ב-9 ביוני 1923 פרצה בבולגריה הפיכה על ידי מיליציות "חצי צבאיות" כגון הליגה הצבאית, שזכו לתמיכת הצבא הסדיר אשר נייד כוחות ותפס עמדות מפתח בסופיה. בוריס השלישי נמלט מהארמון בלווי שומרי ראשו והסתתר באזור הכפרי שמחוץ לסופיה עד יעבור זעם. ראש הממשלה המכהן אלכסנדר סטמבוליסקי הודח, נעצר ובהמשך הוצא להורג. ניסיונות להתקוממות נגד של איכרים ופועלים חברי מפלגת האיכרים דוכאו ביד קשה על ידי הצבא והמשטרה. הוקמה ממשלה חדשה בראשות הפרופסור אלכסנדר צאנקוב מנהיג מפלגת הימין "האיחוד הלאומי", אשר בעצמו היה חלק ממנגנון ההפיכה הצבאית. המפלגה הקומוניסטית לא התערבה לטובת סטמבוליסקי במהלך ההפיכה משום שמפלגת האיכרים והקומוניסטים התחרו על אותו קהל אוהדים והפגינו עוינות האחת כלפי השנייה. כוחה של מפלגת האיכרים נשבר.
בקומינטרן נמתחה ביקורת על אי התערבותה של המפלגה הקומוניסטית הבולגרית נגד השלטון המלוכני במהלך ההפיכה נגד אלכסנדר סטמבוליסקי, והופעל לחץ כבד על הקומוניסטים הבולגרים לנסות ולהפיל את השלטון. הקומוניסטים ארגנו תאים בערים ובכפרים שונים המרוחקים מהבירה הבולגרית לקראת ההפיכה המיועדת. ב-20 בספטמבר 1923 החלו מהומות בעיר סטארה זאגורה אשר התפשטו בהמשך גם לבורגס, אזור צ'ירפאן, מספר כפרים באזור פלובדיב, מונטנה, וידין, לום ונובה זאגורה. ראש הממשלה אלכסנדר צאנקוב אשר זכה לתמיכת הצבא, הכריז על ממשל צבאי ברחבי בולגריה והצבא הופעל כדי לדכא את המהומות. המורדים לא הצליחו להפוך את ההתקוממות לעממית ובסדרת קרבות מהירים עלה בידי הצבא הבולגרי לשבור את המרד, תוך גרימת מאות רבות של הרוגים לקומוניסטים. אלפים נעצרו והושלכו לכלא. חלקם הוצאו בהמשך להורג. ראשי המפלגה הקומוניסטית נמלטו מבולגריה לברית המועצות. כוחה הפוליטי של המפלגה הקומוניסטית נשבר והיא עברה לטקטיקה של פעולות טרור ברחבי בולגריה.
עד הפיכת הליגה הצבאית.
עשר השנים שלאחר ניסיון ההפיכה הקומוניסטי ועד להפיכת "הליגה הצבאית" עמדו בסימן פעולות הטרור של המפלגה הקומוניסטית ושל הארגון המהפכני הפנים-מקדוני ובכללן ניסיונות התנקשות במלך בוריס השלישי. ברקע, צמיחתן של תנועות ימין בעלות אידאולוגיה פאשיסטית שפעלו בכוח נגד מתנגדיהן באמצעות מיליציות. במקביל, חיזק המלך את קשריו עם איטליה הפשיסטית.
חברי תאים מחתרתיים של המפלגה הקומוניסטית התנקשו בקציני צבא ומשטרה בכירים. במקביל הורו ראשי המפלגה ששהו בגלות בברית המועצות לאנשיהם בבולגריה להתנקש בחיי המלך. בפברואר 1925 תוכנן להתנקש בחיי המלך במהלך הלווייתו של מפקד משטרת בולגריה ולצ'ו איוואנוב (בולגרית: Вълчо Иванов) שנרצח בידי הקומוניסטים, אך סידורי האבטחה במהלך הלווייתו היו קפדניים במיוחד והוחלט לדחות את הפעולה למועד אחר. ב-14 באפריל 1925 נרצח הגנרל והפוליטיקאי קונסטנטין גאורגייב (בבולגרית: Константин Георгиев) בידי מתנקש קומוניסטי. הלווייתו נקבעה ל-16 באפריל בסופיה.
