משרד הדתות הבולגרי הסתייג מהקשר בין יהדות בולגריה לעם היהודי בכללותו והזיקה בינה לבין ארץ ישראל כפי שהתבטאו בקווי היסוד, ועל כן נקט סחבת באישור התקנון. בשלהי 1922 הודיע משרד הדתות על הקמת ועדה לבדיקת התקנון. הוועדה ביקשה להכניס שינויים מסוימים בתקנון ועיקרם ביטול ההדגשה שיהדות בולגריה היא חלק מהעם היהודי, משום שהדבר "מובן מאליו" וכן שאין לחייב את היהודים שאינם אזרחי בולגריה (להלן: נתינים זרים), להצטרף לקהילות היהודיות בבולגריה משום שהעניין עלול לגרום לסכסוך דיפלומטי עם ארצות מוצאם. עוד נדרש ביטולו של הסעיף העוסק בתמיכה תרבותית במוסדות בארץ ישראל ולהציב את הרב הראשי בראש הקונסיסטוריה כמייצגה של יהדות בולגריה. חילוקי הדעות הובילו לכך שמשרד הדתות הבולגרי נמנע מעבודה ישירה מול הקונסיסטוריה, אלא דרך הרבנות הראשית בבולגריה. בכך הכיר המשרד בקונסיסטוריה ובתקנותיה דה פקטו, אך לא דה יורה. בהמשך, הסלים המשרד את עמדתו וסירב לאשר מסמכים שהוגשו מטעם הקונסיסטוריה ודרש להגישם מחדש מטעם הרבנות הראשית. בפברואר 1925 דן חיים פרחי יושב ראש הקונסיסטוריה עם שר החוץ הבולגרי בנושא אישור התקנון, והשר השיב שהזמן אינו בשל לכך עדיין. ב-28 במרץ 1926 נפגש בפריז ראש ממשלת בולגריה אנדריי ליאפצ'ב עם ליאו מוצקין, אשר ביקש לאשר את הקונסיסטוריה וכן לתקצב את מערכת החינוך היהודית. ביולי 1926 נערך כינוס הקהילות אשר הטיל על הקונסיסטוריה לפעול להבעת מחאה על אי אישור התקנון. התעוררה מחלוקת קשה בין חברי הקונסיסטוריה על עוצמת המחאה שתובע ובעטייה נערכה הצבעה והקולונל בדימוס אברהם תג'ר נבחר ליושב ראש החדש של הקונסיסטוריה. ב-22 בפברואר 1927 לאחר דין ודברים מתמשך עם משרד הדתות, אישר באופן זמני שר החוץ והדתות אטאנאס בורוב (בולגרית: Атанас Буров) את התקנות להפעלת הקונסיסטוריה. אישור קבוע לפעולת הקונסיסטוריה לא הוענק רשמית מעולם. ביוני 1933 פנו שוב ראשי הקונסיסטוריה למשרדי החינוך והדתות בבקשה לאשר רשמית את התקנון אך לא ניתנה תשובה רשמית. פנייה דומה הועברה גם שנה מאוחר יותר ואף היא נותרה ללא מענה.
פעילות הקונסיסטוריה.
יחסי חוץ.
לאורך שנות קיומה פעלה הקונסיסטוריה בתחומי פנים ובתחומי חוץ הנוגעים לעם היהודי ולשאלת ארץ ישראל. ב-1922 שלחו יושב ראש הקונסיסטוריה חיים פרחי, ממלא מקום הרב הראשי דוד פיפאנו ויושב ראש ההסתדרות הציונית בבולגריה אלברט רומנו, מכתב לחבר הלאומים בז'נבה ובו הביעו את תקוות יהדות בולגריה לאישור המנדט הבריטי על ארץ ישראל. הקונסיסטוריה קיימה קשרים עם הוועד הלאומי בארץ ישראל, עם ועד המשלחות היהודיות בפריז ועם ארגון הג'וינט. נציגי הקונסיסטוריה השתתפו בקונגרס הבינלאומי למיעוטים לאומיים שהחל בכינוסיו לאחר ועידת השלום בפריז, מבין יוזמיו היה ליאו מוצקין והוא נועד להגן על זכויות המיעוטים בשל השינויים הטריטוריאליים המשמעותיים שהתחוללו לאחר מלחמת העולם הראשונה. באוגוסט 1926 מינתה הקונסיסטוריה את אברהם תג'ר ואלברט רומנו כנציגי יהדות בולגריה לקונגרס שנערך בז'נבה. בקשתם של נציגי המיעוט הבולגרי במקדוניה להצטרף לקונגרס נדחתה ואברהם תג'ר נאם למענם וביקש לצרפם לקונגרס. בקשתו נדחתה, אך תמיכת יהודי בולגריה בעניינו של המיעוט הבולגרי במקדוניה עוררה הדים תקשורתיים נרחבים בבולגריה והובילה לשיפור היחסים עם הממשל הבולגרי ולרקימת קשרי ידידות עם ארגון "ברית האחים המקדוניים" בבולגריה.
תג'ר השתתף גם בקונגרס שנערך בציריך באוגוסט 1927. באוקטובר 1927 נערך בסופיה כינוס בינלאומי בהשתתפות יוסיף וילפאן יושב ראש "קונגרס המיעוטים הלאומיים באירופה". הקונסיסטוריה ארחה קבלת פנים מיוחדת לווילפאן בהשתתפות פעילים לזכויות המיעוט הבולגרי במקדוניה ובדרום דוברוג'ה ונישאו נאומים בסוגיות אלו על ידי אברהם תג'ר ושאול מיזאן. באותה השנה ערכה הקונסיסטוריה מגבית למען הפליטים הבולגרים ממקדוניה והועבר סכום של 100,000 לבות לארגון הגג המקדוני. ב-1928 ארגנה הקונסיסטוריה הפגנות מחאה בעקבות הפרעות שנערכו ביהודי קלויזנבורג וגרוסוורדיין שבממלכת רומניה, בהשתתפות ראשי ארגוני יוצאי מקדוניה ודוברוג'ה מקרב האוכלוסייה הבולגרית. ב-1929 הגישו אברהם תג'ר בשם הקונסיסטוריה הבולגרית, מרדכי נורוק מלטביה, אמיל מרגוליס (1943-1877) מצ'כוסלובקיה ויצחק גרינבוים מפולין, מכתב מחאה לחבר הלאומים על הפגיעה בזכויות הגישה של היהודים לכותל המערבי בארץ ישראל בשל מאורעות תרפ"ט. בדצמבר 1929 הוקם ועד "בולגריה פלשתינה" שמטרתו הייתה למסד קשרי מסחר ותרבות בין בולגריה ליישוב היהודי בארץ ישראל ובראשו עמדו אברהם תג'ר ושאול מיזאן ובו היו חברים גם אישי ציבור בולגרים. ב-14 ביולי 1930 אישר מושב הקונסיסטוריה את השתתפותה בדרג משקיף בפדרציה הספרדית העולמית. לאחר עליית הנאצים לשלטון החלה רדיפתם של יהודי גרמניה ובציבור היהודי נמתחה ביקורת על חוסר פעולתה של הקונסיסטוריה בעניין. בראשית 1934 סירב "קונגרס המיעוטים הלאומיים האירופי" להביע מחאה על רדיפת היהודים בגרמניה וראשי הקונסיסטוריה הודיעו על פרישה ממנו. בפברואר 1934 הכריזה הקונסיסטוריה על מגבית לטובת ישוב ילדים יוצאי גרמניה בארץ ישראל ונאספו 650,000 לבות.
הפעילות הפנימית.
בתחום הפנים פעלה הקונסיסטוריה להשגת תמיכה כלכלית בבתי הספר היהודיים, תמכה בקהילות הקטנות והחלשות יותר ונאבקה מול תופעות של אנטישמיות ואפליה. הקונסיסטוריה תמכה בציונות ובארגונים הציוניים, במוסדות תרבות יהודיים והקימה מוסדות כלכליים ומוסדות סעד ועזרה הדדית. הקונסיסטוריה נדרשה גם לשאלת מינויו של רב ראשי חדש ובשל אי אישור התקנון, מונה ב-1920 באופן זמני הרב דוד פיפאנו יליד סלוניקי לממלא מקום הרב הראשי והוא מילא את תפקידו עד ליום מותו ב-5 בדצמבר 1924. באותה העת השליכו המשברים הכלכליים והחברתיים בשילוב העדר מנהיגות דתית כריזמטית על חיי הדת בבולגריה, חלה עלייה בשיעור ההתבוללות, הנישואים הבין-דתיים וכן חלה עלייה בשיעור המרות הדת. הקונסיסטוריה מינתה את המטיף ד"ר צמח רבינר לבחון את הסיבות להידרדרות והוא הגיש דין וחשבון בו טען יש מחסור ברבנים בעלי השכלה, מאמרים בנושאי דת מופצים רק בשפת הלאדינו בה בשעה שגדל מאוד אחוז דוברי הבולגרית. כמו כן בקהילות ערי השדה מספר היהודים קטן ואין באפשרותם לממן מוסדות קהילה ורב. הקונסיסטוריה הנהיגה שיעורי תפילה מיוחדים בבתי הספר היהודיים, קבלות שבת קהילתיות בבתי הכנסת ושיעורי דת פרטיים לתלמידים שלא למדו במערכת החינוך היהודית. במקביל, פעלה הקונסיסטוריה לארגון מחדש של בתי הדין הרבניים והתירה הופעתם של עורכי דין כנציגי הצדדים בבתי הדין. המשבר הכלכלי העולמי של 1929 לא פסח על בולגריה ככלל ועל הקהילה היהודית בפרט. באוגוסט 1930 ביקשה הקונסיסטוריה מממשלת בולגריה להגדיל את התמיכה במערכת החינוך היהודית על רקע מצבה הכלכלי הקשה ומשלא נענתה הגישו חבריה את התפטרותם למשרד הדתות הבולגרי. ב-15 בנובמבר 1930 נערך כינוס חירום של ועדי הקהילות ונבחרה קונסיסטוריה זמנית שחבריה התפטרו אף הם בדצמבר 1931 על רקע המשבר הכלכלי והסכסוך המתמשך עם ראשי קהילת סופיה בסוגיית מעמדו של הרב אשר חננאל. משרד הדתות הבולגרי נאלץ להתערב ולמנות קונסיסטוריה זמנית.
