ב-1732 התמנה הרב יוסף מג'ורו (נהגה גם מצ'ורו) לרב הראשי ולאחר מותו ובמשך תקופה ארוכה לא מונה רב ראשי. ב-1773 התמנה הרב דוד פארדו לרב הראשי של האיילט ולאב בית הדין הרבני. בתקופה הקצרה בה כיהן, עלה בידיו לחדש הפעילות הקהילתית, לחולל התפתחות משמעותית בחינוך התורני, לארגן מחדש את תלמודי התורה ולהקים ישיבה. בנו, יצחק פארדו כיהן תחתיו עד 1810. ב-1815 התמנה משה דאנון לרב הראשי של הקהילה. ב-1820 נעצר הרב דאנון עם 10 מנכבדי קהילת סרייבו על ידי הוואלי מהמט רושדי פאשא (Mehmed Rušdi Pasha) ונדרש תמורתם כופר נפש בסכום גבוה. הם שוחררו לאחר התערבות הקהילה המוסלמית המקומית. ב-1830 החליט הרב דאנון לעלות לירושלים, אך בדרכו נפטר ליד העיירה סטולאץ ונקבר שם. יהודי סרייבו נהגו לעלות לקברו בכל שנה, ביום השנה לפטירתו, ומנהג זה נמשך עד שנות ה-50 של המאה ה-20. לאחר התפרקות יוגוסלביה וכינון בוסניה והרצגובינה חודש המנהג ובסטולאץ אף הוקם בית כנסת לעולי הרגל אשר מתוחזק על ידי אחת המשפחות המוסלמיות בעיירה. אחריו כיהן הרב מאיר בנימין מנחם דאנון בעל "באר בשדה", ספר פירושי רש"י. הוא כיהן עד 1839, עת עלה לירושלים.
ב-1840, קיבל רשמית הרב משה פירירה (Perera) מהשלטונות העות'מאניים את התואר חכם באשי בצו שכלל את תכולת תפקידו וממועד זה תפקיד הרב הראשי עוגן בתקנות העות'מאניות. בין 1849 ל-1852 כיהן בנימין דאנון. בין 1856 ל-1917 אוישה לפרקים משרת הרב הספרדי הראשי ופעל בית דין רבני ובראשו שלושה דיינים. מהם ניתן למנות את אברהם רומנו אשר כיהן כאב בית הדין עד לעלייתו לארץ ישראל ב-1917. באותו השנה התמנה הרב וההיסטוריון ד"ר מוריץ לוי לתפקיד הרב הראשי והוא מילא את תפקידו עד תקופת השואה.
כאמור, לאחר סיפוח בוסניה על ידי האימפריה האוסטרו-הונגרית התמסדה גם הקהילה האשכנזית וב-1885 מונה לרב הראשי האשכנזי ברנרד בוכוולד. השלטון האוסטרו-הונגרי תיקצב את פעולות מוסדות הקהילות בסרייבו, אם כי באופן נמוך משמעותית לעומת שאר הקהילות, גם בשקלול חלקה היחסי באוכלוסייה. ב-1911 תוקצבה הקהילה הנוצרית אורתודוקסית בכ-311 אלף כתרים אוסטריים, הקהילה המוסלמית בכ-239.5 אלף כתרים אוסטריים, הקהילה הקתולית בכ-159.5 אלף כתרים אוסטריים, הקהילה היוונית קתולית ב-15,000 כתרים אוסטריים, הקהילה האוונגליסטית ב-8,240 כתרים אוסטריים והקהילה היהודית ב-4,378 כתרים אוסטריים. הנושא הוביל למחאת נציג הקהילה, ד"ר ויטה אלקלעי, בסאבור הבוסני. אלקלעי טען כי היחס לקהילה היהודית מנוגד לסיכומי קונגרס ברלין בדבר זכויות המיעוטים. כפועל יוצא ממחאה זו הסכים הממשל להעלות את תקצוב מוסדות הקהילה ל-10,000 כתרים אוסטריים.
בין 1898 ל-1928 כיהן כרב הקהילה האשכנזית ד"ר שמואל וֶסֶל, ומ-1928 ועד לתקופת השואה ד"ר הינקו אורבך.
בתי הכנסת.
בסרייבו פעלו במהלך המאה ה-20 שמונה בתי כנסת נפרדים:
שני בתי כנסת שלא נבנו על ידי הקהילה:
בית הכנסת הספרדי "קהל ישן".
בית הכנסת "קהל ישן" (לאדינו: Kal viejo) נחנך ב-1581 בתוך מתחם השכונה היהודית "אל קורטיז'ו". במבנה שולבו עמודים תומכים וקשתות.
ב-1697, במהלך מלחמת האימפריה העות'מאנית-הליגה הקדושה (1699-1683), הועלה בית הכנסת באש וניזוק קשות. ב-1788 נחרב שוב בדליקה שפרצה במקום. ב-1794 אישר הוואלי העות'מאני לבני הקהילה לשקם את בית הכנסת. העבודות התמשכו לאורך שנים ארוכות והסתיימו ב-1827.
במהלך מלחמת העולם השנייה הושחת בית הכנסת, נבזז והופקע. הוא שימש בית מעצר ובהמשך מחסן ומאוחר יותר ננטש. לאחר המלחמה שופץ הבניין וב-15 באוקטובר 1966 נחנך בו "המוזיאון היהודי של בוסניה והרצגובינה". במהלך מלחמת בוסניה נסגר המוזיאון היהודי. ב-2004 נחנך מחדש תחת המוזיאון ההיסטורי של סרייבו וקיים בו גם חדר תפילה. בבית הכנסת מתקיימת תפילה אחת בשנה, ערבית של יום א' של ראש השנה.
בית הכנסת הספרדי "קהל גדול".
בית הכנסת "קהל גדול" (לאדינו: Kal Grande) מוקם בסמוך לגדות הנהר מיליאצקה בסמוך למבני ממשל וציבור. את מבנה בית הכנסת תכנן האדריכל היהודי מזאגרב רודולף לובינסקי. בנייתו החלה ב-1926 בעת שבה קהילת סרייבו הייתה נתונה בעיצומו של תהליך חילון. עיצובו וגודלו המרשימים של המבנה ומיקומו בסמוך למבני ממשל, נועדה למצבו כמקום רשמי, ממלכתי ובעל הוד, וזאת כדי לחזור ולחזק את האוריינטציה הדתית של הקהילה. בית הכנסת נבנה בעלויות נכבדות ולצורך בנייתו לוותה הקהילה כספים רבים. בסוף שנות ה-20 נקלעה יוגוסלביה למשבר כלכלי שלא פסח על בני קהילת סרייבו. הקהילה התקשתה להחזיר את ההלוואות והגיעה כמעט לפשיטת רגל. הוא נבנה בסגנון נאו-מורי והכיל 1,000 מקומות ישיבה. את המבנה עיטרה כיפה ושולבו בו עמודי תמך משיש בצבע טורקיז. הקירות היו מעוטרים בפרסקאות ושובצו בהם פסוקים מתנ"ך באותיות מזהב. הרצפה הייתה מכוסה בשטיחים ועל התקרה הותקנו נברשות. עוד הוקמו בתוך המבנה ארכיון, ספרייה ומוזיאון ובו הוצגו מסמכים ומוצגים רבים שעסקו בתולדות יהודי בוסניה. בספטמבר 1930 נחנך בית הכנסת.
כאמור, באפריל 1941 נפגע מבנה בית הכנסת מהפצצות הלופטוואפה ועם כניסת הוורמאכט לעיר נבזז המבנה בעיקר על ידי בני הקהילה המוסלמית. הביזה נמשכה יומיים, בית הכנסת רוקן לחלוטין מתכולתו ובכלל זה דלתותיו, חלונותיו וחפצי אמנות רבים. עם סיום הביזה הועלה בית הכנסת באש, התקרה הפנימית של המבנה קרסה בחלקה לתוכו והוא נותר ללא שימוש. לאחר תום מלחמת העולם השנייה, שופץ מבנה בית הכנסת, נמסר על ידי הקהילה היהודית כמתנה לרשויות העיר סרייבו וחדל לשמש כבית כנסת.
בית הכנסת הספרדי "קהל חדש".
בית הכנסת "קהל חדש" (לאדינו: Kal Nuevo/Muevo) ובו סגנון התפילה היה מודרני. בית הכנסת הוקם ב-1746. בית הכנסת הפסיק את פעילותו ב-1930 עם חנוכת בית הכנסת קהל גדול. המבנה לא נפגע במהלך מלחמת העולם השנייה. המבנה נותר בבעלות הקהילה היהודית. קומתו העליונה מושכרת לגלריה ובקומת הכניסה שוכן אולם תצוגות.
בית הכנסת הספרדי קהל די לה בילאווה.
