מותו של אנרי גרם לאסטרהאזי להימלט לבריטניה שם חי עד 1923. בהיעדרו של בואדפר, וכאשר שמו הטוב של פאטי הושחת במהלך חקירת אסטרהאזי, היו גונז ופלייה חסרי אונים. הפרשה עברה מידי הצבא לידי הממשלה. בריסון וקווניאק לא שינו את דעתם והמשיכו לסבור כי דרייפוס אשם, אולם בעוד קווניאק דרש להימנע ממשפט חוזר, בריסון סבר שהוא הכרחי. בדעת הקהל נוצר הרושם שמשפט חוזר לדרייפוס הוא בגדר הכרח כעת, אולם עד מהרה התאוששו מתנגדי דרייפוס ופתחו במתקפת נגד. מוריס בארס כתב נאום הספד ארוך לאנרי, והעיתון לה ליבר פארול כתב עליו: "נשמה תמה, לב נלהב למדים, שמסע ההסתה היהודי הוציאו מדעתו". שארל מוראס הפיץ בעיתון המלוכני לה גאזט דה פראנס את הרעיון על פיו הזיוף של אנרי היה "זיוף פטריוטי", ועד מהרה הוא צבר תאוצה בקרב מתנגדי המשפט החוזר. לה ליבר פארול החל בגיוס כספים עבור אלמנתו ועבור בניית אנדרטה לזכרו. בסופו של דבר גייס העיתון 131,000 פרנקים אשר הגיעו מ-14,000 ממנויי העיתון, ביניהם פוליטיקאים רבים.
בריסון רצה להתחיל בהליכי המשפט החוזר, אולם לא רצה להכעיס את קווניאק וליצור בכך פיצול בממשלתו. למזלו, ב-3 בספטמבר התפטר קווניאק ופרסם ברבים את מכתב ההתפטרות שלו. בריסון מינה כשר המלחמה החדש את אמיל צורלינדן, גנרל אשר כבר שימש לתקופה קצרה כשר המלחמה (בין תקופת כהונתו של מרסייה לזו של ביו) וכעת שימש כמושל הצבאי של פריז. צורלינדן התיישר בתחילה עם עמדתו של בריסון ואף החל לערוך את הסידורים הטכניים לקראת החזרתו של דרייפוס מאי השדים, אולם לפתע שינה את טעמו מן הקצה אל הקצה וטען כי אין לאפשר משפט חוזר. הוא אף שלף מספר מסמכים נוספים מהתיק הסודי והציג אותם בפני בריסון. הן צורלינדן והן בריסון איימו בהתפטרות באם עמדתם לא תתקבל, והנשיא פור נאלץ להתערב ולדחות את הפשרה ל-17 בספטמבר. יום לפני כן הודיע צורלינדן על כוונתו לפתוח בחקירה נוספת נגד פיקאר שעדיין היה אסיר.
מבחינתו של בריסון, צורלינדן עבר את הגבולות, והוא החל לחפש שר מלחמה חדש. מצבו היה כה נואש, עד כי הוא שיגר בחשאי שליח אל מתייה וריינאך וביקש מהם למצוא עבורו גנרל שאותו ניתן יהיה למנות כשר מלחמה בידיעה שהוא יפעל למען משפט חוזר. הם המליצו לו על פול דאראס, הגנרל שפיקח על טקס שלילת הדרגות של דרייפוס ומאז שינה את טעמו והחל לתמוך במשפט חוזר. אולם בריסון לא קיבל את הצעתם, ותחת זאת בחר בשארל שאנואן. וכך, כאשר צורלינדן דרש להעמיד את פיקאר לחקירה, יכול היה בריסון להתנגד לו בלי חשש. בריסון הכריז על הקמת ועדה לבדיקת האפשרות למשפט חוזר, צורלינדן התפטר ב-20 בספטמבר, ושאנואן נכנס במקומו. אולם עד מהרה גילה בריסון שנפל בפח. שאנואן היה ידידו של צורלינדן ועד מהרה התגלה כמתנגד חריף למשפט חוזר. הוא עקף את בריסון בצורה מתוחכמת, כאשר החזיר את צורלינדן למשרת המושל הצבאי של פריז. התביעה כנגד פיקאר נדחתה אמנם, אולם הוא הועבר בינתיים לבית הסוהר שרש-מידי כדי להרחיק אותו ממוקד ההתרחשויות. צעד זה גרר מחאה בכל רחבי צרפת. ז'ורס ארגן כנס מחאה במרסיי, בו השתתפו 30,000 איש. המונים צעדו אל מול שרש-מידי כשהם צועקים: "יחי פיקאר!".
ב-26 בספטמבר הוחלט כי עתירתה של לוסי דרייפוס בדבר משפט חוזר תועבר לבית המשפט העליון. ובעוד בבית המשפט נערכים דיונים בנושא זה, ממשלתו של בריסון החלה מתפוררת. חוסר האונים שגילה אל מול שרי המלחמה שלו, שהתחלפו בזה אחר זה, כמו גם דרישתו העקשנית למשפט חוזר, הקנו לו תדמית של אדם חלש ולא יציב. נוספה על כך שביתת פועלים גדולה, שמועות על קשר להחזרתו לשלטון של בית בונפרטה ולבסוף משבר פשודה. ב-25 באוקטובר פרצו מהומות אל מול ארמון בורבון. המפגינים היו ברובם לאומנים ואנטישמים אשר דרשו את התפטרותו של בריסון. בעוד פלוגות פרשים משתלטות על גני טווילרי כדי למנוע מההמון המוסת לפרוץ לארמון, נשא שאנואן נאום תקיף נגד בריסון ונגד משפט חוזר, ולאחריו התפטר מתפקידו. מיד לאחר מכן נערכה הצבעת אי אמון בממשלה. ברוב של 286 נגד 254 נפלה הממשלה.
הכנות למשפט חוזר.
הנשיא פור הטיל על שארל דופוי, אשר היה ראש הממשלה גם בתחילת הפרשה, להרכיב ממשלה. דופוי הצליח להרכיב ממשלה שנשענה בעיקר על סיעות השמאל-מרכז, אולם זכתה לתמיכה מוגבלת גם מרוב סיעות הימין. עוד לפני כן, קבע בית המשפט העליון כי עתירתה של לוסי למשפט חוזר קבילה וכי יש להתחיל את ההכנות. במהלך חודש נובמבר הוקלו מעט תנאי כליאתו של דרייפוס. הוענק לו מזון טוב יותר והותר לו לטייל באי. ב-24 בנובמבר חתם צורלינדן על העמדתו לדין של פיקאר בטענה שהוא זייף את הפטי בלה. המשפט נקבע ל-12 בדצמבר. מחנה הדרייפוסרים עשה ככל יכולתו לבטל את המשפט או לכל הפחות לדחות אותו, אולם כל שהצליח להשיג היה העברתו של התיק מבית דין צבאי לבית משפט אזרחי. ב-30 בדצמבר נקבע כי התיק הסודי יימסר לניתוח לבית המשפט האזרחי.
ב-16 בפברואר 1899 נפטר במפתיע הנשיא פור. הפולמוס הדרייפוסרי ליווה את הבחירות והשפיע עליהן. בסופו של דבר נבחר אמיל לובה, אשר זכה לתמיכת הדרייפוסרים וסיעות השמאל, וגבר על ז'יל מלין שנתמך בידי הימין. בחירתו הכעיסה מאוד את האנטי-דרייפוסרים, אשר היו נחושים לנקום בלובה בכל צורה אפשרית. בטקס המינוי שלו הם עוררו מהומה כזו עד שאפילו נגינת המרסייז לא נשמעה. ב-23 בפברואר נערכה הלווייתו של פור, ומיד לאחריה ניסה המון אנטישמי, שהונהג בידי פול דרולד, ז'ול גרן ומוריס בארס, להוביל הפיכה בסיוע הצבא. עם זאת, ההפיכה נכשלה בשל חוסר התמיכה מצד הצבא, ומנהיגיה נעצרו. ב-4 ביוני הותקף לובה במהלך מרוץ סוסים. שני האירועים יצרו רושם שהרפובליקה בסכנה, מה שהוביל לנפילת ממשלתו של דופוי ולהקמת ממשלה חדשה ב-22 ביוני בראשותו של רנה ולדק-רוסו. ממשלה זו נשענה, כמו קודמתה, על מפלגות השמאל והמרכז. אולם עבור הדרייפוסרים היה זה סימן טוב כיוון שוולדק-רוסו נודע כדרייפוסר מושבע. מה גם שעוד לפני כן, ב-3 ביוני הצהיר בית המשפט העליון באופן רשמי כי פסק הדין של 1894 בטל ומבוטל וכי משפט צבאי חדש יערך בעיר רן. להצהרה זו נודעה חשיבות גם מעבר לגבולות הפרשה, כיוון שהיא ביססה את סמכותו של בית המשפט העליון כחזקה אף יותר מזו של בתי הדין הצבאיים. ממקום גלותו בלונדון, שלח אסטרהאזי מכתב בו הודה כי אכן הוא כתב את הבורדרו, אולם טען כי עשה זאת על פי הוראתו של סאנדהר.
תחילת המשפט.
דרייפוס עצמו לא היה מודע כלל לסערה שעורר עניינו בצרפת, ולמאבק האדיר המתנהל לשחררו, כיוון שהמכתבים שנשלחו לו ושהוא עצמו שלח, צונזרו. רק ב-5 ביוני נודע לו שהוא עומד למשפט חוזר. ב-9 ביוני הוא עזב את אי השדים. הוא הגיע לצרפת ב-30 ביוני בחשאיות גמורה, ומיד נכלא בבית הסוהר הצבאי ברן. יומיים לאחר מכן הגיעו דמאנז' ולאבורי לבקרו, והציגו בפניו את כל הנתונים והפרוטוקולים של המשפטים האחרונים. בשלב זה המחנה הדרייפוסרי, שכבר היה גדול מאוד, נעשה מפולג ומבולבל. דמאנז' ולאבורי נחלקו קשות בשאלה האם להסכים לפשרות מתונות אם יוצעו (דמאנז'), או לדרוש משפט תקיף עד הסוף (לאבורי). כמו כן, פרצו מחלוקות רבות בשאלה אילו עדים להזמין בנוסח נאומי ההגנה ועוד. המחנה האנטי-דרייפוסרי היה מלוכד מעט יותר, ומנהיגו הבולט בשלב זה היה מרסייה, שהתראיין לעיתונות בכל מקום והבטיח שהפעם יחשוף את כל הסודות גם אם הדבר יגרום למלחמה.
הממשלה מצדה הייתה נחושה למנוע את הישנות המהומות שאירעו בעת משפטם של אסטרהאזי וזולא, ולפיכך שלחה לרן כוחות צבא ומשטרה גדולים. המשפט התקיים באולם התיאטרון של בית הספר תיכון של רן, ובדרך אליו נדרשו אנשים להציג תעודות מעבר. שבעת השופטים נבחרו בקפידה מבין קציני הצבא שטרם הביעו עמדה בפרשה. המשפט נפתח ב-7 באוגוסט בבוקר. למרבה צערם של הדרייפוסרים, דרייפוס עצמו לא שיתף פעולה היטב במשפט. אנשים רבים הגיעו כדי לרחם עליו, אולם הוא לא רצה שירחמו עליו. הוא צעד בתנועות אוטומטיות במדים שהוחזרו לו, וענה תשובות קצרות וענייניות. מוריס פאליאולוג, שנכח במשפט, תמה: "מדוע אין איש זה מסוגל לחמימות כלשהי? מדוע, במחאותיו הבוטות ביותר, לא נשמע מגרונו החנוק ולו ההד הקל ביותר לנפשו המיוסרת?" השופטים מצידם חקרו אותו בקשיחות שהפתיעה את כולם.
נאומו של מרסייה.
במהלך המשפט הוצג התיק הסודי, אם כי בדלתיים סגורות. כל קציני המטכ"ל העידו נגד דרייפוס, אולם לא סיפקו שום הוכחה. הם התעלמו מהודאותיהם של אנרי ואסטרהאזי, והמשיכו לטעון בעקשנות כי דרייפוס הוא זה שכתב את הבורדרו וכי "זיוף אנרי" הוא מסמך אמיתי. הנשיא לשעבר פרייה העיד כי התיק הסודי הוסתר מפני הפוליטיקאים והכחיש את הטענה על פיה דרייפוס הודה בפני לברן-רנו. ב-12 באוגוסט הגיע מרסייה להעיד. עוד לפני כן הוא הפיץ את השמועה כי הוא עומד "להנחית מהלומה מוחצת" כדי להגביר את הדרמה סביב נאומו. בפועל, מרסייה נשא נאום טרחני ומשעמם שנמשך ארבע שעות. במהלך הנאום הוא חזר שוב על כל פרטי הפרשה, והוסיף פרטים רבים שהיו לא נכונים או לא מדויקים. בסיום נאומו הוא הצהיר: