יותר מכל, נודע מקגוורן על התנגדותו המתמשכת ועל ניסיונו להביא לסיומה את המלחמה בווייטנאם, שנוהלה כעת על ידי ניקסון. במרץ 1969, היה לסנאטור הראשון שביקר את מדיניותו של ניקסון בווייטנאם, מה שנחשב להפרת אמות המידה המקובלות של הסנאט. מקגוורן כעס במיוחד מכיוון שתוכנית מזון לשלום השקיעה משאבים רבים בדרום וייטנאם על חשבון מדינות מוכות רעב אחרות. עד סוף השנה, דרש מקגוורן הפסקת אש מידית והסגה של כל הכוחות האמריקניים מהאזור תוך שנה. באוקטובר 1969, נאם בפני מאה אלף מפגינים בבוסטון שקראו לסיום המלחמה, ובנובמבר נאם בפני 350,000 שמחו מול אנדרטת וושינגטון. לאחר מכן החליט שההפגנות רק פגעו בניסיון לסיים את המלחמה וביקר את מנהיגי התנועה להתנגדות למלחמה, יואי פ. ניוטון, אבי הופמן וג'רי רובין, בטענה שהם פזיזים.
מקגוורן התמקד בהליכים חקיקתיים כדי לסיים את המלחמה, ואף הגיש תיקון ברוח זו, שדרש נסיגת כוחות אמריקניים מווייטנאם עד לסוף 1970. הסנאטורים דנו בנושא החוק כדי לנסות ולמתן אותו, וניסו למשוך את הנסיגה עד לסוף 1971. במאי 1970, לקח מקגוורן משכנתה שנייה על ביתו בוושינגטון כדי לממן שיחה בת חצי שעה על התיקון ב-NBC. השידור הוביל לתרומות של עוד 500,000 דולרים לנושא, ורוב הציבור החל לתמוך בו. הניסיון נבלם בידי ארגון קבוצות התנגדות בידי אנשי ניקסון, שטענו שמקגוורן הוא אמן הכניעה, ודרשו חופש פעולה לנשיא במדיניות חוץ. בספטמבר 1970, נדחה התיקון בסנאט ברוב של חמישים וחמישה לעומת שלושים ותשעה. במהלך הדיון על החוק, נשא מקגוורן נאום חריף במיוחד, בו הטיח בעמיתיו כי "כל סנאטור בחדר הזה אחראי לשליחתם של 50 אלף אמריקאים צעירים אל מותם המוקדם".
הסנאט זעם על ההצהרה הזאת. מקגוורן טען שהתכוון לפגוע בסנאטורים המתנגדים לתיקון באופן אישי. מקגוורן האמין שהמלחמה לא הייתה מוסרית והשמידה את הטוהר המוסרי של אמריקה.
לאחר דחיית התיקון, הקצין מקגוורן. הוא טען שסגן נשיא דרום וייטנאם מנהל רשת שמוכרת הרואין לחיילים אמריקנים. בעקבות הצעת ועדת הביטחון של הסנאט שיש להחזיר את החיילים לקמבודיה, הכריז מקגוורן שנמאס לו מקשישים שחולמים על מלחמות בהן נאלצים הצעירים להילחם, והציע לסנאטורים להילחם בעצמם. הוא טען שמדיניות ניקסון שסיפקה נשק לדרום וייטנאם הובילה לסבסוד הריגת אזרחי וייטנאם. בריאיון ל"פלייבוי" טען שהו צ'י מין הוא ג'ורג' וושינגטון של צפון וייטנאם.
התיקון שוב עלה להצבעה ב-1971, והפעם נעשה ניסיון להשיג יותר תמיכה בו. רוב גדול מהציבור תמך בתיקון, ומקגוורן החליט להוריד את שמו מהתיקון כדי לאפשר לסנאטורים שהתנגדו לו אישית לתמוך בחוק. ביוני 1971, שוב נדחה החוק. מקגוורן היה בטוח שהדרך היחידה לסיים את המלחמה הייתה להחליף את הנשיא.
הבחירות לנשיאות ב-1972.
ב-18 בינואר 1971, בנאום ששודר בטלוויזיה של דקוטה הדרומית, הכריז מקגוורן כי יתמודד שוב על מועמדות המפלגה לנשיאות. עם פתיחת המירוץ נחשב מקגוורן לבעל סיכויים נמוכים לזכות והגיע למקום החמישי בסקרים אחר המועמדים המובילים, אד מאסקי והאמפרי. הכרזת מקגוורן, יותר משנה וחצי לפני הבחירות, על כניסתו, הייתה הכניסה המוקדמת ביותר למירוץ מאז אנדרו ג'קסון, והדבר נועד לסייע לו להתגבר על יריביו. עד לינואר 1972, רק שלושה אחוזים מהדמוקרטים תמכו בו.
מנהל מסע הבחירות שלו, גארי הארט, הסנאטור לעתיד ומתמודד בבחירות של 1984, החליט על אסטרטגיה בה יתמודד מקגוורן מול מאסקי באזורים ספציפיים כדי שיצליח לארגן טוב יותר את המשאבים שלו.
בנאום כניסתו, הכריז מקגוורן שיסיג כל חייל מווייטנאם, ושישפר את המצב הכלכלי לאחר הקטנת תקציב הביטחון. הנשיא לעתיד ביל קלינטון, והילרי רודהאם ניהלו את מסע הבחירות של מקגוורן בטקסס.
המערכת החדשה הובילה לכך שמקגוורן התמקד בעשרים ושמונה המדינות שערכו אספות בחירה, בהן יהיה לו קל וזול יותר לנצח. מקגוורן הגביר את הרטוריקה הפופוליסטית שלו, ושיטותיו הנחו לאחר מכן את ג'ימי קרטר ואת דונלד טראמפ.
הנשיא ניקסון, שהניח כי מקגוורן הוא המועמד הדמוקרטי אותו יהיה לו הכי קל לנצח, נקט בתכסיסים שונים כדי להבטיח את ניצחונו בבחירות המקדימות. בתקופה זו התחוללה פרשת ווטרגייט, אולם חלקו של ניקסון בפרשה נודע רק לאחר הבחירות. מאסקי נכשל בגלל ארגון רע והיטפלות מצד אנשי ניקסון. מקגוורן הגיע למקום השלישי באספת הבחירה באיווה.
מעט לפני הבחירות בניו המפשייר, חוסלו סיכוייו של מאסקי לאחר שנחשף מכתב בעיתון מקומי. המכתב, שזויף בידי אנשי ניקסון, טען שמאסקי קילל צרפתים-קנדים, מה שפגע בו בקרב האוכלוסייה הצרפתית בניו אינגלנד. לאחר מכן נטען שאשתו ג'יין שתתה לשוכרה במהלך מסע הבחירות וסיפרה בדיחות גסות. מאסקי הגן על אשתו בנאום מחוץ למשרדי העיתון במהלך סופת שלגים. על אף שטען שנמסו על פניו פתיתי שלג, טענה העיתונות שהוא בכה, מה שפגע במוניטין שלו. בפריימריז בניו המפשייר מקגוורן הגיע למקום השני, צמוד למאסקי. התמיכה והמשאבים במאסקי הידלדלו, והאמפרי, שחזר לסנאט, ניסה להתמודד מול מקגוורן, כשגם מושל אלבמה ג'ורג' וולאס מנסה להתמודד לאחר שניצח בבחירות המקדימות בפלורידה ב-14 במרץ. מקגוורן ניצח את האמפרי ואת וולאס ב-4 באפריל בוויסקונסין, ומשך את הפועלים. לאחר מכן ניצח בבחירות במסצ'וסטס ב-25 באפריל. מקגוורן החל להפוך למועמד המוביל. הוא נכנס מאוחר לבחירות באוהיו ב-2 במאי, בחירות שנחשבו להימור בטוח עבור האמפרי, אולם בהן הצליח מקגוורן להגיע למקום שני צמוד להאמפרי. וולאס והאמפרי עדיין ניצחו במערכות בחירות, אולם ניסיון התנקשות בוולאס במאי הוביל ליציאתו מהמירוץ, ומקגוורן הצליח לשלוט במדינות בעלות אספות הבחירה. הקרב האחרון התרחש בקליפורניה, בה השקיע האמפרי ושידר כמה תשדירים שתקפו את מקגוורן. ב-6 ביוני, ניצח מקגוורן בבחירות בהפרש של חמישה אחוזים וזכה בכל הצירים. ב-20 ביוני ניצח בניו יורק והבטיח את מועמדותו. אולם ההתקפות של האמפרי כנגדו ותיוגו כקיצוני הובילו להידרדרות בסקרים מול ניקסון.