בית הכנסת שכן בשכונת בְּיֶילָאוֶוה (Bjelave) בסרייבו אשר כונתה בפי יהודי העיר בילאווה (Bilava) ומכאן נגזר שמו בלאדינו: Kal Di La Bilava. ב-1892 נוסדה העמותה "חברת בית תפילה" על ידי אברהם פאפו ומטרתה להקים בית כנסת "פרטי" שלא באמצעות הקהילה בשכונת ביילאווה בה התגורר מספר גדול יחסית של יהודים. ב-1901 הוקם בית הכנסת. הבניין עוטר בחזיתו במגיני דוד ובתבליטי מנורת שבעת הקנים. בבית הכנסת פעלו שתי ישיבות: ישיבת "עונג שבת" וישיבת "אהבת בחורים". ב-1914 נוסדה במקום עמותה בשם "עזרת יתומים" על ידי בן ציון פינטו ומשה מאיסטרו (שכונה "חם בוכור", Ham Bohor). ב-1941 הופקע הבניין על ידי שלטונות האוסטאשה והוסב למתקן כליאה. בראשית המאה ה-21 נאבקו ראשי הקהילה בסרייבו לקבל את המבנה בחזרה לרשותם, וסירבו להצעה להפעילו בדמי שכירות סמליים.
בית הכנסת האשכנזי.
בית הכנסת האשכנזי בסרייבו הוא בית הכנסת היחיד הפעיל בסרייבו ושוכן על הגדה הדרומית של נהר מיליאצקה החוצה את העיר. בית הכנסת תוכנן על ידי האדריכל קארל פאז'יק והוא נחנך ב-30 בספטמבר 1902. הבניין נבנה בסגנון אדריכלי נאו-מורי. הוא בנוי בצורה מלבנית ובתוכו משולבות קשתות. בכל אחת מארבע פינות המבנה ניצב מגדל ועליו כיפה. הקירות והתקרה מעוטרים. בכניסה לבית הכנסת ניצבת מנורת שבעת הקנים לציון 400 שנות התיישבות יהודית בבוסניה. מעל הכניסה מצוי חלון רוזטה ובו ויטראז' אשר במרכזו מגן דוד.
במהלך מלחמת העולם השנייה נפגע המבנה וניזוק קשות. לאחר המלחמה וחידוש הפעילות הקהילתית, שוקם המבנה והפך מרכז הפעילות של יהודי סרייבו משתי העדות. בית הכנסת חולק לשתי קומות. בחלקו התחתון הוקם אולם כנסים ואירועים ובחלקו העליון התקיימו התפילות. במהלך מלחמת בוסניה נפגע שוב בית הכנסת ולאחריה בוצעו בו עבודות שיקום וחידוש נרחבות אשר הושלמו ב-2007.
בית הכנסת שבתוך הסמינר התאולוגי היהודי.
ראשי הסמינר ניסו לבצע הקבלה בתכני הלימוד ובמערכי השיעור לסמינרים מקבילים בבודפשט או בברלין. וכך בבית הכנסת אשר היה חלק מהסמינר, התפילות כללו שירת מקהלה בלווי חזנים מקצועיים. מבית כנסת זה הדירו רגליהם "זקני הקהילה" על שום סגנונו המודרני שכלל דיאלוג ממושך בין המקהלה לחזן ללא שיתוף של המתפללים, והם כינו אותו בלעג "קהל די לוס מוּדוֹס" (קהל האילמים).
בית הקברות היהודי הישן.
בית הקברות הספרדי העתיק בסרייבו ממוקם על מורדות הר טרבוויץ' סמוך לקובאצ'יצ'י. הוא אחד מבתי הקברות היהודיים הקדומים, ובאירופה רק בית הקברות היהודי העתיק בפראג קדום יותר. בית הקברות נחנך ב-1630. בהמשך, לאחר סיפוח בוסניה על ידי האימפריה האוסטרו-הונגרית והגעת משפחות אשכנזיות רבות לסרייבו, הוקם בצמוד גם בית קברות אשכנזי קטן. בית הקברות משתרע על שטח של 31,160 מטרים רבועים ומצויות בו כ-3,850 מצבות. מצבתו של הרב הראשי הראשון של יהודי סרייבו הרב שמואל ברוך מסלוניקי, אשר נפטר ב-1650 נחשבת לקדומה ביותר בבית הקברות.
ב-1952 הוקם במקום גלעד לזכר הנרצחים בשואה. ב-1966 נסגר בית העלמין לקבורה. במהלך מלחמת בוסניה הופגז אזור בית העלמין וניזוק. בהמשך, מיקשו הכוחות הסרביים את אזור בית העלמין. לאחר המלחמה בוצעו במקום עבודות לפינוי המוקשים בעזרת ארגוני סיוע בינלאומיים, וב-1998, פונו כל המוקשים משטח בית העלמין.
גאלוס אנונימוס