במסגרת זו הציע פרגוסון להקים יחידה מיוחדת למלחמה בארגוני המחתרת, אשר תורכב מאנשים ששירתו במלחמה בכוחות המיוחדים הבריטיים. גריי, שהיה בעצמו איש חיל הנחתים המלכותי לשעבר, תמך בתוכנית, ובמסגרת משטרת המנדט הוקמו שני צוותים שנבחרו מבין חיילים ושוטרים יוצאי יחידת ה-SAS בארץ ישראל. צוות אחד נועד לפעולה באזור חיפה והצפון, והשני נועד לפעולה באזור ירושלים והשפלה. למפקד הצוות השני מונה רוי פאראן.
בשעות הערב של 6 במאי 1947 עצר צוותו של פאראן נער בן 17 מירושלים בשם אלכסנדר רובוביץ, בעת שהדביק כרוזים של הלח"י. הצוות לקח את הנער לחקירה בכביש ירושלים-יריחו. הוא נחקר בעינויים ומת תוך כדי החקירה; גופתו הושלכה ולא נמצאה. בחקירת היעלמותו של הנער נמצאו עדי ראייה שהעידו שהבחינו באדם דובר אנגלית ולבוש אזרחית גורר את הנער לאחר מאבק למכונית אזרחית ובה מספר אנגלים. מגבעת אזרחית עליה היה רשום שמו של פאראן נמצאה בזירת החטיפה, והובילה את החקירה לכיוונו של פאראן.
במסמכים שנחשפו בבריטניה לראשונה רק בשנת 2004, נתגלה דו"ח מקורי מזמן האירוע בו הצהיר פרגוסון כי הנער נהרג בעת חקירתו בידי פאראן וכי הוא, פרגוסון, מסר על כך לקולונל גריי, מפקד משטרת המנדט. מסמך אחר בחתימתו של גריי אישר זאת, אך על פיו לא נקט גריי בכל פעולה נגד פאראן, משום שבידי הנער נמצאה רשימה ובה 45 שמות, וגריי החליט לחקור את האנשים שברשימה כדי לשבור את הלח"י בירושלים. גריי האמין כי מעצרו של פאראן ישבש את המאמץ לחשוף את אנשי הלח"י, והחליט לעכב את החקירה נגדו. כעבור זמן לא רב, כשגריי יצא לחופשה באנגליה, התחדשה החקירה נגד פאראן, כפי הנראה בעקבות היחסים הגרועים שהיו בין פרגוסון לבין סגנו של גריי, ארתור פרדריק ג'יילס. כאשר נודע לפאראן כי עומדים להעמידו לדין באשמת רצח, הוא גנב כלי רכב ונמלט לסוריה. פרגוסון, שלרשותו עמד מטוס פרטי, טס בעקבותיו, ומצא את פאראן ואת אנשי בחלב. לאחר לילה ארוך, במהלכו איים פאראן לירות בפרגוסון, שכנע פרגוסון את פאראן לשוב לארץ והוא שב והועמד לדין בגין רצח הנער. פאראן הועמד לדין ב-1 באוקטובר 1947 בפני בית דין צבאי בריטי בירושלים, אך זוכה מחוסר הוכחות, מאחר שגופתו של רובוביץ לא נמצאה ומאחר שחבריו של פאראן, וביניהם פרגוסון סירבו להעיד נגדו. פרגוסון טען כי הוא מסרב להעיד, בשל החשש כי יפליל עצמו. עם זאת הודיעה הממשלה כי לא תנקוט נגדו בצעדים משפטיים. מיד לאחר זיכויו של פאראן פוטר פרגוסון מתפקידיו והוטס בחזרה בחשאי לבריטניה במטוסו הפרטי.
סיום שירותו הצבאי והקריירה האזרחית.
לאחר המלחמה המשיך פרגוסון בשירות בצבא, ושימש בתפקידים שונים ומגוונים, כמפקד "המשמר השחור", כאיש מטה בנאט"ו בתקופת הקמתה, וכן כאחראי על הלוחמה הפסיכולוגית בתקופת משבר סואץ. במקביל המשיך בפרסום מספר ספרים, חלקם תיאורים של המערכות בהן נטל חלק בבורמה, היסטוריה של "המשמר השחור", ביוגרפיה של ויוול, ושל הנסיך רופרט מהריין. כן פרסם ספרי שירה. ב-1958 פרש מהצבא.
ב-1962 מונה לכהונת המושל הכללי של ניו זילנד בה שירת עד 1967. בין 1968 ל-1969 היה ראש צוות המשקיפים הבריטי שנשלח לסייע בהשכנת השלום במלחמת האזרחים בניגריה. בשנת 1972 קיבל את תואר האצולה ברון מבלנטריי. בין 1973 ל-1974 שימש כנציב העליון של מועצת הכנסיות של סקוטלנד, ובין 1974 ל-1976 ראש "המועצה הבריטית", ארגון בריטי העוסק בחינוך. כן שימש כנשיא אוניברסיטת סנט אנדרוז, בין 1973 עד מותו בשנת 1980.
בימי חייו עוטר פרגוסון בעיטורים רבים. בין היתר היה חבר מסדר הדרדר, המסדר המלכותי של ויקטוריה, מסדר מיכאל הקדוש וג'ורג' הקדוש, מסדר האימפריה הבריטית, וזכה באות השירות המצוין (DSO).
לזכרו הוקמה בניו זילנד קרן מלגות, המסייעת למאורים החפצים בחינוך גבוה. בנו, ג'ורג' פרגוסון ממשיך במסורת המשפחתית, ושימש בין 2006 ל-2010 כנציב העליון לניו זילנד, משרה המקבילה למשרת שגריר בריטניה במדינה זו.
קרב רופיג'י
הקרב בדלתת הנהר רופיג'י הוא קרב ימי שהתקיים במזרח אפריקה הגרמנית (טנזניה של ימינו, בקירוב) במהלך מלחמת העולם הראשונה, מאוקטובר 1914 ועד ליולי 1915.
הקרב נערך בין אוניית הצי הקיסרי הגרמנית הסיירת הקלה "קניגסברג" (SMS Königsberg) לבין מספר אוניות מלחמה בריטיות אשר ניסו להטביע את הספינה הגרמנית הלכודה בדלתת הנהר רופיג'י. הקרב הסתיים בטביעתה של ה"קניגסברג".
רקע.
בשנת 1914 הייתה הסיירת הקלה "קניגסברג". אוניית המלחמה הגרמנית החזקה ביותר באוקיינוס ההודי. ה"קניגסברג" הייתה הראשונה מארבע סיירות קלות הנושאות שמות ערי נמל בגרמניה של אותה עת שנועדו לשמש ספינות סיור הנעות בראש הכח עבור צי הים הפתוח הקיסרי, הספינה נבנתה בדחי של 3800 טונות, הונעה בשני מנועי קיטור בוכנאיים Triple expansion שהניעו אותה עד למהירות של 23 קשרים וחומשה בעשרה תותחי 10.5 ס"מ (4.1in) ושני צינורות מטילי טורפדו בקוטר 45 ס"מ (קוטר החימוש הגרמני באותה עת צוין בס"מ) קבועים שהותקנו לרוחב הגוף מתחת לקו המים.
הספינה הושקה בשנת 1905 והוכנסה לשירות בשנת 1907, בראשית מלחמת העולם הראשונה הייתה ה"קניגסברג" מוצבת בנמל דאר א-סלאם, נמלה של מזרח אפריקה הגרמנית, עם פרוץ הלחימה נצטוותה הספינה לפעול לפגוע בקווי המסחר של אנגליה וצרפת במבואות הים האדום ולאורך החוף המזרח אפריקאי של האוקיינוס ההודי
בשישי באוגוסט 1914 במהלך פעילות ליד חופי עומאן השתלטה הקניגסברג על ספינת המשא הבריטית City of Winchester שנדרשה להתלוות אליה ובהמשך חברה אליהן מובילת הפחם הגרמנית "סומלי" שנשלחה לחדש את המלאי המדולדל במחסני הקניגסברג.
עקב ההפלגה הממושכת נזקקו מנועי הקניגסברג לתחזוקה שדרשה עצירה ממושכת, מאחר שנמל דאר א-סלאם הופגז בידי הצי הבריטי ותחנת התקשורת הגרמנית שבו שותקה בחר לוף לעגון בסתר בדלתת הנהר רופיג'י (Rufiji), סבך תעלות מוקף בביצת מנגרובים אשר מופה רק שנים בודדות קודם לכן, כמאה קילומטרים דרומית לנמל.
סירת מנוע שנשלחה עם חלקי חילוף מדאר א-סלאם אל ה"קניגסברג" דיווחה כי בקרבת זנזיבר מפטרלת הסיירת הבריטית HMS Pegasus ולוף החליט לתקוף מידית עוד בטרם יטופלו המנועים, ב 19 בספטמבר 1914 עזבה הקניגסברג את דלתת הנהר ובבוקר שלמחרת הגיעה לזנזיבר ותקפה בירי תותחים את הפגאסוס בעודה עוגנת, שילוב של יתרון בטווח התותחים ופגיעות קשות ומידיות בפגאסוס הפך את הקרב לחד צדדי, הפגאסוס עלתה באש בתוך כשמונה דקות וטבעה בהמשך היום כשצוותה סופג אבדות קשות: 38 הרוגים ו 55 פצועים, בעת יציאתה מהמעגן הטביעה הקניגסברג בירי של שלושה פגזים את ספינת המשמר "הלמוט" שהוצבה במבואותיו לתצפית.
הקניגסברג וספינת האספקה סומאלי שבו למסתור בדלתת הרופיג'י ומנועיה של הקניגסבורג פורקו, לאחר שהסתבר כי חלקי המנועים נדרשים להובלה ותיקון בסדנאות המספנה בדאר א-סלאם והשבתתם תהייה ממושכת הוצמדה הספינה לגדת הנהר והוסוותה היטב באמצעות צמחייה, בפתח הנהר הוקמו על ידי הגרמנים עמדות תצפית, נמתחו קווי תקשורת, הוצבו תותחי שדה ומספר תעלות במוצא הנהר נחסמו באמצעות מוקשים ימיים מאולתרים.
בסוף חודש אוקטובר זיהתה אה"מ "צ'את'ם" הבריטית את מיקומה של ה"קניגסברג". ב-5 בנובמבר הגיעו לאזור שתי סיירות בריטיות נוספות, אה"מ "דארטמות" ואה"מ "ווימות" והטילו מצור ימי על הספינות הגרמניות העוגנות בדלתה.
בתחילת חודש נובמבר פתחה "צ'את'ם" באש על הספינות והעלתה באש את "סומלי". ה"קניגסברג" שטה במעלה הנהר כדי לצאת מטווח הירי. האוניות הבריטיות היו רבות וחזקות משמעותית מהאונייה הגרמנית, אך נמנעו מכניסה לתעלות הדלתה הרדודות בגלל מגבלות שוקע. צוות האונייה הגרמנית הסווה את ה"קניגסברג" כך שזו נטמעה ביערות שסביבה.
המצור הימי.
הבריטים ניסו מספר פעמים להטביע את ה"קניגסברג" אך ללא הצלחה. כדי למנוע את בריחת האונייה הגרמנית הוטבעה בידי הבריטים במבצע שנערך תחת אש כבדה אוניית המשא הבריטית "ניוברידג" במוצא תעלת הדלתה הראשית, דרכה נכנסה ה"קניגסברג" ומוקשים הונחו במספר פתחים נוספים.
ניסיונות סיור ותקיפה אוויריים.
טייס אזרחי בשם קאטלר נשכר עם מטוסו הימי ככוח סיור אווירי, אך מטוסו הופל לאחר שזיהה את מיקום האונייה הגרמנית. זוג מטוסים ימיים צבאיים של הצי המלכותי הובא לצורכי סיור, ונהגתה אף תוכנית כי הם יפציצו את הספינה. מטוסים אלו לא עמדו בתנאי מזג האוויר הטרופי והתפרקו.
שלושה מטוסים נוספים שנשלחו הצליחו לבסוף להחזיר צילומים של האונייה בטרם קורקעו עקב החום הטרופי והלחות שהמיסו את הדבקות ציפויי הבד של המטוסים וכוח האש הגרמני.
ניסיונות הטבעה נוספים.
הבריטים ניסו לירות בתותחים ארוכי טווח בני ה 305 מ"מ של אוניית הקרב הפרה-דרדנוט אה"מ "גוליית" כדי להטביע את ה"קניגסברג" אך ללא הצלחה. המים הרדודים באזור הדלתה לא אפשרו ל"גוליית" להתקרב לשפך הנהר ולהגיע לטווח ירי.