באביב 1938 חלה ירידה משמעותית בפעולות המרד, לאחר שמנהיגיו הבינו כי החבורות אינן מסוגלות להתמודד חזיתית מול הצבא הבריטי. ריכוז הצבא בגליל, ככל הנראה כדי למנוע הכנסת נשק מסוריה, גרם להעברת מרכז הכובד של המרד לאזורים המרכזיים בארץ.
אחת הפעולות הנרחבות של הבריטים לדיכוי המרד היה הקמתן של מעל 60 מצודות טגארט ברחבי הארץ. מצודות אלה שימשו כבסיסי פעולה לצבא הבריטי וכתחנות משטרה וכן יועדו, בשילוב עם גדר הצפון, למנוע כניסת כוחות ערביים ממדינות שכנות לארץ.
באמצע יוני 1938 המגמה התהפכה, מכיוון שסיום עונת הבציר והאסיף אפשר לפלאחים להצטרף לחבורות, מבלי להינזק מדי כלכלית. רוב המפקדים חזרו מסוריה ובתחילת יולי חלה עלייה משמעותית בפעילות המורדים בכל הארץ. באוגוסט הם הצליחו להשתלט על רוב הדרכים וגם על ערים רבות. בקיץ כבר השתלטו על רוב האזור ההררי של הארץ. הם הסתובבו בשכם חמושים ללא הפרעה.
צינור הנפט מעיראק לחיפה ומסילות רכבת חובלו לעיתים קרובות. בקיץ הוצתו תחנות הרכבת בדרום הארץ. המורדים הרסו את כל תחנות הרכבת בין ירושלים ללוד ואת רוב התחנות בין לוד לגבול עם מצרים. תנועת הרכבות בין לוד לירושלים פסקה, והתנועה בין תחנת לוד למצרים לוותה באבטחה צבאית כבדה. המורדים הצליחו להרוס קילומטרים רבים של גדר הצפון בגבול עם לבנון, ושל קווי טלפון בין שכם לירושלים. הם ערכו פשיטות על באר שבע, חברון, בית לחם ויריחו והתקיפו בהן תחנות משטרה, משרדי דואר, בנקים, ואת משרדי העיריות. מספר תחנות משטרה נפלו לידי הפושטים, שהצטיידו בנשק שהיה בהן, ותחנות אחרות ננטשו על ידי השוטרים וכתוצאה מכך חובלו. בעקבות לקיחת הנשק מתחנות המשטרה, נסגרו כל התחנות בדרום מלבד אלו שבחברון ובעזה. קצין המחוז של ג'נין נרצח במשרדו בתחנת המשטרה.
המורדים הטילו מצור על יפו וכוחות הממשלה נאלצו לפנות את באר שבע ואת יריחו.
בספטמבר כבר חדל הממשל האזרחי לתפקד.
במהלך 1938 זכו הערבים להישגים מרשימים, בעיקר בשל מיעוט השימוש שנעשה בצבא במשך חודשים רבים. הצבא נמנע מכניסה לאזורים גדולים בחבלי ההר והסתפק בסיורים אוויריים והפצצות מעטות.
התקפות קשות נערכו על הרבעים היהודיים בערים המעורבות ועל יישובים יהודיים קטנים ומבודדים. בכמה מהן חדרו מורדים אל תוך השכונה או היישוב ורצחו יהודים בבתיהם. מטרה קבועה להתקפות היו יהודים שעבדו בשדות או שנסעו בדרכים. חלק מהם נחטפו לפני שנרצחו.
ב-2 באוקטובר 1938, מאות כפריים נכנסו אל שכונה יהודית בטבריה, שלטו ברחובותיה במשך שעתיים, הציתו בניינים רבים (בהם בית כנסת) ורצחו 20 יהודים, מחציתם ילדים.
אלכס מוריסון, שהגיע לעיר זמן קצר לאחר הטבח, ראה גופות של תינוקות כשהן עדיין בוערות. ביומנו כתב: "הגופות העירומות של הנשים העידו שהתוקפים עשו שימוש זוועתי ביותר בסכיניהם".
מעשי הזוועה נגד יהודים עוררו פעולות תגובה מצד האצ"ל. הארגון הניח פצצות בשווקים ערביים בחיפה ובירושלים ותקף נוסעים ועוברי אורח ערבים. מספר מעשי תגמול כאלו נעשו גם על ידי חברי ההגנה.
