לאחר ניצחונם, מונה רמון למזכ"ל ההסתדרות, ופתח בסיועו של פרץ ברפורמה מקיפה שכללה הפרטה רחבה של נכסיה, הפרדתה של קופת החולים הכללית והפיכת החברות בהסתדרות לוולנטרית יותר, ותוכנית הבראה וקיצוץ דרמטית. עד לרפורמה זו הייתה החברות בקופת חולים כללית מהווה גם חברות אוטומטית בהסתדרות ותשלום מיסי חבר לה. במסגרת הרפורמה הופרדה קופת חולים כללית מההסתדרות והפכה לספק שירותי בריאות במסגרת חוק ביטוח בריאות ממלכתי (אותו יזם רמון במהלך כהונתו כשר הבריאות טרם התמודדותו לראשות ההסתדרות). בעקבות השינוי מיליוני אנשים, שהיו חברים בהסתדרות מתוקף חברותם בקופת החולים אף על פי שלא עבדו או שלא היו מאוגדים בפועל, חדלו מלהיות חברים בהסתדרות, והתקציב השוטף של ההסתדרות ממסי החבר ("מס אחיד") ירד מ-1.3 מיליארד שקל ל-300 מיליון - כולם ממסי חבר וולונטריים - דבר אשר העמיק את הגירעון בו עמד הארגון. עם זאת, במסגרת הפרדת קופת החולים מההסתדרות, נטלה על עצמה המדינה את חובות קופת החולים שהיוו חלק נכבד מחובות ההסתדרות.
גירעון זה כוסה בין היתר באמצעות תוכנית קיצוצים ופיטורין אשר צמצמה את מספר עובדי ההסתדרות מ-4,000 עובדים לפחות מ-2,000; וכן באמצעות הפרטת מפעלי ההסתדרות, כולל קונצרן התעשייה כור, חברת הבנייה "סולל בונה" ו"שיכון עובדים", מכירת נדל"ן, ועוד (את השליטה בבנק הפועלים איבדה ההסתדרות במשבר מניות הבנקים, וחברת הביטוח "הסנה" קרסה עוד בשנת 1992). ההסתדרות נפרדה, אפוא, ממרבית נכסיה הכלכליים ונעשתה ממוקדת בעיקר בייצוג עובדים ובפעילות איגוד מקצועי, בדומה לאיגודים מקצועיים רבים בעולם. אחדים מנכסיה – כמו רשת בתי האבות "משען", הוצאת הספרים "עם עובד", רשת החינוך "עמל" ובעיקר – קרנות הפנסיה, נשארו בידיה (קרנות הפנסיה, שסבלו מגירעון אקטוארי, הולאמו בשנת 2003). חובותיה של ההסתדרות נפרסו, וההסתדרות ממשיכה לשלם אותם עד היום, כשהיא ממשיכה לקיים את פעילותה השוטפת.
לדברי רמון
בנוסף לרפורמות הכלכליות, פעל רמון לבצע להסתדרות "הבראה תדמיתית". אחד הצעדים הראשונים שעשה רמון בהסתדרות היה לשנות את שמה מ"ההסתדרות הכללית" ל"הסתדרות העובדים הכללית החדשה". כמו כן, שינה את תוארו מ"מזכ"ל ההסתדרות" ל"יו"ר ההסתדרות" ואת "הוועד הפועל של ההסתדרות" הפך ל"בינ"ה". בתקופתו של רמון היה ניסיון להעביר את מטה ההסתדרות אל בניין משרדים חדש באזור התעשייה גבעת שאול בירושלים אך ניסיון זה נכשל ולאחר שנה חזרה הנהלת ההסתדרות אל בית הוועד הפועל בתל אביב.
תקופת פרץ (2005-1995).
רמון פרש מההסתדרות בנובמבר 1995, לאחר רצח ראש הממשלה לשעבר, יצחק רבין, כדי לכהן כשר הפנים בממשלה בראשותו של שמעון פרס. עם פרישתו של רמון, הפך פרץ ליו"ר ההסתדרות, ונשאר בתפקיד 10 שנים רצופות. פרץ הטביע את חותמו על ההסתדרות, השיג בה שליטה מוחלטת והפך אותה לגוף המזוהה איתו באופן אישי. הוא השאיר בארגון את מרבית בעלי התפקידים הישנים, אך במשך השנים החליש את מעמדם ומינה לתפקידי מפתח צעירים שצמחו מתוך ועדי העובדים, שגילו לו נאמנות רבה יותר. הנהגת ההסתדרות השתנתה מאז שפרץ קיבל לידיו את ההנהגה, שהייתה אשכנזית ברובה, וקשורה בטבורה – אידאולוגית וחברתית – לתנועת העבודה ההיסטורית ול"ממסד המפא"ניקי" הישן. מאז צמחה הנהגה מגוונת בהרבה, שרבים מחבריה גדלו בפריפריה, וצמחו במפעלים ומקומות עבודה, בהם מזרחיים רבים, ערבים, חרדים, וחברי מפלגת ש"ס.
גם אופי פעילותה של ההסתדרות עבר שינוי דרמטי. מגוף כוללני ששירת את רוב אוכלוסיית המדינה, הפכה ההסתדרות בתקופת פרץ לגוף שקשור בעיקר לקבוצה קטנה בהרבה של עובדים - רובם במגזר הציבורי. מדיניות הממשלה מאז שנות השמונים, לצד המדיניות שהוביל קודמו רמון, צמצמה מאוד את מספר העובדים המאוגדים. המדינה החלה להגביל ולצמצם את תקני כוח האדם, והובילה תהליכי צמצום במפעלים ומשרדי הממשלה תוך פיטורי עובדים מאוגדים כשבמקומם גויסו עובדים המועסקים שלא תחת הסכמים קיבוציים באמצעות חברות כוח אדם אשר פעמים רבות אף פוגעות בזכויותיהם. ענפי כלכלה שהתפתחו במהלך הגאות הכלכלית של שנות התשעים, בייחוד בתחומי ההיי-טק והשירותים התבססו על גיוס עובדים בלתי-מאוגדים בחוזים אישיים. ההסתדרות בראשות פרץ, והוועדים הקשורים אליה, כמעט ולא עשו דבר כדי לגייס עובדים לא-מאוגדים ולהרחיב את מעגל העבודה המאורגנת, ולעיתים אף מנעו התארגנויות חדשות של עובדים. במקום זאת, העדיפו לרכז את כוחם בשמירה על תנאי העבודה הטובים שההסתדרות הישנה השיגה לעובדים המאוגדים, ועל תנאי פיצויים נאים למפוטרים.
שני המעמדות של עובדים במשק, עובדי החברות ה"הסתדרותיות" ועובדים "רגילים", עם פער עצום בתנאים הסוציאליים בין אלה לאלה, שאפיינו את ההסתדרות הישנה, המשיכו להתקיים. במקביל לפערים שהלכו והתרחבו בין העובדים הלא-מאוגדים לבין עצמם, נוצרו גם פערים גדולים בין עובדים מאוגדים במונופולים הממשלתיים, כמו חברת החשמל ונמלי הים, ובין העובדים במפעלים פרטיים רגילים, שנאלצו יותר ויותר ליישר קו עם מעסיקיהם והפכו, במקרים רבים, ל"וועדי בובה" בחסות ההנהלה. בשל כך, ההסתדרות החדשה נעשתה מזוהה יותר ויותר עם "הוועדים הגדולים".
פרץ הצליח להחזיר להסתדרות, שקיבל לידיו בשיא חולשתה, כגוף שכבר היו מי שהספידו אותו כחלק מההיסטוריה, חלק ממעמדה כגוף חזק ומשפיע בפוליטיקה ובכלכלה הישראלית. פעילותה של ההסתדרות בתקופתו של פרץ נוהלה תוך קשר אמיץ עם פעילותו הפוליטית. שנה אחת לאחר כניסתו לתפקיד התמנה יו"ר הליכוד, בנימין נתניהו, לראש הממשלה. נתניהו, המחזיק באג'נדה כלכלית שמרנית מובהקת, ניסה לכפות על עובדי המדינה והרשויות המקומיות מהלכים של התייעלות, שאיימו עליהם בפיטורים ובהרעת תנאים. פרץ הרבה להשתמש בזכות השביתה, וביכולת השביתה של העובדים בוועדים הגדולים, הוביל אותם לסדרת מאבקים עם נתניהו, שהגיעו לשיאם כאשר השבית פעמיים – ב-1997 וב-1998 – את כל המגזר הציבורי במשק, כולל נמלי הים והאוויר. השביתות הופסקו לאחר כיומיים, בהוראת בית הדין לעבודה, אך הממשלה נאלצה, בלחץ בית הדין, לקבל חלק מדרישות ההסתדרות.
