בשנת 1993 לקח שפירא חופשה מתפקידו כחוקר במכון ויצמן על-מנת לייסד ולשמש כמנכ"ל של חברת יוביק , חלוצת אינטרנט ישראלית. בהתבסס על Concurrent Prolog, חברת יוביק פיתחה את "Virtual Places", אבטיפוס למערכת הודעות מסרים מיידיים הנפוצים של ימינו. יוביק נמכרה לחברת America Online בשנת 1995, ובשנת 1998 נמכרה שוב ל-IBM, שם היא פיתחה את Sametime, מוצר מסרים מיידיים של IBM המבוסס על הטכנולוגיה של יוביק. שפירא חזר למכון ויצמן באוגוסט 1998, שבו הוא מכהן עד היום כפרופ' במחלקה למדעי מחשב ומתמטיקה שימושית ובמחלקה לכימיה ביולוגית.
לקראת חזרתו לאקדמיה, למד שפירא באופן אוטודידקטי ביולוגיה מולקולרית, תחילה מתוך סקרנות לגבי מקור החיים . בהמשך סטה מנושא זה לטובת הרצון לבנות מחשב הבנוי ממולקולות ביולוגיות, מונחה על ידי חזון ה "Doctor in a cell": מחשב ביו-מולקולרי הפועל בתוך הגוף החי, מתוכנת עם ידע רפואי על מנת לאבחן מחלות ובהתאם לייצר תרופות. על חזון ועבודה זו נבחר פרופ' שפירא לאיש הביוטכנולוגיה של שנת 2004 והיה חבר ברשימת 50 המדענים של Scientific American כ"מנהיג מחקר בננוטכנולוגיה". בפרויקטים אחרים, המציא שפירא ומימש שיטה יעילה של סינתזת מולקולות דנ"א ארוכות ובנוסף פיתח מודל ביולוגי שעשוי להסביר את השורש של הפרעות גנטיות הכוללות את מחלת הנטינגטון.
כיום פרויקט הדגל של פרופ' שפירא הוא פרויקט שושלות התאים (Cell lineage project ). כל אדם מתחיל את חייו כתא בודד – ביצית מופרית, וממשיך בתהליך של חלוקה, התמיינות ודעיכה של תאים. את ההיסטוריה התאית של כל אדם אפשר לתאר באמצעות מבנה נתונים מתמטי, הקרוי עץ שושלת תאים. עץ זה יוכל לסייע בפתרון שאלות יסוד כגון: האם נוצרות ביציות בגוף האשה הבוגרת, והאם מקורו של הסרטן בתא יחיד.
בשנת 2020 רשם שפירא מפלגה בשם "דמוקרטית - חירות, שוויון וערבות הדדית (מפלגה)|דמוקרטית - חירות, שוויון וערבות הדדית", על מנת ליצור פלטפורמה פוליטית עבור משתתפי המחאה נגד ממשלת ישראל השלושים וחמש וכל מי שחפץ בערכי הדמוקרטיה והשוויון.
שפירא מתגורר בנטף. הוא אב לשלושה בנים מנישואיו הראשונים. כיום נשוי לפסנתרנית רויטל חכמוב, ולהם בת. החיבור ביניהם מניב סדרות קונצרטים שמתקיימות באולם הקשתות שהותקן בתוך ביתם בנטף שבהרי ירושלים. ברמה המקצועית המוזיקלית, הקים שפירא הרכב בשם "בא-רוק בו הוא חבר בתפקיד זמר בס-בריטון. ההרכב מתמקד במוזיקה מתחום הבארוק. הוא קיבץ סביבו מוזיקאים מובילים בתחום הבארוק בישראל ואיתם את הבמאית שירית לי וייס, ויחדיו הם יצרו סדרה של שלוש "אופרות בארוק" קלילות עם בימוי עכשווי ומבט אקטואלי סאטירי (יעלה אביטל: סופרן, אודי שפירא: בס-בריטון, יזהר קרשון: צ׳מבלו, גלעד הילדסהיים: כינור).
הגזרה המזרחית במבצע שלום הגליל
במבצע שלום הגליל, שהחל את מלחמת לבנון הראשונה, הייתה בגזרה המזרחית לחימה בין צה"ל לצבא סוריה. מטרת צה"ל בגזרה זו הייתה להגיע לבקעת הלבנון ולפחות לכביש ביירות-דמשק, תוך גירוש צבא סוריה מלבנון. המטרה לא הושגה. הצבא הסורי אמנם הוכה על ידי צה"ל בקרבות, אולם צה"ל לא הגיע לכביש ביירות דמשק ולאחר הפסקת האש התחפרו כוחות צבא סוריה בלבנון.
סדר הכוחות.
