רק מקורות כתובים מעטים הגיעו אלינו על תקופת הדעיכה של הלימס של גרמאניה סופריור-רייטיה. היסטוריונים הניחו אפוא זמן רב כי הלימס הותקף והתמוטט בהתקפה יחידה של הטבטונים בשנים 259 וב-260 לספירה. חקירות וממצאים ארכאולוגיים מאוחרים יותר מראים, עם זאת, שהדעיכה במאה ה-3 לספירה התרחשה לאט ובכמה שלבים וכי היו גם הבדלים בין המקטעים בגרמאניה סופריור למקטעים ברייטיה. צירוף המקרים של מספר גורמים פנימיים וחיצוניים הוביל לתהליך של התדרדרות מתמשכת.
קרבות בתקופת אלכסנדר סוורוס.
הלחץ על הגבול הצפוני של רומא גבר כבר בסוף המאה השנייה; מחקרים עדכניים יותר מצביעים על כך שהדבר יכול היה לנבוע בין השאר מקבוצות אתניות שהיגרו מפנים גרמאניה, שלא עברו רומאניזציה והיו תוקפניות יותר כלפי האימפריה. הקיסר קומודוס חידש והרחיב כמה ביצורי גבול בסביבות שנת 185. בשנת 213 ביצע הקיסר קרקלה מסע עונשין מעבר ללימס. הסיבה העיקרית לשקיעתו או לנטישתו של הלימס היא, מצד אחד, בשימוש הגובר בכוחות צבאיים עקב עימותים במחוזות המזרחיים. האימפריה הרומית ראתה עצמה ניצבת בפני אתגר הולך וגובר מצד שכנתה המזרחית, האימפריה הסאסאנית הפרסית, שנוסדה בשנת 224 לספירה. בתגובה, יותר ויותר כוחות צבא, במיוחד פרשים, הוצאו מהלימס. הקיסר הצעיר אלכסנדר סוורוס ניהל מערכה נגד הסאסאנים יחד עם אימו יוליה בשנת 232 לספירה. הכוחות שהוצבו על הגבולות במזרח הוכיחו את עצמם כלא אמינים בגלל מרד, כך שהקיסר נאלץ להקצות יותר כוחות מהלימס. בקרבות עם הסאסנים לאחר מכן, שלוו באבדות כבדות, אף אחד משני הצדדים לא הצליח להשיג ניצחון, והם הסתיימו בלא שנחתם הסכם שלום.
מצד שני, השבטים הגרמאניים, כלומר הקונפדרציה של האלמאנים, ניצלו את היחלשות קווי ההגנה הרומיים כדי לבזוז ולהשמיד בשנת 233 לספירה. באותה תקופה היו כנראה רק כוחות רגלים של חיל העזר לאורך הלימס, שלא היה בכוחם לעמוד מול התקפת השבטים הגרמנים, שכעת היו מאורגנים בקבוצות שבטיות גדולות באופן שונה מבעבר, ולכן ידעו ביתר קלות כיצד לגייס יחידות חזקות יותר. פשיטות הביזה הובילו את הטבטונים אל הריין ולמורדות הרי האלפים. כמה מחנות, כולל מצודת זאלבורג, נהרסו. ניתן לזהות ארכאולוגית שכבות הרס מתקופה זו, למשל במצודת אוסטרבורקן. שרידי שלושה אנשים לפחות שמתו באלימות נמצאו באזור החפיר של חיל המצב באוסטרבורקן.
נאמר כי הכוחות הרומיים שלחמו בפרסים במזרח דאגו לקרוביהם בגאליה. כל זה הניע את אלכסנדר סוורוס ואימו להגיע ללימס של גרמאניה סופריור-רייטיה בשנת 235. הם הקימו את המטה בעיר הלגיון מוגונטיאקום. הלגיונרים קיוו לשלל, תגמול וניצחון קל על הטבטונים. עם זאת, אם הקיסר רבת ההשפעה שרצתה לחסוך בעלויות החלה לנהל משא ומתן עם הטבטונים על מנת להימנע ממערכה יקרה. לכן, הכוחות הרומיים מרדו והעלו את הקצין שהיה אחראי על הכשרת הכוחות שזה עתה גויסו, מקסימינוס תראקס, לקיסר. ככל הנראה נרצחו אלכסנדר סוורוס ואימו בברצנהיים (פרוור של מיינץ) במרץ 235.
