ליונתן, שהגיע למדרגת רע ראשון למלך הסלאוקי, הייתה פעילות ענפה ומעורבות עמוקה, עם מנהיגי הממלכה הסלאוקית, שאותה ניצל כדי לחזק את הישות היהודית בארץ ישראל. אחד משיאיה היה משלוח של 3,000 לוחמים חשמונאים לבירה הסלאוקית לבקשת דמטריוס השני שהושם במצור על ידי מורדים והמון העם בבירתו אנטיוכיה, לעזור לו לבל יופל. בתקופת יורשו, שמעון, אנטיוכוס סידטס האיר לו פנים בתחילה וכרת עמו ברית, שכן היה זקוק לו במלחמתו כנגד טריפון במאבקי כס המלכות הפנימיים. הוא אישר את מעמדו העצמאי, לטבוע מטבעות, ואף נתן עצמאות לשמעון ועמו. אך לאחר מכן, משעמד לנצח סידטס את טריפון בדור נשתנה טעמו. אף על פי ששמעון שלח לו אלפיים חיילים לעזרה במצור, אנטיוכוס דחה את המחווה, ותבע ממנו להשיב לו את הערים שכבש או לשלם 1,000 כיכרות כסף (סכום עתק בעת העתיקה) או להתכונן לקרב, שמעון סירב להחזיר את הערים, והיה מוכן לשלם לו 100 ככרות כסף בלבד, וכך היחסים נעכרו והתדרדרו לקראת מלחמה (שבה ניצח שמעון) ולהתנקשות בשמעון (שמאחוריה כנראה עמד אנטיוכוס). יוחנן הורקנוס המשיך במסורת של קודמיו, וכמלך ואסל שנכנע למצור שהטיל עליו אנטיוכוס, אף שלח את חייליו עם צבאו של אנטיוכוס למזרח. אלכסנדר ינאי לא ניסה לכרות ברית עם המלכים סלאוקים כפי שעשו קודמיו: יונתן, שמעון ויוחנן הורקנוס, כנראה בשל חולשתם של הסלאוקים.
מצרים התלמית.
ככלל כמעט בכל התקופה החשמונאית היו קשרים טובים עם האימפריה הדרומית, מלבד שתי אפיזודות.
יונתן יורשו של יהודה טיפח ופיתח קשרי חוץ חשובים לחיזוק מעמדה הבינלאומי של יהודה ולעשיית צעדים לקראת ריבונותה. חיזק את ידידותו עם תלמי השישי פילומטור. בתקופתו היה חשש שמא תלמי השישי ירצה להחזיר את ארץ ישראל לתחום שליטתו, אך מותו בקרב כנגד דמטריוס השני בטרם עת ב-145 לפנה"ס, פטר את ממלכת החשמונאים מגורל זה.
יוחנן הורקנוס הראשון כבר בראשית ימי נשיאותו, בשנת 134 לפנה"ס, חידש את הברית של קודמיו עם בית תלמי המצרי ועם עמים רחוקים אחרים. אלכסנדר ינאי שויתר על כל הבריתות האחרות, הקפיד לשמור על יחסים טובים עם מצרים התלמית ככל השליטים החשמונאים. ברית שהייתה קשורה ליישוב היהודי שם והכוח הצבאי שלו. יחסים אלו באו לידי ביטוי במלחמתו כנגד תלמי התשיעי מושל קיפרוס, כאשר קלאופטרה השלישית שלחה כוח צבאי בראשות שני מצביאים יהודיים לסייע לו. אף שנראה שבאותו הזמן נמלכה בדעתה להעביר את ארץ ישראל לתחום שלטונה, בסופו של דבר השכנוע של מצביאה היהודי, וגם הקשיים הצבאיים והמדיניים שהיו עלולים להתעורר בכיבוש זה, שכנעו אותה לוותר על הרפתקה זו.
הנבטים.
יהודה המכבי היה הראשון שיצר קשרים עם הנבטים בעבר הירדן. הברית ביניהם פרחה על רקע העוינות המשותפת לאימפריה הסלאוקית. למרות מערכת הכיבושים של יוחנן הורקנוס בעבר הירדן הברית איתם נשמרה. אך לאחר שקרנה של הממלכה הסלאוקית ירד, והחלה תחרות בין החשמונאים לנבטים על המשאבים שהתפנו, נוצר סכסוך כלכלי ביניהם, וינאי במסגרת כיבושיו בממלכת הנבטים ומלחמותיו כנגדם, העכיר את היחסים הטובים שהיו עמם, וגרם להם להיות עוינים לממלכה החשמונאית עד לחורבן הבית.
אשקלון.
אף שאשקלון הייתה עיר הלניסטית, כבר מתקופת יונתן, היא כוננה מערכת יחסים טובים עם היהודים. על פי ברוך קנאל הדבר נבע מכך שבניגוד לעזה עורק התחבורה הראשי, אשקלון המשנית לה במסחר, הייתה צריכה להסתמך בכלכלתה על מסחר עם תושבי הארץ. יחסים טובים אלו נשמרו אף בתקופת אלכסנדר ינאי, ואף סייעו לו בסופו של דבר לכבוש את עזה, ולהפוך את אשקלון ליורשתה בסחר. וכך הממלכה החשמונאית ואשקלון היו כרוכות זו בזו בשל אינטרסים משותפים. לתפיסות אחרות הדבר נבע בעיקר בשל הרצון לשמור על יחסים טובים עם הממלכה התלמית, שאשקלון הייתה בעלת ברית שלה.
צבא וביטחון.
התמודדות עם האויבים מבחוץ.
השליטים החשמונאים היו צריכים להחליט מהי הדרך הנכונה ביותר לשרוד כשהכוחות שסביבם אשר הם צריכים לתמרן הם:
רוב המנהיגים החשמונאים התגברו על קושי זה בכך שניצלו את חולשתה של הממלכה הסלאוקית והעברת הנאמנות למתחרים השונים בתוך הממלכה על השלטון. הממלכה הסלאוקית הלכה ונחלשה בשנים אלו, גם בגלל לחץ של מעצמות אחרות וגם בגלל מריבות פנימיות על השלטון. החשמונאים השכילו לנצל את החולשה ואת המריבות הפנימיות כדי לכרות ברית עם מנהיג סלאוקי אחד כנגד השני. הם כרתו בריתות כנגד הממלכה הסלאוקית על ידי התחברות לאויבי הממלכה הסלאוקית ולכוחות ששאפו להחליש את בית סלאוקוס. בית תלמי היה החשוב שבהם.
החשמונאים כרתו בריתות גם עם רומא, ששיתפה פעולה עם החצר התלמית כנגד בית סלאוקוס. יהודה הייתה במחנה אחד עם אויבי הסלאוקים - מצרים ורומי - והפיקה תועלת ממדיניותם המשותפת, אשר ביקשה להחליש את בית סלאוקוס. שליטי החשמונאים העריכו נכון את הגורמים הבינלאומיים שסביבם והרוויחו מהבריתות שכרתו.
צבא השדה.
ראשיתו של הצבא החשמונאי היה בגרעין מורדים מתנדבים. בתקופת יונתן, שמעון והורקנוס הצבא היה במגמת התחזקות והתעצמות, אם בכמות החיילים ואם בחימוש ובפרשים. ולבסוף בימיו של ינאי ושלומציון הוא אף הוגדל וחוזק באמצעות שכירים זרים.
צבא הגרילה של יהודה המכבי היה בעל יכולות גופניות גבוהות, נועזות רבה, ותחבולתיות גבוהה, התבסס בעיקרו על מארבים ופשיטות והתמחה בעיקר בלוחמה הררית, כפי שניכר מניתוח כמה מקרבות המכבים. בקרבות חזיתיים למול העוצמה הסלאוקית הוא נחל כישלונות. למרות התבוסה של יהודה, שבה נהרג עם רבים מאנשיו, מורשת הקרב שלו המשיכה עם אחיו ועם הלוחמים ששרדו. על פי ספר מקבים צבא יהודה התרחב בזמנים מסוימים עד לכ-10,000 חיילים, אך גרעינו הבסיסי מנה כ-3,000 לוחמים מובחרים בלבד. על פי אבי-יונה צבא יהודה המכבי מנה בתקופה המקסימליסטית שלו 20–22 אלף איש, ולפי ניתוחים שונים של בר כוכבא פוטנציאל הגיוס של צבא יהודה נאמד בין 20 ל-40 אלף איש. בתקופה זו החימוש שלהם לקה בחסר, ובעיקר בתחום של שריון גוף, ודבר זה נתן את אותותיו לדעתו של בר כוכבא בקרבות שבהם הפסידו.
