זוף החליט לזמן את הקשר גם לטורניר יורו 2000 עצמו, וקונטה כבש את שערה הראשון של נבחרתו בטורניר, בניצחון 1–2 מול . הוא שיחק 90 דקות גם במשחק השני של שלב הבתים מול . הוא חזר להרכב הנבחרת ברבע הגמר מול , אך בדקה ה-55 של המשחק, גלש לעברו בפראות קשר רומניה, גאורגה חאג'י, ופצע אותו בקרסול הימני. קונטה החמיץ את המשך הטורניר בעקבות הפציעה, וראה את נבחרתו מפסידה בגמר 1–2 ל. המשחק מול רומניה היה האחרון בקריירה הבינלאומית של קונטה.
קריירת אימון.
לאחר פרישתו, החל קונטה בקריירת אימון, שנפתחה בתפקיד עוזר המאמן של לואיג'י דה קאניו בקבוצת סיינה בעונת .
ביולי 2006 מונה לראשונה למאמן ראשי, בקבוצת ארצו, ששיחקה אז בליגת המשנה. הוא פוטר מתפקידו כעבור כשלושה חודשים, ב-31 באוקטובר, בעקבות שרשרת של תוצאות חלשות, שהציבו את קבוצתו במקום האחרון בטבלה. לאחר שגם פיטוריו לא הובילו לשיפור ביכולתה של הקבוצה, הוא מונה שוב למאמן ב-13 במרץ 2007. הפעם הוא הוביל את קבוצתו ליכולת טובה ו-19 נקודות ב-7 משחקים, שהספיקו על מנת לצמצם את הפער בתחתית, אך קבוצתו ירדה בכל זאת לליגה השלישית, כשהיא מסיימת את הטבלה נקודה אחת בלבד מהמקום המוביל להישארות בליגה. בעונה זו ספגה הקבוצה עונש של הפחתת שש נקודות ממאזנה בעקבות פרשת הטיית המשחקים בסרייה א' 2006, ואלמלא העונש הייתה נשארת בליגה.
ב-27 בדצמבר 2007 מונה קונטה לתפקיד המאמן בקבוצת בארי, שהייתה מועמדת לירידה בסרייה ב', במקומו של המאמן המפוטר ג'וזפה מטראצי. הוא הוביל את הקבוצה להיחלצות מהתחתית ולמיקום נוח במרכז הטבלה. בעונה שאחריה כבר הוביל את בארי לאליפות הסרייה ב' והעפלה לסרייה א'. לקראת סיום אותה עונה פוטר קלאודיו ראניירי מאימון יובנטוס, וקונטה נחשב למועמד מוביל לתפקיד, והוא אף הצהיר כי הוא מעוניין לאמן בעתיד את יובנטוס וכי הוא מרגיש מוכן לתפקיד. עם זאת, צ'ירו פרארה מונה למאמן יובנטוס. קונטה חתם על הארכת חוזה בבארי, אך מספר שבועות אחר כך, ב-23 ביוני 2009 הודיעה הנהלת הקבוצה כי הוחלט, בצעד הדדי, להיפרד מקונטה.
לאחר שפתח את עונת ללא קבוצה בעקבות סיום דרכו בבארי, מונה קונטה למאמן קבוצת אטאלנטה מהסרייה א', ב-21 בספטמבר 2009. כבר במשחקו הראשון כמאמן, הורחק קונטה בעקבות מחאות כלפי צוות השיפוט. הקבוצה המשיכה בקצב צבירת נקודות נמוך, וקונטה עמד במוקד מחאות האוהדים. ב-6 בינואר 2010, במהלך הפסד קבוצתו 0–2 לנאפולי, התעמת קונטה עם אוהדי קבוצתו, כשבסיום המשחק צוות משטרה התערב על מנת למנוע עימות פיזי. ביום למחרת, הגיש קונטה את התפטרותו, כשקבוצתו ממוקמת במקום ה-19 מתוך 20 בליגה.
ב-9 במאי 2010 הוכרז קונטה כמאמנה הבא של קבוצת סיינה, היורדת הטרייה לסרייה ב', בה התחיל את קריירת האימון כעוזר. תחת הדרכתו סיימה הקבוצה במקום השני בסרייה ב' וחזרה לליגה הבכירה.
