כאמור, המסמך המסוני הקדום ביותר עליו ידוע הוא The Halliwell Manuscript, or Regius Poem אותו פרסם ב-1840 האספן השייקספירי ג'יימס האלווי אשר הניח כי נוצר ב-1390 והסכים איתו וודפורד (Adolphus Frederick Alexander Woodford), מחלוצי המחקר המסוני ומייסד לשכת המחקר המסוני (Quatuor Coronati Lodge). מאוחר יותר החוקר אנדרו פרסקוט קבע כי הוא נוצר בחצי השני של המאה ה-15. ככל הנראה, יצירה מסונית זו פורסמה בעקבות הרגולציה האנטי-מסונית בתקופת המלך אדוארד השלישי, ובה מודגשת החיוניות והתועלת שבבנייה החופשית עוד מימי אתאלסטן.
המסמכים של קוק משנת 1450 היוו מקור השראה למה שאנדרסון קרא "החוקים הגוטיים", ההיסטוריה והתקנות העתיקות של אומנות הבנייה החופשית. לאחר ברכת מבוא קצרה מסמכים אלו מתארים את שבע האמנויות החופשיות אשר בראשן הגאומטריה, החשובה מכול, באלגוריה לבנייה החופשית. לאחר מכן במסמכים אלו מתוארת ההיסטוריה המסונית (הנמשלת לגאומטריה) אשר בסיומה סיפורו של המלך את'אלסטן שאסף את הבונים החופשיים האנגליים ומסר להם את החוקים. בסיום מוצגות ההוראות והתקנות המסוניים, וכן נוסח הטקסט על פיו אמור להישבע בונה חופשי.
תיעוד נוסף מ-1450 על תפארתה של הבנייה החופשית הוא צוואתו של בונה חופשי מבוורלי, ג'ון קאדאבי אשר בין פרטי רכושו אבנטים, שניים מהם מצופים בכסף אשר על אחד מהם אותיות הרומזות על יכין ובועז - עמודי הנחושת שהקים שלמה המלך בבית המקדש. בבעלותו היה גם שולחן כתיבה עם שישה ספרי אנגלית המעידים על היותו אמיד ומשכיל.
מאה חמישים השנה הבאות היו דלות בתיעוד מסמכים מסוניים. המסמך של דאולנד (Dowland manuscript) אשר מקורו אבד ומסמכים אחרים אשר יוחסו לתקופה זו, התברר שנוצרו בזמן אחר. בשנים אלו התחוללה הרפורמציה הפרוטסטנטית. ההנחה היא שכיוון שהכנסייה הייתה מקור התעסוקה העיקרי של הבונים החופשיים, בעקבות פירוקם של המנזרים באנגליה נעלמו גם הלשכות המסוניות. האמונה אומרת גם שגילדות (איגודי) הבונים הושמדו באנגליה ב-1547. במותו של הנרי השמיני, הארכיבישוף תומאס קרנמר ביקש לקדם את הרפורמציה על ידי ביטול הגילדות וההתאגדויות. ב-1548 הועבר חוק אשר ביטל את המונופולים של הגילדות, ולאחר שנה החוק בוטל כיוון שמונופולים אלו שימשו גם את הממשלה. הממשל המשיך להעסיק רבות את הבונים החופשיים, ובלונדון ארגון הבנייה החופשית הפך לתאגיד. אף על פי שהבנייה החופשית לא התקבלה בצ'רטר באופן רשמי עד 1666, הממשל השתמש בתאגיד זה במהלך המאה ה-16 על מנת להעסיק בונים חופשיים לבניית פרויקטים. במקביל, בונים חופשיים הועסקו יותר ויותר על ידי גופים פרטיים.
מקור מהמאה ה-16 אומר כי עד 1535 היו שתי לשכות סקוטיות בצרפת, אחת בפריז והשנייה בליון.
