חלק מן המטופות (באנגלית: Metopes), משטחי האבן הממוקמים מתחת לגמלון המקדש ומופרדים זה מזה על ידי טריגליפים, קושטו באדריכלות היוונית על ידי תבליטי שיש. בפרתנון נקבעו תבליטים בכל 92 המטופות שבבניין. הם נקבעו לגובה של 1.2 מטר. 32 מהם מוצגים בכל צד מאורכו של מקדש הפרתנון, בצד מזרח ומערב, ו-14 מהם בצדו המזרחי והמערבי. גובה גילוף התבליטים במטופות משתנה בין תבליט לתבליט. גם מבנה התבליט (הקומפוזיציה) שונה ומגוונת. שטחי הרקע של התבליטים היו צבועים בצבע, כנראה אדום, אשר הדגיש את הדמויות. לפי השערה אשר העלו חוקרים, ייתכן כי חלק מתבליטי המטופות שימשו כעיטורים גם במקדש הפרתנון 'קימוניאן' ('Kimonian') המוקדם ונחתכו כדי להתאים למידות המקדש החדש. ביקורת שנמתחה על הצעה זו מצאה אותה כ"לא סבירה", על אף שיש בה "הסבר לכמה בעיות במטופות הדרומיות" בעיקר בכל הקשור לקומפוזיציה הנראית כחתוכה.
המטופות הקבועות בצד המזרחי הציגו את מלחמתם של אלי יוון בטיטאנים. מתבליטים אלו נשארו רק שברים. מצבם הגרוע של התבליטים הוא כנראה תוצאה מהרס מכוון איקונוקלאסטי אשר התרחש בעת הפיכת הפרתנון לכנסייה נוצרית, כנראה בתחילת המאה השישית לספירה. בכל מטופה (לבד מאחת) מוצגות שתי דמויות במאבק. לרוב האלים מתוארים כשהם מכניעים את הענקים הטיטאנים, עם זאת ישנן כמה מטופות בהן המאבק בין הדמויות טרם הוכרע. על אף שאין המשכיות בין המטופות, בקומפוזיציה הכללית ניכרת התאמה בין כיוון האפריז לבין המטופות בכיוון התנועה לעבר מרכז הבניין.
במטופות שבצד הדרומי מתוארות עלילות ארכתאון ותזאוס, מלכי יוון ובכלל זה מלחמת הלפיתים והקנטאורים ותפיסת נשים יווניות בידי קנטאורים. במטופות אלו, אשר נשמרו במצב הטוב ביותר, חולקו כך שבכל מטופה תואר מאבק בין זוג דמויות. יש הרואים העיצוב בקומפוזיציה ביטוי לבגרות האמנותית של התקופה הקלאסית, ביכולת להותיר שטחים גדולים בתבליט כרקע שטוח, ללא החשש מ"אימת הריק" הארכאית.
בצד הצפוני ישנם תיאורים הקשורים למלחמת טרויה. מן המטופות הללו אשר לא נשמרו במצב טוב ניתן לזהות את המלחמה באמזונות בהנהגת תזאוס. המטופות בצד המערבי הציגו נושא של מלחמת בני יוון העתיקה ב"מזרחיים". יש הרואים בדמויות אלו דווקא את דמותן של האמזונות.
האפריז.
אורכו של אפריז מקדש הפרתנון הוא 170 מטר וגובהו כמטר אחד. הוא ממוקם סביב מרכזו הפנימי של בניין המקדש היווני. מיקום זה הפך אותו לנראה פחות לעיני הציבור הרחב אשר פקד את המקדש. אף על פי כן, ניסו הפסלים היוונים להקל על הצפייה בעבודה על ידי הדגשת הצללים סביב הדמויות בעזרת שיפוע בתבליט, היורד מחלקו העליון, הגבוה, לחלקו התחתון של האפריז. על האפריז הופיע תבליט אשר הציג את התהלוכה הגדולה של הפאנאתנאיה, הפסטיבל השנתי לכבוד אתנה, בו נשאו הצועדים בגד פפלוס (גלימת שרד) מקודש כמנחה לאלה.
