המושל מקינלי גם מינה את דוהרטי כמנהיג הסיעה הרפובליקנית בבית המחוקקים, והוא דאג לשמור על דבקותם של חברי הסיעה בקו החקיקתי של המושל. במשך השנתיים הבאות נוצרה ידידות קרובה בין מקינלי ובין דוהרטי, והם עבדו יחדיו באופן הדוק ולעיתים קרובות סעדו בצוותא. בכל אופן בקרב אנשי סיעתו של פורקר, הפך דוהרטי לאישיות בלתי רצויה על רקע מה שנתפש כמבחינתם כחוסר נאמנות דו-פרצופית.
ב-1892 ניסה דוהרטי להשיג את מועמדות המפלגה לבית הנבחרים של ארצות הברית, אך הוועידה המפלגתית של מחוז הבחירה השביעי של אוהיו שבחרה במועמד המפלגה הייתה מפולגת בין דוהרטי לבין שותפו לשעבר לעסקי עריכת הדין א.ר. קרימר, ובסופו של דבר בחרה ב"סוס השחור" ג'ורג' וילסון, כמועמד של פשרה. בבחירות הכלליות שנערכו בנובמבר אותה שנה ניצח וילסון וכיהן בקונגרס במשך ארבע שנים מטעם המחוז השביעי.
לאחר כישלונו לזכות במושב בקונגרס, הציע שרמן לדוהרטי מינוי פוליטי כעוזר התובע המחוזי בקולומבוס. דוהרטי דחה מידית את ההצעה, ותחת זאת פתח משרד עורכי דין חדש בעיר, ובמקביל המשיך להתגורר ולעבוד בעיירת הולדתו, וושינגטון קורט האוס.
המהומות בוושינגטון קורט האוס.
ב-9 באוקטובר 1894 הואשם אדם שחור בשם ויליאם דולבי בתקיפת אישה לבנה בשם מרי בויד בביתה שבפארטס סטיישן, יישוב קטן לידי וושינגטון קורט האוס. דולבי נמלט, אך עד מהרה הוא נעצר ונכלא בבית הכלא של וושינגטון קורט האוס, שם היו סימנים שההמון עומד להתפרץ לכלא. דולבי התוודה כביכול על פשעו עם תפיסתו. השריף של מחוז פאייט ביקש מהמושל מקינלי לשלוח כוח מיליציה כדי להגן על העצור ממעשה לינץ' אפשרי של ההמון בעקבות שפיטתו לעונש מאסר של עשרים שנה ב-16 באוקטובר.
ב-17 באוקטובר הגיעו שתי פלוגות מיליציה לוושינגטון קורט האוס כדי לאבטח את דולבי לקראת העברתו הצפויה לבית הכלא המרכזי של אוהיו בקולומבוס. באותו ערב התאסף המון שהחל לצור על הכלא, בניסיון לפרוץ את דלתות הכלא ולהוציא את דולבי כדי להרוג אותו. מפקד כוחות המשמר הלאומי, קולונל אלונזו קויט, הורה לאנשיו לפתוח באש כלפי ההמון הזועם, ובעת הירי נהרגו חמישה פורעים ונפצעו 15. ההמון עדיין לא התפזר וגברו החששות שתקיפה בנשק תתבצע על ידי אזרחים מקומיים זועמים על אנשי המיליציה שהגנו על בית הכלא. בערך בשעה 2 בלילה נורה צרור יריות שני על ידי המגינים, הפעם מעל ראשי הפורעים, ובסופו של דבר הירי השיג את מטרתו לפיזור ההתקהלות.
לאחר האירועים מינה המושל מקינלי בית דין מיוחד לחקירת המהומות והירי של אנשי המיליציה. לאחר החקירה הגיש בית הדין כתב אישום נגד קולונל קויט, בו הוא הואשם בהריגה. מקינלי ביקש מדוהרטי לקחת על עצמו את המשימה הבלתי נעימה מבחינה פוליטית להגן על קויט בבית המשפט, מול אזרחי המחוז הזועמים שדרשו את הרשעתו. דוהרטי קיבל על עצמו את התיק וב-5 במרץ 1895 זוכה קויט מכל אשמה.
המשך הקריירה הפוליטית.
אף על פי שדוהרטי שאף להיות מועמד המפלגה הרפובליקנית למשרת מושל אוהיו ב-1895, החליט האנה לתמוך במועמד אחר תחתיו, כך שדוהרטי תחת זאת התמודד על תפקיד התובע הכללי של המדינה. ועידת המפלגה הרפובליקנית של אוהיו נשלטה על ידי סיעת פורקר ונאמנו של פורקר, פרנק ס. מונה, נבחר כמועמד לתפקיד על פניו של דוהרטי.
ללא שנתקף בחרדה על הפסדו, ב-1896 הכריז דוהרטי על שאיפתו להיבחר לקונגרס. במרץ אותה שנה התקיימו בחירות מקדימות בקרב הרפובליקנים של מחוז פאייט, שבהן ניצח דוהרטי בהפרש קטן לאחר מרוץ לא קל. הבחירה עצמה הייתה אמורה להתבצע במסגרת ועידת המפלגה הרפובליקנית של מחוז הבחירה השביעי של אוהיו, ושם דוהרטי נפל קורבן לתחבולות סיעתיות, וכמועמד המחוז נבחר וולטר וויבר, שכיהן בקונגרס שתי תקופת כהונה.
הוועדה הרפובליקנית הלאומית הכירה בתרומותיו של דוהרטי כפעיל מפלגתי בלתי נלאה וכנואם משפיע, ושלחה אותו לדרכים כדי לנהל את מסע התמיכה במקינלי בבחירות לנשיאות של 1896. דוהרטי נסע ברחבי נברסקה, דקוטה הצפונית, דקוטה הדרומית, מינסוטה ואוהיו, עבר כמעט 15,000 ק"מ ונשא 47 נאומים לטובת מקינלי.
ב-1898 החל עימות בין דוהרטי לבין האנה על רקע התשלום האיטי של אלפי דולרים כשכר משפטי על ידי האנה לצורך ההגנה על עצמו כנגד חקירה של הסנאט בהאשמות על שוחד בחירות. בעוד שהתעקשותו של דוהרטי על קבלת תשלום גרמה ליחסים מתוחים בין שניים, דרכיהם נפרדו ב-1899 כאשר דוהרטי שאף שוב לקבל את מועמדות המפלגה הרפובליקנית למשרת מושל אוהיו. דוהרטי לא זכה לתמיכה של פורקר ושל האנה, כשהאנה העביר את תמיכתו לג'ורג' נאש ופורקר עדיין נטר טינה לדוהרטי על כך שנטש אותו ב-1892. דוהרטי המשיך במאבקו עד לכינוסה של הוועידה המדינתית של המפלגה הרפובליקנית, שם הוא הפסיד לנאש שזכה לקולותיהם של 461 נציגים, מול 205 נציגים שהצביעו עבורו.
בחמש השנים הבאות בנה דוהרטי בכישרון רב את השפעתו במוסדות המפלגה באוהיו באמצעות יצירת קשרים עם מנהיגים בשתי סיעות המפלגה העיקריות במדינה. הוא יצר השפעה משמעותית בקרב חברי בית המחוקקים של המדינה הרפובליקנים, שהכירו אותו ועבדו עמו במשך שנים. עם זאת, התאוששותו הפוליטית הייתה חלקית, שכן כל עוד פורקר והאנה נותרו כמנהיגי הסיעות העיקריות של המפלגה באוהיו, נותרה תקרת זכוכית שאותה לא יכול היה דוהרטי לעבור.
מותו של האנה בפברואר 1904 ופגיעה באמינותם של כמה מבעלי בריתו החשובים כמו ג'ורג' ב. קוקס על רקע של פטרונות פוליטית, פינו לדוהרטי את הדרך שוב לעליית כוחו. ב-1906 כבר עמד דוהרטי בראש סיעה פוליטית חדשה שכללה את חבר הקונגרס תאודור ברטון מקליבלנד והמושל לשעבר מיירון הריק. דוהרטי וברטון זיהו את עצמם עם תומכיו של ויליאם הווארד טאפט, מזכיר המלחמה בממשלו של הנשיא הרפובליקני הפרוגרסיבי תאודור רוזוולט, ויחד הם אילצו את פורקר לפרוש מהסנאט ומהחיים הפוליטיים, זאת בעקבות חשיפה בתקשורת שפורקר קיבל סכום של כמעט 30,000 דולר מחברת סטנדרד אויל.
דוהרטי היה פעיל מאוד בסיוע לבעל בריתו ברטון לנצח בבחירות לסנאט ב-1908, אך הוא שוב נדחק לאחורי הבמה במקום להיבחר בעצמו למשרה הרמה. מעמדו של דוהרטי כבוס פוליטי במקום כפוליטיקאי זכה להכרה מחודשת.
