משמעות המונח "אתאיסט" והשימוש בו ידעו תמורות במהלך ההיסטוריה. הנוצרים הקדומים למשל, כונו "אתאיסטים" על ידי לא נוצרים בגלל היעדר אמונתם באלילים פגאניים. בתקופת האימפריה הרומית, נוצרים נרדפו והוצאו להורג על דחייתם את האלילים הרומאיים בכלל ופולחן הקיסר בפרט. מאוחר מהשגת השקט היחסי ברדיפות כלפי נוצרים, ומשהנצרות הפכה לדת הרשמית של האימפריה הרומית תחת שלטון תאודוסיוס הראשון בשנת 381, נהפכו היוצרות, וכפירה בנצרות הפכה היא לנרדפת.
ימי הביניים המוקדמים עד הרנסאנס.
הצידוד בהשקפה אתאיסטית היה נדיר באירופה במהלך ימי הביניים בכלל (ראו הערכים אינקוויזיציה והאינקוויזיציה הספרדית) עיסוק בעל אופי נוצרי בדת, מטאפיזיקה, ותאולוגיה היה בראש מעיני הפילוסופים ובכלל. היו אמנם קבוצות שקידמו תפיסות הטרודוקסיות (לא מקובלות) של האל הנוצרי, שבדיעבד תרמו להתפתחות האתאיזם, כמו השקפות שונות על התנהלות הטבע, טרנסנדנטאליות, ותפיסות הכרתיות לגבי אלוהות, דוגמאות לפרטים וקבוצות כאלה הם יוהאן סקוטוס, דוד מדינאנט (David of Dinant), ואמאלריק מבנה (Amalric of Bena), וכן אחוות הרוח החופשית. אלו ראו את התפיסה הנוצרית כפנתאיסטית. ניקולאס קוזאנוס החזיק בעמדה פידאיסטית (לפיה האמונה הדתית נפרדת מההיגיון) אותה כינה "docta ignorantia" (בורות נלמדת), ובכך הניח שאלוהים או מושג האלוהות הוא מחוץ לקטגוריזציה האנושית והידע עליו כעיקרון כפוף להשערה.
הגותו של הנזיר ויליאם איש אוקאם, שטען שתכלית שמיימית אינה אמורה להיתפש על ידי האינטואיציה או הרציונל האנושי, קידמה את המחשבה האנטי-מטאפיזית. תערו של אוקאם, עיקרון לפיו כאשר יש כמה הסברים לתופעה עלינו להעדיף את הפשוט מביניהם, הפך בהדרגה לרעיון מרכזי במחשבה האתאיסטית. מאוחר יותר דנו פילוסופים והוגים אחרים, כגון ג'ון ויקליף, יאן הוס ומרטין לותר, בשאלת ההבדל בין חשיבה רציונלית לבין חשיבה דתית..
בתקופת הרנסאנס התרחבה החשיבה החופשית והחקירה הסקפטית הפכה שגרתית יותר, בפרט ככל שהתגבשו יסודות המדע (בעיקר מדעי הטבע). אינדיבידואלים כמו לאונרדו דה וינצ'י ראו בניסוי המדעי אמצעי לחקר המציאות כשלעצמה, והתנגדו לטיעונים מצד הממסד הדתי). מבקרים אחרים של הכנסייה והדת בזמן זה היו למשל ניקולו מקיאוולי, בונוונטור דה פרייה (Bonaventure des Périers), ופרנסואה רבלה.
התקופה המודרנית המוקדמת.
בעידן הרנסאנס ובעת הרפורמציה הפרוטסטנטית נצפתה תחיה של להט דתי, והדבר ניכר בהיווסדם של מסדרים, אגודות דתיות, ואף "התחזקות" בקרב הציבור הקתולי. כמו כן, בקרב הפרוטסטנטים עלו זרמים דתיים קפדניים כגון הקלוויניסטים. תקופה זו של התפלגות דתית שימשה מצע ליריבות קבוצתית ולעיסוק כללי יותר בפילוסופיה ותאולוגיה, הטומן בחובו התעוררות מאוחרת יותר של סקפטיות וביקורת על העולם הדתי.
ביקורת הנצרות הפכה נפוצה במאה ה-17 וה-18, בעיקר באנגליה וצרפת, שם הלכה ונתפסה הנצרות כצורמת, לצל ניצני הדאיזם והאגנוסטיות. ברוך שפינוזה פיתח את מה שהוכר כפנתאיזם.
