בעיית העסקת שכירים בעונות האסיף בחקלאות הדורשות הרבה ידיים עובדות הייתה נקודת מחלוקת בתנועה הקיבוצית ואחרי קום המדינה כשרבתה אבטלת עולי העלייה ההמונית קיבוצים רבים נפתו להעסיק שכירים בתקופת הקציר, התפשרו על עקרון העבודה העצמית של ההתיישבות החקלאית. גורם שני להעסקת שכירים הייתה התעשייה בה כפי שנאמר אומצו נורמות קפיטליסטיות אף לפני קום המדינה. נושא נוסף שעורר מחלוקת רבה מתחילה היה העסקתם של עובדים ערבים זולים, חלקם מומחים בעיסוקים כגון מיון החיטה המשובחת יותר לזרעים: במשמר העמק הועסק בכך כמה חודשים בשנה ערבי מהכפר השכן. מייסדי התנועה הקיבוצית שאפו לגאול את האומה היהודית באמצעות העבודה, ומשום כך התנגדו להעסקתם של ערבים במשימות קשות. במהלך העשור השני של המאה ה-20 קיבוץ דגניה חיפש בנאים יהודים אשר יבנו את בתיהם ללא הצלחה. רק לאחר שלא הצליחו למצוא בנאים יהודים אשר יהיו מוכנים להסתכן במחלת המלריה אשר שררה באזורם החליטו חברי הקיבוץ להעסיק עובדים ערבים.
לא ניתן להבין את הקונפליקט בלי להכניס למשוואה את הארגונים הבין-קיבוציים שמתחילתם העסיקו שכירים ולא קיימו עקרונות קיבוץ, שכן עבודה שכירה היא חלק אינטגרלי של הפרקטיקות הקפיטליסטיות הבלתי-שוויוניות והלא-שיתופיות בחברה הסובבת. כיוון שמהתחלה רבים מהארגונים הללו בראשות מנהיגי התנועה ההתיישבותית אימצו פרקטיקות כאלה, התנגדות המנהיגים לעבודה שכירה הייתה בלתי-אמינה ולכן למשל רוב מנהלי התעשייה הקיבוצית בשנות ה-40 העדיפו לחקות את נוהגיהם ולהתעלם מהטפתם המנוגדת. עוד יותר אבדה למנהיגים האמינות כאשר הוקמו בשנות ה-60 למעלה ממאה מפעלים אזוריים שהעסיקו אלפי שכירים בניהול של כאלף חברי קיבוץ. לנוכח אי-אמינות זו נמשכה ואף התגברה ברבים מהקיבוצים העבודה השכירה, אף על פי שמיעוט נכבד מהקיבוצים נמנע ממנה ושגשג לא פחות.
הקיבוצים השתנו באופן ניכר: רק כמחצית מן האנשים המועסקים במערכת הקיבוצית הם חברי הקיבוץ. עד סוף שנות השמונים חלק מהקיבוצים העסיקו עובדים פלסטינים. בתחילת המאה ה-21, העובדים התאילנדים החליפו אותם בעבודות הפיזיות הקשות ביותר בקיבוצים, אך בצידם רבים גם הערבים הישראלים. התאילנדים עובדים במגוון רב של תחומים בחקלאות ובמפעלים בקיבוצים וגם פיליפיניות מטפלות בקשישים בקיבוצים.
בנוסף לענפי הייצור, קיבוצים רבים החלו לעבור גם לענפי תיירות ומתן שירותים. בקיבוץ חצרים ובקיבוץ נחשולים ישנם אפילו משרדי עורכי דין. קיבוצים רבים מכילים חדרים להשכרה - יש המיועדים לקבוצות תלמידים בטיולי בתי ספר, אך רובם מיועדים לטיילים ובחלק מהקיבוצים יש גם מלונות יוקרתיים.
