עיצוב המעשייה בגרסה זו מושפע מבעיות המרת הדת בקרב יהדות ספרד, תופעה שהחלה בעקבות גזירות קנ"א והקיפה התרחב בתקופת הגרוש, בעיני היהודים שנשארו נאמנים לדת נראתה מגפת המרות הדת וההתבוללות שבעקבותיה ככישלון, מכיוון שבעוד ביהדות אשכנז כמעט ולא נמצאו מקרי המרת דת, והיהודים לרוב מסרו את נפשם, בספרד היה המצב הפוך ורוב האליטה היהודית התנצרה ונשארה בספרד. מאידך, בקרב הקהילות היהודיות יוצאות ספרד היה גם סיפוק כך שחלק מהאנוסים המשיכו לקיים מצוות בסתר. במברגר טוען שמעצבי הנוסח של גרסה זו ביקשו להאציל מרוחם של יהודי אשכנז ומסירות נפשם על בני ספרד ולחזק את אמונתם למקרה שייאלצו לעמוד מול ניסיונות דומים של קידוש השם.
נקודה נוספת המודגשת בגרסה זו היא באופן מיתתו של הגיבור, שמת דווקא בשרפה, צורת המוות המועדפת על האינקוויזיציה באותו הזמן.
גרסת שלשלת הקבלה.
מקור גרסה זו הוא מכתב יד מאוסף גינצבורג שנכתב באמצע המאה השש עשרה, כתב יד זה הוא כתב יד של ספר שלשלת הקבלה בנוסח שונה מהנוסח המצוי בספרי שלשלת הקבלה המודפסים.
נוסח הסיפור בכתב היד של שלשלת הקבלה דומה בכללו לנוסח הסיפור בגרסת המסורת הספרדית ונבדל ממנו בכמה פרטים בודדים, ראשית מפרט רבי גדליה אבן יחיא את מקורותיו וכותב , הסיפור מובא כחלק מעיסוקו של הספר בדמותו של הרשב"א ומשום כך מתמקד הסיפור באבי הגיבור - הרשב"א, יותר מאשר בגיבור עצמו - האפיפיור.
בגרסה זו שואל הבן מאביו "תרופה למכתו" ועונהו אביו "כי הרפואה מהמים הוא האש". בהמשך מסופר שהכין השר במה לדרוש עליה והדליק תחתיה אש, והניח שם חרב חדה שפיה כלפי מעלה וכנס את בני עירו ודרש ובאמצע דבריו כרך חבל סביב צוארו והפיל עצמו מהבמה לתוך האש ונדקר בחרב ומת, וקיים בעצמו ארבע מיתות בית דין. ומסיים בכתב היד של שלשלת הקבלה "וייקחו אחר כך עבדיו אפרו וישימוהו בכלי של נחשת ויקראוהו אפר האיריטיקו עד היום הזה, ואני ראיתיה ברומי".
נוסח זה מושפע מהמסופר במדרש רבה על יקום איש צרורות שגם הוא המיר את דתו, טיפס למעמד גבוה, ובעקבות משפט אחד תוכחה של ששמע מדודו, יוסי בן יועזר, שב בתשובה וקיים בעצמו ארבע מיתות בית דין. בהקבלה זו ביקש המחבר לעודד את אותם היהודים שלא עמדו בניסיון והמירו דתם, אולם נתפסו וקידשו שם שמים, שגם להם - כיקום איש צרורות, חלק לעולם הבא.
יש חוקרים הרואים את נוסח שלשלת הקבלה כגרסה העומדת בפני עצמה, אולם במברגר סבור שרב המשותף בין כל הנוסחים בהם אבי הילד הוא הרשב"א ומציב את הנוסח הזה כתת-חטיבה בתוך גרסת המסורת הספרדית.
גרסת מעשה בוך.
מקור גרסה זו בספר מעשה בוך, שנדפס לראשונה בבזל, 1602.
