תחילת שנות ה-90 של המאה ה-20 בישרו על סופו של עידן ליברפול ותחילת עידן מנצ'סטר יונייטד. היונייטד זכו בגביע האנגלי לאחר ניצחון על קריסטל פאלאס, דבר שהציל את פרגוסון מפיטורים אחרי עונה כושלת בליגה. עונה לאחר מכן, הקבוצה הגיע לגמר גביע המחזיקות וניצחה את ברצלונה 2:1 משני שערים מרהיבים של מארק יוז. עונה לאחר מכן היונייטד סיימה את הליגה במקום השני אחרי לידס יונייטד. בעונה הבאה מכרה לידס את אריק קנטונה למנצ'סטר יונייטד. השפעתו של קנטונה הייתה מידית והוא לקח את הקבוצה לעונה מצוינת ולזכייה באליפות בעונת 1992/1993, 26 שנה לאחר האליפות האחרונה של היונייטד. שנה לאחר מכן, קנטונה הוביל את הקבוצה לדאבל היסטורי. עונה לאחר מכן, קאנטונה הושעה לאחר הבעיטה המפורסמת באוהד של קריסטל פאלאס. בעקבות השעייתו של קאנטונה היונייטד סיימו את הליגה במקום השני במרחק של נקודה אחת מבלקברן רוברס ואף הפסידה בגמר גביע ה-FA לאברטון 0:1. בעונת ביצע פרגוסון מהפכה בהרכב כאשר העלה הרבה מאוד צעירים לקבוצה הבוגרת (דייוויד בקהאם, פול סקולס, פיליפ וגארי נוויל, ניקי באט וקית גילספי) והקבוצה זכתה שוב בדאבל לאחר חזרתו של קאנטונה. בסוף אותה עונה קנטונה החליט לפרוש מכדורגל, דבר שפגע קשות ביונייטד. אבל, עונת נחשבת לעונה הטובה ביותר בהיסטוריה של מנצ'סטר יונייטד: היא זכתה בטרבל. בעונה זו זכתה הקבוצה באליפות לאחר מאבק אדיר עם ארסנל; זכתה בגביע האנגלי לאחר משחק חוזר עם ארסנל בחצי הגמר, וזכתה בליגת האלופות לאחר מהפך שנחשב לאחד מהמהפכים הגדולים בהיסטוריה של הכדורגל, בניצחון 1:2 בגמר על באיירן מינכן באצטדיון קאמפ נואו בברצלונה, לאחר שני שערים בתוספת הזמן, של טדי שרינגהאם ושל אולה גונאר סולשיאר.
מנצ'סטר יונייטד החלה את העשור החדש באופנה חלוצית וטיפוסית: היא נכנסה לתחרות חדשה בשם אליפות העולם לקבוצות בברזיל. לאחר שחזרה לאנגליה הקבוצה לא התקשתה לזכות באליפות פעמיים נוספות ברציפות בעונות ו-. יונייטד זכתה בשלוש אליפויות ברציפות, מה שהפך את פרגוסון למאמן היחיד באנגליה שהגיע להישג כזה.
אליפויות נוספות ותקופת רונאלדו: 2003–2009.
ב-2003 רכש פרגוסון את הקשר ההתקפי כריסטיאנו רונאלדו, שמהר מאוד הפך לכוכב הקבוצה ולאחד מכובשי השערים הפוריים ביותר בה.
במאי 2005 נרכשה הקבוצה על ידי איש העסקים המיליארדר האמריקאי-יהודי מלקולם גלזר. במהלך תקופת שליטתו של גלזר, צברה הקבוצה חובות רבים למספר בנקים. עובדה זו גרמה למשבר אמון חריף בין גלזר לחלק מאוהדי הקבוצה, אשר האשימו אותו בניהול כלכלי רשלני אשר עלול למוטט את הקבוצה.
בעונת הודיע פרגוסון כי הוא פורש מאימון הקבוצה אך התחרט ונשאר, ועונה לאחר מכן זכה איתה פעם נוספת באליפות, לאחר פתיחה צולעת.
בעונת שיחקה מנצ'סטר יונייטד מול מכבי חיפה הישראלית בשלב הבתים של ליגת האלופות. במשחק הבית הביסה מנצ'סטר יונייטד את חיפה בתוצאה 5:2 אך במשחק החוץ הפסידה 0:3.
