עקב החולשה של הטליבאן המקומי בג'וזג'אן וחששו לגרום לסחף בקרב הקהילה האוזבקית לטובת דאעש, במהלך 2016, הנהגת הטליבאן שלחה מספר משלחות לנהל משא ומתן עם חכמתאללה על חזרתו לתנועה ללא הצלחה. חכמתאללה מצידו היה עסוק בליצור קשר עם מטה המחוז בננגרהאר ושכנע מפקדים אוזבקים מקומיים נוספים בדרזאב ובקוש-טפה לערוק מהטליבאן או מהמיליציות הפרו-ממשלתיות ולהצטרף לקבוצתו: חאג׳י זאינדין - לשעבר מפקד בחזב-י אסלאמי גולבודין ערק מהטליבאן עם כ-100 לוחמים, קודרת גול עם 50 לוחמים, חמזה עם 30 לוחמים, ועוד רבים אחרים. מופתי נמתאללה הסלפי שהודח אף הוא מהטליבאן ב-2014, הצטרף בתחילה לתהליך השלום עם הרפובליקה האפגנית בתקווה לקבל גישה למשאבים ממשלתיים ונכנע עם 200 מלוחמיו לגנרל האוזבקי עבדול ראשיד דוסטום ; הוא שהה כשנתיים בבירה המחוזית שברגאן, והקים מדרסה סלפית בתמיכה ממשלתית שהובילה לחיכוך מתמשך עם המדרסות האחרות ולבסוף לסגירתה על ידי הממשלה. בעקבות זאת, הוא חזר בסוף 2016 למעוזו בקוש-טפה עם כ-80 מלוחמיו והצטרף לחכמתאללה. לאחר שהטליבאן הצליח לתפוס ולהרוג משלחת ממטה דאעש בננגרהאר שהייתה בדרכה להיפגש עם חכמתאללה, האחרון הוציא להורג בתגובה 10 לוחמי טליבאן, והתנגשות בין הצדדים הייתה עניין של זמן. הקבוצה החלה להוות גם אבן שואבת לקבוצות קטנות פרו-דאעשיות של אוזבקים, טג׳יקים ופשטונים במחוזות הצפון (גור, קונדוז, תח׳אר, בגלאן ובלח׳) שהסתירו את נאמנותם למדינה האסלאמית מפחד הטליבאן.
קרי חכמתאללה הקים בטריטוריות שלו מחלקות לענייני צבא, ביטחון, משטרה דתית, משפט, כספים ועוד בדומה למבנה הנהוג במדינה האסלאמית; הגוף העליון שניהל את הטריטוריה היה מועצת השורא שכללה 14 חברים, כולם מפקדים אוזבקים וטג׳יקים בולטים שהצטרפו לחכמתאללה, בנוסף לשני סגנים: מולה זביהוללה לענייני צבא וחאג׳י מוראד לענייני אזרחים. ביוני 2017, נציגו של חכמתאללה - מאולאווי זיקרולה הגיע עם משלחת של 10 לוחמים לביקור של שבועיים במטה דאעש בננגרהאר כדי לדון בחיזוק הקשרים עם הנהגת המחוז ובהכוונה ביישום חוקי השריעה.
בתחילת אוקטובר 2017, לוחמי דאעש פתחו לראשונה בהתקפה מאורגנת על עמדות הטליבאן הנותרות בנפת קוש-טפה הסמוכה לדרזאב ותוך מספר ימים ניקו את הנפה מנוכחות הטליבאן המקומי שנסוג לנפת דאולטאבאד במחוז פאריאב השכן. ההתקפה גרמה לטליבאן להפנים סופית שהמשא ומתן אם חכמתאללה בלתי אפשרי והובילה לגיוס מהיר של מאות לוחמים מהמחוזות הסמוכים לג׳וזג׳אן לקראת מתקפת נגד. ב-21 באוקטובר, הטליבאן פתח במתקפת נגד על נפת קוש-טפה שנמשכה 5 ימים; הטליבאן הצליח להחזיר מספר כפרים לשליטתו אולם תוך זמן קצר נסוג שוב לפאריאב בעקבות מתקפות חזקות של דאעש. המפלה הטליבאנית הפכה את הנוכחות הדאעשית בצפון לעובדה מוגמרת: גלי העריקות בקרב הטליבאנים האוזבקים התרחבו ולאזור החלו לנהור ג׳יהאדיסטים זרים מאוזבקיסטן, קזחסטן, טג׳יקיסטן וצ'צ'ניה שגרמו לכוח הדאעשי לצמוח לסביבות 1,000-600 לוחמים; בכך מחוז ח׳וראסאן זכה במפתיע לשליטה טריטוריאלית משמעותית בצפון אפגניסטן שהאפילה אפילו על אזור הליבה הוותיק שלו במזרח, ונאמני דאעש האוזבקים החלו להופיע במחוזות הסמוכים לג׳וזג׳אן: בלח', סר-י פול ופאריאב.
בינואר 2018, בעקבות סכסוכים מקומיים ונקמות דם בין מפקדים דאעשים של חכמתאללה למפקדים טליבאנים מקומיים באזור הצפון, הטליבאן אסף מאות לוחמים ופתח במתקפה מתואמת מ-3 כיוונים על נפות דרזאב וקוש-טפה שנמשכה כ-10 ימים. לוחמי דאעש ביצעו נסיגה טקטית איטית לתוככי הנפות, וההתקפה של הטליבאן שלא תוכננה היטב, התמוססה תוך זמן קצר בעקבות היתקלות במטעני צד וחוסר תיאום בין המפקדים בשטח שהובילו לנסיגה מהנפות. מעודדים מההצלחה, לוחמי דאעש פתחו לראשונה בניסיונות לכבוש את מרכזי השלטון המקומי של הרפובליקה האפגנית בדרזאב וקוש-טפה, אך אלו נבלמו על ידי כוחות הביטחון האפגנים. ההצלחה של חכמתאללה להדוף 2 מתקפות טליבאניות לא נעלמה מעיני ההנהגה המרכזית של המדינה האסלאמית, ובסרטון רשמי על מחוז ח׳וראסאן שיצא באפריל 2018, הטריטוריות של הארגון ברחבי אפגניסטן ובכללם של חכמתאללה בג׳וזג׳אן הוצגו כתחליף לשטחי הח׳ליפות המצטמקים בעיראק וסוריה. המעוז הדאעשי בצפון אפגניסטן גם נתפס לראשונה כאיום בינלאומי עבור המדינות השכנות ובכלל זה טורקמניסטן, טג׳יקיסטן, אוזבקיסטן, קזחסטן ורוסיה.
אובדן ג׳וזג׳אן.
ההתבססות המוצלחת של דאעש בג׳וזג׳אן שהחלה להיתפס כאיום בינלאומי, הובילה לכך שהצבא האפגני שהיה עד לאותו זמן פסיבי לחלוטין בעימות בין הטליבאן לדאעש פתח לראשונה במרץ 2018 בתקיפות אוויריות ובפשיטות קומנדו מוגבלות על מעוזי הארגון שנמשכו עד אמצע אפריל. בהמשך נכנס לתמונה גם הצבא האמריקני שהרחיב את פעולתו באפגניסטן נגד דאעש והחל לבצע חיסולים ממוקדים כנגד הקבוצה בצפון אפגניסטן שערערו את חוסנו. כל זאת התרחש במקביל לעימותים מוגבלים מול כוחות הטליבאן. ב-5 באפריל 2018, הארגון ספג את המכה המשמעותית הראשונה שלו בג׳וזג׳אן: קרי חכמתאללה חוסל על ידי חיל האוויר האמריקני בנפת בלצ׳ראך במחוז פאריאב הסמוך למעוזו בנפת דרזאב. אף שלחיסול לא הייתה השפעה מיידית בשטח הוא נתפס כמכה מוראלית משמעותית. מועצת השורא של דאעש בדרזאב מינתה למחליף את המפקד האוזבקי ממחוז בלח׳ מאולאווי חביב רחמן שהיה עוזרו הצמוד של חכמתאללה וראש מערכת המשפט בארגון ובנוסף גם גיסו של המופתי נמתאללה.
בינתיים, הנהגת הטליבאן לא הסכימה לקבל בשום אופן את נוכחות דאעש בצפון לאור הלקח המר מננגרהאר והחלה לאסוף בפעם השלישית כוחות גדולים במטרה להביס את הארגון בצפון אחת ולתמיד. הטליבאן ריכז במהלך מאי 2018 לא פחות מ-2,000 לוחמים מג׳וזג׳אן, פאריאב, גור וסאר-י פול לצד כמויות של אמצעי לחימה והאמרים ושלח באמצעות המפקד האוזבקי-טליבאני הדומיננטי שלו מאולאווי עבדול רחמן אולטימטום למפקד דאעש מאולאווי חביב רחמן להיכנע עם ארגונו או שסופו יהיה מר. האולטימטום נדחה מייד על ידי חביב רחמן, והטליבאן נערך למתקפה.
כוחות הטליבאן פתחו בתחילת יולי 2018 במתקפה מתואמת מדרום וממערב על נפות קוש-טפה ודרזאב תוך ניתוק נתיבי אספקה של דאעש באזור. למרות שהסבו אבידות כבידות לטליבאן, לוחמי דאעש לא יכלו לעמוד לאורך זמן בפני העדיפות המספרית של הטליבאן ושליטתו בדרכי האספקה. לאחר קרב קשה שנמשך כחודש ימים ובמהלכו 2 הצדדים ספגו אבידות כבידות, לוחמי דאעש עמדו בפני תבוסה מוחלטת ופתחו בסוף יולי במשא ומתן עם הטליבאן על כניעה. הטליבאן דרש את הסגרת מנהיגי הקבוצה תחילה, וכתוצאה מכך, מרבית לוחמי דאעש פנו לנציגים האוזבקים של גנרל דוסטום מהרפובליקה האפגנית בבקשה להסגיר את עצמם ולהצטרף לתהליך השלום ומיעוטם נכנעו והצטרפו לטליבאן. בתחילת אוגוסט, הקומנדו האפגני הגיע עם מסוקי קרב ופתח נתיב מילוט בטוח עבור 250 לוחמי דאעש ובני משפחותיהם לעבר מרכז נפת דרזאב שהייתה בשליטה ממשלתית. לוחמי דאעש פונו משם על ידי מסוקים לבירה המחוזית שברגאן ומסרו את נשקם באירוע מתוקשר ששימש את הרפובליקה האפגנית להציג את הצלחותיה במאבק בטרור. בעקבות הכניעה ואובדן הטריטוריות בג׳וזג׳אן, ההתפשטות של מחוז ח׳וראסאן בצפון אפגניסטן נפגעה בצורה אנושה.
שחיקה בננגרהאר ובכונר.
במקביל לתבוסה בג׳וזג׳אן, דאעש חווה הפסדים עקביים במחוז ננגרהאר במזרח בעקבות המתקפות העקביות של הטליבאן, הצבא האפגני והאמריקני וחיסול ממוקד של מנהיגי הארגון. על אלו נוספו גם כוחות המרד של שבטים מקומיים שמאסו באכזריות הארגון ובגיבוי אפגני ואמריקני דחקו את הארגון בחלקים מנפות שרזאד, אצ׳ין, נאזיאן, חוגיאנו ופאצ׳יר-וואגם. בתגובה ללחץ המתמשך של הצבא האפגני והאמריקני על אזור הליבה, דאעש הפעיל ביתר שאת את רשתות הטרור שלו בערים הגדולות ברחבי אפגניסטן ופקיסטן ברמה שטרם נראתה עד אז, עם דגש על קאבול, ג׳לאלאבד וכוויתה הסמוכות לננגרהאר; לאורך 2018, בוצעו עשרות פיגועי התאבדות קטלניים נגד משרדי ממשלה, כוחות הביטחון ומרכזי בחירות, ובקרב מיעוטים שיעים וסיקים שהובילו למאות הרוגים ופצועים לצד הפעלת מטעני צד ומטענים מגנטיים ברחובות קאבול. לעיתים קרובות, חוליות קטנות של מתאבדים שמספרם נע בין 2 ל-10 צעירים ונערים שגויסו באוניברסיטאות ובמסגדים, חומשו ברובי סער, אקדחים, מטולי רקטות, רימונים, מקלעים, חגורות נפץ ומטעני חבלה וניהלו קרבות של ממש נגד כוחות הביטחון בלב משרדי ממשלה ומתקנים ביטחוניים שעות ארוכות עד שפוצצו את עצמם. תחושת הביטחון בערים הייתה בשפל, ודאעש ניצל את הפסקות האש המתוקשרות של הטליבאן והצבא האפגני כדי לבצע פיגועי התאבדות בהתכנסויות משותפות של חיילים ולוחמי טליבאן ולפגוע בתהליך השלום. עד אמצע 2018, הלחץ העקבי של כוחות הקואוליציה במזרח אפגניסטן גרם לדאעש להידחק יותר ויותר לשוליים של נפת אצ'ין, והטריטוריות בנפת נאזיאן ודה באלה הסמוכות הפכו למטה העיקרי של הארגון; בשאר הנפות נותרו מעוזים מועטים. אם לא די בכך, השליטה ההדוקה של דאעש בנפות הנותרות הובילו לחיכוך עם מנגל באג והאוטונומיה של קבוצת לשכר א-אסאלם בנאזיאן, ובסופו של דבר הברית האסטרטגית ביניהם התפוררה והם החלו להילחם זה בזה לאחר שמנגל באג הגיע למסקנה שיותר משתלם לו להיות בברית עם הטליבאן. בינתיים, הצבא האפגני והאמריקני פתחו במתקפה חזקה על נפת דה באלה שגרמה אבידות כבידות לדאעש ועד סוף השנה, דאעש נדחק ברוב הנפות בננגרהאר לעמקים ספורים כשהוא משתמש בהרים שסביבם כבסיסים.