אחת הטענות המועלות נגד הכנסייה הקתולית היא שלא השמיעה קולה באופן פומבי נגד השמדת היהודים במלחמת העולם השנייה. האפיפיור פיוס השנים עשר נמנע מלגנות את גרמניה הנאצית בעת המלחמה, למרות בקשות חוזרות מצד מנהיגי מדינות המערב ומנהיגים יהודים שונים. במקום, חתר לאחד את המערב עם גרמניה הנאצית, למאבק משותף נגד ברית המועצות הקומוניסטית והאתאיסטית. מספר כנסיות ומנזרים פעלו באופן אינדיבידואלי וחשאי בהענקת מסתור ליהודים והיו גם אחרים ששיתפו פעולה עם הנאצים ואף עודדו את ההמונים בשנאתם.
במחצית השנייה של המאה העשרים, לאחר מלחמת העולם השנייה והשואה, היה נראה כי ההתקפות נגד היהדות דעכו. הרעיון כי יש מידת צדק בכל אחד מהדתות והפילוסופיות החילוניות בקרב מאמיניו זכה לקבלה רחבה. אולם אז עלה רעיון הכחשת השואה שזכה לתפוצה רחבה, לא רק בקרב הנאו-נאצים המבקשים להראות את קודמיהם באור חיובי יותר, אלא גם בקרב אקדמאים, המציגים את הרעיון הגזמת השואה לצורך הצגת עמדה אובייקטיבית כביכול, ומציגים כתבי הכחשת שואה ביבליוגרפיה ובהערות שוליים. עדויות מסוימות אחרונות מעידות על כך שמכחיש השואה הראשון היה אלכסנדר רטקליף הסקוטי. שהיה מנהיג הליגה הפרוטסטנטית הסקוטית ואחר כך הבריטית, שנבחר בשנת 1933 כחבר מועצת העיר גלאזגו כשקידם קמפיין אנטי-קתולי. במהלך שירותו פרסם במגזין "וואנגורד" בין השנים 1945–1946 כי השואה היא המצאה יהודית. ההצהרה הסתמכה על חוברת קודמת שהוציא בשם "האמת על היהודים", שם הוא טען כי בריטניה זקוקה לאדם כהיטלר לאור השליטה היהודית על הממשל הבריטי, וכי סרטי השואה אינם אלא הפקה שזויפה בבתי קולנוע יהודים.
ניסיונות פיוס.
התפיסה שאין ישועה מלבד דרך הנצרות הייתה ליבת הכנסייה הנוצרית עד 1965, עת בה הוחלט בועידת הוותיקן השנייה על יחס יותר סובלני כלפי הדתות האחרות. השיא היה ב-1986, כאשר האפיפיור פאולוס השישי הכריז מעל במת בית הכנסת היהודי ברומא: "אתם האח הבכור". מאז עמדתה הרשמית של הכנסייה הקתולית היא שהיהודים זכו לגאולה על שפיכת דמו של ישו, דרך הכרזתם בפני פונטיוס פילאטוס כי דמו של ישו יהיה עליהם ועל בניהם (הבשורה על-פי מתי; 27:25). זאת גם ללא האמונה בישו, שכן דמו של ישו יכול רק לכפר ולא לפגוע.
בשנת 2000 כחלק ממערך הפיוס בין היהדות לנצרות קבוצה של יותר מ-170 מלומדים ומנהיגים יהודים פרסמו הצהרה הקוראת ליהודים "לוותר על הפחד וחוסר האמון כלפי הנצרות ולהכיר במאמצי כנסייה, בעשורים שחלפו מאז השואה, לתיקון הוראת הנצרות נגד היהדות." קבוצה זו הצהירה במסמך שהוציאה תחת הכותרת "דברו אמת" כי השואה לא הייתה תוצאה מוזמנת מהנצרות. בעקבות הדברים נעשו מאמצים באוניברסיטאות השונות, ובכלל זה באוניברסיטת נוטרדאם, לצמצם את החשיבה האנטי-יהודית בקרב הסטודנטים לתאולוגיה הנוצריות. תוך קידום שבירת דעות קדומות בשני הצדדים.
שרידי אנטישמיות נוצרית קלאסית.
לפי מנפרד גרסטנפלד שרידים רבים מהאנטישמיות הנוצרית הקלאסית נותרו, כשמתווספים אליה אלמנטים חדשים, ואלו באים לידי ביטוי בעיתונאות, באיורים ובמדיה העכשווית באירופה. אירופאים רבים עודם מאמינים כי היהודים אשמים ברצח ישו וכי הם משתמשים בדם נוצרים בפסח. תוך המשך קיום מסורת "שריפת היהודי" לטקס חג הפסחא.
רעיון ההיהודים כבית הכנסת של השטן הוביל לפיתוח תאוריות שונות לגבי כך שהיהודים המודרניים אינם באמת יהודים - אלא האדומים, עם בעל קונוטציה שלילית בתנ"ך שמקושר באויב שיש להילחם בו באחרית הימים, או הכוזרים, גם כן עם בעל קונוטציות תנ"כיות שליליות. היו אף כאלו שהאמינו שהגרמנים בתקופת מלחמת העולם השנייה היו למעשה היהודים האמתיים והיהודים שנרצחו היו למעשה יהודים מתחזים.
כיום עודם קיימים זרמים שונים בנצרות שעדין מחזיקות באמונות והתפיסות העתיקות על היהודים והיהדות מתוך התנגדותם לעמדות הוותיקן. תוך אמונה בתפיסות האנטישמיות המסורתיות ותפיסתם כאמת או אי הבנת רקעם. זאת לרוב תוך חוסר בקיאות בנצרות עצמה, כמו במיוחד ביהדות, העברית ובתנ"ך היהודי. כשרובם אינם מודעים לכך שתפיסות אלו אנטישמיות, לא נכונות, אינן מבוססות על האמת, וכוונו מטעמים פוליטיים.
מדינת ישראל.
האנטישמיות החדשה.
האנטישמיות החדשה מציגה את ישראל כמדינה שלילית מיסודה, לעומת כל האחרים, ולכן אין לה זכות קיום. לעומת האנטישמיות המסורתית שביקשה למנוע מהיהודים חיי חברה ככל האחרים, האנטישמיות החדשה מבקשת למנוע מהעם היהודי לחיות כחבר שווה בחבר העמים. פר אהלמארק טען כי האנטי-ציונים מקבלים את זכותם של עמים אחרים להגנה ומימוש רגשות לאומיים, אך כי הם שוללים את אותה הזכות מהעם היהודי. לפיכך, הם אינם שופטים את ישראל באותם הערכים המשמשים לשיפוט מדינות אחרות וזה נחשב כאנטישמיות.
העוינות הנוצרית המסורתית ליהודים הומרה בהדרגה להתנגדות הממסדים הנוצרים ללאומיות היהודית בארץ-ישראל. לאחר הקמתה של מדינת ישראל תאולוגיית החילופין הפכה לבלתי-רלוונטית ויצרה ואקום תאולוגי עמוק בנצרות, שכן היהודי יועד לעד להשפלה ואילו הנה יש להם מדינה. הפרוטסטנטים העניקו לדבר פרשנות דתית והיא התקרבות ימי חזרתו של ישו; הקתולים דחו רעיון זה. הוותיקן, ה-WCC וה-NECC, מסיבות פוליטיות-פרגמטיות (להגנה על אתרי המורשת הנוצרים. שעתיד רובן, לפי הצהרות בינלאומיות מסוימות, לעבור לידי הריבונות הפלסטינית.) העניקו למדינת ישראל "יחס עוין ומנוכר כבר מראשיתה". ביוני 1967, במסמך שיועד ל-NECC, פרסמו "קבוצת תאולוגים מזרח-תיכוניים" מסמך לשלילת האנטישמיות. בתוכנו טענו כי סיבת שלילת נוצריי המזרח את היהדות והיהודים היא אי הבחנתם בין העם היהודי למדינת ישראל ובין היהדות לציונות. ואילו הגורם המרכזי לטעותה של נצרות המערב בתמיכתה הבלתי-מסויגת במדינת ישראל היא רגשות האשם כלפי היהודים. הפתרון לבעיה שהציעו היה "להביא לידי הפרדה מושגית ומעשית בין היהדות לציונות בתודעה הנוצרית המזרחית והמערבית." כלומר יש להגדיר את היהדות כנטול כל סממן לאומי או זיקה לארץ ישראל, זאת תוך הדגשת החובה שבמאבק בציונות. מאוחר יותר התפיסה הרווחת בקרב הקתולים הייתה כי מדינת ישראל היא דבר חולף שכנראה נוצר באופן זמני לאור האנטישמיות, וכשהאנטישמיות תיעלם כך גם יקרה עם הדחף הלאומי היהודי. בנוסף נתפסה זהותה היהודית של ישראל כבעיית המזרח התיכון, ומכשתיעלם הזהות היהודית של מדינת ישראל תיווצר מציאות צודקת באזור.
שימוש בשואה למטרות רווח פוליטי דרך מניפולציה והשפעה על דעת הקהל.
ממסדי הכנסייה נמנעים באופן עקבי וגלוי מלהתערב בענייני ריבונות מדינתית ובפרט בוויכוחים לאומיים, כשהסכסוך הישראלי-פלסטיני יוצא מכלל זה. בשנת 1983 בוועדת ה-WCC בוונקובר הוחלט והתבקש מנוצריי המערב להכיר בכך שרגשות האשם שיש להם כלפי היהודים עשויים להשפיע על עמדתם בנושא הסכסוך במזרח התיכון ואף להוביל לתמיכה בלתי-מסויגת במדינת ישראל. החלטה זו, מעבר לכך שגרמה לאפקט פסיכולוגי הפוך, שחררה נוצרים מערביים רבים מ"האשם" וההתגוננות ואפשרה חלופה נוחה להיעלמות "תאולוגיית החילופין" ותחושת העליונות על היהודים, שעם היעלמותם היה להם קשה להשלים: "נמצאה כעת דרך חדשה המשחררת מכובד הזיכרון ההיסטורי ובה בעת משפילה את היהודי: השפלת מדינת-היהודים. האי-צדק שנעשה לפלסטינים בידי היהודים מאפשר ולמעשה מחייב, את הנוצרי להשתחרר מעול יחסו המיוחד ליהודים ובו בזמן מציב את הנוצרי, תומך הפלסטינים והצדק, בעמדת יתרון מוסרי." כשלפי עמדה זו אין באמת צורך אמיתי בוויתור על "תאולוגיית החילופין", לאור כך שהעמדה הרשמית שהתקבלה על ידי הכנסייה היא התעלמות מוחלטת מנסיבות המצב אליו נקלעה ישראל. שכן היהודים עודם מוכיחים את נחיתותם המוסרית על פני הנוצרים, וזאת למרות ובהקבלה למה שאירע על ידי הנוצרים במלחמת העולם השנייה. שכן מה שהיהודים עשו ועושים לפלסטינים חמור בהרבה; ואף מייצג ובכך מעביר את כלל פשעי הקולוניאליזם' אל מדינת היהודים, דבר שמוכיח את היות היהודים דימונים ורעים.
שימוש בסמלי האנטישמיות הנוצרית הקלאסית.
החל משנת 2010 החלו ארגונים הפועלים בשטחי הרשות הפלסטינית להשתמש בתעמולה המעוררת רגשות הדתיים נגד ישראל, תוך עידוד וקריאה להחרמתה. משנת 2013 ארגונים נוצריים הפועלים בשטחי הרשות הפלסטינית, החלו להשתמש ביתר שאת בתעמולה דתית אנטישמית נגד ישראל, תוך טיעון כי ישו היה פלסטיני שחי בפלסטין. ד"וח קרן עמוס הבריטית (Amos Trust) הפועל בתחומי הרשות הפלסטינית בנוגע לפעולותיה בבית לחם כתב: . בכריכת הקטלוג לשנת 2013 אף מתואר ישו מנסה לעבור את חומת הביטחון באמצעות חבל.
בשנת 2014 לכבוד חג המולד התחפשו מפגינים פלסטינים לסנטה קלאוס ויצאו להפגין ולתקוף חיילי צה"ל תוך צילום תמונות תגובות החיילים והפצתם כתקיפת חיילי צה"ל את סנטה קלאוס. באותה שנה "Kairos Palestine" הפיצו איגרת מיוחדת ובה נכתב: (הבשורה ע"פ לוקאס, 18,4). הכנסייה הפרסביטראנית באותה השנה פרסמה באותה השנה החלו לדמות את מדינת ישראל לשלטון הכיבוש הרומי, שדיכא את היהודים בימיו של ישו; ואת היהודים אז לפלסטינים היום. הכנסייה המתודיסטית המאוחדת פרסמה:
קרן "Holy Land Trust" היא מבין הקרנות המארגנות את הכנס השנתי 'ישו במחסום' בבית-לחם המעביר תכנים אנטישמים החל מ-2010. בין התכנים העיקריים המועברים בכנס הם נושאי גזע ומוצא הישראלים החיים כיום בישראל, כשמקורותיהם האמיתיים אינם יהודים אלא אירופאים, כוזרים. כפי שטען מיטרי ראהב, כומר מבית-לחם: ויקטור בטרסה ראש העיר הנוצרי של בית-לחם גם טען כי
הפלסטינים כישו הנצלב בשנית.