בדו"ח הצבאי הרשמי שהגיש אנדרו ג'קסון לממונה עליו, הוא האשים את המיליציה של קנטקי בקריסת קו ההגנה של הגדה המערבית. חיילי המיליציה הרגישו כי ג'קסון גורע מאיכותם, שלא בצדק, שכן בזכות סיועו של אדייר בקו ההגנה המזרחי, הכוחות האמריקנים הצליחו להדוף את מתקפות הבריטים. אנשיו של דייווידס טענו כי הדו"ח מבוסס על טענות חסרות שחר, ואף עודדו את אדייר לצאת למאבק משפטי נגדו. בית המשפט התכנס לדון בדבר בפברואר 1815. ויליאם קרול, מייג'ור גנרל מטנסי שלחם במלחמה, תפקד כשופט. לאחר גידופים הדדיים שהוטחו זה בזה, בית המשפט קבע כי:
ב-10 בפברואר 1816 קיבל אדייר ציון לשבח מטעם האספה הכללית של קנטקי על שירותו הצבאי במלחמת 1812 ועל פועלו להגנה על איכותם של חיילי המדינה. ג'קסון קיבל את החלטת בית המשפט, על-אף שהיא נראתה בעיני תושבי קנטקי - ביניהם אדייר - כמזערית ביחס לזלזול שהפגין, שכן היא לא ביטלה את הדו"ח שלו. במכתב שהתפרסם מאוחר יותר בעיתונות ביקש אדייר מג'קסון להתנצל בפניו, ובפני המיליציה המדינית, על המקרה. הוא מאן להתייחס לבקשתו של אדייר. הפופולריות של הפרשה דעכה עד יוני 1815. ה. פ. הלם, מזכירו הצבאי של ג'ון תומאס, העביר לעיתון הראשי של העיר פרנקפורט את "הערותיו" של תומאס לגידופיו של ג'קסון נגד המיליציה של קנטקי. ב"הערות" כתב כי הפחדנות שהפגינו אנשיו של דייווידס בנסיגתם מקו ההגנה הוצגו בצורה שגויה. הוא אף טען כי הנסיגה הייתה מוצדקת לחלוטים. הלם טען שלאחר פרסום הדברים, שלח לעיתון כמה תיקוני עריכה, שלא הודפסו מעולם.
ג'קסון לא גילה על ההערות עד אשר פורסמו מחדש בינואר 1817, כתגובה לעיתון בבוסטון המבקר את אנשי המיליציה של קנטקי. ג'קסון שלח מכתב לכתב העיתון, וטען כי ה"הערות" שנכתבו על ידי תומאס הן מזויפות. המכתב שנשלח מג'קסון לא פורסם במהדורת העיתון, מחשש שהנושא יותר מדי נפיץ ורגיש. אולם בכל זאת הכתב חקר את המקרה, ופרסם הסבר כיצד "הערותיו" של תומאס יוחסו לג'קסון. עורכי העיתון הציעו לג'קסון פשרה: אם הסרת הכתבה לא תמלא את רצונו, הם יפרסמו את כל ההשגות שיש לו על הנושא. באפריל 1817 פרסם ג'קסון את תגובתו הרשמית למעשה. בנאומו לאומה רמז שאדייר הציג מצג שווא של "הערותיו" של תומאס. הוא טען שוב כי מדובר בזיוף, ואף הוסיף כי ייתכן ומדובר בפעולת תחבולה פוליטית של אדייר. אדייר ראה זאת כניסיון להציף מחדש את המשפט שלו בדבר ארון בר בשנת 1806. כדי להוכיח, לכאורה, שהוא אינו נוטר טינה לאזרחי קנטקי, ג'קסון כתב כי הוא לא דיווח על ההתנהגות ה"נבזית", לטענתו, של המיליציה המדינית בזמן הקרב על קו ההגנה האמריקני בדרום. המכתב שפורסם הפך בן רגע למוקד התעניינות בעיתונות ובכלי התקשורת במדינה, וגרם לאדייר לחדש את ההתכתבות עם ג'קסון, כדי להגן על אנשיו של דייווידס ולהפריך את ההאשמות שהופנו אליו. במאי אותה השנה פרסם את תגובותו, שכללה חזרה על תמיכתו וחיזוק אנשי המיליציה של קנטקי, ודחייה של דבריו של ג'קסון.
ג'קסון בושש בהבאת תימוכין להאשמות שהטיח על אדייר. תגובתו הודפסה לעיתונות ב-3 בספטמבר 1817. היא כללה חישובים רבים המבוססים על מפות ומרחקים מדויקים של נקודות ציון באזור הדרום, כדי לטעון כי אדייר היה רק מחצית ממספר האנשים שעליהם טען כי פיקד בקרב על ניו אורלינס. יתר על כך, ג'קסון טען כי הוא הורה לדיווידס לתור אחר כלי נשק בנשקיית העיר, אף על פי שידע כי אזל המלאי. הוא סיים בהבטחה כי זו תהיה הצהרתו האחרונה בנושא. ב-29 באוקטובר אותה השנה פורסמה תגובתו של אדייר. גם היא, כמו זו של ג'קסון, בוששה להתפרסם כיוון שחיה למסמכים מנשקיית ניו אורלינס, שלטענתו, מעולם לא הגיעו אליו. אל תגובתו צירף התכתבות פרטית בין ג'קסון לעוזרו האישי, בה ישנה הוכחה כי הוא ידע על "הערותיו" של תומאס עוד ב-1815. אדייר טען כי כל כלי הנשק שנלקחו מניו אורלינס הוחזרו לעירייה. הוא הוסיף כי בשביל להגיע לעיר, הוא רכב על סוסו האישי של ג'קסון. יש הטוענים כי לאחר תגובה זו הסלימו היחסים בין השניים, שהזמינו אחד את השני לדו-קרב. אולם אין לטענות אלו ראיות כתובות המבססות אותן.
המתחים בין השניים דעכו במרוצת השנים. בשנת 1828 הגיע אדייר לביתו של ג'קסון, לנחמו על מות אשתו רייצ'ל. במהלך מסעותיו לנשיאות ארצות הברית בשנים 1824, 1828 ו-1832 תמך בו אדייר.
מושל קנטקי.
השתתפותו של אדייר במלחמת 1812 ושיפור של יחסיו עם אנדרו ג'קסון השיבו לו את המוניטין שלו במדינת קנטקי. הוא המשיך לשרת בתפקידו כמפקד השלישות עד שנת 1817, כנבחר לכהן פעם נוספת בבית הנבחרים של קנטקי. הוא ניסה להיבחר אף לראש בית הנבחרים. אולם ניסיון זה כשל, חרף תמיכתם של חלק מחברי האופוזיציה בו.
בשנת 1819 פקד את ארצות הברית משבר כלכלי עצום בגודלו. המשבר נמשך עד שנת 1821, כשבסופו הנושא סביבו נרקמו רוב השיחות הפוליטיות במדינה הוא סיוע בחובות האזרחיות. בשנת 1817 הקימה הממשלה הפדרלית את הבנק השני של ארצות הברית, ובעלי החובות בקנטקי נפגעו ממדיניות האשראי הנוקשה. המושל הנוכחי, גבריאל סלוטר, הוביל כמה צעדים משמעותיים בניסיון להקל על בעלי החובות. הוא הטיל מיסים כבדים על סניפי הבנק הפדרלי בלואיוויל ובלקסינגטון. על-אף שמערכת המפלגות השנייה הייתה בחיתוליה, קמו שני פלגים מנוגדים בסוגיית הסיוע לבעלי החובות. האחד - שהורכב בעיקר מספקולנטים שקנו קרקעות גדולות באשראי ולא היו מסוגלים להחזיר את חובותיהם למוסד הפיננסי עקב המשבר הכלכלי; והשנייה - שהורכבה בעיקר מאצולת המדינה, דרשה מהספקולנטים לקיים את החוזים שלהם, ללא כל סיוע מהממשלה. הם טענו שהתערבות ממשלתית לא תוכל לסייע ביעילות לבעלי החובות, וכי הניסיונות הללו רק יגרעו את המצב הכלכלי של ארצות הברית.
אדייר היה תומך נלהב של הפלג שתמך במתן סיוע מדיני לבעלי החובות. במערכת הבחירות של 1820 למושלות קנטקי גרף 20,493 קולות, וזכה בבחירות. הסנאטור האמריקאי ויליאם לוגן הגיע למקום השני עם 19,497 קולות. אל המקום השלישי והרביעי הגיעו ג'וזף דשה ואנתוני באטלר בהתאמה. חוק מענק הסיוע הכספי לבעלי החובות של קנטקי התקבל באספה הכללית ברוב של שני שלישים.
המאבק במתן הסיוע הכספי לבעלי החובות.
