ב-1777 נסע מנדלסון לסיור בכמה מערי גרמניה. כשהגיע לדרזדן נדרש לשלם בשער העיר את המס המוטל על כניסת יהודים ובקר. כשגילו זאת שלטונות העיר, התנצלו בפניו עמוקות והשיבו לו את הכסף, אך האירוע הותיר את רישומו אצל מנדלסון. בביקורו בקניגסברג נפגש עם עמנואל קאנט.
הביאור.
בסוף שנות השבעים החל מנדלסון להקדיש תשומת לב רבה למפעל שעתיד היה להפוך לאחד החיבורים החשובים ביותר של תנועת ההשכלה היהודית – הביאור העברי והתרגום לגרמנית שלו לתורה. לפי דבריו של מנדלסון עצמו במבוא לביאור, מלכתחילה התכוון לחבר את הביאור רק לצורך חינוך בניו. ואולם ר' שלמה דובנא, שהיה אז מורה לבניו של מנדלסון, הציע לו להוציא את הביאור לרשות הכלל, ומנדלסון הסכים. לפי עדויות אחרות, מראש התכוון מנדלסון להפיץ את התרגום והביאור כדי לקרב את היהודים להשכלה ולפתוח בפניהם צוהר לשפה הגרמנית, ובאמצעותה לתרבות הגרמנית. מטרה נוספת הייתה להציג ליהודים המשכילים אלטרנטיבה לפרשנות הנוצרית ולתרגומים הנוצריים של המקרא, ומנגד להרחיק אותם מהתרגומים ליידיש, שבעיניו של מנדלסון היו לא מדויקים בגלל אי-יכולתו של הניב הזה להכיל את הרעיונות המורכבים של המקרא. מנדלסון החל לרכז את כתיבת הביאור, בסיוע כמה מידידיו המשכילים, ואת הדפסתו והפצתו. ב-1778 הוציא לאור שלמה דובנא באמסטרדם עלון מקדים בשם "עלים לתרופה", שנועד לאסוף חותמים על הביאור, ובו דוגמאות קצרות של התרגום ושל הביאור. כמה מאות יהודים מקהילות ברחבי אירופה חתמו כמנויים על הביאור וסייעו במימונו.
אף על פי שבידי מנדלסון כבר היו הסכמות של רבנים, כולל מצד הרב לוין ובנו שאול ברלין אב בית דין פרנקפורט על נהר אודר, הוא נמנע מלצרפן לכרכים הראשונים של הביאור, בנימוק שחיבור בגרמנית אינו צריך להסכמות מרבנים. ואכן, עד מהרה התעורר קצפם של הרבנים על התרגום, ובראשם רבי רפאל הכהן מהמבורג, שאיים בהטלת חרם על הספר, ושל רבי יחזקאל לנדא מפראג, בעל ה"נודע ביהודה". הרב לנדא חשש שהתרגום לא יסייע ליהודים בלימוד המקרא, אלא להפך, יהפוך את המקרא לכלי שישתמשו בו המשכילים ללימוד גרמנית; חששו זה התאמת בדורות הבאים, בעיקר במזרח אירופה, שם היה התרגום של מנדלסון ספר העזר העיקרי בידי המשכילים ללימוד הגרמנית התקנית. (לימים, שב ונדפס בווילנה התרגום של מנדלסון לגרמנית, ללא הביאור, אך ביחד עם המקור המקראי עם פירוש רש"י, בשנים 1848–1853 על ידי אד"ם הכהן ויצחק אייזיק בן יעקב). הרב לנדא עצמו תמך בתרגום מתחרה, בו נעשה שימוש במשלב נמוך ועממי יותר, ולא בגרמנית ה"גבוהה" שבה השתמש מנדלסון. כשהתגברו מעשי הקנאות מצד הרב רפאל זיסקינד הכהן, דאג מנדלסון להחתים כמנויים על הביאור את מלך דנמרק, שהמבורג הייתה תחת שלטונו, ואת יורש העצר שלו. בעקבות זאת נאלץ הרב הכהן לרסן את מחאתו.
כרכי הביאור, בשם "נתיבות השלום", יצאו לאור בזה אחר זה בסוף שנות השבעים ובתחילת שנות השמונים של המאה ה-18. מנדלסון עצמו כתב את התרגום לגרמנית (באותיות עבריות) לכל התורה, ואת הביאור לפרשת בראשית, לחומש שמות כולו ולכמה פרשות בחומש דברים, וכן שימש עורך לביאור כולו. שלמה דובנא סייע בידו בעריכה, חיבר את הביאור לשאר חומש בראשית והוסיף הערות דקדוקיות, אולם מסיבות לא ברורות עזב את המפעל ונסע לעירו. מנדלסון כתב שהסיבה לכך הייתה ההוצאות הכספיות המרובות שהיו בהדפסת הביאור. חוקרים משערים שסיבות נוספות היו מעורבות בעניין, ובהן: סכסוך על רקע העריכה שערך מנדלסון לדברי דובנא, והשמטת קטעים ארוכים מההקדמה שחיבר הלה לספר שמות, או לחץ מצד הרבנים עליו שיחדל להשתתף במפעל האפיקורסי. את החלק על ספר ויקרא כתב נפתלי הרץ וייזל. הוא חיבר גם שיר הלל לביאור בשם "מהלל רֵע" (במקור: מהלל ריע), שנדפס בראש הביאור לספר שמות. את הפירוש לספר במדבר כתב אהרון פרידנטאל, ואת הביאור למספר פרשות מספר דברים כתב הרץ הומברג. הכרך האחרון יצא ב-1783, אז הוסיף מנדלסון גם מבוא לסדרה כולה בשם "אור לנתיבה". בצדדים הכספיים והמנהליים של ההדפסה סייעו למנדלסון אחיו שאול וידידו-תלמידו דוד פרידלנדר. מנדלסון חיבר גם תרגום לתהלים ולשיר השירים, וביאור לקהלת. אחרי מותו המשיכו המשכילים את המפעל, וכתבו תרגום וביאור לכל המגילות ולהפטרות כל השנה.
"ירושלים"; השנים האחרונות.
בשנת 1781 פנו אל מנדלסון יהודים מאלזס, שהוטרדו מתעמולה אנטי-יהודית, וביקשו ממנו לסייע להם להגן על השקפות היהדות ולהוכיח כי הם יכולים להיות אזרחים טובים ומועילים למדינה. מנדלסון פנה לידידו הנוצרי כריסטיאן וילהלם פון דוהם (Dohm) והציע לו ליטול על עצמו את המשימה. דוהם נענה לאתגר, וחיבר את הספר "Über die bürgerliche Verbesserung der Juden" ("על תיקונם האזרחי של היהודים"). בספר טען דוהם כי אין מניעה כללית שהיהודים יהיו אזרחים טובים במדינה, אלא רק בעיות מקומיות; הוא הוסיף גם שרצוי להשאיר בידיהם את החופש לדון על פי דיניהם, לרבות את הזכות להחרים ולנדות את בני הקהילה לפי הצורך. עם זאת, הסכים עם דעתו של המלך פרידריך הגדול, שאין להרבות יותר מדי את מספרם באוכלוסייה, וקבע שיש צורך לתקן ליקויים רבים במנהגיהם ובתכונותיהם.
מנדלסון ראה צורך להגן על חלק מדברי דוהם וגם לערער על כמה מטענותיו, ולכך הקדיש את ההקדמה לספרו של מנשה בן ישראל "לתשועת ישראל", שתרגם לפי בקשת מרכוס הרץ מאנגלית לגרמנית ב-1782. בהקדמה קבע מנדלסון כי הדעות הקדומות וההתייחסות המפלה כלפי היהודים עדיין קיימים בזמנו. הוא הסתייג מדעתו של דוהם שיש להגביל את שיעורם במדינה, ובעיקר תקף את טענת דוהם שיש להשאיר בידי הרבנים את זכות החרם והנידוי. מנדלסון, שכאמור נתקל בניסיונות להחרים את ביאורו למקרא אף כי לא אותו עצמו, עָקב ב-1782 מקרוב אחרי הפולמוס סביב החוברת "דברי שלום ואמת" שהוציא ידידו נפתלי הרץ וייזל באותה שנה. הרבנים, שהתנגדו למהפך בחינוך היהודי שהציע וייזל, החרימו את החוברת שלו ושקלו להחרים גם את וייזל עצמו, ומנדלסון פעל עם אחרים כנגד כוונה זו, מאחורי הקלעים. הוגי דעות נוצרים בברלין תקפו את מנדלסון, על כך שקרא לנאורות וליחס סובלני כלפי בני עמו, והנה הרבנים עצמם משתמשים באמצעים קיצוניים כדי לכפות דעות והשקפות על בני הקהילה. חיבור אנונימי בשם "Das Forschen nach Licht und Recht" ("החיפוש אחר אור וצדק"), שחיבר כנראה הסופר הדאיסט אוגוסט קראנץ, יצא נגדו מפורשות בעניין זה.
