ביסודה של היהדות הקראית עומדת הפסיקה האישית. בספרות קראית מאוחרת ייחסו את ניסוח העקרון הזה לענן בן דוד שאמר על פי המסורת הקראית: "חפישו באורייתא שפיר ואל תשענו על דעתי", כלומר "חפשו בתורה היטב ואל תסתמכו על דברי", אך ספרו של ענן, "ספר המצוות", לא מכיל את הביטוי הזה, וחוקרים טענו שהוא נוצר רק מאות שנים לאחר מכן. עקרון זה נותן לכל פרט את האפשרות לפרש את התורה בעצמו, מתוך למידה יסודית שלה, על יסוד שאיפה להבנת התורה בצורה אליה, לכאורה, התכוון אלוהים. זאת על סמך הכתוב בספר דברים.
מאחורי עקרון זה עומדת התפיסה כי האחריות על קיום המצוות מוטלת על כל פרט, וכפי שניסח זאת החכם הקראי סהל בן מצליח הכהן: . דניאל בן משה אלקומיסי ניסח עקרון זה בצורה חדה אף יותר ואמר: דניאל אלקומיסי ביטא את השאיפה להסתמך רק על המקרא בכל מה שקשור לקיום מצוות. הסתמכות על מקורות אחרים מרחיקה, לדבריו, את האדם מהאל.
למרות זאת היהדות הקראית לא הייתה בעלת אופי אנטינומי. בראש הקראים עמדו מנהיגים רוחניים המכונים "חכמים", בעלי בקיאות במקרא ובמסורת היהדות הקראית. הם שימשו כמנהיגי הקהילה כמדריכיה, כמלמדיה ודייניה.
על אף התמיכה בפסיקה אישית, רוב הציבור הקראי דוגל בהלכות ובפרשנויות מקרא מסוימות. הקראים מסבירים את הדבר בשיתוף ידע ודעות שמתקיים בציבורם. הדרכים השונות להבנת התורה נדונות בציבור, והפירוש שמשכנע את הרוב הופך לדומיננטי. אולם, הייתה סובלנות גם כלפי דעות מיעוט, אם התבססו על הבנה סבירה של פשט המקרא.
עם השנים עלתה נטייה גוברת לאחידות אצל הקראים. הקראים עדיין לא קיבלו פסיקה של אף דור כמחייבת כליל את הדורות הבאים, כפי שהתרחש ביהדות הרבנית, ולא ביטלו באופן רשמי את הפסיקה האישית, אך מנהיגים רוחניים מסוימים החלו לתבוע שהציבור יכפיף עצמו להכוונתם.
ב"אדרת אליהו" כתב אליהו בשייצי על יכולתם של המנהיגים ("חכמים") לתקן תקנות שיחייבו את הקהילה כולה: "...המורד בדברי החכמים הנמצאים בכל דור ודור בכל תקנה ודין שיעשו ראוי לנדותו ולהחרימו ככתוב 'יחרם כל רכושו והוא יבדל'" - "ולא יתירו לו נידוי עד שיבוא לבית דין לקבל מלקות...".
גם החכם הקראי המצרי יוצא רוסיה, טוביה לוי בבוויץ, רמז על מעמדם של החכמים ועל סמכותם לתקן תקנות ולהדריך את העם, בתשובתו לטענה כי הקראות קפאה על שמריה: "חוקרים רבים כינו את ההבדל בין יסודות דת הקראים לזו של הרבניים, בכך שהקראות בכל דורותיה נשענת על דברי התורה הכתובה, ובאפשרות חכמי הדור הקראים לשנות מנהגים והלכות בהתאם לרוח הזמן מבלי לנטות ימין ושמאל מדברי הכתוב, לעומת היהדות הרבנית, שנשענת על דברי החכמים שדבריהם חזקים יותר מדברי התורה".
עם חזרתם של הקראים לארץ ישראל, המסגרת של הקהילה ותקנותיה נחלשה וכך גם מעמדם של החכמים הקראיים. השאלה על מידת סמכותם מעוררת גם עתה חילוקי דעות בקרב החוגים הקראיים.
אמונות.
ברוב נושאי האמונות והדעות לא נחלקו הקראים והרבניים. עיקרי האמונה שכתב החכם הקראי יהודה הדסי בספרו "אשכול הכופר", דומים לאלה שציין הרמב"ם, בתוספת העיקרים "חובה להבין את התורה לאשורה בלשונה" (כלומר חובה להתמצא בעברית עתיקה למען קריאת התורה) ו"המקדש הוא משכן כבוד ה' לעולם".
בעקבות ספר דניאל מקבלים הקראים את קיומו של "קץ הימים" ואת תחיית המתים. כמו כן מאמינים הם בביאת המשיח.
סיבות להתנגדות הקראים לתורה שבעל פה.
בין נימוקי הקראים לעמדתם, שלפיה אין הם מקבלים את התורה שבעל פה כמחייבת או כדברי אלוהים:
" ועדיין הרבניים הוסיפו מצוות דרבנן. הקראים רואים תוספת חיה זו כפירה של ממש.
היסטוריה של הקראים.
הופעת הקראות כתנועה דתית נקשרת עם דמותו של החכם ענן בן דוד בן המאה ה-8. אמנם לא ידוע לנו על קהילה קראית או על אישים קראים לפני תקופתו של ענן, אך ההשערה היא שענן לא המציא את הקראות יש מאין, אלא איחד קבוצות קיימות בעם היהודי. מהן היו שהתנגדו לסמכות הגאונים, היו שהתנגדו לשיתוף הפעולה עם השלטונות, והיו מהן שכעסו על חיי הפאר של ראש הגולה. ענן איחד בין כל הקבוצות הללו, שמשערים ששורשיהן עתיקים, והשיג חופש פוליטי ודתי מידי השלטונות הערבים.
חוקרים אחרים סבורים שלמעשה ענן בן־דוד ייסד תנועה של יהודים שנקראו על שמו "ענניים", אשר התקיימה בנפרד מהקראים והתאפיינה בגישה שונה במקצת. רק כמה דורות אחרי ענן, נטמעו הענניים בקראות ואף שימשו כמנהיגים קראיים. הטוענים כך מסתמכים בין השאר על ספר האורות והמגדלים של יעקב הקרקסאני, חכם קראי בן המאה העשירית, שמספר על שתי תנועות אלה כתנועות נפרדות, וכן על עדויות נוספות. לפי גרסה זאת אירעה ההתנתקות הגמורה של הקראים והרבניים בימיו של החכם דניאל בן משה אלקומיסי שאף ייסד את תנועת אבלי ציון הקראית.
פריחת הקראות בימי הביניים.
תקופת ימי הביניים הייתה תקופת פריחה ביצירה הקראית, בעולם בכלל ובארץ ישראל בפרט, בתחומי הפרשנות, הדקדוק, הספרות, הפילוסופיה והפצת הקראות. נראה שבארץ ישראל היה מעמדם בכיר ממעמד היהודים הרבניים אליהם חלחלו כמה ממנהגיהם והלכותיהם. בתקופה זו פעלה תנועת אבלי ציון הקראית, שקראה לעליה לארץ ישראל וחבריה נהגו מנהגי אבלות על החורבן. חכמים קראים כמו דניאל בן משה אלקומיסי, סהל בן מצליח הכהן, סלמון בן ירוחם ויעקב הקירקיסאני, פעלו במרץ על מנת להפיץ את הקראות בתפוצות ישראל ופעילותם נשאה פרי וקהילות קראיות היו בכל תפוצות ישראל. באותם זמנים היו הקראים עסוקים בפולמוס סוער עם רבנים כמו רב סעדיה גאון שיש אומרים שללא פועלו, הייתה הקראות דוחקת את רגלי היהדות הרבנית במזרח. בשל הפולמוס המחודד, נוצרה הפרדה בין הקראים לבין מאמיני התורה שבעל פה.
