ראשוני המתיישבים בתל יריחו היו ציידים-לקטים מהתרבות הנאטופית המאוחרת, לפני יותר מ-11,500 שנה, שבנו שם בתים עגולים. בתקופה העוקבת (כ-11,500 שנים לפני זמננו), התקופה הנאוליתית הקדם קרמית א', יריחו הייתה הכפר הגדול והחשוב ביותר שהתגלה עד כה בארץ ישראל. לפי הממצאים היה ביריחו יישוב מוקף חומה שתכליתה שנויה במחלוקת. חומה זו ככל הנראה שימשה להגנה מפני הסחף, ולא להגנה ביטחונית. היישוב התפרש ככל הנראה על שטח של 40 דונם, שבו נבנו בתים מעוגלים בקוטר של עד חמישה מטרים. החומה הייתה בגובה של ארבעה מטרים ולאורכה היה מבנה מגדל, אשר יש המשערים כי הוא מגדל שמירה, אך מבנהו בתוך החומה בניגוד למגדל שמירה סטנדרטי, בגובה של 8.5 מטרים. מגדל זה ככל הנראה היה מבנה פולחני, כפולחן של הקרנטל. מסביב לחומה היה חפיר - תעלה גדולה, נועדה לספק אדמות לחקלאות ומים נוחים לשאיבה. החומה והמגדל נמצאו רק בתחילת התקופה, ובתקופה הנאולית הקדם קרמית ב' אין זכר לחומה ולמגדל.
היישוב הנאוליתי ביריחו התקיים במשך מאות שנים, כשבמהלך כאלף שנים יריחו לא הייתה קיימת, ולאחר הפער היישובי נבנו בניינים רבים וחומות נוספות.
בתקופת הברונזה הקדומה הייתה ליריחו חשיבות כלכלית וצבאית. יתרונה הגדול היה בהיותה שוכנת על מעברות הירדן - סוחרים שעברו דרך מעברות הירדן נכנסו גם ליריחו. גם מבחינה צבאית היה בכך יתרון, מפני שהאויב היה חייב לעבור דרך מעברות הירדן כדי להגיע ליריחו וגם כדי לעבור לערים אחרות.
יריחו במקרא.
על פי המסופר בספר יהושע הייתה יריחו העיר הראשונה שכבשו בני ישראל בכניסתם לארץ ישראל. על כיבוש העיר מסופר שהיה בדרך נס. בני ישראל סבבו את חומת העיר הבצורה פעם אחת ביום במשך שבוע, כאשר בראשם הולכים שבעה כהנים ביחד עם ארון הברית, וביום השביעי הקיפו שבע פעמים, תקעו בשופרות והריעו, ואז החומה נפלה תחתיה, והם פרצו לתוך העיר, כבשו ושרפו אותה. יהושע בן נון הטיל קללה על מי שיבנה את יריחו מחדש: . בימי דוד יריחו מוזכרת במקום נידח: . ב מסופר על חִיאֵל בֵּית הָאֱלִי (מבית אל), שבתקופת אחאב מלך ישראל, בנה את יריחו מחדש, והתקיימה בו קללת יהושע. בהמשך () מצוין שיריחו הייתה משכנם של בני הנביאים. מכאן ניתן להסיק שמשנבנתה יריחו מחדש - לא היה איסור להתיישב בה.
במאה ה-20 נערכו בתל יריחו מספר חפירות ארכאולוגיות, שבין השאר נועדו להשוות את הסיפור המקראי עם הממצאים הארכאולוגיים. החוקרים השונים נחלקו בדעותיהם לגבי תיארוך השכבות באתר. בדרך כלל, מקובלת עמדתה של קתלין קניון, אשר חפרה ביריחו בין השנים 1952 ל-1958, ולפי דעתה שרידי היישוב מהתקופות בהן היה עשוי להתרחש כיבוש העיר בתקופת יהושע, נסתחפו לחלוטין במשך הזמן, והממצאים ששרדו הם מתקופות קדומות יותר.
ניסיונות להתיישבות יהודית בתקופה העות'מאנית ובתקופת המנדט.
בשנת 1872 הממשלה הטורקית העמידה למכירה פומבית, שני שלישים מאדמת יריחו. הסיבה לכך הייתה שהשלטון המרכזי החליט להטיל מס על הקרקעות. כאשר בקשו לגבות את המס מהאריסים, אשר עיבדו את האדמות, הם הודיעו שהיות שהם נהנים רק משליש היבול, הם מוכנים לשלם רק שליש מהמס על האדמות.
השטח שעמד למכירה עמד להירכש על ידי אחד משני אישים: האחד, האפנדי מוסה פאשא אל חוסייני מנכבדי ירושלים והשני, עשיר ארמני תושב מצרים. קבוצת יהודים מירושלים התארגנה בשם החברה לקניית אדמת יריחו, והחליטה כי היא תרכוש את השטח. הקבוצה הגיעה לידי הסדר כספי עם שני הרוכשים הפוטנציאליים. ואכן, השלטונות בירושלים אישרו את העסקה והשטח עמד להרשם על שם קבוצת היהודים מירושלים. אלה כבר בחרו שם למקום "פתח תקווה". מקור השם היה לקוח מספר הושע:
מייסדי המקום רצו לבטא בכך את הרצון להסיר מהעיר את שם הקודם, אשר נקבע בספר יהושע במעשה עכן: "וַיֹּאמֶר יְהוֹשֻׁעַ מֶה עֲכַרְתָּנוּ, יַעְכָּרְךָ ה' בַּיּוֹם הַזֶּה; וַיִּרְגְּמוּ אֹתוֹ כָל-יִשְׂרָאֵל, אֶבֶן, וַיִּשְׂרְפוּ אֹתָם בָּאֵשׁ, וַיִּסְקְלוּ אֹתָם בָּאֲבָנִים. וַיָּקִימוּ עָלָיו גַּל-אֲבָנִים גָּדוֹל, עַד הַיּוֹם הַזֶּה, וַיָּשָׁב ה', מֵחֲרוֹן אַפּוֹ; עַל-כֵּן קָרָא שֵׁם הַמָּקוֹם הַהוּא, עֵמֶק עָכוֹר, עַד, הַיּוֹם הַזֶּה. (). ועמק זה, לפי דברי הנביא. יהיה לפתח תקווה.
ההסכם נשלח לאישור לשלטון המרכזי בקושטא. הסולטאן הטורקי בקש לדעת מהי הנתינות של קוני השטח ביריחו. ראשי הקבוצה, כמו ברכישות אחרות שנעשו בארץ ישראל הציעו לחברי הקבוצה כי האדמה תרשם על שם נתינים עות'מאניים. אך המשקיעים האירופאיים חששו לכספם וסירבו לכך שהקרקע תרשם על שם באי-כחם. כאשר הוברר לסולטאן כי רוכשי השטח הם זרים אירופאיים, הוא הציע עבור השטח סכום העולה על זה שהוצע על ידי הקבוצה בירושלים ואדמת יריחו הייתה לאחוזת הסולטאן הטורקי.
יהושע ילין שהיה מיוזמי הרכישה אומר בסיום העסקה שלא יצאה לפועל: " בשברון לב ובדאבון נפש: " מִהֲרוּ, בָּנָיִךְ; מְהָרְסַיִךְ וּמַחֲרִיבַיִךְ, מִמֵּךְ יֵצֵאוּ." () ו"וִירִיחוֹ סֹגֶרֶת וּמְסֻגֶּרֶת, מִפְּנֵי בְּנֵי יִשְׂרָאֵל: אֵין יוֹצֵא, וְאֵין בָּא" ().
בהמשך הקבוצה רכשה אדמות בשפלה ובנתה עליהם את המושבה פתח תקווה, השם שניתן למושבה שהייתה מתוכננת ביריחו.
רבי אברהם משה לונץ מציין בספרו "מורה דרך בארץ ישראל וסוריה" שיצא בירושלים בשנת תרנ"א (1891) כי "הדרך מירושלים ליריחו, ים המלח והירדן נסללה כליל בשנת תרנ"ה (1896), נסעו בעת הסיור כמעט בכל יום ויום מרכבות רבות הלוך ושוב ליריחו והירדן וקלות המסע אשר הוסב על ידה יסבב בטח בריבוי התרים והנוסעים, והדבר הזה כנודע הוא אחד מהעמודים אשר פרנסת העיר נשענת עליהם".
העיתון הצבי דיווח בכ"ט כסליו א'תתכ"ה לחורבן (1886), בכתבה תחת הכותרת "מטע-קפה ביריחו", ובהמשך הכתבה: "ארבע משפחות - משה אברהם אורנשטיין, אברהם ליאון, יעקב גרין ושמואל ליאון - יצאו השבוע הזה להתיישב על אדמת הדר מלכנו הסולטאן אצל יריחו. וזה זמן אשר השיגו מכבוד המודיר הממונה על קרקעות הדר מלכותו להתיישב שם, אך בידיים ריקניות לא יכלו לעשות מאומה ועזר עוד לא מצאו, ובכל זאת לא נפל לבם ויוסיפו להשתדל בדבר והנה נמצאה אשה נדיבת לב אשר נתנה להם - בהלוואה או במתנה - חמישים נפוליון, ויקנו להם כלי עבודה היתר נצרכים, ויצאו שמה עם בני ביתם ויחלו את עבודתם, וכבוד המודיר הנכבד נוטה להם חסד ויתן להם זרע קהות לנסות שם ועוד הבטיח להם עד כמה שיוכל.
בתקופת המנדט המשיכו לשבת ביריחו יהודים מעטים, ביניהם בני משפחת הסוחר יוסף משה מזרחי, שהיו בעלי קרקעות בעיר ועסקו בחקלאות, וכן הרופאה היהודיה ד"ר אולגה פיינברג, שהתגוררה בעיר עד שנת 1938. ד"ר פיינברג, כמו גם אחרוני משפחת מזרחי, עזבו את העיר לאחר שהותקפו בידי ערבים פעמים אחדות, על רקע מאורעות "המרד הערבי" בכל רחבי הארץ.
לאחר מלחמת העצמאות (1948-היום).
לפי תוכנית החלוקה, שהתקבלה ברוב קולות בעצרת הכללית של האו"ם ב-29 בנובמבר 1947, היישוב נכלל בשטח המדינה הערבית. במהלך מלחמת העצמאות השתלטה עליו ממלכת ירדן. בסמוך אליה הוקמו שלושה מחנות פליטים (נועימה, עין א-סולטאן ועקבת ג'בר). במלחמת ששת הימים נכבשה העיר בידי צה"ל.
יריחו הייתה העיר הראשונה ביהודה ושומרון שהועברה לשליטת הרשות הפלסטינית בשנת 1994, במסגרת הסכם "עזה ויריחו תחילה", ההסכם הראשון מבין הסכמי אוסלו. מסביב לעיר נבנה כביש "עוקף יריחו", שהביא לכך שישראלים שביקרו בעבר בעיר בדרכם בכביש הבקעה חדלו כמעט לחלוטין מלעבור בה. מאז ועד תחילת האינתיפאדה השנייה בשנת 2000 הייתה יריחו שקטה, כמעט ללא אירועים אלימים ולקזינו אואסיס רב-הקומות שהוקם בעיר בשנת 1998 הגיעו ישראלים רבים.
גם במהלך האינתיפאדה השנייה הייתה העיר שקטה באופן יחסי לשאר הערים ביהודה ושומרון, התייחדה בשליטה של שוטרי הרשות הפלסטינית, ולא הפכה למוקד טרור. עם זאת, עם תחילת האינתיפאדה, נשרף בה בית הכנסת העתיק והישיבה במקום, ומבנה הקזינו הפך לזירת ירי לעבר היישוב היהודי הסמוך ורד יריחו, ושבת מפעילות, לאחר שכניסת ישראלים לשטחי A נאסרה על ידי צה"ל.
ב-14 במרץ 2006, פשטו כוחות צה"ל על בית הכלא בעיר, כחלק ממבצע הבאת ביכורים, במטרה להביא לדין בישראל את רוצחי ומתכנני רצח רחבעם זאבי, ביניהם אחמד סעדאת, מזכ"ל החזית העממית לשחרור פלסטין, שהוחזקו בכלא ועמדו להשתחרר בעקבות עליית החמאס.
לפי מפקד אוכלוסין שערכה הרשות הפלסטינית ב-2007, התגוררו בעיר 17,515 תושבים ובנפה כולה עוד כ-23,000 תושבים. בעיר קיים מיעוט של נוצרים. אזור יריחו הוא האזור הכי פחות מאוכלס ברשות הפלסטינית, ובניגוד בולט למחנה הפליטים הסמוך, יש בה גם שכונת פאר יוקרתית הכוללת בתים עם בריכות צמודות ואף מתחם מגורים מפואר בו גר בעבר יאסר ערפאת.
אתרים ארכאולוגיים.
ביריחו אתרים ארכאולוגיים מתקופות קדומות כמו תל א-סולטאן, בו כנראה הייתה העיר הקדומה מימי יהושע בן נון, ארמונות החורף מימי בית שני ומהתקופה הביזנטית בארץ ישראל - בתי הכנסת וארמון הישאם.
תל יריחו.
התל המרכזי ביריחו, ידוע גם בשם תל א-סולטאן, גובהו 21 מטר ושטחו 40 דונם. החופרים המרכזיים בתל היו צ'ארלס וורן, ארנסט זלין וקרל ואצינגר (1907–1909), ג'ון גרסטנג (1930–1936) וקתלין קניון (1952–1958).