בשנת 1997 החליטה ועדת הפרס להעניק את הפרס לעיתונות לעיתונאי שמואל שניצר. לאחר שהוכרז על ההחלטה, הוגשה עתירה לבג"ץ נגד ההחלטה. התברר שוועדת הפרס לא הייתה מודעת לכך שמספר שנים קודם לכן פרסם שניצר מאמר שקרא לעצירת העלייה מאתיופיה, בתואנה רפואית, ובעקבות תלונה שהוגשה למועצת העיתונות קבע בית הדין של מועצת העיתונות כי במאמר "יש משום האשמות בלתי מבוססות על רקע קבוצתי ועדתי" וכי מאמרו פוגע קשות "בחוסנה של החברה הישראלית כחברה קולטת עלייה" ו"גרר עמו בוז והסתייגות מבני העדה האתיופית" ובכך עבר שניצר על כללי תקנון האתיקה של מועצת העיתונות.
בג"ץ הורה להחזיר את הדיון בפרס לוועדת הפרס. שניצר, בינתיים, לא שעה לקריאתו של נשיא המדינה עזר ויצמן להתנצל או לחזור בו מדבריו. בנסיבות אלה, כשברקע גם הרוחות הסוערות על פרשת תרומות הדם של עולי אתיופיה שנחשפה ב-1996, כשהתכנסה ועדת הפרס שנית הוחלט שלא להעניק את הפרס לשניצר.
מאז הוגשו לבג"ץ עתירות רבות כנגד החלטות ועדות הפרס, שכולן נדחו. רוב העתירות דרשו לשלול מזוכה את הפרס. קבוצה אחת של עתירות טענה שהזוכה אינו ראוי לפרס. העתירות נגד הענקת הפרס על מפעל חיים לשולמית אלוני, והענקת הפרס ליגאל תומרקין ולזאב שטרנהל טענו שהם אינם ראויים לפרס על רקע התבטאויות שנויות במחלוקת. השופטת עדנה ארבל התייחסה לטענות אלו בנימוקים לדחיית העתירה בפרשת שטרנהל:
טענה נוספת שהועלתה בעתירות לשלילת הפרס עסקה בניגוד עניינים של אחד או יותר מחברי ועדת הפרס. בעתירות כנגד הענקת הפרס למכון הישראלי לדמוקרטיה, ולשמעון מזרחי. כנגד טענות אלו קבעו השופטים שלא סביר לדרוש במדינה קטנה כמו ישראל שלא יהיה קשר כלשהו בין חברי ועדת הפרס, אשר צריכים להיות בקיאים בתחום שבו ניתן הפרס.
היו גם עתירות אחרות כנגד פרס ישראל. בעתירה אחת דרש העותר שפרס ישראל יוענק לו. בעתירה אחרת יצא הצייר משה גרשוני כנגד שלילת הפרס ממנו בגלל סירובו להופיע בטקס הענקת הפרס. גם עתירות אלו נדחו על ידי בית המשפט.
יש הסוברים, כמו דניאל פרידמן ומאיר הופמן, כי מאחר שפרס ישראל ניתן כאות כבוד והערכה אין מדובר כלל בהחלטה שפיטה ובית המשפט העליון טעה בהתערבו בעניין הענקת הפרס לשניצר. שופטי בית המשפט העליון לא קיבלו עמדה זו מפאת האופי הממלכתי של הפרס המחייב לשיטתם ביקורת שיפוטית, הגם שהיו בהם, כמו אליהו מצא, שפקפקו בצדקת ההתערבות בעניין הפרס לשניצר. עמדת בית המשפט העליון היא שאין עילה להתערבות בית המשפט אם החלטתה של הוועדה התקבלה בתום-לב ועל בסיס שיקולים מקצועיים ענייניים. בפסק הדין בעניינו של שמעון מזרחי, כתב השופט אשר גרוניס באופן כללי על עותרים כנגד הענקת הפרס לאחר: "יהיו כאלה שיאמרו שמדובר בחוסר פירגון ויהיו אחרים שירחיקו לכת ויטענו שעותרים המעוניינים בשלילת הפרס מהאחר פועלים מתוך צרות עין" והשופט חנן מלצר ביקש מהציבור לפרגן לזוכים ולהניח לפרס ישראל ולזוכים בו. באותו מקרה אף הושתו על העותרים הוצאות משפט גבוהות יחסית לעתירות מעין אלו.