בשנת 1583 פרסם ויליאם שאו (William Schaw) הנחשב אביה של הבנייה החופשית של סקוטלנד - שר העבודה בחצרו של ג'יימס השישי, מלך סקוטלנד (אשר מאוחר יותר הפך למלך אנגליה ג'יימס הראשון) תקנות אשר קיבלו את שמו Schwa Statutes. במסמך זה הוא הגדיר את תפקידי הבנאים, כולל איסורים ועונשים, עסק בשלוש הדרגות של הבונים, ולראשונה הזכיר את המושג "Cowan" שפירושו בונים אשר לא הלכו בתלם ולא עברו את שלושת השלבים משוליה ועד לאומן (רב-בונה, Master). שאו העביר הוראה למנוע מהם אפשרות תעסוקה עד אשר יחזרו למסלול המקובל. ב-1598, בכנס של נשיאי הלשכות הוא אמר כי על הבונים לנהל יחסי רעות הדדיים המושתתים על כנות, אדיבות ורוחב לב, כמי שנשבעו לשבועת הבנייה החופשית. ושנה מאוחר יותר, ב-1599 פרסם תיקון בו מופיעה לראשונה העובדה כי בעולמם של הבנאים קיים גם ערך איזוטרי, מסתורי. הוזכרה במסמך זה גם לשכת הבונים הראשונה של סקוטלנד (Lodge Kilwinning). עד סוף המאה ה-16 שאו החזיק בשתי משרות מפתח: ה- Warden General וה-Principal Master of Work to the Crown והלשכות המסוניות היו תחת פיקוחו.
הופעתה של בנייה ספקולטיבית.
החוקים של שאו היו בעלי השפעה רבה על התפתחותה של הבנייה החופשית בעיקר בסקוטלנד. ראיה לכך היא שבאנגליה לא נמצאה עדות מוחשית להימצאותם של בונים מעשיים (חברי הבנייה העוסקים במקצוע הבנייה) במבנה לשכתי כפי שנמצא בסקוטלנד. ההנחיה של שאו מ-1599 יצרה אפקט מתמשך כיוון שבעקבותיה היה על הלשכות להעסיק נוטריון מכובד כמזכיר שתפקידו לתעד את הפרוטוקולים החשובים. לשכות סקוטיות ערכו תיעוד של פעילות תוך ארגונית, לעומת לשכות באנגליה, בהן לא נמצא תיעוד פעילות מסונית.
העדות הראשונה המתועדת על קבלת חברים (אחים) חדשים לארגון הבונים הייתה מה-3 ביולי 1634, בנוכחות סיר אנטוני אלכסנדר, אחיו הבכור לורד אלכסנדר וסר אלכסנדר סטרצ'ן מטורטון. סר אנתוני היה הבונה הראשי של המלך, מי שאחראי על בניית הלשכות בסקוטלנד. הסיבה לצירופם של אחיו וחבריהם לארגון הבנייה חופשית אינם ידועה.
המנגנונים והשלבים שהובילו למעבר מלשכות מעשיות (המורכבות מבנאים מקצועיים) ללשכות ספקולטיביות, סמליות (שחבריהן אינם בהכרח בנאים) אינם חד משמעיים. הנחה אחת אומרת כי האחריות על עיצוב הבנייה עברה מרב בונה לארכיטקט במהלך המאה ה-16, וכך, ככל הנראה, ארכיטקטים החלו להצטרף ללשכות בונים איתם עבדו. על פי סברה נוספת בדומה לגופים מקצועיים אחרים, לשכות החלו לגייס ממון על ידי גביית תשלום מבני המעמד הגבוה עבור כניסה לארגון. דעה אחרת טוענת שלשכות מסוניות גייסו במכוון בעלי כוח וממון מתחומי עיסוק שונים במטרה לשפר את שכרם ותנאי העבודה שלהם.
"תאוריית המעבר" אשר הייתה מקובלת על ההיסטוריון הבכיר של הלשכה הגדולה של אנגליה, ג'והן האמיל, טוענת כי על פי עדויות מסקוטלנד לשכות מעשיות אשר היו קיימות בסקוטלנד, מאוחר יותר החלו לקבל לקרבן אחים שאינם מעשיים שכונו "מקובלים" (Accepted) וכך הלשכות המעשיות הפכו לספקולטיביות. לתאוריה זו היו מתנגדים מפאת העובדה שהעדויות לכך דלות. על פי תאוריה אחרת עליה מדבר חוקר ההיסטוריה הסקוטית של המאה ה-17 דייוויד סטיבנסון, לא התגלה כל קשר בין הבונים המעשיים של סקוטלנד שפעלו במאה ה-14–15 לבין הספקולטיביים אשר פעלו במאות הבאות. לדבריו, הלשכות המעשיות דעכו בסוף המאה ה-15.
