בשנת 1930 הוויקאריוס האפוסטולי החדש של בנגי, מרסל גרנדן, שבא במקומו של ז'אן-רנה קאלוק, ונכבש על ידי אישיותו של בוגנדה, החליט לקבלו בחזרה בסמינר סן פול ולהכינו להמשך לימודים על-תיכוניים. אחרי שהיה הראשון במושבה שסיים לימודי תיכון, הפך בוגדנה גם לראשון שלמד לימודים אקדמיים. באוקטובר 1931 נשלח לסמינר הגדול סן לוראן דה מווליה ביאונדה, בירת קמרון. הסמינר נוהל על ידי נזירים בנדיקטינים משווייץ (אלנברג). בוגנדה עבר בו את שלבי ההסמכה כאיש דת בשנים 1937-1934. בסמינר ביאונדה הוא הכיר, בין השאר, את אנדרה-מארי מבידה, לימים ראש ממשלת הרפובליקה של קונגו ואת פולבר יולו, לימים הנשיא הראשון של קונגו-ברזוויל.
אחרי שבוגנדה הוסמך כדיאקון הוא התקבל על ידי גרנדן על מנת לעבוד בסמינר הקטן החדש "סן מרסל" שבבנגי.
כומר ראשון יליד אובנגי שארי.
ב-27 במרץ 1938 שלושת אלפי מאמינים נכחו בקתדרלה של בנגי בטקס ההסמכה של ברתלמי בוגנדה. את המיסה הראשונה ערך בוגנדה בכנסיית סן פול דה רפיד שבה נדרש לשרת. בנוסף לתפקיד הדתי השגרתי הוא התמנה למנהל הסמינר הקטן סן מרסל והוטל עליו לנהל מיסיון לצורך ניצור היישוב זונגו, הנמצא ממול לבנגי, בגדה ה"בלגית" של הנהר. שם הוא בנה קפלה.
בשנת 1939 פרצה מלחמת העולם השנייה. הוא שאף להתגייס לצבא הצרפתי אך הבישוף הניא אותו מכך, בנימוק שנשארו מעט מדי מיסיונרים בעקבות הגיוס לצבא.
באוקטובר 1941 סופח בוגנדה למיסיון הקתולי סן ז'וזף בבמבארי, עם המשימה לנצר את האתניה במבה המקומית. בוגנדה ראה בשליחות הדתית הזדמנות להביא למקומיים גם סיוע חינוכי וחברתי. באותה תקופה שיעור הילידים שלמדו בבית ספר היה 1.5%.
ביישוב גרימרי יישם בוגנדה את תוכניותיו החינוכיות והחברתיות ותרם לשינויים משמעותיים בחיי התושבים. לא רק שהכנסייה התמלאה בימי ראשון ובחגים הנוצריים, אבל התחילו להתפתח ענפים כלכליים מקומיים מבוססים על גידול בננות ומניוק ועל נגריות שייצרו רהיטים מראטאן.
פעלתנותו לכיוון השינוי באורח החיים של המקומיים הכעיסה חלק מהממסד הקולוניאלי שדבק בשימור חלק מה"המסורות" של האתניה בנדה, לרבות זאת של נישואים כפויים או הפוליגמיה שבוגנדה ביקש לבטל. בוגנדה נכנס בסוגיה זו לסכסוך עם ראשי המיסיונרים הספיריטאנים שלחצו להעברתו מן התפקיד. ביוני 1946 הורחק מגרימרי ונשלח למסיון אחר, סן פייר בבנגאסו.
כניסתו לפוליטיקה. חבר בפרלמנט הצרפתי.
בתום מלחמת העולם השנייה הממשלה הצרפתית החליטה לשתף את מושבותיה של צרפת באספה החוקתית הצרפתית. במסגרת מחוז בחירות שכלל את אובנגי שארי ואת צ'אד, נבחרו שני נציגים - אחד של המתיישבים הצרפתים ואחד של האוכלוסייה המקומית.
נבחרו שני קולגיומים לבחירות. המצביעים הזרים יכלו לבחור בשניהם, בעוד האפריקאים המקומיים - רק בקולגיום השני. כל קולגיום הצביע למועמדים משלו. באובנגי שארי האזרחים הצרפתים המקוריים היו פחות משלושת אלפים, בעוד בני אובנגי שארי המקומיים היו מעל מיליון. המצביעים מקרבם היו נכבדים כמו ראש שבטים, וטרנים של הצבא, פקידים ועובדי חברות. בשנת 1946, לפי פנל, 30,000 אנשים הורשו להשתתף בהצבעה.
בשתי מערכות בחירות עוקבות לאספה החוקתית המתיישבים האירופים בחרו בוטרינר רנה מלבראן, בעוד הילידים הצביעו בעד המפקד הצרפתי גי בושרון דה בואסודי. מספר בני אובנגי ובראשם אבל גומבה, פנו לבוגנדה עם בקשה שיציג את מועמדותו.
גם הבישוף של בנגי, גרנדן, ביקש מבוגנדה להשלים את פעילותו ההומניטרית ובתחום הרווחה באמצעות פעולה פוליטית. הוא ראה בכך הזדמנות לעצור את התפשטות תעמולת השמאל האתאיסטי במושבה ולהגן עת עמדות המסיונים הקתוליים במטרופולין.
בעזרת הבישוף, החליט בוגנדה לרוץ לאספה הלאומית הצרפתית. אכן ב-10 בנובמבר 1946 הוא היה הנציג הראשון מאובנגי שארי שנבחר בפרלמנט הצרפתי. זכה בכמעט מחצית הקולות והביס את שלושת המועמדים האחרים, כולל את הנציג הקודם, פרנסואה ז'וזף רסט, ששימש בעבר מושל כללי של אפריקה המשוונית הצרפתית.
בוגנדה הגיע לפריז בבגדי כומר והציג את עצמו בפני שאר הפרלמנטרים כבנו של קניבל פוליגמי. הוא נבחר חבר בוועדת הטריטוריות שמעבר לים ובוועדה לענייני אספקה. אחרי שנת 1947 ניהל קמפיין תוסס נגד הגזענות והמשטר הקולוניאלי. במהרה הבחין את מגבלות השפעתו בצרפת. אחרי שעד שנת 1950 פעל כנציג התנועה הרפובליקנית העממית MRP בהמשך הפך לפרלמנטר עצמאי. נאם במליאה פעמיים, בשנת 1947 כשהוקיע את עוולות הקולוניאליזם:
וב-1950 כשגינה את חוסר הצדק החברתי באפריקה המשוונית הצרפתית
בשנת 1949 הציג בשמו שלוש הצעות חוק : הראשונה ב-17 ביוני, שהקשתה על הממשלה לבטל את הצורך בדרכוני מעבר מנהליים בתוך שטחי אפריקה המשוונית הצרפתית. השנייה, מ-24 בנובמבר ביקשה הנהגת המושג "נכסים שבטיים" בתוך מערכת החוקים. והשלישית, מ-9 בדצמבר דרשה חיזוק החוק על שם אופואה בואני נגד עבודות הכפייה, שעדיין הופעלו בקנה מידה רחב. שלוש ההצעות נחשבו מופרכות ולא התקבלו.
ב-6 באוקטובר 1947 התמנה לדובר קבוצת הפרלמנטרים האפריקאים בהצגת הצעת החוק של נציג מצ'אד, גבריאל ליזט שביקש מהממשלה להעלות את מחיר הכותנה מתוצרת אפריקה המשוונית (שנמכר אז רק ב-2.5 פרנק לקילוגרם לעומת הכותנה תוצרת אפריקה המערבית הצרפתית שנמכרה ב-7 פרנק לקילוגרם). ההצעה עברה רק אחרי עשרה חודשים וחצי. מאוכזב, בוגנדה התחיל להפחית את עבודתו בוועדה. ב-1 ביוני 1950 לאופולד סדאר סנגור נאלץ להחליפו בתפקיד כדובר של הקבוצה. גישתו של בוגנדה הדהימה כמה מעמיתיו, שהעלו הצעות חוק, כולל הנציג מגבון, ז'אן-הילר אובאם.
פרט לכך הוא הגיע לחילוקי דעות עם התנועה MRP אותה הציג. בימי המרד במדגסקר הפריעה לו ההצבעה של סיעתו בעד הסרת החסינות של שלושה חברי פרלמנט מלגשים. הביע אכזבתו מהמדיניות הקולוניאלית של השר הצרפתי לטריטוריות שמעבר לים, פול קוסט-פלורה.
ב-1 ביולי 1948 הקים את העיתון 'Pour sauver un peuple' (למען גאולתו של עם) שהיה לשופר דעותיו הבקורתיות כלפי המינהל הצרפתי בארצו. אחרי שמקבץ מאמרים פרי עטו פורסם גם בעיתון הקומוניסטי ל'הימניטה התובע הכללי פנה לבית המשפט הערעורים בברזוויל עם בקשה להסיר את חסינותו של בוגנדה להגיש נגדו תביעה בגין הוצאת דיבה.
ביוני 1950 בוגנדה עזב את ה- MRP.
אחרי 1956 הפסיק את נסיעותיו לפרלמנט בפריז.
התנועה להתפתחות החברתית של אפריקה.
בשנת 1946 הוקמה בכל מושבה מועצה ייצוגית. במועצה של אובנגי-שארי השתתפו 25 יועצים, מתוכם 10 אירופים ו 15 ילידים. בוגנדה לא נכנס בעצמו אף פרש את חסותו על רשימות הפעולה הכלכלית והחברתית שבהנהגת ז'ורז' דרלאן. רשימות אלה זכו ב-15 בדצמבר 1946 בכל המושבים של הקולגיום השני. מצדה, בחרה המועצה הייצוגית את נציגיה במועצת הרפובליקה, באספת האיחוד הצרפתי ובמועצה הגדולה של אפריקה המשוונית הצרפתית. שני מועמדים - ממוצא מולטי, ג'יין יואל (שנבחרה לסנרטורית ב-6 במרץ 1947) ואנטואן דרלאן (שנבחר ליועץ באיחוד הצרפתי ב-19 באוקטובר נהנו מתמיכת בוגנדה.
מתוך כוונה להקים ארגון מקומי שיענה לצרכיה המידיים של תושבי אובנגי, בוגנדה הקים בשנת 1948 את החברה הקואופרטיבית "אובנגי, לובה, לסה" שעסקה בענייני מזון, הלבשה, דיור, טיפולים רפואיים וחינוך
בשנת 1950 הקים את מפלגתו, התנועה להתפתחות החברתית של אפריקה השחורה " MESAN, שנועדה לקדם את התפתחותה של אפריקה שחורה, להפיל את מחסומי השבטיות והגזענות ולהחליף את היחסים הקולוניאליים המשפילים ביחסי אחווה ושיתוף פעולה.
ההידרדרות ביחסיו עם הכנסייה התחילה אחרי מותו הפתאומי בתאונה של הבישוף מרסל גרנדן. בוגנדה לא מצא שפה משותפת עם הבישוף החדש ז'וזף קישרוסה (Cucherousset). כתב לוותיקן מכתב ארוך שבו קבל על עקרון רווקות הכמרים, אותו ראה כאבסורדי ומסכן את עתיד הכנסיות האפריקאיות. בשלהי 1949 הודיע לממוניו על כוונתו להתחתן עם מזכירתו הפרלמנטרית הצרפתייה מישל ז'ורדאן. התגובה לא אחרה לבוא: ב-25 בנובמבר 1949 הושהה מכל תפקידיו בכנסייה על ידי הבישוף קישרוסה. אף נאסר עליו ללבוש את גלימת הכמורה. ואכן מאז הופיע בישיבות האספה הלאומית בבגדים אזרחיים. טקס חתונתו האזרחית התקיים ב-13 ביוני 1950 במונמורנסי (ואל ד'ואז) בצרפת, כשכלתו בהריון.
עם זאת עדיין ראה בוגנדה את עצמו מנהיג של הנצרות האפריקאית.
המיסיונרים הצטרפו ליריביו - הלובי הקולוניאלי בראשות רנה מלבראן.(Malbrant), חסידי ראש המועצה המנהלית ז'ורז' דרלאן והמינהל הקולוניאלי. הרשויות התחילו להתנכל לו. ארגונו של בוגנדה - סוקולולה הואשם שיצר תחרות בלתי חוקית ובלתי נסבלת עם החברה הילידית לביטחון סוציאלי Société indigène de prévoyance) SIP) שבניהולו של רנה בוסקרול, ראש האזור לוביי. בוסקרול שלח לביתו של בוגנדה אנשים חמושים לשם חקירה. הם עצרו את מזכירו וכמה מעובדי הקואופרטיב שלו בעילת עבירות מינוריות, כמו מכירתן של כמה חתיכות בשר ציד מעושן. בנובמבר 1950 פנה התובע הכללי לבית המשפט לערעורים עם בקשה להסרת החסינות הפרלמנטרית של בוגנדה על מנת לפתוח בהליכים נגדו בגין ארגון התאספות פומבית בלתי חוקית. באותה שנה יזם הלובי הקולוניאלי נגד בוגנדה מערכת השמצות בריש גלי.
בחירות 1951.