בספטמבר 1938, על רקע משבר ועידת מינכן, הכוחות הלאומניים בספרד, שעודם היו במלחמת אזרחים, הציעו ברית מדינית בעבור שימור הביטחון עם פורטוגל. בסוף החודש הגיש השגריר ניקולאס פרנקו הצעה להסכם אי-תוקפנות עבור סלזאר וממשלתו. היה זה רק לאחר כיבוש קטלוניה בידי הלאומנים שהורה סלזאר לרישום טיוטה בעבור ברית. ב-17 במרץ 1939 חתמו על 'ברית הנייטרליות האיברית' ניקולאס פרנקו וסלזאר עצמו. סעיף 1 קבע כי הצדדים יכבדו זה את הגבולות והטריטוריות זה של זה ולא יבצעו פעולות תוקפנות זה נגד זה. סעיף 2 קבע כי צד אחד לא יסייע לתוקפן הפועל נגד הצד השני. סעיף 3 קבע כי צד אחד לא ייכנס לבריתות עם גורמים אחרים המאיימים על הצד השני. סעיף 4 קבע כי אם צד אחד ייכנס לברית עם גורם חיצוני, האמנה תישאר בתוקפה. סעיף 5 קבע את משך האמנה עשר שנים ויינתן להאריך אותה כל עשר שנים. סעיף 6 קבע כי האמנה לא תיכנס לתוקף עד שיתקיימו חילופי אישורים. ההסכם סימן את תחילתו של שלב חדש ביחסי ספרד–פורטוגל, בו שיחקו הפגישות הדיפלומטיות בין פרנקו לסלאזר חלק מהותי. בעת אישורה של הברית שתי הממשלות העדיפו לשמור על השקט הפנימי שלהן מפני המאבק בשאר אירופה.
לאורך כל תקופת שלטונו שמר סלזאר על הערכה של האימפריה הבריטית וזאת למרות ביקורת על היחס הבריטי עם פורטוגל מפי גורמים בתוך פורטוגל עצמה. סלזאר יצא אחת נגד הבריטים כאשר, בעקבות סיפוח צ'כוסלובקיה בידי גרמניה, הם פעלו ליצור ברית עם הסובייטים. סלזאר האשים את הבריטים בניסיונם להביא לברית עם "האימה הבולשביקית" אך היחסים עם בריטניה נותרו תקינים. ניסיון הברית כשל עבור בריטניה ולבסוף נחתם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב בין ברית המועצות וגרמניה הנאצית. רק ימים אחדים לפני תחילת פלישת גרמניה הנאצית לפולין ופרוץ מלחמת העולם השנייה ב-1 בספטמבר 1939, ממשלת גרמניה הבטיחה לכבד את ריבונותה של פורטוגל כל עוד היא תשמור על נייטרליות בעת מלחמה בין גרמניה ובריטניה. ב-2 בספטמבר, יום לפני הכרזת המלחמה של בריטניה וצרפת על גרמניה, פנה סלזאר לעיתונות והכריז כי פורטוגל תשמור על נייטרליות במלחמה החדשה שפרצה. סלזאר ראה את המעורבות הפורטוגזית במלחמת העולם הראשונה כחסרת טעם ושלפורטוגל לא היה מה להשיג מהמלחמה מלכתחילה, ופעל לוודא שמצב שכזה לא יחזור על עצמו במלחמה נוספת.
מלחמת העולם השנייה.
יחסי חוץ ורשת הריגול בליסבון.
סלזאר לא הופתע מפריצתה של המלחמה, ומספר ימים לאחר תחילתה הכריז סלזאר כי פורטוגל מביעה יראת כבוד עבור העם הפולני על המאבק שלו לשימור העצמאות ועל הפטריוטיות שהביע במאבק. פעולותיו הראשונות של סלזאר בתחילת המלחמה נגעו לשימור היחסים עם ספרד ואיטליה (אשר לא התערבה במלחמה עד למערכה על צרפת) כדי למנוע את התפשטותה של המלחמה. סלזאר כשל בניסיונו לשכנע את מוסוליני שלא לערב את איטליה במאבק. עם סדרת הכיבושים של גרמניה הנאצית ברחבי מרכז ומערב אירופה, סלזאר הביע עניין במדיניות הכלכלית של היטלר עבור אירופה תחת שלטון גרמני. נכון ל-1941, סלזאר דרש שמשרד החוץ הפורטוגזי יסדיר דו"ח בנוגע למצב הכלכלי-חברתי בשטחים הכבושים בידי הנאצים בסקנדינביה, מערב אירופה וחבל הבלקן. במקביל שלח סלזאר משלחת מטעם משרד החוץ הפורטוגזי אל ברלין לדון בנוגע להסדר מסחר בין גרמניה לארצות נייטרליות. במכתב לידיד בספטמבר 1941 הביע סלזאר חשש כי אירופה תחת הכיבוש הגרמני תפעל על מערכת כלכלית של ניצול מדינות המבוססות על חקלאות בעבור מדינות המבוססות על תעשייה בבחינה כלכלית.
