קוקה הוסרב מהמד פאשה היה המושל העות'מאני הראשון של מצרים לאחר גירוש הצרפתים. אולם צורת השלטון לא הייתה זהה לזו שלפני הפלישה הצרפתית, שכן הממלוכים לא הוחזרו לשלטון. הפאשה, ובאמצעותו הסולטן, ניסו שוב ושוב או לחבוט בהם או לשכנע אותם לכניעה. מאמצים אלו נכשלו, הוסרב כבש את השדה ופלגה טורקית של 7,000 איש נשלחה נגד הממלוכים לדמנהור, לשם ירדו ממצרים העליונה, אולם הם הובסו על ידי כוח קטן תחת פיקודו של אל-אלפי או סגנו אל-ברדיסי. התחמושת ותותחיהם נפלו לידיהם של הממלוכים. זה הוביל למלחמת אזרחים ארוכה בין האלבנים, הממלוכים והעות'מאנים.
מערכה נגד הסעודים (1811–1818).
בהכרת הריבונות של הסולטן העות'מאני ובפיקודו, שלח מוחמד עלי צבא של 20,000 איש (כולל 2,000 סוסים) בפיקודו של בנו טוסון, צעיר בן שש עשרה, נגד הסעודים במלחמה הווהאבית-עות'מאנית. בסוף 1811 קיבל טוסון תגבורות וכבש את אל-מדינה לאחר מצור ממושך. לאחר מכן הוא לקח את ג'דה ומכה, ניצח את הסעודים ותפס את הגנרל שלהם.
לאחר מותו של המנהיג הסעודי סעוד, חתם מוחמד עלי הסכם עם בנו ועם יורשו של סעוד, עבדאללה הראשון בשנת 1815.
טוסון חזר למצרים לאחר ששמע על המרד הצבאי בקהיר, אך נפטר בשנת 1816 בגיל צעיר. מוחמד עלי, שלא היה מרוצה מההסכם שנחתם עם הסעודים, ומאי-מילוי חלק מסעיפיו, היה נחוש לשלוח צבא נוסף לערבייה. משלחת זו, תחת בנו הבכור אבראהים פאשא, עזבה בסתיו 1816 וכבשה את בירת סעודיה דרעיה בשנת 1818.
רפורמות (1808–1823).
במהלך היעדרותו של מוחמד עלי בערב, נציגו בקהיר השלים את הלאמת הקרקעות, שהחלה בשנת 1808, שכללו כמעט את כל הקרקעות השייכות לאנשים פרטיים, שנאלצו לקבל פנסיה לא מספקת במקום הקרקע. בשיטה מהפכנית זו של הלאמת קרקעות הפך מוחמד עלי לבעלים של כמעט כל אדמת מצרים. הפאשה ניסה גם לארגן מחדש את חייליו בקווים אירופיים, אך הדבר הוביל למרד אדיר בקהיר. המרד מוגר במתנות לראשי המורדים, ומוחמד עלי הורה כי הסובלים מהפרעות יקבלו פיצויים מהאוצר. הפרויקט של ניזם גדיד (המערכת החדשה) נזנח לזמן מה, כתוצאה מההפגנות נגדו.
בעוד אבראהים לחם במערכה הערבית השנייה, הפאשה הפנה את תשומת לבו לחיזוק הכלכלה המצרית. הוא יצר מונופולים ממלכתיים על המוצרים העיקריים במדינה. הוא הקים מספר מפעלים והחל לחפור בשנת 1819 תעלה חדשה לאלכסנדריה, הנקראת מחמודייה (על שם הסולטן השולט של האימפריה העות'מאנית). התעלה הישנה כבר נחסמה זמן רב קודם לכן, והכרח לתעלה בטוחה בין אלכסנדריה לנילוס הורגש רבות. סיכומו של הסכם מסחרי עם טורקיה בשנת 1838, שסוכם על ידי סר הנרי בולוור (לורד דארלינג), הכה מכת מוות במערכת המונופולים, אם כי יישום ההסכם על מצרים התעכב במשך שנים אחדות.
עובדה בולטת נוספת בהתקדמות הכלכלית של המדינה הייתה פיתוח גידול הכותנה בדלתא בשנת 1822 ואילך. הכותנה הובאה מסודאן על ידי מאהו ביי, ועל ידי ארגון התעשייה החדשה, בתוך שנים ספורות הצליח מוחמד עלי להפיק הכנסות ניכרות.
נעשו מאמצים לקידום החינוך ולימוד הרפואה. לסוחרים אירופאים, בהם היה תלוי במכירת היצוא, נתן מוחמד עלי טובות רבות, ובהשפעתו שוב עלה חשיבותו של נמל אלכסנדריה. בעידודו של מוחמד עלי גם חודש המעבר היבשתי של סחורות מאירופה להודו דרך מצרים.
הסולטאן מהמוט השני תכנן גם רפורמות שהושאלו מהמערב, ומוחמד עלי, שהייתה לו הזדמנות לבחון את עליונותן של שיטות הלחימה האירופיות, היה נחוש להקדים את הסולטן ביצירת צי וצבא בסגנון אירופי.
לפני פרוץ מלחמת העצמאות היוונית בשנת 1821, הוא כבר השקיע זמן ואנרגיה רבים בארגון צי ובהכשרה, בפיקוחם של מדריכים צרפתים, קצינים ילידים ואומנים.
עד 1823, הוא הצליח לבצע את ארגון מחדש של צבאו בקווים אירופיים, כאשר האלמנטים הטורקים והאלבנים הסוערים הוחלפו בסודנים ובפלאחים. יעילות הכוח החדש הודגמה בדיכוי מרד האלבנים בקהיר בשנת 1823 על ידי שישה רגימנטים סודנים ממושמעים; לאחר מכן מוחמד עלי לא היה מוטרד יותר מעימותים צבאיים.
כלכלה.
במצרים בראשות מוחמד עלי בתחילת המאה ה-19 הייתה תעשיית הכותנה החמישית היצרנית ביותר בעולם, מבחינת מספר הפלכים לנפש. התעשייה הונעה בתחילה על ידי מכונות שהסתמכו על מקורות אנרגיה מסורתיים, כגון כוח בעלי חיים, גלגלי מים וטחנות רוח, שהיו גם מקורות האנרגיה העיקריים במערב אירופה עד לשנת 1870 בערך בעוד שנערך ניסוי בכוח הקיטור במצרים העות'מאנית על ידי המהנדס טאקי א-דין מוחמד בן מארוף בשנת 1551, כשהמציא מגבה קיטור המונע על ידי טורבינת קיטור בסיסית, תחת מוחמד עלי בתחילת המאה ה-19 מנועי קיטור הוכנסו לייצור תעשייתי מצרי. למרות שלא היו מרבצי פחם במצרים, דוודי קיטור הותקנו בתעשיות כגון יציקה, ייצור טקסטיל, מפעלי נייר וטחנות ניפוי. פחם יובא גם מחו"ל, עד שנות ה-30 של המאה ה-19, אז קיבלה מצרים גישה למקורות פחם בלבנון, שהייתה להם תפוקת פחם שנתית של 4,000 טון. בהשוואה למערב אירופה, למצרים הייתה גם חקלאות מעולה ורשת תחבורה יעילה דרך הנילוס. ההיסטוריון הכלכלי ז'אן באטו טוען כי התנאים הכלכליים הדרושים לתיעוש מהיר התקיימו במצרים בשנות 1820–1830, כמו גם לאימוץ נפט כמקור אנרגיה פוטנציאלי למנועי הקיטור שלה מאוחר יותר במאה ה-19.
פלישות ללוב וסודאן (1820).
בשנת 1820 נתן מוחמד עלי פקודות להתחיל בכיבוש מזרח לוב. כוונתו של עלי כלפי סודאן הייתה להרחיב את שלטונו דרומה, ללכוד את סחר השיירות היקר לים סוף, לפזר את הממלוכים שברחו דרומה, ולאבטח את מכרות הזהב העשירים שלדעתו היו קיימים בסנאר. הוא גם ראה במערכה אמצעים להיפטר מחייליו הבלתי ממושמעים, ולהשיג מספר מספיק של שבויים כדי ליצור את גרעין הצבא החדש.
את הכוחות המיועדים לשירות זה הוביל אסמאעיל כמיל פאשה, בנו הצעיר של מוחמד עלי. הם כללו בין 4,000 ל-5,000 איש, וכללו טורקים וערבים. הם עזבו את קהיר ביולי 1820. נוביה לא עוררה מאבק רב, שבט שייג'יה מעבר למחוז דונגולה הובס, שרידי הממלוכים התפזרו וסנאר נהרסה.
הרחבה לסומליה (1821).
למרות שהייתה חלק נומינלי של האימפריה העות'מאנית מאז 1554, בין 1821–1841, מוחמד עלי, פאשה של מצרים, שלט בתימן. לאחר שהמצרים נסוגו מחופי תימן בשנת 1841, רכש מהם חאג' עלי שרמרקי, סוחר סומאלי מצליח ושאפתן, זכויות שלטון על זאילה. ממשלת שרמרקי השפיעה באופן מיידי על העיר, שכן הוא תמרן למונופול של כמה שיותר מהסחר האזורי, כששאיפותיו היו עד הרר ואוגדן (אזור סומלי באתיופיה של ימינו). בשנת 1845 שלח שרמרקי כוח צבאי כדי להילחם בשליטה על ברברה השכנה מרשויות סומליות שהיו נתונים במחלוקת בעיר. הדבר הבהיל את אמיר הרר, שכאחר שכבר הסתכסך עם שרמרקי בעניינים פיסקאליים, הוא היה מודאג מההשלכות של התנועות הללו בסופו של דבר על המסחר בעיר שלו. כתוצאה מכך, האמיר קרא למנהיגי ברברה להתפייס ולהתנגד לכוחות שרמרקי. את שרמקי ירש מאוחר יותר כמושל זילה אבו בכר פאשה, מדינאי אפאר מקומי.
בשנים 1874–1875, המצרים השיגו פירמאן מן העות'מאנים שבאמצעותם הבטיחו תביעות על העיר. במקביל, המצרים קיבלו הכרה בריטית בשטח השיפוט הנומינלי שלהם עד המזרח עד קייפ גארדאפוי. אולם למעשה, למצרים הייתה סמכות מועטה על פנים הארץ ותקופת שלטונם על החוף הייתה קצרה ונמשכה שנים ספורות בלבד (1870–1884). כאשר חיל המצב המצרי בהרר פונה בשנת 1885, נקלעה זאילה לתחרות בין הצרפתים לבריטים על השליטה במפרץ עדן האסטרטגי. אי.אם לואיס מזכיר כי "עד סוף 1885 התכוננה בריטניה להתנגד לנחיתה צרפתית צפויה בזילה". עם זאת, שתי המעצמות החליטו במקום זאת לפנות למשא ומתן.
מרד אחמד (1824).
בשנת 1824 פרץ מרד ילידים במצרים העליונה בראשות אחמד, תושב א-סלימאייה, כפר הממוקם כמה קילומטרים ליד תבאי. הוא הכריז על עצמו כנביא, ועד מהרה נהו אחריו בין 20,000 ל-30,000 מורדים, בעיקר איכרים, אך חלקם עריקים מניזעם גדיד, כי הכוח הזה עדיין היה במצב מאורגן למחצה. המרד נמחץ על ידי מוחמד עלי, וכרבע מחסידיו של אחמד נספו, אך הוא עצמו ברח. בשנים שלאחר מכן הוטל הסדר ברחבי מצרים וכוחותיו המאומנים והמשמעים החדשים של עלי התפשטו ברחבי המדינה.
המערכה היוונית (1824–1828).
ראיית הנולד של עלי בחיזוק כוחותיו הצבאיים זכתה לתגמול בהזמנתו של הסולטאן לסייע לו במשימה להכניע את המורדים היוונים, ולהציע לו כתגמול את הפשאליקים של מוראה ושל סוריה. בסתיו 1824, צי של 60 ספינות מלחמה מצריות שנשא כוח גדול של 17,000 חיילים ממושמעים התרכז במפרץ סודה, ובמרץ שלאחר מכן, עם אבראהים כמפקד הראשי נחת במוראה.
עליונותו הימית ביטלה מהיוונים את השליטה ברחבי הים, שבה בסופו של דבר היה גורל המרד תלוי, בעוד ביבשה הכוחות הבלתי סדירים היוונים, הכו במידה רבה את הכוחות העות'מאנים, הם פגשו סוף סוף באויב ראוי, הכוחות הממושמעים של אבראהים. ההיסטוריה של האירועים שהובילו לקרב נאווארינו. נסיגת המצרים ממוראה נבעה בסופו של דבר מפעולתו של האדמירל סר אדוארד קודרינגטון, אשר בתחילת אוגוסט 1828 הופיע בפני אלכסנדריה וגרם לפאשה לחתום על הסכם להחזרת אבראהים וצבאו למצרים.
מלחמה עם הסולטאן (1831–1841).