סלובניה וקרואטיה החלו במאמץ משותף להפוך את יוגוסלביה ממדינה פדרלית לקונפדרציה. כאשר הממשל האמריקאי בראשות הנשיא ג'ורג' הרברט ווקר בוש התמקד בעיקר בברית המועצות, בגרמניה ובמשבר במפרץ הפרסי, איבדה יוגוסלביה את החשיבות הגאו-אסטרטגית ממנה נהנתה במהלך המלחמה הקרה. בעוד וושינגטון ניסתה במהלך קיץ 1990 ליצור תיאום מוגבל עם בעלות בריתה המערביות למקרה שהמשבר היוגוסלבי יהפוך לעקוב מדם, ממשלות מערב אירופה שמרו על גישה של צפייה מהצד ונמנעו מלהתערב. במקביל, היחסים בין הרפובליקות ביוגוסלביה יצאו מכלל שליטה. תושבי סלובניה הצביעו ברוב מוחץ בעד עצמאות בדצמבר 1990. גם משאל עם קרואטי במאי 1991 תמך בעצמאות מלאה. מזכיר המדינה האמריקאי ג'יימס בייקר נסע לבלגרד כדי להיפגש עם מנהיגי יוגוסלביה ולקבוע פתרון מדיני ללא הועיל. סלובניה וקרואטיה הכריזו שתיהן על עצמאות רשמית ב-25 ביוני 1991.
הצבא העממי היוגוסלבי (JNA), שלמעשה היה נאמן קודם כל לבלגרד ולרפובליקה הסרבית, התערב בסלובניה בכיבוש צבאי במטרה להשיב סדר אזרחי, אך הוא נסוג לאחר 10 ימים, ובכך למעשה הושלמה היפרדותה של סלובניה מיוגוסלביה. עם הנסיגה מסלובניה, התמוסס חזונו של ראש ממשלת יוגוסלביה הפדרלית, אנטה מרקוביץ', לשמור על אחדות הפדרציה. במקביל גם מקדוניה הצפונית זלגה מידיה של בלגרד. ב-8 בספטמבר 1991 נערך בה משאל עם שעבר והביא לעצמאותה. עיקר הכוחות היוגוסלבים היו מעורבים באותה העת במאבק מול קרואטיה, סלובניה ובוסניה-הרצגובינה בצפון, כך שמקדוניה הצפונית לא הייתה מעורבת במאבק. הוסכם על מספר שינויים קלים בגבולותיה עם יוגוסלביה על מנת לפתור כמה בעיות שהתעוררו בסימון הגבולות.
במקביל, המיעוט הסרבי בקרואטיה הכריז על עצמאות משלו מהרפובליקה ועל רצונו להצטרף לסרביה, ועורר אלימות בין מיליציות חמושות. ה-JNA התערב בסכסוך לכאורה כדי להפריד בין הלוחמים, אך מהר מאוד התברר שיתוף הפעולה שלו עם הסרבו-קרואטים. מלחמת העצמאות של קרואטיה פרצה, והביאה לעשרות אלפי הרוגים, ולמאות אלפי בני אדם עקורים. הרס רחב היקף של הארץ התרחש במלחמה ובמקביל שני הצדדים ביצעו פשעי מלחמה.
המלחמה בבוסניה ותחילת ההשמדה.
קרואטיה הונהגה בידי הנשיא פרניו טוג'מן, שהיה לאומן קרואטי והתנגד לסרביה מחד ולבוסניה מאידך. מיליציות חמושות של קהילות סרביות החלו לפעול לאורך הגבול הקרואטי-סרבי והגבול הקרואטי-בוסני. הסרבים חששו מפני אפשרות שממשלה קרואטית לאומית תבצע בהם טיהור כפי שהיה במלחמת העולם השנייה, ומכאן הגורם העיקרי למיליטנטיות שהפגינו הקהילות הסרביות ברחבי קרואטיה ובוסניה והרצגובינה.
הרפובליקה הסרבית של קראינה הכריזה על היפרדותה מקרואטיה העצמאית, ודרך תמיכה סרבית החלה להניס את כוחות הצבא הקרואטי ממקום מושבם לאחר סדרת קרבות עקובים מדם, הנודע שבהם היה הקרב על ווקובאר. עם תחילת הנסיגה הקרואטית בחזית, הטילו המיליציות הסרביות מצור על דוברובניק. המצור נמשך 34 שבועות ו־6 ימים אך העיר מעולם לא נכנעה. כבר בשלב זה של המאבק נערכו מספר פשעי מלחמה, כגון רצח שבויי מלחמה קרואטים בידי הצבא הסרבי בווקובאר וטבח האזרחים הסרבים בגוֹסְפִּיץ' בידי הצבא הקרואטי.