מטה המרד.
החל מסתיו 1937 ועד סוף המרד היה למורדים מטה עורפי בדמשק, שכונה "הוועדה המרכזית של הג'יהאד" . האיש המרכזי בה היה עזת דרוזה והיא פעלה על פי הוראותיו של אמין אל-חוסייני, ששהה בלבנון. הוועדה הסתייעה ב"וועדה להגנת פלסטין" הסורית ומלבד דרוזה, הונהגה על ידי שני חברים נוספים בוועד הערבי העליון, ג'מאל אל-חוסייני ואכרם זעיתר. בשלב מוקדם השתתף בה גם עבד אל-קאדר אל-חוסייני, עד ששב באביב 1938 אל המורדים באזור ירושלים. בקיץ אותה שנה הצטרף לוועדה מפקד המורדים הראשי בגליל, ח'ליל מוחמד עיסא, במקביל לתפקידו הפיקודי. הפעילים הפלסטינים בוועדה עסקו בגיוס מתנדבים סוריים, איסוף כספים ורכישת נשק וציוד צבאי למרד.
אולם בשנת 1938 התגבש המבנה הפיקודי של המורדים ללא קשר לניסיונות הוועדה למנות עליהם מפקד כללי, ונותר באותה מתכונת של שנת 1936: מפקדים אזוריים, שתחתיהם חבורות בפיקוד מפקדים ישירים.
אף על פי שפעלו במסגרת מחתרתית, לבשו כמה מחשובי המפקדים מדים וענדו על עצמם דרגות.
החשובים שבראשי הכנופיות היו: עארף עבד א-ראזק - באזור קלקיליה והרי שכם, יוסוף אבו דורה - באזור חיפה, הכרמל והעמק, חסן סלאמה - באזור רמלה והדרום, עבד אל-חלים ג'ולאני ("א-שלף") - באזור חברון, אבו אברהים "הקטן" - באזור נצרת והעמק, אבו אברהים "הגדול" - באזור עכו-נצרת, עבדאללה אסעד - בצפון אזור טולכרם, עבדאללה מוהנא - באזור עזה ואבו ח'אלד מסילת א-ד'הר. המפקד הראשי היה עבד א-רחים חאג' מוחמד מד'נאבה ליד טולכרם, אולם באופן מעשי שלטונו היה מצומצם לאזורו. שאר ראשי הכנופיות לא נשמעו לו וחלק מהם נלחם בו, במיוחד עבד א-ראזק, שרצה את תפקיד המפקד העליון.
בסתיו 1938 יזמו המפקדים את הקמת "משרד המרד הערבי בפלסטין", אולם הגוף הזה לא מילא את ייעודו.
בספטמבר 1938 כינה עצמו חאג' מוחמד "המפקד הכללי של המורדים הערבים בפלסטין", ואילו יריבו עבד א-ראזק כינה עצמו "המפקד הכללי של המורדים בסוריה הדרומית". כינוי זה שיקף ככל הנראה את התמיכה שקיבל ממנהיגות המרד בדמשק. חאג' מוחמד התנגד לרציחות הפוליטיות שביצע עבד א-ראזק עבור אמין אל-חוסייני וגם ל"חיסול בוגדים" וסחיטת כספים, אותם שלח לאחיו בביירות. שני הצדדים ביקשו מראש הכנופיות מוחמד אל-צאלח ("אבו ח'אלד") לתווך ביניהם. הוא קרא להם לפגישה ב-13 בספטמבר בדיר ע'סאנה, מצפון-מערב לרמאללה. המפקדים באו עם אנשיהם והפגישה הפכה לכינוס המוני של מאות אנשים. הצבא גילה את דבר הפגישה וחיל האוויר הפציץ את המתכנסים. צאלח ורבים אחרים נהרגו בהפצצה. בפברואר 1939 הסכימה "הוועדה המרכזית" להכיר בחאג' מוחמד כמפקד הכללי של המורדים, כתנאי לשובו למערכה בארץ ישראל. אולם ב-23 במרץ 1939, רק מספר ימים לאחר שחזר, נהרג בכפר סאנור על ידי הצבא. לאחר מותו מינתה הוועדה המרכזית לתפקיד המפקד הכללי את אחמד מוחמד חסן ("אבו בכר"), מורה לשעבר בכפר בורקה ליד שכם. הוא חזר לארץ באפריל, אולם נכשל בהטלת מרותו על המורדים ושוב עזב אותה. בימיו הלך המרד ודעך.
מספר המורדים בשיא כוחם הוערך בכ-10,000-9,000, מתוכם 3,000 לוחמים מלאים, 1,000 מורדים עירוניים וכ-6,000 כפריים, שניתן היה להזעיק אותם בשעת הצורך. בדצמבר 1938 לעומת זאת, העריך הנציב העליון את מספר הלוחמים המלאים ב-2,000 בלבד.
חידוש בית המשפט של המרד.
החל מסוף 1937, חששה האוכלוסייה לפנות אל בתי המשפט הרשמיים של השלטון, ועקב כך הופנו אל מפקדי המורדים דרישות לכונן בית משפט אלטרנטיבי. בשנת 1938 חידשו המפקדים את בית המשפט של המרד, שהורכב מעבד אל-קאדר אל-יוסף עבד אל-האדי (עראבה), עבד אל-פתאח סמארה (ד'נאבה) ודיא עבדוה (שכם). בית המשפט נחל הצלחה וגם המפקדים פעלו על פי החלטותיו. הוא דן בעניינים פליליים, אזרחיים ואישיים ובאופן רשמי פסק את דינו על פי ההלכה האסלאמית. בעקבות הצלחתו, לחצו המפקדים על האוכלוסייה לפנות רק אליו ואיימו על מי שיפנה לבתי המשפט הרשמיים. מילוי הפקודה מצד האוכלוסייה הביא להגשת תביעות רבות ואף על פי שהוגדל מספר חבריו, בית המשפט לא הצליח לספק לכולן מענה. עקב העומס, הוקמו בתי משפט נמוכים יותר באזורים שונים ובית המשפט המקורי אמור היה להפוך לבית משפט עליון לערעורים. אלא שבתי המשפט האזוריים היו תלויים במפקדים המקומיים, שהורו לשופטים לפסוק על פי צורכיהם. במקרים רבים התעלמו מפקדים מפסקי הדין והקימו בתי משפט משלהם, שהם עצמם ישבו בראשם. גם בית המשפט המרכזי איבד ממעמדו, מכיוון שהיה תלוי במפקדים עצמם בכל הנוגע להוצאה לפועל של פסקי הדין. החשודים ב"בגידה חמורה" - הלשנה לשלטונות, שיתוף פעולה עם היהודים ומכירות קרקע ליהודים - הובאו למשפטם של מפקדי החבורות עצמם, שפסקו את דינם מיד - למוות או לעונשי מלקות קשים מאוד. בית המשפט של המרד פסק להתקיים עם התפוררות חבורות המורדים באביב 1939.
טרור פנימי.
ביוני 1938 נתרבו מעשי הרצח הפנימיים בקרב הערבים והוחמר שלטון הכנופיות בערים. ערבים עשירים רבים נמלטו מהארץ והוחרף המאבק בין ראשי הכנופיות.
בקיץ 1938 הגיע מספר המורדים למספר שיא של כמה אלפים. אלה באו בדרך כלל מהכפרים, ורובם היו נטולי השכלה וחסרי אימון צבאי. הם הרבו לעסוק בשוד וביזה, וסחטו את העירוניים. מעט קודם לכן, הם נדרשו להסתלק מיפו, לאחר שתושביה התלוננו עליהם, אולם הם סירבו. כפריים אחרים, שנשלחו להרחיקם בכוח, פתחו גם הם בסחיטות בבואם ליפו.
תושבי הערים נדרשו לחבוש את הכאפייה הכפרית, במקום התרבוש (פז) הטורקי, כדי שהכפריים לא יבלטו לעיני המשטרה, ומכיוון שהכאפייה היא כיסוי ראש לאומי ערבי. הפחד החזק מהמורדים גרם לאוכלוסייה כולה למלא אחר הצו זה, ובכלל זה גם הנוצרים ועורכי הדין המופיעים בבית המשפט. המורדים פגעו בבעלי העסקים שפתחו את עסקיהם ביום שישי, והקפידו על איסור שתיית יין בקרב התושבים ועל לבישת הרעלה על ידי הנשים. ביפו נאסר גם השימוש בחשמל, בשל העובדה שמקורו בתחנה בתל אביב. אף אחד לא העז להפר את החרם הזה, כולל הזרים והקונסולים.