במהלך הופעותיהם בפיליפינים התרחשה תקרית קשה, אחרי שהביטלס לא הופיעו בקבלת פנים מיוחדת שארגנה אימלדה מרקוס, אשת נשיא הפיליפינים, וזו הכריזה כי הלהקה עלבה באומה הפיליפינית כולה. חברי הלהקה, נטולי הגנת כוחות ביטחון, ספגו דחיפות ומהלומות בדרכם מן המלון לנמל התעופה, שם עוכבו זמן ממושך. כאשר שבו לבסוף לאנגליה, נשאל האריסון על תוכניות הלהקה לעתיד והשיב: "יש לנו שבועיים להתאושש, ואחר כך ניסע לחטוף מכות באמריקה". תחזיתו של האריסון הייתה נכונה יותר מששיער. בראיון שהעניק לנון בפברואר 1966, ופורסם אז בבריטניה ב"איבנינג סטנדרד", העיר לנון כי קרא באחרונה את הספר "קשר הפסחא", והתרשמותו היא ש"הנצרות בדרך החוצה. היא תתכווץ ותעלם... היום אנחנו [הביטלס] יותר פופולריים מישו". ההערה לא עוררה תגובה כלשהי בבריטניה, אך כאשר פורסמה שוב בארצות הברית (29 ביולי) תחת כותרת פרובוקטיבית, עוררה סערה רבתי, מלווה בהחרמה מצד תחנות רדיו ואפילו שרפה של תקליטי הלהקה. אפשטיין חש לארצות הברית כדי להרגיע את הסערה, ולנון עצמו נאלץ להתנצל בחצי פה על דבריו, כדי שהלהקה תוכל לצאת למסע ההופעות שלה במדינה. פרשה צדדית, שאף לה הייתה השפעה מצננת על הקשר בין הביטלס לקהלם באמריקה, הייתה כריכת האלבום Yesterday and Today (לקט שירים מהשנים 6–1965), בה הופיעו חברי הלהקה בין נתחי בשר וחלקי בובות ועל כן נקראה "Butcher Album". המחאות הובילו לשינוי העטיפה, והעטיפה המקורית של האלבום הפכה לפריט אספנים.
1966 החלה בחופשה ארוכה מהופעות ומהקלטות. הם שבו להקלטות ב-6 באפריל ועלו על הבמה שוב רק ב-1 במאי. החופשה הארוכה מהופעות שיקפה את המיאוס שחשו רוב חברי הלהקה מהופעות, במיוחד בתנאי ההגברה וההופעה הקיימים. לבד מההופעה החד־פעמית במאי, שבה הלהקה להופיע במסע הופעות קצר בגרמניה, יפן והפיליפינים. מסע ההופעות נמשך בערך שלושה שבועות וכלל גם הופעה נוספת באצטדיון שיי, מוצלחת הרבה פחות. ההופעה האחרונה, באצטדיון "קנדלסטיק פארק" (Candlestick Park) בסן פרנסיסקו, הייתה הופעתה הרשמית האחרונה של הלהקה.
ההחלטה להפסיק להופיע התקבלה, ככל החלטה באותה תקופה, בהסכמת כל חברי הלהקה. אפילו החבר היחיד שעדיין ביקש להופיע, פול מקרטני, הגיע למסקנה ש"מופע הקרקס" חייב להפסק. במטוס, בדרך חזרה מסן פרנסיסקו, העיר האריסון: "זהו זה, אני כבר לא ביטל". האריסון העיד בכך לא רק על הקץ למסע הופעות ארוך, שכלל יותר מ-1,400 הופעות בשש השנים הקודמות, אלא גם על התפיסה המקובלת, לפיה להקה קיימת רק כל עוד היא מקיימת הופעות בפני קהל. החלטתם של חברי הלהקה להמשיך לפעול יחד בלי הופעות פומביות לא הייתה ידועה בציבור אז, אך היו לה אחר כך השלכות על להקות אחרות שבחרו לפעול במתכונת דומה, של הקלטות אולפן בלי הופעות חיות.
