ה"קולטורה" אפיינה חלק מהציונים המשכילים החילוניים שדרשו לכלול בתוכנית הרשמית המחייבת של ההסתדרות הציונית את עבודת ה"קולטורה", כלומר על ההסתדרות הציונית לפעול לחידוש היהדות מבחינה תרבותית. במקום הדת שהייתה במשך הדורות הגורם המרכזי המאחד של כל היהודים באשר הם. הכוונה הייתה לתת לעם תרבות לאומית חילונית. לפי ההסתדרות הציונית "להיות עם חופשי בארצנו" פירושו להיות חופשי לא רק מעול הגויים, אלא גם מעול התורה והמצוות.
עם הגיעו של הקונגרס הציוני השלישי, עמד הרב ריינס בראש מחנה הרבנים הציונים שהתקוממו לרעיון זה בצורה נחרצת. שאלת ה"קולטורה" הובאה לקונגרס הציוני השלישי בעקבות החלטת הקונגרס בשנה שקדמה לו. החלטה זו קבעה, כי מבחינה עקרונית שואפת הציונות לא רק לתחייה כלכלית ומדינית, אלא גם לתחייה רוחנית של העם, אך עם זאת לא תנקוט הציונות בניגוד לדת, שכן אין זה עניינה של ההסתדרות הציונית לעסוק בכך.
הרב ריינס שהתנגד לרעיון ה"קולטורה", התנגד גם לרעיון של החייאת השפה העברית, שהיה אבן היסוד של אנשי הקולטורה. באופן אירוני הוא היה היחיד שנאם בקונגרס בשפה העברית. כל שאר הנואמים דיברו בגרמנית. רעיון החייאת השפה העברית נדחה ושלום הבית נשמר. גם בקונגרס הרביעי בשנת 1900 עלתה הסוגיה על הפרק ונדחתה.
לקראת הקונגרס הציוני החמישי ב־1901 התארגנו אנשי ה"קולטורה" – הציונים המשכילים, בסיעה מיוחדת שכונתה "הפראקציה העממית", כאשר אחת המטרות המרכזיות הייתה הגבלת השפעת הדתיים בתנועה הציונית, כך שתהיה חובה לאחד את עבודת התרבות כחלק בלתי נפרד מהחובות הציוניות. כוחם של אנשי ה"קולטורה" גבר, מצב זה הוביל לוויכוח גדול בין הצד הדתי לחילוני.
ייסוד ה"מזרחי".
הוויכוח שהתעורר בין אנשי הקולטורה לדתיים עורר ברב ריינס את הרצון להקים את מפלגת "המזרחי". עד אז היו חברים בקונגרס סיעות שונות, כעת בעזרת הצעירים הדתיים הצליח הרב ריינס להקים מפלגה שמטרתה להוות חלק מהתנועה הציונית תוך שימור ישותה העצמית-דתית.
בהמשך פורסם "קול קורא" בהשראתו של הרב ריינס. בזה משתקפת עמדת מחבריו באשר ליחסי דת והתנועה הלאומית. בסקירה ההיסטורית מודגש הקשר של הציונות לחיבת ציון. ההתייחסות החיובית של החרדים אל הפעולה הזאת נראתה כמובנת מאליו, שכן היה רצון לתחייה של שיבת ציון שתתן ביטחון וצביון מיוחד לעם ישראל.
בין הנימוקים ב"קול קורא" נקראו היהודים החרדיים להצטרף לתנועה הציונית כחובה הלכתית, שכן ישנה מצווה ביישוב ארץ ישראל. ה"קול קורא" הקדיש תשומת לב לשאלת שיתוף פעולה עם החילונים בתוך התנועה הציונית. לטענת הרב ריינס אסור לפחד מלהשתתף בפעילות מבורכת, גם אם יתקלו באנשים החולקים על דעתם. בנושא יישוב ארץ ישראל יש לשתף פעולה עם החילוניים.
כדי למנוע מבעלי הדעות החילוניים להטמיע את חותמם על התנועה הציונית ועל דמות היישוב היהודי בארץ ישראל, הוקם המרכז הרוחני ושמו "המזרחי". מרכז זה תפקידו לארגן בתוכו את הציונים החרדים כדי להגן על דעותיהם. המזרחי ראה לעצמו מטרה כפולה, מצד אחד "להאציל מרוח היהדות הנאמנה על הציונות בכללה, ולחזק ולהרחיב את רגש הדת בתוך הציונות", ומצד שני – "להפיץ את רוח הציונות בכל גבולות אחינו היראים למקומותיהם".
