נבון החל את פעילותו הספרותית עוד ב-1944, כהתפרסם סיפור שכתב על נער ירושלמי שעזב את הישיבה על מנת להתגורר בקיבוץ. הסיפור נסב על המתח בין הנער אשר מבקש להישאר בקיבוץ ותוהה מה תהא דרכו בחיים לבין אביו, שמפציר בו לשוב לישיבה. הסיפור נקרא על שם מעשייה תלמודית, "הולך ברקידה", והוא זכה בפרס "הסיפור הטוב ביותר מהווי הארץ" של שבועון הגלגל בעריכתו של דב קמחי.
תחושת האופוריה ששררה בישראל עם הניצחון במלחמת ששת הימים וההתפעמות ממנו, הובילה את נבון לכתוב את ששת הימים ושבעת השערים. זהו סיפור הכתוב בלשון מדרשית, שעניינה ויכוח בין שערי ירושלים: מי מביניהם הוא הראוי ביותר דרכו ייכנסו חיילי חטיבת הצנחנים אל העיר העתיקה. ב-1982, בתקופת נשיאותו של נבון, קרמה האגדה עור וגידים כשהפכה למופע מיוחד במסגרת פסטיבל ישראל. נבון בחר ביוסי בנאי להקריא את האגדה ובמתי כספי להלחינה.
מלחמת ההתשה שפרצה בין מצרים וישראל ב-1969, יצרה מציאות עכורה בישראל. כחבר הכנסת ביקר נבון אצל משפחות שכולות. מתוך הזדהות עם היגון והצער של משפחות אלו, כתב את מגילת הזקנים אשר בכותל המערבי. המגילה מגוללת את סיפורם של עדת קשישים המוכנים לוותר על יתרת שנותיהם ולהעניקה אל החיילים הנלחמים בחזית. שנים אחר כך חולקה היצירה למשפחות הנופלים ביום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, וכן בשורה של הספדים ובהם דברים לדמותו של יוני נתניהו במלאת שנתיים לנפילתו במבצע אנטבה.
בשלהי שנת 1968 הציע יהורם גאון לנבון לכתוב תמלילים לערב מיוחד בשם רומנסרו ספרדי, שיעסוק בתרבות יהודי ספרד ויתבסס על אנתולוגיה לחזנות ספרדית פרי עטו של יצחק לוי. בנובמבר אותה שנה נערך המופע הראשון של הרומנסרו בהיכל התרבות בתל אביב-יפו. בהצגה השתתפו בין היתר רמה סמסונוב, יוסי בנאי ואברהם פררה. העלאת הרומנסרו על במה תרבותית לאומית, הייתה נדבך נוסף בהנחלת תרבות הלדינו בציבור הישראלי.
בעקבות המופע "רומנסרו ספרדי", ביקש יעקב אגמון מיצחק נבון שיכתוב מחזה הנוגע בתרבות יהדות ספרד, ואף העמיד לרשותו את דירתו בכפר האמנים עין הוד כדי שנבון יוכל לעסוק ברוגע בכתיבת המחזה. נבון כתב וערך מחזה בשם בוסתן ספרדי, קולאז' תיאטרלי-מוזיקלי, המספר את סיפורה של השכונה הספרדית אהל משה בירושלים של שנות ה-30 של המאה ה-20. המחזה עלה לראשונה ב-1969 בתיאטרון בימות, ובכורתו בירושלים נערכה בספטמבר 1970. על כן זכה נבון ב-1970 לפרס כינור דוד למחזאי הטוב ביותר של השנה. ב-1998 עלה שוב מחזה בתיאטרון הבימה בבימויו של צדי צרפתי. ב-2014 חגג הבימה 2,000 הצגות למחזה. בשנת 2021 הועלה המחזה פעם נוספת בתיאטרון הבימה ושוב בבימוי של צדי צרפתי.
פטירתו.
באפריל 2015 נשלמה מלאכת כתיבת ספרו האוטוביוגרפי "כל הדרך" ובחודש זה הוצא לאור. השקת הספר נערכה במרכז העולמי למורשת יהודי צפון אפריקה שבירושלים. אל השקה זו הגיע נבון כבר בכיסא גלגלים, והייתה זו הפעם האחרונה שהופיע בציבור. לאחר חודשים אחדים החלה נסיגה משמעותית במצב בריאותו. לאחר מספר בדיקות אחדות שנערכו לו בבית החולים הדסה עין כרם התברר שנבון עבר התקף לב. הוא אושפז, ומאז החל מצבו הבריאותי להתדרדר. בערב יום שישי ה-6 בנובמבר 2015, הלך נבון לעולמו בביתו שבירושלים, בגיל 94.
