כנכים עקב השתתפותם במלחמה. נתון זה כולל לא רק את הנכים הגופניים עקב פצעים או פציעות שנגרמו, אלא גם אנשים שבריאותם התדרדרה בגלל מעורבותם במלחמה, כולל אבחנות של מחלות כרוניות כמו מחלות לב וכלי דם וכן הפרעת דחק פוסט-טראומטית (PTSD).בשנת 2010 מספר האנשים שאובחנו על ידי PTSD במלחמה היה 32,000.
על פי מקורות סרביים, כ-120,000 סרבים נעקרו משנת 1991 עד 1993, וכ-250,000 נעקרו לאחר מבצע סערה. מספרם של הסרבים העקורים היה 254,000 בשנת 1993, צנח ל 97,000 בתחילת 1995 ואז עלה שוב ל 200,000 בסוף השנה. מרבית המקורות הבינלאומיים מציבים את המספר הכולל של הסרבים העקורים סביב 300,000. על פי נתוני אמנסטי אינטרנשיונל 300,000 עקרו משנת 1991 עד 1995, מתוכם 117,000 נרשמו רשמית כשחזרו החל משנת 2005.
דו"ח משנת 2013 של תוכנית הפיתוח של האו"ם (UNDP) בקרואטיה תחת הכותרת 'הערכה של מספר נפגעי האלימות המינית במהלך מלחמת המולדת בשטחה של הרפובליקה של קרואטיה וצורות אופטימיות של פיצויים ותמיכה בקורבנות', קבע את ההערכה קורבנות (משני המינים) של אונס וסוגים אחרים של תקיפה מינית משני הצדדים המונים בין 1,470 ל-2,205 או 1,501 ו-2,437 קורבנות. מרבית הקורבנות היו לא סרבים שהותקפו בידי סרבים.
ב־29 במאי 2015, העביר הפרלמנט הקרואטי את החוק הראשון במדינה שמכיר באונס כפשע מלחמה - החוק לזכויות נפגעי אלימות מינית במהלך התקיפה הצבאית נגד הרפובליקה של קרואטיה במלחמת המולדת. החקיקה, שמפוקחת על ידי משרד ותיקי המלחמה בקרואטיה, מעניקה לקורבנות סיוע רפואי ומשפטי וכן פיצוי כספי מהמדינה - עד 20,000 יורו. הטבות אלה אינן תלויות בפסק הדין של בית המשפט.
נזק מהקרבות (ושדות מוקשים).
הנתונים הרשמיים על נזקי מלחמה שפורסמו בקרואטיה בשנת 1996 מפרטים 180,000 יחידות דיור שנהרסו, 25% מהכלכלה הקרואטית נהרסה, ונזק מהותי של כ27 מיליארד דולר. סקירה שנעשתה ב-2003/04 העריכה את נזקי המלחמה בסך 37 מיליארד דולר בתשתיות פגועות, תפוקה כלכלית ועלויות הקשורות לפליטים, בעוד שהתמ"ג צנח בתקופה זו ב-21%. 15 אחוז מיחידות הדיור ו-2,423 מבני מורשת תרבותית, כולל 495 מבני קבר, נהרסו או נפגעו. המלחמה הטילה נטל כלכלי נוסף של הוצאות צבאיות גבוהות מאוד. עד 1994, כשקרואטיה התפתחה במהירות לכלכלת מלחמה דה-פקטו, צרכה הצבא הייתה עד 60 אחוז מסך ההוצאות הממשלתיות.
במהלך המלחמה הונחו כ-2 מיליון מוקשים באזורים שונים בקרואטיה. מרבית שדות המוקשים הונחו ללא שום תבנית או שום סוג של רשומה של מיקום המוקשים. עשור לאחר המלחמה, בשנת 2005, עדיין היו קבורים כ-250,000 מוקשים לאורך קווי החזית לשעבר, לאורך חלקי הגבולות הבינלאומיים, בעיקר ליד Bihać, וסביב כמה מתקני JNA לשעבר. החל משנת 2007, השטח שעדיין הכיל מוקשים או נחשד שהוא מכיל הקיף כ־1,000 קמ"ר. יותר מ-1,900 איש נהרגו או נפצעו על ידי מוקשים בקרואטיה מאז תחילת המלחמה, בהם יותר מ-500 נהרגו או נפצעו על ידי מוקשים לאחר תום המלחמה. בין השנים 1998–2005, הוציאה קרואטיה 214 מיליון אירו על תוכניות פעולה שונות לפינוי מוקשים. החל משנת 2009, כל שדות המוקשים שנותרו מסומנים בבירור.
פשעי מלחמה.
בית הדין הפלילי הבינלאומי ליוגוסלביה לשעבר (ICTY) הוקם על ידי החלטה 827 של מועצת הביטחון שהתקבלה ב-25 במאי 1993. לבית המשפט יש סמכות להעמיד לדין אנשים האחראים להפרות חמורות של המשפט ההומניטארי הבינלאומי, הפרות של אמנת ז'נבה, הפרה של חוקי או מנהגי מלחמה, ביצוע רצח עם ופשעים נגד האנושות שבוצעו בשטח יוגוסלביה לשעבר של ה-SFR מאז 1 בינואר 1991.
