ב-2005 עתר לבית משפט ישראלי יחד עם כומר נוסף כנגד המוסדות הרשמיים של הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית. השניים ניסו למנוע את הדחתו של הפטריארך אירינאוס הראשון, שנחשב פרו-ישראלי יחסית, ובחירת פטריארך אחר במקומו. ניסיונם נכשל בסופו של דבר, ובמקום אירינאוס נבחר תיאופילוס השלישי, שנחשב בשעתו פחות פרו-ישראלי ויותר פרו-פלסטיני מקודמו.
ביולי 2018 הותר לפרסום כי נערכה חקירה בעניינו של נדאף בחשד לעבירות על חוק העונשין. באוקטובר 2018 פורסם כי פרקליטות מחוז חיפה (פלילי) החליטה לסגור את תיקי החקירה בשל היעדר אשמה וחוסר בראיות.
דעותיו ופעילותו למען גיוס נוצרים לצה"ל.
נדאף מאמין שעל צעירי העדה הנוצרית להשתלב בחברה הישראלית. הוא בעד גיוס נוצרים לצבא ולמערכת הביטחון, תומך בשירות לאומי וסבור שמדינת ישראל היא העוגן והביטחון למיעוט הנוצרי שחי בגבולותיה: "אנו רואים עצמנו כאזרחים שווי זכויות - וגם חובות. אנחנו רוצים שהצעירים הנוצרים ישתלבו לגמרי בחברה הישראלית, וזה אומר גם שוויון בנשיאה בנטל. העתיד שלנו כמיעוט נוצרי כרוך בעתידה של מדינת ישראל. אנחנו רוצים לתת יותר לחברה ולתרום את חלקנו כמו האחרים".
ב-16 באוקטובר 2012 נערך בנצרת עילית כנס שנועד לעודד גיוס צעירים נוצרים לצבא ולשירות הלאומי. את הכנס ארגנו משרד הביטחון ועיריית נצרת עילית, אך מי שיזמו אותו היו פורום גיוס העדה הנוצרית ונדאף, מנהיגו הרוחני. בכנס השתתפו 121 צעירים נוצרים ומעט מוסלמים, בדואים, ודרוזים, שהביעו רצון להתגייס לשירות מלא ואף קרבי, בצה"ל.
בכנס השני שקיימו נדאף והפורום ביוני 2013 נמסר כי קצב הגיוס של צעירים נוצרים לצה"ל שולש בין השנים 2010 - 2013, אף כי עדיין מדובר במספרים קטנים מאוד אבסולוטית (90 לשנה בערך) וכי בנוסף לגיוס לצה"ל גויסו גם כמה מאות צעירים מבני העדה, לשירות לאומי או אזרחי. ב-5 באוגוסט 2013 פרסם משרד ראש הממשלה כי "בשנה האחרונה חלה עלייה משמעותית במספר המתגייסים הנוצרים לצה"ל, מ-35 מתגייסים לפני שנה לכ-100 השנה, ו-500 צעירים נוספים מהעדה משרתים בשירות לאומי".
ב-1 במאי 2014, בכינוס הפורום בנצרת נמסר כי ב-2013 המשיך וגדל עוד מספר הערבים הנוצרים המתגייסים לצה"ל ועמד על כ-150 איש, בנוסף למתגייסים לשירות לאומי ואזרחי. כמו כן, מספר המתגייסים לצה"ל, ברבעון הראשון של 2014, עד וכולל גיוס מרץ 2014 עמד על 105 איש. עם זאת, נדאף עצמו מסר במרץ 2015 כי מספר המתגייסים הנוצרים בשנת 2014 עמד על 100 בהשוואה ל-180 בשנת 2013 וטען כי מספר המתגייסים יירד עוד בעקבות הסתה נגדם.
ביוני 2017 הודיע נדאף על פרישתו מהפורום.
עמותת פורום גיוס העדה הנוצרית פורקה ב-2019.
תגובות לכנסים שיזם.
תגובתם של ראשי הציבור הערבי.