בשנת 2021 המליצה ועדת פרס ישראל במתמטיקה ומדעי המחשב להעניק את הפרס לפרופ' עודד גולדרייך ממכון ויצמן למדע, על מחקריו בנושא סיבוכיות חישובית, אך שר החינוך, יואב גלנט, נמנע מלאשר את המלצת הוועדה עקב התבטאויות פוליטיות של גולדרייך, ובעקבות זאת עתרה הוועדה לבג"ץ נגד השר. בהחלטת ביניים אישר בג"ץ לשר לבדוק תוך 30 ימים האם דעותיו של פרופ' גולדרייך מצדיקות שלא לאשר את המלצת הוועדה. בהמשך לכך הודיע השר גלנט שהחליט שלא להעניק את הפרס. בפסק הדין, שניתן לאחר שהוחלף שר החינוך, ביטל בג"ץ את החלטתו של גלנט, והורה להשיב את בחינתה של המלצת הוועדה אל שרת החינוך, על מנת שתשוב ותשקול אם לאשר המלצה זו. השרה יפעת שאשא-ביטון החליטה אף היא שלא להעניק את הפרס לפרופ' גולדרייך. נשיא האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, דוד הראל, וחמישה מנשיאיה בעבר פרסמו מחאה על החלטת השרה. נשיאי שבע אוניברסיטאות בישראל הביעו אף הם מחאה על החלטת השרה. במרץ 2022 הורה בג"ץ לשרת החינוך להעניק את הפרס לגולדרייך.
מסרבים ומסורבים.
אחדים מאלה שנמצאו ראויים לפרס סירבו לקבלו.
בשנת 2004 המליצה ועדת השופטים על הענקת הפרס לאמן יגאל תומרקין. שרת החינוך, התרבות והספורט, לימור לבנת, פנתה לוועדה בבקשה שתבחן מחדש המלצה זו, לאור פניות רבות של אזרחים "לבטל את הענקת הפרס לתומרקין בשל התנהגות והתבטאויות פוגעות של הפסל". הוועדה בחנה שוב את העניין ועמדה על החלטתה הקודמת להעניק את הפרס לתומרקין.
בשנת 1992 מחה יובל נאמן, מזוכי פרס ישראל 1969, על הענקת הפרס לסופר אמיל חביבי, תוך שהוא משליך את תעודת הפרס שלו לכיוונו של חביבי.
התפלגות הזוכים.
רובם הגדול של זוכי הפרס הם גברים יהודים אשכנזים. עד שנת 2009 הוענק הפרס ל-620 איש, מתוכם רק ל-90 נשים (כ-15%). בשליש ממספר השנים שבהן הוענק הפרס כל הזוכים היו גברים. עד שנת 2011, רק שישה אנשים שאינם יהודים זכו בפרס: השייח' אמין טריף וכמאל מנצור בני העדה הדרוזית, אלדין חתוקאי בן העדה הצ'רקסית-מוסלמית, והנוצרים מכרם ח'ורי, אמיל חביבי והאב מרסל דיבואה. אף על פי שכ-15% מאזרחי ישראל הם ערבים-מוסלמים, איש מהם לא זכה בפרס מעולם. מתוך 158 זוכים בפרס ישראל בתחומי התרבות השונים עד 2008 (כולל מוסדות), היו כ-10 מזרחיים.
התפלגות זאת הביאה לביקורת בתקשורת. בעקבות הענקת הפרס בשנת 2007 שאל המבקר והעורך בני ציפר:
לאחר חלוקת הפרסים ב-2009 כתב הפרשן רינו צרור:
ביקורת זאת זכתה להד בדו"ח מבקר המדינה שקבע "התהליך שלפיו נבחרים הזוכים מוביל לכך שאין הלימה בין התפלגות האוכלוסייה לבין מקבלי הפרס במהלך השנים", והמליץ: "ראוי שהמשרד ימנה ועדה מקצועית אשר תהיה אחראית לקביעת התקנון ולשינויים בו וכן תבחן מעת לעת את התאמתו לשינויים המתחוללים בחברה הישראלית כך שירחיבו את מעגל מקבלי הפרס ויאפשרו את הענקתו גם לבאים מקבוצות אוכלוסייה נוספות מבלי לפגוע במצוינות הנדרשת לקבלתו".
תגובת משרד החינוך הייתה ש"בחלק גדול מהמקרים אין נשים ובני מיעוטים בכלל בקרב המועמדים ולכן אין אפשרות להעניק להן את הפרס. בשנת תש"ע מונו נשים במרבית הוועדות, כך שבוודאי ניתנה תשומת לב לנושא זה. אשה שעמדה בראשות אחת מועדת השיפוט הסבירה שהקיפוח לכאורה איננו בעת דיוני הוועדה על מתן הפרס, המחסור במועמדות מבטא את הקושי שהיה לנשים במהלך השנים להגיע לעמדות בכירות ולהישגים אקדמיים, שיבשילו לכדי מתן פרס ישראל כיום".