בשנת 1942 קיבל סלזאר פנייה למעורבות במלחמה מצד ממלכת רומניה, שהייתה חלק ממדינות הציר. הקונדוקטורול (מנהיג עליון) של רומניה, יון אנטונסקו, הביע הערכה רבה למדיניותו הכלכלית של סלזאר ושלח את שגריר רומניה בפורטוגל לדון עמו על הצטרפות פורטוגל אל מדינות הציר. כאשר שאל השגריר הרומני את סלזאר על דעתו בנוגע לניצחון הציר, סלזאר ענה: חודשים מאוחר יותר, מתקפת נגד סובייטית בקרב סטלינגרד מחקה חלק נרחב מהצבא הרומני וביולי 1943 הודיע השגריר הרומני לסלזאר כי ממשלתו של אנטונסקו מעריכה שניצחון מדינות הציר הפך ללא ניתן להשגה.
הודות לנייטרליות של פורטוגל, היא שמשה מקום מפגש ותיאום בעבור מרגלים משני הצדדים במלחמה. כמות המרגלים שהיו מכונסים בליסבון בעת המלחמה הובילו לכינויה "בירת הריגול". היא הייתה העיר האירופית היחידה בה בעלות הברית וכוח הציר יכלו ללכת בחופשיות. רבים מבני המלוכה המודחים של אירופה ברחו לעיר, ועשות אלפי פליטים נעו דרכה. העיר זחלה במרגלים וה-PVDE ניסה כמה שניתן להתנהל כגורם נייטרלי שפעל רק כאשר האינטרסים של פורטוגל עצמה עמדו על הפרק. יתר על כן, סלזאר אכן הרוויח הרבה כסף עבור ארצו דרך פעילותו במלחמה. מאגרי הזהב הפורטוגזיים עלו בערכם פי שישה, בעיקר מפני שהוא אילץ את הגרמנים לשלם במתכת יקרה ומכיוון שפורטוגל נותרה אחת מהמדינות היחידות בעולם שסחרה עם שני הצדדים הלוחמים. עד 1945 המטמון הזה הפך לבעיה כאשר בעלות הברית ניסו להשיב את המתכות שנבזזו בידי מדינות הציר. סלזאר הביא את בעלות הברית למשא ומתן מייגע בן שמונה שנים אשר בסופו החזיר ארבעה טון בלבד מתוך כ-400 של מתכת טוּנְגְּסְטֶן.
המושבות הפורטוגזיות במלחמה.
מקאו הייתה מושבה פורטוגזית קטנה שגבלה בדרום סין והייתה לחופי ים סין הדרומי. במהלך מלחמת סין–יפן השנייה שפרצה ב-1937, בריחת פליטים אל המושבה הובילה לעליית אוכלוסייתה מ-10,000 איש לבין 500,000 ל-700,000, מה שהוביל לקריסה במערכת הכלכלית המקומית. לאחר המתקפה על פרל הארבור בדצמבר 1941, האימפריה היפנית כבשה את הונג קונג השכנה אך הותירה את מקאו עצמאית. מצב זה השתנה באוגוסט 1943 כאשר קרב ימי בין אונייה בריטית וכוחות יפניים הוביל להתערבות המשטרה הימית של מקאו. בספטמבר דרשה יפן שתינתן זכות התערבות של דיפלומטים מטעמה במנהל מקאו. המנהל הקולוניאלי הפורטוגזי, במטרה להישאר נייטרלי, הסכים לדרישה. בהמשך המלחמה היה על סלזאר לקבל את העובדה שמקאו הייתה למעשה בחסות יפנית. במהלך המלחמה הטיל חיל האוויר האמריקאי שלוש הפצצות טקטיות על מקאו. קודם למלחמה האי טימור מצפון לאוסטרליה היה מחולק בין מושבה פורטוגזית של מזרח טימור ומושבת איי הודו המזרחיים ההולנדיים של האימפריה ההולנדית. עם פרוץ קרב איי הודו המזרחיים בעלות הברית חששו כי דרך טימור יוכלו היפנים לבצע פשיטות אוויריות על אוסטרליה.
בעלות הברית דרשו מממשלת סלזאר לאשר מעבר של כוח הולנדי - בריטי - אמריקאי לתוך מזרח טימור כדי למנוע פלישה וכיבוש יפני. כדי לנסות ולשמור על רמה מסוימת של נייטרליות בסיטואציה שנוצרה, סלזאר הגיע להסכם עם בעלות הברית כי כוחותיהם יורשו לחדור לתוך שטחי מזרח טימור רק עם הצבא היפני הקיסרי יהיה הראשון לתקוף. למרות ההסכם, כאשר התגלתה צוללת יפנית בים טימור, כוחות בעלות הברית החליטו, בלחץ, להעביר משלחת בת 350 איש אל בירת המשובה הפורטוגזית, דילי. סלזאר הורה למושל המשובה שלא לאפשר חדירת כוחות של בעלות הברית נגד ההסכם, אך בפועל לא היה ביכולתו של המוצב הפורטוגזי להתנגד לבעלות הברית. השגרירות היפנית בליסבון הרימה אצבע מאשימה נגד סלזאר וזה ארגן הסכם חדש עם בעלות הברית שחיילים פורטוגזים במוזמביק יעברו למזרח טימור ובתגובה כוחות בעלות הברית יבצעו נסיגה מהחצי הפורטוגזי של האי טימור. על כל מקרה, יפן לא עמדה לכבד את הנייטרליות הפורטוגזית וב-19 בפברואר 1942 החלה בפלישה שהובילה את בעלות הברית, ביחד עם כוחות פורטוגזים, לסגת לעמדות הגנה ביערות הגשם הטרופיים ובגבעות של האי, איפה שהשתמשו בלוחמת גרילה. כוחות פורטוגזים נלחמו לצד בעלות הברית עד פינויים מהאי לתוך שנה שלמה של מאבק ממושך שהסתיים בהשתלטות יפנית.
ב-5 בספטמבר 1945, לאחר כניעת האימפריה היפנית, נכנע המוצב היפני באי לבעלות הברית. ב-27 בספטמבר שבו כוחות פורטוגזים לחצי האי שבשליטתם והסדירו מחדש את הסמכות השלטונית של פורטוגל. מושבה נוספת של פורטוגל שהושפעה ישירות מהמלחמה היו האיים האזורים, היושבים בלב האוקיינוס השקט, מה שהפך אותם לבעלי חשיבות אסטרטגית מרכזית. בעלות הברית השיגו הסכמה פורטוגזית לתפעל מבצעים נגד הקריגסמרינה דרך האיים לאחר שיחות ממושכות בין סלזאר, ראש ממשלת בריטניה וינסטון צ'רצ'יל ונשיא ארצות הברית, פרנקלין דלאנו רוזוולט. קודם לאישור הפורטוגזי היה חשש בבריטניה שגרמניה תפעל לכיבוש האיים ביחד עם כף ורדה ודרכם תתפעל את צי הצוללות שלה. תחילה נקבע בין פורטוגל ובעלות הברית כי יינתן לבריטים ולאמריקאים להשתמש באיים במקרה של מתקפה גרמנית, אך הפרטים של משמעות מתקפה גרמנית לא אושרו. בשנת 1943, האדמירל הבריטי דדלי פאונד הציע להתדיין עם סלזאר לגבי העברה זמנית של חלק מבתי החרושת באיים בעבור תיקוני מטוסים של בעלות הברית. סלזאר עשה כל שביכולתו כדי לוודא שנוכחות בריטית באיים תהיה משנית ולא תוביל להכרזת מלחמה גרמנית.
בנקודה מסוימת בדיונים הציע הנשיא האמריקאי שכוח המשלוח הברזילאי יכבוש את האיים ללא המשך המשא ומתן עם סלזאר וממשלתו. ב-18 באוגוסט 1943 נחתו כוחות בעלות הברית על האי ובשנתיים האחרונות של המלחמה סלזאר התדיין ללא הפסק עם ממשלות בעלות הברית בשביל להביא להקטנה במספר החיילים שהיו מוצבים באיים. בסופו של יום השיג סלזאר את מבוקשו כאשר השימוש האמריקאי בבתי חרושת באיים האזוריים היה משני בצורה שלא הפרה את הנייטרליות הפורטוגזית ולא הובילה להכרזת מלחמה נגד פורטוגל מצד מדינות הציר.
המלחמה הקרה המוקדמת 1945 - 1959.
בחירות 1945 והשפעתן הפוליטית.