לאחר תחילת מלחמת העולם השנייה וכיבוש פולין בידי הרייך השלישי שלטונות הכיבוש הגרמניים תכננו להעמיד בראש הכנסייה האורתודוקסית בפולין באזורים שבשליטת גרמניה הנאצית (קו דאן-בוג-נארב) את הארכיבישוף של ברלין, סראפים (לאדה) . אולם זה האחרון היה כפוף מבחינה רשמית להכנסייה האורתודוקסית הרוסית הגולה. לאחר לחץ מצד הגסטפו, ב-27 בנובמבר 1939, השלטונות הנאצים הדיחו את המטרופוליטן דיוניזי מניהול הכנסייה וכלאו אותו במעצר בית באוטבוצק. הסיבה הייתה קריאת התיגר של המטרופוליטן על הכיבוש הגרמני. ב-23 בספטמבר 1940 התירו השלטונות הגרמניים למטרופולין דיוניזי לסיים את מעצר הבית בו היה נתון ולשוב לפעילות דתית, לאחר שחתם על הצהרת נאמנות לממשל הכללי והודות לכך הוא הסמיך שני בישופים במהלך המלחמה. במהלך היותו במעצר בית נקטו שלטונות הכיבוש הנאציים צעדים להכפפת הכנסייה הכנסייה האורתודוקסית הפולנית לפטריארכיה האורתודוקסית של ברלין. לבסוף, התוכנית המקורית לא יצאה על הפועל עקב התנגדות נחרצת של הפטריארך של קונסטנטינופול בנימין הראשון . היטלר, מסיבות טקטיות לא רצה להסתכסך עם זה האחרון עקב העובדה שכל הכנסיות האורתודוקסיות באזור מלבד הפולנית והליטאית היו כפופות לפטריארך של קונסנטינופול. עם זאת הגרמנים שינו את שמה של הכנסייה לכנסייה האורתודוקסית בממשל הכללי ושטח השיפוט שלה צומצם משמעותית, אף על פי שהדבר לא הוכר על ידי הכנסיות האורתודוקסיות האחרות. דיוניזי קידם את הקמת הכנסייה האורתודוקסית האוקראינית בוולהניה, שבגינה נחשב לאחר המלחמה משתף פעולה. תחת הכיבוש הגרמני התקיימו סמינרים אורתודוקסים בוורשה (1942–1944) ובחלם (1943–1944). ב-1 באוגוסט 1944 ירו הגרמנים בעשרות תלמידים של הסמינר התאולוגי האורתודוקסי בוורשה. באזור הכיבוש הסובייטי כל ההיררכיה של הכנסייה הפולנית האורתודוקסית שולבה בכנסייה האורתודוקסית הרוסית.
בספטמבר 1939, הכומר האורתודוקסי הראשי של הצבא הפולני , שימון פדורנקו נעצר על ידי הסובייטים ונכלא במחנה קוזלסק ומאוחר יותר נרצח בטבח יער קטין. שלושת בניו נהרגו גם הם בעת שרותם בצבא הפולני, ומשפחתו מונצחת על אנדרטה ה ליד קתדרלת מריה מגדלנה בוורשה. כומר אורתודוקסי נודע ממוצא גאורגי, גז'גוז' פרדזה גורש לאושוויץ בשל פעילותו המחתרתית, שם נפטר בדצמבר 1942. בקורפוס השני של כוחות פולין במערב ואשר השתתף בקרב מונטה קאסינו שירתו 3 כמרים ו-2,342 מאמינים אורתודוקסים. במזרח, רבים אחרים לא הורשו לעזוב את ברית המועצות מכיוון שהשלטונות הסובייטים טענו כי הם אזרחים של סובייטים. בחזית המזרחית, חיילים אורתודוקסים רבים שהיו בדיביזיית הרגלים הראשונה של הארמייה הפולנית הראשונה ("צבא ברלינג") מתו בקרב לנינו. מינואר 1943 עד מאי 1944 שהו בוורשה עשרים ארכיבישופים ובישופים אורתודוקסים אוקראינים כאורחי הממשל הכללי שנמלטו מהמזרח כתוצאה מהמתקפה הסובייטית. בהחלטת מועצת ההכנסייה האורתודוקסית האוקראינית האוטוקפלית מ-4 באפריל 1944, הוענק לארכיבישוף דיוניזי תואר כבוד מטעם הפטריארך האקומני. ב-11 במאי 1944, קיבל הנס פרנק בטירת ואוול משלחת של הכנסייה האוטוקפלית האורתודוקסית בממשל הכללי בדמותם של המטרופוליטן דיוניזי, הארכיבישוף אילאריון והארכיבישוף פאלאדיה. במסגרת מגעים חשאיים אלו, מיולי 1944 עד מאי 1945, נאלץ המטרופוליטן דיוניזי להישאר מחוץ למדינה ובתקופה זו שהה בסלובקיה ואוסטריה.
הרפובליקה העממית של פולין.
לאחר מלחמת העולם השנייה התמודדה הכנסייה האורתודוקסית עם אתגרים חדשים: ראשית, פעילותה של הכנסייה הוגבלה ונשלטה על ידי השלטונות הקומוניסטים שלא מכבר השתלטו על המדינה והפכו אותה למדינה קומוניסטית שהייתה גרורה של ברית המועצות. המטרופוליטן דיוניזי שב לפולין, ובהצהרה מיום 5 ביוני 1945, קרא לאנשי הדת להתפלל למען "פולין הדמוקרטית, שלטונותיה וצבאה", וב-13 ביוני 1945 שלח מכתב לנשיא המועצה הלאומית ולימים מנהיג פולין בולסלאב ביירוט, בו תיאר את פעילותו לאורך התקופה. בנוסף לכך המטרופוליטן החל במגעים עם הפטריארך של מוסקבה אלכסיי, על מנת ליישב את סוגיית האוטוקפליה של הכנסייה האורתודוקסית הפולנית, סוגיה שנותרה לא פתורה, כיוון שהמטרופוליטן דיוניזי לא התכוון לוותר על האוטוקפליה שנתקבלה ב-1924 מקונסטנטינופול, דבר עליו התעקשה הפטריארכיה של מוסקבה. בנוסף, הכנסייה הושפעה משרטוט הגבולות החדשים של פולין, שהפסידה שטחים רבים במזרח וקיבלה פיצוי במערב, יישוב מחדש של האוכלוסייה במסגרת ההסכמים בין ברית המועצות ושלטונות פולין הקומוניסטית ומבצע ויסטולה שהגיע בעקבותם. אוכלוסייה אורתודוקסית משמעותית גורשה כמעט לחלוטין מהאזורים המרכזיים והדרום-מזרחיים של המדינה. האוכלוסייה האורתודוקסית המגורשת מאזור חלם ודרום פודלאסיה מוערך בכ-35,000-40,000 אנשים, וכמה אלפים מאזור למקו בדרום מזרח אוקראינה.
הגברת המעורבות הממשלתית בכנסייה הגיעה לשיאה ב-1948 עם כליאתו של המטרופוליטן דיוניזי. ב-22 ביוני 1948 קיבלה הכנסייה האורתודוקסית בפולין אוטוקפליה מהפטריארכיה במוסקבה, דבר שהיה קשור לצורך בוויתור על האוטוקפליה שקיבלה מהפטריארכיה של קונסטנטינופול בשנת 1924.
