היחסים בין ארצות הברית לעיראק הפכו למתוחים לאחר הדחת שושלת המלוכה העיראקית ב-14 ביולי 1958, שהובילה להקמת ממשלה רפובליקנית בהנהגת עבד אל-כרים קאסם. מתוך דאגה לגבי השפעתה של המפלגה הקומוניסטית בעיראק בממשלת קאסם, ובתקווה למנוע ניצול של המצב בידי מפלגת הבעת' הקים הנשיא אייזנהאואר ועדה מיוחדת בנושא עיראק באפריל 1959 כדי להציע פתרונות למניעת השתלטות קומוניסטית. קאסם פעל נגד הקומוניסטים בשנות השישים, ויחד עם אמונתו של קנדי שעיראק לא חשובה במסגרת הרחבה של המלחמה הקרה, הובילה מדיניותו לפירוק המפלגה הקומוניסטית בעיראק בתוך כמה ימים מהשבעתו של קנדי. עם זאת, האירועים הבאים שהתרחשו הובילו להחזרת עיראק אל מרכז תשומת הלב של ארצות הברית.
ב-25 ביוני 1961, החל קאסם להניע חיילים אל הגבול בין עיראק לכווית, והכריז על כווית כעל "חלק בלתי נפרד מעיראק", מה שהוביל למשבר. הממלכה המאוחדת - שהעניקה לכווית עצמאות שישה ימים קודם לכן ושכלכלתה הייתה תלויה בנפט מכווית - הגיבה ב-1 ביולי ושלחה 5,000 חיילים לאזור כדי להדוף כל פלישה עיראקית. באותו הזמן, שלח קנדי כוח נחתים אל בחריין, והממלכה המאוחדת, בתמיכת קנדי, הביאה את הסכסוך למועצת הביטחון של האו"ם, בה הטילה ברית המועצות וטו על ההחלטה. המצב נפתר באוקטובר, כשהבריטים יצאו מהאזור והוחלפו ב-4,000 חיילים מהליגה הערבית. ממשל קנדי הגיב בצורה שהגיב בגלל הרצון להציג את ארצות הברית כמתנגדת לקולוניאליזם למען שיתוף פעולה עם הלאומנות הערבית, וגם העדפה לתת לממלכה המאוחדת לפתור את הנושאים במפרץ הפרסי.
לאחר שמנהיג הכורדים מוסטפא ברזאני חזר לעיראק ב-1958 מגלות בברית המועצות, הבטיח קאסם להעניק שלטון אוטונומי לחלק הכורדי בצפון עיראק, אולם לא התקדם בנושא עד 1961. ביולי 1961, לאחר אלימות בין השבטים הכורדים, חזר ברזאני אל צפון עיראק והחל לכבוש שטחים מיריביו. אף על פי שממשלת קאסם לא הגיבה בנושא, שלחה המפלגה הדמוקרטית הכורדית רשימת דרישות לקאסם באוגוסט, שכללו את הסגת הצבא מהאזור וחופש פוליטי. בחודש הבא, חזו נציגי ארצות הברית בעיראק ואיראן שמלחמה היא בלתי נמנעת. מתוך חשש לאובדן צפון עיראק לאחר שהכורדים שהתנגדו לברזאני השתלטו על נתיב לגבול האיראני בתחילת ספטמבר והרגו חיילים עיראקיים, ציווה קאסם על הפצצת כפרים כורדיים ב-14 בספטמבר, וברזאני הצטרף למרד ב-19 בספטמבר. כחלק מהאסטרטגיה של אלכסנדר שלפין ביולי 1961 כדי להסיח את דעתה של ארצות הברית ובעלות בריתה מהמצב הרגיש בברלין, החליט הק.ג.ב לעודד את ברזאני למרוד, אף על פי שהוא לא התכוון לפעול כשליחם. במרץ 1962, שלטו כוחותיו של ברזאני בכורדיסטן העיראקית, אף על פי שברזאני נמנע מלהשתלט על ערים גדולות מתוך חשש שממשלת עיראק תפעל נגד אזרחים. ארצות הברית סירבה לבקשות הכורדים לסיוע, אולם קאסם תייג את הכורדים כשליחים אמריקניים ופתר את הסובייטים מאחריות למתרחש.
בדצמבר 1961, העבירה ממשלת קאסם חוק שהגביל את זיכיונות חברת הנפט העיראקית שהייתה בבעלות בריטית-עיראקית אך ורק לאזורים בהם הופק הנפט, והפקיע 99.5% מהזיכיונות. נציגים אמריקניים נבהלו מההפקעה ומהטלת הווטו של הסובייטים על החלטת האו"ם שדרשה לצרף את כווית לאו"ם, והאמינו שהיה קשר בין הדברים. הסברה הייתה שאם חברת הנפט תפסיק להפיק נפט, ישתלט קאסם על כווית ועל הפקת הנפט במזרח התיכון, או שיצטרף לרוסים. באותו הזמן, נפוצו שמועות על הפיכה נגד ממשלת קאסם שתחזיר את עיראק לנייטרליות. ב-30 בדצמבר, שלח היועץ לביטחון לאומי מקג'ורג' באנדי טלגרמה לנשיא מהשגריר האמריקני בעיראק, שטען שארצות הברית בסכנה להיכנס למצב בעייתי בכווית. באנדי ביקש מקנדי ללחוץ על מחלקת המדינה לשקול אמצעים לפתרון המצב בעיראק, ולשתף פעולה עם הבריטים למען הנפט באזור.
באפריל 1962, פרסמה מחלקת המדינה הנחיות חדשות לגבי עיראק שנועדו להעלות את ההשפעה האמריקנית במדינה. באותה התקופה, הנחה קנדי את ה-CIA להתחיל להתכונן להפיכה צבאית נגד קאסם. ב-2 ביוני, ציווה שר החוץ העיראקי על השגריר האמריקני לעזוב את המדינה, והודיע על החזרת השגריר מוושינגטון בתגובה לקבלת כתב האמנה של השגריר הכוויתי החדש בארצות הברית. למרות האזהרות של עיראק בנושא, האמריקנים נדהמו מהמהלכים העיראקיים. קנדי לא קיבל אזהרות בנוגע למשבר שייווצר אם יקבל את השגריר הכוויתי. בסוף 1962, סדרת תבוסות מצד המורדים הכורדים פגעו במורל של הצבא העיראקי ובתמיכה בקאסם. בין ספטמבר 1962 לפברואר 1963, האשים קאסם את ארצות הברית בהצלחות הכורדים, אולם מחלקת המדינה סירבה להגיב להאשמות מתוך חשש לפגוע בנוכחות שעוד נותרה לה באזור. ב-5 בפברואר 1963, הודיע מזכיר המדינה ראסק את שגריר ארצות הברית בעיראק שמחלקת המדינה שוקלת להפסיק להימנע מלהגיב לקאסם. ב-7 בפברואר, התברר לבאנדי שעיראק הייתה מקום שימושי ביותר לאיסוף מודיעין על הסובייטים ועל פעולותיהם בקרב המדינות הבלתי מזדהות. ה-CIA גילה על פרויקט טילי קרקע-אוויר משותף בין העיראקים לסובייטים. המודיעין החשוב הוביל לחוסר רצון להכעיס את קאסם.
לאחר שהגיעו להסכם סודי עם ברזאני כדי לפעול נגד קאסם בינואר, ביצעה מפלגת הבעת' האנטי קומוניסטית והאנטי אימפריאליסטית הפיכה אלימה והוציאה את קאסם להורג ב-8 בפברואר 1963. היו שמועות שה-CIA היה מעורב בהפיכה, אולם מסמכים שפורסמו חשפו שלא הייתה מעורבות האמריקנית, אם כי ה-CIA ביקש למצוא מחליף לקאסם בתוך הצבא העיראקי ויידע את ארצות הברית על ניסיונות של הבעת' לבצע הפיכה ביולי ובדצמבר 1962, ניסיונות שבוטלו. אף על פי שה-CIA עקב מקרוב אחרי תכנוני ההפיכה של הבעת' מאז 1961, הכחיש ה-CIA כל מעורבות בנושא. סגנו של קאסם עבד א-סלאם עארף (שלא היה מהבעת') מונה לנשיא, תפקיד טקסי בעיקרו, ואילו הגנרל ממפלגת הבעת', אחמד חסן אל-בכר, מונה לראשות הממשלה. המנהיג החזק ביותר של הממשלה החדשה היה מזכיר מפלגת הבעת', עלי סלאח אל-סעדי, ששלט בצבא וארגן טבח של מאות - אולי אלפי - חשודים בקומוניזם ומתנגדים פוליטיים מיד לאחר ההפיכה. ממשל קנדי הסתכל על המשטר החדש בעיראק באופטימיות זהירה. אולם הנציגים האמריקנים חששו שעימות מחודש עם הכורדים יפגע בהישרדות הממשלה העיראקית. ברזאני שחרר 1,500 שבויים כמחווה של רצון טוב, אולם שר החוץ העיראקי הודיע ב-3 במרץ שהממשלה לא מוכנה לשקול צעדים מעבר למתן אוטונומיה תרבותית ותכננה להשתמש במתנגדים לברזאני ובשבטים הערביים באזור כדי לפגוע בכורדים. ב-4 במאי הזהירו האמריקנים את עיראק ולחצו עליהם להציע הצעות לכורדים. ב-22 במאי הודיעו העיראקים שלא יסבלו את ההתנגדות הכורדית לעיראק. הקרבות החלו שוב ב-10 ביוני, כשממשלת עיראק - ששלחה 45,000 חיילים אל כורדיסטן- עצרה חברים במשלחת הכורדית והכריזה על שלטון צבאי בצפון עיראק. בינתיים, פעלה ברית המועצות כדי לפגוע בממשלת הבעת', והפסיקה משלוחים צבאיים לעיראק במאי, בעודה משכנעת את מונגוליה ללחוץ באו"ם להאשים את עיראק ברצח עם בין יולי בספטמבר, ומעודדת הפיכה קומוניסטית כושלת ב-3 ביולי. ממשל קנדי הגיב בדרישה מבעלות בריתה הערביות של ארצות הברית להתנגד להאשמות באו"ם ולשלוח נשק בשווי 55 מיליון דולרים לעיראק.
ממשלת הבעת' קרסה בנובמבר 1963, כיוון ששאלת האיחוד עם סוריה (בה פלג מתחרה של מפלגת הבעת' תפס שליטה במרץ), ופעולותיו הקיצוניות של הצבא העיראקי. הנשיא עארף, בתמיכת הצבא, פיטר את תומכי הבעת' מהממשלה וציווה להפסיק את פעולות הצבא. ב-5 בינואר 1964, אף על פי שאל-בכר תמך בעארף, הוא פוטר מתפקידו כסגן הנשיא. ב-21 בנובמבר 1963, הכריע ממשל קנדי שכיוון שעארף נותר ראש המדינה העיראקית, ימשיכו היחסים הדיפלומטיים עם עיראק.
טורקיה.
כשקנדי עלה לשלטון, היו היחסים עם טורקיה מבוססים על תורת הבלימה. באפריל 1961 ביקש קנדי לבחון את הצבת טילי יופיטר בטורקיה, ודו"ח מיוני הודיע שביטול הצבת הטילים ייחשב לחולשה בפני ניקיטה חרושצ'וב.
אפריקה.
גישתו של קנדי כלפי אפריקה הייתה מנוגדת לזאת של קודמו, אייזנהאואר, הוא מינה שגרירים צעירים רבים מהאגף הליברלי של המפלגה הדמוקרטית. הממשל האמין שהקולוניות הבריטיות באפריקה יקבלו עצמאות בקרוב.
קנדי האמין שמהפכה של מעמד הביניים בתוך העולם השלישי תוביל לצמיחה כלכלית ובגרות פוליטית. באביב 1962 הגיע סיוע אמריקני אל גינאה. נשיא גינאה טען שקנדי היה איש קשוב לבעיות האפריקניות. בנוסף, התחזקו היחסים עם מדינות אפריקה בשל התגובה האמריקנית לאפליות הגזעיות.
משבר קונגו.
מבין כל הנושאים האפריקניים במהלך כהונתו של קנדי, היה משבר קונגו הלוחץ ביותר. היה זה המבחן הגדול ביותר לממשל.