בדצמבר 1932 העניק סלזאר חנינה לכל האופוזיציונרים האסירים שפעלו נגד הדיקטטורה הלאומית מלבד 50 מתוכם. כאשר פרצה מרידה של קומוניסטים ואנרכו-סינדקליסטים בתחילת ינואר 1934 נגד שלטונו של סלזאר, זה האחרון וידא כי אין חשש ליציבות שלטונו וכי ה-PVDE היה מוכן ומאורגן לקראת הפלת המרידה. אף על פי כן, סלזאר הורה ל-PVDE שלא לצאת לפעולה נגד המרידה במהרה, זאת בשביל שהאוכלוסייה הכללית תוכל לצפות בכך שגורמי השמאל הקיצוני היו למעשה ריאקציונרים אלימים. רק לאחר מכן הורה סלזאר על ההוצאה לפועל של הפעולה של ה-PVDE נגד המרידה. שגריר גרמניה הנאצית בליסבון שלח דו"ח לברלין שבמסגרתו טען כי סלזאר היה מודע לקנוניה אך לא הפיל אותה במהרה בשביל שהגורמים המרקיסיסטים יוכלו להוכיח להמונים כיצד לא ניתן לסמוך עליהם. 260 פעילים נעצרו בסופה של המרידה ונמצאו אשמים, מתוכם כולם נענשו אך איש לא הוצא להורג. סלזאר יצא במהלך שסטר לתדמית שיריביו פעלו לבנות נגדו כאשר הביא לביטול עונש המוות בפורטוגל. 107 מהנאשמים נשלחו לעד שנתיים במאסר, 98 נאשמים נשלחו לגלות או למעצר בן 8 שנים והוטלו עליהם קנסות כבדים, 55 הנאשמים הנוספים נשלחו לגלות לחיים או למאסר בן 10 עד 20 שנים.
בהמשך הפכה מושבת כף ורדה למושבת אסירים פוליטיים. היחס לאסירים היה תת-אנושי ומספר מנהיגי אופוזיציה נפטרו במושבה. הניהול המכפיש של מושבת האסירים הוביל את סלזאר לסגור אותה בשנת 1954. בשנת 1945 אורגנה מחדש סוכנות ה-PVDE אל ה-PIDE; משטרת ההגנה הבינלאומית והממלכתית. סלזאר הוביל עם הזמן למצב שהמנהל המדיני סובב יותר ויותר סביב המנהל האישי שלו. בספטמבר 1936 הועברה חקיקה לפיה שונתה שבועת הנשיא לשבועת המעורבות של הנשיא הנבחר במערכת החברתית הלאומית שהוקמה דרך חוקת 1933 ושבועת שימור הממשל הקיים.
פורטוגל במלחמת האזרחים בספרד.
נקיטת העמדה בפרוץ המלחמה.
בשנת 1931 נפלה הדיקטטוה הספרדית ועימה גם המלוכה כאשר אלפונסו השלושה עשר, מלך ספרד התפטר מתפקידו ללא תמיכת הצבא. לאחר מכן הוקמה הרפובליקה הספרדית השנייה, שדמתה לרפובליקה הפורטוגזית הראשונה במאבקה נגד הכנסייה, בעלי קרקעות וגורמים מסורתיים אחרים. כאשר ברית מפלגות ימנית עלתה לשלטון בראשות אלחנדרו לרו, היא לא החזיקה מעמד עקב שביתות כלליות והמרד באסטוריאס של פועלי מחצבים. בהמשך איחוד מפלגות שמאל; החזית העממית בראשות מנואל אסאניה. עקב חשש של הימין הפוליטי ממהפכה קומוניסטית, סדרת מנהיגים בצבא הספרדי ארגנו קנוניה וביולי 1936 הוציאו לפועל הפיכה צבאית. ההפיכה נועדה במקור לשם סוף לשלטון הרפובליקני של החזית העממית, אך לנוכח כישלונה בהשתלטות על מספר ערים מרכזיות וסירוב הממשלה הרפובליקנית להיכנע, מאבק צבאי ארוך פרץ בין "הרפובליקנים" לבין "הלאומנים" שהונהגו בידי קציני הצבא שהכינו את ההפיכה. המאבק הסלים למלחמת האזרחים בספרד אשר עורר התעניינות מצד מעצמות רבות והוביל להתערבות גורמים חיצוניים דרך תמיכתם בצדדים השונים של המאבק. ברית המועצות ומקסיקו בראשות ה-PRI תמכו ברפובליקנים בעוד איטליה וגרמניה הנאצית היו שתי המדינות הראשונות לתמוך בלאומנים שכללו גם פלגים פאשיסטיים כגון הפלנחה.
