בעונה השלישית יש תפנית שמספרת על העולם הווירטואלי שחברת קאיבה יצרה, בה לכודים "החמישה הגדולים", חמישה עובדים לשעבר בחברת קאיבה, אך הם בגדו בקאיבה והוא כלא אותם בעולם הביזארי, ובנוסף לכך אחיו החורג של קאיבה, נוח שהפך לישות וירטואלית לאחר שנהרג כשהיה צעיר. קאיבה מגלה דברים רבים על עברו האפל. יוגי וג'ואי עוזרים לקאיבה בכך שהם מביסים את החמישה הגדולים. יוגי נלחם נגד נוח ומביס אותו, אך פתאום מופיע האיש הרע של הסיפור, אביו החורג של קאיבה: גוזאבורו שגם הוא הפך לישות וירטואלית. סטו קאיבה וגוזאבורו קאיבה נלחמים זה בזה ואז העולם הווירטואלי מתפוצץ, והחבורה משתחררת מהעולם הביזארי בעזרתו של נוח.
לאחר מכן חוזרים למשחקי הגמר בטורניר עיר הקרבות. בשלב הראשון ג'ואי מתמודד מול מאריק ומפסיד וכמעט נהרג תוך כדי. יוגי הביס את קאיבה בקרב שנמשך במשך כמעט שישה פרקים מלאים וכך קיבל את האל המיצרי השני: אובליסק העינויים. קאיבה נלחם והביס את ג'ואי על המקום השלישי. לבסוף יוגי נלחם נגד מאריק בקרב של חמישה פרקים וזה היה קרב צללים שהמפסיד בו ימות. העולם ניצל ויוגי ניצח וקיבל את הדרקון המכונף של רה וכך קיבל את כל שלושת האלים המצריים.
עונה 4: התעוררות הדרקונים.
פרקים 145 - 184 (40 פרקים).
בעונה הרביעית יש שלוש מפלצות חדשות הנקראות "הדרקונים האגדיים" ושלושת הדרקונים מובאים לקייבה (קריסיאס), יוגי (תומאיוס) וג'ואי (הומאוס). מסופר על איש בשם דארטס שנהג לשחק בשיטת דו-קרב קדומה מתקופת אטלנטיס. השיטה היא שבדו-קרב מופעל קלף זירה בשם "חותמת האוריקאלקוס" שבסוף כל דו-קרב הנשמה של המפסיד נכלאת באוריקאלקוס ומועברת אל המקדש של דארטס. כשיש לו מספיק נשמות הוא מחיה את הליוויתן הענקי הקדום. כדי לעצור אותו החבורה מחפשת אחרי המשרתים של דארטס, שחלקם משרתיו הנאמנים של דארטס שנקראים "שלישיית הלוחמים" (רפאל, אליאסטר וואלין) שגנבו ליוגי את קלפי האלים המצריים, וחלקם דמויות שבעבר הופיעו בסדרה למשל: מאי ולנטיין, רקס ראפטור וויבל אנדרווד.
הם עוברים קשיים רבים, במיוחד כשיוגי מקריב את נשמתו לאחר הקרב הראשון שלו ושל פרעה נגד רפאל (היריב היחידי שפרעה הפסיד מולו) כדי שפרעה יצליח להביס את דארטס, וג'ואי מפסיד בכוונה את נשמתו למאי (שהפסידה גם היא לאחר מכן את נשמתה). דארטס גם מצליח להשיג שליטה בעורמה בחברה של קאיבה וממוטט אותה לכן פרעה וקאיבה לראשונה התאחדו נגד דארטס ונלחמו בו בקרב שנמשך 6 פרקים(!) שבמהלכו מתגלה שהדרקונים הם בעצם שלושת האבירים האגדיים של אטלנטיס. פרעה מצליח לנצח את דארטס אף על פי שקאיבה איבד את נשמתו אך דארטס מקריב את עצמו כדי להחיות את ליוייטן. החבורה מצליחה בסוף להביס אותו על ידי שלושת האלים המצריים. (עונה זו, להבדיל מעונות אחרות, לא הופיעה במאנגה.)
עונה 5: סבב האלופים/שחר הדו-קרב.
פרקים 185 - 224 (40 פרקים).
