מיד לאחר המלכתו החל לעסוק במרץ בענייניה של מדינתו, כאשר הוא מצליח למנוע מאופיו האידיאליסטי-פילוסופי להפריע במלאכת השלטון היומיומית. באותה התקופה כללה פרוסיה שטחים באזור גרמניה של היום בעיקר, והייתה למעשה בעלת ברית של בריטניה. מספר חודשים לאחר עלייתו לשלטון פתח המלך במלחמה מול אוסטריה, שנשלטה באותה עת בידי הארכי-דוכסית מריה תרזה. הוא כבש את שלזיה והצליח להשאיר את חבל הארץ בידיו במהלך המלחמות השלזיות ומלחמת הירושה האוסטרית. בתמורה נתן פרידריך השני למריה תרזה מערכת הגנתית מפני כוחותיהם של הממלכה הצרפתית, הספרדית והבווארית כאחד. שלזיה היא חבל ארץ עשיר במיוחד במשאבים. המלחמות אותן ניהל פרידריך הוכיחו את גאוניותו האסטרטגית והקנו לשמו את התואר "הגדול", תואר הולם למנהיג אשר הפך את ממלכתו למעצמה רבת חשיבות במפה הפוליטית של אירופה.
לאחר שוך המלחמות החל עידן של שלום בממלכה והמלך פרש לטירת סנסוסי ("Sans souci"; בצרפתית, שהייתה שפת החצר בתקופתו: "ללא דאגות") אותה תכנן לעצמו בפרברי העיר פוטסדם שבצפון המדינה. בטירה זו הרבה לעסוק בתחומים האהובים עליו דוגמת נגינה בחליל והלחנת יצירות לכלי זה. הוא ריכז סביבו אנשי רוח דוגמת וולטר והתרכז בשיפור הצבא הממלכתי וזאת הן על ידי הגדלת מספר החיילים מ-80,000 ל-195,000 והן על ידי חקר וחיבור מאמרים העוסקים בתורות לחימה וניהול כח צבאי.
בתחום האזרחי חיזק פרידריך השני את האקדמיה הפרוסית למדעים, ערך רפורמות מהותיות במערכת המשפט הפרוסית, הגביל את כוחה של הצנזורה הממלכתית, אסר על ביצוע עינויים בשעת חקירה ונהג בסובלנות דתית כלפי הנוצרים הקתולים במדינה.
עידן השלום תם לאחר 11 שנים של שקט כאשר שכנותיה של פרוסיה החלו מתאגדות כנגדה. פרידריך, אשר זיהה את העוינות הזו, מיהר לחתום על הסכם וסטמינסטר, הסכם הגנה הדדי עם בריטניה. בשנת 1756 החלה מתגבשת חזית מאוחדת הכוללת את אוסטריה, רוסיה, צרפת, שוודיה וסקסוניה, אשר שאיפתן הייתה לצמצם את שטח הממלכה הפרוסית לתחומי מדינת ברנדנבורג הזעירה. בסתיו של שנה זו יצא פרידריך למלחמת שבע השנים באומרו כי "אין זה חשוב שיקראו לי תוקפן, היות שממילא כבר התאחדה כל אירופה נגדי". המלחמה נפתחה במפלות פרוסיות רבות, הבירה ברלין נפלה בידי האוסטרים, ובמהלך המלחמה ננטש פרידריך על ידי האנגלים (במהלך אחד הקרבות אף כמעט נהרג מכדור רוסי שנבלם על ידי קופסת טבק מוזהבת בכיס בגדו העליון). אולם לאחר שבע שנות לחימה יצא פרידריך כאשר ידו על העליונה. המלחמה הממושכת שבאה לאחר שנות שלום רבות שינתה את אופיו של המנהיג הפרוסי. הוא נהיה מתבודד וקמצן, וכמעט שלא נראה בפומבי, אך הדבר לא גרע מהערצתו בידי ההמון הפרוסי.
לאחר 1763 עסק פרידריך בשיקום ממלכתו הפגועה. בשטחים אשר קיבלה פרוסיה לאחר חלוקת פולין הראשונה בשנת 1772 יושבו תושבים גרמנים, ביצות רבות יובשו ושטחיהן הוסבו לשטחי חקלאות פוריים בהם גודלו גידולי שדה שונים. קבלת השטחים לידיו איפשרה לפרידריך להסב את תוארו מ"מלך בפרוסיה" ל"מלך פרוסיה", וזאת מכיוון שכעת הייתה הממלכה כולה בבעלותו (ראו הסבר גם בערך פרוסיה). המלך עודד הקמת תעשייה זעירה המבוססת על ייצור משי, חרסינה, וסוכר וחתם על הסכמי סחר עם מדינות שונות, בהן גם ארצות הברית. הכלכלה הפרוסית נשלטה על ידי המלך, אשר הנהיג מונופול על ענפים מסוימים דוגמת קפה ועגבניות כדי להאדיר את ההכנסות מהם.