הקיבוצים השקיעו כסף רב בתאגידים בין-קיבוציים לסיפוק שירותים המחייבים גודל והשקיעו גם כספים רבים בשוק המניות מאז עליית הליכוד לשלטון. תאגידים אלה סבלו בחלקם ממגלומניה של מנהלים שמטרתם הייתה להתחזק כדי למנוע רוטציה מתפקידיהם, ובצירוף משברי מניות הבנקים והבורסה ב-1983–1984 ותוכנית הייצוב הכלכלי ב-1985 שהעלתה את הריבית הריאלית ל-230% נקלעה התנועה הקיבוצית למשבר של חובות כבדים שתפחו במהירות בשל ההלוואות הצמודות אותם לקחו התאגידים והקיבוצים ובשל מדיניות השקעות בהקמת קיבוצים בלתי-אחראית של הנהגת התק"מ, כמתואר לעיל בסעיף "כלכלה". בעקבות המשבר והתמוטטות רבים מהתאגידים רוב הקיבוצים פנו מאורח החיים השיתופי להפרטה שחיסלה את השוויון וצמצמה מאוד את הדמוקרטיה, ורבים מחבריהם הוחלפו בשכירים משפנו לעבוד מחוץ לקיבוץ; האחרונים נדרשים להעביר אחוז מסוים מן ההכנסות שלהם לקופה הקיבוצית המשותפת לשם קיום הערבות ההדדית בין החברים, אולם הקיבוץ מצידו לא פעם נכשל מלדאוג לצרכים המיוחדים של עובדי-החוץ, דבר שגורם לתסכולם והתמרמרותם, בעוד אחרים שלא נפגעו מכך מתנתקים מחיי הקיבוץ.
בני קיבוצים צעירים מועסקים כשכירים בקיבוצים אחרים, במסגרת יציאה לעצמאות כלכלית במסגרת הקיבוצים המופרטים. (ערך מורחב: במב"ח).
תנועות קיבוציות.
לקיבוצים שלוש תנועות:
כמו כן, קיימת חלוקה בין הקיבוצים על-פי סיווג גרעיני ההתיישבות הראשונים בהם, ובעיקר על פי תנועות הנוער אליהם השתייכו גרעינים אלו. התנועות העיקריות הן הנוער העובד והלומד, השומר הצעיר, המחנות העולים, בני עקיבא והצופים.
קיבוצים רבים הוקמו או הושלמו על ידי בוגרי תנועות נוער ציוניות מחוץ לארץ.
סוגי קיבוצים.
בעקבות שינויים בקיבוצים רבים ובעקבות בג"ץ הקרקעות של הקשת הדמוקרטית המזרחית נדרשה המדינה להגדיר מחדש מהו קיבוץ כדי לקבוע גבולות להטבות שניתנו לקיבוצים על פי חוק. ההגדרה החוקית המחודשת ניתנה לקיבוץ על ידי משרד התמ"ת ב-12 בדצמבר 2005 (בתקנות סיווג הקיבוצים). על פי סיווג זה ישנם שלושה סוגים של קיבוצים:
באמצע שנות ה-90 החלו בתנועה הקיבוצית שינויים ביחסי הקיבוץ וחבריו. השינויים הם בעיקר בשלושה ממדים - פרנסה, צריכה ובעלות על נכסים. המשבר הכלכלי בקיבוצים הביא חברים בקיבוצים רבים לדיעה שיש להקטין את השיתוף בשלושת הממדים ולהגדיל את אחריות האישית של החברים לגביהם.
הרעיון של "כל אחד לפי יכולתו - לכל אחד לפי צרכיו, בהתאם ליכולת הקיבוץ" הוחלף ברמות שונות של גמול (שכר), לפי ההשתכרות של כל חבר, באחריות גדולה יותר של החבר על צריכתו - הפרטת מוצרי הצריכה והשירותים השונים, הניתנים לחבר תמורת תשלום. החינוך, הבריאות והסיעוד לא הופרטו לחלוטין ברוב הקיבוצים.
הנכסים הקבועים שהאחריות עליהם הועברה לחברים בקיבוצים מתחדשים הם דירות המגורים וקרנות הפנסיה שלהם.
הבעלות על דירות המגורים, ברוב הקיבוצים, היא של האגודות השיתופיות החתומות על הסכמי החכירה של הקרקע עם רשות מקרקעי ישראל. מאמצי העברת הבעלות (שיוך דירות) לחברים נמשכים בקיבוצים רבים. קיבוצים ספורים השלימו את התהליך.
קרנות הפנסיה של החברים הצעירים הן באחריותם. הקיבוצים אחראים על תשלומי הפנסיה לחברים ותיקים שלא נצברה לזכותם פנסיה אישית. לפי החלטת רשמת האגודות השיתופיות גובה הפנסיה לא יקטן מ-40% מהשכר הממוצע במשק כהגדרתו בחוק הביטוח הלאומי.
תהליך השינוי בקיבוצים נמשך עד היום. כמאתיים קיבוצים נוהגים כקיבוצים מתחדשים. יש גיוון רב במודלים של היחסים בין הקיבוץ והחברים. המודל הנפוץ נקרא "רשת ביטחון". במודל זה השכר של החברים מעבודתם נכנס לקופת הקיבוץ, שם מנוכים ממנו המיסים הקבועים והדיפרנציאליים (לפי גובה השכר) והיתרה עוברת לחשבון החבר. חברים שמשתכרים סכום הנמוך ממה שהוגדר כ"רשת ביטחון" מקבלים השלמה.
בסקר שנערך בתחילת 2011 נמצא כי 193 קיבוצים (73%) מגדירים עצמם כ"קיבוץ מתחדש", 62 קיבוצים (23%) מגדירים עצמם כ"קיבוץ שיתופי" ו-9 קיבוצים (3%) מתנהלים על פי "מודל משולב".
סוג נוסף של קיבוצים, אשר לא זכה עדיין להגדרה חוקית נפרדת, הוא "קיבוצי המחנכים" החל משנות ה-90, תנועות הבוגרים של תנועות הנוער מקימות קיבוצים (עירוניים או כפריים), בהם חיים החברים הבוגרים של דרור ישראל, קבוצות הבחירה, השומר הצעיר, המחנות העולים. מרבית חבריהם של "קיבוצי המחנכים" עוסקים בחינוך, כמשימה קיבוצית. קיבוצים אלה מנסים גם לקשר בין תשתיתם הכלכלית לבין משימתם החינוכית, על ידי יצירת משרות חינוכיות והחזקתן וכן, יצירת קואפרטיבים חינוכיים. בין קיבוצים אלה ניתן למנות את רביד (ראשון קיבוצי המחנכים) ואשבל, השייכים לתנועת דרור ישראל, נעמ"ה (בוגרי קבוצות הבחירה), פלך (השומר הצעיר), נערן (המחנות העולים) וכן קיבוצי מחנכים עירוניים בעכו, תל אביב וירושלים.
חלק מהקיבוצים של תנועות הבוגרים מתנהלים גם באופן של "קיבוץ קבוצות" כלומר קיבוצים שהם התאגדות של מספר קומונות, כשלכל קומונה יש אוטונומיה מסוימת, אולם הקומונות מקיימות קשרים פנימיים בתוך הקיבוץ.
סוגיות משפטיות.
לאורך השנים, קיבוצים אחדים היו מעורבים בהליכים משפטיים הקשורים למעמדם כקיבוצים. קיבוץ גליל ים, ליד הרצליה, עתר לבית המשפט בעניין הליכי ההפרטה בקיבוץ. בשנת 1999, שמונה מחברי קיבוץ בית אורן, עתרו לבית המשפט הגבוה לצדק בבקשה להורות לרשם האגודות השיתופיות לצורך הסרת הרישום של בית אורן כקיבוץ ושבמקום יסווג כקהילה שיתופית מסוג אחר. בעתירה נטען כי הקיבוץ השתנה באופן דרמטי לאורך השנים - סגנון החיים השתנה, קיימים הבדלי שכר, חדר האוכל של הקיבוץ נסגר, ומערכת החינוך ושירותים נוספים נסגרו. לטענת העותרים, בעקבות השינויים הללו בית אורן לא תואם את ההגדרה של קיבוץ לפי החוק וכמו גם לפי עקרון שוויון הצריכה. הנהלת הקיבוץ בתגובה טענה כי היא עדיין שומרת על העקרונות הבסיסיים של קיבוץ, אלא שהשינויים שנעשו היו חיוניים כדי למנוע התמוטטות פיננסית של הקיבוץ ולצורך שיפור המצב הכלכלי של הקיבוץ.
מקרה זה הוביל את הממשלה להקמת ועדה אשר מטרתה להמליץ על הגדרות משפטיות חדשות בעקבות התפתחותם של הקיבוצים בישראל, ולהגיש חוות דעת לגבי הקצאת הדירות בין חברי הקיבוץ. הוועד הגיש דו"ח מפורט בעל שני סיווגים משפטיים חדשים ליישובים אשר מוכרים בראשית המאה ה-21 כקיבוצים.
ההגדרה החוקית המחודשת ניתנה לקיבוץ על ידי משרד התמ"ת ב-15 בדצמבר 2005 (בתקנות סיווג הקיבוצים). על פי סיווג זה ישנם שלושה סוגים של קיבוצים:
הסיווג הראשון אשר נקרא "קיבוץ שיתופי" הוא למעשה הגדרה זהה להגדרה המסורתית של הקיבוץ. הסיווג השני, אשר נקרא "קיבוץ מתחדש", כולל את ההתפתחויות והשינויים באורח החיים, בתנאי שעקרונות השוויון ההדדי הבסיסיים יישמרו. הוועדה המליצה כי במקום ההגדרה המשפטית של הקיבוץ הנוכחי, ייווצרו שלוש הגדרות חדשות, כמפורט להלן: