בשנת 1993 רענן משרד החינוך את ההוראות הללו. לפי ההוראות החדשות גם תעודת השכלה תורנית גבוהה מקנה 15 נקודות זכות. נקבע, כי ההגדרה של תעודת זו היא "המונפקת על ידי הרבנות הראשית לישראל, באופן שהוסכם בין הרבנות הראשית לישראל ובין משרד החינוך והתרבות (לימודים בישיבה, סמיכה של 2 רבנים ו-3 בחינות)".
הקמת מכללות לשוטרים.
לקראת סוף שנת 1997 החלה יוזמה משותפת של הרבנות המשטרתית, הרבנות הראשית ובית המדרש יחוה דעת (בניהולו של הרב דוד יוסף), לפתיחת מסלול ללימודים תורניים גבוהים לאנשי כוחות הביטחון, לקראת קבלת תעודת השכלה תורנית גבוהה, המוענקת על ידי הרבנות הראשית לישראל ומקבילה לתואר ראשון. היוזמה לפתיחת המסלול באה על רקע המגמה שרווחה בשנות ה-90, אז עודדו גופי הביטחון את אנשיהם לצאת ולרכוש השכלה, אשר תיטיב את שכרם. מסלול הלימודים עמד על שנתיים וחצי, בהיקף של כ-10 שעות שבועיות, כאשר הלימודים התנהלו בשעות אחר הצהריים והערב. הרב אליהו בקשי דורון, הרב הראשי הספרדי לישראל באותה עת, אף נטל חלק בכתיבת תוכנית הלימודים האמורה, יחד עם הרב דוד יוסף.
לאחר פתיחת מכללת יחוה דעת, בשנת 1999, פתחה גם ישיבת "דרכי הוראה לרבנים" (בניהול הרב יוסף אליהו ובראשותו, ובהנהגת אביו הראשון לציון הרב מרדכי אליהו), מסלול לימודים כאמור, אשר לימים הצמיח סניפים ברחבי הארץ.
בהמשך, הוקמו מסגרות לימודיות נוספות ששמו לעצמן מטרה ללמד אנשי כוחות ביטחון ברחבי הארץ לקראת קבלת תעודת השכלה תורנית גבוהה, שתוכר כמקבילה לתואר ראשון ותזכה את בעליה בתוספות שכר: מכללת "חסדי יחיא" בבית שאן; מכללת "גן נר"; מכללת "אריאל" בחיפה; מכללת "קארו" בצפת; מכללות "קול יהודה" ו"בית מוריה" בבאר שבע ומכללת "מרכז נריה" בקריית מלאכי.
המכללות הללו גבו מן התלמידים שכר לימוד שנע בין 10,000 - 20,000 ש"ח לתלמיד.
מאות אנשי כוחות הביטחון נרשמו למסלולי הלימודים במכללות השונות, ובפרק זמן של כשנתיים זכו למעלה מ-700 אנשי קבע בצה"ל וכ-700 שוטרים בהטבות שכר שונות, הנגזרות מההכרה בהשכלתם התורנית כהשכלה אקדמית.
לכל אורך אותה תקופה, הופעלו על הרב בקשי דורון לחצים כבדים מצד חברי מועצת הרבנות הראשית, להם היה אינטרס אישי בהמשך קיומו של מסלול אנשי כוחות הביטחון: הרב שאר ישוב כהן עמד בראש מוסד אריאל; הרב שמואל אליהו הוא אחיו של הרב יוסף אליהו ובנו של הרב מרדכי אליהו, ראש בית המדרש דרכי הוראה; והרב יהודה דרעי עמד בראש מוסדות קול יהודה בבאר שבע.
על פי תעודות עובדי הציבור שהגישו אנשי מחלקת השכר בגופי הביטחון, שילמה המשטרה הטבות שכר בסך של 159,540,496 ש"ח, וצה"ל שילם הטבות שכר בסך של למעלה מ-140,000,000 ש"ח.
בג"ץ סקעת.
לקראת סוף שנת 1999 התקיימו ברבנות הראשית מספר ישיבות שדנו בשאלה האם להכיר במסלול הלימודים של יחוה דעת (הרב דוד יוסף) ודרכי הוראה (הרב יוסף אליהו). ישיבת מועצת הרבנות הראשית, שהתכנסה באוקטובר 1999, החליטה שלא לאשר את תוכנית הלימודים במסלול אנשי כוחות הביטחון, "עד לקביעת קריטריונים ברורים שיתקבלו על משרד החינוך והצבא". בצד זה, הוחלט לאפשר לקבוצה שכבר החלה בתוכנית במכללת יחוה דעת, ורק לה, להיבחן במבחני הרבנות הראשית.
הרב מרדכי אליהו, ראש בית המדרש דרכי הוראה, חש כי הופלה לרעה לעומת בית המדרש יחוה דעת. לאחר שכשלו ניסיונותיה של דרכי הוראה להסדיר את הנושא בתוך המערכת הרבנית, עלה מאבקה "מדרגה". ראש לשכתו של הרב מרדכי אליהו, פנה ליועץ המשפטי לממשלה והלין על כך שתלמידי המכללה מופלים לרעה לעומת תלמידי יחוה דעת, בכך שהרבנות הראשית מאפשרת רק לתלמידי יחוה דעת להיבחן ברבנות הראשית. הלחץ הגיע לשיאו בבוקר המבחן המיועד (ביום 24.10.99), אז הגיש אחד מתלמידי מכללת דרכי הוראה עתירה לבג"ץ בנידון, נגד הרבנות הראשית (בג"ץ 7530/99 מאיר סקעת נ' מנהל מחלקת הבחינות ברבנות הראשית). התלמיד ביקש, שייקבעו כללים ונהלים שווים ואחידים לכל הלומדים בתוכניות לקראת קבלת תואר השכלה תורנית גבוהה, שכן תלמידי יחוה דעת נבחנו ברבנות הראשית לקראת קבלת תעודת השכלה תורנית גבוהה, ואילו לתלמידי דרכי הוראה לא ניתנה הזדמנות כזו. צעד זה, היווה בעולם הרבני סוג של רעידת אדמה: מוסד של רב ראשי לשעבר תוקף את הרב הראשי הנוכחי בעילה, שהוא מפלה אותו לרעה. בכיר ברבנות הראשית הגדיר את המשמעות של אותו בג"ץ: "זה היה דבר שאין לו אח ורע, השמיים נפלו".
לנוכח המצב, אישר הרב בקשי דורון לבית המדרש יחוה דעת לבצע את הבחינות בבית המדרש עצמו, ולא ברבנות הראשית. לאחר מכן נחתם הסכם פשרה עם מכללת דרכי הוראה, בו חזרה בה הרבנות הראשית מהתנגדותה למסלול של דרכי הוראה ואישרה להעניק לתלמידי המכללה תעודות. הסדר הפשרה הוסתר בכספת אצל מנכ"ל הרבנות הראשית הרב אלי בן-דהן, ונחשף לאישים ספורים בלבד. בנוסף, לא הוגש הסכם הפשרה לבג"ץ, אך הוגשה הודעה על הגעה להסדר מחוץ לכותלי בית המשפט.
צה"ל מפסיק להכיר בלימודים לצורכי שכר.
לנוכח הגידול הקיצוני בעלות השכר של משרתי הקבע בצבא (בלי קשר לפרשה הנוכחית), הוחלט לקראת שנת 2000 לשנות את המדיניות שנהגה עד אז ו"לעקר את העניין של לימודים רק לצורכי שכר" (ציטוט מדבריו של יהודה שגב), שבאו לעולם על מנת לעודד את אנשי הקבע להישאר בצבא. התקבלה החלטה מערכתית של צה"ל, להפסיק להכיר בכל הלימודים שאינם ישימים לתפקיד, במטרה לצמצם את הוצאות צה"ל על כוח אדם. במסגרת זו, הוחלט גם להפסיק להכיר בלימודים תורניים שאינם ישימים לתפקיד. במסגרת זו הוחלט בין היתר בכל הנוגע ללומדים לקראת סמיכה לרבנות כי אלו שטרם השלימו לימודיהם וטרם זכו בדרוג לא יזכו בו, למעט אלו העומדים לסיים לימודיהם עד ספטמבר 2001.
בעקבות החלטה זו, נקבע בצה"ל "דור מעבר". כלומר, מי שהחלו כבר את לימודיהם קודם 1 באוקטובר 1999, ימשיכו את הלימודים, ויכירו בהם לצורך העלאה בשכרם.
במשטרה המשיכו הלימודים כרגיל עד 2003, אז הפסיקה הפרקליטות את המשך הלימודים.
חשיפת הפרשה.
הפרשה נחשפה בשנת 2002 באקראי, לאחר ששוטר משמר הגבול נחשד בעבירות אלימות במשפחה והועמד לדין משמעתי. בכיר במחלקת המשמעת של המטה הארצי, שעבר על תיקו האישי של השוטר, שם לב כי בתלוש המשכורת שלו נרשם כי הוא מקבל תוספת גמול בשל "תואר רב". הבכיר לא הבין איך יכול אדם חילוני להיות רב, והעביר מזכר בנושא לראש מחלקת חשיפה במח"ש, נצ"מ אבי ורצברגר, שהחל לחקור את הנושא. בבדיקה הסתבר שבמשטרה רשומים 580 אנשים שקיבלו תוספות מפני שקיבלו תואר רב, אך רובם חילונים.
לאחר הגשת כתב האישום בסוף 2008, הוחלט שלא להכיר בלימודיהם, לשלול את ההטבה ואף לדרוש מהם להחזיר את הכספים שקיבלו עד היום באופן רטרואקטיבי. בצד זה, הוחלט במשטרה ובצבא להעניק תוספת שכר מסוימת לאלה שלא נמצאו בעניינם ראיות למעורבות פסולה בפרשה זו ושהסתמכו בתום לב על ההכרה בלימודיהם. נקבע, כי תוענק להם תוספת שכר בסך של 30% מההפרש בין המשכורת שניתנה לפני הפחתת ההטבות לבין המשכורת ללא ההטבות.
לנוכח ההחלטה להפסיק את מתן הטבות השכר, הגישו שוטרים ואנשי קבע עתירות בנידון לבית המשפט העליון - כולן נדחו.
כתב האישום המרכזי.
החקירות נמשכו למעלה מחמש שנים. לאחר מכן, בדצמבר 2008 הוגש כתב אישום רחב היקף, המונה 65 עמודים, נגד 9 בכירים ברבנות.
הנאשמים היו בעלי תפקידים במכללות השונות ללימודי יהדות, פרט לשניים: האחד פעל מול הרבנות הראשית להשגת תעודות עבור מרבית המכללות, והשני היה ראש "מחלקת בחינות והסמכה לדיינות ולרבנות" ברבנות הראשית לישראל.
לפי כתב האישום, בחלק מהתעודות הופיעו פרטים שאינם מדויקים: "למד 5 שנים בישיבות גבוהות", "עבר בחינות כנדרש", כינוי בעל התעודה בתואר "רב", והמצג הכולל של התעודה, המעידה לכאורה על אורח חיים דתי ועל רמת ידע רבני מסוימת.
המשפט.
שלב שמיעת ההוכחות החל באפריל 2010 והמשפט נמשך עד אפריל 2013. בשל הקפן החריג ויוצא הדופן של הראיות, התקיים המשפט בתדירות של שניים-שלושה דיונים בשבוע, שנמשכו ימים שלמים והסתיימו בשעות אחר הצהריים המאוחרות. התקיימו 126 ישיבות הוכחות, במסגרתן: העידו 221 עדי תביעה ו-23 עדי הגנה; הוגשו 493 מוצגי תביעה - חלקם ארגזים הכוללים קלסרים בני אלפי עמודים, ו- 186 מוצגי הגנה; נכתבו 15,340 עמודי פרוטוקול מטעם המאשימה וכ־1,150 כאלו מטעם ההגנה, ובנוסף כ-1,700 עמודי סיכומים בכתב מטעם המאשימה וכ-250 כאלו מטעם אחד הנאשמים.
תקציר.
1. התנאים שהציבה המשטרה להכרה בלימודים תורניים כלימודים המזכים בהטבות שכר היו:
כן טענה המאשימה שהצבא דרש לימודים במשך חמש שנים בישיבה.
לעומתה טענה ההגנה, שהמשטרה והצבא לא דרשו משך לימודים מסוים. יתרה מזו, לדבריה דרשה המשטרה רק שהתלמיד יהיה "מוסמך לרבנות" על פי הקריטריונים של הרבנות.
בהכרעת הדין, קיבל השופט את טענת ההגנה, כי המשטרה והצבא דרשו רק את הגשתם של שני מסמכים: תעודת "יורה יורה" ואישור של הרבנות הראשית בדבר הסמכה לרבנות (הוא תעודת השכלה תורנית גבוהה). גם אם פירטה המשטרה (או הצבא) דרישה ללימודים במשך 4 שנים או למעבר של מבחנים ברבנות, הרי שעשתה כן רק כדי להבהיר כיצד ניתן לזכות באישור הרבנות הראשית.
2. בהוראות צה"ל לדור המעבר נכתב, שתלמידים "שהחלו לימודיהם קודם 1 באוקטובר 1999 ויסיימו הלימודים עד 1 באוקטובר 2001" יוכלו להמשיך בלימודים לצורך קבלת השכלה תורנית גבוהה. לטענת ההגנה, ההוספה בניסוח ההוראה של הצבא "ויסיימו הלימודים עד 1 באוקטובר 2001" משמעותה שלדור המעבר מספיקות שתי שנות לימוד על מנת לקבל תעודה. המאשימה סברה אין לראות בכך הוראה חדשה מכיוון שדבר זה לא צוין במפורש, ובהכרעת הדין קיבל השופט את טענת המאשימה.