באביב 1903 התחוללו פרעות בעיירה דוּבּוֹסַארִי שבפלך בסרביה (הנמצאת ברפובליקה מולדובה). כאשר התגבר החשש באודסה מפני פרעות נוספות, התקומם ז'בוטינסקי נגד אזלת היד והתבוסתנות, שלדעתו אפיינו את מנהיגי היהודים. הוא שלח מכתבים אל מנהיגי הקהילה ובהם הציע לארגן יחידות הגנה יהודיות, יחידות אשר עשויות היו להיתפס כביטוי לגאווה לאומית ואי-כניעה אף יותר מכוח ממשי, בארץ שבה שנאת היהודים קיבלה לעיתים את עידוד השלטון וכוחות המשטרה. אז נודע לו כי ארגון הסטודנטים היהודיים "ירושלים" כבר ארגן, לראשונה בתולדות יהדות רוסיה, יחידת הגנה עצמית כמו זו שהציע, וז'בוטינסקי מיהר להצטרף לשורותיה. יחד עם מאיר דיזנגוף פעל להשגת סכומי כסף גדולים לרכישת נשק ליחידה.
בתחילת אפריל, בחג הפסח, התחוללו פרעות קישינב. לאחר הפרעות, יצא ז'בוטינסקי לקישינב בשליחות עיתונו, "אודסקיה נובוסטי", ושם נפגש לראשונה עם חיים נחמן ביאליק ועם המנהיגים הציוניים מנחם מנדל אוסישקין וזאב ולדימיר טיומקין. אל הזעזוע שעוררו הפרעות בקרב היהודים נלוו גם שינויים בתפיסת היהודים לגבי הכבוד העצמי והתקוממות נגד הדיכוי, דבר שהתבטא בהקמת יחידות הגנה בערי תחום המושב. ז'בוטינסקי הושפע גם הוא עד מאוד מן המאורעות ואלה גרמו לו להיכנס סופית אל הפעילות הציונית. עם זאת, אמר על עצמו כי הפרעות לא המחישו לו את מצוקתו של היושב בארץ זרה, אלא הביאו אותו לחבור אל אנשים שעסקו בפעילות הציונית. בשנת 1904, בקישינב, תרגם לרוסית את הפואמה "משא נמירוב", השם הגלוי של "בעיר ההרגה", מאת חיים נחמן ביאליק. ז'בוטינסקי הכניס בתרגום רגשות כה עזים, עד שאנשי שירה ראו בתרגומו יצירה לירית העומדת בפני עצמה. ז'בוטינסקי גם כתב שיר הקדמה לתרגום הפואמה, אשר הסתיים כך (בתרגומו של חנניה רייכמן):
פעילות ספרותית וציונית 1903–1914.
בתקופה זו נרתם ז'בוטינסקי באופן נמרץ למפעל הציוני. הוא החל להוציא תחת ידו פרסומים ומאמרים רבים. בזמן שאותו כינה "תקופת נדודי", עבר בין הסניפים הציוניים ברוסיה והקים סניפים חדשים במקומות שבהם לא היו קיימים, כשהוא מפגין את כישרונות כתיבתו הקולחת ואת יכולת הדיבור המשכנעת שלו. לז'בוטינסקי הייתה היכרות מעמיקה מימי שהותו ברומא ובברן עם האידאולוגיה המרקסיסטית, והוא הפנה אותה למאבקו נגד תנועת "הבונד" ובתנועות הסוציאליסטיות. גופים אלה צברו כוח והשפעה גדולים אצל יהודי רוסיה ופולין, ובייחוד אצל הנוער שמאס במשטר הדיכוי של רוסיה הצארית; אולם ז'בוטינסקי ראה בהם אויבים לרעיון הציוני. הוא כתב את המחזה "אדמת נכר", שבו ניבא כי כוח הנוער היהודי במהפכה הסוציאליסטית יהיה בלתי רצוי ולא יביא לפתרון הבעיה היהודית.
ז'בוטינסקי נבחר ציר מטעם ציוני אודסה לקונגרס הציוני השישי שנערך בסוף אוגוסט 1903. היה זה הקונגרס האחרון שבו השתתף הרצל, ושם הייתה הפעם היחידה שבה שְמעו ז'בוטינסקי. בהיכרות קצרה זו התרשם ז'בוטינסקי עמוקות מהרצל, והוא דבק בתורתו מאותו היום. יתר על כן, ראה ז'בוטינסקי את דרכו ואת התנועה הפוליטית שבהמשך עמד בראשה כממשיכות דרכו של הרצל. הוא כתב עליו, על מילותיו במושב הסיום ועל ההצבעה על תוכנית אוגנדה:
ז'בוטינסקי עזב את אולם הדיונים של הקונגרס יחד עם שוללי תוכנית אוגנדה.
בשנת 1903 פרסם ז'בוטינסקי את מאמרו הציוני הראשון, "לשונאי ציון", בעיתון "יוז'ניא זאפיסקי".
בשנים הקרובות לאחר מכן היה ז'בוטינסקי לראשון בהוגים והפובליציסטים של ציוני רוסיה. הגשמת מטרתם, שכללה הקמת מוסדות חינוך והפצה רעיונית רחבה, הייתה צריכה לבוא בד בבד במאבק בנהירת הנוער אחרי הזרמים המהפכניים וההתבוללות בקרב היהודים.
בסוף 1903 עבר ז'בוטינסקי מאודסה לסנקט פטרבורג, ושם הצטרף למערכת העיתון "ראזסוויט" (השחר). מאמריו בעיתון, אשר דנו הן בענייני היום והן בסיקור מאבקים לעצמאות לאומית באירופה, הציבו אותו כאחד מראשוני הכותבים הפוליטיים של יהדות רוסיה. במאמריו ובנאומיו הסוחפים המשיך לצאת ישירות נגד ההתבוללות ונגד המהפכנים והליברלים הרוסים אשר לא האשימו את השלטונות על צעדיהם האנטישמיים וזאת כדי שלא יהיו "מזוהים עם היהודים".
באותה שנה החל לעבוד גם בעיתונים הרוסיים "נאשה ז'יזן" ו"רוס".
ב-1905 ביקר באודסה, ולאחר שנשא נאום רדיקאלי, נאסר בשנית על ידי המשטרה. באותה שנה פורסמה הפואמה שלו "שרלוטה האומללת" (על שארלוט קורדה, הרוצחת של ז'אן-פול מארה), אולם סמוך להופעתה הוחרמה על ידי הצנזורה הרוסית. הפואמה זכתה לתשבחות מבקרי ואנשי השירה הרוסית וז'בוטינסקי נכנס אל היכל המשוררים בעלי המעמד של תקופתו. הסופר מקסים גורקי חשש מפני החרמתה על ידי הצנזורה, ולפני שזו השמידה אותו, רכש וחילק את מרבית העותקים.
ב-1905 היה ז'בוטינסקי ממקימי "הליגה להשגת זכויות חוקיות ליהודי רוסיה". הוא עמד בראש הזרם הציוני של הארגון ובנוסף יצא עם מצע ציוני לבחירות לדומה הראשונה, אך לא עלה בידיו להיכנס לפרלמנט. באותה שנה פרסם את הספר "החינוך העברי", שבו קרא להשלטת העברית בבתי הספר היהודיים.
ב-1906 התקיימו כנסים של העיתונות היהודית ברוסיה, וז'בוטינסקי היה המוביל בניסוח ההצעה שלפיה יש להקנות ליהודי רוסיה מעמד לאומי עצמאי. ז'בוטינסקי הוציא לאור סדרת מאמרים ובהם פתרונותיו לבעיית היהודים בתחומי רוסיה, ובכלל זה הצעה לאוטונומיה לאומית ועיגון זכויותיהם בחוק. רעיונות אלה היו חלק משמעותי מהחלטת ועידת הלסינגפורס (הלסינקי) מסוף נובמבר של אותה שנה, שלפיה יש להקנות זכויות לאוטונומיה לאומית למיעוטים. עד 1907 התמודד ז'בוטינסקי פעמיים נוספות בבחירות לפרלמנט עם מצע רעיוני ציוני, אך בשתי הפעמים נכשל מול איחוד של המתבוללים, הליברלים הרוסים ו"הבונד". באותה שנה נשא לאישה את המהנדסת לאגרונומיה יוענה (יוהנה, אניה) גלפרין (1884–1949). ממכתביו עולה כי במשך כל שנותיו רחש לה אהבה רבה, גם אם הרבה במסעותיו ותקופות ארוכות התנתק ממשפחתו.
ב-1907, לאחר מערכת הבחירות השלישית, שבה נכשל, עבר ז'בוטינסקי לווינה, שם למד במשך יותר משנה. בווינה התנהלו אז מאבקי מיעוטים בדבר השגת זכויותיהם. ז'בוטינסקי המשיך לשלוח אל עיתוני רוסיה חומרים פרי עטו, בכלל זה כתבות, מאמרים, ביקורות ותרגומי שירה ותיאטרון.
