העיכוב ופרסום הגירוש גרם לכך שממשלת לבנון התכוננה לכך מראש, ומנעה מהמגורשים להיכנס לשטח שבו היא שלטה. כך הם הקימו מחנה אוהלים, שמיקד את תשומת לב התקשורת העולמית. במחנה המגורשים בלטו הטרוריסטים עבד אל-עזיז רנטיסי ומחמוד א-זהאר, שהתקדמו בצמרת התנועה כתוצאה מכך, והפכו למנהיגי הדור השני שלה. המגורשים ניצלו את תקופת שהותם בלבנון ליצירת קשרים עם ארגון החזבאללה וללמידת דרכי פעולה חדשות בתחום הטרור והחבלה. יש סוברים, שכך הייתה תרומתם חשובה לביצוע גל פיגועי הטרור הפלסטיני, שהחל ב-1994, לאחר חזרתם של כל הטרוריסטים שגורשו.
ב-16 באפריל 1993, בוצע פיגוע ההתאבדות הראשון על ידי חמאס. מחבל מתאבד התפוצץ בסמוך לפונדק דרכים בצומת מחולה בבקעת הירדן. בתחילת 1996 חוסל הטרוריסט יחיא עיאש על ידי ישראל, ובתגובה בוצעו ארבעה פיגועי התאבדות - בירושלים (הפיגועים באוטובוסים בקו 18 בירושלים (1996)), בתל אביב (הפיגוע בדיזנגוף סנטר) ובאשקלון. בעקבות פיגועים אלה, טענה הרשות הפלסטינית, כי החלה לפעול נגד חמאס, ולדכא לכאורה את פעילותה. זמן קצר לאחר מכן, נעצר ראש הלשכה המדינית של התנועה, מוסא אבו מרזוק, במהלך נסיעה לארצות הברית, והוחלף על ידי סגנו ח'אלד משעל. אבו מרזוק שוחרר לבסוף כעבור שנה אך התמנה לסגנו של משעל במקום לחזור לתפקידו המקורי.
בשנת 1997, לאחר שני פיגועי התאבדות בירושלים, הורה ראש ממשלת ישראל, בנימין נתניהו, למוסד, לחסל את ראש הלשכה המדינית החדש של התנועה, ח'אלד משעל, שהתגורר בירדן ולטענת גורמי ביטחון בישראל היה "ראש הנחש", שעומד למעשה בראשות הארגון, באמצעות רעל מיוחד. המבצע הסתבך, וסוכני "המוסד" שנשלחו לבצע את הפעולה נתפסו. בתמורה לשחרורם, שלחה ישראל נסיוב שהציל את חייו של משעל, ושחררה עשרות טרוריסטים פלסטינים שנשפטו לתקופות מאסר ארוכות על מעשי הטרור שביצעו, ובראשם שייח' אחמד יאסין. יש הטוענים כי פעולות אלה, וכן התגברות פעילות מנגנוני הביטחון של הרשות הפלסטינית, הביאו להפוגה בפיגועי ההתאבדות, עד לפרוץ האינתיפאדה השנייה.
במהלך הפוגה זו, ולקראת הדיונים בקמפ-דייוויד על הסדר הקבע, הציע יאסין, כי חמאס תכריז על הודנה למשך 10 או 20 שנה, בתמורה להקמת מדינה פלסטינית שבירתה ירושלים, "והדור הבא יחליט אם לחדש את המאבק". לא ידוע כיום, אם הצעה זו הייתה ממשית בעקבות כישלון השיחות.
חמאס באינתיפאדה השנייה.
מאז פרוץ האינתיפאדה השנייה עלה כוחה של חמאס. סיבה אחת היא התפוררות שלטון הרשות הפלסטינית והשחיתות ברשות, שחלקה קשור למונופולים שיצרו אנשי הרשות עם אנשי עסקים ישראליים. חמאס נחשבה לגוף אידאולוגי שהשחיתות לא דבקה בו. סיבה נוספת היא פופולריות מעשי הרצח, הטרור והגרילה שלו כנגד ישראל בקרב הציבור הפלסטיני. למרות העוינות בין חמאס לפת"ח ולרשות הפלסטינית, טוענים גורמי ימין בישראל, כי השניים קיימו שיתוף פעולה חלקי בהתקפות כנגד ישראל, כאשר יאסר ערפאת משתמש בחמאס ללחוץ את ישראל על ידי טרור מבלי שהרשות תהיה אחראית לכך. ברצועת עזה, חמאס וגדודי חללי אל-אקצא לקחו אחריות משותפת על מספר רב של פעולות טרור כנגד ישראל.
