בינואר 1893 סירב להשתתף בפעילות האגודה הווינאית למלחמה באנטישמיות (נוסדה ב-1890), גוף שפעל ברוח תפישת העולם הליברלית, וגינה אותם כנאיבים ועיוורים מרצון למציאות: שנאת היהודים לא נבעה מבורות ודעות קדומות סתם, אלא ממתחים חברתיים ופוליטיים ממשיים. הרצל נסחף לרעיונות רדיקליים יותר ויותר לפתרון השאלה היהודית, כשהוא נע בין תביעות מן היהודים להשיל את מה שראה כפחדנותם וקלקולם המוסרי לדרישה מן החברה הנוצרית לקבל אותם; הצורך להשיג בסיס אמיתי לאיתנות נפשית וכבוד עצמי יהודי, שהיה חיוני בטרם השגת כבוד מן החוץ, לא הרפה ממנו.
לברון פרידריך לייטנברגר, שהציע לו להשתתף בפעילות האגודה נגד אנטישמיות, השיב הרצל כי היהודים חייבים להיפטר מאותן "תכונות שליליות שבגללן לא סובלים אותם", ושיש רק פתרון אחד: התבוללות מוחלטת שתושג באמצעות המרת הדת ונישואי תערובת. הרצל טען במכתבו אליו, כי "יש לאנטישמיות אספקטים חיוביים" ושהיא "תחנך את היהודים" ותקים "דור שיעשה רושם מצוין". לדבריו, "יש לטבול ילדים יהודים לנצרות קודם שהם אחראים למעשיהם, לפני שיוכלו לפעול בעד או נגד, ולפני שהמרת הדת תוכל להתפרש כחולשה מצדם. מוכרחים להיעלם בהמון!". עם זאת, דאג להבהיר שאין בכוונתו לחרוץ "משפט חמור מדי על היהודים". לדבריו, "הרבה ביהודי יש לסלוח, שכן, סוף כל סוף, הוא חי תמיד בשטח אויב".
במכתבו הבא אל לייטנברגר, העלה הרצל את הרעיון לארגן תנועת התנצרות המונית שתדאג להטבלתם הקולקטיבית של יהודי אוסטריה, בתנאי שהכנסייה תיקח על עצמה את המאבק באנטישמיות. זו לא הייתה הפעם הראשונה בה הגה בכך – כבר ב-1882 כתב ביומנו שבטווח הרחוק, היהודים יתנצרו ויתבוללו כליל בחברה באמצעות נישואי תערובת "על בסיס של דת-מדינה משותפת" – אך עתה ביקש הרצל לקדם זאת אקטיבית, ותכנן ליזום ריאיון עם האפיפיור. בתקופה בה התנצרות אופורטוניסטית זוהתה כמעשה יהודי במובהק, עד כדי כך שאף תומכים מושבעים בהכחדה עצמית מרצון של היהודים נרתעו מכך (אם כי חלקם דגלו בטבילת ילדים בגיל הינקות, דבר שאף הרצל שקל עבור בנו הנס), ביקש הרצל לשוות לתוכניתו גוון אחר לגמרי. המרת הדת נועדה בחזונו להתבצע חגיגית ובפומבי, באתרים כמו קתדרלת סטפנוס הקדוש בווינה, כשהמנהיגים המובילים אותה לא יוטבלו – הרצל עצמו ציין במספר מכתבים מן התקופה כי אף שבהחלט איננו רואה בשלילה התנצרות, והוא נעדר כל סנטימנט חיובי לדת היהודית, אקט כזה יהווה חוסר כבוד עצמי וישבור את לבו של אביו.
ב-20 במאי 1893 נולדה להרצל בתו, טרודה. לידתה חיזקה את החלטתו לחסוך מילדיו את ייסוריו שלו כיהודי, וביוני 1893, במהלך חופשת קיץ באוסטריה, פנה עם רעיון ההתנצרות ההמונית למוציאים לאור של עיתונו, "נויה פרייה פרסה".
יוזמתו החרידה את המכותבים עמם דן אודותיה, עורך עיתונו, מוריץ בנדיקט, והברון פרידריך פון לייטנברגר, נשיאה הקתולי של האגודה למלחמה באנטישמיות. בנדיקט ניער את הרצל מחזונו כשכתב לו: "גזעך החזיק ביהדות במשך מאה דורות ואין לך זכות לשים לכך קץ... מלבד זאת, האפיפיור לא יקבל אותך". כעבור שנתיים, לאחר שהפך לציוני, התנער ביומניו מן התוכנית ותיאר אותה כמשוגה שנבעה מייאוש או "נטיות עמומות שבחולשת נעורים", "והרי הם יהיו חסרי ערך לחלוטין". תוכנית ההתבוללות מוזכרת רק ביומנו הפרטי, ולולא יומנו - לא הייתה נודעת כלל.
הרצל שב מאוכזב לפריז, שם הבין כי תוכניתו להמרת הדת הייתה תמימה. ביומנו כתב: "הבעיה היהודית אינה לאומית ואינה דתית, אלא חברתית". באוקטובר 1893 נתקף בקדחת. בְירכיו התפתחו כיבים, והוא נזקק לניתוח. בתקופת החלמתו הממושכת כתב את "ההערה" (Die Glosse), מחזה בחרוזים המתרחש בבולוניה במאה ה-13 ודן בקשיי הנישואים, אולם גם הוא נדחה על ידי הבורגתיאטר של וינה. בקיץ 1894 חזר לחופשה באוסטריה. מדי יום התפרסמו ידיעות על תקריות אנטישמיות בבירות מרכז אירופה. לעמיתו הלא-יהודי בעיתון, הסביר הרצל: "אנחנו דבקים בממון משום שהדיחו אותנו אל הממון... אופיינו נשחת על ידי לחץ והוא טעון תיקון על ידי לחץ מסוג אחר... אף על פי כן האנטישמיות עשויה להועיל לאופיים של היהודים. חינוך מושג רק באמצעות מהלומות קשות. סגולת החיקוי של דרווין עתידה להתגלות. היהודים יסתגלו. דומים הם לכלבי-הים, אשר תאונה של הטבע הטילה אותם לתוך המים... בשובם ליבשה, ואם יוכלו להישאר עליה כמה דורות, ישובו הסנפירים שלהם וייהפכו לרגליים". בדרכו חזרה במרכבה אל בית הוריו בבאדן, קראו אחריו שני פרחי-קצונה "חזיר יהודי"! (Saujud). באוקטובר 1894 שב לפריז. בתקופה זו עדיין לא חשב על פתרון לאומי. פחות משנה לפני התעוררותו כציוני, חשב הרצל כי אם אמנם "ישובו היהודים הביתה באחד הימים (ויתקבצו בארצם), הרי למחרתו יתברר להם כי אינם עוד עם אחד. מאות בשנים נשתרשו בתרבויות ולאומים שונים, נבדלים זה מזה. קבוצות־קבוצות".
ב-1894 כתב הרצל את מחזהו "הגטו החדש", ובו תיאר את דמות הצעיר היהודי שנמצא במתח האמנציפטורי המובהק - הוא אדם אמנותי ועדין-נפש הרוצה להתקבל בחברה הנוצרית בזכות עצמו, אך אינו יכול לחמוק מהזיהוי של היהודים כספסרים מעוררי שאט-נפש. במסע חיפושו אחר חירות פנימית וכבוד עצמי הוא נקרע בין האמונה הליברלית בכך שבני-האדם שווים ושכל האפליות תתבטלנה עם התפשטות הקדמה, לבין המציאות החברתית הגוזרת עליו כליאה בגטו חברתי-מעמדי גם לאחר ביטול הגטו הממשי. מילותיו האחרונות של גיבור המחזה הן "אני רוצה החוצה! החוצה מהגטו!". המחזה משקף את יאושו של הרצל ואת אובדן אמונתו באפשרות של קבלת היהודים לחברה, הן בגלל אופיים הריאלי שאותו הוא ביקר קשות, והן בגלל דעותיה המושרשות של הסביבה הנוצרית.
משפט דרייפוס, 1894–1895.
מודעותו ורגשותיו של הרצל לגבי מעמד היהודים ומצבם העמיקו כאשר סיקר את משפט דרייפוס כשליח "נויה פרייה פרסה" בפריז.
