צמיחת המחתרת החלה עם התארגנויות של קבוצת נערים שקראו לעצמם "נוער ההצלה" "ועדת היהודים החופשים", שהפיצו כרוזים על מצב היהודים, רכשו נשק והתאמנו בנשק .זו הייתה תנועת ספונטנית ללא הכוונה מבחוץ ותולדה של צורך פנימי של הנערים. התמריץ והפיכתם של ארגונים אלו למחתרת ציונית, נוצר עם יצירת הקשר בין המוסדות בארץ ישראל ליהודי עיראק.
באפריל 1942 הגיעו שליחים מארץ ישראל, אנצו סרני כנציג סולל בונה בעיראק, עזרא כדורי ושמריה גוטמן בהסוואה של מכונאים בשיירות הבריטיים. השליחים חברו לפעילים המרכזים בקרב הנוער וכך נוצר הבסיס לצמיחתה של המחתרת הציונית. נוכחותם של כוחות בריטים בעיראק בעת מלחמת העולם השנייה, תנועות הצבא הבריטי במרחב המזרח תיכוני ובמיוחד הגעתם של חיילים יהודים במסגרת של יחידות ארץ ישראליות שלמות בצבא הבריטי יחד עם עובדי סולל בונה בעיראק, היו בין הגורמים שסייעו לפעילות המחתרת הציונית בשלביה הראשונים.
מבנה כללי.
למחתרת הציונית בעיראק היו שלוש זרועות: הזרוע החינוכית החלוץ, זרוע ההגנה וזרוע ההעפלה. בראש כל זרוע עמד שליח שהגיע מארץ ישראל, אולם לכל זרוע היה מבנה ארגוני ייחודי שנבע מאופי פעילותה.
זרועות אלו שיתפו פעולה ביניהם, שיתוף פעולה זה בא לידי ביטוי בכך שחניכי הזרוע החינוכית לאחר הכשרתם בחלוץ מילאו תפקידים בהגנה ושימשו כמאגר עיקרי לזרוע ההעפלה. חברי ההגנה השתתפו בפעילות להבטחת העלייה הבלתי לגאלית וחברי זרוע ההפעלה סייעו להברחתם של חברי הזרוע החינוכית וההגנה בזמן הרדיפות.
מבנה הזרוע החינוכית.
בראש הזרוע החינוכית ב 1942 עמד אנצו סרני ולאחריו הגיעו שליחים נוספים (אריה אשל, יהושע גבעוני ועוד).
חברי הזרוע החינוכית היו בעיקר נערים חברי "נוער ההצלה" וחברי חוג אחיעבר שידעו עברית וכן נערים משכבות עממיות שהצטרפו לחלוץ במרוצת הזמן. ועידת היסוד של הזרוע החינוכית התקיימה באפריל 1943. ועידות ארציות התקיימו מאז ברציפות כל שנה בהם נבחר מרכז ארצי. למרכז הארצי היו כפופים סניפים שהיו פזורים ברחבי עיראק וכונו בשמות צופן, רובם בשמות של יישובים בארץ ישראל כגון: בגדאד – תל אביב, בצרה- חיפה וכו' .כל סניף היה נוהג לכנס את המדריכים לכנס מדריכים אחת לשבוע. המדריכים בכל סניף בחרו במזכירות הסניף ומזכירות הסניף בחרה במרכז שייצגה בוועדה הארצית.
בזרוע זו היו ועדות שונות: א. ועדת תרבות. ב. ועדת ארגון ג. ועדת בירור.
ד. ועדת קק"ל ה. ועדת עלייה.
בנוסף לוועדות אלו פעולה מזכירות החלוץ הצעיר שמטרתה הייתה להכשיר נערים מגיל צעיר למחתרת.
מבנה זרוע ההגנה.
זרוע ההגנה התקיימה כזרוע בעלת מנגנון עצמאי במסגרת המחתרת משנת 1945, עד אז נוהלה על ידי שליח ההגנה או על ידי ועדת ביטחון בתוך תנועת החלוץ. בראש זרוע זו עמד בשנת 1942 עזרא כדורי ולאחריו הגיעו שליחים נוספים (דן רם, מאיר שילון ועוד). כוח האדם שגויס לזרוע זו היה מהזרוע החינוכית וכן מצעירים שלא השתייכו לזרוע החינוכית.
ההגנה הנהיגה סלקציה חמורה בקבלת מועמדים ומידור, תהליך קבלת חבר חדש היה כרוך בטקס חשאי ומרשים.
היקף ריכוזם של היהודים ומגוריהם הם שקבעו היכן יוקמו סניפי ההגנה. בהתאם לכך הוקמו סניפי ההגנה בבגדאד ב-1942, בבצרה ב-1945 ובכרכוך ב-1947.
המבנה הארגוני היה אחיד בבצרה ובכרכוך, לעומת זאת הסניף בבגדאד היה מורכב יותר נוכח גודל האוכלוסייה וריכוזם בשכונות שונות.
בבצרה ובכרכוך הסניף היה מורכב ממפקד כללי, שאליו כפופים מפקדי הקטעים של הרחובות וכן מדריכים וחברים שהתמחו בעזרה ראשונה.
בעיר בגדאד היה סגן מפקד ראשי וגזבר הוא היה אחראי על מטה מפקדי ההגנה שהורכב ממפקד בתאוין, מפקד הרובע הישן ומפקד כראדה (שכונות אלו היו הגדולות בבגדאד). במסגרת זרוע ההגנה פעלו ועדות שונות: ועדת קבלת חברים, ועדת סליקים, ועדת תרבות, ועדת בירורים, נשק ונוער הקשר .
מבנה זרוע ההעפלה.
זרוע ההעפלה הייתה פחות ממוסדת מהזרועות האחרות, היא הייתה מורכבת משליח עלייה, בשנת 1942 היה זה שמריה גוטמן ולאחריו הגיעו שליחים נוספים (אריה אברמובסקי, יהודה רבינוביץ ועוד).
לצידו פעלו מספר פעילי עלייה שתפקידם היה:
זרוע זו קיימה קשר עם המוסד לעלייה בארץ ישראל באמצעות מכשיר קשר שהופעל על ידי חבריה, אותו הקימה בבגדד השליחה מלכה רופא.
פעולות המחתרת.
הזרוע החינוכית.
הזרוע החינוכית התמקדה במספר פעולות עיקריות הראשונה לימוד השפה העברית, חברי החלוץ הוותיקים יותר גיששו אצל חבריהם לדעת האם הם מעוניינים ללמוד עברית. כשאלו הביעו את הסכמתם, הם הופגשו עם המדריכים ולאחר שיחה ובדיקת מהימנות הצטרפו הצעירים לקבוצת הלימוד. הקריטריונים שקבעו את ההצטרפות לקבוצת הלימוד היו: גיל הילד, השכלתו ומקום מגוריו. הלימודים התקיימו פעם או פעמים בשבוע אצל החניכים ונמשכו כשעתיים. ההישגים בתחום זה היו:
פעילות נוספת הייתה החדרת הרעיון הציוני, חברי החלוץ פעלו להעמקת הרעיון הציוני. הזרוע המחתרתית פעלה להפצת תרגומים בשפה הערבית של ספרו של פינסקר אוטואמנסיפציה וכן כתביו של הרצל. כן הופצו תרגומים שעסקו בציונות הסוציאלית נוסח בורכוב וסירקין בכינוסים ארציים הושמעו הרצאות על הציונות ועל הסוציאליזם.
הזרוע החינוכית לא הסתפקה רק בהחדרת הרעיון הציוני בצורה מחתרתית, אלא ניסתה להחזיר את הרעיון בצורה פורמלית וזאת על ידי החדרת מדריכים חברי התנועה שעשו הסבה מקצועית הפכו למורים וחדרו לבתי הספר של הקהילה. כך הוחדר במסגרת השיעורים הפורמליים חומר ציוני, מתאר זאת השליח ירחמיאל אסא "שמעתי כיצד מלמדים ציונות וחלוציות במסגרת שיעורי חשבון, ספרות, אנגלית, הנדסה ציור ועוד".
פעולה נוספת הייתה הכשרה מקצועית – תנועת החלוץ שאפה לחנך את החברים לחיי עבודה כהכנה לקראת עלייה לארץ, במסגרת זו פעלה להעניק הכשרה מקצועית וחקלאית לחברים. כך הוקמו קבוצות ללימוד מלאכה כגון: חשמל, נגרות, סנדלרות ותפירה, החניכים סודרו בחלקם בעבודה מעשית בבתי מלאכה בבעלות חברי המחתרת הבוגרים בנוסף לכך היו ניסיונות להעניק הכשרה חקלאית לחברים. מאחר שלא הייתה אפשרות להקים חוות לימוד, החברים למדו ועבדו בגינות פרטיות של חברים, רק בכרכוך הוקמה חווה שהשתרעה על שטח של כמה דונמים.
החלוץ כמסגרת חברתית – החלוץ שימש כמסגרת חברתית שבה בילה הנוער את זמנו החופשי, הפעילות החברתית התאפיינה במסיבות שנערכו בעיקר בחגים פסח וחנוכה, הושם דגש על פעילות ספורטיבית ובנוסף נערכו טיולים בחיק הטבע שנועדו לגיבוש והקניית תחושת אהבה לארץ ישראל וזיקה לאדמה.
מספר תמורות חלו בחיי הנוער היהודי במסגרת הפעילות בתנועת החלוץ:
א-ערכם של חברי החלוץ עלה בעיני עצמם, משפחתם והקהילה.
ב-המסגרת יצרה אוריינטציה הישגית לחניך בתנועה הוא לא נחשב בן למשפחה פלונית או ממעמד מסוים מה שקבע הוא הישגו האישי.
ג-שינוי במעמדן של הבחורות שהצטרפו לתנועה, שעצם הצטרפותן לחלוץ שברה את המסגרת המסורתית.
זרוע ההגנה.
זרוע ההגנה בתקופת קיומה לא הייתה צריכה להוכיח את עצמה ולהוציא לפועל את תוכניותיה וזאת נוכח הנסיבות. עיקר פעילותה התרכזה בהתארגנות פנימית וכוננות לקראת הבאות. הקו שהנחה את פעולות ההגנה היה התארגנות כדי למנוע פרעות ואם אכן פרעות אלו יתרחשו יש לצמצם את מידת הפגיעה עד למינימום או לפחות למות בגבורה.
ניתן לחלק את פעולת ההגנה לשניים:
התארגנות.
ההתארגנות כללה רכישת נשק, אימונים ומספר צעירים הוכשרו במתן עזרה ראשונה. בשנים הראשונות לקיום המחתרת סופק הנשק ממחסני ההגנה באמצעות החיילים מארץ ישראל ששהו בעיראק. לאחר מלחמת העולם השנייה מקור הנשק היה רכישה מקומית.
הנשק אוחסן בסליקים בחצרות בתים.
האימונים נעשו בתוך בתים והיו מקרים שבהם חברים הוצאו למטווח מחוץ לעיר.
מבחינת גיבוש תוכנית ההגנה היו למעשה שתי תוכניות בתקופות שונות. הראשונה בראשית המחתרת שהתבססה על חסימת המבואות הראשיים של הרובע היהודי.
נקבעו חוליות בנות 2–3 אנשים, תפקיד החוליות להגיח אל מקום שממנו צפויה להיפתח הרעה ולזרוק מספר רימוני יד לתוך ריכוזי האויב. התוכנית השנייה משנת 1945 התבססה על שיטת היקפית נקבעו עמדות הגנה מסביב לרחובות היהודים בבגדאד שתפקידן לחסום בשעת הצורך את הכניסה לרחוב היהודי. תוכנית זו אושרה על ידי הגורמים בארץ ישראל ויושמה גם בערים בצרה וכרכוך.
כוננות.
זרוע ההגנה הועמדה בכוננות פעמים בשנת 1945 ובשנת 1948.
ב-2/11/1945 יום השנה להצהרת בלפור, יום שבו נהגו הערבים לערוך הפגנות ולשאת נאומים בגנות הציונות. ביום זה הועמדו החברים בכוננות בעמדות, אך יום זה עבר בשלום ובתום המתיחות התפזרו החברים.
המבחן הממשי יותר של זרוע ההגנה היה ערב הכרזת מדינת ישראל 14.05.1948. בימים שקדמו להכרזה גברה השנאה כלפי היהודים. במטה ההגנה מוחלט על הפסקת האימונים הסדירים, תוכניות ההגנה נבדקו מחדש והחברים נצטוו לשפר עמדות.
ביום המבחן חברי ההגנה התרכזו בעמדות וחלק מן הנשק הוצא מהסליקים.
ההתמודדות הצפויה לא התקיימה, שכן בערב ההכרזה, הוכרז על מצב צבאי בעיראק וחל איסור על נשיאת נשק והתקהלות, הרוחות נרגעו וההגנה חזרה לשגרה.
זרוע ההגנה ספגה מהומה קשה במאי 1951 עם מעצרם של שני שליחים מארץ ישראל מרדכי בן פורת ויהודה תגר וכן חברים נוספים, תוך כדי המעצרים התגלו סליקים שונים והוצאו להורג שני חברים מרכזיים, יוסף בצרי ושלום צאלח.
זרוע ההעפלה.
פעילות בתחום העלייה הבלתי לגאלית.