בשנת 1955 הצטרף לתנועת האחים המוסלמים בעזה. התנועה התחזקה מאוד בעקבות מהפכת הקצינים החופשיים בשנת 1952, וצברה פופולריות במחנות הפליטים ברצועה. אולם, בסוף 1954 בעקבות ניסיון התנקשות בגמאל עבד אל נאצר התנועה הוצאה מחוץ לחוק וירדה למחתרת. כבר בשנת 1957 התמנה לחבר בוועדת הדעוה של האחים המוסלמים ברצועה. בשנת 1958 סיים יאסין את לימודיו התיכוניים. הוא לא יכול היה להמשיך את לימודיו במצרים בגלל המצוקה הכלכלית של משפחתו, ולכן פנה לעבוד. יאסין נדחה בידי מוסדות החינוך של אונר"א, ולכן פנה לחינוך הממשלתי ובמשך מספר שנים לימד ערבית ואסלאם בבית ספר יסודי בעזה. ב-1964, יצא יאסין לקהיר כדי להתחיל לימודים אקדמיים במחלקה לאנגלית באוניברסיטת עין שמס. אולם שנה לאחר מכן נעצר על ידי המודיעין המצרי עקב פעילותו בתנועת האחים המוסלמים. לימודיו של יאסין הופסקו, הוא גורש בחזרה לעזה ונאסרה יציאתו בחזרה למצרים. בשנת 1966 יאסין ישב בכלא במשך חודש במתקן כליאה מצרי בתוך עזה, כחלק מגל המעצרים של השלטונות המצריים בעקבות ניסיון ההפיכה של סייד קוטב.
הקמת מנגנון הדעוה.
בשנת 1968 התמנה לראש תנועת האחים המוסלמים ברצועת עזה. בשנים הקודמות התנועה סבלה מרדיפות מצד השלטונות במצרים ומהגירה של מנהיגיה למדינות המפרץ. אבל בגלל מלחמת ששת הימים, שבעקבותיה עברה הרצועה לשליטת ישראל, יאסין הצליח בהדרגה לשקם את הארגון. תנועת האחים המוסלמים בראשותו חברה לתאי הארגון בגדה המערבית, שגם היא הייתה עתה תחת שליטה ישראלית. כמטרה ראשונית פעל יאסין ליצור בסיס תמיכה רחב לתנועה האסלאמית בקרב השכבות הנמוכות של האוכלוסייה, באמצעות הקמות מוסדות רווחה וסיוע. בעוד אש"ף וארגוני הפדאיון האחרים היו בשיאו של המאבק הצבאי כנגד ישראל, בשנות ה-70 התנועה האסלאמית הייתה עסוקה בבנייה שקטה של כוחה וביצירת תשתית חברתית-דתית בקרב האוכלוסייה. עם קבלתו את ההנהגה יאסין חילק את הרצועה לחמישה אזורי פעילות שלכל אחד מהם מינה אחראי. את המסגדים שאף יאסין להפוך ממרכזי התכנסות לתפילה גרידא למרכזים קהילתיים שיפיצו את הידיעות על האסלאם.
לשם מיסוד תהליך האסלאמיזציה ברצועת עזה ייסד יאסין בשנת 1970 את "האגודה האסלאמית", שבראשה העמיד את יד ימינו ח'ליל אל-קוקא. האגודה נרשמה בישראל באופן רשמי לפי חוק האגודות העות'מאניות בשנת 1975. בשנת 1973 הקים בסיועו של איברהים אל-יאזורי את "המוג'מע האסלאמי", שהוכר רשמית בחוק ביוני 1979. המוג'מע ריכז את כל הפעילות החברתית של האחים המוסלמים ברצועה, תחת מעטה דתי. ארגון זה עסק בפעילות של עזרה הומניטרית ורווחה, וזכה לתמיכת הממשל הצבאי הישראלי בשטחים שנעזר בו על מנת להחליש את כוחו של אש"ף. בהדרגה הצליח יאסין ליצור לא רק תשתית לקירוב צעירים לאסלאם, אלא גם מערכת חברתית שלמה שלא הייתה תלויה במוסדות הישראלים או בהנהגת החוץ הפלסטינית של אש"ף. כך למשל הוקמו חוגי ספורט לבני נוער, מוסד הכשרה מקצועית לנשים, וכן הוקמו מרפאות שריכזו תרומות של מנות דם. המוג'מע גם היה אחראי על פעולות צדקה, ובהתאם סבסד מלגות לימוד במוסדות דת בסעודיה והקים קרן צדקה לעניים.
