חלק מן המוסדות החדשים קיבלו סיוע מחברת "כל ישראל חברים" וחברת "עזרה". החינוך העברי והחינוך לערכים לאומיים התפתח גם בהשפעת אחד העם וחובבי ציון. בסיומה של "מלחמת השפות" – הוויכוח על שפת ההוראה בעקבות ההחלטה להורות בגרמנית בטכניון התברר ניצחונה של העברית כשפת היומיום כמו השפה המדוברת באקדמיה. כתוצאה התפתחה רשת חינוך עברי בחסות ועד ציבורי עם ערכים לאומיים-ציוניים. במאבק של השפה העברית, הוקמה "הסתדרות עבריה" שמייסדיה דגלו בעקרון ה"טבעיות" של העברית בארץ ישראל וחיובה "תחיית השפה".
צורות התיישבות.
התיישבות עירונית.
מצפון ליפו בסמוך לשכונת שבזי ולשכונת נווה צדק, הוקמה שכונה יהודית מרווחת בשם "אחוזת בית". חבריה התארגנו ב-1906, ובתיה הראשונים החלו להבנות ב-1909; לימים הוחלף שמה לתל אביב. ייסדו אותה כ-66 ראשי בתי אב, אנשים שיצאו מיפו הצפופה לתנאי מחיה נוחים יותר ולמעין אוטונומיה תרבותית עברית וציונית בגבולות השכונה. במרכז השכונה ניצב הבניין המפואר של "גימנסיה הרצליה" שהועברה אליה, והשכונה הפכה למרכז החינוך העברי החדש. קרבתה לעיר יפו ואיכות החיים בה הביאו להרחבתה, וערב מלחמת העולם הראשונה היו בה 2,000 תושבים.
בירושלים הורחבו השירותים לאוכלוסייה היהודית והוקמו שכונות יהודיות חדשות. יהודים השתלבו בכלכלה והצורך בכספי החלוקה התמעט. חיפה התפתחה אף היא בעלייה השנייה, כשעולים בעלי הון השקיעו בפיתוח תשתיתה הכלכלית. העיר הגיעה ל-2,000 תושבים יהודים, והונחה בה אבן הפינה לטכניון.
מספר תושבי ירושלים גדל בתקופת העלייה השנייה בעיקר ביהודי המזרח והמגרב, ועלה מ-28,000 תושבים ל-34,000 תושבים (נתוני הלמ"ס). כרבע מהגידול היה בהתעוררות עליית המגרב ובדחף של אנשי כי"ח, נטר וכרמיה, שהקימו מוסדות יהודיים. יתר הגידול היה בעיקרו מיוצאי עיראק וכן פרסים, תימנים, גורג'ים, בוכרים, חלבים ועוד.
התיישבות כפרית.
הפועלים אנשי העלייה השנייה עבדו והתיישבו ברחבי הארץ, בערים ובמושבות וגם ייסדו מספר יישובים חקלאיים. פער חברתי ותרבותי נוצר בינם לבין איכרי המושבות. האיכרים הוותיקים העדיפו להעסיק פועלים ערבים בשכר נמוך ודחו את הצעירים החדשים שלא הורגלו לעבודת כפיים. כמו כן, רוב האיכרים נרתעו מן האידאולוגיה הסוציאליסטית והציונית המעשית, ומרעיונות כיבוש העבודה או עבודה עברית.
צורת ההתיישבות החקלאית החדשה של הפועלים הייתה ה"קבוצה", שעד ייסודה עברה מספר שלבים:
חוות לאומיות.
החוות הלאומיות הוקמו על אדמות קק"ל. לאחר תקופת זמן הן הפכו ליישובי משקים חקלאיים והפועלים הוכשרו לעבודה חקלאית בהדרכת אגרונומים.
כך הוקמו היישובים – כנרת, בן שמן, חולדה. היוזמה הייתה של ארתור רופין, ראש המשרד הארצישראלי (סניף ההסתדרות הציונית בא"י). בחוות פרצו סכסוכים בין המנהלים לפועלים עקב סירוב הפועלים לקבל את מרות המנהלים, מתוך רצון לקחת אחריות משותפת על ניהול החוות, ויצירת ארגון התיישבות לכאורה שוויוני ולא היררכי, לעומת התעקשות המנהלים על ציות, תוך שמירה על מבנה לא שתפני.
חוות כנרת, שהוקמה בשנת 1908. בה החלו הניסיונות להקמת צורת ההתיישבות של הקבוצה והמושב, וכן מספר מוסדות חשובים של פועלי הארץ, כמו "חוות העלמות", "סולל בונה" ו"המשביר".
ארגוני הפועלים.
עולם הרעיונות.
חלק מהעולים היו בעלי אידאולוגיה פועלית לאומית-סוציאליסטית, אשר גוונים רבים לה. עולם הרעיונות הפועלי החדש כלל את הערכים: "עזרה הדדית, כיבוש העבודה, כיבוש השמירה וכיבוש הקרקע".
ב"כיבוש העבודה"; דגלו חברי שתי מפלגות הפועלים הגדולות. כיבוש העבודה, הוא כיבוש האדם על ידי עצמו לפרנסה מיגיע כפיו, וכן התמחות ועבודה בענפי התעסוקה השונים במשק הארצישראלי, כחלק מחזון יישוב ובניית הארץ. ניתן לחלק את המשנה האידיאולגיות הזו לשלושה פנים. עבור היחיד פירוש הדבר גאולה מן הגלות (גלות = הרגשה של אי שייכות). ניתן להשיג שלמות נפשית רק על ידי עבודת אדמה ולא חיים עירוניים. עבודה שיש בה יצירה, היא המעש שמתגאים בו המביא אושר לעמלים. א"ד גורדון טען במשנתו להבדל מהותי בין קהילות אורגניות (כגון עם, משפחה) לבין חברות מכניות (כגון עיר, מדינה).
עבור כלל היהודים, "כיבוש העבודה" פירושו שלמות נפשית אשר נובעת משייכות (טבעית) לעם ובכך יציאה נגד המתבוללים והוויית הגולה. בשינוי הערכים הלאומיים יש שני מרכיבים – האינדיבידואל העובד הוא חלק מן הקולקטיב (העובד) ומשיג שלמות נפשית – "עם אדם" (כנגד הטענה האנטישמית). בניגוד ליהודים בגולה שאינם עובדי אדמה (וגם הקרקעות אינן שלהם) – תהליך פרודוקטיביזציה לאומי. גורדון טען כי הארץ נקנית ביזע ועבודה ולא בכסף ובדם. עם יוצר יצירות טבעיות בארץ הטבעית. ארץ ישראל נבחרה בשל העבר הרחוק של הארץ בעת העתיקה כאשר נוצר התנ"ך. עם זאת היה ברור שתיווצר תחרות בין הערבים ליהודים על אפשרויות התעסוקה ועל הזכויות המדיניות בארץ. לסיכום, כיבוש העבודה מתבטא בשטח ב"כיבוש" כל מתיישב לעבודה – ויתור על הנוחיות והמנטליות העירונית וכן הכנה פיזית וברמה הארצית בכיבוש המקצועות מידי הערבים.
מפלגות הפועלים.
שתי מפלגות פועלים הוקמו בראשית המאה ה-20 וחבריהן היו חדורי אידאולוגיה סוציאליסטית-לאומית.
מפלגת הפועל הצעיר נוסד ב-1905, כ"הסתדרות הפועלים הצעירים" ולא כמפלגה. בראשיתה מנתה כ-200 חברים. אחד ממנהיגיה ללא תפקיד רשמי היה אהרן דוד גורדון. היא החזיקה בתפיסה סוציאליסטית מעשית, לא דוגמטית ולא מרקסיסטית ואף תמכה בשימוש בקפיטליזם (הון עצמי) לשם הקמת מדינה. אי לכך טענה כי העלייה וולנטרית – נובעת מהקשר בין עם ישראל לארץ ישראל. המפלגה פעלה לחינוך ותרבות עבריים.
ראשיתה של מפלגת "פועלי ציון" בשנים 1898–1899 באגודות ציוניות סוציאליסטיות במזרח אירופה. "פועלי ציון" בארץ ישראל הוקמה ב-1906 כזרם ארצישראלי של המפלגה. המפלגה דגלה בסוציאליזם מרקסיסטי והחזיקה בתפיסה של מלחמת מעמדות. בהתאם לרעיונות מנהיג המפלגה בר בורכוב הכיל מצע המפלגה את התובנה כי העלייה לארץ של יהודים תהא "סטיכית", כלומר מתוך אילוץ, בגלל הנסיבות – המצב של הפועלים היהודים בגולה. פעלה לחינוך ותרבות ביידיש. חלק מההנהגה של המפלגה עזבה את הארץ כעבור מספר שנים, ואת מקומם תפסו אישים כגון דוד בן-גוריון ויצחק בן-צבי. אישים אלה מיתנו את האידאולוגיה המרקסיסטית של המפלגה וחיזקו את המרכיבים הלאומיים. בכך התקרבו לאידאולוגיה של מפלגת הפועל הצעיר.
למרות ההבדלים לא חסרו עקרונות משותפים לשתי המפלגות: שאיפה למימוש יעדי הציונות, להגדלת העלייה,
לעצמאות מדינית, הטבת מצבם של הפועלים ודגש על העבודה והקמת חברה עברית שוויונית בארץ ישראל. שתי המפלגות השתייכו לפלג "הציונות המעשית" והשתתפו בקונגרס הציוני.
התנגשות בין האיכרים לפועלים.
בין האיכרים שהתיישבו בארץ בימי העלייה הראשונה לבין הפועלים החדשים פרצו סכסוכים מפני שהאיכרים העדיפו לשמור על פועליהם הערבים מאשר להעסיק את העולים היהודים.
האיכרים העלו מספר טענות, רובן מתפיסה מעשית:
הפועלים, שהדביקו לאיכרים את הכינוי "בועזים", העלו לעומת זאת טענות שנבעו יותר מאידאולוגיה:
מעבר לטענות הנוגעות לתעסוקת העולים שררו הבדלים פוליטיים-חברתיים בין שתי הקבוצות. רוב הפועלים לא היו שומרי מצוות והחזיקו בהשקפה סוציאליסטית – הטיפו ל"מלחמת מעמדות" ושאפו להשפיע במושבות. נוסף על כך שרר פער גילים ומנטליות שונה. האיכרים ראו בעולים הסוציאליסטים איום על מעמדם והשפעה רעה על הנוער וסברו כי קליטת הפועלים תעכיר את האווירה במושבה. מכאן היחסים בין הקבוצות סבלו מחוסר אמון ועוינות.
הקמת כוח מגן עברי.
בתקופת העלייה השנייה החלו לצוץ בעיות ביטחוניות ביישוב היהודי עקב התגברות ההתקפות הערביות ועליית הלאומיות הערבית. בעטיין של הפרעות ברוסיה נגד יהודים (שכונו בשם "פרעות קישינב") התארגנו קבוצות יהודים להגנה עצמית. כיוון שפעילים בולטים בהגנה שם היו בין העולים בתקופה זו, ביקשו להעתיק פעילות זו במושבם החדש, בארץ ישראל. בעיניהם, אך טבעי הוא שהשמירה על היישובים העבריים
בארץ-ישראל תהיה בידיים יהודיות. מספר מטרות עמדו לנגד עיניהם:
מספר שלבים התרחשו בארגון השמירה היהודית בארץ ישראל:
חשיבותו של ארגון "השומר" הייתה במספר תחומים. הוא היווה בעצם הגרעין ליצירת הכוח הביטחוני של היישוב. הוא עורר הרתעה והערכה אצל הצד הערבי. הוא הגביר את המודעות לערכים בתחום הצבאי – "טוהר הנשק". חינוכית ואידאולוגית הוא מימש את האידיאלים של שותפות ושוויון, והשפעתו על הנוער בגולה הייתה רבה מאוד, כך למשל, נקראה תנועת הנוער "השומר הצעיר" על שמו. מבחינה כלכלית השומר תרם להתיישבות החקלאית. עם זאת נטען כלפי ארגון "השומר" – שהוא מתנהל כמסדר סגור, ובנוסף, נמתחה ביקורת על התנהלות אלימה ושלא לצורך של חברי "השומר" בכמה מקרים.
ארגון "השומר" היה תקדים להקמת ארגון "ההגנה".
יחסים עם היישוב הישן והמסורתי-דתי.
היישוב האשכנזי החרדי.
רובו של הציבור האדוק (ובעיקר אנשי היישוב הישן האשכנזי) התייחס בשלילה מוחלטת כלפי החלוצים אנשי העלייה השנייה, שנתפסו בעיניו כמאיימים על אורח החיים המסורתי. דבר זה גרם אף להתרחקותו של המחנה החרדי מהתנועה הציונית.