מלחמת שלושים השנים (1618-1648) הובילה לצמצום אוכלוסיית ערים רבות בשלזיה. בשנת 1627, במטרה לשפר את מצבה של ממלכת הבסבורג, הקיסר פרדיננד מיתן את המדיניות כלפי היהודים. הוא הוציא צו המאפשר להם להתיישב מחדש בערים לאחר ששילמו מס מיוחד של 40 אלף גולדן דרום גרמני . הצו אפשר לקבוצה נבחרת של יהודים מיוחסים (Privilegietre Juden), שנקראה גם יהודי החצר (Hofjude), לקיים פעילויות סחר ומלאכה. הקיסר נתן להם גם אישור להלוות בריבית, לגבות מיסים וחובות ולרכוש בתים . בעקבות חוזה ורסאי מ־24 באוקטובר 1648, תקנות הקרקעות מותנו תוך מתן אפשרות להתיישבות יהודים במקומות שנאסר עליהם להתיישב. האמנה המתוקנת נכנסה לתוקף גם בשלזיה עילית . הודות להכנסת חוקים חדשים וקלים יותר, ב־6 בינואר 1656 הרוזן גאורג פרידריך הסדיר את ההיבטים החוקיים של ההתיישבות היהודית בבויטן ונתן אישור שאפשר ליהודים לבצע סחר חופשי . באותה שנה העניק הרוזן גבריאל הנקל למשה מאייר את התואר "יהודי חצר". במסמכים העירוניים מאותה תקופה מוזכרים שמואל יאצ'ימוביץ' (יחימוביץ'), אשתו - חצקה, איסק סקוטצ'יק ומשפחת לבקו (לבקוביץ'). משפחת הנקל פון דונרסמרק העסיקה כמה מהיהודים המשכילים והעניקה להם תפקידים חשובים בבית המשפט. עד המחצית השנייה של המאה ה-18, בני הקהילה היהודית בבויטן היו תחת תחום השיפוט של הקהילה היהודית בעיר בנדין.
לאחר פרוץ מרד הקוזאקים הגדול של בוגדן חמלניצקי בשנת 1648, יהודים רבים ברחו מפוגרומים שהתרחשו בחלקים המזרחיים של הרפובליקה הפולנית וחיפשו מקלט בעיירות שלזיה. חלקם הגיעו לבויטן ונשארו בה; הם ניהלו אכסניות ומכרו אלכוהול. כבר בשנת 1640 קיבל יהודי בשם קרצשאם (Kretscham) מהרוזן גבריאל הנזל את הזכות להקים פונדק, ובשנת 1653 יהודי אחר קבל את הזכות למכור משקאות חריפים. בשנת 1657 בשו"ת (שאלות ותשובות) של מנחם קרוכמל (Krochmal) מוזכרת רבנות בויטן.
המספר ההולך וגדל של הפליטים היהודים בעיר הביא לכך, שבשנים 1655, 1664 ו-1666 חוקקה הדוכסות של אופולה משלזיה, חוקים המזכירים את תקנות ההתיישבות הכוללות את האיסור על התיישבות יהודית בערי שלזיה ומאיימים בעונשים כבדים ומעצרים במקרה של אי ציות.
בשנת 1688, בהתגברות ההתנכלויות כנגד היהודים, אסר הרוזן ליאו פרדיננד את ההתנכלות והכאת יהודים בבויטן, בעונש של 50 קנסות חמורים.
בראשית המאה ה-16 התיישבו בעיר יהודים רבים נוספים שהגיעו מכל רחבי פולין. התיישבות זו עוררה שוב את תחרות הסחר בין היהודים וסוחרים נוצרים ממעמד הביניים.
במאי 1713 הוציא הקיסר שארל השישי את כתב הסובלנות (Toleranzpatent), שהתיר ליהודים להתיישב בשלזיה לאחר ששילמו את מס הסובלנות. הצו חילק את הקהילה היהודית לשתי קבוצות: (1) אלו שהיו ואלו שלא היו בעלי נכסי קרקע (שילמו מס נמוך יותר), (2) היהודים מגלוגוב וצילץ (ביאלה פרודניצקה) היו פטורים ממס .
בשנת 1715 היו רק ארבע משפחות יהודיות בבויטן; בשנת 1732 קיבלו היהודים חלקה להקמת בית קברות יהודי. המצבה העתיקה ביותר שהייתה קיימת בבית הקברות היא משנת 1743.
בשנת 1738 עקב התגברות העימותים בין מעמד הביניים הנוצרי והיהודי, הקיסר שארל השישי הוציא צו שהורה לכל היהודים שלא היו להם זכויות מיוחדות כגון "יהודי חסות" לעזוב את שלזיה. אלה שהורשו להישאר הורשו לעסוק במסחר קטן בלבד ולייצר ולמכור וודקה. במקביל, רשויות העיר קיבלו אישור לגרש יהודים ממרכז העיר לפרברים ולהפוך בתי קברות ובתי כנסת יהודיים לאתרים נוצריים .
בשנת 1750 חיו בבויטן 50 יהודים. בשנת 1770 הוקמה בבויטן קהילה יהודית עצמאית. הרב הראשון היה משה ישראל פרוינד, מפיליצה. הוא כיהן בין השנים 1790 עד 1813. בתחילה נערכו התפילות בבית פרטי, בבית משפחת בוהם, ברחוב לנגשטראסה (רחוב יוזפצ'קה הנוכחי), ומאוחר יותר - בבית הדירות של סיימון גוטמן, הממוקם בכיכר השוק.
בשנת 1782 גדל מספר המשפחות בעיר ועמד על כעשרים ושלוש משפחות. בשנת 1784 חיו בבויטן 132 יהודים; הם היוו 8% מכלל אוכלוסיית העיר.
בשנת 1790, בבויטן חיו 115 יהודים. זו הייתה הקבוצה היהודית הגדולה ביותר בשלזיה עילית באותה תקופה .
בין השנים 1789–1799, אירופה הושפעה מאוד מהמהפכה הצרפתית, ורעיונותיה התפשטו ברחבי אירופה על ידי הצבא הצרפתי של נפוליאון בונפרטה. המהפכה הצרפתית הולידה את תנועת ההשכלה היהודית (השכלה), שמטרתה הייתה שחרור יהודים. כל אלה עודדו את הרשויות הפרוסיות ליישם רפורמות חברתיות וכלכליות, ששינו סופית את מצב היהודים בממלכת פרוסיה.
ב־17 באפריל 1797, אימצו רשויות העיר את החוק היהודי הכללי (General-Juden Reglement für Süd und Neu-Ostpreussen), שעדיין ראה ביהודים מעמד חברתי נפרד, אך העניק להם זכות חלקית לקבלת אזרחות עירונית . בשנת 1802 היו בידי היהודים 14 בתים בעיר.
המאה ה-19 ועד המאה ה-20.
בשנת 1808 נבחר יהודי לחבר המועצה המשותפת של העיר.
בהמשך לתפילות בבית סיימון גוטמן, בשנת 1809, הרוזן הנקל נתן את הסכמתו להקמת בית כנסת ברחוב פריידריק וילהלם רינג (כיכר גרונוואלדצקי הנוכחית). טקס חנוכת בית הכנסת, התקיים ב־16 בספטמבר 1810.
בשנת 1811 הקהילה היהודית, כללה 255 נפשות. בשנת 1812 החלה האמנציפציה הכלכלית, התרבותית ובהמשך, השחרור הפוליטי של יהודים, והקמת קהילה ליברלית יהודיות בעיר לצד קהילה שמרנית אורתודוקסית .
קיומה של הקהילה היהודית בבויטן אושר רשמית ב־11 ביולי 1821 במסמך שהוציאו מושלי המחוז קרל טראוגוט והרוזן הנקל פון דונרסמרק. המסמך הסדיר את נושא מקום קבורתם של חמש הקהילות היהודיות שהוקמו באותה עת במחוז בויטן .
בשנת 1830 עבר הירש יעקובסון, מורה מגליביצה, לבויטן. הוא החל ללמד בבית הספר היהודי הראשון בעיר שנפתח באותה שנה.
בשנת 1846 חיו בעיר 922 יהודים שהיוו 17% מכלל האוכלוסייה. בשנת 1855 גדלה הקהילה ל-1,110 יהודים.
הקהילה היהודית הגדלה בבויטן נזקקה לבית כנסת גדול יותר. לכן, בסתיו 1867 נהרס בניין בית הכנסת הישן ובמקומו החלה בנייה של בית כנסת גדול יותר. טקס חנוכת בית הכנסת התקיים ב־2 בדצמבר 1869. עוד בטרם חנוכת בית הכנסת השני מונו הקורא בתורה והשוחט הראשונים.
בשנת 1872 נוסדה אגודת קהילות בתי כנסת בשלזיה העליונה (Oberschlesische Synagogen-Gemeinden); הקהילה בבויטן הייתה אחת מחברותיה.
