לאחר הוצאת השיר המצליח עם ויוס, הוציאה שאקירה את הסינגל הראשון מתוך אלבומה ה-11, "Chantaje". השיר הוא שיתוף פעולה בינה לבין הזמר הקולומביאני מאלומה. במהרה, הפך השיר לאחד מהשירים הלטיניים המצליחים ביותר בכל הזמנים בארצות הברית, כאשר בשבוע השמיני שלו במצעד הבילבורד הוט 100, הצליח להגיע מהמקום ה-61 אל המקום ה-51. בכך הפך לאחד מהשירים הלטיניים הבודדים בהיסטוריה שעשו זאת. בארצות הברית נמכר השיר בלמעלה מ-960,000 עותקים. בגרמניה נמכר בלמעלה מ-200,000 עותקים, תוך שבספרד נמכר בלמעלה מ-200,000 עותקים גם כן. בצרפת זכה להצלחה רבה גם כן, כאשר נמכר שם בלמעלה מ-250,000 עותקים. השיר הוא הראשון של מאלומה אשר הצליח להיכנס למצעד הבילבורד הוט 100, וה-19 של שאקירה להיכנס למצעד זה. הקליפ שצולם לשיר, שבר את שיאו של סיי שצבר מיליארד צפיות בכ-158 ימים עם שירו "Gangnam Style", בזמן שהוא צבר מיליארד צפיות בכ-139 ימים בלבד. נכון להיום, מונה הצפיות של הקליפ עומד על למעלה מ-2.4 מיליארד צפיות והוא הנצפה ביותר של הזמרת ושל מאלומה. קליפים נוספים שפורסמו בגרסאות שונות הצליחו לצבור מיליוני צפיות גם כן.
ב-4 בפברואר 2017, יצא לאור שיתוף הפעולה השני שלה מהאלבום, ביחד עם הזמר הלטיני פרינס רויס. שם השיר היה "Deja Vu" והוא כשמו, מעלה בתוכו זיכרונות ישנים, שקרו לשניים בעברם. שיתוף פעולה זה הוא הראשון בין שאקירה לרויס. השיר זכה להצלחה נאה בכל המצעדים הלטיניים, כאשר במצעד השירים הלטיניים הגיע בשיאו למקום הרביעי, ובמצעד השירים הטרופיים הצליח להגיע למקום הראשון. לשיר צולם וידאו קליפ מצליח אשר צבר למעלה מ-435 מיליון צפיות, והוא בין הסרטונים הנצפים ביותר של רויס.
לאחר שהועלו לאינסטגרם של הזמרת מספר תמונות נוספות המציגות חלקים משמו ומעטיפתו של האלבום ב-11 במאי, הודיעה שאקירה כי אלבומה החדש ייקרא בשם, "El Dorado", והוא עתיד לצאת ב-26 במאי באותה השנה. באותו הזמן, היא פרסמה את עטיפתו המלאה של האלבום. שמו של האלבום נבחר להיקרא כ-"El Dorado", ופירוש שמו הוא; "אל דוראדו", עיר אגדית של שבט האינקה שמעולם לא נמצאה. האגדות מספרות שבעיר זו חבוי זהב רב, כמו בשאר המקדשים שנמצאו באמריקה הדרומית. לאחר מכן יצא קליפ מילים לשיר החדש עליו שאקירה הודיעה ברשתות החברתיות, "Ma Enamoré". חודש לאחר מכן יצא לשיר קליפ מלא, שצבר למעלה מ-800 מיליון צפיות. ב-26 במאי, יום צאתו של האלבום, פורסמו בערוץ ה-"Vevo" שלה כל שיריו. ב-15 בספטמבר, יצא לאור הסינגל השלישי מהאלבום, "Perro Fiel"; הקליפ המלא שלו אשר כלל את הזמר הלטיני ניקי ג'אם הופץ בסמוך לכך. בפרק זמן של כ-17 שעות מונה הצפיות שלו עמד על למעלה מ-4.2 מיליון צפיות, ונכון לינואר 2020, מונה הצפיות שלו עומד על כ-750 מיליון צפיות. באותה השנה הועמדה בטקס פרסי גראמי הלטיני ה-18 בשש קטגוריות שונות, מתוכן זכתה בקטגוריית "אלבום הפופ העכשווי-ווקאלי הטוב ביותר". בסמוך לכך, זכתה בפרס המוזיקה האמריקאית החמישי שלה בקטגוריית "האמן הלטיני של השנה", הועמדה תשע פעמים בטקס פרסי המוזיקה האמריקאית הלטיני, זכתה בשני פרסים, הועמדה פעמיים בטקס פרסי המוזיקה של בילבורד, ולבסוף קיבלה מועמדות בטקס פרסי גראמי ה-60, בקטגוריית "אלבום הפופ הלטיני הטוב ביותר".