בן-גוריון סבר שיש להחליף את שיטת הבחירות היחסיות הקיימת, היוצרת ממשלות קואליציה, שיציבותן מלוות לחצים וסחטנות. עוד ב-6 באוקטובר 1948 הציע בישיבת ממשלה להנהיג שיטת בחירות אזוריות–רוביות, אולם הצעתו נפלה. במאי 1954 הציג בפני מנהיגי מפא"י תוכנית שכללה את שינוי שיטת הבחירות לשיטה אזורית שתביא להקמת שני גושים גדולים. לקראת הבחירות הבאות, רצה להקים "חזית עם" – תנועה על-מפלגתית שתורכב ממפא"י וסביבה נציגי מפלגות אחרות, שמצעה היחיד יהיה שינוי שיטת הבחירות. אם זו תשיג רוב מוחלט, תעביר מיד חוק שינהיג את שיטת הבחירות החדשה ולאחר מכן תפזר את הכנסת וייערכו שוב בחירות, הפעם בשיטה החדשה, שתביא להתגבשותן של שתי מפלגות גדולות. ביולי הסכימו ראשי מפא"י לרעיון שינוי שיטת הבחירות, אולם הסתייגו מרעיון "חזית העם" ובן-גוריון ויתר על התוכנית לרשימה על-מפלגתית. ב-16 בספטמבר קיבל מרכז מפא"י את הצעתו של בן-גוריון לשינוי שיטת הבחירות והנושא הפך לחלק ממצע המפלגה בבחירות הבאות. אלא שמפ"ם ו"לאחדות העבודה" התנגדו לשיטת הבחירות האזוריות, משום שסברו כי היא מהווה סכנה לקיומן.
בתקופה שישב בשדה בוקר, הגיעו אליו תדירות מבקרים רבים שבאו לבקש את עצתו: שרים, קצינים, פקידים בכירים ועסקני מפלגה. אחד המבקרים התדירים ביותר היה הרמטכ"ל משה דיין, ובמהלך אותה שנה חלה בין השניים התקרבות. תלונותיו של דיין על שר הביטחון פנחס לבון השפיעו על בן-גוריון לשנות את דעתו החיובית מאוד על לבון. ב-24 באוגוסט 1954 שמע לראשונה מדיין על דבר קיומו של "העסק הביש" במצרים ושלבון היה האיש שנתן את ההוראה לפעולה. עם התגברות המתיחות האישית בין שרת ולבון, החלו באותה שנה שתי קבוצות מתוך מפא"י לנסות ולהחזיר את בן-גוריון לשלטון. היו אלה קבוצת "הצעירים" ובהם יצחק נבון, שמעון פרס, טדי קולק ואהוד אבריאל, וקבוצת הוותיקים, אנשי צמרת מפא"י, ובהם שמואל דיין, קדיש לוז ומרדכי נמיר. המתח בגבולות וערעור האמון של הציבור במנהיגות המדינה הביאו בסוף 1954 לדרישות רבות להחזיר את בן-גוריון להנהגת המדינה. ב-1 בפברואר 1955, יום למחרת הוצאתם להורג של נידוני קהיר עזר ומרזוק, הגיעה משלחת ראשי מפא"י (שרת, מאיר, ארן, אשכול ואביגור) לשדה בוקר להתיעצות עם בן גוריון לגבי הדחתו של לבון ממשרד הביטחון. דבר הביקור פורסם וב-17 בפברואר התפטר לבון מהממשלה. בעקבות לחץ מצד ראשי מפא"י, הסכים בן-גוריון לשוב לממשלה כשר הביטחון.
שר הביטחון 1955.
ב-21 בפברואר 1955 הושבע בן-גוריון בכנסת לתפקיד שר הביטחון בממשלתו של משה שרת. בפגישתו הראשונה עם הרמטכ"ל דיין, הורה לו להעביר את ראש אמ"ן, בנימין גיבלי, לתפקיד אחר, אולם נמנע מלטפל בפרשת לבון ולא ניסה לברר מי נתן את ההוראה לפעולה במצרים. ב-27 בפברואר, לאחר פעולה של חוליית מסתננים מרצועת עזה שפעלה בשליחות המודיעין המצרי, הציעו בן-גוריון ודיין לראש הממשלה פעולת תגמול: פגיעה במחנה צבאי מצרי ליד עזה. שרת אישר את המבצע וב-28 בפברואר יצא לפועל מבצע חץ שחור. לאחר הפיגוע במושב פטיש, הציע בן-גוריון בישיבת הממשלה ב־29 במרץ לכבוש את עזה. בתגובה לחששם של חלק מהמתנגדים לגבי צירוף מספר כה גדול של ערבים לאוכלוסיית ישראל, השיב כי ניתן לפתוח עבורם שני מעברים, למצרים ולעבר הירדן. בעת הוויכוח בישיבה, בתגובה לדברי שרת לגבי חשיבותו של האו"ם, טבע את הביטוי "או"ם שמום!". ב-3 באפריל נערכה הצבעה בממשלה והצעתו של בן-גוריון נדחתה על ידי הממשלה. ההצבעה הציתה מחדש את הריב בין בן-גוריון לשרת, שעמד בראש המתנגדים, ויחסיהם החריפו מאוד. בתקופה זו התגבשה בנושא מדיניות הביטחון חזית מתונה סביב שרת ובן-גוריון נותר במיעוט בממשלה. ב-27 באפריל, ביום העצמאות השביעי, נשא בן-גוריון נאום במפגן צה"ל באצטדיון רמת גן, בו תקף את שרת מבלי להזכיר את שמו וביטא את ה"אני מאמין" הביטחוני–מדיני שלו עצמו: "לרבים מתושבי הארץ נדמה, כאילו כבר באנו אל המנוחה ואל הנחלה, ורק דאגה אחת מקננת בלבם: מה אומרים הגויים [...] אין יסוד לבהלה מאמרות הגויים... ההיסטוריה אינה נעשית על ידי דיבורים, אלא על ידי מעשים [...] לא ניתפש לבהלה ולפחדנות הלובשת מחלצות של תבונה ומעשיות מדומה [...] עתידנו אינו תלוי במה יאמרו הגויים, אלא במה יעשו היהודים".
ב-26 ביולי 1955 נערכו הבחירות לכנסת השלישית, בהן איבדה מפא"י חמישה מושבים. בן-גוריון תקף את מדיניותו הביטחונית הפשרנית של שרת והודיע כי לא ישתתף בממשלה שזו מדיניותה וכי בדעתו לפרוש ולשוב לשדה בוקר. לאחר שקיבל פניות רבות מחברי מפלגתו לחזור בו, הסכים ב-12 באוגוסט רשמית להרכיב את הממשלה הבאה. שרת לא רצה לכהן כשר החוץ בממשלתו של בן-גוריון, אולם הסכים לבסוף, לאחר שבן-גוריון איים שלא יקבל על עצמו אם כך את תפקיד ראש הממשלה. באוגוסט 1955 החריף המצב הביטחוני לאורך גבול רצועת עזה. לנוכח התנגדותו של שרת לפעולות תגמול, מסר דיין לבן-גוריון מכתב התפטרות. בעקבות זאת, תבע בן-גוריון בממשלה לקבוע קו ברור – של שרת או שלו – ולאחר מכן פרש לביתו. שרת נכנע ואישר באותו יום את פעולת ח'אן יונס, ודיין ובן-גוריון שבו לתפקידיהם.
בספטמבר 1955 הרחיב נאצר את ההסגר על מצרי טיראן גם על התחום האווירי שמעליהם ונחתמה עסקת הנשק הצ'כוסלובקית-מצרית, ובאמצע אוקטובר הקימו סוריה ומצרים פיקוד צבאי משותף. בעקבות זאת, הורה בן-גוריון באותו חודש למשה דיין להכין תוכנית מבצעית לכיבוש המיצרים ולפריצת המצור המצרי.
לאחר שובו מ"שנת שדה בוקר", חלה שחיקה בכוחו של בן-גוריון והוא החל להסתמך יותר על יוזמותיהם של עוזריו הצעירים.
באוקטובר 1955 סבל מ"מחלת מנייר", שפגעה בו במרכזי שיווי המשקל באזניים וגרמה לו לסחרחורות קשות ואיבוד שיווי משקל. הוא נפגש עם משה פלדנקרייז, ממציא שיטת פלדנקרייז, ובהדרכתו החל לצעוד מדי יום כחמישה קילומטרים ושב לאיתנו.
הוא סבל מכאבי גב והיה מבצע אימון יומי שכלל צעידה מהירה וטבילה בים ולאחריהן עמידת ראש, אותה ביצע על פי הדרכתו של פלדנקרייז. את העמידה על הראש לימד אותו החל מיולי 1957.
חזרה לראשות הממשלה 1955–1963.
1955–1956.
ב-2 בנובמבר 1955 הציג בן-גוריון את ממשלתו החדשה בכנסת. בנאום ההשבעה שלו, אמר: "פנינו לשלום אך לא להתאבדות". בדצמבר 1955 הפגיזו הסורים ספינות דיג ומשטרה בכנרת, ובן-גוריון הורה בתגובה על "פעולת כנרת" נגד הצבא הסורי, שעוררה ביקורת חריפה בישראל ומחוצה לה. ב-18 באפריל 1956 הסכימו ישראל ומצרים לקיים את שביתת הנשק, תוך ויתורים מסוימים מצד ישראל, אולם שבוע לאחר שהודיע על כך בן-גוריון בכנסת, נרצח רועי רוטברג ופעולות הפידאיון התחדשו.
בעקבות מלחמת אלג'יריה והמשבר בין צרפת ומצרים בשנים 1954–1955, חלה התקרבות מצד צרפת לישראל. בין בן-גוריון לשרת היה ויכוח חריף לגבי יעדי מדיניות החוץ והביטחון של ישראל, לגבי דרכי הפעולה שלה במערכות החוץ ולגבי שינוי האוריינטציה הבינלאומית מארצות הברית ואנגליה לצרפת. בעקבות זאת, הפקיע בן-גוריון ב-10 באפריל את תחום הרכש הצבאי ממשרד החוץ ומסר אותו לידי משרד הביטחון. למחרת הגיעו לישראל מטוסי הקרב הראשונים שנרכשו מצרפת. הגורם העיקרי להחמרת היחסים בין בן-גוריון ושרת היה לגבי שאלת היציאה למלחמת מנע נגד מצרים, אותה שלל שרת בתוקף. ב-2 ביוני הסכים שרת לדרישת בן-גוריון שיתפטר, אחרת יעזוב הוא את הממשלה. ב-18 ביוני סיפר שרת בישיבת הממשלה על האולטימטום מצד בן-גוריון והודיע על התפטרותו. ב-20 ביוני אמר בן-גוריון בכנסת כי "הדבר מועיל למדינה".
במקום שרת, מונתה גולדה מאיר לשרת החוץ. בשונה משרת, היא הייתה שותפה להשקפותיו המדיניות של בן-גוריון. בתקופת כהונתה הוא התערב רבות בענייני משרדה.
מבצע קדש והנסיגה מסיני 1956–1957.
התחמשותה של מצרים בנשק סובייטי רב וחדיש יצרה איום על ישראל.
ב-10 ביוני 1956 נתן בן-גוריון את הסכמתו למשא ומתן עם הצרפתים על שיתוף פעולה נגד נאצר. בשבוע האחרון של יוני נחתמה עסקה חשאית שכללה רכישת נשק צרפתי, וב-24 ביולי הגיעה לישראל אניית הנשק הראשונה מצרפת. ב-26 ביולי הכריז נאצר על הלאמת תעלת סואץ. ב-21 באוקטובר יצא בן-גוריון לצרפת והשתתף בוועידת פסגה חשאית בפרוור סוור ליד פריז עם ראש הממשלה גי מולה, שר החוץ כריסטיאן פינו ושר ההגנה מוריס בורז'ס-מונורי, בה דנו בתכנון הפעולה הצבאית המשותפת נגד מצרים. ב-24 באוקטובר חתם בן-גוריון על הסכם משולש עם צרפת ובריטניה על מבצע צבאי נגד מצרים (מבצע מוסקטר). החלק הישראלי במבצע קיבל את השם "מבצע קדש". ב"ועידת סוור" נסוג בן-גוריון מדרישתו להתקפה בו-זמנית והסכים לתוכנית הבריטית, לפיה ישראל תיקח על עצמה את תפקיד התוקפן: היא תתקוף ראשונה ובכך תספק לבריטניה וצרפת את האמתלה לתקיפה לשם הגנה על תעלת סואץ. זו הייתה הפעם היחידה בחייו בה הכריע בעד יציאה למלחמה ביוזמת ישראל.