ארגון איכות הסביבה "גרינפיס" הציג במרץ 2007 פרטים המבוססים על הערכות בדבר מתקני הגרעין של ישראל. לטענת הארגון, לבד משני הכורים הגרעיניים בשורק ובדימונה יש לישראל גם כמה מחסנים של נשק גרעיני: באזור עיילבון שבצפון פועל מתקן לאחסון נשק גרעיני טקטי, ובאזור יודפת יש מתקן להרכבת נשק גרעיני. גם באזור המושבים תירוש וזכריה שבחבל עדולם וכן בחיפה מחזיקה ישראל, על פי מקורות אלה, מתקנים לאחסון טילים גרעיניים.
מדיניות השימוש בנשק הגרעיני.
לתרחיש שבו תשתמש ישראל בנשק גרעיני בהימצאה על סף השמדתה הפיזית ובמצב שאין לה מה להפסיד, ניתן השם "ברירת שמשון" - סוג של נקמה על סמך דוגמת שמשון הגיבור התנ"כי שלפת את עמודי מקדש האל דגון ומספר הפלשתים שהרג במותו היה רב יותר מאשר בחייו, בקוראו: "תמות נפשי עם פלשתים".
על כן, משקלו העיקרי של הנשק הגרעיני הוא ההרתעה - הן כנגד מדינות האויב והן כנגד מעצמות העל. קיומו של נשק מסוג זה והחשש שישראל תעשה בו שימוש אמור למנוע ממדינות ערב להשתמש בכוחן הקונבנציונלי העודף נגד ישראל. בנוסף, על פי הערכות, השתמשה ישראל באיום של הפעלת הנשק הגרעיני שלה בעת מלחמת יום הכיפורים כדי לקבל סיוע צבאי ומדיני מארצות הברית. יש טענות שישראל עשתה שימוש באיום כזה גם בעת מלחמת המפרץ (ראו להלן).
שימוש בנשק הגרעיני הישראלי יכול להיעשות, על פי הערכות, רק בהוראה ישירה של ראש הממשלה, שר הביטחון, הרמטכ"ל או שלושתם גם יחד. בהקשר להפעלת הפוטנציאל הגרעיני של הצוללות מסדרת דולפין נטען כי את מקומו של הרמטכ"ל בהפעלת הנשק הגרעיני ממלא מפקד חיל הים.
בנוסף, על פי מספר פרסומים, האסטרטגיה הגרעינית של ישראל היא מורכבת יותר. כך, טוען העיתונאי סימור הרש בספרו "ברירת שמשון" כי לישראל שתי סוללות תותחים לפחות, שהוסבו, באמצעות הגדלת טווח הירי ל-70 ק"מ (תוך הקטנת הדיוק), לעשיית שימוש בנשק גרעיני טקטי, הגורם לנזק בהיקף מצומצם (בדרך כלל קילוטון אחד, 5% - 10% מעוצמת הפצצה שהוטלה על הירושימה) ובפצצות נייטרון שמפיצות קרינה רבה, המסוגלת לחדור שכבות שריון עבות מאוד, אך נעלמת לאחר כ-24 שעות וקוטלת רק אורגניזמים ביולוגיים (בני אדם, חיות, צמחים) ואינה גורמת לנזק למבנים או לכלי הנשק של האויב עצמם.
לפי טענה זו, גם במקרה שבו צה"ל יימצא במצוקה חמורה - עדיין, ישראל תוכל להימנע ממלחמה גרעינית באמצעות פגיעה חמורה בכוחות הצבאיים הקונבנציונליים של האויב באמצעות נשק גרעיני בעל נזק מצומצם המספיק לגרימת נזק חמור מאוד לכוחות צבא קונבנציונלי שמטבעו נע במסות גדולות - על ידי ניצול המצב בו פצצת נייטרון אחת יכולה להשמיד דיוויזיית טנקים שלמה הנעה בטור.
לפי הפרסומים, מדיניותה הגרעינית של ישראל גורסת כי שימוש בנשק גרעיני ייעשה רק באחד משלושת המצבים הבאים:
בעוד שבשני המקרים הראשונים תיתכן אפשרות להשתמש בנשק טקטי כדי להכריע צבאית את האויב, הרי שהמצב השלישי מורכב יותר.
