אלכסנדר בלב הממונה על הקומיסריון לענייני יהודים אמנם פעל בידיעת שר הפנים פטר גברובסקי וראש הממשלה בוגדאן פילוב, אך מקורות כגון בנימין ארדיטי טוענים שבנסותם לגרש את יהודי "בולגריה הישנה", ביצעו השלושה מחטף שלא תואם עם שאר שרי הממשלה ועם המלך בוריס השלישי שלא רצה בגירוש היהודים. מקורות אחרים כגון אלברט רומנו, ניר ברוך, נסים יושע ומיכאל בר-זוהר מציגים תמונה שונה. חלקם טוענים שהמלך הסכים לגירוש ואחר כך נמלך בדעתו, חלקם מציינים שהמלך "הקריב" את יהודי תראקיה ומקדוניה כדי להימנע מגירוש יהודי "בולגריה הישנה", וחלקם טוענים שהמלך הבולגרי היה אופורטוניסט ובסופו של דבר אכן התכוון לגרש את כל יהודי הממלכה כדי להבטיח את שרידותו ושרידות ממלכתו העצמאית. עוד טוענים היסטוריונים אלו, כי בבולגריה האוטוקרטית לא יכול היה להתבצע מהלך שכזה ללא אישורו של המלך. מספר מקורות ובהם גאורגי פרבאנוב בבולגריה וההיסטוריון חיים קשלס בישראל טוענים כי המלך בוריס היה אנטישמי בדעותיו ומביאים את נאומו בפני הסינוד הבולגרי בו אמר: "במשך מאות שנים, גרמה היהדות לשנאה, הידרדרות מוסרית ובוגדנות. היהדות היא הסיבה ועליה מוטלת האשמה, לכל המלחמות, האסונות, הזעזועים והקונפליקטים הבינלאומיים. היהדות היא מכשול לחירותם ולהתפתחותם של כל העמים באירופה".
בביקור שערך בישראל ב-2008, הצהיר נשיא בולגריה גאורגי פרבאנוב, כי בולגריה אינה מתנערת מאחריותה לשילוחם של 11,000 מיהודי תראקיה ומקדוניה למחנות השמדה במלחמת העולם השנייה. הייתה זו הפעם הראשונה בה נטל גורם בולגרי רשמי אחריות לסוגיה זו.
מהלך שלטונו.
בתחילת 1922 הוציאו שלטונות הצבא הוראה לסלק משורותיהם את כל היהודים בתואנה שהם מוסרים סודות לאויב. בין 1932 ל-1934, גברו מאוד האירועים האנטישמיים בבולגריה ובכלל זה הפצת עיתונים ופגיעות פיזיות ביהודים ובתי כנסת. ב-19 במאי 1934 לאחר הפיכת "הליגה הצבאית, הוגבלה פעילותם של המוסדות הציוניים בממלכה. עם זאת, באופן אישי המשיך המלך ביחסו הקורקטי ולעיתים האוהד כלפי ראשי הקהילה. ב-1935 החליט יושב ראש הקונסיסטוריה היהודית חיים אהרן פרחי לעלות לארץ ישראל. המלך בוריס השלישי קיבל אותו לשיחה אישית והעניק לו אות הצטיינות על השירות האזרחי לבולגריה.
ב-1935 הותר רשמית קיומם של ארגונים אנטישמיים. בדצמבר 1937, נשא שר הפנים איוואן קראסנובקי נאום שטנה אנטישמי בפני חברי האקדמיה למדעים בסופיה. החל מ-16 בספטמבר 1939 נערך המסע לגירוש נתינים זרים ובמסגרתו גורשו מבולגריה 4,022 מיהודי בולגריה אשר לא היו בעלי אזרחות בולגרית או מחוסרי אזרחות כלל. השלטונות נקטו באמצעים אכזריים כדי לגרש את היהודים. רובם גורשו אל שטח ההפקר בגבולות טורקיה ויוון. חלקם התקבלו במדינות אלו ומחוסרי הנתינות נותרו מסורבי כניסה. בהמשך, הובלו מאות יהודים במסע רגלי לווארנה ושם הועלו על ספינות רעועות שעשו דרכן לארץ ישראל. ב-6 בינואר 1940, הגיעה משלחת של הקהילה היהודית להלין בפני שר המשפטים הבולגרי וסיל מיטאקוב (בולגרית: Васил Митаков) על רדיפות היהודים הגוברות והוא ענה: "מה אתם רוצים, שנקריב את בולגריה כולה למען 50,000 יהודים?".
ב-23 בינואר 1941 נחתם ופורסם החוק להגנת האומה אשר פגע בזכויותיהם האזרחיות של יהודי בולגריה והגביל את פעולותיהם החברתיות והכלכליות. היהודים הוכרחו לענוד טלאי צהוב.
באפריל 1941 פלש הוורמאכט לשטחי ממלכת יוגוסלביה וממלכת יוון והכניע אותן תוך זמן קצר. עד לסוף אפריל הועברו חבלי מקדוניה הווארדארית ותראקיה היוונית לחזקת הבולגרים, ויחידות צבא בולגריות נכנסו לחבלים אלו. לאוכלוסייה היוונית והיוגוסלבית הוענקה מיד אזרחות בולגרית, אך היא נמנעה מהיהודים. בהמשך, ב-10 ביוני 1942 נתנה הממשלה הבולגרית תוקף רשמי להחלטה להעניק אזרחות בולגרית לכל הנתינים היוגוסלבים והיוונים בשטחים שסופחו לבולגריה. בנוסף, נכתב בהחלטה כי: "פקודה זו לא מיועדת לאנשים ממוצא יהודי".
החל מ-1 במאי 1941, נלקחו כ-9,000 גברים יהודים בגילאי 20–40 לפלוגות עבודה שעסקו בסלילת כבישים בחלק המזרחי של המדינה. ב-22 בפברואר 1943 חתם אלכסנדר בלב בשם ממשלת בולגריה על הסכם עם תיאודור דנקר מטעם גרמניה הנאצית, בדבר מסירת 11,343 יהודי תראקיה, מקדוניה והעיר פירוט לידי הגרמנים. החל מ-4 במרץ ועד 11 במרץ 1943 ביצעו שוטרים וחיילים בולגרים "אקציה" בכל רחבי תראקיה, מקדוניה ובכלל זה העיר סקופיה ופירוט (בשטחי סרביה המודרנית) והיהודים נעצרו ונשלחו בהמשך למחנה ההשמדה טרבלינקה. במועד הגירוש ידעו היטב המגרשים והמגורשים על גורלם הצפוי, שכן ידיעות מהימנות על מעשיהם של הנאצים כבר פשטו בבולגריה. 196 מיהודי מקדוניה ופחות מ-100 נפשות מקרב יהודי תראקיה ניצלו ממחנות ההשמדה.
במאי 1942 ביקשו ראשי הקונסיסטוריה להיפגש עם המלך בוריס השלישי כדי לדון עמו במצבה הקשה של יהדות בולגריה לאחר יישום תקנות החוק להגנת האומה. המלך לא השיב לפנייה. מנגד, ביוני 1942 שלח יוסף גירון יושב ראש הקונסיסטוריה מברק ברכה בשם הקונסיסטוריה למלך בוריס השלישי לרגל יום הולדתו של בנו סימאון. המלך השיב למברק והודה לקונסיסטוריה וליהדות בולגריה על הברכות. הנושא דווח לשר החוץ הגרמני יואכים פון ריבנטרופ והוביל לתקרית דיפלומטית עם גרמניה. לאחר אירוע זה הפסיק המלך בוריס להשיב למברקי הקונסיסטוריה.
ביולי 1942 הודיעו נציגי הממשלה הבולגרית בתשובה לפנייה גרמנית כי הם "מוותרים" על אזרחיהם היהודים המתגוררים בשטחי גרמניה, בארצות הכבושות על ידי גרמניה, ובאלו הנתונות להשפעתה. בגרמניה שהו כמה מאות יהודים נתיני בולגריה, והם נעצרו וגורשו למחנות ההשמדה. בצרפת שהו 178 יהודים נתיני בולגריה, הם נעצרו, הובלו למחנה הריכוז דראנסי ובהמשך גורשו לאושוויץ. כמה עשרות התגוררו בצ'כוסלובקיה. הנושא עלה שוב על סדר היום עם מעצרו ביוון של ד"ר שאול מיזאן. ב-11 ביוני 1943, בתשובה לשאלת נציגי הממשל הנאצי, הודיע משרד החוץ הבולגרי, כי: "בולגריה איננה מתעניינת לחלוטין במצב היהודים נתיני בולגריה, הנמצאים בגרמניה ובארצות הכבושות ואין לפקפק בהחלטה לגרשם".
כאמור, ב-22 בפברואר 1943 נחתם ההסכם בין בולגריה לגרמניה בדבר גירושם של 20,000 יהודים המצויים בחזקת הבולגרים ל"אזורים הגרמניים במזרח" (ההסכם נחתם בברלין ולכן פולין מוגדרת "מזרח" בהתייחס למקום שבו הוא נחתם). בהסכם לקחה על עצמה ממשלת בולגריה את כל הנושא הלוגיסטי של הגירוש כולל ההוצאות הכרוכות בו וכולל תשלום לגרמניה על כל יהודי מגורש. את התשלום מימנה הממשלה הבולגרית ממכירת רכוש המגורשים. בגרסתו הגרמנית של ההסכם שנחתם בין אלכסנדר בלב לתיאודור דנקר נכתב, שבולגריה מסכימה לשילוחם של 20,000 יהודים מהשטחים המסופחים תראקיה ומקדוניה, אך בתרגום לבולגרית שהובא לאישורה של הממשלה הבולגרית מחק אלכסנדר בלב את השורה "מהשטחים המסופחים תראקיה ומקדוניה" והצעה זו אושרה על ידי הממשלה הבולגרית ונתנה הכשר פוליטי לגירוש יהודי "בולגריה הישנה". המלך תמך בתוכנית לגירוש היהודים ואישר אותה. לאחר אישור ההסכם הוכנו רשימות שמיות של 6,365 מיהודי "בולגריה הישנה" לצורך השלמת מכסת ה-20,000, והם יועדו לגירוש ב-10 במרץ.
ב-10 במרץ לפנות בוקר, החלו שוטרים בולגרים לבצע אקציות בערים שונות בבולגריה והיהודים במספרים הגדולים באופן ניכר מהמכסה הרשמית, נעצרו ורוכזו באתרי כינוס. מנהיגי הקהילות היהודיות השונות נאבקו בהחלטה ונעזרו בפוליטיקאים, אישי ציבור ומנהיגי דת אשר חלקם זכו בהמשך לאות חסיד אומות העולם. הבולטים שבהם היו סגן יו"ר הפרלמנט דימיטר פשב ומנהיגי הכנסייה האורתודוקסית הבולגרית, המטרופוליט סטפן והמטרופוליט קיריל, אשר הפעילו לחץ כבד על ארמון המלך ובכלל זה איום מרומז בחרם דתי וצו הגירוש נדחה למועד לא מוגדר. במאי 1943 גורשו יהודי סופיה לערי השדה. בוריס השלישי לא העריך נכונה את עוצמת ההתנגדות למהלכים לגירוש היהודים מארצו ונאלץ להגמיש את מדיניותו ולהסכים להשעיית הגירוש. לאחר מותו של המלך, פסקו ניסיונות גירוש היהודים מבולגריה והחלו להינתן אשרות עלייה לישראל.
וכך, למרות העובדות ההיסטוריות הקושרות את המלך בוריס אישית לגירוש יהודים שהיו בחזקת ממלכתו למחנה טרבלינקה, מכבד חלק מסוים מבני הקהילה היהודית את זכרו כמגן היהודים וישנם המציינים כי לאחר ניסיון הגירוש הראשון לא התכוון המלך באמת לגרש את יהודי "בולגריה הישנה", וזאת בשל נטיית החזית המזרחית לטובת הרוסים ורצונו למקסם תועלות עתידיות. הדיכוטומיה בין מזגו הנוח, נעימות הליכותיו, יחסו האישי לראשי הקהילה היהודית, וצניעותו לבין המעשים שיוחסו לו, הביאה לחוסר אמון בדבר אחריותו להם. המשטר הקומוניסטי בבולגריה שלאחר המלחמה, הגביל את המידע על אירועי התקופה ועניין זה העצים את מעמדו של המלך שנתפש כקורבן של האירועים. בנוסף, נסיבות מותו העצימו גם את דמותו ומנהיגותו. וכך, נחרת המלך בוריס בנרטיב יהדות בולגריה כדמות השנויה במחלוקת.
מחלוקת על הנצחתו בהקשר היהודי.