למשך זמן רב חשבו כי גופותיהם של ניקולאי ומשפחתו נזרקו לתוך פיר של מחצבה במקום ששמו "ארבעת האחים". למעשה, דבר זה היה נכון; הם באמת נזרקו לשם בליל יולי ה־17/16. בבוקר הבא, כאשר החלו להתגלגל שמועות, יורובסקי - מפקד הפלוגה שאליה השתייכה כיתת היורים - הוציא את הגופות והסתיר אותן במקום אחר. כאשר הרכב שלקח את הגופות התקלקל בדרך לאתר הנבחר הבא, הוא עשה סידורים חדשים וקבר את רוב הגופות בבור סגור ומוחבא בדרך קופטיאקי, דרך נידחת ועזובה כ־20 קילומטרים מצפון ליקטרינבורג.
שמועות על ניצולים מהמשפחה המלכותית.
ההסתרה של ההוצאות להורג ושל הגופות הובילה לשמועות שהצאר או חלק מחברי משפחתו נותרו בחיים. כמה אנשים טענו כי ראו את הצאר במחנות עבודה בסיביר בשנות השלושים המאוחרות. טענות אלה מעולם לא נלקחו ברצינות, אך מספר אנשים בשנות העשרים והשלושים טענו, באופן יותר רציני, כי הם בני משפחת רומנוב. במיוחד היו מספר נשים שטענו כי הן הנסיכה אנסטסיה, בתו של הצאר, וזאת מכיוון שגופתה של אנסטסיה לא נמצאה יחד עם גופותיהם של שאר בני המשפחה. הידועה ביותר הייתה אנה אנדרסון, שטענה כי היא אנסטסיה והצליחה לשכנע בכך כמה מחברי משפחת רומנוב המוגלים. נראה שהיא אף האמינה בטענתה בעצמה, אך בדיקות DNA שנעשו לאחר מותה קבעו כי היא שיקרה. סיפורה של אנדרסון הוסרט בסרט "אנסטסיה".
בתחילת שנות ה-90, לאחר נפילתה של ברית המועצות, גופותיהם של בני משפחת רומנוב נתגלו, הוצאו מקברם וזוהו בוודאות. דו"ח סודי של יורובסקי, שנתגלה בשנות השבעים המאוחרות, אך לא הגיע לידיעת הציבור עד לשנות ה־90, עזר לרשויות לאתר את גופותיהם. זיהו את הגופות בעיקר בעזרת DNA. בעזרת דגימת דם מהנסיך פיליפ דוכס אדינבורו, צאצא של המלכה ויקטוריה ולפיכך בן-דודה של אלכסנדרה, זיהו את אלכסנדרה ובנותיה על ידי הגנים המיטוכונדריים שלהן. שיטת זיהוי נוספת הייתה בשיטה חדשה של השוואה בין צילומים לגולגולות.
שתי גופות עדיין היו חסרות, זו של אלכסיי ואחת מהבנות: מריה או אנסטסיה. על פי תיאורו של יורובסקי, הגופות של אלכסיי ואחת מהבנות, שפלוגתו של יורובסקי חשבה כי היא של אלכסנדרה, נשרפו על יד אתר הקבורה ואפרן פוזר והוסתר. כמה גורמים ברוסיה, ובייחוד הכנסייה האורתודוקסית, טענו כי הגופות אינן של המשפחה המלכותית, אך לאחר סדרה ארוכה של עיכובים ביורוקרטיים ופוליטיים, שאריות המשפחה נקברו מחדש באחוזת הקבר של משפחת רומנוב בקתדרלת פיוטר ופאבל ב-1998, בטקס רב רושם, ביום השנה להוצאה להורג.
במהלך השנים מקובל היה להאמין שאנסטסיה היא הבת האבודה ושהיא עודנה בחיים. אך בשנת 2008 נמצאו שרידי גופות שנהרגו בליל הרצח המשפחתי אך הוטמנו במקום מרוחק יותר. אחרי בדיקות DNA קפדניות שבהן השתתפו רוסיה וארצות הברית התגלה שהבת האבודה היא מריה ולא אנסטסיה ואיתה היה גם אלכסיי, וכך נפתרה התעלומה הגדולה שכן אנסטסיה, הנסיכה האבודה של רוסיה נרצחה עם הוריה ושתיים מאחיותיה בליל הרצח.
הכרזה כקדוש.
ב-1981 הכריזה הכנסייה האורתודוקסית הרוסית הגולה על משפחת רומנוב כקדושים מעונים.
ב־14 באוגוסט 2000, ניקולאי ומשפחתו הקרובה הוכרזו כקדושים על ידי הסינודה של הכנסייה האורתודוקסית הרוסית ברוסיה, הם לא הוכרזו כקדושים מעונים, כיוון שמותם לא היה תוצאה ישירה של אמונתם הנוצרית, ובמקום זה הם הוקדשו כ"נושאי פסיון". הם כבר נחשבו כקדושים על ידי כמה מחברי הכנסייה מחוץ לרוסיה כמה שנים קודם. לפי הצהרה של הסינוד של מוסקבה, הם הוכרזו כקדושים מהסיבות הבאות:
משפחתו.
ב-26 בנובמבר 1894 התחתן ניקולאי עם אלכסנדרה, נסיכת הסן, בתם של לודוויג הרביעי, הדוכס הגדול של הסן ואליס, נסיכת הממלכה המאוחדת, ממנה נולדו לו 5 ילדים:
אילן יוחסין.
הקיסר ניקולאי היה צאצא של שושלות המלוכה של בית צרינגן, בית שלזוויג-הולשטיין-זונדרבורג-גליקסבורג, בית הסן, בית אולדנבורג, בית רומנוב ובית הוהנצולרן.
יוליוס ואתל רוזנברג
יוליוס (או ג'וליוס) ואתל גרינגלאס רוזנברג (באנגלית: Julius and Ethel Rosenberg) היו זוג יהודים אמריקאים, שנודעו בכינוי "מרגלי האטום". השניים נעצרו בשנת 1950, הורשעו בריגול למען ברית המועצות בעוון מסירת סודות אטום ב-1951, והוצאו להורג ב-19 ביוני 1953.
קורות חייהם.
יוליוס (שמו היהודי "יונה"; נולד ב-12 במאי 1918) ואתל (נולדה ב-28 בספטמבר 1915), שנולדו שניהם בניו יורק, היו קומוניסטים מגיל צעיר וחברים בתנועת הנוער הקומוניסטית בארצות הברית, שם גם נפגשו. יוליוס השלים את לימודי הנדסת החשמל שלו בשנת 1939, נישא לאתל ובשנת 1940 החל עובד בחיל הקשר האמריקני. הוא שימש בחיל הקשר בתפקיד מהנדס-מפקח עד שנת 1945, אז פוטר בעקבות גילוי העובדה שהיה בעבר חבר במפלגה הקומוניסטית.
שלוש שנים לפני פיטוריו, ב-1942, גויס יוליוס על ידי הנ.ק.ו.ד., שירות הביון והמשטרה החשאית הסובייטיים, לשמש מרגל בעבור ברית המועצות. לפי מפעילו בנ.ק.ו.ד., אלכסנדר פליקסוב, סיפק יוליוס לסובייטים אלפי מסמכים בסיווג "סודי ביותר". רוזנברג אף הוסיף וגייס, בהנחיית מפעיליו, מרגלים נוספים, ובהם ג'ואל בר, אלפרד סרנט, ויליאם פרל, רות' גרינגלאס (אשתו של אחיה של אתל, דייוויד גרינגלאס) ומורטון סובל. בינואר 1950 נעצר הפיזיקאי קלאוס פוקס, שהיה חלק מצוות הפיתוח של פצצת האטום ("פרויקט מנהטן"). פוקס חשף בפני חוקריו הבריטים והאמריקנים את הארי גולד, שהעביר מסמכים סודיים הנוגעים לפרויקט לסובייטים. גולד חשף בעדותו שורה של מרגלים, ובהם אחיה של אתל רוזנברג, דייוויד גרינגלאס, ששימש בתפקיד טכני זוטר ב"פרויקט מנהטן", ואת יוליוס רוזנברג עצמו.
יוליוס ואתל רוזנברג הועמדו לדין יחד עם מורטון סובל במרץ 1951, בעוון מסירת סודות אטום לסובייטים. העד המרכזי נגדם היה דייוויד גרינגלאס, אחיה של אתל. גרינגלאס העיד על מעורבותו העמוקה של יוליוס בריגול וטען כי אתל הקלידה פתקאות ובהן מידע על תוכניות האטום. שנים רבות אחרי כן הודה גרינגלאס כי בדה את האשמתה של אתל מלבו, כדי להציל את עורו ואת עורה של אשתו. סברה רווחת היא כי העמדתה לדין של אתל באה להפעיל לחץ על יוליוס כדי להסגיר מרגלים נוספים, שכן אף שאתל ידעה כי אחיה ובעלה עוסקים בריגול, מידת מעורבותה הישירה לא הוכחה מעולם. הניסיון להפעיל לחץ על יוליוס לא צלח. הוא ואתל בחרו בזכות השתיקה בנוגע לחברותם במפלגה הקומוניסטית והכחישו את מעורבותם בריגול. גרינגלאס זכה להקלה בדינו, בזכות מעמד עד מדינה שקיבל. הוא נשפט ונידון בעסקת טיעון ל-15 שנות מאסר (הוא שוחרר אחרי כליאה של 10 שנים). מורטון סובל נדון למאסר ממושך וריצה במאסר 17 שנה ו-9 חדשים. בני הזוג רוזנברג הורשעו ונדונו למוות. לאחר שערעוריהם נדחו הוצאו להורג בכיסא חשמלי לפני שבת ב-19 ביוני 1953 בבית הכלא סינג סינג בניו יורק ונקברו בחלקה היהודית.
משפטם של יוליוס ואתל רוזנברג נתפש בעיני רבים מבני התקופה כסוג של "ציד מכשפות" המונע, בין השאר, מאנטישמיות. רבים באירופה, ואף בארצות הברית, פקפקו במידת האמת שבטענה שהזוג רוזנברג עסק בריגול וסברו כי גזר הדין שהוטל על הזוג היה חריג בחומרתו (זה היה משפט הריגול היחיד באותה תקופה שהוביל להוצאה להורג), ונבע מרוח המקארתיזם שפשטה בארצות הברית. הסופר ז'אן-פול סארטר גרס כי המשפט לא היה אלא "לינץ' חוקי" ואילו הצייר פבלו פיקאסו סבר כי גזר הדין הוא "פשע נגד האנושות". אחרים, ובהם היוצרים ברטולט ברכט, ז'אן קוקטו, פרידה קאלו ודשיל האמט ראו בגזר הדין חזרה על משפט דרייפוס ואפילו אישים בעלי שם שלא היו מזוהים עם המפלגה הקומוניסטית, כמו האפיפיור פיוס השנים עשר ואלברט איינשטיין פנו לנשיא ארצות הברית בבקשה שיחוס על חיי הזוג.
השאלה האם היו בני הזוג מרגלים נותרה פתוחה, בעיני רבים, לאורך שנים. בניהם של הזוג הכחישו כי היו מרגלים. רק עם חשיפתם של מסמכי וינונה, פתיחת חלק מהארכיונים הסובייטים ועם פרסום דבריהם של סוכני ק.ג.ב. לשעבר שהיו קשורים לפרשה, התברר בוודאות כי יוליוס רוזנברג עסק במשך שנים בריגול לטובת ברית המועצות. הספקות לגבי מעורבותה הישירה של אשתו רק העמיקו, במיוחד כאשר עד התביעה הראשי, דייוויד גרינגלאס, חשף כי שיקר בעדותו, וכאשר ב-2008 נחשפה סתירה גם בעדותה המפלילה של אשתו רות'. עדות התומכת בחשיבות המידע שסיפק רוזנברג הביא מזכ"ל המפלגה הקומוניסטית לשעבר ניקיטה חרושצ'וב, שכתב בזכרונותיו (שפורסמו אחרי מותו, בשנת 1990) ששמע מיוסיף סטלין ומשר החוץ ויאצ'סלב מולוטוב שהזוג רוזנברג סיפקו מידע חשוב, שהאיץ את פיתוחה של הפצצה הסובייטית. לעומת זאת, בוריס ברוקוביטש, שעמד בראש המכון שפיתח את הפצצה האטומית הסובייטית, אמר לעיתון הניו יורק טיימס בשנת 1989: "אתם הושבתם את הזוג רוזנברג בכיסא החשמלי ללא סיבה. לא קיבלנו מהם מאומה". הספקות בנוגע לחשיבות המידע על תוכנית האטום שהעביר רוזנברג עומדים בעינם, אך ברי כי העביר מידע חשוב על מערכות קשר, על מרעום קרבה, על מטוס הקרב הסילוני לוקהיד P-80. עדות מאוחרת שסיפק מורטון סובל, שעמד לדין לצד הזוג, הבהירה באופן סופי כי יוליוס אכן עסק בריגול, והובילה את בניהם של הזוג לסגת מהטענה כי יוליוס היה חף מפשע.
ילדיהם.