הרומן "אורח נטה ללון" מתאר ביקור שעורך המספר בעיירת הולדתו שבוש (היא בוצ'אץ' מולדתו של עגנון). יש הרואים ספר זה כסיכום חוויותיו של עגנון מביקורו בבוצ'אץ' בשנת 1930. המספר מתאר את העיירה בשיממונה ובשקיעתה אחרי מלחמת העולם הראשונה. בספר נישאת קינה חרישית על העבר שחלף, על אשר היה ואיננו עוד.
המעבר מארץ-האידיאל אל ארץ-המציאות משנה את הנוסח ואת המאוויים, כמו שמתואר ברומן הארצישראלי של עגנון - "תמול שלשום". הימים הם ימי העלייה השנייה. המספר מתגלה במלוא כוחו כסטיריקן וכמוכיח, הרואה צורך להפסיק מדי פעם את השלווה הציורית-אפית. שני העולמות, המתקיימים כאן זה במחיצת זה, מתוארים על המיוחד להם ובעיקר על המומים שבהם, מומים שהאידיאליסט נתקל בהם בהכרח בארץ-ההתגשמות. מצד אחד - חוסר השורשיות בקרקע שנועדה להיאחזות שורשית, ומהצד האחר - עולמם של החשוכים והצבועים. בין ציוריו המושלמים ביותר בסימבוליקה שבהם, ציור הכלב בלק, שעל עורו כתב יצחק קומר "כלב משוגע". גורל השניים דומה במידה רבה. ואולם בלק הכלב מביא עמו את סערת ההתפרצות, שבמרבית סיפורי עגנון היא, לכל היותר, נמה במעבי ההרצאה האפית השקטה. בלק הוא זה שקורע צעיף זה. כאן מבקש עגנון להשמיע את תוכחתו, והפעם בקול מוגבה ונשמע לרבים.
ב"ספר המעשים", שהוא מקבץ של סיפורים קצרצרים בעלי אופי סוריאליסטי, הציג עגנון בפעם הראשונה בחייו סדרה של סיפורים המושתתים על עלילה שבה האירועים מתרחשים בזה אחר זה ללא כל קשר סיבתי ביניהם, תוך ויתור מוחלט על הצורך ליצור עולם דמוי מציאות. עגנון, שהיה לסופר המקפיד על אורח חיים יהודי והצטייר בעיני רבים ממבקריו ככרוניסטן של החיים היהודים וכמי שהקים לתחייה את הסיפור היראי, התגלה לפתע, בעזרת סיפורים אלו, כסופר מודרני במלוא מובן המילה, שכתיבתו נותנת ביטוי למצבי חרדה קיומיים באמצעות טכניקה חדשנית המערערת על המסורת של הריאליזם, שבמסגרתה פעל עד אז. מהלך מפתיע זה בכתיבתו של עגנון התרחש במידה רבה בהשראתם של זיגמונד פרויד ופרנץ קפקא, שכתביהם היו מוחזקים דרך קבע בין ספריה של אשתו. למרות זאת, לא פסק עגנון מלומר כי סיפורים אלו הם האישיים ביותר בכתביו והם לא הושפעו מאף אדם אחר, כולל קפקא:
"בחנותו של מר לובלין" הוא רומן קצר המספר את סיפורו בגוף ראשון במהלך שהותו בגרמניה בתקופת מלחמת העולם הראשונה. במהלך הרומן מתאר עגנון את שהותו בלייפציג ואת קורותיו שם על מגוון האנשים אותם הוא פוגש. הרומן פורסם רק לאחר מותו של עגנון.
"שירה" הוא הרומן האחרון שכתב עגנון לפני שחלה ואותו לא הספיק להשלים. במרכזו של הרומן עומדת דמותו של ד"ר מנפרד הרבסט, מרצה להיסטוריה ביזנטית באוניברסיטה העברית בירושלים הקרוע בין נאמנותו וחיבתו לאשתו, הנריאטה, לבין אהבתו לאחות שירה. עלילת הרומן מתרחשת בירושלים של ימי המרד הערבי הגדול בשנות ה-30 של המאה ה-20.
