ב-28 בספטמבר התחדש המשא ומתן על כניעת כוחות המורדים. ב-30 בחודש השלימו הגרמנים את כיבוש רובע ז'וליבורז', כוחות המורדים נדחקו למספר כיסי התנגדות מבודדים, שגודלם הלך והצטמק, ומצבם הפך לקשה יותר ויותר. לאחר פנייה נואשת אחרונה של בור-קומורובסקי וראש הממשלה הפולני בגולה, מיקולייצ'יק, לעזרת הפיקוד הסובייטי, שנענתה בשלילה, הבין פיקוד "צבא המולדת" בוורשה, שאין מנוס מכניעה. ב־2 באוקטובר חתם הגנרל תדיאוש בור קומורובסקי על ההסכם לכניעת שארית הכוחות הפולניים (חיילי ורשה של צבא המולדת - "Warszawski Korpus Armii Krajowej"). הטקס נערך במטה הגרמני בנוכחות הגנרל אריך פון דם באך-צלבסקי. צלבסקי, שהיה מגרועי פושעי המלחמה של האס אס היה בשלב זה בעל "ניסיון" בן חמש שנים ב"לוחמה נגד פרטיזנים", בכל רחבי אירופה ובמיוחד באוקראינה ובלארוס שם היה אחראי לרצח מאות אלפי אזרחים חפים מפשע במהלך פעולות תגמול כנגד האוכלוסייה המקומית, שכללו שריפת כפרים שלמים על יושביהם. אולם בתקופה בה התנהל המשא ומתן על הכניעה, פרסם ה־BBC רשימה של פושעי מלחמה נאציים, שיענשו על פשעיהם בתום המלחמה, וצלבסקי נכלל בתוכה. מאחר שבשלב זה של המלחמה היה ברור שתבוסת גרמניה הנאצית היא בלתי נמנעת, הסכים צלבסקי, בין השאר, כדי להציל את עורו, להעניק למורדים הפולניים, שיניחו את נשקם, יחס התואם את אמנת ז'נבה, ולהבטיח יחס הומני כלפי האוכלוסייה האזרחית בוורשה. הסכם הכניעה שימש ככלי בידי התעמולה הסובייטית, אשר טענה מאוחר יותר, שהנהגת "צבא המולדת" בוורשה כרתה ברית עם הנאצים.
ביום שלמחרת החלו הגרמנים לפרוק את חיילי צבא המולדת מנשקם. רובם נשלחו למחנות שבויים באזורים שונים של גרמניה. במקביל נשלחה האוכלוסייה האזרחית, שנותרה בוורשה (כ־700,000 איש), למחנות מעצר מערבית לעיר, בהם מתו עשרות אלפי אזרחים. לוחמי מחתרת רבים, שחששו מפני השבי הגרמני, בחרו להיטמע באוכלוסייה האזרחית, ולברוח עמה מורשה, בתקווה להמשיך מאוחר יותר בלחימה נגד הנאצים.
הרס העיר.
לאחר שסולקה האוכלוסייה החלו הגרמנים להרוס את שאריות העיר. קבוצות מיוחדות של מהנדסים גרמניים נשלחו לעיר כדי לשרוף ולהחריב את המבנים הנותרים. על־פי התוכניות הגרמניות הייתה עתידה ורשה להפוך לאגם לכשתסתיים המלחמה. יחידות ההריסה השתמשו בלהביורים ובחומרי נפץ כדי להרוס באופן שיטתי בית אחר בית. הם שמו לב במיוחד למבנים ההיסטוריים ומקומות בעלי עניין: שום דבר לא נשאר ממורשת העבר.
עד ינואר 1945 נהרסו כ־85% מהבניינים: 25% מהם כתוצאה מהמרד, 35% כתוצאה מההריסה השיטתית שלאחר המרד, והיתר כתוצאה ממרד גטו ורשה (15%) ומלחימה פולנית קודמת, בעיקר במערכת ספטמבר 1939 (10%).
האבדות החומריות הוערכו בכ־10,455 מבנים, 923 מבנים היסטוריים (94 אחוז), 25 כנסיות, 14 ספריות (כולל הספרייה הלאומית), 81 בתי־ספר יסודיים, 64 בתי־ספר תיכוניים, אוניברסיטת ורשה ואוניברסיטת ורשה לטכנולוגיה, ורוב המבנים ההיסטוריים. קרוב למיליון תושבים איבדו את כל רכושם. הנתונים המדויקים לגבי רכוש פרטי וציבורי כמו גם יצירות אומנות ומבני מדע ותרבות אינו ידוע. למרות זאת, הערכות שונות קובעות כי הנזק שנגרם היה שווה ערך לכ־40 מיליארד דולר. מועצת ורשה דנה בימים אלו בסוגיית תביעתה או אי־תביעתה את גרמניה לתשלום פיצויים.
