במשך השנים נקבעו קבוצות נוספות של אזרחים הרשאים להצביע בקלפיות שבהן הם אינם רשומים. החוק כיום מחייב הצבת קלפיות בבתי סוהר ובבתי מעצר, בבתי חולים ובנציגויות ישראל בחו"ל. בבתי חולים יכולים להצביע רק אזרחים שיש להם אישור אשפוז ובנציגויות ישראל בחו"ל יכולים להצביע רק דיפלומטים ושליחי הסוכנות היהודית. נשים החוסות במקלט לנשים מוכות רשאיות להצביע בקלפי הסמוכה למקלט במקום בקלפי שבו הן רשומות. הקבוצות שעדיין אינן יכולות להצביע כוללות טייסים במטוסים אזרחיים ואנשי צוות אוויר שחייבים לטוס ביום הבחירות, אזרחים השוהים בחו"ל ביום הבחירות ואזרחים שנאלצים לסעוד אדם המאושפז בבית חולים.
תהליך ההצבעה.
ההצבעה אינה חובה, אולם המדינה מעודדת את האזרחים להצביע באמצעות הכרזה על יום הבחירות כיום שבתון, ובאמצעות מימון דמי הנסיעה אל הקלפי למי שזקוק לכך. כן נעשה ניסיון לעודד את הבוחרים להצביע באמצעות פניה באמצעי התקשורת, בעיקר האלקטרוניים, והם מנסים להקנות ליום הבחירות אווירה של חג לדמוקרטיה. כדי למנוע הצבעה כפולה או זיופים, חייב כל בוחר להצביע רק בקלפי שבה נרשם שמו, ולהזדהות באמצעות תעודה קבילה לעניין זה.
שמו של האזרח נרשם בדרך-כלל בקלפי הקרובה ביותר לכתובתו הקבועה. עם זאת, ישנם מקרים חריגים בהם אזרחים נרשמים בקלפי רחוקה ממקום מגוריהם. כך למשל, בבחירות לכנסת ה-18, הוצבה בתל אביב קלפי מיוחדת עבור תושבי גוש קטיף אשר לא שינו את מקום מגוריהם במרשם האוכלוסין. בירושלים, נרשמו התושבים היהודיים של רחוב הגיא ברובע המוסלמי בעיר העתיקה בקלפי בשכונת בית הכרם, בה יש גם רחוב בשם הגיא.
על ניהול הקלפי מופקדת ועדת קלפי, המאוישת על ידי נציגי שלוש מפלגות המיוצגות בכנסת היוצאת, יחד עם מזכירי הוועדה – שאינם מייצגים מפלגה, אלא ממונים על ידי ועדת הבחירות המרכזית. המזכירים אינם חלק מוועדת הקלפי, ואמורים לעמוד לרשות ועדת הקלפי. סמכויות מיוחדות הבלעדיות למזכירים הן הסמכות לזהות את המצביעים והמלווים והסמכות להכריע בדבר זכאות של בוחר למלווה. על המזכירים גם למלא פרוטוקול המתעד את יום ההצבעה, וכל אירוע חריג. חברי ועדת הקלפי, וכן המשקיפים השוהים בקלפי מטעם מפלגות שאינן מיוצגות בוועדת הקלפי, רשאים לדרוש מהמזכירים לרשום בפרוטוקול אירוע שנראה להם בעל משמעות. הפרוטוקולים מועברים לוועדת הבחירות המרכזית, ולפעמים יש בהם כדי לשנות במעט את תוצאות הבחירות. במקרים נדירים עשויה ועדת הבחירות המרכזית להורות על עריכת בחירות חוזרות באחת הקלפיות אם התגלו בה אי-סדרים.
הבוחר מגיע לקלפי, ומזדהה בפני אחד ממזכירי הוועדה. לאחר ששמו נמצא ברשימת הבוחרים בקלפי זו, מסמן המזכיר V ליד שמו, ומעביר את מסמך הזיהוי לידי המזכיר השני. המזכיר נותן לבוחר מעטפה ריקה, חתומה בידי חברי הוועדה. עם מעטפה זו הוא ניגש לפינת ההצבעה, המאפשרת פרטיות בבחירה של פתק הצבעה שעליו מודפסות האותיות המסמלות את הרשימה הרצויה לבוחר. אם לדעתו של הבוחר חסר פתק של רשימה רלוונטית, הוא רשאי לקחת את אחד הפתקים הלבנים שמאחורי הפרגוד, ולרשום עליו את האות או האותיות של הרשימה לה הוא מעוניין להעניק את קולו. את הפתק שם הבוחר במעטפה שנמסרה לו, ואותה הוא משלשל לתיבת הקלפי, תחת עיניהם הבוחנות של חברי ועדת הקלפי. לאחר הטלת המעטפה לקלפי, נמחק שמו של הבוחר מרשימת הבוחרים השנייה הנמצאת בידי המזכיר השני, ומסמך הזיהוי מוחזר לידי הבוחר.
