אלמגור כתב גם מחזות מקוריים רבים. ב-1968 כתב ועיבד את המחזמר "איש חסיד היה" שהיה מורכב משירים, נגינות וסיפורים חסידיים. ב-1969 כתב את המחזמר "ירושלים שלי", שהייתה ההצגה הראשונה שנכתבה על ירושלים ואנשיה לאחר סיפוח מזרח העיר בעקבות מלחמת ששת הימים. ב-1967 כתב מחזמר, על רקע תנ"כי, שהועלה בברודוויי, בכיכובו של דיק שון, אך ההצגה כשלה והורדה במהרה מהבמה. בתחילת שנות ה-70 חיבר אלמגור שני מחזות זמר גדולים. ב-1971 חיבר את "עיר הגברים" שהושפע מסיפוריו של דיימון רניון. ב-1972 חיבר את "אל תקרא לי שחור", כאשר את כל השירים הלחין בני נגרי. המופע, שכלל אנסמבל של שבעה שחקנים וזמרים בבימויו של דני ליטאי, הושפע מעליית התנועה האמריקאית לזכויות האזרח ונסוב סביב אפליית השחורים בארצות הברית וסיפורי התנ"ך. כל השירים היו בסגנון מוזיקת נשמה, סגנון שלא היה מוכר אז בישראל. המחזמר זכה להצלחה מסחרית ולהערכת המבקרים וזכה בפרס כינור דוד. ב-1982 עלתה ההצגה "ילדי הכרך" פרי עטו, העוסקת בחיי העדה התימנית בישראל. ההצגה בכיכובו של נסים גרמה, ובימויו של צדי צרפתי, הוצגה ברחבי הארץ 250 פעמים. כמו כן, כתב שתי אופרות: ב-1958 את האופרה "מחבוא הרוח" בהלחנת פרנק פלג לקול ישראל, והאופרה לילדים "מקס ומוריץ" בהלחנת גיל שוחט שהוצגה באופרה הישראלית בהפקת המדיטק חולון. בנוסף, כתב אלמגור את הפזמונים למחזה "שערורייה בגמנסיה" (בשמו הנוסף "התלמידה הנשואה"), מאת בקפי וסטלה, בתרגום ד"ר אמיל פוירשטיין, אשר הולחנו על ידי מרק לברי (תיאטרון דו רה מי, 1958).
פזמונאות.
אלמגור החל לכתוב בגיל צעיר מאוד, ואת פזמונו הראשון כתב בגיל 15, ומאז כתב מאות פזמונים ללהקות צבאיות, לזמרים, למחזות זמר, הצגות תיאטרון ועוד. רבים מפזמוניו מוכרים ביותר. פזמוניו מצטיינים בשנינות והומור וכן חריזה מעולה. בתוכן הפזמונים בא לידי ביטוי גם עולמו האינטלקטואלי הרחב של אלמגור ופזמוניו עוסקים בכל תחום החל מאפיזודות היתוליות וכלה באירועים בעלי רקע היסטורי. גדולי המלחינים בזמר העברי הלחינו מנגינות למילותיו ובהם משה וילנסקי, אלכסנדר ארגוב, דובי זלצר, יאיר רוזנבלום, מאיר נוי ומתי כספי.
אלמגור כתב פזמונים ללהקת "בצל ירוק" כשאחד מלהיטיה הגדולים היה "ונצואלה" ללחן של וילנסקי. בגרסתו המקורית של השיר הייתה שגיאה גאוגרפית ("נשוט על פני האורינוקו המשתפך לאמזונס") שאותה תיקן אלמגור לאחר ששמע על טעותו. באותה תקופה גם כתב ל"להקת איילון" את השירים "רומיה ויואל" ו"שיר הפלאפל" שהולחנו בסגנון מזרחי. כתב פזמונים גם לתוכניות הראשונות של "רביעיית מועדון התיאטרון" ובהם "ברית צרפת-ישראל", "גוי של שבת", "למה שוברט לא גמר את הסימפוניה" ועוד.
עבור הזמר והמלחין שמעון ישראלי כתב את "האורקסטרה של ראשון" ואת "תורת היחסים", ולבני ברמן כתב את הפזמון השנון "חיי אדם", בעקבות האגדה של האחים גרים. הפזמון מתאר כיצד תרם כל בעל חיים משנות חייו לאדם, דבר שבא לידי ביטוי בהתנהגותו של האחרון ("אוכל כמו חזיר ומזיע כמו סוס...").
