הקרב על קינגס מאונטיין היה נקודת שיאו של שלבי בקריירה הצבאית שלו. בחזור משדה הקרב, זכה לכינוי "Old Kings Mountain" מרבים מאזרחי וירג'יניה. המחוקק של קרוליינה הצפונית שלח מכתב הוקרה לשלבי ולסווייר. הוא שב לאחוזתו של מקדואל בבוקר 10 באוקטובר, ושם נפרד מעמיתיו לקרב ויצא לקרוליינה הדרומית. בהגעתו הצטרף לגנרל דניאל מורגן, ויעץ לו לפלוש אל העיירה פורט תשעים ושש, שנודעה בנקודת אספקת נשק בריטי לשבט צ'רוקי. מורגן נשמע לעצת שלבי, וכך גם הגנרל הורשיו גייטס, המפקד העליון של הכוחות הקולוניאליים באזור. בהבטחה שהתוכנית תתבצע, שב שלבי אל ביתו לגיוס המונים לקראת הפלישה. הוא חזר לקרוליינה הדרומית באביב, יחד עם 300 קלגסים מיומנים שגייס. בדרכו לעיירה, הותקף מורגן על ידי בנסטר טרלטון, שהצליח להדוף את החיילים החדשים בחחיל האמריקני. לאחר הקרב, חזר שלבי לביתו בווירג'יניה.
ראשית התיישבותו בקנטקי.
עם שובו הביתה ניהל יחד עם אביו משא ומתן בין המתיישבים האמריקנים לשבט הצ'יקמוגה. באוקטובר 1781 הוביל לצד סבייר 600 חיילים, שהצטרפו ללחימה בקרוליינה הדרומית בפיקודו של המייג'ור גנרל נתנאל גרין, נגד צ'ארלס קורנווליס, שישב בעיר צ'ארלסטון. זמן קצר לאחר שהגיעו אל מחנה גרין הובס קורנווילס ב, והשניים נאלצו להתלוות לגנרל פרנסיס מריון בנהר הפידי. בהוראתו, כבשו שלבי וסגנו, חזקיהו מחם, את המבצר הבריטי בפייר ב-27 בנובמבר. במרוצת השנים כיהן שלבי כחבר בבית הנבחרים של קרוליינה הצפונית. בדצמבר לקח שלבי הפסקה מהקריירה הצבאית שלו, וב-1782 נבחר שוב לבית הנבחרים. בתחילת 1783, בהוראת משרד המקרקעין של קרוליינה הצפונית, החל למדוד קרקעות למרגלות נהר קמברלנד.
שלבי חזר למחוז קנטקי באפריל 1783, שם השתכן בעיר בונסבורו . ב-19 באפריל נישא לסוזנה הארט; לזוג נולדו אחד עשר ילדים. בתם הבכורה שרה, נישאה לדוקטור אפרים מקדואל, ובתם הצעירה לטיטיה, התחתנה עם מזכיר המדינה של קנטקי צ'ארלס סטיוארט טוד. ב-1 בנובמבר אותה השנה עברה המשפחה למחוז לינקולן , ותבעה זכות על קרקעות שהוענקו לשלבי על שירותו הצבאי. בשנת 1784, לצד פוליטיקאים נוספים, החל שלבי לפעול למען עצמאותה של קנטקי והיפרדותה משלטונות וירג'יניה. שלבי ניהל שלושה כינוסים מתוך עשרה, בהם קראו תושבי קנטקי לעצמאותה וכינון חוקה חדשה למדינה. בעת הכינוסים הללו התנגד להצבת סטטוס קוו בין המתיישבים האמריקנים לילידים בהרים. בשנת 1791 כיהן שלבי כחבר בוועדת המלחמה במחוז קנטקי יחד עם צ'ארלס סקוט ובנג'מין לוגן. בשנת 1792 מונה לחבר בוועדה שהואמנה על כינון חוקת קנטקי הראשונה.
קדנציה ראשונה כמושל קנטקי.
