הצלחותיו הצבאיות של קיסר, אשר הגדילו את השטח שבשליטת האימפריה הרומית והעשירו את קופתה, לא התקבלו בעין יפה על ידי הסיעה השמרנית (ה"אופטימטים") בסנאט הרומאי, שחבריה חששו מהתחזקות כוחו של קיסר. בשנת 55 לפנה"ס הוארך המינוי המיוחד שלו כפרוקונסול בגאליה ל-5 שנים נוספות, ביוזמת שותפיו הפוליטיים פומפיוס וקראסוס, אשר שימשו כקונסולים באותה שנה. האחרונים כיבדו התחייבות שנתנו לקיסר במהלך פגישה משולשת של חברי הטריומווירט, שנערכה בעיר לוקה בשנת 56 לפנה"ס. אולם הייתה זו הפעם האחרונה, ששלושת האישים שיתפו פעולה לשם השגת מטרה פוליטית.
בשנת 54 לפנה"ס מתה בתו של יוליוס קיסר, שהייתה נשואה לפומפיוס, במהלך לידה, ומותה פגע בקשרים הפוליטיים בין שני האישים. קראסוס, השותף השלישי, ששאף אף הוא לתהילה צבאית ולכיבושים, נהרג בשנת 53 לפנה"ס במסע מלחמה כושל נגד האימפריה הפרתית (קרב חרן). פומפיוס הפך בהדרגה ליריב פוליטי של קיסר, תוך שהוא מעביר את תמיכתו הפוליטית לסיעה האופטימאטית. עוד בהיותו בגאליה חש קיסר שתמיכתו של פומפיוס בו הולכת ונחלשת. הוא ניסה להציע לו לשאת לאישה את בת אחייניתו אוקטביה, אך פומפיוס בחר להתחתן עם בתו של מטלוס סקיפיו, שהיה אחד מאויביו של קיסר. נראה היה כי התרחבות הקרע בין שני האישים עתידה להפוך את השותפות ביניהם ליריבות.
מלחמת האזרחים.
מאבק נגד פומפיוס.
בהיעדרו של קיסר חלו תמורות משמעותיות ברומא. פומפיוס הפך לאיש אמונם של הסנטורים השמרנים, האופטימאטים, ועשה עתה ככל יכולתו כדי להקטין את השפעתו של קיסר. הקונסול, עושה דברו של פומפיוס, מרקוס קלאודיוס מרקלוס, דרש את מינויו של ממלא מקום לקיסר כפרוקונסול בגאליה, עוד בטרם תמה תקופת כהונתו של קיסר, ופיזורו של צבא קיסר. קיסר ידע כי אם ייכנע לדרישות אלו, ישוב לרומא ללא צבאו, וייגרר למשפטים פומביים שיסתיימו באובדן הקריירה הפוליטית שלו, בהגלייתו או אף בגרוע מכך. מולו עמד סנאט שמרני, תקיף, חסר פשרות, המונהג על ידי פומפיוס שהיה עתה לגרוע שבאויביו. ניסיונו של קיסר להיבחר למשרת הקונסול, וכך לקבל חסינות מהעמדה לדין, הוכשל על ידי החוק שאסר על אדם הנמצא מחוץ לרומא להעמיד עצמו לבחירה כקונסול. קיסר עמד בפני הכרעה היסטורית.
הוא החליט לחצות את נהר הרוביקון (גבולה הקדוש של רומא, אשר הכנסת הצבא אל תחומיה הייתה בבחינת טאבו, אותו שבר קיסר), בהכריזו "Alea iacta est" – "נפל הפור!", ב-10 בינואר 49 לפנה"ס. מנהיגי האופטימטים נמלטו לדרום המדינה. קיסר רדף אחר פומפיוס עד לברינדיסיום, ומשם להיספניה שם הכה בו בשדה הקרב. פומפיוס הצליח להימלט ליוון, שם הוביל את צבאותיו, שעדיין היו מרובים בהרבה מצבאות קיסר. פומפיוס, ועמו חברי הסנאט, קיוו להפוך את החלק המזרחי של האימפריה למקור לכוחם, ולהקים צבא חדש. בקרב פארסלוס הוכו צבאותיו של פומפיוס באופן סופי. הוא עצמו נמלט לאלכסנדריה. קיסר שב לרומא שם מונה לדיקטטור. לאחר אחד עשר ימים פרש מן הדיקטטורה ומונה לקונסול. אז יצא קיסר לאלכסנדריה בעקבותיו של פומפיוס.
שהות באלכסנדריה.
