עד לשנות התשעים מקובל היה התיאור המקראי לראשית ההתנחלות הישראלית ולקיומה של ממלכת ישראל המאוחדת בקרב רוב החוקרים, אם כי היו חילוקי דעות לגבי גבולותיה, תחומי שלטונה, ומוסדותיה. הגם שלא נמצאו שרידים לבית המקדש של שלמה, קיומו לא הוטל בספק, והעדר הממצאים הוסבר במחזורי ההרס והבנייה שעברו על הר הבית במרוצת הדורות והעובדה שעדיין לא נערכה חפירה ארכאולוגית מסודרת באתר.
כבר בראשית המחקר ביקשו חוקרים למצוא התאמה בין הממצא הארכאולוגי לתיאור המקראי אודות הממלכה המאוחדת. משום כך, טען בנימין מזר שהמעבר בין השלב הראשון של תקופת הברזל, תקופת הברזל 1, המאופיינת ביישובים כפריים קטנים ותרבות חומרית דלה, לשלב השני, תקופת הברזל 2א', בה התפתחו העיור והתרבות החומרית, חל בסביבות שנת 1000 לפסה"נ - שנים ספורות לאחר עליית דוד לשלטון, לפי הכרונולוגיה המקראית. כרונולוגיה זו הייתה מקובלת כארבעים שנה, וכך נמנו אתרים שעל פי החופרים נמצאו בהם ממצאים מתקופת הממלכה המאוחדת: תל גזר, תל מגידו, תל חצור, ירושלים (עיר דוד), תל לכיש, מצודת תל ערד, תל אל פול היא גבעת שאול, תל בית שמש, ועוד. שערי הערים חצור, מגידו וגזר אף היו במוקד מאמר מפורסם של יגאל ידין משנות השישים, בו זיהה ידין את שערי גזר מתוך התבוננות בדוחות החפירה של מקליסטר.
דעות אלו שלטו בשיח הארכאולוגי-ההיסטורי במשך שנים רבות, עד שעומתו מול ממצאים סותרים, כמו אלו שעלו במחקרו של דוד אוסישקין, שהראה ששערים כמו "שערי שלמה" נחשפו גם בערים שלא היו חלק מממלכת ישראל, ושערים אחרים נבנו שנים קודם לימי שלמה ולאחריהם. בעיות נוספות עלו מניתוח הממצא הארכאולוגי. לדוגמה: הארכיטקטורה שנחשפה לצד "שער שלמה" במגידו הייתה זהה לזו של אתרים כמו שומרון ויזרעאל, שנבנו מאה שנה לאחר מלכותו, בימי עמרי ואחאב מלכי ישראל. משום כך הציע ישראל פינקלשטיין את הכרונולוגיה הנמוכה, לפיה המעבר בין שלביה של תקופת הברזל אירע לאחר מסע שישק לארץ בשנת 925 לפנה"ס לערך (מל"א י"ד 25).
הצעתו של פינקלשטיין לא התקבלה, בפרט בתחילה, על ידי רוב החוקרים, בעיקר משום משמעותה - שכבות היישוב המפוארות של ארץ-ישראל נותקו משלמה ותוארכו כ-80 שנה לאחר מכן, לימי בית-עמרי בישראל. כפתרון פשרה אפשרי למחלוקת, הרצוג וזינגר-אביץ הציעו על בסיס ניתוח כלי החרס של התקופות השונות למקם את המעבר בין שלביה של תקופת הברזל לאמצע המאה העשירית לפסה"נ, ובהתאמה להצעה זו הוצעה הכרונולוגיה המעודכנת בידי עמיחי מזר, לפיה אירע המעבר בשליש הראשון של אותה המאה.
בדיקות תיארוך פחמן-14, היכולות לתארך שכבות ארכאולוגיות לפי בדיקות כימיות, תמכו בכרונולוגיה הנמוכה של פינקלשטיין. ואולם סער גנור, יחד עם פרפ' יוסי גרפינקל, פרסמו בדיקת פחמן 14 שסותרת את שיטתו של פינקלשטיין, ותומכת בתיארוך המסורתי.
הדיון אודות הממלכה המאוחדת ממשיך להתקיים גם עתה. יש שמכירים בקיומה של ישות מדינית שמושבה בירושלים, אבל טוענים שהממלכה המאוחדת לא הייתה גדולה או בעלת השפעה, וכי את המהפכה העירונית/תרבותית יש לייחס רק לימי הממלכה המפולגת. בספרו ראשית ישראל טען פינקלשטיין כי אין ראיות ארכאולוגיות לקיומה של הממלכה המאוחדת. לדבריו, הממלכה הראשונה שנוסדה היא ממלכת ישראל הצפונית, ורק לאחר חורבנה של זו הופכת ממלכת יהודה למשמעותית באזור. פינקלשטיין כתב שירושלים הייתה בתקופה המיוחסת לדוד ושלמה כפר עני קטן, ולא בירה של ממלכה עשירה. ואולם יש המערערים על מסקנותיו של פינקלשטיין, וטוענים שהעדר ממצאים ניתן לתלות בגורמים שונים ואיננו מהווה ראיה, ובפרט בנוגע לדוד ושלמה, שהמקום הטבעי לממצאים מתקופתם הוא באתר בעייתי, עיר דוד, עליו פעלו כוחות סחף חזקים והיה חשוף לתהליכי חציבה, בנייה והרס במשך אלפי שנים - תהליכים שמחקו שרידים ועקבות של תקופות קדומות. ד"ר אילת מזר רואה בממצאים החדשים (ארמון המיוחס לדוד שנתגלה ב-2005 וחומות ירושלים המיוחסות לשלמה שנתגלו ב-2010), ערעור על טענת פרפ' פינקלשטיין לחוסר ממצאים.
לדברי פרופסור גרפינקל, גם הממצאים שנחשפו במבצר האלה מספקים הוכחה קדומה לקיומה של ממלכה ביהודה ולקיומו של מלך חזק וממשל ריכוזי בירושלים בתקופת דוד המלך. גרפינקל חשף בחורבת קייאפה עדות לקיומו של הכתב העברי העתיק במאה העשירית לפנה"ס. השם אשבעל בן בדע נחרט על אחד הכדים באתר. ייתכן שמדובר במגיש מנחה או מס שחרט את שמו על הכד, כחלק ממערכת גביית המיסים בממלכה. השם 'אשבעל' מופיע במקרא כשם בנו של שאול שמלך אחרי מותו. במחקר הועלתה השערה כי מדובר באחד מנכבדי משפחת דוד שהתגוררו בנטעים ובקרית יערים.
בנוסף, יש הגורסים שישנו מתאם גבוה בין מקורות ההיסטוריה והארכאולוגיה לבין התיאור המקראי של הארכיטקטורה והמצב הכלכלי והביטחוני, ובפרט בתקופת דוד ושלמה, וששיטתו של פינקלשטיין מתעלמת ממתאם זה.
הממסד הארכאולוגי המסורתי, במיוחד זה של האוניברסיטה העברית, אינו מקבל את המסקנות של פינקלשטיין, והן רחוקות מלהפוך לקונצנזוס ארכאולוגי.
בשנים האחרונות החל גל של חפירות ארכאולוגיות באתרים המזוהים עם נחלת שבט יהודה, מה שקודם לכן נעשה בהיקף מצומצם מאוד. בין האתרים האלה אפשר לכלול את חורבת קייאפה וח'ירבת א-ראעי (על יד לכיש), שנחפרו על ידי גרפינקל. שני האתרים מאפיינים את ההתיישבות הישראלית ביהודה - התיישבות שקטה ולא אלימה על סלע האם (אין שכבת חורבן הקודמת להתיישבות), באתר לא גדול, כיפה שולטת עם נוף פנורמי המשקיף על כל הסביבה, יושבים ליד מקורות מים (נחלים או מעיינות), בצמוד לערים כנעניות גדולות (לצורך מסחר, כלכלה ויחסי גומלין), קרמיקה ישראלית עם טביעות אצבע על ידיות הקנקנים (מאפיין של ההתיישבות הישראלית). כמו כן, ריכוז התיישבותי באתרים קטנים הסמוכים זה לזה המזכירים את סגנון ההתיישבות של המצודות בנגב. לדוגמה - ריכוז יישובים ישראלים קטנים סביב לכיש הכנענית: ח'ירבת א-ראעי, תל בורנה, תל צאפי, תל זית ותל עיראני. צורת התיישבות זו משקפת את התאוריה של אלט.
חפירות ארכאולוגיות שבוצעו על-ידי אברהם פאוסט בתל עיטון העלו גם הן ממצאים התומכים בקיומה של ממלכה ריכוזית בירושלים בתקופת דוד המלך. בראש התל, המזוהה לרוב עם העיר המקראית עגלון, נמצא מבנה מרשים מאבני גזית שתוארך על פי הממצא האורגני לשלהי המאה ה-11 או לראשית המאה ה-10 לפני הספירה.
עדויות חוץ מקראיות לדוד ושלמה.