בעונת , זכתה הקבוצה בגביע האנגלי לאחר ניצחון 3:0 בגמר על מילוול. בעונת , סיימה הקבוצה במקום השני בליגה האנגלית וזכתה בגביע הליגה אחרי ניצחון 4:0 על ויגאן.
בעונת , זכתה מנצ'סטר באליפות פעם נוספת. כמו כן, הגיעה הקבוצה לחצי גמר ליגת האלופות עם ניצחון גדול נגד רומא ברבע גמר ליגת האלופות בתוצאה 7:1 (לאחר שבמשחק הראשון ברומא הפסידה 1:2). בחצי הגמר הודחה מנצ'סטר יונייטד מליגת האלופות על ידי מילאן.
בעונת , זכתה מנצ'סטר באליפות אנגליה בפעם השנייה ברציפות, לאחר ניצחון במחזור האחרון על ויגאן אתלטיק 2:0. היה זה לאחר שצ'לסי תחת הדרכת אברם גרנט הייתה צמודה אליה ערב מחזור הסיום עם 84 נקודות לשתי הקבוצות, אך ניצחון שהשיגה מנצ'סטר חתם את האליפות לטובתה. בגמר ליגת האלופות 2008 נפגשו מנצ'סטר וצ'לסי בשנית במשחק שנערך ב-21 במאי במוסקבה. במשחק, ניצחה לבסוף גם בפעם זו מנצ'סטר יונייטד בהכרעה בבעיטות עונשין, בתוצאה 5:6. בדצמבר 2008 זכתה מנצ'סטר יונייטד באליפות העולם לקבוצות.
בעונת , זכתה הקבוצה פעם נוספת באליפות ובכך השלימה בפעם השנייה בתולדותיה זכייה בשלוש אליפויות רצופות. בעקבות הזכייה היא השתוותה לליברפול בראש דירוג הזכיות באליפויות אנגליה, עם 18 זכיות. באותה עונה, הפסידה מנצ'סטר יונייטד 0:2 לברצלונה בגמר ליגת האלופות שנערך בסטאדיו אולימפיקו שברומא.
בסוף אותה עונה מכרה יונייטד את כריסטיאנו רונאלדו לריאל מדריד תמורת סכום שיא באותה תקופה של 94 מיליון אירו. במקומו הביאה את חלוץ ליברפול לשעבר מייקל אואן, וכמו כן את אנטוניו ולנסיה מוויגאן.
שלהי תקופת פרגוסון: 2009–2013.
עונת הייתה עונה רעה עבור מנצ'סטר, למעט גביע הליגה היא לא זכתה באף תואר, והפסידה את האליפות לצ'לסי.
בניגוד לעונה שעברה, את עונת פתחה מנצ'סטר טוב, בניצחון 3:1 על צ'לסי בגביע מגן הקהילה בוומבלי, ולמרות יכולת טובה של צ'לסי בפתיחת העונה זכתה מנצ'סטר באליפות ה-19 שלהם ושברה את שיא האליפויות של ליברפול העומד על 18 זכיות בלבד. בנוסף, השדים האדומים גם הגיעו לרבע גמר גביע הליגה, שם הודחו בהפסד חוץ 0:4 מול ווסטהאם יונייטד של אברהם גרנט, ולחצי גמר הגביע האנגלי, שבמשחק זה הודחו באצטדיון ומבלי מול מנצ'סטר סיטי משער של יאיא טורה. בעונה זו הגיעה מנצ'סטר יונייטד לגמר ליגת האלופות בוומבלי, בו הפסידה לברצלונה 1:3.
ב-2011 פרשו מספר כוכבים וסמלים של מנצ'סטר יונייטד: גארי נוויל (שחקן יונייטד במשך יותר מ-19 שנה וקפטן הקבוצה בין השנים 2005–2010), פול סקולס (קשר ותיק ביונייטד) ואדווין ואן דר סאר. את פרישתם כיבדה הקבוצה בין השאר במשחקי הוקרה חגיגיים.
ב-14 בינואר 2012 חזר פול סקולס רשמית מהפרישה ונכנס כמחליף במשחק גביע נגד בולטון.
עונת הסתיימה באקורד צורם עבור השדים האדומים, לאחר עונה מלאת תהפוכות בצמרת הפרמייר ליג, הגיעו השדים האדומים למחזור הסיום עם אותם מספר נקודות כמו של יריבתה המושבעת מנצ'סטר סיטי, בידיעה שרק ניצחון שלהם על סנדרלנד ומעידה של הסיטי מול ק.פ.ר תזכה אותם באליפות ה-20 בפריימרליג. היונייטד אכן הצליחו לנצח את סנדרלנד בתוצאה 1:0, אך לרוע מזלם הסיטי הצליחו לעשות מהפך של 3:2 מול ק.פ.ר בתוספת הזמן וקטעו את חגיגות האליפות של היונייטד.
מעבר לאובדן האליפות לסיטי במחזור הסיום, עונה זו גם תחקק לרעה בקרב זכרונם של האוהדים, עקב הדחתה המביכה של הקבוצה ממפעל ליגת האלופות בשלב הבתים ואי העפלתה לשלב שמינית הגמר מאז שנת 2005.
לצורך חיזוק סגל הקבוצה והחזרת ההגמוניה של העיר מנצ'סטר לצד האדום, ביצעה יונייטד בפתחה של עונת שתי רכישות עיקריות: שינג'י קגאווה נרכש בסכום של 16 מיליון ליש"ט מבורוסיה דורטמונד ורובין ואן פרסי נרכש בסכום של 24 מיליון פאונד מארסנל.
בעונת זכתה מנצ'סטר באליפות ה-20 שלה, חמישה מחזורים לסיום העונה.
בסיום העונה הודיע פרגוסון על פרישתו מאימון הקבוצה, לאחר 27 שנים מוצלחות במועדון. פרגוסון נפרד ממנצ'סטר יונייטד בגיל 71, לאחר ניצחון של 2:1 על הקבוצה סוונסי סיטי בחגיגת האליפות האחרונה שלו עם המועדון.
לאחר פרישת פרגוסון: 2014 ואילך.
פרישתו של סר אלכס פרגוסון הייתה מכה קשה למנצ'סטר יונייטד, ובשנים שלאחריה לא הצליח המועדון להתאושש והקבוצה הציגה יכולת רעה הן בליגה והן בליגת האלופות.
לאחר פרישתו של פרגוסון, המועדון החתים את מאמנה של אברטון, דייוויד מויס לחוזה של שש שנים. ב-22 באפריל 2014, פוטר מויס מאימון מנצ'סטר יונייטד לאחר עונה לא מוצלחת שכללה כישלונות רבים, ובין היתר גם שבירת שיאים שליליים עם המועדון. במקומו מונה עוזרו ראיין גיגס למאמן באופן זמני. ב-19 במאי 2014, הודיעה הנהלת המועדון על מינויו של המאמן ההולנדי לואי ואן חאל כמאמן החדש של המועדון. ואן חאל חתם לשלוש עונות והחל את תפקידו בתחילת עונת 2014/2015, עם תום משחקי מונדיאל 2014. לצדו המשיך ראיין גיגס כעוזר המאמן. ב-28 במאי 2014 נפטר איש העסקים המיליארדר האמריקאי-יהודי מלקולם גלזר, ראש משפחת גלזר (אביהם של ג'ואל גלזר ואברם גלזר, הבעלים ויו"ר הקבוצה הנוכחיים) ובעלי הקבוצה לשעבר.
עם עזיבתו של קפטן הקבוצה נמניה וידיץ', העניק ואן חאל את סרט הקפטן לויין רוני, כשקפטן המשנה הוא מייקל קאריק. את עונת הפרמייר ליג 2014/15 סיימה יונייטד במקום הרביעי בטבלה המוביל אותה למוקדמות ליגת האלופות. לאחר שעברה את שלב זה הגיעה לשלב הבתים של ליגת האלופות וסיימה במקום השלישי בבית, דבר ההוליך את הקבוצה לליגה האירופית. יונייטד הודחה בשלב שמינית הגמר של המפעל כשהפסידה לליברפול.
ב-24 באפריל 2016, לאחר ניצחון על אברטון העפילה יונייטד לגמר הגביע האנגלי. את עונת 2015/16 סיימה יונייטד במקום החמישי בטבלת הפרמייר ליג המוליך לשלב הבתים של הליגה האירופית. ב-21 במאי 2016, בתום הארכה, גברה יונייטד 1:2 על קריסטל פאלאס בגמר הגביע האנגלי וזכתה בתואר בפעם ה-12 שלה. ב-23 במאי 2016, לאחר תוצאות מאכזבות הן בליגה האנגלית והן באירופה פוטר לואי ואן חאל מתפקידו כמאמן מנצ'סטר יונייטד.