החל מאמצע שנות השבעים, התמקדו ארגוני הטרור הפלסטינים בהוצאת פיגועים מהשטח עליו השתלטו בדרום לבנון מדרום לליטני, בחסות הצבא הסורי שנכנס למדינה במלחמת האזרחים, שכונה על ידי ישראל ה"פתחלנד". הגדול שבהם היה אסון מעלות (1974) בו נרצחו 22 ילדים ו-3 מבוגרים שנלקחו בני ערובה בבית-ספר במהלך מבצע חילוץ כושל של סיירת מטכ"ל. בעקבות אסון מעלות הוקמה הימ"מ (יחידה משטרתית מיוחדת) - יחידת עילית ללוחמה בטרור שכל ייעודה הוא מבצעי שחרור בני ערובה ומשימות מיוחדות כנגד מחבלים.
בעקבות פיגוע כביש החוף ("אוטובוס הדמים") ב-1978 בו חטפו מחבלים שהגיעו מלבנון שני אוטובוסים ורצחו 35 אנשים, פתחה ישראל במבצע ליטני, בו נכנס צה"ל ללבנון עד לנהר הליטני במטרה לפגוע בבסיסי הארגונים, אך בלחץ בינלאומי לא נכנס לעיר צור שם התבצרו מרבית המחבלים.
באותן שנים הוקמו גופים ייעודיים נוספים למלחמה בטרור. תורת הלחימה הצה"לית הותאמה גם היא ללוחמה בטרור (לוט"ר) ועקב נטייתם של המחבלים להסתתר בריכוזי אוכלוסייה ערבית, גם ללוחמה בשטח בנוי (לש"ב). מנגד, רמת האבטחה האזרחית הוגברה באופן ניכר ולמערכת הביטחון של ישראל יצא מוניטין בינלאומי כמומחים ללוחמה בטרור.
פעולות טרור פלסטיני המשיכו להתבצע ברחבי העולם גם בשנות ה-80 (בעיקר על ידי המועצה המהפכנית, ארגון הטרור הבינלאומי של אבו נידאל).
שנות ה-80.
מלחמת לבנון.
בעקבות הטרור והירי הארטילרי המתגבר של הפלסטינים על יישובי הצפון, ולאחר ניסיון ההתנקשות בשגריר ישראל בלונדון שלמה ארגוב, יצאה ישראל למבצע שלום הגליל (מלחמת לבנון) בשנת 1982 אשר במהלכו גירש צה"ל (בסיוע הפלנגות הנוצריות) את כוחות אש"ף מביירות ודרום לבנון. מתוך רצון להימנע מכיבוש ביירות, צה"ל הגיע להסכם עם אש"ף על פינוי אנשיהם לתוניס. חלק מההנהגה הפלסטינית ברחה צפונה (לאזור טריפולי) וגורשה משם בסוף על ידי סוריה. צה"ל החזיק ברצועת ביטחון לאורך הגבול, וכתוצאה מפעילותו התקפות הטרור על צפון ישראל ירדו באופן ניכר.
גם לאחר תום המלחמה נעשו ניסיונות רבים לפעולות טרור על ידי אנשי אש"ף. ביום הכיפורים ב-24 בספטמבר 1985, רצחה חוליית כוח 17 של ערפאת שלושה ישראלים על יאכטה בקפריסין. בתגובה תקפו ב-1 באוקטובר 1985 מטוסי חיל האוויר את מפקדת אש"ף בתוניסיה במרחק 2,300 ק"מ מישראל ("מבצע רגל עץ"). בעקבות המבצע רבים מפעילי אש"ף עברו למדינות אחרות כמו עיראק סוריה וסודאן, וארגונים כמו החזית העממית וארגונו של אבו נידאל הגיבו בפיגועי נקמה.
סך כל הנרצחים בפעולות טרור בעשור שבין 1978 ועד דצמבר 1987, מועד פרוץ האינתיפאדה הראשונה, 114 יהודים.
האינתיפאדה הראשונה.
בדצמבר 1987 החלה האינתיפאדה הראשונה, שהחלה לאחר שבעסקת ג'יבריל במאי 1985 שוחררו לאזור יהודה, שומרון וחבל עזה מאות רבים של אסירים, שהפיחו תקווה וארגנו גרעיני התנגדות ביישוביהם. ההתקוממות כללה יידוי אבנים על כלי רכב ישראליים, תקיפת חיילי צה"ל באבנים ונשק מאולתר, הפגנות אלימות ושריפת אוטובוסים, שביתות והתפטרות של השוטרים הפלסטינים, והפסקת תשלום מיסים ושיתוף הפעולה עם המנהל האזרחי הישראלי. בהמשך, הלך וגדל השימוש בנשק חם ובבקבוקי תבערה כלפי ישראלים בשטחים.
