באפריל 1997 פרסמו היועץ המשפטי החדש, אליקים רובינשטיין ופרקליטת המדינה עדנה ארבל דו"ח על הפרשה. לדבריהם, כנגד רוב המעורבים בפרשה ובהם בנימין נתניהו ושר המשפטים צחי הנגבי, אין להגיש כתבי אישום מחוסר ראיות, אך כנגד דרעי נמצאו ראיות כי בהתנהגותו דבק רבב פלילי וכי יש להגיש כנגדו כתב אישום.
בספטמבר 2003 החליט היועץ המשפטי אליקים רובינשטיין שלא להגיש כתב אישום כנגד דרעי בפרשה זו, בשל הנסיבות שהצטברו מאז ובהן הרשעתו של דרעי ב"תיק האישי" וב"תיק הציבורי", מאסרו ופרישתו מהחיים הפוליטיים.
ההרשעות.
ב-17 במרץ 1999 הרשיע בית המשפט המחוזי בירושלים את אריה דרעי במרבית אישומי "התיק האישי" - עבירת שוחד אחת, 3 עבירות מרמה והפרת אמונים וקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות. דרעי זוכה מעבירת שוחד אחת ומרישום כוזב במסמכי תאגיד. על דרעי נגזרו 4 שנות מאסר וקנס של 250,000 ש"ח. פסק הדין במשפט השתרע על 917 עמודים.
בפסק הדין כתבו השופטים:
בפסק הדין דחו השופטים לחלוטין את גרסתו של דרעי כי מקור כל הכספים שהופקדו בחשבונו במשפחת ורדרבר, על רקע חוסר הוכחות לטענותיו כמו גם סתירות בין עדויות שונות ועל כן נותר דרעי ללא הסבר מניח את הדעת באשר למקור חלק משמעותי מהכספים שהופקדו בחשבונו ועל סמך עדותו של עד המדינה קבעו השופטים כי הכספים שהופקדו היו כספי שוחד.
דרעי זוכה מהאשמה כי היה בין מקימי מש"א (עבירת רישום כוזב במסמכי תאגיד), אך נמצא אשם בכך שאישר את התקצוב למש"א ועל כן הורשע בעשיית מעשים כתמורה לשוחד. גרסתו של עד המדינה לפיה מש"א הוקמה לשם העברת תקצוב ללב בנים התקבלה בפסק הדין, כנגד גרסת הנאשמים שטענו כי מדובר היה בגוף אמיתי ונפרד. דרעי הגיב בקלטת "אני מאשים", שבה האשים את מערכת המשפט ברדיפה עדתית.
ההחלטה התקבלה בזעם בקרב הציבור החרדי-ספרדי. הרב עובדיה יוסף האשים את השופטים במניעים זרים והצהיר על דרעי כי "הוא זכאי". התסיסה הציבורית נגד גזר הדין ניכרה היטב במערכת הבחירות לכנסת החמש עשרה ותנועת ש"ס בראשותו של דרעי גרפה הישג חסר תקדים של 17 מנדטים. עם זאת ולמרות ההישג האלקטורלי, הדיח הרב עובדיה יוסף את אריה דרעי מראשות תנועת ש"ס, כחלק מההסכמות במשא ומתן הקואליציוני עם ישראל אחת בראשות אהוד ברק ומינה במקומו ליו"ר ש"ס את אלי ישי.
דרעי ערער על הרשעתו לבית המשפט העליון. ביולי 2000 קיבל בית המשפט העליון את הערעור בחלקו, וקבע שדרעי קיבל שוחד בסך 60 אלף דולר, ולא 150 אלף דולר כפי שקבע בית המשפט המחוזי, והוא זוכה בחלק מהדברים, ועונש המאסר הופחת בשנה (לשלוש שנות מאסר).
המאסר.
בספטמבר 2000 החל דרעי בריצוי עונשו בכלא "מעשיהו". בכניסתו לכלא נערכה עצרת המונים בהשתתפות רבבות, שם אריה דרעי ביקש סליחה ומחילה מהרב שך כיוון שחפץ לפייסו על הסכסוך והקפידה של הרב בעקבות כניסתו לממשלת יצחק רבין ב־1992, בניגוד לדעתו של הרב שך. ביום בו נכנס לכלא מעשיהו לריצוי העונש, הגיעו לשיאן הפגנות המחאה ההמוניות של תומכי ש"ס, ההכרזות על חפותו של דרעי והקריאות למהפכה ספרדית בישראל. קהל תומכיו הקים בשערי הכלא ישיבה בשם "שאגת אריה".
במהלך תקופת ישיבתו בכלא קיבלה הכנסת חוק לפיו ניתן יהיה לשחרר מן הכלא אסירים שיוכיחו התנהגות טובה לאחר חצי מתקופת מאסרם, במקום שני שלישים, כנהוג עד אז. היו שטענו שהחוק נועד להביא לשחרור מוקדם של דרעי, ועל כן כונה "חוק דרעי". טענות אלו היו בין הסיבות שהביאו לביטול החוק לאחר תקופה קצרה. דרעי הכחיש כל קשר לחוק וטען שהליכי חקיקתו החלו לפני שהורשע ונועדו לצמצם את הצפיפות בבתי הכלא. הוא גם לא נהנה משחרור מוקדם בזכות החוק, אלא שוחרר לאחר כמעט שנתיים בכלא, ב-15 ביולי 2002.
לאחר שחרורו.
דרעי לא קיבל את הרשעתו בתיק זה, והמשיך במאמצים לקבל זיכוי אף לאחר ריצוי עונשו. עיקר טענתו הייתה כי הרשעתו נסמכה על עדותו של עד המדינה יעקב שמואלביץ', שהפרקליטות הסתירה מבית המשפט מסמכים הנוגעים להרשעותיו הקודמות בשווייץ (שמואלביץ' היה המנהל האדמיניסטרטיבי של ישיבת לב בנים לאחר עזיבתו של דרעי, בתקופה שבה קבע בית המשפט כי הועברו כספי שוחד מהישיבה לדרעי). בית המשפט העליון שדן בסוגיה זו במאי 2003 קבע כי גם ללא עדות שמואלביץ' עומדת ההרשעה על כנה ולכן דחה את בקשתו של דרעי לדיון נוסף בעניינו. בשנת 2010 חזר דרעי מדבריו בעבר שהתיק נגדו היה "תפור", אך העביר ביקורת על הפרקליטות.
בין המפרסמים מאמרי ביקורת נוקבים בעניין הפרשה, שטענו כי בעניינו של דרעי היה מדובר ברדיפה פוליטית, היה חברו האישי של דרעי - אמנון דנקנר, עורך העיתון "מעריב". פרופסור דניאל פרידמן מתח ביקורת על הרשעת דרעי, וטען שהרשעה לא הייתה צודקת.
לאחר שחרורו מהכלא, נוהל באופן מהיר "התיק הציבורי" בבית משפט השלום בירושלים. ב-24 בספטמבר 2003 זוכה דרעי מארבעה מתוך חמשת האישומים שהוגשו כנגדו, והורשע בעבירה אחת של הפרת אמונים, בכך שבשנת 1989 העביר 400,000 ש"ח לעמותה בשם "קול יהודה" שבראשה עמד אחיו, הרב יהודה דרעי. בגין עבירה זו נדון דרעי לשלושה חודשי מאסר על תנאי ולקנס של 10,000 ש"ח.
בשנת 2003 הקים דרעי חברת ייעוץ. בין לקוחותיו היו אפריקה ישראל, כלל תעשיות, איי די בי חברה לאחזקות ועורך הדין פנחס רובין. עסק גם בנדל"ן.
החזרה לפוליטיקה.
ב-2008 ביקש דרעי להתמודד על ראשות עיריית ירושלים. לשם כך פנה ליושב ראש ועדת הבחירות המרכזית וביקש ממנו לאשר כי משך הקלון שנקבע לו בגין המאסר הוא 6 שנים, כפי שהיה החוק בעת שריצה דרעי את מאסרו ובאופן שיאפשר לו להתמודד בבחירות. יושב ראש הוועדה דחה את בקשתו. דרעי פנה לבית המשפט המחוזי בירושלים וזה פסק שמשך הקלון הוא 7 שנים, בהתאם לחוק התקף ובכך נמנעה מדרעי האפשרות להתמודד בבחירות אלו.
דרעי השתתף בתקופה זו בתוכנית "מועצת החכמים" ששודרה בערוץ 10.
ביוני 2011 הכריז דרעי בוועידת הנשיא כי הוא מקים תנועה חדשה בשם 'תיקון': "אני בדרך חזרה לחיים הפוליטיים בבחירות הבאות. ארוץ בראש תנועה חדשה". עם זאת, ציין דרעי כי "זו לא תהיה מפלגה סקטוריאלית כמו ש"ס". לדבריו, "מה שהתאים בשנת 84' לא רלוונטי עכשיו".
יו"ר ש"ס מאז 2013.
באוקטובר 2012, לקראת הבחירות לכנסת התשע עשרה, על רקע חששות שדרעי יקים מפלגה נפרדת, הוחזר על ידי הרב עובדיה יוסף להנהגת ש"ס, לצדם של אלי ישי ואריאל אטיאס והוא מוקם במקום השני ברשימת מועמדי המפלגה לכנסת. במאי 2013 מונה על ידי הרב עובדיה יוסף ומועצת חכמי התורה של ש"ס לכהן כיו"ר תנועת ש"ס. עם היבחרו לכנסת מונה לכהן כחבר בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת.
במהלך כהונת כנסת זו נותרה ש"ס באופן חריג באופוזיציה, זאת עקב שיתוף הפעולה בין ראש הממשלה נתניהו לשר האוצר יאיר לפיד. בתגובה לפעולות הממשלה הוקמה ב-2014 "כנסת אלטרנטיבית" של סיעות האופוזיציה, בה לקחה חלק ש"ס בראשות דרעי, שאף הודיע כי יתמוך ביצחק הרצוג לראשות הממשלה.
במהלך דצמבר 2014, עם פיזור הכנסת התשע עשרה ועל רקע פטירת הרב עובדיה יוסף, התמודד דרעי עם פרישתו של היו"ר לשעבר של ש"ס, אלי ישי, שהכריז על ריצה בבחירות לכנסת העשרים בנפרד מש"ס, במפלגה חדשה שהקים בשם יחד.
ב-28 בדצמבר 2014 פורסמה במהדורת החדשות המרכזית של חדשות 2 קלטת וידאו משנת 2008 שבה נראה הרב עובדיה יוסף מביע את חששו מדרעי, מכנה אותו "רשע" ומגדיר אותו כמי שפועל באופן עצמאי ואינו כפוף למרותו. הרב אמר עוד כי הוא מעדיף להשאיר את אלי ישי על כסאו, משום ששלושים-ארבעים אחוז ממצביעי ש"ס מאמינים כי אריה דרעי גנב ולקח שוחד ועל כן לא יצביעו ש"ס אם ייבחר אריה דרעי ליו"ר התנועה. בעקבות הסערה שהתחוללה עם פרסום הקלטת, שלח דרעי ב-29 בדצמבר מכתב למועצת חכמי התורה, ובו הציע את התפטרותו מהנהגת המפלגה, אולם מועצת החכמים דחתה את התפטרותו. למחרת הודיע ליושב ראש הכנסת על התפטרותו מן הכנסת. לאחר כשבועיים חזר להנהגת ש"ס ואמר שהוא עושה זאת בעיקר כיוון שהרב שלום כהן הורה לו כך.
בבחירות לכנסת העשרים הוביל דרעי קמפיין עדתי שסיסמתו: "מזרחי מצביע למזרחי", וקמפיין השקופים. בצילום לסרטון של ש"ס עשה דרעי שימוש בבצל כדי לבכות.
בממשלת ישראל השלושים וארבע, מונה לשר הכלכלה (סמכויותיו כשר הכלכלה סויגו, כך שלא יהיה מוסמך למנות שופטים וכדומה. התפרסם כי הממשלה החליטה להעביר את הסמכויות למנות שופטים, רשמים ונציגי ציבור בבית הדין לעבודה, מהשר דרעי אל השר דוד אזולאי. זאת לאחר שנשמעה ביקורת על כך שעבריין מורשע לשעבר ימנה שופטים.) ולשר לפיתוח הנגב והגליל, יחד עם חברות בקבינט המדיני-ביטחוני.
במהלך כהונתו סירב להפעיל את סעיף 52 לחוק ההגבלים העסקיים, כאמצעי לאישור מתווה הגז. בלחץ ראש הממשלה, בנימין נתניהו, התפטר ב-1 בנובמבר 2015 מתפקידו כשר הכלכלה, כדי לאפשר לנתניהו להפעיל את הסעיף.
לאחר התפטרותו של סילבן שלום מהממשלה מונה דרעי בינואר 2016 לשר הפנים. התנועה למען איכות השלטון בישראל עתרה לבג"ץ נגד המינוי. במאי 2016 דחה בג"ץ את העתירה ברוב קולות. ב-2017 הקים שבועון חדש לש"ס, בשם הדרך.
ב־14 באוקטובר 2018 מונה כממלא מקום לשר לשירותי דת (בעבר "שר הדתות"), דוד אזולאי, עקב נבצרותו, תפקיד שהמשיך דרעי למלא גם לאחר פטירתו של אזולאי, עד למינוי יצחק וקנין לתפקיד ב־1 בינואר 2019.
כמנהיג ש"ס הביא, כחלק מההסכמים הקואליציוניים, להפחתה של מחירי התחבורה הציבורית ב-14.5%, באמצעות סובסידיה ממשלתית. כן פעל לסבסד קייטנות בפריפריה.
בבחירות לכנסת העשרים ואחת השיקה מפלגת ש"ס בראשותו קמפיין שסיסמתו "ביבי צריך אריה חזק". המפלגה קיבלה 8 מנדטים. בבחירות לכנסת העשרים ושתיים קיבלה המפלגה 9 מנדטים, וכך גם ב.