בשנות ה-50 וה-60 ההקרנה של סרטי הנפשה בבתי הקולנוע בישראל הייתה מוגבלת מאוד. אלה היו בעיקר סרטי דיסני מסוימים וסרטי הנפשה אומנותיים יותר, בודדים, ששגרירויות מסוימות השאילו לבתי הקולנוע. גם בפסטיבלי הקולנוע שהתקיימו בישראל משנות ה-50 ואילך לא הוקרנה אנימציה. בהיעדר השפעות רבות, רוב היוצרים למעשה נאלצו להמציא מחדש את האנימציה, כמעט ללא קשר עם ההתפתחויות בעולם – לא עם "תור הזהב" של הקרטוּן ההוליוודי ולא עם הפריחה של האנימציה כאמנות אישית.
גם בתקופה זו האנימציה הישראלית התבססה בעיקר על כישרון וידע של עולים חדשים ומהגרים, ביניהם יורם גרוס, יוסף באו וברק שקין, שהביאו את הידע והניסיון שלהם מלימודים או עבודה באירופה, וחלקם גם נחשפו להשפעות רבות ומתקדמות יותר.
יורם גרוס
יורם גרוס, יליד פולין, שרד את השואה, השתלב בתעשיית הקולנוע הפולנית, ועבד בין היתר לצדו של הדוקומנטריסט ההולנדי הנודע יוריס איוואנס . ב-1950 עלה לישראל עם אחיו נתן, מחלוצי הקולנוע הישראלי. בשל ניסיונו הקולנועי, גויס עם ליחידת הסרטה בצה"ל ולאחר שחרורו החל לעבוד כצלם חדשות בשירות "יומני כרמל". במקביל רכש מצלמה ישנה שאפשרה לו להתחיל ליצור סרטי אנימציה קצרים וניסיוניים.
בשנות החמישים סיפק הסטודיו של יורם גרוס כמעט את כל האנימציה המסחרית בישראל, כאשר לצידו אשתו אלינה, שהייתה מעצבת תפאורות תיאטרון בולטת. לצד פרסומות, סרטי תדמית, שירות והדרכה, יצר יורם גרוס גם מספר סרטים אישיים אמנותיים. על סרטים אלה כתב דוד גרינברג בהתלהבות בכתב העת שערך, "אמנות הקולנוע" (1957–1963) והוא אף סייע במימון לפחות אחד מהם: "שיר ללא מילים". הסרט זכה באחד הפרסים החשובים בפסטיבל לסרטים ניסיוניים בבלגיה בשנת 1958. גם סרטים נוספים של גרוס זכו בפרסים שונים בפסטיבלי הקולנוע שהתקיימו באותן שנים וזאת על אף שיצר את סרטיו כמעט ללא תקציב, באמצעים מאולתרים ובתנאים קשים. למשל, את הפילם בעצמו הוא היה מפתח בעצמו, באמבטיה ביתית.
בשנת 1962 התקיימה בתל אביב הקרנת הבכורה החגיגית לסרט בעל החלומות, אותו יצר גרוס עם אחיו שכתב את התסריט, ואשתו שביימה יחד איתו. הסרט הוא בעל חשיבות היסטורית מיוחדת משום שמדובר לא רק בסרט האנימציה הראשון באורך מלא שנוצר בישראל, אלא במזרח התיכון כולו. הסרט שנוצר בטכניקת סטופ-מושן, מתבסס על הסיפור התנ"כי של יוסף ואחיו. הסרט השתתף באותה שנה בתחרות הרשמית בפסטיבל קאן והוקרן בפסטיבל סרטים תנ"כיים בווינה.
על אף ההישג ההיסטורי בעצם קיומו של הסרט והצלחתו בפסטיבלים, בישראל הוא לא נהנה מהצלחה מסחרית והקרנותיו בבתי הקולנוע נמשכו זמן קצר בלבד. כישלון קופתי זה הביא את גרוס לחובות גדולים ובסופו של דבר גם לעזיבתו את הארץ בשנת 1968 לטובת אוסטרליה, שם המשיך ליצור סדרות וסרטי אנימציה (16 מהם באורך מלא) אשר זכו להצלחה רבה.
יוסף באו
יוסף באו היה צייר, סופר ומאייר שעלה לישראל מפולין אחרי מלחמת העולם השנייה. בישראל עשה באו כותרות, קטעי אנימציה, פתיחים, וכמה תשדירי פרסומת שהופיעו בטלוויזיה דוגמת "מזון לשעת חירום", "הכן רכבך לחורף", "שיטת הניקוד פועלת" ועוד. באו יצר גם סרט אנימציה קצר ואישי אחד – "מתנה" (1972).
