ב-14 באפריל 1895, חלה סאנדהר קשות, ולפיכך פרש מתפקידו כמפקד המשרד הסטטיסטי. אנרי קיווה לקבל את התפקיד, אולם תחת זאת הוא הוצע לז'ורז' פיקאר. פיקאר היה קצין מוערך מאוד, ונחשב לממושמע, כשרוני וחרוץ. עם זאת, הוא נודע כבעל אופי מורכב, מאופק מדי ושומר סוד. הייתה לו הכרות אישית עם דרייפוס מהתקופה בה למד דרייפוס באקול פוליטקניק ופיקאר שימש כמורה שלו. פיקאר עצמו היה מעט אנטישמי, ובאופן אישי לא חיבב את דרייפוס וסבר שהוא מעורר סלידה. עד אז מילא פיקאר תפקיד שולי בפרשה. כאמור לעיל, הוא השתתף במעצרו של דרייפוס ולאחר מכן שימש כמשקיף מטעם מרסייה במהלך המשפט ומאוחר יותר בטקס שלילת הדרגות. אצל בואדפר ומקורביו נוצרה לפיקאר תדמית חיובית של אדם אמין ורציני שניתן לסמוך עליו שישמור סוד. כגמול על עזרתו במהלך הפרשה, הוא הועלה לדרגת קולונל (והפך בכך לקולונל הצעיר ביותר בצבא צרפת) ומונה למפקד המשרד השני. אנרי היה ממורמר מאוד על כך. פיקאר ניסה להגיע ליחסים טובים אתו, אולם אנרי מצדו הגיב בחשדנות ובקנאה.
כאשר נכנס פיקאר לתפקיד, הוא ניגש לביתו של סאנדהר כדי לקבל ממנו תדרוך. סאנדהר סיפר לפיקאר כי בואדפר מוסיף להתעניין בפרשת דרייפוס, וסיפר לו לראשונה על קיומו של התיק הסודי. ואכן, כעבור זמן קצר זימן בואדפר את פיקאר והבהיר לו כי פרשת דרייפוס רק החלה ויש חשש מ"מתקפת נגד של היהודים". הוא דרש מפיקאר להמשיך ולפקח על התיק. פיקאר החליט להפסיק את החופש הרב שממנו נהנה אנרי עד עתה, והורה כי מכאן ואילך המסמכים המגיעים ב"דרך הרגילה" לא יעברו דרך אנרי לפני שיגיעו אליו. במהלך חודש מרץ 1896 (התאריך המדויק שנוי במחלוקת) הגיע אל פיקאר משלוח נוסף של מסמכים באמצעות באסטיאן. בין המסמכים נמצא מכתב קטן קרוע לשלושים גזרים קטנים אשר נודע בכינוי ה"פטי בלה" (petit bleu, "הכחול הקטן"). זה תוכן המכתב:
המכתב היה ממוען אל קומנדנט אסטרהאזי, רחוב ביין־פזאנס 27, פריז. עם זאת, לא הייתה על המכתב חותמת דואר, מה שאמר ששוורצקופן קרע אותו בלי לשלוח אותו. קומנדנט לות, אשר חיבר מחדש את קרעי המכתב, הגיש אותו לפיקאר בהתרגשות: "הדבר מפחיד ממש, הייתכן שיש עוד מרגל אחד?" פיקאר לא ענה, אולם באותו היום הורכב מכתב נוסף משוורצקופן, קטוע מאוד, אשר אישר את קיומו של מרגל נוסף בצבא הצרפתי. בזמן שפוענחו המכתבים, שהה אנרי בחופשה בגלל פטירתה של אמו, וכשחזר למשרד הראה לו פיקאר את הממצאים. כאמור, אנרי הכיר את אסטרהאזי מהתקופה בה עבדו יחד במשרד הסטטיסטי. תגובתו של אנרי שנויה במחלוקת. אין ספק שהוא זיהה את כתב ידו של חברו הוותיק והכיר באשמתו, וככל הנראה גם הבין מיד שהוא היה המרגל האמיתי ודרייפוס חף מפשע. יש לזכור כי אנרי היה מעורה היטב בכל פרטי הפרשה וידע היטב שאשמתו של דרייפוס מתבססת על ראיות קלושות בלבד. אולם יש הטוענים כי מלכתחילה אנרי היה שותפו לפשע של אסטרהאזי וסייע לו בפעולות הריגול שלו. לדעתם, אנרי מיהר אל אסטרהאזי ובישר לו שהוא נתגלה, ומכאן ואילך עשה הכל כדי למנוע את האשמתו. פיקאר החל מיד לחקור את פרשת אסטרהאזי, אולם לא סיפר דבר לממונים עליו. היה זה מחדל חמור, אשר תומכיו של פיקאר תירצו אותו באופיו המופנם והמסוגר ומתנגדיו ראו בכך יוהרה, ביטחון עצמי מופרז וזלזול בממונים עליו.
