תוכנית הקרווילות בניצן נתקלה בהתנגדות חריפה של ארגוני איכות הסביבה בשל החשש מפגיעה באזור דיונות החוף הסמוך, אחד האחרונים בתחומי מדינת ישראל. התנגדות זו הביאה להזזת האתר בכמה מאות מטרים, כך שהוא נמצא בשולי הדיונות ובחלקו מחוצה להן.
משפחות שעברו להתגורר בהן הביעו אכזבה רבה מאיכות המגורים. האתר לא היה מוכן לקליטת התושבים עם התחלת תוכנית ההתנתקות – רוב הכבישים והמדרכות לא היו סלולים, לא הוקמה מכולת ומבנה קבע לבית כנסת.
הריסת המבנים.
לגבי המבנים ביישובים שפונו, לא התקבלה החלטה עד למועד מאוחר יחסית, עד שהוחלט לבסוף להרוס את הבתים.
כרונולוגיית ההחלטות:
קציני צה"ל אמרו שלא יוכלו להעתיק לישראל מבני דת בשלמותם, לרבות בתי כנסת. בעצת הרב הראשי לצה"ל ישראל וייס הוחלט לפנותם מכל הריהוט ותשמישי הקדושה ואז לפוצץ את המבנים הריקים, על מנת שלא יחוללו בידי פלסטינים, אך רבנים רבים - לרבות הרבנות הראשית - התנגדו למהלך בטענה שעדיף שאת בתי הכנסת יהרסו פלסטינים מאשר יהודים, ועתרו לבג"ץ. בג"ץ פסק שההחלטה כשרה, לאור חוות דעתו של הרב הראשי מצגר. לבסוף ברוב של ארבעה שופטים מול שלושה החליט בג"ץ שלא לדון בעניין מחדש. על אף זאת, לבסוף הוחלט שלא לפוצץ את בתי הכנסת ומבני הדת, ואלו חוללו על ידי הפלסטינים.
סגירת הגוש.
סגירה ראשונה של גוש קטיף לכניסת מי שאינו מתושבי המקום אירעה ב־24 ביוני 2005, לצורך פריצה למתחם מלון שעל חוף הים, ובוטלה יממה לאחר מכן.
ב־13 ביולי לאחר החלטת ממשלה נכנס לתוקפו צו אלוף המטיל סגר על גוש קטיף ומונע אליו כניסה של אזרחים שאינם תושביו הקבועים. מיום זה אזרחים שאינם בני המקום נדרשו לקבל אישור מיוחד על מנת להיכנס לגוש. סגירה זו לא עברה בשלום, וההתנגדות לה הגיעה לשיאה בצעדת עשרות אלפים לעבר הגוש, שהמשטרה מנעה ממנה להתקדם אחר כפר מימון. צעדה זו התפזרה לבסוף, אך מועצת יש"ע הודיעה שבכוונתה לארגן הסתננויות של קבוצות קטנות לתוך גוש קטיף. ההתנגדות לסגירה כללה גם סירוב של רבים מתושבי הגוש לשתף פעולה ולהזדהות, צעד שהביא פעמים רבות לקריסת הבידוק והכנסת אנשים רבים שאינם מתושבי הגוש. בדיעבד ספגה העצרת בכפר מימון שהתקיימה שבועיים לפני ההתנתקות ביקורת בחוגי המתנחלים, משום שכילתה את משאביהם האנושיים שבועיים בטרם הפינוי.
ימים ספורים לפני התחלת ביצוע ההתנתקות ארגנו מתנגדי ההתנתקות עוד שתי הפגנות ענק: עצרת בכיכר רבין שבה נכחו בין 200,000 ל-250,000 מפגינים ותפילה המונית בכותל המערבי שבה נכחו בין 70,000 ל-100,000 מתפללים
14 באוגוסט היה היום האחרון שבו הורשו מתיישבי עזה להישאר בבתיהם. עם כניסת 15 באוגוסט הפכה שהותם ברצועה לבלתי חוקית. אף על פי כן אפשר צה"ל יומיים נוספים של התפנות מרצון עד ל-17 באוגוסט, מועד התחלת הפינוי בכוח.
ביצוע תוכנית ההתנתקות.
מעגלי הפינוי.
ביצוע הפינוי הורכב מ-6 מעגלי כוחות:
אופן ביצוע ההתנתקות במעגל הראשון.
בשלב הראשון, ניתנה לכל משפחה הזדמנות להתפנות בהסכמה. חיילים אף סייעו למשפחה לארוז את מטלטליה. בשלב השני, אם המשפחה סירבה להתפנות, חיילים ושוטרים פינו אותה בכוח, כאשר 4 שוטרים וחיילים הרימו אדם אחד וסחבו אותו אל עבר האוטובוס. נשים וילדים פונו בידי חיילות ושוטרות.
בתי הכנסת ומבני הדת פונו בידי אנשי הרבנות הצבאית, שדאגה לא להשאיר בהם אף חפץ קדוש אחד. ברוב היישובים, הוצאו ספרי התורה מבית הכנסת על ידי רב היישוב והתושבים שהסכימו להתפנות.
אוטובוס היישוב הועבר למתקנים מיוחדים שנשכרו מראש, בדרך כלל בתי מלון, בבאר שבע, אשדוד, אשקלון וירושלים. התכנון היה שאת הלילות הראשונים של הפינוי יבלו התושבים במקום, ולאחר מכן יועברו למקומות המגורים החדשים שלהם. בפועל מקום המגורים של רבים מהמפונים לא היה מוכן בזמן (ובמקרים רבים אפילו כלל לא הוסכם עליו עם אנשי היישוב), ורבים מהם נשארו בבתי המלון במשך חודשים. חלק מהמתיישבים אף סירבו מלכתחילה להתפנות לבתי מלון, והעדיפו להשתכן במאהלים זמניים, וכך להבטיח את לכידות היישוב עד למציאת פתרון מגורים קבוע.
פינוי האזרחים.
בחצות צאת ט' באב התשס"ה, נסגרו כל הכניסות לרצועת עזה בפני אזרחים. למחרת בבוקר, ב-15 באוגוסט החל מבצע יד לאחים: צוותי צה"ל והמשטרה החלו למסור צווי פינוי לתושבי יישובי גוש קטיף. החיילים הונחו לסייע ככל האפשר לכל משפחה המעוניינת להתפנות מרצון ולגלות רגישות לכאבה. בחלק מהיישובים לא חילקו החיילים צווי פינוי עקב התנגדות התושבים (סקירת חלוקת צווי הפינוי). הפינוי הכפוי של האזרחים ברצועת עזה החל ב-17 באוגוסט. שלב זה של הפינוי נמשך עד ה-22 באוגוסט, בו פונה אחרון היישובים ברצועת עזה - נצרים. ככלל, פינוי תושבי גוש קטיף וחבל עזה עבר לַרוב ללא אלימות, תוך שהתושבים מוחים על הפינוי בדרכים שונות: קריעת קרע בבגד, סירוב להתפנות מרצון והתנגדות פסיבית, מייצגי מחאה, בכי תחנונים, תפילות פרידה בבתי הכנסת ועוד. כ-1,500 נערים ונערות התבצרו בבתי הכנסת של נווה דקלים ואריה יצחקי התבצר עם רובה M-16 ביישוב שירת הים. שני האירועים נגמרו ללא אלימות והמתבצרים פונו.
המוקד היחידי שבו נרשמה אלימות היה בית הכנסת בכפר דרום בו כ-150 מתבצרים על הגג השליכו מים וצבע על הכוחות שבאו לפנותם והורדו באמצעות מנופים ומכולות.
הן כוחות הפינוי והן המפונים זכו לשבחים ברוב כלי התקשורת על תהליך הפינוי. עם זאת, רבים מהמפונים התלוננו כי המפנים הכו אותם, לעיתים באלימות רבה, הפרידו אותם מילדיהם הקטנים ללא צורך, השתמשו ברכושם ללא רשות ואף לקחו אותו. במוקד זכויות האדם ביש"ע נרשמו 200 תלונות בדבר אלימות של כוחות הפינוי. נטען גם כי גברים פינו נשים ובנות בלי להקפיד על צניעותם וכי הופעלה אלימות גם כלפי מי שנשאו שלטים בתוך הקו הירוק כדי לעודד את המפונים חלק מהמפונים התלוננו כי הם נכלאו באוטובוסים במשך שעות מבלי יכולת לצאת לשירותים. בדו"ח של מבקר המדינה ממרץ 2006 הוא קבע כי התנהלות זאת הייתה בלתי ראויה.
בכמה מקרים הורדו המפונים על אם הדרך או בתוך הערים, ללא הכוונה כלשהי. במקרים אחרים לא היו המלונות ערוכים לקליטת המפונים שהגיעו אליהם.
