במשך השנים התלבטו האגיפטולוגים באיזה מידה נחשבו הפרעונים כאלים. ככל הנראה שהמצרים ראו את הסמכות המלכותית עצמה ככוח אלוהי. לכן, למרות שהמצרים הכירו בכך שפרעה הוא אנושי ונתון לחולשה אנושית, הם ראו בו זמנית כאל, מכיוון שכוח האלוהי של המלכות התגלם בו. לכן הוא שימש כמתווך בין בני מצרים לאלים . הוא היה המפתח לשמירה על מאע'ת, הן על ידי שמירה על צדק והרמוניה בחברה האנושית והן על ידי קיום האלים במקדשים ובמנחות. מסיבות אלה הוא פיקח על כל הפעילות הדתית הממלכתית. עם זאת, השפעתו ויוקרתו האמיתיים של פרעה עשויות להיות שונות מהצגתו בכתבים ותיאורים רשמיים, והחל בסוף הממלכה החדשה המאוחרת חשיבותו הדתית ירדה באופן דרסטי.
המלך היה קשור גם לאלים ספציפיים רבים. הוא זוהה ישירות עם הורוס, שייצג את המלכות עצמה, והוא נחשב כבן של רע, ששלט והסדיר את הטבע, כשפרעה שלט וניהל את החברה. בזמן הממלכה החדשה הוא נקשר גם לאמון, הכוח העליון ביקום. עם מותו, המלך נעשה אלוהי לחלוטין. במצב זה הוא זוהה ישירות עם רע, והיה קשור גם לאוסיריס, אל המוות והלידה מחדש ואביו המיתולוגי של הורוס . מקדשי תמותה רבים הוקדשו לפולחן פרעונים שנפטרו כאלים.
החיים שלאחר המוות.
למצרים היו אמונות משוכללות על המוות ועל החיים שלאחר המוות. הם האמינו שבני אדם מחזיקים ב"קא", או בכוח חיים, שעזב את הגוף בנקודת המוות. בחיים קיבלה ה"קה" את מזונה ממזון ושתייה, ולכן האמינו שכדי להחזיק מעמד לאחר המוות, על הקה להמשיך ולקבל מנחות מזון שאת מהותם הרוחנית היא עדיין יכולה לצרוך. לכל אדם היה גם "בא", מכלול המאפיינים הרוחניים הייחודיים לכל אדם. שלא כמו ה"קא", ה"בא" נשאר מחובר לגופה לאחר המוות. טקסי הלוויות מצריים נועדו לשחרר את ה"בא" מהגוף כך שהוא יכול לנוע בחופשיות, ולהצטרף אליו עם ה"קא" כך שהוא יוכל לחיות כ"אקה". עם זאת, היה חשוב גם כי גופת הנפטר תישמר, מכיוון שהמצרים האמינו כי ה"בא" חזר לגופו בכל לילה כדי לקבל חיים חדשים, לפני שיצא בבוקר כ"אקה".
אתניזם.
במהלך תקופת הממלכה החדשה ביטל פרעה אחנתון את הפולחן הרשמי של אלים אחרים לטובת אל השמש, אתון. במחקר ההיסטורי האירוע נחשב כמופע הראשון של מונותיאיזם אמיתי בהיסטוריה, אם כי הפרטים של התאולוגיה האתניסטית עדיין לא ברורים וההצעה שהוא היה מונותאיסטי שנויה במחלוקת. הרחקתם של אלים אחרים פרט לאל אחד מהפולחן הייתה סטייה רדיקלית מהמסורת המצרית, ויש הרואים באחנתון דוגל במונולטריזם ולא כמונותאיזם, מכיוון שהוא לא הכחיש באופן אקטיבי את קיומם של אלים אחרים; הוא פשוט נמנע מלסגוד להם למעט אתון. תחת ממשיכיו של אחנאתן חזרה מצרים לדתה המסורתית, ואחנתון עצמו הושמץ ככופר.
כתבים.
בשעה שלמצרים לא היה שום כתבי קודש מאוחדים, הם הפיקו כתבים דתיים רבים מסוגים שונים. יחד הטקסטים השונים מספקים הבנה נרחבת, אך עדיין לא שלמה, של פרקטיקות ואמונות דתיות מצריות.
מיתולוגיה.
