ב-6 בנובמבר הוקמה ממשלת רוסיה, שבראשה עמד ילצין באופן אישי עד יוני 1992. יגור גאידר מונה לסגנו הראשון. הכלכלן מלנינגרד אנטולי צ'ובייס מונה ליו"ר החדש של ועדת הרכש הממלכתית של רוסיה ותחתיו פותחה תוכנית הפרטה שהניחה את התשתיות ליצירת סקטור פרטי ברוסיה. ב-21 בנובמבר, בעקבות תוצאות הסיבוב השני של משא ומתן עם מדינות G7 בנוגע לחובות זרים, הוענקה לברית המועצות דחייה קצרת טווח על תשלומי החוב שלה. ב-5 בדצמבר נחתם הסכם הירושה בגין חובות ונכסי המדינה של ברית המועצות. בהסכם זה נקבע סכום החוב הכולל של ברית המועצות: 93 מיליארד דולר וחלקן של כל אחת מ-15 הרפובליקות בפירעון החוב הסובייטי. חלקה של רוסיה היה 61.3%, או כ-57 מיליארד דולר. שבע רפובליקות (אזרבייג'ן, לטביה, ליטא, מולדובה, טורקמניסטן, אוזבקיסטן ואסטוניה) סירבו לחתום על הסכם זה. התנאי העיקרי למתן דחייה נוספת בגין התחייבויות חוב היה "שיתוף פעולה עם קרן המטבע הבינלאומית" ביישום "רפורמות שוק". כפי שטען רוסלן חסבולטוב, יו"ר הפרלמנט, "תוכנית הרפורמה של רוסיה כמסמך בלתי נפרד" לא הייתה קיימת והרפורמות שהושקו בינואר 1992 וכונו "טיפול בהלם" התבססו על "המלצות ודרישות קשות של קרן המטבע הבינלאומית".
נקודת המוצא לטיפול בהלם הייתה ליברליזציה של מחירים. תוכנן לשחרר מחירים כבר ב-1 בדצמבר 1991, אך תחת לחץ של רפובליקות אחרות שהיו להן אזור רובל משותף עם רוסיה, התכנית נדחתה ל-16 בדצמבר ואז נדחתה לתחילת ינואר 1992. ב-3 בדצמבר ילצין חתם על צו "אודות האמצעים לליברליזציה של מחירים" וב-19 בדצמבר הוצא הצו המקביל של ממשלת רוסיה שנכנס לתוקף ב-2 בינואר 1992. כבר בחודשים הראשונים של השנה החל השוק להתמלא במוצרי צריכה, אך המדיניות המוניטרית של הנפקת כספים (כולל ברפובליקות הסובייטיות לשעבר) הביאה להיפר-אינפלציה, לירידה חדה בשכר ובפנסיה הריאליים, פיחות בחיסכון בבנקים, ירידה חדה ברמת החיים. ההיפר-אינפלציה הופסקה רק בשנת 1993. אחת ההחלטות הכלכליות הרציניות שקיבל ילצין הייתה צו הסחר החופשי שנחתם ב-29 בינואר 1992. מסמך זה הכשיר למעשה את היזמות והוביל לכך שאנשים רבים נכנסו למסחר קטן ברחובות כדי לשרוד בתנאים הכלכליים הקשים שנגרמו מרפורמות השוק. צווים אחרים של ילצין יזמו הפרטת נכסי מדינה, מכירת ואוצ'רים ומכירות פומביות של הלוואות למניות, מה שהוביל לריכוז מרבית הרכוש הממלכתי לשעבר בידי כמה אנשים (מה שמכונה "אוליגרכים"). בנוסף לאינפלציה, המדינה עמדה בפני בעיות כמו שפל בייצור ואי תשלום שכר, כמו גם אי תשלום פנסיות והטבות סוציאליות אחרות, שנדרשו בקנה מידה גדול. המדינה נקלעה למשבר כלכלי עמוק.
אך לצד הבעיות הכלכליות של תחילת שנות התשעים, התעוררו משברים פוליטיים. באזורים מסוימים ברוסיה, לאחר קריסת ברית המועצות, התחזקו הרגשות הבדלניים. ב-8 ביוני 1991 הוכרזה הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'קריה כרפובליקה עצמאית בעוד הרפובליקה האינגושטית, הכריזה על עצמאותה בחודש שלאחר מכן. אליהם הצטרפה טטרסטן שדרשה עצמאות משלה.
ב-26 בדצמבר 1991, בהקשר להסכם בלובז'סקאיה על סיום קיומה של ברית המועצות ועל הקמת חבר המדינות, אומצה ההצהרה על כניסת טטרסטן לחבר המדינות כחברה-מייסדת וזו הייתה נקודת המוצא של הטטרים שדרשו עצמאות מרוסיה. בפברואר 1992 הודיעו שלטונות טטרסטן על משאל עם ב-21 במרץ של אותה שנה, ובו הועלתה השאלה האם טטרסטן היא מדינה ריבונית, הבונה את יחסיה עם הפדרציה הרוסית ורפובליקות אחרות, באופן עצמאי או נותרת חלק מהפדרציה הרוסית. ב-13 במרץ 1992 הכיר בית המשפט החוקתי של רוסיה ככי הצהרת הריבונות הטטרית מפרה את החוקה הרוסית. עם זאת, משאל העם התקיים, ו-61.4% מהמצביעים השיבו בעד עצמאות. בפברואר 1992 ניסו חברי הפרלמנט של קרליה, להעלות לסדר היום של המושב הבא את נושא האפשרות של התנתקות רפובליקת קרליה מרוסיה והרגשות הבדלניים במחוזות רוסיה גברו על הירידה ביכולת המשילות של הממשל שתחת ילצין.
בוריס ילצין הצליח לשכנע את ראשי המחוזות לחתום על אמנה פדרלית מעודכנת וב-31 במרץ 1992 נחתם על ידי הנשיא וראשי המחוזות (למעט טטרסטן וצ'צ'ניה ואינגושטיה), וב-10 באפריל האמנה נכללה בחוקת רוסיה.
עד סוף הקדנציה השנייה נאלץ ילצין להיאבק מול טטרסטן וצ'צ'ניה על ריבונותן ובעוד בטטרסטן הדברים לא הגיעו לכדי סכסוך דמים, בצ'צ'ניה הוא מצא את עצמו במלחמה ארוכה ועקובה מדם.
ב-6 באפריל 1992 נפתח הקונגרס השישי של צירי העם, שאותו כינה יגור גאידר "המתקפה החזיתית הראשונה על הרפורמות". קיצוץ ההוצאות הממשלתיות שנערך מתחילת השנה הביא להיווצרות התנגדות לרפורמות בדמות הלובי התעשייתי והחקלאי, שהייתה לו השפעה רחבה על הסובייט העליון ובקונגרס צירי העם. ב-11 באפריל אימץ הקונגרס החלטה "אודות התקדמות הרפורמה הכלכלית של הפדרציה הרוסית", בה הצביע על מספר בעיות במשק והציע לנשיא רוסיה לבצע התאמות משמעותיות בשיטות ליישום הרפורמה הכלכלית.
בתגובה העבירה הממשלה בראשותו של יגור גאידר מכתב התפטרות לנשיא והודיעה עליו במרכז העיתונות של הקונגרס. בהצהרה, במיוחד נאמר: "מכלול הדרישות שהצהיר הקונגרס דן את המדינה להתפרצות אינפלציה, שמשמעותה השעיית תהליך ההפרטה וקיצור הרפורמה בחקלאות. הצעות להפחתת מיסים ולהגדלתם במקביל של תשלומים סוציאליים ואחרים אינן ניתנות לביצוע ויכולות רק להביא לקריסת המערכת הפיננסית. התוצאה הבלתי נמנעת מביצוע החלטות הקונגרס תהיה ירידה קטסטרופלית ברמת החיים, הרעב, המהפך החברתי והכאוס."
ב-15 באפריל הקונגרס ביצע כמה ויתורים ואימץ את ההצהרה "אודות תמיכה ברפורמה כלכלית בפדרציה הרוסית", בה הוא תמך בפעולות הממשלה שמטרתן תמורות מהותיות בכלכלה, וההחלטה מ-11 באפריל הוצעה ליישום "תוך התחשבות בתנאים הכלכליים והחברתיים בפועל." עם זאת, גם הנשיא והממשלה נאלצו לבצע פשרות. לצורך יישום ההסכמות שהושגו בקונגרס, הביא בוריס ילצין את מנהלי החברות הגדולות במשק - ולדימיר שומאיקו, גאורגי חיז'ו, לממשלה; ללא ידיעתו של גאידר, מונה יו"ר גזפרום ויקטור צ'רנומירדין לסגן ראש ממשלת רוסיה הממונה על מגזר הדלק והאנרגיה.
אם הניסיון הראשון להתייצבות פיננסית, המבוסס על קיצוץ בהוצאות הממשלה והכנסת מיסים חדשים, באפריל-מאי הביא לירידה באינפלציה, אז בלחץ הפרלמנט ומנהלי המפעלים, נאלצה הממשלה לרכך את המדיניות המוניטרית המהודקת שלה. הממשלה העלתה את משכורות הכורים שפתחו בשביתה, על פי התעקשות הסובייט העליון, הוקצו 600 מיליארד רובל של הלוואות רכות כדי לפתור את משבר אי-תשלום המשכורות. ביולי התחלפה הנהגת הבנק המרכזי. נגיד הבנק המרכזי החדש, ויקטור גרשצ'נקו, לא תמך במדיניות קיצוץ העלויות שקידם גאידר; הוא ביצע קיזוז חובות על בסיס הנפקת אשראי חד פעמי של כטריליון רובל. זו השפיעה זמנית והובילה לעלייה באינפלציה. בסתיו שוב התעוררה בעיית אי-התשלומים. בקיץ, גידול ההוצאות הושפע גם מהגורם העונתי: הלוואות הוקצו על בסיס הבטחות ללא כיסוי מהמשק, הפרלמנט אישר את ההחלטה על הלוואות רחבות היקף ליצרנים חקלאיים על בסיס הקציר. הגידול באספקת הכסף והאינפלציה הואץ (מ-8.6% באוגוסט ל-22.9% באוקטובר) והממשלה נאלצה לקצץ בחדות שוב את ההוצאות כדי למנוע היפר-אינפלציה. הגירעון התקציבי ירד מ-10.8% מהתוצר באוגוסט ל-4.4% מהתוצר באוקטובר. אך חוסר האמון בין הפרלמנט לממשלה רק גדל.
המשבר החוקתי.
ב-10 בדצמבר 1992, יום לאחר שקונגרס צירי העם לא אישר את מועמדותו של יגור גאידר לתפקיד ראש ממשלת רוסיה, מתח ילצין ביקורת חריפה על עבודתו של הקונגרס וניסה לשבש את עבודת חברי הפרלמנט וקרא לתומכיו לעזוב את הפרלמנט. החל משבר הפוליטי משמעותי: לאחר משא ומתן בין ילצין, יו"ר הפרלמנט רוסלן חסבולאטוב ויו"ר בית המשפט החוקתי, ולרי זורקין, ועריכת הצבעה רב-שלבית, הקונגרס אימץ ב-12 בדצמבר החלטה על ייצוב הסדר החוקתי כאשר ויקטור צ'רנומירדין מונה לראש הממשלה.
לאחר הקונגרס השמיני, בו בוטלה ההחלטה על ייצוב הסדר החוקתי והתקבלו החלטות שערערו את עצמאות הממשלה והבנק המרכזי, ב-20 במרץ 1993, הודיע ילצין, בנאום בטלוויזיה, כי חתם על צו להטלת "מצב שליטה מיוחד". למחרת פנה הסובייט העליון לבית המשפט החוקתי וקרא לנאומו של ילצין "ניסיון לערער את יסודות החוקתיים של רוסיה". בית המשפט החוקתי של הפדרציה הרוסית, הכיר במעשיו של ילצין כבלתי חוקתיים ומצא עילה לסילוקו מתפקידו. הסובייט העליון כינס את הקונגרס. עם זאת, כפי שהתברר כעבור כמה ימים, למעשה, נחתם צו נוסף שלא הכיל הפרות של החוקה. ב-28 במרץ ניסה הקונגרס להדיח את ילצין מהנשיאות. בנאום בעצרת במוסקבה נשבע ילצין שלא להיענות להחלטת הקונגרס, אם היא עדיין תתקבל. עם זאת, רק 617 מתוך 1,033 הצירים הצביעו בעד הדחה, מתוך 689 הקולות הנדרשים.