ב-1 בנובמבר 1979 קרא ח'ומייני לאזרחים להפגין כנגד אינטרסים של ארצות הברית וישראל, הוא תקף את ארצות הברית, וכינה אותה "השטן הגדול" ו"אויבי האסלאם". ב-4 בנובמבר פלשה קבוצת סטודנטים איראנים לשגרירות ארצות הברית בטהראן ולקחה את השוהים בה כבני ערובה. החוטפים דרשו את הסגרתו של השאה, ששהה בארצות הברית בטיפול רפואי (למחלת הסרטן, ממנה גסס), למשפט באיראן על "פשעיו נגד איראן". ב-23 בפברואר 1980 הכריז ח'ומייני כי הפרלמנט (המג'לס) האיראני יהיה זה שיקבע את גורלם של השבויים, ודרש את הסגרת השאה לאיראן. נשיאה של ארצות הברית, ג'ימי קרטר, סירב לדרישה, והורה על ביצועו של מבצע צבאי לשחרור השבויים, אולם המבצע כשל. מותו של השאה ב-27 ביולי 1980, פלישתה של עיראק לאיראן, והחשש מהנשיא האמריקני החדש רונלד רייגן, בעל התדמית הקשוחה יותר מקודמו, איפשרו את שחרורם של החטופים ב-20 בינואר 1981 (לאחר חתימת הסכם שבו ארצות הברית התחייבה שלא להתערב בענייניה הפנימיים של איראן, והפסקת הקפאת נכסים איראניים בשווי 8 מיליארד דולר בבנקים אמריקנים).
החיים תחת ח'ומייני.
תחת שלטונו של ח'ומייני הוחל חוק השריעה (ההלכה האסלאמית), הגברים והנשים האיראניים הוכרחו להתלבש בהתאם לקוד הלבוש האסלאמי, נאסרה השמעת מוזיקה מערבית, ואפילו קלאסית. דמותו של ח'ומייני הייתה מוקד לפולחן אישיות, עיתונים וכלי תקשורת אחרים נסגרו, מתנגדי המשטר נכלאו (לעיתים עונו), הצליחו לברוח מחוץ לאיראן או הוצאו להורג (בשנת 1979 נרצחו בידי המשטר יותר מ-6,000 איש).
במהלך השנתיים הראשונות של שלטונו, ח'ומייני הורה על הוצאתם להורג של מרבית מתנגדיו החילוניים והדתיים. בנוסף, ח'ומייני פעל כנגד מוג'אהדין ח'לק, ובעקבות זאת מייחסים לארגון פעולות אלימות כנגד השלטון שכללו את הפיגוע בשביעי בתיר בו נרצחו 72 פעילי מפלגת הרפובליקה האסלאמית ובראשם מוחמד בהשתי (שני לח'ומייני) והתנקשות בראש הממשלה. בשנת 1983, לאחר ניצני התמרדות ראשונים של המולות, במהלך מלחמת איראן–עיראק, ח'ומייני החל להפגין אמביוולנטיות בנוגע לשלטון המולות. הוא טען כי התנגדותם החריפה, ואף האלימה לעיתים, של המולות מאיימת על אחדותה של איראן; במספר מקרים קרא ח'ומייני למולות לחזור "למקצוע הראוי להם", ולהפסיק להתערב בפוליטיקה וענייני הממשל.
עם קבלת החלטת הפסקת האש ביולי 1988, שסיימה את מלחמת איראן–עיראק, ארגון המוג'אהדין ח'לק ביצע תקיפה במערב איראן. בעקבותיה הורה ח'ומייני להרוג את כל האסירים הפוליטיים אם לא יביעו חרטה על פעולותיהם נגד המשטר. כמו כן, איראנים רבים נתלו במרכזי הערים, לאור חשד לתמיכה במוג'אהדין ח'לק, בהם סטודנטים רבים ו-11 אייתוללות מקורבים ליורשו המיועד של ח'ומייני, האייתוללה הפרו-דמוקרטי חוסיין עלי מונתזרי. מספר הנרצחים אינו ידוע בבירור, אולם הוא נאמד במספר אלפים.
מלחמת איראן–עיראק.
