"סוכנות הביון המרכזית" (CIA) הוקמה כחלק מצעד נרחב במטרה לשפר את התיאום בין סוכנויות הביון השונות (צבאיות, דיפלומטיות ופנימיות) של הממשל האמריקאי, אך היא נותרה במצבים רבים תלויה ללא יכולת או שיקול דעת לפעול לפי הסמכויות שהוענקו לה. למשל: שגריר שנשלח מטעם מחלקת המדינה של ארצות הברית למדינה זרה, יכול היה להטיל וטו על יכולתה של ה-CIA להשתמש במידע מודיעיני שנאסף באותה מדינה. עקב כך, הורחבו סמכויותיה של הסוכנות זמן קצר לאחר ייסודה. בשנת 1948, יצא צו מתקן מטעם "המועצה לביטחון לאומי" (NSC) שאיפשר ל-CIA לבצע מבצעים חשאיים במדינות זרות ובלבד, שתהיה לממשל הפדרלי יכולת סבירה להכחיש אותם ולהתנער מאחריות במקרה של כשל מבצעי.
מאוחר יותר, התאפשר ל-CIA, בזכות "חוק סוכנות הביון המרכזית של 1949", לפעול בשיטה חוקית, שבאמצעותה הפעיל בקביעות את כוחו לביצוע פעולות חשאיות. החוק עבר באופן מהיר בקונגרס. "The less we say about this bill, the better off all of us will be".
"הקונגרס נתן לסוכנות את כל הסמכויות שיכלה לבקש לעצמה.", "...על ה-CIA נאסר לפעול בצורה של משטרה חשאית בתוך גבולות ארצות הברית. החוק נתן לסוכנות את היכולת לבצע כמעט כל דבר שחפצה בו, כל עוד הקונגרס סיפק את התקציב השנתי. אישורי תקציב סודיים, שהתבצעו על ידי ועדת משנה לשירותים מזוינים, היו מקובלים באותה תקופה על ידי אלה שהיוו את הסמכות החוקית לכל הפעולות החשאיות.", "...אם זה סודי, זה חוקי", אמר ריצ'רד ניקסון. "ל-CIA יש כעת יד חופשית: תקציב בלתי מוגבל--הכסף הוסתר תחת הוצאות של פריטים מזויפים ובלתי ניתנים לאיתור בתקציב הפנטגון--שנועד להיות רישיון בלתי מוגבל להוצאות".
עם זאת, כתב הלמס מאוחר יותר, לפי ניסיונו והבנתו: "בסופו של דבר היה על הנשיא הנבחר של ארצות הברית לקבל את ההחלטה על הפעולות שאותן יבצע ה-CIA. תפקיד ראש הסוכנות היה רק לידע את הנשיא על המצב בפועל כפי שהבין אותו ולייעץ אודות היכולות הידועות של ה-CIA ככלי פעולה של מדיניות הממשל הפדרלי של ארצות הברית". הלמס גם הצהיר: "העובדה שתחומי הפעילות של הסוכנות חייבים להישאר מוסווים מעיני הציבור, היא שמרבה את אחריותו של ראש הסוכנות לעדכן כל העת את הנשיא ואת ועדות הקונגרס במידע הרלוונטי..." . בפועל, לפי הלמס, ההחלטה אם לצאת או לא לצאת לפעולה הייתה שמורה לנשיא, ולאחריה, הייתה זו מחויבותו של ראש הסוכנות לבצע במדויק את הוראות הנשיא. למרות הידיעה מה לבצע (לפי החלטת הנשיא), בעיות חמורות עלולות להתעורר. לדוגמה: אם הנשיא מורה על ראש הסוכנות לבצע פעולה שלא בתחום סמכותה, משמע, ישנו איסור על ראש הסוכנות לבצע אותה.
המלחמה הקרה באירופה.
