משקמה האפשרות המעשית, קרא לכל האורתודוקסים לפרוש מקהילת פרנקפורט דמיין הוותיקה שנשלטה על ידי הרפורמים ולהצטרף לקהילה האורתודוקסית החדשה. רוב חברי קהילתו, בראשות הלמדן הקשיש ר' משה מיינץ, סירבו להתפלג מהקהילה הישנה, וטענו כי יש להשתמש בחוק לכל היותר כדי לכפות על הוועד לספק את כל צורכיהם הדתיים. מתנגדי הפרישה גייסו לעזרתם לבסוף את אחד מחשובי רבני גרמניה, הרב זליגמן בר (יצחק דב) במברגר מווירצבורג. במברגר הכריע כדעת סיעת מיינץ, כי כל עוד מסופקים צורכי הדת אין סיבה לפרוש ויש אולי אף חיוב להישאר. בין הירש לבמברגר פרץ פולמוס הלכתי ואישי שהיה מלווה השמצות קשות: במברגר, שהיה שמרן בשאלת הפתיחות לתרבות הגרמנית, סירב לראות ביריבו המודרני-מדי לטעמו סמכות הלכתית, והתקשה להבין מדוע אין הוא נכנע בפני מיינץ; הירש ראה בבמברגר סמל לקהילה הישנה, על החינוך הישיבתי והמעמד הרבני האליטיסטי שהשתרר על ההמון, שאבד עליה הכלח לשיטתו ושאותה ביקש להחליף במודל דמוקרטי ושוויוני יותר. לבסוף, הרוב הגדול של חברי "עדת ישורון", כשהם מצוידים גם בלגיטימציה ההלכתית מצד הרב מווירצבורג, סירבו לפרוש: לכל היותר 80 משפחות מתוך בין 300 ל-350 הלכו בעקבות הירש. לקריאתו להתפלג הייתה השפעה מועטה אף ביתר גרמניה, וברחבי המדינה הוקמו רק מעט קהילות נפרדות. עד למלחמת העולם השנייה, התנהל בתוך הציבור האורתודוקסי – שמנה בין 15% ל-20% מיהודי גרמניה – ויכוח בין המיעוט הקטן שבחר בדרך הירש (Austrittorthodoxie, "אורתודוקסיה מתפלגת") לרוב שנותר בתוך הקהילות המאוחדות (Gemeindeorthodoxie, "אורתודוקסיה קהילתית").
שנותיו האחרונות.
ב-1880 בערך, התנגד הירש לפרסום הספר "דבר אזהרה לישראל" מאת הרב הילה וכסלר. הילה, מקובל פרנקוני, חלם חלומות אותם פירש כנבואה אודות חורבן גמור הצפוי להתחולל ליהודי אירופה, וקרא להם לעלות לארץ ישראל. התנגדותו של הירש נבעה בעיקר מיחסו השלילי הכללי לדברי אגדה ומיסטיקה; במכתב שהוצא ככל הנראה על ידו, קבע המחבר כי מי שטוען לחלומות נבואיים בימים אלו חייב להיות רמאי או מטורף.
בעקבות הפרעות והגזרות ברוסיה פנה הרב יצחק אלחנן ספקטור אל הרש"ר הירש ואישים נוספים בבקשה שיסייעו ליהדות רוסיה, על ידי הפעלת לחץ בדעת הקהל העולמית, וכן על ידי שימוש בקשרים דיפלומטיים. הרש"ר הירש נענה למשימה. ופנה לגורמים שונים, בהם קיסר גרמניה וילהלם הראשון, שהיה דודו של הצאר אלכסנדר השלישי, בבקשה להתערבות. כמו כן, פרסם מאמרים בעיתונות הגרמנית על המתרחש ברוסיה, מאמרים שתורגמו והועתקו לעיתונים נוספים, וגייס כספים לסיוע לפליטים היהודים שברחו מרוסיה. בנוסף, פנה לרבני הקהילות בגרמניה, וביקש מהם לקבוע ימי צום ותפילה בקהילותיהם.
הרב הירש נפטר בגיל שמונים והותיר אחריו עשרה ילדים. בנו בכורו היה הרב מנדל הירש אשר ניהל את מוסדות החינוך של קהל עדת ישורון. אחת מבנותיו היא ציפורה סופי שהתחתנה עם הרב שלמה זלמן ברויאר, שמילא את מקומו של הרב הירש ברבנות בפרנקפורט. בת אחרת היא הסופרת שרה גוגנהיימר.
הגותו.
טעמי המצוות במשנתו.
רש"ר הירש סיווג את המצוות בשישה חלקים המבוססים על שלושה עקרונות יסוד: אמת, צדק ואהבה:
רעיון זה הוצג לראשונה בספרו איגרות צפון, והורחב בספר חורב אותו סידר רש"ר הירש לפי שישה חלקים אלו.
רבים נוטים לראות את עיקר חידושו בפרשנותו הסמלית למצוות; כפי שהוצג לעיל נראה שזאת אמת חלקית. בחלקי ה"עדות" וה"עבודה" המעשים והדיבורים סמליים לגמרי, וה"משפטים", ה"חוקים" וה"מצוות" הם מעשיים על פי רוב, אם כי לפעמים משולב בהם האלמנט הסמלי.
פרשנותו למצוות סתרה את הגישה הרציונלית של הרמב"ם, שעליה לא היסס רש"ר הירש למתוח ביקורת.
יחסו לתרבות הכללית.
שנות ה-40 של המאה ה-19 עמדו בסימן בירור והצטללות עמדות ביהדות גרמניה לאחר דור של בוקה ומבולקה שהתלוותה למודרניזציה המואצת; בעוד שמורי ההלכה הקשישים המעטים שנותרו ראו בהיכחדות החברה הישנה אסון וחורבן, הירש, שמעולם לא היה רב מסורתי, ראה בכך התפתחות חיובית והזדמנות להשיב את היהדות לתפארתה מקדם ומעבר לעיוותים שדבקו בה – בין היתר בתחום החינוך, שהירש שאף להנחיל בו את העקרונות ההומניסטיים והרציונליים ברוח הנאורות. רק עלייתם של כוחות רדיקליים יותר משמאל, בעיקר עם הצטללותה של התנועה הרפורמית, מיקמה אותו בקוטב השמרני-ריאקציונרי, וגם זה רק באופן יחסי ובגרמניה בלבד.
הירש תמך ברעיונות ההשכלה המתונה; הוא אף אימץ שינויים חיצוניים רבים בסדרי בית-הכנסת, כמו מקהלה וכובד ראש בתפילות. במקביל היה קיצוני לגבי כל סטייה מעיקרי הדת, ועל בסיס זה תקף את הרפורמים והקונסרבטיבים, שמייסדיהם בגרמניה נטו לזהירות והמעיטו בשינויים מעשיים. ממניע זהה פסל כל עיסוק במדעי היהדות, שפגעו לדעתו במעמד הבלתי-מעורער של כתבי הקודש והמסורת.
פרופ' כתב:
יחסו ללאומיות גרמנית ויהודית.
הרש"ר הירש הורה על הזדהות של כל יהודי עם הלאומיות והתרבות של המדינה בה התגורר, ולהשתלב עד כמה שאפשר בחיי המדינה, כל עוד זה לא הביא לסתירה כלשהי להלכה היהודית. התפיסה הזאת לא נבעה מניתוק בין הלאומיות לדת, אלא נבעה מהחיוב ההלכתי להיות נאמנים לעם המארח, באשר יהיה. על פי זה יש להבין את הערצתו לפרידריך שילר והסיבה שנשא דרשה חגיגית לילדי בית הספר שלו לרגל יום הולדתו המאה של המשורר ב-1859. את השירים והתרבות של שילר הכירו תלמידיו בבית ספר, אשר גדלו בתרבות הגרמנית, ולכן ראה לנכון להתייחס ובאהדה לדברים הטובים בתרבות זו ולקרב אותה ליהדות. אך בשום אופן לא ראה את היהודים כבעלי לאומיות הארץ שמארחת אותם ובני דת משה, אלא "אף על פי שתהיו מתי מספר, תהיו גוי בין גויים, חטיבה לאומית מיוחדת בין האומות". "בבשרו 'ולקחתי אתכם לי לעם', הכריז ה' על התכלית החיובית של גאולת מצרים. לא 'קהילה כנסייתית', שתתפלל אליו - אם לדבר במושגים ובלשון של זמננו - ביקש ה' לכונן, כי אם 'עם', 'אומה', ציבור בעל צביון חברתי', 'מדינה', חייבת לצמוח מגאולה זו, מדינה אשר כל הווייתה "החברתית" תהיה נעוצה בה', בנויה על ידו, מיוסדת עליו, מעוצבת על ידו ומוקדשת לו".
אמנם, הרש"ר הירש לא ראה בחיוב של ישיבה בין האומות בנאמנות בתור התכלית והשאיפה של היהדות, אלא רק התנהלות זמנית המותאמת לחיי הגלות. כאשר מטרת השהות הזאת, בין היתר, היא למען ייקחו הגוים דוגמה מהעם היהודי ועמידתם האיתנה בחוקי המוסר האלוהיים, וכך יתחנכו לאותן שאיפות נעלות של התורה לתיקון עולם והתנהלות מוסרית בינאישית וכלל אנושית. אך אחרי השלב הבסיסי הזה, יש את השלב השני, והוא "נועד להתגשם בארץ ישראל. שם ישכון ישראל בדד מן האומות. הוא לא רק יהיה מבורך, אלא ממנו תצא הברכה, והוא יהיה מקור הברכה – וישכן ישראל בטח בדד עין יעקב". ומדבריו אלה, נראה שהרש"ר הירש לא רק ראה שהברכה העיקרית שישראל ישפיעו על האומות תהיה דווקא כשיהיו אומה לכודה בתוך עצמה בארצה, אלא שרק ככה באמת תיתכן ברכה שלמה על שאר העמים. ומשמעות הישיבה "בדד" הזאת מגדיר הרש"ר הירש: "הוא יחיה בארצו הגדורה בגבולותיה ולא ירבה קשרים עם עמים אחרים. הוא יקיים את תפקידו הפנימי הלאומי כעם בעל חברה לאומית, והוא לא יבקש את גדולתו כגוי בין גוים, כגוף לאומי המרשים בכוחו ובגבורתו".
הרש"ר הירש לא ראה צורך להדגיש כל כך את הלאומיות המובדלת של עם ישראל, אלא דווקא את המקום בו מתחברים העמים כולם עם ישראל. בזה הוא ראה את התפקיד של עם ישראל להשפיע על כל האומות, ולא רק להקים לעצמו לאומיות ומדינה מתבדלת מנותקת מכל העמים. הלאומיות היהודית, לשיטתו, לא הייתה כהבדלה שיש בה מן הבדלנות מהגוים, אלא כדי להוות דרך לאנושות כולה, וממילא גם החיים בהבדלה ובדידות מהעמים נועדו בסופו של דבר לחזור להשפיע על כל הגוים ללכת בעקבותם. "בישראל ייפתח רחם האנושות, בישראל ייפתח המצעד, אליו חייבים להצטרף כל העמים כבניי". ואכן בשביל ייעוד זה של ישראל, "ניתנה לו הווייה לאומית".
יש להבין את ההמתנה שלו לקראת הגאולה, ואת ראיית פעילות תנועת חיבת ציון כ"עברה לא מעט", כהבנה שהגאולה לא תבוא כל עוד עם ישראל לא ימלא את תפקידו הלאומי של קיום התורה. ואדרבה! כל תחייה לאומית אמורה לגרור אחריה דווקא קיום רצון ה' במסגרת הלאומית, ולכן גם קיום רצונו אמור להוות תנאי לתחייה לאומית זו. "קמתם לתחייה לאומית מן המוות הלאומי, בניגוד לכל הסדר הטבעי של הדברים. ועתה שומה עליכם להתהלך כעם תחת הנהגתו הישירה של ה', המעידה על ה' לבדו, וכך תהיו לעם נחלה לה' – הנחלה הראשונה שחזרה אליו מן ההתנכרות והאלהת הטבע. נועדתם להיות כוכב שביט הדורך בשמי העמים, על מנת להחזיר את העמים אט אט". ולגבי היחס לארץ ישראל מהצד הלאומי, הוא כותב: "כל זרת וזרת בארץ ישראל קדושה הייתה לה׳ ולתורתו. בחוגים אחרים משמשים הארץ והעצמאות הלאומית מטרה, והחוקים — אמצעים למטרה זו. בישראל — התורה היא המטרה, ורק כאמצעי למטרה זו קבל ישראל את שתיהן: ארץ ועצמאות".