ב-23 במרץ 1905 קיבל קורצ'אק הסמכה לרפואה. כרופא, הוא גויס ביוני אותה שנה לצבאו של הצאר, והשתתף במלחמת רוסיה–יפן. באותה תקופה הייתה פולין מחולקת תחת שלטונן של שלוש מעצמות: רוסיה, גרמניה ואוסטרו-הונגריה. קורצ'אק שירת בחרְבּין, ובמרץ 1906 סיים את שירותו הצבאי בדרגת לוטננט וחזר לוורשה. בשנים 1905–1912 עבד כרופא ילדים בבית החולים לילדים ברסון ובאומן ברחובות שליסקיי 51 – שינה 60. הוא קיבל דירת מגורים בשטח בית החולים וטיפל בחולים בכל שעות היממה, כשמשכורתו עמדה על 200 רובל בשנה. בעבודתו כרופא החל לעזור גם לאנשי שכונות הפועלים של העיר. ממטופליו העניים לעיתים לא גבה תשלום כלל, או תשלום סמלי בלבד, ולעיתים אף נתן כסף לקניית תרופות. מן הפציינטים האמידים לא הסס לגבות שכר טרחה גבוה. קורצ'אק עבד עם שמואל גולדפלאם והושפע מרופא הילדים יוליאן קרמשטיק. החל משנת 1907, בעקבות פרסומיו הספרותיים, הפך לרופא ילדים ידוע ומבוקש בוורשה.
בשנים 1907-1910/11 השתלם מחוץ לפולין: בשנת 1907 שהה כשנה בברלין, שם שמע הרצאות, התנסה בעבודה במרפאות ילדים, וחקר שיטות עבודה בבתי חינוך לילדים ובבתי יתומים. כמו כן שהה ארבעה חודשים בפריז (1910) וחודש בלונדון (בשנת 1910 או 1911). שנים אחר כך כתב שבלונדון קיבל את ההחלטה לא להקים משפחה ו"לשרת את הילד ואת ענייניו". הוא ראה בכל הילדים בהם טיפל ואותם חינך, כילדיו שלו.
בשנת 1914, בזמן מלחמת העולם הראשונה, גויס קורצ'אק שוב לצבא הצאר ושרת כסגן מנהל בית חולים שדה אוגדתי, בחזית האוקראינית. ב-1917 הוא נשלח לשמש כרופא בבתי מחסה לילדים אוקראיניים ליד קייב. הוא עבד זמן קצר בבית חינוך לנערים פולנים בקייב, בניהולה של מריה רוגובסקי-פאלסקה, פעילה חברתית ולוחמת לעצמאות פולין, אותה פגש שנתיים קודם לכן בזמן חופשה קצרה בקייב. לאחר סיום המלחמה ב-1918 חזר קורצ'אק לוורשה. עם ההכרזה על עצמאותה של פולין ב-11 בנובמבר 1918, גויס לצבא הפולני ובתקופת המלחמה הפולנית-בולשביקית (1919-1921) שרת בבתי חולים צבאיים בוורשה ובלודז'. הוא נדבק וחלה בטיפוס. בזכות שירות זה קודם לדרגת רב-סרן בצבא הפולני.
פעילות חברתית.
בדצמבר 1899 נעצר קורצ'אק לזמן קצר, בשל פעילותו בחדרי הקריאה לציבור הרחב שהפעילה העמותה הוורשאית לגמילות חסדים.
בשנת 1916 היה בין 16 החברים שהקימו בווינה את "השומר הצעיר".
הצטרף ל"בונים החופשיים" לכל המאוחר בשנת 1925 והיה חבר בלשכת בונים חופשיים "כוכב הים" של הפדרציה הבינלאומית "זכויות האדם" ("Le Droit Humain"), שמטרתה "להשלים בין כל בני האדם המופרדים במחיצות הדת, וחיפוש אחר האמת תוך שמירת כבודו של האדם השני". בביתי היתומים שלו הנהיג טקסי חניכה והתקדמות במתכונת הבנייה החופשית.
היה חבר ב"עמותה הוורשאית להיגיינה" ו"העמותה למחנות הקיץ לילדים". בשנים 1904, 1907 ו-1908 יצא למחנות קיץ לילדים פולנים-יהודים שאורגנו על ידי העמותה. בשנת 1909 הצטרף לעמותת "עזרה ליתומים", עמותת גמילות חסדים יהודית, שמאוחר יותר בנתה את "בית היתומים" שקורצ'אק התמנה למנהלו.