לקראת עונת , חזר קונטה למועדון בו שיחק 13 עונות והמזוהה עמו ביותר, יובנטוס, לתפקיד המאמן במקומו של לואיג'י דלנרי, והוביל את הקבוצה להצלחה מיידית. במחזור התשיעי, לאחר ניצחון 1–2 מול פיורנטינה, עלתה יובנטוס למקום הראשון בטבלת הסרייה א', לראשונה מאז עונת . תוצאת השוויון (1-1) מול קליארי במחזור ה-18, קבעה שיא מועדון עם 18 משחקים ללא הפסד מפתיחת העונה, ובמחזור שאחריו ניצחה יובנטוס את אטאלנטה בתוצאה 0–2 כדי לסיים את הסיבוב הראשון בליגה ללא הפסד, 11 ניצחונות ו-8 תוצאות תיקו. מחזור אחד לסיום העונה הבטיחה יובנטוס את האליפות, כשניצחה את קליארי בתוצאה 0–2, כשבמקביל מילאן מפסידה במשחק הדרבי מול אינטר. יובנטוס סיימה את העונה עם 23 ניצחונות ו-15 תוצאות תיקו, וללא אף הפסד, הישג שהושג בעבר רק פעמיים נוספות, על ידי פרוג'ה ב-1979 (שעל אף המאזן סיימה רק שנייה אחרי מילאן), ועל ידי מילאן ב-1992. קונטה אף הוביל את הקבוצה לגמר הגביע האיטלקי, לראשונה מאז 2004, אך יובנטוס הפסידה בגמר לנאפולי בתוצאה 2–4 בסיכום שני המשחקים.
בעונה שלאחריה, , יובנטוס הצליחה לשמור על התואר, תוך שהיא צוברת שלוש נקודות יותר מהעונה החולפת, ומסיימת את העונה עם תשע נקודות יותר מנאפולי, סגניתה. מלכי השערים של יובנטוס בליגה באותה עונה, ארתורו וידאל ומירקו ווצ'יניץ', כבשו עשרה שערים בלבד כל אחד, מה שהצביע בין היתר גם על חולשה יחסית של שחקני החוד, וגם על הפיכת יובנטוס של קונטה לקבוצה בה כל השחקנים הם כובשים פוטנציאלים. הזכייה באליפות השנייה ברציפות הפכה את קונטה למאמן החמישי בהיסטוריה של הסרייה א', והראשון מאז ג'ובאני טרפטוני ב-1979, שזוכה בשני תוארי אליפות בשתי עונותיו הראשונות בקבוצה. באותה עונה קונטה הוביל את יובנטוס לראשונה בליגת האלופות, וקבוצתו הודחה על ידי הזוכה באותה עונה, באיירן מינכן מגרמניה, בשלב רבע הגמר.
בעונת , יובנטוס הציגה יכולת שוברת שיאים בליגה האיטלקית. היא סיימה את העונה עם שיא היסטורי של 102 נקודות, הראשונה בהיסטוריה שמשיגה מאזן תלת-ספרתי. היא הפכה לראשונה בהיסטוריה שמנצחת בכל משחקי הבית שלה, 19 ניצחונות ב-19 משחקים, ושברה גם את שיא הניצחונות הכללי בעונה אחת, 33 ניצחונות ב-38 משחקים. היא השיגה בסך הכל 17 נקודות יותר מרומא, סגניתה. בניגוד לעונה שחלפה, הפעם ליובנטוס היה נציג במקום השלישי בטבלת מלך שערי הליגה, קרלוס טבס הארגנטינאי, שכבש 19 שערי ליגה. למרות ההצלחה המסחררת בליגה, הקבוצה הודחה כבר בשלב הבתים בליגת האלופות, העפילה עד חצי גמר הליגה האירופית, אך הודחה בשלב זה על ידי בנפיקה ליסבון מפורטוגל. למרות הודעתה של ההנהלה כי קונטה ימשיך כמאמן לעונה רביעית, קונטה התפטר מתפקידו ב-15 ביולי 2014, כשהסיבה המשוערת הייתה מחלוקות עם ההנהלה לגבי העברות שחקנים.
כחודש מאוחר יותר, ב-14 באוגוסט, הוכרז כמאמנה החדש של נבחרת , כמחליפו של צ'זרה פראנדלי, שסיים את תפקידו לאחר הדחת הנבחרת בשלב הבתים של מונדיאל 2014. במשחק הבכורה שלו כמאמן הנבחרת, השיגה איטליה ניצחון על במשחק ידידות שנערך ב-4 בספטמבר באיטליה והסתיים בתוצאה 0–2. במשחקו הרשמי הראשון כמאמן, שנערך חמישה ימים לאחר מכן, ניצחה נבחרתו את בתוצאה 0–2 באוסלו במסגרת מוקדמות יורו 2016.
בשנת 2016 הודיע קונטה שיעזוב בתום יורו 2016 ויעבור לצ'לסי שם יחליף את חוס הידינק.
