בניסיון למנוע גידול נוסף באחוז החרדים בבית שמש, בקשה מועצת עיריית בית שמש ממינהל מקרקעי ישראל ומשרד השיכון שהקצאות עתידיות לבנייה בבית שמש ייעשו על פי חלוקה למגזרים כך שלכל אחד מהמגזרים: חילונים, דתיים לאומים וחרדים יוקצו שליש מיחידות הדיור העתידות להבנות. מינהל מקרקעי ישראל ומשרד השיכון סירבו לבקשה, בטענה שהקצאה מגזרית מנוגדת לחוק ואין מקום להתערב בכוחות השוק ובית המשפט אישר את עמדת המנהל ומשרד השיכון.
חלק קטן מהשכונות החרדיות של בית שמש מאופיינות בקיצוניות ביחס לנשים: בשכונות אלו מופיעים שלטים המבקשים הפרדה מגדרית בין גברים לנשים, ואף אירעו אירועי יידוי אבנים על נשים המתלבשות "שלא בצניעות" והוטרדו נשים בתחבורה הציבורית. ב־2011 עלתה בית שמש לכותרות במשך מספר שבועות בעקבות סיפור שפורסם באולפן שישי על כך שחרדי ירק על ילדה בגיל שמונה שהלכה לטענתו שלא בצניעות.
המתח בין שני חלקי האוכלוסייה לובה עקב טענות כלפי הזנחת האזורים החילוניים של בית שמש על ידי ראש העיר אבוטבול, והשקעת כספים עודפים בבנייה ופיתוח בשכונות החרדיות. יש אף הקוראים לחלוקתה של בית שמש בין העיר החילונית לבין רמת בית שמש והאזורים החרדיים. לקראת הבחירות לראשות העיר בשנת 2013 נתלו תקוות המחנה החילוני־מסורתי במועמד הציוני אלי כהן. בבחירות ניצח אבוטבול בהפרש של פחות מאלף קולות, דבר שהוסיף לסערת הרוחות בעיר ולהפגנות המוניות. עקב הזיופים שהתגלו המליץ היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין על ביטול תוצאות הבחירות, עמדה שהתקבלה על ידי בית המשפט לעניינים מנהליים, שבדצמבר 2013 החליט על קיום בחירות חוזרות בעיר. בבחירות החוזרות זכה אבוטבול בשנית בהפרש של 2.6%, המהווים 960 קולות. בבחירות לראשות העיר בשנת 2018 שוב התמודד אבוטבול, אך הפסיד לעליזה בלוך הדתייה-לאומית בהפרש של 1.2%, המהווים 533 קולות.
שכונות העיר.
בית שמש מחולקת לעשרה אזורים עיקריים, שאוכלסו במספר גלי אכלוס:
רמת בית שמש וגלי אכלוס והתיישבות חדשים.
קיבוץ תמוז.
קיבוץ תמוז הוא קיבוץ עירוני בתחומי העיר בית שמש. הקיבוץ הוקם בשנת 1987 על ידי צעירים בני קיבוצים, וכן על ידי אנשי נח"ל ובוגרי פרויקט חטיבת גולני לשעבר. בקיבוץ חברות 12 משפחות - 22 מבוגרים ו־35 ילדים. הקיבוץ הוא קיבוץ שיתופי מלא ממייסדי המטה השיתופי, כלומר: משכורות החברים נכנסות לחשבון הקיבוץ, והקיבוץ דואג לכל צורכי חבריו, כגון: דיור, בריאות, חינוך ורכבים. הקיבוץ שוכן במקבץ של בניינים שבנה בעצמו סמוך למרכז העיר. חברי הקיבוץ הם בעלי השכלה אקדמית ועובדים במקצועות שונים ורבים הן בעיר והן מחוץ לה, ובין היתר מפעילים יחד עם תושבי בית שמש נוספים, את עמותת "המרכז לפיתוח קהילות שח"ף" הפועלת בתחום הזהות היהודית, החינוך והרווחה. בין היתר, מפעילה העמותה פעוטון לילדי הקיבוץ והעיר בכלל, מועדוניות לילדים בסיכון, מרכז זכויות, הקרנת סרט שבועי ועוד.
גרעין "יחד".
ב־2006 הוקם גרעין תורני חדש בשכונת גבעת שרת, המורכב ממשפחות ציוניות־דתיות צעירות, רובן ישראליות. הגרעין מונה כ־50 משפחות, המעורבות בקהילות הוותיקות בשכונה ובמפעלי חינוך ורווחה מגוונים.
תעשייה ומסחר.
בבית שמש יש שלושה אזורי תעשייה:
אזור התעשייה הצפוני, אזור תעשייה הר־טוב, ואזור התעשייה המערבי.
בתחילת העשור השני של המאה ה־21 הוקמו בעיר מספר קניונים, ובהם חברת ביג מרכזי קניות הקימה את קניון "ביג פאשן" בכניסה לעיר, נוסף על הקניון שהקימה בעבר ונמצא סמוך לתחנת הרכבת, בסמוך לו. כן הוקם קניון "נעימי", בשכונת מגדל המים וקניון "שערי העיר" סמוך לקניון "ביג".
המע"ר (מרכז עסקים ראשי) הנמצא במרכז השכונות החדשות רמות בית שמש, נמצאת בימים אלו בהקמה. במקום יבנו עשרות אלפי מטרים של שטחי מסחר ומשרדים.
משרד הכלכלה והתעשייה הכריז על העיר כאזור פיתוח א'. בפיתוח, אזור התעשייה לביא, פארק תעשייה והייטק כפיר ואזור תיירותי. בתכנון גם מרכז עסקי ראשי בצפון העיר שיכיל שטחי תעסוקה, 'מרכז תחבורה' גדול הכולל תחנת רכבת ומסופי אוטובוסים ודירות למגורים.
תרבות.
בעיר פועלים שני מוזיאונים, מוזיאון הטבע התנ"כי ובית מורשת משטרת ישראל.
בקרבת העיר נמצאים מספר גנים לאומיים ושמורות טבע: עמק האלה, מבצר האלה, תל בית שמש ומערת הנטיפים, שהיא אחד מהמקומות המתויירים בארץ.
בבית שמש פועלת "רשת מרכזים קהילתיים בית שמש" המפעילה חמישה מתנ"סים בפריסה עירונית:
רשת המתנ"סים מהווה שותפות של הסוכנות היהודית, עיריית בית שמש והחברה למתנ"סים. הפעילות הענפה כוללת: חוגים לילדים, מועדוני קשישים, מועדוני נוער, יחידה קהילתית להתפתחות הילד, מרפאת שיניים, קייטנות ופעילות למידה המופעלת בבתי הספר ברחבי העיר. כמו כן, בעיר פועלת קהילת צעירי בית שמש. היא פועלת בשיתוף פעולה של המרכז הקהילתי פסגות השבע, רשת שעלים וארגון צמרת, ועוסקת גם באירועי תרבות.
בתחום המוזיקה פועלות בעיר מספר להקות, ביניהן להקת "בין השמשות", הפועלת במתנ"ס פסגות ה־7 (להקה עירונית); מקהלת "הללו" בניצוחו של שלום כינורי (מקהלת הבנים של "הללו", הנקראת "הללו Junior" שייכת עתה לקונסרבטוריון העירוני); "הצליל השחור"; ותיאטרון קהילתי. בחג הסוכות מתקיים פסטיבל מוזיקה של הציבור הדתי־לאומי, "פסטיבל בית שמש". בסוף העשור השני של המאה ה-21 החל פסטיבל המתקיים בחג חנוכה, "פסטיבל האורות".
בעיר מועדוני ספורט רבים במגוון תחומים: קבוצת הכדורגל העירונית "הפועל עירוני בית שמש", קבוצת כדורסל עירונית, קבוצת בייסבול עירונית (בעבר - בית שמש בלו סוקס), מועדון טניס, נבחרת שחייה, מועדון קונג פו, מועדון ג'ודו עטור פרסים, וכן מספר אולמות ספורט הנמצאים במספר שכונות. ב-2016 נחנך סקייטפארק לרווחת גולשי הסקייטבורד והרולרבליידס ברחוב רביצקי שבשכונת הוותיקים. בעיר יש כמה בריכות עירוניות, כגון בריכת קריית חינוך והקאנטרי ברחוב בן אליעזר. ב-2020 החלה בנייתו של מגרש בייסבול.
הספרייה העירונית פעילה משנת 1964 במבנה ייחודי שתוכנן על ידי האדריכל נחום זולוטוב.
בבית שמש פועלת החל משנת 2006 קרן "מלכה גיאת". הקרן מעניקה בכל שנה מלגות לסטודנטיות תושבות העיר, בנוסף לתמיכה במוסדות חינוך ותרבות. בשנת 2018 החליטה עיריית בית שמש לקרוא לספרייה העירונית ע"ש מלכה גיאת, לאות הוקרה לפעילות הקרן.
ביולי 2019 נערך בעיר לראשונה אירוע של קהילת הלהט"ב.
חינוך.
מלבד זאת, קיימים בבית שמש בתי ספר ותיכונים חרדיים כמו בית יעקב, בית יעקב הישן ושיטת זילברמן. בנוסף לבתי הספר, פועל ארגון בשם "מדרשת בית שמש" המארגן פעילויות לתלמידים בנושאי זהות יהודית והיסטוריה של העיר.
מסגרות חינוך מיוחד.
בעיר פועלים מוסדות ומסגרות לחינוך מיוחד לבעלי מוגבלות שכלית התפתחותית, ביניהם שיח סוד, עזר מציון ועוד.
תנועות נוער.
שעלי תורה.
בעיר פועל הגרעין הראשון של רשת שעלי תורה (השם גם רומז לשועלי שמשון הקשורים בבית שמש). הגרעין פועל בבית שמש מאז שנת 1988. הגרעין הקים: גני ילדים, בתי ספר יסודיים (אורות בנים ואורות בנות), הישיבה התיכונית שעלי תורה ואולפנת גילה, ובית חם לילדים ונוער. הגרעין מפעיל רשת של הרצאות ומרכז את קליטתם של עולי צרפת בעיר. הגרעין מפעיל ארגון חסד פעיל, וישיבה גבוהה עם כולל אברכים דתי לאומי, הפועלים מאז שנת הלימודים ה'תש"ע (2010).
תחבורה.
בשנת 2003 חודשה בבית שמש תחנת רכבת שהייתה קיימת כבר לפני כן, אבל הפסיקה לפעול באמצע שנות התשעים. תחנת הרכבת ממוקמת על הדרך שבין ירושלים לרמלה, ומשם לתל אביב־יפו.
הכביש העיקרי המוביל לבית שמש הוא כביש 38 אשר מחבר אותה וכן יישובים נוספים במועצה אזורית מטה יהודה לכביש 1, במחלף שער הגיא. ב-2013 החלה החברה הלאומית לדרכים בישראל להסב את חלקו הצפוני של הכביש לדו מסלולי ודו נתיבי בקטע שבין מחלף שער הגיא לבית שמש בשל עומסי תנועה כבדים. בשלהי שנת 2019 נחנך כביש 38 במתכונתו הרחבה, וכיום נהנית העיר בית שמש מתחבורה מתקדמת, ואף הוגדרה על ידי שר התחבורה כ"אחת הערים בעלות התחבורה האיכותית ביותר".
באוקטובר 2020 זכו חברות תנופה ונתיב אקספרס במכרזים להפעלת קווי התחבורה הציבורית בפרוזדור ירושלים ובית שמש. המעבר לחברות אלה החל בשנת 2021. נתיב אקספרס בעיר נקראה "בית שמש אקספרס.
בית שמש מחוברת לרשת הארצית של רכבת ישראל. מהתחנה יוצאת רכבת פעם בשעה לכיוון נתניה, דרך רמלה, לוד, תל אביב והרצליה.
באוקטובר 2020 נחנך בסמוך לעיר מחלף רמת בית שמש, אשר משמש את השכונות הדרומיות של העיר.
קיים תכנון להקים קו רכבת קלה אשר יחבר בין העיר לירושלים.
בית שמש בתרבות.
יש הטוענים כי על המשלט המשותף, הנמצא בשטח העיר, כתב חיים חפר את השיר היו זמנים, בלחן של משה וילנסקי.
בשנת 1978, החלו צילומי הסרט "בלפר" - שחלקו צולם בבית שמש. העלילה מספרת על שלמה בלפר, ילד חוץ שהגיע לקיבוץ לאחר שאביו ברח מהארץ, רוצה אף הוא ללכת בדרכי אביו שעושה עסקים בוונצואלה. הוא חולם על הרגע שבו אביו ישלח לו כרטיס טיסה, והוא יעזוב את הקיבוץ. בלפר עוזב את הקיבוץ ומגיע לבית שמש, שם הוא נישא לבעלת בוטיק אופנה.
אחד משירי אלבום הבכורה של להקת נושאי המגבעת, "מי רצח את אגנתה פאלסקוג" משנת 1991, נקרא "Live in בית שמש", ומתאר יאוש וחוסר תקווה. השיר הופיע עוד לפני כן בקלטת הדמו הראשונה שלהם, והוקלט מחדש לטובת האלבום.
בשנת 2016 פורסם הסרט "הרבה גוונים של שחור" המתרחש במהלך מערכת הבחירות העירונית של שנת 2014 ומציג את אישים מהקהילה החרדית בעיר לגווניה
בשנת 2018 צולם הסרט "פלאשמוב" – סרט תיעודי על נשות בית שמש שקיימו פלאש מוב במרחב ציבורי בקניון "ביג פאשן" שבעיר.