במחקר מקובל שהטקסטים המקראיים שמספרים על ראשית עם ישראל נכתבו מאות שנים אחרי התקופה אותה הם מתארים, שכן תרבות כתיבה בעברית התפתחה בארץ ישראל רק במהלך האלף הראשון לפנה"ס. עקב המחסור באזכורים ישירים של עם ישראל בממצאים ארכאולוגיים לפני תקופת הברזל המאוחרת, לא ניתן לקבוע בוודאות כיצד התגבש העם. האזכור הקדום ביותר של השם "ישראל" שנתגלה בממצא ארכאולוגי, הוא מצבה שהקים פרעה מרנפתח לזכר מסע כיבושים שערך בכנען בסוף המאה ה-13 לפנה"ס, ומזכירה את השמדתה של קבוצה הנקראת "ישראל". הממצא הארכאולוגי הבא, שמזכיר את ממלכת ישראל, הוא מצבת מישע המתוארכת למחצית השנייה של המאה ה-9 לפנה"ס.
אסכולות שונות במחקר נעות על הטווח שבין קבלת התיאור המקראי ככזה שנאמן באופן כללי להיסטוריה; דרך אסכולות שרואות במסורות היהודיות מיתוסים שהתגבשו סביב גרעין כלשהו של אמת; ועד לאסכולות ששוללות את אמיתות התיאור המקראי של תקופות אלו, ורואות בתיאור אגדות-למעשה.
בספרות המחקר הועלו השערות רבות ושונות בנוגע לראשית ישראל. ישנם חוקרים המייחסים את עיקר התפתחותו של עם ישראל באוכלוסייה שצמחה בתוך כנען; אחרים מייחסים את מרבית המשקל לנוודים שהגיעו ממקומות חיצוניים; וישנם חוקרים שסוברים שהיה זה שילוב של הנסיבות, ושהעם נוצר ממספר מקבוצות אתניות שונות, שמקורן במסופוטמיה, במצרים ובכנען, תוך שילוב המסורות השונות והתעצבות הדרגתית של האמונה באל אחד. להלן פירוט של חלק מהגישות:
ראשית העם על פי המקרא.
על פי המסופר בספר בראשית, מוצאו של עם ישראל מצד אבותיו בשושלת של אברהם העברי, שנולד באור כשדים בארם-נהריים (מסופוטמיה) לאביו תרח ונדד לארץ כנען בה התיישב. מצד אמהות האומה, מוצא העם בנחור, אביהם הקדמון של שבטי ארם. צאצאי אברהם ואחיינו לוט היו לאבותיהם של כמה מהעמים שיישבו את האזור בתקופה מאוחרת יותר – הישראלים, האדומים, הישמעאלים, המואבים, העמונים, ואחרים.
ראשית צמיחת עם ישראל החלה במצרים, שאליה ירדו בני יעקב (שנקרא גם "ישראל"), נכדו של אברהם, עקב הרעב בארץ כנען. במצרים הוקצה להם מקום למגורים ולמרעה, ובחסות יוסף, אחד האחים שהיה למשנה לפרעה מלך מצרים, זכו לשגשוג. בדורות שלאחר מכן שועבדו בני ישראל על ידי המצרים והפכו ממשפחה לעם עבדים. השעבוד המצרי נמשך מאות שנים, עד אשר נקרא משה על ידי האל להנהיג את עם ישראל, אל השחרור מעבדות מצרים.
על פי המסופר בספרי שמות, ויקרא, במדבר, ודברים נמשך מסע העם לכנען ארבעים שנה. בראשית המסע, במעמד הר סיני, קיבל העם את לוחות הברית אשר נכתבה בהם חלק מהתורה – חוקה מקיפה שנועדה לעצב את אורחות חייו כעם ריבוני בארצו, והיא מושתתת על האמונה באלוהים.
במהלך המסע התגבש העם לשבטים שנערכו ככוחות צבאיים. בעבר הירדן המזרחי נערכה אספה מכוננת לפני חציית השבטים את הירדן: "וַיְדַבֵּר מֹשֶׁה וְהַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם אֶל כָּל יִשְׂרָאֵל לֵאמֹר הַסְכֵּת וּשְׁמַע יִשְׂרָאֵל הַיּוֹם הַזֶּה נִהְיֵיתָ לְעָם לַה' אֱלֹהֶיךָ".