בעוד שרישומי הלשכות מדווחות על התפתחות הדרגתית של לשכות מעשיות ומעורבות בסקוטלנד, נראה כי הלשכה אשר יזם אספן העתיקות (אנטיקוַוריאט), הפוליטיקאי והאלכימאי אליאס אשמול בוורינגטון ב-16 באוקטובר 1646 הייתה מורכבת בעיקר מבונים מקובלים או ספקולטיביים (שאינם מעשיים). בעבודתו של רוברט פלוט מ-1686 ישנה פסקה המדברת על קבלת אנשים לבנייה החופשית, אשר קורות חייהם מומצאים ומגוחכים. הלשכות הסקוטיות אשר היו קיימות לפני שנת 1717 נהגו לתת לפטרונים שלהם ולכאלה שסייעו להם תארים כמו Grand Master. החל משנת 1717 תואר זה ניתן רק לנשיאים הגדולים של הלשכות הגדולות. בשנים אלו נראה כי בדרום אנגליה רוב הלשכות היו לשכות ספקולטיביות (בנייה סמלית), ולשכות מעשיות ומעורבות היו בעיקר בצפון אנגליה ובסקוטלנד.
ב-1716 ארבע לשכות ומספר "אחים וותיקים" נפגשו בקובנט גרדן והחליטו להיפגש שנית שנה מאוחר יותר על מנת להקים יחדיו את "הלשכה הגדולה". ארבע הלשכות היו Goose and Gridiron, ה-Crown, ה-Apple Tree וה-Rummer and Grapes.
ראשית תקופת הלשכה הגדולה.
הלשכה הגדולה הראשונה של אנגליה.
לשכות של בונים התקיימו ופעלו הרבה לפני שנת 1717. הראשונות היו הלשכות באנגליה. מקור הנוהג לצרף בונים ספקולטיביים ללשכות הבנייה החופשית הוא מאנגליה, בה כל לשכות הבנייה החופשיות היו לשכות ספקולטיביות (כלומר, לשכות שחבריהם לא היו בונים מעשיים והקשר לבנייה בפועל בהן היה סמלי בלבד).
האירוע ההיסטורי הראשון עליו ידוע בנוגע ללשכה הגדולה התרחש ב-24 ביוני (יום הולדתו של סנט ג'ון) 1717. ביום זה נערך מפגש אשר משתתפיו היו ארבע הלשכות של לונדון בחצר סנט פול בלונדון של לשכת Goose and Gridiron. ההחלטות שנתקבלו היו: לחזור ולהיפגש שוב אחת לרבעון: בספטמבר, ב-27 בדצמבר, וב-25 במרץ למטרת דיונים עסקיים על ענייני הבנייה החופשית, כמו כן, תאריך המפגש הראשון - 24 ביוני, צוין כמועד לעריכת מפגש חגיגי מפואר עם משתה גדול אחת לשנה, ובנוסף מפגש חד שנתי אשר מיועד לבחירות הנשיא הגדול של הלשכה הגדולה. במפגש זה הם בחרו לתפקיד הנשיא הגדול של הלשכה את הג'נטלמן (כמי שלא היה בונה מעשי וגם לא שייך לבית אצולה) הסקוטי אנטוני סייר, אשר מלבד עברו כרב הבונה של לשכת Apple Tree, אין עליו פרטים נוספים.
כך נוסדה הלשכה הגדולה הראשונה של אנגליה - Grand Lodge of London and Westminster. בשלב ההתחלתי לא ניתנה לה חשיבות רבה, ומייסדיה לא ידעו לאמוד את גודל חשיבותה ותפקידה המרכזי בהתפתחות הבנייה החופשית במאות השנים הבאות. המטרה הראשונית הייתה לאחד את הלשכות של לונדון, ולאפשר להן לשתף פעולה בצורה סדירה יותר מבעבר, ולא ייחסו לה חשיבות היסטורית מיוחדת. לכן לא דאגו לתעד ולפרסם מסמכים בנושא או לכתוב עליה בדרכים המקובלות באותה תקופה. המקור היחיד ממנו ניתן ללמוד על פעילות הלשכה בשנים הראשונות הוא עדותו של אנדרסון בספרו "חוקות" במהדורה השנייה. בספר זה גם נרשם כי אף על פי שהוחלט לערוך מפגשים מאורגנים של כלל הלשכות כל רבעון במהלך השנה למטרות הארגון, בסופו של דבר הם ערכו מפגש חגיגי רק אחת לשנה במהלך ארבע השנים הראשונות, אשר מטרתו העיקרית הייתה לחגוג ולבלות. במפגש זה בנוסף התקיימו בחירות לתפקיד הנשיא הגדול והמפקחים הגדולים. גישה זו - של חוסר עניין ותשומת לב מועטה מצד הבונים החופשיים וכלל הציבור לנושא הלשכה הגדולה השתנתה במהירות.