בשנת 1997 נבחר אהוד ברק לראשות מפלגת העבודה, שפרץ עדיין שימש כחבר הכנסת מטעמה, ובמאי 1999 נבחר ברק לראש הממשלה. פרץ לא היה מרוצה מבחירתו של ברק, שהחזיק בעמדות כלכליות ליברליות, והחליט לפרוש מהעבודה ולהקים את מפלגת עם אחד, מפלגה ייחודית שייצגה את העובדים המאוגדים בלבד, תוך שיתוף פעולה עם פוליטיקאים מסיעות אחרות, כמו חיים כץ מהליכוד ודוד טל מש"ס. במהלך כהונתו הקצרה כראש ממשלה, ניסה אהוד ברק לקדם רפורמה גדולה במס, רפורמת בן בסט, שכללה ביטול של זכויות שונות של העובדים המאוגדים, כמו הפטור ממס על קופות הגמל, קרנות ההשתלמות והחסכונות הפנסיוניים. פרץ ניהל קמפיין מתוקשר נגד התוכנית, שכללה איום בהשבתה כללית נוספת של המגזר הציבורי, והצליח להביא לביטולה בלא שביתה.
מבחן הכוח המרכזי של פרץ וההסתדרות הגיע בתחילת 2003 עם מינויו של נתניהו לשר האוצר בממשלתו של אריאל שרון. נתניהו, שכעת היה פטור מהאחריות לנושאים מדיניים ויכל להתמקד בקידום האג'נדה הכלכלית שלו, הוביל תוכנית לרפורמה כוללת במשק הישראלי, שכללה, בין השאר, הלאמה והפרטה חלקית של קרנות הפנסיה של ההסתדרות, הפרטה של רוב החברות הממשלתיות (שכל עובדיהן מאוגדים בהסתדרות), והרעת תנאים לעובדי המדינה והרשויות המקומיות . יישום התוכנית של נתניהו נתפש, גם על ידי תומכיו וגם על ידי מתנגדיו, כאיום על עצם קיומה של העבודה המאורגנת בישראל . בנוסף על הפרטים הקונקרטיים של התוכנית, יצא נתניהו בסדרת הצהרות נגד ההסתדרות והעבודה המאורגנת, ברוח הצהרותיה של ראש ממשלת בריטניה לשעבר, מרגרט ת'אצ'ר, כולל "פליטת פה" שחזר עליה מספר פעמים, שבה כינה "בטעות" את עובדים "אויבים" (בדומה להצהרתה של תאצ'ר, "ניצחנו את אויבנו מבחוץ, כעת עלינו להתגבר על אויבנו מבפנים"). ציבור העובדים המאוגדים הרגיש מאוים ו"יצא למלחמה" נגד התוכנית. במהלך השנתיים הבאות, יושמה התוכנית ברובה, תוך עימות מתמיד בין נתניהו לפרץ, שכלל הצהרות והתבטאויות חוזרות ונשנות שלהם זה נגד זה, וכן שביתות רבות, עיצומים ואיומים בשביתות – כולל שביתה של חודשיים, הארוכה בתולדות המדינה, בנמלי הים, ושביתה כללית במשק, שתיהן בשנת 2004.
התוכנית של נתניהו הוכתרה כהצלחה, ואילו פרץ הצליח למזער כמעט לגמרי את הפגיעה בעובדים. הפרטת חברת החשמל לא יצאה לפועל, והפרטת נמלי הים רוככה. העובדים בכל החברות שהופרטו (חברת התעופה אל על, חברת הספנות צים, בתי הזיקוק לנפט, חברת התקשורת בזק, בנק דיסקונט וחלק מבנק לאומי) נשארו בתפקידם, נותרו מאוגדים וגם קיבלו, אחרי משא ומתן ארוך, תוספות משמעותיות לשכרם שהוגדרו כ"מענק הפרטה", בשעה שהנפגעים האחרים של התוכנית הכלכלית, מקבלי הקצבאות, ספגו פגיעה קשה בתנאי חייהם הקשים ממילא. ההסתדרות איבדה את שליטתה בקרנות הפנסיה, אך יחד אתן נפטרה גם מחוב של עשרות מיליארדי שקלים . ההסתדרות וועדי העובדים חזרו לכותרות התקשורת והוכיחו את כוחם ופרץ הוכיח את כישורי המנהיגות שלו, והצליח, בסוף שנת 2005, להפוך ליו"ר מפלגת העבודה ולמועמד לראשות הממשלה. כשנשאל כיצד הוא מסביר את כישלונה של ההסתדרות במניעת הפערים במשק, אמר שזהו תפקידה של הממשלה וש"לשם כך הוא נכנס לפוליטיקה".
תקופת עיני (2005-מאי 2014).