בבחירות 2006 ספגה סיעת הליכוד, בראשות בנימין נתניהו, את המכה הקשה בתולדותיה. לאחר מערכת הבחירות בהן גרפה מפלגת קדימה בראשות אהוד אולמרט אחוז נכבד מהמצביעים הפוטנציאליים של הליכוד, התרסקה הליכוד ממפלגת שלטון בעלת 38 מנדטים ל־12 מנדטים בלבד, ובכך הפכה לסיעה השלישית בגודלה בכנסת, השווה בגודלה לסיעת ש"ס. עם זאת, כיוון שהליכוד הייתה הסיעה הגדולה ביותר באופוזיציה (ש"ס הייתה בקואליציה), כיהן יושב־הראש שלה, בנימין נתניהו, כראש האופוזיציה, עד לבחירות לכנסת ה-18.
למרות התבוסה הקשה שספגה המפלגה בהנהגתו, זכה נתניהו לעדנה מסוימת בעין הציבור לאחר שאירועים כגון השתלטות החמאס על רצועת עזה והתגברות ירי הקסאמים, ובצידם פריצת מלחמת לבנון השנייה נראו כמוכיחים את אזהרותיו המוקדמות בדבר הסכנות הביטחוניות הטמונות לישראל, אזהרות שתוארו בזמן הבחירות כ"קמפיין הפחדה" וזכו ללעג מצד מתנגדיו. גם פעילות ההסברה הענפה מחוץ לישראל בה עסק בזמן המלחמה בלבנון זכתה להערכה. מדיניותו הכלכלית הקפיטליסטית שהובילה לתבוסתו בבחירות, נחשבה לאחד הגורמים לשגשוג הכלכלי המחודש (ששרר עד פרוץ משבר הסאבפריים).
ביולי 2007, לאחר הבחירות המקדימות לראשות מפלגת העבודה שבהן ניצח אהוד ברק, החליטו ראשי הליכוד כי עליהם להיערך לבחירות הבאות לכנסת ולהקדים את הבחירות לראשות התנועה. נתניהו, שהתמיכה בו בקרב הציבור הייתה גבוהה לפי הסקרים באותה התקופה, טען שיש לקיים את הבחירות לראשות התנועה בהקדם האפשרי, ואילו סילבן שלום טען שיש לערוך אותן רק בסוף 2007. לאחר שמרכז הליכוד החליט לקיים את הפריימריס כבר ב-14 באוגוסט, פרש שלום מהמירוץ בטענה שלא ניתן לו זמן להיערך לבחירות וכינה את ההחלטה על הקדמת הבחירות "הצגה נוסח משטר הבעת' הסורי". בבחירות על ראשות הליכוד התמודדו נתניהו, משה פייגלין ודני דנון, יו"ר הליכוד העולמי. נתניהו ניצח בהן ברוב של 73%, פייגלין קיבל 23.4% מקולות המצביעים ודנון קיבל 3.5% מהקולות בלבד.
הבחירות הפנימיות לרשימת הליכוד לכנסת ה-18 התקיימו ב-8 בדצמבר 2008 והשתתפו בהן כלל מתפקדי הליכוד אשר בחרו 12 נציגים ברשימה ארצית ושני נציגים למשבצות העולים. בנוסף, כל מתפקד בחר נציג של המחוז אליו הוא משתייך. המקום הראשון שוריין לנתניהו. תוצאות ראשונות פורסמו בלילה שאחרי הבחירות, אך לאחר מכן פורסמו תוצאות שונות במקצת על פי פרשנות אחרת של תקנון הליכוד. ערעורים שונים הוגשו לבית המשפט המחוזי על הרשימה, אולם רק ערעורו של מיכאל רצון, על דחיקת נציגי הרשימה הארצית מפני נציגי המחוזות, התקבלה, בטענה שהשינוי נעשה על מנת לדחוק אחורה את משה פייגלין, שהוא שיקול זר. אולם בית המשפט העליון ביטל את ההחלטה באומרו שהתערבות בהליכים בתוך מפלגה צריכים להיות מוגבלים למקרים קיצוניים, ושלא הוכח שאכן היו שיקולים זרים בפני בית הדין העליון של הליכוד, בניגוד לוועדת הבחירות שלה. השופטים גם בקשו שהליכוד תנקוט אמצעים כדי שמקרים כפי שהובאו בערעורים לא יישנו. סמוך להגשת הרשימה לוועדת הבחירות המרכזית חתם הליכוד על הסכם איחוד עם מפלגת אח"י, שפרשה מהבית היהודי, ובמסגרתו שוריינו לאח"י המקומות 39 (שלום לרנר) ו-45 (אדמונד חסין) ברשימת הליכוד-אח"י לכנסת השמונה עשרה.
בבחירות לכנסת ה-18 קיבלה תנועת הליכוד 27 מנדטים. אף על פי שקדימה קיבלה 28 מנדטים, הצליח בנימין נתניהו לגבש רוב קואליציוני יחד עם מפלגת ישראל ביתנו, ש"ס ומפלגת העבודה ולהרכיב ממשלה. הממשלה אושרה ב-69 קולות, כאשר חמישה מחברי מפלגת העבודה בחרו להיות נוכחים במליאת הכנסת אך לא להשתתף בהצבעה. ב-31 במרץ 2009 הושבעה ממשלת ישראל ה-32 בראשות בנימין נתניהו שבה היו חברים 30 שרים ושמונה סגני שרים והיא הייתה מהממשלות הגדולות בהיסטורית מדינת ישראל.
בתחילת דצמבר 2011 הודיע בנימין נתניהו על הקדמת הפריימריז על ראשות מפלגת הליכוד. כעבור מספר שבועות זכתה ההודעה לתמיכת ואישור מרכז המפלגה, ונקבע מועד ההתמודדות לתאריך 31 בינואר 2012. סילבן שלום, שהתכוון להתמודד מול נתניהו, יצא בהכרזה על אי חוקיותו של ההליך, אך לבסוף הסיר את התמודדותו מול נתניהו. היחיד שהתייצב מול נתניהו היה משה פייגלין. בבחירות ניצח נתניהו כשהוא מקבל 74% מקולות הבוחרים, לעומת פייגלין ששימר את הישגו מהבחירות הקודמות – 24%.
באוקטובר 2012 הודיעו בנימין נתניהו (יו"ר הליכוד) ואביגדור ליברמן (יו"ר מפלגת ישראל ביתנו) על כוונתם להגיש רשימת מועמדים משותפת לשתי המפלגות, שנקראה "הליכוד – ישראל ביתנו", בבחירות לכנסת התשע עשרה. הסיעה המשותפת זכתה ב-31 מנדטים, מתוכם 20 לליכוד, ונתניהו מונה להקים את הממשלה השלישית בראשותו.
ב-9 ביולי 2014 פורקה הסיעה המשותפת למרכיביה, וסיעת הליכוד חזרה לתפקד כסיעה עצמאית.
ב-2 בדצמבר 2014 פיטר ראש הממשלה נתניהו ממשלתו את השרים יאיר לפיד וציפי לבני, בהאשמת חתרנות נגדו. בהמשך הערב התפטרו יתר שרי יש עתיד, ונתניהו הודיע על כוונתו לתמוך בהצעות החוק להקדמת הבחירות שהונחו על שולחנה של הכנסת באותם ימים. בבחירות לכנסת העשרים, שנערכו ב-17 במרץ 2015, זכה הליכוד לניצחון, והגדיל כוחו ל-30 מנדטים. ניצחון זה הושג בניגוד לתחזיות מוקדמות, שהראו על יתרון למפלגת המחנה הציוני בראשות יצחק הרצוג, והוצג על ידי נתניהו והליכוד ככזה שהושג "כנגד כל הסיכויים". תומכי הליכוד טענו כי הקמפיין הנגטיבי והאגרסבי שנעשה לטענתם כנגד המפלגה מצד "חוגי השמאל והתקשורת", יצר אפקט הפוך והוביל לתמיכה גדולה של מצביעים בבחירות אשר הציבה את הליכוד שוב כמפלגת השלטון. ביום הבחירות לכנסת העשרים, במטרה לגייס מצביעים נוספים למפלגתו, יצא נתניהו בהצהרה:
ההתבטאות גררה ביקורת רחבת היקף נגד נתניהו, בישראל ומחוצה לה. הביקורת, שהחלה כבר ביום הבחירות, נשמעה גם חודשים לאחר מכן. אמירתו של נתניהו העלתה לדיון את השיח סביב הגדרת מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית, זהותם הלאומית של ערביי ישראל ואופן ההתייחסות לזכות ההצבעה והבחירה שלהם.
בספטמבר 2018, הצטרפה המפלגה לארגון גג של מפלגות שמרניות האיחוד הדמוקרטי הבינלאומי.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים ואחת, ב-20 בפברואר 2019, נמסרה הודעה משותפת לליכוד ולבית היהודי, בה נאמר כי סוכם שרשימת עוצמה יהודית תרוץ כבלוק טכני עם הבית היהודי, ובתמורה הליכוד מתחייב לשריין את המקום ה-28 ברשימתו לכנסת, עבור ח"כ מהבית היהודי, שיוכל לעבור לבית היהודי מיד לאחר היבחרו לכנסת. חבר הכנסת ששוריין הוא סגן שר הביטחון אלי בן דהן, וכדי למנוע עתירות נגד המהלך הועברה מפלגת אח"י של אפי איתם לידיו של בן דהן ובוצע איחוד מפלגות עם הליכוד. הליכוד זכה בכ-35 מנדטים המונים כ-26.46 אחוזים מן הקולות.
נשיא המדינה ראובן ריבלין הטיל על יו"ר הליכוד, בנימין נתניהו, להרכיב את ממשלת ישראל השלושים וחמש, אך זה כשל במשימה ודחף לקיום בחירות בפעם השנייה ב-2019, לראשונה בתולדות המדינה.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים ושתיים, הודיעו ראשי המפלגות הליכוד וכולנו, על ריצה משותפת בבחירות. נציגי כולנו בכנסת ישובצו במקומות 5, 15, 29 ו-35. המפלגה קיבלה 32 מנדטים כך שרק שלושת המקומות הראשונים נכנסו, מתוכם יפעת שאשא-ביטון הוצבה כחלק ממפלגתה בעוד שאר הרשימה הצטרפה לליכוד.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים ושלוש בוטלו הפריימריז לרשימת ליכוד והמועמדים לכנסת נשארו באותו מיקום, עם השריון למועמדי כולנו בראשות יפעת שאשא-ביטון. ב-26 בדצמבר 2019, בפריימריז שנערכו, התמודד גדעון סער על ראשות הליכוד מול נתניהו, ונתניהו נבחר כשקיבל 72.5% מהקולות.
בבחירות לכנסת העשרים ושלוש קיבלה המפלגה 36 מנדטים (תוספת של 4 מנדטים מהבחירות הקודמות), לעומת 33 מושבים למפלגת כחול לבן. הוקמה ממשלת ישראל השלושים וחמש, ממשלת אחדות לאומית תוך התחיבות לרוטציה של נתניהו עם ראש כחול לבן, בני גנץ.
לקראת מערכת הבחירות לכנסת העשרים וארבע, הודיע גדעון סער כי הוא פורש מהליכוד כדי להקים את מפלגת תקווה חדשה. חברי הכנסת זאב אלקין, שרן השכל, מיכל שיר ויפעת שאשא-ביטון הצטרפו אליו. לאחר הבחירות והקמת ממשלת ישראל השלושים ושש, הליכוד הלך לאופוזיציה לאחר 12 שנות שלטון רצופות.
לקראת מערכת הבחירות לכנסת העשרים וחמש, הוחלט על פי חוקת הליכוד שיתקיימו בחירות מקדימות לראשות המפלגה ולרשימה. אולם לאחר פרישת ח"כ יולי אדלשטיין המירוץ לראשות המפלגה, יו"ר הליכוד בנימין נתניהו נשאר מועמד יחיד ונבחר לראשות התנועה באופן אוטומטי, הבחירות המקדימות בליכוד (2022) בהן תקבע רשימת המפלגה לכנסת נקבעו ל-10 באוגוסט.
בית הדין של הליכוד פסק כי לאחר שחברי המרכז לא נבחרו מחדש למעלה מעשור, מתפקדי הליכוד יבחרו את נציגי המחוזות ברשימה.
מבנה המפלגה.
הגוף הרחב ביותר במפלגת הליכוד הוא מתפקדי (חברי) התנועה, הקונים את חברותם בתשלום דמי חבר שנתיים. גוף זה בוחר את יו"ר המפלגה (ומועמדה לראשות הממשלה), את חברי המרכז של המפלגה, ורשאי להיבחר למוסדותיה. בעקבות שינוי בחוקת הליכוד שבוצע לפני הבחירות לכנסת השבע עשרה ב-2006, עברה למתפקדי התנועה גם הזכות לבחור את חברי הכנסת של התנועה בבחירות אישיות (פריימריס).
מוסדותיו הארציים של הליכוד הם: