אופי התפקיד השתנה מאז התקופה בה כיהן בו אביו של פיצג'רלד. אירלנד כבר לא הייתה חלק מחבר העמים הבריטי וב-1973 הצטרפה לשוק האירופי המשותף, הארגון שקדם לאיחוד האירופי. כשר החוץ, לא הוטחו בפיצג'רלד ההאשמות שהוטחו בשרים האחרים על ניהול לא תקין של הכלכלה. תקופת כהונתו כשר החוץ רק חיזקה את מעמדו וסייעה לו בסופו של דבר בהשגת תפקיד מנהיג המפלגה. דעותיו החדשניות, מרצו ושליטתו בצרפתית, הקנו לו, ולאירלנד, מעמד מכובד באירופה מעבר לגודלה של המדינה והבטיחו שהנשיא הראשון של מועצת אירופה ב-1975 יהיה אירי.
מדיניותו של פיצג'רלד כלפי צפון אירלנד הביאה אותו לעימות מול הכנסייה הקתולית, שהמעמד המיוחד שלה ברפובליקה היה מעוגן בחוקה עד למשאל עם שנערך ב-1972. ב-1973 נפגש פיצג'רלד עם מזכיר המדינה של הוותיקן, אגוסטינו קסרולי והציע שחוקת אירלנד תשונה כך שיבוטלו סעיפים המבוססים על הדת הקתולית, כמו האיסור על גירושים ואמצעי מניעה. דובר גם על הרגעת הדעות הקדומות בצפון אירלנד בנוגע לנישואים בין-דתיים ולאינטגרציה בחינוך. בתחילה היה קסרולי פתוח לקבלת רעיונות אלה והממשלה הגישה הצעה רשמית לוותיקן. חזונו של פיצג'רלד גרם לחשש גדול בקרב ההיררכיה הכנסייתית, ובכל אופן, ב-1977 התקיימה פגישה של האפיפיור פאולוס השישי ופיצג'רלד ובפגישה אמר האפיפיור לפיצג'רלד כי "אירלנד היא מדינה קתולית, אולי האחרונה שנותרה, והיא צריכה להישאר כזאת. החוקים לא צריכים להשתנות באופן שיהפוך את המדינה לפחות קתולית".
מנהיג פינה גייל.
ב-1977 נחלה הקואליציה הלאומית של פינה גייל ושל הלייבור מפלה בבחירות הכלליות. ליאם קוסגרייב התפטר מתפקידו כמנהיג המפלגה ופיצג'רלד נבחר לרשת אותו. בתפקידו החדש כמנהיג האופוזיציה וכמנהיג המפלגה, הוא פעל למען תחייתה וחידושה של מפלגת פינה גייל. מיד עם בחירתו הוא מינה למפלגה מזכיר כללי שינהל את התהליכים הללו, כפי שנעשה במפלגת פיאנה פול, שזכתה לעלייה משמעותית ומהירה בתמיכה הציבורית בה. לאחר הבחירות שנערכו בנובמבר 1982 היה הפער בין מספר המושבים בפרלמנט של שתי המפלגות חמישה בלבד.
כהונה ראשונה כראש ממשלה.
ערב מערכת הבחירות של 1981 היה לפינה גייל מנגנון מפלגתי שהיה שקול לזה של פיאנה פול. המפלגה זכתה ב-65 מושבים בפרלמנט והקימה ממשלת מיעוט יחד עם מפלגת הלייבור ועם תמיכתם של כמה חברי פרלמנט עצמאיים. פיצג'רלד נבחר להיות ראש ממשלה ב-30 ביוני 1981. להפתעת רבים, הוא לא כלל בין שרי הממשלה את ריצ'י ראיין, ריצ'רד ברוק וטום או'דונל, מעמודי התווך של המפלגה.
שתי בעיות יסודיות עמדו בפניו של פיצג'רלד בתקופת כהונתו זו. צפון אירלנד ומצבה המחמיר של הכלכלה. צעדת מחאה לתמיכה בשובתי הרעב בכלא מייז ביולי 1981 טופלה על ידי פיצג'רלד בקשיחות. כשהוא נפגש עם בני משפחותיהם של שובתי הרעב, הוא סירב לפגוש את בני משפחתו של בובי סנדס, חבר הצבא האירי הרפובליקני והראשון שמת משביתת הרעב, וכן את אחותו של ריימונד מק'קריש, שמת ב-21 במאי. במהלך הפגישה התמוטטו אחיותיו של תומאס מק'אלבי, מרי ונורה, ועזבו את הפגישה. מרי מק'אלבי הצהירה לתקשורת שחיכתה בחוץ ש"הוא לא עושה דבר, הוא מבקש רק הצעות". פיצג'רלד סיים את הפגישה והוא הואשם בכך שהוא תולה את האשם בקיום שביתת הרעב על הרפובליקנים ומציע פתרון חד-צדדי מיידי לבעיה.
המשבר הכלכלי היה אף גרוע יותר ממה שסבר פיצג'רלד. מפלגת פינה גייל נאלצה לנטוש את תוכניותיה להפחתת המיסוי ותקציב דרקוני חצי-שנתי הוגש באופן מיידי. התקציב שהוגש ביולי היה חמור במיוחד עבור ממשלה שנשענה על תמיכתם של חברי פרלמנט עצמאיים. בכל אופן, התקציב השני שהוגש על ידי הממשלה הוביל לתבוסה שלה בפרלמנט בינואר 1982.
בראותו את התבוסה הזו, הגיע פיצג'רלד לארמון הנשיאות כדי לבקש מהנשיא פטריק הילרי כדי שיורה, על פי סמכותו, לפזר את הפרלמנט. בהגיעו לשם נמסר לו כי סדרה של שיחות טלפון הגיעו לארמון מצדם של חברי אופוזיציה בכירים, כולל מנהיג פיאנה פול וראש הממשלה לשעבר, צ'ארלס הוהי ובראין לניהן שניסו להשפיע על הנשיא לסרב לבקשתו של פיצג'רלד, כפי שהחוקה מתירה לו ובכך יאלץ ראש הממשלה להתפטר והפרלמנט יוכל למנות לו מחליף. הנשיא דחה בכעס את הלחצים הללו, התייחס אליהם כאל התנהגות בלתי ראויה והכריז על פיזור הפרלמנט.
בבחירות שנערכו לאחר מכן, בפברואר 1982 איבדה מפלגת פינה גייל רק שני מושבים בפרלמנט והלכה לאופוזיציה. עם זאת, בבחירות הכלליות השלישיות שנערכו בתוך שנה וחצי בנובמבר 1982, שב פיצג'רלד לתפקיד ראש הממשלה בפעם השנייה כשהוא עומד בראש קואליציה רחבה של מפלגתו ושל מפלגת הלייבור.
כהונה שנייה כראש ממשלה.
את תקופת כהונתו השנייה של פיצג'רלד כראש ממשלה אפיין מיתון כלכלי עמוק. הצורך לבצע קיצוצים בהוצאה הממשלתית כדי לאזן את התקציב, היה יותר מדי בשביל מפלגת הלייבור. היחסים ההרמוניים שפיצג'רלד פיתח עם סגנו, מנהיג מפלגת הלייבור, דיק ספרינג, הצליחו למנוע את קריסתה של הקואליציה למשך יותר מארבע שנים, למרות המתחים שהיו בין שרים אחרים, ובכך הצליחה הממשלה לשרוד. מפלגת פינה גייל שאפה להחיות את הכלכלה על ידי שליטה על ההוצאה הציבורית וכפיית קיצוצים כדי לצמצם את ממדי הגרעון.
הצעדים שהוצעו על ידי שר האוצר של פיצג'רלד, אלן דוקס, היו בלתי מתקבלים על הדעת לחלוטין מבחינתה של מפלגת הלייבור, שהייתה תחת לחץ עצום מצד בסיס התמיכה הפוליטי שלה לשמור על השירותים הציבוריים לאזרחים. שתי המפלגות מצאו את עצמן במבוי סתום. הם מנעו מהמשבר הכלכלי להחמיר עוד יותר, אך לא היו מסוגלים לנקוט בצעדים ההחלטיים שיגרמו לכלכלה לצמוח. כשהצמיחה הכלכלית הייתה זניחה והאבטלה הייתה נרחבת, ירדה האהדה הציבורית כלפי הממשלה באופן משמעותי. מפלגת פיאנה פול שישבה באופוזיציה הוסיפה גם היא על צרותיה של הממשלה בכך שהיא נקטה בקו אופורטוניסטי ופופוליסטי על ידי התנגדות לכל הצעת רפורמה או קיצוץ בתקציב.
רפורמה חוקתית.
