בגדר יש פרצות רבות, ודרכן עוברים מדי יום מספר רב של פלסטינים. ב-31 במרץ 2022 בעיצומו של גל טרור הגיע מבקר המדינה מתניהו אנגלמן לסיור בגדר ההפרדה. הוא הצהיר כי הגדר לא רלוונטית בשל הפרצות הרבות שבה. המבקר אנגלמן הודיע כי מזה חודשים מתקיימת עבודת ביקורת על גדר הביטחון, והגדיר את התנהלות המדינה בעניין כ"כשל מהותי ומשמעותי". בנוסף הצביע המבקר על כשלים באכיפת החוק כלפי שוהים בלתי חוקיים, שניתן להגיש כתב אישום נגדם רק לאחר ששב"ח נעצר שלוש פעמים.
ההתנגדות לגדר בישראל.
גדר ההפרדה כיום חוצה מחנות בישראל ויש לה תומכים בימין ובשמאל (בעיקר בימין ובשמאל המתונים), אך גם מתנגדים בשני המחנות (בעיקר בשני קצוות הקשת הפוליטית). חלקית נימוקי המתנגדים בימין שונים מאלה של המתנגדים בשמאל. בימין חוששים שהגדר תשאיר את ההתנחלויות שמחוץ לה לא מוגנות ופוחדים שהגדר תהיה תוואי הגבול הסופי עם הפלסטינים וכן תסגור את הכביש בין ירושלים למודיעין. בשמאל מוחים על הפגיעה בחיי הפלסטינים והפקעת קרקעותיהם. חלק מהמתנגדים מימין ומשמאל טוענים שהגדר לא תהיה יעילה כי ניתן לירות מעליה, לפגע על ידה ולחפור מתחתיה.
מתנגדים נוספים הם ארגוני איכות סביבה המבכים את ההשפעות השליליות שיש לגדר על ערכי טבע ונוף. דוגמאות להשפעות כאלה הן הפגיעה בנוף הטבעי, מניעת מעבר בעלי חיים מצד אל צד, מניעת סחף טבעי ומניעת זרימת מי גשמים.
בעיות שנגרמות מתוואי הגדר.
אחת הבעיות הסבוכות שהתעוררו היא שנקודות-ישוב קטנות, וגם כפרים, הפכו מתוּחמים בין הגדר לבין קו תיחום איו"ש (הקו הירוק, למעט באזור ירושלים), כאשר כל יציאה מגבולותיהם – דרך פתחי מעבר שנבנו בגדר במיוחד – מחייבת את פתיחת השערים בידי חיילי צה"ל, נעשית רק בשעות מוגבלות, ומותרת רק לתושבי הכפר ובעלי היתרים מהמנהל האזרחי. כתוצאה, גישתם של אלפי תושבים למקורות פרנסתם, לאדמותיהם החקלאיות, לבתי החולים ולבתי הספר, מוגבלת יותר מבעבר. בנוסף, בניית הגדר מחייבת הפקעת קרקעות חקלאיות מסביב לכפרים ולבתים. תושבים פלסטינים רבים שחשו עצמם נפגעים עתרו לבג"ץ, דבר שהביא לעיכוב בבנייה. בהתאם לתוואי המקורי הכפר חרבת ג'בארה היה מובלעת, בשנת 2013 התוואי שונה ושטח הכפר הפסיק להיות מובלעת.
בעיה נוספת שנגרמה בשל תוואי הגדר היא הפגיעה בגישה של תושבי מזרח ירושלים, שמתגוררים ממזרח לגדר ההפרדה, אל מרכז העיר. מחקר שהתפרסם בשנת 2010 בדק את השפעת גדר ההפרדה על הנגישות לבתי החולים בירושלים. החוקרים מצאו שהפגיעה הקשה ביותר נגרמת דווקא לתושבים המתגוררים בסמיכות לירושלים, וזאת בשל התוואי בו נבנה הגדר, מיקומי המעברים הביטחוניים והמרחק של משרדי התיאום והקישור.
בנוסף קיימות בעיות נוספות כהוצאתו של כביש 443 שמחבר בין ירושלים למודיעין מחוץ לגדר. האיום על נתיב זה, הופך את כביש מספר 1 לאחד מהכבישים הבודדים לבירה. כפועל יוצא מגישת בג"ץ בנה משרד הביטחון גדר ביטחון משני צידי הכביש ובסמיכות רבה אליו. תוואי זה מקל על אפשרויות המילוט של מחבלים האורבים לנוסעים בכביש.
ארגונים ירוקים העלו גם הם טענות נגד תוואי הגדר, העובר בשטחים פתוחים וטבעיים רבים.