ישנן שתי עדויות חוץ מקראיות לדוד: כתובת תל דן המזכירה שם של מלך יהודה משושלת בית דוד ("ביתדוד"), ומצבת מישע המזכירה את סחיבתו ולקיחתו בשבי למואב של "אראל דודה" המכוונת אולי לאחד מגיבורי בית דוד. מדובר בכתובות מן המאה התשיעית לפנה"ס, כמאתיים שנה לאחר התקופה המיוחסת לדוד, עדות לכך כי שמו מוכר ומפורסם ומוזכר בכתבים חיצוניים כמייסד שושלת מלוכה גם מאות שנים אחרי זמנו.
אודות שלמה המלך טרם נמצאו כתובות בהן הוא נזכר או ממצא ארכאולוגי אחר הנקשר אליו ישירות. יוסף בן מתתיהו, ההיסטוריון היהודי מהמאה ה-1 לספירה, מציין בספרו "נגד אפיון" את קיומן של איגרות בארכיונים הממלכתיים בצור שהחליפו ביניהם שלמה המלך וחירם מלך צור, אולם בהיעדרן לא ניתן לבחון את נכונות הדברים, מה גם שיוסף בן מתתיהו עצמו מסתמך על עדויות מתקופות מאוחרות ביותר, מאות שנים לאחר התקופה הנידונה.
כמו כן, יוסף בן מתתיהו מצטט בספרו את דיוס שכתב את "דברי ימי כנען":
בחפירות מבצר האלה נתגלו בשנת 2011 כלי פולחן ובהם דגם מוקטן ומפורט של מבנה בית מקדש חצוב באבן שתוארך לראשית המאה ה-10 לפנה"ס, תקופת ממלכת ישראל המאוחדת, הכולל מאפיינים ארכיטקטוניים שזוהו על ידי הארכאולוג יוסף גרפינקל כתואמים את תיאור מקדש שלמה בספר מלכים.
כתב.
בחפירות של גרפינקל בחורבת קייאפה נתגלה הכתב העברי העתיק ביותר שנמצא עד אז, מהמאה העשירית (או אחת עשרה) לפני הספירה. מדובר בשתי כתובות שנחרטו על גבי חרסים. בכתובת אחת מופיע שם של אישיות מאותה תקופה 'אשבעל בן בדע' ביחד עם מילה נוספת שלא שרדה ואולי מתארת את הסחורה. בכתובת השנייה מופיע משפט עם מילים המיוחדות לשפה העברית כגון: עבד, שפט. כתב מאפיין ממלכה ריכוזית עם מערכת מינהל וגביית מיסים וייתכן שהכד מקייאפה היה חלק ממערכת כזו של גבייה והפצה של המס.
אתרים ארכאולוגיים מתקופת הממלכה המאוחדת.
עצם קיומה של הממלכה המאוחדת נמצא במחלוקת במחקר, ובין הממצאים החשובים ביותר בהם נעזרים החוקרים בניסיון לגשר על המחלוקות, נמצאים אתרי חבל יהודה ממפנה האלף הראשון לפני הספירה.
ירושלים - עיר דוד.
בחפירות בעיר דוד שניהלה ד"ר אילת מזר, נתגלו ממצאים של מבנה גדול שנבנה במהלך תקופת הברזל. לדעתה של אילת מזר יש לתארכו למאה ה-11 לפנה"ס, והיא מזהה בו את הארמון של דוד המתואר במקרא. אולם ארכאולוגים אחרים מבקרים זיהוי זה, שאינו מסתמך על ממצאים כלשהם.
מבצר האלה.
במבצר האלה (חורבת קייאפה) נחשף אתר מראשית תקופת הברזל השנייה, המחצית השנייה של המאה ה-11 לפנה"ס והשליש הראשון של המאה ה-10 לפנה"ס, המוקף בחומה מבוצרת, מהקדומות ביותר בתקופת הברזל. ממצאים אלו תומכים בעובדה שבאותה תקופה הייתה ממלכה חשובה באזור שיכלה לבצע פרויקט ביצור שכזה. עם זאת, גם ביחס לאתר זה רבות השאלות ומאמרים רבים כבר פורסמו בנושא.
לאחר פילוג הממלכה.
בעוד שעל תקופת הממלכה המאוחדת והתקופות הקודמות לה נתגלו ממצאים רק לאחרונה, הרי שלגבי התקופה שלאחר פילוג הממלכה נתגלו כבר לפני זמן רב מקורות חיצוניים המצטלבים עם הכתוב בתנ"ך לגבי אותה התקופה, להלן מספר ממצאים חשובים מתקופת שלטון בית עמרי בממלכת ישראל ואילך:
חפירות וסקרים חשובים.