ב-23 בינואר 2018, נודע כי שאקירה צילמה קליפ לשיר "Trap". מאוחר יותר, ב-26 בינואר באותה השנה, היא העלתה את הקליפ המלא לערוץ ה-"Vevo" שלה, ואז נודע כי השיר יהיה הסינגל הרביעי מתוך האלבום. בשיר מתארח בשנית, הזמר הקולומביאני מאלומה. שיתוף פעולה זה הוא השלישי של השניים, כאשר הקודמים היו "Chantaje", והרמיקס שיצא עבור השיר "La Bicicleta". ב-24 השעות הראשונות של הקליפ ביוטיוב, מונה הצפיות שלו עמד על כ-7 מיליון צפיות. ב-28 בינואר 2018, נודע כי היא זכתה בפרס גראמי השלישי שלה, עם אלבומה "El Dorado", בקטגוריית "אלבום הפופ הלטיני הטוב ביותר". זוהי הפעם השנייה בה זוכה שאקירה בקטגוריה זו, כשהקודמת הייתה עם אלבום הופעתה הראשון, "MTV Unplugged", בשנת 2000, דבר אשר הופך אותה לאמנית היחידה בהיסטוריה שעשתה זאת פעמיים. כמה ימים לאחר מכן, הודיעה ברשתות החברתיות כי היא מועמדת 12 פעמים בטקס פרסי הבילבורד הלטיני, וב-10 בפברואר 2018, הוציאה בושם חדש עבור גברים הנקרא, "Rock! the Night".
לקראת סוף מרץ 2018, הכריז איגוד תעשיית ההקלטות האמריקאי (RIAA), כי אלבומה ה-11, "El Dorado", נמכר בארצות הברית בסדר גודל של כ-240,000 עותקים, וכי שירה "La Tortura" הוא השיר הלטיני הנשי הנמכר ביותר בכל הזמנים בארצות הברית, ובעולם ואף הוכרז כי שאקירה הפכה לאמן הלטיני הנמכר ביותר בכל הזמנים גם בארצות הברית, וגם בעולם, כאשר הקודמת לכך הייתה גלוריה אסטפן. באפריל 2018, הצטלמה ביחד עם מאלומה לעמוד שער עבור מגזין הבילבורד, לכבוד "שבוע המוזיקה הלטינית".
בהמשך, נודע כי היא זכתה ב-5 פרסי הבילבורד הלטיני, מתוך 12 מועמדויות. בתחילת מאי 2018, דווח בכלי תקשורת רבים בישראל על הופעה של שאקירה בישראל לראשונה בקריירה שלה, בפארק הירקון שבתל אביב, ב-9 ביולי 2018, במסגרת סיבוב ההופעות השישי שלה, "El Dorado World Tour". בסוף אותו החודש, הוכחשו פרטים אלו על ידי משרד ההפקות שהיה אחראי על הגעתה כאשר הסיבות לביטול ההופעה אינן ברורות וייתכן כי הן קשורות ללחצים הבינלאומיים על הופעתה בישראל או עקב בעיות טכניות של ההפקה. כמה ימים לאחר מכן, הוציאה את השיר "Clandestino", ביחד עם מאלומה. שיר זה הוא שיתוף הפעולה הרביעי של השניים. ב-27 ביולי באותה השנה, פורסם הקליפ המלא של השיר. בהמשך, הוציאה את "Nada" כסינגל החמישי והאחרון מתוך האלבום. לקראת סוף 2018 נודע כי "El Dorado" נמכר בלמעלה מ-4.2 מיליון עותקים, וכי במהלך סיבוב ההופעות "El Dorado World Tour", נמכרו למעלה ממיליון כרטיסים.
2019–הווה: Shakira in Concert: El Dorado World Tour.
בתחילת 2019, פרסמו ברולינג סטון כי ייתכן ובמהלך השנה הזו תוציא שאקירה את אלבומה ה-12, "El Dora2", אשר יהיה אלבום המשך ל-"El Dorado", שיצא שנתיים קודם לכן. עוד נודע כי ייתכן והשיר "Clandestino" שיצא ב-8 ביולי 2018, יתפקד כסינגל המוביל מתוכו. בפברואר 2019, הפכה לפרזנטורית של יצרן התכשיטים הדני, פנדורה. בנוסף לכך, השתתפה בפרסומת שנעשתה עבור קולקציית תכשיטי פנדורה מיוחדת שיצאה בשמה.
באפריל 2019, זכתה שאקירה בשני פרסי המוזיקה הלטינית של בילבורד, מתוך ארבע מועמדויות בסך הכול. חודש לאחר מכן, הוענק לה תואר "האמנית הבינלאומית הנמכרת ביותר במקסיקו". באוגוסט באותה השנה, נודע כי היא תוציא את אלבום ההופעה החמישי שלה, "", ב-13 בנובמבר 2019. כמה שבועות לאחר מכן, השיקה את אתר האינטרנט "Shakira Perfumes" ("הבשמים של שאקירה"), אשר כולל מידע על שלל הבשמים שהוציאה במרוצת השנים. לקראת סוף ספטמבר 2019, נודע כי היא תופיע ביחד עם ג'ניפר לופז בסופרבול LIV, שהתקיים ב-2 בפברואר 2020, במיאמי, פלורידה שבארצות הברית.
לבסוף, יצא אלבום ההופעה, "Shakira in Concert: El Dorado World Tour", בתאריך המיועד, תוך שהועלה לרשתות הזרמות המדיה השונות כדוגמת אפל מיוזיק וספוטיפיי. בנוסף לאלבום ההופעה, הוציאה שאקירה את סרט ההופעה, "", שעלה לאקרנים בעשרות מדינות שונות, ביניהן ארצות הברית, בריטניה, ברזיל ורוסיה. עבור הסרט הוקם אתר אינטרנט רשמי, בו הוצגו כל הקרנותיו ברחבי העולם, אך לא אושרה הקרנתו הרשמית של הסרט בישראל. באותו היום בו יצא, פורסם כי הסרט עלה לאקרנים בלמעלה מ-2,500 בתי קולנוע ברחבי העולם. הצלחתו של הסרט עזרה בקידום אלבום ההופעה שדורג במצעדים שונים ברחבי העולם.
בפברואר 2020, הופיעה שאקירה כמתוכנן בסופרבול LIV. ההופעה עלתה ליוטיוב ותוך פחות מ-20 שעות צברה קרוב ל-30 מיליון צפיות. כמו כן, הצליחו שיריה "Whenever, Wherever", "Hips Don't Lie", "", "She Wolf", "Empire", "Try Everything", "Underneath Your Clothes", "La Tortura", "Me Gusta" ו-"Chantaje", לחזור למצעד האייטונס האמריקאי. בעקבות ההופעה, פורסמו למעלה מ-2 מיליון ציוצים בטוויטר, בהם הוזכרה שאקירה. בנוסף לכך, באותה היממה הצליח שירה "", לצבור למעלה ממיליון צפיות ביוטיוב, עשר שנים מצאתו המקורית. ב-6 במרץ, פרסמה בשידור חי את הקליפ רשמי של "Me Gusta"; הוא זכה להצלחה רבה כאשר צבר למעלה מ-55 מיליון צפיות בפחות מחודש לצאתו. בסוף מרץ, העניק איגוד תעשיית ההקלטות הבריטי (BPI) את תואר הזהב לשירה "Underneath Your Clothes", על מכירות של למעלה מ-400,000 עותקים במדינה, דבר אשר הופך אותו לשירה השני הנמכר ביותר במדינה. בעקבות מגפת הקורונה נהגה משדר מיוחד בשם "Disney Family Singalong", בו שאקירה ביצעה את להיטה "Try Everything", הלקוח מתוך סרט הקולנוע "זוטרופוליס" (2016). במשדר, אותו הנחה השחקן האמריקאי, ריאן סיקרסט, ביצעו אמנים שונים מבתיהם, שירים מסרטי דיסני מובחרים וזאת בשל ההסגר שפקד את העולם באותה העת. ב-19 ביוני, הוציאה ביחד עם הלהקה האמריקאית בלאק אייד פיז, את השיר "Girl like Me", שנכלל באלבום, "Translation". בחודש הבא, הוציאה את "Don't Wait Up" שזכה להצלחה בעיקר במצעדים של מוניטור לטינו.