שוורץ ניצל את נאומו בכדי לנסות ולפגוע באמינותן של מרבית הראיות והעדויות שהוצגו בידי התביעה. הוא פטר את עדותה של לוסיל פלייס בדבר זיהוי לוחית הרישוי של שייפר כלא מדויקת, בטרם כינה את התאריך בו הנערות נרצחו כהשערה בלבד. לדבריו, הרציחות האמיתיות לא יכלו להתרחש לפני ה-15 בינואר 1973, או בכל מקרה, בתאריך אחר בו שייפר שהה מחוץ למדינה, או בין כותלי הכלא. בכל הנוגע לפריטים השונים שנמצאו בביתו, הציג בתגובה את עדויות בני משפחתו של שייפר, אשר טענו כי הפריטים היו בבעלותו של שייפר עצמו.
בכל הנוגע לקבר אליו הושלכו גופותיהן של פלייס וג'סופ, טען שוורץ כי הוא נחפר מחדש לאחר מאסרו של שייפר ב-15 בינואר, כך שהאדם האחראי לכך מוכרח להיות גם הרוצח. על מנת לתמוך בטענות הללו הזכיר את העדות של נציג תחנת המים, אשר הצביעה על המחסור במשקעים שנמדד באתר הקבורה, וזאת על אף כמעט חמישים סנטימטרים של גשם אשר נמצאו במקומות אחרים בסביבה הקרובה, בטווח התאריכים שבין היעלמות הנערות לבין מציאת גופותיהן.
נאום ההגנה תם בטענה כי התביעה נכשלה להוכיח את אשמתו של שייפר מעבר לכל ספק סביר. תוך מתן דגש על הנחת חפותו מפשע של שייפר, הצהיר שוורץ במשפטיו האחרונים, . בטרם סיים את דבריו, ביקש באופן רשמי מחבר המושבעים להשיב פסק דין של חפות מפשע.
נאום הסגירה.
רוברט סטון מסר את נאום הסגירה שלו ב-26 בספטמבר. הוא פתח בסתירת טענותיו של שוורץ בכל הנוגע לציור הראיות הנסיבתיות של התביעה כבלתי מספיקות להרשעתו של הנאשם, בנוסף לביטול הטענה כי התביעה ניסתה להוכיח את אשמתו של שייפר על סמך קווי הדמיון שבין חטיפתן של ולס וטרוטר לבין רציחתן של פלייס וג'סופ בלבד.
לאחר מכן הסביר כי תיק התביעה נבנה הן מראיות פיזיות והן מראיות נסיבתיות, אשר כולן מצביעות יחדיו, על אשמתו של שייפר. כאשר פנה להתייחס לכל העדים אשר הופיעו בבית המשפט, פתח בהגנה על עדותה של לוסיל פלייס, והדגיש את תפקידה החשוב בכל המקרה, מאחר שעל ידי כך שרשמה את מספר לוחית הרישוי של שייפר, הצליחה לקשר אותו לרציחות.
כמו כן הזכיר את ארנק הזמש שזוהה בידי אמה, אחותה וחבריה של ג'סופ, בטרם התייחס לעדים מטעם ההגנה, כולם בני משפחתו של שייפר, אשר סיפרו כי הארנק היה בבעלותו קודם לרציחות. . לאחר מכן הזכיר את עדותה של תרזה דין, אשתו של שייפר, אשר העידה בפני בית המשפט כי בעלה נתן לה את הארנק כמתנה בנובמבר 1972, וכי מעולם לא ראתה אותו לפני כן.
כאשר התייחס לבדיקות הבליסטיות אשר חשפו כי אף אחד מכלי הנשק שנלקחו מביתו של שייפר לא התאימו לתרמיל הקליע בקוטר 22 מ"מ שנמצא בזירת הפשע, הזכיר סטון את עדות גיסו של שייפר, שאמר כי שייפר החזיק באקדח בעל קוטר דומה אותו כינה , אשר לא נמצא בין חפציו. בעודו מרים את אחד הדפים שנמצאו בין ניירותיו של שייפר, שכותרתו הייתה , הצהיר סטון, .
לסיכום חזר סטון לאחת מאמירותיו של שותפו לצוות התביעה, שיילר, אותה אמר בנאום הסיום הראשון. לדבריו, שימש שייפר הן כתובע, שופט ומוציא להורג. סטון ביקש לצרף תוספת אחרונה, ואמר, . סטון סיים את דבריו ואמר שהראיות שהונחו לפני חבר המושבעים סותרות את טענות ההגנה לחפותו של שייפר, והפציר בהם למסור פסק דין של אשמה.
