המורדים המשיכו לכיוון ארמון הורדוס, צרו עליו וערכו מלחמה. לאחר שבועיים של לחימה הציעו הנצורים למנחם הגלילי להסגיר את הארמון לידיו ובלבד שיניח לחייהם. מנחם נתן את רשותו, אך ליהודים בלבד. הללו יצאו, והחיילים הרומיים, שנמנעו מלהתמקח על חייהם משיקולי כבוד ואי-אמון, נמלטו אל המגדלים שסביב הארמון: היפיקוס, פצאל ומרים. כוחות המורדים פלשו אל הארמון ביום ו' באלול והרגו את שאר החיילים שלא הספיקו לברוח ונותרו במרחב שטחי הארמון. הפולשים ערכו במקום בזיזות והצתות. למחרת אותו היום נתפסו ונהרגו חנניה הכהן הגדול ואחיו חזקיה בסמוך לאחת ממחילות הארמון, שם התחבאו.
בשלב זה הנהיגו את המרד ראשי השכבות הנמוכות בעם, ובראשם מנחם בן יהודה, מנהיג הסיקריים ממצדה, שהגיע לירושלים. אלעזר (בנו של חנניה הכהן גדול) ואנשיו ממחנה הקנאים, שראו במנחם מנהיגות עריצה, התנפלו עליו כשהוא לבוש בגדי מלכות, בבואו להשתחוות במקדש, הוא ואנשיו, בעוד המון העם מיידים אבנים לעברם. מנחם הצליח להימלט, אך נתפס והוצא בפומבי להורג לאחר עינויים קשים, כמו עוד כמה מאנשיו הבכירים. אלעזר בן יאיר עם קומץ מועט מהסיקריים הצליחו לברוח אל מצדה והתבצרו בה. שאר הסיקריים נתפסו ונטבחו.
לאחר שביצר את מעמדו מבחינה פנימית, המשיך אלעזר בן חנניה במרד נגד הרומאים. אלעזר שב אל הארמון לסיים את מלאכתו של מנחם הגלילי. הרומאים שהתבצרו במגדלים, קצרה ידם מהילחם במורדים, ומפקדם מֶטִילִיוּס התחנן על חייהם תמורת נשקם ורכושם. ההצעה נענתה בחיוב והקנאים נשבעו על ביטחונם של הרומאים. ביום שבת ירדו הרומאים מהמגדלים והניחו את נשקם כמסוכם. אולם אנשיו של אלעזר הפרו את שבועתם, הסתערו על הרומאים וטבחו אותם. מטיליוס, שהתחנן על נפשו והבטיח להתגייר ולהימול – קיבל את נפשו לשלל. רצח הרומאים לאחר שנכנעו הפך את המאבק לעימות דמים אלים, שבו לא התקבלה כניעתו של צד כלשהו, אלא היה עליו להמשיך ולהילחם עד מוות.
כעת הייתה ירושלים בשליטה מלאה בידי המורדים, אך לא נראתה כל חגיגה או אות שמחה. העם, שלדבריו של יוספוס, ראה בטבח שבוצע בשבת עבירת-דת חמורה, היה חרד לבאות ודיכאון כבד ירד על העיר.
הצלחות ראשונות.
התפשטות המרד אל כל רחבי הארץ.
המרד, שבתחילה היה מרוכז בירושלים בלבד, התפשט עד מהרה לכל רחבי הארץ, כשהוא נושא אופי של סכסוך אתני בין היהודים ליוונים והסורים, שישבו בערים ההלניסטיות. כך שבעוד ירושלים נכבשת בידי המורדים, ברחבי הפרובינקיה "יודיאה" התרחשו פרעות בהיקף רב.
בתחילה ניצלו הסורים בקיסריה את ההזדמנות שנקרתה להם לנקום ביהודי עירם, עמם היו מסוכסכים מזה שנים. בטבח שערכו ביהודים נהרגו אלפים, ורבים אחרים נשבו ונמכרו על ידי פלורוס לעבדים. מותם של יהודי קיסריה הביא להתלקחות המרד בכל הארץ, והיהודים יצאו לנקום את נקמת אחיהם, תוך שהם פושטים על הערים המעורבות, והורגים את יושביהן שאינם יהודים.
בבית שאן, היא סקיתופוליס, כרתו היהודים ברית עם הסורים, על מנת להילחם ביחד בבאים להרוג את הסורים. כאשר הצליחו היהודים והסורים להדוף את המורדים שבאו להרוג את הסורים תושבי בית שאן, התנפלו לפתע הסורים על שכניהם היהודים ובני בריתם, והרגו בהם אלפים. מעשה בגידה זה היה אף הוא זרז למעשי אלימות הדדיים שהתפשטו בכל רחבי הארץ, בצור, בצידון, בסבסטיה שבשומרון ובערים רבות נוספות. הלחימה נשאה אופי של טיהור אתני, שבו כל צד מנסה להשמיד את בני העם האחר הנמצאים בטריטוריה שלו. היהודים נמצאו במיעוט בערים רבות, וברוב המקומות שבהם נמצאו במיעוט, נרצחו על ידי תושבי הערים האחרים.
כתגובת זעם, כילו היהודים את חמתם בתושבי הערים בפילדלפיה, חשבון, עכו ופלה ובערים רבות באֵזורים אלו. כך גם בשומרון, אשקלון, עזה ואנתדון. הכנופיות היהודיות טבחו, הרסו ושרפו את כל הנקרה לפניהם. הנכרים לא נותרו חייבים והשיבו מלחמת-נגד במסעות נרחבים של הרג, שוד וביזה.
באלכסנדריה הפכו המהומות הבין עדתיות ללחימה של ממש. הסכסוך בין היהודים והיוונים הגיע לשיאים של אלימות, ומשנכשלו ניסיונות ההרגעה של המושל, טיבריוס יוליוס אלכסנדר, שהיה יהודי מומר, ואחיינו של הפילוסוף פילון האלכסנדרוני, שילח אלכסנדר ביהודים את חייליו הרומים, שהרגו רבבות מהם.
במשך כל שלהי הקיץ מחזות הדמים וגלי ההרג הלכו ושטפו בכל ערי הסביבה המעורבות. הנציבים הרומאים והמושלים המקומיים לא הצליחו להשליט כל סדר ואזלת-יד השלטון הרומאי נראתה בעליל.
ניסיון המתקפה על ירושלים בידי קסטיוס גאלוס.
בניסיון להשליט סדר בכל פרובינקיית יודיאה והסביבה, נשלח הנציב הרומי בסוריה, קסטיוס גאלוס, כשעִמו כוח צבאי גדול שנאסף לצורך המערכה ומנה 36,000 לוחמים בהסדר הבא:
בראשית החורף של שנת 66 (ג'תתכ"ז) החל קסטיוס גאלוס בהכנעת הגליל; תחילה הוא יצא מאנטיוכיה, משם עבר לעכו, שם קבע את מחנהו, המשיך והדרים לקיסריה, כבש את יפו בה הרג 8,400 איש, ולאחר מכן החריב את הערים כאבול ונרבתא. במקביל שלח חלק מחייליו לגליל. העיר ציפורי קיבלה את הרומאים בברכה, והמורדים התבצרו בהר עצמון, שם הוכרעו על ידי אנשיו של גאלוס לאחר מצור קצר. במהלך מסעו של גאלוס בארץ אל ירושלים, כבש גם את אפק. כשהתקרב ליהודה, מצא את לוד ריקה מאדם. יושביה עלו לחוג את חג הסוכות בירושלים. גאלוס שרף את העיר והמשיך לירושלים דרך בית חורון. גאלוס חרג מהנוהל הצבאי הרומי ופיצל את שיירתו: הלוחמים נעו ראשונים, ובהמות המסע (או גם מכונות המצור) נעו מאחור. המורדים ניצלו את השגיאה, ובשבת של חול המועד סוכות תקפו את השיירה בעודה עוברת מגבעון לירושלים. לוחמת הגרילה ששימשה את המורדים, יחד עם הטקטיקה הצבאית המעולה שנקטו, ובניצול התנאים הטופוגרפיים, הובילו את הצלחת המערכה. המצטיינים בקרב היו לוחמי חדייב - בני משפחת מונבז המלך. שמעון בר גיורא תקף את שיירת האספקה הרומאית מן העורף בעודה מטפסת את מעלה בית חורון, ניתק חלק גדול ממנה שכלל בהמות משא רבות, והביאן לירושלים דרך מוצא. פעולה זו נתנה למורדים תועלת רבה בעת המצור והקשתה על הרומאים. בסופו של דבר, הרומאים אמנם הדפו את המתקפה, אך היא גבתה את חייהם של 515 חיילים, כרבע מהם פרשים. מחיר הדמים ששילמו היהודים היה 22 לוחמים בלבד.
