על אף הלחץ הבינלאומי נמשכו בצ'ילה הפרות זכויות האדם. בו בזמן העביר פינושה את שחנן את כל מי שהיה מעורב בהפרת זכויות אדם מיום ההפיכה הצבאית, ובהם מתכננים, משתפי פעולה ומשתפי פעולה שלאחר המעשה. העיתונות החלה לדווח על הימצאותם של אסירים "נעלמים" באזור לונקן (Lonquén). ה-DINA הוחלפה, במידת מה, בידי המרכז הלאומי למידע (Central Nacional de Informaciones) ואילו הקרדינל ראול סילבה אנריקס (Silva Henríquez), לוחם למעם זכויות אדם, הציב בפני המשטר את הבעיה של הויקריה דה לה סולידרידאד (Vicaría de la Solidaridad), ארגון למען זכויות אדם של הכנסייה הקתולית.
באווירה זו נתן גוסטבו לייג, אחד מחברי החונטה, פומבי לחילוקי הדעות בינו ובין פינושה, שנסובו סביב האופי האישי והמוגזם של שלטונו של פינושה ועל המודל הכלכלי שאימץ. לייג גם הביע את שאיפתו לקבוע לוח זמנים לחזרה לדמוקרטיה, דבר שעמד בניגוד לפרקטיקה של טרור מדינתי. לאחר מספר הצהרות של מפקד חיל האוויר, ממחוללי ההפיכה, בעיתון האיטלקי "Corriere della Sera" וסירובו לחזור בו, הודח לייג מהחונטה הצבאית והוחלף על ידי פרננדו מטיי (Matthei).
על אף שהקשרים הדיפלומטיים עם המדינות השכנות לצ'ילה התהדקו מאז ההפיכה הצבאית, אלו נקלעו למשבר במהלך שנת 1978. ציון שנת המאה למלחמת האוקיינוס השקט עוררה תסיסה בפרו, איתה כבר היו בעיות דיפלומטיות קודמות ב-1974, ועם בוליביה. הניסיונות להבטיח לבוליביה יציאה לים נבלמו בידי פרו בהסכם צ'רנייה (Acuerdo de Charaña) באמצעות וטו בהתאם לנספח של חוזה אנקון (Tratado de Ancón) בין צ'ילה ופרו. המתיחות הגיעה עד לכדי כך שהדיקטטור של פרו, הגנרל חואן ולסקו אלבראדו (Velasco Alvarado), הניע את הדיוויזיה המשוריינת מספר 18 של צבא פרו דרומה, לקרבת הגבול עם צ'ילה. מספר ימים לאחר מכן הודח אלבראדו והוחלף בידי הגנרל פרנסיסקו מוראלס ברמודס סרוטי (Morales Bermúdez Cerrutti), אשר השיב את הדיוויזיה למחנותיה והחזיר את השגרה לגבול, תוך שימור הווטו הפרואני על הסכם צ'רנייה. כתוצאה מהמתיחות ומכישלון ההסכם, ניתק השליט הצבאי הבוליביאני, הקולונל אוגו באנסר, את הקשרים הדיפלומטיים עם צ'ילה.
בו בזמן התחולל בין צ'ילה וארגנטינה עימות הביגל (Conflicto del Beagle). הסכסוך נסב סביב הריבונות על איי פיקטון (las islas Picton, Lennox y Nueva) שבתעלת ביגל ואילו המלכה אליזבת השנייה, מלכת הממלכה המאוחדת, פסקה בפסק בוררות כי אלו שייכים לצ'ילה. על אף ששתי המדינות הסכימו לקבל את ההכרעה הבריטית עוד בשנת 1967, הכריז חורחה רפאל וידלה, שליטה הצבאי של ארגנטינה, כי פסק הבוררות בטל ומבוטל, וכי הסכנה בהתלקחות מלחמה בין שתי המדינות מיידית, והוסיף כי ייתכן ותהייה זו מלחמה מרובעת, בין ארגנטינה, צ'ילה, פרו ובוליביה.
צ'ילה ניסתה לפתור את המשבר באמצעות גישור אפיפיורי מטעם פאולוס השישי, אולם פטירתו וכן זו של מחליפו, יוחנן פאולוס הראשון, 33 יום לאחר מכן, רק החריפו את המצב. כוחות צבא צ'יליאניים גויסו בפונטה ארנס (Punta Arenas) וב-22 בדצמבר 1978 הפליגה השייטת הצ'יליאנית במטרה להתעמת עם זו של ארגנטינה. סערה במימי פטגוניה מנעה את העימות הראשון, ובינתיים ניסה האפיפיור החדש, יוחנן פאולוס השני, לגשר בין שתי המדינות, דבר שהיה מקובל על ארגנטינה. לבסוף נפתר הסכסוך בחוזה של שלום וידידות (Tratado de paz y amistad entre Chile y Argentina de 1984), שנחתם ב-29 בנובמבר 1984.
