התפיסה של מונגוליה כמעצמה עצמאית מצפון לסין באה לידי ביטוי בתקופת שושלת האן במאה השנייה לפני הספירה. במכתב ששלח וו מהאן, קיסר סין, ללאושאנג צ'אניו, מנהיג בשבטי שיונגנו, בשנת 162 לפני הספירה נכתב כי: קיסר סין מצדיע בכבוד לצ'אניו הגדול מהסיונג-נו (שיונגנו) [...] כאשר קודמי הקיסרי הקים את החומה הגדולה, כל האומות מצפונה היו כפופות לצ'אניו; ואילו התושבים שבתוך החומה, חובשי הכובע והאבנט, היו כולם תחת ממשלתנו [...] מכתבך אומר כך: "שני העמים נמצאים כעת בשלום, ושני הנסיכים חיים בהרמוניה. פעולות צבאיות יכולות להיפסק, הלוחמים יכולים לשלוח את סוסיהם לרעות באחו, ושגשוג ואושר שוררים ומתחילים עידן חדש של אחווה ונחת". הדבר משמח אותי מאוד [...] מכיוון שהסיונג-נו חיים באזורים הצפוניים, שם החורף הקשה מגיע מוקדם, הוריתי לרשויות המתאימות להעביר מדי שנה לצ'אניו כמות מסוימת של תבואה, זהב, משי מהסוג העדין ויותר וחפצים אחרים. כעת שורר שלום בכל העולם; אינספור התושבים חיים בהרמוניה, ואני והצ'אניו בלבד הם ההורים של העם. מאז התקופה הפרהיסטורית, מונגוליה מאוכלסת ברציפות על ידי נוודים אשר, מעת לעת, יצרו קונפדרציות גדולות שעלו לגדולה באזור. הראשונה מבין האימפריות הללו, השיונגנו, נוצרה כתוצאה משיתוף פעולה בין שבטי נוודים שונים בשנת 209 לפני הספירה. עד מהרה הם הפכו לאיום הגדול ביותר על שושלת צ'ין, ואילצו את האחרונה לבנות את החומה הסינית. בזכות טכניקות הלחימה האכזריות שלהם והצטיינותם ברכיבה על סוסים, הם איימו לא פעם לחדור אל תוך סין ולכבוש אותה. על כן, היה צורך בכמעט 300,000 חיילים שישמרו בכל עת מפני הפלישות ההרסניות. אימפריית שיונגנו העצומה (209 לפנה"ס–93 לספירה) גררה אחריה את אימפריית שיאנביי המונגולית (93–234 לספירה), שירשה את שטחיה של קודמתה ושלטה באזורים רבים. יורשתה של האימפריה, רואן חאגנאט (330–555), שלטה באזורים של מונגוליה וסביבתה עד שהובסה על ידי הגקטורקים (555–745) שהאימפריה שלהם הייתה גדולה אף יותר.
הגוקטורקים הגיעו לשיאם בשנת 576, עם כיבוש חצי האי קרים. הם הוחלפו על ידי האימפריה האויגורית (745–840) שהובסה על ידי הקירגיזים. אחריהם הגיעה תקופת הח'יטנים המונגולים, צאצאי שבטי השיונגנו, ששלטו במונגוליה בתקופת שושלת ליאו (907–1125).
בכתובות הזכרונות של הכגן בילגה חאגאן (684–737), בן מרכז מונגוליה של ימינו, הוא מתאר את שלטונם של הכגנים המונגולים במרוצת השנים:בקרבות הכניעו את אומות כל ארבעת צדדי העולם ודיכאו אותם. הם גרמו לבעלי ראש להרכין את ראשם, ולבעלי ברכיים לקפלם. במזרח עד פשוטי קדירחאן, במערב עד שער הברזל הם כבשו [...] החאגנים (הכגנים) הללו היו חכמים. החאגנים האלה היו נהדרים. גם משרתיהם היו חכמים וגדולים. פקידיהם היו ישרים וישירים אל מול העם. הם שלטו כך בעם. כך הם שימרו את מעמדם מעליהם. כשמתו הגיעו להלוויותיהם שגרירים מבוקולי צ'ולוג (קוריאה), טאבגך (סין), טיבט (האימפריה הטיבטית), אוואר (אווארים), רומא (האימפריה הביזנטית דאז), קירגיז (העם הקירגיזי; קירגיזסטן דהיום) [...] כל כך הרבה אנשים באו להתאבל על החאגנים הגדולים. הם היו חאגנים מפורסמים.
ימי הביניים (מאות 12–16).
בסוף המאה ה-12, לאחר תקופה ממושכת של אנרכיה ללא שלטון מרכזי וכאוס של מלחמות בין השבטים השונים, הצליח לבסוף מנהיג בשם טמוג'ין לאחד את השבטים המונגולים בין מנצ'וריה (כיום חלק מסין) להרי אלטאי. בשנת 1206, הכריז על עצמו טמוג'ין כמנהיג השבטים המונגוליים תחת התואר ג'ינגיס חאן, וניהל סדרה של מסעות צבאיים - הידועים באכזריותם והאלימות שלהם. באמצעות אותם כיבושים פשט חאן על חלקים נרחבים של אסיה ויצר את האימפריה המונגולית, האימפריה היבשתית הגדולה ביותר אי פעם והשנייה בשטחה בהיסטוריה, שנייה רק לאימפריה הבריטית שתתפתח מאות שנים אחרי כן.
האימפריה בשליטתו של חאן ולאחריו בשליטת יורשיו התפרשה על פני שטח עצום כמעט לכל שטחה של יבשת אסיה וחלקים מאירופה, החל מפולין של ימינו ועד לקוריאה, וכלה בחלקים מסיביר בצפון ומפרץ עומאן בדרום. שטחה הכולל של האימפריה בשיאה הוא כ-33,000,000 קמ"ר (22% משטח האדמה הכולל של כדור הארץ) והיו בה אוכלוסייה של למעלה מ-100 מיליון איש (כרבע מכלל אוכלוסיית כדור הארץ באותה תקופה). בשיאה האימפריה תרמה רבות לסחר הכלל-יבשתי באסיה, והוקל מאוד המסחר מכל חלקי היבשת.
לאחר מותו של ג'ינגיס חאן, האימפריה חולקה לארבע ממלכות, שמכונות במונגולית "ח'אנות". בני העם המונגולי, שבנוי מתרבות של נוודות, לא הצליחו להחזיק את השטחים הגדולים שכבשו לאורך זמן, ומהר מאוד התפרקה האימפריה למחנות שונים שהפכו בסופו של דבר לשלטונות מעין-עצמאיים. הסיבה להתפרקות הייתה מלחמת האזרחים הטולואידית (1260–1264), שפרצה בעקבות מותו של מונגקה חאן בשנת 1259. אחת הח'אנותות, שכונתה "הח'אנות הגדולה", שכללה את שטחה של סין ומונגוליה המודרנית, התפצלה מתוך האימפריה תחת שלטונו של קובלאי חאן, ובירתה הוקמה בבייג'ינג של ימינו. לאחר יותר ממאה שנה של שליטה צאצאית-מונגולית בח'אנות, הוחלף השלטון בשושלת מינג הסינית ב-1368, מה שאילץ את המונגולים להימלט צפונה. כאשר צבאות מינג רדפו אחרי המונגולים לתוך מולדתם, הם רמסו והשמידו את הבירה המונגולית חרחורין וערים אחרות. לבסוף הצליחו המונגולים להדוף את הסינים אל מחוץ למונגוליה, אך הדבר הוביל לפיצולה לשני חלקים - מונגוליה הפנימית בשליטת סין ומונגוליה החיצונית, חבל ארץ שעליו הוקמה מדינת מונגוליה העכשיות, אך חלקו שייך לרפובליקה העממית של סין.
לאחר גירוש שליטי שושלת יואן המונגולית מסין, המשיכו המונגולים לשלוט במולדתם, הידועה בשם 'שושלת יואן הצפונית'. המאות הבאות התאפיינו במאבקי כוח אלימים בין פלגים שונים, בעיקר בין היורשי ג'ינגיס חאן למתנגדיו, וכן בכמה פלישות סיניות (כגון חמש המשלחות בראשות הקיסר יונגל).
בתחילת המאה ה-16, אוחדה מחדש מונגוליה תחת הג'ינגיסידים - תומכי מורשת ג'ינגיס חאן. באמצע המאה ה-16 הפך השליט אלטן חאן מהטומד, שאף על פי שמו לא היה צאצא של משפחת חאן, לדומיננטי ביותר באזור. בשנת 1557 הקים את העיר חוחחוט, כיום בירת המחוז מונגוליה הפנימית שבסין. לאחר שנפגש עם הדלאי לאמה בשנת 1578, הוא הורה על הכנסת הבודהיזם הטיבטי למונגוליה, בפעם השנייה בהיסטוריה. מהר מאוד מנהיגים רבים המירו את דתם לבודהיזם, ואחריהם גם רבים מבני אוכלוסיית מונגוליה. כמעט כל משפחה שמרה כתבי קודש ופסלי בודהה על דפנות היורט. אצילים מונגולים תרמו למנזרים אדמות, כסף ומשאבים. כפי שהיה אופייני במדינות בעלות דתות מבוססות, המוסדות הדתיים המובילים, המנזרים, החזיקו בכוח זמני משמעותי בנוסף לכוח הרוחני.
עד עצמאות מונגוליה (מאות 17–20).
החאן המונגולי האחרון היה ליגדן חאן, ששלט בתחילת המאה ה-17. הוא נתקל בסכסוכים צבאיים עם המנצ'ורים, על רקע ביזה של ערים סיניות. שנתיים לאחר מותו, בשנת 1636, כבר נכנעו רוב השבטים המונגוליים הפנימיים למנצ'ורים, שייסדו את שושלת צ'ינג. לבסוף נכנעו כל השבטים ללא יוצא מן הכלל וב-1691 סופחה מונגוליה כולה לסין.
מחקרים מעריכים כיום שכ-80% מתוך 600,000 בני הדזונגר שחיו במונגוליה נהרגו בעקבות הסיפוח הסיני, כתוצאה של רצח בידיי סינים או מגפות. השלטון הסיני העניק למונגוליה החיצונית אוטונומיה רחבה בהרבה משהייתה למונגוליה הפנימית, שהייתה עד אז גם כן בחזקת סין, ואף אסרה על הגירה סינית אל תוך שטחי מונגוליה. הדבר הועיל לשימור תרבותם של המונגולים ואי-היערבותם של סינים באוכלוסייה המקומית.
עד 1911, שושלת צ'ינג שמרה על השליטה במונגוליה בצורה של שלטון פקידים הנאמנים למשטר המרכזי. מונגוליה חולקה למספר רב של מחוזות פיאודליים. בעקבות שיטת הפקידים במהלך המאה ה-19, נוצרו מעמדות במונגוליה; מונגולים שהתמנו לפקידים במשטר הסיני זכו לזכויות יתר על פני שאר העם, והפכו למעין אצולה. התנהגות האצולה של מונגוליה, יחד עם שיטות ריבית של סוחרים סינים וגביית מיסים אימפריאליים בכסף, במקום בבעלי חיים כפי שהיה נהוג בחברה המונגולית, הביאו לעוני נרחב בקרב הנוודים. עד 1911 היו במונגוליה החיצונית 700 מנזרים בגדלים שונים; 115,000 הנזירים שלהם היוו 21% מהאוכלוסייה.
עצמאות והיסטוריה מודרנית.
בשנת 1911, בעקבות התקוממות ווצ'אנג ומהפכת שינהאי, הכריזו המונגולים על עצמאותם, אולם באותו שלב טרם הכירה הרפובליקה של סין, שהוקמה ממש באותה עת, בעצמאות וראתה בה חלק משטחה, כהמשך לשלטון שושלת צ'ינג. יואן שה-קאי, נשיא הרפובליקה של סין, התעקש להכיר במונגוליה החיצונית והפנימית כחלק מסין, אולם מונגוליה החיצונה טענה כי חוזה הכניעה שלהם היה לשושלת צ'ינג ששלטה הן על מונגוליה והן על סין, ומאחר שהשושלת נפלה הסכם הכניעה אינו תקף יותר.