בבקעת עובדה שבנגב הדרומי, התגלה אתר עתיקות ייחודי, מקדש הנמרים. המקדש של בקעת עובדה התגלה דרומית לשפך נחל יתרו באקראי עקב מעבר טנק בסמוך לו. הוא נחקר בידי אורה יוגב ועוזי אבנר מטעם רשות העתיקות בין השנים 1980 ו-1982. המקדש בנוי מחצר מעוינת מוקפת בחומה כפולה עשויה מאבנים נמוכות, ואורך כל אחת מצלעותיה הוא כ-12 מטרים. על פי החפירות שנעשו באתר ובדיקות פחמן ה-14 שבוצעו במעבדה, הוצעו שני תאריכים לתיארוך המקדש: טווח השנים 5,573-5,273 לפנה"ס על פי שלוש דגימות פחם, וטווח השנים 5,394-5,289 לפנה"ס על פי דגימת ביצת יען. נתון זה הופך את האתר למקדש העתיק ביותר בישראל. על פי החופרים, המקום שימש כמקדש כ-300 שנה ברצף, עבור שבטים נוודיים שחיו באזור הזה בעונות החורף. החוקרים מסבירים את הקשר בדמות הנמר בעיני הקדמונים בכך שהנמר היה מאז ומעולם אימתם של יושבי המדבר. אפשרות נוספת היא שהנמרים מייצגים אלים. בנוסף, הועלתה טענה לפיה יש קשר בין נמר ופוריות, קשר שמופיע בכל המרחב ולאורך תקופות רבות.
בתחילת המאה ה-19 חיו נמרים בכל השטחים המתאימים בישראל. עד 1920 הושמדו כליל אוכלוסיות נמרי הכרמל ורמת מנשה. מיד אחר כך הגיע תורם של נמרי הגליל: בשנים 1925– 1956 הורעלו וניצודו שם לפחות 14 נמרים. בשנת 1978 אוכלוסיית הנמרים מנתה 20 פרטים, ויחס המינים היה זכר אחד לכל 2.5 נקבות. במדבר יהודה שרדו נמרים בודדים, שהגיעו לשיא פריחתם בשנות ה-80 של המאה ה-20, ומנו אז 10–15 נמרים בוגרים. משנת 1986 עד סוף המאה ה-20 דעכה בהדרגה אוכלוסיית נמרי מדבר יהודה, ונראה שכמעט נכחדה במהלך העשור הראשון או בתחילת העשור השני של המאה ה-21. משערים כי במדבר יהודה שרדו שני פרטים ובנגב 6–10. בשנת 2010 צולם נמר בשומרון.
בשונה ממדינות אחרות, הנמרים בישראל לא תוקפים בני אדם. לפי גיורא אילני, במהלך מחקרו התקרב למאורה שבה גידלה הנמרה "תיהמת" את אחד מגוריה. היא זינקה לעברו, אך כשהשליך לעברה אבן, היא נסוגה לאחור. בשנות האלפיים כבר לא התקיים מחקר רציף ומסודר אחרי אוכלוסיית הנמרים בישראל, ולכן המידע אודותיהם הוא חלקי בלבד.
מדבר יהודה.
בשנת 1964 צדו בדואים נקבת נמר לא הרחק מברכת צפירה שבמעלה נחל צאלים. הם הביאו את עורה לאברהם יפה, אז אלוף פיקוד הדרום. גיורא אילני היה חוקר הנמרים הידוע בישראל. הפעם הראשונה בהן חזה בנמרים, הייתה בעת שלן במדבר יהודה, וזיהה את הנמרה תרה והגור שלה, אריוך, עת צדו יעלים. באוקטובר 1974 גילו פקחי שמורת עין גדי גווייה טרופה למחצה של יעל נובי. כל הסימנים הובילו לכיוון אחד. ואמנם בלילה שלאחר מכן הם ארבו לידה, והמאמץ לא היה לשווא. עד מהרה הופיעו ליד הפגר נמרה עם גור בוגר והמשיכו לאכלו.
לפי דודי גרינבוים, מנהל שמורת עין גדי מטעם רשות הטבע והגנים, בשנות ה-80 חיו בין 10 ל-15 נמרים במדבר יהודה. מדובר בכמות גדולה מאוד יחסית לשטח המצומצם. זאת מאחר שהנמר הוא חיה טריטוריאלית שחיה בבדידות ולא מתחלקת בשטח המחיה שלה, אשר עשוי להגיע לעשרות קילומטרים רבועים. אילני לכד את הנמרים שחקר והצמיד להם קולר עם משדר, מה שבעתיד עורר ביקורת מצד הטוענים כי גודלו ומשקלו הפריע לנמרים. לנמרים נתן אילני שמות עתיקים דוגמת בבתא, אניגמה, חומיבבה, תיהמת, צרויה, הורדוס, אמרפל ועוד. לפי ד"ר בני שלמון, ביולוג מחוז אילת ברשות שמורות הטבע והגנים, שתי נמרות נהגו לבקר בקיבוצים ובאכסניית הנוער בקביעות ואחריהן נמצאו פגרי החיות אותם טרפו. לפי מנו ברק, קצין הביטחון של המועצה אזורית תמר, לאורך השנים חדרו נמרים רבים לקיבוץ עין גדי, בו פרט לפינת חי הקיימת בו הסתובבו שפנים, יעלים וחיות בר אחרות אשר היו לטרף. לדבריו, אפילו הגדר החשמלית שנבנתה כדי לעצור את הנמרים, לא מנעה מהם להיכנס, ואלו קפצו מעץ סמוך לתוך הקיבוץ.
רוב נמרי מדבר יהודה מתו עד תחילת שנות התשעים. לכך היו מספר גורמים ובהם ניסיון התושבים המקומיים להרחיק את הנמרים, ההתעניינות הציבורית אשר גרמה להפרת המאזן הטבעי, פלישה לאזורי המחיה שלהם וניהול מחקר פולשני ופוגע. בין אלה, הוקמו תחנות האכלה אשר גרמו לנמרים להיות תלויים באדם. כמו גם פגעו באוכלוסיית הנמרים אירועים בודדים של הרעלות, דריסה בשוגג, צייד מכוון או ירי של אדם מפוחד שנתקל בנמר. אמנם מדובר היה במקרים נדירים, אך אלו הזיקו קשות לאוכלוסיית הנמרים הקטנה ממילא. עקב חששות המקומיים, בתחילת שנות התשעים הוצאו שתי נמרות פוריות מהטבע אשר הועברו לפינת חי וגנים זואולוגים בארץ. צעד זה היווה נקודת מפנה מרכזית אצל אוכלוסיית הנמרים במדבר יהודה.
בשנת 1986 מתה מהרעלה הנמרה תיהמת, בשנת 1988 מתה רישת מזקנה ובשנת 1993 מת אמרפל לאחר שנדרס על ידי אוטובוס. באותה שנה נתקלו שני חיילים בנמרה אניגמה בנחל צאלים. החיילים ירו שתי יריות לאוויר, כדי להרתיעה, אך מאחר שהייתה חירשת ועיוורת בעין אחת לא התרחקה. בהמשך ירו לכיוון רגליה, ולבסוף ירו בגופה והרגוה. בתה של חומיבבה, אתר, נלקחה בינקותה מהטבע על ידי גיורא אילני. חומיבבה המליטה אז שני גורים, ואילני גרס שלא תוכל לטפל כראוי בגורה אתר שהייתה החלשה מביניהם. אילני גידל את אתר במשך ארבעה חודשים, אך יכולותיה נפגעו קשות, וכאשר ניסו להשיבה לטבע היא שיחקה עם שפנים במקום לאכול אותם. אתר לא שרדה זמן ורב ומתה במהרה מחתלתלת.
בכל אזור נותרה נקבה פורייה אחת בלבד, שלומציון, שגוריה חוסלו על ידי נמרים זכרים אחרים בשטח. עם זאת, יש הגורסים כי גודל האוכלוסייה הקטן והצפוף ממילא, הוא הגורם המרכזי להיכחדות הנמרים בכל מקרה. בתחילת שנות התשעים, במדבר יהודה חיו חמישה זכרים יחד עם שלומציון ורק צאצא אחד שלה שרד, חריתון. שלומציון מתה בשנת 1996 בגיל 15 לערך, סמוך לנחל צאלים. חריתון אשר נולד ב-1990 הופיע בבתים פרטיים בקיבוץ עין גדי ונהג לטרוף חתולים וכלבים. יש שאף התייחסו אליו כדייר קבע וחלק מהנוף הטבעי. כמו כן, בשנת 2001 יצא סרט אודותיו בשם "הנמר האחרון".
בדצמבר 2003 פורסם לראשונה מחקר אודות נמרים בישראל במכון לחקר שמירת הטבע באוניברסיטת תל אביב. במהלך המחקר לא נצפו נמרים כלל, אלא נאספו גלליהם בנגב ובמדבר. ניתוח גנטי של הגללים העלה כי נותרו במדבר יהודה זכר ונקבה ובנגב כשתי נקבות וארבעה זכרים. עם זאת, במחקר מצוין שהנתונים אינם מוחלטים ואכן, רבים שוללים את הימצאותה של נקבה נוספת במדבר יהודה. עוד נמצא כי ייתכן שזכרים, אשר נוהגים לתור למרחקים בתקופת החיזור, עברו בין מדבר יהודה לנגב או להפך, מאחר שקיים דמיון גנטי בניהם. קיים סיכוי נמוך להגירת נמרים מארצות שכנות, משום שהציד המתמשך הביא לפגיעה בבתי הגידול שלהם ולסכנת הכחדה חמורה. בשל כך, קיימת סכנה של הזדווגות בין קרובים, המובילה לבעיות גנטיות. מאידך, לפי פרופסור יורם יום טוב, קיימים מינים נוספים שהתאוששו ממצבים דומים, בתנאי שהאדם לא יפריע.
הנגב.
נמרי הר הנגב התקיימו באזורים מבותרים המאופיינים בעושר במזון ובמחסות המשמשים ללינה או מארב לטרף. יעלים, שפני סלע ודרבנים היוו את עיקר מזונם, והם ניצודו על ידי הנמר בשיטה של התגנבות ומארב. שיטת ציד זו הכתיבה את אורח החיים היחידאי של הנמר. מפגשים בין פרטים היו נדירים, שכן השטח המאוכלס על ידי נמרים, חולק בין הפרטים הבוגרים עם אזורי חפיפה מועטים. תחומי המחיה משתרעים על מאות קילומטרים רבועים, כאשר שטח תחום מחיה של נמר זכר חולש על פני שטחי משכן של 2–3 נקבות.
בשנת 1997, הנמרה "ציה" אשר חיה במכתש רמון, הגיעה למצפה רמון באפיסת כוחות ונאספה על ידי פקחי רשות שמורות הטבע. הפקחים טיפלו בה, ענדו משדר על צווארה ושחררו אותה במכתש. כמה חודשים לאחר מכן, היא נמצאה מתה במכתש ולידה דורבן מת, בגופה נמצאו נעוצים 21 קוצי דורבן שחדרו לריאותיה והובילו למותה.
במאי 2007 חדר נמר בשם "משיח" לבית במדרשת בן-גוריון, הנמר אשר ניסה לצוד את חתול הבית, נתפס על ידי אבי המשפחה. משיח נבדק בבית החולים הווטרינרי האוניברסיטאי ולאחר שאובחנה אצלו דלקת מפרקים הוא הועבר לחי-בר יטבתה. בשנת 2009 מת משיח כתוצאה מהרדמה מלאכותית, כאשר וטרינרים ניסו לטפל ברגלו. לאחר מותו של משיח, לא נראו עוד נמרים נוספים בנגב ונראה שהם נכחדו.
אין במדינת ישראל עוד תצפיות של פרטים חיים, עקבות, גללים טריים ושאריות טרף של נמרים, ולכן מקובל להניח שהם נכחדו מהאזור. אחרוני נמרי המדבר בישראל הוכחדו ככל הנראה בתחילת העשור השני של המאה ה-21.
נמר סיני
נמר סִינַי (שם מדעי: Panthera pardus jarvisi) הוא תת-מין של נמר ואחד מארבעת תת-המינים שהיו מצויים בישראל ובסיני. נפוץ בעבר באזורים ההרריים של סיני.
מקור השם.
מקור שמו המדעי של נמר סיני במושל חצי האי סינַי קלוד ג'רוויס (Jarvis), אשר מסר בסוף שנות ה-20 שני עורות חנוטים של נמרים שניצודו בסיני למוזיאון הטבע בלונדון (עד 1963 היה מסונף למוזיאון הבריטי). ב-1932 הוגדר בעל-חיים זה על ידי רג'ינלד פוקוק , חוקר במחלקת היונקים שם, כתת-מין נפרד במין נמר ("Panthera pardus"), ושמו המדעי ניתן לכבודו של ג'רוויס.
היכחדות.
הנמרים של סינַי נכחדו כליל, ככל הנראה. הם ידועים מעדויות מכלי שני ומשרידי מלכודות אבנים שנועדו ללכידתם ולחיסולם. ראיות למציאות נמרים בדרום סיני מצויות גם בציורי הסלע בסיני. במוזיאון הזואולוגי בגן החיות בגיזה, מצרים, מוצג פוחלץ של נמר סיני.