המארונים דגלו מבחינה דתית, בהשקפה הקתולית הדיאופיזיטית כפי שהתקבלה בוועידת כלקדון ב-451. ואומנם, ידוע על מקרה שבו נטבחו 350 נזירים מארונים בידי המונופיזיטים של אנטיוכיה. אירוע זה גרם למנוסת המארונים להרי לבנון, אבל גם להכרה של האפיפיור הורמיסדס במארונים ב-10 בפברואר 518 לאחר שהאירוע הובא לידיעתו. לעומת זאת, יש היסטוריונים הטוענים כי מהמאה ה-7 ועד מסעי הצלב החזיקו המארונים בדוקטרינת ביניים: המונותליטית, הגורסת כי לישו "רצון אחד". הייתה זאת נוסחת פשרה, שנתמכה במאה השביעית לספירה על ידי הקיסר הרקליוס. זאת, בניסיון לאחד את עולם הנצרות כנגד מתקפת האסלאם. התפיסה המונותליטית נדחתה ככפירה בוועידת קונסטנטינופול השלישית.
ימי הביניים.
עם תחילת הכיבוש המוסלמי נדחקו המארונים מסוריה אל אזור הר הלבנון והפכו למולדתם את השטח המשתרע כיום מצפון לכביש ביירות–דמשק ועד שולי העיר טריפולי של ימינו, באזורים: בשרי, כסרואן, זגרתא ומתן ואפילו בנו מדינה שנקראת מדינת המורדים המרונים (מרדא) שגבולותיה מתחילים בצפון הר הלבנון ונגמרים בגליל העליון והמערבי, הכפרים מארון א-ראס, בירעם, מנסורה, ומערבה עד הים התיכון. מובלעת זו התחילה להתכווץ במאה השמינית והתשיעית בעקבות פלישות ערביות וייבוא שבטים בדואים מצפון חצי האי ערב בסיוע של הח'ליף אל מנסור העבאסי שהוציא צו הלכה אסלאמי בעניין זה, להלן תוכנו: "יש בלבנון עם שמסרב למרותינו, עליכם לפנות עצמים זרים אלה משם כי זו אדמה שאלוהים נתן לכם אותה". מאז כל שטח מרוני שנכבש במלחמה ותושביו נסו על נפשם, יושב על ידי מתיישבים חדשים כולל הר הלבנון הדרומי ונשאר בידי הארמים מרונים ההר הצפוני. בהר הדרומי באזורים הדרומיים כולל ההר, השתלטו שבטים שיעים ומענים דרוזיים וכך הצטמצמה המובלעת הארמית מרונית והנוצרית העצמאית, תהליך שנמשך עד היום. הכפר מארון א-ראס היה ארמי מרוני אבל היום השיעים השתלטו עליו לגמרי. הכפר שמר על שמו הארמי.
מצבם של המארונים היה בעייתי: לא רק שהיו מיעוט נוצרי בין מוסלמים, אלא שאף עם עדות נוצריות אחרות בלבנון לא היה ביכולתם ליצור מערכת יחסים תקינה בשל הדוקטרינה השונה שאימצו. משחר קיומם התבלטו המארונים כעדה בדלנית: בשעה שעדות נוצריות אחרות התפזרו בארצות שונות (למשל: יוונים קתוליים), התרכזו המארונים כולם בהר הלבנון הצפוני, למעט שוליים קטנים בצפון סוריה, מושבת סוחרים בקפריסין ושני כפרים בגליל - ג'ש (גוש חלב) ובירעם.
בתחילת תקופת הכיבוש הערבי הגנו לוחמים מארונים שדיברו ארמית עד אז בהצלחה על הר הלבנון, הקימו אוטונומיה עצמאית על אדמת אבותיהם ואף הטרידו את הצבא של שושלת בית אומיה עד כדי כך שבשנת 677 שילם להם הח'ליפה מס בתמורה לשמירה על השלום. בשנת 685 קיבלו המארונים את הסכמת האפיפיור סרגיוס הראשון למינוי המנהיג הדתי של המארונים יוחנן מרון (מת בשנת 707) כפטריארך של אנטיוכיה, וזאת במקביל לקיומם של הפטריארך האורתודוקסי של אנטיוכיה והפטריארך הסורי-אורתודוקסי של אנטיוכיה. משרה זו קיימת עד היום, כאשר ברוב התקופה תיפקד הפטריארך הן כמנהיג רוחני והן כמנהיג חילוני של המארונים. עצמאותם של המארונים הייתה לצנינים בעיני הקיסר הביזנטי יוסטיניאנוס השני והוא שלח בשנת 694 צבא נגדם. לאחר כמה כישלונות הצליחו המארונים להביס את צבא הקיסר.