על פי החוק אסור לאף אדם להתלוות אל הבוחר אל מאחורי הפרגוד, אלא אם כן הוא סובל ממום או נכות שאינם מאפשרים לו להצביע בכוחות עצמו. במקרה כזה, המלווה הוא אדם שהבוחר הביא עימו, והוא צריך להזדהות בפני ועדת הקלפי ולהירשם.
הצבעה במעטפות כפולות.
חלק מהאזרחים, הנמצאים בעל-כורחם רחוק מבתיהם, ואינם יכולים להגיע למקום מגוריהם הקבוע: חיילים, שליחים דיפלומטיים לחו"ל, שליחי הסוכנות היהודית, ימאים, עצורים, אסירים, חולים המאושפזים בבתי-חולים ונשים החוסות במקלטים לנשים מוכות, רשאים להצביע בקלפיות מיוחדות, שבהן מתבצעת בדיקה מיוחדת למניעת הצבעה כפולה (הצבעה ב"מעטפות כפולות" ראו לעיל). באופן דומה, נכים המוגבלים בתנועתם רשאים להצביע בקלפיות מיוחדות שבהן יש תנאי נגישות לנכים. למגזרים נוספים שאינם יכולים להצביע בקלפי במקום מגוריהם, כגון אנשי צוות אוויר ישראלים, עובדי שגרירויות וקונסוליות שאינם חלק מהסגל הדיפלומטי (למשל, מאבטחים), בני משפחה של מאושפזים הסועדים אותם בבית החולים, וסטודנטים ישראלים השוהים בחו"ל רק לצורך לימודיהם, אין לפי שעה פתרון שיאפשר את הצבעתם.
בבחירות לכנסת ה-17 חוקקה הוראת שעה, שעל-פיה בעל זכות בחירה מאחד מיישובי רצועת עזה וצפון השומרון, שפונה מביתו במסגרת תוכנית ההתנתקות, יוכל להצביע בכל אחת מן הקלפיות באזור שבו הוא נמצא בשיטת "המעטפות הכפולות". זאת משום שסמוך למועד הבחירות טרם נמצאו פתרונות דיור קבועים לחלק גדול מהם וכתובתם במרשם התושבים נותרה ללא שינוי.
הוראת שעה זו פקעה, למרות שנשארו כמה מאות מתושבי היישובים האמורים רשומים במרשם האוכלוסין כגרים באחד מהם. לפיכך, בוחר כאמור שלא ישנה את כתובתו במועד (עד 29 בנובמבר 2012) יידרש להצביע בקלפי 990 בתל אביב.
בשיטת ההצבעה בבחירות הנהוגה בישראל, כל בעל זכות הצבעה משובץ לקלפי מסוימת, הסמוכה למקום מגוריו, והוא רשאי להצביע רק בה. רבים מבעלי זכות ההצבעה אינם מסוגלים להצביע בקלפי אליה שובצו, משום שהם נשלחו על ידי המדינה לחו"ל, נמצאים בבסיס צבאי מרוחק מביתם וכדומה. הצבעה במעטפות כפולות היא שיטת הצבעה שנועדה לאפשר לבעל זכות הצבעה להצביע שלא בקלפי הסמוכה למקום מגוריו, תוך שמירה על חשאיות ההצבעה מחד, ומניעת הצבעה כפולה, מאידך.
ההצבעה במעטפה כפולה נעשית כמו הצבעה רגילה, כאשר המצביע מכניס את פתק ההצבעה לתוך מעטפה אטומה. אך בניגוד להצבעה רגילה, שבה המעטפה האטומה מוכנסת ישירות לקלפי, היא מוכנסת לתוך מעטפה נוספת שעליה נרשמים פרטי הזיהוי של המצביע. מעטפות אלו אינן נספרות בקלפי שבה נערכת ההצבעה, אלא מועברות כולן לאתר ספירת הקולות של ועדת הבחירות המרכזית. בוועדת הבחירות המרכזית מוודאים שהמצביע המזוהה על כל מעטפה לא הצביע כבר בקלפי המיועדת לו, מסמנים אותו כמי שהצביע, ואז מוציאים את המעטפה האטומה עם פתק ההצבעה ומערבבים אותה עם מעטפות אחרות. לאחר מכן סופרים את הקולות של כל המצביעים כמו בקלפי רגילה.
הצורך בטכניקה זו נובע מהניהול המפוזר של ההצבעה: בכל קלפי יש לוועדת הקלפי גישה רק לרשימת המצביעים באותה קלפי, ולכן יכולת לוודא זכות הצבעה רק למצביעים אלה. רק לוועדת הבחירות המרכזית יש גישה לפנקס הבוחרים המלא, המאפשר לה לוודא זכות הצבעה לכל מצביע, ללא תלות בקלפי שאליה שובץ.
קלפיות המדגם של אמצעי התקשורת.
בחלק קטן מהקלפיות מוצבות, לצד הקלפיות הרשמיות, קלפיות מדגם. הן מאפשרות לאמצעי התקשורת האלקטרוניים, בעיקר לערוצי הטלוויזיה, לנסות לדגום את אופן ההצבעה בפועל. אמצעי התקשורת שהציבו קלפיות כאלו סוגרים אותן לפני מועד סגירת הקלפיות הרשמיות, אך אסור להם לפרסם את תוצאות המדגם קודם לסגירת הקלפיות הרשמיות. המטרה היא שניתן יהיה לפרסם הערכה לתוצאות הרשמיות סמוך מאוד לסגירת הקלפיות הרשמיות. ההערכות שמתקבלות מקלפיות התגלו כמשקפות באופן נכון את המגמה, אך לא את התוצאה המדויקת, של תוצאות האמת. מי שמצביע בקלפיות אלו מתבקש, לטובת העניין, להצביע כפי שהצביע בקלפי הרשמית. אין חובה להצביע בקלפי המדגם. אין גם חובה להצביע באופן שזהה להצבעה בקלפי הרשמית. גם בקלפיות המדגם ההצבעה היא חשאית, באמצעות מעטפה שמוטלת לתיבת קלפי. אך לא ברור מה המחויבות החוקית של מפעילי קלפיות המדגם לחשאיות ההצבעה בהן. מפעילי קלפיות המדגם רשאים לבחור באופן שרירותי, על פי שיקול דעתם, ממי לבקש להצביע בה. לטובת העניין הם ישתדלו לפנות רק למי שכבר הצביע בקלפי הרשמית.
ספירת הקולות.
ברוב נקודות ההצבעה בארץ, מתחילה ההצבעה בשעה 07:00 ומסתיימת בשעה 22:00. ביישובים שבהם עד 350 בעלי זכות בחירה, הקלפי נפתחת בשעה 08:00 ונסגרת בשעה 20:00.
בתום יום הבחירות מגיע שלב ספירת הקולות. חדר הקלפי נסגר למניעת הפרעות, אולם משקיפים שהיו במקום בתום ההצבעה רשאים להישאר במקום ולפקח על הספירה. כל הפתקים שנותרו בלא שימוש נאספים ומורחקים כדי שלא יגרמו בלבול בספירה, והמנעול של תיבת הקלפי נבדק בשביל לוודא שהוא שלם ותואם למנעול שמספרו נרשם בתחילת ההצבעה. לאחר מכן שוברים את המנעול ומוציאים מן התיבה את המעטפות.
חברי ועדת הקלפי בודקים את המעטפות ומוודאים שיש ביניהן רק מעטפות שנחתמו על ידיהם במהלך היום ושמספרן זהה למספר המצביעים שהגיעו להצביע. סימן זיהוי על גבי מעטפה פוסל אותה, וכן בפתק הצבעה. עורמים את המעטפות ואחד מחברי הוועדה פותח אותן אחת לאחת ותוקע את הפתקים שבתוכן על גבי מערכת יתדות ארוכות, במיון לפי אותיות הרשימה. שני חברי וועדה אחרים במקביל סופרים את הקולות על גבי טפסים שהוכנו מראש. עד שלושה פתקי הצבעה זהים לאותה מפלגה נחשבים לקול כשר, והפתקים משודכים זה לזה בשדכן. ארבעה פתקים או יותר משודכים אף הם, אך נחשבים לקול פסול. משהסתיימה הספירה – מסכמים את הקולות לכל רשימה. לכל אחד מחברי ועדת הקלפי יש זכות לדרוש ספירה חוזרת של פתקים של מפלגה מסוימת או של כלל הפתקים.