מספר שעות לאחר המתקפה, החל ארגון ראשון של מבצע חילוץ והצלה מתואם. לאחר עבודה מאומצת שנמשכה חודשים רבים, פונו כל הריסות מרכז הסחר העולמי בסוף חודש מאי 2002.
המפגעים.
אל-קאעידה.
שורשיו של ארגון הטרור אל-קאעידה נעוצים בשנת 1979, עם פלישת ברית המועצות לאפגניסטן. לארץ זו הגיע אוסאמה בן לאדן כדי לעזור בהקמת גדודי המוג'אהדין הערביים שיילחמו בסובייטים. תחת השפעתו של איימן א-זוואהירי נעשה בן לאדן יותר ויותר קיצוני. בשנת 1996 פרסם בן לאדן את ה"פתווה" הראשון שלו שבו קרא לכל כוחות צבא ארצות הברית לעזוב את ערב הסעודית.
בן לאדן פרסם את ה"פתווה" השנייה שלו בשנת 1998, ובו טען כנגד מדיניות החוץ של ארצות הברית, בנושאים כגון היחס למדינת ישראל והנוכחות המתמשכת של הכוחות האמריקאיים בערב הסעודית לאחר מלחמת המפרץ. בן לאדן ציטט מכתבי האסלאם במטרה לעודד מוסלמים לתקוף אמריקאים, עד שהבעיות שהזכיר ייפתרו. לפי בן לאדן, פוסקי הלכה מוסלמים, "לאורך כל שנות ההיסטוריה המוסלמית הסכימו פה אחד שהג'יהאד היא חובתו של היחיד, אם האויב פוגע במדינות האסלאם".
אוסאמה בן לאדן.
בן לאדן הוא זה שהגה וארגן את הפיגועים, ובתחילה הכחיש כל קשר אך בסופו של דבר הודה במעורבותו. חמישה ימים לאחר הפיגועים, ב-16 בספטמבר 2001, שידר ערוץ החדשות אל ג'זירה הצהרה מפי בן לאדן, שבה נאמר "אני מדגיש שלא אני ביצעתי את הפעולה הזו, שנראית שבוצעה על ידי יחידים בודדים, ממניעיהם האישיים". בנובמבר 2001 מצאו כוחות ארצות הברית קלטת וידאו, בתוך בית הרוס בעיר ג'לאלאבאד שבאפגניסטן, בה נראה בן לאדן מדבר עם חאלד אל-ח'רבי, פעיל בכיר באל-קאעידה, ומהקלטת מובן בבירור שבן לאדן ידע מראש על הפיגועים. בדצמבר 2001 פרסם בן לאדן הצהרה נוספת, בה נאמר "יש להלל טרור כנגד אמריקה משום שזו תגובה לאי הצדק של אמריקה, שמנסה להפסיק את תמיכת אמריקה בישראל, שהורגת את אנשינו". עדיין לא הייתה בהצהרה זו לקיחת אחריות על הפיגועים. זמן מועט לפני הבחירות לנשיאות ארצות הברית של שנת 2004, פרסם בן לאדן קלטת וידאו נוספת ובה הצהיר על מעורבותו של אל-קאעידה בתכנון והוצאה לפועל של הפיגועים, וגם הודה במעורבותו האישית. בקלטת אמר שההתקפות על ארצות הברית נעשו מכיוון ש"אנחנו חופשיים... ואנו רוצים לשמור על חירותה של האומה שלנו. בשעה שאתם פוגעים בביטחון שלנו, אנו נפגע בשלכם". בן לאדן אמר עוד שהוא זה שהורה לתומכיו לתקוף את מרכז הסחר העולמי.
ארצות הברית מעולם לא קשרה רשמית את בן לאדן לפיגועי 11 בספטמבר, אך הוא היה ב"רשימת המבוקשים ביותר" של ה-FBI בעקבות ההתקפות על שגרירויות ארצות הברית בקניה ובטנזניה. לאחר מצוד של כמעט עשור, כוחות אמריקאים הרגו את בן לאדן בבית המסתור שהקים באבוטאבאד, פקיסטן, ב-1 במאי 2011.
מניעיהם.
הצהרתו של בן לאדן על "מלחמה קדושה" כנגד ארצות הברית, ו"פתווה" שפרסם בשנת 1998 בה הוא קורא לרצח אזרחים אמריקאים מלמדות על כוונותיו של האיש. בכמה פרסומים ועל גבי מספר במות שונות פירטו אנשי אל-קאעידה שלושה גורמים לפעולותיהם העוינות כנגד מדינות מערביות: נוכחות כוחות אמריקנים בערב הסעודית, תמיכתה של ארצות הברית בישראל, והסנקציות כנגד עיראק.