לאחר זמן לקחה הנהגת אש"ף מתוניס חסות על האינתיפאדה. ב-7 במרץ 1988 בוצע הפיגוע באוטובוס האמהות, שיוחס להנהגה זו. ישראל, בתגובה, חיסלה את אבו ג'יהאד. כמו כן הגבירה ישראל את שליטת צה"ל בשטחי יהודה, שומרון ועזה, ערכה עוצר וסגר על האוכלוסייה הפלסטינית, ועצרה וגירשה את מנהיגי ופעילי הארגונים (זכור מכולם גירוש 415 פעילי החמאס לגבול לבנון ב-1992).
אם עד האינתיפאדה ביצעו את עיקר הטרור ארגונים חילוניים באופיים המסונפים לאש"ף, בתחילת האינתיפאדה הוקמה תנועת החמאס ואחריה ארגון הג'יהאד האיסלאמי הפלסטיני כארגונים אסלאמיים דתיים שלא בחסות אש"ף. ב-5 שנות האינתיפאדה הראשונה, בין השנים 1987–1992, נרצחו 155 ישראלים.
שנות ה-90.
בראשית שנות ה-90 בוצעו פעולות טרור רבות שכללו בין היתר את הריגתם של שלושת חיילי צה"ל ברמות מנשה ("ליל הקלשונים"), את רצח הלנה ראפ בבת ים ואת חטיפתו ורציחתו של השוטר רס"ב ניסים טולדנו שהביאה לגירושם של 415 אנשי חמאס ללבנון.
ב־4 בפברואר 1990 נרצחו 9 ישראלים ליד אסמאעיליה שבמצרים על ידי חוליה מארגונו של אבו נידאל, במה שמכונה פיגוע האוטובוס במצרים (1990).
ב-4 באוגוסט 1990 נחטפו ונרצחו 2 נערים מירושלים על ידי שלושה מחבלים, גופותיהם נמצאו בואדי שבין בית חנינא לשכונת רמות.
באפריל 1993 ביצע החמאס את הפיגוע בצומת מחולה שהיה פיגוע התאבדות ראשון בסדרת פיגועי התאבדות שהחמאס ניסה לבצע, לרוב ללא הצלחה, בעיקר כלפי חיילים ואזרחים בתחומי יהודה שומרון וחבל עזה, אך גם באוטובוס בירושלים.
לאחר הסכמי אוסלו.
ב-13 בספטמבר 1993 נחתם במפתיע ולאחר משא ומתן סודי בין ראש הממשלה יצחק רבין ויו"ר אש"ף יאסר ערפאת הסכם אוסלו. הסכם עקרונות בו הכיר אש"ף בישראל, וניתן להנהגה הפלסטינית להיכנס לשטחים ולשלוט בהם באמצעות הרשות הפלסטינית. כמו כן, ניתנה בו חנינה כללית לכל המעורבים בטרור עד ליום חתימת ההסכם שלא נעצרו, והובטח שחרורם מהכלא של רוב המחבלים הכלואים. במסגרת ההסכם, התחייב הפת"ח, התנועה העיקרית באש"ף, להפסיק את ביצוע הפיגועים.
חתימת הסכמי אוסלו עוררה סערה ציבורית עזה בקרב הציבור היהודי והערבי. בחודשים שלאחר חתימת ההסכמים אירעו פיגועים רבים ביהודה ושומרון, רצועת עזה ובתחומי הקו הירוק.
ב-6 באפריל 1994, בעקבות טבח מערת המכפלה, ביצע החמאס את פיגוע מכונית התופת בעפולה, פיגוע התאבדות רב נפגעים ראשון שפתח סדרה של פיגועי התאבדות שכלל פיגועים בחדרה ובתל אביב. בינואר 1995 אירע בצומת בית ליד פיגוע כפול, בו נהרגו 22 בני אדם, רובם חיילים מחטיבת הצנחנים. במהלך השנתיים שבין ספטמבר 1993 לספטמבר 1995 (אוסלו ב') נרצחו בפיגועי טרור 164 איש ומאות נוספים נפצעו.
הסברים רבים נתנו לסדרת פיגועי ההתאבדות של החמאס. היו שכתבו שהפיגועים של החמאס, נועדו לצמצם את פער האבדות בין ישראל והפלסטינים, ולקרוא תיגר על הלגיטימיות של הרשות הפלסטינית לבחור בדרך המשא ומתן עם ישראל. היו שהזכירו את העובדה שפיגוע מכונית התופת בעפולה, חל ביום הארבעים לטבח מערת המכפלה, הוא סיום תקופת האבל על פי דת האסלאם, ושהחמאס הכריז שסדרת הפיגועים בוצע כנקמה על טבח מערת המכפלה. לטענת המזרחן מתי שטיינברג ניתן להצביע על הטבח בחברון, כגורם ישיר למעבר החמאס למיקוד הפגיעה ביעדים אזרחיים בתוך הקו הירוק, החל מפיגוע זה. גורם נוסף שהועלה הוא חזרתם לשטחים של מאות אנשי החמאס שגורשו ב-1992 ללבנון, ובשנת שהותם שם למדו את שיטת פיגועי ההתאבדות מאנשי החזבאללה.
