בעונת שיפר ג'ונסון את ממוצעיו ל-19 נקודות ו-4.1 אסיסטים למשחק, השתתף במשחק האולסטאר השני שלו ונבחר לתוארי החמישייה השנייה של העונה וחמישיית ההגנה הראשונה של העונה. אף על פי כן, סיאטל הודחה בשלב גמר המערב בפלייאוף על ידי לוס אנג'לס לייקרס, אשר שחקניה המובילים היו מג'יק ג'ונסון וכרים עבדול-ג'באר. בשל הכישרון הקבוצתי הרב שהיה לסיאטל, ג'ונסון הגדיר את הפסד זה כאחד מהאכזבות הגדולות ביותר בקריירה שלו. במהלך העונה הרבה ג'ונסון להיכנס לסכסוכים עם המאמן וילקינס, ובשל כך, בין היתר, הוא הועבר בסיומה לקבוצת פיניקס סאנס בתמורה לפול וסטפאל ובחירות דראפט. סיאטל נחלשה במידה רבה בעונות הבאות לאחר עזיבתו של ג'ונסון.
פיניקס סאנס.
ג'ונסון שיחק בפיניקס במשך שלוש עונות, והמשיך לבסס עצמו כשחקן רב יכולות. הוא היה שחקן ההגנה הקשוח והמצטיין של הקבוצה וקלע בין 14–20 נקודות בממוצע למשחק בכל עונה, כשלשיאו הגיע בעונת , עת השיג ממוצעים של 19.5 נקודות, 4.6 אסיסטים ו-5.1 ריבאונדים למשחק. באותה תקופה שיחק ג'ונסון בעמדת הקלע והחזיק בתפקיד הקולע המוביל של הקבוצה, בניגוד לאופציה שנייה או שלישית בקליעה כפי שהיה בסיאטל. כשחקן פיניקס נבחר ג'ונסון לחמישייה הראשונה של העונה ב-1981, השתתף בשני משחקי אולסטאר נוספים בשנים 1981 ו-1982, ונבחר שלוש פעמים רצופות לחמישיית ההגנה הראשונה של העונה.
בשתי עונותיו הראשונות בקבוצה סייע ג'ונסון לפיניקס להגיע להצלחה יחסית בדמות שתי העפלות רצופות לשלב חצי גמר המערב, אך בעונת הודח עמה כבר בסיבוב הראשון של הפלייאוף, על ידי דנוור נאגטס. לקראת סיום תקופתו בפיניקס מעמדו של ג'ונסון בקבוצה התערער - בדומה לתקופתו בסיאטל הוא הסתכסך לעיתים עם המאמן ג'ון מקלאוד, ולבסוף הועבר על ידי המנהל המקצועי של הקבוצה, ג'רי קולאנג'לו, לקבוצת בוסטון סלטיקס, כאשר ריק רובי עבר תמורתו לפיניקס יחד עם בחירות דראפט. גם פיניקס נחלשה בשנים שלאחר עזיבת ג'ונסון, על אף צירופו של רובי.
בוסטון סלטיקס.
הגעתו של ג'ונסון, שהיה שחקן הגנה מצטיין, הייתה חשובה במיוחד עבור בוסטון, שהפסידה פעמיים ברציפות לפילדלפיה 76' במשחקי הפלייאוף וההגנה החלשה שלה התקשתה להתמודד עם הקלע הפיזי של פילדלפיה, אנדרו טוני. המנהל המקצועי של בוסטון רד אאורבך צירף את ג'ונסון לקבוצתו על מנת לחזק משמעותית את ההגנה. הקבוצה בבוסטון הובלה על ידי הפורוורד לארי בירד, כשלצידו שני שחקני פנים מצטיינים נוספים, רוברט פאריש וקווין מקהייל - שילוב אשר נחשב לקו הקדמי הטוב ביותר בתולדות ה-NBA. ג'ונסון תיאר את ההגעה לבוסטון כחלום שהתגשם עבורו והעיד כי הוא שמח לשחק תחת המנהל המצליח רד אאורבך.
במדי בוסטון שינה ג'ונסון את סגנון המשחק שלו בפעם השלישית בקריירה: לאחר שנודע כמטביע מצטיין בעמדת הקלע במדי סיאטל וקולע מצטיין מכל הטווחים במדי פיניקס, הוא ביסס עצמו בבוסטון בתפקיד הרכז, המתאפיין יותר בניהול המשחק הקבוצתי מאשר בקליעה. בעונתו הראשונה בבוסטון, , השיג ג'ונסון ממוצעים של 13.2 נקודות ו-4.2 אסיסטים למשחק, ונבחר לחמישיית ההגנה השנייה של העונה. הוא סייע לבוסטון להעפיל לסדרת הגמר של אותה עונה, שם פגשה את לוס אנג'לס לייקרס, יריבתה הוותיקה מאז שנות ה-60. בוסטון זכתה באליפות לאחר שניצחה בסדרה 3–4, כשלג'ונסון חלק חשוב בניצחון - הוא שמר שמירה צמודה במיוחד על כוכב הלייקרס, מג'יק ג'ונסון, וגרם לו לקלוע כ-17 נקודות בלבד בממוצע בארבעת המשחקים האחרונים, ואף היה גורם עיקרי לטעויות שביצע מג'יק בסיומם של המשחק השני, המשחק הרביעי והמשחק השביעי בסדרה.
