בכל מקרה הייתה לדרום אפריקה תוכנית גרעינית באותה תקופה והמיקום הגאוגרפי של הפיצוץ מרמז על מעורבותה. יחד עם זאת, לאחר נפילת משטר האפרטהייד, גנזה דרום אפריקה את רוב המידע על תוכניתה הגרעינית ועל פי דיווח של הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית לא הייתה לדרום אפריקה היכולת לבצע פיצוץ כזה עד נובמבר 1979, חודשיים אחרי האירוע. מקורות מודיעין אמריקנים זיהו אמצעי ביטחון לא שגרתיים במתקן של דרום אפריקה בוולביס ביי (Walvis Bay) (כיום בנמיביה) שבוע לפני הפיצוץ, מה שהוביל לחשדות שבסיס היציאה לניסוי היה שם. יחד עם זאת קיימת אפשרות סבירה יותר שהממצאים הללו קשורים יותר לתרגילים צבאיים שהתקיימו באזור באותו זמן. ברשות ישראל היו ב-1979 כלי נשק גרעיניים, אך נשאלת השאלה האם הייתה לה את היכולת לקיים ניסוי כזה במרחק אלפי קילומטרים. בהנחה שהיה זה ניסוי ישראלי, סביר להניח שהוא בוצע בשיתוף פעולה ובסיוע דרום אפריקאי.
יצור נשק על ידי דרום אפריקה.
דרום אפריקה ייצרה במשך השנים מגוון כלי נשק, רכבים צבאיים ומטוסים לצרכיה ולמטרות יצוא. חלקם של האמצעים יוצרו תחת רישיון רשמי של יצרניות נשק ממדינות אחרות וחלק אחר יוצר כיוזמה מקומית מלאה. יצור נשק זה התבקש לאור צרכיה הביטחוניים של דרום אפריקה ולאור האמברגו הבינלאומי להספקת נשק שהוטל על דרום אפריקה. יצרניות הנשק העיקריות של דרום אפריקה היו חברות בבעלות ממשלתית כמו דנל (Denel) וארמסקור (Armscor). החברות עסקו בייצור רבים מכלי הנשק של כוחות ההגנה של דרום אפריקה כולל תותחי הוביצר 155 מ"מ.
מלחמת הגבול.
מלחמת הגבול של דרום אפריקה (South African Border War) הייתה עימות שנמשך בין השנים 1966 עד 1989 בעיקר בדרום-מערב אפריקה (כיום נמיביה) ובאנגולה וניטש בין דרום אפריקה ובעלות בריתה, בעיקר "החזית העממית לעצמאות מוחלטת של אנגולה" (UNITA), מצד אחד וממשלת אנגולה, "הארגון העממי של דרום-מערב אפריקה" (SWAPO) ובנות בריתם (בעיקר קובה), מצד שני. מהלכה של מלחמת הגבול נשזר בצורה בולטת במלחמת האזרחים באנגולה ובמלחמת העצמאות של נמיביה.
הרקע לפרוץ המלחמה מתחיל עוד בימי מלחמת העולם הראשונה כאשר כבשה דרום אפריקה את דרום-מערב אפריקה הגרמנית. לאחר סיום המלחמה קיבלה דרום אפריקה מנדט מחבר הלאומים לשלוט במושבה הגרמנית לשעבר. לאחר סיום מלחמת העולם השנייה חפצה דרום אפריקה לספח באופן קבוע את הטריטוריה לשטחה וב-1946 הגישה בקשה ברוח זו לאו"ם. האו"ם סירב לבקשה מאחר שלכל אורך התהליך לא התקיימה התייעצות עם האוכלוסייה המקומית והציע במקום זאת שדרום אפריקה תשלוט בטריטוריה במסגרת משטר נאמנות, דבר שדרום אפריקה סירבה לו ועקב כך התנהל מאבק משפטי לאורך שנים.
ב-1966 פרסם בית הדין הבינלאומי בהאג החלטה כי המנדט לא יכול להימשך מבחינה חוקית ובעקבות הודעה זו הודיעה העצרת הכללית של האו"ם כי המנדט של דרום אפריקה על דרום-מערב אפריקה הסתיים. ב-1971 הודיע בית הדין הבינלאומי כי שלטונה של דרום אפריקה בטריטוריה הוא בלתי חוקי וקרא לה לפנות אותה. למרות שדרום אפריקה שאפה, כאמור, לספח את שטח הטריטוריה, היא לא עשתה כן, אך דה-פקטו התייחסה אל דרום-מערב אפריקה כאל "המחוז החמישי" שלה ותושביה הלבנים זכו לייצוג בפרלמנט של דרום אפריקה (ברוח משטר האפרטהייד).
עקב הסירוב של ממשלת דרום אפריקה למתן עצמאות ועקב יישום חוקי האפרטהייד בדרום מערב אפריקה, נעשתה עמדתו של ארגון SWAPO יותר ויותר מיליטנטית וב-1962 הוא הקים את הזרוע הצבאית שלו (PLAN). ב-1966 הקים SWAPO בסיסים בזמביה וב-26 באוגוסט 1966 פרצו חילופי אש בין כוחות SWAPO לבין כוחות משטרת דרום אפריקה בסיוע חיל האוויר הדרום אפריקאי. הייתה זו תחילתה של המלחמה ארוכת השנים. בתקופה זו החלו גם להתגבש היחידות המיוחדות של צבא דרום אפריקה, שמאוחר יותר, בשנות השבעים, הפכו ליחידות הקומנדו, הצנחנים וחיל הרגלים של הצבא שלקחו חלק פעיל במלחמה. בסוף 1966 הצטרפה UNITA למאבק בפורטוגל למען עצמאותה של אנגולה. ב-1967 תקפו מסוקים של חיל האוויר הדרום אפריקאי מטרות של המורדים באנגולה כסיוע לממשל הקולוניאלי של פורטוגל, מה שיצר בשנת 1970 ברית משולשת בין דרום אפריקה, פורטוגל ורודזיה. בשנים הבאות הועברה האחריות לניהול המלחמה מידיה של משטרת דרום אפריקה ושל שלוחתה בדרום-מערב אפריקה לידי כוחות ההגנה של דרום אפריקה.
באפריל 1974 התחוללה בפורטוגל מהפכת הציפורנים בעיקר על רקע ההתמרמרות של חוגים מצבא פורטוגל על מחיר הדמים הכבד של השליטה במושבותיה של פורטוגל באפריקה (אנגולה ומוזמביק). התוצאה העיקרית של המהפכה הייתה הכרזתה של פורטוגל על מתן עצמאות למושבותיה והיא הודיעה כי לאנגולה תוענק העצמאות ב-11 בנובמבר 1975. בה בעת החלו שלושת ארגוני המאבק האנגולים שהיו יריבים זה לזה להיאבק על השליטה במדינה לקראת עזיבתם של הכוחות הפורטוגלים. החלה תמיכה של מעצמות העל ושל מדינות הברית שלהם בצדדים שונים בסכסוך, כולל ארצות הברית, ברית המועצות, סין וקובה. סיומה של מלחמת העצמאות של אנגולה ב-11 בנובמבר 1975 הייתה תחילתה של מלחמת האזרחים באנגולה.
בשנים 1966-1968 מונו על ידי האו"ם מספר נציבים לנמיביה שדרום אפריקה לא הכירה בהם ובמקביל המשיך האו"ם להכריז על שלטונה של דרום אפריקה בטריטוריה כבלתי חוקי. יחד עם זאת נוהל משא ומתן בין כל הצדדים המעורבים בסכסוך ובתיווכה של ארצות הברית על מסגרת לשלטון דמוקרטי בנמיביה וליציאתם של כוחות ההגנה של דרום אפריקה ב-1984. אך בינתיים, במקביל לתמיכתן של דרום אפריקה ושל ארצות הברית ב-UNITA שיגרה קובה כוחות צבא שתמכו בכוחות מהצד השמאלי של המפה הפוליטית באנגולה.
בנובמבר 1989 נסוגו סופית כוחות דרום אפריקה משטחי אנגולה ודרום-מערב אפריקה ובמרץ 1990 הוכרזה עצמאותה של נמיביה.
תנועות שחרור ומיליציות אפריקנריות.
כמה ארגוני שחרור צבאיים שפעלו לביטול משטר האפרטהייד בלטו במאבקם במשך השנים. בניהם הזרוע הצבאית של מפלגת הקונגרס הלאומי האפריקני, "חנית האומה" (Umkhonto we Sizwe), הזרוע הצבאית של הקונגרס הפאן אפריקני של אזניה (Pan Africanist Congress of Azania), צבא השיחרור של העם האזאני (Azanian People's Liberation Army) ויחידות ההגנה העצמית של מפלגת אינקטה (Inkatha Freedom Party). עם ביטול משטר האפרטהייד והמעבר לשלטון הרוב בדרום אפריקה התמזגו ארגונים אלה בכוחות ההגנה של דרום אפריקה.
