הסרט צולם אחד-לאחד כפי שנכתב בתסריט, למעט כמה שינויים מינוריים. באחת הסצנות המוקדמות בהן בוחר פיסארו באורסוה כראש משלחת הסיור, נכתב בתסריט כי פיסארו מציע לאורסוה לגלות מה קרה למשלחת הקודמת של פרנסיסקו דה אורייאנה (ראו דיוק היסטורי) אם תזדמן לו האפשרות. מאוחר יותר, על פי התסריט, מוצאים אגירה ואנשיו סירה רעועה המכילה את שלדי חייליו של אורייאנה, ובמורד הנהר מגלים סירה נוספת הנמצאת על צמרת העצים. כאשר הם מטפסים מעלה בכדי לבדוק את פשר הדבר, אינם מוצאים כל סימן לאורייאנה או לאנשיו. לבסוף נמנע הרצוג מהוספת אזכורים כלשהם כלפי אורייאנה או משלחתו, למעט סצנת הספינה על ראש העצים, אשר בהקשר הסיפורי נתפשה כהזיה פרי דמיונן של הדמויות.
השינוי המשמעותי ביותר שנעשה תוך כדי חריגה מהתסריט הוא סצנת הסיום. הרצוג סיפר כי, "אני זוכר רק שהסוף היה שונה לחלוטין. בסצנה האחרונה הרפסודה נסחפה אל האוקיינוס ולאחר מכן שבה חזרה לפנים היבשת, מפני שלאורך קילומטרים רבים ישנו זרם נגדי, ונהר האמזונאס למעשה נע אחורה, כך שהרפסודה נזרקה מצד לצד, כאשר תוכי ששהה עליה צרח ללא הפסק: 'אל דוראדו, אל דוראדו!'".
הרצוג וקינסקי.
בחירתו הראשונה של הרצוג לתפקידו של לופה דה אגירה הייתה קלאוס קינסקי. השניים נפגשו מספר שנים קודם לכן כאשר קינסקי שכר חדר בבית משפחתו של הרצוג, ובמהלך שלושת החודשים בהם התגורר בו הותיר עליו רושם עמוק בזכות אופיו האקסצנטרי ונטייתו להתקפי זעם. כעבור מספר שנים נזכר בו הרצוג, ולאחר שהבין שהוא האדם היחיד המסוגל לגלם את דמותו המטורפת של אגירה, שלח לו עותק של התסריט. "הטלפון צלצל בין שלוש לארבע בבוקר", נזכר הרצוג. "לקח לי כמה דקות לזהות את קינסקי מבעד לרעש הצרחות הבלתי מובנות. לאחר שעה שלמה של אותו הטון, נפלה עליי ההבנה שהוא מצא את התסריט מרתק, ורצה להיות אגירה".
עוד משלבי ההפקה המוקדמים התווכחו הרצוג וקינסקי על אופן המשחק המתאים ביותר עבור דמותו של אגירה. קינסקי רצה להציג "אדם מטורף ומתלהם", אך הרצוג התעקש על דמות "שקטה ומאיימת". בכדי להשיג את התוצאה שביקש, דאג הרצוג לעצבן את קינסקי לפני כל התחלת צילומים. לאחר שחיכה עד שמזגו החריף שכך, החל לצלם.
במהלך הצילומים התעצבן קינסקי על רעש שבקע מבקתה בה שיחקו מספר אנשי צוות בקלפים, וירה שלושה כדורים פנימה, אשר פגעו באחד מהם ותלשו את אחת מאצבעותיו. לאחר שהרצוג סירב לפטר את אחראי הסאונד לדרישתו של קינסקי, החליט לעזוב את הסט, ושינה את דעתו רק לאחר שאיים עליו הרצוג כי אם יעשה זאת יירה בו ואז יתאבד. תקרית זו הולידה את האגדה כי הרצוג הכריח את קינסקי לעבוד עבורו תחת איומי אקדח. מאוחר יותר הכחיש הרצוג את השמועות הללו במהלך ראיונות שמסר, והסביר כי דבריו לא היו יותר מאיומים מילוליים אשר נאמרו בלהט הרגע, בניסיון נואש למנוע מקינסקי לעזוב את הסט.
צילומים.
תקציב הסרט עמד על 370,000 דולר, כאשר שליש מהסכום נועד לשלם את שכרו של קינסקי. הצילומים התקיימו ביערות הגשם הפרואנים, במאצ'ו פיצ'ו, ועל יובלות נהר האמזונאס במחוז אוקיאלי. הסרט צולם במשך חמישה שבועות לאחר תשעה חודשים של תכנון קדם-הפקתי. הצילומים נעשו בסדר כרונולוגי מאחר שהרצוג האמין שהתקדמות הצוות לאורך הנהר שיקפה את מסעם המקורי של הקונקיסטאדורים לאורכו. בכדי להתנייד ממקום למקום, שטו אנשי הצוות על רפסודות בנהרות העמק הקדוש בפרו.
אנשי צוות ההפקה והשחקנים הגיעו משש עשרה מדינות שונות ואנגלית הייתה השפה המשותפת היחידה ביניהם, ובשל כך צולם הסרט בשפה זו. כמו כן, הרגיש הרצוג שצילום הסרט באנגלית ישפר את סיכוייו של הסרט להפצה בינלאומית. למרות זאת, הכסף ששמר לתהליך הסופי של סינכרון הדיאלוג "עזב את פרו בחשאיות יחד עם האנשים שבידיהם הובטח", לדבריו. רצועת הסאונד האנגלית הוחלפה בסופו של דבר בגרסה איכותית יותר של דיאלוג בשפה הגרמנית, אשר דובבה וסונכרנה בתום ההפקה. לטענתו של הרצוג ביקש קינסקי כסף רב מדי עבור השימוש החוזר בקולו, ולכן בוצעו שורותיו בידי שחקן אחר.
התקציב הנמוך של הסרט לא איפשר שימוש בפעלולנים או באפקטים מיוחדים. במקרים רבים נאלצו הסינמטוגרפים לשנות את התאורה על מנת להתגבר על מזג האוויר הסגרירי האופייני לאזור, שבגינו התלכלכו עדשות המצלמה לעיתים קרובות במי גשם ובוץ. צוות ההפקה נאלץ לחיות תחת תנאי הג'ונגל הקשים במשך שבועות ספורים, לטפס על הרים ולשוט על רפסודות עץ במורד נהרות שוצפים. באחד הימים, סערה טרופית גרמה לנהר לעלות על גדותיו ולהציף את סט הצילומים, אולם ההפקה ניצלה את המצב בכדי לצלם את השיטפון לצורכי הסרט.
המצלמה איתה צולם הסרט נגנבה על ידי הרצוג מבית הספר לקולנוע במינכן. שנים לאחר מכן סיפר הרצוג, "זו הייתה מצלמת 35 מ"מ פשוטה מאוד, כזו שהשתמשתי בה בסרטים רבים, כך שאינני מחשיב זאת לגניבה. בשבילי, היא הייתה דבר נחוץ באמת. רציתי לצלם סרטים והייתי זקוק למצלמה. הייתה לי זכות טבעית לכלי הזה. אם אתה צריך אוויר לנשימה, ואתה נעול בתוך חדר, עליך לקחת פטיש ואזמל ולשבור את הקיר. זו זכותך המוחלטת".
על מנת להשיג את הקופים שהופיעו בסצנת הסיום, שילם הרצוג לתושבים המקומיים בכדי שילכדו עבורו כ-400 מהם. הוא שילם מחצית מהסכום שסוכם כמקדמה, ותכנן לשלם את השאר עם קבלתם. אולם הלוכדים מכרו את הקופים לאדם אחר מלוס אנג'לס או מיאמי, והרצוג נאלץ להגיע לשדה התעופה, בדיוק כאשר הועמסו למטוס אשר עמד להמריא. לאחר שהתחזה לוטרינר וטען שהקופים מוכרחים להתחסן לפני שיעזבו את גבולות המדינה, הם הורדו מהמטוס והוא העמיס אותם לרכבו. לאחר שהשתמש בהם לצילומיו, שחרר אותם לחופשי בג'ונגל.
פסקול.
הפסקול של הסרט הולחן ובוצע על ידי פופול וו, להקת קראוטרוק ורוק מתקדם מערב-גרמנית. הלהקה נוסדה ב-1970 על ידי פלוריאן פריק, קלידן הלהקה, אשר פגש בהרצוג מספר שנים לפני הפקת הסרט; בסרטו הראשון של הבמאי מ-1968, סימני חיים, גילם פריק פסנתרן. אגירה היה אחד משיתופי הפעולה הרבים בין הלהקה לבמאי.
מוזיקת הלהקה תוארה כהיפנוטית וזכתה לתשואות חיוביות רבות. מבקר הקולנוע רוג'ר איברט כתב כי, "המוזיקה יוצרת את האווירה. היא אנושית, דתית, רודפת, ועם זאת היא גם משהו אחר.. המוזיקה היא חלק נחוץ לאגירה, זעם האל".
באתר האינטרנט AllMusic נכתב כי, "המוטיב המרכזי בסרט משלב פעימות של מוג וקולות רפאים המועלים באוב בידי המלוטרון 'אורגן המקהלה' של פלוריאן פריק בכדי להשיג דבר נשגב, במובן האמיתי ביותר של המילה: זה דבר קשה, לא למצוא את המוזיקה הזו מעוררת השראה, ובעלת יופי מהמם ומערער כאחד. כוחה האגדי של סצנת הפתיחה בסרטו של הרצוג קיים בזכות המוזיקה של פופול וו לא פחות משהוא קיים בזכות עבודת המיז-אנ-סצנה של הבמאי".
הרצוג הסביר כיצד יצרו חברי פופול וו את צלילי המקהלה בסרט; "השתמשנו בכלי נגינה מוזר בשם אורגן מקהלה. בגוף הכלי ישנם שלושה סרטים שונים המקבילים זה לזה, אשר זזים בלולאות. כל הסרטים האלו נעים באותו הזמן, ומבחוץ ישנו לוח קלידים עליו מנגנים כמו על אורגן כך שהצליל נשמע כמו מקהלה אנושית, אך באותה העת, מקבל נימה מאוד מלאכותית ולמען האמת, די מפחידה".
פופול וו הוציאה אלבום אולפן ב-1975 בשם "אגירה". אף על פי ששמו נגזר מהסרט, רק שתיים מתוך שש הרצועות באלבום נלקחו מהפסקול של הסרט. ארבע הרצועות הנותרות צורפו מהקלטות שנעשו בידי הלהקה בין השנים 1972–1974.
ביקורת.
הסרט הופק בחלקו על ידי תאגיד השידור הגרמני הסה, אשר שידר אותו בערוצי הטלוויזיה שבבעלותו באותו היום בו הוקרן לראשונה. בשל כך האשים הרצוג את החברה בהצלחתו המסחרית הירודה בגרמניה. עם זאת, במקומות אחרים בעולם כגון מקסיקו, ונצואלה ואלג'יריה, הפך אגירה לסרט פולחן אהוב. בפריז הוקרן הסרט בבתי הקולנוע במשך חמישה עשר חודשים רצופים. בארצות הברית הוקרן בבתי הקולנוע בידי חברת סרטי ניו יורקר והפך במהרה לסרט אהוד. כעבור מספר שנים הודיעה החברה כי זה הוא הסרט היחיד בקטלוג הקולנועי שלה שמעולם לא יצא מסירקולציה.
בגרמניה עיתון הזידדויטשה צייטונג תיאר את הסרט כ"ציור אלים וספוג צבעים"; עיתון הפרנקפורטר אלגמיינה צייטונג תיאר את משחקו של קינסקי כ"יותר מדי תיאטרלי" עבור דמותו של לופה דה אגירה.
בארצות הברית ובממלכה המאוחדת זכה הסרט לביקורות חיוביות. וינסנט קנבי כתב בעיתון הניו יורק טיימס, "מהמם לחלוטין.. מר הרצוג צופה בכל המתרחש תוך כדי ניתוק מוחלט. הוא שומר על קור רוח. הוא לא לוקח צדדים. הוא אולי אפילו קצת משועשע. בסך הכל, הוא משורר אשר מפתיע אותנו כל הזמן עם אומנות הצירופים שלו.. זו בהחלט עבודה נהדרת"; במגזין טיים כתב המבקר הקולנועי ריצ'רד שיקל כי, "הרצוג נותן לקהל את הכבוד לגלות את מקרי העיוורון, האובססיה והטירוף הפיכח שהוא מציב על המסך. משחק נהדר, בעיקר בזכות קלאוס קינסקי בתפקיד הראשי, צילום נהדר בידי תומאס מאוך. אגירה הוא לא, וזו לא בדיוק מחמאה, סרט אשר דורש חזקה לגדולה". טוני ראיינס מTime Out כתב, "כל סצנה וכל פרט מושחזים עד לפרטיהם הפנימיים ביותר. ברמה הזו, יוצר הסרט ניתוח מקדים על ידי עריכת ניתוח עצמי עם התקדמות עלילתו, ואינו מותיר מאחוריו אף דו-משמעות. אך באותו הזמן, נטייתו של הרצוג לחזותיות מגוונת מעולם לא הייתה חופשית יותר, והסרט עשיר ברגעים חלומיים".
מורשת.
תדמיתו של הסרט המשיכה לצמוח לאורך השנים. באתר הביקורות עגבניות רקובות, נתנו חמישים מבקרים ציון חיובי של כ-96%, עם דירוג ממוצע של תשע מתוך עשר. בקונצנזוס הכללי בין המבקרים נכתב על הסרט כי הוא, "מסע רודף של פלא טבעי וסכנה מוחשית, אגירה מתנשא מעל דפוסים האופיינים לז'אנרים, והופך למיתולוגי בזכות עצמו".