הרצל לא האמין תחילה בחפותו של דרייפוס, אולם בהמשך היה משוכנע יותר ויותר, כי דרייפוס חף מפשע. הוא נכח באולם בית המשפט בעת מתן פסק הדין ב-22 בדצמבר 1894, בו הוכרז שדרייפוס אשם ונידון למאסר עולם, וכעבור שבועיים, ב-5 בינואר 1895, היה אחד מבין מספר עיתונאים שהורשו להיכנס לכיכר הגדולה שבה נערך טקס השפלתו הפומבית של דרייפוס. הרצל התרשם מעמידתו האיתנה. הוא שמע את צעקות ההמון "יודאס! בוגד!" בטקס הסרת דרגותיו של דרייפוס, שהורשע בבגידה, ואת תשובתו בקול: "אני אוסר עליכם לגדף אותי!". ההמון שהתדפק על שערי הברזל צעק "מוות ליהודים!" אולם בכתבה של הרצל על הטקס, שוּנתה הקריאה ל"מוות לבוגדים!". עורכי העיתון, באכר ובנדיקט, סברו שעדיף שלא ללבות עוד יותר את אש האנטישמיות שבערה בווינה באותם ימים. הבולשת הצרפתית בדקה עתה בקביעות את מכתביו של הרצל. ב-21 במרץ 1895 צוינה בדו"ח המשטרתי על הרצל "איבתו לצרפת".
ישנה מחלוקת לגבי הטענה שלמשפט דרייפוס הייתה השפעה משמעותית על הרצל. שלמה אבינרי טען כי ביומניו מהשנים 1895–1897, מתחילת כתיבת יומנו המדיני ועד הקונגרס הציוני הראשון – השנים המעצבות, שבהן התגבש הרעיון הציוני אצל הרצל, מוזכר דרייפוס רק פעמיים.
ואמנם, רק ב-1899 ציין הרצל לראשונה ביומנו כי משפט דרייפוס עשה אותו לציוני.
הרצל קיבץ את כל הכתבות שפרסם במשפט דרייפוס בספר "ארמון בורבון".
משפטו והשפלתו של דרייפוס אולי לא נטעו אצל הרצל את רעיון הקמת מדינה יהודית עצמאית, אך הם היו בבחינת הקש האחרון. הרצל החליט עתה לעמוד בראש פעולה עולמית למען היהודים, והתחזקות האנטישמיות גם במקומות אחרים באירופה חיזקה את החלטתו. בפברואר 1895 נשמעו בפרלמנט האוסטרי דרישות לגירוש כל היהודים מאוסטריה והחרמת רכושם. במועצת העיר של וינה ישבו 56 אנטישמים. האנטישמים התחזקו גם באספה הלאומית בצרפת וגם ברייכסטאג בגרמניה. הרצל הגיע למסקנה כי על היהודים לצאת מאירופה.
הוא החליט כי יש למצוא בעולם טריטוריה מתאימה ולנהל משא ומתן בדבר ריבונות יהודית עליה. ההגירה היהודית אליה תיעשה בצורה מאורגנת, גלויה ובקנה-מידה גדול, תוך הסכמה מלאה של מדינות מושבם הנוכחיות של היהודים. הכל צריך להיות מוכן למהגרים עם הגעתם, השיכון, התעסוקה ומוסדות החינוך. יציאתם תמומן על ידי מלווה יהודי עולמי.
כך החל להתגבש אצלו הרעיון הציוני-המדיני, שהושפע גם מעליית התודעה הלאומית של עמים רבים שנשלטו על ידי האימפריה האוסטרו-הונגרית בתקופה זו. הונגרים, צ'כים, סלובקים ועמים נוספים ביקשו להדגיש את זהותם האתנית הייחודית בתוך הקיסרות רבת-הלאומים.
הרצל השלים עתה בחייו שני מעגלים: מעבר מלאומיות גרמנית לקוסמופוליטיות ומקוסמופוליטיות ללאומיות יהודית.
הוא החליט "לכתוב ספר לטובת היהודים".
פנייתו אל הברון הירש, 1895.