ב-17 באוגוסט 1945 הכריזו נציגי המושבה, בהנהגת סוקרנו, על עצמאות אינדונזיה. פחות מחודש לאחר מכן יפן נכנעה אך חייליה הושארו ככוח לשמירת החוק באיים בשם הולנד עקב אי יכולתה של האחרונה לשלוח צבא, בהיותה עסוקה בעצמה בשיקום ארצה החרבה מהכיבוש הנאצי. כעת הכוח היפני הפך מתומך העצמאות למדכא שלה, אך כוחותיו של סוקרנו המשיכו לנהל מלחמת גרילה. גם ההולנדים לא הכירו בהכרזה ובמשך 4 שנים התחוללה במדינה מלחמת גרילה נגד שני הכובשים. למרות הצעות הפשרה ההולנדיות, שכללו מתן מעמד מיוחד של דומיניון לאינדוזיה לחץ בינלאומי אילץ את הולנד להכיר לבסוף בעצמאות המדינה, ב-27 בדצמבר 1949. סוקרנו הפך לנשיאה הראשון של הפדרציה של אינדונזיה.
עצמאות.
כבר ב-1950 החליף סוקרנו את המשטר הפדרטיבי ברפובליקה ריכוזית, ובשנים הבאות גברו נטיותיו הרודניות. במדיניות החוץ התקרב סוקרנו לעמדות הרפובליקה העממית של סין וברית המועצות, ואילו כלפי פנים ניסה להשליט את התרבות הג'אווית על המיעוטים שביקשו אוטונומיה. בין השנים 1959 עד 1965 החיל סוקרנו על המדינה משטר אוטוריטרי שכונה "דמוקרטיה מודרכת". בשנות ה-60 נחלש כוחו של סוקרנו ובמקביל גברה השפעת המפלגה הקומוניסטית במדינה. כאשר האו"ם קיבל את מלזיה כחברה לא קבועה, למרות התנגדות חריפה של אינדונזיה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם, והחל להפעיל בגלוי יחידות צבאיות שחצו ב-28 ביוני את הגבול המלזי והתעמתו עם כוחות הצבא המקומיים. פריצתה של מלחמה אזורית כוללת נעצרה רק בעקבות טיהור הקומוניסטים באינדונזיה, מלחמת אזרחים שפרצה במדינה לאחר ניסיון הפיכה ב-30 בספטמבר 1965. לאחר ניסיון זה השתלט הצבא, בפיקוד סוהארטו, על המדינה כשהוא מדכא באכזריות את תומכי המפלגה הקומוניסטית. ב-12 במרץ 1967 הפך סוהארטו רשמית לנשיא, והודיע על הדחתו של סוקרנו.
תחת שלטונו של סוהארטו זכתה אינדונזיה לשגשוג בזכות מדיניות פרו-מערבית ורפורמות כלכליות בתעשיית הנפט, אולם סכסוכים פנימיים והאשמות רבות בשחיתות גרמו להתחזקות האופוזיציה ולהתרבות תנועות הקוראות לדמוקרטיה.
בשנת 1998 נאלץ סוהארטו להתפטר בעקבות המשבר הכלכלי באסיה, ושנה לאחר מכן נערכו במדינה בחירות דמוקרטיות. חוסר היציבות נמשך כאשר מיעוטים בדלנים רבים שואפים לאוטונומיה, בעוד הצבא מנסה להבטיח את המשך קיום אינדונזיה כמדינה ריכוזית אחת.
מזרח טימור.
בשנת 1975 כבשה אינדונזיה את המושבה הפורטוגלית לשעבר מזרח טימור ודיכאה באכזריות את תושביה. לפי הערכות שונות בין 102 ל-300 אלף תושבים מתו ברעב או נרצחו בצורה אלימה בידי הצבא האינדונזי במה שמכונה רצח העם במזרח טימור, כלומר בין שביעית עד שליש מתוך האכולוסיה המקורית. בשנת 2002, לאחר שנים של מאבק אלים ובעקבות התערבות בינלאומית ומשאל עם זכתה מזרח טימור בעצמאות.
בירה חדשה.
בשנת 2019 הוחלט להקים בירה חדשה באי בורנאו, ובשנת 2022 הוחלט ששמה של העיר יהיה נוסאנטארה והחוק להעברת הבירה עבר בפרלמנט.
פוליטיקה.
אינדונזיה היא רפובליקה בעלת שלטון נשיאותי. הנשיא ובית הנבחרים עומדים לבחירה אחת לחמש שנים, בבחירות עממיות. כהונת הנשיא מוגבלת לשתי קדנציות רצופות בלבד. עד להתפטרותו של הנשיא סוהארטו במאי 1998, הייתה אינדונזיה תחת שלטון רודני, בו שלט הנשיא בפועל ומינה את רוב הנציגים בבית הנבחרים. מחליפו של סוהארטו, יוסוף חביבי, התחיל תהליך של דמוקרטיזציה שנמשך עם הנשיאים עבד א-רחמן וחיד, הנשיאה מגוואטי סוקרנופוטרי, סוסיליו באמבאנג יודהויונו והנשיא המכהן, ג'וקו וידודו, המכהן מאוקטובר 2014. באמצעות 4 שינויי חוקה, בוצעו עד כה תיקונים של ממש בארגון והפעלה של הרשות המחוקקת, המבצעת והשופטת. נשיא אינדונזיה הוא ראש המדינה, המפקד העליון של צבא אינדונזיה, קובע מדיניות והשולט על ניהול ענייני הפנים והחוץ. הנשיא ממנה מועצת שרים (קבינט) שחבריה אינם חייבים להיות חברים בבית הנבחרים.
הגוף היצוגי הבכיר במדינה הוא אספת העם המייעצת , המתכנסת פעם בשנה, תומכת ומתקנת את החוקה, מקבלת דיווח מהנשיא ומקדמת את היישום הפורמלי של המדיניות שנקבעה. יש לה את הסמכות להדיח את הנשיא. לאספה שני בתים: מועצת נציגי העם עם 550 חברים, ומועצת הנציגים האזוריים עם 168 חברים. מועצת נציגי העם היא הגוף המחוקק שמפקח על פעילות הרשות המבצעת. המחוקקים נבחרים כנציגי מפלגות פוליטיות אחת ל-5 שנים. מעמד מועצת נציגי העם התחזק מאז 1998 באופן מהותי כתוצאה מהליך הדמוקרטיזציה. בזכות ביזור סמכויות מהשלטון המרכזי למחוזות, השתפר גם מעמד מועצת הנציגים האזוריים.
הרשות השופטת באינדונזיה כוללת בתי דין של המדינה, בית דין גבוה, בית דין עליון ובתי דין בעלי סמכות בנושאים מסחריים ומנהלתיים. כמו כן קיים בית דין חוקתי שדן בנושאים הקשורים לבחירות, מפלגות פוליטיות והיקף הסמכות של רשויות המדינה. קיים גם בית דין לענייני דת.
למלחמה בשימוש בסמים, בשנת 2002 הוקמה הסוכנות הלאומית למלחמה בסמים ואף קיים עונש מוות על סחר בסמים.
כלכלה.
הכלכלה האינדונזית היא הכלכלה הגדולה בדרום-מזרח אסיה. היא מאופיינת ככלכלת משק, שבה לממשלה בעלות על חברות מרכזיות רבות, וכן סמכות לפיקוח על מחירים של מוצרים רבים.
אינדונזיה היא מפיקת נפט מרכזית במזרח אסיה, ובנוסף עשירים האיים במרבצים של גז טבעי, בדיל, נחושת וזהב.
החקלאות מהווה פעילות כלכלית עיקרית כאשר האורז הוא החשוב שבגידולים. גידולים נוספים הם תה, קפה, תבלינים וגומי. תעשיית התיירות מתפתחת רבות בשנים האחרונות, ובשל מיקומה הגאוגרפי אינדונזיה מהווה תחנה חשובה בנתיבי הסחר הימי העולמיים.
השותפים העסקיים העיקריים הם: יפן, ארצות הברית, הרפובליקה העממית של סין, סינגפור, מלזיה ואוסטרליה.
לאחר תקופה של פריחה כלכלית בין 1989 ל-1997 בה צמחה הכלכלה בכ-7% לשנה, הייתה אינדונזיה למדינה שנפגעה בצורה הקשה ביותר מהמשבר הכלכלי במזרח אסיה בשנת 1997, שהביא לקריסת המטבע המקומי, הרופיה האינדונזית. דירוג האג"ח של המדינה ירד לרמה של אג"ח זבל. אירועים רבים של קרבות עם בדלנים ברחבי המדינה וחוסר היציבות הפוליטית השפיעו גם הם לרעה על הכלכלה.
רפורמות כלכליות שניסו להתמודד עם השחיתות הנפוצה במדינה, הביאו לשיפור ולהתאוששות כלכלית בעשור הראשון של המאה ה-21. ב-16 בדצמבר 2011 העלתה סוכנות הדירוג פיץ' את דירוג האשראי של המדינה אל מעל לרמה של אג"ח זבל, לראשונה מאז נפגעה אינדונזיה המשבר הכלכלי שהכה באסיה ב-1997. עם זאת, במדינה יש אינפלציה גבוהה, וכ-18% מהתושבים נמצאים מתחת לקו העוני (2006).
