במסכת תענית. מזכיר רבי יוחנן את הדיפלציה והאינפלציה כמכות כלכליות שהציבור צריך להתענות עליהן: , כלומר סדר התעניות המובא במשנה, שאין מטילים על הציבור תענית ציבור אלא בתחילה יחידים מתענים, ורק לאחר מכן, בהדרגה מטילים תעניות הולכות ומתמשכות על הציבור, נאמר רק במקרה של אינפלציה, . לקביעתו שהדפלציה יותר חמורה מאינפלציה, הוא מביא ראייה מדפלציה שהתרחשה בטבריה, שהיא הדפלציה המתועדת הראשונה בעולם: וסיפר כי הוא זוכר תקופה שבה מחירם של ארבע סאה חיטה בשוק היה סלע בלבד ולמרות כך היו רבים בטבריה שהתנפח גופם מרעב, משום שלא היה להם כסף.
תורתו.
כאשר אנשי עיר מסוימת רצו לשנות ממנהג העיר הקדמון, אסר זאת עליהם רבי יוחנן, ואמר: "כבר קיבלו אבותיכם עליהם, שנאמר . מפשטות דברי התלמוד נראה שמקור התוקף של המנהגים הוא מדברי קבלה שכן הסתמכו על הפסוק במשלי. ואכן כך נראה שהבינו הרבה פוסקים.
בתלמוד בבלי מסכת שבת מובאת מחלוקת בין חכמי ישראל האם המזל משפיע על יהודים. רב אשי סובר שקיימת השפעה על האדם, ואף מפרט את התכונות של מי שנולד במזל מאדים, אף רבי חנינא סובר "מזל מחכים, מזל מעשיר, ויש מזל לישראל". במקום ישנו גם סיווג של טיפוסי האנשים לפי המזלות השונים. לתפיסה זו שהמזל משפיע ישנה תמיכה באימרה, כי . למול תפיסה זו, ישנה התפיסה של רבי יוחנן כי , שמסתמך על הפסוק . לתמיכה בשיטתו מובאים גם הדעות של רב, שמואל ורבי עקיבא שניתן ללמוד מהם שאין מזל לישראל.
המשפט העברי.
אחת מפסיקותיו הידועות של רבי יוחנן היא בדיני שטרות במשפט העברי. החכמים נחלקו בהסבר האחריות החלה על ידי שטרי ראיה (הם שטרות שמטרתם לשמש כראייה בלבד על זכויותיו של המחזיק בהם). לדוגמה שטר חוב, שאף שהוא עשוי רק לראיה, הוא גורם גם לשעבוד נכסי הלווה, בעוד שבהלוואה הנעשית על פה (ללא שטר) לא חל שעבוד משפטי על נכסי הלווה.
נחלקו חכמי התלמוד אודות מקור תוקפו של השעבוד החל על ידי שטר. רבי יוחנן ותלמידיו ריש לקיש ועולא פירשו ששעבוד זה הוא דין משפטי שתוקפו מהתורה ולא רק מדברי חכמים, שכן מהתורה, כאשר אדם חייב כסף לאדם אחר, חל שעבוד משפטי על כל נכסיו, והם משועבדים ועומדים לגביית החוב, ואפילו אם הנכסים נמכרו על ידי הלווה - אין כח במכירה זו להפקיע את השעבוד מהמלווה, וגם לאחר המכירה ביכולתו המשפטית של המלווה, לגבות נכסים אלו כתשלום על החוב. אך חז"ל חילקו בין הלוואה הנעשית בעל פה, ללא שטר ראייה, לבין הלוואה הנעשית בלוויית שטר חוב.
לעומת זאת, חכמי בבל, בראשות רב שמואל, ורבה סוברים, שמהתורה לא קיים כלל דין של אחריות נכסים, אלא שחז"ל תיקנו דינים אלו כדי ש"לא לנעול דלת בפני הלווים" כלומר: שהרי ידוע שאם מלווים, לא יוכלו לגבות את חובם מנכסי לווים, או אז יימנעו אנשים מלהלוות כספים, ומי שזקוק להלוואה יצא ניזוק. לכן תיקנו חז"ל, שביכולתם של הלווה והמלווה לכתוב שטר שבאמצעותו יחול שעבוד נכסי הלווה, וכך יוכל המלווה תמיד לגבות את חובו.
