בבר הליזיז שבו נמצאת הלקוחה שהזמינה את העבודה, אוולין, V חובר אליה ואל טכנאית הבריינדאנס ג'ודי אלוורז על מנת לגלות היכן הצ'יפ נמצא בדיוק. V מגלה כי הצ'יפ מאוחסן במזוודה מיוחדת ומקוררת, בפנטהאוס של יורינובו אראסקה, בנו השני של סאבורו אראסקה. על מנת להוציא מידע על הצ'יפ, אוולין הקליטה בריינדאנס של עצמה כנערת ליווי שלקוחה הוא יורינובו. בעזרתה של טי-באג, V מצליח להתחכות אחרי המיקום של המזוודה, אך מגלה גם מערך אבטחה שלם המורכב מרובוטים, שכן יורינובו פיטר את כלל המאבטחים האישיים שלו - על כן הרובוט המינאטורי "Flathead" הכרחי לביצוע המשימה, כיוון שטי-באג לא יכולה לנטרל את מערך האבטחה מבחוץ. לאחר מכן, אוולין מספרת ל-V שהיא אינה סומכת על דקסטר ומציעה להתחלק 50-50 בינה לבין V וכן כי יורינובו מתכוון למכור את הצ'יפ לנטוואץ'.
בטרם הכניסה למאורת המאלסטרום, ל-V ניתנת אופציה להיפגש עם מרדית' על מנת להסתייע במיליטק. תחילה, מרדית' מאיימת על V כיוון שחושבת ש-V סוחט אותה, אך לאחר מכן נרגעת ומסכימה לשתף פעולה. היא נותנת ל-V צ'יפ המכיל את הכסף הדרוש לקניית הרובוט, אך V מגלה כי הצ'יפ נגוע בווירוס. ל-V ניתנת האופציה להסיר את הווירוס לגמרי. במאורת המאלסטרום, מתנהל מסע ומתן בין V, ג'קי וחבר כנופיה חברותי בשם דום-דום, בטרם העסקה הושלמה, רויס מגיח ומאיים לרצוח את V. לשחקן ניתנות מספר אופציות כיצד להתנהל: השחקן יכול לשלם בצ'יפ הנגוע ולגרום לתקיפה מסיבית של הכנופיה, או לנקות את הצ'יפ ולשלם איתו ובכך לגרום למתקפה של מיליטק על המאורה, או לשלם 10,000 אדיס בעצמו, או להרוג את רויס ולגנוב את הרובוט. אם התוצאה מתחוללת לכדי קרב, במהלכו השחקן יכול לשחרר לחופשי את מנהיג הכנופיה הקודם, בריק, או להרוג אותו. לכל אפשרות יש יתרונות וחסרונות וכן ההחלטות משפיעות על המשך המשחק, אך התוצאה הבסיסית היא זהה: V מצליח להשיג את הרובוט בין כה וכה.
דקסטר קובע פגישה סופית עם V וג'קי בבר ה-"Afterlife" ושם הם עוברים על התוכנית הסופית לפני תחילת השוד. V וג'קי, תחת זהות בדויה וחליפות, נוסעים באמצעות מונית "קומבט" למלון, שם הם מסתננים ומשיגים חדר. בחדר, ג'קי משחרר את ה-Flathead ו-V מכוון אותו בתעלות אוורור, על מנת להגיע למרכז הבקרה של המלון עצמו, שם הרובוט מנטרל את מערכות ההגנה בפנטנהאוס של יורינובו והצמד מצליח להסתנן לתוך הפנטהאוס ולגנוב את המזוודה עם הצ'יפ, לא לפני שיורינובו מגיע ביחד עם שומר ראשו, אדם סמאשר וכן אביו - סבורו ושומר ראשו - טאקמורה. הצמד מתחבא באחד מהקירות ומאזין לשיחה בין מנהיג התאגיד לבנו, שנשארים לדבר ביחידות. סובורו גוער בבנו שמנסה למכור את הצ'יפ לידיים זרות ולאחר ריב קצר, יורינובו חונק למוות את סבורו ורוצח אותו. מיד לאחר מכן, יורינובו מכריז על "קוד אדום" וסגר מלא על המלון, כיוון שאביו "הורעל ונרצח". לאחר עזיבתו, ג'קי ו-V מנסים לברוח באמצעות טי-באג, אך זו נרצחת על ידי מערך האבטחה של ארסאקה, לאחר שנאטרנרים של התאגיד מצליחים לתפוס אותה ו-"לטגן" לה את המוח. בדרכם, צוות טראומה מגיע באמצעות AV ומזהה את הצמד, יורה בהם ו-V וג'קי נופלים מהגג לתוך חדר. במהלך האירוע, ג'קי נפצע מקליע ומתברר שהצ'יפ ניזוק ושהדרך היחידה שהוא ישרוד היא להחדיר אותו ל-V או לג'קי. ג'קי מחדיר את הצ'יפ לתוכו והשניים נסים מהמלון ומצליחים לברוח באמצעות מונית ה-"קומבט", אך לא לפני שג'קי מת מפצעיו בטרם הם מגיעים לאכסניית "No Tell", שהיא המקום המבטחים. V, לבדו, מגיע למקום המסתור של דקס, מחדיר את הצ'יפ ולתוכו. ודקס זה כועס עליו כיוון שהרצח של סובורו דווח בכל המדיה וכל העיר יודעת על כך. מכיוון שלא רצה להסתבך, דקס מחליט לבגוד ב-V ויורה בו ירייה קטלנית מטווח אפס לראשו.
