אחת הבעיות בהן נתקל הקיסר קאנגשי במאמץ שהפעיל להשיג את שיתוף הפעולה של חוג המשכילים הסיני הייתה דווקא הכלל הקונפוציאני של נאמנות לשליט. בייחוד משום כך, חשו רבים מבין המשכילים חובה לשמור על נאמנותם לכל חייהם לשושלת הקודמת, שושלת מינג, ודחו כל צורה של שיתוף פעולה עם השושלת החדשה, שנתפשה בעיניהם כבלתי חוקית. על מנת לנסות לבטל את חששותיהם של המשכילים הקפיד הממשל ליישם את הקאנון הנאו-קונפוציאני כפי שנקבע על ידי ג'וּ שִׂי כבסיס לבחינות הקיסריות. ב-1678 דרש הקיסר שהמשכילים המוכשרים ביותר יובאו לאולם הבחינות על מנת לקבוע מתוכם את חמישים הטובים ביותר. הייתה לכך התנגדות גדולה מבין המשכילים וחלקם איים בהתאבדות, עד שהתברר כי העבודה שנדרשו לעשות הייתה לחבר את ההיסטוריה של שושלת מינג (明史, בפין-יין Ming Shǐ). מכיוון שההתנגדות שלהם למשטר החדש הייתה מתוך חובת נאמנות למשטר הקודם הם לא יכלו לסרב. בדרך זו קידם הקיסר קאנגשי את הרעיון שהשושלת החדשה היא היורשת החוקית של שושלת מינג, תוך קשירת כתרים למעלותיה של השושלת הקודמת. בסופו של דבר, הזכיר הקיסר, השתלטה שושלת צ'ינג על סין אחרי ששושלת מינג כבר נפלה, כשבסין כבר שלט כאוס, ושושלת צ'ינג לא הייתה אחראית ישירות להפלתו של קיסר מינג האחרון. העבודה על ההיסטוריה של שושלת מינג הביאה קבוצה גדולה של משכילים לקשר ישיר עם חצר הקיסר ובהדרגה נמוגו ההתנגדויות שלהם לשושלת החדשה ורבים מהם עברו אחר כך לתפקידים אחרים בממשל צ'ינג.
לצד כתיבת ההיסטוריה של המינג החל בתקופתו של קאנגשי חיבור האנציקלופדיה הגדולה ביותר בתולדות סין, שכללה כתבים ואיורים מהעבר ומהווה. יצירה זו, שכללה 5,020 כרכים ב-800,000 דפים, הסתיימה רק בתקופת כהונתו של הקיסר הבא. קאנגשי גם הטיל את חסותו על עבודה חשובה נוספת מילון הקרוי כיום על שמו. המילון שיצא לאור ב-1716, מכיל כ-50,000 סימנים של הכתב הסיני לפי 214 שורשים, שיטה שנהוג לעשות בה שימוש עם שינויים קלים גם כיום. עבודה ספרותית חשובה נוספת הייתה אסופת השירים מתקופת שושלת טאנג (全唐诗 בפין-יין Quan Tang Shi), הנחשבת כתור הזהב בשירה הסינית.
בנוסף ליצירות הכתובות קידם קאנגשי גם את האומניות האחרות. ב-1661 הוקמו בבייג'ינג בתי המלאכה הקיסריים, בהם עבדו קבוצה גדולה של אמנים ואומנים בייצור עבודות אמנות עבור החצר, כדוגמת ציורים, וחפצי קרמיקה, שנועדו לקישוט או לפולחן. בנוסף לבתי המלאכה בבייג'ינג, שמוקמו בין העיר האסורה לחומות העיר, פעלו בתי מלאכה לייצור משי בערים הדרומיות, סוג'ואו והאנגג'ואו.
אירופאים בחצר הקיסר.
העניין שהביע הקיסר במדע ובטכנולוגיה סייעה למיסיונרים הישועים ששהו בחצר המלכות בבייג'ינג. האירופאים זכו במוניטין של מומחים בנושאים טכניים מסובכים, דבר שפתח בפניהם את השערים עוד בתקופת שלטון השושלת הקודמת. המיסיונר הראשון שהתיישב בחצר המלכות היה מטאו ריצ'י, שהחדיר את הקתוליות לסין, ושכישוריו כמתמטיקאי וככרטוגרף משכו את תשומת לבו של הקיסר ואן-לי בתחילת המאה ה-17. לאחר שקמה שושלת צ'ינג הפגינו הישועים נאמנות כלפיה, אף על פי שבתקופה בה שלטו ארבעת העוצרים הם נרדפו. הקיסר קאנגשי לעומת זאת, העריץ את היכולת הטכנית של האירופאים והטיל עליהם משימות. במהלך שלטונו תרמו הישועים לפיתוחה הטכנולוגי של סין, כשהם משתתפים בייצור מפות ומכשירים כדוגמת שעונים ואף תותחים, ואפילו כלים מוזיקליים כדוגמת הצ'מבלו. הם גם פעלו כמתורגמנים. המשא המתן עם הרוסים שהסתיים עם חתימת הסכם נרצ'ינסק התנהל בעזרתם של הישועים, שתרגמו את הסינית ללטינית, שפה שהפקידים הבכירים הרוסים הבינו.
אחד מחשובי הישועים בבייג'ינג היה פרדיננד פרביסט (Ferdinand Verbiest, 1688-1623). פרביסט נולד באזור שכיום הוא בלגיה ולמד תאולוגיה באוניברסיטת סביליה. פרביסט לימד את הקיסר מתמטיקה ואסטרונומיה. ב-1674, שרטט פרביסט את מפת העולם בפירוט שעלה על כל מפה שנוצרה קודם לכן בסין. מעמדו של פרביסט בחצר התחזק בשנת 1669. באותה שנה החליט הקיסר לבחון האם טכניקת החיזוי של האירופאים עולה על זו של האסטרונומים המוסלמים של חצר המלכות. הוא הציב בפני שני הצדדים אתגרים ששיאם היה חיזוי תאריך ליקוי הלבנה. התרחשות הליקוי בתאריך אותו ניבא פרביסט שכנע את הקיסר בעליונות השיטות האסטרונומיות של האירופאיים, ופרביסט מונה לראש מחלקת האסטרונומיה של החצר.
דמות אירופאית חשובה נוספת מתקופה זו הייתה של האב הישועי ג'וזפה קסטיליונה (Giuseppe Castiglione 1766-1688) שהתמחה בציור והיה צייר החצר תחת שלטונם של שלושה קיסרים. קסטיליונה צייר דיוקנאות של הקיסרים והדריך ציירים אחרים בשיטות ציור אירופאיות כדוגמת קיאראסקורו (Chiaroscuro – באיטלקית בהיר אפל), נקודת ההיעלמות ותורת הצבע.
המחלוקת על הטקסים הסיניים.
מאז בואו של מטאו ריצ'י לסין עשו הישועים שימוש בהתמחותם במדעים על מנת להשתלב היטב במרקם של המעמדות השליטים בסין, לתפוס עמדות בחצר המלכות, ולתרום להתפתחויות חשובות במדע הסיני. עם זאת, מטרתו של המיסיון הישועי בסין, מלבד התרומות הטכנולוגיות, הייתה לקדם את האמונה הקתולית בסין, ובהשגת מטרה זו נתקלו במכשולים רבים. מכשול אחד היה הקושי הגדול בתרגום טקסטים מהתנך ומהברית החדשה לסינית, מכשול אחר היה הקיום של תורות מוסר ודת שהיו מושרשות היטב בחברה הסינית, שגרם לקושי רציני בניסיון להחדיר דתות חדשות ואקזוטיות לעולם שהיו בו חוקים משלו. למרות קשיים אלו הצליחו הישועים למשוך סינים רבים לנצרות בייחוד בערים דרומיות כמו נאנג'ינג והאנגג'ואו. הסיבה העיקרית בהצלחה זו הייתה הדרך בה ידעו כיצד לשלב את הנצרות במסורות המקומיות. ריצ'י עצמו העריך שהטקסים הקונפוציאניים ופולחן הסגידה לאבות הקדמונים היו בעל אופי חברתי ולא דתי, ולכן אינם מתנגשים עם האמונה הנוצרית. אחד מההחלטות המרכזיות של המיסיונרים הייתה התרגום לסינית של המושג אלוהים. ריצ'י עצמו בחר במונח "טְייֵנְג'וּ" (tianzhu – "שליט השמים") והקטכיזם שכתב היה קרוי "טְייֵנְג'וּ שְׁהיִי" (天主實錄) – "המשמעות האמיתית של שליט השמים", כלומר המשמעות האמיתית של אלוהים. מיסיונרים אחרים בחרו במונח "שאנגדי" (上帝 Shàngdì השולט מלמעלה, הקיסר העליון), מונח שהסינים הנוצרים עשו בו שימוש רב, ובעבר נעשה בו שימוש על מנת לתאר את האלוהות הגבוהה ביותר של שושלת שאנג. הטמעת התרבות הסינית בנצרות, והשימוש בשמות הסיניים על ידי המיסיונרים האירופאים סללה את הדרך לכניסת הנצרות לסין. בתחילת תקופת השלטון של קאנגשי הייתה כבר קיימת קהילה נוצרית פעילה בסין, ורבים מבין אלו שסייעו למיסיונרים כדוגמת פרביסט וקסטיליונה היו מתנצרים סינים.
בתחילת שלטונו בירך הקיסר קאנגשי על נוכחותם של האירופאים ועל דתם. ב-1692 פרסם הקיסר צו שבו שיבח את האופי השלו של הנוצרים, ובניגוד למדיניות של ארבעת העוצרים שהיו קסנופובים, אסר על פגיעה בכנסיות:
עם זאת, עוררה הפופולריות של הנצרות בסין ספקות בקרב מסדרי נזירים אחרים שהחלו לפעול בסין כדוגמת הדומיניקנים, הפרנציסקנים והאוגוסטינים, כשבסיסם היה בדרך כלל המושבה הספרדית בפיליפינים. חברי מסדרים אלו הופתעו מהתערובת בין המסורות הנוצריות למנהגים המקומיים של הנוצרים הסיניים. רבות מההחלטות של הישועים, כדוגמת ההסכמה שאת התנגשות בין טקסים נוצרים לסגידה לאבות הקדמונים, נראו בעיניהם כמקרים אפשריים של סגידה לאלילים, אחד החטאים הגדולים ביותר בנצרות. המחלוקת על נושא "הטקסים הסיניים" הגיעה לרומא, שם שימשה מקור לוויכוח סוער במהלך כהונתו של האפיפיור קלמנס האחד עשר.
על אף שבתקופתו של האפיפיור קלמנס האחד עשר המשיכה להישמע הטענה כי הקונפוציוניזם בסין הוא פילוסופיה ולא דת משום שהיא איננה תואמת למודל של האמונות המערביות, החליט קלמנס האחד עשר כי הפולחנים הקונפוציאניים מנוגדים לאמונה הנוצרית, וב-1704 הוציא קלמנס צו (decrees) בנושא בו אסר על קיום הפולחן הקונפוציאני. ב-1705 שלח האפיפיור משלחת לקיסר סין קאנגשי על מנת לבשר לו על האיסור על קיום הטקסים הסיניים אצל הנוצרים. המשלחת בראשות שארל-תומא מאיירד דה טורנון (Charles-Thomas Maillard De Tournon) מילאה את משימתה ודיווחה לקיסר על האיסור בינואר 1707, ובתגובה גורשה בחזרה למקאו.
תוצאות החקירה שערכה המשלחת של דה טורנון, כפי שהגיעה לרומא, היו בניגוד לתזה עליה הגנו הישועים. חברי המשלחת הגיעו למסקנה שרבים מהטקסים הקונפוציאניים הם חברתיים באופיים ולא דתיים, אבל הקונפוציוניזם היא בעיקרון דת שאינה תואמת את הנצרות. ב-19 במרץ 1715 פרסם האפיפיור קלמנס האחד עשר את הבולה "אקס אילה דיא" (Ex Illa Die – "החל מיום זה") שבו גינה רשמית את הטקסים הסיניים, ואסר על הנוצרים הסיניים, להשתתף בטקסים בהם סוגדים לפולחן האבות ובטקסים קונפוציאניים רבים אחרים ולהשתמש במונחים "טְייֵנְג'וּ" או "שאנגדי" בהתייחס לאלוהים. העונש על אי ציות לבולה היה נידוי מהקהילה.
המסמך האפיפיורי, אף על פי שכלל ויתורים למסורת הסינית, עורר משבר בסין, ומנע מהקתוליות בסין את ההיבטים הבסיסיים ביותר שאפשרו לה להתפשט. הקיסר קאנגשי היה מזועזע מהמסמך, שאת השפה בה נכתב החשיב כשחצנית ופוגעת בכבודו ובסמכותו כקיסר. המשבר איים על המשך קיומה של הקתוליות בסין ושליח אפיפיורי חדש הקרדינל מסאברבה (Mezzabarba) ביקר בבייג'ינג ב-1720, בניסיון לקרב את עמדות הצדדים.