בינואר 1992, האו"ם התערב במלחמות והוביל להסדר הפסקת אש בין הכוחות הסרבים לקרואטים. גם הממשל הסרבי בבלגרד וגם הממשל הקרואטי בזאגרב רצו לבתר את בוסניה והרצגובינה ביניהם במסגרת השאיפות הטריטוריאליות שלהם. כאשר במרץ הצביעו רוב תושבי בוסניה והרצגובינה בעד עצמאות והמדינה הוכרה כריבונית בקרב האומות המאוחדות, התמנה אלייה איזטבגוביץ' לנשיא. במקביל פרצה מלחמת בוסניה כאשר יושביה הסרבים של הארץ החלו במרידות בהקמת מיליציות עצמאיות והכריזו על הקמתה של רפובליקה סרפסקה, שלמעשה הייתה חלק ממהלך הקידום של "סרביה הגדולה". עם פרוץ המלחמה, כבר ב-2 באפריל, הטילו המיליציות הסרביות, שקיבלו במהרה תגבורת סרבית מטעם הצבא היוגוסלבי, מצור על הבירה הבוסנית, סרייבו. באוקטובר 1992 נפתחה חזית מלחמה נוספת בבוסניה, כאשר קרואטיה התערבה בתככים האתניים הפנימיים בין קרואטים לבוסניאקים בתוך שטחי בוסניה ובכך פרצה המלחמה הקרואטית-בוסנית. במסגרת המלחמה, הקהילה הקרואטית של הרצג-בוסניה הכריזה על עצמאותה והיפרדותה מהרפובליקה של בוסניה והרצגובינה בכדי להתאחד עם קרואטיה. עיקר הצבאות שהיו מעורבים במאבק בבוסניה ובכלל בתוך שלל מלחמות יוגוסלביה הורכבו משכירי חרב ומתנדבים לא מאורגנים, ורבים מאלו אחזו באידיאלים קיצוניים ובדלנים, ממוג'אהדין לנאו-נאצים.
צבא רפובליקה סרפסקה ועמדת בלגרד.
על ידי ניצול של טינה ישנה, ​​הערת רגשות לאומניים והסתה לחזון לאומני שקרא להקמה של "סרביה הגדולה", מילושביץ' בנה את בסיס התמיכה שלו. עד 1971, המוסלמים בבוסניה ייצגו את הקבוצה האתנית הגדולה ביותר בתוכה. במפקד האוכלוסין של 1991, אוכלוסיית בוסניה, שמנתה כארבעה מיליון איש, הורכבה מכמעט חמישים אחוז בוסניאקים. קודם משאל העם והכרזת העצמאות, הסרבים של בוסניה בחבל סרפסקה, שהונהגו בידי רדובאן קאראג'יץ' וגובו בידי ממשלת מילושביץ' בבלגרד, איימו בשפיכות דמים ובמלחמה כוללת במקרה ובוסניה והרצגובינה תכריז על עצמאותה מתוך יוגוסלביה בהנהגת הסרבים. יומיים לאחר שהקהילה האירופית וארצות הברית הכירו בעצמאות בוסניה, פרצה המלחמה.
במהלך המלחמה פעלו מספר קבוצות לא-סדירות. מהסרבים-"הנשרים הלבנים" (המכונים צ'טניקים), משמר המתנדבים הסרבי (המכונה "נמרי ארקאן", בראשותו של ז'לקו רזנטוביץ'), מהבוסנים-"הליגה הפטריוטית", "הכומתות הירוקות", ומהקרואטים-"כוחות ההגנה הקרואטים". הכוחות הסרבים והקרואטים כללו מתנדבים מסרביה ומקרואטיה ונתמכו על ידי מפלגות לאומניות במדינות הללו. ישנן גם טענות על תמיכת השירותים החשאיים של סרביה וקרואטיה בהם.
בשורות הסרבים נלחמו גם מתנדבים סלאבים, בעיקר רוסים. מתנדבים יוניים ממשמר המתנדבים היווני לקחו חלק בטבח סרברניצה, ודגל יוון הונף בעיר לאחר שנפלה לידי הסרבים. בכוחות הקרואטים שירתו מתנדבים מערביים, והם קיבלו תמיכה מנאו-נאצים גרמנים ואוסטרים. מתנדב שוודי בשם ג'קי ארקלב הורשע בפשעי מלחמה נגד בוסנים-מוסלמים עם שובו לשוודיה. הבוסנים קיבלו תמיכה מטעמן של מיליציות מוסלמיות ואנשי מוג'אהדין למיניהם. לפי דיווחים אמריקניים, מאות אנשי משמרות המהפכה האסלאמית מאיראן תמכו בממשלה הבוסנית במהלך המלחמה. רובה של הבירה סרייבו נשלט על ידי הבוסנים. צבא רפובליקה סרפסקה הטיל עליה מצור לאורך כל המלחמה. מספר הפסקות אש נחתמו והופרו. האו"ם ניסה ללא הצלחה לעצור את המלחמה.
ב-9 בינואר 1992, אספת הסרבים הבוסנים קיבלה החלטה המכריזה על "הרפובליקה הסרבית של בוסניה והרצגובינה". ב-28 בפברואר, הצהירה האספה ששטחי הרפובליקה כוללים את "שטחי האזורים האוטונומיים הסרבים ושטחי ישויות סרביות אחרות בבוסניה והרצגובינה, ובכללם האזורים בהם הסרבים היו למיעוט בעקבות רצח העם שבוצע נגדם (בידי הקרואטים) במלחמת העולם השנייה", והוכרז שהיא מהווה חלק מיוגוסלביה. משטרו של מילושביץ' היה לאומני, גזעני ופשיסטי, הוא שינה את הרכב הצבא כך ש-90% מאנשיו היו סרבים, הרחיב את סמכות מוסדות המדינה על המוסדות הכלכליים, התקשורת הציבורית והביטחונית של המדינה כדי לתמוך בלאומנים סרבים בתוך סרביה עצמה וגם בקרואטיה ובבוסניה.
מהלך רצח העם.
אתרי השמדה ורצח המוני.
החל משנת 1992, לאחר ההשתלטות על סביבת העיירה פריידור שבצפון-מערב בוסניה בידי אנשי המיליציות הסרביות של סרפסקה, נאלצו התושבים שאינם סרבים לענוד סרטים לבנים על הזרוע שלהם. העיתונות הסרבית החלה לפרסם תעמולה מטעם השלטונות הסרבים בעיירה. רשות הרדיו המקומית החלה לשדר תעמולה אנטי-קרואטית ואנטי-בוסניאקית ותחנות טלוויזיה החלו לשדר ראיונות עם מנהיגים סרבים רדיקליים ושירים לאומניים פרו-סרבים שהיו אסורים בעבר. בהמשך נכנסו כוחות סרבים לתוך העיר, הורו על פיזור האספה העירונית והסדירו משטר צבאי. עם הסדר הממשל הצבאי נשלחו כלל התושבים הלא-סרבים למחנות ריכוז. נשים נלקחו למחנה טרנופוליה, שם נאנסו באופן שיטתי על בסיס קבוע וקציני המחנה היו מכים את כל האסירים ללא הבחנה בכל נשק שהגיע לידיים. ההערכה היא שכ-7,000 אנשים עברו במחנה טרנופוליה. בסביבות 5,200 איש נרצחו בטבח פריידור.
לפני ההתפרקות הסוערת של יוגוסלביה, העירייה וישגרד היושבת בדרום-מזרח בוסניה והרצגובינה (בקירוב לגבול הבינלאומי עם סרביה) הייתה קהילה שלווה ורב-אתנית. וישגרד הייתה ידועה לתיירים בעיקר בעקבות גשר מהמט פשה סוקולוביץ' שהוקם בימי האימפריה העות'מאנית. המלחמה שינתה את פניה של העיירה לחלוטין. במהלך 1992, מספר חודשים פרוץ מלחמת בוסניה, המתיחות האתנית הגיעה לנקודת רתיחה בתוך העיירה. הבוסניאקים המוסלמים יושבי המקום החלו לסבול תקיפות ורדיפות שנעשו באופן שיטתי, כולל עינויים, חטיפות והריגות, מה שגרם לשינוי דמוגרפי מסיבי שפירושו היה כמעט חיסול מוחלט של האוכלוסייה המוסלמית באזור. בסביבות 3,000 בוסניאקים נרצחו בווישגרד, אך עיקר האוכלוסייה המוסלמית באזור ברח בעקבות עקירה המונית.