לאחר מונדיאל 1986 נרכשו החלוץ האנגלי גארי ליניקר, מלך השערים במונדיאל והשוער הבסקי אנדוני זוביזרטה (שיאן ההופעות בלה ליגה בכל הזמנים). ליניקר כבש בעונתו הראשונה 20 שערי ליגה, כולל שלושער נגד ריאל מדריד, וזוביזרטה זכה בפרס ריקרדו זאמורה לשוער הטוב ביותר בליגה, אך שוסטר הודח מההרכב בשל התנהגותו בגמר גביע אירופה לאלופות, וברצלונה הפסידה את הליגה בפעם השנייה ברציפות לריאל מדריד בפער של נקודה בלבד. כמו כן, בגביע אירופה הודחה ברצלונה ברבע הגמר על ידי דנדי יונייטד. לאחר פתיחת עונה גרועה במיוחד פוטר ונבלס בספטמבר 1987. במקומו הובא המאמן הספרדי לואיס אראגונס, שהחזיר את שוסטר להרכב ולמרות המצב העגום בו הייתה הקבוצה (ארבעה הפסדים רצופים ובמקום ה-19 בליגה), הצליח לסיים עמה במקום השישי ולזכות בגביע המלך לאחר ניצחון 1–0 על ריאל סוסיאדד. בסיום אותה עונה התרחש האירוע הידוע בשם "מרד הספרייה" ("Hesperia Mutiny", על שם המלון בו התבצרו השחקנים), בו דרשו השחקנים מההנהלה להתפטר. נונייז בתגובה שחרר חצי מהסגל (14 בתוך 26), כולל שוסטר (שעבר לריאל מדריד), ואת המאמן אראגונס. במקומו החתים נונייז את שחקן העבר יוהאן קרויף למאמן.
עידן קרויף: קבוצת החלומות (1988–1996).
ב-1988 מונה יוהאן קרויף למאמן ברצלונה, מה שסימן את תחילתו של תור זהב נוסף בברצלונה. קרויף יישם בברצלונה את שיטת טוטאל פוטבול שפותחה על ידי מאמנו רינוס מיכלס ויצר קבוצה חדשה כמעט מאפס. בעונתו הראשונה שילב קרויף שחקנים חדשים כמו צ'יקי בגיריסטיין, חוסה מריה באקרו, אוסביו, יון אנדוני גויקוצ'אה וחוליו סלינאס שכבש 22 שערים בעונה זו, וגם שחקנים מקבוצת המילואים כמו גיירמו אמור ואלברט פרר. לעומתם גארי ליניקר נדחק ועזב בסוף העונה את הקבוצה. במאי 1989 זכתה ברצלונה בגביע המחזיקות לאחר ניצחון 2–0 על סמפדוריה בגמר. את הליגה סיימה ברצלונה כסגניתה של ריאל מדריד.
ב-1989 הגיעו לברצלונה הקשר־ההתקפי הדני מיכאל לאודרופ והבלם ההולנדי רונאלד קומאן והפכו לשחקנים חשובים ביותר בקבוצה. למרות עמדתו האחורית, כבר בעונתו הראשונה היה קומאן מלך שערי הקבוצה עם 18 שערים (הוא עדיין שחקן ההגנה עם הכי הרבה שערים בהיסטוריה של הכדורגל). בדצמבר 1989 הפסידה ברצלונה את הסופר קאפ האירופי לאחר הפסד 1–2 למילאן שנחשבה אז לקבוצה החזקה באירופה. באפריל 1990 זכתה ברצלונה בגביע המלך לאחר שניצחה 2–0 את ריאל מדריד בגמר.
ב-1990 נרכש החלוץ הבולגרי חריסטו סטויצ'קוב, שזכה בנעל הזהב האירופית בעונה החולפת. סטויצ'קוב כבש 22 שערים בעונת הבכורה שלו בקבוצה. בסיום העונה, ברצלונה זכתה באליפות הליגה בפער של 10 נקודות, ובכך קטעה רצף של חמש אליפויות של ריאל מדריד. בגביע המחזיקות הפסידה ברצלונה בגמר 1–2 למנצ'סטר יונייטד.
כעשור לאחר הקמת לה מאסיה, החלו השחקנים הראשונים להופיע בקבוצה הבוגרת. בשונה מן הנהוג אז, הרבה יוהאן קרויף לתת הזדמנויות לצעירים. אחד מן השחקנים הראשונים שזכו להכרה ולהזדמנות לשחק בבוגרים היה ז'וזפ גוארדיולה שהופיע שש פעמים בקבוצה בעונת 1990/91 בגיל 19 בלבד.
ב-1991 הצטרפו לקבוצה הבלם מיגל אנחל נדאל והמגן השמאלי חואן קרלוס. עונת 1991/92 הייתה מן המוצלחות בתולדות המועדון. בנובמבר זכתה ברצלונה בסופר קאפ הספרדי לאחר ניצחון 2–1 על אתלטיקו מדריד. בגביע אירופה לאלופות העפילה ברצלונה לגמר בפעם השלישית בלבד בתולדותיה (לאחר 1961 ו-1986 שבשניהם הפסידה). הגמר התקיים ב-20 במאי 1992 ובו ניצחה ברצלונה בהארכה את סמפדוריה האיטלקית מבעיטה חופשית של קומאן בדקה ה-112 וזכתה בגביע לראשונה בתולדותיה. בסוף העונה זכתה בליגה בפעם השנייה ברציפות לאחר מאבק קשה על האליפות עם ריאל מדריד (למעשה, ברצלונה הייתה במקום השני עד המחזור האחרון וזכתה באליפות רק בזכות הפסד של ריאל מדריד לטנריפה במחזור האחרון, וניצחון מקביל על אתלטיק בילבאו 2–0 מצמד של סטויצ'קוב). סטויצ'קוב הבקיע גם בעונה זו 22 שערים והגיע למקום השני בטקס כדור הזהב של 1992. לאודרופ היה בשיאו ותרם 13 שערים ו-16 בישולים, וזכה בסוף העונה בפרס דון בלון לזר המצטיין. גוארדיולה הפך לשחקן הרכב קבוע וזכה בפרס בראבו לכדורגלן הצעיר המצטיין באירופה.
בסופר קאפ הספרדי שנערך בנובמבר 1992 זכתה ברצלונה לאחר ניצחון 5–2 על אתלטיקו מדריד. בדצמבר הפסידה ברצלונה את הגביע הביניבשתי לסאו פאולו. במרץ 1993 זכתה ברצלונה בפעם הראשונה בתולדותיה בסופר קאפ האירופי לאחר ניצחון 2–1 על ורדר ברמן. ב-עונת 1992/93 הובילה ברצלונה את טבלת הליגה למשך רוב העונה, אך הפסידה את ההובלה לריאל מדריד ארבעה מחזורים לפני סיום העונה בשל הפסד 2–3 לסלטה ויגו. למרות זאת, בצירוף מקרים מוזר, ריאל מדריד הפסידה שוב במחזור האחרון לטנריפה, וברצלונה זכתה באליפות עם יתרון של נקודה אחת בזכות ניצחון מקביל על ריאל סוסיאדד (1–0 משער של סטויצ'קוב). הייתה זו אליפות שלישית ברציפות בפעם הראשונה בתולדות המועדון. סטויצ'קוב היה שוב מלך השערים של הקבוצה, עם 23 שערים.
בקיץ 1993 חתם בברצלונה החלוץ הברזילאי רומאריו. באותו קיץ פרש הקפטן הוותיק חוסה רמון אלכסנקו ששיחק בקבוצה במשך 13 עונות. בדצמבר 1993 הפסידה ברצלונה את הסופר קאפ הספרדי לאחר הפסד 2–4 לריאל מדריד. בינואר 1994 ניצחה ברצלונה את ריאל מדריד בקלאסיקו שנערך בקאמפ נואו בתוצאה 5–0 (כולל שלושער של רומאריו). במאי 1994 זכתה ברצלונה באליפות רביעית ברציפות (לאחר שהמובילה, דפורטיבו לה קורוניה, מעדה במחזור הסיום), שיא מועדון שלא נשבר עד היום. ב-18 במאי, ארבעה ימים לאחר האליפות, הופיעה ברצלונה לגמר ליגת האלופות (הפורמט החדש של גביע אירופה לאלופות) כפייבוריטית מול מילאן, איך למרות זאת הובסה ברצלונה 0–4. רומאריו כבש בעונתו הראשונה 30 שערי ליגה וזכה בפרס הפיצ'יצ'י למלך השערים בליגה. כמו כן נבחר רומאריו לכדורגלן השנה בעולם לאחר זכייתו עם במונדיאל אותו סיים כשחקן המצטיין. סטויצ'קוב זכה בכדור הזהב של 1994 לאחר שהצעיד את לחצי גמר המונדיאל והיה מלך השערים בו.
