בספטמבר 2001 קיים שני מופעים במדיסון סקוור גארדן לציון . המופעים, בהשתתפות אומנים רבים שודר לאחר מכן כספיישל ברשת CBS. באוקטובר אותה שנה, ג'קסון הוציא לשווקים את האלבום "Invincible", שהגיע למקומות הראשונים בארצות הברית ובריטניה ונמכר בכ-8 מיליון עותקים. בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, ג'קסון עזר לארגן את מופע הצדקה "United We Stand: What More Can I Give" בוושינגטון הבירה, אשר שודר ב-21 באוקטובר באותה שנה וכלל הופעות של עשרות אמנים גדולים, לרבות ג'קסון, אשר ביצע את השיר "What More Can I Give" בסיום המופע. ב-15 בנובמבר 2006 קיבל ג'קסון את פרס ה-"Diamond Award" על מכירת למעלה מ-100 מיליון אלבומים, בטקס "World Music Awards" ל-2006.
ב-11 בפברואר 2008, יום השנה ה-25 ליציאת אלבומו של ג'קסון "Thriller", ג'קסון הוציא לשווקים גרסה מחודשת לאלבום שנקראה "Thriller 25". האלבום כלל רצועה שלא פורסמה בעבר בשם "For All Time", בנוסף למספר רמיקסים אותם הפיק יחד עם אמנים פופולריים שונים כגון אייקון, פרגי, Will.I.Am וקניה וסט. שני רמיקסים אשר יצאו לשווקים בתור סינגלים. האלבום זכו להצלחה מתונה: "The Girl Is Mine 2008" ו "Want to Be Startin' Somethin' 2008". האלבום הגיע באותה העת למקום הראשון במצעד המכירות בשמונה מדינות באירופה. במשך 12 שבועות האלבום מכר יותר משלושה מיליון עותקים ברחבי העולם.
ב-29 באוגוסט 2008, במסגרת חגיגות יום הולדתו ה-50 של ג'קסון, סוני הוציאה לשווקים סדרת אוספים בשם "King of Pop" המכילה את להיטיו הגדולים של ג'קסון.
בשנת 2009, נודע כי אלבומו "Thriller" עתיד להיות מומחז בברודוויי.
במרץ 2009, הודיע ג'קסון לראשונה במסיבת עיתונאים בלונדון כי במהלך יולי הוא מתכנן לערוך בלונדון 10 הופעות ענק בשם "This Is It" לאחר עשור ללא הופעות. סבב ההופעות, אשר אמור היה להיות סבב ההופעות הגדול ביותר של ג'קסון מאז סבב ההופעות העולמי של אלבומו "HIStory" בשנת 1997, נחשב באותה העת על ידי רבים לאחד מהאירועים המוזיקליים החשובים ביותר של השנה כאשר למעלה ממיליון צופים בסך הכל היו אמורים לצפות במופעים. ג'קסון ציין במקביל, כי הוא מעוניין לפרוש לצמיתות לאחר סבב ההופעות. תוך שעות ספורות נמכרו כל הכרטיסים (זוהי שבירת שיא למכירת הכרטיסים המהירה ביותר), בעקבות כך ג'קסון התחייב לערוך 50 מופעים שונים. בשבועות שקדמו לסבב ההופעות ג'קסון התכונן לסבב ההופעות בלוס אנג'לס יחד עם הכוריאוגרף והבמאי קני אורטגה. סבב ההופעות אמור היה להיערך בין 13 ביולי 2009 ל-6 במרץ 2010, אך הרעיון לא יצא לפועל עקב מותו של ג'קסון.
מותו, טקס האשכבה לזכרו והלווייתו.
ב-25 ביוני 2009, פחות משלושה שבועות לפני תחילת סבב ההופעות הצפוי שלו, לקה ג'קסון בדום לב באחוזה אותה שכר במחוז הולמבי הילס שבלוס אנג'לס. לאחר שניסיונות ההחייאה אותם ביצע רופאו האישי כשלו, הוזמן צוות חובשים ממחלקת מכבי האש של לוס אנג'לס. צוות החובשים החל באופן מיידי לבצע ניסיונות החייאה לג'קסון שגם הם כשלו. מאמצי ההחייאה נמשכו כל הדרך, עד אשר האמבולנס הגיע למרכז הרפואי על שם רונלד רייגן ובמשך שעה לאחר מכן. בשעה 14:26 נקבע מותו של ג'קסון. דקות ספורות לאחר מכן, אחיו של מייקל, ג'רמיין, בישר לעולם על מות אחיו באמצעות אמצעי התקשורת. בשל ספקות לגבי סיבת מותו של ג'קסון, לבקשת המשפחה בוצעה בו נתיחה שלאחר המוות משפטית נוספת מספר ימים לאחר מותו.
ב-7 ביולי 2009 ערכה המשפחה טקס אשכבה פרטי לג'קסון, בבית הקברות "פורסט לואן" שבלוס אנג'לס, ולאחר מכן נערך טקס אשכבה ציבורי בהיכל הספורט סטייפלס סנטר בלוס אנג'לס בהשתתפות אלפי מוזמנים. הטקס שודר בתחנות הטלוויזיה הגדולות ברחבי העולם, ועל פי ההערכות צפו בו יותר ממיליארד איש בשידור חי. מספר הצופים בטקס האשכבה בארצות הברית נאמד, על פי נילסן, ב-31.1 מיליון איש. סטיבי וונדר, ליונל ריצ'י, מריה קארי, ג'ון מאייר, ג'ניפר הדסון, אשר, ג'רמיין ג'קסון ושאהין ג'אפרגולי הופיעו במהלך הטקס. ברי גורדי וסמוקי רובינסון קראו הספדים, בעוד שקווין לטיפה קראה שיר בשם "We had him" ("לנו היה אותו"), שנכתב לרגל האירוע על ידי מאיה אנג'לו. בתו בת ה-11 של ג'קסון, פאריס מייקל קתרין ג'קסון, בכתה כאשר סיפרה לקהל:
ארונו של ג'קסון לא נטמן בבית הקברות לאחר הטקס, ובני משפחתו לא הודיעו לתקשורת היכן ייקבר. הלווייתו של ג'קסון התקיימה ב-3 בספטמבר 2009 בטקס פרטי בבית העלמין "פורסט לואן" שבקליפורניה.
הדיווחים הרשמיים ציינו כי מותו של ג'קסון נגרם משימוש בכדורי שינה שבראשם סם השינה פרופופול אשר ניתנו לו על פי בקשתו, על ידי רופאו האישי, קונארד מארי. ב-8 בפברואר 2010 הגישה פרקליטות מחוז לוס אנג'לס כתב אישום נגד מארי באשמת מה שכונה "הריגה ללא כוונת זדון". הרופא הורשע בהריגתו של ג'קסון ונדון לארבע שנות מאסר.
לאחר מותו.
במהלך השעות שלאחר מותו של ג'קסון, חלה עלייה משמעותית במכירת אלבומיו. האלבום "Thriller", שיצא לשווקים לראשונה בשנת 1982, דורג במקום הראשון במצעד ההורדות של חנות המוזיקה המקוונת iTunes, ואילו שמונה אלבומים נוספים דורגו ב-40 המקומות הראשונים. בבריטניה, בה היה אמור ג'קסון להופיע כעבור מספר שבועות אילולא נפטר, הגיעו 15 מאלבומיו ל-15 המקומות הראשונים במצעד של חברת אמזון.
באוקטובר 2009 דלף לאינטרנט, כמה שעות לפני היציאה הרשמית ב-12 באוקטובר, סינגל חדש של ג'קסון בשם "This Is It" שאמור היה ללוות את המופע הגרנדיוזי שתכנן להעלות בלונדון ומשמש כעת כשם הסרט באורך מלא, שיצא לאקרנים ב-28 באוקטובר, אשר תיעד את החזרות האחרונות של ג'קסון לפני מותו. יומיים לפני יצאת הסרט לאקרנים, יצא אלבום כפול הנושא את אותו השם, שכולל גרסאות מקוריות ל-14 שירים המופיעים בסרט כולל מיטב הלהיטים של ג'קסון, ומסתיים עם הסינגל החדש בגרסה מקורית ובגרסה מיוחדת בליווי ה"ג'קסונים". כמו כן, האלבום הכפול יכלול גרסאות מוקדמות ונדירות של שלושה מלהיטיו ("Beat It", "Wanna Be Startin'", "Somethin'" ו-"She's Out Of My Life") ותמונות בלעדיות מהחזרות האחרונות.
