הגיוון העצום של הכנסיות הפרוטסטנטיות והמחלוקות הרבות בין הוגיהן מקשים על איתור מכנה משותף הגותי או אמוני. חוקרים מתארים אותן יותר כתופעה היסטורית בעלת שורשים זהים: כל הפלגים שהסתעפו במשך כחמש מאות שנה מתוך התנועות שצמחו בעת הרפורמציה הפרוטסטנטית. מבחינה תאולוגית, הרחיקו קבוצות מסוימות לכת עד כדי כפירה במושג השילוש הקדוש, כפי שעשו האוניטרים, ואחרות פנו בנתיבים קיצוניים כמעט באותה מידה. באופן כללי, ניתן למפות את הזרמים השונים על ספקטרום הנע משמרנים וממסדיים, בייחוד האנגליקנים ובמידה רבה גם הלותרנים, האוחזים ברבות מהמסורות והתפישות שלפני הרפורמציה, ועד רדיקלים עממיים (בעיקר האנאבפטיסטים וממשיכיהם) שהתייחסו לאלו כסמליות בלבד ונטו להיפטר מהן ללא שהיות. עם זאת, למרות הקושי שבאפיון משותף, חולקים הפרוטסטנטים כולם רקע ועקרונות רופפים שמקורם בהגות ראשוני הרפורמטורים, בייחוד מרטין לותר, ז'אן קלווין ששכלל את הגותו וגם חלק עליו רבות, אולריך צווינגלי וממשיכיהם השונים.
מצע משותף זה ממוצה לעיתים בסיסמאות שנלקטו מכתבי הוגי הרפורמציה ונחשבות כמסמלות את משנתם. רשימה מוכרת היא שלושת ה"בלבדים", solae, המזוהים עם לותר: "כתבי הקודש לבדם" (sola scriptura) – החשבת הברית החדשה והתנ"ך כדבר האל האותנטי מעל לכל פרשנות או מסורת; "האמונה לבדה" (sola fide) – הדגש על כך שרק באמצעות האמונה ניתן לקבל את חסד האל ולהיוושע; ו"החסד לבדו" (sola gratia) – דחיית כל אפשרות להיצדק בפני האל בעזרת הישגים או טוב הנובע מתוך האדם וקביעה כי רק חסדו לבדו הוא המקנה ישועה. שני האחרונים קשורים זה בזה הדוקות, ומהווים יחד את המצע עליו בנויה תפישת הצידוק הפרוטסטנטית. בלבדיות החסד מקובלת עקרונית על הכנסייה הקתולית, נגדה יצאו הרפורמטורים בחריפות, וביטויים כמו "האמונה לבדה" מופיעים בכתבי הכנסייה בימי הביניים אך במובנים אחרים. קו משותף שחוקרים רבים ציינו והמשולב בכל מחשבת הרפורמציה הוא מרכזיותו של ישו והקשר הישיר אליו, שלותר סיכם פעם בסיסמה "ישו לבדו" (Christus solus, שאף היא מוקדמת בהרבה לזמנו). הכריסטוצנטריות הרדיקלית של לותר, קלווין והאחרים שימשה מסד למרבית התפישות המזוהות עמם. מרכזיותו כדבר האל במובן הלוגוס חופפת למרכזיות דבר האל המובא בברית החדשה ובמקרא, לבדם. חסדו של ישו לבדו ולא מעשים טובים מאפשרים את ישועת האדם, והאיסור על כל תיווך או מחיצה בינו למאמינים עומדים במרכז הרעיון הפרוטסטנטי של "כהונת כל המאמינים" ודחיית הממסד הכנסייתי או פולחן הקדושים.
כתבי הקודש לבדם.
אולי העיקרון החשוב ביותר שנשזר במחשבה הפרוטסטנטית לגווניה ושנשאב מלותר וקלווין הוא מה שנהוג להתייחס אליו כ"כתבי הקודש לבדם" (sola scriptura), לפיו המקרא והברית החדשה הם הבסיס היחיד ממנו ניתן לשאוב סמכות דתית. הרעיון הושפע מהדגש ששמו הוגי הרנסאנס על "שיבה למקורות" וחזרה לפשט הכתובים לאחר יותר מאלף שנים בהן פרשנות אלגורית מרחיקת-לכת הייתה הנורמה בנצרות, בדמות תפישת ה"קוואדריגה" שהוסיפה שכבות מוסריות, נבואיות וטיפולוגיות על המובן המילולי של הכתוב (בדומה לפרד"ס היהודי). התוספות והפלפולים המרובים נראו כהשחתה וסילוף. בנוסף לרקע הרעיוני הזה שעשה את בני הזמן בשלים לקלוט אותה, השיבה לפשט הועלתה – לותר אימץ אותה ב-1518 במענה להתקפות הראשונות עליו מרומא, צווינגלי הצטרף ב-1523 ובעקבותיהם צעד קלווין – כדי לשרת צורך מעשי חשוב. היא כיוונה להסיר את התוקף המחייב ואף לבטל לגמרי את מסננת הפרשנות המקובלת שהוסיפה ההיררכיה הרשמית במשך מאות שנים ושעליה נשענו נוהגים ועקרונות רבים ערב הרפורמציה. דחיית המסורת בעל-פה של הכנסייה שברה את הכוח שהעניקה לממסד שבראשו האפיפיור והניחה את הביסוס לביטול ודחייה גורפים של אמונות וטקסים שלא נמצא להם מקור מספק בכתובים ובטווח המיידי, לפעולה עצמאית בלי הסכמה רשמית של המוסדות הממונים. הדבר לא חייב שלילה קטגורית של כל העבר, אלא קבע את כתבי הקודש כאמת המידה היחידה לפיה ניתן היה לשפוט את ערכו של הנהוג ולהחליט אם הוא אכן הכרחי או שניתן לראותו כעניין של רשות שניתן להפעיל לגביו שיקול דעת עצמאי לגמרי ובמידת הצורך להיפטר ממנו.
לותר, קלווין והאחרים ראו במקרא לבדו מקור חזק דיו, "דברו המהדהד של אלוהים", שההשראה והקדושה שבו היו כה עוצמתיות עד שדי היה בהן כדי לאפשר לכל אחד להבינו מתוך עצמו ללא הזדקקות לתיווך המסורת – בתנאי שאכן האמין בהיות התנ"ך דבר האל וציפה לקבל את אמיתותיו. לותר קבע ב-1520 ש"המקרא הוא המבאר שלו עצמו" (scriptura sui ipsius interpres), ובכך שלל כל סמכות חיצונית לו כנקודת משען לפרשנות. מאז ועד ימינו, הקדישו הפרוטסטנטים הרבה ממאודם, יותר מכל הזרמים האחרים, בפיתוח שיטות הרמנויטיות שונות להבנת פשט המקרא והברית החדשה. גישה זו השתלבה עם הנטייה הגוברת לתרגם את התנ"ך משפות קלאסיות ובעיקר לטינית ללשונות העמים כדי שיבינוהו; הכנסייה הקתולית, שלא התנגדה לכך טרם הרפורמציה, קבעה תרגום תקני משלה בוועידת טרנטו בעקבותיה כדי למנוע גרסאות בעייתיות.
ההשלכות המעשיות שאפשרה גישת "כתבי הקודש לבדם" היו נרחבות. מתוך שבעת הסקרמנטים המקובלים, מצאו הרפורמטורים ביסוס מלא בכתובים רק לשניים, הטבילה לנצרות וסעודת האדון. יתר החמישה איבדו את מעמדם כסקרמנטים ובוטלו כמעט על ידי כולם – באגפי הקצה, האנגליקנים והלותרנים השמרנים הותירו על כנם רבים מהטקסים (כמו וידוי) מבלי לתארם כסקרמנטים, בעוד שהקווייקרים הקיצונים לא מכירים אף בטבילה ובסעודה ודוחים את המחוות החיצוניות כסמליות עקרה שאינה באה מן הרוח. האיסור על נישואי כמרים, לו התנגדו גם מסיבות אחרות, הוחשב כנעדר יסוד במקרא והופקע גם הוא. פולחן הקדושים ומרים הבתולה גונה באותו הקשר, והצלמים והקישוטים בכנסיות נאסרו בנימוק שכתבי הקודש שללו אותם במפורש. היסטוריונים אחדים הצביעו על הסמליות העמוקה שבמאבק הפרוטסטנטי נגד צלמים ותמונות ובעד התנ"ך בשפה המדוברת, כקרב בין התקשורת החזותית בה הועברו יסודות האמונה בדורות עברו לאמצעי התקשורת של מהפכת הדפוס שאפשרה הפצת רעיונות מופשטים היישר לכל קורא. יחד עם תרגום כתבי הקודש לשפה המדוברת נכתבו בה ולא בלטינית גם התפילות, מאותם שיקולים, למן "המיסה הגרמנית" של לותר מ-1526. עד מועצת הוותיקן השנייה ב-1962 הייתה התפילה בשפה המקומית אחד ההבדלים הברורים והבולטים לעין בין הקתולים לפרוטסטנטים.
לצד דחיית המסורת המחייבת, לעיקר "כתבי הקודש לבדם" הייתה השפעה חשובה נוספת על הפרוטסטנטיות: הסמכת כל אדם – ברמת העיקרון; ההוגים המרכזיים התייחסו בדרך כלל ובכל זאת לקהילת המאמינים ולא לפרט – לפרש הובילה מיד לריבוי עצום של כיתות ופילוגים ומנעה הקמת ממסד מרכזי מוסכם בכנסיות החדשות שקמו. כמו כן, למרות החשיבות שיוחסה לכך, לא ניתן היה לממש באמת את האידיאל. בפועל, היה ברור שכל טקסט זקוק לשכבת פרשנות כלשהי כדי להבינו ושתקדימים מסוימים היו הכרח. הרפורמטורים, למעט הרדיקלים ביותר, אימצו לדוגמה את רוב החלטות הוועידות האקומניות בראשית הנצרות, הגם שלא ייחסו להן אותו מעמד שהיה להן בעבר. הצהרות האמונה של ועידת ניקאה וממשיכותיה והכריסטולוגיה שנקבעה בהן נותרו יסודות מרכזיים במשנת הזרם החדש. יתרה מכך, הפרוטסטנטים החלו מיד ביצירת מסורת מחייבת משלהם בדמות הצהרות אמונה, למן הצהרת אוגסבורג הלותרנית ב-1530, עבור ב"הסכמת ציריך" הקלוויניסטית-צווינגליאנית ב-1549 וב"תשעים-ושלושה הסעיפים" האנגליקניים מ-1571 ועד ימינו. יריביהם הקתולים הרבו ללעוג להם על חוסר עקביותם, ולהצביע על כך שכתות קיצוניות אף חזרו לשמור את השבת במקום יום ראשון ואסרו להישבע, כפי שאכן ניתן היה להבין מקריאה בלתי-מתווכת. כפי שציין פול אביס, לא היה עוד יסוד שמתקני הכנסייה נהגו בו בסתירה עצמית רבה יותר.
כפועל יוצא ובמקביל לגישתה בעניין, הרפורמציה האיצה את עריכת הקאנון של הברית הישנה והחדשה וטיהורו מספרים שהוכרו מזה זמן רב כאפוקריפיים. לותר עצמו שפט את הקאנון לפי מידת התאימות שלו למה שראה כיסודות הנצרות, כמו הישועה באמצעות חסד בלבד ורעיונותיו של פאולוס. הוא ניסה לשווא לשכנע את עמיתיו לפסול את איגרת יעקב, מגילת אסתר וכתבים נוספים בנימוק שאינם משקפים את רוח האמונה האמיתית. רוב הזרמים הפרוטסטנטיים היו זהירים הרבה יותר ואמת המידה שלהם הייתה הוודאות בכך שהחיבורים שהוכללו אכן היו מקוריים (אפילו הכנסייה הקתולית קיבלה ביקורת זו במידה מועטה וקבעה סופית קאנון סגור בטרנטו). מרבית הספרים החיצוניים הוצאו מהנוסחים הפרוטסטנטיים בנימוק שהתקבלו בטעות ורק על סמך החלטות כנסייתיות מאוחרות יחסית.
צידוק מן החסד באמונה לבדה.