המתנגדים לגישה המפרשת מצטטים את דברי חז"ל (למשל בפסיקתא רבתי מ"ו) לפיהם היום השישי כלל 24 שעות, וטוענים שחסרונם של השמש והירח לא מוכיח דבר על אורך היום. טענה נוספת של המתנגדים היא שאם נאמר שלא היו אלו ימים רגילים, תווצר בעיה בהבנת חישוב זמנה של מצוות השבת ואיסוריה: התורה מסבירה את ששת ימי המלאכה ולאחריהם השביתה ביום השביעי, כי כן עשה ה' - ברא עולם בשישה ימים ונח ביום השביעי, אך אם ששת ימי הבריאה אינם ימים של 24 שעות, איך נדע כמה זמן לספור לפני שנצטרך לקיים את מצוות השבת ואיסוריה.
יש המסתמכים על תורת השמיטות המובאת במדרש וספר הזוהר שלפיו קודם בריאת העולם "היה הקב"ה בונה עולמות ומחריבן" (בראשית רבה, ט' ב' ; אגדת בראשית תרמ"ג). ע"פ טענה זו אף לפני תחילת הסיפור המקראי התרחשו אירועים שלא סופר לנו עליהם.
עם זאת, רבנים המתנגדים לגישת שמיטת העולמות טוענים שלא ייתכן שאלוהים זקוק לעולמות ניסיוניים כי כל פועלו מושלם, ומזכירים את הכרעתו של האר"י (בניגוד לדעת מקובלים קודמים) שהשמיטות הקודמות לשמיטתנו לא היו שמיטות גשמיות - זאת אומרת שלא היו בהם עולמות הבנויים מחומר, אלא רק עולמות רוחניים (הקשורים לספירות בעולם האצילות.
הפתרונות של הגישה המפרשת מבטלים את המחלוקת בין התורה למדע לגבי גיל היקום, אך הם אינם מיישבים את הסתירה בין הגיל המסורתי של המין האנושי לבין הגיל המדעי. פתרון שהוצע לשם כך על ידי הראי"ה קוק, מפרש את הפסוק "על כן יעזב איש את אביו ואת אמו ודבק באשתו" כך שהגדרת התורה לאנושיות אינה פיזיולוגית אלא תרבותית: "אין מעצור לפרש פרשת אלה תולדות השמים והארץ, שהיא מקפלת בקרבה עולמים של שנות מיליונים, עד שבא אדם לידי קצת הכרה שהוא נבדל כבר מכל בעה"ח, ועל ידי איזה חזיון נדמה לו שצריך הוא לקבע חיי משפחה בקביעות ואצילות רוח, על ידי יחוד אשה שתתקשר אליו יותר מאביו ואמו, בעלי המשפחה הטבעיים."
פתרון פרשני אחר להתאמת סיפור הבריאה להערכות המדעיות הציג הפיזיקאי ג'רלד שרודר, אשר הציע לפרש את האורך של כל "יום" בסיפור הבריאה באופן יחסי לטמפרטורת היקום באותו פרק זמן. בהתבסס על כך שהיקום מתקרר בצורה מעריכית ככל שהוא מתפשט, ושלפי ההערכה המקובלת טמפרטורת היקום כיום היא 2.73 מעלות קלווין, חישב שרודר כי אם מחלקים בצורה מעריכית את הזמן שחלף מאז המפץ הגדול ל-6 יחידות, יוצא שהיחידה השישית התחילה לפני 220 מיליון שנה - הזמן שבו החלו להופיע היונקים, ולקראת סוף היום השישי (לפני 2.5 מיליון שנה) הופיעו ראשוני האדם - במועד בו, לפי הגמרא, אדם הראשון הושלך מגן עדן.
פרשנות נוספת ניתנת על ידי הרב יצחק אורלן בספרו "ימי בראשית". שם הוא מציע לפרש כי ששת ימי הבריאה הם סופו של תהליך ארוך של היווצרות העולם והתפתחות החיים בדרך טבעית, על פי ציווי הבורא. לפי דבריו בששת ימי בראשית ה' סיכם את תהליך הבריאה על ידי קריאת שמות (לשמים ולארץ, ליום וללילה ועוד), ועל ידי תיקונים קטנים (כגון בריאת גן עדן). לפי פרשנות זו יש לקרוא את פרשת הבריאה בספר בראשית כסיפור המשלב את תיאור הבריאה ההיסטורי מחד, ואת הנעשה בששת הימים המסכמים מאידך, כאשר תיאור הבריאה ההיסטורי לא מסופר לפי סדר הזמנים, אלא לפי הסדר שבו ה' סיכם את הבריאה בששת הימים האחרונים.
לפי הגישה המגבילה, העמדה המדעית לגבי גיל העולם מוטעית. המחזיקים בשיטה זו טוענים ששיטות התארוך המדעיות, המבוססות על אקסטרפולציות של היסקים מממצאים בתקופתנו, אינן אמינות. הרבי מליובאוויטש המשיל זאת להבדל בין השאלה מה המנה של חילוק 4 ב-2, לבין השאלה איזה תרגיל חילוק יש לבצע על מנת להגיע למנה 2, שאלה בת אינסוף תשובות. גישה זו מתמודדת גם עם תיארוך הממצאים האנושיים הקדומים לתחילת הספירה היהודית.
גישה אחרת המכונה עולם נברא זקן, מסתמכת על פירוש הרמב"ם לדבריו של רבי יהושע בן לוי, שכל יצורי העולם נבראו "בצביונם ובקומתם" - למשל, האדם הראשון לא נברא כתינוק בן יומו אלא כאיש מבוגר, בעלי החיים נבראו כמינים מפותחים ובעלי קרבה זואולוגית ברמות שונות, וכך גם היקום כולו נברא כמה שנראה כהמשך טבעי של תהליכים שמעולם לא התרחשו. טענה זו אינה ניתנת להפרכה או להוכחה, אך היא מעלה את השאלה מהי הסיבה לבריאת העולם כשהוא כבר בדרגת התפתחות מסוימת ומכיל עדויות להתפתחות הדרגתית שלא הייתה ולא נבראה. הרב מנחם מנדל שניאורסון (הרבי מלובביץ') דחה שאלה זו בטענה שאי אפשר לדעת מדוע העדיף הבורא לברוא את העולם בצורה זו או אחרת, והשאלה "מדוע ברא מאובן?" לא יותר חזקה מהשאלה "מדוע ברא אטום?".
גישה נוספת היא גישתו של הרב יצחק גינזבורג, השואף לגשר בין התורה והמדע בעזרת התפיסה הקבלית של ארבעת העולמות – אצילות, בריאה, יצירה ועשיה. לפי גישה זו ניתן לראות את ארבעת העולמות כארבע פרספקטיבות, או נקודות מבט על המציאות: בעולם האצילות הכל הוא אלוהות; בעולם הבריאה העולם בהתחדשות מתמדת; בעולם היצירה חיים את החומר הצורני הנראה לנו היום; ובעולם העשיה את מכלול הנתונים המצויים בידינו. ומכאן נוכל גם להשליך לגיל היקום: מנקודת המבט של עולם האצילות – העולם טרם נברא, עוד אין זמן; מנקודת המבט של עולם הבריאה – העולם נברא ומתהווה בכל רגע ורגע; מנקודת המבט של עולם היצירה – העולם קיים כ-6,000 שנים; ומנקודת המבט של עולם העשיה – העולם קיים כ-13.8 מיליארד שנים.
הגישה הטרנסצנדנטלית שוללת את הדיון מעיקרו, וטוענת שכיוון ההכרה האנושית תופסת את הדברים כפי שהם נגלים לנו, ולא את הדברים כפי שהם לעצמם, ואין לנו גישה ישירה לחקור את הדבר-כשהוא-לעצמו, אלא רק את העולם כפי שהוא נתפס בתודעתנו. ממילא, גם ממדי המרחב והזמן קיימים כולם בתודעת האדם ולא במציאות, ולא שייך לדון בקיומם לפני שנוצר האדם, כי הם קיימים רק מאז שהתקבעו בתודעתו של האדם. הרב שם טוב גפן, שאחז בשיטה זו, טען שהבריאה היא רק "השתכללות צורות הזמן והמקום על פי כוח נסתר ונעלם, בדעת האדם והכרתו". "ששת ימי הבריאה", לשיטתו, הם שש דרגות הכרה בתודעת האדם, שהתפתחו בזו אחר זו ללא הפסק זמן ביניהם (כי טרם נוצר הזמן), עד שהתפתחה הכרת האדם בצורתה השביעית, כפי שהיא היום. בדומה לכך טוען הרב משה רט, ש"תולדות היקום" אינן רצף אירועים פיזיקליים, אלא "תולדותיה של תודעה ההולכת ומתפתחת, הולכת ותופסת את עצמה ואת המציאות הכלולה בה בצורה ברורה ומדויקת יותר". לפי שיטה זו, כל עיסוק בשאלת גיל העולם קודם הופעת האדם, הוא חסר משמעות, כי הזמן קיים רק בתודעת האדם, והוא לא יכול להיות מנותק ממנו.
אבולוציה.
הטקסט המקראי, המתאר את בריאת האדם מן האדמה ביום השישי, עומד בקונפליקט עם תאוריית האבולוציה לפיה האדם התפתח מבעלי חיים אחרים בתהליך הדרגתי וממושך. ישנן מספר גישות דתיות המנסות לפתור שאלה זו:
בעלי הגישה המגבילה טוענים שהאבולוציה היא תאוריה שגויה. עיקרון מהותי של הגישה הזאת היא שעדויות וממצאים - כגון מאובנים המתארים התפתחות של יצורים דמויי אדם - אינם מהווים הוכחה מספקת לאבולוציה, משום שניתן לפרש את העדויות בדרכים נוספות או מתוך שלילת ההנחה שחוקי הפיזיקה אינם משתנים עם הזמן - הנחה שהיא אחד היסודות של המדע המודרני, ובלעדיה לא ניתן לטעון דבר לגבי ההיסטוריה באופן מדעי.
בעקבויות העדויות שהתגלו במאה האחרונה על מיקרואבולוציה, מצדדי הגישה המגבילה טוענים שאף שניתן לראות שינויים בתוך מין מסוים (כגון שינוי צבע פרווה, התארכות קלה של המקור), שינויים אלו אינם אלא התאמה לתנאי הסביבה במסגרת השונות הגנטית הפוטנציאלית של המין, אך מעולם לא נראה מין אחד שהפך בעקבות הרבה שינויים הדרגתיים למין אחר. קיימים סוגים רבים של כלבים, אך אף אחד מהם לא בקע מביצה.
גישה אחרת, שבארצות הברית קרויה "תכנון תבוני", מקבלת את האבולוציה, אך לא כתהליך טבעי כפי שתיארה דרווין. לטענת המצדדים בגישה זו, התאוריה הדרוויניסטית מנסה להסביר את מגוון המינים בדיעבד, כתוצאה של תהליך טבעי שהתרחש ללא יד מכוונת, אך הסבריה אינם מספקים ואין מנוס מהמסקנה שהאבולוציה לא הייתה מתאפשרת ללא הכוונה, ובמשתמע, בסיוע השגחה עליונה.
בהתאם לגישה המפרשת, מצטט הרב קוק את קביעת חז"ל שכל אשר נאמר בפרשת הבריאה איננו כפשוטו, אלא "סתרי תורה" ויש להבינו באופן סימבולי ומטפורי: ששת ימי הבריאה אינם ימים כמשמעותם כלפינו – בין היתר מפני שאז עדיין לא היה אדם ולכן גם אין משמעות למונח זמן – אלא זהו זמן "אלוהי" בקנה מידה אחר, ויש לפרש אותם כ"פרקי זמן" או חלוקה מטאפורית אחרת.
יציאת מצרים.
יש שרואים בהיעדר אישוש ארכאולוגי לסיפור יציאת מצרים סתירה בין המקרא למדע, בנימוק ש-600 אלף גברים, כ-3 מיליון בני אדם (כולל נשים וטף) היו אמורים להשאיר עדויות ארכאולוגיות, כגון: שרידי מחנות.
תשובה המוצעת פעמים רבות על ידי הגישה המגבילה היא שמדע הארכאולוגיה צעיר, ואולי בעתיד יהיו גילויים ארכאולוגים נוספים. יש המנמקים את העדר התיעוד המצרי ליציאת מצרים באי רצונם של מלכי מצרים להודות במפלתם.
אחרים תירצו שאלה זו בתארוך אחר לסיפור המקראי. לטענתם יציאת מצרים הייתה בתקופה קדומה בהרבה (סוף השושלת הרביעית), ממנה יש תעוד של עם מגזע צפוני שחי לאורך תעלת 'בחר יוסוף', ועקבותיו נעלמו בימי השושלת החמישית.
גורמים המקבלים את סיפור יציאת מצרים כאמת היסטורית מצביעים על פפירוס מצרי עתיק בשם פפירוס איפוור כעל דיווח חוץ-מקראי אפשרי על מכות מצרים, אשר מאשש את יציאת מצרים כפי שהיא מתוארת בתורה. מלבד פפירוס איפוור, יישנם עוד ממצאים ארכאולוגיים שנטען כי ייתכן שהם מתעדים את "עשר המכות" ויציאת מצרים, כגון פפירוס של נפר-רהו וכיתוב שנחרט במקדש מצרי מאל עריש.