מערכה שנייה.
לאחר הירי, V מאבד את הכרתו וחווה פלאשבק משנת 2023 של אדם בשם ג'וני סילברהאנד, הסולן האגדי של להקת "סמוראי". הפלאשבק מתחיל בהופעה האחרונה של ג'וני ומשם הוא טס יחד עם רוג באמצעות מסוק לגורד השחקים של אראסקה על מנת להטמין פצצת ביקוע גרעיני קטנה ולהשמיד את גורד השחקים לחלוטין. לאחר קרב קצר בגג, ג'וני, רוג ונטראנטרית נוספת מצליחים לחדור לגורד השחקים, להטמין את הפצצה באחת מהמעליות ולשלוח אותה למטה. רוג מפצירה בג'וני לברוח, אך זה מסרב ואומר שיש לו דבר נוסף שהוא לא טיפל בו - לזרוע הרס ברשת של אראסקה כנקמה אחרונה. לאחר קרב נוסף, ג'וני מצליח להחדיר וירוס לרשת של התאגיד, אך בדרכו חזרה הוא נתקל באדם סמאשר ובניהם מתנהל קרב קשה, שבמהלכו ג'וני כמעט ומצליח לברוח באמצעות המסוק, אך סמאשר עוצר בעדו, קוטע את ידו השמאלית הביונית ויורה בראשו. הפלאשבק ממשיך כאשר מתברר שג'וני עודנו בחיים וסוכני ארסאקה מצליחים להוציא אותו מהמבנה בטרם הפצצה מתפוצצת. לאחר מכן הוא נלקח לחקירה ותשאול ובמהלך החקירה סבורו עצמו מעביר את תודעתו לצ'יפ מיוחד.
הפלאשבק מסתיים ו-V מתעורר במזבלה. בצעד נואש, V מנסה לצאת אך לא מצליח. דקס וטאקמורה מופיעים ודקס נסחט על ידי טאקמורה שמתכוון להסגיר את V לידי אראסקה. בצעד מפתיע, טאקמורה יורה בדקס לאחר שאינו זקוק לו יותר ולוקח את V יחד איתו. V מאבד את הכרתו שוב וכשהוא חוזר להכרה, גוסס, הוא מגלה כי טאקמורה בצד שלו וכי הוא בגד בתאגיד אותו הוא שירת. לטאקמורה נשלחים מספר מתנקשים מארסאקה, אך הוא ו-V מצליחים להרוג אותם וטאקמורה מפציר ב-V שהם חייבים להגיע לריפרדוק בדחיפות, אחרת V ימות. V מצליח לזמן מונית "קומבט" ומתעלף בשלישית. V מתעורר במשרדו של ויקטור וק וויקטור מטפל בו ומצליח לייצב אותו. לאחר מספר שבועות, V מתעורר סופית וויקטור מסביר ל-V מה קרה: הצ'יפ ש-V הכניס הוא צ'יפ המכיל את תודעתו של רוקרבוי אגדי בשם ג'וני סילברהאנד, אשר נעלם שנים רבות לפני עלילת המשחק ונחשב בעיני רבים לטרוריסט. ויקטור מסביר כי החדרת הצ'יפ ללא פעולה נוספת לא מפעילה אותו ורק עצם העובדה ש-V נורה על ידי דקס בראשו היא הפעולה שגרמה לצ'יפ לפעול. הצ'יפ הוא בעצם טפיל אשר משתלט לאט לאט על המארח (V) ולאחר זמן מסוים ישתלט עליו לגמרי, כך שתודעתו של המארח לא תהיה קיימת בכלל. ויקטור מעריך כי ל-V יש רק מספר בודד של שבועות בטרם הצ'יפ ישתלט על תודעתו. לאחר מכן, מיסטי - חברתו לשעבר של ג'קי, לוקחת את V לדירתו בכיסא גלגלים ושם היא נותנת לו כדורים אשר מסייעים בהאטת קצב השתלטות הצ'יפ על תודעתו ובנוסף, הקליע אותו דקס ירה ב-V כמזכרת ל-"הזדמנות שנייה" שקיבל. V נרדם במיטתו ומתעורר לקול דפיקה. V מגלה בתדהמה אדם זר בדירתו וחוזר לישון כיוון שחשב שמדובר בחלום, אך מתעורר שוב. הזר מבקש מ-V סיגריות ולאחר ש-V מנסה לצאת מהדירה - הזר תוקף אותו ו-V מגלה שהזר הוא בעצם ג'וני סילברהאנד כהולוגרמה שרק הוא רואה וג'וני יכול להשפיע עליו. V מנסה ליטול את הכדורים שמיסטי נתנה לו, אך זה מנסה למנוע ממנו. בסופו של דבר, V מצליח לבלוע כדור, ג'וני נעלם ו-V חוזר בחזרה לישון.