בחודש אוקטובר 1978 מועצת המדינה (Consejo de Estado de Chile; גוף מסייע לחונטה, בראשו עמד חורחה אלסנדרי) קיבלה לידיה טיוטה לחוקה אותה הכינה ועדת אורטוסאר (Comisión Ortúzar), אשר עמלה על חיבורה של חוקה חדשה מזה כחמש שנים. ביוני 1980 הציג אלסנדרי, בגיבוי המועצה, מספר תיקונים לחוקה, בעקבותיהם מינתה החונטה קבוצת עבודה שערכה את הנוסח המוצע במשך כחודש. לבסוף, ב-10 באוגוסט אישרה החונטה את החוקה החדשה והגישה אותה למשאל עם. רישומי המצביעים לא היו חופשיים לעיון, ועל כן היו תקלות רבות בתהליך ההצבעה. לאופוזיציה לא נותר אלא למחות באירוע פוליטי בראשותו של אדוארדו פריי מונטאלבה שהתקיים בתיאטרון קאופוליקאן (teatro Caupolicán). ב-11 בספטמבר 1980 התקיים משאל העם והחוקה החדשה אושרה בתמיכתם של כ-69% מהמצביעים. החוקה הפוליטית של הרפובליקה של צ'ילה של שנת 1980 נכנסה לתוקפה ב-11 במרץ 1981.
בשנת 1981 הופיעו סימנים שבישרו את בואו של משבר כלכלי חדש. לאחר ממוצע צמיחה שנתי של 7.5% בין השנים 1976 ו-1981, נכנס מאזן התשלומים לגרעון של כ-20% ומחירי הנחושת נפלו במהירות. השקעות חיצוניות פסקו ואילו השלטון ראה בכל אלו חלק ממיתון עולמי שהתחולל באותה עת. הבנק הלאומי, וכן חברות צ'יליאניות שונות, הורשו לקחת הלוואות שהתבססו על ההנחה כי שער הדולר לפסו יישאר קבוע ברמה של 39 פסו לדולר.
המצב הכלכלי לא יכול היה להימשך, וביוני 1982 חל פיחות בערך הפסו ותמה תקופת שער החליפין הקבוע. ההלוואות שנלקחו צברו ריבית מופרזת, ובנקים וחברות רבות הגיעו לכדי פשיטת רגל. האבטלה גאתה לכדי 26% והשלטון לא הצליח לפתור את המשבר. האינפלציה עלתה לכדי 20% והתל"ג ירד בכ-15%. לנוכח המצב החלו להתקיים פעולות מחאה בלתי אלימות, שדוכאו ביד קשה בידי הקרביניירוס והצבא. הוכרז מצב של מדינה במצור, וקבוצות התנגדות חמושות וטרוריסטיות, כגון החזית הפטריוטית מנואל רודריגס (Frente Patriótico Manuel Rodríguez) שהכריזה על "מבצע חזרה" (Operación Retorno), ניצלו את המצב על מנת להביא לסיום המשטר הצבאי בכוח הנשק.
במרץ 1985 נגלה לעין הציבור דבר הירצחם של שלושה פרופסורים קומוניסטים בידי הקרביניירוס. הפרשה, שנודעה בשם פרשת הגרונות המשוספים (Caso Degollados), הביאה באוגוסט 1985 להתפטרותו של המפקד העליון של הקרביניירוס, הגנרל ססאר מנדוסה, ולהחלפתו בידי רודולפו סטנחה (Stange). בשנה שלאחר מכן התפרסמה פרשה אחרת של אלימות פוליטית אכזרית, פרשת השרופים (Caso quemados), שבה שרפו אנשי צבא שני מפגינים שנתפסו על ידם. ב-27 בדצמבר 1987 ניצל פינושה מניסיון התנקשות בחייו מטעם החזית הפטריוטית, והדבר עורר גל דיכוי ורדיפות כנגד מנהיגי השמאל, שהביא למותם של כמה מאנשי התנועה.
