לאחר מלחמת העולם השנייה התקבל פול-מישל פוּקוֹ לבית הספר הפריזאי היוקרתי אקול נורמל סופרייר ("École Normale Supérieure - rue d'Ulm"), ושם התיידד עם הסוציולוגים ושותפיו לעתיד, פייר בורדייה וז'אן-קלוד פאסרון (Passeron), והתוודע למורו ולימים פטרונו וידידו הקרוב, היסטוריון המדע ז'ורז' קונגיים (Canguilhem). פוקו קיבל שני תארים ("Licence"), בפילוסופיה ובפסיכולוגיה, אך לימודיו בבית הספר היו רצופי משברים אישיים, וכללו אף ניסיונות התאבדות. בעת לימודיו, במסגרת מחקרו, עבד פוקו בבתי-חולים פסיכיאטריים, ושם התוודע לשיטות הטיפול שהיו נהוגות בחולי-הנפש, ופיתח את ביקורתו על התאוריות הפסיכיאטריות בנוגע לשיגעון. בהשפעת מורו באקול נורמל, לואי אלתוסר, הצטרף פוקו בשנת 1950 למפלגה הקומוניסטית הצרפתית, בדומה לאינטלקטואלים ואמנים צעירים רבים שחשו אכזבה מהפוליטיקה ומהסדר החברתי ששרר אחרי מלחמת העולם. אף על פי שחברות במפלגה הייתה צו האופנה באותה עת בסביבתו, פרש ממנה פוקו ב-1953 עקב ביקורתו על הנעשה בברית המועצות תחת משטרו של סטלין. לאחר פרישתו הרבה פוקו לבקר ולתקוף את האידאולוגיה הקומוניסטית והמרקסיסטית.
קריירה אקדמית מוקדמת.
בשנת 1950 עבר פוקו את מבחני הקבלה למשרת הוראה במערכת החינוך הציבורית בצרפת. בשנים 1953–1954 לימד פסיכולוגיה באוניברסיטת ליל (Lille), שם פגש לראשונה במי שהפך לידידו, הפילוסוף ז'יל דלז. בשנת 1954 פרסם את ספרו הראשון, מחלת נפש ואישיות ("Maladie mentale et personnalité"). מרבית הספר מוקדשת לניתוח היבטים פסיכיאטריים בעבודתו של הפיזיולוג הרוסי איוואן פטרוביץ' פבלוב. בספר קצר זה, שלאחר זמן התכחש לו, הציג פוקו ניתוח מטריאליסטי ואקזיסטנציאליסטי למחלות הנפש, ובחן את השפעת הסביבה על הנפש. לאחר פרסום הספר שינה פוקו את תפיסתו את מחלות הנפש. הוא ניסה לשכתב את הספר מספר פעמים, אך לבסוף העדיף שלא לפרסמו עוד, ואף ניסה למנוע את תרגומו לאנגלית, אך ללא הצלחה.
באותה שנה עזב פוקו את צרפת לשנים אחדות כדי לשמש נספח צרפת לתרבות באוניברסיטאות אירופה השונות; תחילה שימש נספח באוניברסיטת אופסלה בשוודיה (1955–1958). כאשר הסדיר את המינוי באופסלה, התוודע פוקו לז'ורז' דומזיל, חבר הקולז' דה פראנס, שהפך למורו, ידידו הקרוב ופטרונו. ב-1958 כיהן כנספח תרבות צרפת באוניברסיטת ורשה בפולין, אך גורש ממנה לאחר זמן קצר עקב אפליה הומופובית. כמו כן כיהן בשנים 1959–1960 באוניברסיטת המבורג בגרמניה.
