ב-17 בנובמבר 1926 נפטרה אמו של סלזאר ובשבוע האחרון לחייה, בעוד הייתה על ערש דווי, היה סלזאר לצידה. לאחר מכן החליט סלזאר להתרכז בקריירה שלו על השגת משרה פוליטית בעלת השפעה שדרכה יותר לפתור את המדינה מחוליה הכלכלי המתמשך. נכון לשנת 1927 נפתחו עבור סלזאר מקורות מידע חדשים על המצב הכלכלי ויחס המשטר לעומתו אשר תרמו לשיפור כתביו האקדמיים וכתביו העיתוניים. בסופו של דבר פרסם דו"ח שכלל את מצעו הכלכלי ובין לבין דרש רפורמה במערכת ההכנסות, הורדת לחץ הייצור על המגזר החקלאי, העלאת המיסים על רכוש עירוני וביטול המס הפרוגרסיבי על הכנסות של האזרח. הדו"ח הגיע לגורמים בממשל שהתעלמו ממנו לחלוטין, בין הגורמים היה שר האוצר שהחליף את סלזאר. במסגרת פעילותו של סלזאר להביא את הרפורמות הכלכליות שהציע לכדי השפעה, סירב להיות מעורב בניסיון הפיכה צבאית בטענה שישאר נאמן למשטר הקיים. מאוחר יותר ביקר סלזאר בצרפת ובלגיה, באוגוסט 1927. בשנת 1928, לנוכח התמשכותו של המשבר הכלכלי, נשיא פורטוגל מטעם הדיקטטורה הלאומית, אנטוניו קרמונה, ביקש מסלזאר שייקח את תפקיד שר האוצר והלה הסכים.
שר האוצר של פורטוגל.
מינויו, מעמדו ועמדתו בממשלה.
קודם מינויו של סלזאר לשר האוצר, עלתה התרעומת הציבורית על הממשלה. עקב העובדה שפורטוגל הייתה עמוק בתוך חובות כלכליים למשקיעים זרים, בהם האימפריה הבריטית וארצות הברית, הוצעה תמיכה כלכלית עבורה מטעם חבר הלאומים. לפי ההצעה, במקרה של אי-יכולת לשלם את החובות למרות התמיכה הכספית (שתהיה למעין הלוואה ומכאן תוכל ליצור חוב נוסף), פורטוגל תאבד את עצמאותה הכלכלית ותעביר סמכויות וזיכיונות עבור לחבר הלאומים. האפשרות שהמשלה תאשר את ההצעה הובילה לפרוץ גל מחאות ברחבי פורטוגל וסלזאר פרסם סדרת מאמרים עיתונאיים נגד הממשלה חסרת היכולת. בכתביו, סלזאר האשים את הממשלה הדיקטטורית כחסרת יכולת לייצב את המדינה וטען כי אין להפקיד בידה סמכויות חוקתיות לנוכח חוסר היכולת שלה. סלזאר קרא למהפכה אזרחית שתשנה את פני הלאומיות הפורטוגזית. במרץ 1928 יצא בנאום "שתי הכלכלות"; האחרון בנאומיו מטעם ה-CCP, איפה שהביע את התנגדותו המרה למטריאליזם וקרא למעורבות המוסר הקתולי בממשל כדי להשיג את תמיכת המוני העם הדתיים. לפני שקיבל את המשרה, סלזאר וידא עם קרמונה כי תנתן לו יד חופשית בהטלת וטו על כל הוצאה ממשלתית שהיא, לא רק של משרד האוצר אלא של כל משרדי הממשלה. ב-27 באפריל הושבע סלזאר לשר האוצר, וקודם לכן הביע ביומנו - בין לבין - את חששותיו מפני המשרה ומפני האפשרות שיכשל בניסיון להעביר את הרפורמות שהציע מהתאוריה לפועל. סלזאר מצא את עצמו שר אזרחי בעל קריירה אקדמית בקבינט שהיה מלא באנשי צבא. עשרה ימים בלבד לפני מינויו של סלזאר לשר האוצר, התמנה הגנרל ז'וזה ויסנטה דה פראיטאס (José Vicente de Freitas) לראש ממשלה. פראיטאז, אמנם תומך הדמוקרטיה, היה מעורב בפלג הרפובליקני-השמרן של הצבא, לצד הנשיא קרמונה, אשר קרא להשיב את חוקת 1911 לפורטוגל, לחזק את מעמדה של הרשות המבצעת, להסדיר מחדש את המערכת המפלגתית ורק אז להשיב את המדינה להיות לדמוקרטיה פרלמנטרית. סלזאר נחשב להיות מהמצדדים של הפלג השמרני-אוטוקרטי בממשלה, שפעל להקים מערכת חד מפלגתית במטרה להסדיר יציבות שלטונית עבור פעילות ממשל סדירה. נוסף על כך, התנועה תמכה במערכת כלכלית קורפורטיסטית.
