הנאצים ביקשו להשתמש בתעמולה, כולל פרסומים בעיתונים, כדי ליצור זיהוי בין היהודים בלטביה לבין הקומוניסטים וה-NKVD, שהיו שנואים בלטביה בגלל הכיבוש הסובייטי. בילגבה ב-30 ביוני 1941 החלה הדפסתו והפצתו של עיתון בשליטת הנאצים - Nacionālā Zamgale ("זמגלה הלאומית"). שטאלקר בחר באגרונום והעיתונאי הלטבי ואגולאנס (Vagulāns) כעורך העיתון וכמפקד יחידת ה-SD הלטבית בילגבה, שלימים נודעה כקומנדו ואגולאנס. המאמר המוביל בגיליון הראשון של העיתון שיבח את אדולף היטלר ואת הכוחות המזוינים הגרמניים והאשים בפשעים שבוצעו במהלך הכיבוש הסובייטי בלטביה, את היהודים ששיתפו פעולה עם הקומוניסטים. מאמרים אנטישמיים דומים הופיעו בכל גיליון של עיתון זה. הכותרת בגיליון 3 ביולי 1941 הייתה "נקיים מבוזזים ורוצחים יהודים בולשביקים". סגנון הגינויים היה שונה מהאנטי-קומוניזם הלטבי שמלפני המלחמה, והצביע על השליטה הישירה של הגרמנים בתהליך העריכה.
הקמת יחידת ה-SD הגרמנית בלטביה.
כאשר קווי החזית נעו מזרחה, לתוככי ברית המועצות, עברו איינזצגרופן, שנעו בעקבות הצבא הגרמני, דרך לטביה תוך מספר שבועות. הרשויות הגרמניות הקימו אז משרדי SD בערים הגדולות בלטביה, כולל ילגבה. המשרדים האחרים היו בדאוגבפילס, בלייפאיה ובולמיירה, והמשרד הראשי - בריגה. תחת המשרד בילגבה, הוקמו משרדימשנה בערים קטנות באזור, כולל אילוקסטה (Ilūkste), יקבפילס, באוסקה, וטוקומס (Tukums). הפקיד הנאצי אגון האנסל היה אחראי על משרד ה-SD בילגבה.
קומנדו ואגולנס.
וגולנס היה חבר ב-Pērkonkrusts ("צלב קרס"), ארגון פשיסטי לטבי בשנות השלושים. לטענתו, הוא פגש את שטאלקר באקראי בסמוך לריגה, אך פרופסור אזרגיליס (Ezergailis) הטיל ספק בכך וטען כי לא ניתן לשלול את האפשרות שווגולנס היה סוכן SD לפני המלחמה בלטביה. הגרמנים נותרו ברקע בילגבה, ואנשי וגולנס הם שארגנו את ההרג.
שריפת בית הכנסת.
יומיים-שלושה לאחר כיבוש העיר בידי הגרמנים נשרף בית הכנסת הראשי בילגבה, ככל הנראה על ידי הגרמנים באמצעות רימוני יד ובנזין. בזמן ההצתה הוקף הבניין על ידי שומרים שחבשו קסדות גרמניות. למחרת נאמר בעיר כי הרב סירב לעזוב את בית הכנסת, ואולי יהודים אחרים נשרפו בבית הכנסת, או הוכו בחוץ. כמה מהצופים הלטביים בשריפה הביעו הזדהות עם היהודים שנאלצו לצעוד על יד בית הכנסת הבוער.
רציחות בודדות ומבצעיהן.
מקס קאופמן, ניצול גטו ריגה, קובע כי היו גם מקרי רצח של בודדים בילגבה. לדברי קאופמן, בין הנרצחים היו ד"ר לויטאס, שנורה למוות בבית העלמין, המחנך בושאואר (Bowshower), שעם ילדו הוצא להורג בשוק, ומשפחות דיסנצ'יק והירשמן שנאלצו לחפור את קברותיהם. קאופמן קובע כי על פי מקורותיו, המשתתפים ברציחות אלה, כמו גם שריפת בית הכנסת, כללו את הולשטיין ואת קולונל שולץ, שניהם גרמנים-בלטים שחזרו ללטביה מגרמניה. המבצעים הלטביים המקומיים, לדברי קאופמן, כללו את ויילנד (Veilands), פטרסילינס (Pētersiliņš), קאולינס (Kauliņš), ליימנד (Leimanis) וד"ר ספרוגיס (Sproģis).