V נפגש לאחר מכן עם טאקאמורה, שמסביר לו שהסיבות לכך שהציל את V הן כיוון שהוא מנודה, וכיוון שאינו מאמין בגרסה הרשמית לפיה סבורו הורעל למוות והוא מאמין שבעזרתו של V הוא יוכל לשכנע את בני משפחת ארסאקה הנותרים באחריותו של יורינובו לרצח. בתמורה הוא מציע לו עזרה בהסרת הצ'יפ, פרי פיתוחו של עובד ארסאקה לשעבר, אנדרו הלמן, מראשו. בעצתו של טאקאמורה, V מנסה ליצור קשר עם אוולין, אך מגלה כי היא נעלמה ללא זכר. בעזרת ג'ודי, V מגלה כי אוולין פארקר אינה אלא Joytoy - בובה רובוטית דמוית אדם שנבנתה על מנת לספק שעשוע מיני לחפצים בכך. בעזרתה של ג'ודי, V מבין שהדרך הטובה ביותר למצוא אותה היא לחקור את בית הבושת בו עבדה - מועדון בשם Clouds שנמצא תחת שליטת כנופיית הטייגר קלאוס. במועדון, V מגלה שאוולין נחטפה משם על ידי שני טכנאי בריינדאנס מכנופיית "אוכלי הנבלות". V וג'ודי מצילים אותה ממאורת הכנופיה, אך מגלים שהיא בתרדמת עקב העינויים שעברה. בעזרת הבריינדאנס שהופק ממוחה של אוולין, V מגלה שזמן מה לפני "העבודה" אוולין יצרה קשר עם נטראנר מהכנופיה ההאיטית "נערי הוודו" במטרה לקבל מידע מסוים על הצ'יפ. מכאן על V להשלים את החתיכות החסרות בפאזל תעלומת הצ'יפ תוך הסתייעות בשלושה כיוונים אפשריים:
לאחר האירועים האלו, האנאקו יוצרת קשר עם V באמצעות בובה רובוטית ובה היא מביעה את כוונתה לשמוע את דבריו בזמן כלשהו.
מערכה שלישית.
V מקבל הודעה מהאנאקו על כך שברצונה להיפגש איתו במלון "אמברס". היא מסבירה לו שהיא ידעה מלכתחילה על תוכניותיו של יורינובו אך לא העזה לצאת נגדן בגלוי על מנת לשמור על אחדות המשפחה, ערך שהיה יקר מאוד עבור סבורו. התוכנית שלה פשוטה: היא תכנס מועצת בכירים בחברה על מנת למסור את גרסתם ולאחר מכן תאפשר ל-V להגיע אל מאגר "מיקושי" שבמגדל ארסאקה כדי שאלט תוכל להפריד את התודעה של ג'וני סילברהאנד מ-V. לג'וני יש תוכנית אחרת: להתפרץ אל מגדל ארסאקה ביחד עם רוג על מנת להעלות בעצמו את התודעה של אלט אל "מיקושי". מיד לאחר מכן, V מקבל התקף שכמעט הורג אותו ומובהל למרפאה של ויקטור. V, שיודע שזמנו קצוב, חייב כעת לבחור מה יעלה בגורלו, ועומדות בפניו מספר אפשרויות גורליות:
לאחר סיום המשחק, השחקן יעבור אל כתוביות הסיום, שם יופיעו מספר סצנות של דמויות אותן פגש V במהלך המשחק כשלכל אחת מהן תגובות שונות, תלוי בסוף שבו בחר V ובמערכות היחסים שלו איתן.
דמויות.
פיקסרים.
פיקסרים (מאנגלית: Fixers) הם אנשי כנופיות בעלי כוח והשפעה שדרכם השחקן יכול לקבל משימות שונות הקרויות "Gigs".
כנופיות.