ב-22 ביוני 1870, חתם גרנט על חוק שהקונגרס העביר והקים את מחלקת המשפטים של ארצות הברית, וגם את משרת פרקליט המדינה, שיסייע לתובע הכללי. גרנט מינה את איימוס טפן אקרמן לתפקיד התובע הכללי ואת בנג'מין בריסטו לתפקיד פרקליט המדינה הראשון. בשנים הראשונות של ממשל גרנט הוגשו 1,000 כתבי אישום נגד חברי קלאן, ו-550 מהם הורשעו בידי מחלקת המשפטים. ב-1871, הוגשו 3,000 כתבי אישום ו-600 הרשעות, כשרוב האשמים ישבו בכלא לזמן קצר, ואילו המנהיגים נאסרו על חמש שנים בבית סוהר ממשלתי באולבני. התוצאה הייתה ירידה משמעותית באלימות בדרום. גרנט נחשב לנשיא נחוש בניסיון לחסל את הקו קלוקס קלאן. ממשיכו של אקרמן, ג'ורג' הנרי ויליאמס, בדצמבר 1871, המשיך להגיש כתבי אישום נגד הקלאן במהלך 1872 עד לאביב 1873, ולכהונתו השנייה של גרנט. הירידה בהגשת כתבי האישום הייתה מכיוון שלמחלקת המשפטים, שהוצפה בתיקים נגד הקלאן, לא היה מספיק כוח אדם כדי להמשיך בכך.
חוק האזרחות של 1870.
ב-14 ביולי 1870, חתם גרנט על חוק האזרחות של 1870, שהרשה לשחורים להפוך לאזרחי המדינה. החוק הזה הפך חוק מ-1790, שקבע שרק לבנים בעלי "אופי מוסרי טוב" יכולים להיות אזרחים. החוק אסר על התחזות או סילוף הזהות בבקשה לאזרחות.
חוקי האכיפה של 1870 ו-1871.
כדי לאכוף את התיקון ה-15, העביר הקונגרס חוק להבטחת הצבעת השחורים, חוק האכיפה של 1870, שעליו חתם גרנט ב-31 במאי 1870. החוק נועד למנוע מה"גואלים" לתקוף או לאיים על השחורים. החוק הטיל עונשים כבדים על כל אדם שאיים, שיחד או תקף אזרח כדי למנוע ממנו, והטיל שיפוט ממשלתי על מערכת הבחירות.
ב-13 בינואר 1871, הגיש הנשיא גרנט לקונגרס דו"ח בנוגע לאלימות הקו קלוקס קלאן בדרום. ב-20 במרץ, אמר גרנט שהמצב בדרום היה חמור ושיש צורך בחקיקה כדי להבטיח את החיים, החירות והרכוש, ואת אכיפת החוק בכל המדינה. הוא טען שהייתה סכנה בנוגע לדואר ולאיסוף ההכנסות מהמדינות. הקונגרס חקר את פעילות הקלאן והעביר את חוק האכיפה של 1871 כדי לאפשר את הרשעתו. החוק, שנודע כ"חוק הקו קלוקס קלאן", נכתב בידי חבר הקונגרס בנג'מין באטלר, והועבר כדי לטפל בסניפים המקומיים של הקו קלוקס קלאן. אף על פי שגרנט היה רגיש לביקורות כלפיו בנוגע ליצירת משטר צבאי במדינה, הוא חתם על החוק ב-20 באפריל 1871, לאחר שג'ורג' באוטוול שכנע אותו בכך שהחוק היה נחוץ בשל האלימות. החוק אפשר לנשיא לבטל את פקודת הביאס קורפוס לגבי "איגודים צבאיים" וקנוניות של הקלאן. החוק גם הסמיך את הנשיא "לעצור ולפרק בוזזים ליליים מוסווים". פעולות הקלאן הפכו לפשעים חמורים ולמרד נגד המדינה.
הקו קלוקס קלאן הכיל ארגונים סודיים מקומיים שנוצרו כדי להתנגד לשלטון הרפובליקני בתקופת השיקום. לא היה ארגון מעל הרמה המקומית. הם לבשו ברדסים לבנים כדי להסתיר את זהותם ותקפו ואיימו על רפובליקנים. הקלאן היה חזק בקרוליינה הדרומית בין 1868 ל-1870. מושל קרוליינה הדרומית, רוברט סקוט, שהיה מעורב בשחיתות, אפשר לקלאן להתחזק. גרנט, שמאס בשיטות האלימות של הארגון, ציווה על הארגון להתפזר ולמסור את נשקו לפי חוקי האכיפה, ב-12 באוקטובר 1871. לא הייתה תגובה, אז ב-17 באוקטובר 1871, ביטל גרנט את פקודת הביאס קורפוס בכל תשעת המחוזות של קרוליינה הדרומית. הוא הכניס כוחות צבא אל המדינה, שתפסו את הקלאן, שנשפט בידי התובע הכללי אקרמן ופרקליט המדינה בריסטו. הקלאן הושמד, אולם קבוצות נוספות עלו במקומו: הליגה הלבנה והחולצות האדומות.
