הוא פילל לתקומת מלכות ישראל, שראה בה מלכות קדושה בעלת מדרגה אלוהית, וסבר כי יש להתפלל לתקומתה מפני "שהיא קיום של ישראל, להמשיך שלומם וגדולתם ורוממותם והצלחתם". על בסיס האגדה שמשיח יושב בשערי רומי, סבר כי מלכות ישראל תצמח מתוך מלכות אדום, שתהווה מעין אינקובטור של מלכות ישראל, כשם שמשה גדל בבית פרעה, כי דרכו של עולם שהקודש צומח מתוך החול, כשם שהפרי גדל בקליפתו. דמותו הפרסונלית של המשיח מטושטשת אצלו ונתפסת יותר כמהות שמעבר למקום ולזמן, ועם זאת לובשת בהופעתה לבוש אנושי קונקרטי. בסמוך לימות המשיח הסביר את דברי חז"ל שתהיה ירידה ונפילה גדולה בעם ישראל, כמו רעב, התמעטות תלמידי חכמים ואף צרות קשות, מכיוון שהמדרגה הקודמת מסתלקת כדי לפנות מקום להוויה החדשה והעילאית של ישראל, ואז גם סבר שיופיעו בישראל נשמות מזן חדש ואיכותי, שיפעילו את התהליך הגאולי.
תורה ומדעים.
את החכמות הקיימות בעולם גם סיווג לשלוש. בראשן חכמת התורה שהיא שכל אלוהי על טבעי וניצבת ברום המעלה. לאחריה את המשנה שהיא כמו אמצעי, בין החכמה העליונה שהוא המקרא, ובין דרך ארץ שהיא חכמה האנושית, ולבסוף את דרך הארץ שנכללים בה גם המדעים האנושיים, שהאנשים מגיעים אליהם בשכלם. המהר"ל סבר כי התורה מקיפה הכול ולא חסר בה דבר, אך קרה לה מה שקרה לאדם, שיש לו נשמה קדושה, אבל הוא שרוי בגוף חומרי בעולם הזה, וכך גם התורה ומצוותיה אף שמדובר בדברים מעשיים, יש בהם סוד פנימי שעומד ברומו של עולם.
המהר"ל בעקבות חז"ל סבר שהתורה קדמה לעולם, והיא נבראה לפני שהעולם נברא. ויתר על כן הוא גם ראה בתורה את התוכנית האדריכלית של העולם ואת המנגנון הפנימי שלו ואת הלב שלו, את "סדר העולם" וגם את השכל העליון שמחולל את המצוות, שרק באמצעותו האדם, יוכל למצות ולהוציא אל הפועל את נפשו האלוהית ואת יתרונו על כל הנבראים. על פי משלי "כי נר מצווה ותורה אור" (), סבר שיש דמיון בין התורה לאור, כי התורה כאור היא דבר שמופשט מן הגוף ואיננו תלוי בו, וגם בשל התפיסה כי התורה היא אורו של העולם. כדי להגיע לתובנות של התורה, סבר שלא מספיק מאמץ אינטלקטואלי וידע אלא גם תיקון מידותי והתמסרות רבה. את התורה עצמה גם חילק לשלושה רבדים: רובד אחד הוא הנגלה המובן לכל אדם. רובד שני הוא רובד נסתר המובן רק לחכמים ולנבונים ורובד שלישי הוא רובד שקשור אל עולם הבא, שאפילו הנביאים לא יכלו להשיג ויובן רק בעולם הבא.
חלוקה משולשת נוספת הוא חילק במקצועות התורה עצמה: מקרא, משנה ולתלמוד. לפי משל האילן שחביב עליו, המקרא מדומה לשורש האילן, המשנה מדומה לגזע האילן, ואילו התלמוד לענפיו ופוארותיו של האילן. בהתאם לסיווג הידוע של חכמת האדם לסוגים שונים: חכמה, בינה ודעת, הוא סובר כי המקרא - תורה בכתב מאופיין כחכמה - התובנות הראשוניות של האדם, המשנה - שבעל פה מאופיינת כדעת - להבחין בין דבר לדבר, כפי שנאמר "אם אין דעת -הבדלה מנין?" והתלמוד מאופיין כבינה - להוציא ולהבין דבר מתוך דבר.