הרשעה.
בתום נאומי הסיום החל חבר המושבעים לדון בדבר גורלו של שייפר, בשעה 03:45 בצהריים. לאחר חמש שעות ועשר דקות, שבו המושבעים לבית המשפט עם שני פסקי דין של אשמה ברצח מדרגה הראשונה, עליהם הכריז השופט טרוברידג' באופן רשמי בשעה 11:05 בערב. עם קבלת פסק הדין טען שייפר שוב לחפותו, ואמר לעיתונאים כי, .
דיונים אחרונים בנוגע לעונשו נפתחו ב-3 באוקטובר. צוות ההגנה טען בתוקף כי שייפר צריך להישלח לאשפוז כפוי, בהתאם ל מ-1971, בעוד שצוות התביעה ביקש עבורו מאסר עולם בבית הסוהר המדיני של פלורידה. למחרת נידון שייפר לשני מאסרי עולם, אותם היה אמור לרצות במקביל. כאשר נשאל אם ירצה לומר דברים נוספים לפני השמעת גזר הדין, טען לחפותו, וביקש להישלח לבית חולים פסיכיאטרים, ולא לכלא.
אמה של פלייס הביעה את שביעות רצונה מכך ששייפר נידון למאסר עולם ולא לעונש מוות, וסיפרה לעיתונאים כי, .
חוקים בני זמננו מציעים את האפשרות כי שייפר היה עשוי להשתחרר לאחר שריצה בין ארבע עשרה לתשע עשרה שנות מאסר, אולם תאריך שימועו הראשון לשחרור על תנאי בוטל במאי 1979, כך ששימועו הבא עשוי היה להיות רק ב-2016. שייפר ערער על הרשעתו, וטען כי מפני שלא הואשם בידי חבר מושבעים גדול הוא זכאי למשפט חדש. הערעור נדחה ביוני 1974.
מאסר.
בשנים הראשונות למאסרו המשיך שייפר לטעון לחפותו בנוגע לרציחותיהן של פלייס וג'סופ, והכחיש את מעורבותו במקרי רצח והיעלמויות אחרים. הוא התעקש כי הופלל בידי מה שכינה , רשויות חוק מושחתות, ועורך הדין שלו, אלטון שוורץ, אשר התחתן עם אשתו השנייה, תרזה דין, ב-21 בדצמבר 1973. על אף שהמשיך לטעון כי מעולם לא פגש את הנערות, כינה אותן לעיתים קרובות בתור מכורות להרואין, מודיעות משטרתיות, ומופקרות. כמו כן קילל את הוריהן מספר פעמים.
לאורך מאסרו פיתח שייפר מוניטין של אסיר אדיש ושתלטן, הנחשד כמודיע שעבד לטובת הרשויות בתמורה לפריווילגיות. בשנות מאסרו הראשונות הושם בבידוד לאחר שנתפס מפר את תקנות הדואר של בית הסוהר יותר מפעם אחת, לעיתים בניסיון לשכנע אזרחים חופשיים לשלוח לו פריטי הלבשה תחתונה של נשים.
את מרבית זמנו העביר בשליחת מכתבים, ובפיתוח אותה כינה . הוא תיאר את הסוגה שהמציא ככזו אשר אינה מפארת אלימות, אלא מאפשרת לקוראים אותה לראות ולהבין מעשי רצח ונקרופיליה באור אמיתי יותר. אף על פי שטען כי כתביו היו בדיוניים לחלוטין, מספר חוקרים מאמינים שרבים מהם ממחישים את הרציחות והתקיפות שביצע לאורך השנים.
שייפר הועבר לבית הסוהר אבון פארק ב-1983, בו סייע לרשויות החוק להשיג ראיות מוצקות על מנת להבטיח את הרשעתו של הפדופיל מרווין אריק קרוס, אשר הפעיל רשת לפורנוגרפיית ילדים מתוך כותלי בית הסוהר. המידע שסיפק סייע גם להרשעתם של שני נאשמים מסיטאל ולוס אנג'לס, לכידתן של אלפי תמונות לא נאותות של ילדים אשר הוחרמו בארבע מדינות שונות, והעברתו של קרוס לבית הסוהר המדיני של פלורידה והשמתו בבידוד. שייפר עצמו הוחזר לאותו מוסד כליאה באוגוסט 1985.
