גישתו של לינץ' כלפי שאלת צפון אירלנד והיישום של מדיניות מפלגת פיאנה פול בסוגיה, הראו שוב למבקריו שהוא למעשה היה מנהיג חזק והחלטי. מיומנויות המנהיגות החזקות שלו ונחישותו באו באופן ברור לידי ביטוי ב-1970, כאשר טענות, שמאוחר יותר הוכחו בבית משפט כבלתי נכונות, למרות שהן עוררו תהיות מאז, ששר החקלאות הרפובליקני הקנאי, ניל בלייני ושר האוצר צ'ארלס הוהי, היו מעורבים בניסיון להעביר סיוע בסך של 100,000 ליש"ט כדי לייצא כלי נשק לצבא האירי הרפובליקני. שני השרים הודחו לאחר סחבת שהייתה בהתחלה מצדו של לינץ', שר המשפטים מייקל או'מוריין התפטר יום קודם לכן ושר רביעי, קווין בולנד, יחד עם מזכירו הפרלמנטרי, התפטר לאות סולידריות עם הוהי ובלייני. הפרשה כולה, שנודעה כשערוריית הנשק, אפשרה ללינץ' להשליט סדר בממשלתו, אך בסופו של דבר הובילה לפילוג עמוק בפיאנה פול במשך העשורים הבאים. כיום רווחת האמונה שלינץ' ידע על מעשיהם של השרים ופעל רק כאשר לא הייתה לו ברירה.
חברות בשוק האירופי המשותף.
אחת מנקודות השיא בתקופת כהונתו הראשונה של לינץ' כראש ממשלה, וככל הנראה אחת החשובות בהיסטוריה האירית המודרנית, הייתה כניסתה של אירלנד לשוק האירופי המשותף. לינץ' הוביל באופן אישי את הבקשה לחברות ותוצאות משאל העם שהתקיים באירלנד בנושא, הראו שהציבור היה מאחוריו. אירלנד הצטרפה לשוק האירופי המשותף יחד עם שכנתה בריטניה ויחד עם דנמרק ב-1 בינואר 1973. פטריק הילרי היה לנציגה הראשון של אירלנד בנציבות האירופית. כשמונה הילרי לתפקיד הרוויחה אירופה את אחד הפוליטיקאים האירים המנוסים ביותר, בעוד שלינץ' איבד את אחד מבעלי בריתו הקרובים. כניסתה של אירלנד לשוק האירופי המשותף הייתה שיאו של עשור של הכנות שהחלו על ידי לינץ' וקודמו בתפקיד שון למס, שלרוע המזל לא זכה לראות את מה שעשוי היה להיות הישגו הגדול ביותר.
באופוזיציה.
בעקבות שערוריית הנשק הייתה ציפייה שממשלתו של לינץ' תקרוס, אך היא שרדה עד 1973. לינץ' רצה לקיים בחירות כלליות בסוף 1972 אך המזל לא האיר לו פנים והתאריך לבחירות נקבע לפברואר 1973. ממשלתו של לינץ' הובסה על ידי קואליציה של מפלגת פינה גייל ושל מפלגת הלייבור. ליאם קוסגרייב נבחר לתפקיד ראש הממשלה ולינץ' מצא עצמו על ספסלי האופוזיציה בפעם הראשונה מזה 16 שנים. יחד עם זאת, האהדה הציבורית כלפי לינץ' נותרה איתנה, עד כי במהלך שנותיו כמנהיג האופוזיציה הוא זכה לעיתים לכינוי "הטישך האמיתי".
במהלך התקופה בה היה מחוץ לשלטון נחל לינץ' הצלחה במידת מה. הוא השיג סוף סוף שליטה במפלגתו, נטרל את אלה שקראו תגר על מנהיגותו במהלך שערוריית הנשק ויזם את חזרתה לשלטון של פיאנה פול על ידי הבטחת בחירתו של מועמד המפלגה לנשיאות אירלנד, ארסקין המילטון צ'ילדרס ב-1973, כשהוא מביס את מי שנראה כבעל הסיכויים לנצח, המועמד של הקואליציה, טום או'היגינס.
ב-1975 התיר לינץ' להוהי לשוב לספסלים הקדמיים של המפלגה כדובר בענייני בריאות. ביקורת רבה נמתחה על לינץ' על צעדו זה. באותה שנה פרסם הדובר של המפלגה בנושאי חוץ, מייקל או'קנדי, מסמך עמדות של המפלגה שקרא לנסיגת הכוחות הבריטים מצפון אירלנד. המסמך היה מושתת על שורשיה הרפובליקנים של המפלגה, ולמרות שלינץ' לא היה שבע רצון ממנו, הוא לא מנע את פרסומו.
חילוקי דעות החלו לשסע את הקואליציה כשנשיא אירלנד, קרול או'דלה התפטר ב-1976, כאשר הוא כונה על ידי שר ההגנה, פדי דונגן, "חסר תקנה". קוסגייב סירב לפטר את שר ההגנה שלו והאהדה הציבורית כלפי הממשלה התדרדרה. השר לשעבר בממשלות פיאנה פול ובעל ברית של לינץ', פטריק הילרי, מונה בסופו של דבר לתפקיד הנשיא השישי של אירלנד.
ב-1977, למרות שהיה ברור שהיא לא פופולרית לחלוטין, חשה ממשלת הקואליציה בטוחה בעצמה בנוגע לצפי לתוצאות הבחירות שנקבעו ליוני. שר הפנים ג'יימס טולי, על פי סמכותו, שינה את גבולותיהם של מחוזות הבחירה באופן שיקנה יתרונות למועמדיהם של מפלגת פינה גייל ושל מפלגת הלייבור. בסופו של דבר, תוצאות הבחירות היוו תבוסה למפלגות הקואליציה שהובסו על ידי פיאנה פול, שזכתה ברוב מוחץ בפרלמנט. לינץ' עצמו השיג את אחוזי ההצבעה הגבוהים ביותר במדינה. למרות שנראה היה שהרוב הפרלמנטרי הגדול נזקף להיותו של לינץ' נכס אלקטורלי, למעשה המפלגה חזרה לשלטון בעקבות בחירתם של חברי פרלמנט חדשים שלמעשה התנגדו ללינץ' ורצו לראותו פורש.
כהונה שנייה כראש ממשלה.
בראשית תקופת כהונתו השנייה כראש ממשלה, החליט לינץ' שהוא לא יהיה זה שיוביל את מפלגתו במערכת הבחירות הבאה. ינואר 1980 נראה לו כתאריך פרישה אפשרי, אם כי לא באופן סופי. בתקופה זו, עקב שילוב של רוב פרלמנטרי משמעותי והחיפוש אחר מנהיג חדש, החלה המשמעת המפלגתית להתדרדר.
כלכלה.
במצע המפלגה של בחירות 1977 הבטיחה פיאנה פול לנקוט בשורה של צעדים כלכליים. צעדים אלה כללו את ביטולם של המס על הרכב ומס רכוש ושורה של צעדים נוספים המטיבים עם הציבור. משרד ממשלתי חדש לתכנון ופיתוח כלכלי הוקם כדי לדחוף את הכלכלה התשושה של אירלנד וכדי ליישם את קווי מצע הבחירות. הממשלה ביטלה את המיסים המקומיים על הרכוש ומספר המובטלים ירד מ-106,000 ב-1977 ל-90,000 ב-1979. יחד עם זאת, פעולות אחרות שבוצעו לא היו מוצלחות במיוחד. ב-1978 נרשם באירלנד הגרעון הגבוה ביותר למדינה מפותחת בשיעור של 17.6%. החוב הלאומי גדל ב-2 מיליארד ליש"ט באותה תקופה, התקיימו הפגנות של עובדים, מחירי החשמל עלו ומשבר האנרגיה של 1979 הקשה על הממשלה במדיניותה הכלכלית.
המשמעת המפלגתית.
1978 עמדה בסימן התרופפות במשמעת המפלגתית. מרידה גלויה בקרב יושבי הספסלים האחוריים התחוללה כאשר שר האוצר, ג'ורג' קולי, ניסה לכפות גביית היטל של 2% על החקלאים. למרות שההיטל זכה לאהדה ציבורית, קולי נאלץ לסגת מהחלטתו באופן משפיל עקב דרישתם של יושבי הספסלים האחוריים וסמכות הממשלה החלה להתערער.
עימות דומה התחולל על רקע ההצבעה על חוק תכנון המשפחה שהוגש לפרלמנט על ידי שר הבריאות, צ'ארלס הוהי. במסגרת הצעת החוק הוצע שרק אנשים נשואים יוכלו לקבל, לפי מרשם רופא, אמצעי מניעה, מה שתואר כ"פתרון אירי לבעיה אירית". ג'ים גיבונס, שהיה קתולי מסור, ויריב משובע של הוהי, לא הצליח להגיע להצבעה החשובה. הייתה זו הפעם הראשונה בה חבר פרלמנט, לא כל שכן שר בממשלה, התייחס בבוז למצליף המפלגתי של פיאנה פול ופגע בסמכותו של לינץ' כאשר זה לא הצליח להדיח את השר מהממשלה ומהסיעה בפרלמנט. בנוסף לכך, קבוצה של יושבי הספסלים האחוריים החלו לקדם לובי למען בחירתו של הוהי כמנהיג המפלגה.
התפטרות.
1979 הייתה שנה שבה הבין לינץ' סוף סוף שכוחו הפוליטי כבר לא מה שהיה בעבר. הבחירות הישירות הראשונות לפרלמנט האירופי התקיימו ביוני ועל פי תוצאותיהם נראה היה שציבור הבוחרים העניש את מפלגת פיאנה פול. שביתת דואר של חמישה חודשים גרמה אף היא לזעם בציבור. ב-27 באוגוסט התנקש הצבא האירי הרפובליקני בחייו של לואי מאונטבאטן במחוז סלייגו. באותו יום הרג הצבא האירי הרפובליקני 18 חיילים בריטים בווארנפוינט שבמחוז דאון שבצפון אירלנד. דיונים על הגברת הביטחון ועל שיתוף פעולה בין שתי המדינות התקיימו עם ראש ממשלת בריטניה החדשה מרגרט תאצ'ר. דיונים אלה גרמו לסיל דה ואלירה (חברת פרלמנט מיושבות הספסלים האחוריים ונכדתו של איימון דה ואלירה) לאתגר את ההנהגה בנאום שנשאה בטקס לזכרו של ליאם לינץ' (בכיר בצבא האירי הרפובליקני שנהרג במלחמת האזרחים האירית) ב-9 בספטמבר. למרות שג'ק לינץ' ניסה במהרה לכפות משמעת סיעתית ונפגש עם דה ואלירה ב-28 בספטמבר בניסיון לכפות עליה את המשמעת המפלגתית, הדגישה דה ואלירה שהיא לא מתנגדת למדיניות המפלגה הקוראת להסכמה בריטית לנסיגה מהצפון. לינץ' היה במבוכה.
ביקורו של האפיפיור יוחנן פאולוס השני באירלנד, שהתקיים במהלך ספטמבר, היווה אתנחתא מהקלחת הפוליטית עבור לינץ'. בנובמבר, זמן קצר לפני שהוא המריא לביקור בארצות הברית, הוא החליט שהוא יגיש את התפטרותו בסוף השנה. האירוע המכריע שגרם ללינץ' להחליט על צעדיו היו החדשות שפיאנה פול איבדה שני מחוזות בחירה בעיר הולדתו, קורק, בבחירות הביניים. בנוסף, במהלך מסעו, טען לינץ' בריאיון לוושינגטון פוסט שבשיחות עם תאצ'ר הוסכם על מסדרון אווירי ברוחב של חמישה ק"מ על הגבול, כדי להגביר את שיתוף הפעולה הביטחוני. הודעה זו הרתיחה את דמם של רבים בפיאנה פול. עם שובו מארצות הברית התעמת לינץ' באופן גלוי עם סיל דה ואלירה ועם רפובליקנים נוספים, בין השאר מאנשיו של הוהי, בישיבת הסיעה בפרלמנט. לינץ' הבהיר שלא הותר לבריטים לחצות את הגבול בטיסותיהם. הדברים שנאמרו בפגישה הודלפו לתקשורת ולינץ' הואשם בכך שהוליך את המפלגה שולל. ג'ורג' קולי, האיש שלינץ' ראה בו את יורשו, נפגש איתו והפציר בו להתפטר מוקדם ככל האפשר. קולי היה משוכנע שיש לו מספיק תמיכה כדי להביס את המועמד הנוסף, צ'ארלס הוהי ושעל לינץ' להתפטר בהקדם כדי לנצל את ההזדמנות. לינץ' נעתר להפצרות וב-5 בדצמבר 1979 הגיש את התפטרותו כמנהיג המפלגה, בהיותו בטוח שלרשותו של קולי עומדת התמיכה המספקת לבחירתו. אף על פי כן, הוהי ותומכיו התכוננו במשך חודשים כדי להשתלט על תפקיד מנהיג המפלגה והתפטרותו של לינץ' לא הפתיעה אותם. הוהי ניצח את קולי בניצחון דחוק וירש את לינץ' בתפקיד ראש הממשלה. לינץ' המשיך לשבת על ספסלי הפרלמנט עד לבחירות של 1981 ואז פרש מהחיים הפוליטיים.
פרישה.