ככלל צידד וחייב לימוד מדעים וראה בהם סולם לעלות אל חכמת התורה והכרת הבורא. אחת מראיותיו היא שיש לברך על ראיית חכם מאומות העולם - "ברוך שנתן מחכמתו לבשר ודם". יוצא דופן במדעים הוא מדע האסטרונומיה שמהר"ל ראה בו "מדע יהודי" ("כי היא חכמתכם ובינתכם לעיני כל העמים"), שנמסר הלכה למשה מסיני, ויש חובה דתית ללומדו כמו שאר דברי תורה. עם זאת, ואולי בגלל זאת, לא קיבל המהר"ל את חידושו הגדול של בן דורו קופרניקוס, שהציג את המודל ההליוצנטרי, לפיו השמש במרכז, והמשיך לדבוק בדעה שרווחה עד אז, המודל הגאוצנטרי, לפיו כדור הארץ במרכז והשמש מקיפה אותו.
ביחס שבין הקבלה לפילוסופיה, בניגוד לרמ"א שקבע "כי חכמת הקבלה היא חכמת הפילוסופיה, רק שבשתי לשונות ידברו", סבר המהר"ל כי תהום פעורה ביניהן, וכי קביעה זו נובעת מחסרון ידיעה, "כי כאשר ידע ויבין הדברים אז ידע שהם רחוקים זה מזה בתכלית הריחוק".
הטבע והנס.
כהוגים יהודיים אחרים האמין בניסי המקרא, וחידושו היה שכמו שלחוקי הטבע יש חוקיות, גם לנסים יש סדר וחוקיות, ולכן הם דווקא מתרחשים בזמן מסוים ואינם תמידיים. בניגוד לרמב"ם, שסבר שעם בריאתו של העולם נקבע זמנם של הניסים ועניינם, ולכן הם חלק מהטבע ואינם קוראים תיגר על חוקי הטבע, לדעת המהר"ל קיים במקביל לעולם הזה עולם מטאפיזי על-טבעי ("העולם הנבדל"), שבעת יצירת ממשק בינו לבין העולם שלנו נוצרים נסים, כאשר לאישים מישראל כמו הנביאים, קיימת יכולת להיות ה"נתבים" של ממשק זה ("הנביאים על ידי שהיו דבקים בעולם הנבדל, היו פותחים שער הננעל הוא עולם הטבע"). עם זאת סבר שהקב"ה מעדיף שלא לבטל את חוקי הטבע אם יכול, באשר הטבע הוא "שלוחו של הקב"ה", ואף כאשר נעשים ניסים הם נעשים באופן שיהיה כמה שיותר קרוב אל הטבע, "כי הקב"ה מקרב כל הניסים אל הטבע כל מה דאפשר, שאין הקב"ה מבטל הטבע בחינם אם לא להכרח.".
אפשר לראות בהגות המהר"ל ניצנים ראשונים של תורת הקוואנטים, כאשר טען שבהתרחשות של נס, הטבע הרגיל איננו מתבטל, אלא ממשיך את פעולתו הטבעית, וקיימת למעשה מציאות מקבילה וחופפת בו-זמנית שהיא סובייקטיבית לעין המתבונן ("שני הפכים בנושא אחד") (ראו גם: פירוש העולמות המרובים). כך למשל תיאר שהנס של עמידת השמש בגבעון ליהושע התרחש רק באופק שלו, ואילו בשאר האופקים השמש המשיכה לנוע כרגיל במהלכה הטבעי. גם השקפתו "כי הזמן והמקום עניין אחד" ו"הם שייכים ומתייחסים זה לזה" היא חדשנית. בהתאם לתפיסה זו סבר בין היתר שדבר שאינו גוף ואין לו מקום הוא גם מעל לזמן ולכן הדברים הנבדלים הרוחניים פועלים בעולם במהירות ללא זמן.
משנתו החינוכית.
המהר"ל טען בנחרצות כנגד חוסר השיטתיות וחוסר רכישת היסודות בחינוך. לדעתו סדרי החינוך צריכים ללכת מהקל אל הכבד, ומהפשוט אל המסובך, על פי הכלל "לתת לנער משא, כאשר יוכל שאת, לפי טבעו." (גור אריה דברים ו' ז'). ולכן צריך להתחיל בגיל הרך במקרא, "שבה עיקרי הדינים והיא כמו שורש האילן", להמשיך בגיל העשרה בפשטות והבהירות של המשנה שהיא "היסוד הגדול ועמוד הברזל, שמדומה לגופו של האילן", ורק אחר כך בגיל הנעורים (חמש עשרה) להגיע אל התלמוד, שמדומה לענפיו ופוארותיו של האילן ובה "מלחמתה של תורה", כפי הסדר שהתוו חז"ל במשנה במסכת אבות, ושהיה נהוג בימי קדם.
גם לגבי צורת הלימוד הייתה לו דעה מגובשת, המהר"ל צידד בלימוד של בקיאות וברכישת רוחב ידע תלמודי, שיהיה עם האדם וילווה אותו בחייו, והתנגד לשיטת הפלפול וללמדנות שנהגה בישיבות ומחה נגדה בלשון קשה. הוא טען שהיא לא רק מפריעה לקנות ידע תורני, אלא אף גורמת לאדם ללמוד לימוד של הבל ושעשועי סרק, שאין בו תועלת ולמעשה יש בו נזק אינטלקטואלי. דבר נוסף שהוא דגל בו מאוד, היה חזרות מרובות על הלימוד, כדי שהדברים יהיו שגורים על ליבו של האדם, ו"תלמודו יהיה בידו". את איסור כתיבת תורה שבעל פה, הוא הסביר "שלא יבטח האדם בעורות הבהמות המתות אשר התורה כתובה עליהם, ותהיה התורה עמו בפיו". (דרוש על התורה).
הוא קרא להקדים את לימוד גוף התלמוד לפרשנים מאוחרים כמו בעלי התוספות ופסקי הרא"ש, ולעסוק בלימוד שיטת ההלכה המעשית, כך שהאדם יוכל להיכנס לחתונתו, כאשר באמתחתו ידע של כמה וכמה מסכתות בתלמוד וידע הלכתי על המותר והאסור. הוא טען שאי הלימוד בשיטה כזו, גורם לדורו להיות פחות מוסרי ולהתבטל מעשייה חיובית, משום שהבורות וחוסר הידע פועלים את פעולתם הרעה עליהם. ועוד יותר לפרוש ולעזוב את התורה לגמרי.
לדבריו, דרך החשיבה בתורה צריכה להיות דומה לזו המופעלת ביתר חוכמות העולם:
המהר"ל ביקר את "הטפשים בארצות הללו" שלא מלמדים בשיטתיות את המקרא, אלא מלמדים ילדים במחזוריות שנתית מעט מפרשת השבוע עם הסברים ללא חזרות, וכאשר חוזרים לאותה פרשה לאחר שנה הכל כבר נשכח, או אלו שמלמדים מקרא עם פירוש רש"י, לימוד שלדעתו יסודו במלמדי תינוקות כפריים שלא היו להם ספרים, וטען שהם מכלים את ימי הנער ללא הועיל, וגורמים לו לסיים את לימודי המקרא ללא כל ידע ממשי. כנגד לימוד תלמוד בגיל צעיר, טען שאף אם "הנער מצפצף את התלמוד בקול דברים", אין ביכולתו אפילו להבין את תמונת הפשט, ולא שום דבר ממנו. וכנגד אלו שמלמדים נערים את פירוש בעלי התוספות הוא מבקר במילים קשות, "והאנשים האלו הוכו בסנורים, אין זה רק כי שכל הנער גדל מעצמו, אבל שיהיה מוסיף בשכלו מה שהלעיטו, דבר שאין ראוי לו, ואינו לפי ערך שכלו - זה אי אפשר." (גור אריה דברים ו' ז').
לנוכח סדרי לימוד מעוותים וחוסר יכולת השפעה לתיקון המצב הוא מקונן בשברון רוח ולב דואב פעמים רבות, עד שהוא אומר שאילולי הבטחת ה' כי התורה לא תשכח מישראל - היא הייתה אובדת, מכיוון שאין אחד שלומד בסדר שלימדו חז"ל. עוד מוסיף שכל אדם "שיבקש כבוד קונו ודורש התורה, ראוי שיהיה דוה לבו" על עיוות סדרי הלימוד "שלא הניח תורה וחכמה וירא אלהים בינינו", ומהרועים (המחנכים) הוא מבקש שלא לקצר את הדרך וללכת ב"דרך קצרה שהיא ארוכה", ולא לייגע את צעירי הצאן (התלמידים) בדבר שהם לא מסוגלים בו, שיביא אותם אל מותם. את סופו של מי שלמד בשיטות כאלו הוא מתאר: "...ודבר זה נוהג עד שיכתוב כתובה לאשה. אז הושלך משמים ארץ, ונראה לו כאילו חולם חלום כל ימיו, יפרוש מן התורה לגמרי, לא ישא בידו מאומה, לא מקרא ולא משנה ולא תלמוד ולא דרך ארץ." (גור אריה דברים ו' ז').
המהר"ל וחופש הביטוי.
בספר "באר הגולה" מוחה המהר"ל כנגד הצנזורה הדתית שפעלה במלוא המרץ באותה תקופה. דבריו כוונו אומנם נגד הנוצרים, אך ניסוחיו הם אוניברסליים, וחיבורו מהווה כתב הגנה חריף ומנומק למען חופש הביטוי.