השפעתו הפוליטית של הרב יוסף באה לידי ביטוי גם לאחר מותו, כאשר במהלך מערכת הבחירות לכנסת העשרים התווכחו ביניהם אריה דרעי ואלי ישי מי משניהם הוא ממשיך דרכו הפוליטית.
הרב עובדיה יוסף כדרשן.
הרב יוסף החשיב מאוד את הפעילות הדרשנית. הוא ראה בפעילותו הדרשנית נדבך חשוב ב"זיכוי הרבים", ערך שהחשיב במיוחד. במשך שנים העביר בקביעות שיעור בבית הכנסת היזדים בשכונת הבוכרים שבירושלים ולאחר מכן בבית הכנסת מתחת לביתו. שיעורים אלה שודרו החל מ-1994 בלוויין על ידי דר וסוחרת.
דרשותיו של הרב יוסף במוצאי השבת קיבלו תהודה באמצעי התקשורת. הוא השתמש בהן לעיתים בלשון בוטה, בעניינים הקשורים לפוליטיקה וחברה, ועורר לעיתים סערות ציבוריות. אמרותיו: "צריך לעשות משתה ביום שתמות" על שולמית אלוני, ו"ארור המן, ארור יוסי שריד", הביאו אותו אל סיפה של חקירה פלילית.
במקרה אחר התבטא נגד רה"מ אריאל שרון והנסיגה מגוש קטיף (כ"ז אדר א' תשס"ה):
"מה עשו גזירות על חבל קטיף... אנשים שבנו ביתם בזיעת אפם, שנים על גבי שנים. דור שני, דור שלישי, יבואו תיכף, ינתקו אותם, ייקחו אותם וייתנו את הבתים לערבים. איזה בתי מדרש יפים יש שמה, איזה בתי כנסת יפים יש שמה, איזה בתים נפלאים יש שמה. את הכל ימסור לערבים... איזה אכזר הרשע הזה, שהוא עושה דברים כאלה. הקב"ה... יתן לו 'באנה' אחת - ימות! יישן ולא יקום!...".
לאחר מכן אמר שהוא מצטער על הפרשנות כאילו ייחל שיקוצרו ימיו של שרון והוא מאחל לו אריכות ימים. היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, החליט לבסוף לא לפתוח חקירה פלילית נגד הרב, מאחר שמדובר באיחול למותו של ראש הממשלה, ולא בקריאה לאלימות. שרון אכן קיבל אירוע מוחי באותה שנה לאחר ביצוע תוכנית ההתנתקות, וזמן קצר לאחר מכן שקע בתרדמת.
גם התבטאויות הנושאות אופי תאולוגי הובילו לא אחת לסערה ציבורית. כך היה, למשל, בעת שנשא דברים על אודות חללי השואה, זאת על אף שדבריו בנידון לא היו אלא ציטוט מדבריו של האדמו"ר רבי אהרן ראטה, בעל "שומר אמונים"; או דבריו על חללי צה"ל – דברים שיוחסו על ידי העיתונות לחללי מלחמת לבנון השנייה. בתקופת הבחירות לרבנות הראשית ביוני 2013 כינה את אחד המתמודדים, הרב דוד סתיו, "רשע" ו"מסוכן ליהדות".
אחרית ימיו.
מאז פטירת אשתו מרגלית בשנת 1994 ועד פטירתו סעדו את הרב עובדיה בנו וכלתו, משה ויהודית יוסף, שעברו להתגורר בביתו והשפיעו רבות על המתרחש בקרבתו.
ב-21 בספטמבר 2013 (חול המועד סוכות ה'תשע"ד), בעקבות החמרה במצבו הבריאותי אושפז הרב יוסף בבית החולים הדסה עין כרם ומשפחתו הוסיפה לו את השם "חיים" כסגולה לאריכות ימים. הרב יוסף נפטר בבית החולים ב-7 באוקטובר 2013, ג' בחשוון ה'תשע"ד, בגיל 93.
הלווייתו נערכה באותו ערב בירושלים והשתתפו בה, לפי ההערכות, בין 275,000 ל-850,000 איש. לפי הערכות הייתה זו הלוויה הגדולה ביותר בתולדות מדינת ישראל. בין המלווים היו הרב אהרן לייב שטינמן, האדמו"רים מגור, מבעלז ומוויז'ניץ, וכן נשיא המדינה שמעון פרס וראש הממשלה בנימין נתניהו.
נקבר לצד אשתו בבית הקברות סנהדריה בירושלים.
הנצחתו.
בתום השבעה התקיימה עצרת לזכרו בהשתתפות רבבות בצומת בר-אילן, בסמוך לבית הקברות סנהדריה. בעצרת נאמו והספידו רבנים מן המגזר הספרדי, הליטאי והחסידי.
במהלך השבעה הוחלט לשנות את שם רשת החינוך שהקים מ"מעיין החינוך התורני" ל"בני יוסף".
בשנת 2014 - ה'תשע"ד הוקמה ישיבת אהל יוסף על שמו.
בשנת 2015 הכריזה עיריית תל אביב-יפו על פרס הרב עובדיה יוסף לכתיבה הלכתית על שמו.
בעיר צפת נקראה שכונה על שמו. בערים ראשון לציון, הרצליה, לוד, פתח תקווה, בית שמש, נוף הגליל ועוד קרויים רחובות על שמו.
בשנת 2015 הוציא דואר ישראל בול ומארז מזכרת לזכרו.
בשנת 2016 הודיעה המשפחה על כוונתה להפוך את ביתו ברחוב הקבלן לספריה וכולל אברכים שינציח את זכרו.
בשנת 2017 שונה שמו של צומת בר-אילן ל"צומת מרן" על שמו.
בביתו שבשכונת הר נוף הוקם לזכרו "בית מאור ישראל" על ידי מכון מאור ישראל, בראשות בנו, הרב משה יוסף. במקום בית מדרש העוסק בתורתו ובהוצאת כתביו לאור. בבית מתקיימים סיורים. ביום השנה לפטירתו נערכת במקום האזכרה המרכזית לזכרו.
לאחר 3 שנים מפטירתו הוקם "מרכז מורשת מרן העולמי" על ידי ישיבת חזון עובדיה.
עיריית תל אביב קבעה שלט הנצחה לרב עובדיה יוסף מול הבית בשדרות רוטשילד 96, בו התגורר בשנים שבהן כיהן כרב הראשי של תל אביב-יפו.
גישתו ההלכתית והשקפת עולמו.
מטא-הלכה: להחזיר עטרה ליושנה.
מטבע הלשון שבו השתמש הרב יוסף פעמים רבות – "להחזיר עטרה ליושנה" – ביטא את רצונו להעצים ולגבש את הזהות הדתית-ספרדית, ו"להמליך" את רבי יוסף קארו כ"מרא דאתרא" בארץ ישראל וליצור קודקס תורני אחיד לכלל ישראל, זאת בניגוד לפסיקה העדתית. כך כתב בנו, הרב יצחק יוסף, על רבי יוסף קארו בספר ילקוט יוסף:
המפעל ההלכתי של הרב יוסף הוא חידוש, שכן משמעותו היא ויתור על מנהגי העדות השונות בארצות מוצאן. זהו גם מיזם חברתי, שבמסגרתו ביקש לרומם את מעמדם של בני יהדות ארצות האסלאם, הספרדים, אל מול מה שראה כהגמוניה האשכנזית בעולם התורני. בכמה מקומות הוא כותב שגם בני אשכנז צריכים ללכת לפי פסיקות השולחן ערוך, עם זאת, במקומות רבים כתב שעל האשכנזים להמשיך לפסוק כרמ"א.
בהקשר לגישתו המטא-הלכתית של הרב יוסף, החוקרים נחלקים ביניהם בנוגע לשאלה למי הוא מכוון את הדברים ומהי פרשנות מעשיו.
לדעת הרב רצון ערוסי הרב יוסף ביקש לשמר קודם כל את הפסיקה ההלכתית על פי רבי יוסף קארו עבור הספרדים, כאשר שאיפתו האוטופית כללה בתוכה גם את יהודי אשכנז: "רצוי הוא אחדות ישראל, אשר תושג על ידי פסיקה אחידה. פסיקה אחידה תושג לדעתו על ידי התלכדות סביב מנהג ארץ-ישראל, שלדעתו הוא מנהג יהודי ספרד לפסוק כרבי יוסף קארו ב'שולחן ערוך'. אולם המציאות לפי שעה שונה. כל עדה שומרת על מנהגיה, ולכן יש לפסוק לכל עדה לפי מנהגיה. אך מאחר שלדעתו מסתמנת מגמה של השלטת הפסיקה האשכנזית, הוא קורא בקול גדול להציל ולשמר את הפסיקה הספרדית".
צבי זוהר סבור כי הרב יוסף נקט באותה גישה ציונית של כור היתוך, בכך שביקש לאחד את המנהגים השונים של כל העדות בארץ ישראל – ספרדים ואשכנזים כאחד, שעליהם ביקש הרב יוסף להחיל את פסקי רבי יוסף קארו. בכך, לדברי זוהר, ביטא הרב יוסף גישה אנטי-גלותית ואנטי-קולוניאליסטית. זוהר משווה בין הרב יוסף ובין רפורמטורים כגון יאן הוס, מרטין לותר ומוחמד עבד אל-והאב, וטוען כי השקפת עולמו של הרב יוסף היא השקפה דתית רסטורטיבית-רפורמיסטית. לטענתו של זוהר, יש בהשקפת עולמו של הרב יוסף היבט אסכטולוגי בכך שהוא מתייחס ל"החזרת עטרה ליושנה" כדרך הבלעדית למימושה של "אחדות ישראל" באחרית הימים, כפי שניבא הנביא יחזקאל. זוהר מצביע על כך שהרב יוסף היה קרוב מחד לגישת החרדים האשכנזים, המעדיפים את המילה הכתובה (במקרה שלו, השולחן ערוך והרב יוסף קארו) על פני המנהגים השונים שהביאו איתם העולים מארצות האסלאם. מאידך, בניגוד לחרדים האשכנזים, התנגד לפסיקה מחמירה וכן "אינו פוסק בעבור קבוצה סגורה בלבד, אלא מבקש לעצב נורמות ודרכי התנהגות בעבור הציבור כולו". זוהר סבור כי עמדתו התקיפה של הרב יוסף "אינה הגישה התורנית הספרדית האותנטית בה"א הידיעה, אלא השקפת עולם ספרדית מסוימת, אשר לא הייתה בנמצא בניסוח ובהדגשים אלה עד שעוצבה כך על ידי הרב עובדיה עצמו". עוד לדבריו: "ניתן לומר כי גישתו ועמדותיו משקפות ביטחון עצמי רב, עצמאות, מקוריות, רדיקליות ונועזות רבה. במידה לא פחותה הן פורמליסטיות, פטרנליסטיות ומוניסטיות. יש בעמדותיו פן חרדי, פן רפורמיסטי ופן ארץ-ישראלי. הוא מציב חזון של אחדות כל ישראל בארץ ישראל תחת דגלה של ההלכה הארץ-ישראלית האותנטית; אבל הוא מוכן לוותר לשם כך על רב-גוניות שמקורה בעושר תרבויות ישראל המסורתיות בקהילות הגולה, על פלורליזם הלכתי ועל התחדשות החשיבה ההלכתית מתוך שיח ושיג עם מרן, אך בלא קבלת פסקיו כסופיים וכנצחיים מבחינת ההלכה".
יצחק בצלאל סבור שגישתו של הרב יוסף איננה "אחדותית" – חרף הרטוריקה שלו בעניין זה – אלא כיתתית, שכן הוא מותיר מחוץ ל"אחדות" את האשכנזים, ספרדים שלא גורסים כמוהו, יהודים בגולה וחילונים. ניתן ללמוד על כך הן מפועלו הפוליטי של הרב יוסף, הן מהתבטאויותיו נגד קבוצות שונות והן מפסיקותיו. למעשה הרב יוסף תבע שהכול ינהגו כדעתו. כמו כן הרב יוסף לא הציג לדעתו גישה "ספרדית-ארץ ישראלית רדיקלית", אלא גישה פונדמנטליסטית השואפת לחזור לעבר מסוים, בלי להתחשב במה שהשתנה במציאות מאז.
הרב בנימין לאו אינו מסכים לטענה שגישתו של הרב יוסף היא כמו ציונית, המבקשת לאחד את כל מסורות הפסיקה בארץ ישראל. לטענת לאו, הרב יוסף סבר כי הספרדים בגלויות השונות קיבלו בעבר את פסיקותיו של רבי יוסף קארו, אלא שחלק מהקהילות זנחו את הוראותיו עם השנים. כעת מששבו לארץ ישראל, שבה רבי יוסף קארו הוא מרא דאתרא, על הספרדים לשוב ולקיים את פסיקותיו. לטענת לאו, הרב יוסף כיוון בפסיקותיו רק לספרדים ולא לאשכנזים, מאחר שהאחרונים מעולם לא קיבלו את פסיקותיו של רבי יוסף קארו. הרב יוסף פעל, אם כן, בשתי חזיתות: האחת, מול האשכנזים, המבקשים לעצב חזית אחידה, אך כזו שתשנה את מנהגי הספרדים לאלה של האשכנזים; והחזית השנייה, מול הקהילות הספרדיות השונות, כדי לאחד את המנהגים סביב פסיקותיו של רבי יוסף קארו.