החידוש במדיניותו של גרנט כלפי האינדיאנים הייתה במינוי קווייקרים לתפקידי אחראים על אינדיאנים ברחבי המדינה. הקונגרס לא רצה למנוע מינויים של הכנסייה ולכן סירב להתערב בנושא. ב-10 באפריל 1869, הקים הקונגרס ועדה לנושאי אינדיאנים. גרנט מינה אנשים לוועדה. הוועדה קיבלה סמכות לפיקוח על הלשכה לענייני אינדיאנים ובנוגע לאזרוח האינדיאנים. לאחר מקרה בו הרג קצין צבא 173 אינדיאנים, בעיקר נשים וילדים, ב-23 בינואר 1870, היה נחוש גרנט לחלק את מינויי האחראים על האינדיאנים בין הכנסיות.
הערכה.
תגובת הקונגרס להפסד היחידה של ג'ורג' ארמסטרונג קסטר בקרב ליטל ביגהורן ב-1876 הייתה תדהמה בנוגע לכישלונה של מדיניות השלום. גרנט האשים את קסטר בתבוסה וטען שהקרב לא היה הכרחי. החוק לגבי האינדיאנים ב-1876 סימל את סוף מדיניות השלום של גרנט. השבטים קיבלו אפשרות למכור את אדמותיהם בעבור כסף מזומן או לא לקבל אוכל ואספקה. היסטוריונים טענו שגרנט לא ראה בעיות בחלוקת הסמכות לגבי האינדיאנים בקרב מנהיגים דתיים וקציני צבא. מדיניות הקווייקרים, לטענתם, לא פתרה את ההתנגשות בין דרכי החשיבה והמניעים של הלבנים והאינדיאנים. הדבר הוביל למלחמה מול האינדיאנים ב-1872.
ב-1871, מדיניות השלום דרשה משבט האפאצ'י לעבור לשמורות שם יקבלו אספקה וחינוך חקלאי. השבט פשט לעיתים על מתיישבים לבנים. בפשיטה אחת נרצחו מתיישבים. אנשי העיר החליטו לשכור אינדיאנים משבט אחר, מקסיקנים ולבנים כדי לנקום בהם, ורצחו 144 אפאצ'ים, בעיקר נשים וילדים. עשרים ושבעה נלקחו בשבי ונמכרו לעבדות במקסיקו. במאי, נעשה ניסיון לעצור את מנהיג שבט האפאצ'י, ובמהלך המרדף נהרגו שלושה עשר אפאצ'ים.
הדבר שהקשה רבות על מדיניות השלום היה השחיתות במחלקת הפנים של ארצות הברית בתקופתו של קולומבוס דלאנו. הכסף הממשלתי שנועד לספק מזון וביגוד לשבטים נשדד בידי פקידים וסוכנים מושחתים ממוצא אינדיאני. בנוסף, מתחזים ל"עורכי דין אינדיאנים" קיבלו כסף על "ייצוג" השבטים. לאחר חשיפת הנושא, הגן גרנט על דלאנו ולא חקר את הנושא. דלאנו לא תמך ברפורמות ולא היה זהיר בניהול המחלקה שלו. ג'ייקוב קוקס, המינוי הקודם, ניהל את המחלקה בצורה יותר יעילה ונחשב לאחד ממזכירי הפנים הטובים בהיסטוריה. כשהתפטר ב-1870, מונה דלאנו כדי לפייס את סיעת ה"איתנים" במפלגה. לאחר התפטרותו של דלאנו ב-1875, מחליפו, זכריה צ'נדלר, ביצע רפורמות, הרחיק את "עורכי הדין האינדיאנים" ופיטר פקידים מושחתים במחלקה לענייני אינדיאנים. מזכיר המלחמה, ויליאם בלקנאפ, שהיה אחראי על הסחר באזורי האינדיאנים, קיבל תמלוגים מצד הסוחרים האינדיאנים. הוא התפטר והוחלף באלפונזו טאפט (אביו של הנשיא לעתיד ויליאם הווארד טאפט, שביצע רפורמות. בלקנאפ הועמד לדין בידי בית הנבחרים ונשפט בידי הסנאט בקיץ 1876, אולם זוכה. בהמשך הוחלף טאפט בג'. דונלד קמרון שכיהן כמזכיר המלחמה עד לתום נשיאותו של גרנט.
רפורמה כלכלית.
עם כניסתו לתפקיד, חתם גרנט על החוק לחיזוק המלווה הציבורי, שאותו העביר הקונגרס הרפובליקני. הוא הבטיח שכל החובות לציבור, בעיקר איגרות החוב מהמלחמה, ישולמו בזהב. מחיר הזהב בבורסה נפל ל-130 דולרים לאונקייה - המחיר הנמוך ביותר מאז ביטול התשלום בזהב ב-1862.
