בפועל, האיחוד נמשך שנים מספר, ראשית, עם לשכת הפיוס Lodge of Reconciliation (בשנים 1813–1816) שחיברה 2 לשכות - מודרנית וקדמונית, ושילבה מנהגים טקסים וחוקים עליהם הסכימו שני הצדדים, והיוותה דוגמה ללשכות המאוחדות בשנים הבאות (לדוגמה: ב-1817 לשכת ההנחיות היציבות Stability Lodge of Instruction שבהשראת תהליך התאחדותה נוסדה לשכת Emulation Lodge of Improvement החל מ-1823 ).
בסיום התהליך, הלשכה הגדולה המאוחדת החדשה שנוצרה איחדה את הנוהל הטקסי של הקדמונים, וההוראות וההנחיות של המודרניים. בעוד נוצר סטנדרט מוכר של טקסיות, ישנן גרסאות מסוניות שונות של טקסים המוכרות בחוקה המסונית האנגלית.
פרשת וילאם מורגן והתדרדרות בבנייה החופשית האמריקנית.
בשנת 1826, ויליאם מורגן, תושב ניו יורק אנטי-מסוני אשר איים כי יחשוף את סודות הבנייה החופשית בספר שהתכוון לפרסם, נעלם מעל פני האדמה, והחלו להתפשט שמועות על מעורבות פלילית של חברי הבנייה החופשית האחראיים על מותו. האירועים אשר הביאו להיעלמותו לא הוכחו מעולם. אך פרשה זו הציתה שורה של פעולות מחאה נגד הבונים החופשיים בארצות הברית ובעיקר במדינת ניו יורק ושכנותיה. קולות המתנגדים גרמו לבונים חופשיים רבים לעזוב את הבנייה. הלשכה הגדולה של ניו יורק פיקחה על 227 לשכות בשנת 1827, אך כתוצאה מהפרשה, בשנת 1835 נותרו 41 לשכות פעילות בלבד.
תחת הנהגתו של Thurlow Weed העיתונאי האנטי - מסוני ומתנגד לנשיא ארצות הברית (המסוני) אנדרו ג'קסון קמה תנועה אנטי מסונית אשר התפתחה להיות מפלגה אשר השיגה תמיכה בין היתר גם מפוליטיקאים כגון ויליאם סיוארד. השפעתה הייתה כה רבה שמתנגדי ג'קסון אחרים כמו יריבו מטעם המפלגה הרפובליקנית-דמוקרטית ג'ון קווינסי אדמס (נשיא ארצות הברית מ-1825 עד ניצחונו של ג'קסון ב-1828) גינו את הבנייה החופשית. בשנת 1847 פרסם אדמס ספר אשר הופץ במהדורה נרחבת, תחת הכותרת " מכתבים על החוקה של הבנייה החופשית" - "Letters on the Masonic Institution", בו הוא מבקר בחומרה את הבונים החופשיים. בשנת 1832 מפלגתו של אדמס בחרה את ויליאם ווירט להנהגה, אשר בעצמו היה בונה חופשי והגן על הבנייה החופשית בנאום לזכותם של הבונים בכנס של מתנגדיה, כנס אנטי מסוני. המפלגה כשלה בבחירות, ושלוש שנים מאוחר יותר התפרקה.
בונים מסוניים במהלך מלחמת האזרחים.
ההצלחה והשגשוג להם זכתה הבנייה החופשית בתחילת פעילותה בארצות הברית ירדו במהירות בעקבות פרשת מורגן. לאחר תקופת ההכפשות וההתדרדרות התלולה חלה עליה מחדש ברמת התמיכה וכוחה של הבנייה החופשית החל להתעצם ככוח הנגד לתנועה האנטי - מסונית במהלך שנות ה-30. לקראת סוף שנות ה-50 של המאה ה-19, הבנייה החופשית עוררה מחדש עניין ואהדה מצד הציבור ורבים רצו להצטרף אליה. בתקופת מלחמת האזרחים האמריקנית, הבנייה החופשית השלישה את מספר חבריה מ-66 אלף בונים ל-200 אלף בונים אשר היו תחת יותר מ-5000 לשכות ברחבי ארצות הברית. העלייה החדה במספר החברים, יכולה להסביר לפחות חלקית, את הסיפורים הרבים על אחווה מסונית בין שני צדי האויב, כאשר חיילים או חובלים מסוניים הצילו את אחיהם הבונים שהשתייכו לאויב כאשר הזדהו בסיסמת הבונים. קיימות עדויות מסוניות על בונים הקוברים את חבריהם לבנייה החופשית על פי הריטואל המסוני במהלך קרב, ומעניקים טיפול מיוחד, עזרה ותמיכה לשבויים בונים חופשיים שהיו מהצד נגדו נלחמו.
הבנייה החופשית ופרשות פוליטיות בצרפת.
בצרפת מספר חברי הבנייה חופשית גדל מ-10,000 בשנת 1802 (כאשר נפוליאון העניק לבנייה מעמד רשמי למחצה) ל-20,000 בשנת 1889, 32,000 בשנת 1908, 40,000 בשנת 1926 וכ-60,000 בשנת 1936. במהלך שנות הפעילות הראשונות רוב לשכות הבנייה החופשית היו מזוהות עם המפלגה הרדיקאלית. מעדותו של חוקר הבנייה זלדין על הבנייה החופשית של המאה ה-19:
התפשטו שמועות עקשניות, בעיקר בקרב החוגים השמרניים, על כך שהבונים ניהלו את הממשלה באופן סמוי. הרקע לכך היה העובדה שהנשיא הגדול של הלשכה הגדולה שירת גם כסגן נשיא בסנאט, וכן כיוון שרוב חברי הבנייה החופשית השתייכו למפלגה הרדיקלית. הטענה של המבקרים הייתה כי הבונים החופשיים בעצם מנהלים את השלטון ללא ידיעת הציבור, והם המקור לתעמולה המטיריאליסטית אנטי קלריקלית (אחזו בעמדות אתאיסטיות). על פי זלדין, טענות אלו התבררו כהאשמות שווא, וכהגזמה פרועה בלבד. במהלך המאה ה-20 לא נמצאו כל ראיות לכך. אמנם הבונים תמכו בקמפיינים האנטי קלריקליים, אך הם לא יזמו ולא ניהלו אותם. המטרה העיקרית של הבנייה הייתה לשמש כמועדון חברתי, בו חבריו יוכלו ליהנות מפרגון הדדי הן מבחינה אישית והן כלכלית (בין היתר, החברים העניקו עשרה אחוזי הנחה זה לזה בעסקיהם).
בשנת 1904 פרצה שערורייה כיוון שלשכות המשויכות ללשכה הגדולה של צרפת Grand Orient de France התבקשו בידי הממשלה הרדיקלית לאסוף מידע על פוליטיקאים, מדינאיים ואנשי דת, באמצעות ריגול של קציני צבא המסוניים. הסיבה לכך היא רצונה של הממשלה לעצור את התקדמות והצלחת הקתולים. המידע דלף והתפרסם וכתוצאה מכך המפלגה הרדיקלית אולצה להתפטר. בשנים הבאות הפצת ההאשמות על הקשר בין הבנייה החופשית לפוליטה רדיקלית בצרפת פחתה בהדרגה, והחל משנת 1945 הבונים החופשיים לא הועלו טענות אלו עוד.
החוקר ארנסט בקס Ernest Belfort Bax טען כי הבונים החופשיים היו הגורם שיזם וניהל את ניסיון ההתפייסות האחרון בין המפלגה הסוציאלית שעמדה בשלטון, ל- Versailles שהתרחש באפריל 1871. אדולף ט'ירס - Adolphe Thiers (ששירת כראש הממשל הרפובליקני שהתנגד לנפוליאון) קיבל את נציגי שני הצדדים בקרירות אשר הבטיח להם שאף על פי שפריז אמורה לעבור תקופה קשה, הוא יוודא כי תהיה אכיפה של החוק וכך היה. לאחר כ-8 ימים, ב-29 באפריל, כ-10000 בונים חופשיים מ-55 לשכות, כשבראשם הנשיאים הגדולים עם העיטורים, הסמלים והדגלים של הלשכות, וביניהם בלט הדגל של וינסנס עם הכותרת "אהבו זה את זה" ובלון הופרח לאוויר. הייתה זו הפגנת תחינתם האחרונה של הבונים החופשיים להשלים בין הצדדים, אך ניסיונם נכשל. הבנייה החופשית בצרפת נאבקה למען הממשל הרדיקלי סוציאליסטי - Paris Commune בה תמכה וניסתה לקדם הסכם שלום בן צידי השלטון ולהשפיע על מהלכים פוליטיים בארצה.
הפילוג הגדול.
