לאחר מותו של פייסל מצא עצמו חוסיין במצור. הרפובליקה הערבית המאוחדת ראתה בו עתה את היחיד המקלקל את השורה, והכריזה על סגר אווירי, ועל סגירת הכבישים ומעברי הגבול. חוסיין ציפה לפלישה מבחוץ, שתהיה משולבת עם מהומות פרו נאצריסטיות מבפנים. בצר לו פנה חוסיין שוב לבריטניה, וביקש משלוח כוח צבאי. כוח זה נשלח, תוך תיאום עם ישראל, שכן היה עליו לעבור בתחומה האווירי. לפי יובל נאמן, בריטניה הסכימה למכור לישראל 2 צוללות ו 50 טנקי צנטוריון תמורת ההרשאה הישראלית להטיס כוח זה מעל ישראל.
זו כנראה הייתה הפעם הראשונה שבה התרחש שיתוף פעולה עם ישראל להצלת המשטר ההאשמי, אך לא הפעם האחרונה. בתקופת המלחמה הקרה הייתה משמעות מיוחדת לשהיית חטיבה בריטית בתחום ירדן. העניין הובא לעצרת האו"ם, ולבסוף התחייבה קע"מ לכבד את ריבונות ירדן, במסגרת התחייבות כללית של מדינות הליגה הערבית לכבד זו את עצמאותה של זו. הכוחות הבריטיים פונו באוקטובר 1958.
בנובמבר 1958 הוסר המצור האווירי על מנת לאפשר לחוסיין נופש מחוץ לירדן. בהיות מטוסו של חוסיין מעל לתחומה האווירי של סוריה נעשה ניסיון להכריחו לנחות בתחומי המדינה, והוא שב לירדן. היחסים בין הצדדים המשיכו להיות בלתי יציבים. באוגוסט 1959 חידשה ירדן את יחסיה עם קע"מ, ובספטמבר 1961 הם נותקו שוב.
באותה תקופה קיים חוסיין תקשורת אלחוטית מוצפנת ישירה עם המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים. אפרים הלוי סיפר על כך:
בשנת 1963 נפגש חוסיין לראשונה עם ישראלי. היה זה יעקב הרצוג, יועץ לראש הממשלה החדש של ישראל, לוי אשכול. פגישה זו הייתה ראשונה מבין פגישות רבות, ונערכה בלונדון. בין היתר נפגש חוסיין בשנת 1965 עם גולדה מאיר. בפגישות אלו תואמו היחסים בין שתי המדינות, סוכם על שיתוף פעולה מודיעיני, ושיתוף פעולה בתחום המים כולל הסכם על חלוקת מי הירדן במאי 1964, כמו גם על מגבלות על העברת משוריינים ליהודה ושומרון, שהיו עדיין בשליטת חוסיין.
למרות כל אלה היה על חוסיין לאזן בין כל הגורמים, ולשתף פעולה עם הלכי הרוח בעולם הערבי. בינואר 1964 חידש את היחסים הדיפלומטיים עם מצרים הנאצריסטית. בספטמבר 1964 השתתפה ירדן בוועידת הפסגה הערבית שנערכה באלכסנדריה, שם נאלצה להכיר בישות חדשה, "הארגון לשחרור פלסטין", על אף שמכך השתמעה קריאת תיגר על שליטתה בשטחי יהודה ושומרון.
בשנת 1965 נערכו חילופי שטחים בין ירדן לבין ערב הסעודית. ירדן ויתרה על כ-6,000 קמ"ר שטחי מדבר נרחבים בפנים היבשה (מעל 6% משטח הממלכה), תמורת רצועת חוף של 12 קילומטרים דרומית לעיר עקבה.
פעילותם של אנשי הארגון לשחרור פלסטין הביאה את צה"ל להבנה כי אין לסמוך על חוסיין בבלימת המחבלים. ב-13 בנובמבר 1966 ביצע צה"ל את פעולת סמוע, אחת הגדולות שבפעולות תקופה זו, כשפשט על הכפר סמוע הסמוך לחברון. בפעולה נהרגו עשרות חיילים ירדנים. הפעולה הביאה לגל של מחאות כנגד חוסיין ולערעור נוסף של משטרו, כאשר תחנות הרדיו במצרים שידרו תעמולה המציגה אותו ככלי שרת של הישראלים ושל המעצמות המערביות.
