שיאה של תופעת האנוסים מצוי בברירה שהועמדה בשנת 1492 בפני יהודי ספרד: המרת דתם לנצרות או גירוש תוך ארבעה חודשים. רבים מיהודי ספרד המירו דתם, לפחות למראית עין, ונשארו לחיות בספרד, אך בין 80,000 ל-120,000 מיהודי ספרד בחרו להישאר נאמנים ליהדותם ועקרו מספרד, רבים מהם לשכנתה פורטוגל, שדמתה לספרד מבחינה תרבותית. עם זאת, בשלב הבא מלכי ספרד עודדו את מנהיגי פורטוגל לגרש את היהודים גם מארצם. ואכן, בשנת 1497, ארבע שנים לאחר שגורשו מספרד, שינה מנואל הראשון, מלך פורטוגל, את גישתו ויזם מהלך של התנצרות קולקטיבית בכפייה של כלל יהודי פורטוגל, כולל יהודי ספרד המגורשים. בשנת 1540 הוקם בפורטוגל מוסד אינקוויזיציה, שאחד מתפקידיו היה להשגיח על האנוסים. נוסף ליהודים שהתנצרו, לפחות למראית עין, בשל חשש לחייהם, היו גם כאלה שהתנצרו מתוך תקווה להנאה חומרית - שיפור מעמדם ומצבם הכלכלי, אך גם בהם שמרו רבים אמונים ליהדותם בסתר. מסיבות אלו גדל היקפה של קבוצת האנוסים.
כפי שתיאר זאת בדבריו האנוס יצחק אורוביו די קסטרו:
הגירה מפני שלטונות עוינים לאנוסים.
רבים מהאנוסים מצאו את עצמם מהגרים מחצי האי האיברי (ובעיקר לארצות "העולם החדש") לצורך הקלת העול של השלטונות הנוצריים הקיצוניים של האינקוויזיציה מהם.
חלק קטן מאנוסי פורטוגל מצאו את עצמם או מוגלים לסאו טומה ופרינסיפה בשל רצון הכתר הפורטוגזי לשבור את רוחם בעבדות במטעי הסוכר שם ומקימים קהילה קצרת ימים במקומות אלה או מחפשים מפלט באופן אקטיבי מפני רדיפות האינקוויזיציה הפורטוגזית שלא חדלו גם לאחר התנצרותם הרשמית וביקשו מקלט בארצות במערב אפריקה, שם התבוללו עם נשים מקומיות ויצרו קהילה שנקראה: "לנסאדוס", שלימים היוותה יסוד ביחסי המסחר שבין האירופאים לאפריקאים המקומיים.
מנהגים שהשתרשו בקרב צאצאי האנוסים.
במשך שנים רבות חיו רבים מהאנוסים חיי יהדות בסתר ובחשש מתמיד מפחד האינקוויזיציה הספרדית והפורטוגזית, חשש אשר השפיע על התפתחות מנהגים שונים.
אחד השינויים המהותיים בחיים הדתיים של האנוסים היה הפיכת הנשים לשומרות הדת ומנהיגות הקהילייה.
שינוי אחר היה הנוהג לשלוח את אחד הבנים לשרת בכנסייה הקתולית כדי שיוכל להתריע בפני חברי הקהילה על חקירות האינקוויזיציה וכדי שיוכל לחפות על קיום הטקסים היהודיים במסווה של טקסים נוצריים ואפילו לקיים אותם בעצמו.
מנהג נפוץ ביותר בקרב יוצאי ספרד ופורטוגל שהשתמר עד לעשרות השנים האחרונות היה לכסות את רצפות בתי הכנסת והחדרים שיועדו לתפילה בחול על-מנת שצעדיהם לא ישמעו על ידי שכניהם ושלא יתגלה כי הם מקיימים פולחני יהדות.
בנוסף, היה איסור של הורים על ילדיהם להצביע על כוכבים בשעת לילה, תוך שימוש בהסברים על מחלות ופצעים שייגרמו מהצבעה זו. מקור המנהג מיוחס לאנוסים אשר נמנעו מלזהות את צאת השבת וזמן קריאת שמע על ידי ספירת שלושה כוכבים בשל חששם מסוכני האינקוויזיציה. מנהג זה נפוץ עד היום בקרב יהודים ספרדים לפעמים ללא ידיעה את טעם המנהג.
את חג הפורים חגגו האנוסים במסווה של חג נוצרי שכונה "פסטיבל סנטה אסתריקה", שנסוב סביב קדושה נוצרית פיקטיבית בשם "אסתריקה" שמבוססת על אסתר המלכה. מנהג זה השתמר עד היום בקרב צאצאי האנוסים ביבשת אמריקה.
מנהג נוסף אם כי נפוץ פחות היה עריכת סדר פסח, כשספרי ההגדה היו מונחים על ירכי החוגגים מתחת לשולחן ולא על השולחן עצמו. גם מנהג זה הושרש מתקופת האנוסים, כאשר אנשי האינקוויזיציה היו פורצים לבתי מומרים לכאורה, בחגים ומועדים יהודיים במטרה לתפוס אותם בשעת עיסוקם בפולחן היהודי.
גם בלאדינו השתמרו כמה ביטויים שמקורם במציאות בה חיו האנוסים. כך, למשל, נוצר הבדל בהתייחסות כלפי חפצים בעלי הקשר יהודי לכאלו שלא. כך כשהוחזרו למקומם חפצים כגון פמוטי שבת וחנוכייה לאחר שימוש, השתמשו בביטוי "להסתיר" ולא להחזיר למקום.
באי מיורקה יושבת קהילת הצ'ואטה אשר משמרת את מורשתם כצאצאי אנוסים ומקיימת סוג של נצרות סינקרטיסטית של קתוליות עם אלמנטים יהודיים. הקהילה מונה כ-20,000 נפש אשר בשל איסורים קדומים להינשא להם (זהותם ידועה לאור 15 שמות משפחה שניתנו להם ברובם על ידי האינקוויזיציה) שימרה הקהילה את עצמה בעזרת אנדוגמיה.
צאצאי אנוסים שחזרו ליהדותם לפני המאה העשרים.
על אף האיסור ועונש המוות שהיה כרוך בחזרה ליהדות של המתנצרים, עוד בזמן פעילות האינקוויזיציה וגם בתקופה הקרובה שלאחריה הצליחו יהודים אנוסים וצאצאיהם לברוח ולנסות לחזור לחיק היהדות. עם זאת, גם קליטתם של האנוסים בקהילה היהודית לא הייתה פשוטה והדבר לווה בחשדנות רבה מצד הרבנים, באשר לגבי עמדתם קיימות מאות שאלות ותשובות בנושא.
רבים מבני האנוסים הגיעו לאמסטרדם ואף הקימו בית כנסת לעצמם. בין המפורסמים מבני האנוסים בקהילה היהודית באמסטרדם הוא ברוך שפינוזה (1632–1677), אשר לימים הוחרם והוצא ממנה וכן מתנגדו יצחק אורוביו די קסטרו. בין הרבנים הידועים מצאצאי האנוסים באמסטרדם הרב מנשה בן ישראל (1604–1657) שהקים מחדש את היהדות באנגליה. בני אנוסים רבים ששבו ליהדותם הגיעו גם לעיר צפת בארץ ישראל. יש האומרים שגם מוצאם של הרב שלמה אלקבץ, מחבר הפיוט לכה דודי, והמקובל שלמה מולכו מאיטליה הוא מצאצאי אנוסים אלו.
כמו כן, יש סימנים למספר מצומצם של קהילות אנוסים קטנות ששרדו בייחודיותן עד לסוף המאה ה-19, כגון הקהילה בטולדו. מספרם של האנוסים המקוריים נאמד במאות אלפים ואצל חלק מצאצאיהם השתמרו עד ימינו אלו מסורות שקושרות אותם אל האנוסים.
הערכת התופעה והיחס כלפיה.
תופעת האנוסים זכתה ליחס אמביוולנטי בהיסטוריה היהודית, הן בתפיסות המסורתיות וההלכתיות, והן במחקר האקדמי של התופעה. המחלוקת נוגעת הן לשאלה העובדתית - האם האנוסים התנצרו באופן מלא או שמא עשו זאת רק למראית עין ואילו בסתר המשיכו לשמור את מצוות היהדות, והן לשאלת הערכתם המוסרית והלאומית של אנוסים אלו.
מעמד האנוסים בהלכה.
רבני הקהילות בחצי האי האיברי החילו על מי שנאנס להמיר את דתו, את ההלכות התלמודיות הקובעות כי ישראל "אף על פי שחטא ישראל הוא (מסכת סנהדרין מ"ד, ע"א) וכן "אנוס הוא ואנוס רחמנא פטריה" (מסכת נדרים כ"ז, ע"א). וכל עוד עודנו בחיים ביכולתו לשוב ליהדות, אולם אם האם גויה, ילדיו כבר יחשבו לגויים ואם ירצו לשוב לחיק היהדות יהיה עליהם לעבור תהליך גיור.
ספרות ההלכה הסמוכה לתקופת האנוסים עסקה בשאלת המרת הדת שלהם, אם מחמתה הם מוגדרים כמומרים על פי ההלכה, בעיקר בהקשר של שאלות ייבום וחליצה, כאשר לדעת פוסקים רבים אשת מומר אינה זקוקה לייבום, ונשאלה שאלת מעמדן של נשות האנוסים.
בנוסף, הפולמוס על חידוש הסמיכה שהתנהל בין רבי יוסף קארו ורבי יעקב בירב נגד רבי לוי בן חביב (רלב"ח), התעורר בעקבות הרצון לפטור את האנוסים ששבו לדתם מעונשי הגיהנום. על פי ההלכה, חייבים בעונש חמור יכולים להיפטר מעונש על ידי מלקות, אך אין בזמננו סמכות לתת את המלקות הללו, ורק אם הסמיכה תחודש יוכלו להלקות באותן מלקות.
יהודים בסתר או נוצרים לכל דבר: מחלוקת בער ונתניהו.
האתוס לפיו היו בקרב האנוסים רבים אשר המשיכו להיות נאמנים ליהדותם אינו משולל בסיס היסטורי. לדעת יצחק בער, ה"נוצרים החדשים" היו אפוא בחלקם הגדול יהודים בתחפושת. ואכן, הודאות שנרשמו בחדרי העינויים של האינקוויזיציה מתעדות חיים יהודיים שוקקים שהתנהלו בהסתר ובמחילות. ידוע אפילו שיהודים פנו אל חיי בדידות ושקט במנזר, מפני שבאופן פרדוקסלי היה המנזר המקום הנוח ביותר לקיים בו מצוות באין מפריע. בשל כך נאסרה בשלב מסוים כניסתם של "נוצרים חדשים" למנזרים. יצחק בער מביא עדות פיקנטית במיוחד על מומר שהתפרסם בחיבוריו נוטפי השנאה ליהודים וליהדות, ושאחר מותו התגלה כמי ששמר על המצוות בצנעת ביתו.
ההתנגשות בין העקשנות והמחויבות הדתית של האנוסים לבין הקנאות הנוצרית חסרת הפשרות של האינקוויזיציה באה לידי ביטוי בלמעלה מ-10,000 מקרים של שריפת אנוסים על המוקד ב"אוטו דה פה".
לעומת דעתו של בער, תפיסה אחרת לגמרי של אותה תקופה ממעיטה בחשיבותה של תופעת האנוסים המקיימים מצוות במסירות נפש. להודאות שניתנו במרתפי האינקוויזיציה אין היא מייחסת ערך רב הואיל וידוע שתחת עינויים הודו יהודים רבים בימי הביניים גם במריחת מצה בדם ילד נוצרי, ובקרב ההיסטוריונים שוררת תמימות דעים כי לא אירע אפילו אירוע בודד כזה.
לדעת בנציון נתניהו, תלמידו של בער, ציד היהודים המתנצרים לא נבע ממאבק כנגד דבקותם ביהדותם, שכן רק במקרים מועטים באמת שמרו המתנצרים על זיקתם ליהדות. את המאבק ביהודים יש לראות לדידו כאנטישמיות בגרסתה האיברית הימי-ביניימית. מקרים בודדים של יהודים שלא שמרו אמונים לנצרות, נופחו על ידי האינקוויזיציה לכדי הטלת דופי חסרת שחר בכלל היהודים המתנצרים. שכבות אוכלוסייה שאוימו על ידי הישגיהם של המתנצרים והשפעתם המתרחבת השתמשו באינקוויזיציה כמכשיר לבלימת איום זה. גרסה זו של אנטישמיות מהווה לדעת נתניהו מקרה ייחודי ביותר וראשוני של שנאת יהודים שלא על רקע דתי אלא על רקע אתני, ניצן ראשון של האנטישמיות החילונית שהתפתחה באירופה במאה ה-19.
האנוסים כבעלי זהות מפוצלת שהובילה לדיאיזם: דעתו של פרופסור יובל.
בנוסף לכך ישנה דעה רווחת בקרב חוקרים מסוימים, כי האנוסים אמנם לא שמרו על חיי הדת היהודית מסיבות אידאולוגיות, ושחלקם הגדול בכלל לא החזיק בעמדות טרנסדנטנציות, אך הם כן התעקשו לשמור על טקסים מסוימים בעלי אופי יהודי, ברוב המקרים מעוותים, ההתעקשות הזאת נבע מקונפליקט עמוק שנוצר בזהותם, ואינה הייתה בהכרח תוצאה של אמונה דתית, ובוודאי שלא יהודית.