צלאח א־דין פשט על יבנה כבר בסתיו של 1177, וב־1187 כבש את העיר מידי הצלבנים, אך ריצ'רד לב־ארי שב וכבש אותה ב־1191 בעת מסע הצלב השלישי. השליטה בעיר עברה בין הנוצרים למוסלמים, עד שבשנת 1244 נכבשה על ידי הממלוכים. הם חיברו אותה אל דרך הדואר, והקימו את הגשר הממלוכי העובר מעל נחל שורק. פרינגל טוען שהגשר נבנה בשימוש משני באבני המבצר של יבנה, ולא מהקתדרלה הצלבנית - אם כי יש דעות חולקות בנושא זה. כמו כן טען הגאוגרף המוסלמי יאקות אל־חמאווי שבעיר מצוי קברו של אבו הורירה , מבני לווייתו של הנביא מוחמד. הקבר הוקם בשנות השבעים של המאה ה־12, והוא מכיל פריטים צלבניים בשימוש משני (מעכו או מיפו), ככל הנראה על ידי ביברס שבזז את יפו מאוצרותיה האדריכליים ב־1268.
הכפר הערבי יבנא.
מהתקופה העות'מאנית שהחלה ב־1517, ועד מלחמת העצמאות בשנת 1948 שכן במקום כפר ערבי של פלאחים בשם יִבְּנא (בערבית يبنى). בכל תקופת המנדט הבריטי הייתה יבנא במגמת צמיחה, מיישוב בן פחות מ־2,000 תושבים לאחר מלחמת העולם הראשונה צמחה יבנא לעיירה שבה יותר למעלה מ־5,000 תושבים ערב מלחמת העצמאות. עם פרוץ המלחמה הגיעו 200 חיילים עיראקים מצבא ההצלה ליבנא, וקבעו את בסיסם בתחנת הרכבת. ב־31 במאי 1948 נכבשה יבנא במסגרת מבצע ברק על ידי כוח של האצ"ל וגדודים 55 ו־51 של חטיבת גבעתי. תושבי יבנא עזבו לרצועת עזה, והם וצאצאיהם חיים בעיקר במחנות הפליטים של רפיח. רוב בתי הכפר נהרסו זמן קצר לאחר מכן, מסגד הכפר שנבנה בתל יבנה במאה ה־14 פוצץ ב־9 ביולי 1950 בהוראתו של אלוף פיקוד הדרום, משה דיין, ורק המינרט שלו שרד.
יבנה החדשה.
באוקטובר 1948 הגיעו ראשוני העולים מרומניה, ביניהם משפחות בלנק, דורנר, פבזנר, קנר וסגל, משפחת הלר מהונגריה, שמלצמן, בייזמן והודס מפולין, משפחות מזן וברכה מבולגריה ועוד. לאחריהם התיישבו בה עולים מצפון אפריקה, תימן, איראן ומאירופה. בשנות התשעים הגיעו עולים מחבר המדינות ומאתיופיה. השכונה הראשונה נקראה "שיכון חיסכון". באפריל 1949 נבחר ועד 'כפר יבנה' ובשנת 1951 הוקמה 'המעברה' עבור 150 משפחות שהתגוררו בצריפים ובאוהלים. ב־1 ביוני 1953 שונה מעמדה של יבנה ל"מועצה מקומית" בת תשעה חברים בראשותו של אברהם טודוריס ממפא"י. בשנת 1961 שונה שם היישוב מכפר יבנה ל"יבנה". בשלהי שנות ה־60 יזמו צעירי היישוב את 'מרד הצעירים' שהביא לשינוי ההנהגה המקומית הוותיקה.
בשנת 1980 החלה להיבנות ביבנה שכונת נווה אילן, שנבנתה בשיטת בנה ביתך עבור זוגות צעירים אנשי צבא ומשטרה. לרוכשים ניתנה אפשרות לקנות שטח של חצי דונם ולבנות בו בית פרטי. בשנת 1986 שונה מעמדה של יבנה ממועצה מקומית לעיר, וראש העירייה הראשון היה מאיר שטרית. בעיר נבנו שכונות לאנשי קבע בצה"ל ולאנשי משטרת ישראל, ומעברם של אנשי צבא הקבע לעיר הביא לשינוי בהרכב האוכלוסייה, שהתחזקה כלכלית, ומחירי המקרקעין בעיר האמירו. בתוך 12 שנים, בין שנת 1983 ל־1995, הוכפל מספר תושביה של העיר.