נוסף על השיפור הכלכלי הנהיג המלך רפורמות נוספות במערכת המשפט וכן הקים מערכת המאפשרת חינוך חובה במדינה.
לאחר שהשיב לממלכתו את עוצמתה הכלכלית שהתערערה בעת המלחמה, נפטר פרידריך השני בשנת 1786, ואת מקומו כמלך פרוסיה ירש אחיינו פרידריך וילהלם השני.
פרידריך וילהלם השני.
פרידריך וילהלם התגלה במהרה כקפדן הרבה פחות מדודו. הוא עודד השקעות קטנות וסוחרים פרטיים באמצעות הפחתת דמי המכס, וביטול המונופול שהטיל דודו על מוצרים שונים כגון קפה טבק וסוכר, וסלילת דרכים נוחות. הוא גם עודד בתי ספר ואוניברסיטאות, והשלים את כתיבת ספר החוקים הפרוסי (Allgemeines Landrecht für die Preußischen Staaten), שבכתיבתו החל דודו. עם זאת, הוא הטיל מיסים חדשים שהכבידו בעיקר על האוכלוסייה הענייה, כגון מיסים על קמח, חיטה ומלח בישול.
פרידריך וילהלם גילה נטייה למיסטיקה כבר מגיל צעיר, הוא היה חבר במסדר צלב הוורד, אגודת סתרים אשר נוסדה על ידי כריסטיאן רוזנקרויץ במאה ה-15, והייתה מקושרת עם פרוטסטנטיות ולותרניות. פרידריך וילהלם היה נתון במידה רבה להשפעתו של יוהאן כריסטוף פון והלר (Johann Christoph von Woellner), שהיה אחד מראשי המסדר. והלר הפך עד מהרה לאיש סודו של המלך הצעיר, וכונה בידי אנשי התקופה "איש רמאות ומזימות". אולם השפעתו על המלך הייתה כה רבה, עד שפרידריך וילהלם מינה אותו ב-26 באוגוסט 1786 כ"היועץ החשאי למימון" (Geheimer Oberfinanzrath), מה שאפשר לווהלר לשלוט למעשה על חלק גדול מתקציבי המדינה. בהדרגה הוא הפך לשליט בפועל של הממלכה, וחלק גדול מהחלטותיו של המלך התקבלו למעשה על ידו. אנשי החצר שנאו את והלר התככן, והתנגדות זו מנעה בתחילה מפרידריך וילהלם למנות את והלר לתפקיד שהלה חשק בו, ראש המחלקה הדתית המלכותית. ביולי 1788 קיבל והלר סוף סוף את התפקיד, והחל לתכנן רפורמות לותרניות נגד ההשכלה בפרוסיה.
בלחצו של והלר, הוציא פרידריך וילהלם ב-9 ביולי 1788, צו מפורסם שאסר על לימוד של כל מה שלא כלול בכתבי הקודש הרשמיים. פרידריך וילהלם הדגיש את הצורך להגן על הנצרות מפני ההשכלה, והניח את מוסדות החינוך בפיקוח אנשי דת אורתודוקסיים. ב-18 בדצמבר 1788, פורסם חוק צנזורה חדש, שנועד כדי לאבטח את האורתודוקסיה של כל הספרים שפורסמו. חוק זה אילץ מספר עיתונים ומפרסמים גרמניים לפרסם אך ורק מחוץ לגבולות פרוסיה. לאישים כמו עמנואל קאנט נאסר לנאום בציבור.