המורשת.
מבצע ורשה ומבצע סופה נכשלו במטרתם העיקרית - לשחרר חלקים מפולין כדי שממשלה הנאמנה לממשלה הפולנית הגולה תוכל לקום במקום ממשלת הבובות הסובייטית המתוכננת. לא קיימת הסכמה בין ההיסטוריונים אם הדבר היה אפשרי בכלל, ואם לפעולות הפולנים היה סיכוי. חלקם טוענים שללא מבצע סופה וללא מרד ורשה הייתה הופכת פולין לרפובליקה סובייטית, גורל גרוע בהרבה מממשלת הבובות שהושלטה לבסוף. לפי טענה זו הייתה למורדים הצלחה, ולו רק חלקית.
הסיבות לכישלון.
לכישלון המרד היו מספר גורמים, אף שאין הסכמה לגבי כולם ולגבי מידת השפעתו של כל אחד מהם.
אולי הגורם המרכזי לכישלון היה העובדה, שהמרד לא תואם מראש עם הפיקוד הסובייטי (מסיבות פוליטיות מובנות), אף על פי שהצלחתו הייתה תלויה לחלוטין בחבירה מהירה של כוחות הצבא האדום עם כוחות "צבא המולדת" בוורשה (התקוממות המחתרת הצרפתית בפריז גם היא לא תואמה מראש עם בעלות הברית, אך למזלם של המתקוממים כוחות בעלות הברית הגיעו לעיר תוך זמן קצר, והצבא הגרמני בצרפת היה במצב של נסיגה כללית).
הנחת היסוד של מארגני המרד הייתה, שהצבא הגרמני באזור ורשה נמצא בנסיגה מהירה מערבה, וכוחות הצבא האדום יגיעו לעיר תוך מספר ימים. הנחה זו התבררה כמוטעית. הפיקוד הגרמני החליט להחזיק בקו נהר הוויסלה, והחיש תגבורות חזקות לאזור, כדי למנוע את המשך ההתקדמות הסובייטית בנתיב הקצר ביותר ללבה של גרמניה (ציר ורשה-ברלין). בראשית אוגוסט הוא אף ערך התקפת נגד מקומית רבת עוצמה נגד כוחות החלוץ הסובייטיים, ואילץ אותם לסגת לאחר שספגו אבדות כבדות. כישלון ניסיון המחתרת הפולנית להשתלט על רובע פראגה והגשרים שחיברו אותו לחלקה המערבי של ורשה, בימים הראשונים של המרד, שם קץ לאפשרות הקלושה של כיבוש העיר בסערה על ידי כוחות החלוץ של הצבא האדום. גם אילו הכוחות הסובייטיים היו מצליחים לכבוש את פראגה בראשית אוגוסט (ולא באמצע ספטמבר, כפי שאירע בפועל), עדיין היה עליהם לחצות את נהר הוויסלה הרחב מול התנגדות גרמנית (מבצע מורכב למדי), כדי לחבור אל כוחות המורדים הפולנים בוורשה.
אין ספק שסטלין לא רצה בהצלחת המרד, ובשחרור בירת פולין על ידי "צבא המולדת", הנאמן לממשלה הפולנית הגולה ("ממשלת לונדון") הפרו-מערבית. הצלחה כזו הייתה מחזקת את הלגיטימציה הבינלאומית של ממשלת לונדון, כממשלה החוקית של פולין, ומקשה על השגת היעד של הקמת ממשלה קומוניסטית בפולין, והפיכתה למדינת חסות של ברית המועצות. אולם לפחות חלק מהחוקרים (כולל, למשל, ריצ'רד אוברי ודייוויד גלנץ) חושבים, שבלימת ההתקדמות הסובייטית בשערי וורשה לא נבעה מהוראה מלמעלה של סטלין. הם מעריכים, שגם אם האחרון היה מעוניין בכיבוש ורשה באוגוסט-ספטמבר 1944, הצבא האדום היה מתקשה לבצע את המשימה, שהייתה מחייבת העברת כוחות חזקים מחזיתות אחרות.