על פי חוקת קנטקי הואמנה הוועדה האלקטורלית המדינית על בחירת המושל והסנאטורים שייצגו את המדינה ב. על אף שאין תימוכין להתעניינותו של שלבי בתפקיד המושל, הוא נבחר פה אחד על ידי הוועדה ב-17 במאי 1791. השבעתו לתפקיד נערכה ב-4 ביוני 1792, יום הכרתה של קנטקי כאחת ממדינות ארצות הברית. עמדותיו של שלבי זוהו עם המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית. את חלקה הגדול של כהונתו הראשונה העביר בקידום חוקי יסוד המדינה, הקמת אגודות צבאיות ומיליציות מחוזיות וכינון מדרג מיסים מוסדר. במהלך כהונתו התעורר החשש להסלמה ביחסיהם של אזרחי קנטקי עם העמים הילדים באזור. על אף שרבים מאזרחי קנטקי התגוששו עם האינדיאנים בחשאיות מצפון לנהר אוהיו, הורה שלבי למזכיר המלחמה של קנטקי הנרי נוקס שלא לבצע פעולות צבאיות ורסוס הילדים. מחמת התקנות הפדרליות החדשות הוגבל שירות המיליציה האזרחית לשלושים ימים, דבר שהקשה במערך ההגנה המדיני. במקביל לחשש כי האינדיאנים מקבלים סיוע צבאי מהבריטים, הצליח שלבי להגן על מקומות מרכזיים בקנטקי. עם זאת, נותר מרבית שטחה של קנטקי ללא הגנה צבאית. בבקשה לעזרה פנה שלבי לנשיא ארצות הברית ג'ורג' וושינגטון. וושינגטון נענה לבקשתו של שלבי, ומינה את אנתוני ויין לדחוק את האינדיאנים מצפון-מערב קנטקי. במאי 1793 הגיע ויין לפורט וושינגטון (לימים העיר סינסינטי, אוהיו). מכיוון שנציגים פדרליים ניסו באותה העת לחתום על סטטוס קוו עמם, נמנע ויין לנקוט פעולה צבאית מידית ורסוס האינדיאנים. במטרה להגדיל את מיליציית המחוז קרא ויין לגיוס המוני של כאלף תושבים. אולם רבים מהם לא נענו לקריאה, ושלבי נאלץ להשתתף בקמפיין הגיוס. עם בואם של החיילים, חל שינוי קיצוני במזג האוויר באזור, והם חזרו לבתיהם עד לבוא האביב.
בתחילת 1794, לאחר חורף רווי מתקפות אינדיאניות על ערי קנטקי שגבו את חייהם של רבים וביניהם אחיו הצעיר של שלבי אוון השלישי, הדפה יחידת המיליציה המדינית את כוחות האינדיאנים מהערים. באביב, כוח המתנדבים שגייס ויין גדל ב-600 קלגסים נוספים, והם הוכשרו בחיפזון בפורט גרינוול. באוגוסט 1794 ניצחו ויין ושלבי במערכה מכרעת בעיר מיומי ורסוס האינדיאנים. בעקבות המערכה נחתם סטטוס קוו בין שני צדי המלחמה, החוצץ בין גבולות קנטקי לילידים. שלבי אכף הסכם זה, חרף אי-הסכמתו בהסדרת חלק מגבולות המדינה. דאגה נוספת שמילאה את חללי בניין ממשלת קנטקי היא סגירתו של נהר המיסיסיפי לסחורות אמריקניות על ידי האימפריה הספרדית. מבחינה אסטרטגית, מילא הנהר תפקיד מפתח בהעברת סחורות אמריקניות ליבשת כולה, שכן למרגלותיו שוכן הנמל הראשי של ניו אורלינס. בנוסף, בסמוך לנהר עבדו חקלאים רבים בייצור טבק, קמח וקנבוס. ממשלתו של שלבי כשלה במשא ומתן עם הספרדים, ומצבו הפוליטי של הנהר נשאר על כנו עד לשנת 1802 עם רכישת לואיזיאנה. רבים מאזרחי קנטקי מתחו ביקורת על מאבקו של שלבי כנגד הספרדים, אף שכמה מהם הצהירו כי אין בכוונתם לתמוך בו בבחירות הקרובות למושלות.
פרשת האזרח ז'נה.
בעוד תושבי קנטקי בזו לבריטים ולספרדים, הייתה להם זיקה חזקה לצרפתים. הם העריצו את הממשלה הרפובליקנית שקמה בעדן המהפכה הצרפתית, וזכרו את הסיוע הצרפתי למורדים האמריקאים במהלך מלחמת העצמאות של ארצות הברית. כשהשגריר הצרפתי אדמון-שארל ז'נה, שנודע בשם "האזרח ז'נה", הגיע לארצות הברית באפריל 1793 - המצביא ג'ורג' רוג'רס קלארק כבר חשב על גיבוש מסע צבאי לכיבוש אדמות ספרדיות במערב ארצות הברית. מקורבו של ז'נה, אנדרה מישו, נשלח לקנטקי כדי להעריך את תמיכתם של תושבי קנטקי בתכוניותיו הצבאיות של קלארק. בפגישה רשמית עם המושל שלבי, מישו בחן זאת באמצעות מברקי המלצה מאת מזכיר המדינה תומאס ג'פרסון והסנאטור ג'ון בראון.
ג'פרסון מען מכתב נפרד לשלבי בו הזהיר אותו מפני סיוע לתוכניות הצרפתיות, והודיע לו כי מתנהל משא ומתן חשאי עם הספרדים בנוגע לסחר בנהר מיסיסיפי. כשנשלח המכתב ב-29 באוגוסט 1793, תכנן ג'פרסון להגיע לשלבי טרם בואו של מישו, אולם מכתבו של ג'פרסון בושש להגיע אל שלבי עד לאוקטובר 1793. ב-13 בספטמבר אותה שנה נועדו שלבי ומישו, אך אין הוכחה לכך ששלבי נעתר למישו והסכים לסייע לצרפתים. בתגובתו למכתב המתעכב של ג'פרסון, הבטיח שלבי לג'פרסון כי "תושבי קנטקי חשים כי יש להם מחויבות כללית לממשל הפדרלי כך שאין הם יתנו יד ליוזמה כלשהי שתזיק לארצות הברית". בנובמבר קיבל שלבי מכתב חשאי מאחד ממצבת סגניו של ז'נה, שראל דלפאו. במכתבו, עתר למידע אודות המסע הצבאי ורסוס הספרדים, ואף שאל את הנמען האם קיבל הוראה מהממשל האמריקני לעצור אישים צרפתים הקשורים למסע. שלושה ימים אחר כך הגיב שלבי למכתב, ומסר לדלפאו את אזהרתו של ג'פרסון מפני הסיוע הצרפתי. על אף שאין הוכחה לכך, שלבי צדד בתוכנותיו של ז'נה, לשלוח סיוע צבאי לצרפתים בלחימה באירופה. ג'פרסון הרגיש כי מחובתו להזהיר את שלבי בשנית, ומען לו מברק חדש, הפעם עם ציון מלא של שמות הסוכנים הצרפתים שחשודים במעילה בחוקת ארצות הברית. במכתבו, עודד ג'פרסון למעצרם ואף לסקילתם באבנים. בתגובתו, הציע שלבי לג'פרסון שלא להתערב בעניינים המדיניים של קנטקי, ואף הביע את סלידתו האישית מהחלטתו. ארתור קלייר, מושל אוהיו הראשון, זימן את שלבי לשיחה, שם התנגד בתוקף לשיתוף הפעולה עם ז'נה.
במרץ 1794, בתגובה לשלבי, נקט הקונגרס האמריקאי העניק לממשלת קנטקי סמכויות נוספות במקרה של פלישה צרפתית לאזור. יורשו של ג'פרסון, אדמונד רנדולף, בקש משלבי לידע אותו בהתפתחות העוצמה הצרפתית באזור, וכתב לו כי ז'נה מבוקש על ידי המשטר הצרפתי מזה זמן מה. כעבור חודשיים של דיווחים, הפסיקו סוכניו של ז'נה את פעילותם בקנטקי, והמשבר הפוטנציאלי בטיב יחסי ארצות הברית–צרפת נמנע. בשנת 1795 חתם הנשיא וושינגטון על הסכם עם הממשל הספרדי, שפתח את נתיבי נהר המיסיסיפי לסחורות אמריקאיות. לאחר שהתמודד בהצלחה עם האתגרים במרוצת כהונתו, עזב שלבי את תפקיד המושל. חוקת קנטקי מנעה ממושל לכהן שתי קדנציות רצופות. בשנת 1796, בעדן השבעתו של ג'יימס גררד לתפקיד המושל, עבר שלבי לאחוזת מחוז לינקולן. במשך 15 השנים הבאות עבד את חוותו ואדמותיו. שלבי נבחר למועצה האלקטורלית המדינית שש פעמים ברציפות, והשפיע על תוצאות הבחירות למושלות.
קדנציה שנייה כמושל קנטקי.