הסנקציות נגד עיראק.
באוגוסט 1990, לאחר פלישת עיראק לכווית, מועצת הביטחון של האו"ם אימצה את החלטה 661 שהטילה סנקציות כלכליות על עיראק, שכללו אמברגו סחר מלא. לאחר סיום מלחמת המפרץ ויציאת כוחות עיראק מכווית, הוסיפו הסנקציות להימשך תחת החלטה חדשה, החלטה 687, שמטרתה הייתה למנוע מעיראק יכולת לייצר נשק להשמדה המונית. בין השנים שהיו הסנקציות בתוקף, 1991-2003, הן הובילו להיפר-אינפלציה, עוני נרחב, ואף לתת-תזונה בקרב האזרחים.
בפתווה שפורסמה בשנת 1998 כתב אל-קאעידה שהסנקציות הן סיבה להרג אמריקנים: "למרות ההרס הגדול שבא על העם העיראקי על ידי האחווה הצלבנית-ציונית, ולמרות מספר ההרוגים הרב, שעבר את המיליון... למרות כל זאת, האמריקנים שוב מנסים לטבוח בנוראות, כמו שאינם מרוצים מהחרם העצום שהוטל לאחר המלחמה, או מריסוק המדינה, או מההרס... על בסיס זה, ובהתאם להוראתו של אללה, אנו מגישים את הפתווה הזה לכל המוסלמים: הרג אמריקנים ובעלי בריתם – הן אזרחים והן אנשי צבא – הוא חובה המוטלת על כל מוסלמי..."
נוכחות כוחות צבא ארצות הברית בערב הסעודית.
לאחר תום מלחמת המפרץ בשנת 1991, השאירה ארצות הברית כוח של כ-5,000 חיילים בבסיסים בערב הסעודית. מטרתו של הכוח הייתה מבצע "שמירה דרומית" – שמירת אזור אסור לטיסה שהוטל על כל דרום עיראק (כחצי מהמדינה) על מנת לקעקע את יכולותיה הכלכליות של המדינה. כמו כן נבלמה יכולת ייצוא הנפט (וההכנסות מכך) של עיראק דרך המפרץ הפרסי על ידי הצי החמישי של ארצות הברית שהוצב בבחריין.
מאחר שבערב הסעודית נמצאים האתרים הקדושים ביותר לאסלאם – מכה ומדינה – נוכחות החיילים האמריקאים הפריעה למוסלמים רבים, והייתה לאחד מהגורמים שהוצהרו על ידי אל קאעידה למתקפת ה-11 בספטמבר. הפצצת שגרירות ארצות הברית ב-1998 נעשתה ב-7 באוגוסט, שמונה שנים בדיוק לאחר כניסת כוחות ארצות הברית לערב הסעודית. בן לאדן פרש פשוטו כמשמעו את ציווי הנביא מוחמד "שלא יהיו כופרים נוכחים בערביה". בשנת 1996 פרסם בן לאדן "פתווה" ובו קרא לכוחות ארצות הברית לצאת מסעודיה. שנתיים לאחר מכן כתב, "יותר משבע שנים שארצות הברית כובשת את אדמות האסלאם ואת הקדוש מכל המקומות, חצי האי ערב, ובוזזת את העשירים, מכתיבה את חוקיה, משפילה את התושבים, ועושה טרור לשכנים. דרך בסיסיה בחצי האי ערב נלחמת היא בעמים המוסלמים השכנים". עוד אמר בן לאדן שהאמריקאים היו "קרובים מדי למכה" ושקרבה זו היא בגדר פרובוקציה כנגד העולם המוסלמי.
תמיכת ארצות הברית בישראל.
ב-5 בנובמבר 2002 פרסם בן לאדן "מכתב לאמריקה" ובו כתב: "גדילתה של ישראל היא פשע חמור ביותר, ואתם מנהיגי הפושעים הללו. ברור שאין שום צורך להסביר או להוכיח את מידת התמיכה של ארצות הברית בישראל. הקמת מדינת ישראל זה פשע שחייב להימחק. כל אחד ואחד שידיו עסקו ותרמו לפשע זה חייב לשלם את מחירו, ולשלם הרבה". במספר הזדמנויות נוספות חזר בן לאדן על הקשר בין ה-11 בספטמבר לבין הקשר בין ארצות הברית וישראל.