כראש ממשלה בכהונה שנייה, תמך פיצג'רלד בליברליזציה של החברה האירית והפיכתה לחברה בלתי מפולגת. ניסיונו להפוך את הגירושין לחוקיים, נדחה במשאל עם, למרות שהוא העביר את החוק שאפשר את השימוש באמצעי מניעה. התיקון לחוקה האירית השנוי במחלוקת שנתן מעמד שווה לזכותו של העובר לחיים ולזכותה של האם לחיים, הונהג בניגוד לדעתו של פיצג'רלד במשאל עם.
צפון אירלנד.
פיצג'רלד הקים את "פורום אירלנד החדשה" ב-1983, שחיבר בין נציגים של המפלגות ברפובליקה האירית יחד עם לאומנים מצפון אירלנד. למרות שהמפלגות היוניוניסטיות דחו בבוז את הצעתו של פיצג'רלד להצטרף לפורום, ולמרות שהמסקנות שפורסמו על ידי הפורום, שהציעו אפשרויות שונות לשיתוף בין הרפובליקה לבין הצפון, נדחו על הסף על ידי ראש ממשלת בריטניה, מרגרט תאצ'ר, נתן הפורום תנופה לחידושו של משא ומתן רציני בין ממשלות אירלנד לבריטניה, שהגיעו לשיאם בהסכם האנגלו-אירי, שנחתם ב-1985. ההסכם התווה את המכניזם שעל פיו ממשלת בריטניה תיוועץ ברפובליקה של אירלנד בכל הנוגע לשלטונה בצפון אירלנד והוא זכה להתנגדות גורפת מצדם של היוניוניסטים, שחברי הפרלמנט מטעמם התפטרו מהפרלמנט של בריטניה לאות מחאה. היה צורך לקיים בחירות חדשות בצפון אירלנד, שבמסגרתם איבדו היוניוניסטים ללאומנים את אחד ממושביהם בפרלמנט הבריטי. במהלך תקופה זו, ב-15 במרץ 1984, הוזמן פיצג'רלד לנאום בפני שני בתי הקונגרס של ארצות הברית, המנהיג האירי הרביעי שקיבל הזמנה כזו.
ממשלתו של פיצג'רלד העבירה גם את חוק ההסגרה של 1987 ששם קץ להגנה ארוכת הימים כנגד הסגרה של חשודים במעשי אלימות בצפון אירלנד או בבריטניה שיכלו לטעון שהמעשים שלהם נעשו על רקע פוליטי.
בה בשעה שהיוניניסטים סירבו להכיר בהסכם וגינו אותו, הוא היה הבסיס להתפתחות יחסי האמון ושיתוף הפעולה בין הממשלות, שבסופו של דבר הובילה להצהרת רחוב דאונינג של 1993 ולשביתות הנשק בין הרפובליקנים ליוניוניסטים.
שקיעה.
ב-1986 ניסה פיצג'רלד לבצע חילופי גברי בממשלתו, אך כמה שרים, בעיקר ברי דזמונד, שהיה שר הבריאות והרווחה, סירבו לוותר על תפקידיהם. התוצאה הסופית של תהליך השינוי בממשלה גרמה לכרסום בסמכותו של פיצג'רלד. המפלגה הפרוגרסיבית-דמוקרטית החדשה, הוקמה באותה תקופה על ידי דזמונד או'מיילי שפרש ממפלגת פיאנה פול. באופן אירוני, מהלך זה פגע בתומכי מפלגת פינה גייל מאוכזבים רבים שעייפו מהטיפול הכושל בכלכלה. המתקפה על הממשלה מהמחנה הימני חיזקה את רצונם של מנהיגי פינה גייל להתנתק ממפלגת הלייבור, למרות היחסים הקרובים שהיו להם עם מנהיגיה.
כשהוא מתוסכל מהמשבר הכלכלי, ניסה פיצג'רלד לבצע לפחות כמה משאיפותיו לרפורמות, ובקיץ 1986 הוא הציע לערוך משאל עם על שינוי החוקה כדי שיותרו באירלנד גירושים. התיקון המוצע היה שנוי במחלוקת והשינויים החוקתיים הדרושים למימושו של תיקון זה לא נכללו במשאל העם. צ'ארלס הוהי, יחד עם הכנסייה הקתולית התנגד למשאל העם. התבוסה במשאל העם חרצה את גורלה של הממשלה.