מחליפו של פרץ, עופר עיני, שימש יו"ר בין 2 בינואר 2006 ל-1 בפברואר 2014. עיני מונה כממלא מקום, כשפרץ התמנה לשר, ולאחר מכן נבחר לתפקיד בזכות עצמו. בניגוד לתדמיתו הפוליטית של פרץ, עיני בנה תדמית "מקצועית", של מנהיג פועלים שמעייניו בפעולות ענייניות לשיפור מצב העובדים. מאז מינויו של עיני, מנסה ההסתדרות להפנות משאבים רבים יותר לטיפול בעובדים חלשים. עיני היה גם יו"ר ההסתדרות הראשון שצמח מהשטח - החל כעובד מס הכנסה, נבחר לראש ועד העובדים, דרך תפקידים נוספים, כמו יו"ר האגף לאיגוד מקצועי, עד לתפקיד יו"ר ההסתדרות.
בשנתיים הראשונות לראשותו, גייסה ההסתדרות לשורותיה עובדים שלפני כן לא היו מאוגדים כלל, במפעלים פרטיים, חברות כוח אדם, ניקיון, שמירה, מסעדות ורשתות שיווק. לא מעט מהם הצליחו, בסיוע ההסתדרות, לחתום על הסכמי עבודה קיבוציים ששיפרו משמעותית את שכרם ותנאי העסקתם. ב-2009 הוקם אגף להתאגדות עובדים, שפעל לצד המרחבים להקמת ועדי עובדים חדשים והוביל להצטרפותם של מאות אלפי עובדים להסתדרות.
מבחן נוסף שעיני עמד בו בהצלחה, היה פתרון בעיית הלנות השכר ברשויות המקומיות. בשנים 2003–2006, סבלו עובדים ברשויות בפריפריה מהלנות מתמשכות של שכרם, עקב ניהול לקוי וקיצוצים שביצע נתניהו בתמיכה הממשלתית ברשויות. הלנת השכר הייתה העילה לשביתה הכללית שיזם פרץ ב-2004, והלנות שכר נמשכו גם אחרי השביתה, מאחר שהממשלה והרשויות לא שינו את מדיניותם כדרישת ההסתדרות. אחרי השביתה ב-2006 תחת הנהגת עיני, הרשויות והממשלה נקטו מאמץ מרוכז להגדיל את התקציב ולייעל את עבודת הרשויות, והלנות השכר פחתו במידה רבה.
עיני פיתח "ברית אסטרטגית" עם נציג המעסיקים במשק - נשיא התאחדות התעשיינים ויו"ר לשכת התיאום של הגופים הכלכליים, שרגא ברוש, המתבטאת בהסכמה כמעט מוחלטת על מהלכיהם של שני הגופים, ידידות אישית ואף שותפות אידאולוגית. עיני מסביר את ה"ברית" ברצונו להשיג הישגים לטובת העובדים מבלי להתעמת עם המעסיקים, כדי למנוע שביתות שיפגעו במקומות עבודה. ה"ברית", שהביאה על השניים ביקורת רבה מכל הצדדים, הביאה את ברוש להביע תמיכה ציבורית בשביתה הכללית ובמאמצי ההתאגדות שהוביל עיני, והביאה את עיני לתמוך במאבקיו של ברוש להגדלת התמיכה הממשלתית במפעלים, בעיקר מאז שהחל המשבר הכלכלי הגלובלי בשנת 2008. הישגם העיקרי המשותף של השניים הוא הסכם שחתמו המחייב את המעסיקים להעניק פנסיה לכל עובד, שהממשלה הרחיבה אותו והפכה אותו לצו מחייב לכל המעסיקים במשק.
עיני היה מעורב בפוליטיקה. הוא חבר במפלגת העבודה, ובעבר נחשב למקורבו של יו"ר המפלגה, אהוד ברק, ולאחר הבחירות לכנסת ה-18 הצליח להוביל את המפלגה להצטרף לממשלתו של בנימין נתניהו, בנימוק שממשלה חזקה עם מודעות חברתית תטפל היטב במשבר הכלכלי ובכך תיטיב עם העובדים (ובניגוד לעמדתו של פרץ). בניגוד לפרץ שמר עיני על יחסים טובים עם נתניהו, ששיתף את ההסתדרות בתוכנית שגיבש להתמודדות עם המשבר.