במהלך הפילוג של 1912 במפלגה, היה דוהרטי תומך נאמן של טאפט שייצג את השמרנות הוותיקה נגד הפרוגסיביות שיוצגה על ידי רוזוולט. דוהרטי היה דמות מפתח באוהיו במערכה לטובתו של טאפט, וב-18 במאי אותה שנה הוא נשא נאום חשוב שזכה להתייחסות כה חיובית עד שהוא הודפס על גבי עלונים על ידי מטה טאפט. אף על פי שהתחבולות של דוהרטי בשיתוף עם הבוס של המפלגה במחוז קויאהוגה, מוריס משקה, לגרום לתמיכת ועידת המפלגה בטאפט, פילוג במפלגה בבבחירות לנשיאות של 1912 הוביל לבחירתו מחדש של הנשיא הדמוקרט וודרו וילסון, שזכה ב-42% מכלל הקולות וב-435 מקולות חבר האלקטורים.
מסע הבחירות של הרדינג.
הנהגתם של בחירות מקדימות לסנאט ב-1914 החלישה במידה ניכרת את כוחם של בוסים פוליטיים כמו דוהרטי. הוא המשיך לעסוק בפעילות פוליטית על אף שינוי זה, אך זיהה את עצמו עם סנאטור המדינה בעל העוצמה וורן הרדינג. ההכרות של השניים החלה כבר בסתיו 1899, כאשר דוהרטי בלט בפוליטיקה של אוהיו והרדינג היה פוליטיקאי צעיר ומתחיל בן 35. לא עברו שנים רבות וחלה החלפת תפקידים בין השניים, כשב-1901 נבחר הרדינג לסנאט של אוהיו ומונה כמנהיג הסיעה הרפובליקנית בסנאט. הרדינג היה נואם מוכשר ונושא ונותן מיומן וכוחו עלה כאחד מהמנהיגים החשובים בסיעת פורקר.
במהלך הפילוג במפלגה של 1912, דוהרטי והרדינג יצרו שותפות פוליטית ועבדו בשירות מטה הבחירות של טאפט, כשדוהרטי מילא את תפקיד יושב ראש המפלגה באוהיו והוא זכה לתמיכה מלאה מעיתונו של הרדינג "מריון דיילי סטאר". לשניים היו שאיפות פוליטיות ובעוד שהם נהנו זה מחברתו של זה, הם לא היו ידידים אישיים. הרדינג הצליח לנצח בבחירות לסנאט של 1914. דוהרטי התמודד על מועמדות המפלגה לסנאט ב-1916 מול הסנאטור לשעבר צ'ארלס ו.פ. דיק והמושל לשעבר הריק. בסופו של דבר זכה הריק במועמדות, אך הפסיד בבחירות הכלליות לדמוקרט אטלי פומרן.
כמניפולטור פוליטי משכבר הימים, בינואר 1918 ראה דוהרטי את עליית חשיבותה של התנועה למען התנזרות משתייה ומתוך גישה אופורטוניסטית ניסה להפוך למנהיגה של התנועה באוהיו. דוהרטי עצמו נהג לשתות, אך הוא לא היה אדם שייתן להרגליו האישיים לעמוד בדרכו להזדמנויות פוליטיות.
כבוס של המפלגה הרפובליקנית באוהיו ב-1920, קידם דוהרטי את מועמדותו של הרדינג לנשיאות בוועידה הארצית של המפלגה הרפובליקנית שהתקיימה באותה שנה בשיקגו. ההחלטה לקדם את הרדינג במקרה שהמועמדות לא תוכרע בסבב ההצבעה הראשון, התקבלה במה שנודע בפוליטיקה האמריקאית כחדר אפוף עשן הסיגריות במלון בלאקסטון שבשיקגו. הרדינג זכה במועמדות לאחר מבוי סתום בהצבעה שנוצר בין לאונרד ווד ובין פרנק לואדן, אירוע שדוהרטי חזה את התרחשותו חודשים קודם לכן בראיון עיתונאי. לאחר מכן שימש דוהרטי כמנהל מסע הבחירות של ההרדינג בבחירות לנשיאות של 1920. הוא ניהל מסע בחירות שהתבסס על אישיותו מסבירת הפנים של הרדינג והחוש הפוליטי הטבעי שלו, ודחף לשובה של ה"נורמליות" לאחר תום מלחמת העולם הראשונה.
התובע הכללי של ארצות הברית.
לאחר ניצחונה הסוחף של המפלגה הרפובליקנית בבחירות 1920 ובחירתו של הרדינג כנשיא ארצות הברית, מונה דוהרטי כתובע הכללי של ארצות הברית. מינויו אושר בסנאט של ארצות הברית והוא החל לכהן בתפקידו ב-4 במרץ 1921.