הפלג השלישי בתוך הממשל הצבאי היו האינטגרליסטים הלוסיטנים, אשר הושפעו רבות מאיטליה הפאשיסטית ובמידה פחותה יותר גם מתנועת הפלנחה הספרדית ומנאציונל-סוציאליזם. כדי לנהל את המשבר הכלכלי הכבד שפורטוגל הייתה נתונה בתוכו, סלזאר הגיש ארבע דרישות עבור הסכמתו לקחת את המשרה: 1. כל משרדי הממשלה יפעלו בתחומי התקציב שיורשה בידי משרד האוצר. 2. כל ההעברות הכספיות שמשפיעות על הוצאות והכנסות האוצר הלאומי יעברו בהסכמה עם הנהגת משרד האוצר לפני שיוצאו לפועל. 3. לשר האוצר תהיה (כאמור) יד חופשית בהטלת וטו על כל ההוצאות הממשלתיות. 4. משרד האוצר יהיה אחראי על ניהול שיתוף הפעולה בין משרדי הממשלה השונים כדי להשגיח על מצב ההוצאות.
פעילותו ליצוב הכלכלה הפורטוגזית.
זמן קצר לאחר מינויו הציג סלזאר בפני התקשורת את תוכניתו לשיקום כלכלי, וקבע ארבעה גורמים שמקשים על התפתחותה הכלכלית של פורטוגל: המצב הכלכלי הנתון, התנהלותה הכלכלית של הממשלה, המחסור בהסדר מעמדי ברור בבחינת הפיתוח הכלכלי והחברתי ולבסוף - חוסר היציבות הפוליטית שרדפה את פורטוגל. בראש סדר העדיפויות של פורטוגל עמד המצב הכלכלי הנתון, שבמסגרתו היה צורך לייצב את התקציב הלאומי. במשך 90 השנים שקדמו ל-1928 העבירה פורטוגל תקציב יציב רק פעמיים. ב-20 במאי ארגן סלזאר ועידה להכנת תקציב יציב, אשר היה גמור עד סוף יולי. התקציב שהוצע קיצץ הוצאות ב-140,000 קאנטו והעלה הכנסות ב-200,000. התקציב החדש הסדיר מיסים חדשים והעלה קיימים וקיצץ מההכנסות של בירוקרטים, קציני צבא ואף פנסיונרים. הקיצוץ בהכנסותיהם של קציני צבא הוביל את סלזאר להישאר עם עין פתוחה בנוגע לפלגים השונים בממשלה הצבאית שבה הוא פעל. בתוך שנה אחת של פעילות התקציב עודפי הממשלה עלו מ-1,500 קאנטו בשנה שקדמה למעל 282,000 קאנטו.
לייצוב הכלכלה הפנימית של פורטוגל הייתה השפעה חיצונית בכך שמשכה משקיעים מבחוץ והפכה אותה למדינה שאפשר לסמוך עליה בעניין מילוי חובות כספיים. זמן קצר מאוחר יותר שלח סלזאר את ידידו, מאריו דה פיגויירדו, בראש משלחת ללונדון שהיו לה שתי מטרות: הראשונה הייתה לחזק את יוקרתו הציבורית של סלזאר בידי סיום החוב הכלכלי של פורטוגל אל האימפריה הבריטית - מטרה אשר צלחה, והמטרה השנייה הייתה לקחת הלוואה מבריטניה - מטרה אשר כשלה. ההנהגה הבריטית לא בטחה ביציבות הכלכלית של פורטוגל אחרי שנה אחת בלבד שבה היא הוכיחה את עצמה. סלזאר לא נרתע מהסירוב והאמין שעם הזמן ישוב אמון המשקיעים בפורטוגל. כמו כן, העריך בצורה נכונה כי תושייתו הכלכלית תביא להאדרת שמו בעיתונאות החיצונית. בשנת 1929 טען העיתון טיימס הבריטי כך:
סלזאר הוביל את הכלכלה הפורטוגזית לעצמאות מהישענות כלכלית מרובה על ארצות אחרות. כאשר פרץ השפל הכלכלי הגדול שפגע קשות בפורטוגזים שחיו בחו"ל, בעיקר תושבי , פורטוגל עברה את המשבר בקלות רבה, בעיקר ביחס לשאר מדינות אירופה המערבית. במסגרת התקציבים הלאומיים החדשים שהעביר סלזאר עלתה התמיכה הממשלתית לטיפוח הייצור התעשייתי והחקלאי של פורטוגל והחלה מדיניות פרוטקציוניזם בבחינת המסחר כדי להגן תחילה על התפתחותה של הכלכלה הפנימית. סלזאר פיתח את מוסד הפיקדון הלאומי למעין סוכנות תעשייתית לאומית. הודות לעודפים הכלכליים, מוסד הפיקדון הלאומי יכול היה לתמוך בתשתיות ציבוריות שכללו שכונות חדשות עבור פועלים, כבישים, בתי ספר, תעלות מים, גשרים ואף נמלים לחופי האוקיינוס האטלנטי. תחת פיקוחו של סלזאר, ליסבון עצמה עברה מהפך שכלל עשרות תשתיות ציבוריות חדשות. בין התשתיות היו מנגנוני הפצת מסחר חדשים שנועדו להביא סחורות מיובאות במהרה לתוך מערכת השוק הכלכלית הפנים-מדינית של פורטוגל מאז הגעתם אל תוך המדינה.
