לאחר מכן אמר סאטו לטוגו כי הוא ממליץ לו להכיר בכך שמציאותית, הוא כל מה שיפן יכולה לצפות לקבל. סאטו סיים את הודעתו במילים:
למרות הכל, סאטו ניסה לתאם פגישה בין קונואה לנציגים סובייטים, אולם זכה להתחמקות מצד הסובייטים. הנציגים הסובייטים רמזו לסאטו כי המסרים המועברים מיפן לא כוללים שום הצעות ממשיות. סאטו עצמו החל לתהות לגבי המסרים המעורפלים שמועברים על ידי טוגו ובאחת מהתכתבויותיהם הוא שאל את טוגו לגבי עמדתו של הצבא והממשל בעניין סיום המלחמה. טוגו ענה לו בתגובה:
בכך רמז טוגו לסאטו כי הצבא והממשל היפני חלוקים בדעתם באשר לתנאים לפיהם יש להביא את המלחמה לידי סיום. למעשה, חילוקי הדעות בצבא ובממשל היפני נגעו אף לוויתורים שיש להציע לברית המועצות בתמורה להסכמתה לתווך בין יפן לבעלות הברית. עם זאת, תגובתו של טוגו גרסה שקיימת תמימות דעים בצבא ובממשל כי אין להסכים לכניעה ללא תנאי לבעלות הברית. בתגובה להודעתו של טוגו, שלח סאטו לטוגו הבהרה בה אמר:
התכתובות בין טוגו לסאטו, כמו כל התכתובות החשובות של משרד החוץ היפני, הועברו באמצעות הודעות מוצפנות דרך מכונת PURPLE. ללא ידיעתם של היפנים, צוות מיוחד מיחידת המודיעין של ארצות הברית שעסק בפענוח צפנים, הצליח לפצח את הקוד של המכונה ולקרוא את ההודעות היפניות. עם הזמן, שיכללה ארצות הברית את שיטת פיצוח הצופן עד כדי כך שפעמים רבות התכתבויות בין בכירי משרד החוץ היפני הגיעו לידיהם של מקבלי ההחלטות בארצות הברית לפני שהגיעו לנמענם המיועד.
האינטרסים של ברית המועצות ביפן.
לכל אורך המגעים בין יפן לברית המועצות, ניסו הנציגים הסובייטים למשוך זמן בלי לתת תשובות ברורות להצעות היפניות. תחילה מסרו הנציגים הסובייטים כי מתן תשובה רשמית להצעות של היפנים מתעכבת עקב נסיעתם של סטלין ומולוטוב לוועידת פוטסדאם. לאחר מכן נאמר ליפנים שההצעות שלהם לא כוללות שום דבר מעשי והם התבקשו להעביר הבהרות ולבסוף, הנציגים הסובייטים החלו לבקש מהיפנים להעלות את הדברים שנאמרו בשיחות ביניהם על הכתב. הטקטיקה הסובייטית נועדה להטעות את היפנים ולעודד אותם להמשיך במגעים ובמקביל לא לתת התחייבות מצד הממשל הסובייטי לשום דבר ממשי. טקטיקה זו נבעה מכך שלסובייטים לא הייתה כל כוונה מלכתחילה להיענות להצעות היפניות השונות שכן הם היו מודעים היטב לחולשתה של יפן ושאפו לנצל אותה לטובתם על ידי פלישה אליה. לאורך שנים רבות, שאפו הסובייטים לקבל גישה בלתי-מוגבלת למימי האוקיינוס השקט. אף על פי שקו החוף של ברית המועצות כלל גישה לאוקיינוס השקט בו המים לא קופאים לאורך כל השנה, ניתן היה לחסום אותה בקלות יחסית על ידי הטלת מצור אווירי וימי מהאי סחלין והאיים הקוריליים שבאותה עת נמצאו בשליטתה של יפן. על כן, השתלטות על שטחים אלה מיפן וקבלת גישה למצר לה פרוז, הפכה למטרה המרכזית של ברית המועצות במלחמה המממשת ובאה עם יפן. בנוסף לכך, שאפו הסובייטים לקבל זכויות חכירה במסילת הרכבת של דרום מנצ'וריה, מסילת הרכבת של מזרח סין ובערים פורט ארתור ודאירן (אף על פי ששטחים אלו השתייכו במקור לסין, הם נשלטו על ידי האימפריה הרוסית לפני המלחמה נגד יפן ב-1905, ולאחר מכן עברו לשליטה יפנית).
לאורך מרבית מלחמת העולם השנייה, שאפה גם ארצות הברית להביא להצטרפותה של ברית המועצות למלחמה נגד יפן. ארצות הברית האמינה שהצטרפותה של ברית המועצות תסייע להביא לסיומה של המלחמה באופן מהיר יותר ותחסוך חיי חיילים רבים מצבאה. בוועידת יאלטה, התנה סטלין את הצטרפותה של ברית המועצות למלחמה נגד יפן בקבלת הכרה מצד ארצות הברית בקיום "אינטרסים מיוחדים" של ברית המועצות בנמלים ובאזורים בעלי חשיבות אסטרטגית שהיו עד אז תחת שליטה יפנית. רוזוולט הסכים להיענות לתנאים אלו, ובתמורה הבטיח לו סטלין כי ברית המועצות תצטרף למלחמה נגד יפן שלושה חודשים לאחר סיום המלחמה נגד גרמניה הנאצית באירופה.
לאחר כניעתה של גרמניה הנאצית, חששו הסובייטים מכך שהמלחמה נגד יפן תסתיים לפני שהם יספיקו לפלוש אליה. סטלין בפרט חשש שיפן תיכנע לפני שברית המועצות תצליח לממש את השאיפות הטריטוריאליות שלה והתעקש על כך שבעלות הברית ידרשו מיפן להיכנע ללא תנאי לכל בעלות הברית בו-זמנית. סטלין קיווה שחסימת האפשרות בפני יפן לחתום על הסכמים נפרדים עם בעלות הברית תקשה עליה להיכנע. במקביל, פעלו אנשי משרד החוץ הסובייטי לתת ליפנים תקוות שווא כי ברית המועצות לא תצטרף למלחמה נגדם. סטלין קיווה כי פעולות אלה יספיקו להאריך את המלחמה מספיק זמן כדי שברית המועצות תספיק להעביר את כוחות הצבא האדום מהחזית המערבית למזרח הרחוק, לפלוש ליפן ולכבוש את מנצ'וריה (בה הוקמה מדינת הבובות מנצ'וקוו), מונגוליה הפנימית, קוריאה, דרום סחלין, האיים הקוריליים ובתקווה גם את הוקאידו.
פיתוח פצצת האטום והחלטתה של ארצות הברית להטילה על יפן.
בעוד היפנים ממשיכים במאמצים דיפלומטיים קדחתניים מול הסובייטים, הגיע פרויקט מנהטן של ארצות הברית לסיומו המוצלח. מקורו של הפרויקט הוא במכתב ששלחו ב-2 באוגוסט 1939 הפיזיקאים אלברט איינשטיין ולאו סילארד לרוזוולט, שבו הזהירו אותו מניסיונותיה של גרמניה הנאצית לפתח פצצת אטום. בתגובה למכתב זה, הקימה ארצות הברית פרויקט סודי מיוחד שקיבל את השם "פרויקט מנהטן". הפרויקט, עליו עבדו במשותף מדענים מארצות הברית, קנדה ובריטניה, נועד להקדים את גרמניה הנאצית בפיתוח נשק גרעיני. המחקר המדעי נוהל על ידי הפיזיקאי רוברט אופנהיימר, ובראש הפרויקט בכללותו עמד הגנרל לסלי גרובס מחיל ההנדסה של צבא ארצות הברית. הפרויקט הוכתר כהצלחה בניסוי טריניטי שהתקיים ב-16 ביולי 1945, קצת יותר מחודשיים לאחר כניעת גרמניה הנאצית, במהלכו הופעלה לראשונה בהצלחה הפצצה הגרעינית הראשונה בהיסטוריה.
מדעני הפרויקט ייצרו שני סוגי פצצות גרעיניות – פצצת אורניום המבוססת על "מנגנון ירי" ופצצת פלוטוניום המבוססת על "מנגנון קריסה" - מנגנון שהיה יעיל יותר אך בעל אופן פעולה מורכב יותר. אף על פי שהיפנים הפעילו פרויקט לפיתוח נשק גרעיני משלהם, מחסור בכוח אדם, חומרי גלם ומשאבים פיננסיים הובילו לכך שלא חלה בו התקדמות משמעותית במהלך המלחמה.
ב-12 באפריל 1945 נפטר רוזוולט, וסגנו הארי טרומן ירש את מקומו. טרומן, שלא היה מודע קודם לכן לפרויקט מנהטן, קיבל עדכון בנושא ממזכיר המלחמה, הנרי סטימסון. כדי לקבל החלטת מדיניות בנוגע להיבטים הקשורים לאופן השימוש בפצצת האטום נגד האימפריה היפנית וההשפעות הצפויות שיהיו לכך על העולם לאחר סיום המלחמה, הקים סטימסון, באישורו של טרומן, ועדה סודית מיוחדת שכללה מספר מדענים, אנשי צבא ואנשי ממשל בכירים. הוועדה נקראה "ועדת הביניים" והתכנסה לראשונה ב-9 במאי של אותה שנה. הוועדה לא דנה בשאלה אם להטיל את פצצת האטום על יפן, שכן הנחת העבודה הייתה שמרגע שפצצת האטום תהפוך למבצעית ייעשה בה שימוש במלחמה נגד יפן. במקום זאת, דנה הוועדה בדרך האפקטיבית ביותר בה ניתן להשתמש בפצצת האטום כדי להביא לסיומה של המלחמה וההשפעות הצפויות של מעשה זה על העולם שלאחר סיום המלחמה ועל היחסים הדיפלומטיים של ארצות הברית.
בין ה-10 ל-11 במאי 1945, בעוד דיוני ועדת הביניים בעיצומם, התכנסה ועדה אחרת במשרדו של אופנהיימר במעבדות לוס אלמוס ודנה במטרות אפשריות עליהן ניתן להטיל את פצצת האטום. מלבד אופנהיימר היו חברים בוועדה אנשי צבא ומדענים אחרים שעבדו בפרויקט מנהטן. הוועדה המליצה לממשל ארצות הברית על הערים היפניות קיוטו, ניאיגטה, הירושימה, יוקוהמה וקוקורה כמטרות אפשריות. ב-25 ביולי הוצאה קיוטו מרשימת המטרות ובמקומה הוכנסה העיר נגסאקי. לטענת אדווין ריישאור, פרופסור להיסטוריה של יפן, השינוי בוצע בלחצו של הנרי סטימסון, מזכיר המלחמה של ארצות הברית, שזכה לבקר בקיוטו בעת ירח הדבש שלו וזכר את יופייה לטובה.
ב-1 ביוני, בתום חמישה מפגשים, הגישה ועדת הביניים את מסקנותיה לטרומן. מסקנות הוועדה התקבלו פה אחד וכללו המלצה להטיל את פצצת האטום על מטרה צבאית שמוקפת בבתיהם של עובדי התעשייה הצבאית היפנית (אף על פי שלחברי הוועדה היה ברור כי הפצצה תפגע גם באזרחים שלא היו מעורבים במאמץ המלחמתי). בנוסף, המליצה הוועדה שהפצצה תוטל בהקדם האפשרי, מרגע הפיכתה למבצעית, וללא מתן התרעה מוקדמת על מנת ליצור אפקט פסיכולוגי מקסימלי על אזרחי יפן ועל ראשיה.
ועידת פוטסדאם.
ב-16 ביולי החלה ועידת פוטסדאם בארמון צציליינהוף שבגרמניה הכבושה. הוועידה נמשכה מעט יותר משבועיים וננעלה ב-2 באוגוסט. המשתתפים בוועידה היו: ברית המועצות שיוצגה על ידי סטלין, ארצות הברית שיוצגה על ידי טרומן והממלכה המאוחדת שיוצגה על ידי וינסטון צ'רצ'יל (קלמנט אטלי שניצח את צ'רצ'יל בבחירות שהתקיימו בבריטניה, החליף אותו באמצע הוועידה).