מחקרים גנטיים מודרניים משנות ה-90 ומתחילת מהמאה ה-21 מראים שהחלוקה הקלאסית אינה תואמת בצורה טובה את המציאות הגנטית ואת הקרבה ההתפתחותית בין הקבוצות השונות. בשנים 2005–2012 הוצעו מספר חלוקות, שבסופן נקבעו חמש קבוצות עיקריות:
גם בחלוקה זאת היו בעיות רבות, בעיקר בכך שלא כללה כמה קבוצות קטנות יחסית (כמו Telonemia או Picozoa ואפילו הסוג הבודד "Collodictyon"), ובכך שלא הראתה את הקשרים ההתפתחותיים בין כל הקבוצות הנ"ל.
החלוקה הפילוגנטית המודרנית.
בהתבסס על מספר עבודות מ-2012-2016, נעשו ניסיונות למקם את הקבוצות הקטנות בתוך קבוצת האם וגם למפות את הקשרים בין קבוצות האם השונות. כיום, למעט מספר שינויים נהוג לחלק את הקלייד של האיקריוטים לארבעה ענפים עיקריים (על-קבוצת ארכאפלסטידה, על-קבוצת SAR, על-קבוצת Discoba ועל-קבוצת אמורפאה) המכילים את רוב הקבוצות הידועות לנו. ישנן כמה קבוצות שמיקומן בתוך ענפים אלו עדיין נתון למחלוקת (בעיקר הHaptista וה-Cryptista שלא ברור לגמרי אם הן שייכות לעל-קבוצת ארכאפלסטידה וקרובות לצמחים, או שלמעשה הן קרובות יותר לעל-קבוצת SAR, וגם המיקום של ה-Discoba כענף נפרד המפוצל מהקבוצות האחרות).
באיור זה מוצגת חלוקה זו (המקובלת פחות או יותר כקונצנזוס מדעי מלבד ההסתייגויות הכתובות מעלה), כשבסוגריים כתובות הקבוצות הבולטות בכל ענף:
טחבי כבד
טחבי כבד (שם מדעי: Marchantiophyta או Marchantiomorpha) קבוצה של צמחים פרימיטיביים הכוללת את המחלקות:
לטחבי הכבד אופייני תאלוס שטוח, הנצמד לסובסטרט, ומתחלק באופן דיכוטומי. צורת התאלוס מזכירה כבד ומכאן שם הקבוצה. הרבייה היא מינית (מתרחשת רק בסביבה מימית, למשל כשיורד גשם) ואל-מינית (באמצעות איברים מיוחדים המכונים gemma cups). בדומה לטחבי העלים, השלב הדומיננטי בחיי טחב הכבד הוא ההפלואידי (הגמטופיט), ואילו השלב הדיפלואידי (הספורופיט) משני ביותר. טחבי הכבד יכולים להיות חד-ביתיים או דו-ביתיים.
טחבי הכבד שויכו בעבר לקבוצה Bryophyta, שכללה גם את טחבי הקרן וטחבי העלים. מחקרים פילוגנטיים הראו שקבוצה זו היא פאראפילטית, ובעקבותיהם הוצאו טחבי הכבד וסווגו בתור קבוצה נפרדת.
בישראל תוארו עשרות בודדות של מיני טחב כבד, חלקם נפוצים למדי.
אנתוצרוטה
אנתוצרוטה (שם מדעי: Anthocerotophyta) - קבוצה של טחבים או צמחים שאינם וסקולריים המוגדרים תחת מחלקת האנתוצרוטה.
מרשנטאים
מרשנטאים (Marchantiopsida) היא מחלקה של טחבי כבד שהם צמחים שאינם וסקולריים.
יונגרמנאים
יונגרמנאים (שם מדעי: Jungermanniopsida) הם מחלקה של טחבי כבד שהם צמחים שאינם וסקולריים. היונגמנאים מתאפיינים בגמטופיט בעל עלעלים.
טחבים
המונח טחבים (שם מדעי: Bryophytes) מתייחס לקבוצה של צמחים פרימיטיביים, רב-תאיים ויבשתיים, שאינם וסקולריים. בעבר התייחסו לקבוצה כדרגה היררכית במיון הטקסונומי, אולם מחקרים פילוגנטיים הראו שזוהי קבוצה פרפילטית, המורכבת משלוש קבוצות מונופילטיות:
בשיטת המיון הישנה, קבוצת הטחבים כונתה Bryophyta, אולם תחת המיון החדש מקובל לכלול תחת שם זה רק את טחבי העלים (Bryophyta sensu stricto).