קיסר הגיע לאלכסנדריה ב-2 באוקטובר 48 לפנה"ס. עם הגיעו מצא כי תושבי המקום רצחו את פומפיוס על מנת לשאת חן בעיניו. כיוון ששהה במקום עם צבאו מצא עצמו מעורב במלחמות השושלתיות על כס מלכות מצרים, והכריע לטובת קלאופטרה השביעית, עמה ניהל רומן שהביא ללידת בנם קיסריון.
מאבק נגד שרידי האופטימאטים.
בתחילת יוני 47 לפנה"ס עזב את אלכסנדריה. בדרכו חזרה לרומא ניהל את קרב זלה, מלחמה קצרה כנגד המלך פארנקס מפונטוס שהתקיים ב-2 באוגוסט 47 לפנה"ס. הניצחון היה כה מהיר עד שקיסר מצא לסכם אותו במילים "Veni, vidi, vici" (באתי, ראיתי, ניצחתי) אשר היו לאמרה ידועה. הוא המשיך בלחימה בשנת 47 לפנה"ס כנגד כוחות הסנאט ובניו של פומפיוס, אשר נמלטו לצפון אפריקה ולאחר מכן להיספניה. המלחמה נמשכה עד לשנת 45 לפנה"ס, ובמהלכה נבחר קיסר שוב לקונסול פעמיים. ב-17 במרץ 45 לפנה"ס זכה קיסר בניצחון מכריע כנגד אחרוני תומכי פומפיוס בקרב מונדה, ובכך הסתיימה (לפחות זמנית) מלחמת האזרחים ברומא.
שלטונו כדיקטטור וההתנקשות בחייו.
מיד לאחר שובו מן המזרח, ובטרם צאתו לספרד להשמדת אחרוני אנשי פומפיוס, החל קיסר ברפורמות מרחיקות לכת בממשל הרומי ובחברה הרומית. הוא הסדיר את רכישת הדגן מן הממשלה, ואסר על רכישת דגן באופן פרטי מן האסמים הציבוריים. הוא הרחיב את האזרחות הרומאית לכל תושבי גאליה קיסאלפינה ולמעשה ניתנה האזרחות לכל תושבי חצי האי האיטלקי. הוא תכנן את חלוקת האדמות לוותיקי מלחמותיו וייסוד מושבות של ותיקי מלחמה בשטח האימפריה הרומית כולה. אחת מן הרפורמות המפורסמות שביצע הייתה תיקון הלוח הרומי. הוא ביטל את הלוח הירחי שהיה נהוג ברומא והנהיג שנה בת 365 יום, כאשר אחת לארבע שנים תהיה שנה מעוברת בת יום אחד נוסף. חידושים אלו, הקרויים על שמו הלוח היוליאני החזיקו מעמד עד לשנת 1582 עת ביצע האפיפיור גרגוריוס ה-13 את תיקון הלוח הגרגוריאני המקובל בימינו.
קיסר שב לרומא ממלחמותיו, והחל לקבל כיבודים יוצאי דופן מן הסנאט אשר לא ניתנו לאיש מלפניו. הוא קיבל את התואר "אבי המולדת" והורשה ללבוש בגדי שרד בכל עת. החודש החמישי למניין החודשים ממרץ (כפי שהיה נהוג למנות בתקופת הלוח היוליאני) נקרא על שמו "יולי", והוא מונה לדיקטטור עם הזכות להתמודד שוב למשרה בעשר השנים הבאות. לאחר אחד עשר ימים פרש מן הדיקטטורה ומונה לקונסול.
בשנת 44 לפנה"ס נבחר כקונסול בפעם החמישית, ולצדו מרקוס אנטוניוס. לאחר מכן מונה לדיקטטור לכל ימי חייו, והחל נועל מגפי ארגמן, בנוסח מלכי רומא הקדומה. בפברואר 44 ניסה מרקוס אנטוניוס להעניק לו את הדיאדמה - רצועת פשתן לבנה הנענדת מסביב לראש כסימן למלכות במזרח. קיסר סירב לכך, אך עד היום קיים ויכוח היסטורי בשאלה האם נתכוון להתמנות למלך בסופו של דבר.
התנהגותו של קיסר בימיו האחרונים הייתה שחצנית ורברבנית. הוא קיבל בישיבה את נציגי הסנאט שבאו לפניו על מנת לעטרו באותות כבוד. היה זה עלבון בלתי נסלח. גל של שמועות החל לפיהן עומד קיסר להכריז על עצמו כמלך, להעביר את בירת האימפריה לאלכסנדריה, ביחד עם אוצרות הממלכה, ולרוקן את רומא מתושביה באמצעות גיוס כפוי לצבא.
