על פי התיארוך הראשוני שדווח בשנת 2004, התקופה המאוחרת ביותר של ממצאים ממערת ליאנג בואה היא כ-12 עד 13 אלף שנה לפני זמננו. משמעו של תיארוך זה הייתה שפלורסיינסיס הוא האדם הקדמון האחרון שנכחד בעולם, מאוחר אף מן האדם הנאנדרטלי (תיארוך אחרון ידוע לפני כ־28 אלף שנה), וייתכן שהוא חי זמן רב לצידם של בני אדם מודרניים שהיגרו לאיי דרום מזרח אסיה לפני כ-50 אלף שנה. מחקר הגאולוגיה של פלורס העלה שהתפרצות געשית לפני 12 אלף שנה הכחידה חלק מעולם החי באי, ובכלל זה הפילים הגמדיים מן הסוג סטגודון. צוות חוקרי המערה העלה את האפשרות שהתפרצות זו הייתה אחראית גם להכחדתו של פלורסיינסיס.
ואולם לפי התיארוך המתוקן שדווח בשנת 2016, הממצאים המאוחרים ביותר במערה הם בני כ-50 אלף שנה. תיארוך זה מעלה את האפשרות שהגירת האדם המודרני לאי היא שאחראית, ישירות או בעקיפין, להכחדתו של פלורסיינסיס. על פי השערה דומה, הגירת האדם המודרני לאירופה בערך באותה תקופה אחראית להכחדתו של האדם הניאנדרטלי. אך צוות חוקרי המערה ציין שהתיארוך המתוקן אינו שולל את האפשרות שחלק מאוכלוסיית פלורסיינסיס המשיכה להתקיים גם מאוחר יותר, אולי במקום אחר באי.
התיארוך המאוחר העלה את האפשרות שמפגשים עם בני המין פלורסיינסיס הם המקור למסורת עממית הרווחת באי פלורס לגבי ננסים אגדיים בשם "אבו גוגו" (שפירושו המילולי בניב מקומי: "סבתא זללנית"). על פי מסורת זו אבו גוגו הם שוכני מערות קטני-קומה, בעלי כרס ואוזניים בולטות, הממלמלים בשפה לא ברורה ואוהבים לחזור כתוכים על דברים הנאמרים להם. על פי הסיפורים הם התקיימו עדיין כאשר הגיעו הפורטוגזים לאי במאה ה-16, וטענות לגבי מפגשים איתם קיימות עד המאה ה-19. הפלאונטולוג חריט ואן דן ברג, אחד מאנשי הצוות שגילה את שלדי פלורסיינסיס, דיווח כי שמע על מסורת האבו גוגו כעשר שנים לפני הגילוי עצמו. על האי הסמוך סומטרה ישנה מסורת לגבי "אורנג פנדק", דמוי אדם אגדי שלפי הטענות גובהו כמטר עד מטר וחצי, וגם במקרה זה הועלתה האפשרות שסיפורים אלו מקורם במפגשים עם פלורסיינסים.
מוצא פלורסיינסיס: השערות ומחלוקות.
הצירוף המוזר של גיל מודרני מאוד, מוח זעיר וגוף ננסי גרמו לחשד מיידי בקרב מדענים שמדובר באוכלוסיית אדם מודרני (הומו ספיינס) שסבלה מפתולוגיה כלשהי. ההשערה המנוגדת לפיה פלורסיינסיס הוא מין בפני עצמו נדרשת להדגים מתי ומאיזה מין אחר הוא היה עשוי להתפתח. המועמדים העיקריים הם הומו ספיינס והומו ארקטוס. השערה מרחיקת לכת אפילו יותר מקשרת את פלורסיינסיס עם האוסטרלופיתקים, שגודל גופם ומוחם היה דומה לשלו, אבל מעולם לא נמצאו פרטים מסוג זה מחוץ לאפריקה, והם עתיקים ממנו ביותר ממיליון שנה.
השערת הפתולוגיה: פירוש המיקרוצפליה.
