בשנת 1467 העניק בישוף העיר הגנה ליהודים לתקופה של עשר שנים. עם זאת, בשנים 1468, 1469 ו-1472 פרסם הבישוף מתיאס פון ראמונג גזרות אנטי יהודיות שכללו: איסור על היהודים לגבות ריבית מהנוצרים. נאסר על היהודים להופיע בציבור בימי החגים הנוצריים, השבוע הקדוש ואחרים, והם חויבו בזמן זה לשמור על דלתות וחלונות נעולים. היהודים חויבו ללבוש בגדים ייחודיים, גברים נאלצו לחבוש כובעים מחודדים בצבעים שונים וטבעת צהובה, ונשים יהודיות חויבו ללבוש שני פסים כחולים ברעלותיהם כזיהוי. נאסרה בניית בית ספר או בית כנסת ללא אישור הבישוף. הוצא צו המגביל את יהודי שפייר מלגור מחוץ לגטו. הם לא הורשו להשתתף בחברות ציבוריות נוצריות, להעסיק משרתים נוצרים, להעסיק מיילדות ולמכור תרופות.
בשנת 1472 התאבדו יהודים רבים כדי להימנע מהטבלה כפויה לנצרות.
יהדות שפייר בעת החדשה.
משנת 1500 עד שנת 1529 לא הורשו יהודים לחיות בשפייר.
"הזכות היהודית הגדולה של שפייר" משנת 1544.
ברייכסטאג של שפייר שהתקיים בשנת 1544 התלוננו יהודי האימפריה הרומית הקדושה בפני קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה כי התושבים הגויים מרעים עימם ומכחישים את זכויותיהם. הם טענו כי הם פרעו בהם, מנעו את פרנסתם ונמנע מהם לערער לבית הדין הקיסרי לצדק או לבתי משפט אחרים. הטריגר להתעלמות הגוברת מזכויות היהודים היה בין היתר כתביו האנטי-יהודיים הידועים של מרטין לותר משנת 1543.
הקיסר קרל הכריז בכתב הזכות כי מעתה לאיש לא תהיה רשות לסגור את בתי הספר היהודיים ואת בתי הכנסת, לגרש אותם מהם או למנוע את השימוש בהם. כל מי שפוגע או שודד יהודים בניגוד לשלום קיסרי שהוכרז במדינה ייענש על ידי הרשויות. כל יהודי יקבל את הזכות לנהל את עסקיו באימפריה, וכל ממשלה צריכה להעניק לו ליווי ולא להעמיס עליו עוד מכס או אגרה. היהודים לא יהיו חייבים ללבוש "סמלים יהודיים" ואין לגרש יהודי ממקום מגוריו ללא הסכמתו המפורשת של הקיסר. ללא ראיות ועדות מספקות, נאסר על מישהו להאשים את היהודים בשימוש בדם נוצרי. במקום בו הועלו האשמות כאלה, הן היו אמורות להיות מובאות בפני הקיסר. על הפרות של פריבילגיה זו היו נענשו ב-50 מארק זהב, מחציתן יגיעו לאוצר הקיסרי ומחציתם ליהודים שנפגעו.
בשנת 1548 אושרה זכות זו על ידי קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ובשנת 1566 היא אושרה שוב על ידי הקיסר מקסימיליאן השני.
המאות ה-17 ה-18 וה-19.
קהילה יהודית התקיימה שוב באופן זמני בין השנים 1621 ל־1688. עם זאת, בתקופה זו מנתה הקהילה משפחות ספורות בלבד, ואף לא היה לה רב משלה. יהודי שפיירא היו כפופים הלכתית למרא דאתרא של וורמייזא הסמוכה. במהלך מלחמת שלושים השנים, ובמיוחד בתקופה שלאחר המלחמה, נאלצו העיריות והאזרחים הנוצרים להשתמש יותר ויותר ביכולות היהודים לתת הלוואות. בין השנים 1645–1656 היו לפחות חמש הלוואות ענק כאלה. העירייה החלה לקחת הלוואות מיהודים כבר בשנת 1629 וככל שעומס החוב גדל הוענקו יותר זכויות סחר ליהודים בעיר. שפייר נשרפה עד היסוד בשנת 1689 במלחמת תשע השנים ונאסרו לחלוטין עסקאות סחר וכספים בין אזרחים נוצרים ליהודים.
בזמן המהפכה הצרפתית יהדות שפייר התאפיינה בליברליות ובכך הסתכסכה עם רבנות המחוז האורתודוקסי דורכיים-פרנקנטל. בשנת 1830 היו בו 209 חברים. מרכז הקהילה היה בית הכנסת שנבנה בשנת 1837 ברחוב היידנרייך שברובע היהודי. יהודי העיר ייסדו היהודים ארגון צדקה בשנת 1828. הם ניהלו גם בית ספר קטן.
בשנת 1863 נבחר "קרל דייוויד" למועצת העיר כחבר היהודי הראשון. יהודי נוסף, זיגמונד הרץ, ישב במועצת העיר משנת 1874 ועד ערב מלחמת העולם הראשונה.
בשנת 1890 התגוררו בשפייר 535 יהודים. זו הייתה הכמות הגדולה ביותר של יהודים בקהילה היהודית בשפייר. בתחילת המאה ה-20 ישבו על כיסא הרבנות בשפייר ד"ר אדולף וולף סאלוונדי (Salvendi) וד"ר שטקלמאכר (Steckelmache).
בשנת 1910 מספרם ירד ל-403. מראשית שנות השלושים של המאה העשרים, יהודים משפייר החלו לנדוד לערים גדולות יותר או להגר לגמרי מגרמניה בגלל האנטישמיות שהלכה וגברה בעיר.
הקהילה היהודית בשואה.
בשנת 1933 מספר יהודי שפייר היה 269. הוא צנח ל-81 לאחר ליל הבדולח, בו נשרף בית הכנסת על ידי אנשי אס אה ואס אס. הם גם גנבו את ספרי הספרייה היהודית, בגדים יקרי ערך, שטיחים וחפצי דת. מכבי האש של העיר רק דאגו שהלהבות לא יתפשטו לבניינים הסמוכים. באותו לילה נהרס גם בית העלמין היהודי.
ב-1939 נותרו עדיין 77 יהודים בעיר.
ב-22 באוקטובר 1940, במהלך מסע וגנר-בורקל, גורשו 51 מתוך 60 הנותרים למחנה המעצר גירס שבדרום צרפת. משם הצליחו כמה מהם לברוח לשווייץ, ארצות הברית ודרום אפריקה בעזרת מקומיים. חלק אחר הוסגר לגרמניה על ידי צרפת של וישי ונרצח באושוויץ. רק יהודי אחד שרד את התקופה הנאצית כשהוא מסתתר בשפייר.
הקהילה היהודית לאחר השואה.
בשנת 1951 שקלה עיריית שפייר להקים חניון באתר בית הכנסת. בשנת 1955 החליטה מועצת העירייה לשלם 30,000 דויטשה מארק לקהילה היהודית כדי להסדיר את הליכי השבת הרכוש. בשנת 1959 קנתה אות המתחם חברת אנקר כדי להקים חנות כלבו במקסימיליאן שטראסה. בשנת 1961, בהמלצת "איגוד הערים הגרמני", לקחה העירייה הלוואת פיתוח ממדינת ישראל בסך 2,000 דויטשה מארק.
באוקטובר 1996, עשרה יהודים ממזרח אירופה הקימו קהילה יהודית חדשה בשפייר. היו"ר הראשון של הקהילה החדשה, שמואל טפמן, הגיע לשפייר מאסטוניה. שאר חברי הדירקטוריון של הקהילה הגיעו ממוסקבה.
מוסדות הקהילה.
בתי כנסת.
בית הכנסת בשפייר מוזכר לראשונה כבניין בנוי בשנת ד'תתנ"ו, 1096. הוא נשרף בשנת ד'תתקנ"ו, 1196. חורבות בית הכנסת נשמרו והם השרידים העתיקים ביותר שנשמרו מכל בתי הכנסת באירופה. בתי כנסת נוספים נבנו בשפייר במהלך השנים.
הנחת אבן הפינה לבית כנסת חדש בשפייר התרחשה ב-9 בנובמבר 2008. הוא נבנה באתר בה שכנה כנסיית סנט גואידו ומכיל מאה מקומות. הבנייה עצמה החלה בשנת 2010. ב-9 בנובמבר 2011 נחנך בעיר בית כנסת בשם "בית שלום". הוא נחנך 73 שנים בדיוק לאחר ליל הבדולח. בית הכנסת משמש את הקהילה היהודית של מחוז פפאלץ הריין, שהעבירה את מטה נוישטאדט אן דר ויינשטראסה לשפייר. רב הקהילה היה בתחילה סיו-וולף רובינס.