בשנת 1966 הגיע אלמגור לישראל, מלימודי הדוקטורט בקליפורניה, כדי לכתוב פזמונים עבור המחזמר קזבלן. אולם מפיק המחזמר, גיורא גודיק, לא היה מרוצה, וביקש מעמוס אטינגר וחיים חפר לכתוב את הפזמונים במקום אלמגור. לאחר שקזבלן עלה לבמה, תבע אלמגור את גודיק, והשופט יוסף מיכאל לם קבע ששני הפזמונים, "כל הכבוד" ו"תרד ממני קזבלן" הם פרי עמלו של אלמגור. בעקבות זאת צורף שמו של אלמגור כאחד מכותבי הפזמון קזבלן.
יהורם גאון ביצע במחזמר "קזבלן" את השיר "כל הכבוד" שהפך ללהיט גדול ובפסטיבל הזמר והפזמון 1969, ביצע את שירו של אלמגור "בלדה לחובש", ללחן של אפי נצר ולעיבוד של שמעון כהן, שביטא את רוח הגבורה של חיילי צה"ל לאחר מלחמת ששת הימים, ושזכה במקום הראשון בתחרות. מבין הלהיטים שכתב ללהקות הצבאיות ניתן למצוא את "בוא לים", "שיהיה הים שקט" ו"שומר החומות". לצד שירים אלה, כתב אלמגור גם את השיר הקומי "חיימקה שלי" (אותו ביצעה רחל אטאס), בו מתוארת אמא גאה לחייל שלומיאל שאינו מסתגל לפקודות הצבא.
ב-1977, כתב את המילים לשירי הסרט המוזיקלי "הרשלה" בבימויו של יואל זילברג.
אלמגור תרגם גם מספר שאנסונים צרפתיים, בהם: "מי אוהב מילים גסות" של ז'ורז' ברסנס, אותו ביצע יוסי בנאי, ו"הבורגנים" של ז'אק ברל,] בביצוע צמד הדודאים. בנוסף, כתב מילים עבריות (שאינן קשורות למקור) לשיר של ברסנס לו קרא "ויויו גם", אותו ביצעה להקת הנח"ל ומאוחר יותר גם חוה אלברשטיין.
מתוך מחזות הזמר שאלמגור כתב ועיבד בלטו השירים "יום יבוא" ו"קליפסו בשחור לבן" (מתוך המחזמר "אל תקרא לי שחור"); "פנקס הקטן", שהלחין מתי כספי ושר ששי קשת בהשתתפותה של אבירמה גולן (מתוך המחזמר "עיר הגברים"); "אברהמלה מלמד", שבין היתר שרף את ביתו בל"ג בעומר ושכח שהביטוח נגמר בפורים (מתוך המחזה "איש חסיד היה") והשיר "ירושלים שלי" המתאר אופנים שונים של ירושלים מפי מספר דמויות מהעיר כמו רוכל, סנדלר וחייל (מהמחזמר "ירושלים שלי"). מבין השירים שאלמגור תרגם ממחזות הזמר הלועזיים ניתן למנות את "לו הייתי רוטשילד" (מ"כנר על הגג"), "ברד ירד בדרום ספרד" ו"אל הגרדום אצעד הבוקר" (מ"גבירתי הנאוה").
ב-2006, יצא אוסף כפול משיריו של אלמגור בשם "חוץ מזה הכול בסדר", הכולל 43 מפזמוניו המולחנים. שם האוסף בא משיר שאת מילותיו כתב על פי לחן של פול מזרקי משנות ה-30.
אחד מפזמוניו של אלמגור, "כשאת אומרת לא", שנכתב ב-1962 ללהקת התרנגולים וזכה לפופולריות רבה, נדון בפסק דינו של השופט מישאל חשין שעסק בפרשת האונס בשמרת. לדברי אלמגור, השיר נכתב במקור כשיר המדבר על תקופת הילדות, המתאר חיזור תמים של נער אחר נערה. בפסק דינו, שעסק בפרשת אונס, שלל חשין מכל וכל את המסר שבפזמון "כי את אומרת 'לא' כל כך בחן, שהוא נשמע לי עוד יותר מזמין מ'כן'". כהתייחסות לדבריו של השופט חשין שינה אלמגור את הבית השלישי של השיר, במטרה להתאימו לפסיקת השופט ולרוח התקופה, וכתב: "כשהיא אומרת 'לא!' - לזה היא מתכוונת!".
ספר פזמונים.
בשנת 2012 יצא לאור הספר "הצ'ופצ'יק של הקומקום", ובו 300 מפזמוניו של אלמגור.
הגשת תוכניות רדיו וטלוויזיה.
ב־1956 כתב מדי שבוע את הפזמון האקטואלי ששודר בתוכנית "תיבת נח" בקול ישראל ללחן של מאיר נוי. ב-1957 כתב עם משה וילנסקי את המנון גלי צה"ל ("ערב טוב לכולכם, חיילים"), אשר שודר בכל ערב בפתיחת תוכניות התחנה. בין 1957 ל-1959 השתתף כפזמונאי בתוכנית הרדיו של קול ישראל "שלושה בסירה אחת", וכן בתוכניות "על קצה המזלג", "ינשופים וחיוכים" ו"בכל המסיבות". בתחילת שנות ה-70 ערך והנחה בגלי צה"ל את הסדרה החודשית "פזמונאי האתמול", שעסקה בין היתר בשירי נתן אלתרמן, מרדכי זעירא, עמנואל הרוסי ויעקב אורלנד. ב-1972 כתב לגלי צה"ל את מחזה הרדיו הראשון שנכתב במיוחד לתחנה, "כה אמר עמנואל", על פי "מחברות עמנואל הרומי", בהשתתפות יהורם גאון וזאב רווח.
אלמגור ניחן גם בכישרון הגשה ייחודי והיה מגיש בטלוויזיה הישראלית כבר בראשית ימיה. בתחילת שנות ה-70 ערך והגיש עשר תוכניות בידור מוזיקליות בסדרה "הצועני השורק" בבימויו של ישראל גוריון, אשר כללו בעיקר תרגומים משירי עם שונים בביצוע טובי הזמר הישראלי של התקופה, כמו הדודאים, שלמה ארצי, שמוליק קראוס, ניצה שאול וציפי שביט. כל תוכנית עסקה בשירים על נושא אחר, כמו: טוב לחיות, טוב לאהוב, טוב לשתות, טוב לשוט, טוב לשמור על קשר והיום יום האם. ב-1974, לאחר מלחמת יום כיפור, הגיש כעשרים תוכניות בנות שעה בסדרה "שרתי לך ארצי", אשר עסקה במאה שנות זמר עברי. חמש התוכניות הראשונות נערכו והוגשו בשיתוף עם אליהו הכהן והשאר נערכו והוגשו על יד אלמגור. התוכנית אירחה אמנים מבצעים כמו שושנה דמארי, שמעון ישראלי, יהורם גאון, חוה אלברשטיין, ורבים נוספים. כמו כן, התראיינו בכל פרק אישים ששיקפו את התקופה, לרבות גולדה מאיר, רחל ינאית בן-צבי, ברוך אגדתי, דניאל סמבורסקי ועמנואל הרוסי.
סאטירה ומעורבות פוליטית.
במשך שנים רבות נחשב אלמגור ל"איש של קונצנזוס", אשר חיבר פזמונים רבים ללהקות צבאיות, ערך והגיש סדרות טלוויזיה וכן מופעים רשמיים של מוסדות כמו צה"ל, קרן היסוד, ומופעי יובל של המדינה, יישובים ותנועות ציוניות. עם זאת, מאז תחילת כתיבתו כנער, כתב במקביל גם שירים סטיריים, שירים פוליטיים ושירי מחאה, בעיקר בהשפעת הטור השביעי של אלתרמן, אשר היה נערץ עליו מנעוריו. הפזמון הראשון בתולדות המדינה, אשר נפסל על ידי הצנזורה למחזות לביצוע בתיאטרון, היה השיר "הכומתה" (1958), בו מחה אלמגור על הטבח כפר קאסם, אשר נכתב לתיאטרון סמבטיון והולחן בידי יוחנן זראי. בשנות ה-50, בעודו סטודנט, השתתף באופן קבוע בתוכנית הרדיו "שלושה בסירה אחת" כפזמונאי התוכנית, במסגרתה שלושה מהשירים שכתב לתוכנית נפסלו לשידור בגלל אופיים הפוליטי. כמו כן, פרסם טורים פוליטיים בעיתונים "העולם הזה", "אתגר" ו"פי האתון".
שירים פוליטיים וסאטיריים רבים נכללו בתוכניות שכתב למועדון התיאטרון, ביניהם "מעיל ומעילה" (1960) ו"טעות קטנה אחת" (1961). בנוסף, כתב שירי ביקורת לשלישיית יוסי-חיזקי-יונה, ביניהם "האזרח הקטן" (1961), ומאוחר יותר לזמר שמעון ישראלי, ביניהם "סע וטייל ברחבי ישראל" ו"איך להדק את החגורה" שנכתבו ב-1989.
בשירו "ירושלים שלי" (1969) הקפיד להציג - בין נקודות הראות השונות של ירושלים - גם את זווית הראייה הפלסטינית: