החל מהמאה ה-4, כשהפכה הנצרות לדת הרשמית של האימפריה הרומית החלו התקפות נוצריות על בתי-כנסת יהודים. בתקופה זו דוכאו היהודים ונישואי תערובת בין יהודים לנוצרים נאסרו לפי הוראות סינוד אלווירה. מועצת אנטיוכיה (341) אסרה על נוצרים מלחגוג את חג הפסח עם היהודים ומועצת לאונדיקא אסרה על נוצרים את שמירת השבת היהודית.
רצח האל וקללת הדם.
בסיפור המשפט לפני פונטיוס פילאטוס בביבליה מתוארים היהודים ובראשם אנשי הסנהדרין מגיעים לישו ולוקחים אותו למשפט, באשמת הנהגת מרד. תחילה מקיימים לו משפט פרטי, בו מואשם ישו בהתחזות למשיח וטיעון כי הוא בן האלוהים ומכאן אלוהים, בו דינו נחרץ כאשם. לאחר מכן מעבירים אותו הכוהנים הגדולים והסנהדרין, שהם מהצדוקים ומהפרושים, למשפט בפני פילאטוס. כאשר הכוהנים הגדולים, הסנהדרין והזקנים הם אלו המשמיעים את ההאשמות נגד ישו.
במשפט פילטוס כשופט שואל את ישו "האתה מלך היהודים?", וישו עונה; "אתה אמרת". לאחר מכן לפי יוחנן ישו משתתק למול האשמות היהודים במשפט, כי הוא מסית ומדיח את העם שלא לשלם מס לקיסר וכי הוא מלך היהודים. אז אומר פילאטוס לישו "אלי לא תדבר? האינך יודע שיש לאל ידי לצלוב אותך?" ועל כך השיב ישו, "אין לך רשות עלי, כי אם זו שניתנה לך מלמעלה. ועל כן עוונם של אלו שהסגירוני בידך גדול מעוונך." על פי לוקאס ויוחנן יצא פילאטוס מספר פעמים אל ראשי הכהנים שנקהלו מחוץ לחצר המשפט ואמר כי לא מצא כל עוון בישו, אולם אלו דרשו כי יצלוב את ישו. אז על פי מתי, הופיעה בפני פילאטוס אשתו ואסרה עליו לגרום לישו כל רע וזאת בעקבות חלום שחלמה. לבסוף מתואר פילאטוס כלא עומד בלחץ ההמונים, וכשהוא מסגיר את ישו לצליבה הוא רוחץ את ידיו אל מול העם, ואמר כי הוא נקי מדמו של ישו. אז ענו לו היהודים, כי דמו של ישו "עלינו ועל בנינו"; וכך קולל העם היהודי כביכול על רצח ישו לדורות.
פרדריק שוייצר ומרווין פרי בספרם "אנטישמיות: מיתוסים ושנאה מעת העתיקה ועד ימינו" טוענים כי מחברי הבשורות ביקשו להטיל את האחריות על צליבתו של ישו ומותו על היהודים, ולא על הקיסר הרומי או פונטיוס פילטוס. כתוצאה מכך, נוצרים במשך מאות שנים התייחסו ליהודים כ"רוצחי ישו". חורבן בית המקדש השני נתפס כעונש ופסק דין אלוהי ליהודים על רציחתו של ישו, והיהודים נתפסו כ"אנשים שלעד נידונו לסבול גלות והשפלה". לדברי ההיסטוריון אדוארד ה. פלאנרי, הבשורה על-פי יוחנן בפרט מכילה פסוקים רבים המתייחסים ליהודים באופן מזלזל.
יצר נקמנות ובוגדנות.
היהודים הואשמו על ידי היסטוריונים נוצריים בהצלחת הכיבוש הסאסאני של ישראל וירושלים, הודות למרידות והשיתוף פעולה שביצעו עם הפרסים בתקופת מרד הרקליוס. בנוסף הואשמו היהודים ברדיפת נוצרים, הריסת ושריפת כנסיות, ואפשור גנבת הצלב עליו נצלב ישו על ידי הסאסאנים. ברכת המינים לעיתים קרובות קודמה כתמיכה לטענה כי היהודים רדפו והיו אחראים לרדיפת הנוצרים בראשית הנצרות ובתקופת האימפריה הרומית. מאוחר יותר הואשמו היהודים גם בהצלחת הכיבוש הערבי של ארץ ישראל, כשבראשית תקופה זו היהודים שוב התמרדו נגד האימפריה הביזנטית המדכאת. על רקע חוקים מפלים ומעיקים שהחילה האימפריה הביזנטית נגד היהודים במהלך המאות ה-4–7, כמו: איסור לשאת במשרות ציבוריות, מיסים מיוחדים, חוקים נגד התפילות היומיות היהודיות ועוד.