בשנת 1976 יצא לפנסיה מוקדמת בגין נכותו המתגברת, והקדיש מעתה את זמנו לפעילות חינוכית ולהעמקת הזהות האסלאמית בקרב הפלסטינים. עד לראשית שנות ה-80 היו למוג'מע סניפים בכל רחבי רצועת עזה. בכירי המוג'מע היוו לימים את הבכירים שבמקימי חמאס, והתשתית החברתית שהקים יאסין שירתה בהמשך את ארגון הטרור. אף שלמעשה היה המוג'מע הביטוי החוקי של פעילות האחים המוסלמים ברצועה, האגודה מעולם לא הכירה בכך ושמרה על חשאיות באשר לקשריה עם האחים המוסלמים. גם כשאימץ יאסין מדיניות אלימה כנגד ישראל, הוא דאג לשמור על המוג'מע כמוסד נקי כפיים ולכן האגודה לא נפגעה גם כשכבר החל יאסין עצמו בפעולות טרור.
ראשיתה של האלימות.
יאסין אימץ את הגישה המיליטנטית נגד ישראל בעקבות גל האסלאם שפקד את המזרח התיכון בסוף שנות ה-70 וראשית שנות ה-80. תהליך זה, שבא לידי ביטוי באירועים כמו המהפכה האסלאמית באיראן ורצח נשיא מצרים אנואר סאדאת בידי ארגון מוסלמים פונדמנטליסטים, הכה שורשים גם בתוך החברה הפלסטינית. בשנות ה-70 מספר המסגדים ברצועת עזה ובגדה המערבית הוכפל, ובצמרת ההנהגה הדתית של הווקף הצליחו להתברג בכירים מהאחים המוסלמים. כמו כן החלה נהירה לאסלאם בתוך מוסדות אקדמיים פלסטיניים, וכן בקרב סטודנטים ובעלי מקצועות חופשיים שסיימו את לימודיהם. באוניברסיטאות שהיו מזוהות עם השמאל והחילוניות קמו אגודות סטודנטים אסלאמיות שזכו להצלחות גדולות בבחירות המוסדיות. ברצועת עזה תהליך ההתעוררות האסלאמית היה מלווה גם באירועים אלימים. בשנת 1983 הוקם ברצועת עזה ארגון הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני בידי פתחי שקאקי, שהכריז בריש גלי על פעילות אלימה לשם הגשמת מטרותיו. המוג'מע האסלאמי בראשות יאסין גם הוא החל להפעיל אמצעי אלימות, בשלב זה לא כנגד ישראל אלא דווקא כנגד הפלסטינים החילונים, ובייחוד אלו הקומוניסטים שנתפסו ככופרים וכמשתפי פעולה עם השלטונות הישראלים. בינואר 1980 הוצת משרד הסהר האדום ברצועה שבראשו עמד ממנהיגי התנועה הקומוניסטית הפלסטינית. בהמשך הוקמו מיליציות מטעם המוג'מע שכפו באלימות ברחובות עזה לבוש מוסלמי צנוע ואורח חיים הראוי לפי הדת.
המוג'מע בהדרגה חדר באלימות גם למוסדות ולארגונים ברצועת עזה שהיו מזוהים באופן מסורתי עם גורמים חילוניים. יאסין דרש מכל חבר במוג'מע להצטרף לאיגוד מקצועי שבתחום עיסוקו, ובאופן זה החל הגל האסלאמי לחדור למוסדות אלו. בשנת 1985 הצליח המוג'מע להשתלט על איגוד הרופאים ברצועה, והחדיר נציגים גם לאיגודים מקצועיים אחרים, וכן השתלט בהדרגה על ארגוני המורים והעובדים של אונר"א. גולת הכותרת של תהליך זה הייתה השתלטות המוג'מע על האוניברסיטה האסלאמית בעזה. גירוש הנהגת אש"ף ויאסר ערפאת מביירות בשנת 1982 גרם להפסקת המימון של אש"ף לאוניברסיטה, ואת זאת ניצל יאסין כדי להשתלט על המוסד. נשיא המוסד החילוני גורש בכוח ובמקומו מונו נושאי משרות דתיים. בבחירות הסטודנטיאליות שנערכו בינואר 1983 זכה המוג'מע ללמעלה ממחצית הקולות. מאז הניצחון של המוג'מע הפכה האוניברסיטה למעוז מסורתי של התנועה האסלאמית ברצועה. במרץ 1985 פרץ גל מהומות בתוך האוניברסיטה, שבמהלכו הוכו ונפצעו עשרות סטודנטים שהיו פעילים של פת"ח. מרצים וסטודנטים קומוניסטים נרדפו ביתר שאת, וחלק גורשו לצמיתות מהמוסד.
