ב-18 ביוני השתחררו ממעצרם אברהם שטרן (יאיר) וחברי מפקדה אחרים שנותרו במעצר אחרי שחרור רזיאל, ונוצר קרע גלוי בינם לבין הנהגת האצ"ל והצה"ר. הנושאים השנויים במחלוקת היו סוגיית כפיפות המחתרת להנהגה פוליטית גלויה, ושאלת המאבק בבריטים. רזיאל פרש שוב מתפקידו, ובמקומו נבחר שטרן לראשות המפקדה. אנשי בית"ר והצה"ר קיבלו את המינוי החדש במורת רוח מפני שראו בו ערעור על סמכותו של ז'בוטינסקי - בעוד רזיאל היה נאמן לחלוטין לז'בוטינסקי, שטרן הקים בעבר את תאי האצ"ל החשאיים בפולין ללא ידיעתו של ז'בוטינסקי ובניגוד להשקפתו, ובנוסף תמך בהפקעת הארגון מהתנועה הרוויזיוניסטית המדינית. ועד המורשים של התנועה הרוויזיוניסטית לחץ על רזיאל לחזור לתפקידו, והוא נענה לבסוף. ז'בוטינסקי כתב מכתבים לרזיאל ולשטרן שהופצו בסניפי האצ"ל ובקרב חבריו. אל רזיאל כתב:
ואילו אל שטרן נשלח מברק ובו פקודה לציית לרזיאל אשר מונה מחדש, אולם אירועים אלה לא מנעו את פילוגו של הארגון. חשדנות וחוסר אמון נזרעו בין החברים שהתפלגו בנאמנותם. מתוך האצ"ל נוצר בחודש יולי ארגון חדש שנקרא בתחילה "הארגון הצבאי הלאומי בישראל" (לעומת "אצ"ל בארץ ישראל"), ובהמשך קיבל את השם "לח"י". מות ז'בוטינסקי ב-3 באוגוסט 1940 לא עצר את הפילוג, וב-14 באוגוסט הפסיק רזיאל את המשא ומתן עם אנשי שטרן.
מותו של רזיאל וארגון "עם לוחם".
אחת מפעולות האצ"ל בשירות מלחמתה של בריטניה יועדה לחבלה נגד כוחות פרו-נאציים בעיראק. אל הפעולה יצאו בין היתר דוד רזיאל, מפקד הארגון, יעקב סיקא אהרוני ויעקב מרידור. ב-20 במאי 1941, בהפצצת מטוסים גרמניים בשדה התעופה חבניה באזור בגדאד, נהרג דוד רזיאל.
נפילתו של מפקד הארגון הייתה מכה קשה, שהצטרפה לפילוג ולפטירת ז'בוטינסקי.
מנהיגות האצ"ל החדשה, בראשותו של יעקב מרידור, השתמשה בהפוגת הפעילות לשם שיקום הארגון ששותק מהמכות שנחתו עליו. באותה תקופה גם חלה התקרבות בין מחנה האצ"ל למחנה הסוכנות. נחתמה "הצעת הסכם על תוכנית פעולה ציונית לתקופת המלחמה וועידת השלום", אולם דרישתו הבלתי מתפשרת של דוד בן-גוריון, יושב ראש הנהלת הסוכנות היהודית, כי האצ"ל יקבל את מרותה של הסוכנות וסרובו הנחרץ של האצ"ל לקבל את מרות המוסדות הנבחרים של היישוב טרפדו את המהלך.
בשורות האצ"ל ובשורות "ההגנה" רבו הדעות המצדדות בהתנגדות לשלטון הבריטים. במשך כל ימי מלחמת העולם, על אף שהיישוב היהודי ניצב לצד בעלות הברית והוציא מקרבו מתנדבים למלחמה, לא פסקו הבריטים מאכיפה נוקשה של מדיניות הספר הלבן. נוספו על כך טרגדיות כמו התקלה המבצעית של ההגנה שהביאה לטביעת "פאטריה", על 216 מבין כ-1,800 המעפילים שעל סיפונה, שאותם התכוונו הבריטים לגרש למאוריציוס, גירוש 1,584 מעפילים באנייה "אטלאנטיק", וטביעתה של "סטרומה" על 769 מעפיליה. בסוף 1943, התארגנה קבוצה בה היו חברים יחדיו אנשים מההגנה ומהאצ"ל, במטרה להקים גוף לוחם מאוחד, ללא שיוך מפלגתי, בשם "עם לוחם". תוכניתו הראשונה של הגוף היה חטיפת הנציב העליון וגירושו לקפריסין. אולם "ההגנה" חשפה את ההתארגנות מתוכה, והתוכנית סוכלה על ידי המחתרות בעודה באיבה. עם זאת שלב זה הביא את האצ"ל לחדול משיתוף פעולה עם הבריטים. אליהו לנקין סיפר בספרו: "מיד עם הכישלון של עם לוחם החלו במפקדת האצ"ל הדיונים המעשיים על הכרזת המלחמה".
כישלון הפעולה גם הביא את מרידור להחלטה לוותר על תפקידו כמפקד הארגון.
המאבק בבריטים מ-1944 עד תום מלחמת העולם.
התמנות בגין למפקד והכרזת המרד.
נקודת מפנה בתולדות האצ"ל הייתה הגעתו לארץ ישראל של מנחם בגין, שהיה נציב בית"ר בפולין, ואחת הדמויות הבולטות במחנה הרוויזיוניסטי.
בגין הגיע לארץ ישראל כחייל בצבא אנדרס, שחנה בארץ בדרכו מברית המועצות דרך פרס לחזית באירופה.
עם הגיעו, במקביל לשרותו הצבאי במפקדת צבא אנדרס, השתלב בגין במפקדת האצ"ל, והוצע לו לעמוד בראש הארגון. יוזמה זו הייתה בין היתר של המפקד המכהן, יעקב מרידור. אולם בגין סירב להתמנות לתפקיד כל עוד לא שוחרר מהצבא, והארגון המשיך לדשדש בתקופת ביניים. שחרור בגין מצבא אנדרס הגיע בסוף שנת 1943. הוא קיבל את הפיקוד על הארגון, וגיבש מפקדה חדשה בה כיהנו מרידור כסגנו, וכן אריה בן-אליעזר, אליהו לנקין ושלמה לב עמי.
עוד בפולין היה בגין מראשי המחנה האקטיביסטי בתנועה הרוויזיוניסטית, שהתנגד לקו הפרו-בריטי. העברת הפיקוד על האצ"ל לידיו נעלה סופית את התקופה הפרו-בריטית של האצ"ל, והביאה לתחילת "המרד" נגד השלטון הבריטי בארץ. ב-1 בפברואר 1944 פרסם האצ"ל את כרוז "הכרזת המרד". המסמך פותח בפרטים לפיהם עמדו כל התנועות הציוניות לימין בעלות הברית ולמעלה מ-25,000 יהודים התגייסו לשורות צבא בריטניה. תקווה להקים צבא עברי התבדתה. באותו הזמן עמדו ערביי המזרח התיכון לצדה של גרמניה. יהדות אירופה אותה עת הייתה כלואה והחלה מחוסלת אולם בריטניה לא אפשרה פעולות הצלה. סעיפי העובדות במסמך מסתיימים במילים:
לאחר מכן מכריז המסמך כי מבחינת האצ"ל תמה שביתת הנשק מול הבריטים וכי מעתה נפתחת מולו מלחמה. המסמך ממשיך בדרישה למסירת השלטון על ארץ ישראל לידי "ממשלה עברית זמנית", שתקיים עשרה סעיפים, בהם פינוי המוני של יהדות אירופה, כריתת בריתות עם כל מדינה שתכיר בריבונות של המדינה העברית (ובכלל זה בריטניה), הבטחת צדק סוציאלי לתושביה והענקת שוויון זכויות מלא לאוכלוסייה הערבית.
תחילת המאבק בבריטים.
האצ"ל פתח את המערכה כששורותיו חלשות - הארגון מנה רק קרוב ל-1,000 אנשים, מתוכם כ-200 לוחמים בלבד. גם אמצעי הלחימה היו מעטים. הארגון עבר ארגון מחדש וחולק לחטיבות שונות: ח"ק - חיל קרב - עיקר הכוח הקרבי של הארגון, הים - יחידות מחץ, דלק - מודיעין הארגון, חת"מ - חיל תעמולה מהפכני, אחראי על הפצת ההסברה, ח"ת - חטיבת תכנון. הארגון כולו שקע במחתרתיות עמוקה יותר, ובייחוד מפקדיו החלו להחליף מקומות מגורים וזהויות. בגין, לדוגמה, אימץ בחלק מהזמן זהות של רב ("ישראל ססובר"), וכן נקרא לפרקים בשמות כגון "בן זאב", "ד"ר קניגסהופר" ואחרים.
הארגון פתח בהתקפות על סמלי השלטון הבריטי, בניסיון לפגוע בתפקוד השלטון כמו גם ביוקרתו, תוך שמירת הכלל שהציב לעצמו - הימנעות מטרור אישי וניסיון שלא לפגוע בחיי אדם. התקפה ראשונה התבצעה ב-12 בפברואר 1944 על משרדי העלייה הממשלתיים שסמלו בעיני היישוב את גזרות העלייה. ההתקפות התבצעו במוצאי שבת, כאשר המבנים ריקים, במשרדי שלוש הערים הגדולות - ירושלים, תל אביב וחיפה. ב-27 בפברואר פוצצו משרדי מס הכנסה בשלוש הערים, אותם הגדיר הארגון "המכשיר הראשי לניצול הפועל והאזרח העברי על ידי ממשלת הבגידה". גם התקפה זו בוצעה במוצאי שבת. אזהרות מוקדמות פורסמו בקרבת הבניינים.
עיריית תל אביב קבעה לוחית זיכרון על בניין בנק ישראל ברחוב נחלת בנימין 69 שנבנה על הריסות בניין מס ההכנסה המנדטורי שנהרס על ידי האצ"ל.
ב-23 במרץ הותקף המטה הארצי של הבולשת במגרש הרוסים וחלק ממנו פוצץ. פעולות האצ"ל בחודשים הראשונים גונו בחריפות על ידי הנהגת היישוב המאורגן והסוכנות היהודית, שראו בהן מעשי פרובוקציה מסוכנים. באותו זמן גם החל הלח"י לחדש את התקפותיו על הבריטים. האצ"ל המשיך לתקוף את מטות הבולשת, תחנות משטרה ומצודות טגארט, לעיתים תוך קרבות ירי עם אנשי המשטרה. פעולה מורכבת יחסית הייתה השתלטות של חמש יחידות לוחמות על תחנת השידור הממשלתית ברמאללה ב-17 במאי. פעולה סמלית הייתה פרסום אזהרות לשוטרים בריטיים לבל יגיעו לרחבת הכותל המערבי במהלך יום הכיפורים. לדברי יהודה לפידות, איש האצ"ל, לראשונה מאז תחילת שלטונם, לא הגיעו שוטרים בריטיים אל הרחבה ולא מנעו כבעבר מהיהודים את תקיעת השופר המסורתית. במוצאי יום הכיפורים התקיף האצ"ל ארבע תחנות משטרה במרכזי יישוב ערביים. כדי להשיג נשק יזם הארגון פעולות "החרמה" - השתלטות על מוקדי נשק בריטיים והברחתם לידיו.
מנחם בגין הביא את דעתו בספרו "המרד" אודות פעולות אלה:
כמו כן העריכה באותו זמן מפקדת הארגון "ביישוב כולו שוררת ההרגשה, כי התוצאה הישירה ממלחמתנו היא מניעת מאורעות מצד הערבים".
באותה תקופה גם ניתק הארגון את קשריו עם ההסתדרות הציונית החדשה והמפלגה הרוויזיוניסטית כדי שלא לכרוך גורלות עם ארגונים גלויים וחוקיים. סיבה נוספת לנתק היו חילוקי הדעות בין הארגון שנקט עתה במדיניות אנטי בריטית מפורשת, לבין הארגונים הרוויזיוניסטים הפוליטיים, שעדיין נקטו ברובם בקו פרו-בריטי כל עוד המלחמה באירופה נמשכת.
גולי המחתרות.
באוקטובר 1944 החלו הבריטים בגירוש מאות אנשי אצ"ל ולח"י עצורים אל מחנות מעצר באפריקה. 251 עצורים מלטרון הוטסו ב-19 באוקטובר ב-13 מטוסים צבאיים אל מחנה עצורים באסמרה שבאריתריאה (באותם ימים חלק מאתיופיה). בהמשך הגיעו אחד עשר משלוחי מגורשים נוספים של גולי אצ"ל ולח"י. עד שהוחזרו הגולים לישראל, ביולי 1948, נעשו ניסיונות בריחה מן המחנות. הניסיונות אמנם הצליחו ביציאה מתחומי גדרות המחנה אולם רק תשעה בורחים הצליחו הלכה למעשה להשלים את בריחתם במלואה ולחזור לפעילות במחתרותיהם. מן הבולטים היה יעקב מרידור שברח תשע פעמים ממחנות המעצר עד שהצליח להגיע לאירופה באפריל 1948 (על כך כתב בספרו "ארוכה הדרך לחירות"). לאורך תקופת המעצר יזמו הגולים מעשי התמרדות נגד נוהלי המחנות ושביתות רעב.
הסזון.