אחד מהמנהיגים הבולטים של הציבור החרדי אז, הרב יצחק זאב סולובייצ'יק, הזדעזע ממה שראה כחילול כבוד המתים. הוא פנה לרבני העדה החרדית ונטורי קרתא – הרב עמרם בלוי והרב אהרון קצנלנבוגן – וביקש מהם לארגן הפגנות ולמנוע ככל יכולתם את המשך העבודות בקברים שבטבריה. הם יצאו עם מספר רב של פעילים לאתר קבר הרמב"ם ומחו על הריסת הקברים. המחאות השפיעו, ומשרד הדתות ומחלקת העתיקות נרתעו והחליטו להקפיא זמנית את העבודות באתר. הקפאת העבודות הביאה לשתי שאילתות בכנסת, שלהן השיב סגן שר הדתות זרח ורהפטיג.
לאחר תקופת-מה חודשו הפעולות שנתפסו בעיני החרדים כחילולי הקברים, ועִמן המחאות וההפגנות מצד החרדים. אנשי נטורי קרתא הציבו משמרות סביב הקברים לאורך כל היממה על מנת למנוע בגופם מהפועלים ומהארכאולוגים להתקרב אל הקברים. למחאה הצטרפה קבוצת חרדים מבני ברק, בהם הרבנים חיים שאול קרליץ, שמריהו יוסף גריינמן ודוד שמידל. קבוצות המוחים מנו מאות אנשים, והם ערכו גם הפגנות ברחובות טבריה. אנשי נטורי קרתא פרסמו כי הם שוקלים פנייה לאו"ם על מנת שיתערב בפרשה זו.
באחד הימים פגע אחד הטרקטורים שעבדו במקום בקברו הסמוך של השל"ה. אף כי הפגיעה הייתה בשוגג, פרצה במקום סערת רוחות, ונהג הטרקטור מיהר להימלט על נפשו. בעקבות תקרית זו התחוללה מהומה קשה, והמחאה הקיצונית שהתרחשה ביום ההוא הביאה להחלטה הסופית להשעות את העבודות באתר קבר הרמב"ם. נציגי משרד הדתות והרבנות הראשית התחייבו ששום עבודת חפירות לא תתבצע עוד במקום. החרדים החלו מיד בליקוט העצמות המפוזרות וקבורתן – מלאכה שארכה שבועות אחדים. העצמות נקברו בסמוך לקבר הרמב"ם, והוקמה עליהן מצבה שעליה הכיתוב: "ליקוט עצמות".
חפירות בית שערים.
מעט אחרי שהסתיימה פרשת קבר הרמב"ם פרצה פרשה חדשה סביב החפירות הארכאולוגיות בבית שערים. בעונות החפירה של 1956 ו-1957 נמצאו במקום גלוסקמאות וקברים רבים, והעצמות שהיו בהם נלקחו על ידי החוקרים למטרות מחקר. כאשר התפרסמו הדברים בקרב הציבור החרדי הם עוררו סערת רוחות, ובעקבות כך התקיימו הפגנות וננקטו פעולות מחאה. בבית שערים, שלא כבטבריה, לא יכלו החרדים לשהות במקום עקב מחסור בתנאי שהייה ולינה, ומסיבה זו התנהלה רוב הפעילות בדרך של שדלנות – פניות לגורמים בכנסת ובמשרדי הממשלה הנוגעים בדבר.
עיר דוד.
בקיץ 1981, לאחר שתי עונות חפירה קודמות, נערכו חפירות ארכאולוגיות בעיר דוד, בסמוך לירושלים העתיקה. בצפון מתחם החפירות (שטח G) התגלו קברים ועצמות, ומשרד הדתות הורה לצמצם את החפירות. הוראה זו לא סיפקה את פעילי "אתרא קדישא", והם הגיעו לאתר החפירות כדי למחות כנגדן ולמנוע את המשכן. הארכאולוג האחראי, ד"ר יגאל שילה, טען שהקברים אינם קברי יהודים, אך פעילי הארגון ואנשי משרד הדתות טענו כי הקברים הם קברי יהודים מתקופות קדומות. גם הרבנים הראשיים שלמה גורן ויצחק נסים סברו כן ופרסמו פסק הלכה לפיו אין להמשיך את החפירות. לאור כל זאת החליט שר החינוך והתרבות, זבולון המר, להפסיק את הפעילות הארכאולוגית באתר.
המכון לארכאולוגיה של האוניברסיטה העברית, החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה ויגאל שילה עתרו לבג"ץ נגד החלטת השר, ועתירתם התקבלה. בית המשפט קבע כי . לאור הפסיקה התחדשו החפירות ועמן ההפגנות והמחאות האלימות. בסופו של דבר נחל מאבקו של "אתרא קדישא" כישלון, והקברים שבאתר נחפרו כרצון הארכאולוגים.
גני חמת.
בסוף שנת 1984 היה מקרה נוסף שנחשב בעיני הארגון לחילולי קברים – פרשה בעלת השלכות עד היום (2010) – כאשר הנהלת מלון "גני חמת" (כיום הולידיי אין) בטבריה החליטה להוסיף אגף חדש לבית המלון. בחפירות שנערכו לצורך יציקת היסודות נתגלו עצמות וקברים רבים. במקרה זה לא היה ספק שמדובר בעצמות יהודים, עקב העובדה שמיקומו של בית המלון נשק לבית העלמין העתיק של טבריה. המלון היה בבעלותה של חברת אפריקה ישראל, שהייתה אז חברה בת של בנק לאומי לישראל.
עם היוודע המקרה פרצו שוב הפגנות ומחאות רבות, בטבריה ובריכוזים חרדיים בישראל. הופעלו לחצים רבים על בנק לאומי כדי שיורה ל"אפריקה ישראל" להפסיק את הריסת הקברים, אך ללא הועיל. מכיוון שהנדון היה בניית מלון ולא חפירות ארכאולוגיות, הוצעו להנהלת המלון פתרונות הלכתיים-טכניים לפיהם יישארו הקברים במקומם, ובניית האגף תתבצע על הגבהה מיוחדת. "אפריקה ישראל" סירבה גם לזאת, והמחאה נמשכה בעוצמה רבה.
תפנית משמעותית התרחשה כאשר החליטו מנהיגים בולטים בציבור החרדי דאז – הרב יעקב ישראל קניבסקי, הרב אלעזר מנחם מן שך ואחרים – לקרוא לחרם צרכני כנגד בנק לאומי. הרבנים פרסמו מכתב שבו נאמר בין השאר: . הקריאה הבלתי שגרתית קוימה על ידי הציבור החרדי, שמשך בהמוניו את פיקדונותיו מבנק לאומי והעביר את חשבונותיו לבנקים אחרים. גם מיליונרים חרדים שניהלו פעילות כלכלית ענפה באמצעות בנק לאומי, הפסיקו את קשרי המסחר שלהם עם הבנק.
החרם הכלכלי הביא את הנהלת הבנק להגמיש במידת מה את עמדותיה, והיא הורתה להנהלת המלון למצוא פשרה שתהיה מקובלת על "אתרא קדישא". לאחר משא ומתן שנמשך ללא תוצאות, פורסמה הודעה מטעם הרבנות הראשית לישראל, שבה נאמר ש"אפריקה ישראל" קיבלה על עצמה להפסיק את הריסת הקברים. "אתרא קדישא" לא אישר את נכונות הדברים, ומבחינתו נותרה הפרשה ללא פתרון ראוי. כתוצאה מכך ממשיכים בציבור הליטאי את החרם על הבנק, ואילו קבוצות חרדיות אחרות, בעיקר חסידי גור, הסירו את החרם נגד הבנק וחזרו להשתמש בשירותיו הכלכליים.
הקברים מהתקופה הביזנטית בממילא.
בעקבות הקמתו של פרויקט הבנייה הגדול בממילא נערכה במקום חפירת הצלה מטעם רשות העתיקות. תחילה נערכה חפירה על ידי אהרון מאיר (1989). החפירה העיקרית נערכה בין השנים 1989–1992 בהנהלתו של הארכאולוג פרופסור רוני רייך.
מהתקופה הביזנטית נחשפו באתר קברי שוחה אחדים. במרחק מה משער יפו נחשפה בנובמבר 1992 קפלת תפילה נוצרית קטנה, עם אפסיס הפונה למזרח, ובו עקבות פרסקו המתאר את סצנת הבשורה. בקיר הצדדי נפער פתח אל מערה ובה נמצאו מושלכות כמויות ניכרות של עצמות אדם. לפני הפתח נמצאו שרידים של כתובת יוונית עשויה ברצפת הפסיפס ובה נאמר: – נוסח הידוע מכנסיות נוצריות אחרות בנות התקופה. צלבים תוארו גם ברצפה וגם על משקוף הפתח למערה. ניפוי ממצא העצמות העלה תליונים אחדים דמויי צלב ומטבעות שהמאוחרת ביותר מביניהן היא מימיו של הקיסר הביזנטי פוקאס (602–610). נתונים אלה ושיקולים נוספים הביאו את החופרים למסקנה שמדובר באחד ממקומות הקבורה שאליו נאספו כ-20,000 קרבנות הטבח שערכו הכובשים הפרסים הסאסאנים, בעת כיבוש ירושלים בידי הפרסים בשנת 614. על כשלושים מקומות קבורה שכאלה אליהם אסף תומאס הקברן את שיירי הגופות של קורבנות הטבח ידוע מהמקורות ההיסטוריים (רשימה שנשתמרה בשש גרסאות בערבית ובגאורגית) באזור בריכת ממילא. וכן, שהמערה הזו הייתה אחת ממקומות הקבורה, והמקום הראשון בסדרה זו שהתגלה בחפירות. הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית בירושלים בדקה גם היא את הממצאים ממערת הקבורה וקבעה שמדובר במתים נוצרים. בסיום החפירות הועברו העצמות למוזיאון רוקפלר ונשמרו במחסן מיוחד במוזיאון.
המאבק על עצמות מערת הקבורה בקפלה הנוצרית.
ב-22 בנובמבר 1992 גילו החרדים את החפירות ותוך זמן קצר התארגנה במקום הפגנה. הארכאולוגים עזבו את המערה והחפירות הופסקו. מסקנתם של הארכאולוגים ושל הכנסייה היוונית אורתודוקסית לא התקבלה על דעת "אתרא קדישא", שסבר שקיים היה סיכוי סביר שמדובר במערת קבורה מתקופת בית ראשון שבה נקברו נוצרים בקבורה משנית. לפני מערה זאת נמצאו באזור ממילא יותר מ-60 מערות קבורה שפונו בהסכמת "אתרא קדישא".
ב-21 בנובמבר 1992, במוצאי שבת לאחר חצות, הגיעו הארכאולוגים החופרים רוני רייך ואלי שוקרון אל מערת הקבורה כדי לאסוף מתוכה מטבעות וממצאים ארכאולוגיים נוספים, וכששבו למכוניותיהם גילו ששמונת הצמיגים במכוניותיהם נוקבו.
ב-3 בינואר 1993 הסתיימו החפירות במערת הקבורה, והוצאו ממנה מאות שקי עצמות. בעקבות כך פרצו באותו יום לפנות בוקר הפגנות חרדים נרחבות בירושלים שנמשכו כל היום. המפגינים תקפו שוטרים, חילונים והפכו מכוניות של בני מיעוטים. כיכר השבת נחסמה, מדי פעם נחסמו גם עורקי תנועה בעיר. ההפגנות כללו גם יידוי אבנים והצתת עגלות אשפה. 6 שוטרים נפצעו מיידוי האבנים וחלקם נזקקו לאשפוז. המשטרה הפעילה גז מדמיע וירתה כדורי גומי במטרה לפזר את ההפגנות.
ב-21 בנובמבר 1993 החליט מנהל רשות העתיקות אמיר דרורי להעביר את עצמות המערה לידי משרד הדתות וזאת על סמך הבטחתם להעביר את העצמות לידי הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית. למחרת הגיעו נציגי משרד הדתות עם עשרות פעילי "אתרא קדישא" למוזיאון, פתחו את המחסן והעמיסו שקים של עצמות. דרורי, שהיה עסוק באותו זמן במאבק דומה בתל שבע, הורה למנוע מהחרדים לעזוב את המקום עם העצמות. לעזרת אנשי "אתרא קדישא" הגיעו למקום עשרות תלמידי ישיבות ובמקום התפתחה מהומה שבמהלכה הגיעו למקום שוטרים. כדי לסיים את המהומה הסכים דרורי לשחרר את העצמות תמורת מכתב ממנהל אגף הקבורה במשרד הדתות זליג ברוורמן שבו נאמר: "בתור נציגי המשרד, אני מקבל מרשות העתיקות עצמות של נוצרים ביזנטיים ממילא למשמרת עד שיוחלט על ידי הגורמים המוסמכים מה לעשות בהם". למרות המכתב פעילי "אתרא קדישא" נסעו עם העצמות למקום מחבוא בבני ברק. הם לא הסכימו להחזיר את העצמות למשרד הדתות אלא אם העצמות יובאו לקבורה יהודית מלאה. העצמות נקברו בליל 24 בנובמבר 1993 בבית קברות שהוגדר כיהודי בסמוך למושב יסודות.
גבעת אנדרומדה.