ראש עיריית נצרת ויו"ר ועד ראשי הרשויות הערביות ראמז ג'ראיסי, נוצרי יווני-אורתודוקסי אף הוא, וחברי הכנסת מוחמד ברכה, דב חנין וחנא סוויד, נוצרי יווני-קתולי, כולם מחד"ש כנסו כנס המוני ובו גינו את הכנס של נדאף וטענו שמטרתו "לגרום לשסע עדתי בתוך החברה הערבית". מועצת הקהילה של העדה הנוצרית-אורתודוקסית החליטה למנוע את כניסתו למתחם הכנסייה בנצרת בנימוק ש"הערבים הנוצרים לא ייתנו יד למהלכים שמטרתם לפלג ולסכסך את החברה הערבית הפלסטינית בישראל". נדאף הצליח לאחר מכן להיכנס לכנסייתו רק תחת משמר ואבטחה של אנשיו, חיילים נוצרים בצה"ל ובמשמר הגבול.
לדברי אנשי נדאף, הקואליציה הקומוניסטית-אסלאמית יצאה למסע השמצות אגרסיבי כנגדו בעיתונות הערבית, המקומית והבינלאומית, ברשתות החברתיות וביוטיוב. הוא כונה "הסוכן הציוני, הבוגד, המשוגע, האיש שרץ אחרי הכסף ומגייס צעירים לצבא הכיבוש" ובאתרים ערבים פורסמו קישורים לעמוד פייסבוק שמציג "רשימה שחורה" של כמרים, חיילי צה"ל ואנשי מערכת הביטחון בני העדה הנוצרית שתומכים ומעודדים צעירים להתגייס לצה"ל. מתנגדי גיוס נכנסו לבתי הספר בנצרת והחתימו נערים שלא יתגייסו לצבא, וחיילים תושבי נצרת נאלצו לבקש ממפקדיהם לצאת הביתה בלבוש אזרחי, מחשש להצקות ולהטרדות. גורמים ברשות הפלסטינית ובמדינות ערב, הזהירו את נדאף בצורה חריפה כי אם יאונה רע לנוצרים בעזה, ביריחו, בבית לחם ובמדינות ערב - האשמה כולה תוטל עליו היות שהוא זה שדוחף את הנוצרים לשרת ב"צבא הציוני".
גם חברת הכנסת חנין זועבי מבל"ד וחבר הכנסת אחמד טיבי מרע"מ-תע"ל כתבו מכתבים ודיברו והתייצבו כנגד נדאף, פעילותו, הפורום שהוא מנהיגו הרוחני, הכנסים שהוא מכנס ומי שהולך בעקבותיו.
נציגים מהרשות הפלסטינית ביקרו אצל הפטריארך היווני אורתודוקסי ביוני 2013, בעקבות הכנס השני של המתגייסים הנוצרים לצה"ל ולשרות הלאומי ודרשו ממנו לפטר את נדאף לאלתר. אל הדרישה הזו התווספו מכתבים של מספר חברי כנסת ערבים, ביניהם חנין זועבי, מוחמד ברכה ובאסל גטאס. גטאס אמר "קראנו לפטריארך שיסביר לנדאף הזה, שזה לא התפקיד שלו. שיוריד בבקשה את הגלימה שלו ויצטרף לליכוד או לישראל ביתנו. הוא רוצה להביא את העדה הנוצרית למעמד של העדה הדרוזית, ולהוציא אותה מההשתייכות הלאומית שלה". בנוסף נשלחו לפטריארך מכתבים בעניין, מראשי מועצות מהמגזר הערבי.
באמצע יוני 2013 פרסם הפטריארך תיאופילוס השלישי באמצעי התקשורת הערביים הודעת גינוי חמורה לפעילותו של נדאף. כעבור שבוע הוא זימן אותו לשיחה אישית בעניין, אשר מטרתה המקורית הייתה ככל הנראה לפטרו מתפקידו. הפגישה עצמה התקיימה ב-25 ביוני 2013 וארכה שעות, אולם לחץ נגדי שהופעל על ידי ראשי הממסד הישראלי, לרבות שרת המשפטים ציפי לבני ושר הפנים גדעון סער, גרם ככל הנראה לכך שהפטריארך נמנע בסופו של דבר מלפטר את נדאף באותה פגישה.
ב-6 במאי 2014 פרסם דובר הפטריארכיה היוונית אורתודוקסית, האב עיסא מסלח, הודעה לפיה "הפטריארך תיאופילוס השלישי החליט לשלול את כלל הסמכויות של האב נדאף בכנסייה ולהדיח אותו מתפקידו כראש הכנסייה האורתודוקסית ביפיע", אולם בתוך כשבועיים הסתבר שהדובר, איש הרשות הפלסטינית, פרסם את הדברים על דעת עצמו, וכי הפטריארכיה לא שללה את סמכויותיו של האב נדאף.
תגובות הממסד הישראלי.
הממסד הישראלי התייצב לצד נדאף במחלוקת עם ראשי העדה האורתודוקסית. בנובמבר 2012, כחודש לאחר הכנס הראשון של פורום גיוס העדה הנוצרית הגיע מנכ"ל מנהלת השירות האזרחי-לאומי, שר-שלום ג'רבי, לנצרת "על מנת להביע את תמיכתו בנדאף על עמידתו האיתנה ועל תמיכתו הבלתי מתפשרת בשירות צעירים נוצרים לטובת החברה והקהילה בישראל". ג'רבי אמר באותו מפגש, כי "מדובר במעשה אמיץ, של איש רוח, שלא נרתע מאיומים ומלחצים ועומד על דעתו בעד שירות לאומי התורם קודם כל לקהילה הנוצרית בישראל... אני מקווה כי רשויות החוק יפעלו בנחישות כדי להפסיק את מסע ההסתה והדה-לגיטימציה נגד נדאף ונגד בני ובנות השירות". כשבועיים לאחר מכן נפגש ג'רבי עם הפטריארך היווני-אורתודוקסי תיאופילוס השלישי וזה הבטיח לו כי החרם על נדאף איננו שלו או מטעמו.
בפברואר 2013 התייצבה חברת הכנסת איילת שקד לצידם של נדאף ואנשיו, ביוני 2013 עשו כן שרת המשפטים ציפי לבני ושר הפנים גדעון סער וב-2 ביולי עשה כן גם סגן שר הביטחון דני דנון.
ב-3 ביולי 2013 קיימה ועדת הפנים של הכנסת דיון בסוגיית הגיוס של אזרחים נוצרים לצה"ל ובו נדונו בין השאר גם הטענות בדבר הסתה ואיומים, בין השאר גם של חברי כנסת ערבים, על נדאף ואנשיו.
ב-5 באוגוסט 2013 נפגש ראש הממשלה בנימין נתניהו עם נדאף ואנשיו והנחה להקים בתוך שבועיים פורום משותף לממשלה ולעדה הנוצרית, שיקדם את גיוס בני העדה לצה"ל ולשירות לאומי ואת שילובם בחיי המדינה. המשימה הוטלה על סגן השר אופיר אקוניס, אשר החל לפעול לשילוב בני העדה הנוצרית בחוק השוויון בנטל, טיפול בהיבטים המנהליים והמשפטיים המתבקשים לצורך כך, הגנה על תומכי הגיוס והמתגייסים מפני אלימות ואיומים, והגברת אכיפת החוק כנגד פורעים ומסיתים לאלימות. נתניהו הוסיף כי "צריך לאפשר לבני העדה הנוצרית להתגייס לצה"ל. אתם אזרחים נאמנים שרוצים להגן על המדינה ואני מצדיע לכם ותומך בכם. לא נסבול איומים עליכם ונפעל לאכיפת החוק ביד קשה כנגד הרודפים אתכם. לא אקבל ניסיונות לפורר את המדינה מבפנים. מדינת ישראל וראש ממשלת ישראל עומדים לצדכם".
ב-6 בדצמבר 2013 הותקף בנו הבכור של נדאף על ידי צעיר ערבי מנצרת, שהכה אותו במקל בראשו ובכל חלקי גופו. לדברי נדאף, "בעוד אני קורא לשילוב בנינו בחברה הישראלית, הקיצונים מנסים לפלג ולקרוע ומסיתים נגדי. ההסתה עברה אתמול מאיומים מילוליים לאלימות פיזית קשה, כשמטרתם היא להפחיד אותי ואת בני משפחתי. אשתי מסוגרת בבית, ובני השני בן ה-15 מסרב לצאת מהבית מפחד שפעילים קיצוניים יפגעו גם בו".
קשרו עם העם הארמי.
נדאף מעדיף להגדיר עצמו כארמי ולא כערבי, ויחד עם שאדי חלול (סרן במיל' בן לעדה המארונית המחזיק בעמדה דומה) הוא מקדם הכרה מצד מדינת ישראל בלאום ארמי-נוצרי כלאום רשמי, הנבדל מהלאום הערבי, במטרה "להחזיר את הנוצרים בישראל לזהותם המקורית". הוא פעל בכיוון זה מאז הקים את פורום גיוס העדה הנוצרית. לדבריו: "אנחנו עדה בעלת היסטוריה, מורשת ושייכות לאומית לעם הארמי מזה כ-2,000 שנה".