ממלטה, חידשו האבירים את התקפותיהם על הספינות העות'מאניות. בזמן הזה כבשו ההוספיטלרים את העיר של בירגו, איפה שהיה מקום מצוין להשכין את הצי שלהם. באותה העת, בירגו הייתה העיר השנייה בגודלה במלטה, אחרי מדינה. ההגנה על בירגו השתפרה וביצורים חדשים נבנו איפה שנמצאת כיום סנגלאה. נמל קטן אחד נבנה בקצה של חצי האי, שבתוכו נמצאת כיום ולטה, ונקרא מבצר סנט אלמו.
המצור הגדול על מלטה.
ב-18 במאי 1565, סולימאן הראשון הטיל מצור על מלטה. ראשית, העות'מאנים כבשו את מבצר סנט אלמו ולאחר חודש של לחימה הנמל נהרס. לאחר מכן, התחילו להילחם על בירגו עצמה ובביצורים שבסנגלאה, אך ללא הישג כלשהו.
המצור הגדול הסתיים ב-10 בספטמבר באותה השנה, כאשר האימפריה העות'מאנית הודו בתבוסתם ונכנעו. העות'מאנים ציפו לניצחון מוחץ בתוך כמה שבועות. היו להם 40,000 חיילים, שנלחמו מול 9,000 החיילים של האבירים. ההפסד שלהם היה מפתיע. לא נשארו להם עוד חיילים כדי לכבוש את מלטה והסולטאן מת בשנה שלאחר מכן.
לאחר המצור.
בשנת 1566, המסדר החל לעבוד על עיר חדשה, בצפון-מזרח האי מלטה, איפה שהעות'מאנים השתמשו כבסיסם בתקופת המצור. קראו לעיר הזו ולטה, על שם זא'ן דה לה ולט, הגראנד מאסטר ה-49 של ההוספיטלרים. משום שהאימפריה העות'מאנית לא תקפה שנית, הביצורים שהיו באיים נשמרו, וכיום ניתן לראות את הביצורים השמורים ביותר מתקופה זו.
בשונה משלטונות של איים אחרים, מלטה בשלטון ההוספיטלרים לא היו טריטוריה של מדינה אחרת. האיים הפכו למדינה העצמאית שלהם. בשנת 1775, מרד שנקרא עליית הכהנים התרחש. המטרה של המורדים הייתה לכבוש את מבצר סנט אלמו, אך המרד דוכא באכזריות על ידי השלטון, והמורדים גורשו או נכלאו.
השלטון הצרפתי.
במהלך הזמן, הכוח של מסדר אבירי יוחנן הקדוש (ההוספיטלרים) הוחלש. מלוכתם נגמרה בשנת 1798, כאשר חיל הים של נפוליאון בונפרטה עצר בדרכו כדי לכבוש שטחים מהאימפריה העות'מאנית במזרח התיכון. נפוליאון רצה נמל בטוח במלטה כדי לספק מחדש את ספינותיו, וכאשר סירבו, הוא שלח מחלקה מחיל הים שלו כדי לכבוש את ולטה. הגראנד מאסטר באותה התקופה, נכנע ב-11 ביוני. ביום שלאחר מכן נחתם חוזה בין נפוליאון לבין ההוספיטלרים שאומר שכל השטחים שהיו בידיהם, יועברו לצרפת.
השלטון הבריטי.
המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20.
בשנת 1800, מלטה הפכה לקולוניה בריטית מרצונם של האזרחים במדינה. לפי התנאים בחוזה אמיין, הבריטים היו צריכים לפנות את האיים, אך, בסופו של דבר, לא עשו זאת - אחד מכמה מקרים של אי קיום האמנה, מה שהוביל לחידוש הסכסוך בין האימפריה הבריטית לבין צרפת.
בהתחלה לאיים לא ניתנה חשיבות רבה. אך בזכות הנמלים המצוינים של מלטה, הם הפכו לנכס מוערך של הבריטים, במיוחד לאחר פתיחת תעלת סואץ בשנת 1869. מלטה שימשה כמבצר צבאי בעל צי גדול, והייתה למעשה המטה של הצי הבריטי בים התיכון.
השלטון האזורי לא נתן למלטזים עצמאות כלשהי עד לשנת 1921, והתושבים סבלו מעוני רב. זה קרה משום שהצפיפות באיים הייתה רבה, והייתה תלויה כמעט לגמרי בצבא הבריטי. במהלך המאה ה-19, הנהיג הממשל הבריטי כמה רפורמות ליברליות חוקתיות, שאליהן התנגדה בדרך כלל הכנסייה המקומית. ארגונים פוליטיים, כמו המפלגה הלאומית, הוקמו או שאחת ממטרותיהן הייתה שימור השפה האיטלקית במלטה.
קונגרס וינה בשנת 1814, אישר מחדש את השלטון הבריטי במלטה, תחת הסכם פריז שנחתם באותה השנה.
במהלך מלחמת העולם הראשונה, מלטה נקראה "אחות הים התיכון". השם ניתן לה בשל המספר הרב של הפצועים במלחמה, שהתארחו בולטה ובערים אחרות.
מלטה בין שתי מלחמות העולם.
בשנת 1919, התחילו במלטה פרעות ה-7 ביוני (איטלקית: Sette Giugno). ובשנת 1921, לקולוניה ניתנה ממשלה עצמית, תחת השלטון הבריטי. מלטה השיגה לעצמה פרלמנט עם סנאט (שבוטל לאחר מכן, בשנת 1949). ג'וזף הווארד מונה לראש ממשלת מלטה וב-1923, המנון מלטה נוגן לראשונה.
בשנות ה-30 של המאה ה-20 הייתה תקופה של חוסר יציבות בין התושבים המלטזים, הכנסייה המקומית הקתולית ולבין השלטונות הבריטים. חוקת 1921 של מלטה השתנתה פעמיים: בפעם הראשונה בשנים 1932-1930 כשהפסיקו לאפשר בחירות חופשיות, לאחר התדרדרות היחסים בין המפלגה החוקתית לבין הכנסייה. ובפעם השנייה, בשנת 1933, השתנתה החוקה בגלל ההצבעה התקציבית של הממשלה להוראת השפה האיטלקית בבתי ספר יסודיים.
לפני הגעת הבריטים, השפה הרשמית מאז 1530 הייתה איטלקית, אך הדבר הוחלף על ידי השימוש המוגבר באנגלית. בשנת 1934 הוכרזה שפתה הרשמית שלה כמלטזית גם כן. בתקופה זו רק 15% מהאוכלוסייה ידעו לדבר איטלקית שוטפת.
מלטה הבריטית בתקופת מלחמת העולם השנייה.
לפני מלחמת העולם השנייה, ולטה הייתה המפקדה של צי הים התיכון של הצי המלכותי הבריטי. למרות תוכנויותיו של וינסטון צ'רצ'יל, המפקדה הועברה לאלכסנדריה שבמצרים באפריל 1937, מחשש שתהיה פגיעה מדי להתקפות אוויר מאירופה. עם הכרזת בניטו מוסוליני על צירופה של איטליה הפשיסטית למדינות הציר, במלטה היו רק 4,000 חיילים, עם אוכלוסייה המונה כ-300,000 איש.
כאשר הייתה קולוניה בריטית, שקרובה לסיציליה הפאשיסטית, הופגזה מלטה פעמים רבות על ידי כוחות אוויר איטלקים וגרמנים. הבריטים השתמשו במלטה כדי לשגר רקטות לעבר הצי האיטלקי בסיציליה וכעמדת האזנה להודעות רדיו גרמניות.
המתקפה הראשונה נגד מלטה חלה ב-11 ביוני 1940. באותו היום האיים הותקפו שש פעמים. חיל האוויר המלטזי לא הצליח לעצור את ההתקפות האיטלקיות, משום שהבסיס של הצי של מלטה עדיין היה בבנייה. העיתונאית מייבל סטריקלנד הגיבה להפצצות האיטלקיות בכך שאמרה: "האיטלקים לא חיבבו (את מטוסי גלוסטר גלדיאטור הבריטים), אז הם השמיטו את הפצצות שלהם כ-20 מיילים ממלטה וחזרו בחזרה". למרות מילים אלו, המפציצים האיטלקים המשיכו את הפצוצותיהם, הפעם במטרה לגרום הרס רב לתשתיות צבאיות ואזרחיות במלטה.
במהלך חמשת חודשי הלחימה הראשונים, מטוסי האי הרסו כשלושים ושבעה מטוסים איטלקיים, כאשר הם בעצמם סבלו מנזקים יותר גדולים משל האיטלקים. על כל פנים, מסע ההפצצה האיטלקי גרם נזק חמור לתשתיות האיים ויכולתו של הצי המלכותי לפעול בים התיכון.
במלטה, כ-330 אנשים מתו וכ-297 נפצעו מתחילת המלחמה ועד לדצמבר 1941. בחמשת החודשים הבאים נהרגו 820 בני אדם ו-915 נפצעו קשה ממטוסי קרב גרמנים.
