בינואר 1716 פרצה המלחמה ההבסבורגית-עות'מאנית (1716–1718) וביולי 1717 הגיע צבא ממלכת הבסבורג לשערי בלגרד והטיל עליה מצור שנמשך כחודש ימים. במהלך המצור הופגזה העיר ברציפות במשך מספר ימים. נזק כבד נגרם לשכונה היהודית ולבית הכנסת ונרשמו נפגעים מקרב בני הקהילה. ב-17 באוגוסט 1717 נכבשה בלגרד והעות'מאנים נסוגו. חלק מבני הקהילה עזבו את העיר לבלי שוב ונדדו לעומק השטח העות'מאני. תיעוד לבורחים מבלגרד קיים למשל בכפר צ'פינו באניה (חלק מוולינגראד אשר בבולגריה המודרנית). מדובר היה בסוחרים מבלגרד ובני משפחותיהם שהתיישבו במקום. התיעוד מופיע בספרי שאלות ותשובות ובפסקי הלכה של רבנים. ב-1718 נחתם הסכם שלום פוז'ארוואץ אשר חתם את המלחמה והותיר את בלגרד בידיים אוסטריות. בתקופה זו מתועד לראשונה בבלגרד קהל אשכנזי מאורגן ולו רב ראשי. הקהילה הספרדית התפצלה לשני קהלים בשל סכסוך פנימי. השלטון ההבסבורגי נקט ביחס נוקשה כלפי יהודי העיר. האוסטרים ביצעו הבחנה בין יהודים אשכנזים שרובם לא היו נתינים עות'מאניים לבין היהודים הספרדים שהיו נתינים עות'מאניים. לקהל האשכנזי לא ניתנה זכות למגורי קבע בעיר להוציא בודדים ובניו היו נתונים בסכנת גירוש קבועה. לנתינים העות'מאניים ניתנו זכויות מסחר ומגורים מסוימות על רקע הסכמי הקפיטולציות. ב-1720 נמנו בבלגרד 33 משפחות בעלות נתינות עות'מאנית. יהודי בלגרד התגוררו בשתי שכונות חצר מרכזיות: "חצר יהודי אשכנז" שמנתה 47 חדרי מגורים ו"הבית היהודי" לספרדים אשר מנתה 103 חדרי מגורים. ראש הקהל הספרדי היה דוד מאיר וראש הקהל האשכנזי היה שמשון פרנקל.
האוסטרים כוננו ממשל צבאי בבלגרד ומינו את קרל אלכסנדר, דוכס וירטמברג למושל הצבאי. הוחל בשיקום ובבינויה מחדש של העיר והתפתחה מערכת סחר ענפה עם האימפריה העות'מאנית. לעיר זרמו סוחרים בני לאומים שונים, להוציא סוחרים מראגוזה עליהם אסרו האוסטרים את הכניסה לבלגרד בשל קשריהם ההדוקים עם העות'מאנים. ב-1720 בוטל הממשל הצבאי והוקם מנגנון שלטוני שנקרא "מנהלת בלגרד" בראשות הדוכס קרל אלכסנדר. ב-1732 מינה קרל אלכסנדר את יוזף זיסקינד אופנהיימר ("היהודי זיס") למנהל הכלכלי של המנהלת והוא כיהן בתפקידו עד 1737, עת הוצא להורג, לאחר מות פטרונו קרל אלכסנדר. לאחר מותו של אופנהיימר הקשיח מאוד השלטון האוסטרי את יחסו לקהילה היהודית בבלגרד. הוגבל חופש התנועה והעיסוקים, הוטלו על הקהילה מיסים מיוחדים, הופקעו נכסים ונאסרה מכירת סחורות ללא יהודים. עוד מתועדת פעילות מיסיונרית של הכנסייה הקתולית הסרבית, וישנן עדויות ליהודים שאולצו להמיר את דתם.
שקיעת השלטון העות'מאני.