במשך השנים הגיש שייפר מספר בזמן מאסרו. אחת התביעות, אותה הגיש ב-1993 נגד מחבר ספרי הפשע האמיתי פטריק קנדריק, עסקה במכתב ששלח לקנדריק בו העמיד פנים כי הוא תלמיד מכללה המבקש ממנו ייעוץ בנוגע להתגברות על תחושת הפחד שחש בכל פעם שעמד לפגוש את שהאמונה הרווחת הייתה כי הוא . בתגובה למכתבו, השיב קנדריק בקצרה כי לא הייתה בנמצא כל סיבה לפחד משייפר, אותו תיאר כ. בתגובה, הגיש שייפר תביעת דיבה בה דרש ממנו כ-500 אלף דולר. התביעה יושבה מחוץ לבית המשפט בהסכם משותף, בו הסכים קנדריק למסור לשייפר עותק של קטע מכתב ידו אשר הכיל את רשימת קורבנותיו האפשריים, בנוסף לאלו שלפי מחקרו לא יכלו להירצח בידיו.
כמו כן תבע שייפר את מחברי ספרי הפשע האמיתי , , ו, ואף את סוכן הבולשת לשעבר , לאחר שתיארו אותו בתור רוצח סדרתי בעבודותיהם.
סיפורת רצח.
סונדרה לונדון, בת זוגו של שייפר מתקופת לימודיהם בתיכון, ראיינה אותו מספר פעמים לאחר הרשעתו, ולבסוף הפכה לשותפה בקריירה שלו כסופר, תחת הסוגה שהמציא, סיפורת הרצח. מאוחר יותר פרסמה לונדון קובץ סיפורים וציורים הנקרא על שם הסוגה, סיפורת רצח, שיצא לאור ב-1990. ספר נוסף, מעבר לסיפורת הרצח, פורסם כעבור שנתיים. המעשיות המתוארות בשני הספרים מאופיינות בתיאורים גרפיים ארוכים של עינויים אלימים כלפי נשים צעירות, המסתיימים ברציחתן והטלת מומים בגופן, בדרך כלל מנקודת מבטו של הרוצח, המוצג כמעט תמיד בתור שוטר מושחת.
שייפר המשיך להתעקש בתוקף שהסיפורים שכתב היו בדיוניים לחלוטין וכי החל לכתוב סיפורת מאותו הסוג במהלך שנות ה-60. לדבריו, שאב את ההשראה למעשיותיו לאחר שצפה בסרט הגור בבימויו של הרשל גורדון לואיס מ-1963. על אף כן, רשויות החוק ראו את סיפוריו כתיאורים מעורפלים של פשעיו האמיתיים. במכתבים פרטיים ששלח לעורך דינו הודה שייפר שהשערות אלו היו למעשה נכונות, ואף כתב כי אחד הסיפורים, שדי הרצח, תיאר את רציחתן של בריסקולינה ופרמר.
גרסה מתוקנת של ספרו אשר פורסמה לאחר מותו הציגה מספר סיפורים ומאמרים משני הספרים הראשונים, יחד עם קובץ מכתבים שכתב ללונדון, בהם נטל את האחריות על רציחתן של עשרות נערות ונשים צעירות. כמו כן הזכיר את הרוצח הסדרתי טד בנדי, אותו כינה טירו, קרי טירון או חייל צעיר, אשר לדבריו העריץ אותו וקינא בו בעת ובעונה אחת. שייפר האשים את בנדי בכך שהעתיק את פשעיו וניסה לחקות אותו.
לונדון הבחינה כי בזמן ששלחו מכתבים זה לזו, טען שייפר לחפותו בפני הציבור ואיים לתבוע את כל מי שתייג אותו כרוצח סדרתי. במכתב אחד שקיבלה כתב כי החל לרצוח נשים ב-1965, כאשר היה בן תשע עשרה. במכתב אחר נטל אחריות על היעלמותן של שתי תלמידות בית ספר בדצמבר 1969, ונדי סטיבנסון בת השמונה ופגי ראן בת התשע. לפי הכתוב, חטף אותן שייפר בפומפנו ביץ' ואכל את גופותיהן, אולם מבחינה רשמית, המשיך להכחיש כל קשר למעורבות במקרה.