בפברואר התקיף האצ"ל בין היתר תחבורה ליד יהודייה, יאזור ורמלה. לוחמי הארגון השתתפו בקרבות מול חמושים ערביים ברמלה ובקלקיליה. בחודש מרץ תקף הארגון בקאקון, ליד טולכרם, כפר ובו ריכוז חמושים ערבים.
ההסכמות עם ההגנה ומוסדות היישוב.
זמן קצר לאחר קבלת תוכנית החלוקה החל משא ומתן בין האצ"ל להנהלת הסוכנות היהודית על שיתוף פעולה בין הארגון להגנה, נוכח אתגרי המלחמה.
מפלגות הפועלים ומפקדת ההגנה התנגדו לניסיון להגיע להסכם. בן-גוריון הכריז כי "אם הפורשים יפרקו את ארגוניהם וימסרו את נשקם, יוכל כל אחד מהם להתנדב להגנת היישוב ככל יהודי אחר, ואם יימצא מתאים יצורף לשורותיה". החוגים האזרחיים ביישוב פעלו למען הסכם, וראשיהם, ובהם יצחק גרינבוים ויהודה לייב פישמן מימון עמדו בראש נציגות הסוכנות במשא ומתן, שהתארך בשל התנגדות הרבה לו.
עוד בטרם הגיעו הצדדים להסכמה כוללת, התגבשו סיכומים מקומיים רשמיים למחצה לשיתוף פעולה בחזיתות השונות, בהן האצ"ל פעל במקביל ל"הגנה" והיה צורך למנוע כפילויות והפרעות הדדיות. סיכומים כאלה הושגו בירושלים, בתל אביב, בפתח תקווה ובנתניה. בחיפה השתתף כוח של האצ"ל בכיבוש העיר ב-21 באפריל.
במקביל התחוללו גם עימותים בין אנשי האצ"ל וההגנה. בחיפה התחוללה בחודש ינואר פרשה של חטיפות הדדיות של אנשי הארגונים. אחד מחטופי האצ"ל, ידידיה סגל, נמצא מת ליד הכפר הערבי טירה. ההגנה טענה כי הוא נמלט ונהרג על ידי אנשי הכפר, ואילו האצ"ל טען שהוא מת במהלך חקירתו על ידי אנשי ההגנה. ב-22 בפברואר סיכלו אנשי ההגנה ניסיון של האצ"ל לשדוד סניף בנק בתל אביב, וארבעה ימים אחר כך התחולל עימות בין הארגונים בכיכר מוגרבי בתל אביב בעת שהאצ"ל ארגן שם עצרת, במסגרתו נזרקו רימוני הלם על ידי אנשי ההגנה, ואילו אנשי האצ"ל טענו את רוביהם בהפגנתיות.
נציגי הצדדים הגיעו להסכם ב-7 במרץ והעבירו אותו לאישור המוסדות. ההסכם אושר בישיבת הוועד הפועל הציוני ב-12 באפריל בקולות הציונים הכלליים, המזרחי והרוויזיונסטים, כנגד קולות מפלגות הפועלים. לאחר עוד כמה עיכובים נכנס ההסכם לתוקף ב-27 באפריל.
בהסכם נקבע כי כוחות האצ"ל יישארו עצמאיים אך יקבלו את מרותם של מפקדי החזיתות השונים מטעם ההגנה, פעולות האצ"ל יהיו טעונות אישור של מפקדת ההגנה, והאצ"ל אף יקבל משימות שיוטלו עליו על ידי מפקדת ההגנה.
דיר יאסין.
אחת הפעולות הבולטות ביותר של האצ"ל במלחמת העצמאות הייתה כיבוש הכפר דיר יאסין ששכן ממערב ירושלים. ההתקפה על הכפר נערכה במקביל למבצע נחשון של ההגנה לפתיחת הדרך לירושלים, וסוף הקרבות של ההגנה לכיבוש הקסטל (קרב הקסטל). אנשי האצ"ל רצו גם הם להשתתף בשלב חדש זה של הלחימה, בו עברו הכוחות היהודים מהתגוננות והתקפות "פגע וברח" להתקפות מסודרות שכללו כיבוש שטחים והחזקתם. אנשי האצ"ל בחרו כיעד לכיבוש את הכפר דיר יאסין, ופעלו בידיעתו ובאישורו המסויג של מפקד ההגנה בירושלים דוד שאלתיאל.
בבוקר 9 באפריל יצאו 72 אנשי אצ"ל ו-40 אנשי לח"י לפעולה. הקרב היה קשה בשל חוסר ניסיונם של הלוחמים בלחימה בשטח בנוי, וחמישה מאנשי הכוח הכובש נהרגו. במהלכו נאלצו אנשי האצ"ל והלח"י לבקש עזרה ממפקדת ההגנה, ששלחה כוח פלמ"ח שסייע באש ממרגמה, נשק שלא היה בידי האצ"ל או הלח"י, ועזר בפינוי הפצועים.
אנשי האצ"ל והלח"י תכננו לקרוא ברמקול לאנשי הכפר להתפנות, אולם נראה שתכנון זה השתבש, ותושבי הכפר לא שמעו את האזהרה. כך, בניגוד לתכנון של הכוח התוקף, הקרב התנהל בעוד רוב האוכלוסייה האזרחית נמצאת בכפר, ורבים מתושביו נהרגו במהלכו. מספר ההרוגים הערבים שהאצ"ל והלח"י פרסמו היה 240, ומספר זה התקבע במידה רבה בתודעה. אולם ההערכות כיום מדברות על כ־100 עד 120 הרוגים.
מחשש להתקפה אווירית, שתכננו הכוחות הבריטיים, פינו כוחות האצ"ל והלח"י את הכפר כשלושה ימים אחרי כיבושו, והעבירו אותו לידי כוחות ההגנה. רק עם כניסתם נקברו ההרוגים הערבים.
תוך זמן קצר עמדו אירועי כיבוש הכפר במוקד של מלחמת תעמולה מרובת צדדים, שכולם הגזימו בתיאור האירועים לצרכים פוליטיים. האצ"ל והלח"י התפארו במתכוון במספר קורבנות הערביים שהיה גדול מהאמת, הן על מנת לגרום לדמורליזציה בקרב הציבור הערבי, והן על מנת להעלות את יוקרתם ככוח לוחם בקרב הציבור היהודי. ההנהגה הערבית אימצה את המספרים המנופחים, והפיצה תאורים על מעשי זוועה על מנת לעורר רגש נקם כנגד הציבור היהודי. אנשי "ההגנה" והשמאל השתמשו גם הם במספרים ובתיאורים המוגזמים על מנת לנגח את "הפורשים" ולהבאיש את ריחם בקרב הציבור היהודי בארץ.
לאירועים בכפר, שחלקם נתונים בוויכוח היסטורי עד היום, ולמלחמת התעמולה סביבם, היו השפעות מרחיקות לכת וארוכות טווח. אירועי הכפר, והתעמולה הערבית סביבם שסיפרה על מעשי זוועה שחלק גדול מהם היו בדויים, הטילו פחד על הציבור הערבי וגרמו להאצת הבריחה שלו. כך הפכה פרשת דיר יאסין לנקודת מפנה במלחמה ולאחת מאבני היסוד של הנכבה.
הלחימה ביפו וכיבוש מנשייה.
אחרי שההגנה כבשה את טבריה וחיפה באמצע אפריל, רצה האצ"ל לרשום לזכותו גם כיבוש עיר ערבית. יפו, שממנה נורו יריות על תל אביב הסמוכה, נבחרה כיעד, ולשם כיבושה גויסו כמעט כל משאבי הארגון באזור שפלת החוף. על פי גבולות החלוקה יפו הייתה אמורה להיות מובלעת של המדינה הערבית בתוך אזור יהודי, דבר שהעלה את האטרקטיביות שלה בעיני האצ"ל שסירב להכיר בחלוקה. בגלל מיקום העיר בתחומי השטח שהיה אמור להיות המדינה הערבית, בניגוד לטבריה וחיפה, הבריטים המשיכו לשלוט בה, ולא איפשרו לכוחות היהודים להשתלט עליה. בהחלטה על היציאה לכיבוש יפו האצ"ל פעל עצמאית, בניגוד לתוכניות ההגנה לכתר את העיר עד צאת הבריטים, ולא לכבוש אותה, ובנפרד מהלח"י שרצה להצטרף למבצע, אך סורב.
ב-25 באפריל יצאו יחידות האצ"ל שכללו כ-600 לוחמים, ממחנה הארגון ברמת גן להתקפה על יפו הערבית. הקרבות מול הקבוצות הערביות החמושות היו קשים ובהמשך הארגון נתקל בהתנגדות עזה גם מצד הבריטים, שהפעילו נגדו משוריינים ואף כוח אווירי. הייתה זו הפעם הראשונה בה הארגון נלחם ישירות מול כוחות צבא בריטיים. תחת פיקודו של עמיחי פאגלין "גידי", קצין המבצעים של הארגון, האצ"ל כבש לאחר קרב קשה את שכונת מנשייה שאיימה על תל אביב, התקדם עד לאזור הים ולכיוון הנמל, ובו בזמן הפגיז במרגמות את השכונות מדרום. פעולות אלה גרמו למנוסת תושבים ערביים מן העיר, ובמהלכן נהרגו כ-30 אנשי מחתרת, רובם מאש הבריטים.
הבריטים תבעו את פינוי מנשייה הכבושה, אולם בעקבות הסכם עם ההגנה, בו הובטח כי לא תהיה נסיגה מיפו בלחץ הבריטים, העביר הארגון להגנה את החסות על מנשייה אותה כבש, ובכך הסתיימה המתקפה העצמאית של האצ"ל על יפו. אף על פי שבמתקפה זו האצ"ל נכשל בכיבוש העיר כולה, והסתפק בכיבוש שכונת מנשייה, פעולתו האיצה משמעותית את בריחת התושבים הערבים מיפו, ותרמה רבות לנפילת העיר. ב-26 באפריל נכנס לתוקפו ההסכם הכלל ארצי בין ההגנה לאצ"ל, וכוחות האצ"ל השתלבו במבצע חמץ של ההגנה, שבמהלכו, בהתאם לתוכניתה המקורית של ההגנה, נכבשו הכפרים מסביב ליפו והעיר כותרה ונכנעה סופית ב-13 במאי, לאחר כניסת כוחות ההגנה והשתלטותם על שאר העיר מדרום.
הפעולה ביפו נחשבה בעיני האצ"ל כאחד מההישגים הבולטים של הארגון. מאחר שכבש את מנשייה עד הים וגרם למנוסת האוכלוסייה משאר חלקי העיר, זקף הארגון לזכותו את כיבושה של יפו. מוזיאון האצ"ל בתש"ח ("בית גידי" הממוקם כיום בפארק צ'ארלס קלור), נבנה באחד הבתים המעטים שנותרו משכונת מנשייה.
השתלבות האצ"ל בצה"ל.
מ-27 באפריל, מועד כניסתו לתוקף של ההסכם עם ההגנה, ועד הקמת צה"ל המשיך האצ"ל את קיומו העצמאי, אולם פעל בשיתוף פעולה עם "ההגנה" והשתלב בפעולותיה.
בתחילת חודש מאי כבש האצ"ל את הכפר יהודייה (יהוד בימינו), ומספר כפרים באזור רמות מנשה. מ-16 במאי ואילך נערכו קרבות האצ"ל ברמלה, אשר באותו שלב נכשלו תוך אבדות כבדות לארגון.
בחודש מאי הוכרזה המדינה ובסופו של אותו חודש הוקם צבא ההגנה לישראל על בסיס ארגון ההגנה. ב-1 ביוני נחתם הסכם בין מנחם בגין לישראל גלילי.
בגין הודיע על כך ללוחמי האצ"ל בשידור בתחנת הרדיו "קול ציון הלוחמת": . חברי האצ"ל החלו להשתלב בצה"ל ביחידות נפרדות. הם קיבלו מספר אישי שהתחיל בספרות "93" וזיהה את נושאו כחבר האצ"ל. עד סוף יוני הושלם התהליך תחת ניהולו של מטה שהוקם לשם כך במפקדת הארגון.
אנשי הארגון השתתפו, במסגרת גדודיהם שצורפו לצה"ל, בהדיפת המצרים באזור איסדוד וכיבושה של יבנא ב-4 ביוני. בסוף אוקטובר לחמו וכבשו את הכפר תרשיחא בצפון. כמו כן, ניסו כוחות אצ"ל מצומצמים להגן על משמר הירדן הישנה, שהופגזה במשך שלושה שבועות, אולם בהיעדר תגבורת מכוחות צה"ל באזור נפלה המושבה, שהייתה מזוהה עם תנועת בית"ר, לידי הצבא הסורי.
בירושלים הנצורה, שהייתה, להלכה, מחוץ לתחום השלטון של הממשלה הזמנית, המשיכו האצ"ל והלח"י לפעול כגופים עצמאיים וחלקו גזרות עם ההגנה.
אלטלנה.