לאור תקופות אלו גובשו והוגדרו היהודים כאויבי הצלב והנצרות הרומית, דבר שהיה לו השפעה מכרעת ביחסי היהדות-נצרות והתפשטות האנטישמיות בעולם הנוצרי, והשפיע רבות, מאוחר יותר, בימי הביניים. כשבימי הביניים המאוחרים שוב הואשמו היהודים בשיתוף פעולה עם המוסלמים.
דת אלימה וגסה.
בישופים מהעידן הקדום של הכנסייה, כמו אמברוזיוס הגדירו את היהודים כתת-עם של אלו המיועדים לגיהנום. תלמידו אוגוסטינוס טען שהיהודים צריכים להישאר בחיים ולסבול כתזכורת מתמדת לרצח האל ישו על-ידם, כשהצורך שבלאהוב אותם היא רק על-מנת לגיירם לנצרות. לעיתים הוא אף זיהה את כל היהודים עם יהודה איש קריות. אבות כנסייה אחרים, כמו יוחנן כריסוסטומוס הלכו עוד יותר רחוק בגינוי היהודים; אפרים הסורי כתב במאה ה-4 פולמוס נגד היהודים, הכולל ההאשמה החוזרת ונשנית שהשטן שוכן ביניהם כשותף. כתבים אלה התייחסו ליהודים כאויבי הנצרות וכשטן, ליהדות כדת, כוזבת, שטנית, אלימה וגסה; ולנצרות כדת אדוקה, אמיתית, טובה אוהבת ורודפת שלום. כיוחנן כריסוסטומוס, מטרתו של אפרים הסורי הייתה להניא את הנוצרים מלחזור ליהדות על ידי הדגשת מה שראה כרשעותם של היהודים ודתם. כריסוסטומוס סבר, כיתר הכמרים בני זמנו, כי חטאיהם של היהודים הם קהילתיים ואינסופיים, כשהיהודים בני-זמנו הם הייצוג הקולקטיבי לכל הפשעים לכאורה שבוצעו על ידי כל היהודים שהתקיימו עד אז. כולם זכאים למחילה, ללא קשר לדתם, הפנה את הלחי השנייה, מלבד היהודים שאין להם אפשרות להימחל לאור חטאם ברצח ישו, כאשר כל חטאותיהם רק נערמים ומצטברים זה על זה, זאת עד שיתנצרו.
בנוסף יש התעלמות מוחלטת מיהדותם של דמויות שנתפסו כחיוביות לפי המסורת הנוצרית, כמו ישו, מרים, יוחנן המטביל, פאולוס ועוד. זאת תוך הדגשת יהדותם של דמויות שנתפסו כשליליות בביביליה.
מיניות והאישה היהודייה.
עד המאה הרביעית לספירה תיאור היהודים והמתייהדים כתאבי בשרים וסוטי מין הפך למוטיב בטקסטים ובתרבות הנוצרית המוקדמת. היהודי לרוב תואר כסוטה מין המנצל ואונס נשים נוצריות, לעומת הנוצרים המוסריים מינית. כמו כן תואר היהודי כמנצל את מיניות בנותיו לשם קידום מטרותיו (לדוגמה וכביכול: אסתר, ח'דיג'ה, היהודי ממלטה ועוד). היהודייה נתפסה כמופקרת ובעלת חופש מיני לעומת הנוצריות הצדיקות והטובות (לדוגמה וכביכול: מרים המגדלית, הסוחר מוונציה ועוד).
ימי הביניים.
בתקופת ימי הביניים כל קטע שהופיע בכתבים היהודיים שהיה יכול להתפרש כנוגד את דוקטרינת הנצרות וההתגלמות נצטוו על ידי הכנסייה והרשויות האזרחיות להסרה והטקסטים היהודים עצמם נשרפו כמקור לחילול הקודש. במספר מקרים בהלך ימי הביניים יהודים הורו להתייצב להתדיינות מול אנשי דת נוצרים. במקרים אלו אם יהודים היו מעלים טיעונים עדינים מדי, על מנת להימנע מסכנת רדיפה או מוות, היו האחרונים עשויים להידחף להמרה מיידית לנצרות; ואם נהגו בטיעונים חריפים מדי, היו עלולים להיענש על חוסר כבוד ל"אמונה האמיתית". למרות הכל הופיעו הפרכות יהודיות של הנצרות בימי הביניים, במדינות הנוצריות הטיעונים היו יותר מעודנים; בארצות האסלאם היה ניתן לכתוב בצורה חופשית על הנצרות.
ליהודים באירופה לרוב לא ניתן מעמד חוקתי, דבר ששם אותם כנתונים לגחמות חד-צדדיות של השליטים. לרוב תוך אילוץ לתשלום שוחד על-מנת שיגנו עליהם, כשהדבר לא התאפשר לרוב היו נתונים לרדיפות מצד ההמונים. האנטישמיות הסלימה בתרבות נוצרית אירופאית הפופולרית מתחילה במאה ה-13 ועלילות דם ששגשגו בתקופה זו הפנו את תשומת הלב הפופולרית והובילו למקרים רבים של רדיפות יהודים.
בתקופה זו בולטים במיוחד היו אירועי המאה ה-14 בספרד. בסוף המאה ה-14 החלו להתגבש בספרד הנוצרית חוקים שמטרתם הייתה לנצר את כל תושבי ספרד, היהודים כמוסלמים. החוקים אלו הובילו לאפליה ורדיפת לא-נוצרים וזאת במטרה לעודד את התנצרותם. בשלב מסוים הממשל הספרדי חייב ניצור בכפייה, השיא הגיע בגירוש ספרד בו גורשו אלו שלא הסכימו להתנצר. גם לאחר שהתנצרו היו האנוסים כפופים לחשד והטרדות מתמידים מצד הממשל; נאסר עליהם כל קיום מגע עם יהודים, מעמדם היה נחות לזה של הנוצרים ה"מקוריים", הם לא קיבלו שוויון משפטי, הם הפכו למטרה לפוגרומים מזדמנים בזמני מתח חברתי, ויותר מכל היו נתונים תחת מעקב והטרדות מצד האינקוויזיציה הספרדית והאינקוויזיציה הפורטוגזית.
בימי הביניים דימויים אנטישמיים כמו היהודי הנודד, חזירת יהודים והיהדות המושפלת חזרו על עצמם באמנות ובאדריכלות נוצריות. רבות מרדיפת היהודים מקורן היו באי הסובלנות הדתית הנוצרית של ימי הביניים כלפי דתות ועמים לא אירופיים, ובכללם המוסלמים והצוענים. ובאו לידי ביטוי בפוגרומים ו. רדיפות אלו באו לידי ביטוי בכמה תהליכים עיקריים:
בית הכנסת של השטן וילדי השטן.
על פי דברי ישו בברית החדשה, היהודים שאינם מאמינים בו הם "ילדי השטן" או "בית כנסת של השטן":
החוקרים טוענים כי הביבליה נכתבה בחלקה על ידי יהודים, ייתכן בשפה הארמית או בעברית, כשהטקסטים העתיקים ביותר שנשתמרו הם ביוונית. לאור הניסיון שהחל בסוף ימי הביניים להנגיש ולהעמיד את טקסט הביבליה לכלל המאמינים, הטקסט תורגם לשפות השונות ובגרסאות שונות שלאו דווקא נשארו נאמנים למקור, אלא תורגמו לפי אינטרסים או פירושים שרווחו באותה העת. גרסאות התרגום האירופאיות שונות באופן משמעותי מאלו המזרחיות תורגמו יותר בנאמנות למקור (לפי הכתבים העתיקים ביותר של הביביליה שנמצאו), ובתוך כך גם שונות משמעותית מגרסאות התרגום בעברית, ערבית ופרסית במספר מילים ובפירושי התוכן. בין היתר, המילה כנסייה או נוצרי/נצרות לא מופיעות ולו פעם אחת (אלא רק נצר וצלב) וכן לא "בית הכנסת של השטן" אלא "כנסת השטן"; עם זאת המילה יהודי/יהדות מופיעות 202 כשבגרסות האירופאיות הן מופיעות רק 82 פעמים. דייוויד שטרן טוען כי יוחנן התייחס בזמנו ב"כנסת השטן" לגויים, בעיקר רומאים, שבאותה התקופה התחזו ליהודים וניסו להסיט את היהודים והיהודים-נוצרים מדתם, בעורמת ניכוס הנצרות-יהודית ופירושה.