מעבר לתמיכה במוסדות סעד, הנהיגה מחלקת החינוך של הקונסיסטוריה תוכנית הכשרה מקצועיות, ובמסגרתה נערים שסיימו כיתת פרו-גימנסיה במערכת החינוך היהודית (מקביל לכיתה ז' בישראל) ישולבו כשוליות בבתי מלאכה ויסופקו להם ביגוד וכלי עבודה במימון הקהילה. בראשית שנות ה-30 נפתח בסופיה "בית הספר לשוליות אלקטרו-טכניקה" שריכז את ההכשרה המקצועית של נערי הקהילה. ב-1935 נפתחה שלוחה של רשת אורט בסיוע כספי של הקונסיסטוריה וארגון הג'וינט. מפקחים מטעם הקונסיסטוריה ביקרו במוסדות החינוך השונים והגישו דו"חות למליאתה. בשלהי 1935 עלה לישראל חיים פרחי שכיהן כיושב ראש הקונסיסטוריה והיה מראשי יהדות בולגריה והתנועה הציונית. באוקטובר ערכה הקונסיסטוריה מסיבת פרידה לפרחי בהשתתפות ראש הממשלה הבולגרי לשעבר ניקולה מושאנוב, ראש העיר סופיה ונכבדי הקהילה. בטרם עזב את בולגריה התקבל פרחי לשיחה אצל שר החוץ גאורגי קיוסאיבנוב ובהמשך אצל המלך בוריס השלישי שהעניק לו אות הצטיינות על פועלו האזרחי. לאחר עלייתו של חיים פרחי מונה יוסף גירון ליושב ראש הקונסיסטוריה.
במהלך פעולתה, הוציאה הקונסיסטוריה לאור שבועון שנקרא "הביוליטין", אשר הופץ ברחבי בולגריה בין ה-20 באוקטובר 1920 ועד ה-30 בנובמבר 1942 וכלל גם ידיעות על הנעשה בארץ ישראל.
אירועי מלחמת העולם השנייה.
בשלהי שנות ה-30 של המאה ה-20 פעלו ראשי הקונסיסטוריה נגד האנטישמיות בבולגריה אשר הפכה בהדרגה להיות ממוסדת. ב-1937 פנה ועד מיוחד מטעם הקונסיסטוריה ל-60 מדינאים, סופרים, אמנים ואישי ציבור, וערך סקר בנושא גזענות, אנטישמיות והיחס ליהודי הממלכה. בין הנשאלים: אלכסנדר מלינוב, אלכסנדר צאנקוב וניקולה מושאנוב. המשיבים טענו שאין לתורת הגזע בסיס מדעי, היא אינה נסמכת על מדעי החברה והאנטישמיות היא תולדה של בורות וקסנופוביה. עוד עולה מהתשובות כי יהודי בולגריה נתפשו כנאמנים למדינה. חלק מהנשאלים השיבו כי הקהילה היהודית לוקה בנחשלות תרבותית, בחומרנות יתר ובבדלנות. ב-30 באפריל 1939 כונסה מליאה מיוחדת של הקונסיסטוריה אליה זומנו נציגי כל הקהילות המאורגנות. הוחלט שלאור שעת החירום תתקיים אחדות פנימית בין כל התנועות הפוליטיות והיא תישמר גם במסגרת המאמרים בבטאוניהן. עוד סוכם שהקהילות יגדילו את התמיכה הכספית בקונסיסטוריה לצורך טיפול בפליטים יהודים שהגיעו לבולגריה.