אי מימוש הנישואים מוסבר כיום על ידי היסטוריונים בכך שהמלך היה צריך לעבור ניתוח קצר (כנראה מילה לפתרון בעיית פימוזיס), אולם לא נמצא תיעוד לניתוח שכזה (ובזמן שבו כביכול עבר ניתוח זה הוא היה באמצע ציד). סברה אחרת טוענת שהפתח הווגינלי של מארי אנטואנט היה צר, ולכן היה מכאיב במיוחד. יש הטוענים כי לואי ה-16 חונך על ברכי השנאה לאוסטריה, וכי מימוש נישואיו עם אישה אוסטרית היה יותר מכפי שהיה ביכולתו לשאת.
ילדים.
מארי אנטואנט ילדה ארבעה ילדים, אולם בנוסף נהגה לדאוג לילדים היתומים והעניים אשר חיו בסביבת הארמון. היא אימצה באופן רשמי שמונה ילדים, אשר חלקם חיו עימה בארמון וורסאי וחלקם נשארו להתגורר אצל קרובי משפחה כשהם מקבלים קיצבה לאורך כל חייהם.
מארי אנטואנט ראתה את עצמה כאחראית לחינוכם של ילדיה, בניגוד לנהוג בחצר הצרפתית בה הופקדו אומנות ומשרתים על כך, והקדישה את עיקר זמנה להם על אף הביקורת של אנשי החצר. ארבעת ילדיה הביולוגים היו:
ערב המהפכה ופרשת המחרוזת.
הזוג המלכותי לא נהנה מאהדה יתרה בקרב החצרנים, בשל מופנמותו של לואי, היצמדותה של המלכה לחוג ידידים מצומצם וזרותה למנהגי ורסאי. גם מוצאה האוסטרי היה בעוכריה. גיסתה הנסיכה מארי אדלייד הטביעה לה את הכינוי הלא-מחמיא ״האוסטרית״, שדבק בה לאורך כל חייה. "הבעיה המלכותית", היה הכינוי של אנשי החצר לרכילות היומיומית על המצב הבין-אישי של המלך והמלכה, אשר בגינו לא זכו ליורש עצר. רכילות והשמצות כלפיה רווחו בוורסאי, ומארי אנטואנט צוטטה באומרה כי הרכילות היא זו שתביא בסופו של דבר למותה.
אכזבתם של אחי המלך מכך שאנטואנט הביאה לו לבסוף ילדים והמרירות כלפיה בחוגי האצולה, השיקה מסע תעמולה נרחב כלפי המלכה בשלהי שנות ה-80. מ-1787 היה ברור שצרפת מצויה במשבר כלכלי חמור שדרש את יישום כל הרפורמות שהמלך היסס לגביהן מזה שנים. רוב מעמד האצולה היה נחוש להתנגד לכך; כזרה אוסטרית שנחשבה מתנשאת, המלכה הייתה מטרה קלה להשמצות. ישנן ראיות רבות לכך שהרכילות הפרועה מומנה על ידי אצילים מסוימים: בין היתר, נטען שילדיה הם פרי ניאוף, שכן לא הגיוני שהמלך הצליח להביא יורש לאחר שנים של כישלונות, והיא הוצגה כבזבזנית הוללת. תיאורים אלה דבקו בתדמיתה ההיסטורית, אך ויויאן גרודר מצאה שהייתה להם השפעה מועטה על דעת הקהל הטרודה בשנים הרלוונטיות. המתקפות על מארי אנטואנט כמעט לא תרמו דבר לפרוץ המהפכה הצרפתית.
אחת השערוריות המפורסמות שנקשרו אז בשמה הייתה "פרשת מחרוזת היהלומים". לואי ה-15 רכש ענק יקר מאוד עבור פילגשו מאדאם דו בארי, אך זה לא הושלם טרם מותו. המלכה הסכימה לקבל את הצורפים לפגישה, אך סירבה לקנותו. אז שמעה על כך הרמאית והגנבת הידועה ז'אן דה-ולואה סן-רמי, שארגנה הונאה מתוחכמת: אנשיה זייפו מכתב מהמלכה לחשמן רוהאן, שהיה להוט לשפר את יחסיו עם מארי אנטואנט, ומצאו גם אישה הדומה לה שפגשה אותו. רוהאן שוכנע כי "המלכה" מבקשת שירכוש בשמה את הענק היקר בסתר וכספו יוחזר לו בהמשך. החשמן המתין עד בוש ואז כתב למלכה בבקשה לקבל את כספו. לואי הורה על מעצרו של הקרדינל באולם המראות בוורסאי, במטרה להעמידו למשפט ולהסיר כל ספק מחפותה של מארי אנטואנט בפרשה זו. במשפט נחשפה התרמית כולה וחפותה של המלכה אכן הוכחה, אולם השערורייה שנוצרה הייתה גדולה והנזק התדמיתי היה גדול מנשוא. אמנם הוכח במשפט שמארי אנטואנט לא ביקשה את המחרוזת, אולם השופט שזיכה את הקרדינל מאשמה, טען כי התרמית הצליחה הודות להתנהגותה הלא מוסרית והפזרנית של המלכה. המלכה הואשמה בכך שבהתנהגותה יצרה מצב בו הקרדינל הלך שולל להאמין למתחזה, כי המלכה מעוניינת לרכוש את הענק בכל מחיר. תדמיתה נפגעה קשות.
