אוסוביצקי רכש 3,000 דונם אדמה בעיון קרא ומכר חלקות לעולים בעלי רכוש שנטעו באמצעיהם הפרטיים כרמי גפנים. באופן כזה נוצרה שכבת איכרים שאינם תלויים בחסדי הברון. ביניהם היה מיכאל הלפרין, שייסד בראשון לציון "איגוד פועלים" ראשון בארץ. עם הזמן נהפך הלפרין לאחד המתנגדים החריפים לשלטון אוסוביצקי. שם המקום זוהה, באופן שגוי כנראה, עם מקומו המשוער של המעיין עין הקורא הנזכר בתנ"ך: ".. עַל כֵּן קָרָא שְׁמָהּ עֵין הַקּוֹרֵא אֲשֶׁר בַּלֶּחִי עַד הַיּוֹם הַזֶּה" (ספר שופטים טו, יט).
בשנת 1886 החלו היחסים בין אוסוביצקי והאיכרים להתערער. הפקיד פיתח גינוני שררה, הטיל קנסות וקירב אליו מלשינים וחנפנים. המושבה התפלגה לשני מחנות: "רודפי שלום" ובראשם פיינברג, שהתנגדו לאוסוביצקי, ו"אגודת רעים", שתמכו בו וטופחו על ידיו. באפריל 1887 הגיע המתח במושבה לשיא. הלפרין שלח לחובבי ציון ברוסיה מכתב תלונה על אוסוביצקי. כשנודע לאוסוביצקי על המכתב, בערה בו חמתו. הלפרין נאלץ להתעמת עם אוסוביצקי והוא ציווה עליו להסתלק מיד מהמושבה. אירוע זה הצית את המרד במושבה. בינתיים שלח אוסוביצקי שליח למושל הטורקי ביפו והודיע לו כי פרץ מרד בראשון לציון. מיד נשלחה כיתת חיילים כדי לאסור את המורדים. החיילים ניצבו מול המתיישבים, וניתנה פקודה לטעון את הרובים אם המתיישבים יתנגדו למאסר. ברגע האחרון הגיע שמואל הירש מנהל מקוה ישראל, ושכנע את החיילים לעזוב, ואת המתיישבים – להתפזר. אוסוביצקי עזב את ראשון לציון ביחד עם הירש. המורדים חגגו את "ניצחונם", אך לא לאורך ימים.
ב-1 במאי 1887 הגיע הברון רוטשילד לביקורו הראשון בארץ ישראל. המורדים "התקפלו" לנוכח איומי הברון. הברון התנה את סליחתו לאיכרים בכך שפיינברג, שהיה ממנהיגי המורדים, יעזוב את המושבה, וזה עשה כן, משום טובת היישוב, לאחר שהופעל עליו לחץ רב. לאחר חמש שנים וחצי מכר פיינברג את נחלתו בראשון לציון ועבר לגדרה.
הקמת בית הכנסת.
בית הכנסת הגדול בראשון לציון נבנה בשנים 1885–1889, על פי התכנון של המהנדס והאדריכל ברוך פפירמייסטר, והיה מוקד חשוב בחיי המושבה. בית הכנסת, שניצב על פסגת גבעה בקצה רחוב רוטשילד ובלט למרחוק, היה במשך שנים רבות אחד המבנים המפוארים במושבה הקטנה ומרכז חברתי למתיישביה.
בניית בית הכנסת החלה נתקלה בהתנגדות של השלטון העות'מאני, ובמצוקה כספית. כדי להתגבר על התנגדות השלטון בנו המתיישבים את בית הכנסת במסווה של מחסן לציוד חקלאי. בניין הבית הושלם בזכות תרומה של הברון רוטשילד. בבית הכנסת שתי קומות: בראשונה מקום ל-150 מתפללים, ובשנייה נמצאת עזרת הנשים. בחלונות משני צדי ארון הקודש ישנם ויטראז'ים של שנים-עשר שבטי ישראל.
בסמוך לבית הכנסת גם בית הספר העברי הראשון – "בית ספר חביב", והמוזיאון לתולדות ראשון לציון.
גידול הגפנים.
תחילת גידול הגפנים במושבה הייתה בהיסח הדעת. מיכל זלמן פוחצ'בסקי, שהיה גנן ומומחה לגידול גפנים, סיפר על הניסיון שהצליח וגרם לתחילת גידול גפנים על בסיס מסחרי באדמת ראשון לציון ובסופו של דבר לבניית היקב הראשון בארץ ישראל.
מייסדי המושבה ניסו לגדל בשדותיהם חיטה, אך התאכזבו. בדרכם מיפו למושבה הבחינו תושבי ראשון לציון בצדי הדרך בשתילי הגפן המקומית. הם הביאו זמורות מהגפנים אל ביתם ושתלו אותם בגינה הביתית. בהנחה כי היות שהגפן היא אחד משבעת המינים שארץ ישראל משתבחת בהם, יש סיכוי כי שתילי גפן ישגשגו גם באדמת ראשון לציון, ואכן כך היה.
כשביקרה במושבה משלחת של מומחים חקלאיים מצרפת בשליחות הברון רוטשילד, היא בדקה את אפשרויות גידולי החקלאות במושבה. בסיורם במושבה נוכחו המומחים כי בגינות התושבים גדלות בהצלחה גפנים. הם חזרו לצרפת והמליצו בפני הברון לעודד את גידול הגפנים במושבות.
שתילי הגפנים גדלו בהצלחה, אך האיכרים עדיין לא הצליחו בנטיעת הכרמים על פני שטחים נרחבים. הברון רוטשילד החליט לסייע ושלח לארץ מומחה מיקביו "שאטו לאפיט רוטשילד", וזה הגיע למסקנה כי יש לבחור את מין הגפן המתאים לקרקע הארץ ומניב גפנים באיכות הראויה לייצור יין. הוא בחר את המינים המצליחים באירופה אך משום שמחלת הפילוקסרה, הפוגעת בשורשי הגפן, פשטה אז בכרמי אירופה, הציע לברון לייבא מהודו זמורות של גפנים, אשר יוכלו לשמש ייחורים. כך ניטעו הכרמים הראשונים בראשון לציון. עם סיום הנטיעה רחבת ההיקף הראשונה, הונחה אבן הפינה ליקבי כרמל מזרחי ונפתחה תקופה של שגשוג כלכלי בראשון לציון. הדוגמה של ראשון עברה לאחר מכן לשאר המושבות בארץ.
בשנת 1898 ביקר במושבה תיאודור הרצל, בראש משלחת ציונית שנועדה לפגוש את קיסר גרמניה בזמן ביקורו בארץ ישראל. באותו הזמן מנתה אוכלוסיית המושבה כ-400 נפש.
במלחמת העולם הראשונה ידעה המושבה קשיים רבים: סגירת השווקים לחוץ לארץ, מכת הארבה בשנת 1915 והקרבות שהתנהלו בדרומה של המושבה בנובמבר 1917.
במרץ 1921 הגיע שר המושבות הבריטי וינסטון צ'רצ'יל לביקור בארץ ישראל, במהלכו ביקר בראשון לציון ונפגש עם איכריה. לאחר שובו ללונדון, חזר מספר פעמים על התרשמותו הרבה מהמושבה, כדי להצדיק את מדיניות הבית הלאומי היהודי של בריטניה.
מלחמת העצמאות.
במהלך מלחמת העצמאות הפציצו מטוסי חיל האוויר המצרי את העיר ב-3 ביוני 1948. בהפצצה נהרגו 25 תושבים וחיילים והיו פצועים רבים.
ההתנכלויות נגד הנוסעים לראשון לציון וממנה גרמו להתמעטות הנסיעות וצמצמו כך גם את שירותי הדואר, עד שהעירייה הסדירה שירותי דואר מיוחדים באמצעות מכוניות משוריינות וגם הפיקו לשם כך את בול ראשון לציון.
לאחר קום המדינה.
בשנת 1950 ניתן לראשון לציון מעמד של עיר. החל משנות ה-70 של המאה ה-20 החל פיתוח גדול בעיר וראשון התרחבה לצד מערב. הבנייה במערב זכתה לתאוצה עם היבחרו של מאיר ניצן לראש העיר בשנת 1983, ומאז נבנו הרבה שכונות חדשות במערב העיר.
