בתחילת העונה, חוטף טוקו את וולט וג'סי, ומתכנן להבריח אותם למעבדת סמים במקסיקו, כיוון שה-DEA פשטו על הארגון שלו באלבקרקי, אך השניים מצליחים להתגבר על טוקו, לפצוע אותו ולהימלט. במקביל, עוקב האנק אחרי הרכב של ג'סי בחיפושיו אחר וולט, ומוצא את טוקו הפצוע, המבוקש על ידי ה-DEA. בין השניים מתפתח קרב יריות, בסופו מוצא טוקו את מותו בידי האנק, והאחרון שב מלא תהילה לעבודה. על מנת לתרץ את היעלמותו הממושכת מהבית, מזייף וולט פוגה דיסוציאטיבית, אך אשתו סקיילר חושדת בסיפורו. בעקבות אירוע זה האמון ביניהם ממשיך להידרדר. ג'סי מסולק מביתו הישן לאחר שהוריו מגלים שהקים מעבדת סמים במרתף. לכן, שוכר ג'סי דירה חדשה ומפתח מערכת יחסים עם בעלת הדירה, ג'יין, נרקומנית בגמילה. בעקבות מותו של טוקו, מנסים וולט וג'סי להקים רשת הפצה חדשה באמצעות שלושה מחבריו של ג'סי, אך נתקלים בקשיים שונים. על מנת להוציא את אחד המפיצים שלהם אשר נתפס על ידי ה-DEA מהכלא, הם שוכרים את שירותיו של סול גודמן, עורך דין פלילי בעל קשרים נרחבים בפשע המאורגן בכלל ובסחר בסמים בפרט, אשר מחלץ אותם, ומציע לשמש עבורם כיועץ משפטי בתמורה לאחוז מרווחיהם.
בעקבות הריגת טוקו, מקבל האנק קידום ונשלח לאל פאסו. עם זאת, הוא חש לחץ וסובל מהתקפי בהלה בעקבות הקרב עם טוקו. מצבו הנפשי מתערער עוד יותר לאחר שהוא מוצא את ראשו הגדוע של מודיע משטרתי איתו עבד, ומתברר שראש זה אף היה ממולכד והביא למותו של שוטר נוסף ופציעתם הקשה של כמה נוספים. לאחר התקרית הוא נשלח בחזרה לאלבקרקי. סקיילר חוזרת לעבודתה תחת מעסיקה הקודם, טד בנקי, אשר ככל הנראה הטריד אותה מינית בעבר, ומפתחת תלות בתמיכתו הנפשית של טד בעקבות היעדרותו העקבית של וולט והתנהגותו המשונה. וולט מאמין שמצבו הבריאותי החמיר לאחר שהציץ בתצלום ה-CT האחרון שלו. לכן, הוא וג'סי מתבודדים במשך מספר ימים ומפיקים מתאמפטמין מסביב לשעון, בכמות של כ-17 ק"ג. מספר ימים לאחר מכן, אצל הרופא, מגלה וולט שמחלת הסרטן נבלמה, ושהגידול התכווץ ב-80%. וולט מתחרט על מעשיו, ומחליט לעזוב את עסקי הסמים לאחר שימכור את 17 הק"ג שהפיק.
כשאחד מהסוחרים של וולט וג'סי נרצח על ידי סוחרים מתחרים, הקשר בין ג'סי לג'יין מתחזק וג'יין שהייתה נקייה אחרי עשר שנות התמכרות מתפתה לחזור שוב ומזריקה הרואין עם ג'סי. לאחר שהסוחרים הנותרים מחליטים להפסיק את המסחר מחשש לחייהם, וולט מבין שיהיה עליו למצוא מפיץ חדש. הפתרון נמצא על ידי עורך דינם סול, אשר מכיר להם מפיץ סמים חדש בשם גאס פרינג', איש עסקים קשוח ובעל גינונים, שכפי הנראה נוטה לאהבת גברים, המנהל אימפריה שמתחרה בסתר בקרטל המקסיקני של משפחת סלמנקה. גאס נוקט בזהירות ואינו מעוניין לבצע איתם עסקים מאחר שג'סי נתפס בעיניו כמכור לסמים, וככזה ללא אמין, אך וולט משכנע אותו לבצע את העסקה בכל זאת, והוא קונה מהם את הסמים תמורת 1.2 מיליון דולר. וולט נאלץ לבצע את העסקה בהתראה קצרה מאוד ובמקביל ללידתה של בתו. הוא מקבל את הכסף, אך מחמיץ את לידת בתו. וולט מודיע לג'סי שהוא לא ייתן לו את חלקו מהכסף עד שייגמל מהסמים בטענה שהוא ישתמש בכל כספו לקניית סמים ויהרוג את עצמו בשל כך. ג'יין, חברתו של ג'סי, מציעה