ההיסטוריוגרפיה האורתדוקסית כיום רואה את החשד שהוטל בו כחשד שווא. הרב אייבשיץ עצמו השתתף בחרם על השבתאים ואף כתב ספר הגנה מפני האשמתו בשבתאות, "לוחות עדות". לטענת גרשום שלום, בספר זה עצמו יש רמיזות שבתאיות. מאידך טוען הרב ראובן מרגליות, כי מסקנותיו של שלום נובעות בין היתר, מחוסר בקיאות מספקת בספרות הקבלית. לדוגמה: הפניה ל"מאמר ראשי תנינים" בכתבי הרב אייבשיץ, בקטע שתוכנו דחית השבתאות, מהווה לדברי שלום רמז דק כי למעשה הוא דווקא תומך בשבתאות, שכן קיים ספר בשם זה מאת נתן העזתי. אולם - טוען הרב מרגליות - שלום לא ידע שמדובר באחד ממאמרי הזוהר בשם זה, המתקשר לנושא עליו דן הרב אייבשיץ. לגבי שלום, משה אריה פרלמוטר בספרו "חקירות חדשות על יסוד כתב היד של ס' ואבוא היום אל העין" טוען שלשלום הייתה מגמה להציג את הרב אייבשיץ, ראשוני החסידות ורבנים נוספים אף מתלמידי הגר"א כשבתאים, כחלק מתפישתו את השבתאות עצמה כגישה יהודית לגיטימית - במופרד מהתנהגות הפורשים והקיצונים המשיחיים (דוגמת הפרנקיסטים).
הגאון מווילנה שנתבקש להתערב בפולמוס בעודו צעיר, שלח לרבי יהונתן אייבשיץ דברי ברכה, וזכה על כך לביקורת חריפה מרבי יעקב עמדין. מאוחר יותר, כשמעמדו של הגאון מווילנה עלה ושמו התפרסם, טען רבי יעקב עמדין בספרו שמכתבו של הגאון מווילנא מזויף. הגאון מווילנה מעולם לא ענה על שני פרסומים אלו, למרות מסירת דרישת שלום בעת קשרי נישואים עם קרובי הרב עמדין. התקפותיו שלוחות הרסן של הרב עמדין נגד הגאון מווילנה, נגד הנודע ביהודה שהציע פשרה, וכנגד עוד רבנים רבים שלא נחשדו בשבתאות, מהוים בעיני החוקרים האורתודוקסים ראיה לכך שהמדובר בהאשמות שווא. גם עצם הצעת הפשרה של הנודע ביהודה, ומכתבו החיובי של הגאון מווילנה, ואי פרסום הכחשה למכתב הרב אייבשיץ, חיזקו את דעתם זו.
הרב ראובן מרגליות טען עוד, שסיבת מלחמתו של רבי יעקב עמדין ברבי יהונתן אייבשיץ, הייתה התנגדותו החריפה כרב צעיר להיתרו של החכם צבי (אביו של רבי יעקב עמדין) שהיה אז רב מבוגר בעניין תרנגולת שנמצאה לאחר שחיטתה ללא לב. מחלוקת זאת גרמה להתפטרותו של החכם צבי מרבנותו בקהילות אה"ו, וגרמו לו מחלה קשה. התנגדות זאת לדעת הרב מרגליות עוררה את השנאה בלב רבי יעקב עמדין לרבי יהונתן אייבשיץ והיא שגררה את התנגדותו החריפה לו שנים לאחר מכן.
לאחרונה נתגלו רישומים של בקשת מעבר של הרב אייבשיץ לפראג דרך שגרירות דנמרק, והוראה על כך שהדבר נמנע בעקבות בקשתו של הרב לנדא בנימוק שהוא משתייך לשבתאות; מה שמעמיד בשאלה את עמדתו האמיתית של הרב לנדא לגבי הרב אייבשיץ. (אמנם, הרב מרגליות טוען שמכתב זה מזויף). כמו כן נתגלה נוסח ארוך של חרם, שזקן הרבנים באותה תקופה הרב יעקב יהושע פלק (ה'פני יהושע') הוציא נגד הרב אייבשיץ. במכתב זה הרב פלק מתאר את המסכת הארוכה של ההתכתבות עם הרב אייבשיץ ואת התחמקותו ממענה. לאור מכתב החרם, מתבהרת התנהגותם של הרב פולק והרבנים שעמו, שלא הצטרפו לרב עמדין מחד, אך נאבקו ברב אייבשיץ מאידך.
קיימת מסורת בשם החתם סופר המתארת את חזרתו בתשובה של וולף אייבשיץ בנו של רבי יהונתן, בסוף ימיו, בעקבות חלום בו אביו נגלה אליו. יש חוקרים הקושרים מסורת זו עם עמדתו של הגאון מווילנה ואולי אף של רבי יעקב עמדין עצמו, לגבי סוגיות קבליות שבהם מעורבים דעות הנוהים אחרי שבתי צבי, ואשר מקורן קדום לשבתי צבי, ובראשם סוגיית כתיבת האות צדי בי' הפוכה על פי כתב האר"י. עמדה זו יכולה להסביר את הימנעותו של הגאון מהתערבות במחלוקת על הרב אייבשיץ, ואת המסורות על כשרות ספריו. יחס זה, של אהדה לחלק מהרעיונות השבתאיים, אך תוך דחיית שבתי צבי עצמו, יכולה להסביר את התנהגותו של רבי יהונתן אייבשיץ עצמו, בהשקעת מפעל חיים של החמרה ודקדוק במצוות, הנוגדות לכאורה את השבתאות. וכפי שתמה החוקר ד"ר משה אריה פרלמוטר בספרו: לא נפתרה הבעיה הפסיכולוגית - איך שבתאי באמונתו עוסק כל ימיו בהלכה ובהרבצתה? איך אדם המאמין באמונה אנטינומיסטית ברורה וקיצונית ומפיץ אותה ברבים, עסקו הוא בהלכה דווקא?
מחשובי הלוחמים בעד רבי יהונתן, היה הרב אלעזר פלקלס, תלמידו המובהק של הרב לנדא, שכתב: הנה עדות זו עדות שקר, והוציא לעז על גדול עולם נוחו עדן... וחשד אותם בדבר אשר לא היה ולא נברא אלא למשל ולשנינה. ולא היה בהם שום שמץ מינות מהכלב שבתי צבי שבור ומהכלבים אשר סבבוהו... ומרוב שנאה וקנאה... דיבר דברים במילים אלו, שרצה למאחז פני כיסא תחת אביו הגאון זצ"ל, ולא עלתה בידו, כי קיימו וקבלו היהודים את גאון עולם.
ויפאסנה
ויפאסנה (תעתיק מדויק: וִיפַּסַּנָא; מפאלי; תעתיק לטיני: Vipassanā; בסנסקריט: विपश्यना, Vipaśyanā) היא מושג בודהיסטי שפירושו "תובנה" או "ראיית הדברים כפי שהם". לרוב, משתמשים במונח זה לתיאור שיטת מדיטציה בודהיסטית, שמטרתה הבנת האופי המוחלט של המציאות לצד טיהור ההכרה מהסבל שבו היא שרויה, וזאת בזכות בחינה דקדקנית של המציאות כפי שהיא נתפשת בחוויה ישירה.
קיימות מספר מסורות המלמדות תרגול ויפאסנה.
ויפאסנה כפי שמלמד ס.נ. גואנקה במסורתו של סיאג'י או-בה-קין.
המונח "ויפאסנה" מתאר טכניקת תרגול מדיטציה שבמרכזה התבוננות בתחושות הגוף. תחילת שיטת תרגול זו לפני 2,500 שנים, בימי גואטמה הבודהה. היא תורגלה מאות שנים בהודו, ונשתמרה בבורמה עד ימינו. ס.נ. גואנקה למד טכניקה זו ממורו, סיאג'י או-בה-קין, אשר המורה של מורהו, לֶדי סאיאדו, היה נצר לשרשרת נזירים שלמדו ושימרו את הטכניקה ממורה לתלמיד. גואנקה היה זה שהפיץ למערב את הטכניקה. בקורסי ויפאסנה הנלמדים במרכזים שייסד ברחבי העולם נלמדות שלוש טכניקות: אנאפנה, ויפאסנה ומטא. האנאפנה עוזרת ברכישת ריכוז דרך התמקדות בתחושות הקשורות לנשימה, ויפאסנה מתמקדת בהתבוננות בתחושות הגוף, והמטא (מטא-בהאבנה) מטפחת תחושות אהבה, חמלה וטוב-לב כלפי כל יצור חי באשר הוא. לתלמידים ותיקים פתוח קורס המשך, שבו מבאר גואנקה את דרשת הבודהה סאטיפאטהנה סוטה ("הדרשה המורחבת על ארבעת העיקרים לביסוס המודעות"), שבה מתוארת טכניקת הוויפאסנה והדרך המובילה לשחרור מסבל בפרוטרוט. מסורת זו מקנה למודט תובנות הנוגעות לעובדת הארעיות של כל התופעות, היעדר "אני" ומהות הסבל:
תרגול.
במסורות בודהיסטיות מודרניות קיימות טכניקות תרגול שונות, שלחלקן הגדול אין שייכות דתית. ניתן לכלול תחת ויפאסנה מספר שיטות תרגול, הקשורות בשכלול יכולת ההתבוננות הפנימית, התבוננות בתחושות גוף, מדיטציה אנליטית, ותצפיות על חוויות החיים. דוגמאות:
נהוג לתרגל ויפאסנה בתנוחת ישיבה, כאשר הרגלים משולבות, הגב זקוף, העיניים עצומות, הפה סגור, והראש פונה לפנים. ניתן לתרגל גם בישיבה על כיסא או ספסל מדיטציה, על הקרקע או על כרית. פרק הזמן המוקדש לתרגול תלוי בשיטה וביכולותיו של המתרגל. מתרגלים מסורים נוהגים לתרגל כשלוש שעות: שעה עם היקיצה, שעה באמצע היום, ושעה לפני שנת הערב. לצד התרגול היומיומי, יש ערך רב לתרגול אינטנסיבי בן 12 שעות יומיות למשך 10 ימים במקום שקט ומבודד (דוגמת ריטריט במרכז מדיטציה) לפחות פעם בשנה.
ויפאסנה על פי אושו.
אושו, הפילוסוף והמיסטיקן ההודי השנוי במחלוקת, הזכיר רבות את הוויפאסנה בכתביו והמליץ על מספר דרכים לתרגול. תרגולי הויפאסנה על פי אושו כוללים: מודעות רציפה לכל פעולה במהלך סדר היום הרגיל; תרגול בישיבה דוממת פעמיים ביום במשך ארבעים דקות לפחות בכל פעם; והליכת ויפאסנה - הליכה מדודה ושלווה במשך עשרים דקות.
בישראל.
בישראל פועלות מספר עמותות המלמדות תרגול ויפאסנה לפי מספר מסורות, לדוגמה:
דהמא פאמודה.
דהמא פאמודה (Dhamma Pamoda, בתרגום מפאלי: "שמחת הדהרמה") הוא מרכז מדיטציה ליד קיבוץ דגניה ב', אשר נערכים בו קורסי ויפאסנה בשיטתו של ס.נ. גואנקה, מטעם העמותה לויפסאנה בישראל. המרכז נפתח לקורסי ויפסאנה ביוני 2014. המרכז הוקם מכספי תרומות בלבד (דאנה, "נתינה כנדיבות הלב") בעלות כוללת של כ-22 מיליון ש"ח. הקרקע נרכשה מידי קבוצת דגניה בשנת 2010, והבנייה החלה ב-2012.
המרכז משתרע על שטח כ-40 דונם ומסוגל להכיל כ-80 תלמידים. תפעול המרכז מבוצע במלואו על ידי מתנדבים.
אבירי האור הקסום
אבירי האור הקסום (באנגלית: Visionaries - Knights of the Magical Light) הייתה סדרה מצוירת שנוצרה על ידי חברת Sunbow Entertainment האמריקאית ושודרה בישראל בערוץ הראשון בסוף שנות ה-80 של המאה ה-20, ומאוחר יותר גם במסגרת ערוץ הילדים בכבלים.
הסדרה הציגה עולם בשם "פריסמוס", בו תזוזת השמשות המאירות אותו הובילה לסוף עידן המדע ושקיעה לתקופה בסגנון ימי הביניים, בו קבוצות אבירים לוחמות זו בזו על שליטה בשטח, באוכלוסייה ובמשאבים תוך הנהגת משטר פאודלי.
עלילה.
עלילת הסדרה מתחילה כאשר מכשף רב-עוצמה ושמו "כשף" מעמיד בפני כל אבירי פריסמוס אתגר: מי שיצלח את המבוך המסוכן שבמעמקי המקדש שלו, יזכה לקבל כוחות קסם אדירים לשירותו.
את המבוך הקשה צולחות שתי קבוצות אבירים: "אבירי הקשת" הטובים בראשות לביאור ו"אבירי השחור" הרעים בראשות כוח-שחור. הפרס שמוענק לאבירים היא היכולת להשתנות לסוג מסוים של חיה, כאשר החיה נקבעת לפי אופיו של האביר ולפי הכישורים שהפגין במבוך (למשל: לביאור יכול להפוך את עצמו לאריה כי הוא אמיץ, רעם יכול להפוך את עצמו לעיט כי הוא בנה דאון פרימיטיבי וריחף באמצעותו מעל תהום). כמו כן, אבירים בעלי מטות קיבלו יכולת לזמן כישוף רב עוצמה (עצה, הגנה, מהירות, הרס, הטלת פחד ועוד) אך עליהם לטעון את המטה בבריכה של כשף אחרי השימוש. רוב אלו שלא קיבלו מטות, קיבלו את היכולת להפעיל את כלי הרכב ששרדו מעידן המדע.