שפות המאיה התפתחו משפה אם הנקראת פרוטו-מאיה. ההערכה היא כי השפה הפרוטו-מאית דוברה בקוצ'ומטאנס שבמרכז גואטמלה באזור התואם בערך למקום בו מדברים כיום קאנג'ובאלנית. ההצעה המוקדמת ביותר למקור של שפות המאיה הייתה זו של הבלשן הגרמני קארל סאפר שזיהה את אזור רמות הצ'יאפאס-גואטמלה כמקור אפשרי. טרנס קאופמן וג'ון ג'סטסון שיחזרו יותר מ-3000 פריטים מילוניים של השפה הפרוטו-מאית.
על פי תוכנית הסיווג הרווחת של לייל קמפבל וטרנס קאופמן, החלוקה הראשונה התרחשה בסביבות 2200 לפני הספירה, כאשר הוסטקן התנתק מהמאיה לאחר שדובריה עברו צפונית מערבית לאורך חוף מפרץ מקסיקו. דוברי פרוטו-יוקטיקן ופרוטו-צ'ולאן התנתקו לאחר מכן מהקבוצה הראשית ועברו צפונה לחצי האי יוקטן. דוברי הענף המערבי עברו דרומה לאזורים המאוכלסים כיום באנשים ממאיים וקישיים. כאשר מאוחר יותר נפרדו דוברי הפרוטו-צלטלאן מקבוצת צ'ולן ועברו דרומה לרמות צ'יאפס, הם באו במגע עם דוברי שפות מיקס – זוק. על פי תיאוריה אלטרנטיבית של רוברטסון ויוסטון, הוסטקן נשאר ברמות גואטמלה עם דוברי צ'ולן – צלטלאן, ונפרד מאותו ענף במועד הרבה יותר מאוחר ממה שהציע קאופמן.
בתקופה הארכאית (לפני שנת 2000 לפני הספירה) נראה כי מספר מילות השאלה משפות מיקס-זוק נכנסו לשפת הפרוטו-מאיה. זה הוביל להשערות לפיהן המאיה המוקדמת נשלטה על ידי דוברי שפות מיקס-זוק, אולי האולמקים. לעומת זאת בשפות קסינקן ולקנן, שפות המאיה לעיתים קרובות יותר הן המקור ולא מקבל מילות ההלוואה. מומחים לשפות המאיה כמו קמפבל סבורים כי הדבר מעיד על תקופה של קשר אינטנסיבי בין מאיה לאנשי לנקן וקסינקה, אולי בתקופה הקלאסית (250–900 לספירה).
התקופה הקלאסית.
בתקופה הקלאסית החלו הענפים הגדולים להתפשט לשפות נפרדות. הפיצול בין פרוטו-יוקטן (בצפון, כלומר בחצי האי יוקטן) לפרוטו-צ'ולאן (בדרום, כלומר הרי צ'יאפאס ואגן פטן) כבר התרחש בתקופה הקלאסית, כאשר כתובות המאיה שעדיין קיימות נכתבו. שתי הגרסאות מתועדות בכתובות הירוגליפיות באתרי המאיה של אז, ושתיהן מכונות בדרך כלל "שפת מאיה קלאסית". אף על פי ששפת יוקרה אחת נרשמה בתדירות הגבוהה ביותר בטקסטים הירוגליפים קיימים, התגלו עדויות לשלושה זנים שונים לפחות של בני המאיה בתוך הקורפוס ההירוגליפי - זן צ'ולני מזרחי שנמצא בטקסטים שנכתבו באזור המאיה הדרומי, זן צ'ולן מערבי שהתפזר מאזור אוסומצ'ינטה מאמצע המאה השביעית ואילך, וזן יוקטקן שנמצא בטקסטים מחצי האי יוקטן. הסיבה לכך שרק מעט זנים לשוניים נמצאים בטקסטים הגליפיים היא ככל הנראה שאלה שימשו כניבים יוקרתיים בכל אזור המאיה; טקסטים הירוגליפיים היו מורכבים בשפת האליטה.
סטיבן יוסטון, ג'ון רוברטסון ודייוויד סטיוארט הציעו כי הזן הספציפי של צ'ולן שנמצא ברוב הטקסטים הגלייפיים של דרום השפלה הדרומית הוא שפה שהם מכנים "צ'וליטאן קלאסית", שפת האב הקדומה של השפות צ'ולטי וצ'ורטי המודרניות. הם מציעים שמקורה באגן פטן המערבי והדרומי-מרכזי, ושהשתמשו בה בכתובות ואולי גם דוברה על ידי אליטות וכמרים. עם זאת, מורה-מרין טענה שהתכונות המשותפות למאיה הקלאסית ולשפות הצ'ולטיאן הן לא חידושים, וכי הגיוון של צ'ולן למעשה התפתח אחרי התקופה הקלאסית. השפה של הכתובות הקלאסיות הייתה אז פרוטו-צ'ולנית.