ב-23 באוגוסט פונו היישובים חומש ושא-נור בצפון השומרון. הפעולה לוותה באלימות מסוימת, אך יחסית נמוכה. בנוסף היו מספר פעולות אלימות והשחתה כלפי ציוד משטרתי כגון הצתת מצלמות ומכ"מים משטרתיים ופגיעה ברכבים צבאיים. הרמטכ"ל דני חלוץ, המפכ"ל משה קראדי ודוברת צה"ל מירי רגב ציינו לשבח את הנהגת המתנחלים ורבני יש"ע על פעולתם להרגעת הרוחות ומניעת אלימות בפינוי יישובי צפון השומרון.
האשמות המשטרה בדבר שפיכת סודה קאוסטית.
במהלך העימותים על פינוי בית הכנסת בכפר דרום, נפגעו מספר חיילים ממגע עם חומר שהושלך עליהם מגג בית הכנסת. החיילים החלו לצעוק "חומצה, חומצה" פשטו את מדיהם ופונו לבית החולים. המשטרה פרסמה שהמתבצרים שפכו על כוחות הפינוי חומצה או סודה קאוסטית על אנשי כוחות הביטחון, והדבר פורסם בתקשורת. למחרת האירוע פרסם פרופ' מתי ליפשיץ, שטיפל בשוטרים שפונו מכפר דרום בבית החולים סורוקה, כי "יכול להיות שהייתה להם סודה קאוסטית, אבל לא נראה לי שהם השתמשו בזה, לפחות לכל המאסה הגדולה של האנשים הזו שהגיעו אלינו. סודה קאוסטית יכולה לגרום לכוויות קשות. כולם הגיעו עם איזושהי צריבה ותופעות אלרגיות, שלא מתאימות לסודה קאוסטית". למחרת היו עדיין מאושפזים חמישה שוטרים וחיילים, ומבית החולים נמסר שהם סבלו מכוויות קלות ומצריבה בעיניים כתוצאה ממדלל צבע.
חמישה ימים לאחר הפינוי, המעבדה לזיהוי פלילי של המשטרה פרסמה בתקשורת כי החומר שהושלך על השוטרים במהלך הפינוי היה אכן סודה קאוסטית. עם זאת, למחרת אמר עזי צדוק, ראש המחלקה לזיהוי פלילי, כי לאחר שסודה קאוסטית נחשפת לאוויר לא ניתן לזהותה, וייתכן שהחיילים נפגעו מחומרים אחרים. עוד אמר כי על גג בית הכנסת נמצאו מכלים של סודה קאוסטית, ולא נמצאו מדללי צבע. עורכי הדין של העצורים אמרו שייתכן שמכלי הסודה שנמצאו על הגג שימשו להכנת דבק מודעות.
מספר שבועות לאחר הפרשה העיד בפני ועדת החוקה של הכנסת ד"ר פרץ כהן, הרופא של כפר דרום מטעם שירותי בריאות כללית, שהיה נוכח באירוע, אמר שלא ראה אף שוטר או חייל עם סימני כוויות. לטענת אביעד ויסולי מהמטה למען א"י נשפכו על השוטרים מים עם טינר.
בינואר 2006 חשף ערוץ 10 כי בבדיקת המשטרה לא נמצאו שיירים של סודה קאוסטית או חומצה בבגדי השוטרים בכפר דרום. בעקבות החשיפה, כינו חברי כנסת רבים, ובראשם מיכאל איתן, את הפרשה כ"עלילת דם", וקראו ליועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, לבטל עשרות כתבי אישום כנגד אנשי ימין, ולהקים ועדת חקירה.
פינוי מבני הדת.
לאחר פינוי היישובים הושגה הסכמה לגבי פינוי בתי העלמין בגוש קטיף בין רשויות המדינה למשפחות. בהתאם להחלטת הממשלה הסופית, הותרו רוב בתי הכנסת על כנם, אך הם הוצתו וחוללו בידי הפלסטינים אחרי שצה"ל יצא מההתנחלויות ההרוסות. ב-28 באוגוסט החלה העתקתם של 48 קברים הנמצאים בבית העלמין של גוש קטיף לבתי קברות ברחבי הארץ, ביניהם בית העלמין החדש בניצן ובית העלמין בהר הזיתים. המשפחות השכולות קיימו הלוויה חוזרת ליקיריהם ונהגו מנהגי אבלות למשך יום.