בהקדמתו הארוכה לפירושו לתורה מסביר האבן עזרא את דרכו הייחודית בפירוש המקרא. הוא שאף למצוא את הפשט הפשוט של כל פסוק ולהפריד בינו ובין דרשתו של הפסוק. מתוך שאיפה זו מתעמת האבן עזרא לאורך פירושו לתורה עם פירושיהם של פרשנים שונים מכלל קשת פרשני המקרא, החל מחז"ל במדרש ובתלמוד וכלה בפירושיהם של חכמי הקראים. לגבי חלקם טען שהם דרש ולא הפשט של הפסוק, ואילו כנגד חלקם טען שהם לא הפשט האמיתי של הפסוק. למרות זאת, קיבל האבן עזרא שהלכה למעשה נעשית ע"פ דרשתם של חז"ל.
את פירושו לתורה כתב האבן עזרא בלשון קצרה תמציתית ופיוטית, וזו אחת הסיבות להיותו של הפירוש קשה להבנה. סיבה נוספת היא היותו של הפירוש מרבה בסודות, ופעמים רבות ניתן לקורא רמז בלבד להבנת הפסוק ובנוסף צוינה העובדה "ויש בו סוד" או "והמשכיל יבין". דיבור המתחיל רבים מכילים מילים בודדות ואף מילה אחת לעיתים. עם זאת, במקומות בהם הזכיר עניין עקרוני - הרחיב האבן עזרא אפילו מספר דפים רק על 'דיבור מתחיל' אחד.
דבר נוסף הבולט בפירושו, למעט השאיפה לרובד הפשט, היא בלשנות עברית. רבים מפירושי האבן עזרא עוסקים בעניינים לשוניים, בפירוש מילים וכללי דקדוק ייחודים בלשון המקרא. מהיקפם ותוכנם של אלה - משתקפת הבנתו העמוקה של האבן עזרא גם בתחום הבלשנות.
הראב"ע תוקף בחריפות רבה מפרשים קודמים לו אשר לדעתו טעו בביאור הכתוב. בין המותקפים נמצאים פרשנים ידועים כרבי שמואל הנגיד, הרב סעדיה גאון, רבי שמואל בן חפני ואחרים. רבים נוספים מבקר האבן עזרא ללא ציון שמותיהם, אלא מכנה את המבוקרים כ"יש אומרים" או מילים דומות.
הראב"ע מִקד את הבקורת שלו בעיקר ברב סעדיה גאון וברב משה. את רש"י לא הזכיר מלבד פעמים ספורות. מדברי הראב"ע עולה תמונה לפיה רחש לרש"י כבוד רב אך הסתייג רבות מפרשנותו.
הרקע לכתיבת הפירוש.
האבן עזרא נולד בעיר טודלה שבספרד המוסלמית. בספרד כתב שירים וספרים רבים, רובם בערבית, וכתביו בערבית לא שרדו. באזור גיל ארבעים נאלץ האבן עזרא לעזוב את ספרד מסיבה לא ידועה והחל לנדוד ברחבי אירופה. עקב מעברו לאירופה נתקל האבן עזרא בקהל קוראים שונה, אשר לא הכיר את החכמות היווניות והערביות וניגש ללימוד התורה ללא הכרות עימן. חוסר הכרות זו, בנוסף לכך שקהלו לא קרא ערבית ולכן לא היה יכול לקרוא את כתבי גאוני בבל וחכמי ספרד, גרמו לאבן עזרא להסביר רבים מיסודות מדעי התקופה בתוך פירושו ובספרים קרובים לפירוש. אמנם האבן עזרא עצמו מתנגד להוספת דברים אלו בפירוש, אך נראה שבלית ברירה נאלץ האבן עזרא להוסיף גם את חכמות אלו.
פירושיו לתורה.
קיימים שלושה פירושים של האבן עזרא לתורה: הפירוש הקצר (על כל התורה), הפירוש הארוך (על בראשית ושמות, מכונה לעיתים 'השיטה האחרת') והפירוש בעל פה (לפרשות וישלח וויחי).
הפירוש הקצר.
את הפירוש הקצר כתב האבן עזרא בלוקה שבאיטליה באזור שנת 1143. זהו הפירוש הראשון לתורה שכתב האבן עזרא והוא מקיף את כל חמשת חומשי התורה. כפי שמשתמע משמו, רוב דיבורי המתחיל בפירוש הינם קצרים, אולם כאשר הוא מדבר על נושאים עקרוניים הוא יכול להרחיב גם מספר עמודים לאותו דיבור.
הפירוש הארוך.
את הפירוש הארוך (שנקרא כך על שום שדיבורי המתחיל בו ארוכים יחסית לפירוש הראשון לתורה) התחיל לכתוב האבן עזרא בשנת 1153 ככל הנראה בעיר רואן שבצרפת. הרקע לכתיבת הפירוש הוא נדר שנדר האבן עזרא בשעת מחלתו, שאם ה' ירפא אותו הוא יכתוב פירוש חדש לתורה. הפירוש הארוך קיים על שני חומשים בלבד, בראשית ושמות, בין הפירושים לשני החומשים קיימים הבדלים, אולם הם שייכים לאותו פירוש.
הפירוש לבראשית.
כאמור, את הפירוש לבראשית כתב האבן עזרא בשנת 1153. בתחילת הפירוש הוא כותב הקדמה בה הוא מסביר את עקרונות הפירוש מבנה הפירוש לבראשית הוא שבתחילת כל פרשה האבן עזרא מפרש את המילים הקשות בפרשה ולאחר מכן מפרש את תוכן הפרשה. מתוך הפירוש הגיע לידינו רק הפירוש עד לפרק י"ב פסוק י"א.
הפירוש לשמות.
את הפירוש לשמות כתב האבן עזרא ככל הנראה בשנת 1155 או 1156. ההפסקה בין כתיבת הפירוש לבראשית לפירוש לשמות הביאה לכמה שינויים בין שני הפירושים: 1. בפירוש לשמות האבן עזרא משלב את הפירוש הלשוני בתוך הפירוש התוכני. 2. בפירוש לשמות הוא מפרש את כל הפסוקים על הסדר. 3. בפירוש לשמות הוא מתחיל כל פרשה בפיוט העוסק בפרשה.
הפירוש בעל פה.
את הפירוש שבעל פה כתב תלמידו של האבן עזרא, יוסף בן יעקב ממורוויל, ע"פ שיעורים ששמע ממנו בהיותו של האבן עזרא בלונדון. כיום נמצאים רק הפירושים לפרשת וישלח ו-ויחי, אולם ככל הנראה הפירוש היה על כל חומש בראשית.
עקרונות הפירוש.
קהל היעד.
קהל היעד לפירוש אינו ברור. מצד אחד מעיד האבן עזרא כי קהל הקוראים אליו הוא מכוון הוא אנשים חכמים. כך בהקדמתו לספר ישעיהו מצהיר האבן עזרא כי הסודות שיגולו בפירוש יתמיהו "נבוני לב" ובהקדמתו לאיכה מכוון האבן עזרא את פירושיו ל"אנשי אמת", אך מפירושיו עולה התאמה של הפירוש גם לציבור הרחב המשכיל פחות. הסיבה לכפילות זו, לפי פרידלנדר, היא הצורך להתאים את הפירוש לכלל הקוראים, בין משכילים ובין אנשים פשוטים. כפילות זו באה לידי ביטוי במספר אופנים. ראשית, האבן עזרא מסתיר חלקים מדבריו וכותב אותם כסודות אשר רק המשכילים יבינו, כאשר במקביל לסוד מופיע פירוש פשוט יותר הנועד למי שלא הבין את הסוד. האופן השני הוא בכך שהאבן עזרא משלב בפירושו חקירות מדעיות המובנות למשיכילים בלבד, אך רק במקומות בהם הוא סבור שאין ברירה.
הקדמתו לפירוש התורה.
האבן עזרא כתב שתי הקדמות נרחבות לפירוש התורה ובהן הוא מפרט את חמש השיטות ביחס לפירוש התורה, כשהוא מסביר כל שיטה בהסבר קצר ו"מדרג" את השיטות לפי נכונותן. לצורך הסבר על אמיתות השיטה האבן עזרא משתמש במשל מתחום המתמטיקה - עיגול ובתוכו נקודה, כשהנקודה היא הפירוש האמיתי ושאר הפירושים ממוקמים ביחס אליה.
חמש הגישות לפירוש התורה הן:
שאלת מהימנות נוסח המקרא.
דיוק בעלי המסורה.
ככלל, נמנע האבן עזרא מלהתעסק בשאלות של מהימנות הנוסח שלפניו, גישה זו נבעה משתי סיבות עקרוניות:
א. אמינותו של נוסח המסורה בעיניו. את דעתו על מפעלם של בעלי המסורה הוא כותב בפתיחה לספר מאזנים, ע"פ דבריו שם בעלי המסורה עשו שני דברים בכדי לדאוג לדיוקו של הנוסח: בראש ובראשונה הרחיקו נוסחים זרים מעל הנוסח האמיתי, כלומר, ביררו בכל המקרים המסופקים מהו הנוסח הנכון. לאחר מכן, כדי למנוע שיבושים נוספים הם ספרו את כל המילים בתורה בכדי למנוע שיבושים נוספים. בנוסף על הסתמכותו על מפעלם של בעלי המסורה, הוא סובר כעיקרון שבענייני לשון יש להסתמך על המסורת, ובדיוק כפי שלא ניתן לדעת איך קוראים את אותיות הניקוד ללא המסורת כך לא ניתן לדעת את נוסח התורה ללא המסורת. תפיסה זו הביאה אותו למסקנה הבאה: .
