במקביל למחקרו על חזון עזרא, עם פרסומו את הטקסט הארמני של צוואת לוי ב-1969 ועתה (בעזרת תלמידתו ורד הילל) של הנוסח הבקורתי המלא של כל 12 צוואת בני יעקוב (HUAS, 13), עליה עבר במשך שנים רבות, וסדרת מאמרים ומונוגרפיות קטנות יותר שהמשיכו פרויקט זה. בעת ובאותו זמן, בשלהי שנות השישים הוא החל בשיתוף פעולה שנמשך שנים רבות עם פרופסור יונה גרינפלד, לגבי האפוקריפה הארמית. ביחד ובנפרד, סטון וגרינפלד פרסמו סדרת מאמרים שנבעו מהמחקר הזה עד למותו של גרינפלד ב-1997, כולל מאמרים על ספרות חנוך. מאז פרסם סטון את המהדורה המשותפת שלהם של הפרגמנטים של מגילות מדבר יהודה של ספר חנוך בסדרת DJD. סטון השלים ביחד עם ד"ר אסתר אשל מאוניברסיטת בר-אילן את התרגום, הפרשנות והמחקר של העבודה הזו מהמאה השלישית או השנייה לפני הספירה. זוהי אסופת מסורות שנמסרו בצנורות יהודים (מגילות ים-המלח והגניזה הקהירית), ונוצריים אותם מצאו בגניזה, בכתבי-יד יווניים ובמגילות הגנוזות. הם חיברו יחדיו קטעים שהיו מפוזרים וכתבו לו פירוש. אין לנו כמעט חומר קדום כזה מחוץ למקרא, הספרות החוץ מקראית היא כמעט כולה מימי המכבים ואילך. בנוסף חקרו מסורות קשורות לנוח ולחנוך.
מחקר ספר חנוך הוביל את סטון לעניין במגילות מדבר יהודה. הוא כתב על השאלה של הפסאודואפיגרפיה וספרות קומראן, על סיווג הספרות היהודית בימי בית המקדש השני ונושאים הקשורים לכך.
הוא ערך כתבי יד של המגילות על ספורי המקרא (4Q464) עם אסתר אשל, אחרית הימים עם אסתר חזון, על חיבור לוי הארמי עם יונה גרינפלד. כמו כן, במהדורתו של קטעי חיבור נפתלי הוא הראה לא רק שהחיבור שקטעו נמצא בקומראן היה משוקע בצורה מעובדת בתוך צוואת נפתלי היווני, אלא גם שר' משה הדרשן, מחבר מדרש בראשית רבתי (צרפת, המאה הי"א) הכיר חיבור דומה או זהה לחיבור הקומראני בשפה שמית. מתוך כך עלתה בחריפות השאלה של מסירת ספרות מימי הבית השני לימי הביניים.
הוא יזם את הקמת מרכז אוריון למחקר מגילות מדבר יהודה באוניברסיטה העברית. ב-1995 וניהל אותו בשנותיו הראשונות.
ספרות אדם וחוה.
סטון שב בשלהי שנות התשעים לנושא שנידון באחד ממאמריו הראשונים, שהוא האפוקריפה הארמנית "מותו של אדם"
אחרי חזון עזרא הוא אסף את הספרות האפוקריפית של אדם וחוה כנושא גדול. ב-1992 הוא כתב את "ההיסטוריה של הספרות על אדם וחווה" History of the Literature of Adam and Eve וב-1999 הוא הוציא לאור ביחד עם פרופ' גארי אנדרסון ספר בנושא.
סטון ואנדרסון פרסמו אסופה של מחקרים על ספרות אדם ב-2000. יש לו גם עבודה נוספת על אדם וחווה
ועבודות נוספות. זה פרט לפרסום טקסטים וקונקורדנציות של ספרות אדם הארמנית שהוזכרה לעיל.
