בקיץ של שנת 1944, הגרמנים החליטו להתחיל בחיסול הדרגתי של האוכלוסייה שנותרה. מ-23 ביוני ועד 15 ביולי, כ-7,000 יהודים גורשו למחנה ההשמדה חלמנו, שם נרצחו. קצב החיסול הואט בשל פרוק מחנה חלמנו עקב התקרבות הצבא האדום. עד ב-28 באוגוסט 1944, נרצחו באושוויץ אלפים מתושבי המחנה, כולל רומקובסקי ומשפחתו. כמה מאות אנשים נותרו בגטו לנקות ולאסוף את הציוד הנותר. עם התקרבות נסיגת הגרמנים מהמקום נחפרו עבור קומץ יהודים אלו שמונה בורות של קברי-אחים לעתיד בקצה בית הקברות היהודי, אך הסתתרותם הצילה אותם מגורלם הצפוי להם מידי הגרמנים. רק 877 יהודים שרדו ביום בו לודז' שוחררה בידי הצבא הסובייטי ב-19 בינואר 1945, כולל 12 ילדים. בסך הכל, רק כ-10,000 מתוך כ-204,000 היהודים שעברו בגטו לודז' שרדו את המלחמה.
יהודי לבוב.
ערב מלחמת העולם השנייה הייתה קהילת לבוב השלישית בגודלה מבין קהילות יהדות פולין. כ-110,000 יהודי לבוב היוו כשליש מאוכלוסיית העיר. ב-1939 נחתם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב בין ברית המועצות לגרמניה הנאצית, והעיר עברה לריבונות סובייטית. ביוני 1941 נכבשה לבוב על ידי הנאצים במסגרת פלישתם לברית המועצות (מבצע ברברוסה). עם הפלישה ברחו מלבוב כעשרת אלפים יהודים בעקבות הצבא הסובייטי אל תוככי ברית המועצות. 6,000 יהודים נרצחו כבר בימים הראשונים לכיבוש העיר על ידי נאצים ומשתפי פעולה בשני פוגרומים.
גטו לבוב הוקם בנובמבר 1941 ונכלאו בו כ-120,000 יהודים. האוכלוסייה היהודית בגטו התחלפה, תוך כדי שמספר האוכלוסין הלך וירד במהירות, בשל השילוחים למחנה ההשמדה בלז'ץ ולמחנה הריכוז ינובסקה. הכלואים בגטו סבלו רעב ורציחות ספורדיות. גטו לבוב וגטו לובלין היו הראשונים מהם אורגנו משלוחים למחנות ההשמדה במסגרת "מבצע ריינהרד". בין 16 במרץ ל-1 באפריל 1942 שולחו כ-15,000 מתושבי גטו לבוב להשמדה בבלז'ץ. במהלך חודש אוגוסט 1942 נערכה "האקציה הגדולה" בגטו. כ -1,600 יהודים נבררו לעבודה במחנה ינובסקה, כ-1,000 נורו עוד בתחומי הגטו (ביניהם ילדי בית היתומים והחולים מבתי החולים), והיתר – כ-50,000 בני אדם – נשלחו להשמדה בעשרה משלוחים לבלז'ץ. עם סיום "האקציה הגדולה", ב-1 בספטמבר 1942, הוצא להורג בתלייה ראש היודנראט הנריק לנדסברג, יחד עם אנשי המשטרה היהודית. לאחר האקציה בגטו נותרו בו כ-35,000 איש, מהם כ-15,000 "שוהים בלתי חוקיים". ב-18 בנובמבר 1942 נערכה סלקציה נוספת, במהלכה נבררו כ-5,000 יהודים "בלתי פרודוקטיביים" ונשלחו לבלז'ץ. בית החולים היהודי חוסל ומנהלו, ד"ר קורצרוק, הועבר למחנה ינובסקה. באקציה נוספת שנערכה בין ה-5 ל-7 בינואר הוצאו להורג בין כ-15,000 לכ-20,000 איש בחולות שליד ינובסקה, בכללם שארית חברי היודנרט שפורק. בתים בגטו הועלו באש על ידי הנאצים במטרה להוציא מסתתרים ממחבואיהם. החיסול הסופי של גטו לבוב התרחש בחודש יוני 1943. בין היהודים התארגנה התנגדות חמושה, שהצליחה להסב מספר אבדות בקרב כוחות אלה. כוחות האס אס והמשטרה פוצצו בניינים ובונקרים תת-קרקעיים ששימשו מסתור ליהודים, חיסלו כ-3,000 יהודים בתחומי הגטו, ושילחו כ-7,000 אחרים למחנה ינובסקה שם עברו סלקציה. מרביתם נורו במקום, וככל הנראה היו גם שנשלחו למחנה ההשמדה סוביבור. אחרוני יהודי לבוב רוכזו בינובסקה והוצאו להורג ב-18 בנובמבר 1943. כאשר נכנס הצבא האדום לעיר לבוב ב-26 ביולי 1944, נמצאו בלבוב וסביבותיה בין כ-200 לכ-300 יהודים ששרדו במסתור.