במקביל, הוקמה ב-1973 "חזית ההתנגדות האפריקאנרית" - AWB, מפלגה פוליטית לאומנית ימנית שמטעמה פעלה גם מיליציה חמושה. המפלגה והמיליציה נחשבו ונחשבים לניאו נאצים,למרות שהם טוענים שאין שום קשר בין האידאולוגיה שלהם לאידאולוגיה הנאצית. שאיפתם היא לחדש את הקמתן של הרפובליקות האפריקאנריות.
התנועה הוקמה על רקע אכזבתם של חוגים קיצוניים בציבור האפריקאנרי מהמדיניות הפייסנית לדעתם של ראש ממשלת דרום אפריקה בשנות השישים והשבעים ג'ון פורסטר, שגם הוא היה ממוצא אפריקאנרי. במהלך שנות השבעים והשמונים גדלה המפלגה בקצב מהיר ונשמעו טענות שבשיא כוחה, בסוף שנות השמונים היא מנתה כחצי מיליון חברים. הם התנגדו לרפורמות שבוצעו במשטר האפרטהייד, הטרידו פוליטיקאים ממחנה השמאל וארגנו הפגנות ענק שבהם הראו את כוחם הפוליטי והצבאי. במהלך מצב החירום שהוכרז בשנים 1984-1986 הם איימו באלימות על כל אדם לא-לבן שימצא מחזיק נשק. עיקר פעולתם הייתה כנגד אנשי הקונגרס הלאומי האפריקני ולמרות פעילותה ראו בה השלטונות קבוצת שוליים לא מזיקה. בתקופת המשא ומתן על מעבר לשלטון דמוקרטי ביצעו אנשי הארגון פעולות שנועדו להפריע ולפוצץ אירועים הקשורים לתהליך המעבר ואף התפרעו במקום בו נאם נשיא דרום אפריקה פרדריק וילם דה קלרק ופרצו לאתר הדיונים על תהליך המעבר.
ב-1994 ניסתה החזית להגן על משטרו הדיקטטורי של לוקאס מנגופ, מנהיג בופוטאצוואנה, אחרונת מדינות הבנטוסטן, שסירב למזג את מדינתו עם דרום אפריקה המתחדשת. קבוצה קטנה של אנשי החזית הגיעה לבירת המדינה וכוחות הביטחון של המדינה שתמכו גם הם במנגופ, הסירו את תמיכתם בו כשראו שאנשי החזית תומכים בו. התפתח קרב קצר שעלה בכמה הרוגים. מנהיג החזית טען בהמשך כי הם הוזמנו לסייע לשלטון השחור במדינה, טענה שלא נמצאו לה סימוכין. כיום החזית מתפקדת רק כמפלגה פוליטית ונטשה את דרך המאבק המזוין.
כיום – כוחות ההגנה של דרום אפריקה.
כוחות ההגנה הלאומיים של דרום אפריקה (South African National Defence Force – SANDF) הם הכוח הצבאי הנוכחי של דרום אפריקה. הם הוקמו ב-1994 בעקבות הבחירות הכלליות הראשונות לאחר סיום האפרטהייד. כוח האדם שלו וציודו הגיעו מכוחות ההגנה של דרום אפריקה (South African Defence Force – SADF) ומצבאותיהם של מדינות הבנטוסטן, יחד עם כוח האדם של כוחות הגרילה לשעבר של כמה מהמפלגות הפוליטיות של דרום אפריקה, כמו הקונגרס הלאומי האפריקני, "חנית האומה" (Umkhonto we Sizwe),הקונגרס הפאן אפריקני של אזניה (Pan Africanist Congress of Azania), צבא השיחרור של העם האזאני (Azanian People's Liberation Army) ויחידות ההגנה העצמית של מפלגת אינקטה (Inkatha Freedom Party).
נכון ל-2004 הושלם תהליך השילוב, תוך שמירת כוח האדם של כוחות ההגנה של דרום אפריקה (SADF), ששולבו במבנה ארגוני שמאוד דומה לזה הקודם. יחד עם זאת, עקב בעיות בתהליך השילוב, אילוצים תקציביים, ובעיות אחרות, כוחות ההגנה מתמודדים עם בעיות יכולת.