לאחר התפטרותו של שר הפנים, סרחיו פרננדס (Fernández), אישר מחליפו בתפקיד, סרחיו אונופרה חרפה (Onofre Jarpa), מדיניות של פיוס כלפי הברית הדמוקרטית, שהורכבה מדמוקרטים ומסוציאליסטים מתונים. הודות להשתתפותו של הקרדינל פרנסיסקו פרסנו (Fresno), מתומכי המשטר וחלק מהאופוזיציה, נחתם באוגוסט 1985 . ההסכם התקבל בספקנות בקרב חוגי השמאל הקיצוני ואילו בקרב החונטה נתגלעו חילוקי דעות בעניין.
בחזית הכלכלית הצליח ארנן בוצ'י (Büchi), שנכנס בשנת 1985 לתפקיד שר האוצר, לחולל "נס כלכלי שני" הודות להליך הפרטה נרחב של חברות ציבוריות והשבת המודל הנאו-ליברלי, שהוחלף במודל קיינסיאני בשנות המשבר, על כנו. כך, למשל, הופחתו הפנסיות לגבול התחתון האפשרי. על אף שהתל"ג הוכפל בשנים הבאות, הפער בין עשירים ועניים התרחב אף הוא, בהופכו את צ'ילה לאחת המדינות בעלות חוסר השוויון בהכנסה הניכר ביותר. ב-3 במרץ 1985 נפגע מרכזה של צ'ילה מרעידת אדמה רבת עוצמה שגרמה לנזקים גדולים ופגעה בתשתיות ובבניינים רבים בסנטיאגו, ולפראיסו וסן אנטוניו.
להלן הנתונים לגבי הכלכלה הצ'יליאנית בתקופת פינושה והשלכותיה בהשוואה לנשיאים אחרים בצ'ילה:
שנותיה האחרונות של החונטה (1986 - 1989).
בשנת 1987 אישר הממשל הצבאי בחוק את הקמתן של מפלגות פוליטיות (Ley Orgánica Constitucional de los Partidos Políticos), וחוק נוסף אישר את פתיחת רישומי הבוחרים (Ley Orgánica Constitucional sobre sistema de inscripciones electorales y Servicio Electoral). הסדרים חוקיים אלו היו לתחילת הדרך ביישום חוקת 1980. בחוקה זו נקבע כי ציבור הבוחרים יאשר במשאל עם את המועמד אותו יציגו הכוחות המזוינים והקרביניירוס לתפקיד נשיא הרפובליקה לכהונה בת 8 שנים. במידה שהמועמד לא יאושר, קבעה החוקה, תוארך כהונתו של פינושה בשנה נוספת, וכך גם סמכויותיה של החונטה, בסופן ייערכו בחירות לנשיאות המדינה ולפרלמנט.
בתחילת שנת 1987 ביקר בצ'ילה האפיפיור יוחנן פאולוס השני, והיה עד במו עיניו לדיכוין של מספר הפגנות בטקס הביאטיפיקציה של תרזה הקדושה מלוס אנדס בפארק או'היגינס (Parque O'Higgins). בזמן ביקורו נפגש האפיפיור עם פינושה, ודן עמו אודות החזרה לדמוקרטיה. במהלך הפגישה האיץ האפיפיור בפינושה לערוך שינויים בממשל, ולמעשה ביקש ממנו להתפטר. בשנה שלאחר מכן הכריז הממשל על קיומו של משאל עם ביום 5 באוקטובר 1988.
ב-30 באוגוסט 1988 הציעו ראשי הכוחות המזוינים וראש הקרביניירוס, בהתאם לחוקה, את פינושה כמועמדם לנשיאות. תומכיו של פינושה לנשיאות, מצביעי ה"כן" במשאל העם, היו אנשי הממשל, מפלגת הימין-מרכז התחדשות לאומית (Renovación Nacional), מפלגת הימין האיחוד הדמוקרטי העצמאי (Unión Demócrata Independiente) ומספר מפלגות קטנות נוספות. מצידו השני של המתרס כללה האופוזיציה, מצביעי ה"לא" במשאל העם, התרכזו קואליציית המפלגות למען הדמוקרטיה (Concertación de Partidos por la Democracia), שאיגדה 16 ארגונים פוליטיים שהתנגדו למשטר, ובהם המפלגה הנוצרית דמוקרטית, המפלגה למען הדמוקרטיה (Partido por la Democracia) ופלגים שונים שמקורם במפלגה הסוציאליסטית. המפלגה הקומוניסטית של צ'ילה הייתה מחוץ לחוק ולא השתתפה כמפלגה במשאל העם.