אירועים ועימותים בעקבות בניית הגדר.
אנשי השמאל המתנגדים לגדר עורכים בשיתוף עם התושבים הפלסטינים, הפגנות ופעולות מחאה באזורי בניית הגדר בהם יש טענות לפגיעה חמורה במרקם החיים של הפלסטינים, או לשיקולים מדיניים פסולים בבניית הגדר והפקעות קרקע מיותרות.
לעיתים מסתיימים אירועים אלו בהיתקלויות אלימות ובמעצרים. תקרית זכורה במיוחד הייתה ב-26 בדצמבר 2003, כאשר במהלך הפגנה של ארגוני שמאל (כגון אנרכיסטים נגד הגדר), ירו חיילי צה"ל לעבר המפגינים שנענעו את הגדר, ופצעו ברגלו את אחד מהמפגינים הישראלים, גיל נעמתי, שניסה לחתוך את הגדר בעזרת פלייר.
ארגוני שמאל וח"כים ערביים המשיכו לארגן הפגנות ביחד עם הפלסטינים במקומות בהם מתבצעות עבודות להכנת התוואי לגדר. בהרבה מקרים, ההפגנות הללו הופכות לאלימות וכוללות יידוי אבנים מצד המפגינים ושימוש באמצעים לפיזור הפגנות מצד כוחות הביטחון. בכמה מקרים היו בין מיידֵי האבנים מסתערבים ישראלים (מיחידת "מצדה" של שירות בתי הסוהר). מפגיני השמאל טוענים שהמסתערבים הם שפתחו ביידוי האבנים כפרובוקציה, ואילו צה"ל טוען שהמסתערבים רק הצטרפו ליידוי האבנים של הצעירים הפלסטינים על מנת שלא להתגלות. באחת ההפגנות איבד חייל את חוש הראייה בעין אחת כתוצאה מאבן או גולה מקלע שיידו בו מתפרעים.
החל משנת 2006 בימי שישי כל שבוע יוצאות הפגנות מהכפרים מעסרה, בילעין, ניעלין ומוקדים נוספים.
פגיעה הומניטרית שנגרמת לאוכלוסייה מהגדר.
ארגון השמאל "בצלם", נוקט עמדה לפיה גדר ההפרדה גורמת נזק לאוכלוסייה הפלסטינית והפיק מספר קמפיינים כנגד הגדר, בהם היא מכונה "מכלאות אנושיות". לטענת הארגון, הגדר תותיר מערבה לה בין 9.5% ל-13.2% משטחי יהודה ושומרון וכ-21 יישובים פלסטינים המונים כ-30,000 תושבים (לא כולל מזרח ירושלים, בה עוד כ-200,000 תושבים ערבים). בסך הכל, טוען בצלם, כ-490,500 תושבים פלסטינים המצויים ב-92 יישובים ייפגעו מהקמת הגדר.
מעמדה המשפטי של גדר ההפרדה.
פסיקת בג"ץ.
בסוף יוני 2004 קבע בג"ץ בפסיקה תקדימית , כי "לא מתקיים יחס מידתי בין מידת הפגיעה בתושבים המקומיים לבין התועלת הביטחונית הצומחת מהקמת גדר ההפרדה בתוואי שקבע המפקד הצבאי", ולכן על מערכת הביטחון לשנות את תוואי הגדר באזור ירושלים, כדי להפחית את הפגיעה באדמות החקלאים הפלסטינים.
ברם, בפסיקה זו קבע בג"ץ שהגדר, לצורכי הגנה, היא חוקית ושתוואי הגדר שהציג לו משרד הביטחון אכן מבוסס על שיקולים שיעניקו מקסימום ביטחון ובכך אישר את טענת המדינה שמדובר בגדר ביטחונית. ברם, במקרים מסוימים קבע בג"ץ שיש להתפשר על הביטחון כדי להפחית את הפגיעה בפלסטינים המתגוררים באזורים הסמוכים לגדר.
ב-15 בספטמבר 2005 הורה בג"ץ לשנות את תוואי הגדר באזור קלקיליה ואלפי מנשה, בעקבות עתירה שהגישו תושבים פלסטיניים שכפריהם נותרו במובלעות מחוץ לגדר. לאחר שמשרד הביטחון בחן מספר חלופות, תוקן תוואי הגדר, ועתירה נוספת שהגישו תושבי הכפרים, וכן המועצה המקומית אלפי מנשה, נדחתה.
