על פי המקרא, בית המקדש הראשון נבנה בירושלים, על הר המוריה, על ידי שלמה המלך בשנת 2929 לבריאת העולם לפי המניין של חז"ל, 480 שנה לאחר יציאת מצרים (930-970 לפנה"ס להערכת החוקרים). יוסף בן מתתיהו כותב בספרו נגד אפיון כי על פי מקורות צוריים עתיקים נבנה בית המקדש בירושלים 143 שנה ו-8 חודשים לפני ייסודה של קרתחדשת (קרתגו, במהלך המאה ה-9 לפנה"ס), כלומר בית המקדש של שלמה נבנה במאה ה-10 לפנה"ס. שלמה המלך החל לבנות את המקדש בחודש אייר (שכּונה באותה תקופה חודש זיו) בשנה הרביעית למלכותו. הבנייה נמשכה שבע שנים ומחצה, עד חודש חשוון (שכּונה באותה תקופה חודש בול) בשנה האחת עשרה למלכותו. לצורך הבניה גייס שלמה רבבות פועלים, והסתייע בעבודתם ובניסיונם של הצידונים. לאחר כמאתיים שנה, בימי המלך יהואש, נעשה "בדק בית" ושיפוץ במקדש, ונשנה הדבר כעבור עוד כמאתיים שנה, בימי המלך יאשיהו. בשני המקרים מתואר איסוף תרומות מהעם ועבודה בהתנדבות לשם כך.
במרבית שנות קיומו של הבית הראשון התקיימו במקביל מקומות נוספים להקרבת קורבנות: לאחר שממלכת ישראל נפרדה מממלכת יהודה העמידה מקדשים משלה בדן ובבית אל שמיסודם נועדו להוות אלטרנטיבה לעבודת ה' שלא במסגרת בית המקדש, ובכך לבטל את מרכזיותה של ירושלים, ובעקיפין של ממלכת יהודה, ולהבטיח את המשך קיומה העצמאי של ממלכת ישראל, אך במשך השנים הפך המקום לאתר פולחני של אלוהי כנען. נוסף על כך, במשך רוב שנותיה של תקופה זו התקיים פולחן בבמות גם בתחומי ממלכת יהודה, בעיקר לשם הקרבת קורבנות לה'. המקרא בספר מלכים מרבה לבקר את התופעה של העם ה"מזבחים ומקטרים בבמות". כך היה עד לימי המלך חזקיהו שהורה לבער את הבמות, וכך נעשה גם בימי המלך יאשיהו (לאחר שיקומן של הבמות בידי בנו של חזקיהו, מנשה), בהתאם לכתוב בתורה על איסור ההקרבה מחוץ לבית המקדש. מאז חזר בית המקדש להיות המקום היחיד לעבודת הקרבנות בישראל. על פי המקרא, בתקופות שונות בבית ראשון הייתה עבודה זרה בתוך בית המקדש עצמו. כך, בימי המלך מנשה, הוצב פסל האשרה בין כותלי בית המקדש והונהגה עבודת "צבא השמים" ובניית מזבחות לפולחן זה בחצרות בית המקדש.
על פי חז"ל, בית המקדש הראשון עמד על תלו במשך ארבע מאות ועשר שנים. אחרון מלכי יהודה, המלך צדקיהו, מרד בנבוכדנאצר מלך בבל, וזה שלח את שר צבאו, נבוזראדן, לכבוש את ירושלים. לאחר מצור ממושך שארך כשנה וחצי (החל מעשרה בטבת בשנה התשיעית לצדקיהו עד לתשעה בתמוז בשנה האחת עשרה, עת הבקיעו הבבלים את חומת ירושלים) חרבו ירושלים והמקדש, בתשעה באב שנת 3339 לבריאת העולם (על פי התארוך המקובל במחקר ההיסטורי: 586 לפנה"ס). חז"ל, בעקבות הנביאים, תלו את חורבן הבית בשורה של עבירות חמורות: עבודה זרה, גילוי עריות ושפיכות דמים.
בית המקדש השני.
כ-70 שנה לאחר חורבן הבית הראשון, נבנה בית המקדש השני על ידי עולי בבל בראשית שיבת ציון, בהנהגת זרובבל בן שאלתיאל מבית דוד, נכדו או נינו של יהויכין מלך יהודה, ויהושע בן יהוצדק הכהן הגדול, אחיינו של עזרא הסופר, ונכדו של שריה הכהן הגדול האחרון בתקופת בית המקדש הראשון. וזאת בתמיכת הפרסים ובעידודם שבאה לידי ביטוי בהכרזת כורש, כ-18 שנים קודם לכן (על פי התארוך של חז"ל).
המקדש שנבנה בידי עולי בבל היה פשוט וללא פאר. על פי המתואר ב, בשעת יסוד ההיכל לנוכח הפער בין שני הבתים. מן המקורות לא ברור תמיד האם פרט מסוים היה קיים כבר בבית המקדש הראשון או התחדש בבית השני. מרכיבים מסוימים במקדש, כגון צורת דלתות ההיכל, שאובים מתוכנית המקדש העתידי שראה יחזקאל הנביא בחזונו.
בבית המקדש השני חסרו ארון הברית והלוחות שבתוכו, וכמה פריטים נוספים שנשמרו בצד הארון: צנצנת המן (מזון שנתן ה' לבני ישראל בדרכם מארץ מצרים לארץ כנען), מטהו של אהרן הכהן, ושמן המשחה, בו נמשחו כהנים גדולים ומלכים. על פי חז"ל, כל אלו נגנזו על ידי המלך יאשיהו בשלהי ימי בית המקדש הראשון, משום שחשש שבעת חורבן המקדש הצפוי על פי נבואות הנביאים ועל פי מציאת ספר התורה, הגויים, מחריבי הבית, ישלחו את ידם בארון הברית, ומאחר ולא ניתן ליצור תחליף ללוחות הברית שבתוכו (הכתובים ב'אצבע אלוהים'), כפי שניתן לעשות לשאר כלי המקדש, יש צורך להצפינו. כמו כן, האורים והתומים לא תפקדו במתן תשובות לשאלות. לעומת זאת, היו במקדש השני המנורה ושאר כלי המקדש, שאין בעשייתם אלמנט שמיימי והם ניתנים לשיחזור. אמנם גם עשר המנורות ועשרת השולחנות שהוסיף שלמה המלך על המנורה והשולחן שעשה משה, לא שוחזרו בבית שני, כנראה מחמת העלות הכספית הגבוהה הכרוכה בכך.
תחת ארון הברית נותרה רק אבן השתייה, ועליה קיימו את המצוות הקשורות בקודש הקודשים ביום כיפור.
המלך הורדוס (19 לפנה"ס) שיפץ והרחיב את המקדש באופן יסודי, והפכו ליצירת פאר, שעלתה ביופייה על בנין בית המקדש הראשון, עליה ניבא חגי הנביא: , ועליה אמרו חז"ל: . שיפוץ המקדש נמשך גם לאחר מותו של הורדוס, כמעט עד לחורבנו.
בימי הבית השני התקיימו במקביל במצרים מקדש יב (בתקופה הפרסית) ומקדש חוניו (בתקופת החשמונאים), שהיוו תחליף למקדש עבור חלק מיהודי מצרים בניגוד לעמדה המקובלת בהלכה. חז"ל אף קבעו, לאור תקדים שקבע המלך יאשיהו בשלהי בית ראשון, שהכהנים שעבדו במקדש חוניו לא יכהנו במקדש בירושלים. מן המאורעות המרכזיים שהתחוללו בימי הבית השני הוא מרד החשמונאים, שבית המקדש היה במרכזו. בשנת 167 לפנה"ס בימי אנטיוכוס הרביעי הונהגו גזירות כנגד קיום הדת היהודית, וביניהן ביטול עבודת המקדש והפיכתו למקום פולחן אלילי. חלק מאוצרות המקדש נשדדו, ובהם מנורת הזהב. עקב כך פרץ מרד החשמונאים, וכעבור כשלוש שנים, בכ"ה בכסלו שנת 164 לפנה"ס (ג' תקצ"ז לפי הלוח העברי), טיהרו החשמונאים את המקדש. החשמונאים שיפצו את מזבח העולה ההרוס, ואת שאר כלי המקדש, וחנכו אותם במשך שמונה ימים בהם חידשו את עבודת הקרבנות ששבתה במשך שלש שנים. בתלמוד הבבלי מסופר, שתחילה נעשתה המנורה החדשה משיפודי ברזל, ורק לאחר ש"העשירו" עשאוה מחדש, תחילה מכסף ושוב מזהב. עוד מסופר בתלמוד על קושי למצוא שמן טהור להדלקת המנורה, ופך קטן של שמן, שבדרך כלל שימש להדלקת לילה אחד, הספיק לכל שמונת ימי חנוכת המזבח. אירועים אלו, ניצחון החשמונאים ונס פך השמן, הם הרקע לחג החנוכה.
