במקביל, בשנים 1963–1966 עבד במחלקת הסעד של עיריית תל אביב כחוקר ראשי בפרויקט ניסויי חדשני, שלווה במחקר, ומומן על ידי ממשלת ארצות-הברית ומשרד הסעד בישראל. הפרויקט עסק בשיקום צעירים, חברי חבורות רחוב, בשכונות מצוקה. המחקר פורסם ב-1967 על ידי מנהל הפרויקט עם אריה לייסנר, עם ניסן רובין וסלי בורס, בשני כרכים תחת הכותר Forces Acting in Street Corner Groups. תרגום עברי מקוצר הופץ על ידי משרד הסעד ושימש כחומר לימוד בבתי ספר לעבודה סוציאלית. על-פי מסקנות מחקר זה הוקמו יחידות "קידום נוער" לטיפול בנערי קרנות-רחוב בהרבה מהרשויות המקומיות בישראל. זה היה מחקר-פעולה אנתרופולוגי שקירב אותו לשיטות המחקר האיכותניות. מכאן ואילך התמקד במחקריו בשיטות אלו ובאמצעותן גם כתב את התיזה שלו לתואר שני, בהדרכת פרופ' יעקב כ"ץ מהאוניברסיטה העברית, שעסק בכמה היבטים של האבל בתקופת המשנה והתלמוד. זה היה הבסיס למחקר המקיף יותר בעבודת הדוקטור שלו שהייתה ניתוח סוציולוגי של דפוסי האבל היהודיים בתקופת המשנה והתלמוד, שכתב בהנחייתו של פרופ' סלומון פול, באוניברסיטת בר-אילן. ספרו "קץ החיים" הוא עיבוד מאוחר יותר של העבודה.
ב-1989 היה בין היוזמים והמקימים את "Canada-Israel Conference on Social Scientific Approaches to the Study of Judaism" . התקיימו שלושה כינוסים בקנדה ובישראל ופורסמו שני כרכים של מאמרים שהוגשו לכנסים. כנסים אלה הגבירו את המודעות לחשיבות השילוב של מתודות מדעי החברה עם מתודות מדעי הרוח.
רובין התמנה למרצה במחלקה לסוציולוגיה ולאנתרופולוגיה באוניברסיטת בר-אילן בשנת 1978, התמנה למרצה בכיר ב-1982, התמנה לפרופסור חבר ב-1989, בשנת 1997 התמנה לפרופסור מן המניין. עמד בראש המחלקה בשנים 1984–1987. עמד בראש ועדת הסטטוס של האוניברסיטה בשנים 1991–1998, שימש כיו"ר הוועד המנהל של "המכון לחקר קהילות" באוניברסיטת בר-אילן בשנים 1991–2002, כן שימש כיועץ הרקטור לענייני סטודנטים, והיה חבר הוועדה המרכזת של האוניברסיטה בשנים 1998- 2001. בשנת 2002 פרש לגמלאות כפרופסור אמריטוס מאוניברסיטת בר-אילן. רובין שהה בשבתונים באוניברסיטת הרווארד (1983), בקבוצת המחקר בסוציולוגיה של הדת במרכז הלאומי למחקר מדעי בפריז (1993) ובין 1988 עד לפרישתו מן האוניברסיטה, מספר פעמים באוניברסיטת אוקספורד ב- Oxford Centre for Postgraduate Hebrew Studies.
לאחר פרישתו לגמלאות מאוניברסיטת בר-אילן הקים וניהל בין השנים 2008–2016 את המחלקה לסוציולוגיה ולאנתרופולוגיה במכללה האזורית אשקלון.
מחקריו.
רובין עוסק במחקריו בשני תחומים עיקריים. תחום אחד עוסק בחקר סוציולוגי ואנתרופולוגי של החברה היהודית בתקופת המשנה והתלמוד, כפי שהיא משתקפת בספרות חז"ל. חברה זו הייתה בעיקר מושא למחקריהם של חוקרי תלמוד, היסטוריונים ופילולוגים ורובין היה מהחלוצים ביישום תפישות סוציולוגיות ואנתרופולוגיות על חברה זו. רובין מתבסס על גישתו של יעקב כ"ץ בחקר ההיסטוריה החברתית של העם היהודי. הגישה מתבססת על בניית מודלים של "טיפוס אידיאלי" לפי שיטתו הקלאסית של מקס ובר. תחום אחר של עיסוקו הוא חקר סוציולוגי ואנתרופולוגי של טקסים בחברה בת זמננו. הדגש במחקריו הוא על חקר של טקסים לא-רשמיים ושל טקסים פרטיים, הן של קבוצות והן של יחידים, בחברה המודרנית ובחברה הפוסט-מודרנית שלכאורה מתעלמות מטקסים.