לאחר התבוסה למילאן חוותה הקבוצה הידרדרות בביצועיה. ברצלונה זכתה בסופר קאפ הספרדי באוגוסט 1994 והיה זה התואר האחרון של קרויף. בקיץ 1994 עבר לאודרופ באופן מתוקשר לירבתה הגדולה של ברצלונה, ריאל מדריד, עימה לקח את האליפות בעונת 1994/95. בינואר 1995 עזב רומאריו את ברצלונה באופן בלתי צפוי בשל הסתכסכות עם קרויף. ברצלונה סיימה רביעית בליגה והפסידה בקלאסיקו שנערך במדריד 0–5. בליגת האלופות הודחה ברצלונה ברבע הגמר על ידי פריס סן-ז'רמן.
בקיץ 1995 עזבו גם סטויצ'קוב, קומאן ובגיריסטיין ובמקביל הוחתם הקשר הפורטוגלי לואיש פיגו בן ה-23. קרויף תכנן להסתמך על הצעירים בוגרי הלה-מאסיה איוואן דה לה פנייה, אוסקר גארסיה, רוג'ר גארסיה, טוני ולמסאן ואלברט סלאדס שכונו "La Quinta de Lo Pelat" (החמישייה של לו פלט, על שמו של דה לה פנייה שכונה "Lo Pelat", הקירח). הקבוצה שיחקה היטב ושמרה בעקביות על המקום השני בליגה תוך מאבק עם המוליכה, אתלטיקו מדריד. בגביע המלך הגיעה ברצלונה לגמר, ובגביע אופ"א העפילה לחצי הגמר. עם זאת, בתוך עשרה ימים הפסידה ברצלונה את שלושת הגביעים. ב-10 באפריל 1996 הובסה ברצלונה 0–1 על ידי אתלטיקו מדריד בגמר גביע המלך. שישה ימים לאחר מכן, בחצי הגמר השני של גביע אופ"א שנערך בברצלונה, הפסידה ברצלונה 1–2 לבאיירן מינכן והודחה מהטורניר. ולבסוף, ב-20 באפריל, הפסידה ברצלונה 1–3 לאתלטיקו מדריד בקאמפ נואו, הפסד שמשמעותו הייתה אבדן האליפות עבור ברצלונה. קרויף פוטר ב-19 במאי 1996 ובמקומו הוחתם המאמן האנגלי בובי רובסון.
קרויף זכה עם הקבוצה ב-11 תארים (4 אליפויות, ליגת האלופות, 2 גביעי מלך, 2 סופר קאפ ספרדי, גביע המחזיקות וסופר קאפ אירופי), והוא המאמן השני המצליח ביותר בברצלונה מבחינת תארים, לאחר חניכו פפ גוארדיולה. כמו כן, קרויף הוא המאמן שאימן את ברצלונה למשך הזמן הארוך ביותר בהיסטוריה של הקבוצה, 8 שנים.
הקבוצה שאימן קרויף שזכתה בארבע אליפויות רצופות וכללה אגדות כסטויצ'וב, לאודרופ, רומאריו, קומאן, בגיריסטיין וגוארדיולה, זכתה לכינוי "the Dream Team" (קבוצת החלומות), בשל סגנון המשחק ההתקפי מרהיב העין, שתורגם גם להצלחה ספורטיבית וזכייה בתארים רבים. אולם השפעתו של קרויף חרגה הרבה מעבר לשנים בהן אימן, ופילוסופיית המשחק אותה הטמיע בברצלונה, הטוטאל פוטבול, עדיין משמשת כ-DNA של ברצלונה והיא יושמה בהצלחה חסרת תקדים בברצלונה ונבחרת ספרד של שנות ה-2000.
רובסון ו-ואן חאל: השנים האחרונות של נונייז (1996–2000).
בתגובה לפיטוריו של קרויף הוקמה קבוצת מחאה בשם "L'Elefant Blau" (הפיל הכחול) על ידי עורך דין קטלאני צעיר בשם ז'ואן לאפורטה. הקבוצה ראתה בקרויף ובמורשתו את ערכיה המסורתיים של ברצלונה והאשימו את נונייז בהשחתת המועדון. לאפורטה יהפוך לנשיא ברצלונה 7 שנים מאוחר יותר.