סבב האלופים: מצטרפת דמות מסתורית חדשה בשם זיגפריד לויד (שם המשפחה האמיתי שלו הוא "ואן שרודר" אך הוא מעוניין לבנות לעצמו זהות חדשה), גאון מחשבים שמנסה להרוס את הטורניר החדש של סטו קאיבה. זיגפריד הוא זה שניצח בסיבוב הראשון בקלף אחד, והוא זה שנתן לילד בגמר קלף זירה בלתי חוקי טירת סטורמבורוג המוזהבת. בנוסף ידוע זיגפריד גם כזה שהדיח את ג'ואי מהתחרות וניצח גם בעולם הגלקסיה. כאשר מנסה סטו קייבה, מנהל חברת קייבה, לברר עליו מידע הוא מוצא שהשתתף ב50 קרבות ב-3 השנים האחרונות, תמיד היה בין ה-5 הראשונים ושהיה מאוד מקושר לפוליטיקאים, במיוחד למספר 13 ברשימה. הילד שלו נתן זיגפריד את הקלף היה אחיו, ושמו הוא לאון ואן שרודר. זיגפריד הביא אותו לתחרות על מנת שיעזור לו לנצח בתחרות ולהרוס את חברת קייבה. לאחר שזיגפריד (ולאון) לא מנצחים בתחרות אף אחד מהם לא נראה יותר. (הסאגה הזאת לא הופיעה במאנגה המקורית.)
שחר הדו-קרב: העלילה משתנה. מסופר איך סלומון מוטו מוצא את פאזל המילניום. באקורה הרשע חוזר וגונב את טבעת המילניום. החבורה נוסעת למצרים ושם פרעה חוזר בעזרת קלפי האלים ופאזל המילניום אל עברו במצרים העתיקה כדי לגלות על עצמו את עברו ושמו. ובכך עוזב את יוגי (פרק 201). שם הוא היה מלך. דמויות הדומות לסבא של יוגי ולקייבה מתגלות שם ופרעה אפילו פוגש בחברה שלא ראה הרבה זמן. בעברו הוא נלחם שוב נגד באקורה (שניצל את חזרתו של פרעה כדי לחזור גם הוא לעבר כדי להביס את פרעה אחת ולתמיד) וכוחות הרשע. באקורה גונב את כל חפצי המילניום מהשומרים הסודיים של פרעה ומעיר את היצור שיצר כדי להרוס את פרעה ושמו הוא "זורג נקרופיידס".
יצורי הצללים של השומרים, פרעה והחבורה לא מצליחים להביס את זורג. אפילו הקוסם האפל, הקוסמת האפלה, אקסודיה, הדרקון הלבן העליון כחול העין ושלושת האלים המצריים לבדם לא מצליחים לנצח אותו. כדי להשמיד את זורג על פרעה לגלות ולומר את שמו האמיתי אשר אותו הוא אינו זוכר. החבורה מחפשת ומוצאת את שמו (אטם), ומביאה אותו לפרעה. כאשר הוא נזכר בשמו הוא משלב בעזרתו את שלושת האלים המצריים שלו להתגלמות האור, שמביס את זורג ומנצח את כוחות הרשע. החבורה ופרעה חוזרים להווה.
בחזרתם מהעבר (פרק 220), על פרעה לבצע את "המבחן הסופי"- הוא צריך לחזור לעולם הנשמות וכדי לעשות זאת עליו להחזיר את חפצי המילניום לתבליט המילניום ולהפסיד בדו-קרב. לכן פרעה נלחם נגד יוגי בקרב החשוב, אם יוגי ינצח פרעה יחזור לעולם שלו (ויוגי יוכתר למלך המשחקים), שגם יוכיח שהוא מסוגל להיות מי שהוא ולהמשיך הלאה. ואם יוגי יפסיד פרעה ישאר בעולם זה. פרעה עושה ליוגי חיים קשיים כשמזמן את שלושת האלים המצריים ואת הקוסם האפל, אולם לבסוף יוגי מנצח את פרעה והחבורה נפרדת מידידם הטוב, ופרעה חוזר לעולמו.
בלי קשר לעונה הקודמת, יוגי בדרך לעיר הולדתו כשהמטוס בדרכם לטיול מתרסק, ויוגי וחבריו חייבים לפתור את חמשת השלבים כדי לחזור חזרה לעולמם. חלק זה נכתב על ידי האמריקאים וצויר על ידי היפנים (נקרא "מפלצות הקפסולה").
יאמי.
פירוש המילה "יאמי" (闇) ביפנית הוא "אופל", בסדרה הכוונה היא לנשמה בעלת אופי אפל השוכנת בגוף האדם.
בסדרה יש שלוש נשמות המוגדרות כ"יאמי":
יאמי-יוגי, יאמי-מאריק (מלך בערבית. מאוית ונהגה לעיתים קרובות כמאריק, בגלל מוגבלויות ההגייה היפנית) ויאמי-באקורה. (באנגלית ובעברית ה"נו", מילית המסמלת שם תואר, מושמט, כנראה על-מנת להתאים לדקדוק המקומי.)
פריטי המילניום.
אביו של פרעה (אטם/יאמי יוגי) יצר את הפריטים לפני 3,000 שנים (5,000 בגרסה המצונזרת), כדי לכלוא את הרעים שהיו בכפר אך הסיבה האמיתית היא כדי למנוע מאנשים להשיג את כוחו המלא של פרעה.
ישנם שמונה פריטי מילניום מתוכם שבעה מוזכרים בסדרה והשמיני מוזכר בסרט של "יו-גי-הו!".
סדרות המשך.
לאחר שהסדרה הסתיימה, הוחלט לייצר לה ארבע סדרות המשך: "יו-גי-הו! GX", "יו-גי-הו! 5D" ו"יו גי הו ZEXEAL!","יו גי הו! ARC V. כל העונות מלבד "יו גי הו ZEXEAL!" דובבו לעברית ושודרו בערוץ הילדים, ו"יו גי הו ARC V" דובבה אף היא לעברית ושודרה בערוץ ג'וניור בשנת 2017,ואילו "יו גי הו ZEXEAL" לא שודרה בארץ, וכמו כן גם מספר פרקים שלא דובבו מיפנית.
יו-גי-הו! GX.
לסדרה יש 4 עונות, מתוכן רק 3 שודרו בארצות הברית וישראל. העלילה מתקיימת כ-10 שנים אחרי סדרת יוגי הו. ג'יידן יוקי מנסה את סיכויו להתקבל לאקדמיית הדו-קרב, ומגיע למבחני כניסה באקדמיה. תחילה פרופסור וויליאן קראולר, שהוא גם עוזרו של הנשיא שפרד, לא מוכן לקבלו והשניים עורכים דו-קרב שבסופו ג'יידן יוקי הוא המנצח. בהמשך ג'יידן וחבריו מהאקדמיה מתמודדים עם הרפתקאות שונות וג'יידן מציל את העולם.
הדמויות:
יו-גי-הו! - המימד החמישי.
הסדרה מספרת על בחור בשם יוסיי פודו, שקלף "דרקון קוסמי" נגנב ממנו על ידי ג'ק אטלס, אלוף הטורבו קרב. לאחר מכן, יוסיי מחזיר את הקלף, ופוגש חברים רבים. בהמשך הסדרה יוסי גק אקיזה ולונה מגלים שהם בעלי חותם שנבחרו על ידי דרקון הארגמן. תפקידם של בעלי החותם היא להביס את בעלי החותם האפל ובני האדמה הנצחיים שלהם ולהציל את העולם. הסדרה שודרה בישראל בחודש אוקטובר-נובמבר 2009.
דמויות:
יו-גי-הו! - זקסאל (ZEXAL).
הסדרה, שהתחילה ביפן בשנת 2011, מתמקדת בנער בן 13 בשם יומה טסוקומו, לו יש שני חברים טובים איתם הוא לומד באקדמיית דו-קרב לתלמידים צעירים. יומה לומד במהרה שלהפוך לכוכב זה לא כזה קל וכבר בדו-קרב הראשון שלו (בסדרה) הוא מתמודד נגד יריבו שארק, ואז מופיע יצור מסתורי בשם "אסטרל" שאיבד את זכרונו שהתפזר והפך ל-99 קלפים איקסזי מיוחדים קלפי מספר לבסוף יומה מביס את כריש (שארק) שנשלט על ידי קלף מספר 17 ומשחרר אותו בעזרת קלף מספר 39 אוטופיה. לאחר מכן יומה ואסטרל יוצאים לאסוף את כל קלפי המספר כדי להחזיר את זכרונו של אסטרל. בדרך הם פוגשים צייד מספרים שנקרא קאייט טנג'ו שהוא בעצם היריב הראשי של יומה, הם מגלים את העולם שממנו בא אסטרל קוראים לו אסטרל שנמצא במלחמה בעולם הבריאן שהם בעצם הנבלים הראשיים.
יוגיהו!-ארק פייב.
יויה סקאקי, ילד בן 14,בעל חלום ללכת בעקבות אביו ולהפוך ל-"בדרן הקרבות" הגדול ביותר בעולם, וכמעט הוא מצליח לעשות זאת כשלפתע הוא מגלה זימון הנקרא זימון המטוטלת, שיטה שלא נראתה לעולם אשר מאפשרת לו לזמן מפלצות רבות בבת אחת. הוא נתקע במהלך העלילה בהרבה יריבים המתאגדים יחדיו על מנת לגנוב לו את התהילה. יויה צריך לשכלל את מיומנויות המשחק שלו, כי הלחימה התפתחה לעולם של אקשן חסר מעצורים. הסדרה עוקבת בגדל אחר יויה וחבריו.