בשנת 1960 שב פוקו לצרפת כדי להשלים את תזת הדוקטורט שלו, והחל ללמד פילוסופיה באוניברסיטת קלרמון-פראן (Clermont-Ferrand), שם הכיר את הסוציולוג דניאל דֵפֶר (Defert), עמו חי במסגרת רומנטית לא-מונוגמית עד מותו של פוקו ב-1984. בשנת 1961 קיבל פוקו תואר דוקטור ("doctorat d'État"); התזה הראשית שהגיש נקראה תולדות השיגעון בעידן התבונה ("Folie et déraison: Histoire de la folie à l'âge classique". הספר שתורגם לעברית בשם זה הוא גרסה מקוצרת של תזת דוקטורט זו. התזה המשנית כללה תרגום וניתוח ה"אנתרופולוגיה" של קאנט ("Anthropologie in pragmatischer Hinsicht ", 'אנתרופולוגיה מבחינה מעשית', 1798). מאחר שחיבורו של פוקו על השיגעון לא נכלל בדיסציפלינה מוכרת, הוכר המחקר כתזה אקדמית רק לאחר שמורו מימי האקול נורמל, קונגיים, הסכים לשמש לה מנחה בדיעבד, ולכלול אותה תחת הדיסציפלינה "היסטוריה של המדע". בעת שכתב את התזה שלו לא הכיר עדיין פוקו את מחקריו של קונגיים על הפרקטיקה המדעית ועל ההיסטוריה של הרפואה, אף שספרו "הנורמאלי והפתולוגי" ("Le Normal et le Pathologique", 1943) עסק, בדומה לפוקו, באיתור הגבול המפריד בין הסטייה והמחלה ובין הנורמליות. קונגיים יצא נגד האופנה הפילוסופית האקזיסטנציאליסטית ששלטה בחוגים האינטלקטואליים הצרפתים באותם ימים. כמו כן ניסה לערער בכתביו את תפיסת הקידמה, שעמדה בבסיס כתיבת ההיסטוריה של המדעים מאז המאה ה-19. בעבודתו ניסה להתוות שיח סוציולוגי-פסיכולוגי-פילוסופי-ותאורטי בעל אופי היסטורי-סטרוקטורליסטי, שהשפיע רבות על מחקריו העתידיים של פוקו. את התזה הראשית שלו הוציא פוקו לאור באותה שנה כספר, אשר זכה לביקורות נלהבות ולהצלחה.
ב-1963 פרסם פוקו את מחקרו . "ספר זה", פותח פוקו, "הנו על מרחב, על שפה, ועל מוות; הוא עוסק בפעולת הראייה, בהתבוננות". "הולדת הקליניקה" הוא המשך למחקרו על תולדות השיגעון, בהרחיבו את הניתוח של מושגי רפואת הנפש אל מושגי הרפואה בכלל, ובבחינתו כיצד ומתי הם הופיעו, ומה איפשר את הופעתם. בניגוד לסקירה של תולדות השיגעון, שהשתרעה על-פני כמה מאות שנים, עוסק "הולדת הקליניקה" רק בתקופה שמתחילה בסוף המאה ה-18 ותחילת המאה ה-19. בשנים אלו, טוען פוקו, עם הופעת האנטומיה הפתולוגית כשדה מחקר, זיהתה הרפואה את עצמה כפרקטיקה וכמדע. ארגון מחדש של בתי-החולים, תהפוכות בהוראת הרפואה, עיסוק בתאוריות מדעיות וכלכליות, כל אלו הובילו לתפנית ולהגדרה מחדש של הרפואה. נקודת המפנה התרחשה כאשר זוהתה התועלת בניתוח גופות לקידום הפרקטיקה הרפואית; כדי לגלות סימפטומים בדרגה עמוקה, היה על הרופא לחפש את מקורם בתוך הגוף; "פִּתחו כמה גופות", מצטט פוקו את האנטומיסט הצרפתי קסאוויה בישָה (Bichat), "ותְּגָרְשּׁוּ באחת את החשיכה, שההתבוננות לבדה לא יכלה לגרש"; "הלילה החי", מסיק פוקו, "מסולק לנוכח אורו הבהיר של המוות".
"הולדת הקליניקה" הוביל למחקריו המאוחרים יותר של פוקו, בכך שהדגים כיצד מוסדה האפשרות להשיג "ידע" על האינדיבידואל; "תהא זו ודאי עובדה מהותית בנוגע לתרבותנו", ממשיך פוקו, "שהשיח המדעי הראשון שבה, העוסק באינדיבידואל, היה צריך לעבור דרך שלב המוות הזה... מחוויית השיגעון נולדה הפסיכולוגיה, עצם האפשרות של הפסיכולוגיה; ממיזוג המוות לתוך המחשבה הרפואית נולדה רפואה, הנתונה לנו כמדע האינדיבידואל".
בשנת 1966 פרסם את ספרו , שזכה להצלחה עצומה על-אף אורכו ומורכבותו, והעלה את מחברו לדרגת כוכב בשמי האקדמיה הצרפתית. בספר, אשר נפתח בניתוח ציורו הידוע של ולסקס, לַאס מֶנינַאס, טוען פוקו כי בעידן הקלאסי, בו נעשה הציור, נותק קשר שהיה מרכזי בתפישת הידע של הרנסאנס: הקשר הישיר, הבלתי אמצעי, שבין ה"דברים" (או ה"מסומנים") שבעולם, ובין ה"מילים" (או ה"מסמנים") שמתארות אותם. הקשר הישיר הזה, כשהתקיים, גרם למסמנים ולמסומנים להיות זהים, דומים ובני החלפה עד אין-סוף. אולם, דמיון זה אבד במאה ה-17, והוחלף על ידי הייצוג. דרך ניתוח ופירוק של מערכת המבטים, ההשתקפויות, הייצוגים והפערים שנוכחים בציורו של ולסקס, חושף פוקו את העדרו של אלמנט מרכזי בייצוג החדש – העדרו של המסומן. פוקו מפתח מכאן את טיעונו הכללי, שלפיו לכל תקופה בהיסטוריה ישנם כמה תנאים בסיסיים לכינון אמת; תנאים שקובעים מה יכנס ומה לא יוכל להיכנס לתוך שיח מסוים, למשל לשיח המדעי. פוקו טען שתנאי השיח משתנים במשך הזמן, בתנודות עמוקות ופתאומיות בדרך כלל.
תוניס.
לאחר שבן זוגו, דניאל דֵפֶר, הוצב בתוניס במסגרת שירות צבאי, פוקו הצטרף אליו לשם בספטמבר 1966, השתקע בכפר בשם סידי בו סעיד, ולימד פילוסופיה באוניברסיטת תוניס. בהרצאה שנשא בעת ביקור קצר בצרפת ב-1967, בכנס של החוג למחקרים באדריכלות - "מרחבים אחרים" ("Des espaces autres") - התחקה פוקו אחר השלכות המעבר מארגון המחשבה המערבית על-פי ציר הזמן לצורת ארגון חדשה לאורך ציר המרחב (ההרצאה תורגמה לעברית ונכללה, יחד עם ראיונות מאוחרים יותר עם פוקו בנושא המרחב, בספר הטרוטופיה).
באותה תקופה כתב את הארכאולוגיה של הידע, (שיצא לאור בשנת 1969, עם שובו לצרפת) - רפלקסיה מתודולוגית על עיקר עבודתו עד אז, הכוללת ניתוח שיטתי של מושג השיח שבמרכזה, ושל אופי החקירה ההיסטורית שמושג זה מאפשר ומחייב. חוקרי פוקו רואים בארכאולוגיה של הידע נקודת מפנה בהגותו, דרכה ניתן לערוך חלוקה בין "פוקו המוקדם" ל"פוקו המאוחר", בין מחקר ארכאולוגי בעיקרו, שעורך סקירות היסטוריות רחבות במבט מכליל, מעט מלמעלה, לבין מחקר גנאלוגי, שמנסה לפעול במציאות החברתית של זמנו, ולעשות שימוש פוליטי בהיסטוריה ובפילוסופיה.
פוקו החל לפעול בתחום הפוליטי בשנת 1968, בעת שהותו בתוניס, כאשר פרצה שביתה כללית, במרץ 1968, נגד משטרו של חביב בורגיבה. המחאה לוותה במהומות סוערות באוניברסיטה בה לימד. פוקו התרשם מאוד מנכונותם של הסטודנטים להיאבק על חירותם, והזדעזע מהדיכוי האלים של מחאתם. הוא מחה נגד מעצרם ועינויים של סטודנטים (בהם כמה מתלמידיו), ואף הסתיר בביתו כמה סטודנטים נמלטים, יחד עם מכונת השכפול שלהם, בעזרתה הפיצו עלונים. עד אותה עת התרחק פוקו ממעורבות פוליטית, התרחקות שנבעה מגישתו הפסימית והסקפטית בנוגע ליכולתם של אינטלקטואלים לפעול ולהשפיע על מהלך ההיסטוריה. אף על פי שהסתייג מהאופי המרקסיסטי של תנועת המחאה, חש פוקו שהוא "חייב להיכנס איכשהו לתוך המאבק הפוליטי". בעקבות התייצבותו הפומבית נגד המשטר בתוניסיה, חש פוקו באיום ממשי על מעמדו ושלומו, ונאלץ לחזור לפריז לפני תום תקופת המינוי שלו, בשלהי 1968.
לאחר 1968: פוקו האקטיביסט.
האוניברסיטה הניסיונית בוונסן.