לגרסה זו, אלחנן, בנו של רבי שמעון הגדול נחטף על ידי הגויה של שבת בעת שבאה להסיק את התנור, ונמסר לשמד. הילד התקדם עד שנהיה מלומד גדול, הוא נשלח מבית ספר למשנהו עד שהגיע לרומא, שם התקדם במעלות הכמורה עד שנהיה קרדינל העיר. כשהתפנתה משרת האפיפיור מונה אלחנן לאפיפיור, הוא ידע כל העת שהוא יהודי, אולם העדיף להישאר ברומא וחשב תמיד שיום אחד יביא לשם גם את הוריו, עם כניסתו לתפקיד האפיפיור החליט להגשים את חלומו וכתב להגמון של מיינץ שיאסור על היהודים לשמור שבת, למול ולטבול, הוא ידע כי מיד עם היוודע הגזרה תישלח אליו משלחת מטעם היהודים בבקשה לבטלה, וכך יוכל להיפגש עם אביו, ואכן, עם בוא דבר הגזרה למיינץ, בחרה הקהילה ברבי שמעון יחד עם עוד שני רבנים לצאת לרומא ולבקש מהאפיפיור לבטל את הגזרה, בבואם לרומא סיפרו ליהודיה על סיבת בואם ואלה התפלאו מאוד שכן האפיפיור היה ידוע ביחסו הטוב ובקשריו החמים עם הקהילה היהודית המקומית, יהודי רומא סידרו למשלחת ממינץ פגישה עם האפיפיור ובהגיע הזמן הם הוכנסו לחדרו, האפיפיור היה במהלך משחק שחמט עם אחד מידידיו וביקשם להמתין עד שיסיים, כשסיים התווכח איתם עד שכמעט ניצחם בדברים, לאחר מכן ביקש מרבי שמעון שישחק עמו שחמט, ואף שרבי שמעון היה רב־אמן שכמותו לא נמצא בכל העולם, ניצחו האפיפיור, דבר שהיה לפלא בעיניו של רבי שמעון, לבסוף כאשר התחיל רבי שמעון לדבר עם האפיפיור על ביטול הגזרות שהטיל על יהודי מיינץ הזדהה לפניו האפיפיור כבנו וביקש ממנו דרך תשובה, יש האומרים שהאפיפיור לא הזדהה אלא רבי שמעון זיהה את בנו לפי מהלכיו בשחמט, שכן הוא לימדו בילדותו מהלך מסוים, והאפיפיור ביצע את אותו מהלך. האפיפיור נתן לרבי שמעון מכתב להגמון של מיינץ בו כתב שהוא מבטל את כל הגזרות וביקשו לא לומר דבר אודות פגישתם, והוסיף ואמר שבקרוב ייפגשו במיינץ. אלחנן כתב ספר נגד האמונה הנוצרית, נעל אותו בחדרו וציווה שכל מי שיהיה אפיפיור אחריו חייב לקרוא את הספר, וזמן לא רב לאחר מכן נטל עמו ממון רב וברח למיינץ. על מאורע זה חרז רבי שמעון את הפזמון "אל חנן נחלתו בנועם להשפר".
במברגר מעיר שבגרסה זו המעגל בסיפור נסגר, והגיבור שב לבית הוריו במגנצא, בניגוד לגרסאות הקודמות בהם הסיפור מתחיל במגנצא ומסתיים עם מותו של הגיבור ברומא. במברגר מציב את המאורעות בסיפור בגרסה זו בתבנית סימטרית של סיבוכים, שיא דרמטתי, והתרת הסיבוכים. התבנית מתחילה בילדותו של הגיבור (מגנצא), חטיפתו (סיבוך A), עלייתו לגדולה (רומא), הטלת גזרה על יהודי מגנצא (סיבוך B), פגישת האב והבן (שיא דרמטתי, רומא), ביטול הגזרה (התרת סיבוך B), ושיבת הגיבור לבית הוריו (התרת סיבוך A, מגנצא).
גרסה זו נוצרה בתקופה של שלווה יחסית ומתח פחות מודגש בין היהדות לנצרות, ולכן עיקר הדגש בגרסה זו הוא על האידיאל של חזרה בתשובה ובגרסה זו לא רואים אידיאלים הנוגעים לקידוש השם או לקונפליקט בין היהדות לנצרות. במברגר טוען כי המסר המשתקף מגרסה זו בא להדגיש את העדפת החיים הפשוטים כיהודי על פני חיי גדולה כגוי, בגרסה זו מודגש המסר שתמיד יש דרך חזרה והכפרה על חיים כגוי אינה מיתה כיהודי אלא חיים כיהודי, חיי קידוש השם.
גרסת לאנדה.
ראויה לציון גרסת לאנדה שהיא עיבוד לאנגלית של גרסת מעשה בוך, בה מוזכר לראשונה שמו הנוצרי של האפיפיור - אנדריאס, נראה שמקור שם זה הוא באגדה אחרת המספרת על הגמון בשם אנדריאס (או אנדריאוס) שביטל גזרות שהוטלו על היהודים וכשבאו היהודים להודות לו מסר להם פיוט שכתב וביקש שיכללוהו בסדר התפילה.
במברגר משער כי הדמיון בין אגדה זו לאגדת האפיפיור היהודי גרם לבלבול בין השניים, תורמת לכך העובדה שבאנציקלופדיה היהודית שיצאה לאור בניו יורק שנים מספר קודם שהדפיסה לאנדה את ספרה מופיע הערך אודות אגדת האפיפיור היהודי תחת השם Andreas, ומסתבר שלאנדה שאבה את שם האפיפיור משם הערך באנציקלופדיה היהודית.
גרסת רבי מאיר להמן.
רבי מאיר להמן הוציא לאור בשנת 1856 עיבוד של גרסת מעשה בוך, בנוסח זה להמן מעמיק בתיאור עולמו הנפשי, רגשותיו ולבטיו של הגיבור - תיאור שחסר כמעט לחלוטין בגרסאות הקודמות לו.
בשנת 1867 הוציא להמן גרסה נוטפת ומפורטת בה הרחיב את הסיפור לכדי נובלה שלמה. בגרסה זו גיבור הנובלה, אלחנן, נחטף בילדותו על ידי המשרתת הגויה, מרגרט, ונמסר לכומר טומס, שהופקד על חינוכו, הכומר טומס נתן לו את השם 'פליקס'. כשגדל הילד הוא נשלח למנזר בבמברג שם הוסמך לכמורה, אלחנן הצעיר עקר לרומא שם הפך לאיש אמונו של האפיפיור גרגוריוס השביעי, הוא יצא מטעמו לשליחויות רבות באירופה וסייע לו במאבקו נגד הקיסר היינריך הרביעי, אחר מותו של גרגוריוס השביעי נבחר פליקס לאפיפיור תחתיו ונקרא ויקטור השלישי.
מיום עומדו על דעתו ניסה אלחנן לגלות את סוד מוצאו ומשנבחר לאפיפיור נודע לו מפי מורהו, הכומר טומס, כי הוא זה שהעבירו לחיק הנצרות ובזכותו הגיע אלחנן למשרה רמה זו, כעת, משנתמנה לאפיפיור בא הכומר טומס לקבל את שכרו על המעשה וכפרס על גאולת נפשו של אלחנן מחיי כפירה הוא דורש מהאפיפיור שימנה אותו לבישוף של במברג, האפיפיור כועס עליו על שחטף אותו מחיק משפחתו אולם אף על פי כן הוא מעניק לו את בישופות במברג.
האפיפיור מחליט לגזור על יהודי מגנצא גזרות כדי לגרום לאביו לבוא אליו ולהיפגש עמו, רבי שמעון הגדול נשלח בראש קבוצת רבנים להידבר עם האפיפיור ולאחר שהמשימה הוכתרה בהצלחה והגזרות הוסרו מעל יהודי מגנצא ביקש האפיפיור להישאר עם רבי שמעון ביחידות, האפיפיור חקר את רבי שמעון על משפחתו וכששמע ממנו שבנו נעלם בילדותו הזדהה בפניו באמצעות קריאת הפזמון "אל חנן נחלתו בנועם להשפר", שאותו זכר מילדותו.
רבי שמעון שכנע את בנו לשוב לחיי יהדות ולאחר התלבטות החליט האפיפיור לנטוש את משרתו הרמה ונמלט בחשאי למגנצא, שם התמסר ללימוד התורה ונשא לאשה נערה בשם רחל בת רבי משולם מרגנסבורג, אותה הציל משבי נסיך גרמני בעת שהיה בשליחות בגרמניה מטעם האפיפיור גרגוריוס השביעי, אלחנן הנהיג את הקהילה לצד אביו, רבי שמעון, וסודו נשמר בתוככי הקהילה היהודית.
במהלך גזירות תתנ"ו, חיזקו רבי שמעון ובנו רבי אלחנן את אמונתם של בני הקהילה, שלושה ימים קודם הגיעם של הפורעים למגנצא נפטר רבי שמעון ובני הקהילה מינו את רבי אלחנן לרבם, כעבור שלושה ימים הגיעו הצלבנים למגנצא וטבחו את יהודי העיר, רבי אלחנן עצמו הועלה על המוקד כשקריאת שמע על שפתיו.
בגרסה זו משלים להמן פערים הקיימים בגרסאות הקודמות ומרחיב אודות הדמויות המשניות (המשרתת מרגרט, הכומר טומס), ומכניס את הסיפור למסגרת היסטורית (מאבק האינווסטיטורה, גזירות תתנ"ו).
גרסה זו מבקשת להעמיד את אידיאל שמירת המצוות ללא פשרות מול פיתויי העולם הנוצרי ולהציג את היהדות כעדיפה על הנצרות, להמן לא מסתפק בתיאור מעלת היהדות אלא מעמיד את היהדות אל מול הנצרות.