מאז 1997 הוא משמש כיועץ אקדמי לכוח המשימה הבינלאומי לחינוך, זיכרון ומחקר השואה, היה יועץ בכיר לכנס סטוקהולם 2000 בנושא השואה, יועץ בכיר לממשלה השוודית בנושאי שואה, ויועץ בכיר לכנס סטוקהולם 2004 בנוגע למניעת רצח עם. כיום (2011) הוא משמש יועץ אקדמי וחבר בוועד הפועל של יד ושם. באואר היה שותף מייסד וחבר מערכת של ילקוט מורשת, שהוא כתב העת המרכזי לחקר השואה בשפה העברית, והיה מעורכי האנציקלופדיה לשואה שראתה אור ב-1990 (עורך ראשי – ישראל גוטמן). היה יועץ לסרט "שואה" של קלוד לנצמן, לסדרה "מורשת" של אבא אבן, לסדרה "עמוד האש" של יגאל לוסין, ולסרטם של יהושע ולצקי ואביבה קמפנר "Partisans of Vilna', שבו כיכב אבא קובנר.
ספריו.
דיפלומטיה ומחתרת במדיניות הציונית, 1939–1945.
זהו ספרו הראשון של יהודה באואר שנסב על תולדות היישוב העברי בארץ ישראל בתקופת השואה, והוא היחיד מבין ספריו שאינו עוסק בשואה עצמה. הספר עוסק בפלמ"ח על רקע המדיניות הציונית במלחמת העולם השנייה, והוא מתאר את הוויכוחים הפנימיים ביישוב על היחסים עם הבריטים לנוכח אירועי המלחמה. בספרו טען באואר שהנהגת היישוב ניסתה, הן על ידי דיפלומטיה והן על ידי פעולות מחתרתיות, להגיע לסוג מסוים של שלטון עצמי בארץ ישראל. בעת פרסום הדוקטורט בתש"ך הייתה זו תזה חדשה, ואילו כיום היא מקובלת.
תגובות בעת השואה: ניסיונות עמידה, התנגדות, הצלה.
בספר זה תיאר באואר אספקטים שונים של התנגדות יהודית בתקופת השואה. באואר טוען שההתנגדות היהודית הייתה רחבה מאוד, בעיקרה בשמירה על המורל ובלי נשק ביד, אך הייתה גם התנגדות מזוינת כמו במרד גטו ורשה ובמקומות רבים אחרים.
יהודים למכירה?: משא ומתן בין יהודים לנאצים, 1933–1945.
ספרו של באואר שראה אור ב-1995, בתחילה בהוצאת אוניברסיטת ייל, ותרגומו העברי התפרסם בהוצאת יד ושם, עוסק בנושא הצלת היהודים. בספר מפרט באואר את מקרי המשא ומתן בין יהודים לנאצים שבאמצעותו ביקשו יהודים להציל יהודים. זאת באמצעות שוחד ועל ידי משא ומתן פוליטי. על פי רוב עלו מאמצים אלו בתוהו. באואר חשף את המגעים החשאיים, בין השאר באמצעות הביון הגרמני הצבאי. מגעים אלה ניהלו בעיקר קבוצות יהודיות בתוך השואה, אבל גם ההנהגה היהודית בארץ ישראל וההנהגה היהודית באמריקה. בספרו התמקד באואר מאוד בהונגריה והגיע למסקנות מעט שונות ממסקנותיהם של אחרים, בעיקר בנושא פעילותן של ההנהגות היהודיות בסלובקיה ובהונגריה. הוא מתאר גם את הריב המתמיד בין קבוצות ויחידים יהודיים, אולם טוען שבעצם כולם ניסו בתום לב לעשות כמיטב יכולתם בתנאים בלתי אפשריים. באואר עסק גם במניעים הגרמניים למשא ומתן, והגיע למסקנה שאליה הגיעו במקביל גם חוקרים גרמניים, שהמניע הגרמני היה ניסיון להגיע למשא ומתן להפסקת המלחמה עם האמריקאים באמצעות היהודים. הגורמים שהיו מעורבים בכך היו הסוכנות היהודית בארץ ישראל, הג'וינט ואגודת ישראל באמריקה, ובתוך השואה היו מעורבים בכך: ההנהגה היהודית בסלובקיה וקסטנר בהונגריה. מגמתו של הימלר לדעת באואר הייתה לפתוח ערוץ משא ומתן עם האמריקאים, לקראת אפשרות של הסכם שלום נפרד אתם.