בינתיים שלח אגריפס השני שליחים לירושלים בניסיון לפייס את המורדים, אך אלה הוכו בידי המורדים ונהרגו.
גאלוס קרב אל ירושלים והחליט לחנות בהר הצופים – צפונית-מזרחית לירושלים (העתיקה), שם כבר היה ניתן לראות את ירושלים. גאלוס המתין במקום שלושה ימים עד להיאספות כוחותיו, וביום הרביעי (ל' בתשרי) התארגנו הכוחות לעריכת מלחמה. גאלוס עדיין לא היה מודע לרוחב היקפו של המרד. המורדים מצִדם נבהלו מהסדר והמשמעת שנראו במחנה הרומאי, וזה לבד הביא אותם לסגת אל העיר והר-הבית. גאלוס חדר אל העיר מצפון לשכונת בית זיתא ללא כל ניסיון התנגדות מצד המורדים, העלה אותה באש והמשיך אל מול הארמון המלכותי, שם מיקם את מחנהו.
אחד מנכבדי העיר בשם חנן בן יונתן, ניגש ופתח את שערי העיר והזמין את גאלוס להיכנס בקלות אל העיר. גאלוס דחה את ההצעה הנדיבה, ואף המורדים מצידם הניסו את חנן ואנשיו מהמקום. המורדים עמדו מעל החומה ובמשך חמישה ימים ירו על הרומאים שניסו לטפס על החומה באמצעות סולמות.
ביום שלאחר מכן, ניסה גאלוס לתקוף מכיוון הצד הצפוני של הר-הבית בעזרת קבוצת לוחמים נבחרת ובסיוע קשתים. המורדים, שעמדו על הסטואיי שבהר-הבית, אמנם הצליחו להדוף פעם אחר פעם את התוקפים ולהרחיקם מחומת הר-הבית, אך לבסוף הירי המסיבי הכריח אותם לנסוג מעמדתם. גאלוס תכנן לחתור תחת החומה, ובכך לפלוש אל העיר. פעולת החתירה עשויה הייתה להיות מלאכה קשה ומפרכת בשל גודל האבנים וקיבוען המוחלט. פעולה דומה שנעשתה בעבר אף בעזרת מגדל מצור ומכונות מלחמה אחרות, בניסיון למוטט את השער הצפוני שבהר-הבית, נתקלה בקשיים ומאמץ רב, וגם אחרי שהצליחו לחלץ את אבני היסוד החיצוניות, נשאר השער על עמדו כשהוא נתמך היטב באבנים שמאחוריהן. אך במקרה והפעולה תצליח - היא תצדיק ודאי את הקושי הכרוך בה. בשלב זה קרבו החיילים הרומיים אל החומה במבנה טסטודו ("צב"): הלוחמים עומדים בשורות צמודות זו לזו כשהמגנים שלהם מהודקים אחד לשני, מלפנים וממעל. מבנה זה מאפשר מחסה מפני המטרת קליעים, מה שנתן להם את היכולת לחתור תחת החומה מבלי להיפגע, וכך יוכלו להכין את הריסת ושרֵפת שערי הר-הבית.
היהודים לעומת זאת נתקפו בחרדה, חוסר-אונים וייאוש.
תבוסתו ונסיגתו הפתאומית של גאלוס.