להלן רשימת ששת הזוחלים הגדולים ביותר וממדיהם, ממוינים לפי משקל ממוצע:
כסות הגוף.
גוף הזוחלים מכוסה בעור השונה מעורם הלח של הדו-חיים, מעורם המנוצה של העופות, ומעורם השעיר של היונקים. שכבת האפידרמיס בזוחלים מצופה בקשקשים העשויים בעיקר מבטא-קרטין, אותו החומר ממנו עשויים (בעיקר) הציפורניים והשיער. הקשקשים מחוברים זה לזה באמצעות עור דק וגמיש. שכבות העור והקשקשים משמשות כחיץ לשמירת נוזלי הגוף, סיוע בניהול גזים וחום גוף, הגנה מפגיעות חיצוניות וקרינה, הסוואה ואמצעי תקשורת. תכונה זו של אטימות למים מאפשרת לזוחלים לחיות במקומות יבשים, בשונה מן הדו-חיים. עור הזוחלים עני בבלוטות אקסוקריניות, הנפוצות בעור הדו-חיים, ובמינים מסוימים אף חסר אותן לגמרי.
אצל הצבים התפתח שריון, העשוי מעצמות רבות שהתאחו ומשכבה של קשקשים גדולים המכסה אותן (חוץ משריון הצבים הרכים – אשר כמשתמע משמם – הוא רך, ומכוסה בשכבת עור עבה).
כל הזוחלים מחליפים את שכבות העור הישן (הנקרא "נשל") בחדש יותר בתהליך הנקרא התנשלות (Moulting), אם כי באופנים שונים: הנחשים משלימים התנשלות על פני כל גופם בבת אחת, תוך פריצה מהעור הישן, בעוד שאר הקשקשאים משירים חתיכות גדולות מן העור. התנינאים משירים את קשקשיהם הגדולים אחד אחד, והצבים משירים רק את השכבות העליונות בעוד ששכבות חדשות מתווספות לתחתונות (על פי מספרן ניתן לקבוע את גיל הצב).
טמפרטורת הגוף.
יונקים ועופות "חמי דם" הם אנדותרמיים, כלומר מסוגלים לייצר חום גוף בעצמם, והומיאותרמיים, כלומר מסוגלים לשמור על תחום טמפרטורת גוף צר וקבוע. אך הזוחלים "קרי הדם" – בשונה מהם ובדומה לשאר בעלי החיים – הם אקטותרמיים, כלומר חום גופם מגיע ממקורות חיצוניים כמו השמש, והטרותרמיים, כלומר טמפרטורת גופם משתנה לפי טמפרטורת הסביבה. כתוצאה מכך, רוב הזמן טמפרטורת הגוף אצל זוחלים דומה לטמפרטורת הסביבה, ונמוכה מטמפרטורת הגוף האופיינית ליונקים ועופות.
במסגרת הגדרה זו, חלק מן הזוחלים נחשבים "סטנותרמיים" (stenothermic), כלומר יצורים חיים המסוגלים לעמוד בטווח טמפרטורות צר, ואחרים נחשבים "אאוריתרמיים" (eurythermic")", כלומר יצורים המסוגלים לסבול טווח טמפרטורות נרחב. באופן כללי, זוחלי הקרקע סטנותרמיים יותר מזוחלי הים והעצים.
היבטים רבים של הפיזיולוגיה של הזוחלים קשורים לטמפרטורה, ומכאן גם התנהגותם ובריאותם. אם טמפרטורת גופם של הזוחלים עולה מעל או יורדת מתחת לתחום הרגיל – גופם יפסיק לתפקד כהלכה והם לא יוכלו לזוז. האופן העיקרי בו זוחלים מווסתים את טמפרטורת הגוף שלהם הוא באמצעות התנהגותם (לפירוט ראו בסעיף התנהגות). לעיתים קרובות הם נאלצים לשהות זמן מה באור שמש ישיר, או לחלופין על מצע כלשהו שחומם קודם בקרני השמש, עד שטמפרטורת הגוף שלהם תעלה לרמה מספקת לצורך פעילויות שונות. מאידך, כאשר הסביבה הופכת חמה מדי הם נאלצים לשהות בצל או במאורה על מנת לקרר את גופם. לכן רוב היבטי ההתנהגות, אורח החיים והתפוצה אצל זוחלים מוכתבים על ידי טמפרטורת הסביבה הרבה יותר מאשר אצל יונקים ועופות (לפירוט ראו בסעיף תפוצה).
מערכת החיסון של הזוחלים מגיבה באופן חלש יותר בחורף. כמו כן, הם זקוקים לקרינת על-סגול כדי לייצר ויטמין D3, המסייע לספוג סידן דרך מערכת העיכול. מחסור בקרינה זו, במיוחד מסוג "גל בינוני" (UV-B), יוביל ל-Metabolic bone disease.
חילוף חומרים.
בדומה לשאר בעלי-חיים "קרי דם", חילוף החומרים (מטבוליזם) אצל זוחלים בני-זמננו איטי באופן משמעותי מזה של יונקים ועופות "חמי דם", והם צורכים ומוציאים הרבה פחות אנרגיה ליחידת זמן.
לחילוף החומרים האיטי של הזוחלים ישנם יתרונות, כמו צריכת חמצן נמוכה יותר וצריכת מזון נמוכה יותר. לדוגמה, תנין צורך 10% עד 20% בלבד ממסת המזון שצורך אריה בעל מסת גוף זהה, והוא עשוי לחיות במשך חצי שנה בלי לאכול כלל. עם זאת, את מרביתו של זמן זה הוא מבלה ברביצה ללא תנועה. גם זוחלים טורפים אחרים, כגון נחשים, שממיות וזיקיות, בדרך-כלל אינם מתרוצצים ומחפשים אחר טרפם באופן פעיל, אלא אורבים לו במקום אחד זמן רב.
רמת הפעילות הנמוכה אשר מוכתבת על ידי חילוף החומרים האיטי גורמת לכך שזוחלים בני-זמננו, בהשוואה ליונקים ועופות, ממעטים יותר לחקור את סביבתם, ללמוד דברים חדשים וליצור חיי חברה מורכבים. חילוף החומרים האיטי יותר אצל זוחלים גם מגביל אותם בהוצאת אנרגיה גבוהה במיוחד ומאמצים גופניים קשים במיוחד, אשר אפשריים בבעלי-חיים חמי-דם, למשל תעופה בטפיחות כנפיים פעילות אצל עופות, או ריצה למרחקים ארוכים ביונקים.
חוקרים רבים כיום סבורים כי בשונה מן הזוחלים בני-ימינו, כמה זוחלים נכחדים היו "חמי דם" לפחות במידה מסוימת. אף שלא ניתן לבדוק זאת ישירות בשלדים מאובנים, ראיות נסיבתיות רבות מצביעות על כך. מאובני דינוזאורים רבים התגלו באזורי הקטבים (אשר בתקופתם היו קרירים למדי, אם כי הרבה פחות קרים מאשר כיום). שלדי דינוזאורים רבים, למשל דיינוניכוס, רומזים שהם היו פעילים ומהירי ריצה, ופטרוזאורים היו מסוגלים לעוף. דינוזאורים מנוצים היו מכוסים במעטה נוצות פלומתיות אשר שימשו ככל הנראה כבידוד תרמי, האופייני לבעלי-חיים חמי-דם.
מחזור הדם.
כמו אצל שאר בעלי ארבע רגליים, גם בזוחלים יש מחזור דם כפול - מחזור קטן לריאות ומחזור גדול לשאר חלקי הגוף. אך בדומה למצב בדו-חיים, גם בזוחלים עדיין אין הפרדה מוחלטת בין שני המחזורים: במקום חלוקה לחדר ימני וחדר שמאלי בלב ישנו רק חדר אחד, וכתוצאה מכך ייתכן ערבוב בין דם עשיר בחמצן המגיע מן הריאות לדם עני בחמצן המגיע משאר חלקי הגוף. יוצאים מכלל זה הם התנינאים, שבלב שלהם יש מחיצה שרירית המחלקת את החדר למדור ימני ושמאלי, בדומה למצב בעופות וביונקים. ואולם אפילו אצל התנינאים מחיצה זו עדיין איננה מושלמת לחלוטין, ונותר בה חור קטן (foramen of Panizza).
ההפרדה הבלתי-מושלמת בין מחזורי הדם בדו-חיים ובזוחלים מפורשת בדרך-כלל כשריד אבולוציוני של תהליך ההתפתחות מדגים בעלי מחזור הדם היחיד. כמה חוקרים הציעו מנגנונים שונים של זרימת דם בחדרי הלב במיני זוחלים מסוימים, אשר בפועל מצליחים להפחית או למנוע ערבוב דם עשיר בחמצן עם דם עני בחמצן למרות ההפרדה הבלתי-מושלמת. ייתכן גם שזוחלים רבים מסוגלים להשלים עם מידה מסוימת של ערבוב ופגיעה ביעילות מטבולית כתוצאה מכך, שכן קצב חילוף החומרים אצלם בדרך-כלל נמוך מזה של יונקים ועופות.
תופעה נוספת המפורשת כשריד של מצב עתיק בזוחלים ובדו-חיים היא התפצלות אבי העורקים לשני סעיפים גדולים, אחד לצד ימין של הגוף והאחר לצד שמאל שלו, אשר מתאחדים שוב באזור הגב לפני שהם מגיעים לשאר חלקי הגוף. המעבר הכפול מוסבר כשריד של קשת הזימים הרביעית בדגים, אשר הפכה מיותרת עם המעבר לנשימה באמצעות ריאות והעלמות הזימים. צד אחד של המעבר הכפול המיותר מתנוון ביונקים (הצד השמאלי) ובעופות (הצד הימני).
מערכת הנשימה.
בדומה לשאר בעלי ארבע רגליים, הזוחלים נושמים באמצעות ריאות. בניגוד לדו-חיים, שבתחילת מחזור חייהם במים הם נושמים באמצעות זימים, לזוחלים אין זימים פעילים בשום שלב של חייהם.
בדומה לדו-חיים, זוחלים קטני-גוף רבים סופגים חלק מן החמצן הדרוש להם מן האוויר ישירות דרך עורם, לעיתים באזורים מסוימים שלו שבהם העור חדיר יותר. למרות זאת, לפחות חלק מן הנשימה מתבצע תמיד באמצעות הריאות.
שאיבת האוויר אל הריאות, שביונקים מונעת בכוח שרירי הסרעפת ובית החזה, מונעת בדרכים שונות בקבוצות שונות של זוחלים. אצל הקשקשאים, השאיבה מונעת בכוח שרירי עמוד השדרה, אשר תפקידם העיקרי הוא בהתקדמות הגוף. כתוצאה מכך, מרבית הקשקשאים נאלצים לעצור את נשימתם בעת ריצה מהירה. בכמה מיני לטאות מגבלה זו נעקפה על ידי התפתחות שרירים גמישים בתחתית חלל הפה, אשר שואבים את האוויר כמו אצל דו-חיים. אצל התנינאים התפתחה מחיצה שרירית דמויות-סרעפת, אך היא איננה הומולוגית לסרעפת היונקים, וממוקמת באגן ולא בתחתית בית החזה.
שלא כמו ביונקים ובעופות, למרבית הזוחלים חך משני קטן ובלתי-מפותח, כך שאין הפרדה בחלל הפה בין דרכי הנשימה ודרכי המזון. כתוצאה מכך רבים מהם אינם מסוגלים לנשום דרך הראות בעת האכילה. יוצאים מכלל זה התנינאים, שהם בעלי חך משני מפותח המאפשר להם לנשום בעת האכילה. אצל הנחשים חך משני בלתי מפותח, אך החלק הקדמי של קנה הנשימה התארך קדימה והתחבר לנחיריים, מה שמאפשר לנחשים לנשום כאשר הם בולעים את טרפם, תהליך שעשוי להימשך אצלם זמן רב.
מערכות החישה והעצבים.
ריח ותגובות לגירוי כימי.
חוש הריח מפותח אצל מרבית הזוחלים, ויש להם מספר איברים הרגישים לגירויים כימיים באף ובחך. בדומה לבעלי ארבע רגליים רבים, הזוחלים (חוץ מן הצבים) הם בעלי איבר יעקובסון – איבר הרחה נוסף לאף בתקרת הפה. איבר יעקובסון מפותח אצל הלטאות, אך לשיא התפתחותו הגיע אצל הנחשים. כאשר נחש קולט קול דרך הקרקע או כאשר ריח חזק מגרה את אפו, הוא מרים מעט את ראשו, משרבב את לשונו ומכניסה בחזרה במהירות מספר פעמים. בכל החזרה של הלשון, קצה נוגע סמוך לפתח בחך המוביל לאיבר יעקובסון, ובכך היא מעבירה אליו חלקיקי ריח שדבקו בה. רבים מן הזוחלים, כמו צפעיים גדולים וחומטיים, מסתמכים כמעט באופן בלעדי על איבר יעקובסון לאיתור ומעקב אחר טרף. זוחלים אחרים, כמו התנינאים, נעזרים בו למציאת בן או בת זוג.
מערכת השמיעה.