סלזאר כמו כן הנהיג את "פרויקט הדגן" (על שם "הקרב על הדגן"; פרויקט כלכלי של בניטו מוסוליני, הדיקטטור של ממלכת איטליה), אשר נועד להביא את פורטוגל למעמד של עצמאות כלכלית בבחינת ייצור דגנים, כדי שפורטוגל לא תשען עוד על רחמי מדינות אחרות בעבור משאבי מזון. הממשלה העניקה מענקים לחקלאים לפי כמות ייצור הדגן שלהם והעבירה קרקעות נרחבות עבור גידולים חקלאיים. הממשלה עצמה הייתה אחראית על פיזור הייצור החקלאי ברחבי פורטוגל דרך נתיבי התחבורה שנבנו במסגרת התשתיות הציבוריות. בתוך כל זאת, היו אלו הקונים שספגו את המכה הקשה לנוכח "פרויקט הדגן" עקב עליית מחירים. לנוכח המשבר הכלכלי העולמי נראתה פורטוגל כגורם להערצה. הממשלה העניקה הלוואות בסך עד 450 אשקודו עבור כל דונם של גידולי דגן. נוסף על כך, מטעם הממשלה הוענקו מענקים עבור תמיכה כלכלית במשפחות שעברו מצפון פורטוגל העמוסה אל הדרום החקלאי והמדולל יותר באוכלוסין בחבל אַלְגָארְבֶה. עם הזמן חיזק סלזאר את התמיכה הפוליטית בו מצידם של בעלי הקרקעות החזקים, שהתעשרו הודות למדיניותו הכלכלית שהוכיחה עצמה נשענת עליהם.
עמדת הנהגה ופיתוח האידיאל הפוליטי.
בבחינה פוליטית, סלזאר וראש הממשלה פראיטאס היו למעשה יריבים אשר פעלו יחדיו רק לפי דרישותיו של הנשיא קרמונה. בין יוני ליולי 1929 התקיים משבר פוליטי בין סלזאר ופראיטאס שהסתיים בניצחונו של סלזאר כאשר מקורבו, מאריו דה פיגויירדו, התמנה לתפקיד שר המשפטים. פיגויירדו, כמו סלזאר, היה קתולי אדוק והחליט שבמסגרת תפקידו הגיעה השעה לבטל חלק מהחקיקות האנטי-דתיות הקיצוניות של הרפובליקה. חקיקות שבוטלו כללו איסור על טקסים דתיים והגבלת שעות השמעת פעמון הכנסייה. כאשר הפלג השמרני-רפובליקני בקבינט התרעם על ביטול החקיקות, פיגויירדו איים להתפטר. סלזאר באותה העת נפל ושבר עצם ברגלו, ולכן פגישת מועצת השרים ב-2 ביולי התקיימה בחדר שהותו בבית החולים. המוצעה קבעה נגד ביטול החקיקות של פיגויירדו וזה נשאר נאמן למילתו והתפטר מתפקיד שר המשפטים. ביום שלמחרת סלזאר עצמו התפטר גם כן ממשרת שר האוצר. במכתב התפטרותו אל ראש הממשלה פיגויירדו כתב סלזאר: