בתקופה הקצרה שבין מאי ליולי, גירש אייכמן כ-440,000 יהודים מכל רחבי הונגריה בעיקר למחנה ההשמדה אושוויץ. השלטונות ההונגרים שיתפו פעולה עמו במבצע זה. ב-9 באוגוסט הפסיקו ההונגרים את הגירוש, אולם אייכמן ניסה במרמה לגרש עוד כמה אלפי יהודים מבודפשט. בתקופה זו היה פעיל במשא ומתן עם ועדת העזרה וההצלה בבודפשט, שניסו ללא הועיל להציל חלק מיהודי הונגריה מהשמדה, בעסקה שכונתה "סחורה תמורת דם". באוקטובר אותה שנה שלח כ-76,000 יהודים בצעדות מוות לכיוון אוסטריה, כיוון שקווי הרכבת לפולין לא פעלו יותר ופעילות תאי הגזים במחנות ההשמדה נפסקה עם התקרבות הצבא האדום. ב-23 בדצמבר, ערב חג המולד, עם תחילת המערכה הסובייטית לשחרור בודפשט עזב אייכמן את הונגריה וחזר לאוסטריה.
אייכמן התערב בכמה מקרים לסיכול תוכניות שחרור יהודים על ידי ארגונים ומדינות שונות.
לקראת תום המלחמה.
באוסטריה התבקש אייכמן על ידי היטלר ב-1945 לרכז יהודים מכובדים מגטו טרזיינשטט בטירול, כדי שאלה ישמשו מעין "קלף מיקוח" במשא ומתן עם האמריקאים והבריטים, אולם ראש המחוז המקומי התעלם מפניותיו של אייכמן. משימתו האחרונה של אייכמן כבעל דרגת קצין מילואים בוואפן אס אס הייתה לארגן יחידה ללוחמת גרילה באלפים. ליחידה זו הצטרף גם הפשיסט הרומני הוריה סימה. היחידה לא עשתה רבות, עקב סיום המלחמה. ימים ספורים לפני תום המלחמה, ניסה אייכמן להיפרד מחברו הוותיק קלטנברונר, אולם הלה סירב לראותו מתוך ידיעה שבארצות הברית שואפים לתפוס אותו ו"אין לו סיכוי". לפני ירידתו למחתרת נפרד ממשפחתו והשאיר להם כמוסות ציאניד, למקרה שיפלו בידי הצבא האדום.
לאחר מלחמת העולם השנייה.
עם תום המלחמה נתפס אייכמן על ידי האמריקאים ונכלא במחנה מעצר בשם הבדוי אוטו אקמן.
ב-3 בינואר 1946 נתן דיטר ויסליצני בנירנברג עדות על היקף פעולותיו של אייכמן.
אייכמן הצליח לברוח ממחנה המעצר בינואר 1946, לפני שגילו את זהותו, עבר בכמה מקומות והתיישב לבסוף בכפר קטן צפונית לצלה, באזור הכיבוש הבריטי. הוא נרשם ברשות המקומית בשם אוטו הנינגר. ראשית עבד כחוטב עצים, אולם לאחר שהחברה שבה עבד פשטה רגל נאלץ להתקיים מעבודות מזדמנות.
בשנת 1950 נסע לאיטליה דרך דרום טירול, שם סייעו לו גורמים בוותיקן (ביניהם ההגמון אלויס הודאל) לקבל תעודת מעבר של הצלב האדום תחת השם הבדוי "ריקרדו קלמנט". הוא הגיע באניה לבואנוס איירס שבארגנטינה ביוני 1950. עם הגיעו קיבל את פניו קרלוס פולדנר, קצין אס אס וסוכן של המודיעין הגרמני, שארגן לו דירה ודאג להנפקת תעודת זיהוי ארגנטינאית. בתחילת אוקטובר עבר למחוז טוקומאן, בצפון ארגנטינה, שם התגורר בחווה גדולה ועבד כראש צוות עבור חברת "קאפרי" שייסד פולדנר. חברה זו עסקה באיסוף נתונים לצורך הקמת תחנות כוח הידרו-אלקטריות והעסיקה כמה מאות אנשי אס אס לאחר הגעתם לארגנטינה. מארגנטינה יצר אייכמן קשר מכתבים עם אשתו וארגן את הגעת המשפחה אליו. אשתו וילדיו עזבו במפתיע את אוסטריה ביולי 1952 והגיעו גם הם לארגנטינה.
בקיץ 1953, בעקבות המשבר הכלכלי בארגנטינה, נאלץ אייכמן למצוא לו תעסוקה אחרת ולכן עברה המשפחה לדירה שכורה בשכונת אוליבוס שבצפון בואנוס איירס. בעל הדירה היה אוסטרי בשם פרנציסקו שמיט. בעקבות המעבר הורע מצבם הכלכלי, אייכמן ניסה את מזלו ללא הצלחה יתירה בהנהלת מכבסה, כבעל חנות הלבשה ולבסוף כמנהל חוות ארנבות בעיר קטנה כ-70 קילומטרים ממקום מגוריו.
ב-1956 שלח אייכמן מכתב ממחבואו בארגנטינה לקנצלר גרמניה המערבית קונראד אדנאואר, ובו הציג עצמו בשמו וביקש לשוב לגרמניה. הוא כתב שהוא צופה שיישפט בגרמניה על חלקו במלחמה, אך אינו סבור שיישלח לתקופת מאסר ממושכת. לא ידוע האם אדנאואר השיב על המכתב. באותה שנה החל אייכמן לכתוב את זכרונותיו.
ב-1960 לאחר מעצרו של אייכמן, פרסם המגזין "לייף" ריאיון שערך וילם סאסן, עיתונאי נאצי הולנדי, עם אייכמן שנתיים קודם לכן.
החיפושים אחריו.
כבר בשנת 1946 ארגן אשר בן נתן קבוצת צעירים בווינה, ביניהם טוביה פרידמן, שניסתה להתחקות על עקבותיו של אייכמן. כיוון שאייכמן נמנע מלהצטלם בפומבי, אפילו תמונה לא הייתה בידיהם. הקבוצה תחקרה את אשתו ואת אביו, שהיה בעל בית מסחר סיטונאי למוצרי חשמל, אולם העלתה חרס. לבסוף נשלח סוכן רומנטי לאשה שהייתה ידועה כאחת המאהבות של אייכמן (לפי מידע שאספה הקבוצה היה אייכמן במהלך המלחמה בקשרים אינטימיים עם כמה נשים) וכך הצליחה הקבוצה להשיג תמונה עדכנית שלו.
בעיתונות בארץ ישראל עוררו על הצורך לתפוס את אייכמן ואף פרסמו בשנת 1947 את תמונתו. פורסמו השערות שונות לגבי מקום מחבואו, ביניהם שהוא מנצל את ידיעותיו בעברית ומסתתר במסווה של פליט יהודי או שהוא נמלט לאחת מארצות ערב.
שירות המודיעין של מערב גרמניה ידע כבר בשנת 1952 שאייכמן נמצא בארגנטינה, אולם החיפושים אחריו התנהלו בעצלתיים. משטרת גרמניה המערבית סירבה לפנות לאינטרפול כדי לחפש אחריו ושגרירות מערב גרמניה בארגנטינה נוהלה על ידי נאצי לשעבר והתחמקה מסיוע.
בקיץ 1953 גילה שמעון ויזנטל מאספן בולים עמית, קצין מודיעין אוסטרי, שאייכמן מתגורר בסמוך לבואנוס איירס. המידע הגיע מחבר שלו, קצין לשעבר בוורמאכט, שעבר להתגורר בבואנוס איירס ופגש באייכמן. מידע דומה קיבל גם מפקיד מדינה אוסטרי בכיר. ויזנטל העריך מידע זה כמהימן והעביר אותו לקונסול ישראל באוסטריה ובמכתב לראש הקונגרס הציוני העולמי, נחום גולדמן במרץ 1954.
בשנת 1956 החל טוביה פרידמן בלחצים על ממשלת ישראל ומערב גרמניה לחפש אחריו והציע לקצוב פרס של 10,000 דולר על ראשו של אייכמן, שעל פי הערכתו היה בדרום אמריקה. בעיתונות התפרסמו באותן שנים שמועות על כך שאייכמן נמצא במצרים או בארצות ערב אחרות, שמועות שככל הנראה היו חסרות בסיס.
בספטמבר 1957 פריץ באואר, התובע הכללי היהודי של מדינת הסן שבגרמניה המערבית, גילה לד"ר פליקס שנער, ראש משלחת השילומים בגרמניה, שאייכמן יושב בבואנוס איירס. הוא פנה לנציג הישראלי משום שחשש שבצינורות הגרמניים מישהו עלול להכשיל את הסגרתו. מקור המידע היה לותר הרמן (Lothar Herrmann), גרמני (חצי יהודי), שנכלא בדכאו ועזב לארגנטינה ב-1938. הרמן התגורר בשנת 1955 בבואנוס איירס ובתו יצאה עם בנו הבכור של אייכמן, קלאוס, שהשתמש בשם משפחתו האמיתי.
איסר הראל, ראש המוסד, שלח מישהו לבדוק את המידע, אך לא הצליח לאתר את אייכמן. כעבור שנתיים, בעקבות מידע שמסר גרהרד קלאמר, גרמני ששהה זמן רב בארגנטינה פנה באואר שוב אל המוסד, הפעם עם שם וכתובת. סוכני המוסד הגיעו אל הכתובת שהתקבלה מבאואר, אולם השכנים סיפרו שהמשפחה עברה דירה ומישהו מהם סיפר שהיא עברה לסביבת רחוב גריבלדי.
באוקטובר 1959 התפרסם בעיתונות בישראל מכתב שקיבל טוביה פרידמן מתובע במערב גרמניה שהודיע לו שאייכמן נמצא בכווית. הידיעה עוררה גל של תגובות בישראל, ובדצמבר טען התובע הכללי של מדינת-המחוז הסן במערב גרמניה שהוכח שאייכמן בכווית. במקביל, בנובמבר 1959 התפרסמה שמועה שאייכמן בתימן. באותו זמן, עסק המוסד בבירורים ראשונים של מידע שהצביע על מסתורו האמיתי של אייכמן בארגנטינה. לדברי כלתו של אייכמן, הוא אמר לילדיו פעם שהוא עייף מחייו כנמלט, ושיער מה צפוי לקרות לו.
חטיפתו, משפטו והוצאתו להורג.
ב-1960 נלכד אייכמן במקום מגוריו בבואנוס איירס על ידי "המוסד", בפעולה שתוכננה ובוצעה בפיקודו של ראש "המוסד", איסר הראל. בפעולה השתתפו, בין השאר, רפי איתן, אברהם שלום (סגן מפקד המבצע), צבי מלחין, יהודית נסיהו, צבי אהרוני, יעקב גת ויונה אליאן, שהיה הרופא המרדים שהרדים את אייכמן. אייכמן נחטף ב-11 במאי, והובא לישראל בחשאי ב-21 במאי.
ב-23 במאי הודיע דוד בן-גוריון בכנסת:
לאחר שנחטף לישראל, הוצא נגדו צו מעצר שהוארך מדי פעם עד לסיום שלבי החקירה, שארכה כתשעה חודשים. בעת שהותו בכלא הישראלי פחדו כי ינסה להתאבד ולכן נשמר 24 שעות ביממה. בסיום החקירה הוגש נגדו כתב אישום הכולל 15 סעיפים וביניהם פשעים נגד העם היהודי, פשעים נגד האנושות, פשעי מלחמה, וחברות בארגונים עוינים (ס"ס, ס"ד ודומיהם, שהוכרזו כארגונים עוינים במשפטי נירנברג). בנוסף כלל כתב האישום גם פשעים שביצע נגד עמים אחרים, כגון גירושים המוניים של פולנים וסלובנים, רציחת עשרות אלפי צוענים ועוד.
משפט אייכמן.
משפטו של אדולף אייכמן נערך בבית המשפט המחוזי בירושלים, בפני השופטים משה לנדוי, ד"ר בנימין הלוי ויצחק רווה. בראש התביעה עמד היועץ המשפטי לממשלה, גדעון האוזנר. ועל הנאשם הגן עורך הדין הגרמני ד"ר רוברט סרווציוס, שהגן גם על נאשמים אחדים במשפטי נירנברג. הדיון הראשון נערך ב-11 באפריל 1961. עם תחילת המשפט ניסה הסניגור לחלוק על סמכות בית המשפט לשפוט את אייכמן, בהתבססו על ארבע טענות:
בית המשפט דחה טענות אלה.