מסדר נוסף בעל מאפיינים מיוחדים היה מסדר סנט לזרוס, מסדר דתי נוצרי שהוקם על מנת לטפל בחולי צרעת. מושב מיוחד נקבע עבורם מחוץ לחומות ירושלים בסמוך לאתר השער החדש, ונקרא על שם לזרוס הקדוש. בית המצורעים נתן את שמו לכל מושבות המצורעים שהוקמו בכל רחבי אירופה. מסדר סנט לזרוס היה יוצא-דופן בכך שהיה מורכב ממצורעים ומאנשים בריאים, אשר מילאו תפקידים דתיים וצבאיים. בראשו עמד מגיסטר שהיה מצורע. לתופעה זו של מסדר דתי-צבאי הנוטל חלק בפעילות הממשל במדינה, שכם אל שכם עם אוכלוסייה אזרחית בריאה, לא היה אח ורע באירופה של אותה תקופה, שם לא יכול היה מצורע למלא תפקידים ממלכתיים.
ירושלים האיובית.
כיבוש ירושלים.
לאחר ניצחון המוסלמים בקרב קרני חיטין ב-4 ביולי 1187, נכבשו כמעט כל ערי ממלכת ירושלים ומבצריה, שנותרו ללא מגינים, על ידי הצבא המוסלמי המנצח בראשות צלאח א-דין. ב-17 בספטמבר הגיעו הגדודים המוסלמיים אל מול חומות ירושלים, וב-20 בספטמבר הגיע צלאח א-דין עצמו בראש עיקר צבאו וכיתר את ירושלים, שבה שהו באותה עת 30,000 תושבים וכ-30,000 פליטים נוצרים מכל רחבי ארץ ישראל. המצור היה קצר יחסית אך אינטנסיבי ואלים, כששני הצדדים מרגישים שהמלחמה היא על עיקרי אמונתם ועל סמל מרכזי בתרבותם. לאחר קרבות מרים הצליחו המוסלמים לערער את ביצורי העיר באזור שבין שער שכם לשער הפרחים, סמוך למקום שבו פרצו הצלבנים עצמם לעיר בשנת 1099. המגינים הבינו כי גורלם נחרץ, וכי לא ניתן יהיה להציל את ירושלים הנוצרית מכיבוש. על פי דרישת הפטריארך הלטיני היראקליוס, וככל הנראה גם בלחץ האוכלוסייה האזרחית שרוחה נפלה בלחץ הקרבות, החליטו הנוצרים להיכנס למשא ומתן עם צלאח א-דין על תנאי כניעתם. הקלף היחיד שנותר בידי הצלבנים היה האיום כי אם לא יסתיים המצור ייפגעו האתרים הקדושים לאסלאם - הר הבית ובו כיפת הסלע ומסגד אל-אקצא. איום זה, בשילוב הלחץ מצד מפקדי הגדודים המוסלמים לסיים את הלחימה, הביא לחתימת חוזה כניעה שלפיו תיכנע העיר לצלאח א-דין, ותושביה יהיו שבויי מלחמה שיוכלו לפדות עצמם תמורת תשלום.
ביום 2 באוקטובר נמסרה ירושלים לידי צלאח א-דין והחלה יציאת הנוצרים הלטיניים ממנה. עשירי העיר הצליחו לפדות את עצמם, אך העניים והפליטים שהגיעו לעיר בחוסר כול, לאחר שכבר ברחו מבתיהם, לא יכלו לשלם את דמי הכופר. אוצרות הכנסייה הוצאו ברובם מהעיר על ידי הפטריארך הלטיני, שלא מצא לנכון להפריש מהם כספים לפדיון שבויים, אלא העבירם בלוויית פרשים מוסלמים לצור. את חלק מעניי העיר הושיע דווקא צלאח א-דין, ששחרר אלפים מהם ללא תמורה. בין המשוחררים ללא דמי הכופר הייתה המלכה סיביל, אשתו של גי דה ליזיניאן, מלך ירושלים השבוי, שהורשתה לבקרו במקום מאסרו בשכם. כ-15,000 נוצרים חסרי כול שנותרו בעיר לאחר 40 ימי פינוי העיר יצאו מירושלים בשיירות שבויים לכיוון ערים מוסלמיות כגון דמשק וקהיר, שם כילו את חייהם כעבדים. הנוצרים שהצליחו לחלץ את עצמם מירושלים יצאו מארץ ישראל דרך נמלים שבשליטת המצרים, כדוגמת אשקלון, ואפילו דרך אלכסנדריה, שם הועלו על אוניות של הקומונות האיטלקיות בדרכם לאירופה. נפילת ירושלים והמקומות הקדושים זעזעו את אירופה. ההלם עתיד היה להביא למותו הפתאומי של האפיפיור אורבנוס השלישי, וליציאתו של מסע הצלב השלישי. מבחינתו של צלאח א-דין, היה כיבוש ירושלים הישג פוליטי רב ערך, שהציב אותו כמגן הדת, כמצביא צבאי אגדתי, והקנה לו מעמד מיוחד בעולם המוסלמי.