מקסימינוס הבטיח הגדלת שכר, קצבאות מיוחדות וחנינה לכל העונשים המשמעתיים. בקיץ 235 לספירה הוא הוביל מערכה עמוק לתוך אזורי ההתיישבות הגרמניים (ראו גם קרב הרי ההארץ). הסכנה נמנעה למשך זמן מה, ביצורים נבנו מחדש וחוזקו חלקית.
התדרדרות כלכלית.
הביצורים חודשו לאחר חוויית הביזה של שנת 233, וככל הנראה הותאמו לתנאים החדשים. סביר להניח כי מערכת החומות והחפירים ששימשו כמחסום כנגד צבאות הפרשים הורחבה רק אז בביצורי הלימס של גרמאניה סופריור, בנוסף או כתחליף לגדר בולי העץ. עם זאת, רבים מהיישובים האזרחיים שהושמדו כבר לא נבנו מחדש. ממצאים ארכאולוגיים מאשרים את הצורך בתיקונים במהירות של מבני המשק. לא רק בנייני מגורים ובתי מרחץ כבר לא נבנו מחדש בגודלם הקודם, אלא שנראה כי גם מבצרים בודדים הצטמצמו באותה תקופה. חפירות בתוך המבצרים קפרסבורג ומילטנברג-אוסט הראו צמצום של פנים המבצר.
הסיבה לשיקום המהוסס הייתה אולי העברות הכספים המופחתות לאזור הגבול. בעוד שהקיסר קרקלה הצליח לרכוש את תמיכת חייליו במערכה נגד האלאמנים ועמים גרמאנים אחרים על נהר המיין בשנת 213 לספירה באמצעות שכר מוגדל מאוד ובבונוסים נדיבים תכופים, עמדתו כלפי יציבות ערך הכסף והמדיניות הכלכלית של יורשיו היו הרת אסון. אפילו אלכסנדר סוורוס כבר לא יכול היה לספק את הציפיות המוגזמות של החיילים. התוצאה הייתה מלחמות אזרחים והתחלפות קיסרים מהירה. שוב ושוב הוצאו כוחות מהלימס להסדרת סכסוכים פוליטיים פנימיים. הקיסר מקסימינוס תראקס, הלך בעקבותיו עם חייליו כבר בשנת 236 לספירה בפאנוניה, וב, 238 לספירה, הוא נרצח על ידי בני עמו בדרך לרומא במהלך המצור על העיר אקוויליה. התרחבות הלימס וכוח הקנייה הגבוה של כוחות הצבא היו הגורמים לתנופה הכלכלית למלאכות יד, סחר ושירותים באזור הגבול. כעת גרמו גם הכוחות ההולכים ומתמעטים להתמעטות האוכלוסייה. המחסור בכסף ועבודה פגם בשיקום הלימס.
מצד שני, נראה כי הלחץ של מעבר אוכלוסייה מאזור אירו-אסיה לגבולות הריין והדנובה גבר. שלישית, גם סכסוכים רומיים פנימיים מילאו תפקיד חשוב. אולם מעל לכל, ככל הנראה מעולם לא הייתה כוונתם של הרומאים להשתמש בלימס של גרמאניה סופריור-רייטיה כמתקן הגנה צבאי - ייתכן שהיו יוזמות כאלו לאחר 235, אך הלימס היה ונשאר גבול של שלום.
הפשיטות הגרמאניות בשנים 259–260.
