ברגע שנכבשה הראת בידי הכוחות הפרסים, נכנס המפקד הצבאי הפרסי, אמין א-מולכ, שחיכה לפקודת השאה, למשא ומתן עם השליחים מטעמה של בריטניה. ממשלת בריטניה, שפרסה את כוחותיה בדרום איראן, התעקשה על תנאיה הקשים, אך השאה, בלהט כיבוש הראת, דחק באמין א-מולכ שלא להיכנע לדרישות הבריטים. נאסר א-דין שאה העלה בפני חצר המלוכה אפשרות של התערבות בעד כוחות הודים תומכי עצמאות במהלך המרד ההודי הגדול נגד שליטת האימפריה הבריטית על תת היבשת ההודית. מוחמד נג'ף מירזא, שהיה אחיינו של בהאדור שאה השני, שליט האימפריה המוגולית האחרון בהודו, עודד את השאה להעביר את כוחותיו מהראת לגבול הודו והבטיח לו שהמהפכה האנטי-בריטית מתבגרת בהודו, שבד בבד תתחזק עם הפלישה האפשרית של השאה להודו, אשר נועדה לגרום לייאוש האנגלים. אך התקדמותו של הצי המלכותי הבריטי בדרום איראן מנעה מהשאה שאיפות נוספות. הצי הבריטי צלח בכיבוש העיר בושהר לחופי המפרץ הפרסי והמשיכו בהתקדמותם על אדמת איראן מבלי להתמודד עם כל התנגדות מרכזית. ההתקדמות הבריטית מדרום הובילה לנסיגת הכוחות הפרסים בח'וזסתאן ולכיבושם בידי הבריטים. נאסר א-דין שאה, שלא הצליח להכין כוח סדיר להתעמת עם בריטניה בגלל המחסור הכלכלי באוצר הלאומי שלו, אשר הוביל אותו להסכם לשלום. בהוראתו, אמין אל מולק נסע לצרפת וחתם על הסכם פריז עם ממשלת בריטניה, שחייב את איראן לוותר על כל טענותיה לשליטה על הראת.
רפורמות במנהל הפנים.
בשנת 1850 נולד בנו השני של נאסר א-דין, מסעוד מירזא, אשר היה אהוב על ידי אביו. כשמסעוד מירזא היה בן חמש, השאה העניק לו את התואר 'אמיר נזאם' ומינה אותו למפקד צבאי מרכזי של הצבא הפרסי. לאחר מותו של הסולטן מויו א-דין מירזא, נאסר א-דין שאה תכנן להכתיר את מסעוד מירזא לנסיך הכתר. השאה נמנע מהחלטה זאת עקב התנגדות מצד פלגים שונים בתוך השושלת הקאג'ארית ועקב העובדה שמסעוד מירזא לא היה בנה של המלכה הראשית, ג'יראן (בפרסית: جیران).
לאחר הדחתו של נורי, נאסר א-דין שאה ביצע שורה של רפורמות וניסה להקים מוסדות ממשל בירוקרטים בנוסח ממשלות אירופאיות. כלומר, חלוקת משרדים אל משרד הפנים, ענייני חוץ, מלחמה, אוצר, צדק והטבות ציבוריות. המשרדים אורגנו במועצה הדומה לקבינט המכונה "מועצת המדינה", אך מועצה זו הוקמה רק בעת הצורך להתייעצות עם השאה, שהיה היחיד שיכול היה לזמן אותה. לשרים לא הייתה זכות להחליט ללא אישור המלך. בנוסף למועצת המדינה, הקים השאה מועצה מייעצת נוספת בשם בית הכדאיות, או בקיצור "האספה המייעצת". גוף פרלמנטרי זה הוסמך לדון בכל הנושאים החוקיים שהיו בראש סדר העדיפויות של הממשלה ובצורכה של המדינה, אך לא הייתה לה זכות להיכנס לנושאי מדיניות חוץ ללא רשות המלך. היו באספה עשרים וחמישה חברי פרלמנט שמונו מבין אנשי החצר. הרפורמה הבאה של השאה הייתה לבטל את משרת השר הראשי. אך אמונתו של נאסר א-דין ברפורמה דעכה במהרה לצד כל ההתלהבות הראשונית. במאמץ לשמור על סמכותו היורדת, הוא נקט במדיניות כפייה שעמדה בניגוד מוחלט לרצונו המוקדם עבור רפורמה.
