בשנת 2260, ממשלו של קלארק החל לפתח משחתות קרב בשיתוף עם הצללים. בנוסף, טבעת החנק של קלארק סביב מושבות החלל מתהדקת יותר ויותר, ושרידן מחליט כצעד מחאתי לסגת מברית הארץ. הוא גם החל בגיוס צי ספינות למלחמה ממשמשת ובאה נגד הצללים, בראשות צי "הכוכב הלבן" של המינברים. קוש הוורלוני לקח את שרידן תחת חסותו ולימד אותו כיצד להילחם בצללים. כאשר שרידן התגרה בקוש שאינו מספיק מעורב בהתקפות הצללים וכי עליו להוכיח לגזעים הצעירים שיש תקווה, קוש הורה לוורלונים להתערב אך בכך שילם במחיר חייו, כאשר הצללים תקפוהו. כתוצאה מכך, חלק מישותו של קוש נכנס בשרידן.
אשתו של שרידן חזרה במפתיע לקראת סוף שנת 2260, ושכנעה את שרידן לבוא איתה לכוכב הצללים, זא'הדום. שרידן, ביודעו כי זוהי מלכודת, גרם לפיצוץ גרעיני בכוכב ונראה נופל לתוך תהום עמוקה.
בשנת 2261, שרידן חוזר מן המתים, כאשר הוחיה על ידי ישות מסתורית בשם לוריין, מראשוני הגזעים העתיקים ביקום. הוא מגשים את נבואת המינברים שמציינות כי הוא "האחד שיהיה" בכך שהוא מאחד מחדש את יתר הגזעים למלחמה סופית נגד הצללים והוורלונים, אשר למעשה ניהלו ביניהם מלחמת מעמדות ואשר היו בעלי אידיאלים מנוגדים. הוא מחליט לנהל מערכה צבאית נגד שלטונו של קלארק ולשחרר את כדור הארץ משלטונו המושחת. תוך שכך, הוא מגלה את ספינות המלחמה החדשות שנבנו בידי כוחותיו של קלארק בשיתוף עם הצללים. בנוסף, הוא מגלה כי הנשיא קלארק הפנה את הגנות הארץ כנגדה (נוהל אדמה חרוכה) ונאלץ לפעול בצורה נואשת, אך ניצל בידי כוחות ברית הארץ. לאחר הניצחון, שרידן מואשם בניסיון מרד ודרגתו נלקחת ממנו. אולם, שאר הגזעים ממנים אותו לעמוד בראש הברית הבין-כוכבית החדשה.
בשנת 2262, לאחר שהושבע לתפקיד נשיא הברית הבין-כוכבית, שרידן נאלץ להתמודד מול 'חיל הטלפתים', ארגון אוטוקרטי שתפקידו לתייג ולעקוב אחר טלפתים עריקים - שחלקם מצאו מקלט בתחנה. בנוסף, הוא עומד בפני מלחמה חדשה כאשר הסנטאורים מחרחרים ריב ומדון בין שאר הגזעים, כאשר למעשה הקיסר לונדו מולארי נשלט בידי ה'דראק', בני בריתם של הצללים. לקראת סוף שנת 2262, שרידן נישא לדלן ושניהם עוברים למינבר. כעשרים שנה לאחר מכן - בידיעה כי תוחלת חייו שהוארכה בידי לוריין עומדת להסתיים - שרידן שולח מסרים לחבריו הוותיקים באמצעות הסיירים למסיבת פרידה אחרונה בטרם נאסף בידי הגזעים העתיקים "אל מעבר לשולי הגלקסיה".
סוזן איבנובה.
סוזן איבנובה - בגילומה של קלודיה כריסטיאן - הייתה קצינת המבצעים של תחנת בבילון 5 בין השנים 2261-2258, שנייה בפיקוד אחרי מפקדי התחנה סינקלייר ושרידן - תחילה בדרגת לוטננט קומנדר ולאחר מכן בדרגת קומנדר. בסוף שנת 2261 היא קודמה לדרגת קפטן וניתן לה פיקוד על ספינת מלחמה משלה, ובפרק הסיום של הסדרה, המתרחש כעשרים שנים לאחר מכן, היא קודמה לדרגת גנרל ועם מותו של שרידן לאנלא-שוק, מנהיגת הסיירים. דמותה לכודה במעגל של טרגדיות, כאשר אלה הקרובים לה איבדו את חייהם בדרך זו או אחרת. לא פעם היא הראתה את מזגה החם לנוכח אירועים שונים שאירעו בתחנה במשך עונות הסדרה.
איבנובה נולדה בסנקט פטרבורג בקונסורטיום הרוסי בשנת 2230, והיא ממוצא יהודי. אמה סופי התאבדה כשסוזן הייתה ילדה, והיא מאשימה בכך את 'חיל הטלפתים'. סופי הייתה טלפתית אשר סירבה להצטרף ל'חיל הטלפתים', וכתוצאה מכך אולצה לקחת סמים לדיכוי הגן הטלפתי. סמים אלה אט אט גרמו לה לאבד אנרגיה עד אשר היא נטלה את חייה במו ידיה. איבנובה מגלה שהיא עצמה טלפתית רדומה וחיה בפחד שמא 'חיל הטלפתים' ירדוף אחריה. במהלכה של הסדרה היא מפתחת רגשי איבה עמוקה כלפי 'חיל הטלפתים' וכלפי אלה המייצגים אותו, כמו טליה וינטרס ואלפרד בסטר, ומאשימה אותם על מותה של אמה. אחיה האהוב גניה נהרג במהלך מלחמת ארץ-מינברים, ושירת כטייס סטארפיורי על סיפון הלקסינגטון במהלך הקרב נגד ספינת הדגל של המינברים, "הכוכב השחור". עקב יכולותיה הטלפתיות, היא יכלה לחוש במותו למרות המרחק הרב ביניהם. לאיבנובה גם יחסים סבוכים עם אביה, שהתמכר לטיפה המרה לאחר מות אשתו ונעשה מרוחק נפשית ממשפחתו. במהלכה של שנת 2258, היא מגלה שאביה גוסס. היא מתפייסת עמו וסולחת לו לפני מותו.
במהלכה של הסדרה, יש לאיבנובה שני קשרים רומנטיים מרכזיים. הראשונה הייתה הטלפתית טליה וינטרס, שבהתחלה היא שנאה בגלל רגשותיה כלפי חיל הטלפתים, אך מאוחר יותר התקרבה אליה. הקשר עם טליה נגמר כאשר אישיות רדומה שהושתלה בה התעוררה ולמעשה מחקה את האישיות הרגילה. השני היה מרקוס קול, הסייר שאהב אותה בסתר והקריב את חייו למענה בסוף שנת 2261 לאחר שהיא נפצעה אנושות בזמן מלחמת האזרחים של ברית הארץ.
מייקל גריבלדי.
מייקל גריבלדי - בגילומו של ג'רי דויל - היה ראש צוות האבטחה של התחנה החל מרגע הקמתה, אך במהלך העונה הרביעית הוא התפטר מתפקידו והחל לעבוד עבור 'תעשיות אדגרס', אחת החברות הגדולות במאדים. במהלך העונה החמישית הוא שימש כמנהל המודיעין החשאי של הברית הבין-כוכבית החדשה. גריבלדי הוא איש מסור והגון, חברותי ובעל הומור, המעדיף את עצמאותו. נולד ברובע הברונקס, ניו יורק, גריבלדי הוא אגנוסטיקן שנולד לערכי הנצרות הקתולית. בזמן מלחמת ארץ-מינברים, גריבלדי היה בחיל הרגלים, ואופיו המרדני גרם לו לא פעם לפעול כנגד פעולות מפקדיו, מה שתרם לתחושת אי האמון שלו בקצינים רמי דרג. לאחר תאונה שבה נהרג חברו הטוב, גריבלדי האשים את עצמו וברגעי חולשה פנה לאלכוהול כמענה. חולשתו זו גרמה לו לאבד מספר מקומות עבודה, עד אשר התיידד עם סינקלייר, שהציע לו את משרת קצין האבטחה בבבילון 5 עם כניסתו לתפקיד מפקד התחנה.
לקראת סוף 2258, היה זה גריבלדי שחשף את הקנוניה להתנקשות בחייו של נשיא הארץ לואיס סנטיאגו. על-מנת למנוע ממנו את הפצת דבר הגילוי, הוא נורה בידי אחד מאנשיו ונותר מחוסר הכרה. הוא היה על סף מוות, כאשר ד"ר פרנקלין הציע לחבר אותו למכונת ריפוי אשר הוחרמה מבעליה בשל השימוש הבלתי חוקי שבה. גם הוא וגם שרידן תרמו מכוח חייהם, שעברו לגריבלדי. במהלך השנתיים הבאות, גריבלדי למד לבטוח בשרידן, ושימש כמתאם בין תפקידו כראש האבטחה לבין כוח הסיירים שבהנהגתו של שרידן. כאשר הנשיא קלארק הורה להציב כוח שיטור בשם "משמר הלילה" בתחנת בבילון 5, במטרה לחשוף את אלה הבוגדים במשטרו, היו אלה גריבלדי וסגנו זאק אלן אשר סיכלו את מאמציהם להשתלט על התחנה.
בתחילת 2261, עם פלישת הצללים לחלל התחנה, גריבלדי נלקח על סיפון אחת מספינותיהם. הצללים השתמשו בחיל הטלפתים כדי לתכנת מחדש בני אדם. כפי שהתברר, אלפרד בסטר הורה ללכוד את גריבלדי כדי לתכנת אותו מחדש ולהשתמש בו במטרה לחשוף מזימה כנגד חיל הטלפתים. לאחר שוידא כי גריבלדי אינו זוכר דבר, בסטר שחרר אותו וארגן את מציאתו בידי צוות התחנה. לאחר שובו, אופיו של גריבלדי השתנה והוא הפך לחשדן יותר. עם קבלת שדר מקודד שהפעיל את התכנות שלו, גריבלדי פרש מתפקידו כראש האבטחה והחל לעבוד כחוקר פרטי במהלך השבועות הבאים. היו לו מספר התגוששויות עם צוות הפיקוד של התחנה, ובעיקר עם שרידן, אשר לטענתו פיתח פולחן אישיות סביב עצמו וחשב עצמו לביאה השנייה. הוא גויס בידי אנשיו המפוקפקים של ויליאם אדגרס, איש עסקים אשר פיתח "תרופה" לחיסול הגן הטלפתי. עם דבר הגילוי, סוכני חיל הטלפתים פעלו במהירות וחיסלו את האיום. בסטר הסיר מגריבלדי את התכנות, כעת כשהסכנה חלפה, אך גריבלדי נותר מלא זעם בעקבות הפלישה למוחו, ונשבע לרדוף אחר בסטר (בעלילה שסופה בטרילוגיית חיל הטלפתים). זו גם הסיבה שלאחר שנים של גמילה מאלכוהול הוא חזר לשתות. לאחר שגרם ללכידתו של שרידן במהלך מלחמת האזרחים של ברית הארץ, גריבלדי ניסה לכפר על מעשיו, שנעשו בלא יודעין, ועזר לשחרורו. מסוף שנת 2262 החל גריבלדי לנהל את 'תעשיות אדגרס'.
סטיבן פרנקלין.
ד"ר סטיבן פרנקלין - בגילומו של ריצ'רד ביגס - הוא רופא התחנה, אידיאליסט נלהב ומכור לעבודתו שמוכן לעשות הכל כדי לעזור לחוליו, כולל התמרדות כנגד מפקדיו. בעל ערכי מוסר ואתיקה גבוהים, אך גם מתחסד ופרפקציוניסט לעיתים. לו ולאביו, גנרל ריצ'רד פרנקלין, השקפות עולם שונות בכל הנוגע לגזעים חוצניים, מה שהביא אותם לעימותים תכופים.
עם הצטרפותו לפיקוד הארץ, פרנקלין תפס טרמפים על ספינות חלל והציע את שירותיו כרופא, ובמהלך מסעיו החל לאסוף רשימות מפורטות על הביולוגיה והפיזיולוגיה של הגזעים אותם הוא פגש, כולל נתונים רפואיים על המינברים. בזמן מלחמת ארץ-מינברים, פרנקלין סירב לשתף את פיקוד הארץ בממצאים רפואיים שהחזיק על גזע המינברים, בתואנה כי אינו מוכן שמחקר רפואי שביצע ישמש לצורכי מלחמה.
עם הצטרפותו לסגל הפיקודי של בבילון 5, פרנקלין פעל לא פעם מתוך שיקולים אתיים אשר נגדו את הוראותיו. כך למשל, הוא ניהל מרפאה פרטית במדור החום של התחנה, היכן שנמצאים הדיירים שלא שפר עליהם מזלם. הוא גם התעקש לבצע ניתוח להצלת חייו של ילד חוצני למרות רצונות הוריו, שגרסו כי כל ניתוח המבוצע בגופם נוגד את אמונותיהם.
רצונו הבלתי מתפשר של פרנקלין לעזור לחוליו גבה מחיר אישי. בשנת 2260, לנוכח עומס עבודה הולך ומצטבר, החל פרנקלין לקחת סמי מרץ ולהתמכר להם. לאחר שגריבלדי (שהיה בעצמו אלכוהוליסט בגמילה) אילץ אותו להתמודד עם התמכרות זו, פרנקלין התחיל בתהליך אבוריג'יני שנקרא "צעידה" מתוך מטרה למצוא את עצמו מחדש.
בזמן מלחמת האזרחים של ברית הארץ, פרנקלין עזר למחתרת שבמאדים במלחמתה להשתחרר מעול משטרו של קלארק. לאחר 2262, פרנקלין התפטר מתפקידו בתחנה לאחר שהוצע לו תפקיד ראש המחקר הקסנוביולוגי בכדור הארץ.