במשך כ-400 השנים הבאות כמעט שלא היה קשר בין המארונים לעולם הנוצרי אך ידוע כי המשיכו לשמור על עצמאותם כנגד הפולש הערבי ולקיים את הדוקטרינה הארמית הלאומית והדתית הייחודית להם. הקשר עם העולם הנוצרי חודש בשעה שהחלו מסעי הצלב כשהצלבן ריימונד מטולוז פגש בהם בהרים סמוך לטריפולי שבלבנון בדרכו לכיבוש ירושלים. המארונים היו לעדה הנוצרית היחידה באזור שהתייצבה כיחידה אחת לימין הצלבנים בשביל להיעזר בהם אחרי 400 שנים שהם נלחמים לבד נגד הפולש הערבי.
ממקורות שונים עולה כי במשך 200 שנה (משלהי המאה ה-11 עד החורבן הסופי של ממלכת הצלבנים, בשלהי המאה ה-13) היו יחסי הערכה הדדית בין המארונים לצלבנים. על פי ההיסטוריון, הבישוף ויליאם מצור (חי 1130 – 1185) היה ב-1182 ניסיון של הפטריארך המארוני לאיחוד עם הכנסייה הקתולית עם הפטריארך הלטיני של אנטיוכיה (משרה שקמה בעקבות מסעי הצלב), ובשנת 1215 השתתף הפטריארך המארוני ירמיה השני בוועידת לטראנו הרביעית ברומא. תקופת מסעי הצלב השפיעה על הלך המחשבה של המארונים ועל התפתחותם. עם תבוסת הצלבנים, עבר על הארמים מארונים ושפתם הארמית תהליך של התדרדרות והתנוונות, שנמשך כ-200–300 שנה.
חידוש הקשר עם אירופה הנוצרית.
במאה ה-15 נעשה ניסיון לשקם את הקשרים בין אירופה הנוצרית לבין הקהילה הארמית מארונית בלבנון, כאשר ללבנון באו נזירים פרנציסקנים והחלו לפעול בקרב העדה. הפטריארך יוסף השני (1468–1492) קיבל מהאפיפיור את הפליום, סוג של כתפיה המסמלת תפקיד בכיר במדרג של הכנסייה הקתולית ומאז נעשתה חלוקת הפליום לפטריארכים המארונים מנהג קבוע.
בשנת 1535 העניק הסולטאן סולימאן המפואר קפיטולציות (זכויות שיפוט) על הנוצרים באימפריה העות'מאנית למלך צרפת פרנסואה הראשון. זכויות אלו אפשרו למיסיונרים ונזירים צרפתים לפעול במזרח התיכון והם נעזרו במארונים.
לקראת סוף המאה ה-16 שלח האפיפיור גרגוריוס ה-13 את הכומר הישועי ג'ובאני אליאנו אל המארונים וכתוצאה מפעולותיו יסד האפיפיור ב-5 ביולי 1584 מכללה מארונית ברומא ששגשגה בניהול הישועים עד למאה העשרים כמרכז להכשרת מלומדים ומנהיגים.
ב-1610 ייבאו הנזירים ממנזר אנטוניוס הקדוש שבקוּזאייה אחד ממכבשי הדפוס הראשונים בארמית ובערבית שהותקן בעולם דובר הערבית. המנזרים של לבנון עתידים היו למלא תפקיד חשוב בתחיית התרבות הערבית של סוף המאה ה-19 כתוצאה מפיתוח גופנים לערבית כמו גם לסורית.
ב-1624 הוקם בלבנון סמינר שנוהל על ידי נזירים פרנציסקנים שנועד להכין פרחי כמורה מארונים ללימודים במכללה שברומא. המכללה המארונית הכשירה רבים ממנהיגי העדה הדתיים והחילונים של המארונים ורבים מבוגריה היו לפטריארכים. ב-1695 הקים הפטריארך סטפן השני את מסדר הנזירים המארוני הראשון.
בשנת 1638 הודיעה צרפת כי היא תגן על כל הקתולים בשטח האימפריה העות'מאנית ובכלל זה המארונים. על פי מדיניות זו חידשה צרפת הקתולית את הקשר עם המארונים, קשר שהלך והתהדק במאה ה-17 והגיע לשיאו במאה ה-18, עם התרחשותם של אירועים אחדים, ששילובם זה בזה מסמל עידן חדש בהתפתחותה של העדה המארונית.
המאה ה-18.
שיאו של השינוי בעדה המארונית היה בשנת 1736, כאשר בסינוד שהתקיים בלבנון בראשותו של בוגר המכללה המארונית ברומא מונסיניור יוסף־סימון אסמאני הוחלט על איחוד מלא של הכנסייה המארונית עם הכנסייה הקתולית ברומא, תוך שמירה על אוטונומיה מסוימת:
פריחת המארונים במחצית הראשונה של המאה ה-18 יצרה גם התחדשות דמוגרפית וצפיפות אוכלוסין באזור צפון לבנון. החלה הגירה מארונית מצפון הר הלבנון בחזרה אל אזור השוף, בדרומו של הר הלבנון אשר היה נתון בלעדית לשלטונם של הדרוזים בעלי האדמות שהשתלטו עליו במאה ה-12 לספירה אף על פי שרוב האוכלוסייה שם הייתה ארמית מרונית. עם הגירת המארונים חזרה מצפון הר הלבנון לדרומו, התעוררה הבעיה העדתית של הר הלבנון, שהפכה לבעיה של לבנון כולה, מאז ועד היום. השיפור במצבם הכלכלי והחברתי של המארונים הוליד דרישה למעמד פוליטי. המארונים שוב לא היו מוכנים לקבל כמובן מאליו את הסדר החברתי הפוליטי בהר, שביטא את עליונותם של הדרוזים על מי שאינם דרוזים, והדברים הוחרפו גם בשל ההתססה של המארונים על ידי מנהיגותם הדתית והרוחנית, בעיקר מסדרי הנזירים המארוניים.
בשנת 1788 עלה לשלטון בהר הלבנון המארוני בשיר שהאב כאמיר בשיר השני, ששלט תחילה כואלי של הר הלבנון תחת השלטון העות'מאני. מ-1822 היה בשיר בעל ברית של מוחמד עלי שליט מצרים ובסדרת קרבות הביס את הכוחות הדרוזים שתמכו בשלטון העות'מאני. בשיר גרם להאצה של שני תהליכים:
המאה ה-19.
כאשר התמוטט שלטונו של בשיר ב-1840, יחד עם השלטון המצרי, שוב עלתה על הפרק שאלת הר הלבנון. מ-1840 עד 1860, ניטשה מלחמת האזרחים הגדולה הראשונה של הר הלבנון, כאשר השיחים הפיאודלים הדרוזיים נאבקים נואשות לשמירת מעמדם מול עדה מארונית בעלת עדיפות מספרית, הנהנית מסיוע מערבי ובעלת יומרות תרבותיות ופוליטיות.
במלחמה זו ניצחו הדרוזים מבחינה צבאית ותומכיהם הערבים והטורקים, אבל המארונים ניצחו פוליטית. כגודל התבוסה הצבאית, כן נוצר אינטרס, בעיקר אצל צרפת הקתולית, להתערב למען המארונים. כוחות צרפתיים נחתו בביירות ב-1860 ושמו קץ להרג ההמוני והטיהור האתני במרונים ולאחר מכן בנוצרים אחרים באזור. לאחר מכן הואצה השגת הסדר פוליטי חדש בלבנון (בשיתוף מעצמות אירופיות אחרות), ששיקף הפעם את מעמדם הדומיננטי של המארונים בהר הלבנון. האוטונומיה של המארונים בהר הלבנון קידמה את התפתחות האזור בהשוואה לאזורים אחרים במזרח התיכון. בשנות הטבח עזרו היהודים לחלק מהמארונים שהסתתרו אצלם בביירות. הפטריארך הארמי מארוני הודה לראש קהילת יהודי ביירות על פועלם וסיועם בשנת 1937.
בעקבות התמוטטות הפיאודליזם שיעור יודעי קרוא וכתוב בעדה היה גבוה. כבר בסוף המאה ה-19 ניכרה השפעה אירופית-נוצרית חזקה ביותר, שתרמה לפיתוח מערכת חינוך לעילית כמו גם לשכבות החלשות.