ישנם מינים שמגיבים על התארכות היום, בכך שהם נכנסים לתרדמה לקראת הקיץ.
ישנם מיני שרך הגדלים בין טחבי עלים הכולאים אבק על גבי התשתית האטומה כמעט למים ובכך מכשירים תשתית סופגת מים לצמחי השרך.
בישראל זוהו כ-260 מינים של טחבים, רובם (כמאתיים) טחבי עלים. הם גדלים בעיקר בבתי גידול לחים ומוצלים, ולכן שכיחים בעיקר באזורי חורש מפותח בצפון הארץ. תיאור מפורט של פלורת הטחבים של ישראל מופיע בכרך הטחבים של הפלורה פלשתינה (ראו להלן).
המדע העוסק בחקר הטחבים נקרא בּרִיוֹלוגיה (Bryology).
צמחים וסקולריים
צמח וסקולרי או צמח בעל רקמות הובלה (שם מדעי: Tracheophyta) הוא צמח שמשתייך לאחת מהקבוצות הבאות:
הצמחים הווסקולריים כוללים נצר ושורש ויש בהם מערכות הובלה.
המיון המדעי של צמחים וסקולריים.
הערה:
בעלי קשקשים
בעלי קשקשים (שם מדעי: Lycopodiophyta) היא קבוצה של צמחים וסקולריים חסרי זרע הכוללת את שתי המחלקות:
איזוטיים
איזוט
איזוט (שם מדעי: "Isoetes") הוא סוג יחיד בסדרת האיזוטונים, סדרה של צמחים וסקולריים חסרי זרע. בסוג זה 140 מינים.
איזוטים
סלגינל
סלגינל (שם מדעי: "Selaginella") הוא סוג יחיד בסדרת הסלגינליים, סדרה של צמחים צמחים וסקולריים חסרי זרע במחלקת האיזוטופסידים הנפוצים בעיקר בהעולם הישן וההעולם החדש.
סלגינלים
ליקופודים
ליקופודים (שם מדעי: Lycopodiopsida) היא מחלקת בעלי קשקשים שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע ובה סדרה אחת: הליקופודיים, הכוללת שתי משפחות: רגלי זאב (Lycopodiaceae) והופרזיכיים (Huperziaceae). בליקופודים הרבייה מתרחשת על ידי ספורופילים המאורגנים באצטרובלים.
צמחים אלה כיום די קטנים ונדירים, אף שבעבר למשל במשך הקרבון החלו צמחים מהקבוצה כמו לפידודנדרון וסיגילריה לגדול לגובה רב, לעיתים עד 50 מטרים וליצור יערות קדומים.
ליקופודיים
רגלי זאב
רגלי זאב (שם מדעי: Lycopodiaceae) היא משפחה של ליקופודים, שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע, החיים בעיקר בבתי-גידול לחים או מוצלים, וזקוקים לתיווך מימי כדי להשלים את מחזור חייהם.
חסרי קשקשים
חסרי קשקשים (Euphyllophyta), היא קבוצה של צמחים וסקולריים הכוללת את הקבוצות:
שרכנים
שׁרכנים (Moniliformopses או pteridophytes) היא קבוצה של צמחים וסקולריים חסרי קשקשים וחסרי זרע.
השרכים הם צמחים פרימיטיביים המתרבים ללא הפצת זרעים אלא באמצעות נבגים זעירים. אלו הצמחים הגדולים ביותר מבין חסרי הזרע והגבוהים שבשרכים (מבני משפחת Cyatheaceae) מגיעים עד גובה של 20 מ'. מאובנים של שרכנים נמצאו החל מן הדבון.
מחזור חייהם של השרכים מורכב משני דורות עצמאיים:
צמחים מקבוצת השרכים נמצאו מעידן הקרבון ואילך וכן במזוזואיקון, אבל לא לפני כן.
השרך וייכסליה מרושתת ("Weichselia reticulata") הוא השרך המאובן השכיח ביותר המצוי בארץ ישראל.
השרך מרסיליה זוחלת ("Marsilea minuta") נעלם מארץ ישראל לאחר ייבוש החולה.
חסרי זרע
חסרי זרע (Cryptogamae) הוא כינוי לקבוצה של איקריוטים דמויי-צמחים, אשר מתרבים על ידי נבגים ולא על ידי זרעים או פרחים.
מקור השם המדעי של הקבוצה הוא מיוונית עתיקה ומשמעותו היא "נישואין מוסתרים" בהתייחס לרבייה שלהם. בקבוצה זו כלולים צמחים אמיתיים כדוגמת שרכנים, טחבי עלים ומחלקות של אצות מהצומח (אצות ירוקיות), אשר נחשבים כולם להפכים של קבוצת צמחי זרע, אך באופן יוצא דופן נכללים בקבוצה זאת גם אורגניזמים אשר חסרי קשר לצמחים כדוגמת: ממלכת הפטריות, מחלקות מסוימות בממלכת החיידקים (אצות כחוליות) והפרוטיסטים (סוגי אצות שאינן צמחים או חיידקים), כך שאין למעשה קשר טקסונומי בין האורגניזמים הללו.
חשוכי עלים
חֲשׂוּכֵי עלים (שם מדעי: Psilotopsida) היא מערכה של שרכנים שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע, הכוללת את סדרת הפסילופיטים (Psilotales) ואת סדרת האופולוסידים (Ophioglossales).
פסילופיטאים
פסילופיטים
פסילוטים
פסילוטים (שם מדעי: Psilotaceae) היא משפחה יחידה בסדרת הפסילופיטים שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע.
במשפחה זו ישנם רק 2 סוגים: Psilotum וTmesipteris.
אלו שרכים נמוכים בעלי קצוות צהובים והם נפוצים באוסטרליה, ניו זילנד וניו קלדוניה.
שבטבטים
בעלי פרקים
שבטבטנים
שבטבטיים
שרכים
שרכאים
שׁרכאים (שם מדעי: Polypodiopsida) היא מערכה של צמחים וסקולריים חסרי זרע הכוללת את הסדרות:
רוב השרכאים המודרניים קטנים ודמויי-שיח, אך בעבר בתקופות כמו הקרבון היו אלה הצמחים החשובים והגדולים ביותר בעולם והגיעו לגובה 10 מטרים לפעמים. כך לדוגמה צמחים מהמשפחה Calamitaceae.
שרכיים
שׁרכיים (שם מדעי: Polypodiales; לעיתים נקראת גם Filicales) היא סדרה של שרכאים שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע. בסדרה זו נמצאים 80% מהשרכים האמיתיים והם חיים בסביבות לחות, בעיקר באזורים מיוערים.
משפחות.
בהתאם לשיטת מיון שהוצא בשנת 2016 שרכיים כוללים 26 משפחות.
שרכי מים
שׁרכי מים (שם מדעי: Salviniales) היא סדרה של שרכאים שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע החיים כולם במים. להבדיל משרכים אחרים, הם הטרוספורים, כלומר, מייצרים שני סוגים שונים של מנבגים: מיקרוספורנגיום ומגהספורנגיום. שני המנבגים מתפתחים לשני סוגים שונים של גמטופיטים - מיקרוגמטופיט ומיקרוגמטופיט בהתאמה. הם נבדלים משרכים אחרים גם בהיותם אנדוספורים - כלומר, לעולם הם אינם גדלים מחוץ למעטפת המנבג, ולמעשה גודלם המרבי חסום על ידי גודל המנבג. בשל תכונות אלו, שרכי המים דומים יותר לצמחי זרע מאשר לשרכים אחרים.
שרכי המים שונים מאוד זה מזה, והמראה שלהם שונה ממראה השרך הטיפוסי. קיימות שלוש משפחות בסדרה:
מינים מן המשפחות אזוליים וסלביניים צפים על פני המים, בעוד שאלו ממשפחת המרסיליים בעלי שורשים. עם זאת, שרכי המים הצפים עשויים באופן זמני לגדול על בוץ לח. גם מינים ממשפחת המרסיליים עשויים להיות כצמחי מים מזדקרים, בהתאם למין ולמקום.
מארטידים
מארטים
מארטיים
מארטיים (שם מדעי: Marattiaceae) - משפחה יחידה בסדרה מארטים (Marattiales), ויחידה במחלקת מארטידים (Marattiopsida) שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע.
תפוצה.
המשפחה נפוצה באוסטרליה ואיי האוקיינוס השקט,דרום-מזרח אסיה ואמריקה הדרומית.
אופיוגלוסאים
אופולוסידים (שם מדעי: Ophioglossopsida) היא מחלקה של שרכנים שהם צמחים וסקולריים חסרי זרע הכוללת את סדרה אחת - סדרת האופולוסים ("Ophioglossales") ובה משפחה אחת - משפחת לשון-אפעה ("Ophioglossaceae").
צמחי זרע