ב-1 בספטמבר 1939 הסתערו גייסותיה של גרמניה הנאצית על גבולה המערבי של פולין. כוחות ארטילריה ואוויר מוטטו את קווי ההגנה הפולנים, אשר היו בעלי ציוד מיושן. חיל הפרשים הפולני לא היווה מכשול משמעותי עבורם. תוך מספר ימים התפרסו הכוחות הגרמניים ממערב לנהר בוג, והחלו להפציץ מן האוויר את ורשה, בירת פולין. ב-7 בספטמבר הגיעו יחידות רגליות גרמניות למבואותיה של העיר. עוד לפני שכותרה סופית, נמלטה ממשלת פולין לרומניה. ורשה התקשתה לעמוד מול המצור שהושם עליה; לא היה בה מלאי מזון, ציוד ותרופות, וגם לא מקלטים לכל תושביה. למרות זאת הצליחה העיר להחזיק מעמד - כאשר כ-300,000 היהודים שבה פועלים גם כן להגנתה - במשך שלושה שבועות (זמן רב יותר מכל ערי הבירה האחרות שכבשו הנאצים במלחמת העולם השנייה), עד אשר נפלה. ב-27 בספטמבר החליט ראש העיר סטאז'ינסקי על כניעת העיר. ב-2 באוקטובר הצעיד הצבא הגרמני מצעד ניצחון ברחובות העיר.
לאחר כיבוש פולין חילקו הגרמנים את שטחי פולין אותם כבשו לשני חלקים. החלק המערבי סופח מיידית לרייך השלישי, ואזור מרכז פולין המשיך להתנהל תחת משטר כיבוש צבאי. בחלק המערבי נקטו הנאצים בצעדים מיידיים ל"גרמניזציה" של הטריטוריה החדשה. מיד לאחר הכיבוש הם רצחו כ-15,000 מבני האינטליגנציה הפולנית, שהוצאו להורג על פי רשימה שהוכנה מראש. בנוסף גורשו מבתיהם שני מיליון פולנים נוצרים, כאשר בתיהם ורכושם נתפסו על ידי הגרמנים. עיתונים, ספריות ומוזיאונים נסגרו, והוטלו הגבלות חוקיות על השימוש בשפה הפולנית. מטרת הנאצים הייתה למחוק כל זכר לתרבות הפולנית באותם אזורים, וליישב במקום הפולנים שעזבו גרמנים אתניים. גם באזור מרכז פולין נקטו הנאצים במדיניות שיטתית של גירוש ורצח. חמור מכל היה יחסם כלפי היהודים בפולין.
הקמת הגטו.
יומיים לאחר שנכבשה העיר ורשה פקדו שלטונות הכיבוש על הקמת מועצה יהודית: "יודנראט" (מועצת יהודים). הגסטאפו מינה את המהנדס אדם צ'רניאקוב ליושב ראש היודנראט, אשר כללה עוד 24 חברי מועצה ו-24 סגנים. ליודנראט נמסר כי תפקידה הוא להוציא לפועל את כל ההוראות והפקודות של שלטונות הצבא בעיר.
ב-4 בנובמבר העבירה המחלקה לעניינים יהודיים בגסטאפו הוראה לכינוס היודנראט כי יש להקים "אזור מגורים ליהודים בעיר ורשה כאמצעי זהירות נגד מגפת הטיפוס". האזור היהודי, להלן הגטו, הקיף את הרחובות: ז'לזנה, וולנושץ', מלינרסקה, דז'יקה, ניסקה, בוניפרטרסקה, כיכר קראסינסקי, זמנהוף, ז'לזנה-בראמה, ויילקה וזלוטה. הוטל על ראשי היודנראט להעביר בתוך שלושה ימים את היהודים לאותו אזור, ולא - יוצאו 24 סגניהם להורג. משלחת של נציגי היודנראט בה היו חברים בין השאר אדם צ'רניאקוב וד"ר אברהם ווייס (שהיה הדובר בשל שליטתו בגרמנית), נשלחה למושל הצבאי של ורשה, גנרל פון נוימן-נוירודה כדי להתלונן על הפקודה של הגסטפו. המושל הצבאי, שלא עודכן מראש על הפקודה של הגסטפו, הורה על הקפאת הפקודה, והקמת הגטו נדחתה בחודשים רבים.
ביום הכיפורים תש"א, 12 באוקטובר 1940, שודרה ברדיו פקודה מטעם מפקד מחוז ורשה כי יהודי העיר אינם רשאים לגור בעיר פרט למקום שיועד להם. כ-100,000 פולנים פונו מן האזור ובמקומם הגיעו כ-180,000 יהודים, שהצטרפו לכ-200,000 שכבר גרו במקום. אוכלוסיית היהודים, שמנתה 38% מאוכלוסיית העיר, הצטופפה באזור שהיווה 2% בלבד משטחהּ. רבים מן הבניינים נפגעו בהפצצות ולא היו ראויים למגורים, ועשרות אלפי בני אדם נעשו חסרי קורת גג. אלו נאלצו להשתכן בהריסות או בגינות ובשטחים פתוחים; אולם השלטונות החלו להפקיע את השטחים הריקים, והצפיפות בגטו הייתה לבלתי אפשרית.
הגטו הוקם על ידי הנאצים ב-12 באוקטובר 1940 (בצאת יום הכיפורים), ונתחם בחומה גבוהה אשר הפרידה אותו משאר חלקי העיר ורשה. לסגירת היהודים בגטו קדמו מספר גזירות, וביניהן - סימון מיוחד ליהודים, חטיפה לעבודות כפייה, איסור נסיעה בתחבורה ציבורית ועוד. הנאצים דאגו לשמור בגטו על תנאי צפיפות, רעב וסניטציה גרועה ביותר, וזאת מתוך כוונה להעלות את שיעור התמותה. כנגד מאמציהם של הנאצים, פעלו היודנראט בראשותו של אדם צ'רניאקוב וכן ארגונים יהודיים נוספים לשיפור תנאי החיים בגטו, לעזרה הדדית ולפיתוח מוסדות קהילתיים.
הגטו חולק לשני חלקים: הגטו הקטן, בו בדרך כלל התגוררו היהודים העשירים, והגטו הגדול בו התנאים היו קשים יותר. בין שני הגטאות הפריד רחוב חלודנה, שהיה בחלק "הארי". בתחילה היה מותר המעבר בין שני חלקי הגטו בשעות מסוימות עד הקמת גשר להולכי רגל אשר חיבר בין החלקים.
החיים בגטו.
בתחילה היו היהודים יכולים לנוע בחופשיות אל מחוץ לגטו, והגסטאפו הבטיח ליודנראט כי כך יימשך המצב וכי היהודים אינם צריכים להעביר את עסקיהם לגטו. ב-16 בנובמבר 1940 נחסמו כל המעברים בחומה שהלכה ונבנתה סביב הגטו. רק לבודדים, שעבודתם הייתה חיונית לשלטונות הכיבוש או שהחזיקו צו מיוחד, הותר לצאת את חומות הגטו.
בתי העסק של היהודים בחלקים האחרים של וורשה נאטמו, ולאחר זמן מה עברו לידיים אחרות. נגזלו מן היהודים 1,700 חנויות מזון ובהן סחורות, וכן 2,500 חנויות אחרות על תכולתן. לאחר שנותק הגטו מוורשה, הפך היודנראט לסמכות השלטונית הבלעדית בגטו, כאשר הוא כפוף ישירות לשלטונות הכיבוש והמחלקה היהודית בגסטאפו. היודנראט הפך למעשה כלי בידי הגרמנים להגשמת מטרותיהם, חוקיהם וגזרותיהם, ועל כן הם דאגו להגדיל את כוחו. הוקם "שירות הסדר היהודי" (גרמנית: Juedische Ordnungsdienst, מבוטא: יִידִישֶע אוֹרְדְנוּנְגְס-דִינְסְט), שכונה גם "המשטרה היהודית", שתפקידו היה אכיפת הסדר והחוק בחסות היודנראט; הגטו חולק לשש נפות, שבכל אחת מהן מפקד ולרשותו שלוש פלוגות.
בגטו פעלו גם מפעלי תעשייה צבאית לצורכי הצבא הגרמני, בהם בית החרושת שולץ וטובנס, שבשנת 1942 העסיקו יחד כ-18,000 יהודים.
החיים בגטו היו בלתי נסבלים. היהודים חיו בו בצפיפות נוראה, והפכו ברובם לחסרי כל רכוש שהוא בעל ערך. הרעב הביא ילדים ונערים צעירים (בגילאי 7–13 לערך) - אשר גופם היה קטן מספיק כדי לעבור במחילות ובסדקים - להתגנב אל ורשה ה"ארית" ולהשיג מזון דל בעד רכוש או כסף. פלוגה של שירות הסדר היהודי, שהייתה אחראית על מלחמה בספסרות, עשתה מאמץ לתפוס ילדים אלה והפילה עליהם אימה. עם הזמן עברו חלק מאנשי הפלוגה הזו לשרת כסוכנים של הגסטאפו בגטו.
הרעב והצפיפות הביאו עד מהרה מחלות רבות, בצד תשישות ומועקה נפשית קשה בחודשים הראשונים. הקצאת המזון ליהודי הגטו עמדה על 184 קלוריות ליום לאדם; כ-15% מהכמות הנדרשת לאדם עובד או לנער. גוויות החלו להצטבר ברחובות. בשנה הראשונה אירעו 43,258 מקרי מוות, מתוכם שליש בשל תת-תזונה. במשך כל אותו הזמן הוזרמו לגטו יהודים נוספים מערי האזור. עד לחודש מרץ 1941 הובאו 150,000 יהודים נוספים, כמו גם קבוצות קטנות של צוענים ושל יהודים מומרים ונוצרים ממוצא יהודי, שחוקי הגזע חלו לגביהם: בגטו פעלו תחילה שלוש ואחר כך שתי כנסיות קתוליות, עבור יותר מ-5,000 בני דתן שנאסרו בתוכו. היו בגטו גם יהודים שגורשו מגרמניה.
עם הזמן התפתחו בגטו מוסדות. ראשית כל - המוסדות הרשמיים של היודנראט, ואט-אט החלה לפעול בצידם רשת של פעילות תרבותית וציבורית ענפה בדמות כיתות לימוד, בתי יתומים, גמ"חים, בתי תמחוי וכן מסחר. תנועות פוליטיות שהיו פעילות בקרב יהודי מזרח אירופה בטרם הכיבוש הנאצי חידשו את פועלן. בגטו התפתחו חיי מותרות מסוימים; היו מעטים שהצליחו בהברחות והתעשרו. "עשירים חדשים" אלה נהגו לבלות במועדוני ערב ובמסעדות. על אף שהיוו אך מיעוט קטן, הם בלטו אל מול המצוקה האיומה והילדים המורעבים על בטנם הנפוחה.
בגטו, הוקמה מחלקת בריאות, שהפעילה מוסדות שירות רפואי לצורכי אשפוז, מרפאות אמבולטוריות, וטיפול נרחב למניעה. במסגרת זו הוקמו שישה מרכזי בריאות לשירות של כחצי מיליון יהודי הגטו. מאמצים רבים הוקדשו לתפעול שני בתי חולים, למבוגרים ולילדים, במבנים שונים שאותרו והותאמו לצורך כך. כמו כן הופעלו מרפאות מקצועיות בכל שטחי הרפואה, ועדות תברואה, קבוצות חיטוי, בתי מרחץ, בתי בידוד לנגועים במחלות מידבקות, ארגון ללוחמה בשחפת, מחלקה למאבק במגפות, תחנת עזרה ראשונה, בתי מרקחת, מעבדה כימית, מעבדה בקטריולוגית ועוד. בגטו אף פעל בית ספר מחתרתי לרפואה.
המטבחים הציבוריים בגטו ורשה.
בגטו שרר רעב כבד. כדי להילחם בו, היודנראט דאג לפתיחת מטבחים ציבוריים, שסיפקו אוכל לאנשים שלא יכלו להשיג בעצמם כמו ילדים יתומים וקשישים. הרעב של הילדים התבטא בירידה במשקל ובפיגור בגדילה, בנוסף לכך היו להם בצקות, ירידה ברגישות העור, אנמיה ופיגור בהתבגרות המינית בגיל ההתבגרות. אזי העריכו שמספר השפעות ארוכות טווח ישפיעו על היהודים אחרי המלחמה וקבעו שחייבים להילחם בהשפעות הללו למען העתיד, על ידי האכלת אלא שחווים בעיות כתוצאה מהרעב.
ב-1939 פולין הותקפה על ידי הגרמנים וורשה הופצצה ונותרה כעריסות, רחל אוירבך התבקשה על ידי עמנואל רוזנבלום להקים מטבח בלשנו 40 – בית שנותר שלם, רחל וחברותיה חיפשו ברחבי ההריסות של הבניינים בחיפוש אחר כלי בישול, צלחות, סכו"ם ומזון. מהיום השני של הקמת המטבח הם כבר הכינו כ-1000 מנות מזון ביום וככול שהזמן עבר, יותר אנשים היו צריכים עזרה כך שהמספר של הבקשות הגיע לכ-40,000 בחודש.