יוחנן מגוש חלב הפך למפקדה הצבאי של העיר, ונקט בשלטונו בצעדים חמורים כנגד אנשי מפלגת המתונים. מולו עמד מחוץ לעיר שמעון בר גיורא, אשר היה מנהיג בעל נטיות חברתיות. איש מפלגת הקנאים, אשר ייצג מגמות קיצוניות בהרבה מאלו שייצג יוחנן מגוש חלב, ואשר יוחנן הורה כי יישאר מחוץ לחומות העיר, אחר שכבר סולק ממנה על ידי חנן. המאבק בין יוחנן ובין שמעון לבש אופי אישי כאשר הצליח יוחנן ללכוד בשבי את אשתו של שמעון, ושמעון בתגובה הרג את אנשי יוחנן אשר יצאו אל מחוץ לחומות להביא צידה לעיר. בלחץ אנשי ירושלים שוחררה אשתו של שמעון. שמעון נותר מחוץ לעיר, כשעמו כמה אלפים מן הקנאים, והוא זומם להיכנס אל תוך שערי העיר.
מותו של חנן, מרחץ-הדמים שניהל יוחנן ומאבקי העם והאדומים נגד הקנאים, היוו עבור שמעון בר גיורא חלון הזדמנות לחזור לירושלים ולשלוט בה. מנהיגי המתונים שנותרו, ובראשם הכוהן הגדול מתתיהו, יחד עם המון העם, ששׂבעו מרורות מיוחנן והיו זקוקים לתגבור כבד נגדו, סברו כי אם יכניסו את שמעון לעיר, ייפטר זה מיוחנן ואנשיו השנואים עליהם. יחד עם האדומים שהוּנו על-ידו, קיבלו החלטה להכניס את שמעון בר גיורא ואנשיו אל בין חומות העיר ולמנותו עליהם למנהיג. בניסן 69 (ג'תתכ"ט) עלה שמעון לשלטון על ירושלים, מלבד הר-הבית, שהיה באחיזת הקנאים. עתה פרצה מלחמת האחים במלוא עוזה. הקנאים התבצרו בהר היטב ואף בנו לאורך החומה המערבית שלו ארבעה מגדלי מצור. ניסיונותיו והתקפותיו של שמעון לכבוש את ההר המבוצר, נהדפו בידי הקנאים שלחמו בו קשות באמצעות מכונות-ירייה מעל-גבי החומה.
המלחמה ניטשה עתה בין המתונים (אשר כמעט ולא נותר בידם כוח לאחר הרציחות שערך בהם יוחנן), הקנאים בהנהגת אלעזר בן שמעון, קנאי הגליל בהנהגת יוחנן מגוש חלב, קנאיו של שמעון בר גיורא, ומפלגה נוספת, פלג קנאי קיצוני, אשר התנגד לשלטונם של יוחנן ושמעון גם יחד.
אספסיאנוס בקרבת ירושלים.
אספסיאנוס, שבמהלך האביב 68 כבש את בקעת הירדן ובא להרי יהודה, מצא את עצמו עומד מצפון לירושלים כשבעיר משתוללת סופת-הדמים הקשה והאכזרית בידי הקבוצות השונות. מפקדי הצבא לחצו על אספסיאנוס לבוא ולתקוף כעת את העיר, אך אספסיאנוס היה מנוסה ושקול, והשיב כי "אם ימהר ויתקוף את העיר כבר עתה, יביא לכך שהאויבים ישלימו ביניהם ויַפנו נגדו את מלוא עצמתם בכוחות מאוחדים; אך אם ימתין – יפחת מספר האויבים, שכן רבים ייהרגו במלחמת האחים... בעוד אויבינו הורגים איש את אחיו במו ידיהם, עליכם לשבת בשקט כצופים... הרי היהודים אינם עוסקים עתה בייצור נשק, בהקמת ביצורים או בגיוס חילות עזר. אלא מתייסרים במלחמת אחים ובמחלוקות ומדי יום נופלות בחלקם תלאות מחרידות". בינתיים העדיף אספסיאנוס לסיים את הקרבות מסביב לירושלים ולהיערך באופן מסודר ומאורגן לקראת המתקפה הגדולה על ירושלים, בעוד היהודים טובחים איש ברעהו.
סיפור הימלטותו של יוחנן בן זכאי.
