כמה צעירים, מהצופים שהציב יוסף בעמק יזרעאל, שדדו את השיירה של מנהל המשק של אגריפס וברניקי והביאו את השלל אל יוסף במגדל, אולם זה סירב לתת להם חלק מהשלל והתכוון להשיב את הרכוש לבעליו. בתגובה, הלכו הצעירים הזועמים בלילה לכפרים באזור טבריה והודיעו לתושביהם שיוסף הוא בוגד. לפנות בוקר הגיעו אלפי אנשים חמושים להיפודרום במגדל ודרשו להדיח אותו מתפקידו. כמה אנשים חמושים הגיעו לביתו של יוסף, שננטש על ידי שומריו, בכוונה להרוג אותו, אולם יוסף חמק מביתו והגיע אל ההיפודרום כדי לדבר אל ההמון וטען כי שמר את השלל לצורך בניית החומה של מגדל והבטיח לבצר גם את טבריה. הקהל האמין לדבריו והתפזר לביתו.
תושבי טבריה החליטו לפעול בשני ערוצים במקביל. הם דרשו מיוסף להתחיל בבניית החומה שהבטיח להם, אך גם כתבו לאגריפס שהחליטו לעבור לצדו וביקשו ממנו שישלח צבא להגן עליהם. כעבור 3 ימים מתחילת בניית החומה, נראו כמה פרשים רומיים בקרבת העיר, מה שעורר בקרב התושבים את התקוה שצבאו של אגריפס הגיע ואלה החלו בקריאות תמיכה במלך וגידופים נגד יוסף. כשנודע ליוסף במגדל על החלטת תושבי טבריה להפר את בריתם איתו, הוא החליט להשיב את מרותו עליהם מיד, אלא שמכיוון שהיה זה ערב שבת, שחרר קודם לכן את חייליו וכך נותר עם שבעה מלווים חמושים בלבד. במקום עימות חזיתי, בחר שוב להשתמש בתחבולה. הוא ציווה על הגברים במגדל להוריד סירות לים ולשוט כל אחד עם מלח אחד לטבריה. אנשי טבריה, שנוכחו לדעת שצבא אגריפס לא הגיע, אך לעומת זאת הגיעו מן הים 230 סירות, חשבו כי הן מלאות חיילים ונכנעו מיד וביקשו מיוסף שיחוס על עירם. יוסף נזף בהם על כך שהם "מכלים את כוחם במלחמות אחים", אף על פי שהחליטו על מלחמה ברומאים, ומלחמות אלו הן "לשמחת נפש שונאיהם". הוא דרש שימסרו בידיו את כל חברי מועצת העיר ורבים מנכבדיה, ושלח אותם בסירות למגדל כבני ערובה. בעקבות מאסרם, ביקשו התושבים מיוסף שיעניש את האיש שעורר את המרד, יהודי "צעיר עז לב ואמיץ" בשם קליטוס. בהוראת יוסף, נאלץ הצעיר לקצץ בעצמו בחרבו את ידו השמאלית וכך המרד הגיע לסיומו. כשחזר למגדל, הוציא יוסף את ראשי טבריה מהמאסר, ובהם גם יוסטוס ואביו, והזמין אותם לסעודה, במהלכה אמר להם כי הוא מכיר את עוצמת כוחו של הצבא הרומי אך נמנע מלדבר על כך בפני המורדים, וכי הוא מייעץ גם להם "לחכות לשעת הכושר".
יוחנן שלח שליחים לירושלים, לבקש משמעון בן גמליאל שישכנע את חבריו בממשלת המרד להעביר את יוסף מתפקידו בגליל, ולטענת יוסף, ביקש ממנו לקבל בעצמו את התפקיד ואף הזהיר כי אם לא ייעצר בזמן, יבוא יוסף עם צבאו לירושלים להיות בה "מושל עריץ". שמעון בן גמליאל היה חברו של יוחנן, אך יוסף מתוודה גם כי איתו, עם יוסף, "לא היה לבו שלם". שמעון שכנע את הכוהנים הגדולים לשעבר חנן בן חנן ויהושע בן גמלא ואישים נוספים להעביר את יוסף מתפקידו ולהרחיק אותו מהגליל והאיץ בחנן וחבריו למהר לעשות זאת, לפני שהעניין ייוודע ליוסף, שעלול להגיע עם צבאו ולהשתלט על ירושלים. לטענת יוסף, חנן חשב כי הדבר אינו פשוט, מאחר שיש ליוסף תמיכה בקרב רבים מן הכוהנים הגדולים ומראשי העם, אולם בסופו של דבר החליטו חנן ואנשיו לגרש את יוסף מהגליל ושלחו ארבעה שליחים לגליל, ובראשם פרושי בשם יונתן, להודיע על פיטוריו של יוסף. השליחים יצאו בלוויית מאות חמושים, והפקודה שניתנה להם הייתה להביא את יוסף חי לירושלים, ואם יתנגד - להורגו. במקביל, נשלח מכתב ליוחנן המורה לו להתכונן להילחם בו ונשלחו מכתבים לערים הגדולות של הגליל, ובהם פקודה לשלוח ליוחנן סיוע צבאי.
יוסף מספר כי הדברים הללו נודעו לו ממכתב שקיבל מאביו בירושלים, שקיבל את המידע הפנימי מיהושע בן גמלא, שהיה ידידו של יוסף. הוא מספר כי הצטער מאוד בשל בקשותיו של אביו במכתבו לבוא אליו לירושלים, כדי שיוכל לראותו לפני מותו. הוא החליט שכעבור 3 ימים יעזוב את הגליל ויחזור לירושלים ועדכן את ידידיו בגליל על החלטתו. לדבריו, ידידיו הפצירו בו שלא יעזוב אותם אך הוא בחר להתעלם מבקשותיהם כי חשש לחייו. מתוך פחדם מפני אנארכיה ושלטונם של "השודדים", הפיצו ידידיו את השמועה על עזיבתו הצפויה, שהביאה תושבים רבים מהגליל להגיע לשיחין, המקום בו חנה יוסף באותו הזמן, כדי לבקשו להישאר. יוסף מסביר באופן מפוכח את המניע לבואם: "לא מרוב אהבתם אלי כי אם מחרדתם לנפשותיהם". באותו הלילה שינה את דעתו והחליט להישאר. הוא אסף אלפי אנשים חמושים, בנוסף לאלפי החיילים והפרשים שאיתו ויצא לכבול ליד עכו, שם נערך לקרב נגד פלקידוס, שנשלח על ידי קסטיוס גאלוס לשרוף את הכפרים הקרובים לעכו וכבר שפך סוללה לפני העיר. אולם מלבד "קרבות זעירים", עימות רציני לא התרחש.
המשלחת מירושלים בגליל.
המשלחת מירושלים הגיעה לגליל ובינה ובין יוסף החלה מתנהלת מלחמה פסיכולוגית. יונתן שלח מכתב אל יוסף ובו ביקש ממנו להגיע בלוויית אנשים מעטים בלבד אל הכפר כסלות בו חנתה המשלחת, כביכול כדי לדון בדרך הטיפול בהטלת מרות על יוחנן. יוסף השיב במכתב למשלחת כי ישמח למסור להם את הפיקוח על הגליל ולחזור לירושלים, אולם לא יוכל להגיע אליהם כי הוא עסוק במערכה נגד פלקידוס, שמתכנן לעלות על הגליל, ולכן הוא מזמין את המשלחת אליו. את המכתב שלח עם 30 "מנכבדי הגליל" שנצטוו לברך את צירי המשלחת אך נאסר עליהם לדבר איתם מעבר לכך ולכל אחד מהם הצמיד חייל שישגיח על כך. המשלחת שלחה מכתב שני ובו פקדה על יוסף להגיע בתוך יומיים אל הכפר גברות (גברה) ללא אנשי צבא. בינתיים, עברה המשלחת בין כמה כפרים בגליל ולטענת יוסף, בכל אחד מהם התקבלה על ידי התושבים בקריאות תמיכה בו ועוינות כלפיה. כאשר הגיעה לגברה נפגשה המשלחת עם יוחנן וחייליו. יוסף לקח איתו את חייליו והגיע ליודפת ומשם כתב למשלחת תשובה, כי הוא מוכן לפגוש אותה בכל מקום בגליל, מלבד גוש חלב, עירו של יוחנן, וגברה, הכפר שכרת איתו ברית. המשלחת לא השיבה, אלא כנסה אספה אליה הוזמן גם יוחנן, כדי להחליט מה לעשות.
על פי הצעת יוחנן, החליטה המשלחת לשלוח מכתבים לכל הערים והכפרים בגליל וגם לירושלים, הקוראים למלחמה ביוסף "כבאויב העם", ואמורים להטיל פחד על תומכיו ולגרום להם לנטוש אותו. יוסף ציווה להציב משמר של מאות חיילים על הדרכים המובילות מגברה אל הגליל ואל ירושלים ולאסור את כל העוברים והשבים שיש בידם מכתבים. במקביל, אסף צבא וחנה מול גברה. המשלחת התבצרה בבניין גבוה בכפר וחיכתה לכניסתו של יוסף פנימה. כאשר נכנס יוסף לכפר, נכנס למלון מול הבית בו התבצרו ועשה עצמו ישן. המשלחת המתבצרת ניצלה את ההזדמנות ויצאה לשכנע את אנשיו של יוסף כי יש להם "מפקד רע". הגליליים הביעו תמיכה במפקדם ויוסף יצא להתעמת עם המשלחת. הוא ציווה על חבריה להישאר במקומם בזמן שהוא מוכיח אותה ומראה וקורא את מכתביה לקהל האוהד. ההמון הזועם התנפל על חברי המשלחת, אך יוסף בלם אותו ושחרר את המותקפים, אז הוציאו האנשים את זעמם על הבית בו התבצרה המשלחת. כדי שלא יואשם "כמעורר למלחמת אחים", ציווה יוסף על ההמון ללכת אחריו לכפר סיכני, שם הרגיע את האנשים ופקד על מאה אנשים זקנים ללכת לירושלים, להתלונן על חברי המשלחת "מחרחרי הריב" ולבקש מהשלטון שיורה לו להישאר בגליל ויורה למשלחת לשוב לירושלים.
כעבור 3 ימים שלח יוסף בסודיות את המשלחת שלו בלוויית אנשים חמושים וביקש מ"ידידיו" בשומרון, שהייתה כבר בידי הרומאים, שידאגו לשלומם בדרכם. את מקום מושבו העביר אז לכפר יפיע. המשלחת מירושלים לא עזבה את הגליל, ובהזמנת ראש העיר, נסעו חבריה לטבריה וניסו לשכנע את יריביו של יוסף למרוד בו. ליוסף נודע על כך והוא הציב בטבריה מרגלים שיודיעו לו את מה שמדובר בעיר. למחרת התאספו תושבי טבריה בבית הכנסת הגדול בעיר. יונתן, ראש המשלחת הירושלמית, חשש לדבר בגלוי נגד יוסף ואמר רק כי לטבריה "נחוץ מפקד מעולה". ראש העיר, לעומתו, פנה אל התושבים ואמר שמוטב להם להישמע לראשי המשלחת. דבריו קיבלו את תמיכתו של יוסטוס אך נותרו ללא הסכמת הנאספים והמשלחת דחתה את האספה למחרת. בבוקר הגיע יוסף לטבריה והאספה בבית הכנסת כבר בעיצומה. יונתן וחבריו האשימו אותו בכך שחי חיי מותרות ולא הקל את סבל המלחמה של העם והציגו ארבעה מכתבים שנכתבו אליהם מתושבים בגבולות הגליל, שמבקשים עזרה כנגד התקפה רומית שעתידה להתרחש כעבור יומיים. התושבים האמינו לתוכן המכתבים והחלו להפציר ביוסף שיצא לעזרתם. בתגובה לכך, הציע יוסף לחלק את הצבא ל-5 חלקים ולשים בראש כל אחד מהם את אחד מראשי המשלחת, מאחר שמהמכתבים משתמע כי הרומאים מתכוונים לתקוף בארבעה מקומות שונים. אחד מראשי המשלחת הציע להמון שלמחרת יכריזו יום תענית, יום שבו אסור גם לחגור נשק. יוסף נאלץ להסכים לכך וראשי המשלחת הודיעו ליוחנן להגיע בבוקר עם חייליו.