מחקר מהשנים האחרונות, מגלה כי גם חיידקים מקיימים ביניהם תקשורת. אחת התופעות היפות ביותר שנמצאו בהקשר זה היא התופעה של "הארה ביולוגית". המחקר שהתבצע על סוג מסוים של דיונון בהוואי בשם דיונון מעוגל הוואיי (), הוכיח כי שיטת ההארה שבה הוא משתמש מבוססת על חיידקים שפולטים אור רק כאשר הם נמצאים בסביבה שבה יש צפיפות גבוהה של חיידקים דומים להם בסביבתם הקרובה. הדיונון המדובר משתמש בתופעה זו כדי להאיר את קרקעית הים וכך הוא יכול לנוע, בלילה, במים רדודים, מבלי להטיל צל כלשהו. המחקר המדובר כלל זיהוי המנגנון שבאמצעותו החיידקים "יודעים" כמה חיידקים יש בסביבתם הקרובה ואת המנגנון המדויק שמהווה "הדק" לתחילת ההארה שלהם. מחקר זה הוא דוגמה לחיפוש אחרי שיטת תקשורת כדי להסביר התנהגות "מאקרו־סקופית" של קבוצה, התנהגות שלא ניתן להסביר על ידי חקירת ההתנהגות של פרט בודד אחד. במחקר זה הוכח כי שיטת התקשורת שבה נעשה שימוש היא "חישת צפיפות" (Quorum Sensing).
גם בגופם של בעלי חיים מרובי תאים, עיליים כמו האדם, מתקיימת תקשורת בין התאים השונים באמצעות "מיקרו־חלקיקים" המכילים פיסות DNA שנישאות בדם ובעצם ומעבירות מידע גנטי בין התאים השונים. תחום זה נמצא בחיתוליו, אבל כבר היום, מעריכים שניתוח שיטתי של דגימות דם פשוטות עשוי לאפשר זיהוי של התמודדות עם סוגים שונים של "סרטן", בשלב מוקדם של המחלה ובאמצעות בדיקת דם רגילה שאינה מחייבת בדיקה פולשנית. קיימים גם מחקרים, בשלבים ראשוניים, שתכליתם להוכיח כי אפשר לזהות פגמים מולדים בעוברים על ידי בדיקת דם רגילה של האם, תוך עקיפת הצורך בבדיקות מי שפיר.
בעלי חיים רבים מפגינים יכולת תנועה ב"להקות" או "נחילי ענק" שאי אפשר להסבירם במורכבות גדולה של המוח. מסתבר שאם מניחים שהנחיל כולו הוא מערכת מורכבת מסתגלת, כמה כללים פשוטים יחסית לגבי התנועה מאפשרים להסביר באופן מלא את התנהגות הקבוצה הגדולה. דוגמה לכללים כאלה יכולה להיות : "תטוס בווקטור מהירות דומה לזה של שכניך הקרובים", "אם יש סטייה, תתקן את ווקטור המהירות שלך באופן מתכנס, אבל כך שלא תתנגש בשכניך בכל רגע נתון", "אם אתה מזהה איום, תטוס בתשעים מעלות לכוון ההתקפה של האיום" וכיוצא בזה כללים פשוטים יחסית שאינם מחייבים שום סוג של "שליטה מרכזית". בתמונה אפשר לראות להקה גדולה למדי של זרזירים, יורדת ללינת לילה בנחל גרר שבנגב, כאשר מצד ימין למעלה, מנסה לתקוף אותם בז עצים, שבפועל לא הצליח לצוד אף אחד מעשרות אלפי הזרזירים.
ניתוח מבנים ארגוניים.
ארגונים מודרניים, בעידן התעשייתי, מתאפיינים במבנה היררכי. מכיוון שתהליך קבלת ההחלטות במבנים ארגוניים כאלה, תלוי בכל שרשרת ההיררכיה – זמן התגובה של ארגונים כאלה לשינויים מהירים הוא ארוך (סכום הזמנים של כל מקבלי ההחלטות לאורך שרשרת קבלת ההחלטות, הן בערוץ של קבלת המידע והן בערוץ של הפצת הנחיות לפעולה). זמן זה עלול להיות לא מספק בראיית מטרות הארגון.
העברת הארגון למבנה "שטוח יותר", מבנה כזה שבו רוב ממלאי התפקיד הם במעמד דומה והמידע זורם ביניהם במנגנון של שיתוף ולא על פי השרשרת ההיררכית – יכול להתאים יותר. בארגון מסוג זה המנהלים מניעים את רוב מממלאי התפקיד באמצעות מנגנונים של השראה ופחות באמצעות פקודות לביצוע. בארגונים כאלה, המנהלים עסוקים יותר בהגדרת כללי התנהגות, מדיניות ומשימות ופחות בהנחיות קונקרטיות לפעולה (בארגונים צבאיים מקובל לקרוא לזה "פיקוד משימתי" – כלומר, יחידה צבאית שפועלת כמערכת מורכבת מסתגלת מגדירה ליחידות המשנה או ללוחמים משימה ולא פקודה מוגדרת היטב, המפרטת את שיטת הביצוע. שיטת הביצוע נמצאת באחריות היחידות הקטנות או הלוחמים הבודדים). תפקידם של המנהלים כולל גם הכוונה, הדרכה, העמדת ניסיונם לרשות כלל ממלאי התפקיד וכיוצא באלו.
התמודדות עם ארגוני טרור.
ההסתכלות על ארגון טרור כמערכת יכולה לעזור בשלושה מובנים:
ניתוח רשתות חברתיות ותופעת המהפכות בעולם הערבי.
בתחילת המאה העשרים ואחת, עשרות שנים בודדות לאחר פתיחת השימוש באינטרנט לעולם הרחב ולאחר התפתחות הפרוטוקלים של HTTP, דואר אלקטרוני וה־WWW בכללותו, הופיעו אפליקציות המהוות רשתות חברתיות.
אפליקציות אלו מאפשרות קשרים בין בני אדם, שיתוף מידע או התמנות למידע, במגוון טופולוגיות וברמות תפוצה שמעולם לא היו כאלה בהיסטוריה האנושית.
נכון לינואר 2013 לרשת פייסבוק יש למעלה ממיליארד משתמשים ולרשתות גוגל פלוס, טוויטר ופינטרסט יש מאות מיליוני משתמשים. תפוצתם של הטלפונים החכמים גורמת לכך שלכל ה"סוכנים", כלומר, האנשים, חברי הרשת החברתית, יש נגישות כמעט רצופה לאפליקציה.
אם מסתכלים על אוסף כלל המשתמשים של רשת חברתית מסוימת ביחד עם הרשת עצמה – הרי ש"מערכת" כזו עונה לכלל ההגדרות של "מערכת מורכבת מסתגלת" וככזו, אם וכאשר ייווצר מצב של "זהות אינטרסים" בין חברי הרשת לבין "התנהגות של כלל המערכת" – עלולה להתקבל "התנהגות מאקרו לא ליניארית" כתגובה ל"אירוע מחולל" כלשהו.
מכיוון שטופולגיית התקשורת אינה בהכרח קשר עם שכנים קרובים בלבד ומכיוון שכמות ה"סוכנים", כלומר, משתמשי הרשת, גדולה מאוד – עלולות להתקבל התנהגויות שקשה לחזות מהן יהיו.
בספר "כשמרקס וניטשה נפגשו בכיכר תחריר", מוצגת למשל הטענה ולפיה לרשתות חברתיות בעולם הסייבר יש תרומה לא מבוטלת לתופעת המהפכות בעולם הערבי. לפי ספר זה, זמינות המידע גורמת לדור הצעיר לגלות את הפער העצום בין רמת החיים שלו לרמת החיים הנהוגה במערב ומצד שני, סדרה של הפגנות אלימות ביחד עם זמינות היכולת לתקשר באמצעות רשתות חברתיות, גורמות להתחזקות האמון בין "המהפכנים" במקביל לחיזוק האמונה של ה"המון" שיש ביכולתו לגרום לשינוי.
כל אלו יחדיו מתלכדים לתופעה לא־ליניארית שבסופו של דבר מביאה לנפילת המשטר – אף על פי שלתנועת המחאה אין אידאולוגיה חלופית.
מוצע אפילו לקרוא לתופעה זו "מהפכות נטולות אידאולוגיה" או "מהפכות נטולות הנהגה". מכיוון שלמהפכנים אין אידאולוגיה חלופית, מייד לאחר נפילת המשטר הקיים, נכנסים ארגונים לא מדינתיים ותנועות דתיות אל תוך מערכות הפוליטיקה והכוח והמדינות נופלות לתקופת כאוס שקשה לדעת מה יהיה בסופה.
יוצא שתוצאת המהפכה, לפחות בטווח הזמן הקצר, הפוכה, במובנים מסוימים, למה שהתכוונו המהפכנים.
