התיאור המקראי מפרט בהרחבה על מסע כיבוש הארץ בראשות יהושע בן נון. חלק מהיישובים המוזכרים במסע המקראי נחפרו ונחקרו בהרחבה, כאשר נכון לסוף העשור השני של המאה ה-21, זיהוים של חלק מהממצאים התאים לתיאור המקראי, וזיהויים של אחרים עורר קשיים בניסיונות ההתאמה לטקסט. למשל, חורבן החומות שנמצאו ביריחו תוארך לתקופת הברונזה הקדומה, יותר מאלף שנים לפני התיארוך המקובל לגבי תקופת ההתנחלות, וגם בחפירות אֶ-תֵל, שהציעו לזהותו עם העי, נמצא כי העיר הייתה הרוסה מאות שנים לפני תקופת הברונזה המאוחרת, שבה לכאורה נכבשה העיר בידי יהושע. חלק מהחוקרים סבורים כי תהליך ההתנחלות והתגבשות עם ישראל בארץ ישראל כלל לא כלל כיבוש מהיר, אלא כניסה איטית של שבטים.
ההתנחלות לפי המקרא.
אף על פי שלתפיסה כי המקרא מתאר את תהליך ההתנחלות וכיבוש הארץ בראשות יהושע בן נון כמסע צבאי אחיד שורשים עמוקים במחשבה היהודית, הרי בפועל מתואר במקרא תהליך ארוך שהחל בימי משה, המשיך בימיו של יהושע והסתיים שנים רבות לאחר מותו.
ספר יהושע עצמו מתאר כיבוש של שלושים ואחת ערי מדינה כנעניות (שירת ל"א המלכים), על פי המשתמע מתיאור הכיבוש ומתיאור קורות עם ישראל בתקופות שלאחר מכן, היה זה כיבוש חלקי בלבד, כאשר בחלקים מהארץ נותרו על כנם העמים שהיו שם טרום בא יהושע. מכמה פסוקים בספר יהושע משתמע כי יהושע כבש את כל הארץ, אולם כנראה שהכוונה למסעות צבאיים ולא להשתלטות על כלל השטח. חלק מערי המדינה הוחרבו וחלק נשארו על תילן.
כיבוש עבר הירדן.
על פי המקרא, החל כיבוש הארץ במלחמה עם סיחון מלך האמורי, סיחון שעיר בירתו הייתה חשבון כבש את עבר הירדן מנחל ארנון צפונה מיד מלך מואב הראשון, לאחר מכן נלחמו בני ישראל עם עוג מלך הבשן באדרעי ובעקבות כך נכבש הבשן (רמה"ג)וחבל ארגוב (הלג'ה הגדולה שבסוריה).
כיבוש יריחו, העי, ומעמד הר גריזים והר עיבל.
לאחר מעבר הירדן, חנו בני ישראל בגלגל ומשם יצא העם בראשות יהושע בן נון לכיבוש יריחו והעי. לאחר זאת הצפינו בני ישראל להר גריזים והר עיבל (ליד שכם) שם ערכו את מעמד הר גריזים והר עיבל במהלכו בנו מזבח בהר עיבל והקריבו עליו קרבנות, וקראו את "כל דברי התורה הברכה והקללה בכל-הכתוב בספר התורה" כחלק מכריתת הברית השנייה עם ה' לאחר כריתת הברית במעמד הר סיני.
כריתת הברית עם הגבעונים והמלחמה בחמשת מלכי האמורי.
בעקבות כיבוש יריחו והעי פנו הגבעונים תושבי גבעון, הכפירה, בארות וקריית יערים לכרות ברית עם יהושע, לאחר הגעת בני ישראל לערי הגבעוני חזרו העם לגלגל.
בעקבות הברית עם הגבעונים התאגדו חמשת מלכי האמורי שמלכו בצפון הנגב, ההר והשפלה מירושלים דרומה (אדוני צדק מלך ירושלים, הוהם מלך חברון, פראם מלך ירמות, יפיע מלך לכיש, דביר מלך עגלון) ויצאו למלחמה על גבעון. יהושע וצבאו עלו במסע לילי מהגלגל לגבעון, הפתיעו את חמשת מלכי האמורי, רדפו אחריהם במורד בית חורון עד עזקה ולאחר מכן לכדו את מקדה, לבנה, לכיש, עגלון, חברון, ודביר, וכן הכו את צבאו של הורם מלך גזר כאשר בא לסייע ללכיש. לאחר מסע מלחמה זה חזר יהושע עם לוחמיו לגלגל.
המלחמה עם מלכי הצפון.
בעקבות המלחמה עם חמשת מלכי האמורי ששלטו בדרום ההר, צפון הנגב והשפלה התאגדה ברית מלכים צפונית בראשות יבין מלך חצור ועימו יובב מלך מדון, מלך שִמרון ומלך אכשף. יהושע והלוחמים (יתרת העם נשארה כמו במערכה הקודמת בגלגל) עלו למי מרום, הכו את צבאות מלכי הצפון, החריבו את חצור, והשתלטו על יתר השטחים.
מסעי מלחמה נוספים בתקופתו של יהושע.
מלכים נוספים שהכה יהושע על פי שירת ל"א המלכים: בית אל, גדר, חרמה, ערד, עדלם, תפוח, חפר, אפק, לשרון, תענך, מגידו, קדש, יקנעם, דור, גוים, תרצה.
מסעות כיבוש לאחר תקופתו של יהושע.
המסעות לכיבוש המרחבים הבאים נערכו קרוב למותו של יהושע בן נון. חלק ממסעות אלו תוארו בהרחבה בספר העוקב, ספר שופטים.
חלוקת הנחלות.
לפי המתואר בתנ"ך, בתום מספר שנים של לחימה חילק יהושע את השטח שנכבש בין השבטים, למעט שבט לוי שקיבל כמתנה כמה ערים מכל שבט, ובסך הכל קיבל ארבעים ושמונה ערים, כאשר שש מתוכן היו ערי מקלט.
על פי חז"ל, ארכה תקופת הכיבוש שקודם חלוקת הארץ שבע שנים, וכן ארך זמן חלוקת הארץ (התיישבות והתבססות השבטים בנחלתם, כנראה) שבע שנים. מכל מקום, גם לאחר שנים אלו נותרו עדיין אזורים בארץ שטרם נכבשו, כמתואר בספר יהושע.
חלוקת הארץ נעשתה בשלושה שלבים, אשר נעשו בשלושה מקומות שונים. הראשונים שקיבלו את נחלתם היו ראובן, גד וחצי המנשה, בעבר הירדן. הם קיבלו זאת ממשה רבנו בערבות מואב, טרם הכניסה. לאחר מכן קיבלו יהודה, אפרים וחצי שבט המנשה, מיהושע ואלעזר בן אהרון הכהן בגלגל, ורק יותר מאוחר, בשילה, שבעת השבטים הנותרים קיבלו מיהושע ואלעזר את חלקם.
בסיומה של התקופה הצטמצם היישוב הכנעני, ואילו הפלשתים הגיעו לשיא התפשטותם עקב עליונותם הארגונית-טכנולוגית. מצב זה בא לקיצו כאשר החלו השבטים להתאחד איחוד של קבע (ממלכת ישראל המאוחדת) בראשותו של המלך שאול, ובהמשך דוד ושלמה.
הכרונולוגיה המקראית של התנחלות השבטים.
תקופה זו מתוארכת לפי מדרש סדר עולם רבה מ-1272 לפנה"ס ועד שלהי המאה ה-11 לפנה"ס. תיארוך זה מתבסס על ההנחה שהתקופה הפרסית בארץ ישראל נמשכה 52 שנים בלבד, ובית המקדש הראשון חרב בשנת 422 לפנה"ס. לפי המקובל במחקר המודרני החורבן אירע בשנת 586 לפנה"ס, ולפיכך לפי התנ"ך יש המקדימים את תחילת ההתנחלות לסוף המאה ה-15 לפנה"ס.
ארכאולוגיה של תקופת ההתנחלות.
ציר הזמן הארכאולוגי.
על פי המחקר הארכאולוגי, תקופת הברונזה התיכונה מסתיימת בחורבן רחב היקף שלאחריו מתחילה תקופת הברונזה המאוחרת.
בראשית אותה תקופה (תקופת הברונזה המאוחרת I) האוכלוסייה הדומיננטית הם תושבי ערי ממלכה מתקופת הברונזה התיכונה אשר משקמים את תרבותם ובמקביל אליהם חיים קבוצות חברתיות אחרות כגון שרידי החיקסוס שגורשו ממצרים, הח'בירו, והשוסים, האימפריה המצרית מנסה לבסס את שלטונה בכנען במידה משתנה של הצלחה.
במהלך התקופה הבאה (תקופת הברונזה המאוחרת II), גדל כוחם של הח'בירו, מוזכר שבט אשר כשבט היושב בחוף הצפוני של כנען ומופיעים גויי הים.
בסיומה של התקופה (תקופת הברונזה המאוחרת III), יורד השלטון המצרי בכנען מגדולתו, מוזכר לראשונה השם "ישראל" בידי פרעה מרנפתח (מצבת ישראל) כגורם בעל חשיבות באזור שמצפון למצרים, מופיעים הפלשתים והתרבות הכנענית נטמעת בתרבויות אחרות.
הופעת הפלשתים שהיו בעלי טכנולוגיית עיבוד ברזל מפותחת מסמנת את תחילת תקופת הברזל בארץ ישראל.
בתקופת הברזל א (1200–1000 לפנה"ס) התחילו לצוץ מאות יישובים קטנים חדשים באזורים רבים בארץ, הן בצפון והן באזור חבל ההר בו ישנה התפתחות ממספר יישובים עירוניים בודדים בתקופה הקודמת, למאות יישובים קטנים, שנמצאים ברובם בשלב מעבר הדרגתי מרעייה נוודית להתיישבות קבע חקלאית. בקרב הארכאולוגים, לא כולם הסכימו שניתן לאפיין ולהגדיר זהויות אתניות לאותם מתיישבים, אולם אלו שכן ערכו הבחנה שכזו, זיהו את המתיישבים באזור החוף הצפוני בעיקר ככנענים/פיניקים ובגליל ואזור ההר זיהו את המתיישבים כישראלים.
הזיהוי נעשה לפי צורת ההתיישבות, פרטי קרמיקה ושרידי המזון (בתי ארבעת מרחבים, מבנה מעגלי של היישוב בדומה למעגל אוהלים של נוודים, קנקני שפת צווארון, והיעדר שרידי חזירים). עם זאת מכיוון ופריטים רבים שמזוהים כ"ישראלים" נמצאו גם באתרים כנענים ולהפך, היו מי שפיקפקו באפשרות ליצור סיווג אתני למתיישבים.
במקביל בכל אזור החוף הגיעו לשיא ערי קבוצות גויי הים. אלו קבוצות אתניות שמוצאן באזור יוון ובתרבות המיקנית שחרבה. בין אותם גויי הים ידועה הקבוצה האתנית "פלשתים".
בתקופה הבאה (תקופת הברזל ב) גדל היישוב ונוסדות ממלכות יהודה וישראל.
גישות להתנחלות בארכאולוגיה.
בעוד שאת מוצא הפלשתים מקובל לזהות בקרב גויי הים מאזור יוון, הרי שלגבי מוצא המתיישבים הישראלים חלוקות הדעות.
עד לאמצע המאה ה-20 הגישה הדומיננטית במחקר הייתה גישת הכיבוש הצבאי האחיד, שקיבלה את התיאור המקראי כתיאור היסטורי שלפיו מקורם בקבוצה אתנית שעלתה מארץ מצרים בשלהי תקופת הברונזה המאוחרת ופתחה בכיבוש צבאי נגד ערי הארץ. אחד מהחוקרים המזוהים עם גישה זאת היה ויליאם פוקסוול אולברייט. עם התפתחות תחום הארכאולוגיה המקראית, ואי התאמות מסוימות שהתגלו בין הממצאים לתיאור המקראי, התחזקו גם גישות מתחרות, לצד חוקרים שעדיין דוגלים בגישת הכיבוש הצבאי האחיד.
גישה אחרת מציעה סדר הפוך, לפיו תחילה ישנה התיישבות לא מאורגנת של קבוצות נוודים, בהמשך הם מתארגנים יחדיו ויוצרים אתוס לאומי, גישה זו מכונה גישת החדירה השקטה. גישה שלישית גורסת שמקורם של המתיישבים כולם הוא באוכלוסייה כנענית מקומית, ולא בשבטים נוודים מבחוץ, שנוצר ביניהם בידול תרבותי במהלך תקופת הברזל עד ליצירת אתוס משותף. גישה זו מכונה האסכולה הסוציולוגית.
ישנן מספר גישות במחקר לגבי ראשית ההתיישבות של הקבוצה שלימים תהיה מזוהה כ"עם ישראל":
חורבנות היישובים ממסע הכיבוש המקראי.
בסקרים ארכאולוגיים שבוצעו נמצאו מאות יישובים קטנים באזור ההר המתוארכים למאות ה-13 עד ה-11 לפנה"ס. כמו כן נחקרו חלק מאתרי הכיבוש המוזכרים בספר יהושע. נכון לסוף העשור השני של המאה ה-21, זיהוים של חלק מהממצאים התאים לתיאור המקראי, וזיהוים של אחרים עורר קשיים בניסיונות ההתאמה לטקסט.