מתחילתה, ההיסטוריה של סנטו דיימי לא הועלתה על הכתב אלא הועברה בעל-פה. כך שזיכרונותיהם החברתיים של אנשי הקהילה אינם מחויבים להיסטוריה, במובן המערבי של המושג, אלא רק לבחירת אירועים רלוונטיים להגדרה, ארגון והמשכיות של הקהילה הדתית.
כנסיית סנטו דיימי נוסדה בריו ברנקו, בירת מדינת אקרי, בצפון מערב ברזיל בתחילת שנות ה-30 של המאה ה-20 על ידי ריימונדו אירינאו סרה, מהגר ממרניאו שבאזור צפון מזרח ברזיל, ונכדם של עבדים. אירינאו סרה נולד בסנט וינסנט פרר בשנת 1892 (או 1890) להורים אפריקאים והגיע לאזור האמזונס המערבי בשנת 1912, בעקבות הפריחה בתעשיית הפקת הגומי, אך בסמוך לקריסתה. התאריך הרשמי לייסוד הכנסייה הוא 26 במאי 1930.
על פי דיווחים של חסידיו, מסטר איריניו התוודע למסתורי האיוואסקה בפרו על ידי שמאנים ילידים. הוא התבודד במשך שמונה ימים ביער, וצרך את המשקה שוב ושוב. במהלך ימים אלו הוא חווה חזון שבו דמות, אותה הוא זיהה כמרים הבתולה, הופיעה בדמותה של מלכת היער. הדמות גלתה בפניו דוקטרינה דתית חדשה שעליו להביא לעולם, ציוותה עליו לקרוא לאיוואסקה 'דיימי' ולהקים מרכז רוחני שיקיים את הטקסים הספציפיים שהראתה לו. לפיהם, יוגש המשקה כדוקטרינה נוצרית חדשה. בנוסף, מלכת היער נתנה לו גם מזמורים, שהם אבן הפינה המפורשת של דוקטרינת סנטו דיימי.
תחילה מסטר אריניאו שימש כמרפא והחל לערוך טקסים רוחניים באמצעות איוואסקה. הגיעו אליו אנשים חולים רבים, שחפשו מרפא שלא יכלו להרשות לעצמם או שלא הצליחו למצוא בפרקטיקה הרפואית המקובלת. בין האנשים שטענו שנרפאו על ידו היה סבסטיאו מוטה דה מלו שלימים הוא ובני משפחתו יפיצו את הדוקטרינה ברחבי העולם.
עם הזמן פיתח מסטר אריניאו מערכת דתית חדשה ומקורית, ששאבה ממקורות רבים. בעשורים הראשונים לקיומה, כנסיית סנטו דיימי הייתה מוגבלת לאזור האמזונס וחבריה היו אך ורק חקלאים פשוטים, רבים מהם היו צאצאיהם של עובדי מטעי הגומי ובני המעמדות הנמוכים. בשנות ה-40 העביר אירינאו סרה את הכנסייה שלו לשכונה הכפרית אלטו סנטו, שבה התקיימה פעילות הכנסייה כמרכז יחיד עד שנות ה-60, ובה המשיך להתקיים המרכז של הזרם השמרני של הקהילה לאחר הפיצול.
עוד בחייו מינה מסטר אירינאו את לאונציו גומס (Leôncio Gomes) כיורשו וכמנהיג הרוחני והורה לו לא לשנות דבר בפורמט הפולחן. כשמאסטר אירינאו נפטר, בשנת 1971, נוצר פיצול בין משפחתו לתלמידו סבסטיאו מוטה דה מלו (Sebastião Mota de Melo) או כפי שכונה פדרינו סבסטיאו (Padrinho Sebastião). הפיצול חל על רקע של מחלוקת לגבי השימוש במהלך הטקסים בקנביס, שכונה סנטה מריה. סבסטיאו דגל בשימוש בקנביס בניגוד לדעתו של מסטר אירינאו שאסר על הדימיסטים להשתמש בקנאביס, LSD, מורפיום וסמים אחרים.
שנתיים לאחר מותו של מסטר אירינאו, סבסטיאו הקים מרכז דיימיסטי משלו בביתו בפאתי ריו ברנקו. בשנת 1974 הוא רשם את המרכז כישות דתית, פילנתרופית, ללא מטרות רווח, בשם CEFLURIS - Centro Eclético da Fluente Luz Universal - Raimundo Irineu Serra (המרכז האקלקטי של האור האוניברסלי הקורן – ריימונדו אירינאו סרה). בניגוד למאפייני האנשים של הזרם השמרני באלטו סנטו, רבים מחסידיו של פדריניו סבסטיאו היו ברזילאים מהדרום האמיד של המדינה או אזרחים ממדינות דרום אמריקה אחרות שהתעניינו בדיימי בגלל ניסיונם בסמים שונים ובתרבות הנגד של המעמד הבינוני. אלו היו ימי השלטון הצבאי בברזיל, ורבים מאלו שחברו לפדרינו סבסטיאו נתפסו על ידי החונטה כחתרנים נגד השלטון. בתחילת שנות ה-80 העביר פדריניו סבסטיאו את מטה הכנסייה לכפר סאו דו מאפיה (Céu do Mapiá), במעבה היער, במדינת אמזונס בברזיל. עבור רבים מאנשי אלטו סנטו, עזיבתם של פדריניו סבסטיאו וחסידיו מפאתי ריו ברנקו למעמקי היער הוסברה ברצונם להשתמש בקנביס ללא הפרעה. סבסטיאו מת בשנת 1990. אלמנתו, ריטה גרגוריו דה מלו וילדיו אלפרדו וולדטה, נותרו האחראים להמשך שליחותו הרוחנית ולעבודתו החברתית והקהילתית.
בשנות ה-80 וה-90 הכנסייה התרחבה, תחילה בתוך ברזיל וביבשת אמריקה ומאוחר יותר אף מעבר לים, והפכה לתנועה עולמית. בשנת 1997, עם צמיחת הארגון, בוצעה רפורמה מוסדית רחבה, שהפרידה בין התחום הדתי והדוקטריני לבין התחום האדמיניסטרטיבי. הכנסייה שינתה את שמה ל- ICEFLU - Igreja do Eclectico Culto Eclectico da Fluente Luz Universa Patrono Sebastião Mota de Melo.
CEFLURIS מייצגת היום רשת של ארגונים שאליה משויכים ארבעה מוסדות המטפלים באתגרים כלכליים, חברתיים וסביבתיים.
כיום רוב חברי כנסיית סנטו דיימי קשורים לזרם של פדריניו סבסטיאו. בנו, פדריניו אלפרדו, הוא הנציג הדתי העיקרי של דוקטרינה זו. יש כיום כ-50 קהילות בברזיל וכ-60 ב-43 מדינות ברחבי העולם. הזרם של אלטו סנטו מתמקד במקום מושבו ומהווה מיעוט קטן של הקהילה.
הטקסים.
שתיית הדיימי.
המשתתפים בטקסים שותים דיימי בכדי לההתמסר לתהליך שבאמצעותו הם עשויים ללמוד על עצמם, להיות צנועים יותר, להיפתח ולחוות את חסד האל. איוואסקה ידועה בחזיונות או כפי שהן נקראות "miracaos" שהיא מחוללת. בעקבותיהן יש תובנות שונות, הרחבה של התודעה וחדות נפשית, תחושת חיבור עם הטבע והמציאות הרוחנית, כמו גם שיעורים ארציים יותר ופחות נעימים על העצמי. הדיימי חושף הן היבטים חיוביים והן היבטים שליליים או בלתי פתורים של הפרט, וגורם ל"מסעות" קשים המעמתים את הפרט עם תוכן פסיכולוגי קשה זה.
שתיית דיימי יכולה לגרום להקאות קשות, אשר נחשבות כטיהור רגשי ופיזי כאחד. לעיתים קרובות זו המטרה הסופית של הטיהור על-ידי איוואסקה לפיו רגשות שליליים, אלמנטים חוטאים מבפנים, ואפילו אנרגיות דמוניות מורחקות, כמו גם רעלים פיזיים. תהליך זה מוביל לשחרור כללי, תחושת שמחה, קלילות ובהירות לאחר מכן, עם שיפור כללי בחיים. הסכנות היחידות הן, שאפשר לחוות במהלך הטקסים חשיפה של נטיות אגואיסטיות וחרטה. רמות תודעה אלו, שזרמים בפסיכולוגיה מכנים טרנס-פרסונליות, נחוות במהלך הטקסים ובזמן הישיבה בריכוז, ואשר לפי האמונה מייצגות מגעים עם העולם הרוחני.
העבודה.
הטקסים מכונים "עבודות" - "trabalhos". מכיוון שנדרשת עבודה קשה בדרך הרוחנית, עצלות היא מכשול בנתיב הנשמה. ההשפעות של דיימי בשילוב ריקוד, שירה וריכוז הנמשכים עד כשתים עשרה שעות דורשות ומפתחות סיבולת, נחישות ותקיפות (המכונים firmeza). הדיימי לרוב יעניק אנרגיה לאנשים ויעזור להם בעבודה מאתגרת ארוכה, עם עזרה נוספת שתבוא מתחושת אחווה ומטרה משותפת, בהתאם לדוקטרינה.
קיימים חמישה סוגי מפגשים. המפגשים הרגילים מכונים concentraçãos (מפגשי ריכוז או מדיטציה) ומתקיימים פעמיים בחודש. המפגשים נפתחים בהגשת הדיימי לכל הנוכחים. בדרך כלל, יש מנה נוספת בהמשך הפגישה. החלק המרכזי בכל מפגש הוא פרק זמן של שעה וחצי עד שעתיים בו יושבים המשתתפים בדממה. לפני כן, וגם לאחר מכן, המשתתפים מתפללים, שרים ורוקדים. המפגשים מתחילים בדרך כלל בסביבות שמונה בערב ונמשכים כשש שעות.
סוג אחר הם המפגשים החגיגיים, המתקיימים בתאריכים קבועים. אלה כוללים את חג המולד, יום השנה החדשה וימי קדושים שונים, וכן תאריכים מיוחדים בתולדות חייהם של מייסדי הכנסייה. מפגשים חגיגיים עשויים להתקיים גם כדי לחגוג את ימי השנה של מנהיגים של קהילות מסוימות, כמו גם נישואים. במפגשים החגיגיים המשתתפים עומדים בהרכבים מסודרים, והם רוקדים ומזמרים בליווי מוזיקה בביצוע קבוצת נגנים. בדרך כלל המפגשים החגיגיים מתקיימים בלילה והם נמשכים כאחת עשרה שעות. עם זאת, לעיתים, מסיבות מעשיות, המפגשים מתקיימים בשעות היום. במפגשים החגיגיים הדיימי מוגש ארבע או חמש פעמים. לאחר ההגשה השנייה יש בדרך כלל הפסקה במהלכה יוצאים המשתתפים מהאולם בו מתקיים המפגש כדי להירגע.
סוג שלישי של מפגש הוא של trabalhos de estrela (עבודות של הכוכב), על שם שולחן בצורת כוכב העומד במרכז. מדובר במפגשים אינטימיים עם מספר קטן של משתתפים המתקיימים באירועים מיוחדים שעליהם החליט הפדריניו המקומי. בדרך כלל הם משמשים כמפגשי ריפוי וככאלה, הם מתמקדים באדם אחד שחולה. במפגשים אלו יש מזמורים, אך אין ריקודים.
הסוג הרביעי של הפגישות מתקיים לעיתים רחוקות - זוהי מיסה למתים.
סוג הטקס החמישי הוא ה- feitio (הכנה), הטקס שבו מכינים את הדיימי. טקס ההכנה הוא סוג המפגש היחיד שמתקיים בחוץ, בטבע. בדרך כלל, טקס זה מתחיל בשעות הלילה המאוחרות ונמשך עד שעות אחר הצהריים המאוחרות של היום שלמחרת. בדרך כלל, המינונים של דיימי המוגשים במהלך הטקס גדולים יותר מאלה המוגשים בכל הטקסים האחרים.
המזמורים.
הליבה של הפגישות הטקסיות של דיימי הם ה- hinos (מזמורים). המזמורים מלווים בריקודים המכונים bailados. אומרים שהמזמורים 'התקבלו' תחת השפעת הדיימי על ידי מסטר אירינאו, פדריניו סבסטיאו וחברים בולטים אחרים בקהילה. מכלול המזמורים נחשבים על ידי הדיימיסטים כמסרים אלוהיים בהשראה רוחנית. הם מציגים חוכמה אזוטרית נסתרת, ומהווים את התורה הכתובה היחידה של הכנסייה ואת המשנה של הסנטו דיימי. הפזמונים הם טקסטים פשוטים למדי המורכבים מתפילה, תחינה והלל לאלוהים, לחיים ולאיתני הטבע, כמו גם תיאורים של סצנות וישויות בעלי חזון. הפזמונים הראשונים הם ברכות למפגש טוב, אחר כך מגיעים מזמורים המבטאים קושי ומאבק. בהמשך מזמורים המתארים חזיונות ומסירות נפש דתית. מזמורי הסיום הם בדרך כלל שירי הלל וצהלה. מבחינה מוזיקלית, הפזמונים דומים לשירים פופולריים ודתיים של צפון-מזרח ברזיל, והם משלבים אלמנטים אירופאים ואפריקאים.