בית קברות יהודי.
שלושה בתי קברות יהודיים היו בעיר שפייר:
מוזיאון הקהילה היהודית בשפייר.
מוזיאון הקהילה היהודית בשפייר נפתח ב-9 בנובמבר 2010, 72 שנה לאחר ליל הבדולח, במהלכו הושמד בית הכנסת בשפייר. המוזיאון הוא תוספת לרובע היהודי הישן ששוכן בסמיכות אליו, בו ניתן לצפות בתערוכות של שלושת המרכזים החשובים ביותר של הקהילה היהודית, בית הכנסת, בית עלמין ובמקווה.
המוזיאון מציג תערוכות ארכאולוגיות מהחיים היהודים של שפייר של ימי הביניים. שטח המוזיאון משתרע 80 מ"ר וניתן לראות בו שבר קשת עגול מהמאה ה-12, מצבות מהמאה ה-14 וחלון קשת כפול משנות 1110/20. חלק מהתערוכות מושאלות באופן קבוע מהמוזיאון ההיסטורי של פפאלץ בשפייר. במיזיאון מוצגות תשמישי קדושה ומצבות יהודיות מן המאות ה-12 וה-15.
הנצחת הקהילה.
בשנת 1968 הוצב שלט המנציח את גורלה של הקהילה היהודית על החומה בחצר המקווה. בשנת 1979, לאחר 40 שנה, הונח לוח זיכרון נוסף על הקיר האחורי של בניין קאופהוף (הכיכר בה שכן בית הכנסת הישן) עם הכיתוב: "בית הכנסת של הקהילה היהודית בשפייר עמד כאן עד שנהרס על ידי גרמניה הנאצית בליל הבדולח". אנדרטת זיכרון הוקמה מול נקודה זו בשנת 1992 ומאוחר יותר הועברה לכיכר הקטנה (חניון) ממול.
בשנת 2007 נדחתה במועצת העיר הצעה של ה-SPD להתקין אבני-נגף מול מקומות מגוריהם של נרצחי השואה וקורבנות הנאציזם.
בשנת 2021, הכריזה אונסק"ו על האתרים היהודיים בשפייר כאתר מורשת עולמית, בהכרזה משותפת לוורמס ומיינץ – קהילות שו"ם – בשל היותן ערש התרבות היהודית באירופה.
רבני שפייר.
חשובי הרבנים היהודיים פעלו בשפייר. בנוסף לעיסוקם בפירוש והוראת התלמוד בבלי רבים מהם עסקו בפיוט, חיבורי תפילות וקבלה.
ראשון הרבנים שידוע כי פעלו בשפייר כבר בתקופת הגאונים הוא רבי משה יקותיאל בן משה, מחבר הפיוט "יראתי בפצותי". חכמי שפייר ייחסו חשיבות רבה לפסיקותיו ומנהגיו של רבי יקותיאל, ואף כינו אותו "המאור הגדול". רבי יקותיאל דבק במסורת אשכנז, אך כשלא היה מסורת ברורה קיבל את זו של גאוני בבל.
כמעט ולא ידועים פרטים על רבי יקותיאל וככל הנראה הוא נפטר בסביבות שנת 1090. את מקומו תפס בנו, רבי משה בן יקותיאל.
לצדן של רבי יקותיאל פעלו רבי משולם בן משה, בן למשפחת קלונימוס הידועה, ורבי יהודה בן קלונימוס משפיירא שעמד בראש נכבדי הקהילה שקיבלו את כתב הזכויות מהמלך היינריך הרביעי. ישנם שטענו כי היותו בראש נכבדי המשלחת מלמדת על היותו גם מפרנסי הקהילה. הוא היה אחד מגדולי המחברים בספרות התורנית של ימי הביניים וחיבר את הספר ייחוסי תנאים ואמוראים. רבי אליקים בן משולם הלוי פעל אף הוא בשפייר בסוף ימיו.
בן למשפחת קלונימוס משפייר וקרוב משפחה של אלעזר מגרמייזא היה אחראי באופן זמני על עסקיו הפיננסיים של פרידריך הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה וזכה להערכה רבה על ידו.
על שאלה שהפנה רבי אליעזר בן יואל הלוי אל רבני שפייר השיבו רבי אליקים בן אשר הלוי, רבי נתן בן שמעון, רבי שמחה בן שמואל.