כאמור לעיל, שתי הפלוגות האחרות של הגדוד, פלוגה א' ופלוגה ד', המשיכו עד דרך שכם, וכבשו את הצומת האסטרטגי של שייח' ג'ראח. הגדוד השלים את משימתו עד השעה 5:15, שעת תום הקרב בגבעת התחמושת. ירושלים המזרחית נותקה מצפון (בנוסף להתמקמות חטיבת הראל מצפון לירושלים, כאמור לעיל), ולמעשה נוצר קשר עם הר הצופים. 36 צנחנים נהרגו בקרב, מהם 21 בגבעת התחמושת ו-14 בשלב הפריצה. עשרות רבות נפצעו. כמעט כל הכוח הירדני שהיה במוצב נהרג בקרב - כ-70 חיילים ירדניים.
כיבוש שכונות ואדי אל-ג'וז והמושבה האמריקאית.
במקביל להבקעה של גדוד 66, הבקיע גדוד 71 בנקודה נוספת, כקילומטר מדרום לשם, מעט צפונה משער מנדלבאום. ההתקפה החלה במקביל להתקפה של גדוד 66, בשעה 2:30 לפנות בוקר. לאחר פריצת הגדרות על ידי פלוגה ב', החלה פלוגה ג' בקרב קשה לכיבוש העמדות הירדניות באזור הפריצה, קרב שנמשך עד השעה 6:00 בבוקר והיה כרוך בנפגעים רבים. מספר בתים מצפון לנקודת הפריצה (שנקראו "הבית הלבן" והבית האדום") נכבשו רק לאחר מספר הסתערויות; בחלק הדרומי של גזרת הפריצה השתלטה פלוגה ג' על בית שכונה "הבית השרוף", מול מלון אמריקן קולוני, ובכך אבטחה את גזרת הפריצה לכיוון דרום, כהכנה למעבר גדוד 28 דרך הפירצה וללחימתו דרומה בדרך שכם.
תוך כדי הקרב של פלוגה ג' עברו דרך הפירצה פלוגות א' וד'. פלוגה ד' התקדמה לשכונת ואדי אל-ג'וז: כוח אחד התקדם במהירות כדי לשתק עמדת מרגמות 81 מ"מ, ומצא אותה ריקה; כוח שני נע על הכביש הראשי של השכונה והשתלט עליו. כוח שלישי של הפלוגה השתלט על המושבה האמריקאית, מדרום לשכונת ואדי אל-ג'וז. פלוגה א' עברה דרך השכונה, התקדמה עד לקצה, והגיעה לנקודה ממנה שלטה על מוזיאון רוקפלר. חיילי הפלוגה הבחינו בכוח ירדני יורד מהר הזיתים לכיוון העיר העתיקה, ובאמצעות סיוע ארטילרי שביקשו בלמו את התקדמותו. עד השעה 6:00 בבוקר השלים גדוד 71 את משימתו
הקרב בדרך שכם.
גדוד 28 המתין בשכונת שמואל הנביא כעתודה חטיבתית, בהמתנה להשלמת ההבקעה של גדוד 71. במהלך ההמתנה ספג הגדוד הפגזה קשה ולפלוגה ד' היו נפגעים רבים. במהלך ההפגזה נשכב החובש שלמה אפשטיין על החייל הפצוע שבו טיפל, שלמה חגואל, ובכך הציל את חייו של חגואל במחיר חייו שלו. למרות זאת, החל הגדוד את המתקפה בשעה 3:30 לפנות בוקר, דרך הפירצה שהבקיע גדוד 71. פלוגה א' של הגדוד הובילה את ההתקדמות, וכבר בשלב הראשון נקלעה לקרב קשה באזור "הבית השרוף", שכבר נכבש על ידי גדוד 71; לוחמים ירדנים שנטשו את הבית לאחר הקרב עם פלוגה ג' של גדוד 71 שבו אליו, ובקרב הקשה שהתפתח ספגה פלוגה א' נפגעים רבים. מפקדת החטיבה הורתה לפלוגת הטנקים מגדוד השריון הפיקודי שהמתינה עד שלב זה ליד מלון "אמבסדור" לנוע דרומה ולסייע לגדוד 28. הופעתם של הטנקים שינתה את המצב: האש הירדנית התרכזה בהם, מחד, ועוצמת האש של השריון הייתה משמעותית מאוד כנגד האש הירדנית.
על פי התוכנית המקורית אמור היה הגדוד לנוע לאורך רחוב צלאח א-דין, הנמשך ממזרח לדרך שכם. דרך שכם הייתה למעשה הצד הירדני של הקו העירוני, והמטרה הייתה להימנע מלחימה ישירות בעמדות שבקו זה. ואולם, בלהט הלחימה טעו הצנחנים והמשיכו בדרך שכם עצמה. הלחימה הייתה מבית לבית, כאשר הלוחמים הירדניים נלחמים מעמדות מבוצרות היטב שהוכנו מראש. גם בגדוד וגם במטה החטיבה לא הבחינו בטעות של הגדוד, וגם כאשר דיווח המג"ד שהוא נלחם בבניין ימק"א לא הבינו במטה החטיבה את הטעות.
בשעה 6:00 בבוקר הצליחה פלוגה א' להשתלט על צומת הרחובות שמדרום לבניין ימק"א והקונסוליה האמריקאית, ונעה עוד דרומה. כחצי שעה לאחר מכן נתקלה הפלוגה בעמדה מבוצרת היטב שחסמה את המשך המעבר; העמדה הייתה ממוקמת בקצה סימטה שפנתה מערבה מדרך שכם, ונקראה לאחר מעשה "סמטת המוות". שלושה מלוחמי הפלוגה נהרגו בניסיון לכבוש את הסימטה, ללא הצלחה. פלוגה ג', שהחליפה את פלוגה א' בחוד בשלב זה, ניסתה גם היא, ושניים מאנשיה נהרגו גם הם בקרב. העמדה בסימטה עיכבה את התקדמות הגדוד למשך כשעתיים, והירדנים הוכנעו רק לאחר שטנק מ"פ השריון הצליח לפגוע בה והשמידה.
עם מעבר הסימטה היו הצנחנים סמוכים מאוד לחומת העיר העתיקה, והחלו להיפגע מאש החיילים הירדניים שעל החומה. המג"ד עם פלוגה ג' נע דרך בית הקברות א-סהירה, מצפון לחומה. פלוגה ג' כבשה את קצהו של רחוב צלאח א דין, והתמקמה במלון "ריבולי", מול שער שכם. פלוגה א' והטנקים נשארו בקצה דרך שכם, מול החומה.
הפלוגה המסייעת של גדוד 28 לא טעתה בדרכה; הפלוגה עלתה על רחוב צלאח א-דין, נעה עליו והגיעה עד למוזיאון רוקפלר, אותו כבשה לאחר קרב קצר. כוח שהיה מורכב מחיילי פלוגה ד', הסיירת החטיבתית והסיירת של חטיבה 80 הצטרף לפלוגה המסייעת, והתמקם בסמוך למוזיאון.
יום שלישי, 6 ביוני, בוקר: חטיבת הראל כובשת את המבואות הצפוניים של ירושלים.
בעוד הקרב על גבעת התחמושת בעיצומו, ובמקביל להבקעת הקו העירוני על ידי גדוד 71, הגיעו הכוחות הראשונים של חטיבת הראל לכביש ירושלים - רמאללה, כפי שתואר לעיל. הכוח היה מורכב מ-6 טנקי שרמן ו-10 זחל"מים של גדוד 95, יחד עם סוללת מרגמות, ועוד 4 זחל"מים ו-3 ג'יפים של פלוגת הסיור החטיבתית. הכוח הישראלי פתח באש על הכביש, השמיד כלי רכב ירדניים, וחסם את התנועה צפונה. חטיבת הראל הייתה פרוסה באותו זמן לאורך כל הצירים שהובקעו בלילה; טנקים, זחל"מים וכלי רכב רבים אחרים היו תקועים לאורך הדרכים השונות, ואחרים נעו מזרחה בכביש הצר מבידו לנבי סמואל ולבית חנינא. למרות זאת, המשיך המח"ט את תנופת ההתקפה של החטיבה. קשיי התנועה גרמו גם לקושי רב בהעברת תחמושת ובעיקר דלק לכוחות המסתערים.
כיבוש תל אל פול.
חיל האוויר הישראלי הפציץ בלילה את כוחות התגבור הירדניים שנעו ממעלה אדומים לכיוון תל אל פול. הכביש נחסם, ורק פלוגת טנקים מוקטנת ובה 7 טנקי פטון M48 הצליחה להגיע ליעדה. בשעה 5:30 בבוקר נוצר מגע אש בין הטנקים הישראליים לטנקים הירדניים. הירדנים הצליחו לפגוע בכמה זחל"מים ישראליים, שהיו ריקים מצוותם, ומאש הטנקים הישראליים נפגעו כמה טנקים ירדניים. הטנקים האחרים נסוגו לכיוון צפון מזרח.
בשעה 8:30 בבוקר קיים מפקד חטיבה 10, אלוף-משנה אורי בן ארי, . הוא החליט להכפיף את כל הכוחות שהמשיכו להגיע לכיוון תל א-זהרה לגדוד 106, בפיקוד סא"ל אהרון גל. גדוד זה יתקוף את תל אל פול, בחיפוי הטנקים של גדוד 95, בפיקוד סא"ל צביקה דהב, שהיו ממוקמים בתל א-זהרה. משם ימשיכו הטנקים והזחל"מים דרומה, יכבשו את גבעת המבתר ואת הגבעה הצרפתית, ויצרו קשר עם חטיבה 55 שהשלימה באותה שעה את כיבוש גבעת התחמושת ועם הר הצופים.
מפקד גדוד 106, סא"ל אהרן גל, הורה לשתי פלוגות טנקים ולפלוגת חרמ"ש להסתער על התל. פלוגת טנקים נוספת חיפתה על ההסתערות מתל א זהרה, ופלוגת השיריוניות נשלחה כדי לבצע חסימה מצפון לתל, לכיוון מזרח. ההתקפה על התל עצמו החלה בשעה 9:00 ועברה כמעט ללא התנגדות. אולם, פלוגת השיריוניות נתקלה בכמה טנקים ירדניים, ואלה השמידו שתי שריוניות פאנהארד AML ישראליות. בקרב נהרג מפקד הפלוגה, . הטנקים הישראליים שעלו לפסגת תל אל פול השמידו שניים מהטנקים הירדניים, והשאר נסוגו.
כיבוש הגבעה הצרפתית וגבעת המבתר.
מיד לאחר כיבוש התל הורה פיקוד המרכז לחטיבת הראל להמשיך דרומה ולכבוש את גבעת המבתר ואת הגבעה הצרפתית, כשני קילומטרים מדרום לתל. שתי הגבעות הללו חלשו על הכניסה הצפונית לירושלים, על גבעת התחמושת ועל הכביש העולה להר הצופים, ובשל כך הייתה להן חשיבות רבה. בדרך לגבעות אלה היה על החטיבה להשתלט על שכונת שועפאט ועל המוצב שהיה בה, וכן על גבעה מצפון לגבעה הצרפתית. מח"ט "הראל" החליט על הסתערות מהירה: הטנקים יעברו ראשונים דרך הבתים שבדרך. תנועתם המהירה והאש הכבדה שלהם ייצרו הלם, שבעזרתו ישתלטו פלוגות החרמ"ש שאחריהם על שטחים אלה. הטנקים עצמם לא יתעכבו אלא ימשיכו עד ליעד הסופי, כלומר גבעת המבתר.
המעבר דרך שועפאט היה מהיר וללא התנגדות, ואולם, עם ההגעה לגבעת המבתר, נבלמה ההסתערות. כוח הטנקים שהתקדם ראשון נע מהר מדי, עבר את המוצב הירדני, ונחשף לגבעת התחמושת. טנק של גדוד השריון הפיקודי שהיה ליד מלון "אמבסדור" טעה בזיהוי הטנקים הישראליים של חטיבה 10, ירה ופגע באחד מהם. נהג הטנק, , נהרג ושאר הצוות נחלץ לעבר לשאר הטנקים הישראליים, שנסוגו לאחור. כח החרמ"ש שנע בזחל"מים אחרי הטנקים הסתער ישירות אל מרכז המוצב, אך נתקל מכל עבר באש כבדה מתותחים ללא רתע ומקלעים. הזחל"מים נפגעו קשות מהאש שסביבם, ונסוגו. מיד לאחר מכן אירעה תקרית נוספת של אש ידידותית, כאשר מטוס ישראלי תקף את הכוח המסתער. אל"ם בן ארי הורה על נסיגה של כמה מאות מטרים לאחור, להיערכות מחדש.