מצד שני, אין מחלוקת על כך, שהצבא הסובייטי יכול היה להגיש למורדים בוורשה סיוע הרבה יותר משמעותי, בוודאי בשלבים המאוחרים של המרד, והעובדה שהסיוע הסובייטי היה מצומצם ביותר נבעה ממניעים פוליטיים של ההנהגה הסובייטית. החל מראשית ספטמבר נמצאו הכוחות הסובייטיים בטווח אש ארטילריה מורשה, ויכלו להגיש לכוחות המורדים סיוע ארטילרי ואווירי מאסיבי. סיוע כזה היה מותנה בקיום תיאום הדוק בין פיקוד כוחות המורדים בוורשה לבין הפיקוד הסובייטי, אך כל הניסיונות של הראשונים ליצור קשר עם הפיקוד הסובייטי לאחר פרוץ המרד, נכשלו. גם ניסיון הצליחה של כוחות הארמייה הפולנית הראשונה (ברלינג) באמצע ספטמבר לא קיבל סיוע מספק מהפיקוד הסובייטי והופסק לאחר זמן קצר מבלי שנעשה ניסיון משמעותי לתגבר את הכוחות שהצליחו להקים ראש גשר בגדה המערבית של הוויסלה. בנוסף, הסובייטים גם הערימו קשיים על ניסיונות חיילות האוויר המערביים להצניח סיוע לכוחות "צבא המולדת" בוורשה.
ניתן לראות בהחלטת פיקוד "צבא המולדת" להתחיל את המרד החלטה פוליטית, שנועדה להשפיע על עתידה של פולין לאחר תום המלחמה, יותר מאשר החלטה צבאית. רעיון המרד קיבל תאוצה מספר פעמים - בתחילה ב־20 ביולי, כאשר שונו תוכניות "מבצע סופה" כך שיכללו גם את העיר ורשה (לאחר שורה של דיווחים על צעדים אגרסיביים מצדם של הסובייטים כלפי יחידות צבא המולדת באזורים המזרחיים), ולאחר מכן ב-31 ביולי, כאשר דיווחים נוספים על התקרבות כוחות הצבא האדום לוורשה שכנעו כמה ממקבלי ההחלטות שאם לא יורו להתחיל במרד באופן מיידי יחמיצו את השעה. החפזון בו נתקבלה ההחלטה, גרם לכך שהמרד לא הוכן כראוי, והכוחות שנועדו להשתתף בו לא השלימו את הכנותיהם לקראת "שעת ה־W", וחסרו ציוד וכוח אדם.
"שחרור" ההריסות.
רק באמצע ינואר 1945 חידש הצבא האדום את האופנסיבה שלו במרכז פולין (מבצע ויסלה-אודר). הכוחות הנאציים שהחזיקו בוורשה כותרו על ידי כוחות סובייטיים, שתקפו מראשי גשר מדרום ומצפון לעיר, וב־17 בינואר השתלט הצבא האדום על הריסות וורשה תוך מספר שעות, כשהוא נתקל בהתנגדות מועטה מצד הגרמנים. באזור האוניברסיטה של ורשה הפגינו יחידות גרמניות התנגדות מה, אך גם הן נכנעו תוך פחות משעה.
אבדות הצדדים היריבים.
מספר האבדות המדויק בכל אחד מן הצדדים אינו ידוע עד היום. הערכות שונות קובעות כי הנתונים הם כדלהלן:
האבדות בקרב האוכלוסייה האזרחית בוורשה מוערכות בין 180,000 ל־250,000. רובם נרצחו על ידי יחידות המשטרה והס"ס הנאציות, או נהרגו בהפגזות ובהפצצות מהאוויר על האזורים שהוחזקו על ידי המורדים.
במהלך דיכוי המרד ספג הצבא הגרמני אבדות ניכרות בציוד לחימה, כולל 310 כלי רכב משוריינים מסוגים שונים, 340 כלי רכב ממונעים, 3 מטוסים ו-22 כלי ארטילריה.
לאחר המלחמה.
רוב לוחמי "צבא המולדת", שהצליחו להימלט מוורשה, נתפסו על ידי השלטונות הסובייטיים, נכלאו, ורבים מהם נשלחו לגולאגים או הוצאו להורג. המורדים שנפלו בשבי הגרמני, ונשלחו למחנות שבויים בגרמניה, שוחררו בסופו של דבר על ידי כוחות מעצמות המערב, ומצאו מקלט בבריטניה ובארצות הברית, כולל מנהיגי המרד תדיאוש בור קומורובסקי ואנטוני חרושצ'ייל.