החל משנת 2000 זוכה העיר בפרסי חמישה כוכבי יופי מטעם המועצה לישראל יפה, בשנים 2005 ו־2016 זכתה בפרס היוקרתי בתחרות – "דגל היופי" ובשנת 2015 בפרס "עמית קריה יפה" על 15 שנים של זכייה רצופה בחמישה כוכבי יופי. העיר זכתה בפרס ניהול כספי מטעם משרד הפנים לשנים 2014–2015, 2016-2017. בשנת 2011 הוענק לה הפרס הלאומי לאיכות ומצוינות ע"ש ראש הממשלה יצחק רבין. בשנת 2020 זכתה העיר בפרס החינוך הארצי.
בנייה ירוקה והתחדשות עירונית.
בשנת 2008 החלה בניית שכונת "נאות־רבין" הירוקה המונה כ־4,700 יחידות דיור בבנייה רוויה, על שטח של כ־850 דונמים. העיר יבנה עומדת בראש רשימת הערים בהן נבנו מבני מגורים על פי תקן בנייה ירוקה של מכון התקנים הישראלי - 52% מהדירות הירוקות שנבנו בישראל נמצאות ביבנה. יבנה מובילה בפער עצום על יתר הערים במספר המבנים הירוקים, בעיקר בשל יישום התקן בשכונה הירוקה שבה נבנו 2,561 יחידות דיור ב־81 מבנים. השכונה הירוקה כוללת מבני ציבור וחינוך כגון היכל ספורט, חמישה בתי ספר יסודיים, גני ילדים, מרכז קהילתי, בית כנסת, מעונות יום ומרכזים מסחריים. בשכונה נבנו בתי ספר מודרניים בשיטות בנייה ייחודיות ומתקדמות. את השכונה חוצה פארק הכולל מגרשי ספורט ופנאי ומתוכנן נחל עם מים זורמים. ברחבי העיר הוקמו מתחמי מגורים נוספים אשר הביאו לגידול נוסף במספר תושבים. העירייה מקדמת הסכם גג מול משרדי הממשלה ותוכניות התחדשות עירונית במסלול פינוי־בינוי במספר אזורים בשכונות הוותיקות אשר יאפשרו הקמתם של למעלה מ־2,000 יחידות דיור במתחמי מגורים חדשים ומודרניים. בשנת 2022 צפויה להיות מושלמת בנייתן של 2,300 יחידות דיור בשכונת נאות שמיר במערב העיר, וכ־12,000 יחידות דיור נוספות יוקמו במזרחה במסגרת הסכם הגג. העירייה מעודדת חיזוק מבני מגורים במסלול של תמ״א 38 ובמספר רחובות כבר אושרו תוכניות לבנייה.
מערכת תת־קרקעית לפינוי פסולת.
בשכונות החדשות הותקנה בבנייני המגורים ובמוסדות הציבור והמסחר מערכת פנאומטית סגורה של צנרת תת־קרקעית, ראשונה מסוגה בישראל, המאפשרת פינוי ישיר בוואקום של האשפה הביתית למרכז פינוי הממוקם מחוץ לשכונה. יבנה היא העיר הראשונה בישראל אשר יישמה הטמעה של מערכת פנאומטית לניהול מערך פינוי האשפה, אשר הביאה לשינוי בכל הקשור לפינוי האשפה, החל מהרמה של בית אב ועד לרמה הכלל עירונית. המערכת מופעלת ומבוקרת על ידי מערכת ממוחשבת ממרכז הפעלה ראשי על ידי מפעיל אחד בלבד. הדבר מביא לשיפורים משמעותיים בניהול מערכת פינוי האשפה. בכל קומה בבנייני המגורים יש שני פתחי אשפה - לאשפה רטובה ולאשפה יבשה – שאליהם משליכים הדיירים את הזבל, ומכאן הוא ממשיך דרך מערכת צינורות משותפת שמוטמנת באדמה. האשפה נשאבת בצינור אל המערכת המרכזית, ועוברת טיפול המאפשר מיון, צמצום נפח והרחקת ריחות. המכלים נאספים במשאיות ומובלים אל אתר אשפה.
את המערכת מפעילה חברה פרטית, שזכתה במכרז של העירייה בשיטת B.O.T ל־24 שנים. מחקר שנערך במוסד שמואל נאמן למחקר מדיניות לאומית בטכניון, בעבור המשרד להגנת הסביבה, קובע כי המערכות האוטומטיות לאיסוף פנאומטי של פסולת הן חלופה מתקדמת למערך איסוף הפסולת במשאיות - ומפחיתות משמעותית הוצאות תפעוליות, בעיקר בשכונות גדולות עם מבנים רבי־קומות. בשנת 2017 הוענק לעיר פרס לחדשנות מוניציפלית מטעם משרד הפנים על תכנון והקמת המערכת התורמת לאיכות הסביבה והחיים.
פיתוח העיר.
תוכנית המתאר של יבנה מבוססת על מתן מענה להיקף אוכלוסייה של כ־105,000 נפש לשנת היעד 2035. התוכנית כוללת תוספת של כ־10,000 יחידות דיור בשטחי פיתוח חדשים, ועוד כ־7,700 יחידות דיור בשטחי הבינוי הקיימים בעיר, תוספת של כ־1,144,000 מ"ר שטחי תעסוקה, הן במסגרת עיבוי שטחי תעסוקה קיימים והן במסגרת תוספת שטחי פיתוח חדשים. התוכנית כוללת תוספת של כ־174,000 מ"ר שטחי מסחר, כ־206 דונם עבור שטחי מבנים ומוסדות ציבור וכן מערך שבילי הליכה ואופניים, הרחבת שטחי הפיתוח של העיר ממזרח לכביש 42, הקצאת שטח למכללה ופארק עירוני לאורך נחל שורק. התוכנית מייצרת חיבור בין כל חלקי העיר, זאת בדגש על הרחבת מרכז העיר הוותיק הממוקם בין שדרות דואני בצפון לחטיבת גבעתי בדרום ליצירת רצף של פעילות מסחרית וציבורית. אזור זה מיועד לעבור התחדשות עירונית כאזור בעל שימושים מעורבים המיועד למסחר, תעסוקה ומגורים בין תחנת הרכבת המזרחית ועד לתחנת רכבת יבנה מערב בצמוד לכביש 4. בשנת 2016 נחתם הסכם גג לבניית 13,000 יחידות דיור. בשנת 2018 החלה בנייתה של שכונת נאות־שמיר בדרום מערב העיר עם כ־2,300 יחידות דיור, מתוכן 1,981 במסגרת תוכנית מחיר למשתכן.
אוכלוסייה.
מראשית שנות השמונים ועד היום נרשמה הגירה חיובית. קצב הגידול השנתי עומד על כ־4% לשנה. תוכנית אב להרחבת יבנה אושרה ותאפשר תוספת של 16,000 יחידות דיור חדשות אשר יביאו את אוכלוסיית העיר לכדי 95,000 נפש עד שנת 2035.
חינוך ותנועות נוער.
בתי ספר.
ביבנה ארבעה בתי ספר תיכוניים - קריית החינוך גינסבורג, קריית החינוך ע״ש יצחק נבון, אורט־אורמת והתיכון התורני מדעי נריה. שיעור הזכאות לבגרות בקרב כלל תלמידי העיר עומד על 89.9% בשנת הלימודים תש"פ. בשנת 2019 בעיר 28 בתי ספר ו-122 גני ילדים. ביבנה לומדים בשנת הלימודים תשע"ח כ-12,000 ילדים ובני נוער, מתוכם 3,300 ילדי גן, כ-8,000 תלמידים בבתי ספר יסודיים, חטיבות הביניים ובתיכונים. בכל אחד מבתי הספר היסודיים פועלת תוכנית ייחודיות לימודית כנושא מוביל, לדוגמה לימודי טבע, מוזיקה, יזמות רב-תחומית, אומנויות השפה, לימודי ארץ ישראל ועוד. מדי שנה מעניקה העירייה מלגות כספיות לסטודנטים מקומיים לעידוד השכלה גבוהה. בשנים 2005 ו-2020 זכתה העיר בפרס החינוך היישובי הארצי מטעם משרד החינוך. בעיר פועל רדיו אוניברסיטאי המופעל על ידי תלמידי התיכון בשיתוף קול ישראל. בבתי הספר פועלות כיתות מתוקשבות ללמידה במרחב שיתופי מקוון. אשכול פיס למדע, טכנולוגיה ואמנות הוא מרכז מדעים עירוני בו מתקיימת פעילות מדעית ענפה במעבדות משוכללות ומרכז מחוננים ומצטיינים אזורי. שיעור הגיוס לצה"ל וליחידות מובילות עומד על 79.93% בשנת 2018.
בעיר 28 בתי ספר:
חינוך משלים.