פעולות טרור בדרך כלל אינן ממוקדות, כלומר אינן מכוונות כלפי אדם מסוים, אלא כלפי אוכלוסייה שלמה, כך שהטרוריסט לרוב אינו מייחס חשיבות לזהות קורבנותיו. אשר על כן, רצח של אדם מסוים, גם אם הוא מבוצע בידי ארגוני טרור או בשיטות טרור, נחשב על ידי מרבית החוקרים כרצח פוליטי ולא כפעולת טרור. כך, למשל, רציחותיהם של ג'ון פיצג'רלד קנדי, יצחק רבין, רחבעם זאבי ולואיס קאררו בלאנקו אינן מעשה טרור (אם כי בשני המקרים האחרונים היו המבצעים חברים בארגון טרור).
בצה"ל מקובל לעיתים לכנות אירועי טרור בשם "פח"ע", ראשי תיבות של "פעילות חבלנית עוינת".
מניעים להפעלת טרור.
ההפרדה בין המניעים אינה הפרדה מוחלטת, ובמקרים רבים ניתן למצוא ארגונים המפעילים טרור מיותר ממניע אחד.
שורשיו של הטרור.
דיכוי.
קבוצות רבות בעולם חשות שהן רוצות לגרום לשינוי, אולם עם זאת, הן מרגישות שאין להן יכולת לבצע את השינוי בדרכים אחרות (כמו שכנוע, הסברה, הפעלת לחץ כלכלי, וכו') היות שדרכים אלו חסומות בפניהן. במשטרים דמוקרטיים המקפידים על זכויות אדם ועל חופש הדיבור ועל חופש התארגנות, יש לאזרחים תקווה לשנות את פני הדברים בדרכים לא אלימות. תחת משטרים אחרים, כגון משטר צבאי, פעמים רבות תקווה כזאת קלושה יותר, וגדל הפיתוי להשתמש בטרור או אלימות נגד הצד השני. רוב ארגוני הטרור באים מקבוצות החיות תחת משטר מדכא, או לפחות מתוך קבוצה המאמינה בכך שהיא חיה בחברה מדכאת. עם זאת כאשר המשטר מספיק נחוש הוא יכול לדכא את פעילות הטרור כפי שירדן עשתה בספטמבר השחור.
נגד טענה זאת שדיכוי מעורר טרור, ניתן לטעון כי יש קבוצות מדוכאות, שלא בוחרות בדרך של טרור. למשל הטיבטים שנכבשו באופן ברוטלי על ידי סין, ההינדים, שחיו תחת משטרים מדכאים של מוסלמים ובריטים, והיהודים שהיו לעיתים קרובות קבוצות מדוכאות ומושפלות באוכלוסיות שחיו בקרבן, שהעדיפו להצהיר על נאמנות למשטר הקיים, ולא פנו אל דרך הטרור, גם כאשר סבלו מרדיפות קשות ופוגרומים. גם השחורים באמריקה שדוכאו רבות באופנים קשים ביותר, בדרך כלל לא פנו אל פעילות טרור.
טענה נוספת היא כי דווקא במשטרים טוטליטריים שהטילו טרור על אזרחיהם ודיכאו אותם, כמו ברית המועצות של סטלין, גרמניה של היטלר, עיראק של סדאם חוסיין וקוריאה הצפונית של ימינו, לא צמחו ארגוני טרור. נגד זאת ניתן לטעון שטרור המופעל נגד אזרחים (לפי ההגדרה המופיעה בערך) אינו הגיוני ביותר תחת משטר אשר בנוי בצורה היררכית, ושבו חיי אדם אינם חשובים ביותר. במשטרים אלו, התארגנויות לשם השגת שינוי אלים פועלות בדרך כלל נגד מטרות צבאיות, בניסיון להחליש את המשטר, או בניסיון לבצע התנקשות בחיי המנהיג, שמותו עשוי לשנות את המשטר במדינה. כמו כן במדינות אלו בדרך כלל מופעלת משטרה חשאית רבת כוח שמטילה פחד ו"טרור" בעצמה על האוכלוסייה.
גם במשטרים נוספים שאינם משטרי טרור אך הם מדכאים את תושביהם, ולא נותנים להם זכות להשתתף במשחק הפוליטי, כמו רוב מדינות ערב, קובה וסין, בדרך כלל לא צומחים ארגוני טרור נגד השלטון, דבר שפותח פתח להניח כי דווקא משטר חופשי, פתוח וליברלי עלול להזמין טרור מבית, ואילו משטר מדכא דווקא גורם להתנגדות שמולו להרכין ראש.
עוני ונחשלות.
ישנם הטוענים שעוני מהווה קרקע נוחה לצמיחת טרור. על פי סברתם, הטרור קשור לעוני היות שלאדם עני יש סיכוי גדול יותר למות, ובחברות רבות חייו של עני חשובים פחות מחייו של איש עשיר. בנוסף, בחברות עניות רבות, חיי האדם אינם נחשבים ערך מרכזי, או שחיי אדם נחשבים פחות מאשר בחברות מערביות מודרניות. כמו כן, לאדם עשיר יש הרבה להפסיד אם ייחשד בתמיכה בטרור (שכן ניתן להחרים את רכושו), ואילו לאדם עני אין הרבה מה להפסיד בהקשר זה, ויש רווח פוטנציאלי אפשרי (אם הטרור ישא פרי, ייתכן שמעמדו הכלכלי ישתפר). בנוסף, עניים רבים בחברות מדכאות מרגישים כי העוני שלהם מתקיים הודות לסדר הפוליטי הקיים, ולכן הם מתנגדים לסדר זה. שוב ניתן לראות שמספר האנשים התומכים בטרור או חברים בארגוני טרור באים מחברות עניות (שבדרך כלל יש קורלציה בינן לבין חברות החיות תחת דיכוי), או מחברות בהן יש אי שוויון גדול (כאשר הטרור מופנה אל תוך אותה חברה). בעקבות טענות אלו ישנן קריאות בארצות הברית להגדיל את סיוע החוץ כדרך להילחם בטרור.
לעומת זאת, ישנם הטוענים שלא ניתן למצוא קשר בין עוני לטרור. לטענתם, לאדם עני אין זמן, כוחות ומשאבים לפעילות פוליטית או אידאולוגית שכן כל מרצו או לפחות רובו הגדול מוקדש למלחמת הקיום. כאשר האדם נאבק על הצרכים הבסיסיים של החיים, קשה לו "להרים את הראש" ולארגן או להשתתף בפעילויות נוספות, שדורשים חשק, מרץ ומוטיבציה. כאשר בוחנים ארגוני טרור רבים, ניתן להבחין שלא תמיד הם צמחו מתוך עוני ומסכנות, ולעיתים רבות נתמכו בידי מנהיגים בעלי משאבים או מנגנונים משומנים של מדינות חסות שחימשו והנחו אותם, שכן ניהול וארגון פעולות טרור דורש ידע, ציוד ומשאבים רבים שעולים ממון רב. דוגמאות בולטות לכך הם מנהיגי אל-קאעידה ופריצת האינתיפאדה השנייה בתקופת פריחה כלכלית אצל הפלסטינים. אולם התמיכה העממית בארגונים אלה, כמו מקור גיוס מתנדבים, או גיוס תמיכה בצורות אחרות (כמו הסתרה, הברחת חומרים, תעמולה וכו') מבוצעת לעיתים קרובות על ידי אנשים שבאו מחברות עניות, או שהם פועלים בשמם של אנשים מרקע עני, גם אם ההנהגה הפוליטית או הפעילים המרכזיים אינם בהכרח מרקע עני. אדרבה, באופן כללי נפוץ יותר שאנשים מרקע אמיד או מקרב המעמד הבינוני באותה חברה הם אלו המהווים את עמוד השדרה של התארגנויות פוליטיות, ונראה שארגוני טרור אינם יוצאים מהכלל במובן זה.
את מורכבות הדברים ביטא נשיא ארצות הברית ג'ורג' ווקר בוש באומרו:
ייאוש והיעדר תקווה.
רבים מאמינים כי ייאוש הוא אחד הגורמים לבחירה בטרור. כל עוד יש תקווה לחיים נורמליים, כפי שהם מוגדרים באותה חברה, הבחירה בטרור כדרך חיים, או התמיכה בטרור מתוך אמונה שהוא יגרום לשיפור החיים, אינה דבר הגיוני כל כך. מצד שני, אם שוררת אמונה חזקה שאין תקווה לגבי העתיד, לא לקבוצה המדוכאת, ולא לגבי כל אחד מחבריה; או שיש אמונה כי ממילא הסיכוי למוות בגיל צעיר הוא גדול, ואילו בדרך האלימות יש סיכוי לשיפור העתיד, אזי הגיוני יותר לתמוך בטרור או להצטרף לפעילות טרור.
כדוגמה לטיעון זה, אחד הטיעונים של חלק מהפלסטינים לכך שהם עצמם חברים בארגון טרור, הוא שממילא סביר שהם ימותו בגיל צעיר, בגלל פעילות צה"ל. ולכן, הם טוענים, עדיף כבר למות תוך מאבק, תוך שהם הורגים כמה שיותר אנשים שהם תופשים כאויב, ועל ידי כך לנסות לגרום לשינוי. יש הרואים בטיעון זה טיעון דמגוגי, שכן פלסטיני שאינו מתעמת עם כוחות צה"ל, יכול להגיע לגיל שיבה, ומבחינה סטטיסטית הסיכוי הרבה יותר גדול שימות ממחלה ולא מירי של חיילי צה"ל.
בנוסף ניתן להצביע על כך כי רמת הטרור נגד ישראל עלתה מאוד דווקא לאחר הסכמי אוסלו (בארבעת השנים שלאחר הסכמי אוסלו, 1993–1996 היו יותר הרוגים מאשר בשנים שקדמו להם) עם פתיחת אופק מדיני ותקווה לפלסטינים. קפיצת מדרגה נוספת בטרור, הייתה בשנת 2000 שבה פרצה האינתיפאדה השנייה, והיא החלה דווקא מתוך חופש תנועה, צמיחה כלכלית שהואצה, ורמת חיים הגבוהה ביותר שהפלסטינים הצליחו להגיע אליה אי פעם. ולכן ניתן לטעון כי לעיתים הטרור יכול לנבוע לא בגלל ייאוש והיעדר תקוה לחיים אלא מתוך מצב של התעצמות צבאית ותחושת ביטחון גדולה, שניתן להתעמת עם האויב ולגרום לו לנזקים קשים, מבלי להיפגע יתר על המידה.
אמונה בשימוש בכוח.
לעיתים נראה כי עצם האמונה והתקווה שניתן לשנות את צורת השלטון בכוח היא גורם בטרור. במדינות חזקות מאוד אף שהן מדכאות ומביאות על תושביהן עוני ונחשלות, בדרך כלל לא יתעורר טרור, כי לתושבים אין תקווה לבצע שינוי, והמחיר שישלמו יהיה גבוה מדי. לעומת זאת במדינות שלא מדכאות ואף דמוקרטיות עלול להתעורר טרור, כאשר אנשי הטרור מספיק חדורי אמונה ומאמינים שיש להם מספיק עוצמה וכוח לגרום לשינוי פוליטי. ארגוני טרור קומוניסטים שרכבו על הגל הסוציאליסטי, כמו סיעת הצבא האדום בגרמניה, הבריגדות האדומות באיטליה, הצבא האדום היפני, והנתיב הזוהר בפרו, ניסו לשנות בכוח את צורת המשטר לשיטה קומוניסטית, משום שהייתה להם סיבה מספיק טובה להאמין כי הם יכולים להצליח בכך.
ארגוני טרור אסלאמיסטיים שרוכבים על הגל הזה, חשים כי יש להם שעת כושר, וישנה אפשרות לשנות את המשטרים בכוח. לעיתים הצלחה בזירה אחת מעודדת ומהווה מקור השראה לפעילות בזירה אחרת. ישנם גורמים הטוענים כי פריצת האינתיפאדה השנייה ארבעה חודשים לאחר הנסיגה החד צדדית של ישראל מלבנון לא הייתה מקרית, וכי ערפאת שאב עידוד מנסיגת ישראל ושאף לגרום לנסיגה חד צדדית מיש"ע באותו האופן שחזבאללה עשה. לדברי בכירים בחמאס, גם ההתעמתות של הארגון עם פת"ח בעזה, לא הייתה מקרית במועד בה התקיימה, חודשים ספורים לאחר סיום מלחמת לבנון השנייה, בה חזבאללה נתפס כמי שעמד בהצלחה נגד ישראל.
אמונה קיצונית.