ב-15 באפריל פקע האולטימטום, אך האלימות נפתחה מצד המוסלמים. המפקד הקרואטי ז'יבקו טוטיץ' (Živko Totić) נחטף וארבעה שומרי ראש נהרגו. לטענת הקרואטים, התקיפה בוצעה על ידי כוחות מוג'הידין. בעקבות זאת התפרצה מחדש מלחמה רחבת-היקף בין הצדדים.
ב-16 באפריל הקרואטים תקפו במקביל מספר יישובים מוסלמים בעמק לשבה. הטיהור האתני הגיע לשיאו בטבח אחמיצ'י (Ahmići) באותו היום. ה-HVO תקף את הכפר אחמיצ'י והפציץ אותו. 116 מוסלמים נרצחו, מתוכם 32 נשים ו-11 ילדים מתחת לגיל 11, והכפר ירב. זה היה הטבח הגדול ביותר במלחמה הקרואטית-בוסנית.
בעיירה ויטז ובכפרים הסמוכים אליה, 172 מוסלמים נהרגו ו-5,000 גורשו (1,200 מתוכם נאסרו). הלחימה המשיכה בויטז גם אחרי ה-16 באפריל, וב-18 באפריל פוצצה משאית תופת ליד המסגד בעיירה. 6 אנשים נהרגו ו-50 נפצעו, והחלק המוסלמי של ויטז הושם במצור עד סוף המלחמה. ב-18 באפריל הותקפו גם כפרים בסביבת קיסלייק, בתים של תושבים מוסלמים הועלו באש ו-7 אזרחים נהרגו. ב-19 באפריל הופצצו זניצה וויטז, ו-15 איש נהרגו.
הפסקת אש התקבלה ב-25 באפריל. הכוחות הבוסנים הרחיבו את השטחים שבשליטתם במרכז בוסניה, אך לא הצליחו להשתלט על המובלעות הקרואטיות שנותרו באזור.
המצור על מוסטר.
מוסטר, בירת חבל הרצגובינה, מחולקת על ידי נהר הנרטבה לצד המזרחי, בו חיו בעיקר מוסלמים, ולצד המזרחי שהיה קרואטי ברובו. בתקופת יוגוסלביה, הן המוסלמים והן הקרואטים מנו כשליש מהאוכלוסייה. בעקבות המלחמה עם הסרבים, בין 16,000 ל-20,000 פליטים מוסלמים נמלטו למוסטר, והמוסלמים היו לרוב. המתיחות בין הצדדים החלה להתגבר.
לאחר שהוסר המצור הסרבי על העיר בשיתוף פעולה מוסלמי-קרואטי, פתחו הקרואטים במצור בן תשעה חודשים על העיר החל ממאי 1993. ב-9 במאי 1993 פתחה מועצת ההגנה הקרואטית במתקפה מתוכננת-היטב על מוסטר והעיר הופצצה במרגמות ותותחים. ה-HVO שלט בדרכים לעיר ומנע את כניסתם של ארגונים בינלאומיים. תחנת הרדיו הורתה למוסלמים לתלות דגל לבן מחוץ לחלונותיהם.
הקרואטים השתלטו על מערב העיר וכ-13 אלף מוסלמים גורשו לצד המזרחי. הכוחות הקרואטים ביצעו טיהור אתני במוסלמים שבמערב העיר, אשר כלל רציחות, גירושים ומעשי אונס. הפצצות ה-HVO החריבו חלק גדול ממזרח מוסטר ומהאתרים ההיסטוריים בעיר. אלפים נהרגו ונפצעו.
צבא העם היוגוסלבי, ה-JNA, החריב את הגשרים בעיר לפני נסיגתו מבוסניה, למעט הגשר הישן. הגשר נבנה על ידי העות'מאנים במאה ה-16. במלחמת בוסניה, הן הסרבים והן הקרואטים ראו בו וברחובות העיר העתיקה שסביבו סמל מוסלמי ויירטו אותו באופן תדיר. ב-1992 נפגע הגשר מהפגזות של כוחות סרביים, וביום 9 בנובמבר 1993 בשעה 10:15 הרסו כוחות מועצת ההגנה הקרואטית את הגשר והפילוהו לנהר. הריסת הגשר, שהיה סמלה של מוסטר ושל האחדות בעיר, היא מסמליה המוכרים של המלחמה הקרואטית-בוסנית.
מתקפה בוסנית.
ביוני 1993 פרצה לוחמה נוספת במרכז בוסניה, בין היתר בגלל התחזקות הצבא הבוסני. גורם נוסף היה תקרית בין (UNPROFOR) לקרואטים שכונתה "שיירת השמחה". שיירת סיוע הומניטרי בת מאות משאיות ובאורך שבעה קילומטרים שיועדה לטוזלה (Tuzla) שבעמק לשבה. השיירה עשתה את דרכה למרכז בוסניה כשנעצרה על ידי המון של נשים קרואטיות צפונית לנובי טרבניק. השיירה הותקפה, שמונה נהגים נורו למוות והשיירה נבזזה על ידי אזרחים וחיילים. בסופו של דבר השיירה שוחררה. הגדוד הבריטי שליווה את השיירה ירה למוות בשני חיילי HVO בהגנה על השיירה.
למרות תקריות ועימותים, שני הצדדים נמנעו מהסלמת המלחמה במהלך חודש מאי. ב-3 ביוני 1993 פתחו הבוסנים במתקפה. ב-4 ביוני תקפו כוחות ARBiH את כוחות ה-HVO בטרבניק (Travnik). הדבר הוביל לגל פליטים קרואטים. בהמשך השבוע תקפו הבוסנים את הכפרים הסובבים את טרבניק, ועד ה-13 ביוני טרבניק וסביבתה היו בשליטת ה-ARBiH. לראשונה נטלה הרפובליקה של בוסניה והרצגובינה את היוזמה נדג ה-HVO במרכז בוסניה; במקרים הקודמים (גורני ואקוף, עמק לשבה, מוסטר) הבוסנים הגיבו למתקפות הקרואטים.
במהלך המתקפה ביצעו המוסלמים מעשי טרור נגד הקרואטים. ב-9 ביוני דיווח UNPROFOR שהבוסנים שיגרו מתקפה במערב זניצה (Zenica) והשתלטו על מספר כפרים. ב-10 ביוני דווח על פריצת לוחמה כבדה, והגדוד הבריטי ייסד "נוכחות הגנתית" בגוצה גורה (Guca Gora), שם 186 אנשים (בעיקר נשים וילדים) מצאו מקלט בכנסייה. מפקדת UNPROFOR דיווחה שה-ARBiH החליט למצוא פתרון משלו למרכז בוסניה, תוך שהוא מציין: "טיהור אתני, שוד, ביזה והוצאות להורג הם המאפיינים העיקריים של הימים האחרונים. נדמשה שהבוסנים שולטים במצב אף על פי שה-HVO הקרואטים עדיין שולטים במספר מקומות".
מתקפות הקרואטים.
ה-HVO ביקש להתנקם בבוסנים על המתקפה. ב-9 ביוני פרצה שוב לחימה בנובי טרבניק, שנמשכה עד חתימת הסכם וושינגטון בפברואר 1994. קו החזית עבר במרכז העיר ולא השתנה במהלך הסכסוך. במהלך יוני 1993, בניין בשם "סטארי סוליטר" (Stari Soliter) עמד במרכז הלחימה. בתוך הבניין נלכדו 57 אנשים למשך שלושה חודשים. תחילה סירב ה-HVO לפנות את הבניין אך בספטמבר הם פונו בעסקת חילופין בעבור כפריים קרואטים שלכד ה-ARBiH. כ-15 אלף פליטים נמלטו מסביבת טרבניק.
ב-12 וב-13 ביוני, תקף ה-HVO כפרים בסביבת קיסלייק (Kiseljak) שממערב לסרייבו. ראשון הותקף הכפר טוזלה (Tuzla). ב-12 ביוני תקף ה-HVO את הכפר. ההתקפה החלה בהפגזה כבדה, ובעקבותיה תקיפת חיל רגלים ממספר כיוונים. הכפר נחרב, ולפחות 12 אזרחים נהרגו. לאחר מכן, הותקפו שני כפרים נוספים: חאן פלוצ'ה (Han Ploča) וגרחובצי (Grahovci). ה-HVO הציב להם אולטימטום להיכנע, ולאחר שהאולטימטום פקע, הופגזו הכפרים על ידי כוחות HVO וצבא רפובליקה סרפסקה. לאחר שהקרואטים נכנסו לכפרים, הם רצחו אזרחים מוסלמים בהם ולקחו אחרים לאתרי כליאה. 64 אזרחים נהרגו במתקפה ובתקופת כליאתם.
המשך המלחמה.
מיוני 1993 ועד סוף המלחמה, עיקר היוזמה הייתה בידי ה-ARBiH. הצבא הבוסני הצליח לכבוש שטחים מה-HVO והכוחות הקרואטים במרכז בוסניה ובעמק לשבה כותרו במספר מובלעות, חלקן גם על ידי הסרבים.
