לצד החלשת ההיררכיה המתווכת בין הנוצרים לישו על הארץ, אחד מסממניה הבולטים של הפרוטסטנטיות הוא ביטול מקבילתה השמימית. מרים הבתולה נותרה דמות קדושה ואהודה, אך פנייה אליה בתפילה כדי שתעתור אל בנה גונתה בתוקף כגובלת בעבודת אלילים או אמונה תפלה. יחס דומה הופגן לתפילה אל הקדושים או המלאכים כעותרים אל אלוהים. כנסיות פרוטסטנטיות ממסדיות יותר, כמו האנגליקנים והלותרנים, הוסיפו להכיר במעמד הקדוש אך לא העריצו ורוממו את קדושיהן כמקובל אצל הקתולים (וכן האורתודוקסים ויתר הכנסיות המסורתיות) כפטרונים של מקצועות מסוימים, מחוללי נסים וכדומה. הרוב ביטלו מעמד זה מכל וכל וביקרו בתוקף את הערצת הבתולה, הקדושים, המלאכים והשרידים המקודשים כפגניות וכפירה. בהתאמה, מאחר שהמקרא אסר על עשיית כל פסל ותמונה והברית החדשה לא סתרה זאת, הסירו או השמידו הפרוטסטנטים את התמונות והעיטורים בכנסיות ואף את דמויות ישו הממומסר לצלב. רק צלבים פשוטים הותרו לשימוש. אחד ההבדלים השטחיים אך הבולטים לעין עם הקתוליות הוא הפשטות והיעדר הקישוטים בכנסיות.
מציאות ישו במיסה.
בשאלת האופן בו הלחם והיין המקודשים בטקס סעודת האדון הופכים לדמו ובשרו, רוב הגישות הפרוטסטנטיות היו בעיקרן המשך ישיר לדיון ארוך השנים על מהות השינוי והאופן המדויק בו הוא מתרחש. עקרון הטרנסובסטנציאציה, שנומק בטיעונים אריסטוטליים על ההבדל בין מאפייניו המהותיים והאקראיים של כל עצם (כשם שכיסא עשוי להיות ממתכת או מעץ ועודנו כיסא במהותו, כך מאפייניהם האקראיים של הלחם והיין לא השתנו אך מהותם נעשתה לזו של ישו) נדחה על ידי כל הרפורמטורים כעיוות, סילוף ואימוץ מאוחר של רעיונות פילוסופיים משובשים מחוץ לנצרות האותנטית.
לותר פסל את הטרנסובסטנציאציה בטענה שהפכה את העצמים למושא ישירה לסגידה במקביל לישו עצמו, ובכך שהציגה את המיסה כחזרה או חלק מקרבנו הייחודי והחד-פעמי על הצלב. הוא גם ראה בכך רוממות של הפעולה האנושית של הכומר ה"הופך" חומר לעצמות המושיע, בניגוד יסודי להשקפתו לפיה האל גואל בלי תלות במעשה האדם. תחת זאת, הציע גישה של "איחוד סקרמנטלי", או קונסובסטנציאציה (קיום-במקביל): בכוח דברו של האל, לחם הקודש והיין הופכים למשהו שמעבר למזון רגיל אך גם לא משתנים לעצמותו של ישו. מציאותו במיסה אמיתית והוא מתקיים "בתוך, עם ומתחת" העצמים שקודשו. שיטתו של לותר הותקפה מיד גם מתוך מחנהו, בייחוד משום שמבקריו תהו כיצד גם הטבע האנושי, ולא רק האלוהי, של ישו יכול להקרין בתנאים כאלו אל הטקס וראו בכך פיצול מסוכן בין שני צדדיו. קלווין, לעומתו, סירב לקבל שישו נאכל בפה באופן כלשהו ונקט בגישה מעורפלת יותר, לפיה המיסה מייצגת נוכחות אמיתית של ישו אך זו רוחנית ומותנית באמונה יותר מאשר מוחשית. שניהם גם יחד שללו את עמדתו של צווינגלי, שדחה באופן גורף את היות הסמל תחליף למה שהוא מייצג ולא רק בעניין סעודת האדון וקבע שישו נוכח באמת רק בשמים והטקס עצמו הוא אמנם קדוש וחשוב אך מהווה זיכרון בלבד, כאמור בבשורה על פי לוקאס כ"ב, . העמדות הפרוטסטנטיות לגבי מציאות ישו בטקס הוסיפו לנוע בין קטבים אלה, תוך גיוון ניכר, במאות השנים הבאות.