ב-1908 פורסם המחזה פרי עטו, "נכר" ("צ'וז'בינה"), שמיד הוחרם על ידי הצנזורה הרוסית. באותה שנה התחוללה מהפכת הטורקים הצעירים, אשר הפיחה תקוות אצל ראשי הציונות כי שליטיה החדשים של האימפריה העות'מאנית יגלו יחס נוח יותר למטרות הציונות ואולי אף יסייעו לה בהגשמת מטרותיה.
בשליחות עיתון רוסי בסנקט פטרבורג, נסע ז'בוטינסקי באותה שנה לקושטא (איסטנבול) ופרסם שם סדרת מאמרים כחלק ממאמצי הסברה כתובה בעד הציונות.
בסתיו 1908 ביקר לראשונה בחייו בארץ ישראל, ובפני אספת פועלים בעין גנים, נאם בפעם הראשונה בעברית. בתחילת 1909 חזר מארץ ישראל לסנקט פטרבורג ופרסם בעיתון "ראזסוויט" סדרת מאמרים על המצב בטורקיה. עם שובו לפטרבורג, ניגש לבחינת הבגרות וקיבל תעודת בגרות.
בהמשך אותה שנה פנתה ההסתדרות הציונית אל ז'בוטינסקי בבקשה שיעמוד בראש מערכת ההסברה שהוקמה באימפריה העות'מאנית. כך קמו להם מספר עיתוני הסברה ציוניים בשפות שונות, בהם "המבשר" בעברית ו-"Le Jeune Turc" ("הטורקי הצעיר") בצרפתית, וז'בוטינסקי השגיח עליהם והשתתף בעריכתם. מעבר לכך הרבה ז'בוטינסקי בפעילות הסברתית ונפגש עם אנשי שלטון ומנהיגי מגזרי מיעוטים. נציגי מדינות אירופה השונות העבירו דיווחים לממשלותיהם בדבר קידום העניין הציוני אשר החל צובר תאוצה. ואולם לאחר תקופה מסוימת הגיע ז'בוטינסקי למסקנה כי המאמצים נופלים על אוזניים ערלות. ב-1909 פרסם יעקובוס כהן, מראשי הוועד הציוני, ספר ובו דרישה ישירה לאוטונומיה יהודית בארץ ישראל. ז'בוטינסקי חשב כי הצהרה יומרנית וקיצונית כזו תטרפד את מאמצי הציונים אצל הטורקים. בנוסף הוא ראה בכך "הפקר" של העלאת דרכי פעולה לא מסודרות וללא תוכנית אם. בעקבות כך התפטר מתפקידו. בדיעבד אמר על כך: "קיבלתי את הספר ונבהלתי... בלב תמים דרש יעקובוס אוטונומיה וממשלה עברית... וגם צבא עברי... והכל תיכף ומיד: צה"רי לפני מתן תורת הצה"ר! זוהי האירוניה של הגורל: שדווקא אני ולא אחר, נבהלתי מהרעיונות האלה".
בעקבות פרסום הספר, הסתכסך ז'בוטינסקי בקיץ 1910 עם נשיא ההסתדרות הציונית, דוד וולפסון, ועזב בשל כך את איסטנבול וחזר לרוסיה. ב-26 בדצמבר 1910 נולד בנו, ערי־תיאודור.
ב-1911 הקים ז'בוטינסקי עם אחד ממכריו הוצאת ספרים, שבמסגרתה הוצאו לאור יצירות מופת עולמיות מתורגמות לעברית. ז'בוטינסקי תרגם בין היתר מיצירותיהם של פול ורלן, אדמון רוסטאן, את הרומן "אספרטקוס" ואת "העורב" של אדגר אלן פו (בהקדמה לקובץ תרגומיו כתב ז'בוטינסקי: "מי שתרגם את השירים האסופים בחוברת זו איננו משורר, אך דעתו היא, כי שפת שירתנו החדשה היא העברית הספרדית; ואם כי קלי-ערך הם חרוזיו, דעתו תנצח"). תרגומו לפואמה "העורב" הוא מתרגומיו המפורסמים ביותר.
ב-1912 נבחן ז'בוטינסקי בהצלחה באוניברסיטה היארוסלאבית וקיבל תואר במשפטים.
עד 1913 ריכז ז'בוטינסקי את מאמציו במאבק למען "עִברות" רשת החינוך היהודית, בניגוד למתבוללים, שניסו להקנות להם אופי רוסי. בעשרות ערים עבר ז'בוטינסקי ונשא נאומים בזכות העברית. אף-על-פי-כן, מנהיגי ההסתדרות הציונית סירבו לאשר את הצעותיו אלה. הוא הוכיח את היהודים כי צרת האנטישמיות לא תיפתר בנימוקים מדעיים או הצטדקות, אלא רק על ידי פתרונות הציונות. משפט בייליס ושאר עלילות דם שימשו אותו בטיעוניו.