בשנת 1883 הפכו הסוחר היהודי אוסקר קארו ואחיו, שניהם מגליביצה, לבעלים של מפעלי הברזל "ג'וליה" בבוברק (מחוז ביטום של ימינו). בשנת 1887 אוסקר קארו הצליח למזג את מפעל ג'וליה עם מפעל הברזל "הרמינה", חברת "היינריך קרן ושות" (מפעל חוטי תיל) ומפעל הברזל "ביילדון" (בקטוביץ). כתוצאה מכך קמה חברה חדשה בשם Oberschlesische Eisenindustrie A.G.für Bergbau und Hüttenbetrieb. בהמשך, גם מפעלי הברזל "שלזיה" בריבניק הפכו לחלק מהמיזם .
בשנת 1885 חיו בבויטן 2,290 יהודים. בשנת 1891 פריץ פרידלנדר, יזם יהודי מגלביצה, פתח את מפעל ייצור הדלקים הראשון בשלזיה העליונה (מזפת פחם, מבנזן וטולואן) - הוא היה ממוקם ליד מפעל הברזל "ג'וליה" בבוברק .
בשנת 1901 חיו בבויטן 3,026 יהודים.
בסוף מלחמת העולם הראשונה התחוללו שינויים משמעותיים בשלזיה עילית. ב־11 בנובמבר 1918 נולדה מחדש המדינה הפולנית ולסכסוכים בין פולנים והקהילה הגרמנית ולמרד בשלזיה. רוב היהודים תמכו בגרמנים. באותה תקופה יהודים רבים, כולל יהודים מבויטן, עזבו למערב, במיוחד לערים גרמניות כגון ברלין.
ב־6 במאי 1932, קבוצת ספורטאים יהודים מבויטן השתתפה בעצרת גדולה של קבוצות נוער יהודיות משלזיה עילית שהתארגנה בטאצ'ישוב Taciszów. בסך הכל השתתפו בעצרת כ־250 איש. הנאום שנשא הרב אוכס, רופא והרב של קהילת יהודי גליביצה, שניתח את המצב המידרדר של הנוער היהודי בגרמניה, היה נקודת השיא של העצרת. הוא קרא לבני הנוער שלא לוותר על יעדי חייהם ודחק בהם להתגבר על כל הקשיים. השתתפו באירוע גם נציגי קהילת יהודי גליביצה, סטרצלצה אופולסקי, קהילת יהודי קנדז'ז'ין-קוז'לה, אופולה, ז'אברז'ה ורביבורז
הרייך השלישי ומלחמת העולם השנייה.
בינואר 1933 אדולף היטלר עלה לשלטון ובאפריל 1933 הוכרזו ימי חרם והגבלות מסחר ותנועה על היהודים. ב־12 במרץ 1938, הרייך השלישי סיפח את אוסטריה ובאוקטובר 1938, את החלק הצ'כי של הסודטים.
בין השנים 1933–1939 בתקופת הרייך השלישי האוכלוסייה היהודית של בויטן מנתה כ־3,500 נפש (לפי מוקוטוב) או 5,000 לפי עדות של תושב לשעבר בעיר. בתקופה זו כ־4,000 מהם עזבו את בויטן. רבים מיהודי העיר ושלזיה בכלל, שחוו את האנטישמית של היטלר והנאצים, לא המתינו עד שמהלך האירועים יתפתח והחליטו לעזוב את העיר למערב אירופה, אמריקה ורוסיה. כתוצאה מכך, מספר היהודים בעיר פחת. בשנת 1939 התגוררו בעיר 1362 יהודים.
בליל 9–10 בנובמבר 1938 התרחשו אירועי ליל הבדולח בכל גרמניה ביוזמת השלטונות הנאצים. בבויטן שרפו הנאצים את בית הכנסת עד היסוד והרסו כ-70 חנויות יהודיות. באותו לילה היהודים הוצאו מבתיהם, רוכזו מול בית הכנסת ונאלצו לעמוד שעות מול בית הכנסת הבוער. מאוחר יותר בסמוך לליל הבדולח ג'וזף גבלס נאם נאום אנטישמי לוהט בבויטן, עם קריאה לנקמה ביהודים. 370 יהודי מבויטן נעצרו, בערך 200 מתוכם נכלאו זמנית בבית הספר היהודי בלנגסטראז, שהוסב לכלא. לאחר יומיים הם הועברו למחנות הריכוז בבוכנוולד וזקסנהאוזן, משם חזרו מעטים לאחר מספר חודשים וזאת רק לאחר שהמציאו מסמכי הגירה מגרמניה.
בסתיו 1938 התגוררו בעיר 1843 יהודים מקומיים ו-270 יהודים בעלי אזרחות זרה .
בראשית שנת 1939 בבויטן, הועסקו יהודים בביצוע העבודות הגרועות ביותר, כולל ניקוי רחובות.