ירושלים המוסלמית.
לאחר כיבוש ירושלים, צלאח א-דין פעל למחיקת אופייה הנוצרי. הצלבים שהתנוססו מעל המקומות הקדושים בהר הבית הוסרו, והמבנים חזרו לתפקידם הקודם כמסגדים. מסגד אל-אקצא, שבתקופה הצלבנית היה מרכז המסדר הטמפלרי, טוהר מכל סממן נוצרי. תוספות בנייה צלבניות נהרסו ופריטי ריהוט יקרים הובאו למקום. גם בכיפת הסלע הוסרו צלמים ומזבחות נוצריים והמבנה חזר להיות מסגד. מבנה כנסיית מריה הגדולה הפך לבית חולים (באזור המוריסטן). כנסיית סנטה אנה הפכה למדרסה, וכנסיות אחרות נהרסו ואבניהן נלקחו לתיקון נזקי המצור. בנוסף, הוקדשה תשומת לב רבה והושקעו מאמצים קדחתניים בשיקום ובעיבוי ביצורי העיר כדי להכינה להתקפה נוצרית אפשרית בעתיד.
הצלבנים - הנוצרים הלטיניים - גורשו ברובם מהעיר, אך הנוצרים המקומיים, השייכים לכנסיות המזרחיות, נשארו בעיר כבני חסות תמורת תשלום מס גולגולת (בערבית: ג'יזיה جزْية), ובתמורה קיבלו רשות לחיות בעיר. כנסיית הקבר הועברה לידי הכנסייה היוונית, ומפתחות הכנסייה הופקדו בידי שתי משפחות מוסלמיות. על מנת לבסס את מעמדה ודמותה המוסלמית של ירושלים, יצר צלאח א-דין מערכת של הקדשים שפרנסו מוסדות דת בירושלים, כמו בתי ספר ומסגדים, על ידי הצמדתם לנכסים מניבים שההכנסות מהם הגיעו מדמי חכירה והשכרה, ויועדו למימון פעילותו הרצופה של ההקדש, לאחזקה שוטפת של המבנה, ולתמיכה במאמינים.
תגובת העולם הנוצרי הגיעה במהרה, ומסע הצלב השלישי יצא מאירופה בשנת 1190 על מנת לבטל את השפעות תבוסת קרב קרני חיטין, לכבוש מחדש את ממלכת ירושלים ואת העיר ירושלים. הקרבות החלו עם כיבוש עכו, ומשם יצאו הצלבנים בפיקודו של ריצ'רד לב הארי לכיוון ירושלים. לאחר הצלחה צבאית בקרב ארסוף, התקרבו הצלבנים לירושלים, אך נסוגו והחליטו שלא לנסות לכבוש אותה משיקולים טקטיים ופוליטיים שונים. במקום זאת נכנסו שני הצדדים למשא ומתן, ובמהלכו הצהיר צלאח א-דין כי רעיון הג'יהאד וקדושתה של ירושלים לאסלאם קיבל בעיניו משמעות חדשה ומרכזית. באיגרת למלך האנגלי הוא מודה כי אין ביכולתו לדון על עתיד ירושלים:
בסופו של דבר נאלץ ריצ'רד לב הארי לצאת מארץ הקודש ולהותיר את ירושלים בידי המוסלמים, ועל פי ההסכם מ-1192 ניתן לנוצרים החופש לעלות לרגל ולבקר במקומות הקדושים.
חורבן ירושלים.
עם מותו של צלאח א-דין בשנת 1193 התפרקה האימפריה האיובית והתחלקה בין בניו. המאבקים בין הנסיכויות האיוביות על בכורה ויוקרה קרעו את המזרח התיכון, ובריתות נוצרו והתפרקו. ירושלים ירדה ממעמדה כעיר בירה ומרכז דתי מוסלמי והפכה לעיר בירה בפרובינציה שמרכזה נמצא לעיתים בדמשק ולעיתים בקהיר. עם זאת, מסעי הצלב שהגיעו לחופי הארץ במטרה להחזיר את העיר לידי ממלכת ירושלים הותירו את העיר כמוקד הסכסוך הנוצרי-מוסלמי. שילוב זה של מעמד גאופוליטי משני מחד, ומוקד של מאבק בין-דתי מאידך, הביא לחורבן העיר במהלך מסע הצלב החמישי.