פערים בהתפלגות הזכיות בין גברים לנשים, ובין יהודים לאינם יהודים בכלל ולערבים בפרט, אינם ייחודיים לפרס ישראל, אלא קיימים גם בהתפלגות זוכים בפרסים בינלאומיים. לשם השוואה, מתוך 876 פרסי נובל שהוענקו (עד 2014, לא כולל פרסים לארגונים) רק 47 פרסים חולקו לנשים (5.4%), ואחוזי היהודים בקרב זוכי פרס נובל גבוהים בהרבה מחלקם באוכלוסיית העולם, ומספרם גבוה בהרבה ממספר הערבים שזכו בו.
בחירת השופטים.
בפברואר 2015 נמנע ראש הממשלה ושר החינוך, בנימין נתניהו, מלאשר את חברותם בוועדות השיפוט לפרס של חיים שריר, אריאל הירשפלד ואבנר הולצמן. נתניהו הציג את המניע להחלטתו: "במשך השנים מונו לוועדה הבוחרת יותר ויותר גורמים קיצוניים בעמדותיהם, ובהם גורמים אנטי ציוניים - למשל כאלה התומכים בסרבנות לשרת בצה״ל - ופחות מדי נציגים אותנטיים של חלקים נרחבים אחרים בעם". במחאה על כך החל גל התפטרויות של שופטים ובהם גיל הראבן, ניסים קלדרון, נורית גרץ, יונה אליאן, זיוה בן-פורת, אפרים חזן, אורי הולנדר ורם לוי. מועמדים לפרס ישראל ובהם רות דיין, יצחק בן נר, יגאל שוורץ, חיים באר, סמי מיכאל ודויד גרוסמן הסירו מועמדותם. מועצת האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים הביעה מחאה על פסילת השופטים שפגעה במעמדו של הפרס, והציעה להעביר את הכפפתו לגורם ממלכתי כגון לשכת נשיא המדינה. בעקבות הנחייתו של היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, לפיה עקב תקופת הבחירות אין לקבל החלטות בנושא, חזר בו נתניהו מהחלטתו. אף על פי כן, רוב השופטים שהתפטרו והמועמדים שהסירו את מועמדותם הודיעו שלא יחזרו בהם. אל המסירים את מועמדותם לפרס הצטרף העיתונאי דן מרגלית. בעקבות עתירה לבג"ץ של קבוצת אנשי רוח, נקבע כי הפרס בתחום חקר הספרות לא יוענק.
חברי כנסת זוכי פרס ישראל.
כאמור, מרבית תחומי הפרס הם על מחקר מדעי ולפיכך רוב זוכי פרס ישראל הם חוקרים באוניברסיטאות. אולם במהלך השנים (נכון לשנת 2021) זכו ארבעים ואחד חברי הכנסת בפרס ישראל. בשנת 2013 נחנך בכנסת "קיר ההוקרה לחברי הכנסת זוכי פרס ישראל" ביוזמת השר אורי אורבך. רוב חברי הכנסת שזכו בפרס זכו בו בתחום מפעל חיים או בתחום מדעי היהדות, הרוח והחברה. במהלך השנים שלושה חברי כנסת בלבד זכו בפרס ישראל בתחום המדעים המדויקים: פרופ' יובל נאמן (מדעים מדויקים, 1969), פרופ' יוסף רום (טכנולוגיה והנדסה, 1976) ופרופ' אלכס לובוצקי (מתמטיקה, 2018).
בקולנוע.
פרס ישראל נמצא במרכז סרטו של יוסי סידר "הערת שוליים". הסרט עוסק בשני חוקרי תלמוד, אב ובנו. ועדת הפרס מחליטה על הענקתו לבן, אך בטעות שרת החינוך מבשרת לאב שהוא הזוכה. מנקודה זו נמשך הסרט בחיפוש מוצא מהתסבוכת שנוצרה.
סידר הוא בנו של חתן פרס ישראל חיים סידר.
פתיחה (שחמט)
פתיחה בשחמט היא סדרה של מהלכים המתרחשים בתחילת המשחק. אורכה של הפתיחה בדרך כלל 2 - 8 מהלכים, אך קיימות גם פתיחות מקובלות ארוכות יותר.