בדצמבר 1855 נעשה ניסיון נחיתה כושל שהסתיים בחיסולם של מרבית מפקדי הכח.
הפדרליים המתינו להזדמנות לנקום, אך אורקיסה היה יותר זהיר וחתם על הסכם עם בואנוס איירס שהעניק לשני הצדדים 3 שנות שקט.
בתקופת שלטונו של ולנטין אלסינה (Valentín Alsina) שנבחר בבואנוס איירס ב-1857, הוא הוביל מדיניות אגרסיבית וביטל את ההסכמים עם אורקיסה, חתר לשיתוף פעולה נגדו עם הפרובינציות האחרות; והעיתונות המקומית עודדה מדיניות מיליטנטית.
הפרובינציות היו שקועות בהפיכות פנימיות, והיותר יציבות - סנטיאגו דל אסטרו וקוריינטס - נטו יותר לטובת בואנוס איירס מאשר לטובת אורקיסה.
לקראת מלחמת אזרחים.
הרצח של הקאודיז'ו הפדרלי נסארינו בונאווידס (Nazario Benavídez) מסן חואן ב-1859 גרר צהלות שמחה בעבואנוס איירס: פאוסטינו סרמיינטו התייחס למותו כאל ניצחון "הציויליזציה", והעיתונות איחלה סוף דומה לאורקיסה.
אורקיסה מצידו הטיל את ההאשמה ברצח על בואנוס איירס.
מעורבותה של בואנוס איירס בנעשה בפרובינציות גרר תרעומת בפרנה - בירת הקונפדרציה - ונחקקו חוקים שהסירו את ההכרה מבואנוס איירס ואורקיסה הוסמך לפתור את הבעיה- כולל בכח אם ידרש.
מפקד צבא בואנוס איירס - ברטולומה מיטרה - נשלח לפלוש לסנטה פה.
קרב ספדה.
נוכח העימות הממשמש ובא, היו ניסיונות הרגעה של ארצות הברית, אנגליה, ברזיל ופרגוואי; אך אלסינה המושל ומיטרה המצביא דחו כל מה שאינו התפטרות של אורקיסה. גם אורקיסה מצידו, לא חיפש פשרה כבעבר אלא הכרעה.
הצי של בואנוס איירס הטיל סגר על נמל פרנה, אך הוא הוסר בכח.
הצבא בראשות אורקיסה מנה כ-14,000 איש - 10,000 פרשים והשאר רגלים, הצטייד בכ-35 תותחים, וזכה לתמיכה של כוחות אינדיאנים.
צבא בואנוס איירס מנה 9,000 איש, פחות ממחצית פרשים, וכ-24 קני ארטילריה. כוחות רבים הוקצו להגנת גבולות הפרובינציה מפני פלישות האינדיאנים, דבר שהחליש אותו מאוד.
אורקיסה, בפנייה לחייליו, התייחס למלחמה כאל הכרח שנכפה עליו, והיה נחוש בדעתו לנצח ולהוביל לשלום ויציבות.
בקרב ספדה שהתחולל ב-23 באוקטובר 1859 ניצח אורקיסה: אמנם נהרגו "רק" 100 איש ונפצעו 90, אך 2000 נלקחו בשבי ונלכדה רוב הארטילריה. מיטרה נסוג עם שארית כוחותיו לבואנוס איירס.
אורקיסה התקדם במהירות לבואנוס איירס, תוך שהוא שולח מסרים מפייסים.
גם הפעם, כמו לאחר קרב קסרוס, אורקיסה נמנע מלהיכנס לבואנוס איירס וחנה בסמוך אליה בסן חוסה דה פלורס (San José de Flores).
ב-8 בנובמבר 1859, אלסינה התפטר מתפקידו, ובמקומו התמנה באופן זמני פליפה ז'וואז'ו (Felipe Llavallo).
בתום משא ומתן מורכב בתיווך בנו של נשיא פרגוואי, נחתם ב-11 בנובמבר 1859 הסכם סן חוסה דה פלורס (Pacto de San José de Flores) שכלל:
רבים מהפדרליים בפרובינציות לא היו שבעי רצון מההסכם, וחשבו שאורקיסה המנצח יכול היה לדרוש הרבה יותר מבואנוס איירס המובסת.
שנים אחרונות.
הנשיאות של דרקי.
במאי 1860 אורקיסה העביר את השלטון לידי יורשו סנטיאגו דרקי.
פרנה פסקה מלהיות בירת הקונפדרציה, חוקה פנימית חדשה של אנטרה ריוס הכריזה על קונספסיון דל אורוגוואי כעל בירת הפרובינציה, ואורקיסה נבחר כצפוי למושל, כ-50 יום לאחר סיום תפקידו כנשיא.
במהלך כהונתו של דרקי נערכה הרפורמה החוקתית של 1860 כפועל יוצא של הסכם סן חוסה דה פלורס, ובין היתר שם המדינה השתנה מהקונפדרציה של ארגנטינה (Confederación Argentina) ל-האומה הארגנטינאית (Nación Argentina) או השם המוכר יותר- הרפובליקה של ארגנטינה (República Argentina). צומצמה סמכות המדינה להשפיע על החוקות הפרובינציאליות וניתנה להן יותר אוטונומיה, ובואנוס איירס שבה להיות הבירה.
בוטלו פערי המכס בין הנמלים השונים, ונמשך קידום החינוך וההתפשטות לשטחים שבידי האינדיאנים.
דרקי קירב אליו את מיטרה כדי להרחיק את עצמו ממקורביו שניסו להשפיע עליו, אך מיטרה יותר משעזר - הזיק בכך שהחליש את השלטון.
סדרת עימותים עם בואנוס איירס בצד בעיות בסן חואן וחילוקי דעות בבית הנבחרים הובילו את מיטרה לבטל חד צדדית את הסכם סן חוסה דה פלורס.
קרב פאוון (Pavón).
דרקי נערך לקרב נוסף נגד בואנוס איירס. הוא גייס כוחות בקורדובה וצירף לצבאו של אורקיסה שהתמנה כמפקד הכח כולו.
אורקיסה העדיף להימנע מקרב נוסף וניסה להגיע להבנות עם מיטרה. הוא חש נבגד בשל ניסיונו של דרקי להחליף באחר, והחליט בסתר ליבו לוותר על הקרב.
מיטרה התחמק מכל ניסיון להגיע להסדר ופלש לסנטה פה, והצבאות התנגשו בקרב פאוון (Pavón) ב-17 בספטמבר 1861. אף על פי שהקרב לא נטה לרעתו, אורקיסה נסוג, והעניק בכך את הניצחון למיטרה: הפרשים שלו הביסו את אלו של מיטרה, והוא לא שלח את כוחות העתודה ששמר מאחור.
אורקיסה לא נענה להפצרותיהם של דרקי ושל קציניו וחזר לאנטרה ריוס.
מיטרה נסוג לסן ניקולאס דה לוס ארוז'וס, ורק משהבין שהוא המנצח שב לסנטה פה, טבח ביחידה הפדרלית שם, ושלח את צבאו לכבוש את קורדובה ואת קוז'ו.
דרקי נאלץ להימלט למונטווידאו, אורקיסה שקל לחזור לשלטון אבל לא עשה כן, וסגן הנשיא התפטר בדצמבר אותה שנה והשלטון התפזר.
מיטרה הוביל להחלפת כל מושלי הפרובינציות הפדרליים בנאמניו, וכעבור מספר חודשים נבחר לנשיא.
לאחר פאוון.
אורקיסה המשיך להחזיק בתפקיד מושל ושמר על מדינה רבה של אוטונומיה באנטרה ריוס.
היה לו הסכם בעל פה עם מיטרה שהלה לא יסכן אותו, ואורקיסה שמר על נייטרליות במהלך המרידות הפדרליות באותו עשור (שנות ה-60) ונמנע מלהתערב בהן גם משנתבקש.
בלה ריוחה, הגנרל אנחל ויסנטה פניילוסה (Ángel Vicente Peñaloza - El Chacho) ניהל מרד מתמשך עד שנרצח ב-1863. 4 שנים מאוחר יותר, פליפה וארלה (Felipe Varela) וחואן סאה (Juan Saá) הובילו התקוממות בקוז'ו ובלה ריוחה שדוכאה. במהלך אלו ואחרות פנו לאורקיסה בתור המנהיג הטבעי של המחנה הפדרלי, אך הוא סירב להצטרף.
הוא הנהיג שלטון יחיד פטרנליסטי באנטרה ריוס: לא נהג בעריצות, אך עשה לביתו. הפרובינציה נהנתה מהמשטר הכלכלי הליברלי שהנהיג מיטרה: התעשייה החדשה אולי נפגעה, אך גידול העדרים שגשג, ואורקיסה עצמו שעסק בכך יצא נשכר.
המערכת החקלאית באנטרה ריוס הייתה פיאודלית באופייה: לא ניתן היה לערוך עסקאות גדולות ללא אישור מאורקיסה שנהנה מזכות קדימה והגדיל כך את עושרו.
בבחירות של 1864 הוא קידם את מועמדותו של חוסה מריה דומינגס (José María Domínguez) שהחליף אותו בתפקידו כמושל במהלך השנים 1864–1868.
