ריינולדס קידם כמה ממבקריו הוותיקים של הוהי, כמו דייוויד אנדרוס, שיימוס ברנן וצ'רלי מק'קריווי, ומינה אותם לתפקידים בכירים בממשלה. הוא גם קידם כמה חברי פרלמנט צעירים ממחוזות הבחירה הכפריים, כמו נואל דמפסי ובריאן קוואן. ברטי אהרן, אחד מתומכיו המסורים ביותר של הוהי, נשאר בתפקיד שר האוצר בעקבות הסכם שעשה עם ריינולדס שהוא לא יקרא תגר על מנהיגותו.
מקרה איקס.
עם תחילת כהונתו כראש הממשלה, נאלץ ריינולדס לעסוק ב"מקרה איקס" (X Case), שהייתה פרשה שפילגה את אירלנד. כפרגמטיסט באופיו, ניסה ריינולדס למצוא פשרה וכתוצאה מכך התנכרו אליו הן הליברלים והן חוגי הכנסייה. בפרשה זו, סירב התובע הכללי, הארי וולהן, לאפשר לנערה בת 14 לנסוע לבריטניה כדי לבצע שם הפלה מלאכותית. התקרית גרמה למתחים בין מפלגות הממשלה, פיאנה פול והמפלגה הפרוגרסיבית-דמוקרטית. משאל עם על התרתן של הפלות התקיים בסופו של דבר, ובו ספגה הממשלה תבוסה מביכה. הסעיף שהיה אמור להתיר את ההפלות במקרה של סכנת חיים לאם, נדחה במשאל העם. משאל העם והניסוח של השינויים בחוקה גרמו למתחים בין שתי המפלגות שהרכיבו את הממשלה, אך הממשלה שרדה את המשבר.
ועדת החקירה על תעשיית הבשר ובחירות 1992.
במאי 1991 הוקמה ועדת חקירה לבדיקת אי סדרים בתעשיית הבשר. הוועדה בחנה יחסים לא תקינים בין צ'ארלס הוהי לבין איל תעשיית הבשר, לארי גודמן. ועדה זו חשפה בפני הציבור חילוקי דעות עקרוניים בין שני מנהיגי המפלגה. בדיוני הוועדה מתח דזמונד או'מיילי ביקורת חריפה על ריינולדס, על תפקודו כשר התעשייה והמסחר בנוגע לתוכנית לאשראי לייצוא. כאשר מסר ריינולדס את עדותו בוועדה, הוא התייחס לחוסר יושרו של או'מיילי. הדבר עורר את זעמו של מנהיג המפלגה הפרוגרסיבית-דמוקרטית, היא הגישה הצעת אי-אמון בממשלה והיא נפלה.
מסע הבחירות היה הרה אסון עבור פיאנה פול. באותה תקופה התחולל משבר כלכלי עולמי, הוהי היה עדיין בזיכרונם של האנשים ומלחמת המפרץ הייתה האירוע שכבש את התקשורת הבינלאומית באותו זמן. ברור שלא היה מתאים להראות את סדאם חוסיין בחדשות במקביל לדיוני ועדת החקירה הדנה בניסיונותיו של ריינולדס למכור בשר בקר למשטר העיראקי. העובדה שריינולדס התכונן לסבסד את אימפריית העסקים של גודמן כשהמדינה נמצאת בשפל כלכלי עמוק, עוררה חוסר אמון כלפיו בקרב ציבור הבוחרים. התמיכה במפלגה צנחה ב-5% והיה ברור שהציבור תומך בריינולדס על פני או'מיילי שהיה מודאג עקב ההאשמות שהועלו בוועדה. מפלגת הלייבור בהנהגתו של דיק ספרינג עלתה בסקרי דעת הקהל והתקרבה לשותפתה המסורתית פיאנה פול. למפלגת פינה גייל נרשמו תוצאות הבחירות הגרועות ביותר שלה מאז 1927 והיא איבדה 9 מושבים. לעומתה, מפלגת הלייבור רשמה את התוצאה הטובה ביותר שלה מעולם וזכתה ב-33 מושבים בפרלמנט. בסופו של דבר הוביל המשא ומתן הקואליציוני ליצירתה של קואליציה אחרת. הציפיות להקמתה של ממשלה של פיאנה פול והלייבור הסתיימו לאחר כמה שבועות עקב רצונו של ספרינג להנהיג רוטציה על תפקיד ראש הממשלה עם ג'ון ברוטון מפינה גייל. לבסוף, הוקמה ממשלה של פיאנה פול בשותפות עם הלייבור וריינולדס שב לעמוד בראשה כשדיק ספרינג מונה להיות סגנו.
