בעת מלחמת סיני הגיעו, לדרישת ראש הממשלה דוד בן-גוריון, שלוש משחתות צרפתיות להגנת ערי החוף של ישראל ממטוסים מצריים. בכל משחתת הוצב קצין קישור מבוגרי ברסט. לונץ הוצב על המשחתת הצרפתית קרסן (M.N. Kersaint) אשר הוצבה במפרץ חיפה. האניה נמצאה בכוננות נגד מטוסים בשעות היום ומנוחה בשעות הלילה. תקלה באחד ממערכות ההנעה לא איפשרה לה לנוע במהירות והיא שמשה כסוללת נ"מ צפה.
כאשר הפתיעה האיברהים אל אוול בהפגזת לילה את חיפה. סייע לונץ למפקד הצרפתי בהערכת המצב. תגובת האש המיידית של הקרסן גרמה למשחתת המצרית להפסיק את ההפגזה ולסגת מבלי שנגרם נזק משמעותי בחוף. הקרסן הייתה משחתת חדשה עם מערכת ירי משוכללת והירי היה מדויק. התותחים היו טעונים בפגזים נגד מטוסים עם מרעום קרבה והתפוצצו ללא חדירה במטרה.
האניה נדרשה ממפקדת חיל הים לתקוף את המשחתת המצרית הבורחת. מפקד האניה הצרפתית הודיע כי עקב התקלה בטורבינה לא הצליח לסגור טווח. באותה עת לא היה מצב מלחמה בין צרפת ומצרים, המפקד הצרפתי לא היה בטוח איך יתייחסו אליו מפקדיו. היה נרגש שמא הדיווח שלו למפקדה, שהיה בגלוי, יעשה לו בעיות. הוא נרגע לחלוטין לפנות בוקר, כשקיבל מברק חוזר מצרפת עם דיווח שנפתחה אש על ה"קרסן" כאשר הייתה על-יד חיפה והיא השיבה. לונץ כנציג חיל הים העביר את הקשר בין האניה הצרפתית למפקדת חיל הים וגם היה ער להתלבטויות. המפקד והצוות של האניה הצרפתית קרסן קיבל עיטור כבוד צרפתי ומכתב הערכה מישראל.
כך נשארה האיברהים אל אוול שלמה ולאחר תיקונים קלים, הוכנסה לשירות בחיל הים. כל עת הקרב היה לונץ בקשר ישיר בין מפקד הקרסן ומפקדת חיל הים.
תפקידים בין המלחמות.
לאחר המלחמה חזר לונץ לבסיס ההדרכה והביא את קורס חובלים ה' לסיומו. הוא לא שבע נחת מכך שבוגרי מחזור א' של בית הספר לקציני ים עכו צורפו לקורס חובלים ה' באמצע. היות שלדעתו לא הייתה להם המנטליות שכבר הוחדרה על ידו לוותיקים. למרות הביקורת של לונץ יצאו ממחזור א של בית הספר לקציני ים עכו לא מעט קצינים מוצלחים.
תוך כך שימש לונץ כבוחן לקציני ים במקצוע ניווט, ואף חיבר לתלמידי בית הספר לקציני ים עכו את בחינות הבגרות במקצוע השיט.
בשנת 1958 הוצב לונץ לאיברהים אל אוול בשמה החדש אח"י חיפה כקצין גנ"ק. צוות המשחתת היה קטן יותר והתחרה על מעמדו מול המשחתות Z ה"גדולות".
באילת עגנו שתי פריגטות של חיל הים שהגיעו לשם בהפלגה סביב אפריקה. חיל הים לא הפעיל אותן והן נמכרו לצי סרי לנקה. העסקה התבשלה בסודיות וכללה העברת הפריגטות ומסירתן ביעד. באביב 1959 נאסף צוות מילואים להשטת אח"י מזנק ולונץ קיבל אחריות על כספי המבצע בנוסף לתפקידו כקצין גנ"ק. ההפלגה הייתה ארוכה מאוד במהירות איטית וסדר פסח נערך באניה בעת ההפלגה. הפריגטה הגיעה לטרינקומלי ונמסרה לצי המקומי. לאחר המסירה המתין הצוות חודש ימים וערך סיורי תיירות בכל סרי לנקה עד שהגיע מטוס להחזרתם לישראל.
את שנת 1960 עשה לונץ במשחתת אח"י אילת כקצין הגנ"ק. בשנת 1961 עבר למפקדת חיל הים בתפקיד ממלא מקום של ראש ענף ים 7 ומפקד יחידת הקשר והגילוי. בשנת 1961 עבר קורס פיקוד ומטה זרוע הים, ולאחר מכן שירת שוב כקצין גנ"ק במשחתת אילת. ב-1963 נשלח לקורס קציני גנ"ק באנגליה. בשנת 1964 קיבל פיקוד עצמאי על הקורבטה אח"י נגה (ק-22). האניה שימשה לאימוני אנשי שייטת 13 וקורס חובלים, נעשו הפלגות ארוכות בים התיכון ואף נקלעה לסערות רבות.
לאחר שנה בפיקוד על אח"י נגה, מונה לונץ לסגן מפקד המשחתת אח"י יפו, אך לאחר חצי שנה נקרא להדריך בפו"ם זרוע ים. במסגרת זו הכין גם תרגיל נחיתה לחופי סיני עם כל אניות צי הסוחר. לשם כך גייס את גיסו, רב חובל עמנואל קלמפרר. אחד מחניכיו בקורס פו"ם, מיכאל ברקאי, נעשה ברבות הימים למפקד חיל הים.
בסוף קיץ 1966 הסתיים תפקידו בפו"מ, ולונץ מונה לראש ענף ים 7 האחראי על הקשר והגילוי בחיל הים.
מלחמת ששת הימים.
בשנת 1967 שירת לונץ במפקדת חיל הים כראש ענף ים 6 - ענף אמצעי לחימה. מינוי החירום שלו היה קצין משמרת במוצב הפיקוד כך נעשה מעורב בתקרית ליברטי. המטרה התגלתה יום קודם בידי סיור אווירי. נציגות מודיעין ים במצפ"ע, שקיבלה את הדיווח, זיהתה אותה כאוניית ביון של צי ארצות הברית בשם ליברטי. דווח מיידית למפקדת חיל הים בלוויית אזהרה שהצללית שלה דומה לאניית ההספקה של הצי המצרי "אל קוציר" אבל היא גדולה ממנה בהרבה. אך על שולחן תמונת הזירה סומנה כאנית סוחר. בים הפתוח אוניות סוחר בתנועה מנמל לנמל ואינן נמצאות במקום אחד. על כן מחוסר מידע חדש ב-8 בבוקר הורה לונץ למחוק את הסימון.
המטרה התגלתה מחדש במשמרת הבאה. כאשר התקבל דיווח מהטרפדות שהמטרה נוסעת 30 קשר הוזמן סיוע אווירי. אחר התקיפה האווירית כשהתברר שהטרפדות עומדות לירות טורפדו ניסה לונץ למנוע זאת. אך הוראתו נבלמה בחדר המכ"ם של הטרפדת ולא הגיעה למפקד הכוח. לונץ הועמד לדין צבאי ונמצא זכאי.
הכנות לקליטת ספינות סער.
בתחילת 1969 סיים לונץ את תפקידו כראש ענף ים 6, ענף אמל"ח, וקיבל תפקיד של קצין אג"ם בסיס חיפה. הקמת בסיס חיפה הייתה צעד של התארגנות לקראת הגעת ספינות הטילים. לפני כן נקרא בסיס נמל חיפה, שהיה בסיס חופי שטיפל ביחידות קטנות. סטי"ל היה אמור לעבוד עם 43 איש ולצאת לגיחות קצרות בלבד. חיל הים עבר לתפישה של בסיס חיל ים שדומה לכנף אווירית, כלומר יש יחידות קבועות בבסיס שמגישות את השירותים לספינות היוצאות וחוזרות. חזר הסטי"ל ונקשר לרציף, פלגת אחזקה תבוא לתקן מה שצריך לתקן, פלגת הלוגיסטיקה תביא את הדלק, מזון, תחמושת. כשהם נמצאים בחוף הימאים יורדים לאכול בחדר אוכל של הבסיס ולא נמצאים בספינה. זה היה שינוי תפישה עמוק מאוד בתפעול חיל הים. לונץ עם מפקדת הבסיס הכינו את התשתית בבסיס חיפה לקלוט את ספינות הסער לפני הגעתן.
מחלקת מודיעין ים.
לונץ המשיך בשירות במטה חיל הים ובשנת 1970 הוצעה לו העברה לתחום המודיעין תוך כוונה להחליף את ראש המחלקה אל"ם ראובן אשכנזי. לאחר שנה בתפקיד ראש ענף איסוף, בשנת 1971 מונה לונץ לראש מחלקת מודיעין ים תחת פיקודו של אלוף אברהם בוצר, והמשיך תחת המפקד שאחריו, אלוף בנימין תלם, עד שנת 1975.