שליט סוריה האיובי, אל-מלכ אל-מעט'ם עיסא, שעד לאותה תקופה פעל נמרצות לשיקום ביצורים ומבנים בירושלים, החליט להטות את המאמץ הצלבני העיקרי במסע הצלב החמישי ממצרים ולהקל בכך על הלוחמים המוסלמים במצרים, והיפנה את עיקר מאמציו להרס שיטתי של מבצרים צלבניים בארץ ישראל בכלל ובירושלים בפרט. עיקר זעם המוסלמים הופנה לירושלים. הפקודה להרוס את העיר עד היסוד, שניתנה מטעם הסולטאן, נראתה כה בלתי מתקבלת על הדעת, שנדרשה נוכחותו בפועל של אל-מועאט'ם בירושלים כדי להוציאה לפועל. כך עברה העיר שני גלי חורבן בשנים 1219 ו-1220. ההרס המוחלט והברוטלי, שבמהלכו נחרבו מרבית המבנים בירושלים ונהרסו חומותיה, גרר תגובות קשות מצד תושבי ירושלים, שחשבו כי הגיע יום הדין. נשות ירושלים המוסלמיות גזזו את שערן והניחו אותו לאות אבל ברחבת הר הבית. הרוב המכריע של האוכלוסייה, כולל הקהילה היהודית, נטש את ירושלים, ובעיר נותרו על עומדם בעיקר מצודת העיר מגדל דוד, כנסיית הקבר, והמתחם המוסלמי המקודש בהר הבית.
ירושלים חוזרת לצלבנים.
הניסיון להחזיר את ירושלים לשלטון נוצרי ולחזור למצב שקדם לקרב קרני חיטין הוליד סדרה של מסעות צלב שהתישו את כוחה של אירופה, אך לא הביאו לתוצאות המקוות. יוצא דופן במאמצים הנוצריים הללו היה מסע הצלב השישי בהנהגת פרידריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, שיצא מאיטליה אל ארץ ישראל בשנת 1228. מסע זה היה המשכו הישיר של מסע הצלב החמישי, אך שונה באופן מהותי מכל שאר מסעי הצלב העיקריים לארץ ישראל. מסע זה לא התאפיין בקרבות בין המוסלמים לצלבנים אלא בעיקר במשא ומתן, שבסיכומו נחתם חוזה שלום שבו קיבלו הצלבנים שליטה בירושלים ובמקומות קדושים אחרים בארץ ישראל.
הסכם שלום זה, הידוע כ"הסכם יפו", נחתם לתקופה של 10 שנים והעביר שטחים נרחבים בארץ ישראל לשליטה צלבנית. על פי ההסכם, נמסרה ירושלים לידי הצלבנים ולשליטתו המלאה של הקיסר. אזור הר הבית, ובו מסגד אל-אקצא וכיפת הסלע, נשאר בידי חיילים מוסלמים שערכו במקום טקסי פולחן דתי. תושבי העיר הנוצרים ועולי רגל יכלו לעלות להר הבית. סמכות השיפוט בסכסוכים אזרחיים בין מוסלמים ונוצרים ניתנה בידי שופט מוסלמי. כך נכנסה ירושלים למצב חוקי ללא תקדים, שבו הובטח חופש גישה וחופש פולחן במקומות הקדושים, הנמצאים בשליטה מוסלמית.
ההיסטוריון המוסלמי ביברס מתאר את יציאת המוסלמים מירושלים:
הקאדי מג'ד א-דין כתב קינה על החורבן:
סופה של התקופה הצלבנית.
התפוררות ממלכת הצלבנים הגיעה לשיאה עם תבוסתם בקרב הירביה שנערך ב-17 וב-18 באוקטובר 1244 בין ממלכת ירושלים ובעלי בריתה המוסלמים, לבין מצרים, לא רחוק מהעיר עזה. בקרב זה ניצחו המצרים, והצלבנים נחלו את תבוסתם הקשה ביותר מאז אסונם בקרב קרני חיטין. למפלת הצלבנים בקרב היו השלכות חמורות ביותר על ממלכת ירושלים ועל העיר ירושלים במיוחד. אחד הצבאות שהשתתפו בקרב, הצבא הח'וואריזמי, שהופעתו במזרח התיכון תוארה בידי כותבים מהתקופה כאסון וכקטסטרופה, התקדמו במהירות לכיוון שדה הקרב ממקום כינוסם בסוריה אל אזור הגליל, וביום 11 ביולי 1244 הופיעו אל מול חומות ירושלים.