ערב כניסת העם לכנען, מת משה, ובראש העם התייצב יהושע בן נון. על פי המסופר בספר יהושע, נכנסו שבטי ישראל לכנען מעבר הירדן, והחלו במסע לכיבוש הארץ. בשלב הראשון נלחמו השבטים כגוף אחד, הביסו את בריתות מלכי כנען שיצאו נגדם, עלו על 31 מערי כנען והחריבו אותן. בשלב השני, חולקה הארץ לשנים עשר אזורי התנחלות שבטית, שחולקו הלאה לאחוזות משפחתיות. השלמת הכיבוש וההתנחלות נפלה באחריותו של כל שבט בתחומו.
על פי המסופר בספר שופטים, למרות תנופת הכיבוש הראשונית, לא הצליחו שבטי ישראל לסלק לגמרי את עמי כנען מאזורי ההתנחלות שלהם. לאחר מות יהושע, עם המעבר לחיים ביישובי קבע, החלו כל שבט או קבוצת שבטים בנפרד, להסתגל לקיום לצד שכניהם, באו תחת השפעתם התרבותית והדתית ואף שכחו את גאולתם ממצרים. עם זאת, יחסי השכנות התחלפו תכופות ביחסי איבה, ומלחמות מקומיות רבות פרצו בין הישראלים לשכניהם. בהיעדר הנהגה מרכזית, התייצבו בראש העם בתקופה זו השופטים – מנהיגים כריזמטיים מקומיים, שהופיעו בעיתות משבר והושיעו את העם. סמכותם לא נמסרה הלאה והם לא הקימו מוסדות שלטוניים קבועים.
בספר שמואל מתואר כיצד פנו זקני העם אל שמואל הנביא בערוב ימיו, בדרישה להמליך על העם מלך "ככל הגויים". הנביא נענה לדרישתם, מינה את שאול למלך הראשון של ישראל, ובכך הסתיימה תקופת השופטים.
המלוכה ותקופת הבית הראשון.
מהממצאים הארכאולוגיים עולה שממלכת ישראל וממלכת יהודה נוסדו בתקופת הברזל הקדומה מהתרבות הכנענית של תקופת הברונזה המאוחרת, במקביל להיווסדן של הממלכות השכנות – תחילה הממלכות הצפוניות דוגמת ארם ופיניקיה, הסמוכות לישראל, ובהמשך הממלכות הדרומיות דוגמת אדום ומואב, הסמוכות לישראל. אסכולות שונות במחקר מעריכות שממלכת יהודה נוסדה – בדומה לשכנותיה הדרומיות – כמה עשרות שנים לאחר התפתחותה של ממלכת ישראל. ממלכות יהודה וישראל מוזכרות במקורות חיצוניים מהמאה ה-9 לפנה"ס.
על-פי המסופר בספרים שמואל ומלכים, כינון המשטר המלוכני הביא לשינוי משמעותי במצבו של עם ישראל. איחוד השבטים תחת הנהגה מרכזית יצר ממלכה מאוחדת של ישראל ויהודה והפך את ישראל למעצמה אזורית. בתקופת מלכותו של דוד הכניע עם ישראל את עמי הסביבה, ושיעבד אותם. תקופת שלמה בנו מוזכרת כתקופת של שגשוג כלכלי ושלום.
על פי המסופר בתנ"ך, עול המיסים והיריבות הוותיקה בין שבטי ישראל הצפוניים לשבט יהודה, הביאו לפיצול הממלכה המאוחדת לשתי ממלכות: ישראל בהנהגת שבט אפרים, ויהודה בהנהגת שבט יהודה, ובירתה ירושלים.
במחקר הארכאולוגי אין ממצאים מובהקים המעידים על קיומה של ממלכה מאוחדת, וסביב הממצאים החלקיים שנמצאו מועלות פרשנויות שונות. חלק מהחוקרים נוטים לצדד בקיומה של ממלכה מאוחדת, ואחרים סבורים שהממלכות התקיימו בנפרד מראשיתן.
כך או אחרת, על פי ניתוח הממצאים בתקופה בה מוסכם שהיו שתי ממלכות נפרדות זו לצד זו, התמונה המקובלת היא שלכל אחת מהן היו מאפיינים נבדלים שאפיינו אותן, ומבין השתיים הייתה ממלכת ישראל הגדולה, המשגשגת והחזקה לעומת שכנתה הדרומית.
בתיאור המקראי, התאפיינה תקופת קיומן זו לצד זו ביחסי שלום ומלחמה ביניהן לסירוגין, כשלרוב ממלכת ישראל הייתה הגדולה והחזקה מבין השתיים. אולם, ממלכת יהודה שמרה בדרך כלל על יציבות שלטונית והונהגה עד סופה על ידי שושלת מלוכה אחת – בית דוד, ואילו ממלכת ישראל זועזעה תכופות על ידי חילופי שלטון ושושלות.
בשנת 722 לפנה"ס כבשה ממלכת אשור את שומרון, בירת ממלכת ישראל, והגלו חלק מאוכלוסיית הממלכה (בעיקר את בני המעמד הגבוה) לפחוות שונות ברחבי האימפריה האשורית, ובמקומם הובאו אנשים מארצות אחרות שכבשו האשורים קודם לכן (שכונו "כותים"), בהתאם למדיניות ההגליה שנקטו כלפי העמים שכבשו כדי למנוע את מרידתם בשלטון האשורי החדש בארצם. לאחר הגלייתם נעלמו למעשה גולי אשור (שבמסורת היהודית המאוחרת כונו "עשרת השבטים") מההיסטוריה. בניגוד לרושם של הגליה כללית שנוצר מהתיאור המקראי, מן המחקר עולה כי מרבית האוכלוסייה של ממלכת ישראל נותרה במקומה, ורבים משרידי ממלכה זו היגרו דרומה לממלכת יהודה ונטמעו בה. על פי חלק מההערכות, בין פליטים אלו היו מלומדים ישראלים שהביאו איתם מסורות צפוניות, וייתכן שהתרחשות זו הייתה בין הגורמים שהולידו "עם יהודי" מאוחד של אנשי ישראל ויהודה גם יחד.
לאחר נפילת ממלכת ישראל, משגשגת ממלכת יהודה בצל ההגמוניה האשורית במזרח התיכון. הממצאים הארכאולוגיים שנמצאו מתקופה זו מצביעים גם על קפיצת מדרגה בהתפתחותה של יהודה מבחינה מנהלתית וכלכלית, ומראים התפתחות חסרת תקדים של פקידות, מערכת מנהל, עושר, מותרות ומעמד אליטה, וכן מתחדדים ההבדלים בין הממצאים של ממלכת יהודה לעומת אלו של ממלכות שכנות כמו מואב או אדום. הבדלים אלו באים לידי ביטוי בשינויי כתב למשל, ולפי חלק מהחוקרים גם בתחילת בנייתו של נראטיב היסטורי ייחודי שמטרתו להבדיל את יהודה מהממלכות האחרות באזור.
בסוף המאה ה-7 לפני הספירה האימפריה האשורית החלה בתהליך התמוטטות, ולתקופת ביניים קצרה לא הייתה יהודה כפופה למרותה של אימפריה חיצונית. תקופת ביניים זו היא הרקע לרפורמות של יאשיהו, שמלך על יהודה באותה התקופה. רפורמה זו סימנה שינוי דרמטי מבחינה אידאולוגית ותאולוגית, והתמקדה באופן מעשי בעקירת פולחן האלילים, וריכוז הפולחן לה' בירושלים תוך הריסת מקומות הפולחן ברחבי הארץ. על פי השערת התעודות, עוד קודם לכן החלה להתגבש כחלק מהאליטה של יהודה קבוצה אידאולוגית אשר מזוהה עם "האסכולה הדויטרונומיסטית", וחוקרי מקרא רבים מקשרים את תקופה זו לתחילת כתיבתו של ספר דברים.
ממלכת יהודה המשיכה להתקיים עד שנת 586 לפנה"ס. היא נכבשה על ידי ממלכת בבל בהנהגת נבוכדנצר השני. הבבלים החריבו את בית המקדש הראשון, והגלו את האליטה החברתית לבבל. חלק מתושבי יהודה נמלטו למצרים ולמקומות נוספים, ומתקופה זו ואילך החלו לצמוח מרכזי הגולה של היהדות.