השאה עם הזמן הוריד מסמכויותיה של האספה עד אשר הותיר את החלטותיו ללא התייעצות או סקירה כלל וכלל. עם השיבה מהרפורמות השאה שיחזר את תפקידו של השר הראשי. בנוסף, השאה מצא עצמו לכוד בכוחם השורשי העמוק של מעמד הדתיים האדוקים, שלא היה ברצונם להחליף את הדור הצעיר במערכת בתי המשפט, ועם זאת, לא יכלו לסמוך על כוונותיהם האמיתיות של הרפורמיסטים. בשנת 1860 נפטרה המלכה ג'יראן לאחר מחלה ממושכת ושחפת. על פי הנרי רולינסון, השגריר הבריטי בטהראן, ברגע שהופיעו הסימנים הראשונים לשחפת בג'יראן, נאסר א-דין שאה איבד את העניין בה ואף על פי שראה את ג'יראן על סף מוות, יצא לדרכו ולא שהה בבירה במהלך ימי הקבורה והאבל על מותה.
באותה השנה בחר נאסר א-דין בבנו השישי, מוזפר א-דין מירזא, יליד 1853, לרשת אותו בתור נסיך הכתר. בקיץ 1859 פרץ רעב גדול ברחבי פרס. התסיסה בתגובה למחסור במזון והעלייה במחירים של מצרכים בשווקים החלה בטהראן ובתבריז והתפשטה בהדרגה ברחבי כל פרס. כעסם של האנשים על הקשיים הופנה ישירות לשאה ולניהולו השגוי. השאה לא חשש מההתנגדות הגוברת לו ונסע למאזנדראן בחיפוש אחר התחביב האהוב עליו ביותר, ציד. אך בהיעדר השאה, התגברה התסיסה האזרחית בערים הגדולות עוד יותר. הוא חזר במהרה לטהראן, ביטל את משרת השר הראשי פעם נוספת והסדיר מחדש את הממשל הרפורמי שביטל קודם לכן.
מסעותיו של השאה.
בשנת 1869, תכנן נאסר א-דין שאה לבקר באתרי הקודש השיעים בנג'ף, מסופוטמיה, האימפריה העות'מאנית. לשם כך השאה התכתב עם מירזא חוסיין ח'אן מושיר א-דאולה, השגריר הפרסי בחצר המלוכה העות'מאנית, כדי להתכונן לקראת ביקורו של השאה. בסופו של הביקור הורה השאה למושיר א-דאולה לשוב ממשרתו בחצר העות'מאנית לפרס ומינה אותו לשר המלחמה הפרסי במסגרת מערכת הממשל החדשה. פעולה נוספת של השאה שנגעה לצבא לאחר ששב מטיול זה הייתה הרחקתו של המפקד הצבאי מוסטפא א-מאלכ, שהיה שייך לסיעה השמרנית של חצר המלוכה. מוסטופיה א-מאלכ, עלה בסולם דרגות ההנהגה ובעת הורחק מתפקידיו היה בעל סמכות הדומה לזה של הנושא במשרת השר הראשי המבוטלת. לאחר פיטוריו הוגלה לכפר אבותיו אשטיאן. זמן קצר לאחר מכן, ב-12 בנובמבר 1871, מונה מושיר א-דאולה למשרה המחודשת של השר הראשי. אחת מפעולותיו הראשונות במשרה הייתה העברת חוזה ויתורי סמכויות של הממשל, בהסכמת השאה, למשקיע הבריטי פול יוליוס רויטרס. ויתורים אלו כללו בין היתר ניצול של כל המכרות האיראניים בידי המשקיע הבריטי.
נאסר א-דין שאה יצא למסע לאירופה בשנת 1873 בהצעתו של שרו הראשי. מושיר א-דאולה התכוון להראות לשאה את התקדמות מדינות אירופה ולחשוף בפניו את חולשתה של איראן לעומת המעצמות האירופאיות. תחילה נסע השאה דרך הקווקז מטהראן למוסקבה, איפה שפגש באלכסנדר השני, קיסר רוסיה. לאחר רוסיה נסע השאה לברלין, הקיסרות הגרמנית, דרך וילנה וקניגסברג, ולאחר שנפגש עם וילהלם הראשון, קיסר גרמניה ואוטו פון ביסמרק, קנצלר גרמניה, יצא לבלגיה דרך פרנקפורט, קלן ואאכן. בבריסל התקבל בברכה על ידי לאופולד השני, מלך הבלגים. כמה ימים לאחר מכן הגיעה משלחת בריטית לבירת בלגיה ולקחה את המלך לבריטניה. בבריטניה קיבלו את פניו של נאסר א-דין שאה בניה של המלכה ויקטוריה וכמה אנשי חצר. שלושה ימים לאחר הגעתו ללונדון נפגש גם עם המלכה בארמון בקינגהאם. בפגישה זו בירכה ויקטוריה את השאה והעניקה לו תואר אביר מסדר הבירית. לאחר בריטניה, נסע לצרפת דרך תעלת למאנש, שם נפגש עם נשיא צרפת פטריס דה מק-מהון בפריז, ולאחר מכן נסע לווינה דרך שווייץ וממלכת איטליה. הוא פגש את ויטוריו אמנואלה השני, מלך איטליה והתקבל בברכה בפגישה רשמית על ידי פרנץ יוזף, קיסר אוסטריה. פגישה מיוחדת הייתה לשאה עם משה מונטיפיורי. השאה הציע למונטיפיורי לרכוש חלקות אדמה על מנת ליישב עליהם יהודים בחסות הממלכה הפרסית.
במהלך טיול זה הוזמן השאה לריקודי חצר, קונצרטים, אופרות והופעות אחרות. הוא האזין שעות לנאומים שנאמרו לכבוד נוכחותו בטקסים הרשמיים, והוא לעיתים לא הבין דבר מהתוכן מלבד תרגום מקוצר. במהלך מסעותיו, השאה התקשר גם עם דמויות בולטות, שחקנים וזמרים, ולעיתים אף התערבב באנשים רגילים, דבר שמעולם לא הצליח לעשות בפרס עצמה. אך בסופו של דבר, המלך לא היה שבע רצון מהטיול. היה זה מכיוון שהוא נאלץ להימנע ולציית לפי קודי ההתנהגות האירופאים. הוא אף נכנס לוויכוח עם קיסר רוסיה והושפל על ידי תפארתם ועוצמתם של ממשלות אירופה. "את החוקים וההתפתחויות החדשים בעידן זה יהיה קשה מאוד לאכוף בזמן הקרוב" הוא העריך.
טיולים אלה, שהתקיימו בשני סבבים ובנוסף גררו עלויות כבדות לממשלה ולאנשי איראן, הביאו הישגים חשובים למדינה והשאה אפשר בהמשך לגורפים שונים מטעמה של אירופה המודרנית להיכנס לפרס בתחומים שונים ובדרכים שונות. חוזים בתחום רכישת מכונות הטבעת מטבעות והקמת מטבעה בטהראן והדפסת חותמות הדואר הראשונות של פרס היו תוצאה של מסעותיו של נאסר א-דין שאה לצרפת. במהלך טיול זה ביקר נאסר א-דין שאה גם במטבעות של סנקט פטרבורג, לונדון ופריז, ורוב המטבעות של המדינות המארחות הטביעו מדליות הנצחה לכבוד הגעת השאה של פרס לארצן.
כשחזר השאה מאירופה, אנשי טהרן התקוממו ודרשו לבטל את הוויתור המסחרי שהעניק לקיסר הרוסי במהלך הטיול. מכתביהם ועתירותיהם של גורמים מבדי המדרשים וחוקרים אזרחיים בטהראן הופיעו בפני השאה, בהם הם מונים את טעויותיו של מושיר א-דאולה - בעת בראש כל הוויתורים הופיע הוויתור המסחרי לסוחרים הרוסים – ונדרש מצד גורמים אזרחיים להסירו. בסופו של דבר התפטר מושיר א-דאולה בהוראת השאה ונשלח למחוז גילאן. בשנת 1878, השאה שוב חשב לנסוע לאירופה. הוא הודיע שהפעם ייסע בעילום שם ועל חשבונו (במקום חשבון האוצר הלאומי) בכדי לראות את רמת ההתקדמות האירופית האמיתית שהוסתרה ממנו בטיול הקודם בשל הפורמליות והאירוח של הממשלות. עד מהרה הוא התגלה ועיתונים וגורמים ממשלתיים באירופה בירכו את ביקורו של השאה בנסיבות כאלה; אך עד מהרה שינה נאסר א-דין שאה את דעתו ורצה להתקבל על ידי הממשלות. במהלך טיול זה ביקר השאה במוסקבה, סנקט פטרבורג, וינה, ברלין ופריז, וחזר לפרס לקראת סוף השנה. השאה התפלא מיחידות הקוזאקים בתוך שורות צבא האימפריה הרוסית והסדיר הסכם עם הממשלה הרוסית שתתמוך בהקמת יחידה דומה בצבא הפרסי (לימים בריגדת הקוזאקים הפרסית).
רפורמות במערכת המשפטית.