המתיחות באזור, כמו גם התחושה שפעולת סמוע נועדה לפגוע במשטרו, הביאה את חוסיין לכלל החלטה אסטרטגית, לשתף פעולה עם מצרים ועם סוריה במה שהסתמן כסיבוב נוסף במלחמות המזרח התיכון. ב-30 במאי 1967 טס חוסיין לקהיר ושם חתם עם נאצר על "הסכם הגנה". צבאו של חוסיין הועמד תחת פיקוד מצרי, וניתנה ערובה מצרית להגנה על ירדן במקרה של תקיפה ישראלית. בכך הפך עצמו חוסיין מטרה לתקיפה ישראלית, כאשר המלחמה הייתה בשלב זה כמעט בלתי נמנעת. הצבא הירדני נתפס כאיום גדול אף מן הצבא הסורי, והצטרפותו לברית כנגד ישראל הידקה את תחושת המצור והדחיפות שקדמה למלחמת ששת הימים.
כאשר פרצה מלחמת ששת הימים, ב־5 ביוני 1967, שלחה ישראל לחוסיין באמצעות האו"ם אזהרה כי אם לא יפעל כנגדה, לא ישמש כמטרה לתקיפה. חוסיין, שהושפע כפי הנראה מן התעמולה המצרית ומשיחת הטלפון עם נאצר לפיה היום הראשון של המלחמה היה ניצחון מצרי גדול (וזאת כאשר חיל האוויר המצרי הושמד, וטורי הטנקים הישראלים שועטים בתוך סיני), התעלם מן האזהרה הישראלית והצטרף למלחמה. שעות אחדות לאחר תקיפות ישראל בדרום קרא חוסיין לחייליו בשידור רדיו: "הרגו את היהודים בכל אשר תשיגם ידכם. הרגו אותם בזרועותיכם ובידיכם, בציפורניכם ובשיניכם". בשעות הצהריים של 5 ביוני החל צבאו להפגיז את מערב ירושלים. פגזים פגעו בכל רחבי העיר וחללים ראשונים נפלו במלחמה. מתחם ארמון הנציב שהיה שייך לאו"ם נכבש בידי הלגיון. כאשר תקף צה"ל את צבאו של חוסיין הובס צבא זה בתוך זמן קצר, ועוד בערבו של ה־7 ביוני היה צה"ל פרוש לאורכם ולרוחבם של יהודה ושומרון, ואף ירושלים נכבשה.
ספטמבר השחור.
לאחר מלחמת ששת הימים מצא עצמו חוסיין במצב חמור. הוא איבד חלקים ניכרים מממלכתו ומצבאו, וזרם חדש של פליטים שטף את הממלכה. חוסיין עמד במצור. המלחמה וכיבוש יהודה ושומרון הביאו תנופה לארגוני הטרור הפלסטינים, ואלה מצאו שדה פעולה נוח בירדן. חוסיין המשיך, אמנם, בפגישותיו עם ישראלים כאבא אבן ויגאל אלון, אך נאלץ לשתף פעולה עם התבססות ארגוני הטרור בממלכתו. ארגוני הטרור הפגיזו יישובי ספר ישראלים, ככפר רופין ומעוז חיים, והציתו מלחמה לאורך נהר הירדן. תגובת צה"ל בפעולת כראמה במרץ 1968 לא הביאה לסילוק המחבלים, ואלה הציגו אותה כניצחון פלסטיני גדול. ב־4 בנובמבר 1968 פרצו קרבות בעמאן. לבסוף הגיע חוסיין להסכם עם ארגוני הטרור שנתן להם יד חופשית לפעולה, במגבלות מסוימות. כך נוצרה מדינה בתוך מדינה בירדן. היה ברור כי ההסכם רק זמני. מטרתם של ארגוני הטרור הייתה ליצור בירדן בסיס של קבע בו יעשו כאוות נפשם, ולמעשה ליצור מדינת טרור המתבססת על הרוב הפלסטיני. חוסיין ידע כי המשך המצב הקיים בו גורם זר שולט בחלקים ניכרים בארצו יביא בסוף לנפילתו. לאחר עליות וירידות, הסכמים שנוסחו והופרו, וניסיונות תיווך של גורמים ערבים, החליט המלך כי הגיע הזמן לפעול.
