ב-1117 נמסר הסכסוך למלך האנגלי הנרי השני לבוררות. הצד הנווארי ביסס את טענותיו על "הרצון המוכח של המקומיים" וההיסטוריה, הקסטיליאנים ואיכותם כצלבנים. ההחלטה האנגלית הייתה כ"משפט שלמה" - כל צד קיבל את מה שהוא כבר החזיק בצורה צבאית: נווארה קיבלה את אלאבה, ביסקאיה, וגיפוסקואה. קסטיליה קיבלה את לה-ריוחה, וכל האדמות המערביות האחרות.
אומנם הבוררות זכתה להתעלמות במשך שנתיים לאחר מכן, אך ב-1179 שני המלכים קיבלו לבסוף את החלטת הבוררות וחתמו הסכם שלום המבוסס עליה.
סנצ'ו גרסיה, אשר נודע בשם סנצ'ו השישי "החכם" (1150-1194), היה פטרון הלימודים, וכן גם היה מדינאי מצטיין, ביצר את נווארה מבפנים ומבחוץ, העניק כתבי זכויות (Fueros) למספר ערים, ומעולם לא הפסיד בשדה הקרב.
הנדוניה העשירה של ברנגאריה, בתו של סנצ'ו השישי "החכם" ובלאנקה מקסטיליה, הפכו אותה למציאה נחשקת עבור ריצ'רד הראשון, מלך אנגליה. אמו הזקנה אלינור, דוכסית אקוויטניה, חצתה את מעברי הפירנאים כדי ללוות את ברנגאריה לסיציליה, כדי שתוכל להינשא לבסוף לריצ'רד בקפריסין ב-12 במאי 1191. אלינור הייתה מלכת אנגליה היחידה שכף רגלה לא דרכה מעולם על אדמת אנגליה.
מלכותו של יורשו של סנצ'ו החכם, המלך האחרון מהשושלת הזכרית של סנצ'ו הגדול ומלכי פמפלונה, המלך סנצ'ו השביעי "החזק" (1194-1234), הייתה רצופת בעיות. הוא רכש את הכנסות הכנסיות והמנזרים, ובתמורה נתן להם זכויות יתר חשובות; ב-1198 הוא הגיש לבישופות של פמפלונה את ארמונותיו וחזקותיו בעיר, מתנה שקיומה אושר על ידי האפיפיור אינוקנטיוס השלישי ב-29 בינואר 1199.
החלוקה השנייה.
עם זאת, ב-1199 אלפונסו השביעי, מלך לאון, היה נחוש להיות הבעלים של נווארה החופית, אזור אסטרטגי שיאפשר לקסטיליה גישה קלה יותר לשוקי הצמר האירופיים וגם יבודד את נווארה. הוא שלח משלחת צבאית גדולה בזמן שסנצ'ו "החזק" היה במסע דיפלומטי בינלאומי לעיר תלמסאן (באלג'יריה של היום).
הערים ויטוריה וטרביניו התנגדו למתקפה הקסטיליאנית, אך הבישוף של פמפלונה נשלח אליהם כדי להודיע ששום תגבורת לא תגיע כדי לעזור להם. ויטוריה נכנעה, אך טרביניו לא נכנעה והיא נכבשה בכוח הצבא הקסטיליאני.
עד 1200 הושלם הכיבוש הקסטיליאני של מערב נווארה. קסטיליה העניקה לשברירים מהטריטוריה (לא כולל טרביניו ואוניאטי, אשר נשלטו ישירות מקסטיליה) את הזכות לשלטון עצמי, בהתבסס על המנהגים המסורתיים (הזכות הנווארית) אשר נודעו בשם פוארוס (Fueros). אלאבה הפכה לרוזנות, ביסקאיה לאדנות (Lordship או Señorío), וגיפוסקואה חולקה למחוזות.
סוף ימי מלכותו של סנצ'ו החזק.
תהילתו הגדולה של סנצ'ו החזק הייתה מהחלק שלקח בקרב לאס נאוואס דה טולוסה (1212), כאשר, בעזרת גבורתו, הניצחון של הנוצרים על הח'ליף מוחמד א-נאסיר הפך לנחרץ. הוא פרש, ומת ב"אל אנסרדו" (El Encerredo). אחותו הגדולה, ברנגאריה, מלכת אנגליה, מתה כמה שנים קודם לכן ללא ילדים. אחותו הצעירה המנוחה בלאנקה, רוזנת שמפניה, הותירה אחריה בן, תאובלד הרביעי, רוזן שמפניה.
כך, אף על פי שכתר ממלכת נווארה נתבע על ידי מלכי אראגון, הוא עבר, דרך נישואין, לבית שמפניה - ראשית ליורשיה של בלאנקה, אשר במקביל היו רוזני שמפניה וברי בתמיכת הפרלמנט הנווארי (הקורטס).
נווארה באמצע ימי הביניים.
תיבאולט כתאובלדו הראשון, מ-1234 עד 1253, הפך את חצרו למרכז שבו שירת הטרובאדורים, אשר התפתחה בחצר רוזני שמפניה, הפכה למבורכת ומטופחת; ימי מלכותו היו ימי שלום. בנו, תאובלד השני, מלך נווארה (1253-1270), נשא לאישה את איזבל, בתו השנייה של לואי התשיעי, מלך צרפת וליווה את חותנו במסע הצלב לתוניס. במסע חזרה הביתה מת תאובלד השני בטראפאני שבסיציליה, והוא נורש על ידי אחיו אנריקה הראשון, מלך נווארה אשר לקח את מושכות השלטון כבר בעת היעדרות אחיו, אך מלך רק שלוש שנים (1271–1274). בתו, חואנה הראשונה, מלכת נווארה עוד לא הגיעה לגיל בגרות, והממלכה עמדה בפני פלישה מכל צדדיה. המלכה האם בלאנקה חיפשה מקלט יחד עם בתה, בחצרו של המלך פיליפ הנועז, מלך צרפת, אשר בנו, פיליפ היפה התארס ונישא לחואנה ב-1284. ב-1276, בזמן המשא ומתן על הנישואין, נווארה הפכה למעשה להיות תחת שלטון צרפתי.
ב-1305 עברה נווארה לאפוטרופסות של המלך פיליפ הרביעי, מלך צרפת. היא נשארה בידי הכתר הצרפתי עד למותו של שארל הרביעי, מלך צרפת ב-1328. כיוון ששארל מת ללא יורשים זכרים, כשפיליפ מולואה הפך למלך צרפת, הכריזו הנווארים על עצמאותם, וקראו לכתר את חואנה השנייה, בתו של לואיס הוטין ואחיינית בכירה של שארל, ולבעלה פיליפ מאוורו (Philip of Evreux, שלט בשנים 1328–1343), אשר נקרא פליפה החכם. חואנה מצידה ויתרה על כל תביעה לכתר הצרפתי וקיבלה את הפיצוי עבור רוזנות שמפניה וברי, וכן גם עבור רוזנויות אנגולם, לונגוויל, ומורטן.
המלך הבן-זוג פליפה השלישי, הקדיש את עצמו לשיפור חוקי הממלכה והצטרף לאלפונסו האחד עשר, מלך קסטיליה במלחמתו נגד המורים ב-1343. אחרי מות אמו (1349) ירש קרלוס השני, מלך נווארה את מושכות השלטון (1349–1387). הוא שיחק בתפקיד מרכזי במלחמת מאה השנים ובמתיחות החברתית בצרפת באותו הזמן. בשל התנהגותו במלחמה, שכללה רמייה ואכזריות, הוא קיבל את הכינוי "האכזר". הוא השיג והפסיד נחלות בנורמנדיה, ומאוחר יותר בימי שלטונו, החברה הנווארית רכשה נחלות באיי יוון.
בנו הבכור, מצד אחד, קרלוס השלישי, מלך נווארה, אשר כונה "האציל", הביא לארצו שוב תקופה של שקט וממשל טוב. קרלוס ניצל את כוחו באופן מרבי כדי להרים את ארצו מהמצב המדולדל שבו הייתה, ביצע רפורמות בממשל, בנה תעלות, והפך את יובלות נהר האברו שזורמים דרך נווארה לניתנים לשיוט. כיוון שבניו מתו לפניו, הוא נורש על ידי בתו בלאנקה ובעלה חואן מפנאפייל (1397-1479), בנו של המלך פרננדו הראשון, מלך אראגון.
נווארה תחת בית טראסטמרה.
