אסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא.
בדרכו הלימודית וההלכתית נטה הרב קוק ללימוד "אסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא", כך בערוב ימיו השקיע הרב קוק שעות רבות במפעל שיזם לסיכום של פסק ההלכה היוצא מסוגיות הגמרא, כפי שהוא מופיע ברמב"ם ובשולחן ערוך. זאת במטרה לגשר על הפער שנוצר בין הדיון בסוגיות הגמרא לדיון בהלכה על ידי זה שחלק מהלימוד של הגמרא יהיה פסיקת ההלכה היוצאת מהלימוד. אזכור ההלכות על הדף כונה "הלכה ברורה" וביאור הסוגיות בשיטות הראשונים והאחרונים הופיע בשם "בירור הלכה". בהמשך הוקם מכון שיטפל בהמשך המפעל הזה והוצאתו מן הכוח אל הפועל, שנמצא במתחם ישיבת מרכז הרב.
תורת ארץ ישראל.
הרב קוק פיתח בהרחבה את הנושא של ייחודיותה של תורת ארץ ישראל, וקרא לשוב אל שיטת הלימוד הארץ־ישראלית המקורית. חידושו העיקרי בנושא הוא שהייחודיות של תורת ארץ ישראל היא בכך שבארץ ההלכה מושפעת מתחומים שונים שהם חוץ־הלכתיים, ובפרט מן הנבואה, האגדה ותורת הקבלה, וכתוצאה מכך בלימוד התורה בארץ ישראל ניתן להגיע לחקר האמת בלא צורך בפלפול מרובה.
הרב קוק גם קבע שיישוב ארץ ישראל בפועל, הוא יעד שיש לשאוף אליו. קניית אדמות, עליה מהגלות, חקלאות, וקיום המצוות התלויות בארץ: לקט שכחה ופאה, תרומות ומעשרות, דיני כלאיים ושמירת השמיטה. במקרים שבהם הייתה התנגשות בין יישוב הארץ ובין קיום המצווה, חיפש דרכים הלכתיות על פיהן ניתן להקל, כך תמך בחידוש "היתר המכירה" של חובבי ציון, משתי שמיטות קודמות לו.
יחס קבלה והלכה ואופי פסיקתו.
הרב קוק, לבד שהיה איש הגות, שמש גם כפוסק וכתב מאות תשובות הלכתיות. מרבית תשובותיו ההלכתיות פורסמו בספרי השו"ת אורח משפט, משפט כהן, דעת כהן ועזרת כהן. חלק מהחוקרים סוברים שעל אף שהגותו חדשנית ביותר, הרב קוק לא שילב אותה בפסיקותיו.
לעומתם, אבינועם רוזנק סבור ששורש החומרות הרבות המצויות בפסיקותיו הוא ברעיונות החדשניים שבהגותו. חגי בן ארצי סבור שיש להבחין בפסיקות הרב קוק בין תקופת יפו לתקופת ירושלים: בראשונה הרב פוסק באופן חדשני ביותר (למשל בהקלתו בפולמוס שמן השומשומין, בהיתר המכירה בשנת השמיטה ובפולמוס האתרוגים המורכבים) ובשנייה, הרב עובר לפסיקה שמרנית בהרבה (בהחמרתו באיסור הצבעת נשים, בנושא חליבה בשבת, ובהחמרתו בהלכות גיור ואיסורו לנתוחי גופות יהודים במסגרת לימודי רפואה).
פרופ' נריה גוטל אמר שהרב קוק מנמק את פסיקותיו גם בדברי קבלה ואגדה, דבר שאינו מקובל ברוב ספרי השו"ת האשכנזיים הקלאסיים, אך מצוי בפסיקות חכמי אשכנז הקדמונים וחכמי עדות המזרח. כך למשל הזכיר את פסיקת הרב קוק שיש להשתמש בגופות גויים לצורך לימוד רפואה, שאותה נימק גם בכך שהגוף היהודי הוא קדוש.
הרב קוק למד ספרי קבלה וחסידות וכתב בשבחם, אבל בישיבתו לא לימד כתבים אלה.
פלפול.
הרב שלמה יוסף זוין הסביר את גישתו ההלכתית של הרב קוק בספריו ובכתביו. הוא מציין שהרב קוק נמנע מלבסס הסברים על שיטת ה"לשיטתו", כשהוא רואה בה פן של פלפול שאינו הכרחי; אולם לא נמנע, לאחר שהסביר שיטה, לציין שהסבר זה תואם את שיטתו של אומרה במקום אחר.
עם זאת ניכר בהרבה מקורות בכתביו, כי הרב קוק התייחס בחיוב ובסנגוריה לצורת לימוד זו. הוא מנתח את הסיבה להתנגדות שצורת לימוד זו עוררה בעבר, ואת הנימוקים ללגיטימיות שיש לה כיום. הרב קוק טוען שללימוד זה יש צד אסתטי, והוא עשוי לעורר לאהבת תורה. אמנם הוא מגביל ותוחם אותו בתנאים אחדים, כמו לא לערבב הלכה ואגדה, ולאפשרו לאנשים שכבר יש להם ידיעות מעמיקות בלימוד.
מנהג.
באופן כללי גישתו של הרב קוק למנהגים מהווה שיטה קלאסית בקרב האורתודוקסיה המודרנית. גישתו כללה התייחסות בכובד ראש למנהגים, כשלעיתים הוא רואה חשיבות עצומה בקיים המנהגים ממש כדין תורה. גישתו המעניינת היא ביחס לדין המנהג ועניין "לא תתגודדו".
פילוסופיה וקבלה בהגותו.
הוגה הדעות הלל צייטלין מציב את הרב קוק ברצף אחד עם גדולי הקבלה: האר"י, הבעל שם טוב, ובעל התניא. לדבריו הרב קוק הסתמך רבות על הקבלה הבעש"טנית, יותר ממה שמיוחס לו. הוא כותב:
היו חוקרים (כגון בנימין איש שלום) שטענו שאף שלקבלה מקום מרכזי בתפיסת עולמו של הרב קוק, הוא אינו צמוד לעולם המושגים שלה, אלא משתמש בה לצורכי הגותו־הוא באמצעות נתינת משמעות מחודשת לסמליה. כנגדם יצאו חוקרי קבלה, ובראשם יוסף אביב"י, שטענו כי עולמו הרוחני של הרב קוק נטוע עמוק בחיק הקבלה, וכי ניתן להראות במקומות רבים שבהם נראה שהוא כותב הגות בלבד, שאין זה אלא תרגום לשפה מודרנית של תכנים קבליים, על פי פרשנותו הייחודית של הרב קוק.
הרב קוק בחר שלא לציין את מקורותיו בפירוש, אולם ציין שהרבה להסתמך על כתבי האר"י. מעבר לכך, מקורותיו מגוונים, ובהם הזוהר, עץ חיים, ספרי החסידות, רבי יהודה הלוי, רמב"ם, ספרי מהר"ל מפראג, ספרי רמח"ל, הגאון מווילנה, רבי יצחק אייזיק חבר, וכן פילוסופיה יוונית ומודרנית.
בהגותו ניכרת גם השפעתם של פילוסופים מודרניים של העת החדשה. באחד ממכתביו של בנו הרב צבי יהודה, כותב הבן שמאמרו של אביו, "דעת אלוקים", מבוסס לדעתו על גישתו של הפילוסוף הרמן כהן. למעשה, רבים ממושגיו של שפינוזה מצויים הן במאמר זה והן במקומות רבים נוספים בהגות הרב קוק. השפעה מיוחדת ישנה להגותו של הגל (אולי בתיווכה של משנת ר' נחמן קרוכמל) על מחשבת הרב קוק. הדבר ניכר במאמרו "למהלך האידיאות בישראל" (בספרו "אורות"), שבו הוא משתמש במושגי האידאות במובנן ההגלייני, לשם הסברת ההיסטוריה היהודית. עוד ניכרת, במיוחד, הגותו של שלינג, בייחוד בכל הקשור לשילוב אחדות וריבוי. מלבד זאת ישנה זיקה הגותית, הן בדרך של השפעה והן ביקורתית, לכתביהם של קאנט, שופנהאואר, ניטשה, אנרי ברגסון, כמו גם ביחס לבודהיזם, וכן לתגליות מדעיות בעלות משמעות פילוסופית (דוגמת האבולוציה וגיל העולם).
הרב קוק הסתייג מתורת ההשכלה, אך לא התנגד לשימוש בכלים מדעיים־ביקורתיים בלימוד התורה, כאשר הדבר נעשה בידי בני תורה המתאימים לכך, ולא כעיקר הלימוד.
תשובה וגאולה.
התשובה במשנת הרב קוק תופסת מקום מרכזי. אחד הכתבים הבודדים שיצאו לאור בחייו הוא הספר "אורות התשובה". בספר זה הוא מברר את מהותה של התשובה, והתהליכים הגורמים ומניעים אליה, ומחדש את רעיון התשובה לאו דווקא כשיבה מחטא מסוים וכחזרה בתשובה פשוטה, אלא כאידאה כללית של חירות ממגבלות וחולשות ותהליך התקדמות כללית של המציאות כולה, זאת בהתבסס על ספרות הסוד של היהדות.
התשובה במשנתו אף חורגת מתחומי המוסר והאתיקה הפרטיים, וכוללת תהליכים מדיניים, חברתיים, מדעיים ובריאותיים, ובעיקר שיבת עם ישראל לארצו וגאולתו הלאומית. הגאולה המצופה אינה נוגעת רק בעם ישראל ושיבתו לארצו, אלא כוללת גם הטבת מעמדה של כלל האנושות ועלייתה למדרגה מוסרית גבוהה יותר. את רעיון התשובה הפרטי קשר באותנטיות אישית שבה האדם נאמן לעצמיותו "ושב אל שורש נשמתו". רעיון התשובה קשור במשנתו בשיבה של האדם, העמים והאנושות בכללותה אל האלוהות, שהיא מקור חכמה, אמת, יופי, יושר וטוב הקיים בעולם.
התפתחות והתקדמות העולם.
לפי תפיסתו, תורת האבולוציה הדרוויניסטית איננה סותרת את התורה, אלא אדרבה מתאימה לרוח התורה, ומורה על כך שהעולם מתקדם ומתפתח. לדעתו תהליכי ההתפתחות מתרחשים לא רק בתחום החומרי אלא גם בתחום המוסרי והרוחני, בהתקדמות ההיסטורית של העולם לקראת הגאולה.
הרב קוק הבין על פי הקבלה, שעם בוא הגאולה המלאה, תהיה התקדמות של כל החיים. ב'חזון הצמחונות והשלום' הוא מתאר את התקדמות הטבע כולו, כאשר כל רמת חיים עולה ומתקדמת. האדם יהיה ליותר מאשר הוא כיום, וכך הצמחים והבהמות, ומתוך כך, תיאסר אכילת הבשר. הוא ראה גם התפתחות של המדעים להבנה מלאה של היקום, המתיישרת עם המוסר, מתוך ידיעה והשתתפות, ולא מתוך התנשאות וכוחנות. הוא כלל בכך את מדעי הנפש, הטבע והחיים, וכן את היצירה האנושית והאמנות.
הערכות כלפיו.
תומכיו.
אישיותו של הרב קוק וידיעותיו בתורה זכו להערכה רבה אצל הרבנים מרוב הזרמים השונים, חובבי ציון וחרדים. חליפת האיגרות והמכתבים בינו לבין רבנים גדולי ישראל, וכן התבטאויות של רבנים שונים, מבטאות כבוד רב כלפי הרב קוק, הגם שפעמים רבות לא הסכימו עם דרכו ושיטתו.
בין מחליפי המכתבים עמו (מהם גם כאלו שהתנגדו לשיטתו והשקפתו ואף בחריפות אך ראו בו אחד מהגדולים): הרב ישראל מאיר הכהן מראדין - החפץ חיים, הרב אברהם ישעיה קרליץ (ה"חזון איש"), הרב חיים עוזר גרודזינסקי, הרב נפתלי צבי יהודה ברלין, הרב חיים סולובייצ'יק, בנו הרב יצחק זאב סולובייצ'יק, האדמו"ר מגור רבי אברהם מרדכי אלטר, הרב איסר זלמן מלצר, הרב שמשון אהרון פולנסקי, הרב יוסף חיים זוננפלד, האדמו"ר מליובאוויטש הרב יוסף יצחק שניאורסון, הרב אהרון קוטלר, הרב נתן צבי פינקל, הרב ירוחם ליבוביץ, הרב ברוך בר ליבוביץ, הרב יהודה מאיר שפירא מלובלין ועוד רבים.
החפץ חיים שמע בזמן הכנסייה הגדולה הראשונה שהתקיימה בווינה בשנת תרפ"ג דברי פגיעה ברב קוק, ואז הגיב החפץ חיים: (תרגום מיידיש: לשמע דברים כאלו יש לקרוע קריעה!). כמו כן סירב ללחוץ את ידיהם של בני המשלחת הירושלמית ואמר להם: והוסיף:
הרב מלצר אמר לרב גרודז'ינסקי בביקור אצלו בהתייחסו לרב קוק: ובהספד על הרב קוק אמר: וקרא בבכי: .