ביולי 1739, במהלך המלחמה העות'מאנית-רוסית (1735–1739) הטילו העות'מאנים מצור על בלגרד ולאחר 51 ימים כבשו אותה מחדש. ב-1785 פרצה שרפה בבלגרד אשר במהלכה נשרף כליל בית הכנסת ונפגעה קשות השכונה היהודית. מפסקי רבנים העוסקים בהתרת עגונות וכן מתיעוד פעולות של גמילות חסדים בקהילות, עולה כי מניין הנפגעים בשרפה היה גדול. ב-15 בספטמבר 1789, במהלך המלחמה ההבסבורגית-עות'מאנית (1788–1791) הטיל צבא ממלכת הבסבורג בפיקוד ארנסט גדעון פון לאודון מצור על בלגרד וב-8 באוקטובר כבשו אותה. חלק מבני הקהילה עזבו ביחד עם העות'מאנים הנסוגים. חלק נמלטו לכפרי הסביבה, נלכדו ונשבו על ידי הצבא האוסטרי. חלק מהנשבים הוצאו להורג משום שנחשדו בריגול לטובת העות'מאנים וחלקם נאסרו. ב-1792, קיבלו העות'מאנים את החזקה על בלגרד מחדש ללא קרב, במסגרת ההסכמים שסיימו את המלחמה. עם שובם לשלטון של העות'מאנים, הורה הוואלי המקומי לאסור את הרב הראשי עזריאל יחיאל מגריסו ושבעת חברי בית הדין הרבני. הרב מגריסו נפטר בכלאו. ב-1794 פרצה בבלגרד מגפת דבר ממנה מתו 4,470 מתושבי בלגרד, בכללם כמה עשרות יהודים ובכללם הרב יהושע רפאל מגריסו, רבה הראשי של הקהילה, בנו של עזריאל יחיאל מגריסו. ב-1795 פרעו בבלגרד כוחות יניצ'רים שלא שבעו נחת מהשלטון המקומי. נרצחו תושבים טורקים ויהודים, אך בעיקר סרבים, וכך גם ב-1804 כאשר כוחות דאחיה רצחו עשרות נכבדים סרביים. אירוע זה הצית את המהפכה הסרבית.
תחת השלטון הסרבי.
ב-1804 פרצה המהפכה הסרבית. כ-30,000 לוחמים בני לאומים שונים, ובכלל זה גם אלמנטים פליליים אשר עמדו תחת הנהגתו של קאראג'ורג'ה, תקפו עיירות וכפרים ברחבי סרביה, תוך שהם טובחים בתושבים טורקים ויהודים. הכוחות התייחסו ליהודי העיירות והכפרים כבני חסותם ועושי דברם של העת'מאנים. עשרות רבות של פליטים יהודים הגיעו לבלגרד. בנובמבר 1806 הגיעו כוחות המורדים לבלגרד ו-12 בדצמבר כבשו אותה ופרעו בשכונה היהודית. בוצעו מעשי ביזה, נרצחו מספר יהודים ואחרים נחטפו למטרות כופר נפש. בינואר 1807, לאחר ששולם סכום נכבד שוחררו 182 נשים, ילדים וקשישים והורשו לעזוב את בלגרד לזמון. אחרים שבו לשכונה היהודית. ב-7 במרץ 1807 החל פוגרום ביהודי בלגרד ובאוכלוסייה הטורקית שנמשך יומיים. עשרות נרצחו ורבים הוכרחו להמיר את דתם לנצרות. בהמשך, גורשו מהעיר מאות יהודים והם עברו לערי בולגריה, בוסניה ולשטחי אוסטריה. המגורשים שהגיעו לשטחי אוסטריה פנו לשגריר האימפריה הרוסית לווינה אנדריי ראזומובסקי והלינו על הפגיעה באוכלוסייה היהודית על ידי המורדים הסרביים שנתמכו על ידי הרוסים. הרוסים פנו לסרבים לבירור העניין ותשובת הפיקוד הסרבי הייתה שאכן הייתה פגיעה משמעותית ביהודים משום שהם סוכנים עות'מאניים.
באוקטובר 1813 תקפו העות'מאנים את בלגרד וכבשו אותה. בעיר הושאר חיל מצב בהיקף של 5,000 חיילים. חלק מבני הקהילה שעזבו את העיר מחמת הקרבות שבו לבתיהם ועסקו בשיקומה של השכונה היהודית החרבה. העות'מאנים דרשו מבני הקהילה להקצות כסף ואנשים לצורך שיקום מצודת בלגרד. ב-1815 הוביל מילוש אוברנוביץ' את השלב הצבאי השני של המהפכה הסרבית וב-1817 הקים את נסיכות סרביה. אוברנוביץ' ניהל משא ומתן עם העות'מאנים וזכה להכרה בנסיכות כיישות וסאלית של האימפריה. תקופת שלטונו נחשבת ל"תור זהב" בקורותיה של יהדות בלגרד. הוא העניק שוויון זכויות ליהודי בלגרד והציע להם להתיישב מחוץ לתחומי השכונה היהודית יאלייה, תוך הקצאת קרקעות עבורם. בני הקהילה חששו לצאת מגבולות השכונה ונותרו בה. ב-1818 נפתח מחדש בית הכנסת המשופץ "קהל ישן" וכן המֶלְדָארִי (שמו של תלמוד התורה בקהילות הבלקן), במעמד הרב הראשי אברהם בן יצחק פארדו. חיים בכר בן דוד חיים (דאוויצ'ו) היה ספקו ויועצו של הנסיך. במסורת יהודי בלגרד מסופר כי דאוויצ'ו לו היו מהלכים גם בשלטון העות'מאני, גילה כי העות'מאנים עתידים להתנקש בחייו של אוברנוביץ' באמצעות הרעלה וגילה את המזימה לנסיך, שניצל. לפי המסורת, אירוע זה הוביל ליחסו האוהד של מילוש אוברנוביץ' כלפי יהודי בלגרד. ב-1839 נאלץ מילוש אוברנוביץ' לוותר על השלטון בעקבות לחץ אופוזיציוני מקרב האליטה הכלכלית הסרבית שהתנגדה בין השאר לשוויון הזכויות שהנהיג הנסיך וכונתה מגיני החוקה. האליטה החדשה התחייבה להצר את זכויות היהודים בסרביה. ב-1842 עלה בידיהם למנות את אלכסנדר קאראג'ורג'ביץ' לנסיך סרביה. השלטון החדש נקט בצעדים נוקשים נגד היהודים. ב-1844 בוטל שוויון הזכויות וכן חופש התנועה והמגורים. יהודים גורשו משכונות חדשות בבלגרד, הובלו ורוכזו בשכונה היהודית בבלגרד. לפי צו נוסף נאסר על היהודים לגור בערי-השדה, והחלה הגירה לבודפשט, וינה, פריז, לונדון ולארץ ישראל.
במרץ 1856 נחתם חוזה פריז אשר חתם את מלחמת קרים ובמסגרתו זכה מעמדה העצמאי של נסיכות סרביה לגיבוי המעצמות האירופיות המובילות בכפוף למספר תנאים וביניהם מתן חופש פולחן, חופש מגורים וחופש מסחר לאזרחיה בני כל הדתות. ראשי קהילת בלגרד שיגרו מספר פעמים מכתבים למועצת הנסיכות הסרבית ובהם בקשות ברוח חוזה פריז. בשלהי 1856 השיב הנסיך אלכסנדר קאראג'ורג'ביץ' כי הוא מתיר ליהודי בלגרד להתגורר בכל חלקי העיר, אך סירב להעניק זכויות נוספות וגם הזכות לחופש מגורים ניתנה בבלגרד בלבד. באפריל 1858 פנו יהודי בלגרד ישירות לנסיך אלכסנדר וציינו כי מתוך 300 משפחות היהודים בבלגרד, 285 נתונות בעוני קשה בשל המגבלות שהטיל השלטון והן נסמכות על חסדיהן של 15 משפחות אמידות יחסית שמסייעות להן. בשלהי 1858 בשל קרע פנימי בתוך "שומרי החוקה" הודח הנסיך אלכסנדר והוחזר מילוש אוברנוביץ', מתוך הנחה שבשל גילו המתקדם הוא יהיה שליט דה יורה אך לא דה פקטו. מילוש נקט בקו עצמאי ובספטמבר 1859, בניגוד להחלטת הפרלמנט הסרבי, הוציא צו ובו ביטול כל ההגבלות על יהודי סרביה. שנה מאוחר יותר נפטר הנסיך מילוש אוברנוביץ' ובפברואר 1861 ביטל הפרלמנט הסרבי את הצו המקנה שוויון זכויות ליהודי סרביה. יהודי בלגרד פנו לנסיך מיכאילו אוברנוביץ' במטרה להשיב את זכויותיהם, אך לשווא.