מחנה ההשמדה הוקם באביב 1942 ליד מחנה העונשין והעבודה טרבלינקה, שהיה קיים לפניו, ומכאן בא שם המחנה המוקם: "טרבלינקה II". לבניית המחנה נוצל כוח עבודה של אסירי מחנה העונשין טרבלינקה I, שייעודו של המחנה החדש הוסתר מהם. המחנה החדש השתרע על שטח של כ-200 דונם והוקף בגדר תיל דוקרני בגובה של יותר משלושה מטרים. האסירים הצטוו לשים ענפי אורן בין חוטי התיל, ומתחתם נטעו עצים כדי להסתיר את המתרחש בתוך המחנה. לאורך הגדר הוקמו מגדלי שמירה ונחפרה תעלה ברוחב שלושה מטרים. פנים המחנה על מתקניו נבנה אך ורק על ידי האסירים היהודים.
בתכנון המחנה הושקע מאמץ רב על-מנת למנוע אפשרות של ניצולים שהיו עדים להשמדה. המחנה חולק בפנים לשני חלקים: באחד מהם הוקמו צריפי המגורים עבור הצוות הנאצי, מחסנים ובתי-מלאכה, ובחלק השני, המבודד משאר המחנה בגדר גבוהה, עמדו תאי הגזים (בתחילה שלושה ובהמשך הוספו אליהם עשרה נוספים). שטח כל תא היה 16 מ"ר. עוד היו צריפי המגורים של האסירים היהודים אשר נמצאו כשירים להעסקתם בעבודות הנחוצות לתפעול המחנה ומשום כך הושארו זמנית בחיים. האסירים היהודים שנצטוו לתכנן את בניית המחנה, בהם יעקב ויירניק, תכננו את חלקם של המבנים בצורת התיבה "חי".
צוות המחנה כלל כ-40 גרמנים (אשר חלקם הגדול היו "בוגרי" תוכנית T4 - אותנסיה שבה הושמדו גרמנים לקויים בגופם או בשכלם) וכ-120 מתנדבי טרווניקי ("שומרים אוקראינים"). אחד השומרים האוקראיניים שנודע לשמצה באכזריותו ומנהגיו הסאדיסטיים היה "איוואן האיום".
ב"אזור ההשמדה" הוחזקו 200–300 אסירים יהודיים בנפרד משאר האסירים היהודיים במחנה. הם הועסקו בהוצאת הגוויות ובניקוי תאי הגזים, בעקירת שיני זהב מגוויות הנרצחים ובהטמנת הקורבנות.
המשלוחים אל המחנה.
פעולות השמדת ההמונים החלו בטרבלינקה ב-23 ביולי 1942. המשלוחים הראשונים לטרבלינקה הגיעו מגטו ורשה בו התבצע גירוש המונים כאשר למעלה מ-80% מאוכלוסיית הגטו גורשה. יותר מ-250,000 מיהודי ורשה אשר נשלחו לטרבלינקה בתקופה שבין 22 ביולי עד 21 בספטמבר 1942, וכן יהודים ממחנות אחרים המשולחים מהגטאות אל מחנה ההשמדה, לא ידעו בדרך כלל על יעד נסיעתם ועל הצפוי להם שם. המגורשים האמינו לסיפור הכיסוי שהמציאו הנאצים, כלומר שהם נשלחים ל"מחנות עבודה".
המשלוח הראשון שהגיע להשמדה במחנה היה רכבת בקר בת 58 קרונות, לתוכה נדחסו בצפיפות 7,350 יהודי גטו ורשה, במוצאי תשעה באב, 23 ביולי 1942. רבים מן המגורשים לא היו בין החיים כאשר הגיעה הרכבת למחנה, כתוצאה מהחום הכבד ומהצפיפות שהיו בקרונות הבקר. מתאריך זה ואילך יצאה מהגטו במשך חודש, בתדירות יום-יומית, רכבת בקר בה דחוסים אלפי יהודים אל מותם במחנה. הגירוש מגטו ורשה נמשך עם הפוגות עד יום כיפור, שחל אותה שנה ב-21 בספטמבר. במהלכו נרצחו בטרבלינקה 254,000 יהודים מהגטו בוורשה. בתקופה זו חוסלו שאר היישובים היהודיים והגטאות במחוז ורשה, ויושביהם נשלחו אל מותם במחנה.
שיא ההשמדה במחנה היה בחודשים ספטמבר - אוקטובר 1942. בתקופה זו היו מגיעים בממוצע למחנה עד שלושה משלוחים ביום, ומספר הנרצחים ביום כזה יכול להגיע ל-10,000-13,000 ומעלה. היו ימים שבהם פעלו תאי הגזים אף בלילה, והושמדו עד 20,000 איש ביממה.