במסגרת הצטרפות מפלגת העבודה לממשלה אליה דחף עיני, הועברה חבילת חוקים שסייעה בארגונם של עובדים חדשים בהסתדרות - ביניהם חוק המטיל קנסות כבדים על מעסיקים הפוגעים בהתאגדות עובדים ראשונית, וכן חוק הקובע כי מעסיק מחויב לנהל משא ומתן קיבוצי מול ארגון עובדים יציג. חוקים אלה, לצד הקמתו של האגף להתאגדות עובדים על ידי עיני בשנת 2010, היוו גורמים מרכזיים בהיווצרותו של גל התארגנויות עובדים חדשות במשק, בסקטורים שבעבר לא היו מאורגנים במסגרת ההסתדרות או בכלל. כך במהלך שנת 2012 ליוותה ההסתדרות בהנהגת עיני את מאבקם של עובדי חברת הסלולר פלאפון להכרה בהתאגדותם, מאבק שבעקבותיו התאגדו כלל עובדי חברות הסלולר הגדולות והחלה ההתארגנות בענף ההיי-טק.
בשלהי דצמבר 2009 הודיע עיני כי בית נבחרי ההסתדרות אישר הצטרפותם של עובדים זרים השוהים בישראל כחוק לשורות ההסתדרות החל ממרץ 2010. בכך תתאפשר לראשונה התאגדות חוקית של עובדים זרים וההסתדרות הרחיבה את שורותיה גם לעובדים תושבי ישראל שאינם אזרחים.
בחודש פברואר 2012 יזם עיני שביתה כללית שנועדה לצמצם את תופעת עובדי הקבלן ולהשוות את תנאיהם לתנאי העובדים הקבועים. השביתה נמשכה חמישה ימים ובסיומה חתם עיני עם האוצר הסכם המשפר את תנאי העסקתם של עובדי הקבלן. ההסכם כלל בין היתר העלאת שכר המינימום לעובדי קבלן השירות ל-4,500 ש"ח לחודש, העלאת ההפרשות לפנסיה, שיפור בתנאים הסוציאליים, חיזוק הפיקוח על תנאי העסקה ועוד.
באוקטובר 2013 הודיע עיני על פרישתו מראשות ההסתדרות.
תקופת ניסנקורן (יוני 2014 עד מרץ 2019).
ביוני 2014 אושר על ידי בינ"ה מינויו של אבי ניסנקורן לתפקיד יו"ר ההסתדרות, לאור המלצתו של היו"ר היוצא. כנגד הליך מינויו הוגשה עתירה לבג"ץ בדרישה לקיום בחירות כלליות בהסדרות, אולם עתירה זו נדחתה. אחד ההסכמים הראשונים עליהם חתם ניסנקורן עם כניסתו לתפקיד היה הסכם קיבוצי כללי מול ארגוני המעסיקים המחייב כל מקום עבודה המעסיק למעלה ממאה עובדים להעסיק 3% עובדים עם מוגבלויות - על הסכם זה הוטל גם צו הרחבה אשר הפך אותו למחייב בכלל המשק.
בדצמבר 2014 חתמה ההסתדרות על הסכם קיבוצי עם נשיאות הארגונים העסקיים, להעלאת שכר המינימום, בשלוש פעימות, ל-5,000 ש"ח. בהתאם להסכם זה תיקנה הכנסת, בחקיקת בזק, את חוק שכר מינימום. בהמשך הוסכם על פעימה נוספת להעלאת שכר המינימום ל-5,300 ש"ח במהלך שנת 2017. ביולי 2014 חתמה ההסתדרות גם על הסכם קיבוצי ענפי חדש בענף השמירה והאבטחה לו ניתן מאוחר יותר גם צו הרחבה.
ביולי 2015 יצאה ההסתדרות בהנהגת ניסנקורן לסכסוך עבודה כללי במשק בדרישה להובלת רפורמה מקיפה לצמצום ההעסקה הקבלנית בשירות הציבורי, ובאותו החודש נחתם מסמך הסכמות בין ניסנקורן ושר האוצר משה כחלון להעברתם של עשרות אלפי עובדי קבלן להעסקה ישירה, ולשיפור תנאיהם של עובדים נוספים. בין היתר נקבע בהסכם כי כלל עובדי הניקיון בבתי החולים הציבוריים ייקלטו להעסקה ישירה, וכן כלל הסייעות המתוקצבות בגני הילדים ברשויות המקומיות, עובדי משמרות הבוקר של קרנות המחקר בבתי החולים, אלפי עובדים סוציאליים המועסקים בשירות הרשויות המקומיות ועוד. כמו כן נקבעה בצו הרחבה הצמדה של שכר העובדים הסוציאליים המועסקים בעמותות בשירות המדינה והרשויות המקומיות לשכר עמיתיהם המועסקים בהעסקה ישירה - יישום של דרישה שהעמידו העובדים הסוציאליים עוד במאבקם בשנת 2011.