תגובות לפיגועים.
התגובות המיידיות.
בשעה 8:32 בבוקר ההתקפות נודע לפקידי הרשות התעופה הפדרלית שטיסה 11 נחטפה, והם הודיעו על כך לפיקוד הגנת האוויר והחלל של צפון אמריקה (NORAD). הפיקוד בתגובה הוציא לטיסה שני מטוסי איגל F-15 מבסיס במסצ'וסטס בשעה 8:53. עקב בלבול וקצר בתקשורת בין עובדי רשות התעופה, לפיקוד נודע על חטיפת טיסה 11 באיחור של 9 דקות, ולא ידע בכלל על שלוש הטיסות החטופות האחרות אלא כשהתרסקו. עוד מטוסי קרב עלו לאוויר במטרה להגן על שטחה האווירי של ארצות הברית, אך זה קרה רק בשעה 9:30, לאחר ששני בנייני התאומים כבר נפגעו. בשעה 10:20 יצאה הוראה מסגן נשיא ארצות הברית דיק צ'ייני לירות בכל כלי טיס מסחרי שיזוהה כחטוף.
לראשונה בתולדות ארצות הברית, הופעל נוהל SACANTA, שסגר מיידית את כל שטחה האווירי של ארצות הברית והפך את כל שמי המדינה לאזור אסור לטיסה לכל כלי הטיסה האזרחיים. עקב זאת נתקעו עשרות אלפי נוסעים בכל רחבי העולם. כמו כן סגרה רשות התעופה הפדרלית את שמי המדינה לכניסת מטוסים ממדינות אחרות. כחמש מאות מטוסים חזרו על עקבותיהם אל השדה ממנו המריאו או שנחתו במדינה שכנה.
במהלך האירועים יצאה לפועל תוכנית "המשכיות הממשל" של הממשל הפדרלי האמריקאי, במהלכו פונו מנהיגי המדינה ומשרדי הממשל השונים לאתרים קבועים מראש במטרה לשמור על ביטחונם.
מיד לאחר הפיגועים נסגרו בניינים, בוטלו אירועים ונפגעו חלקים חשובים רבים מהחיים הציבוריים בארצות הברית, הן כדי להתמודד עם המתקפה (במקומות הקרובים לאתרי הפיגועים), הן מתוך הזדהות, והן מתוך חשש לפגיעות נוספות באתרים שונים. בניו יורק, בורסת ניו יורק לא נפתחה מ-11 ועד 17 בספטמבר, משום שרחוב וול סטריט היה שקוע בהריסות. הדרכים המובילות לעיר (כבישים, מעבורות וגשרים) היו סגורות לפחות 24 שעות לאחר הפיגועים. פעילות הרכבת התחתית הופסקה עקב חדירת ההריסות לחלק מהקווים וחסימתם.
כל בנייני הממשל הפדרלי בוושינגטון, כולל הבית הלבן, נסגרו. בכל רחבי המדינה כמיליון עובדי מדינה נשלחו הביתה. האתרים הבאים נסגרו או פונו מחשש לפיגועים נוספים: בית המשפט העליון, מטה האומות המאוחדות בניו יורק, רוב גורדי השחקים בניו יורק ובשיקגו, מגדלים שונים בלונדון וביניהם מגדל הבורסה, בניין האמפייר סטייט. אתרים תיירותיים כגון פסל החירות, מחט החלל בסיאטל ודיסנילנד נסגרו. מרכזי קניות ותיאטראות נסגרו, כל ההפקות שנעשו בהוליווד הושהו, ליגות ספורט לאומיות בוטלו ואירועים טלוויזיוניים רבים בוטלו גם הם. בישראל פונו כל השגרירויות והקונסוליות.
לפיגועי 11 בספטמבר היו השפעות מיידיות על כל אזרחי המדינה. אזרחים התאחדו סביב המשפט "אנו עומדים מאוחדים", "United We Stand", בתקווה לשמור על נחישות הרוח האמריקנית בפני המתקפה הזו. תושבים רבים הביעו את תודתם לאנשי כוחות הביטחון בכך שחבשו כובע של מכבי האש – FDNY – או של המשטרה – NYPD. אנשי הצלה ומשטרה עזבו את מקום מגוריהם והגיעו לניו יורק במטרה לעזור להוציא את הגופות והשרידים שנשארו באתר הפיגוע. מתוך אותה רוח סולידריות, בשבועות שלאחר הפיגוע עלה מספר תרומות הדם במדינה באופן משמעותי.
תגובת הממשל.