סטרזינסקי כתב 92 מתוך 110 הפרקים של הסדרה, כולל 44 הפרקים המלאים של עונות 3–4 - הישג שלא היה כמותו בטלוויזיה האמריקנית עד זמן שידורה של הסדרה. בין הכותבים הנוספים שתרמו לכתיבה היו פיטר דייוויד, הרלן אליסון וניל גיימן, כמו גם אשתו של סטרזינסקי, קתרין מ. דרנן (שבהמשך כתבה את לחלום בעיר העצב). לכל כותב נודע על היקף הסיפור הכללי, והסדרה הצליחה לשמור על הפקה עקבית תחת תקציב נמוך. חוקי ההפקה היו נוקשים - תסריטים נכתבו כשישה פרקים מראש, ולא ניתן היה לבצע שינויים ברגע שתהליך ההפקה החל.
לא כל צוות השחקנים נשכר לכל פרק במהלך העונה, והעלילה בת חמש השנים הניבה מספר בעיות בלוח הזמנים. אם סצנה חיונית הכוללת שחקן שלא נשכר לכל פרק הייתה צריכה להשתנות, אותו שחקן היה צריך לקבל תשלום על פרק נוסף. בנוסף, היה לפעמים צורך לשנות מספר עלילות בעקבות השפעות חיצוניות, כמו פרקי "דלת סתרים" שנכתבו לכל שחקן במקרה של עזיבתו הפתאומית כך שההשפעה על הסיפור הכללי תהיה מינימלית. סטרזינסקי ציין ש"ככותב המספר סיפור לטווח ארוך, יהיה זה מסוכן וקצר-רואי מצידי ליצור סיפור שאינו משתמש בדלתות סתרים לכל דמות... זה היה אחד הסיכונים הגדולים שביצירת סיפור ארוך טווח, והתכוננתי לכך מראש". נעשה שימוש בכלי זה כדי להקל על עזיבתן של קלודיה כריסטיאן ואנדריאה תומפסון.
בכוונה תחילה, סטרזינסקי הקל ראש על מספר אלמנטים שבנרטיב החמש שנים במהלך העונה הראשונה משום שהרגיש שקהל הצופים לא יהיה מוכן לנרטיב המלא באותה תקופה, אך הוא כן הצליח להוסיף מספר סצינות שיהיו חיוניות לנרטיב העתידי. הדבר גם איתגר את השחקנים להבין את המניעים של הדמויות שלהם מבלי שידעו לאן הדמות תלך. סטרזינסקי אמר ש"לא רציתי להגיד להם יותר מדי, משום שזה יגרום להם לשחק את התוצאה מאשר את התהליך". הוא נזכר שפיטר ג'וראסיק ביקש ממנו את פשר החיזיון של לונדו מולארי, שנראה באופן חלקי בפרק הראשון "Midnight on the Firing Line", או את פשר חניקתם למוות של לונדו וג'קאר במו ידיהם, אך סטרזינסקי נאלץ לשמור על כך בסוד. הסצנה הסופית נראתה בחלק השני של הפרק "War Without End" לקראת סוף העונה השלישית.
במהלך הפקת העונה הרביעית, רשת Prime Time Entertainment Network אשר שידרה את הסדרה נסגרה, והתוכניות לעונה חמישית עמדו בספק. סטרזינסקי לא רצה לתת למעריצי הסדרה פחות ממה שהיו ראויים לו, ולכן התכונן לערוך שינויים שאיפשרו לו לסיים את הסיפור הכללי אם לא תאושר עונה נוספת - וכך למעשה השתנה הכיוון הכללי של העונה הרביעית. מבחינתו של סטרזינסקי, שלושה נרטיבים עיקריים דרשו מתן פתרון - מלחמת הצללים, נפילת הארץ לדיקטטורה וכן מספר תתי-עלילות שהסתעפו כתוצאה מכך. הוא שיערך שיהיה צורך ב-27 פרקים לפתור את הנושאים הללו מבלי שהעונה תיראה כחופזנית מדי, אך הפתרון לבעיה הגיע כאשר רשת TNT רכשה את הזכויות לשני סרטי טלוויזיה באורך מלא של בבילון 5. אי לכך, מספר שעות של חומר מצולם עברו לסרטים - ביניהם קשת סיפור בת שלושה פרקים אודות הרקע למלחמת ארץ-מינברים ותת-עלילה אשר תכין את הרקע לסדרת בת בשם "קרוסייד". כמו כן, מספר פרקים העומדים בפני עצמם ואלמנטים עלילתיים מסוימים הוסרו מהעונה הרביעית ועמדו להיכלל בסדרה קרוסייד או בעונה החמישית אם תאושר המשך ההפקה. פרק סוף הסדרה המיועד, "Sleeping in Light", צולם במהלך העונה הרביעית כאמצעי זהירות מפני ביטול הסדרה. כאשר השמועה פשטה שרשת TNT תמשיך את שידורי הסדרה, הפרק הועבר לסוף העונה החמישית והוחלף בידי פרק סיום חדש לעונה הרביעית בשם "The Deconstruction of Falling Stars".
תלבושות.
אן ברוס אלינג הייתה מעצבת התלבושות, אחרי שהמעצב האמנותי ג'ון יאקובלי הציע אותה לתפקיד בעקבות עבודה משותפת עמה במספר סרטים ובהפקות תיאטרליות.
לנוכח המגוון הרחב של תלבושות שנדרשו לסדרה, אלינג השוותה אותה ל"תיאטרון אקלקטי", ללא החוקים הנוקשים של תקופת זמן, תחום, צורות וטקסטורות שאחרים דבקים בהם. היא העדיפה שימוש בחומרים טבעיים ככל שאפשר, כמו עור יענים בשריון הגוף של הנארנים. היא שילבה שכבות של אריגים כמו משי מלאכותי עם רקמות בחוט זהב שהיו נפוצות בשנות ה-30 ו-שנות ה-40 של המאה ה-20 כדי להעניק לביגוד תחושה של התפתחות תרבותית.
כבעלת עניין בתלבושות שונות לאורך ההיסטוריה, אלינג עבדה במשותף עם סטרזינסקי כדי לקבל פרספקטיבה היסטורית של הגזעים החייזרים המרכזיים. לדבריה, "ידעתי שאם הם היו שוחרי שלום, או מלחמתיים, כאלה שחיים בתנאי טמפרטורה קיצוניים וכיוצא בזה, אז אדע מה הדרישות המיוחדות שלהם". היא עבדה לצד מחלקות אחרות כדי לתאם תמות ויזואליות לכל גזע ופיתחה יחד עם יאקובלי פלטת צבעים רחבה. גוונים חמים אלה של אפור בנוסף לצבעים משניים, כמו צבעים כחולים מסוימים עבור המינברים, נכללים גם בעיצוב התלבושות וגם בתפאורות המתאימות. כאשר הדמויות המרכזיות התפתחו, אלינג התייעצה עם סטרזינסקי ועם המפיק קופלנד כדי שהתלבושות ישקפו את השינוי הזה. המעיל הסגול של השגריר מולארי הפך לצבע כחול כהה ומחויט יותר, בשעה שהוסטים שלו היו בהירים וכללו פחות דפוסים. לדבריה, "לונדו הפך מדמות נלעגת וליצנית ליותר רציני ואפל".
איפור תותבות ואנימטרוניקה.
בזמן שפרק הפיילוט כלל חייזרים שהיו למעשה בובות והופעלו באמצעות אנימטרוניקה, התקבלה החלטה בתחילת תהליך ההפקה לתאר את החייזרים כהומנואידים במראם. למעט הופעות בודדות, לא נעשה שימוש נרחב בחייזרים שנוצרו בתלת-ממד משום שהדבר הצריך "כוח רינדור חזק". שימוש ארוך-טווח בבובות ובאנימטרוניקה גם הוא נחסך, משום שסטרזינסקי האמין שהם לא יוכלו להביע "רגשות אמיתיים" ללא שחקן בתוך החליפה.
אפקטים חזותיים.
סטרזינסקי צפה מראש את התפתחותו של פורמט הטלוויזיה הדיגיטלי, וצילם את הסדרה בפורמט רחב במקום בפורמט המסך הרגיל – שש שנים לפני שסדרות דרמה נוספות החלו להשתמש באותו רעיון. בבילון 5 היוותה מהפכה אף בשימוש בטכנולוגיה ממוחשבת (בתחילה מחשבים מבוססי אמיגה ולאחר מכן מערכות מבוססות-פנטיום ו-DEC Alpha) ליצירת אפקטים ממוחשבים בזמן שבו השימוש במודלים ומיניאטורות היה הנורמה. זו הייתה גם הסדרה הראשונה לכבד מכניקה ניוטונית בצילומי קרבות החלל שלה, תוך שימת דגש על אפקט הדחף. סדרות אחרונות כ"פיירפליי" של ג'וס וידון ו"באטלסטאר גלקטיקה" אימצו אף הן פיזיקה ריאלית.
הסטודיו לאפקטים חזותיים "Foundation Imaging", שהיה אחראי לסדרות , ו בהמשך, יצר את האפקטים בשלוש העונות הראשונות של הסדרה. את האפקטים בשתי העונות האחרונות, בסרטים ובסדרת ההמשך יצרה חברת "Netter Digital".
מוזיקה ופסקול.
לפרק הפתיחה המקורי הולחנה מוזיקה מאת סטיוארט קופלנד, מתופף להקת פוליס. כאשר נהפכה לסדרה, סטוארט לא היה זמין, לכן סטרזינסקי שכר את כריסטופר פרנק, מהרכב המוזיקה האלקטרונית טנג'רין דרים. פרנק נשאר כמלחין למשך חמש עונותיה של בבילון 5 ושלושה סרטים מתוכה. כאשר סטרזינסקי השיג מספיק כספים ליצירת גרסה חדשה לפרק הפתיחה, הפסקול המקורי של קופלנד הוחלף בפסקול חדש של פרנק. פרנק הלחין יותר משלושים אלבומים לסדרה, בהם אלבומי הסרטים, אלבומי הפרקים המלאים ואלבומי האוסף. המוזיקה של פרנק ייחודית בכך שמשלבת כלים אלקטרוניים וכלי הקשה ליצירת צלילים שמלאים ברגש אך עם זאת יוצרים אווירה מתוחה ואטמוספירית.
גרסה מחודשת.
בנובמבר 2020 יצא חידוש לסדרה בחנות אייטונס ובפריים וידאו. גרסה זו השתמשה בנגטיבים המקוריים לחומר המצולם והגדלה אלגוריתמית בהפרדה גבוהה לחומר הדיגיטלי. בינואר 2021, הסדרה שוחררה לשידור בשירות הסטרימינג HBO Max.
נושאים עיקריים.
במהלך הרצתה, סדרת "בבילון 5" מצאה דרכים לתאר תמות שרלוונטיות לסוגיות חברתיות היסטוריות ומודרניות, ויוצר הסדרה, ג'יי מייקל סטרזינסקי, הרבה לעסוק בסוגיות אלו בדיוניו בקבוצת הדיון בה השתתף. זוהי הפעם הראשונה בז'אנר המדע בדיוני הטלוויזיוני בה מוצג חקר המצע הפילוסופי והחברתי של מושבות החלל האנושיות, מערכת היחסים שלהן עם ממשל הארץ והמתחים שמתחת לפני השטח. הסדרה היא גם הראשונה בז'אנר המדע בדיוני שהתייחסה למערכת יחסים של זוג מאותו המין, ואין כלל חשיבות לנטייה מינית, שלדבריו של סטרזינסקי "זה כמו לשאול אדם אם הוא ימני או שמאלי". נוסף על כך, המונח אהבה נכזבת היה למקור כאבן של הדמויות המרכזיות בסדרה, אף על פי שלא כל מערכות היחסים הסתיימו ברע.
סדר לעומת כאוס; משטר סמכותני לעומת רצון חופשי.
הנושא המרכזי בבבילון 5 הוא המאבק בין הסדר לכאוס, והאנשים שנלכדו באמצע. העימות בין שני גזעים עתיקים ורבי עוצמה, הוורלונים והצללים, מיוצג על ידי קרב בין שתי אידאולוגיות מתחרות, כאשר כל צד מבקש לסחוף את בני האדם ואת הגזעים הצעירים לאמונתו. הוורלונים מייצגים את פילוסופיית המשטר הסמכותני של ציות ללא תנאי. שאלת הוורלונים "מי אתה?" מתרכזת בזהות האישית כמניעה את המטרות העצמיות. הצללים מייצגים פילוסופיה נוספת של משטר סמכותני שמסווה את עצמו כקפיצה אבולוציונית באמצעות מבחן האש - לחרחר ריב על מנת לעודד התקדמות אבולוציונית. לפי התפיסה ההגליאנית, השאלה אותה הם מציגים, "מה אתה רוצה?", מציבה את התשוקות והשאיפות בעדיפות עליונה, ובכך מעודדת קונפליקטים בין הגזעים השונים שמבקשים תהילה או רווח אישי משלהם. ייצוג זה של סדר וכאוס מבוסס על המיתולוגיה הבבלית, לפיה היקום נולד כתוצאה מהקונפליקט בין שניהם. נקודת השיא של הקונפליקט מגיעה כשהגזעים הצעירים חושפים את פרצופם האמיתי של הוורלונים והצללים ודוחים מעליהם את שתי הפילוסופיות, ובכך מבשרים על תחילתו של עידן חדש ללא התערבותם.