זיהוי ובידוד היהודים.
ממשרדו ברחוב ליילה (Lielā) 42 השתמש וגולנס בעיתון החדש שלו, "Nationālā Zamgale", כדי להצהיר על גזירותיו. בין היתר, ב-30 ביוני 1941 הורה לכל יוצאי המשטרה ומשמר הבית (Aizsargi) עד לכיבוש הסובייטי להתייצב במשרד משטרת הביטחון. הוא גם אסר על יהודים להחזיק חנות מזון, לנהל חנות כזו או לעבוד בה. ב־1 ביולי 1941 הורה לכל מנהלי הבניינים לרשום את דיירי הבניין במשטרת הביטחון. זו הייתה תחילת הזיהוי של היהודים לקראת רצח, אם כי אין זה סביר שמנהלי הבניינים הבינו זאת באותה עת. ניתן היה לזהות בקלות יהודים מבוגרים באותה תקופה בילגבה על ידי לבושם השמרני, אך לא ניתן היה להבדיל בין היהודים הצעירים לבין הלטבים ורבים מהם דיברו בשפה הלטבית ללא מבטא.
וגולנס קבע כי החל מ-3 ביולי 1941, תיאסר מכירה ליהודים, כי העסקתם של כל היהודים תופסק, וכי יהודים שהתגוררו באזורים מסוימים יעזבו את מגוריהם עד השעה 18:00 ב-5 ביולי 1941. ייתכן שיהודים אלה שוכנו במחסנים ובמפעלים ישנים בסמוך לשוק הדגים, או ששוכנו ליד תחנת הרכבת. נראה כי על פי מידתו הקטנה של המשמר שהוסמך לשמור עד 14 ביולי, שוכנו היהודים בבניין גדול יחיד. בתיהם נבזזו על ידי אנשים העונדים סרט זרוע בצבעי לטביה (אדום-לבן-אדום) שהעמידו פנים שהם חלק ממשטרת העזר. על היהודים נאסר להיכנס לבתי הקולנוע, לפארקים, למוזיאונים ולכל שאר המוסדות והאירועים הציבוריים. נאסר עליהם להאזין לרדיו וכל מכשירי הרדיו היו אמורים להיות מוסגרים למטה ה-SD. במקביל לפרסומן של גזירות אלה, העיתון שימש את וגולנס לפרסום חומר אנטישמי, שלדעת פרופסור אזרגיליס היה גרוע מעיתון ההסתה הגרמני דר שטירמר .
הטבח.
לא ניתן לקבוע במדויק את התאריך המדויק של רצח יהודי ילגבה. זה התרחש בסוף השבוע של 25–26 ביולי או 2-3-3 באוגוסט, ויש עדויות התומכות בשני התאריכים. התמיכה בתאריך 2–3 באוגוסט לרציחות היא הוראה מאת וגולנס שפורסמה ב-1 באוגוסט 1941:
"אני מורה לכל היהודים המתגוררים בעיר ילגבה ומחוזם לעזוב את גבולות העיר והמחוז עד 2 באוגוסט, 12:00 בצהריים. האשמים באי ציות ייענשו בהתאם לחוקי המלחמה." [13]
ההיבטים של הטבח בילגבה לא ברורים. לא ברור אם היה ירי מתמשך אחד במהלך סוף שבוע, או כמה מקרי ירי קטנים יותר. המספר המדויק של הקורבנות אינו ידוע; הוצעו הערכות של 1,500, 1,550 ו-2,000. איש ה-SD הגרמני שניהל את הירי היה אלפרד בקו, שבמשפטו בשנת 1968 במערב גרמניה אמר כי מילא אחר פקודותיו של איש ה-SD הלטבי וגולנס. בקו הודה כי רודולף באץ הורה לו לקחת מחלקה של איינזצקומנדו לילגבה כדי להרוג את היהודים. בקו העיד שהוא שהה בילגבה כמה ימים, עזב ומאז היה במצב של הלם. נראה כי אתר ההריגה היה מטווח ירי לשעבר של צבא לטביה שנמצא כ-2 ק"מ דרומית לילגבה, סמוך לכביש המהיר לשיאולאי שבליטא.
על פי עד, וילהלם אדלט, שפיקד על המשמר ההיקפי במהלך הירי שנמשך שלושה ימים, גברים, נשים וילדים, בעיקר גברים, הוצאו למגרש הירי, שם בכל יום נאלצו לחפור בור באורך 20 עד 50 מטר ובעומק 2 מטר. הם נאלצו להסיר את בגדיהם העליונים ולמסור את כל חפצי הערך שנשאו. הקורבנות הובלו לבורות על ידי שוטרי עזר לטביים שנשאו רובים וענדו סרטי זרוע. 8 עד 10 יהודים נהרגו בכל פעם. היורים היו אנשי SD, שהשתמשו ברובים. כמה יורים עמדו, ואחרים כרעו על ברכיהם. המספר המדויק של הרוצחים אינו ידוע. לאחר שנורו, חלק מהקורבנות נפלו לתוך הבור, ואחרים קרסו לאורך שולי הבור. בקו, שגם נתן את הפקודה לירות, עבר בין הקורבנות וירה שוב באקדחו באלה שעדיין חיו. לאחר מכן הובאו קורבנות נוספים, נורו ונדחפו לקבר. כשהבור היה מלא, לטבים כיסו אותו בחול. בכל יום הרג, הקורבנות אולצו לחפור בור חדש והתהליך חזר על עצמו. לדברי אדלט, בקו אמר כי "היה צריך להרוג את היהודים מכיוון שהם לא השתלבו במשטר הנאצי, וכי יש צורך לשרש יהודים באופן כללי." השיטה שתיאר אדלט הייתה דומה למעשי טבח רבים שביצע איינזצקומנדו 2 ביער ביקרניקי (Biķernieki) . אדלט העיד כי בטבח שלושת הימים נהרגו 500 עד 600 איש. אזרגיליס קובע שאם זה היה הטבח היחיד, סך הנרצחים היה גבוה פי שלושה.
עדויות ניצולים.
ככל הידוע, אין עדויות ניצולים מהירי ההמוני בילגבה. תיאור אחד שעשוי להיות עדות ניצול נמסר על ידי פרידה מיכלסון, מעצבת בגדי נשים מריגה שעבדה ביחידה של עבודות כפייה בשדה ליד ילגבה:
"פעם שומר אחר, חמוש באקדח אוטומטי, רכב על אופניים. כשראה אותנו - נשים יהודיות - עובדות, הוא נעשה היסטרי. "מי העז להביא לכאן את היהודיות הארורות האלה? הם יזהמו את כל מה שהם נוגעים בהם!" הוא כיוון את הנשק האוטומטי לכיווננו. "מי אחראי כאן?" "אני," אמר השומר שלנו ורץ אליו מנופף בנייר. "הם מבצעים כאן עבודות מועילות בהוראת מפקדת ריגה." הם החליפו כמה מילים זועמות והזר נסע משם. מאוחר יותר אשת החווה אמרה לנו שאם השומר שלנו לא היה מנופף במסמך שמצהיר על אחריותו כלפינו, היינו נורים על ידי הזר ממש שם, בשטח. [18]
תוצאות הטבח ולאחריו.
כמעט כל הקהילה היהודית בילגבה נהרגה במהלך הטבח ושאר הרדיפות. לאחר מכן, הנאצים הציבו שלטים בכניסה לעיירה ובהם נאמר "ילגבה מנוקה מיהודים" (judenrein). גדוד המשטרה 105 היה ארגון נאצי שהוצב במדינות הבלטיות ותפקידו היה להרוג יהודים, צוענים ואחרים. ב-20 ביולי 1941 כתב איש מכירות מברמן, שהתגייס לגדוד המשטרה 105, מילגבה לאשתו, והתלונן כי לא נותרו עוד יהודים בעיר לפעול כעובדי בית, והוסיף, אולי בסרקזם, "הם בטח עובדים, אני מניח, בכפר."