כוח הנחיתה כלל שלוש נחתות 60 מטר ושלוש נחתות 36 מטר. בתקופת ההמתנה השלימו מספנות ישראל בעבודה מאומצת את בניית הנחתת אח"י אכזיב שהשלמתה תוכננה לאוגוסט 1967.
למפקד מבצע הנחיתה מונה אל"ם נפתלי רוזן, מפקד שייטת המשחתות. כאניית פיקוד תוכננה אח"י נגה (ק-22). כוח האבטחה הצמודה כלל 5 טרפדות ושתי ספינות משמר שגויסו ממשטרת ישראל.
תוכנית המבצע הייתה העמסת הכוח היבשתי - חטיבה 55 בפיקוד מרדכי גור - על הנחתות בנמל אשדוד, יציאה בליווי כוח האבטחה בנתיב קרוב אך מעבר לטווח ראייה מחוף רצועת עזה, הורדת כוח ראש החוף בסירות גומי מהטרפדות, סימון החוף וביצוע הנחיתה. בהמשך התכנון הוכנסה תוכנית לתקיפת נמל פורט סעיד בסירות נפץ במקביל לנחיתה, אם על ידי מארב מחוץ לנמל או פריצה לנמל עצמו.
מבצע הנחיתה בוטל ב-5 ביוני ובוטלה גם פעולת סירות הנפץ על נמל פורט סעיד.
תקיפת פורט סעיד.
מיקומו של נמל פורט סעיד עושה אותו לבסיס הקדמי ליציאת כוחות נגד חופי סיני וישראל. בחירת צה"ל למאמץ עיקרי בציר הצפוני בסיני חייבה את חיל הים לאבטח את האגף הימי. לצורך כך היווה הנמל וכלי השיט של חיל הים המצרי הנמצאים בו יעד עיקרי לתכנוני תקיפה. על הצורך החיוני בפעולה בפורט סעיד הייתה תמימות דעים עם המטה הכללי.
חיל הים הכין לפעולה בפורט סעיד כוח שכלל את המשחתת אח"י יפו וכל 5 הטרפדות. המשחתת הובילה עליה את הכוח התוקף, שכלל שני זוגות צוללים רכובים על שני "חזירים" וסירת ציפור. מפקד המבצע היה אל"ם בנימין תלם. לכוח היו שלוש משימות: תקיפת צוללים בתוך הנמל, תקיפת כלי שיט במבואות הנמל ותקיפת זוג הצוללות המגיעות מאלכסנדריה.
בשעות הצהריים עזבו שתי טרפדות את הכוח ונשלחו לגזרה הסורית. טרפדת אחת הוצמדה למשחתת, ומפלג הטרפדות, סא"ל משה אורן, נשאר עם זוג ספינות. עם רדת החשיכה התקרבה אח"י יפו בנתיב הקבוע של אוניות הסוחר והורידה את ה"חזירים" וסירת ציפור בקרבת הנמל. ה"חזירים" סרקו ביסודיות את הרציפים, ומאחר שלא מצאו כלי שיט אויב יצאו מהנמל. הציפור התקרבה לאיסוף, התגלתה על ידי המצרים במכ"ם, וזוהתה כאויב. נפתחה לעברה אש תותחים מהחוף וזוג ספינות אוסה בסיור קיבלו הוראה לתקיפתה. המידע נקלט במשחתת והתפרש כהתקפת טילים. צוות הציפור הרגיש שפתחו עליו באש אך לא היו נפילות בקרבתו. נעשו תמרוני התחמקות שכללו עצירה במקום ותנועה צפונה.
הטרפדות שנמצאו באבטחה גילו שני כלי שיט מזרחה להן בתנועה לכיוון פתח הנמל. מפלג הטרפדות, סא"ל משה אורן, שאף לאפשר לפעולת האיסוף להתבצע בשקט. הטרפדות חצו לפני החרטום של הספינות המצריות, במגמה למשוך אותן אחריו צפונה ולהרחיקן מסירת ציפור והצוללים. בתגובה לכך הסתמן שאוסה אחת פנתה אחרי הטרפדות, אך השנייה המשיכה בדרכה לעבר סירת ציפור. כעבור זמן קצר ביטלה המפקדה המצרית את הוראת התקיפה. האוסות התקבצו וחזרו לנוע לעבר הנמל. מפקד הכוח בנימין תלם אישר את בקשת הטרפדות לתת מכת אש לפני ניתוק המגע. הטרפדות חזרו ורדפו אחרי האוסות ופתחו באש וניתקו מגע. לא אובחנו פגיעות. האוסות המשיכו לנמל בלא שהשיבו אש.
פעולת איסוף הצוללים על ידי הסירת ציפור לא הופרעה. טרם איסופם נדרשו הצוללים להטביע את ה"חזירים" כדי לאפשר התרחקות מהירה.
למחרת השלימו המצרים הוצאת כלי השיט המלחמתיים מפורט סעיד לאלכסנדריה.
פעולת אלכסנדריה.
נמל אלכסנדריה היה הבסיס הראשי של חיל הים המצרי ובו רוכזו רוב יחידותיו. הגנת אזור הנמל התבססה על מערכת התרעה של מערכות מכ"ם וסיורי אוויר, סיורי כלי שיט, מערכת תותחי חוף ומערכת הגנה פנימית בכלי שיט המסיירים בתוך הנמל. בזמן חירום היה נוהג להכריז על אזור סגור לשיט מטווח 30 מייל מהנמל בשעות החשיכה. היו ידיעות על תוכנית למיקוש הגנתי באזור הנמל. הנמל משתרע על פני שטח רחב מאוד.
בתקופת ההכנות למלחמה נשלחה הצוללת אח"י תנין ב-20 במאי כשעליה קבוצת צוללים לנקודת המתנה בלב ים עם סבירות פעולה למספר נמלים. הצוללת הוחזרה ב-24 במאי לתדרוך ויצאה לאזור אלכסנדריה. ב-1 ביוני בשעות הערב יצאה פעם שנייה. מפקד הצוללת אברהם דרור היה רשאי להחליט על אופן הפעולה - תקיפה בטורפדו של כלי שיט מלחמתיים מצריים מחוץ לנמל או הורדת כוח הצוללים לתקיפת כלי שיט בתוך הנמל ואיסופם בתום הפעולה.
ב-5 ביוני קיבלה הצוללת אישור לפעולה. מהצוללת יצאו שלושה זוגות צוללים משייטת 13 וחדרו לנמל אלכסנדריה. הנמל הצבאי בו נמצאו רוב המטרות היה רחוק על מנת להגיע ולחזור. הם סרקו באזורים קרובים יותר לא מצאו מטרה צבאית. חיבלו במחפר דוברה ומבדוק. בסוף הפעולה הם לא מצאו את הצוללת ונפלו בשבי המצרי. הצוללת ניסתה למחרת היום לחלץ את הצוללים, עד שמפקדת חיל הים הודיעה לה כי הלוחמים נפלו בשבי והורתה לה לחזור לישראל.
בקרבת הצוללת התגלתה פריגטה מצרית "טארק" בסיור, פריגטה מדגם בריטי שנבנתה במיוחד כנגד צוללות, והצוללת ירתה לעברה ארבעה טורפדות.
הפריגטה המצרית הבחינה בטורפדות שנורו לעברה, ולא נפגעה. היא ביצעה שתי התקפות נגד והטילה בתחילה 3 ושוב 5 פצצות עומק בקרבת הצוללת. נראה שהפריגטה לא הצליחה לגלות את מקום הצוללת המדויק וביצעה נוהל התקפת נגד לכיוון מקור הטורפדות. אח"י תנין (צ-71) שרדה את ההתקפות אך מכשיר הסונאר הראשי יצא מפעולה וגם בצינור השינור נבעו חורים. הצוללת המשיכה במשך היום בצלילה, בשעות החשיכה עלתה לשינור והעבירה דיווח מסכם למפקדה: שהצוללים לא נאספו והיא עצמה ספגה נזק מתקיפות פצצות העומק ומכשיר הסונר שלה לא עבד.
כשנודע במפקדת חיל הים כי הצוללים לא שבו לצוללת נערך דיון. ומפקד חיל הים שלמה אראל הורה לאח"י תנין (צ-71) להיכנס ולבצע את האיסוף בלילה. מפקד הצוללת אברהם דרור, אישר וביקש כי תקוים פעילות באזור הנמל שתפריע לכלי שיט נגד צוללות מצריים לערוך חיפושים. באישור סגן הרמכ"ל חיים בר-לב יצאה שייטת המשחתות בפיקודו של אל"ם נפתלי רוזן לעבר אלכסנדריה במגמה לשמש הסחה. הרמטכ"ל יצחק רבין שמע על כך והעריך שהסיכון ללפגוש ספינות טילים מצריות גבוה והורה לחיל הים להחזיר את המשחתות. אח"י תנין (צ-71) התקרבה בצלילה לאלכסנדריה במגמה לאסוף את הצוללים. במשך היום קלט המודיעין הימי דיווח מצרי על נפילת הצוללים בשבי ונציג המודיעין הימי במצפ"ע רס"ן אורי מרץ העביר את הידיעה לחיל הים ואברהם דרור קיבל הוראה לחזור.