כינוס היסוד של "המזרחי" היה בשנת 1902 בפרשבורג שבסלובקיה, כשעל הפרק נושא "הקולטורה". הפולמוס הגיע לשיאו בוועידת מינסק ברוסיה באותה שנה. ועידה זו היוותה את מבחן הכוח הראשון בין ה"מזרחי" ל"פראקציה העממית". הייתה זו הוועידה הראשונה של ציוני רוסיה שהתכנסה על ידי השלטונות.
ועידה זו עוררה עניין רב, ואף כונתה "הקונגרס של ציוני רוסיה". הוועידה דנה בבעיית היהודים, כאשר הנושא הנוסף המרכזי שנידון בוועידה היה נושא הקולטורה שעורר ויכוח סוער שנמשך שלושה ימים. הרב ריינס השתתף בוויכוח והגיע בנאומו עד לכדי דמעות. בדבריו אמר שמטרת הקונגרס הייתה למצוא בית לעם היהודי, אבל ה"קולטורה" לדידו הביאה רק צרות.
הרב ריינס הגיע לקונגרס הציוני החמישי עם תמיכה מלאה של מפלגתו. קבוצה נוספת בקונגרס הייתה קבוצה של ציוניים לא דתיים שהתנגדו ל"קולטורה" מטעמים מדיניים. לדעתם יש לפעול באמצעים מדיניים להקמת מדינה יהודית. כל פעילות אחרת תגרע מהתוצאה המיוחלת. קבוצה זו הצטרפה לרב ריינס ולציונים הדתיים.
אנשי "הפראקציה העממית", חששו שתביעתם תידחה ופרשו מהקונגרס. הרצל שפחד שיחול פילוג בתנועה הציונית הלך ופייס בין הצדדים. הרב ריינס ראה שעל פי רוב יש רצון להכניס את רעיון הקולטורה, והבין כי יציאה למאבק לבד לא תביא לתועלת דתית, ואף עלולה להביא לנזק. הריחוק לדידו עלול לקלקל מלתקן. סופו של הקונגרס היה בקבלת ההצעה, תוך הסכמה מפורשת שנעשתה בין אחד העם לרב ריינס, כי החינוך הדתי יישאר בידי הדתיים. כלומר, הרב ריינס קיבל את ההצעה בתנאי שיהיו שתי מערכות חינוך נפרדות אחת ציונית חילונית בהשפעת הקולטורה ואחת ציונית דתית. בתום הקונגרס נבחרו הוועדות הארציות לתרבות.
לאחר הקמת המזרחי יצא למסע פגישות בין גדולי ישראל במזרח אירופה בנושא התנועה החדשה ביניהם נפגש עם הדיין מפרשבורג רבי דוד ניימן-לאקנבך, על מנת להפחית את ההתנגדות הצפויה לתנועה החדשה. במקרים שונים גרמה ההתנגדות אף למניעת פגישה אפשרית, כדוגמת בקשה לפגישה עם האדמו"ר מגור, ה'שפת אמת'
תוכנית אוגנדה.
לאחר שהניסיון לקבל צ'רטר על ארץ ישראל מהשלטון הטורקי לא צלח, קיבל הרצל הצעה משר המושבות הבריטי, ג'וזף צ'מברלין, לקבל את אוגנדה שבאפריקה. בקונגרס הציוני השישי בשנת 1903, בעקבות מאורעות קישינב, הרצל היה מודע להתנגדות שעלולה להתעורר, ולכן הציע את התוכנית כ"מקלט לילה" ליהודים הנרדפים ברוסיה.
נושא אוגנדה הביא לוויכוח גדול בקונגרס. המחנה הציוני התחלק באופן מובהק לתומכים ומתנגדים. גם בתוך תנועת המזרחי נוצר וויכוח גדול. הרב ריינס שהושפע גם הוא מהמאורעות הקשים שעברו על היהודים באותה תקופה האמין, כי עם ישראל בסכנה פיזית-קיומית ולכן מבחינתו התוכנית תאפשר הצלה זמנית של העם היהודי, בנוסף מאחר שהיה מקורב להרצל, החליט להימנע בהצבעה שהתקיימה אודות ההצעה לשלוח משלחת חקר שתבדוק את היתכנות ההתיישבות היהודית באוגנדה.
הוא הסביר את עמדתו במכתב לאחד מראשי הציונות:
הרב ריינס רואה בתוכנית זו תוכנית זמנית, כאשר היעד הסופי הוא ארץ ישראל.
בעקבות הוויכוחים הוחלט לשלוח משלחת עסקנים של הסוכנות היהודית, במטרה לבדוק את השטח באוגנדה. המשלחת חזרה עם דו"ח מפורט בו מצוין, כי האזור איננו ראוי להתיישבות וההצעה ירדה מהפרק.
