מערכת הבחירות התנהלה תוך התקפות אישיות קשות. תעמולת הבחירות של המערך החלה בפרסום מודעה גדולה בעיתונות בה נכתב "בגין ישיר לנו סולו - כולנו פה אחד", כרמז לא דק לכך שבגין מנהיג את מפלגתו כרודן. בגין הוצג כאדם קיצוני שהתנהג באלימות בפרשת הסכם השילומים, וכמי שעלול להביא את הדמוקרטיה בישראל לקיצה. הליכוד, לעומת זאת, הקדיש מאמצים רבים להצגתו של בגין כאדם צנוע, ירא שמים ואיש משפחה למופת. למרות מחלתו הופיע בגין בעימות טלוויזיוני ראשון מסוגו בינו ובין שמעון פרס. ההתרשמות הייתה כי אין המדובר במטורף קיצוני הוזה, כמו התדמית שהדביקו לו אנשי המערך מזה שנות דור, כי אם במנהיג לאומי ושקול. סקרים שנערכו לאחר העימות הראו כי בעימות עצמו לא היה מנצח ברור, אך היה זה שוויון שכולו הפסד לשמעון פרס וניצחון למנחם בגין.
ב-17 במאי 1977 נערכו הבחירות לכנסת התשיעית, שבהן ניצח בגין, בראש מפלגת ימין, לראשונה בתולדות המדינה, במה שכונה "המהפך". בבחירות זכה הליכוד ל-43 מנדטים (ועוד 2 של מפלגת "שלומציון" שחברה לליכוד), המערך השני זכה ב-32 מנדטים, וד"ש, שבראשה עמד יגאל ידין זכתה ב-15 מנדטים. בכל ערי הפיתוח, בלי יוצאת מן הכלל, גרף הליכוד את רוב הקולות. יריבו של בגין במאבק על קולות המצביעים היה שמעון פרס, אשר הייתה לו זו הפעם הראשונה שבה התמודד על תפקיד ראש הממשלה. בגין הזמינו לשמש סגן ראש הממשלה ושר הביטחון, אולם פרס דחה הצעה זו. עבור בגין היה ליל הבחירות מהגדולים בחייו. הוא צפה עד אמצע הלילה בתוצאות הבחירות בביתו. אל "בית ז'בוטינסקי", משכנה של תנועת החרות בתל אביב, הגיע רק לאחר ששוכנע מעל לכל ספק כי התחולל המהפך. בשעה 3:30 נשא דברים נרגשים:
לאחר מכן ציטט קטע מתוך נאום גטיסברג של אברהם לינקולן (על אודות "שלטון העם, על ידי העם, למען העם"), וקרא למנהיגי ירדן ומצרים לבוא ולקיים משא ומתן על שלום. בגין גם הזמין לבמה את רעייתו עליזה, ובפרפרזה על דברי הפסוק מספר ירמיהו אמר לה: . המהפך הפתיע הן את אזרחי המדינה והן את מדינות העולם. במאמרים שונים הוצג ראש הממשלה המיועד כ"קנאי שאינו מתפשר" ו"פנאט נוקשה". הבריטים התקוממו על כך במיוחד, בזכרם את מלחמת ארגונו של בגין "הטרוריסט" בהם. ב-7 ביוני הטיל הנשיא אפרים קציר על בגין את מלאכת הרכבת הממשלה. לאחר מכן הלך בגין אל הכותל, קרא תהילים, אמר קדיש על משפחתו שנספתה בשואה ונשק לאבניו. משם המשיך אל בית הרב צבי יהודה קוק כדי לקבל את ברכתו. ב-20 ביוני הציג את ממשלתו בפני הכנסת: 63 הצביעו בעדה (נציגי הליכוד ושלומציון, המפד"ל, אגודת ישראל ומשה דיין), ו-53 התנגדו. בהמשך הצטרפה לממשלה גם ד"ש, והתמיכה בממשלה הייתה רחבה, לפחות לתקופה מה, עד התפוררות ד"ש.
ב-20 ביוני, עוד לפני הצגת ממשלתו בכנסת, הודיע בגין על החלטתו להעניק מקלט בישראל ל-66 פליטים, שנמלטו מווייטנאם, נימשו על ידי אוניות משא ישראליות, ולא נמצאה מדינה המוכנה לקולטם.
ראש הממשלה.
קדנציה ראשונה.
לאחר הניצחון בבחירות, נשאל בגין בריאיון לטלוויזיה "באיזה סגנון אתה מתכוון להיות ראש ממשלה?" וענה: "סגנון יהודי טוב". בעת הרכבת ממשלתו הראשונה התברר כי נאמניו מתחילת הדרך נותרו מאחור, חלקם נפטרו, חלקם פרשו מהפוליטיקה, ובגין החל במלאכת הרכבת ממשלה, שחלקה הגדול הורכב מקבוצת המפלגות שהרכיבו את הליכוד ועם דגש מועט על חברי תנועת החרות. אריאל שרון, בו ראה בגין בן-ברית, מיזג מייד לאחר הבחירות את מפלגתו "שלומציון" אל תוך הליכוד וקיבל מקום בממשלה לפי בקשתו - משרד החקלאות. מינוי נוסף שהסעיר את הרוחות היה מינוי משה דיין, ממנהיגי תנועת העבודה, כשר חוץ. מנחם בגין היה מעוניין בדיין, בו ראה גרסה מודרנית של לוחם עברי כמו בר-כוכבא, בשל הילת המדינאי הבכיר שהייתה לו ובשל היותו מקובל במסדרונות השלטון בוושינגטון, על מנת למתן את התדמית הקיצונית שרדפה אותו עוד מימי דוד בן-גוריון. דיין הסכים "לחצות את הקווים" תמורת הבטחה של בגין, כי כל עוד עומדת ישראל במשא ומתן עם ארצות ערב על הסכמי שלום, לא תוחל הריבונות הישראלית על השטחים. בגין גם נמנע מלערוך "טיהור" במערך המקצועי של משרדי הממשלה מתוך תפיסה על משרדי הממשלה לפעול על פי המודל הבריטי של סיביל סרוויס (Civil service), ונמנע מלפטר פקידים שמונו על ידי ראשי ממשלה קודמים כגון שמחה דיניץ, שגריר ישראל בארצות הברית, שמונה על ידי גולדה מאיר, אשר לאחר הבחירות הציע לבגין כי יתפטר מתפקידו, אך נתבקש להישאר. פעילי השטח של תנועת החרות ומפלגת הליכוד התקוממו כנגד גישה זו ודרשו את חלקם בעוגת הניצחון, אך נתקלו בקיר אטום של סירוב מצד בגין שבאחת הפגישות אמר "לא עליתי לשלטון על מנת לחלק עבודות לחברי אצ"ל", וטבע את הסיסמה "באנו לשרת לא לרשת". דבריו לא הפסיקו את ההתמרמרות והביקורת, וחברי המפלגה טענו כי גישתו של בגין נובעת מחוסר אמון ביכולתם לנהל את מוסדות המדינה.
שינוי נוסף מדרכן של הממשלות הקודמות, ומהלך שנעשה מתוך אמונה פנימית עמוקה, היה המשא ומתן עם המפלגות הדתיות והחרדיות. שותפות מידית נקשרה עוד לפני הבחירות עם מפלגת המפד"ל ולאחר הקמת הממשלה קיבלה המפלגה את משרד החינוך, שנמסר לראשונה למפלגה דתית, יחד עם תיקי הפנים והדתות. תחת ממשלת בגין זכתה המפד"ל לפריחה פוליטית, אך החיבור הביא בסיכומו של דבר לדעיכתה, מאחר שמנחם בגין ייצג עמדה ממלכתית-דתית-לאומית אותנטית וסחף אחריו מצביעי מפד"ל מתונים. מתוך אותה גישה פנה בגין למפלגה החרדית פועלי אגודת ישראל (ובניגוד למקובל, לפני הפגישה עם החברה הבכירה בקואליציה התנועה הדמוקרטית לשינוי), והציע להם להיכנס לקבינט. גישה זו של חיזור אקטיבי נבעה מתפיסת עולם אישית-יהודית, שהכתיבה את מהלכיו הפוליטיים, והשקפה כי ממשלות ישראל הקודמות התרחקו מהדת היהודית. הוא הסכים לדרישות החרדים ללא בקשת תמורה פוליטית: פטור לנשים משירות צבאי על סמך הצהרת דתיות בלבד; הסרת הסף על מספר תלמידי הישיבה המקבלים "דחיית שירות" מגיוס לצה"ל (בפועל: פטור); הגדלה ניכרת של התיקצוב הממשלתי לישיבות והפסקת טיסות אל-על בשבת. בגין גם הנהיג סגנון חדש: הוא נהג להפגין נימוסים וגינונים "פולניים" (כמו חיבוקים ונשיקות). ביטויים כגון "בעזרת השם" היו שכיחים בדבריו, לצד הפגנת מחוות מסורתיות. לדוגמה, הייתה חשובה לו שמירת השבת במישור הציבורי הפומבי. כאמור לעיל, גם הטקסיות שנלוותה לעלייתו לשלטון הייתה משופעת מאוד בסמליות דתית. זמן קצר לאחר הבחירות יצא בגין לביקור בארצות הברית כאורחו של הנשיא קרטר, בין השאר כדי לבסס את מעמדו וכדי להשיג את תמיכתה של יהדות ארצות הברית. בגין נפגש עם רבנים שונים, בהם הרבי מליובאוויטש. בערב תשעה באב הגיעו הוא ועוזריו לבית כנסת ואמרו קינות, צעדים לא אופייניים לראשי ממשלה קודמים.
אבי שילון, הביוגרף של בגין, מציין, כי במהלך תקופת כהונתו של בגין כראש הממשלה, הפכה מערכת קבלת ההחלטות למערכת המודרכת על ידי רגש, שמביאה לידי ביטוי טקסיות וסמלים, והכוח העיקרי שהניע אותה היה מצב רוחו והטמפרמנט של מנחם בגין. הוא מיעט להתייעץ בשרים חברי ממשלתו, ומאחר שמעמדו במוסדות מפלגת הליכוד היה איתן ולא היה מי שיקרא עליו תיגר, הוא נטה לקבל את ההחלטות החשובות ביותר בעצמו.
הממשלה הראשונה בראשות מנחם בגין סבלה מאי יציבות פנימית, שנבעה הן מלחצים פנימיים של השותפות לקואליציה והן עקב מתחים בתוך מפלגת הליכוד שמקורם בחילוקי דעות, בעיקר על רקע המהלכים המדיניים ותהליך השלום ועל רקע המשבר הכלכלי החריף שיצא מכלל שליטה.
מפלגת התנועה הדמוקרטית לשינוי, שלמרות גודלה היחסי הייתה שותף בעל משקל מועט בממשלה, התחילה להתפורר זמן קצר לאחר הבחירות: ב-14 בספטמבר 1978 התפצלה המפלגה לשתיים: התנועה הדמוקרטית של יגאל ידין עם 6 חברי כנסת שנשארו בקואליציה, והתנועה לשינוי ויוזמה של אמנון רובינשטיין עם 6 חברי כנסת אשר פרשו מהקואליציה. המפלגה המשיכה בתהליך התפוררות ובמהלך 1980 התפרקה לחלוטין.
לאחר חתימת הסכם השלום עם מצרים נתגלעו בין שר החוץ משה דיין ובגין חילוקי דעות משמעותיים באשר ליישום ההסכם, והמשא ומתן על האוטונומיה. דיין סבר כי יש להעניק לפלסטינים אוטונומיה נרחבת, ולא להחיל עליה את הריבונות הישראלית. פירושו של בגין לרעיון האוטונומיה היה כי זו תחול במסגרת ריבונות ישראלית. בנוסף, דיין חפץ להתקדם במשא ומתן לכוון הסדר קבע, בעוד שבגין, לתפיסתו של דיין, חפץ למסמס את המשא ומתן. חילוקי דעות אלו, שנתגלעו כבר במהלך שיחות קמפ דייוויד, הלכו והעמיקו ככל שעבר הזמן וככל שהלכו והתגלעו פערים בעמדות הצדדים. חילוקי דעות והפערים בעמדות הביאו להצבתו של שר הפנים, יוסף בורג, בראש הצוות הישראלי לשיחות האוטונומיה (תפקיד שבאופן טבעי נועד לשר החוץ), ובעקבות כך לפרישתו של דיין מממשלת בגין ב-23 באוקטובר 1979. יצחק שמיר החליפו בתפקיד.