חוקי החנינה של 1872.
טקסס צורפה מחדש אל האיחוד ב-30 במרץ 1870, מיסיסיפי צורפה מחדש ב-23 בפברואר 1870, ווירג'יניה ב-26 בינואר 1870. ג'ורג'יה הייתה המדינה הדרומית האחרונה שחזרה לאיחוד ב-15 ביולי 1870. כל עשר המדינות הפורשות שלחו חברי קונגרס. טכנית, ארצות הברית הייתה "מאוחדת" שוב.
כדי להקל על מתחים, חתם גרנט ב-23 במאי 1872 על חוק שחנן אנשי קונפדרציה. החוק אפשר לרוב אנשי הקונפדרציה להיבחר מחדש. רק 500 אנשי קונפדרציה לא יכלו להיבחר למשרה ציבורית.
צמצום ההשפלות בוסט פוינט.
הנשיא גרנט עודד את השחורים להיכנס אל האקדמיה הצבאית של ארצות הברית, אולם ב-1870 ו-1871 לא הצליח להגן על צוער שחור מהשפלות גזעניות. הגנרל תומאס רוג'ר מונה לנהל את המוסד ב-1871, וביצע רפורמות: הוא הקטין את ההשפלות כלפי שחורים. ב-1871, עוד שחורים נכנסו אל האקדמיה וב-1877, יצא מתוכה החייל השחור הראשון.
פוליגמיה בטריטוריית יוטה.
ב-1862, במהלך מלחמת האזרחים האמריקנית, חתם הנשיא לינקולן על חוק שאסר על הפוליגמיה בכל הטריטוריות. המורמונים שהיו מעורבים בפוליגמיה ביוטה התנגדו לחוק ולמושל הטריטוריה. בבחירות של 1868, הבטיח גרנט לאכוף את החוק נגד פוליגמיה. המתיחות החלה ב-1870, כשהמורמונים באוגדן, יוטה, החלו להתחמש ולהתחפר. ב-4 ביולי 1871, מיליציה מורמונית בסולט לייק סיטי כמעט נלחמה מול חיילים, אולם הצליחה להימנע מאלימות.
הנשיא גרנט, שהאמין שיוטה הייתה במצב מרד, היה נחוש לעצור את אלו שעסקו בפוליגמיה כנגד החוק. באוקטובר 1871, חיילים אמריקנים עצרו מאות מורמונים, שמו אותם במחנות מעצר, ושפטו אותם. אחד מהם נקנס ב-500 דולר ובשלוש שנות עבודות פרך בכלא. ב-20 בנובמבר 1871, הואשם בריגהם יאנג, מנהיג המורמונים שהיה במצב בריאותי רע, בפוליגמיה. אחרים הואשמו ברצח או בניסיון לרצח. החוק היה קשה לאכיפה, כיוון שהיה צורך בהוכחת נישואין לצורך הרשעה. ב-4 בדצמבר 1871, טען הנשיא גרנט שהפוליגמיה ביוטה הייתה "שארית לברבריות, מנוגדת לתרבות, להגינות, ולחוקיה של ארצות הברית.
חוק קומסטוק.
במרץ 1873, הצליחו נוצרים אדוקים, בהובלת אנתוני קומסטוק מימק"א, להעביר את חוק קומסטוק, שהפך לפשע שליחת כתבות "לשימוש לא ראוי או לא מוסרי". גרנט חתם על החוק אחרי שהובטח לו שקומסטוק יאכוף אותו. קומסטוק הפך לסוכן מיוחד במשרד הדואר. הוא תבע שולחי פורנו, אסר תומכי הפלות, אסר על הצגת אומנות עירום, עצר את שליחת המידע לגבי מניעת הריון, וניסה לאסור על מה שהחשיב לספרים רעים.
התנועה למען זכויות הצבעה.
במהלך נשיאותו של גרנט, תנועה למתן זכות הצבעה לנשים בהובלת סוזן ב. אנתוני ואליזבת קיידי סטנטון זכתה לתשומת לב לאומית. אנתוני תמכה בזכות הצבעה לנשים, תשלום משכורות שווה, והגנה על רכושן של נשים שהתגוררו בוושינגטון. באפריל 1869, חתם גרנט על חוק שהגן על רכושן של נשים נשואות מפני חוב בעליהן, ונתן לנשים יכולת לתבוע בבית המשפט בוושינגטון הבירה. במרץ 1870, הציג חבר הקונגרס סמואל ארנל חוק, שזכה לעידוד הסופרג'יסטית באנט לוקווד, שהשווה בין משכורות הפקידות הממשלתיות למשכורות הפקידים. כעבור שנתיים, חתם גרנט על החוק, לאחר שהסנאט שינה אותו קצת. החוק דרש שכל הפקידות יקבלו משכורת מלאה, אולם ללא פקידות בדרג הנמוך. החוק העלה את משכורת הפקידות מ-4% משכרו של גבר ל-20% בשנות השבעים, אולם עדיין לא סיים את השליטה הגברית. הרפובליקנים, שרצו שהנשים ינהלו מסע בחירות עבור גרנט בבחירות של 1872, הוסיפו למצעם שיחה פתוחה לגבי זכויות נשים.
נושאי האינדיאנים.
"מדיניות השלום" כלפי האינדיאנים.
סיסמת הבחירות של גרנט, "הבה ונכונן שלום בינינו", הגדירה את מדיניותו כלפי שיקום הדרום ופתיחה של עידן חדש ביחסים עם שבטי האינדיאנים במערב.
בנאום, טען גרנט שבניית מסילות הרכבת והגישה למערב גורמת לקשר בין ההתיישבות ה"מתורבתת" לבין שבטי האינדיאנים. גרנט טען ששתי הצורות לא יוכלו להתקיים ביחד, ושצורה אחת חייבת לוותר. לטענתו, מערכת של חיסול גזעים לא עמדה בקנה אחד עם עקרונות הנצרות, ומסוכנת לחברה. הדרך היחידה, לטענתו, הייתה להעביר את האינדיאנים לשמורות, ולהגן עליהם משם.
מטרת "מדיניות השלום" הייתה להקטין את העימותים הצבאיים מול האינדיאנים, בציפייה להוביל לתרבותם ומענק אזרחות. האינדיאנים נותרו בשמורות וקיבלו תקציב ממשלתי ואימון מצד מוסדות דתיים. הצבא מנע כל הפרות חוק. המטרה הייתה להטמיע אותם בחברה האמריקנית. האינדיאני יכול היה לצאת מהשמורה ולהצטרף לחברה, עם אזרחות מלאה. האינדיאנים הפכו לאזרחים ב-1924.
מדיניות השלום של גרנט הייתה שונה לחלוטין מהמדיניות הממשלתית כלפי האינדיאנים. גרנט טען בנאומו בפני הקונגרס ב-1873 שהמלחמות למען הכחדת האינדיאנים הן משחיתות. הנשיא לחץ, אם כי לא תמיד בהצלחה, למנוע הפקעת אדמות אינדיאנים. אלו שרצו להתרחב מערבה התעמתו מול האינדיאנים, המתיישבים והצבא. האינדיאנים נאלצו לחיות בשמורות. מחקר בנוגע למספר המלחמות מול האינדיאנים בין 1850 ל-1890, חשף שמספר הקרבות במהלך נשיאותו של גרנט ירד מ-101 ב-1869 ל-43 ב-1877. ב-1875 היו רק חמישה עשר קרבות- המספר הנמוך ביותר מאז 1853, בה היו רק שלושה עשר.
ב-1869, מינה גרנט את אלי פארקר, משבט הסינקה, לתפקיד נציב לענייני אינדיאנים. במהלך תקופתו, מספר המלחמות ירד. הצ'יף ענן אדום פגש את גרנט בבית הלבן ב-1870. גרנט לא היה עוין לאינדיאנים והתייחס אליהם בכבוד. הוא אירח את הצ'יף כפי שאירח את הנסיך ארתור כשזה ביקר במדינה ב-1869. בפגישתו השנייה עם גרנט, סיפר הצ'יף שהלבנים מסיגי גבול אל אדמות האינדיאנים ושהאינדיאנים זקוקים למזון ולביגוד. גרנט ציווה על כל הגנרלים למנוע הסגות גבול. בנוסף חתם על חוק שסיים את ההתייחסות לשבטי האינדיאנים כאל מדינות ריבוניות. האינדיאנים הפכו לנתיני המדינה, והמדיניות האינדיאנית נקבעה לפי אמנות בקונגרס.
ההיסטוריונים התווכחו בנוגע לכמות הקולוניאליזם במדיניות. ממשל גרנט התמקד במטרות צודקות בניסיון לאזרח את האינדיאנים, אולם היו אי הסכמות רבות עם שבטים אינדיאנים.