משפרצה המלחמה הקטנה (Guerra Chiquita) באורוגוואי ב-1863 אורקיסה נשאר נייטרלי, בניגוד למה שקרה במלחמה הגדולה (Guerra Grande) בתקופת שלטונו של רוסאס, בה היה פעיל. אף על פי שרבים מתושבי אנטרה ריוס תמכו בצד אחד, אורקיסה נזהר שלא לפגוע באינטרסים של מיטרה שתמך בצד האחר.
מלחמת הברית המשולשת (מלחמת פרגוואי).
נפילת ממשלת אורוגוואי הובילה למלחמת הברית המשולשת.
מיטרה קרא לכל הפרובינציות לצאת נגד ממשלתו של נשיא פרגוואי פרנסיסקו סולאנו לופס (Francisco Solano López), ואורקיסה הפנה את הקריאה לתושבי אנטרה ריוס, אף על פי שרבים מהם תמכו בלופס.
אורקיסה הרוויח מהמלחמה שכן הוא תיווך במכירת חלק גדול מסוסי אנטרה ריוס לברזיל.
הוא ריכז כ-8,000 מתנדבים שחשבו שהם יוצאים להגן על פרגוואי, הוביל אותם צפונה, ומשהתברר להם לטובת מי הם אמורים להילחם - הם התפזרו ושבו לבתיהם.
לאחר מכן הוא שוב כינס כוח צבאי אך תחת איומים, ושוב סבל מעריקות המוניות. הוא הוציא להורג ביריה רבים מהם, אך זה לא עזר לו; והוא הסתפק במשלוח כח קטן בהרבה משתכנן.
יוקרתו של אורקיסה דעכה במהירות בשל כך, והממשל סגר כתבי עת של האופוזיציה ואסר רבים ממתנגדיו.
ב-1868 ניסה לשוב לכס נשיאות ארגנטינה כנציג הפדרליים, אך הובס בהפרש מכריע בידי פאוסטינו סרמיינטו - נציג אחד הפלגים האוניטריים.
עם תום המלחמה ב-1870 אורקיסה ארגן בארמונו - סן חוסה - טקס רב רושם לציון האירוע בהשתתפות הנשיא סרמיינטו. זה הצטייר כשיתוף פעולה שלו עם האוניטרים, ונתפש בעיני הפדרליים כפגיעה בהם.
הרצח.
האופוזיציה באנטרה ריוס החליטה להדיח את אורקיסה.
הגנרל לופס חורדן הבן
(López Jordán) ארגן במהירות את ההפיכה: מטרתו הראשונה הייתה לגרום לאורקיסה להתפטר מתפקידו כמושל או לגרשו מהפרובינציה.
ב-11 באפריל 1870 קבוצה של 50 חמושים נכנסה לארמון סן חוסה בצעקות "בוז לאורקיסה העריץ" ו"יחי הגנרל לופס חורדן", התפתח עימות אלים בינם לבין המשמר המקומי, ובמהלכו אורקיסה נורה ומת כשלידו אשתו וביתו.
באותו היום חוסלו שניים מבניו שהיו מיודדים עם לופס חורדן, וכנראה נרצחו שלא על דעתו.
סוף הפדרליזם באנטרה ריוס.
שלושה ימים לאחר הרצח- לופס חורדן נבחר כמושל על ידי בית הנבחרים, וממקום מושבו באסונסיון הביע תמיכה בהפיכה.
רוב הפדרליים תמכו בהפיכה, וביניהם חוסה הרננדס.
מאוחר יותר לופס חורדן יואשם בתכנון הפיכה נגד הממשל המרכזי של ארגנטינה, אנטרה ריוס תיכבש, ההסכמים בע"פ שבין אורקיסה למיטרה יתפוגגו כלא היו, והפרובינציה תאבד את מעמדה המיוחד.
רצח אורקיסה נתמך על ידי תושבי אנטרה ריוס בשל הנסיגה המיותרת בקרב פאוון מול מיטרה, הנייטרליות שלו בזמן "המלחמה הקטנה" באורוגוואי, השתתפותו במלחמת פראגוואי, המניפולציות למניעת הבחירה בלופס חורדן כמושל, ושחיתות בגביית המיסים.
הנצחה.
אורקיסה נקבר בבזיליקה של קונספסיון דל אורוגוואי.
יש יישובים רבים המנציחים את אורקיסה: קודם כל באזור קונספסיון דל אורוגוואי, בפרובינציה של אנטרה ריוס, וגם בארגנטינה; וכן מסילת ברזל, נמל תעופה, שדרות, כיכרות ועוד.
חוסטו חוסה דה אורוקיסה
אורקיסה
מלחמות האזרחים של ארגנטינה
תעלומת ערך C