המושל ויסנטה לופס אי פלאנס (Vicente López y Planes) התפטר והוחלף זמנית על ידי יו"ר בית הנבחרים - הגנרל מנואל גיז'רמו פינטו (Manuel Guillermo Pinto). אורקיסה שהיה עדיין ליד בואנוס איירס הגיב במהירות: ב-24 ביוני 1852 ציווה על הצבא להשתלט על בואנוס איירס, פיזר את בית הנבחרים, השיב את לופס לתפקידו, ועצר חלק מאנשי האופוזיציה.
כעבור חודש, משלופב עמד שוה להתפטר, אורקיסה לקח על עצמו את תפקיד המושל (בנוסף להיותו דירקטור זמני), ובתור דירקטור הורה על כינוס קונגרס חוקתי, אסר על החרמת מוצרים, ביטל את עונש המוות על פשעים בפוליטיים, והכריז שההכנסות מהמכס יועברו לידי המדינה ולא יישארו בידי בואנוס איירס.
בנוסף, אורקיסה הכיר בעצמאות פראגוואי שרוסאס סירב להכיר בה, ואיפשר שיט חופשי בנהרות.
בספטמבר 1852 הוא עזב לכיוון סנטה פה, לקונגרס החוקתי, והותיר את מיגל חוסה גלאן (José Miguel Galán) כממלא מקומו כמושל בואנוס איירס.
המרד והמצור על בואנוס איירס.
ב-11 בספטמבר 1852 פרץ מרד צבאי בתמיכה אזרחית נגד אורקיסה וממלא מקומו (שנמלט לאנטרה ריוס). בין המורדים ניתן היה למצוא יחידות מקוריינטס לצד תומכים לשעבר של רוסאס, ובית הנבחרים שהתכנס מחדש הכריז על אי הכרתו בקונגרס החוקתי שבסנטה פה, החזיר את נציגי בואנוס איירס משם, ולקח על עצמו את ניהול ענייני החוץ - תפקיד שהיה נתון בידיו של רוסאס.
אורקיסה שקל לצאת למערכה צבאית נגד בואנוס איירס, אבל משהבין שלא צפויה לו תמיכה פנימית בתוך העיר ושתומכיו ומתנגדיו של רוסאס התאחדו והשאירו את מחלוקות העבר מאחוריהם, הוא ויתר ושב לאנטרה ריוס.
מנקודה זו, מדינת בואנוס איירס (Estado de Buenos Aires) התנהלה כמדינה עצמאית מחוץ לקונפדרציה; ובאוקטובר 1852 ולנטין אלסינה (Valentín Alsina) התמנה כמושל.
הגנרל חוסה מריה פס (José María Paz) התמנה כמפקד הכוחות הצבאיים ותכנן לפלוש לסנטה פה, אך בינתיים הכוחות מקוריינטס שסרו לפיקודו נקראו לשוב ובדרך לפלוש לאנטרה ריוס, ניסיון שהסתיים בתבוסה; ותוכניותיו של פס נדחו.
התוכניות של מדינת בואנוס איירס לצאת למלחמה נגד הקונפדרציה גרמו למרד של קצינים מהפרובינציה, פיקודיו של רוסאס לשעבר, ובדצמבר 1852 המושל אלסינה נאלץ להתפטר.
המורדים בראשות הלאריו לאגוס (Hilario Lagos) הטילו מצור על בואנוס איירס והביסו את הנאמנים לשלטון בפרובינציה, ואילו הגנרל פס נקרא לחזור לבירה.
אורקיסה הצטרף למצור בראש כוח מאנטרה ריוס, והתחוללו קרבות יבשתיים בסביבות העיר וקרבות ימיים בריו דה לה פלאטה ובפרנה.
לאגוס, מפקד המורדים, הקים ממשלה חלופית מחוץ לעיר, והתכוון להעביר אליה את מוסרות השלטון על כל פנים הפרובינציה.
השלטון הנצור בתוך העיר בואנוס איירס פתר את המשבר באמצעות שוחד: בהתחלה כדי לגרום לקצינים בכירים מבין הצרים לנטוש את תפקידם, ולבסוף שיחדו את מפקד חיל הים של הקונפדרציה שיסגיר את הצי שלו לידיהם. כך הצבא הצר התפורר ביולי 1853, ואורקיסה שב לאנטרה ריוס בעזרת האנגלים, ומה שנותר מצבאו נמלט לסנטה פה.
החוקה.
בנובמבר 1852 החלו הישיבות של הקונגרס החוקתי בסנטה פה. אורקיסה שניהל אותו מלכתחילה, נאלץ להתפנות לטיפול במשבר בבואנוס איירס.
נציגי הפרובינציות נבחרו על ידי המושלים בכפוף להסכמתו של אורקיסה והוא גם שילם את שכרם, וכתוצאה מכך הם נמנעו מלהתעמת איתו.
הרוח החיה בקונגרס היה בנחמין גורוסטייגה (Benjamín Gorostiaga) שהלך בעקבות חואן באוטיסטה אלברדי (Juan Bautista Alberdi) שנחשב לאב הרוחני של החוקה של 1853, ושהוא עצמו הושפע מהחוקות הקודמות של ארגנטינה, אך בעיקר מזו של ארצות הברית.
אף על פי שהחוקה הגדירה את ארגנטינה כקונפדרציה, השלטון המרכזי היה כשל רפובליקה פדרלית. מעשית, היא התנהלה בעשור הראשון כפדרציה של פרובינציות, אם כי הקשר ביניהן היה הדוק יותר מאשר בתקופתו של רוסס.
החוקה התפרסמה ה-1 במאי 1853, והציבור נשבע לה באסיפות כלליות בבירות הפרובינציות.
עד שיתכנס קונגרס לאומי, הקונגרס של סנטה פה מילא את מקומו: פרנה בירת אנטרה ריוס הוכרזה כבירה זמנית בשל המשבר בבואנוס איירס, הוסכם על שיט חופשי בנהרות עם צרפת ובריטניה.
הנשיאות.
בבחירות שנערכו בהתאם לחוקה החדשה, חוסון חוסה דה אורקיסה נבחר לנשיא, יחד עם סלוודור מריה דל קאריל (Salvador María del Carril) כסגן נשיא.
הבירה עברה באופן זמני לפרנה, וכך כל אנטרה ריוס הפכה לאזור פדרלי נפרד הכפוף ישירות לאורקיסה כנשיא (עד כה היא הייתה כפופה לו כפרובינציה למושל).
פוליטיקה פנימית.
אורקיסה נכנס לתפקידו ב-5 במרץ 1854. ימים מעטים לאחר מכן נסע לקורדובה לפגישה עם המושלים השכנים לאנטרה ריוס כדי להפגין אחדות, בעיקר נוכח האיומים מכיוונה של בואנוס איירס ומחלוקות העבר ביניהן.
לאחר מכן הכריז על הבחירות לסנאט ולקונגרס שישיבותיו נערכו החל מ-22 באוקטובר 1854.
ארגון הרשות השופטת נתקל בקשיים בשל היעדר מועמדים מתאימים. אורקיסה מינה שופטים לבית המשפט הגבוה לצדק והעביר את החוק הנוגע לבתי המשפט הפרובינציאליים, אך החוק לא יושם בסופו של דבר.
הוא הלאים את האוניברסיטאות של קורדובה ושל קונספסיון דל אורוגוואי, והקים מבני ממשל בפרנה.
לקונפדרציה לא היו משאבים כלכליים כדי לקדם פרויקטים שונים. בין הצלחותיה היה הקמת צבא לאומי לצד הצבאות של הפרובינציות.
במהלך כמחצית מתקופת שלטונו, אורקיסה לא היה בפרנה אלא בארמון סן חוסה (Palacio San José) שבנה בסמוך לקונספסיון דל אורוגוואי.
מי שהחליף אותו בפרנה היה קאריל סגן הנשיא, אולם הוא הסתכסך עם שר הפנים סנטיאגו דרקי (Santiago Derqui) וכתוצאה מכך נוצרו שני מחנות יריבים בממשלה.
אורקיסה ניסה לראשונה לסלול מסילת ברזל מרוסריו - העיר המתפתחת והשנייה בגודלה לבואנוס איירס - לצ'ילה, שתעבור באזורים מדבריים ותעודד את ההתיישבות שם. התוכנית הוחלפה בתוכנית אחרת למסילת ברזל מרוסריו לקורדובה שההכנסות ממנה ישמשו לסלילת המשך המסילה לצ'ילה, אך התוכנית לא יצאה לבסוף אל הפועל בשל היעדר משאבים כספיים.
כתחליף, הונהג שירות הובלות של נוסעים וסחורות בידי חברות פרטיות בין הערים הגדולות, כולל לפרובינציה המתבדלת של בואנוס איירס.
בעלי הקרקעות סבלו ממחסור באשראי ולכן לא יכלו להתרחב. מה שהחליף את הצמיחה המתבססת על הגדלת ההון המושקע הייתה צמיחה שהתבססה על הקמת מושבות של מהגרים אירופאיים, בעיקר בסנטה פה ובאנטרה ריוס.
המחסור ברשת רכבות ברזל יורגש יותר ויותר בשנים הבאות.
יחסי חוץ.
הפיצול בין הקונפדרציה ובואנוס איירס יצרה בעיה בכל הנוגע ליחסי החוץ של ארגנטינה: אף על פי שאורקיסה הוכר כמנהיג, רוב האינטרסים והאזרחים הזרים היו בבואנוס איירס. כתוצאה מכך היו נציגים דיפלומטיים הן בבואנוס איירס והן בפרנה, והם ניסו לתווך בין הצדדים.
חרף חשיבותן הרבה של המעצמות והיחסים איתן (בעיקר- בריטניה וצרפת), אורקיסה קידם בעדיפות ראשונה את היחסים עם ספרד. חואן באוטיסטה אלברדי (Juan Bautista Alberdi), "האב הרוחני" של החוקה, יצג את הקונפדרציה בפני הכתר הספרדי, וחתם על הסכם ב-9 ביולי 1859 בו ספרד הכירה בעצמאות ארגנטינה; הסכם שנדחה בידי בואנוס איירס כי הוסכם בו שבני המהגרים מספרד יוכרו כספרדים, והדבר נתפש בעיניהם כפוגע בזהות הלאומית הארגנטינאית
בריטניה השיגה ביטול של ההסכם מ-1849 עם רוסאס בו הכירה בבעלות ארגנטינה על נהרותיה הפנימיים.
כמו כן נוצרו יחסים דיפלומטיים עם הכס הקדוש ברומא, עמו לא היו קשרים מאז המשבר בתחילת שנות ה-30 כשרוסאס התערב בניהול הכנסייה.
במרכז היחסים עם ברזיל עמדו השיט בנהרות והיחסים עם פרגוואי. פרגוואי שסיגלה מסורת של מדיניות מסתגרת גם כלפי המעצמות הזרות, נקלעה למשבר עם ארצות הברית, וסיומו איפשר לפרגוואי לתווך בין הקונפדרציה ובואנוס איירס ב-1859.
המצב הכלכלי.
הקונפדרציה יצאה לדרכה החדשה - לאחר פרסום החוקה - עם הרבה בעיות כלכליות: העדר משאבים, תלות בנמל בואנוס איירס לסחר חוץ, כשלים פנימיים הנובעים ממכסים פנימיים ומגבלות תנועה שהפרובינציות יזמו כל אחת לצרכיה, קשיי תקשורת והיעדר תשתית תחבורה להובלת סחורה, וחקלאות ותעשייה נחשלות.
מערכת המיסים לא הייתה מאורגנת, לא הייתה מערכת בנקאות אמינה וכתוצאה מכך האשראי היה מאוד יקר, והניסיונות להנפיק שטרות כסף הסתיימו בכישלון.
הבנק הלאומי של הקונפדרציה נוסד בשנת 1854 והנפיק שטרות כסף, אולם הפרובינציות מחד והסוחרים מאידך לא הסכימו לכבד אותו, ולבסוף הבנק נסגר והכסף הושמד.
חוק הזכויות הדיפרנציאליות (Ley de Derechos Diferenciales) שהתפרסם ב-1856 נועד לשנות את המבנה הכלכלי, את התלות בבואנוס איירס, ולהגדיל את המסחר עם המעצמות הזרות; והוא עודד שימוש בנמלים חלופיים והגדלת היצוא.
כל זה לא הוביל לתוצאות המקוות, אם כי הגדיל את השימוש בנמל רוסריו והוביל שם להקמת בנק. בואנוס איירס נשארה המרכז הפיננסי של המדינה, והשראי שסיפק הבנק ברוסריו היה בריבית בלתי אפשרית של כ-24%.
אורקיסה הגיע למסקנה שללא הכנעתה של בואנוס איירס המתבדלת בכל מחיר, לא ימצא פתרון לבעיותיה הכלכליות של ארגנטינה.
בואנוס איירס והפרובינציות הפנימיות.
במהלך תקופת שלטונו של פסטור אובליגדו (Pastor Obligado 1853-1858) הפרובינציה חוקקה חוקה משלה ונהנתה מצמיחה כלכלית מהירה.
לאחר כישלון המצור של הלאריו לאגוס (Hilario Lagos) בשנים 1852–1853 רוב הפדרליים היגרו לפרנה, רוסריו ומונטווידאו; ומשם תכננו לשוב לבואנוס איירס בכח הזרוע. בינואר 1854 לאגוס הצליח להשתלט על צפון הפרובינציה למספר ימים. בנובמבר נעשה ניסיון אחר לפלוש בראש כח קטן שהובס במהרה.