זמן קצר לאחר המהפכה באיראן, ח'ומייני החל לקרוא למהפכות אסלאמיות ברחבי העולם המוסלמי. סדאם חוסיין, מנהיגה הבעת'יסטי החילוני של עיראק, היה מעוניין לכבוש את האזורים העשירים בנפט של שכנתו איראן (בייחוד מחוז ח'וזסתאן המאוכלס בעיקר בערבים). חוסיין גם העריך, כי איראן נחלשה עקב המהפכה והטרור הנמשך במדינה, ורצה להסיר את האיום שהציבו השיעים הקיצוניים באיראן ליציבות שלטונו, שכן האיראנים הסיתו את הרוב השיעי בעיראק נגד המשטר הסוני והחילוני של סדאם חוסיין.
בעידודה של סעודיה (ובמידה מסוימת גם של ארצות הברית, שחששה מהמשטר הקיצוני והאנטי-אמריקני החדש באיראן), צבא עיראק פלש לשטחה של איראן, ובכך התחיל את המלחמה שנמשכה 8 שנים. הפלישה, שנועדה להחליש את השפעת האסלאם השיעי הקיצוני של ח'ומייני, באופן אירוני דווקא חיזקה את מעמדו של ח'ומייני ואפשרה לו לבסס ולייצב את הנהגתו. למרות האסון הנורא שהמיטה המלחמה על איראן, הטילים שנחתו בטהראן והעובדה שהאיראנים נאלצו לנהל קרב בלימה על גבולות ארצם, לא נפגעה הפופולריות של ח'ומייני. במהלך המלחמה, העם האיראני התאחד סביב הנהגתו, הפופולריות של ח'ומייני וכוחו גדלו. ח'ומייני קרא לכל האיראנים להגן על ארצם ועל דתם כנגד המשטר העיראקי החילוני, ואלפי נערים התנדבו להילחם בעיראק, בנכונות למות "מוות קדושים", ונשלחו לחזית.
ח'ומייני סירב לסיים את המלחמה גם כשכוחותיו הדפו את העיראקים ופלשו לעיראק. שנתיים לאחר תחילת המלחמה (1982) הסכימה עיראק להפסקת אש, והחל משא ומתן מייגע בנוגע למתווה הגבול המדויק. ח'ומייני כנראה ראה בנסיגה הדיפלומטית של עיראק סימן לחולשה ודחה את רעיון הפסקת האש, בדרישה לתשלומי פיצויים גדולים, וסיום שלטונו של סדאם חוסיין, לפני הפסקת הלחימה. התנאים הללו לא איפשרו את סיום הסכסוך בעת ההיא, ובסופו של דבר נמשכה המלחמה 6 שנים נוספות, וגרמה למותם של יותר מחצי מיליון איראנים, ולשימוש בנשק כימי על ידי הצבא העיראקי (על תושביו שלו).
מחירה של המלחמה המשיך לעלות, וח'ומייני הסכים להפסקת אש ("שתיתי את כוס התרעלה", לדבריו), בתיווך האו"ם. משהסתיימה הלחימה, הורעה בריאותו של ח'ומייני, ומאבקי הכוחות בין המולות התחדשו בנוגע לירושה.
מותו וההלוויה.
לאחר שהות של 11 ימים בבית חולים, בהם עבר ניתוחים בניסיון להפסיק את הדימומים הפנימיים, נפטר ח'ומייני ב-3 ביוני 1989 מסרטן הערמונית. מיליוני איראנים ביכו את מותו, ויצאו לתהלוכות אבל שמעולם לא נראו כמותן באיראן. במהלך ההלוויה בטהראן, מיליוני האנשים שניסו להתקרב לארון העץ בו נח ה"אימאם" גרמו לכאוס כללי. בשלב מסוים גופתו של ח'ומייני כמעט ונפלה לאדמה, כ-10,000 איש נפצעו וההלוויה בוטלה. ההלוויה השנייה נערכה תחת אבטחה קפדנית, ארונו של ח'ומייני צופה בברזל והוא הוקף על ידי אנשי אבטחה חמושים היטב. דווח כי יותר מ-9 מיליון אנשים השתתפו בטקס ההלוויה, בבית העלמין בטהראן. מיליונים רבים אחרים קיימו תהלוכות המוניות בערים ברחבי איראן ומחוצה לה.
ירושת תפקיד המנהיג העליון.
