בוש איבד תומכים שמרנים רבים עקב הפרת התחייבותו מנאומו המפורסם "קיראו את שפתיי: לא יהיו מיסים חדשים!", שהתקיים במסגרת קמפיין הנשיאות שלו בשנת 1988, שבו הבטיח שלא להעלות את המיסים בארצות הברית. הכלכלה הייתה במיתון, וכוחו הגדול של בוש, מדיניות החוץ, נעשה חשוב פחות לאחר פירוק ברית המועצות ותבוסת עיראק במלחמת המפרץ. במסע בחירות זה, ועל רקע הקשיים בו, נטבע הביטוי "זאת הכלכלה, טמבל" במטה הבחירות של קלינטון, שהיווה את תמצית הביקורת כלפי מדיניותו הכלכלית של בוש. הדמוקרטים יצרו זיקה בין המיתון שאליו נקלעה כלכלת ארצות הברית בשלהי כהונתו של בוש לבין טעויות במדיניותו.
קלינטון זכה בריבוי קולות המצביעים, ובניצחון גדול בחבר האלקטורים המסתכם בכ-370 קולות לעומת 168 ליריבו. בחירתו קטעה רצף של 12 שנים של שליטה רפובליקנית בבית הלבן, וכן הביאה את הדמוקרטים לשליטה מלאה בכל שלוחות השלטון הפדרלי (שני בתי הקונגרס) לראשונה מאז סיום נשיאותו של ג'ימי קרטר.
כהונתו כנשיא.
מיד עם כניסתו לתפקיד, קיים קלינטון את הבטחתו מתקופת מסע הבחירות וחתם על "החוק לחופשה עקב אירועים משפחתיים ובריאותיים", חוק שחייב מעסיקים גדולים לאפשר לעובדים לקחת חופשה ללא תשלום בנסיבות של מקרה חירום משפחתי או רפואי. בניגוד לפופולריות שהביאה לו החלטה זו, גרר חוסר נכונותו לממש את הבטחתו לאפשר להומוסקסואלים מוצהרים לשרת בזרועות הצבא ביקורת, הן משמאל (על היותו הססן יתר על המידה בקידום זכויות ההומוסקסואלים) והן מימין (על חוסר רגישותו למסורת הצבאית). לאחר דיונים ממושכים הסכימו קלינטון והפנטגון על מדיניות של התעלמות ("Don't ask, don't tell") ביחס להעדפותיהם המיניות של מגויסים, מדיניות שקוימה הלכה למעשה עד שבוטלה בשנת 2010 על ידי ממשיכו בתפקיד, ברק אובמה.
מקץ שנתיים לכהונתו, הביאו בחירות אמצע הקדנציה לקונגרס לאיבוד הרוב הדמוקרטי בשני בתי הקונגרס גם יחד לראשונה מזה 40 שנה, הפסד שמיוחס לכישלון התוכנית ליצור מערכת ביטוח בריאות מקיפה, תוכנית שקודמה על ידי הגברת הראשונה, הילרי קלינטון.
לאחר הבחירות של 1994, הופנה אור הזרקורים אל "החוזה עם אמריקה", מסמך שהובל על ידי יו"ר בית הנבחרים החדש, הרפובליקני ניוט גינגריץ', מעין מצע בחירות שהבטיח העברה של "רפורמות שמרניות" לחיזוק מוסד הנשיאות בנושאי תקציב ומסים. הנשיא קלינטון והקונגרס הרפובליקאי התקוטטו בנושאי תקציב, שגרמו לשיתוק בפעולות הממשלה. שיתוק זה דווקא פגע ברפובליקנים והעלה את הפופולריות של קלינטון. שיפור דרמטי ביחס הציבור אל קלינטון חל בזכות תגובתו לפיצוץ בניין הממשל הפדרלי באוקלהומה סיטי ב-19 באפריל 1995.
בבחירות לנשיאות ב-1996 נבחר קלינטון מחדש בהפרש ניכר וגבר על יריבו הרפובליקני בוב דול, שכיהן כסנאטור מקנזס, אך הרפובליקנים שמרו על שליטתם בקונגרס (הגם שהפסידו מספר מושבים). קלינטון היה הנשיא הדמוקרט הראשון שזכה לכהן שתי קדנציות מלאות מאז הנשיא פרנקלין רוזוולט.
כהונה שנייה.
קלינטון פיתח יחסי עבודה קרובים עם טוני בלייר, ראש ממשלת בריטניה שנבחר בשנת 1997, וגילה עניין אישי בסכסוך בצפון אירלנד. בתקופת כהונתו אף ביקר באירלנד שלוש פעמים לצורך קידום השלום. קלינטון היה שושבין בהנעת התהליך שהוביל לפירוק מחתרת ה-IRA מנשקה ב-23 באוקטובר 2001.
מלבד תהליכי השלום עמד קלינטון מאחורי שיגור כוחות אמריקאים להתערבות במשבר בקוסובו שבבלקן ובסומליה. ב-1998 הוא הורה לתקוף בטילי שיוט כוחות של אל-קאעידה באפגניסטן, בעקבות הפיגועים שלהם בשגרירויות האמריקאיות בקניה ובטנזניה.
בשנת 1999, לראשונה מאז שנת 1969, הציג תקציב מדינה מאוזן יחד עם הקונגרס הרפובליקני, שהביא לעודף תקציבי ולתקופת הצמיחה הארוכה ביותר בהיסטוריה האמריקאית בעת שלום.
פרשות ווייטווטר, מוניקה לוינסקי וניסיון הדחתו.
על כהונתו של קלינטון העיבו מספר פרשות בהן ווייטווטר ומוניקה לוינסקי.
לאורך רוב תקופת כהונתו פעל תובע מיוחד שמונה לחקור את פרשת ווייטווטר, שעסקה בפרויקט נדל"ן שכשל, שבה היו מעורבים קלינטון ורעייתו הילרי והחלה בימיו של קלינטון כמושל ארקנסו. קנת' סטאר מונה לתפקיד ולבסוף לא מצא ראיות כנגד בני הזוג. אולם בשלב מסוים הגיע לידיו מידע אודות קלינטון ומוניקה לוינסקי והוא החליט להרחיב את החקירה לפרשה זו. קלינטון קיים קשר מיני עם מתמחה צעירה בת 22 בשם מוניקה לווינסקי. בתביעה אזרחית שהגישה נגדו אישה אחרת, פולה ג'ונס, הוא התבקש להגיש תצהיר בו הוא נשאל אודות יחסיו עם לוינסקי. הוא הכחיש שקיים עימה יחסי מין ועל התצהיר הכוזב נחקר על ידי סטאר. לינדה טריפ, מי שהייתה מיודדת עם לוינסקי, העבירה לו הקלטות של שיחותיה עם לוינסקי בהן היא מתארת את יחסיהם ובנוסף הייתה ברשות לוינסקי שמלה מוכתמת שהיוותה ראיה לכך שהם קיימו מגע מיני אוראלי. הפרשה נחשפה לציבור לראשונה בינואר 1998, וקלינטון הכחיש בציבור כי קיימו יחסי מין "לא קיימתי יחסי מין עם האישה הזאת, העלמה לווינסקי". לאחר שהוכח כי אכן קיימו יחסי מין ולאחר שנחקר בפני חבר מושבעים גדול הוא הודה ברבים בכך באוגוסט 1998 וציין כי היחסים היו לא נאותים.
לאחר שסטאר הגיש את הדוח שלו לקונגרס, החליט בית הנבחרים לפתוח נגדו בהליך הדחה (Impeachement) באשמת עדות שקר ושיבוש הליכי משפט. בית הנבחרים החליט להאשימו ברוב של 228 כנגד 206. משפט ההדחה התנהל בסנאט שזיכה אותו ברוב של 55 כנגד 45. הייתה זאת הפעם השנייה בתולדות ארצות הברית שבית הנבחרים החליט להאשים נשיא ולפתוח במשפט הדחה כנגדו.
בעקבות המקרה רישיון עורך הדין שלו הושעה לחמש שנים בארקנסו וכמו כן הוא הושעה לחמש שנים מהופעות בפני בית המשפט העליון של ארצות הברית. השופטת בתביעה האזרחית של פולה ג'ונס קנסה אותו ב-90,000 דולר על ביזיון בית המשפט בכך שהגיש תצהיר כוזב במשפט.
אישיותו ודעותיו.
בהיותו הנשיא הראשון לדור הבייבי בום, נתפס קלינטון כמסמן את פער דורות לעומת הנשיאים שקדמו לו והוא נחשב לנשיא שמגלם בסגנונו אופי לא רשמי ועממי של נשיא. בסגנון הרטורי הקליט שלו והשימוש החלוצי שעשה בסמלי תרבות הפופ במהלך הקמפיין שלו, נודע קלינטון, לעיתים קרובות לשלילה, בתור "נשיא ה-MTV", כינוי שהודבק לו לאחר הופעתו ב-MTV במהלך מסע הבחירות שלו. על אף שהופעה זו סייעה לו לזכות בתמיכתם של בני דור ה-X, גררה ההופעה ביקורת נרחבת על הראוותנות וחוסר הענייניות שבה.