גורלי בהרבה כלפי פרוסיה היה יחסו של פרידריך וילהלם לצבא ולמדיניות החוץ. שני המלכים הקודמים, פרידריך השני ופרידריך וילהלם הראשון, טיפחו מאוד את הצבא הפרוסי, שהיווה את מרכז המדינה. חלק מההיסטוריונים מגדירים את פרוסיה של אותה תקופה לא כמדינה שיש לה צבא, אלא כצבא שיש לו מדינה. עם זאת, על אף שהצבא העניק לפרוסיה יוקרה וניצחונות, פרידריך וילהלם השני לא מצא בו עניין. מה גם שהוא גילה שהתקציבים הרבים המושקעים בצבא וכן המלחמות הרבות שערך דודו מקשים מאוד על פרוסיה מבחינה כלכלית. פרידריך וילהלם וויתר על תואר הכבוד המלכותי "מצביא" (Kriegsherr), שהפך בפועל את המלך למפקד העליון של צבא פרוסיה, והעניק אותו לראש הוועדה העליונה לענייני מלחמה קרל וילהלם פרדיננד, דוכס בראונשווייג-וולפנביטל. עם זאת בהוראתו של פרידריך וילהלם פלש הצבא הפרוסי להולנד. המצב בהולנד היה לא יציב, וקרובי משפחתו של פרידריך וילהלם ששלטו בהולנד קראו לו לעזרה. צבא פרוסי קטן הוצב בהולנד, ומאחר שהם לא קיבלו משכורות הם התפרנסו ממעשי ביזה וסחטנות. מאפיין נוסף במדיניות החוץ של פרידריך וילהלם היה נטישת המסורת האנטי-אוסטרית שהנהיגו קודמיו. פרידריך וילהלם אף תמך באוסטריה במהלך המלחמה המשותפת שלה ושל רוסיה נגד האימפריה העות'מאנית.
במקביל התעוררו באירופה שתי בעיות שדרשו את תשומת לבה של פרוסיה. הראשונה הייתה התפוררות האיחוד הפולני-ליטאי, התפוררות שגררה בסופו של דבר את חלוקת פולין. אירוע נוסף היה הדחתו של לואי השישה עשר, מלך צרפת והמהפכה הצרפתית. באוגוסט 1791, נועד פרידריך וילהלם עם הקיסר האוסטרי לאופולד השני בעיר פינליץ. עיקר הוועידה עסק בחלוקת פולין בין שתי המדינות, אולם דובר שם בין היתר על המהפכה הצרפתית. לבסוף יצאו השליטים בהכרזה שהמהפכה הצרפתית אכן מהווה סכנה למונרכיות באירופה, ואם מדינות אחרות תתערבנה בנעשה בצרפת, אף אוסטריה ופרוסיה תצטרפנה למאמץ המלחמתי.
בעקבות ועידת פינליץ, יקטרינה הגדולה, הצארינה של רוסיה, שלפני כן הייתה בעד המהפכה, שינתה דרסטית את תגובתה. היא התכחשה בפומבי להצהרותיה הליברליות והסתייגה לחלוטין מרעיונות המהפכה. מטרותיה בהצהרה זו היו כפולות, שכן היא שאפה גם לחסל את המהפכה הצרפתית, ובד בבד לגרור את אוסטריה ופרוסיה למלחמה במערב, מה שיאפשר לרוסיה להשתלט על יותר שטחים במסגרת חלוקת פולין. כמפקד הכוח הפרוסי שפלש לצרפת מינה פרידריך וילהלם את קרל וילהלם פרדיננד, דוכס בראונשווייג-וולפנביטל שעוד הספיק לשרת תחת פרידריך הגדול. הצבא הפרוסי נחל אומנם ניצחונות בתחילה, אולם בעקבות התבוסה בקרב ואלמי ב-20 בספטמבר 1792, נאלץ להסיג את כוחותיו. בהמשך בעקבות מרידה בפולין, שיכלה להעניק תירוץ להשתלטות על שטחים חדשים בארץ זו, איבדו הפרוסים עניין בצרפת והפנו את צבאם אל פולין. פרידריך וילהלם חתם על הסכם נפרד עם צרפת שכונה "הסכם בזל", שנתפס בידי שאר המעצמות כבגידה. תחת שלטונו של פרידריך וילהלם השני הגיעה פרוסיה לשיא התפשטותה. אם כי התפשטות זו גם הקשתה עליה, שכן חלק גדול מהשטחים החדשים היו מיושבים במעט מאוד גרמנים אתנים.
פרידריך וילהלם מת בשנת 1797, ובנו פרידריך וילהלם השלישי עלה לשלטון במקומו.
פרידריך וילהלם השלישי.
לאחר עלותו לשלטון ניסה פרידריך וילהלם לקצץ את הוצאות בית המלוכה, פיטר את שריו של אביו וניסה להנהיג רפורמות במדינתו.