באותו היום, סמוך לבוטבגרד, נפתחה אש אל מכונית השרד של המלך על ידי חברי ארגון טרור. שניים מנוסעי הרכב נהרגו, אך המלך לא נפגע והצליח להימלט מהמקום. ב-16 באפריל ערך המלך בוריס השלישי ביקור תנחומים בבית הנרצחים מהפיגוע ליד בוטבגרד. הביקור התארך ובוריס איחר לפתיחת טקס ההלוויה של הגנרל קונסטנטין גאורגייב בכנסיית "סווטה נדליה" בסופיה. הודות לאיחור ניצל המלך מפצצה רבת עוצמה שהתפוצצה עם תחילת הטקס בכנסייה ושהוטמנה על ידי חברי תא מחתרתי קומוניסטי. בפיגוע בכנסיית סווטה נדליה נהרגו 160 בני אדם ונפצעו 320. הנפגעים היו מאצולת הצבא והפוליטיקה בבולגריה, ועם הפצועים נמנו ראש הממשלה ושר הפנים.
מיד לאחר הפיגוע הכריזה ממשלתו של אלכסנדר צאנקוב על ממשל צבאי ברחבי הממלכה וניצלה את ההזדמנות כדי להיפרע מגורמי האופוזיציה למשטר, גם על ידי מיליציות חצי צבאיות אשר בפועל היו נתונות לפיקודו הישיר של שר ההגנה הבולגרי איוון ולקוב (בולגרית: Иван Вълков). נרדפו חברי מפלגות שמאל כגון חברי ותומכי המפלגה הקומוניסטית ואף חברי מפלגות מרכז-שמאל כגון מפלגת האיכרים. עוד נרדפו חברי האליטה האינטלקטואלית. עשרות בני אדם נחטפו בידי חברי המיליציות והוצאו להורג. בערי השדה התחוללו קרבות בין יחידות של הצבא הבולגרי לבין קבוצות חמושות של תומכי הקומוניסטים. מעריכים שלפחות 400 בני אדם נהרגו בקרבות, נרצחו או הוצאו להורג במהלך האירועים שהתחוללו לאחר הפיגוע. רבים מתאי הטרור של המפלגה הקומוניסטית נפגעו, אך המפלגה הקומוניסטית המשיכה להיות מקור לחשש מתמיד מצד השלטון המלוכני הבולגרי.
במקביל, איבד הממשל הבולגרי את השליטה על פעילות הארגון המהפכני הפנים-מקדוני אשר שימש לפרקים זרוע לא רשמית של בולגריה, וחבריו ביצעו פעולות טרור באזורי הגבול עם יוון ויוגוסלביה ומעשי שוד רבים בתוך בולגריה כדי לממן את פעילותם. ב-19 באוקטובר 1925 פלשו כוחות צבא יווניים לבולגריה והשתלטו על אזור פטריץ'. לכאורה הייתה הפעולה המשכה של תקרית אש מול שומרי הגבול הבולגרים, אך בפועל כוונה לגרום לבולגרים להפסיק את הפעולות המחתרתיות משטח בולגריה. לבסוף, לאחר התערבות חבר הלאומים נסוגו היוונים חזרה לגבולות ממלכתם. בשלהי 1927 חתמו בולגריה וממלכת יוון הסכם חילופי אוכלוסיות ביניהן, צעד שהוביל להעברתם של עשרות אלפי אזרחים במצב כלכלי ירוד אל תוך ממלכת בולגריה. באפריל 1928 התחוללו בדרום בולגריה שתי רעידות אדמה חזקות שגרמו לאלפי נפגעים והרס רב. בוריס השלישי ביקר באזורים הפגועים ובכלל זה באזורים הכפריים הנידחים ופעל לסייע לנפגעים באמצעות ממשלתו. האירוע חיזק מאוד את האהדה העממית למלך.
ארגוני ימין קיצוניים החלו לפעול בממלכה. בדצמבר 1929, התקיימה בסופיה ועידת הארגון רודנה זאשטיטה ואלפי בני נוער חברי הארגון צעדו לבושי חולצות שחורות כדוגמת הפאשיסטים באיטליה והפגינו בחוצות סופיה. ביטאון הארגון יצא בגלוי כנגד הפרלמנט. המשבר הכלכלי העולמי של 1929 לא פסח על בולגריה ופיצויי העתק שנדרשה לשלם לאחר מלחמת העולם הראשונה העיקו מאוד על כלכלתה. ביוני 1931 התפטר ראש הממשלה אנדריי ליאפצ'ב על רקע המצב הכלכלי ובאוקטובר התפטר מחליפו אלכסנדר מלינוב. ב-1932, הצליח ראש הממשלה ניקולה מושאנוב לסיים את תשלום פיצויי המלחמה.
ב-1930, נשא המלך בוריס לאישה את ג'ובאנה לבית סבויה מאיטליה שהייתה בתו של המלך ויטוריו אמנואלה השלישי. לזוג נולדו שני ילדים, הנסיכה מריה לואיזה ב-1933 ויורש העצר סימאון ב-1937.
מהפיכת הליגה הצבאית ועד מלחמת העולם השנייה.
ב-19 במאי 1934, התחוללה בבולגריה הפיכה וחברי הליגה הצבאית בראשות קימון גאורגייב ודמיאן ולצ'ב תפסו את השלטון, פיזרו את הפרלמנט, ביטלו את חוקת טרנובו והקימו ממשלת טכנוקרטים. הונהג משטר טוטליטרי ובכלל זה צנזורה על העיתונות. הממשלה החדשה החלה להתקרב לצרפת ובעלות בריתה בבלקן, כגון יוון ויוגוסלביה וחידשה את היחסים עם ברית המועצות. כחלק ממהלך זה, ויתרה הממשלה על תביעותיה של בולגריה בחבל מקדוניה.
בוריס השלישי ניצל את ההפיכה כדי לרסן את הארגון המהפכני הפנים-מקדוני. הצבא והמשטרה הבולגריים עצרו רבים מחברי הארגון ואחרים נהרגו במהלך חילופי אש עם כוחות הביטחון. בינואר 1935 פיטר בוריס השלישי את קימון גאורגייב ומינה תחתיו את הגנרל פנצ'ו זלאטב אשר דה יורה כיהן כחבר בכיר בליגה הצבאית והיה קצין צבא מוערך בקרב הפיקוד הבכיר של הצבא, אך דה פקטו היה איש אמונו של המלך. זלאטב פעל בנחרצות נגד הארגון המהפכני המקדוני ושבר את כוחו, כאשר הוא זוכה לתמיכת הצבא הבולגרי. כעת, לאחר ייצוב מצב ביטחון הפנים, פנה בוריס השלישי לפייס את האוכלוסייה הבולגרית ממוצא מקדוני. באפריל 1935, פיטר את הגנרל זלאטב ומינה לראש הממשלה את אנדריי טושב שהיה ממוצא מקדוני. דמיאן ולצ'ב גורש מבולגריה. הוא שב לבולגריה בשלהי 1935 כדי לארגן הפיכה נוספת ונעצר על ידי כוחות הביטחון הבולגריים. מאוחר יותר הועמד לדין ונדון למוות, אך שר המשפטים הבולגרי דימיטר פשב סירב לחתום על גזר הדין והוא לא בוצע. מאוחר יותר הומתק עונשו של ולצ'ב למאסר עולם. כוחה של הליגה הצבאית נשבר. בנובמבר 1935 מינה בוריס השלישי את גאורגי קיוסאיבנוב לראש ממשלת בולגריה. קיוסאיבנוב לא השתייך לאף גוף פוליטי ונודע כעושה דברו של המלך הבולגרי.