גם אם איתרו הבריטים את המשדר, הספיק צוות התחנה להתקפל דקות אחדות לפני שהגיעו הבריטים למקום ומיד היה נכנס לפעולה המשדר החלופי. דרך נוספת למניעת תפיסת המשדרים וצוותי השידור על ידי הבריטים, הייתה תחלופה תמידית של השדרנים למניעת זיהוי קולם. כאשר נודע כי אחד השדרנים זוהה ו"נשרף" היה הלה נכנס לתקופת "צינון" ועבודתו בתחנה הופסקה. גם צוותי האבטחה והתצפית הוחלפו כדי למנוע זיהויים. בכרוזים שהופצו לפני השידורים, צוינו מועד השידור והתדר שלו והמאזינים התבקשו להזמין לבתיהם בשעת השידור את מכריהם ואף להציב את מקלט הרדיו על אדן החלון הפונה לרחוב כדי שתפוצת השידור תהיה מרבית. מוסדות ציבור ועסקים התבקשו גם הם להשמיע את השידור ממקלטי הרדיו שלהם.
בנוסף לדוד כנעני שהיה בעיקר איש הקשר עם ברל כצנלסון ועם אישים אחרים, היה ממונה והאחראי על פעילות התחנה משה כרמיל (צ'רבינסקי). הקריינים היו אהוביה מלכין ויהודית פקר (חכלילי) ובעמדת השידור החלופית ישבו בכוננות הטכנאי יהודה שבח והקריינית רחל צברי.
תוכן השידורים.
שידורי התחנה נפתחו בשריקת השורה "עוד לא אבדה תקוותנו" מתוך התקווה על ידי הקריין או הטכנאי. תוכני השידור היו מורכבים ממידע ומדעות שהבריטים לא רצו שיגיעו לאוזני הציבור ולא יכול היה להם מקום בתחנת השידור הממלכתית ובעיתונות העברית שעבדה תחת ביקורת הצנזורה. בשידורי קול ישראל דווח על דיונים בפרלמנט הבריטי שנגעו לשאלת ארץ ישראל, על פעולות ההעפלה, על פעולות הצבא הבריטי נגד היישוב ושודרו קובצי ידיעות על הנעשה בקרב היישוב הערבי שלוקטו על ידי האגף הערבי במחלקה המדינית של הסוכנות. בנוסף לתוכן חדשותי, שודרו גם קטעי שירה ופרוזה, פרקי תנ"ך, קטעים מ וקטעי הגות מכתביהם של יוסף טרומפלדור ושל יוסף חיים ברנר. חלק מהקטעים נכתבו גם בסמוך לזמני השידור ואף נכתבו במיוחד להם על ידי אישים כמו דוד שמעונוביץ וש. שלום. אך בראש ובראשונה שימשה התחנה אמצעי להבאת דעותיהם של ראשי היישוב לאוזני הציבור. לעיתים קרובות היו התכנים הללו חתומים בשמות אנונימיים כדי למנוע את זיהויים של כותביהם וכדי לשלול את זיהויים ושיוכם לפעולות התחנה. דברים שכבר פורסמו באמצעי תקשורת חוקיים, צוטטו בשם אומריהם. זמן קצר לאחר פתיחתה של התחנה החלו בה גם שידורים באנגלית שנועדו לאוזניהם של נציגי השלטון ולמאזינים ברחבי העולם. בנוסף שודרה פינה שבועית לנוער.
סגירת התחנה.
עם החרפת מצב המלחמה באירופה שהתבטא בעיקר בהצטרפותה של איטליה למלחמה לצידה של גרמניה ביוני 1940, הוחלט על ידי הנהגת היישוב למתן את פעולות המחאה נגד הבריטים. במסגרת זו הוחלט גם להפסיק את שידורי תחנת קול ישראל וב-11 ביוני שודרו דברי פרידה ושידורי התחנה נפסקו. השידור נחתם במילים:
תקופת השידורים השנייה.
הקמת תנועת המרי העברי.
באוקטובר 1945 הוקמה לאחר משא ומתן תנועת המרי העברי שהייתה משותפת להגנה, לאצ"ל וללח"י. הרקע להקמת ארגון גג זה הייתה תחושת האכזבה של היישוב היהודי בארץ ממדיניותה של בריטניה עם תום מלחמת העולם השנייה. הבטחות שניתנו מאנשי מפלגת הלייבור לפני הבחירות שהתקיימו באותה שנה בבריטניה, כי יפעלו להקמתה של מדינה יהודית, התגלו כהבטחות סרק. יתר על כן, הממשלה החדשה המשיכה לדבוק ביתר שאת במדיניות הספר הלבן. בנוסף הייתה תחושה פנימית שהייתה משותפת לכל הפלגים ביישוב היהודי, כי עתה, עם תום המלחמה ולאחר השואה, השעה צריכה להיות שעת אחדות .
חידוש פעולתה של תחנת קול ישראל.
אחת הפעולות של תנועת המרי העברי הייתה חידוש פעולתה של תחנת קול ישראל שהחלה את שידוריה ב-4 באוקטובר 1945. השידורים רוכזו על ידי כתריאל כ"ץ שהיה מנהל מחלקת ההסברה של ההגנה, ויוסף קרקובי (קריב), שהיה מנהל המחלקה היהודית של הש"י. את תוכני השידורים הם היו מביאים לאישורם של משה סנה או של ישראל גלילי. הקריין והרוח החיה מאחורי השידורים היה אלקנה גליבטר (גלי). שהיה ידוע בקולו הדרמטי ושלט גם באנגלית ובערבית. על הצד הטכני של השידורים הופקדו ישעיהו (אישי) למברגר (לביא), שהיה זה ששרק את אות הפתיחה של התחנה, השורה "עוד לא אבדה תקוותנו" מתוך התקווה, ונפתלי (נפתא) רז (רייזר).
שיטת השידורים.
שיטת הפעולה של השידורים הייתה כעת שונה. האמצעים הטכניים לשידור ודרכי הארגון והאבטחה היו יותר יעילים בהשוואה לתקופת השידורים הראשונה בשנת 1940. הוכנו מספר משדרים שבאמצעות כמה שיפורים טכניים, הוכנסו עם כל אביזריהם למזוודה. לרשותו של גליבטר עמדה יחידה מיוחדת של הפלמ"ח. הללו היו מקיפים את אתר השידור, מאבטחים אותו ומודיעים למפעילי התחנה על ידי סימנים מיוחדים על התקרבותם של הבריטים. השידורים בוצעו בעיקר בתל אביב. היתרון בכך היה שקל להתנייד בתוך העיר וגם קל להיעלם במקרה שהתחנה נחשפת. הוכנה רשת של דירות של חברי הגנה נאמנים והשידור בוצע כל פעם מדירה אחרת. בנוסף הותקנו משדרים קבועים בהרצליה, ברמת השרון ובכפר סבא. כאשר הייתה סכנה שתחנה בתל אביב עלולה להיחשף, היא הייתה מפסיקה את שידוריה ועוברת לדירה אחרת. בזמן זה הייתה אחת התחנות מחוץ לעיר ממשיכה את השידורים.
ניסיונות הבריטים לאתר את שידורי התחנה.
שיטת עבודה זו גרמה לבריטים לבלבול ובאותה תקופה הובא לארץ מבריטניה מומחה מיוחד, קפטן ליפסטר, שעליו הוטלה המשימה לאתר את התחנה ולחסלה. עד מהרה התגלה דבר הגעתו והוא הפך ליעד למעקב של אנשי הש"י. בשלב מסוים עלו טכנאי קול ישראל על התדר בו שידר הקפטן את הוראותיו לאנשיו ובהתאם לכך שינו את מיקומם. הגיעו הדברים לידי כך שרכבו של הקפטן נפרץ ונגנבה ממנו מפה שבה סימן את האתרים שעוררו את חשדו כמקומות שמהם שידרה התחנה. סימונים אלה התאימו להפליא למקומות השידור האמיתיים, אך עקב העובדה שהוא חיפש מקומות עם אנטנות גבוהות ולא חשד בכך שהשידור מתבצע מתוך מכשירים שמוטמנים במזוודות, לא עלה בידו לאתר את המשדרים. אנשי קול ישראל העלו רעיון להטמין לו מלכודת על ידי הקמת תחנת ממסר שתשדר מתוך פרדס מבודד ושם ימוקש המשדר, אך ביצוע הרעיון לא אושר על ידי פיקוד ההגנה. כמו בתקופת השידורים הראשונה גם עתה בוצעה תחלופה לכוחות האבטחה והתצפית של הפלמ"ח. לעיתים שותפו בכך חברות הפלמ"ח כדי לא לעורר את חשדם של אנשי הבולשת. חברי וחברות פלמ"ח הקיפו את אתרי השידור תוך כדי שהם מעמידים פני זוגות אוהבים. אחד האתרים שהיו חביבים על צוותי השידור היה בדירה ברחוב סמולנסקין 5 בתל אביב. כבישי העיר לא היו מפותחים אז והגישה למקום לרכבי