ביולי 2018, הוכר צבא ח'אלד בן אל-וליד, סניף הארגון בדרום-מערב סוריה, כמחוז רשמי של המדינה האסלאמית ושמו שונה אל מחוז חורן (ولاية حوران). באותו חודש, איחדה המדינה האסלאמית את כל מחוזותיה בסוריה למחוז הלבנט (ولاية الشام). בהמשך אוחדו גם כל מחוזות עיראק למחוז עיראק (ولاية العراق).
מחוז סיני.
מחוז סיני (בערבית: ولاية سيناء) של המדינה האסלאמית הוקם על בסיס ארגון הטרור אנצאר בית אל-מקדס (בערבית: أنصار بيت المقدس, תרגום: "נאמני ירושלים"; הגיית השם בעברית: "אנסאר בית אל-מקדיס"), הפועל בחצי האי סיני מאז 2011, לאחר שחברי הארגון נשבעו אמונים ל"מדינה האסלאמית" בנובמבר 2014. מחוז סיני מתרכז בפגיעה בצבא מצרים ובמטרות צבא ומשטר בצפון סיני, אך לעיתים פעל גם נגד ישראל, אותה הגדיר כאויב רשמי. הארגון פוצץ את צינור הגז שבין ישראל למצרים, חדר לשטח ישראל ב-2012, וירה רקטות מספר פעמים לעבר ישראל מסיני ומרצועת עזה.
מנהיג המחוז הוא שאדי אל-מניעי שעל ראשו הציעה ממשלת מצרים מיליון לירות מצריות. הלוחמים נמצאים במחנה צבאי שהקימו באזור שיח' זוויד סמוך למחנה נמצאים גם מחנות של ארגוני טרור סלפים נוספים. אחד ממייסדי הארגון איברהים מוחמד פריג' נהרג בתקיפה אווירית ואילו מייסד נוסף של הארגון ואליד אל עמר נשבה על ידי צבא מצרים ומצבו לא ידוע. הארגון הצהיר כי עמדתו היא שמפלגת האחים המוסלמים צריכה להנהיג את מצרים ואת עבד אל-פתאח א-סיסי יש להוציא להורג.
ב-1 ביולי 2015 ביצע מחוז סיני פיגוע טרור בסיני שבו נהרגו 64 חיילים מצרים. המתיחות בין מצרים לארגון החל עוד מספטמבר 2014, לאחר הצטרפות מצרים לכוחות הלוחמים. וכן בשל המאבק המתמשך באחים המוסלמים בעקבות עלית עבד אל-פתאח א-סיסי לשלטון. שני ארגונים אלו ביצעו מספרים ימים קודמים שלוש התנקשויות בשופטים מצריים והוציאו להורג את התובע הכללי המצרי. בעקבות הפיגוע התהדקו קשרים בין המצרים ואנשי חמאס ברצועת עזה.
ב-31 באוקטובר 2015 התרסקה טיסה 9268 של מטרוג'ט מעל סיני. מחוז סיני של המדינה האסלאמית לקח אחריות על ההתרסקות וטען שהפיל את המטוס באמצעות פצצה. בפיגוע נרצחו 224 בני אדם. הארגון אף הפיץ תמונה של ה"פצצה" שהפילה את המטוס.
לפי דו"ח של מועצת הביטחון של האומות המאוחדות, נכון ל-2018 יש במחוז סיני כ-1000 פעילים.
מחוזות לוב.
מחוזות המדינה האסלאמית בלוב (בערבית: ولايات الدولة الاسلامية في ليبيا) הוקמו בהצהרה רשמית של אבו בכר אל-בגדאדי ב-13 בנובמבר 2014. המחוזות (ولاية, וולאיית) שהוקמו הם פזאן (فزان), ברקה (برقة) וטראבלס (طرابلس, טראבלס). הארגון הוקם בעיר דרנה שבמזרח לוב בידי "מועצת השורא של הנוער האסלאמי", שנשבעו אמונים למדינה האסלאמית.
נכון ל-2018 סניף המדינה האסלאמית בלוב מונה בין 3000 ל-4000 פעילים. מנהיג הארגון הוא עבד אל-קדר א-נג'די אולם ייתכן שהוא נהרג בספטמבר 2020. המדינה האסלאמית משתתפת במלחמת האזרחים השנייה בלוב ושולטת בעיקר ברצועת החוף המרכזית של המדינה ובה העיר סירת.
המדינה האסלאמית בלוב ידועה בפיגועי תופת ובהוצאות להורג המוניות, ביניהן עריפות ראשיהם של 21 נוצרים קופטים מצריים.
מחוז אלג'יריה.
