שורצקופן ופניצארדי מצדם, הופתעו כליל כשהתפרסמה בעיתונים האשמתו של דרייפוס. שניהם סברו בתחילה שאולי דרייפוס פעל ישירות דרך המטכלי"ם שלהם ולא דרכם, ולפיכך מיהרו ליצור עמם קשר. ב-2 בנובמבר כתב פניצארדי לקומנדו סופרמו ברומא, מברק בנוסח: "אם לקפיטן דרייפוס אין כל קשר אתכם רצוי להורות לשגריר לפרסם הכחשה רשמית, כדי למנוע פרשנות העיתונות". עוד באותו היום הגיעה מרומא התשובה: "למטכ"ל האיטלקי ולכל השירותים הקשורים אתו לא היה כל קשר, לא במישרין ולא בעקיפין, עם הקפיטן דרייפוס". המברק הראשון נקלט בידי המודיעין הצרפתי, אך לא המברק השני. בתחילה לא ייחסו לו חשיבות, אולם בהמשך עתיד "מברק פניצארדי" להפוך לאחד המסמכים החשובים בפרשה. בשל טענות חלק מהעיתונים כי דרייפוס ריגל עבור איטליה, הוציאה ממשלת איטליה הכחשה רשמית. עם זאת, מכיוון שאיטליה הייתה חברת הברית המשולשת, הציבור הצרפתי לא האמין להצהרה זו. היו אפילו שמועות כי דרייפוס נגרר לעולם הריגול בידי מרגלת איטלקייה שפיתתה אותו.
גרמניה מצדה, שמרה בתחילה על שתיקה. אולם ב-9 בנובמבר התפרסמה בעיתון לה פאטרי ידיעה, על פיה המסמכים המפלילים את דרייפוס נגנבו משוורצקופן. השגריר הגרמני, הרוזן צו מינסטר, לא יכול היה לשתוק יותר. הוא שוחח עם שוורצקופן, אשר הבטיח לו שמעולם לא היה לו כל קשר עם דרייפוס. שניהם כתבו לווילהלמשטראסה והכחישו כל קשר לדרייפוס. ב-10 בנובמבר מינסטר הוציא הצהרה רשמית ללה פיגארו, אשר על פיה: "מעולם לא קיבל אוברסט פון שוורצקופן מכתבים מדרייפוס. מעולם לא עמד עמו בקשרים כלשהם, ישירים או עקיפים. אם קצין זה אשם בפשע שמייחסים לו, אין שגרירות גרמניה מעורבת בפרשה זו". עם זאת, העיתונות הצרפתית ביטלה הצהרה זו מכל וכל בעקבות הראיון הנזכר של מרסייה, אשר בו טען כי האשמה של דרייפוס ברורה ומוחלטת. ביום פרסום הראיון, נפגש מינסטר עם הנוטו והכחיש כל קשר של השגרירות הגרמנית עם דרייפוס. הנוטו הטיל על אחד מעוזריו, מוריס פאליאולוג (אשר לימים הפך לאחד המתעדים החשובים של הפרשה), לברר את העניין מול המשרד הסטטיסטי. פאליאולוג נפגש עם אנרי, אשר הבהיר לו בצורה שאינה משתמעת לשני פנים כי הבורדרו בבירור נמצא בסל הניירות של שוורצקופן. הנוטו היה מופתע מהכחשה כה מחוצפת מצדם של הגרמנים, אולם כאמור לעיל, היה מודע למצב השברירי בו נמצאים יחסי גרמניה-צרפת, ולפיכך הרגיע את מינסטר והצהיר כי "ממשלת צרפת מתקוממת נגד מסע זה החורג מכל מידה סבירה ואין לסובלו עוד". מינסטר דרש הכחשה רשמית, וסוכנות הידיעות של הצבא אכן הוציאה הכחשה ב-30 בנובמבר. עם זאת, ההודעה הייתה מתונה ולא ברורה כלל ומינסטר דרש הודעה חדשה. המצב הגיע לכדי משבר דיפלומטי. לימים טען מרסייה כי גרמניה עמדה להכריז מלחמה ובואדפר כבר התכונן להורות על גיוס כללי. עם זאת, בסופו של דבר הגיעו הצדדים לפשרה, וב-13 בדצמבר פורסמה הכחשה נמרצת השוללת מכל וכל את מעורבותה של שגרירות גרמניה בכלל ושל מינסטר בפרט. הודעה זו סיפקה את הגרמנים, אולם לא הייתה לה כל משמעות בעיני הציבור הצרפתי, אשר היה משוכנע בביטחון שגרמניה היא זו שהפעילה את דרייפוס.
משפט והגליה.
בניית התיק כנגד דרייפוס.
פרשת דרייפוס הייתה כל כולה באחריותו של מרסייה. הנשיא פרייה וראש הממשלה דופוי מאסו בשערוריות מסוג זה, והפקידו את כל העניין בידיו. אי לכך, הוא ידע היטב שאם דרייפוס יזוכה האחריות תיפול עליו בלבד, ועיתוני השמאל כבר החלו לרמוז לאפשרות הזו. כדי למנוע תרחיש כזה, הוא פנה אל סאנדהר ואנשי צוותו והורה להם להרחיב את התיק כנגד דרייפוס. סאנדהר עבר על כל המכתבים שהצטברו בארכיון המשרד הסטטיסטי בשנים הקודמות, ובסופו של דבר מצא מסמך אשר זכה בכינוי "המנוול ד". מדובר בפתק ששוורצקופן שלח לפניצארדי ואשר נכתב בו: "מצורפות בזה שתים עשרה מפות הכוונה של העיר ניס שאותו מנוול 'ד' מסר לי בעבורך". האות "ד" עוררה את תשומת לבם של סאנדהר ואנשי צוותו, אשר החליטו ש"ד" הוא דרייפוס. לאמיתו של דבר, הפתק נשלח עוד ב-1892 וכוונתו היא לפקיד בשם דובוא, אשר מכר לגרמנים תוכניות של ביצורי ערים. סאנדהר ידע על סחר התוכניות הזה, וידע שדרייפוס לא קשור אליו, אולם החליט להתעלם מכך.
מכתב "המנוול ד" היה למעשה המסמך המרשיע היחיד שהצליח סאנדהר למצוא, אולם הוא החליט להתמקד בהוכחה שאכן פעל מרגל בצבא הצרפתי, ולהסתמך על הראיות הקיימות כדי להוכיח שאותו מרגל הוא אכן דרייפוס. הוא מצא מכתב נוסף מפניצארדי לשוורצקופן, אשר נודע כ"מכתב ד'אביניון" או "מכתב הדן בצווי הגיוס" (מוצג בתבנית בצד שמאל). במכתב זה, הזכיר פניצארדי כי לשוורצקופן ישנו ידיד בצבא הצרפתי. כמו כן, מצא סאנדהר דיווח מהנספח הצבאי הספרדי בפריז, המרקיז ואל קרלוס, אשר ממנו ניתן היה להבין כי ישנו מרגל בצבא צרפת. סאנדהר ואנרי שינו את הנוסח של הדו"ח, והפכו אותו לאזהרה מפורשת בדבר מרגל במטכ"ל הצרפתי. זה היה המעשה הפלילי הראשון של סאנדהר וחבורתו במהלך הפרשה, והוא לא יהיה האחרון. לא ברור אם מרסייה ידע שהדו"ח של ואל קרלוס מזויף או לא. כמו כן, צורף לתיק מכתב קטוע של שוורצקופן לממונים עליו, אשר מכמה מילים המופיעות בו ניתן להבין כי קצין בצבא צרפת הציע לו את שירותיו והוא דרש את תעודת הקצין שלו כראיה. כל המסמכים הללו נותרו בידי התביעה, להגנה כלל לא נודע על קיומם.
המשפט הצבאי.
המשפט נפתח ב-19 בדצמבר באולם המשפט של בית הכלא שרש־מידי. דרייפוס ניצב מול שבעה שופטים, אשר בראשם עמד הקולונל אמיליין מורל (Émilien Maurel). דמאנז' שימש כסנגורו של דרייפוס, ולוטננט קולונל בריסה (Brisset) שימש כתובע מטעם המדינה. דמאנז', כאמור לעיל, עבר לפני כן על התיק, וידע היטב שהאשמה מתבססת על ראיות קלושות. עם זאת, הוא גם ידע עד כמה חשובה האשמתו של דרייפוס לאנשים רבים, ולפיכך ייתכן שהמשפט יהיה מוטה מראש. תקוותו היחידה הייתה נציגי העיתונות הלא־משוחדת שיבחינו בעוול שנעשה. אולם בימים שלפני המשפט, עלה הדיון האם לקיים את המשפט בדלתיים סגורות או פתוחות. עיתוני הימין צידדו בעריכת המשפט בדלתיים סגורות כדי למנוע משבר דיפלומטי עם גרמניה. עיתוני השמאל לעומת זאת, צידדו בעריכת המשפט בדלתיים פתוחות. דמאנז' חשש מהאפשרות שהמשפט יערך בדלתיים סגורות, ולפיכך תכנן להקריא את עיקרי טענותיו עוד לפני שהעיתונאים יצאו.