לואל ה. הריסון, אחד ההיסטוריונים המתמחים בקנטקי, טען כי האמצעי החשוב ביותר שיושם בממשלתו של אדייר למען הסדרת ההקלות לבעלי החובות הוא הקמת בנק הקהילה ב-1820. הבנק העניק הלוואות גבוהות לחייבים וחופש בהנפקת שטרות כסף. השטרות שהודפסו על ידי הבנק ירדו עד מהרה למתחת ערכם הנקוב, והנושים מאנו לקבל אותם. בניסיון לעורר אמון בהן החדשים הורה אדייר כי כל פקידי הממשל יקבלו את שכרם בשטרות שהונפקו על ידי בנק הקהילה.
הבנק השני של המדינה, בנק קנטקי, דבק בשיטות בנקאיות ישנות ושמרניות יותר. השטרות שהודפסו על ידו החזיקו מעמד הרבה יותר מאלו של בנק הקהילה, אך ההלוואות הפכו לזמינות פחות – דבר שעורר את חמתם של המחוקקים שתמכו במתן סיוע כספי לבעלי החובות. לכן, בדצמבר 1822 בוטלה אמנת הבנק. במסגרת מאבקו של אדייר למיגור תופעת ההימורים, הוא אישר כמה תקנות קפדניות חדשות בנושא, שמקשות על מוסדותיהם. המחוקקים אף הגדירו מספר מוצרים, דוגמת סוס, מחרשה, מעדר וגרזן כמוצרי צריכה בסיסית, ומנעו מכירה כפויה שלהם לצורכי פרנסה.
בית המשפט לערעורים של קנטקי שהיה בזמנו הערכאה העליונה בקנטקי, ביטל את החוק שציווה על השארה של שנתיים על החזרת מוצרים גנובים לבעליהם המקוריים, כיוון שהוא היה מנוגד לחוק התחייבות החוזים. במקביל פרסם בית המשפט העליון של ארצות הברית את הכרעתו בתיק "גרין נגד בידל". הוא קבע כי תביעות קרקע במחוז קנטקי שניתנו על ידי ממשלת וירג'יניה, כלומר לפני עצמאותה של המדינה, יקבלו עדיפות על פני אלו שניתנו מאוחר יותר. אדייר גינה החלטה במסר שכתב לבית המחוקקים ב-1823, ואף הזהיר אותם מפני התערבות ברמה הפדרלית והשיפוטית בענייני הפנים של קנטקי. תומכיו של אדייר דרשו לפטר את שלושת השופטים שישבו בבית המשפט לערעורים, כיוון שהוציאו פסק דין שאינו תואם את השקפותיו של אדייר להכרעת בית המשפט העליון של ארצות הברית. לבסוף, השופטים לא פוטרו היות שלא הושג רוב של שני שלישים בבית המחוקקים בסוגיה.
המשך הקדנציה.
אדייר הפציר במחוקקים להקים מערכת חינוכית ציבורית, שתשבור את המונופול של בתי הספר הפרטיים בקנטקי. האספה הקימה קרן השתלמות ייעודית, שקיבלה מחצית מהרווחים של בנק הקהילה. הקרן הייתה אמורה לממן מערכת חינוך כללית לכל מחוז באופן פרופורציונלי למספר תושביו. אולם במקום זאת, לקחו המחוקקים את כספיה כדי להסדיר את התשלומים של נושאים אחרים, דוגמת בנייה ושיפור התשתיות המקומיות.
סגנו של אדייר, ויליאם ט. בארי, וג'ון פופ, מזכיר המדינה בדימוס, עמדו בראש הוועדה, בת שישה אנשים, שכוננה את מתווה הבנייה של מערכת בתי הספר המשותפים בקנטקי. "דו"ח בארי", שהוצג בפני המחוקקים בדצמבר 1822, צבר אהדה גבוהה בקרב מדינאים ופוליטיקאים רבים, הכוללים את ג'ון אדמס, תומאס ג'פרסון וג'יימס מדיסון. הוא נכתב על ידי אחד מששת חברי הוועדה, איימוס קנדל. באותו הדו"ח קבע קנדל כי קרן ההשתלמות איננה מסוגלת לממן לבדה את בניין מערכת בתי הספר הציבוריים. הוא המליץ כי יש לתת תמיכה כספית מהממשלה הפדרלית למחוזות שהקדישו חלק מכספי המיסים לבניין מערכת בתי ספר ציבורית. המחוקקים התעלמו במידה רבה מהדו"ח, ופעלו באופן שהסתמך על כספי הקרן. הדבר תואר על ידי ההיסטוריון תומאס ד. קלארק, אזרח קנטקי, כ"אחת הטעויות הגדולות ביותר בהיסטוריה של תחום החינוך בארצות הברית.