בתוך ארצות הברית הצעירה התפתח מאבק רעיוני ואינטרסנטי בין שתי סיעות שהלכו והתגבשו באותן שנים: הרפובליקנים והפדרליסטים. הסיעה הרפובליקנית ראתה בכל סממן של ממשל מרכזי חזק ביטוי לעריצות שלטונית - אותה עריצות בדיוק שכנגדה קמה המהפכה האמריקאית. הסיעה הפדרליסטית לעומת זאת, לא ראתה את מהות המהפכה כהתנגדות כללית לכל שלטון מרכזי באשר הוא, אלא דגלה בסילוקם של נציגי הממשל הבריטי לטובת החלפתם בממשל אמריקני מרכזי חזק ויעיל. במצב הדברים כפי שהיה מאז סיום מלחמת העצמאות, היה הממשל הפדרלי חלש מאוד, ונשען על "סעיפי הקונפדרציה" - מעין טרום חוקה חלולה ומעוקרת שלא אפשרה תפקוד יעיל וריכוזי. כאשר הצליחו הפדרליסטים להביא לכינוסה של ועידת חוקה שנועדה להחליף את סעיפי הקונפדרציה ב-1787, ברור היה כי עומד להתרחש מאבק מכריע על המשך דמותו של האיחוד. וושינגטון, שאופיו כמו גם ניסיונו כמפקד הצבא הקונטיננטלי בימי מלחמת המהפכה הביאו אותו לצדד בגישה הפדרליסטית, נעתר להתייצב בראש ועידת החוקה על מנת להאציל עליה מסמכותו ומיוקרתו. כשותף לוועידת החוקה וכנשיאה וושינגטון היה בין מנסחיה של החוקה האמריקאית, זאת אף שבאופן מעשי תרומתו העיקרית לוועידה הייתה עצם נוכחותו.
וושינגטון נבחר לנשיא הוועידה פה אחד. הוא ביקר את סעיפי הקונפדרציה, בטענה שאינם מתאימים לאומה החדשה. האוכלוסייה הכללית לא תמכה בממשל מרכזי חזק, בטענה שממשל זה מזכיר להם את הבריטים. וושינגטון לא השתתף בדיוני הוועידה, אולם יוקרתו הצליחה לאפשר לצירים לעבוד ביחד.
לאחר הוועידה, רוב הצירים תמכו בחוקה החדשה שבה תמך. החוקה החדשה אושררה בידי כל שלוש עשרה המדינות. הצירים יצרו את תפקיד הנשיא במחשבה על וושינגטון, ואפשרו לו להגדיר את התפקיד באמצעות קביעת תקדימים.
נשיא ארצות הברית (1789–1797).
הבחירות הראשונות לנשיאות ארצות הברית התקיימו בין ה-15 בדצמבר 1788 ל-10 בינואר 1789. כל האלקטורים, שהתכנסו ב-4 בפברואר, נתנו את אחד משני קולותיהם לוושינגטון והוא נבחר לנשיא ארצות הברית. ג'ון אדמס, שקיבל את מספר הקולות השני בגודלו, מונה לסגן נשיא ארצות הברית. ב-30 באפריל הושבע וושינגטון לתפקידו על מרפסת האולם הפדרלי בניו יורק סיטי. לאחר הישבעו הוסיף לשבועה את המשפט "כה יעזור לי אלוהים" - נוהג שהפך למקובל אחריו כחלק מהשבועה. הוא לבש גלימה בריטית שבה השליט הבריטי נאם מול הפרלמנט, והתעקש שיגישו רום לאחר טקס ההשבעה.
הקונגרס הראשון קבע ששכרו של וושינגטון יהיה 25,000 דולרים לשנה - סכום השווה לכ-340,000 דולרים ב-2015. וושינגטון, על אף הקושי הפיננסי שהיה נתון בו, דחה את המשכורת בתחילה כדי לא להיתפס כתאב בצע. הקונגרס המשיך לשכנע אותו, ולבסוף הסכים וושינגטון, מחשש שיקבע תקדים לפיו משרת הנשיא תוגבל אך ורק לעשירים שיוכלו למלא את תפקידם גם ללא משכורת. וושינגטון ידע שכל אחת מפעולותיו תקבע תקדים לנשיאים הבאים, והקפיד שתאריו יהיו רפובליקניים ולא יחקו את התארים של האצילים האירופאים. הוא העדיף שיפנו אליו כ"אדוני הנשיא", ולא בשמות מלכותיים יותר שאותם הציע הסנאט.
וושינגטון היה הראשון לבצע צעדים רבים שהפכו לנדבכים חשובים במשרה, כולל הודעות לקונגרס וממשל בצורת קבינט. למרות החששות שהמערכת הדמוקרטית תוביל לאלימות פוליטית, הוא הוביל מדיניות סובלנית כלפי האופוזיציה והעביר באופן חלק את התואר ליורשו בתפקיד. הוא הקפיד להקשיב לראשי המחלקות שלו לפני שהחליט את החלטתו. לאחר שנבחר לקדנציה שנייה ב-1792, סירב וושינגטון לרוץ לתקופת כהונה שלישית, נוהג שיושם בידי כל הנשיאים אחריו (למעט פרנקלין דלאנו רוזוולט).
וושינגטון לא רצה להיות הנשיא, ולא נהנה מתפקידו. למרות זאת, הוא הוכיח את עצמו כנשיא טוב שידע לבחור באנשים טובים לתפקידים שונים.
כניסה לתפקיד.
עם היכנסו לתפקיד, התמקד וושינגטון ביצירת מערכת השיפוט והרשות המבצעת.
יצירת מערכת השיפוט.
כשוושינגטון נכנס לתפקידו, הממשלה האמריקנית (במיוחד הרשות המבצעת והרשות השופטת) לא הייתה מפותחת. פרט למשרדים שעוגנו בחוקה, לא הוקמו עוד רשויות או בתי משפט. במקום להתמקד ברשות המבצעת, העדיף וושינגטון לבצר את מעמד הרשות השופטת.
בעזרת חוק בתי המשפט של 1789, הקים וושינגטון את בית המשפט העליון של ארצות הברית, אז עם שישה שופטים. בית המשפט הכיל את נשיא בית המשפט העליון ועוד חמישה שופטים. לבית המשפט העליון ניתנה סמכות עליונה על כל החוק האזרחי בין המדינות, בין המדינה והמדינות, ועל תביעות כנגד שגרירים. ניתנה הזכות לערער בו על פסיקות מחוזיות ומדינתיות. מטרתו הייתה להגן על החוקה.
בית המשפט העליון יצר שלושה עשר מחוזות שיפוטיים בתוך שלוש עשרה המדינות שאישרו את החוקה. בתוכן הוקמו בתי המשפט האזוריים ובתי המשפט המחוזיים. בתי המשפט האזוריים הכילו שופט מחוזי ובהתחלה כללו גם שני שופטים עליונים, והיו אחראיים על מקרים אזרחיים. בית המשפט המחוזי, שהכיל שופט אחד, טיפל במקרים פליליים.
יצירת הקבינט.
וושינגטון הקיף את עצמו בצוות מנוסה של יועצים, תומכים ואנשים מוצלחים. הוא חילק בהצלחה את רוב האחריות ליצירת מחלקות המדינה ביניהן, ואלכסנדר המילטון היה החזק מביניהם. הקבינט היה מפולג בין תומכי המילטון לבין תומכיו של תומאס ג'פרסון. הריסון של וושינגטון בנוגע לבית המשפט העליון ולעבדות - הוא תמך בשחרור הדרגתי - והעובדה שלא תמך בכל תוכניותיו של המילטון, אפשרו לו ליצור רושם שהיה מעל הפוליטיקה.
המחלקות הראשונות שנוצרו היו מחלקותיהם של מזכיר המדינה, מזכיר האוצר, מזכיר המלחמה, מזכיר הדואר והתובע הכללי. כל משרד, חוץ מזה של התובע הכללי, הנהיג מחלקה שלמה. חמשת המזכירים, יחד עם סגן הנשיא, היו הבסיס לקבינט הנשיאותי.
ב-27 ביולי 1789, חתם וושינגטון על חוק שאישר על הקמת מחלקה ביצועית לענייני חוץ. הקונגרס העביר חוק ששינה את שמה למחלקת המדינה של ארצות הברית, וקבע שמזכיר המדינה יעמוד בראשה. וושינגטון חתם על החוק ב-15 בספטמבר 1789. תפקידו של מזכיר המדינה היה לייעץ לנשיא בנוגע למדיניות חוץ. וושינגטון מינה את תומאס ג'פרסון לתפקיד מזכיר המדינה הראשון ב-26 בספטמבר 1789.
וושינגטון הקים, ב-2 בספטמבר 1789, את מחלקת האוצר של ארצות הברית, שבראשה עמד מזכיר האוצר. המזכיר היה היועץ הכלכלי הראשי של הנשיא, והיה האחראי למדיניות הכלכלית. אלכסנדר המילטון מונה למזכיר האוצר הראשון ב-11 בספטמבר 1789.
לניהול צבא ארצות הברית, יצר וושינגטון את תפקיד מזכיר המלחמה ואת מחלקת המלחמה. תפקידו של המזכיר היה ליצור מדיניות בנוגע לאינדיאנים, לתכנן ולנהל את הצבא, ולפקח על הביצורים בחופים. הנרי נוקס היה מזכיר המלחמה לפני כינון החוקה, ולכן מונה בידי וושינגטון להמשיך בתפקידו ב-12 בספטמבר 1789.
חוק בתי המשפט של 1789 לא רק יצר את מערכת בתי המשפט אלא גם את תפקיד התובע הכללי. בניגוד לחברי הקבינט האחרים, לתובע הכללי לא הייתה מחלקה ביצועית עד ל-1870. תפקידו היה לתבוע בשם המדינה ולשמש כיועץ משפטי של הנשיא. וושינגטון מינה את אדמונד רנדולף לתפקיד התובע הכללי ב-26 בספטמבר 1789.
התפקיד האחרון היה תפקיד מזכיר הדואר. תפקידו היה לפקח על שירות הדואר האמריקני. ב-20 בפברואר 1792, חתם וושינגטון על חוק שהקים מחלקת דואר.
מעון הנשיא ומחוז קולומביה.
בשישה עשר החודשים שבהם עבד וושינגטון בניו יורק סיטי, גר בשני בתים. הוא היה ממובילי ההחלטה לקבוע את בירת המדינה במחוז קולומביה.
לפי חוק מ-1790, שימשה פילדלפיה כבירה זמנית במשך עשר שנים בעוד שעיר הבירה הקבועה נבנתה. בנובמבר 1790, עברו וושינגטון ואדמס לפילדלפיה, אולם התנגדו להפוך אותה לבירה קבועה. במקרי חירום, התכנס הקבינט בגרמנטאון שבפנסילבניה, בנובמבר 1793, כשקדחת צהובה השתוללה בעיר. החוק בפילדלפיה מנע החזקת עבדים, ולכן נאלץ וושינגטון להחליף בין עבדיו במעונו הנשיאותי.
החוק מ-1790 הסמיך את הנשיא לבחור במקום מושבה הקבוע של הממשלה על נהר הפוטומאק. החוק אפשר לנשיא למנות שלושה משקיפים שימצאו מקום. וושינגטון טיפל בנושא באופן אישי. ב-1791, הוחלט לקרוא לעיר הבירה הקבועה "העיר וושינגטון בטריטוריית קולומביה", על שמו. וושינגטון פרש מהנשיאות במרץ 1797, ונכח בטקס כניסתו של אדמס לתפקיד. ב-1800, הפכה טריטוריית קולומביה למחוז קולומביה, והממשל הפדרלי עבר לשם. הנשיא אדמס עבר אל הבית הלבן בנובמבר 1800.
מלחמת האינדיאנים בצפון-מערב.
במהלך תקופת נשיאותו, נאלץ וושינגטון להתמודד עם המלחמה באינדיאנים בצפון מערב המדינה. האינדיאנים פשטו בצפון מערב המדינה, משני צידי נהר אוהיו, והפכו למסוכנים. בסוף שנות השמונים, מעל 1,500 אמריקנים נהרגו בתקריות עם אינדיאנים. ב-1790, הכריזו וושינגטון ומזכיר המלחמה הנרי נוקס על התקפה על מחנות האינדיאנים. באוקטובר 1790, 1,453 חיילים התכנסו ליד המקום שהפך לאינדיאנה. בהתחלה, ארבע מאות חיילים הובסו בידי 1,100 לוחמים אינדיאנים, כשמאה עשרים ותשעה נהרגו.
כשהוא נחוש לנקום על כך, ציווה וושינגטון על ניסיון תקיף יותר להכריע את האינדיאנים בקיץ 1791. אך ב-4 בנובמבר 1791, הקדימו האינדיאנים ותקפו את האמריקנים שלא היו מוכנים לקרב. 632 חיילים אמריקנים נהרגו במתקפה (מתוך 900).
לאחר האסון, הכריז וושינגטון על ניסיון נוסף, הפעם עם חיילים מאומנים יותר, בסוף 1793. החיילים התאמנו בלוחמה ביער, וביוני 1794, הצליחו החיילים להתקדם עמוק אל טריטוריית האינדיאנים. לאחר מכן, בקיץ 1794, האינדיאנים נסוגו במהירות מפני האמריקנים, אולם לא זכו לעזרה מצד הבריטים. האמריקנים הרסו את הכפרים והיבולים ונסוגו. האינדיאנים הסכימו לוותר על שטחים נרחבים ולעבור מערבה.