בין שנת 2000 לשנת 2002 הפכה מלחמת צ'צ'ניה השנייה למלחמת גרילה וטרור, כאשר הכוחות הצבאיים והצבאיים למחצה של המורדים הצ'צ'נים הובסו, ונסוגו להרים וליערות, משם ניהלו מתקפות גרילה נגד הצבא הרוסי. המתקפות לא נותרו בשטחי הקווקז בלבד. פיגועי טרור ופיגועי התאבדות נוהלו נגד מטרות רוסיות בכל שטחי הפדרציה הרוסית. בשנת 2002 התרחש משבר בני הערובה בתיאטרון במוסקבה בו תפסה כנופיית צ'צ'נים חמושים כ-800 בני ערובה בתיאטרון דוברובקה במוסקבה, ואיימה להוציאם להורג אם לא יקוימו דרישותיה. לאחר יומיים וחצי בהם נוהל משא ומתן עם החוטפים הורה פוטין על פריצה לאולם התיאטרון. יחידות רוסיות מיוחדות פרצו אל התיאטרון, לאחר שהזרימו גז שמבוסס על סם האופיום למערכת האוורור של התיאטרון. התוצאה הייתה מותם של 39 מהטרוריסטים, ושל 115 מבני הערובה, כולם, חוץ משניים, מתו משאיפת הגז. שני בני ערובה מתו מירי החוטפים. תגובתו הנחושה של פוטין לאירוע העלתה את מדד הפופולריות שלו ל-83%.
ביולי 2003 צעד פוטין צעד נוסף במלחמתו נגד האוליגרכים המתנגדים למשטרו. הוא פתח בחקירה כלפי מחזיקי מניות בחברת הנפט הענקית יוקוס, בה שלטו האוליגרכים מיכאיל חודורקובסקי ולאוניד נבזלין שהיו מפורסמים בהתנגדותם לשלטונו. ראשון נעצר פלטון לבדב, בחשד כי בשנת 1994 רכש באופן לא חוקי מניות בחברה ממשלתית לדשנים בשם "אפטיט". באוקטובר 2003 נעצר חודורקובסקי, ופוטין הורה על הקפאת המסחר במניות החברה. נבזלין נמלט לישראל. בשנת 2005 נדון חודורקובסקי ל-9 שנות מאסר, בשל סעיפים שונים הנוגעים להונאה ולהעלמת מיסים. חודורקובסקי טען כי ההאשמות נגדו הן רדיפה פוליטית.
מספר חודשים לפני הבחירות פיטר פוטין את ממשלתו של קסיאנוב, ומינה את מיכאיל פרדקוב האלמוני יחסית כראש הממשלה. סרגיי איוואנוב הפך לאזרח הראשון ששימש ברוסיה כשר ההגנה.
קדנציה שנייה.
ב-14 במרץ 2004 נבחר פוטין ברוב של 71% לתקופת כהונה שנייה כנשיא הפדרציה הרוסית.
המלחמה הצ'צ'נית, ומתקפות הטרור שבעקבותיה, סירבו לרדת מן הכותרות. בספטמבר 2004 פרץ משבר בני הערובה בבסלאן, בו נחטפו מאות ילדי בית ספר על ידי קיצונים צ'צ'נים בעיר בסלאן. לאחר שלושה ימים פרצו החיילים אל בית הספר, לאחר שהחוטפים ירו באנשי סגל רפואי שהורשו להיכנס אל המבנה. באירוע נהרגו 334 מבני הערובה ו-10 מאנשי הכוחות המיוחדים. פוטין הורה על שני ימי אבל לאומיים, 6 ו-7 בספטמבר. בימים אלו נערכה הפגנת ענק נגד הטרור, בהשתתפות כ-135,000 בני אדם בכיכר האדומה במוסקבה. פוטין השתתף באירוע, ולשם כך ביטל פגישה עם קנצלר גרמניה גרהרד שרדר.
פוטין טען כי אחד מלקחי האירוע הוא חיזוק הממשל המרכזי על חשבון הסובייקטים הפדרליים. לשם כך יזם הקמת גוף מרכזי בשם "הלשכה הציבורית של רוסיה" שיפקח על פעולות החקיקה ופעולות הממשלות המקומיות בגופים המרכיבים את הפדרציה הרוסית. כן הציע כי מושלי ונשיאי הסובייקטים הפדרליים לא ייבחרו באופן ישיר, אלא הוא יהיה זה שיציע אותם, והצעתו תוכל להתקבל או להדחות על ידי בתי המחוקקים המקומיים, ופעל למיזוגם של כמה מהסובייקטים הפדרליים.
