לדבריו, שנותיו במשמר העמק היו חשובות ומכריעות, רצופות קונפליקטים עם דמות הצבר ועם עצמו. עם זאת, היו אלה שנים מבורכות של היחשפות לתרבות הארץ והמערב. בתקופה זו נחשף לאבות המייסדים שראה בהם דמויות מופת. הוא טען שהכאב הגדול מכל עבורו הוא פסילת תרבותו של האחר. הכפייה התרבותית הייתה שגויה ומקוממת, לדעתו לא ניתן לתלוש את האדם משורשיו התרבותיים. הוא דוגל בתרבות המערבית אך השינוי חייב להיות איטי, מאוזן ובקצב המתאים לכל קבוצה ושבט והוא חייב לבוא כתוספת ולא במקום. בספריו ביטא בין היתר את ייסורי העלייה והקליטה, משבר התרבויות, מזרח ומערב, הזר והשונה, חלש מול חזק, ותיק ועולה שצריך לעצב את עצמו בחברה משתנה.
בשנת 2006 הציע הבלוגר אורי קציר יחד עם גורמים נוספים לבחור באלי עמיר לנשיא המדינה. ההצעה זכתה להדים רחבים בתקשורת הישראלית ובעיקר בתקשורת הערבית: השבועון המצרי הנפוץ "רוז אל-יוסוף" שיבח את ההצעה והדגיש כי יצירתו של עמיר מעוגנת בשפה ובתרבות הערבית. עמיר השיא משואה ביום העצמאות ה-69 של מדינת ישראל, שעמד בסימן יובל שנים לאיחוד ירושלים.
לעמיר שלושה ילדים.
קריירה.
עם שחרורו מצה"ל עבד כמנהל הארכיון של משרד ראש הממשלה והחל את לימודיו באוניברסיטה העברית בירושלים בפקולטה למדעי המזרח, בה למד ספרות ערבית ולימודי המזרח התיכון. משנת 1964 ועד סוף שנת 1968 עבד כעוזר ראשי ליועץ לענייני ערבים לראש הממשלה, ומיד אחרי מלחמת ששת הימים ניהל את לשכת היועץ במזרח ירושלים. בסוף 1968 נקרא על ידי לובה אליאב, סגן שר הקליטה, להצטרף לצוות ההקמה של המשרד לקליטת עלייה בראשות השר יגאל אלון. היה עוזרם של לובה אליאב ושמעון פרס שר הקליטה אחרי יגאל אלון. כיהן בשורה של תפקידים במשרד כולל מנהל מחלקה, מחוז, סמנכ"ל, משנכ"ל ומ"מ מנכ"ל. תוך תקופה זו (1978-1975) כיהן כמנכ"ל הפדרציה הספרדית בארצות הברית ואחר כך כמתאם החזרת יורדים ארצה.
בשנת 1984 נבחר לכהן כמנכ"ל עליית הנוער בסוכנות היהודית והמשיך בתפקידו במשך עשרים שנה. טיפל בנוער ישראלי במצוקה ועם זאת דאג לקלוט בין היתר את עולי אתיופיה וחבר המדינות. בתקופתו הפכה עליית הנוער לגדולה ביותר מאז שנוסדה, לראשונה בתולדותיה דרש ממשרד החינוך תגבור לימודי והגשת חניכי עליית הנוער, כיתר התלמידים בארץ, לבחינות בגרות, כולל עולים חדשים מאתיופיה וחבר העמים, הוא דאג לשלב את הורי התלמידים בתהליך החינוכי של בניהם. הטיף לחניכי עליית הנוער להיות סובלניים לשונה ולזר, למיעוטים ולעולים החדשים, לתרום לחברה ולמדינה ולהיות פתוחים לתרבויות של האחרים. היה בין מקימי הקהילה החינוכית התיישבותית ניצנה יחד עם לובה אליאב ואורי גורדון וכיהן כיו"ר הוועד המנהל שלה במשך עשרים שנה עד פרישתו לגמלאות.
כיהן כמרצה אורח באוניברסיטאות בישראל ובחו"ל ומרצה בתחומים שונים. כתב לעיתונות בישראל ובעולם, במשך שנים רבות השתתף בתוכנית רדיו שבועית ברשת ב' יחד עם גאולה כהן שנודעה בשם "על ימין ועל שמאל".
עמיר פעל שנים רבות למען צמצום הפערים בחברה הישראלית, טיפול בנוער ובמשפחות במצוקה, מתן ביטוי לתרבותם של יהודי ארצות ערב והנהגת לימודי ההיסטוריה שלהם בבתי הספר. היה חבר בוועדות ציבוריות וממשלתיות רבות וביניהן "ועדת ראש הממשלה לילדים ובני נוער במצוקה" בראשות גולדה מאיר. הטיף ללימוד השפה הערבית, הכרת הספרות, התרבות והמוזיקה של ארצות ערב. כל חייו פעל למען שלום והידברות עם ארצות ערב והשתתף בעשרות כנסים עם פלסטינים ומשלחות מארצות ערב. בין היתר כיהן כנציג ישראל בוועדה המולטילטרלית למען פליטים ערבים במסגרת הסכם אוסלו.
אלי עמיר חבר בוועד המנהל של אגודת אכסניות הנוער בישראל משנת 2008. כמו כן, חבר בוועדת חינוך של אנ"א. חבר המועצה הציבורית של הקרן החדשה לישראל.
פרשן בקול ישראל בערבית "אחרי מלחמת ששת הימים".
בספטמבר 2020 קיבל עמיר תואר "עמית כבוד" לשנת 2020 של מכללת בית ברל.
עיריית נהריה קראה רחוב על שמו של אלי עמיר בשכונת יצחק נבון.
קריירה ספרותית.
בריאיון למוסף הספרותי של "הארץ" ב-8 בפברואר 1985 סיפר בין היתר כי החל לכתוב בשנת 1970 וכי אינו קל כתיבה.
ספריו היו רבי מכר, תורגמו לשפות רבות כולל ערבית וזכו להצלחה והד נרחב. הוא זכה בפרסים רבים, בין היתר בפרס יגאל אלון למעשה מופת על מעשה מופת חלוצי ופרס ברנר לשנת 2019. הוכתר כיקיר העיר ירושלים וכאזרח כבוד של תל אביב. דוקטור לשם כבוד ממכון ויצמן למדע, אוניברסיטת בן-גוריון בנגב, אוניברסיטת תל אביב ואוניברסיטת בר-אילן.
בשנת 2011 יצא לאור בהוצאת עם עובד ספרה של רחלי אברהם-איתן: "מבגדאד לישראל: עיון בטרילוגיה מפריח היונים, תרנגול כפרות ויסמין".
השבועון הגרמני ״דר שפיגל״ השווה אותו לנגיב מחפוז המצרי בכתבה על ספרו מפריח היונים, כך כתב גם הנויה צירכר צייטונג השווייצרי וכן עשה אוקטובר המצרי שפרסם עליו כתבה נרחבת וגם הוא כינה אותו מחפוז הישראלי.
הכנרת
הַכִּנֶּרֶת היא ימה בצפון מזרחה של ישראל. זהו אגם המים המתוקים הגדול בארץ ישראל. בעבר סיפקה הכנרת כרבע מצריכת המים בישראל, אך בעקבות ירידת מפלס המים כתוצאה משנות בצורת שפקדו את ישראל, פחתה שאיבת המים מהאגם ומתקני ההתפלה היו לספק המים העיקרי. כיום מספקת הכנרת בין 2 אחוזים מסך הצריכה ל־13 אחוזים. מפלס מי הכנרת משתנה תכופות על פי עונות השנה ובהתאם לשנים גשומות או שחונות ונמצא לרוב בתחום של 209 עד 212 מטרים מתחת לפני הים. בשנות בצורת נחשפים איים בכנרת עקב ירידת המפלס. הכנרת היא הימה המתוקה הנמוכה ביותר בעולם.
שם הימה.
השם "כנרת" מופיע ברשימת הערים שנכבשו על ידי תחותמס השלישי ממצרים שחי במאה ה־15 לפנה"ס. כנרת היא העיר ה־34 ברשימה. בנוסף מופיע אזכור לשם זה ב"פפירוס לנינגרד 1116A", המכיל רשימה של תבואה ושיכר שסופקו לשליחים של ערים שונות מארץ כנען.
השם מופיע גם במקרא, בספר במדבר, בספר דברים ובספר יהושע.
לפי הדעה הרווחת, השם כנרת, הנגזר מן המילה "כינור", נובע מצורתו של האגם – צורת כינור (הכינור המוזכר במקרא דמה בצורתו לנבל). אולם ככל הנראה דעה זו איננה נכונה, שכן בתקופה זו לא היו מפות של הימה. יתרה מכך, במפות מימי הביניים המתוארכות לשנים 1250–1332 לספירה מופיע הים בצורות שונות שבינן לבין צורת כינור אין מאומה. נראה שהסבר זה נוצר כתוצאה משיבוש של דברי התלמוד: "ולמה נקרא שמה כנרת, שמתוקים פירותיה כקול הכינור" (, בתרגום לעברית). ואכן כלי זמר בשם "כינר" מופיע בניבים כנעניים עתיקים, ואזכור ל"מדגת כנרת" נמצא בעיר אוגרית בלוחות המתוארכים למאה ה־16 לפנה"ס. בלוחות מוזכר אל כנעני בשם זה, וככל הנראה כלי הנגינה שימש במקדשו.
שמה של הכנרת במשנה, בתלמוד ובתוספתא הוא ימה של טבריא על־שם העיר טבריה הסמוכה אליה, ככל הנראה על מנת לא להזכיר את שמו של האל הכנעני. במקורות אלה מופיע לעיתים השם גינוסר כשמה של הכנרת, על שם בקעת גינוסר הסמוכה אליה. שם זה התקבל גם בשפות אירופיות אחדות. בערבית התקבל השם "ימת טבריה" (بحيرة طبريا, "בּוּחיירת טֵבּרִיא"), וכך גם בצרפתית. בנוסח היווני של הברית החדשה וכן בתרגום הוולגטה ללטינית מכונה הכנרת "ימת הגליל" (יוונית: θαλάσσης τῆς Γαλιλαίας, "תלאסאיס טיס גליליאס", לטינית: Mare Galilaeae). שם זה מקובל כיום באנגלית: Sea of Galilee.
גאולוגיה.
אגם הכנרת נמצא במרכז בקע הירדן, בחלקו הצפוני של השבר הסורי אפריקאי. כיוונים אחדים של תנועות טקטוניות מאפיינים את אזור הכנרת, כשם שהם אופייניים לבקע הסורי־אפריקני כולו:
כתוצאה מהתזוזות האופקיות בכיוון צפון־דרום ושקיעת אזור הכנרת, נוצר אגם, שקרקעיתו אינה סימטרית: שיפועה תלול יותר במזרח ומתון יותר במערב. בחלקה הדרומי של הכנרת קיים מצוק תת־ימי מכוסה במשקעי האגם. המצוק ברור בחלקו המערבי ופחות ברור בחלקו המזרחי של האגם, בגלל התנועות האופקיות צפון־דרום.
לכנרת בצורתה הנוכחית קדם אגם הלשון, המלוח, שהשתרע מאזור צפון הכנרת ועד חצבה בדרום. לאגם הלשון קדם אגם עובדיה, שהיה קטן יותר ומימיו מתוקים. אגם הכנרת נוצר בצורתו הנוכחית לפני פחות מ־20,000 שנים, כתוצאה משקיעה טקטונית אחרי התייבשותו של אגם הלשון.
גאוגרפיה.
רומה של הכנרת בתקופה המודרנית מצוי בטווחים של 208.8- עד 214.87- מטר מתחת לפני הים. ברום המרבי, שטח פני האגם הוא כ־168 קמ"ר והעומק המרבי כ־44 מ'. הנקודה העמוקה ביותר בקרקעית הכנרת נמצאת ברום של 256- מ' מפני הים. קודם לבנייתו של סכר דגניה על מוצא הכנרת לירדן הדרומי בשנות ה־30 של המאה ה־20, ווסת מפלס הכנרת בעיקר על ידי זרימה לירדן הדרומי ובאופן משני על ידי התאדות בקיץ, כאשר גובה מוצא הירדן עמד על סביב 212.3-, מה שמנע ירידת מפלס לגובה נמוך יותר. שחזור על בסיס נתונים שונים מהתקופה שקדמה לבניית סכר דגניה העלה שגובה המפלס נע בין 209- ל־211-, עם שינוי שנתי של 90–120 ס"מ בין מפלס השפל למפלס השיא. בניית סכר דגניה איפשרה להעלות את גובה מפלס הכנרת למפלס גבוה יותר (אך כזה שיגרום הצפות בטבריה), ומנגד להורידה עד 214.5- (באמצעות העמקת המפלס באזור מוצא הירדן שנעשתה במקביל לבניית סכר דגניה).
מיקומה הוא על הבקע הסורי־אפריקני, מה שגורם לפערים טופוגרפיים גדולים (כ־550 מטר) בינה לבין השטח שסביבה. הכנרת, כמו ים המלח, היא למעשה תוצר של הבקע, וצורתו המיוחדת היא למעשה מעוין שהתעגל ברבות הימים בשל בליה של הטבע. (באזור הכנרת הבקע לא היה ישר אלא מזוגזג, והיו בו מדרגות אופקיות, וכאשר חלק אחד ממנו הועתק ממקומו צפונה, נוצר חלל בצורת מעוין).