לפי אגדות חז"ל, רבן יוחנן בן זכאי, שהיה מגדולי התנאים ומראשי הפרושים, ראה את מצב העיר בכי רע תחת המצור. הוא הסיק כי הקרב אבוד והחליט להימלט מירושלים ולפנות לאספסיאנוס בתקוה להציל את מה שיוכל. רבי יוחנן הסתתר בארון מתים כדי לצאת מן החומות והתקבל אצל אספסיאנוס. אספסיאנוס התרשם מחוכמתו של רבי יוחנן, בין היתר כי הוא בישר לו שהוא עתיד להתמנות לקיסר, שכן "והלבנון באדיר יפול" - בית המקדש אינו ניתן אלא בידי מלך, ואכן מיד בסמוך באו שליחים לבשר לאספיאנוס על מינויו לקיסר רומא. אספסיאנוס הציע לרבי יוחנן לבקש ממנו דבר מה. הוא ביקש: "תן לי את יבנה וחכמיה, ו רבן גמליאל". לפי מסורת חז"ל, רבן יוחנן כינס ביבנה את חכמי הדור, ורבן גמליאל וצאצאיו כיהנו בנשיאות. מן המאה השלישית מוסד הנשיאות הוכר כגורם המייצג את יהדות ארץ ישראל, ומיבנה השתלשלה התנועה הרבנית שעד המאה השמינית לערך הפכה לגורם הדומיננטי גם בתפוצה היהודית. זו ראתה עצמה כנושאת הבלעדית של התורה שניתנה למשה בסיני, ואת ריב"ז וממשיכיו כחוליה בשלשלת המסירה שהבטיחה את קיום התורה לאחר החורבן.
תקופת ההפוגה.
טלטולים ותמורות בצמרת ברומא והכתרתו של אספסיאנוס.
במהלך השנים שקדמו, גילה הקיסר המטורף נירון כשלים חמורים בהתנהלות מדינית וקיסרית, רדיפות, הוצאות להורג ושחיתויות. המרד ברחבי האימפריה כמו פעפע מאליו והביא להתאבדותו של נירון ב-9 ביוני 68, לאחר ניסיון בריחה כושל. בזאת הסתיימה השושלת היוליו-קלאודית, אשר נירון היה אחרון בניה, לאחר שזו שלטה באימפריה הרומית מזה כמאה שנים. גלבה, ממורדיו של נירון, שהתמנה לאחריו, לא הצליח לרכוש את אהדת העם והצבא, ולאחר קיסרותו בת החצי-שנה, נרצח ב-15 בינואר 69 בקשר פוליטי שאִרגנו אנשיו, ומלחמת אזרחים פרצה בין ויטליוס ובין אותו על ירושתו. אותו שהיה במרכז הקשר נגד גלבה, אחז מעט בשרביט השלטון, אך התאבד ב-17 באפריל, בסופן של שלושת חודשי קיסרותו, לאחר שהובס בידי הלגיונות שבגרמניה שראו מלכתחילה את ויטליוס כיורשו של גלבה.
עד לעת עתה הקפיא אספסיאנוס את המערכה על ירושלים. אך כעבור חודשיים בשלטונו של ויטליוס, היה נראה לאספסיאנוס כי השלטון ברומא מתייצב, והוא המשיך את הלחימה בסביבות ירושלים, כהכנה למתקפה על העיר.
מלבד ירושלים, נותרו למורדים רק שלושה מעוזים שבהם התבצרו: מצדה, הרודיון ומכוור.
ברניקי, אשר הייתה בינתיים לאהובתו של טיטוס, ראתה לעצמה סיכויים טובים אם יוכרז אספסיאנוס לקיסר, ולאחר מותו יעלה במקומו טיטוס, אהובה, אשר אף הבטיח לשאת אותה לאישה. תמיכתו של נציב מצרים, טיבריוס יוליוס אלכסנדר, אשר בעבר הייתה ברניקי נשואה לאחיו, נראתה הכרחית. ברניקי שכנעה את אלכסנדר לתמוך באספסיאנוס לקיסר, ובעקבותיו באו חייליו של מוקיאנוס , נציב סוריה.
ויטליוס, שהשליט טרור ובמקביל רדף אחר תענוגות, צבר התנגדות רחבה מצד הנציבים במזרח שרצו את אספסיאנוס בשלטון והכריזו על מינויו במהלך חודש יולי. אליהם חברו הלגיונות שבדנובה ששמרו אמונים לאותו, ואלו האחרונים הצליחו להביס את כוחותיו של ויטליוס, וכאשר תפשו אותו ברומא ב-20 בדצמבר 69 – נתנוהו ללינץ' המוני. מתברר כי פיקודו של אספסיאנוס על הכוח הצבאי הרומי הגדול ביותר, במסגרת הכנעת המרד היהודי, תרם משמעותית למועמדותו לשלטון. כך או כך, אספסיאנוס הוכתר לקיסר רומא, הכתרה שהחזיקה מעמד שנים רבות תחת שושלתו.
אספסיאנוס, הקיסר החדש, ששהה בעת הכתרתו באלסנדריה, יצא לרומא, ומינה את בנו טיטוס להכניע את ירושלים ולסיים את המרד שבעקבות מלחמת האזרחים ברומא הושהה למעלה משנה וחצי.
הסלמת מלחמת האחים בירושלים.
התנודות והרעידות בשלטון הרומאי העניקו למורדים בירושלים ארכת-זמן נכבדה, אולם זו לא נוצלה להתחמשות והיערכות מתאימה לבאות. להפך, הפוגת המערכה מהצד הרומאי נותבה להחמרת מרחץ-הדמים בירושלים, שהמשיך להתנהל ביתר שאת. במהלך ימים אלה, החריפה והרקיעה מלחמת-האחים: אלעזר בן שמעון לא השלים עם השתלטותו של יוחנן מגוש חלב על מחנה הקנאים. יחד עם קבוצת תומכים, הוא פרש מחבורתו של יוחנן, התבצר בשטחי בית-המקדש והציב את נשקו מעל שערי העזרות. המורדים, שנמצאו מפולגים לשלושה מחנות, לחמו אלה באלה ללא הרף כשיתרונות הגובה ומספר הלוחמים מווסתים את רוח שדה-הקטל: אלעזר עם קומץ לוחמים בחצר הפנימית של המקדש, מוקפת חומה שהתנשאה כ-20 מטרים מעל המפלס הכללי של הר הבית, תחתיו יוחנן בגובה הביניים של מרחב הר-הבית, ותחת הר הבית שמעון בר גיורא ברחבי ירושלים, כשמרכז כוחותיו בעיר העליונה. יוחנן נמצא מנהל מלחמה פנים ואחור, כשהוא יורה ללא הבחנה אל תוככי המקדש.
עבודת המקדש, שהמשיכה להתנהל למרות גיא ההריגה הסובב, נמצאה במצב קשה לנוכח מאבק-הדמים שלא פסח על משתתפיה: אבני הבליסטראות והחצים שנורו בידי הקטפולטות של יוחנן התעופפו אל העזרה והמזבח, פגעו בכוהנים ובמקריבי הקורבנות כמו גם באחרים שהתאספו מרחבי הארץ לחזות בזיו וקדושת המקדש. הכהנים והמקריבים נפלו בערבוביה הרוגים לפני הקרבנות שניסו להקריב, וחצרות המקדש מלאו שלוליות דם.
בתוך מהלך הקרבות בין יוחנן מגוש חלב ושמעון בר גיורא, שכללו הצלבות-אש והצתות מכוונות בהיקף רחב, עלו באש מחסני התבואה ושאר צורכי המחיה שנאגרו לעת המצור הממשמש ובא. בדברי חז"ל ניתן פירוט לתכולת המחסנים: חיטים ושעורים, יין, מלח, שמן ועצים, וכמות אספקת המחייה נאמדה כדי לספק את צורכי התושבים 21 שנה! כעת העיר נמצאה חרוכה וחשופה לקרבות מלחמה ומצור. יוספוס מתעד: .
סיבת המעשה הקשה הזה כלל אינה מחוורת, ודומה לנקיבת חור בסירה המיטלטלת בין משברי הגלים. ניתן אולי לשייך צעד מוזר זה לאחת מההשערות הבאות: מהלך מטורף של קנאים; תוצאת מאבק בין קבוצות קנאים; רצון לכפות התגייסות כוללת של תושבי ירושלים (ובעיקר המתונים) בבחינת "הגב אל הקיר". אירוע זה מוצא את אזכורו בספרות התלמודית, באגדות החורבן, בהקשר ליציאתו של רבן יוחנן בן זכאי מירושלים.
נפילת ירושלים.
מבנה ירושלים בעת המצור.