הספר "החוזה של אדם עם השטן" עוסק במסורות על אדם וחווה שהשתמרו בסלבית, ארמנית, גאורגית, יוונית חדשה ועוד. זהו גם מסורת שדן בתולדות המחשבה וגם בתולדות הפולקלור. הוא עקב אחרי תפוצת אגדה זו, שמדברת על כך שאחרי שאדם וחוה עזבו את גן עדן, הם חטאו בפעם השנייה. החטא השני קרה כשהשטן רימה את אדם וחוה. אם כן, המצב העגום של בני האדם בעולם מתבטא בשני מעגלים: מעגל חיצוני שמסביר לנו למה אנחנו לא בגן-עדן (המבוסס על ספר בראשית). המעגל הפנימי של גורל האדם העולם הזה הוא תוצאה לא של חטא, אלא של רמייה, השטן רימה אותם. אם כן, מי הבין את העולם ככה ראה אותו אחרת מאלו שיחסו אותו לחטא אדם וחווה בלבד או לחטא קדמון, כמו בנצרות המערבית.
ההיסטוריה של היהדות הקדומה.
בשדה זה היה העמיק סטון באופי ובפנומנולוגיה של הספרות האפוקליפטית היהודית. הוא פרסם בנושא הספרות האפוקליפטית ויחסו ל"מחשבה אפוקליפטית". ויכוח בו היה שקוע עולם המחקר בשנות השבעים והשמונים. כתיבתו על סוגיות אחרות של יהדות הבית השני, כמו גם המעבר מספרות בעל פה לספרות בכתב, הגישה הסוציולוגית להבנת המורים החכמים, ושאלות של פסאודואפיגרפיה, טבעו חותם על הבנתם של המקורות הראשוניים, באותה עת, בשל חידושם המושגיים ותובנותיהם. עבודתו בשטח זה, פורסמה בעיקר במאמרים. יכולותיו והתעניינותו כהיסטוריון של הדת ניכרות יותר מכל בעבודות של הקטגוריה האחרונה הזו. עיקר מאמריו בנושאים אלו נאספו בשתי אסופות המאמרים הנזכרים לעיל.
מחקריו העכשוויים.
סטון עוסק כיום בכתיבת תולדות יהודי ארמניה; בסיום מחקרו המקיף על אדם וחווה במסורת הארמנית; בהכנה לפרסום של כתובות ארמניות רבות מירושלים; ובהכנת ספר שיכלול חיבורים בלתי ידועים בארמנית על אדם הראשון.
מפעלים מדעיים.
כתובות סלע וגרפיטי.
סטון אסף צילומים של כתובות גרפיטי בשפות רבות מסיני, הנגב והמקומות הקדושים. מתוך זה פרסם חומרים רבים בארמנית.
מרכז אוריון לחקר מגילות מדבר יהודה והספרים העוסקים בהם.
סטון הקים באוניברסיטה העברית את מרכז אוריון לחקר מגילות מדבר יהודה בשנת 1995 במטרה להביא לידי אינטגרציה של המידע החדש מהמגילות לתוך ידיעותינו הקודמות על יהדות בית שני. המרכז פעיל עד היום ומהווה אחד המוקדים החשובים של חקר מגילות מדבר יהודה.
האגודה הבינלאומית ללימודים ארמניים.
סטון הקים את האגודה הבינלאומית ללימודים ארמניים (Association Internationale des Etudes Armeniennes) בשנת 1980 וכיהן כנשיאה עד שנת 2000, ומאז הוא נשיא של כבוד. החברות בארגון מוגבלת לאנשי מחקר בתחום ומונה כיום למעלה ממאתיים חברים. הוא האגודה המובילה ללימודים ארמניים.
בית הקברות היהודי בארמניה.
ביחד עם הארכאולוג הישראלי ד"ר דוד עמית דאג לחפירה בבית הקברות היהודי בארמניה ולפרסום הכתובות.
ספרים ומונוגרפיות.
A1 Editorial assistant. Smithsonian Institution, Scrolls from the Wilderness of the Dead Sea. Berkeley: University of California for ASOR, 1965.
