לאחר כחודש של קרבות בלתי פוסקים האצטקים קראו לספרדים ודרשו לדבר "עם האישה שהייתה אחת מבנות המקום" במהלך השיחה הציעו האצטקים הפסקת הלוחמה וברית שלום בתנאי שהספרדים יעזבו את מקסיקו ויחזרו לספרד. המשא ומתן ארך מספר שעות כשבחלקו ניהלה מלינצ'ה שיחה ארוכה עם נציגי האצטקים מבלי לתרגם את מהלכה. קורטס כתב במכתבו השלישי למלך הספרדי: " בעת שעמדנו שם מתווכחים באמצעות המתרגמת, ובין הצדים מפריד רק גשר הרוס אחד איש אצטקי זקן הוציא מזון מתרמילו והחל לאכול אותו כדאי לשכנע אותנו שהם לא סובלים ממחסור ורעב" ובהמשך הוא מסכם "הלחימה פסקה באותו יום מאחר שהאצטקים ביקשו מהמתרגמת להעביר אלי את הצעתם". כל השיחות הגיעו למבוי סתום, הספרדים דרשו כניעה ללא תנאי והלוחמים האצטקים העדיפו להמשיך להילחם ולא להיכנע. ב-13 באוגוסט נתפס השליט האצטקי על ידי הספרדים ומעט הלוחמים נכנעו.
מלכות המשנה של ספרד החדשה ולידת מרטין.
עם הכנעת האימפריה האצטקית ובטרם הושלם הכיבוש של מרכז אמריקה, החלו הספרדים בביתור שטחי האימפריה לנחלות שנודעו בשם אנקומיינדה. נחלות אלו נמסרו לידי נאמניו של קורטס שבהמשך נקראו "אנקומנדרוס" (encomenderos) כפרס על תרומתם לכיבוש. עם זאת, המטרה העליונה של הענקת האנקומיינדה הייתה לחזק את הקולוניזציה של השטחים החדשים, באמצעות שיעבוד פיזי, נפשי ודתי של האוכלוסיות הילידיות הפרה-קולומביאניות. מאמץ מיוחד הוקדש לבנייה מחדש של טנוצ'טיטלאן שעתידה הייתה להיקרא מקסיקו סיטי (בספרדית: Ciudad de México).
במהלך תקופה זו היה מרכז השלטון הספרדי בעיר קויואקאן (Coyoacán). בעיר זו התגוררה מלינצ'ה ביחד עם קורטס בארמון, ככל הנראה ארמונו לשעבר של השליט המקומי. גם בתקופה זו היא הייתה יד ימינו של קורטס הן בתקשורת הדרושה לניהול המשא ומתן בין קורטס למנהיגים המקומיים על מנת ליצור את המערכת השלטונית החדשה וגם ניהלה את איסוף המיסים והמתנות. חרונימו דה אגולר ציין בעדות שמסר במהלך משפט שנערך בשנת 1529 כנגד קורטס, כי דלת סודית בארמון שימשה את מלינצ'ה על מנת שהיא תוכל לקבל שליחים מקומיים שמסרו לידיה תשלומים שונים, כלומר שוחד שמטרתם הסופית הייתה לאפשר לקורטס לשלם לכתר הספרדי את חלקו. על פי גרסת קורטס בעדותו הנגדית, מלינצ'ה אכן אספה מנחות, אך לדבריו אלו ניתנו למלינצ'ה כתשלום על חלקה במערכת הפוליטית המקומית ונשמרו על ידה עבור עצמה. על פי גרסה זו המנחות כללו מזון וטבק. עדים אחרים הרחיבו וסיפרו כי מנחות אלו הגיעו משני שבטים בשכנות למקסיקו סיטי. הביוגרפית המודרנית של מלינצ'ה מוסיפה כי ייתכן ומלינצ'ה ניהלה עסק צדדי להבטחת עתידה הכלכלי לעיתות מצוק.
עדויות אחרות שנאספו במשפט מקביל מעידות כי מלינצ'ה ניהלה משק בית נפרד ובו התגורר נער מקומי ממוצא אריסטוקרטי אותו "אימצה" מלינצ'ה לאחר הכיבוש. ההפרדה בין מגורי מלינצ'ה וקורטס נראית הגיונית לאור העובדה כי בשנת 1522 אשתו הספרדית של קורטס דונה קטלינה סוארס (doña Catalina Suárez) הגיע מקובה למקסיקו על מנת לחיות לצד בעלה. לאחר מספר חודשים של מתח ומריבות בין בני הזוג נפטרה דונה קטלינה במהלך הלילה של יום כל הקדושים – על פי אחת הסברות נרצחה על ידי קורטס.
במקביל לאירועים אלו התברר כי מלינצ'ה בהריון נושאת את בנו בכורו של קורטס שקיבל עם לידתו את השם מרטין על שם אביו של קורטס. ההיסטוריון המודרני פרופסור מתיו רסטל (Matthew Restall) מעלה את ההשערה כי קורטס נמנע במכוון מיחסי מין עם מלינצ'ה עד לאחר כיבוש טנוצ'טיטלאן על מנת שלא תיחשף לסכנות ההיריון והלידה ובכך יישלל ממנו כלי בעל חשיבות אסטרטגית – יכולת התרגום והייעוץ שלה. מנגד כותבת הביוגרפית המודרנית של מלינצ'ה פרופסור טאונסנד כי סביר להניח שמלינצ'ה כן קיימה יחסי מין עם קורטס וכי המתח הנפשי הנסיבות הקיצוניות של החיים עד ובמהלך כיבוש האימפריה האצטקית, הדיאטה הלקויה והמחסור בשינה הם סיבות ידועות לחוסר-פוריות אצל נשים, אך עם תום השנתיים הראשונות משהשתנו נסיבות חייה נכנסה מלינצ'ה להריון.
המסע להונדורס, נישואים ולידת מריה.
באוקטובר 1524 יצא קורטס ממקסיקו סיטי על מנת לתפוס את מושכות השלטון בהונדורס מידי אחד מקציניו קריסטובל דה אוליד (Cristóbal de Olid). המסע הפך לאסון. רוב הגייסות תחת פיקודו של קורטס מתו בדרך מתלאות רעב ומחלות ועם הגיעם למטרת המסע הוברר כי הקצין הסורר הוכנע על ידי חייליו שלא ראו בעין יפה את צעדיו העצמאיים. העדרו של קורטס ממקסיקו סיטי יצר תוהו שלטוני ומעמדו נחלש מאוד הוא חזר למקסיקו מהמסע בשנת 1525, אך נאלץ לצאת לספרד בשנת 1528 להגן על עצמו מול שלל תביעות ומול אויבים וידידים לשעבר שהפכו ליריבים.
בחלק הראשון של המסע, משהגיעו הספרדים לעיר אוריסבה (Orizaba) השוכנת סמוך למחוז הולדתה של מלינצ'ה נערך טקס נישואים בין מלינצ'ה לקצין ספרדי מנאמניו של קורטס ומחברי המשלחת המקורית חואן חרמייו (Juan Jaramillo). נישואים אלו לא נערכו בלהט הרגע אלא מתוך מחשבה מוקדמת ובאופן ששירת את האינטרסים של 3 הצדדים – קורטס, מלינצ'ה ובעלה. הכותבים הספרדים מציירים תמונה חד-צדדית לפיה מלינצ'ה הייתה כלי משחק בידי קורטס שמאס בה כבת-זוג או שחדלה מלשמש ככלי חיוני. דה גומרה מציין כי "חואן חרמייו היה שיכור כשנשא לאישה את מרינה (מלינצ'ה) אחרים מתחו ביקורת על קורטס שהתיר זאת מאחר שהיו להם ילדים משותפים". ברנל דיאס לעומת זאת כתב כי גרסה זו של גומרה איננה נכונה וכי דונה מרינה הייתה בעלת מעמד עצמאי מכובד ורומז כי הנישואים נערכו בהסכמתה.
קורטס אכן היה קשור למלינצ'ה אם בנו הבכור והיחיד, הוא תכנן לנקוט בהליכים להפוך את מרטין לבן בכור "חוקי" בעיני הכנסייה, אך מאידך לא הייתה לו כל כוונה לשאת לאישה את מלינצ'ה. מעשיו העידו כי הוא התכוון לדאוג לעתידה ולעתיד בנם המשותף. מלינצ'ה לעומת זאת פעלה במקביל להבטיח את עתידה ונישואים לקצין ספרדי רצוי במעמד אידלגו. בעלה הנבחר של מלינצ'ה היה אחד מנאמני קורטס וסגנו במסע להונדורס בעל חלקה במקסיקו סיטי ובעל אנקומיינדה בעמק המרכזי של מקסיקו. אביו שהגיע למקסיקו לאחר הכיבוש קיבל מינוי למוסדות שלטון ספרדיים.
כתוצאה ממהלך זה זכתה מלינצ'ה לעבור ממעמד של שפחה ופילגש לאישה מהוגנת וחלק מהמעמד והאליטה הספרדית השולטת ובעלת זכויות יתר המעוגנות בחוק. עדויות שתועדו במשפט ירושה שניהלה בתה מריה מעידות כי היא הביאה לנישואים נדוניה מכובדת ביותר – נחלה משלה – אנקומיינדה שניתנה לה על ידי קורטס לפני טקס הנישואים. העדות לכך נתנו במהלך משפט שניהלה בתה של מלינצ'ה כנגד אמה החורגת (אשתו השנייה של חואן חרמייו) על הירושה, במשפט זה הובאו עדויות כי מלינצ'ה קיבלה עם נישואיה אנקומיינדה כנדוניה. מתנה מסוג זה היא דבר נדיר ביותר, נחלות ניתנו רק לספרדים ובמקרים יוצאי דופן – כבוד יקר זה ניתן רק ל-2 מבנותיו של מוקטסומה (אחת מהן ילדה אף היא צאצא לקורטס) ולאציל מקומי שאימץ את דרכי החיים הספרדיים. עדות עקיפה נוספת לחשיבותה של מלינצ'ה בעיני קורטס. במהלך החזרה מהונדורס אל מקסיקו סיטי נולדה למלינצ'ה ולבעלה בת שקבלה את השם מריה.
במהלך שנת 1528 עזב קורטס את מקסיקו בדרכו לספרד על מנת להגן על האינטרסים שלו בפני המלך הספרדי, הוא לקח איתו את בנו מרטין קורטס במטרה להתחיל תהליך של לגיטימציה של הילד בפני האפיפיור – תהליך שעיקרו תשלום כופר עבור ההכרה ולאחר מכן לצרף את מרטין למסדר צבאי נוצרי ולהכשיר את דרכו לקריירה בשרות הכתר.
התבססות במקסיקו סיטי.
מצבו הקשה של קורטס הקרין על מעמד מקורביו. בשנת 1529 החל המלך הספרדי בחקירה כנגד קורטס, מהלך שהביא להגשת מספר רב של תלונות ותביעות משפטיות כנגדו. אחת הנפגעות הייתה מלינצ'ה, הנחלה שקיבלה כנדוניה לנישואים התגלתה כבלתי ניתנת למימוש מאחר שהילידים גילו התנגדות עזה לכיבוש ולניצול הספרדי. באותה שנה החל האציל הספרדי פרנסיסקו דה מונטחו (Francisco de Montejo y Álvarez), תחת מינוי של הכתר במהלכים צבאיים לכבוש ולהכניע את חצי האי יוקטן ולמעשה קיבל מינוי כמושל של האזור כך איבדה מלינצ'ה את זכויותיה באנקומיינדה. עם זאת לאחר חזרתם למקסיקו הזוג התבסס כלכלית וחברתית, תחילה בנו בית על חלקה בסמוך לכיכר המרכזית של מקסיקו סיטי, ובשנת 1528 חרמייו ומלינצ'ה קיבלו מהשלטונות חלקה נוספת בסמוך ליערות של צ'פולטפק (בספרדית: Chapultepec) בה הם בנו בית נוסף, נטעו עצים וטיפחו עדרים, בצו של הקבילדו (בספרדית: cabildo) נכתב במפורש כי החלקה ניתנת לחרמייו ולאשתו דונה מרינה.
מותה של מלינצ'ה.
בתאריך לא ידוע במדויק, ככל הנראה במחצית האחרונה של 1528 או בתחילת 1529, נפטרה מלינצ'ה מסיבה לא ידועה. הביוגרפית שלה הפרופסורית טאונסנד מציינת כי זמן מותה נקבע לאור עדויות המתייחסות למותה בעקיפין כגון עדויות במשפט כנגד קורטס שנתנו ב-29 בינואר 1529 ובהן נכתב כי היא "מתה זה מקרוב" (ya difunta). ההיסטוריונית קובעת כי אין עדויות על מותה ממחלה ממארת או לחלופין מסיבוכים שלאחר לידת הבת מריה – עדויות שהיו עולות מאוחר יותר במשפט הירושה שניהלה הבת כנגד אמה החורגת ומניחה כי מלינצ'ה מתה באחת מהמגפות שהביאו הספרדים לעולם החדש. תאוריה נוספת לגבי מותה קבעה את שנת מותה מאוחר יותר 1550 או 51, אך ככל הנראה מדובר במקרה של זהות מוטעית ובדמות אחרת שנשאה את השם דונה מרינה והייתה אשתו של בנקאי ספרדי.
מלינצ'ה בתרבות האירופאית.