בין הפיגועים הבולטים שבוצעו עד אמצע שנת 2001: רצח אופיר רחום, שפותה על ידי אמנא מונה לנסוע לרמאללה ב-17 בינואר, רצח התינוקת שלהבת פס ב־26 במרץ בידי צלף פלסטיני בחברון, פיגוע בקניון בנתניה ב-18 במאי שבו נהרגו 5 ישראלים ופיגוע ההתאבדות בדולפינריום ב-1 ביוני שבו מחבל מתאבד מחמאס רצח 21 צעירים. שרון החליט להגיב באיפוק על הפיגוע בדולפינריום ולתת לרשות הפלסטינית הזדמנות לפעול. בתחילת יוני סוכם על הפסקת אש בתיווכו של ג'ורג' טנט וב-13 ביוני סוכם על קבלת תוכניתו לרגיעה, אולם לאחר ירידה באלימות לקראת ביקור קולין פאואל באזור ב-28 ביוני התחדשה האש. חוסר פעולתה של הרשות הפלסטינית, ופיגועי טרור נוספים בקיץ (הקשה שביניהם היה הפיגוע במסעדת סבארו ב-9 באוגוסט שבו נרצחו 15 איש) גרמו מהר מאוד לאובדן האמון ברשות הפלסטינית ודרישה לתגובה צבאית תקיפה ונחרצת כנגד הטרור.
במרץ 2002 ("מרץ השחור") הגיעו הפיגועים לשיא, ובעקבות הפיגוע במלון פארק בליל הסדר שבו נרצחו 30 ישראלים, החליט ראש הממשלה אריאל שרון על יציאה למבצע "חומת מגן" בו כבש צה"ל מחדש את כל הערים הפלסטיניות ביהודה ושומרון (מלבד יריחו וחברון) וצר על מפקדתו של ערפאת במוקטעה שברמאללה.
מבצע זה, בנוסף למבצעים חוזרים ונושנים ביהודה ושומרון ורצועת עזה, מעצרים (בראשם מעצר מנהיג התנזים מרואן ברגותי) חיסולים ממוקדים מהאוויר (ובראשם חיסול מנהיגי החמאס סלאח שחאדה, אחמד יאסין ורנטיסי), סיכול הברחות נשק לשטחים (חשיפת מנהרות הברחה בציר פילדלפי ועצירת ספינת הנשק האיראנית קארין איי) ובנייתה של גדר ההפרדה ביהודה ושומרון הורידו משמעותית את היקף הפיגועים.
משנת 2001 החלו ארגוני הטרור ברצועת עזה (וניסיונות לכך נעשו גם ביהודה ושומרון) לירות רקטות קסאם פרימיטיביות ורקטות גראד תקניות על יישובים יהודיים ברצועת עזה ובנגב ("עוטף עזה").
לאחר ניסיונות כושלים רבים לחידוש המשא-ומתן (כמו תוכנית "מפת הדרכים" האמריקאית), הגיעו בינואר 2005 יו"ר הרשות אבו מאזן, שנבחר לאחר מותו של ערפאת, להסכמה על "תהדיאה" ("רגיעה" זמנית) עם ארגוני הטרור, שהביאה לסיומה של האינתיפאדה.
בשנתיים הראשונות של האינתיפאדה בוצעו כ-14,000 פיגועים, שבהם נהרגו למעלה מ-600 אזרחים ונפצעו למעלה מ-4,500. בסך הכל נרצחו בפיגועים שבוצעו במהלך חמש שנותיה של האינתיפאדה השנייה למעלה מ-1,000 ישראלים, מרביתם אזרחים.
תחת הנהגתו של אבו מאזן התמתן הפת"ח ואיבד את כוחו והשפעתו בקרב הציבור הפלסטיני לטובת החמאס, שבנוסף לטרור הוא גם תנועת רווחה וסעד דתית שמהווה אלטרנטיבה לשלטון הפת"ח המושחת. בבחירות לפרלמנט הפלסטיני בינואר 2006 התמודד לראשונה החמאס כמפלגה פוליטית והביס את הפת"ח, ונציגו, אסמאעיל הנייה מונה לראש הממשלה. מצב זה שבר את ההגמוניה של 40 השנה בהם הנהיגו אש"ף ופת"ח את העם הפלסטיני.
לאחר תוכנית ההתנתקות.
לאחר נסיגת ישראל מרצועת עזה במסגרת תוכנית ההתנתקות בשנת 2005 והבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית בראשית 2006, השתלט החמאס על כל רצועת עזה ביוני 2007. שלטון החמאס ברצועה הגביר את ירי הקסאמים, הפצמ"רים ואף טילי גראד על יישובי עוטף עזה, שדרות ואשקלון וכן את ההתחמשות של הארגון ברצועה במימון ובסיוע של איראן. במקביל נמשכו ניסיונות פיגוע גם מחוץ לעוטף עזה, בהם חטיפתו של החייל גלעד שליט.
