עלילת הספר נפתחת בעת שג'ק ראיין, איש חיל הנחתים האמריקני בעברו והיסטוריון המלמד באקדמיה הימית של ארצות הברית, נופש עם אשתו ובתו בלונדון. כאשר משפחת ראיין טיילה בפארק סנט ג'יימס, ביצעו חברי פלג קיצוני של המחתרת האירית פיגוע, תקפו את רכבם של נסיך ויילס ואשתו, וניסו לחטוף את בנם הפעוט. ראיין, לאחר שווידא כי אשתו ובתו מוסתרות מאחורי מחסה, התנפל על אחד המחבלים, שון מילר, עילף אותו ונטל את אקדחו. לאחר מכן ירה ראיין במחבל השני והרגו, והציל בעשותו כן את חיי משפחת המלוכה הבריטית. ראיין עצמו נפצע מפגיעת כדור אקדח בכתפו והובהל לבית החולים, שם נותח וחייו ניצלו. בהמשך פגש ראיין במלכת אנגליה אסירת התודה שהעניקה לו תואר אבירות. המחבל השני, מילר נעצר ונשפט בהליך מהיר, וראיין העיד במשפטו. מילר נמלט מכלאו וראיין מבין כי עשויה להתבצע פעולת נקם כנגדו וכנגד משפחתו, ומחליט להצטרף ל-CIA, לה ייעץ בעבר כיועץ חיצוני. עד מהרה הופך ראיין למנתח מודיעין תחת סגן המנהל לביון, אדמירל ג'יימס גריר, ומנהל חקירה מודיעינית כנגד אותו פלג קיצוני במחתרת האירית שביצע את הפיגוע בלונדון. בנוסף עובר ראיין אימוני ירי באקדח תחת השגחתו של רב-סמל נוח בריקנרידג', איש סיירת חיל הנחתים בעברו.
בהמשך מבצעים מילר וחבר מרעיו פעולת נקם ופוצעים אנושות את קרוליין ראיין, אשתו של ג'ק, ובתו סאלי. בעוד השתיים מחלימות מוסר ראיין הערכת נתוני המודיעין לגבי מתחם של קבוצת טרור המסייעת למחתרת האירית בלוב. כוח צנחנים צרפתי פושט על המתחם. הנסיך מוויילס מחליט לבקר את ראיין ומשפחתו בארצות הברית, בביתו בפרגרין קליף אשר צופה על מפרץ צ'ספיק. שיאו של הספר מתרחש כאשר אנשי הפלג הקיצוני של המחתרת האירית, בהנהגת קווין אודונל ומילר, תוקפים את ביתו של ראיין, הורגים את סוכני השירות החשאי המאבטחים את ביקור הנסיך ומשפחתו ומתכננים לחטוף את הנסיך. ראיין, הנעזר בנסיך וברובי ג'קסון, חברו הטוב שהוא קצין בצי האמריקני וטייס קרב המתמחה בהטסת מטוסי F14, נאלץ בשנית להילחם על חייו. לבסוף לאחר קרב יריות מצליחים ראיין, בני משפחתו וחבריו, להימלט בסירה לאקדמיה הימית של הצי האמריקני ובשיתוף כוחות הנחתים בפיקוד רב-סמל בריקנרידג' ומשמר החופים המוצבים שם, ללכוד את המחבלים. ראיין עצמו מתעמת עם מילר ועוצר אותו. הספר מסתיים בלידת בנו השני של ראיין, ג'ק ראיין הבן.
קולנוע.
הספר עובד לסרט בשנת 1992 בבימויו של פיליפ נויס ובכיכובם של האריסון פורד (בתפקיד ג'ק), שון בין (בתפקיד הטרוריסט מה-IRA) וג'יימס ארל ג'ונס (בתפקיד אדמירל גריר).
ווייטק
אמנון נבו
המכון לחקר תנועת העבודה ע&quot;ש פנחס לבון
פורמט FASTA
פורמט FASTA הוא מונח בביואינפורמטיקה המתאר את צורת הכתיבה המוסכמת לייצוג של רצף הנוקלאוטידים בחומצת גרעין או את רצף חומצות האמינו בחלבון. בפורמט מתיר גם קיום של שורת פתיחה, בו ניתן להוסיף תווי הערות באופן חופשי. מקור הפורמט הוא בתוכנה FASTA, על אף קיומם של פורמטים אחרים, פורמט FASTA הפך להיות הפורמט המקובל בביואינפורמטיקה. הפשטות של הפורמט הופכת את הרצף להיות קל לעיבוד באמצעות כלי עיבוד טקסט ושפות תכנות כמו פייתון, פרל ורובי.
