בשונה מבתי ספר היסודיים הקבלה לסמינרים בערים רבות אינה אזורית אלא פרטנית, מה שאומר שההחלטה האם לקבל בת או לא נמצאת בידי הנהלת המוסד אשר אינה מתחייבת לקבל כל בת.
עם השנים נוצרה בעיה שלא הייתה קיימת בעבר. הגידול הטבעי בציבור יצר עודף של ביקוש לעומת מחסור היצע בסמינרים המבוקשים מה שהוביל באופן טבעי לתחרות בין הסמינרים הגדולים ולסינון קפדני יותר של המועמדות ככל שמעמד הסמינר עלה. בנות שיהיה להן קל להתקבל לסמינרים אלו יהיו בנות מהאליטה החרדית - בנות למשפחות ליטאיות מבוססות, בנות להורים האוחזים במשרה תורנית כמו רבנים או ראשי ישיבות וכדומה. בנות בעלות ציונים טובים אשר שעומדות יפה בסטנדרטים הרוחניים של המוסד אף הן לא תתקלנה בבעיות בדרך כלל. עוד בנות שתקבלנה עדיפות הן אחיות של בנות שכבר למדו בסמינר. על פי אחד ממנהלי הסמינרים, מדובר ב-70% מהבנות המתקבלות בכל שנה. הסמינרים מעדיפים לקבל בנות ממשפחות מוכרות ונחשבות. לצורך בירור עניין זה מתבקשות המועמדות בחלק משאלוני ההרשמה לציין את שם הנעורים של האם והיכן מתפללים ההורים.
מי שנופלות בין הכיסאות הן בנות יוצאי עדות המזרח ולעיתים גם בנות ממשפחות של בעלי תשובה. במהלך השנים נשמעו תלונות שונות על אפליית בנות ממוצא מזרחי במוסדות אלו. בדו"ח מבקר המדינה מ-2010 הוקדש פרק מיוחד בן 60 עמודים לנושא זה. המבקר כתב כי וכי . על פי הטענות מכסת ה-30% נקבעה על ידי הרב אלישיב. אולם בשעה שמכסה זו נועדה להיות מכסת מינימום מתייחסים אליה חלק מהסמינרים כתקרת מקסימום. בעבר נעשו ניסיונות שונים לאכוף קבלה על סמך רמת לימודים ולא על בסיס פרמטרים אחרים על מנת למנוע אפליה. אחד מהם היה ניסיון לאכוף מבחן קבלה אחיד שייערך וייבדק בידי גוף חיצוני עליו יסכימו מנהלי הסמינרים ושיהווה תנאי סף להזמנת בת לראיון. הבעיה בפתרון זה הייתה שלסמינרים נשארה הסמכות לפסול בנות אם אינן מתאימות למוסד על רקע השקפתי וכדומה, דרישה שאינה מופקעת בבסיסה משום שבמוסדות אלו מושם דגש רב על החינוך הדתי של הבנות.
הקושי במציאת פתרון לבעיה הוא משום שפתרון כזה אמור לכלול את הסמינרים כולם. אף מנהל סמינר לא יסכים לקבל לבדו את כל הבנות המזרחיות שלא התקבלו לסמינרים אחרים משום שבכך יהרוס את שמו הטוב של המוסד שלו. בסופו של דבר, גם בנות מזרחיות מעדיפות ללכת לסמינרי ה"אליטה" הליטאים במובהק. לדוגמה, בתו של אלי ישי, יו"ר מפלגת ש"ס שוועדת הרבנים לענייני חינוך שהקימה דנה במציאת פיתרונות לבעיה זו, למדה בסמינר החדש, סמינר ליטאי מבוקש.
תוכני לימוד.
מטרתו המרכזית הרשמית של הסמינר לחנך את הבת ליראת שמים ולהקמת בית של תורה - דהיינו, נישואין לאברך אשר תורתו אומנותו והקמת בית על אידיאל ההסתפקות במועט. כתוצאה מכך, ישנו דגש רב על לימודי קודש כמו לימודי תנ"ך, השקפה יהודית, צניעות, שיעורי דינים (הלכה) וכדומה, ולימודי החול הם לכאורה רק המתחייבים מכורח המציאות. מקצועות אחרים שיש אליהם יחס מועדף הם דקדוק הנחשב למקצוע קודש משום שהוא עוסק בלשון הקודש ופרשנים רבים עסקו בו וכן היסטוריה יהודית (הנקראת לעיתים "תולדות ישראל" ובקיצור "תו"י). שיעורי הספרות כוללים בדרך כלל ניתוח סיפוריו של דוד זריצקי, מאיר להמן או כתביה של א. מרגלית. ישנה התייחסות נרחבת במקצועות היסטוריה יהודית וספרות לנושא השואה שבדרך כלל תכונה בשם "חורבן יהדות אירופה". ככלל, ההצדקה ללימודי החול מסתמכת על הציטוט "חוכמה בגויים תאמין".
סמינרים המשתייכים לחוגי העדה החרדית ונטורי קרתא ודומיהם בהם לימודי החול ברמה נמוכה יותר, אין בהם לימודי תנ"ך, והדגש הוא על תפירה ובישול ושאר עבודות בית הם: "בנות ירושלים", "בית יעקב הישן", "חכמת לב" (התפלג מ"בנות רחל") ו"חינוך ירושלים" (בזה האחרון לומדות בעיקר בנות תולדות אהרן). בעבר אף סמינר "בנות רחל" היה מזוהה עם העדה החרדית אך באמצע שנות ה-90 של המאה ה-20 החל לקבל תקציבים ומאז לומדות בו בנות ירושלים מהקהילות שאינן קנאיות כמו "מתמידים". סמינרים נוספים בירושלים, עם אוריינטציה לסמינרים של העדה החרדית הם "סמינר בית ברכה" של חסידות קרלין ו"סמינר בית חוה" של חסידות בויאן, בשניהם אין כיתות י"ג י"ד. כמו כן קיים בירושלים סמינר המשתייך לחוגי בריסק בשם "מסילת ישרים" ובבני ברק סמינר בשם "שרה באוהל" המשתייך לליטאים מחוגי בריסק וכדומה, אף בשני אלו אין נוטלים תקציבים מהמדינה ולימודי החול מצומצמים.
מבחן חוץ.
רשת "בית יעקב" מתנהלת בישראל בחסות החינוך העצמאי, ומקבלת אוטונומיה באשר לתכנים הנלמדים במסגרתה. במהלך שנות ה-60 התקבלה החלטה על ידי ראשי הרשת (בהמלצת רבנים בציבור החרדי) כי התלמידות לא ייבחנו בבחינות הבגרות, בין השאר על מנת למנוע מהתלמידות להמשיך את לימודיהן במוסדות אקדמיים וכן על מנת להפחית חשש להתערבות חיצונית בתכנים הנלמדים. למרות המדיניות העקרונית, במקצת תיכוני בית יעקב ניגשות התלמידות לבחינות הבגרות באופן מלא (כמו חיפה ונתניה, למשל), ובחלקם ניגשות התלמידות למבחני הבגרות באופן חלקי (ללא הבגרות במתמטיקה, הנחשבת קשה יותר להשלמה אקסטרנית, על רקע המדיניות העקרונית של הרשת). נוסף לכך, בתחילת העשור השני של המאה ה-21 החלו סמינרים שונים גם בריכוזים החרדיים הגדולים להגיש באופן חלקי בנות לבגרויות.
במקום זאת, נבחנות הבנות במבחן חוץ הנערך על ידי מכון הנרייטה סאלד ובפיקוח משרד החינוך. המקצועות עליהם נבחנות הבנות הם היסטוריה כללית, היסטוריה יהודית (לפעמים נקראת תו"י - תולדות ישראל), מתמטיקה, אנגלית, דקדוק תחביר והבעה (כתיבת מאמרים והבנת הנקרא). אחוזי המעבר של הבחינות עומדים על כ־90%. בעבר הייתה הרמה במקצועות המתמטיקה המדעים והאנגלית נמוכה משמעותית מהרמה הנלמדת בתיכונים הכלליים. כיום הרמה במקצועות המתמטיקה והאנגלית אינה פחותה מהרמה הנלמדת בתיכונים הכלליים. לסמינירים הוכנסו מבחני חוץ, ברמות של 5,ו4 יח"ל באנגלית ובמתמטיקה.
במשך שנים רבות לא הכיר משרד החינוך במבחנים אלו כתחליף לבחינת הבגרות, אולם בשנת 2012 הודיע גדעון סער כי משרד החינוך מכיר במבחני סאלד כבחינת בגרות חלקית (2 יח"ל בהיסטוריה, 2 בעברית, 3 באנגלית ו-2 למתמטיקה), הניתנת להשלמה לתעודת בגרות מלאה.
סמינרים.
הסמינרים משמשים כתחליף למוסדות להשכלה גבוהה עבור מרבית הבנות החרדיות. הם בדרך כלל פועלים לצידם של התיכונים ומשמשים המשך טבעי וישיר שלהם. מרבית הבנות ממשיכות באותו המוסד.
סמינר בית יעקב הראשון שנוסד יועד עבור הכשרת מורות שתוכלנה להפעיל את בתי הספר של הרשת. עובדה זו הייתה נכונה במשך שנים רבות. ההוראה מטבעה היא מקצוע טבעי עבור אשת אברך האמורה לגדל משפחה מרובת ילדים שאינה בעלת יומרות כלכליות כאלה ואחרות. מקומות העבודה בטוחים ומוכרים מבחינה רוחנית והשעות נוחות עבור אם עובדת. לפיכך, ההתמחויות המרכזיות של מרבית הסמינרים היו בתחום ההוראה, הוראה לגיל הרך ובהמשך גם הוראת החינוך המיוחד.
אולם, עם השנים גדל הציבור החרדי ושוב לא היה צורך בכמויות הרבות של בוגרות לימודי ההוראה שמצאו את עצמן ללא עבודה. רוויה זו העלתה בראשית שנות השמונים את הצורך ביצירת מסלולי הכשרה חלופיים בתוך מסגרת הסמינר, שיפתחו בפני הבוגרות אפשרויות תעסוקה ופרנסה חדשים בתחומים שיש להם ביקוש במשק הישראלי, וכן יהוו חלופה עבור תלמידות שאינן נמשכות לתחום ההוראה. נוסף לכך, באמצע העשור הראשון של המאה העשרים הוחלט במשרד החינוך שמספר תעודות ההוראה הרבות המונפקות בכל שנה מיותר, מה שהוביל לקיצוץ נרחב בתקציב. לפיכך החלו הסמינרים לפתוח מגמות לימוד חדשות בתחומים אחרים, בהתאמה לצורכי השוק. תחילה היו מקצועות אלו עדיין שייכים לתחום ההוראה, אולם עם השנים נפתחו גם מקצועות אחרים דוגמת הנדסת תוכנה, גרפיקה ממוחשבת (עם השנים שולב במקצוע זה גם מקצועות הבימוי ועריכת סרטים), ראיית חשבון, ייעוץ מס, אדריכלות – כל התעודות במקצועות אלו ניתנו על ידי משרד התעשייה המסחר והתעסוקה או מה"ט.
למרות זאת, במשך שנים רבות חייבו סמינרים רבים את הבנות ללמוד הוראה לצד המגמה שבחרו הבנות ועדיין ישנו דגש רב על מקצועות קודש בשנים אלו. לאור העובדה שבמשך השנים נוספו מקצועות הדורשים לימודים ברמה גבוהה יותר דוגמת אדריכלות, ראיית חשבון או הנדסת תוכנה בוטלה דרישה זו בחלק מן הסמינרים.
עם כל זאת, המקצועות והתעודות המוצעים לבוגרת הסמינרים עדיין לא תמיד מספקים ומאפשרים לבוגרת הסמינר מציאת עבודה מכניסה ומשתלמת. בוגרות הסמינרים המסיימות כתה י"ד מקבלות תעודה הסמכה להוראה מטעם משרד החינוך מאפשרת ללמד במוסדות חינוך חרדיים בדרגת שכר של "מורה מוסמכת" או "גננת מוסמכת". לימודים של שנה נוספת בסמינר מקנים לבוגרות את הדירוג "מורה מוסמכת בכירה" או "גננת מוסמכת בכירה". בכמה מן הסמינרים ניתן ללמוד לקראת תואר שווה ערך: "אקוויוולנט לתואר בוגר" ("דרגה מס' 1") ו"אקוויוולנט לתואר מוסמך" ("דרגה מס' 2"), המוכרים לצורכי שכר במשרד החינוך אך לא במוסדות להשכלה גבוהה (מכללות ואוניברסיטאות). כל התעודות הללו מוכרות לצורכי שכר, אך לא להמשך לימודים במוסדות המוכרים להשכלה גבוהה.