במהלך האינתיפאדה החלה ישראל להפעיל מדיניות חיסול ("סיכול ממוקד") כנגד פעילי התנועה. מדיניות זו עוררה מחלוקת בישראל ובעולם, ויש שטענו שהיא אינה יעילה ואף משיגה את התוצאה ההפוכה בכך שהיא מלבה את האש. כמו כן, ארגוני שמאל קיצוני וארגוני זכויות אדם, בישראל ומחוץ לה, הביעו מחאה כנגד מדיניות החיסולים, בטענה שהיא מהווה למעשה ביצוע גזר דין מוות ללא משפט. בתחילה מדיניות זו הופעלה כנגד פעילים צבאיים שנחשבו כ"פצצות מתקתקות", אך ככל שעבר הזמן הופעלה מדיניות זו גם כנגד אנשי "הזרוע הפוליטית" של הארגון, המפיחים רוח במפרשי "הזרוע הצבאית" (גדודי עז-א-דין אל קסאם). בקיץ 2003 חוסל דובר חמאס ברצועה, אסמאעיל אבו שנב, בעוד שבכירי הארגון עבד אל-עזיז רנטיסי ומחמוד א-זהאר ניצלו מניסיונות דומים.
ב-6 בספטמבר 2003 במבצע קטיף כלניות הטיל מטוס קרב של חיל האוויר הישראלי פצצה במשקל רבע טון על בית שבו התכנסו בכירים רבים בחמאס: מוחמד דף, ראש הזרוע הצבאית; עדנאן אל-רול, המהנדס ברצועה והאחראי על פרויקט הקסאם; השייח אחמד יאסין, המנהיג הרוחני של חמאס; אסמאעיל הנייה, ראש לשכתו של יאסין; עבד אל-עזיז רנטיסי, סגנו של השייח יאסין; ומחמוד א-זהאר, מראשי חמאס וסגנו של יאסין. הפצצה פגעה רק בקומה העליונה של הבית, בעוד שכל צמרת החמאס התכנסה בקומה התחתונה של הבית, ולכן כולם ניצלו מהמתקפה.
ב-22 במרץ 2004 חוסל מייסד התנועה ומנהיגה, השייח אחמד יאסין. במקומו מונה ח'אלד משעל למנהיג חמאס. כמנהיג חמאס בשטחי יהודה, שומרון ועזה מונה עבד אל-עזיז רנטיסי, שחוסל אף הוא ב-17 באפריל 2004.
על-פי נתונים שפרסמה מערכת הביטחון עם חיסולו של יאסין, בשלוש וחצי שנותיה של האינתיפאדה השנייה ביצע חמאס 425 פיגועים, שבהם נהרגו 377 ישראלים ונפצעו 2,076 אנשים. 52 מפיגועים אלה היו פיגועי התאבדות, שבהם נהרגו 288 ישראלים ונפצעו 1,646. לפי המרכז למורשת המודיעין ביצע חמאס מאז תחילת העימות 780 פיגועים בהם נהרגו 430 אזרחים ונפצעו 2,260 אזרחים.
מדיניות הסיכולים הממוקדים פגעה קשה בתשתית ההנהגתית והצבאית של חמאס. בשנת 2004 חוסלו רוב המהנדסים הבכירים של חמאס ברצועת ופעילים בכירים בתעשיית הקסאם (הבכיר שבהם היה עדנאן אל-ע'ול). פגיעות קשות אלה הביאו להחלשה בכוחה של חמאס לבצע פיגועי התאבדות בשטח ישראל, והיא הגיבה בהגברת ירי הרקטות לעבר יישובי גוש קטיף ושדרות.
התחזקות חמאס בציבור הפלסטיני, ההתפוררות ההדרגתית של הרשות הפלסטינית ופת"ח, ההחלטה הישראלית על תוכנית ההתנתקות ובעיקר מות יאסר ערפאת הביאו לשינוי במדיניות התנועה בתחילת 2005, ולהדגשה רבה יותר של מאפייניה הפוליטיים. חמאס החליטה על השתתפות בבחירות למועצות המקומיות ובבחירות למועצה המחוקקת, והסכימה ל"תהדיאה" (הרגעה) שהכריז אבו מאזן בפסגת שארם א-שייח בשנת 2005.
במהלך 2005 המשיך חמאס בפעילותו הצבאית, כתגובה, לטענתו, על הפרות ישראליות של ה"תהדיאה". בסבבי הבחירות המקומיות זכתה חמאס במספר עיריות מרכזיות, בהן שכם וקלקיליה. במקביל, התחדדה היריבות בין התנועה ובין פת"ח והרשות הפלסטינית. ב-14 ביולי 2005 החלו עימותים בין התנועות ברצועת עזה, על רקע ניסיון מנגנון "הביטחון הלאומי" למנוע ירי פצמ"רים לעבר ישראל. במהלך העימותים נהרגו שני פלסטינים, נפצעו כמה עשרות נוספים והוצתו שריוניות ותחנות משטרה של הרשות הפלסטינית.
חמאס החרימה את הבחירות ליושב ראש הרשות הפלסטינית שנערכו בינואר 2005, לאחר מותו של יאסר ערפאת, אולם הודיעה שתשתף פעולה עם מי שייבחר לתפקיד. בבחירות לרשויות המקומיות שנערכו לאורך שנת 2005 זכה חמאס בהצלחה יחסית, בעיקר ברצועת עזה, אך גם ביהודה ושומרון.
בחירות 2006 לרשות הפלסטינית.
ב-25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו הבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים וגורמי מודיעין ישראליים צפו ניצחון דחוק לפת"ח של אבו מאזן על פני "רשימת הרפורמה והשינוי" של תנועת חמאס בראשות אסמאעיל הנייה וסגנו מוחמד אבו טיר. ההערכות בעיתונות הישראלית והפלסטינית היו שממשלת ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות, כדי למנוע את עליית חמאס. אף על פי כן, חמאס הפתיעה וזכתה ברוב גדול (75 מושבים בפרלמנט לעומת 43 של הפת"ח) בבחירות דמוקרטיות שקטות שפוקחו על ידי נציגות בינלאומית. בין הסיבות לעליית חמאס ניתן למנות את השחיתות והאנרכיה ברשות שמזוהה עם בכירי תנועת הפת"ח, חוסר היעילות של מדיניות אבו מאזן כלפי המחסומים, נוכחות צה"ל בשטחים ובניית גדר ההפרדה בתוך תחומי הגדה, תפישת הציבור הפלסטיני לגבי תרומת המאבק המזוין של חמאס למהלך ההתנתקות ותמיכת הציבור הפלסטיני בהמשך הטרור נגד ישראל. סקרים שערכו מכונים פלסטיניים גילו שרוב המצביעים ש-40% עשו זאת בשל השחיתות ברשות, אחוז מסוים נתן קולו לתנועה בגלל התפישות הדתיות של התנועה ורק כעשרה אחוז הצביעו עבורה בשל עמדותיה המדיניות הניציות. כמה מהם הסבירו את ניצחון חמאס במכניזם של הבחירות - במסגרתו כמחצית מהצירים נבחרו באופן אישי ולא על בסיס שיוך תנועתי. בבחירות היחסיות נוצר שוויון יחסי בין פת"ח וחמאס (29% ל-חמאס לעומת 28% ל-פת"ח), בניגוד לבחירות האזוריות, שהיו על בסיס אישי.
זמן קצר לאחר הבחירות, החל לחץ בינלאומי כבד שרוכז על ידי ארצות הברית וישראל כנגד המפלגה, שהוביל לכך שמנהיגי חמאס ישמיעו אמירות מתונות יותר מאלה המופיעות במצע התנועה. בישראל התרחש ויכוח ער לגבי חמאס, ומפלגת הליכוד העמידה את הנושא במרכז הקמפיין שלה לבחירות לכנסת השבע עשרה, כשהשתמשה בסלוגן "בנימין נתניהו - חזק מול חמאס". ב-21 בפברואר 2006, הטיל אבו מאזן את הרכבת הממשלה על אסמאעיל הנייה, מספר אחד ברשימת חמאס. לאחר מספר ניסיונות כושלים לקיים מגעים עם ארגונים אחרים בנושא, נאלצה חמאס להקים ממשלה בלא שיתוף מפלגות אחרות. לאחר הקמת הממשלה, הציבו האיחוד האירופי, רוסיה, ארצות הברית והאו"ם שלושה תנאים, המכונים "תנאי הקווארטט", שאי עמידת תנועת חמאס בהם תוביל לעצירת הזרמת כספי תרומות ממדינות שונות ל"רשות". תנאים אלה היו:
חמאס סירבה לתנאים אלו, והאיחוד האירופי החליט על אי מתן תרומות ישירות לרשות הפלסטינית עד שתעמוד בהן.
המאבק הפנימי מול פת"ח.
זמן קצר לאחר הקמת ממשלת הרשות הפלסטינית החמישית, החל מאבק פנימי חריף בין חמאס לבין הנשיא הפלסטיני אבו מאזן ותנועתו פת"ח. מאבק זה החל בשל מספר סוגיות: