חכמי טבריה היו שותפים לחייה ולבעיותיה של העיר, שהרי שימשו כפרנסים, ורבי יוחנן עצמו, עודדם לכך: .
בית הדין שבטבריה פעל גם לפדיון שבויים, תפקיד שרבי יוחנן, מי ששימש אב בית הדין, היה אחראי לו.
ישיבת טבריה נתעלתה למעמד מיוחד בארץ ובתפוצות בעיקר הודות לגדולתו של רבי יוחנן, שלא זה בלבד שעיצב את דרכה, אלא הוא עצמו, בכוח אישיותו וגדולתו בתורה, שימש כוח משיכה. תחת הנהגתו הפעילה הונהג לימוד מעמיק במשנה, כשתוך בדיקתה, לא הותירו בה, אפילו עניין קל שבקלים, שלא הפכו בו וחזרו והפכו בו, מקשים וחוזרים ומקשים. ואמנם, העיסוק שעסק רבי יוחנן בחקר המשנה, הוא גולת הכותרת בעבודת חייו, שכן הקדיש את עיקר עיתותיו לבדיקתה ולחקירתה. הוא ניפה אותה משגיאות וביקש להגיע, על סמך דבריהם של התנאים השונים, להכללות. עבודה מעמיקה ורבת היקף זו, היא-היא שנתנה לנו את התלמוד הארצישראלי, הירושלמי.
זאת ועוד, העובדה שהכיר את המשנה בצורה יסודית כל-כך, איפשרה לו להתמודד עם הבעיות המרובות שנתעוררו תוך כדי ליבון הלכותיה. ידענות רבה גילה רבי יוחנן גם בברייתות, במשניות החיצוניות, ששוקעו עם הזמן במסגרת התלמודית.
בתלמוד הירושלמי ניתן למצוא את טביעות אצבעותיו הרבות של רבי יוחנן. למשל ידועות הגהותיו במילות פתיחה כגון "לית כאן", שמשמעו - עניין זה אינו צריך להיות כאן, או "לא תני", שמשמעו - הנוסח צריך להיות שונה, או "כיני מתניתא", שמשמעו - כך היא המשנה.
במסגרת הנהגתו את ישיבת טבריה, נהג להורות הלכה באופן תדיר גם לבני העיירה בית מעון הסמוכה לטבריה.
משנתו.
כבוד התורה.
מעקרונותיו הידועים של רבי יוחנן היה כבוד התורה וכבוד תלמידי חכמים. כאשר נחלקו החכמים מי הוא הראוי להקרא בתואר הגנאי אפיקורוס, סוברים רב ורבי חנינא שהכוונה היא למבזה תלמיד חכם, ואילו רבי יוחנן ורבי יהושע בן לוי סוברים שהתואר ראוי להינתן אף לאדם המבזה אדם אחר בפני תלמיד חכם, שכן זלזול ובזיון אדם אחר בפני תלמיד חכם, הוא דבר המראה על חוסר יראת כבוד מהתלמיד חכם.
בתלמוד מובא בהקשר לכך מעשה ובו רבי יוחנן דרש כי (כלומר, עשר של רוחב על עשרים של גובה), . אחד מתלמידיו לגלג על דבריו, ואמר כי לא ייתכן שימצאו מרגליות בגודל כזה. לימים הוא הפליג בים, ושם ראה את מלאכי השרת שמנסרים אבנים טובות ומרגליות בגדלים התואמים לאלו שנאמרו על ידי רבי יוחנן, ולשאלתו אמרו לו מלאכי השרת כי אלו הן האבנים שעתיד הקדוש ברוך הוא להעמידן בשערי ירושלים. כאשר חזר, מצא את רבי יוחנן באמצע לימודו. אמר לו התלמיד: . אמר לו רבי יוחנן: ריקה, אילו לא ראית, לא האמנת?! מלגלג על דברי חכמים אתה! נתן בו עיניו ועשאו גל של עצמות. החוקרים מוצאים כי אף שמעשיו של התלמיד חמורים היו, תגובתו של רבי יוחנן נחשבת לחריפה ביותר, לעומת תגובתו של התנא רבן גמליאל, שכאשר נמצאו תלמידים שלגלגלו על דבריו הוא הוכיח להם בהגיון כי הדבר ייתכן ולא המיתם.
עקרונות אלו התבטאו למעשה גם ביחסים האישיים בין תלמידיו לבינו: הוא דרש 'יחסי תלמיד - לרב' מתלמידיו, שכללו: מסירת שמועות בשמו, שאילת שלום, ונטילת רשות לצאת מהעיר. כך למשל, מסופר על רבי יוחנן שכאשר עבר ברחוב, כשהוא סמוך על ידי תלמידו רבי יעקב בר אידי, ראה אותו רבי אלעזר, ונחבא מפניו. רבי יוחנן הביע את תרעומתו על רבי אלעזר בפני רבי יעקב בר אידי, כשהוא אומר לו: "שני דברים עושה הבבלי הזה: אינו דורש בשלומי, ואף את שמועותי אינו מוסר משמי". רבי יעקב בר אידי הסביר לו כי כך נהוג בבבל, שנהוג שמתוך יראת כבוד מופלגת הם מחביאים את עצמם מפני החכמים, ויראים לגשת לחכם ולשאול בשלומו, כמו שכתוב "ראוני נערים ונחבאו" (איוב כ"ט ח). הוא אף הוסיף והסביר כי גם כאשר התנא רבי מאיר מסר את שמועותיו של רבו רבי עקיבא בפני רבי ישמעאל הוא לא הזכיר את שם בעל השמועה (רבי עקיבא), מפני שברור שכל תורתו של רבי מאיר היא אשר קיבל מפי רבי עקיבא, רבו היחיד והמובהק, וכך גם כאשר רבי אלעזר מוסר משמועותיו ברור שכולם מפי רבו רבי יוחנן ואינו צריך להזכיר את שמו. רבי יוחנן קיבל את הדברים ונתרצה. במעשה זה ניתן לראות את הקפדתו הרבה של רבי יוחנן על תלמידו רבי אלעזר לו הוא קורא בתואר ה"בבלי" וזאת על זלזולו בכבוד התורה.
הנוהג ששרר בבית מדרשו של רבי יוחנן לפי התלמידים היוצאים לעיר אחרת נפרדים מרבם מתבסס על דבריו של רבי שמעון בר יוחאי המובאים בתלמוד, כהסבר של תלמידי רשב"י לרבם למנהגם להפרד מרבם לפני יציאתם מהעיר:
נוהג זה שרר גם בבית מדרשו של רבי יוחנן. מובא בתלמוד כי רבי אסי שמע שאמו מגיעה לבוצרה. הוא שאל את רבי יוחנן האם מותר לו לצאת מבצרה, אך נענה בתשובה שלא סיפקה אותו. בעידודו של רבי שמואל בר יצחק הוא חזר ושאל את רבי יוחנן שוב, ונענה . על תשובה זו אמר רבי אלעזר: . במקום אחר מובא כי רב כהנא רצה לחזור לארץ ישראל, מכיוון שמספר אנשים בטבריה פגעו בכבודו, דבר שהביא לעונש מוות שנגזר עליהם משמים - הם מתו מיד לאחר שפגעו בכבודו. רב כהנא שרצה לחזור לבבל, ביקש מרבי יוחנן רשות לצאת בצורה עקיפה, על ידי רמז: אדם שאמו (ארץ ישראל) מבזה אותו, ואשת אביו - אמו החורגת (חוץ לארץ) מכבדת אותו, לאיזה מהם ילך? נענה רבי יוחנן: וודאי למקום שמכבדים אותו. רב כהנא ראה בכך תשובה לשאלתו וחזר לבבל. רבי יוחנן ששמע על מעברו של רב כהנא לבבל התפלא "האם ייתכן שהלך ללא נטילת רשות"? אך נענה על ידי תלמידיו שסיפרו לו כי רב כהנא ראה בתשובתו על שאלתו - כנטילת רשות מפורשת לחזור לבבל.
רבי יוחנן עודד התנהגות מכובדת של תלמיד חכם, וחייב זאת כאמצעי לגרום להגדלת כבוד התורה. הוא אמר כי . אך קבע שאדם מושחת מוסרית אינו ראוי ללמד תורה לאחרים: "אם דומה הרב למלאך ה' - יבקשו תורה מפיו; ואם לאו - אל יבקשו תורה מפיו".
כבוד ארץ ישראל.
רבי יוחנן הרבה לעסוק במעלת ארץ ישראל וגינה לעיתים רבות את בבל, אך נזהר מאוד בכבוד חכמי בבל ותורתה. הוא היה מחמיר באיסור לצאת לחוץ לארץ, ואף כאשר נשאל הלכה למעשה מחכם שרצה לצאת לקראת אמו כדי לקיים את מצוות כיבוד אב ואם הוא נענה - "איני יודע". הוא קבע כי "שלושה מנוחלי העולם הבא, הדר בארץ ישראל והמגדל בניו לתלמוד תורה והמבדיל על היין במוצאי שבתות (משייר מיין הקידוש להבדלה). הוא אף הרבה לספר על שבחם של פירות ארץ ישראל וגנותם של מאכלי בבל.
הוא תלה את כל המעלות בארץ ישראל, ואת החסרונות - בחוץ לארץ. כאשר הוא שמע שבבבל ישנם אנשים זקנים הוא התפלא באומרו הרי הפסוק "למען ירבו ימיכם וימי בניכם" נאמר רק בארץ ישראל - , אך נחה דעתו כאשר שמע שהם משכימים ומעריבים לבתי מדרשות ועוסקים בתורה. כאשר הוא שמע מעולא שהוא התלווה לשני יהודים מחוזאי בדרך ואחד מהם שחט את השני, הוא התפלא באומרו הרי הפסוק "ונתן ה' לך לב רגז" נאמר בבבל? ונחה דעתו כאשר שמע שהמעשה התרחש לפני נהר פרת, בשטח חוץ לארץ. הוא אף קבע כי . את שכרו של סנחריב שנקרא במקרא בתיאורי כבוד, תלה בכך שלא דיבר בגנותה של ארץ ישראל.
כאמור, אף שלא חיבב את בבל הוא נזהר תמיד מאוד מפגיעה בכבוד תורתם של חכמי בבל, הוא תלה בכך את אריכות ימיהם, ואף מחה בתלמידיו שאמרו כי "מפני מה תלמידי חכמים שבבבל מצוינין (-הולכים בבגדים נאים) מפני שאינן בני תורה (ורוצים שיכבדו אותם בזכות בגדיהם אף על פי שאינן בקיאים כל כך בתורה)" ואמר בשם רבי חנינא כי הסיבה שונה - "מפני שאינן בני מקומן" - הם זקוקים ללכת בבגדים מכובדים מפני שהם נודדין ממקום למקום ולכן הם חייבים על פי ההלכה לכת בבגדים נאים כדי שידעו שהם תלמידי חכמים ויכבדו את התורה ואת לומדיה.
כאשר היה רוצה להביע את תרעומתו כלפי אחד מתלמידיו שהתנהג שלא כראוי, היה קורא לו "בבלי", כך כאשר בטעות חשב שרבי אלעזר מבבל מזלזל בכבודו (כמוזכר לעיל), וכך גם כאשר חשב בטעות שרב כהנא לגלג עליו (בעוד שמדובר היה במום שבשפתיו - ראה בפסקה #תלמידיו). בימי זקנותו של רבי יוחנן, חל שינוי משמעותי ביחסו לבבל. שינוי זה התרחש זה בסיום ביקורו של רב כהנא בישיבתו, שבסיומו, רב כהנא ידע להשיב על כל קושיותיו של רבי יוחנן. לאחר מכן אמר רבי יוחנן לתלמידיו: עד עתה הייתי סבור שהתורה אצלינו בארץ ישראל, כעת אני רואה שהתורה נמצאת בבבל. נראה כי לאחר מעשה זה שלח את בנו האחד עשר שנותר בחיים (לאחר שעשרת בניו האחרים נפטרו), רב מתנה, מארץ ישראל לבבל ללמוד תורה.
יחסו לגזל.
לפי משנתו של רבי יוחנן, גזל היא אחת מהעבירות החמורות. כדוגמה לכך, ניתן למצוא את פרשנותו לפסוק . בעוד שחכמים אחרים פירשו את המדרש באופן אחר, מפרש רבי פנחס את המדרש בשם רבי יוחנן, כי שלמה המלך בא ללמד, שגזל גרוע במידה מסוימת יותר משלוש העבירות החמורות - עבודה זרה גילוי עריות ושפיכות דמים - "עניין רע" יותר מכולם. את המילים "לענות בו" הוא מפרש שהכוונה היא כאמור בפסוק "כִּי יָקוּם עֵד חָמָס בְּאִישׁ לַעֲנוֹת בּוֹ סָרָה", כלומר הגזל מקטרג על האדם ביום הדין ומטה את משפטו לרעה, רבי שמעון בר אבא תלמידו של רבי יוחנן ציטט על כך מאמר מרבו שאמר: , כמו שפירש רבי יודן בשם רבי יוחנן את הפסוק "ובצעם בראש כלם". רב יעקב בר אחא, תלמיד אחר של רבי יוחנן, אמר משמו: , - ב, . במקום אחר משווה רבי יוחנן את הגזל לרצח: . בתלמוד מובא כי רבי יוחנן משווה את הגזל לרצח, כמו בגזל מסוג "חמס" (גזילת החפץ ותשלום תמורתו), וגם אם הגזל נעשה בעקיפין, כמו שאול שהרג את נוב עיר הכוהנים שסיפקו לגבעונים לחם ומזון, ונחשב לו כאילו רצחם.
עקרונות כלכליים.