גזרת סוריה בים התיכון.
כחצי שנה לפני המלחמה, בעת הקרבות על תעלת ההטיה של הירדן, הוטל על חיל הים להכין פעולת גמול נרחבת נגד ארבעת נמלי סוריה, בשיטת קומנדו ימי. הפעולה תוכננה עם כל כוחות שייטת 13 לביצוע וכל כלי השיט של חיל הים להובלה ואבטחה. הכוננות לביצוע אמנם בוטלה אך ההכנות לה השפיעו על תכנוני חיל הים למבצעי הקומנדו במלחמת ששת הימים.
בשונה מתכנוני קרבות תעלת ההטיה, לא ניתן היה לרכז כוחות לגזרה הסורית ובמועד התקיפה לא היה ניתן להשיג הפתעה. האישור של ראש הממשלה איפשר לחיל הים לתכנן שלוש פעולות בליל 5/6 ביוני גם בזירה הסורית. זו לא הייתה דרישת המטה הכללי אלא בחירה של חיל הים עצמו. כלי השיט המובילים את הכוחות היו אח"י נגה ושתי ספינות דיג מגויסות ולא היו כוחות לגיבוי ואבטחת החילוץ.
פעולת מינת אל-ביידה.
מעגן מינת אל-ביידה נמצא 10 קילומטר צפונית ללטקיה והיווה את הבסיס הראשי של הצי הסורי. צורת החוף מאפשרת התמצאות וזיהוי טוב של פתח המעגן.
ב-25 במאי יצאה הסד"ג המגויסת "גלים" בפיקודו של סא"ל (מיל') יוסף דרור ועליה אנשי שייטת 13 לסיורי יום ולילה בקרבת החוף הסורי. כן בוצעו אימוני שחיית לילה והורדת והרמת סירות. הכוח שהה בשטח עד 30 במאי והוחזר לחיפה.
ב-1 ביוני קיבל יוסף דרור שוב את כוח שייטת 13 על ה"גלים". הכוח, בפיקוד חנוך מנור, כלל 12 לוחמים, שלוש סירות גומי, ציוד צלילה וחבלה. ב-4 ביוני בשעות הערב יצאה "גלים" לדרכה. למחרת בשעה 16:00 קיבלה אישור לביצוע. הגיעה לנקודת ההורדה כמתוכנן, על אף שנדרשה לשנות נתיב כדי להימנע מקרבת אוניות סוחר. בעת הורדת הסירות נפגעה אחת מסירות הגומי והחלפתה בסירת העתודה לקחה כ-40 דקות.
מנור האריך את הדרך על מנת להגיע לחוף מצפון לנמל. בשעה 01:00 היו סירות הגומי בקרבת פתח מעגן מינת אל-ביידה לקראת הורדה, כאשר המגדלור החל לנצנץ ו-3 כלי שיט סוריים הדליקו אורות ונכנסו למעגן. תנועת כלי השיט הסוריים בפתח עיכבה את הורדת הצוללים. סירות הגומי נחבאו בקרבת סלעי החוף.
נותרו שעתיים עד אור ראשון. מפקד הכוח חנוך מנור חישב את הזמן הדרוש לתנועה, הורדת הצוללים והפעילות ביעד, ונוכח כי למועד האיסוף כבר יאיר היום. ידע שעליו לבצע את כל הפעולה ואי איסוף הצוללים לא יתקבל כהצלחה. לאחר שלא הצליח להקים קשר עם מפקד הפעולה החליט לחזור. יוסף דרור העריך את המצב והתקרב מאוד לחוף כדי לקצר את זמן התנועה. בשעה 03:30 נפגשו הסירות עם ספינת הדיג "גלים" ונאספו.
הסירות לא התגלו מהחוף ולא נתקלו בדרכן בכלי שיט סוריים. מפקד הפעולה יוסף דרור דיווח למפקדת חיל הים וביקש אישור לביצוע חוזר באותו לילה - 6/7 יוני. מפקדת חיל הים שקלו שיש צורך במנוחה והורו לדרור להתכונן לביצוע בליל 7/8 ביוני. אך ב-7 ביוני בבוקר התקבלה הוראה לחזור.
פעולת בניאס.