מחקרים נומיסמטיים ודנדרוכרונולוגיים מצביעים על כך שהחלק של רייטיה בלימס ננטש זמן קצר לאחר שנת 254 לספירה, בתקופת שלטונו של הקיסר ולריאנוס (253–260). כך למשל, בתחילת הקיץ של שנת 254 לספירה הפך הכפר-מחנה של מצודת בוך ברייטיה לעיי חורבות. בניגוד לכך, החלק הדרומי של המקטע של גרמאניה סופריור של הלימס של פורדרן (Vorderen Limes) התקיים עוד מספר שנים אחר כך. עובדה זו קיבלה אישוש באמצעות ממצאים מאוחרים של מטבעות עד זמנו של הקיסר גליאנוס, שהתגלו במצודה הקטנה של הסלבורג (Kleinkastell Haselburg) ובמצודה הקטנה רוטלזה (Kleinkastell Rötelsee). הארכאולוג מרקוס שולץ מניח כי הלימס על הטאונוס והלימס בווטראו נפלו מוקדם יותר מאשר בדרום. ממצאי מטמון רבים מוכיחים אז את הפלישות הגרמאניות בשנים 259 ו-260 לספירה, מה שהוביל בסופו של דבר לנטישת כל הלימס של גרמאניה סופריור-רייטיה. פלישות אלה התרחשו בזמן המשבר באימפריה הרומית. בין הממצאים "המטמון של נאופוץ" (Hortfund von Neupotz) שנחשף בשנים 1967–1997 במהלך דליית חצץ מיובל קדום של הריין ליד נאופוץ. הוא שייך לאותה תקופה כמו ממצא המטמון מהגנבאך (Hortfund von Hagenbach) או לממצא המטמון מאוטרשטאדט (Hortfund von Otterstadt). בסך הכל ידועים כיום 18 אתרי ממצאים מהמאה ה-3 מהריין בין סלץ למנהיים. התקדמות אדירה של השבט הגרמאני של ה לאיטליה בשנים 259–260 ידועה באמצעות . עם זאת, עקבות לחימה והשמדה אלימה נמצאו במצודות מעטות ביותר של הלימס, ולכן חוקרים רבים מניחים כיום כי חומת הגבול עצמה לא נכבשה, אלא פונתה פחות או יותר על פי התוכנית: המצב הצבאי שהשתנה באופן דרסטי הפך את המתקן למיותר. לכן סביר להניח שמצודות רבות נשרפו על ידי הכוחות הרומיים עצמם כדי שלא יפלו לידי האויב.
זמן קצר לאחר ההתקפות הגרמאניות הכבדות סביב שנת 260, הוחלט לסגת לגדה המערבית של הריין ולגדה הדרומית של הדנובה עם קו ההגנה החדש של הלימס דנובה-אילר-ריין (Donau-Iller-Rhein-Limes). גבולות הנהר היו הרבה יותר נוחים להגנה. הלימס של גרמאניה סופריור-רייטיה ננטש למעשה, גם אם החיים נמשכו בחלק מכפרי המחנה על הלימס לשעבר. לדוגמה, לאחר ההרס בסביבות 254 לספירה, יושרה הקרקע במצודת בוך ההרוסה והחל השיקום בקנה מידה מצומצם. חלק מהכוחות הרומאים הנסוגים קברו ציוד וכלי עבודה ליד מצודותיהם, כנראה התכוונו לחזור במועד מאוחר יותר ברגע שהאזור יירגע שוב. קיים חשד לקשר עם הקרבות בין המורד , שייסד את האימפריה הגאלית, שהתנתקה מהאימפריה הרומית בשנת 260, לבין הקיסר הלגיטימי גליאנוס. הכוחות נדרשו במקום אחר ולכן הגבול היה חשוף.
לא ניתן להוכיח שכל האזור בגדה הימנית של הריין פונה על ידי הרומאים יחד עם הלימס, כלומר שהאוכלוסייה האזרחית גורשה. נסיגה שיטתית של החיילים הרומיים האחרונים שנותרו הייתה אפשרית ככל הנראה רק בסביבות שנת 275, כאשר מצבה של האימפריה הרומית התייצב שוב. לפחות חלק מהאוכלוסייה הרומית נשארה במקומה והתערבבה עם השבטים הגרמאנים המהגרים. בסביבות שנת 300, מקורות רומאיים כבר לא מכנים את האזור של גרמאניה סופריור-רייטיה , אלא אלאמניה (Alamannia). עם זאת, הקיסרים הרומאים שמרו על תביעותיהם לאזורים אלה לפחות עד סוף המאה הרביעית (הקיסר הרומי גרטיאנוס ניהל את המערכה האחרונה באזור בשנת 377), ואולי בסביבות 360 הקיסר יוליאנוס הכופר אף תיקן חלק מהלימס הישן לתקופה קצרה.
חשיבות מאוחרת יותר.
ההתפוררות של מבני הלימס של גרמאניה סופריור-רייטיה נמשכה מאות שנים. על פי דברי כרוניקן מבוואריה, חלקים מהחומות עדיין נראו לאורך שטחים ארוכים בשנת 1780. עם זאת, מכיוון שיותר ויותר בניינים נבנו מאבן במקום מעץ, "התושבים לקחו הרבה אבנים" משרידי החומה. בקלן היו עדיין מגדלים של חומת העיר הרומית בתחילת המאה ה-19. השער הצפוני של חומת העיר הרומית של קלן נהרס רק באמצע המאה ה-19 מכיוון שהפך צר מדי לתנועה הגוברת.