רבי חיים בן עטר התפרסם בסלא גם כדרשן; הוא נהג לשאת שתי דרשות יומיות באחד מבתי הכנסת בעיר ונחשב לדרשן מוצלח. בנוסף, שימש כגבאי צדקה, וטרח רבות לדאוג שכל עשירי העיר יתרמו למגביות שערך עבור העניים. אגדה רווחת הכרוכה בעיסוקו זה מספרת כי פעם בימי רעב השיג כמות קטנה של בשר לחלוקה לחכמים צעירים, וסירב למכור מהבשר לאדם אמיד שלא מצא בשר למכירה. הלה גידף את אחד החכמים הצעירים; לאחר שמת באופן פתאומי סמוך לזמן זה, תלה רבי חיים בן עטר את מותו בו, וגזר על עצמו גלות. יש המסבירים לאור אגדה זו עדויות להימצאו בערים שונות במרוקו בתקופה זו בה היו ביתו ומשפחתו בסלא.
מאחר שלא נולדו לו בנים (אלא רק בנות), נשא רבי חיים בן עטר בשלב מסוים אישה נוספת בשם אסתר בת מאיר ביבאס. סביר להניח שהיה זה כעשר שנים לאחר נישואיו הראשונים. פאצוניה ואסתר חיו עמו עד פטירתו בירושלים.
בשנת ה'ת"פ (1720) בערך נפטר אבי המשפחה רבי חיים בן עטר הזקן, שהיה עד פטירתו רבו הקרוב של נכדו. בשנים שלאחר פטירתו הורע גם מצבה הכלכלי של המשפחה; בשנים 1721–1723 שררה בצורת בכל רחבי מרוקו, ויוקר המחיה עלה, מה שהוסיף לערער את פרנסת המשפחה. משה בן עטר, חמיו של רבי חיים בן עטר, היה אדם עשיר ומוכר, וקיים קשרים עם בית המלוכה. מולאי איסמעיל, מלך מרוקו באותה עת, נודע באכזריותו כנגד נוצרים, אך כלפי היהודים גילה אדישות. אף שלא רדף בפועל את היהודים, לא מנע השפלות ופוגרומים עממיים שהתרחשו נגדם בדרום מרוקו בתקופת שלטונו, ואף הטיל על הקהילות היהודיות, ואף על מקורביו מקרב היהודים, מיסים רבים. בשנת 1722 הושלך משה בן עטר לכלא בשל הלשנה, ושוחרר תמורת תשלום כופר כספי גבוה. בראשית 1723 נפטר נגיד יהדות מרוקו, רבי אברהם מאימראן, שהיה מקורב למלך ושימש כמתווך בינו לבין קהילות יהודי מרוקו. לאחר פטירת אחיו משה מאימראן באותה שנה (תשרי תפ"ד), התמנה בן עטר לנגיד. בחודש אדר ה'תפ"ד (1724) חרץ המלך את דינו של משה בן עטר לשריפה, והמיר את העונש בקנס כספי. זמן קצר לאחר מכן לקה בלבו ומת. למעשה, עם מותו של חמיו איבד רבי חיים בן עטר את מקור הכנסתו היחיד.
גם מירושת חמיו לא נותר בידיו דבר. שורה של סכסוכים משפטיים קשים עם מוסלמים שעמדו בקשרי מסחר עם חמיו ולאחר מותו באו בתביעות שונות, ועם אנשים מהקהילה היהודית, כילו את כל הכסף שהשאיר אחריו. בעטיו של אחד הסכסוכים הלשין עליו פלוני לשלטונות, והוא ישב במאסר תקופה קצרה. במקביל המשיכו אנשי המלך לדרוש ממנו מיסים לפי אומדן הרכוש המקורי של חמיו, אף שכבר לא היה בידו. מחלוקת כספית נוספת נוצרה בין רבי חיים ואביו רבי משה בן עטר לבין בני משפחת ביבאס: מחסן שהיה שייך לאדם בשם שמואל כהן נרכש בשותפות על ידי משה בן חיים בן עטר, ובן דודו משה בן שם טוב בן עטר. הם הפכו אותו לבית כנסת שנקרא "צלאת בן עטר", ומינו את הרב יעקב ביבאס לחזן קבוע ולדרשן. בתמורה נקבע כי הכנסות בית הכנסת