מצבו הכלכלי המשתפר, אפשר לח'ומייני להרחיב את סיעת תלמידיו (במדרסות נהוג שהמורה (המולה) משלם "מלגות" לתלמידיו (טלבות)), וכך להרחיב את השפעתו בבית המדרש של פאוזיה.
בשלהי 1942 פרסם ח'ומייני את המהדורה הראשונה של חוברת פולמוסית בשם "כַשף אל-אסראר" (מפתח לסודות). בחוברת ניסה להפריך את הביקורת שהוטחה נגד האסלאם על ידי מספר גדל והולך של אינטלקטואלים חילוניים באיראן. החוברת כוונה ספציפית כלפי האינטלקטואל אחמד כסראוי, שתמך במאמצי החילון של השאה, ח'ומייני הכריז על כסראוי כ"מופסֶד פי אל-אַרד" – משחית עלי אדמות, וכך למעשה חרץ את דינו למוות. ב-1945, התנקש הטרוריסט חוסיין אמאמי באינטלקטואל כסראוי, נתפס ונידון למוות. ח'ומייני נסע לטהראן, נפגש לראשונה עם אויבו המר לעתיד – השאה וביקש לחון את הטרוריסט אמאמי (כפי שאכן קרה). אותה תקופה שימש ח'ומייני כיועצו המיוחד של האייתוללה הגדול מוחמד חוסיין ברוג'רדי, עם מעברו של האחרון לקום.
באמצע שנות החמישים של המאה ה-20 כבר היה לח'ומייני חוג של תלמידים משלו, והוא נחשב למורה בכיר בבית הספר היוקרתי פאוזיה, שהתרחב בחסותו של ברוג'רדי. כמו כן השלים את פרסומו הראשון והיחיד בערבית "תחריר אל-וַסילֶה" (שחרור האמצעים). לשונו של הספר הייתה משובשת מבחינה דקדוקית, ורצופה מילים פרסיות רבות, כך שלא ניתן היה להבנה לערבים. הספר שוכתב כמעט במלואו ב-1984, על ידי קבוצת מתואלים (שגם הם שיעים, אך דוברי ערבית). ספר זה ופרסומים נוספים ביססו את מעמדו הלמדני של ח'ומייני, ויותר ויותר אנשים פנו אליו לפסיקה דתית. בסביבות 1958 פרסם את חיבורו "תאוזיח אל מסאיל" (ליבון הבעיות) והוכר כ"אייתוללה"; ב-1962 הכתיר עצמו ל"אייתוללה גדול" ("אייתוללה עֻזמה"). ח'ומייני התנגד לצעדי הרפורמה של השאה ב-1963 וטען כי הם "קנוניה להריסת האסלאם". לנוכח התמיכה לה זכתה הרפורמה במרבית האוכלוסייה, החל ח'ומייני לטעון כי צעדי הפתיחות הם "קנוניה של יהודים וזרים המעוניינים לראות בחורבן האסלאם". טון אנטישמי וקסנופובי זה זכה לקהל רב יותר.
ח'ומייני עודד הפגנות והמשיך להסית כנגד השאה. ביום העאשוּראא', 5 ביוני 1963 (יום אבל קדוש לשיעים, בו נרצח האימאם חוסין) נערכו הפגנות ענק. במהלך ההפגנה בטהראן, פתחו כוחות הצבא בירי על ההמונים והרגו כ-100 איש (המספר נופח ל-15,000 על ידי האסלאמיסטים, כנראה משום שההפגנה נערכה ב-15 בחודש הפרסי ח'ורדאד, שנת 1342). לאחר מכן, הוטל עוצר צבאי על הבירה. ח'ומייני נאסר והובא לטהראן. בעקבות מאסרו, נערכו הפגנות המוניות במספר ערים באיראן.
באוגוסט 1963 שוחרר ח'ומייני למעצר בית בטהראן, בה שהה עוד 8 חודשים, עד לחזרתו לקום. משם חזר לתקוף את השאה ומשטרו, ואף הוסיף את ארצות הברית לרשימת נאשמיו. התקפותיו החריפות הגדישו את הסאה, והוחלט לגרש את ח'ומייני מאיראן.
חיים בגלות.
ב-4 בנובמבר 1964 גורשו ח'ומייני ובנו מוסטפא לטורקיה. ח'ומייני לא חש בנוח במדינה החילונית, שבה נאסר עליו ללבוש בגדי כהונה מחוץ לביתו והקהילה השיעית הייתה קטנה. בקשתו לעבור לעיראק אושרה, ובינואר 1965 התאחדה המשפחה בעיר הקדושה נג'ף.
מעמדו הכלכלי של ח'ומייני בעיראק לא היה טוב כבאיראן, ועל כן לא היה ביכולתו לשמר קבוצת טלבות גדולה סביבו. באותה תקופה גיבש ח'ומייני במספר שיעורים את העקרונות שלאחר מכן יפורסמו בחוברת המפורסמת "וַלַאיַתֶ פֶקִיה" (שלטון כוהן הדת). התיזה המרכזית של ח'ומייני הייתה כי מקורו של כל שלטון הוא החוק האלוהי, על כן מושגים כגון ריבונות לאומית שגויים ואף מנוגדים לדת. הוא גרס כי אללה מעביר את סמכותו לנביאים ומטיל עליהם למשול בבני האדם בהתאם לחוק האלוהי הנצחי. ח'ומייני דן במעמדם הנוכחי של המולות, שיכלו להמליץ על חוקים ועונשים, אך חסרו את היכולת להחילם, וקרא בעקיפין לשלטון המולות. הוא קבע כי האסלאם אינו רק המלצה אלא דת חברתית, בעלת חוקים מחמירים הנוגעים לכל היבטי החיים (השריעה). הספר כלל גם התקפות על שלטון השאה, על ישראל ועל היהודים.
בשנת 1972 השתפר מעמדו הכלכלי של ח'ומייני, הוא קיבל תרומות מחסידיו באיראן, בעיראק ובלבנון; לפיכך, יכול להציע מלגות ליותר ממאה תלמידים.
בדצמבר 1977 הוציא ח'ומייני פתווה פומבית (וחתם בתואר "אימאם"), שבה הכריז על "הדחת" השאה, ביטול הפרלמנט, השעיית כל החוקים האזרחיים, וחרם כללי על "ממשלת השטן". ח'ומייני הנחה את תומכיו, בראשות מורתזא מוטהרי "לפקח על הגנת האמונה" ולקדם את יישום ההוראות. המולות הנאמנים לח'ומייני החלו לתקוף בחריפות את השאה מעל דוכני המסגדים, ובמקומות פומביים אחרים.
בשלהי 1977 - תחילת 1978, שני אירועים המחישו את כוחו הרב של האייתוללה: הראשון היה מותו של בנו מוסטפא (מהתקף לב או תאונת דרכים ב-31 באוקטובר 1977), שהוציא אלפים לתהלוכות אבל ענקיות, והודעות פומביות של מאות טלבות, ואף אנשי שמאל, שבמסווה של הבעת צער, תקפו בחריפות את משטר השאה (המשטרה החשאית של השאה, "הסאוואכ", הואשמה בהרעלת מוסטפא, וכיום מוסטפא מכונה "שָהִיד").
אירוע נוסף היה פרסומו של מכתב שטנה, כביכול של אזרח איראני (בהוראת המשטר) בשני עיתונים איראניים (כייהאן ואטלאעת), ב-7 בינואר 1978, שכינה את המולות "גזע של טפילים", ורמז לנטיות ההומוסקסואליות של חלקם. בתגובה, הפגנות בנות אלפי אנשים נערכו בקום, בקריאות "יחי ח'ומייני" ו"מוות לשאה" ו"מוות לאמריקה".
ממקום מושבו בעיראק, המשיך ח'ומייני בהסתת ההמונים, הוא כינה את השאה "ממזר", "כלב", "מתרפס", מוצץ דם", "בוגד" וכו'. לטענת מקורות מסוימים, הוא אף הכריז על השאה כמי שדמו מותר.
בשנת 1978 החל ח'ומייני לשאת את דרשותיו באופן סדיר במסגד האימאם עלי בנג'ף. מאות, ולאחר מכן אלפי אנשים זכו מדי יום לקבל את ברכתו של האייתוללה, ולאחר מכן לשמוע את דברי השטנה נגד השאה, הבריטים, האמריקנים הצלבנים והציונים. אחדים מקרב הקהל הקליטו את הדרשות ועשרות אלפים מקלטות אלו הופצו ברחבי איראן במהלך שנתיים. למעמדו של ח'ומייני תרמו גם השידורים בתחנה הפרסית של ה-BBC. מספר רב של תנועות וארגונים, בעלי אמונות שונות (החל ממרקסיסטים וכלה בליברלים) תיעבו את שלטון השאה, ועל כן רצו במנהיגותו של ח'ומייני (שהקפיד לשמר עמימות בנוגע לצורת השלטון לאחר גירוש השאה).
לאחר עימות נוסף של אלפים מתומכי ח'ומייני עם כוחות הצבא בטהראן, ביקש השאה מסדאם חוסיין לגרש את האייתוללה משטחו, מתוך הנחת שווא כי קדושת העיר נג'ף מסייעת למעמדו הדתי של ח'ומייני; וכך, בספטמבר 1978, גורש ח'ומייני לצרפת. במהלך 4 חודשי שהותו בפריז, עבד ח'ומייני במשך 12 - 14 שעות ביום, התראיין 132 פעמים לתקשורת, פרסם כ-50 הצהרות ונשא דברים לפני כ-100,000 איראנים שהגיעו לביתו בממוצע של יותר מ-1,000 אנשים ליום. באותה עת באיראן, הממשלה הייתה במצב התפוררות, התנגשויות בין מפגינים ובין כוחות הצבא גבו עוד ועוד קורבנות, הרוסים החלו אף הם לתמוך באופוזיציה לשלטון השאה, עובדי מתקני הנפט שבתו וכלכלת איראן שותקה.
באיראן.
חזרה לאיראן.
הסתת ח'ומייני ותומכיו נגד השאה, השביתה הכללית במדינה, וההתנגשויות האלימות בין מפגינים לצבאו של השאה (שהחל לערוק בחלקו לצד האנטי משטרי), גרמו לעזיבתו של השאה את איראן ב-16 בינואר. להשלמת המהפכה האסלאמית, נותרה איפוא רק חזרתו של ה"אימאם", וכך, ב-1 בפברואר נחת מטוסו של ח'ומייני באיראן, ונתקבל בגילויי שמחה של מיליוני אנשים (המספר המוערך של מקבלי פני ה"אימאם" נע בין מיליון אחד לשבעה). מאז, מדי שנה, כל בתי הספר, הרכבות והספינות מפעילים את הצופרים והפעמונים בשעה 9:33 בבוקר ב-1 בפברואר, לציון הרגע המדויק בו נחת מטוס "אייר פראנס" שהחזיר את ח'ומייני לאיראן, לאחר 15 שנות גלות.
ח'ומייני ביקר בבית העלמין בטהראן, "בֵהשת זַהרא", כסימן כבוד לקורבנות "השהידים" של המהפכה. בנאומו, מלבד תקיפת הממשלה שמינה השאה, הוא הבטיח לאזרחים אפשרות להצביע לממשלה שתייצג אותם, וקבע כי המולות לא יתערבו בענייניה של הממשלה. הבטחה זו לא כובדה, וח'ומייני מינה את עצמו למעשה לדיקטטור, ובממשלות העתידיות נתן רק למולות להיבחר. בנוסף הוא הבטיח מספר הקלות פופוליסטיות לאוכלוסייה, ובכלל זה שירותי חשמל, טלפון ותחבורה ציבורית בחינם, ואספקת נפט, ללא תשלום, עד פתח הבית. אף אחת מהבטחות אלו לא קויימה.
ב-11 בפברואר הכריז ח'ומייני על ממשלה זמנית. החלפת השלטון לוותה באלימות רבה שכללה את טיהור הצבא – הדחתם של אלפי קצינים, והוצאות להורג של מתנגדים למשטר, תומכי השאה ו"חוטאים" (נואפים, הומוסקסואלים). ב-30 וב-31 במרץ נערך משאל עם, ובו 98% מהמצביעים בחרו להחליף את המונרכיה ברפובליקה אסלאמית, שבה שולטים אנשי הדת; בחירות נוספות נערכו כדי לאשר את החוקה החדשה. מלבד מעמד המנהיג העליון, החוקה מגדירה את תפקידו של הנשיא, שצריך להיבחר כל 4 שנים, אולם המועמדים לנשיאות מאושרים ב"מועצת שומרי החוקה". ח'ומייני מונה למנהיג העליון לשארית חייו, וכונה באופן רשמי "מנהיג המהפכה".
משבר בני הערובה בשגרירות ארצות הברית.