בעקבות פרשה זו והבנת הנזק התדמיתי שנגרם למארי אנטואנט הוחלט על מסע יחסי ציבור לשיפור תדמיתה של המלכה. הוזמנו ציירים שציירו אותה עם ילדיה ובבגדים אלגנטיים אך פשוטים, על מנת להציג את מארי אנטואנט כמלכה שהיא רעיה ואם. מאמצים אלה עלו בתוהו.
פרוץ המהפכה.
בשנת 1788 חלה יורש העצר בשחפת, והזוג המלכותי היה טרוד במחלתו של בנם. במקביל לכך כונסה אספת המעמדות שהכריזה על עצמה "האספה הלאומית". לואי ה-16 שוכנע על ידי שר האוצר ז'אק נקר כי כינוס האספה יביא להעברת הרפורמות הכה נחוצות לכלכלה הצרפתית. אולם האספה התפוצצה בחוסר שביעות רצון של בני המעמד השלישי מהמקום שניתן להם וזכויות ההצבעה שלהם על החלטות האספה. הרפורמות החשובות לא אושרו, ושר האוצר פוטר. ההמון ראה בפיטוריו של שר האוצר האהוד ובתוצאות האספה סימן לכך שהשלטון אינו רואה את מצוקתם ופרץ בזעם לבסטיליה ב-14 ביולי 1789, הרס אותה, ושחרר את אסירי המלכות שהיו כלואים בה.
מארי אנטואנט דרשה שלואי ה-16 יגיב בכוח על הפריצה לבסטיליה, אולם המלך סירב. בחצר המלכות שררה פאניקה ויועצי המלך הציעו לו לעזוב את ורסאי, אך שר המלחמה מרשל ברולי סירב להמליץ על כך ושכנע את המלך המהסס. מארי אנטואנט החליטה אף היא להישאר. היה ברור כי נשקפת סכנה של ממש לבני האצולה והמלוכה, אולם אפילו החלטת משפחת המלוכה להישאר בפריז נוכח הסכנה לא עזרה לשכנע את הצרפתים בטוהר כוונותיו של המלך. הם המשיכו לראות במלך אדם פסיבי והססן ואילו מארי אנטואנט תפסו כחזקה וכוחנית, ושולטת בו.
אויביה של מארי אנטואנט מתוך חצר המלכות ומחוצה לה עשו שימוש בזעם ההמון על מצבם הכלכלי הקשה כדי להתסיסם כנגד שלטון המלוכה. מארי אנטואנט הפכה יותר ויותר לסמל השחיתות השלטונית בעיני המהפכנים. הם השחירו את תדמיתה והפכו אותה לדמות מפלצתית שיש לרצוח על מנת לשים קץ לסבלם. ב-5 באוקטובר 1789 התארגנה צעדה מפריז לוורסאי מתוך מטרה מוצהרת להביא את המלך ומשפחתו לארמון בפריז, אך עם מטרה מוסווית לרצוח את המלכה. המהפכנים ארגנו נשים שייקחו חלק בצעדה ויפלשו לחדרי השינה של המלכה על מנת לרצוח אותה במיטתה. עשרות אלפי נשים צעדו במסע האמהות נגד המלכה, כאשר בתוך ההמון צעדו גם גברים המחופשים לנשים, חיילים נושאי כידון ומהפכנים שמלהיטים את האווירה. עם הגיעם אל הארמון פרצו המהפכנים את דלתות חדר השינה של המלכה והתעמתו עם חיילי המשמר שהגנו על חדריה. חיילי המשמר נרצחו במאבק, אך העניקו למלכה דקות יקרות מפז, שאפשרו לה להימלט מחדר השינה שלה דרך דלת סודית אל חדר השינה של המלך, באמצעות מעבר מסדרונות סודי. ההמון הזועם אשר לא מצא את המלכה במיטתה כילה את זעמו בחפצים, קרע את הסדינים ונעץ כידונים במזרן. נאמר כי אילו היו מוצאים את המלכה במיטתה היו קורעים אותה לגזרים.
