למעשה, לדעת חלק גדול מהפוסקים, אין להיכנס כיום להר הבית כלל. הסיבות המרכזיות לכך הן הצורך בהכנות מיוחדות כדי להיטהר מטומאות היוצאות מגוף האדם טרם הכניסה להר, ומחמת הגבלת ההלכה את הכניסה בטומאת מת למקום העזרה, שמיקומה המדויק נתון במחלוקת כחלק מהמחלוקת אודות מיקומו המדויק של הר הבית ההיסטורי, מאחר שעונשו של הנכנס במזיד למקום העזרה בעת היותו טמא מת הוא כרת, ורובו המוחלט של הציבור כיום טמא בטומאה זו לאחר שבאו במגע עם קבר או האהילו עליו, או ששהו במבנה בו נמצא מת (והטהרה מטומאת מת מצריכה אפר פרה אדומה שאינו מצוי בימינו). מסיבות אלו הרבה יהודים שומרי המסורת נמנעים מכניסה להר הבית. אמנם גם לדעתם, העולה להר הבית לא עבר על איסור הלכתי, וכל האיסור הוא מתוך חשש לכתחילה. ויש אוסרים גם מסיבות אמוניות.
מאידך, דעת פוסקים רבים (שרובם נמנים עם הציבור הדתי־לאומי, ומיעוטם עם הציבור החרדי) היא שגם בזמן הזה ניתן להיכנס להר הבית אחרי טבילה במקווה כדין, תוך זהירות מכניסה למקומות שמזוהים על פיהם כעזרה, עזרת הנשים והחיל. הזיהוי מתבסס על ההנחה, המקובלת על רובם הגדול של הפוסקים והחוקרים, שמקום קודש הקדשים נמצא בכיפת הסלע. העלייה להר־הבית הנהוגה על ידי מיעוט הציבור מתבססת על פוסקים אלה. בפועל, מספר היהודים העולים להר הבית עולה בהתמדה מדי שנה. כך, למשל, בשנת 2017 תועדה עליית 25,628 יהודים, לעומת 14,626 בשנת 2016. גידול של כ־75%.
הר הבית בנצרות.
על פי הברית החדשה, ישו חי ופעל בין היהודים בתקופת בית שני, בעת ימי שיא תפארתו ומרכזיותו של מקדש הורדוס, והר הבית ובית המקדש נזכרים רבות בתיאור קורות חייו. הבשורה על־פי לוקאס מספרת את סיפור המציאה במקדש, עלילה מימי נערותו של ישו, ובה מתואר כיצד אבד להוריו בעת שנלווה אליהם למסע עלייה לרגל מנצרת לירושלים בגיל 12, ומאוחר יותר נמצא בבית המקדש כשהוא מדהים את קהל זקני העדה בחוכמה וידע מפליגים. בשנות בגרותו פעל ישו בחצר המקדש, שם הטיף, ביצע מעשי ריפוי ואף עורר מהומות בניסיונו לטהר את המקום מפעילותם של חלפני כספים וסוחרי בקר. ישו פיתח סלידה כלפי המקדש, ההר והפולחנים המתקיימים במקום, ראה בהם מעוז של שחיתות וחמדנות, וברוח זו הטיף למאמיניו. הוא גם חזה, על פי המסופר בברית החדשה, את חורבנו של בית המקדש.
על רקע התייחסותו השלילית של ישו לאתר, לא הפך הר הבית לאתר קדוש לנצרות ולא הוקמו בו כנסיות לציון אבני דרך בחייו, וזאת בשונה מיתר המקומות הניתנים לזיהוי כאתרים שבהם חי ופעל. בתקופה הצלבנית הוסבו מסגדי הר הבית למקדשים והיכלים נוצריים (ראו ירושלים בתקופה הצלבנית), אך הדבר נעשה יותר מסיבות שלטוניות ופחות מטעמי קדושת האתר. אף שקיימות עדויות נוצריות המאמינות שחזון הביאה השנייה של ישו שזור בהקמה מחודשת של בית המקדש על הר הבית, למרבית העולם הנוצרי נעדר הר הבית משמעות של קדושה עילאית, והוא נחשב משני בחשיבותו יחסית לכנסיית הקבר ולאתרים נוספים בירושלים הקשורים בקורות חייו של ישו.
החל מן המאה ה־19 החלה התעניינות נוצרית רבה בחקר ארכאולוגי של האתר, בניסיון לאמת היסטורית עדויות כתובות השזורות בקורות חייו של ישו (ראו חקר הר הבית להלן). קבוצות של הנצרות הפרוטסטנטית האוונגליסטית מתרעמות כנגד השליטה המוסלמית באתר, אשר מצירה את צעדיהם של יהודים ונוצרים במקום, רואות חשיבות עצומה בהשבת הר הבית לידיים יהודיות ומשתפות פעולה עם "נאמני הר הבית" היהודים. קבוצות משיחיות כאלה מהוות אמנם שיעור ניכר מתנועת הצליינות הנוצרית לירושלים, אך במובן הרחב של העולם הנוצרי אינן מהוות בו מרכיב דומיננטי. הוותיקן והכס הקדוש הקתולי, האוחזים בתביעות רבות הנוגעות לשליטה באתרים מקודשים בירושלים, אינם מעלים תביעות כאלה ביחס להר הבית.
הר הבית באסלאם.
הר הבית קרוי בערבית: الحرم الشريف – אל־חרם א־שריף, ובו מסגד אל־אקצא שבו על פי המסורת האסלאמית התקיים מסעו הלילי של מוחמד. מסגד אל־אקצא, הוא המסגד השלישי בקדושתו לאסלאם אחרי הראשון בחשיבותו – מסגד אל־חראם בעיר מכה שהעלייה לרגל אליו היא במצוות החג', והשני לו – מסגד הנביא בעיר מדינה בו נמצא קברו של מוחמד.
מבנה נוסף בעל חשיבות באסלאם שהוקם במתחם הר הבית הוא כיפת הסלע אשר נבנתה במאה השביעית לספירה, והיא נחשבת לאחד הבניינים היפים ביותר בתולדות האדריכלות המוסלמית.
על פי המסורת המוסלמית, תפילה במתחם אל־אקצא, היינו כל מתחם הר הבית, דינה כדין תפילה במסגד עצמו, ומעלים על המתפלל כאילו התפלל חמש מאות פעמים. בשל קדושת המתחם חל איסור על כריתת עצים בו. לפיכך כמה מן העצים העתיקים בארץ ישראל מצויים על במת ההר, בהם בעיקר עצי זית, ברוש ומיש דרומי.
מסעו הלילי של מוחמד.
עיקר קדושתה של ירושלים באסלאם נובע מפסוק בקוראן: .
מוקדם מאוד התגבשה הדעה באסלאם שהמסגד הקיצון (ובערבית: "אל־אקצא") עליו מדובר הוא מסגד עץ שנבנה על ידי עומר בן אל ח'טאב בהר הבית, ואשר היה ידוע אז בשם "מסגד איליא", בעוד המסגד הקדוש הוא מכה. למשל, במסורת המיוחסת לאבן האשם וכלולה ב"א־סירה א־נבוויה" ("תולדות חיי הנביא") נאמר:
חוקרי האסלאם מניחים כי "בית אל־מקדס" הוא שערוב של הביטוי העברי "בית המקדש". אין חולק על כך שאיליא היא ירושלים, וכי מדובר בקיצור השם הלטיני "קולוניה איליה קפיטולינה" שניתן לעיר בשנת 131 לספירה. חדית'ים אחרים מפרטים את סיפור המעשה, ומספרים כי בהמת רכיבה פלאית ששמה אל־בוראק הסיעה את מוחמד בלילה אל ירושלים שם עלה בשבעת הרקיעים עד למושבו של אללה ודן עמו על מספר התפילות היומיות שיש להטיל על המאמינים המוסלמים.
בזמן התרחשות הדברים האמורים, ולמעשה במשך כל ימי חייו של מוחמד, לא היו מוסלמים בירושלים, אם כי ייתכן שהיו בה ערבים נוצרים, ולכן ודאית העובדה שלא היה בה שום מסגד במובן המקובל בימינו. עצם המוסד המכונה "מסגד" טרם התגבש בתקופה זו של ראשית האסלאם. לכן, סביר שהמילה מסגד בקוראן מתייחסת לאתר תפילה, או אתר סגידה הביטוי הסתום "המסגד הקיצון" יכול להתפרש באופנים אחדים, והפרשנות המוסלמית המקובלת כי מדובר בהר הבית אינה נובעת מהטקסט כפשוטו. מתחם הר הבית קיבל בפי המוסלמים את השם אל־אקצא על סמך הפרשנות כי המסגד הקיצון הוא "בית אל־מקדס" אשר ב"איליא" (כלומר, הר הבית אשר בירושלים).
כיוון התפילה.