צה"ל.
כוחות צה"ל בגזרה המזרחית של לבנון היו תחת פיקוד גיס 446. הייתה זו הפעם הראשונה בה הפעיל צה"ל מפקדת גיס במלחמה. מפקד הגיס היה יאנוש בן גל, סגנו - אהוד ברק וקצין המבצעים של הגיס - עמרם מצנע. הגיס כלל שלוש אוגדות שריון, ושני כוחות עצמאיים שפעלו בגזרה המרכזית. הכוחות הוכנסו ללחימה במדורג, הן בשל גיוס יחידות המילואים והן בשל ניסיון ישראלי למנוע כניסת סוריה ללחימה, ניסיון שהסתיים עם מבצע תקיפת סוללות הטילים הסוריות בבקעת הלבנון ב-9 ביוני.
הכוחות שהיו בגזרת הקרב היו:
ב-11 ביוני השתתפו אוגדה 90 ואוגדה 880 בקרב סולטאן יעקוב שהסתבך והפך להיות קרב חילוץ, לצורך חילוץ הגדוד (גדוד 362 מחטיבה 399) השתתפו כוחות ארטילריה רבים שסיפקו ארגז אש:
הצבא הסורי.
הכוח העיקרי של צבא סוריה בגזרה המזרחית בלבנון היה:
ב-10 ביוני תגברו הסורים את כוחותיהם, על מנת למנוע את ניתוק כוחותיהם שבלבנון. הכוח שנשלח היה:
היערכות הצבא הסורי.
הכוח הסורי נערך בגזרה המזרחית בלבנון כך:
תוכנית אורנים.
על פי התוכנית, היו אמורים כוחות צה"ל בגזרה המרכזית להגיע בסוף היום השני ללחימה לכביש ביירות דמשק וליצור משם איום על הכוחות הסורים בלבנון. בשלב זה, היו אמורים כוחות צה"ל בגזרה המזרחית להיכנס ללחימה בלבנון, להגיע לכביש ביירות דמשק ולבקעת הלבנון ולסלק את צבא סוריה מלבנון. בכך היה מאפשר הקמת ממשלה עצמאית בלבנון בראשות באשיר ג'ומייל.
מסיבות פוליטיות, המבצע הוצג לציבור כמבצע מוגבל יותר. בהתאם לכך, בימים הראשונים למלחמה הוגדר משימתו של צה"ל בגזרה המזרחית כ: "פיקוד הצפון ... יהיה בכוננות להשמיד את הצבא הסורי בלבנון, אם יתקוף את כוחותינו".
מהלך הקרבות.
ביום ראשון, ה-6 ביוני, קיבלה אוגדה 252 הוראה להשתלט על הפתחלנד עד לקו חצביא - שבעא - כאוכבא. חטיבה 401 התקדמה בציר ואדי שבעא עד למבואות הכפר שבעא. הכניסה לכפר לא התאפשרה בגלל הרחובות הצרים של הכפר, ועקב כך נאלצו הטנקים לחזור על עקבותיהם. רק חמישה נגמ"שים בפיקוד מ"פ מקורס קצינים בשם אילן וצוער מחיל ההנדסה בשם חיים חכם, שהורידו את הזיווד מסביב לנגמ"ש, הצליחו לחצות את הכפר ונעו דרך עין קיניה לחצביא, שם חברו לשאר כוחות החטיבה שנעו משער טוליפ דרך ציר מיכה.
הכוחות הצטוו לעצור במקום, עקב ההחלטה לא להיכנס ללחימה בשלב זה עם הסורים, ולכן על אף שהסורים ירו אש ארטילרית על הכוחות, ניתנה הוראה לא להגיב.
בגלל שהכוחות בגזרה המרכזית והמערבית לא הגיעו לכביש ביירות דמשק כמתוכנן, ובגלל שיחידת המילואים שיועדה לאגף המרכזי של הגזרה טרם השלימה את התארגנותה, דחה שר הביטחון את פתיחת הלחימה בגזרה המזרחית. במקום זאת, הוחל בזחילה קדימה שהתקיימה בכל היום השלישי ללחימה עד יום רביעי אחר הצהריים והכח הגיע למרחק של כ-10 קילומטר מאגם קרעון. במקביל, התנהל במערב הגזרה קרב ג'זין שהבהיר לסורים שהם יעד של צה"ל ועורר אותם להתחיל לתגבר את כוחותיהם בלבנון.