בימין הישראלי טענו שזוהי תוצאה ישירה של הסכמי אוסלו, במסגרתם יצא צה"ל מרצועת עזה בתחילת 1994.
באוקטובר 1995, חוסל פתחי שקאקי, מנהיג הג'יהאד האיסלאמי, ככל הנראה על ידי המוסד הישראלי, דבר שהוציא את הארגון ממעגל הטרור לזמן ממושך. ב-5 בינואר 1996 חוסל, באמצעות טלפון סלולרי ממולכד, "המהנדס" יחיא עיאש, איש החמאס האחראי למותם של עשרות ישראלים. התנועות האיסלאמיות הקיצוניות בשטחים כגון החמאס, הג'יהאד האיסלאמי וכן החזבאללה בלבנון הודיעו כי בכוונתם לנקום את מותו של עיאש, בפיגועים גדולים.
ב-25 בפברואר 1996 החל גל פיגועי התאבדות שבו נהרגו עשרות אנשים, ונפצעו מאות. באותו היום נהרגו 27 אנשים בשני פיגועי התאבדות בירושלים ובאשקלון. כשבוע לאחר מכן, ב־3 במרץ, התפוצץ מחבל נוסף בירושלים והרג 18 אנשים. למחרת ב-4 במרץ פוצץ עצמו מחבל מתאבד מול דיזנגוף סנטר בערב חג הפורים, והרג 13 אנשים, חלקם הגדול ילדים ובני נוער. לאחר הפיגוע בפורים, ולאור הבחירות המתקרבות נעשו מאמצים רבים למנוע פיגועים והופעל לחץ כבד על הרשות הפלסטינית ובעקבותיו באה פעילות של הרשות נגד החמאס והג'יהאד האסלאמי. פיגועי ההתאבדות נפסקו, אולם פיגועי הירי נמשכו בתחומי הקו הירוק ומחוצה לה.
ב-24 בספטמבר 1996 החלו מהומות ביהודה ושומרון לאחר קריאת ערפאת להגיב באלימות על פתיחת מנהרת הכותל בירושלים לתיירים. בשלושה ימי לחימה בערי הגדה (מאורעות מנהרת הכותל) נהרגו 16 חיילי צה"ל. מ-1997 הייתה ירידה גדולה בפעילות הטרור (למעט פיגוע כפול בשוק מחנה יהודה בירושלים), ובמשך השנה שקדמה לאינתיפאדה השנייה לא נהרג איש בישראל בפעולת טרור (אם כי היו מספר פעולות נגד ישראלים בתחומי יש"ע).
העשור הראשון של המאה ה-21.
האינתיפאדה השנייה ועליית החמאס.
עם פרוץ המהומות בסוף ספטמבר 2000 (שקיבלו את הכינוי האינתיפאדה השנייה) שבו כל הארגונים (כולל הפת"ח ואנשי כוחות הביטחון הפלסטינים) והחלו לבצע פיגועים רצחניים בערי ישראל, לחדור ליישובי ספר והתנחלויות ולפעול נגד חיילי צה"ל בשטחים, הפעם עם כלי נשק וחומרי נפץ קטלניים הרבה יותר.
בתחילה בוצע ירי אל שכונת גילה שבירושלים וירי על כלי רכב בכבישי יהודה ושומרון, ועד מהרה עברו כל הארגונים לביצוע פיגועי התאבדות באוטובוסים ובמרכזי הערים, והפיגועים בחמש שנות האינתיפאדה הגיעו לשיאים שמגמדים את חמישים שנות הטרור שקדמו להם.
גם ערים פלסטיניות שעד כה היו מתונות (כמו בית לחם) הפכו לבסיסי טרור שנשלטו על ידי הארגונים, והרשות הפלסטינית לא רק שלא מנעה, אלא אף סייעה לטרור. דפוס שהשתנה הוא השימוש במחבלות מתאבדות ובילדים מתאבדים - בעבר נחשב הדבר לטאבו, אולם נוכח הקשיים בהוצאה לפועל של פיגועי התאבדות בתקופת האינתיפאדה, החל שימוש גם במחבלות מתאבדות וילדים מתאבדים.
פרוץ האינתיפאדה היה הסיבה העיקרית לנפילת ממשלתו של אהוד ברק.