האתאיסט הגלוי הראשון מבין ההוגים המפורסמים באירופה הוא מתיאס קנוצן (Matthias Knutzen) שעמדותיו התפרסמו בשלושת כתביו בשנת 1674. לאחריו הופיעו כתביהם של ההוגה הפולני קאזימייז' לישצ'ינסקי (Kazimierz Łyszczyński), והכומר הצרפתי ז'אן מסלינר (Jean Meslier), שאף שהיה כומר, חוקרים גורסים שהחזיק בעמדה אתאיסטית נחרצת. נראה שהגל הראשון של חשיבה אתאיסטית במערב הופיע במאה ה-18, וניכר בכתביהם של הוגים מערב אירופאים בעיקר, בעלי השקפה מטריאליסטית או נטייה להשקפה כזו. מן המפורסמים שבהוגים אלה הם המטריאליסט הברון ד'אולבאק, ז'אק אנדריי נייגאון (שהתבסס על רעיונותיו של ד'הולבאך), וכן מטריאליסטים צרפתיים אחרים.
הפילוסוף דייוויד יום פיתח אפיסטמולוגיה סקפטית ששורשיה טמונים באמפיריציזם, הפילוסופיה שלו, וכן זו של עמנואל קאנט ביקשו לפקפק בהלך החקירה המטאפיזית, קרי, בעוד שלא שללו את המטאפיזיקה באופן נחרץ, הביעו סקפטיות כלפי האופן בו נאסף ידע לגביה. שני ההוגים המעיטו בערך הרעיונות המטאפיזיים של תקופתם שבבסיס התאולוגיה הטבעית וביקרו את הטיעונים הקלאסיים לקיום אלוהים (כלומר אלו שהועלו על ידי פילוסופים ותאולוגים באירופה הנוצרית ומעט לאחריה), יצוין שיום וקאנט עצמם לא היו אתאיסטים.
הברון ד'אולבאק היה דמות מוכרת בנאורות הצרפתית ונודע בשל כתביו הרבים כנגד הדת, שהמפורסם בהם הוא "מערכת הטבע" (1770), וכן "הנצרות נחשפת" (1766?). בממלכה היה רגש אנטי-נוצרי חזק בקרב האינטלקטואלים, שקיבל ביטוי לאחר המהפכה הצרפתית. זו לקחה את האתאיזם והדאיזם מהתחום האינטלקטואלי למרחב הציבורי. בשיא שלטון הטרור, כשהכנסייה הקתולית (שפנתה נגד המהפכה לאחר החלת חוקת הכמורה) זוהתה עם האויב, ניסה ז'וזף פושה להכרית את הנצרות במחוז נייבר. דוגמתו אומצה בכל צרפת. אנטואן פרנסואה מומורו, איש סיעת האברטיסטים הרדיקלית, כונן את "כת התבונה" (Culte de la Raison) האתאיסטית שנועדה לספק פולחן ציבורי ומשנה מוסרית חלופיים לדת המסורתית. מאות כנסיות חוללו והוסבו ל"מקדשי תבונה" בשיא הטרור. לאחר חיסול האברטיסטים ניסה מקסימיליאן רובספייר להציע דת אלטרנטיבית משלו. רובספייר דגל בדאיזם, תיעב אתאיסטים והיה משוכנע שהעם נזקק לאלוהים. באביב 1794 השיק את "כת הישות הנעלה" (מצרפתית, Culte de l'Être suprême) הדאיסטית. זו באה לקצה עם הוצאתו להורג ב-28 ביולי, והוועידה הלאומית השיבה את חופש הדת. נפוליאון, שסיים את המהפכה, היה אדיש לחלוטין לדת ובו זמנית האמין בנחיצותה של הנצרות לסדר הציבורי. הוא חתם קונקורדט עם האפיפיור והשיב לכנסייה חלק ממעמדה לפני 1789.
אתאיסטים שיחקו תפקיד מכריע במהפכנות הפוליטית והחברתית, הם האיצו את אביב העמים בכלל ואת איחוד איטליה בפרט, ושתלו את הגרעין למהפכות הסוציאליסטיות, ביניהן זו הבולשביקית שתקרה מאוחר יותר ברוסיה. במחצית השנייה של המאה ה-18 ולאורך המאה ה-19 האתאיזם הופץ עוד יותר וטיפח הוגים עצמאיים שהיו פרודים מהוגי הזרם האגנוסטי. ההוגים האתאיסטים של תקופה זו הרבו לעסוק בביקורת על הדת, ולדוגמה יימנו לודוויג פוירבאך, ארתור שופנהאואר, מקס שטירנר, וקרל מרקס.
מאז 1900.
האתאיזם במאה ה-20 הופיע בעיקר בצורה של אתאיזם פרקטי, קרי, אתאיזם הנלקח מעבר לרמת העמדה האישית לכזה המתיימר להנחות את החברה ברמת הפרקטיקום החברתי-תרבותי (ובזה גם המחשבתי), כך שקמו חברות שאתאיזם שיחק בהן תפקיד תרבותי או מעצב. החשיבה האתאיסטית שיחקה גורם מעצב או מרכיב במספר פילוסופיות (או גרסאות של פילוסופיות אלה) כגון אקזיסטנציאליזם, אובייקטיביזם, הומניזם חילוני, ניהליזם, אנרכיזם, פוזיטיביזם לוגי, מרקסיזם, ואף פמיניזם. וכן גם בחשיבה המדעית והרציונליזם.
הפוזיטיביזם הלוגי והמדענות פילסו את הדרך לנאופוזיטיביזם, לפילוסופיה האנליטית, או זרמים פילוסופיים כגון סטרוקטורליזם, ונטורליזם (כזרם חשיבה עצמאי), הנאופוזיטיביזם והפילוסופיה האנליטית העדיפו להדגיש התנהלות אמפיריציסטית על סמך רציונליזם קלאסי ואפטיסטמולוגיה נומינאלית, בניגוד לרציונליזם קלאסי או למטאפיזיקה. ברטראנד ראסל (שאמנם נחשב להוגה אגנוסטי ולא אתאיסטי) איתגר, בטיעונים שונים, את התפיסות המקובלות לרעיון האלוהות, שזוהו אז באופן מובהק עם התאולוגיה הנוצרית.
בעבודתו המוקדמת, לודוויג ויטגנשטיין ניסה להפריד בין השיח המטאפיזי לבין זה הרציונלי. אלפרד ג'ולס אייר הניח שטענות דתיות נוטות באופן מובהק להיות חסרות פוטנציאל לאימות, או חסרות משמעות נתפשת או חד משמעית, ובכך ביקש לטעון שההתנהלות האמפיריציסטית עליונה על זו של הדתות הנפוצות לפחות באופן כללי. לוי-שטראוס, אבי הסטרוקטורליזם גרס שמקורות החשיבה הדתית הן הלא מודע ולא המטאפיזי-טרנסנדנטאלי. ג'ון ניימאייר-פינדלי וג'ון סמארט הציעו למשל שבמסגרת לוגית, קיום האל אינו הכרחי. מוניסטים כגון ג'ון דיואי, הניחו הכי העולם הטבעי הוא הבסיס לכל הקיים, תוך הכחשת טענות פילוסופיות או דתיות הגורסות אחרת.
במאה ה-20 נחווה גם המניפסט הפוליטי של האתאיזם שנגזר מן האינטרפטציה לכתביו של קרל מרקס ופרידריך אנגלס ויישום המהפכה הרוסית (1917) באימפריה הרוסית בעקבות האידאולוגיה הקומוניסטית שנבנתה עליהם והקמת ברית המועצות (כמו גם מסגרות מדיניות דומות מאוחרות יותר). בברית המועצות, הוראת הדת לעם מפי מייצגיה נאסרה על ידי המדינה, אף על פי שהממשלה הסובייטית התירה חופש דת בהיתר רשמי בשנת 1936 אך גם במסגרת מצומצמת יחסית, שכן חינוך פרטי היה בדרך כלל אסור וחינוך הציבור נשמר לרשויות בלבד (שהיו אתאיסטיות או נטו לאתאיזם) בהתווסף לכך שרשויות דתיות ממילא לא נתקיימו ואף נאסרה כל התאגדות בהקשר זה. השלטון הסובייטי לעיתים רדף את הדת וביקש לנתק את העם לחלוטין מהדתות שנפוצו אז בשטח רוסיה (כגון נצרות, אסלאם, ומיני שמאניזם), בקשה שלעיתים גבלה באלימות. מצד שלטון זה
בדרך כלל, גם מדינות קומוניסטיות אחרות התנגדו לדת תוך צידוד באתאיזם מדיני, כך למשל, הממשלות הקודמות של אלבניה ונכון להיום סין, קוריאה הצפונית, וקובה.
בהודו דוגמה למנהיג אתאיסט היה ארודה ראמאסמי (Periyar E. V. Ramasamy), שנאבק בציבור ההינדים (שלעיתים בעצמם היו אתאיסטים, אך דתיים דה פקטו), ובמעמד הברהמינים, בטענה שהם מפלגים את החברה מבחינת מעמד או קאסטה, וכי התוצר הסופי של כך וודאי שלילי. מאבקיו הודגשו כאשר בשנת 1956 ביקש להרוס פסל הקדוש לציבור ההינדי, וכן גם בשל אמירות אנטי-תאיסטיות שאמר לא אחת.