ב-12 ביוני 1991 נבחר ילצין לנשיא הרפובליקה הרוסית כשקיבל 45,552,041 קולות, שהסתכמו ב-57.30 אחוזי תמיכה ממספר המצביעים ובכך הקדים משמעותית את ניקולאי ריז'קוב, שלמרות תמיכת המפלגה הקומוניסטית קיבל רק 16.85 אחוזים מהקולות. יחד עם בוריס ילצין נבחר סגן הנשיא אלכסנדר רוצקוי. הסיסמאות העיקריות של קמפיין הבחירות של ילצין היו "מאבק בזכויות היתר של הפקידות הבכירה" ו"שמירה על ריבונותה של רוסיה". היו אלה הבחירות הנשיאותיות הארציות הראשונות בתולדות רוסיה (נשיא ברית המועצות מיכאיל גורבצ'וב נכנס לתפקידו כתוצאה מהצבעה בקונגרס צירי העם של ברית המועצות).
ב-10 ביולי נשא בוריס ילצין את שבועת האמונים בטקס ההשבעה לתושבי רוסיה ולחוקה הרוסית ונכנס רשמית לתפקידו כנשיא רוסיה. לאחר שנשבע, הוא נשא נאום מרכזי, אותו התחיל אנרגטית ורגשית, מתוך הבנה של חגיגיות הרגע: "אי אפשר להעביר במילים את המצב הנפשי שאני חווה בדקות אלו. לראשונה בהיסטוריה בת אלף השנים של רוסיה, נשיא נשבע חגיגית אמונים לאזרחיו. אין כבוד גבוה יותר מזה שאדם מקבל מהעם, אין משרה גבוהה יותר שאזרחי המדינה בוחרים.&lt;...&gt; אני אופטימי לגבי העתיד ומוכן לפעול אנרגטית. רוסיה הגדולה קמה מברכיה! אנחנו בהחלט נהפוך אותה למדינה משגשגת, דמוקרטית, שלווה, חוקית וריבונית. העבודה הקשה לכולנו כבר החלה. לאחר שעברנו כל כך הרבה ניסויים, תוך הבנה ברורה של מטרותינו, אנו יכולים להיות משוכנעים בתוקף: רוסיה תיוולד מחדש!"
במקביל למינויו לנשיא, קונגרס צירי העם שחרר אותו מתפקידו כיו"ר הסובייט העליון והפסיק את סמכויותיו הפרלמנטריות והוא נותר רשמית כחבר הפרלמנט של ברית המועצות עד קריסת המדינה והקמת הפדרציה הרוסית. הצו הראשון עליו חתם ילצין כנשיא היה הצו "אודות אמצעי עדיפות לפיתוח החינוך ברפובליקה הרוסית". המסמך, שהוכן בהשתתפות פעילה של משרד החינוך בראשות י. דנייפרוב, שהתווה מספר צעדים לתמיכה (בעיקר כספית) במערכת החינוך, שהיו הצהרתיים בבירור. חלק גדול מהאמור בצו מעולם לא קיים, למשל ההבטחה "לשלוח מדי שנה לחו"ל להכשרה, התמחות, השתלמויות לפחות 10 אלף סטודנטים, סטודנטים לתארים מתקדמים, מורים ועובדים מדעיים ופדגוגיים".
הפוטש של אוגוסט והשלכותיו.
15 באוגוסט פורסמה הצהרה בדבר ריבונות חבר המדינות העצמאיות. המדינות החברות היו בלארוס, קזחסטן, רוסיה, טג'יקיסטן, אוזבקיסטן, אזרבייג'ן, קירגיזסטן, טורקמניסטן ואוקראינה. אך חתימת ההסכם נבלמה על ידי הוועדה הממלכתית למצב חירום. ב-19 באוגוסט הוכרז כי מיכאיל גורבצ'וב נכלא במעונו בחצי האי קרים וילצין עמד בראש המתנגדים לקושרים כשהוא הופך את בית המועצות למרכזו. כבר ביום הראשון לפוטש עלה ילצין על טנק שניצב מול המבנה, קרא לפעילויות הוועדה הממלכתית הפיכה מדינית וקרא נגד הלגיטימיות של מארגני הפוטש, שהיו קומוניסטים שמרניים ובכירי ק.ג.ב. שניסו לשמר את ברית המועצות ולמנוע את קריסתה.
ניסיון ההפיכה הוביל לכך שכמעט כל רפובליקות ברית המועצות שנותרו וכמה אוטונומיות הכריזו על עצמאותן. לאחר כישלונה של ועדת החירום הממלכתית, נמשכה העבודה על חוזה איחוד חדש, אך כעת כבר היה מדובר ביצירת איחוד מדינות ריבוניות כקונפדרציה. ב-6 בנובמבר ילצין חתם על צו להקפאת פעילויות המפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות והוציאה אל מחוץ לחוק.
ב-5 בספטמבר אימץ הקונגרס החמישי של צירי העם בברית המועצות את "הצהרת זכויות האדם וחירויותיו" והודיע על תקופת מעבר להקמת מערכת מדינית חדשה, הכנה וחתימה על האמנה של חבר המדינות העצמאיות. על פי הצעתו של גורבאצ'וב, הקונגרס למעשה פורק ואימץ את החוק "אודות גופי הביצוע והממשל של ברית המועצות בתקופת המעבר" כשטיוטת החוק הציעה לקבל החלטה בדבר חוסר היעילות של קיום קונגרסים סדירים של צירי העם של ברית המועצות במהלך תקופת המעבר, אף שבעת ההצבעה דחו צירי העם את ההצעה זו.
ב-6 בספטמבר, מועצת המדינה של ברית המועצות הכירה בפרישתן של שלוש הרפובליקות הבלטיות (לטביה, ליטא ואסטוניה) מברית המועצות.
התפרקות ברית המועצות.
ב-14 בנובמבר הודיעו מנהיגי שבע מתוך שתים עשרה רפובליקות ברית המועצות (רוסיה, בלארוס, קזחסטן, קירגיזסטן, טג'יקיסטן, טורקמניסטן, אוזבקיסטן) ונשיא ברית המועצות מיכאיל גורבצ'וב כי הם מתכוונים לסכם על הקמת חבר המדינות העצמאיות, כאשר חתימת ההסכם נקבעה ל-9 בדצמבר.
בינתיים, ב-1 בדצמבר התקיים משאל עם על עצמאות אוקראינה, שמשתתפיו תמכו בחוק הצהרת העצמאות של אוקראינה מ-24 באוגוסט 1991. בוריס ילצין הצהיר מיד על ההכרה בעצמאות אוקראינה באומרו: "&lt;...&gt; אנו משוכנעים באפשרות ובצורך בהקמה המוקדמת ביותר האפשרית של יחסים בין-מדיניים חדשים בין רוסיה לאוקראינה, תוך אמון בשמירה על המסורות הקבועות של ידידות, שכנות טובה וכבוד הדדי בין שני העמים, שמירה קפדנית על התחייבויות, כולל אלה בנושא אי-הפצת נשק גרעיני והגבלתם, זכויות אדם ונורמות מוכרות בחוק הבינלאומי. &lt;...&gt; שיתוף פעולה מועיל, הדדי ומאוזן בין רוסיה לאוקראינה יכול וצריך להפוך לדוגמה ליחסים דו-צדדיים בין הרפובליקות של הברית הישנה. הזדמנויות חדשות נפתחות לשיתוף פעולה הדוק עם רפובליקות אחרות, להיווצרות קהילה שווה באמת של מדינות ריבוניות &lt;...&gt;". ילצין הודיע על כוונתו לכונן יחסים דיפלומטיים עם אוקראינה ולסכם עמה הסכם דו-צדדי מקיף. ב-5 בדצמבר נפגש ילצין עם גורבצ'וב כדי לדון בסיכויים לקיומו של חבר המדינות, בקשר להכרזת העצמאות של אוקראינה. לאחר הפגישה הוא אמר לעיתונאים כי "ללא אוקראינה אמנת החבר מאבדת כל משמעות."
ב-7 בדצמבר 1990 נפגש ילצין בבלובז'סקאיה פושצ'ה בבלארוס עם נשיא אוקראינה החדש שנבחר לאוניד קראבצ'וק ויו"ר המועצה העליונה של בלארוס, סטניסלב שושקביץ' (על פי האחרון, הפגישה הייתה אמורה לדון בנושא אספקת נפט וגז). המשלחת הרוסית הביאה איתה טיוטה לאמנה חדשה שהוכנה כניגוד להסכם על ברית המדינות הריבוניות, שיזם גורבאצ'וב. בהסתמך על כך, ב-8 בדצמבר חתמו ראשי שלוש המדינות על מה שמכונה הסכם בלובז'סקאיה בנושא הקמת חבר המדינות העצמאיות, שבהקדמתו נאמר כי "ברית המועצות ככפופה לחוק הבינלאומי מפסיקה להתקיים". ההסכם נחתם למרות תוצאות משאל עם על שימור ברית המועצות. השלטון המרכזי בראשותו של גורבצ'וב היה משותק בשלב זה ולא יכול היה להתנגד עוד למעשיהם של מנהיגי הרפובליקות. בוריס ילצין התעקש לאשרר את ההסכם מוקדם על הקמת חבר המדינות והתייחס לבעיות רבות הנובעות מחוסר הוודאות בעניין זה.
ב-12 בדצמבר אושר ההסכם על ידי הסובייט העליון של רוסיה. החוקיות של אישור זה העלתה אז ספקות בקרב חלק מחברי הפרלמנט הרוסי, שכן על פי החוקה משנת 1978, בחינת מסמך זה היה בסמכותו הבלעדית של קונגרס צירי העם, מכיוון שההסכם השפיע על מבנה המדינה של הרפובליקה כחלק מברית המועצות ובכך הביא לשינויים בחוקה הרוסית. באותו יום אימץ הסובייט העליון החלטה להוקיע את חוזה הקמת ברית המועצות משנת 1922, החלטה זו שיתקה את אחרוני הגופים שפעלו בברית המועצות.
ב-21 בדצמבר הצטרפו מרבית רפובליקות ברית המועצות לחבר המדינות, חתמו על הצהרת אלמטי ועל הפרוטוקול להסכם הקמת חבר המדינות. ב-24 בדצמבר הודיע בוריס ילצין למזכ"ל האו"ם כי רוסיה ממשיכה את חברותה של ברית המועצות בכל גופי האו"ם (כולל מועצת הביטחון של האו"ם). לפיכך, רוסיה נחשבת לחברה המקורית באו"ם (מאז 24 באוקטובר 1945) יחד עם אוקראינה (כאוקראינה הסובייטית) ובלארוס (כבלארוס הסובייטית).
ב-25 בדצמבר, עם התפטרותו של נשיא ברית המועצות מיכאיל גורבצ'וב, קיבל בוריס ילצין את הסמכויות הנשיאותיות לידיו עם הקמת הפדרציה הרוסית והוא קיבל את המגורים הרשמיים ב ואת המזוודה הגרעינית.
באפריל 1992 סירב הקונגרס השישי של צירי העם לאשר את הסכם בלובז'סקאיה שלוש פעמים ולא לכלול מהטקסט של החוקה הרוסית את אזכור החוקה וחוקי ברית המועצות, שהפכה מאוחר יותר לאחת הסיבות להתנגדויות של הקונגרס לנשיא ילצין והובילה לאחר מכן לפיזור הקונגרס, באוקטובר 1993. חוקת ברית המועצות וחוקי ברית המועצות המשיכו להיות מוזכרים בסעיפים 4 ו-102 בחוקת רוסיה משנת 1978 עד 25 בדצמבר 1993, אז נכנסה לתוקף חוקת הפדרציה הרוסית שהתקבלה בהצבעה עממית, שלא כללה אזכור של החוקה הסובייטית וחוקי ברית המועצות.
בספטמבר 1992, קבוצה של צירי העם בראשות סרגיי באבורין שלחה עתירה לבית הדין החוקתי של הפדרציה הרוסית לאמת את חוקתיות ההחלטה של הסובייט העליון מיום 12 בדצמבר 1991 "אודות אישור ההסכם ליצירת חבר המדינות", אך ערעור זה מעולם לא נידון בפועל.
הרפורמות הכלכליות.
בתחילת סתיו 1991 התברר כי ברית המועצות אינה מסוגלת לשלם את חובה החיצוני. המשא ומתן שהחל עם הנושים הוביל לחתימה בסוף אוקטובר על מזכר הבנות בנושא החוב לנושים זרים של ברית המועצות ויורשיה. שמונה מתוך חמש עשרה רפובליקות סובייטיות הודו באחריותן המשותפת לתשלום חוב זה. בנקים זרים מצידם דרשו מעבר דחוף לרפורמות שוק. בסתיו 1991 נולדה "התוכנית הכלכלית" של ראש ממשלת רוסיה, יגור גאידר. הנשיא ילצין הודיע על הקווים העיקריים של התוכנית ב-28 באוקטובר בנאום מרכזי בקונגרס החמישי של צירי העם של הפדרציה הרוסית. התכנית כללה צעדים להפרטה, ליברליזציה של מחירים, התערבות בסחורות והמרת רובל. בהכריזו על כיוון זה, הבטיח בוריס ילצין לאזרחיו כי "יהיה גרוע יותר לכולם בתוך כחצי שנה" לאחר מכן "ירידת מחירים, מילוי שוק הצריכה בסחורות ובסתיו 1992, ייצוב הכלכלה, שיפור הדרגתי בחייהם של אנשים".