שינוי חשוב שחוללה הפסקת ההופעות הייתה שינוי במערך הכוחות בלהקה. במהלך השנים שקדמו לביטלמניה ובשנות הביטלמניה היה בריאן אפשטיין האחראי לניהול חוזיה והופעותיה של הלהקה. חברי הלהקה, על כל ההבדלים ביניהם, היו יחידה מגובשת, שלא נתנה לאדם מבחוץ לחדור לתוכה ולהיות מעורב בתהליכי קבלת ההחלטות בה. הפסקת ההופעות והדגש ההולך ומתעצם על הקלטות ועל גילוי עצמי מוזיקלי ואישי דחק את אפשטיין הצידה, והחל מדגיש את ההבדלים בטעמם האישי והמוזיקלי של חברי הלהקה.
עוד בשנת 1964 ערכו חברי הלהקה בחסותו של בוב דילן היכרות ראשונה עם המריחואנה, ומאוחר יותר חוו גם שימוש ב-LSD. במקור, חברי הביטלס השתמשו בסמים ממריצים שונים כבר מאז הופעותיהם בגרמניה, אז נעזרו בסמים כדי לאפשר להם להמשיך ולנגן במשך שעות ברציפות. המריחואנה הפכה בת־לוויה קבועה של הלהקה מעתה ואילך – המשתמש הנלהב ביותר היה מקרטני – ואילו סמים הזייתיים, כמו LSD, אף שלא שימשו את חברי הלהקה באולפן (לבד ממקרה חריג אחד), העניקו השראה לעולם דימויים לשוני ומוזיקלי חדש.
ביטוי לשינויים אלו נמצא בתקליטה הבא של הלהקה, Revolver. הקלטות התקליט, שהיה היחיד שהוציאה הלהקה באותה שנה, נמשכו מה-6 באפריל 1966 עד ה-22 ביוני אותה שנה. ההקלטות החלו, בהתאם לנוהג המקובל בלהקה, בהקלטת שיר של לנון, Tomorrow Never Knows שגילם, באופן תמציתי, את השינויים הרבים שחלו אותה שנה בלהקה. המילים לשיר התבססו באופן רופף על "ספר המתים הטיבטי", ובאופן מהותי יותר בהעצמת התודעה באמצעות סמים, וקראו לשומעים: "האזינו לצבעי החלומות שלכם". לנון רצה שהשיר יישמע כאילו הוא מושר על ידי 4,000 נזירים טיבטים. צוות ההפקה, ובמיוחד הטכנאי החדש של הלהקה, ג'ף אמריק, השתמשו בטכניקות אולפן חדשניות כדי ליצור אפקט רב עוצמה ומרוחק לשירה. בנוסף, בשיר נעשה שימוש בטכניקה חדשנית של Tape Looping , בה משתמשים בסלילים מגנטיים באופן חזרתי, כדי ליצור סאונד מתמשך וחוזר על עצמו. באמצעות שימוש בטכניקה זו, נוצרו קולות העורבים הנשמעים לאורך השיר, שהיו למעשה קולות צחוק של מקרטני שנוגנו לאחור.
שאר האלבום שיקף את הרוח שנשבה בהקלטת שירו הראשון. שיריו של מקרטני, שגילה התעניינות רבה יותר מחברי הלהקה האחרים בחידושים מוזיקליים ובשיטות הקלטה, תפסו מקום בולט במיוחד באלבום זה – גם מבחינת זמן ההקלטה שהוקדש להם וגם בתשומת הלב שהוקדשה בהם למציאת דרכי הבעה חדשות, החורגות ממסגרת שיר פופ קונבנציונלי. ב-Eleanor Rigby, אחד משירי הפופ הראשונים שעסקו בגלוי בזקנה, בדידות ומוות, מלווה מקרטני ברביעייה כפולה של כלי מיתר, בשיטת הקלטה חריגה ביחס להקלטה המקובלת של כלי מיתר; ב-For No One מלווה השיר בסולו קרן יער, המגיעה לגובה חריג של צליל; ואילו ב-Got to Get You Into My Life – שיר הלל לשימוש במריחואנה – נוספו כלי נשיפה, בסגנון טרום-פאנקי. נכונותו של מקרטני להשקיע מחשבה ועבודה בהקלטות שיריו ושירי האחרים, כמו גם נכונותו לתפוס מקום מרכזי יותר, העניקה לו בהדרגה מעמד של החבר היוזם והמוביל העיקרי בלהקה, מעמד שרק ילך ויתעצם בשנים הבאות.
שנות האולפן (1970-1967).
Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band.
