בשעה 14:00 קוים מפגש לתדרוך הכוחות בלב ים, כ-50 קילומטר מול אשדוד, לאחריו עזבו את הכוח שתי טרפדות בפיקוד אלי רהב, ונשלחו לגזרה הסורית. כאשר הגיע מידע על כך הורה לרפי אפל, מפקד טרפדת ט-206, להישאר צמודה למשחתת אח"י יפו היות שחשב להסתייע בה לתקיפת הצוללות בטורפדו. מפלגת הטרפדות נשאר רק זוג ספינות בפיקוד המפל"ג סא"ל משה אורן קרבת מכ"ם הטרפדת לאח"י יפו גרמה להפרעות בקליטת שידורי מכ"ם והטרפדת נדרשה מדי פעם לכבותו. המכ"ם שלא היה בנוי לצורת הפעלה כזו הפסיק לעבוד. המצרים העריכו שיהיה מסוכן מדי לצוללות לעבור בתעלת סואץ והחזירו אותן לאלכסנדריה.
פיקוד פעולת שייטת 13.
מדיניות הפעלת כוח קומנדו ימי בשילוב עם כלי שיט הייתה שמפקד בכיר מנוסה מהשייטת ימצא ליד מקבל ההחלטות וישמש כמפקד כוח 13 בפעולה. כך נעשה בכל אחת מהפעולות שבוצעו באותו לילה. סא"ל דב שפיר, מפקד השייטת, תכנן להיות בעצמו באח"י יפו (ק-42) בצמוד לתלם אך נדרש להישאר במפקדת חיל הים. רס"ן זאב אלמוג, שהיה מפקד טרפדת טרם המלחמה, נקרא לשייטת 13 על ידי מפקדהּ, ומונה למפקד הפעולה.
הפעולה.
עם רדת החשיכה התקרבה אח"י יפו לפורט סעיד בנתיב הרגיל של אוניות הסוחר. בפעולה זריזה הורידה במקביל את שני ה"חזירים" וסירת "ציפור" למים. נקודת ההורדה הייתה בכיוון צפון-מערב לפתח הנמל במרחק 8 מיל ימי, קרוב יותר מהנקודה המתוכננת. במקום עגנו מספר אוניות והמשחתת לא עוררה חשד. סירת ה"ציפור" גררה את ה"חזירים" לדרום-מזרח במגמה לאגוף את האוניות ולהגיע מזרחית לכניסה. שמיר המוביל שאף לקצר, חשש מהתנועה בין האוניות העוגנות. החליט להתנתק מהסירה ופנה אל מצוף הכניסה של הנמל.
פעולת הצוללים - הצוללים הרכובים עקפו את האוניות העוגנות וספינת משמר והגיעו לפתח התעלה. משם נכנסו כל אחד בנפרד בצלילה לנמל וסרקו את הרציפים ועסקו בחיפוש יסודי אחר מטרות שלא נמצאו. סירת משמר שהבחינה בשובל חזיר 66 תקפה והטילה רימונים נגד צוללים. שמיר הצליח להתחמק בצלילה ופנייה מהירה. הצוללים חשו את עצמת הפיצוץ אך המשיכו לתפקד.
גם לאחר המתקפה המשיך שמיר לחפש מטרות בצד הדרומי של הנמל ב'בריכת השריף' וב'בריכת הארסנל'. לאחר שלא מצאו כלי שיט אויב יצאו ה"חזירים" מהנמל, כל אחד בנפרד. שהיית הצוללים בנמל ארכה כשעתיים וארבעים דקות. המתינו במרחק כ-200 מטר זה מזה בנקודת האיסוף, שנמצאה כ-2.5 ק"מ מזרחית לקצה שובר הגלים, בטווח סוללת תותחי החוף.
חילוץ בסירת ציפור - לאחר ניתוק ה"חזירים" עברה ה"ציפור" לנקודת המתנה בטווח 5.5 מיל ימי מהנמל. בעת ההמתנה לצוללים החליט מפקדה לקצר טווח ל-3.5 מיל ימי. ה"ציפור" התגלתה במכ"ם החוף של פורט סעיד. שתי ספינות אוסה מצריות, שנמצאו מזרחית לנמל, הופנו לתקיפתה. צוות ה"ציפור" הרגיש שנפתחה אש מהחוף לעברם אך לא הבחינו נפילות בקרבתם. תמרוני התחמקות כללו עצירה במקום ותנועה צפונה.
הצוללים וה"ציפור" לא ידעו שספינות אוסה שנמצאו מזרחית לפורט סעיד היו בדרכן לתקיפת ה"ציפור". האוסות הותקפו על ידי הטרפדות ובהוראת המפקדה המצרית נכנסו לנמל. האיום על האיסוף הוסר.
נוצר קשר בין סירת ה"ציפור" ודב בר בח-70 והיא נגשה לאסוף אותו, ולאחר מכן נאסף שמיר בח-66 שנמצא כ-200 מטר מזרחה. שני ה"חזירים" טובעו כפי שתוכנן מראש (ההכנות להשמדתם החלו לפני המפגש עם ה"ציפור"), ובשעה 2:40 ה"ציפור" החלה לנוע מזרחה.
המשחתת וספינות הטילים.
בשעה 01:07 החלה אח"י יפו (ק-42) להתרחק מאזור הפעולה. בשעה 01:18 חשה אח"י יפו (ק-42) באיום טילי סטיקס, ובשעה 01:34 ירתה שתי רקטות מוץ מסוג "אבשלום" להטעיה והתרחקה. מידע על כך לא הועבר לטרפדות. המודיעין הימי הישראלי לא זיהה שהאוסות שנמצאו בסיור לא היו חמושות בטילים. מפקד הכוח בנימין תלם ידע שלמשחתת אין אמצעי הגנה יעילים כנגד הטילים.
הדיווח המצרי נקלט במכשירי ההאזנה באח"י יפו (ק-42), כלהלן: . הדיווח המצרי התייחס כנראה לסירת ה"ציפור", אך אח"י יפו (ק-42) ראתה בו (בטעות) איום נגדה, והמשיכה להתרחק מפורט סעיד.
הטרפדות מול ספינות הטילים.
הטרפדות שנמצאו באבטחה כ-15 קילומטר מזרחה גילו שני כלי שיט מזרחה להן בתנועה לכיוון פתח הנמל, שיעברו ליד נקודת האיסוף. המפל"ג משה אורן העריך שאלה ספינות נגד צוללות דגם SO1 שהוזכרו בידיעות המודיעין הימי. בשאיפה לאפשר לפעולת האיסוף להתבצע בשקט, חצה את נתיב המצרים מלפני החרטום בתנועה צפונה במגמה למשוך אותן אחריו רחוק מנתיב ה"ציפור". זו הייתה תגובה מתוכננת והמפל"ג דיווח על מעשיו למפקד הכוח. בתגובה לכך הסתמן שאוסה אחת פנתה אחרי הטרפדות, אך השנייה המשיכה בדרכה לעבר הנמל.
המפקדה המצרית ידעה כי האוסות אינן חמושות בטילים, ולא רצתה לסכן אותן. הוראת התקיפה בוטלה והאוסות קיבלו הוראה להיכנס לנמל. כעבור זמן קצר התקבצו האוסות וחזרו לנוע לעבר הנמל והדליקו אורות ניווט כמקובל. הוראת המפקדה המצרית לחזרה לנמל נקלטה במשחתת. מפקד הכוח הסיק שלא תהיה הפרעה לאיסוף הצוללים והאיום על המשחתת הוסר. אל"ם תלם הורה לטרפדות לנתק מגע. מפקד זוג הטרפדות, סא"ל משה אורן, קיבל אישור ממפקד הכוח לתת מכת אש לפני ניתוק המגע. תלם היה משוכנע שהוא נותן אישור לכניסה לקרב ולא רק למכת אש. הטרפדות רדפו אחרי האוסות ובטווח 1,000 פתחו באש. הוצאת התחמושת הייתה: 12 פגז 40 מ"מ, 150 פגז 20 מ"מ ו-200 כדורי 0.5. באוסות לא אובחנו פגיעות והן המשיכו לכיוון הנמל, כשאורות הניווט שלהן דולקים, מבלי להשיב באש.
המעקב וירי הטרפדות הביאו לתוצאה הרצויה שספינות הטילים המצריות לא הפריעו לאיסוף הצוללים על ידי ה"ציפור".
טרפדות וסירת "ציפור".
המפגש של הטרפדות עם ה"ציפור" תוכנן לשעה 03:00, ה"ציפור" התעכבה עקב תקלה במנוע ולא הגיעה לזמן זה. היא ניסתה להקים קשר אך ללא הצלחה עקב המרחק מהטרפדות, ושידורי המכ"ם שלה לא נקלטו. תלם ידע שאח"י יפו ושלוש הטרפדות מהוות חלק עיקרי מכוחו של חיל הים. הטרפדות כבר היו בקצה כמות הדלק שלהן, ואל"ם תלם הורה לטרפדות לחזור לאשדוד.