מנובמבר 1942 ואילך החלה ירידה משמעותית במספר המשלוחים משטחי הגנרלגוברנמן בו חיו מרבית יהודי פולין, לאחר שלא נותר בו עוד גטו אחד שמרבית תושביו היו עדיין בין החיים. מראשית חודש זה החלו להגיע למחנה רבבות יהודים מגטאות וממחנות איסוף במחוז ביאליסטוק. עד סגירת המחנה נרצחו כ-107,000 יהודים ממחוז זה במחנה.
כ-18,000 יהודים מגטו טרזיינשטט הובאו להשמדה בעשרה משלוחים בחודשים ספטמבר - אוקטובר 1942 בנוסף לכמה מאות מיהודי הגטו שנשלחו לגטו ורשה באביב אותה שנה ומשם נשלחו לטרבלינקה ביחד עם היהודים המקומיים.
על פי דיווחו של קצין בכיר בשם הרמן הפלה (שהגיע לסוכנות הביון הבריטית), נספו בטרבלינקה עד סוף שנת 1942 713,555 בני אדם (אולם אי אפשר לדעת האם מספר זה כולל את רבבות היהודים שנספו ברכבות, בעיקר בתקופת הקיץ).
מסוף ינואר 1943 ואילך התמעטו המשלוחים למחנה בצורה כה דרסטית עד כדי כך שהיו לעיתים שבועות שלמים בהם לא הגיע אף משלוח. מיעוט המשלוחים החמיר את הרעב בין האסירים, שלרוב ניזונו מהמזון שאותו הביאו היהודים שגורשו למחנה. במהלך שנת 1943 הגיעו עוד כמה רבבות יהודים מגטאותיה המחוסלים של פולין (ביניהם גטאות ורשה, ביאליסטוק, צ'נסטוחובה ועוד) וכן קרוב ל-8,000 יהודים ממוצא ספרדי שנשלחו היישר לטרבלינקה מיוון ומבולגריה. מצב האסירים השתפר אז לפרקי זמן קצרים, בסמוך להגעת המשלוחים.
בסך הכל נרצחו בטרבלינקה 845,000 יהודים מכל שטחי פולין: 366,000 יהודים ממחוז ורשה, כ-337,000 יהודים ממחוז ראדום וכ-34,800 יהודים ממחוז לובלין- סך הכול 738,000 יהודים מאזור הגנרלגוברנמן (הממשל הכללי) בפולין ובתוכם כמה אלפי יהודים שמוצאם מגרמניה, מאוסטריה, מצ'כיה ומסלובקיה שגורשו לגטאות שונים בפולין, ומהם נשלחו יחד עם היהודים המקומיים לטרבלינקה. רובם המכריע של המגורשים משטחי הגנרלגוברנמן הושמדו בפרק הזמן שבין אוגוסט - נובמבר 1942 (בתוכם אלפים רבים של יהודים מגרמניה, מאוסטריה, מסלובקיה ומצ'כיה שגורשו קודם לגטאות פולין ומשם לטרבלינקה). כן הושמדו בטרבלינקה עוד 107,000 יהודי מחוז ביאליסטוק בפולין וכן עוד 26,000 יהודים שנשלחו ישירות מארצות אחרות - מצ'כוסלובקיה, מבולגריה ומיוון.
אחרוני הנספים בטרבלינקה היו 7,600 יהודים שהובאו באוגוסט 1943 בשני משלוחים שהגיעו מגטו ביאליסטוק לאחר שפרצה בו התקוממות. רציחתם התבצעה כאשר רוב המבנים במחנה, למעט תאי הגז, היו שרופים כתוצאה ממרד האסירים היהודים שפרץ בתחילת החודש.
מלבד היהודים הושמדו בטרבלינקה גם כמה אלפי צוענים וכמה מאות עובדי כפייה פולנים שהובאו ממחנה העונשין טרבלינקה 1, הסמוך למחנה ההשמדה. האומדן המקובל של קורבנות המחנה לאורך כל תקופת פעילותו נע סביב 875,000 בני אדם, למעלה מ-99% מהם יהודים.
תהליך ההשמדה.
ההשמדה בפועל החלה עוד בעת שהאנשים היו בתוך הרכבות בדרכם לטרבלינקה. לקרונות המשא נדחסה כמות עצומה של אנשים ללא מזון, מים או אוויר מספיק לנשימה, ועקב תנאים קשים אלו מתו רבבות אנשים בהמתנה לנסיעה ובמהלכה.
