הניצחון הבריטי בנהר מודר, אפשר סוף סוף הקלה בקימברלי והתנהל מרדף לאחר הבורים הנסוגים והם הוכו בקרב פארדברג שהתנהל בין ה-18 ל-27 בפברואר 1900. הרובאים הרכובים של ניו סאות' ויילס וחיל הרגלים הרכוב הראשון של קווינסלנד, לקחו שניהם חלק בקרב זה, כשהרובאים מניו סאות' ויילס הצליחו ללכוד את הגנרל הבורי, פיט קרונייה. לכידתו גרמה לירידה חדה במורל של הבורים עד לסוף המלחמה. הכוח הבריטי הצליח להסיר את המצור על ליידיסמית' ב-28 בפברואר ונכנס לבלומפונטיין ב-13 במרץ. למרות התבוסות הכבדות והמחלות שמהם הם סבלו, המשיכו הבריטים להתקדם לכוון פרטוריה.
הגל השני של היחידות שיצאו מהמושבות האוסטרליות החל להגיע באפריל. גל זה כלל בעיקר כוחות שאנשיהם היו "אנשי הערבות" (Bushmen). יחידות אלו הוקמו באופן מיוחד ואנשיהם גויסו מקרב מגוון רחב של מקומות באוסטרליה ומימונם הגיע מאיסוף כספים מידי הציבור או מאזרחים אמידים שרצו לתרום למאמץ המלחמתי. יחידות אלה היו גם הן יחידות של חיל רגלים רכוב וכוח האדם שלהם כלל אנשים עם מיומנות טבעית לרכיבה על סוסים, שימוש בנשק ויכולת הישרדות בשטחי הפרא, כדי שיהוו משקל נגד למיומנויותיהם של אנשי הקומנדו הבורים. באפריל הגיעו יחידות כאלה מכל המושבות האוסטרליות והם הופנו לכוון רודזיה.
במאי כבר מנו כל חילות המשלוח האוסטרלים מעל 3,000 איש והם היו מעורבים בחלק העיקרי של הלחימה, כולל בדרייפונטיין ובשחרור המצור על מפיקנג ב-17 במאי, אירוע שבזכותו נערכו חגיגות ברחובות לונדון. גל שלישי של חילות משלוח מהמושבות האוסטרליות היה "אנשי הערבות האימפריאליים" (Imperial Bushmen), שהיו זהים לקודמיהם במבנה שלהם ובשיטת גיוסם, למעט העובדה שהם מומנו ישירות על ידי ממשלת בריטניה, שהתרשמה מפעולתם של היחידות האוסטרליות.
התפרצות של מחלת הטיפואיד השפיעה על הכוחות הבריטים והאימפריאליים, אך עד מהרה הם הצליחו לחדש את המערכה שלהם. הטור של רוברטס נתקע שוב לזמן קצר בקרונסטד עקב בעיות אספקה, אך לאחר עשרה ימים הם המשיכו להתקדם לכוון יוהנסבורג. ב-28 במאי, סופחה מדינת אורנג' החופשית באופן רשמי, ושמה שונה ל"מושבת הנהר אורנג'" ב-30 במאי נפלה גם יוהנסבורג לידי כוחותיו של הלורד רוברטס, וארבעה ימים לאחר מכן נסוגו הבורים מפרטוריה. אנשים מכל היחידות האוסטרליות היו מעורבים בדרך זו או אחרת בלכידתה של יוהנסבורג. פרטוריה, בירתה של רפובליקת טרנסוואל, נפלה לידי הבריטים ב-5 ביוני. הראשונים להיכנס לפרטוריה היו הרובאים הרכובים של ניו סאות' ויילס, שמפקדם, לוטננט ויליאם ווטסון שכנע את הבורים להיכנע. לחימה קשה פרצה עד מהרה שוב בקרב דיימונד היל ב-11 וב-12 ביוני שמטרתו הייתה למנוע מתגבורות בוריות לכבוש מחדש את פרטוריה. לוחמים מכל היחידות האוסטרליות, בעיקר מהרובאים הרכובים של ניו סאות' ויילס ושל אוסטרליה המערבית, לקחו חלק בקרב, שבסופו הסתמן לכאורה ניצחון לשני הצדדים. לורד רוברט היה מרוצה מכך שהכוח הבורי נסוג מפרטוריה, אך כוחותיו של לואי בותה גרמו לאבדות כבדות בקרב הכוחות הבריטים.
נשיא מדינות אורנג' החופשית, מרטינוס תיוניס שטיין, ונשיא הרפובליקה הדרום-אפריקאית, פול קרוגר, נסוגו יחד עם שרידי ממשלותיהם לכוון מזרח טרנסוואל. רוברטס היה נחוש ללכוד את נשיאי המורדים כדי לשים קץ להתנגדות לשלטון הבריטי. הוא חבר לשארית כוחותיו של בולר בנטאל והתקדם לכוון מזרח טרנסוואל.
בקרב ברגנדאל, שהתנהל בין ה-21 וה-27 באוגוסט, והיה הקרב המתוכנן האחרון במלחמה, נתקלו הבריטים בכוח בורי חזק שמנה 5,000 איש בפיקודו של בותה. למרות התנגדותם העזה, הוכנעו הבורים על ידי הכוח הבריטי שמנה 20,000 איש. הבורים המוכים נסוגו משדה הקרב וביום המחרת, ה-28 באוגוסט, צעדו הבריטים לתוך מכדודורפ, בתקווה לשבות את הנשיאים הבורים. אלה כבר עזבו את העיירה ושמו פעמיהם לנלספרייט, שם הם הקימו באופן זמני את ממשלותיהם. כשהבריטים עדיין מנהלים מרדף אחריהם, היו קרוגר והשרים לשעבר של ממשלת טרנסוואל דחוקים לפינה. יחד עם זאת, מלכת הולנד חשה אהדה כלפי הבורים והציע לקרוגר אפשרות נסיגה. בהתעלמה מהסגר הימי הבריטי, שלחה וילהלמינה, מלכת הולנד בת העשרים, את ספינת המלחמה ההולנדית, "גלדרלנד" (HNLMS Gelderland) כדי לחלץ אותם. קרוגר נמלט וחי בגלות בשווייץ, שם הוא מת ב-1904.
לאחר קרב ברגנדאל נאלצו הבורים לוותר על תקוותם להגיע להישגים באמצעות עימות ישיר, צבאי עם הבריטים. אך למרות תבוסותיהם, נותר חלק ניכר מהצבא הבורי ללא פגע ובותה פיזר את צבאו ללידנבורג ולברברטון כדי להתחיל שלב חדש בלחימה.
כשכל מרכזי האוכלוסייה הראשיים היו תחת שליטת הבריטים, הכריז רוברטס על סיום המלחמה ב-3 בספטמבר 1900 וסיפח באופן רשמי את הרפובליקה הדרום-אפריקאית והכריז על כל הטריטוריות הבוריות לשעבר כנתונות תחת שלטון בריטי.
לוחמת הגרילה.
אובדן ערי הבירה שלהם לא הרתיע את הבורים. תחת זאת הם העבירו את המערכה שלהם לשלב של לוחמת גרילה, שבה פעלו יחידות הקומנדו הבוריות בקבוצות קטנות, שעסקו בצליפה, בהפרעה לתנועת הכוחות ובפגיעה בקווי האספקה. כמו כן, הם שיגרו מארבים שתקפו יחידים או יחידות צבאיות מבודדות או שיגרו פשיטות רחבות היקף כנגד מטרות נבחרות.
בהבינם שהמלחמה הגיעה לנקודת זמן מיטבית עבור הבריטים, נפגשו המפקדים הבורים בקרונסטד והכינו תוכנית למלחמת הגרילה שלהם כנגד קווי האספקה והתקשורת הבריטיים. המתקפה העיקרית הראשונה מבין אלה הייתה ההתקפה על סאנס פוסט, ב-31 במרץ 1900, בה הוביל המפקד הבורי, כריסטיאן דה ווט, כוח של 2,000 אנשי קומנדו ממדינת אורנג' החופשית לשעבר שפגעו במפעל המים של בלומפונטיין, 37 ק"מ מזרח לעיר. באותה התקפה הם גם ארבו לשיירה בריטית והרגו 155 חיילים, לקחו שלל של שבעה רובים ו-117 עגלות ושבו 428 איש.
כדי לתמוך במלחמת הגרילה שהם ניהלו, נזקקו הבורים לאספקת מזון, תחמושת וציוד באופן סדיר. במאמץ להשיג זאת, הוביל קוס דה לה ריי, ב-4 באוגוסט, כוח חזק של 3,000 איש שתקף את העמדה הבריטית בברקפונטיין שעל נהר אלנדס במערב טרנסוואל. באותה עת, הייתה עמדה זו מוגנת בדלילות על ידי 300 אוסטרלים ו-200 מתנדבים מרודזיה. הכוח של דה לה ריי הכניע את הכוח שהגן על העמדה, אך הציע ברוחב לב להעביר את האוסטרלים לעמדה הבריטית הקרובה, ללא נשקם, בתנאי שהם ימסרו לידיו את האספקה שעליה הם שמרו. מפקד הכוח האוסטרלי, קולונל צ'ארלס הור, השיב לדה לה ריי: "גם אם הייתי מוכן להיכנע לך, ואני לא, אני מפקד על לוחמים אוסטרלים שישספו את גרוני אם אקבל את תנאיך".
הבורים המשיכו להפגיז את העמדה האוסטרלית באש ארטילרית. בתוך יומיים הם ירו מעל 2,500 פגזים אל העמדה. 32 מבין המגינים נהרגו, אך הם המשיכו להדוף כל ניסיון לכבוש את העמדה. הבורים הניסו כוח תגבור שנשלח לסייע לאוסטרלים, אך לא עלה בידם לכבוש את העמדה. לאחר 11 ימים ללא הצלחה, ובצפייה לכוחות תגבור נוספים שיגיעו, הסירו הבורים את המצור על העמדה ונסוגו. האוסטרלים והרודזים הגנו בהצלחה על העמדה ובסופו של דבר הוסר המצור ב-16 באוגוסט. מפקד הכוח הבורי, קוס דה לה ריי, צוטט באומרו: "... בפעם הראשונה במלחמה לחמנו כנגד אנשים שהשתמשו בטקטיקות שלנו כנגדנו. הם היו מתנדבים אוסטרלים ואף על פי שמספרם היה קטן, לא עלה בידינו לכבוש את העמדה שלהם. היה זה הכוח היחידי שהצליח לצפות על הקווים שלנו בלילות ולהרוג את הזקיפים שלנו. אנשינו הודו שהאוסטרלים היו יריבים קשים יותר ומסוכנים הרבה יותר בהשוואה לכל הכוחות הבריטים".
בתגובה לצורך הנואש של הבורים באספקה, שינה הפיקוד הבריטי את הטקטיקה שלו ואימץ את גישת דיכוי המרד. הם בנו מצדיות מוגנות היטב לאורך קווי האספקה ונקטו במדיניות האדמה החרוכה, כשהם שורפים בתים ותבואות וכולאים את הבורים במחנות מעצר. צעדים אלה גרמו לעליה משמעותית בהוצאה הכספית על המלחמה ובקרב הציבור האוסטרלי החלו להישמע קולות נגדה. חלק מהאוסטרלים אף חשו אהדה כלפי הבורים.
איחוד אוסטרליה.
הקהילה של אוסטרליה הוקמה ב-1 בינואר 1901 כתוצאה מאיחוד של המושבות האוסטרליות ונושא הביטחון הפך להיות תחום האחריות של הממשלה המרכזית הפדרלית החדשה. בעקבות זאת הוקם משרד ההגנה של אוסטרליה וחודשיים לאחר מכן, ב-1 במרץ, הוקם צבא אוסטרליה.
כל היחידות הצבאיות הקיימות של כל אחת משש המושבות הועברו לפיקודו של הצבא, שבעת הקמתו כלל 28,923 חיילים קולוניאליים, כולל 1,457 חיילים מקצועיים, 18,603 אנשי מיליציה שקיבלו תשלום ו-8,863 מתנדבים, כולל אלה שהיו כבר בפעילות בדרום אפריקה. מסיבות מעשיות, וכדי לא לשבש את מהלך המלחמה שהתנהלה בדרום אפריקה, המשיכו היחידות להיות מנוהלות על פי החוקים השונים של המושבות שמהן הן הגיעו, עד לחקיקתו של חוק ההגנה ב-1903, שהכפיף את כל היחידות לחקיקה אחידה.
בשטח, הסימן היחידי לנאמנותם החדשה של האוסטרלים, היה השינוי בתגי הכובע שהוחלפו בטקסים שהתקיימו בשדות הקרב. הסמלים המקוריים של המושבות מהן הגיעו הלוחמים, הוחלפו בתג "השמש העולה", סמלו של צבא אוסטרליה שאך הוקם. היה זה גם לא מעשי ולא כדאי מבחינה כלכלית לספק לאנשים מדים אחידים, או ציוד אחיד, וכך כל יחידה המשיכה להשתמש בסוג הציוד המקורי שלה וללבוש את המדים המקוריים שלה.
לאחר איחוד אוסטרליה, נשלחו לדרום אפריקה שמונה גדודי רוכבים של הצבא החדש, אף על פי שהם השתתפו בחלק קטן של הקרבות עד לתום המלחמה. כמה מהאוסטרלים הצטרפו מאוחר יתר ליחידות דרום אפריקאיות מקומיות בלתי סדירות, במקום לשוב למולדתם לאחר שחרורם. חיילים אלה היו חלק מהצבא הבריטי ונתונים למרותו.
שלבי הסיום.