וילסון התמקד בארבע רפורמות משמעותיות- שינויים בחוקי הבחירות, חוקים נגד שחיתות, חוקים למען הפועלים, והקמת ועדה למען השירות לציבור. חוק שהעביר הרחיב את הבחירות המקדימות לכל התפקידים במדינה, כולל נציגי מפלגה וצירים, ובכך פגע במנהיגי המפלגה. החוק עבר ברוב דחוק, ואחריו גם חוקים נגד שחיתות וחוקים למען הפועלים.
הבחירות של 1912.
המועמדות הדמוקרטית.
תקופתו של וילסון כמושל והתמיכה מהעיתונות עזרה לו להתחיל את מסע הבחירות שלו ב-1912. במרץ 1911, החל בניסיונו להשיג את תמיכת המפלגה. באטלנטה, אשתו אלן ידעה שויליאם ג'נינגס ברייאן, מנהיג המפלגה, מבקר בפרינסטון ולכן הזמינה אותו לסעוד איתם. וילסון, שהתנגד לברייאן ב-1896, התפייס איתו.
וילסון החל במסע הבחירות שלו בדרום, כשנאם בנורפוק, וירג'יניה. למרות ההתלהבות, נאומו הרפורמיסטי נחשב לקיצוני מדי אצל השמרנים. וילסון היה הדרומי הראשון מאז 1848 שיכול היה להיכנס לבית הלבן, והדמוקרטים הדרומיים תמכו בו. הוא השיג עוד תמיכה גם מפרוגרסיבים צעירים, אינטלקטואלים, עורכי עיתונים ועורכי דין. הוא הצליח לדלג מעל המחלוקות המקומיות. בטנסי, המפלגה הייתה מפולגת בנוגע לחוק היובש. וילסון היה פרוגרסיבי ומתנגד למשקאות חריפים, אולם לא תמך בחוק, והצליח למשוך את שני הצדדים. הם התאחדו מאחוריו והמדינה תמכה בו לנשיאות, אולם המחלוקות גרמו לאובדן תפקיד המושל במדינה.
לאחר נורפוק, המשיך וילסון מערבה, אל קנזס, קולורדו, קליפורניה, אורגון וגם לוושינגטון. הוא תמך ברפורמות בבחירות שיחזקו את האוכלוסייה, כמו הנהגת משאל עם, מתן אפשרות לאוכלוסייה להגיש חוקים בעזרת עצומות, והנהגת בחירות חוזרות (מלבד לשופטים). בקליפורניה, כשנשאל בנוגע לזכותן של נשים להצביע, אף על פי שהתנגד לכך אמר שזה עניינן של המדינות.
ביולי 1911, הביא וילסון את ויליאם גיבס מקאדו ואת אדוארד האוס לנהל את מסע הבחירות שלו. הוועידה הדמוקרטית בבולטימור הייתה אחת מהבולטות בתולדות ארצות הברית. יושב הראש היה ויליאם מקומבס, שעזר לוילסון להפוך למושל. הרפובליקנים בחרו בטאפט כשבוע קודם לכן, ואילו רוזוולט החליט להקים מפלגה עצמאית. וילסון לא רצה להתערב בוועידה ולכן הלך לשחק גולף. עוזרו, טומולטי, כמעט קרס מהמתח.
הוועידה הייתה מפולגת במשך ארבעים סיבובים. אף מועמד לא הצליח להגיע לרוב של שני שלישים מהקולות. צ'אמפ קלארק היה המועמד המוביל, פרוגרסיבי שהיה חזק במדינות הגבול. הוא זכה לתמיכתו של ויליאם רנדולף הרסט, מנהיג האגף השמאלי במפלגה. ויליאם ג'נינגס ברייאן, שהיה המועמד ב-1896, 1900 ו-1908, התנגד לכל מועמד שאנשי וול סטריט יתמכו בו. בסיבוב העשירי, כל המשלחת מניו יורק תמכה בקלארק. ברייאן הכריז בסיבוב ה-14 שלא יתמוך בקלארק, ועוצמתו של וילסון החלה לעלות. בסיבוב השלושים הוא כבר עקף את קלארק. ברייאן תמך בוילסון, שנבחר להיות המועמד בסיבוב ה-46.
הבחירות הכלליות.
וילסון ביקש מהמזכיר הכלכלי של המפלגה, הנרי מורגנטאו (האב), לא לקבל תרומות מתאגידים ולקבל תרומות קטנות מהציבור. בנוסף, הבטיח וילסון את תמיכת הדמוקרטים בניו ג'רזי ובניו יורק כשהוביל לתבוסת המועמדים שנתמכו בידי מנהיגי המפלגה. דבר זה מנע טענות שנשלט בידי מנהיגי המפלגה.