תיאור הפורמט.
בשורת הפתיחה יופיע הסימן “&lt;” ולאחריו תיאור הרשומה. בשורות לאחר מכן מופיע הרצף, וכל נוקלאוטיד או חומצה אמינית מיוצגים באות אחת ללא רווחים או מספור.
דוגמאות לרצפים בפורמט FASTA:
&gt;LCBO - Prolactin precursor - Bovine
MDSKGSSQKGSRLLLLLVVSNLLLCQGVVSTPVCPNGPGNCQVSLRDLFDRAVMVSHYIHDLSS
EMFNEFDKRYAQGKGFITMALNSCHTSSLPTPEDKEQAQQTHHEVLMSLILGLLRSWNDPLYHL
VTEVRGMKGAPDAILSRAIEIEEENKRLLEGMEMIFGQVIPGAKETEPYPVWSGLPSLQTKDED
ARYSAFYNLLHCLRRDSSKIDTYLKLLNCRIIYNNNC*
&gt;MCHU - Calmodulin - Human, rabbit, bovine, rat, and chicken
ADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTID
FPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREA
DIDGDGQVNYEEFVQMMTAK*
&gt;gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
אורך השורה הוא לרוב 80 אותיות, אך הגבול המרבי הוא 120 אותיות. האורך נקבע לפי הגודל הסטנדרטי של מסופי מחשב, וכן בדף מודפס שורה (כתלות בגופן) ישנם 70-80 תווים. שורת הפתיחה אינה נצרכת, אך היא אפשרית. ניתן גם להשתמש בשורת הפתיחה בסימן ";" כדי להוסיף הערה, אך זה פחות מקובל. בשורת הפתיחה יופיעו לרוב שם הרצף, שם האורגניזם ומזהה ייחודי לרצף. לאחר שורת הפתיחה יבוא הרצף עצמו, כאשר כל תו שאינו תקני לא יזוהה (ראו פירוט בהמשך). הרצף יכול להסתיים בכוכבית (*), המסמל את קודון הסיום.
ניתן להכניס בקובץ מספר רצפי FASTS שונים, כאשר הם מופרדים זה מזה בתחילת שורה חדשה ובסימן "&lt;".
שורת הפתיחה.
לשורת הפתיחה, או שורת ההערה, המתחילה בסימן "&lt;" מקובל להכניס תיאור של הרצף ומזהה ייחודי שלו. ישנם מאגרים המשתמשים בתו "|" כדי להפריד בין שדות שונים. ישנן תוכנות שמציגות את שורת התיאור כשם החלבון, אך לעיתים הן יקרא עד הרווח הראשון או לחלופין יהיו מוגבלים למספר מסוים של תווים. לכן מקובל לערוך את שורת הפתיחה לפי תוכנת היעד.
ה-NCBI הגדיר תקן למזהה ייחודי (accession) של רצפים שבו מקובל להשתמש בשורת הפתיחה. השדות המקובלים במאגרי מידע שונים כוללים לרוב קיצור של שם מאגר המידע, מספר המזהה הייחודי ושם הרצף:
הרצף.
הרצף חייב להיות של תווים התקניים המייצגים חומצות אמינו או נוקליאוטידים. מלבד זאת, ניתן להשתמש בתו "-" כדי לייצג רווח, ובתו "*" לייצג קודון סיום. אותיות קטנות (a) יומרו לאותיות גדולות (A). שימוש במספרים אסור, אך לעיתים יימצא במאגרי מידע כדי לתת מידע על אורך הרצף.
התווים המותרים לחומצות גרעין:
התווים המותרים לחומצות אמינו:
סיומת קובץ.
אין סיומת תקנית לקבצים המכילים רצפים בצורת FASTA. הטבלה שלהלן מכילה סיומות מקובלות ומשמעותן:
נועה קולר
נועה קוֹלֶר (נולדה ב-24 ביוני 1981) היא שחקנית, קומיקאית, מחזאית ותסריטאית ישראלית. זוכת פרס אופיר לשחקנית הראשית הטובה ביותר על תפקידה בסרט "לעבור את הקיר" וב-2 פרסי האקדמיה לטלוויזיה על תפקיד ראשי בסדרה "חזרות" ועל התסריט.
ביוגרפיה.
קולר נולדה, גדלה והתחנכה בפתח תקווה ולה שני אחים גדולים. אמה, חנה, היא מורה לספרות ואביה, זאב, עובד כמנהל במינהל מקרקעי ישראל. בנעוריה למדה ב"נוער הבימה". הוריה התגרשו כשהייתה בת תשע עשרה. בצה"ל שירתה כמדריכת קורס מש"קיות קישור בבה"ד 11.
לאחר שירותה הצבאי, עברה סדנה בהדרכת השחקנים רונן שמי (מונטרי) ועדי ניצן ב"סטודיו למשחק ניסן נתיב". אחר-כך למדה במסלול התלת-שנתי ב"סטודיו למשחק של יורם לווינשטיין", אותו סיימה במחזור תשס"ו 2006.
בתיאטרון.
בשנה הראשונה לאחר סיום לימודיה שיחקה קולר בהצגה "חי בסרט" בתיאטרון חיפה, בבימויו של שמעון מימרן ובהצגות ילדים שונות. בבימויו של ניר ארז, בתיאטרון אורנה פורת, שיחקה בהצגה "שישיםXשישים", המגוללת בשישים דקות את שישים שנותיה של המדינה. בתיאטרון ארצי שיחקה בהצגה "נולדתי לחלום" בבימויו של רפי ניב, המבוססת על שיריו של עוזי חיטמן, ובתיאטרון הקיבוץ שיחקה ב"אגדת סוף העונה", בתפקיד הראשי של המלכה חם-לה בממלכת הקיץ.
מאז שנת 2007 משחקת נועה קולר בתיאטרון גשר. ההצגה הראשונה בה שיחקה בגשר הייתה "לילות לבנים", בתפקידים פיוקלה, מטריונה. ב"לה פונטיין – היער הקסום", המבוססת על משלי לה פונטיין, שיחקה טליה, נמלה, עורבת וסרטנית.
קולר שיחקה ב"טרטיף" מאת מולייר, בתפקיד דורין כשחקנית מחליפה לחנה לסלאו, ששברה את הרגל. בגרסה קודמת של המחזה בגשר גילמה את התפקיד יבגניה דודינה. היא שיחקה ב"הלילה ה-12" בבימויו של רפי ניב, בה גילמה את דמותה של מריה המשרתת, שמאוהבת בסר טובי. כדי לנקום במלווליו (אלכסנדר סנדרוביץ'), היא טומנת לו בסתר מכתב בו היא מטעה אותו לחשוב שהמלכה אוליביה מאוהבת בו.
משנת 2008 קולר היא שחקנית מחליפה לנטשה מנור בהצגה "יאקיש ופופצ'ה" של חנוך לוין בתפקיד היא – הושפיש, אמא של יאקיש (שמעון מימרן ואחר כך יובל ינאי) שמאוד רוצה שיתחתן ויביא לה נכדים.
בשנת 2009 גילמה את דמותה של מיקה, המזכירה במכון הסטטיסטי, בהצגה "רומן בעבודה". מיקה מלמדת את אילנה, הבוסית הקשוחה והגברית שלה (אורנה בנאי), איך להתנהג בצורה נשית וכיצד לממש את אהבתה לאנטולי, העולה מרוסיה (גלעד קלטר).
בשנת 2010 שיחקה קולר בהצגה "חמישה קילו סוכר", פרי עטו של גור קורן. היא גילמה שלוש דמויות שונות: לימאי שמעוני, תלמידת התיכון הפאנקיסטית והמורדת; שמרית, המפונקת בת השלושים; והזונה שעובדת בגן מאיר. בכל אחת מהדמויות הללו נכנסה לדמותה סבו של גור קורן, ששב מעולם המתים ומבקש מנכדו משאלה אחרונה לפני הסתלקותו מהעולם.
קולר שיחקה ביחד עם ארז דריגס בהצגה שכתבו השניים, "אחד + אחת", בבימויו של יבגני אריה. ההצגה הועלתה בתיאטרון גשר במאי 2010 רצה במשך שנים רבות והיוותה בסיס לסדרת הטלוויזיה של קולר ודריגס "חזרות" (2020). קולר ודריגס ביססו את "אחד + אחת" על חייהם כזוג לשעבר, שנהג לריב המון ויצרו ממנה סיטואציות קומיות. ההצגה מתארת שנה בחייו של זוג מכניסתם לדירה משותפת ועד פרידתם.