הנשיא, שהיה ממוקד בווייטנאם ורצה לשמור על תקציב מאוזן, לא הקדיש זמן לדו"ח. חודש לאחר הפרסום, נרצח ב-4 באפריל 1968, מרטין לותר קינג. הרצח הוביל לעוד גל מהומות ביותר מ-130 ערים במדינה, בעיקר בבולטימור, שיקגו, קנזס סיטי, לואיוויל ובוושינגטון. כעבור כמה ימים, טען ג'ונסון שהיה צורך לצפות למהומו הללו בשל המצב הקשה של השחורים והיחס אליהם בעבר.
מדיניות חוץ.
וייטנאם.
מלחמות הודו-סין התרחשו מאז שיפן פלשה להודו-סין הצרפתית במהלך מלחמת העולם השנייה, וצרפת התקשתה להשיג שליטה במושבותיה לשעבר לאחר המלחמה. כוחות וייט מין הקומוניסטים התנגדו בהצלחה לכיבוש הצרפתי והיפני בווייטנאם, והקימו את צפון וייטנאם הקומוניסטית ב-1954 לאחר הסכמי ז'נבה. מלחמת וייטנאם החלה ב-1955 כשכוחות צפון וייטנאם, בתמיכת ברית המועצות, סין ושאר הממשלות הקומוניסטיות, ניסו לאחד את המדינה ולכבוש את דרום וייטנאם. עם כניסתו לתפקיד, הבהיר ג'ונסון שלא ישנה את תפקידה של ארצות הברית במלחמה. בזמן מותו של קנדי, היו כבר 16,000 אנשי צבא בווייטנאם, שתמכו בממשלת דרום וייטנאם שהייתה דמוקרטית להלכה. עם זאת, במהלך כהונתו של ג'ונסון עלתה המעורבות האמריקנית בווייטנאם, כשכמות החיילים עלתה ל-500,000 עם סוף כהונתו של ג'ונסון. גישתו של ג'ונסון להתערבות (ולאחר מכן, למלחמה) בווייטנאם, נבעה מכך שהאמין בתאוריית הדומינו, שגרסה כי נפילתה של מדינה אחת לידיים קומוניסטיות תגרור בהכרח נפילתן של מדינות נוספות. ג'ונסון היה מחויב לתורת הבלימה שדרשה מאמריקה למנוע כל ניסיון להתפשטות קומוניסטית. ג'ונסון חשש שנפילת וייטנאם תפגע באמינות מפלגתו בנושאי ביטחון לאומי ותפגע ביוזמות הפנים שלו, כפי שנפילת סין ומלחמת קוריאה פגעו בדמוקרטים בשנות החמישים.
תקרית מפרץ טונקין.
באוגוסט 1964 ארעה במפרץ טונקין הסמוך לווייטנאם תקרית ובה משחתת אמריקנית נפגעה מאש שמקורה לא ידוע. ארצות הברית טענה ששתי ספינות טורפדו צפון וייטנאמיות תקפו את המשחתת שהייתה במים בינלאומיים ובמרחק שישים וארבעה קילומטרים מחופי וייטנאם. ג'ונסון לא רצה לערב את וייטנאם במערכת הבחירות, אולם הרגיש צורך להגיב לתוקפנות הווייטנאמית, ולכן קיבל ב-7 באוגוסט מהקונגרס אישור לגיוס חיילים ללא הכרזת מלחמה. ג'ונסון, שהיה נחוש לשפר את תדמיתו בנושאי חוץ, רצה למנוע מעצמו את הביקורת לה זכה טרומן בקוריאה, כשהתערב ללא אישור הקונגרס. התגובה להתקפה החלישה את הביקורות כלפי ג'ונסון מצד תומכי גולדווטר, והקלה על ג'ונסון להשתמש בכוח צבאי רב יותר, למנוע התקפות, ולסייע למדינות חברות SEATO שביקשו עזרה. ג'ונסון הבטיח שמטרת ארצות הברית היא לשמר את העצמאות הדרום וייטנאמית בעזרת תחמושת ויועצים, ולא באמצעות מעורבות אמריקנית ישירה.
בסוף 1964, פקפק ג'ונסון בערך של שמירת כוחות הצבא בווייטנאם, אולם לאחר פגישה עם מזכיר המדינה דין ראסק, ויושב ראש המטות המשולבים מקסוול טיילור, הכריז ג'ונסון על מוכנותו להרחיב את המעורבות האמריקנית כשהזמן יהיה מתאים. בבחירות של 1964, חזר ג'ונסון על רצונו לסייע לווייטנאם אולם להימנע מעוד מלחמת קוריאה; אולם באופן פרטי הוא ידע שלא משנה מה יקרה, המדינה תיאלץ להסתבך בווייטנאם. הוא התמקד בעיקר במדיניות הפנים, והרגיש שיריביו הפוליטיים תומכים במעורבות צבאית בווייטנאם כדי לקחת את המשאבים מהמלחמה בעוני. המצב רק החמיר בסתיו לאחר שכוחות וייט מין תקפו את המשחתות האמריקניות, וגם בסיס חיל אוויר בדרום וייטנאם. ג'ונסון החליט לא להגיב באותה התקופה לאחר שהתברר שהדבר לא ישנה את מצבו בסקרים. בסוף 1964, היו 23,000 חיילים בווייטנאם. ב-1964 נהרגו 1,278 קורבנות אמריקנים במלחמה.
בחורף 65–1964, לחץ הצבא על ג'ונסון להתחיל בהפצצות שימנעו השתלטות קומוניסטית על דרום וייטנאם. בנוסף, רוב הציבור לא רצה לתקוף את הקומוניסטים, כשרק 26%-30% מהציבור התנגדו לתגובה. ג'ונסון שינה את מדיניותו, ותמך בתגובה קשה יותר בינואר, לאחר החלפת הממשל בסייגון. הוא הסכים עם מקג'ורג' באנדי ומקנמארה, שעמידתה של ארצות הברית מהצד תוביל לתבוסה ולנסיגה משפילה. ג'ונסון טען שבלי קשר ליציבות הממשלתית בסייגון, הוא יהיה מוכן לפעול.
ג'ונסון דיבר רבות על הצורך בהסלמה, והאמין כי עם עוד מעט משאבים והשקעת כוחות, הווייטקונג יכנעו. אך למעשה יחס ההרוגים עלה ככל שהיו יותר חיילים אמריקנים בווייטנאם.
המשבר בווייטנאם החריף ב-1965, כאשר מטוסי חיל האוויר האמריקאי החלו להפציץ מטרות בצפון. באנדי הודיע בדו"ח שפעולה מידית בווייטנאם תמנע תבוסה. בנוסף, כוחות הווייטקונג הרגו שמונה יועצים אמריקנים ופצעו עוד עשרות בהתקפה על בסיס חיל אוויר. ג'ונסון לא רצה לפגוע במעמדו בציבור ולא טען שהרחיבו את המאמץ המלחמתי. הוא האמין שבאמצעות הגבלת המידע לציבור ואפילו לקונגרס, יוכל למקסם את גמישותו בנושא. רבים הניחו שההפצצות יגרמו לריסון הווייטקונג, אולם מוסריותה ויציבותה של ממשלת דרום וייטנאם נפגעה קשות.
במרץ, תמך באנדי שכוחות הקרקע יצטרפו ויתגברו את כוחות האוויר. ג'ונסון העלה את מספר חיילי הלוגיסטיקה מ-18,000 ל-20,000, וסיפק עוד חיילים למבצעים. בנוסף, החליף את מטרת הצבא מהגנה להתקפה. עם זאת, הוא המשיך להתעקש לא להציג את המדיניות בפני הציבור.
ב-2 באפריל, נאם ראש ממשלת קנדה, לסטר פירסון, באוניברסיטת טמפל בפילדלפיה. בנאומו הביע את תמיכתו בהפסקת ההפצצות האמריקניות ובמציאת פתרון דיפלומטי. ג'ונסון לא יכול היה לסבול ביקורת על מדיניות החוץ בשטח האמריקני. לפני סיום נאומו, זומן פירסון אל קמפ דייוויד כדי להיפגש עם ג'ונסון למחרת היום. במהלך הפגישה תפס ג'ונסון, שנודע במזגו החם, את פירסון בצווארון, וצעק עליו "שלא תעז לבוא אל הסלון שלי ולהשתין על השטיח."
קובעי המדיניות הראשיים- מקנמארה, וסטמורלנד ובאנדי - נפגשו בהונולולו ב-20 באפריל והסכימו להמליץ בפני ג'ונסון לשלוח עוד 40,000 חיילים אל וייטנאם. באמצע יוני 1965 עמד מספר החיילים בווייטנאם על 82,000 (עלייה של 150%). כעבור שבועיים, הודיע ג'ונסון למנהיגי הקונגרס שהוא דורש עוד 700,000 מיליון דולרים שיסופקו לווייטנאם ולרפובליקה הדומיניקנית, בטענה שכל חבר קונגרס שיתמוך בכך ממשיך במאמץ לבלימת הקומוניסטים. הבקשה אושרה ברוב של 408 לעומת שבעה בקונגרס, ובסנאט ברוב של 88 לעומת שלושה.
ביוני, דיווח השגריר שההפצצות לא השפיעו על צפון וייטנאם, ושהצבא בדרום וייטנאם נמצא בסכנת התמוטטות. הגנרל וסטמורלנד המליץ לנשיא מעט לאחר מכן להעלות את מספר החיילים מ-82,000 ל-175,000. לאחר שהתייעץ עם יועציו, החליט ג'ונסון להכריז במסיבת עיתונאים על הצעד, והודיע שישלח עוד חיילים אם יידרש. ג'ונסון היה בדילמה - בין שליחת אמריקנים למות בווייטנאם ובין כניעה לקומוניסטים. אם ישלח עוד חיילים יסתבך במלחמה זרה, ואם לא, חשש מהדחה. הוא המשיך להתעקש שלא שינה את מדיניותו בנושא. באוקטובר 1965, כבר היו בווייטנאם מעל 200,000 חיילים.
בסוף השנה, לאחר התייעצות עם המטות המשולבים ויועציו, החליט ג'ונסון להגדיל את מספר החיילים ב-15,000 חיילים לחודש במהלך 1966 במקום להעלות אותם בבת אחת, כדי למנוע יחסי ציבור גרועים. במהלך אותה שנה החליט ג'ונסון למצוא פתרון דיפלומטי שיביא לחתימת הסכם שלום, וב-28 בדצמבר נפסקו ההפצצות. אך כל הצעותיו נדחו על ידי הקומוניסטים וההפצצות חודשו בעוצמה ב-31 בינואר 1966.
רוברט קנדי ביקר את החלטתו של ג'ונסון לחזור להפציץ בווייטנאם, וטען שארצות הברית בדרך לאסון גדול. מעט לאחר מכן, ערכה ועדת הסנאט ליחסי חוץ שימועים טלוויזיוניים בנוגע למדיניות בווייטנאם. בחשש מהביקורת, כינס ג'ונסון עוד ועידה בהונולולו, ונכח בה שלושה ימים עם השגריר לודג' והגנרל וסטמורלנד. באפריל 1966, התעודד ג'ונסון מהעובדה שכוחות הווייטקונג ספגו יותר אבדות מהכוחות הדרום וייטנאמיים. אולם בו זמנית, למרות הלחץ על ממשלת דרום וייטנאם לחזק את עמדותיה הפנימיות, הייתה ממשלת דרום וייטנאם פגיעה, ולא רצתה לבצע תהליכי דמוקרטיזציה במדינה.
חוסר הסבלנות כלפי ג'ונסון הלך וגדל. ועדת הסנאט בנושאי הכוחות המזוינים הכריזה שהגיעה הזמן לסיים את המלחמה או לסגת. ג'ונסון טען שיש לספק הרתעה מקסימלית מול התוקפנות הקומוניסטית במחיר מינימלי. בנוסף החל בהפצצות מפעלים בצפון וייטנאם בתקווה להאיץ את הניצחון. ביולי חשף סקר ש-83% מהציבור תומכים בהפצצות. אולם באוגוסט חשפה מחלקת ההגנה שההפצצות לא השפיעו על המלחמה.
לקראת הסתיו, דיווחו מקורות על התקדמות מול הכוחות בצפון וייטנאם. הצדדים לחצו על ג'ונסון להחל בדיוני שלום. אולם הפער מול צפון וייטנאם היה בלתי ניתן לגישור, כשג'ונסון מסרב להפסיק עם ההפצצות ולהסיג את כוחותיו. וסטמורלנד ומקנמארה המליצו על תוכנית להרגעת האזור. ג'ונסון העביר את הנושא להכרעה צבאית באוקטובר. באותה התקופה החל ג'ונסון להצדיק יותר ויותר את הקורבנות במלחמה. הוסכם בין ג'ונסון ובכירי ממשלו לבין הנהגת דרום וייטנאם כי הלחימה תימשך עד לניצחון, ועקב כך הורה להגביר את מעורבותה של ארצות הברית במלחמה, למרות חוסר האהדה בציבור. בשיחה עם דווייט אייזנהאואר ב-3 באוקטובר 1966, טען ג'ונסון שניסה לנצח במלחמה במהירות האפשרית.