ב-15 באפריל 1942, החליט ג'ורג' השישי, מלך הממלכה המאוחדת החליט להעניק למלטה את עיטור צלב ג'ורג'. פרנקלין דלאנו רוזוולט, נשיא ארצות הברית בתקופת מלחמת העולם השנייה, הגיע לביקור במלטה ב-8 בדצמבר 1943 והציג את נאומו לתושבי האיים: "...תחת הפצצות חוזרות מהשמיים, מלטה עמדה לבדה במרכז הים, להבה זעירה אחת בחשכה - משואה של תקווה.."
באפריל 1942, התחיל מבצע פדסטל שמטרתו הייתה להעביר אספקות ציוד למלטה. בשנה שלאחר מכן הגיעו צ'רצ'יל ורוזוולט לביקור נוסף באי.
בשנת 1943, בעלות הברית כבשו את סיציליה מידי האיטלקים דרך מלטה. עם הסכם שביתת הנשק עם איטליה, חלק גדול מהצי האיטלקי נכנע לבריטים במלטה.
מקולוניה למדינה עצמאית.
בשנת 1947 ניתנה במלטה זכות בחירה לנשים. באותה השנה, אגתה ברברה נבחרה להיות האישה המלטזית הראשונה שכיהנה בפרלמנט.
בשנים שלאחר מכן ניתן למלטה שלטון עצמי.
מלטה העצמאית.
ממשלה לאומית (1964–1971).
לאחר קביעת חוק העצמאות של מלטה בשנת 1964 על ידי הפרלמנט הבריטי ואישור חוקה מלטזית חדשה, מדינת מלטה (במלטזית: "Stat ta’ Malta)" הכריזה על עצמאותה כמונרכיה חוקתית ב-21 בספטמבר 1964. מדי שנה התאריך נחגג במלטה כיום העצמאות. ב-1 בדצמבר באותה השנה האיים הצטרפו לאומות המאוחדות.
בסבבי הבחירות הראשונים שלאחר העצמאות, המפלגה הלאומית נהייתה המפלגה הגדולה ביותר במלטה. בשנים אלו, היחסים עם איטליה היו בעלי חשיבות רבה בשביל ליצור קשרים עם אירופה היבשתית. בשנת 1967, חתמה מלטה על הסכמי שיתוף פעולה עם איטליה, בעת ביקורו של אלדו מורו באיים.
בשנת 1965, מלטה הצטרפה למועצת אירופה, וב-1970, התקבלה לקהילה הכלכלית האירופית.
ממשלת מפלגת העבודה.
בבחירות לראש ממשלת מלטה בשנת 1971, מפלגת העבודה בראשות דום מינטוף הובילה על המפלגה הלאומית ב-4,000 קולות בלבד. ממשלת העבודה פתחה מיד במשא ומתן עם בריטניה על ההסכמים הצבאיים והכספיים שניתנו למלטה לאחר העצמאות. הממשלה החדשה גם ביצעה תוכניות הלאמה והרחבת המגזר הציבורי. עונש מוות לרוצחים בוטל בשנת 1971.
מלטה הפכה לרפובליקה ב-13 בדצמבר 1974.
הממשלה נשארה בשלטון גם לאחר הבחירות במלטה בשנת 1976. בין 1976 ל-1981 היו זמנים קשים במלטה שכללו מחסור בצרכם חיוניים: אספקות מים וחשמל הושהו למשך שלושה ימים בשבוע. המתיחות הפוליטית גברה, במיוחד ביום שני השחור, שבו היה ניסיון התנקשות בראש הממשלה והבית של הנשיא הותקף.
סיומה של הנוכחות הבריטית במלטה ודרדור היחסים עם לוב ואיטליה.
ב-1 באפריל 1979 החייל הבריטי האחרון עזב את מלטה. היום הזה הוכרז כ-"יום החופש".
תחת ראשות הממשלה של מינטוף, מלטה החלה ליצור קשרים תרבותיים וכלכליים עם לוב. כמו כן, החלו גם קשרים צבאיים עם קוריאה הצפונית.
באותן השנים מועמר קדאפי העביר למלטה כמה מיליוני דולרים. הקשרים הללו עם לוב הובילו לשינוי מדיניות החוץ של מלטה: עיתונאים מערביים דיווחו כי יחסיה של מלטה עם הממלכה המאוחדת, אירופה ונאט"ו מתדרדרים. על התפתחות חדשה זו נאמר כי "ממשלת העבודה הרסה את היחסים עם נאט"ו, והתחברה לעולם הערבי. לאחר 900 של קשרים עם אירופה, מלטה החלה להשתייך לדרום".
מלטה ולוב חתמו על הסכמי ידידות ושיתופי פעולה. בעקבות כך, לתקופה קצרה, ערבית הייתה מקצוע חובה בבתי הספר התיכוניים.