ייתכן, אם ננקוט בנקודת מבט ספרותית על סיפור זה, שחזרתו של אלקיביאדס גילמה בתוכה את הרמז לנפילתו העתידית. עם חזרתו, נאם אלקיביאדס בפני העם וגולל את סיפורו העגום מבלי להאשים אף אחד זולת המזל הרע ורוח קנאית בהסתבכויותיו האומללות. אלקיביאדס המשיך בנאומו להסביר נושאים הקשורים לצבא ויחסי הכוחות בין האתונאים לספרטנים, וכך חיזק את אמונת האתונאים בניצחון. בתום הנאום, החליטה אספת העם שרכושו יוחזר, אישומי העבר יבוטלו, ואלקיביאדס יהפך למפקד יחידי של הצבא בים וביבשה.
עם זאת, היו שראו בחזרתו של אלקיביאדס אות מבשר רע, שכן אלקיביאדס חזר ביום הפְּלִינְטֶרִיָה, יום חגה של האלה אתנה. ביום זה, אשר נחשב כיום שאינו טהור, נסגרים המקדשים של אתנה ותושבי העיר שובתים מכל עבודה.
פלוטרכוס מתאר זאת כצירוף מקרים שעלול להעיד שאתנה עצמה לא מקבלת את חזרתו של אלקיביאדס. צירוף מקרים זה, גם שהיה תמוה ומעורר ספיקות, לא העיב או שינה את חזרתו וקבלתו הנלהבת של אלקיביאדס על ידי העם. [ייתכן שזה מוטיב ספרותי שהושתל כדי להסביר אירועים עתידיים].
אלקיביאדס החליט על-מנת לחגוג את חזרתו, להוביל את התהלוכה המסורתית לאלאוסיס לחגיגות דתיות, דרך היבשה בפעם הראשונה מאז השתלטו הספרטנים על דקליאה. אלקיביאדס שלח כוח חלוץ מחייליו, וליוה את הכהנים בעצמו. דבר אשר הרשים גם את מתנגדיו החריפים ביותר. פלוטרכוס טוען שבעקבות הצלחת התהלוכה, התחילו אלקיביאדס וחייליו להאמין שכל עוד אלקיביאדס עומד בראשם, שום אויב לא יוכל לנצח אותם.
קרב נוטיון – תבוסה ראשונה וגלות שנייה (406 לפנה"ס).
בשנת 406 לפנה"ס יצא אלקיביאדס מאתונה עם כוח צבאי שכלל כ-1,500 הופליטים, ומאות ספינות. פלוטרכוס טוען שאלקיביאדס ניצח בקרב נגד הספרטנים שהתרחש בעיר אנדרוס אולם לא כבש אותה. עובדה שאויביו השתמשו כדי להחשיב מערכה זו כהפסד. אלקיביאדס המשיך אל סאמוס ולאחר מכן עבר לנוטיון, הקרובה יותר לאויביו אשר ישבו באפסוס בתקווה למשוך את ליסנדרוס, מחליפו של מינדארוס בפיקוד, לקרב ימי. אולם ליסנדרוס לא אבה לצאת לקרב נגד אלקיביאדס המפורסם, ושמר על כוחותיו עגונים.
באותה עת שני גורמים השפיעו על עליית כוחו של הצי הפלופונסי על חשבון ירידת כוחו של הצי האתונאי. משרת האחשדרפן אוישה כעת על ידי כורש הצעיר, מחליפו של טיספרנס, אשר החליט לתמוך כלכלית בליגה הפלופונסית. ממון זה משך עריקים אתונאים להצטרף לצי הפלופונסי. כמו כן, ליסנדרוס, המפקד הספרטני נחשב כריזמטי ומוכשר בעיני רבים. לאור התפתחויות אלו, ומצב הביניים בין הכוחות הלוחמים, עזב אלקיביאדס את נוטיון לעזור לתראסיבולוס במצור על פוקאה. זאת בשל תקוותו להשיג ממון שיעזור לו לשנות את פני הדברים.
אלקיביאדס השאיר קרוב ל-80 ספינות תחת פיקודו של קברניט ספינתו אנטיוכוס בנוטיון, ונתן לו פקודה מפורשת להימנע מתקיפה. אנטיוכוס המרה את פיו של אלקיביאדס, ויצא לתמרון טקטי המזכיר את המערכה בקיזיקוס. אנטיוכוס לקח עשר ספינות וניסה למשוך את הצי הפלופונסי להילחם בו, ככל הנראה כדי לסגור עליהם עם יתר הצי האתונאי מרגע שיצאו הפלופונסים ללב ים. ליסנדרוס, אשר זיהה את ההזדמנות להכות מכה ניצחת את הצי האתונאי, שלח את כל הצי הפלופונסי במרדף אחר ספינות האתונאים. בתחילה הטביע את ספינתו של אנטיוכוס, הוציאו להורג ולאחר מכן השתלט על שאר הצי האתונאי, שלא היה מוכן לקראת בואו של כוח רב כל כך. אלקיביאדס מיהר לנוטיון עם שומעו על הקרב וניסה למשוך את ליסנדרוס לקרב נוסף על מנת לתקן את התבוסה הקשה, אולם ליסנדרוס לא התפתה לצאת לקרב נוסף.
האחריות לתבוסה בנוטיון הוטלה על אלקיביאדס, ואויביו מבית ניצלו הזדמנות זו לתקוף אותו ולהדיחו מפיקוד על הצבא. דיודורוס מספר שאלקיביאדס הודח מתפקידו לא רק בשל ההפסד בנוטיון, שכן האשמות שווא שהטילו בו יריביו תרמו להחלטה זו. פלוטרכוס טוען, שחלק לא מבוטל בהדחתו קשור לאופן המוגזם שבו תיאר אלקיביאדס את הצלחותיו. האתונאים התקשו להאמין שאלקיביאדס יכול להיכשל במערכה צבאית. כישלון, אם התרחש, יכול לקרות אך מפני שלא השתדל אלקיביאדס, או שלא רצה בכך. לאור דברים אלו, לאחר שהעביר את הפיקוד לפי החלטת המועצה, החליט אלקיביאדס לגזור על עצמו גלות נוספת. אלקיביאדס שט צפונה להתיישב בטירה בתראקיה, אותה כבש בזמן המערכות בהליספונטוס.
אף על פי שההפסד בנוטיון לא היה כישלון מוחלט, הוא איפשר את הדחתם של אלקיביאדס ובני בריתו תראסיבולוס, תראמנס וקריטיאס. קגן טוען שהדחתם של מפקדים אלו פגעה קשות באתונאים, שכן היו אלו המצביאים המוכשרים והמנוסים ביותר באותו הזמן, והביאה להפסד הסופי מול הברית הפלופונסית בקרב אייגוספוטמוי ב-405.
מותו (405 לפנה"ס).
לאחר פרישתו לתראקיה, אלקיביאדס חדל להיות גורם משמעותי במלחמה הפלופונסית. פלוטרכוס, קסנופון ודיודורוס מציינים מעורבות אחרונה במלחמה מצדו של אלקיביאדס, כאשר ראה את הצי האתונאי חונה בעמדה בעלת נחיתות טקטית, בלי גישה מתאימה לציוד וליבשה בסמוך לנהר אייגוספוטמוי. אלקיביאדס הגיע רכוב על סוס למחנה האתונאי וניסה לתת עצה למפקדי האתונאים לשפר את עמדתם.
דיודורוס טוען שאלקיביאדס ביקש בתמורה לעזרתו שותפות בפיקוד, פלוטרכוס טוען שאלקיביאדס לא ביקש דבר לעצמו, ורק רצה לעזור אולם נדחה בידי גאוותם של המפקדים וייתכן שאף בשל בגידה. קסנופון מתאר את הסיטואציה ללא אינטריגות והצעות. אלקיביאדס הגיע לומר את דעתו על מיקומם של הכוחות האתונאים, המפקדים אמרו לו תודה והבהירו לו שהוא כבר לא מנהל את הצבא, ולכן ההחלטה היא שלהם בלבד. ימים ספורים לאחר מכן, נוצח הצי האתונאי בידי ליסנדרוס בקרב אייגוספוטמוי, שסיים את המלחמה הפלופונסית בניצחון לספרטנים.
לאחר הקרב ברח אלקיביאדס מהאזור והתיישב בחבל פריגיה בתקווה לקבל את חסותם של הפרסים מפני הכוחות הספרטנים. דיווחו של פלוטרכוס מעיד שאלקיביאדס פחד כל כך מהספרטנים עד כדי שוויתר על רוב ממונו ושם פעמיו לפריגיה, מקום מושבו של פרנבזוס במטרה לרכוש את חיבתו.
הדיווחים אודות מותו של אלקיביאדס אינם חד משמעיים, ולעיתים סותרים. לפי המקור העתיק ביותר, של איסוקרטס, הספרטנים אחראים למותו, כשליסנדרוס הוא הגורם הישיר, בשל חששם שהאדם היחיד שיכול לגרום לאתונאים לנסות להילחם בספרטנים לאחר תבוסתם הסופית הוא אלקיביאדס. גרסתו של פלוטרכוס מתארת שתי גרסאות למותו. הראשונה מתארת את השתלשלות העניינים כמזימה אשר סוכמה בין מארחו של אלקיביאדס, פרנבזוס לבין שליחיו של ליסנדרוס להוציא את אלקיביאדס להורג. פרנבזוס מינה את אחיו למשימה זו, ושלחו לפריגיה למקום מושבו של אלקיביאדס עם פילגשו, טימנדרה. ב-404, בעת שהיה בביתו, הרגיש אלקיביאדס שביתו הוקף באויבים. הוא התחיל שרפה בביתו וקפץ מפתח הדלת כשהוא אוחז את פגיונו בידו. הכוח שהקיף אותו לא העז לצאת למלחמה חזיתית מולו, אלא זרקו את חניתותיהם עליו ממרחק, עד שקרס ומת. הגרסה השנייה, גורסת שהאחראים למותו לא היו הספרטנים והפרסים, אלא בני משפחתה של פילגשו, אשר חששו לשמה הטוב שנהרס בעקבות פיתויו של אלקיביאדס. לפי אריסטו, מקום מותו של אלקיביאדס היה בהר אַלֶפוֹאִיס ("הר האיילות") בארגינוסה (Arginussa) שבאסיה הקטנה.
הערכת פועלו של אלקיביאדס.
היסטוריונים מהעת העתיקה חלוקים בדעתם על פועלו של אלקיביאדס, מניעיו, והשפעתו בפועל על מהלך המלחמה הפלופונסית. התפיסה הכללית ביוון העתיקה כלפי אלקיביאדס הייתה של אדם דו-קוטבי. תוקידידס תיאר את אלקיביאדס כאדם שאפתן באופן חסר גבולות. תוקידידס טוען כי אלקיביאדס הציע את היציאה למסע המלחמה האתונאי לסיציליה לאספת העם בעיקר כדי "לזכות בעושר ומוניטין לעצמו על ידי הצלחתו במסע". תוקידידס אינו תולה באלקיביאדס את האשמה למפלתה של אתונה שכן "הרגליו פגעו בכל אחד, מה שגרם לאתונאים להעביר את ענייניו (של אלקיביאדס) לידיים אחרות.." פלוטרכוס מתייחס לאלקיביאדס כ"ללא עכבות לחלוטין וכאדם חסר האחריות הגדול ביותר מבין בני האדם". מנגד טען דיודורוס סיקולוס על אלקיביאדס כי היה "מבריק ברוחו וכוונתו הייתה למפעלים גדולים".
שרון פרס (Sharon Press) מאוניברסיטת בראון, טוען שקסנופון בוחר בכתביו להדגיש את תרומתו של אלקיביאדס למדינה ולא את הרעות שהוא עולל והואשם בם.
דמוסטנס מגן על הישגיו של אלקיביאדס באומרו שהוא נלחם למען הדמוקרטיה, תוך הוכחת הפטריוטיות שלו לא על ידי מתנות או נאומים, אלה על ידי שירות למדינה. לדידו של דמוסטנס, וכותבים אחרים, אלקיביאדס היווה את הדמות של הגבר האידיאלי בתקופת הזוהר של הדמוקרטיה האתונאית, ולכן נהפך לסמל ברטוריקה המקובלת בעולם העתיק של המאה הרביעית לפנה"ס.
באחד מנאומי איסוקרטס, אשר ניתן על ידי אלקיביאדס הצעיר, נטען כי המדינה צריכה להוקיר תודה לאלקיביאדס על שירותו הנאמן לה. מנגד, ליסאס טוען באחד מכתביו, שיש לראות באלקיביאדס אויב של אתונה בטענה ש"הוא (אלקיביאדס) משיב בפגיעה, עבור כל ניסיון לעזור לו מצד חבריו". בחוקה של האתונאים, אריסטו לא כולל את אלקיביאדס ברשימה של הפוליטיקאים האתונאים הטובים ביותר, אולם בניתוח מאוחר יותר טוען אריסטו כי התכונות של אדם גאה דוגמת אלקיביאדס הן בבחינת "קור רוח אל מול תהפוכות החיים וחוסר הסבלנות שעלולים להוביל לחרפה וחוסר כבוד".אלקיביאדס עורר בקרב בני זמנו חשש ליציבות המבנים הפוליטיים. לפיכך, אנדוקידס אמר עליו "במקום שהוא ירסן את עצמו לפי החוקים והמדינה, הוא מצפה שהמדינה תרסן עצמה ותפעל לפי הדרישות של אלקיביאדס". מפורסם במיוחד ציטוטו של קורנליוס נאפוס על כך שאלקיביאדס "התעלה מעל לכל האתונאים, בהוד ובהדר שלפיהם הוא חי את חייו".