מקגוורן זכה לתמיכת כמה ידוענים, ביניהם קרול קינג, לורן באקול, ג'יימס טיילור, פול ניומן, גולדי הון, לינדה רונסטאדט, ברט לנקסטר, ג'ק ניקולסון, פיטר, פול ומרי, וורן בייטי ושירלי מקליין. ברברה סטרייסנד ארגנה מופע לגיוס כספים עבור מקגוורן, שמשך שמונה עשר אלף אנשים, אולם ההוצאות הובילו לרווח של 18,000 דולרים בלבד.
יומיים לאחר הבחירות במסצ'וסטס, פרסם העיתונאי רוברט נובאק ציטוט סנאטור דמוקרטי בעילום שם (מאוחר יותר התברר שהיה זה תומאס איגלטון, כמה חודשים לפני שנבחר להיות סגנו של מקגוורן): "העם לא יודע שמקגוורן מייצג חנינות, הפלות ולגיליזציה של סמים. כשאמריקה המרכזית (middle America) - אמריקה המרכזית והקתולית במיוחד - יגלו על כך, הוא מת". בהמשך המירוץ לנשיאות נאלץ מקגוורן להתמודד עם השמצות מצד אנשי ניקסון, שתייגו אותו כתומך ב"חנינות, הפלות ולגליזציה של סמים".
מקרה חריג התרחש במהלך הבחירות בנברסקה. מושל המדינה פרנק מוריסון ניסה לטעון שמקגוורן לא תומך בלגליזציה של סמים, או של הפלות, דבר שהוביל לאכזבה בקרב הצעירים.
במהלך הבחירות המקדימות, התמקד מקגוורן בתנועות שורשיות ועקף את מרכזי המפלגה המסורתיים. הוא ניצל את התמיכה שזכה לה מצד מתנגדי המלחמה ותומכי הרפורמות. אלפי סטודנטים היו מעורבים במסע הבחירות שלו. בנוסף הרוויח מניצחונו בשמונה מערכות הבחירות המקדימות החשובות יותר. הוא היה חלש יחסית בדרום ובמערב התיכון התעשייתי, ואף קיבל פחות קולות מהאמפרי ומעט יותר מוולאס.
מקגוורן קידם מצע שתמך בנסיגה מווייטנאם בתמורה לשחרור שבויים אמריקניים ומתן חנינה לסרבנים שעזבו את המדינה.
בנוסף, תמך בהקטנה של שלושים ושבעה אחוזים בתקציב הביטחון במשך שלוש שנים. הוא הציע להעניק אלף דולר לכל אזרח אמריקני. הוא תמך ברפורמה במערכת הרווחה, במס הכנסה שלילי ובפישוט הביורוקרטיה. עם זאת, עדיין נחשב לליברל מדי והצעותיו בתחומי פנים הורדו מהמצע באוגוסט. זאת למרות העובדה שהצעות כמס הכנסה שלילי, שנתמכו בידי מילטון פרידמן ואף בידי ממשל ניקסון, היו שמרניות בעיקרן. החוקים שמקגוורן הציע היו אוניברסליים ולא כוונו אך ורק לעניים. מקגוורן גם תמך בתיקון לחוקה שיבטיח שוויון זכויות.