כצפוי, עם תחילת המשפט, דרש בריסה לקיים את הדיון בדלתיים סגורות. דמאנז' החל מיד להקריא את סיכומיו, אולם מורל קטע אותו באמצע ויצא לדיון בחוץ עם שאר השופטים. כעבור רבע שעה הם חזרו והחליטו על המשך הדיון בדלתיים סגורות. כל הנוכחים עזבו את האולם, כולל מתייה. פרט לדמאנז' ובריסה, נותרו באולם שני אנשים נוספים. היו אלו שר המשטרה לואי ל'פין ולוטננט קולונל ז'ורז' פיקאר. כאמור לעיל, פיקאר סייע בלכידתו של דרייפוס וכעת החליטו מרסייה ובואדפר למנותו כמשקיף מטעמם במשפט. נוכחותם הייתה שלא כחוק, אולם מורל התעלם מכך. בין העדים הבולטים שהופיעו, נמנו פאבר, גונז, ד'אבוביל ופאטי. חשיבות רבה יוחסה לעדותו של אנרי, אשר הוסמך בידי מרסייה להעיד מטעם המשרד הסטטיסטי. אנרי העיד:
אנרי נשבע תחת צלב שוודאי לו שדרייפוס אשם. העדות והשבועה השפיעו עמוקות על השופטים. כמו כן, הופיעו עדי אופי רבים אשר רובם דיברו בגנותו של דרייפוס. הם העידו שהיה גרמנופיל וחטטן. אך עם זאת, עלו גם כמה עדים שדיברו בשבחו. ביום שלמחרת הופיעו המומחים לכתבי יד, אשר כאמור נחלקו בדעותיהם, וכן עדים רבים נוספים, אשר רובם העידו דווקא בעד דרייפוס. ב-21 בדצמבר נאם בריסה בפני בית המשפט, אולם לא חידש דבר ורק שעמם את השופטים. דמאנז' נפגש עם מתייה, והצהיר שעל פי מהלך המשפט הנוכחי אמור אחיו להיות מזוכה, אולם הוא חשש שמרסייה יפעל מאחורי הקלעים כדי להטות את הדין. למחרת, נאם דמאנז' במשך שלוש שעות. הוא הוכיח תחילה כי הבורדרו לא נכתב בידי דרייפוס. הוא הוכיח כי לדרייפוס לא היו בעיות כספיות אשר יכלו לאלץ אותו לבגוד. ירושה שקיבל מאביו, והנדוניה הנכבדה שהביאה אשתו, הפכו את הכנסתו לשוות ערך לזו של גנרל. הוא הפריך את הרכילויות כנגד דרייפוס והוכיח שלא היה לו גם מניע אידאולוגי. השופטים יצאו להתייעצות אחרונה, בעוד משפחת דרייפוס מתכנסת בביתו של מתייה מצפה לגזר הדין. שררה שם אווירה של אופטימיות זהירה. דרייפוס עצמו היה משוכנע שעומדים לזכות אותו.
התיק הסודי וגזר הדין.
בעוד מורל ושאר השופטים יוצאים מהאולם, ניגש פאטי אל מורל והגיש לו מעטפה חתומה. הוא אמר: "נתבקשתי להעיר את תשומת לבך להערה חשובה בתוך המעטפה, וששר המלחמה ביקש להודיע על תוכנה לשופטים בלבד בשעת התייעצותם". הגשת מסמכים לשופטים בלי שתינתן להגנה האפשרות לעיין בהם, נחשבה למעשה פלילי בעליל. מרסייה עשה זאת בלי להודיע לפרייה ודופוי או לשום פוליטיקאי אחר. המעטפה, אשר נודעה בכינוי "התיק הסודי", כללה את מכתב "המנוול ד", את מכתב ד'אביניון (אשר צורף אליו "פירוש" מאת פאטי), את המכתב הקטוע של שוורצקופן, וכן ראיות נסיבתיות שוליות. לא ברור עד כמה השפיע התיק הסודי על החלטתם של השופטים. מורל טען לימים שקרא רק מסמך אחד, מכיוון שכבר החליט לפני כן שדרייפוס אשם. בשבע וחצי יצאו השופטים בהכרזה הדרמטית: .