בנו, אבראהים פאשא (1789 - 1848), נולד באזור מקדוניה, ידוע כלוחם מוערך, שהממשלה העות'מאנית חששה מכוחו הצבאי הרב. רוב תקופת חייו חי בצל שלטונו של אביו, וכמפקד הצבא המצרי כבש ושלט בארץ ישראל ובסוריה. ב-1840, בשלהי שלטונו של איברהים בסוריה התחוללה עלילת הדם של דמשק. מוחמד עלי ויתר על כסאו בשנת 1848 עקב מחלה קשה, ושלטונו הועבר לבנו אבראהים פאשא למספר חודשים, אך הלה נפטר ממחלה באותה שנה. את מקומו תפס נכדו של מוחמד עלי, עבאס הראשון, שהיה שליט חלש וביטל רבים מחידושי סבו. תחת שלטונו התגברה השפעתה של אירופה על מצרים. ממשיך דרכו היה מוחמד סעיד פאשה (1822 - 1863), בנו הרביעי של המנהיג מוחמד עלי. סעיד היה מקורב למדינות האירופאיות ואף למד בפריז. בתקופת שלטונו קידם רפורמות בענייני חוק, מיסים ומקרקעין, והעניק זיכיון לאיש העסקים הצרפתי פרדיננד דה לספס לחפור את תעלת סואץ.
עם מותו של סעיד בשנת 1863 מילא את מקומו אסמאעיל פאשא. אסמאעיל פתח ביישום תוכניות גדולות לשינויים פנימיים של מצרים. התוכניות כללו עיצוב מחדש של מערכות המכס והדואר, המרצה של התקדמות מסחרית, יצירת תעשיית סוכר, כותנה וסיגריות, בניית ארמונות, בהם ארמון עאבדין אשר החליף את מצודת קהיר כמקום מושבו של השלטון; הגדלת מקורות הבידור של התושבים ובניית בית אופרה ותיאטרון. הוא הרחיב את העיר קהיר במידה גדולה, ובנה עיר חדשה לחלוטין בצד המערבי שלה בדומה לתוכנית אוסמן להתחדשות פריז. העיר אלכסנדריה הורחבה אף היא. בנוסף, החל בתוכנית בנייה של מסילות רכבת ברחבי מצרים. אחד מהישגיו החשובים היה הקמת אספה של בעלי סמכויות בנובמבר 1866. אף על פי שהאסיפה הייתה צריכה להיות גוף ייעוצי בבסיסה, חבריה השפיעו רבות על עניינים ממשלתיים. ראשי כפרים עמדו בראש האספה, ובכך הגדילו את השפעת הפוליטיקה והכלכלה באזורי הכפר. אסמאעיל ערך רפורמה נרחבת בתחום החינוך והורה על הכנסת מקצועות חילונים לתוכנית הלימודים של מערכת החינוך המצרית, אותה הוא הרחיב בצורה משמעותית על ידי בנייה של בתי ספר רבים. כמו כן, הורה אסמאעיל על הקמת מוסדות השכלה גבוהה שיכשירו צעירים בתחומים כגון רפואה, משפטים והוראה. אסמאעיל דגל בפתיחות כלפי אירופה וכלפי הגירה באופן כללי, ובעקבות זאת אירופאים רבים היגרו למצרים. קהילות אירופאיות אלו הקימו מוסדות תרבות והשכלה שונים במצרים ותרמו לפיתוח עיתונות ודפוס (כולל עיתונים חשובים שקיימים עד היום, כגון אל-אהראם). הממשל המצרי תחת הנהגתו של אסמאעיל היה סובלני יחסית ואפשר פלורליזם של דעות פוליטיות בתקשורת המצרית המתפתחת. לפתיחות תרמו גם חפירות ארכאולוגיות שמשכו למצרים מלומדים וסקרנים מרחבי אירופה ופרסמו את פלאיה בעולם, דבר שפיתח את תחום התיירות. מצרים הפכה ליעד תיירות פופולרי ונגיש יחסית והפכה לחלק מ"הטיול הגדול" של צעירים אירופאים בסוף המאה ה-19.