אחרית ימיו.
לאחר הקונגרס הציוני ה-10 בשנת 1910 עזבו חלק מחברי "המזרחי" את ההסתדרות הציונית, אך הרב ריינס נלחם נגד מגמה זו ונותר מנהיג "המזרחי" עד לפטירתו.
רעיונותיו החדשניים לא התקבלו בעין יפה בקרב מרבית האורתודוקסים בזמנו ואף זכה להשמצות רבות עד לכדי חרם. אף על פי שחיבר ספרים רבים, רק שלשה עשר מתוכם יצאו לאור, ועשרות רבות עודם בכתב יד.
הוא נקבר בבית העלמין היהודי בלידא שנהרס בשנת 1941, וכיום לא ידוע מקום קבורתו המדויק.
הנצחה.
על שמו נקראו המושבה נווה יעקב שחרבה במלחמת העצמאות, המושב שדה יעקב, השכונה נווה יעקב בירושלים, וכן רחובות רבים בערי ישראל.
צאצאיו.
בנו הרב אברהם דב בער ריינס שימש כמשגיח בישיבת אביו וכרב בקהילות בליטא ובארצות הברית. בשנת תרפ"ו הוציא לאור בניו יורק את "ספר הערכים" של אביו, המלוקט משישה כתבי יד שונים, ועוסק בעיקר בענייני השקפה ואמונה. הוא נפטר בירושלים ב-1967. בן נוסף, משה, נפטר בגיל 21. כתביו של משה ריינס שהתמחה בעיקר בהיסטוריה יהודית יצאו לאור בתשע"ח.
בתו היחידה נישאה לרב אהרן רבינוביץ, ששימש כרב העיר לידא לאחר פטירת חותנו. שניהם נרצחו בשואה עם שתי בנותיהם בשנת 1942.
חיבוריו.
ספרי הלכות:
ספרי דרשות:
ספרי הגות והשקפה:
הרב ריינס
פלסמיד
פלסמיד הוא מקטע DNA מעגלי שאינו חלק מה-DNA הכרומוזומלי, ומתפקד כיחידה עצמאית המסוגלת להשתכפל בעצמה, אשר מיקרו אורגניזמים שונים מסוגלים להעביר אותה אחד לשני בתהליך הקרוי קוניוגציה, ובכך מתאפשרת העברת תכונות וגנים מחיידק בעל פלסמיד הקרוי חיידק תורם, לחיידק בעל חוסר בפלסמיד (חיידק מקבל, או -F). בין הגנים שבפלסמיד יש את היכולת לחיידק לתרום בעצמו פלסמיד. הפלסמיד לרוב מופיע בחיידקים, אך יכול להופיע גם באורגניזמים אאוקריוטיים (כדוגמת שמר האפייה).
סוגי חיידקים תורמי פלסמיד.
1. במצב +F המטען הגנטי המועבר בקוניוגציה הוא של הפלסמיד בלבד. החיידק המקבל הופך אפוא לבעל פלסמיד ומסוגל להפוך גם לתורם.
2. במצב HFR הפלסמיד עבר איחוי ל-DNA הכרומוזומאלי, וכתוצאה מכך מועברים בקוניוגציה ראשית כל גנים מה-DNA הכרומוזומאלי. העברת הגנים מהפלסמיד נדחית, וזמן הקוניוגציה קצר מכדי שתכונות מהפלסמיד יועברו לחיידק המקבל. לכן, חיידק שקיבל פלסמיד מתורם מסוג HFR לרוב יוותר חסר פלסמיד. מצב HFR הוא הפיך, כלומר, פלסמיד שהתאחה עם ה-DNA הכרומוזומאלי עשוי לעיתים לשוב ולהפרד ממנו.
3. במצב 'F נפרד הפלסמיד מה-DNA הכרומוזומאלי שהיה מאוחה בו (HFR) ולקח איתו תכונות של ה-DNA הכרומוזומאלי (לו נפרד ממנו בלי לקחת תכונות, היה שב החיידק למצב +F רגיל). במקרה כזה, קוניוגציה תתרחש כמו במצב +F והפלסמיד בלבד יועתק אל חיידק מקבל. אולם, בניגוד למצב +F, כאן יועתק במסגרת הפלסמיד גם מידע מה-DNA הכרומוזומאלי של התורם.
אפיזומים.
אפיזומים הם פלסמידים המסוגלים להשתלב ב-DNA הכרומוזומלי. דבר זה מאפשר להם להישאר יציבים במשך זמן רב, להיות מוכפלים עם כל הכפלה של התא, ולעיתים אף להשתלב לצמיתות בחומר התורשתי של החיידק.
חשיבותם האקולוגית של הפלסמידים.