בתקופת בית שני היו בהר הזיתים כנראה חנויות שמהן היו מספקים לציבור מצרכי קורבן שונים הזקוקים להם לעבודות בית המקדש: .
פרה אדומה.
האתר החשוב ביותר בהר הזיתים ליהודי בן ימי הבית השני היה המקום שבו נערך טקס שרפת הפרה האדומה, המטהר בני אדם מטומאת מת. על פי התורה, יש להוציא את הפרה האדומה אל מחוץ למחנה, לשחוט אותה ולהזות את דמה אל נוכח פני אוהל מועד. הכהן המזה את הדם שורף את הפרה ומשליך לתוך הבעירה עץ ארז ואזוב ותולעת שני. אחרי סיום טקס השרפה אוסף איש טהור את אפר הפרה ומניח מחוץ למחנה במקום טהור.
ב-1975 הציע פרופ' אשר קאופמן לאתר את המקום המדויק שבו שרפו את הפרה האדומה בהר הזיתים בחצר כנסיית דומינוס פלוויט.
חורבן בית המקדש ולאחריו.
בתקופת המרד הגדול הציב טיטוס במחנה שהקים במרומי הר הזיתים את הלגיון העשירי פרטנסיס, שהגיע מיריחו, בנוסף למחנה והמפקדה שהקים בהר הצופים. אחרי התקפה של הנצורים שהגיחו מהעיר על לוחמי הלגיון שהיו עסוקים בבניית המחנה בהר הזיתים, ציווה טיטוס להקים מצודה על ראש הר הזיתים.
גם לאחר חורבן בית המקדש המשיך הר הזיתים למלא תפקיד חשוב בחיים הדתיים, הציבוריים והלאומיים של עם ישראל בארץ ישראל ובתפוצות. בהיות מרומי הר הזיתים ממוקמים נוכח בית המקדש וקודש הקודשים, נחשב ההר מעין "תחליף זמני" להר המוריה בשעה שנאסר על היהודים להיכנס לעיר.
יהודים רבים היו עולים אל ההר, בעיקר בחודש תשרי, ומקיימים בו הקפות בהושענא רבה. ההר נתפס כמקום שבו עמדה השכינה אל מול היכל ה', ולכן הוא המקום הראוי להתפלל בו בימות החגים. על פי המדרש, השכינה גלתה מהר הבית אל הר הזיתים.
הר הזיתים במסורת.
ביהדות.
על פי המדרש, היונה של נח הביאה לו את עלה הזית מהר הזיתים.
אחרית הימים: הנבואה האחרונה בספר זכריה עוסקת ביום הדין שבאחרית הימים. על פי תיאור זה, אלוהים יאסוף את כל הגויים למלחמה על ירושלים. הגויים ילכדו את העיר יהרסו את בתיה ויגלו את חציה לגולה. בשעת שפל זו יצא ה' ויילחם בגויים. רגלי אלוהים יעמדו על הר הזיתים שיבקע, ההר יתבקע צפון-דרום ובין שני חלקיו יוצר גיא ענק: .
הר הזיתים מוזכר כאתר אחרית הימים (בהשפעת חזון זכריה) גם בחיבור צוואת נפתלי (ימי הבית השני): "ובשנת הארבעים לחיי ראיתי חזון על הר הזיתים מקדם לירושלים כי השמש והירח נדמו".
תחיית המתים: בספר מעשה דניאל (המאה ה-10) נזכר הר הזיתים כמקום שבו יתקע אליהו בשופר ויחיה מתים. רעיון תחיית המתים בהר הזיתים נמצא במדרש פסיקתא רבתי (המאה ה-11): "ואלו שבלעו ברבלתה הקב"ה עושה להם מחילים מחילים מלמטן. והם מחלדים בהם עד שהם מגיעים תחת הר הזיתים שבירושלים, והקדוש ברוך הוא עומד עליו והוא נבקע להם והם עולים מתוכו. כמו שזכריה אומר ועמדו רגליו ביום ההוא על הר הזיתים אשר על פני ירושלים מקדם". רעיון גלגול המחילות ותחיית המתים בירושלים אמנם מופיע בתלמוד אך לא בהקשר של הר הזיתים.
בנצרות.
הר הזיתים ואתרים שנקשרו להר הזיתים במסורת הנוצרית מוזכרים בברית החדשה. לבית עניה, כפר יהודי ששכן במקום בתקופת בית שני (אלעזריה של ימינו) במורד המזרחי של הר הזיתים), נקשרו מספר מסורות. שם הקים ישו לתחייה את לזרוס (אלעזר) (הבשורה על-פי יוחנן, פרק יא). המקום נזכרת כמקום שבו לן ישו לפני מאסרו. ובבשורה על פי לוקאס, בית עניה היא מקום עליית ישו השמימה לאחר שקם לתחייה ובילה בקרב תלמידיו 40 יום. על פי מסורת נוצרית מאוחרת יותר, לשם גם ישוב ישו בשנית באחרית הימים.
בית פגי נזכרת במקום שלידו קילל ישו את התאנה חסרת הפרי. ישו ביקש מתלמידיו להביא לו את העיר מבית פגי, והכפר נזכר כמקום שממנו החלה תהלוכת הניצחון של ישו לירושלים (הבשורה על-פי מתי, פרק כא). על הר הזיתים עמד ביתו של שמעון המצורע, המוזכר אף הוא בברית החדשה.
הר הזיתים מתואר במסורת הנוצרית כמקום שבו עמד ישו ובכה על חורבן ירושלים, המקום שבו ניבא את חורבן בית המקדש ואת קץ העולם.
גת שמנים, המזוהה לרגלי הר הזיתים, מוזכרת כמקום שבו העביר ישו את הלילה האחרון לפני מעצרו והמקום שבו נאסר לאחר שבגד בו אחד מתלמידיו, יהודה איש קריות.
על פי תיאורו של קירילוס, ב-351 הופיע בשמי ירושלים צלב זוהר ("הופיע בשמי ירושלים אור גדול שהשתרע בין גבעת הגולגולתא להר הזיתים ונראה לכל תושבי העיר"). אור זה נמשך כמה שעות ועורר התרגשות גדולה בירושלים. מסורת נוצרית מאוחרת מיקמה לרגלי הר הזיתים את מקום קבורתה של מריה, אם ישו. מסורת נוספת הקשורה למריה מתייחסת לאזור שעליו בנוי כיום מלון שבע הקשתות. על פי המסורת, באזור זה, המכונה "האצטבה" או "אל קעדה" (מקום הישיבה), ישבה מרים לנוח כשעשתה את דרכה אל הר הזיתים ובית עניה.
באסלאם.
הר הזיתים לא מוזכר בקוראן. עם התעוררות הלאומיות הערבית בארץ ישראל, נוצרה המסורת שבאחרית הימים יעמדו בהר הזיתים מאזני הצדק לשקילת המעשים הטובים והרעים של בני אדם. הגשר מעל לגיהנום יותקן בין הר הזיתים להר הבית והכול יעברו על הגשר, שחודו כחוד המספרים; הרשעים ייפלו ממנו לגיהנום והצדיקים יעברו אותו בשלום. הגשר יתחיל בעמק א-סאהירה (תקומת נצח), המצוי בין כנסיית וירי-גלילאי לכנסיית העלייה, שם ייאספו הקמים לתחייה ביום הדין. (בימי הביניים נדדה המסורת לאזור שמצפון לשער הפרחים, מעל למערת ירמיהו, שם נמצא כיום בית קברות מוסלמי הנקרא א-סאהירה, ומכאן באב אל-זהירה). שבע הקשתות של בית המלון הירדני לשעבר, אינטרקונטיננטל, רומזות למסורת זו כיוון שהגשר ביום הדין אמור להישען על שבע קשתות.
בית הקברות היהודי בהר הזיתים.
העובדה כי הר הזיתים קרוב לעיר העתיקה של ירושלים והיותו בנוי מסלעים נוחים לחציבה גרמו ליהודים לבחור בהר הזיתים כאתר קבורה כבר בימי בית ראשון (על פי ההלכה היהודית, הקבורה בתוך העיר הייתה אסורה). התקדשות ההר והמסורות שהתפתחו אודותיו גרמו לרצף של קבורה על הר הזיתים הנמשך עד היום.
היהודים נהגו תחילה לקבור את מתיהם במדרון שמתחת להר הבית, אך בלחץ השלטונות הממלוכיים נאלצו כנראה כבר במאה ה-14 להעתיק את מקום הקבורה למורדות הר הזיתים שממול. את מקומו של בית הקברות היהודי על מדרון הר המוריה תפס בית קברות מוסלמי.
במאה ה-19 החל בית הקברות היהודי לקבל צביון עדתי, עם הקמת חלקות קבורה וחברות קדישא נפרדות לבני העדות השונות. עד שנת 1868 בערך היו בתי-הקברות משותפים לכל העדות – ספרדים ואשכנזים. אחר כך נפרדו האשכנזים וקנו חלקת אדמה במעלה ההר לבית קברות מיוחד לאשכנזים. כעבור מספר שנים נפרדו הכוללים השונים וקנו חלקות מיוחדות לבני הכוללים שלהם.
בית העלמין העתיק בהר הזיתים מהווה פנתאון לאומי-יהודי: נטמנו בו לא רק רבנים כי אם גם אנשי רוח (כגון סופרים) ואישי ציבור. עם הדמויות המוכרות שנקברו בהר הזיתים נמנים הרמב"ן, רבי עובדיה מברטנורא, רבי יהודה החסיד, רבי חיים בן עטר, מי שעמד בראש הקהילה התימנית בירושלים והקים בית עלמין לתימנים בהר הזיתים, מארי אברהם אלנדאף, רבי מנחם מנדל משקלוב מייסד הקהילה הפרושית בירושלים, הרב יעקב שאול אלישר, הרב אברהם גרשון מקיטוב גיסו של הבעש"ט, הרב חזקיהו דה-סילווה, הרש"ש גדול המקובלים במאה ה-18, הרב יהודה חי אלקלעי, הבתולה מלודמיר, רבי יהוסף שווארץ, יואל משה סלומון, חוקר ארץ ישראל א"מ לונץ, אליעזר בן-יהודה ובנו איתמר בן-אב"י, בוריס שץ, הרב שמואל סלנט, דוד ילין ומשפחתו בהם אביו יהושע ובנו אליעזר ילין, הנרייטה סאלד, המשוררת אלזה לסקר-שילר, הסופר חיים הזז, פנחס רוטנברג, ליאו מוצקין, יוסף ויץ, ובנו לוחם הפלמ"ח יחיעם ויץ שעל שמו קרוי קיבוץ יחיעם, מאיר פיינשטיין ומשה ברזני, הרב נתן צבי פינקל, ורבים מראשי ישיבת חברון לדורותיה, הרב שמחה זיסל ברוידא, הרב הלל זקס, הרב משה מרדכי אפשטיין, הרב יחזקאל סרנא, הרב משה חברוני, הרב מאיר חדש, האחים אליעזר וישעיהו גולדשמידט, הרב אליהו דוד רבינוביץ תאומים - האדר"ת, וחתנו הרב אברהם יצחק הכהן קוק לצד אביו ובנו הרב צבי יהודה קוק, הרב שלמה גורן, ובסמוך אליו חותנו הרב דוד הכהן המכונה "הרב הנזיר", הרב אליהו אליעזר מישקובסקי, הרב אברהם דוד רוזנטל, הרב זאב דב סלונים, הרב אברהם שפירא, האדמו"ר מגור רבי ישראל אלתר ואחיו רבי שמחה בונים אלתר, ראובן ברקת, החזן יוסל'ה רוזנבלט, השרים חיים משה שפירא, זלמן ארן, זבולון המר ו-מיכאל חזני, ש"י עגנון, אורי צבי גרינברג ולידו ישראל אלדד, חיים הזז, המשוררת זלדה, אהרן צייטלין, דוד שחר, אליעזר ליבנה, מנחם בגין, האדמו"ר הראשון מתולדות אהרן אברהם יצחק קאהן, הרב עדין אבן ישראל שטיינזלץ ועוד.
במהלך הכיבוש הירדני (1948–1967) חולל בית הקברות; רבות ממצבותיו נלקחו והשתמשו בהן כחומרי בניין, בין השאר לבניית מחנה המצבות. נוסף על כך, מלון אינטרקונטיננטל (כיום מלון שבע הקשתות) נבנה בפסגת ההר, בחלקו על-גבי קברים, וכביש "דרך יריחו", שנסלל בשטח בית הקברות, הרס קברים רבים שהיו בתוואי הכביש. לאחר מלחמת ששת הימים שיפץ משרד הדתות את בית הקברות והקבורה במקום חודשה. גם כיום שטחים נרחבים בבית העלמין הרוסים והפגיעה במצבות וקברים עודה נמשכת, כשמשתמשים במצבות לצורך שיפוץ רצפות דירות. במהלך השנים שבהן היה הר הזיתים מחוץ לתחומי מדינת ישראל, הוקם הר המנוחות כבית קברות חליפי לתושבי ירושלים. כיום קשה לקנות חלקת קבר בהר הזיתים, בשל חוסר במקום.
כנסיות על הר הזיתים.
במאות ה-19 וה-20 ידע ההר בנייה אינטנסיבית של כנסיות ומנזרים. לתהליך זה תרמו קדושתו הרבה של ההר במסורת הנוצרית והנוף הנשקף ממנו.
הכנסיות החשובות על הר הזיתים:
אוגוסטה ויקטוריה.