עם כיבוש ירושלים בידי הצלבנים ב-1099 חרבה הקהילה הקראית בירושלים ושוקמה אחרי כיבוש ארץ ישראל בידי צלאח א-דין בשנת 1187. כיבוש ארץ ישראל הוביל לנדידת מרכז הכובד הקראי לממלכת הכוזרים ולאימפריה הביזנטית, שם התקיימה קהילה קראית עוד לפני הטבח הצלבני בירושלים. בביזנטיון המשיכו לפעול חכמים קראים כמו יעקב בן ראובן, יהודה בן אליהו הדסי, אהרון בן יוסף הרופא מחבר "ספר המבחר", אהרון בן אליהו מניקומידיה ("האחרון") מחבר "עץ חיים", ו"גן עדן" ואליהו בשייצי מחבר ספר ביאור המצוות המקיף "אדרת אליהו", שהוא ספר ביאור המצוות הנפוץ ביותר אצל הקראים. בשייצי הוא אחת הדמויות החשובות ביותר בתולדות הקראים. המהפכה ההלכתית שיזם, שעוררה מחלוקת קשה בקרב בני עדתו, כללה שינויים מרחיקי לכת וקרבה מאוד את פסיקתם לזו הרבנית.
המרכז בקושטא שקע בסופם של ימי הביניים, והמרכז עבר לקרים ולארצות מזרח אירופיות אחרות. במחצית השנייה של המאה ה־17 היו כ־30 קהילות קראיות במזרח אירופה. קראי מזרח אירופה דיברו בשפה ייחודית משלהם - שפה קראימית ("לשון קדר"). החל מהמאה ה־19 עלתה במזרח אירופה התנועה הלאומית הקראית שטענה שלקראים אין שורשים יהודים. בעקבות פעילותה חלק מקהילות הקראים לא נספו בשואה.
בסוף המאה ה־19 היו כ־13,000-12,000 קראים בעולם.
בתקופת השלטון הסובייטי שקעה מאוד הקראות המזרח אירופאית.
הקהילה הקראית המצרית היוותה מרכז קראי עתיק וחשוב במשך דורות. אחרי הקמת מדינת ישראל, ועם האנטישמיות הגואה במצרים - עלו רבים מהיהודים לארץ ישראל, אף על פי שהתקשו לקחת עמם את רכושם.
הקראים במדינת ישראל.
בשנים שקדמו לקום המדינה היו מיעוט של קראים שהתרכזו בעיקר בירושלים, אחרי הכרזת המדינה עלו מאות מבני הקהילה בתוקף חוק השבות לישראל. מוצאם של רוב רובם של הקראים במדינת ישראל הוא בקראי מצרים, ומוצא מיעוטם הוא בקראי עיראק, טורקיה, רוסיה ובכאלו שקיבלו על עצמם את הקראות. מספר הקראים מוערך בישראל בכ־40,000 נפש (ובעולם חיים עוד כ־10,000 נפש). קהילות קראיות קיימות ברמלה (שני בתי כנסת) ובה נמצא גם מבנה "מרכז היהדות הקראית העולמית", באשדוד (שני בתי כנסת), באופקים, בבאר שבע, בקריית גת, בבת ים, ראשון לציון, בערד, בירושלים ובמושבים מצליח, בית עזרא ורנן. בסך הכול ישנם 13 בתי כנסת קראיים בישראל, ב־10 יישובים ובית תפילה אחד בערד.
היום נפוצים יחסית נישואים בין רבניים לקראים. בדומה לתהליכים כלליים שהתרחשו בעת המודרנית בזרמים דתיים שונים, גם בקרב הקראים יש תופעה של חילון וישנם קראים שאינם מקפידים על מצוות אמונתם קלה כבחמורה.
עוד מקום המדינה הקראים זכו ליחס מנוכר ובמשך שנים רבות היה מעמדם של בתי הדין הקראים בעייתי, שכן החוק אינו מכיר בקראים כעדה דתית נפרדת, על אף ניסיונותיהם של מנהיגי הקהילה ובראשם הרב הראשי חיים בן יצחק הלוי לפעול מול הממשל, בגלל התנגדות הממסד הרבני. אף שבדרך כלל ניתנו פסקי הדין בענייני גירושים ונישואים בידי בית הדין העדתי, הדרך הייתה פתוחה לפני אחד הצדדים, אם חפץ היה להעביר את הדיון לבית הדין הרבני. בית המשפט העליון שינה מצב זה ב-1995, והפך את המשפט הקראי למחייב עבור בני זוג אנשי העדה. בשנת 2014 בית המשפט העליון פסק כי יש להמשיך להנפיק תעודות גירושין לבית הדין הקראי כל עוד לא הוסדר מעמדו בחוק.
מנהגי הקראים.
בית הכנסת הקראי.