יחסי חוץ.
איחד מהישגיו העיקריים של ריינולדס במהלך תקופת כהונתו כראש ממשלה היה קידומו של תהליך השלום בצפון אירלנד. משא ומתן, שהתקדם צעד צעד, התנהל במהלך שנת 1993 בין ריינולדס לבין ראש ממשלת בריטניה, ג'ון מייג'ור. לשניים הייתה מערכת יחסים טובה. ב-15 בדצמבר 1993 נחתמה הצהרת רחוב דאונינג המשותפת בין שניהם. בנוסף, נשאר ריינולדס מעורב בדיונים עם המפלגות הלאומיות של צפון אירלנד. לבסוף, יחד עם ג'ון יום ועם ג'רי אדמס, מנהיג השין פיין, הוא הצליח לגרום לצבא האירי הרפובליקני להכריז על הפסקת אש מוחלטת ב-31 באוגוסט 1994.
מתחים עם הלייבור.
שר האוצר בממשלתו של ריינולדס, ברטי אהרן, הציע חנינת מס לאנשים עם חובות מס גדולים, בתנאי שהם יצהירו על הכנסותיהם בתקופות קודמות. הצעה זו גרמה למהומה בתקשורת ומנהיג הלייבור, ספרינג, חש שעליו להגיב על ההצעה. ב-9 ביוני 1994 איבדה פיאנה פול שני מושבים בבחירות הביניים לטובתן של מפלגות האופוזיציה, פינה גייל ומפלגת השמאל הדמוקרטית. אירוע זה היווה לחץ משמעותי על ריינולדס, שכן הוא לא היה יכול יותר להסתמך על ספרינג שהוא יישאר בממשלה.
דוח ועדת החקירה על משק הבשר פורסם ביולי 1994 ומפלגת הלייבור איימה לעזוב את הממשלה אם ריינולדס יזכה לביקורת במסגרתו. ריינולדס טען שהדוח מוצדק במלואו והמדיניות וההחלטות שהוא עשה היו לטובת המדינה.
המחלוקת עם התובע הכללי והנפילה.
כאשר הוקמה הממשלה ב-1992, החליט ריינולדס למנות מחדש את התובע הכללי, הארי וולהן. ספרינג לא התנגד למינוי, למרות שהיו לו הסתייגויות רציניות בנוגע לאמונתו הקתולית האדוקה של וולהן. עם התפנותו של תפקיד נשיא בית המשפט העליון, הציע ריינולדס את וולהן. בשלב זה היו טענות שוולהן לא היה נחוש מספיק להעמיד לדין את הכומר בנדן סמיית שהיה חשוד בהתעללות מינית בילדים, עקב ההשלכות שעלולות היו להיות לכך על ההיררכיה הכנסייתית. מאוחר יותר נחשף שוולהן, עשה שימוש לרעה בסמכותו כתובע כללי, כשניסה להסגיר את סמיית לצפון אירלנד, שם הוא היה חשוד בפלילים. העובדה שפרשה זו סוקרה על ידי תחנת הטלוויזיה הבריטית, ערוץ 4, בשעה שהטלוויזיה הממלכתית האירית דממה והעיתונות הכתובה האירית דיברה על הנושא רק באופן עקיף, מתוך חשש מהוצאת דיבה, גרמה לפרשה להיות מביכה אף יותר. ספרינג חיפש דרך כיצד למנוע את מינויו של וולהן, למרות מחויבותו העמוקה של ריינולדס. לשרי הלייבור בהנהגתו של ספרינג היו הרהורים קשים בנוגע להשלכות של הפרשה ומה הצעדים שעליהם לנקוט בעקבותיה. נראה היה שהקואליציה מחוסלת, אך ריינולדס עדיין סבר שאפשר להגיע לידי פיוס. בהבינו שאחיזת העיניים שלו נחשפה, נאלץ ריינולדס להתייצב בפני הפרלמנט ולהסביר שאם היה יודע בדיעבד את מה שהתרחש בעבר בנוגע לחשיבות הטיפול בפרשה על ידי משרד התובע הכללי, הוא לא היה תומך במינויו של וולהן לתפקיד השיפוטי.
בכל אופן, מעמדו הפוליטי של ריינולדס ניזוק, ונראה היה שהוא מעוניין להחזיק בשלטון בכל מחיר, מאשר לשמור על היושרה של הממשלה. ספרינג החליט שהוא לא יוכל לשבת בממשלה יחד עם ריינולדס ובסופו של דבר פרשה מפלגת הלייבור מהממשלה ב-16 בנובמבר 1994.
ריינולדס הבין שאין דבר שיכול להציל את ממשלתו והוא התפטר מתפקידיו כמנהיג פיאנה פול וכראש הממשלה יום לאחר התמוטטותה של הקואליציה. באפשרותו היה לבקש מהנשיאה מרי רובינסון לפזר את הפרלמנט כדי שיערכו בחירות חדשות, אך רובינסון הצהירה מראש שעל פי סמכותה בחוקה היא תסרב לבקשה כזאת ובכך יאלץ ריינולדס להתפטר.
ב-19 בנובמבר 1994 מונה שר האוצר, ברטי אהרן פה אחד לתפקיד המנהיג השישי של פיאנה פול. המועמד המועדפת על ריינולדס, מרי גוגין-קווין, משכה את מועמדותה בבוקרו של יום ההצבעה. במקום להצטרף לקואליציה נוספת עם פיאנה פול, הוביל ספרינג את מפלגת הלייבור לקואליציה עם מפלגת פינה גייל ועם מפלגת השמאל הדמוקרטית. פיאנה פול מצאה עצמה שוב באופוזיציה, כשהיא ניצבת מול קואליציה מקיר אל קיר בראשותו של ג'ון ברוטון ממפלגת פינה גייל. ריינולדס שב לספסלים האחוריים של האופוזיציה בפרלמנט.
לאחר הפרישה.
ריינולדס המשיך להיות חבר פרלמנט לאחר התפטרותו. בראשית 1997 הוא החל לחשוב על פרישה מהחיים הפוליטיים לאחר הבחירות שעמדו להתקיים באותה שנה. ברטי אהרן עודד אותו להציג את מועמדותו בבחירות והציע לו תפקיד של שליח שלום לצפון אירלנד ואת תמיכתו כמועמד לנשיאות. פיאנה פול זכתה בבחירות, אך אהרן חזר בו מהבטחתו, עקב תוצאות הבחירות הבלתי מוצלחות במחוז הבחירה של ריינולדס ועקב השינוי במצב הפוליטי בצפון אירלנד. ריינולדס היה מעוניין עדיין להציג את מועמדותו לנשיאות, יחד עם עוד שני מועמדים, מייקל או'קנדי ומארי מקאליס. בפגישה עם השרים, נתן להם אהרן להבין שהוא מעוניין במועמדותה של מקאליס. למרות שבסיבוב הבחירות הראשון זכה ריינולדס במקום הראשון עם יתרון נוח, תמכו בסיבוב השני המצביעים עבור או'קנדי במקאליס, שנבחרה להיות נשיאת אירלנד השמינית. ריינולדס הושפל על ידי אהרן ועל ידי כל השרים שאיבדו את תפקידיהם כאשר הוא נבחר לראשות הממשלה ב-1992. הוא פרש מהחיים הפוליטיים בבחירות של 2002, לאחר 25 שנים כחבר הפרלמנט. עם פרישתו הוא אמר שהוא לא נוטר כל טינה לאהרן.
ריינולדס היה מעורב בתביעת לשון הרע כנגד העיתון הבריטי, סאנדיי טיימס, על רקע מאמר שפורסם ב-1994. המאמר טען שלכאורה הטעה ריינולדס במכוון ובחוסר יושר את הפרלמנט בנוגע לעניינים הקשורים לפרשת ברנדן סמיית שגרמו לנפילתה של הקואליציה. העיתון טען להגנתו כי זוהי הגנת פריבילגיה בטענה שאלה דיווחים הוגנים על האשמות שיש לציבור עניין בהן, אך ב-1996 הכריע בית המשפט העליון לטובתו של ריינולדס. יחד עם זאת, פסק חבר השופטים כי לא ישולמו פיצויים. בסופו של דבר נפסקו לטובתו של ריינולדס פיצויים סמליים בשווי של פני אחד, ובכך נותר ריינולדס עם הוצאות משפטיות שמוערכות במיליון ליש"ט. בערעור שהוגש ב-1998 הוכרז שריינולדס לא זכה לשימוע הוגן בבית המשפט העליון וערעור נוסף הוגש לבית הלורדים. תיק זה הביא ליצירתו של התקדים (על פי החוק הבריטי, ומאוחר יותר על פי החוק האירי) שנקרא "הגנת ריינולדס" (Reynolds defence).