ב-"", נעשה שימוש בצו העליון יותר מפעם אחת כמכשיר עלילה, כמו גם, ויותר מפעם אחת, הקפטן קתרין ג'יינוויי החילה את הצו העליון גם במצבים שבהם ברור כי אין מעורבות של ציוויליזצית פרה-עיוות. (""State of Flux", "Maneuvers") כמו כן, לפחות בשני פרקים שונים שבם נתקלו בתרבויות שהייתה בידם טכנולוגיה שהייתה יכולה לקצר את משך מסעם הביתה, "Prime Factors" ו-"Future's End (Part II)", מדיניות הדומה לצו העליון צוטטה כבסיס לסרב לבקשתה של ג'יינוויי להעניק לה ולצוות שלה גישה אל אותה טכנולוגיה. בפרק "Infinite Regress", נעמי וויילדמן מגלה שיש 47 תתי-הנחיות לצו העליון.
השלכות.
ניתן לראות ברעיון של אי-ההתערבות כדבר המונע זיהום של שפה ומנהגים ייחודיים. מצד שני, התמסרות לעיקרון אי-ההתערבות הוכיח את עצמו מעבר לכך. המסירות לו היא כזו, שנכון לשנת 2364 צי הכוכבים התיר ל-60 גזעים להיכחד.
לפחות במקרה אחד (פרק "A Private Little War"), שבו שני פלגים שונים של גזע אחד היו במלחמה אחד עם השני, הוראת הצו העליון פורש כאומר שלאף צד לא יכול להיות יתרון (כלומר, שיש לשמור על מאזן כוחות). בגזע הזה, כאשר נחשף כי הקלינגונים היו מספקים לאחד מהגזעים נשק מתקדם, קפטן קירק הגיב בחימוש הסיעה האחרת עם אותם כלי הנשק. זה הביא למרוץ חימוש בכוכב לכת זה, ונתפס כמקביל בדיוני למירוץ החימוש של תקופת המלחמה הקרה, שבה ארצות הברית לעיתים קרובות חימשה צד אחד של הסכסוך, וברית המועצות חימשה את הצד השני (פרקטיקה הידועה כמלחמת פרוקסי). מרוץ חימוש דומה שימש כסיפור הרקע של פרק "Too Short a Season". לעומת זאת, קפטן הוויאג'ר ג'יינוויי סירבה לאפשר לקייזון-ניסטרים ולקייזון-אוגלה להשיג טכנולוגיה של משכפלים, בהאמינה כי הדבר יטה את מאזן הכוחות בין סיעות הקייזון. ("State of Flux").
על כוכב לכת שבו היו שני מינים של חייזרים ילידים ותבונתיים, האחד סבל ממצב מתקדם של הפרעה גנטית ניוונית. לא התקיים מחקר אחר תרופה למחלה, מאחר שנקבע כי המין המתקדם יותר, שנגוע במחלה, הוא בעל מרקם גנטי חלש יותר, וכי המין השני הוא מתקדם יותר מבחינה גנטית. לעזור לגזע הגוסס נתפס כמעשה המנוגד לטבע. למרות העובדה שאירוע זה התרחש בפרק "Dear Doctor"", בסדרה ", לפני שנוסדה הפדרציה ולפני שנקבע הצו עליון, הדבר משקף את השקפת עולמם של בני האדם ובעלי בריתם, בשנים שקדמו להקמתה של הפדרציה.
במקרה אחר, ספינת חלל עמדה וצפתה באובדן אטמוספירה של כוכב לכת, תהליך אשר יחסל את כל החיים על הכוכב, לרבות החברים הנותרים האחרונים של ציוויליזציה פרימיטיבית, ולא התערבה כדי להציל את חייהם. עם זאת, משקיף מטעם הפדרציה סירב לעמוד מנגד ולא לעשות דבר, והפר את הצו העליון על ידי הצלת אותה קבוצה קטנה של ציוויליזציה.
ישנן מסקנות שונות באשר למטרת עיקרון אי-ההתערבות. אחת היא שהמטרה אינה מקדשת את האמצעים. לא משנה כמה טובות היו הכוונות, להגעה ולביצוע שינוי יכולות להיות תוצאות הרות אסון. מסקנה נוספת (שנרמזת בפרק "Dear Doctor"") היא אמונה שלאבולוציה יש "תוכנית", המניעה מינים לכיוון יעדם. ההפרעות אפוא חייבות להיות לא טבעיות, בכך שהן דוחפות לכיוון המנוגד למה שאמור לקרות.
דמויות מסוימות ראו בצו העליון כמדיניות שלילית, משום שהוא מונע כניסת טכנולוגיה (בעיקר טכנולוגיה רפואית), תרבות ומשאבים שעשויים לשפר את איכות החיים. הוא גם נחשב גישה של פחדנות מוסרית על ידי במבקרים של הפדרציה - שהצו העליון נותן תירוץ שלא לפעול. בתקופת הכיבוש האכזרי של כוכב הלכת באג'ור על ידי הקרדאסים בראשית המאה ה-24, הפדרציה סרבה לפעול, בטענה כי, מאחר שבאג'ור הייתה באותה העת חלק מהאיחוד הקרדאסי, הרי שהכיבוש הוא עניין פנימי של הממשלה הקרדאסית, ולעזור לבאג'ורים יפר את הצו עליון. באג'ורים רבים התרעמו על הפדרציה במשך שנים לאחר הכיבוש, על כי נקטה בגישה זו. אלו שתומכים בצו העליון אמרו כי לאף אחד אין את הזכות לכפות את אמות המידה שלו על אחרים, וזו לא פחדנות מוסרית לשמור על עיקרון קשה, אבל בסופו של דבר מועיל, אל מול פיתוי.
ביקורת.
ביקורת אחת לגבי הצו העליון היא שהוא מיושם באופן שאיננו עקבי, בהתאם לחשיבות האסטרטגית של כוכב לכת כזה או אחר, או בהתאם לנסיבות שבהן צוות ספינת החלל מוצא את עצמו. לדוגמה, כחלק מהעוינות של הפדרציה עם האימפריה הקלינגונית (דאז), קפטן קירק נצטווה ליצור קשר עם האורגניאנים - גזע חייזרים המצוי לכאורה לפני העידן התעשייתי, בפרק ""Errand of Mercy". בנוסף, קירק הפר ישירות חוקים ו/או מנהגים של עולמות זרים, בפרקים "Friday's Child", "For the World Is Hollow and I Have Touched the Sky", "The Cloud Minders", "The Apple", "The Return of the Archons" ו-"A Taste of Armageddon", על מנת להשיג מטרה מסוימת עבור הפדרציה, או להציל את חייהם של אנשי הצוות שלו, או שניהם.
בפרק "The Omega Glory"", קירק אומר: "השבועה הכי חגיגית של קפטן בצי הכוכבים היא שהוא ייתן את חייו, גם את צוותו כולו, ולא יפר את הוראת הצו העליון", ובכל זאת הוא לכאורה מפר את הצו העליון, מאחר שזו "הדרך היחידה להציל את הספינה שלי", בפרק ""A Taste of Armageddon".
בפרקים "The Return of the Archons" ו-"The Apple" נעשית התייחסות לעיקרון אי-ההתערבות של הצו העליון על ידי ספוק. בפרק "The Return Of The Archons"", קפטן קירק אומר שהצו העליון מתייחס אל "תרבות חיה וצומחת", על מנת להצדיק הוראת התערבות במה שהוא רואה כתרבות שאיננה מתפתחת, הנשלטת על ידי מחשב. בפרק ""The Apple"", ספוק מציין כי ייתכן שפיקוד צי הכוכבים לא יסכים עם הבחירה שלו להפריע לתרבות הנשלטת על ידי מחשב, וקירק משיב: "אני מוכן לקחת את הסיכון הזה".
ישנם פרקים אשר בהם היה צריך להזכיר את הצו העליון, אך הדבר לא נעשה. בפרק "The Paradise Syndrome", האנטרפרייז מנסה להציל כוכב לכת טרום-תעשייתי על ידי הזזת אסטרואיד שהיה במסלול התנגשות עמו; כאשר ד"ר מקוי שואל את קירק האם יש צורך להזהיר את תושבי הכוכב, קירק וספוק רק מציינים כי האנשים לא יהיו מסוגלים להבין את האזהרה, ואף אחד מהם לא מתייחס אל הצו העליון. בפרק "The Cloud Minders", קירק מתערב במבנה החברתי של הכוכב על מנת להשיג את התרופה היחידה הקיימת למגפה ביולוגית קשה.
סיבותיו של אדמירל מתיו דוהארטי להפרת הצו העליון, בסרט הקולנוע "", בתקופתו של פיקארד, מזכירות את הסיבות שקפטן קירק נתן לד"ר מקוי ב-""Private Little War", אבל פיקארד רואה בהן חסרות תוקף. בפרק "Homeward"", ניקולאי רוז'נקו משתמש בטכנולוגיית ההולודק על מנת להציל את הבוראלאנים ולאכוף את מה שהוא מאמין שהוא כוונתו של הצו העליון, אף על פי שפיקארד כבר אמר שמעשיו מפירים את הנוסח המפורש של הצו העליון. בפרק "Pen Pals", קפטן פיקארד מתקן מצב, שנוצר כתוצאה ממגע עם תושבת של כוכב לכת פרה-עיוות, בכך שזכרונותיה נמחקים. בפרק ""Who Watches the Watchers", הזיהום שנעשה הוא רציני מדי מכדי להיות מתוקן על ידי מחיקות זיכרון, כך שקפטן פיקארד מחליט ליצור קשר ישיר עם המנהיגים של הציוויליזציה. כך עשה גם בפרק "First Contact"", אף על פי שבפרק זה מעורב עולם שנמצא על סף השגת טכנולוגיית טיסת עיוות, ולכן זכאי ל-"מגע ראשון". לבסוף, בפרק ""Natural Law", אנשי צוות הוויאג'ר נקטו צעדים כדי להבטיח את הבידוד המוגן של אנשים פרימיטיביים, אפילו מציוויליזציה מתקדמת יותר שחולקת איתם את אותו כוכב הלכת.
לעומת זאת, הפרק "Justice"" של "" לא מסביר במפורש אם העם האידו הוא פרה-עיוות, או אם הם היו מודעים למסע בין כוכבים של זרים להם, טרם ביקורה של האנטרפרייז. אם אכן מדובר בעולם פרה-עיוות, הרי שבעת שווסלי קראשר נידון לגזר דין מוות - הצו העליון כבר הופר, והצלתו, תוך החרפת היחסים הדיפלומטיים, ייתכן שאיננה מהווה הפרה של הצו העליון כשלעצמה.
אף על פי שמעולם לא נראתה העמדה לדין בגין הפרת הצו העליון, באף אחד מהפרקים של הסדרות ובאף אחד מסרטי הקולנוע, תשע הפרות מתועדות של קפטן פיקארד מובאות כראיה נגדו, בחקירה בסגנון "ציד מכשפות" הנראית בפרק "The Drumhead". בנוסף, הרומן הלא-קאנוני של מסע בין כוכבים, ששמו "Prime Directive", מאת ג'ודית וגארפילד ריבס-סטיבנס, עוסק בהשלכות הפוליטיות של הפרה שבוצעה לכאורה על ידי קפטן קירק, וכן בהשלכות על הקריירה שלו. בקאנון, קפטן קירק עצר את קפטן טרייסי, מפקד ה"אקסטיר" ("Exeter"), כאשר כנגד האחרון נמצאו ראיות, לכאורה, כי הפר את הצו העליון. עם זאת, לא ידוע מה קרה בעקבות מעצרו ולאחריו.
הצו העליון של הזמן.
הצו העליון של הזמן (באנגלית: Temporal Prime Directive; ובקיצור - TPD) נועד למנוע מנוסע בזמן (מהעבר או מהעתיד) מלהתערב בהתפתחות הטבעית של ציר הזמן. ה-TPD נוצר באופן רשמי במאה ה-29, ונאכף באמצעות סוכנות של צי הכוכבים הנקראת "ועדת היושרה של הזמן", אשר מפקחת ומגבילה סטיות מהזרימה הטבעית של ההיסטוריה. עם זאת, כמה מפרקי "" מתייחסים באופן ישיר אל ה-TPD, ומכאן ייתכן כי הוא היה קיים כבר במאה ה-24.
צו זה נחשב "אסור במגע", וכל קצין צי הכוכבים המגיב לשאלה בנוגע לפעולות הקודמות שלו במשפט כגון "אני לא יכול להשיב, בשל הצו העליון של הזמן" בדרך כלל לא יהיה כפוף לביקורת, כל עוד נמצאה צורה כלשהי של חוסר יציבות בזמן, קלה ככל שתהיה.