לאחר בחירתו לתקופת הכהונה השנייה, הסב פוטין את תשומת לבו לכמה מבעיותיה הקשות של רוסיה בזירה הפנימית - אחוז המיתות הגבוה מאחוז הלידה, העוני ובעיות הדיור. בשנת 2005 הכריז פוטין על ארבעה "פרויקטים לאומיים" בתחום ביטוח הבריאות, החינוך, הדיור והחקלאות. כאחראי על פרויקטים אלה מינה את דמיטרי מדבדב. במאי 2006 הגדיל את מענק הלידה. כן ערך רפורמה במערכת השיפוט הפדרלית אותה כינה "סובייטית". ב-2005 העביר את הפיקוח על שירות בתי הסוהר ברוסיה ממשרד הפנים למשרד המשפטים.
מאז פברואר 2006 נכנס לשימוש הביטוי "דמוקרטיה ריבונית" שטבע יועצו הפוליטי של פוטין, ולדיסלב סורקוב, היהודי למחצה. הביטוי, המשמש לעיתים לחיוב ולעיתים לשלילה, מתאר את רוסיה כדמוקרטיה, אך לא על פי קני מידה מערביים, אלא באופן הייחודי לה, לפי צרכיה של רוסיה עצמה, ודעת הקהל הרוסית, הן במדיניות הפנים והן במדיניות החוץ.
במהלך תקופת כהונתו השנייה ספג פוטין ביקורת על מה שנתפש כפגיעה חמורה בחופש הביטוי ובמיוחד בחופש העיתונות ברוסיה. מאז תחילת כהונתו של פוטין נרצחו למעלה מ-17 עיתונאים שכיסו את משבר צ'צ'ניה ונושאים טעונים אחרים שאינם נוחים למשטרו של פוטין. רציחתה, באוקטובר 2006 של אנה פוליטקובסקיה, עיתונאית שסיקרה את המצב בצ'צ'ניה ואת השחיתות בצבא הרוסי, הביאה לגל של ביקורת ברוסיה ובמערב. דובריו של פוטין האשימו גורמים שונים כבוריס ברזובסקי והכחישו קשר לרצח.
פוטין הצליח להשתלט על ערוצי הטלוויזיה הרוסים. שניים מהגדולים שבהם הם ערוצים ממלכתיים, אחד מהם בבעלות יורי לוז'קוב, נאמנו, וערוץ נוסף בידי חברת הגז הממשלתית. סקרים שנערכו ברוסיה הראו כי 82% מן הציבור מצדד בצנזורה על הטלוויזיה.
בפברואר 2007 הוא נאם בפני ועידת מינכן לביטחון והבהיר את עמדותיו בהקשר לפוליטיקה עולמית.
ב-12 בספטמבר 2007 פיזר פוטין את ממשלתו של פרדקוב, ומינה במקומו את ויקטור זובקוב, פקיד לשעבר במשרד לפיקוח כלכלי. לטענת פרדקוב הוא התפטר על מנת לתת לפוטין "חופש פעולה מוחלט".
בבחירות לדומה שנערכו בדצמבר 2007 זכתה מפלגת רוסיה המאוחדת בראשה עומד פוטין ב-64.24 אחוזים מן הקולות. המפלגה השנייה בגודלה, המפלגה הקומוניסטית, זכתה רק ב-12 אחוזים.
סוף שנת 2007 התאפיינה במאבקי כוח סמויים בין סיעות שונות של ה"סילובקי", נאמניו של פוטין ועושי דברו, על רקע סיומה הקרב של תקופת כהונתו כנשיא. רבים סברו כי לכהונת הנשיא ייבחר סגנו הפופולרי של ראש הממשלה, סרגיי איבנוב. ב-10 בדצמבר 2007 הכריז פוטין כי בחר בדמיטרי מדבדב להיות המועמד העדיף עליו לכהונת הנשיא, ובכך הבטיח למעשה את בחירתו של מדבדב. בתחילת 2008 פסלה ועדת הבחירות המרכזית את מיכאיל קסיאנוב, מתנגד חריף של פוטין, מהשתתפות בבחירות לנשיאות המדינה, בטענה כי החתימות בטופס ההתמודדות היו מזויפות. במרץ 2008 נבחר מדבדב לנשיאות ברוב גדול, ומינה את פוטין לראש ממשלתו. רבים ראו במדבדב "נשיא בובה" שנועד להיות עושה דברו של ראש ממשלתו פוטין.
קדנציה שנייה כראש ממשלת רוסיה.
אחרי שמונה משנות כהונה כנשיא (ראו בפסקת נשיא רוסיה), במאי 2008 מונה פוטין על ידי מדבדב לראש הממשלה, והציג את ממשלתו החדשה. במידה רבה הייתה זו ממשלת המשך לממשלתו של זובקוב, שכיהן תחת נשיאותו של פוטין. המינויים המרכזיים בממשלה - שר ההגנה אנטולי סרדיוקוב, שר האוצר אלכסיי קודרין ושר החוץ סרגיי לברוב נותרו בתפקידם. סגן ראש הממשלה, סרגיי איבנוב שהיה בעבר "סגן ראשון לראש הממשלה" איבד ממעמדו. כפי הנראה המדובר בחששם של פוטין ומדבדב מהאיש שסומן בעבר כיורשו של פוטין, בטרם הגיח מדבדב לזירה. את כניסתו של פוטין לתפקיד ליוותה העברת סמכויות מסוכנויות פדרליות לממשלה, על מנת להגדיל את סמכויות הממשלה בראשה עומד פוטין.
עם פרוץ המלחמה בדרום אוסטיה שהה פוטין בבייג'ינג בטקס הפתיחה של אולימפיאדת בייג'ינג. הוא קטע את שהותו בבייג'ינג, ושב לרוסיה, תוך שהוא מופיע בתקשורת במספר הופעות בולטות, כשהוא מבקר חיילים פצועים בצפון אוסטיה, או מקבל פליטים שנמלטו מהמלחמה. הופעות אלו חיזקו את התחושה כי פוטין הוא הדומיננטי בניהול המשבר, ולא הנשיא מדבדב. פוטין אכן היה דומיננטי בניהול המשבר, הן כלפי פנים והן כלפי חוץ. הוא עצמו האשים את ארצות הברית בליבוי האש בגאורגיה, וזאת בשל הבחירות הקרבות לנשיאות ולצורכי פנים. במקביל הכריז על מגבלות כלכליות על ייבוא מוצרי בשר מארצות הברית לרוסיה, בטענה כי אלו נגועים בפגמים שונים.
מדיניות פנים.
בזירה הפנימית נאבק משטרם של פוטין ומדבדב נגד המשבר הכלכלי העולמי והשלכותיו. דו"ח של הבנק העולמי מנובמבר 2008 שיבח את תגובת הממשל הרוסי למשבר כ"חלקה, מקיפה ומתואמת, שסייעה להקטין את עוצמת המשבר", אך דו"חות מיוני 2009 מצאו כי השפעת המשבר חריפה ממה שהיה צפוי מספר חודשים לפני כן, אך פעולת הממשלה להעלאת מחירי הנפט ולהורדת האינפלציה עשויה להשיב לצמיחה צנועה עוד ב-2010.
ביוני 2009, לאחר 16 שנים של שיחות עם ארגון הסחר העולמי, שרוסיה ממשיכה להיות אחת המדינות הבולטות שעדיין אינן חברות בו, הודיע פוטין כי במקום להמשיך ולנסות להצטרף כחברה בודדת, תדרוש רוסיה להצטרף לארגון כחלק מגוש אזורי עם קזחסטן ובלארוס. לדעת מומחים, סימנה מדיניות זו אכזבה מגישת המערב כלפי רוסיה, ומהעיכוב בתהליך הצירוף לארגון.
הבחירות הפרלמנטריות ב-2011 והבחירות לנשיאות ב-2012.
במאי 2011, בכנס המפלגה רוסיה המאוחדת בוולגוגרד, הודיע פוטין על הקמת סיעה פוליטית בשם "החזית העממית הכל-רוסית" (Общероссийский народный фронт), זאת כחלק מן המאמצים לכונן סיעה פוליטית חזקה שתיבחר לבחירות הפרלמנטריות בדצמבר 2011. הרקע להקמת הסיעה הוא צניחה בפופולריות של מפלגת רוסיה המאוחדת בסקרים ובבחירות האזוריות שנערכו באפריל 2011.
בספטמבר 2011 הודיע כי יתמודד לנשיאות רוסיה בבחירות 2012, וזאת בהתאם לשינויים החוקתיים שאפשרו זאת. הנשיא מדבדב, הודיע על תמיכתו בפוטין. בבחירות, שהתקיימו ב-4 במרץ 2012, ניצח פוטין. הבחירות התקיימו על רקע טענות של האופוזיציה ברוסיה על זיופים נרחבים.
נשיא רוסיה בשנית (2012–הווה).
קדנציה שלישית.
אחרי ארבע שנים כראש ממשלה, נבחר לנשיא, וב-7 במאי 2012 הושבע לתפקיד ומינה למחרת את דמיטרי מדבדב לראש ממשלתו.