שלוש שנים לאחר סוף מלחמת השנה האחת, שרידים מכוחות ציון המונהגים בידי אייגיל דלאז ואנאוול גאטו גונבים אבטיפוס של חליפת גנדאם ניידת מדגם RX-78 GP02A החמוש בראש נפץ גרעיני מבסיס פדרציית הארץ באוסטרליה. טייס הניסיונות מטעם כוחות פדרציית הארץ קו אוראקי מחרים אבטיפוס נוסף של גנדאם מדגם RX-78 GP01 בניסיון למנוע את הגנבה. בנוסף, ספינת הקרב אלביון מצווית לרדוף אחר גאטו ולהשיב את הגנדאם הגנוב. יחד עם הטייס אוראקי והמהנדסת נינה פרפלטון מאנהיים אלקטרוניקה, הספינה עוקבת אחר גאטו לאפריקה ומשם לחלל, ונתקלת בהתנגדות של כוחות ציון ששרדו. מטרתו האמיתית של דלאז ושל מבצע אבק הכוכבים שלו היא לערער את ביטחונה של פדרציית הארץ על ידי הפלתה של מושבת חלל על אמריקה הצפונית ובכך לפגום באספקת המזון של הארץ. הסדרה מסתיימת עם יצירתם של הטיטאנים, יחידת ציד-ציונים של כוחות הפדרציה, הכוחות העיקריים הפועלים בסדרת גנדאם זטה.
גנדאם Z.
גנדאם זטה היא סדרת המשך לסדרת גנדאם המקורית, בעלת 50 פרקים, ששודרה בין השנים 1985 – 1986, בכתיבתו ובימויו של יושיוקי טומינו. בשנים 2005–2006, הסדרה עובדה ונערכה מחדש לשלושה סרטי אנימציה באורך מלא. מתרחשת בתקופת המאה האוניברסלית 0087, שמונה שנים לאחר מלחמת השנה האחת וכארבע שנים לאחר מבצע אבק כוכבים. הסדרה מתמקדת בקבוצה מחתרתית בשם קבוצת איחוד אנטי-ארצי (AEUG) כשהיא מנסה להביס את הטיטאנים - יחידה עילית של הפדרציה שתפקידה לצוד אחר שרידי הכוחות של נסיכות ציון, אולם היא רוצחת בדם קר ובאכזריות כל אחד המבקש זכויות שוות לאזרחי המושבות. שלא כמו הסדרה המקורית, העלילה מציגה החל מהפרק הראשון עימות עיקרי בין פלגים אידאולוגים ופוליטיים, וכן שיתוף פעולה ראשון בין דמויות שהיו עד כה יריבות אחת לשנייה.
סיפור הסדרה מתואר מנקודת מבטו של קאמיל בידאן, אזרח צעיר וטייס גנדאם חובב שהוריו עובדים עבור פדרציית הארץ והטיטאנים. בזמן שערך ביקור אצל הוריו במושבת החלל, נערכת מתקפה של קבוצת האיחוד על המושבה במטרה לגנוב שלושה גנדאמים מדגם Gundam Mk-II שנמצאים בשלבי פיתוח מאלצת את קאמיל לגנוב את הגנדאם של מסה ולסכל את המתקפה. הוא עוקב אחרי כוחות המתקפה לספינת המלחמה ארגמה. הטיטאנים לוקחים את הוריו של קאמיל כבני ערובה כדי לאלץ אותו להחזיר את הגנדאם הגנוב, ואמו של קאמיל נהרגת בטעות. מעשה זה הוא אחד מהגורמים לכך שקאמיל מצטרף לקבוצת האיחוד האנטי-ארצי.
כשהמלחמה מחריפה, קאמיל נתקל באנשים מכל צדדי הסכסוך, ביניהם טיטאנים שטופי מוח, בני אנוש מלאכותיים מהזן החדש ומנהיגים של אנהיים אלקטרוניקה, שמממנת בחשאי את AEUG. קבוצת האיחוד האנטי-ארצי פותחת במתקפה כוללת על פדרציית הארץ בדקר, מה שמביא למלחמת אזרחים. קוואטרו בג'ירנה - האחראי למתקפה על מושבת החלל - חושף את זהותו האמיתית כצ'אר אזנבל ומראה הוכחות למעשי הרודנות של הטיטאנים, ביניהם שימוש בגז עצבים על מושבה חסרת הגנה. בית המשפט של פדרציית הארץ פוסק שמעשיהם של הטיטאנים הם בלתי חוקיים ומגבה את קבוצת האיחוד האנטי-ארצית ברדיפתם אחר מנהיגם.
