בתחילת אוגוסט 1991 מנו הכוחות הקרואטים פחות מ-20 חטיבות. לאחר גיוס שהחל באוקטובר, גדל הצבא לכדי 60 חטיבות ועוד 37 גדודים עצמאיים. במהלך 1991–1992 התגייסו לצבא קרואטיה כ-450 זרים, בעיקר מבריטניה (140), צרפת (70) וגרמניה (55). בסוף 1991, לאחר מספר ניצחונות בקרבות על בסיסים יוגוסלבים בקרואטיה, נתפס ציוד רב שעזר לצייד את הצבא הקרואטי בצורה טובה יותר. עד לסוף המלחמה השתנה מאזן הכוחות הלוחמים, והצבא הקרואטי הפך עדיף (בעיקר בעזרת צבא בוסניה והרצוגבינה).
מהלך המלחמה.
1991: פרוץ המלחמה.
בתחילת 1991 שני הצדדים נקטו בפעולות תעמולה, על מנת לעודד שנאה של הצד השני (על בסיס האתניות).
בתחילת מרץ בעקבות התקפה של כוחות סרבים על כוחות משטרה באזור פקרק, החריף העימות לכדי קרבות של ממש באזורים קרואטיים בעלי רוב סרבי. ההרוג הראשון במלחמה היה יוסיפ יוביץ', איש משטרה קרואטי שנהרג במהלך התקרית באגמי פליסיב בסוף מרץ.
במרץ ובאפריל 1991 החלו הסרבים בקרואטיה לבצע מהלכים להתנתקות מקרואטיה. ישנו ויכוח על מידת המעורבות של הממשלה הסרבית בהנהגת מילושביץ' במהלכים אלה. לאחר מכן הוכרזה האוטונמיה הסרבית של קאריג'ה שהכילה למעשה את כל השטחים הקרואטיים בהם היה רוב סרבי. ממשלת קרואטיה ראתה במהלך זה מרד כנגד שלטונה.
מראשית המרד ועד לסוף אפריל 1991 היו כ-200 תקריות אש וכ-89 התקפות של סרבים על המשטרה הקרואטית. בעקבות כך הורה השר הקרואטי לביטחון הפנים על גיוס והכשרה של יחידות משטרה מיוחדות רבות. ב-9 באפריל 1991, הורה נשיא קרואטיה טומן לשנות את שמם של כוחות המשטרה המיוחדים לזבור נרודן גארד ("המשמר הלאומי"), אירוע שסימן את הקמת צבא קרואטי עצמאי.
עימותים משמעותיים מתקופה זו כללו את המצור על קיג'ו, בו למעלה מאלף בני אדם היו נצורים בכפר הדלמטי קיג'ו, ואת רציחות בורובו סלו, שם התחוללו קרבות בין המשטרה הקרואטית למילציות סרביות בהם נפגעו כ-12 שוטרים קרואטים. האלימות גברה בכפרים באזור סלאבוניה המזרחית והתחוללו קרבות בין המשטרה למילציות סרביות דוגמת קרבות דוברניק וסוטין.
ב-15 במאי היה אמור לעלות לראשות שלטון יוגוסלביה במסגרת הסכם השלטון המשותף הדיפלומט הקרואטי סטפן מסיץ'. הסרבים מנעו את מינויו בעזרת השגת רוב נגד בהצבעה (בעזרת קוסבו מקדוניה וויבודניה) ובעצם נוצר מצב בו ליוגוסלביה לא היה ראש מדינה (אשר מתפקד גם כגנרל הצבא). לאחר יומיים נעשה ניסיון להצבעה חוזרת על מנת לאשר את המינוי אך גם הצבעה זו נכשלה. אנטה מרקוביץ ראש ממשלת יוגוסלביה באותו זמן הציע למנות ועדה של מספר מששתפם אשר תחזיק בסמכויות הנשיא, מהלך זה סוכל בידי קרואטיה. לבסוף לאחר 6 שבועות נפתר המשבר ומסיץ' עלה לשלטון - השליט הלא קומוניסטי הראשון במדינה מזה חמישה עשורים.
הכרזת העצמאות הקרואטית.
ב - 19 במאי 1991 קיימו שלטונות קרואטיה משאל עם על עצמאות עם אפשרות להישאר ביוגוסלביה כאיחוד משוחרר. הרשויות המקומיות הסרביות פרסמו קריאות לחרם, שלהם נענו סרבים קרואטים רבים. משאל העם עבר עם 94% בעד היפרדות מיוגוסלביה.
לאחר מכן ב-28 במאי קיים הצבא החדש מצעד צבאי ברחבי העיר זאגרב.
הפרלמנט של קרואטיה הכריז על עצמאות קרואטיה ופיזר את הקשר עם יוגוסלביה ב-25 ביוני 1991. החלטת הפרלמנט הקרואטי הוחרמה חלקית על ידי סגני הפרלמנט השמאליים. הקהילה האירופית והוועידה לביטחון ושיתוף פעולה באירופה דחקו ברשויות קרואטיות להשהות את ההכרזה בשלושה חודשים.
ממשלת יוגוסלביה הגיבה להכרזות העצמאות של קרואטיה וסלובניה (אשר בוצעה זמן מה קודם) כאשר ראש ממשלת יוגוסלביה אנטה מרקוביץ 'הכריז על ההחלטות כלא חוקיות ובניגוד לחוקה של יוגוסלביה, ותמך ב-JNA בפעולה להבטחת האחדות האינטגרלית של יוגוסלביה.
קרואטיה הסכימה ל"הסכם בריוני" שכלל הקפאת הכרזת העצמאות שלו למשך שלושה חודשים, מה שהקל מעט על המתחים.
הסלמת העימותים.
ביולי, בניסיון להציל את שנותר מיוגוסלביה, היו כוחות JNA מעורבים בפעולות נגד אזורים קרואטים. ביולי החלו כוחות ההגנה הטריטוריאלית בהובלת סרביה להתקדם באזורי החוף של דלמטיה במבצע חוף 91. בתחילת אוגוסט הוחלט על כוחות סרביים על שטחים גדולים בבנובינה.
עם תחילת הפעולות הצבאיות בקרואטיה, קרואטים ומספר מגויסים סרבים החלו לנטוש את JNA בהמוניהם, בדומה למה שקרה בסלובניה. אלבנים ומקדונים החלו לחפש דרך לעזוב את ה-JNA באופן חוקי או לשרת את תקופת הגיוס שלהם במקדוניה; מהלכים אלה הפכו את הצבא היוגוסלבי להומגוני ביותר (רוב סרבי מוחלט).
חודש לאחר הכרזת העצמאות של קרואטיה כבר החזיקו הJNA ומיליציות סרביות מקומיות כשליש מהשטח של קרואטיה, בעיקר בשטחים אשר כללו רוב אתני סרבי. האסטרטגיה הצבאית של JNA כללה בחלקה הפגזה נרחבת, לעיתים ללא קשר לנוכחותם של אזרחים. עם התקדמות המלחמה הערים דוברובניק, גוספיצ'י, שיבניק, זדר, קרלובץ ', סיסאק, סלבונסקי ברוד, אושייק, וינקובצ'י, ווקובאר נתקפו כולם על ידי כוחות יוגוסלביה. האו"ם הטיל אמברגו נשק על הצדדים הלוחמים, זה לא השפיע באופן משמעותי על הכוחות הסרבים המגובים ב-JNA, מכיוון שהיה ברשותם ארסנל ה-JNA, אך זה גרם לצרות קשות עבור הצבא הקרואטי החדש. בעקבות כך ממשלת קרואטיה החלה להבריח נשק על גבולותיה.
באוגוסט 1991 החל קרב ווקובר. מזרח סלאבוניה הושפעה קשה בכל התקופה הזו החל מהטבח בדאלג', וחזיתות שהתפתחו סביב אושייק ווינקובצ'י במקביל לקרב בווקובר. בספטמבר הקיפו כוחות סרביים את העיר ווקובר לחלוטין. חיילים קרואטיים, כולל חטיבת ווקובר 204, התבצרו בתוך העיר והחזיקו אותה כנגד חטיבות שריון ממוכנות של ה-JNA, וכן יחידות מיליציה סרביות. ווקובאר הייתה הרוסה כמעט לחלוטין; 15,000 בתים נהרסו. חלק מהאזרחים קרואטים תפסו מחסה בתוך העיר, אחרים ברחו מהמקום בהמוניהם. הערכות לגבי מספר מקרי המוות בווקובאר כתוצאה מהמצור נעות בין 1,798 ל-5,000. בנוסף 22,000 נוספים גורשו מווקובאר על ידי הצבא לאחר כיבושה.
הערכות מסוימות כוללות 220,000 קרואטים ו-300,000 סרבים שנעקרו מביתם למשך המלחמה בקרואטיה. באזורים רבים, אזרחים אולצו לעזוב על ידי הצבא. היה זה הרגע שהמונח טיהור אתני - שפירושו נע בין פינוי לרצח - נכנס לראשונה ללקסיקון האנגלי.
ב-3 באוקטובר, חיל הים של יוגוסלביה חידש את המצור על הנמלים העיקריים של קרואטיה. מהלך זה הגיע לאחר חודשים של התנגדות לעמדות JNA. זה היה במקביל לסוף מבצע "חוף 91", בו ה-JNA לא הצליח לכבוש את קו החוף בניסיון לנתק את הגישה של דלמטיה לשאר קרואטיה.
ב-5 באוקטובר נשא הנשיא טואמן נאום בו קרא לכלל האוכלוסייה להתגייס ולהגן מפני "האימפריאליזם הסרבי הגדול" אשר הוצג בידי ה-JNA והכוחות הסרביות אשר שיתפו איתם פעולה. ב-7 באוקטובר תקף חיל האוויר היוגוסלבי את בניין הממשלה הראשי בזאגרב, אירוע המכונה הפצצת בנסקי דבורי. למחרת, כאשר עברו שלושה חודשים מאז הכרזת העצמאות ופקע תוקף "הסכם בריוני", ניתק הפרלמנט הקרואטי את כל הקשרים שנותרו עם יוגוסלביה ומימש את עצמאותו, 8 באוקטובר נחגג כיום העצמאות בקרואטיה. הפצצת משרדי הממשלה והמצור על דוברובניק שהחל באוקטובר הביאו לסנקציות של האיחוד האירופי נגד סרביה. ב-15 באוקטובר לאחר כיבוש קווטאט על ידי ה-JNA, הכריזו סרבים מקומיים בראשות אקו אפולוניו על הקמת הרפובליקה של דוברובניק. התקשורת הבינלאומית התמקדה בפגיעה במורשת התרבותית של דוברובניק; החששות מפני נפגעים אזרחיים וקרבות מרכזיים כמו זה בווקובר נדחקו מהשקפת הציבור בעולם. עם זאת, פיגועי ארטילריה על דוברובניק פגעו ב-56% מהבניינים שלה, שכן העיר ההיסטורית (אשר מוגדרת כאתר מורשת עולמית של אונסק"ו) ספגה 650 פגיעות בסיבובי ארטילריה.
שיא המלחמה.
בתגובה להתקדמות החטיבה 5 של ה-JNA אשר חצתה את נהר הסאבה לעבר פאקראק והמשיכה צפונה למערב סלאבוניה, הצבא הקרואטי החל במתקפת נגד מוצלחת בתחילת נובמבר 1991, המבצע ההתקפי העיקרי הראשון שלה במלחמה. מבצע אוטקוס 10 (31 באוקטובר עד 4 בנובמבר) הביא לכיבוש קרואטי מחדש של שטח בין הרי בילוגורה לפאפוק. הצבא הקרואטי כבש מחדש כ-270 קמ"ר במבצע זה.
הטבח בווקובאר התרחש בנובמבר;הניצולים הועברו למחנות כליאה כמו Ovčara ו-Velepromet, כאשר הרוב הגיע לבסוף למחנה הכלא סרסקה מיטרוביקה. המצור המתמשך על ווקובר משך תשומת לב תקשורתית בינלאומית כבדה. עיתונאים בינלאומיים רבים היו בווקובר או בסמוך לה, כמו גם מתווך השלום של האו"ם סיירוס ואנס, שהיה מזכיר המדינה של נשיא ארצות הברית לשעבר קרטר.
בנוסף לכך התרחשו במזרח סלאבוניה הטבח בלוקאס במהלך חודש אוקטובר וטבח ארדוט בחודש נובמבר 1991 לפני ואחרי המצור ווקובאר. ובמקביל, התרחש הטבח בסקברנג'ה בצפון העורף הדלמטי. האירועים בווקובאר הצליחו לרוב להאפיל על כל שאר הדברים שקרו בו זמנית.
ב-14 בנובמבר אותגר הסגר הימי על נמלי הדלמטים בידי ספינות אזרחיות. העימות הגיע לשיאו בקרב התעלות הדלמטיות, כאשר בעזרת ארטילריה הצליחו הקרואטים להטביע ולכבוש מספר ספינות חשובות. בעקבות כך הוגבלה פעולתו של חיל הים היוגוסלבי רק לאזור הדרומי בים האדריאטי.
כוחות קרואטיה התקדמו עוד יותר במחצית השנייה של דצמבר, כולל מבצע "אורקן 91." במהלך אורקן 91 ', צבא קרואטיה כבש מחדש שטח של כ-1,440 קמ"ר. סיום המבצע סימן סיום שלב בן לחצי שנה של לחימה אינטנסיבית: במהלכה 10,000 איש מתו, מאות אלפים ברחו ועשרות אלפי בתים נהרסו.