בתחילת תפקידו עמד לונץ על חשיבות הלוחמה האלקטרונית ואיסוף מידע על מכ"מי האויב. בהמשך קידם את נושא ההאזנה לשידורי האויב והכין חוליות ניידות המצטרפות לספינות הפיקוד של הכוח הימי ומעבירות מידע ישירות למפקד הטקטי בים. התפישה של יחידת האזנה טקטית אצל המפקד הקדמי בשטח הייתה תפישה צה"לית, אבל מודיעין חיל הים היו הראשונים והיחידים למעשה שיישמו זאת. בזמן שלום עברו תרגול והיכרות בין הגוף המודיעיני והגוף המבצעי כך שהתרומה למלחמת יום הכיפורים הייתה רבה.
פקודיו של לונץ ראו בו מפקד הדואג לחייליו והעריצו אותו. לונץ זכה להערכה רבה גם מהשותפים לו באגף המודיעין. אלה התרשמו במיוחד מהאופי היציב של לונץ אשר נסך הגינות, אמינות ועמידה על עקרונות. להערכתם הייתה לו ראייה רחבה על המודיעין הרבה מעבר לאופק הימי. כאשר הערכתו על המלחמה הקרבה נדחתה לא היה זה מזלזול אלא מהסתמכות על מידע אחר שאחר כך הוכח כשגוי.
מלחמת יום הכיפורים.
אחד הנושאים שעסק בהם היה רשימת סימנים מתריעים, למלחמה מתקרבת. בתפקידו עבר על הסימנים והמידע המתקבל וב-30 ספטמבר 1973 זיהה מודיעין חיל הים סדרת צעדים בצי המצרי המעידים על כניסה למלחמה. מסקנתו נגדה את מסקנות אגף המודיעין שחשב כי הם מעידים על תרגיל. לונץ הזהיר את מפקד חיל הים ויחד ניסו לשכנע את ראש אמ"ן, אלי זעירא. כאשר זה לא הועיל הכריז מפקד חיל הים, בנימין תלם, כוננות עליונה בלא קשר לשאר הצבא. הרמטכ"ל, דוד אלעזר, מנע זאת כדי לא להסב תשומת לב. במקום כוננות עליונה נערך תרגיל שכלל את כל ספינות הטילים.
המחקר במחלקת מודיעין ים עמד על המהלכים החריגים בצי המצרי, אשר תאמו לסימנים המעידים למלחמה. בהמשך הגיעו במחמ"ן למסקנה סופית כי המצרים עומדים לפתוח במלחמה יזומה. הדבר נכתב בלקט מיוחד להפצה בחיל הים ובאמ"ן, אולם רמי לונץ לא התיר פרסום קביעה זו כדי לא לחרוג מהקונצנסוס ובכך נמנעה התרעה למלחמה ברמה הלאומית.
את הערכת מודיעין ים כי עומדת לפרוץ מלחמה מסר לונץ בפורום מטה מורחב, כבר ביום שני, 30 בספטמבר. מפקד שייטת 13 שמע על כך אך המידע לא ירד לשייטת ספינות הטילים ולא נעשו הכנות אופרטיביות כל שהן. לונץ ותלם חששו להעביר התרעה מוקדמת יותר שתתגלה על ידי המצרים.
תלם קיבל החלטה על השלמת טילים בספינות הסער כבר ביום חמישי בערב, אך היות שלא ביטל את התרגיל השייטתי, החלה ההתחמשות רק יחד עם ההתרעה על המלחמה בפתח שהועברה ליחידות החיל לאחר שהתקבלה מהמטה הכללי ביום שישי, 5 באוקטובר. באותה עת העביר חיל הים הוראות תנועה לאניות צי הסוחר בתנועה לישראל, אך בלא הודעה על כוננות למלחמה.
ההתרעה של 24 שעות לא הספיקה, כי נדרשו הכנות רבות יותר לספינות הסער להיערך במלוא כוחן.
בהמשך המלחמה נתן המודיעין בראשות לונץ התרעות על תנועות האויב. החשובות שבהן היו הודעה ב-8 באוקטובר כי ארבע ספינות טילים מדגם אוסה יצאו מאלכסנדריה מזרחה. הקרב הסתיים בשלוש אוסות טבועות. חשובה במיוחד הייתה ידיעה למחרת בבוקר על ירי טילים נגד אח"י מזנק שהתקרבה לטווח מכ"ם מפורט סעיד. ההתרעה הגיעה דקות לפני הירי וסייעה לספינה להיחלץ בלא פגע.
בים סוף עקב המודיעין אחרי ספינות הטילים המצריות ועל תוצאות התקיפות של שייטת 13.