בתחילת שנת 1945, נשלח הלמס מוושינגטון ללונדון, שם השתכן בדירה עם הממונה עליו, ויליאם קייסי. לאחר מכן נחת בפריז המשוחררת ובמאי, לאחר כניעת גרמניה, עבר ל"מטה אייזנהאואר" שבריימס יחד עם גנרל וולטר סמית ואלן דאלס, שעבדו גם הם עבור המשרד לשירותים אסטרטגיים, ולימים שניהם יהיו ראשי ה-CIA. ריימס הייתה תחנת מעבר בדרכו לויסבאדן, שם חלק הלמס דירה עם הממונה החדש עליו, אלן דאלס, ופרנק וויזנר. בהמשך עברו דאלס והלמס לברלין, בה הוצב הצבא האדום הסובייטי ולקח את השליטה לידיו בחלקה המזרחי של העיר על פי ההסכמים. הלמס מונה בברלין לסגן ראש ענף מודיעין סודי של המשרד לשירותים אסטרטגיים (OSS), תחת דאלס. הסובייטים נקטו לעיתים קרובות באגרסיביות רבה בעיר ההרוסה; ומוקד המודיעין האמריקאי עבר להתמקד במטרות ויעדי הצבא האדום. בדצמבר 1945, לאחר החלטת טרומן על פירוק המשרד לשירותים אסטרטגיים, שוחח הלמס באריכות עם וויזנר על עתיד המודיעין האמריקאי. למרות דעותיהם השונות (הלמס העדיף איסוף מודיעין ווויזנר מבצעים חשאיים) הם הפכו לבעלי ברית "לא טבעיים" לאורך כל הקריירה שלהם. הם המשיכו לשוחח עוד רבות בנושא בטיסתם חזרה לוושינגטון שארכה כ-18 שעות. בוושינגטון, הלמס המשיך לבצע עבודות מודיעין, הפעם עבור ה"יחידה לשירותים אסטרטגיים" (SSU) של "מחלקת המלחמה של ארצות הברית".
ההשתלטות שביצע הצבא האדום הסובייטי לאחר המלחמה במזרח ומרכז אירופה, הובילה להתמודדות מפלגות קומוניסטיות לאומיות ברוב מדינות הלווין של רוסיה וקיבלו הנחיות ישירות ממוסקבה. במהלך השנים הראשונות של המלחמה הקרה, נקטו מדינות נאט"ו באסטרטגיה של חיפוש מקומות בהן השלטון הסובייטי לא היה מבוסס דיו והיה ניתן לשנות אותו, לדעתן, בדרך פוליטית (במדעי המדינה צעד זה נקרא "Rollback"). למעשה, בתחילת שנת 1948, פעל "המשרד לתיאום המדיניות" (OPC) תחת הכוונתם של הלמס ווויזנר ונעשו מאמצים רבים כדי "להחזיר את הסובייטים חזרה לגבולות הישנים של רוסיה ולשחרר את אירופה מהשליטה הקומוניסטית". מאוחר יותר, בשנת 1952, מסע הבחירות של אייזנהאואר לנשיאות ארצות הברית הונהג תחת הכותרת "the free world to liberate the Soviet satellites". אלן דאלס, מועמדו המוביל של אייזנהאואר לעמוד בראש ה-CIA, תמך במאמצים "להשיב את חופש הבחירה לאומות השבויות".
במהלך מלחמת העולם השנייה, עמי מרכז אירופה עברו טראומות בכל תחומי החיים. הם חוו באופן ישיר אירועים אלימים שנגרמו עקב המאבק בין הצבאות הלוחמים. בנוסף, כלכלותיהן נהרסו כליל ומה שנשאר מהן עמד על כרעי תרנגולת בגלל העובדה שנדרשו פרויקטי שיקום לאומיים גדולי ממדים. הם גם עמדו בפני הצבא האדום הסובייטי שסירב לפנות את השטח בסיום המלחמה, ויתר על כן, הופעלו בשטח יחידות בצורה שיטתית, מכוונת ויסודית על ידי המשטרים הקומוניסטים של הגוש המזרחי כדי לשלוט באזרחים. "קציני ה-CIA הגיעו למסקנה שהמודיעין ושירותי ביטחון הקומוניסטיים היו גדולים ומתוחכמים בצורה משמעותית מהסוכנות". דאלס (ראש ה-CIA) והלמס כתבו בנושא זה על הדרך בה הפעילו הסובייטים את המשטרה החשאית הצארית. הניסיונות המוקדמים של ה-CIA (שבהם גם הלמס השתתף) לגייס סוכנים מקומיים במדינות הלווין שהיו בשליטה סובייטית, לא נשאו פרי ברוב המקרים. מאחר שה-CIA התקשה במשימת הגיוס, אט אט נזנחה גישת ה-"Rollback".
תוכנית מרשל האמריקאית, שהחלה בשנת 1948, וכללה השקעות כלכליות רבות במערב אירופה, הייתה התשובה האמריקאית להשתלטות הסובייטית במזרח ומרכז אירופה. תוכנית דו-מפלגתית זו מנעה בראש ובראשונה רטוריקה אנטי-סובייטית, וחיפשה איך לעודד השקעה בערכים חברתיים חיוביים כמו: צמיחה כלכלית, גידול בתחומי המסחר והתחדשות באירופה. הלמס כינה את התוכנית "הצעה ייחודית נדיבה במטרה לממן את שיקום הכלכלות האירופיות של שני הצדדים, המנצחים והמנוצחים". תחת ממשל טרומן תוכנית מרשל היוותה חלק ממדיניות הבלימה (שיוחסה לא פעם לג'ורג' קנאן) כחלק מאסטרטגיית המלחמה הקרה, ונועדה להחליף באופן זמני את אסטרטגיית ה-"Rollback". חלק מתקציב תוכנית מרשל הופנה ל-CIA.
בין השנים 1945 ל-1951, רכש הלמס ניסיון ישיר בניהול פעילות ה-CIG/CIA במרכז אירופה. אפוא, הלמס רכש היכרות רבה לא רק בתחום המודיעין החשאי, אלא גם עם פעילויות מסוג זה שהושפעו מהחלטות של מדיניות החוץ האמריקאית. פרנק וויזנר, ראש "המשרד לתיאום המדיניות" (OPC), הוביל פעולות חשאיות אגרסיביות המזוהות עם אסטרטגיית ה-"Rollback". וגם עם מדיניות הבלימה. בשנות החמישים המוקדמות, פעל ה-CIA לייסוד רדיו אירופה החופשית ואמצעי תקשורת אחרים במטרה לשדר ולהפיץ מידע ל"אירופה השבויה".
משימותיו של הלמס.
מיד לאחר מלחמת העולם השנייה, עבד הלמס בגרמניה תחת אלן דאלס בסניף הברלינאי של המשרד לשירותים אסטרטגיים (OSS). הלמס תיאר את תפקידו כניהול מאמצי ה-OSS ב"מרדף אחר נאצים מושבעים..., חיפוש אחר מאות פושעי מלחמה..., חיפוש אחר ראיות לאוצרות גנובים ויצירות אמנות שנבזזו..., מעקב אחר הצבא הרוסי..., (ומציאת) מדענים גרמנים...".
כשחזר לוושינגטון בשנת 1946, הלמס ניהל את פעילותם של 228 סוכנים באירופה בתפקיד "ראש איסוף המודיעין ומודיעין מסכל במרכז אירופה" של ה"יחידה לשירותים אסטרטגיים" (SSU). הוא טיהר במהירות את היחידה מסוכנים מושחתים שהתעסקו עם השוק השחור בברלין. הוא גם הכוון את הפעילות עבור איתור מדענים גרמניים והעברתם למערב. תפקידיו של הלמס היו קשורים בפעילויות התקשרות משמעותיות עם שירותי מודיעין זרים, במיוחד הבריטי, והחלפת מידע חשאי שנאסף באירופה. מאוחר יותר, ה-CIA שיתף נתונים באופן קבוע עם שירותי מודיעין זרים ועל פי מה שהותר לו בהסכמים של הממשל הפדרלי של ארצות הברית עם ממשלות זרות.
"מסך הברזל" הפך את נושא הכוח הפוליטי והצבאי של הסובייטים באירופה, לשאלה הדומיננטית (כי בשלב זה כוחות הצבא האמריקאי החלו לסגת בהדרגה מאירופה). במקביל, החלו להגיע שמועות, ששירותי המודיעין הסובייטים הצליחו לשתול סוכנים שלהם בתוך שירותי הביון המערביים, ובכללם ל-OSS ול-SSU. "עד סוף המלחמה הנ.ק.ו.ד והגה-אר-או הצליחו ליצור רשת של עשרות סוכנים ואנשי קשר במשרדי ה-OSS בוושינגטון.". ראש ה-CIG, גנרל הויט ונדנברג, דרש מהלמס לגלות "הכל" על הפעילות הסובייטית ולתפוס את אותם סוכנים שתולים. באירופה הכאוטית והעקורה שלאחר המלחמה, עברו פליטים רבים בתוכה ממקום למקום ללא מסמכים מזהים, ובין היתר, סוכני ריגול סובייטים שניצלו את המצב. משימתו של הלמס התבררה כמורכבת מאחר שלממשל האמריקאי לא היו "עיניים ואוזניים" במחנה הסובייטי. בשנת 1946, הלמס הביע בכתב את הרגשתו למצב כך:&lt;BR&gt; "felt like an apprentice juggler trying to keep an inflated beach ball, an open milk bottle, and a loaded submachine gun in the air."