מבחינת המחקר האקדמי, התאוריה שמלכתחילה הייתה לא יותר מהיפותזה, הפסיקה מלהיות בשימוש החל מסוף שנות ה-50; ודגלס מורטון דאנלופ, מחלוצי חקר תולדות הממלכה קבע כבר ב-1954 כי מעט הראיות הקיימות על הממלכה לא מאפשרות אפילו לשער קיומו של קשר זה. לאותה המסקנה הגיע גם החוקר בן זמננו קווין אלן ברוק, שעל אף שמחקריו מצוטטים על ידי חוגים פוליטיים התומכים בתאוריה, הביע את הסתייגותו המוחלטת ממנה. עיקר המחלוקת בין החוקרים נעה סביב אמיתות סיפור הגיור עצמו של מעמד האליטה (שבקיומו תומכים חוקרים כגון דאנלופ וברוק, ומתנגדים חוקרים כגון שטמפרר), ולא סביב מוצא יהודי אשכנז.
התפתחות התאוריה בברית המועצות ורוסיה.
המאה ה-19.
תאורית הכוזרים התפשטה במהלך המאה ה-19 והיהדות הקראית עשתה בה שימוש על מנת לסגל לעצמה זהות נבדלת מזו של יהודי מזרח אירופה. תוך טיעון כי מוצאם מגיע מאסירי מלחמה יהודים שהגיעו במהלך המאה ה-6 לפני הספירה לאזור הקווקז עם יהדות טהורה ולא "רבנית". מאוחר יותר היו כאלו שפיתחו את התאוריה וטענו כי מקורם מהכוזרים, שהמירו ליהדות קראית. טיעון זה סייע לקראים בימי גרמניה הנאצית מהשמדה.
המאה ה-20.
במהלך המאה ה-20 הממלכה הכוזרית הפכה לעניין גדול בקרב חוקרים והיסטוריונים יהודים שהתגאו בחלקם של הכוזרים היהודים בהקמת ובניית רוס של קייב. בסובלנות הדתית של הכוזרים שכוונה מהיהדות והעובדה שהממלכה הכוזרית הייתה במהלך ימי הביניים ממלכה משמעותית ומשגשגת שהביאה להתפתחות האזור הודות לתרבותם והפוליטיקה המזרח-תיכונית שהביאו, וכן בכך שהדבר הוכיח כי היהודים והכוזרים כנראה היו ברוסיה הרבה לפני שרוסיה הוקמה ולכן אינם זרים למקום.
ההיסטוריון גנרל א. נאחוולודוב שהיה חבר בחברה הצבאית-היסטורית של רוסיה הקיסרית, היה הראשון להציג את "הבעיה הכוזרית" בהקשר האנטישמי. הוא הפיץ בשנת 1909 ספר שוביניסטי לקהל הרחב במטרה לעודד את רגשות הפטריוטיזם והנאמנות לקיסר בקרב הרוסים, תוך פיתוח זיקה וכבוד לתולדות רוסיה הרחוקה. הספר אומץ כחלק מתוכנית הלימוד הצבאית ובבתי הספר הציבוריים והופץ כספר חובה המומלץ להיות בספריות הציבוריות ובכנסיות. הוא היה הראשון שביקש לחבר את הרוסים להיות צאצאי ה"ארים", שלטענתו אופיינו בכבוד, כנות ואמוץ לב בלתי רגילים ועוד תכונות מושכות להפליא. הוא הכליל ברשימת המקורות הסלאבים לא רק את ההונים דוברי הטורקית ואת הסקיתים דוברי הפרסית, אלא גם את האמזונות האגדיות והקנטאורים. לכוזרים היה חלק מיוחד בספר, בו תוארו האחרונים כעם כובש ששלט ברוסים ומנע ממנו את צמיחתה של רוסיה. כשרק לאחר כ-200 שנה הצליחו הרוסים למרוד בכוזרים בהצלחה ולהחזיר את השליטה לידיהם. בשנים העוקבות סופרים רבים אחרים הציגו את הכוזרים כדמות בעלת פוטנציאל פגיעה ברוסיה. בשונה ממנו א. סליאנוב בספרו "הכח הנסתר של הבונים החופשים" שיצא לאור בשנת 1911, התריע על הסכנה היהודית להתרחבות וכיבוש רוסיה. הוא טען כי קיים איום יהודי וכי ישנו כח יהודי נסתר שאינו נח ומעוניין לפגוע ברוסיה, כח המתנהל בשיתוף עם הבונים החופשיים. הוא הזכיר את תקופת הכוזרים כהוכחה לכך שבגלל היהודים ממלכת הכוזרים נפלה ומאז ממשיכים היהודים לנסות לפגוע ברוסיה מבפנים. בספר הופיעו תיאורים על ממשלה יהודית חשאית עולמית משותפת עם הבונים החופשיים, כמו תאוריות קונספירציה להשתלטות עולמית, המבטאים את השנאה היהודית כביכול לנצרות.
לב נ. גומילב בניסיון להגדיר את האויבים והחברים ההיסטוריים של רוסיה, כתב כי ה"יהדות האגרסיבית" כפי שבאה לידי ביטוי אצל הכוזרים, הייתה האויב הכי גדול של רוסיה. גומילב השתמש בשורשיה העתיקים של האנטישמיות הנוצרית וטען כי אלוהי היהודים הוא השטן. בשנת 1937 אף יצא נגד הנישואים המעורבים וחזה כי בעוד כשמונה שנים ילדים יהודים, גם למחצה, לא יתקבלו בשום מקום ברוסיה לאור עליית הפשיזם. גומליב טוען כי בתחילת האלף ה-1 לפנה"ס אזורים נרחבים מגרמניה עד איראן היו נתונים לשליטה יהודית גלותית, ומדגיש את "הפטריוטיות הנוצרית" שלו וטוען כי יהודים רדפו נוצרים, זאת מבלי להזכיר את רדיפת הנוצרים את היהודים. גומליב מציג כי הכוזרים היו תושבי אזור צפון הים הכספי שעסקו בדיג וחקלאות. כשעליית הכוזרים אירעה במאה ה-7, לאחר שלוחמים טורקים נישאו לנשים כוזריות, בזמן שקבוצה קטנה של יהודים חיה באזור. במהלך המאה ה-6–8 קבוצות יהודיות נוספות הגיעו וחיו בכוזר כפליטים מאיראן והאימפריה הביזנטית. וטוען כי היהודים האיראנים שהיו קראים השתלבו בקלות בחברת הכוזרים האירו-אסייאתים תוך נטישת היהדות, ואילו היהודים הביזנטיים ה"תלמודיים" התנהגו בצורה שונה וקולוניאלית. לאחר שהכוזרים נשאו נשים יהודיות, הצאצאים שהשתלבו בשתי האוכלוסיות אימצו את היהדות במאה ה-9, והיהודים קיבלו גישה לכל המשרות הציבוריות. ילדים אלו ארגנו הפיכה שהפכה את הכגן לשליט בובות של הכגן בק. אז נוצרו פערים בין העם להנהגה שהובילה למלחמת אזרחים. גומליב טוען כי היהודים הכוזרים עמדו מאחורי הסתת הרוסים נגד הקווקז, פרס והאימפריה הביזנטית, וכי היהודים נהגו להרוג, לשדוד ולבזוז את לוחמים אלו לאחר שהיו חוזרים מהמלחמות. בנוסף כי היהודים הכוזרים התנגדו להתנצרות של רוסיה, ועודדו רדיפת נוצרים.
התפתחויות בהתייחס למדינת ישראל.
יורי מ. בורודאי מושפע מכתביו של גומליב הוציא באמצע שנות התשעים ספר בו הוא מאשים את היהודים בהקמת מדינה אתנוקרטית או בעלת "מבנה אפרטהייד", בה מיעוטים נאלצו לחיות בגטאות, והצהיר כי מדינות כאלו נועדו לקטסטרופה. בנוסף להזכרת ממלכת יהודה וממלכת ישראל הקדומים וישראל העכשווית, הזכיר את ממלכת כוזר וטוען כי רק מדינה רב-אתנית יכולה להיות בריאה. תוך התעלמות מכוונת מהמרקם הרב-אתני של כוזר, ישראל ויהודה. דמיטרי מ. בלשוב הצהיר בשנת 1992 כי מאחר שהיהודים פוזרו מאדמתם הם נותרו בפני ברירה היסטורית, או לחיות מבודדים בגטאות להיעלם ולהיטמע בסביבה בהם חיים, או להיאבק בכח ולהתאמץ לשעבד אוכלוסיות מקומיות כפי שקרה בכוזר ולא רק שם. הוא טען כי הפוגרום היהודי נגד האליטה האשורית כפי שתואר בתנ"ך (מגילת אסתר), היא סימפטומית. לפי בלשוב כל "העובדות" הללו מוכיחות על כוונה יהודית לשליטה עולמית. הוא טען כי היהודים הקימו מערכת בינלאומית סודית. בהם הוא מכליל את המפלגה הבולשביקית, אותה הוא מאשים בהשמדת רוסיה והמשטר הסובייטי בכוונה.
ו. בונדרנקו בראיון טלוויזיוני טען כי התקיימה התנגשות בין שני סופר-אתניות, בין היהודים והרוסים, שהורידה את כוחה של רוסיה, וכי יהודים היו מעורבים בבולשביזם וכי כיום קיימת קנוניה סמויה משותפת בין היהודים והאירופאים, המעוניינים בהפלת רוסיה והפיכתה לאירופאית. ו. י. סקורלטוב טען כי קיימת "קואופרצית סחר-תעשייתית יהודית בינלאומית" שהוקמה כביכול לפני 3,000 שנה על מנת להשיג עליונות ולנצל עמים אחרים. בתוך כך, הוא האשים את הקואופרציה הזו בניסיון לחסל תרבויות ומסורות אתניות. הוא טען כי "הלאום הרוסי הישן" מת, וכי הגיע הזמן להקים "אתוס רוסי צעיר". בשנים האחרונות החלו לאפיין את הממלכה הכוזרית כ"מדינה פרזיטית". ו. ו. קרגלוב טוען כי המדינה הכוזרית גרמה לסבל לנתינה וסובביה וכי סיבת תבוסתה הייתה "היהדות – דת של סוחרי עבדים, נצלנים ומגזרים פנאטים." הוא גם טען לאי-סובלנות דתית ורדיפה אכזרית של הכוזרים את הנוצרים. לאור זאת על הרוסים להילחם בשאיפת הציונים, כלומר היהודית, להשתלטות עולמית. קוזמין בתחילת 1950 טען כי לכוזרים לא היה תרומה משמעותית בפיתוח מזרח אירופה וכי דובר על מדינה קטנה. הוא גם האשים חוקרים קודמים שעסקו בכוזרים ביהודופוביה והתעסקות אובססיבית ביהדותם של הכוזרים. מאחר שהוא עצמו גם לא היה חובב יהדות ו"ציונות-נאצית", העניק לכוזרים מאפיינים של יהדות לא-אורתודוקסית וקבע כי לא ייתכן כי הכוזרים יכלו להיות חלק מ"העם הנבחר". הוא קבע כי הכוזרים היו צאצאי יהודים ממערב אירופה, ואת הכוזרים כמקור לקראות. הוא ניסה להוציא את הכוזרים מהשיח האנטישמי והאשים קודמים ב"אנטישמיות מכוונת" ה"משרתת את הציונות". קוזמין בעצם ניסה לבטל את המאפיין הרבני-תלמודי של הכוזרים, מאחר שהאמין כי מאפיין זה עלול להעניק ליהודים העכשוויים את בסיס הטיעון המשפטי לתבוע בעלות על השטחי ממלכת כוזר לשעבר, כלומר דרום רוסיה. זאת לאחר שאירמה הנמן טענה כי מקור הכוזרים היה מיהודים וכי הכוזרים סייעו בהקמת רוס של קייב ורוסיה, שכן "הכתבים הרוסים" הראשונים נכתבו למעשה בעברית. לאומנים רוסים כנראה נבהלו מטיעון זה וטענו כי על אף שהכוזרים אימצו את היהדות היו ממוצא "מונגולי-טורקי". א. בוראקוב כתב חיבור בו טען כי "הכסף היהודי" סייע לכוזרים להשיג כח עצום ושליטה בשטחים מסין ועד צרפת וספרד. א. כאלים האשים את היהודים בשדידת עמים ללא השארת שום דבר תרבותי פרט לבתי-קברות. הוא עוד טען כי הוא מאמין כי ליהודים הכוזרים היה חלק בפגיעה ברוסיה ובכל מקום אליו הגיעו, שכן "אין עשן ללא אש וכן אנטישמי מוחלט כמו היטלר לא היה יכול להופיע ללא סיבה..."
תאוריות בקרב הכנסייה הרוסית אורתודוקסית.