למרות הדקויות הפילוסופיות המופלגות שהיא תלויה בהם – אפילו בוועידת טרנטו קבעה הכנסייה הקתולית שהליך ההשתנות נקרא טרנסובסטנציאציה רק "באופן הולם ולמען הנוחות" – המחלוקת בנושא הפכה לאחד ההבדלים הסמליים החשובים ביותר בין פרוטסטנטים לקתולים ולאבן בוחן. לדוגמה, עד 1828 נדרשו בחוק כל נושאי המשרות הציבוריות בבריטניה להצהיר במפורש כי אינם מאמינים בטרנסובסטנציאציה, והמלך היה מחויב בכך עד 1910.
"האתוס הפרוטסטנטי".
לנצרות הפרוטסטנטית הייתה השפעה עמוקה על התרבות המערבית ועל תרבותן של צפון אירופה וצפון אמריקה שהיא מהווה בהן דת רוב: כך, לדוגמה, חוקרים רבים הצביעו על האופן בו הערכים הפרוטסטנטיים ממשיכים לעצב את האופי הלאומי בארצות הברית אף עם התרופפות האמונה הדתית כשלעצמה. שאלת טיבה, יתרונותיה ומגרעותיה של "המנטליות הפרוטסטנטית" היא נושא ותיק במדעי החברה; לרוב היא מקושרת עם קפיטליזם, מוסרנות, נוקשות, אינדיבידואליזם, התנתקות ממסורות, חופש אינטלקטואלי, ערכים בורגניים, חומרנות וסובייקטיביות. הוגים מובילים כמו ניטשה ביקרו אותה קשות כמובילה למחיקת כל ערך רוחני ותוכן, בעוד שבמאה ה-19 וראשית ה-20 היה רווח מאוד להעלותה על נס כהסבר לרציונליות ולשגשוג של המערב.
מקס ובר קישר עוד ב-1905 בין הזרם לכלכלה בספרו "האתיקה הפרוטסטנטית ורוח הקפיטליזם": לשיטתו, הפחתת הדגש על טקסים והתחייבויות דתיות, קריאתו של קלווין לקדש את שם האל בכל תחומי החיים ולא רק בעיסוק רוחני והצורך לשאוב אשרור פסיכולוגי להיותו של הקלוויניסט בין הנבחרים שיזכו להיגאל – שגשוג נתפש כאות לכך שהבורא, שרצונו הפך מסתורי ונעלם בתאולוגיה זו, אכן מרוצה מברייתו – כולם היוו תמריץ חשוב לעליית הקפיטליזם המודרני. נתוניו והיסקיו של ובר ספגו קושיות רבות, אך הרעיון של "מוסר עבודה פרוטסטנטי" הוא מושג רווח ביותר המועלה בהקשרים של חריצות ויצרנות המשקים במדינות שזוהי דת הרוב בהן. הסיבתיות בקשר בין השניים (עד כמה עלייתה של שכבה חברתית מעין-בורגנית יצרה מניע לאמץ אמונה המשקפת יותר את ערכיה ולהפך) היא דו-משמעית. בנוסף נטען שהדגש הרב על חינוך והנגשת כתבי הקודש לכלל המאמינים תרמו אף הם רבות לעניין, סוגיה שאף היא שנויה במחלוקת. כמו כן, התורה הקלוויניסטית על קיומה של קבוצת נבחרים הועלתה גם כגורם לגזענות ותחושת עליונות, בייחוד בזמן הקולוניאליזם.
גם ההשפעה על טיב היחסים בין הדת והמדינה ובין האמונה וכלל החיים נדונה רבות. הפרוטסטנטיות מקושרת עם תהליך היחלשות הכנסייה והכפפתה לעליונות הרשויות, עם הפנמת האמונה לתחום הפרטי ועם החילון במשמעותו הרחבה. ללותר מיוחסת גישה חלוצית לרעיון "שתי המלכויות" במחשבה הנוצרית הקלאסית אודות היחסים בין הכנסייה לשלטון החילוני, לפיה מדובר בשתי ספירות שצריכות להיות נפרדות. למעשה, אף כי לותר הטיף לכך שהכנסייה צריכה להיות פרושה מעולם החומר והפוליטיקה, השתמש בנסיכים כדי לכפות רפורמה על הממסד הקתולי העשיר ורב-העוצמה (שהשקפתו בנדון הייתה של סמכויות כמעט מתחרות, כפי שאירע רבות במאבקים בין האפיפיור לשלטונות בימי הביניים) והכנסיות הפרוטסטנטיות החדשות שנוצרו אכן היו חלשות וכנועות יותר, מעולם לא נתן לכך גיבוי השקפתי סדור. במקרה של ניסיון לכפייה הנוגדת את האמונה, קרא להתנגדות, ובוודאי לא אחז בגישה של הפרדה בין הדת למדינה בתקופה מוקדמת כל כך. הרעיון לפיו ההשקפה הלותרנית אודות "שתי המלכויות" יצרה ממסד דתי חלש וכנוע הועלתה בייחוד בימי המשטר הנאצי בגרמניה, כשתאולוגים פרוטסטנטים חשובים כמו קרל בארת האשימו את לותר בסלילת הדרך לקונפורמיות של הזרם. לעומת זאת, תרומה חשובה ביותר לעיקרון של הפרדת הדת והמדינה מצויה במורשת הרפורמציה הרדיקלית. חוסר האמון של חוגיה ברשויות ובכל קשר בין הדת אליהם – בין אם בגרסתו הוותיקה מימי קונסטנטינוס שהתגלמה באופן חלקי בקתוליות ובין אם בכנסיות הפרוטסטנטיות הממוסדות שרדפו אותם אף הן – וקריאתם לפרישות גמורה מהעולם יצרו אתוס של חופש דת ודרישה לחירות גמורה בתחום לקהילה, גם אם כלל לא בהכרח ליחיד. סירובן של התנועות הקיצוניות באנגליה לציית לכנסייה האנגליקנית הוביל לרדיפתן ולהגירת רבים מאנשיהן לאמריקה. שני הסעיפים הפותחים את התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית, האוסרים על הקונגרס לתמוך בדת כלשהי או להעדיף אחת על רעותה, שאבו רבות ממורשת זו. במובן הרחב יותר, שבירת הבלעדיות שהייתה לכנסייה הקתולית על פירוש רצון האל ומתן האפשרות לפרשנות עצמאית הובילה בטווח הארוך לאי-מסוגלות ליצור הסכמה בנדון ולהכרח להעביר שאלות אלו לתחום הפרט וכך לחילון.
פן אחר הוא הקשר בין פרוטסטנטיות לסובייקטיביות ולאינדיבידואליזם של העידן המודרני. החשיבות שייחסו הוגי הרפורמציה לאמונה, כלומר לתבחין סובייקטיבי שבו האדם ניצב לבדו מול האל ולא נמדד אובייקטיבית על ידי השתתפותו בקהילת המאמינים במעשים טובים, הועלו כאבן דרך – אם כי רחוקים מלהיות הגורמים הבלעדיים – בנתיב אל הנאורות והפילוסופיה שמיקמה את היחיד והעדפותיו כמה שהסדר החברתי והכולל נשען לבסוף עליו; הן במובן של חופש המצפון והבחירה, והן במובן של פירוק כל הערכים והמסורות בשם האינדיבידואל.
ארגון ודמוגרפיה.
מספר הפרוטסטנטים בעולם נאמד בין 800 ל-900 מיליון נפש, יותר משליש מכלל הנוצרים, החברים באלפי זרמים שונים (בין 30,000 ל-40,000). פרופסור האנס ג'יי. הילרברנד, בניתוח מדוקדק שהתבסס על נתונים ארגוניים ומפקדים ממשלתיים, העריך שבשנת 2000 היו 833,000,000 נוצרים פרוטסטנטים במובן הרחב ביותר ב-32,470 זרמים מובחנים: ממאמינים אדוקים ועד למי שנטבלו ומקיימים קשר רופף או אפסי עם הכנסייה שלהם, ומן הכנסיות ה"קלאסיות" בעלות תאולוגיה השואבת ישירות מהרפורמציה ועד לקבוצות שוליים המשתייכות למעטפת הפרוטסטנטית. מכון המחקר PEW אמד אותם ב-800,640,000 ב-2010. באותה שנה, רק 27% מהחברים בעולם התגוררו בארצות הברית או באירופה, ומבין יתר ה-73% הרוב המכריע חי באפריקה ודרום אמריקה, שם הדת מתפשטת במהירות, דווקא בצורותיה הרדיקליות והממסדיות פחות. ארצות הברית עודנה המדינה בעלת האוכלוסייה הפרוטסטנטית הגדולה בעולם, עם קרוב ל-150 מיליון או מחצית מתושביה, אך ברזיל שמסורתה קתולית היא הבאה אחריה עם יותר מ-40 מיליון. בניגריה יש אחוז ומספר פרוטסטנטים גבוה יותר מבגרמניה מולדת הרפורמציה.