בקרב ציבור הימין יש הטוענים כי הסכמי אוסלו היוו זרז וגורם משמעותי לפרוץ האינתיפאדה.
מהלך האירועים.
תחילת האינתיפאדה.
בעקבות כישלון שיחות השלום בוועידת קמפ-דיוייד שנערכה ביולי 2000 גבר המתח בשטחי יהודה ושומרון, ולאחר ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית בסוף חודש ספטמבר הסלים המצב. כוחות הביטחון העריכו כי הביקור יעבור בשלום והחליטו לאשר את קיומו. ב־28 בספטמבר קיים אריאל שרון, מלווה בשמירה כבדה, את ביקורו המתוכנן בהר הבית בליווי שישה חברי כנסת מהליכוד. מאות פלסטינים שהיו במקום התעמתו עם שוטרים שהופקדו על אבטחת הביקור, ובעימותים נפצעו כ־20 שוטרים וכעשרה פלסטינים.
למחרת ביום שישי ה־29 בספטמבר, ערב ראש השנה תשס"א, החריפו המהומות וחלה הסלמה ניכרת בעימותים בהם נהרגו ישראלי ושבעה פלסטינים:
בבוקרו של היום נרצח בקלקיליה קצין משמר הגבול יוסף טבג'ה, בעת אחד הסיורים המשותפים של צה"ל והמשטרה הפלסטינית, על ידי שוטר פלסטיני שהשתתף בסיור. לאחר תפילת הצהרים בהר הבית, פרצו מהומות שהחלו כמחאה על ביקורו של שרון בהר ביום הקודם. המתפרעים יידו אבנים לעבר רחבת הכותל המערבי, שפונתה. בתגובה פרצה המשטרה להר דרך שער המוגרבים והשתלטה על רחבת ההר תוך שימוש באש חיה ממנה נהרגו ארבעה פלסטינים וכ-200 נפצעו. עוד שלושה פלסטינים נהרגו במהומות שפרצו במקומות אחרים במזרח ירושלים. החדשות מהר הבית על ההרוגים הביאו לפרוץ גל הפגנות ומהומות ברחבי יהודה ושומרון עוד באותו יום, והגל התפרץ במלוא עוזו למחרת ונמשך פרק זמן ארוך יחסית.
ב-30 בספטמבר הפיצה רשת הטלוויזיה הצרפתית France 2 סרטון ודברי קריינות המתארים את מותו של הילד הפלסטיני מוחמד א-דורה, שנקלע עם אביו להפגנה אלימה מלווה בחילופי אש בצומת נצרים. הסרטון מתאר את ניסיונו של א-דורה לתפוס מחסה, יחד עם אביו, ואת מותו של הילד לאחר שנפגע מירי. קריינות הצילומים קבעה שא-דורה נהרג מירי מעמדת צה"ל בצומת ותחילה ישראל אף לקחה אחריות והתנצלה על התקרית. האב וילדו היו בקו האש בתוך חילופי היריות שהתרחשו באותו הזמן. הסרטון הוקרן פעמים רבות בטלוויזיה הפלסטינית והסעיר את הרוחות ומוחמד א-דורה הפך לסמל פלסטיני. מאוחר יותר פורסמו תחקירים שונים המטילים ספק באמינות הסרטון וישראל חזרה בה מלקיחת האחריות, אך היה זה זמן רב לאחר שהסרטון תרם לשלהוב הרוחות.
בהתפרעויות בקבר יוסף בשכם שאירעו ב־1 באוקטובר, השתלטו כוחות חמושים של המשטרה הפלסטינית על אתר התפילה היהודי שבקרבתו נמצא מחנה צה"ל. במהלך קרב היריות שהתפתח במקום דימם למוות שוטר משמר הגבול, מדחת יוסף, והפלסטינים לא אפשרו לפנותו לבית חולים. צה"ל נמנע כל העת מלפרוץ למקום, תוך שהוא סומך על הבטחותיו של ג'יבריל רג'וב לדאוג לפינויו של השוטר. הפינוי התעכב, והשוטר דימם למוות במשך כמעט ארבע שעות. גופתו פונתה עם הגעת הסיוע הפלסטיני שעות אחרי מותו. בדיקה של ועדה פרלמנטרית בנושא העלתה כי היה זה מחדל חמור של צה"ל. ישראל פינתה את הקבר ב-7 באוקטובר. לאחר הפינוי הרסו הפלסטינים את הקבר ובנו במקום מסגד.
ב־12 באוקטובר התבצע לינץ' בשני חיילי מילואים ישראלים שנכנסו בטעות לרמאללה. השניים נעצרו בידי המשטרה הפלסטינית ונלקחו לתחנת משטרה ברמאללה. המון זועם פלש לתחנה, ויחד עם שוטרים פלסטינים הכה את שניהם למוות, השליך את גופותיהם דרך החלון ובהמשך התעלל בהן. צוות טלוויזיה איטלקי תיעד את הלינץ' ושידר את התמונות. הלינץ' עורר את זעמה של דעת הקהל הישראלית, ותמונת הרוצחים המנופפים את ידיהם מגואלות הדם בשמחה דרך החלון נהפכה לסמל. בתגובה למעשה, ישראל הפציצה מבנים של הרשות הפלסטינית והחלה במצוד אחרי מבצעי הלינץ'. לבסוף נעצרו כל מבצעי הלינץ' על ידי צה"ל.
אירועי האינתיפאדה כללו בתחילתם מהומות ספונטניות לצד הפרות סדר מאורגנות. במהלך התקהלויות אלו, ירו חמושים פלסטינים ובהם שוטרים, אש חיה על כוחות צה"ל. צה"ל הגיב בירי מסיבי, ובבדיקה שנערכה שבועות ספורים לאחר תחילת האירועים התברר שבימים הראשונים לאירועים נורו כמיליון קליעים על ידי צה"ל.
המהומות גלשו בימים הראשונים אל תוך ישראל, בעקבות הפגנות המוניות שערכו ערביי ישראל כמחאה על ההרוגים בהפגנות ובהתפרעויות הפלסטיניות.
במהלך ההפגנות נחסם כביש נחל עירון, כמו גם כבישים נוספים בסמוך ליישובים ערביים, הוצתו יערות ומבני ציבור ויודו אבנים ובקבוקי תבערה לעבר כוחות המשטרה. משטרת ישראל ומשמר הגבול הגיבו בירי אש חיה לעבר המפגינים. בתקופת המהומות אירעו גם תקיפות נגד אזרחים ערביים, מוסדותיהם ורכושם בידי ציבור יהודי. במהלך המהומות נהרגו מירי המשטרה 12 ערבים ישראלים ופלסטיני אחד. כמו כן נהרג נוסע יהודי ישראלי בכביש החוף, מאבן שנזרקה על מכוניתו. הנהגת ערביי ישראל דרשה מהממשלה בראשות אהוד ברק להקים ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת האירועים, והממשלה נעתרה לכך.
בראש ועדת החקירה הממלכתית לבירור ההתנגשויות בין כוחות הביטחון לבין אזרחים ישראלים באוקטובר 2000, עמד השופט תיאודור אור (לכן כונתה "ועדת אור"). במסקנותיה מתחה הוועדה ביקורת קשה על שרים בממשלה, על קצינים במשטרת ישראל, ועל מנהיגים בציבור הערבי הישראלי. כיוון שהממשלה ממילא התחלפה, השרים שעליהם נמתחה הביקורת כבר לא כיהנו. גם הקצינים שספגו את מרב הביקורת פרשו מהמשטרה עוד בטרם פורסמו ההמלצות. עם זאת, הביקורת של הוועדה עוררה כעס רב הן בקרב שרים וחברי כנסת והן בהנהגת הציבור הערבי.
החל מהימים הראשונים של האינתיפאדה נורתה אש מנשק קל מהעיירה הפלסטינית בית ג'אלא על שכונת גילה בדרום ירושלים (השכונה נמצאת מדרום לקו הירוק בשטח שהוחלה עליו ריבונות ונוסף לשטח המוניציפלי של ירושלים ב־1967). על אף שלא היו הרוגים מאש זו, המצב שבו פלסטינים יורים על שכונה בירושלים היה בלתי נסבל מבחינת ישראל שבתגובה ביצעה פעולות קשות נגד בית-ג'אלא, אף שהיורים לא היו מבין תושביה. הירי על גילה נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן.
מקום נוסף אשר ספג ירי לאורך שנות האינתיפאדה הוא היישוב פסגות בבנימין צפונית לירושלים. הירי בוצע מאל בירה הסמוכה ליישוב וגם כאן לא היו נפגעים בנפש אולם תושבי היישוב ספגו פגיעות רבות ברכוש וכן פגיעה בחיי היום יום מכיוון שהירי בוצע באופן יומיומי. הירי נפסק לחלוטין לאחר מבצע חומת מגן.
