בשנת 1948 נבחר אייזנהאואר לנשיא אוניברסיטת קולומביה, אוניברסיטה פרטית בניו יורק. תקופת נשיאותו של אייזנהאואר באוניברסיטה תוארה כבלתי מתאימה לאף אחד מן הצדדים. במהלך השנה הוציא אייזנהאואר לאור ספר זיכרונות בשם "מסע לשחרור אירופה". הביקורות שנכתבו על הספר החשיבו אותו כאחד מספרי הזיכרונות הצבאיים המשובחים ביותר, והוא זכה להצלחה כלכלית גדולה. רווחיו של אייזנהאואר על הספר גדלו באופן ניכר לאחר החלטה חסרת תקדים של מחלקת האוצר של ארצות הברית כי הוא איננו סופר מקצועי ולפיכך הוא נדרש לשלם שיעורי מס נמוכים יחסית; החלטה זו חסכה לו כ-400 אלף דולר.
במהלך תקופת נשיאותו באוניברסיטת קולומביה היה פעיל אייזנהאואר במועצה ליחסי חוץ (CFR) ועמד בראש קבוצת מחקר שניתחה את ההשפעות הצבאיות והפוליטיות של תוכנית מרשל, וכן הקים את האספה האמריקנית שהייתה "חזונו של אייזנהאואר בדבר מרכז תרבותי אדיר שבו מנהיגים מתחומים שונים יוכלו להיפגש מעת לעת ולדון ולהסיק מסקנות בנוגע לבעיות הפוליטיות והחברתיות". אחד מכותבי הביוגרפיה עליו, בלנץ' קוק, הציע שתקופה זו היוותה את "החינוך הפוליטי של הגנרל אייזנהאואר". בנוסף, בתקופה זו נחשף אייזנהאואר לניתוחים כלכליים שונים שהיוו את היסוד להבנותיו במדיניות הכלכלית לאחר מכן.
אייזנהאואר הסכים לכהן כנשיא האוניברסיטה כדי לקדם את הדמוקרטיה בעזרת החינוך. בתוך כמה חודשים, התבקש לייעץ למזכיר ההגנה של ארצות הברית, ג'יימס פורסטל, בנוגע לאיחוד הזרועות הצבאיות. ביולי 1949 לקח חופש מהמשרה.
אייזנהאואר, כאיש צבא, לא נחשב לאדם שמתאים לאקדמיה. המרצים לא ממש חיבבו אותו.
הקשרים שהשיג במהלך כהונתו כנשיא האקדמיה סייעו לו בהשגת המועמדות הרפובליקנית לנשיאות. חברי הפקולטה הליברליים פחות חיבבו את קשריו עם אנשי עסקים.
כנשיא קולומביה, הביע את תמיכתו בדמוקרטיה האמריקנית. בדצמבר 1950 סירבו לקבל את התפטרותו כשהחליט לעזוב ולכהן כמפקד העליון של נאט"ו וניתן לו פיקוד על הכוחות באירופה. ב-31 במאי 1952, פרש משירות פעיל וחזר לקולומביה. הוא נשאר בתפקיד עד 20 בינואר 1953, כשהחל לכהן כנשיא.
נאט"ו לא זכתה לתמיכה בין מפלגתית גדולה בקונגרס בתקופתו של אייזנהאואר. הוא ייעץ למדינות האירופאיות להפגין את מחויבותן לנאט"ו ולהקצות חיילים וציוד במקום ארצות הברית.
אייזנהאואר היה התומך הראשי בנאט"ו בפני הקונגרס, יותר מממשל טרומן. באמצע 1951, התמיכה באירופה ובארצות הברית הייתה גבוהה מספיק כדי להעניק לנאט"ו כוח צבאי. אייזנהאואר חשב שנאט"ו תהפוך לברית אירופאית בלבד לאחר שקנדה וארצות הברית יפרשו ממנה כעבור עשור.
המרוץ לנשיאות ארצות הברית 1952.
התקופה שבין 1951 ל-1952 כונתה בפי האמריקנים - "Winter of Discontent" (בתרגום חופשי: החורף העגום). זאת בגלל נקודת הקיפאון אליה הגיעה מלחמת קוריאה, ללא סיום מסתמן בעתיד הקרוב, זאת בנוסף לשחיתות שפשתה בממסד ולבהלה מפני הקומוניזם שזרע ג'וזף מקארתי. היה ברור שהנשיא הארי טרומן, שלא היה פופולרי בעת סיום כהונתו, לא ינסה להיבחר לכהונה נוספת. תנועות לגיוס אייזנהאואר (Draft Eisenhower movements), תנועות שורשיות-פוליטיות אמריקניות ששמו להן למטרה לשכנע אותו לרוץ לנשיאות, צצו כאמור כבר בבחירות לנשיאות של 1948, בעיקר במפלגה הדמוקרטית; אך אייזנהאואר דחה אז את כל ניסיונות השכנוע ואף אמר שהוא שקל להשתמש במילים הדומות להצהרת הסירוב הנודעת של ויליאם שרמן בבחירות 1884, אך בחר שלא לעשות כן מאחר שהוא מאמין שלאף אחד אין את "הזכות להצהיר, באופן גורף וללא הסתייגות, כי יסרב לבצע משימה כלשהי שייתכן ומדינתו תטיל עליו".
ב-1951 הופיעו מחדש תנועות אלה, הן במפלגה הדמוקרטית והן במפלגה הרפובליקנית, שכן אייזנהאואר לא הודיע עד אותה עת על שיוכו הפוליטי. הדמוקרטים ראו בו מועמד שיוכל לסייע להם להמשיך להחזיק בבית הלבן אחרי טרומן; בקוותו כי אייזנהאואר יחליט לרוץ לנשיאות מטעם הדמוקרטים, כתב טרומן לאייזנהאואר בדצמבר 1951: "אני מבקש כי תודיע לי את אשר בכוונתך לעשות", ואייזנהאואר השיב לו: "אינני חש כל חובה לבקש אחר מועמדות פוליטית".
באותה התקופה הצהיר אייזנהאואר על היותו רפובליקני. מושל מדינת ניו יורק תומאס דיואי והסנאטור הנרי קבוט לודג' הבן ממסצ'וסטס ניסו בינתיים לשכנע אותו לרוץ לנשיאות מטעם המפלגה הרפובליקנית. לודג' החל בכך למעלה משנתיים קודם לכינוסה של הוועידה הרפובליקנית הלאומית ביולי 1952, ודיואי הצהיר גם הוא כבר ב-15 באוקטובר 1950 על תמיכתו בגנרל אייזנהאואר.
ב-1947 אמר אייזנהאואר לעורך ה"קנזס סיטי סטאר", רוי א. רוברטס (Roberts), שהיה מעורב בפוליטיקה הרפובליקנית המקומית, שהוא עצמו "רפובליקני קנזסי טוב כמוך". אף על פי שרוברטס חשף את השיחה הזו ב-1951, הציבור האמריקני נותר מסופק לגבי השתייכותו הפוליטית של אייזנהאואר. על אף שהאמין שהוא ינצח את הבחירות ביתר קלות ועם רוב גדול יותר בקונגרס אם ירוץ מטעם הדמוקרטים, סבר אייזנהאואר כי ממשל טרומן היה מושחת וכי הנשיא הבא אחריו יידרש לבצע רפורמות בממשל מבלי שיצטרך להגן על מדיניות קודמיו.
האגף האינטרנציונליסטי במפלגה הרפובליקנית ראה באייזנהאואר אלטרנטיבה למועמד הבדלני, הסנאטור רוברט טאפט, שקודם לפריימריז נחשב בעיני רבים למועמד המוביל. בעוד טאפט הצביע בקונגרס נגד נאט"ו, סבר אייזנהאואר כי על ארצות הברית ובעלי בריתה להתנגד לקומוניזם באמצעות נאט"ו ומאמצי ביטחון קיבוצי אחרים. הוא חשש כי מדיניות החוץ של טאפט, שהתבססה על מדיניות אי ההתערבות, עלולה בלא כוונת מכוון להועיל לברית המועצות במלחמה הקרה. הוא קיווה ליישב את הנושא בטרם יתמנה למפקד העליון של נאט"ו, ובינואר 1951 נפגש עם טאפט בפנטגון והציע לו כי הוא מוכן להצהיר את הצהרת שרמן ולמעשה לדחות כל אפשרות לרוץ לנשיאות בתנאי שטאפט יסכים לתמוך בתפיסת הביטחון הקיבוצי (ובפרט, בנאט"ו) עם אירופה. טאפט סירב. במהלך 1951 המשיכו פוליטיקאים רפובליקנים להביע תמיכה באייזנהאואר, בעוד הדמוקרטים המשיכו לנסות לשכנע אותו כי ביכולתו לנצח בחירות אם ירוץ מטעמם. ב-16 באוקטובר הכריז טאפט על התמודדותו למועמד המפלגה הרפובליקנית לנשיאות. מ-17 בנובמבר היה הסנטור לודג' למנהל הקמפיין עבור התנועה לגיוס אייזנהאואר, אך עדיין בלי אישור מהמועמד אותו ניסה להריץ. בתחילת דצמבר, כשהוא נכנע חלקית מהלחץ הרב שהפעילה עליו התנועה, הסמיך אייזנהאואר את ידידו הקרוב קליפורד רוברטס לארגן קבוצת יועצים קטנה שיפקחו על התנועה ויעדכנו אותו; קבוצה זו הורכבה ממספר מצומצם של ידידים קרובים לו, ביניהם גם אחיו מילטון אייזנהאואר וכן שחקן הגולף הנודע בובי ג'ונס. ככל שתנופתו של טאפט גברה, כך התמעט אי רצונו של אייזנהאואר לרוץ לנשיאות.
לודג' היה ככל הנראה התומך הקולני, האפקטיבי והעקשן ביותר בתנועה, ולאחר מספר חודשים הוא הצליח לשכנע את אייזנהאואר שלכל הפחות לא יתכחש לתנועה; גם ללודג' אמר אייזנהאואר בהמשך כי היה רפובליקני, עובדה אותה חשף לודג' במהלך מסיבת עיתונאים ב-6 בינואר 1952. אייזנהאואר הודיע דרך דוברות הצבא כי לודג' דייק בדבריו, ושאמנם הוא לא יבקש לעזוב את תפקידו בנאט"ו עבור סיבות פוליטיות, אך אם המפלגה הרפובליקנית תטיל עליו "חובה שתתעלה על האחריות הנוכחית" שלו במהלך הוועידה ביולי ותגיש את מועמדותו, הוא ירוץ.
אייזנהאואר וטאפט היו המועמדים המובילים בבירור בבחירות המקדימות. גם המושל ארל וורן מקליפורניה והמושל לשעבר הרולד סטאסן ממינסוטה התמודדו. ב-6 בינואר 1952 הכניסו את שמו של אייזנהאואר להצבעה בפריימריז בניו המפשייר ללא אישורו. הסנאטור הדמוקרטי פול דאגלס אף הציע כי שתי המפלגות יגישו את מועמדותו של אייזנהאואר עם שני סגני נשיא מתמודדים שונים. במשך מספר שבועות לאחר מכן, המשיך אייזנהאואר לדחות כל ניסיון מצד תומכיו לגרום לו להביע את דעותיו בנושאים אקטואליים שונים או לפחות לאשר את מועמדותו. אייזנהאואר כתב לידידיו ולקרוביו בתקופה הזו שהוא מוחמא מהתנועה אך אינו סבור שהיא רחבה כפי שהתקשורת הציגה אותה, ומשפטים כמו "מעולם לא ביקשתי וחשקתי בעמדה פוליטית" נשנים במכתבים אלו. אך שני אירועים שינו את דעתו והוכיחו כי התנועה לגיוסו היא אכן רחבה. ב-11 בפברואר הגיעה אשת העסקים והטייסת המפורסמת ג'קלין קוקרן לפריז כשבאמתחתה סרט ושמו "סרנדה לאייק" ("Serenade to Ike"). מנהיגים מהתנועה לגיוסו, בהם פיליפ יאנג (Young; דקאן בית הספר לכלכלה באוניברסיטת קולומביה) ואיל ההון ג'ון היי ויטני, ערכו כנס ב-8 בפברואר במדיסון סקוור גארדן, וביקשו מקוקרן לטוס לאירופה ולהראות את הצילום לאייזנהאואר ולאשתו; לגארדן, שתפוסתו המרבית כ-16,000 איש, הגיעו לפחות 25,000 איש. הצפייה בסרט פעלה עמוקות על אייזנהאואר וגרמה לו, על פי עדותה של קוקרן, להתרגשות עמוקה. ההוכחה השנייה התקבלה עם היוודע תוצאות הפריימריז בניו המפשייר, ב-11 במרץ. אייזנהאואר הביס את הסנאטור טאפט, שערך קמפיין אינטנסיבי במדינה קודם לכן, עם תוצאה של 50% לאייזנהאואר ו-38% לטאפט. שאר מערכות הבחירות היו די שוויוניות בין טאפט ואייזנהאואר, וכשהצירים התכנסו המירוץ עדיין היה צמוד מדי.
טאפט הוביל את האגף השמרני במפלגה שהתרכז במערב התיכון, ודחה את תוכניות הניו דיל משנות השלושים ותמך במדיניות בדלנית, שהתנגדה לבריתות זרות. טאפט ניסה להיות המועמד מטעם המפלגה ב-1940 וב-1948, אולם פעמיים הובס בידי רפובליקנים מתונים מניו יורק: ונדל וילקי ב-1940 ותומאס דיואי ב-1948. טאפט טען שההפסדים הם בגלל השפעת המפלגה מניו יורק על המפלגה הלאומית.