ב-1914, סכסוך בין כורי פחם בקולורדו והאיגוד שלהם גרם למשמר הלאומי לטבוח בכורים, ולגרום למותם של שמונה שובתים, אחד-עשר ילדים ושתי אמהות. אחד מהבעלים, ג'ון ד. רוקפלר, הבן, סירב להצעת וילסון לבוררות, ולכן שלח וילסון את הצבא לאזור. הוא הצליח להביא סדר והפגין את תמיכתו באיגודי העובדים, אולם כניעת הכורים לבעליהם הייתה תבוסה קשה.
בקיץ 1916, הכלכלה הייתה בסכנה עקב שביתת רכבות. הנשיא קרא למפלגות לבוא לוועידה בבית הלבן באוגוסט – אחרי יומיים ללא תוצאות, החליט וילסון לפתור את העניין, ולהעביר חוק למען יום עבודה בן שמונה שעות. החוק ביטל את השביתה, והקנה לוילסון שבחים על מניעת משבר כלכלי. השמרנים ביקרו את החוק וטענו שוילסון נכנע לאיגודים, ושהקונגרס ויתר לרודנות.
העורף במלחמת העולם הראשונה.
כשארצות הברית נכנסה למלחמת העולם הראשונה באפריל 1917, הפך וילסון לנשיא לוחם. מועצת התעשיות המלחמתית, בראשותו של ברנרד ברוך, הוקמה כדי לטפל ביעדי הייצור האמריקניים לצורך המלחמה. הנשיא לעתיד הרברט הובר עמד בראש מנהל המזון האמריקני, שיספק אוכל. כדי לחסוך בחשמל, הונהג שעון קיץ, ואספקת הדלק הוקצבה. ויליאם מקאדו היה אחראי על איגרות החוב. הקבינט המלחמתי נפגש עם וילסון בבית הלבן אחת לשבוע. וילסון מינה אנשי עסקים בשכר של דולר ליום כדי לטפל בגופים אלו, כדי שהממשלה תוכל לתפקד היטב בעת המלחמה.
איגודי עובדים שתמכו במאמץ המלחמתי זכו להטבות. וילסון עבד עם איגודי עובדים מתונים, שצמחו במספר חבריהם ובשכרם במהלך תקופתו. בהיעדר הקצבות מזון המחירים הרקיעו שחקים, מס ההכנסה עלה והפועלים סבלו. למרות זאת, איגרות החוב למימון המלחמה נמכרו בהצלחה. ההצלחה זו גרמה לכך שהמלחמה מומנה בידי משלמי המיסים האמידים במהלך שנות העשרים.
מתנגדי המלחמה, אנרכיסטים, קומוניסטים, חברי IWW ומתנגדים אחרים למלחמה נרדפו בידי מחלקת המשפטים בהנהגת אלכסנדר מיטשל פאלמר. מנהיגים רבים של איגודים אלו נעצרו באשמת הסתה לאלימות, ריגול ובגידה. וילסון הקים את משרד התעמולה המערבי הראשון, הוועדה למידע ציבורי, שהפיצה מסרים אנטי-גרמניים וצנזרה חומר שמצאה כמסית. בנוסף, העביר וילסון את חוק הריגול של 1917 ואת חוק ההמרדה של 1918 בקונגרס. החוקים אסרו על הצהרות אנטי-בריטיות, פרו-גרמניות ואנטי-מלחמתיות. בעוד שתמך בסוציאליסטים שתמכו במלחמה, דחף למעצרם ולגירושם של זרים שנולדו במדינות אויב. מהגרים רבים, שהיו תושבים ללא אזרחות, והתנגדו למעורבות במלחמה, נשלחו לרוסיה הסובייטית או לארצות אחרות לפי חוק ההגירה של 1918.
בניסיונו לבצע רפורמה ולשנות את תוכנית הגיוס, החליף וילסון מפקדים צבאיים וחקר את מחלקת הביטחון. בדו"ח החקירה לא נמצאה שחיתות או גנבה בתוכניות הגיוס, אף שנמצאו כשלים בחיל האוויר.
ממשל וילסון שחרר את החיילים עם סיום המלחמה. תוכנית ליצירת ועדה בעניין ננטשה בגלל השליטה הרפובליקנית בסנאט. במקום זאת, העדיף וילסון לפרק את הוועדות מתקופת המלחמה. השחרור גרם לכך שארבעה מיליון חיילים נשלחו הביתה ללא תכנון, ללא כסף, עם מעט הטבות והרבה הבטחות מעורפלות. הבועה מתקופת המלחמה של מחירי התוצרת החקלאית התפוצצה, וחקלאים רבים נותרו בחובות לאחר שרכשו אדמות חדשות. שביתות בתעשיות הפלדה, הפחם ואריזת הבשר פגעו בכלכלה ב-1919. טינה גזעית גרמה למהומות גזעיות בקיץ, כשלבנים ושחורים נלחמו בשיקגו, באומהה, ובערים רבות בצפון.
