בתחילת 1996 נבחר יוסי שריד במקומה של שולמית אלוני להנהגת המפלגה. בבחירות לכנסת הארבע עשרה ב-1996 איבדה המפלגה שלושה מנדטים. במהלך כנסת זו התאחדו סופית שלוש המפלגות המרכיבות את המפלגה, אך זה גרם לפילוג בשינוי. מחלוקת נוספת בתנועה התרחשה על רקע הסתבכותו של דדי צוקר בפרשיה של ניגוד עניינים בגיוס כספים בתוקף תפקידו כיו"ר עמותת בית הספר לקולנוע "קמרה אובסקורה". צוקר, שסולק מהתנועה, נשאר חבר הכנסת בסיעת יחיד.
בבחירות לכנסת החמש עשרה ב-1999 שבה מרצ והתחזקה במנדט אחד וצורפה לקואליציה של אהוד ברק. במסגרת הקואליציה הזאת כיהנו בממשלה יוסי שריד כשר החינוך, רן כהן כשר המסחר והתעשייה וחיים אורון כשר החקלאות. מרצ פרשה כעבור שנה על רקע מחלוקת שפרצה בין שר החינוך יוסי שריד לבין סגנו משולם נהרי מטעם ש"ס. ברק העדיף את עמדת ש"ס בהניחו שקולותיהם של חברי הכנסת של מרצ מובטחים לו בכל מקרה.
בחירות 2003.
בבחירות לכנסת השש עשרה (2003) התמודדה מרצ ברשימה משותפת עם תנועת שח"ר בראשותו של יוסי ביילין (שהצטרף לרשימה החדשה יחד עם יעל דיין, לאחר שכשלו בהשגת מקום ריאלי בבחירות המקדימות במפלגת העבודה), והבחירה הדמוקרטית בראשותו של רומן ברונפמן, יוצא ישראל בעליה. למרות הריצה המשותפת, לא נמלטה הרשימה המשותפת מהמפלה היחסית של השמאל בבחירות לכנסת השש עשרה, בהן מפלגת העבודה קיבלה 19 מנדטים לעומת 26 לישראל אחת בבחירות לכנסת החמש עשרה, ואילו רשימת מרצ-הבחירה הדמוקרטית-שח"ר זכתה ב-6 מנדטים לעומת 10 למרצ לבדה בבחירות הקודמות.
את היחלשותה של המפלגה ניתן להסביר בשינוי דעת הקהל הישראלית ימינה עקב האינתיפאדה השנייה, שהתבטא בין השאר בחוסר אמון נרחב בעקרונות אוסלו עימם הייתה המפלגה מזוהה, כמו גם בתמיכה גוברת בשימוש באמצעים צבאיים חריפים למיגור הטרור (כגון מבצע חומת מגן), להם התנגדה מרצ מסורתית. גם התחזקותה של מפלגת שינוי שאחזה בעמדות ליברליות דומות לאלו של מרצ בשאלת יחסי דת ומדינה וזכויות אזרח, אך ללא המיתוג השמאלי המופגן בסוגיות המדיניות-ביטחוניות והכלכליות, פגעה במרצ באותן הבחירות. יוסי שריד הסיק מסקנות אישיות עוד בערב הבחירות והודיע על פרישתו מראשות התנועה, אם כי המשיך לכהן כחבר הכנסת מטעמה.
הקמת יחד.
לאחר בחירות 2003, הוחלט להקים גוש שמאל חדש - בשם יחד - שירכז את כל תנועות השמאל בארץ, וזאת על מנת לנסות לעורר את מחנה השמאל, שהתמיכה בו פחתה בעקבות הטרור הפלסטיני והאינתיפאדה השנייה. בפועל, יחד נכשלה במימוש מטרה זו. רק מרצ ושח"ר של ביילין הסכימו להצטרף למיזוג. חברי העבודה, אפילו היונים שבהם כמו עמרם מצנע, אברהם בורג ויולי תמיר - סירבו להצטרף ליחד. רומן ברונפמן, נציגה היחיד של הבחירה הדמוקרטית, בחר אף הוא שלא להצטרף למפלגה החדשה, אם כי נשאר חבר בסיעה המשותפת.
המפלגה החדשה נקראה יחד, ראשי תיבות של "ישראל חברתית דמוקרטית". השם המקורי היה יע"ד ("ישראל עובדת דמוקרטית") אך שונה ליחד כיוון ש"יעד" מזכירה את המילה הרוסית "яд" שפירושה "רעל". במפקד החברים שנערך לקראת בחירות יו"ר המפלגה, בין רן כהן ליוסי ביילין, התפקדו רק 22,000 אנשים - פחות ממחצית מספר האנשים שהתפקדו למרצ ב-1999. בבחירות זכה בסופו של דבר יוסי ביילין. ביולי 2004 נבחרה ועידת "יחד" שכללה 1,000 חברים, ומתוכה נבחרו כ-60 חברי הנהלה. זאת בניגוד למבנה של מרצ, שכלל ועידה גדולה יותר ומועצה כגוף ביניים. שיטת שריון המקומות למגזרים ולקבוצות שונות הופסקה גם היא, מלבד הבטחת הייצוג לנשים, לוותיקים, לצעירים ולנוער. בספטמבר אותה שנה נערכו בחירות לחטיבותיה השונות של המפלגה, וכיוונה המתחדש הולך ומתבהר, על אף האכזבה על כישלון מפלגת שמאל גדולה.
"יחד" החלה במדיניות חדשה של הידוק הקשר עם חבריה, בעיקר על ידי פעילות ברשת. למרות זאת, היא לא הצליחה לזכות בבולטות תקשורתית והכרה ציבורית והמוניטין שלה רק התדרדר. בעקבות סקר שערכה המפלגה ובה נמצא שרוב הציבור לא מכיר את מפלגת יחד אלא ממשיך לדבוק בשם "מרצ" החל מאבק פנימי על מנת להחזיר את השם הישן. ביילין התנגד לכך והמאבק על השם התפרש כמבחן למנהיגותו. לבסוף, ב-2005 התקבלה פשרה ובה שם המפלגה שונה למרצ-יחד. אף על פי שהמפלגה נקראת באופן רשמי מרצ-יחד, הלוגו לבחירות 2006 והפרסומים היו בשם מרצ.
בחירות 2006.
בנובמבר 2005 עם בחירתו של עמיר פרץ ליו"ר מפלגת העבודה ופרישת המפלגה מהממשלה, הוחלט להקדים את הבחירות לכנסת השבע עשרה ל-28 במרץ 2006. עמיר פרץ הציג אג'נדה שמאלנית-סוציאליסטית, עם דגש על התחום החברתי-כלכלי, והיה חשש במרצ שמצביעים יעברו לעבודה. יוסי שריד, שמאז פרישתו הרבה לתקוף את מרצ על גבי העיתונות, אף הציע במאמר בעיתון "הארץ" למרצ להתאחד עם פרץ. רומן ברונפמן, ששוריין ברשימת מרצ במקום החמישי, הודיע על פרישתו מהמפלגה וריצה במסגרת עצמאית עם מפלגת הבחירה הדמוקרטית. כאשר התברר בסקרים שמפלגתו רחוקה מאחוז החסימה, החליט לא לרוץ.
בחירת הרשימה לכנסת ב"מרצ" מתבצעת בשני שלבים: שלב ה"פאנל" וה"דירוג". בשלב הפאנל בוחרים את 20 המועמדים שידורגו, ולאחר מכן, מתוך כל המועמדים שהציעו עצמם. בשלב הדירוג מדרגים את 20 המועמדים הראשונים. שאר 100 חברי הרשימה מוצבים על פי שריונים שונים ו"מקומות של כבוד".
לקראת הרכבת הרשימה לכנסת ה-17, העבירה הנהלת מרצ חוק שקובע שחבר הכנסת מטעם מרצ שכיהן 8 שנים ומעלה ומעוניין להיבחר לקדנציה נוספת יאלץ לקבל 60% מקולות הוועידה. בעיני רבים במפלגה חוק זה היווה ניסיון לפגוע באנשי מרצ הוותיקים - יוסי שריד, חיים אורון ורן כהן - ולקדם על חשבונם את נאמני ביילין. לאחר שהתקבל החוק, לא הייתה שום דרך לבטלו לפי תקנון המפלגה. במרצ נמנעו מהמבוכה על ידי "משחק" עם שיטת הבחירות הפנימיות - הבחירות למועמדים הוותיקים היו שעתיים לפני הבחירות לפאנל בשעות אחר-הצהריים המוקדמות, כאשר על כל מועמד ותיק היה אפשר להצביע "כן" או "לא". כיוון שהבחירות היו בשעה נפרדת, היה ברור שרק התומכים של אותם מועמדים יבואו להצביע ועל כן מובטח להם לעבור את הפאנל עם 60 אחוזי התמיכה הנדרשים.
ב-2 בדצמבר 2005 החליט יוסי שריד, לאחר 32 שנים במערכת הפוליטית, לפרוש מהחיים הפוליטיים ולא להתמודד בבחירות 2006. הוא החל לכתוב טור אישי פוליטי בעיתון "הארץ" בו הוא הרבה להתייחס למפלגות השונות ולהעביר עליהן ביקורת, כולל על מפלגתו שלו.