לסחוט את וולט, ומאלצת אותו להביא לג'סי את חלקו מהכסף. לאחר מפגש מקרי בבאר עם אדם שוולט אינו יודע כי הוא אביה של ג'יין, מחליט וולט לעזור לג'סי עם בעיית הסמים שלו. הוא מגיע לדירתו של ג'סי בזמן שג'סי וג'יין מסוממים מהרואין, ומנסה להעיר את ג'סי. לצדו הוא רואה את ג'יין נחנקת מהקיא של עצמה כתופעת לוואי מהשימוש בסמים, אך אינו עוזר לה וגורם באופן פסיבי למותה. כשג'סי מתעורר הוא מאשים את עצמו במותה של ג'יין. כתוצאה מכך, הוא מחליט להיגמל בעצמו ופונה לקבוצת גמילה. כדי להעלים את הראיות לשימוש של ג'יין וג'סי בסמים פונה וולט לעזרתו של סול ששולח לדירה של ג'יין את מייק ארמנטראוט, חוקר פרטי ומנקה זירות פשע (שבהמשך הסדרה יתגלה שהוא עובד גם בשביל גאס). בדרכו לניתוח להסרת שארית הגידול, ותחת סמי הרדמה, מודה וולט בפני סקיילר שיש לו טלפון נייד סודי. כתוצאה מכך, מתחילה סקיילר בחקירה, מגלה שרבים מהסיפורים אותם סיפר לה וולט בתקופה שקדמה לכך היו שקריים, ועוזבת אותו מספר שבועות לאחר מכן.
העונה נגמרת עם הצגה של ההשלכות הנוראיות של מעשיו של וולט: אביה של ג'יין מתגלה כבקר טיסה במגדל הפיקוח של שדה התעופה המקומי. האבל על מות בתו מטשטש את חושיו במהלך העבודה, ורשלנותו גורמת לשני מטוסי נוסעים להתנגש אחד בשני מעל העיר, כששברי המטוס, המטען והגופות נופלים בסביבת בית משפחת וייט.
עונה 3.
העונה נפתחת בהצגתם של שני מתנקשים מקסיקניים מסתוריים, אשר מתבררים בהמשך כבני דודו של טוקו, הנשלחים לארצות הברית לחסל את "הייזנברג", השם הבדוי בו משתמש וולט. בעקבות עזיבתה, מחליט וולט לספר לסקיילר על ייצור הסמים, והיא בתגובה דורשת ממנו להתגרש ומאיימת שתפנה למשטרה אם לא יסכים. גאס מציע לוולט הצעה חדשה - לעבוד עבורו בייצור מתאמפטמינים במשך שלושה חודשים, תמורת 3 מיליון דולר. וולט מסרב להצעה בתחילה, בתקווה להחזיר לעצמו את משפחתו, אך בהמשך מקבל את הצעתו השנייה של גאס - עבודה בייצור סמים בשכר שנתי של 15 מיליון דולר עם עוזר מעבדה בשם גייל. בעצתו של סול, מחליט וולט שלא להיענות לאולטימטום של סקיילר, ולחזור לביתו, מתוך אמונה שהיא לא תסגיר אותו למשטרה בשל הנזק שייגרם לה ולילדיהם מהסגרתו. סקיילר מתרעמת בהתחלה, אך לבסוף משלימה עם המצב, ואף מחליטה לנצל את כישוריה כמנהלת חשבונות על מנת להלבין את כספי הסמים.
האנק, המנהל מעקב אחר ג'סי בחשד למעורבותו בייצור המתאמפטמינים, מגלה על קיומו של הקרוון בו בישלו וולט וג'סי את הסמים. הוא עוקב אחרי ג'סי עד למגרש הגרוטאות בו מוסתר הקרוון. וולט וג'סי נמצאים בתוך הקרוואן והאנק מנסה לפרוץ לשם אך נעצר על ידי ג'ו, בעל המגרש, בטענה שהוא פולש לרכוש פרטי ללא צו חיפוש. בעוד האנק ממתין במגרש לצו הוא מקבל שיחת טלפון בה נאמר לו כי אשתו מארי (אחותה של סקיילר) הייתה מעורבת בתאונת דרכים. האנק מסתלק מהמקום בזריזות ורק לאחר שהוא מגיע לבית החולים הוא מבין שהשיחה הייתה תרמית שנועדה להרחיק אותו מהמגרש. האנק, הבטוח שג'סי עומד מאחורי השיחה, מגיע לביתו של ג'סי בהתקף זעם ומכה אותו עד אובדן הכרה. בעקבות זאת האנק מושעה מעבודתו ונשקו האישי נלקח ממנו. בבית החולים, מודיע ג'סי לוולט שהוא מתכוון לתבוע את האנק.
לאחר שאיתרו את וולט, מתכוונים שני המתנקשים להרוג אותו, אך נקראים שלא לעשות זאת ברגע האחרון על ידי גאס, אשר משמש כאחראי אזורי מטעם הקרטל ומסביר שהוא זקוק ליכולותיו של וולט בייצור הסמים. לאחר שהמתנקשים לוחצים עליו לאפשר להם לנקום את מותו של טוקו, הוא מציע להם חלופה - להרוג את גיסו של וולט, סוכן ה-DEA האנק שריידר, בטענה שהוא זה שהרג את טוקו. רגעים ספורים לפני שהמתנקשים מגיעים אל האנק, הוא מקבל שיחת טלפון מסתורית אשר מזהירה אותו מפני המתקפה הצפויה, והוא מצליח להיחלץ מההתנקשות בעור שיניו, אך לא לפני שנורה ורותק לכיסא גלגלים. עוד לפני כן הוא מספיק לדרוס את אחד המתנקשים ולירות למוות בשני בעזרת האקדח של המתנקש שנדרס, שאמנם שרד את הדריסה אך בעודו מאושפז בבית החולים חוסל על ידי מייק. איש הקשר של גאס בקרטל חושד שידו במות המתנקשים כיוון שלא היו תוקפים סוכן DEA ללא אישורו, אך גאס דואג לחסל אותו היות שבזכות וולט, הוא אינו זקוק יותר לקרטל לאספקת סמים. וולט, בניסיון לשכנע את ג'סי לחזור בו מכוונתו לתבוע את האנק, טוען בפני גאס שעוזר המעבדה שלו, גייל, חסר כישרון ודורש מגאס לאפשר לו לעבוד שוב עם ג'סי. גאס נענה לבקשתו, גם אם לא בהתלהבות יתרה. לאחר שג'סי מגלה שחברו קומבו, אשר נרצח מספר חודשים קודם לכן, נורה בידי ילד בן 10 המועסק על ידי סוחרי סמים, הוא מבקש נקמה בסוחרים. וולט עוצר אותו לפני המעשה, כיוון שהסוחרים עובדים עבור גאס, ולבסוף מוסכם שלא יעשה דבר בתנאי שסוחרי הסמים יחדלו משימוש בילדים. כשגופתו של הילד שרצח את קומבו נמצאת מספר ימים לאחר מכן, חוזר בו ג'סי ומחליט לנקום בסוחרים. להפתעתו של ג'סי, וולט מגיע והורג את סוחרי הסמים לפניו ומורה לג'סי לברוח מפני אנשיו של גאס.
גאס מחליט לבסוף להשאיר את וולט בחיים, אך מצוות אותו שוב לגייל. וולט מבין שהוא יוחלף על ידי גייל ברגע שזה יבין את תהליך ייצור הסמים באופן מושלם, ויחוסל לאחר מכן. לכן, הוא מבין שעליו לחסל את גייל ראשון. ג'סי מוצא עבורו את כתובתו של גייל, אך בדרך לשם, וולט נתפס על ידי ויקטור, אחד מאנשיו של גאס, אשר מורה לו לבוא איתו למעבדה באמתלה של דליפה שיש לתקן. בהגיעם למעבדה מייק ממתין להם בכניסה. וולט מבין שהם מתכוונים להרוג אותו, מתחנן על חייו ומציע לתת להם את ג'סי בתמורה. הם מקבלים את ההצעה, ונותנים לו להתקשר לג'סי. וולט אומר לו שהוא נתפס ועומד להיות מוצא להורג, אם ג'סי לא ישלים את המשימה בעצמו. אנשיו של גאס לוקחים ממנו את הטלפון, ומתכוונים להרוג אותו, אך הוא מסביר להם שהם לא יכולים להרשות זאת לעצמם, ונוקב בכתובתו של גייל. ויקטור ממהר לאותה כתובת בתקווה להציל את גייל, בזמן שמייק מנסה להתקשר אליו שוב ושוב ללא הועיל, תוך שהוא ממשיך לאיים על וולט באקדח. בסצנה האחרונה בעונה נראה גייל בביתו כשהוא מאזין למוזיקה בעוצמה גבוהה ואינו מבחין בצלצול הסלולרי שלו. לאחר שנשמעת דפיקה על הדלת, גייל ניגש לפתוח את הדלת, ומוצא מצדה השני את ג'סי, אשר שולף לעברו אקדח. גייל מתחנן על חייו ומסביר לו שהוא אינו חייב לעשות את זה, אך ג'סי יורה לבסוף.
עונה 4.