בימי אסמאעיל נכרתה תעלת סואץ על ידי פרדיננד דה לספס. חנוכתה, ב-1869, במעמד כל שועי עולם, הייתה רגע שיא בשלטונו. חזונו של אסמאעיל היה שמצרים תשלוט על נהר הנילוס לכל אורכו, כולל על כל הסתעפויותיו השונות. הסולטאן העות'מאני הסכים ב-1865 למסור לו את מחוז "חבש" העות'מאני שכללה חלק מהטריטוריה שלימים תקבל את השם אריתראה. בהמשך אסמאעיל החל להתפשט עם צבאו לתוך שטחיה של האימפריה האתיופית של יוהנס הרביעי. תחילה אסמאעיל השתלט על שטחים שהיו במחלוקת בין העות'מאנים לקיסרות האתיופית, אך בהמשך פלש עם צבאו גם לאתיופיה עצמה. שני הצבאות ניפגשו לקרב בגונדית (מכונה גם גודה גודה) בבוקר 16 בנובמבר 1875. המצרים נלכדו בעמק והיו מוקפים ברובאים אתיופים מסביב להרים כך שבסופו של הקרב כמעט כל הצבא המצרי הושמד ביחד עם מפקדים ממוצא אמריקאי ואירופי. לאחר התבוסה הח'דיב שלח כוח צבאי שני לנקום את ההפסד בגונדת. המצרים הובסו שוב בקרב גורה (ב-7–9 במרץ 1876). מתיחות רבה נותרה בין שני הצבאות עד הסכם בתיווך אנגלי שנחתם בשנת 1884 ובו מצרים הסכימה להחזיר את השטחים שכבשה לאתיופיה.
הקמפיין הצבאי, כמו גם ההשקעות האדירות בתשתיות היו נטל על האוצר המצרי, שנאלץ לקחת הלוואות בהיקף גדול מכפי יכולת ההחזר שלו, עד כי החוב הלאומי הגיע לכמאה מיליון לירות שטרלינג. ברחבי העולם הוצאו נגד אסמאעיל פסקי דין בבתי דין בינלאומיים, שחייבו אותו להחזיר את ההלוואות ושלטונות אירופה השתמשו במצב זה כדי לסחוט מאסמאעיל זיכיונות שונים. כאשר לא יכול עוד ללוות כסף, מכר אסמעיל ב-1875 את חלקו בתעלת סואץ לממשלת בריטניה במחיר של פחות מארבעה מיליון £; מעשה זה גרם לתחילת ההתערבות הבינלאומית במתרחש במצרים. ב-1876 הוקם ארגון צרפתי-בריטי שהשתלט על ענייני הכספים והשלטון במצרים. ועדת חקירה נוספת הביאה את אסמאעיל להסכים להקמת משטר חוקתי שכלל שרים לא-מצריים. שליטה בינלאומית זו לא הייתה מקובלת בעיני מצרים רבים, שהתאחדו מאחורי קולונל אחמד עוראבי שפצח במרד עוראבי. בתקווה שהמרד ישחרר אותו משליטה אירופאית, אסמאעיל התנגד מעט מאוד לעוראבי, והסכים לדרישותיו לפרק את הממשלה. בריטניה וצרפת דרשו במאי 1879 להחזיר את השרים הצרפתים והבריטים לתפקידם. כאשר הייתה המדינה ברובה בידיו של עוראבי, אסמאעיל לא יכול היה להסכים, וגם לא רצה בכך. האירופאים לחצו על הסולטאן העות'מאני לסלק את אסמאעיל מתפקידו, וכך נעשה. תאופיק, בנו של אסמאעיל, היה ליורשו ושלט אחריו. אסמאעיל עזב במהרה את מצרים ועבר לנאפולי, אך לבסוף הורשה על ידי הסולטאן לגור בארמונו ליד מיצרי הבוספורוס. שם הוא חי פחות או יותר כאסיר עד שנפטר ב-2 במרץ 1895.
מכיבוש בריטי עד עצמאות מדינית.
בשנת 1879, לאור דרישה בריטית, הודח אסמאעיל פאשא מתפקידו ובמקומו מונה בנו תאופיק פאשא. בממשל מונו שני מפקחים אירופאים וצבא מצרים הוגבל ל-18,000 חיילים.
בשנת 1882 הכריזה בריטניה על מצרים כעל קולוניה בריטית.
בשנת 1899 נקבע גבולה של מצרים עם הסודאן, עם כיבושו ועם כינון הקונדמיניון.
בשנים 1901–1904 הרחיבה בריטניה את הטריטוריה המצרית והשתלטה על שטחים שנמצאים בחלקים מלוב וסודאן המודרניות.
בשנת 1906 נקבע הגבול עם ארץ ישראל, בעקבות סכסוך טאבה. ב-2 בדצמבר 1925 נחתם הסכם בין מצרים לאיטליה, שקבע את גבולה המערבי של מצרים.
סולטנות מצרים 1914–1922.
בשנים 1914–1922 הייתה מצרים תחת פרוטקטורט בריטי.
במלחמת העולם הראשונה שימשה מצרים כבסיס אנגלי, שממנו תקפו הבריטים את הטורקים בארץ ישראל.
בשנת 1919 פרצו במצרים מהומות שהקיפו את כלל האוכלוסייה. המנהיג הבולט של אותן מהומות היה סעד זע'לול, הזכור עד היום כגיבור לאומי בהיסטוריה המצרית המודרנית. מהומות 1919 לא הביאו לעצמאות, אך היוו את הסנונית המבשרת על עצמאות מדינית, ודחפו לתחילתו של התהליך. ב-28 בפברואר 1922 ניתנה הצהרת העצמאות של מצרים, שכללה את סיום מעמדה כשטח כבוש ואת הכרזתה כמונרכיה חוקתית. עם זאת, העצמאות הייתה נומינלית בלבד משום שארבעה נושאים "נותרו לשיקול דעתה של בריטניה" (ביטחון נתיבי התקשורת, הגנה מפני תוקפנות זרה, שמירה על האינטרסים הזרים ועל המיעוטים ושמירה על מעמדה של בריטניה בסודאן).
מתן עצמאות חד-צדדית: ממלכת מצרים 1922–1952.
ב-1922 העניקו הבריטים עצמאות למצרים ומינו את המלך פואד כשליט, את מערכת היחסים בין מצרים לבריטניה הגדיר חוזה שהוכתב על ידי הבריטים. עם מותו של המלך פואד בשנת 1936 ירש אותו בנו פארוק. בשנה זו חתמו בריטניה ומצרים על ההסכם האנגלו-מצרי שהעניק להלכה עצמאות למצרים, אך הסדיר את הנוכחות הצבאית הבריטית באזור תעלת סואץ לעשרים שנה נוספות.
במלחמת העולם השנייה שימשה כמחסום אחרון לפני גייסותיו של רומל מלכבוש את ארץ ישראל ולהשתלט על תעלת סואץ. עם תום המלחמה, ב-1947 נסוגו כוחות הצבא הבריטי מרוב מצרים אל האזור האסטרטגי של תעלת סואץ.
ב-1948, עם הכרזת העצמאות של מדינת ישראל הייתה מצרים ממנהיגות פלישת צבאות ערב, אולם נחלה מפלה, ובסוף המלחמה נותר בידה רק השטח של רצועת עזה.
מהפכת הקצינים החופשיים ועלייתו של נאצר 1952–1954.
הרוחות הלאומיות כנגד השלטון הבריטי, וההתמרמרות על התבוסה שנחלה מידי ישראל הובילה ל"מהפכת הקצינים החופשיים" בשנת 1952. התנועה הדיחה את מלך מצרים פארוק, שנשלח לגלות, והעלתה לשלטון את מוחמד נגיב כנשיא. שיטת השלטון המצרית עברה משיטה מלוכנית לשיטה רפובליקנית, אם כי נשארה לא דמוקרטית. נגיב נותר נשיא מצרים למשך זמן קצר בלבד. עד מהרה הדיח אותו גמאל עבד אל נאצר ונבחר כנשיא בבחירות בהן היה המועמד היחידי. מהפכת הקצינים החופשיים, שגרמה לשינויים נרחבים במצרים, השפיעה גם על שאר מדינות העולם הערבי.
שלטון נאצר 1954–1970.
גמאל עבד אל נאצר הוביל קו של לאומנות ערבית סוציאליסטית וקשרים חמים עם ברית המועצות (למרות השתייכות רשמית לקבוצת המדינות הבלתי-מזדהות). ב-26 ביולי 1956 הכריז בתגובה על ביטול הסיוע הכספי של הבנק העולמי לבניית סכר אסואן על הלאמת תעלת סואץ על מנת להשתמש ברווחיה לבניית הסכר. בתגובה רקחו בריטניה צרפת וישראל תוכנית לפיה ישראל תתקוף את מצרים ואילו בריטניה וצרפת יכנסו לאזור כדי להפריד כביכול בין הניצים, ובכך ישתלטו על אזור התעלה. מבצע קדש החל בנחיתת צנחנים ישראלים במעבר המיתלה שבחצי האי סיני ב-29 באוקטובר, כוחות בריטניה וצרפת הצטרפו ב-1 בנובמבר, ותוך כמה ימים נכבש כל חצי האי סיני. אולם בלחץ ברית המועצות וארצות הברית נאלצו הכוחות הפולשים לסגת (ראו: נסיגת צה"ל מסיני ועזה (1956 - 1957)), והתעלה הוכרה כרכוש מצרים.