ב-6 בספטמבר 1940 הושבה טרנסילבניה הצפונית להונגריה, בחסות גרמניה הנאצית. השלטון החדש נקט במדיניות אנטישמית חריפה, אך זו מותנה על ידי האילוצים הכלכליים של ימי המלחמה. לאחר תקופה קצרה של רדיפה ומעצרים עם כניסת הצבא ההונגרי, חלה רגיעה עד 1942. באותה שנה החל גיוס המוני של כל הגברים ללעבודות כפייה בחזית המזרחית. רובם גוועו בתנאים הקשים, חלק נרצחו על ידי קציניהם. ב-19 במרץ 1944 פלשה גרמניה להונגריה והשתלטה עליה. החלו גירושים המוניים למחנות המוות בפולין. איסוף יהודי מרגריטה והסביבה החל ב-3 במאי, בגטו אוראדיה. תוך פחות מחודש גורשו כולם למחנות עבודה, ריכוז ולאושוויץ-בירקנאו. מ-2,100 יהודים תושבי מרגיטה, כ-1,650 נספו באושוויץ 2. רובם, כולל הרב מרדכי עזריאל ויינברגר, נרצחו בג' בסיוון, 25 במאי 1944, והתאריך נקבע כיום הזיכרון לקהילה.
ב-20 באוקטובר נכנס לעיירה הצבא האדום. עד סתיו 1945 כבר חזרו למרגיטה כ-400 יהודים. רובם היגרו לישראל או למדינות המערב עד סגירת השערים ב-1951. נותרו כ-90 משפחות יהודיות. בסתיו 1958 שוב אופשרה הגירה לישראל, אם כי באיטיות רבה ותוך עיכובים של שנים. עד סוף שנות ה-70 היו במרגיטה רק שישה יהודים.
רבנים ומנהיגי הקהילה.
הרב הראשון הידוע של יהודי מרגיטה היה הרב שלמה זלמן מינצנט, שכיהן מ-1825 ועד 1845. ב-1850 מונה הרב הלל ליכטנשטיין, שכיהן עם הפוגות עד 1862 והקים את הישיבה העירונית. אז הגיע ידידו הרב יהושע אהרן צבי ויינברגר, מהריא"ץ ("מורנו הרב יהושע אהרן צבי"), שכיהן ברבנות מרגרטן והגליל כ-30 שנים עד לפטירתו ב-1891. בנו הרב שמואל זלמן כיהן בתפקיד 40 שנים עד פטירתו בי"ד בכסלו ה'תרצ"ד (1933). אחרי מותו נתגלע סכסוך ירושה בין שני בניו, מרדכי עזריאל הצעיר ויהושע פנחס הבכור, שהגיע לבית-דין אך נפתר בוויתור של המבוגר על המשרה. מרדכי עזריאל נספה עם בני קהילתו באושוויץ. לאחר השיקום כיהן לזמן קצר הרב אברהם קליינמן, שהוחלף בימי השלטון הקומוניסטי בידי אלעזר קליין ששימש גם כמזכיר הקהילה. ידוע על שניים בלבד שכיהנו בוודאות כדיינים במרגיטה: הרב מרדכי בריסק, ששימש בתפקיד הדיין כ-8 שנים עד 1919, והרב יעקב צבי קאופמן שמונה ב-1926 וכיהן ברצף עד השואה.
בנוסף להם, התגוררו בעיר לפרקים הרב חיים צבי וינקלר מראצפט, הרב שלמה זלמן אולמן, הרב מאיר קליין מהאלמין, ושני אדמו"רי חסידות ראזלה (או רוזדול) משושלת קאליב: הרב פנחס מנחם טאוב ובנו הרב יהודה יחיאל טאוב, אביו של יליד העיר רבי מנחם מנדל טאוב.
מאיר מאן, מעשירי היהודים, היה ראש הקהילה הידוע הראשון. הוא שימש בתפקיד למעלה מ-20 שנים. בנו אברהם מאן כיהן אחריו כ-25 שנים. ב-1922 הד"ר ועורך-הדין משה פרידמן שנשא בתפקיד 10 שנים. בתקופתו נקלעה הקהילה לחובות כבדים בשל הקמת מקווה יקר. ב-1932 נבחר לראשות הקהילה משה גולדברגר ששימש בתפקיד 4 שנים. בשנים 1942-1936 כיהנו בתפקיד משה וולבוביץ, צבי קליין ויהודה לייב וינקלר. ב-1942 נבחר שוב משה גולדברגר לתקופה של שנתיים. לאחר השואה נבחר כראש הקהילה זאב טלצ'ר, ואחריו יצחק לרנר. לאחר מכן התמנו ראשי קהילה מטעם המפלגה הקומוניסטית.
