ביום המשפט, התארגן בכניסה לאולם בית הדין הפלילי של פריז המון זועם שקידם את פני מרכבתם של זולא והאחים קלמנסו בקריאות: "בוז זולא! בוז למנוול!". האולם היה מלא עד אפס מקום. עיתונאי אחד העיר: "איזו התרגשות בפני האנשים, אילו ניצוצות של שנאה בעיני רבים מהם... עשרים וחמש שנים נכחתי במשפטים פליליים, אך אינני זוכר קהל אלים כזה". בפתיחת המשפט, הצהיר התובע הכללי: "אני מזהיר את בית הדין, שמטרת זולא וידידיו היא להתייחס לפרשת דרייפוס. רוצים לעורר דיון מחפיר. יש להגביל את הדיונים לכתב האישום". לאבורי מחה בטענה כי שתי הפרשיות קשורות זו לזו, אולם אב בית הדין, השופט דלגורג, קיבל את טענת התובע הכללי. כדי להבטיח את ההחלטה הזו, נקבע כי ההגנה לא תוכל להזמין כעדים את השופטים משני המשפטים הצבאיים (כנגד דרייפוס וכנגד אסטרהאזי) וכן מספר דמויות מפתח נוספות.
המשפט היה מתחילתו ועד סופו "קרב כביר", כפי שכינה זאת מתייה, שבעצמו נמנע מלהגיע כדי שהמהומות לא יצאו שליטה. כבר ביומו הראשון של המשפט פרצו קטטות במסדרונות ההיכל, וזולא נאלץ לעזוב את המקום בליווי משטרתי. המהומות גלשו מהכניסה לבית המשפט לכל רחבי העיר, והגיעו לכדי ניפוץ חלונות ראווה של חנויות בבעלות יהודית והשחתת רכוש יהודי. העיתון לה ליבר פארול תיאר את המהומות כ"ביטוי לזעמו האציל של העם". העיתון תיאר כיצד ההמונים דרשו להטביע את היהודים או לצלות אותם, והוסיף וציין כי "יהודון צלוי ודאי מדיף ריחות מאוד לא נעימים". בהמשך פרצו מהומות וביזת חנויות יהודיות גם בשאר ערי צרפת ואף באלג'יריה. בזה אחר זה, עלו להעיד לבלוא, קסטנר, הנשיא לשעבר פרייה, בואדפר, גונז ופאטי. שלושתם נשבעו כי דרייפוס אשם, וסירבו להתייחס לשאלה האם אכן דרייפוס הורשע על סמך מסמכים שלא נראו להגנה. אנרי היה חולה, ולפיכך עדותו הייתה קצרה, קטועה ומבולבלת. ברטיון חזר שוב על תאוריית הזיוף העצמי שלו, והפעם לא הצליח לשכנע בה את השופטים. לאבורי הצליח לבלבל ולהביך אותו, והנוכחים באולם פרצו בצחוק. ברטיון נפגע מאוד והצהיר שההיסטוריה תשפוט אותו. הוא יצא מהאולם בעוד לאבורי צועק אחריו: "הנה כתב האשמה של שנת 1894. יש בו האשמה אחת ואחת בלבד: הבורדרו. והנה לפניכם המומחה, המומחה הראשי".
אסטרהאזי הוזמן להעיד רק לקראת סוף המשפט. אלבר קלמנסו הכין 60 שאלות שאותן תכנן לשאול אותו, אולם פלייה דרש ממנו לשתוק ולא לענות. קלמנסו שאל את השאלות במשך חצי שעה, בעוד אסטרהאזי שותק, אולם כאשר הגיע לשאלה האחרונה האם הוא קיים קשר עם שוורצקופן, דרש נשיא בית המשפט לא לשאול את השאלה הזו. פיקאר נלקח מתאו כדי להעיד, ובמשך שעה פרט את כל הידוע לו בשלווה גמורה. דבריו עשו על הנוכחים רושם עז, אולם אז נקרא אנרי להעיד שוב והחל להטיח האשמות בפיקאר. בעומדם זה מול זה, איבדו השניים את קור רוחם וכינו זה את זה שקרנים. בעקבות כך, התמודדו השניים בדו-קרב אשר ממנו יצא אנרי פצוע קלות. ב-16 בפברואר הובאו מומחים לכתבי יד, אשר קבעו כי דרייפוס לא יכול היה לכתוב את הבורדרו וכותבו הוא בוודאות אסטרהאזי. באותו היום העיד פלייה והאריך להוכיח שאסטרהאזי לא יכול היה לכתוב את הבורדרו, אולם פיקאר הפריך את דבריו ללא כל קושי.
זיוף אנרי.
בשלב זה נראה היה שההגנה עומדת לנצח, אולם ב-17 בפברואר 1898 אירע מהפך דרמטי במהלך המשפט. כמעט שלוש שנים לפני כן, ב-2 בנובמבר 1895 הגיש אנרי לבואדפר וביו את המסמך אשר נודע כ"זיוף אנרי" (faux Henry). אנרי טען שמדובר במסמך שנשלח מפניצארדי לשוורצקופן, והוא מוכיח למעלה מכל ספק את אשמתו של דרייפוס. המכתב היה למעשה זיוף גס של אנרי, שחיקה את כתב ידו של פניצארדי. זה נוסח המכתב:
השאלה האם בואדפר וביו ידעו שהמסמך מזויף, שנויה במחלוקת. כך או כך, הוא הפך ל"נשק הסודי" שלהם. הם נזהרו שלא לחשוף את קיומו, ותכננו להשתמש בו בשעת חירום של ממש. אולם מהלך משפט זולא החל להדאיג את הגנרלים המעורבים בקנוניה, וב-17 בפברואר הודיע פלייה כי ברצונו לחזור לדוכן העדים. הוא השתמש בתואנה שעורכי הדין מטעם ההגנה קראו קטע מתוך הדו"ח שכתב ד'אורמשוויל במהלך החקירה של דרייפוס ובכך עירבו בין שתי הפרשיות, כדי להצהיר:
פלייה ציטט מהמסמך בעל פה, לתדהמת כל הנוכחים. לא ברור אם הוא פעל על דעת עצמו או שמא קיבל הוראה מגבוה לעשות זאת. לאבורי ידע אמנם על קיומו של מסמך מרשיע (הוא שמע על כך מקסטנר ששמע על כך מביו), אולם לא ידע עליו פרטים רבים. עדותו של פלייה אפשרה לו לדרוש את צירוף המסמך לתיק והצגתו בפומבי. גונז ביקש את רשות הדיבור והצהיר שמטעמים של טובת המדינה לא ניתן לחשוף את המסמך לציבור, אולם ההוכחות כנגד דרייפוס "קיימות, ממשיות ומוחלטות". גונז הצהיר כי למחרת יעיד בואדפר שוב ויאשר את קיומו של המסמך.
גזר הדין.
בואדפר אכן הופיע למחרת. הוא דיבר קצרות, אישר את קיומו של המסמך והוסיף שמטעמים ביטחוניים לא ניתן להציג אותו, אולם לאחר מכן הוא הטיל איום: "אתם חבר המושבעים, אתם האומה. אם האומה אין לה אמון בראשי הצבא שלה, באלה הנושאים באחריות להגנה הלאומית, הרי הם מוכנים להניח את הנטל הכבד הזה לאחרים. אין לכם אלא להשמיע את דברכם". משמעות האיום הייתה כי אם יזוכה זולא, המטה הכללי כולו יתפטר. האיום עורר פחד רב, ויש אף שהתייחסו אליו כאל הפיכה צבאית. העיתון האנגלי וסטמינסטר גאזט הצהיר בהגזמה כי: "הרפובליקה השלישית אינה קיימת עוד... ההפיכה של הגנרל דה בואדפר אינה שונה בהרבה מהפיכתו של נפוליאון השלישי. ההבדל הוא במידת האכזריות שבנסיבות השוליות". ואכן, יש לזכור כי המשפט הוכרע בידי חבר מושבעים שהיו אנשים פשוטים, ואיום של התפטרות המטה הכללי בהחלט היה מרתיע דיו. בנוסף על כך, לה ליבר פארול פרסם את שמותיהם וכתובותיהם של חבר המושבעים, מה שהיווה איום מרומז. פסק הדין ניתן ב-23 בפברואר. המושבעים התייעצו כ-35 דקות בטרם החליטו כי זולא ופרנקס אשמים. על זולא הושת העונש המרבי - שנת מאסר, ועל פרנקס ארבעה חודשים. בנוסף על כך הושת על שניהם קנס בסך 3,000 פרנקים. צעקות שמחה מילאו את האולם, קצינים התחבקו ומבחוץ נשמעו הקריאות הקצובות: "מוות לזולא! מוות ליהודים!".
זולא יצא מאולם המשפט בעוד המון זועם מקיף אותו ומאיים עליו. קלמנסו העיד לימים כי "אילו יצא זולא זכאי, לא היה איש מאתנו נשאר בחיים". בכל אותו הלילה נערכו חגיגות והפגנות ספונטניות בכל רחבי צרפת. הלאומן מוריס בארס כתב למחרת בפיגארו: "אין ביכולתי לתאר את הסופה המסחררת, את האחווה והשמחה של הערב ההוא". פיקאר סולק מהצבא ללא קצבה, ולבלוא הודח מלשכת עורכי הדין. עם זאת, במובן מסוים, היה משפט זולא דווקא הישג עבור הדרייפוסרים, שכן כעת פרשת דרייפוס עמדה במרכז סדר היום בצרפת וקלישותה של האשמה כנגד דרייפוס הייתה גלויה לציבור.
ב-2 באפריל, הגיש זולא ערעור על משפטו בפני בית המשפט העליון, בתואנה כי מכיוון שהתביעה על הוצאת הדיבה התמקדה בטענה שבית המשפט שהרשיע את אסטרהאזי פעל על פי הוראה מגבוה, הרי שהשופטים הצבאיים הם אלה שהיו צריכים להגיש את התביעה ולא ביו. למרבה ההפתעה, בית המשפט העליון קיבל את הטענה. נשיא בית המשפט העליון אף נשא נאום תקיף בעד דרייפוס ונגד האנטישמיות. גזר הדין של זולא בוטל. הייתה זו סטירת לחי מצלצלת עבור מתנגדי דרייפוס. ב-8 באפריל התכנסו השופטים הצבאיים כדי להחליט האם להגיש תביעה חדשה, ובסופו של דבר החליטו לעשות זאת, אולם גם החליטו שהתביעה תתמקד אך ורק בטענתו של זולא כי אסטרהאזי זוכה "על פי פקודה מגבוה". המשפט החדש נקבע ל-23 במאי, ובמטרה לצמצם את המהומות, הוחלט שהוא לא יערך בפריז אלא בוורסאי.
חשיפת הזיוף.
נאומו של שר ההגנה קווניאק.
בשל סיבות טכניות שונות, נדחה משפטו של זולא מ-23 במאי ל-18 ביולי. אולם עוד בטרם החל המשפט, אירעו מספר אירועים חשובים. ב-15 ביוני התפטר ראש הממשלה מלין בעקבות חילוקי דעות קשים עם הסיעה הרדיקלית. לאחר משבר שנמשך 12 ימים שבמהלכם לא הייתה לצרפת ממשלה, הטיל הנשיא את הרכבת הממשלה על אנרי בריסון הרדיקלי. בריסון הצליח להקים ממשלה יציבה, וכחלק מהמינויים החדשים שיזם, מינה לשר ההגנה, במקום ביו, את גודפרואה קווניאק, אשר השתייך למפלגה הרדיקלית. קווניאק נודע כבעל דעות ימניות ולאומניות, וגם כאדם הגון מאוד. הוא האמין באמת ובתמים שדרייפוס אשם, במיוחד לאחר שיחה עם לברן-רנו שסיפר לו על "הודאתו" כביכול של דרייפוס. קווניאק היה להוט לסיים את הפרשה אחת ולתמיד, והחליט להקריב לשם כך את כללי הזהירות. הוא הפקיע את התיק הסודי שכעת כבר היה נפוח למדי, והפקיד אותו בידי שני קצינים שהיו נאמנים לו. הוא תחקר את בואדפר אודות התיק ושאל אותו האם בדק כל מסמך בתיק. בואדפר נאלץ להודות שהוא סמך על אנרי בנוגע לחלק גדול מהמסמכים. חברי הקנוניה גילו כי בקווניאק הם לא יוכלו לשלוט כפי ששלטו בביו. מלבד זאת, קווניאק תיעב את אסטרהאזי והחליט להיפטר ממנו.