קליי האמין שהדמוקרטים שוב ייבחרו כמועמדם לנשיאות את ואן ביורן, שהתנגד לסיפוח, וכך תמנע הפיכת הנושא לסוגיה במערכת הבחירות. קליי נבחר כמועמד המפלגה בהצבעה קולית (לא באמצעות פתקי הצבעה) בוועידת המפלגה שהתקיימה בבולטימור שבוע לאחר מכן. בוועידת המפלגה הדמוקרטית, חודש לאחר מכן, לא עלה בידו של ואן ביורן להבטיח את בחירתו ותחת זאת בחרו הדמוקרטים בג'יימס פולק, שצידד באופן ברור בסיפוח. קליי ניסה למתן את דעותיו על הסיפוח, אך שינוי עמדותיו גרמו להתנגדות משני צידי המתרס כאשר הוא ניסה למצוא דרך פשרה. פולק המשיך להוביל בבחירות בהפרש צמוד. הייתה זו הפעם האחרונה בה היה קליי מועמד לנשיאות וויגים רבים האמינו שבעקבות תבוסתו, קריטנדן יתפוס את מקומו כמנהיג המפלגה.
ב-1845 התעורר בסנאט הדיון על סיום השליטה המשותפת עם בריטניה בטריטוריית אורגון. הסנאטור לואיס קאס ממישיגן תמך בסיום מידי של השליטה המשותפת וטען שפריצת מלחמה נגד בריטניה על הסוגיה הזאת היא בלתי נמנעת. קריטנדן חלק עליו ועמד על כך שתינתן לבריטניה התראה מוקדמת של שנתיים לפני סיום השליטה המשותפת כדי לאפשר פתרון באמצעים דיפלומטיים. בסופו של דבר גברה דעתו של קריטנדן והפשרה עם בריטניה נכנסה לתוקף כאשר גבול ארצות הברית–קנדה נקבע על קו הרוחב 49 צפון.
ב-1846 נכנסה ארצות הברית למלחמה עם מקסיקו בניסיון להשיג את השליטה בטקסס. קריטנדן לא תמך בפתיחה במלחמה ולאחר הכרזתה הוא עמד על כך שנציגים מטעם הממשל יתלוו לכוחות הלוחמים וינסו להשיג שלום בכל הזדמנות. לאורך כל המלחמה, הוא התכתב באופן סדיר עם הגנרלים זאכרי טיילור ווינפילד סקוט. שני בניו של קריטנדן, ג'ורג' ותומאס שירתו במלחמה. תומאס קריטנדן שירת במטהו של סקוט. הנשיא פולק התייעץ עם קריטנדן בנוגע לתנאי השלום שעליהם יש להסכים כדי להגיע לסיום המלחמה. קריטנדן עמד על כך שתנאי השלום לא צריכים לכלול סיפוח של שטחים שלארצות הברית לא הייתה טענה צודקת לגביהם. הסכם גואדלופה אידלגו שהוגש לקונגרס ב-1848 קרא למקסיקו לא רק לוותר על תביעותיה בטקסס, אלא גם בניו מקסיקו, קליפורניה וכל השטחים שביניהן. כמה מהוויגים הצטרפו לרוב הדמוקרטי בקונגרס שאשרר את ההסכם והוריד מעל סדר היום את תנאי וילמוט שאסרו את קיומה של העבדות בשטחים החדשים שסופחו בעקבות המלחמה.
ידידיו של קריטנדן עודדו אותו להתמודד על הנשיאות בבחירות של 1848. עיתון בנאשוויל הכריז על תמיכתו בו כבר ב-1846. סנאטור דמוקרטי מרוד איילנד הביע את דעתו שקריטנדן יוכל לקבל את התמיכה ממספר רב למדי של דמוקרטים בנוסף לתמיכת חברי מפלגתו שלו. ג'ורג' קינקיד דחף לכך שהאספה הכללית של קנטקי תבחר בקריטנדן כמועמד. אף אחד מאלה לא השפיעו על קריטנדן. "בשם האל, אל תדבר איתי על הנשיאות", הוא אמר וסירב להצעה הראשונה שהוצגה לו. קליי עוד קיווה שקריטנדן יתמוך בו שוב, אך קריטנדן הגיע למסקנה שקליי כבר לא היה יכול להיות מועמד בר קיימא והעביר את תמיכתו לזאכרי טיילור, גם הוא בן קנטקי. החלטתו זו גרמה לקרע בין שני הידידים, והם לא התפייסו עד אשר קליי כבר היה בערוב ימיו.
מערכת הבחירות של 1848.
המפלגה הוויגית הייתה מפולגת גם בקנטקי, לא רק בין קליי ובין טיילור, אלא גם בין המועמדים למשרת מושל המדינה. ויליאם גרייבס, שהיה מחוץ לפוליטיקה מאז הירי הטראגי שלו בחבר בית הנבחרים סילי, קיבל את תמיכתו של המושל הוויגי המכהן, ויליאם אוסלי, בעוד שארצ'יבלד דיקסון הבטיח לעצמו את תמיכתו של המושל הוויגי לשעבר רוברט לטצ'ר. לטצ'ר כתב לקריטנדן שפילוג בקרב הוויגים וניצחון של הדמוקרטים בבחירות למשרת המושל עלולים להשפיע קשות על התקוות הוויגיות לניצחון בבחירות לנשיאות ב-1848. לדעה זו הסכים גם המושל לשעבר מטעם הוויגים תומאס מטקלף. בוועידה של הוויגים לבחירת המפלגה, הן גרייבס והן דיקסון משכו את מועמדותם והנציגים ממחוז לוגן הציגו את שמו של קריטנדן ללא הסכמתו. מועמדותו של קריטנדן אושרה בקלות לפני שעלה בידי ידידיו לבלום אותה. משרת המושל נחשבה לפחות יוקרתית והשכר ששולם למחזיק בה היה נמוך ממשכורתו של קריטנדן כסנאטור. הוא גם היה אמור עקב כך לפרוש מעיסוקו שהלך וגבר בייצוג משפטי בפני בית המשפט העליון ולאבד את הקשר עם הסוגיות הטריטוריאליות החשובות בעיניו שהלכו ונעשו יותר מורכבות בעקבות המלחמה עם מקסיקו. על כל פנים, הוא האמין שמועמדותו תאחד את שורות הוויגים ותסייע לטיילור לזכות בקולות קהל המצביעים בקנטקי בבחירות הכלליות. שבוע לאחר שהוצג שמו כמועמד, הוא קיבל אותו על עצמו.
אלייג'ה הייס, נשיא בית המשפט לערעורים של קנטקי, היה המועמד המוביל לקבל את מועמדות המפלגה הדמוקרטית לתפקיד המושל, אך לאחר בחירתו של קריטנדן הוא משך את מועמדותו. הוועידה המדינתית של הדמוקרטים בחרה אז בלין בויד, אך גם הוא דחה את המועמדות. לבסוף בחרו הדמוקרטים בעורך הדין מהנדרסון, לזרוס פאוול. בעוד שקרטינדן עבר ברחבי קנטקי כדי לקושש קולות, האשימו אותו מתנגדיו בחוסר נאמנות לקליי בשל אי תמיכתו בו בבחירות הכלליות. קריטנדן טען שהוא תמך במועמדותו של קליי לנשיאות על פני כל מועמד אחר, אך הוא האמין שקליי לא התכוון לקבל את המועמדות ב-1848. לאחר שהכריז קליי על מועמדותו, אמר קריטנדן, הוא נותר הבחירה הטבעית של הוויגים. בבחירות למשרת המושל הביס קריטנדן את פאוול כאשר גרף 65,860 קולות מול 57,397 הקולות שגרף פאוול. עם בחירתו כמושל הוא התפטר ממשרתו כסנאטור.
עם סיום מסע הבחירות שלו, שב קריטנדן לסייע בניהול מסע הבחירות של טיילור לנשיאות, והוא שיגר נואמים מוכשרים מקרב חברי המפלגה הוויגית לנאום בכל רחבי ארצות הברית. לאחר ניצחונו של טיילור הוצעה לו משרת מזכיר המדינה של ארצות הברית. בקשות מאישים הן מהמפלגה הוויגית והן מהמפלגה הדמוקרטית הגיעו אליו לקבל על עצמו תפקיד בקבינט. טיילור היה חסר ניסיון, ורבים חשו שללא קריטנדן שיסייע בהדרכתו, ינחל ממשלו כישלון. ב-15 בפברואר 1849 ביקר טיילור ביקור אישי אצל קרטינדן בפרנקפורט, בתקווה לשכנעו לקבל את המינוי. קריטנדן דחה את הצעותיו של טיילור ומנגד דחה טיילור את בקשתו של קריטנדן למנות את ידידו רוברט לטצ'ר כמנהל הכללי של דואר ארצות הברית. השתדלותו של קריטנדן הובילה ככל הנראה למינוים של ג'ון קלייטון כמזכיר המדינה ושל אורלנדו בראון כנציב לענייני אינדיאנים. הסיבות לסירובו של קריטנדן להצעתו של טיילור היו רבות. בין השאר הוא דחה את ההצעה מתוך כבוד לתחושותיו של קליי וכן בשל תחושתו שהסכמתו הייתה עלולה להתפרש כחזרה על "העסקה המושחתת" של קליי ואדמס משנת 1825. התפטרותו מתפקיד המושל הייתה עלולה גם להתפרש כהודאה בהאשמות הדמוקרטים שהוא התמודד על תפקיד המושל רק כדי לסייע לטיילור לנצח בבחירות לנשיאות. מעל לכל, הוא לא השלים את תהליך איחוי הקרעים בשורות הוויגים והוא ביקש להשלים את מלאכתו.