מיתוסים מצריים היו סיפורים מטפוריים שנועדו להמחיש ולהסביר את פעולות האלים ותפקידיהם בטבע. פרטי האירועים שסיפרו יכולו להשתנות ולהעביר נקודות מבט סמליות שונות על האירועים האלוהיים המסתוריים שתיארו, ולכן ישנם מיתוסים רבים בגרסאות שונות וסותרות. נרטיבים מיתיים נכתבו לעיתים רחוקות במלואם, ולעיתים קרובות טקסטים מכילים רק פרקים או רמיזות למיתוס גדול יותר. הידע על המיתולוגיה המצרית, נובע, אם כן, בעיקר ממזמורים המפרטים את תפקידיהם של אלוהים ספציפיים, מטקסטים פולחניים המתארים פעולות הקשורות לאירועים מיתיים, ומטקסטים נלווים המזכירים את תפקידיהם של אלוהים רבים בעולם הבא. מידע מסוים גם ניתן על ידי רמיזות בטקסטים חילוניים. לבסוף, יוונים ורומאים, דוגמת פלוטרכוס, תיעדו כמה מן המיתוסים בסוף ימי מצרים העתיקה.
בין המיתוסים המצריים המשמעותיים היו מיתוסי הבריאה. על פי סיפורים אלה, העולם התגלה כמרחב יבש באוקיינוס הראשוני של הכאוס. מכיוון שהשמש חיונית לחיים על פני האדמה, העלייה הראשונה של האל רע סימנה את רגע הופעתה זו. צורות שונות של המיתוס מתארות את תהליך הבריאה בדרכים שונות: הפיכת האל הקדום אתום לאלמנטים היוצרים את העולם, כנאומו היצירתי של האל האינטלקטואלי פתח, וכמעשה של הכוח הנסתר של האל אמון. ללא קשר לריאציות אלה, פעולת הבריאה ייצגה את ההתבססות הראשונית של מאע'ת ואת הדפוס למחזורי הזמן הבאים.
החשוב מכל מיתוסים מצריים היה מיתוס אוסיריס. הוא מספר על השליט האלוהי אוסיריס, שנרצח על ידי אחיו הקנאי סת, אל המזוהה לעיתים קרובות עם תוהו ובוהו. אחותו של אוסיריס ואשתו איזיס הקימו אותו לתחייה כדי שיוכל להביא יורש, הורוס. אוסיריס נכנס אז לעולם התחתון והפך לשליט המתים. לאחר שגדל, לחם הורוס והביס את סת כדי להפוך למלך בעצמו. הקשר של סת לכאוס, והזיהוי של אוסיריס והורוס כשליטים החוקיים, סיפק רציונל לרצף פרעוני והציג את הפרעונים כמקיימי הסדר. במקביל, מותו ולידתו מחדש של אוסיריס היו קשורים למעגל החקלאי המצרי, בו גידלו שגשגו הגידולים בעקבות הצפת הנילוס באביב, וסיפקו תבנית לתחיית נפשות האדם לאחר המוות.
מוטיב מיתי חשוב נוסף היה המסע של רע דרך הדואט בכל לילה. במהלך המסע הזה נפגש רע עם אוסיריס, ששימש שוב כסוכן התחדשות, כך שחייו התחדשו. הוא גם נלחם כל לילה עם אפפ, אל הנחש המתפתל שמייצג כאוס. תבוסתו של אפפ והמפגש עם אוסיריס הבטיחו את עליית השמש למחרת בבוקר, אירוע שייצג לידה מחדש וניצחון הסדר על הכאוס.
טקסטים פולחניים.
נהלי הטקסים הדתיים נכתבו לעיתים קרובות על פפירוסים, אשר שימשו כהוראות לביצוע הטקס. טקסטים פולחניים אלה נשמרו בעיקר בספריות המקדש. על המקדשים עצמם היו רשומים גם טקסטים כאלה, ולעיתים קרובות מלווים באיורים. בניגוד לפפירוסים, כתובות אלה לא נועדו להוראות, אלא נועדו להנציח את הטקסים באופן סמלי גם אם במציאות, אנשים חדלו לבצע אותם. טקסטים של קסמים מתארים גם הם טקסים, אם כי טקסים אלה היו חלק מהלחשים ששימשו למטרות ספציפיות בחיי היומיום. למרות מטרתם הארצית, מקורם של רבים מהטקסטים הללו גם בספריות המקדש ובהמשך הופצו בקרב האוכלוסייה הכללית.
תפילות ומזמורים.
