בשנת 1380 טוכטמיש תפס את השלטון באורדת הזהב, בעזרתו של טימור לנג, בן בריתו. טוכטמיש איחד לתקופה קצרה בשנים 1380–1396 את האורדה הכחולה והאורדה הלבנה למדינה אחת ששלט בה. אך, השאיפות שלו להרחיב את החאנות שלו לתוך פרס (שהייתה בשליטת טימור), פירקו את הידידות בינו לבין טימור לנג. טוכטמיש וטימור לנג הפכו ליריבים ונאבקו אחד בשני במשך עשר שנים. בסופו של דבר טימור גבר על טוכטמיש, אחרי שניצח אותו ב בשנת 1395. באותה שנה הצבאות של טימור בזזו והחריבו את סראי, בירת אורדת הזהב, יחד עם עוד מספר ערים חשובות.
עד סוף שנת 1399 טימור לנג כבש את אורדת הזהב, הדיח את טוכטמיש ושם על הכס במקומו את , אחד מהגנרלים שלו. טוכטמיש, שנמלט לסיביר, נרצח בשנת 1406 בהוראתו של טימור לנג.
מתחילת המאה ה-15, אורדת הזהב החלה לרדת בכוחה. כוחם של החאנים ירד לאט לאט, וחאנויות שונות דוברות טורקית פרשו ממנה. משנת 1466 אורדת הזהב נקראה בפשטות "". המכה הסופית לאורדת הזהב הייתה התבוסה של החאן האחרון ל שהיה החאן של חאנות קרים. החאן האחרון של האורדה הגדולה הובס בשנת 1502. באותה שנה מנגלי הראשון גיראי החריב והשמיד את סראי הבירה, ובכך חדלה אורדת הזהב להתקיים לחלוטין. היא התפרקה לתוך מספר חאנויות קטנות יותר כשהיורשות הראשיות שלה היו: חאנות קרים, חאנות אסטרחן, , חאנות סיביר וחאנות קאזאן.
ח'אנות צ'אגאטאי.
צ'אגאטאי חאן היה בנו השני של ג'ינגיס חאן. האולוס שקיבל צ'אגאטאי חאן מאביו היה מרכז אסיה, הוא הוענק בשטחים הכבושים של והאימפריה הח'ווארזמית. הח'אנות של צ'אגאטאי הייתה דחוסה בין שלושת מדינות הירושה האחרות: האילח'אנאת במערבהּ, אורדת הזהב בצפונהּ ושושלת יואן ממזרחהּ.
כבר בתחילתהּ, הח'אנות של צ'אגאטאי הייתה אחת ממדינות המונגולים החלשות ביותר, ולעיתים קרובות הח'אנים ששלטו בה היו שליטי בובה לכובשים אזוריים חזקים יותר. כמו כן ההיסטוריה של הח'אנות נראית לעיתים מבלבלת ולא מובנת, זאת מאחר שישנם מעט מאוד מקורות אמינים. אפילו תאריכי שליטתם של מספר ח'אנים לא יכולים להיות מאומתים בקלות. למרות אלו, ח'אנות צ'אגאטאי הביאה מנהיגים גדולים כמו טימור לנג ונכדו באבור, שייסד את האימפריה המוגולית בהודו.
כמו אורדת הזהב, הח'אנות של צ'אגאטאי עברה תהליך של אסלאמיזציה וטורקיזציה. התפתחה בה שפה בשם טורקית צ'אגאטאי, היא הייתה שפה טורקית בעלת השפעה אדירה ברחבי הח'אנות, היא תפסה תאוצה בעיקר במאה ה-14. עד היום השפעתה של השפה ניכרת, בעיקר באופן ספרותי. אולם כיום השפה נחשבת לשפה נכחדת.
צ'אגאטאי חאן שלט במרכז אסיה למשך 14–15 שנים, משנת 1227 בה האולוס הוקצה לו, עד מותו בשנת 1242. אף על פי שלצ'אגאטאי חאן היה מספר רב של בנים, הוא מינה כיורש את נכדו, . אולם קארה הולגו היה קטין ולא היה יכול למלוך בח'אנות, לכן אחת מנשותיו של צ'אגאטאי חאן, , שימשה כעוצרת במקומו. קארה הולגו מלך שתי קדנציות בח'אנות של צ'אגאטאי, עם הפסקה של כמה שנים בין כל קדנציה. בשנת 1246 גויוק חאן, שהיה החאן הגדול הנוכחי, הדיח את קארה הולגו ושם במקומו את יסו מונגקה שהיה דודו, ובנו של צ'אגאטאי חאן. יסו מונגקה הוצא להורג בשנת 1252 וכתוצאה מכך קארה הולגו הוחזר לעמדתו הקודמת כחאן בח'אנות של צ'אגאטאי. אך קארה הולגו מת באותה שנה בה חזר לכס, ב-1252, ואותו ירש בנו, . מובארק שאה שלט גם כן לשתי קדנציות עם תקופת הפוגה של 6 שנים. בקדנציה הראשונה שלו, אמו שלטה כעוצרת. בשנת 1260 מינה אריק בוק את במקום מובארק שאה כחאן של צ'אגאטאי, הוא עשה זאת כמהלך שהיה חלק ממלחמת האזרחים הטולויית. אלגו מת בשנת 1266 ומובארק שאה חזר לתפקידו. מובארק שאה היה החאן הראשון של צ'אגאטאי שהתאסלם.
בשנים 1267–1301 הח'אנות של צ'אגאגטאי הייתה נתונה לשליטתו של . קאידו היה בנו של אוגדיי חאן ובכך השתייך ל. קאידו שלט באימפריה יחד עם בנו. הם שלטו בח'אנות דה פקטו בלבד, היו שלושה ח'אנים רשמיים בתקופת שלטונם, שלושתם היו שליטי בובה של קאידו ובנו. רק בשנת 1301, השנה בה מת קאידו, הח'אנים של צ'אגאטאי קיבלו את עצמאותם חזרה. הח'אן השלישי והאחרון שהיה שליט בובה של קאידו ובנו היה דואה. היה שליט בובה של קאידו משנת 1282, ובתחילת המאה ה-14, עם מותו של קאידו, הוא קיבל את השליטה דה פקטו על הח'אנות. דואה היה שליט מוצלח מאוד מהרגע שקיבל את עצמאותו על הח'אנות מקאידו. בירתהּ הרשמית של הח'אנות הייתה העיר אלמליק. בעודה יושבת על דרך המשי, הייתה לה חשיבות רבה וביקרו בה סוחרים רבים. העיר הייתה ממוקמת במערב מחוז שינג'יאנג של ימינו, בצפון-מזרח הח'אנות.
למרות התאסלמותם של מספר ח'אנים לפני כן, מעמד האסלאם בח'אנות נשאר עוין ולא בטוח. לאחר תקופה קצרה של יציבות פנימית בתוך הח'אנות, תקופה שנמשכה בערך בין השנים 1301–1325, הח'אן שוב אימץ את האסלאם ועורר אי יציבות. הוא היה אחד מהשליטים הבולטים ביותר של ח'אנות צ'אגאטאי שהתאסלמו. מקורות מוסלמיים מסכימים בפה אחד שההתאסלמות של טרמאשירין ח'אן סללה את הדרך להתאסלמות המוחלטת של הח'אנות של צ'אגאטאי והייתה אחד השלבים החשובים להתאסלמות המוחלטת של כלל מרכז אסיה. טראמאשירין ח'אן היה אחד מבניו של דואה שתיפקדו כח'אנים אחריו.
מתחילת העשור של שנת 1340, הח'אנות הפכה ליותר ויותר לא-יציבה עד שבשנת 1347 היא התפצלה לשני חלקים: החלק המערבי, שנודע כ"ח'אנות צ'אגאטאי המערבית" והחלק המזרחי שנודע כ"" מוגוליסטן נודעה גם כ"ח'אנות צ'אגאטאי המזרחית".
מוגוליסטן בעצמה התפצלה בשנת 1462 לשתי ישויות פוליטיות נפרדות, מוגוליסטן המערבית ומוגוליסטן המזרחית, שנשלטו על ידי שני ח'אנים שונים. בשנת 1370 הכובש טימור לנג השתלט על ח'אנות צ'אגאטאי המערבית ועל טרנסאוקסאניה. ובכך חדלה ח'אנות צ'אגאטאי המערבית מלהתקיים. למרות שהחלק המערבי של ח'אנות צ'אגאטאי אבד לטימור מוקדם, החלק המזרחי שלה (מוגוליסטן) נשאר תחת הח'אנים של צ'אגאטאי שלפעמים חברו עם יורשיו של טימור או שהיו במלחמה איתם. הח'אנות של צ'אגאטאי התקיימה מהעשור של שנת 1220 בו ג'ינגיס חאן כבש את האזור, עד סוף ההמאה ה-17.
מוגוליסטן היה החלק המזרחי והשורד של ח'אנות צ'אגאטאי, בניגוד לח'אנות צ'אגאטאי המערבית שאבדה לטימור. היורשות של מוגוליסטן היו: , ,ו-ח'אנות טורפאן. בשנת 1705 נכבשה על ידי , הח'אן האחרון של צ'אגאטאי הודח, ובכך הסתיימה השושלת של צ'אגאטאי.
שושלת יואן.
שושלת יואן נוסדה בשנת 1271. השושלת עצמה לא ניתנה כאולוס לאחד מבניו של ג'ינגיס חאן, היא נוסדה זמן רב לאחר מותו וקצת לפני שהכיבוש המונגולי של סין הסתיים. אולם טולוי, הבן הצעיר מבין הארבעה, קיבל כאולוס את מזרח מונגוליה ועם זאת את החלקים הגובלים של צפון סין. בניו של טולוי היו כובשים גדולים, ולאחר שבנו קובלאי חאן ניצח אריק בוק במלחמת האזרחים הטולויית בשנת 1264, הוא נותר כח'אן הגדול הבלתי מעורער למשך 30 שנים עד מותו. קובלאי חאן נודע באהדתו והערצתו הרבה לתרבות הסינית, הוא אפילו בנה עיר בסגנון סיני בסין, העיר זאנאדו. זאנאדו היוותה את בירת הקיץ של קובלאי עד שהחליט להחליף בירה בשנת 1271. הכיבוש המונגולי של סין נמשך עשרות שנים, בכל אופן קובלאי המשיך את עבודתו של מונגקה חאן בכיבושה, ועד שנת 1279, השנה בה נפלה שושלת סונג הדרומית, כל חלקיה של סין נכבשו.
קובלאי הכריז על הקמתה של שושלת יואן באמצע מלכותו בשנת 1271, והיה לקיסר הראשון שלה. לאחר שסיים לכבוש את סין לחלוטין בשנת 1279, הוא הפך לקיסר הלא-סיני הראשון ששלט אי פעם בכל. קובלאי מלך בשושלת בשנים 1271–1294. בשנת 1271 הוא העביר את בירתו מזאנאדו, לעיר חאנאבליק. העברת הבירה לסין היה מעשה שנראה בעין רעה בעיני מונגולים שמרניים רבים שרצו לשמר את מורשתו של ג'ינגיס.
בשנת 1275, מרקו פולו הגיע לחצרו המלכותית של קובלאי. חוקר הארצות הוונציאני הצעיר הרשים מאוד את קובלאי ולכן קובלאי מינה אותו לכמה תפקידים דיפלומטיים ומנהליים. למשך 17 שנים מרקו פולו שירת את קובלאי חאן עד שחזר לוונציה עם משפחתו. מרקו פולו ידוע בשל ספרו "" שמתאר את מסעו וחוויותיו באסיה. כשחזר לאירופה, הציג את סין בפני האירופאים.
עד נפילתה של שושלת יואן, קיסריהּ המשיכו להיות מוכתרים כ-ח'אנים גדולים, אך זה היה תואר סמלי בלבד הודות לפיצול האימפריה.
סביבתה הדתית של שושלת יואן הייתה סובלנית מאוד. למרות שהבודהיזם הטיבטי הייתה הדת הראשית, אסלאם, נצרות, דאואיזם ויהדות, כולן התפתחו בסין באותה תקופה.
בשנים 1274 ו-1281 התרחשו הניסיונות של קובלאי לכבוש את יפן. אלו היו מאורעות בעלי חשיבות היסטורית רבה, ונחשבים למאורעות שמגדירים את האומה היפנית. הם גם נמצאים בין המאורעות המוכרים ביותר בהיטסטוריה היפנית למרות שנכשלו. הציים של שושלת יואן ניסו לכבוש את הארגיפלג היפני פעמיים, אך שתי הפלישות נכשלו הודות לסופות שונות שהרסו את הצי של קובלאי והקשו על המונגולים להמשיך את הקרב. גם בפלישה השנייה פרצה סופת טייפון שהרסה את רוב הצי הפולש. היפנים האמינו שהאלים שלהם שלחו את הסופות על מנת להציל את יפן מהכיבוש המונגולי. בספרות היפנית מתייחסים הרבה לשתי הסופות בשם "קמיקאזה" או בעברית, "רוח אלוהית". נראה שקובלאי חאן האמין שיפן הייתה מוגנת על ידי מעורבים על-טבעיים, ובסופו של דבר נטש את הרעיון של כיבוש יפן.