הפריצה לארמון ורסאי הפכה את המשפחה המלכותית לשבויה. המהפכנים אילצו את המשפחה המלכותית לעלות על כרכרות ולנסוע עימם לפריז, לארמון טווילרי הריק, כאשר הצעדה היא למעשה מסע אימים בו הצועדים צועקים ומגדפים, שרים ומשולהבים, מחזיקים כידונים שלופים שעל חודם תקועים ראשיהם הכרותים של משמר המלוכה ששילם בחייו על הגנת המלך והמלכה.
לואי ה-16 היה המום מהתפנית ומהיחס של אזרחיו אליו, והתקשה להחליט על הצעדים הבאים. הוא נטה להסכים עם דרישות המהפכנים לצמצום סמכויותיו ולהישבע אמונים למהפיכה, תוך איומים יום יומיים על חייו ועל חיי משפחתו.
משפחת המלוכה שהתה בארמון טווילרי 18 חודשים, במעצר בית. בתגובה לחוסר האונים של לואי ה-16, החלה מארי אנטואנט לקחת חלק אקטיבי יותר בהחלטות הפוליטיות ובניסיונות הרפורמה לטובת האזרחים השרויים במצב כלכלי קשה, והחלה לייעץ למלך כיצד לנקוט מול המהפכנים אשר דרשו ממנו לוותר על זכויותיו המלכותיות. היא החלה לכתוב מכתבים לבני בריתה של משפחת המלוכה ברחבי אירופה ולבני משפחתה באוסטריה. לבסוף היא שכנעה את לואי ה-16 להסכים לחוקה החדשה, על כל המשתמע מצעד זה (ביטול המלוכה כפי שהייתה נהוגה עד כה), על מנת להגן על ילדיה.
המנוסה לגבול.
שהותם של המלך והמלכה בארמון טווילרי הייתה למעשה שהות כפויה של מעצר בית על ידי האזרחים וההמון הפריזאי. חייהם של המשפחה המלכותית היו בסכנה מדי יום כאשר האספסוף היה מתפרע ברחובות, פורץ לארמון ומאיים על חייהם. ללא המשמר המלכותי המגן עליהם היו לואי ה-16, מארי אנטואנט וילדיהם נתונים לחסדי המהפכנים.
לעיתים קרובות היו אזרחים זועמים מנסים לפרוץ לארמון והדבר היווה סכנה לא רק למשפחה המלכותית אלא אף לחיילי המשמר שסיכנו את חייהם אל מול האספסוף. לואי ה-16 ומארי אנטואנט החליטו כי יש למנוע שפיכות דמים שכזו ועל כן אמר לואי ה-16 כי כל אזרח צרפתי שירצה להגיע אליו מוזמן לעשות זאת, שכן הוא כאן בשביל האזרחים ופריצת האזרחים לארמון נעשתה ללא שפיכות דמים. הצרפתים הגיעו עד למלך עצמו ודיברו עמו, והגיעו לצפות במלכה ובילדיה. אירוע זה הסתיים ללא אלימות, אולם הקלות שבה יכלו המהפכנים לפגוע בהם לא נעלמה מעיניהם. במקרה אחר התקבלו ידיעות כי מתארגנת פריצה לארמון של מהפכנים חמושים, וכי חיילי המשמר ככל הנראה יירצחו בקרב. כתוצאה מכך החליטו לואי ה-16 ומארי אנטואנט כי הם יצאו אל גני טווילרי וישהו שם על מנת שהמהפכנים שפורצים לארמון לא יוכלו להגיע אליהם והחיילים לא ידרשו להגן עליהם בחייהם. המשפחה אכן עשתה זאת, המלך המלכה, מאדאם אליזבת ששהתה עימם, מארי תרז ולואי שארל יצאו אל גינות הארמון, והסתתרו שם. אולם אירוע זה לא הסתיים ללא אלימות. חיילי המשמר נטבחו על ידי המהפכנים בכל זאת, וגופותיהם נזרקו בקבר אחים בכנסיית סנט מרגוט.