ב-1990 נקבעו לנבחרת חמישה משחקי ידידות, אותם סיימה במאזן של ארבעה הפסדים וניצחון אחד. הניצחון הושג על החזקה, אך הועב בפרשה משמעתית חמורה. משחק זה נקבע ל-16 במאי ועורר עניין רב בגלל זהות היריבה, ובשל כך נמכרו כמעט כל הכרטיסים לאצטדיון רמת גן. זמן קצר לפני שריקת הפתיחה נדהם הקהל כאשר הכרוז לא הודיע על עלייתם בהרכב של הכוכבים רוני רוזנטל, אלי אוחנה ושלום תקווה. מאוחר יותר התברר כי השלושה סירבו לשחק תחת תנאי הביטוח של ההתאחדות לכדורגל, ובשל כך ספגו מהקהל שריקות בוז. למרות היעדרותם הפגינה ישראל יכולת משחק גבוהה, ובזכות הצטיינותם של טל בנין, אורי מלמיליאן ומשה סיני הצליחה להפתיע ולנצח 3–2. לאחר המשחק ספגו רוזנטל, אוחנה ותקווה עונשי השעיה כבדים מההתאחדות: תקווה לשנתיים, רוזנטל לשנתיים וחצי ואוחנה לארבע שנים. בהיעדרם התמודדה ישראל במשחק הידידות הרביעי של השנה מול אלופת העולם , וגם הפעם שיחקה היטב והפסידה רק 1–2, כשאת אחד השערים מבקיע הכוכב דייגו מראדונה ללא עזרה משחקני ארגנטינה האחרים. מבחינת הנבחרת היה זה שיפור ניכר לעומת המשחק הקודם מול ארגנטינה, בו הובסה ישראל 2–7.
ב-1992 מונה שלמה שרף כמחליפם של יצחק שניאור ויעקב גרונדמן, והוביל אותה בטורניר מוקדמות מונדיאל 1994. ב-20 בספטמבר ב-1991 התקבלה ההתאחדות לכדורגל בישראל כחברה באופ"א (קונפדרציית הכדורגל של אירופה) עם זכויות מלאות, שכוללות השתתפות הקבוצות הישראליות במפעלים האירופים, השתתפות הנבחרת בטורנירי היורו ושיבוץ (לראשונה מאז 1984) במוקדמות המונדיאל של אופ"א. למוקדמות מונדיאל 1994 ישראל הוגרלה לבית מספר 6 ביחד עם , , , ו. חוסר ניסיונה של ישראל בכדורגל האירופי הוביל לטורניר לא מוצלח. ישראל פתחה את הופעותיה בטורניר ב-28 באוקטובר בווינה מול אוסטריה, וספגה הפסד 2–5. לאחר מכן ערכה הנבחרת שלושה משחקי בית רצופים באצטדיון רמת גן. המשחק הראשון נערך מול שוודיה ב-11 בנובמבר, והסתיים בהפסד ביתי 1–3. ב-2 בדצמבר, הפסידה הנבחרת לבולגריה בתוצאה 0–2, וב-17 בפברואר 1993 ספגה ישראל את הפסדה השלישי ברציפות, הפעם 0–4 לנבחרת צרפת. הנבחרת הצליחה לקטוע את רצף ההפסדים ב-12 במאי, כאשר שערים של רונן חרזי ורוני רוזנטל סייעו לה לסיים בתיקו 2–2 במשחק הגומלין מול בולגריה בסופיה. לאחר מכן שיחקה ישראל בסטוקהולם מול שוודיה, וספגה תבוסה 0–5, בעיקר בזכות שלושער של תומאס ברולין. היה זה ההפסד הגדול ביותר של הנבחרת בטורניר המוקדמות, והגדול ביותר מאז ההפסד הזהה לבלגיה במוקדמות מונדיאל 1966. שבועיים לאחר מכן נערך משחק חוץ בפינלנד מול הנבחרת המקומית, שהסתיים בתיקו ללא שערים.
ב-13 באוקטובר שיחקה ישראל בפריז מול נבחרת צרפת, שהייתה זקוקה לניצחון כדי להעפיל למונדיאל. למרות יכולת עדיפה של הצרפתים הצליח רונן חרזי להבקיע שער בדקה ה-20. כעבור שמונה דקות השוותה צרפת משער של פרנק סוזה, ובדקה ה-39 קבע דויד ז'ינולה את תוצאת המחצית על 2–1 לטובת צרפת. לאורך כל המחצית השנייה תקפו הצרפתים, אך בדקות הסיום התעשתה ישראל. אייל ברקוביץ' הצליח להשוות את תוצאת המשחק, ולפני שהנבחרת החלה לחגוג את התיקו הצליח ראובן עטר להבקיע את שער הניצחון בדקה ה-93. אחד המצטיינים במשחק היה רוני רוזנטל, שפריצות שלו הובילו לשלושת השערים, ואף בישל את האחרון. צרפת נחשבה באותה עת לאחת הנבחרות החזקות בעולם, וניצחונה של ישראל במגרשה הביתי בפריז נחשב עד היום לאחת ההפתעות הגדולות שהיא הצליחה לגרום. ניצחון זה היה גם היחיד של ישראל בטורניר, אך הוא הספיק כדי למנוע מצרפת להעפיל למונדיאל שנערך בארצות הברית. שני המשחקים הנותרים של ישראל במוקדמות נערכו באצטדיון רמת גן בתוך פחות מחודש מהניצחון בפריז. ב-27 באוקטובר סיימה ישראל בתיקו 1–1 מול אוסטריה, וב-10 בנובמבר הפסידה 1–3 לפינלנד. ישראל סיימה את טורניר המוקדמות במקום האחרון, לראשונה מאז מוקדמות מונדיאל 1982. חרף הכישלון בטורניר זה הוארך חוזהו של המאמן שלמה שרף, בעיקר בעקבות הניצחון על צרפת.
תחילת ההשתתפות במוקדמות אליפות אירופה.
לאחר הכישלון להעפיל למונדיאל 1994 החלה ישראל להשתתף במוקדמות אליפות אירופה בכדורגל (ה"יורו"). הטורניר הראשון היה מוקדמות יורו 1996 שהיה עתיד להיערך באנגליה, ובו שיחקה בבית 1 ביחד עם , , , ו. בשלושת המשחקים הראשונים של הטורניר הבקיעה הנבחרת שני שערים בכל משחק, כשבראשון היא מנצחת את פולין, בשני מסיימת בתיקו מול סלובקיה, ובשלישי מנצחת את אזרבייג'ן. בשני משחקי הבית מול רומניה וצרפת סיימה בתיקו 1–1 ובתיקו ללא שערים בהתאמה. ב-25 באפריל החלה ישראל ברצף של שלושה הפסדים בטורניר, תחילה 3–4 לפולין ולאחר מכן הפסדי חוץ בפער של שער אחד מול רומניה וסלובקיה. ישראל קטעה את רצף ההפסדים עם ניצחון ביתי על אזרבייג'ן, אך לאחר מכן הפסידה בצרפת לנבחרת המקומית 0–2, וסיימה את הטורניר במקום החמישי מעל אזרבייג'ן.
למרות הכישלון להעפיל ליורו בפעם הראשונה ולמונדיאל בפעם השישית ברציפות, נבחר שרף להמשיך לאמן את הנבחרת. טורניר זה היה שונה מאלה שקדמו לו בגלל כניסתה לתוקף של תקנת פיפ"א שקבעה כי על ניצחון יינתנו 3 נקודות במקום 2 נקודות, כחלק מלקחי מונדיאל 1990. ישראל הוגרלה לבית מספר 5 ביחד עם , , ו. לאחר ההגרלה סוכם כי משחקי הבית ייערכו בין 1 בספטמבר 1996 ל-11 באוקטובר 1997, כאשר משחקי הסיבוב הראשון של ישראל נקבעו ל-1996 וכל משחקי הגומלין ל-1997. ישראל פתחה את משחקי בית המוקדמות כשאירחה את בולגריה באצטדיון רמת גן, וגברה עליה 2–1. ב-9 באוקטובר אירחה ישראל את רוסיה באצטדיון רמת גן, וסיימה בתיקו 1–1. ישראל ספגה את הפסדה הראשון בטורניר במשחק החוץ בלימסול מול קפריסין, וסיימה את משחקי הסיבוב הראשון ב-15 בדצמבר עם ניצחון ביתי 1–0 על לוקסמבורג החלשה, שגרם לאכזבה רבה בגלל הפערים הגדולים בין הנבחרות והציפייה לניצחון בהפרש שערים גדול יותר.