חוק היובש.
חוק היובש הפך לרפורמה בלתי נמנעת במהלך המלחמה, אולם וילסון לא היה מעורב יותר מדי בהעברת החוק. שילוב בין תנועת ההתנזרות, שנאה לדברים גרמניים (כולל בירה ומסבאות) ופעילות של כנסיות ונשים הובילו לדרישה לתיקון חוקתי שיוביל לחוק יובש. תיקון חוקתי עבר בדצמבר 1917, בשני בתי הקונגרס ברוב של שני שלישים. ב-16 בינואר 1919, התיקון ה-18 לחוקת ארצות הברית אושר בידי 36 מתוך 48 המדינות. ב-28 באוקטובר 1919, חוקק הקונגרס את חוק וולסטד, השם העממי לחוק היובש הלאומי. וילסון הרגיש שלא ניתן לאכוף את החוק, אולם הקונגרס ביטל את הוטו שלו. תקופת היובש החלה ב-16 בינואר 1920 (שנה לאחר אשרור התיקון). מכירה, ייצור, יבוא והעברה של משקאות חריפים, מלבד למקרים דתיים, נאסרה. צריכת אלכוהול לא נאסרה, והיו אנשים ששמרו על מלאי פרטי מלפני התקופה אצלם. וילסון העביר את המלאי האישי שלו אל מרתף היינות בביתו בוושינגטון לאחר סיום כהונתו.
עמדתו של וילסון שלא ניתן לאכוף את החוק התממשה: השוק השחור התפתח במהירות כדי לעקוף את ההגבלות, ואלכוהול רב הופק והוברח אל המדינה. מוסד הספיק איזי, המסבאות הבלתי חוקיות, שגשג בערים, בעיירות ובכפרים.
זכות הצבעה לנשים.
וילסון תמך במתן זכות הצבעה לנשים, אולם לא יכול היה לגייס תמיכה בתיקון חוקתי כיוון שהדרום התנגד לתיקון שיפגע בזכות המדינות להחליט. יום לפני השבעתו לנשיא, נערך בוושינגטון מצעד למען זכות ההצבעה לנשים שאורגן על ידי אליס פול, לוסי ברנס ואגודה הלאומית לזכות הבחירה לנשים. במהלך כהונתו, בין 1917 ל-1919, מפלגת הנשים הלאומית תקפה את וילסון ואת הדמוקרטים על חוסר פעולתם בנושא. וילסון שמר על קשר עם חלק מהסופרג'יסטיות המתונות. הוא המשיך להתעלם מהנושא עד שהיה בטוח שהפלג הצפוני במפלגה הדמוקרטית תמך בכך: משאל עם מ-1917 בניו יורק, שתמך בנושא, היה החלטי. בינואר 1918, נאם וילסון בבית הנבחרים כדי שיעביר את החוק. הוא עבר אולם הסנאט עיכב את החוק עד ל-1919, ואז התיקון נשלח לאשרור המדינות.
הבהלה האדומה.
לאחר מהפכת אוקטובר ברוסיה הצארית, רבים באמריקה חששו ממהפכה קומוניסטית בארצות הברית. הפחדים הוזנו לאחר שאנרכיסטים בהנהגת לואיג'י גלאני ביצעו סדרת פיצוצים ברחבי ארצות הברית ב-1919. בתגובה לכך, החל מזכיר המשפט, אלכסנדר מיטשל פאלמר, ב"פשיטות פאלמר" בכוונה ללכוד ולסלק מהמדינה פעילים רדיקליים. הוא הזהיר מפני התקוממות באחד במאי ב-1920, אולם לאחר שהיום עבר ללא תקריות חריגות, הבהלה האדומה גוועה.
זכויות האזרח.
היסטוריונים רבים ביקרו את מדיניותו של וילסון בנוגע לגזעים (לפי המבקרים, וילסון, בספרו "ההיסטוריה של העם האמריקני", הציג את המהגרים האירופאים הלבנים באהדה בעוד שהמהגרים השחורים וילדיהם הוצגו כלא מתאימים לקבלת אזרחות וכלא מסוגלים להיטמע בחברה האמריקנית). לפי המבקרים, האמין וילסון שהעבדות הייתה שגויה מטעמים מעמדיים, ולא מטעמים מוסריים. הם טענו שוילסון אהד את מערכת העבדות בדרום, ושלטענתו האדונים היו סבלניים כלפי העבדים הפשוטים. בנושא של תקופת השיקום, סבר וילסון, כרוב הדרום, שהדרום הושחת בידי ה"צקלונאים", הפוליטיקאים שבאו מהצפון כדי לתפוס בדרום עמדות כוח, ושמעשיהם של הרפובליקנים הרדיקלים הצדיקו מעשים קיצוניים כדי להחזיק את הממשלות הדמוקרטיות.
בחודש הראשון של וילסון במשרד, מחלקת הדואר הפרידה בין גזעים במשרדיה, ונדרש מוילסון לבצע זאת בכל הממשלה, בשירותים, בקפיטריות ובחללי העבודה. מזכיר האוצר, ויליאם גיבס מקאדו, התיר גם לעובדים מדרג נמוך להפריד בין גזעים במקומות העבודה. בסוף 1913, מחלקות רבות הופרדו בגזעים, גם ללא פקודה מפורשת.
וילסון הגן על המדיניות במכתב ביולי 1913, וטען שההפרדה הגזעית הפחיתה את המתיחות בין הגזעים. היסטוריונים טענו שוילסון פעל לפי דעת הציבור, אולם היו שחורים ולבנים שמחו על שינוי המדיניות הממשלתית. המחאה התבטאה במכתבים, פגישות המוניות, כתבות עוינות בעיתונות והתנגדות מצד כנסיות שחורות ולבנות. תומכיו השחורים של הנשיא, שעזבו את הרפובליקנים כדי לתמוך בו, התאכזבו, והם והמנהיגים הצפוניים מחו על השינויים. וילסון המשיך להגן על המדיניות שלו. טענו ששיקר כשהבטיח לשחורים להגן עליהם מפני אי צדק גזעי. הפרדה גזעית במשרדים הממשלתיים, ואפליה במתן תעסוקה החלה כבר אצל תיאודור רוזוולט, והנשיא טאפט המשיך אותה. ממשל וילסון החריף את המצב. בנוסף, בתקופתו של וילסון נדרש לראשונה ממועמדים למשרות ממשלתיות לשלוח תמונות.
מחלקת המלחמה של וילסון גייסה מאות אלפי שחורים לצבא, ונתנה להם תשלום זהה ללבנים, אולם בהתאם למדיניות מאז מלחמת האזרחים ועד מלחמת העולם השנייה, הם נשארו ביחידות שחורות עם מפקדים לבנים, ולא נלחמו רוב הזמן. כשמשלחת שחורים מחתה על כך, טען וילסון שההפרדה הגזעית היא אינה השפלה אלא רווח. ב-1918, הוצעה לויליאם אדוארד בורגהרד דו בויז – מייסד ה-NAACP שתמך בוילסון באמונה שהיה "דרומי ליברל" – משרה צבאית שתעסוק בנושאי הגזעים. דו בויז קיבל זאת, אולם נכשל במבחני הקבלה לצבא. ב-1916, התנגד דו-בויז לוילסון, וטען שכהונתו הראשונה הייתה "הניסיון הנורא ביותר מאז מלחמת האזרחים להחיל חוקי ג'ים קרואו ואפליה בשירות האזרחי".
מדיניות חוץ.
המהפכה המקסיקנית.
וילסון נכנס לתפקידו במהלך המהפכה המקסיקנית, ומעט אחרי ההתנקשות בחייו של פרנסיסקו איגנאסיו מדרו, נשיא מקסיקו בין השנים 1911 ל-1913. וילסון לא הכיר ב"ממשלת הקצבים" של ויקטוריאנו הוארטה ודרש ממקסיקו לקיים בחירות דמוקרטיות. גישתו חסרת התקדים של וילסון מנעה מהוארטה להשיג לגיטימיות וחיסלה אותו. "האידיאליזם של וילסון" הפך להיגיון מאחורי ההתערבות באמריקה הלטינית עד 1933, כשפרנקלין רוזוולט סיים את הגישה המוסרית כלפי האזור. לאחר שהוארטה עצר נחתים בנמל, שלח וילסון את הנחתים כדי לכבוש את האזור. המלחמה בין ארצות הברית ומקסיקו נמנעה בזכות משא ומתן, וב-1916, כשניסה להיבחר שוב לנשיאות, טענו תומכי וילסון ש"הוא השאיר אותנו מחוץ למלחמה". הוארטה נטש את מקסיקו והוחלף בוונוסטיאנו קאראנסה. אף על פי שהממשל השיג את מטרתו, סגנו של קאראנסה, פנצ'ו וייה, היה האיום הרציני יותר ב-1916.