ב-19 במאי 1869, הגן גרנט על שכר העובדים הממשלתיים. ב-1868, עבר חוק שהקטין את יום העבודה בשירות הציבורי לשמונה שעות. רוב החוק שונה כדי להקטין את השכר. גרנט חתם על צו שמנע את הורדת השכר, למרות הירידה בשעות העבודה.
מזכיר האוצר ג'ורג' באוטוול ארגן מחדש את מחלקת האוצר של ארצות הברית ופיטר עובדים לא נחוצים, שינה את מחלקת ההדפסות כדי למנוע זיוף כספים, ופישט את גביית המס. השינויים הובילו לעודף במחלקת האוצר. החוב הלאומי ירד בשנים עשר מיליון דולר. בספטמבר, החוב ירד בחמישים מיליון דולרים, לאחר מכירת העודף בזהב תמורת שטרות ואיגרות חוב מתקופת המלחמה. עיתון ה"ניו יורק טריביון" דרש שהממשלה תקנה יותר איגרות חוב ושטרות, ואילו "הניו יורק טיימס" שיבח את מדיניות הממשל.
בשנתיים הראשונות של ממשל גרנט, הקטין באוטוול את הוצאות מחלקת האוצר ל-292 מיליון דולרים ב-1871 - פחות מ-322 מיליון ב-1869. עלות גביית המיסים ירדה ל-3.11% מהתקציב ב-1871. גרנט הקטין את מספר העובדים הממשלתיים ב-2,248 עובדים, מ-6,052 ב-1 במרץ 1869 ל-3,804 ב-1 בדצמבר 1871. הוא הגדיל את הכנסות המס ב-108 מיליון דולרים מ-1869 ל-1872. במהלך תקופת כהונתו הראשונה ירד החוב הלאומי מ-2.5 מיליארד דולר ל-2.2 מיליארד.
במקרה נדיר של רפורמה לפני תופעות שחיתות בממשלו, פיטר גרנט אדם שלא היה מתאים להחזיק במשרת האחראי על גביית המיסים, לאחר שזה אישר החזר מס של 60,000 דולרים לפירמה בקונטיקט. באוטוול מנע זאת ודרש את פיטורי האדם, שניסה למחות בפני הקונגרס. גרנט פיטר אותו באופן אישי.
ילוסטון, בופאלו ושימור.
בסתיו 1869, החל מחקר נהר ילוסטון, כשמשלחת נסעה למשך חודש לחקור את הנהר. דיווחים רשמיים הובילו לעניין ציבורי בפלאים הטבעיים באזור. במרץ 1871, חתם גרנט על חוק שהקצה 40,000 דולר למימון מחקר גאולוגי באזור. הדו"חות וציורי האזור שכנעו את הקונגרס לשמור על חלקו העליון של נהר ילוסטון. ב-18 בדצמבר 1871, הוגש חוק לבית הנבחרים ולסנאט, לצורך הקמת פארק בראש הנהר. התומכים בחוק טענו שערכו האמיתי של האזור היה בפארק, שעליו יש לשמור. רוב גדול אישר את החוק בסנאט ב-30 בינואר 1872, ובבית הנבחרים ב-28 בפברואר. ב-1 במרץ, חתם גרנט על חוק שהפך את ילוסטון לפארק הלאומי האמריקני הראשון.
ב-1872, אלפיים ציידי באפלו פעלו באזורי קנזס וארקנסו והרגו אלפי באפלו לצורך עורם. שטחים רבים הוקדשו לצורך ייבוש עור הבאפלו. האינדיאנים מחו על השמדת המזון העיקרי שלהם. ב-1874, הושמדו 3,700,000 ביזונים במערב ובדרום המדינה. הדאגה לבאפלו הובילה לחוק שאסר על לבנים לצוד באפלו. גרנט בחר להטיל וטו על החוק, ולא החזיר אותו לקונגרס במשך עשרה ימים, עד לפיזורו. הוא האמין שהשמדת הבאפלו תקטין את מלחמות האינדיאנים ותכריח את השבטים להישאר בשמורות ולהפוך לחקלאים. חוואים דרשו את השמדת הבאפלו כדי להפוך את שטחי המרעה לשטחים לעדרי הבקר שלהם. האינדיאנים נאלצו להישאר בשמורותיהם.
ב-1872, חוק ילוסטון מנע דיג וציד, כולל של באפלו, בתחומי הפארק. הקונגרס לא הקצה משאבים לאכיפה. בשנות השמונים אוכלוסיית הבאפלו הידלדלה לכמה מאות פריטים, רובם בילוסטון. לאחר מלחמות האינדיאנים, חוקק הקונגרס ב-1894 חוק, שנחתם בידי הנשיא גרובר קליבלנד, ושמר על החיות בילוסטון. גרנט חתם על חוק שהגן על כלבי הים הצפוניים באיי אלסקה. היה זה החוק הראשון בתולדות המדינה שהגן על חיות בשטח ממשלתי.
מדיניות חוץ.
מדיניות החוץ של הממשל הייתה מוצלחת, פרט לניסיון לספח את הרפובליקה הדומיניקנית. סיפוח הרפובליקה היה ניסיון של גרנט לעצור את בריחת השחורים מהדרום במהלך תקופת השיקום והיה הצעד הראשון לקראת סיום העבדות בקובה ובברזיל. הסכנות שבעימות מול בריטניה בגלל ספינות בריטיות שנהרסו במלחמת האזרחים נפתרו בשלום, ולטובת ארצות הברית. נושא הגבול הקנדי יושב בקלות. מזכיר המדינה המילטון פיש ניהל מדיניות חוץ מתונה וזהירה. היסטוריונים טענו שפיש היה אחד ממזכירי המדינה הטובים ביותר במדינה. פיש מונה למזכיר המדינה של גרנט ב-17 במרץ 1869, ושירת בתפקיד עד לסיום כהונתו של גרנט ב-4 במרץ 1877. לאחר מכן שירת לזמן קצר אצל הנשיא רתרפורד הייז עד ל-12 במרץ 1877.
הסכם הסיפוח של הרפובליקה הדומיניקנית.
ב-1869, הציע גרנט לספח את הרפובליקה הדומינקנית, שהייתה שחורה ברובה, ונודעה כסנטו דומינגו. ב-1868, ניסה הנשיא אנדרו ג'ונסון לספח את הרפובליקה הדומיניקנית ואת סנטו דומינגו, אבל בית הנבחרים ביטל את הצעותיו. ביולי 1869, שלח גרנט נציגים שהגיעו להסכם עם נשיא הרפובליקה בנוגע לסיפוח המדינה ולמכירת סאמאנה ביי תמורת שני מילון דולרים. כדי לשמור על האי ועל הנשיא, ציווה גרנט, שלא באישור הקונגרס, שספינות ימנעו פלישה לאי ומרד. ההסכם נחתם ב-19 בנובמבר 1869. מזכיר המדינה פיש הגיע להסכם סופי והציע 1.5 מיליון דולרים לתשלום החוב הדומיניקני, את סיפוח המדינה כמדינה אמריקנית, רכישת הזכויות על סאמאנה ביי למשך חמישים שנה, תמורת 150,000 דולר לשנה, והבטחה להגנה מפני מעורבות זרה. ב-10 בינואר 1870, הוגש ההסכם לאשרור בסנאט. למרות תמיכתו בסיפוח, גרנט לא יידע את הקונגרס על ההסכם או ניסה לגייס תמיכה בהצעה.
גרנט לא רק האמין שהאי יהיה שימושי לצי, אלא גם חשב שיוכל להשתמש בו כדי ללחוץ על הדרום. אם יהפוך אותו לגן עדן לעבדים המשוחררים, יציאת הפועלים השחורים לשם תכריח את הדרום להכיר בנחיצותם ולקבל את זכויות האזרח שלהם. גרנט האמין שמדינת האי תעלה את הייצוא ותקטין את הגירעון המסחרי. הוא קיווה שבעלות אמריקנית על האי תעודד את קובה, פוארטו ריקו וברזיל לבטל את העבדות. ב-15 במרץ 1870, המליצה ועדת החוץ של הסנאט, בראשות הסנאטור צ'ארלס סאמנר, לא לאמץ את ההסכם. סאמנר, שתמך בזכויות האזרח לשחורים, האמין שסיפוח יהיה יקר לארצות הברית ויגרום לה להתערב במלחמת אזרחים על האי, מה שיאיים על עצמאותה של האיטי, ויחסום את קידומם הפוליטי של השחורים. ב-31 במאי 1870, הודיע גרנט לקונגרס על תמיכתו בהסכם הסיפוח. סאמנר הוביל את האופוזיציה בסנאט. ב-30 ביוני 1870, ההסכם לא עבר בסנאט: עשרים ושמונה סנאטורים תמכו בו ועשרים ושמונה התנגדו. הקבינט של גרנט היה מפולג בשאלה, ועוזרו של המזכיר פיש הדליף מידע לסנאטור סאמנר.