טיעון חוסר ההגדרה: כדי לנסות לענות על השאלה "האם אלוהים קיים?" יש צורך בהגדרה מלאה ועקבית של הקונספט "אלוהים", ואשר מכילה מרכיבים שידוע לנו על קיומם (אחרת ההגדרה תהיה תלויה בקיומה של ישות על-טבעית – וזה מה שאנו בעצם מנסים להוכיח). אם אין הגדרה כזו, הרי שזה חסר משמעות לטעון "אלוהים קיים". אם ישנה הגדרה כזו, הרי שאלוהים חייב להיות מובן במונחים פיזיקליים, כיוון שהגדרתו מורכבת רק ממונחים כאלה; וכיוון שכך, אלוהים יהיה ישות טבעית – ועל כן לא יזכה לתואר "אלוהים". יש שיטענו שמציאותו של האלוהים מצויה מחוץ למציאות הפיזיקלית, ולכן לא ניתן להגדירו במונחים "פיזיקאליים". אבל מפני שאין אנו יודעים על קיומה של ישות על-טבעית מחוץ למציאות הפיזיקלית, הרי שזה חסר משמעות לטעון לקיומה של ישות כזו.
טיעון הגילויים המדעיים: במשך מרבית ההיסטוריה האנושית ישויות על טבעיות סיפקו את ההסברים הטובים ביותר לקיומו של היקום וחוקי הטבע. אך במהלך מאות השנים האחרונות, מדענים פיתחו הסברים מדויקים יותר אשר, לטענת האתאיסטים, הפריכו במישרין או בעקיפין, טענות דתיות מסוימות שנקשרו באלוהות. לרוב, הסברים אלה נתמכו אמפירית. הגילויים המדעיים בכל תחומי החיים מסבירים את היקום בצורה יעילה יותר מאנקדוטות המערבות כוחות על-טבעיים, עד כדי ייתור האחרונים בראי הטיעון. יתרה מזאת, הסתירה בין תפיסתן של הנצרות והיהדות ובין המדע בתחומים מסוימים (בעיקר בריאת העולם לעומת אבולוציה וגיל היקום) מערערת על תקפותן של דתות אלה.
הטיעון המטריאליסטי: דתות רבות טוענות שהחיים הם יותר מהחומר שאנחנו רואים בסביבתנו הדוממת. בנוסף הן טוענות שמאחורי החיים עומד עולם רוחני או על-טבעי כלשהו ושה"אני" האמיתי שלנו הוא באופן כלשהו רוחני ולא חומרי. בניגוד לטענות הללו, טוענים מצדדי הטיעון המטריאליסטי שהידע המדעי שנצבר בתחום מדעי החיים והחברה מעיד שהחיים הם תופעה טבעית, שמה שעושה אותנו אנושיים הוא חומרי, וכי מקור ההתנהגות הוא מוחנו - מבנהו, המידע המאוחסן בו ותפקודו, אם אכן ההוויה האנושית מסתכמת בכך, ואין שיקוף רוחני כל שהוא לחיינו, הרי שאותן דתות שוגות בהנחתן.
אי אמינותן של אמונות שונות: מאפיין משותף לתאיזם ולדתות הוא הסתמכותם על האמונה; לדעת הטוענים כך, אמונה בקיום האלוהים ובאמיתותן של דוקטרינות דתיות – אינה מבוססת על הגיון, הוכחות או מדע. במקום זאת מצפים מאנשים להאמין אמונה עיוורת, דבר שלא מצפים מהם בכל עניין ונושא אחר. יתרה מזאת, עוד הופכים את האמונה בדבר חסר הוכחות לדבר "אצילי" ומבורך. האמונה לשמה אינה אמינה בבואנו להבין את המציאות או לחקור אותה. באותה מידה ניתן להשתמש באמונה כדי להגן על כל דבר שניתן להעלות על דעתנו, החל מפיות ורוחות, ועד למפלצת הספגטי המעופפת (דמות של "אל" שנוצרה כפרודיה על אלוהים).
יחס כלפי אתאיזם.
במדינות עם משטר בעל אופי דתי, אתאיסטים המביעים את דעתם עלולים ליפול קורבן להתנכלות, חרם ואפליה כנגדם, במקרים מסוימים אף להחשב לפושעים על פי חוק (כגון בערב הסעודית, בה נחקק ב-2014 חוק המזהה תעמולה אתאיסטית כטרור). ישנם אנשים המחזיקים בדעות דתיות הסבורים כי מי שאינם מאמינים באלוהים הם בלתי-מוסריים או בלתי אמינים – לפחות בכל הנוגע לחברותם בקהילה. בפי חז"ל מכונה האתאיסט "כופר בעיקר". דתות אחרות מוקיעות בדרכים דומות את הלא-מאמינים.
עד העת החדשה האתאיזם נחשב לבלתי לגיטימי לא רק מסיבות דתיות, אלא גם מסיבות חברתיות, שכן הוא נחשב לחריגה מהנורמה. גם הוגים שהתייחסו בחיוב לחופש דת, כמו ג'ון לוק, לא קיבלו את הרעיון של חוסר אמונה. מהצד השני, אתאיזם מדיני קודם במרץ על ידי המדינות הקומוניסטיות. קרל מרקס, אתאיסט, כתב כי "הדת היא אופיום להמונים". בשל הדוקטרינה המרקסיסטית המדינות הקומוניסטיות רדפו והגבילו את הדתות השונות, בין היתר גם כדי להחליש את האופוזיציה למדינה. אף על פי שהיו מדינות אתאיסטיות באופן רשמי, התקיימו במדינות הקומוניסטיות ובסין כנסיות שהיו בשליטת המדינה. הגישה האתאיסטית של המשטר בברית המועצות לא מצאה אחיזה בלב כל האזרחים, ועם נפילת המשטר הקומוניסטי זכתה הדת לתחייה מחודשת.
במהלך המלחמה הקרה, העובדה שהאויבים הקומוניסטים של ארצות הברית היו אתאיסטים ("קומוניסטים חסרי אלוהים"), תרמה לנקודת המבט שאתאיזם הוא לא אמין ולא פטריוטי. במרוץ הבחירות לנשיאות שהתקיימו ב-1988 באחת המדינות החילוניות ביותר, ארצות הברית, הנשיא ג'ורג' בוש האב אמר: "אינני חושב שאתאיסטים צריכים להיחשב כאזרחים, ובוודאי לא פטריוטים. זוהי אומה אחת תחת האל". הצהרות דומות נעשו במהלך הוויכוח על המשפט "תחת האל" כאשר נכתב לראשונה בהצהרת האמונים האמריקנית. מילים אלה התווספו להצהרה בתחילת המלחמה הקרה.
חופש הביטוי של האתאיסטים לרוב מקובל כלגיטימי בישראל, אך חוקי מדינת ישראל מגבילים טכנית את חופש הביטוי של האתאיסטים במדינת ישראל (ראו ערך פגיעות ברגשי דת ומסורת), וייתכנו מקרים ספורים של פגיעה בזכויות האתאיסטים לחופש ביטוי.
בשנת 2003 נוסדה בארצות הברית תנועת הברייטס, שבין השאר שמה לה למטרה לקדם בחברה את ההכרה בזכותם של פרטים לדגול בהשקפת עולם אתאיסטית (או בהשקפות עולם דומות לה) ואת קבלתם כחברים שווי ערך בחברה.
הדיון הפילוסופי באתאיזם.
לאורך ההיסטוריה, הדיון בשאלת קיומו של האל העלה ויכוחים לוהטים, ואף יותר מכך, בין אתאיסטים לבין המאמינים בקיומו של אלוהים. עיון בעימותים סביב נושא זה מראה לרוב, כפי שממחישים אחדים מהקישורים שבסוף ערך זה, שסלע המחלוקת הוא לכאורה בלתי-ניתן להכרעה: אלוהים הוא מושג כה מופשט, עד שמהגדרתו הוא אינו נתפש בחושי בני האדם ובשכלם, ולכן ייתכן שלא ניתן להוכיח את קיומו או להפריכו.
פעמים רבות, נפתח העיסוק הפילוסופי בשאלת האמונה באלוהות, בשאלה "על מי חובת ההוכחה – על זה הטוען שמשהו שאי-אפשר למדוד אותו קיים, או על זה שמבקש להניח שיצור כזה אינו קיים?".
על-פי האמונות הדתיות הנפוצות, דוגמת חלקים מהנצרות, האסלאם והיהדות, קיומו של האל הוא בגדר אקסיומה, שאולי ניתנת להוכחה אך אינה דורשת אותה. מחשבה זו מודגמת בפסוק "בראשית ברא אלוהים את השמים ואת הארץ". כך מתחיל ספר בראשית. כלומר – התנ"ך מתחיל בהנחה כי האלוהות קיימת. זו אקסיומה שאתאיסט יעדיף שלא לכלול באוסף האקסיומות שלו (אף על פי שעבור חלק מהאתאיסטים, אין זה פוגע בזכותו של המאמין לנהוג אחרת).
