ב-1667 התמנה לוק כעוזר ללורד אשלי, שעתיד היה להפוך לרוזן שפטסברי הראשון. באותה שנה הוא כתב את המסה אודות הסובלנות (Essay Concerning Toleration), שהצביעה על שינוי דרמטי בעמדותיו לגבי סובלנות דתית. ב-1668 חלה אשלי במחלת כבד קשה. לוק, שקיבל רישיון לעיסוק ברפואה ב-1666, המליץ על ניתוח לניקוז המורסות שנוצרו בגופו. לוק פיקח על (אך לא ביצע את) הניתוח, שבמהלכו הוכנס צינור לגופו של החולה על מנת לנקז את המורסות, ולאחר מכן הצינור הושאר בגוף והותקן ברז מנחושת למקרה שיהיה צורך בניקוז נוסף. הניתוח הצליח וככל הנראה הציל את חייו של אשלי. לאחר הניתוח ראה עצמו אשלי כמי שחייב את חייו ללוק, עובדה ששינתה את מסלול חייו של לוק. מעט אחרי הניתוח, בשנת 1668 נבחר לוק, שעתה שהה עם פטרונו בלונדון, לעמית בחברה המלכותית.
אחד מתפקידיו העיקריים של לוק כעוזר של לורד אשלי היה הפיקוח על ניהול עסקיו של האחרון בקולוניות באמריקה. ב-1668 הוא מונה למזכיר של שמונת הבעלים-הלורדים (Lord Proprietors) של פרובינציית קרוליינה, ובמסגרת תפקיד זה הוא סייע בניסוח החוקה היסודית הראשונה של קרוליינה (Fundamental Constitutions of Carolina). על אף שלוק לא כתב את החוקה כולה, קיימות טיוטות המצביעות על תיקונים ושינויים בכתב ידו. מבין התרומות של לוק לחוקה המעניינות ביותר הן אלה הקשורות לעבדות של אפרו-אמריקאים בקרוליינה. בין השאר, אימץ לוק עמדה בפולמוס על הטבלה של עבדים לנצרות והכריע לטובת התומכים בה. עם זאת, הוא קבע כי לא צריכה להיות לענייני דת השפעה על עניינים אזרחיים, ולכן ההטבלה אינה משנה את מעמדו של העבד. "אף עבד," קובע סעיף 107 לחוקה, "לא יהיה פטור מהשליטה האזרחית שיש לבעליו עליו". כמו כן, סעיף 110 לחוקה קובע כי "לכל אדם חופשי בקרוליינה יהיו כוח וסמכות אבסולוטיים על עבדיו השחורים, תהיה דעתו או דתו אשר תהיה". בנוסף לחוקה, היה לוק אחראי על נושאים רבים הקשורים בניהול הקולוניות, והוא היה מודע למצב העבדים שם. לוק עצמו השקיע כסף בקולוניות. ב-1671 הוא השקיע, יחד עם לורד אשלי, בחברה האפריקנית המלכותית, שעסקה בהובלה וסחר בעבדים בין אפריקה ואמריקה. ב-1672 הפך לוק למזכיר של "המועצה למסחר ולמטעים זרים" (Council of Trade and Foreign Plantations) – גוף מחקר שהמלך צ'ארלס השני הקים ואשר אשלי (כעת הרוזן שפטסברי הראשון) היה נשיאו. כמזכיר של המועצה, הפך לוק לאחד המומחים בעלי הידע הרב ביותר לגבי הקולוניות באמריקה ולגבי הסחר ותנאי המחיה של העבדים האפריקאים. הפרק בחייו של לוק הנוגע לסחר עבדים ותנאי העבדות בצפון אמריקה עורר עניין רב נוכח העמדות הברורות שהביע נגד עבדות ב"שתי מסכתות על ממשל מדיני".
בשנת 1671 החל לוק לעבוד על ה"מסה על שכל האדם". אולם, לפני שהספיק להשלימה, השפיעו מספר אירועים פוליטיים על מהלך חייו. ב-1673 המיר אחיו של צ'ארלס השני, יורש העצר ג'יימס הדוכס מיורק, את דתו לקתוליות. במקביל, החל הרוזן שפטסברי להוביל את האופוזיציה לבית המלוכה ולדרוש כינוסים תכופים של הפרלמנט. על רקע המתיחות הזו החליט לוק לעבור להתגורר בצרפת, בהתחלה במונפלייה (עד פברואר 1677), ולאחר מכן בפריז, שם המשיך לעבוד על המסה.
כאשר חזר לוק לאנגליה ב-1679, הייתה הממלכה בפתחו של משבר, שכונה "משבר ההחרגה" או "פולמוס השלילה" (Exclusion Crisis), במהלכו ניסו הוויגים למנוע את העברת הכתר ליורש העצר הקתולי. בין השנים 1678 ל-1681 הופצו שמועות (שקריות) בדבר המזימה האפיפיורית, ועשרות קתולים הוצאו להורג. ב-1681 סייע לוק לשפטסברי בעת כינוסו של פרלמנט אוקספורד. פרלמנט זה היה האחרון שכינס צ'ארלס השני, ולאחריו החלה התנגדות חריפה של הטורים ושל המלוכנים. שפטסברי הואשם בבגידה ושוחרר כעבור מספר חודשים בפקודה של חבר מושבעים גדול, שמרבית חבריו היו וויגים. ב-1682, כאשר חלה המלך, החל שפטסברי לתכנן מרד כנגד יורש העצר. לא ידוע אם היה לוק שותף לתכנונים אלה, שלא יצאו לפועל. שפטסברי ברח להולנד באותה שנה, וזאת מתוך חשש שהטורים ישתלטו על חבר המושבעים הגדול בלונדון ויאשימו אותו שוב בבגידה. שפטסברי מת בהולנד ולוק נכח בהלווייתו בדורסט, אנגליה.
על אף שקיימת אי-הסכמה בין חוקרים לגבי הזמן המדויק שבו החל לוק לכתוב את "שתי המסכתות על הממשל המדיני", סביר כי הן נכתבו על רקע המשבר בשנים 1679–1683. שתי המסכתות הופיעו בדפוס (בעילום שם) בשנת 1689, ועל כריכת החיבור הופיעה שנת ההוצאה 1690. במשך שנים רבות, פרטים אלה הביאו לטענה שלוק כתב את המסכתות ככתב הגנה על המהפכה המהוללת. אכן, החיבור פורסם לאחר המהפכה של 1688, קרוב לוודאי שבעת פרסומו ראה לוק את החיבור כהבעת תמיכה במהפכה, והוא אף ערך בו מספר עדכונים על מנת לחדד את תמיכתו. אולם, מרבית החוקרים כיום מסכימים שהחיבור לא נכתב במקור כהצדקה למהפכה, שכן לוק החל לכתוב את שתי המסכתות הרבה לפניה. ב-1960 טען ההיסטוריון פיטר לאסלט (Peter Laslett) כי העדויות ההיסטוריות מורות על כך שלוק החל לכתוב המסכת השנייה בזמן משבר ההחרגה, החל מ-1679, והוסיף לה את המסכת הראשונה בתחילת 1680. אחרים חולקים על הטענה שהמסכת הראשונה נכתבה אחרי המסכת השנייה, ומתארכים את זמן כתיבתה של המסכת השנייה לתחילת שנות השמונים.
בשנת 1683 התגלתה מזימת בית ריי (Rye House Plot), שמטרתה הייתה להתנקש בחייו של צ'ארלס השני ושל יורש העצר. ייתכן שלוק היה שותף פעיל במזימת ההתנקשות, אולם יש גם חוקרים שחולקים על כך. לפי ג'ון ר. מילטון מאוד לא סביר שלוק היה שותף למזימה, אך הוא ללא ספק הכיר אנשים שהיו מעורבים בה. התגלות המזימה הביאה להוצאתם להורג של מספר אנשים, ביניהם הפילוסוף אלג'רנון סידני והלורד ויליאם ראסל. לוק, שחשש לחייו, יצא לגלות בהולנד, ממנה חזר בשנת 1689.
ב-1688 התרחשה המהפכה המהוללת, המלך ג'יימס השני ברח לצרפת, והמלך ויליאם השלישי מאוראנז' ואשתו המלכה מרי השנייה עלו לשלטון באנגליה. בעקבות אירועים אלו, חזר לוק לאנגליה בפברואר 1689. עם הגיעו הוצעה לו משרת השגריר לנסיך הבוחר מברנדנבורג והוא סירב. באותה שנה נפגש לוק עם אייזק ניוטון, איתו הוא נשאר בקשרי ידידות. עוד באותה שנה פרסם לוק את שלושת החיבורים המרכזיים שלו – מסה על שכל האדם (הוא ערך שלוש מהדורות מתוקנות, שהאחרונה מביניהן יצאה לאור ב-1700), שתי מסכתות על ממשל מדיני, והאיגרת הראשונה על הסובלנות. מבין שלושת החיבורים רק המסה על שכל האדם לא התפרסמה בעילום שם, והיא זו שהקנתה לו עוד בימי חייו מוניטין של פילוסוף דגול. לפי פיטר לאסלט הפכה המסה את לוק "למוסד לאומי ולמשפיע בינלאומי". מנגד, קרנן של שתי המסכתות, ובעיקר של המסכת השנייה, עלתה רק לאחר מותו. התגובה הרצינית הראשונה לחיבור זה התפרסמה בשנת 1703. האיגרת הראשונה על הסובלנות עוררה הדים רבים וביקורות. לוק פרסם תגובות לביקורת: איגרת שנייה על הסובלנות ב-1690, איגרת שלישית על הסובלנות ב-1692, ותחילתה של איגרת רביעית על הסובלנות ב-1704. בנוסף, פרסם לוק את מחשבות אחדות אודות החינוך בשנת 1693, את "התבוניות של הנצרות" (The Reasonableness of Christianity) בשנת 1695, ואת "הוכחה שנייה אודות התבוניות של הנצרות" בשנת 1697. באותה שנה הוא חיבר גם דין וחשבון אודות הממשל בווירג'יניה ותגובות נוספות בנושא הסובלנות. לוק פרסם גם חיבורים שונים אודות השימוש בכסף.
לוק נפטר ב-28 באוקטובר 1704 מסיבוכי נשימה הקשורים באסתמה. הוא נקבר בכפר היי לייבר באסקס, שם התגורר בשנים האחרונות לחייו.
תורת ההכרה.
חיבורו החשוב של לוק "מסה על שכל האדם" (An Essay Concerning Human Understanding) התפרסם לראשונה בשנת 1689. הוא ערך שלוש מהדורות מתוקנות, שהאחרונה מהן התפרסמה ב-1700. במסה פורש לוק את גישתו לגבי מקורות הידע האנושי, הדרכים בהן ניתן להשיג ידע, ומגבלות הידע האנושי. לפי לוק, מטרת המסה היא לשאול לגבי "המקור, הוודאות, וההיקף של הידע האנושי; יחד עם הבסיס והמידות של אמונה, דעה והסכמה".
רעיונות מרכזיים.
המסה מחולקת לארבעה "ספרים". בספר הראשון דוחה לוק את הגישה הרווחת בתקופתו, לפיה קיימים מושגים - עקרונות או אידיאות - אוניברסליים וברורים לכל הטבועים בשכל האדם מלידה. לגישתו, שכל האדם בלידתו הוא כמו טאבולה ראסה (לוח חלק). הבסיס לידע האנושי הוא, אם כן, הניסיון בלבד והכישורים התבוניים הנדרשים על מנת להשתמש בו ולפרש אותו. הודות לגישה זו, המדגישה את הניסיון, הפך לוק לאחד ההוגים המשפיעים ביותר בהיסטוריה של האמפיריציזם המודרני.
לפי לוק, אין לשכל האדם גישה ישירה למושאים חיצוניים. תחת זאת, כל הידע של האדם מתווך על ידי האידיאות שנוצרות בשכל בעקבות הניסיון, דרך חישה ועיון פנימי (רפלקציה). האידיאות, שהן המושא המיידי של השכל, מובחנות מה"איכויות" שנמצאות במושאים עצמם. הספר השני של המסה מוקדש להבהרה של מושג האידיאה, היחס בין אידיאה לבין איכויות וסיווג של אידיאות. החלוקה המרכזית של אידיאות לסוגים שונים היא בין אידיאות פשוטות ומורכבות. אידיאות פשוטות מוטבעות בשכל באופן פסיבי, ולא ניתן לפרקן לאידיאות אחרות או להגדירן באמצעות אידיאות אחרות. הן מהוות את היסוד לכל הידע האנושי ואת הבסיס ליצירה של אידיאות מורכבות. את האידיאות המורכבות - שניתן לפרקן לאוסף של אידיאות פשוטות הקשורות זו בזו - מחלק לוק לאידיאות של עצמים, אופנים, ויחסים.