השר עוזי לנדאו וסגן השר מיכאל רצון שהצביעו נגד קיבלו מכתבי פיטורין מיד לאחר ההצבעה. בהחלטה שאושרה לא אושר פינוי בפועל של התנחלויות אלא רק הכנת המסגרת ליישום תוכנית ההתנתקות (חקיקת חוקי הפיצויים, הסדרתה החוקית של מנהלת סל"ע). חוק יישום תוכנית ההתנתקות (הידוע בכינוי חוק "פינוי-פיצוי"), שהוא החוק המסדיר את פינוי ההתנחלויות והפיצויים למפונים אושר בכנסת ב-16 בפברואר 2005.
נגד החוק הוגשו עתירות לבג"ץ. ב־9 ביוני החליט בג"ץ לבטל מספר סעיפים שהגבילו את הפיצוי למפונים, אך דחה את העתירה לביטול החוק עצמו. ההחלטה התקבלה ברוב דעות של עשרה שופטים מול אחד. בדעת מיעוט היה השופט אדמונד לוי, אשר גרס כי החוק אינו חוקתי.
החל מתחילת אפריל 2005 ולקראת יום העצמאות עברו מתנגדי ההתנתקות להדגשת הבעיות ההומניות שייגרמו על ידי התוכנית (ניתוק ילדים מבתי הספר, פירוק קהילות) והטכניות (מקום למגורים, המשך חקלאות) במקום הנימוקים הביטחוניים שהיו במוקד קודם לכן ופתחו במבצע כתום במסגרתו חולקו סרטים כתומים רבים ברחבי הארץ.
ארגוני המאבק בהתנתקות הביעו התנגדות לאלימות. באמצע יולי, אחר סגירת גוש קטיף, התקבצו עשרות אלפי מתנגדים להתנתקות בכפר מימון בתקווה לצעוד לתוך האזור המסוגר. מאות בודדות הצליחו להסתנן לגוש קטיף עצמו אולם רוב הציבור נותר בכפר מימון.
הדיון הציבורי על אודות תוכנית ההתנתקות.
בתוכנית ההתנתקות תמכו אנשים בעלי עמדות אידאולוגיות שונות - החל בשמאל דרך המרכז ועד הימין המתון. ההתנגדות לה, אף שבתחילה הובעה גם בחוגי שמאל, בעיקר בשל אופייה החד צדדי, הפכה עם הזמן לנחלתם העיקרית של הציונות הדתית ושל חוגי ימין מובהקים.
טיעונים בעד התוכנית ונגדה.
הודעה של אגף התקשורת של משרד ראש הממשלה הציגה את הנימוקים הבאים בעד תוכנית ההתנתקות:
בריאיון לעיתון הארץ אמר דב וייסגלס, יועץ של ראש הממשלה אריאל שרון, שתוכנית ההתנתקות נועדה לסכל תוכניות כמו יוזמת ז'נבה, אל מול ההתגברות בסרבנות ונועדה להקפיא את התהליך המדיני באופן המונע הקמת מדינה פלסטינית ודיון בנושאי הפליטים, הגבולות וירושלים לתקופה בלתי מוגבלת בזמן.
שלום עכשיו תמכה בתוכנית למרות היותה חד צדדית, בראותה בה "צעד חיובי בכיוון הנכון" בהתאם למדיניותה של שלילת קיומן של ההתנחלויות ובראותה בה תקדים חשוב לפינוי התנחלויות. יריב אופנהיימר ביטא את הדברים כך: "זו הפעם הראשונה בתולדות המדינה שהכנסת עומדת להצביע בעד פינוי התנחלויות מהשטחים הכבושים ... זה תקדים היסטורי שאסור לנו להישאר אדישים לעומתו".
מנגד, רבים התנגדו לתוכנית ממספר טעמים:
הדיון הציבורי על דרך אישורה של התוכנית.
בקרב הימין עלו טענות ששרון החליט על פינוי התנחלויות כדי לרצות את מערכות התקשורת, אכיפת החוק והמשפט, אותן זיהו עם השמאל, כדי שהללו ימנעו מנקיטת צעדים נגדו, לאור החקירות שנפתחו נגד שרון ובניו, עמרי שרון וגלעד שרון, באשמת שחיתות ובהפרת חוק מימון הבחירות, בין השאר בפרשת האי היווני ובפרשת סיריל קרן. צבי הנדל השתמש בסיסמה שהציע לו יוסי שריד: "עומק העקירה כעומק החקירה" לייצג טענה זאת. שופט בית המשפט העליון מישאל חשין שסבר בדעת מיעוט שיש לחייב את היועץ המשפטי לממשלה לנמק בבג"ץ מדוע דחה את המלצת פרקליטת המדינה להעמיד לדין את שרון בפרשת האי היווני, אמר עם פרישתו: "באותו זמן כל העם רצה ששרון לא יעמוד לדין, מפני שהייתה תוכנית ההתנתקות. ואם שרון היה עומד לדין לא הייתה התנתקות." גדי בלום וניר חפץ, בספרם "הרועה - סיפור חייו של אריאל שרון", כותבים ששרון היה מוכן לוויתורים משמעותיים עוד לפני תחילת החקירה נגדו, אולם "קשה להשתחרר מהרושם שחקירות המשטרה כן השפיעו על העיתוי שבו יצא ראש הממשלה שרון לתקשורת ולציבור, עם פרטי 'תוכנית ההתנתקות'", שבוע לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה הודיע שיקבל החלטה בעניינו תוך זמן קצר. אחרים טענו כי הסיבה לשינוי המדיניות של שרון היא רפואית.
מתנגדי התוכנית טענו שהאופן שבו אושרה התוכנית מעוות ואינו ראוי:
מנגד טענו התומכים כי אמנם התוכנית אושרה באופן מעוות ולא ראוי, אך בסופו של דבר התוכנית מתבצעת על פי חוק וההחלטה לגביה עברה אישורים של כל הגופים השלטוניים של מדינת ישראל: ממשלת ישראל, הכנסת, ובג"ץ. ככזו, יש לתוכנית תוקף חוקי ולגיטימיות בלתי מעורערת, כהחלטה שמייצגת את רצונו של רוב הציבור במדינה, מה עוד שהסקרים באופן עקבי מראים שרוב הציבור תמך בתוכנית. לגבי סוגיית משאל עם, טענו התומכים שההתנחלויות עצמן לא הוקמו באמצעות מנגנון של משאל עם אלא באמצעות מחטפים של וועדות שרים, ולכן גם כעת אין צורך ללכת אל העם במשאל מיוחד.
המחאה נגד תוכנית ההתנתקות.
המחאה נגד תוכנית ההתנתקות החלה עוד לפני קבלת התוכנית בכנסת. עם אישורה בכנסת בי"א בחשוון ה'תשס"ה (26 באוקטובר 2004) התגבר גל המחאה, והוא הלך והתגבר עם התקדמות ההכנות לביצוע ההתנתקות. המחאה כנגד התוכנית, שסמלה היה צבע כתום, הייתה מן המחאות הבולטות ביותר בתולדות הדמוקרטיה הישראלית.
פעילות המחאה הרשמית (שאורגנה על ידי מועצת יש"ע, ועד מתיישבי גוש קטיף ותא כתום) התנהלה בקו מאופק ולא אלים. היא כללה שורה של הפגנות ענק ומפגני מחאה כתומים, בהם השרשרת האנושית (130,000 מפגינים), תפילת ערב חודש שבט (150,000), ההפגנה באגם קטיף (50 אלף מפגינים), תפילה בכותל כנגד ההתנתקות (70,000) וההפגנה האחרונה בכיכר רבין שכללה למעלה מ-200,000 מפגינים. לצד ההפגנות הרבו אנשי ימין רבים בכתיבת מאמרי דעות כנגד ההתנתקות ובניסיון לשכנע את דעת הקהל שהתוכנית מזיקה, אכזרית ומסוכנת. אנשי ימין מובהקים כגון אפי איתם ואריה אלדד אף העתיקו את מגוריהם ליישובים שיועדו לפינוי. המחאה נמשכה גם בעת הפינוי עצמו כאשר התושבים ניסו להקשות רגשית את הפינוי על החיילים.
לצד קו המחאה הרשמי פעלו מספר ארגונים קיצוניים יחסית שמחו על ההתנתקות בדרכים סוערות יותר. תנועת הבית הלאומי ארגנה מספר רב של חסימות כבישים ותנועות ימין אחרות קראו לחיילים לסרב לסייע להתנתקות (בסופו של דבר מספר החיילים שהועמדו לדין בגין סירוב פקודה עמד על כ-60 בערך). אחרים קראו ל"מרי אזרחי בלתי אלים" אבל הצעות אלה לא התממשו לבסוף. ב-19 באוגוסט 2005 הוצתו השסתומים העיליים של צובר גז תת-קרקעי של בניין מגורים ברחובות ובסביבתו רוססו כתובות כ'צריך לרצוח את שרון'. מכבי האש הצליחו למנוע את פיצוץ הצובר.
בנוסף, שני יהודים רצחו ערבים ישראלים ופלסטינים בניסיון לסכל את ההתנתקות ושני יהודים הציתו עצמם במחאה:
ההתנתקות בדעת הקהל הישראלית.
כשבועיים לפני המועד להתחלת ביצוע ההתנתקות דיווח עיתון "הארץ" על פי סקר שנערך באוניברסיטת תל אביב כי 57% מהיהודים בישראל, ו-60% מהציבור כולו תומך בתוכנית, ו-34% מתנגדים לה. 23% מהמתנגדים חששו שהתוכנית תראה כבריחה, 21% ציינו חשש מהגברת הטרור. רק 9% תלו את התנגדותם בהיותה של עזה חלק מארץ ישראל המובטחת. 6% מהציבור עדיין האמינו שלא תבוצע כלל. על פי הסקר הציבור שהתנגד ביותר לתוכנית היה הציבור הדתי-לאומי.
שנה אחרי ההתנתקות מצא סקר של הארץ שרק 46% סבורים שהיא הייתה מהלך נכון, לעומת 50% הסבורים כי היא הייתה מהלך לא נכון, שנתיים אחרי ההתנתקות, סקר של מעריב העלה כי 59% מהציבור סבורים כי הנסיגה החד-צדדית מרצועת עזה הייתה טעות ורק 29% חושבים שגם בראייה לאחור מדובר בהחלטה נכונה. בהתאם לכך "כמעט שליש מהנשאלים שהעידו על עצמם כי תמכו לפני שנתיים בביצוע התוכנית, מודים היום שטעו".
שמות חלופיים.
הוויכוח העז על התוכנית וסיבות נוספות הולידו שמות חלופיים. השם "תוכנית ההתנתקות" הוא שאומץ בחוק הכנסת, אולם בכמה מקרים השתמשו הממשלה ובג"ץ גם בשם "הינתקות", המעידים על פעולה חד-צדדית ולא הדדית. מתנגדי התוכנית הביעו מחאה גם על כך ששמה הרשמי אינו מביע את מלוא משמעותה ועל כן העדיפו לכנותה "הגירוש" או "העקירה". המהלך כונה גם "הנסיגה מעזה".
הכנות ליישום התוכנית.
מנהלת סל"ע וחוק פינוי-פיצוי.
כדי ליישם את התוכנית הועבר בכנסת חוק פינוי-פיצוי המסדיר את נושא הפיצויים למפונים. במקביל, הוקמה מנהלת סל"ע (סיוע למפוני חבל עזה), שכונתה גם "מנהלת ההתנתקות", בראשות איש הקיבוץ הדתי יונתן בשיא שתפקידה הוכרז לרכז את נושא הפינוי והיישוב מחדש של המפונים וסיוע לקליטתם ביישובים החדשים. מנהלת ההתנתקות והעומד בראשה זכו לאיבה רבה בקרב המתנחלים וגם אלה שהסכימו להתפנות ברצון העדיפו להסדיר את ענייניהם בערוצים עוקפים.
באמצע אפריל 2005 העבירו ראש מנהלת סל"ע והרבנים הראשיים לראש הממשלה בקשה לדחות את ביצוע התוכנית עד לאחר תשעה באב, שכן הזמן המתוכנן חל בימי בין המצרים, תאריך טעון מבחינה סמלית, שצפוי לגרום לרגשות קשים ולהתנגדות עזה יותר מצד המפונים ותומכיהם. בהתייעצות עם מערכת הביטחון, החליטה הממשלה להיענות לבקשה זו על מנת לא לפגוע ברגשותיהם הדתיים של המפונים וכן למנוע את המצב הטעון והסמלי שבו פינוי היישובים יתבצע בערב תשעה באב, יום חורבן הבית. היו בציבור הדתי שאמרו באירוניה שדווקא תאריך זה מתאים היטב לפעולת הפינוי.
תוכנית ניצנים.
במרץ - אפריל 2005 גובשה תוכנית להעתקת כל יישובי גוש קטיף כמקשה אחת אל אזור חולות ניצנים, על מנת שהמפונים יוכלו לשמור על הקהילה שלהם ולהישאר ביחד. שרון תמך בתוכנית והורה על הקמה מהירה של שכונות קרווילות באתרים שונים, שהגדול שבהם היה בניצן שליד חולות ניצנים, על מנת לספק פתרון דיור זמני למפונים.משרד הביטחון סייע בביצוע הבנייה על מנת לקדמה במהירות.