החסידות במרגיטה.
מראשיתה נהגו יהודי מרגיטה לפי מנהגי החת"ם סופר ותלמידיו והתפללו בנוסח אשכנז, ועד ראשית המאה ה-20 בתאריך האזרחי לא הכירו את מנהגי החסידות. החסידות החלה להתפשט בהונגריה במאה ה-19 לאחר שהגיעה אליה בסוף המאה ה-18 עם בואו לקאליב של יצחק אייזיק טאוב, והגיעה לטרנסילבניה בתקפ"ג (1823) עם מינויו של רבי יחזקאל פנט, תלמידו של רבי מנחם מנדל מרימנוב, לרבה של קרלסבורג ושל טרנסילבניה כולה. אך למרגיטה הגיעה רק כ-80 שנים לאחר תחילת תפוצת החסידות בטרנסילבניה. החסיד הראשון שהגיע לעיירה היה אברך חסידי ומגדולי חסידי סיגט, הרב אברהם חיים גליק שבא להתגורר בה. הוא היה נכדו של הרב משה אריה פריינד ותלמידו של הרב חנניה יום-טוב ליפא טייטלבוים, שניהם מגדולי הרבנים החסידיים. כשהגיע כעשר שנים לפני מלחמת העולם הראשונה, חיו בקהילה כ-150 משפחות.
כשראו מתפללי בית הכנסת הגדול אותו עם שטריימל וקפוטה בשבת הראשונה לבואו הייתה השתוממות רבה, והגבאים ניגשו אליו וביקשוהו שלא יופיע יותר בבית הכנסת בלבוש הזה בחושבם שפריטי לבוש כמו שטריימל וקפוטה מתאימים רק לרבנים ולא ליהודים מן השורה. הרב גליק ניסה להסביר כיכל החסידים לבושים כך. הוא המשיך ללכת בלבוש החסידי שלו, ואחד ממתפללי בית הכנסת שרצה "לקדש את השם ברבים" זרק את השטריימל מראשו החוצה. הרב גליק תבע את האיש לדין תורה שהגיע לבית משפט אזרחי הונגרי שפסק שלושה חודשי מאסר בפועל ל"מקדש השם ברבים" על פגיעה בקדושת בית הכנסת ופגיעה ברכוש פרטי.
לאחר כמה זמן הגיעו חסידי סיגט נוספים להתגורר בעיירה בעקבות הרב גליק. כשהגיעו החסידים למניין פתחו בית מדרש חסידי. בתחילה שכרו חדר, וכשהתאפשר להם רכשו מגרש בסמטת היהודים ובנו עליו בית מדרש מפואר. בית המדרש נרשם בספרי האחוזה כ"סינגוגה ספרדית" וכונה בפי הציבור הרחב "דאס ספרדישע בית מדרש" ("בית המדרש הספרדי"), מפני שהיה מקום התפילה הראשון במרגיטה שהתפללו בו בנוסח ספרד. לבית המדרש באו להתפלל מכל הסביבה, ולא מעט מהמפללים לא היו חסידי סיגט או אף לא מהחסידים כלל. בהמשך הגיעו להתגורר במקום קבוצה של חסידי ויז'ניץ וספינקא וגם הם התפללו בבית המדרש החסידי. כאן התפלל הרב יהודה יחיאל טאוב מראזלה במשך 24 שנות מגוריו בעיירה עד פטירתו, וכן אביו הרב פנחס חיים ב-8 השנים שגר כאן.
החסידים הזמינו לשבתות, מועדים ושמחות את האדמו"רים שלהם או אדמו"רים חשובים אחרים, וכמעט כל יהודי מרגיטה וחסידים רבים מהסביבה באו לתפילות, לדרשות ולעריכת השולחנות המסורתית. ביניהם היו רבי חיים צבי טייטלבוים מסיגט שהיה האדמו"ר הראשון שהוזמן למרגיטה כשעוד התגורר כאן רק חסידי סיגט, אחיו רבי יואל טייטלבוים מסאטמר שבא לעיתים קרובות, רבי שלום אליעזר הלברשטאם מראצפרט (בנו של רבי חיים הלברשטאם מצאנז), רבי יקותיאל יהודה הלברשטאם מצאנז-קלויזנבורג, רבי ישעיה מקראקא, רבי אברהם יהושע פריינד מנסויד, רבי ישראל הגר שהיה הרבי מויז'ניץ בגרוסוורדיין, ועוד.
רב מרגיטה והגליל, שהיה אז הרב שמואל זלמן, היה מתפלל בית המדרש החסידי פעם בשנה, בשבת שירה שבה קוראים בתורה את פרשת בשלח שבחומש שמות. החסידים מצידם כיבדו אותו בכבוד רב והקדימו את זמן תפילת שחרית בשבת שובה ושבת הגדול כדי שהמתפללים יוכלו ללכת לשמוע את דרשת הרב בבית הכנסת הגדול.
במשך הזמן התרבות החסידים מכל הזרמים ועם המתפללים הלא מעטים שאינם חסידים, המקום היה צר מלהכיל את הבאים בשעריו, ובתרפ"ז הורחב והוגבה הבניין כך שיוכל להכיל למעלה ממאתיים מתפללים קבועים. חסידי ויז'ניץ החליטו בתרפ"ח לפתוח לעצמם שטיבל נפרד. אך כיוון שלא היה להם כסף לבניית בניין חדש, הם פנו להנהלת תלמוד התורה וביקשו חדר למקום תפילה בשבתות וחגים. בימי חול המשיכו להתפלל בית המדרש של חסידי סאטמר (חסידי רבי חיים צבי מסיגט עברו לאחר פטירתו להיות מחסידיו של אחיו רבי יואל מסאטמר).
החסידים היו הראשונים לכל דבר של צדקה וחסד, והצטיינו בייחוד במתן בסתר ובהכנסת אורחים.
בימי השואה הגרמנים השתמשו בבית המדרש החסידי כאורוות סוסים. לאחר השואה כשהקהילה התארגנה מחדש חידשו את פעילות בית המדרש. אחרי העלייה ההמונית לארץ בשנים תש"ט-תש"י (1950-1949) עברו המעטים שנותרו ממתפללי בית המדרש הגדול ולומדיו לבית הכנסת הגדול, ופעילות בית המדרש נפסקה.
בשנת תשי"ב (1952) התקלקלו מכונות המקווה ולא ניתן היה להפעיל אותו. אנשי הקהילה המעטים שנותרו לא יכולים היו לעמוד בהוצאה הכספית של התיקונים, ובקשה לסיוע אל הפדרציה של הקהילות היהודיות שבבוקרשט לא נענתה. בינתיים נודע להם שהשלטונות מתכוונים להלאים את בית המדרש ולהפוך אותו למועדון לנוער. הנהלת הקהילה החליטה שכדי למנוע את ביזיון המקום וגם לממן את תיקון המקווה, יש להרוס את בניין בית המדרש ולמכור את העצים והאבנים. הבעיה ההלכתית של הריסת מקום קדושה נפתרה בכך שהעידו אנשים שכשייסדו את בית המדרש חתמו המייסדים על מסמך שבו הם מצהירים כי בטלה קדושת המקום אם ירצו למוכרו למטרה אחרת.
היו קשיים בהשגת היתר הריסה מהשלטונות, ובסופו של דבר, גוי מחסידי אומות העולם בשם לאיוש בורדאש שהיה ממונה על ענייני הבנייה במחוז הבין שמדובר על מניעת חילול מקום קדוש ליהודים ובהשגת כסף להפעלת המקווה מחדש, הוציא צו הריסה בנימוק שבניין בית המדרש מט ליפול ומהווה סכנה לעוברים ושווים. כן פקד על הקהילה להתחיל בהריסה מיד אחרי הוצאת הצו כדי שפקיד ממשלתי אחר לא יוכל לבטלו. הבניין אכן נהרס והמגרש גודר, והמקווה תוקן ושופץ. המקווה המשיך לשמש את היהודים במשך כ-15 שנים, עד שכמעט כולם עזבו את המקום, והמבנה עבר לידי המועצה המקומית שהפכה אותו לבית מרחץ.
יהודי היישובים בגליל מרגיטה.
אמנם, מרגיטה, כמו כל יישובי מחוז ביהור, כפופה לעיר המחוז, אך לכל עיירה יישובים קטנים יותר בתחום שיפוטה המנהלי וכן היה גם לגבי הסמכות הרבנית של רבה של מרגיטה עד הרב המרדכי עזריאל, הרב האחרון לפני השואה, שבתקופתו הוא היה רבה של מרגיטה בלבד ואחיו הגדול יותר הרב יהושע פנחס היה רבם של הכפרים בגליל מרגרטן.