גדעון נולד כחלק מצמד תאומים, אחיו התאום נפטר בלידה. גדעון גנני נולד וגדל בתל אביב. למד בבית הספר העממי בלפור וסיים תיכון עירוני ה' במגמה הומניסטית. עד לגיל 15–16 גדעון שיחק כדורסל, בין היתר, בקבוצת הצעירים של הפועל תל אביב בתפקיד רכז קולע. בגיל זה צפה בסרטים "רוקו ואחיו" של לוקינו ויסקונטי, "זִ'יל וגִ'ים" של פרנסואה טריפו ו"לחיות את חייה" של ז'אן-לוק גודאר. בעקבות הצפייה בסרטים אלה התגבשה בקרבו השאיפה לעבוד בתעשיית הסרטים. שירת בצה"ל בחיל השריון כמפקד טנק, אחרי שאחיו אילן נהרג במלחמת ששת הימים הוצא מחיל קרבי.
גנני למד משפטים בשלוחה התל אביבית של האוניברסיטה העברית, אך פרש מלימודיו לפני סיומם ונסע לאנגליה ללמוד קולנוע ב"לונדון פילם סקול", שם התמחה בבימוי ובעריכה.
בימוי.
עם שובו ארצה ב-1973, החל לעבוד כבמאי חיצוני של סרטי תעודה עבור הטלוויזיה הישראלית.
יצר עשרות סרטים וכתבות ובהם הסדרה "24 שעות בחיי.." שהייתה הסדרה הראשונה בישראל שתיארה 24 שעות בחיי אנשים שונים ושהתאפיינה בסגנון "הזבוב על הקיר" גנני היה ממעצבי סגנון הסדרה וסגנון "הזבוב על הקיר" בעשייה התיעודית שהפך לימים לסגנון הדומיננטי בעשייה התיעודית הישראלית. גנני ביים 2 מתוך 6 סרטי הסדרה כולל הפרק הראשון שעיצב את סגנון הסדרה ("הסנדק - 24 שעות בחיי יו"ר מועצת בית שאן" - על יו"ר מועצת בית שאן, יצחק קינן) וכתב את התסריט לעוד פרק. כמו כן עשה, בין היתר, סרט על תולדות תופעת המרטירולוגיה ביהדות וכן את הסרט "אודיסיאה בחיריה" קומדיה דוקומנטרית שבה מזבלת חיריה משמשת כמשל לאזלת היד של המערכת לטפל במפגעים אקולוגיים בעוד התושבים סובלים. יצירתו התיעודית הבולטת ביותר בשנים אלה הייתה "להיות מלכה" – שגולל את סיפורה של אורלי חידה, בת פרוורים ממשפחת מצוקה המשתחררת מהצבא, שואפת להיות דוגמנית ונרשמת לתחרות היופי "מלכת המים" נבחרת לתואר הראשון והסרט מסתיים בעבודתה כזבנית בחנות בגדים. הסרט הוגדר בספרו של פרופ' יגאל בורשטיין על הקולנוע התיעודי בישראל כ"אחד מסרטי התעודה הטובים שנעשו בישראל".
אורי קליין כתב על הסרט "להיות מלכה" כי זהו "הסרט הישראלי היפה והמעניין ביותר של השנים האחרונות"
בהמשך, בשל התמעטות העבודה עם הערוץ הראשון, עסק גנני בעיקר בבימוי סרטים מוזמנים עבור גופים ועמותות. במסגרת זו ביים, בין היתר, סרט על הסופר אלי ויזל חתן פרס נובל לשלום וסרט על תולדות האצ"ל שלמרות היותו סרט מוזמן יישם בו טכניקות מיוחדות של שילוב חמרים ארכיוניים וחומר אותנטי שצולם. הסרט זכה להערכה רבה בחוגים המקצועיים ואף זכה בפרס ז'בוטינסקי. כמו כן בשנים אלה עשה מספר סרטים תיעודיים לתחנות טלוויזיה באירופה ובהן סדרה על "המוסד" סרט על קבוצת יופ ווסטרוויל ההולנדית שעסקה בהצלת יהודים בהולנד תחת השלטון הנאצי, סרט על צה"ל במלחמת לבנון הראשונה, וביוגרפיה של המורה לכינור פרופ' אילונה פהר ("מורת הגאונים"), שהייתה מורתם של הכנרים פנחס צוקרמן, שלמה מינץ ואחרים ונפטרה זמן קצר לאחר השלמת הסרט.
ב-1989 ביים את סרטו העלילתי "אש צולבת" המבוסס על מקרה אמיתי שבמרכזו רומן הנרקם בין חיה זיידנברג צעירה יהודייה מתל אביב לדאוד יסמיני צעיר ערבי-נוצרי מיפו וכתוצאה מכך היא מחוסלת על ידי הלח"י. כמו כן ביים דרמה לטלוויזיה בשם "צד א' צד ב"- על זוג בתהליך גירושין העוסק בחשבון נפש תוך כדי ניסוח חוזה הגירושין.
ב־2017 כתב את התסריט, וביים את סרט הטלוויזיה "האיש שניסה למנוע מלחמה / נסיונותיו של לוי אשכול למנוע את מלחמת ששת הימים". הדרמה שודרה בערוץ הציבורי, בכיכובו של דב גליקמן אשר גילם את לוי אשכול.
פעילות ציבורית.
בעת פעילותו כבמאי עבור רשות השידור חווה על בשרו את ניצול הבמאים על ידי רשות השידור. בעקבות זאת גנני הצטרף להנהלת איגוד במאי הקולנוע והטלוויזיה, לאחר מכן הפך ליו"ר האיגוד תפקיד בו כיהן כשלוש שנים. במסגרת תפקידו זה ניהל מאבקים נגד רשות השידור במטרה לשפר את תנאי העבודה והשכר של הבמאים בארץ העובדים עבור רשות השידור. גנני הביא להגדלת שכר העבודה פי חמישה. גנני עשה אז סרט אחד בתעריף החדש "הישראלים באים" קומדיה דוקומנטרית על ישראלים הנוסעים בטיול מאורגן לאירופה הקלאסית. בעקבות שידור הסרט כתבה מבקרת הטלוויזיה של "הארץ" דאז הדה בושס כי גדעון גנני הוא אחד מחמשת הבמאים הדוקומנטריים הטובים בארץ.
לאחר "הישראלים באים" ועם מינויו של יוסף לפיד כמנכ"ל רשות השידור חדלו כמעט לחלוטין הפקות המקור בערוץ הראשון ועמן גם העסקת במאים חיצוניים. במשך הזמן נשחק גם ההישג של גנני עקב סירוב רשות השידור לקבוע מנגנון הצמדה הולם.
ב-1991, עם ההחלטה על הקמת הערוץ השני, עזב גנני את הבימוי והקדיש את עצמו שוב לפעילות ציבורית הפעם כנציג המפיקים והיוצרים כלפי הרשות השנייה ותרם רבות לניסוח הדרישות שעיגנו את מעמד ההפקה המקומית ומעמדם של המפיקים העצמאיים בהפקות שנכללו במכרזים להפעלת הערוץ וחייבו יותר מאוחר את הזכיינים שזכו במכרזים. גנני תרם רבות לקביעת מכסות ההפקה בתחומי הדרמות וסרטי התעודה וכן הביא לחקיקתו של החוק שקבע את מכסת ההפקות שיופקו בידי מפיקים ויוצרים עצמאיים (בהתחלה 50 אחוזים ולאחר מכן 70 אחוזים) וכן יזם את הסעיף בחוק שקבע שההפקות יופקו "בתנאים נאותים כמקובל בענף ברחבי העולם", כולל תנאי העבודה והשכר של יוצריהן. מונח "נאותות ההפקה" שנהגה על ידי גנני אומץ על ידי כל גורמי הענף לרבות המועצה הישראלית לקולנוע, אך עם השנים הכוונה העיקרית והמקורית של יוצרו גנני - שהדבר יביא להענקת תנאי שכר נאותים לבמאים ולתסריטאים כמקובל ברחבי העולם, שובשה ובמקום זאת המונח והמדיניות שנבעה ממנו מגינה כיום בעיקר על כל הטכנאים וספקי השירותים השותפים לעשיית הסרטים ואלו הבמאים נותרו המקופחים ביותר.
בעקבות הצלחת פעילותו לקידום הפקות המקור בעת הכנת המכרזים לערוץ השני, התבקש גנני על ידי יו"ר המועצה לשידורי כבלים דאז - מיכל רפאלי-כדורי - לשמש כיועצה לענייני הפקות מקור וכאחראי על פיקוח התוכניות של זכייני הכבלים. גנני מילא תפקיד מרכזי בקביעת כללי התוכניות שחייבו את הכבלים תוך שימת דגש בקביעת מכסות לדרמות ולסרטי תעודה. המכסה לדרמות בודדות שנקבעה על ידי גנני הביאה בין היתר ליצירתה של משבצת השידור "הראשון בדרמה" בכבלים שבמסגרתה במאים רבים עשו את צעדיהם הראשונים בבימוי עלילתי (דני סירקין, דרור שאול ואחרים) לימים בוטלו מכסות אלה על ידי גורמים שהחליפו את מיכל רפאלי כדורי.
הקמת קרן מקור לסרטי קולנוע וטלוויזיה וניהולה.
בתפקידו במועצת הכבלים יזם גנני את הקמת קרן מקור לסרטי קולנוע וטלוויזיה ביחד עם מיכל רפאלי כדורי. הקרן שהחלה לפעול ב-1996, יועדה תחילה לעודד הפקות המיועדות לכבלים בלבד אולם עם חקיקת חוק הקולנוע ב-2001 הורחבה פעילותה לכלל הערוצים. גנני, שפרש בינתיים מעבודתו בכבלים, מונה למנכ"ל הקרן. קרן מקור לסרטי קולנוע וטלוויזיה התמחתה בסרטי תעודה ובדרמות כולל דרמות וסרטי עלילה ארוכים. הוא מכהן בתפקידו מאז הקמתה ועד לשנת 2017.
בצד סרטי תעודה ודרמות בנושאים כלליים פרי יוזמת היוצרים, דגל גנני גם בטיפוח מגמות וסוגות שלא זכו לטיפול בענף. במסגרת תפקידו כמנכ"ל קרן מקור היה גנני הראשון שיזם "מועדי נושא" שיוחדו לקידום נושאים וסוגות מיוחדים. במסגרת מועד הנושא "סדרת תעודה בהמשכים המתרחשת בערי פיתוח" שפורסם כבר ב-1998, נוצרו סדרות התעודה הראשונות בהמשכים בארץ כמו "דימונאים" ו"דרומה" (הראשונה - מועמדת לפרס "אופיר" והשנייה - "זוכת פסטיבל חיפה ופרס אופיר בקטגוריית סרט התעודה). שנתנו ביטוי אנושי לתושבי ערי הפיתוח ופילסו את הדרך לסדרות התעודה שנוצרו לאחר מכן על ידי הערוצים והפכו כיום למרכיב חשוב בלוחות השידורים. בהמשך, קרן מקור סייעה גם לסדרות מדוברות אחרות כמו "זיווג משמיים", "איכילוב", "על צד שמאל" ו"סוף לסיפור". בצד הסדרות נוצרו בסיוע קרן מקור גם כמה מסרטי התעודה הבודדים הטובים ביותר בישראל ובהם "ההרוג ה-17", "לס מואה טמה" -סרט על חייו ומותו של הזמר מייק בראנט (ביחד עם "הקרן החדשה") "18 קילו של אהבה", "שיטת השקשוקה" "הצלמניה"- כולם זוכי פרס אופיר, "האגדה על ניקולאי וחוק השבות" זוכה פרס פסטיבל ירושלים לסרט התעודה המצטיין ופרס פורום היוצרים התיעודיים, "גן עדן" - זוכה פרס הבימוי בפסטיבל ירושלים ופרס פורום היוצרים התיעודיים, "משפטי חיים" - זוכה פרס הסרט התיעודי המצטיין בפסטיבל ירושלים, "אסורות", "אחרי הסוף", "בטון" ו"בני דודים לנשק" - מקום שני בפסטיבל ירושלים בתחרות סרטי התעודה. "בני דודים לנשק" זכה גם במקום הראשון בפסטיבל סרטי התעודה היוקרתי "פיפ"א". כמו כן, "לראות אם אני מחייכת" – זוכה פרסי סרט התעודה המצטיין בפסטיבל חיפה ובפסטיבל "אידפא", הנחשב לפסטיבל התעודה היוקרתי בעולם ו"ירושלים גאה להציג" - זוכה פרס אידפא בקטגוריית "זכויות האדם". לאחרונה השתתף בפסטיבל "אידפא" הסרט "שקרים בארון", שהופק אף הוא בסיוע קרן מקור, שמוקם במקום עשירי מתוך 300 סרטים כ"חביב הקהל" וכן הסרט התיעודי באורך מלא, שהופק בסיוע הקרן (ביחד עם "יס דוקו") על היינריך הימלר המבוסס על ארכיון שלו שהתגלה לאחרונה, השתתף בפסטיבל ברלין 2014 בתחרות "פנורמה" (בשם "the decent one") והוא הסרט היחיד שנבחר מישראל להשתתף בתחרות הרשמית של הפסטיבל בשנה זו.