לאחר נסיגת צה"ל מדרום לבנון בשנת 2000 נטל חזבאללה את השליטה באזור זה. אנשיו התפרסו בשטח, הקימו מוצבים, ופרסו בסיוען של איראן וסוריה, אלפי רקטות בדרום לבנון המאיימות על צפון ישראל. מצב זה יצר מאזן אימה שנמשך עד מחצית 2006, ושיתק את ישראל מלפעול בצורה נחרצת כלפי התגרויותיו של החזבאללה.
אזור הר דב היווה בתקופה זו את זירת הלחימה העיקרית בין חזבאללה לישראל. במורדותיו של ההר מצוי האזור המכונה "חוות שבעא". אזור זה נכבש על ידי ישראל במלחמת ששת הימים ואולם, בעת נסיגת צה"ל לגבול הבינלאומי, טענה ישראל כי אזור זה נכבש מידי סוריה ולכן הוא אינו רלוונטי כלל לנסיגה מרצועת הביטחון, אלא למשא ומתן עתידי עם סוריה. האו"ם קיבל באופן רשמי את עמדתה של ישראל וקבע כי היא השלימה את נסיגתה מלבנון, ואולם חזבאללה לא קיבל עמדה זו, והמשיך לראות בחוות שבעא שטח לבנוני כבוש, שכנגדו רשאי הארגון לפעול.
במסגרת כללי משחק אלה, ביצעו לוחמי חזבאללה התקפות טילי נ"ט מפעם לפעם, בעיקר באזור חוות שבעא. בין פעולותיהם החמורות בתקופה זו: חטיפתם, ב־7 באוקטובר 2000, של שלושת חיילי צה"ל: עדי אביטן, בני אברהם ועומר סואעד, באזור הר דב; וחטיפת אלחנן טננבוים כשבוע אחר כך. טננבוים, וגופותיהם של שלושת החיילים, שכנראה נהרגו במהלך החטיפה, הוחזרו ב-29 בינואר 2004 לאחר משא ומתן ממושך, בתמורה לשחרור מאות אסירים, רובם פלסטינים, על ידי ישראל. בנובמבר 2005 יצא לפועל מבצע חטיפה שסוכל עקב הצבת מארב של צה"ל.
פעמים רבות פתחו לוחמי החזבאללה בירי נ"מ קני, בתגובה לטיסות סיור של מטוסי חיל האוויר הישראלי בשמי דרום לבנון. לא פעם טענת הפרת הריבונות היוותה כיסוי לשימוש בתותחי הנ"מ לירי ארטילרי שפגע ביישובים בישראל. פעמים אחדות פתחו לוחמי חזבאללה באש לעבר חיילי צה"ל וגרמו להרוגים. כמו כן, הטמינו אנשי חזבאללה זירות מטענים לאורך הגבול עם ישראל ולעיתים אף בתוך שטח ישראל, במטרה לערער את הביטחון בגבול ישראל.
עוד לפני האינתיפאדה השנייה החל חזבאללה לסייע לארגוני הטרור הפלסטיניים באמצעות אספקת אמצעי לחימה והחדרת מומחי טרור. חזבאללה פעיל בעיקר בקרב חוליות תנזים וגדודי חללי אל-אקצא ביהודה ושומרון, חוליות שאף גייסו נשים וילדים לביצוע פיגועי התאבדות. חלק מפעולות אלו סוכלו על ידי צה"ל.
שמו של החזבאללה נקשר בעבר גם לביצוע פיגועים מחוץ לישראל. ראש הזרוע הצבאית עימאד מורנייה (וכך גם סגנו, טלאל חמיה) נחשד כמתכנן פיגועים מחוץ לישראל של הארגון (ביניהם הפיגוע בבואנוס-איירס), והיה (עד לחיסולו ב־12 בפברואר 2008) מצוי ברשימת 26 הטרוריסטים המבוקשים ביותר על ידי ממשלת ארצות הברית, ביחד עם ראשי אל-קאעידה. פרס של חמישה מיליון דולר הובטח למי שימסור מידע שיוביל לתפיסתו ולהעמדתו לדין.
מלחמת לבנון השנייה.
ב־12 ביולי 2006 חטף חזבאללה שני חיילי צה"ל והרג עוד שמונה בהתגלגלות האירועים. צה"ל הגיב בהפצצת מטרות חזבאללה ותשתית בלבנון. חזבאללה החל בהפגזה כבדה ומדורגת של רקטות ארטילריות מסוגים שונים על יישובי הצפון והצליח להגיע עד חיפה, נצרת, טבריה, ואף סביבות עפולה וחדרה.
במהלך 33 ימי לחימה, הארגון שיגר לעבר צפון מדינת ישראל כ-3,970 רקטות, כאשר הוא משתק את צפון ישראל וזורע הרס רב, בעיקר בקריית שמונה, נהריה, מעלות-תרשיחא וביערות הצפון שעלו באש. צה"ל תקף בעיקר את אזור ביירות (במיוחד רובע העוני השיעי הדאחייה), דרום לבנון והבקאע באמצעות אלפי הפצצות ממטוסים, ממסוקים ומסטי"לים, והפגיז את דרום לבנון באמצעות תומ"תים בכמאה וחמישים אלף פגזי ארטילריה. פעילות שגרמה לכמיליון פליטים לבנונים עד סוף המלחמה ולכאלף הרוגים. במסגרת כ-11,000 גיחות, צה"ל פגע קשות בתשתיות לאומיות כמו גשרים, תחנות כוח, מאגרי דלק ונמל התעופה של ביירות, כדי שיהוו מנוף ללחץ על חזבאללה מצד אוכלוסיית לבנון. בשלב מתקדם של הלחימה, צה"ל הכניס כוחות קרקעיים לדרום לבנון, שניהלו קרבות קשים עם לוחמי חזבאללה בכפרים שונים. צה"ל הצליח לפגוע בתשתיות חזבאללה שונות, בהן מפקדות רבות, לפגוע ברקטות לטווח הרחוק, להרוס את קו הביצורים הקרוב לגבול, להרוג כ-700 אנשי חזבאללה, בהם מספר מפקדי שטח, לפצוע כאלף נוספים ולתפוס נשק רב. חזבאללה הרג 121 חיילים ו-44 אזרחים ישראלים, השבית את צפון מדינת ישראל וגרם לכ-300,000 פליטים, פגע בסטי"ל, במסוק תובלה מדגם יסעור ובכ-50 טנקי מרכבה ונגמ"שים.
עד להפסקת האש, שאותה ביקשה לבנון, בתמיכת החזבאללה, הארגון גילה יכולת עמידה ולא נשבר. צה"ל לא הצליח להפסיק את ירי הרקטות, לשחרר את החיילים החטופים, לפרק את חזבאללה מנשקו, לשבור את מערך הפיקוד והשליטה שלו, ואף לא לגרום לו לעלות צפונית לנהר הליטני. עם זאת, מנהיגיו היו במחתרת כל זמן הלחימה, ואחריה צבא לבנון התפרס באזורים שהיו סגורים בפניו: דרום לבנון, ורובע הדאחייה בביירות בעוד חזבאללה קיבל על עצמו להצניע את נשקו וכוח רב-לאומי חמוש שמונה 15,000 חיילים, נפרס ביחד עם צבא לבנון לכפות אמברגו נשק על חזבאללה. בעוד שדעת הקהל העולמית בהשפעת התקשורת התייצבה ברובה נגד פעולות ישראל, נוצרה לראשונה קואליציה בין מדינות ערב המתונות ובין מדינות מפתח באירופה וארצות הברית, שיצאו נגד חזבאללה ופטרוניו, והתקבלו החלטות בפורומים בינלאומיים שונים לרבות האו"ם שלמעשה מגנות את החזבאללה, כובלות את ידיו ומצמצמות את מרחב פעילותו. בלבנון מצד אחד חלק מהשיעים חיזקו את תמיכתם בארגון, אך גורמים אחרים, כמו הנוצרים והדרוזים בעיקר, הביעו התנגדות גלויה לחזבאללה ולסוריה. ביקורת נגד הארגון נשמעה גם ברשתות תקשורת ערביות, ונראה שחלה החלשות מסוימת במעמדו בלבנון בעקבות העימות, נסיבות שגרמו לנאסראללה להתפתל, להצטדק ולהתחשבן עם גורמים לבנוניים ברשתות הטלוויזיה הערביות. בתום העימות הכריז הארגון על ג'יהאד של בנייה, במטרה לשקם את ההרס ואת מעמדו הציבורי.
בעקבות העימות התברר כי לחזבאללה יש יכולות מבצעיות נרחבות, מוטיבציה ויכולת שרידות גבוהות, כלי נשק מגוונים ומתקדמים ובהם טילים מהמתקדמים בעולם, ומערכת ביצורים איתנים, וכי הוא חורג מעבר להגדרה של ארגון טרור או מיליציה צבאית, ולמעשה הוא מהווה כוח צבאי של ממש, הזוכה לתמיכה מאסיבית מאיראן וסוריה. ממחקר שנערך ב־2008 בעבור צבא ארצות הברית, עולה כי חזבאללה לחם בצורה יעילה יותר מכל צבאות ערב עמם התמודדה ישראל. בשיח התקשורתי בישראל היו קולות שטענו לניצחון של החזבאלה במלחמה.
עם זאת, לאחר המלחמה נרתע הארגון מתקיפה של ישראל בגבולה הצפוני, כפי שנהג לעשות בשש השנים שלאחר הנסיגה מלבנון, וגם לאחר ההתנקשות בעימאד מורנייה, העדיף להפנות את מרצו כלפי פנים בלבנון עצמה.
המהומות ב-2008 והסכם קטר.
לאחר כשנה של עימותים בין חזבאללה לכוחות התומכים בממשל, ב-27 בינואר 2008 פרצו מהומות בשכונת הדאחיה. צבא לבנון שנערך מראש פתח באש והרג שבעה אנשים בהם חמושי חזבאללה ואמל. באירוע נפצעו 29 איש. ראש הממשלה הכריז על יום אבל לאומי. ב-7 במאי 2008 פתח חזבאללה במהומות דמים, בהם נהרגו לפחות 81 איש ונפצעו 250. העילה הייתה איסור הממשלה על רשת תקשורת פרטית שפרס חזבאללה ברחבי המדינה בתמיכה איראנית, שמקושרת לסוריה ואיראן, ופיטורי הגנרל ופיק שקייר, איש חזבאללה, שתחת חסותו הוברחו חומרי לחימה לחזבאללה, מתפקיד אחראי האבטחה בנמל התעופה של ביירות. במהומות אלו, שהתחילו כהפגנות תמימות והשבתה של נמל התעופה, פעלו כוחות חזבאללה, חמושים בטילים, במקלעים ובנק"ל, בביירות ובערים נוספות כמו טריפולי, והשתלטו על חלקים נרחבים מהם. הכוחות הטילו סגר על נמל התעופה והנמל הימי, שרפו אולפנים של מערכות תקשורת המזוהים עם הממשלה כמו מערכת העיתון אל-מוסתקבל, וצרו על מבני ציבור ובהם מבנה הממשלה ובתים של אישים אנטי סוריים. בניגוד למהומות שהיו בתחילת השנה, הפעם צבא לבנון נצר את נשקו ועמד מנגד, ולא פעל נגד חזבאללה.
פואד סניורה, שהתבצר במעונו תחת משמר של כוחות צבא, התבטא בחריפות נגד חזבאללה. אישים המזוהים עם החזית הפרו-מערבית דיברו על הפיכה צבאית, ועל הפרת הבטחה של חזבאללה שלא להפנות את נשקו כלפי פנים. חזבאללה הצליח, באמצעות נשקו, לפרק את הפלגים היריבים (כדוגמת הדרוזים) מנשקם, ומנהיג הדרוזים, וליד ג'ונבלאט, שיצא בעבר בהצהרות לוחמניות כלפי חזבאללה וסוריה, לאחר תקיפות שנעשו כלפי הר הדרוזים בהן נהרגו מאות מאנשי החזבאללה שני הצדדים הגיעו להודנה (מרבית הדרוזים לא היו חמושים). ב-14 במאי נכנעה הממשלה לתכתיבי החזבאללה, וביטלה את החלטותיה על הוצאת רשת התקשורת הפרטית מחוץ לחוק ועל פיטורי אחראי האבטחה בנמל התעופה של ביירות.
ב-21 במאי 2008 נחתם הסכם בקטר בין הממשלה לחזבאללה, שבו בין היתר סוכם כי שליש מהשרים בממשלת אחדות לאומית יהיו אנשי חזבאללה, דבר שיכול להקנות להם זכות וטו. שיטת הבחירות שונתה, והיא תבטיח ייצוג רב יותר לשיעים. הסכם זה סיים את המתיחות הגדולה של השנה וחצי שלפניו, וחיזק את מעמד הארגון בגוף השלטוני ובלבנון. לצד ההישג של חזבאללה נוצרה כלפיו התנגדות רבה בעולם הסוני. פובליציסטים ערבים שמשקפים דעות שלטוניות כינו את חזבאללה "מפלגת שנאת אחים" (פתנה), "האויב האמיתי", ו"מפלגה בריונית שלקחה את לבנון בשבי", ופקפקו לראשונה ב"התנגדות" לישראל (מוקַאוַּמַה) שנחשבה למושג מקודש שלא נוגעים בו.
הבחירות ב-2009.
בבחירות לפרלמנט הלבנוני שהתקיימו בתחילת יוני 2009 גוש תומכי חזבאללה זכו ב-57 מושבים לעומת מחנה ה-14 במרץ - הגוש האנטי סורי שזכו ב-71 מושבים. אנשי החזבאללה המופתעים קיבלו את הפסדם בשקט, אך איימו לבל יעז השלטון לפרק אותם מנשקם.
התעצמות צבאית.