רעיון בית הכנסת של השטן תפס תאוצה רחבה בימי הביניים ואף הובא לידי ביטוי באומנות, כשלקטעים לעיל היה חלק משמעותי ביחסי היהדות נצרות לאורך ההיסטוריה. היהודים בתקופת ימי הביניים הושוו לשטן, תוארו כבעלי קרניים ונתפסו כמכשפים וקוסמים, המומחים באמנויות השחורות של תורת הנסתר. בנוסף תוארו היהודים כבעלי ריח גופרית המקושר לשטן. אם יהודים לא הריחו כגופרית, הנוצרים טענו שנעשה שימוש בדם נוצרים על מנת להיפטר ממנו. בהמשך לכך, נוצרים בימי ביניים האמינו שהיהודים הם אנשים חולניים וחלשים, בעלי מחלות דם שיכולות להתרפא רק באמצעות עירוי דם נוצרי. לפיכך, יהודים מחפשים באופן תמידי אחר דם נוצרי למטרות פולחן או הזדמנויות לנישואי תערובת עם נוצרים טהורים, זאת תוך זיהום השושלות הנוצריות.
לקטעים אלו היה חלק גדול בתפיסה הדיכוטומית של הנצרות בין הטוב לרע; שהדרך היחידה להיגאל היא על ידי ישו ואמונה בו; מי שמאמין שהוא יכול להגיע לגאולה בלי האמונה בישו הוא רע ומתנשא; שהיהודים שאינם מאמינים בישו והמערערים את אמונת המאמין הנוצרי בישו, הם בעצם בית הכנסת של השטן; שיש לחשוד באלו הקוראים לעצמם יהודים ולא מקבלים את דבריו של ישו, שכן הם בית הכנסת של השטן ואינם באמת יהודים. לאור חזון יוחנן 10:6 אף נעשה עידוד יתר למשימת המרת היהודים לנצרות, ומכאן הובטח הקונפליקט וההתנגשות התמידית בין ניסיון הנוצרים להמיר את היהודים לדבקותם הדתית של היהודים בדתם - שהבטיחה התנצרות יהודים או העמדת תפיסתם על ידי הנוצרים כ"בית הכנסת של השטן" תוך קידום דעות קדומות מומצאות ועלילות על היהודים.
מעכבי גאולה.
לאור ההתייחסויות ליהודים כביכול בברית החדשה, נעשו פעולות ועידוד יתר בקרב הכנסייה לעידוד נוצרים לפעול להמרת יהודים לנצרות. עם זאת חוסר יכולתם של הנוצרים להצדיק את הנצרות, בשילוב אמונת היהודים בצדקת היהדות, קוממו את הנוצרים שהאמינו כי ביאתו השנייה של ישו מותנית בקבלת כלל היהודים את הנצרות. לפיכך, לאור תפיסת היהודים כחוסמי הגאולה, לאורך הדורות הושקעו מאמצים אדירים לגרום ליהודים לראות, ברצון או בכח, את כביכול האור של הנצרות וזאת כביכול לטובתם - כשהמוני הנוצרים כוונו לפעול להמרת יהודים ורדיפתם מתוך תפיסת הפעולה כבעלת עליונות מוסרית. בין אם דרך עצירת ורדיפת עושי דברו של השטן, ילדי השטן- שהם כביכול היהודים; או בהצדקת הפעולות הלא-מוסריות, רדיפת ורצח היהודים, כמכוונות למטרה סופית מוסרית, והיא הבאת הגאולה.
כחלק ממעשים אלו אף הותקנה בשנת 1570 התפילה למען היהודים ביום שישי הטוב, ל"perfidis Judaeis" (שיכול להתפרש כ"בוגדניים" בנוסף ל"לא מאמינים"), שבכוונה מפנים את מבטם מהאמת. כתפילה מיוחדת ביום שישי הטוב, כחלק מהליטורגיה של הכנסייה הקתולית. על יהודים נאסר בשלב מסוים לצאת מהבתים, לפתוח חלון או דלת ביום שישי הטוב.
היהודי הנודד.
בימי הביניים התעוררה אגדת היהודי הנודד; שהייתה והתקבלה כמטפורה ליהודים. ברוב גרסאות האגדה, היהודי הנודד היה סנדלר בשם אחשוורוש. אחשוורוש סירב לאפשר לישו לנוח על כסאו בדרכו לצליבה ולכן ישו הענישו בקללה, שלעולם לא ימות או ימצא מנוחה אלא ינדוד סובל בעולם עד לחזרתו של ישו ביום הדין הסופי. בדרך כלל, המצב הארור הזה מתפרש לאמור שאחשוורוש יכפר על חטאיו בנדידה ממושכת עד שבסופו של דבר ישו יגאל אותו באחרית הימים. הנדודים המתמידים של היהודי מוגברים לאור פחדו מגילוי זהותו האמיתית על ידי הנוצרים, דבר שגורם לו לעבור ממקום למקום ללא הרף ולחוסר יציבות או שגשוג.
מפני שישו מתואר בדרך כלל כאוהב וסולח; יצחק-אדרשים מציע הסבר אלטרנטיבי והוא שהיהודי הנודד אינו מייצג חוטא בודד, אלא את כוחות ההתנגדות לישו. סוג של דמות על-אנושית שיש להביס. היהודי הנודד מתואר מרגיש לרוב אשמה גדולה על חטאו, אשמה שהופכת לבלתי נסבלת. לכן, מתוך השתתקות לברוח מעונשו, מנסה לעיתים קרובות להתאבד, אך אינו מצליח משום שהוא לא יכול למות עד לחזרתו של ישו: אם היהודי מנסה להטביע את עצמו, המים מתרחקים ממנו; אם הוא מנסה לקפוץ לתוך הר געש, הר הגעש ירק אותו בחיים. בקרב, איש לא יכול לפגוע בו, וכך הופכים חייו לממושכים ומלאי אומללות. הופעתו של היהודי הנודד לרוב נתפסת כמבשרת רעות, פרעות ואסונות, וכך זכה לאהדה גדולה בקרב המדינות האירופאיות שנהגו לגרש ולשדוד את הקהילות היהודיות שלהם.
יצר נקמנות ועניין בהשמדת הנצרות.
לאורך השנים הוחדר לאוכלוסייה הנוצרית הרעיון כי קיימת איבה יהודית לנצרות, שהתמקדה בטענה כי היהודים שונאים את הנצרות ומנסים להרוס אותה. על היהודים ושקריהם, היא דוגמה הבולטת ביותר לטענה זו. הטענה ממשמיכה עד לימינו, בטענות כי היהודים "שונאים את הנצרות" ו"משתמשים בפורנוגרפיה ככלי חתרן נגדנו".
במהלך ימי הביניים ובמיוחד בתקופת המוות השחור הואשמו היהודים, שפחות נפגעו ממחלת אבעבועות שחורות לאור השמירה המסורתית על ההיגיינה והקבורה ביהדות, בהרעלת בארות והפצת מחלות. אף על פי שהאפיפיור קלמנס השישי הוציא בולה אפיפיורית שסתרה את הטיעון כי היהודים היו מעורבים בהפצת המחלה, ההמונים נוצריים שהחזיקו באמונות תפלות האמינו שהמכה הייתה עבודת השטן דרך ילדיו, היהודים. בתקופה זו מכים על חטא נוצרים שכונו מלקים, שהאמינו שהמגפה היא עונש על חטאיהם, החלו לעבור מעיר לעיר תוך הפצת מסר ההכאה על החטא והסתת העם נגד הנבלים האמתיים, היהודים מרעילי הבארות. בתקופה זו קהילות יהודיות רבות, במיוחד בגרמניה, נכחדו.
לאורך ימי הביניים ניסו רבים להציג את היהדות כדת שקרית ולא נכונה. כשלרוב דובר על נוצרים ואנשי כמורה שכלל לא היו בקיאים בתנ"ך היהודי או בשפה העברית (שכן ישנם הבדלים מרחיקי לכת בין פשט שפת התנ"ך במקור לעומת התרגומים השונים); היהודים עצמם אינם מכירים בטקסטים שלהם. לכן לשם הסבר סיבת דחייתם של היהודים את ישו, למרות היכרותם עם התנ"ך, נדרשו הנוצרים לפרש את סיבת דחיית היהודים את הנצרות. הסיבה שהעניקו הנוצרים לדבר היה כי היהודים עצמם אינם יודעים לפרש את הספרים שלהם, לאור השפעת ועיוות פירושי הרבנים: פרשני המקרא, התורה שבעל-פה, התלמוד והקבלה, שעיוותו את שיקול דעתו של המאמין היהודי - ולכן אין ברירה אלא לעזור ליהודים בכח או תקיפות להבין את האמת, מתוקף המוסר.
בין הטיעונים לשקר היהדות (גם דרך האלימות שכביכול נמצאת בה);
מעניין לציין כי חלקים מהטיעונים נגד היהדות יכולים לחול גם על הנצרות. בנוסף לכך שהנצרות עצמה, בתקופות מסוימות, הגבילה את היהודים בעניינים אלו בעצמה.
לפי הליגה נגד השמצה רעיונות אלו ממשיכים עד לימינו כשלרוב נעשים "ציטוטים שלא בהקשרם" מהתלמוד והקבלה על מנת לבסס כי קיימת סלידה יהודית נגד הנצרות. כמו טיעונים לכך שהיהדות והיהודים לא רואים בנוצרים כבני אדם, אלא כחיות. הם מוסיפים כי "זה לא אומר שיהודים מבחינה היסטורית לא נשאו איבה כלפי ישו והשליחים או לנצרות בכללותה, לאורך מערכת היחסים בת אלפיים שנה זו. היהדות והנצרות, נפגמו על ידי הפולמוס האנטי-יהודי והרדיפות הנוצריות של יהודים. כמה רבנים גינו בחריפות את הכנסייה, ובמקומות מסוימים יהודים פיתחו ספרות עממית שהשפילה את הנצרות. אך הפולמוס האנטישמי העכשווי אינו מעוניין בלמידה או דיווח על ההתפתחות ההיסטורית של יחסי היהודים-נוצרים. אלא מטרתו להסית לשנאה נגד היהדות והיהודים על ידי הצגתם כקנאים ושונאים."
יהודי תלמודי ועיוורון ואטימות יהודית.
בעת העתיקה ובתחילת ימי הביניים פירשו את סיבת דחייתם של היהודים את הנצרות וישו כמקושרת לקללה אלוהית לעיוורון ועונש נצחי של היהודים על רצח ישו. לאורך ימי הביניים ניסו להסביר את סיבת דחיית היהודים את הנצרות כקשורה לחוסר בקיאות היהודים בטקסטים שלהם עצמם. שכן לתפיסתם כל המעיין בתנ"ך ובפרט בפרקים נב-נג בספר ישעיהו לא יכול לפספס את אמיתות הנצרות ונבואת ישו. ההסבר כלל תפיסה לפיה השפעת ועיוות פירושי הרבנים: פרשני המקרא, התורה שבעל-פה, התלמוד והקבלה, עיוותו את שיקול דעתו של המאמין היהודי - ולכן אין ברירה אלא לעזור ליהודים בכח או תקיפות להבין את האמת, מתוקף המוסר.
עם הזמן, לאור כישלון המיסיון לנצר יהודים דרך ההכרה ליהודים את הגרסאות הנוצריות, החלו אנשי דת לפרש באופן אפל יותר את סיבת דבקותם של היהודים ביהדות ולראות ביהודים כדוחים בזדון את הנצרות, וזאת כביכול למרות הבנתם את אמיתות הנצרות הברורה לכל. סיבה אחת שניתנה הייתה שהיהודים רוצים בכוונה להתבדל, על מנת לשלוט בעולם. סיבה שנייה שניתנה הייתה שהיהודים דוחים בזדון את הנצרות על מנת לערער את אמונת הנוצרים. סיבה השלישית הייתה שהרבנים מעוניינים בכח ובהנהגה ולכן מעוורים את יתר קהילותיהם בפירושים רבניים ותלמודיים שאינם קשורים לתנ"ך.
לאור זאת נתפסו היהודים כאילו: אינם שמים לב לרמזים בברית הישנה המעידים על כך שהיהדות והברית הישנה אינם אלא בלבד מבשרי הנצרות וישו; או שהם מודעים לכך, שכן זו כביכול האמת והיא ברורה לכל הקורא מהברית הישנה, וממשיכים להכחיש את נכונות הנצרות מתוך כוונות זדון ומטרה להרע בערעור אמונתם של הנוצרים. ומכאן היהודים הם בעצם שליחי השטן שבא לבחון את אמונת הנוצרי. כשאמונת הנוצרי בישו היא הדבר החשוב ביותר נצרות.
בתקופה זו המושג יהודי תלמודי או יהודי רבני החל להיות מושג שמיש בפי אנטישמים רבים, על מנת להסביר את הסיבה לחוסר נכונותם של היהודים לקבל את ישו והנצרות, לפי איך שהם רואים אותו כברור ונכון מהתנ"ך. בנוסף הוגדר כמושג שנועד להמציא ולהעליל על קיומה של קבוצה יהודית קנאית ונבדלת, המבקשת לפגוע בנצרות. בתקופה זו התלמוד והקבלה הפכו למשוקצים, ולמילות מפתח בתקיפת היהדות והיהודים.
עלילות דם.