סלזאר עוד לפני המלחמה חשש מעליית החזית העממית בספרד ובמהלכה של המלחמה חשש מפני ההשפעה שתהיה על חצי האי האיברי בניצחון קומוניסטי או אנרכיסטי אפשרי. מנהיג ברית המועצות, יוסיף סטלין, קרא בשנות השלושים למפלגות הקומוניסטיות ברחבי העולם לחבור לתנועות סוציאליסטיות נגד משטרים ליברלים ופאשיסטיים. במקביל לעליית החזית העממית הספרדית עלתה לשלטון גם החזית העממית הצרפתית בהנהגת לאון בלום, מה שעורר עוד יותר חששות בקרב סלזאר וממשלתו בנוגע ליחסי החוץ של פורטוגל. בעברה, פורטוגל ידעה מאבקים רבים מצידה של ספרד השאפתנית, מה שהוסיף על החשש מפני פועלה של הרפובליקה הספרדית בראשות החזית העממית לעומת שכנתה ממערב. עבור סלזאר היה קיים גם הצורך לשמור על האחדות הפוליטית-לאומית, משמע לדכא את התנועות הפוליטיות המהפכניות שאיימו של המשטר ונתמכו בידי החזית העממית בספרד הרפובליקנית. לסלזאר היו שלוש אפשרויות פעולה לנוכח המצב הנתון:
באפריל 1936 פגש סלזאר באופן פרטי את המנהיג הספרדי השמרן הגולה פרננדו גלגו דה צ'אבס קאלג'ה, שהיה בעל תפקיד מרכזי בהסטת חלק נרחב מהצבא הספרדי נגד המשטר הרפובליקני. עם תחילת התנועה של צבא אפריקה הספרדי ממרוקו הספרדית אל אנדלוסיה (דרום ספרד), סלזאר דן במתרחש, לצד שר הפנים שלו, עם מספר מנהיגי צבא לאומניים ספרדים, בהם חוסה סנחורחו. ב-19 ביולי העביר סלזאר את המידע אודות המלחמה אל הנשיא קרמונה והחל לתכנן את דרכי ההגנה על הגבול הספרדי-פורטוגזי מפני כל מתקפה אפשרית. למחרת טס סנחורחו לספרד להיות מעורב בהנהגת המחנה הלאומני ישירות. בדרכו המטוס התרסק עקב עומס יתר של חפצים אישיים שפגעו ביציבותו וסנחורחו נהרג בתאונה האווירית. במותו של סנחורחו התחלקה ההנהגה הלאומנית בפועל בין אמיליו מולה שפיקד על המערכה בצפון, לבין פרנסיסקו פרנקו, שפיקד על צבא אפריקה. בתמיכת משטר סלזאר, הקימו הלאומנים משרד בליסבון ודרך נמל העיר העבירו אספקה שיובאה מגרמניה ואיטליה אל עבר ספרד עצמה. שיתוף הפעולה של הרפובליקנים עם ריאקציונרים שאיימו על משטרו הוביל את סלזאר להעריך כי אין פתרון דיפלומטי למשבר ביחסי פורטוגל והרפובליקנים.
פורטוגל במהלך המלחמה.
מוקדם במלחמה, עם התקדמות צבא אפריקה אל מרכז ספרד, ההנהגה הפורטוגזית הציעה תמיכה צבאית בכיבוש מחוז הגבול המורד אקסטרמדורה. בסופו של דבר, באוגוסט 1936, צבא אפריקה הלאומני שיתף פעולה עם משמר הגבול הפורטוגזי עבור כיבושה של העיר בדחוס. על שולחן ההחלטות בפורטוגל עמדה האפשרות של גיוס הכלכלה הלאומית למאבק, הכרה בממשלה הלאומנית כממשלה הלגיטימית היחידה של ספרד והתערבות ישירה במאבק. בסופו של דבר סלזאר החליט להתמקד בחזית הדיפלומטית כאשר פעל לשמר את הקשרים החמים עם בריטניה לעומת האפשרות של ספרד קומוניסטית. בכך פורטוגל לא העבירה חילות משלחת להילחם לצד הלאומנים במלחמת האזרחים בספרד בשונה מגרמניה עם לגיון הקונדור ואיטליה עם קורפוס המתנדבים.
החשש המרכזי של סלזאר היה מפני מהפכה קומוניסטית בספרד שתתפשט אל פורטוגל גם כן. למעשה, בנוסף על כך היו גם גורמים בתוך הפלנחה הספרדית שקראו בסיום המלחמה לפלישה ספרדית וכיבוש של פורטוגל, בעבור הבאתה פעם נוספת תחת שלטון ספרדי כפי שהיה במהלך תקופת האיחוד האיברי. לאחר מותו של הגנרל הלאומני מולה ב-1937, פרנסיסקו פרנקו נותר המנהיג ("קאודיו") הראשי של הלאומנים והביע התנגדות לאפשרות של כיבוש ספרדי של פורטוגל. פרנקו תמך בשימור קשרים ידידותיים בין ספרד ופורטוגל כל עוד שרר בשתי המדינות משטר ימין-מסורתי. סלזאר חרד כאשר בריטניה וצרפת הכריזו על כך שלא יתערבו בתוך מלחמת האזרחים בספרד מחשש שישאירו את פורטוגל עצמה ללא תמיכה במקרה של התפשטות מהפכה קומוניסטית. במהלך ספטמבר פרסם סלזאר בפומבי ברחבי העיתונות הבינלאומית רישום שלו לפיו טען כי הצבא הספרדי לא התקומם נגד דמוקרטיה פרלמנטרית אלא נגד עליית הריאקציה הקומוניסטית המהפכנית.
ב-28 בספטמבר יצאה ההנהגה הסובייטית נגד סלזאר ויצאה ברשימת הפעולות של פורטוגל שהיוו תמיכה בלאומנים במלחמה. בתגובה הורה סלזאר על פרסום כל הפעולות של ברית המועצות שהיוו תמיכה ברפובליקנים, אלו כללו שליחת טנקים וחלק נרחב מאספקת הנשק הכוללת של הרפובליקנים. שר החוץ הבריטי, אנתוני אידן, הביע תמיכה בצעדה הדיפלומטי של פורטוגל אל מול ברית המועצות במסגרת נאום בפני בית הנבחרים הבריטי. סלזאר לא אחז בתמיכה אל ההנהגה הפאשיסטית של איטליה וגרמניה, וראה את הפלנחה פשוט כעדיפים על הקומוניסטים, אך האמין כי ברית נייטרליות בין פורטוגל ספרד הלאומנית יובילו לשמירת השלום לנוכח מלחמה גדולה שהייתה עלולה לפרוץ ברחבי אירופה. המלחמה כמו כן פגעה קשות בספרד בבחינת מצבה הכלכלי, תשתיות ציבוריות ואיכות החיים הכללית של תושביה, וסלזאר ידע שניצחון לאומני יוביל לעלייה נרחבת בייצוא הסחורות מפורטוגל לספרד שלאחר המלחמה.
במהלך אמצע 1938 נאם סלזאר בפני האספה הלאומית איפה שאישר מחדש את הברית הבריטית-פורטוגזית, הטיח בהתנהלותו של חבר הלאומים, הביע את תמיכתו בריאליזם כמשקל נגד של פורטוגל לגרמניה הנאצית והכריז על ההכרה הפורטוגזית בממשלה הלאומנית בראשותו של פרנקו בתור הממשלה היחידה של ספרד. פרנקו שלח את אחיו, ניקולאס פרנקו, לשמש שגריר ספרד בפורטוגל עוד באמצע המלחמה. ניקולאס טען בפני הנשיא קרמונה כי ספרד לעולם לא תשכח את התמיכה של פורטוגל בה בעת שעת המשבר שהייתה שרויה בה. עוד לקראת סופה של מלחמת האזרחים בספרד העריך סלזאר כי מלחמה נרחבת עתידית בתוך אירופה תהיה בלתי-נמנעת.
משרד החוץ הפורטוגזי עבד בחריצות כדי לוודא ניצחון לאומני במלחמה ושמר על קשרים הדוקים על ההנהגה של פרנקו ועם מערך המסחר לספרד הלאומנית דרך פורטוגל. ב-1 באפריל 1939 הכריז פרנקו על סופה של המלחמה זמן קצר לאחר כיבוש מדריד בידי הלאומנים וקריסת החזית של הרפובליקנים. במאי נאם סלזאר אל מול האספה הלאומית ודיבר על המתנדבים הפורטוגזים שנאבקו לצד הלאומנים במלחמה:
ניסיון ההתנקשות בחייו של סלזאר.