ב-16 בינואר 2006 נערכו הפריימריס ונבחרה רשימת מרצ לכנסת, שכללה לבסוף את כל חברי הכנסת הוותיקים למעט שריד, שלבסוף שובץ במקום ה-119 הסמלי.
ב-28 במרץ 2006 בתום הבחירות לכנסת ה-17 התברר כי המפלגה זכתה ב-5 מנדטים. לאחר הבחירות נשמעה ביקורת נגד יוסי ביילין, במיוחד בשלב שלפני פרסום התוצאות הסופיות, כאשר נראה שהמפלגה זכתה רק ב-4 מנדטים. לאחר ספירת קולות החיילים התברר שמרצ זכתה ב-5 מנדטים.
בחירות 2009.
במרץ 2008 התקיימו בחירות פנימיות בהשתתפות כל מתפקדי המפלגה על ראשות המפלגה. בשלב מוקדם הודיעו יוסי ביילין, זהבה גלאון ורן כהן כי יתמודדו. לאחר שבדצמבר 2007 הצטרף להתמודדות חיים אורון, פרש ביילין מהמירוץ והודיע על תמיכתו במועמדותו של אורון. ב-18 במרץ 2008 נבחר חיים אורון לראשות המפלגה כאשר הוא גובר על רן כהן וזהבה גלאון.
בדו"ח פנימי נמתחה ביקורת על תפקוד סיעת מרצ בכנסת: בין השאר נאמר שהסיעה ממעטת בחקיקה ושהיא מתקשה להציג עמדה פוליטית מגובשת ואחידה בפעילותה בכנסת. כמו כן דובר על מצבה הפיננסי הקשה של מרצ שהביא את רוב סניפי המפלגה להיסגר ושיתק את פעילות תנועת הנוער המפלגתית ויתר מנגנוני המפלגה.
לאחר היבחרו פעל אורון להרחבת המפלגה, באמצעות הקמת תנועה חדשה שתחבור למרצ. עמוס עוז, גילה אלמגור, עוזי ברעם ואישים נוספים, חלקם נטולי עבר פוליטי, הודיעו על כניסתם לפעילות פוליטית בתנועה שנקראה "התנועה החדשה". ועדה מסדרת קבעה את רשימת "התנועה החדשה", בראשה הועמד המשפטן פרופ' מרדכי קרמניצר לצדם של איש מדעי המדינה פרופ' אבנר דה-שליט, העיתונאית ניבה לניר, חה"כ לשעבר גדליה גל והתסריטאית שרון קנטור.
ב-14 בדצמבר 2008 בחרו כ-1000 חברי ועידת מרצ את הרשימה לכנסת ה-18. במקביל, שבוע לאחר מכן, ב-22 בדצמבר 2008, אושרה בוועידת מרצ ברוב קולות הריצה ברשימה משותפת עם "התנועה החדשה", שנציגה, ניצן הורוביץ, הוצב במקום ה-3 ברשימה המשותפת לכנסת. עוד נציגים מהתנועה החדשה כללו את עו"ד טליה ששון (מקום 7 ברשימה המשותפת), עו"ד צלי רשף (מקום 9) ובמאית הקולנוע איבתיסאם מרעאנה (הוצבה במקום ה-12, אך פרשה בעקבות תמיכת מרצ במבצע עופרת יצוקה). לאחר הכישלון בבחירות הושמעה ביקורת במרצ על האיחוד בטענה שהיה מדובר במהלך מלאכותי שלא היווה יותר מפיקציה תקשורתית.
סיסמת הבחירות של מרצ הייתה "לא מתפשרים". יומיים קודם לפתיחת מבצע עופרת יצוקה הודיע חיים אורון על תמיכת המפלגה בפעולה הצבאית. עם זאת, מיד לאחר פתיחת המבצע החלה מרצ בקמפיין להפסקת אש מיידית.
על אף שהסקרים שפורסמו בסמוך לאיחוד עם התנועה החדשה צפו למרצ שבעה מנדטים ואף יותר, ואף בסקרים האחרונים שפורסמו לפני הבחירות זכתה רשימת המפלגה לכ־5 מנדטים, בסופו של דבר זכתה הרשימה רק ל-3 מנדטים, כשחלק לא מבוטל ממצביעי המפלגה החליט ברגע האחרון להצביע לקדימה, שבקמפיין מוצלח "ציפי או ביבי" פנתה ישירות למצביעי השמאל וביקשה את תמיכתם לראשות הממשלה. תוצאת הבחירות הוגדרה על ידי מנהיג המפלגה ככישלון. חברת הכנסת הוותיקה זהבה גלאון, שמוקמה במקום הרביעי ברשימה, לא נכנסה לכנסת לאחר הבחירות, אולם עם התפטרותו מהכנסת של יושב המפלגה אורון שבה גלאון לספסלי הכנסת.
בחירות 2013.