עם סוף שנות ה-60 היה איום הטרור העיקרי מכיוונה של ירדן, שם התבססו הארגונים הפלסטינים. משלוח חוליות טרור, וכן הפגזות של יישובי גבול ישראלים כבית שאן נתקל בפעולות נגד בסיסי המחבלים, כגון פעולת כראמה ב-21 במרץ 1968, פעולה רחבת היקף ומרובת נפגעים, שנערכה מעברו המזרחי של נהר הירדן. ערב הפעולה ב-20 במרץ יצא דיין, על פי הסברה להרגיע עצמו מן המתח שלפני הפעולה, לחפירה ארכאולוגית. בעת החפירה נפצע דיין באורח בינוני מהתמוטטות גוש כורכר ואושפז לשלושה שבועות. עם תום תקופה זו, כאשר באירועי ספטמבר השחור עקר חוסיין מלך ירדן את המחבלים הפלסטינים מממלכתו, החלה תקופה בה היו הפיגועים מועטים במספר, אך חמורים וקשים. ב-22 במאי 1970 נערכה ההתקפה על אוטובוס ילדי מושב אביבים שבגליל, ובה נרצחו 9 ילדים ו-3 מבוגרים. ב-9 במאי 1972 שחרר צה"ל את חטופי מטוס "סבנה" שנחטף והונחת בנמל התעופה לוד. דיין קיים משא ומתן עם החוטפים, במטרה להתישם תוך כדי ההיערכות לפעולת החילוץ.
בספטמבר 1972 אירע טבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן, שבו נרצחו 11 ספורטאים ישראלים. ב-15 במאי 1974 הורה דיין על חילוץ בכוח של תלמידים שנחטפו במעלות, חילוץ שבמהלכו רצחו המחבלים 24 מהנערים והנערות החטופים.
דיין לא היסס להורות על פעולות ראווה כנגד הטרור מחוץ לגבולות ישראל, כגון מבצע תשורה, שבו פוצצו מטוסים בנמל התעופה של ביירות בדצמבר 1968, ומבצע אביב נעורים לחיסול ראשי הטרור, באפריל 1973.
דיין הפוליטיקאי.
ב-21 בינואר 1968 הוקמה מפלגת העבודה הישראלית כאשר מפא"י, אחדות העבודה - פועלי ציון ורפ"י התאחדו למפלגה אחת. דוד בן-גוריון לא הצטרף לאיחוד זה, משה דיין ושמעון פרס הצטרפו לאיחוד. לאחר מותו של אשכול ב-26 בפברואר 1969 היו שדיברו על דיין כמועמד לראשות הממשלה. מותו של אשכול תפס את שני המועמדים להנהגה כשאינם מוכנים. יגאל אלון לא הצליח לאחד מאחוריו את ותיקי מפא"י ולהפוך למועמדם אל מול משה דיין, אשר מעולם לא נהנה מתמיכה במפלגתו, בניגוד לתמיכה הגורפת שקיבל בציבור. פנחס ספיר העלה את שמה של גולדה מאיר כמועמדת לראשות הממשלה. נראה כי הן דיין והן אלון לא רצו להיכשל בהתמודדות, ולכן העדיפו את מינויה של מאיר לתקופה שתאפשר להם להיערך.
לקראת הבחירות לכנסת השביעית ב-1969 קמה תנועה ציבורית עם הססמה "דיין לראשות הממשלה", שניסתה להביא למועמדותו של דיין לתפקיד ראש הממשלה ופתחה במסע החתמה של הציבור על עצומה, עליה חתמו רבבות. לבסוף, בכנס של יוצאי רפ"י שכונה בשם "כנס הסינרמה" ונערך ב-7 ביולי 1969 ונועד להביא לפרישת רפ"י ממפא"י ומן המערך, הודיע דיין (אם כי, כדרכו, לא בלשון מפורשת) שהחליט שלא לפרוש ולא להתמודד, בתוך המערך או מחוצה לו, ומועמדת המערך לבחירות נותרה גולדה מאיר.
