אף על פי שמחברים רבים טוענים שעבודה זאת מהווה אינדיקציה לכך שניוטון דחה את האמונה בשילוש הקדוש, אחרים טוענים שניוטון אכן העמיד בספק את אותנטיות הפסקה אך מעולם לא התכחש לשילוש הקדוש. הביוגרף שלו, סר דייוויד ברוסטר, אשר ערך את כתבי היד שלו במשך 20 שנה, כתב על המחלוקת בספרו הידוע "מאמרים על חייו, כתביו ותגליותיו של סר אייזק ניוטון", בו הוא טוען שניוטון פקפק באמיתות של הפסקאות האלה, אך מעולם לא טען שהדוקטרינה של השילוש הקדוש מפוקפקת. ברוסטר טען שניוטון מעולם לא היה ידוע כאריאני במהלך חייו. היה זה ויליאם ויסטון (שהיה אריאני) אשר טען לראשונה "שניוטון היה כה לבבי אל הבפטיסטים, כמו גם אל האוסביאנים או האריאנים, שהוא לעיתים קרובות חשד ששני הזרמים האלו היו העדים בהתגלויות", בעוד אחרים כמו הופטון היינס "ציינו בפני ריכרד ברון, שניוטון אחז באותה דוקטרינה כמו הוא עצמו".
עבודות מאוחרות יותר - כמו "הכרונולוגיה של ממלכות קדומות" (1728) ו"עיונים בספר דניאל ובאפוקליפסה של הקדוש יוחנן" (1733), פורסמו לאחר מותו. הוא גם הקדיש חלק ניכר מזמנו לאלכימיה. הניסויים האלכימיים שלו כמעט ולא הניבו דבר בעל אופי מדעי, אך ניוטון גילה דרכם דברים רבים שניתנים לסיווג באופן מודרני ככימיה. חיבורו Tabula Quantilatum et Graduum Caloris מכיל סקלה השוואתית של טמפרטורות מזו של קרח נמס עד לזו של אש מטבח קטנה. הוא כתב מאמר כימי אחר - "De Natura Acidorum" ("על טבע החומצה"), שמהווה גם תרומה חשובה מוקדמת לחקר המדעי של חומצות.
ניוטון כיהן בפרלמנט של אנגליה, במסגרת בית הלורדים, בשנים 1689–1690, וכן בשנת 1701 (למשך שנה אחת בלבד).
ב-1696 עבר ללונדון עם מינויו למשרת מנהל המטבעה המלכותית (Master of the Mint), תפקיד שקיבל באמצעות פטרונו Charles Montagu, 1st Earl of Halifax, אז שר האוצר של בריטניה. הוא לקח חלק חשוב ברפורמה הגדולה של המטבע באנגליה - יסוד הבנק המרכזי (1694), איחוד מערכת המטבעות האנגלית והסקוטית עם איחודן של הממלכות ב-1704, קביעת תקינה קפדנית לשווי המטבעות מתוך התחשבות בערכו הריאלי של כל מטבע, ומה שדה פקטו היה הצמדת הפאונד לערך המסחרי של הזהב, ולמעשה תקן הזהב הראשון של בריטניה. בדרכו רמס במידת מה את לורד לוקאס, נציב מצודת לונדון (ובכך הבטיח שאדמונד האלי יקבל את משרת סגן המבקר בסניף צ'סטר הזמני). ניוטון הפך אולי לידוע מבין כל מנהלי המטבעה לאחר מותו של תומאס ניל ב-1699, והחזיק במשרה זו במשך 30 השנים האחרונות של חייו. מטרת מינויים אלה הייתה לאפשר לניוטון משרות מכניסות, אך ניוטון לקח אותם ברצינות, פרש מחובותיו באוניברסיטת קיימברידג' בשנת 1701, והתמסר במרב כוחותיו לניהול המטבע ובעיקר לאכיפת החוק נגד זייפנים.
כמנהל המטבעה המלכותית, ניוטון גייס כוחו במתמטיקה והעריך כי 20 אחוז מהמטבעות שנוצקו ברפורמת המטבע הגדולה של 1696 היו מזויפים. זיוף מטבעות נחשב לבגידה חמורה בכתר הבריטי, והעונש על זיוף מטבעות היה הוצאה אכזרית להורג - תלייה, גרירה וביתור. ניוטון עצמו דרש שהחוק ייאכף במלוא החומרה, ובמקרים בהם חננו את העבריינים, היה הדבר למורת רוחו. הרשעת עבריינים, הייתה משימה מורכבת על פי חוק, אף על פי כן, ניוטון נדרש למשימה, אסף מרבית מן העדויות המפלילות בעצמו, ובמסגרת סמכויות השיפוט שלו שפט עבריינים רבים.
נטען כי פעולותיו שהובילו לצימוד לזהב והזרימו זהב פנימה השוק הבריטי בעבור כסף (המתכת) החוצה השוק האירופאי, נבעו ישירות מגישתו האלכימית.
ניוטון החל לכהן כנשיא החברה המלכותית ב-1703, ונעשה גם באותה שנה חבר זר של האקדמיה הצרפתית למדעים. במאה ה-18 צבר ניוטון הון רב, בעיקר בזכות מעמדו הרם במטבעה המלכותית.
באפריל 1705, המלכה אן העניקה לניוטון תואר אביר במהלך ביקור מלכותי שלה בטריניטי קולג'.
ניוטון נפטר בשנתו בלונדון ב-20 במרץ 1727, ונקבר במנזר ווסטמינסטר. וולטר היה ככל הנראה נוכח בהלווייתו. אחרי מותו, שיערו של ניוטון נבחן ונמצא כי הוא מכיל כספית, שנבעה ככל הנראה מחקירותיו האלכימיות. הרעלת כספית יכלה להסביר את האקסצנטריות של ניוטון מאוחר בחייו.
לאחר מותו.
הכרה ותארים.
המתמטיקאי הצרפתי ז'וזף לואי לגראנז' אמר לעיתים קרובות כי ניוטון היה הגאון הגדול ביותר שקם אי פעם. הוא אף הוסיף שהוא היה גם "בר המזל ביותר, כיוון שאי אפשר לייסד את מערכת העולם יותר מפעם אחת". המשורר האנגלי אלכסנדר פופ הושפע רבות מן השלמות הניוטונית, מה שהוביל אותו לכתוב את משפטו המפורסם:
ניוטון עצמו הבין את ההקשר ההיסטורי של הישגיו, והיטיב לתאר כן בביטוי שהיה מוכר עוד בזמנו, במכתב לרוברט הוק בפברואר 1676:
במאמר שנכתב מאוחר יותר, סיכם ניוטון את חייו כך:
אלברט איינשטיין שמר תמיד את תמונתו של ניוטון על הקיר שסמוך לשולחן העבודה שלו, יחד עם תמונותיהם של מייקל פרדיי וג'יימס קלארק מקסוול. ניוטון נותר משפיע עבור מדעני דורנו, כפי שהודגם בסקר שנערך ב-2005 בקרב חברי החברה המלכותית בבריטניה (שניוטון עמד בעבר בראשה) בו נשאל למי הייתה ההשפעה הגדולה ביותר על ההיסטוריה של המדע, ניוטון או איינשטיין. מדעני החברה המלכותית הצביעו ברוב שלניוטון הייתה השפעה כוללת גדולה יותר. ב-1999, סקר דעות של 100 מהפיזיקאים המובילים כיום הצביע לאיינשטיין בתור "הפיזיקאי הגדול ביותר אי פעם" וניוטון במקום השני, בעוד שבסקר מקביל שנערך באתר PhysicsWeb נבחר ניוטון במקום הראשון.
השקפות דתיות.
ניוטון היה אדם מאמין, אשר השקיע, בסתר, זמן רב בחקר כתבי הקודש ובאלכימיה. הוא נולד למשפחה אנגליקנית, אולם חוקרים מודרניים סבורים שהאמונה הדתית אותה פיתח לעצמו, ושבה החזיק בסתר עד סוף ימיו, התרחקה מהאמונה האורתודוקסית. הוא כתב עבודות בביקורת המקרא, אשר הבולטת בהן, "דו"ח היסטורי של שני אירועים תנ"כיים", פורסמה לראשונה ב-1754, 27 שנה לאחר מותו. הוא שיער שמועד צליבתו של ישו הנוצרי הוא 3 באפריל 33, תאריך התואם את אחד מהתאריכים המסורתיים המקובלים. כמו כן, ניסה למצוא הודעות מוסתרות בכתבי התנ"ך, ללא הצלחה יתרה. למעשה, כתב ניוטון על נושאי דת יותר משכתב על מדעי הטבע. לאחר מותו נמצאו בכתביו למעלה מ-1,400,000 מילים בנושאי דת, יותר ממה שכתב על אלכימיה ומתמטיקה, ואפילו יותר ממה שכתב על פיזיקה ואסטרונומיה. בין היתר פרסם ניוטון פרשנות לספר דניאל.
אף על פי שחוקי התנועה והכבידה העולמית הפכו לתגליותיו הידועות ביותר של ניוטון, הוא התריע נגד השימוש בהם כדי לראות את היקום כמכונה טהורה הפועלת באופן אוטונומי ללא צורך בישות אלוהית. הוא כתב: . האסטרופיזיקאי האמריקאי ניל דה-גראס טייסון טען, שכל עוד הפרינקיפיה עסקה בנושאים שאותם ניוטון הצליח להסביר באמצעות תאוריה מתמטית, כמו פתרון הבעיה הדו-גופית, אזי אין בה אזכור של אלוהים. לעומת זאת בהתייחסות לנושאים שאותם הוא לא הצליח לפתור, כמו הבעיה התלת-גופית (לדוגמה, האופן שבו מאדים משפיע על תנועת כדור-הארץ סביב השמש) אז מזכיר ניוטון את אלוהים.
הוא האמין בעולם רציונלי אימננטי, אך דחה את "חַיּוּת החומר" - ההילוציזם שבכתביהם של גוטפריד לייבניץ וברוך שפינוזה. העולם המאורגן באופן דינמי ניתן להבנה, וחייב להיות מובן, על ידי תובנה פעילה. בהתכתבויות שלו, ניוטון כתב כי בכתיבת הפרינקיפיה: "הוא שם עינו על עקרונות כאלו שיקרבו את בני האדם אל האלוהות". הוא ראה עדות לתכנון תבוני במערכת העולם: "כזאת אחידות מופלאה במערכת הפלנטרית חייבת לנבוע מאפקט הבחירה". ניוטון התעקש על כך שהתערבות אלוהית מחזורית נחוצה כדי לשמור על המערכת יציבה, אודות לגידול האיטי באי-יציבויות שיכול להוציא את המערכת כולה מאיזון. ניוטון דימה איפוא את היקום לשעון מכני ענקי, שכל חלקיו פועלים בדיוק ובחפיפה מושלמת אחד לשני, כאשר יוצר השעון, אלוהים, מכוון את מחוגיו בכל רגע. מסיבה זאת בדיוק, לייבניץ הגחיך אותו: "האל הכל יכול רוצה לתקן את השעון שלו מפעם לפעם; שכן אחרת הוא יפסיק לנוע. לא היה לו, כך נראה, מספיק חזון כדי ליצור מכונת תנועה נצחית".
על עמדתו של ניוטון הגן בתקיפות סמואל קלארק, בהתכתבותו המפורסמת עם המתמטיקאי והפילוסוף לייבניץ, שנקטעה מוקדם עם מותו של לייבניץ. מאה שנה מאוחר יותר, עבודתו המונומנטלית של פייר-סימון לפלס "מכניקה שמיימית" סיפקה הסבר טבעי מדוע מסלולי הפלנטות לא מצריכים התערבות אלוהית מחזורית.
השפעתו על המחשבה הדתית.
ההתקפות נגד "החשיבה המאגית" של התקופה הקדם נאורה, ונגד האלמנטים המיסטיים של הנצרות, זכו לביסוס במסגרת הקונספציה המכנית של רוברט בויל את היקום. ניוטון השלים את רעיונותיו של בויל דרך הוכחות מתמטיות, וחשוב מכך, הצליח מאוד בהפיכתם לפופולריים.
הגישות של ניוטון ובויל לפילוסופיה המכנית קודמו על ידי מסאים רציונליסטים כאלטרנטיבה בת-קיימא להשקפת העולם הפנתאיסטית, ונתקבלו ללא היסוס על ידי מטיפים פרוטסטנטים כמו גם על ידי מטיפים פורשים מזרם ה- latitudinarians. הם ראו בגישות אלה, פתח המאפשר מחשבה מדעית מסוימת, כיוון שלמעשה היו ביקורתיים כלפי הגישה המדעית נטולת הפניות, בזאת החמיצו את מהות ההגות של ניוטון ובויל. מחד הם ראו בשלילה העקרונות המטאפיזיים של האמונות הטפלות של כנסיות ה"נלהבים" (Enthusiasm) ומאידך התמיד בהם החשש מ"קפיצה" למסקנה אתאיסטית וממחשבות ניהליסטיות. בה בעת, הגל השני של הדאיסטים האנגלים טען כי תגליותיו של ניוטון עולות בקנה אחד עם תפיסת ה"דת הטבעית" בה דגלו.
אוסף סודותיו של ניוטון.