משחקי הסיבוב השני של ישראל התנהלו במתכונת הפוכה לסדר המשחקים של הסיבוב הראשון. ב-31 במרץ התארחה ישראל בלוקסמבורג וגברה על הנבחרת המקומית 3–0, תוצאה שהייתה ניצחונה הגדול ביותר בטורניר. כעבור חודש אירחה ישראל את קפריסין באצטדיון רמת גן, וגמלה לה על ההפסד בלימסול עם ניצחון 2–0. למשחק זה קדמה פרשייה משמעתית, לאחר שהמאמן שלמה שרף החליט להשעות את חיים רביבו, אבי נמני, דוד אמסלם, פליקס חלפון וניר קלינגר, מכיוון שאיחרו לחזור לבית המלון בו שהתה הנבחרת. בתגובה לכך הודיע קלינגר על פרישתו מהנבחרת. ב-8 ביוני התארחה ישראל באצטדיון לוז'ניקי במוסקבה למשחק הגומלין מול רוסיה, וספגה הפסד 0–2. המשחק האחרון של ישראל בטורניר המוקדמות נערך ב-20 באוגוסט, ובו הפסידה ישראל לבולגריה בתוצאה 0–1. בעקבות ההפסד סיימה ישראל במקום השלישי, בפער של ארבע נקודות מרוסיה שדורגה במקום השני והעפילה לפלייאוף היבשתי, בו הודחה על ידי .
מוקדמות יורו 2000 ופרשת נערות הליווי.
הטורניר האחרון של ישראל בעשור זה היה מוקדמות יורו 2000. ישראל הוגרלה לבית מספר 6 ביחד עם , , ו, שנחשבה לחלשה ביותר בבית ולא הייתה אמורה להוות יריב משמעותי בטורניר. ישראל החלה את משחקי המוקדמות בתיקו 1–1 מול אוסטריה בווינה, ולאחר מכן גברה בחוץ על סן מרינו בתוצאה 5–0, תוצאה ששיפרה את הפרש השערים שלה באופן שהיה עתיד להיות משמעותי בסיום הטורניר. במשחק הבא, האחרון ב-1998, אירחה ישראל את ספרד וספגה הפסד מינימלי 1–2. ישראל הצליחה לעלות ליתרון למשך זמן קצר, אך תוך 14 דקות הפכה ספרד את תוצאת המשחק. המאמן שרף האשים בהפסד את השוער רפי כהן, ולאחר המשחק הדיח אותו מהנבחרת במסיבת עיתונאים ששודרה בשידור חי.
1998 הייתה אחת השנים הבולטות של ישראל במשחקי ידידות. בתוך שבוע אחד בפברואר גברה ישראל באצטדיון רמת גן על (4–0) ועל (2–0), ובחודש שלאחר מכן שיחקה באצטדיון של סטיאווה בוקרשט וניצחה את 1–0. לאחר מכן הגיעה ישראל לאחד מהישגי השיא שלה במשחקי ידידות, שתואר גם כ"שיא שהכה גלים ברחבי העולם" וכניצחונה הגדול ביותר של הנבחרת במשחק ידידות. שנה זו הייתה שנת היובל להקמת מדינת ישראל, וב-15 באפריל נערך משחק ידידות מול באצטדיון טדי שבבירה ירושלים, כחלק מהחגיגות. המשחק נערך מול קהל של 14,000 צופים, אך לא היו ציפיות לניצחון בגלל זהות היריבה. עד לשלהי המשחק הייתה התוצאה תיקו 1–1 משערים של נג'ואן גרייב ודייגו קאנייה, אך בדקה ה-82 ביצע חיים רביבו בהצלחה בעיטה חופשית והכריע את המשחק לטובת ישראל. בעקבות הניצחון העפילה ישראל למקום ה-17 באירופה ולמקום ה-40 בדירוג פיפ"א העולמי. לאחר המשחק מול ארגנטינה ניצחה ישראל 5–1 את באצטדיון של סקונטו ריגה, ספגה שני הפסדי חוץ 0–2 מול פולין ו, וסיימה בניצחון 2–0 ברמת גן על יוגוסלביה.
לאחר תום סדרת משחקי הידידות חזרה ישראל לשחק במסגרת מוקדמות יורו 2000. ב-28 במרץ 1999 גברה ישראל על קפריסין 3–0, וב-6 ביוני 1999 גברה באצטדיון רמת גן 5–0 על אוסטריה (צמד של אייל ברקוביץ' ושערים של חיים רביבו, נג'ואן גרייב ואלון מזרחי), הנחשב עד היום לאחד מהניצחונות הגדולים ביותר של הנבחרת בגלל זהות היריבה, והתברר בדיעבד כבעל השפעה מכריעה במיקום הסופי של הנבחרות בבית. ישראל סיימה את משחקי המוקדמות עם ניצחון בית 8–0 על סן מרינו והפסד חוץ 0–3 לספרד, ולפיכך סיימה את הטורניר עם 13 נקודות, כמו אוסטריה. אולם, כיוון שלישראל היה הפרש שערים עדיף על אוסטריה היא דורגה במקום השני ואוסטריה דורגה במקום השלישי, ולמעשה הייתה ישראל עדיפה בכל הפרמטרים העיקריים של כללי שבירת השוויון בין נבחרות עם אותו מספר נקודות.