להערכת ישראל, רק חלק מצומצם מהתקציב מוקצה למימון התשתית האזרחית של התנועה (הנופלת בהרבה בהיקפה מזו של החמאס). תשתית זאת כוללת מספר אגודות ביהודה ושומרון (אגודת "אלאחסאן", אגודת "אלנקאא" לנשים, מועדון הנוער האסלאמי בבית לחם) וברצועה (אגודת "אלאחסאן" על 7 סניפיה). אגודות אלו פועלות בתחומי הסעד, הבריאות והחינוך האסלאמי.
כל אלה ממחישים היטב כיצד באמצעות השקעת תשומות קטנות יחסית רכשה לעצמה איראן פטרונות על ארגון טרור קטן ו"איכותי" ובאמצעותו היא מצליחה להשיג השפעה על היקף הטרור ב"שטחים". פיגועי ההתאבדות של הארגון מהווים ביטוי בולט להצלחת מדיניות התמיכה האיראנית בטרור וכל זאת תוך טשטוש "טביעת האצבעות" האיראנית.
תשתית הארגון בלבנון.
הג'יהאד האסלאמי מפעיל בלבנון תשתית, מבצעית בחלקה, מאז גורש לשם פתחי שקאקי, מייסד הארגון. תשתית זאת עומדת לרשות הארגון כחלק ממדיניות איראנית, בשיתוף פעולה הדוק עם החזבאללה, באישור סוריה שבלעדיה לא יכול היה הארגון לפעול בזירה הלבנונית.
הארגון ביצע כ־20 פיגועים בלבנון, כולם בשיתוף פעולה עם חזבאללה.
מאז 1999, לבנון כבר אינה מהווה זירת מאבק עיקרית, לתפיסת הארגון, והארגון ממקד את משאביו בקידום הפעילות המבצעית ב"פנים". הדבר מוצא ביטוי בכך שפעילים של הג'יהאד האסלאמי מיו"ש ומהרצועה עוברים אימונים בלבנון, בסיוע חזבאללה. עם זאת, ב־12 במרץ 2002 בוצע פיגוע במצובה (6 הרוגים), עבור חזבאללה, על ידי שני אנשי הג'יהאד האסלאמי.
הזרוע הצבאית.
הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי היא "פלוגות אל־קודס". אל־קודס היא "הקדושה", כינויה הערבי של ירושלים. פעולותיה העיקריות של הזרוע הצבאית הן תכנון וביצוע פיגועי התאבדות, המכוונים לרוב נגד אזרחים.
בינואר 1995 הבריח הארגון פעילים מרצועת עזה אל ישראל באמצעות אמבולנס. שניים מהם ביצעו במשותף את הפיגוע בצומת בית ליד, בה עמדו עשרות חיילים שהמתינו להסעה לבסיסם, רובם מחטיבת הצנחנים. באזור חלה והתקהלות גדולה במטרה לסייע לפצועים, אז אירע הפיצוץ השני, הקטלני יותר. בסך הכל נהרגו בפיגוע 22 אנשים, מתוכם 21 חיילים.
במרץ 1996 החדיר הארגון מחבל דרך מעבר קרני, אשר ביצע את הפיגוע בדיזנגוף סנטר בערב חג הפורים תשנ"ו. בפיגוע נהרגו 13 איש ונפצעו 125. המחבל הוסתר עם מזוודת הנפץ במשאית שפעלה בהעברת סחורות במעבר קרני.
עם פרוץ האינתיפאדה השנייה פעילות הטרור של פלוגות אל-קודס גברה באופן ניכר. הארגון, על אף היותו קטן יחסית, הפך לבולט בביצוע פיגועי התאבדות נגד ישראלים.
באינתיפאדה השנייה.
באינתיפאדה השנייה נטל הג'יהאד האסלאמי חלק גדול והיה אחראי למספר רב של פיגועי התאבדות. מאז תחילת העימות ביצע הארגון למעלה מ־422 פיגועים (לעומת למעלה מ־500 שביצע החמאס, הארגון המוביל בהיקף הטרור נגד ישראל). בפיגועים הללו נהרגו 134 איש ונפצעו כ־880, רובם הגדול אזרחים.
מעוזי הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון היו בערים שכם, ג'נין, טולכרם וחברון. בג'נין ובשכם שבשומרון היו מפקדות גדולות של הג'יהאד האסלאמי.
בשנת 2001 נהרג מפקד הג'יהאד האסלאמי בשומרון, איאד חרדאן, על ידי פיצוץ תא טלפון ציבורי שבו השתמש. אחריו נהרגו ואאל עסאף ואסעד דקא בהיתקלות עם כוח צנחנים בכפר עראבה.