ביוני 2006 אהרן ברק, נשיא בית המשפט העליון, ביקר בחריפות את המדינה שטענה כי מטרת הגדר היא ביטחונית בלבד. לדבריו של אהרן ברק, לנגד עיניה של המדינה עמדו גם מטרות שונות כגון הרחבת התנחלויות על חשבון זכויותיהם, שגרת חייהם ופרנסתם של עזון ונבי אליאס, שני כפרים שעתרו נגד גדר ההפרדה. בפסק הדין השופט אהרן ברק כתב: "בעתירה שלפנינו התגלתה תופעה חמורה... אירוע שאין להשלים עמו, שלפיו המידע שסופק לבית המשפט לא שיקף את מלוא השיקולים שעמדו נגד עיני מקבלי ההחלטות". אהרן ברק התייחס למפות תוואי הגדר שהוגשו לו על ידי אלוף-משנה דני תירזה, יועץ שר הביטחון לענייני גדר ההפרדה ומי שנחשב למנהל גדר ההפרדה, ונטען כי הציגו גבול שנקבע למטרות ביטחון כשלאחר מכן הסתבר כי התוואי נועד להרחיב את היישוב צופים על חשבון שטחים בבעלות פלסטינית. עקב הפסיקה עלתה מאוד המתיחות בין דני תירזה לבין שר הביטחון החדש, עמיר פרץ.
ב-4 בספטמבר 2007 קבע בג"ץ כי יש לשנות את תוואי גדר ההפרדה סמוך לכפר בלעין כך שלא יפגע אורח החיים של תושביו.
חוות הדעת של בית הדין בהאג.
ב-8 בדצמבר 2003 החליטה העצרת הכללית של האו"ם, לבקש חוות דעת מבית הדין הבינלאומי לצדק בהאג בדבר "המסקנות החוקיות הנובעות מבניית החומה על ידי ישראל, הכוח הכובש, בשטחים הפלסטינים הכבושים". בית המשפט קיבל הצהרות כתובות ממדינות שונות, ושמע טיעונים בעל פה מה-23 ועד ה-25 בפברואר. ישראל סירבה להכיר בסמכותו של בית הדין לפסוק בעניין, לא מימשה את זכותה לשלוח שופט להרכב בית הדין, לא הציגה טיעונים בעל פה בפני בית הדין אלא רק טיעונים בכתב שרובם נסובו על סמכותו של בית הדין לדון בנושא ישראלי פנימי. גם ארצות הברית מתחה ביקורת קשה על בית הדין בהאג ויחד עם 22 מדינות דמוקרטיות הגישה חוות דעת לביה"ד שהגדר היא נושא פוליטי ולא משפטי.
ישראל ניהלה בהאג קמפיין מתוקשר, שכלל הפגנות של משפחות נפגעי טרור. להפגנות הובא מישראל, לשם המחשה, אחד האוטובוסים שבו בוצע פיגוע תופת ובו נרצחו ישראלים רבים.
ב-9 ביולי 2004 נתן בית הדין את חוות דעתו. בית הדין רשם את הבטחתה של ישראל כי המכשול ישמש רק כאמצעי ביטחון זמני. עם זאת הוא ציין כי קיים חשש כבד כי תוואי המכשול ייצור עובדות בשטח שיובילו לסיפוח דה-פקטו של שטחים וישפיעו על קביעת הגבולות העתידיים בין ישראל למדינה פלסטינית.
ההיבט השני בו דנה חוות הדעת הוא חוקיות המכשול לפי המשפט ההומניטארי הבינלאומי. ישראל טענה שאמנת ז'נבה הרביעית אינה חלה בשטחי יהודה ושומרון, שכן הגדה המערבית ורצועת עזה מעולם לא היו חלק ממדינה ריבונית. בית הדין קבע כי טענה זו אינה רלוונטית, היות שישראל הכריזה שהיא מחילה את "הסעיפים ההומניטריים" של האמנה על השטחים. לגופו של עניין, קבע בית הדין כי מכשול ההפרדה נועד לסייע למפעל ההתנחלות שמהווה הפרה של סעיף 49 של האמנה. בנוסף, קובעת חוות הדעת כי ההשתלטות על אדמות פרטיות הכרוכה בהקמת המכשול מהווה פגיעה בקניין הפרטי ועל כן היא הפרה של סעיפים 46 ו-52 בתקנות האג ושל סעיף 53 באמנת ז'נבה הרביעית.
ההיבט השלישי של חוות הדעת הוא חוקיותה של הגדר לאור המשפט הבינלאומי לזכויות האדם. בהקשר זה קבע בית הדין בניגוד לדעתה של ישראל, כי משפט זה חל במלואו בשטחים כבושים. לדעת בית הדין, גדר ההפרדה פוגעת בזכויות שונות המעוגנות באמנות עליהן חתומה ישראל.