בטרילוגיה החדשה מסופרת השתלשלות האירועים לאחר נפילת האימפריה. את מקום האימפריה תופס המסדר הראשון בעוד שלוק סקייווקר וליאה סולו מתקשים להקים מחדש ולבסס את מסדר הג'דיי והרפובליקה החדשה. במהלך ביסוסו של המסדר, בנם של ליאה והאן, בן, מגלה נטייה לצד האפל של הכוח, ולוק, שהיה גם המורה שלו, ניסה להרוג אותו. משנכשל, לוק הגלה את עצמו לכוכב אהץ'-טו. 30 שנה אחרי הטרילוגיה המקורית, המסדר הראשון הופך לגוף הדומיננטי בגלקסיה, ומובל על ידי גנרל סנוק ועל ידי בן סולו, שנתן לעצמו את השם קיילו רן. מנגד צבא מורדים, המובל על ידי ליאה, מקבל כוחות חדשים, ובהם ריי, אישה מסתורית מכוכב הלכת ג'אקו המגלה רגישות לכוח, ופין, לוחם סער שערק מצבא המסדר הראשון. במהלך הטרילוגיה, ריי מוצאת את לוק ומשכנעת אותו לחזור להילחם (כתוצאה מכך הוא גם מת), ומגלה שהיא נכדתו של דארת' סידיוס. סידיוס עצמו הכין לו גופים חדשים שיוכלו להכיל אותו אם ימות. עם זאת, ריי ובן, שהחליף צד פעם נוספת, מביסים אותו, אך רק לאחר שבן נהרג. ריי מחליטה שבעולם אין מקום לטוב ולרע מוחלטים, ושיש לפעול מאיזון בין השניים. לכן היא מחליטה לפרק את מסדר הג'דיי ומאמצת את השם ריי סקייווקר.
פרק ראשון: אימת הפנטום (1999).
בפרק זה מתחילה הסאגה. בשנת 32 BBY, זוג אבירי ג'דיי, קווי-גון ג'ין ותלמידו אובי ואן קנובי, יוצאים למשימה סודית בכוכב הלכת נאבו - שם עליהם לפתור סכסוך בין הכוכב נאבו לפדרציית הסחר שהטילה עליו מצור (בסכסוך מעורב לורד סית' בשם דארת' סידיוס). במהלך מסע הבריחה מהכוכב נאבו, נאלצת החללית שלהם לנחות על כוכב חולי ומדברי בשם טטואין. בטטואין הם פוגשים בילד קטן וכשרוני בשם אנאקין סקייווקר, שהוא ואמו נמכרו לעבדות. אנאקין נחשב למהנדס מוכשר (כבר בגיל 9 הוא הרכיב את C-3PO) וטייס מצטיין. קווי-גון בודק את אנאקין ומוצא שהכוח חזק בו מעל ומעבר לכל דבר שאי פעם ראה. אי לכך, הוא מחליט לאמצו ולאמנו להיות אביר ג'דיי תוך אמונה שאנאקין הוא "הנבחר" שיביא לאיזון בכוח לפי דבר הנבואה העתיקה. בקורוסאנט, מספר קווי-גון למועצת הג'דיי על התוקף המסתורי שנלחם בהם בטטואין. כיוון שהם שולטים בכוח, הג'דיי חוששים שמדובר באביר סית', לוחם של מסדר שהוצא מחוץ לחוק ולכאורה הושמד, העוסק בצד האפל של הכוח. קווי-גון מספר למועצה על אנאקין ומבקש רשות לאמנו. מועצת הג'דיי מסרבת בטענה שהילד מבוגר מידי בשביל להתחיל באימונים וכן כיוון שיודה, ראש מועצת הג'דיי והמאסטר החכם מכולם, חש בו ענן של פחד.
אובי ואן, קווי-גון, המלכה אמידאלה ואנאקין הקטן יוצאים לנאבו על מנת לשחררו משלטון פדרציית הסחר ולשם כך כורתים ברית עם בני ה Gungan המקומיים. בקרב הגדול שמתפתח, דארת' מול (אביר סית' מאיים) הורג את קווי-גון ומחוסל בידי אובי ואן בזמן שאנאקין מציל את היום ומשמיד את תחנת החלל של פדרציית הסחר. אחרי הקרב, אובי ואן מוכתר לדרגת "אביר ג'דיי" ומעלה את בקשתו האחרונה של מורו (לאמן את אנאקין) בפני יודה. בהסתייגות רבה וחוסר רצון, יודה מאשר לאובי ואן לאמן את אנאקין. מאחר שיש תמיד שני סית' - מורה ותלמיד - חושדים במועצת הג'דיי שיש עוד סית' שמסתתר היכן שהוא. בינתיים, תושבי נאבו חוגגים את ניצחונם עם פיוס היסטורי בין בני האדם ל-Gungans.
פרק שני: מתקפת המשובטים (2002).
בין הפרק הראשון לפרק השני ישנו הפרש של כ-10 שנים אשר במהלכן אנאקין סקייווקר גדל והפך לפדוואן (ג׳דיי מתלמד) תחת הדרכתו של אובי ואן קנובי, המלכה פאדמה אמידאלה סיימה את הקדנציה שלה כמלכה והפכה לחברה בסנאט וג'אר ג'אר בינקס הפך לגנרל של צבא עמו.
פדרציית הסחר מצטרפת לארגון גדול בו חברות מספר רב של מערכות כוכבים אשר התבדלו מהרפובליקה, ואשר מתחזק צבא דרואידים גדול. ארגון זה, המכונה קונפדרציית המערכות העצמאיות (או כפי השם שניתן לו על ידי הרפובליקה, ארגון הבדלנים), מכריז על מרד כנגד הרפובליקה ומתחיל בניסיונות התנקשות בסנאטורים. בעוד אובי ואן נשלח לרדוף אחר אחד המתנקשים, אשר ניסה לרצוח את הסנאטורית פאדמה אמידאלה, אנאקין מקבל תפקיד לא קרבי - עליו לנסוע עם פאדמה לכוכב הבית שלה בנאבו ולשמש כשומר ראשה עקב מספר ניסיונות שנעשו להתנקש בה. בזמן שאנאקין שומר על פאדמה הוא חושף בפניה את אהבתו לה. פאדמה דוחה את חיזוריו בטענה שהזיווג ביניהם איננו אפשרי: הוא שייך לג'דיי ובעד שלטון יחיד, וטובח בשבט נוודי חול כנקמה על כך ששבו והרגו את אמו.
בינתיים, מרדפו של אובי ואן אחרי המתנקש מוביל אותו לחשיפת קנוניה הכוללת הזמנה מסתורית של צבא משובטים, שעומדת להיות מסופקת בדיוק כאשר ברית הבדלנים מתארגנת בג'נוסיס לתקוף את הרפובליקה. אנאקין ופאדמה מגיעים לג'נוסיס לנסות לחלץ את אובי ואן, אך נופלים גם הם בשבי. לבסוף, הם מחלצים את עצמם בעזרת אבירי הג'דיי בראשות מייס וינדו וצבא המשובטים בפיקודו של יודה. ניסיון החילוץ מתפתח לקרב גדול בין צבא הרפובליקה לברית הבדלנים. אנאקין ואובי ואן נלחמים ברוזן דוקו, אביר ג'דיי לשעבר, ולמדים על קיומו של לורד סית' בסנאט. במהלך הקרב אנאקין מאבד את ידו, ומחולץ על ידי יודה.
אחרי שברח, מתקשר דוקו לדארת' סידיוס ואומר לו שהמלחמה התחילה - כמתוכנן. אובי ואן מספר למועצת הג'דיי את מה שדוקו אמר לו: שדארת' סידיוס שולט בסנאט. יודה מהסס להאמין לכך אך מאחר שהצד האפל מערפל את הכול, הוא ומייס וינדו מסכימים שיש לשמור על חשדנות בריאה ולעקוב מקרוב אחרי התנהלות הסנאט.
בסצנת הסיום של הסרט רואים את הקנצלר פלפטין, הסנאטור בייל אורגנה ואת נאמני הרפובליקה צופים בצבא המשובטים עולים על ספינות חלל (שנראות כמו אב טיפוס של משחתות כוכבים) כדי להילחם בבדלנים. בכוכב נאבו אנאקין ופאדמה מתחתנים למרות איסור הקוד של אבירי הג'דיי. שניהם מחליטים לשמור דבר זה בסוד ורק זוג הדרואידים R2-D2 ו-C-3PO עדים לחתונתם.
מלחמת הכוכבים: מלחמת המשובטים (2008).
סרט ההנפשה המלא הראשון בזיכיון כאשר עלילתו מתרחשת בין הסרטים "" ו"'", בתחילת מלחמת המשובטים. בסרט, הרוזן דוקו מתכנן מזימה להסב את ג'אבה נגד הרפובליקה הגלקטית על ידי הפללה של הג'דיי לחטיפת בנו. בעוד שאנאקין סקייווקר והחניכה החדשה שלו, אסוקה טאנו, מנסים למסור את הילד בחזרה לאביו, אובי ואן קנובי ופאדמה אמידאלה מובילים חקירות נפרדות כדי לחשוף את מזימתו של דוקו. הסרט מהווה הקדמה לסדרת הטלוויזיה בעלת אותו השם ).
פרק שלישי: נקמת הסית' (2005).
הסרט נפתח בקרב ענק מעל קורוסנט בין הרפובליקה לצבא הבדלנים בפיקודו של גנרל גרייווס וצבא הדרואידים (רובוטים) שלו. אנאקין ואובי ואן נשלחים לחלץ את הקאנצלר פלפטין שנחטף בידי הסית' הרוזן דוקו (דארת' טיראנוס). אנאקין מצליח להביס את דוקו בקרב חרבות-אור ולפקודת פלפטין הורג אותו, למרות הסתייגות מסדר הג'דיי מהריגת שבוי לא חמוש.
הסנאטורית פאדמה אמידאלה, אשתו של אנאקין סקייווקר, בהריון. לאנאקין יש סיוטים דומים לאלו שהיו לו עם אמו על מותה, כאשר הפעם הם על כך שאשתו מתה בלידה. פלפטין מרעיף שבחים וכיבודים על אנאקין לעומת מועצת הג'דיי שחושדת בו ומתנכרת אליו. חברי מועצת הג'דיי הטילו עליו משימה: לרגל אחרי הנשיא פלפטין. הנשיא פלפטין מספר לאנאקין ש"הצד האפל" של "הכוח" יכול למנוע מאנשים למות ורומז לו שרק אם יצטרף לצד האפל יוכל להציל את פאדמה. אנאקין מסתייג מהנשיא, שולף את החרב ומאיים להורגו, אך בעקבות התקרית עם הרוזן דוקו מחליט להסגירו למועצת הג'דיי.
לאחר שאובי וואן קנובי מצליח לאתר את מנהיג הבדלנים שנותר, גנרל גרייווס, ולהביס אותו בקרב, אוזלות הסיבות לקיומה של שעת החירום ולסמכויות העודפות שלקח הקאנצלר פלפטין על עצמו. מאסטר מייס וינדו, בכיר חברי המועצה אחרי יודה שיצא למשימה בקאשיק (כוכב הווקים), יוצא לעצור את הקאנצלר שהופך אותו עורו ומנסה לחסל את הג'דיי, ואחרי קרב עמו הוא מחליט להורגו. אנאקין, שמתפרץ לזירת הקרב והושפע ממה שקרה עם דוקו, מונע זאת ממנו והקאנצלר הורג את מייס וינדו על ידי כוחות הסית'. במהלך הקרב נפצע הקאנצלר קשות ופניו מושחתות.
מזועזע ממה שעשה ומשוכנע שעל מעשיו אין כפרה ודרך חזרה, מחליט אנאקין לפנות לצד האפל של הכוח במטרה להשיג את היכולת להציל את אשתו מהמוות הצפוי לה. הוא מקבל את מרותו של פלפטין בצורה מוחלטת ואת שם הסית' "דארת' ויידר".
אחרי שהמיר את אנאקין, פלפטין מפעיל את מזימתו להשמיד את מסדר אבירי הג'דיי. הוא נואם בפני הסנאט ומספר להם על קנוניה של מועצת הג'דיי להשתלט על הרפובליקה ומקבל ממנו אישור להשמידם בשם קוד 66 (המשובטים מתוכנתים שברגע שאומרים את הקוד הם נהפכים להיות רעים וכך היה) צבאות הרפובליקה בוגדים בכל אבירי הג'דיי ומחסלים אותם זה אחר זה. אנאקין עצמו יוצא למקדש הג'דיי וטובח בכל החניכים הצעירים. אחרי כן אנאקין נשלח לכוכב הלבה הגעשי של מוסטאפר לטבוח את ראשי הבדלנים. למעט יודה, אובי ואן קנובי והסנאטור הנאמן בייל אורגנה, אף אחד לא שורד. יודה מחליט לשלוח את אובי ואן קנובי להרוג את אנאקין סקייווקר, כשהוא עצמו מנסה להתעמת עם פלפטין, אך לא מצליח להביס אותו ונאלץ להימלט לגלות.