הגא"פ בשומרון תחת פיקודו של מחמוד טואלבה.
לאחר חיסולו של מפקד הזרוע הצבאית איאד חרדאן, תפס את מקומו מחמוד טואלבה, בן 22, הידוע בכינויו "נורסי". שני סגניו היו עלי ספורי ותאבת מרדאווי. בסיס הפעולה שלהם היה מחנה הפליטים ג'נין. הם התחילו סדרת פיגועים בישראל, שרובם בוצעו בשנת 2001:
במבצע חומת מגן, שהתחיל זמן קצר לאחר מכן, נכנסו כוחות צה"ל לג'נין על מנת לפעול כנגד תשתית הטרור בעיר. כאמור, בסיס הפעולה ותשתית הטרור של החוליות של "נורסי" היה במחנה הפליטים ג'נין, ובמהלך המבצע התבצרו בו כל ראשי הג'יהאד האיסלאמי. לאחר קרבות קשים בהם נהרגו 23 חיילי צה"ל, ויחד עם ההחלטה להפעיל דחפורים כבדים במחנה, הוכרעו הטרוריסטים. מחמוד טואלבה נהרג לאחר שדחפור די־9 צה"לי מוטט עליו קיר בית, ואילו שני סגניו, תאבת מרדאווי והשייח' עלי ספורי, נעצרו והועמדו לדין בישראל. יחד איתם נהרגו עוד בין 33–46 מחבלים ומאות נוספים נעצרו על ידי כוחות צה"ל והועברו לחקירה בשב"כ.
הגא"פ אחרי מבצע חומת מגן.
איאד סוואלחה, שברח מג'נין במהלך מבצע חומת מגן, תפס את מקומו של טואלבה לאחר מותו.
סוואלחה היה אחראי באופן ישיר להכנת מכוניות תופת וכן לשילוח מחבלים מתאבדים לתוך שטח ישראל. בפיגועים שיזם ותכנן נרצחו למעלה מ־31 בני אדם ולפחות 100 נפצעו. כמו כן, עסק סוואלחה בייצור מטעני ענק, גיוס פעילים והעברת הנחיות לפעילי שטח.
יד ימינו היה מי שהיה המורה של מחמוד טואלבה, מוחמד ג'ראר, מהנדס מטענים ומשלח מתאבדים. ג'ראר נמנה עם קבוצת הפעילים הבולטים של הג'יהאד האסלאמי בג'נין, שזיכו את העיר בתואר המפוקפק "בירת המתאבדים". גורמים בפיקוד המרכז ציינו שהוא הפעיל בג'נין כמה מעבדות נפץ ובנה מטענים רבים.
בין הפיגועים הבולטים בתקופתו:
ב-2 בנובמבר 2002 נעצר מוחמד ג'ראר בכפר קוד שבאזור ג'נין. שבוע לאחר מכן נהרג איאד סוואלחה על ידי צה"ל.
הגא"פ בחברון.
עיקר פעילות הג'יהאד האסלאמי התרכז מאז בחברון. מוקד זה עסק גם הוא בעיצומה של ה"הודנה" בהכנת פיגועים קטלניים. בראש התשתית בחברון עמד מחמד איוב מחמד סידר, שנהרג בחילופי אש עם כוח צה"ל באוגוסט 2003, בעת שהסתתר בנגרייה ששימשה כמעבדת חבלה. גם חברים בולטים נוספים בתשתית שפעלה מאז ראשית האינתיפאדה נהרגו, ובהם דיאב שויכי, יד ימינו של סידר.
מחמד סידר היה אחראי לרצח 19 ישראלים, לפציעתם של למעלה מ־80 ולהריגתם של שני משקיפי או"ם ופציעת משקיף נוסף. מחקירות עצורים התברר, כי מחמד סידר עמד בקשר רצוף עם מפקדת הג'יהאד האסלאמי בדמשק ועסק טרם מותו בהכנת פיגועי תופת והתאבדות, כולל גיוס חוליות מתאבדים וחמושים ואימונים. מעבדת החבלה בה נהרג עסקה בהכנת חומרי נפץ רבי עוצמה כדי לשדרג את קטלניות מטעני החבלה שברשות אנשי הג'יהאד האסלאמי.
פיגועים בולטים בתקופתו:
הגא"פ בשנים 2003–2005.
בעקבות הפגיעה הקשה בתשתיתו, החל הג'יהאד האסלאמי להשתמש בנשים ואף ילדים, על מנת לבצע פיגועי התאבדות.