במסגרת ההתקדמות, ביום שלישי, ה-8 ביוני, התקדמו הכוחות במסגרת גיס 446: חטיבה 7 של אוגדה 252 התקדמה בציר ואדי שבעא השומם אך הקשה למעבר, חטיבה 401 בציר הכפרים, וחטיבת בה"ד 1 על רכס ג'בל ביר אל-דהר. אוגדה 90 נעה בציר מיכה, ובציר בוצר המקביל לליטני. ב-9 ביוני המשיכו הכוחות את התקדמותם; בציר ואדי שבעא התחולל באותו יום קרב בין סיירת מטכ"ל ויחידות תותחנים לבין כוח קומנדו סורי על גבעה מיוערת, בצמוד לקצהו הצפוני של רכס שאראת כריסטופני. אולם על אף ההצלחה, הוחלט לנטוש זמנית את הציר, עקב היותו ממוקש ומוגן היטב. אוגדה 252 המשיכה להתקדם בציר הכפרים, ועד הערב כבשה את כפר א-זית, כמו כן כבשה האוגדה באותו יום את הכפר אל-חילווה בקרב קשה מבית לבית. אוגדה 90 התייצבה בסוף היום על קו דנייבה - לביא - יוחמור אל-בקעא, תוך שחטיבת בה"ד 1 פתחה את ציר הפיתולים חצביא - דנייבה - כפר משכי, חטיבה 14 התקדמה על המורדות המזרחיים של רכס ג'בל ביר אל-דהר, חטיבה 623 שתוגברה בכוחות שריון והנדסה פתחה את כביש כאוכבא - קרעון עד זליא, וחטיבה 943 חדרה בדרכי עפר על רכס ג'בל ביר אל-דהר וכבשה את הכפר לביא.
לאחר שצה"ל הצליח לכבוש ב-8 וב-9 ביוני את האזור שכונה על ידו "רצועת האבטחה" - האזור שבין חצביא וראשיא בדרום ובין כפר משכי בצפון, הוא תכנן להתקדם צפונה ולכבוש את רצועת ההגנה הראשונה שגבולה הצפוני היה בין ג'וב ג'נין ובין ינטא ולהמשיך לרצועת ההגנה השנייה שכללה את כביש ביירות-דמשק עצמו במרחב שתורא.
ב-10 ביוני, אוגדה 90 שניסתה לפרוץ בפיתחת כפר משכי - ראשיא, נבלמה בקרב קשה אל מול הסורים. אוגדה 252 שהצטוותה לסייע לאוגדה 90 מהאגף, התעכבה בשל גשר מפוצץ ומיקוש בצירים, וכן בשל לחימה בטנקים סוריים. כשהצליחו כוחות האוגדה לעלות לכפרים בית לחיא ורקיפא, הם החלו לפגוע מהאגף בכוחות חטיבה 91 הסורית שחסמו את כוחות אוגדה 90, ולאחר לחימה קצרה הסורים החלו לסגת. בשלב זה חטיבה 943 חדרה למרכז ג'בל ערבה עד הכפר רפיד, ופגעה בכוחות הסורים הנסוגים, אולם עקב ההתקדמות הרבה, הותקפה החטיבה בטעות על ידי חיל האוויר, ונגרמו לה אבדות רבות.
עם ערב התייצבה אוגדה 252 על כביש עיחא - ראשיא, ואילו אוגדה 90 התייצבה עם חטיבה 943 ברכסים מעל כאמד א-לוז, חטיבה 399 באזור כאוכבא - אבו ערב, וחטיבה 623 באזור קרעון.
בליל ה-11 ביוני, לקראת היום השישי ללחימה, נשלח גדוד 362 מחטיבה 399 לבצע חסימה לקראת מתקפה גדולה בבוקר אל כביש ביירות-דמשק. הגדוד נכנס מדרום לכפר סולטאן יעקוב למארב נ"ט סורי במה שנודע כקרב סולטאן יעקוב. הכוח חולץ בקושי בסיוע ארטילריה כבד בלא שהצליח לכבוש את אזור הצומת. ניהול הקרב נחשב לאחד הכשלונות הגדולים של צה"ל במבצע שלום הגליל. הקרב זכור בעיקר בשל ההרוגים, הפצועים והשבויים הרבים שהיו בו לצה"ל, ושלושת חיילי המילואים הנעדרים: זכריה באומל (ששרידיו הועברו לקבורה בישראל ב-2019), יהודה כץ וצבי פלדמן. בעקבות קרב סולטאן יעקוב בוטלה המתקפה וצה"ל לא הגיע לכביש ביירות דמשק בגזרה המזרחית.
בשעות הבוקר של ה-11 ביוני השתלטו כוחות אוגדה 252 על מורדות החרמון ומישור כפר קוק, והגיעו עד למבואות בקעת ינטא. בקרבות שניהלה חטיבה 7 עם כוחות התגבורת של דיוויזיה 3 הסורית, השמידו טנקי המרכבה כמה טנקי T72 סוריים.