שושלת מינג, השושלת האחרונה של שליטים ממוצא סיני ששלטה על כל סין, קמה בעקבות אסונות הטבע והרעב שבאו בעקבות מרידות רבות שפרצו נגד השליטים הזרים משושלת יואן. אחד ממנהיגי המורדים, ג'וּ יְוֵּאנְגָ'אנְג, התגבר תחילה על קבוצות המורדים האחרות, ואחר כך גם על צבא שושלת יואן. ב-1368 הכתיר עצמו כקיסר הראשון בשושלת מינג (בסינית: "המזהירה") בשם חוֹנְגְווּ ("לחימה נרחבת"). הקיסר הקודם נמלט למונגוליה, ולכן אחת הפעולות הראשונות של חוֹנְגְווּ הייתה לבצר את מעבר ג'וּיוּנְג שמצפון לבייג'ינג של ימינו, שדרכו הגיעו המונגולים 150 שנים קודם לכן. המצודה שנבנתה במקום השתרעה בין שתי פסגות הרים לאורך של 13 לי ושלטה על העמק שבו עברה הדרך. מלבד מבצר זה לא בנו הקיסרים הראשונים משושלת מינג חומות, מהסיבה הפשוטה שלא נזקקו להן. הן חוֹנְגְווּ והן בנו, הקיסר השלישי יוּנְגְלֶה, עמדו בראש צבא חזק, מאורגן ולמוד קרבות, ופשטו מדי פעם למונגוליה על מנת להבטיח רגיעה בצפון.
תרומת הקיסר הראשון לביצורים הייתה לארגן סדרה של מבצרים לאורך שני קווי הגנה. בקו ההגנה החיצוני הוקמו שמונה מבצרים עמוק בערבה הצפונית, כ-200 קילומטרים צפונית לחומה של ימינו. בקו ההגנה הפנימי הוקמו מצודות מגְ'יָאיוְּגְווָאן בגאנסו שבמערב ועד שָׁאנְהָאיגְווָאן בחביי שבמזרח. המצודה המזרחית חסמה את המעבר ממנצ'וריה ומקוריאה לסין דרך החוף, והמצודה המערבית היא נווה מדבר השוכן בין שני רכסי הרים בקצה מסדרון גאנסו. בסופו של דבר שמשו נקודות אסטרטגיות אלו כקצות החומה של ימינו, שנבנתה מאוחר יותר. אך בתקופה של תחילת השושלת הייתה מטרת המבצרים שהוקמו לאורך שני הקווים התקפית ולא הגנתית. מבצרים אלו שימשו כאתרים להתארגנות לפעולות התקפה על שבטי הנוודים. מרבית המבצרים בקו ההגנה החיצוני ננטשו בתקופת הקיסר השלישי, והוא הותיר רק את מבצר קאיפנג צפונית לבירה חדשה שהקים, בייג'ינג. שמונה שנים לאחר מותו ננטש גם מחנה זה. החלטה זו על נטישת היכולת הצבאית הדינמית לפקח על הנעשה בערבה הפכה את הבירה החדשה למטרה נחשקת לפושטים ממונגוליה הקרובה, ואלצה את הקיסרים לפנות למפלט האחרון באמצעי ההגנה שלהם – בניית חומות.
האירוע שגרם לצורך להשתמש באמצעי הגנה זה התרחש ב-1 בספטמבר 1449. בניסיון ללמד לקח את המונגולים, שהחלו לפשוט על צפון סין תחת הנהגתו של אסן חאן, הוביל הקיסר גֶ'נְטוֹנְג בן ה-21 משלחת צבאית גדולה לצפון-מערב סין. לאחר מסע בן שלושה שבועות בגשם סוחף, ולאחר שנכשלו בחיפושיהם אחרי הצבא המונגולי, החליט הקיסר לחזור לבייג'ינג בדרך הצפונית. כשחנה הצבא בטוּמוּ (土木; Tŭmù) התקיפו המונגולים את המחנה. הצבא הסיני נתקף בהלה וגילה התנגדות מעטה, חייליו נטבחו בהמוניהם, והקיסר נפל בשבי. בתגובה מינו השרים שנותרו בבייג'ינג את אחיו של הקיסר השבוי לקיסר במקומו. אסן חאן לא הצליח לכבוש את בייג'ינג, ואף לא לקבל את כופר הנפש שקיווה לקבל בתמורה לקיסר השבוי (שהפך חסר ערך ולכן שוחרר שנה אחר כך), אבל קרב מבצר טומו היווה נקודת ציון חשובה בתולדות שושלת מינג. המונגולים הפסיקו לחשוש מפני תגובת הצבא הסיני, השתלטו על רמת אורדוס ופשטו ממנה מדי פעם על צפון סין. המפלה הוכיחה לסינים את חולשת צבאם, ופרט למסע עונשין באמצעות חיל פרשים קטן כנגד המונגולים באורדוס באוקטובר 1473, הם לא ניסו יותר לערוך מסעות צבאיים צפונה.
מסע העונשין של 1473, שהסיר למשך זמן קצר את סכנת הפשיטות של המונגולים, איפשר למושל האזרחי של האזורים דרומית לאורדוס, יוּ דְזְה-ג'וּן, לממש את תוכניתו, אותה הגיש לקיסר ב-1471, לבנות חומה שתסגור את הלולאה של הנהר הצהוב. בתוך שלושה חודשים, תוך שימוש ב-40,000 עובדי כפייה, בנה יוּ חומה מתפתלת ממזרח למערב, שגובהה 9 מטרים, לפניה תעלת מגן באורך 910 קילומטרים, ובה כ-800 עמדות שכללו מבצרים, מגדלים, מגדלי איתות ועמדות תצפית. חומה זו נבנתה בשיטת אדמה נגוחה מאדמת הלס הנפוצה באזור. בסופו של דבר לא עמדו חומות אלו בסופות החול התדירות והתפוררו לחלוטין. באותם מקומות שבהם חופתה החומה בלבנים, קילפו האיכרים, שנים אחר כך, את הלבנים לשימוש משני, כשהם משאירים את הליבה העשויה מאדמה להתפורר. עם זאת, בשנים הראשונות נראה היה כי החומות ממלאות את ייעודן, בייחוד כשבשנת 1482 הסתבכה קבוצת פשיטה מונגולית במבוך הביצורים ויצאה בעור שיניה מהתקרית. ב-1484 מונה יוּ למושל חילות המצב במבצרים שנועדו להגן על בייג'ינג, דָאטוֹנְג מצפון ושׂוֵאנְפֿוּ ממערב. מקומות אלו נמצאים מזרחית לחומה שבנה, ולכן פעל יוּ דְזְה-ג'וּן גם כאן לבניית חומה צפונית למבצרים. אלא שמריבות שניהל עם הסריסים, ששלטו למעשה בחצר הקיסר, הביאו לסילוקו ממשרתו, ובניית החומה הופסקה.
פלישת אלטן חאן.
באמצע המאה ה-16 פרץ משבר חדש בין המונגולים, שהתאחדו סביב מנהיגם, אלטן חאן, לבין האימפריה של שושלת מינג בראשות גְ'יָאגִ'ינְג, הקיסר ה-11 בשושלת (שלט 1567-1521). המשבר החל כשגְ'יָאגִ'ינְג סירב לבקשות החוזרות ונשנות של המונגולים לקיום מסחר בין סין למונגוליה, או לקבלת מעמד של וסאל. גְ'יָאגִ'ינְג, ששלט 45 שנה (התקופה השנייה באורכה בתקופת שושלת מינג אחרי ואן-לי), היה שליט קפדן שהאמין בלא סייג בעליונות התרבותית והרוחנית של הסינים על שאר העולם, כשהמונגולים היו בעיניו ברברים מתחת לסף האנושיות, והוא סירב לכל קשר איתם. המונגולים לא היו מסוגלים לספק את צורכיהם במזון ובבגדים בעצמם, ובאורח מסורתי סחרו עם שכניהם מדרום בבקר, סוסים ופרוות בתמורה למצרכים החסרים. כיוון שנמנע מהם נתיב מסחר זה, פנו המונגולים לדרך היחידה שנותרה להם: פשיטות ומסעי שוד. החל ב-1542 החלו סדרת מסעי שוד על צפון סין, בייחוד על שאנשי. ניסיונותיו של אלטן חאן להפסיק את מעגל האלימות באמצעות משלוח שליחים אל הסינים בהצעה לחדש את המסחר נענו בהוצאתם להורג של כל השליחים. בינתיים החלו המפקדים של חילות המצב הסינים להקים חומות מדרום-מערב לבירה בייג'ינג. תוואי החומות היה אליפטי. הוא החל מהצד המזרחי של לולאת הנהר הצהוב, עקף את דאטונג מצפון, והסתיים סמוך למעבר ג'וּיוּנְג. בסך הכול הוקמו חומות באורך של כ-850 קילומטרים. מהחומות ומהמבצרים שנבנו לאורכן נותרו מספר קטעים בגובה של 4 מטרים וברוחב של 8 מטרים.
בספטמבר 1550 ערך אלטן חאן פלישה רחבת-היקף כשעקף את החומות בנקודה המזרחית ביותר אליה הגיעו, והוכיח בכך שוב את חוסר יעילותן. צבאו הגיע עד פאתי בייג'ינג, כשהוא בוזז ושורף בדרכו כפרים ויישובים. אלטן חאן לא היה ערוך להטלת מצור ממושך, ולאחר שהובטח לו כי המסחר בין הסינים למונגולים יחודש, נסוג בחזרה למונגוליה. הסחר אכן חודש, אלא שלגְ'יָאגִ'ינְג לא הייתה כוונה לקיים את הבטחתו, שנסחטה תוך השפלה צבאית, ושנתיים אחר כך הורה לסגור שוב את השווקים שבהם התקיים המסחר עם המונגולים. כל פקיד ממשל או מפקד צבאי שהציע לחדש את הסחר עם המונגולים נענש בחומרה. בתגובה חידשו המונגולים את מסעי השוד, וב-1567 בלבד נטבחו עשרות אלפי סינים בפשיטות של המונגולים על שאנשי, חביי ובסמוך לבייג'ינג. עד אותה שנה היו בחומה הגדולה פרצות רבות, ולמעשה כמעט ולא היו קיימים בה מגדלי שמירה. על מנת להתמודד עם הסכנה הוחל בבניית חומה באורך של 1,200 קילומטרים החל מהנקודה המזרחית ביותר של החומה הקיימת (שממנה באה הפלישה של 1550). יותר מאלף מגדלי שמירה, אשר כול אחד מהם נועד להכיל בין 30–50 לוחמים עם ציודם, נבנו מאבן ולבנים, בפיקודו של צ'י ג'י-גואנג. במקביל, נערכו שיפוצים בחלקה המערבי של החומה סביב דאטונג ושׂוֵאנְפֿוּ. ב-1576 נדרשו כבר שיפוצים לחלק החדש המזרחי של החומה. מכאן ואילך, ועד נפילת שושלת מינג ב-1644, חופו החלקים הגדולים והחשובים ביותר בחומה בלבנים או באבן. זו החומה ששרדה עד ימינו. מכיוון שלשם "חומה ארוכה" (צָ'אנְג צֶ'נְג), שנקבע לחומה בתקופת שושלת צ'ין הידועה לשמצה, הייתה משמעות שלילית בהיסטוריה הסינית, נמנעו הבונים מלכנותה בשם זה וכינו אותה "חומת הגבול" או "שבעה מחנות הצבא שעל הגבול".
הקמת החומה.
מקובל לתחום את חומת מינג בין שתי נקודות קצה. במערב - מבצר גְ'יָאיוְּגְווָאן ("מעבר העמק הנעים") המכונה "המעבר המבוצר הראשון תחת השמים" בגאנסו; ובמזרח - מבצר שָׁאנְהָאיגְווָאן ("מעבר בין הר לים") המכונה "המעבר הראשון תחת השמים" בחביי. זאת, אף על פי שהחומות נמשכות מערבה ממבצר גְ'יָאיוְּגְווָאן אל המדבר, ומזרחה ממבצר שָׁאנְהָאיגְווָאן אל עבר מנצ'וריה. שני המקומות מהווים מכלול ביצורים משוכלל הכולל שערים, מגדלים, משרדי ממשל ואפילו, במקרה של שָׁאנְהָאיגְווָאן, מקדש. המבצר המערבי בשטח של 2.5 קמ"ר והמזרחי בשטח של 1.5 קמ"ר.
למרות התיאור המקובל, החומה אינה משתרעת כגוש אחיד ממזרח למערב. ההגנה על חלקים גדולים מהגבול התבססה על נקודות מפתח שסביבן הוקמה חומה, ולעיתים חומה כפולה או משולשת. במרווחים שבין נקודות אלו או במקומות שבהם לא היו מכשולים טבעיים הוקמו מגדלים, מבצרים ומצודות, שחלקם הוקמו צפונית או דרומית לקו הכללי של החומה. החומה נבנתה תמיד על קו הרכס והיא מתפתלת יחד איתו, כשפה ושם יוצאות ממנה שלוחות של סוללות משניות.