ללא הצורך לעשות סיבובי הופעות, הביטלס הסתגרו באולפנם יחד עם מפיקם ג'ורג' מרטין והתחילו לפתח גישה אקספרמנטלית בעודם מקליטים את האלבום "Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band" (בתרגום חופשי: תזמורת מועדון הלבבות הבודדים של סמל פפר). ההקלטות התחילו בשלהי נובמבר 1966 ולפי טכנאי הקול שלהם ג'ף אמריק לקחו יותר מ-700 שעות. הוא כותב: "הלהקה התעקשה שכל דבר ב-Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band היה צריך להיות שונה. היו לנו מיקרופונים ממש מתחת לפעמונים של כלי נשיפה ממתכת ואוזניות שהפכו למיקרופונים שהוצמדו לכינורים. השתמשנו במתנדים פרימיטיביים כדי לשנות את המהירות של כלי נגינה ושל השירה והיו לנו טייפים שנחתכו והודבקו מחדש מלמעלה למטה ובכיוון הלא נכון". חלקים מהשיר "A Day in the Life" כללו אורכסטרה של 40 נגנים. תקופת ההקלטות גם יצרה את הסינגל הכפול של צמד השירים "Strawberry Fields Forever", שיר של לנון שהיה לאבן דרך ביצירת הרוק הפסיכדלי, ו-"Penny Lane", שבו שיכלל מקרטני את השילוב בין מוזיקה מודרנית למוזיקה קלאסית.
האלבום היה לאחד מאלבומי הפופ/רוק המרכזיים שכללו את המילים המלאים לשירים בו, שהופיעו על גב העטיפה, אחת מעטיפות האלבומים המפורסמות ביותר. הליריקה הייתה מושא לאנליזה ביקורתית; לדוגמה, המבקר הספרותי והפרופסור לאנגלית ריצ'רד פוייר פתח בחקירה מלומדת של "Sgt. Pepper", ששם לב לכך שתלמידיו "הקשיבו למוזיקה של הביטלס ברמה של התלהבות שאני, בתור מורה לספרות, יכול רק לקנא בה". עטיפת האלבום גם היא משכה תשומת לב רבה.
עטיפתו של האלבום התפרסמה מאוד וזכתה לגרסאות כיסוי רבות על ידי אמנים אחרים. יש הטוענים כי במבט לאחור, מקבץ השירים באלבום אינו הטוב שבאלבומי הביטלס, וגם לרעיון "אלבום הנושא" לא היה בסיס ממשי באלבום עצמו, אך התקליט פרץ נתיבים חדשים בהיותו הפעם הראשונה בה תקליט רוק נוצר ונבנה כיצירת אמנות.
הרעיון מאחורי האלבום הוא של להקה בדויה בשם Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, שכל האלבום הוא למעשה הופעה חיה של שיריה. הקונספט מגובה בקולות כמו מחיאות כפיים וצחוק של הקהל בין השירים, מעברים המקשרים ביניהם וחזרה של שיר הנושא, Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, עם שינוי במילים לקראת סופו של האלבום. עטיפתו של האלבום נחשבת למהפכנית בתחום, ובה מופיעים חברי הביטלס כחברי להקת Sgt. Pepper, לבושים בחליפות צבאיות צבעוניות. מעליהם, איורים ותמונות של אנשים מפורסמים שהשפיעו על חברי הלהקה, ביניהם: אדגר אלן פו, בוב דילן, מרילין מונרו, קרל מרקס ועוד. לצידם, איור של חברי הלהקה עצמם בלבושם מתקופת הביטלמניה במבטים עצובים, במה שמסמל את סופה של התקופה. בצד האחורה של האלבום הופיעו המילים לכל השירים שבו, צעד חדשני נוסף שיהפוך בעתיד לנורמה. העטיפה זכתה בפרס גראמי של אותה השנה, והתווספה לשלוש זכיות נוספות של האלבום בקטגוריות שונות של הפרס, ביניהן האלבום הטוב ביותר. האלבום נחשב למהפכני במיוחד לאותה תקופה ונמנה ביחד עם האלבום Pet Sounds
של להקת הביץ' בויז
לאלבומים החשובים והטובים ביותר על פי מגזין הרולינג סטון
מספר שירי מפתח באלבום הם:
חברי הלהקה פגשו אף גם הם נערה אשר ברחה מביתה ודבר זה גרם להם לכתוב את השיר בסמוך לתופעה