בתחילת שנת 2001 חידשו הפלסטינים במרכזי הערים בישראל את פיגועי ההתאבדות (בערבית הם כונו: عمليّات استشهاديّة, "עמליאת אסתשהאדיה" - "פעולות הקרבה"), שהפכו במרוצת הזמן לביטוי המרכזי של ההתקוממות.
מאמצים מדיניים.
אחד האירועים שהשפיעו במידה הרבה ביותר על התפרצות האינתיפאדה היה כישלונה של ועידת קמפ דייוויד שנערכה ב־12-25 ביולי 2000. התפוצצות ועידה זו, כמו גם כישלון פסגת המילניום שנערכה בתחילת ספטמבר וכישלון השיחה בין ברק לערפאת ב־25 בספטמבר תרמו לתחושת האין ברירה שליוותה את פריצת האינתיפאדה. לאחר ועידת קמפ דייוויד הודיע ברק כי "נתן הכול לפלסטינים" והם סירבו, הודעה זו בסיוע הודעה דומה של הנשיא קלינטון תרמה לתחושה זו בישראל.
במהלך האינתיפאדה השנייה התיאום הביטחוני נפסק לעיתים, והוא לא פעל ביעילות בשנים 2000 עד 2006. תחילתה של האינתיפאדה לוותה בפרץ של פעילות מדינית; ב־4 באוקטובר נערכה פסגה בפריז, בין ברק וערפאת בהשתתפות מדליין אולברייט, מזכירת המדינה האמריקנית. ב־17 באוקטובר נערכה פסגת שארם (2000) בהשתתפות קלינטון, מובארק, ברק וערפאת. ב־23 בדצמבר פורסם מתווה קלינטון להסדר הקבע. ב־21-27 בינואר 2001 נערכה ועידת טאבה. בין הוועידות התנהלו מגעים אינטנסיביים ביותר להשיג הסדר מדיני כלשהו או לפחות הפסקת אש.
מאמצים אלו סוכלו מסיבות שונות, בהן הערכתו הגוברת של ערפאת כי המשך האש יביא לתוצאות מדיניות חיוביות מבחינתו ואי רצונו להתעמת עם גורמי השטח שחתרו להסלמה. מהצד הישראלי ניתן למנות את חולשתו של ראש הממשלה, את חוסר האמון בפלסטינים שחלחל גם לגורמים שקודם לכן היו מאמינים אדוקים בתהליך השלום, ואת המעבר לפעילות צבאית בעלת אופי שנקבע ברמה המקומית (והתעלם לעיתים קרובות מהשלכות נרחבות יותר).
החל מהתפטרותו של ברק, ב־9 בדצמבר, החלו להיערך גם מגעים חשאיים בין ראש האופוזיציה שרון לבין ערפאת. מרבית מגעים אלו התנהלו בציר עמרי שרון-מוחמד ראשיד. לאחר בחירתו של שרון לראשות הממשלה, הפכו מגעים אלו לרשמיים והחלו לכלול גם מגעים עם ערפאת (שרון האב סירב לפוגשו). מגעים אלו היו פחות נמרצים אולם נמשכו למעשה עד לפרשת קארין איי בתחילת 2002. החל מבחירתו ועד לאמצע אוקטובר 2001 העמיד שרון דרישה מקדימה לשבעה ימי שקט מוחלט, ללא טרור, כתנאי לפתיחת משא ומתן מדיני עם הפלסטינים. עמדה זו אף אומצה על ידי ממשל בוש ב־28 ביוני 2001.
לצורך שיפור התמודדות עם התקשורת בשפה הערבית אופיר גנדלמן מונה לדובר משרד החוץ בערבית (תפקיד חדש שלא היה קיים קודם).
גל הטרור והתגובות אליו.
המאפיין העיקרי של האינתיפאדה השנייה היה גל פיגועי ההתאבדות, שבוצעו בידי כל ארגוני הטרור הפלסטינים ואף בידי נשים וילדים. פיגועי ההתאבדות גרמו למאות הרוגים ואלפי פצועים בישראל. בסך הכל, נרצחו באינתיפאדה למעלה מ-1,100 ישראלים ונפצעו כ־8,000.