בנאום השבעתו בוושינגטון לפני בניין הקפיטול (הבלתי גמור, כשמנוף גדול נישא מעל כיפתו) ביקש לינקולן להרגיע את חששותיו של הדרום ואמר: "אין לי כל כוונה, ישירה או בלתי ישירה, לפגוע במעמדה של העבדות במדינות בהן היא קיימת. דומני כי אין לי כל זכות חוקית לכך ואף אין בדעתי לעשות משהו בכיוון זה". עוד אמר, כי הפרישה של המדינות איננה חוקית, ועם זאת הוא לא ישתמש בכוח בשום מקום נגד שום איש, אלא רק כדי להחזיק ברכוש ובמקומות ששייכים לממשלה לשמור עליהם ולהשתמש בהם, וכן לגביית מיסים. הוא טען שאסור למדינות הדרום להפוך לאויבות של ארצות הברית. אולם הדרום לא היה מוכן לבטל את הפרישה. (ציטוט מורחב יותר של הנאום מובא בסוף הערך).
המורדים תפסו מבצרים ומחסני נשק, הורידו את דגל ארצות הברית מעל בנייני הממשלה, והניפו את דגלי מדינותיהם במקומו.
תוך כדי הרכבת הממשלה הועלתה הצעה להציע משרת שר אחת למנהיג דרומי מוכר כאות לרצון טוב, ועל אף שלינקולן תהה אם יוכל בן דרום שמכבד את עצמו לעשות זאת ולהכתים בכך את מצפונו הוא הסכים לנסות, אולם פניותיו לכמה מועמדים בזה אחר זה לא הועילו. אנשי הדרום ראו באדוארד בייטס שנתמנה לתפקיד התובע כללי, ובמונטגומרי בלייר שנתמנה לשר הדואר, בוגדים. השניים האלו היו נציגי נאמני האיחוד במדינות הגבול.
תחילת המלחמה.
בהוראתו של לינקולן לשגר אספקה לפורט סאמטר שבקרוליינה הדרומית ראו מדינות הדרום איום, והן לא היו יכולות לסבול עוד את פירוש הדבר: המשך נוכחות כוחות הצפון על אדמתן. מפקד כוחות הדרום במקום הגנרל בורגרד נצטווה לדרוש את כניעת כוחות הצפון שהחזיקו במצודה, ולאחר שלא הסתפקו בתשובתו של מפקד הכוח במקום רב-סרן רוברט אנדרסן, פתחו כוחות הדרום באש על המצודה. אנדרסן וחייליו ענו באש, אך לא היו יכולים להחזיק מעמד, והם קיבלו את תנאי הכניעה שהציע הדרום. ב-14 באפריל יצא אנדרסן בראש פלוגה בת 90 איש לעבר הרציף שם עלו על אונייה שהפליגה לניו יורק.
ב-15 באפריל, לינקולן קרא לכל המדינות לשלוח חיילים כדי להילחם במלחמה. הוא סירב להכיר בפרישת הדרום. המדינות נאלצו לבחור צדדים: וירג'יניה פרשה והפכה לבירת הקונפדרציה, אף על פי שריצ'מונד הייתה קרובה לאזור האיחוד. קרוליינה הצפונית, טנסי וארקנסו פרשו גם הן בחודשיים הבאים. מיזורי ומרילנד עמדו בלחצים ולא פרשו. קנטקי ניסתה להישאר נייטרלית. ההתקפה על פורט סאמטר הובילה לעוינות מצד הצפון. המדינות שלחו את חייליהן דרומה בפקודת לינקולן. ב-19 באפריל, ההמון בבולטימור תקף את חיילי האיחוד באמצע החלפת רכבות, ושרפו גשרים אל הבירה. הצבא עצר את המנהיגים המקומיים. לינקולן התיר משפט צבאי במקום כדי לאפשר לצבא להגיע לוושינגטון במהירות.
לקיחת פיקוד.
לאחר קרב פורט סאמטר, הבין לינקולן שעליו להשתלט על המלחמה ולתכנן אסטרטגיה לסיומה. המשבר היה ראשון מסוגו, ולינקולן נאלץ להשתמש בכוחותיו כנשיא באופן חסר תקדים. הוא הטיל סגר על כל נמלי הקונפדרציה, החרים רכוש לפני קבלת אישור מהקונגרס, ועצר אלפי תומכי קונפדרציה. הקונגרס והצפון תמכו בו. בנוסף, לינקולן נאלץ למנוע ממדינות הגבול שתמכו בעבדות להצטרף לקונפדרציה ולמנוע מכוחות זרים להתערב במלחמה.
המאמץ המלחמתי גזל מלינקולן את כל זמנו. הוא התאמץ להשיג תמיכה מכל רחבי הקשת הפוליטית, אולם ניסיונות הפשרה שלו פגעו בשני הצדדים. הדמוקרטים ביקרו את לינקולן על כך שסירב להתפשר בנושא העבדות, והרפובליקנים הרדיקלים טענו שהיה איטי מדי בביטול העבדות. ב-6 באוגוסט, חתם לינקולן על חוק שאישר שחרור עבדים ששירתו בשורות הקונפדרציה. החוק אמנם לא השפיע באופן ממשי, אולם סימן את תמיכתו בביטול העבדות.
בסוף אוגוסט הכריז ג'ון פרימונט, בלי להתייעץ עם הממונים עליו, עונש מוות במיזורי. הוא הכריז שכל אזרח שיישא נשק יסתכן בירייה, ושעבדים של אדם שעזר למרידה ישוחררו. לינקולן ביטל את ההכרזה של פרימונט, כיוון שהאמין שהייתה פוליטית בעיקרה. לאחר מכן, המגויסים למען האיחוד ממרילנד, קנטקי ומיזורי התרבו.
לינקולן הותיר את העניינים הדיפלומטיים למזכיר המדינה של ארצות הברית, ויליאם סיוארד. סיוארד היה קיצוני ביחסו לדרום, ולכן לינקולן נאלץ לעבוד קרוב לצ'ארלס סאמנר, יו"ר ועדת יחסי החוץ של הסנאט. פרשת טרנט, שהתרחשה בסוף 1861 כאשר ספינת צי ארצות הברית עלתה על ספינת דואר בריטית כדי ללכוד שני דיפלומטים של הקונפדרציה, גרמה למשבר בינלאומי מול בריטניה. לאור המחאות הבריטיות, לינקולן שחרר את שני הדיפלומטים. ב-16 בדצמבר נשלח ללינקולן מכתב מידי הנשיא לשעבר מילרד פילמור שהתגורר בבאפלו בניו יורק. פילמור הציע ללינקולן את שירותו למען האיחוד כדי להביא לסיום "המרד" של הדרום. במסגרת המכתב הציע פילמור ייעוץ בענייני מנהל ללינקולן ובמהלך המלחמה פיקד על מיליציה מקומית בבאפלו שנועדה להגן על העיר מפני הקונפדרציה.
במהלך המלחמה, בחן לינקולן בדקדקנות את דיווחי הטלגרף שהגיעו אל מחלקת המלחמה, התייעץ עם מושלים, ובחר גנרלים בהתבסס על הצלחתם. בינואר 1862, לינקולן מינה את אדווין סטנטון לתפקיד מזכיר המלחמה. סטנטון היה דמוקרט שמרני, תומך בעסקים ובאיחוד, שהפך לרפובליקני רדיקלי. הוא עבד קרוב מאוד ללינקולן.
בנוגע לאסטרטגיה מלחמתית, לינקולן קבע שני יעדים: הגנה על וושינגטון וניצחון החלטי על הדרום. העיתונות הצפונית חזתה ניצחונות בתוך תשעים ימים. לינקולן נפגש עם הקבינט שלו פעמיים בשבוע, ואשתו מרי הכריחה אותו לטייל בכרכרה בטענה שהוא עובד קשה מדי. לינקולן למד תורות צבאיות מספרים, והתחיל להעריך את הצורך בשליטה בנקודות אסטרטגיות, כמו נהר מיסיסיפי.
מהלך מלחמת האזרחים.
החזית המזרחית תחת הגנרלים המוקדמים.
לאחר שהאיחוד הובס בקרב בול ראן הראשון, ולאחר שוינפילד סקוט פרש מהצבא, מינה לינקולן את גנרל ג'ורג' מקללן למפקד כוחות הצפון. מקללן ניצל כמה חודשים כדי לתכנן את מערכת חצי האי. מטרתו הייתה ללכוד את ריצ'מונד. הימנעותו של מקללן מלצאת לקרבות, אף על פי שכוחותיו היו גדולים פי כמה וכמה מכוחות הדרום, הכעיסה את לינקולן ואת הקונגרס. בנוסף, מקללן טען שלא היה צורך בצבא שיגן על וושינגטון. לינקולן התעקש שחלק מהצבא יישאר וישמור על הבירה. מקללן, שהעריך יותר מדי את כוחות הקונפדרציה, טען שמהסיבה הזאת מערכת חצי האי נכשלה.
לאחר שניסיונות שכנוע ופקודות מצד הנשיא לא הועילו מספיק פיטר לינקולן את מקללן. הרפובליקנים הצליחו להביא למינויו של ג'ון פופ לתפקיד הגנרל, והוא תמך בכיבוש ריצ'מונד מהצפון. אולם ללא תגבורת מצד מקללן, פופ נוצח בקרב בול ראן השני בקיץ, והצבא נאלץ להגן על וושינגטון. לינקולן נאלץ למנות את מקללן שוב לתפקיד הגנרל.
במהלך המלחמה מת ויליאם, בנו של לינקולן, ממחלת השחפת. הייתה זו מכה קשה לו ולאשתו (אשר נפלה לדיכאון), והיא השפיעה עליהם עד סוף ימיהם.
נשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס רצה להעביר תחמושת וכוח אדם אל הזירה המערבית בשביל למנוע מצבא האיחוד את כיבוש ויקסבורג אך הגנרל רוברט אדוארד לי העריך שכל עוד המלחמה תתארך יקטנו סיכויי ההצלחה של הקונפדרציה. על כן פעל לי במטרה לאיים ישירות על וושינגטון הבירה כדי להכריח את לינקולן להיכנס למשא ומתן להסדר. כעבור יומיים, כוחותיו של הגנרל רוברט לי חצו אל מרילנד, וקרב אנטיאטם התחיל. ניצחונו של האיחוד היה במחיר כבד, ולינקולן הכריז שיתן זכויות אזרח לשחורים בינואר. הוא חיכה לניצחון צבאי לפני שיכריז על כך, כדי שצעד זה לא ייתפס כצעד נואש. מקללן התנגד לדרישות הנשיא לרדוף אחרי צבאו של לי, ואחרים גם סירבו להקשיב ללינקולן. לינקולן פיטר אותם והחליף אותם ברפובליקנים מתונים שתמכו בו. בין המפוטרים היה מקללן עצמו, שהוחלף בהנהגת ארמיית הפוטומק בידי הגנרל אמברוז ברנסייד. לי ניצח בקלות בקרב פרדריקסברג בדצמבר אשר היה חלק בתוכניתו של הגנרל אמברוז ברנסייד לנוע לעבר וירג'יניה ופעם נוספת לאיים על ריצ'מונד.
הרפובליקנים הפסידו בבחירות אמצע הקדנציה של 1862 בגלל חוסר יכולתם לסיים את המלחמה, בנוסף לאינפלציה, מיסים גבוהים, שמועות על שחיתות, המשפטים הצבאיים, הגיוס והחשש מפני שחרור העבדים. ההכרזה על שחרור העבדים השיגה קולות בצפון, אולם איבדה לרפובליקנים קולות רבים בשאר המדינות. הדמוקרטים, לעומת זאת, הצליחו במדינות רבות.
באביב 1863, סבר לינקולן שהמלחמה קרובה לסיום אם יוכל להשיג רצף ניצחונות.
בשנת 1863 ניצח הצפון בקרב גטיסברג, ניצחון שהיווה נקודת מפנה במלחמה. לאחר הניצחון, הגיע לינקולן לעיר גטיסברג לחנוך בית הקברות לחללי הקרב, ונשא את נאום גטיסברג. במיוחד זכור המשפט בו סיים את הנאום: . נאום זה נלמד בבתי ספר בארצות הברית הן בשל חשיבותו ההיסטורית והערכית, והן בשל ערכו הרטורי.
עריקות חיילים.