השלב הבא במפנה של יאסין לעבר פעילות ג'יהאד אקטיבית החל בשנת 1983, עם הקמת אל-מוג'אהדון אל-פלסטיניון (מילולית: "לוחמי הקודש הפלסטינים"), הזרוע הצבאית של האחים המוסלמים ברצועת עזה. החלטה זו נתקבלה אצל יאסין על רקע קריסתו של אש"ף במלחמת לבנון וכן בעקבות הטבח בסברה ושתילה. מטרת הארגון לפי יאסין הייתה הקמת חוליות צבאיות ואיסוף נשק, במטרה להכשיר כוחות שיילחמו בבוא הזמן נגד ישראל. בסוף אפריל 1983 הוקם הארגון בפגישה חשאית בביתו של יאסין, שבה נכחו גם עבד אל-רחמן תמראז, אבראהים מקאדמה ואחמד אל-מלאח. יאסין אחסן בביתו נשק שהארגון הצליח לרכוש מידי סוחרים, ובכלל זאת גם נשק גנוב של צה"ל. המימון לעסקאות הנשק הגיע בין היתר מתאי האחים המוסלמים בירדן. ב-15 ביוני 1984 תפס השב"כ עשרות רובים ומקלעים בביתו של יאסין, וכן בסליק שנמצא במסגד הסמוך לביתו. בעקבות זאת נעצר יאסין ואתו שאר חברי אל-מוג'אהדון. במשפט שנערך באוגוסט בבית הדין הצבאי בעזה, נדון יאסין ל־13 שנות מאסר בשל החזקת נשק בלא רישיון, הקמת ארגון צבאי וקריאה לחיסול מדינת ישראל.
בזמן שהותו בכלא הכיר את סלאח שחאדה שלימים היה ממקימי תנועת חמאס. אף שנדון לשלוש-עשרה שנות מאסר, יאסין שוחרר מכלאו כעבור פחות משנה במאי 1985, במסגרת "עסקת ג'יבריל". עם חזרתו לרצועת עזה המשיך יאסין לנקוט במדיניות האסלאמית האגרסיבית, אולם כדי שלא לפגוע במוג'מע האסלאמי פרש מנשיאות המוסד ובמקומו מונה איברהים אל-יאזורי. לשם המשך פעילות הטרור הקים יאסין בראשית 1986 ארגון צבאי חדש שמטרתו הייתה פעילות ג'יהאד כנגד סוטים מדרך האסלאם, כמו חנויות שמכרו אלכוהול או סרטים פורנוגרפיים. לארגון החדש, שכונה אל-מג'ד (מילולית: התהילה), גייס יאסין שניים מראשי אגודת הסטודנטים באוניברסיטה האסלאמית. עד מהרה גויסו עשרות פעילים לאל-מג'ד, והוקמו חוליות לוחמים שהתחלקו לפי אזורי פעילות מוגדרים. יאסין התיר לאנשי הארגון, באמצעות פתווה, להוציא להורג משתפי פעולה פלסטינים עם ישראל. על סמך פסק זה הוצאו להורג ארבעה פלסטינים לפחות בשנים 1986–1987 בידי חברי הארגון. לימים התמזג הארגון בתוך הזרוע הצבאית של חמאס.
הקמת חמאס.
עוד לפני פרוץ האינתיפאדה יאסין רצה למסד את הארגון הצבאי שהלך וגיבש. ביוני 1987 זימן לביתו את עבד אל-עזיז א-רנתיסי ואת סלאח שחאדה, והטיל עליהם להקים זרוע צבאית חדשה שתבצע פעולות טרור כנגד ישראל, על בסיס התשתית הלוגיסטית של ארגון אל-מוג'אהדון. רנתיסי מונה למפקד דרום הרצועה וסלאח למפקד צפון הרצועה, אולם לאחר מספר ימים רנתיסי נעצר ושחאדה נותר כמנהיג היחיד של הזרוע הצבאית. ההקמה הסופית של "תנועת ההתנגדות האסלאמית" התרחשה בעקבות פרוץ האינתיפאדה הראשונה ב-9 בדצמבר 1987. בשלב זה שבו החלה התקוממות פלסטינית נגד ישראל, יאסין רצה לשים בראשה את דגל האסלאם, באמצעות ארגון חדש שיפעל למימוש הג'יהאד.