בראשית המאה ה-21 ישנה במחקר קשת רחבה של דעות לגבי מידת ההיסטוריות של יציאת מצרים בפרט, ושל התורה והמקרא בכלל. הארכאולוג המקראי הישראלי עמיחי מזר הציע לאפיין את קשת הדעות ככזו שתחומה מצד אחד על ידי הקצה ה"מקסימליסטי" ביותר, הכולל מיעוט של חוקרים דתיים, נוצרים ויהודים, שאינם מוכנים לוותר על מעמד הסיפור המקראי ככתבי קודש, או לכל לפחות כתיאור היסטורי אמין. בקצה ה"מינימליסטי" של קשת הדעות נמצא מיעוט חוקרים השוללים כמעט לחלוטין את ערכו ההיסטורי של הסיפור המקראי, וסבורים שהוא בדייה המייצגת בעיקר את עמדותיהם האידאולוגיות של מחברים יהודים לאחר תקופת גלות בבל ואף בתקופה ההלניסטית, כמעט אלף שנה לאחר המאורעות כביכול. בין שני קצוות אלו נמצא "הזרם המרכזי", הכולל את מרביתם של החוקרים בתחום כיום, עם שלל עמדות שונות.
מרבית חוקרי הזרם המרכזי להגדרת מזר מסכימים כיום שסיפור יציאת מצרים הועלה לראשונה על הכתב רק בתקופת בית ראשון, בממלכת יהודה ובממלכת ישראל, ועבר עריכות נוספות בתקופת גלות בבל ולאחריה. אך הם סבורים שהוא קרוב לוודאי משמר מסורות, סיפורים בעל-פה, שירות וטקסים עתיקים יותר, ואף מן האלף ה-2 לפנה"ס. כל החוקרים מסכימים שלא נמצאה עד היום במצריים, במדבר סיני או בארץ-ישראל, ראייה ארכאולוגית משמעותית לסיפור היציאה, ואף לא נמצאה לו עדות היסטורית בלתי-תלויה בצורת תעודה כתובה בת-זמנו מחוץ למקרא. אך רבים סבורים כי אין בכך כדי לשלול לחלוטין אפשרות ליציאה ממצרים של עבדים עברים, או לכל הפחות עבדים כנענים או קבוצות שמיות אחרות, בסדר גודל צנוע בהרבה מזה המתואר בתורה.
עמיחי מזר עצמו, הממקם את עמדתו האישית בזרם המרכזי, סבור שהארכאולוגיה איננה יכולה לקבל את תיאור יציאת מצרים המקראי כמאורע היסטורי, אלא כ"סאגה לאומית", אך בדומה לחוקרים רבים אחרים מציע אפשרויות על פיהן שורשי הסיפור המקראי מתבססים על זיכרונות של עבדים ממוצא שמי שנמלטו מאזור שפך הנילוס אל כנען במהלך האלף השני לפני הספירה. חוקרי מקרא דוגמת ישראל קנוהל, יגאל בן נון וליאורה רביד סבורים כי אירוע דומה ליציאת מצרים אכן התרחש, אך בקנה מידה קטן בהרבה מהמתואר בסיפור המקראי או באופן אחר (למשל, קבוצות קטנות שחוצות את המדבר לאורך זמן), ובשינויים של מסלול המסע כך שעבר בצפון ישראל או בחצי האי ערב. הארכאולוגים המקראיים ישראל פינקלשטיין וויליאם דיוור ציינו שאין ממצאים ארכאולוגיים המעידים על נדודי שבטים בסיני בתקופת הברונזה המאוחרת, וודאי שלא בהיקף המתואר במקרא, זאת על אף שנערכו באזור חפירות רבות, כולל בתחנות המסע שזיהוין בטוח למדי: קדש ברנע ועציון גבר.
שיקול נוסף במחקר הוא המחסור בממצאים ארכאולוגיים בארץ ישראל לאירוע המתואר במקרא 40 שנה לאחר יציאת מצרים: כיבוש הארץ בראשות יהושע בן נון לפי ספר יהושע. בעקבות ארכאולוגים כאברהם פאוסט, ויליאם דיוור וישראל פינקלשטיין מסכימים מרבית החוקרים כיום שעם ישראל התגבש בעיקר מתוך הכנענים שישבו בארץ או בעבר הירדן, וסיבות שונות גרמו להבדלת האוכלוסייה הזו משאר האוכלוסייה הכנענית המקומית. בהתאם לכך סבורים דיוור, פאוסט, קנוהל, בן-נון ואחרים שרק חלק קטן מבני-ישראל - לפי הצעה נפוצה בני שבט לוי בלבד - יצאו ממצרים.