מושל קנטקי.
בתקופת כהונתו כמושל קנטקי העניק קריטנדן תמיכה מלאה למפקח על החינוך הציבורי בקנטקי, רוברט ג'פרסון ברקינרידג' , שנודע לימים כ"אבי מערכת החינוך הציבורית בקנטקי". בתגובה לקריאתו של קריטנדן לתמיכה פיננסית לקידום החינוך הציבורי, העבירה האספה הכללית של המדינה ב-26 בפברואר 1849 את חוק בתי הספר. חוק זה התווה את קווי היסוד לכמה פקידי ממשל בנוגע לניהול בתי הספר. האספה הקדישה את כספי ההטלים שנגבו מהספינות ששייטו במימי נהר קנטקי, נהר גרין ונהר בארן לטובת מערכת החינוך והטילה מס רכוש בשיעור של שני אחוזים למימון בתי הספר של המדינה.
קריטנדן הורה לערוך שיפוצים בבית הסוהר של קנטקי, שניזוק בשל שרפה, וקרא לעריכת סקר גאולוגי נרחב של שטחי המדינה. בתקופתו של קריטנדן כמושל, אימצה קנטקי חוקה חדשה, אף על פי שקריטנדן עצמו לא היה נציג לוועידה החוקתית והייתה לו השפעה מועטה על ניסוח החוקה. רוב חברי המפלגה הוויגית התנגדו לכינוס הוועידה, שכן היא בהכרח הייתה כרוכה בחלוקה מחדש של מחוזות הבחירה של המדינה ואיימה על יציבות הרוב של הוויגים באספה המדינתית. על כל פנים, קריטנדן תמך בסופו של דבר בכינוס הוועידה במהלך מסע הבחירות שלו למשרת המושל ב-1848.
כאשר שאלת העבדות הפכה ליותר מכרעת בעקבות סיפוחי השטחים עם תום מלחמת ארצות הברית-מקסיקו, נשא ג'ון קלהון נאום נלהב בדצמבר 1848 ובו הוא האיץ במנהיגי מדינות הדרום להתנגד ל"תוקפנות הצפונית", גם במחיר של פרישה מן האיחוד. קריטנדן גינה בתוקף את רעיון הפרישה בנאומיו השנתיים בפני בית המחוקקים של קנטקי ב-1848 וב-1849. בתגובה, העביר הסנאט של קנטקי החלטה הקוראת לאזרחי המדינה לשמור על שלמות האיחוד ולהתנגד לכל ניסיון לפרוש ממנו.
כהונה שנייה כתובע הכללי.
ב-9 ביולי 1850 נפטר זאכרי טיילור באופן פתאומי בעודו מכהן כנשיא. במקומו מונה כנשיא סגנו מילרד פילמור. עם כניסתו לנשיאות הציע פילמור לקריטנדן לכהן פעם שנייה כתובע הכללי של ארצות הברית. בהאמינו שהשורות במפלגה הוויגית התלכדו בשלב זה יותר, הוא קיבל את ההצעה והתפטר מתפקידו כמושל קנטקי. פילמור, שהיה מתנגד לעבדות, ביקש את חוות דעתו של קריטנדן על תאימותו לחוקה של חוק העבד הנמלט, שהיה אחד מהחוקים הקשורים לפשרת 1850. בעיקר הוא ביקש לדעת אם החוק היווה השעיה של צו הביאס קורפוס. קריטנדן השיב שאין בכך סתירה והביע את דעתו שחוק העבד הנמלט מסיר את האחריות של הקונגרס כפי שהוגדרה בחוקה להשיב עבדים נמלטים למחזיקיהם. השקפתו זו של קריטנדן נבעה ככל הנראה מהשאיפה להשלים את תהליך הפשרה ולמנוע מתחים נוספים על רקע האיומים בפרישת מדינות הדרום. פילמור, שחששותיו התבדו עקב תשובתו של קריטנדן, חתם על החוק וקיומה של הפשרה הובטח.