אלפרד רוזנברג היה האידאולוג הראשי של התנועה הנאצית. הוא הציע להיטלר להקים מוסד אקדמי ללימודים נאציים Hohe Schule der NSDAP על מנת לחנך את הדורות הבאים ברוח המפלגה. בינואר 1940 אישר היטלר את הקמת המוסד לאחר המלחמה. בינתיים הוא הורה לרוזנברג להכין תוכניות בעיקר בתחום המחקר והקמת מערכת ספריות. רוזנברג קיווה להקים 12 מכוני מחקר במסגרת ה Hohe Schule. בזמן המלחמה הוקם רק מכון אחד, המכון לחקר השאלה היהודית (IEJ) בפרנקפורט. על מנת להעשיר את ספריית המכון מינה רוזנברג צוותי עבודה שכונו על שמו ה Einsatzstab Reichsleiter Rosenberg (ERR). תפקידם היה לעבור בעקבות הצבא הגרמני בארצות הכיבוש, לחפש אוספי ספרים חשובים ולהעבירם לפרנקפורט. חלק מהספרים הועברו גם לספרייה המרכזית שתוכנן ל Hohe Schule בברלין ולמרכז המיון שם.
בצרפת החרימו אנשי ה ERR את ספריית כל ישראל חברים (אליאנס), ספריית בית המדרש לרבנים, ספריות משפחת רוטשילד ועוד. מהולנד לקחו את ספריית הרוזנטיליאנה וספריית בית מדרש עץ חיים. ה ERR פעל גם ביוון, איטליה, בלגיה, יוגוסלביה ובארצות מזרח אירופה. עקב הכמות הגדולה של ספריות יהודיות בווילנה, העסיק ה ERR מלומדים יהודיים באיסוף ומיון הספרים. הם הונחו לשלוח כ 30% מהספרים לפרנקפורט והיתר לגריסה. יהודים אלו, שכונו בידי חבריהם "בריגדת הנייר", ניסו להציל חלק מהספרים והחומר הארכיוני, להבריחם אל תוך הגטו או להחביאם במקומות האחרים.
פינוי הספרים.
בעקבות ההפצצות על ברלין, פרנקפורט וערים גרמניות נוספות, פינו הנאצים את הספריות לאזורים בטוחים יותר. חלק מהספרים היהודיים שבספריית משרד הראשי לביטחון הרייך הועברו מברלין לצ'כוסלובקיה. חלקם הגיעו לגטו טרזיינשטט שם הם קוטלגו על ידי צוות יהודים אסירים במקום. ספרים אחרים אוחסנו ב טירות בבוהמיה ומורביה. ספרי ה ERR שבמרכזי האיסוף בברלין נשלחו לטנזנברג שבאוסטריה ולרטיבור שבשלזיה. הספרים שבמכון לחקר השאלה היהודית בפרנקפורט הועברו לעיירה הונגן שם נשמרו בטירה, כנסייה, מחסנים ובצריפים.
מציאת הספרים.
חלק גדול מהספרים נפלו לידי הרוסים ששלחו אותם יחד עם פרטי אומנות, עתיקות ורכוש אחר שמצאו לברית המועצות. ספרים וחומר ארכיוני רב הגיע למוסקבה. כמיליון ספרים נשלחו גם למינסק. רוב החומר הזה נמצא שם עד היום ויש תיעוד רק לחלק קטן ממנו.
הכוחות האמריקאים שהגיעו להונגן, מצאו כ 1.5 מיליון ספרים שפונו מה- IEJ. חלק אחר מספריית המכון נשאר במבנה המקורי ואף על פי שהופצץ חומר רב נותר במרתף וניצל. את כל הספרים העבירו למחסן גדול באופנבך שליד פרנקפורט למיון וטיפול. מחסן זה שהיה שייך בעבר לתאגיד I.G.Farben כונה עתה ה Offenbach Archival Depot (OAD). ספרים רבים החלו להימצא במקומות שונים ברחבי אזור השליטה האמריקאי וכולם נשלחו ל OAD. מפקדה הראשון סרן סימור פומרנץ הצליח בזמן קצר להחזיר ספרים רבים לבעליהם המקוריים בעיקר בצרפת והולנד. מחליפו סרן יצחק בנקוביץ המשיך בעבודה ובסך הכל עד סוף 1946 הוחזרו כ 2 מיליון ספרים לארצות שמהם הם נגנבו. באופנבך נותרו כחצי מיליון ספרים שלא ניתן היה לזהות את בעליהם או שמקורם היה בארצות עליהם השתלטה רוסיה בניגוד לדעתה של ארצות הברית.
הוועדה להצלת אוצרות הגולה.
עוד ב 1943 הציע היסטוריון הבריטי החשוב ססיל רות שאת הספריות היהודיות שגנבו הנאצים ושלא ניתן להחזיר לבעליהם, יש להעביר לאחר המלחמה לאוניברסיטה העברית בירושלים. האוניברסיטה הקימה ב 1944 ועדה לטיפול בנושא זה בתקווה אכן לקבל לידיה את הספרים הגנובים. ועדה זו נקראה "הועדה להצלת אוצרות הגולה". הוועדה פעלה בראשות רקטור האוניברסיטה העברית ליאו אריה מאיר ובהשתתפותם של ראשי ההנהלה וההוראה כגון גרשום שלום, מרטין בובר, שמחה אסף ומנהל הספרייה הלאומית אליקים גוטהולד וייל. תחילה ביקשה הוועדה מדניאל גולדשמידט, אחד הספרנים המנוסים של הספרייה, להכין רשימה של מוסדות באירופה הכבושה שהחזיקו באוצרות גדולים של ספרים יהודיים על מנת לסייע באיתור וזיהוי הספרים לאחר המלחמה. ב-30 במרץ 1944 פורסמה בעיתונות העברית בארץ, קריאה לסיוע בהכנת רשימות אלו.
עם סיום מלחמת העולם השנייה והגעת שמועות אודות כמויות גדולות של ספרים שנמצאו, החלה הוועדה לדון ביצירת קשרים עם גורמי ממשל וצבא בגרמניה הכבושה, ודרשה לקבל נאמנות על הספריות והספרים שנתגלו באירופה. הבעיה העיקרית הייתה מההיבט המשפטי. ההנחיות של השלטון הצבאי היו להחזיר את הספרים לארצות מוצאם עד כמה שהדבר ניתן. האוניברסיטה העברית הייתה מוסד בארץ ישראל המנדטורית שמשם בוודאי לא נגנבו הספרים. ועדת אוצרות הגולה הקימה ועדה משפטית שתדון בנושא זה.
הוועדה ניסתה להוכיח את בעלותו של עם ישראל שבארץ ישראל על ספרי אוצרות הגולה. היא הסבירה שהשואה הייתה מכוונת לעם היהודי ועל העם היהודי לקבל את הנכסים שנותרו ללא בעלים. בתזכיר שהגישה הוועדה המשפטית נכתב ש "לעם היהודי הקם לתחיה בארץ אבות ישנה הזיקה הרוחנית החיונית המיוחדת לאוצרות תרבותו ולשמירתם במרכז הלאומי והרוחני בארץ ישראל" . דיני הירושה קובעים שיש לשמור על רצונו וכוונותיו של המוריש ובמקרה זה שהמוריש לא קבע יורש ספציפי, קבעה הוועדה, שהוא וודאי היה רוצה לראות את רכושו חוזר לעמו למורשת וזיכרון. הוועדה הראתה שלאוניברסיטה העברית כאוניברסיטה יהודית והספרייה שבה שהיא ספריית הלאום היהודי, יש את התשתיות המתאימות לקלוט ולטפל בספרים.
בינואר 1946, עוד לפני העברת הספרים למחסן ה OAD, פורסם בעיתון הארץ כתבה בשם "הספרייה היהודית הגדולה בעולם" אודות הספרים השדודים של המכון לחקר השאלה היהודית בפרנקפורט. מחבר המאמר רוברט וולטש שביקר בגרמניה כתב: "זוהי זכות שהספרייה הלאומית בירושלים צריכה לתבוע אותה לעצמה. עליה לשלוח לפרנקפורט קבוצת פקידים נבחרים שיבדקו את הספרים, יעריכום, יסדרום וירשמום בקאטאלוגים.
באפריל 1946 פרופסור גרשום שלום, מנהל המכון למדעי היהדות ומומחה עולמי בתחום הקבלה, ואברהם יערי, ספרן הספרייה הלאומית ומומחה לתולדות הספר העברי, יצאו לאירופה כנציגי ועדת אוצרות הגולה. מטרתם לא הייתה לאסוף ספרים כי אם לאסוף מידע על שרידי הספריות היהודיות בגרמניה, לבדוק את טיבם ואת בעליהם ולבוא במגע עם מנהיגי הקהילות בנושאים אלה. אחרי שהייה של כחודש בלונדון ופריז החליט יערי לחזור ארצה ושלום נותר לבדו באירופה. לאחר זמן ממושך בה סייר בין שרידי הקהילות היהודיות, הגיע שלום לבסוף לאופנבך שם הוא למד והעריך את הספרים שראה ואף סייע במיון ספרים וכתבי יד. שלום הבין שהאוניברסיטה העברית לא תוכל לקבל את כל הספרים ועליה לעבוד יחד עם הארגונים היהודיים השונים בכדי להוציא את הספרים מגרמניה. הוא נענה בסירוב להעברת מספר ארגזי כתבי יד וספרים לישראל אך לאחר חזרתו ארצה, הוברחו הארגזים לירושלים בעזרתו של רב צבאי אמריקאי הרברט פרידמן.
ה JCR.
בדצמבר 1943 התקיים בארצות הברית כנס בנושא החייאת חיי התרבות היהודית באירופה לאחר המלחמה. בעקבות הכנס הקים פרופסור סאלו בארון מאוניברסיטת קולומביה את ה Commission on European Jewish Cultural Reconstruction לחקר ותיאום פעילות הקמה מחדש של התרבות היהודית באירופה. ה CEJCR פעלה במרץ והשיגה השפעה רבה על השליטה בעתידה של אירופה היהודית. נרקמו גם קשרים בין בארון לאוניברסיטה העברית.
חנה ארנדט, מנהלת המחקר ב- CEJCR, נעזרה ברשימותיו של דניאל גולדשמידט ובידיעותיהם של משכילים אחרים כדי להכין עבור ה CEJCR רשימות מעודכנות ומלאות יותר של ספריות ואוספי תרבות יהודיים מלפני המלחמה. הרשימות כללו 430 מוסדות יהודיים כגון ספריות, ארכיונים ומוזאונים בעשרים מדינות. בנוסף הופיעו 264 מוסדות לא יהודיים עם אוספי ספרים יהודיים, 474 מו"לים יהודיים ו-15 מוסדות נאציים. הרשימות התפרסמו בכתב העת Jewish Social Studies. הם הרשימו מאוד את נציגי משרד החוץ האמריקאי, דבר שבסופו של דבר סייע לבארון לקבל נאמנות זמנית על הרכוש התרבותי היהודי באירופה .
בארון קיצר את שם הוועדה ל Jewish Cultural Reconstruction. בהורדת המילה European הוא ביטא את ההבנה שלא צפוי עתיד ליהדות מזרח אירופה ושהמרכזים היהודיים עברו לארצות הברית וישראל. ה JCR היה תאגיד של ארגונים יהודיים ברחבי העולם והשתפו בו גם הוועדה ל"אוצרות הגולה" ונציגיה הישראלים.
הספרים היתומים שבמחסן ה-OAD, נותרו על אדמת אירופה לעוד 3 שנים. בזמן הזה הפעילות להחזרת הספרים התבצע בעיקר בישיבות ועדים והתכתבויות בין חברי התאגיד. תאגיד ה JCR הפך לזרוע התרבותי של ה Jewish Restitution Successor Organization (JRSO) ארגון גג של מספר ארגונים יהודיים שטיפל בכלל הנכסים היהודים שנותרו באירופה ללא יורשים.
צבא ארצות הברית העביר את האחראיות על אופנבך ל JCR ועתה היה עליהם לקבל החלטות לגבי חלוקת הרכוש. הוחלט לבסוף להעביר 40% מהם לישראל, 40% לארצות הברית והיתר למדינות אחרות בעולם בהם היו ריכוזים יהודיים.
ה- JCR הכין תווית מיוחדת עם הלוגו של הארגון בעברית ובאנגלית וביקשו מכל הספריות שקלטו את ספרי אופנבך להדביקם בפנים. התוויות מעידה שהספר שבה היא נמצאת, נגנב על ידי הנאצים בשואה.
ב־1949 שלמה שונמי מבכירי הספרייה הלאומית, נשלח לאופנבך לבחור ספרים עבור ישראל בכלל והספרייה בפרט. עם סגירת המחסן בקיץ אותה שנה, הועברו יתר הספרים לוויסבאדן שם המשיך שונמי את עבודתו בבחירת הספרים, אריזתם והכנתם למשלוח ארצה. בסך הכל נשלחו מגרמניה לישראל כ־120,000 ספרים. הספרייה הלאומית קלטה את חלקם בין אוספיה והיתר התחלק בין ספריות שונות בארץ.