גישה מקובלת כיום בחקר יציאת מצרים היא גישת ההיסטוריה התרבותית או "היסטוריה של הזיכרון" (mnemohistory). לפי גישה זו, אפילו אם יציאת מצרים איננה אירוע היסטורי, ניתן לנסות לשחזר את ההיסטוריה של התגבשות הסיפור המקראי. חוקרים רבים מסכימים לפחות על חלק ממרכיבי התגבשות זו:
תהליכים אלו ואחרים הובילו, לפי גישה זו, להתגבשות סיפר לאומי, דתי וחברתי, שבו יציאת מצרים ממלאת תפקיד מרכזי בהסברת מקורם של עם ישראל והדת היהודית. סיפר זה קיבל משנה משמעות כאשר היה מקור עידוד לגולי ממלכת יהודה בגלות בבל ובשיבת ציון.
מספר היוצאים ממצרים.
התיאור המקראי בדבר גודלו של העם מונה כשש מאות אלף גברים "מבן עשרים שנה ומעלה כל יוצא-צבא בישראל" (במדבר א, ג), ומתוספת נשים וילדים ניתן להסיק מספר של כמה מיליונים. כמעט כל החוקרים כיום מסכימים שמספר כזה גדול בהרבה מכדי להיות מציאותי. חוקרי המקרא הישראלים משה דוד קאסוטו, אברהם מלמט ושמואל אפרים לוינשטם הציעו להסביר מספר זה כמספר טיפולוגי. הגזמות גדולות במספריהם של עמים וצבאות נפוצות בתעודות עתיקות מן המזרח התיכון. בפועל, אזור הדלתא של הנילוס, או ארץ ישראל כולה, לא היו מסוגלים לכלכל אוכלוסייה של כמה מיליונים בתקופה זו. ארכאולוגים מודרניים אומדים את אוכלוסיית העיר הכנענית הגדולה ביותר חצור בפחות מ-40 אלף נפש, ואת עוצמת הצבא המצרי בשיא כוחו בתקופת בכ-20 אלף חיילים בלבד, ולפיכך מסקנתם שהחששות שמביעים בני-ישראל בסיפור המקראי מן המצרים והכנענים אינם מציאותיים.
פרשני המקרא המסורתיים פרשו את המספרים במקרא כפשוטם כשישים ריבוא, ואף הוסיפו עליהם ערב רב. במדרשי האגדה מקובל כי שבעים היורדים למצרים עם יעקב ונשותיהם התרבו למיליונים בתוך פרק זמן של 210 שנים, ריבוי טבעי מהיר (כ-4%-5% לשנה) שאיננו מוכר בעולם העתיק. לפי פרשנות זו המקרא עצמו מציג את הריבוי המהיר כעניין יוצא דופן, בפסוק: "ובני ישראל פרו וַיִּשְׁרְצוּ וירבו ויעצמו במאוד מאוד ותמלא הארץ אותם" (שמות א, ז), וגם חז"ל ציינו כי "יש אומרים (שנשות ישראל היו יולדות) שישה בכרס אחד".
מקורות מצריים עתיקים.
במקורות המצריים לא נמצא ממצא שתומך מפורשות באירוע יציאת מצרים, אך ישנם מקורות מצריים שנטען כי הם עוסקים באירועים או במיתוסים הקשורים ליציאת מצרים. ביניהם:
תארוך מסורתי.
במסורת היהודית.
לפי , יציאת מצרים חלה ב-2448 לבריאת העולם במניין לאדם הראשון, שהיא שנת ב'תמ"ט במניין הנהוג ושנת 1312 לפנה"ס. חשבון השנים הוא לפי מדרש סדר עולם, המונה בפרק א': מאדם עד המבול 1656 שנה + מן המבול עד הפלגה 340 שנה - אבינו אברהם היה בפלגה בן 48 שנה + אברהם אבינו היה בשעה שנדבר עמו בין הבתרים בן 70 שנה + 430 שנה עד יציאת מצרים. או בדרך אחרת: מן המבול ועד שנולד יצחק 392 שנה + 400 שנה מלידת יצחק עד יציאת מצרים (60 עד שנולדו עשו ויעקב + 130 עד ירידת יעקב למצרים + 210 שהיו במצרים).
במסורת השומרונית.
מניין השנים השומרוני מתחיל בכניסה לארץ המובטחת, 40 שנה לאחר יציאת מצרים. לפי המסורת שמבטא לוח זה, יציאת מצרים ארעה באביב שנת 1679 לפנה"ס.
תארוך במחקר.
הסיפור המקראי אינו נוקב בשמו של פרעה מלך מצרים המנסה למנוע את יציאת בני ישראל, וגם לא בשמו של המלך הקודם "אשר לא ידע את יוסף", ולפיכך לא ברור לאיזו תקופה בהיסטוריה הארוכה מאוד של מצרים העתיקה הוא משייך את היציאה. עוד בעת העתיקה (ראו לעיל: "הגרסה המצרית-יוונית ליציאת מצרים"), ועד היום במאה ה-21, דנים היסטוריונים, חוקרי מקרא, ארכאולוגים ואגיפטולוגים בשאלה מתי ובזמנו של מי מהפרעונים התרחשה, אם בכלל, יציאת מצרים:
מגוון השערות ותאריכים נוספים, קדומים יותר ומאוחרים יותר, הוצעו על ידי היסטוריונים בעת העתיקה ועד ימינו, אך נדירים מאוד במחקר המודרני. קושי משותף לכל התאריכים הקדומים למאה ה-13 הוא שהמקרא אינו מזכיר את שלטון האימפריה המצרית בכנען במאות 12-15 לפנה"ס, והמקורות המצריים אינם מזכירים את קיומו של עם ישראל בכנען עד כתובת מרנפתח בסוף המאה ה-13 (למעט פסלון "דום ברלין 21687" שפרשנותו מוטלת בספק). יש חוקרים המזהים לפחות חלק מן העפירו, כנופיות פורעי-חוק הנזכרות למשל במכתבי אל-עמארנה מן המאה ה-14 לפנה"ס, עם "עברים", ואולם קשה למצוא התאמה כלשהי בין שמות שליטים כנעניים רבים הנזכרים במכתבי אל-עמארנה לבין אלו הנזכרים בספרי יהושע ושופטים. בין התאריכים המוקדמים:
תאריכי יציאת מצרים המאוחרים למאה ה-13 יוצרים קושי עם אזכור "ישראל" בכנען בכתובת מרנפתח, אך ניתן ליישב קושי זה באותן השערות לפיהן לפחות חלק מעם ישראל התגבש בכנען או בעבר הירדן עוד לפני יציאת מצרים, או ללא יציאה כלל:
גישה חלופית לתארוך היא גישה לפיה יציאת מצרים לא היה אירוע שהתקיים במועד אחד מסוים, אלא סדרה מתמשכת של אירועי הגירות קטנות היקף ממצרים לכנען, לאורך זמן ממושך.
עדויות עקיפות.
בתעודות מצריות מהמאה ה-14 לפנה"ס מוזכר קדג'רדי שהיה ראש קבוצה או שבט כנעני בשם "איסרו" שיש המזהים אותו עם שבט אשר, על פי התעודות ישב השבט באזור החוף הצפוני של ישראל של היום. האיסרו מוזכרים גם בפפירוס אנאסטאזי א כבעלי ברית של מצרים בהנהגת רעמסס השני והתחייבו להסגיר מורדים לשלטון המצרי. בהנחה שאכן מדובר בשבט אשר המוכר לנו, ישבו כבר לפחות חלק משבטי ישראל בארץ במאה ה-14 לפנה"ס ויציאת מצרים חלה לפני כן.
רמז עקיף אפשרי נוסף לתיארוך יציאת מצרים הוא פסלון ארכאולוגי הקרוי בשם קוד "דום ברלין 21687", אשר מתוארך למאה 13 או 14 לפנה"ס. על גבי חפץ זה מפורטים עמים אשר הכניע פרעה מהממלכה החדשה במסעו לארץ כנען, כאשר אחת הכתובות חצי מחוקה. לפי אחת הפרשנויות של הכתובת המשוחזרת "ישראל" מפורטת כאחד העמים בארץ כנען ביחד עם אשקלון וכנען. הכתובת המשוחזרת ב"דום ברלין" כמתייחסת לישראל כתובה בכתב חרטומים שונה במעט מזה המשמש באסטלת ישראל, ועל כן אין ודאות ששתיהן מתייחסות לישראל, או רק אחת מהן או אף אחת מהן. אם אכן ישראל כתובה ב"דום ברלין", הרי יציאת מצרים, אם התרחשה, יש לתארך אותה כיציאת מצרים מוקדמת (המאה ה-15 לפנה"ס או לפני כן).