מאגר המים הגדול נחצב בסלע קירטון, אורכו 260 מטר, רוחבו נע בין 2–4 מטר וגובהו 10 מטר. המאגר יכול להכיל מים עד 4,300 מ"ק. במקומות אחדים תומכות בתקרת המאגר קשתות תמך. בכניסה למאגר נחצב בור שיקוע בעומק 5 מטר. המאגר נחצב בשני שלבים, חלקו הראשון מתוארך למאה ה-2, והשני למאה ה-4. המאגר שימש עד המאה ה-7. ממאגר המים הגדול המשיכו המים לזרום דרך מנהרה הנקראת "מנהרת ששת הפירים". אורך המנהרה 235 מטר, גובהה בין 1–3 מטר ורוחבה כ-80 ס"מ. שיפוע המנהרה כ־20 ס"מ ל-100 מטר אורך. המנהרה פעלה בין המאה ה-2 למאה ה-7 והפירים נחצבו אלכסונית מפני השטח לתוך המנהרה כדרך גישה של החוצבים לתוואי אמת המים הנחפרת. כל קטע של מנהרה נחצב בידי שתי קבוצות חופרים. אחת חפרה לימין השנייה לשמאל עד שנפגשו באמצע הקטע. בתוך המנהרה נחפרה תעלה מטוייחת בגובה 40 ס"מ ורוחב 30 ס"מ. המנהרה נחצבה במכושים. בקירות המנהרה נחצבו כוכים לנרות שמן. בפיר המזרחי ביותר, פיר מס' 1, היה מגוף לוויסות עוצמת הזרימה. מהמנהרה זרמו המים אל פני השטח באמת מים שהובילה עד העיר. מאמה זו נחשפו כ־500 מטר. רוחב האמה כ-30 ס"מ ועומקה כ-40 ס"מ. השיפוע של האמה כ־17 ס"מ ל-100 מטר אורך. גובה האמה בכניסה לעיר כ-270 מטר מעל פני הים והוא נמוך ב-30 מטר משכונותיה העליונות של העיר שם אגרו מי גשמים בבורות איסוף. על פני השטח סומנה האמה על ידי עמודים כחולים, וניתן לעקוב אחר מסלולה על אף שלא נחשפה במלואה.
מקור מים נוסף היו מעיינות נחל ציפורי ששפיעתם הגיעה עד 110 מ"ק לשעה.
המחקר על מערכת המים החל בשנות ה-80 של המאה ה-20 על ידי צביקה צוק. מאגר המים הגדול נחפר בין השנים 1993–1994, ונפתח לביקורי קהל בשנת 1995. מחקר נוסף התבצע בין השנים 2002–2003, והוא התרכז בחלק מערכת המים הקרוב יותר ליישוב כגון בריכת משהד, בריכת חרוב ואמות המים שהובילו למאגרים אלה.
מנהרת ששת הפירים התגלתה בחפירות של שנת 1993, ונפתחה לציבור לאחר הכנה במרץ 2012. הביקור במנהרה אפשרי בכניסה דרך גרם מדרגות בפיר מס' 4 ויציאה דרך פיר מס' 6. המנהרה אינה מוארת. אורך הקטע בו ניתן לסייר הוא 90 מטר.
בית דיוניסוס.
וילה גדולה שנבנתה בראש הגבעה. שמה של הוילה הוא על שם רצפת הפסיפס שנמצאה במקום בטרקלין המרכזי של המבנה ומתארת את פולחנו וחייו של אל היין דיוניסוס. בית זה נבנה בראשית המאה ה-3, השערת החוקרים היא שהמבנה נחרב כנראה ברעש האדמה של שנת 363.
בחפירות נמצאו חדרי מרתף ששימשו כחנויות, חדרי מגורים, חצר פנימית מוקפת עמודים, בית שימוש, חדר אוכל המכונה טרקלין. החדרים השונים בבית היו מרוצפים בפסיפסים. רצפת בפסיפס של הטרקלין כוללת באחד המדליונים שעיטרו את הסצנות השונות את דמותה של אשה המכונה "המונה ליזה של ציפורי".
במסגרת פעולות השימור של המבנה, נבנו קירות והמבנה קורה בגג. בתוך המבנה מעל הטרקלין, נבנה גשר המאפשר הליכה מעל רצפת הפסיפס ותצפית נוחה עליו. בנוסף הוספו על המעקה שלטי המחשה המסבירים את הסצנות השונות המתוארות בפסיפס.
בית הכנסת.
בחפירה שנערכה בשנת 1994 על ידי האוניברסיטה העברית נחשף בצפון האתר במורד הגבעה ליד מגרש החניה הפנימי מבנה בית כנסת. המבנה נחשף בתוך שכונת מגורים שתחילתה בתקופה הרומית. המבנה תוארך לתחילת המאה ה-5.
מבנה בית הכנסת הוא מלבני, הכולל אולם באורך 15 מטר וברוחב 7 מטר. בכניסה לחדר התפילה חדר שדרכו נכנסו לאולם. כיוון התפילה באולם היה בכיוון המנוגד לירושלים.
רצפת אולם התפילה מכילה רצפת פסיפס הכוללת כתובות הקדשה בארמית, כנראה של התורמים להקמת בית הכנסת. אחת ההקדשות היא:
ברצפה גם סצנות מתוך המקרא כגון הבשורה לשרה, הקדשת אהרון, עקדת יצחק, והקרבת קורבנות ומלאכות במקדש. תמונות ארון הקודש. מנורת שבעת הקנים, סל ביכורים ועוד. במרכז הרצפה נמצא גלגל המזלות, בדומה לגלגל שנמצא בבית הכנסת בבית אלפא ובמרכזו השמש רכובה על מרכבת סוסים דומה להליוס אל השמש.
במסגרת פעולות השימור של המבנה, נבנו קירות והמבנה קורה בגג. נבנתה בדרום האולם במה המאפשרת תצפית נוחה יותר על הרצפה. בנוסף הוספו על המעקה שלטי המחשה המסבירים את הסצנות השונות המתוארות בפסיפס.
פסיפס בית הכנסת.
פסיפס בית הכנסת מתוארך לראשית המאה החמישית, גודלו של הפסיפס 13.5 X 4.5 מ' (61 מ"ר), ומגוון צבעי האבנים לא גדול: לבן, שחור, אפור, חום, אדום, כתום, צהוב, חרדל, וצפיפותן בינונית-גבוהה: 140-130 אבנים בדצמ"ר. שטיח הפסיפס של אולם התווך מורכב משבע רצועות אופקיות שאינן זהות ברוחבן, אחדות מחולקות לשניים-שלושה ספינים המופרדים בדגם תשליב-סרט.
התיאטרון.
התיאטרון נבנה על צלע הגבעה תוך ניצול הנתונים הטופוגרפיים של המקום. המושבים נחצבו לתוך הגבעה. בניית התיאטרון מתוארכת לסוף המאה ה-1 או תחילת המאה ה-2. הערכת החוקרים היא שהתיאטרון שימש עד לתקופה הביזנטית.
התיאטרון נחצב בצורת גורן שקוטרו 70 מטר, והוא הכיל כ-4,500 מושבים. המושבים החצובים כוסו במושבי אבן שחלקם נשדד כבר בתקופות קדומות. היתרה נמצאו בעת החפירות, אבל לא באתרם.
בתיאטרון נמצאו חמש כניסות, שלוש מהן בתוך המושבים ושתי כניסות בשולי הבמה. הכניסות חוברו ביניהן במסדרון. ממול למושבים נבנתה במה מאבן. מאחורי הבמה מצאו שרידי קיר ששימש כקיר רקע לשחקנים שבעת הופעתם על גבי הבמה וגם סגר את מבנה. בחזית הבמה נמצאו גומחות.
מתחם בתי מגורים מתקופת בית שני, המשנה והתלמוד.
אזור שבו נחשפו מבנים רבים שנבנו בצפיפות, בקרבת רחוב מרוצף. המתחם נמצא בחלקה המערבי של הגבעה בסמוך למצודה. במקום נמצאו מקוואות טהרה רבים והם משמשים עדות לקיום חיים יהודיים במקום. בנוסף נמצאו בורות מים רבים. ממצא נוסף במתחם היא מחצבת אבן מהמאות ה-1 עד ה-2 לפנה"ס, וכן שרידי מבנה גדול. בקומת הקרקע של המבנה נמצאו מקוואות טהרה.
היסטוריה.
באתר נמצאו שרידים מעטים המעידים על התיישבות באתר כבר בימי בית ראשון. אזכורה הראשון של ציפורי בכתובים מופיע כבר בתקופתו של אלכסנדר ינאי.
בימי בית שני הייתה ציפורי עיר מרכזית, והיא מוזכרת במספר רב של מקורות. מדרש השם מובא בתלמוד משום "שיושבת בראש ההר כצפור". שם מיוחסים גם השם רקת כי היא מוגבהת כ"רקתא דנהרא"- שפת הנהר, וכן מיוחס לה השם קיטרון. במשנה נאמר שהייתה מוקפת בחומה עוד בימי יהושע בן נון. נראה שנכבשה בימי יהודה אריסטובולוס הראשון (בערך 104 לפני הספירה). מצפונה של העיר ובצמוד אליה שכן יישוב יהודי נוסף בשם שיחין.
