ירמיהו שהוכיח את נאמנותו לבבל בכל התקופה זו, נשאר ביהודה, אולם ברור מהתיאור המקראי שהיה מעורב גם בקשר עם הגולים שם. זמן מה לאחר ההגליה שלח ירמיהו איגרת אל גולי בבל באמצעות שני שגרירים יהודאים שיצאו לשליחות דיפלומטים מטעם צדקיהו – אלעשה בן שפן וגמריה בן חלקיה. באיגרת מורה ירמיה לגולים בשם ה' להשתלב בארץ אליה הוגלו, או במילותיו:
חורבן יהודה וגל הגליה נוסף (586/7 לפנה"ס).
צדקיהו מילא את ציפיותיו של נבוכדנצר השני למשך כשמונה שנים, אולם בשנת 589 לפנה"ס, מרד גם הוא בבבל. לא ברור מהתיאור המקראי מדוע החליט צדקיהו, המוכר כתומך בחסות הבבלית, למרוד בפטרוניו. אולם ייתכן שגם הוא כקודמו, חש בהחלשות בבלית והתחזקות מצרית.
כבר באותה שנה הגיע הצבא הבבלי בפיקודו של נבוזראדן, רב טבחים (כנראה נבו זר-אידינה, רב טביחי – מפקד משמר המלך) ליהודה. הצבא התקדם לממלכה מצפון דרך הגליל, מישור החוף, השפלה הדרומית, ולאחר שהחריב את מבצרי יהודה שם, פנה צפון מערבה לירושלים להטיל עליה מצור.
המצור החל על פי התיאור המקראי, בעשרה בטבת 589 לפני הספירה, ונמשך שנה וחצי או שנתיים וחצי (התיאור המקראי בנושא אינו חד משמעי וקיימת מחלוקת בקרב החוקרים אם חורבן ירושלים התרחש בשנת 586 או 587 לפנה"ס).
בט' בתמוז 586/587 לפנה"ס פרצו חיילי הצבא הבבלי את חומות העיר והחלו בכיבושה. על פי התיאור המקראי נחרבה ירושלים כליל בין התאריכים ז'-י' בחודש אב. צדקיהו, שחש בתבוסתו הקרובה, ברח עם מקורביו דרך פתח סודי מהעיר מזרחה לכיוון בקעת הירדן. חיילי צבא בבל דלקו אחריו ותפסו אותו ליד העיר יריחו. צדקיהו הובל למפקדת הצבא הבבלי ברבלה שם שפטו נבוכדנאצר. ילדיו הוצאו להורג לנגד עיניו, עיניו נעקרו והוא הובל בנחושתיים לבבל. ביהודה החל גל הגליה שני של תושבים רבים ועל פי התיאור המקראי נשארו בה רק דלת הארץ.
ממצאים ארכאולוגיים רבים מאמתים את הסיפור התנ"כי על מסע הכיבוש הבבלי. חפירות ארכאולוגיות בערים מרכזיות ביהודה של שלהי בית ראשון, כגון תל בית שמש ותל לכיש הראו את שכבת החורבן הבבלי. אתרים בירושלים כגון המגדל הישראלי והחומה הרחבה מהווים עדות ברורה לחורבן המוחלט. בולות שנמצאו בחפירות עיר דוד אימתו את ההיסטוריות של דמויות מספר ירמיהו (גמריהו בן שפן, גדליהו בן פשחור ויהוכל בן שלמיהו) וחיזקו את אמינות סיפורי המאבקים הפוליטיים ביהודה סביב תקופת החורבן.
הגליה לאחר רצח גדליהו בן אחיקם (586 או 582 לפנה"ס).
לפי המקרא, לאחר כיבוש יהודה וגל ההגליה השני, במקום מלך, הושם גדליהו בן אחיקם בן שפן הסופר כאחראי (כנראה מושל) וזה הציב את ארמונו בעיר מצפה, צפונית לירושלים. בראש השנה (לא ברור בוודאות אם באותה שנה, או חמש שנים אחר כך) נרצחו גדליהו בן אחיקם והבבלים בארמונו בידי ישמעאל בן נתניה, איש צבא יהודאי, נצר לבית דוד. בעקבות ניסיון הפיכה זה נמלטו קבוצה של יהודאים למצרים מפחד נקמת הבבלים, והשתכנו שם. בנוסף, מצוטט נבוזראדן מספר על גל הגליה נוסף בשנת 582 לפנה"ס. לא ברור הרקע להגליה זו. ייתכן שהכוונה לתוצאות רצח גדליהו או, לטענת יוסף בן מתתיהו, קשורה למסע מלחמה בבלי נוסף לאזור ממלכות מואב ואדום באותה שנה.
גלי הגליה נוספים.
חוקרים שונים הציעו אפשרויות לגלי הגליה נוספים לבבל, מעבר לשלושת אלה המתוארים במקרא:
האסטרטגיה הבבלית.
ההתייחסות הבבלית לכיבוש ממלכות מורדות והגליות נבעה בראש ובראשונה מצרכים פנים-ממלכתיים ופחות משאיפות התפשטות אימפריאלית. מסעות מלחמה בבלים לקצותיה השונים של האימפריה בוודאי התרחשו כתוצאה מערעור היציבות ומעמדה של בבל באזורים אלה, בין אם בגלל מרידות ובין אם בגלל אתגרים שהציבו מעצמות שכנות. אולם, מעבר לדיכוי מרידה של הפוליטיקה המקומית, ההגליות הבבליות נועדו בעיקר לסייע בבניה מחדש של אזורים חרבים בממלכה. אזורים שננטשו או נחרבו במלחמות הרבות שידעה הממלכה בתקופת ההגמוניה האשורית.
כדי לקדם את מפעלי השיקום של הממלכה, הסתיים כל מסע מלחמה לכיבוש ממלכה קטנה או עיר במהלך של הגליית אנשים בעלי ערך מעשי למטרה זו – בעלי מקצוע. כדי שבעלי מקצוע אלה יוכלו לתרום לטווח ארוך לשיקום הממלכה, הם הוגלו יחד עם משפחתם ובקבוצות הומוגניות. כך, משפחות גולים מעזה הפלישתית, לדוגמה, יושבו ביישוב הומוגני בשם עזה (או בבבלית, Al hazatu).
בתחום הצבאי, כמו מעצמות אחרות בעולם הקדום, לאחר מסע מלחמה מוצלח נענשו בכירי הצבא המובס שזוהו כבעלי נאמנות לאויבי הממלכה, אולם חלק ניכר מהחיילים ששרדו את הקרב ואמצעי הלחימה שלהם, גויסו לצבא הבבלי, לעיתים קרובות, ביחידות אורגניות.
לגולים מהסוג הזה (אנשי מקצוע וחיילים) לרוב לא נותרה ברירה, אלא להסכים לשרת את הבבלים. כדי לתמרץ אותם ולשלבם בטווח הארוך באימפריה, לאחר פרק זמן של שירות כזה ניתנו להם אדמות לחכירה והם יכלו להפוך לאזרחים חופשיים המחויבים במסגרת תשלום מיסים לעבודות שירות – הן בצבא והן בנושאי תשתית.
שיטת ניהול אימפריה זו הזרימה למוקדי הממלכה הבבלית עצמה אלפי זרים מממלכות אחרות. גם ללא הזרמת הגולים, היוותה בבל מיזוג של בבליים שורשיים עם קבוצות אתניות גדולות אחרות שנדדו במהלך האלף השני והראשון לפנה"ס לשטח הממלכה, כגון הכשדים והארמים שנדדו מצפון מסופוטמיה, סוריה המודרנית וערבים שנדדו מהמדבר הסורי וחצי האי ערב. למעשה, בתקופה הנאו בבלית בה התקיימה גלות בבל היהודאית, שלטו בבבל מלכים כשדיים וארמיים ולא בבלים. אופייה זה של הממלכה אפשר מיזוג וקבלה טבעית יותר של גולים לממלכה.
היקף ההגליות.
תיאור היקף ההגליות במקרא איננו אחיד וקיים קושי לתרגם את הנתונים בו למספרים ברורים (האם המספרים משקפים את כל הגולים, רק גברים בוגרים, בתי אב?).
מדברי נבוזראדן בספר ירמיהו עולים הנתונים הבאים: בגלות יהויכין: 3,023 איש; בגלות החורבן: 832 איש; בגלות 582 לפנה"ס: 745 איש; בסה"כ, 4,600 איש. זהו מספר קטן הן ביחס לאוכלוסיית יהודה, והן ביחס למטרת ההגליות. ייתכן ומדובר בבתי אב או בגברים בוגרים שאליהם נוספו משפחותיהם. במקרים אלה יכול להגיע המספר לעשרות אלפים בודדות, אך בתלמוד הבבלי מסכת גיטין נאמר: "אמר רבי יהושע בן קרחה סח לי זקן אחד מאנשי ירושלים בבקעה זו הרג נבוזראדן רב טבחים מאתים ואחת עשרה רבוא ובירושלים הרג תשעים וארבע רבוא על אבן אחת עד שהלך דמן ונגע בדמו של זכריה לקיים מה שנאמר (הושע ד, ב) ודמים בדמים נגעו" דבר זה אומר לנו שכל שאר האנשים נהרגו על קידוש ה'
בספר מלכים ב' מתוארים שני מספרים שונים לגלות יהויכין: הראשון, מתאר 10,000 גולים בסה"כ והשני מתאר 7,000 אנשי צבא, ו-1,000 אנשי "החרש והמסגר". ייתכן שניתן לישב את שני המספרים אם האזכור הראשון משקף את חיבור אנשי הצבא עם החרש והמסגר וכן את מקורבי המלך או פקידי המלך.
לגבי הגליית החורבן, תיאור ההגליה איננו מספק מספרים, אולם מציין שנותרו בארץ רק "דלת הארץ" – כורמים ויוגבים.
מניתוח שביצע פרופ' עודד ליפשיץ מאוניברסיטת ת"א חושבה אוכלוסיית יהודה לפני החורבן ואחריה (בתקופה הפרסית) על בסיס מיפוי יישובים וגודלם בסקרים ארכאולוגיים והכפלתם במקדמי צפיפות מוערכים לאותה תקופה. מהניתוח עולה שביהודה היו לפני החורבן כ-100,000 תושבים ולאחריו נותרו בה כ-40,000 איש.
על פי ניתוח זה חלה ירידה של כ-60,000 איש באוכלוסיית יהודה, אולם לא ברור כמה מהם נהרגו בחורבן, כמה נמלטו לממלכות השכנות וכמה נמלטו למצרים לאחר רצח גדליהו בן אחיקם. יתרה מזו, בביקורת למחקרו זה של ליפשיץ הצביעו חוקרים אחרים על הקושי להפריד בין התקופה הבבלית והפרסית ביהודה ולכן העלו את האפשרות שתמונת המצב של התושבים שנותרו לאחר החורבן, רלוונטית רק לתקופת שיבת ציון ולא לתקופה שבין החורבן לשיבה.
כאמור, הנתונים שבידינו אינם מאפשר אומדן מדויק. בשני מסעות המלחמה הגדולים התמוטט המערך הישובי וערים חשובות, כגון ירושלים, רמת רחל, עזקה, לכיש, גזר, בית שמש, מרשה, תמנה ותל חסי נחרבו. פגיעה קשה התרחשה גם במרחב הכפרי והאזור היחיד שכנראה כמעט ולא נפגע, היה חבל בנימין (גבעה, גבעון, מצפה ובית אל), כנראה לאור תמיכת האליטה שם בכניעה לבבל. נותר לקבוע שכלל ההגליות הבבליות הסתכמו בין אלפי אנשים לעשרות אלפים בודדות וקרוב יותר למספר הגבוה יותר.
מסעות הגלות.
אין מידע במקרא או בממצאים הארכאולוגיים על אופן המסע של גולי יהודה באופן קונקרטי, אולם מוכרים מסעות של גולים אחרים מהתקופה האשורית והבבלית וניתן להשליך מהם על מסעם של גולי בבל.
אתרי ההתיישבות היהודית בבבל.
המידע על מקום התיישבותם של הגולים מבוסס על שלושה סוגי מקורות:
משפחת המלוכה.
לגבי מושבם של בני משפחת המלוכה בבבל, קיימת הצלבה בין תעודות בבליות לאזכורים במקרא.
בתעודות בבליות מארמון המלך בעיר בבל, המתוארכות לשנת 592 לפנה"ס, מצוינות הקצאות מזון לאנשים שונים בארמון, ביניהם למלך יהודה, יהויכין, לחמשת בניו ולאנשיו (אוזכרו השמות הבאים: שלמיהו, סמכיהו, קוניה, גדיאל, אורמלך) משתמע מהתעודות שיהויכין שמר על מעמדו כמלך יהודה גם בעת כלאו, בעת שצדקיהו, אחיו למחצה, שולט כמלך ביהודה עצמה. כמו כן, נראה מהתעודות שהשלטונות הבבלים סיפקו ליהויכין ופמלייתו תנאים נוחים במיוחד במה שנראה כמו מעצר בתנאי ארמון. נוהג כזה מוכר גם מתקופות אחרות ולו מטרות פוליטיות של שימור עתודה מלכותית להחלפת השלטון ביהודה, שמירה על משפחת המלוכה כבני ערובה, אך גם שמירה על מעמדם המלכותי.
בספר מלכים ב' מסופר כי בשנת 562 לפנה"ס, שנת שלטונו הראשונה של אמל-מרדוך (המכונה במקרא אויל מרודך), שחרר הלה את יהויכין מהכלא, שיפר את תנאיו, אבל משתמע שהשאיר אותו בעיר בבל עצמה.