עובדות אלו, בצירוף חוסר הבהירות לגבי היקף עסקיו של סיריל קרן בישראל (שרון טען כי אין לו כאלו, אולם הצהרה נסתרה על ידי אחרים) היוו חומר נפץ פוליטי ונמצאו בתקופת מערכת הבחירות בהשלמות חקירה בפרקליטות המדינה. ב-6 בינואר 2003 נחשפה חקירת הפרשה (בדיעבד הסתבר שעו"ד ליאורה גלט-ברקוביץ', הפרקליטה הממונה על החקירה, הדליפה את הפרטים) בעיתון הארץ.
חשיפת הפרשה גרמה לסערה פוליטית גדולה ולקריאות להתפטרותו של שרון מצד אנשי האופוזיציה. גם העובדה כי חקירת ההדלפה שנוהלה על ידי אליקים רובינשטיין, היועץ המשפטי לממשלה דאז, כללה חקירה של העיתונאי ברוך קרא תרמה להגברת המהומה. מצד שני האשימו אנשי הליכוד כי ההדלפה הייתה מכוונת פוליטית ונועדה לפגוע בשרון, טענה שלאחר הבחירות התגלתה כנכונה (על פי הצהרת גלאט-ברקוביץ' עצמה), אף על פי שהנתונים עצמם היו נכונים.
ההתמודדות בליכוד.
בליכוד, ההתמודדות העיקרית הייתה בין בנימין נתניהו לאריאל שרון (גם משה פייגלין התמודד), במהלך מערכת הבחירות הפנימיות נתניהו פנה לימין האידאולוגי ואף הצליח להעביר החלטה במרכז הליכוד ב-12 במאי 2002 שאוסרת על הקמת מדינה פלסטינית. לעומת זאת שרון פנה למרכז המפה הפוליטית והצהיר כי "תמורת שלום לדורות (ורק עבור שלום לדורות) אני מוכן לעשות גם ויתורים כואבים".
הפריימריז בליכוד נערכו ב-28 בנובמבר. באותו יום התרחשו שני פיגועי טרור כנגד ישראלים, האחד במומבסה, שבו נרצחו 3 ישראלים, והשני בסניף הליכוד בבית שאן, שם נרצחו 5 אזרחים. הפיגועים גרמו לשרון לחשוש מאחוזי הצבעה נמוכים, שלפי הפרשנות המקובלת היו אמורים לפגוע בסיכוייו להיבחר. הוא ערך לפיכך מסיבת עיתונאים, בה הוא קרא למצביעי הליכוד ללכת להצביע. מסיבת העיתונאים עוררה ביקורת רבה, בשל העובדה כי דן חלוץ, מפקד חיל האוויר דאז, עמד מאחורי שרון בזמן נאומו. חלוץ טען מאוחר יותר כי לא היה לו מושג כי מדובר במסיבת עיתונאים פוליטית. בסופו של יום, שרון ניצח את נתניהו בבחירות המקדימות ונבחר שנית ליו"ר המפלגה.
הבחירות במרכז הליכוד של המועמדים לכנסת נערכו ב-8 בדצמבר. לפי התקנון מ־1999, כל חבר במרכז היה מסמן 15 מועמדים ואחד ממחוזו והתוצאות היו לפי מספר קולות (המקום השני היה משוריין לבנימין נתניהו). הבחירות זכו לגל חריף של ביקורת תקשורתית והאשמות לגבי שחיתות. ההאשמות התמקדו עד מהרה בסגנית השר נעמי בלומנטל, שנחשדה כי אירחה חברי מרכז במלון שרתון סיטי טאואר ונחקרה במהלך חודש דצמבר. ב-1 בינואר 2003 פוטרה בלומנטל על ידי שרון בשל סירובה לענות לשאלות חוקרי המשטרה. בעקבות עתירות של חברי מרכז שטענו שההצבעות לשינוי התקנון, שהיו אמורות להתקיים בוועידה, לא התקיימו בעקבות פיזורה המהיר, הוחלט להצביע על השינוי (שלא התקבל) ולדחות את הבחירות לאחר הצהריים.
הביקורת הציבורית הביאה את שרון להקים ועדה פנימית בראשות מאיר שטרית, הוועדה הגישה את המלצותיה ב-5 בינואר והן כללו בעיקר את החזרת הפריימריז. ההמלצות אמנם התקבלו ב-3 באוגוסט (לאחר הבחירות) אך הן לא יושמו.
ההיערכות לבחירות.
במערכת הבחירות הזאת, בניגוד לשלוש מערכות הבחירות שקדמו לה, נבחרה רק הכנסת, וזאת בעקבות חקיקתו של החדש ב-7 במרץ 2001 לאחר דיון סוער הן בכנסת והן יום קודם לכן בוועדת החוקה. החוק החדש היה דומה בעיקרו לחוק המקורי שהיה קיים לפני חוק הבחירה הישירה, אולם כלל מספר שינויים, אשר תפקידם היה מחד לחזק את הממשלה מול הכנסת ולהקשות על הפלתה, ומאידך לחזק את הפיקוח הפרלמנטרי של הכנסת על הממשלה.
מערכת הבחירות החלה רשמית ב-5 בנובמבר 2002, כאשר שרון פיזר את הכנסת, ואילו התאריך הסופי של הבחירות נקבע על ידי הכנסת ב-11 בנובמבר.
ככלל, מערכת הבחירות הייתה מנומנמת יחסית, בעיקר בשל התחושה הציבורית כי ניצחון הליכוד מובטח, תחושה שהייתה חזקה דיה ששינוי ביססה את תעמולת הבחירות שלה עליה. לפרקים אף נדמה היה כי נקודת העניין היחידה במערכת הבחירות היא ועדת הבחירות המרכזית והעומד בראשה, שופט בית המשפט העליון מישאל חשין, שהיו פעילים מאוד יחסית למערכות בחירות קודמות.
מערכת הבחירות התאפיינה בכך שגוש השמאל הציוני קיפל למעשה את דגל השלום והשקיע את מרבית המאמצים שלו בשכנוע המצביעים בכך שגדר ההפרדה והנסיגה מעזה ישפרו את מצבה של מדינת ישראל. תשדירי התעמולה של העבודה ניסו להציג את מצנע כאיש צבא לשעבר, בזמן שהליכוד ניסה בהצלחה לא מעטה להציגו כאיש שמאל קיצוני.
בליכוד נרשם פיצול בין שרון שעמד בראש הרשימה לבין שאר הרשימה. בעוד שרון דיבר על "ויתורים כואבים" ופנה למרכז, שאר הרשימה הורכבה ברובה המכריע מאנשי ימין מובהקים. שרון ניסה להקטין את הנטייה ימינה של הרשימה על ידי הצגתם של מועמדים מתונים יחסית כמו אהוד אולמרט (אשר קיבל רק את המקום ה-35 ברשימת מועמדי הליכוד) ודן מרידור (אשר לא התמודד בבחירות הפנימיות בליכוד ופרש מספר שנים קודם לכן למפלגת המרכז) בתור מי שיתמנו כשרים לאחר הבחירות. פיצול זה נבע מכך שבעוד שיו"ר המפלגה נבחר על ידי כלל חברי המפלגה, שאר הרשימה נבחרה על ידי חברי מרכז המפלגה, בו היה רוב לתומכים בעמדות ימניות יותר. בנוסף גויס גם ארתור פינקלשטיין לקמפיין שהציג את שרון בצורה דומה לקמפיין הקודם, עם כבשים וילדים.
מרצ, שנדחקה על ידי מפלגת העבודה לשוליים השמאליים בעקבות בחירת מצנע, השקיעה את מירב מאמציה במתקפה כנגד שינוי, שמצעה היה דומה מאוד בנושאים האחרים (ניקיון משחיתות, עוינות לחרדים ועוד). בנוסף ניסתה מרצ לצרף אליה כוחות נוספים ממחנה השמאל – רומן ברונפמן (שנבחר במקור מטעם "ישראל בעלייה") צורף לרשימה ב-24 בנובמבר, וכן צורפו יוסי ביילין ויעל דיין לרשימה ב-11 בנובמבר (רשמית למחרת היום) לאחר שלא נבחרו למקומות ריאליים במפלגת העבודה – וכיוון שהצטרפו לאחר מועד הפריימריז במרצ, לא זכו במקומות ריאליים גם ברשימתה. בנושא המדיני תקפה מרצ את מפלגת העבודה בשל ישיבתה בממשלת האחדות (סיסמת הבחירות שלה הייתה "מרצ – לא בעדר של שרון"). כמו כן הציגה מרצ את עצמה כמי שחוקקה את מספר החוקים החברתיים הרב ביותר (והסתבכה בכך במלחמת גרסאות עם המפד"ל).
בבחירות אלו שימשה ועדת הבחירות המרכזית בתפקיד מכריע. חלק מתפקיד זה נבע מכך שבפעם הראשונה ניתן היה לפסול מועמדים מסוימים (ולא רק רשימות שלמות). ועדת הבחירות וכן יו"ר הוועדה, השופט מישאל חשין, הכריעו במספר בקשות לפסילת מועמדים:
מופז והליכוד ערערו לבית המשפט העליון על החלטת הוועדה לפסול את מופז, ופייגלין עתר לבג"ץ נגד ההחלטה לפסול אותו. בנוסף הוגשו ערעורים נגד פסילת רשימת בל"ד והסירוב לפסול את מרזל, וכן התבקש בית המשפט העליון (על פי החוק) לאשר את הפסילות של טיבי ובשארה. כלומר, בית המשפט העליון התבקש להכריע בכל הפסילות. ב-9 בינואר אושרו פסילתם של מופז
ושל פייגלין ואילו שאר הפסילות בוטלו. בנוסף, הוועדה דחתה ברוב גדול בקשות לפסילת חרות – התנועה הלאומית, חד"ש-תע"ל, הרשימה הערבית המאוחדת והעומד בראשה עבד אלמאלכ דהאמשה. לא הוגש ערעור על החלטות אלה.
ב-9 בינואר הגיעה התערבות חשין במערכת הבחירות לשיאה, כאשר בפעם הראשונה בתולדות המדינה הפסיק חשין שידור מסיבת עיתונאים של ראש הממשלה בנושא חשיפת החשדות הפליליים נגדו. מסיבת העיתונאים שודרה בשלושת הערוצים המרכזיים. חשין טען כי היא מהווה תעמולת בחירות, בשל העובדה ששרון תקף בה את מפלגת העבודה בצורה חריפה. (באופן אירוני, ההפסקה בוצעה בפועל דווקא לאחר שראש הממשלה סיים את תעמולת הבחירות והחל לדבר על חקירותיו, בה מסיבת העיתונאים הייתה אמורה לעסוק מלכתחילה). הפסקה זו הביאה להגשת בקשה של מפלגת העבודה לקזז את זמן מסיבת העיתונאים מזמן התעמולה של הליכוד (בקשה זו נדחתה), ולעומת זאת אנשי הליכוד התקיפו את חשין על כך שהעז "להשתיק" את ראש הממשלה (חשין דחה את הטענות).
כמו כן אסר חשין על פרסום תשדיר של חרות (השמעה של ההמנון הלאומי התקווה עם מילים אחרות בערבית, וכן דגל ישראל שהופך בהדרגה לדגל פלסטין; התשדיר זכה לתפוצה פופולרית באינטרנט בעקבות החלטה זו), וכן קבע שיש למחוק את ההופעות הקצרות של דגל פלסטין מתשדירים של רע"ם ובל"ד. נגד שתי ההחלטות הוגשו עתירות לבג"ץ, הראשונה נדחתה והשנייה התקבלה. ב-30 בדצמבר 2002 אסר על שידור תעמולה בערוץ 7 (שלכאורה שידר מחוץ לתחומי מדינת ישראל) וב-17 בינואר 2003 אסר על שידור תעמולה בשידורי הלוויין של ש"ס. ביום הבחירות אסר חשין על פרסום קריאות של מצנע ושרון לעידוד ההצבעה (בשל חשש לתעמולה) ודרש מהם להקליטן מראש (דבר שלא בוצע). לאחר הבחירות אף הציע לבטל את יום השבתון בבחירות ואת תשדירי התעמולה, שלטענתו היו חסרי ההשפעה.
במהלך מערכת הבחירות נקלעה ש"ס לבעיות רבות: הרב כדורי הסיר את תמיכתו בה ותמך במקום זאת ברשימת "אהבת ישראל" של נכדו (שהסתבכה בהפצת קמיעות, בדומה לש"ס במערכות הבחירות הקודמות); החלפתו של אריה דרעי באלי ישי בעקבות הרשעתו של דרעי וכניסתו לכלא, גרמה לירידה ברמת המוטיבציה של הפעילים וכן לאי אפשרות לנצל את מאסרו של דרעי; גם ביטול חוק הבחירה הישירה, שגרם למצביעים רבים שהצביעו בעבר לליכוד לשוב ולהצביע עבורו כדי להבטיח את ניצחונו, פגעה במפלגה.
חרות בראשות מיכאל קליינר וברוך מרזל הציבה את עצמה בקצה הימני הקיצוני (סיסמתה הייתה "חרות הכי נץ בימין") של המפה הפוליטית. המפלגה הציגה דעות ימניות קיצוניות, כולל ביטול של חלק גדול מזכויותיהם של ערביי ישראל, ביטול הסכמי אוסלו וכדומה.