הבולשת הייתה קשה. אך עד מהרה התברר כי הבריטים עלו על השידורים מאתר זה והוקמה תחנה נוספת בקיבוץ גבעת השלושה. השידור היה מתחיל בתל אביב ובשלב מסוים, כאשר הכריז הקריין את המשפט "הנכם מאזינים לקול ישראל", היה הקריין בגבעת השלושה ממשיך אותו והתחנה בתל אביב מיד הפסיקה את שידוריה ואנשיה היו מסתלקים מהמקום עם ציוד השידור. כשהתברר שהבריטים גילו זאת ונערכו בקיבוץ חיפושים מדוקדקים כולל חיפוש באמצעות מטוסים, הועבר המשדר לגבעת ברנר. התברר כי יתרונותיה של סביבה עירונית עולים לאין ערוך על סביבה כפרית שבה היה קל יותר לבריטים לגלות את מיקום המשדרים, ובשלב זה חזרו לשדר בשיטת השידור שנדד מדירה לדירה בתל אביב. בשלב מסוים התייאשו הבריטים מלאתר את התחנה והחלו בפעולות לשיבוש שידוריה. דבר זה אילץ את אנשי קול ישראל להחליף תדרים תוך כדי השידור. אתרים נוספים שמהם בוצעו השידורים היו על גג הבית ברחוב ריינס 29, ודירותיהם של אישי לביא ברחוב פרוג 32 ושל נפתא רז ברחוב וייזל 6 ששימשו אותם לשידור בתקופת העוצר הגדול בקיץ 1946. השידורים בתקופה זו היו כרוכים במאמצים רבים וקוצרו ל-5 דקות.
תוכני השידור.
כמו בתקופת השידורים הראשונה ב-1940 עסקו השידורים בתכנים שלא יכלו להתפרסם בעיתונות הכתובה ובוודאי לא להיות משודרים בתחנת קול ירושלים הממלכתית. השידורים כללו דיווחים על פעולות המאבק וההעפלה ותגובות לפעולות הבריטים. לאחר אוגוסט 1946, כאשר פורקה תנועת המרי העברי, עסקו השידורים גם במאבק של ההגנה בארגוני הפורשים (האצ"ל והלח"י).
תחנות שידור ברחבי הארץ.
במקביל לפעולתו של קול ישראל, שהתרכזה בעיקר בתל אביב ובסביבותיה, פעלו גם תחנות שידור מקומיות במקומות שונים בארץ על בסיס משדרים של שירות הקשר של ההגנה. בחיפה פעלה ברחוב נורדאו 27 בהדר הכרמל, בדירתו של ד"ר פרגר, תחנת "קול חיפה" שלקחה חלק בארגון המפגינים בעיר בעת גירושי מעפילים מן הנמל. האחראי על התחנה היה אפרים שמואלי שהיה פעיל בהגנה בחיפה. בתקופת מלחמת העצמאות פעלו גם תחנות בירושלים (שם שידרה התחנה מבית החלוצות) ובאיילת השחר. הכינוי של התחנה היה "תלם שמיר בועז" על פי ראשי התיבות באלפבית צלילי של "תחנת שידור במחתרת". על פי עדותו של אישי לביא שמה זה של התחנה נבחר באקראי בעת חידוש פעולתה במהלך חודש דצמבר 1947. התחנה כונתה כך כדי להסוות מפני הבולשת הבריטית את העובדה שמדובר על תחנת שידור מחתרתית. בדיעבד הוצעו ראשי התבות תלם שמיר בועז - תחנת שידור במחתרת או תלם שמיר בועז - לשכת מודיעין עברית, או סברה שאלו שמות המחתרת של ראשי ההגנה. מהדורות החדשות ששודרו בתחנה בתקופה זו שודרו פעמיים: פעם אחת בקצב הכתבה ופעם שנייה בקצב קריאה רגיל. המטרה הייתה להביא את החדשות לידי כוחות ההגנה שישבו במקומות מבודדים בארץ עקב הלחימה והם היו מדפיסים את תוכן החדשות כדי להפיצן לכוחות הלוחמים. ב-14 באפריל 1948 החליפה התחנה את שמה לקול ההגנה, חודש לפני הכרזת העצמאות.
המעבר לקול ישראל הרשמי.