סירת ה"ציפור" והצוללים בתוכה החלה לחזור ועברה בנקודת המפגש שנקבעה עם הטרפדות, אך כשהגיעה לשם התברר שהטרפדות כבר עזבו (או שכלל לא היו שם, כפי שמראה תרשים תנועתן). ה"ציפור" המשיכה להפליג עצמאית ללא אבטחה וללא הפרעות. בשעה 04:40 הפעילה מחדש את המכ"ם. שידורי המכ"ם שלה התגלו על ידי תחנות ניטור של חיל האוויר. גם אח"י יפו קלטה את השידורים בכיוון 230 מהמשחתת. ראש מחלקת ים אל"ם יצחק רהב נתן הוראה לאסוף אותם. לקראת המפגש ננקטו אמצעי זהירות ב"ציפור" עד שהוקם קשר באמצעות מכשיר מ.ק 10 האטום שנלקח מה"חזיר". אלמוג הודיע שאין צורך בהרמה אל הסיפון וסירת ה"ציפור" יכולה להמשיך לאשדוד כמתוכנן. בהוראת בנימין תלם הורמה הסירה אל סיפון המשחתת אח"י יפו באזור אל עריש והפליגו לאשדוד.
תוצאות.
בנמל פורט סעיד לא היו כלי שיט (אך לכוח הישראלי לא היה מידע על כך), ולכן היעד המרכזי של פעולת שייטת 13 לא הושג. ספינות חיל הים הישראלי לא פגעו בשתי ספינות טילים מצריות שהיו באזור, אם כי הבריחו אותן אל הנמל.
סיכון מרבי שהסתיים ללא נפגעים – הצוללים ביצעו את החדירה לנמל בצורה מקצועית התחמקו מהתקפת סירת משמר ויצאו ממנו בחיים. סירת "ציפור" אספה את הצוללים מפתח הנמל בטווח התותחים ונעה בכוחות עצמה מרחק רב. הכנסת המשחתת לתחום הטקטי בו נמצאו ספינות טילים מצריות עברה בהצלחה.
הרחקת האיום על חופי ישראל - לאחר הקרב השלימו המצרים הרחקת כלי השיט המלחמתיים מנמל פורט סעיד לנמל אלכסנדריה. משם לא ניתן להגיע במהלך הלילה לקרבת חופי ישראל. האיום המידי של ירי טילים על החוף הישראלי חלף עד סוף המלחמה.
פרסום מצרי - למחרת, ב-6 ביוני, פרסמו המצרים כי במבואות פורט סעיד טובעו ארבע טרפדות ישראליות וסטי"ל מצרי אחד טובע. טרפדות ישראליות לא נפגעו ואין אימות ממקור אחר לפגיעה בסטי"ל מצרי.
דיונים לאחר הפעולה.
בתקופת המלחמה לא נערכו תחקירים חיליים. תחקיר הצוללים ואנשי ה"ציפור" נעשה לכל אחד בנפרד מיד לאחר הקרב על ידי סא"ל אריה ברק שגם היה נוכח בפעולה על ט-203. רס"ן אלמוג לא שותף בתחקיר.
בהצגה בפני קציני חיל הים, שנערכה כשבועיים מתום הקרבות סיפר מפקד חיל הים, שלמה אראל, שנתן העדפה לפעולת צוללים על פני קרב במבואות מעדיפות החימוש של ספינות הטילים המצריות. זו גם הייתה הנחיית הרמטכ"ל.
מפקד אח"י יפו סא"ל יצחק קט, מתח ביקורת על ההוראות שקיבל מפקד הכוח, אל"ם בנימין תלם ועל תפקודו בפעולה:
במאמר על הפעולה שפרסם לאחר סיום שירותו בצה"ל אמר זאב אלמוג שבפעולה זו נשברו שני ערכי יסוד של צה"ל על ידי כלי-השטח של חיל-הים במהלך הפעולה - דבקות במשימה ואי השארת לוחמים בשדה הקרב.
תחקיר בשייטת 13.
העובדה שצוללים נכנסו לנמל אויב סיירו בו והצליחו לחזור הייתה מרוממת ביחס לפעולות בגזרה הסורית שלא התבצעו ולנפילה בשבי של הצוללים בפעולת אלכסנדריה. מדיניות השייטת בתכנון פעולות הכוללות איסוף הצוללים הוכחה כישימה. זאת בניגוד למדיניות ביחידות קומנדו ימי בעולם שם לוח הזמנים כולל רק כיוון אחד והמבצעים אינם חוזרים מהפעולה.
השתהות באיסוף הצוללים דיווחו שעבר זמן רב מאז שיצאו מהנמל ועד שהציפור הגיעה אליהם. מבדיקה עם נהגי הסירה התברר כי כאשר נשמע ירי תותחים בוצעו תרגילי התחמקות הכרחיים. להערכת עמי אילון, התחושה שעבר זמן רב עד לאיסוף היא תחושה סובייקטיבית.