ב. תפיסתו העקרונית לפיה לצורת הכתיבה המדויקת יש חשיבות מועטה ביחס לתוכנה. תפיסה המתבטאת באמירתו , שמשמעותה שכמו שהגוף משמש כלי לנשמה והוא איננו העיקר, כך גם המילים משמשות רק ככלי עבור התוכן שלהן (טעמים בלשונו), ואינן מהוות עיקר. תפיסה זו הביאה אותו הן להימנע מלייחס משמעות לשינוים לשוניים בין טקסטים מקבילים, והן לשלילת ביאור ע"פ הכתיב המלא או החסר ואף ללגלוג על המפרשים כך.
קרי וכתיב.
לרוב נמנע האבן עזרא מלהתעסק בענייני קרי וכתיב, כאשר הוא כן מפרש פסוקים בהם יש שוני בין הקרי והכתיב לרוב הוא מפרש אותם ע"פ הקרי. היצמדותו לקרי באה לידי ביטוי בכך שגם כאשר הקרי והכתיב מתחלפים הוא מפרש בשני המקומות ע"פ הקרי.
דבריו המפורשים ביותר בנושא מופיעים בספר צחות: . כלומר, לשיטתו הקרי והכתיב הם שתי צורות לשוניות קבילות לאותה המשמעות, אלא שהוא מעדיף את הקרי בגלל בהירותו הלשונית.
לעיתים חורג האבן עזרא מהיצמדותו לקרי ומפרש ע"פ הכתיב. פרופסור אוריאל סימון מסביר שפעולה זו נובעת מכך שלפי האבן עזרא הערות הקרי הן פירושים שבעלי המסורה הוסיפו למילים מוקשות. כיוון שכך, כאשר הוא חושב שפירושם לא תואם את כוונת הכתוב הוא לא טורח להיצמד אליו ומפרש את הכתוב מעצמו.
סודות הפירוש.
"סוד השנים עשר".
הסוד המפורסם ביותר אותו מחביא האבן עזרא בפירושו הוא סוד השנים עשר. סוד זה מביא האבן עזרא בפירושו על דברים, וכך לשונו - . סוד זה גרר התעניינות רבה מכיוון שהוא סוד אשר מקיף מספר חלקים מהתורה וייתכן שהוא מחביא את דעתו של האבן עזרא על כתיבת התורה. מפרשי סוד זה נחלקו לארבע דרכים עיקריות:
הדרך הראשונה - הטענה כי חלקים נרחבים מהתורה נכתבו לאחר תקופת משה.
הדרך הראשונה היא אמירה כי האבן עזרא מכוון לכך שבמקומות רבים נוספו לתורה פסוקים מאוחרים. הטוענים לשיטה זו נעים על מנעד רחב של דעות, מהדעה כי לדעת האבן עזרא הוספו לתורה שלושים ושלשה קטעים מאוחרים ועד הדעה הטוענת כי האבן עזרא סובר כי התורה כולה נכתבה מאוחר יותר.
הדעה הראשונה (מבחינה כרונולוגית) ההולכת בשיטה זו טוענת כי הוספו שלושים ושלשה קטעים בתורה לאחר חתימת התורה בידי משה. דעה זו מבוססת בעיקר על פירוש האבן עזרא ב, ד"ה "עזאזל": . על פסוק זה אומרים הפרשנים המחזיקים בדעה זו כי האבן עזרא התכוון לכך שמילת עזאזל לא נכתבה על ידי משה, אלא מאוחר יותר, ומספר הפעמים שדבר זה חוזר במקרא הוא שלושים ושלש. השאלה מהם הפסוקים המאוחרים נתונה לוויכוח בתוך ההולכים בדרך זו, כמו כן השאלה האם מדובר רק על פסוקים שלמים או שמא נמנים גם חלקי פסוקים במניין הפעמים הנוספים לתורה. מרבית הולכי הדרך הזו נעים בין שלושה עשר פסוקים שהוספו לתורה, עם חלקי פסוקים המשלימים את התוספות לשלושים ושלוש ועד הטענה כי שלושים ושלשה פסוקים שלמים הוספו לתורה.