במשך הפלאוקן והאאוקן, יבשות גונדוונה ולאוראסיה התפצלו אט-אט ליבשות של ימינו, ודרום אמריקה בייחוד בודדה משאר היבשות, כולל מצפון אמריקה של היום. כתוצאה מכך התפצלו דמויי הקוף לשני ענפים נפרדים: הקופים רחבי האף ("Platyrrhini"), אשר בודדו בדרום אמריקה, והקופים צרי האף ("Catarrhini") בעולם הישן. הסוג אגיפטופיתקוס, שגם הוא התגלה בג'בל קטראני, ומתוארך לגיל של 35 עד 33 מיליון שנה לפני זמננו, נחשב לעיתים קרובות למאובן העתיק ביותר השייך ללא ספק לקופים צרי האף. נוסחת השיניים שלו זהה לזו של הקופים צרי-האף בני ימינו (ושל האדם).
מאובנים של קופים רחבי אף בדרום-אמריקה הם נדירים, ולכן מעט ידוע על האבולוציה שלהם. הערכות בשיטת "שעון מולקולרי" על פי רצפי גנום מתארכות את הפיצול בין הקופים צרי האף לרחבי האף לתקופה של בערך 40 מיליון שנה לפני זמננו, בסוף תקופת האאוקן. הערכה זו תואמת למאובן העתיק ביותר של קוף בדרום-אמריקה - שיניים של פרופיתקוס המתוארכות לגיל של כ-36 מיליון שנה לפני זמננו, ודומות לשיני קופים אפריקאים מאותה תקופה הרבה יותר מאשר לשיני קופים בני-ימינו בדרום-אמריקה. בתקופה זו כבר היה האוקיינוס האטלנטי בין אפריקה לאמריקה רחב למדי, אף כי צר בהרבה משל היום, ודרום אמריקה כבר הייתה מבודדת. לכן משערים שהקופים רחבי האף הגיעו אליה לראשונה בציפה (rafting) על "רפסודות" טבעיות של עצים שנסחפו בזרמי הים, מאפריקה או מצפון אמריקה, אולי בשלבים דרך שרשרות איים. אכלוס איים באמצעות ציפה היא תופעה זואוגאוגרפית מתועדת היטב כיום, למשל אכלוסו מחדש של האי קרקטואה לאחר שהתפרצות געשית הכחידה את החיים בו. חקר הגנומים של מיני הקופים רחבי האף מצביע על היותם מונופילטים, כלומר בעלי מוצא משותף יחיד, ואם כך ייתכן שכולם צאצאי זוג קופים או נקבה הרה שנסחפה לדרום אמריקה במאורע יחיד בתקופת האאוקן.
בדומה לקבוצות רבות אחרות של יונקים שוכני האזורים הטרופיים בדרום אמריקה, הקופים רחבי האף לא הצליחו להתפשט לצפון אמריקה בתקופת ההחלפה האמריקנית הגדולה, כאשר נוצר מצר פנמה המחבר את שתי היבשות. הם אמנם הצליחו ליישב כמה מן האיים הקריביים, אך נכחדו מהם בסופו של דבר. כיום קופי בר באיים הקריביים שייכים למספר מינים פולשים של קופים צרי-אף שמקורם בעולם הישן, והובאו לאיים על ידי בני-אדם במשך מאות השנים האחרונות.
קופים בעלי זנב וקופי אדם.
בתקופת האוליגוקן התפצלו הקופים צרי-האף לשתי על-משפחות: קופי העולם הישן בעלי הזנב (Superfamily: "Cercopithecoidea") וקופי-האדם (Superfamily: "Hominoidea", באנגלית: apes). קופי-האדם הם באופן כללי בעלי גוף גדול יותר, והזנב שלהם (שבשאר קבוצות הפרימטים הוא לרוב מפותח) התנוון. האדם שייך לעל-משפחת קופי-האדם, לכן ההבדל בין גנום האדם לגנום של מקוק הרזוס, השייך לעל-משפחת הקופים בעלי הזנב, מאפשר לתארך בשיטת שעון מולקולרי את הפיצול בין שתי הקבוצות. התאריך המוערך כיום הוא בסביבות 25 מיליון שנה לפני זמננו.
קופי-האדם היו בתחילה הקבוצה המצליחה מבין השתיים, ומתקופת המיוקן ידועים עשרות מינים מאובנים שלהם על פני אסיה, אירופה ואפריקה. אבל במהלך הפליוקן והפלייסטוקן התהפך הגלגל, וכל קופי האדם פרט לסוג האדם שרדו רק ביערות גשם טרופיים באפריקה ובמזרח אסיה, אולי כתוצאה מתחרות עם הקופים בעלי הזנב, אשר כיום מיוצגים על ידי סוגים מצליחים ומרובי מינים כמו המקוק, הגנון והבבון.
בתקופת הפליוקן, לפני כ-4 מיליוני שנה, החלה התקררות של האקלים הגלובלי, שהתעצמה עוד יותר בעידן הקרח של הפלייסטוקן, ונעלמו היערות הסובטרופיים שכיסו אזורים נרחבים בצפון אסיה, באירופה ובצפון-אמריקה. כתוצאה מכך נכחדו הקופים לחלוטין מאזורים אלו, והם חיים כיום רק באזורים טרופיים וסובטרופיים. גם באפריקה הצטמצמו שטחי היער הטרופי, וחלקם הפך לסוואנה ואף למדבר. כתוצאה מכך הסתגלו מינים מסוימים של קופים אפריקאים, בעיקר מסוגי הבבון והפרש, לחיים על הקרקע בסוואנה הפתוחה. באותה תקופה הסתגלו לסוואנה גם האוסטרלופיתקים, אבותיו של האדם בן-ימינו. אך בניגוד לאוסטרלופיתקים שהזדקפו על רגליהם האחוריות, הקופים בעלי הזנב הולכים על ארבע גם על הקרקע.
הקופים והאדם.
מספר מיני קופים מוגדרים על ידי איגוד השימור העולמי IUCN כמינים בסכנת הכחדה, בעיקר כתוצאה מאיומים שונים מצד האדם. במקומות התפוצה שלהם באזורים הטרופיים, קופים נחשבים לעיתים כמזיקים לגידולים חקלאיים, ולעיתים אף ניצודים למאכל (bushmeat - מונח עממי נפוץ באפריקה ואסיה לבשר ציד, תכופות ציד בלתי-חוקי). הזמינות ההולכת וגוברת של נשק קל בעשורים האחרונים גרמה לעלייה בקטלנות של ציד בלתי-חוקי. בנוסף, בתי הגידול בהם חיים קופים, בעיקר יערות טרופיים, לעיתים קרובות נפגעים מבירוא יערות, כתוצאה מהכשרת שטחים לחקלאות, רעיית יתר, כריתת עץ לבערה, פיתוח תעשייתי ועיור. למשל, גנון רולוואי נמצא בסכנת הכחדה חמורה בגאנה כתוצאה מציד ומכריתת יערות, ומאוכלוסיית המקוק המזוקן נותרו רק כ-3,000 קופים במספר אזורים מנותקים זה מזה בדרום הודו.
אוכלוסיות קופים שאינן ניצודות לפעמים מסתגלות לחיים לצד האדם, בשמורות טבע, באתרי נופש, בגנים, ואף על גגות בניינים בכפרים ובערים. קופים מאוכלוסיות כאלו לעיתים משמשים כאטרקציה לתיירים, מואכלים על ידי בני אדם, ובמקומות מסוימים הם עלולים לפרוץ לבתים, לגנוב מזון ולהשתכר ממשקאות אלכוהולים.
מיני קופים רבים שימשו כחיות מחמד במהלך ההיסטוריה. מלחים ששטו לאזורים הטרופיים והסובטרופיים לעיתים קרובות קיבלו קופים מן הילידים המקומיים והחזיקו אותם באוניותיהם כחיות שעשועים. כמה מקופים אלו יובאו לאזורים ממוזגים וצפוניים, שם עשירים ובני אצולה גידלו אותם למען היוקרה שבהחזקת חיות מוזרות ואקזוטיות. מנהג זה הוא ככל הנראה עתיק למדי, כפי שמעיד הפסוק בדברי הימים המונה את מצרכי היוקרה שיובאו לממלכת שלמה באניות תרשיש: כסף, זהב, שנהבים, תוכים וקופים. גם בכמה תבליטים וציורי קיר ממצרים העתיקה נראים קופי מחמד קטנים לצידם של פרעונים ובני אצולה.
עם זאת, מרבית הקופים אינם נחשבים לחיות מחמד אידיאליות: כאשר הם כלואים בכלוב או קשורים ברצועה הם סובלים משיעמום בגלל האינטליגנציה שלהם, וכאשר נותנים להם להתרוצץ חופשי הם נוטים לגרום נזקים, בגלל סקרנותם ובגלל יכולתם לטפס לכל מקום, לטפל בחפצים בידיהם ולפתוח דלתות ומגרות. בנוסף, עקב קרבתם הגנטית לאדם, קופים צפויים יותר להדביק אנשים ולהידבק מהם במחלות זיהומיות מאשר כלבים וחתולים למשל. פרימטולוגים ומכוני מחקר אינם ממליצים על אחזקת קופים כחיות מחמד, ובישראל, כמו במדינות רבות אחרות, החזקת קוף ללא היתר מיוחד אסורה על פי חוק.
קופים לעיתים אולפו לסייע לבני-אדם במלאכות שונות, למשל בטיפוס על עצי קוקוס וקטיפת הפרי. קופים מאולפים השתתפו לעיתים קרובות בהצגות קרקס נודדות, ושיעשעו את הצופים כשהם לבושים בבגדים ומחקים התנהגות בני-אדם. כיום ארגונים שונים מאלפים קופי קפוצ'ין כחיות סיוע לנכים משותקים בכל גופם. הקופים מסוגלים ללמוד לבצע פעולות פשוטות כמו פתיחת קופסאות ובקבוקים או הכנסת ארוחה מוכנה לתנור מיקרוגל.
חכם הרפואה היווני גלנוס, שפעל באימפריה הרומית במאה השנייה לספירה, הכיר בדמיון הרב שבין קופים לבני-אדם. מכיוון שבתקופתו נאסרו ניתוחי אדם שלאחר המוות הוא ביסס את מרבית הידע האנטומי שלו על ניתוחים בקופים, וטען שדי בהם להכשרת רופאים לניתוח חולים אנושיים. בתקופה המודרנית, קופים משמשים כחיות ניסוי במחקרים מדעיים, בעיקר המין מקוק רזוס אשר נחשב כאורגניזם מודל בתחומי הביולוגיה והרפואה. למרות שהקופים יקרים וקשים לאחזקה ממרבית חיות הניסוי, הם התחליף הקרוב ביותר (פרט לקופי-אדם) לניסוי על נבדקים אנושיים. למשל, בשנות ה־50 וה־60, קופים היו בין החיות הראשונות שהוטסו לחלל, עוד לפני טיסות חלל מאוישות. יש ביקורת ציבורית של ארגונים שונים על השימוש בקופים למחקר, וניסויים בקופים כיום נמצאים בפיקוח מוסדות ממשלתיים של רווחת בעלי חיים במרבית מדינות המערב.
בתרבות.
לאורך ההיסטוריה, תרבויות אנושיות שהכירו קופים זיהו את דמיונם הרב לבני-אדם, אך התייחסו לכך בצורות שונות מאוד. בתרבויות שהכירו קופים מקרוב באזורי המחיה שלהם, כגון במצרים העתיקה, בהודו ובסין, היחס היה לעיתים קרובות חיובי, וקופים זכו למעמד של חיות מקודשות, אלים וגיבורי תרבות. לעומת זאת בתרבויות אחרות, בעיקר כאלו שלא הכירו קופים באזורי המחיה שלהם, קופים לעיתים קרובות נחשבו לשדים, ליצורים תת-אנושיים, או לבני-אדם שהפכו לחיות כתוצאה מכישוף או מעונש אלוהי. בתרבות המערב כיום, קופים לעיתים קרובות נתפסים כקריקטורות של בני-אדם, ובכך כסמל לתכונות שליליות כמו כיעור, גיחוך, חוסר מוסריות או חוסר-הבנה. תפיסות פשטניות של תורת האבולוציה גם גורמות לראיית קופים כדרגה "פרימיטיבית" של בני-אדם. בעברית מדוברת כיום הכינוי "קוף" לרוב נתפס ככינוי גנאי.
קופים לא חיו באופן טבעי במצרים העתיקה, אך המצרים ייבאו מיני קופים שונים בעיקר מנוביה (אזור שכיום הוא דרום מצרים וצפון סודאן) והחזיקו אותם בבתיהם כחיות מחמד. הבבון נחשב לחיה מקודשת, ומספר אלים מצרים, כמו תחות ובאבי, תוארו לעיתים בדמות בבון או כבעלי ראש בבון. בכמה תבליטים וציורי קיר ממצרים העתיקה מתוארים בבונים עוסקים בעבודות שדה ומלאכות בית שונות, רוקדים, מנגנים או מתפללים. לסברת מומחים בני ימינו אין מדובר בתיאור מציאותי של חיות מאולפות אלא בייצוגים אלגורים ומיתיים.