בפברואר 2016, חתם ניסנקורן על מסמך הבנות עם ארגוני המעסיקים להגדלת שיעור ההפרשה הכולל לפנסיית חובה מ-17.5% ל-18.5% כשגם העובדים וגם המעסיקים יגדילו את הפרשותיהם, כל אחד בחצי אחוז - הסכם שהורחב אף הוא לכלל המשק. בפברואר 2016 יזם ניסנקורן הקמת אתר חדשות מבית ההסתדרות "דבר ראשון".
בדצמבר 2015 בעקבות סכסוך עבודה כללי במשק, נחתם מול האוצר הסכם מסגרת חדש עבור המגזר הציבורי, זאת לאחר למעלה משלוש שנים בהן לא נחתמו הסכמי מסגרת. הסכם המסגרת קבע העלאת שכר בסך 7.5%, אשר לראשונה חלק ממנה ניתן כתוספת שקלית הפועלת לטובת בעלי ההכנסות הנמוכות ולצמצום פערים. כמו כן ניתנו 7.5% נוספים לסקטורים ספציפיים בהם הוקפא השכר שנים ארוכות טרם ההסכם.
בינואר 2016 הקימה ההסתדרות מועדון צרכנות תחת המותג 'ביחד בשבילך', המקנה לחברי ההסתדרות שורה של הנחות בקניית מוצרים ובפעילויות נופש ורווחה. אחת ממטרות המהלך הייתה לעודד משלמי דמי טיפול בלבד להצטרף כחברים מן המניין בארגון, וזאת במטרה לחזק את כוחה הארגוני של ההסתדרות במשק הישראלי ובמקומות העבודה.
ב-23 במאי 2017 נערכו בחירות ליו"ר ההסתדרות ולבית נבחרי ההסתדרות, בהן התמודדו ניסנקורן ושלי יחימוביץ'. אבי ניסנקורן ניצח בבחירות ברוב של 62.42%.
במהלך כהונתו של ניסנקורן נמשכת מגמת ההתאגדויות במשק הישראלי, גם בענפים שלא היו מאורגנים בעבר. בין היתר נחתם לראשונה הסכם קיבוצי בחברת היי טק בישראל - חברת SAP.
תקופת בר-דוד (מרץ 2019 ועד היום).
במרץ 2019 אושר על ידי בינ"ה מינויו של ארנון בר-דוד לתפקיד יו"ר ההסתדרות, לאור המלצתו של היו"ר היוצא.
אחת מפעולויו הראשונות בתפקיד, מספר ימים לאחר כניסתו לתפקיד, הייתה סגירת אתר החדשות האינטרנטי דבר ראשון. ב-1 במאי 2019 נפתח האתר מחדש בשם דבר העובדים בארץ ישראל.
באוגוסט 2019, חתם על הסכם כחלק מהבנות הרפורמה בנמלי הים, על פיו תועבר מחלקת הים של נמל חיפה לחברה ממשלתית חדשה בבעלות חברת נמלי ישראל, אשר תשרת את שני הנמלים במפרץ חיפה, הישן והחדש. בדצמבר 2019 חתם על הסכם מקביל גם באשר למחלקת הים בנמל אשדוד שיועברו לעבוד בחנ"י או בחברת בת של חנ"י ויתנו שירותי ים לשני הנמלים באשדוד.
במהלך תקופת משבר הקורונה בשנת 2020, חתם על שורה של הסכמים קיבוציים שהסדירו את אופן פעולת המגזר הציבורי בתקופת הסגרים - כשבמהלך הסגר הראשון הוסכם כי חלק ניכר מהעובדים ייקחו חופשות על חשבונם, ובהמשך הוסדר תשלום שכר חלקי לעובדים שתפקידם לא נדרש באופן זמני. במקביל המשיך בר-דוד במגמה של הידוק הקשר בין ההסתדרות וארגוני המעסיקים.
בתקופת משבר הקורונה הוקם לצד ההסתדרות גם 'פורום עצמאים' במטרה לרתום את כוחו של הארגון כדי לקדם חקיקה שתסייע למגזר זה שנפגע קשות במשבר ושאיננו מיוצג בהסתדרות. כמו כן ייסדה ההסתדרות את מכון המחקר פורום ארלוזורוב.
כחלק ממאמציו לשיפור תדמית ההסתדרות, הוביל את הסרת הגדרות סביב למדשאה הגדולה שבחזית בית הוועד הפועל של ההסתדרות והפיכתה לגינה ציבורית בנובמבר 2020.