בדיני ספק ממון, רבי יוחנן וחבריו נחלקו בשאלת עדיפות הברי ושמא מול המוציא מחברו עליו הראיה. השאלה מעשית במקרה שהתובע "ברי", כלומר טענתו וודאית, ואילו הנתבע "שמא" הוא אינו יודע אם התובע צודק, האם יש להעדיף את התובע כי הוא "ברי" העדיף על "שמא", או שמא יש להעדיף את הנתבע שלטובתו עומד הכלל "המוציא מחבירו עליו הראיה". לפי רב הונא ורב יהודה במצב כזה יש לטענת הברי - טענתו של זה היודע - עדיפות מול השמא - טענת זה שלא יודע - אפילו כשהוא "מוציא מחבירו", אך לפי רבי יוחנן, ההלכה היא שהכלל "המוציא מחברו עליו הראיה" גובר גם במקרה כזה. גם רב נחמן, שידוע היה כגדול המומחים בדיני ממונות סבר כך, וכך נפסק להלכה ברמב"ם ובשולחן ערוך.
מחלוקת ידועה בינו לבין רב הונא היא בהגדרתו של שוטה. בברייתא מובא: . נחלקו רב הונא ורבי יוחנן בפירוש הברייתא. לפי דעת רב הונא נדרשים כל שלושת הסימנים כדי להגדיר אדם כשוטה גמור. רב הונא מנמק זאת בכך שכל אחד מהסימנים, כאשר הוא לבדו, הוא עשוי להראות על מחלת נפש מסוימת, שאינה בהכרח מגדירה את האדם כ"שוטה", מכיוון שהיא זמנית וחולפת. אך רבי יוחנן חלוק על כך וסבור שדי באחד מהסימנים כדי להגדיר אדם כשוטה. ברמב"ם ובשולחן ערוך נפסקה ההלכה כרבי יוחנן.
יחסי משפחה.
רבי יוחנן הקפיד ביותר על קיום מצוות עונה, ואף פירש את הפסוק בתחילת ספר תהילים: , שהכוונה היא על המשמש מיטתו מדי ליל שבת, כפי הנדרש מתלמידי חכמים. רבי יוחנן אף העיד על עצמו, כי עשה רפואה מסוימת (המפורטת בתלמוד) שמטרתה להחזיר את כוח האדם לקיים ביאה במצוות עונה.
תקנות זמניות.
רבים מתקנותיו ההלכתיות של רבי יוחנן הם קולות על הציבור מטעמים פרגמטיים, תוך כדי נתינת הדעת למציאות הקשה, הכלכלית והחברתית, שאפיינה את תקופתו. כך, למשל, הכיר בעובדה, שישנם רבים שאין להם אלא חלוק אחד בלבד, המשמש אותם בכל ימות השבוע, ואף במועד, וכדי להקל על אלה קבע כי . ובהכירו לדעת כמה תלויים עובדי האדמה שבבבל בהצלחת שיווקם של מוצרי הפשתן ועובדי האדמה שבארץ בשיווקם של היין והשמן, קבע: , בהסבר שמדובר בסכנה העלולה להביא לידי פיקוח נפש. . גם בקיום מצוות השביעית התפשטו תקנותיו של רבי יוחנן, שעל רקע המציאות הכלכלית הקשה שבדורו. פטר את אשקלון ממעשרות ומשביעית, הגם שהוכרזה טהרת העיר.
אחד ממשפטיו המפורסמים הוא: . כלומר, עקב המיסוי הכבד והליטורגיות שהוטלו על ידי השלטונות על רבים מקרב כל שכבות האוכלוסייה, פסק רבי יוחנן הוראת שעה, שהמינוי המאולץ לפונקציה שלטונית ("בולי") כגזירה אינו חוקי והמועמד למינוי רשאי לברוח אף עד נהר הירדן. מאידך ביקש רבי יוחנן לגונן על אותם בעלי קרקעות שנאלצו לעקור מביתם ולברוח, ואדמתם הייתה עלולה ליפול בידי השלטון או בעלי זרוע.
החתימה שנוהגים לומר בברכות התורה לקוחה מזו שהיה אומר רבי יוחנן: .
חבריו.
על חבריו נמנו: רבי יהושע בן לוי, בר קפרא, בר פדא, רבי יוסי בר חנינא, רבי חייא בר יוסף, רבי יונתן בן אלעזר, וריש לקיש נחשב לתלמיד חבר.
אילפא.
אילפא, מוזכר כשותפו המסחרי של רבי יוחנן. בתלמוד מובא כי אילפא ורבי יוחנן, שהיו שניהם עניים מרודים החליטו לצאת לעסוק במסחר לפרנסתם. כאשר הגיעו ללון בדרך ליד גדר, שמע רבי יוחנן שני מלאכי השרת שמשוחחים ביניהם, והאחד אומר לחבירו "הבה נפיל את הגדר על שניהם, שעוזבים חיי עולם ועוסקים בחיי שעה, נענה השני: לא נעשה זאת, כי יש אחד משניהם שעתיד להתפרסם בעולם ועדיין לא הגיע זמנו למות. היחיד מבין השניים ששמע את השיחה היה רבי יוחנן, ולכן הוא הבין שהכוונה היא אליו. הוא עזב את אילפא והלך ללמוד, בעוד אילפא עובד לפרנסתו.
לאחר תקופה קצרה, הוכתר רבי יוחנן כראש ישיבת טבריה. כאשר הגיע אילפא לטבריה ושמע את הבשורה הוא הצטער על כך, וחבריו אמרו לו שלו היה גם הוא יושב ולומד כמו רבי יוחנן היה הוא מוכתר לראשות הישיבה. כאשר שמע זאת אילפא הוא הלך ונתלה בעמוד שבראש ספינה. ואמר: גם עתה, בקי אני בכל התורה. אם יבוא אדם וישאל אותי בתוספתא שנשנית בבית מדרשם של רבי חייא ורבי אושעיא ולא אדע לענות, אפיל את עצמי מהספינה. זקן אחד ששמע זאת בא ושאל אותו שאלה מסובכת אודות ברייתא מסוימת שלא ידוע איזה תנא שנה אותה, ואילפא הסביר לו את הברייתא במקום.
מעשה זה קיבל פרשנויות רבות בקרב החוקרים. אחת מהם מתייחסת לעובדה המעניינת, שלאחר שרבי יוחנן שומע את המלאכים הסבורים שדינו של המשלב תורה עם פרנסה - מוות, הוא אינו מעביר את הסיפור לאילפא. יש המסבירים שרבי יוחנן הסיק מכך שאילפא לא שמע את דו השיח בין המלאכים, כי ייתכן שאכן דווקא לרבי יוחנן מיועד תפקיד לימוד התורה תוך כדי ניתוק מוחלט מעבודה מפרנסת ומהעולם הזה, בעוד שמאילפא לא מצפים משמים שיעשה צעד זה, שאינו מהווה לו סיכון, ושאכן מתברר לבסוף כי ידיעתיו בתורה מופלגות ומושלמות, ובעוד הוא נמצא על תורן הספינה - המרמזת על הצלחתו במסחרו, הוא יודע להסביר ברייתא עלומה. השאלה בין עיסוק בתורה לצד חיי פרנסה לא הייתה ככל הנראה שאלה של חיים ומוות, שהרי אנו מוצאים אותם יושבים לאכול תחת העץ, וככל הנראה מדובר היה בשאלה של לימוד תורה מתוך חיי עוני מול שילוב תורה בחיי עושר והרחבת הדעת
תלמידיו.
על תלמידיו נמנו: רבי אבהו, רבי אלעזר, רב שמואל בר יהודה, רבי אבא, רבי אסי, רבי ירמיה (הראשון), רבי סימון, רבי עוירא, רבי שמעון בן אליקים, רבי ירמיה (השני), רבי אבא בר ממל, רבי יצחק, רבי יאשיה, רבי לוי (שימש כדרשן בבית מדרשו של רבי יוחנן במשך 22 שנה), רבי אלעאי, רבה בר בר חנה, רבי אבין, רב אויא, רבי זירא, רב גידל, רב חייא בר אבין, רב שיזבי, רבי חנינא בר פפא, רבי חנינא בר פפי, רב דימי, עולא, רבי מנחם.
אודות רבה מוזכר, שאחיו הזמינו אותו לארץ ישראל כדי ללמוד תורה מפי רבי יוחנן, ולדעת התוספות נענה רבה להזמנתם.
ריש לקיש.
ריש לקיש היה כבר בנערותו חבר של רבי יוחנן, שניהם היו ילידי ציפורי. בזמן מאוחר יותר, הפך ריש לקיש לראש חבורת שודדים, אך לאחר מכן חזר בתשובה, והיה לאמורא חשוב. בתלמוד הבבלי מסופר על חזרתו בתשובה של ריש לקיש על ידי רבי יוחנן: כי רבי יוחנן רחץ בירדן. ריש לקיש, שהיה שודד, ראהו וקפץ אחריו לתוך הירדן. אמר לו רבי יוחנן: "כוחך הגדול ראוי כדי להשתמש בו לתורה". אמר לו ריש לקיש: "יופייך לנשים" (שכן רבי יוחנן היה יפה תואר). אמר לו רבי יוחנן: "אם תחזור בך, אתן לך לאישה את אחותי, שהיא יפה ממני!"