הרומן "עד הנה" מתאר את שיטוטיו חסרי הפשר של המספר בעריה של גרמניה, כשהתערערות סדרי חייו, כמו גם המראות והאנשים שהוא פוגש, הם עדות לתהליך התפוררותה של הרקמה החברתית של גרמניה בעטיה של מלחמת העולם הראשונה. שיטוטיו מגיעים לקִצם עם עלייתו של המספר לארץ ישראל. הרומן שנכתב בלשון דיווחית היה חידוש בספרות העברית ולכן חשש עגנון להוציאו לאור בימי חייו עד הגעתה של ביקורת חיובית מצדו של קורצווייל. קורצווייל טען כי המבנה המפורק נובע במישרין מן הכרה כי העולם הישן, המסודר הקלאסי, נמצא בתהליכי התפוררות, ולכן הצורות הקלאסיות של הביטוי אינן הולמות עוד את תיאורה של המציאות החדשה כאשר המניע העיקרי לשינוי בראיית המציאות הוא מלחמת העולם הראשונה, שבעבר הייתה נוכחת במובלע בכתבי עגנון ("פרנהיים", "בין שתי ערים") אולם זו הפעם הראשונה שהייתה אצלו לנושא ראשי. בעקבות "עד הנה" הוזכר עגנון בנשימה אחת עם שמותיהם של קפקא, ג'יימס ג'ויס, רוברט מוסיל או הרמן ברוך בישראל ומחוצה לה. על כך אמר קורצוויל: "כאן, בישראל, בלשון העברית, מתחולל אחד התהליכים המעניינים ביותר בדרך התפתחותו של הסיפור המודרני."
מאפייני כתיבתו.
התמקדותו בכתיבה.
עגנון ראה את הכתיבה כמרכז עולמו והקדיש לה את כל זמנו, תוך שהוא נמנע כמעט לחלוטין מפעילות ציבורית (בניגוד לסופרים אחרים בני דורו, כדוגמת חיים נחמן ביאליק, שהקדישו חלק ניכר ממרצם גם לפעילות ציבורית). הוא העיד על עצמו: "אין אני איש מעשה, ואילו נתנו לי את הברירה מן השמים, קרוב לוודאי שהייתי בוחר ברוח ולא במעשה", וכן "מטבעי אני איני מדיני. רואה אני כל צורה של שלטון כדבר שעשוי מלכתחילה להשתנות וצריך שישתנה והכרח שישתנה, אלא אפילו משתנה, אינו אלא חילוף צורה בצורה וצרה בצרה".
מעורבותו בפעילות ציבורית הייתה מצומצמת ובאה לידי ביטוי בחברותו בוועד הלשון העברית ובחתימתו על מנשר ההקמה של התנועה למען ארץ ישראל השלמה. מאורעות תרפ"ט, שבהם נפגעו ביתו וכתביו בשכונת תלפיות שבירושלים, הובילו אותו למתיחת ביקורת על אנשי "ברית שלום" הפציפיסטים.
עגנון העיד על עצמו: "פעמים הרבה ראיתי מעשים שידעתי שאני צריך לומר אל תעשה אבל ידעתי שלא ישמעו לי, וכבר אמרו חז"ל כשם שמצוה לומר דבר הנשמע כן מצווה שלא לומר דבר שאינו נשמע". הוא חרג מגישה זו בסאטירות "פרקים של ספר המדינה".
כתב ידו.
גרשם שלום תיאר את התרשמותו מכתב ידו של עגנון:
ליטוש בלתי פוסק.
מאפיין מובהק של כתיבתו של עגנון היה עיסוקו הבלתי פוסק בליטוש כתביו, ליטוש שביצע הן במהלך כתיבת הסיפור קודם מסירתו לדפוס, הן בעת מסירתו לדפוס על גבי דפי ההגהה, ואף לאחר שפורסם, כהכנה למהדורה מתוקנת שלו. גרשם שלום ציין כי מאפיין זה ניכר כבר בראשית ימיו כסופר: "נטייתו החזקה לשלמות נעשתה בולטת למדי כבר באותה תקופה. הוא היה כותב וחוזר וכותב את סיפוריו שש או שבע פעמים, תכונה שהפכה במשך הזמן לצרתו הצרורה של המו"ל שלו, מפני שנוהג היה להכניס שינויים בכתביו, אפילו תוך כדי הגהתם". במסיבה ליום הולדתו החמישים סיפר עגנון: "לפי שעה אזכיר לברכה את המספר הנלבב ש. בן ציון שטרח עלי הרבה והדריכני בעבודת הסיפור. עד שלא באתי לארץ ישראל כותב הייתי שבעה סיפורים ביום אחד ולא טרחתי עליהם לעבור עליהם ולתקן בהם אות. על ידי ש. בן ציון הכרתי שטוב פלפל חריף אחד מסל מלא דלועים".
הסיפור "עגונות", למשל, פורסם במהלך השנים בארבע גרסאות. בקרב חוקרי עגנון יש המנתחים את ההבדלים בין גרסאותיו השונות של הסיפור, ומאתרים את מגמת השינוי.
תכונה זו אפיינה את עגנון עד לאחרית ימיו. אף בחודשים האחרונים לחייו, בעת שאושפז בבית חולים וניטלה ממנו יכולת הדיבור והכתיבה, ישבה איתו בתו, אמונה ירון, ונועצה בו בעניין עריכת ספרו "שירה", תוך שהוא עונה לה במנוד ראש על תיקונים שראוי לעשותם.
דן לאור משער שמאפיין זה ושאיפתו לשלמות היו בין הגורמים לכך שעגנון נמנע מלפרסם ספרים חדשים בשנותיו האחרונות, אף שהמשיך לכתוב: "ייתכן שגילו ומחלת הלב שלקה בה עשו את שלהם, ולעגנון היה קושי אמִתי להשלים את הכנת הספרים לדפוס - מלאכה שתבעה ממנו השקעה עצומה בסידור החומר, בארגון המבנה, בליטוש אחרון, בהתקנת כתב-היד לדפוס, בתיקונים, בקריאת הגהות ובתיקונן. היקף התיקונים שנדרש בעיניו של עגנון היה לעיתים כזה שחייב אותו לכתוב את הטקסט כמעט מחדש."
מלאכת הליטוש נמשכה גם לאחר פטירתו של עגנון - בשנת 1998 יצאה לאור מהדורה מחודשת של שמונת הכרכים "הלבנים" (אלה שיצאו לאור בחיי עגנון), ובה 551 תיקונים, מרביתם תיקונים שרשם עגנון בעותקים שבביתו.
הוקרה ופרסים.
כבר עם הוצאת ספריו הראשונים זכה עגנון להכרה ופרסום. אביגדור המאירי, בספרו "השגעון הגדול", הדן בזכרונותיו כחייל וקצין יהודי בצבא האוסטרו-הונגרי בעת מלחמת העולם הראשונה, הוא מתאר כיצד נכנס לעיירה בוצ'אץ' ההרוסה וחיפש את בית עגנון.
עגנון זכה להוקרה רבה, שהתבטאה בפרסים רבים שהוענקו לו, ובמוספים נרחבים בעיתונים לציון יום הולדתו החמישים, השישים, השבעים, השבעים וחמישה והשמונים. כן מעיד על כך הסיפור הבא: עגנון התלונן כי התנועה בכביש ליד ביתו ברחוב קלאוזנר, בשכונת תלפיות בירושלים, מפריעה לשנתו, ובתגובה הפכה עיריית ירושלים את הרחוב לחד-סטרי, וקבעה שלט שעליו נכתב: "נהג אדיב! אנא שמור על השקט בנסיעתך ברחוב זה".
עגנון היה סופר עטור פרסים. הוא זכה פעמיים בפרס ביאליק (בשנים 1934 ו-1950), ופעמיים בפרס ישראל (בשנים 1954 ו-1958).
ב-1946 זכה בפרס אוסישקין על ספרו "תמול שלשום". בנאום הזכייה אמר:
בשנת 1958 הוענק לו תואר דוקטור של כבוד מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים, ובשנת 1967 הוענק לו תואר זה מטעם מכון ויצמן למדע.
פרס נובל.
כבר בשנת 1946 החל שלמה זלמן שוקן לפעול להענקת פרס נובל לספרות לעגנון. לשם כך כתב ברוך קורצווייל, מחוקרי עגנון הבולטים, חוות דעת מקיפה, שנשלחה לאקדמיה השוודית בידי פרופ' שמואל הוגו ברגמן מהאוניברסיטה העברית בירושלים, משום שקורצווייל היה באותה עת מורה בבית ספר תיכון.
בשנת 1951 הגישה האוניברסיטה העברית בשנית את מועמדותו של עגנון לפרס. עגנון יצא לביקור בסטוקהולם שבו נפגש עם סופרים ומבקרים, אך הביקור נקטע לאחר שעגנון לקה בהתקף לב ואושפז במשך שבועות אחדים.
בשנת 1963 יזם גרשום שוקן את תרגום כתבי עגנון לשוודית ("והיה העקוב למישור" תורגם לשוודית עוד ב-1925), לאחר שכבר תורגמו לשפות אחדות. בעקבות זאת פורסמו בשוודית, בהוצאת "בונייר" (Bonnier), אחדים מכתבי עגנון. בשנת 1964 יצא לאור תרגום לגרמנית של "אורח נטה ללון", וזכה לביקורות אוהדות.