במהלך הוועידה הציונית השלישית שהתקיימה ברוסה באוגוסט 1902 התחזק מעמדם של הניצים בתנועה הציונית ומייד לאחריה, חלה החרפה משמעותית במאבק בין התנועה הציונית לרשת כי"ח. המאבק לווה בפרסומים בעיתונות היהודית המקומית וליבו התחולל בפלובדיב על רקע סירוב הוועד המרכזי של "אליאנס" להגדיל את מספר שעות לימוד העברית. הציונים האשימו את הנהלת הרשת בכך שהיא משרתת אינטרסים צרפתיים בבולגריה והוסיפו האשמות על אי סדרים כספיים. רבה הראשי של יהדות בולגריה מרדכי אהרנפרייז ניסה להתערב ולפשר בסכסוך, אך ללא הצלחה. בהמשך, פיטר הרב הראשי את חברי ועד בתי הספר שנמנו עם התנועה הציונית ואת ראשי ועד הקהילה שנמנו עם מתנגדיה. פעולותיו של הרב הובילו להתקפות אישיות עליו, בעיקר מקרב ניצי התנועה הציונית אשר סירבו לכל פשרה. בפלובדיב הפך הסכסוך אלים, והוביל לבנייתה של חומת אבן שהפרידה בין בית הספר הקהילתי ובין בית הספר של רשת כי"ח, אשר היו ממוקמים באותו המגרש. בכך, נמנעה גישת תלמידי בית הספר של כי"ח לחצר המשותפת. הוועד המרכזי של כי"ח התלונן בפני נציגים רשמיים צרפתיים והעניין הוביל לתקרית דיפלומטית בין צרפת לבולגריה. שר החוץ הצרפתי תאופיל דלקאסה (בצרפתית: Théophile Delcassé) שלח מחאה רשמית לבולגרים והעביר את מקום מושבו של הקונסול הצרפתי מהעיר. סכסוך דומה פרץ גם בסופיה ובעקבותיו פרסם ישועה כלב מאמר בעיתון "אל דיאה" ובו תקף בחריפות את הוועד המרכזי של כי"ח. כפועל יוצא, הוחרף גם המאבק הפנימי בתנועה הציונית ובמהלך הוועידה הרביעית שהתקיימה במרץ 1904 בפלובדיב, נבחר מרקו רומנו מניצי התנועה ליושב ראשה והוא החליף את יקיר רומנו, איש הפלג המתון.
ב-1907, הוכתה התנועה הציונית המפולגת בבחירות לוועדי הקהילות ושוב התחזק מעמד המתונים. בינואר 1909 הגיעה משלחת רשמית של הנהלת "אליאנס" לפגישה עם נציגי קהילות בבולגריה והרב הראשי מרדכי אהרנפרייז ובמהלך הדיונים הושגו הסכמות לגבי נושאים רבים שהיו שנויים במחלוקת ובכלל זה הנחלת העברית כשפת הלימוד בגני הילדים ובחלק ממקצועות בלימוד בבתי הספר, קבלת מורים לעבודה בבתי הספר של כי"ח שאינם בהכרח מטעם הרשת ומינוי סגני מנהלים על ידי ועד הקהילה. ניצי התנועה הציונית פעלו להכשלת הסיכום וראשי תנועת כי"ח הודיעו על עזיבת הרשת את בתי הספר בפלובדיב, וארנה ופאזארג'יק. הכשלת הסיכום עליו עמל הרב אהרנפרייז הצית מחדש את הסכסוך בין התנועה הציונית לבינו.
במקביל למאבק ברשת כי"ח, טיפחה התנועה הציונית את בתי הספר הקהילתיים כמשקל נגד לבתי הספר של "אליאנס", תוך הזמנת מורים וגננות מארץ ישראל והטמעת לימודים בעברית. למאבק נגד הרשת היו שותפים גם חברי פועלי ציון בבולגריה. כפועל יוצא מהמאבק החליטה רשת "כי"ח" לסגור את בתי הספר בבולגריה והמבנים עברו לרשות ועדי הקהילות בערים השונות. במקביל, התחולל מאבק על אופיו של החינוך בין צעירי התנועה הציונית למשפחות הנכבדות ה"נוטאבלים" בקהילות השונות, אשר שאפו לשמר את כוחם, את המסורת ואת שפת הלאדינו כשפה המובילה. משזכתה בולגריה בעצמאותה, החלו משפחות אלו לאבד את מכוחן משום שהתבסס על קשר רב שנים מול השלטונות העות'מאניים שכרוך היה גם באינטרסים כלכליים משותפים. היו אלו דווקא ילדי משפחות הנוטאבלים, ששבו מלימודיהם מחוץ לבולגריה, אשר עמדו בראש המאבק נגד ההגמוניה שלהן ומביניהם ניתן לציין את ישועה כלב ומרקו רומנו. היה זה תהליך הדרגתי ולא פשוט שלעיתים חצה משפחות וגם הוא הסתיים בניצחון התנועה הציונית.