Rethinking the Holocaust.
הספר ראה אור בהוצאת אוניברסיטת ייל, ותרגומו פורסם על ידי יד ושם בכותרת הרהורים על השואה. הספר דן בבעיות היסטוריוסופיות הקשורות לנושא השואה, בספרות המחקרית על מניעי הרוצחים, ובעיקר על התגובות היהודית. בין השאר מתייחס באואר לנושא המגדר ולנושא התאולוגיה היהודית כניסיון הסבר לשואה, ובניסיונות התנגדות והצלה שונים. כן מפריך הספר את המיתוס שכאילו מדינת ישראל היא תוצאת השואה. בסוף הספר מופיע נאומו בפני הבונדסטאג הגרמני ב-1998.
The Death of the Shtetl (מות העיירה).
הספר יצא במקורו באנגלית, בהוצאת ייל (2009), ובתרגום עברי מורחב ביד ושם (2011). הוא עוסק בחיי היהודים בספר הפולני (כיום מערב בלארוס ומערב אוקראינה) לפני ובעת השואה, ובתגובותיהם למאורעות שחוו אותן. באואר מגיע לתובנות חדשות ביחס למהות החיים היהודיים שם לפני השואה, וחורבן החיים האלה על ידי השלטון הסובייטי. הספר אינו עוסק בעיקרו ברצח על ידי הגרמנים ושותפיהם המקומיים, ורק מסכם את הידוע לנו בתחום זה. היודנרטים בעת השלטון הגרמני, החיים החברתיים והכלכליים, וניסיונות העמידה לחיזוק המוראל הם מהבעיות הנידונות בספר, ליד תיאורים של התמוטטות החיים היהודיים הפנימיים בחלק מן המקומות. כן נדונים ניסיונות ההתנגדות והמרד, הבריחה של השרידים ליערות והיחסים המורכבים שם עם ובתוך התנועה הפרטיזנית הסובייטית.
הג'וינט.
באואר כתב שלושה ספרים על אודות הג'וינט וניסיונותיו לפני, בתוך ואחרי המלחמה לסייע ליהודים ולהציל יהודים, מתוך ויכוחים פנימיים ויחסים מסובכים עם הממשלה האמריקאית, וויכוחים מסובכים בין הג'וינט לארגונים אחרים והוא אף דן באנשים שהיו מעורבים בכך. הספרים יצאו באנגלית והם –
"My Brother's Keeper", "American Jewry and the Holocaust" ו-"Out of the Ashes".
לפני המלחמה ניסה הג'וינט ליצור נציגויות יהודיות מאוחדות, לא מטעמים אידאולוגיים, אלא פשוט על מנת שתהיה כתובת להעביר אליהם כספים והם אלה שהביאו להקמת נציגות יהודית מאוחדת של יהודי גרמניה בשנת 1933, שלא הייתה קיימת בגרמניה לפני כן. עיקר עזרת הג'וינט לפני המלחמה הייתה ליהדות פולין, אשר לפני המלחמה הייתה נתונה במשבר עמוק ביותר, וסיוע הג'וינט היה משמעותי מאוד בניסיונות לסייע לייצב את המצב הכלכלי-חברתי של היהודים.
תוך כדי המלחמה ניסה הג'וינט לעזור, כל עוד ארצות הברית הייתה נייטרלית, בעיקר על ידי משלוח מזון. אולם מהר מאוד הפכה הנהגת הג'ויינט באירופה, בעיקר בפולין, להיות עצמאית, כי לא הייתה בקשר של ממש עם ארצות הברית. אחרי פרוץ המלחמה בין גרמניה לארצות הברית בדצמבר 1941, הפך משרד הג'ויינט בוורשה לגורם מרכזי בניסיונות הנואשים לשמור על הקיום היהודי הפיזי. הוא היה לגורם המרכזי בניסיונות התנגדות ללא נשק, ובסופו של דבר היה הגזבר של הג'וינט, דוד גוזיק, לגזבר ולמגייס הכספים למען מורדי גטו ורשה.
אחרי המלחמה טיפל הג'וינט במחנות העקורים, בהם יוצאי המחנות ושרידי המתחבאים והלוחמים בעת השואה, והפליטים שברחו, מפולין בעיקר, לתוככי ברית המועצות. כל אלה הגיעו למחנות העקורים בגרמניה, אוסטריה ואיטליה. לבד מאספקת מזון, לה דאגו חילות המצב של בעלות הברית המערביות, בעיקר הצבא האמריקאי, הושפעו כל יתר הפעולות, הסוציאליות, הכלכליות והתרבותיות, על ידי העזרה שניתנה על ידי הג'וינט.
הבריחה.
ספרו של באואר, "הבריחה" (שהוא תרגום של ספרו על אותו נושא באנגלית), עוסק בתנועת הבריחה - הנדידה המאורגנת הבלתי ליגלית של המוני יהודים ממזרח אירופה למרכזה ולדרומה, במגמה להגיע לארץ ישראל. תנועה זו לא הוכוונה מהארץ בראשית דרכה, ובשלביה המתקדמים יותר נוהלה על ידי שליחי הארץ והנהגות מקומיות במשותף. היא הייתה, לטענת באואר, אחד הגורמים המרכזיים בהקמתה של מדינת ישראל.
שואה, היבטים היסטוריים.
ספר עברי זה הוא תרגום של מרביתם של שני ספרים שיצאו באנגלית ("The Holocaust in Historical Perspective", "The Jewish Emergence from Powerlessness")
והוא סיכום של בעיות מרכזיות במחקר על השואה והמעבר מן השואה למדינת ישראל.
היבטים בהגותו.
סיבתיות השואה.
בעבודותיו טוען באואר כי השואה היא תוצאה קודם כל של האידאולוגיה ולא תוצאה של המבנים החברתיים הגרמניים, כפי שטוענים רבים מעמיתיו (כדוגמת הנס מוֹמזֶן, גץ עלי, ורבים אחרים). לדעתו עצם מלחמת העולם השנייה היא ראשית לכל מלחמה אידאולוגית. הנאצים פתחו במלחמה מסיבות אידאולוגיות, בעוד שהגורמים הכלכליים והמדיניים, עם כל חשיבותם, הם משניים לאידאולוגיה. זה היה, לטענתו, ההקשר שבתוכו צמחה מרכזיותו של הגורם האידאולוגי בהנעת השואה.
רצח עם.
באואר עוסק מאז שנת 2000, בהרצאות ובמאמרים על הקשר שבין השואה לרציחות עם אחרות.
הוא דן במקביל, בשונה ובמבדיל ביניהן. השואה, לדעתו, היא המקרה הקיצוני ביותר של רצח עם שידוע לנו עד כה, אך בעל מאפיינים דומים למקרי רצח עם אחרים. באואר טוען כי השואה אינה ייחודית, כי ייחודיות פירושה שמקרה מקביל אינו יכול לקרות שנית, ואילו האמת היא שדברים דומים, אם כי כמובן לא זהים, אכן יכולים לחזור. השואה היא מקרה ללא תקדים, אבל היא בעצמה תקדים. באואר כתב גם, במאמרים ובספרו Rethinking the Holocaust על רציחות עם נוספות - של הארמנים והצוענים,
ולאחרונה על דארפור.
באואר טוען, בהרצאות ובמאמרים, שהיכולת לרצוח קבוצות אנושיות שלמות היא יכולת הטבועה בבני אדם, שמתבטאת לכל אורך ההיסטוריה, אבל למזלנו יש לאדם גם נטייה הפוכה והיא המביאה לניסיונות הצלה. הסברו לכך הוא אנתרופולוגי ולפיו התפתחותה של האנושות מבוססת על העובדה שהאדם הוא יונק טורף טריטוריאלי. אולם האדם הוא חיית טרף חלשה, הזקוקה לשיתוף פעולה חברתי כדי לשרוד. אנו חיות טרף מכיוון שאנו אוכלים בשר ודגים. אנחנו יכולים לשרוד רק באמצעות שיתוף הפעולה ובהתפתחות רגשות של אהדה, אהבה, והקרבה עצמית, אינסטינקטים הנוגדים את אינסטינקט ההרג.
סוגיות נוספות.
במחקריו הביע את הרעיון כי השואה ניתנת להיחקר כאירוע היסטורי, משום שמדובר במעשים של בני אדם כנגד בני אדם אחרים, ואינה אירוע שהוא מעבר לתפיסה האנושית.