כמלך בן-זוג, חואן השני מלך באראגון בשמו של אחיו, אלפונסו החמישי, מלך אראגון. הוא השאיר את בנו, דון קרלוס, בויאנה שבנווארה, רק עם הדרגה של מושל, בעוד שבלאנקה תכננה שקרלוס, נסיך ויאנה יהיה מלך. ב-1450 חזר חואן השני עצמו לשלוט ישירות על נווארה, וכן, בעידודה של אשתו השאפתנית חואנה אנריקס, מהשושלת הקסטיליאנית הבלתי לגיטימית, ביקשה להבטיח את הירושה לבנה פרננדו (אשר לעתיד יקרא פרננדו "הקתולי"). כתוצאה מכך פרצה מלחמת אזרחים אשר בה הצד החזק של האגראמונטים תמך במלך ובמלכה; והצד של הבומונטים - הקרוי של מנהיגם חואן דה בומונט - תמך במועמדותו של דון קרלוס. תושבי ההרים תמכו בנסיך ויאנה, ואילו תושבי המישורים תמכו במלך. הנסיך דון קרלוס האומלל הובס על ידי אביו באייבר בשנת 1451, ונאסר לשנתיים, שבמהלכן כתב את ספרו המפורסם "קורות נווארה" אשר מהווה מקור עיקרי לידע על התקופה. לאחר שחרורו, הוא ביקש לשווא את עזרתו של שארל השביעי, מלך צרפת וכן גם של דודו אלפונסו החמישי, מלך אראגון (אשר גר אז בנאפולי). ב-1460 הוא שוב נאסר בהתעקשותה של אימו החורגת, אך לשמע הדבר התמרדו הקטלונים והוא שוחרר והושם כמושל קטלוניה. הוא מת בשנת 1461 ללא בנים יורשים שיוכלו לכבוש חזרה את ממלכת נווארה; לפני מותו מינה את אחותו בלאנקה כיורשת, אך היא נאסרה עם מותו ומתה בשנת 1464.
זכותה של בלאנקה לכס הנווארי נורשה על ידי אחותה, לאונור, מלכת נווארה, רוזנת פואה ובארן, אשר הייתה בעלת ברית של אביה. אחרי מותה, סמוך אחרי מותו של אביה חואן השני, עברה הטענה לכתר לנכדה פרנסיסקו פבו דוכס פואה, אשר מלך בנווארה בין השנים 83–1479. אחותו, קטלינה, מלכת נווארה שהייתה קטינה בעת שהפכה למלכה, נשארה תחת האפוטרופסות של אמה מדלן מצרפת, הייתה מבוקשת על ידי פרננדו הקתולי, שרצה בה ככלה לבנו. אך למרות החיזורים, קטלינה בסוף נישאה לז'אן ד'אלברה, רוזן פריגור שהיה אדם בעל נחלות רבות בדרום וצרפת וכן היה גיסו של צ'זארה בורג'ה.
הכיבוש הקסטיליאני.
אף על פי כן, פרננדו מאראגון לא ויתר על תוכניתו לגבי נווארה. הוא נשא לאישה את ז'רמיין, מלכת נווארה, בתו של דודה של קטלינה אשר ניסה לתבוע את נווארה במקום שאר קרובי המשפחה, אך לזוג לא נולדו ילדים וכך הוחמצה ההזדמנות להשיג את נווארה.
כאשר סירבה נווארה להצטרף לליגה הקדושה נגד צרפת והכריזה על עצמה נייטרלית, ביקש פרננדו מהאפיפיור לנדות את ז'אן ד'אלברה, בידיעה שנידוי שכזה היה הופך את ההתקפה האראגונית על נווארה ללגיטימית. כאשר האפיפיור סירב, זייף פרננדו את הנידוי האפיפיורי ושלח את הגנרל שלו דון פבריקה דה טולדו לתקוף את נווארה כחלק מהשלב השני במלחמת ליגת קמבריי.
כאשר ראה ד'אלברה כי אינו מסוגל לעמוד בפני הצבא הקסטיליאני-אראגונזי החזק, ברח לפאו, ומיד לאחר מכן נפלו הערים פמפלונה, אסטלה, אוליטה, וטודלה. מספר חודשים לאחר מכן חזר ד'אלברה בראש צבא שגייס מצפון לפירנאים, וניסה לכבוש מחדש את פמפלונה, אך ללא הצלחה.
לאחר כישלונו נאלץ הקורטס הנווארי לקבל את הסיפוח לקסטיליה, אשר הבטיחה מצידה לשמור על האוטונומיה והזהות של נווארה. ב-1513 נשבע המשנה למלך הקסטיליאני בנווארה לשמור ולכבד את כתב הזכויות (Fuero) של נווארה. למרות זאת, האינקוויזיציה הספרדית הרחיבה את תחום סמכותה לתוך נווארה. היהודים בשאר חלקי ספרד הוכרחו לצאת מספרד או להתנצר כבר בשנת 1492, בעקבות פרסום צו גירוש ספרד, ובשנת 1514 הורחב תוקף הצו גם ליהודי נווארה שסבלו עוד קודם לכן מרדיפות.