הטרילוגיה.
הפרי העיקרי של עבודתו המחקרית בספרות חז"ל הוא הטרילוגיה העוסקת בטקסי מעגל החיים של החברה היהודית כפי שהם באים לידי ביטוי במקורות חז"ל. שלושת הספרים: ראשית החיים, קץ החיים ושמחת החיים בנויים על מודל אנתרופולוגי של טקסי מעבר. כל ספר מציג מונוגרפיה של הטקס וגם עוקב אחר שינויים במערכות הטקסים שמתרחשים בטווח ההיסטורי הארוך, במקביל לשינויים במבנה החברתי.
ראשית החיים: טקסי לידה, מילה ופדיון הבן במקורות חז"ל.
ספרו זה של רובין בטרילוגיה זו ראה אור בהוצאת הקיבוץ המאוחד בשנת 1995. הספר פותח במבוא תאורטי על משמעות הטקס בחברה ומבחין בין טקסי לידה בפיקוח גברים לבין טקסי לידה שבפיקוח נשים. הוא מראה כיצד הטקסים משקפים את מעמדה המעורער של האישה בחברה פטריארכלית, את המשמעות האנתרופולוגית של טומאת הנידה, ואת משמעות השוני של משך זמן טומאת-יולדת לאחר לידת זכר ולאחר לידת נקבה.
הפרק השני הוא על הלידה. הוא עוקב אחר "טכניקות" של תכנון מין העובר; דן בשאלת זמן כניסת הנשמה לגוף (עמ' 45 – 49); וממתי העובר הוא ישות עצמאית. לשאלה זו השלכות על המתת עובר ודין "רודף", כאשר לידת התינוק עלולה לגרום למות האם (עמ' 61 – 63). הפרק דן גם באמונות שקשורת בלידה; בשדים ורוחות המסכנים את היולדת ובטקסי ההתגוננות מפניהם באמצעות קמעות ולחשים. עוד מבקש הפרק להבין את ההחמרה במשך הדורות בדיני הנידה ובדיני טומאת היולדת.
בפרק השלישי, על ברית המילה, דן רובין בתחילה במשמעות האנתרופולוגית של המילה ואחר-כך במכלול המנהגים שלפני המילה, במנהגי המילה עצמה ובמנהגים שאחרי המילה ועוקב אחר שינויים שניתן לזהותם. אחד מחידושיו הוא שמלכתחילה לא כללה המילה את פריעת עור העורלה אלא רק את כריתתה, דבר שאיפשר את "משיכת העורלה" דהיינו את שחזורה, כך שהמבקשים לפרוש מן העולם היהודי היו יכולים להסתיר את יהדותם, כמעשי מתייוונים בזמנו, או כמושכי עורלה בימי גזרות אדריינוס ומרד בר כוכבא. לאחר המרד תיקנו חכמים את פריעת העורלה. מעתה הפריעה מנעה את משיכת העורלה, והקשתה את העריקה מהחברה היהודית (עמ' 100 – 102).
הפרק הרביעי הוא על הבכורה וטקס פדיון הבן. בפדיון הבן חייב בכור לאם ולא בכור לאב (יש עוד סוגי בכורה הפטורים מפדיון). רובין מצביע על שאלת מקום עריכת הטקס בזמן המקדש ובזמן שלאחר החורבן (עמ' 129 – 130). הוא מראה כי חמשת השקלים שהכהן היה מקבל היו סכום נכבד לשכיר יום והשתווה להכנסה חודשית, ולכן עלו פרקטיקות שונות להקלה על החייבים בפדיון: תחילה פדיון בחפצי ערך שהוחזרו לבעליהם ואחר כך בסכום נמוך של מעות שעליהן "התחללו" החפצים" (עמ' 131 – 135).
קץ החיים : טקסי קבורה ואבל במקורות חז"ל.
זהו הספר השני בטרילוגיית ספריו של רובין והוא יצא לאור בשנת 1997 בהוצאת הקיבוץ המאוחד. בספר הזה הוא הרכיב טיפוס אידיאלי של טקסי האבל היהודיים בספרות חז"ל. הוא ניתח את טקס האבל על שלביו השונים באמצעות המודל האנתרופולוגי של טקסי המעבר (פרקים א-ב).
הספר מקדיש פרק על תפישת החכמים את היחס שבין גוף ונפש. רובין מראה על מעבר מהתפישה המקראית שגוף ונפש הם יחידה פסיכופיזית אחת, עד לתפישה הדואליסטית, שהשתרשה אחר תקופת מרד בר כוכבא, שדגלה בהפרדה בין גוף לנפש (פרק שלישי). בספר התייחס רובין להיקף המעגלים החברתיים החייבים להשתתף באבל ולשינויים שחלו בהיקף האבלים – מחובת אבל של כל בני המשפחה המורחבת ועד לצמצומה כדי חיוב המשפחה הגרעינית בלבד - בעקבות שינויים שחלו במבנה משפחה (פרק רביעי). מקום נכבד תופסים הדיונים בשלבי האבל, החל באונן וכלה בשנת האבל הראשונה (פרק חמישי), ובטיפול במת ובקבורתו (פרק שישי).שני פרקים עוסקים במנהגי האבל ובטקסים המארגנים את היחסים בין האָבל לסביבתו החברתית (כמו "שורות", הספדים, ניחום אבלים סעודות הבראה ועוד). רובין חוקר שינויים שחלו במנהגים אלה וקושר אותם לשינויים שהתחוללו במהלך הדורות במבנה החברתי של הקהילה היהודית בארץ-ישראל ובבבל (פרקים שביעי ושמיני). מול המנהגים היהודיים המסורתיים מובאות דוגמאות מחברות שונות, כולל מנהגי האבל של הקיבוצים בישראל (עמ' 31 – 36).
שמחת החיים: טקסי אירוסים ונישואים במקורות חז"ל.
זהו הספר השלישי בטרילוגיית ספריו של רובין והוא התפרסם בשנת 2004 בהוצאת הקיבוץ המאוחד. הספר מנתח את טקס הנישואים והאירוסים כטקס מעבר כפי שהם משתקפים במקורות ההלכתיים והאגדיים של חז"ל, מנקודת מבט אנתרופולוגית. הספר מתאר את כל שלל הטקסים שמהשידוכים והאירוסים, דרך הטקסים של העברת הכלה מביתה לבית החתן, ולבסוף טקסי הנישואים בבית החתן.
מתוך ניתוח הטקסטים מעלה רובין דעות של חכמים על מעמד האישה ומעמד הגבר (פרק א) ; את שאלת גיל הנישואים ופער הגילים בין החתן לכלה (פרק שני); איך בוחרים בני זוג (פרק שלישי); טקס האירוסים וההסדרים הכלכליים שהמשפחות היו עורכות ביניהן (פרק רביעי). פרק מיוחד עוסק בטקס המורכב של העברת הכלה מבית הוריה לבית החתן, בייפוי הכלה בבגדים וקישוטים ובהעלאתה לדרגת אייקון המייצג את משפחתה, זאת למרות מעמדה הנחות של האישה בחברה (פרק חמישי). מהות החופה, מיהם השושבינים של החתן והכלה, ברכת החתנים בשבעת ימי המשתה, ברכת הבתולים ומנהגי "זכר לחורבן" נידונים בפרק על הנישואים (פרק שישי). רובין בודק את השינויים שחלו בתחומים הללו במשך השנים וקושר אותם לתהליכי שינוי במבנה החברתי של הקהילה.
Time and Life Cycle in Talmud and Midrash: Socio-Anthropological Perspectives.
הספר יצא לאור בהוצאת Academic Studies Press בבוסטון, בשנת 2008 והוא עוסק בהיבטים סוציולוגיים ואנתרופולוגיים של חקר ספרות חז"ל. בספר מכונסים מאמרים שראו אור מעל במות שונות.