מנדלסון, שהותקף מצד הנוצרים והיהודים גם יחד, החל לחבר בתגובה ספר שבו שטח את השקפתו בענייני היהדות והנצרות. ב-1783 הוציא לאור את "Jerusalem, oder über religiöse Macht und Judentum" ("ירושלים, או על שלטון דתי ועל יהדות"). בספר זה, שנחשב לחשוב ביותר מפרי עטו, קרא לסובלנות דתית ולהכרה בזכויות היהודים. לשיטתו, אין זה מתפקידה של ההנהגה הדתית לכפות דעות והשקפות, אלא רק בתחום המצוות והמעשים. כנגד הטענות על החרמות שהוציאו הרבנים, קבע כי היהדות היא דת סובלנית יותר מן הנצרות, משום שאין היא מצווה על השקפות אלא רק על מצוות מעשיות; ושהיא מענישה רק על חטאים הפוגעים בקהילה, רק על מעשים ולא על דעות. ב"ירושלים" גם יצא מנדלסון במפורש כנגד ההתבוללות בנוצרים, או במונחי תקופתו "אחדות האמונות". הרעיון ליצור "דת טבעית" שתתאים לכל, דאיזם, היווה בעיניו כפיית אמונה בדרך אחרת, ועל כן נגד את הנאורות והסובלנות. השקפות אלה הביאו אותו להסתייג גם מכתב הסובלנות שהוציא ב-1782 יוזף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, וזאת בניגוד לווייזל ולהרץ הומברג, שראו בו פתח למהפכה ביחס אל היהודים.
בשנות השמונים החלה להתגבש בפועל תנועת ההשכלה היהודית. חבריה הצעירים ראו עצמם כתלמידיו של מנדלסון, ואולם הוא עצמו לא השתתף בתנועה באופן מעשי. "חברת דורשי לשון עבר" – הארגון הממוסד הראשון של תנועת ההשכלה – הוקמה על ידי יצחק אייכל ואחרים בקניגסברג ולא בברלין, עיר מגוריו של מנדלסון. הוא גם לא פרסם חומר משלו ב"המאסף", כתב העת של המשכילים, ורק מסר לעורכים לפרסום את חילופי המכתבים שלו עם ר' יעקב עמדן בשאלת הלנת המתים. הוא העדיף לפרסם את מאמריו ב"ירחון הברלינאי" ("Berlinische Monatsschrift"), וב-1783 התקבל כחבר של כבוד ב"חברת יום רביעי", האגודה הסגורה והחשאית של האינטלקטואלים בברלין.
ביתו של מנדלסון ברחוב שְׁפַּנְדַאוּ (Spandau) מספר 68 בברלין היה מרכז של עיון אינטלקטואלי והגות פילוסופית. בסלון של מנדלסון התארחו פילוסופים והוגי דעות יהודים ונוצרים, ועסקו בענייני העולם והשעה. בשבתות באו בעיקר אורחים יהודים, ודנו בסוגיות מן העולם היהודי. בין ידידיו ואורחיו של מנדלסון היו כאלה שכבר עשו שם לעצמם באותה עת, כגון שלמה מימון, נפתלי הרץ וייזל ומרכוס הרץ, ועוד רבים שעתידים היו להפוך לדמויות מרכזיות בתנועת ההשכלה, ובהם דוד פרידלנדר, הרץ הומברג (שלימד את בניו של מנדלסון, והמשיך לעמוד עמו בקשר מכתבים), יצחק אייכל, יצחק סטנוב, מנדל לפין ואחרים. בשנותיו האחרונות לימד בשעות הבוקר המוקדמות שיעורים למשכילים צעירים על הוכחות לקיום האלוהים, וב-1785 הוציא לאור שיעורים אלה כספר בשם "Morgenstunden" ("מועדי שחר").