במחצית הראשונה של שנות ה-80 הוקם השבועון "יום השישי", שכעבור זמן הוסב ל"ערב שבת". העיתון נקט קו פתוח, סיקר את הנעשה מאחורי הקלעים של המפלגות החרדיות וערך תחקירים בנושאים פנים-חרדיים. גם במקרה זה נדרש הרב שך לנושא, ובאחת מדרשותיו בפתיחה לכנס "ירחי כלה" של ישיבת פוניבז' יצא נגד העיתון, כשהוא מתאר זאת: "איזה מראה זה כשבן תורה הולך ביום שישי לטבול במקווה לכבוד שבת ותחת בית שחיו העיתון 'ערב שבת'?"
יחסו לשמאל.
הרב שך הוביל במשך שנים רבות התנגדות למפלגת העבודה ולשמאל. את התנגדותו לריצה המשותפת של אגודת ישראל עם פועלי אגודת ישראל בבחירות לכנסת השמינית נימק בכך שאנשי פועלי אגודת ישראל שיתפו פעולה עם מפלגת העבודה. בעת התרגיל המסריח הטיל את כובד משקלו כדי למנוע הקמת ממשלת שמאל על ידי שמעון פרס והביא את הרב עובדיה יוסף למנוע ממפלגת ש"ס לקחת חלק במהלך.
עמדותיו בנושאים השקפתיים ותורניים.
דרכו בלימוד תורה וגישתו האמונית.
כמי שהושפע רבות מהרב יצחק זאב סולובייצ'יק, היה לימודו של הרב שך באופן כללי בשיטת בריסק, אף שיצק בה גוונים חדשים. עמל רבות בדברי הרמב"ם ואף את ספריו סידר על פיו, החשיב את החשיבה העצמאית והמקורית לבסיס לימוד התורה, אף על פי שחינך שלא לזוז מדברי הראשונים. התאמץ להסביר את דברי הראשונים והאחרונים אך לא נרתע מלהביע חוסר הבנה והשגות על דבריהם. מצד שני היה נכון לקבל ביקורת על חידושיו שלו, קרה שאף קטע את שיעורו היומי בשל קושיית תלמיד שלא מצא עליה תשובה. הביע הסתייגות מפסיקה או לימוד על פי ידע בלא עיון מחשבתי מספיק. כמי שהושפע משיטת בריסק, התמקד בתחום הלמדנות התאורטית ופחות בפסיקת הלכה, את עיקר מאמציו הלמדניים כיוון להגדרת המושגים השונים של ההלכה מתוך תפישתה כמערכת חשיבה אוטונומית. כך, למשל, אופיינית לו הבחנתו בין קידושין, המוגדרים כמעשה קנין, לבין חופה המוגדרת כמצב.
הרב שך עודד את הבקיאות בש"ס ובפוסקים והתרעם על כך שבעולם הישיבות ההספק מועט. הוא הדריך להסתפק בעיון במקצת מהראשונים, לכתוב קושיות על דבריהם ולהמשיך הלאה. הוא תבע הספק של לפחות דף לשבוע בלימוד העיון, ולחזור עליו בשבת, בסוף החודש ובסוף הפרק. הוא עודד קביעות לימוד בספרים קצות החושן ושב שמעתתא כדי להתרגל לסגנון העיוני שלהם.
בתחומי האגדה וההגות הלך בעקבות בעלי המוסר ופרש את המקורות כפי שהם, בלא לנסות למצוא להם הסברים נוספים. שיחותיו פשוטות והן כוללות בדרך כלל ציטוטים מדברי חז"ל ומספרי היסוד המקובלים בישיבות. תוכנן אחיד למדי והן מציגות את הערכים בהם האמין - מעמדה של התורה כמכונן בלעדי של הזהות היהודית, תלמוד תורה והסתגרות בפני השפעות חיצוניות. עם זאת הן מתייחדות בכך שיש בהן התייחסויות רבות למאורעות פוליטיים וחברתיים שלא כנהוג בישיבות הליטאיות. כמו כן הוא הביע בכל הזדמנות את החשיבות בהתענגות על כל חלק שבתורה ואף תוך כדי לימוד בצער, ולא לימוד מתוך ציפייה לשכר.
תפיסתו השמרנית התבטאה גם בגישתו ללימוד התורה, הסתייג מחידושים מתודיים ומספרים חדשים או מכאלה שהעיסוק בהם לא רווח בעבר, ואף שלל ניסיונות לשנות את צורתו המוכרת של דף הגמרא. ראה את עצמו, במידה מרובה, כמי שהופקד על העברת המסורת הלימודית והחינוכית של ישיבות ליטא לדורות הבאים בצורתה המקורית ומתוך כך קרא לעסוק בתורה "כדרך המסורה בידינו מדור דור".
ככלל הרב שך סלד מביטול תורה, וראה ערך רב בכך שאין להפסיק את הלימוד מסיבות שאינן הכרחיות. כך לדוגמה, כאשר נפטרה אשתו, הרב שך לא המתין עם הלווייתה עד שיבוא בנו אפרים מקנדה, מכיוון שהציפייה לבואו הייתה כרוכה בביטול תורה.
הרב שך דגל באמונה המבוססת על התבוננות פשוטה במעשי אלוהים ושלילת החקירה בנושאי האמונה. היה נוהג להרצות בפני תלמידיו על היכולת לראות את אלוהים בכל דבר בעולם. כך לדוגמה הוכיח את קיום האל מכך שכדי להפעיל מכשיר חשמל נצרכת פעולת אדם, ואם כן גם לשמש, שהיא מקור אנרגיה אדיר, יש מפעיל. בד בבד הטעים כי אין להאמין אלא בדברים בהם מחייבת התורה להאמין. הוא הסביר כי המאמין המקבל כאמת את כל שנאמר לו, אינו מאמין אמיתי אלא פתי. כפי מה שקיבל מרבו רבי יצחק זאב סולובייצ'יק, בשם אביו, מצוות האמונה אינה קיימת לגבי קיום הבורא, מכיוון שהדבר פשוט מדי כדי לצוות, אלא היא עוסקת רק בחלקים באמונה שהם נשגבים מבינת האדם.
השואה במשנתו.
על פי השקפתו השואה היא תופעה החוזרת ונשנית כל אימת שסאת החטאים של ישראל מתמלאת, מאז חורבן הבית הראשון, ונוצר צורך להעניש את העם. לדבריו: . לדבריו, אין לדעת למה דווקא שישה מיליון יהודים נהרגו בשואה האחרונה, ולמה חלפו מאות שנים בין העונש המשמעותי הקודם, שאותו לא הגדיר במדויק, לבין השואה. גם בעתיד עלולה לבוא שואה נוספת, ואין לדעת אם תבוא בעוד "שנה או שנתיים, ואולי עשר שנים". לאור זאת הוא הזהיר את תלמידיו קודם מלחמת המפרץ לחזור בתשובה, מפני שאילולי כן עלולה לבוא שואה נוספת.
שלמה לורינץ העיד על משפט שהיה שגור מפיו בדברו על השואה: "אשרינו שאנחנו הנרצחים ולא הרוצחים. כמה רע להיות רוצח, מנצח. מוטב להיות מנוצח. להיות מן הנרצחים זה עניין של השגחה, אך לרצוח – זו השחתת המידות". הוא סירב להכניס תפילות או קינות מיוחדות על השואה.
גיוס בני הישיבות.
בשנת תשמ"ח, בדרשתו בפתיחת "ירחי כלה" של ישיבת פוניבז', אמר הרב שך: "אומר ברורות, שאם יבוא זמן ותהיה גזרה על עולם התורה, מרים אני ידי ואומר 'אם אשכחך ירושלים', כל בני התורה לא ישכחו את ארץ ישראל, אך כולם ילכו לגלות ולא תישכח תורה מישראל!".
בחודש אייר תשנ"ח התפרסם בשמו: "תדעו שאיסור גמור ללכת לצבא, וצריך למסור את הנפש על זה. כל אבא צריך לשמור ולהשגיח על ילדיו, כי איסור גמור לשלוח את בניו לצבא. תפרסמו בשמי בכל מקום שצריך לצאת במחאה".
בשנת תשס"א פרסם חתנו של הרב שך, הרב מאיר צבי ברגמן, מכתב שבו הציג את מה שאמר לו חותנו בעניין דרך ההתמודדות עם חוקים שיכפו את גיוסם של בני הישיבות לצבא. בין השאר כתב:
עם זאת, במסגרת תפקידו כנשיא ועד הישיבות הורה לראשי הישיבות לא להעניק דיחויים למי ש"אין תורתו אומנותו, ואין עטרה זו הולמתו", ולבחור ישיבה שהוציא רישיון נהיגה.
לימודי חול, פרנסה ויחסי חרדים-חילונים.