בעונת 2016/17 קונטה הצעיד את צ'לסי לאליפות בעונתו הראשונה במועדון. הוא הקפיד שהקבוצה תשחק בשיטת ה3 בלמים שהוא התמיד ליישם בקבוצות שהוא אימן. צ'לסי שלא הייתה בשום מפעל אירופאי בעונת 2016/17 העפילה גם לגמר הגביע האנגלי שם הפסידה לארסנל. בעונת 2017/18 זכה קונטה עם צ'לסי בגביע האנגלי, אך בליגה סיימה הקבוצה במקום החמישי ולא העפילה לליגת האלופות. בשל כישלון זה סיים קונטה את תפקידו במועדון.
ב--31 במאי 2019 מונה קונטה למאמנה של אינטר מילאנו מהסרייה א'.קונטה בא לאינטר למרות רצונה של יובנטוס לצרפו,מה שגרם לאוהדי יובנטוס לזעם רב על קונטה משום שבחר את ירביתה השנואה של יובנטוס. בעונת 2019/20 אינטר החתימה מספר שחקנים מובילים בראשם רומלו לוקאקו. ובאיטליה דברו על כך שאינטר היא הפייבוריטת לקחת מיובנטוס את התואר אחרי 8 אליפויות ברציפות. בסרייה א' :העונה התחילה טוב מבחינת קונטה ואינטר שניצחה את כל המשחקים עד הדרבי ד'איטליה שנגמר בהפסד 1–2 ליובנטוס. בהמשך העונה היה קרב אליפות משולש בין אינטר, יובנטוס, ולאציו. אינטר סיימה את העונה במקום השני נקודה אחת מיובנטוס. בליגת האלופות קונטה ואינטר הוגרלו בבית המוות יחד עם דורטמונד וברצלונה. אינטר הגיעה למשחק האחרון שהיא צריכה לנצח את ברצלונה (שלברצלונה לא היה חשיבות למשחק) אך אף על פי ששיחקה נגד ברצלונה בהרכב שני הפסידה אינטר והודחה מליגת האלופות. בעונת 2020/2021 זכה עם אינטר באליפות איטליה לאחר עשור בה הקבוצה לא זכתה בתואר. אף על פי כן, ב-26 במאי 2021, עזב קונטה את תפקידו כמאמן אינטר.
ב-2 בנובמבר 2021, מונה קונטה למאמנה של טוטנהאם הוטספר האנגלית, כשחתם על חוזה לשנה וחצי. קונטה הצליח לשפר את תוצאות הקבוצה, לסיים עמה במקום הרביעי ולהעפיל לליגת האלופות.
פרשת הטיית המשחקים.
בחודש מאי 2012, לאחר זכייתו באליפות הראשונה עם יובנטוס, הואשם קונטה על ידי שחקנו פיליפו קארוביו, באי-דיווח על הטיית תוצאת משחק, בזמן שהיה מאמן סיינה בעונת . קארוביו, שבעצמו הואשם בחומרה באותה הפרשה, טען כי במחצית המשחק בין סיינה לנוברה, שליח הבעלים של סיינה נכנס לחדר ההלבשה ודרש כי שחקניו יפסידו בכוונה תחילה, כדי לעזור לבעלים להרוויח רבות מהימור על המשחק. סיינה, עם קארוביו, ניצחה למרות הבקשה בתוצאה 0–5, אך ההאשמה הייתה על כך שקונטה לא דיווח על הניסיון, עבירה על התקנון בפני עצמה.
עורכי הדין של קונטה, בצוותא עם הנהלת יובנטוס שעמדה מאחורי המאמן, הכחישו נמרצות את הטענות. קונטה טען כי מעולם לא ידע על ניסיון להטיית משחק בו היה מעורב. יתרה מכך, 23 השחקנים האחרים בסגל סיינה תמכו בגרסת המאמן על חוסר ידיעתו על ניסיון הטיה, ולא נמצאו ראיות נוספות מלבד עדותו של קארוביו.
ב-1 באוגוסט, בעצת עורכי דינו, קונטה הסכים להסדר טיעון הכולל הרחקה לשלושה חודשים, אך ההסדר נדחה. תשעה ימים אחר כך, התאחדות הכדורגל האיטלקית הודיעה כי קונטה יורחק לעשרה חודשים מהמגרשים, בשל אי-דיווח על ניסיון הטיה בשני משחקים שונים. קונטה הוסיף לטעון לחפותו, וערער על ההחלטה. ב-22 באוגוסט ערעורו התקבל חלקית, אך עונש ההרחקה נותר על כנו.
לאחר ערעורה של קבוצתו, הוחלט לקצר את עונשו של קונטה לארבעה חודשים בלבד.
חצב גלוני