כיום נחשבת כלכלת אינדונזיה כאחת הכלכלות הצומחות והמבטיחות ביותר בעולם. על פי סקירה שפרסמה היחידה הכלכלית במכון היצוא עולה כי בשנת 2011 דורגה הכלכלה האינדונזית במקום ה-16 במונחי תוצר נומינלי ובמקום ה-15 במונחי תוצר ע"פ כוח קנייה. ככלכלה הגדולה בדרום-מזרח אסיה וככלכלה החמישית בגודלה ביבשת אסיה כולה (אחרי סין, יפן, הודו וקוריאה הדרומית), מהווה אינדונזיה כוח כלכלי עולה עם פוטנציאל להיות, בעתיד, מעצמה כלכלית. תוך כעשור הצליחה הכלכלה האינדונזית להכפיל את גודלה פי 6 ולהיחלץ ממשבר כלכלי חמור שזעזע את היבשת. בשנים הבאות צפויה אינדונזיה להמשיך לצמוח בקצב מהיר והיא עתידה לעקוף כלכלות גדולות ומבוססות; כבר ב-2011 תפסה אינדונזיה את מקומה של הולנד ככלכלה ה-16 בגודלה בעולם כשעד שנת 2017 צפויה לעקוף גם את קוריאה הדרומית, ספרד ומקסיקו ולהתמקם בדירוג ככלכלה ה-13 בגודלה בעולם. במונחי כוח קנייה צפויה אינדונזיה להשאיר מאחור גם את איטליה ואוסטרליה, כשעל פי התחזיות ארוכות הטווח, הצמיחה המהירה של כלכלת אינדונזיה תימשך בעשורים הקרובים והיא חזויה להוות אחת מ-8 הכלכלות הגדולות בעולם עד סוף מחצית המאה נוכחית.
אזור כלכלי בלעדי של אינדונזיה הוא השישי בגודלו בעולם.
יחסי חוץ.
יחסי אינדונזיה עם ישראל.
המדיניות הרשמית בין המדינות היא התעלמות או אי-קיום יחסים רשמיים. מצב זה נשמר שנים רבות עקב היותה מדינה מוסלמית אשר תומכת במאבק הערבי במדינת ישראל, אך כמו רבות מן המדינות האסלאמיות האחרות אינה נוטלת חלק פעיל במאבק. ברמת הפרט אזרחי ישראל אינם מנועים באופן גורף מלבקר במדינה, אך יתקשו לקבל אשרת ביקור. מנגד, גם אינדונזים רשאים לבקר בישראל, ומשלחות צליינים מבקרות בה מדי שנה. בכל אחת משתי המדינות לא קיימת נציגות של המדינה האחרת, אך בערוצים לא-ישירים שונים מתקיימים קשרי מסחר שונים בין אינדונזיה לישראל.
ב-18 בינואר 1950 הייתה ישראל בין הראשונות שהכירו בעצמאות אינדונזיה. אינדונזיה הודתה על ההכרה אבל לא קשרה קשרים עם ישראל בין היתר כי מחמד נציר ראש ממשלת אינדונזיה דאז, ומחמד רום שר החוץ בממשלת נציר, הגדירו אותה כ"נושאת דגל הקולוניאליזם באסיה".
בשנת 1962 ארחה אינדונזיה את משחקי אסיה. נשלחו הזמנות לישראל, אך בסופו של דבר לא ניתן היה לממש את ההזמנות וישראל נמנעה מלהשתתף. עקב כך מנע הוועד האולימפי העולמי את השתתפות אינדונזיה באולימפיאדת טוקיו בשנת 1964.
ב-19 בנובמבר 1969 נמנעה ישראל בהצבעה בדבר סיפוח איריאן המערבית לאינדונזיה.
ב-15 באוקטובר 1993 ביקר ראש ממשלת ישראל אז יצחק רבין אצל נשיא אינדונזיה אז סוהארטו.
עבד א-רחמן וחיד, נשיא אינדונזיה הרביעי, הביע רגשי כבוד כלפי העם היהודי ומדינת ישראל, וקרא להכיר בה, אף שביקר את מדיניותה כלפי הפלסטינים. הנשיא ביקר מספר פעמים בישראל - בין היתר, באוקטובר 1994 ובמרץ 1997 במסגרת פעילותו בקרן פרס לשלום וכשהוענקה לו מדליה על שם יצחק רבין.
ביוני 2018, פורסם כי הוחלט לבטל את הגבלות כניסת תיירים מאינדונזיה לישראל - ולהפך.