בשנת 1957 נחקק חוק הסכמים קיבוציים, התשי"ז - 1957, אשר נתן לארגוני עובדים מעמד לפי חוק, ובכך מיסד אותם. בית הדין הארצי לעבודה פסק כי חוק זה נתן לארגוני עובדים סמכות חקיקה אוטונומית. או במילים אחרות, סמכות לכרות הסכמים קיבוציים שיחייבו גם עובדים אשר אינם חברים בארגון העובדים ומכאן שלא נתנו לארגון את הסכמתם, בדומה לדרך פעולתה של חקיקת משנה. בנוסף לזה, חוק הגנת השכר, התשי"ח - 1958, מאפשר לארגון עובדים לגבות - באמצעות המעביד - "דמי טיפול ארגוני-מקצועי" מעובדים שאינם חברים בו, ואינם משלמים "דמי חבר". התוצאה היא שלפי חוקים אלו, ארגוני עובדים מהווים חלק מהממסד הרשמי של המדינה, במובן הזה שהם יכולים לחייב, לזכות, ולמסות עובדים אשר אינם חברים בהם. עובדים אשר לא נתנו הסכמתם לפעולות אלו. ארגוני עובדים נאבקים ביניהם על קבלתה של סמכות זו, בקשר לקבוצות עובדים שונות. מאבקים אלו הוגדרו על ידי בית הדין הארצי לעבודה, תחת המושג המשפטי "יחידת המיקוח". כלומר, יחידת המיקוח היא קבוצת העובדים (שרק חלק מהם חברים בארגון העובדים) שארגון עובדים רשאי לשאת ולתת עבורה, ולכרות בשמה הסכם קיבוצי.
מלבד ארגוני העובדים הכלליים, הוקמו התאגדויות פרופסיונליות (על-בסיס מקצועות) רבות, כדוגמת הסתדרות המורים, ההסתדרות הרפואית, אגודת האינג'ינרים והארכיטקטים ואגודת העיתונאים. מלבד הגנת החברים, התאגדויות אלו עוסקות בתהליכי הכניסה למקצוע ופיתוח המקצוע, הן מבחינה תוכנית (עיסוק בספרות מקצועית, הכשרה וכו') והן מבחינה מבנית (אתיקה, ביקורת פנימית וכו'). איגודים אלו, שחלקם אף מאגדים מעסיקים, הם מגוונים ביותר, ולחלקם הניכר יחס מבני להסתדרות הכללית: חלקם מהווים חלק ממנה (הסתדרות המהנדסים, איגוד המשפטנים, איגוד העובדים הסוציאליים ועוד), חלקם הצטרפו אליה וחלקם הוקמו במסגרתה ופרשו (כדוגמת ארגון המורים העל-יסודיים). מרבית האיגודים פועלים ברמה ארצית, כלומר כאיגוד משותף לכל העובדים המתאים בישראל. עם יוצאי הדופן המעטים נמנים חברי הסגל האקדמי הבכיר באוניברסיטאות, המאורגנים בארגונים נפרדים, כל אוניברסיטה וארגון הסגל הבכיר שלה (הארגונים משתפים פעולה בנושאים ארציים, באמצעות המועצה המתאמת של הסגל האקדמי הבכיר).
בשנות ההגמוניה של תנועת העבודה ושלטון מפא"י, הייתה ההסתדרות חלק מרכזי מהמימסד הממלכתי בישראל. בתקופת השיא שלה היו חברים בהסתדרות העובדים הכללית בישראל כמחצית מתושביה הבוגרים של המדינה. ההסתדרות הציעה מלבד שירותי איגוד מקצועי גם שירותי רווחה שונים כשהמשמעותית מביניהם הייתה קופת חולים כללית. הקשר בין ההסתדרות לממשלה, אשר בא לידי ביטוי לעיתים אף בדיכוי מאבקים פנימיים, דוגמת שביתת הימאים בחיפה, הוליד מרמור בקרב שכבות הולכות וגדלות שחשו שהן מופלות בחברה ובשוק העבודה. עם המהפך, אשר סימל את סוף ההגמוניה של תנועת העבודה, איבדה ההסתדרות גם חלק ניכר מהשפעתה וכוחה בשנות ה-70 וה-80 של המאה ה-20. המשבר הכלכלי של שנות ה-80 פגע עמוקות בסקטור ההסתדרותי, וזאת לצד מדיניות ההפרטה והצמצום שהובילה הממשלה אשר פגעו אף הם בכוחה של העבודה המאורגנת בסקטור הציבורי. באותן שנים עברו עובדים רבים מהסכמים קיבוציים המוגנים על ידי האיגוד המקצועי, לחוזים אישיים - שפעמים רבות היו בשכר אטרקטיבי יותר, אך ללא הגנת הארגון. לצד זאת התפתחו בסקטור הפרטי לאורך שנות ה-90 וה-2000 ענפים חדשים, גדולים ועתירי ידע שהוקמו מלכתחילה על בסיס חוזים אישיים ובלא כל עבודה מאורגנת דוגמת ענפי ההיי-טק והסלולר.
בשנת 1994, עם בחירתו של חיים רמון למזכ"ל ההסתדרות, הוא ערך רביזיה מהותית במבנה הארגון, חלק ממנה ביוזמתו וחלק עקב המשבר הכספי הקשה שאליו נקלע הארגון. כדי לשקף שינוי זה, ולהפוך את הארגון לאטרקטיבי יותר לעובדים, שונה שם הארגון ל"הסתדרות העובדים הכללית החדשה", ובקיצור ההסתדרות החדשה. תהליכי ההצטמצמות של ההסתדרות כללו היפרדות ממרבית נכסיה הכלכליים, ובהם בנק הפועלים, חברת סולל בונה, חברת הביטוח "הסנה". הצעד הדרמטי ביותר שביצע רמון היה הפרדתה של קופת חולים הכללית מההסתדרות במסגרת חוק הבריאות הממלכתי. החברות בקופת החולים הייתה מוטיבציה מרכזית באותה התקופה לחברות בהסתדרות, ובעקבות צעד זה ירד מספר חברי ההסתדרות משני מיליון ל-400 אלף בלבד. ההסתדרות החדשה הפכה לאיגוד מקצועי מצומצם בתפקידיו ובהגדרתו, שפעילותו מוגבלת בעיקר להגנה על האינטרסים השונים של החברים המאוגדים בו ולפעילות פרלמנטרית במסגרת מפלגתית מצומצמת.
התחדשות העבודה המאורגנת בישראל.
בתחילת שנות ה-2000 החלו ניסיונות מחודשים של התארגנות עובדים, פעמים רבות על רקע פגיעה בתנאי עבודתם. בין ניסיונות ההתארגנות ניתן למנות את מפעלי תחנות בע"מ (1996), דלק (1998), הורן את ליבוביץ' (2000), חיפה כימיקלים דרום (2003), חברת התחבורה הציבורית בבאר שבע מטרודן (2005). מרבית ניסיונות אלו נחלו כישלון, כשההסתדרות שנחלשה התקשתה להגן עליהן, התקשורת לא נרתמה לטובתן - והמעסיקים פעלו בכוח רב על מנת לחסלן. כך למשל פוטרו מובילי ההתארגנות בחיפה כימיקלים דרום, ואנשי אבטחה שכירים הובאו במטרה לפרק את מחאת העובדים. גם שביתת עובדי מטרודן בדרישה להכרה בהתאגדותם ב-2005 נשברה לבסוף, בסיוע שר התחבורה דאז מאיר שיטרית.
בשנת 2007 הוקם ארגון העובדים כוח לעובדים, השם דגש על דמוקרטיה ישירה ומונה כיום כ-18,000 חברים. ארגון מען - עמותה לסיוע לעובדים שהוקם ב-1998 בתור ארגון מייעץ ומסייע לעובדים הוכר כארגון עובדים 'יציג' היכול לחתום על הסכמים קיבוציים בשנת 2011. בשנת 2009 תיווך יו"ר ההסתדרות דאז עופר עיני על המגעים הקואליציוניים להצטרפות מפלגת העבודה לממשלת נתניהו. חלק מתנאי ההצטרפות היו שורה של 12 תיקוני חקיקה אשר נגעו לזכות ההתארגנות ביניהן איסור פגיעה במובילי התארגנות, הטלת קנס בגין פגיעה בזכות ההתארגנות, חובת ניהול משא ומתן עם ארגון עובדים יציג, החובה לאפשר לנציגי ארגון העובדים כניסה למקום העבודה. בשנת 2010 הורה עיני על הקמתו של האגף להתאגדות עובדים בהסתדרות, שתכליתו הקמתן של ועדי עובדים חדשים במקומות עבודה שטרם היו מאורגנים עד כה. כמו כן - החליט עיני כי במטרה להקל על הקמת ההתאגדויות החדשות עובדים מתארגנים לא יחויבו בתשלום דמי חבר או דמי טיפול - עד להשלמת ההתארגנות בחתימה על הסכם קיבוצי מול המעסיק.
התפוצצות בועת ההיי-טק, לצד משבר הסאב-פריים והרפורמה שהוביל שר התקשורת משה כחלון בענף הסלולר הביאו לכך שרבים מהעובדים בענפי המשק החדשים חשו שביטחונם התעסוקתי נפגע. המחאה החברתית של קיץ 2011, והקריאות בה לשינוי השיטה הנאו-ליברלית ולצדק חברתי היוו גורם נוסף שיצר תסיסה בקרב עובדים רבים ורצון להוביל תהליכי שינוי. ב-2012 פתחו עובדי חברת הסלולר פלאפון במהלך להקמת ועד עובדים, אשר נתקל בהתנגדות חריפה של המעסיק. בעקבות מאבק זה קבע בית הדין הארצי לעבודה את 'פסק דין פלאפון', על פיו בשל יחסי הכוחות בין המעסיק לעובדיו - חל עליו איסור להתבטא באשר להתארגנותם בארגון עובדים, שכן הדבר פוגע בזכותם להתאגד. פלאפון וארגוני המעסיקים ערערו על פסק הדין לבג"ץ, אולם זה שב ואשרר אותו. פסיקה זו הידועה גם כ'הלכת פלאפון', הייתה לנקודה מכרעת שלאחריה החל גל התאגדויות רחב אשר הקיף את כל חברות הסלולר הגדולות, ומאות מקומות עבודה נוספים ממגוון סקטורים - שחלקם מעולם לא היו חלק מהעבודה המאורגנת. בין היתר התארגנו מרבית עובדי חברות הביטוח וחברות כרטיסי האשראי. ב-2014 הוקם גם ועד עובדים ראשון בענף ההיי-טק בחברות ההיי-טק SAP ונס טכנולוגיות. באותה שנה הוקם בהסתדרות איגוד עובדי הסלולר, האינטרנט וההיי-טק.
סקטור עובדים נוסף שהחל להתארגן במסגרת ארגוני העובדים הוא הסקטור החרדי, אשר ייצוגו בקרב העובדים המאורגנים נמוך יחסית. בהסתדרות הוקם אגף חרדי שתכליתו איגוד עובדים במקומות עבודה המזוהים עם המגזר החרדי - וזאת בהתאם לאורח חייהם ולאמונתם. לפיכך נוהגות התאגדויות אלו להוועץ בבתי דין רבניים, טרם פניה לערכאות החילוניות ולבתי הדין לעבודה. ביולי 2016 ניתן פסק הלכה בבד"צ קרליץ בבני ברק, המתיר התאגדות עובדות לשיפור תנאי עבודתן - ובתנאי שההתאגדות לא תביא לפעולות המנוגדות להלכה ולא תפגע בעצמאות החינוך העצמאי החרדי.
בשנת 2016 התיר בית הדין הארצי לעבודה לארגון עובדים, לרשום חברים חדשים באמצעות אתר האינטרנט שלו.
בין השנים 2012 ל-2016 חלה עליה של 15% במספר העובדים המעידים על עצמם כי הם חברים בארגוני עובדים, על פי הסקר החברתי של הלמ"ס. עיקר העלייה היא בקרב עובדים בגילאי 35–45, אולם גם בגילאים הצעירים יותר חלה עליה במספר העובדים המאורגנים.
התארגנות מקצועית
התארגנות עובדים
התארגנות פועלים
הסתדרות הפועל המזרחי
הסתדרת הפועל המזרחי היא התאגדות מקצועית, שהוקמה על ידי פועלים דתיים ציונים, בשנת 1922. הסתדרות זו הייתה בתחילת דרכה חלק ממפלגת "המזרחי", ושנים אחדות לאחר ייסודה הפכה לאיגוד מקצועי עצמאי הקשור עם מפלגת הפועל המזרחי (ולאחר מכן - המפד"ל).
הסתדרות הפועל המזרחי שיתפה פעולה עם ההסתדרות הכללית, הייתה חברה במחלקה לאיגוד המקצועי של ההסתדרות והגיעה להסכם בדבר ביטוח כל חבריה בקופת החולים של ההסתדרות (בתקופה שלפני הפרדת קופת החולים הכללית מן ההסתדרות).
הסתדרות הפועל המזרחי מאגדת עובדים על בסיס ציוני-דתי, לאור מספר מטרות: