רוזוולט הותקף על מדיניותו הכלכלית שהביא למעבר מהגישה האינדיבדואליסטית, השמה את היחיד במרכז ונחשבת לאבן יסוד בחברה האמריקאית, לגישה המבוססת על קולקטיביזם. מעבר זה, שהתבטא בחיזוק מדיניות הרווחה והגברת הפיקוח על הכלכלה, ספג ביקורת נוקבת בחוגים רבים ובמיוחד בחוג הליברטריאנים. ביקורת זו על רוזוולט לא שככה גם לאחר מותו, והיא ממשיכה להישמע בחוגים רבים גם כיום. מבקריו מן הימין הכלכלי טוענים כי מדיניותו הכלכלית גרמה להארכה מיותרת של השפל הכלכלי, וכי יישום מדיניות המבוססת על לסה פר, הדוגלת בחוסר התערבותה של הממשלה, הייתה מביאה לסיום המשבר במהירות גבוהה הרבה יותר. הכלכלן תומאס דילורנזו מהאסכולה האוסטרית ביטא טענה זו באומרו כי "תוכנית הניו דיל של רוזוולט האריכה והעמיקה את השפל הכלכלי. הטענה כי רוזוולט הוציא את ארצות הברית מהשפל והציל את הקפיטליזם מעצמו היא מיתוס שנלמד בבתי הספר האמריקאים במשך עשרות שנים". בשנים הראשונות לכהונתו של רוזוולט אחוז המובטלים אמנם ירד, אך מאוחר יותר עלה בחזרה מעט, ועמד על ממוצע של כ־16%. אולם, רמת האבטלה חזרה לרדת לאחר העלייה עוד בשנים שלפני המלחמה, והמשיכה לרדת בצורה דרסטית עם כניסתה של ארצות הברית למלחמה, וארצות הברית יצאה מהשפל.
ביקורת נוספת הנשמעת כלפי רוזוולט נוגעת לעלייה החדה במסים, שלטענת המבקרים הקשתה על מעסיקים לשכור עובדים, וליזמים לגייס הון ראשוני. נטען כי השמדת היבולים במסגרת חוק ההתאמה החקלאית (Agricultural Adjustment Administration) בתקופה שבה אחוז גדול מהציבור סבל מרעב הייתה שגויה, והביאה לפגיעה בשכבות החלשות. מנגד עומדים נתוני סקר שבוצע בזמן השפל, שהצביע על כך שבין 80% ל־90% מהאנשים מהמעמד הנמוך, שלפי טענת המבקרים היו צריכים להתנגד לרוזוולט, דווקא תמכו במהלכיו. תומכי הניו דיל טוענים עוד כי פעולותיו של רוזוולט היו נכונות ונחוצות, והם שהוציאו בסופו של דבר את ארצות הברית מהשפל הגדול.
זכויות האזרח וכליאת היפנים.
רשמיו של רוזוולט בנושא זכויות האדם הוא נושא שנוי במחלוקת. רוזוולט היה חייב בתמיכתם של הדמוקרטים ממדינות הדרום, שהיוו רוב במפלגה באותה עת, על מנת להעביר את חקיקות הניו דיל. אפליה וחוקים גזעניים היו מקובלים במדינות הדרום של ארצות הברית באותה תקופה, והדמוקרטים ממדינות אלה התנגדו בתוקף לכל דרישה לשוויון גזעי. עקב חששו מהעלאת חמתם של נציגי המדינות הדרומיות, שעלול היה להביאם להתנגד לתוכניותיו הכלכליות, נמנע רוזוולט מלתמוך בגלוי בחקיקות בנושא זכויות האזרח, ואף תמך בהפרדה גזעית בתוכניות הניו דיל השונות. פעולות אלה של רוזוולט היו מקובלות בנוף הפוליטי של המחצית הראשונה של המאה ה־20. למרות זאת רוזוולט זכה לתמיכה רחבה מקרב מיעוטים רבים כגון אפרו־אמריקנים, יהודים וקתולים וזאת, בין היתר, בזכות מספר הישגים בולטים בנושא זכויות האזרח שהוא הצליח להעביר למרות הקשיים. עם כניסת ארצות הברית למלחמה הוציא רוזוולט את הצו הנשיאותי 8802. מטרות הצו היו להבטיח חלוקה הוגנת של מקומות העבודה החדשים שנוצרו בעקבות המלחמה גם למיעוטים, ולצורך כך הוקמה הוועדה להזדמנות שווה בתעסוקה (Fair Employment Practice Commission). רוזוולט גם הפעיל לחץ לקבלתם של אפרו־אמריקנים לתפקידים משמעותיים יותר בצבא וקירב אותם לתפקידי השפעה במפלגה הדמוקרטית. המבקרים לעומת זאת טוענים כי מהלכים אלה לא היו יוזמות אישיות של רוזוולט ובוצעו בעיקר בזכות השפעתה של אשתו, אלינור, וליברלים אחרים. הם טוענים עוד כי גם בזמן המלחמה המשיכה ההפרדה הגזעית בצבא האמריקאי בניגוד להנחיות, וכאשר פנו נציגי האפרו־אמריקנים בעניין לרוזוולט הוא הבטיח לעזור, אך למעשה לא עשה דבר לשינוי המצב.
ב־19 בפברואר 1942 חתם רוזוולט על הצו הנשיאותי 9066 שהביא לעקירתם של כ־120 אלף אזרחי ארצות הברית ממוצא יפני והכנסתם למחנות הסגר. הכליאה נעשתה בנימוק שהיפנים המתגוררים בארצות הברית עלולים להיות גיס חמישי ולסייע למדינת מוצאם, שלאחר התקיפה בפרל הארבור הפכה לאויבת ראשונה במעלה של האמריקנים. גם חלק מהאזרחים ממוצא איטלקי וגרמני זכו ליחס דומה. תומכי המהלך טוענים כי לרוזוולט לא הייתה ברירה אלא לבצעו לאחר שהובא לידיעתו חומר סודי שהצביע לכך שהציבור היפני בפיליפינים ובקליפורניה גילה תמיכה בצעדי יפן לאורך תקופה ארוכה, וכי מסרים סודיים שפוענחו על ידי מפענחי צפנים הצביעו על קיומם של מרגלים בתוך שטח ארצות הברית שהעבירו מידע ליפן לפני ואחרי המתקפה על פרל הארבור. בניגוד לכך טוענים המתנגדים כי הכליאה הייתה בלתי חוקתית ומיותרת מכיוון שהיא לא הצליחה לעמוד במטרתה העיקרית: לעצור את המרגלים שפעלו למען האימפריה היפנית. המתנגדים טוענים עוד כי הכליאה הייתה מושפעת בחלקה מגזענות, ומביאים כדוגמה את הדברים שכתב רוזוולט על הגירת היפנים ב־1925: "קליפורניה התנגדה (להגירה) ובצדק תוך שימוש בטענה הבסיסית כי המהגרים היפנים אינם מסוגלים להיטמע באוכלוסייה האמריקאית... כל אחד שזכה לטייל במזרח הרחוק יודע כי מיזוג דם אסיאתי ביחד עם דם אירופאי או אמריקאי מפיק, בתשעה מקרים מתוך עשרה, תוצאות מצערות ביותר". פעולותיו של רוזוולט, על אף שנראות חריגות כיום, לא נראו כך באותה עת, כפי שניתן ללמוד מפסק דין קורמאטסו נגד ארצות הברית, שניתן ב־1944, בה קבע בית המשפט העליון של ארצות הברית כי כליאת היפנים חוקית. החלטה זו נהפכה רק בשנת 1983. כיום העקירה היא מושא לביקורת היסטורית ומגונה כגזענית באופייה. היא נחשבת לתמרור אזהרה לפגיעה בזכויות אדם שעלולה להתרחש בנסיבות קשות מבחינה ביטחונית. עם זאת, יש המגנים עדיין על העקירה ורואים אותה כהכרח בזמן מלחמה טוטאלית. לטענתם גיס חמישי הוא איום משמעותי, אף על פי שנראה כי היפנים לא היוו גיס שכזה.
יחסו ליהודים ולשואה.
בתקופה שבין שתי מלחמות העולם היו רבים שהביעו התנגדות להגירה המונית למדינה, על אף שארצות הברית הייתה מדינה הגירה לאורך ההיסטוריה שלה, והיו אף גם כאלה שאחזו בדעות קדומות כלפי יהודים. אך הדעה הרווחת היא שרוזוולט עצמו לא החזיק בדעות כאלה. ראיה לכך ניתן למצוא בעובדה שרבים מחבריו הפוליטיים הקרובים, כגון פליקס פרנקפורטר וברנרד ברוך היו יהודים, ואף סייעו לו רבות בקבלת תמיכת היהודים בעיר ניו יורק. רוזוולט גם מינה את פרנקפורטר לשופט בבית המשפט העליון ואת הנרי מורגנטאו (הבן) לשר האוצר היהודי הראשון בתולדות ארצות הברית. אישים יהודים רבים אחרים מונו לתפקידים בכירים בממשלו של רוזוולט, דבר שזיכה אותו לא פעם בביקורת קשה. קריאות ששיבשו את שמו של "הניו דיל" (New Deal) ל"הדיל היהודי" (Jew Deal) וטענות לכך שהוא "מעמיס" את הממשל ביהודים הן דוגמה טובה להלך הרוח ששרר בקרב חוגים רבים בארצות הברית באותה תקופה. רוזוולט גינה בחריפות את רדיפת היהודים שהחלה בגרמניה עם עליית הנאצים לשלטון. עם זאת, נטען כי הוא הלך שולל אחר הניצחון התעמולתי הגרמני עם הצלחת המשחקים האולימפיים של 1936. באוקטובר אותה שנה הוזמן הרב סטיבן וייז, נשיא הקונגרס היהודי העולמי, לפגישה עם רוזוולט, במהלכה סיפר הנשיא על שני אנשים ש"סיירו" לאחרונה בגרמניה וסיפרו ש"בתי הכנסת מלאים, ונראה שאין שום דבר רע במיוחד במצב היום".
החל מ־1937 גדל בצורה חדה מספר היהודים שביקשו להימלט מגרמניה, ורוזוולט התבקש, על ידי ארגונים וחברי קונגרס יהודים, להרחיב את האפשרות לפליטים נוספים להתיישב בארצות הברית. רוזוולט סירב לבקשה ואמר כי הפליטים יתקבלו על פי מכסות ההגירה הקיימות. הוא הציע כי הפליטים הנוספים יתיישבו במדינות אחרות. לחצים מצד יהודים רבי השפעה כמו גם מצד אשתו, אלינור, לשנות את החלטתו לא נשאו פרי. רוזוולט יזם את ועידת אוויאן, שהתכנסה ביולי 1938 בהשתתפות 32 מדינות, כדי לדון בפתרון אפשרי לזרם הפליטים הגואה מגרמניה הנאצית, אלא שהוועידה כשלה, וכמעט כל המדינות המשתתפות בה, כולל ארצות הברית, לא הסכימו להגדיל את מכסות ההגירה לתחומן מעבר למכסות הקיימות. הדעה הרווחת היא שרוזוולט חשש מלעורר את זעמם של אישים כמו צ'ארלס לינדברג שהיה אחד ממבקריו החריפים, ואשר נהג לנצל כל עלייה ברגשות אנטישמיים על מנת לתקוף את מדיניותו של רוזוולט.
יחד עם זה ארצות הברית שימשה כיעד המרכזי לקליטתם של יהודים שברחו מגרמניה הנאצית, והיא קלטה עד לפרוץ מלחמת העולם השנייה כ־100 אלף יהודים מגרמניה, יותר מכל מדינה אחרת בעולם. הספינה "סנט לואיס" ניסתה לקבל אישור להיכנס לארצות הברית. על סיפונה של הספינה היו כאלף יהודים שברחו מגרמניה וביקשו לקבל מקלט בארצות הברית מרדיפות הנאצים, שהתעצמו לאחר ליל הבדולח. רוזוולט לא נענה לבקשת הספינה ומחלקת המדינה שברשותו סירבה לאפשר את כניסה של הספינה לארצות הברית לא בדרך ההגירה הרגילה. הפליטים נאלצו בסופו של דבר לחזור לאירופה, וכתוצאה מכך רבים מהם נספו בשואה. בשנת 1939 לא תמכו רוזוולט והקונגרס בהצעת חוק של אדית רוג'רס שניסתה לאפשר ל־20 אלף ילדים יהודים מתחת לגיל 14 להיכנס לארצות הברית, ובסופו של דבר הצעת החוק נכשלה.