מעמדה החזק של הילרי קלינטון בממשל משך אל עבר הגברת הראשונה מידה של תשומת לב וביקורת שלא נרשמו מאז ימיה של אלינור רוזוולט בתפקיד. אנשים רבים זיהו בזוג שותפות פוליטית שטרם נודעה כמותה. המבקרים בחרו להשוות אותם לחואן ואויטה פרון בארגנטינה. הועלתה אף טענה שהילרי, ולא הנשיא, היא הדומיננטית מבין השניים בשותפות זו.
אנשים בעלי השקפה חברתית שמרנית נרתעו מהזדהותו של קלינטון עם נוער הפרחים בתקופת בחרותו, וחלקם ביקרו אותו על ששהה בלימודים באנגליה ולא התגייס למלחמת ווייטנאם. הסברו של קלינטון בנוגע לניסיונו עם מריחואנה ("לא שאפתי לריאות") החליש יותר את תדמיתו בקרב השמרנים. בנוסף לכל אלו עלו מדי פעם שמועות על היותו "רודף שמלות". מספר נשים כמו פאולה ג'ונס, ג'ניפר פלאוורס וקתרין וילי טענו כי קלינטון שכב איתן במהלך נישואיו להילרי קלינטון. עובדת שירותי בריאות בשם חואניטה ברודריק מסרה עדות כי נאנסה פעמיים על ידי קלינטון, בעת כהונתו כמושל. לארבע האשמות אלה (עם פולה ג'ונס הגיע להסכם כספי) נוספה עוד שורה של נשים עם טענות דומות.
קלינטון היה שמרני יותר ממועמדים דמוקרטיים קודמים לנשיאות בנושאים רבים ותמך בעונש מוות, בעוצר לילה לקטינים, בתלבושת אחידה בבתי ספר ובנושאים אחרים למגינת לבם של תומכי זכויות הנוער, ואף הרחיב בצורה משמעותית את המלחמה בסמים בתקופת כהונתו. אף על פי שעבד יחד עם יריביו הרפובליקנים בקונגרס והגיע עמם לפשרות, לדעת רבים לא הצליח לשנות את המוניטין שיצא לתקופת כהונתו בתודעתם של יריביו.
אחוזי התמיכה בקלינטון עמדו על שיעור של 40-55% בממוצע לאורך הקדנציה הראשונה שלו, אך עם תחילת כהונתו השנייה, ובפרט לאחר ניסיון הדחתו ב-1998, זינק שיעור התמיכה הציבורית בו והגיע לשיא. הוא נחשב לאחד הנשיאים הפופולריים ביותר. על פי סקר משותף של CBS והניו יורק טיימס, סיים קלינטון את נשיאותו עם שיעורי תמיכה של 68%, לצד נשיאים כגון פרנקלין דלאנו רוזוולט ורונלד רייגן בעת סיום תפקידם.
קלינטון וישראל והיהודים.
קלינטון היה מבין הנשיאים האמריקאים האהודים ביותר בישראל, וכמו גם מן המעורבים ביותר בענייני ישראל והתהליך המדיני בינה לבין הפלסטינים.
קלינטון נודע ביחסו החם ליהדות ולישראל. בתו צ'לסי נשואה ליהודי, מארק מזווינסקי ומספרם הרב של העוזרים והיועצים היהודיים שלו אף גרם להרמת גבות בחלק מהחברה האמריקנית. בתקופת מערכת הבחירות סיפר שהוא מחויב לישראל ולביטחונה בגלל הבטחה שלו לכומר המנוח שלו בה אמר כי לעולם לא ינטוש את ישראל.
במהלך כל שמונה שנות כהונתו, היה קלינטון מעורב רבות בתהליכים המדיניים במזרח התיכון. עם תחילת כהונתו נחתם בבית הלבן הסכם אוסלו. אף על פי שממשלו לא היה מעורב במגעים לקראת ההסכם, קלינטון אימץ את התהליך בחום, והבטיח לערוב לביטחון ישראל אם היא תיקח סיכונים למען השלום. בהמשך השתתף בגיבוש הסכם השלום בין ישראל לירדן, ואף השתתף בטקס החתימה על ההסכם, שנערך ב-26 באוקטובר 1994 במעבר הגבול החדש שבין ישראל לירדן, מצפון לאילת. לאחר טקס החתימה ביקר קלינטון גם בתל אביב.