הסברה המקובלת על רוב החוקרים אומרת כי המקור לפילוג בין הבנייה החופשית לבנייה האנגלית הוא באספה כללית של הלשכה הגדולה של צרפת שהתרחש בספטמבר 1877. התוצאה של האספה יצרה קרע שהמשיך להתקיים במשך עשרות השנים הבאות.
לאחר הצבעה, התקבלה ברוב קולות הצעתו הכתובה בדו"ח של כומר פרוטסטנטי פרדריק דסמון. על פי דסמו, יש לשנות (או "לשפר") את החוקה הרשומה בגרסתה של הלשכה הגדולה המאוחדת של אנגליה United Grand Lodge of England - UGLE. בשורות הבאות מפורט השינוי המהפכני.
במקום המשפט:
יש להוסיף את המשפט:
תגובתה של הלשכה הגדולה המאוחדת של אנגליה לא איחרה לבוא. במרץ 1787 ה-UGLE הוציאה הכרזה נחרצת עם המסר הבא:
כתוצאה מכך, מערכת היחסים בין הגופים המפקחים הללו חדלה להתקיים. הסיבה הרשמית היא התעקשותה של לשכת צרפת להוסיף את האלמנט הדתי לחוקה ולכאורה בעקבות שינוי המשפט והזכרת החובה להאמין באלוהים במקום ה - the Great Architect of the Universe - T. G. A. O. T. U. נוצר פער עמוק בין הגישה של הלשכה הצרפתית לזו של הלשכה האנגלית. הסבר זה אינו מתיישב עם העובדה שלשכת אנגליה ה- UGLE החלו באותה תקופה לנהל קשר עם הלשכה הגדולה של בלגיה, למרות העובדה שחמש שנים קודם לכך, ב-1872, לשכה זו הסירה מחוקתה את T. G. A. O. T. U ושני הצדדים שמרו על מערכת יחסים ידידותית עד 1921.
הסיבות האמיתיות לפילוג הן בבירור מורכבות ועמוקות יותר מאשר העדויות הרשמיות מוכיחות.
חוסר אמון הדדי בין בונים חופשיים אנגליים לצרפתיים היו ניכרים בשנות ה-50 של המאה ה-19, כאשר פליטים צרפתיים מסוניים נדהמו ממערכת היחסים בין הUGLE והמונרכיה, מעמד האצולה והכנסייה האנגליקנית. לעומתם, האנגלים הביעו חוסר אמון במיסטיות של הבונים הצרפתיים ורעיונות האחווה והאוניברסליות.
הגישה הביקורתית של דזמו קודמה במהלך הקונגרס הלוזאני של המועצות העליונות ב-1875.
מטרת המפגש ההתחלתית הייתה לאחד את לשכת הקדמונים והמקובלים הסקוטיים Ancient and Accepted Scottish Rite. נציגויות מאחת עשרה מדינות התאספו וקיבלו החלטה שלשכות קולוניאליות יכירו בUGLE (הלשכה הגדולה המאוחדת של אנגליה) כלשכה הגדולה היחידה המוכרת במושבות הבריטיות, וזאת למרות העובדה שהיו לשכות סקוטיות ואיריות גדולות כבר פעלו ושגשגו. כלל הנציגים הסכימו עם החלטה זו מלבד אחד: הנציג הסקוטי, מקארסי אשר ייצג בקונגרס גם את יוון.
בהפגנת חוסר הסכמה עם החלטת הקונגרס, הוא פרש מהקונגרס. במכתב פרישתו ציטט את התנגדותה של הלשכה הסקוטית עם כל שינוי מהדרישה מחברי הבנייה להאמין באלוהים. הוא אמר כי האמין שככל הנראה שאר חברי הקונגרס לא שותפים לדעה זו, ואינם רואים את גודל חשיבותו של הסעיף העוסק בחובתו של כל בונה להאמין באלוהים, וכי חברי קונגרס אלו ככל הנראה מצדדים בהורדת הסעיף או באזכור מעורפל בלבד של עקרון אוניברסלי.
על מנת למנוע מצב בו כלל הלשכות הסקוטיות יעלמו ברחבי המושבות הבריטיות, מאקרסי עורר ויכוח אשר הוביל להסרת תנאי הדרישה לפתוח כרכים של כתבי קודש בלשכות צרפתיות. הסיבה לכך שהאנגלים מצידם פירשו זאת כצעד נוסף של הצרפתים לעבר האתיאיזם, היא היחסים המעורערים בין הלשכות האנגלית לזו הצרפתית.