דרקי הורה גם כאן על התערבות צבאית, והפעם הוא עצמו תפס את השלטון בקורדובה, מינה את עצמו כמושל, ארגן צבא במטרה לפלוש לבואנוס איירס, וכעבור מספר שבועות יצא בראש הכוח לרוסריו ומינה מושל אחר במקומו.
קרב פאוון.
הממשל בבואנוס איירס ניצל את הזמן שחלף מאז תבוסתו בקרב ספדה לאורקיסה (1859) להתחזקות צבאית וכלכלית, ובחסות זו - דחה את ההצטרפות לקונפדרציה עליה סוכם בתירוצים שונים, ולא הכיר בסמכותו של דרקי.
דרקי העביר ברוסריו את הפיקוד על הצבא לאורקיסה שחיזק אותו והגיע לבסוף לכוח של 17,000 איש.
בצבא של בואנוס איירס היו 22,000 איש, הוא נהנה מיתרון בחיל הרגלים ובארטילריה, ובראשו עמד ברטולומה מיטרה (Bartolomé Mitre).
מיטרה לא המתין לאורקיסה, אלא נע צפונה ופלש לסנטה פה - שם נערך הקרב בפאוון (Pavón) ב-17 בספטמבר 1861.
אורקיסה נערך במגננה, מיטרה תקף, בהתחלה נראה היה שאורקיסה הודף את ההתקפה ועובר להתקפת נגד, אך הרגלים של מיטרה התאוששו ותקפו שוב, ואורקיסה שלא שלט כראוי על כוחותיו ולא העריך נכונה את מצבם נמנע מלהפעיל את העתודה ונסוג אל מעבר לפרנה לפרובינציה שלו - אנטרה ריוס - עם היחידות מהליטורל.
אין הסבר מניח את הדעת להתנהגותו זו של אורקיסה, והספקולציות נעות בין בעיות בריאותיות מהן סבל לבין מערכת יחסיו עם הנשיא דרקי.
לאחר קרב פאוון.
ניצחונו של מיטרה לא היה מוחלט, הוא לא הכה את צבאו של אורקיסה, ויחידות הפרשים שלו שנשארו נאמנות למפקדיהן - הטרידו את מיטרה והוא נאלץ לבצע נסיגה טקטית בטרם שב להתקדם.
דרקי ניסה להיכנס למשא ומתן עם מיטרה, אך מיטרה דחה זאת ודרש את התפטרותו ופיזור הממשל הלאומי. לבסוף הממשל - כולל דרקי -התפטר וגלה למונטווידאו, וסגן הנשיא - חואן אסטבן פרדרנרה (Juan Esteban Pedernera) - התמנה זמנית לנשיא.
מיטרה כבש את רוסריו, והתכונן להמשיך בהתקדמותו תוך שהוא מנצל את עוצמתה הכלכלית של בואנוס איירס בזכות הנמל והמכס שנגבה בו. בקרב קניידה דה גומס ב-22 בנובמבר 1861 הוא חיסל את מה שנותר מיחידות הפרשים של אורקיסה, מושל סנטה פה - פסקואל רוסס (Pascual Rosas) - התפטר והוחלף בידי האוניטריסט דומינגו קרספו (Domingo Crespo).
אורקיסה "שבר את הכלים": לא נקף אצבע לטובת הממשל, הודיע שאנטרה ריוס מתנתקת ממנו, פירק את הצי והעבירו לידי בואנוס איירס, השיב את העיר פרנה - הבירה של הקונפדרציה - לפרובינציה, והעביר את מושכות השלטון לידי מיטרה שהפך לנשיא.
בקוריינטס התקוממו האוניטרים נגד המושל הפדרלי חוסה מריה רולון (José María Rolón), הוא ניסה להכות במורדים ונכשל, והעדיף להתפטר ב-8 בדצמבר 1861 ולמנוע שפיכות דמים והשלטון עבר לידי המושל האוניטרי חוסה פמפין (José Pampín). מפקדי הצבא של קוריינטס סירבו להיכנע, אך הובסו באוגוסט 1862.
הפלישה לקורדובה וקוז'ו.
הכוח הצבאי של קורדובה גויס על ידי דרקי למלחמה נגד מיטרה למעט היחידות האוניטריות, והן ניצלו זאת כדי להדיח את מחליפו של דרקי כמושל - פרננדו פליקס דה אז'נדה (Fernando Félix de Allende) - בחוסה אלחו רומן (José Alejo Román), והכוחות הפדרליים שנשלחו להשיב את המצב לקדמותו - הובסו.
זמן מה לאחר מכן הפרובינציה נכבשה בידי הגנרל וונססלאו פאונרו (Wenceslao Paunero) מצבאו המתקדם של מיטרה, ובשל מאבקים פנימיים בין האוניטרים בקורדובה - הוא מינה את אחד מקציניו - מרקוס פס (Marcos Paz) - כמושל, ולבסוף נטל אותו לעצמו כדי לשחרר את פס למשימות צבאיות.
מקורדובה פאונרו ניסה לכפות על הפרובינציות השכנות חילופי מושלים: סרמיינטו הדיח את המושלים של סן לואיס ומנדוסה, ולבסוף תפס את השלטון בפרובינציה שלו - סן חואן.
באופן דומה שלח כוחות צבאיים ללה ריוחה ולקטמרקה.
פאונרו ניסה להיבחר שוב למושל קורדובה, אלא שהאוניטרים שהתנגדו לו הובילו לבחירתו של חוסטיניינו פוסה (Justiniano Posse).
הגנרל חואן סאה (Juan Saá) - מושל סן לואיס - ניסה לארגן התנגדות, אך ללא סיוע חיצוני ונוכח האופוזיציה מבית העדיף להתפטר ולגלות לצ'ילה.
במנדוסה המושל לאוראנו נסר (Laureano Nazar) התכוון לנהל מערכה נחושה נגד הצבא מבואנוס איירס, אבל הפדרליים העדיפו לשמור על יחסים טובים עם הבירה והדיחו אותו, ולבסוף מונה למושל אחד האוניטרים.
מושל סן חואן התפטר מבלי להמתין לצבא בואנוס איירס, וב-1 בינואר 1862 סרמיינטו נבחר כמושל.
בסך הכול הושלמה העברת השלטון בקוז'ו מידי המושלים שנבחרו באופן דמוקרטי לידי האוניטרים שגובו על ידי הצבא ללא שפיכות דמים.
סנטיאגו וטוקומן.
בתחילת 1860, בעקבות קרב ספדה (Cepeda) בו אורקיסה מצביא הקונפדרציה הובס בידי ברטולומה מיטרה מבואנוס איירס, מושל סנטיאגו דל אסטרו - פדרו רמון אלקורטה (Pedro Ramón Alcorta) - החליט להשתחרר מהשפעתם של האחים טבואדה (Taboada) שהתבצעה דרך הרשות המחוקקת (legislatura) המקומית, אך הם הקדימו והדיחו אותו, והוא נאלץ להימלט לטוקומן וביקש מהקונפדרציה להתערב. לא הנשיא אורקיסה ולא מחליפו דרקי נחפזו לפתור את הבעיה, ובינתיים מונה מושל אחר.
גם בטוקומן הודח המושל סלוסטיינו סוואליה (Salustiano Zavalía) ובמקומו מונה בנחמין ויז'פאנייה (Benjamín Villafañe) האוניטריסט.
ב-1861, בסמוך לקרב פאוון, הגנרל הפדרלי אוקטוויינו נווארו (Octaviano Navarro) פלש לטוקומן בתמיכת מתנגדי המושל המקומיים, והביס את הצבא המקומי בקרב מננטייל (Manantial). לאחר שהגיעה אליו הידיעה המוקדמת (והשגויה בדיעבד) לגבי ניצחונו של אורקיסה בקרב פאוון - הוא פלש לסנטיאגו דל אסטרו ואילץ את האחים טבואדה להימלט מבירת הפרובינציה.
משנודע לנווארו שאורקיסה הובס לבסוף - הוא נסוג לקטמרקה, ואילו האחים טבואדה פלשו לטוקומן והחליפו שם את המושל. אנחל ויסנטה פניילוסה (Ángel Vicente Peñaloza, El Chacho) מלה ריוחה ניסה לתווך בין טבואדה ונווארו. טבואדה הסכים רק כדי להרוויח זמן עד שמיטרה יגיע עם כוחותיו ויסייע לו לגרש את הפדרליים מכל הפרובינציות, וכשהשעה נראתה לו כשרה - ארגן פלישה לסלטה להדחת המושל הפדרלי חוסה מריה טוד (José María Todd), תקף את פניילוסה והביס אותו בקרב ריו קולורדו (Río Colorado) ב-10 בפברואר 1862, ולבסוף החליף גם את המושל הפדרלי של קטמרקה במויסס אומיל (Moisés Omill).
ההתנגדות של צ'אצ'ו פניילוסה.
פניילוסה חזר לאחר תבוסתו בריו קולורדו ללה ריוחה בה המושל החליט להשלים עם בואנוס איירס ולהתנער ממנו.
פניילוסה השתלט על בירת הפרובינציה, אך נסוג דרומה והובס פעמיים בידי כוחות הפרשים העדיפים שנשלחו לפרובינציה על ידי הקונפדרציה, והקצינים שנכנעו - חוסלו.
הוא לא אמר נואש ופתח חזית חדשה: פלש לסן לואיס, התאחד עם הקאודיז'וס המקומיים שתמכו בו, והטיל מצור על בירת הפרובינציה. הוא לא כבש אותה, אך השתמש בה כקלף מיקוח עם הפדרליים.
כמושל לה ריוחה התמנה פרנסיסקו סולאנו גומס (Francisco Solano Gómez) ב-17 באוקטובר 1862 שהיה מוקף בתומכיו של פניילוסה. הוא מינה כאחראי על הנשק בפרובינציה את פליפה ורלה (Felipe Varela) שבשל כך לא הצליח לפרוק את כוחותיו של פניילוסה מנשקם.
בחודשים הבאים התנהל מצוד אחר תומכי הפדרליים בפרובינציה ורבים מהם חוסלו.
תבוסתו של צ'אצ'ו פניילוסה.
התנהלות העניינים בלה ריוחה הובילה לגילויי עוינות של הפרובינציות השכנות, וכתוצאה מכך פליפה ורלה פלש לקטמרקה וכוח אחר למנדוסה.
בתגובה, סרמיינטו המושל של סן חואן תקף את לה ריוחה במקביל להתקפה מצפון בחסותו של מיטרה שהכריז שהוא פושע ולא יריב פוליטי.
פניילוסה הובס פעם אחר פעם במהלך 1863, אך התמיכה הציבורית לה זכה בלה ריוחה איפשרה לו בכל פעם להתאושש. לאחר תבוסתו בקרב לס פלאז'אס (Las Playas) ב-20 ביוני 1863, קרב שלאחריו כל הקצינים שנפלו בשבי ורבים מהחיילים הוצאו להורג באכזריות, הוא נמלט לכיוון האנדים; אך משם שב לדרום הפרובינציה והצליח לארגן כוח נוסף שהובס ב-30 באוקטובר 1863 וחוסל לחלוטין בתחילת נובמבר. הוא נותר לבד, ניסה להסתתר בבית של ידיד, אך נתפס וחוסל.
לה ריוחה עברה לשליטתם של קצינים מבואנוס איירס שמשלו בכוח הזרוע.
מלחמות האזרחים דעכו בשלב זה, והפעילות עברה לחזית המזרחית בה ארגנטינה הייתה מעורבת במלחמת האזרחים באורוגוואי ב-1863, מלחמה בה נטלה חלק גם ברזיל, והיוותה מבוא למלחמת פרגוואי (1864–1870) העקובה מדם.
המרד של האדומים והמערכות של פליפה ורלה.
ההתקוממות.
השתתפותה של ארגנטינה במלחמת פרגוואי אילצה את הפרובינציות להקצות חיילים רבים לשם כך, המלחמה לא דיברה אל לבם, היא נמשכה זמן רב ונראתה חסרת תכלית, ורבים מ"המתנדבים" לצבא התמרדו וערקו.
תבוסת הברית המשולשת - ארגנטינה, ברזיל ואורוגוואי - בקרב קורופאיטי (Curupayty) ב-22 בספטמבר 1866 פגעה קשות בפופולריות של הנשיא ברטולומה מיטרה בעורף ובנכונות לסייע בגיוס חיילים נוספים.
ב-11 בנובמבר 1866 פרץ מרד של מגויסים חדשים במנדוסה שעמדו להישלח לחזית, זאת בשעה שהמושל - כמו בלה ריוחה - היה מבואנוס איירס ושלט בגיבוי הצבא שלא על דעת התושבים. המורדים שזכו לאהדה מקומית שחררו מהכלא את האסירים, ביניהם פדרליים רבים שהדיחו את המושל ומינו במקומו את קרלוס חואן רודריגס (Carlos Juan Rodríguez) שהודיע שאינו מכיר בסמכותו של מיטרה וניסה לעצור את המלחמה בפרגוואי; ובכך הוביל את מנדוסה כולה למרד נגד הקונפדרציה.
הם הביסו את חיל המצב המקומי הקטן, הגנרל חואן סאה (Juan Saá) - מושל סן לואיס לשעבר שגלה לצ'ילה - חזר וארגן כוח צבאי איתו פלש לסן לואיס, הביס את הצבא המקומי ומינה את אחיו - פליפה סאה (Felipe Saá) - כמושל. בעקבות כך - גם בסן חואן השלטון עבר לידי הפדרליים.