בדו"ח נקבע שחברי הוועד הציבורי שניהל את ההפלגה (אשר מונה על ידי קונפינו והוא עמד בראשו), לא עמדו בהתחייבותם להבטחת שלומם של הנוסעים. בכך הופנתה אצבע מאשימה ברורה נגד קונפינו, אך מבלי לנקוב בשמו. כאמור, לאור איומיו של אטאנאס פאנטב, לא צוין בדו"ח דבר לגבי חלקה של הממשלה הבולגרית וזאת אף על פי שהיה ברור, כי פאנטב כפה על מנהל הנמל לאשר את הפלגת האניה וכי בין נוסעיה היו "נתינים זרים" שהפכו פליטים בעקבות החלטת הממשלה הבולגרית לגרשם. ממשלת טורקיה הקימה ועדת חקירה, שקבעה אף היא שהספינה לא הייתה כשירה להפלגה וכן עמוסה בנוסעים מעבר ליכולתה. הדו"ח הטורקי הטיל את האחריות לאסון על הקברניט הבולגרי ויקטור איבאנוב והוא נאסר. ב-1946, פרסם קונפינו בסופיה את החוברת "עלייה ב'" ובמסגרתה התנער מאחריות לאסון.
העלייה ההמונית מבולגריה לישראל.
ב-9 בספטמבר 1944 התחוללה ברחבי בולגריה הפיכה שהובלה על ידי חזית המולדת הבולגרית ונתמכה על ידי הצבא האדום אשר כוחותיו הגיעו לבירה סופיה בערבו של אותו היום. המשטר הפרו-פאשיסטי סולק וקימון גאורגייב מונה לראש הממשלה. מספר ימים קודם להפיכה, בוטל החוק להגנת האומה ובהדרגה שוחררו עובדי הכפייה מקרב בני הקהילה היהודית ולמגורשים מסופיה, הותר לשוב לבתיהם. אנשי חזית המולדת היהודית, רובם ככולם קומוניסטים השתלטו בכוח על הנהגת הקהילות השונות ובמקביל חודשה פעילות התנועה הציונית. תוך כדי המאבק על השליטה ברחוב היהודי, החלה פעילות ענפה לחידוש עלייה מבולגריה ובהיקפים גדולים.
במאי 1946, הוחל בבחינת רעיון חידוש העלייה הבלתי ליגאלית לארץ ישראל וזאת על רקע העדר סרטיפיקטים והקשיים שהערימו הקומוניסטים היהודים, אשר השפיעו על מנגנון השלטון הבולגרי שלא לאשר יציאת יהודים מבולגריה. ברוך קונפינו הציע לארגן את מפעל ההעפלה החדש, אך הנהגת התנועה הציונית דחתה את הצעתו. באוגוסט 1946, נעצרו בבולגריה 5 שליחים מארץ ישראל אשר נכנסו מרומניה לבולגריה במטרה לבחון דרכים ליציאה לא ליגאלית של יהודים מבולגריה וזאת בניגוד להנחיית הסוכנות היהודית. בהמשך, הגיע לבולגריה אהרן אסא, שליח סוכנות נוסף ונועד עם קונפינו. לאחר בחינת הנושא, לאור מעצר השליחים והסכנה לפגיעה משמעותית ביחסים עם שלטונות בולגריה, הוחלט להפסיק את המגעים עם קונפינו ולזנוח את רעיון העלייה הבלתי-ליגאלית בהיקף גדול.
בסיועו של קצין "המיליציה העממית" אנגל פסקאלב ובתיווכו של קונפינו, נערכה סדרת מגעים בין מנגנוני הביטחון הבולגרים לנציגי הסוכנות היהודית. ב-1947 קיבל שייקה דן אשרת כניסה לבולגריה ונועד עם השלטונות הבולגריים לצורך קבלת היתר מעבר של יהודים מרומניה דרך בולגריה בדרכם לארץ ישראל. בהמשך, הצטרף אליו אפרים שילה. ערוץ הקשר הישיר שנוצר בין פעילי העלייה למנגנוני הביטחון הקומוניסטיים בתיווכו של קונפינו, החליש את מעמדם של הקומוניסטים היהודים שהתנגדו לעלייה ומנע מהם מלחבל בפועל בתהליך. לאון סטרוטי, איש פועלי ציון, נקבע כאיש הקשר של שייקה דן מול הממשלה הבולגרית, אך בעקבות חשיפת נתיב יציאה לא חוקי של יהודים מבולגריה, דרך בית העלמין בסיליסטרה לרומניה, נעצר סטרוטי עקב הלשנה והואשם בסיוע להגירה הלא חוקית. שירותי הביטחון הבולגרים, עימם היו לקונפינו קשרים ענפים, הסכימו באופן לא רשמי שקונפינו יכהן כאיש הקשר מולם לנושא העלייה וכך קיבל קונפינו מינוי רשמי כנציג הטכני של ההגנה בבולגריה ועוזרו של שייקה דן. המגעים בין השניים לממשלת בולגריה, הובילו לאישור הבולגרים למעברם של 24,000 עולים מרומניה, דרך בולגריה לארץ ישראל, תמורת תשלום במטבע זר לכל עולה. ב-5 בדצמבר 1947 ערך שייקה דן פגישה עם אנשי הסוכנות היהודית בבולגריה בביתו של ברוך קונפינו ועדכנם, כי מסתמנת אפשרות ליציאה המונית של יהודי בולגריה והיא תאורגן על ידו בשיתופה הלא רשמי של התנועה הציונית. המפלגה הקומוניסטית קיבלה החלטה לאפשר עלייה המונית מבולגריה לישראל ולקשרים הטובים עם השלטונות שנוצרו בתיווכם של קונפינו ופסקאלב היה משקל רב בהחלטה.
ב-25 בפברואר 1948 הפליגה קבוצה ראשונה בת 940 עולים מבולגריה לישראל. באפריל, הוחל בארגונה של קבוצה שנייה בת 300 עולים מהם דרש קונפינו תשלום בסך 14,000 לבות לעולה. נציגי הסוכנות הודיעו לעולים, כי הם אינם חייבים בתשלום ולפנייתו הדחופה של חיים קשלס השיב שייקה דן, כי מעולם לא ניתנה הנחיה לגבות כסף מהעולים. ב-16 באפריל הוזמן קונפינו לישיבה דחופה במליאת הקונסיסטוריה היהודית, אשר נשלטה על ידי הקומוניסטים ובה תבעו ראשי הקונסיסטוריה להעביר את הטיפול בעלייה אליהם. קונפינו סירב וציין כי הוא שליח רשמי של "ההגנה". לאחר בירור עם שלטונות בולגריה, נמסר לקונפינו כי לא ניתנו הנחיות לשנות את מתכונת הפעילות בנושא העלייה. במקביל נוצרה מחלוקת חריפה בין קונפינו לראשי התנועה הציונית בנושא רשימות העולים וזאת על רקע רצונו של קונפינו לכלול בהן 30 אסירים שנשפטו על עבירות כלכליות. ב-30 ביוני, יצאה לישראל קבוצה בת 445 עולים ומתוכם 45 מבוגרים אותם צירף קונפינו אישית ולא נכללו ברשימות המקוריות. ראשי התנועה הציונית פנו לסוכנות היהודית ולשייקה דן בבקשת הבהרות. בתגובה זימן קונפינו את נציגי הארגונים הציוניים והודיע כי הוא יקבע את רשימות העולים באופן בלעדי.
ביולי 1948, לאחר הקמת מדינת ישראל הוחלט למנות רשמית קצין עלייה אשר אמור היה לרכז את המגעים מול שלטונות בולגריה בסוגיית עליית יהודי המדינה לישראל. קונפינו הציע עצמו לתפקיד ואף נעזר בקשרים פוליטיים לצורך מינויו, אך נדחה ולתפקיד מונה חיים קשלס. לאור המחלוקות בנושא רשימות העולים, הגיע ב-9 ביולי שייקה דן לסופיה ונפגש עם חברי לשכת הסוכנות היהודית, חיים קשלס ומרקו עובדיה. שייקה דן ציין בפגישה, כי תפקידו של קונפינו הוא טכני בלבד ומהותו יישום הנחיותיו של דן. צוין כי לקונפינו אין סמכות לגבות כספים, לבצע שינויים ברשימות העולים ולשלב בהן אסירים. עוד ציין שייקה דן, כי קשריו של קונפינו עם שירותי הביטחון חשובים למפעל העלייה ועבודתו היא ברמת סיכון גבוהה, תוך עימות עם הקומוניסטים היהודים ועל כן ראוי שלא לשפוט אותו לחומרה. שייקה דן החשיב את יכולתו הארגונית של קונפינו ואת חשיבות קשריו עם שירותי הביטחון ובהשפעתו התמתן בהדרגה יחסם של ראשי התנועה הציונית אל קונפינו.
בשלהי 1948 הצליחה הקונסיסטוריה בהנהגת הקומוניסטים היהודים להשתלט רשמית על מנגנון העלייה לישראל, אך בפועל המשיך שייקה דן לחלוש על מפעל העלייה, תוך ניצול קשריו הטובים עם שלטונות בולגריה, אשר נשלטה כבר באופן בלעדי על ידי הקומוניסטים. ברוך קונפינו נותר חבר מנגנון העלייה, לפי בקשתו של שייקה דן. העלייה ההמונית של יהודי בולגריה נמשכה. הושג הסכם על עלייתם של 20,000 מיהודי בולגריה לישראל תמורת תשלום של 20 דולר אמריקני לאדם לממשלה הבולגרית. ברוך קונפינו הכין את רשימת 20,000 העולים בביתו על סמך רשימות שהועברו לו מהארגונים הציוניים השונים. ריכוז הפעילות בידי קונפינו בהנחייתו של שייקה דן, רוקן למעשה מתוכן את תפקידו של קצין העלייה חיים קשלס. בנובמבר 1949 דיווח אהוד אבריאל לגולדה מאיר שרת העבודה, על עלייתם של 8,000 מתוך מכסת ה-20,000 עליה סוכם, והוא העריך שעד סוף 1949 תושלם עלייתם של כולם. עוד העריך כי ניתן יהיה לסכם על עלייתם של 15,000 נוספים מבני הקהילה.
אחריתו.
באפריל 1949 עלה ברוך קונפינו לישראל. קונפינו ייסד בארץ את אגודה שיתופית לאשראי בשם "קופת גאולה", אשר סייעה להקמת "שיכון גג" באזור. בהמשך עקר לשווייץ ושם טיפל בנושא שילומים לניצולי שואה. ב-1965 פרסם את ספרו "עלייה ב' מחופי בולגריה". בהמשך, השתקע בגדרה, שם ניהל בית אבות.
לקונפינו ולרעייתו נולדו שני בנים - יעקב ויצחק.
ברוך קונפינו הלך לעולמו ב-1982 והוא בן 91 שנים.
ברוך קונפינו בהיסטוריוגרפיה ובזיכרון הציבורי.
ברוך קונפינו נותר דמות השנויה במחלוקת בהיסטוריוגרפיה של ההעפלה. היסטוריונים בני דורו, אשר לחלקם הייתה יריבות אישית עם קונפינו, כדוגמת חיים קשלס ואלברט רומנו, מתפלמסים עם קונפינו ונוטים לקבוע שפעל ממניעים חומריים ונהג בחוסר אחריות. הם מציינים את המחירים הגבוהים שגבה עבור ההפלגה בספינותיו, תנאי ההפלגה הירודים והלא בטיחותיים, העמסת היתר של הספינות, גביית תשלום נוסף בגין ההורדה בחופי ישראל, אשר במרבית המקרים כלל לא הייתה מאורגנת מראש. עוד מציינים מבקריו, כי צבר רווחים כספיים נכבדים על גבם של פליטים יהודים. חיים קשלס מציין בכתביו שעל מזבח רעיון "עלייה ב'", "מכר" קונפינו את יהודי בולגריה. ז'אק טולדו נשיא הקהילה היהודית בווארנה מציין בזכרונותיו, כי שוחח עם קונפינו על מפעל ההעפלה שלו והוא ציין בפניו שהוא פועל ממניעים ציוניים. טולדו כתב שהתרשמותו היא שקונפינו פועל ממניעים אנוכיים. אך, גם מבקריו החריפים ביותר קובעים, כי אין ספק שפעולתו הובילה להצלת כמה אלפי פליטים יהודים.