מתרומות וכדומה יהיו של ביבאס. לאחר פטירתו המשיכו את ההסדר בניו, רבי חיים ורבי יוסף ביבאס. לאחר פטירת משה בן שם טוב בן עטר והתערערות מצבה הכלכלי של המשפחה, ביקשו רבי חיים בן עטר ואביו להפסיק את ההסדר. בני ביבאס סירבו, והסכסוך שהתפתח הגיע לבוררות בפני דיינים שונים מחכמי פס ומקנס. בני משפחת ביבאס הצליחו להשיג את תמיכתו של רבי יהודה בן עטר, מגדולי חכמי יהדות מרוקו, אך לא הצליחו לגייס את תמיכתם של רבי משה בירדוגו (המשבי"ר) ורבי יעקב אבן צור (יעב"ץ), שתמכו בבני משפחת בן עטר. בני ביבאס טענו שכוונתו של רבי חיים בן עטר אינה לשם שמים, שהוא רודף כבוד ואוהב לדרוש ברבים, ולכן מנסה לנשלם מתפקיד הדרשן המקומי. אף שמאבקם כפי הנראה לא צלח, נראה שרוב רבני פס תמכו בבני ביבאס, ושנים רבות לאחר מכן עוד נותרו בידי בני פס אגדות מזלזלות על אודות רבי חיים בן עטר. רבי חיים בן עטר התייחס לפרשת ביבאס ברמיזה בהקדמת ספרו "חפץ ה'": "שללו ממני כל אשר חנני ה', כוחי והוני, מעת פטירת אדוני חמי... הנגיד רבי משה בן עטר... וכמה הרפתקי עדו [=הרפתקאות עברו] עלי מהם ומהמוניהם, בני ברית [=יהודים] ושאינם בני ברית". רבי חיים בן עטר איבד למעשה את מקור פרנסתו, ובמשך תקופה מסוימת פִּרנס אותו אביו.
בשנים תפ"ז-תפ"ט (1727–1728) התנהלה ברחבי מרוקו מלחמת ירושה בין יורשי איסמעיל מלך מרוקו, שמת בסוף חורף תפ"ז (מרץ 1727), והיהודים סבלו ממצבו הרעוע של ביטחון הפנים; באחת ההתנפלויות על המלאח במקנס נהרגו 180 יהודים. גם במהלך המהומות עדיין מצא רבי חיים בן עטר זמן לעסוק בכתיבת חידושיו, ולמעשה רוב החומר לספרו "חפץ ה'" הוכן בימים אלו. בהקדמתו לספר הוא מסביר את חוסר הסימטריה הסגנונית בספר – קטעים ארוכים מובהרים היטב, לצד קטעים קצרים מאוד בכתיבה תמציתית – בכך שלפעמים בשל המהומות ידע שזמנו קצר, או שלא היה מרוכז כל הצורך כדי להסביר את עצמו באריכות.
לקראת סוף ימיו בסלא יצא להגנת רבני העיר, בפרשה שבה פסקו רבני פאס שלא כדעתם תוך מתיחת ביקורת עליהם. בפסק דינו גונן על רבני עירו ונזף ברבני פס על התנהלותם.
בשנת תצ"א, בגיל 35, סיים לסדר לדפוס את ספרו הראשון "חפץ ה'", ויצא למסע קצר בערי מרוקו כדי לקבל הסכמות לספרו לקראת הדפסתו המתוכננת. מלבד רבני סאלי, הוא קיבל את הסכמותיהם של גדולי מרוקו, רבי יהודה בן עטר ורבי יעקב אבן צור. הסכמות אלו היו נחוצות להדפסת ספרו, כמקובל באותם ימים, ועם השגתן הפליג מאחד מנמלי מרוקו בדרכו לאירופה. משם המשיך במסע יבשתי צפונה אל אמסטרדם, שבה היה הדפוס העברי של שלמה פרופס, ובה התעתד להדפיס את ספרו. באמסטרדם ביקש וקיבל את הסכמותיהם של רבני שני בתי הדין המקומיים: חברי בית הדין של הקהילה האשכנזית, הרבנים יוסף בער ומשה פרנקפורט, וחברי בית הדין של הקהילה הספרדית, הרבנים דוד ישראל עטיאש ויצחק חיים אבן דנא די בריטון. עם סיום תהליך ההדפסה, שב רבי חיים בן עטר למרוקו.
לאחר שובו מאמסטרדם לסלא שבמרוקו, גילה שבהיעדרו ניצלו יריביו את ההזדמנות לתפוס את השליטה ב"צלאת בן עטר" ונעלו את המקום. הוא החליט לעזוב את עיר מולדתו. מכתביו עולה כי כבר בשלב זה קיבל את ההחלטה לעזוב את מרוקו ולעלות לארץ ישראל. כפי הנראה לא הייתה התוכנית בת-ביצוע בשלב זה, ולכן נדד מזרחה אל פנים היבשת קרוב ל-200 קילומטר, והתיישב זמנית בפאס. בפס חבר אל ראש הישיבה המקומית רבי שמואל אבן אלבאז, ולימד תורה לתלמידים ביחד עמו.
בשנת תצ"ח (1738) שרר רעב כבד במרוקו, ואזור פס ננטש על ידי כל מי שיכול היה לעזוב. רבי חיים בן עטר היה בין הבורחים לעיר הנמל הצפונית טטואן, ובה קיבל את ההחלטה לעלות לארץ ישראל (בשלב זה כפי הנראה עדיין לא החליט להקים ישיבה ובית מדרש בארץ ישראל). בחודש אייר תצ"ט (אביב 1739) יצא לאלג'יר, ומשם לאיטליה.
בערי איטליה.
רבי חיים בן עטר הגיע לליבורנו, אז תחת שלטון בית מדיצ'י, בערב חג השבועות ה'תצ"ט (1739), כשעמו שתי נשותיו ושני תלמידים שבאו עמו ממרוקו. בחג השבועות עצמו שוחררו ממחנה ההסגר שבו הוחזקו, כמקובל, לצורך בדיקות רפואיות, ונכנסו אל העיר. בליבורנו תמכו בו כלכלית כמה מנכבדי קהילת ליבורנו, ובהם משה בן שלמה פרנקו, שעלה עמו מאוחר יותר לארץ ישראל. הוא המשיך בה בהרצאת שיעורים לתלמידיו ולבני הקהילה, ואף נשא דרשות לנשות הקהילה. .
לפני עלייתו לארץ ישראל שהה רבי חיים בן עטר ברחבי חצי האי האפניני, במרחב האיטלקי שעמד אז תחת ריבונות מפוצלת, כשנתיים בסך הכול; אך לדברי אלעזר טויטו, לאחר שהגיע לאיטליה שב בשנית לאלג'יר לצורך עשיית נפשות לקראת עלייתו לארץ ישראל ותוכניתו לכונן בה בית מדרש גדול. מסע זה התרחש בנקודת זמן כלשהי בין חודש אב תצ"ט לחודש חשוון ה'תק"א. בתקופה זו הדפיס בליבורנו את ספריו "אור החיים" ו"פרי תואר".
במהלך חורף ה'ת"ק (1740) נפוצו ברחבי העולם היהודי ידיעות על כוונותיו של רבי חיים אבולעפיה לחזור ולעלות מאיזמיר לארץ ישראל, באשר שליט הגליל עצמו, דאהר אל-עומר, הזמינו לבוא ולחדש את היישוב היהודי בטבריה ובגליל. בשלב זה החליט רבי חיים בן עטר להצטרף למגמת העלייה לארץ ישראל שהחלה מתפתחת בקהילות שונות באותה תקופה. הוא החל לתכנן את עלייתו לארץ ישראל בראש תנועת עלייה עצמאית שגיבש סביבו, והחל לארגן תוכניות להקמת ישיבה בארץ ישראל. בפנותו לקהל שומעי שיעוריו מקרב תושבי ליבורנו, גייס כמה מנכבדי הקהילה כגבאים לאיסוף כספים למטרות העלייה. נכבדים אלו התחייבו לדאוג לתקציב חודשי שוטף לישיבה לכשתקום בארץ ישראל. "ועד נאמנים" זה היה המממן העיקרי של הישיבה בכל שנות פעילותה בירושלים, גם לאחר פטירתו. ידוע כי באותו מקום התקיימה ישיבה לפחות עד לשנת 1866.
רבי חיים בן עטר הבין כי את עיקר העולים לארץ ישראל יהיה עליו לגייס מקרב יהודי מרוקו, לנוכח מצב החיים הסבוך בה, ושמיהודי איטליה יוכל לגייס בעיקר תמיכה כלכלית, שתגיע רק לאחר שירכז מספר בחורים ניכר; הוא יצר, לפיכך, קשר עם חבריו ותלמידיו במרוקו, ועודד אותם להצטרף לקבוצת העלייה שיזם. אלו שהשתכנעו ורצו להצטרף התארגנו ליציאה משותפת ממרוקו והגיעו בחודשי האביב של שנת 1740 לאלג'יר. לפי טויטו, בשלב זה בא רבי חיים בן עטר בעצמו לאלג'יר ושהה בה עם תלמידיו מספר שבועות.