רומא הייתה רפובליקה מאז ימי המלך האחרון לוקיוס טארקוויניוס סופרבוס, כארבע מאות וחמישים שנה לפני ימיו של קיסר. רעיון המלוכה היה שנוא כל כך על העם הרומאי, עד שדי היה ברמיזות כאילו קיסר מנסה להתמנות למלך על מנת להביא למשטמה עזה בקרב האצולה הרומית, אשר נפגעה ממילא מן הרפורמות שניסה קיסר להנהיג ויחסו המזלזל. רעיונות מלוכניים, ומוסד המלוכה לה נחשפו הרומים באזור המזרח, שם שלט המלך שלטון ללא מצרים בכוח זכות אלוהית, נראו זרים לרוחו של העם הרומי. הלשונות הרעות טענו כי לצורת שלטון כזו בדיוק חפץ קיסר להגיע.
ההתנקשות.
לפי פלוטרכוס, הזהיר חוזה עתידות את יוליוס קיסר, מאשר יארע לו ביום זה:
בסופו של דבר, קיסר אכן נרצח באידו של מארס. הרצח אירע בתיאטרון פומפיוס, המקום שבו התכנס הסנאט. כאשר הגיע קיסר לתיאטרון, התקיפה אותו קבוצת סנאטורים. בראשה של הקבוצה, עמדו מרקוס יוניוס ברוטוס וגאיוס קסיוס לונגינוס, שראו עצמם כמגיני העם הרומי מפני עריצותו של קיסר. בקבוצה זו היו בני המשפחות המכובדות ביותר ברומא, ורבים מהם היו אנשים שחבו לקיסר את קידומם ואת הקריירה שלהם. קיסר נדקר 23 פעמים, ונפל למרגלות פסלו של פומפיוס שהוצב בתיאטרון. מרקוס יוניוס ברוטוס, מראשי קושרי הקשר, היה איש שזכה לאמון ולביטחון רב מצדו של יוליוס קיסר. סווטוניוס מספר "שיש גם המוסרים, כי בראותו את מרקוס ברוטוס מתנפל עליו אמר ביוונית: הגם אתה, בני?".
במחזה "יוליוס קיסר" של שייקספיר, הפך המשפט הזה למשפט המפורסם, "אט טו, ברוטה?" ("Et tu, Brute"), שבעברית פירושו "הגם אתה, ברוטוס?" משפט המשמש עד היום כסמל לתגובתו של אדם, החווה בגידה קשה באמון שנתן בחברו הטוב.
האלהה לאחר המוות.
אם סברו הקושרים כי בהורגם את קיסר יזכו לאהדת ההמונים, הרי שטעו. ההמון פנה כנגד הקושרים, ועוד ביום מותו של קיסר ניסה להרוג כמה מן הקושרים. הפולחן לקיסר נוצר באופן ספונטני ביוזמת המוני העם שהקימו מזבח לקיסר במקום שריפת גופתו ונשבעו בשמו. רגשות אלו נוצלו על ידי פוליטיקאים כמו פסבדו-מריוס ובמיוחד בנו המאומץ של קיסר, אוקטביאנוס, שניצל את רגשות העם כדי לצבור כוח פוליטי תוך שהוא מדגיש את היותו בנו של "יוליוס האלוהי" וכך מבצר את מעמדו. קיסר הועלה באופן רשמי על ידי הסנאט בשנת 40 לפנה"ס לדרגת אל והיה הרומאי הראשון שקיבל כבוד זה. נבנה לכבודו מקדש ויוסד חבר כוהנים (קולגיה) שהיה ממונה על פולחנו הרשמי.
ככל שאוקטביאנוס-אוגוסטוס ביצר את מעמדו הוא החל להתרחק מדמותו של קיסר. אמנם קיסר היה עדיין אהוד במידה רבה על הפלבס והצבא אבל הוא נותר שנוא נפשם של המעמד הסנאטורי. סופרים בעידן האוגוסטני נטו להאשימו בפריצת מלחמת האזרחים וגם יחסיו עם קלאופטרה נתפסו באופן שלילי.
קיסר איש-האשכולות.
קיסר הצליח בכל מעשיו ודרכיו. בתור אידיל היה אהוד מאוד, אף ששקע בחובות. בתור מצביא הוכיח את עצמו כנועז ומוצלח, ואף יצא בראש הפלוגה האחרונה בקרב הגדול נגד ורקינגטוריקס אשר הודה, כשנשבה בידי קיסר: "הריני ניצב, אדם חזק, מובס בידי אדם אף-חזק ממני". במישור זה מיוחס לקיסר גם השימוש בצופן קיסר.