אטקינסון שלח הודעה אל בסיס מחנה כף אוונס לבקש, שאחד מן השניים, או המטאורולוג רייט או אפסלי צ'רי-גארארד ייקח על עצמו את המשימה לפגוש את סקוט עם הכלבים. ואולם, המטאורולוג הראשי סימפסון לא היה מוכן לשחרר את רייט מעבודתו המדעית, ומשום כך בחר אטקינסון באפסלי-גארארד. אטקינסון לא העלה עדיין בדעתו, שצ'רי-גארארד נשלח למעשה למשימת הצלה, ולפי הדין וחשבון של צ'רי-גארארד, אמר לו "להפעיל שיקול דעת" באשר למה שעליו לעשות במקרה שלא יפגוש את קבוצת הקוטב ב"טון אחד", וכי פקודותיו של סקוט היו שאין לסכן את הכלבים. צ'רי-גארארד יצא עם גרוב והכלבים ב-26 בפברואר, נושא עמו מנות צידה נוספות בשביל קבוצת הקוטב להוסיפן לתחנה ומלאי ל-24 ימים של מזון כלבים. הם הגיעו אל תחנת טון אחד ב-4 במרץ ולא המשיכו להדרים משם. תחת זאת, החליטו הוא וגרוב להאכיל את הכלבים ברוחב יד, ולאחר שהמתינו שם ימים אחדים לסקוט, רוב הזמן, ככל הנראה, בתנאים של סופת שלגים קשה (אף כי שום סופת שלגים לא תועדה ביומנו של סקוט במרחק כ-160 ק"מ דרומה עד ל-10 במרץ), חזרו להאט פוינט ב-16 במרץ, במצב גופני ירוד וללא חדשות על קבוצת הקוטב.
ב-17 במרץ מציין צ'רי-גארארד ביומנו שחברי מחנה הבסיס "חוששים" לשלום קבוצת הקוטב, וב-26 במרץ יצא אטקינסון עם Patrick Keohan, (בלי הכלבים) בניסיון נוסף להתחבר עם הצוות של סקוט. הם הצליחו להתקדם רק עד "מחנה הפינה" לפני שמזג האוויר הביס אותם ב-30 במרץ. בנקודה זו, רשם אטקינסון, "הייתי שלם בלבי עם ההכרה, שקבוצת הקוטב נספתה".
לפני שהחורף השתלט כליל על אנטארקטיקה, יצא אטקינסון בראש מסע נוסף, הפעם בניסיון לחלץ את הקבוצה הצפונית, שידוע היה כי נתקעה על החוף באזור מפרצוני אוונס, כ-320 ק"מ צפונית מכף אוונס. פלוגת החילוץ יצאה מהאט פוינט ב-17 באפריל, אבל לא הצליחו להרחיק מעבר לבּאטֶר פּוֹינְט בפתח קרחון פראר. החורף הבא בכף אוונס היה זמן קשה ומתוח לצוות המשלחת המצומצם, אבל אטקינסון קבע תוכנית של פעילויות מדע ופנאי והצליח לקיים את המוראל. עם תום החורף עמדה לפניהם דילמה: האם ייצאו תחילה לחפש ולאמת את גורל קבוצת הקוטב, או שינסו שוב לחלץ את הקבוצה הצפונית? הם בחרו באפשרות הראשונה.
מציאת האוהל של סקוט.
ב-29 באוקטובר 1912 יצא אטקינסון בראש קבוצה, עם כלבים ופרדים להתחיל בחיפושים אחר עקבותיה של קבוצת הקוטב. ב-12 בנובמבר, 17.6 ק"מ דרומית לתחנת טון אחד, התגלה האוהל ובו גופתיהם של סקוט, וילסון ובאוארס. אטקינסון מצא את יומנו של סקוט וממנו נודע לו סיפור האסון; אז קרא לאנשים שכינס סביבו את הקטעים הנוגעים לעניין, לרבות אלה שתיעדו את מותם של אדגר אוונס ולורנס אוטס. כשהרחיקו עוד דרומה, בחיפוש אחר גופתו של אוטס, מצאו רק את שק השינה שלו. בשובם להאט פוינט ב-25 בנובמבר, נודע לאנשי פלוגת החיפוש דבר שיבתה בשלום של הקבוצה הצפונית, ובשלב זה קיבל עליו ויקטור קמפבל, כקצין הבכיר, את הפיקוד.
מחלוקת: הפקודות בנוגע לכלבים.
בתפקידו כמפקד הבסיס בתקופה הקריטית של פברואר-מרץ 1912, נדרש אטקינסון להוציא לפועל את הוראותיו של סקוט לגבי השימוש בכלבים לאחר שובם משלב חומת הקרח של המסע לקוטב.
ואולם, בפקודותיו של סקוט בשאלה כיצד בדיוק יש להשתמש בכלבים היו אכן הבדלים, או שהן נראו, לפחות, בלתי ברורות. בפקודות לג'ורג' סימפסון ולמירס ממש לפני צאתו לדרום, הורה סקוט שלאחר שובם מליווי המסע לקוטב ייצאו הכלבים למסע שני על חומת הקרח "כדי להעביר למחנה טון אחד 5 מנות "XS", או בכל מקרה 3. ... וכן מזון כלבים רב ככל שיוכלו לשאת", ודבר זה ייעשה עד 12 בינואר 1912. כמו כן הורה למירס לקחת את הכלבים למסע שלישי על פני חומת הקרח באמצע פברואר. הבלבול חל ככל הנראה בפקודותיו בנוגע למסע הזה: נראה שהוא תוכנן בתחילה רק לזירוז שיבתה של קבוצת הקוטב (כדי לאפשר לאנשיה להגיע לספינה), ולא כמשימת חילוץ. ההוראות שסקוט נתן לאטקינסון כשזה פנה לחזור לבסיס בראש קרחון ביחרדמור, קבעו ש"הכלבים ירחיקו ככל שיוכלו". לרוע המזל, סקוט לא הבהיר את מטרתו (וגם לא התבקש לכך - זאת הייתה משלחת של הצי), אבל ייתכן שבשלב זה צפה כבר שהכלבים עשויים להידרש כדי להחזירו לבסיס.
פרישתו של מירס מן המשלחת ואי-זמינותו להמשך העבודה על חומת הקרח הביאו לשינוי בתוכניות, וסקוט סיבך את המצב כשלקח את הכלבים למרחק רב הרבה יותר במסע אל הקוטב מכפי שתוכנן תחילה, כך שהם לא חזרו לבסיס לפני 5 בינואר; מסעם השני של הכלבים אל חומת הקרח לא יצא כלל לפועל, ואף כי כי מנות המינימום של 3 XS הובאו לתחנה לפי המתוכנן (בידי קבוצת מושכי-מגררות שכללה את דיי, הופר, קליסולד ונלסון), לא כן מזון הכלבים. הסיבה לכך יכלה להיות שכחה, אי-הבנה, חוסר תקשורת, הפרת משמעת, או אי-רצון להתיש את הגוררים: העברת האספקה הייתה אמורה להתבצע על ידי הכלבים (ראו בהמשך). משמעויות ההשמטה הזאת התבררו רק לאחר זמן - פירושו של דבר היה, שכל תנועה עתידית של הכלבים דרומית לתחנת טון אחד, אם למטרת הצלה ואם למטרה אחרת, תהווה בעיה.
בעוד שהשמטת שתי מנות XS הייתה משמעותית פחות מזו של מזון הכלבים (בסופו של דבר התברר שלא הייתה כל משמעות: קבוצת הקוטב לא הגיעה כלל לטון אחד) היא שינתה בכל זאת את מטרות המסע האחרון, שנדרש עכשיו להעביר את המנות הללו, במקום לסייע פשוט בהחזרת האנשים.
כאשר התברר לאטקינסון, שמירס לא יבצע את המסע "השלישי", הוא תכנן תחילה לקחת את הכלבים בעצמו וכבר הגיע אל האט פוינט עם דמיטרי ב-19 בפברואר. אלא שהגעתו של קרין באותו יום, עם החדשות שלאשלי מחכה עם אוונס החולה במחנה קורנר, כפתה שינויים נוספים בתוכניות. הכלבים נשלחו תחילה לבצע את חילוצם של השניים, ומכאן שהיה זה כבר ה-26 בחודש לפני שפלוגת החילוץ יצאה בדרכה לטון אחד. אטקינסון גם פסק, שחובתו הראשונה, כרופא, היא לטפל באוונס, שהיה במצב קשה ביותר. וכך (לאחר שנקרא עם רייט לבוא בדחיפות מכף אוונס, לפי הודעה שנשלחה עם קרין), היה זה צ'רי-גארארד שעמד בראש המשימה. רב-תושייה ומוכשר ככל שהיה, צ'רי-גארארד לא היה בכיר במשלחת כמו אטקינסון ולא מנוסה בנהיגת הכלבים כמו מירס (הוא היה גם מותש הרבה יותר ממירס, לאחר שגרר במו ידיו מזחלת אל ראש קרחון בירדמור וחזרה, ואחר עזר לפרוק את ה"טרה נובה" על פני 32 ק"מ של קרח ימי בין הספינה לבין היבשה; מירס, לעומת זאת, רק נסע עד למרגלות הקרחון, לשם נהג בצוות כלבים לכל אורך הדרך.
פינז טוען, שסקוט פשוט "גילה גמישות" בשינוי תוכניותיו. אבל דאגה גוברת שמא ייאלץ להיעזר בכלבים ניכרת אולי בפקודתו לאטקינסון "הרחק להגיע ככל שתוכל". אטקינסון, שהיה מודע עכשיו להיעדר כל מזון כלבים בתחנת טון אחד, כתב: "יש להדגיש, בלי שיהיה בכך משום הפרזה, שצוותי הכלבים נועדו אך ורק להאיץ את שובה של הקבוצה הדרומית ובשום אופן לא כמשלחת חילוץ". להגנתו של אטקינסון הכרחי לציין, שקבוצתו של סקוט עוד לא הייתה באיחור. לדברי צ'רי-גארארד, אטקינסון הורה לו "להפעיל שיקול דעת" במקרה שלא יפגוש את סקוט בתחנת טון אחד. האפשרויות שעמדו לפניו היו להמתין, או להמשיך דרומה תוך קטילת כלבים לשמש כמזון לכלבים הנותרים - לא הייתה לו כל אפשרות אחרת, כיון שהמחסן היה ריק ממזון כלבים. בדברי צ'רי-גארארד, שהעיד עליו את ההוראות שניתנו לו, אם מאטקינסון או בסופו של דבר מסקוט, מתגלה סתירה בספרו, ההוראות "שלא שונו מעולם" היו, שיש לשמור את הכלבים למסעות מדעיים בשנה הבאה ו"לא להעמידם בסכנה" במהלך הקיץ והסתיו של 1911-12. צ'רי-גארארד, שייחס חשיבות להוראה ש"לא להעמידם בסכנה" (ולנוכח מזג אוויר קשה, בעיות ראייה, מחלה והיעדר כישורי ניווט), בחר לחכות. אטקינסון שיבח החלטה זו כנכונה ולאור מצבם הבריאותי המעורער של האנשים והכלבים כאחד בשובם, נראה שהיה זה חוסר אחריות לנהוג אחרת) אבל מאוחר יותר היה עתיד לגרום לצ'רי-גארארד סבל רב.
פינז שואל, אם יש מקום להטיל אשם מסוים על אטקינסון (או מירס, או צ'רי-גארארד, או סקוט עצמו), אבל איננו מגיע למסקנה ברורה. הוא מקשה, מדוע מירס, שחזר לבסיס ב-5 בינואר וידע בהכרח כי מלאי מזון הכלבים בתחנה לא חודש, קיבל את רשותו של אטקינסון לחכות בחיבוק-ידיים, כפי שנראה, בכף אוונס עד שעלה אל הספינה ב-5 במרץ. וצ'ארלס רייט היה איתן בדעתו, כי מירס הוא שהיה צריך להישלח לתחנת טון אחד, ולא צ'רי-גארארד. בשנים הבאות טען אטקינסון, שמירס "סירב פקודות" (של מי?) כשלא צייד את מחסן מזון הכלבים בתחנה, אבל לא נמצאו ראיות לכך בכתובים.