הנציב העליון ווקופ נפגש עם שלושת ראשי הוועד הערבי העליון, אמין אל-חוסייני, ראע'ב אל-נשאשיבי ועוני עבד אל-האדי, והזהיר אותם לגבי משמעות החלת המשטר הצבאי. אלה השיבו כי יסכימו לקרוא להפסקת השביתה והפרות הסדר, אם יתבקשו כך על ידי המלכים הערבים - ע'אזי, אבן סעוד, האמאם יחיא ועבדאללה. ראשי הוועד אף הציעו שבריטניה היא זו שתבקש מהמלכים לקרוא לוועד לסיים את השביתה, אולם בקשתם נדחתה. ב-16 בספטמבר פרסם העיתון "פלסטין" את הקריאה הפומבית הראשונה להפסיק את השביתה. הוועד הערבי העליון החל במשא ומתן עם מלכי ערב על נוסח טיוטה ל"קול-קורא" שיפורסם על ידם, תוך עדכון ממשלת בריטניה בתוכן הטיוטות. המשא-ומתן ארך כחודש שלם וב-10 באוקטובר פורסם בארץ ישראל ה"קול-קורא" של המלכים הערבים אל ערביי ארץ ישראל להניח את נשקם כדי להעניק סיכוי לדיפלומטיה: . באותו יום פרסם הוועד הערבי העליון קריאה לעם להפסיק את השביתה והמהומות. אולם המורדים ככל הנראה לא שוכנעו להניח את נשקם, ולכן שלח אליהם הוועד הערבי העליון פנייה סודית, בה קרא להם להפסיק את כל מעשי האלימות ונימק את קריאתו בהצהרה שקרית, "שממשלת בריטניה החלה להגשים את הבטחותיה ולבצע את ההסכמים שהושגו". הממשלה נתנה למורדים ארכה של שבוע להפסקת פעילותם. רוב החבורות התפזרו, מלבד כוחותיו של קאוקג'י בשומרון, שראה בהפסקת המרד הפוגה זמנית בלבד, לצורך הפסקת השביתה, שאחריה הוא יתחדש. בתגובה לכך, הקיף הצבא את החבורות של קאוקג'י. כפריים רבים נהרו לעזרתו. הוועד הערבי העליון פנה לעזרת הנציב העליון, ועקב חששם מפני התחדשות המרד בקרב הכפריים, הותר לקאוקג'י ואנשיו לחצות את הירדן ולצאת בחזרה לעיראק.
ב-11 באוקטובר 1936, לאחר 175 ימים, הסתימה השביתה הכללית. עם הפסקתה שככו גם המהומות בארץ. הערבים ראו בסיום השביתה ובהפסקת פעולות הכנופיות שביתת נשק בלבד כדי להניח לוועדת החקירה הבריטית למצוא נוסחה מדינית חדשה לארץ ישראל שתעלה בקנה אחד עם דרישות הוועד הערבי העליון. בשלב הזה של המהומות (עד סוף אוקטובר), נרצחו 91 אנשים ביישוב היהודי ו-369 נפצעו, הותקפו 19 בתי ספר, 9 בתי תינוקות ויתומים ו-3 בתי מבוגרים. אירעו כ-900 מקרי פגיעה ביישוב היהודי, נערכו 380 התקפות על רכבות ואוטובוסים, כ-17,000 דונמים חקלאיים הושמדו ו-200,000 עצים נעקרו, מאות בתים נהרסו, ושלושה מקרי חילול בתי עלמין. למרות זאת, החיים במשק היהודי לא נפגעו ותחבורתו לא שותקה. הוועד הערבי העליון החל בשל כך להסיט את ההתקפות אל כוחות הביטחון של הממשלה.
הפוגה.
עם סיום השביתה והאלימות, ניצלה ההנהגה הפלסטינית את ההפוגה להתארגנות מחדש. הושם דגש על איסוף כספים, כדי לאפשר את חידוש השביתה והמרד, במקרה ויוחלט לחדש אותם. האיסוף נעשה באמצעים המוכרים: מגביות בין העשירים, הטלת אימה על המסרבים לשלם, מכירת תמונות של גיבורי המרד והיטל בשיעור אחוז אחד על הפרדסנים וסוחרי ההדרים, בנימוק שעונת ההדרים הייתה גורם מרכזי בהחלטה להפסיק את השביתה.
הוועד הערבי העליון החליט להמשיך בחרם הכלכלי על היהודים גם אחרי תום השביתה.
לאחר הפסקת השלב הראשון של המרד, שמרו הכנופיות על הנשק והתחמושת שלהן במחסנים נסתרים. הצבא סירב לקחת על עצמו את המשימה לפרוק הערבים מנשקם ללא שיוכרז משטר צבאי. מאז סתיו 1936 התנהלה בכפרים ובערים תעמולה לרכישת נשק ולחידוש האלימות על ידי אנשי הדת עובדי המועצה המוסלמית העליונה.
ועדת פיל.
בחודש מאי 1936 מינתה הממשלה הבריטית ועדת חקירה מלכותית, בראשותו של הלורד פיל (שכיהן בעבר כשר לענייני הודו) על מנת לברר את גורמי היסוד של המהומות אשר פרצו בארץ ישראל בקשר עם התחייבויותיה של בעלת המנדט כלפי הערבים וכלפי היהודים. ולברר האם לאור פירוש נכון של הוראות המנדט יש לערבים או ליהודים תלונות מוצדקות על אופן הגשמת המנדט בעבר ובהווה. ואם יוברר לוועדה שיש יסוד של ממש לאותן התלונות, להגיש הצעות לסילוקן ולמניעת הישנותן.
לאחר הפסקת השביתה והאלימות, החלה הוועדה באמצע נובמבר את עבודתה. הוועד הערבי העליון כבר מינה ועדה מיוחדת, שתכין את עדויות הערבים לוועדת פיל, אולם דרש בתוקף את השעיית העלייה היהודית בזמן עבודתה, וב-4 בנובמבר החליט שיחרים את הוועדה "אם לא תושעה הגירת היהודים". שר המושבות הסכים לצמצם מאוד את מכסת רישיונות ההגירה, אולם הוועד הערבי העליון מימש את איומו והחרים את הוועדה. לאחר שנשמעו קולות הקוראים לבטל את החלטת ההחרמה, וכן בלחץ המלכים הערבים, החליט הוועד הערבי העליון ב-6 בינואר 1937 לחזור בו מהחלטתו ולהופיע בפני הוועדה. סמוך לעזיבתה את הארץ, החליט המופתי אמין אל-חוסייני להופיע בפניה. הוא תבע עצמאות וגינה את המדיניות הבריטית המסייעת לטענתו ליהודים לכבוש את הארץ ולפגוע בקודשי האסלאם.
דוח הוועדה.
ביולי 1937 פורסם דוח ועדת פיל, ובו שלושה חלקים: סקירה היסטורית על הבעיה הארצישראלית, טענות שני הצדדים לסכסוך ותוכנית לפתרון בצורה של חלוקת הארץ לשתי מדינות (כ-20 אחוז ליהודים וכ-75 אחוזים לערבים) ואזור קטן שישאר תחת המנדט הבריטי.
ועדת פיל הכירה בעקרון של חילופי אוכלוסין בין המדינה היהודית למדינה הערבית. הוועדה גם המליצה על ביצוע הדרגתי של תוכנית החלוקה ובתקופת המעבר מימי המנדט עד להקמת שתי המדינות יהיה על הממשלה הבריטית לאסור רכישת קרקעות על ידי היהודים באזור המיועד למדינה ערבית ולקבוע את העלייה לפי כושר הקליטה של אזור המדינה היהודית בלבד.
הוועדה העריכה כי מסקנותיה לא ישביעו רצון אף צד מן הצדדים ובכל זאת ראתה בפתרון החלוקה יתרונות לערבים וליהודים. הוועדה המלכותית ראתה בחלוקה פשרה צודקת לגבי שני העמים על אף שידעה שלא בנקל יסכימו לתוכנית המוצעת. היא הזכירה להם את הפתגם האנגלי האומר "טובה מחצית הכיכר מאפס לחם" וביקשה בכך להדגיש כי היתרונות של החלוקה מכריעים את חסרונותיה וגם שאם החלוקה אינה מספקת את כל רצונות אף אחד מהצדדים, היא נותנת לשניהם חירות וביטחון.
תגובת הערבים לדוח.
באביב וקיץ 1937 התחדשו מעשי הטרור, בעיקר נגד ערבים מתונים שנחשדו בתמיכה בתוכנית החלוקה שנידונה בוועדת פיל. אולם בניגוד למרד ב-1936, לא לקחו אנשי האופוזיציה הנשאשיבית חלק בחידוש המרד.
בסוף יוני 1937 נעשה ניסיון לרצוח את פח'רי נשאשיבי, ובתחילת יולי עזבו ראע'ב נשאשיבי ויעקוב פראג', נציגי "מפלגת ההגנה" הנשאשיבית את הוועד הערבי העליון. המרד לא ייצג מעתה את כל ערביי הארץ, אלא רק את חוגי "אסתיקלאל" והחוסיינים.
הוועד הערבי העליון דחה את המלצות ועדת פיל בועידת בלודאן, שנערכה ב-8 בספטמבר 1937.
חלקה של האופוזיציה הנשאשיבית בוועידה היה קטן, ואנשיה לא השתתפו בהתייעצות הסודית שנערכה עם תום הוועידה. בהתייעצות זו הוחלט לחדש את המרד במלוא הכח.
השלב השני של המרד, ספטמבר 1937 – מרץ 1939.
חידוש האלימות.
האלימות התחדשה ב-26 בספטמבר 1937, עם רצח שליחי הכנופיות את איש השלטון הבריטי לואיס אנדרוס, תומך בתוכנית 'הבית הלאומי היהודי', עם התמנותו למושל הגליל. רצח זה ולחץ דעת הקהל בבריטניה אילצו את הממשלה לפעולה תקיפה כלפי הערבים.
בניגוד לתגובתם למהומות ב-1936, הפעם לא הסתפק הצבא בהתגוננות, אלא לקח את היוזמה בידיו. הוא רדף אחרי המורדים והתקיף אותם במקומות המסתור שלהם.
ב-1 באוקטובר 1937 פזרה הממשלה את הוועד הערבי העליון (ואת כל הוועדות הלאומיות) והכריזה עליו כגוף בלתי חוקי. אמין אל-חוסייני פוטר ממשרתו כנשיא המועצה המוסלמית העליונה (והודח ממשרת המופתי של ירושלים) והמועצה עצמה פוזרה. הוצאו פקודות מאסר נגד חברי הוועד הערבי העליון ומנהיגים נוספים. אחדים נאסרו וחמישה הוגלו לאיי סיישל, ובהם: ד"ר חוסיין אל-ח'אלידי ואחמד חילמי עבד אל-באקי. רבים הצליחו להימלט מן הארץ, ובראשם אמין אל-חוסייני.
ביום בריחתו, ב-14 באוקטובר, נעשו מספר התקפות על אוטובוסים יהודיים, רכבות, קווי טלפון צינור הנפט ומתקנים צבאיים, בעיקר באזור ירושלים, אך גם בגליל התחתון. ההתקפות הללו נעשו על פי תוכנית מוכנה מראש. זה היה ראשיתו של גל טרור שנמשך חודש ימים וגרם למעשי תגמול מצד יהודים.
מסע טרור נערך נגד האופוזיציה, שרבים מאנשיה נטו לתמוך ברעיון החלוקה. בתגובה לכך, באוקטובר 1937 מסרו אנשי אופוזיציה משכם מידע לשלטונות, שהוביל למאסרם של מספר מפקדים חשובים.
ב-9 בנובמבר 1937 נרצחו חמישה פועלי הקרן הקיימת שסללו דרך בהר הרוח ליד קריית ענבים, בידי אנשי ה'כנופיות' הערביות לאחר קרב ורוביהם נשדדו. הרצח הכה בתדהמה את היישוב היהודי, אך הסוכנות היהודית החליטה על מדיניות איפוק והבלגה.
לקראת סוף נובמבר 1937 דעך גל האלימות בשל התקרבות עונת הגשמים, אך בעיקר עקב נקיטת צעדים צבאיים יעילים.
נעשו פעולות עונשין נגד כפרים שסיפקו מקלט למורדים, בין אם מרצון או מתוך כפייה. בתי הדין הצבאיים הטילו עשרות פסקי-דין מוות שהיו מבוצעים מיד כדי להטיל אימה על האוכלוסייה.
בין הנתלים היה פרחאן אל-סעדי, אחד מהבולטים שבאנשי "אח'ואן אל-קסאם". בנובמבר התפזרה חבורתו של שיח' עטיה אחמד עוד מבלד א-שייח', לאחר שמפקדם ברח לסוריה. בסוף דצמבר, לאחר שנחלו מפלות על ידי הצבא, התפזרו והסתתרו בסוריה גם החבורות בפיקודם של חאג' מוחמד, עבדאללה אל-אצבח ומחמוד סלים אל-מח'זומי ("אבו אחמד"). אולם כעבור חודש שבו עטיה אחמד עוד ועבדאללה אל-אצבח לארץ וחידשו את פעולתם למשך חודשיים, אז התקיפו מחנה צבאי ליד אום אל-פחם ואת טירת צבי, עד שהוכו שוב על ידי הצבא. במרץ 1938 שני המפקדים הללו נהרגו ואנשיהם התפזרו.
הצלחת המורדים.
בפברואר 1938 נכנס לתפקיד הנציב העליון הרולד מקמייקל.