A2 The Manuscript Library of the Armenian Patriarchate in Jerusalem. Jerusalem: St. James Press, 1969 (pamphlet).
A3 The Testament of Levi: A First Study of the Armenian Manuscripts of the Testaments of the Twelve Patriarchs in the Convent of St. James, Jerusalem. Jerusalem: St. James Press, 1969.
A4 Apocryphal Fragments from Qumran and the Church Fathers (with the assistance of E. Shefer). *ed. Jerusalem: Akademon, 1970 (Hebrew).
A5 The Books of the Life of Adam and Eve and IV Baruch. Jerusalem: Akademon, 1970.
A6 Concordance and Texts of Armenian IV Ezra. Oriental Notes and Studies 11. Jerusalem: Israel Oriental Society, 1971.
A7 The Testament of Abraham: The Greek Recensions. SBLTT Pseudepigrapha Series 5. Missoula: Scholars Press, 1972.
A8 In cooperation with H. Attridge. Texts for the Understanding of Jewish and Pagan Religiosity in the Graeco-Roman Period. Jerusalem: Akademon, 1973.
A9 The Armenian Version of the Testament of Joseph: Introduction, Critical Edition, and Translation. SBLTT Pseudepigrapha Series 5. Missoula: Scholars Press, 1975.
A10 Editor. Armenian and Biblical Studies. Supplement to Sion 1. Jerusalem: St. James Press, 1976.
A11 Armenian Inscriptions from Sinai: Intermediate Report with Notes on Georgian and Nabatean Inscriptions. Sydney: Maitland, 1979.
A12 The Armenian Version of IV Ezra. University of Pennsylvania Armenian Texts and Studies 1. Missoula: Scholars Press, 1979.
A13 With B. Narkis. Armenian Art Treasures of Jerusalem. Jerusalem: Masada, 1979.
A14 With J. Strugnell. The Books of Elijah, Parts 1 and 2. SBLTT Pseudepigrapha Series 8. Missoula: Scholars Press, 1979.
A15 With B. Narkiss. Armenische Kunst: die faszinierende Sammlung des Armenischen Patriarchats in Jerusalem. Stuttgart: Belser, 1980.
A16 Scriptures, Sects and Visions: A Profile of Judaism from Ezra to the Jewish Revolts. Philadelphia: Fortress, 1980. Oxford: Blackwell, 1982.
A17 The Penitence of Adam. CSCO 429-30; CSCO Scriptores Armeniaci 13-14. Leuven: Peeters, 1981.
A18 Editor. Signs of the Judgement, Onomastica Sacra, and the Generations from Adam. University of Pennsylvania Armenian Texts and Studies 3. Chico: Scholars Press, 1981.
A19 An Analytical Index of Armenian Apocrypha Relating to Patriarchs and Prophets. Jerusalem: Institute of Jewish Studies, 1982.
A20 Armenian Apocrypha Relating to Patriarchs and Prophets. Jerusalem: Israel Academy of Sciences and Humanities, 1982.
A21 The Armenian Inscriptions from the Sinai with Appendixes on the Georgian and Latin Inscriptions by M. van Esbroeck and W. Adler. Harvard Armenian Texts and Studies 6. Cambridge: Harvard University Press, 1982.
A22 With G. W. E. Nickelsburg. Faith and Piety in Early Judaism. Philadelphia: Fortress, 1983.
A23 With T. J. Samuelian. Medieval Armenian Culture. University of Pennsylvania Armenian Texts and Studies 6. Chico: Scholars Press, 1983.
A24 Editor. Jewish Writings of the Second Temple Period. CRINT 2.2. Assen: Van Gorcum; Philadelphia: Fortress, 1984.
A25 With S. P. Cowe. Banin Spasaworn: Essays in Honour of Archbishop Norayr Bogharian. Revue des Etudes Arméniennes 18 (1984).
A26 Features of the Eschatology of IV Ezra. HSS 35. Atlanta: Scholars Press, 1989.