ארגון חיילי הח'ליפות באדמת אלג'יריה (בערבית: جند الخلافة في أرض الجزائر) התפצל מאל-קאעידה במגרב האסלאמי ב-14 בספטמבר 2014 כאשר מנהיג הארגון, ח'אליד אבו סולימאן (שכונה גם "קורי עבד אל-מאלכ"), הפר את שבועתו לאל-קאעידה ונשבע אמונים למנהיג המדינה האסלאמית, אבו בכר אל-בגדאדי. מאז מהווה הארגון את "מחוז אלג'יריה (בערבית: ولاية الجزائر) של המדינה האסלאמית".
ב-21 בספטמבר 2014 חטפו פעילי המדינה האסלאמית באלג'יריה תייר צרפתי בשם הרווה גורדל בתגובה להשתתפות צרפת בקואליציה הבינלאומית הנלחמת נגד המדינה האסלאמית. ב-24 בספטמבר 2014 פרסמו פעילי מחוז אלג'יריה סרטון המתעד את עריפת ראשו של הרווה גורדל
ב-22 בדצמבר 2014 חיסל צבא אלג'יריה את מנהיג המחוז, אבו סולימאן, ושני חמושים נוספים.
לאחר החיסול נותרו באלג'יריה עשרות בודדות של לוחמים פעילים המשתייכים למדינה האסלאמית ומנהלים לוחמת גרילה נגד כוחות צבא אלג'יריה.
מחוז מערב אפריקה.
מחוז מערב אפריקה (בערבית: ولاية غرب أفريقيا) של המדינה האסלאמית הוקם ב-7 במרץ 2015, לאחר שארגון בּוֹקוֹ חַרַאם (בערבית: بوكو حرام; תרגום: "זיוף אסור" או "חינוך אסור") נשבע אמונים למדינה האסלאמית. בוקו חראם הוקם ב-2002 בידי ג'יהאדיסטים קיצוניים מבני שבט האוסה ובראשם מוחמד יוסוף. בשנת 2009 החל הארגון במרד מזוין נגד ממשלת ניגריה. מרד זה התרחב בהמשך גם לקמרון, צ'אד וניז'ר.
מנהיג הארגון כיום הוא אבו מוסעב אל-ברנוואי. אל-ברנוואי נעצר על ידי מחלקת ביטחון המדינה של ניגריה ב-29 בדצמבר 2016.
מחוז ח'וראסאן.
מחוז חֻ'ראסאן (בערבית: ولاية خراسان) הוקם באופן רשמי ב-26 בינואר 2015 בהכרזה רשמית של דובר המדינה האסלאמית לשעבר, אבו מוחמד אל-עדנאני. המחוז הוקם בידי מולה חאפז סעיד ח'אן, שהיה מפקד בטליבאן הפקיסטני, ומולה עבד א-ראוף ח'אדים, שהיה מפקד בכיר בטליבאן האפגני, אחרי ששניהם נשבעו אמונים לאבו בכר אל-בגדאדי.
מחוז ח'וראסאן מגייס אליו פעילים אפגנים, פקיסטנים ואוזבקים - רבים מהם עריקים מהטליבאן.
המדינה האסלאמית באפגניסטן ובפקיסטן נלחמת נגד כוחות נאט"ו, טליבאן, אל-קאעידה, צבאות פקיסטן ואפגניסטן.
מולא עבד א-ראוף, שמונה לסגן מנהיג המחוז, נהרג בתקיפת כטב"ם אמריקאי ב-9 בפברואר 2015. ב-18 במרץ 2015 חיסלו כוחות של צבא אפגניסטן את חאפיז ואחידי, סגן מפקד מחוז ח'וראסאן באפגניסטן, ו-9 חמושים נוספים שהשתייכו למחוז ח'וראסאן.
ב-10 ביולי 2015 התקבלו דיווחים על חיסולו של חאפז סעיד ח'אן, מנהיג המחוז, בתקיפת כטב"ם אמריקאי במזרח אפגניסטן. ב-13 ביולי 2015 פרסמו פעילי המדינה האסלאמית קלטת שמע ובה נשמע, לדבריהם, קולו של חאפז סעיד ח'אן כשהוא מכחיש את חיסולו.
ב-23 ביולי 2016 פוצצו את עצמם שני מחבלים מתאבדים, שהשתייכו למדינה האסלאמית, בהפגנה של בני הזארה בקאבול, בירת אפגניסטן, ורצחו 80 אנשים.
ב-12 באוגוסט 2016 הודיעה ארצות הברית כי חיסלה בתקיפה אווירית את חאפז סעיד ח'אן. החליף אותו בהנהגת המחוז עבדול חסיב.
ב־13 באפריל 2017 התרחשה התקיפה האווירית בננגרהאר, בה ארצות הברית הטילה לראשונה פצצת GBU-43/B על מנהרות של הארגון באפגניסטן. שבועיים לאחר מכן, חוסל עבדול חסיב בהפצצה של יחידת עילית אפגנית. אבו סעיד החליף את חסיב בהנהגת הארגון.
ב-25 באוגוסט 2018 חוסל אבו סעיד.
ב-26 באוגוסט 2021 ביצעו מפגעים השייכים לארגון את הפיגוע בנמל התעופה חאמיד כרזאי.
מחוז הקווקז.
מחוז הקווקז (בערבית: ولاية القوقاز) הוקם באופן רשמי ב-23 ביוני 2015 בהכרזה של דובר המדינה האסלאמית, אבו מוחמד אל-עדנאני. המחוז הוקם בידי מפקדים מארגון הג'יהאד הסלפי "אמירות הקווקז", שנשבעו אמונים לאבו בכר אל-בגדאדי.
לוחמי המדינה האסלאמית בקווקז נלחמים נגד רוסיה ומבצעים נגדה פיגועים. ב-15 בפברואר 2016 פוצצו מחבלי המדינה האסלאמית רכב תופת בעיר דרבנט שבדאגסטן. בפיגוע נהרגו 2 ונפצעו 17.
מנהיג מחוז הקווקז היה רוסטם אסילדרוב. ב-3 בדצמבר 2016 דיווח שירות הביטחון הפדרלי של רוסיה כי אסילדרוב חוסל בפשיטה ליד מחצ'קלה שבדאגסטן.
מחוזות ערב הסעודית.
ב-13 בנובמבר 2014 אל-בגדאדי הכריז על הקמת סניף של המדינה האסלאמית בערב הסעודית. סניף זה נקרא מחוז אל-חרמין (בערבית: ولاية الحرمين) על שם שני המקומות הקדושים ביותר לאסלאם הנמצאים באזור זה. קבוצה זו ביצעה שורה של פיגועים בערב הסעודית.
כיום יש בערב הסעודית שני מחוזות רשמיים של המדינה האסלאמית: מחוז נג'ד (ولاية نجد) במרכז המדינה ומחוז אל-חג'אז (ولاية الحجاز) במערבה.
מחוזות תימן.
סניף המדינה האסלאמית בתימן הוקם באופן רשמי ב-13 בנובמבר 2014, לאחר שמיליציה חמושה במדינה נשבעה אמונים לארגון. הארגון משתתף במלחמת האזרחים במדינה ונלחם נגד ממשלת תימן, הקואליציה הערבית הנלחמת בתימן בהובלת ערב הסעודית, החות'ים ואל-קאעידה בחצי האי ערב.
סניף המדינה האסלאמית בתימן אחראי למתקפת הטרור במסגדי צנעא ב-20 במרץ 2015, בו נרצחו 142 בני אדם ונפצעו 351. הוא גם אחראי להתנקשות בחייו של מושל מחוז עדן והעיר עדן, ג'עפר מוחמד סעד, ב-6 בדצמבר 2015.
בתימן יש שישה מחוזות רשמיים של המדינה האסלאמית: מחוז עדן אבין (ولاية عدن أبين), מחוז שבוה (ولاية شبوة), מחוז חצ׳רמוות (ولاية حضرموت), מחוז צנעא (ولاية صنعاء), מחוז אל-ביידא (ولاية البيضا) ומחוז אל-לווא אל-אח'צ'ר (ولاية اللواء الاخضر).
מנהיג שלוחת המדינה האסלאמית בתימן הוא אבו בילאל אל-חרבי.
ארגונים נוספים המזוהים עם המדינה האסלאמית.
בנוסף למחוזות, ישנם ארגוני טרור, השואבים השראה מהמדינה האסלאמית וסרים למרותה, אך הם אינם מוגדרים כמחוזות רשמיים שלה.
המדינה האסלאמית בפיליפינים.
אבו סיאף (בערבית:جماعة أبو سياف; בפיליפינית: Grupong Abu Sayyaf) הוא ארגון טרור אסלאמי סוני הפועל בפיליפינים ובמלזיה. מייסד הארגון היה עבד א-רג'יק אבו בכר ג'נג'לאני. נכון לאפריל 2021 ההערכה היא שמספר הפעילים בארגון נע בין 60 ל-70 פעילים. הארגון ונחשב לאחד האלימים והמסוכנים ביותר בפיליפינים. הוא אחראי לחטיפות ולפיגועים רבים, שמכוונים לא פעם נגד תיירים. ב-23 ביולי 2014 מנהיג הארגון, איסנילון הפילון, נשבע אמונים למדינה האסלאמית.