יוסף אורבך היה בין הראשונים שכתבו ביקורת מקיפה על הספר בשלושה מאמרים שפורסמו ב"על המשמר" באוגוסט 1958 הוא מתרשם שמבנה היצירה מסובך ומפותל, בעיקר בניסיון לשלב ביצירה אחת שתי עלילות בעלות קצב שונה: עלילת המלחמה ועלילת הדור השני. גיבורי היצירה הם בני שכבה חברתית אחת וגיל אחד, גם אם הבולטים שבהם זוכים לתווי דיוקן ברורים. העלילה נשזרת בעזרת מונולוגים נפשיים ממושכים העוסקים במוראות המלחמה ובנערות, ורק לעיתים רחוקות יש תיאור של המקום והמשפחה מהם הם באים. כוונתו של יזהר, לדעת אורבך, הייתה "להעלות עולם מעורער ומזועזע עד היסוד, בו הכל מוטל בספק", והוא עושה זאת במה שאורבך מכנה נטורליזם פסיכולוגי, ולא בהכרח זרם התודעה. הגיבורים, שנמצאים במקום אחד ובזמן אחד אינם זוכים להתפתחות האופי, ומכאן, הוא מגיע למסקנה שזוהי נובלה, שדרכה לצלם את זרם ההוויה בשבר מסוים של הזמן. יזהר לא התכוון לתאר את מלחמת השחרור ואף לא את הדור הצעיר, אלא את השכבה הצעירה ביותר של דור הלוחמים בשלהי המלחמה. זהו, טוען אורבך, ניסיון נועז ורציני לתאר את ניסיונו הנואש של הדור השני להיאחז מחדש בחברה ובמדינה. זוהי יצירה הספוגה כולה ביאוש, אכזבה ופסימיות. יזהר מעמיד ביצירה את זעקת השלום שלו ומציג מולה את מוראות המלחמה. אין זה אפוס של מלחמת השחרור, מדגיש אורבך, ועיקר חולשתה של היצירה היא בחוסר עקביות אידאית, בחשש לחשוף את האמת שבתקופת מלחמת השחרור הייתה עוד רוח אחרת, רוח אידאית, רוח הפלמ"ח.
חיים נגיד מעריך שאורבך, ככותבים אחרים שביקרו את סיפורי המלחמה הקודמים של יזהר, מדבר על המצע האידאי של היצירה העוסקת בטיבו של בני הדור השני, המוצגים כבחורים אובדי דרך ואכולי ספקות. ברוך קורצוויל, מסביר חיים נגיד, יצא כבר במאמר שיצא לאחר פרסום פרק אחד בלבד מהיצירה, "להגן עליו [על הדור השני] מפני ההתקפה הנוראה של השמצה עצמית.
המאמר הנוקב ביותר היה של קורצווייל, שאותו כתב לאחר שהתפרסם הספר בשלמותו. שמו של המאמר, שהתפרסם בשני המשכים, כבר מרמז על תוכנו: "האכזבה הגדולה". במילים בוטות קטל המבקר את היצירה. "שבועות רבים קראתי אלף מאה ארבעים ושלושה עמודים וציפור הנפש עף! אט וקל - נדמה כאילו - רגע אינו אלא צף, צף מפליג בים הדברנות הסנטימנטלית, הניהליסטית, הנרקיסטית, טס גולש, גולש, קפא בתוך חוכמות-בוסר, בתוך פילוסופית סרק של גיל התבגרות שאין לו קץ. בעיניים נוגות הוא הציץ בי כאילו שאל: האם זהו הסיפור הישראלי הגדול לו ציפיתי? כך הם פני אפוס הגבורה של כובשי כנען החדשים?" קורצוויל ציפה לאפוס מספר שהוא רב עמודים, ואפוס חייב להשתרע על פני תקופה ארוכה ולא על פני שבעה ימים בלבד. לדעת קורצווייל, כבר בסיפוריו הראשונים של יזהר בלטו המונולוגים והדיאלוגים שגבלו בהלקאה עצמית פטפטנית עד כדי השתפכות רגשנית. גם לגבי מלחמתו במלחמה, טען קורצווייל, לא חידש יזהר דבר, ועשו זאת טוב לפניו אריך מריה רמרק, אלבר קאמי ואחרים. קורצווייל קובע כי ליזהר הישג אחד טוב בספר: מראה את ריקנותו של הדור הצעיר שאין בו אמונה ומערער את המיתוס ששמו ס. יזהר.
המאמר של קורצווייל הותיר רושם קשה בעיני הקוראים, מתארת ניצה בן-ארי. ראשית, הוא הדגיש לכאורה את חוסר הערכים המוחלט של הגיבורים הצעירים, ושנית, הוא הצביע על חסרון גדול, לדעתו, שקיים ביצירה הגדולה: השיעמום. הוא טען שיזהר מתח את גבולות הסיפור הקצר, שבו דווקא הצטיין, עד "למעשי אונן מילוליים". לדעתה של בן-ארי, לא מעט מחריפותה של הביקורת נבע מתגובתו הנזעמת של יזהר, תשע שנים קודם לכן, על מאמר ביקורת נוקב של קורצוויל, שכתב על ספרו של נתן שחם. ואכן מתחיל קורצוויל את ביקורתו על "ימי צקלג" במילים, שכאילו ממשיכות את הדיאלוג בינו ובין יזהר מקדמת דנא. ההאשמה בשיעמום, מוסיפה בן-ארי, כאילו נתנה לגיטימציה לקוראים שלא עמדו באתגר הלא קל של צליחת שני הכרכים. "קשה לכתוב שיעמום באופן מעניין" התלונן רן יגיל. ביקורתו הקשה של קורצוויל גרמה לכך שפרס ביאליק לא ניתן לס. יזהר באותה שנה, אלא מספר שנים לאחר מכן, לאחר שכבר קיבל את פרס ישראל.
אפילו דוד בן-גוריון מתח ביקורת על יחסו של יזהר אל הלוחמים. בפתק ששלח ראש הממשלה לחבר הכנסת יזהר סמילנסקי, הוא כתב לו שאמנם הגיע "רק עד לעמוד מאה שבעים ומשהו [...] אבל אני רוצה להגיד לך שהחיילים שבמציאות יותר יפים מאלה שאתה מתאר אותם"
הייתה זו ביקורתו של קורצווייל שהותירה את יזהר "איש גמור", כפי שהוא עצמו הגדיר את מצבו. בנו זאב מתאר את אביו פוסע הלוך ושוב בבית ושותק יום וליל. בראיונות שהעניק מאוחר יותר ליצחק לבני ולזיסי סתוי אמר שהביקורת של קורצווייל מוטטה אותו לגמרי ואף ציין שנאלץ לפנות לעזרה רפואית. כשלושים שנים נמשכה שתיקתו הספרותית של ס. יזהר. הוא המשיך, כל אותן שנים, לכתוב בבמות השונות טקסטים עיוניים, וסיפורים לנוער, אך לא כתב ספרות יפה למבוגרים. רק לאחר שלושה עשורים, בשנות התשעים של המאה ה-20, חזר יזהר ופרסם שישה ספרים בזה אחר זה.
המבקרים ה"אמנותיים".
אך היו גם ביקורות שהתייחסו פחות לאידאולוגיה ולערכים, ויותר להישג האמנותי של הספר. מילא אהל כתב כבר בשנת 1958 על התפעלותו מהספר. קריאת הספר הייתה עבורו חוויה עצומה, על אף חסרונותיו הספורים. "כי הספר בכללו כולו הוא ספר הומניסטי גדול, שנושבת בו האהבה לאדם, במפולש, שתי וערב, ובעצמה שאין כמותה" אפילו כשהיא מועברת בקול דממה דקה, ואולי דווקא אז. אפילו כשהיא מספרת על העליבות, היאוש, התסכול והאימה הנוראה של האדם מול המציאות שנכפתה עליו בכבלי החיים והמוות. מי שלא חש בהומניות העוטפת את כל דפי הספר, ושמהווה את רוחו האמיתית של הספר - לא קרא אותו מימיו. הספר אכן מדבר על ריק, חידלון ואובדן דרך של גיבוריו, אך בכל דפיו מורגשת פעימת הערגה הכואבת לאמונת אמת, לאידיאל גדול וטהור. אהל שותף לחלוטין למה שהוא רואה כהטפותיו של יזהר כנגד מלחמות באופן עקרוני, אך עם זאת, הוא מגנה את ההמלצה של מבקרים מסוימים למנוע מבני הנוער את קריאתו של הספר; הבחורים מתוסכלים, מתלבטים, מחפשים, אך איש אינו עורק, וכולם, גם הרוטנים, חוזרים לצקלג להילחם בה לחיים ולמוות. ה"שוויון" כביכול של עיצוב הדמויות, בו מאשימים את יזהר, איננו לדעתו חיסרון, אלא מכוון, כדי שיוכל הקורא להזדהות עם גוני הגוונים של הטיפוסים השונים, להבין אותם, להיכנס לקליפתם. אהל מדבר על הוואריאציות והניואנסים הדקים של תיאורי הנוף בעת של דממה ובעת סערה. הוא מפנה את תשומת הלב לדרך תיאור המחשבות והרגשות, לריצת המשפטים והמילים, לחללים שנותרים באמצע ושנותר לקורא עצמו למלא אותן. אהל מתפעל מהעברית וכישוריה בספר, ומודה שמעולם לא נתקל בשפה כזו ביצירה כלשהי. הקורא נשאב לתוך האווירה, הקצב והמוזיקה של המילים, כמו בשיר טוב, שאין עליו להבין את כולו. והוא מסכם את דבריו: "שום ביקורת על 'ימי צקלג' לא תבוא במקום 'ימי צקלג'.
את הביקורת היסודית והמעמיקה ביותר על הישגיו האמנותיים של הספר, כתב דן מירון במספר מאמרים. ראשית, הוא השתדל לתת הוכחות וצידוק למבנה העלילתי, לחזרות הרבות, לקטיעות הפתאומיות. שלושת הקרבות שסביבם מתרכז הספר הם הגורם העלילתי המספק ליצירה את יסוד התהליך. לצדו קיימת בספר המחזוריות המתמדת בטבע, ושני הגורמים העלילתיים הללו מטרתם לשחזר את עולמים החייתי של הגיבורים בתחומיו של הרגע. לא הייתה כלל בכוונתו של יזהר לשחזר את מלחמת השחרור בתיאור אפי, "והוא הבליט זאת על ידי מערכת נרחבת של פרודיות על ההירואיזציה שבאפוס, ושל הסתייגויות אירוניות מן הנטייה לזהות את מלחמת השחרור עם ימי יהושע ודוד. "המגמה האמנותית המרכזית הייתה למרוד כנגד הסיפור העלילתי בכללו [...] השימוש במונולוג הפנימי, גודש הוריאציות שבתיאור מקבלים איפוא את צידוקם המלא. אין זה סיפור שנתארך שלא בטובתו, ואף אין חלקיו השונים מנותקים ומפורדים זה מזה".
האנלוגיות המקראיות בספר מקבלות תפקיד אמנותי ורעיוני שונה, מזה שרגיל הקורא למצוא בהן, אומר מירון השם "צקלג" שהעניק ברזילי למקום, נמצא בדוי, אך הנערים דבקים בשם המקראי שמתחבר למלך דוד. יזהר כאילו חושף איזו נטייה בקרב האנשים למצוא בכל אתר או אירוע זיקה מקראית ומעין כתב זכויות היסטורי. מוטה המפקד מרבה להפריח ציטטות מקראיות בדבריו אל החיילים, אך בסופו של דבר דווקא הוא ידע לשמור על עצמו מכל משמר, ובעצם בורח מן המערכה בעת סכנה. ההתעלמות שקיימת בביקורת מהאירוניה וההומור בספרו של יזהר, טוען מירון, היא התעלמות מאחד היסודות האמנותיים והעיקריים של יצירתו. בסיפור שמבוסס רובו ככולו על המונולוג הפנימי, חייב הקורא שלא לותר על זווית הראייה האירונית שמציבה משקל-נגד רציני כנגד הפאתוס, ומהווה גם מעין אמצעי הרחקה וניכור, זמניים לפחות, מהמונולוגים הפנימיים של הגיבורים. קשר פנימי מהותי קיים בין הטכניקה האמנותית הקומית המרחקת, לבין המשמעות הרוחנית שמקנה יזהר לאנלוגיה בין מלחמת השחרור לבין ימי המקרא. "חוית 'ימי צקלג' היא בעיקרה חוית בדידות תרבותית ונופית", אותה מבליטים ההומור והאירוניה שקיימים לאורך כל הספר, כמו בתיאורי הנסיעות בכלי הרכב השונים, או השיחות הקולניות ושירי הרחוב הידועים של הנערים, שרחוקים מלהזכיר אפוס מלחמתי.