כחלק מהיוזמות שנקטו פומפיוס ומצביאו אולוס גביניוס כדי למנוע היווצרות של מרכז כוח יהודי, הם נתנו את היישובים היהודים תחת כפיפותם של חמישה בתי דין שונים, שאחד מהם היה בציפורי. בשנת 55 לפנה"ס, הכריז עליה גביניוס כבירת מחוז הגליל.
כשהשתלט הורדוס על הגליל, כבש גם את ציפורי והיא המשיכה להיות בירת המחוז. במותו הנהיג יהודה בן חזקיה את המרד בציפורי וניהל עליה מאבק עם הצבא הרומאי. התוצאה הייתה שריפת העיר ומכירת תושביה לעבדים. בנו של הורדוס, הורדוס אנטיפס, בנה שוב את ציפורי וכינה אותה "אבטוקרטוריס" ("אבטוקרטיס" – העיר העצמאית).
השם "אוטוקרטוריס" ניתן לעיר לכבוד קיסר רומא (מקורו במילה היוונית "אוטוקרטור", ששימשה לתרגום המילה הלטינית "אימפרטור"). אך שם זה לא נקלט והעיר הוסיפה להיקרא "ציפורי". יש הסבורים, שלאחר שיקומה של העיר על ידי אנטיפס, ניתן לה מעמד של פוליס, אולם אין על כך עדות ברורה במקורות.
עם זאת, אנטיפס גם ייסד את מתחרתה הגדולה של ציפורי, טבריה, שהחליפה אותה במעמד הבכורה בגליל, עד זמנו של אגריפס השני, ששוב הפך את ציפורי לבירתו.
יוסף בן מתתיהו מכנה את ציפורי "פאר הגליל כולו". בשנים 66–67, בזמן המרד הגדול ברומאים, הוא עצמו ביצר אותה, בתוקף תפקידו כמפקד הגליל במרד, אולם אנשי ציפורי העשירים, שבנו את החומה על חשבונם, החליטו להתבדל מהמורדים ולשמור על נאמנות לרומא. הם שלחו שליחים לנציב סוריה, קסטיוס גאלוס, וביקשו שיבוא ויציב חיל משמר רומאי בעיר. יוסף בן מתתיהו שמע על כך ומיהר לכבוש אותה. לדבריו, תושבי הגליל שנאו את ציפורי וחייליו החליטו לפרוע בתושביה. הם שדדו ושרפו את הבתים הריקים, לאחר שיושביהם ברחו אל המצודה.
לאחר מכן כרתו תושבי ציפורי עם הרומאים ברית שלום נפרדת. ניסיון של יוסף בן מתתיהו לכבוש את העיר שוב, נכשל. הוא כתב על כך בספרו: "ציפורי סגרה לפני את שערי העיר ואסרה על אזרחיה להתחבר אל חיל היהודים... בעיר הזאת קידמו את פניו (של אספסיאנוס) ואנשי ציפורי הם לבדם מכל יושבי הגליל דרשו שלום לרומאים".
מאותה תקופה ישבו בעיר יהודים ונוכרים. כפי שכותב צביקה צוק "מטבעות מימי אנטונינוס פיוס... מתארים מוטיבים אליליים בלבד. נראה כי בפרק הזמן מאז הפולמוס של קיטוס (115) ועד לאחר מרד בר כוכבא חל שינוי ומועצת העיר הפכה בזמן זה לנוכרית. רק לקראת אמצע המאה השנייה חזרה המועצה העירונית לידי היהודים."
בימי הקיסר הדריאנוס הוסב שמה של העיר ל"דיוקיסריה", שם המורכב משמו של האל היווני זאוס ושם העיר קיסריה.
לאחר מרד בר כוכבא הגיעה הגירה לעיר. תעשיית המזון שגשגה בה במיוחד. בין חכמיה היו רבי יוסי, רבן שמעון בן גמליאל ורבי יהודה הנשיא ("רבי"). התלמוד מספר שאקלימה של ציפורי היה טוב לבריאותו של האחרון. משם ניהל רבי את הסנהדרין, ושם נחתמה המשנה. אחרי מותו עזבה הסנהדרין לטבריה. ידוע גם כי אחרי החורבן התיישבה בציפורי משמרת הכהנים ידעיה (שכונתה גם "עמוק").
במחציתה הראשונה של המאה הרביעית עדיין התקיימה בציפורי ישיבה, וישנם חוקרים הסבורים כי עיקרו של התלמוד הירושלמי משקף את הדיונים שהתנהלו בישיבה זו.