על-פי השיטה הנוהגת היום, עם בחירתה של כנסת חדשה מזמין נשיא המדינה נציגים מן הסיעות החברות בכנסת החדשה לשם התייעצויות. בסופן, ולא יאוחר משבוע ימים מיום פרסום תוצאות הבחירות, הוא מטיל על אחד מחברי הכנסת החדשה להרכיב ממשלה. בדרך כלל, הנשיא מטיל את מלאכת הרכבת הממשלה על חבר הכנסת שזוכה לתמיכה בכוח של מספר רב יותר של חברי הכנסת החדשה. לראש הממשלה המיועד ניתנים 28 ימים להשלמת מלאכת הרכבת הממשלה, אך הנשיא רשאי להאריך תקופה זו בתקופות נוספות, ובלבד שלא יעלו יחד על 14 ימים. במהלך הזמן הזה הוא מקיים משא ומתן עם סיעות התומכות בו שבו מגובשים עיקרי המדיניות של הממשלה ("קווי יסוד") וחלוקת הסמכויות בתוכה ("התיקים" או השרים העומדים בראש משרדי הממשלה). בתום המשא ומתן, מציג ראש הממשלה המיועד את ממשלתו בפני הכנסת. הוא מציג את ההסכמים שהושגו עם הסיעות החברות בממשלה החדשה (סיעות הקואליציה), את קווי היסוד של הממשלה, את השרים החדשים ואת תפקידיהם. לאחר שמיעת טיעונים בעד ונגד התמיכה בממשלה החדשה מתקיימת הצבעה. אם תוצאות ההצבעה מורות על תמיכה בממשלה החדשה, נשבע ראש הממשלה החדש אמונים בזו הלשון:
במקרה וראש הממשלה המיועד מציג ממשלת חילופים ותוצאות ההצבעה מורות על תמיכה בממשלה החדשה, נשבע ראש הממשלה החדש אמונים בזו הלשון:
ולאחריו נשבעים ראש ממשלת ישראל החלופי (במקרה של ממשלת חילופים) וכל השרים החדשים. כל זמן שראש הממשלה החדש לא הציג את ממשלתו וקיבל לה את אישור הכנסת, ממשיך בתפקידו ראש הממשלה היוצא, אף אם כבר אינו חבר הכנסת.
אם לאחר 42 הימים (28 הימים + 14 ימי ההארכה) המועמד לא הודיע לנשיא המדינה שהרכיב ממשלה, או שהודיע לו לפני כן שאין בידו להרכיב ממשלה, או שהציג ממשלה והכנסת דחתה את הבקשה להביע בה אמון (כמו שקרה לשמעון פרס בשנת 1990 עקב משבר פוליטי שכונה לימים "התרגיל המסריח"), הנשיא יכול להטיל את מלאכת הרכבת הממשלה על מועמד אחר, וגם לו יש 28 ימים להרכבת ממשלה, ללא הארכות. אם עברה תקופה זו והמועמד לא הודיע לנשיא המדינה שהרכיב ממשלה, או שהודיע לו לפני כן שאין בידו להרכיב ממשלה, או שהציג ממשלה והכנסת דחתה את הבקשה להביע בה אמון, אזי יכולים להתאגד 61 חברי כנסת ולהציע בכתב בפני הנשיא מועמד, שהוא חבר הכנסת שהביע את הסכמתו להרכבת ממשלה. במצב זה, לנשיא אין יכולת להפעיל שיקול דעת ולהתנגד, והוא נותן לו 14 ימים להרכיב ממשלה.
אם לאחר כל התהליכים הללו לא הורכבה ממשלה - תתקיימנה בחירות חדשות לכנסת ביום שלישי האחרון שבתוך 90 ימים, מיום הודעת הנשיא כי "אין רוב לכינונה של ממשלה בכנסת" או בתוך 90 יום מיום שהכנסת דחתה את בקשת האמון של מי שמונה על ידי הנשיא או בתוך 90 מיום שדחתה הכנסת את בקשת האמון של מי ש-61 ח"כים הציעו להטיל עליו את הקמת הממשלה במצב דלעיל, לפי העניין.
ראש הממשלה חייב להיות חבר הכנסת (למעט בתקופה שבה הוא ממתין להחלפתו בידי ראש ממשלה חדש), אך השרים אינם חייבים להיות חברי הכנסת. מינוי של שר או שינוי בחלוקת הסמכויות בממשלה מחייבים הודעה לכנסת, אבל ראש הממשלה רשאי לפטר שר בלי אישור הכנסת.
הכנסת רשאית להפיל את הממשלה בהצבעת אי-אמון. על-פי הנוכחי, שנחקק ב-2001 (ונכנס לתוקפו עם תחילת כהונתה של הכנסת ה-16), הצעה להצבעת אי-אמון חייבת לכלול גם הצעה למועמד חלופי להרכבת הממשלה החדשה, מבין חברי הכנסת (למעט ראש הממשלה המכהן). ההצעה חייבת לזכות ברוב מוחלט של 61 חברי-כנסת, ובמקרה כזה חייב נשיא המדינה להטיל את הרכבת הממשלה החדשה על המועמד שהוצע.
על-פי החוק מ-2001 יכול ראש הממשלה, בהסכמת נשיא המדינה, לפזר את הכנסת, במצב בו יש בכנסת רוב שלא מאפשר לממשלה לתפקד. החלטה כזו מביאה בהכרח להתפטרות ראש הממשלה (והממשלה כולה) ולעריכת בחירות חדשות. הכנסת רשאית במקרה כזה להציע לנשיא המדינה, בתוך 21 יום, מועמד חלופי לראשות הממשלה מבין חברי הכנסת (למעט ראש הממשלה המתפטר), ובכך לבטל את פיזור הכנסת ולהתחיל בהרכבת ממשלה חדשה.
ראש הממשלה יכול להתפטר גם מבלי לפזר את הכנסת. במקרה כזה יחזור הנשיא ויקיים התייעצויות לבחירת ראש ממשלה חדש מבין חברי הכנסת.
אם ראש הממשלה אינו מסוגל למלא את תפקידיו במשך יותר מ-100 ימים, מופעל ההליך להרכבת ממשלה חדשה כאילו התפטר ראש הממשלה ביום ה-101. אם נפטר ראש הממשלה בטרם נקבע כי הוא בלתי-כשיר, מפעילים את ההליך, כאילו התפטר ביום מותו. במקרה וראש הממשלה מורשע, בפסק דין סופי, בעבירה שיש עמה קלון רואים אותו כאילו התפטר.
ראש הממשלה בפועל.
על-פי חוק יסוד: הממשלה (2001), "נפטר ראש הממשלה, נבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו או הופסקה כהונתו מחמת עבירה, תקבע הממשלה שר אחר שהוא חבר הכנסת וחבר סיעתו של ראש הממשלה, לכהן כראש הממשלה בפועל עד שתיכון הממשלה החדשה" (עד שנת 1992, הניסוח של חוק יסוד: הממשלה בנושא ראש הממשלה בפועל היה מעט שונה, ועסק רק בפטירה של ראש הממשלה).
חוק יסוד: הממשלה (1968, 1992, 2001) מבחין בין המושג "ממלא מקום" לבין "ראש הממשלה בפועל". ממלא מקום מקבל את מלוא סמכויות ראש הממשלה רק במקרה שנבצר מראש הממשלה לכהן באופן זמני (מחוק יסוד: הממשלה 1992, מוגבל בתקופה של "עד מאה ימים רצופים" ולא תלוי בחזרתו של רה"מ לתפקיד), אם מונה מראש, באופן אוטומטי מכוח החוק. "ראש ממשלה בפועל", אינו מתמנה, אלא בהחלטת ממשלה, "עד שתיכון הממשלה החדשה", ורק לאחר ש"נבצר דרך קבע" מראש הממשלה לכהן בתפקידו (הוכרז כנבצר קבע או חלפו 100 ימים רצופים לנבצרות הזמנית) או אם רה"מ נפטר או חדל להיות רה"מ עקב הרשעה בעבירה שיש עמה קלון. במקרים אלו, רשאית הממשלה להצביע על איזה מחבריה (ממלא מקום ראש הממשלה או שר אחר) ובלבד שיהיה חבר כנסת וחבר סיעתו של רה"מ (רק מחוק יסוד 2001 נדרש מרה"מ בפועל להיות גם חבר סיעתו של רה"מ). סמכויותיו של ראש הממשלה בפועל (או של ממלא מקום ראש הממשלה בתקופה שראש הממשלה אינו יכול למלא את תפקידו) זהות לאלו של ראש הממשלה, פרט לכך שאינו יכול לפזר את הכנסת.
מאז קום המדינה היו שלושה מקרים בהם נדרש למנות ראש ממשלה בפועל:
בממשלת חילופים, לא מתמנה ראש ממשלה בפועל, וראש הממשלה החלופי הופך במקרה כזה לראש הממשלה.
ממלא מקום ראש הממשלה.
על פי חוק יסוד: הממשלה (1968, 1992, ו-2001), אפשר שאחד מחברי הממשלה שהוא גם חבר הכנסת, יכהן כממלא מקום ראש הממשלה. רק במקרה שנבצר זמנית מראש הממשלה למלא את תפקידו, ממלא מקום ראש הממשלה מחליף אותו לתקופה מוגבלת ועד "100 ימים רצופים". לאחר תקופה זו, רואים את רה"מ כ"נבצר קבע" מלמלא את תפקידו, ואת הממשלה כאילו התפטרה וכממשלת מעבר, דבר המחייב במקרה זה, (או במקרה של פטירתו או הרשעתו בדין של רה"מ), הצבעת ממשלה על אחד משריה (ממלא מקום ראש הממשלה או שר אחר, ובלבד שיהיה גם ח"כ וגם חבר סיעתו של רה"מ) לכהן כראש הממשלה בפועל.
אם לא מכהן ממלא מקום קבוע, רשאית הממשלה למנות את אחד מחבריה שחבר בכנסת למלא את מקומו של ראש הממשלה במקרים אלו לתקופה מוגבלת כאמור. ממלא מקום ראש הממשלה גם מנהל את ישיבות הממשלה כאשר זה נעדר מגבולות המדינה.
ב-4 בינואר 2006 הועברו סמכויות רה"מ אריאל שרון לממלא מקומו, אהוד אולמרט, באופן אוטומטי מכוח החוק, לאחר ששרון הוכרז כ"נבצר זמנית" (הכרזה על "נבצרות קבע" מטעם היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, הייתה גוררת הצבעת ממשלה על מינוי איזה מן השרים כאמור, לראש ממשלה בפועל). ב-14 באפריל 2006, היום ה-101 לאשפוזו של אריאל שרון, הממשלה הצביעה על מינויו של אהוד אולמרט כראש ממשלה בפועל, עד להקמת הממשלה החדשה.
בממשלת חילופים, ראש הממשלה החלופי הוא גם ממלא מקום ראש הממשלה.
המעון הרשמי.
מעון ראש ממשלת ישראל הרשמי הוא בית אגיון, בשכונת רחביה בירושלים. קיים מיזם לבניית מתחם חדש עבור מעון ומשרד משולב לראש הממשלה והוא נקרא פרויקט אלמוג.
סיום תפקידם של ראשי הממשלה בישראל.
כל ראשי הממשלות שכיהנו בישראל למעט אחת לא השלימו תקופת כהונה מלאה בתפקיד, אף שחלקם כיהנו מספר פעמים. דוד בן-גוריון (פעמיים), משה שרת, גולדה מאיר, מנחם בגין, אהוד ברק, ואהוד אולמרט התפטרו, לוי אשכול נפטר טרם סיום כהונתו, אריאל שרון חלה במהלך כהונתו, תקופת הכהונה של ממשלות יצחק שמיר (בממשלה ה-24), בנימין נתניהו (בכל הממשלות שבראשותו) וממשלת החילופים בראשותם של נפתלי בנט ויאיר לפיד הסתיימו טרם המועד בשל התפזרות הכנסת, שמעון פרס כיהן בממשלת הרוטציה והעביר את התפקיד ליצחק שמיר בקדנציה הראשונה, והקדים את הבחירות בקדנציה השנייה, ויצחק רבין הקדים את הבחירות בקדנציה הראשונה ונרצח כשנה לפני סיום תקופת כהונתו השנייה.
האישה היחידה שכיהנה כראש ממשלת ישראל, והיחידה מבין כל ראשי ממשלת ישראל שכיהנה קדנציה מלאה של הכנסת כראש ממשלה, הייתה גולדה מאיר, שכיהנה כראש הממשלה בשנים 1969–1974 ובמשך כל ימי הכנסת השביעית (אמנם מאיר כיהנה כראש ממשלה רק כ-5 שנים - בשלהי הכנסת השישית, כל ימי הכנסת השביעית ובראשית הכנסת השמינית - אולם היא היחידה שצלחה קדנציה שלמה כראש ממשלה, שאף הוארכה בחודשיים בשל מלחמת יום הכיפורים). מאיר סיימה את תפקידה כראש ממשלה רק לאחר שהתפטרה בקדנציה לאחר מכן.