וילסון נאם בצורה מאולתרת, והתייחס אל רוזוולט בהומור, כשהוא מתאר את המפלגה הפרוגרסיבית כ"רפובליקנית צבעונית". הוא התנגד לבצע נאומים בכל רחבי המדינה, אולם כשרוזוולט עשה זאת, הוא נאלץ לעשות זאת גם כן.
נאום פרוגרסיבי במיניאפוליס טען שהרכוש פחות חשוב מהאנושיות ומדמם של האמריקנים. וילסון ביקש את תמיכתו של לואי ברנדייס בתוכניתו הכלכלית, והציע שהמונופולים ישלטו בידי הממשלה. הוא דרש חיסול המונופולים. בנוסף דרש רפורמות בבנקאות ומכסים נמוכים יותר כדי לחזק את השוק החופשי. באינדיאנפוליס, טען שהנשיא הבא יאלץ לחלק מחדש את כוחות החירות, ולהביא חופש חדש לאמריקה. תוכנית "החופש החדש" של וילסון הדגישה ממשל פדרלי מוגבל ומכסים נמוכים, אולם עם אכיפה נוקשה של חוקים נגד מונופולים ויצירת הפדרל ריזרב.
כשרוזוולט נפצע בידי מתנקש, וילסון הגביל את נאומיו וביקר רק את הרפובליקנים הרגילים. היה ברור שהפילוג יעזור לו בחבר האלקטורים. הוא הצליח להשיג תמיכה בקרב השחורים מהצפון כשהבטיח שידאג להם. בדרום, רוב השחורים לא יכלו להצביע. וילסון השיג 41.8% מהקולות בבחירות, ו-435 אלקטורים מ-40 מדינות. לא ברור אם רוזוולט לקח יותר קולות מטאפט, כרפובליקני לשעבר, או מוילסון, כפרוגרסיבי.
נשיאותו (1921-1913).
אישים.
ממשל וקבינט.
מזכירו של וילסון היה ג'וזף טומולטי במשך כל כהונתו. הוא תיווך בין וילסון לבין העיתונות, ומזגו האירי והתוסס השלים את המזג הסקוטי הקודר של הנשיא. אשתו של וילסון, אלן, מתה ב-6 באוגוסט 1914, והוא התחתן עם אדית בולינג גאלט ב-1915. היא שלטה בלוח הזמנים של הנשיא. היועץ הראשי למדיניות החוץ היה אדוארד האוס, עד שוילסון הסתכסך איתו ב-1919, מפני שהרגיש שהטעה אותו בוועידת השלום. סגנו, המושל לשעבר תומאס מרשל מאינדיאנה, לא התבלט בממשל. בנוסף, מזכיר המדינה היה ויליאם ג'נינגס ברייאן, מנהיג המפלגה, שהתפטר מתפקידו ב-1915 בגלל אי הסכמה למדיניותו של וילסון כנגד גרמניה, ומזכיר האוצר היה חתנו של וילסון, ויליאם גיבס מקאדו.
בית המשפט העליון.
וילסון מינה שלושה שופטים לבית המשפט העליון:
בנוסף מינה וילסון עשרים שופטים בבית המשפט לערעורים, ו-52 שופטים בבתי המשפט המחוזיים.
מדיניות פנים.
ביישום מדיניותו הכלכלית, היה על וילסון לפייס בין הגישות המנוגדות של האגף הדרומי והחקלאי של המפלגה, אותו הוביל ברייאן, ובין האגף הצפוני והפרו-עסקי, שהוביל בידי מנהיגי המפלגה ובעיקר הטמאני הול. עוד ב-1907 טען שפוליטיקה מוצלחת היא הובלה לשיתוף פעולה ממשלתי כדי להשיג מטרות משותפות. הנושא הראשון במדיניות "החופש החדש" שלו היה הורדת המכסים. עם רוב דמוקרטי גדול בקונגרס וכלכלה בריאה, הוא ניצל את ההזדמנות להוריד מכסים. בנוסף פעל במהירות כדי להעביר חקיקה נגד מונופולים ולהעביר רפורמה בבנקאות ובנושא המטבע.
וילסון הנהיג מסיבות עיתונאים פעמיים בשבוע מהבית הלבן, בפעם הראשונה ב-15 במרץ 1913. הכתבים הורשו לשאול אותו שאלות. ב-1913, הפך לנשיא הראשון שנאם את נאום מצב האומה מאז 1801, כשתומאס ג'פרסון הפסיק את המסורת.
מכסי המגן.
כדי להוביל את הורדת המכסים, השיג וילסון את תמיכתו של אוסקר אנדרווד, חבר בית הנבחרים ויו"ר ועדת הכלכלה. רוב בית הנבחרים תמך במאי בחוק שהוריד את המכסים, ובספטמבר החוק עבר בסנאט. וילסון חתם עליו כעבור שלושה שבועות. למרות זאת, מלחמת העולם הראשונה מנעה השפעה מהותית של הורדת המכסים. וילסון טען בפני הקונגרס שהתאגידים תומכים במכסים גבוהים, והוא ארגן טקס חתימה מהודר על החוק. ההכנסה שאבדה בעקבות הורדת המכסים הושגה בידי מס ההכנסה החדש, שהונהג לאחר העברת התיקון ה-16 לחוקת ארצות הברית.
הפדרל ריזרב.
וילסון לא חיכה להורדת המכסים כדי להמשיך ברפורמה הבאה שלו- הבנקאות, בה החל ביוני 1913. לאחר שהתייעץ עם ברנדייס, הכריז וילסון שמערכת הבנקאות צריכה להיות ציבורית וממשלתית. הבנקים, לטענתו, צריכים להיות כלים לעסקים, ולא שליטיהם. הוא ניסה לפייס בין הרפובליקנים השמרנים, בהנהגת הסנאטור נלסון אולדריץ', ובין האגף השמאלי של הדמוקרטים, בהובלת ויליאם ג'נינגס ברייאן, שתיעב בנקים פרטיים ואת וול סטריט. ברייאן דרש בנק מרכזי בבעלות ממשלתית שידפיס כסף מנייר כאוות נפשו של הקונגרס. לבסוף, הפשרה הרשתה לבנקים פרטיים לשלוט ב-12 הבנקים האזוריים, אולם יצרה מערכת מרכזית בהנהגת הנשיא והסנאט. וילסון שכנע את תומכי ברייאן שכיוון שאיגרות החוב של הבנק היו בבעלות הממשלה, המטבע הפך לגמיש יותר. שנים עשר בנקים מחוזיים החלישו את השפעת הבנקים מניו יורק, דרישה מרכזית של ברייאן ותומכיו בדרום ובמערב.
וילסון מינה את פאול ורבורג ובנקאים בולטים אחרים להנהיג את המערכת. האגף הניו יורקרי שלט בבנק כ"ראשון בין שווים". המערכת החלה לפעול ב-1915, ומימנה את מדינות ההסכמה ואת ארצות הברית במלחמת העולם הראשונה.
בסוף 1913, העיתונות טענה שוילסון הוא האדם החזק ביותר בממשלו, והוא האחראי לכל הרפורמות שעברו.
פעילות נגד מונופולים וחקיקה.
וילסון דחף לחקיקה שהסתיימה בחקיקת חוק ועדת הסחר הפדרלית בספטמבר 1914. היה זה צעד בניגוד לקודמיו בתפקיד, שסברו שיש לנצח את המונופולים בבית המשפט. ועדת הסחר הפדרלית הפעילה רגולציה שעודדה תחרות והקטינה את הסחר הלא הוגן. בנוסף לכך, חוקק וילסון חוק נגד מונופולים, שאסר על אפליית במחירים, על הסכמים שאסרו על הקמעונאים לרכוש מוצרים מספקים אחרים, והסכמים שמטרתם לשלוט בארגונים אחרים. כוחה של חקיקה זאת היה גדול יותר מחוקים קודמים כיוון שהיא הדגישה את אחריותם של נציגי התאגידים והבהירה את החוקים. החוק נחשב למגנה קרטה של חוקי העבודה. ב-1916, תחת איום מצד איגודי הרכבת בשביתה, אישר וילסון חוק שהעלה שכר והוריד את שעות העבודה של הפועלים כדי למנוע אותה.
כשהנשיא ניגש לבחירה מחדש, הוא העביר סדרה של תוכניות כדי לסייע לחקלאים. ב-1914 הוא העביר חוק שיצר מערכת למכירת תוצרת חקלאית ולשיפור המיכון החקלאי. ב-1916 העביר חוק שהעניק הלוואות ארוכות טווח בריבית נמוכה לחקלאים.
העסקת ילדים נאסרה בחוק ב-1916, אולם בית המשפט טען שהחוק אינו חוקתי ב-1918. רק בשנות השלושים נחקקו חוקים משמעותיים נגד העסקת ילדים.
יחסי עבודה.