התיאור על האפריז הוא רצוף ונמשך לאורכו של הבניין. התהלוכה החלה בצדו המערבי, האחורי, של המקדש והתפצלה לשתי תהלוכות נפרדות אשר הקיפו את הבניין. בראש התהלוכה תוארו בהמות המובלות לקרבן ולאחריהם נושאי מנחות, אזרחים, פרשים על סוסים ועוד. חידוש זה ביחס שבין העיטור לאדריכלות יוצר לכאורה קשר ממשי התיאור הסימבולי לבין המציאות של מבקרי המקדש ונותן ביטוי לחיים היוונים. בראש האפריז, הממוקם במרכזה של החזית המזרחית המהווה את הכניסה למקדש, מופיעים האלים, בראשם זאוס ואתנה. הם מתוארים גדולים יותר משאר הדמויות בשל תנוחת הישיבה שבה הם נמצאים. האלים מוצגים כשהם יושבים, משוחחים ומביטים בפרוזאיות בתהלוכה המתקרבת. משני עברי קבוצת האלים מופיעים עשרת הגיבורים האפונימיים. אלו הם ראשי עשרת השבטים של אטיקה, שבתחומה נמצאת העיר אתונה. למרות פשטות הקומפוזיציה ולמרות פיסולו של התבליט כנמוך באופן יחסי, ניכר בו שימוש רחב בהסתרת דמויות כאמצעי ליצירת עומק.
בספרו "תולדות האמנות הקלאסית", מוצא מיכאל אבי יונה בתאורי תבליט האפריז ביטויים לחוסנו ולהשפעתו של מעמד הביניים באתונה על ידי נתינת מקום נרחב לתיאור הפרשים אשר "היו מעמד חברתי מיוחד, והיו מתומכי מעמד הביניים וממתנגדי הדמוקרטיה הקיצונית". אֵלי האולימפוס, אשר "צלמיהם עשויים בדמות בני-האדם", מוסיף אבי-יונה, ירדו, בתקופה הקלאסית בגדולתה "אל תוך קהל המאמינים"
הגמלונים.
הגמלונים במקדש היו קשורים למיתוסים אודות האלה אתנה. בגמלון המזרחי, הקדמי, הוצגה לידתה של האלה מראשו של זאוס. במרכז ניצבים זאוס ואתנה, אשר יצאה מזאוס כשהיא בוגרת וחמושה. ליד זאוס עומד הפיסטוס ואילו ניקה רצה להודיע על לידת אתנה לאלים אחרים הנמצאים בקומפוזיציה. בקצה הגמלון נמצאים הליוס ה"מגיח" מן הים וסליני, אלת הלילה, שוקעת אל הים מעברו השני של הגמלון. בכך מצליח האמן להתאים בצורה מושלמת את הנרטיב הסיפורי אל הקומפוזיציה המשולשת של הגמלון.
בגמלון הממוקם בצד מערבי של המקדש הוצגה התחרות בין אתנה לפוסידון על השליטה באטיקה. אתנה ופוסידון, הממוקמים במרכז הקומפוזיציה של הגמלון, נעים בתנופה הרחק זה מזו. משני עבריהם מוצבים מרכבות עם סוסים. האלה ניקה אשר משמשת כרכב במרכבתה של אתנה מעידה על הניצחון הקרב של האלה על פוסידון. הרחק יותר נמצאים, כנראה, דמויותיהם של גיבורי אטיקה, ודמויות אשר זוהו כאלי נהר הקשורים לאתנה. סבורים כי בגמלון הוסף עץ זית, עשוי כנראה ברונזה, אשר היה מתנתה של אתנה לאטיקה ובזכותו הפכה לפטרונית העיר.
פסלי הגמלונים של הפרתנון מציגים את שיאה של יכולת התיאור הפיסולית של אמנות יוון הקלאסית. שלא כמו בפסלי הגמלונים של מקדש זאוס באולימפיה, פסלי הגמלונים ממקדש זה היו מפוסלים בכל צדדיהם ולכן הם יכולים לשמש כ"פסלים חופשיים" בחלל, על אף שעבודם לאדריכלות. בבחינת תיאור הדמויות מציגים הפסלים תיאור האנטומי חופשי שאינו מגזים בייצוג שרירי הגוף. גם יכולת תיאור התנועה של הגוף בעזרת בגדי הדמויות הוא מושלם. גם מבחינת תכנון הקומפוזיציה חלה התקדמות גדולה. לא רק בהתאמת הדמויות לצורת הגמלון, התאמה המושגת על ידי שילוב דמויות הנמצאות בתנוחת הסבה, או בעזרת תיאור הסוסים, אלה גם ביכולתו של האמן לתאר אווירה חסרת היררכיה נוקשה, בה האלים מתוארים כבני אנוש ומפגינים רגשות אנושיים כגון תמיהה והפתעה.
היסטוריה מאוחרת.