ב-27 ביולי התחדשו שיחות השלום בז'נבה וב-30 ביולי איזטבגוביץ', בובאן וקרדז'יץ' הסכימו להפסיק את הלחימה ולאחד את שלוש הישויות בבוסניה והרצגובינה. ב-28 באוגוסט הקהילה הקרואטית של הרצג בוסניה הכריזה על עצמה בתור "הרפובליקה הקרואטית של הרצג-בוסניה".
בספטמבר 1992, הצבא הבוסני פתח במבצע בשם "נרטבה 93" נגד צבא קרואטיה ומועצת ההגנה הקרואטית, במטרה להסיר את המצור על מוסטר ולשחרר חלקים מהרצגובינה. המבצע נעצר לאחר שנודע על טבח של אזרחים קרואטים ועל לחימה קשה שגרמה אבדות כבדות לשני הצדדים.
ב-23 באוקטובר הקרואטים ביצעו את טבח סטופני דו (Stupni Do). הכפר סטופני דו נמצא צפונית לסרייבו וכמעט כל תושביו היו מוסלמים. הכוחות הקרואטים באזור כותרו ונדחקו הן על ידי ה-ARBiH והן על ידי צבא רפובליקה סרפסקה. כוחות ה-TO בכפר מנו כ-50 איש מצוידים בדלילות, ורובם היו ללא הכשרה צבאית. ב-23 באוקטובר, ה-HVO תקף את הכפר. הכוחות קיבלו אישור לעבור דרך השטח בשליטה הסרבית כדי לשמור על גורם ההפתעה, ו-38 אזרחים נרצחו. הטבח נחשב לשני בגודלו במלחמה הקרואטית בוסנית, לאחר טבח אחמיצ'י.
עד אוקטובר 1993, מתקפות ה-ARBiH נהיו תכופות יותר, והבוסנים כבשו מהקרואטים שטח רב. עם זאת, הכוחות הקרואטים החזיקו בנשק מתקדם יותר ובקווי אספקה קצרים יותר. כוחות ה-ARBiH התבססו על חיל רגלים קל הנעזר במרגמות, וחלק קטן של חי"ר ממוכן וממונע וארטילריה. כוחות HVO היו נצורים במובלעות במרכז בוסניה ועמק לשבה, אך דבר זה אפשר להם תנועת כוחות מהירה. ה-ARBiH שיגר התקפות כושלות על המובלעת הקרואטית באזור ויטז-בוסובצ'ה בספטמבר 1993 ובדצמבר, ומתקפה מוצלחת בינואר 1994. הבוסנים פעלו לטהר את הבתים מלוחמים, דבר שהביא להרוגים אזרחיים רבים.
בסופה של המלחמה, הרפובליקה של בוסניה והרצגובינה שלטה על רוב מרכז בוסניה ועל חלקים מהרצגובינה.
סיום המלחמה.
המלחמה תמה רשמית ב-23 בפברואר 1994, עם חתימת הגנרל אנטה רוסו (Ante Roso), מפקד מועצת ההגנה הקרואטית, והגנרל רסים דליץ' (Rasim Delić), מפקד הצבא הבוסני, על הסכם הפסקת אש בזגרב. במרץ 1994 נחתם הסכם שלום בתיווך אמריקני בין הקרואטים (אותם ייצגה קרואטיה) לבין בוסניה והרצגובינה, הסכם אשר נקרא הסכם וושינגטון. במסגרת ההסכם, השטחים שנשלטו בידי הקרואטים והרפובליקה של בוסניה והרצגובינה חולקו לעשרה קנטונים אוטונומיים, ויוסדה הפדרציה של בוסניה והרצגובינה. בתחילת המלחמה שלטה הקהילה הקרואטית של הרצג בוסניה על יותר מ-20 אחוזים משטחה של בוסניה והרצגובינה, אך בסופה היו תחת שליטה פחות מעשרה אחוזים.
בכך הסתיימה המלחמה בין הקרואטים למוסלמים בבוסניה והרצגובינה, והם שיתפו פעולה נגד הסרבים. מלחמת בוסניה נמשכה עד 1995. לאחר טבח סרברניצה ביולי 1995, נאט"ו פתח בהפצצות נגד הסרבים באוגוסט. קרואטיה עמדה לצד הפדרציה של בוסניה והרצגובינה, ובסדרת מתקפות משותפות הצליחו להטות את הכף לטובתם. בתחילת אוגוסט 1995 יצא לדרך מבצע סערה, הנחשב גם לחלק ממלחמת העצמאות של קרואטיה, ובמהלכו שיתפו פעולה קרואטיה ובוסניה והרצגובינה נגד הצבאות הסרבים שבשטחי שתי המדינות, והצליחו להכריע את הרפובליקה הסרבית של קראינה.