פיתוח פרויקט החץ הביא לשינוי במדיניות האסטרטגית במדינות האסלאם הקיצוניות הקרובות לישראל - מאז 1973 נשענות מדינות ערב על אסטרטגיה הגורסת כי קיימת עדיפות למצבורי טילים בליסטים בעלי טווח בינוני-ארוך, המסוגלים לשאת ראשים קרביים גדולים, על פני בניית חילות אוויר גדולים מתוך ההנחות הבאות:
עם השנים נוספו לכך שיקולים נוספים, כמו הייצור והפיתוח הקלים יחסית של טילים בליסטיים לעומת ייצור ופיתוח מטוסי הפצצה, זמן התגובה המהיר מאוד של הטילים והעמידות הגבוהה שלהם מול מערכי הגנה אווירית בהשוואה למטוס.
בעקבות מלחמת המפרץ שונתה דוקטרינת ההפעלה של טילים בליסטיים והיקף הייצור שלהם בסוריה ובאיראן. הנחת העבודה שהביאה לשינוי במדינות אלו היא כי ירי טילים מועטים על ישראל בכל מטח, כפי שהתרחש במלחמת המפרץ על ידי עיראק של סדאם חוסיין לא יחדור את מעטה ההגנה האווירית של ישראל ולא יגרום לכאוס בעורף הישראלי. לכן, הדוקטרינה הטילאית החדשה היא שיגור מטחים של עשרות טילים ורקטות לעבר ישראל, שכל אחד נושא ראש קרבי במשקל שבין 500–1500 ק"ג, היכולים לשאת בנשק כימי או נשק ביולוגי. איראן פועלת כל העת להרחבת היקף יכולת ירי הטילים האסטרטגיים הן מבחינת כמות, קיצור זמן הכנה לשיגור, דיוק והתחמקות ממיירטים.
עמימות גרעינית.
מבחינה הצהרתית מאמצת ישראל מדיניות של עמימות בנוגע ליכולותיה הגרעיניות. העמימות בנושא הייתה אמורה מחד להרתיע את מדינות ערב מלנהל מלחמת השמד נגד ישראל ומאידך לא לדחוף אותן להשיג טכנולוגיית גרעין משלהן.
ובנוסף להימנע מגינוי ונקיטת צעדים על ידי האו״ם נגד ישראל בשל הודאה.
היסטוריה מלחמתית של הנשק הגרעיני בישראל.
מלחמת ששת הימים.
החוקר ד"ר אבנר כהן טוען כי בשלהי מאי 1967, ב"תקופת ההמתנה" שלפני מלחמת ששת הימים, הצליחה ישראל לאחר פעילות קדחתנית לבנות התקן גרעיני מאולתר. במאמר שפרסם הפרשן הצבאי יוסי מלמן נטען שישראל אף נערכה להפעלתו של התקן זה.
לדברי מלמן לא ברור אם הדיון בו נתקבלה ההחלטה נערך בידיעה או באישור של ראש הממשלה לוי אשכול. לדבריו מי שהיה אחראי לנושא הוא הרמטכ"ל לשעבר, רב-אלוף (מיל') צבי צור, שהיה אז עוזר שר הביטחון ועמד בראש ועדה מצומצמת שעסקה בסוגיה. מלמן מצטט את דברי צור שאמר, בעדות שפורסמה לאחר מותו על ידי העיתונאי אמיר אורן ב"הארץ", כי "לא שמישהו חשב לעשות משהו. הדרג הפוליטי לא עסק בזה והדרג הטכני שאני הייתי חבר בו היה (צריך) לבדוק מה מצבנו, ואם אפשר לעשות משהו, זה הכל. אחרי יום הסתבר שלא צריך לבדוק. אבל ביום הראשון בדקנו". לצד צור ויצחק יעקב השתתף בדיונים גם אלוף-משנה (מיל') יובל נאמן.
מלמן מדגיש כי מי שדחף באותם ימים להבלטת היכולת הגרעינית של ישראל היה שמעון פרס, אז חבר הכנסת מטעם סיעת רפ"י, שימים אחדים לפני המלחמה הצטרפה לממשלת הליכוד הלאומי. לדברי מלמן, המסתמך על דברי הביוגרף של פרס, מיכאל בר-זוהר, ב-1 ביוני 1967 הציע פרס "לבצע ניסוי גרעיני הפגנתי, שיציג בפני הערבים והעולם את עוצמתה של ישראל", אך הצעתו נדחתה.
הבדיקה וההכנות לשמישות נעשו על ידי רפא"ל שמהנדסיה עבדו מסביב לשעון בשבועות שלפני המלחמה. במקביל הצטווה מפקד סיירת מטכ"ל, סגן-אלוף דב תמרי, להכין צוות של היחידה, שיוטס במסוק לחצי האי סיני ויישא עמו "חפץ", שלא הוסבר לו מהו. הכוונה הייתה, ככל הנראה, שהלוחמים יניחו את ה"חפץ" – המתקן הגרעיני הראשון של ישראל – על הר גבוה בסיני.
מלמן הדגיש כי על פי העדויות והאזכורים המעטים הקיימים בנושא, הכוונה הייתה לאיים בהפעלת המתקן כדי להרתיע את מצרים. לדברי מלמן אפשר שגם דובר על הפעלת המתקן, כמוצא אחרון, אם צבא מצרים יפעיל במלחמה נשק כימי או ביולוגי או יפציץ בטילים מרכזי אוכלוסייה וישראל תעמוד בפני סכנת הכחדה. מלמן מצטט את דברי יצחק יעקב בספרו, כי "אף לא פעם אחת, לשנייה אחת, לא עלה בדעתי, שאמצעי ההרתעה הפרימיטיבי שהכנו יבוא לידי שימוש אם נאצר לא יפעיל את טיליו".
מלחמת יום הכיפורים.
בראיון שנתן ארנן עזריהו, יועצו של השר ישראל גלילי, לאבנר כהן, תיאר עזריהו (על פי דברים ששמע, לדבריו, מגלילי) התייעצות שקיימה ראש הממשלה, גולדה מאיר, עם השרים משה דיין, יגאל אלון וגלילי, בצהרי 7 באוקטובר 1973, היום השני למלחמת יום הכיפורים, לאחר שקיבלו סקירה מהרמטכ"ל דוד אלעזר. בסופה של התייעצות זו הציע דיין, לקיים, לנוכח חומרת המצב בחזיתות, הפגנה של יכולתה הגרעינית של ישראל. השרים אלון וגלילי התנגדו בתוקף להצעה, וזו נדחתה על ידי ראש הממשלה, גולדה מאיר, שאמרה לדיין: "תשכח מזה".
נטען כי בתחילת מלחמת יום הכיפורים שלחה ראש הממשלה, גולדה מאיר, את שגריר ישראל בארצות הברית שמחה דיניץ שיציג איום מפורש לארצות הברית שלפיו כלי הנשק הגרעיניים של ישראל חומשו ואלו יופעלו אם ישראל לא תקבל סיוע צבאי. לאחר המלחמה, הנרי קיסינג'ר שהיה יועץ הנשיא האמריקאי לביטחון הכחיש טענות אלה. הדבר הביא, על פי הטענות, לרכבת אווירית שהעבירה תחמושת מארצות הברית לישראל במבצע בזק שכונה מבצע ניקל גראס, בעת המלחמה. טענה נוספת היא שצבאות ערב נמנעו מלהעמיק את המתקפה שבה החלו לאחר שקיבלו הבהרה מברית המועצות שהדבר עלול להסתיים בהתקפה גרעינית של ישראל עליהן.
בספרו של סימור הרש נטען, כי הסובייטים קיבלו מהאמריקאים מידע לווייני המאשש את נכונות ישראל להשתמש בנשק גרעיני טקטי ברמת הגולן, ושזו הסיבה לכך שהסורים שהגיעו עד גשר בנות יעקב, סבו על צירם לאחור.
מלחמת המפרץ.
על פי ספרו של הרש, בעת מלחמת המפרץ הראשונה חשש ראש הממשלה, יצחק שמיר, שעיראק תשתמש בנשק להשמדה המונית (בעיקר נשק כימי) ובעת שיגור הטיל הראשון על ישראל איתרו לווייני ריגול אמריקניים למעלה מ-20 משגרי טילים שכוונו לישראל ולמדינות נוספות. על-פי הערכת האמריקנים מדובר היה בטילים שחומשו בנשק כימי, והכרתו של סדאם חוסיין בכושר הגרעיני הישראלי מנעה ממנו לעשות שימוש בנשק להשמדה המונית.
חילופי איומים עם איראן.
ב-1995 הצהיר עלי רפסנג'אני, נשיא איראן ואחד מאבותיה החשובים של תוכנית הגרעין האיראנית, בעת נאום דתי אסלאמי במסגד, כי "ישראל יכולה לגרום לנו נזק רב, אך די בפצצה אחת כדי למחוק את ישראל". לדבריו אלו נוספו עם השנים הצהרות נוספות, כמו אלו של מפקד משמרות המהפכה, רחים ספווי, שטען כי "לישראל יש נשק רב עוצמה, אבל היא בית עשוי מזכוכית".