סופר, פובליציסט, עורך ואיש רדיו.
יצירת הביכורים של קורצ'אק פורסמה ב-26 בספטמבר 1896 בשבועון "קולצה" (קוצים). כתלמיד גימנסיה נאסר עליו לפרסם רשמית את דבריו בעיתונות, לכן חתם בשם-העט "הן". בהמשך השתמש בשמות עט שונים: "הן-ריק", "הגות", "הדוקטור הזקן". בשנת 1898 השתתף קורצ'אק בתחרות כתיבת מחזות של העיתון "קורייר ורשבסקי" ושלח אל התחרות מחזה בן ארבע מערכות בשם "אי זו הדרך?" . על המחזה חתם יאנֶאש קורצ'אק, שם עט אותו שאל מרומן של קראשבסקי "סיפורו של יאנָאש קורצ'אק ובתו של נושא החרב המלכותי". עקב טעות של פועל בבית הדפוס, במודעה המכריזה על תוצאות התחרות הופיע "יאנוּש", במקום "יאנאש". המחזה עצמו אבד. בשנים 1898–1901 פרסם בכתב העת "חדר קריאה לכל" (Czytelnia dla Wszystkich). משנת 1900 החל לפרסם כיאנוש קורצ'אק. הוא חתם כך אף על מכתביו הפרטיים, אך לא ויתר על השמות האחרים.
בפברואר 1900 החל לשתף פעולה עם השבועון "קולצה" (קוצים) תחת שם העט הן-ריק (Hen-Ryk). בשנת 1901 החל לכתוב פיליטונים. בשנת 1905 יצא לאור הקובץ "הבלים" (Koszałki Opałki), אסופת פיליטונים מ"קולצה", אותם כתב בין השנים 1901–1904. באותה שנה יצא לאור הרומן "ילדי רחוב", בתחילה כסיפור בהמשכים בכתב העת "חדר קריאה לכל" ומאוחר יותר כספר.
בשנים 1904–1905 כתב פיליטונים לכתב העת "קול" (Głos) בשם העט "g.". בכתב-עת זה פורסם בהמשכים הסיפור "ילד הטרקלין", שיצא כספר בשנת 1906 והביא לקורצ'אק פרסום בינלאומי. באותה שנה החל לכתוב לכתב העת "פְּשֶגְלוֹנְד סְפּוֹלֶצְ'ני" ("סקירה חברתית").
בשנים הבאות פרסם מספר ספרי ילדים, בהם: "צלקת" "המלך מתיא הראשון", "המלך מתיא באי הבודד", "פשיטת הרגל של ג'ק הקטן" ו"קאיטוש המכשף". כמו כן, פרסם חיבורים פדגוגיים חשובים, ביניהם: "איך לאהוב ילדים", "הרגעים החינוכיים", "כאשר אשוב להיות ילד", "זכותו של הילד לכבוד" ו"פדגוגיה מבודחת". בזמן מלחמת העולם השנייה ניהל יומן, מסמך בעל חשיבות גדולה לאור נסיבות יצירתו וקורותיו של קורצ'אק בעת המלחמה. העיזבון הספרותי של קורצ'אק כולל 24 ספרים ולמעלה מ-1,400 טקסטים שפורסמו בכתבי עת שונים. רק כ-300 פריטים, בהם כתבי יד מקוריים ספורים, גרסאות מודפסות תעודות ומכתבים נשמרו (ראו בהמשך רשימת ספרי קורצ'אק).
ב-16 ביולי 1926 הוענק לקורצ'אק צלב הקצונה של מסדר תחיית פולין (Polonia Restituta, ) עבור פעילותו החברתית, החינוכית, הפילנתרופית והספרותית. בשנת 1937 קיבל את "עלה הדפנה המוזהב האקדמי" - פרס האקדמיה הפולנית לספרות.
בשם "הדוקטור הזקן" פעל קורצ'אק לקידום זכויות הילד. הוא יצר סגנון יוצא דופן, בו פנה ישירות אל המאזינים הצעירים ביותר, ובצורה פשוטה דיבר על הדברים החשובים ביותר. ב-1936 הופסקו תוכניות הרדיו הפדגוגיות שלו, למרות התגובות הנלהבות של המאזינים והביקורת, בשל התחזקות האווירה האנטישמית והלחצים שהופעלו עקב כך על תחנת הרדיו. קורצ'אק חזר לשדר כעבור שנתיים בסדרת הרצאות ברדיו הפולני. הוא דיבר אל מאזיני הרדיו גם אחרי פרוץ המלחמה, בימים הראשונים של ספטמבר 1939.
בעבודתו הפדגוגית השתמש קורצ'אק באמצעים חדישים מאוד לזמנו. הוא יצר את עיתון הילדים והנוער "מָאלִי פְּשֶגְלוֹנְד" ((Mały Przegląd - "סקירה קטנה") (1926 – 1939), אשר הופיע כמוסף שבועי ליומון הוורשאי "נאש פשגלונד" ("סקירתנו"). הגיליון הראשון הופיע ב-9 באוקטובר 1926 והיה זה כתב העת הראשון בפולין שנוצר על ידי ילדים ונוער. קורצ'אק ערך אותו במשך ארבע שנים ומשנת 1930 היה עורכו יֶז'י אבּרמוב (אשר נודע לאחר המלחמה כאיגור נוורלי, מי שהיה זמן מה גם מזכירו של קורצ'אק). משרדי העיתון היו ברחוב נובוליפקי 7. בעיתון כתבו ילדים, העורך וכותבים כירחמיאל ויינגרטן. העיתון יצא לאור למרות התגברות האנטישמיות, חוסר הסובלנות, ההפרדה הגזעית והחרם על עסקים יהודיים בשנות ה-30. הגיליון האחרון יצא לאור ב-1 בספטמבר 1939.
זהות.
קורצ'אק חש עצמו כיהודי וכפולני ופעל למען קרוב לבבות בין הפולנים והיהודים. שפת האם שלו הייתה פולנית וזו הייתה השפה בה כתב ויצר. הוא הבין גם קצת יידיש, לשונם של מרבית יהודי פולין, דרך שליטתו בשפה הגרמנית. בשנות השלושים, כאשר התקרב לתנועה הציונית, החל ללמוד עברית. הוא שיתף פעולה עם כתבי העת של תנועות הנוער הציוניות והשתתף בסמינרים שלהם. בתקופה זו עבר משבר בחייו הפרטיים והמקצועיים. שני מסעותיו לארץ ישראל ב-1934 וב-1936 עזרו לו במידה מסוימת להיחלץ ממשבר זה. לדבריו, הוא נסע לארץ ישראל כדי "לספוג את העבר, למצוא נקודת משען להרהורים על ההווה ואף לגעת בעתיד".
בית היתומים וביתנו.
יחד עם סטפניה וילצ'ינסקה (1942-1886), ייסד וניהל קורצ'אק את "בית היתומים", בית חינוך בוורשה לילדים יהודים שהוקם ומומן על ידי העמותה היהודית "עזרה ליתומים", ופעל ברחוב קרוכמלנה 92 (היום רחוב יאקטורובסקה 6). בית היתומים החל את פעילותו ב-7 באוקטובר 1912. קורצ'אק התגורר בבית זה עד שנת 1932, אז עבר לדירתה של אחותו ברחוב ז'ורביי 42. המחנכת הראשית של המוסד הייתה סטפניה וילצ'ינסקה – "גברת סטפה". קורצ'אק ניהל את המוסד במשך 30 שנה. בשנת 1919 ייסד יחד עם מריה פאלסקה מוסד חינוכי נוסף, בית יתומים לילדים פולניים בשם "ביתנו" (1919-1936), שבתחילה מוקם בפרבר של ורשה, פרושקוב, ובשנת 1928 הועבר לשכונה ביילני בוורשה, לרחוב יאנה קספרוביצ'ה 203. גם ב"ביתנו" יושמו שיטות חינוכיות חדשניות.
ב-2 באוקטובר 1940 הועבר "בית היתומים" לגטו ורשה, לרחוב חלודנה 33. בזמן המעבר קורצ'אק נאסר, והגרמנים החזיקו אותו בבית הסוהר פאביאק, משם שוחרר בערבות כעבור כמה חודשים. בית היתומים עבר לרחוב שיינה 16 (שליסקה 9).
בשני המוסדות החינוכיים, שנועדו לילדים בגיל 7–14, מומשו הרעיונות של חברת ילדים בעלת מנהל עצמי שיצרה את מוסדותיה האוטונומיים כמו פרלמנט ובית דין שנוהלו בידי הילדים, עיתון, מערכת תורנויות ואפילו קופת הלוואות. הפסיכולוג השווייצרי ז'אן פיאז'ה, שביקר בבית היתומים של קורצ'אק, אמר עליו:
מלחמת העולם השנייה, גטו ורשה והמסע האחרון.