הטענה כי האקסיומה הדתית דווקא דורשת הוכחה, באה לידי ביטוי בכך שבלעדיה היא ארעית, כלומר – ניתנת להחלפה בכל אקסיומה דתית אחרת, בלא שיהיה ניתן להשוות בין התוקף הלוגי של האקסיומות השונות. על-פי טענה זו, כל אמירה דתית היא הדורשת הוכחה, שכן היא שקולה ליציר הדמיון האנושי שאינו נובע מחוויה אמפירית של המציאות.
עוד דוגמה לקיום האל כאקסיומה ניתן למצוא במסורת החשיבה הרציונליסטית המוקדמת. דוגמה אחת היא הטיעון האונטולוגי, הקובע שמושג האל כולל בתוך עצמו קיום ולכן האל חייב להיות קיים (טיעון שהציג רנה דקארט ב"הגיונות של הפילוסופיה הראשונית"), או טיעונים המסתמכים על האקסיומה שהאל הוא סיבת-עצמו. אלו טיעונים המעניקים בסיס רציונלי יותר לרעיון האלוהים, אך הם אקסיומטיים ותלויים באמונה באותה מידה.
גם קרל מרקס ניסה להתייחס לאמונה באל. הוא טען כי הדת היא השתקפות של החברה האנושית. לדעת מרקס, שיוצא מתוך נקודת הנחה כי מעשי האדם הם הקובעים את ההיסטוריה, האדם משייך את תוצאות פעולותיו לאל. כך, לדוגמה, אישרה החברה הימי-ביניימית את השיטה הפאודלית, בכך שמקור ההירארכיה והסדר החברתי באל, על-אף שהם נובעים מפעולתם ההכרחית של יחסי הייצור האנושיים. תשובה דומה ניתנה על ידי החוקר מאקס ובר, שהראה את התפתחות הנצרות הפרוטסטנטית, על רקע המעבר לשיטה קפיטליסטית. על פי מרקס, הדת תיעלם בחברה הקומוניסטית, בה ישיג האדם את פעולות החברה ויבין את משמעויותיה. לדוגמה, לדעת מרקס, האדם לא יזדקק לשאלה "מי ברא את העולם", ברגע שיבין כיצד העולם בורא עצמו מחדש בכל רגע נתון, מכוח יצירתם של החיים בו. הוגים מאוחרים יותר, שנשענו על תורתו של מרקס, לא פסלו את האמונה באל, אך המשיכו להחזיק בטענה כי חוסר אחריות של האדם על החברה הוא המקור למרבית האמונות הדתיות.
זיגמונד פרויד היה מהראשונים להתייחס לכל דת כנגזרת רחוקה של מאבקים תוך-נפשיים. במסגרת חקר הנפש והאנושות, הגיע פרויד למסקנה כי מקור הדת בטוטם, שהוא התקת משמעותו של אב קדמון שנרצח על ידי בניו. על-פי פרויד, שבטים אנושיים קדומים (קלאן) אימצו טקסים ומשמעויות דתיות-למחצה בעקבות התמרדות בני השבט נגד אביהם, וכל דת היא גלגול מאוחר של משמעות זו. פרויד מביא דוגמות רבות להוכחות דבריו, ביניהם האמונה הנוצרית בדבר חטא קדמון של פשיעת הבן (אדם) כנגד אביו (האל), חטא העובר בירושת הדורות. במובן מקביל, מתאר פרויד את התפתחות הדת כתוצר של יראת האב של התינוק, המתעוררת בעקבות תסביך אדיפוס (רצונו לרצוח את אביו ולנכס את אימו, ואי היכולת להגשים רצון זה). על-פי תיאור זה, אימוץ דמות האב על ידי התינוק היא, לימים, המקור לאמונתו הדתית, המהווה תחליף לאביו.
בדרך כלל, הדיון הממשי מתחיל בשאלות הנובעות מהאקסיומות. האם יש השגחה אלוהית על העולם? האם ניתן להוכיח השגחה זו באופן אמפירי? האם כדאי להסביר תופעות פיזיקליות וביולוגיות בעולמנו כנובעות ממעשי האל, או להעדיף את התפיסה המדעית, לפיה ניתן להסביר תופעות אלה ללא קיומו של אלוהים?