כבר בימים הראשונים של תוכנית ה-U2, הזהיר אייזנהאואר את יועציו, ש"אם אחד מהמטוסים הללו יפול, הולכת להיות כאן סערה". בנאום ששודר בטלוויזיה וברדיו לאחר הוועידה הכושלת, הצהיר אייזנהאואר שהוא "לוקח אחריות מלאה על אישור כל התוכניות השונות על ידי הממשל במטרה להשיג מידע מודיעיני.. בנוגע ל'טיימינג' (קרוב כ"כ לכינוס הועידה), השאלה הייתה האם לעצור את התוכנית ולוותר על איסוף מודיעין חיוני, שלא היה זמין לאחר מכן. החלטתי שלא לעצור את התוכנית. האמת הישרה היא זו: כאשר לאומה דרושה פעילות מודיעינית, אין זמן בו ניתן להפסיק את העירנות". דרך אגב, מפרל הארבור למדנו שאפילו משא ומתן בעצמו יכול לשמש כמסווה להכנות למתקפת פתע".
בפועל, המוניטין של אייזנהאואר לא ניזוק בגלל המשבר, אם כי זה של האדמיניסטרציה דווקא כן; ועדת יחסי החוץ של הסנאט, בראשות הסנאטור ג. ויליאם פולברייט, חקרה באריכות את תקרית ה-U2, ואף ערכה שימוע למזכיר המדינה הרטר ולמזכיר ההגנה גייטס. מבקרי הקבינט טענו ביתר שאת כי תוכניות ההגנה הלאומיות אינן יעילות; האווירה בארצות הברית הייתה כי המלחמה הקרה עומדת להימשך לזמן בלתי מוגבל, הבנה זו פגעה ברפובליקנים לקראת הבחירות לנשיאות הממשמשות ובאות. כפי שניקסון אמר לאחר מכן שבגלל תקרית ה-U2, השימוש של הרפובליקנים בקמפיין הבחירות לנשיאות ב-1960 בסוגיית השלום - הוכתם.
המהפכה הקובנית.
בינואר 1959, הודח הנשיא פולחנסיו בטיסטה, בן בריתה של ארצות הברית, במהלך המהפכה הקובנית. המשטר החדש, בהנהגת פידל קסטרו, היה קומוניסטי ונוצר חשש שיכרות ברית עם הסובייטים. כשקסטרו ביקר בארצות הברית באפריל, 1959, סירב אייזנהאואר להיפגש איתו וניקסון נפגש איתו. ה-CIA הקים מחנות אימונים בניקרגואה לאימון מתנגדי המשטר. מעט לאחר עזיבתו של אייזנהאואר את התפקיד, השתמש הנשיא ג'ון פיצג'רלד קנדי במתנגדים במהלך הפלישה למפרץ החזירים, שנכשלה.
ביקורים בינלאומיים.
בהיותו הנשיא הנבחר, ביקר אייזנהאואר ביקור בינלאומי אחד, בקוריאה הדרומית ב-5 בדצמבר 1952, כשביקר בסיאול ובאזורי הקרבות. במהלך נשיאותו נסע שש עשרה פעמים ל-26 מדינות. בין אוגוסט 1959 ליוני 1960, נסע לאירופה, דרום-מזרח אסיה, דרום אמריקה, המזרח התיכון ודרום אסיה. בדצמבר 1959 ביקר באחת עשרה מדינות, כולל חמש באסיה, כשהוא עובר 22,000 מיילים בתשעה עשר ימים.
מדיניות פנים.
בלתי מפלגתיות.
בענייני פנים, התאמץ אייזנהאואר לדבוק בעמדה בלתי-מפלגתית ככל שיכל. כאשר השיגו הדמוקרטים רוב בסנאט ובבית הנבחרים, בשנת 1954, דבר שמטבע הדברים הגביל את כוחו של הנשיא בענייני פנים, דווקא עמדתו הבלתי-מפלגתית אפשרה לו לעבוד בצורה חלקה עם מנהיג הרוב בסנאט, לינדון ג'ונסון, ועם דובר בית הנבחרים סם רייבורן הדמוקרטים. ג'ין אדוארד סמית', מהביוגרפים של אייזנהאואר, תיאר את הקשר ביניהם כך:
מדיניות פיסקלית.
אייזנהאואר היה שמרן פיסקלי, שמדיניותו הייתה קרובה לזו של טאפט - שניהם תמכו במדיניות שוק חופשי. במהלך תקופת נשיאותו של אייזנהאואר שיעור המס השולי עמד על 91% - בין הגבוהים בהיסטוריה האמריקנית. כאשר הרפובליקנים שלטו בבית הנבחרים ובסנאט לאחר הבחירות לנשיאות ב-1952, לחצו השמרנים על הנשיא לתמוך בהפחתת מיסים; אייזנהאואר, מצידו, העניק חשיבות רבה יותר לאיזון התקציב, והאמין שלא ניתן יהיה להפחית את שיעור המס עד שדבר זה יתרחש. "איננו יכולים לאפשר הפחתת מיסים", כך אמר, "עד אשר נכין תוכנית הוצאות אשר תציג מאזן של גורמי ההכנסות וההוצאות". אייזנהאואר שמר על החוב הלאומי ועל האינפלציה בשיעור הקרוב לאפס.
היו שלוש תקופות מיתון במהלך נשיאותו של אייזנהאואר: יולי 1953-מאי 1954, אוגוסט 1957-אפריל 1958 ואפריל 1960-פברואר 1961. הסיבות לכך היו הגבלת היצע הכסף בידי מועצת הנגידים של הבנק הפדרלי בניסיון לחסל את האינפלציה מתקופת המלחמה. בשמונה שנותיו בבית הלבן הייתה הצמיחה בתמ"ג בשיעור ממוצע של 2.5%. ההוצאה הממשלתית כאחוז מהתוצר ירדה מ-20.4% ל-18.4%. מאז תקופת אייזנהאואר, לא התרחשה הורדת הוצאות כאחוז מהתוצר. שוק המניות עלה במהלך כהונתו, כשמדד דאו ג'ונס הכפיל את עצמו (מ-288 נקודות ל-634), וההכנסה האישית עלתה ב-45%.
הגירה.
בעקבות לחצו של אייזנהאואר, העביר הקונגרס ב-1953 חוק סיוע לפליטים, שאישר כניסת 214,000 פליטים ממדינות אירופאיות לתחומי ארצות הברית בין 1953 ל-1956, מעבר למכסות ההגירה. הנוסחה לחישוב המכסות הפכה למגבילה יותר כתוצאה מחוק ההגירה והלאום של 1952 שהעביר הקונגרס למרות הווטו של הנשיא טרומן.
בתגובה למחאה הציבורית, בעיקר מקליפורניה, בנוגע לעלות השירותים למהגרים הבלתי חוקיים ממקסיקו, מינה אייזנהאואר את ג'וזף סווינג, יו"ר סוכנות ההגירה והאזרוח של ארצות הברית, להשתלט על המצב בגבול עם מקסיקו. ב-17 ביוני 1954, החל סווינג במבצע לסילוק פליטים מקליפורניה, אריזונה וטקסס. משמר הגבול של ארצות הברית דיווח על 1.3 מיליון אנשים (מספר שרבים החשיבו למנופח) שסולקו או עזבו את ארצות הברית ב-1954. מספר המהגרים החוקיים ממקסיקו גדל במהירות, מ-18,454 ב-1953 ל-65,047 ב-1956.
מקארתיזם.
הדמוקרטים תקפו את אייזנהאואר על כך שלא התנגד לרדיפת הקומוניסטים של הסנאטור ג'וזף מקארתי. באופן פרטי שנא אייזנהאואר את האסטרטגיה של מקארתי. אייזנהאואר ניסה לפעול כנגד מקארתי מאחורי הקלעים, והרכיב כוח משימה שהורכב משרמן אדמס והנרי קבוט לודג' הבן, כדי להגן על הצבא מפני מקארתי, מה שהוביל לנפילתו במהלך ניסיונו לחקור את הצבא.
זכויות האזרח.
ב-17 במאי 1954, פסק בית המשפט העליון את פסק דין בראון נגד מועצת החינוך, והכריז שהקמת בתי ספר ציבוריים נפרדים עבור תלמידים שחורים ולבנים אינה חוקתית. תגובתו של הנשיא הייתה צוננת יחסית, בטענה שהוא הושבע למלא אחר הוראות החוקה ולכן מחויב למלא את פסק הדין. בשש השנים הבאות, לא התבטא אייזנהאואר בחיוב לגבי פסק הדין. שתיקתו הובילה את מנהיגי זכויות האזרח להתרשם שלא היה אכפת לו ממאבקם של השחורים. בנוסף, שתיקתו עודדה את תומכי ההפרדה הגזעית להתנגד לעירוב גזעי.
בספטמבר, 1957, שלח אייזנהאואר חיילים אל ליטל רוק, ארקנסו, לאחר שהמושל אורוול פובוס הפר את הפקודה שקראה לעירוב גזעי בבתי הספר הציבוריים. החיילים ליוו תשעה תלמידים שחורים אל התיכון. אייזנהאואר כתב חקיקה שנועדה ליצור ועדה לנושא זכויות האזרח במחלקת המשפטים, ולהגן על זכויות ההצבעה שלהם. ניקסון מנע פיליבסטר בסנאט והוביל להעברת חוק זכויות האזרח של 1957. החוק, יחד עם חוק דומה מ-1960, היו חוקי זכויות האזרח הראשונים מאז 1875.
טרומן החל את שילובם של השחורים בצבא האמריקני ב-1948, אולם היישום היה איטי. אייזנהאואר הבהיר בנאום מצב האומה שלו בפברואר 1953, שישתמש בסמכותו כדי לבטל כל הפרדה גזעית במחוז קולומביה, בממשלה ובצבא. הוא השתמש בשליטתו בתקציב הביטחון כדי להשיג את תמיכת הקצינים. מזכיר הצי ביקש להכיר באזורים מסוימים בהם לא יוכל לפעול לעירוב גזעי, אולם אייזנהאואר סירב לכך.
במהלך המלחמה הקרה, השתמשו הסובייטים בגזענות באמריקה לצורך תעמולה. בכהונתו השנייה, כתב העיתון הסובייטי איזבסטיה כתבות נגד המשטרה בליטל רוק, מה שגרם לאייזנהאואר להפוך את נושא השילוב הגזעי לנושא של ביטחון לאומי.
מערכת הכבישים הבין-מדינתיים.
אחד מהישגיו של אייזנהאואר היה הקמת מערכת הכבישים הבין-מדינתיים, אותה אישר הקונגרס ב-1956. אחת מהסיבות לפיתוח המערכת היה החשש ממתקפה גרעינית על הערים. הלוביסטים טענו שהכבישים יסייעו לפינוי האוכלוסייה וגם יעודדו פיזור אוכלוסין. אחרים הדגישו את התרומה לכלכלה ואת התמריץ למשק.
תמיכתו של הנשיא בפרויקט הושפעה מחוויותיו בתור חייל צעיר בדרכים. אייזנהאואר העריך את מערכת הכבישים הגרמנית שאותה הכיר מתקופתו כמפקד כוחות בעלות הברית באירופה. הוא הכיר בכך שהמערכת תאפשר נתיבי מילוט לאזרחים ותאפשר גם העברה מהירה של אספקה צבאית.
אייזנהאואר מינה את חברו, הגנרל בדימוס לוציוס קליי, לעמוד בראש הוועדה לנושא. בינואר 1955 הומלץ על תוכנית של עשר שנים בעלות של 101 מיליארד דולרים לבניית 41,000 מייל של כבישים שיקשרו בין הערים. קליי ביקש להשתמש גם בכבישי אגרה. הפשרות עם הדמוקרטים אילצו את מימון המערכת במס על צמיגים ומס דלק זעום. הממשלה מימנה תשעים אחוז מהפרויקט, כשהמדינות בנו ושלטו בכבישים.
בטווח הארוך הייתה התוכנית הצלחה כבירה. למרות ההתנגדות לפינוי שכונות מהערים, המערכת עצמה התקבלה בצורה טובה. מערכת הרכבות הידרדרה, אולם עלות הנסיעות צנחה. תהליך הפרוור גדל, ונוצר שפע של דיור זול. גם התיירות צמחה, ודרשה עוד שירותים לתיירים. רבים עברו לגור באזור חגורת השמש משתרע מדרום מזרח ארצות הברית עד דרום מערבה.
תוכנית החלל.
ארצות הברית הייתה המעצמה השולטת בתחילת שנות החמישים. טיסות ריגול של מטוס הלוקהיד U-2 מעל ברית המועצות חשף את יתרונה של ברית המועצות בנושאי הגרעין. ב-1955, החלו ארצות הברית וברית המועצות לבנות טילים בליסטיים שיוכלו לשגר חפצים אל החלל. שתי המדינות הכריזו במרחק קצר שתכננו לשגר לוויינים מלאכותיים בתוך כמה שנים. ארצות הברית הכריזה שבין 1 ביולי 1957 ו-31 בדצמבר 1958, תשגר לוויין לחלל כתרומה אל השנה הגאופיזית הבינלאומית.