בפועל, מאז הבחירות של שנת 2006 התחזק הכוח הריכוזי שבידי עבאס, ונפגעו המאפיינים הדמוקרטים שהחלה הרשות לאמץ בעשורים שקדמו לכך. עבאס חוזר ומצהיר על נכונותו לחזור ולקיים בחירות, אולם בד בבד, על פי פרסומת בתקשורת הפלסטינית, מאיים במוות על מי שיתמודד ברשימות אופוזיציה בבחירות אלו, במקביל לדיכוי של חופש עיתונות וחופש ביטוי של פעילי זכויות אדם - הנחוצים לקיום הליך דמוקרטי מלא.
היסטוריה פוליטית.
בראש הרשות עמד מאז הקמתה יאסר ערפאת, אשר ב-20 בינואר 1996 נבחר רשמית כנשיא הרשות הפלסטינית (בישראל נהגו להשתמש במונח "ראיס", או יושב-ראש בשביל להימנע מהשימוש במילה המפורשת "נשיא"). ב-19 במרץ 2003 מונה מחמוד עבאס (ידוע גם כאבו מאזן) לראש הממשלה הראשון של הרשות הפלסטינית. הוא התפטר מתפקידו בספטמבר 2003, על רקע קריסת ה"הודנה", הפסקת האש שהוכרזה על ידי ארגוני החמאס והג'יהאד האיסלאמי. עם מותו של ערפאת ב-11 בנובמבר 2004 החליף אותו באופן זמני יושב ראש המועצה המחוקקת רווחי פתוח, אם כי מילא את התפקיד רק באופן רשמי. ב־9 בינואר 2005 נבחר מחמוד עבאס לראשות הרשות ואחמד קריע מונה לראש הממשלה.
ב־25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו בחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית, בחירות שניות לגוף זה מאז הקמת הרשות הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים, שירות המודיעין הישראלי וממשלת ישראל צפו ניצחון דחוק של תנועת הפת"ח. העיתונות דיווחה כי ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות ואף הקלה על מעצרו של מרואן ברגותי והתירה לו להתראיין ולקרוא לאזרחים לבחור, כדי לעצור את ארגון החמאס הנחשב קיצוני יותר. אף על פי כן, ארגון החמאס הפתיע וזכה ברוב גדול. מתוך 132 מושבים, תנועת החמאס קיבלה 76 מושבים לעומת 48 של הפת"ח; החזית העממית לשחרור פלסטין זכתה בשלושה מושבים; קואליציית השמאל "בדיל" (חלופה) זכתה בשני מושבים; מפלגת השמאל "פלסטין העצמאית" בראשות ד"ר מוסטפא ברגותי זכתה בשני מושבים; ו"הדרך השלישית" בראשות שר האוצר הפלסטיני לשעבר, סלאם פיאד, קיבלה שני מושבים גם היא. על אף התחזיות, הבחירות היו שקטות ואושרו על ידי נציגות בינלאומית כדמוקרטיות.
ממשלת חמאס, שסירבה להכיר בישראל, נקלעה למשבר כספי. הפגנות של פעילי פת"ח ושוטרים פלסטינים נגד הלנת שכרם ואי-תשלום משכורתם התפתחו לעימותים אלימים בהם נהרגו פעילי פת"ח ופעילי חמאס. ביולי הסתיימה הפסקת האש בין חמאס לישראל, כאשר מחבלי חמאס וועדות ההתנגדות העממית, חדרו לשטח ישראל, הרגו שני חיילים וחטפו את החייל גלעד שליט. בתגובה פתחה ישראל במבצע גשמי קיץ בו נהרגו למעלה מ-400 פלסטינים, רובם מחבלים חברי תנועת חמאס. במקביל, גברו העימותים האלימים בין פת"ח לחמאס. מגעים להקמת ממשלת אחדות פת"ח-חמאס כשלו ומחמוד עבאס שקל לקיים משאל עם שדרכו קיווה להביא לסופה של הממשלה בראשות חמאס. בעקבות לחץ של ערב הסעודית, נחתם בריאד הסכם לכינון ממשלת אחדות פלסטינית פת"ח-חמא"ס (הסכם מכה), שיצאה אל הפועל לבסוף ב-17 במרץ 2007.
מנגנוני הביטחון.
