במאמר של סימור הרש ב"ניו יורקר" בשנת 1999, הוא מצטט דברי גורמים אנונימיים בקהילת המודיעין האמריקאית, שלפיהם העביר פולארד לישראל מסמכי מחקר מודיעיניים המפרטים הערכות מצב, וכן מקורות ושיטות איסוף. לטענת הגורמים, ישראל העבירה את המידע שסיפק לברית המועצות, ובתמורה היא אישרה עליית יהודים לישראל. חלק מהמידע היה קריטי עבור הצבא האדום, ופורטו בו יכולות האמריקאים לעקוב אחרי הצוללות הסובייטיות, מידע על צפנים סובייטיים שפוצחו, וכן שמות מרגלים ופירוט השיטות ששימשו לאיסוף מודיעין. טענות אלה נגד פולארד לא הובאו בפני בית משפט ולא הוצגו להן ראיות. לטענת אמנון לורד הטענות של סימור הרש הן "דיסאינפורמציה"; "אין לזה שום הגיון משום שברית המועצות הייתה אויב באותן שנים לא פחות מהערבים".
לאחר לכידתם של מרגלים אחרים שריגלו עבור הרוסים, ובפרט אולדריץ' איימס, הסוכן הבכיר ביותר שפעל עבור הק.ג.ב. בצמרת המודיעין מסכל של סוכנות הביון האמריקנית, התברר כי לא פולארד אלא מרגלים אלה היו אחראים על דליפת המידע לסובייטים.
מניעים.
לאורך השנים טען פולארד כי פעל מתוך רצון להגן על קיומה של מדינת ישראל. לדבריו, במהלך עבודתו גילה שגורמים מסוימים במערך הביטחון הלאומי בארצות הברית מונעים במכוון מישראל חלק מהמידע שהייתה אמורה לקבל על פי מזכר הבנות משנת 1983, וסבר שאי העברת המידע מעמידה חיי ישראלים בסכנה. לדבריו פעל כדי לגרום להעברת המידע לישראל, כפי שסוכם בין שתי המדינות, ורק כשמאמציו אלו לא נשאו פרי הוא החל להעביר את המידע ישירות לישראל. ציטוט שהתפרסם בשמו בזמן ישיבתו בכלא אומר כי . אשתו של פולארד, אסתר, כתבה כי "אפילו השופט שגזר את הדין – ושבהחלט לא התייחס באהדה למקרה – הכיר בעובדה שיהונתן היה אידאולוג ולא רודף בצע, ולכן סירב להטיל עליו קנס כספי."
מאידך, גורמים בקהילת המודיעין האמריקאית טענו אחרת. מדובב ששותף בחקירתו של פולארד טען כי פעל משילוב של מניעים אידאולוגים, בצע כסף, אך במיוחד בשל צורך בהכרה. ראש צוות החקירה של פולארד, רונלד אוליב, פרסם בשנת 2006 ספר בנושא שבו טען שפולארד הודה כי עוד קודם שריגל לטובת ישראל הוא גילה סודות אמריקאיים לדרום אפריקה, וניסה למכור את שירותיו לפקיסטן ומדינות נוספות. סוכנת FBI נוספת שחקרה את פולארד, לידיה ג'ייצ'ורק, טענה אף היא שפולארד הודה בפניה כי הציע את שירותיו למדינה אחרת ידידותית וכן שפולארד הונע מדחף הרפתקני ומתאוות בצע. ג'ון מרטין, איש משרד המשפטים האמריקאי, שפיקח על התיק, טען שפולארד הציע את שירותיו לאוסטרליה.
המשפט, שהותו בכלא ויחסה של ישראל לפרשה.
פולארד הועמד לדין, והסכים לעסקת טיעון כפי שהציעה ישראל; ישראל החזירה לארצות הברית את המסמכים שפולארד העביר אליה. במסגרת העסקה, הוא הודה בביצוע עברה בודדת של קשירת קשר למסירת מידע ביטחוני לממשלה זרה והורשע. התביעה ביקשה להטיל עליו עשרים שנות מאסר. לטענת רפי איתן, הוא הסכים לספק לרשויות האמריקניות מידע מפליל על פולארד, כיוון שידע שישראל וארצות הברית הגיעו להסכם לפיו ירצה לא יותר מעשר שנות מאסר. במסגרת הטיעונים לעונש טען פולארד בין השאר, שהוא ריגל עבור מדינה ידידותית ללא כוונה לגרום נזק לארצות הברית.
ימים אחדים לפני גזר הדין, העביר מזכיר ההגנה האמריקני, קספר ויינברגר, מזכר בן 46 עמודים לידיו של השופט. במזכר החסוי פורטו כנראה טענותיו על אודות הנזקים שגרם פולארד לביטחון הלאומי של ארצות הברית, בהם הטענה שהיה קשור למרגלים של ברית המועצות והובעה דרישה להחמיר בעונשו. בעקבות המזכר, גזר על פולארד בית המשפט, שאינו מחויב לעסקת הטיעון, מאסר עולם עם המלצה שלא לשחררו לעולם. גזר הדין ניתן ב־4 במרץ 1987. על אשתו אן נגזרו חמש שנות מאסר. עורך דינו של פולארד הגיש ערעור לבית המשפט העליון, אך ערעורו נדחה, משום שלא הוגש במועד הקבוע על פי החוק – עשרה ימים מיום מתן גזר הדין. ב־2005 הוזן למערכת "איכון האסירים", מועד שחרור תאורטי לפולארד בתאריך ה־21 בנובמבר 2015, בדיוק שלושים שנה למעצרו, אך לא היה ברור האם תאריך זה מחייב את שירות בתי הכלא או את הממשל האמריקאי.
תחילה ריצה פולארד את עונשו בכלא מריון שבמדינת אילינוי. באותה תקופה נחשב הכלא לבעל רמת האבטחה הגבוהה ביותר מבין בתי הכלא הפדרליים. האסירים שהו כמעט כל שעות היום בבידוד בתאיהם. לאחר כשבע שנים הוא הועבר לכלא באטנר במדינת צפון קרוליינה. במשך השנים ניסה פולארד להשיג את שחרורו והגיש ערעורים ועתירות שנדחו כולם.
כשנתפס, ישראל לא הודתה בכך שהוא סוכן שלה, אולם מימנה את עורכי דינו. בינואר 1996 העניק שר הפנים חיים רמון לפולארד אזרחות ישראלית, בעקבות החלטת השר הקודם, אהוד ברק. ב־1998 הודיע היועץ המשפטי של משרד ראש הממשלה כי . הענקת האזרחות וההכרה בפולארד כסוכן ישראלי נעשו לאחר פניות שלו לבג"ץ והתנגדות ממשלתית קודמת למהלכים.
הפרשה גרמה נזק גדול ליחסים בין ישראל לארצות הברית ועלתה השאלה כיצד אושרה פעילות כזו. בישראל הוקמו שתי ועדות חקירה (של ועדת החוץ והביטחון ושל הקבינט הביטחוני) שקבעו כי פולארד הופעל על ידי הלשכה לקשרי מדע (לק"ם), גוף ביון ישראלי שפעל במסגרת משרד הביטחון, ללא ידיעת שרי הביטחון, יצחק רבין ומשה ארנס. כתוצאה ממסקנותיהן של ועדות חקירה אלו פורקה הלק"ם. עם זאת, בראיון ב־2014 טען איתן כי הפעלתו של פולארד נעשתה בידיעת שמעון פרס ויצחק רבין, שהיו ראש הממשלה ושר הביטחון, לדבריו של איתן, הוא התנדב להציג את גיוסו של פולארד כיוזמה פרטית שלו ללא ידיעת גורמי ממשל ישראלים, על מנת למזער את המשבר עם הממשל האמריקאי.
לאור תנאי המאסר הנוקשים שהשיתו האמריקאים על פולארד, נמנעה ממנו האפשרות להביא ילדים לעולם.
המאמצים לשחרורו.
בעשור הראשון.
העונש שפולארד קיבל הפתיע רבים, משום שהתביעה לא דרשה עונש כה חמור ומשום שהעונש הכבד ביותר שהוטל בארצות הברית עבור ריגול למדינה ידידותית הוא ארבע־עשרה שנות מאסר. הועלו טענות על אנטישמיות אולם הקונגרס היהודי האמריקאי לא מצא עדויות לכך. מכתבו של ויינברגר לשופט אף הוא הפתיע בחומרת התייחסותו לפרשה.
בארצות הברית פולארד נחשב למרגל בכיר ומסוכן, שהעביר חומר רגיש ביותר למדינה אחרת. מסיבה זו, פעם אחר פעם קראו אישים במערכת הביטחון האמריקאית להימנע משחרורו. אפילו הממסד היהודי בארצות הברית, כדוגמת איפא"ק, נמנע בדרך כלל מלהתערב לטובתו של פולארד, ולא הפעיל לחצים לשחרורו.
במרץ 1987, הוקם בתל אביב "הוועד הציבורי למען הזוג פולארד" והחל בגיוס כספים לשם מימון ההגנה המשפטית על בני הזוג.
חברות הכנסת עדנה סולודר ממפלגת העבודה וגאולה כהן מהתחיה החלו לפעול למען פולארד כבר בראשית מאסרו. בינואר 1988 חתמו 23 חברי כנסת על עצומה לנשיא ארצות הברית רונלד רייגן וביקשו לשחרר את פולארד מטעמים הומניטריים. ביום השבעת מחליפו של רייגן, ג'ורג' הרברט ווקר בוש כנשיא ארצות הברית, אישרה מליאת הכנסת החלטה שבה נאמר: "הכנסת פונה אל הנשיא בוש לשחרר את הגברת אן פולארד מכלאה על רקע מצבה הבריאותי ולהעניק לבני הזוג פולארד חנינה על רקע הומניטרי". במרוצת השנים הבאות הוחתמו חברי הכנסת על עצומות רבות לשחרור פולארד.
בעשור השני.
יצחק רבין היה ראש הממשלה הישראלי הראשון שניסה להביא לשחרורו של פולארד, וביקש בשנת 1995 מנשיא ארצות הברית ביל קלינטון לחון אותו. מכתב של שבעה מזכירי הגנה לשעבר, בהם דונלד רמספלד, דיק צ'ייני, ג'יימס שלזינגר וקספר ויינברגר, הרתיע אותו מלהעניק לו חנינה.
הנשיא קלינטון התבקש שוב לחון את פולארד על ידי בנימין נתניהו, כחלק מהמשא ומתן על ההסכם שנחתם בינו לבין יאסר ערפאת בוועידת ואי. קלינטון הסכים לחנינתו, אך חזר בו לאחר שראש ה־CIA, ג'ורג' טנט, איים בהתפטרות מתפקידו.
בספרו של השליח האמריקני למזרח התיכון, דניס רוס, נכתב כי בוועידת ואי שאל אותו הנשיא ביל קלינטון האם שחרורו של פולארד יהיה דבר חשוב לישראל. רוס השיב בחיוב, וטען כי "הוא נחשב חייל ובישראל מקובל כי אין מפקירים חיילים בשדה הקרב". בהערת שוליים באותו עמוד רוס מוסיף: "אמרתי גם שאני תומך בשחרורו של פולארד כיוון שהאמנתי שקיבל עונש חמור יותר מאחרים שביצעו עבירות דומות. העדפתי לא לקשור את שחרורו בהסכם כלשהו...". למרות זאת, כותב רוס כי יעץ לנשיא לא לשחררו, עקב ערכו כקלף מיקוח עד שיושגו הסדרים סופיים בין ישראל לפלסטינים. לדבריו אמר לו: "יהיה זה רווח גדול לישראל; אין לך הרבה כאלה בכיס... תצטרך אותו יותר מאוחר, אל תשתמש בו כעת", אמר רוס לנשיא (עמודים 438–439).
ב־2001 אמר בנאום בכנסת שר החינוך לשעבר חבר הכנסת אמנון רובינשטיין (מרצ):
ב־2003, חתמו 112 חברי כנסת על עצומה נוספת, כולל ראש הממשלה אריאל שרון. שרון נמנע מלהעביר את העצומה לנשיא ארצות הברית ג'ורג' ווקר בוש בפגישתו עמו.
בעשור השלישי.
בינואר 2006 דחה בג"ץ את עתירתו של פולארד להכיר בו כאסיר ציון, משום שהמדינה שבה פעל אינה מדינת אויב.
הנאבקים למען שחרורו של פולארד הרבו לטעון שמדינת ישראל נענית לדרישות האמריקניות ומבצעת מחוות של שחרור מאות מחבלים שריצו זמן קצר בלבד בכלא, אך נמנעת מלדרוש את שחרורו של פולארד אף לאחר שריצה שנים רבות מאחורי סורג ובריח.
ב-7 בינואר 2008 נערך בכיכר פריז טקס שבו, באופן סמלי וזמני, הוסב שמה ל"כיכר שחרור יונתן פולארד", עד שישוחרר מכלאו. צעד זה נעשה בתמיכת חברי מועצת עיריית ירושלים, ועיתויו כוון למועד ביקורו של נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בעיר.