המצרים הפיקו תפילות וזמירות רבות שנכתבו בצורה של שירה. מזמורים ותפילות עוקבים אחר מבנה דומה ומובחנים בעיקר במטרות שהם משרתים. מזמורים נכתבו כדי להלל אלים מסוימים. כמו טקסטים פולחניים, הם נכתבו על פפירוסים ועל קירות המקדשים, וכנראה נאמרו כחלק מהטקסים הפולחניים. רובם בנויים על פי נוסחה ספרותית מוגדרת, שנועדה לפרש את הטבע, ההיבטים והפונקציות המיתולוגיות של אלוהות נתונה. הם נוטים לדבר בצורה מפורשת יותר על תאולוגיה בסיסית מאשר כתבים דתיים מצריים אחרים, והפכו לחשובים במיוחד בממלכה החדשה, תקופה של שיח תאולוגי פעיל במיוחד. תפילות עוקבות אחר אותו דפוס כללי כמו מזמורים, אך פונות לאל הרלוונטי באופן אישי יותר, ומבקשות ברכות, עזרה או סליחה על מעשים לא נכונים. תפילות כאלה הן נדירות לפני הממלכה החדשה, דבר המצביע על כך שבתקופות קודמות לא ניתן היה להניח כי אינטראקציה אישית ישירה כזו עם אלוהות אפשרית, או שלפחות הייתה פחות סיכוי לבטא אותה בכתב. הם ידועים בעיקר מכתובות על פסלים ועמודים שנותרו באתרים קדושים כמנחות.
כתבי הלוויה.
בין הכתבים המצריים המשמעותיים ביותר והנשמרים ביותר הם כתבי הלוויה שנועדו להבטיח שנשמות שנפטרו יגיעו לחיים שלאחר המוות. המוקדמים מביניהם הם טקסטי הפירמידה. הם אוסף רופף של מאות לחשים שנכתבו על קירות הפירמידות המלכותיות בתקופת הממלכה העתיקה, שנועדו לספק את האמצעים להצטרף לחברת האלים בחיים שלאחר המוות. הכישופים מופיעים בסידורים ובצירופים שונים, ומעטים מהם מופיעים בכל הפירמידות.
בסוף הממלכה העתיקה החל להופיע בקברים גוף חדש של לחשי לוויה, שכלל חומר מטקסטי הפירמידה, שכתובים בעיקר על ארונות קבורה. אוסף כתבים זה מכונה טקסטים של ארונות קבורה, ולא היה שמור לבני מלוכה, אלא הופיע בקברים של פקידים שאינם מלכותיים. בממלכה החדשה צמחו כמה כתבי הלוויה חדשים, מהם הידוע ביותר הוא ספר המתים. שלא כמו הספרים הקודמים, לעיתים קרובות הוא מכיל איורים נרחבים. הספר הועתק על פפירוס ונמכר לפשוטי העם שיונחו בקבריהם.
מנהגים ופולחן.
מקדשים.
מקדשים התקיימו מראשית ההיסטוריה המצרית, ובשיא הציוויליזציה המצרית הם היו קיימים ברוב עיירותיה. הם כללו גם מקדשי מתים, שנבנו כדי לשרת את רוחם של פרעונים שנפטרו ומקדשים המוקדשים לאלים פטרונים, אם כי ההבחנה הייתה מטושטשת מכיוון שאלוהות ומלכות היו קשורים זה לזה באופן הדוק. המקדשים לא נועדו כמקומות לפולחן על ידי האוכלוסייה הכללית, ולפשוטי העם היה מערך מורכב של פרקטיקות דתיות משלהם. במקום זאת, המקדשים הממלכתיים שימשו כבתים לאלים, בהם טופלו דימויים פיזיים ששימשו כמתווכים שלהם וסיפקו מנחות. האמינו כי שירות זה הכרחי לקיום האלים, כדי שיוכלו בתורם לקיים את היקום עצמו. לפיכך, מקדשים היו מרכזיים בחברה המצרית, ומשאבים עצומים הוקדשו לתחזוקתם, כולל תרומות מהמלוכה והם גם כללו אחוזות גדולות משלהם. פרעונים הרחיבו אותם לעיתים קרובות כחלק מחובתם לכבד את האלים, כך שמקדשים רבים גדלו לגודל עצום. עם זאת, לא לכל האלים היו מקדשים המוקדשים להם, שכן אלים רבים שהיו חשובים בתאולוגיה הרשמית זכו לפולחן מינימלי בלבד, ואלים ביתיים רבים היו המוקד של הערצה פופולרית ולא לפולחן במקדשים.