החשודים של ICTY נעו בין חיילים פשוטים לראשי ממשלות ונשיאים. הבכירים שבהם כללו את סלובודן מילושביץ '(נשיא סרביה), מילאנו באביץ' (נשיא ה-RSK) ואנטה גוטובינה (גנרל הצבא הקרואטי). פרניו טוג'מן (נשיא קרואטיה) נפטר בשנת 1999 ממחלת הסרטן בעוד שתובעי ה-ICTY עדיין חקרו אותו. לדברי חברי הICTY לשעבר תוכנן כתב אישום שכלל עוד רבים בידי קרלה דל פונטה ראש בית הדין.
עד לשנת 2018 ICTY הרשיע שבעה גורמים מהצד הסרבי / מונטנגרי בלבד. מילאנו מרטיץ' קיבל את העונש הגדול ביותר: 35 שנות מאסר. באביץ' קיבל 13 שנים. הוא הביע חרטה על תפקידו במלחמה, וביקש מאחיו הקרואטיים לסלוח לו. בשנת 2007 נידונו שני קציני צבא יוגוסלביה לשעבר בגין הטבח בווקובאר ב-ICTY בהאג. Veselin Šljivančanin נידון ל-10 שנים ועל Mile Mrkšić ל-20 שנות מאסר (הקצינים הנידונים). התובעים הצהירו כי לאחר לכידתה של ווקובאר מסר ה-JNA כמה מאות קרואטים לכוחות סרביים. מתוכם, לפחות 264 (חיילים שנפצעו ברובם, אך גם שתי נשים וילד בן 16) נרצחו ונקברו בקברי אחים בשכונת אובשה, בפרברי ווקובאר. ראש עיריית העיר, סלבקו דוקמנוביץ ', הועמד לדין ב-ICTY, אך התאבד בשנת 1998 בשבי לפני שהחלו ההליכים.
הגנרלים הסרבים פבל סטרוגר ומיודראג ג'וקיץ 'נידונו על ידי ה-ICTY לשמונה ושבע שנים בהתאמה על הפגזת דוברובניק. הנאשם השלישי, ולדימיר קובאביץ ', הוכרז כלא כשיר נפשית לעמוד לדין. ראש המטה הכללי של הצבא היוגוסלבי, Momčilo Perišić, הואשם בסיוע לפשעי מלחמה, אך בסופו של דבר זוכה מכל ההאשמות. נשיא לשעבר RSK גורן הדצ'יץ נפטר במהלך המשפט. בשנת 2018 נידון ווז'יסלב סשלג' ל-10 שנים בגין פשעים נגד האנושות שבוצעו באמצעות רדיפות וגירוש קרואטים מ Vojvodina בשנת 1992,ואילו ניתן לו גם עונש מצטבר נוסף של 4 שנים ו-9 חודשים בגין זלזול בבית המשפט. נכון לשנת 2020 משפטיהם של יוביקה סטנישיץ 'ופרנקו סימטוביץ' עדיין מתנהלים.
מספר מקלטים אזרחיים קרואטים ובתי חולים המסומנים בצלב אדום על גגם הופצצו על ידי הכוחות הסרבים. היו הרבה פשעי מלחמה מתועדים היטב נגד אזרחים ואסירי מלחמה שביצעו כוחות סרביים ויוגוסלביים בקרואטיה דוגמת הרציחות בדאלג',טבח לובאס, טבח שירוקה קולה, הטבח בבג'ין ועוד מספר רב של אירועים מסוג זה.
היו מספר מחנות כלא שבהם עצרו שבויי מלחמה קרואטים ואזרחים, בהם מחנה סרמסקה מיטרוביקה, מחנה שטג'ייבו ומחנה ביג'יצ'י בסרביה, ומחנה מוריני במונטנגרו. מאוחר יותר הוקמה אגודת האסירים הקרואטית במחנות הריכוז הסרבים במטרה לסייע לקורבנות ההתעללות בכלא.
פשעי מלחמה קרואטיים כללו את טבח גוספיצ'י, הרציחות סיסק ב-1991 וב- 1992 ואחרים אשר הועמדו לדין גם על ידי בתי משפט בקרואטיה או על ידי ה-ICTY. מקרה ידוע לשמצה נוסף של פשעי מלחמה, במה שנודע לימים כ"טבח פראצ'קה פולג'אנה ", שביצעה יחידת משטרת מילואים בפיקודו של טומיסלב מרצ'ף, ובמהלכו נהרגו אסירים, לרוב סרבים אתניים, ליד פקראק בסוף 1991 ותחילת 1992. האירועים נחקרו בתחילה על ידי ICTY, אך התיק הועבר בסופו של דבר לרשות השופטת בקרואטית. יותר מעשור לאחר מכן, הוגש כתב אישום נגד חמישה מחברי יחידת זו, אם כי לא מפקדה, באשמה פלילית הקשורה לאירועים אלה, והורשעו. מרצ'פ נעצר בגין פשעים אלה בדצמבר 2010. בשנת 2009 הורשע ברנימיר גלוואס, חבר פרלמנט מכהן קרואטי, בפשעי מלחמה שבוצעו באוסייק בשנת 1991 ונשפט לכלא על ידי בית משפט קרואטי.
פליקס קליין