הנסיעה מוורשה, שהייתה אמורה להימשך שעות אחדות בלבד, נמשכה לעיתים יממה או שתיים. אחת הסיבות להשתהות הארוכה של הרכבות בדרך לטרבלינקה נעוצה בריבוי בלתי מתוכנן של מספר המשלוחים שהופנו למחנה זה בעקבות שינוי בתוכניות הגירוש, ושליחת כל יהודי ורשה וסביבתה למחנה ההשמדה טרבלינקה (במקום פיצולם ושליחתם למחנות ההשמדה סוביבור ובלז'ץ). מצב זה גרם לעומס במחנה ההשמדה טרבלינקה וגרם למפונים להמתין זמן רב בטרם יישלחו למותם בתאי הגזים.
כאמור לעיל, מספר קטן של אנשי סגל הספיק לביצוע הפעולה באלפים שהובאו יום יום להשמדה, מאחר שננקטו כל האמצעים כדי להטעות את הקורבנות ולהסתיר מהם את מטרת בואם.
שיטת ההטעיה של הקורבנות במחנה טרבלינקה הועתקה מן המחנות בלז'ץ וסוביבור, אשר קדמו לו. על רציף הרכבת סודר בית נתיבות כביכול, ונקבעו שם שלטי דמה המורים לרציפים אחרים, לאולם ההמתנה, למזנון, לקופת הכרטיסים וכדומה. כמו כן, היו שם כניסות ויציאות שונות, שהובילו למעשה אל תאי הגזים.
כך למשל, רכבת ובה 6,000-7,000 בני אדם הייתה מגיעה לתחנת הרכבת של טרבלינקה, ולאנשים המפונים נאמר שעליהם להניח את כל מטענם, לפשוט את כל הבגדים ולהסיר כל תכשיט או חפצי ערך מעל גופם.
החולים, הנכים, הזקנים והילדים נשלחו מיד בהיכנסם למחנה אל צריף עם שלט "בית חולים" ונורו בעורפם על ידי איש אס אס והופלו לבור.
בשער הכניסה למגרש הופרדו הנשים והגברים באכזריות אחד מן השני, הנשים לשמאל והגברים לימין. פעולה זו נעשתה תוך כדי ריצה, אגב מכות וצעקות השומרים. נשים הוכנסו לצריף בצד שמאל של המגרש, שם היה עליהן להתפשט, ושם גזזו את שערותיהן, ובהיותן ערומות הורצו במסלול שכונה בפי הנאצים "הדרך לשמיים", (בגרמנית: "הימלשטראסה"), מסלול אשר לאורכו ניצבו אנשי אס אס ואוקראינים עם כלביהם, כשהם נוגשים בצליפות מגלב ובמקלות על האנשים הערומים ומשסים בהם את הכלבים.
במהלך השנים נשאלה פעמים רבות השאלה מדוע לא היו אנשים שהתנגדו לכניסה לתאי הגזים. תשובה אפשרית היא, שהגילוי הפתאומי של המציאות האיומה בשילוב עם ההשפעה הפסיכולוגית של מערומיהם, הכו אותם בהלם ושללו מהם את היכולת לחשוב, להגיב ולנסות להתנגד.
בסוף המסלול של המובלים לתאי הגזים נמצא בניין בטון, אשר תאיו נראו כתאי מקלחת.
במכות נדחפו האנשים דרך דלתות צרות לתוך התאים, כאשר ידיהם מעל לראשיהם, כדי לאפשר יתר דחיסה. מעל המסה האנושית הלחוצה שנוצרה הושלכו הילדים, כדי לנצל את השטח במלואו. לאחר-מכן נסגר התא הרמטית וגז פחמן חד-חמצני, אשר הופק על ידי מנוע של טנק, הוכנס בצינורות שחוברו אל פתחי הפליטה של המנועים לפתחים מיוחדים בתקרת התא. תהליך זה נמשך כרבע שעה, אך האנשים היו סגורים בתאים 25–45 דקות. לאחר-מכן נפתחו הדלתות מצידם השני של התאים, והרצפה שבהם, שהייתה משופעת, רוקנה את הגוויות החוצה.
כמו בשאר מחנות ההשמדה, התברר שקיבולת תאי הגזים, ששטחם הכולל היה 48 מטרים רבועים, היא גורם המעכב את תהליך ההשמדה וגוזל זמן רב מדי, ולפיכך הוספו עשרה תאי גזים חדשים, ששטחם הכולל היה 320 מטרים רבועים.