תנאי מינימום.
כדי לבנות מערכת כזו נדרשת מערכת שיש בה הרבה מאוד סוכנים ומספיק שכל סוכן יקיים שישה כללים פשוטים:
תכונת "חיקוי ההצלחות".
על פי הגדרת המערכת, ל"סוכנים" צריכה להיות תכונה אינהרנטית של "חיקוי הצלחות". תכונה זו יכול להישען על כמה סוגים של מנגנונים.
מנגנון המחזק את מרכיבי המערכת כפונקציה של הצלחת המערכת המאקרו־סקופית כמכלול. ידוע למשל שיש במוח מנגנון כזה שמתבטא בהפרשה של חומרים כימיים הגורמים ל"הנאה" כאשר מתרחש משהו מוצלח וכך המוח "מחזק" התנהגויות שיש בהן יתרון.
מנגנון אחר, הוא מנגנון המאפשר לסוכנים הבודדים להתרבות בהתרבות זוויגית – כך שבהסתברות גבוהה לסוכן – צאצא יהיו תכונות טובות יותר מתכונותיו של הדור הקודם.
המנגנון המתקדם ביותר הוא מנגנון של ריבוי זוויגי, אבל, כזה שמשלב בתוכו מוטציות אקראיות בכמות קטנה. (סדר גודל של פרומיל מסה"כ תהליכי הריבוי). ריבוי זוויגי של סוכנים מוצלחים מבטיח חיזוק של "תכונות מועילות" ברמת הסוכן הבודד. "תכונות מועילות", בהקשר זה, הן אותן תכונות שמשפרות הן את "ביצועי" הסוכן הבודד והן את "ביצועי" המערכת המאקרו־סקופית. קיומן של המוטציות מאפשר למערכת כולה למצוא פתרונות "גלובליים" ולא להיתקע ב"מקסימום לוקלי". מנגנון זה גם מהווה יכולת התאמה לאתגרים סביבתיים פתאומיים. יתרונן של מוטציות ברמת הסוכן, היא העובדה שמוטציה מזיקה, בסבירות גבוהה, תמות תוך כמות קטנה של איטרציות בעוד שמוטציה מוצלחת תתחזק במהירות ותפיץ את עצמה תוך מספר לא גדול של מחזורי התרבות.
בשנים האחרונות, "אלגוריתמים גנטיים" כאלו מוצאים את דרכם לתחומי ההנדסה השונים, בעיקר כשיטה לאופטימיזציה. אלגוריתמים גנטיים הם אפילו חלק מתוכנות מדף כמו MATLAB
בהחלט אפשרי כי מערכת מורכבת מסתגלת הבנויה מ"סוכנים" שיש להם מנגנון ריבוי זוויגי הכולל מוטציות – היא המודל שמאפשר תכנון ובנייה של מערכות שמסוגלות להיות "יצירתיות" במובן של מציאת פתרונות בתחומים אחרים לגמרי ממה שבונה המערכת חשב או ייעד למערכת בזמן בנייתה. למעט תחום ה"הנדסה גנטית" שבו מנסים להנדס תכונות של מערכות ביולוגיות קיימות, לא מוכרות עדיין מערכות מכניות הנדסיות שנבנו כמערכת מורכבת מסתגלת שלכל אחד מהסוכנים שלה יש יכולת התרבות זוויגית ו"מוטציות".
חשיבות התקשורת בכלל וטופולוגיית רשת התקשורת בפרט, והשפעתה על תכונות המערכת מורכבת מסתגלת.
כפי שצוין, אחד מתנאי המינימום לקיום "מערכת מורכבת מסתגלת" היא תקשורת בין "סוכני" המערכת. תקשורת כזו יכולה להתקיים במספר צורות. ראשית, ייתכן מצב בו כל סוכן מתקשר עם כל הסוכנים הנמצאים ב"טווח" התקשורת ממנו. תקשורת של בני אדם באמצעות צעקות, במקום פתוח, היא דוגמה לכך.
דרך אפשרית אחרת, היא התקשרות באמצעות הטלפון שאז מתקיימת החלפת מידע רק בין שני סוכנים ובתנאי שלשניהם יש קשר ל"מרכזייה".
ייתכנו גם סוגי תקשורת שאינם "בזמן אמיתי", או בדרך ישירה, כמו מנגנון הפיזור והרחה של פרומונים בנמלים, או מנגנון "חישת הצפיפות" שככל הנראה, נפוץ בהרבה סוגים שונים של מערכות ביולוגיות.