בעונת המשיך ג'ונסון להפגין יכולת שמירה עילאית בהגנה ונבחר פעם נוספת לחמישיית ההגנה השנייה של העונה, כאשר בתחום ההתקפי השיג ממוצעים גבוהים של 16.9 נקודות ו-7.3 אסיסטים למשחק. בוסטון העפילה עונה שנייה ברציפות לסדרת גמר ה-NBA, שם פגשה שוב את הלייקרס. במשחק הרביעי בסדרה קלע ג'ונסון סל ניצחון עבור קבוצתו לאחר מסירה שקיבל מלארי בירד, שנשמר בחוזקה על ידי שני כוכבה של הלייקרס, מג'יק ג'ונסון וכרים עבדול-ג'באר. אף על פי כן, הלייקרס ניצחה באותה סדרה בתום שישה משחקים, בהובלתו של עבדול-ג'באר הוותיק שהיה ל-MVP של סדרת הגמר. לדברי ג'ונסון היה הפסד זה אחד מהקשים ביותר עבורו, מאחר שבוסטון הייתה קרובה לניצחון בסדרה אך לא הצליחה להשלים את המשימה.
בעונה הבאה, , השיג ג'ונסון ממוצעים של 17.8 נקודות ו-6.3 אסיסטים למשחק, ונבחר שוב לחמישיית ההגנה השנייה. הוא סייע לבוסטון לסיים במקום הראשון בעונה הסדירה עם מאזן של 67 ניצחונות ו-15 הפסדים, החמישי בטיבו בהיסטוריה. לאחר ניצחון על מילווקי באקס בסדרת גמר המזרח, העפילה הקבוצה לסדרת הגמר, שם פגשה את יוסטון רוקטס שהובלה בידי צמד הסנטרים, רלף סמפסון והאקים אולאג'ואן. ג'ונסון סייע לקבוצתו לנצח 2–4 בסדרה וזכה באליפות השלישית בקריירה שלו.
בעונת המשיך ג'ונסון ביכולתו ההגנתית המרשימה ונבחר הפעם לחמישיית ההגנה הראשונה. בשלב חצי גמר המזרח של הפלייאוף, מול מילווקי באקס, עמדה הסדרה בשוויון 3-3 לאחר שישה משחקים. במשחק המכריע, כאשר נותרה דקה וחצי עד לסיומו, נתן ג'ונסון מהלך חשוב במיוחד עבור קבוצתו כאשר הציל כדור בהתקפת קבוצתו שעמד לצאת אל מחוץ למגרש, וגרם לו לפגוע בשחקן מילווקי ג'ק סיקמה וכך להישאר בידי בוסטון. לאחר שניצחה במשחק לבסוף ועלתה לשלב הבא, פגשה בוסטון בגמר המזרח את דטרויט פיסטונס. במשחק החמישי בסדרה קלע ג'ונסון סל ניצחון לזכות קבוצתו לאחר חטיפה של לארי בירד, במה שהוגדר על ידו כמהלך האהוב עליו בכל הקריירה. במהלך שני המשחקים הנותרים בסדרה פיתח ג'ונסון יריבות עם פורוורד דטרויט, דניס רודמן, ולאחר ניצחון בוסטון במשחק השביעי ביצע תנועת הקנטה לעבר רודמן. עם זאת, בסדרת הגמר הפסידה בוסטון 2–4 ללוס אנג'לס לייקרס ושוב לא הצליחה להשיג אליפות שנייה ברציפות.
שלוש העונות הבאות היו מאכזבות עבור הקבוצה המבוגרת של בוסטון. בעונת העמיד ג'ונסון ממוצעים של 12.6 נקודות ו-7.8 אסיסטים למשחק, אך במשחקי הפלייאוף הודחה קבוצתו בגמר המזרח על ידי דטרויט פיסטונס. בעונה הבאה העפילה הקבוצה לפלייאוף עם מאזן חלש יחסית עבורה של 42 ניצחונות ו-40 הפסדים, והודחה כבר בסיבוב הראשון. עונת הייתה האחרונה בקריירה של ג'ונסון. בהיותו בן 35 הוא איבד את מקומו בחמישייה הפותחת של בוסטון לג'ון באגלי, אך לאחר שבאגלי נקע את כתפו חזר ג'ונסון לחמישייה והפגין יכולת טובה. במהלך אותה עונה פתח ג'ונסון בחמישייה ב-65 מתוך 75 משחקיו והשיג ממוצעים של 7.1 נקודות ו-6.5 אסיסטים, אך לא הצליח לעזור לקבוצתו שהודחה שוב כבר בסיבוב הפלייאוף הראשון.
ג'ונסון הודיע על פרישתו לאחר שבוסטון לא הציעה לו חוזה חדש בפגרה של שנת 1990. במהלך טקס הפרישה שלו, הגדיר אותו יריבו מלוס אנג'לס לייקרס, מג'יק ג'ונסון, בתור "הקלע ההגנתי הטוב ביותר בכל הזמנים". בנוסף, חבר קבוצתו בבוסטון ומי שזכה בשלושה תוארי ה-MVP של העונה הסדירה ב-NBA, לארי בירד, תיאר את ג'ונסון כשחקן הטוב ביותר ששיחק לצידו.
לאחר הפרישה.
לאחר פרישתו ממשחק עבד ג'ונסון כסקאוט עבור בוסטון סלטיקס. ב-1993 הוא מונה לעוזר המאמן של הקבוצה, תפקיד בו החזיק עד שנת 1997. לאחר שבמשך מספר שנים נותר מחוץ ל-NBA, מונה ג'ונסון לעוזר המאמן של לוס אנג'לס קליפרס בשנת 2000, והחזיק בתפקיד במשך ארבע שנים. במשך 24 משחקים בסיום עונת שימש ג'ונסון כמאמן הראשי הזמני של הקבוצה, לאחר פיטוריו של אלווין ג'נטרי. מאוחר יותר הוא עבד כסקאוט עבור פורטלנד טרייל בלייזרס, ובשנת 2004 מונה למאמן קבוצת פלורידה פליים מהליגת הפיתוח של ה-NBA. כעבור שנה הוא עבר לאמן את אוסטין טורוס מאותה ליגה.
ב-22 בפברואר 2007 מת ג'ונסון בפתאומיות, לאחר שלקה בהתקף לב והתמוטט בסיום אימון של אוסטין טורוס. לאחר שפונה לבית חולים קרוב, הוא לא שרד את התקף הלב, ורופאיו הוציאו הודעה על מותו. ג'ונסון הותיר אחריו אישה ובן אחד. לאחר מותו אמר עליו חברו לקבוצה בבוסטון, דני איינג': "הוא אחד מהשחקנים הבלתי מוערכים הגדולים בהיסטוריה ואחד מטובי השחקנים של בוסטון", ואילו ביל למבייר, יריבו מדטרויט פיסטונס, אמר עליו: "שחקן גדול במועדון גדול".
מורשת.
במהלך הקריירה שלו השתתף ג'ונסון ב-1,100 משחקי NBA, בהם קלע 15,535 נקודות, הוריד 4,249 ריבאונדים ומסר 5,499 אסיסטים - ממוצעי קריירה של 14.1 נקודות, 3.9 ריבאונדים ו-5 אסיסטים למשחק. הוא נודע כשחקן הגנה חזק ונבחר תשע פעמים רצופות לחמישיית ההגנה הראשונה או לחמישיית ההגנה השנייה של העונה. ג'ונסון התפרסם גם כשחקן המצטיין ברגעים המכריעים והחשובים של משחקים, כדוגמת קליעת 32 נקודות עבור סיאטל סופרסוניקס במשחק הרביעי בסדרת הגמר של 1979, השמירה ההגנתית הצמודה שהפגין מול מג'יק ג'ונסון מלוס אנג'לס לייקרס בסדרת הגמר של 1984, וקליעת סל ניצחון בשנייה האחרונה, כתוצאה מחטיפה של לארי בירד, בסדרת גמר המזרח ב-1987.
ג'ונסון זכה לשבחים מפי אנשי כדורסל רבים כשחקן רב יכולות וכזה המתמחה בכל תחומי המשחק. הוא נודע גם בשל כוח העמידות שלו - ב-14 עונותיו ב-NBA הוא החמיץ 48 משחקים בלבד של קבוצותיו, וכן השתתף ב-180 משחקים במסגרת הפלייאוף, הכמות ה-11 בגובהה בהיסטוריה. בעת פרישתו היה ג'ונסון אחד מ-11 שחקנים בלבד בתולדות ה-NBA שקלעו לפחות 15,000 נקודות והורידו לפחות 5,000 ריבאונדים במהלך הקריירה.