מחקרו של טאוקו יקוב בשלדי ליאנג בואה הציע שהם סבלו מפגם תורשתי הגורם להקטנה פתולוגית של המוח (מיקרוצפליה) ושל הגוף. סריקות טומוגרפיה ממוחשבת של גולגולת LB1 נערכו לפני שיקוב העביר את השלדים לחזקתו, ועל פיהן נבנה מודל מחשב תלת ממדי של הגולגולת. המודל הושווה לגולגולות של עשרה חולי מיקרוצפליה על ידי דין פאלק, אנתרופולוגית המתמחה באנטומיה ובאבולוציה של מוח האדם, ועמיתים מאוניברסיטת המדינה של פלורידה. המחקר שלהם, שפורסם בכתב העת המדעי סיינס בשנת 2005, סיפק מדידה מעודכנת לנפח המוח, 417 סמ"ק במקום 380 שנמדדו קודם, וקבע שהגולגולת אינה פתולוגית וכנראה מפגינה מאפיינים תקינים של מין נפרד. מאמר זה פתח שרשרת של מאמרי תגובה ותגובת נגד מעל דפי סיינס, שבו חוקרים גרמנים מבית החולים לאופולדינה ואוניברסיטת טיבינגן וצוות בראשות רוברט מרטין ממוזיאון פילד להיסטוריה של הטבע בשיקגו חלקו מספר פעמים על מסקנותיה של פאלק וטענו שהגולגולת עשויה להיות מיקרוצפלית, בעוד פאלק דוחה את טענותיהם.
ב-2007 פרסמה פאלק מחקר חדש ומפורט, שבו השוותה את מודל המחשב התלת ממדי של הגולגולת למוחות של תשעה חולים מיקרוצפלים ושל עשרה בני אדם בריאים. היא מצאה שפרט למידותיו הקטנות, מוחו של פלורסיינסיס דמה במבנהו יותר למוחות הבריאים, בהבדלים המתאימים לפירוש של מין נפרד. בדיקה מפורטת של האונות הקדמיות והצדדיות של מוח LB1, כמו גם האונה העורפית, גילו שהוא היה מפותח במבנהו מן המוחות של חולי מיקרוצפליה, ואף בעל אזורים מסוימים המפותחים יותר מאשר במוחות אדם מודרני בריאים. ממצא זה מעלה תשובה אפשרית לביקורת של חוקרים רבים לפיה לא ייתכן שמין בעל מוח כה קטן הכין את כלי האבן המתקדמים יחסית שנמצאו בליאנג בואה. פאלק סיכמה את מאמרה במסקנה כי נטל ההוכחה הוא כעת על אלו התומכים בפירוש המיקרוצפליה, הנדרשים למצוא מוח של חולה מיקרוצפלי המפגין תכונות ייחודיות כאלו, ואולם טרם הוצג מוח כזה. ב-2008, מחקר מעודכן יותר של חוקרים מאוניברסיטת אתונה והמוזאון לתולדות החי בליידן השווה את הגולגולת לחולים מיקרוצפליים ולגולגולות עתיקות של ספיינס, ארקטוס, הביליס ואוסטרלופיתקוס אפריקנוס. מסקנתם הייתה שהגולגולת דומה ביותר לגולגולות המין ארקטוס, ומחוץ לטווח של גולגולות ספיינס בריאות ומיקרוצפליות.
השערת הפתולוגיה: פירוש תסמונת לרון.
בשנת 2006 הציע האנטומאי האמריקני גארי ריצ'רדס ששלדי ליאנג בואה סבלו מתסמונת לרון, ובשנת 2007 חזר על טענה זו בפירוט מאמרם של חוקרים מאוניברסיטת תל אביב: ישראל הרשקוביץ, ליאורה קורנרייך וצבי לרון, שעל שמו קרויה התסמונת. החוקרים השוו תצלומי רנטגן של ישראלים חולים בתסמונת עם נתונים מגולגולת LB1 ומצאו קווי דמיון רבים. הם גם הציעו דרך לבחון את השערתם: חולי תסמונת לרון מראים בין השאר התעבות של אזור החלק הפטמתי (mastoidea) בעצם הרקה של הגולגולת. החוקרים הישראלים לא יכלו לבדוק השערה זו משום שלא היו בידם תצלומי רנטגן מתאימים של LB1. ואולם במאמרה משנת 2007 בדקה פאלק סריקות טומוגרפיה ממוחשבת של החלק הפטמתי בגולגולת ומצאה כי היא אינה מפגינה סימנים כאלו.
השערת הפתולוגיה: פירוש תסמונת קרטינית.
ב-2008 הציעו חוקרים אוסטרלים ששלדי ליאנג בואה סבלו מתסמונת הנקראת "קרטיניות מיקסואמטואוס אנדמית". מחלה זו אינה תורשתית, אלא תוצאה של מספר גורמים סביבתיים כולל מחסור ביוד אשר פוגעים בבלוטת התריס. המחלה אופיינית לכמה אוכלוסיות אינדונזיות וגורמת לגמדות ומוח מוקטן. החוקרים טענו שהמחלה גם גורמת למספר תכונות שפאלק מצאה בגולגולת LB1. פאלק פטרה השערה זו בטענה שהחוקרים לא פירשו נכון את תכונות הגולגולת מתוך מחקרה, ופיטר בראון, אחד המגלים, הצהיר שסימנים אלה ממילא אינם ניתנים לבחינה אמינה בגולגולת. גם מדידות אחרות של החוקרים האוסטרלים נדחו משום שלא הסתמכו על תצלומי רנטגן של הגולגולת.
השערת הפתולוגיה: פירוש תסמונת דאון.
בשנת 2014 התפרסם ב-PNAS מאמר מאת צוות בינלאומי של מדענים מארצות הברית, סין ומלזיה, שרובם היו שותפים גם למאמר משנת 2006 של טאוקו יקוב (יקוב עצמו מת בשנת 2007). המאמר חוזר על רבים מנימוקי ביקורותו של יקוב נגד הגדרת שרידי ליאנג-בואה כמין נפרד, ובנוסף מאבחן את הפתולוגיה ממנה סבלה LB1 כתסמונת דאון - מחלה נפוצה יחסית (כ-1 מתוך כל 1,000 לידות) הנגרמת כתוצאה מחלוקה לא נכונה של הכרומוזומים בין תאי הביצית, שאחד מהם עתיד לקלוט תא זרע, ולהפוך לעובר. מחברי המאמר מתבססים על כך שמספר תכונות שלד של LB1 הן תסמינים האופייניים לתסמונת דאון - קומה נמוכה מן הממוצע, גולגולת קטנה, אסימטריה של הגולגולת ושלד הגוף, עצמות ירך קצרות יחסית וכפות רגליים שטוחות.
רבות מתכונות אלו, ובפרט גודל הגולגולת והמוח, אינן ניתנות לבדיקה בשרידי הפרטים האחרים מליאנג בואה שהם חלקיים מאוד, אך מעידים אף הם על גוף קטן באופן יוצא-דופן. מחברי המאמר משערים שהם היו בני-אדם קדומים מן המין האנושי הומו ספיינס, אולי נמוכי-קומה יותר מכל אוכלוסייה של פיגמים הידועה בימינו, אך פרט ל-LB1 בריאים ברובם.
ביוני 2016 התפרסם מאמר תשובה של מספר חוקרי פלורסיינסיס, ביניהם פיטר בראון ודין פאלק. החוקרים השוו את גולגולת ושלד LB1 לגולגולות ולשלדים של חולי תסמונת דאון, תוך שימוש בתצלומי טומוגרפיה ממוחשבת ודימות תהודה מגנטית. הם ציינו כי התסמונת ניתנת לאבחון מובהק רק על סמך בדיקה של הכרומוזמים, משום שכל התסמינים האנטומים שלה מופיעים רק בחלק מן החולים, וכן הם מופיעים גם במחלות אחרות. המוח של LB1 קטן בהרבה מן המוחות של חולי תסמונת דאון (שבדרך כלל אינם קטנים משמעותית משל אנשים בריאים) וצורת הגולגולת שלה שונה מאוד. כמו כן נמצאו הבדלים נוספים בין LB1 לבין חולים בתסמונת. החוקרים הסיקו כי הדמיון בין שלד LB1 לשלדי חולים בתסמונת שטחי וקלוש.
המצדדים בהשערת תסמונת דאון במאמרים ב-PNAS גם פטרו את חוסר בליטת הסנטר על הלסתות התחתונות של LB1 ושל LB6 כסימן בלתי-מכריע, משום שלטענתם חוסר בליטת סנטר היא תכונה המופיעה כיום אצל חלק מילידי אוסטרליה ומלנזיה, ובעיקר היא נפוצה בכפר ראמפסאסה שבאי פלורס. על נושא זה התנהל ויכוח נוסף מעל דפי PNAS בינם לבין תומכים בפלורסיינסיס כמין נפרד.
השערת הפתולוגיה: סיכום.