באפריל 1988 צורף המושב נחלת יהודה לעיר. בשנות ה-2000 הוקמה בעיר קריית הלאום, בה רוכזו בית משפט השלום ומשרדים מרכזיים של המוסד לביטוח לאומי ומשרד הפנים. בשנת 2009 נפתח לתנועה במלואו כביש 431 המחבר את ראשון לציון עם העיר מודיעין-מכבים-רעות אך גם עם כבישים חשובים כמו כביש 1, כביש 40 וכביש 6 במזרח וכביש 4 וכביש 20 במערב. ניצן כיהן כראש עיריית ראשון במשך 25 שנה, עד שהוחלף בדב צור בבחירות לרשויות המקומיות בנובמבר 2008. ב-2010 נפתחו בראשון שני מרכזי מסחר גדולים: סינמה סיטי במערב העיר וחנות איקאה באזור התעשייה מעוין שורק ליד הכביש לפלמחים. בעשור השני של המאה ה-21 החל דוב צור בגל שיפוצים נרחב בראשון הוותיקה ובמזרח ראשון, שכללו: שיפוץ כבישים ומדרכות, שיפוץ חזות בתים משותפים (חלקם במסגרת תמ"א 38), הקמת גינות ומזרקות ברחבי העיר, שיפוץ המדרחוב, שימור ושחזור מבנים עתיקים, הקמת גן בעברית וכן שיפוץ הכניסה הצפונית לראשון והקמת טיילת המכבים לצידה. אחד מהמהלכים השנויים במחלוקת היה הריסת המבנים הישנים של הגימנסיה הריאלית והקמת מבנה חדש ומודרני במקומם.
ב נסגר היקב העתיק של יקבי כרמל והופסקה הפעילות בו. כיום המבנה ניצב נטוש למחצה כשבשטחו חניון זמני. העירייה ומספר יזמים הגישו תוכנית להקמת מגדלי מסחר ומגורים על מבני היקב המודרניים בעוד שמבני היקב ההיסטוריים (בהם "הבניין האדום" שחזיתו פונה לרחוב) ישומרו וישמשו כמוזיאון ואתר תיירות. התוכנית הנ"ל שנויה במחלוקת וטרם אושרה סופית.
בשנת 2019 החלה הקמת מתחם ה-1000 – רובע עסקים ותעשיית היי-טק בשטח ליד אגמון הסופרלנד והקמת שכונות הנרקיסים, הנוריות וחלום ראשון החדשה.
כעת מורכבת העיר משני חלקים עיקריים:
פיגועי טרור בעיר.
במאה ה-21 ראשון לציון כמעט שלא סבלה מפיגועי טרור. עם זאת, בעיר אירעו מספר פיגועים שבוצעו על ידי מחבלים פלסטינים:
ציוני דרך בתולדות ראשון לציון.
הסמל והדגל.
סמל העיר הוזמן על ידי המועצה המקומית לציון יובל השישים לעיר. הסמל מורכב ממספר אלמנטים הקשורים לראשיתה של ראשון:
דגל ראשון לציון מורכב ממלבן כתום, לציון פרדסי פרי ההדר הרבים שהיו בעיר, שעליו מוטבע סמל העיר בירוק על גבי לבן.
אוכלוסייה.
לפי נתוני מרשם האוכלוסין של משרד הפנים, נכון לסוף רבעון הראשון (31 במרץ) של שנת 2019, היו בראשון לציון 252,190 תושבים. פריסתם בשלושת האזורים העיקריים בעיר היא כדלקמן: במרחב מזרח (מזרח העיר עד כביש 412) כ-38%, במרחב תיכון (בין כביש 412 לכביש 4) כ-23% ובמרחב מערב (מכביש 4 ועד לים התיכון) כ-39%. הנשים בראשון לציון מהוות 51% מהאוכלוסייה העירונית ואילו הגברים 49%. 43,180 מתושבי העיר הם עולים חדשים.
חינוך, תרבות וספורט.
חינוך.
בראשון לציון פועלים שנים עשר בתי ספר תיכוניים מקיפים, מהם תיכון אחד דתי (מקיף ב'). אלו הם בתי ספר שש שנתיים מכיתה ז' ועד י"ב, בעקבות רפורמה של ראש העיר דב צור בשנת הלימודים תשע"א, "לומדים שש-שש", לביטולן של חטיבות הביניים. כל התיכונים בראשון מציעים הן לימודים עיוניים במגוון תחומים והן לימודיים מקצועיים/טכנולוגיים ולכן נקראים "מקיף". בנוסף קיימת בראשון לציון ישיבה תיכונית ("המדעית") ואולפנה ("נתיב האולפנה").
הראשון מבין התיכונים בראשון לציון שנחשב לתיכון מקיף הוא הגימנסיה הריאלית ע"ש אליעזר קררי (מקיף א'), שנוסד בשנת 1939, ומתוקף כך זוכה לתואר "התיכון הוותיק ביותר בראשון לציון" והתיכון החמישי בוותק שלו בישראל.