גולדה נתנה לדיין חופש פעולה בענייני ביטחון וניהול השטחים, אך השפעתו המדינית הייתה מוגבלת. הצעתו לנסיגה חלקית מקו התעלה, שתאפשר למצרים לשקם את ערי התעלה ולפתוח אותה מחדש לשיט ובכך תצמצם את סכנת המלחמה, לא נתקבלה על ידי גולדה מאיר. דיין הצטייר כבעל גישה פרגמטית יותר ובעל יכולת חשיבה יצירתית במטרה להתניע מהלך מדיני עם המצרים. בזמן סבב השיחות השני בין ישראל ומצרים שניהל המתווך מטעם האו"ם, גונאר יארינג, הוא נשא נאום שכונה "קפיצה למים קרים" שבו הטיף לכניסה למשא ומתן ללא התנאי המוקדם של הסגת טילי הנ"מ המצריים שדרשה ישראל. עם זאת, דיין התנגד לנסיגה כלשהי מן השטחים, ודרש הקמת נמל עמוק בימית כל עוד לא מתנהל משא ומתן. דיין גם עמד על הזכות העקרונית להקמת התנחלויות בכל שטחי יהודה ושומרון, אבל התנגד להקמתן באזורים צפופי אוכלוסייה פלסטינית. תוכניות אחרות, כגון "תוכנית אלון" אשר דיברה על חשיבותו האסטרטגית של גב ההר ושאפה להגיע לשלום המבוסס על פשרה טריטוריאלית, נדחו על ידי גולדה ודיין לא ראה בהם טעם כל עוד הצד השני מסרב לקבלן באופן מוחלט. מצד שני, הכריז בפברואר 1969, לפני הבחירות לכנסת השביעית, שאם תהיה משלחת פלסטינית, שתודיע שהיא מוכנה "לדון איתנו על הסדר שלום, כי אז, לדעתי, עלינו להיות מוכנים לדון איתה על תנאים לשלום - בתנאי שתהיה זו נציגות מוסמכת של האוכלוסייה הפלסטינית ובתנאי שזו לא תהיה קבוצת טרור." עדות נוספת למיעוט השפעתו הפוליטית - בניגוד גמור לפופולריות שלו בציבור - הייתה חוסר הצלחתו להביא למינויו של האלוף ישעיהו גביש לתפקיד הרמטכ"ל, לאחר פרישתו של חיים בר-לב מהתפקיד. הממשלה, בניצוחם של השרים אלון וגלילי, העדיפה את האלוף דוד אלעזר, שאכן מונה לרמטכ"ל. גם הצעתו להקים מטה מייעץ לשר הביטחון, מעין מועצה לביטחון לאומי, נדחתה על ידי גולדה והשרים האחרים.
לקראת הבחירות לכנסת השמינית שנועדו להיערך בסוף אוקטובר 1973 גבר החשש שאם לא תענה תביעתו של דיין, שהמפלגה והמערך, המשותף לה ולמפ"ם, יציגו תוכנית מפורטת לפעולה בשטחים בארבע השנים הקרובות, יפרוש משורותיהם ויתמודד עצמאית או יחבור למסגרת פוליטית אחרת. כדי למנוע פילוג הטילה גולדה מאיר על ישראל גלילי, כיו"ר ועדת השרים להתיישבות והמנסח העיקרי של עמדות המפלגה והממשלה, לבחון את המסמכים שהעביר לה דיין ועל בסיסם לגבש את מה שבמקורו נקרא תוכנית הפעולה בשטחים 1973–1977 – סיכומים והמלצות וידוע כמסמך גלילי. התוכנית הובאה לאישור מזכירות מפלגת העבודה ב־3 בספטמבר 1973 כחלק ממצע הבחירות שלה. בעד התוכנית הצביעו 79 מחברי המזכירות, רבים נעדרו. לובה אליאב הצביע נגד.
במלחמת יום הכיפורים (1973).
סבירות נמוכה.