ואכן, בחודש ספטמבר 1970 הפך העימות לגלוי ולמזוין. עימות זה זכה לכינוי אירועי ספטמבר השחור. תחילת העימות הגלוי בהתנקשות כושלת בחיי חוסיין, שנערכה ב-1 בספטמבר כשהיה בדרכו לנמל התעופה בעמאן, והובילה לקרבות שפרצו בעמאן. ב-6 בספטמבר חטפו אנשי החזית העממית לשחרור פלסטין שלושה מטוסי נוסעים והנחיתו שניים מהם בירדן, וכעבור שלושה ימים נחטף מטוס נוסף והונחת בירדן. הנוסעים הוחזקו בני ערובה, והפלסטינים הצהירו שהחטיפות נעשו על מנת ללמד את ארצות הברית לקח על תמיכתה הבלתי מסויגת בישראל. הצבא הירדני הגיב בהפצצה על בסיסי הפלסטינים, בפרט באזור אירביד. ההפצצה הפכה את האירועים למלחמה כוללת, שהתפרסה על פני שטחים רחבים במדינה.
התערבותה של סוריה לטובת הפלסטינים לא הביאה לשיפור במצבם. הכוחות הסורים שפלשו לאזור אירביד לא תוגברו (בין השאר בשל ריכוז כוחות ישראלים ברמת הגולן) ולבסוף נהדפו בחזרה, והארגונים הפלסטיניים הוכו מכה ניצחת. רבים מן הפלסטינים העדיפו להסגיר עצמם לישראל ולהסתכן במאסר, על פני הצפוי להם מצבא ירדן. בסיומו של החודש דעכו הקרבות, אולם רק באמצע יולי 1971 הסתיימו סופית. מספר ההרוגים הפלסטינים בקרבות של ספטמבר 1970 נאמד לפי הירדנים ב־2,500, ואילו יאסר ערפאת עצמו העריך אותם ב־3,400 הרוגים ו־10,800 פצועים. ישראל העריכה אותם במספר הרבה יותר גבוה, כ־20,000.
מלחמת יום הכיפורים ותוצאותיה.
לאחר עקירת ארגוני הטרור מממלכתו, ראה חוסיין כיעד את השבת שטחי יהודה ושומרון לריבונות ירדן. הוא החל בסדרת פגישות חשאיות עם מנהיגים ישראלים בכירים, ובהם גולדה מאיר ומשה דיין. בין שתי המדינות שרר מצב של דו קיום. מעברי הגבול פעלו, והמטבע הירדני המשיך להיות הילך חוקי ביהודה ושומרון. בין היתר המשיכה ירדן בתשלום משכורות עובדי מדינה בשטחי יהודה ושומרון. במרץ 1972 הציע חוסיין בשידור רדיו תוכנית מדינית המבוססת על פדרציה בין ממלכתו ובין מדינה פלסטינית אוטונומית ביהודה ושומרון. הצעה זו נדחתה על ידי הפלסטינים ומדינות ערב, כאשר מצרים אף ניתקה את היחסים הדיפלומטים עם ירדן עקב שידור רדיו זה. גם ישראל דחתה את התוכנית שהתעלמה מתוכניות ישראליות לפשרה טריטוריאלית.
המתיחות הגוברת בין ישראל, מצרים וסוריה, הביאה שוב את רוחות המלחמה לאזור בשנת 1973. מפקד אוגדה סורית שהיה סוכן ירדני, העביר לירדן את תוכנית המתקפה הסורית ואת זמנה המדויק. כדי למנוע מלחמה שתערער את יציבות ממלכתו וכדי להצליב את המידע עם מידע ישראלי, חוסיין נפגש עם גולדה מאיר מספר פעמים לפני המלחמה, כולל ב-25 בספטמבר 1973, כשבועיים לפני המועד להתקפה, ובכל הפעמים הזהיר אותה אזהרה כללית מפני התקפה קרובה. גולדה מאיר התייעצה עם שר הביטחון משה דיין שהרגיע אותה.
חוסיין העביר ל-CIA את תוכנית המלחמה הסורית המפורטת, אך הדיווח שה-CIA העביר להנרי קיסינג'ר היה עמום כך שארצות הברית לא פעלה בהתאם.
צבא ירדן השתתף חלקית במלחמת יום הכיפורים. חוסיין שלח שתי חטיבות שריון לעזרת סוריה, ובמקביל ביקש שישראל לא תתקוף את ממלכתו. חטיבות אלו נקלעו למאמץ ההבקעה הישראלי בגולן, ואיבדו כעשרים טנקים בקרבות מגננה.