חומת הסוגרים שימשה למגורים עבור מגיני מצדה שהשתמשו בכל הסוגרים כחדרים או אפילו כדירות וכלי בית וממצאים אחרים המעידים על חיי יום-יום שהתנהלו בתוך חומות מצדה נמצאו על ידי החופרים, ובהם שרידי בגדים, כלים מחומרים שונים ועשרות מטבעות מתקופת המרד. בניגוד לממצאים המעידים על הצתת בתי מגורים על מצדה, ניכר כי האש פסחה על יחידות המגורים שבחומות, והממצאים נמצאו מושלכים על הרצפה או במקומות אחסון ולעיתים נמצאו כלים על תנורים. במקרים מסוימים נמצאו שרידים מפוחמים בפינות הסוגרים - עדות לכך שמשפחות אספו את מטלטליהן והציתו אותן במרוכז.
על מנת לפתור את בעיית הדיור על מצדה בנו מגיני מצדה בקתות מבוץ ושברי אבנים סביב הארמונות הקטנים, בסמוך לחומה, וקבוצה נוספת בחלק הדרומי של מצדה. החופרים כינו מבנים אלו בשם "מחנה המעבר" ההשערה היא כי בקתות אלו נבנו בשלבי המרד האחרונים לאכסן את הפליטים שהגיעו למצדה.
בית הכנסת העתיק.
בית הכנסת העתיק במצדה הוא אחד היחידים מתקופת בית שני ונחשב לאחד הקדומים. הוא נבנה בצמוד לחומה בצד צפון-מערב של מצדה וממערב לבניין VII. בית הכנסת נבנה,על פי ההשערה ובהסתמך על מציאת גללי בהמות בין שתי רצפות המבנים כאורווה עבור בהמות, בחומת הסוגרים של מצדה. הורדוס לא בנה בית כנסת על מצדה. בשלבו השני, בעת המרד הגדול, הוסב לבית כנסת. זהו בניין מלבני שמידותיו הפנימיות 12.5X10.5 מטרים ובו שני טורים של שלושה עמודים. מסביב לקירות בית הכנסת בנו מגיני מצדה ספסלים מטויחים הבנויים כמדרגות ועשויים מפסולת בנייה ומשברי חוליות עמודים שנלקחו ממבנים הרודיאניים ובהם זוהו כותרות מהקומה התחתונה של הארמון הצפוני. פינתו הצפון-מערבית של הבניין היא חדר נפרד המשולב בחומת הסוגרים ובו נמצאה שכבת שרפה ובה שברי כלי זכוכית וברונזה. על רצפת המבנה נמצא אוסטרקון ועליו הכתובת "מעשר כוהן", וחרס נוסף עם הכתובת "חזקיה", בבור שנחשף מתחת לרצפת המבנה נמצאו קטעי מגילות ובהן טקסט עברי: שני הפרקים האחרונים של ספר דברים וחלקים מפרק לח' בספר יחזקאל וייתכן שהבור שימש כגניזה.
בבית הכנסת נערכים היום טקסים דתיים, בין השאר בר מצווה, כאשר ספר תורה מועלה להר לשם קריאה בו בהתאם למקובל בימי שני וחמישי ובחול המועד.
מקוואות.
בחפירות נחשפו שני מקוואות ציבוריים ומספר רב של אגני היטהרות ואגנים לידיים. המקוואות הגדולים נחשפו בקצוות של מצדה, אחד בצפון ואחד בדרום, שניהם נבנו על פי ההלכה, כלומר בניית "אוצר" של מי גשמים ובמקושר אליו אגן הטבילה.
המקווה הדרומי נבנה בתוך סוגר 1197 ובסמוך למגדל 1196. במקווה נבנו 3 בריכות שצופו בטיח אפור אטום למים. אל הבריכה הגדולה הובילו 3 מדרגות ואליה זרמו מי גשמים שנאגרו על גג הסוגר דרך מוביל מים, הבריכה השנייה מחוברת לבריכה הגדולה באמצעות נקב השקה והיא זו ששימשה לטבילה אליה הובילו שתי מדרגות והיא קטנה יותר במידותיה. בריכה שלישית, הקטנה ביותר, שימשה לרחצה בטרם הטבילה. מחוץ לסוגר הוכשרו חדרים נוספים כחדרי הלבשה ובהן נקבעו גומחות בקירות, ככל הנראה עבור בגדי הטובלים, אולם כניסה עם ספסלים נבנה בכניסה למקווה משברי עמודים שנעקרו מהארמונות ההרודיאניים שעל מצדה.
המקווה הצפוני, הדומה במבנהו לדרומי, נבנה בצד המזרחי של החצר המרכזית בניין VII. במקווה נבנו שלוש בריכות אליהם נקשרה מערכת איסוף מים, החדרים הסמוכים למקווה לשימוש הטובלים נהרסו כמעט עד היסוד.
גילויים של מקוואות בחפירותיו של פרופ' יגאל ידין במצדה בשנת 1965 פתחו למעשה את המחקר הארכאולוגי של נושא זה. בחפירות אלו נתגלו מספר מתקני מים מדורגים, כאשר שניים מהם זוהו על ידי ידין כמקוואות טהרה. בספרו הפופולרי על חפירות מצדה ניתן למצוא תיאור מרתק של חשיפת המקוואות הללו, ושל ביקורו במקום של הרב דוד מינצברג, מגדולי המומחים בהלכות מקוואות, אשר לשמחתם של כל הנוכחים פסק מיד שהמקווה הדרומי שבחומת הסוגרים של מצדה כשר למהדרין: "משופרא דשופרא שבע פעמים".
חדר הגורלות.
בנקודה שסומנה בעת החפירות כ"לוקוס 113", בחדר שער פנימי המקשר בין שער המים ואגף המחסנים, נחשפה קבוצה של 11 אוסטרקונים. על פי צורת הכתב נראה שהאוסטרקונים נכתבו על ידי אדם אחד. בכל אוסטרקון רשום שם אחד. עם חשיפתם ייחס ידין את האוסטרקות כגורלות אותם הטילו המגנים לפני ההתאבדות. להתרגשות הרבה הוסיפה ההתאמה לסיפורו של יוסף בן מתתיהו וזיהוי השם "בן יאיר" בין אחת האוסטרקות.
ממצאים אחרים.
ממצאים רבים ומגוונים התגלו בחפירות שנערכו במאה האחרונה במצדה. למעלה מ-1,600 פריטים שונים הכתובים בארמית, ביוונית (שניהם בכתב נבטי) או בלטינית. 15 כתבי יד הכתובים עברית, רובם מכילים קטעי מקרא או ספרים חיצוניים. מהם 14 הכתובים על קלף ובכתב עברי מרובע, ואחד מהם כתוב באלפבית עברי עתיק ועל גבי פפירוס, ככל הנראה שומרוני. בין כתבי היד שהתגלו ישנם קטעי מקרא, קטעי פרשנות למקרא, קטעים מן הספרים החיצוניים, וכמה טקסטים לא מזוהים. בנוסף התגלו באתר מטבעות, כלים ומנורות שמן לרוב.
בסוגר 1039 בסמוך לבית הכנסת נמצאו שרידים רבים ובהם אבני דירדור, שרידי כלים וכלי נשק, וקטעי מגילות שבזכותם זכה לשם סוגר המגילות. חופרי מצדה מניחים כי הסוגר שימש את החיילים הרומאיים שבזזו את מצדה והשליכו את החפצים בהם לא רצו בסוגר. בין היתר נמצאו קטעים משירות עולות השבת המיוחס לכת האיסיים. כן נמצא בסוגר מסמך המתעד תשלום משכורת לפרש מן הלגיון העשירי. התלוש מלמד כי החייל, גאיוס מסיוס, יליד הקולוניה בירות, קיבל משכורת שלוש פעמים בשנה. הוצאותיו על לבוש, ציוד ומזון לו ולסוסו נוכו מהמשכורת.
בשנת 2007 פורסם כי חוקרים במכון הערבה ללימודי הסביבה שבקיבוץ קטורה הצליחו בשנת 2005 להנביט חרצן תמר בן 1,900 שנה שנמצא במצדה ולגדל אותו לעץ קטן, שזכה לשם מתושלח - האחרון לזן ארץ ישראלי נכחד.
מצדה כמיתוס.
במסורת הרבנית.
סיפור מצדה אינו מוזכר כלל במשנה או בתלמוד. הקווים העיקריים בסיפור - ההתאבדות והרג הנשים והילדים - היו זרים לרוח ספרים אלו. אפשר גם שהפרושים, אויבי הקנאים, ראו את הפוטנציאל הטמון בסיפור ורצו לעקר את הדחף למרד. המופת והדוגמה של חז"ל נלקחו מרבן יוחנן בן זכאי, שברח מירושלים הנצורה ובברכת הרומאים הקים את המרכז היהודי ביבנה.
ספריו של יוסף בן מתתיהו לא שומרו במסורת הרבנית, ורק במאה העשירית נוצר מגע ראשון בינה לכתביו עם חיבור "ספר יוסיפון", עיבוד מסורס ומקוצר של כתביו שזכה לתפוצה רחבה יחסית בקהילות יהודיות. בגרסת יוסיפון, שהלמה את ההשקפה הרבנית, מצאו הקנאים את מותם בקרב נואש נגד הרומאים ולא נטלו את חייהם במו-ידם. אולם סיפור ההתאבדות מובא ביוסיפון בהקשר של ירושלים.
בדורות מאוחרים יותר התייחסו רבנים לסיפור ההתאבדות במצדה והצדיקו אותה. כותב האדמו"ר רבי יקותיאל יהודה הלברשטאם מצאנז על ההתאבדות ביוסיפון: "ואפשר שחששו שאם הרומיים ילכדו אותם חיים ויענו אותם ייגרם מזה צרות רבות לכלל ישראל כידוע מסדר המלחמה, ולפיכך שלחו יד בעצמם."
יחד עם יתר עבודתו של יוספוס, סיפור מצדה היה מוכר מאוד בעולם הנוצרי והפך לסמל לקנאות עיוורת ונואשת. ב-1943, למשל, כשהרמן גרינג השווה את החיילים הגרמנים בסטלינגרד למגיני תרמופילאי, התבדחו כמה מקציניהם באופן פרטי כי ההתאבדות במצדה מהווה תקדים הולם יותר.
מיתוס ציוני.
התנועה הציונית בתחילת דרכה אימצה את מצדה ונאום בן יאיר כסמל לשאיפה לחירות והתחדשות לאומית תוך לחימה לא מתפשרת עד השגת המטרה או מוות. לצורך קידום המיתוס והאתוס הנלווה אליו, ומתוך הסתמכות על מידע היסטורי מוגבל, נבנה סיפור ששינה את הכרוניקה של מצדה כפי שעולה מספרו של יוסף בן מתתיהו על מנת להתאימו ללקח המתחייב.
הציונות, כתנועה מחדשת, שללה את הגבורה הפסיבית של קידוש השם, שאפיינה את היהדות הגלותית לדעתה, וביקשה להדגיש גבורה פעילה יותר, תוך בניית מיתוסים של גבורה על מנת ליצור, על בסיס ההיסטוריה היהודית, אנטיתיזה לדימוי הגלותי-אנטישמי ולקשור את הציונות לארץ ישראל. במהלך בניית האתוס הציוני בלט מיכה יוסף ברדיצ'בסקי, שהציב כמודל לאידיאל ציוני את מרד המכבים ומרד בר כוכבא כמיתוסים שבמרכזם עומד לוחם יהודי קנאי המגלם את מוטיב הגבורה. כמודל אימץ ברדיצ'בסקי את סיפור המצור על מצדה, תוך שהוא משמיט ממנו את זהותם של הלוחמים אותם מתאר יוסף בן מתתיהו כרוצחים של בני עמם ואינו חוסך מהם את שבט לשונו.
החיפוש אחר סמלים יהודים מתחדשים הביא לאימוץ המכבים מחד ומצדה, שהתאימה - בתיאורה על ידי ברדיצ'בסקי - כמעוז אחרון של יהודה העצמאית, ומגיניה כסמל למסירות נפש לאומית, לשמש כ"אתר פולחני" - בלשון הסוציולוג ד"ר מולי ברוג שני אירועים היסטוריים אלו התאחדו למיתוס כולל אחד. ומצדה הפך מוקד של עלייה לרגל. גבורתם של מגיני מצדה התפרשה כמלחמה למען חופש המולדת והתאבדותם כמוצא של כבוד בפני עבדות, כך הושג הניצחון הסופי "והצדק יצא לאור".
בשנת 1923, במקביל לעלייה השלישית, יצא לאור בוורשה תרגום חדש, מאת ד"ר יעקב נפתלי שמחוני, לספר "מלחמת היהודים". אף על פי שהספר תורגם לפני כן, נגישותו של התרגום והמבוא מאיר העיניים החזירו את העניין בספר בכלל ובסיפור מצדה בפרט. המתרגם לא נמנע מהבעת עמדה המציגה באור חיובי את יוסף בן מתתיהו ודרכו את לוחמי המרד הגדול - ברוח התקופה, אך בניגוד למסורת בה המרד ומוביליו נחשבו למביאי אסון.
הפואמה "מסדה" של יצחק למדן.
בשנות ה-20 של המאה ה-20 כתב המשורר יצחק למדן את הפואמה מסדה, המבטאת מרכיבים מרכזיים בהגות הציונית, ומדגישה את ערכי הצמא לחירות, לאומיות וגבורה, שיאה של הפואמה במשפט המפורסם שהפך למעין שבועה לאומית: