בינתיים, האדס שולח אחרי גולד ובל את גסטון, שמעוניין בנקמה. בעוד גולד מעוניין להשתמש בקסם אפל על מנת להביס את גסטון, בל מסרבת, אך בזמן עימות בין השלושה במזח, בל דוחפת את גסטון לנהר הנשמות האבודות בשוגג לאחר שהוא מכוון חץ קטלני אל גולד. רג'ינה מוצאת את זלינה שחושפת בפניה שהיא ככל הנראה חולשתו היחידה של האדס. אמה חולמת סיוט בו זאב הרג את מרי מרגרט, וכשהיא, מרי מרגרט והוק מגיעים אל בית הקברות, וכשסופה מגיעה, אמה מבינה שהסיוט שלה מתממש. אמה ורג'ינה, שמגיעה אל המקום, מכניעות את הזאב, אך הקבוצה מבינה שהזאב הוא לא אחר מאשר רובי, כיפה אדומה. רובי מספרת לחבורה שהגיעה לשאול בעקבות זלינה על מנת למצוא את דורותי. הם מגלים שזלינה הטילה על דורותי קללת שינה ובעזרת נעלי הקסם רובי מצליחה למצוא אותה ולהעיר אותה באמצעות נשיקה. בנוסף, לאחר שהקשר עם ניל התינוק ניתק עקב הוראה של האדס, דייוויד אמור לעזוב את השאול על מנת לדאוג לו אך ברגע האחרון הוא ומרי מרגרט מתחלפים אחרי שהוק מחליף את השם על הקבר של מרי מרגרט והיא עוזבת עם רובי כדי לעזור לה למצוא את דורותי ולאחר מכן לחזור לסטוריברוק. במקביל, בל מחפשת דרך למנוע מהאדס לקחת את הילד שלה וכאשר היא מבינה כי הדבר אינו אפשרי היא מטילה על עצמה קללת שינה ומשאירה את גולד למצוא דרך לקרוע את החוזה עם האדס. בינתיים, רג'ינה מרגלת אחרי זלינה ומגלה שהיא מתאהבת בהאדס. זלינה מגלה זאת, זועמת על רג'ינה ובעקבות כך, נוצר קרע בין האחיות. כמוצא אחרון, רג'ינה פונה לקורה, שתעזור לה למנוע את הקשר הנרקם בינה לבין האדס, וזאת האחרונה מגלה לשתי האחיות שבהיותן צעירות, הן נפגשו והיו ממש קרובות, אך קורה החזירה את זלינה לעוץ ומחקה את זיכרונותיהן של השתיים. בעקבות הגילוי, רג'ינה וזלינה מתפייסות, ובכך פותרות את העניין הלא גמור של קורה ועוזרות לה להמשיך הלאה. זלינה חושפת בפני רג'ינה שהיא חושבת שהיא תוכל להשפיע על האדס באמצעות אהבתו אליה לטובה; אך לפני שזלינה מספיקה להגיע לדייט השני שלה עם האדס, היא נחטפת על ידי פיטר פן ומר גולד, המעוניינים לפגוע בהאדס דרכה. האדס פונה לגיבורים לקבלת עזרה ומבטיח שאחרי שיעזרו לו הוא יחזיר אותם הביתה. האדס קורע את החוזה עם גולד והם מצילים את זלינה. לאחר נשיקה בין זלינה והאדס, ליבו חוזר לפעום והוא יכול לעזוב את השאול. האדס מוחק את השמות מהמצבות ומודיע להם שבקרוב יפתח שער מעבר שיחזיר אותם לביתם. לאחר ניסיון כושל להכניס את הלב של אמה להוק האדס מספר להם שישנה דרך אחרת להחזיר את הוק לחיים. אמה והוק הולכים לחפש את מזון האלים, אמברוסיה, שיחזיר את הוק לחיים ובזמן הזה זלינה, האדס והתינוקת עוזבים את השאול והמכשפה העיוורת כולאת את הגיבורים בספרייה על מנת שלא יוכלו לעבור דרך השער. לאחר שאמה והוק מגלים כי לא נשאר עוד מהאמברוסיה שיכולה להחזיר את הוק לחיים, הם נפרדים והגיבורים עוברים דרך השער חזרה לביתם ומשאירים את הוק מאחור. לאחר שהגיבורים חוזרים הם מנסים לשכנע את זלינה שהאדס מנסה להשתלט על סטוריברוק וכאשר היא לא מאמינה להם הם מחפשים דרך להרוג את האדס. לבסוף, בעזרת הוק הם מגלים שלהאדס יש גביש מאולימפוס שבעזרתו אפשר להרוג אותו. רג'ינה ורובין מנסים לחדור לבניין ראש העיר, שם האדס וזלינה נמצאים עם בתם התינוקת של רובין וזלינה, ולאחר שהאדס הורג את רובין, זלינה מאמינה לרג'ינה והורגת את האדס. במקביל, הוק מקבל את הידיעה שהגיבורים הצליחו להרוג את האדס והוא ממשיך הלאה. בדרכו הוא פוגש בזאוס שמודה לו ומלווה אותו. לאחר מכן, נערכת הלוויה לרובין הוד, במהלכה זלינה מחליטה לקרוא לבתם על שמו, רובין. כאשר כולם הולכים אמה נשארת לבדה והוק חוזר מן המתים ומספר לאמה שזאוס החזיר אותו לחיים כאות תודה על עזרתו. באותו זמן גולד, שנכשל בהסרת קללת השינה מבל, גונב את הגביש של האדס, וקושר אליו את כל הקסם של סטוריברוק. בזמן שהקבוצה מחפשת דרך לעצור אותו, הנרי מבין שהקסם הוא מקור כל הבעיות שלהם ומגלה שאם הוא ישמיד את הגביש, הוא ישמיד את הקסם ולכן הוא נוסע לניו יורק ולקח איתו את ויולט. עד מהרה, רג'ינה ואמה מבינות שאם הנרי ישמיד את הקסם, סטוריברוק, שנבנתה באמצעות קסם, תושמד, והשתיים עוקבות אחריהם לפני שגולד ימצא אותם. בסטוריברוק, זלינה, מרי מרגרט, דייוויד והוק שולחים חלק מתושבי העיירה דרך פורטל ליער המכושף, אך לפני שזלינה מצליחה לסגור את הפורטל, הקבוצה נשאבת לארץ זרה. בניו יורק, רג'ינה מסיקה שהיא סובלת מסוג של פיצול אישיות ממולכד: אם היא תחזור להיות המלכה הרעה, היא תאבד את כל מה שהיא עבדה עבורו, אך גם כשהיא עושה מעשי גבורה, היא ממשיכה לסבול. לבסוף, רג'ינה ואמה מוצאות את הנרי וויולט בספריה, אך באיחור, וזאת מפני שגולד כבר מצא את השניים ולקח את הגביש. בארץ הזרה, הרביעייה נלכדת בידיו של מר הייד, שלו יש עבר מסתורי עם עוץ לי גוץ לי. בעזרתו של דוקטור ג'קיל, הרביעייה מתכננת לברוח, אך הייד מסכל את תוכניתם כשהוא לוקח את השרביט שאמור לפתוח את הפורטל בחזרה כדי להשיג את קלף המיקוח שלו נגד גולד, הקופסה שמכילה את בל. בניו יורק, רג'ינה ואמה משיגות את גולד, אך בינתיים, הנרי מגיע והורס את כל הקסם בגביש באמצעות גביע מיוחד. בארץ הזרה, ג'קיל משחרר את הרביעייה מכלאם, ומגלה להם שהם נמצאים בארץ הסיפורים שלא סופרו. ג'קיל לוקח אותם לדירת המסתור שלו, שם הוא משלים נסיוב מיוחד אשר נועד להפריד בינו לבין הייד, אך הייד משתלט עליו ומזריק את הנסיוב, ובכך מפריד בינו לבין ג'קיל. באמצעות עזרה מהדרקון, אמה, רג'ינה, גולד, הנרי וויולט מבינים שהקסם עדיין נמצא וסובב כל אדם שמאמין. במזרקה, הנרי משכנע את האזרחים הנמצאים באזור להאמין ועל ידי כך, הם מצליחים להחזיר את הרביעייה יחד עם ג'קיל מארץ הסיפורים שלא סופרו. במעבדה, הייד זועם על כך שנכשל, אך אז מגלה שגולד עבר דרך הפורטל וסוגר איתו עסקה. בניו יורק, רג'ינה עדיין מתוסכלת מפיצול האישיות שלה, אך מרי מרגרט נותנת לה את הנסיוב של ג'קיל. רג'ינה מזריקה לעצמה את הנסיוב, משתחררת מהמלכה הרעה, שזאת גם מזייפת את מותה בידי רג'ינה. לאחר שלכאורה נפטרו מהמלכה הרעה, כל הקבוצה המאוחדת חוזרת לסטוריברוק, אך רג'ינה והנרי מגלים שמר הייד הצליח להגיע גם הוא לסטוריברוק ושהעסקה אותה עשה עם גולד כללה בעלות על העיירה. מר הייד מזהיר את רג'ינה שלא כל כך קל להשמיד את האפלה הפנימית. בחזרה בניו יורק, המלכה הרעה מופיעה בחנות של הדרקון, ומזהירה את הדרקון שאמנם רג'ינה ניצחה בקרב הנוכחי, אך סטוריברוק נמצאת כעת במלחמה. המלכה תולשת את ליבו וכך לוקחת אותו כמשרת.
עונה 6.
פרקים 112–134 (22 פרקים). החלה ב-25 בספטמבר 2016.
תחי המלכה (Long live the queen).