לאחר פתיחת המשרד הראשון ביפו החלה פעילות נמרצת של פתיחת סניפים ברחבי הארץ. בשנת 1904 נפתח סניף בירושלים, משיקולים עסקיים לא פחות משיקולים לאומיים, שכן ירושלים הייתה מרכז הארץ, מושב מוסדות הממשלה ומושב הפאשא ופקידיו. כמו כן היוותה ירושלים מרכז כספים גדול שכן בה נערך המסחר בשיקים הבאים מחו"ל עבור מוסדות החלוקה.
ליבונטין הכיר בפוטנציאל המסחרי של מוסדות הצדקה. לפי חישוביו היו תקבוליהם השנתיים כ-5 מיליון פרנק (לשם השוואה אדמות שכונת אחוזת בית בתל אביב שנרכשו עלו 6% מסכום זה).
ביולי 1906 נפתח סניף שלישי בביירות. באותם הימים, ימי האימפריה העות'מאנית, היו סוריה, ארץ ישראל ולבנון יחידה מדינית אחת. ביירות שימשה כמטרופולין המסחרי של ארץ ישראל, משום שהיה בה נמל ראוי לשימוש בכל עונות השנה - כמו באלכסנדריה שבמצרים - אוכלוסייה עתירת ניסיון פיננסי ומסחרי, וסוחרים יהודים אמידים. באמצעות הסניף בביירות ניתן היה להשקיע את אמצעי הבנק שהיו מוחזקים כרזרבה במוסדות כספיים מובחרים בביירות, כמקובל בבנקאות המסחרית. כך כתב ליבונטין על פתיחת הסניף בביירות:
בשנת 1907 נפתח סניף רביעי בחברון. בשנת 1908 נפתח סניף בחיפה ומנהליו היו נתן קייזרמן ושלמה זלמן נתנזון והסגן היה ישעיהו קרניאל. בשנת 1910 נפתח סניף בצפת ומנהלו בזמן מלחמת העולם הראשונה היה ישעיהו קרניאל, ובשנת 1913 נפתח סניף בטבריה, ומנהלו הראשון היה ברוך בן-טובים, סך הכול שבעה סניפים. ערב מלחמת העולם הראשונה נפתח סניף גם בעזה, אשר שימש אמצעי למימון המסחר בחיטה, שהתרכז בדרום הארץ, ולרכישת האדמות ששימשו לאחר מכן להקמת היישוב רוחמה. לליבונטין היו תוכניות לפתוח סניפים גם בדמשק וברחבי סוריה. כמו כן השקיע ליבונטין בהקמת הבנק הערבי קומרסיאל דה פלסטין על מנת להתגבר על המכשלות של קניית קרקעות בידי יהודים.
כיוון שברשת סניפי הבנק בערים לא היה די כדי לסייע למתיישבים במושבות, הקים ליבונטין מוסד כספי נוסף למטרה זו: אגודת "קופות מלווה". כל חבר באגודה הפקיד בקופה כל חודש סכום קבוע; חבר שהתמיד בחסכונו יכול היה לבקש הלוואה, וכך זכה בכל שנה שיעור מסוים של חוסכים לקבל הלוואה, אשר חלקה ניתן מכספי אפ"ק. לוועד האגודה הייתה דעה מייעצת, אבל ההחלטה לגבי הענקת הלוואות הייתה בידי הבנק. בסוף 1913 היו באגודות 1,833 חברים. בתקופת היישוב הוקמו מוסדות הלוואה וחסכון נוספים עבור המושבות, על ידי מוסדות פיננסיים אחרים, שהעתיקו את הדגם של ליבונטין מבנק אפ"ק, כמו למשל אגודת הלוואה וחסכון.
הסופר משה סמילנסקי מספר כי מוסדות אשראי אלה, שהיו בנויים על יסוד קאופרטיבי, הצליחו במיוחד במושבות: בזכרון יעקב וכן ברחובות, בפתח תקווה ובחדרה.
בכספת סניף בנק אפ"ק ביפו נשמרו גם מסמכים חשובים של המושבות. בכתב בוררות של הרב קוק נקבע שעותק נאמן למקור של ספר האחוזה של פתח תקווה יישמר "בארון ברזל מיוחד בבנק אפ"ק ביפו, והמפתח יהיה תחת יד ראש ועד המושבה".
פעילות אשראי.
זלמן ליבונטין מספר בספרו "לארץ אבותינו" כי גרם לשינוי מהותי בנוהלי ההלוואה שנהגו אז בפלשתינה, אשר התבססו כהגדרת ליבונטין על "אומץ רוחו וגבורתו של המלווה". על פי נהלים אלו, גבר אלים היה נותן הלוואות בהיותו בטוח שבכוח זרועו יצליח בגביית החוב. אחרים הסתמכו על שוחד לשלטון הטורקי כדי לגייס עזרה בגביית חובות, אם היה בכך צורך. ליבונטין מספר כי אפילו הבנק הגרמני, שפעל ביפו בטרם נוסד שם בנק אנגלו-פלשתינה, היה נותן אשראי למספר מוגבל של סוחרים לתקופה קצובה, וסומך על ה"קונסולים" שיסייעו לו לגבות את החוב. בניגוד לשיטות אלו, ליבונטין דרש מן הלווים ביטחונות בהתאם למקובל בעולם המערבי (בהתאם לעקרון שלושת ה-"C": "Capital, Character, Capacity"). לתושבים היהודים הוא הלווה בשיטה הבאה: למגדלי הגפנים — עד קבלת היבול במשכנתה על הכלים ועל היין, למתיישבים האחרים — במשכנתה על התבואות, ולסוחרים — במשכנתה על נפט המובא למכירה.
ליבונטין דרש ביטחונות מכל הלווים, בכלל זה אף מהמושל הטורקי של ירושלים, אשר ליבונטין אישר לו רק הלוואה קטנה יחסית לאחר ששיעבד לבנק את הכנסותיו ממסים במחוז חברון. נוכח מוסר התשלומים הירוד של המושל, כאשר נאספו המיסים מרועי הצאן בחברון, ישב אחד מפקידי הבנק במקום וקיבל מהרועים את תשלומיהם לממשלה בתור פירעון לחוב. עם פתיחת "הבנק העות'מאני" בירושלים, התחמק ליבונטין מהלוואות נוספות למושל בטיעון "אין לנו להיכנס לגבולי עסקי הבנק הזה".
פתיחת בנק אפ"ק הביאה לירידה בריבית שהייתה נהוגה עד אז בהלוואות למגזר החקלאי. החקלאים יכלו ללוות מהבנק על פי חישובי ריבית מקובלים בבנקאות האנגלית, ולא להזדקק לבעלי דוכנים למתן הלוואות אשר גבו "15 תמורת 10", כלומר על כל עשר מטבעות שניתנו בעת הזריעה, על הלווה לשלם 15 מטבעות בעת האסיף.
כוח אדם.
ליבונטין הבין כי הפעלתו של הבנק החדש תלויה בראש וראשונה בצוות אשר יעבוד בו. הוא שילב בעמדות מפתח בבנק עובדים ממשפחות מבוססות ומוערכות בארץ: מני, אלישר, ריבלין, סלונים, , הורביץ וחסון. משפחות אלה, שהיו בעלות מעמד והשפעה ביישוב היהודי בארץ ישראל, היו שותפות להכרעות כלכליות ביישוב היהודי ובניהן היוו את הצמרת הניהולית של הבנק עד הקמת המדינה. ליבונטין אף הקדיש תשומת לב מיוחדת להכשרת צוות העובדים לתפקידו. המונח "פקיד" לא עורר חיבה ביישוב הישן ובמושבות החדשות ועל ליבונטין היה מוטל האתגר לגרום לשינוי תדמיתו של המונח, על ידי הכשרת פקידים בעלי אופי עבודה שונה.
לצורך שינוי תדמית זה הוא נקט במספר צעדים:
כך נוצרה מציאות שבה פקידי הבנק דיברו עברית, ידעו את עבודתם, ונהנו מתנאי עבודה משופרים לתקופתם. כך גם צומצמה למינימום התחלופה של עובדי הבנק, שעלולה הייתה לפגוע בעקרון הסודיות הבנקאית. עקרונות אלה נשמרו בבנק במשך עשרות בשנים. בתום עשור לפעילות הבנק מנה צוות העובדים 70 פקידים ומנהלים.
רכישת קרקעות.
היות הבנק מוסד ציוני, והעובדה שמנהלו ליבונטין לא היה רק מומחה בנקאי אלא גם איש מפתח מן היישוב (ממייסדי ראשון לציון), השפיעו על תחומי פעילות הבנק. בין תחומי הפעילות הבולטים של הבנק הייתה קניית קרקע ברחבי ארץ ישראל. אחד מעוזריו הראשיים של ליבונטין היה אליהו ספיר - איש מומחה ומנוסה בחוקי הארץ ובמנהגיה, "ונטייה עזה בנפשו לגאולת הארץ" - כפי שהגדיר זאת ליבונטין.
בין הקרקעות שרכש הבנק בעשור הראשון של המאה ה-20 היו 4000 דונם מאדמות הכפר דיר טריף ליד לוד, לימים, בן שמן, שם ניטע יער לזכרו של הרצל (הוא יער הרצל) ולידו הוקמה חווה חקלאית. כן נרכשה אדמת חולדה, וגם עליה נוסדה חווה חקלאית. אדמת פג'ה נמכרה ועברה לידי אנשים פרטיים בפתח תקווה. בדרום ימת הכנרת נרכשה אדמת כפר דליקה וכפר אום ג'וני, ועל אדמתם הוקמו דגניה א' והחווה החקלאית כנרת. קרקעות נוספות נרכשו ברחובות, בגדרה, בנס ציונה, בבאר יעקב, בכפר תבור ובכפר חיטים. רכישה גדולה במיוחד תוכננה באזור ה"ג'יפתליק" בבקעת הירדן (מצפון לים המלח), במטרה להקים במקום התיישבות אשר תנצל את משאבי הטבע של ים המלח. אפ"ק אף שימש כערב לקרן קיימת לישראל לצורך רכישת אדמות העיר תל אביב.
לליבונטין היו תוכניות ענפות, לרכוש אדמות ברחבי ארץ ישראל ב"גבולות ההבטחה", כל עוד לא היו מיושבות. לפיכך תכנן התיישבות אף בחצי האי סיני, ומימן סקר מקיף לבחינת אפשרות זו. היו לו תוכניות רכישה מקיפות בעבר הירדן ובסוריה. ליבונטין ראה את מרחבי האימפריה העות'מאנית - "מחוז סוריה וארץ ישראל" כולו - כאתר התיישבות פוטנציאלי ליהודים.
מלחמת העולם הראשונה.
חיכוכים עם השלטונות.
פרוץ מלחמת העולם הראשונה השפיע באופן מיידי על הנהלת הבנק. משום שהיה נתין של רוסיה, מדינה שהוכרזה כמדינת אויב באימפריה העות'מאנית, נאלץ ליבונטין להישאר באלכסנדריה שבמצרים, שם שהה בעת שפרצה המלחמה. הוא פתח בעיר סניף זמני אשר שירת את אלפי הפליטים שגורשו מארץ ישראל. רבים מן הפליטים היו בעלי חשבון באחד מסניפי בנק אנגלו-פלשתינה בארץ. בעזרת כספים שהגיעו מאוצר התיישבות היהודים, חברת האם בלונדון, ניתן היה לאפשר לפליטי ארץ ישראל לפדות כספים מן הבנק, על חשבון פיקדונותיהם בסניפי הבנק בארץ. כפי שליבונטין כותב בעצמו:
החל משנת 1915, עקב היעדרו של ליבונטין מן הארץ, עבר ניהול הבנק באופן מעשי לאליעזר הופיין, שהיה אזרח הולנד - מדינה ששמרה על נייטרליות כל זמן המלחמה. תרומתה העיקרית של הנהלת הבנק בזמן המלחמה הייתה בשמירת נכסי הבנק, שערכם עלה בזמן המלחמה. .
הופיין ניהל משא ומתן ארוך ומורכב עם השלטונות העות'מאניים, אשר הורו על פירוק הבנק תוך 14 יום. ההוראה לוותה באיומו של ג'מאל פאשה, המושל הצבאי של הארץ, לעצור את הופיין ולהגלותו. הודות לעמדת הקצינים הגרמנים במפקדה הטורקית, לא יצאה הוראה זו לפועל. בסופו של דבר, בקיץ 1916, נתנו השלטונות הטורקיים הוראה לפתוח מחדש את סניפי הבנק כדי "לבצע פירוק מסודר". מפרק רשמי לא מונה, ומלאכת הפירוק הוטלה על הפקידים הזוטרים של הבנק. ה"פירוק" לא הסתיים עד תום המלחמה, וכך, עם הכיבוש הבריטי של ארץ ישראל, נפתחו משרדי הבנק לציבור. בדצמבר 1917 עצרו השלטונות העות'מאניים את מנהל סניף טבריה ברוך בן-טובים והעמידו אותו למשפט בדמשק. לאחר מכן הוגלה לבתומי והורשה לחזור לטבריה רק בחודש מרץ 1919.
בשנת 1918 לאחר כיבוש ירושלים ויפו על ידי הצבא הבריטי, נותר הסניף בחיפה מנותק מסניפיו האחרים כשבקופתו מזומנים. כדי שהכסף לא יאבד את ערכו השתמשו בו לרכישת קרקעות על הכרמל בעיקר קרקעות שהיו בבעלות הטמפלרים. קרקעות אלה שימשו לאחר מכן לייסוד שכונת מרכז הכרמל.
הנפקת אמצעי תשלום.