בתחילת 2009 נערך ברצועת עזה מבצע צבאי רחב היקף בשם "מבצע עופרת יצוקה" שמטרתו הוגדרה על ידי צה"ל: "לפגוע קשה בממשל חמאס על מנת לגרום למציאות ביטחונית טובה יותר לאורך זמן סביב רצועת עזה, תוך חיזוק ההרתעה וצמצום ירי הרקטות ככל שניתן". בשנה שלאחר המבצע קטן הירי תלול מסלול לעבר ישראל בכ-90 אחוז.
על פי נתוני השב"כ, בעשור זה ירו ארגוני הטרור הפלסטינים למעלה מ-10,000 רקטות ופצצות מרגמה לעבר יישובים ישראלים. עד ליישום תוכנית ההתנתקות התאפיין הירי תלול מסלול בעיקר בירי פצצות מרגמה על חיילי צה"ל והיישובים היהודיים ברצועת עזה. בשנת 2006, לאחר נסיגת ישראל מרצועת עזה, גדלה כמות הרקטות שנורו ממנה במאות אחוזים, ועד סוף העשור נורו אלפי רקטות קסאם וגראד לעבר יישובי הדרום. שנת השיא של ירי הרקטות והפצמ"רים הייתה ב-2008 שבסופה החל מבצע עופרת יצוקה. בשנת 2009 נרשמה ירידה משמעותית בירי תלול מסלול מרצועת עזה ביחס לשנים הקודמות, אך הוא לא נפסק. היעדים הראשונים והעיקריים של ירי רקטות הקאסם היו העיר שדרות ויישובי עוטף עזה. בהמשך נפגעו מטילי גראד גם ערים נוספות בדרום ישראל כמו אשקלון, נתיבות ובאר שבע. בסך הכל נהרגו בעשור זה כתוצאה מירי תלול מסלול 32 בני אדם ונפצעו 1,396.
העשור השני של המאה ה-21.
ב-2010 נרשמה ירידה משמעותית בפיגועי הטרור בייחס ל-2009 ולכל השנים שלפניה, ולראשונה מזה עשור ירד מספר ההרוגים מתחת ל-10. עם זאת החמאס המשיך במאמצי ההתחמשות שלו שכללו הברחת כספים ואמצעי לחימה איכותיים בהיקף רב לתחומי הרצועה, וכן נמשך ירי רקטות ופצצות מרגמה לעבר יישובי הדרום, ובהם אשקלון, אשדוד ובאר שבע. על פי נתוני המרכז למורשת המודיעין בין ינואר 2010 למרץ 2011 נורו לעבר שטח ישראל 110 רקטות ו-83 פצצות מרגמה (נתון זה לא כולל רקטות ופצצות שנורו לעבר ישראל ונפלו בשטח רצועת עזה).
ביהודה ושומרון קטנה כמות פיגועי ההתאבדות כמעט לאפס, אך המשיכו פיגועי הירי, הדקירה, השלכת בקת"בים ויידויי אבנים לעבר כלי רכב. אירועי טרור בולטים ב-2011 היו רצח 5 מבני משפחת פוגל באיתמר. באוקטובר 2011 נחתמה עסקת שליט בין ישראל לחמאס שמסגרתה שוחרר החייל החטוף גלעד שליט תמורת שחרורם של כ-1,000 פלסטינים מהכלא הישראלי, בהם מאות מחבלים שהיו מעורבים ברצח ישראלים ונידונו למאסר עולם. שנת 2012 הייתה השנה הראשונה, מזה 40 שנה, בה לא נהרגו ישראלים בפיגועים בגדה ובירושלים. אולם, בשנה זו נהרגו אזרחים ישראלים מטילים ששיגרו פלסטינים מעזה.
החל מהמחצית השנייה של 2012 גברו באופן דרסטי ביהודה ושומרון פיגועי יידוי אבנים, פיגועי דקירה, יידוי בקבוקי תבערה ואף נעשו מספר פיגועי ירי, במה שכונה "טרור עממי". רוב הפיגועים כוונו אל כלי רכב ישראליים, לרוב כאשר הללו נסעו בצירי תנועה באיו"ש. ב-2013 בוצעו למעלה מאלף פיגועים במתווה "טרור עממי" והללו גרמו לנפגעים.
ב-12 ביוני 2014 חטפה ורצחה חוליה של החמאס שלושה נערים באזור גוש עציון. בעקבות החטיפה חלה הסלמה ביהודה ושומרון וכן ברצועת עזה. צה"ל פתח במבצע שובו אחים ועצר מחבלי חמאס רבים. ב-30 ביוני נתגלו גופות הנערים וב-23 בספטמבר נהרגו הרוצחים אחרי שאותרו על ידי כוחות הביטחון. במקביל, בעזה חלה הסלמה משמעותית בירי הרקטות על עוטף עזה, דבר שהביא לפרוץ מבצע צוק איתן ב-8 ביולי. הלחימה נמשכה 50 יום ובמהלכה ירו המחבלים למעלה מ-4,500 רקטות על ישראל (לרבות ירושלים, גוש דן, ערי הדרום ועוטף עזה). צה"ל תקף אלפי מטרות. בלחימה נהרגו 5 אזרחים ו-67 חיילים ישראלים. מנגד, נהרגו כ-2,000 פלסטינים, כמחציתם פעילי טרור.
בקיץ 2014 גברו פעולות "טרור עממי" ומהומות אלימות בירושלים שבוצעו על ידי פלסטינים תושבי מזרח ירושלים. המהומות האלימות כללו פיגועי טרור ואלפי מקרים של יידוי אבנים ובקבוקי תבערה על כלי רכב ואוטובוסים, יידוי אבנים יומיומי על הרכבת הקלה בירושלים, ריסוס כתובות נאצה וצלבי קרס, ונדליזם כנגד רכוש ממלכתי ותקיפת יהודים באלימות.
ב-18 בנובמבר 2014 אירע הפיגוע בבית הכנסת קהילת בני תורה בשכונת הר-נוף בירושלים: שני מחבלים פרצו למתחם בית כנסת "קהילת יעקב" ופתחו בירי ותקפו מתפללים עם סכינים. ארבעה מתפללים נרצחו ו-8 נפצעו קשה, שוטר שנפצע קשה מת מפצעיו יממה לאחר מכן, ומתפלל נוסף מת מפצעיו כשנה לאחר הפיגוע.
גל הטרור ה'תשע"ו.
בתשרי ה'תשע"ו (13 בספטמבר 2015) החלו הפלסטינים לבצע מהומות אלימות ומספר רב של פיגועים ברחבי הארץ, בין היתר סדרה של פיגועי דקירה בירושלים, תל אביב, פתח תקווה, קריית גת, עפולה ועוד, ומאות פיגועי יידוי אבנים על כלי רכב. אוקטובר התאפיין בפיגועי דקירה רבים הן בירושלים, הן בתוך הקו הירוק והן ביהודה ושומרון. בנובמבר גברה כמות פיגועי הירי ופיגועי הדריסה שביצעו הפלסטינים. בפיגועים אלה נרצחו 37 ישראלים ועוד 3 אזרחים זרים. גל הטרור החל לדעוך בסוף חודש מרץ 2016 אך ב-18 באפריל 2016 הגל עלה מדרגה כאשר התרחש פיגוע התאבדות ראשון זה 8 שנים, באוטובוס אגד קו 12 בצומת פת בירושלים. 20 נפצעו, המחבל נפצע אנושות ומת לאחר יומיים, חמאס לקח אחריות. ביוני 2016 חלה הסלמה נוספת, שנפתחה עם פיגוע הירי במתחם שרונה בו נרצחו 4 ישראלים. בסוף השנה גל הטרור דעך, אך לא פסק לחלוטין.
הטרור בשנת 2017.
בשנת 2017 נרצחו 17 ישראלים בפיגועי טרור.
הטרור בשנת 2018.
הטרור בגזרת עזה.
החל מסוף מרץ 2018 החלו הפלסטינים בסדרת הפגנות ומהומות אלימות על גדר המערכת סביב רצועת עזה בארגון חמאס. בחסות המהומות בוצעו גם פיגועי טרור וניסיונות לחבל בגדר ולחדור לשטח ישראל. צה"ל נערך בכוחות מתוגברים ופרש עשרות צלפים שירו לעבר מחבלים ומתפרעים מסכני חיים.
ה-30 במרץ היה היום הראשון של "צעדת השיבה הגדולה" ברצועת עזה בו אלפי פלסטינים התפרעו בסמוך לגדר המערכת וניסו לחבל בה ולחדור לשטח ישראל. צה"ל הגיב בירי צלפים. הפלסטינים דיווחו על 16 הרוגים מהבוקר בעימותים עם צה"ל בגבול, ועל למעלה מ-1,400 נפגעים. באירוע אחר 4 מחבלים ניסו לבצע פיגוע ירי לעבר הכוחות המוצבים סמוך לגדר. צה"ל סיכל פיגוע זה וחיסל את ארבעת המחבלים.