ב-28 באוקטובר 2009 יצא לאקרנים ברחבי העולם הסרט התיעודי "This Is It" אשר הופק על ידי סרטי קולומביה והכיל קטעים מהחזרות לסבב ההופעות. הסרט הוקרן במשך שבועיים ברחבי העולם. הסינגל החדש בשם "This Is It" יצא לשווקים ב-12 באוקטובר 2009, כאשר האלבום החדש בעל אותו השם יצא לשווקים ברחבי העולם ב-26 באוקטובר. הסרט הפך לסרט התיעודי הריווחי ביותר בכל הזמנים עם הכנסות של מעל ל-252 מיליון דולרים.
בדצמבר 2009 יצא לאור ספר חדש שנקרא "האופוס של מייקל ג'קסון" שהוא בעצם פרויקט מיוחד שהכינו קרוביו לקראת חג המולד. הספר כולל 404 עמודים של סיפורים ותמונות נדירות מחייו האישיים של ג'קסון שלא פורסמו בעבר. גם למעריציו של ג'קסון הייתה הזדמנות לתרום לחלק מהספר ואלפי מעריצים מכל רחבי העולם שלחו תצלומים, עבודות אומנות ומחוות שכתבו לג'קסון. עורכי הספר בחרו את העבודות הסופיות שזכו להיכלל בספר. הספר הוא כבד במיוחד, גדול ממדים וכרוך בעור שחור ומחירו כ-249 דולר.
בעקבות העלייה המסיבית במכירות של אלבומיו של ג'קסון לאחר מותו, הודיעה חברת סוני ב-16 במרץ 2010 כי הם חידשו את החוזה עם היורשים של זכויות היוצרים של שיריו של ג'קסון אשר היה אמור לפקוע בשנת 2015. במסגרת החוזה המחודש מתוכננים לצאת לשווקים בשנים הבאות עשרה אלבומים חדשים של ג'קסון עם חומר שלא פורסם בעבר. האלבום החדש הראשון מיועד לצאת לשווקים בנובמבר 2010, והאלבום האחרון מיועד לצאת לשווקים לפני דצמבר 2017.
ב-19 בנובמבר 2010 יצא לשווקים מארז ה-DVD של ג'קסון "Michael Jackson's Vision" אשר מכיל אוסף סרטים קצרים של ג'קסון אשר כולל את הווידאו קליפ "One More Chance" שלא שודר מעולם.
ב-23 בנובמבר 2010 יצא לשווקים משחק הווידאו "Michael Jackson: The Experience", אשר פותח על ידי חברת משחקי הווידאו Ubisoft. המשחק מאפשר לשחקן לבצע את מהלכי הריקוד הנודעים של ג'קסון תוך כדי שירה באמצעות טכנולוגיית התנועה של קונסולות המשחקים החדישות.
ב-10 בדצמבר 2010 יצא לשווקים האלבום "Michael", אשר מכיל שירים ישנים של ג'קסון אשר לא יצאו לשווקים מעולם. השיר "Hold My Hand", אותו הקליט ג'קסון במקור בשנת 2007 יחד עם הזמר אייקון, היה הסינגל הראשון מתוך האלבום אשר יצא לשווקים.
ב-7 בנובמבר 2011, כשנתיים לאחר מותו של ג'קסון, רופאו האישי של ג'קסון קונרד מוריי נמצא אשם בהריגתו. ב-29 בנובמבר 2011, גזר בית המשפט על ד"ר מוריי את העונש המקסימלי הקבוע בחוק - 4 שנות מאסר.
בטקס בילבורד 2014, הוצגה הולוגרמה של ג'קסון, שר את השיר "Slave to the Rhythm" מאלבומו האחרון.
את כלל הזכויות על יצירותיו המוזיקאיות שפורסמו טרם מותו ואלו שטרם יצאו לאחר מותו, שמרו קרובי משפחתו ועליהם קיבלו תגמולים גם לאחר מותו.
חייו האישיים.
מערכות יחסים.
במהלך סוף שנות השבעים ותחילת שנות השמונים ניהל מערכת יחסים קצרה ומתוקשרת עם השחקנית זוכת פרס האוסקר טייטום אוניל. במהלך שנות השמונים ניהל מערכת יחסים קצרה ומתוקשרת עם השחקנית ברוק שילדס. שילדס ציינה בשנת 2009 כי על אף שג'קסון מעולם לא הציע לה להתחתן עמו באופן רשמי, ג'קסון נהג לשוחח עימה פעמים רבות על האפשרות שהם יתחתנו ויגדלו יחד ילדים מאומצים. כמו כן ציינה כי באותה העת היא הסתייגה מהצעותיו של ג'קסון.
הנישואים לליסה מארי פרסלי.