ביסוס בתי הספר הקהילתיים.
לאחר שרשת "כל ישראל חברים", שתמכה כלכלית גם בבתי הספר הקהילתיים, עזבה את בולגריה, התקשו בתי הספר להתנהל בשל הקשיים הכלכליים וראשי מערכת החינוך התלבטו לגבי הדרכים לעצבה ולהתוויית מוסדותיה. המאבק המחריף מול הרב אהרנפרייז העצים עוד את המשבר. ראשי התנועה הציונית אשר השתלטו בהדרגה על הקונסיסטוריה היהודית פעלו לארגונה מחדש של מערכת החינוך ומיצובה בקהילות השונות כחלופה הנבחרת לילדי הקהילה. ב-11 במאי 1912 נערכה בסופיה הוועידה הראשונה של ועדי בתי הספר הקהילתיים בהשתתפות 16 נציגי קהילות. ליושב ראש נבחר מרקו רומנו. הוועידה שלחה מברק ברכה למלך בוריס השלישי וזה בצעד חריג השיב אישית וציין, כי הוא נרגש ממסירותם של יהודי בולגריה ומעריך את יוזמתם להעמקת ההשכלה בקרבם. ועידה זו קבעה אבני יסוד, אשר התוו את התנהלותם של מוסדות החינוך הקהילתיים בבולגריה. בהחלטותיה של הוועידה נקבע, כי מטרת בתי הספר להעניק חינוך דתי ולאומי, להשריש את העברית תחת הלאדינו ולהכשיר את ילדי הקהילה להשתלבות בחיי הכלכלה בבולגריה על ידי לימוד תכנים מתאימים ובכלל זה השפה הבולגרית. עוד נקבע כי בתי הספר יהיו מעורבים לבנים ולבנות גם יחד, בקהילות הגדולות יונהגו כיתות פרו-גימנסיה (ה'-ז') ומקצוע ההוראה ימוצב מחדש על ידי הגדלת שכר המורים ויצירת מדרג קידום תלוי ותק והשכלה. עוד קבעה הוועידה שיש לנתק את ניהול בתי הספר ממוסד הרבנות הראשית, משום שהוכח כי הרב מרדכי אהרנפרייז הזיק להתפתחותם של בתי הספר הקהילתיים. ב-1914 עזב הרב אהרנפרייז את בולגריה.
במהלך מלחמת העולם הראשונה הקשה אחוז המגויסים הגבוה על פעילות הקהילות השונות. אחוז הנפגעים הגדול מקרב בני הקהילה פגע גם בסגל ההוראה. ב-1915, קם בפלובדיב ועד ציוני עצמאי בראשות יקיר רומנו וזה הקים ועדה בראשות הרב שמואל בנימין בכר, שמטרתה לסייע ברכישת ספרי לימוד מחוץ לבולגריה ולספקם לבתי הספר הקהילתיים. ב-1919 שבו מוסדות החינוך הקהילתיים לפעול במתכונת חלקית, תוך מאבק בין הסוציאליסטים והקומוניסטים היהודים שגרסו שתוכניות הלימוד אמורות לחפוף לתוכניות הלימוד במוסדות הממלכה ובין הציונים שזכו בדרך כלל לרוב בוועדי בתי הספר השונים והטמיעו תוכניות לימוד בעלות זהות לאומית ציונית. בוועידה הציונית ה-10 שנערכה ב-1920 בסופיה, מתח חיים אהרן פרחי מראשי התנועה הציונית, ביקורת נוקבת על אופן התנהלותו והישגיו של החינוך הקהילתי היהודי. בהמשך, הוחלט להקים מחלקת חינוך במסגרת הקונסיסטוריה היהודית שנשלטה על ידי התנועה הציונית ובראשה מפקח מתחום החינוך. עוד נקבע כי יש לפנות לממשלת בולגריה ולרשויות המקומיות בערים השונות כדי שיתקצבו את בתי הספר, מתוקף ההכרה בהם במסגרת החוק להשכלת העם.
הקונסיסטוריה היהודית החלה לפקח על פעילות בתי הספר באמצעות מחלקת החינוך מטעמה, וראשון העומדים בראש המחלקה היה ישועה כלב. נפתחו קורסים למורים לעברית ולגננות וב-1922 מונה צבי צמחוני-בוכמן, שהובא מחוץ לבולגריה למפקח על בתי הספר הקהילתיים. במסגרת תפקידו דאג בוכמן להבאת מורים לעברית ורכישת ספרי לימוד אחידים מחוץ לבולגריה. בהדרגה, נלמדו מרבית התכנים בעברית, אם כי הצלחה מלאה של תהליך העברות נרשמה רק בבתי הספר היסודיים בסופיה, פלובדיב ופאזארג'יק.
ב-1924, תוקן "חוק השכלת העם" ובמסגרתו הוגדרו בתי הספר הקהילתיים כבתי ספר פרטיים המוכרים על ידי הממלכה הבולגרית. הוגדר שבתי הספר ינוהלו על ידי ועד נבחר המורכב מאזרחי בולגריה והבחירות תאושרנה על ידי בית משפט מחוזי בכל אחד ממחוזות בולגריה. החוק הכתיב תוכני חובה נדרשים בתוכנית הלימודים, ההכשרה הנדרשת למורים וספרי הלימוד. מתוקף ההכרה בהם זכו בתי הספר הקהילתיים לתמיכה כספית מסוימת מהרשויות המקומיות ותמיכה כספית סמלית מהממשלה הבולגרית.
ב-1924 נמנו בבולגריה 25 בתי ספר קהילתיים, מהם 20 בתי ספר יסודיים (כיתות א'-ד') ו-5 "פרו גימנסיות" (גם כיתות ה'-ז'). עוד פעלו 13 גני ילדים. בשלהי 1924 סיים בוכמן את תפקידו ובמקומו מונה יעקב לוי שהגיע מצרפת. בספטמבר 1925 הקימה מחלקת החינוך של הקונסיסטוריה מועצה פדגוגית עליונה לכל בתי הספר הקהילתיים שעם חבריה נמנו: יעקב לוי, ארבעת מנהלי בתי הספר בסופיה, פלובדיב, רוסה ופאזארג'יק שהיו הגדולים בבולגרים ומנהלת תוכנית ההכשרה לגננות. המשבר הכלכלי הוביל להגירה פנימית מקהילות קטנות לקהילות מבוססות בערים הגדולות. תופעה זו הביאה לקיטון משמעותי במספר הלומדים בבתי הספר הקהילתיים בקהילות הקטנות וב-1926 נסגרו בתי הספר בסמוקוב, בברקוביצה ובמונטנה. ב-1928 הוחל בתוכניות להקמת גימנסיות, אך תוכניות אלו לא מומשו. מאוחר יותר שופץ והורחב בית הספר ברובע העוני יוצ'בונאר שבסופיה בשל מספר המבקשים ללמוד בו.
המשבר הכלכלי העולמי של 1929 לא פסח על בולגריה ובתוכה על מערכת החינוך היהודית. בשל המשבר צומצמו תוכני וכיתות לימוד ונסגרו הפרו-גימנסיות בווארנה ובשומן. במקביל, וכדי לחסוך עלויות הפסיקה מחלקת החינוך של הקונסיסטוריה את יבוא הספרים מחוץ לבולגריה והחלה בהדפסתם והוצאתם לאור באופן עצמאי. ב-1931 נחנכו שני בתי ספר חדשים, האחד בפלבן והשני בפלובדיב שהוקם במקום בית הספר הישן אשר ניזוק קשות בשריפה שפרצה בו וברעש האדמה שפקד את העיר ב-1928. במאי 1932 סיים המפקח הכללי יעקב לוי את תפקידו, ובמקומו מונה יצחק נבון שהיה מנהל בית הספר בפאזארג'יק ונשלח על ידי הקונסיסטוריה ללימודי פדגוגיה בז'נבה ובאוניברסיטה העברית.