ההיסטוריון הרומאי טקיטוס התחבט בצורה גזענית בשאלת מוצא היהודים. בספר ה"היסטוריה" החמישי שלו, הסוקר את מלחמות הרומאים והיהודים, הציע מספר השערות למוצאם של היהודים וכתב כי ייתכן והיהודים הוגלו מהאי כרתים (שבו היה הר בשם "אידָה", שעל שמו הם נקראו "יוּדֵיאים") והתיישבו "בקצווי ארץ לוב" ואף ניסה לטעון כי ייתכן והיהודים הם צאצאי מצרים שפלשו לארצות שכנות. הוא אף טען כי רבים טוענים שייתכן והיהודים הם עם ממוצא אתיופי והוסיף שאחרים טוענים כי היהודים הם צאצאי אשורים, שלא הסתפקו בשטח ארצם וכבשו חלק ממצרים והתיישבו בערים שייסדו בגבולות סוריה.
דבריו של טקיטוס התקבלו על ידי גורמים עוינים ליהודים, ואף באים לידי ביטוי כיום כחלק מהאידאולוגיה של חברי קבוצה הנקראת "בני ישראל העבריים השחורים" (המוגדרת בארצות הברית כשנויה במחלוקת מפני שהיא דוגלת בעליונות אפריקאית על יתר העמים ותומכת בגזענות), הטוענת כי היהודים הם צאצאי אדומים וכוזרים שהתגיירו ולא צאצאי בני ישראל המקראיים. לטענתם, האפריקאים הם בני ישראל ה"אמיתיים"; אשר על כן הללו נוהגים לתקוף יהודים ברחבי ארצות הברית בטענה שהם "מתחזים ליהודים האמיתיים". עם זאת, תוצאות מחקרים גנטיים רבים הראו כי הרוב המכריע של יהודי העולם הם צאצאי עם משותף ממוצא מזרח תיכוני, בעלי קשר גנטי הדוק, ואינם ממוצא טורקי כפי שהכוזרים היו.
לאחר התהוות הנצרות.
לאחר התהוות הנצרות נוצר סוג נוסף של שנאת ישראל שמקורו ביריבות דתית. הקבוצה הדתית החדשה והקטנה שהייתה בעמדה יריבה ליהדות ונדחתה על ידיה, הפגינה שנאה כלפי הדת שדחתה אותה וניסתה לעשות לה דמוניזציה כבר בכתבי הקודש שלה. בבשורה על-פי יוחנן, () היהודים מתוארים כבני השטן על שסירבו לקבל את ישו. בוויכוח המתואר שם בין ישו ליהודיים, שמסרבים לקבלו, הוא טוען כי השטן הוא אביהם, והם חפצים בתאוותו שהיא רצח ושקר. בכל ארבע הבשורות של הברית החדשה הממסד היהודי של אותה תקופה מתואר כמי שנטל חלק מסוים בהריגת ישו, אם בחריצת דינו, אם במסירתו לפונטיוס פילטוס, אם בקטרוג והסתה כנגדו, לבל יחון אותו העם, ואף בהוספה ללגלג עליו כאשר כבר נצלב. בבשורה על פי מתי אף מסופר כי פילטוס רחץ את ידיו לאות כי הוא נקי ממות ישו, והעם קיבל אחריות על הריגתו במילים "דמו עלינו ועל בנינו". שילוב דברים אלו בכתבי הקודש היה בסיס חשוב לשנאת יהודים.
בימי הביניים, כחלק ממשטר הגילדות, רוב העסקים היו סגורים בפני יהודים והרבה מהם נאלץ לעסוק בהלוואה בריבית לפרנסתם, שכן לנוצרים היה אסור להלוות בריבית. מקור הכנסה זה היה פתח לפרנסה ליהודים, אך יצר אצל הציבור הנוצרי שנאה. ההלוואה בריבית הצטיירה בעיני הציבור הנוצרי כגניבה, הן משום שנטילת הריבית אסורה מבחינה דתית (על פי הכנסייה הנוצרית, על פי ההלכה היהודית אסורה ההלוואה בריבית ליהודים בלבד) והן משום שראתה זאת כגזל, שכן כאן נהנה אדם מרווח על חשבון עמל זולתו בלא שיצטרך לטרוח. כך צויר היהודי כאוהב בצע וכטפיל המתפרנס על חשבון אחרים
הנוצרים רחשו שנאה דתית ליהודים וזאת מפני שלפי האמונה הנוצרית, היהודים דחו את ישו (שהתחיל את זרם הנצרות), משיח שנולד בתוכם, ולטענתם אף הביאו למותו, כפי שמתואר בספרי הברית החדשה. הכמרים השתמשו בדרשותיהם ובטקסיהם כדי להסית את העם הפשוט והבוּר נגד היהודים.
היריבות הדתית וההלוואה בריבית הצטרפו לאמונות הטפלות הרבות שרווחו בימי הביניים והולידו יחד את עלילות הדם, דהיינו האשמה של יהודים ברצח נוצרים על לא עוול בכפם. היהודים גרסו שהם חפים מפשע, אך ההמון הבור ושטוף האמונות הטפלות, שהורגל בשנאה, שפך זעמו על היהודים, בהאמינו שמצוות היהדות היא לרצוח ילדים נוצרים ולהשתמש בדמם לפולחנים דתיים (הכנת מצות, בעיקר).
האנטישמיות ושנאת הזרים באירופה במשך מאות שנים התבטאו בגירוש, אפליה, השפלות (חיוב באות קלון), כליאה בגטאות, נידוי חברתי ופוגרומים (פרעות), בהם היהודים היו מוכים, נשדדים ונרצחים בהמוניהם. היהודים הגיבו בפחד לפרעות, לא ידעו כיצד להתנגד ולא השיבו מלחמה. לעיתים השתדלו אצל השליט, שיסיר את רוע הגזירה או שיגונן עליהם, או חיברו תפילה כמו "אב הרחמים" שנתקנה לאחר מסע הצלב הראשון.
לשנאה היו כמה מקורות תומכים:
סיבות האנטישמיות המסורתית.
ישנם מחקרים רבים לגבי האנטישמיות המסורתית, והדעות על כך חלוקות. להלן סיבות אפשריות לאנטישמיות המסורתית:
במסורת היהודית.
על פי המקורות היהודיים, הסיבות הנזכרות לעיל אינן שורשיה האמתיים של האנטישמיות; לפי זה הסיבות אינן תלויות ברציונליזציה, כניסיון לתרץ את השנאה חסרת הפשר לאחרים ולעצמם. מקור השנאה, לפי גישה זו, הוא בגזירה משמים:
במדרש שמות רבה נכתב, במדרש שם על הר סיני (סיני – שנאה):
לפי השקפה אחת, שנאה זו גרמה לשימור העם היהודי במצבו ההומוגני ומנעה את התבוללותו; דעה זו נתמכת בהשערה ההגיונית-לכאורה שהאנטישמיות היא האחראית העיקרית למניעת ההתבוללות, שקרתה בכל העמים האחרים, במשך כל אלפי השנים בהן התקיימו היהודים כעם, וכן על העובדה שהאמנציפציה החלה את ההתבוללות בהיקף נרחב.
אור החיים שואל על הפסוק "ורדפתם את אויביכם" הנאמר בפרשת "בחוקותי", הלא מדובר על שלום ובטחה שתשרור בארץ, ואם כן למה כנוי הגויים בשם "אויבים", ומשיב:
וכן נאמר בספרי במדבר:
על כך כתב רבי מנחם זמבה: .
אנטישמיות מודרנית.
האנטישמיות המודרנית החלה במאה ה–19 והיא מכוונת בעיקרה נגד היהודים ולא נגד היהדות. השנאה לדת היהודית הפכה לשנאה כלפי העם היהודי. האנטישמיות המודרנית נעוצה בקנאה שרחשו הגויים ליהודים המצליחים: בעקבות האמנציפציה השתלבו היהודים בחברה הנוצרית והוכיחו את יכולתם להגיע להישגים כלכליים והקנאה בהם הפכה עד מהרה לרוגז ושנאה.
בשל תהליך החילון שעברה אירופה בתקופה זו, איבד מתוקפו הטיעון הדתי נגד היהודים בדבר רצח ישו. באידאולוגיה האנטישמית החדשה תפסו מונחים חדשים את מקומה של הדת היהודית: "גזע יהודי" ו"דם יהודי". אם בעבר הייתה ה"בעיה" היהודית נעוצה בעיקר בדתם, הרי שמכאן והלאה הבעיה היא ביהודים עצמם, במוצאם ובדמם. האנטישמים החדשים החלו לדבר על "גזע יהודי", שהוא נפרד מ"הגזע הלבן". האנטישמיות החדשה, אפוא, היא קיצונית בהרבה מהאנטישמיות המסורתית: בעבר, הפתרון לבעיה היהודית היה התנצרות. יהודי שהתנצר נחשב לנוצרי לכל דבר. כעת, גם יהודי שהתנצר עדיין נחשב ליהודי, כיוון שהבעיה נעוצה בדמו, והרי דם אי אפשר להחליף. הפתרון לבעיה היהודית על פי האנטישמיות המודרנית, אפוא, הוא השמדה.
אבות האנטישמיות המודרנית הם ד"ר קרל לואגר ראש עיריית וינה בשנים האחרונות של המאה ה-19, הרוזן ארתור דה גובינו, ויוסטון סטיוארט צ'מברלין. גובינו, בספרו "מסה על אי השוויון בין הגזעים האנושיים" שפורסמה בפריז בין 1853 ל-1855, העלה את הרעיון שהמפתח להיסטוריה האנושית הוא הגזע, והגזע "הלבן", שרוב האנושות משתייכת אליו, הוא העליון, בעוד שגזעים אחרים הם נחותים. צ'מברלין, אנגלי שאימץ את השפה והתרבות הגרמנית, פיתח רעיון זה וצירף אליו את שנאת היהודים ההשמדתית, שנוסחה בספריו לראשונה במובנה הגזעי. בספרו "יסודות המאה התשע עשרה" פירט צ'מברלין את התאוריה לפיה היהודים והגרמנים הם הגזעים היחידים שנותרו בטהרתם. אך בעוד הגרמני הוא תמצית מזוקקת של כל הטוב שבעולם, הרי שאת כל תחלואי העולם ניתן לייחס ליהודי.
רעיונות אלו נפלו על קרקע פורייה בגרמניה של המאה ה-19 ואומצו על ידי אישים כמו הקיסר וילהלם השני וריכרד וגנר, שהיה חותנו. לואגר הוביל קו אנטישמי במיוחד והאשים, בין היתר, את היהודים בהידרדרותה הכלכלית של וינה. הוא היה בין הראשונים שהשתמשו במצע האנטישמי כדבק מאחד להסתת ההמונים, בנוסח שיהיה מוכר מדי בהיסטוריה שמאז ועד עתה. בעזרת הכריזמה שלו וכישרונו הדמגוגי השפיע לואגר על אישים רבים, וביניהם אדולף היטלר שבספרו מיין קאמפף כתב כי לואגר היווה מודל לתוכניתו האנטי-יהודית הן באידאולוגיה שלו והן בכישרון התעמולה שלו. הוא השפיע רבות על האופן שבו קיבלו תושבי אוסטריה את חוקי הגזע של היטלר.
בהקשר זה יש להזכיר גם את הפרוטוקולים של זקני ציון. מסמך זה, שזוייף כנראה על ידי האוכרנה, המשטרה החשאית של הצאר, (על בסיס מאמר סאטירי, שהוצא מהקשרו, ושנועד לתקוף את משטרו של נפוליון השלישי בצרפת), זכה לתפוצה של ממש באירופה של סוף המאה ה-19 ובתחילת המאה ה-20. במסמך, המתעד פגישה כביכול של "זקני ציון" בבית הקברות היהודי בפראג, מתואר קשר יהודי להשתלט על העולם. על אף שזיוף המסמך בולט לעין, והקשר המתואר בו מופרך מעיקרו, הפך הספר לאבן הבסיס של האידאולוגיה האנטישמית ברחבי העולם. ברור כי מעולם לא התקיימו הפגישות המתוארות ב"פרוטקולים" ואף לא היה קיים ארגון בשם "זקני ציון" מעולם.