בשנת 1964, לאחר שנים בהן היה פורמט הליגה בן 12 קבוצות, השתנה הפורמט בעקבות החלטת ועדת זאבי על הקפאת הירידות בשל שחיתויות בליגה. הליגה גדלה ל-15 קבוצות ולאחר עונה ל-16 קבוצות, פורמט שהחזיק מעמד עד 1987. זו הייתה גם הפעם הראשונה שליגה א' הפכה לליגה מחוזית.
בשנים 1966–1968 המשיכו השינויים המבניים בליגה, בשל שחיתויות ואלימות רבה במשחקי הליגה החליטה ההתאחדות לקיים ליגה בת שנתיים, ארבעה סיבובים, 60 משחקים הידועים בתור העונה הכפולה (גם בליגות התחתונות).
בשנת 1964, הפועל רמת-גן גבעתיים קבעה היסטוריה בהיותה הקבוצה הראשונה שזוכה באליפות מיד לאחר עלייתה מהליגה השנייה.
לקראת משחקי הגביע של 1965/1966 הוחלט על שינוי במבנה המשחקים בגביע, כך שבמקום משחקים חוזרים שנערכו אם בהארכה המשחק הסתיים בתיקו, התבצעו לראשונה סדרת דו-קרב בעיטות הכרעה.
לקראת עונת 1969/1970 החליטה ההתאחדות להצהיר כי הכדורגל בישראל הוא מקצועני וכי השחקנים מקבלים שכר על הופעתם בקבוצות. כמו כן הוחלט לאמץ את שיטת הפרש השערים, במקום שיטת יחס השערים, במקרה של שוויון בנקודות.
שנות ה-70.
בשנת 1971, בעקבות מכירת סדרה של משחקים מצידה של מכבי רמת עמידר, הוקמה ועדת עציוני, שמסקנותיה שינו חלק מהכדורגל הישראלי. המסקנה הראשית: הקמת מועצת הימורים ממלכתית - הספורטוטו. באותה שנה חתם שמואל רוזנטל בבורוסיה מנשנגלדבך הגרמנית והפך לכדורגלן הישראלי הראשון בליגה אירופית בכירה. כמו כן, לראשונה זכתה באליפות קבוצה שאינה מגוש דן - מכבי נתניה תחת שרביטו של דוביד שוייצר וכיכובו של מרדכי שפיגלר.
בשנת 1973, לראשונה מאז 1928 זכתה בתואר קבוצה מעיר הבירה, כאשר הפועל ירושלים הניפה את גביע המדינה. אחריו הגיעו לעיר הבירה עוד 13 תארים, כולם של בית"ר. באליפות זכתה קבוצת הכח מכבי רמת גן, בפעם השנייה בתולדותיה.
בשנת 1974 החלו קבוצות ישראליות להשתתף במשחקי גביע האינטרטוטו. ב-1975 הובילה ועדת הספורט של הכנסת בראשות אהוד אולמרט, יוסי שריד ורובי ריבלין מאבק יחד עם כוכב הפועל חיפה והנבחרת יוחנן וולך נגד השחיתות בכדורגל. כתוצאה מכך הוחלט להקפיא את הירידות בעקבות מסכת של מכירות משחקים, איומים ואלימות. בעונה הבאה, באופן חד פעמי, כללה הליגה הלאומית 18 קבוצות.
בשנים 1975 ו-1976 זכתה הפועל באר שבע, הקבוצה הכי דרומית בכדורגל הבכיר בישראל, בשני תוארי אליפות ברציפות תחת המאמן אמציה לבקוביץ'. באותה שנה, בפעם היחידה בתולדות הליגה הראשונה (נכון למרץ 2016), כבש שחקן אחד שישה שערים במשחק. היה זה גידי דמתי במשחק מול מכבי רמת עמידר. באותה שנה ירדה הפועל פתח תקווה לליגה השנייה, לראשונה בהיסטוריה של הליגה, והשאירה את הליגה עם שלוש קבוצות שמעולם לא ירדו - מכבי תל אביב, הפועל תל אביב והפועל חיפה.
בשנת 1977 הוקמה ליגה חדשה בישראל, הליגה הארצית, שהפכה לליגה השנייה. ליגה א' הפכה לשלישית והמשיכה במתכונת הדו-מחוזית.
ב-1979, בפעם הראשונה, עבר שחקן ישראל לליגה האנגלית. אבי כהן חתם בשורות אלופת אירופה ליברפול, לאחר שעבר ממכבי תל אביב תמורת 200 אלף ליש"ט.
שנות ה-80.
בשנת 1981 הפועל חיפה ירדה ליגה והותירה את הליגה עם שתי קבוצות בלבד שמעולם לא ירדו - הפועל ומכבי תל אביב.
באותה עונה זכתה קבוצת בני יהודה תל אביב בגביע השני שלה, וזאת הייתה הפעם הראשונה בהיסטוריה בישראל שגמר גביע הוכרע בדו-קרב בעיטות עונשין.
בשנת 1982 זכה לראשונה דרור קשטן, לימים המאמן הכי מעוטר בתולדות הכדורגל הישראלי (נכון ל-2016), בתואר, לאחר אליפות סנסציונית להפועל כפר סבא. בשנת 1983 מכבי נתניה זכתה בצורה מוחצת בתואר האליפות החמישי שלה ב-12 שנה, וזכתה לכינוי "נתניה ועוד 15". ב-1984 זכתה מכבי חיפה באליפות לראשונה בתולדותיה. חיפה תפתח סדרה של 12 אליפויות בתוך 27 שנה. ב-1986, בפעם הראשונה בתולדות הכדורגל הישראלי, הועבר משחק ליגה בשידור חי, משחק העונה במחזור האחרון בו ניצחה הפועל תל אביב את מכבי חיפה 0-1 משער של גילי לנדאו וזכתה באליפות. בשנת 1987 זכתה בית"ר ירושלים באליפות הראשונה שלה.
בין השנים 1986–1988 עזבו שחקנים בכירים רבים לשחק בבלגיה. ביניהם נמצא אלי אוחנה, אשר הוביל את פינאליסטית הגביע הבלגי, מכלן, לזכייה סנסציונית בגביע אירופה למחזיקות גביע כשכבש חמישה שערים במפעל ובישל את השער היחיד בגמר מול אייאקס אמסטרדם, בכך הפך לשחקן הישראלי הראשון השותף באופן פעיל בזכייה בגביע אירופאי.
בעונת 9–1988 לראשונה נענשו קבוצות בהפחתת נקודות על עבירות בתקנון התשלומים. הנענשת הראשית, הפועל תל אביב, נשרה לראשונה בתולדותיה לליגה הארצית. מכבי תל אביב נותרה הקבוצה היחידה שמאז היווסדה תמיד שיחקה אך ורק בליגה הבכירה.
לקראת סוף העשור התחיל עידן הזרים הרשמי בכדורגל הישראלי: כל קבוצה הורשתה להחתים שני זרים. בית"ר תל אביב החתימה את השניים הראשונים: קרלוס קאמינו ודיילי ואלדז.
שנות ה-90.
בשנת 1990 הושגה אליפות היסטורית לשכונה בתוך עיר, עת בני יהודה זכתה באליפות הראשונה בתולדותיה. ב-1991, לראשונה בתולדות המדינה, הופסקה הליגה ליותר מחודש בגלל מלחמת המפרץ.
ב-1994 הושגה האליפות המרשימה אי פעם של קבוצה ישראלית. מכבי חיפה, עם אחד הסגלים המרשימים בהיסטוריה של הכדורגל הישראלי, שכלל בין היתר את אייל ברקוביץ', ראובן עטר, אלון חזן ואלון מזרחי, סיימה את הליגה הארוכה (39 מחזורים) ללא אף הפסד ועם 28 ניצחונות, 11 תוצאות תיקו ו-97 שערי זכות. קבוצה זו נבחרה ל"קבוצת היובל" בסקר שערך ערוץ הספורט.
בשנת 1995 נחשפה פרשה חדשה של הימורים בלתי חוקיים בכדורגל. כמו כן, לראשונה מתבצעת רוטציה בראשות ההתאחדות לכדורגל ונציג מכבי, עזריקם מילצ'ן, הפך לראשונה ליו"ר ההתאחדות. נציגי מכבי ממשיכים לכהן כיושבי ראש עד היום.
בעונת 1999 עלתה לראשונה קבוצה ישראלית, מכבי חיפה, לרבע גמר אירופי, גביע המחזיקות בעונתו האחרונה. חיפה הדיחה את פ.ס.ז' ואת ס.וו ריד והודחה ברבע הגמר על ידי לוקומוטיב מוסקבה.
בשנת 1999 זכתה הפועל חיפה באליפות היסטורית ושחקן זר נבחר לראשונה לתואר שחקן השנה (ג'ובאני רוסו).
בסוף עונת 1999 עבר אייל ברקוביץ' מווסטהאם יונייטד לסלטיק תמורת 7 מיליון פאונד (כ-9 מיליון יורו) ושבר את שיא סכום העברה על שחקן ישראלי בכל הזמנים, ובנוסף שבר את שיא העברות ששילם מועדון סקוטי (נכון לשנה זו) על שחקן אחד.
שנות ה-2000.
בעונת 1999/2000 הוחלט על שינוי במערך הליגות בישראל והיא הייתה העונה הראשונה של הליגה הבכירה בישראל בשם "ליגת העל", ושמה הקודם "הליגה הלאומית" ניתן לליגת המשנה שעד אז נקרא "הליגה הארצית" - שעבר להיות שמה של הליגה השלישית. כמו כן הליגה הוקטנה ל-12 קבוצות על מנת להגביר תחרותיות.
בשנת 2000 עבר חיים רביבו לפנרבחצ'ה הטורקית וזכה איתה באליפות, תוך כיבוש 16 שערים, בישול 22 וזכייה בתואר הכדורגלן הזר הטוב ביותר בטורקיה. עונה לאחר מכן, הפך לישראלי הראשון שמשחק בליגת האלופות, ואף כבש שער, השער היחיד שהקבוצה כבשה בטורניר.
בעונת 2000/2001 זכתה מכבי כפר כנא בגביע הטוטו של הליגה השלישית, והפכה לקבוצה הראשונה מהמגזר הערבי שזכתה בתואר כלשהו, וב-2004 זכתה קבוצת בני סכנין בגביע המדינה והייתה לראשונה מהמגזר שזוכה בתואר בכיר.
בשנת 2002, בעקבות אירועי האינתיפאדה השנייה ובפרט הפיגוע בסי-פוד מארקט, אסרה אופ"א על קיום משחקים בינלאומיים בישראל עד תום אירועי הדמים, וקבוצות ישראליות נאלצות לארח מחוץ לגבולות ישראל.
באותה עונה עלתה לראשונה קבוצה ישראלית, מכבי חיפה, לשלב הבתים של ליגת האלופות. חיפה הביסה בתוצאה 3–0 את מנצ'סטר יונייטד, סיימה שלישית בבית, והודחה לגביע אופ"א.
בשנת 2006 התרחשה פרשיית הטיית משחקים חמורה בבאר שבע שהביאה להוצאתן של הליגה הלאומית והליגה הארצית מטפסי הטוטו עד להודעה חדשה. באותה שנה זכתה מכבי חיפה באליפות שלישית ברציפות ושברה שיא פער מהסגנית: 16 נקודות.
בשנת 2008 זכה לראשונה שחקן זר (סמואל יבואה) בתואר מלך שערי הליגה.
בשנת 2009 ההתאחדות לכדורגל החליטה על שיטת הקיזוז בליגות המקצועניות, אשר בה בסוף העונה הסדירה קבוצות הליגה יחולקו ל-3 קבוצות פלייאוף ומספר הנקודות של כל קבוצה יחולק ב-2. כמו כן על הגדלת מספר הקבוצות בליגה הראשונה ובליגת המשנה מ-12 ל-16 קבוצות, וביטול הליגה הארצית (כך שליגה א' חזרה להיות הליגה השלישית בישראל).
בשנת 2011 בוטלה שיטת הקיזוז. כמו כן באותה שנה בוטל ה"פלייאוף האמצעי" שגרם ל"משחקי סוף עונה" בליגות הראשונות - משחקים בהם היה רק מאבקי מיקום כספיים, כיוון שהקבוצות בפלייאוף זה ידעו שאינם יכולות לרדת ליגה ואינם יכולות לזכות באליפות ולכן הספורטיביות נפגעה לטענת המבקרים. משנה זו הליגות התחלקו ל-2 קבוצות פלייאוף (עליון ותחתון) בלבד.
העשור שני של שנות ה-2000.
בשנת 2012 זכתה עירוני קריית שמונה באליפות ראשונה והפכה לאלופה הצפונית ביותר בתולדות המדינה ולאלופה הראשונה אחרי 29 שנה שלא הגיעה מאחת משלוש הערים הגדולות.
לקראת עונת 2012/2013 הוחלט על הקטנת הליגה הראשונה בחזרה ל-14 קבוצות להעלאת התחרותיות בליגה.
בשנת 2015 זכתה מכבי תל אביב באליפות שלישית ברציפות, בנוסף לזכייה בגביע המדינה ובגביע הטוטו, והפכה לקבוצה הישראלית הראשונה שזוכה בטרבל מקומי.