ברק שקין
ברק שקין עלה לישראל בגיל 15 מצרפת, התגייס ולחם במלחמת העצמאות. בשנת 1954 חזר לצרפת, קנה מסרטה ולמד קולנוע באופן מעשי, תוך עבודה מסחרית באולפני אנימציה מרכזיים בפריז. כאשר חזר לישראל ב-1959 נתקל לדבריו ביחס עוין מצד אולפני האנימציה הקיימים. הבדל משמעותי בין שקין לבין יוצרים אחרים באותה תקופה, מלבד היותו צעיר יותר, הוא ההשפעות השונות מאלה שאיתן הגיעו היוצרים ממזרח אירופה. שקין נחשף ליצירה מונפשת בצרפת, בסביבה בה ניתן היה לצפות באנימציה מסוגים רבים ומגוונים. בסרטיו ניתן לראות למשל השפעות של האולפן המהפכני UPA שפעל בניו יורק והתמקד בעיצוב גרפי מודרני ובתנועה קצבית על חשבון הריאליזם הקישוטי של דיסני למשל. בסך הכל יצר שבקין בישראל כ-350 סרטים קצרים (חלקם קולנוע מצולם וחלקם סרטי אנימציה).
שנות ה-70 וה-80.
בתקופה זו בפתחה ישראל כולה והיצירה המונפשת הישראלית בפרט, לעולם ואיתו להשפעות בינלאומיות. שידורי הטלוויזיה שהחלו בתקופה זו, לצד המוני המתנדבים שהגיעו לישראל והירידה במחירי טיסות תרמו לעניין זה.
בסוף שנות ה-60 ותחילת שנות ה-70 החלה התעניינות גוברת באנימציה, הן כבידור והן כאמנות ועל פי חוקר האנימציה, צביקה אורן ניתן לזקוף זאת לטובת מספר גורמים:
בנוסף פעלו בישראל באותה תקופה מספר אנימטורים זרים שהגיעו כמתנדבים וביניהם ניתן למצוא אנימטורים ואנימטוריות מארצות הברית וקנדה שעבדו על הסרט "אורות" (סרט אנימציה בן 25 דקות שנוצר ב-1983) והאנימטור הדרום קוריאני שהגיע מארצות הברית - סו איל לי המכונה "בוטש" שביים פרסומות אנימציה רבות.
סרט האנימציה הישראלי השני באורך מלא נוצר גם הוא באותה תקופה: יער אמלש הקסום (1974). בדומה ל"בעל החלומות", הסרט נוצר בטכניקת סטופ-מושן על ידי שלמה סוריאנו וסם דובינר. הסרט לא הוקרן בישראל בשנת יצירתו, אבל ייצג את ישראל בתחרות הרשמית בפסטיבל הסרטים הבינלאומי בברלין. הוא זכה להקרנת בכורה ישראלית במדיטק חולון, רק בשנת 2011.
לימודי אנימציה.
במהלך שנות ה-70 וה-80 החלה לראשונה בישראל התמקצעות ולימודי הנפשה. ישראלים רבים יצאו להשתלמויות ולימודים מחוץ לישראל דבר שהשפיע ופיתח מאוד את יצירתם, אך תרם גם להתפתחות האנימציה הישראלית בכלל.
טוביה קורץ, מאייר שנסע לניו יורק ללימודי אנימציה, מילא עם שובו תפקיד מרכזי ביצירת אנימציה לטלוויזיה החינוכית, לפרסומות, לסרטי הדרכה ובסיוע ליוצרים צעירים. בדומה לו, גם דודו שליטא, חבר קיבוץ עין גדי, למד אנימציה בארצות הברית ועם שובו לישראל ב-1977 פתח אולפן הפקות בקיבוצו. באולפן זה נוצרו תשדירי שירות, וסרטים חינוכיים עצמאיים. ב-1987 עבר שליטא לגוש דן והקים את "אולפני אנימה".
המוסד היחיד שהציע קורסי אנימציה בישראל היה "המכללה לאמנויות הטלוויזיה", שהוקמה בתל אביב עם תחילת שידורי הטלוויזיה. צבי נדב, מנהל המחלקה לגרפיקה בטלוויזיה החינוכית, ניהל את קורסי הגרפיקה והאנימציה לטלוויזיה.
בשנת 1971 הוקמה היחידה לאנימציה בבצלאל, שבמשך 26 שנים נוהלה על ידי יצחק יורש שהוזמן לתפקיד אחרי שנה כראש המחלקה לשירותי אמנות בטלוויזיה הכללית.
החל מסוף שנות ה-70 ולתוך שנות ה-80 הלכו והתרבו אפשריות לימודי האנימציה בישראל ומסגרות לימוד רבות נפתחו, לצד הקמת מסלולי לימוד במוסדות קיימים. בין אלה ניתן למנות למשל את לימודי האנימציה במחלקת הקולנוע בבית-צבי, במוזיאון תל אביב, בוויצו חיפה ובמקומות רבים נוספים. עם זאת, בודדים בלבד מבין המאות שלמדו במסגרות אלה המשיכו לעסוק באנימציה. חלקם השתלבו באולפנים של הטלוויזיה בישראל, אחרים עברו לחו"ל או עבדו לבד על סרטיהם. אחד הבולטים מהם הוא גיל אלקבץ שסרט הגמר של לימודיו בבצלאל זיכה אותו בפרס ראשון, משותף, על סרט ביכורים בפסטיבל האנימציה החשוב אנסי ב-1984.
ראשית ההתאגדות.
בשנת 1977 הוקם לראשונה איגוד ישראלי לאנימציה שבשיאו מנה מעל ל-100 חברים. ב-1985 נוסד גם הסניף הישראלי של אסיפ"א - האגודה הבין-לאומית לסרטי הנפשה.
שנות ה-90.
בתקופה זו המשיכה ההנפשה הישראלית לגדול בכמותה ולהתפתח באיכותה ולצד אלו גם החל תיעוד טוב יותר של האנימציה הישראלית. תיעוד זה נעשה בעיקרו ב-42 ידיעונים שהוציא הסניף הישראלי של אסיפ"א בין השנים 1991–1997.
עשור זה התאפיין בעלייתה של הטלוויזיה המסחרית, בגלי עליה ממזרח אירופה שהביאו לישראל יוצרים חדשים רבים, ובהתפתחות המחשבים והווידאו שהשפיעו רבות על היצירה המונפשת ברחבי העולם בכלל ובישראל בפרט. הודות לכל הגורמים הללו נפתחו סטודיואים נוספים ורבים ליצירת הנפשה כאשר חלק יצרו בעיקר עבודות מסחריות, דוגמת פרסומות, ואחרים עסקו גם ביצירת סרטים מקוריים וסדרות לטלוויזיה.
במהלך שנות ה-90 יוצא לאור גם סרט האנימציה הישראלי באורך מלא השלישי "הרפתקאות שלומיאל" (1995) של הבמאי הישראלי, בוגר בצלאל, חנן קמינסקי.
שנות ה-2000.
עם השנים מסלולי לימודים רבים נסגרו ונפתחו אחרים במקומם, לצד מסלולים שדווקא הרחיבו את פעילותם.
נכון ל-2022, ניתן ללמוד אנימציה במספר מוסדות לימוד אקדמיים וביניהם: בצלאל (הן במסגרת המחלקה לאמנויות המסך והן במסגרת מחלקות נוספות), המכללה האקדמית ספיר, מנשר (מסלול שאינו בהכרח אקדמי), ויצו חיפה (במסגרת המחלקה לתקשורת חזותית), המכון הטכנולוגי חולון (במסגרת המחלקה לתקשורת חזותית), אוניברסיטת תל אביב (המסלול למדיה דיגיטלית) והמכללה האקדמית תל חי. לצד אלה קיימים מסלולים מעשיים שאינם אקדמיים וקורסים רבים ברחבי הארץ.
גם אולפנים וסטודיואים רבים נסגרו במהלך השנים ואחרים קמו במקומם. ישנם עשרות רבות של סטודיואים בגדלים וסגנונות שונים, כאשר הקטנים שבהם מורכבים מעובדים בודדים והגדולים מעשרות ואף למעלה מ-100 עובדים (למשל סטודיו סנובול העוסק בעיקר באנימציית תלת מימד ממוחשבת). בנוסף לאלו ניתן גם למצוא עשרות רבות של עובדים "פרילנסרים" שאינם עובדים בסטודיו קבוע או על פרויקטי אנימציה קבועים, אלא בהפקות מזדמנות או בפיתוח ויצירה של סרטים עצמאיים.
בשנות האלפיים הופקו בישראל מאות רבות של סרטים קצרים שרבים מהם אף זכו להצלחה בפסטיבלים ברחבי העולם, וכן מספר סרטים באורך מלא: