בתום נאומו חזר בגין לכנסת עם אנשיו, וההפגנה שלהם שיצאה לכיוון בניין הכנסת בבית פרומין הידרדרה לאלימות. בגין עלה לנאום על רקע הרעש שבקע מחזית הבניין. הוא חזר על עיקרי דבריו וגם פנה אל חברי הכנסת הערבים בבקשה: "זהו עניין שלנו, דמם של אמותינו, אחינו ואחיותינו מעורב בו, תנו לנו להכריע בעניין זה". בתגובה לקריאת ביניים של בן-גוריון על "החוליגאנים" שבחוץ, השיב לו בגין: "אתה חוליגאן". בתגובה לצעקות חברי הכנסת של מפא"י "הוא לא ידבר", אמר בגין: "אם אני לא אדבר – אף אחד לא ידבר. רק בכוח תוציאו אותי", ויושב ראש הכנסת הפסיק את הישיבה. קרוב ל-400 מפגינים נעצרו וכעבור מספר שעות חודש הדיון. בגין הסכים לחזור בו מהתבטאותו והורשה לסיים את נאומו. למחרת שידר בן-גוריון נאום לאומה, בו טען כי "נעשתה התחלה להרוס את הדמוקרטיה בישראל" על ידי "אנשי האגרוף והרצח הפוליטי" והאשים את בגין ב"מרד". ב-9 בינואר, כאשר מעגלי שוטרים וחיילים חמושים מקיפים את הבניין, הצביעה הכנסת בעד החלטה לייפות את כוחה של הוועדה לענייני חוץ וביטחון לקבוע את פעולתה לגבי משא ומתן עם גרמניה (61 בעד, 50 נגד, 5 נמנעים). כשלושה שבועות לאחר מכן החליטה הכנסת להשעות את בגין ליותר משלושה חודשים, כעונש על שאיים במעשי אלימות. חרף התנגדותו של בגין אישרה הכנסת את הסכם השילומים. לימים הודה בגין כי נכשל, אך הוסיף: "הייתה זו השפלה לאין שיעור לעם היהודי, אלמלא קמה בתוכו התנגדות לאותו הסכם, שהיה כדבר אזהרתנו, להסכם של טיהור ופיוס עם העם הגרמני, משמידם של ששה מיליונים יהודים. במידה שתרמתי להתנגדות זאת, מאז ועד היום, הנני גאה כל כך".
הבחירות לכנסת השלישית.
דברי ימי הכנסת השנייה היו סוערים ועיקרם מאבק כוחות בין דוד בן-גוריון, שלכאורה פרש והסתגר בשדה בוקר ולמעשה פעל מאחורי הקלעים כנגד משה שרת, שהחזיק בתפקיד ראש הממשלה, אך התקשה לשלוט. ערב הבחירות נתן בית המשפט המחוזי בתל אביב את פסק הדין בעניינו של ישראל קסטנר. במשפט הואשם מלכיאל גרינוולד בהוצאת דיבתו של קסטנר, אך סניגורו של גרינוולד, שמואל תמיר, הצליח להפוך את המשפט למשפטו של קסטנר, שהיה מאנשי ממסד מפא"י ושל משטר מפא"י בכללו, אשר לא עשה כביכול את המרב להצלת יהודי אירופה. בפסק הדין קבע בית המשפט כי קסטנר "מכר את נפשו לשטן". על רקע פסק הדין הגישה חרות הצעת אי אמון בממשלה ב-28 ביוני 1955.
במשך השנים נודע בגין בכושרו הרטורי ובנאומיו חוצבי הלהבות, אשר כללו תוכן נוקב וריתקו תשומת לב רבה. מתנגדיו גרסו כי היה דמגוג. בנאומיו הוא תקף ישירות ובאופן בוטה את מתנגדיו תוך שהוא משתמש בלעג ושנינה על מנת לגמד את הצד שכנגד. במהלך מסע הבחירות נאם מנחם בגין באספות שבהן נכחו לעיתים אף כ-5,000 אנשים אשר נמשכו לשמוע את דבריו, ובהן נאם בחריפות נגד מה שטען שהיא שחיתות ממסדית של מפא"י. לעיתים היה מוציא מכיסו שטר של דולר וטוען כי, על אף שמפא"י קיבלה מארצות הברית אלף דולר עבור כל תושב בישראל, הכסף הזה לא הגיע אל האזרחים. בתעמולה זו הצליח בגין לרכוש את לבם של רבים מבני השכבות החלשות, עולים חדשים ובני עדות המזרח, ציבור אשר נותר נאמן לבגין ולתנועתו במשך שנים רבות. בגין השכיל ליצור חיבור אפקטיבי בין תחושת הקיפוח, העלבון והכעס על הממסד, שהלכו והצטברו בקרב העולים המזרחיים, לבין תחושת ההדרה והדחיקה ממרכז החברה, ולהציג עצמו ואת חרות כחלופה לשלטון מפא"י. הבחירות לכנסת השלישית התקיימו ב-26 ביולי 1955. הפתעת הבחירות הייתה תנועת החרות. תנועה זו, שבן-גוריון השקיע מאמצים רבים כדי להציגה כמי שנמצאת מחוץ לגדר הקונצנזוס הלאומי וכתנועת שוליים של הימין הקיצוני, הפכה באופן מפתיע לתנועת האופוזיציה המרכזית לשלטון מפא"י, כאשר זכתה לחמישה-עשר מנדטים שהיוו כמעט הכפלה של כוחה.
מבצע קדש.
ב-1956, ערב מבצע קדש, על אף היריבות בינו לבין בן-גוריון, הוזמן בגין אל בית ראש הממשלה, ושותף בפרטי התוכנית שרבים משרי הממשלה לא שותפו בה. בגין העניק לבן-גוריון את תמיכת תנועתו. מלחמת סיני הייתה מלחמה קצרה והסתיימה בניצחון מובהק. הניצחון הביא את רוב סיעות הכנסת (מלבד מק"י) וחברי הכנסת לכלל אופוריה. בדיון שנערך בכנסת, ביום 7 בנובמבר, לאחר נאום ראש הממשלה, הצביעו כל חברי הכנסת, מלבד נציגי מק"י, בעד החלטה המאמצת את עיקרי הנאום. מנהיג האופוזיציה, מנחם בגין, קרא אל עבר ספסלי הממשלה "יישר כוחכם". שלושה ימים לאחר מכן נאלץ ראש ממשלת ישראל, דוד בן-גוריון, להודיע, בעקבות לחץ מדיני שהופעל על ישראל מצד ארצות הברית, על נסיגת צה"ל מכל השטחים שכבש. תהליך הנסיגה החל ב-15 בנובמבר 1956 והסתיים ב-8 במרץ 1957. בישראל התעורר ויכוח ציבורי בשאלת המשך הנסיגה. מפלגות האופוזיציה, ובראשן תנועת החרות בהנהגתו של בגין, התנגדו להמשך הנסיגה. הן הגישו הצעת אי-אמון בממשלה, שנפלה בהצבעה בכנסת, ב-15 בינואר, ברוב של 63 קולות של כל סיעות הקואליציה וכן מק"י והסיעות החרדיות ובהימנעות סיעת הציונים הכלליים, כנגד 11 קולות סיעת חרות. הוויכוח שקדם להצבעה עורר מחדש מחלוקות אישיות ואידיאלוגיות. בעל ההצעה מנחם בגין הגדיר את הנסיגה כ"בשורת איוב" וקרא לעברו של ראש הממשלה דוד בן-גוריון: "בשם אלוהים – לך!", רמז לקריאתו של לאופולד אמרי לעבר ראש הממשלה הפייסן נוויל צ'מברלין בפרלמנט הבריטי במאי 1940. בן-גוריון השיב כי הוא מסרב להתווכח "עם האומה ועם אלוהים", שבשמם, לדבריו, התיימר בגין לדבר וכינה את בגין בתואר "מפקד תנועת החרות".
אירועי ואדי סאליב.
אירועי ואדי סאליב היו סדרה של הפגנות רחוב ומהומות שהחלו ביום 9 ביולי 1959 בשכונת ואדי סאליב בחיפה, והפכו להתפרעויות אלימות. בעקבות ההפגנות ארגון "ליכוד עולי צפון אפריקה", שהוקם זמן קצר לפני כן, הכריז בבית הכנסת רמב"ם על שביתה כללית, וב־11 ביולי פרצו מהומות אלימות ברחבי ישראל, ביישובים בהם רוכזו תושבים שמוצאם מזרחי, כמו טבריה, באר שבע ומגדל העמק. האירועים היוו מרי חברתי נגד קיפוח ואפליה על רקע עדתי של המזרחים, ונגד הממסד של מפא"י ששלט במדינה באותם ימים.
אף על פי שההפגנות התפרצו זמן קצר לפני יום הבחירות לכנסת הרביעית ובשעה שמערכת התעמולה כבר נכנסה להילוך גבוה, ואף על פי שהזעם של המפגינים הופנה במפורש כלפי מפלגות השלטון והממשלה, בגין לא מיהר לרכוב על גל המחאה. יתר על-כן, הוא החליט לדחות אספת בחירות שתכנן לקיים בוואדי סאליב עקב חשש מהימשכות האירועים. לאחר מספר ימים, משנתבהרה התמונה, הפך בגין את נושא קליטת העלייה ואפליית העולים בני עדות המזרח לנושא המרכזי במערכת הבחירות של תנועת הליכוד. העובדה שהאירועים פרצו ב"חיפה האדומה" - מרכז כוחה של תנועת הפועלים – הגבירה את הזדהות מנחם בגין עם המחאה, ובדיון הסוער שנערך בכנסת ב-13 ביולי תקפו מנהיגי חרות את הממשלה על מצב העולים במעברות. רבים ממנהיגי מפא"י היו משוכנעים שבגין עומד מאחורי התססת העולים, ואחראי להתפשטות ההפגנות. בישיבת הממשלה שהתקיימה לאחר הדיון בכנסת טען לוי אשכול, כי המחאה מקבלת את השראתה מנאומיו של מנחם בגין, וכי המפגינים קוראים בשמו.
עם זאת, המשבר שנחשף באירועי ואדי סאליב לא התגבש לכלל תנועה פוליטית ולא קיבל ביטוי אלקטורלי.
הבחירות לכנסת הרביעית.
ביוני 1957 פרש בגין מתפקידו כמפקד בית"ר, במטרה להקדיש את כל זמנו למערכת הבחירות.
תנועת החרות ומנחם בגין, מנהיגה, ניהלו את מערכת הבחירות לכנסת הרביעית ב-1959 מתוך אמונה כי תנופת ההצלחה בבחירות הקודמת וההתמרמרות בקרב ציבור העולים, כפי שבאה לידי ביטוי באירועי וואדי סליב, יביאו להרחבת בסיס התמיכה בתנועה ותירגומה לגידול משמעותי של מספר המושבים בכנסת. מערכת הבחירות נפתחה בנאום שנשא בגין בוועידה הארצית החמישית של תנועת החרות בנובמבר 1958, ובה הציג בגין את האסטרטגיה של התנועה לבחירות "מאופוזיציה לשלטון" תחת סיסמת הבחירות "אלוהים לשלטון בחרתנו". ככל הנראה, התקפותיו האגרסיביות של מנחם בגין על מה שנתפס כעמודי תווך של מדינת ישראל - קליטת עליה ושלמות מערכות השלטון - הרחיקו מהתנועה בוחרים פוטנציאליים מקרב מעמד הביניים וגם מקרב העולים החדשים, שנרתעו מההתקפות שלוחות הרסן. יום לפני הבחירות עשה מנחם בגין משגה חמור נוסף. הוא נסע במכונית קאדילק פתוחה כשלפניו פמליה של אופנוענים. האירוע, על סממניו הכוחניים, חזר ומיצב את מנחם בגין כמנהיג בעל תדמית כוחנית, שלא לומר פאשיסטית, והאוכלוסייה הוותיקה והמבוססת נרתעה מכך. כשהתפרסמו תוצאות הבחירות התברר שמפא"י זכתה בניצחון הגדול ביותר בתולדותיה ועלתה מ-40 מנדטים ל-47 ואילו תנועת החירות עלתה מ-15 ל-17 מנדטים בלבד, תוצאה שלאור הצפיות המוקדמות נחשבה לכישלון, שנזקף לחובת מנחם בגין. תנועת החרות נכנסה למשבר קשה שהוחמר על ידי קשיים כלכליים. הלקח, שנלמד ויושם על ידי מנחם בגין על מנת לקדם את תנועת החרות למקום מרכזי בפוליטיקה הישראלית, הצביע על הצורך לקרב אל התנועה את קהל הבוחרים במרכז המפה הפוליטית, מה שהוביל, בשלב ראשון, להקמת גח"ל, בין היתר, על ידי קשר עם מפלגה שותפה לדרך לברית פוליטית (המפלגה הליברלית), ובמקביל, ולשינוי פנימי של התנועה הרוויזיוניסטית ותנועת החרות, על מנת לפרוץ משולי המערכת הפוליטית למרכזה. הצעד הראשון בשינוי זה היה הקמת סיעה בתוך ההסתדרות הכללית, צעד אותו מגדיר החוקר אמיר גולדשטיין "ההחלטה המהפכנית ביותר שקיבל מנחם בגין בימיו כמנהיג חרות האופוזיציונית".
הצטרפות להסתדרות הכללית של העובדים בארץ ישראל.