ב-1985 האייתוללה הגדול ("אייתוללה עוזמה") חוסיין עלי מונתזרי, מראשי המהפכה, מונה למחליפו של ח'מיני. אולם עמדותיו הפרו-דמוקרטיות, התנגדותו לאופן יישום עקרון ה"ולאית פקיה", וביקורתו על התנהלות המשטר בתחום זכויות האדם גרמו לח'ומייני לגנות אותו במכתב ב-1988. כתוצאה מכך מינתה מועצת המומחים את האייתוללה (חוג'ת אל-אסלאם דאז) עלי ח'אמנאי לתפקיד המנהיג העליון.
האידאולוגיה הפוליטית ומורשתו של ח'ומייני.
בכתביו ובנאומיו הרבים, קידם ח'ומייני את חזון החברה האיראנית התאוקרטית המונחית על ידי עקרונות המוסר של אנשי הדת. בולט בהקשר זה נאומו בעת החג' ב-1963, 16 שנים לפני המהפכה האסלאמית, שבו קבע כי שליט אסלאמי חייב להיות כוהן דת, המתמחה ומבין בדת האסלאם.
צוואתו של ח'ומייני שפורסמה לאחר מותו, עודדה את הציבור האיראני בכלל, ובייחוד את המעמדות הנמוכים, להמשיך ולדבוק במימוש האידיאלים של המהפכה האסלאמית.
הוא האמין בכלכלה סוציאליסטית, אך עם זכות האזרח לקניין פרטי מסוים. ח'ומייני טען כי העסקים והתאגידים צריכים להיות מחויבים לתרום לארגונים דתיים, שיקדמו את האסלאם השיעי. הוא יעץ שלא להרשות לאנשים עשירים לקחת חלק בממשלה, וטען כי הפוליטיקאים צריכים לנהוג כמוהו ולחיות באופן צנוע וחסכני.
רעיונותיו של ח'ומייני, מלכתחילה לא מצאו חן בעיני כוהני הדת באיראן בשל מהפכנותם, והתנגדותם לאיחוד הגס בין דת למדינה. הראייה המקובלת על חכמי הדת השיעיים הייתה כי הם צריכים להיות במעמד של יועצים לממשל, ולא הממשל עצמו. בדרך כלל מולות אלו היו שמרנים מבחינה תאולוגית וחששו מחידושים, ואילו ח'ומייני האמין כי פירושי האסלאם צריכים להתפתח, גם אם פירושים אלו סוטים מהמסורת. בניגוד למנהג כוהני הדת האחרים באותם הימים, ח'ומייני ניהל אורח חיים צנוע וסגפני, התעניין באירפאן (תורת המסתורין השיעית), והתנגד לאחזקת אדמה ועושר רב בידי המולות.
ח'ומייני ספג ביקורת על כך שרפורמות דמוקרטיות וחברתיות רבות שהבטיח לא בוצעו במהלך חייו. בתשובה הוא טען כי המהפכה האסלאמית לא הושלמה, ורק כאשר תהפוך איראן לאסלאמית בכל מובן, דמוקרטיה וחופש ינבעו "כתוצאה טבעית לטרנספורמציה כזאת". בראיית ח'ומייני, הדמוקרטיה באיראן צריכה להיות מוגבלת בהתאם לחוקי האסלאם (למשל, לנשים אסור להצביע בבחירות), מאחר שמרבית הציבור הוא מוסלמי, כל דבר שסותר את האסלאם יפגע ברוב, וכך יפגע בדמוקרטיה.
פוליטיקאים כדוגמת אכבר האשמי רפסנג'ני ומוחמד ח'אתמי, קידמו מדיניות מתונה ורפורמיסטית יותר, ובכך הביאו לעימות בינם לבין המנהיג העליון באיראן עלי ח'אמנאי, הרשות השופטת ומשמרות המהפכה. האיראנים השמרנים טוענים כי המדיניות הזו, עומדת בסתירה לעקרונותיו של ח'ומייני, אולם הרפורמיסטים טוענים, בייחוד מוחמד ח'אתמי, כי המדיניות תואמת את עקרונותיו של ח'ומייני. ח'אתמי מזכיר את אזהרותיו התמידיות של ח'ומייני נגד קיצוניות, ועמדותיו בנוגע לחופש הדיבור.
רבים באיראן ראו את המדיניות הרפורמיסטית כמאפשרת לאליטות העשירות לשלוט במדינה, וכך גורמת לניכור המעמד הנמוך באיראן; ההתקרבות למערב, ותחושת ניתוק ממורשתו של ח'ומייני היו גורמים מרכזיים לבחירתו של נשיא איראן, מחמוד אחמדינז'אד השמרן, בבחירות ב-2005.