ישנו פער משמעותי בשאלת תארוך ימי הבית השני בין עמדת החוקרים לעמדת חז"ל. על פי התארוך המקובל במחקר ההיסטורי, בית המקדש השני עמד על תילו כ-585 שנים. לעומת זאת על פי מסורת חז"ל עמד הבית 420 שנה בלבד. כתוצאה מהמרד הגדול של היהודים ברומאים, חרב הבית על ידי טיטוס, בנו של אספסיאנוס קיסר, ביום ראשון, תשעה באב שנת 3830 לבריאת העולם, 5 באוגוסט 70 לספירה. לפי חז"ל, שורש החורבן הוא שנאת החינם שאפיינה את היחס בין הקבוצות השונות בקרב היהודים בשלהי תקופת הבית.
מבנה המקדש.
קיימים הבדלים רבים בין המשכן לבין בתי המקדש בירושלים, ובין המקדש הראשון לבין המקדש השני. עם זאת, חוט אחד של מאפיינים בסיסיים ועקרונות משותפים שוזר את כל המקדשים, כפי שסיכם זאת הרמב"ם:
יש להבחין, אפוא, בין המבנה המרכזי, ההיכל, לבין החצר סביבו, וכן בין שלושת חלקי ההיכל.
קודש הקודשים:
לבו של המקדש הוא המקום המקודש ביותר - קדש הקדשים שבהיכל, שבו נמצא ארון הברית. בתוך ארון זה נשמרו שברי לוחות הברית הראשונים ולוחות הברית השניים. בצד הארון היו צנצנת המן, מטה אהרן ושמן המשחה. וגם ספר תורה היה עם הארון, וקיימת מחלוקת בין התנאים האם הוא היה בתוך הארון או בצידו. מעל הארון הייתה כפורת מזהב שממנה בלטו דמויות הכרובים (מלאכים) שעל פי האמור בתלמוד היו אלו דמויות בעלות פני תינוק ופני תינוקת, המסמלים את הקשר בין אלוהים לישראל שנמשל לקשר נישואין. ממקום זה היה משה רבנו מקבל את דברי הנבואה, ככתוב: . בכל ימות השנה היה מקום זה מובדל בפרוכת בד, שעליה היו רקומים ציורי כרובים. הכניסה פנימה לקדש הקדשים מותרת רק לכהן הגדול, וזאת ביום הכיפורים בלבד
הקודש:
לאחריו בקדושה היה המתחם של ה'קודש', שנקרא בפי חז"ל בשם 'היכל', ובו היו שלושה כלים חשובים: המנורה - מנורת זהב שהודלקה בשמן מדי ערב, וסימלה את אור החכמה. המנורה ניצבה בצד דרום. מול המנורה, בצד צפון, עמד השולחן, עליו הונח לחם הפנים המסמל את עולם החומר והפן הכלכלי, וממנו אכלו הכהנים מדי שבת. ביניהם, משוך לכיוון מזרח (לכיוון הכניסה), עמד מזבח הזהב - עליו הקטירו בכל בוקר וערב קטורת עשויה אבקה מעשבי בשמים, שהפיצה ריח נעים כאשר הונחה על גבי גחלים בוערות.
האולם:
האולם שימש כמבוא להיכל. הונחו בו כלי עזר שונים, כגון שולחנות להנחת לחם הפנים בדרכו אל ההיכל, וביציאתו ממנו
העזרה:
בחצר שסביב המקדש, העזרה, עמד מזבח העולה, עליו הוקרבו הקרבנות מן החי (בקר, צאן ויונים) והמנחות העשויות סולת. לצידו עמד הכיור, ששימש לרחיצת ידי הכהנים ורגליהם לשם ניקיון וטהרה בטרם יגשו לעבודתם.
מבנה המקדש הראשון.