אירוע חשוב עבור הכנסייה האורתודוקסית בפולין היה החלוקה האדמיניסטרטיבית החדשה של המדינה לדיוקסיות (יחידות משנה של הכנסייה) על ידי מועצת הבישופים בפברואר 1948. כתוצאה מכך, הקהילות של פוביאט ביילסקו הועברו מדיוקסיית ביאליסטוק לדיוקסיית ורשה. מצד שני, שטחה של דיוקסית ביאליסטוק התרחב ונוספו לה שטחי מחוז אולשטין. החלטה להקים את האקדמיה לתאולוגיה אורתודוקסית בקתדרלת המטרופוליטן ב-1 בינואר 1948 התקבלה בזעם על ידי השלטונות והוא הושם במעצר בית בוורשה ב-25 בפברואר 1948 (הוא הואשם בהצהרת נאמנות לשלטונות הכיבוש הגרמניים), בהוראה שנחתמה על ידי הנשיא בולסלאב ביירוט. רשויות המדינה כפו את התפטרותו של המטרופוליטן דיוניזי. צעד זה סוכם קודם לכן בין גאורגי גריגורייביץ' קרפוב , יושב ראש מועצת הכנסייה הרוסית האורתודוקסית במועצת השרים של ברית המועצות, והנריק שוויטקובסקי, שר החוץ של הרפובליקה העממית הפולנית. לאחר מעצרו של הפטריארך, בוטל ב-17 באפריל 1948 בהוראת ראש הממשלה ושר המינהל הציבורי תפקיד מטרופוליטן הכנסייה ובמקומו הוקם הקולגיום המנהל הזמני של הכנסייה האורתודוקסית הפולנית (פולנית: Tymczasowe Kolegium Rządzące PAKP).
ב-1951 מונה לעמוד בראש הכנסייה המטרופוליטן מקארי (אוקסיוק) לאחר ש"הוזמן" על ידי הקולוגיום הזמני המנהל של הכנסייה. במהלך כהונתו כמטרופוליטן, הוא ארגן מחדש את המבנה האדמיניסטרטיבי של הכנסייה ובזה ארגון מחדש של הדיוקסיות ב-1951. הוא הקדיש מאמצים גם לחינוך הכמורה, שבאה לידי ביטוי בהקמת המדור לתאולוגיה האורתודוקסית באקדמיה התאולוגית הנוצרית . כמו כן הוא ייסד את הירחון "צרקובני ווסטניק" ב-1954 וחתם עליו כעורך הממונה. הוא כנראה היה מקורב לק.ג.ב., ותרם באופן משמעותי לחיסול פעילות הכנסייה היוונית-קתולית האוקראינית במסגרת מבצע שנערך על ידי הק.ג.ב. פעילותו למען ריכוז סמכות הכמורה, העמידה אותו בעימות עם הכמורה וההיררכיה הכפופים לו. הוא גם לא עמד בציפיות של המשרד לשירותי דת. בשילוב עם בריאותו הלקויה של הכומר, כל הגורמים הללו גרמו למטרופוליטן להתפטר מתפקידו ב-1959 ולחזור לברית המועצות, שם נפטר שנתיים לאחר מכן.
בשנת 1963 פתח שירות הביטחון (המשטרה החשאית בפולין הקומוניסטית) במבצע "ביזנטיון" נגד הכנסייה האורתודוקסית: המבצע נמשך עד 1989–1990 ומטרתו הייתה להשתלט על הנהגת הכנסייה על מנת להבטיח שליטה בפעילות הכנסייה הן בתוך המדינה והן בזירה הבינלאומית. כחלק ממבצע זה, גויסו משתפי פעולה רבים בקרב אנשי דת בכירים. בין משתפי הפעולה של שירות הביטחון נכללו: הארכיבישוף סטפן (רודיק), הארכיבישוף בזילי (דורושקייביץ), הארכיבישוף סאווה (הריצ'וניאק), הבישוף אדם, הארכיבישוף ניקנור, הארכיבישוף שימון, הארכיבישוף מירון, הארכיבישוף קריסטופר, הארכיבישוף ירמיאס, ובכירים אחרים בכנסייה.
אחד ההיררכים שהתנגדו לפעולות שירות הביטחון היה הארכיבישוף מדיוקסיית לודז'-פוזנן, יז'י (קורניסטוב) ועקב כך שירות הביטחון מנע פעמיים את בחירתו לתפקיד ראש הכנסייה. בשנת 1989, כל חברי מועצת הבישופים היו בישופים הרשומים כמשתפי פעולה של המשטר הקומוניסטי. לדברי הארכיבישוף פעולות אלה של אנשי הדת נועדו להבטיח את הישרדות הכנסייה בתקופת הרפובליקה העממית הפולנית.
הרפובליקה הפולנית השלישית.