בשלבים הראשונים של המערכה נחלו היפנים ניצחונות רבים ותוך כחצי שנה הצליחו לכבוש שטחים נרחבים בדרום-מזרח אסיה ובאוקיינוס השקט, כולל וייק, גואם, הונג קונג, בורמה, תאילנד, מלאיה, סומטרה, ג'אווה, בורנאו, סינגפור והפיליפינים. המשטר ביפן במהלך המלחמה התאפיין בדיכוי אלים של האופוזיציה וגיוס טוטאלי של כלל הציבור למאמץ המלחמה. הצבא היפני זכה להשפעה פוליטית חסרת תקדים על עיצוב מדיניות השלטון, וכל התנגדות פוליטית פנימית דוכאה, בטענה כי יפן נלחמת על חייה. מתנגדי המשטר הושלכו לכלא, והאופוזיציה לממשלה חוסלה הלכה למעשה. בנוסף לכך, הוטלה צנזורה כבדה על כלי התקשורת במדינה, המשטרה הידקה את הפיקוח על האוכלוסייה והמשק עבר לפיקוח ממשלתי. המלחמה השפיעה רבות גם על מערכת החינוך היפנית. חוק חינוך חובה הורחב משש שנות לימוד לשמונה שנות לימוד והחינוך הפך ליותר מיליטריסטי ולאומני. מערכת החינוך ביפן החדירה בקרב הנוער את הערכים והמסרים של הסגידה לקיסר, מנהיגותה של יפן במזרח אסיה והצורך בהקרבה עצמית למען המדינה והקיסר. בנוסף, החובה ללמוד אנגלית בבתי ספר, בוטלה.
במחצית השנייה של 1942 החל מצבה הצבאי של האימפריה היפנית להשתנות לרעה. כישלונותיה בקרב מידוויי ביוני 1942 ובקרב גוודלקנל בפברואר 1943 סימנו נקודת מפנה במלחמה, וארצות הברית ובעלות בריתה עברו למתקפת נגד, פתחו במסע כיבוש מחדש של שטחים שהיו תחת שליטתה של האימפריה היפנית, ובראשית שנת 1945 הגיעו עד למרחק קצר מהאיים הראשיים של יפן. כישלונתיה של יפן במערכה הצבאית, נבעו בין היתר מחוסר יכולתה להתחרות בכושר הייצור העדיף של תעשיית ארצות הברית. כך למשל, בשנת 1943 לבדה ייצרה ארצות הברית קרוב ל-100 אלף מטוסים, בעוד התפוקה היפנית עמדה על כ-70 אלף מטוסים לאורך כל שנות המלחמה. בשנת 1944 הפעילה ארצות הברית קרוב למאה נושאות מטוסים באוקיינוס השקט, פי ארבעה ממספר נושאות המטוסים שהיו בידי יפן לכל אורך המלחמה. שליטתה של ארצות הברית בים אפשרה לה להטיל מצור ימי מוגבל על יפן, שהלך והתהדק בשלבים המאוחרים של המערכה באוקיינוס השקט.
בתחילת המחצית השנייה של שנת 1945, חתמה יפן שנתיים של כישלונות צבאיים רצופים במלחמה. לאחר כיבוש האי סאיפאן על ידי ארצות הברית, הוחלף ראש ממשלת יפן הגנרל הידקי טוג'ו בגנרל קוניאקי קויסו שהכריז שהפיליפינים יהיה המקום בו יערך הקרב המכריע של המלחמה. לאחר שורת התבוסות שספגה יפן במערכה על הפיליפינים, הוחלף קויסו באדמירל קנטרו סוזוקי ששימש כראש הממשלה עד סוף המלחמה.
ההכנות לפלישה ליפן.
במחצית הראשונה של שנת 1945, כבשו בעלות הברית את האיים איוו ג'ימה ואוקינאווה. כיבוש אוקינאווה במיוחד היה הישג חשוב לארצות הברית שתכננה להשתמש באי, הרחוק כ-550 קילומטרים מהאיים הראשיים של יפן, כבסיס לפעולות צבאיות עתידיות במסגרת הפלישה הצפויה ליפן. בעלות הברית תכננו להכריע את היפנים באמצעות פלישה קרקעית רחבת היקף לאיי יפן במסגרת מבצע צבאי שכונה מבצע נפילה. המבצע היה אמור להתבצע בשני שלבים: "מבצע אולימפיק" ו"מבצע קורונט". מבצע אולימפיק היה מתוכנן לצאת לפועל באוקטובר 1945, ומטרתו הייתה כיבוש קיושו, האי הדרומי ביותר בארכיפלג היפני והשלישי בגודלו ביפן. מבצע קורונט היה צפוי להתבצע כחצי שנה אחר כך, ומטרתו הייתה כיבוש אזורים נרחבים סמוך לטוקיו שבאי הונשו.
הגאוגרפיה של יפן אפשרה ליפנים לחזות נכונה כי פלישת בעלות הברית למדינה תתחיל באי קיושו, והם החלו להשקיע משאבים רבים בתגבור מערך ההגנה על האי. הפעילות היפנית לא נעלמה מעיני המודיעין בארצות הברית, שהחל להעריך כי לנוכח רמת המוכנות הגבוהה של היפנים לפלישה והמוטיבציה הגבוהה שלהם להתנגד לה בכל האמצעים עד מוות, צפויים כוחות בעלות הברית לספוג אבדות כבדות במיוחד במהלך המבצע. הערכה זו התחזקה בעקבות האבדות הכבדות שספגו כוחות הצבא והצי של ארצות הברית במהלך כיבוש איוו ג'ימה ואוקינאווה באביב ובקיץ 1945.
במקביל לכך, החלה גם ברית המועצות לתכנן מתקפה נגד האימפריה היפנית בעקבות ההבטחה שנתן יוסיף סטלין לרוזוולט במהלך ועידת יאלטה, להצטרף למערכה הצבאית נגד יפן באסיה שלושה חודשים לאחר סיום המלחמה נגד גרמניה הנאצית באירופה. במסגרת המתקפה תכנן הפיקוד העליון הסובייטי (הסטאבקה) לכבוש את שטח מנצ'וריה, ולהשתלט מחדש על שטחים שהאימפריה הרוסית איבדה במזרח אסיה לאחר תבוסתה במלחמת רוסיה–יפן, כולל חצי האי הקוריאני, דרום האי סחלין והאיים הקוריליים. בשלב השני של המתקפה תכנן הפיקוד הסובייטי פלישה אמפיבית לאי הצפוני של יפן, הוקאידו. לאחר כניעת גרמניה הנאצית, כהכנה לפלישה, החלה ברית המועצות להעביר כוחות צבא מאירופה למזרח הרחוק, כדי לתגבר את 40 הדיוויזיות שהושארו באזור משנת 1941 כדי להגן עליו מפני האפשרות של פלישה יפנית.
בעלות הברית ניהלו מלחמת צוללות עיקשת נגד יפן שלוותה בהנחת אלפי מוקשים ימיים בסמוך לנמלים ונתיבים ימיים יפניים חשובים. פעולות אלה הביאו לחיסולו הכמעט מלא של צי הסוחר היפני, עובדה שהיוותה מכה קשה ליפן שהסתמכה על ייבוא של חומרי גלם רבים. הירידה ההדרגתית במלאי הנפט בפרט היוותה מכה קשה במיוחד למאמץ המלחמתי היפני והקשתה על הצבא היפני לבצע פעולות מלחמתיות רבות. בנוסף למצור הימי, פתחו בעלות הברית במערכה נרחבת של הפצצות אוויריות נגד יפן, שגרמה להרס ערים שלמות, מאות אלפי נפגעים ופגיעה קשה בתעשייה היפנית. הניתוק הכמעט מוחלט של איי הבית של יפן משאר חלקי האימפריה היפנית, והרס התעשייה היפנית, הביאו לפגיעה קשה מאוד בכלכלה היפנית. בתחילת המחצית השנייה של 1945 עמדה תפוקת חומרי הגלם החיוניים למאמץ המלחמתי היפני, כגון פחם, ברזל, פלדה וגומי, על אחוזים בודדים ממה שהייתה ערב פרוץ המלחמה. הצי הקיסרי היפני כמעט הושמד לחלוטין כתוצאה מהאבדות הכבדות שספג במהלך המערכה הצבאית, ונותר עם 19 משחתות, 38 צוללות וכמה אלפי סירות תקיפה מיוחדות (סירות מתאבדות) בלבד.
לאחר שחברי קבינט המלחמה היפני הבינו שהמלחמה אבודה מבחינת יפן, וכי פלישת צבאות בעלות הברית לאיי יפן היא בלתי נמנעת, הם החלו להכין תוכניות נואשות כדי להגן על המדינה. כאמור, היפנים העריכו נכונה כי הפלישה תחל באי קיושו, לפיכך התמקד הפיקוד היפני בריכוז כל היכולת הצבאית שנותרה ליפן בהגנה על האי במטרה להביס את כוח הפלישה, או לפחות לגרום לו אבדות כבדות כל כך, שיאלצו את בעלות הברית להסכים לשלום עם יפן בתנאים מכובדים. למעלה מ-3,000 טייסי קמיקזה היו אמורים לתקוף את הספינות וכלי הרכב האמפיביים של ארצות הברית לפני שיספיקו להנחית את החיילים והציוד שעליהן על החוף. אם פעולה זו לא הייתה עוצרת את בעלות הברית, 3,500 טייסי קמיקזה נוספים, כ-5,000 סירות מתאבדות ושארית הצי הקיסרי היפני, היו אמורים להישלח למערכה כדי לעצור את הפלישה. במקרה שבעלות הברית היו מצליחות בכל זאת לתפוס ראש גשר בחופי קיושו, היו היפנים נשארים רק עם 3,000 מטוסים כדי להגן על המדינה, ואלה היו אמורים להישלח גם כן להגנה על קיושו. תוכנית ההגנה הכוללת על האי קיושו התבססה על ההנחה שברית המועצות תישאר נייטרלית ולא תפלוש למדינה מצפון.
במסגרת ההכנות לפלישה, בנו היפנים בונקר תת-קרקעי באזור העיר נאגנו. לאחר פלישת בעלות הברית ליפן, היה אמור בונקר זה לאכסן את הקיסר ולשמש כמפקדה ממנה ינהל הפיקוד הצבאי את ההגנה על המדינה.
המועצה העליונה לניהול המלחמה.
תכנון מדיניות המלחמה של יפן והתיאום בין זרועות הממשל לצבא נעשה על ידי המועצה העליונה לניהול המלחמה, מעין קבינט מלחמה מצומצם, שהוקם ב-1944 (גוף זה החליף את "מועצת המלחמה העליונה" שהוקמה בתקופת מייג'י והייתה בעלת תפקיד דומה). המועצה כללה שישה נציגים של הממשלה ושל הצבא והצי היפני, שכונו "ששת הגדולים" - ראש הממשלה, שר החוץ, שר המלחמה, שר הימייה, ראש מטה הצי וראש מטה הצבא. לחלק מדיוני המועצה הצטרף גם הקיסר הירוהיטו ויועצו הקרוב, שומר חותם המלך קואיצ'י קידו. העובדה שארבעה מתוך ששת חברי קבינט המלחמה היו קציני צבא בכירים בשירות פעיל או בעברם הקרוב, מעידה על ההשפעה המכרעת של הצבא היפני על קביעת מדיניותה של יפן החל משנות ה-30, ועל היעדר הבחנה ברורה בין הדרג המדיני-אזרחי לבין הדרג הצבאי בהנהגה היפנית.
חברי המועצה מונו על ידי הירוהיטו והיו כפופים פורמלית למרותו, אולם הקיסר נמנע בדרך כלל מלהשתתף באופן פעיל בדיוניה. התערבות כזו מצידו בהליך קבלת ההחלטות הייתה מנוגדת למסורת המקובלת ביפן. החל משנת 1900, קיבלו פיקוד הצבא והצי היפני את הזכות למנות (או לסרב למנות) את נציגיהם למועצה, עובדה שאִפשרה להם למנוע הקמת ממשלות בלתי רצויות מבחינתן, או להפיל ממשלות קיימות על ידי התפטרות נציגיהם מהמועצה.
ערב כניעת האימפריה היפנית חברי המועצה העליונה היו:
חילוקי הדעות בהנהגה היפנית.