בתחילה בהנהגת יונתן ושמעון בשתי המערכות כנגד בקכידס הצליחו המורדים שאיישו את העיר בית בציי לגלות נועזות, תושייה ויכולת עמידה, וצבא החשמונאים הגיע ליכולת להנחיל מפלות לבקכידס, בטקטיקה משולבת של התבצרות ומתקפה. במהלך השנים הבאות יונתן שקד על שיקום, פיתוח, הגדלה ושיכלול הצבא החשמונאי. ככל שיונתן צבר כוח, משאבים ולגיטימציה, ואף קיבל הרשאה לייצר נשק, הוא הפך את צבאו לצבא מחומש ומיומן, שיכול לפעול בכל תנאי שטח. בשנת 152 נראה כבר שצבאו הגיע לסדר גודל של למעלה מ-30 אלף לוחמים.
בקרב בין יבנה ואשדוד הצליח יונתן עם כעשרת אלפים חיילים להכות את המצביא אפולוניוס - מפקד חילת סוריה, ונאמנו של דמטריוס השני, אף על פי שהלה בא בכוחות גדולים וטמן לו מארב פרשים. בצלאל בר כוכבא טוען כי יכולת הניצחון בקרב שנמשך זמן ממושך, בשטח מישורי, כנגד המפקד הסלאוקי שפיקד על צבא שכלל פלנקס וחיל פרשים, מצביעה על כך שלצבא החשמונאי היו יחידות פלנקס ופרשים, כי אחרת קשה להבין איך יכלו להתמודד מולם בהצלחה, וכי השורות הראשונות לפחות היו מצוידות בחליפות שריון כלשהו. הניצחון בקרב זה היה הישג חשוב ועדות לרמתו המקצועית. צבאו של יונתן התמיד בהישגיו, ובקרב בגליל העליון עם שרי צבא מתומכי דמטריוס, ניצחם בקרב. וכאשר יצא לגליל במסעו האחרון בראש 40,000 לוחמים, טריפון כלל לא ניסה להתעמת איתו בשדה הקרב. בתקופתו, קובע בר כוכבא, הצבא החשמונאי עבר ללוחמה בשיטה ההלניסטית, והפלנקס היווה את עמוד השדרה שלו.
בקרב עקרון שליד אשדוד ב-137 לפנה"ס שהתקיים בין בניו של שמעון: יוחנן הורקנוס הראשון ויהודה לקנדביוס, הנציב של אזור החוף שלוחו של אנטיוכוס סידטס, הצבא החשמונאי הנחיל תבוסה מוחצת לצבא הסלאוקי. בספר מקבים מסופר בפרוש כי בקרב זה לצבא החשמונאי היו פרשים והם הצליחו להעמיד צבא של 20,000 חיילים. קרב זה היה אבן דרך נוספת להתחזקות צבא החשמונאים, והוכיח כי רק צבא הממלכה או ריכוז גדול של כוחות יכול להביסם. ואמנם כאשר פלש ליהודה בימיו של השליט החשמונאי הבא אנטיוכוס סידטס בראש צבא גדול, הורקנוס לא העז להתעמת איתו והתבצר בירושלים, עד שהגיע איתו להסכם כניעה, שהותיר אותו כשליט ואסל, שבמסגרתה שלח את כוחותיו עם הצבא הסלאוקי למלחמה במזרח כנגד הפרתים. כאשר יוחנן הורקנוס הראשון הטיל מצור על שכם, וניסה לכבוש אותה, בא לעזרתם אנטיוכוס התשיעי-קיזיקנוס, אך בניו של הורקנוס יהודה אריסטובולוס הראשון ומתתיהו אנטיגונוס הראשון יצאו לקראתו, הנחילו לו תבוסה מוחצת ורדפו אחריו עד בית שאן.