יהודי קרקוב.
לפני המלחמה חיו בקרקוב 60 עד 80 אלף יהודים, שחיו בעיר מהמאה ה-13. בנובמבר 1940 החל הגירוש בכוח של יהודי קרקוב לעיירות הסביבה. עתה הורשו היהודים לשאת עמם רק מטען של 50 קילוגרמים לנפש. עד מרץ 1941 גורשו בכוח כ־40,000 יהודים (נוסף על העוזבים עצמאית), ובעיר נשארו כ־21,000 יהודים רשומים, שלפי הגרמנים היו נחוצים למאמץ המלחמתי (בלי להביא בחשבון כ־6,000 יהודים משוערים ששהו בעיר באופן בלתי חוקי). גטו קרקוב הוקם רשמית ב־20 במרץ 1941 בשכונת העוני פודגוז'ה (Podgorze). המושל הנאצי אוטו וכטר הכריז על הקמתו ודרש מכל היהודים להתרכז בו עד 20 באפריל 1941. 15,000 יהודים נדחסו לאזור שיושב בעבר על ידי 3,000 אנשים שגרו במחוז, שכלל 30 רחובות, 320 מבני מגורים, ו־3,167 חדרים. כתוצאה מכך, דירה אחת הוקצתה לכל ארבע משפחות יהודיות ורבים חיו ברחוב. הגטו פעל כאזור מתוחם וסגור במשך שנתיים עד לחיסולו הסופי במרץ 1943, עם משלוח אחרוני היהודים בו למחנות ההשמדה בלז'ץ ואושוויץ.
יהודי ביאליסטוק.
לפני מלחמת העולם חיו בביאליסטוק כמעט 60,000 יהודים. באוגוסט 1941, הורו הנאצים על הקמת גטו ביאליסטוק. כ-50,000 יהודים תושבי העיר והאזור הסמוך לה, שוכנו באזור קטן של העיר. מרבית האסירים הועבדו בעבודות כפייה, לרוב במפעלי הטקסטיל והחימוש ששכנו בתוך גבולות הגטו ולעיתים גם בעבודות כפייה מחוץ לגטו. היודנראט הקים בגטו בית תמחוי, מרפאה ושירותים אחרים. בפברואר 1943, קבוצה ראשונה של כ-10,000 יהודי ביאליסטוק גורשו אל מותם בקרונות בקר לטרבלינקה. ב-16 באוגוסט 1943, החל חיסולו הסופי של הגטו. כ-300 עד 500 אסירים בראשם עמדו מרדכי טננבוים ממייסדי אי"ל ועמיתו דניאל מושקוביץ ארגנו את מרד גטו ביאליסטוק אך זה נכשל כמעט לגמרי. כ-150 לוחמים הצליחו לברוח ליערות המקיפים את ביאליסטוק, והם הצטרפו ליחידות הפרטיזנים של הארמייה קריובה וארגונים אחרים ושרדו את המלחמה. רק כמה מאות יהודים מביאליסטוק שרדו את השואה.
יהודי לובלין.
בזמן הכיבוש הגרמני בשנת 1939, חיו בלובלין כ-42 אלף יהודים, שיהוו כשליש מכלל אוכלוסיית העיר. ב-25 באוקטובר נערך מפקד לאוכלוסייה היהודית, ונמנו בו 37,054 יהודים. צעירים רבים כבר עזבו את העיר כשניסו להימלט דרך קו התיחום בחלק הכיבוש הסובייטי של פולין. הנהגת האס אס החליט להקים בסביבת הכפר ניסקו במחוז לובלין "שמורה יהודית" עבור יהודי הרייך. מדצמבר 1939 ועד פברואר 1940 גורשו כ-20,000 יהודים מן הרייך ומהשטחים המערביים של פולין לאזור לובלין, כחלק מתוכנית גדולה יותר שהופסקה באפריל 1940. לאחר הפסקת הגירושים הועברו המגורשים ללובלין, ואחרים לגטאות הקטנים בעיירות גלוסק, פיאסקי ובלז'ץ. במהלך 1940 התקיימו בלובלין והסביבה פשיטות רבות של יחידות האס אס והמשטרה, שלקחו יהודים לעבודות כפייה במחנות עבודה באזור בלז'ץ, לצורכי בניית גבולות מבוצרים. רבים מהם מתו בשל התנאים ששררו שם. עוד לפני היווצרות הגטו, כ-10,000 יהודים גורשו מלובלין בתחילת מרץ לסביבה הכפרית של העיר.
ב-24 במרץ 1941, הוקם גטו לובלין. הגטו הכיל כ-34,000 איש מיהודי העיר שנותרו בה, וכן עקורים ממקומות שונים בפולין. הבעיה הקשה ביותר הייתה תנאי החיים הלא היגייניים. בקיץ 1941 פרצה בו מגפת טיפוס שאף על פי שצומצמה על ידי צוותי רפואה, קשה היה להשתלט עליה עקב הצפיפות, הרעב והמחסור בציוד רפואי. עד למרץ 1942 לא היה בגטו סגר קפדני. אנשי מקצוע יהודיים רבים ובני משפחותיהם המשיכו להתגורר מחוץ לגטו ועבדו עבור הכוחות הכובשים. לאחר מכן נאסרה היציאה ממנו, מלבד קבוצות העבודה שעבדו מחוצה לו. יהודים רבים מגטו ורשה ברחו ללובלין, בתקווה לתנאי חיים טובים יותר. גטו לובלין היה אחד הגטאות הראשונים שהנאצים הועידו לחיסול. ב-16 במרץ 1942 הודיע מפקד האס אס במקום, גלובוצניק, על חיסולו המתוכנן של הגטו וגירוש היהודים למחנה ההשמדה בלז'ץ, דבר שהחל את מבצע ריינהרד. הגירושים לבלז'ץ החלו בשעות הבוקר המוקדמות של 17 במרץ 1942. השומרים הגרמנים והאוקראינים סגרו את הגטו וערכו חיפושים בבתים. הם תפסו את מרבית המסתתרים שנרצחו במקום. בתוך פחות מחודש, עד 14 באפריל גורשו כ-30,000 מתושבי הגטו בקרונות בקר, ברכבת המזרחית אל מחנה ההשמדה בלז'ץ, שם הומתו לאחר הגעתם בתאי הגזים.
כ-4000 היהודים שנותרו מגטו לובלין, נלקחו לגטו קטן יותר בשם מידן טטרסקי בפרברי העיר, אשר גודר בתיל דוקרני. התנאים בו היו קשים ורבים היו זרוקים ברחובות. בחודשים ספטמבר עד אוקטובר 1942, מרבית יושביו נשלחו אל מחנה מיידנק, ונרצחו שם במהלך מבצע חג הקציר באוקטובר 1943. כמה אנשים שהצליחו להימלט בעת חיסול גטו לובלין עשו את דרכם אל גטו ורשה, על מנת להזהיר את מנהיגיו שהנאצים נחושים בדעתם להשמיד את כל האוכלוסייה היהודית בפולין. אף על פי שהצליחו לשכנע אחדים, אחרים, כולל ראש היודנראט אדם צ'רניאקוב, דחו את הדו"חות שדיברו על רציחות המוניות כבתור הגזמות. מתוך האכולוסיה שחיה בעיר בתחילת המלחמה, רק על 200–300 יהודים מלובלין שרדו את השואה.
יהודי ראדום.
לפני מלחמת העולם השנייה חיו בעיר ראדום כ-30,000 יהודים, שהיוו אז כשליש מהתושבים, בקהילה יהודית משגשגת, חלק גדול מהם חסידים. עם רבני העיר במשך השנים נמנו גם הרב שמואל מוהליבר והרב אברהם צבי פרלמוטר.
העיר נכבשה בידי הנאצים בספטמבר 1939, והיגרו אליה פליטים יהודים מיישובי הסביבה מחוזות פוזנן ולודז'. בתקופת ראש השנה ויום הכיפורים חולל בית הכנסת בידי הנאצים. בסוף אוקטובר החלו הנאצים בהחרמת מפעלים וחברות בבעלות יהודית. בדצמבר 1939, בעקבות דרישת הנאצים, הוקם יודנראט בראשות יוסף דיאמנט, אשר שימש את כל מחוז ראדום. תפקיד היודנראט היה, בין השאר, לספק עובדי כפייה למפעלים בעיר, בעיקר לשיקום מפעל הנשק והתחמושת לוצניק (Łucznik). לפי מפקד אוכלוסין מתחילת 1940 התגוררו במחוז ראדום כ-280,000 יהודים.