בין המלחמות היה דיין נתון, כרוב החברה הישראלית, בדעה כי הערבים לא יעזו לתקוף את ישראל, וכי אם אכן יעשו כן, אין להם כל סיכוי להצליח בכך, שכן עוצמתו האדירה של צה"ל, ומרחבי השטחים שכבש בגולן ובסיני, יעמדו לצידה של ישראל, ויגרמו להכרעה מהירה שתסתיים בניצחון נוסח מלחמת ששת הימים. גישה זו הביאה לשאננות מסוימת, הן בחברה הישראלית כולה, והן אצל דיין באופן אישי. הערצת הגיבורים שחש כלפיו הציבור הישראלי, הביאה לראייה שגויה של המציאות. הציבור הישראלי נהנה מכלכלה פורחת, מעוצמה צבאית, ומפירות השליטה בחבלי הארץ החדשים. תופעות שחיתות והתעשרות מהירה נפוצו, במיוחד אצל בוני הביצורים בקו בר-לב.
אל מול היהירות והשאננות הישראלית, קם במצרים מנהיג נחוש, אנואר סאדאת. עם עלותו לשלטון הכריז על שנת 1971 כ"שנת ההכרעה", אך משזו באה וחלפה מבלי שאירע דבר, הגביר הדבר את השאננות בישראל. נוצר הרושם כי כמנהיגים ערבים בעבר, סאדאת הוא איש של הצהרות רמות שאינן מגובות במעשים. גירוש היועצים הסובייטים ממצרים ביולי 1972 הפחית אף הוא את הכוננות בישראל, שכן נראה היה כי הצבא המצרי כשלעצמו, ללא תמיכה מברית המועצות, אינו מסוגל ליצור איום כלשהו על צה"ל. משלוחי נשק סובייטי מתוחכם לצבא המצרי המשיכו אף לאחר גירוש היועצים. ריכוז של כוחות מצריים וסוריים בחודש מאי 1973 ל"תרגיל מפקדות" הביא לגיוס מילואים בישראל במסגרת כוננות כחול לבן, אך לאחר סיום התרגיל שוחררו הכוחות. ברוח זו נתפסו אף הגיוס והכוננות בצבאות ערב בספטמבר 1973.
בישראל היה המודיעין נתון לקונספציה, לפיה מצרים לא תפתח במלחמה נגד ישראל. דיין, כשר ביטחון, צירף את ראש אמ"ן לישיבות הממשלה. ראש אמ"ן בשנת 1973, אלי זעירא, נהנה מיוקרה רבה, והערכותיו ניתנו ישירות לשרים מבלי שתובא להן כל ביקורת או הערכה חלופית בתוך אמ"ן או מחוצה לו. ב-16 באפריל 1973 הגיש זעירא לממשלה הערכת מודיעין לפיה "סבירות המלחמה קלושה". למרות הערכה זו גייס הרמטכ"ל דוד אלעזר חלק מן המילואים, כאמצעי זהירות. משהתפוגגה הכוננות, נראה היה כי לא ניתן יהיה עוד לערער על הערכותיו של זעירא. ב-21 במאי תדרך דיין את המטה הכללי של צה"ל כי ניתן להביא בחשבון את חידוש המלחמה במחצית השנייה של הקיץ. אל מול ההערכות הערבית בספטמבר 1973 שב זעירא והעריך כי הסבירות למתקפה נמוכה.
ימי השקט האחרונים.
ההכרעות האמתיות בממשלת גולדה לא התקבלו בפורום ממוסד כי אם ב"קבינט המטבח". בישיבתו של קבינט זה ב-3 באוקטובר 1973 נכחו דיין, וכן נציגי אגף המודיעין אשר דיווחו לנוכחים על המצב בגבולות. נמסר כי אכן מסוגלים הערבים לתקוף את צה"ל מהמערכים הקיימים, אך הסבירות לכך היא נמוכה. למחרת, ב-4 באוקטובר נמסר על פינוי משפחות בעלי התפקידים הסובייטים בסוריה ובמצרים. למרות התפתחות זו הייתה הערכת המודיעין בתוקפה - הסבירות למתקפה היא נמוכה. דוד אלעזר הכריז על כוננות גבוהה בצה"ל, אך לא גייס מילואים. רק בשעות הבוקר המוקדמות של יום הכיפורים עצמו השתכנע הרמטכ"ל, דוד אלעזר, שמלחמה תפרוץ באותו היום בשעה 18:00, וזאת על-פי מידע נוסף שסיפק ראש "המוסד", צבי זמיר, בעקבות פגישתו עם מקור מצרי רם-דרג, אשרף מרואן.