יש המשערים כי קיים קשר בין בני ישראל ובין בני מעמד העפירו, המוזכרים בכתבים המצריים. בין היתר הם מוזכרים בפפירוס ליידן 348 כמובילי אבנים בעיר פי-רעמסס בתקופת רעמסס השני (המאה ה-13 לפנה"ס), בדומה לבני ישראל שלפי המקרא בנו את העיר רעמסס.
הסברים מסויגים ליציאת מצרים.
יציאת מצרים ב'גלים'.
יש שהעלו אפשרות שהיציאה ממצרים התקיימה ביותר מ"גל" אחד. היו שחילקו זאת לשבטים "בני רחל" ול"בני לאה", ונחלקו מי יצא לפני מי. הטוענים שבני רחל יצאו מוקדם יותר (כגון אולברייט), מתבססים על הכתוב העמום בדברי הימים ():
פסוק זה פורש על ידי חז"ל, שבני שבט אפרים חישבו את הקץ ויצאו מוקדם מדי, ועל כן הרגו אותם הפלשתים. על בסיס זאת מניחים אותם חוקרים כי נשתמר כאן גרעינה של מסורת על יציאת מצרים כפולה.
התיזה על המסע הכפול נתמכת גם, לדברי אותם חוקרים, על הכפילות והשוני שבין רשימות המסעות השונים. כך, לדברי בנימין מזר הרשימה שבבמדבר לג מייצגת מסע שונה וקדום יותר. עם זאת, רוב הגישות בדבר "המסע הכפול" בוקרו על שאינן מאפשרות זמן מספיק להתנחלות בארץ עד ימי שלמה.
הנחה נוספת היא כי רק שבט אחד, ככל הנראה הכהנים, באו ממצרים, והם אלה שהנחילו לזיכרון ההיסטורי של העם את זכר יציאת מצרים.
התאוריה של ישראל קנוהל.
פרופ' ישראל קנוהל בספרו "מאין באנו", איננו מקבל את הפרשנות המינימלית לתנ"ך, הרואה בו נראטיב מיתולוגי, ללא שום ביסוס היסטורי, ומציג על פי כותרת המשנה של ספרו, ניסיון לפענח את "הצופן הגנטי של התנ"ך", כלומר לענות על שאלות הנוגעות למקורו של העם היהודי, לשורשי אמונתו, ולדרך בה הוא גיבש את חוקיו ומנהגיו.
בהתבססו על התנ"ך עצמו ועל ממצאים ארכאולוגיים, הוא מנסה לקרוא רובד נוסף דרך הכתוב בתנ"ך. והוא טוען כי עם ישראל התגבש במאה ה-12 לפנה"ס, מתוך שלוש קבוצות אתניות קרובות, וספר הספרים מציג שילוב של אמונות שלוש הקבוצות הללו.
בספר מאוחר יותר שלו, "השם", משנה ומוסיף קנוהל פרטים לתאוריה שלו על יציאת מצרים, תוך התבססות על זהות בין מזמורי שירה בתנ"ך - שירת הים, שירת דבורה ומזמור ס"ח בתהילים. לשיטתו של קנוהל, מדובר במלחמה בין שבטים עבריים שמקורם במזרח טורקיה של ימינו, וכוחות מצריים ששלטו בכנען, שנערכה באזור אגם החולה. במהלך הקרב טבעו כוחות מצריים במים, ונלקחו שבויים ("מתנות באדם") למקדש ששכן על הר חרמון, אותו מזהה קנוהל עם הר סיני המוזכר בכתובים. המיתוס התנ"כי של יציאת מצרים התפתח לטענתו בתקופת שלטונם של שלמה ורחבעם, כבסיס לתפיסת השלטון בידי ירבעם בן נבט.
התייחסות של פינקלשטיין וסילברמן.
לדעת ישראל פינקלשטיין וניל אשר סילברמן (בספרם ראשית ישראל), ישנם בטקסטים המקראיים המספרים על יציאת מצרים רמזים לכך שרובם נכתבו רק בעת כתיבת רוב הכתבים הדויטרונומיסטיים, הכוללים את ספר דברים וחלקים ניכרים מכתבי נביאים ראשונים (שופטים, יהושע, שמואל ומלכים), לפי החוקרים רק לקראת סוף ימי בית ראשון, במאות ה-8 וה-7 לפסה"נ. כך, המונח "שרי מיסים" לדוגמה, מוכר גם מן התיאור שבו השתמש הסופר המקראי בבואו לספר על מעשי שלמה כשהטיל "שרי מיסים" על כל השבטים פרט ליהודה; וגם התיאור של החיים בבתי שושלות פרעה תואם לדברי פינקלשטיין וסילברמן את הפרעונים כפי שהם מוצגים בתקופת סוף בית ראשון ולא את הפרעונים של התקופה המיוחסת להם בתורה. לדעתם, העדויות הארכאולוגיות מראות כי עם ישראל התפתח בהדרגה מתוך שבטי כנענים מקומיים ולפיכך סביר שמסורת יציאת מצרים מקורה בזיכרון היסטורי עמום כלשהו מתקופת גירוש החיקסוס ממצרים, במאה ה-16 לפנה"ס, שהשתמר ופותח בידי אוכלוסיית ההר המרכזי במהלך כל תקופת הברונזה המאוחרת. לדעתם, מסורת זו חודשה וזכתה לכתיבה ועריכה מחדש בשלב מאוחר יותר - ובמיוחד על ידי "מציאת" - למעשה זיוף, של ספר תורת משה במהלך תיקוני יאשיהו במאה השביעית לפנה"ס - וזאת על-מנת לשמש כמיתוס מאחד של שבט יהודה עם שבטי הצפון לאחר חורבן ממלכת ישראל. לפי שיטתם, מאחר שרוב הסיפור נכתב ונערך מחדש בתקופה זו, צורפו לו מסורות רבות ואלמנטים מגמתיים רבים, וכן נוספו לו אנכרוניזמים כה רבים, עד שלא ניתן לבודד ולזהות את גרעין הסיפור (או הסיפורים) והאירועים האמיתיים שאולי עמדו בבסיסו ושימשו לו השראה במקור.
ממצאים המחלישים את עמדת קיומה של יציאת מצרים.
על פי שוללי קיומה של יציאת מצרים, צפוי היה למצוא בתיעוד המצרי כתובים או רמזים כלשהם למשבר כה קשה - אובדן פתאומי ודרמטי של כוח עבודה של שש מאות אלף איש במצרים, מוות של כל הבנים הבכורים, שרשרת של אסונות טבע וטביעת הצבא בים. גם אילו ניסה הפרעה של אותה תקופה להשמיד את הראיות לאירועים אלו, שואלים החוקרים, מדוע המלכים אחריו לא תיעדו וסיפרו את אשר התרחש כמה דורות קודם? במצרים התחלפו 30 שושלות, שנהגו לתאר את קודמותיהן באור שלילי, וייתכן שהיו שמחות להאיר את הפרק הזה בתולדות מצרים.
תעודות מצריות ואחרות בנות התקופות הרלוונטיות אינן מעידות על מאורע חריג ויוצא דופן כמו יציאת עם שלם ממצרים. אין זה מפתיע שלא הוקמה "אסטלת הפסד" של פרעה על ניצחון העברים, אך עדיין ציפו החוקרים לתעודה כלשהי שתעיד על האירוע. מתוך מחסור זה בתעודות חיצוניות, ומתוך פקפוק בהיותו של המקרא מקור היסטורי מהימן, יש הסוברים כי יציאת מצרים במתכונתה המתוארת במקרא אינה אלא מיתוס חסר בסיס היסטורי. לדעת רוב חוקרי המקרא, התורה חוברה והועלתה על הכתב בין המאה העשירית לבין המאה הרביעית לפנה"ס - מאות שנים אחרי התארוך המקראי של יציאת מצרים.
בנוסף, יציאת מצרים בהיקפה המקראי מעלה נתונים דמוגרפיים שאינם נראים מציאותיים. בלתי אפשרי לשבעים איש להתרבות לשש מאות אלף בתוך זמן קצר, ובלתי מתקבל על הדעת שעם כה גדול ישרוד וינדוד במדבר במשך ארבעים שנה בלי להשאיר עקבות, ללא נס, שאותו אין המחקר מקבל כהסבר.
התייחסות פינקלשטיין בהקשר לכיבוש כנען.
סיפור יציאת מצרים קשור באופן הדוק עם סיפור הכיבוש של ארץ כנען בידי יהושע בן נון, אשר החוקרים חלוקים לגבי המהימנות שלו. כך למשל הארכאולוג ישראל פינקלשטיין, אשר לאור הממצאים הארכאולוגיים בארץ ישראל עבר מתמיכה מסויגת במהימנות הסיפור המקראי אודות הכיבוש לשלילה גורפת שלו.
התייחסות של הופמן.
על פי פרופ' יאיר הופמן, מסורת יציאת מצרים טופחה בממלכת ישראל כמסורת מכוננת, כאשר בממלכת יהודה טיפחו את זכר שושלת בית דוד. הממלכה הצפונית הייתה מורכבת מעשרה שבטים, ובשל שרשרת של מרידות לא הצליחה מעולם לכונן שושלת רבת דורות והייתה זקוקה למיתוס מלכד, שיהווה דבק לאומי לכל השבטים. את הצורך החברתי הזה מילאה מסורת יציאת מצרים, מסורת המדברת על בחירה ישירה של האל בעמו, לא דרך מלך מתווך כלשהו.
לדברי הופמן, לאחר חורבן ממלכת ישראל ניסו מלכי ירושלים חזקיהו ויאשיהו לקרב אליהם את בני הצפון שלא הוגלו, על ידי אימוץ מסורת יציאת מצרים, שלאחר חורבן שומרון לא סיכנה יותר את מיתוס בית דוד. כך עולה, לדעת הופמן, מספר דברים, מספר ירמיהו ומספר יחזקאל.
הפרעה של יציאת מצרים.
בין החוקרים הדוגלים בכך שהייתה יציאת מצרים בגרסה מסוימת, ישנם חילוקי דעות בדבר תארוכה המדויק. לפי חוקרים רבים, חסם תחתון (כלומר התאריך האחרון האפשרי) לתיארוך יציאת מצרים הוא בערך שנת 1230 לפני הספירה, שכן נתגלתה מצבת ניצחון מצרית מאותו תאריך (אסטלת מרנפתח), המזכירה את ישראל כעם היושב כבר בארץ כנען (באופן אירוני, אומרת המצבת: "ישראל אבד, זרע אין לו"). עם זאת, היו שטענו שאין ללמוד מאסטלה זו, והעלו השערה שמא היא מתייחסת לעם אחר בשם דומה (כגון יזרעאל), או שאולי פרעה ראה בבריחתם של ישראל למדבר את "אובדנם". לשיטתם של האחרונים, התרחשה יציאת מצרים בערך בזמן האמור.
השושלת ה-18.
יעחמס הראשון.
לעיתים מזהים את יעחמס הראשון עם הפרעה של יציאת מצרים - זאת בעיקר מבין אלה שמזהים את החיקסוס עם אבותיהם של מי משבטי ישראל. הרמזים העיקריים המצביעים על היותו הפרעה של יציאת מצרים, לפי שיטה זו, הם:
אמנחותפ הראשון.
יש המצביעים על בנו של יעחמס הראשון, שנקרא אמנחותפ הראשון, כפרעה אפשרי של יציאת מצרים - זאת לאור כך כי גם אמנחותפ היה שותף למאבק נגד החיקסוס. כך ייתכן כי אביו יעחמס הראשון היה "הפרעה שלא ידע את יוסף" ודיכא את בני ישראל (המזוהים עם החיקסוס לפי גישה זו) ואילו אמנחותפ הראשון עצמו היה זה שהתמודד עם מרד העבדים המדוכאים.
אמנחותפ השני.
פרופ' יהודה אליצור משער כי יציאת מצרים אירעה בערך בימי אמנחותפ השני, והנדודים במדבר בימי תחותמס הרביעי. המלכים שלאחר תחותמס, אמנחותפ השלישי והרביעי, לא התעסקו בנעשה בארץ כנען, והותירו את הנעשה שם לידי השליטים המקומיים, מה שמתאים עם התיאור בספר יהושע, שבו לא מוזכרת לחימה במצרים. אליצור תמך את יתדותיו גם במכתבי אל עמארנה, מימי אמנחותפ השלישי והרביעי, שבהם מתלוננים השליטים הכנענים בפני המצריים על פלישת ה"ח'בירו", שלדבריו הם הם העברים, אשר פתחו במסע כיבושים בארץ כנען.
אליצור העלה אף השערה, כי לאור תיארוך זה מובנת מהפכתו של פרעה אח'נאתון (הוא אמנחותפ הרביעי), שנלחם באלילי מצרים והעלה דת חדשה, שבה אל אחד (אל השמש). אח'נאתון היה כמה עשרות שנים לאחר יציאת מצרים (לתיארוכו של אליצור), ואם כן ייתכן שאמונה חדשה זו באה לו מן העברים ומן השפטים שחווה על בשרו מאת אלוהיהם.
השושלת ה-19.
רעמסס השני.
הסברה ה"קונבנציונלית", שכיום כבר פחות מקובלת במחקר, היא שאירועים בבסיס יציאת מצרים התרחשו במאה ה-13 לפני הספירה, בתקופת רעמסס השני, אביו של מרנפתח. סברה זו מבוססת על כמה נקודות, ובהן: