לאחר מכן באותה השנה הניח סלזאר את התשתית לקריירה הפוליטית העתידית שלו, כאשר החליט להמשיך בקריירה אקדמית במקום קריירה דתית. סלזאר החל להרוויח למחייתו בתור מורה בבית הספר התיכון הדתי בויזאו, שהיה במרחק צעידה קצרה מבית המדרש המקומי. בהמשך קידם סלזאר את דעותיו הפוליטיות דרך מעורבות בכתיבת עיתון מקומי. ברישומיו בעיתון הציג סלזאר דעות שנחשבו לא מקובלות, כאשר מחד תמך בחלק מהרפורמות שהוצעו בידי הרפובליקנים ומאידך הגן על זכויותיה של הכנסייה. סלזאר קידם - למרות גילו הצעיר - חזון עבור עתידה של פורטוגל, שבו קיבל את העובדה כי ארצו לא תהיה למעצמה תעשייתית אך העריך כי תוכל להפוך לארץ משקיעים וכלכלנים בעלי רגש לאומי חזק אשר יוכלו בכך לתמוך בקידומה מחדש של פורטוגל למעמד של מעצמה קולוניאלית. את האידיאל שלו בנוגע לעתידה של פורטוגל הציג סלזאר בנאום בעת זיכרון 269 שנים למלחמת השבת הכתר הפורטוגזי. נכון לשנת 1910 קבע סלזאר את מסלול החיים שייעד לעצמו כאשר נרשם ללמוד באוניברסיטת קוימברה היוקרתית. עקב מעמדה הייתה האוניברסיטה מרכז התפתחותו של השיח הפוליטי-חברתי בפורטוגל.
מסטודנט למרצה בקוימברה.
מספר חודשים לאחר שנרשם לאוניברסיטה והחל בלימודיו, התחוללהמהפכת אוקטובר בפורטוגל, שבה מנואל השני, מלך פורטוגל הודח מהשלטון בהפיכה ואיתו הסתיימה המלוכה והוחלפה ברפובליקה הפורטוגזית הראשונה. הממשל החדש היה חסר בסיס שלטוני פוליטי יציב ובעשור הבא נערכו בפורטוגל סדרת הפיכות נוספות אשר החלישו את הסדר המדיני מבית ואת המעמד הבינלאומי של פורטוגל מחוץ. בהמשך, במסגרת לימודיו, הצטרף סלזאר אל המרכז האקדמי הדמוקרטי-נוצרי (CADC). אף על פי שהארגון לא דגל בקידום דעה פוליטית, הוא עשה זאת בזהירות רבה, תמך בשימור מעמדה של הכנסייה אך לא של המלוכה כדי לא להשיג תדמית של מתנגד הממשל הקיים. בדצמבר 1912 העניק סלזאר, לראשונה, נאום מעמיק בנושאים פוליטיים עבור קהל סטודנטים. במהלך הנאום העריך סלזאר כי לנוכח שינוי על מוסד המשפחה להישאר כפי שהוא ללא הפרעה או השפעה שכן לטענתו המשפחה היא בסיס החינוך של האדם ובסיס יציבותו.
מאוחר יותר טען סלזאר כי העבודה לא נועדה רק לפרנסה אלא היא כשלעצמה בית ספר לערכים. בבחינה פוליטית טען סלזאר כי על הקתולים אין אינם צריכים לצפות לחמלה מצד הגורמים החילונים שהנהיגו את הרפובליקה החדשה ואת מוסדותיה. כמו כן, סלזאר פעל להציג את הדת עבור הפלג הפוליטי הרפובליקני לא כאויבת של הקידמה, אלא בסיס עבור ערכי מוסריות, חברה ויציבות. בעוד ה-CADC השיג יוקרה וחשיבות במפה הפוליטית הלאומית של פורטוגל, הוא לא היה הארגון הפוליטי היחיד שהתנגד למדיניות של הרפובליקה החדשה. למעשה, בשנת 1914 הוקם בקוימברה ארגון פוליטי נוסף שהתנגד למדיניות הממשל; התנועה האינטגרליסטית הלוסיטנית. באותה העת החל סלזאר להתעניין יותר בכתביהם של גוסטב לה בון וחוקרים נוספים שעסקו בהתנהלות חברתית ופוליטית.
בעת ההיא ביקש סלזאר את ידה של ז'וליה פאיש סטראו, שאביה היה הסנדקית של סלזאר, ונאלץ לקבל סירוב מצד משפחתה. הסירוב של משפחת פאיש סטראו נבעה בעיקרה מהפרש המעמדות, שכן סלזאר נולד למעמד הביניים הנמוך לעומת בני פאיש סטראו שהיו בני המעמד הבינוני-גבוהה והיו בעלי קשרים לחברה הגבוהה של פורטוגל.
בהמשך לקה סלזאר בדיכאון. ככל הנראה הסיבה העיקרית לכך הייתה הסירוב. ייתכן שסירוב זה היה גורם מרכזי לכך שסלזאר מעולם לא נישא בחייו והיה חסר ילדים ביולוגיים אך שמר על קשרים רומנטיים עם מספר נשים במהלך חייו. בשנת 1914 סיים סלזאר את לימודיו באוניברסיטת קוימברה, לאחר שקודם כיתה בשנה הודות להתקדמותו בחומר, וסיים את לימודיו עם ציון סופי של 19 מתוך 20. למרות ההישג שהעלה את מעמדו החברתי של סלזאר, הוא נותר בדיכאון לזמן מה ולעיתים לא יצא מביתו במשך ימים שלמים. כדי לרומם את מצב רוחו, חברו של סלזאר וחבר ה-CADC, מנואל גונשלבס סרז'רה (Manuel Gonçalves Cerejeira) - לימים הפטריארך של ליסבון - הציע לסלזאר שיעבור לביתו למספר ימים. בהמשך התמנה סלזאר לעוזר מרצה בקוימברה במחלקת מדעי הכלכלה של האוניברסיטה. בשנת 1915 חיבר ופרסם סלזאר שתי מסות בנושאי כלכלה. לפי מסות אלו ביסס סלזאר את מדיניותו הכלכלית לימים; את תמיכתו ברפורמה כלכלית וקידום תקן המתכת, כמו גם הסדר תקציב מדינה מאוזן. סלזאר טען כי יציבות כלכלית מבית לשעצמה תתרום בפתיחת שווקים חדשים עבור פורטוגל.
בשנת 1916, לאחר פטירתו של הפרופסור הראשי במחלקת מדעי הכלכלה של אוניברסיטת קוימברה, סלזאר התמנה לתפקיד. באפריל 1918, בשלהי מלחמת העולם הראשונה, בה לחמה פורטוגל לצד מדינות ההסכמה, נקבע כי סלזאר לא היה כשיר לשירות בכוחות המזוינים של פורטוגל והועלה לדרגת פרופסור מן המניין מטעם האוניברסיטה. במאי אותה השנה ניתן לו התואר דוקטור למשפטים. לנוכח סדרת משברים פוליטיים והפיכות שלטוניות רשם סלזאר בחסות משבר אספקת הייבוא לפורטוגל על הצורך בהורדת ההשענות הכלכלית על ייבוא, שימוש נרחב יותר במשאבים פנימיים עבור הגברת הייצור הלאומי ובניית תשתיות חדשות כגון מסילות ברזל ובתי חרושת. למרות המלחמה במעצמות המרכז, סלזאר הביע את התרשמותו מכוח הייצור התעשייתי של הקיסרות הגרמנית לאורכה של המלחמה. עם הזמן כתביו של סלזאר נעו מרישומים כלכליים לרישומים פוליטיים לגמרי, עת הזהיר מפני פגיעה בסולידריות הלאומית לנוכח חוסר היציבות. סלזאר טען שהממשלה פועלת ישירות נגד המגזר הפרטי והתנגד למעורבות במלחמה. לחיזוק טענותיו הציג את הרסטורציה הספרדית אשר שמרה על נייטרליות וחוותה הצלחה כלכלית מסחררת לנוכח העובדה שיכלה לסחור עם שני הצדדים במלחמה.
קריירה פוליטית מוקדמת (1919 - 1926).
בדצמבר 1918 נרצח סידוניו פאיש, הדיקטטור הצבאי של פורטוגל, על רקע התנקשות פוליטית. מותו הוביל לנפילת המשטר הצבאי וכאוס פוליטי מחודש שבמהלכו התקיים ניסיון כושל להפיכה פרו-מלוכנית בצפון פורטוגל, שכשלה בהשבת המלוכה. כתוצאה מניסיון ההפיכה הפרו-מלוכני, הממשלה הרפובליקנית החלה ברדיפת פעילים פוליטיים תומכי המלוכה. נציג של הממשלה הושם במשרה מנהלית באוניברסיטת קוימברה וסלזאר, לצד פעילים פוליטיים אחרים, היה תחת מעקב של הממשל. לפי רישומיו בכתב העת אס נובידאס העריכו גורמים בממשל כי סלזאר היווה למעשה אופוזיציונר מסוכן. במאי 1919 התחרה בבחירות הרשות המחוקקת בתור נציג מחוז ויאנה דו קסטלו (Viana do Castelo). לאחר שהפסיד בבחירות ונעמד למשפט על התנגדותו לממשל, טען סלזאר כי אין הממשל יודע בוודאות מה נטייתו הפוליטית ואין בסמכותו להאשים ללא הצדקה לכך ושאין הוא עצמו מהווה סכנה פוליטית עבור הממשל שכן לא הצליח לנצח אף בבחירות מחוזיות מינוריות. בכל רישומיו בכתבי עת, סלזאר הציג מצב כלכלי-מדיני אך לא הציג בפומבי את דעתו האישית כך שעל הקורא היה להניח לפי הכתוב מהם האינטרסים של הכותב. למעשה, סלזאר חלק על רוב התנועה המונרכיסטית בהתנגדותה לרפורמות החברתיות של האפיפיור לאו השלושה-עשר. בסופו של המשפט חבר המושבעים קבע בעדו של סלזאר.
עם הזמן עלתה השפעתו של סלזאר במפלגת המרכז הקתולית (CCP), אשר תחילה חסר לה מנהיג כריזמטי. תחת הנהגתו של אנטוניו לנונאטו הנהיגה המפלגה מצע פוליטי פרגמטי שכלל שיתוף פעולה עם הרפובליקה והגנה על מוסדות הדת. מכיוון שהמפלגה הייתה בעלת מספר מועט של נציגים באספת הרפובליקה היא פעלה לבחור אישים בעלי מוניטין ציבורי רחב להתחרות על המושבים הפוליטיים. ביולי 1921 רשמו חברי המפלגה את סלזאר לנציג מטעמם בבחירות לנציגות פרלמנטרית מחוזית. אף על פי שבהתחלה הביע סלזאר את התנגדותו לתפקיד, הוא ניצח בבחירות והפך לחבר האספה הרפובליקנית בליסבון. ב-25 ביולי הופיע סלזאר בטקס פתיחת הפרלמנט, זאת אף על פי שבמקור העדיף להישאר ולהמשיך את הקריירה האקדמית שלו. סלזאר, למרות תפקידו, המשיך לעבוד בקוימברה ובכך נשאר ללא פגע לאחר סדרת התנקשויות פוליטיות בתומכי משטר פאיש והמלוכה שהתרחשו באוקטובר 1921 וכללו את ההתנקשות בראש הממשלה אנטוניו גראנז'ו (). במשך השנים הבאות חילק עצמו סלזאר בין מעורבות ב-CCP ועבודתו באוניברסיטת קוימברה בעוד קרא להסדר מעמדי יציב והשבת הסדר השלטוני עבור יציבות.
בשנת 1925 התמודד סלזאר פעם נוספת לנציגות מחוזית לאספת הרפובליקה, הפעם מרצונו, והפסיד בבחירות. ב-28 במאי 1926 התרחשה הפיכה צבאית נוספת בפורטוגל שהפילה את משטר הרפובליקה והקימה את הדיקטטורה הלאומית. הגנרל מנואל גומז דה קוסטה (Manuel Gomes da Costa), בתמיכת התנועה האינטגרליסטית הלוסיטנית, הפך לראש ממשלה ונשיא פורטוגל מטעם המשטר הדיקטטורי החדש. במסגרת הסדר מחודש של המנהל המדיני וחלוקת המשרות המדיניות בידי הממשל הדיקטטורי, מינה גומז דה קוסטה ושאר מנהיגי החונטה הצבאית את סלזאר לשר האוצר של פורטוגל, בתקווה שישים סוף לחוסר היציבות הכלכלית שרדפה את פורטוגל מזה עשרות שנים. סלזאר ביקר בליסבון ולאחר שחזה במנהל החדש החליט לשוב לקוימברה וסירב להצעת התפקיד מטעם המשטר. עקב לחץ מצד מקורביו שב סלזאר לפורטוגל והושבע לתפקיד שר האוצר ב-3 ביוני 1926 מאחורי דלתות סגורות. המשטר קיבל חלק מינורי בלבד מהרפורמות הכלכליות שקידם סלזאר ומאחורי הקלעים מינה דה פקטו שר אוצר חדש. בהבינו את המצב, סלזאר התפטר מהתפקיד קצת יותר משבועיים לאחר שהושבע.