אחרי שאיבד את תמיכתה של פדרציית הארץ, כוח הטיטאנים פונה אל אויבו המקורי - שרידים של נסיכות ציון שנודעים בשם נאו-ציון, ומבקש לכרות ברית כדי להשיג שליטה חזרה בכדור הארץ. מנהיגה של נאו-ציון יוצר קשר עם קבוצת האיחוד ומשתמש במלחמת האזרחים של פדרציית הארץ כדי לבקש את תמיכתה הפוליטית של מושבת החלל הציונית לשעבר צד-3. מעורבותה של נאו-ציון וההתנקשות במנהיג הטיטאנים בידי קומנדר סירוקו מובילים למאבק על שליטה בבסיס מושבת החלל של הטיטאנים. המלחמה מסתיימת כאשר קאמיל - המטיס את הגנדאם מדגם MSZ-006 Zeta - הורג את סירוקו בקרב ביניהם וקבוצת האיחוד משמידה את ספינת הדגל שלו ואת צי הטיטאנים. אולם, קאמיל נותר שבור מבחינה פסיכולוגית ולמרות שלא נגרם לו ולגנדאם שלו נזק משמעותי, הוא הופך לבלתי יציב מנטלית עם סימנים לאובדן זיכרון ו/או שפיות.
הסדרה מסתיימת כאשר גם קבוצת האיחוד האנטי-ארצי וגם פדרציית הארץ - שספגו אבדות רבות במהלכה של המלחמה - נאלצים להתמודד מול מלוא כוחה של נאו-ציון, מה שמוביל ישירות לסדרת גנדאם ZZ.
גנדאם ZZ.
סדרת המשך ישירה לגנדאם זטה, ששודרה למשך 47 פרקים בין השנים 1986 – 1987 בבימויו של יושיוקי טומינו. הסדרה מציגה צוות שחקנים חדש ברובו וממשיכה את עלילתה של קודמתה עם יורש העצר למינבה לאו זאבי - האחרונה ממשפחת המלוכה זאבי, עלילותיו של קפטן ברייט נואה וספינת המלחמה ארגמה, וכן דמויות חדשות בראשותו של ג'ודאו אשטה.
לחלקה הראשון של סדרה זו פן קומי יותר מאשר קודמתה, האפלה יותר, כאשר חלקה השני חוזר למקורות האפלים שעשו את גנדאם זטה למצליחה יותר. לצורך המאבק בנסיכות ציון הנקראת עתה נאו-ציון, קפטן ברייט נואה מגייס קבוצת אספני גרוטאות בראשות הצעיר מהזן החדש ג'ודאו אשטה כדי להטיס את החליפות הניידות של הארגמה. הקבוצה נקראת קבוצת גנדאם, וזו הפעם הראשונה שבה יחידת חליפות ניידות נלחמת זו לצד זו.
גנדאם: התקפת הנגד של צ'אר.
סרט אנימה באורך מלא ששודר ב-1988 בבימויו של יושיוקי טומינו, שגם כתב את המאנגה עליה מבוסס הסרט. הסרט מהווה נקודת שיא לאירועי הסדרות הקודמות, ומתרחש בתקופת המאה האוניברסלית 0093 - בכך מסיים 14 שנות עימות בין צ'אר אזנבל לאמורו ריי. בנוסף להיותו הסרט הראשון בתולדות סאגת גנדאם, סרט זה השתמש לראשונה בגרפיקת תלת ממד במהלך צילום חמש שניות של מושבת חלל מסתובבת.
צ'אר אזנבל חוזר לאחר שהגיח ממקום מחבואו בחמש שנים האחרונות, והוא מוביל את כוחות נאו-ציון למאבק על שליטה בפדרציית הארץ. הוא עדיין נחוש בדעתו ליישב את האנושות במושבות החלל, וגורם להפלתו של אסטרואיד על מפקדת הפדרציה בטיבט. הוא מתכוון להפיל גם את האסטרואיד אקסיס על כדור הארץ במסווה של כניעת כוחותיהם של נאו-ציון. אולם, הפדרציה הקימה יחידת כוחות מיוחדים משלה כנגד המושבות בשם לונדו-בל. כחלק מחברי לונדו-בל נמנים וותיקי מלחמת השנה האחת ברייט נואה ואמורו ריי, אותו צ'אר רוצה להרוג כנקמה על מותה של טייסת הזן החדש ליילה סון. כוחות לונדו-בל מנסים לעצור את צ'אר לפני שהאסטרואיד יכנס לאטמוספירת כדור הארץ וקרב פורץ בין הכוחות. צוות חבלה של לונדו-בל מפוצץ את אקסיס מבפנים, אך מחציתו עדיין עושה את דרכו לכדור הארץ. במהלכו של הקרב, אמורו ריי תופס את צ'אר ומנסה למנוע את כניסתו של האסטרואיד לכדור הארץ, וחליפות ניידות של הפדרציה ושל נאו-ציון נחלצות לעזרתו. כשהקבוצה מנסה לעשות את הבלתי אפשרי, הגנדאם מדגם RX-93 Nu של אמורו יוצר תהודה וגורם לגל אנרגיה מסביב לאסטרואיד שדוחף אותו אל מחוץ למסלול כדור הארץ. גם אמורו וגם צ'אר נחשבים למתים בידי כוחותיהם.
גנדאם: חד-קרן.
מיני-סדרה בת שבעה פרקים, שהחלה בשידור במרץ 2010 והסתיימה במאי 2014, והיא מתבססת על סדרת נובלות בת 10 ספרים שהתפרסמו בשנים 2006–2009. העלילה מתרחשת בתקופת המאה האוניברסלית 0096, שלוש שנים לאחר מאורעות "התקפת הנגד של צ'אר". למיני-סדרה יצא עיבוד מחודש הכולל סצנות נוספות תחת השם "Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096" באפריל 2016, שנמשך עד ספטמבר 2016 למשך 22 פרקים. כמו כן, החל מיוני 2017 שודרו שישה סרטוני מקבץ בני שלוש דקות כ"א תחת השם "Mobile Suit Gundam: Twilight Axis" ואשר מתרחשים באותה תקופת זמן.
סיפור המיני-סדרה מתמקד בבאנג'ר לינקס, נער בן 16 אשר פוגש בנערה אודרי בורן בזמן טיול של כיתתו למוזיאון הגנדאם במושבת החלל אינדסטריאל שבע. אודרי, ששמה האמיתי הוא מינבה לאו זאבי, החברה השורדת האחרונה ממשפחת זאבי, באה למושבה במטרה להשיג את תיבת לאפלייס, חפץ מסתורי אשר מסופר כי מי שבבעלותו יוכל להפיל את פדרציית הארץ, כדי למנוע ממנה ליפול לכוחות נאו-ציון המחודשים. באנג'ר ואודרי יוצאים למסע להשיג את תיבת לפלס המסתורית לפני שהיא תיפול לידיו של פול פרונטל, המנהיג החדש של כוחות נאו-ציון, שמחשיב את עצמו כממשיך דרכו של צ'אר אזנבל. במסעו בנאג'ר מטיס את החליפה הניידת מדגם RX-0 Unicorn, וכן נתקל בשלל דמויות חדשות, שחלקן כבר הופיעו בסדרות קודמות בסדרה.
סרטוני המקבץ "גנדאם: שחר האקסיס" מגוללים את סיפורם של שני שורדים מנסיכות ציון שנשלחו מטעם פדרציית הארץ לחקור את חורבות בסיס האסטרואידים אקסיס. הם נתקלים בטייס מסתורי מהזן החדש של גנדאם מדגם RX-78AN-01 Gundam AN-01, שמתקיף אותם.
גנדאם F91.
סרט אשר מתרחש בתקופת המאה האוניברסלית 0123, שלושים שנה לאחר מאורעות הסרט "התקפת הנגד של צ'אר". זהו ניסיונו של יושיוקי טומינו להתחיל בסאגה חדשה בעולם גנדאם.
סכסוך חדש פורץ לאחר כמעט דור שלם של שלום בין כוחות הפדרציה ונאו-ציון. כדי להתגבר על בעיית פיצוץ אוכלוסין, פדרציית הארץ הקימה מושבות חלל חדשות. אולם כוחות המיליציה של קרוסבון ונגארד מחליטים להשיג שליטה על ערים אלה כדי לבסס את האימפריה ההולכת וגדלה שלהם, קוסמו בבילוניה. העלילה מתמקדת בתושב מושבת חלל בשם סיבוק ארנו, שנאלץ להטיס את F91 Gundam במאבק להישרדות.
גנדאם V.