הפיגוע הקטלני ביותר של הארגון היה ב־4 באוקטובר 2003, במסעדת "מקסים" בחיפה, בו נרצחו 21 איש (כולל 2 משפחות שלמות, ילדים ובעלי המקום הערביים) וכ־60 נפצעו. את הפיגוע ביצעה עורכת־דין צעירה מג'נין בשם הנאדי ג'רדאת.
הגא"פ המשיך לנסות לבצע פיגועים גם ב־2004, אך הצליח לשקם את עצמו רק אחרי שמספר ערים בגדה עברו לאחריות ביטחונית פלסטינית. בטולכרם בנה הגא"פ תשתית טרור ענפה, שנהנתה משקט וביטחון עקב הפסקת פעולות צה"ל בעיר בעקבות ההבנות עם הרשות הפלסטינית.
הרצי הלוי אמר ב־2009 כי בתקופה שבה שימש מפקד החטיבה המרחבית מנשה, באזור ג'נין, כל תשתית הטרור של הגא"פ באותו אזור הורכבה ממשוחררי עסקת אלחנן טננבוים.
התשתית בטול־כרם והפיגועים ב־2005.
תשתית הפיגועים שהקים הגא"פ בטול-כרם החלה להוציא פיגועים בפברואר 2005, במקביל להכרזת הרשות הפלסטינית ואבו מאזן על הסכם עם ארגוני הטרור להרגעת השטח.
בסוף פברואר 2005, אחרי שאבו מאזן תפס את מקומו של יאסר ערפאת כיו"ר הרשות הפלסטינית והכריז על הסכם רגיעה שהושג עם ארגוני הטרור (בתמורה להפסקת הפעולות של צה"ל), ביצעה חוליה של הגא"פ מטולכרם – בהוראה מדמשק – פיגוע התאבדות במועדון הסטייג' בתל אביב. בפיגוע נרצחו 5 אנשים ונפצעו למעלה מ-50. בעקבות הפיגוע האשימו בישראל וברש"פ את סוריה במעורבות בפיגוע. ישראל תבעה מאבו מאזן לעצור את חברי החוליה שהיו אחראים לפיגוע, אך בסוף נאלצה לעשות זאת בעצמה. השב"כ עצר את רוב חברי החוליה, ואילו מנהיגה, מוחמד אבו ח'זנה, נהרג בידי דחפור די־9, כאשר התבצר בביתו ופתח באש על כוחות צה"ל שבאו לעצור אותו.
ב־6 ביוני 2005 נפתח בפלורידה משפט כנגד ראשי הג'יהאד האסלאמי בארצות הברית. כתבי אישום הוגשו נגד ד"ר סאמי אל-עריאן (מראשי הג'יהאד בארצות הברית, הקים אגודות "צדקה" שגייסו כסף לביצוע פיגועי התאבדות), סמיה טהא חאמודי, נאג'י פארס ורסאן באלוט, עובד במכבסה. כן הוגשו כתבי אישום כנגד מנהיגי הג'יהאד האסלאמי שנמלטו למדינות ערב: רמדאן שלח, עבד אל־עזיז עוודה (גיסו של אל־עריאן), מאזן א-נג'אר, באשיר נאפי וכן הגזבר של ארגון הטרור, מוחמד אל־ח'טיב.
ב־7 ביוני נהרג מנהיג הג'יהאד האסלאמי בג'נין, מרווח קאמיל, במהלך פשיטה של כוחות צה"ל על העיירה קבטיה.
בסוף יוני החל הג'יהאד האסלאמי בסדרת פיגועים שמטרתם למוטט את הרגיעה שהכריז עליה אבו מאזן ולפגוע בישראלים. רוב הפיגועים סוכלו או הסתיימו ללא נפגעים, אך שתי התקפות ב 19 ביוני וב 20 ביוני הביאו לשני הרוגים ישראלים: חייל ואזרח. בתאריכים אלו אירעו מספר פגישות חשובות: הן פסגת שרון־אבו מאזן והן פגישות של הצדדים עם קונדוליזה רייס (שרת החוץ האמריקנית). בחודשי יולי-אוגוסט המשיך הגא"פ לבסס את עצמו בטולכרם, שנמסרה לאחריות ביטחונית פלסטינית במסגרת מחוות לאבו מאזן. ב־12 ביולי ביצעה חוליה של הגא"פ פיגוע התאבדות בקניון השרון בנתניה, בו נרצחו 5 ישראלים: 4 נשים וחייל בחופשה. הג'יהאד גם ביצע ירי רקטות לעבר ישראל מרצועת עזה אך נאלץ להשעות פעילות זו עקב התחלת ביצוע ההתנתקות ותקלה מבצעית בירי רקטה שגרמה למותו של פעוט פלסטיני בבית חאנון ולפציעתם של 9 פלסטינים נוספים.