עד נובמבר 1943 נחשב אושוויץ III כחלק ממחנה בירקנאו, ומאותו חודש הופרד המחנה מבירקנאו, ונחשב במנהל האס אס כמחנה בפני עצמו. עם זאת, השמדה שלא על ידי עבודת כפייה לא נעשתה בבונה מונוביץ; רופאים מאושוויץ II ביקרו במועדים קבועים באושוויץ III, ובחרו את האסירים החלשים והחולים שנשלחו לתאי הגזים בבירקנאו. באושוויץ III נכלאו גם אסירים לא יהודיים, במה שהוגדר "מחנה לחינוך לעבודה"; אסירים אלו נתפסו כמי שפגעו במשמעת העבודה הגרמנית.
מחנות המשנה.
ממערב ומצפון לאושוויץ הוקמו מחנות משנה רבים, שנועדו לאסירים שעבדו בעבודות כפייה במפעלים הרבים באזור. המפעלים מוקמו באזורי התעשייה בשלזיה, וחלקם גם בתוך צ'כוסלובקיה; המפעלים שהעסיקו את היהודים השתייכו לחברות תעשייה מהגדולות בגרמניה. רוב המחנות סייעו למפעלים שהיו קשורים לתעשיית החימוש הגרמנית: בתי יציקה ומפעלי מתכת, מכרות פחם, מפעלים כימיים, תעשייה קלה, מפעל לחומרי בניין ומפעל לעיבוד מזון. במחנות אחרים נשלחו אסירים לעבודה בבנייה, יערנות, בחקלאות, ועוד. מחקרים שנערכו אחרי המלחמה הראו שעבודת האסירים, שנעשתה בתנאים פיזיים קשים ביותר, לא התקרבה כלל ליעדים אותם קבעו הגרמנים לעצמם, וכל מערכת המחנות הייתה למעשה כישלון חרוץ.
ההשמדה, עבודת הכפייה ומינהל המחנה.
ההגעה למחנה.
יהודים נשלחו לאושוויץ מכל רחבי אירופה: מנורווגיה בצפון עד רודוס, בדרום אירופה, ומטולוז בדרום צרפת ועד אוקראינה במזרח. רוב האנשים הגיעו למחנה ברכבת, לעיתים קרובות אחרי נסיעה קשה ביותר בקרונות בקר חתומים, שנמשכה כמה ימים, ואף מעל שבוע והורדו לרמפה היהודית. עד יוני 1944 הגיעו הרכבות לרציף הרכבות שממערב לעיירה אושוויינצ'ים; מאותו תאריך הגיעו האסירים אל תוך מחנה בירקנאו, בשלוחת מסילה שנבנתה לצורך זה.
עם הגיעם אל הרציף הורדו היהודים מהרכבת באלימות ובכוח. אסירים מיחידת קומנדו-קנדה היו אחראים לפריקת הנוסעים מקרונות הרכבת והפרדתם ממטלטליהם, תוך הבטחה שהחפצים יושבו להם במחנה; נאסר על אסירים אלה לספר למגיעים על גורלם. על הרציף הופרדו הגברים מהנשים והילדים. רופא מהאס אס, שלעיתים קרובות היה ד"ר יוזף מנגלה, עם עוד קציני אס אס היו מבצעים מיון - סלקציה - של המגיעים על פי מראם, לאלה הכשירים לעבודה ואלה שנשלחו ישירות להמתה. הסלקציה נעשתה בשטחיות ובמקריות בדרך כלל; על פי הערכות, כ-10% עד 20% מהגברים נבחרו לעבודה, והשאר נידונו להמתה מיידית. ילדים קטנים נלקחו מאמותיהם וצורפו לנשים מבוגרות יותר, יחד עם החולים, החלשים והזקנים, שנשלחו למוות. משלוחים מסוימים נשלחו כמות שהם לתאי הגזים, ללא מיון כלשהו; כך, משלוחים של פגועי נפש מכל רחבי אירופה נשלחו ללא כל מיון מתחנת הרכבת הישר אל תאי הגזים.
עד לבניית התחנה בתוך המחנה, נשלחו כל הנידונים למוות שהגיעו לאושוויץ בלילה במשאיות אל תאי הגזים. בשעות היום נאלצו האסירים לצעוד, ורק האסירים שלא היו מסוגלים ללכת הוסעו במשאית. אלה הכשירים לעבודה הלכו ברגל אל המחנות. ב-1944 הייתה תחנת הרכבת באושוויץ תחנת הרכבת העמוסה ביותר באירופה. תזמורת של אסירות לבושות בחולצות לבנות וחצאיות כחולות ניגנה מנגינות עליזות בשעת בוא הרכבות, כדי להסיח את דעת האסירים מהצפוי להם.