הלווייתו הממלכתית נערכה ב-8 בנובמבר והוא הובא למנוחות בהר הרצל לאחר שארונו הוצב במשכן הנשיא בירושלים ולציבור ניתן לעבור על פניו. נבון נטמן בחלקת גדולי האומה לצד רעייתו הראשונה אופירה. נשיא המדינה ראובן ריבלין ספד: "לא אבן אחת הנחת, יצחק, אבנים רבות – אבני יסוד, אבני בניין". גם ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו ספד לנבון בפתח ישיבת ממשלת ישראל השלושים וארבע באומרו כי . אישים רבים אחרים ספדו לנבון, ובהם שמעון פרס, יואל חסון, יצחק הרצוג, יאיר לפיד, ציפי לבני וזהבה גלאון.
חייו האישיים.
נישואיו הראשונים.
נישואיו הראשוניים אפופים במסתורין ומעולם לא פורסמו באורח רשמי. זמן לא רב לאחר מותו של נבון, אישר בנו ארז כי היה נשוי במשך כחודשיים בלבד (בין 1949–1950), לאישה דרום-אמריקאית שהכיר בזמן שהיה מזכיר שני בצירות ישראל באורוגוואי. לעומת זאת, יאיר קוטלר טוען בספרו "הנבחרת הלאומית" (כרך א') כי בראשית שנות ה-50 של המאה ה-20 ניהל נבון "רומן סוער" עם אמריקאית צעירה שהגיעה לירושלים ללימודים. מרצונו החופשי החליט להינשא לה; לאו דווקא מתוך אהבה אלא במטרה למנוע התפתחות לא רצויה במצבה הבריאותי-נפשי. נישואי-הבוסר נערכו בחשאי ובמהירות הבזק, ומיד לאחר מכן עבר להתגורר בחדרה של רעייתו הטרייה. כעבור חודשים אחדים, חלה התפתחות מסוימת במצבה הבריאותי של אשתו הראשונה, ובעקבות זאת החליט נבון להשתחרר מהאילוצים שנטל על עצמו והתגרש. גרושתו שבה לארצות הברית, נישאה מחדש וילדה שני ילדים.
נישואיו לאופירה ארז.
אופירה נבון (נולדה ב-1936) נישאה ליצחק נבון ב-25 ביוני 1963. לאחר מספר שנים בהן היו חשוכי ילדים, החליט הזוג נבון לפנות לשירות למען הילד בבקשה לאימוץ. לאחר כשנתיים וחצי של המתנה, אימצו בשנת 1973 בת בשם נעמה. מספר חודשים לאחר מכן חבק הזוג לראשונה בן, לו קראו "ארז", כשם נעוריה של אופירה. ארז הוא בוגר אוניברסיטה במשפטים מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים ועוסק בתחום הנדל"ן. חברתו יוזמת פרויקטים בארץ ובחוץ לארץ, בין היתר בגרמניה ובפנמה, והונו מוערך במיליוני שקלים.
שלוש פעמים חלתה אופירה בסרטן. הפעם הראשונה הייתה סמוך לבחירתו של נבון לנשיאות. פעמיים הצליחה לגבור על המחלה, אך בפעם השלישית, בשנת 1993, מאבקה בסרטן השד הסתיים במותה בגיל 57.
נישואיו למירי שפיר.
שנתיים לאחר מות רעייתו אופירה, ב-1995, הכיר נבון את מירי שפיר, אמנית במקצועה. שפיר נולדה ב-1936 בתל אביב-יפו, בוגרת מכללת לוינסקי לחינוך. בנעוריה שיחקה בתיאטרון זירה. שפיר עסקה בעיצוב תכשיטים ואופנה. עבדה בתור מעצבת האופנה בבית כלבו שלום מ-1965 ובמשך 5 שנים עד נסיעתה, בעקבות עבודת בעלה הראשון לאירופה, שם התגוררה במשך שבע שנים. ברומא פתחה גלריה לאמנות ישראלית. בעקבות גירושיה מבעלה הראשון, אורי שפיר, שבה ארצה ועסקה באופנה ובאמנות, אולם עקב משבר בענף הטקסטיל, נסעה לניו יורק, והקימה שם את "מירי שפיר תדמית ותקשורת". בנה הוא הפרופסור אלדר שפיר. לאחר כשלוש עשרה שנים בהן חי הזוג יחדיו, נישאו שפיר ונבון באפריל 2008, כאשר נבון היה בגיל 87 והיא בת 72.
הערכה.
תדמית.
תדמיתו של יצחק נבון השתנתה רבות במרוצת השנים. טרום בחירתו לנשיאות המדינה, כשהיה חבר כנסת בראשית דרכו מרפ"י ומפלגת העבודה הישראלית, נחשב נבון לעושה דברו ואיש סודו של דוד בן-גוריון. אך תדמיתו השתנתה מקצה לקצה כשנבחר לנשיאות מדינת ישראל ב-1978. מרגע שנכנס לבית הנשיא, דאג להיות עממי, פשוט ונפוץ, שמוכר ומדבר לכולם. הוא פתח את משכן נשיאי ישראל להמונים בחגי ישראל ומועדיו, ונהג לשים פעמיו לסיורים ברחבי הארץ ובמהלך כל נשיאותו יצא מגבולות ישראל רק פעמיים באופן רשמי. אפילו תדמיתו בקרב ילדי ישראל הייתה חיובית: היו שחשבו ששמו יצחק נבון כיוון שהוא "צוחק הרבה וחכם". תדמיתו החיובית והעממית ואהדתו בקרב ההמונים התגברה עוד יותר כששב לזירה הפוליטית.
משנכנס נבון אל ממשלת האחדות ומונה לשר החינוך והתרבות, התנפצה תדמיתו זו ועמיתיו לממשלה רחשו לו שנאה וזלזול. נבון ושמעון פרס היו שותפים לידידות ארוכת-שנים שראשיתה עוד בדרכם המשותפת ברפ"י ובמחיצת בן-גוריון, אך מאז הבחירות לכנסת האחת עשרה הלך והעמיק הקרע בין השניים. פרס כרת ברית עם אויבו המר יצחק רבין במטרה למנוע ממנו להתמודד לראשות המערך, ולחסום את הפופולריות הגואה שלו בקרב ציבור מצביעי המפלגה. רבין ופרס זלזלו בו והתעלמו ממנו בניד עפעף. שרי הליכוד שישבו עמו בממשלה ביטלו אותו כאילו לא היה קיים וכינו אותו "כישלון ואכזבה" ו"הרדידות בהתגשמותה". מעטים היו תומכיו בזמן כהונתו כשר החינוך, בניגוד למבקריו הרבים. גם חבריו מהצד השמאלי של המפה הפוליטית כיוסי שריד ושולמית אלוני ביקרו אותו וראו בו שר חינוך לא טוב וחסר-תועלת. לאחר שעזב את הזירה הפוליטית לא זכה ליחס מיוחד, וניהל חיים ציבוריים צנועים יחסית.
מורשת והנצחה.
בינואר 2016, חודשים אחדים לאחר פטירתו של נבון, הוקמה "העמותה להנצחת מורשת הנשיא החמישי יצחק נבון". ב-22 במרץ 2017 הגישה חברת הכנסת שולי מועלם-רפאלי, מתוקף תפקידה כיו"ר השדולה לשימור תרבות יהודי ארצות האסלאם הצעת חוק להקמת מפעל הנצחה רחב למורשת הנשיא החמישי יצחק נבון. על אף שהצעת החוק הוגשה מפי מועלם-רפאלי חברת הקואליציה, נתקלה ההצעה בהתנגדות מצד הממשלה ביולי אותה השנה. ב-10 בדצמבר הודיעה הממשלה על כוונתה להקצות כ-20 מיליון שקלים למפעל ההנצחה, וב-24 בדצמבר אישרה ממשלת ישראל השלושים וארבע השקעה בת 32 מיליון שקלים במפעל ההנצחה. שר החינוך נפתלי בנט הורה באותו היום על הקמת מיזם ל"ביצוע של מחקר להעמקת הידע בהיסטוריה של החברה הישראלית, תוך מיקוד בחזונו, פועלו ומורשתו של הנשיא נבון".
יצחק נבון מונצח בשמות בתי ספר ומוסדות חינוך, אירועים ופרסים, גנים ציבוריים, כיכרות ורחובות ברחבי ישראל. על שמו רחובות במגדל העמק,