הפרתנון שרד כמקדש החשוב ביותר של הדת היוונית הקדומה לקרוב לאלף שנה. הוא בוודאי היה עדיין שלם במאה הרביעית לספירה, כאשר גילו היה כמו גילה של קתדרלת נוטרדאם של פריז כיום, וישן בהרבה מבזיליקת פטרוס הקדוש ברומא. במאה ה-4 הייתה אתונה רק עיר פרובינציאלית באימפריה הרומית, אך לעברה המפואר נשאר הפרתנון כמצבה. בזמן כלשהו במאה החמישית הפסל הגדול של אתנה נבזז של ידי אחד מהקיסרים, ונלקח לקונסטנטינופול, שם הוא נהרס מאוחר יותר, ייתכן במהלך ביזת העיר במסע הצלב הרביעי ב-1204.
זמן קצר לאחר מכן הוסב הפרתנון לכנסייה נוצרית. בתקופה הביזנטית הוא היה הכנסייה של התאוטוקוס (מרים, אימו של ישו), ובזמן האימפריה הלטינית נעשה לכנסייה הקתולית של הגבירה למשך כ-250 שנה. כחלק מההסבה של המקדש לכנסייה, הוסרו העמודים הפנימיים וחלק מקירות הנאוס, ויצרו גומחה בצד המזרחי. דבר זה הוביל, בהכרח, להסרת חלק מהפסלים. אלה שתיארו אלים פגניים כנראה הוסרו במתכוון, וייתכן כי נהרסו.
ב-1456 נפלה אתונה בידי האימפריה העות'מאנית, ושימושו של הפרתנון הוסב שוב כשהפך למסגד. בניגוד לאגדות שקמו, כיבדו העות'מאנים בדרך כלל מונומנטים עתיקים בשטחים שלהם, ולא הרסו בכוונה את עתיקות אתונה, אף שלא הייתה גם תוכנית לשימורם. בזמני מלחמה הם היו מוכנים להרוס אותם על מנת לספק חומר גלם לקירות ולביצורים. העות'מאנים הוסיפו לפרתנון מינרט והוא תפקד כמסגד לכל דבר. במהלך המאה ה-17 העידו מבקרים אירופאיים כי המבנה שלם ברובו.
ב-1687, במהלך "המלחמה הטורקית הגדולה", ספג הפרתנון את המכה הגדולה ביותר כאשר הוונציאנים התקיפו את אתונה, והעות'מאנים ביצרו את האקרופוליס והשתמשו בפרתנון כמחסן לאבק שרפה. ב-26 בספטמבר פגז ונציאני התפוצץ במחסן הנשק והבניין חרב חלקית. המבנים הפנימיים נהרסו, מה שנשאר מהגג התמוטט, וחלק מהעמודים, במיוחד בצד הדרומי, נפלו. הפסלים אף הם נפגעו מאוד - רבים נפלו, וחלקיהם נהיו אחר כך למזכרות. לאחר מכן הבניין הפך לחורבה.
בסוף המאה ה-18 ביקרו אירופאים רבים באתונה, והחורבות של הפרתנון צוירו פעמים רבות, דבר שעזר לעורר אהדה בדעת הקהל הבריטית והצרפתית לעצמאות יוונית. ב-1801 קיבל השגריר הבריטי בקונסטנטינופול, תומאס ברוס, הרוזן מאלגין, "פירמן" (אישור) מהסולטאן להעתיק ולצייר את בנייני האקרופוליס, להסיר מבנים קיימים על מנת לאפשר צפייה של העתיקות, ולהסיר פסלים מהם. הוא ראה אישור זה כאישור לקחת כמה פסלים שיכול. חלק מן הפסלים הוא לקח מהמבנה עצמו, אחרים הוא אסף מהקרקע, ואחרים הוא קנה מהאוכלוסייה המקומית.
היום נמצאים פסלים אלה במוזיאון הבריטי, שם הם ידועים כ"שיש אלגין". פסלים אחרים מהפרתנון נמצאים במוזיאון הלובר בפריז ובקופנהגן. שאר הפריטים נמצאים במוזיאון האקרופוליס שנמצא בסמוך לפרתנון. מקצת הפסלים והעיטורים עדיין מצויים על הבניין עצמו. הממשלה היוונית מנסה זה כמה שנים להשיב את הפסלים מהמוזיאון הבריטי ליוון. המוזיאון סירב לבקשות, וממשלות בריטיות לא ניסו לכפות זאת על המוזיאון.