התקופה הקולוניאלית.
במהלך הקולוניזציה הספרדית של מרכז אמריקה, כל השפות הילידיות הושמדו על ידי ספרדית, שהפכה לשפת היוקרה החדשה. השימוש בשפות המאיה בתחומים רבים וחשובים בחברה, כולל ממשל, דת וספרות, הגיע לסיומו. עם זאת אזור המאיה היה עמיד יותר בפני השפעה חיצונית מאחרים, ואולי מסיבה זו, קהילות מאיה רבות עדיין שומרות על שיעור גבוה של דוברים חד לשוניים. אזור המאיה נשלט כיום על ידי השפה הספרדית. בעוד שמספר שפות המאיה נכחדו או נחשבות בסכנת הכחדה, אחרות נותרות קיימות, כאשר הדוברים בכל קבוצות הגיל משתמשים בשפת האם בכל תחומי החברה.
התקופה המודרנית.
עם התקדמות ארכאולוגיית המאיה במהלך המאה ה-20 והתפשטות האידאולוגיות הלאומניות מבוססות הגאווה, החלו העמים דוברי המאיה לפתח זהות אתנית משותפת כמאיה, יורשי תרבות המאיה.
המילה "מאיה" נגזרה ככל הנראה מהעיר מאיפאן של יוקטן, שמשמעותו המוגבלת יותר בתקופות טרום קולוניאליות וקולוניאליות מצביעה על מקור באזור מסוים בחצי האי יוקטן. המשמעות הרחבה יותר של "מאיה" כיום, אף על פי שהיא מוגדרת על ידי יחסים לשוניים, משמשת גם להתייחסות לתכונות אתניות או תרבותיות. מרבית המאיה מזדהה בראש ובראשונה עם קבוצה אתנית מסוימת, למשל "יוקאטק" או "קיצ'ה"; אבל הם גם מכירים בקרבה משותפת של המאיה. השפה הייתה מהותית בהגדרת גבולותיה של אותה קרבה. פאברי כותב: "המונח מאיה הוא בעייתי מכיוון שעמי המאיה אינם מהווים זהות הומוגנית. מאיה, לעומת זאת, הפכה לאסטרטגיה של ייצוג עצמי לתנועות המאיה וחסידיה. האקדמיה של לנגואס מאיה דה גואטמלה (ALMG) מוצאת עשרים ואחת שפות מאיה מובחנות." גאווה זו באחדות הובילה להתעקשות על הבחנות בין שפות המאיה השונות, שחלקן כל כך קרובות עד שהן יכולות בקלות להיות מכונות דיאלקטים של שפה אחת. אך בהתחשב בכך שהמונח "דיאלקט" שימש בעבר אנשים עם מאפיינים גזעניים, ומכיוון שחוקרים הבחינו בין "ניבים" אמריקאים לבין "שפות" אירופיות, השימוש המועדף במסו-אמריקה בשנים האחרונות היה ייעוד הזנים הלשוניים המדוברים על ידי קבוצות אתניות שונות כשפות נפרדות.
בגואטמלה, עניינים כמו פיתוח אורתוגרפיות סטנדרטיות לשפות המאיה נשלטים על ידי האקדמיה דה לנגואס מאיה דה גואטמלה (ALMG; האקדמיה לגואטמלה לשפות המאיה), שנוסדה על ידי ארגוני המאיה בשנת 1986. בעקבות הסכמי השלום של 1996 היא זכתה להכרה הולכת וגוברת כסמכות הרגולטורית בשפות המאיה בקרב חוקרי המאיה וגם בקרב בני המאיה.
גנאלוגיה וסיווג.
יחסים עם משפחות אחרות.
למשפחת שפת המאיה אין קשר גנטי מוכח למשפחות שפות אחרות. הדמיון לכמה שפות של מסו-אמריקה נובע מפיזור תכונות לשוניות משפות שכנות למאיה ולא ממוצא משותף. מסאו-אמריקה הוכחה כאזור של דיפוזיה לשונית משמעותית.
מגוון רחב של הצעות ניסו לקשר את משפחת המאיה למשפחות או לבודדים בשפות אחרות, אך אף אחת מהן אינה נתמכת על ידי בלשנים. דוגמאות כוללות קישור המאיה עם השפות אורו-צ'יפאיה, מפוצ'ה, לנקאן, פורפצ'ה ואואב. מאיה נכללת גם בהשערות שונות של שפות הוקאן ופנוטיאן. הבלשן ג'וזף גרינברג כלל את מאיה בהשערת אמרינד שלו השנויה במחלוקת, אשר נדחית על ידי רוב הבלשנים ההיסטוריים כי היא בלתי נתמכת בראיות זמינות.
בכתיבה בשנת 1997, טען לייל קמפבל, מומחה בשפות המאיה ובלשנות היסטורית, כי ההצעה המבטיחה ביותר היא השערת "מאקרו-מאיה", המציגה קשרים בין המאיה, שפות מיקס-זוק ושפות טוטונאקן, אך מחקרים נוספים נדרשים כדי או לתמוך או להפריך השערה זו. בשנת 2015 ציין קמפבל כי ראיות עדכניות שהציג דייוויד מורה-מארין הופכות את המקרה של יחסים בין שפות המאיה למיקס-זוקיאן לסביר הרבה יותר.
חלוקות משנה.
משפחת המאיה מורכבת משלושים שפות. בדרך כלל, שפות אלה מקובצות ל5–6 קבוצות משנה עיקריות (יוקטקאן, הווסטקאן, צ'ולן-צלטלאן, ק'אנג'ובאלאן, מאמאן וקייצ'יאן). משפחת שפות המאיה מתועדות היטב, ותוכנית הסיווג הפנימי שלה מקובלת ומבוססת, למעט כמה הבדלים קלים שלא נפתרו.
נקודה אחת שעומדת על הפרק היא עמדתם של צ'ולאן וקאנג'ובאלאן – צ'וג'אן. יש חוקרים שחושבים שאלו מהווים ענף מערבי נפרד (כמו בתרשים להלן). בלשנים אחרים אינם תומכים בהצבת מערכת יחסים קרובה במיוחד בין צ'ולאן לקאנג'ובאלאן – צ'וג'אן; כתוצאה מכך הם מסווגים כשני ענפים מובחנים הנובעים ישירות מהשפה הפרוטו. סיווג מוצע חלופי מקבץ את ענף האוסטקן כענף מהצומת צ'ולאן-צלטלן, ולא כענף מרוחק שנובע ישירות מהצומת הפרוטו-מאי.
תפוצה.
מחקרים מעריכים כי יותר מ-6 מיליון אנשים מדברים בשפות המאיה. רובם גרים בגואטמלה, שם לפי ההערכות בין 40%-60% מהאוכלוסייה דוברת שפת מאיה. במקסיקו נאמדה אוכלוסיית דוברי המאיה ב-2.5 מיליון איש בשנת 2010, ואילו אוכלוסיית הדוברים בליזיה מונה כ-30,000 תושבים.
ענף מערבי.
בעבר השפות הצ'ולניות היו נפוצות בכל אזור המאיה, אך כיום השפה עם רוב הדוברים היא צ'ול, המדוברת על ידי 130,000 אנשים בצ'יאפס. השפה הקרובה ביותר לשפה זו, שפת צ'ונה מאיה, מדוברת על ידי 55,000 אנשים במדינת טבסקו. שפה קשורה נוספת, שנמצאת היום בסכנת הכחדה, היא צ'ורטי, אותה מדברים 30,000 אנשים בגואטמלה. בעבר שפה זו דוברה גם במערב הקיצוני של הונדורס ואל סלבדור, אך הניב הסלבדורי נכחד והניב המדובר בהונדורס עומד להיכחד. צ'ולטי, שפה אחות של צ'ורטי, נכחדה גם היא. ההערכה היא כי שפות הצ'ולן הן השמרניות ביותר באוצר המילים והפונולוגיה, והן קשורות בקשר הדוק לשפת כתובות המאיה של התקופה הקלאסית הנמצאות באזור השפלה המרכזית. ייתכן שהן שימשו כשפות יוקרה, בדו קיום עם ניבים אחרים באזורים מסוימים. הנחה זו מספקת הסבר מתקבל על הדעת למרחק הגאוגרפי בין אזור צ'ורטי לאזורים בהם מדברים צ'ול וצ'ונטל.
השפות הקרובות ביותר לשפות הצ'ולן הן שפות ענף צלטלן, צוציל וצלטל. השתיים האחרונות מדוברות בצ'יאפס על ידי אוכלוסיות גדולות ויציבות או גדלות (265,000 דוברים עבור צוציל ו-215,000 דוברים עבור צלטל). לצלטל יש עשרות אלפי דוברים חד לשוניים.