ההרצאות עוררו עניין רב, אבל גם ביקורת חריפה מצד הממונה מטעם הכנסייה ז'אן קאטילינה (Jean Catilinet) הפרנציסקני. ההתנגדות נבעה מכך שבהרצאותיו רומם אגריפה את הרעיונות הקבליים שלשמות ולמילים בעברית יש יכולת להביא לאחדות בין האדם והאל. בזמן הרצאה בבגנט כינה אותו קאטילינה "כופר מתייהד". אחרי זמן מה עזב אגריפה את דול ונסע לאנגליה.
עוד בהיותו בדול פרסם אגריפה חיבור בשם "בשבחי המין הנשי ("Declamatio de nobilitate et praecellentia foeminei sexus"). הנושאים בחיבור כוללים הישגים היסטוריים של נשים, ביקורת על השכלתן ונושאים אחרים. אחד הנושאים הוא שנשים הן לא מושחתות ולכן השחיתות במדינה ובכנסייה היא בלעדית לגברים.
אגריפה ניסה בחיבור זה לזכות בחיבתה של מרגרט מאוסטריה ודרכה לקבל משרה אקדמית בחצר. הוא לא קיבל את המשרה בשל לחצו של ז'אן קאטילינה שהיה, גם הוא, בעל מעמד נכבד בחצר.
בסוף 1509 חזר אגריפה לקלן ויצר קשרים עם המלומד המפורסם האב יוהנס טריתריוס מהמנזר הבנדיקטיני בשפונהיים. בתקופה בה עבדו ביחד פרסם אגריפה את חיבורו העיקרי בן שלושת הכרכים "De occulta philosophia" שהיה מחקר שיטתי ראשון על תורת הנסתר והמאגיה.
ב-1510 נשלח אגריפה על ידי הקיסר מקסימיליאן I לאנגליה, יחד עם נציגים רבים נוספים, כדי לנסות להשפיע על הנרי השמיני. הוא נבחר בשל שליטתו בשפות רבות (הוא ידע שמונה שפות, ובשש מהן שלט בצורה מלאה). בלונדון שמע אגריפה הרצאות של ההומניסט ג'ון קולט (John Colet) באוניברסיטת אוקספורד על הייחודיות המסתורית בנצרות הפאולינית.
בתחילת 1512 נסע לפאביה ובין השאר הרצה באוניברסיטה שם על פיידרוס של אפלטון. באמצע 1512 נלחם, כקצין, בצבאו של מקסימיליאן הראשון נגד הוונציאנים וזכה בתואר אבירות. ב-1513 ליווה משלחות דיפלומטיות כתאולוג לסינוד בפיזה שבה נבחר ג'ובאני דה מדיצ'י לאפיפיור לאו העשירי. אחרי בחירתו של האפיפיור בוטל החרם שהוטל עליו.
ב-1515 הרצה בפאביה על הרמס טריסמגיסטוס וייחס לו ספרי מאגיה וספרי התגלות שהיו, למעשה, חלקים מהקורפוס הרמטיקום. באותה שנה הוא התחתן בפאביה. לא ידוע שם אשתו.
בפאביה קיבל תואר דוקטור לרפואה ודוקטור למשפטים. ב-1515 כשהצבא הצרפתי כבש את העיר איבד אגריפה את רכושו ונמלט עם אשתו לפיימונטה. ב-1516 כתב את החיבור "על שלוש הדרכים לדעת את האל" ("De triplici ratione cognoscendi Deum").
באותה שנה מת אב המנזר טריתמיוס (Trithemius), שהייתה לו אחת הספריות העשירות ביותר באירופה. ספרייתו מנתה כ-2,000 ספרים. טריתמיוס הוריש חלק מספרייתו לאגריפה.
ב-1518 הגיע למץ ושם כתב את ספרו " על החטא הקדמון" ("De originali peccato"). כאן קנה אגריפה, שעסק גם ברפורמציה, ספרים וכתבים של מרטין לותר, ארסמוס מרוטרדם ואחרים ושלח אותם לחבריו. במץ נבחר על ידי מנהיגי העיר להגן על אישה שהואשמה בכישוף בפני האינקוויזיטור קלאודיוס סאליני (Claudius Salini). ניתן לאגריפה חופש בשיטת ההגנה שלו. הוא הפריך את מה שהקריא האינקוויזיטור מספר פטיש המכשפות והביא לזיכויה של האישה. תוצאות המשפט גרמו לכך שחינו סר בעיני ראשי העיר מץ. על פי המקובל בקרב העם הפשוט: "מי שמצליח לנצח את האינקוויזיציה יכול להיות רק זה שעושה עסקות עם השטן". התחילו להתפשט בעיר שמועות שאגריפה עצמו עובד את כוחות השחור. כך נוצרה האגדה שליוותה את אגריפה בחייו וגם אחריהם.
ב-1520 עזב את מץ ונסע לקלן. שם כתב את החוברת De beatissime Annae monogamia. ביולי, אותה שנה, נפגש עם אולריך פון הוטן. ב-1521 נסע למץ כדי לבקר מכרים ותיקים ושם מתה אשתו. אגריפה נסע עם בנו בן ה-4 לז'נבה ועבד שם כרופא. בסוף 1521 התחתן עם אנה לואיזה טיסי בת ה-18 וממנה נולדו לו שישה ילדים.
ב-1523 עזב אגריפה את ז'נבה, למרות ניסיונות שכנוע להשאירו שם, נסע לפריבור ונעשה שם רופא העיר. הוא העמיק שם במחקרי תורת הנסתר. בפריבור סירב לרשום תרופות יקרות שיעשירו את רוקחי העיר ונתן לעניים תרופות שהוא עצמו רקח ואף טיפל בהם בחינם. בכך הקים עליו את הגילדות של הרוקחים והרופאים המקומיים וביולי 1523 התפטר מתפקידו.
ב-1524 הגיע לליון וקיבל את משרת הרופא האישי של לואיז, נסיכת סבויה, אמו של המלך פרנסואה הראשון. ב-1526 כתב את המאמר Declamatio de sacrameto matrimonii (נאום על שבועת הנישואין).
גם כאן היו לו בעיות. שכרו לא שולם במועד והוא פנה במכתבים לרשויות המס. לואיזה ביקשה ממנו הורוסקופ על בנה פרנסואה הראשון אבל הוא סירב לכתוב אותו בטענה שיש לו דברים חשובים יותר לעשות. במקום זה נתן לה הורוסקופ על מצב העניינים במלחמה נגד הבורבונים ונתן, לפי האסטרולוגיה, את הניצחון לאויב.
כאן סיים את חיבורו De incertitudine et vanitate scientiarum (על חוסר הוודאות והיהירות של המדעים).
ב-1530 קיבל רשות מהקיסר קרל החמישי, אחרי משא ומתן ארוך, להדפיס את שני ספריו העיקריים De incertitudine et vanitate scientiarum ו- De Occulta Philosophia. הספר De incertitudine et vanitate scientiarum הודפס באנטוורפן על ידי קורנליוס גרפאוס (Cornelius Grapheus). הספר התפשט מהר מאוד בקרב המלומדים באירופה. בספר הוא תקף את המצב הדתי והפוליטי של זמנו ובכך תקף ישירות את הכמורה ואת מעמד החצרנים. הוא גם כתב ביקורת עצמית על פעולותיו.
הכמורה הקתולית רצתה להחרים את הספר וראתה בו כפירה ומינות. הקיסר ביקש שיחזור בו, לפחות מהביקורת על הכנסייה והכמורה. אגריפה סירב וכך נאלץ הקיסר להפסיק לשלם לו שכר. בעקבות משפט שנערך במכלן נאסר עליו להדפיס שוב את ספרו. אגריפה שלח עותק ומכתב אישי לארסמוס מרוטרדם. ארסמוס אהב את הספר אבל ביקש מאגריפה להיות יותר זהיר בביקורת שלו. בסוף 1530 עבר אגריפה בבריסל ובתירוץ כלשהו נאסר שם בבית הכלא של בעלי חוב. באותו זמן שרפו פקידי העיר בריסל והמשגיחים מטעם הכנסייה, באופן פומבי, עותקים מהספר De Incertitudine et vanitate scientiarum.
אחרי זמן קצר שחררו אותו מהכלא בתנאי שיעזוב מיד את העיר.
בזמן ששהה במכלן התחתן בפעם השלישית. לא ידוע עם מי.
במאי 1531 גינתה אוניברסיטת סורבון את המהדורה הצרפתית של De Incertitudine et vanitate scientiarum כחיבור רשמי של הכופרים. "החיבור קרוב למינות הלותרנית והוא מבקר, בין השאר, את הכנסייה ולכן צריך למסור אותו לשריפה". ההומניסט לואי דה בֶּרקָן (Louis de Berquin), למרות שהיה תחת הגנת פרנסואה הראשון, מלך צרפת, נאשם על ידי הסורבון ב-1529 והוצא להורג. לכן חיפש לעצמו אגריפה הגנה חדשה ונסע לקלן. הקרדינל לורנצו קַמפֶּג'י (Lorenzo Campeggi) הגן עליו, אולי כדי להניע אותו לכתוב נגד הנרי השמיני בגלל הגירושין שלו.
אגריפה הוא אבי האלפבית השמיימי () שמבוסס על האלפבית העברי ונוצר על מנת לתקשר עם מלאכים.
ב-1532 נפגש אגריפה עם יוהאן פאוסט ההיסטורי. יוהאן ווייר (Johann Weyer), תלמיד של אגריפה כתב ספר בסיסי להגנת הנאשמים בכישוף (De praestigiis daemonum).
ב-18 בפברואר 1535 מת אגריפה בגיל 48 בגרנובל.
המלומד אגריפה מנטסהיים עורר השראה אצל גתה.
קוסמולוגיה ותורת הנפש.
בגיל 23 כתב אגריפה את חיבורו המוקדם De occulta philosophia. הוא הציג בחיבור זה בצורה שיטתית אסטרולוגיה, קבלה, תאולוגיה, העלאה באוב, ניבוי עתידות, אנגלאולוגיה וכתיבת קמעות. הספר עורר סנסציה ונדפס שלוש פעמים באנטוורפן, פריז וקלן ב-1530–1533.
בספר De Occulta philosophia הציג אגריפה תפיסת עולם נאופלאטונית. בחיבור זה הוא מדבר, מצד אחד, על האב, הבן ורוח הקודש ומצד שני מושג האל שלו הוא פלטוני או נכון יותר נאואפלאטוני במובן העתיק (האלילי). משום שאגריפה מדבר על אל שבו מתקיימים כל הדברים כאידיאות. תורת האידיאות קיימת גם אצל הוגים נוצרים כמו אוגוסטינוס. אוגוסטינוס לא תמך במושג "רוח העולם" (Anima mundi). מושג זה מקורו בטימיאוס של אפלטון ונכלל בנאופלאטוניזם של פלוטינוס. הוא ראה את המהויות האלוהיות: ה"אחד", ה"רוח" ו"רוח העולם" כהיררכיות, בניגוד לתפיסת השילוש הנוצרית. בראש ההיררכיה עומד ה"אחד" (האל), ממנו נאצלים כל השאר. ה"אחד" הוא אחדות בעוד שה"רוח" או "רוח העולם" הם דו-חלקיים. התורה של "השילוש" מדברת על שילוש: האל אינו נבדל כל כך מבחינה היררכית כפי שזה במאופלאטוניזם של פלוטינוס. נוסף על כך, האל אינו נתפס על ידי היוונים (אפלטון, פלוטינוס, פרוקלוס, פורפיריוס וכדומה כסובייקט.
מה שמבדיל את אגריפה מהנאופלאטונים בימי הביניים (אוגוסטינוס, אריוגנה וכדומה הוא הרעיון שזורמים ביקום כוחות של הארכיטיפוס. במובן מסוים גם אלוהים "נמצא בעולם". העולם ככוליות יכול להחשב כ"האצלה מן האל". נאופלאטונים אחרים מדברים על בבואה של האל (גם הנוצרים מביניהם). כל עוד ההבדל בין זה לנצרות הוא קטן יכול היה אגריפה להימלט מהאינקוויזיציה. אגריפה מתאר גם פנפסיכיזם וזה מבדיל אותו גם מפלוטינוס וגם מהנאופלאטונים הנוצרים בימי הביניים.
אגריפה בספרות ובפולקלור.
אחרי מותו של אגריפה נפוצו שמועות על כך שהוא היה מזמן שדים. באחד הסיפורים המפורסמים שחרר אגריפה, בהיותו על ערש דוויי, כלב שחור שהיה הרוח המוכרת שלו. כלב זה הופיע שוב באגדות רבות על פאוסט ובגרסה של גתה הוא נעשה הפודל השחור (schwarze Pudel) מפיסטופלס.
אגריפה מוצג כקוסם בספר "הנוסע ביש המזל" (1594) מאת תומאס נאש (Thomas Nashe). הגיבור, בחברת אדונו הרוזן מסרי (Surrey) (גרסה בדיונית של המשורר האנגלי), רואה אותו מבצע להטוטים מאגיים בוויטנברג. אגריפה מתואר גם כאילו נפגש עם תומאס מור ולורד קרומוול והרשים אותם בלמדנותו המופלאה (הנוסע ביש המזל, ספר 4)