ההשמדה.
ההמתה בגז החלה באושוויץ I ב-3 בספטמבר 1941. סגן מפקד המחנה, קארל פריטש, החליט ביוזמתו להמית 600 שבויי מלחמה רוסיים וכ-250 אסירים מבין החולים שבמחנה. הם רוכזו במרתף בלוק 11, והומתו באמצעות ציקלון בה. מפקד המחנה, רודולף פרנץ הס, לא שהה במחנה באותה עת, אך מששב סמך את ידו על היוזמה, והוחלט להשתמש בשיטת השמדה זו. תא הגזים באושוויץ I, שנקרא "קרמטוריום 1", הופעל מ-15 באוגוסט 1940 עד ליולי 1943. עם הפעלת תאי הגזים באושוויץ II הופסקה בהדרגה ההשמדה במבנה זה. תאי הגזים והמשרפות בבירקנאו החלו בפעילותם מאביב 1942.
תהליך ההשמדה החל עם הורדת היהודים מן הרכבות לרציפים. למרות הלחץ והאלימות שבהם הורדו היהודים מהרכבות, עשו הגרמנים מאמץ להסוות את כוונתם ואמרו להם שהם צריכים להתקלח ואף הביאו להם סבון. הם הסתירו עד הרגע האחרון את גורלם. אנשי האס אס הקפידו על שקט ועל כך שהיהודים לא ידברו ביניהם, כדי שלא תיווצר תסיסה. כמו כן, הוזהרו האסירים היהודים מיחידת "קנדה", שעסקו בפריקת הציוד, שלא לדבר עם היהודים שהגיעו. העובר על הוראה זו נענש במוות מיידי. על הרציף נערכה סלקציה, והנשלחים למוות הוצעדו או הוסעו לתאי הגזים. גם בהליכה לתאי הגזים נשמרה התדמית הנינוחה. את היהודים ליווה אמבולנס של האס אס, שיצר אשליה של ליווי רפואי. למעשה, בתוך האמבולנס הובלו פחיות הרעל, ציקלון בה.
עם הגיעם לחצר המשרפה נאמר ליהודים שהם עומדים לעבור תהליך חיטוי. היהודים הורדו לחדר שנאמר להם שהוא מלתחה, שבו הם נדרשו להתפשט. ב"מלתחה" היו שלטים שסייעו לאווירת ההונאה, שעליהם היה כתוב בגרמנית "לרחצה", "לחיטוי", וכדומה; כדי לסייע עוד בהונאה הוספו שלטים ניידים גם בשפתם של היהודים שהגיעו. ב"מלתחה" היו ספסלים, ווים לתליית הבגדים, וכדומה. אנשי הזונדרקומנדו סייעו ליהודים להתפשט. לחלק מהיהודים ניתנו סבון ומגבת, ואף נאמר להם לזכור את מספר הוו שבו תלו את הבגדים, הכל כדי לשמור על ההסוואה. עם זאת, במקום נכחו גם אנשי אס אס עם כלבים, כדי למנוע התנגדות גם ברגע האחרון.
לאחר ההתפשטות הוכנסו היהודים לתאי הגזים. בדרך כלל הוכנסו נשים וילדים ראשונים. עם התמלאות תאי הגזים נסגרו הדלתות באמצעות בריחים ואף הוברגו. אנשי האס אס שפכו את גבישי הציקלון דרך פתחים בגג, והגבישים הפכו לגז עם המפגש עם האוויר הדחוס והחם שבתוך תאי הגזים (כאשר היה האוויר קר נמשך התהליך זמן רב יותר, והגרמנים ניסו לחמם את אוויר התא במקרים כאלה בשיטות שונות). האנשים שעמדו ליד פתחי הגז מתו מיד בדרך כלל, והאחרים מתו בתוך כ-20 דקות לכל היותר.
לאחר כחצי שעה נפתחו דלתות התאים, ומאווררים הופעלו כדי להוציא את האוויר הרווי באדי הגז, ועובדי הזונדרקומנדו, חבושים במסכות גז, החלו בפינוי הגופות. פינוי הגופות היה כרוך בביזתן: מן הגופות הוסרו משקפיים, איברים תותבים, שיני זהב וכתרים בשיניים. שער הנשים נגזז, ותכשיטים הוסרו מן הגופות. הגופות הועמסו על מעלית מיוחדת, והועלו לכבשנים. כל התהליך, עד לסיום שריפת כל הגופות, נמשך כארבע שעות. במשרפות II ו-III נשרפו ביממה אחת 2,500 גופות בכל אחת, ובמשרפות IV ו-V נשרפו 1,500 גופות ביממה בכל אחת. העומס הרב יצר תקלות רבות במשרפות, ובשלבים מסוימים נשרפו חלק מהגופות גם בבורות שרפה מחוץ למשרפות.
היהודים הראשונים שהובאו להשמדה בבירקנאו היו יהודים משלזיה. במהלך 1942 הגיעו משלוחים של יהודים מסלובקיה, מצרפת ומהולנד, ומאוחר יותר במהלך השנה מבלגיה ומיוגוסלביה. לקראת סוף 1942 הגיעו יהודים ששולחו מיוון ומביאליסטוק שבפולין. משלוחים מפולין המשיכו להגיע גם בתחילת 1943, ועמם משלוחים מברלין וממדינות שונות. באמצע 1944 הגיעה ההשמדה לשיאה: מאמצע מאי החלו להגיע יהודי הונגריה, והשמדתם נמשכה עד ליולי 1944. בין המשלוחים האחרונים שהגיעו היה משלוח מגטו לודז', שהיה הגטו האחרון בפולין וקורפו.
עבודת הכפייה.
האסירים (נשים וגברים) שלא נשלחו להמתה מיידית בגז נשלחו ל"זאונה", לחיטוי. שערם גולח וניתנו להם מדי אסיר - חולצה ומכנסיים מפוספסים. משם נשלחו האסירים למחנה ההסגר. כל האסירים שאפו לצאת במהירות ממחנה זה, שכן תוחלת חייו של אסיר בהסגר הייתה שבועות אחדים בלבד. אסיר שנשלח לעבודה יכול היה לשרוד יותר, כמה חודשים, ובתפקידים מסוימים לשרוד אף יותר.
כאשר הוצא אסיר ממחנה ההסגר ניתן לו מספר, שנרשם ברישומי המחנה. המספר קועקע על גופו, בדרך כלל על האמה השמאלית - נוהל ייחודי למחנות אושוויץ. היהודים שנשלחו למוות לא קיבלו מספר, וגם אסירים שנשלחו מאושוויץ לעבודת כפייה במחנות אחרים (כמו גרוס-רוזן או שטוטהוף) לא נרשמו. מספר האסירים שנרשמו באושוויץ בסך הכול הוא 405,000 איש ואישה, יהודים ולא יהודים.
יומו של האסיר החל לפנות בוקר, בשעה 4:00 או 4:30. לאחר ההשכמה, שהייתה לעיתים קשה ואלימה ניגשו האסירים במהירות למחראות; זמן לרחצה לא היה. המחראות והשימוש בהן העידו על התנאים הסניטרים האיומים ששררו במחנה: הן היו חדר ארוך וגדול, ובו שלוש תעלות בטון ארוכות ובהן חורים; עובדי הכפייה נאלצו לעשות את צורכיהם באותה עת עם כל שאר האנשים. מועד ההליכה אליהם היה קבוע, ולא ניתן היה להתפנות בספונטניות. במקביל, נדרשו האסירים לסדר את מיטות הקש שלהם, בצורה קפדנית. לאחר מכן התקיים אפלפלאץ ("מסדר", בגרמנית: Appell) - אחד מן השלבים המפחידים והקשים מבחינת האסירים. המסדר נמשך במשך שעות, ברוח, בקור ובשלג, כשהאסירים לובשים רק את מדיהם הדקים והקרועים; אסיר שנפל במסדר נורה מיד או שנשלח לתאי הגזים.
לאחר המסדר יצאו האסירים לעבודה, שם עבדו במשך שעות בעבודת פרך. ניתנו להם כמויות קטנות מאוד של מזון, שלקבלתו היו צריכים להמתין בתורים ארוכים. לאחר חזרתם למחנה הועמדו האסירים במסדר, כמו בבוקר.
גם עובדי הכפייה במחנות המשנה היו נתונים במשטר אימים, שכלל עינויים ורדיפות בלתי פוסקות, יחד עם תנאים הגייניים קשים ורעב מתמיד. הם הועבדו בתנאים קשים, ללא ציוד מינימלי, תחת עונשים בלתי-פוסקים. גם במחנות המשנה וגם במחנות הראשיים לא עבדו האסירים ביום ראשון, אך יום זה הוקדש לאינספור עונשים ומסדרים על חטאים קטנים שונים. ככלל, היו האסירים חשופים למגוון של עונשים פיזיים, החל במלקות מידי קאפו מזדמן, עבור בעונשי מלקות מול כלל האסירים, עינויים קשים בבלוק 11, וכלה בהמתה בתאי הגזים או בירייה.