ירושלים נקשרת באסלאם לראשונה, כאשר מוחמד היגר עם תומכיו בשנת 622 לספירה מן העיר מכה אל העיר ית'רב (לימים אל־מדינה), וציווה על מאמיניו להתפלל לעבר כיוון התפילה של היהודים, כלומר כשפניהם לכיוון אבן השתייה שבהר הבית בירושלים. אולם כעבור שנה וחצי בערך שינה את הוראתו, וציווה עליהם להתפלל כשפניהם לכיוון הכעבה שבמכה. לפיכך מכונה ירושלים, ובפרט הר הבית, באסלאם: "כיוון התפילה הראשון" ("אולא אל־קבלתיין" أولى القبلتين).
פרשנויות מודרניות ומחקרים ארכאולוגיים.
במרוצת השנים, על פי חוקרים (כגון: ד"ר מרדכי קידר, ד"ר יהודית שפלן, עמנואל סיון ורוזנטל יניב), העלו מחקרים ארכאולוגיים רבים סברות שונות בנוגע לבניית כיפת הסלע ומסגד אל־אקצא:
סיבות דתיות.
הר הבית אינו מתואר בקוראן כאתר קדוש, ובאותה מידה יכול היה הפסוק להתייחס לכל מקום אחר. ירושלים מוזכרת בקוראן לא בשמה אלא באופן עקיף כמקום כיוון התפילה הראשון של המוסלמים, לפני שזה שונה למכה. ישנן מספר סברות דתיות־היסטוריות להפיכת מקום הר־הבית בתקופה מאוחרת יותר לקדוש בעיני המוסלמים:
סיבות פוליטיות ואסטרטגיות.
התקופה הערבית הקדומה בארץ ישראל שהיא כחלק מגלי הכיבוש הערבי, יצרה ישות מדינית המכונה 'האימפריה המוסלמית' שיצאה מחצי האי ערב והגיעה בתחילת המאה ה־7 לארץ ישראל. האימפריה הייתה רצופה בשינויים פוליטיים ולא הייתה אחידות שלטונית כפי שיש באימפריה, להלן מספר סברות, כגון:
נגישות להר הבית.
עד אמצע המאה ה־19 נמנעה הכניסה למתחם הר הבית ממבקרים לא־מוסלמים. בשנת 1839, בעקבות רפורמות טנזימאט בממסד ובחקיקה העות'מאנית, ניתנה הרשות ללא־מוסלמים להיכנס למתחם הר הבית, אולם לשם כך היה נדרש להשיג אישור מיוחד מפחת העיר.
לאחר איחוד ירושלים תחת שלטון ישראלי בעקבות מלחמת ששת הימים בשנת 1967, הורשו מבקרים בני כל הדתות להיכנס להר. אולם, הכניסה למבקרים לא־מוסלמים הותרה רק דרך שער המוגרבים, ואסור היה להם להתפלל במקום. כך למשל, באוגוסט 1994 הורחקו שלושה עולי רגל נוצרים מהר הבית לאחר שהתפללו במקום. לאחר כיבוש ההר, הודיעה הרבנות הראשית לישראל כי העלייה למתחם הר הבית אסורה כיום ליהודים, על רקע איסור הלכתי על כניסה לשטח בית המקדש לטמא מת (מעמדם ההלכתי של כלל היהודים בימינו), ואי־בהירות לגבי מיקומו המדויק של בית המקדש בתוך מתחם הר הבית (ראו לעיל).
עם פרוץ המהומות בהר־הבית בשלהי שנת 2000, שנודעו לימים בכינוי "האינתיפאדה השנייה", נאסרה הכניסה למתחם למבקרים לא־מוסלמים. ההר נפתח שוב למבקרים רק בשנת 2003, בהוראת שר המשטרה צחי הנגבי. נקודת הזמן הרגישה ביותר בהר היא בצהרי יום שישי, בסיומן של תפילות יום השישי במסגדים בהר. בתקופות רגישות מגבילה משטרת ישראל כניסת מתפללים מוסלמים להר הבית, על־מנת להקטין את החשש להתפרצות הפגנות אלימות במתחם. כמו כן המשטרה מונעת עליית יהודים להר הבית בתקופות רגישות, וגם בתקופות רגועות עלייתם מוגבלת, כשאר המבקרים הלא־מוסלמים, לימים ראשון עד חמישי, ורק בשעות הבוקר (7:30-11:00) ושעה אחת בצהריים (13:30-14:30). בימי הרמדאן מאפשרת משטרת ישראל למאות אלפי מוסלמים את העלייה להר.
בשנת 2016 עלו להר הבית 14,054 יהודים ישראלים, לעומת 217,620 תיירים.
מבנים.