החקירה נגד אסטרהאזי.
חקירתו של פיקאר גילתה כי לאסטרהאזי אין פרוטה והוא חייב כסף רב. הוא ניהל חיים כפולים, ופרט למשפחתו החוקית חי עם אשה נוספת. הוא שכר לה דירה ואף הקציב לה מלגה חודשית. הממונים עליו אישרו כי הוא מנסה ללא הרף להשיג ידיעות סודיות, ומכריח את החיילים הכפופים לו להעתיק עבורו מסמכים. הייתה לו גישה לכל המסמכים הנזכרים בבורדרו, והוא נצפה פעמיים מבקר בשגרירות גרמניה (אם כי הייתה לו אמתלה סבירה לכך). בהמשך, הופיע בשגרירות צרפת בברלין קצין במודיעין הגרמני בשם ריכרד קיורס והציע את שירותיו. הוא סיפר על קצין צרפתי אשר מרגל עבור הגרמנים. הוא לא ניאות למסור פרטים רבים על אותו קצין, ורק אמר שהוא "בעל עיטור" ו"מפקד גדוד", שני תיאורים אשר התאימו לאסטרהאזי. כאשר פיקאר שמע על כך, הוא מיהר להיפגש עם קיורס בבזל. הפגישה נערכה ב-7 באוגוסט 1896 והשתתפו בה אנרי ולות, אולם פיקאר לא הצליח להוציא מקיורס פרטים חדשים. כשחזר קיורס לברלין, הוא נפגש עם הנספח הצבאי הצרפתי והתלונן בפניו שאנרי נהג בו באלימות, דחף אותו בגסות ומנע ממנו לדבר. יש הסבורים כי אנרי בסך הכל נהג בחוסר זהירות, בעוד אחרים סבורים שהוא הכשיל בכוונה את הפגישה כדי למנוע מפיקאר להשיג מידע מפליל על אסטרהאזי. קיורס עצמו שלח ב-15 ביולי 1899, לאחר שהפרשה כולה כבר התפוצצה, מכתב לפיגארו, בו טען כי סיפר לאנרי ולות דברים רבים בזמן שפיקאר לא היה נוכח. הוא טען כי אמר במפורש שדרייפוס מעולם לא פעל בשירות גרמניה והמרגל האמיתי הוא קומנדנט "כבד גוף" ממוצא אוסטרו־הונגרי – תיאור מדוקדק של אסטרהאזי. לטענתו, אנרי איים עליו שלא יספר אף מילה. אולם, כפי שמציין החוקר ז'אן דניס ברדן: "למי להאמין? שהרי השקר היה מקצועם של כל הנוגעים בדבר".
כדי להשלים את התיק ההולך ונבנה כנגד אסטרהאזי, ניסה פיקאר להשיג כתב יד שלו, אולם לא הצליח. בסופו של דבר, ב-5 באוגוסט הוא נפגש בליון עם בואדפר אשר גילה בפרשה התעניינות מועטה, ואפילו לא נזף בו על כך שלא סיפר לאיש על חשדותיו. הוא ניאות להפגיש אותו עם שר המלחמה החדש ז'אן־בטיסט ביו, אשר אישר לפיקאר להמשיך לחקור בצורה לא רשמית, אולם סירב לסייע לו להשיג כתב יד של אסטרהאזי. במהלך החודש נפגש פיקאר עוד מספר פעמים עם בואדפר, אשר המשיך לגלות אדישות וסירב להתחיל בחקירה רשמית נגד אסטרהאזי. "אינני רוצה פרשת דרייפוס חדשה", הוא טען. עם זאת, באותו חודש ממש, נעשה אסטרהאזי נואש יותר ויותר לכסף. הגרמנים הפסיקו עמו את הקשר, והוא נדחה בידי חברה אנגלית שבה ביקש לעבוד. לפיכך, הוא ניסה להשיג מינוי במשרד המלחמה, ולשם כך הפעיל קשרים ושלח מכתבים רבים. פיקאר הזהיר מראש את הנוגעים בדבר, ובקשותיו של אסטרהאזי נדחו שוב ושוב. אולם התכתובת הממושכת הזו אפשרה לפיקאר להניח את ידו על שני מכתבים של אסטרהאזי. להפתעתו, כתב היד היה מוכר לו מאוד. הוא השווה אותו עם הבורדרו. "אימה אחזה בי", הוא סיפר לימים, כתבי היד היו זהים לחלוטין.
כדי לאמת את חשדותיו, פנה פיקאר אל פאטי והראה לו את כתב ידו של אסטרהאזי בלי לספר לו של מי הכתב הזה. פאטי לא הראה שהוא מזהה את הכתב, אולם פתק בכתב ידו שנמצא מאוחר יותר מעיד כי הוא אכן זיהה אותו. לאחר מכן הראה פיקאר את הפתק לברטיון, אשר הצהיר ללא היסוס כי זהו הכתב של הבורדרו. פיקאר פתח מחדש את התיק הסודי של דרייפוס, ונדהם מדלות הראיות. ב-1 בספטמבר הוא סיים את כתיבתו של דו"ח אשר קבע באופן חד משמעי כי אסטרהאזי הוא מרגל מסוכן, ואף שלח רמזים עבים לכך שדרייפוס למעשה חף מפשע. ב-1 בספטמבר הוא הגיש את הדו"ח לבואדפר, אשר לתדהמתו של פיקאר גילה אדישות לכך שבוגד מתהלך חופשי וזעם רק כאשר נודע לו שהתיק הסודי לא הושמד כפי שביקש. בואדפר הפנה אותו אל גונז אשר הורה לו "להפריד בין הפרשות", היינו לא לקשר בין האשמתו של אסטרהאזי לחפותו של דרייפוס. פיקאר מחה על כך מספר פעמים, אולם עוד בטרם הספיק אי מי מהצדדים להשתכנע, גלשה הפרשה לציבור במלוא העוצמה.
העיתונות מתעוררת.
בינתיים, מתייה, בלי לדעת על מאמציו של פיקאר, התייאש מלנסות ולהשיג תמיכה בצרפת, ותחת זאת גייס לעזרתו כמה עיתונים בלונדון. סייע לו בכך סוכן מסתורי אשר זכה לכינוי "מר X". כדי להחזיר את הפרשה לתודעת הציבור בצרפת, אותו סוכן הציע למתייה לפרסם ידיעה שקרית על פיה דרייפוס ברח מאי השדים. ב-3 בספטמבר התפרסמה בדיילי כרוניקל "ידיעה על בריחתו של קפטן דרייפוס", אשר הובאה לכאורה ללונדון בידי הקברניט האנטר מהאנייה "נון־פאריי", אשר לא היו ולא נבראו. עוד באותו היום הגיעה הידיעה אל פריז והודפסה בעיתוני הערב. שר המושבות אנדרה לבלון מיהר להבריק לגיאנה, ונתבשר כי הכל בסדר. למחרת היום הוא פרסם הכחשה רשמית, אך ליתר ביטחון הורה לשמור טוב יותר על דרייפוס. מאז, נקשר דרייפוס למיטתו מדי לילה. לא סיפרו לו על הידיעה השקרית שהתפרסמה אודותיו, ולא היה לו מושג למה מתייחסים אליו כך.
עם זאת, הידיעה עוררה מחדש את סקרנות הציבור ביחס לדרייפוס. ב-8 בספטמבר התפרסם מאמר בפיגארו, אשר בו תוארו, באמצעות פקיד שחזר מגיאנה, תנאי מאסרו הקשים של דרייפוס וההחמרה במצבו הבריאותי. ב-11 בספטמבר פרסם לה ליבר פארול מאמר תגובה שקרי, אשר בו נאמר כי: "דרייפוס חי כבהמה גסה, הוא רשאי לקרוא אך הוא מעדיף לזלול. הוא מתפטם, אוכל, שותה". אולם עיקר הסערה התעוררה סביב ידיעה צדדית במאמר בפיגארו, על פיה שר המושבות הקודם, קאמיל שוטאמפ, שקל בתחילה לאפשר ללוסי דרייפוס להצטרף אל בעלה באי השדים. שוטאמפ מחה על כך וטען כי מדובר ב"דיבה שפלה". בתגובה, פרסם הפיגארו מברק מוצפן של שוטאמפ אל מושל גיאנה, בו שאל שוטאמפ אם לוסי תוכל להצטרף לבעלה. עיתוני הימין זעמו על מה שנתפס כנדיבות יתר ביחס לבוגד כמו דרייפוס, וב-22 בספטמבר אף טען לה ליבר פארול כי "היהודונים" גייסו ארבעה מיליון פרנקים כדי לממן את בריחתו של דרייפוס מאי השדים. לעומת זאת, אחד מידידיו של דמאנז' פרסם מאמר בשם "הספק" בו העז להעלות את ההשערה, על פיה חלה בשוגג טעות במשפטו של דרייפוס.