הסכמי אוסלו ב' שנחתמו בשנת 1995 קבעו שש סוכנויות ביטחון של הרשות הפלסטינית, את הרכבם ואת תפקידיהם. הסוכנויות היו משטרה אזרחית, ביטחון כללי, הביטחון המסכל, מודיעין, המשמר הנשיאותי והגנה אזרחית. אולם, במהרה התפתחו 11 מנגנונים נפרדים, אשר כל אחד מהם היה כפוף ישירות ליאסר ערפאת. האינטרס של ערפאת היה ליצור כפילויות בסמכויות ותחומי פעולה של הארגונים על מנת לעודד תחרות ביניהם ולמנוע היווצרות ארגון דומיננטי מדי שהיה עלול לאיים על מעמדו.
באוגוסט 1996 הודיע ערפאת על כוונה להקים משטרת קמפוסים למניעת התקוממויות של סטודנטים, אולם התנגדות של האוניברסיטאות וחברי המועצה המחוקקת הביאו לזניחת הרעיון. במהלך השנים נע מספר מנגנוני הביטחון בין 10 ליותר מ-15, מרביתם בעלי תחומי אחריות חופפים ואף זהים. הסיבות לריבוי המנגנונים היו בעיקר פוליטיות: כך התאפשר לערפאת לספק תפקידים רשמיים ברשות לנאמניו ולנציגי כוחות פוליטיים, וכן למנוע הצטברות כוח רב מדי בידי מספר קטן של קצינים בכירים. מרבית מנגנוני הביטחון הוקמו על בסיס הקצונה הבכירה של היחידות הצבאיות בפת"ח, שהגיעו עם ערפאת מתוניס עם כניסתו לשטחים.
לקראת סוף חייו של ערפאת ובמהלך שלטונו של מחמוד עבאס בוצעו רפורמות במערך הביטחון, ומספר מנגנונים אוחדו. בנוסף, באופן רשמי הועברו חלק ממנגנוני הביטחון לשליטת משרד הפנים והממשלה עוד בימי ערפאת (לפני כן הייתה השליטה הישירה על כל המנגנונים בידי מוסד הנשיאות).
מאז עליית החמאס לשלטון בראשית 2006 הוחזרו בפועל מרבית המנגנונים לשליטת הנשיאות, והיוו כח משמעותי ביותר לפת"ח במאזן הכוחות שלו מול חמאס. עם זאת, כאשר התרחשה הפיכת החמאס ברצועת עזה ב-2007, המנגנונים נכנעו וברחו כמעט ללא התנגדות והוחלפו באנשי חמאס. לעומת זאת, ביהודה ושומרון עדיין מהווים מנגנוני הביטחון מרכיב חשוב במניעת השתלטות חמאס על האזור, ומאז ההפיכה בעזה ניכרת פעילות פעילה יותר נגד חמאס, הכוללת מעצרים של אנשיו.
התיאום הביטחוני.
התיאום הוא אינטרס הדדי, משום שהוא מסייע לשמירת הסדר והביטחון באזור. בעקבות הסכמי אוסלו החלו סיורים משותפים בין מנגנוני הביטחון הפלסטינים למקביליהם הישראלים. הצדדים קיימו מפגשים משותפים, ימי עיון והשתלמויות משותפות. עם זאת, בשנת 2000 פרצה האינתיפאדה השנייה, שבמהלכה נרצח שוטר מג"ב, פקד יוסף טבג'ה, על ידי שוטר פלסטיני, ועקב זאת בוטלו הסיורים המשותפים. בהמשך, סגר צה"ל בשנת 2002 את משרדי התיאום הביטחוני ביהודה ושומרון.
ביהודה ושומרון מתקיים תיאום ביטחוני שוטף בין גורמי הביטחון הישראליים למנגנוני הביטחון הפלסטיניים. לאחר השתלטות חמאס על רצועת עזה ביוני 2007 הופסק שם לחלוטין התיאום הביטחוני.
למרות הקריאות ברשות הפלסטינית להפסיק את התיאום, יושב ראש הרשות, אבו מאזן, תמך בדרך כלל על שמירתו ואף כינה אותו בשנת 2014 "קדוש" ולפי ראש מנהלת התיאום והקישור של הרשות הפלסטינית, ג'יהאד אל ג'יוסי, במהלך שנת 2015 העבירו מנגנוני הביטחון הפלסטיניים לידי כוחות הביטחון הישראליים 634 אזרחים ישראלים אשר נכנסו ליישובים פלסטיניים ביהודה ושומרון. במאי 2020 הודיע אבו מאזן על הפסקת התיאום הביטחוני עקב כוונת ישראל להמשיך עם "עסקת המאה" של הנשיא טרמאפ ולהחיל ריבונות בשטחים ביהודה ושומרון. הוא חודש בנובמבר על רקע חילופי הממשל בארצות הברית
לפי הערכות בישראל, שיעור הפיגועים שסוכלו בזכות הרשות הפלסטינית הוא כ-20% עד 25%.
מעורבות בטרור.
דו"ח שפרסמה ישראל על פי מסמכים ומידע שנאספו במהלך מבצע חומת מגן קבע כי ערפאת היה מעורב בתכנון פיגועים וכספי הרשות הפלסטינית, כולל כספים שמקורם באיחוד האירופי ובמדינות התורמות, שימשו למימון פעילות טרור. עוד הצביע הדו"ח על כך שסעודיה, סוריה, איראן ועיראק העבירו כסף רב וסיוע אחר לבניית תשתית הטרור ולתמיכה במשפחות של מחבלים מתאבדים. בעקבות הפרסומים פתח האיחוד האירופי בחקירה. מספר חברי מנגנוני הביטחון של הרשות הפלסטינית היו מעורבים בפיגועי טרור נגד ישראל.
ב-23 בפברואר 2015 הרשיע בית המשפט הפדרלי של ארצות הברית את הרשות הפלסטינית באחריות לפיגועי טרור שביצעו מחבלים פלסטינים בזמן האינתיפאדה השנייה וחייב אותה בתשלום פיצויים של מאות מיליוני דולרים לקורבנות הטרור ומשפחותיהם. באוגוסט 2016 הפך בית המשפט לערעורים בניו-יורק את ההחלטה.
בפרסום של השב"כ משנת 2007 נכתב כי מבוקשים פלסטינים מאזור רמאללה ניצלו את מטות מנגנוני הביטחון, כולל המוקטעה, כמקום מסתור מפני צה"ל וכבסיס יציאה וחזרה מפיגועים. מסרים לראשי הרשות הפלסטינית לא הועילו, ובעקבות זאת ערך צה"ל מספר מבצעים למעצר מבוקשים. עוד נכתב בפרסום כי מנגנוני הביטחון הפלסטינים נוהגים להציג מצגי שווא על פעילות סיכול נרחבת ומשמעותית כביכול, כגון אמצעי לחימה מזויפים ומעצרים שלא בוצעו.
עידוד טרור ותמיכה במחבלים.
בשנת 2008 שיבח אבו מאזן את האסירים הביטחוניים היושבים בכלא הישראלי, ובפרט מחבלים שביצועו פיגועים נגד אוכלוסייה אזרחית.
מבט לתקשורת פלסטינית הראו שברשות השידור הפלסטינית מפורסמים לעיתים דברי הלל לשהידים, קליפים המעודדים שהאדה בטלוויזיה ושירים מעודדי שהידים ברדיו הרשמי. הרשות מנציחה מחבלים שביצעו פיגועים קשים: טורניר כדורגל לילדים בני 14 נקרא על שמו של עבד אל-בסט עודה, שביצע את הפיגוע במלון פארק שבו נרצחו 30 ישראלים. על שמה של דלאל מוגרבי, שהובילה את הפיגוע בכביש החוף שבו נרצחו 35 ישראלים, נקראו מחנות קיץ, בתי ספר, טקסי סיום ואירועי ספורט. טהאר חאמד, שצלף ב-10 ישראלים במחסום צה"ל בשנת 2002, זכה בעיתון הרשמי של הרשות לכינוי "גיבור האינתיפאדה" בינואר 2016 פרסם השב"כ שיש להסתה בשידורי הטלוויזיה הפלסטינית השפעה מעודדת טרור.
באמצע 2020, דווח שבספרי הלימוד הפלסטיניים נמחקו כל ההסכמים ושיחות השלום עם ישראל מאז הסכם אוסלו, והוכנסו במקומם תכנים רבים יותר המקדמים ג'יהאד, אלימות ושנאת האחר, מה שהוביל לשלילת כספים ולביקורת מהאו"ם.
תשלומים למחבלים ומשפחותיהם.