הרב שך התנגד באופן נחרץ ללימודי חול בישיבות לכל הגילאים ובכוללים, אך לא התנגד לכך שמי שנזקק לכך יעבוד לפרנסתו. באחד ממכתביו כתב: . יש הסבורים כי פתיחת המסלולים להכשרה מקצועית לחרדים התאפשרה רק החל משנת 1996, כאשר מצב בריאותו של הרב שך הקשה עליו את ההנהגה. לדברי אחרים המוסד הראשון שנפתח אז קיבל את הסכמתו לכך, לאחר שהתייעץ עם רבנים אחרים.
הרב שך נטה להימנע מהפגנות נגד השלטון בנימוק שאין בהן תועלת וכן שאיסור "התגרות באומות" נכון גם ביחס לשלטון החילוני וחשש כי הפגנות עלולות להביא לגיוס בני ישיבות. במקרים מסוימים התנגד למאבקים שעלולים להידרדר להפגנות אלימות. להפגנות כנגד פתיחת קולנוע היכל בפתח תקווה בשבת הוא התנגד גם בשל החשש מחילול שבת של השוטרים. עם זאת, היו מקרים שבהם הורה להפגין, כגון נגד הקמת אצטדיון טדי ונגד חפירות קברים ביפו. בשיחה עם נחום ברנע אמר לו הרב שך שהוא מצפה שכל היהודים יהיו כמו אלה שבבני ברק, אבל "אנחנו לא כופים"
עמדותיו בנושאים מדיניים.
הציונות, מדינת ישראל והעלייה.
לדעת הרב שך שנאת הגויים לעם ישראל היא נתון בסיסי בהיסטוריה העולמית שאיננו ניתן לשינוי. "במשך אלפיים שנה סבל העם מגזירות ושחיטות ומכל האומות לא נמצאה אפילו אומה אחת שעמדה לצד עם ישראל כדי לעזור לו". הוא חזר שוב ושוב על אמרת חז"ל "הלכה היא, בידוע שעשו שונא ליעקב". לכן, לדעתו, "אי אפשר לסמוך על אף אומה, כולל ארצות הברית, שהיא 'משענת קנה רצוץ'", והקמת המדינה אינה פתרון לאנטישמיות.
גם מבחינה הלכתית התנגד הרב שך להקמת המדינה. שלוש השבועות שהשביע הקב"ה את ישראל כוללות איסורים לעלות בחומה (עליה מאורגנת לארץ) או להתגרות באומות. שלא כאדמו"ר רבי יואל מסאטמר, הרב שך נותן לעניין זה הסבר רציונלי ומסיק ממנו מסקנות מדיניות. לטעמו, "פתרון ההישרדות היהודי הוא להוריד את הראש מול גזרות הגויים ולא להתגרות בהם. כך ניצלו היהודים בכל הדורות. העמים שרדפו אותנו נעלמו מבמת ההיסטוריה".
על אף שהתנגד למלחמת שלום הגליל וסבר שהיה בכיבוש דרום לבנון משום התגרות באומות, מכל מקום כאשר שמעון פרס פעל להקמת ועדת חקירה לחקירת טבח סברה ושתילה ביקר אותו הרב שך כמוֹסֵר, וסירב לתמוך בממשלתו בשנת 1990 בעת התרגיל המסריח.
הרב שך עודד אנשים וקבוצות לעלות לארץ, באמרו שהאווירה בה מתאימה יותר להתעלות בתורה. ואף הצהיר בראיון לעיתון האמריקאי "פארווערטס": "אני ציוניסט, איני יוצא מארץ ישראל לעולם". עם זאת הוא הצדיק את קיומן של קהילות יהודיות בגולה, בנימוק שקיומה של מדינת ישראל אינו בטוח מול מאה מיליון ערבים. לדבריו, עדיף לפזר את עם ישראל בין הגויים כדי להבטיח את המשך הישרדותו, וכמאמר חז"ל "צדקה עשה הקב"ה עם ישראל שפזרן בין האומות".
שטחים תמורת שלום.
הרב שך דגל בכך שחובת העם היהודי לקדם כל פשרה המקרבת את השלום, כדי למעט שפיכות דמים. מסיבה זאת הורה לחברי הכנסת הסרים למרותו לתמוך בהסכם השלום עם מצרים. עם זאת, אמר שיש לשאוף ל'שלום קר', כמו זה השורר עם מצרים, משום שיחסים קרובים יותר עלולים להוביל להתבוללות.