הונגריה ופולין תבעו שתיהן מצ'כוסלובקיה טריטוריות שונות. הונגריה תבעה את סלובקיה ואת זקרפטיה, ופולין תבעה חלקים משלזיה ואת אזור העיר טשן. שתיהן איימו במלחמה אם דרישותיהן לא ימולאו. בעקבות התערבותם של ארבעת המנהיגים שחתמו על הסכם מינכן, פולין קיבלה שטח של כ-1900 קמ"ר בסביבות העיר טשן, עם אוכלוסייה של כ-300,000 תושבים שרובם היו צ'כים ורק מיעוטם פולנים. ב-2 בנובמבר נועדו שרי החוץ של "ארבעת הגדולות" – כינוין של גרמניה, צרפת, בריטניה ואיטליה בעת ועידת מינכן – בווינה, והחליטו לכפות על צ'כוסלובקיה למסור חלקים גדולים מסלובקיה (בעיקר את דרום סלובקיה) ומזקרפטיה, בהם גרו הונגרים רבים, לידי הונגריה. כ-20,000 קמ"ר מצ'כוסלובקיה סופחו להונגריה, עם אוכלוסייה של כחצי מיליון תושבים. בחודש נובמבר נכנס צבא הונגריה לשטחים והשתלט עליהם, כשצבא צ'כוסלובקיה נסוג במהירות לשרידי המדינה.
כניעתה של ממשלת צ'כוסלובקיה.
על אף שכאמור, הממשלה הצ'כית החדשה השתדלה לספק את הדרישות הגרמניות ככל שיכלה, היטלר לא הסתפק בכך. אחרי סיפוח השטחים הגדולים להונגריה ופולין, הוזמן שר החוץ החדש של צ'כוסלובקיה, ד"ר פראנטישק חבאלקובסקי על ידי שר החוץ של גרמניה, יואכים פון ריבנטרופ, לבוא לברלין, וכשהגיע הציע לפניו את דרישותיו של היטלר. ריבנטרופ הקדים ואמר את המשפט: "הפיהרר הציל את צ'כוסלובקיה מחיסול מוחלט!". הפיהרר, המשיך ריבנטרופ, דרש כי
ריבנטרופ סיים את דבריו באיום: "אם צ'כוסלובקיה לא תקבל תנאים אלה, היא צפויה לתוצאות קטסטרופליות!". שר החוץ הצ'כוסלובקי לא העז להתנגד לדרישות מרחיקות הלכת.
סלובקיה עצמאית.
לאחר הסכם מינכן הממשלה הנאצית הגרמנית עודדה את הנאצים הסלובקיים להתמרד בממשלה הצ'כוסלובקית, וב-6 באוקטובר 1938 דרשו הסלובקים אוטונומיה, ואכן ב-8 באוקטובר אישרה ממשלת צ'כוסלובקיה אוטונומיה רחבה ביותר, עם ממשל סלובקי עצמאי, שהוקם בפרלמנט הסלובקי בברטיסלאבה, במסגרת הרפובליקה הפדרלית של צ'כוסלובקיה.
באותה העת, האוכלוסייה בחלק של זקרפטיה שעוד לא סופח להונגריה, הייתה מורכבת ממיעוטים של רוסינים, אוקראינים והונגרים. הגרמנים עודדו את המיעוטים השונים לחולל פרובוקציות, ובכך לתת עילה לגרמניה להתערב צבאית בקונפליקט. האוקראינים אכן דרשו מממשלת צ'כוסלובקיה אוטונומיה של זקרפטיה בדומה לסלובקיה. ההונגרים על גבול הונגריה-צ'כוסלובקיה ביצעו מספר פרובוקציות, וכשהצבא הצ'כי ירה לעבר שומרי הגבול ההונגריים, זה נתן להם עילה לתקוף בסיסי צבא צ'כיים על הגבול. כך התחוללו חילופי אש נקודתיים רבים, שאמנם לא הגיעו בדרך כלל לקרבות ממשיים, אך היו מספר חילופי אש שכן הפכו לקרבות של ממש. בשני מקרים דומים שאירעו בסביבות הערים מונקאץ' ואונגוואר, שם היו בסיסי צבא הונגריים (לאחר שהערים הללו סופחו מצ'כוסלובקיה להונגריה), הצבא ההונגרי המטיר באש את הצבא הצ'כי. הצבא הצ'כי הגיב בהפצצות כבידות ובמבצעים צבאיים מסיביים. הצבא הצ'כי נכנס באחת הלילות בתוך מונקאץ', עם טנקים ותותחים כבדים, וירה לכל עבר, כשהוא מסב נזק משמעותי לצבא הונגריה. אך עם זאת, בדרך כלל נמנעה הממשלה הצ'כוסלובקית מקונפליקטים צבאיים, מאחר שהיא הייתה בין הפטיש לסדן, כשמחד, הבלגה מול הפרובוקציות האלימות הייתה מעודדת את המרד עוד יותר, ומאידך, תגובה תקיפה הייתה נותנת עילה מספקת להיטלר להתערב.
ב-6 במרץ 1939, החליט נשיא צ'כוסלובקיה, האכה, סוף־סוף, לנקוט באמצעים מעשיים דרסטיים; הוא דחה בתקיפות את הדרישה לאוטונומיה של זקרפטיה, ושלושה ימים אחר כך, הורה על פירוק הממשל העצמאי הסלובקי, וביטול האוטונומיה הסלובקית. כמו כן, הממשלה הצ'כוסלובקית הורתה לעצור את ראש הממשלה הסלובקי הכומר יוזף טיסו, את סגנו דורצ'אנסקי, את טוקה ומספר מנהיגים סלובקיים לאומניים נוספים. במקביל, הוכרז מצב חירום ברחבי סלובקיה.
בעקבות הצעדים הדרסטיים של ממשלת צ'כוסלובקיה הזמין היטלר את יוזף טיסו לברלין, ולחץ עליו להכריז על עצמאות סלובקיה, תוך שהוא מזהירו שאם ידחה את ההזמנה מוכנות כבר שתי דיוויזיות גרמניות לפלוש לסלובקיה, ואז סלובקיה תחולק בין הונגריה לגרמניה. כשטיסו חזר לסלובקיה ב-14 במרץ הוא הציג לפני הפרלמנט את מסמך שתוכנו, שנכתב בידי הגרמנים, היה נוסח להכרזת עצמאות. חברי הפרלמנט נאלצו לוותר על דיון בעניין, כשנציגים גרמניים שנכחו בפרלמנט הזהירו על כך שעיכובים יביאו את גרמניה לכבוש את סלובקיה מיידית. מחוסר ברירה הכריז הפרלמנט על עצמאות, ואף שהייתה זו שאיפתם הסופית, הרי שהעיתוי המוקדם היה תוצאה של אילוץ על ידי גרמניה, שהביאה לכך מאינטרסים שלה. סלובקיה קיבלה עצמאות והתנתקה מצ'כוסלובקיה, כשממשלת צ'כוסלובקיה עומדת בחוסר אונים. צ'כוסלובקיה, ממנה נשארו רק צ'כיה וחלקים של זקרפטיה, כבר לא הצדיקה את שמה (הֶלחֵם של צ'כיה וסלובקיה). הממשלה הצ'כוסלובקית לא יכלה לעשות דבר, והשלטון נראה כמתפורר.
כיבוש צ'כוסלובקיה.
גרמניה כובשת את צ'כיה.
אחרי שסלובקיה נותקה מצ'כוסלובקיה, פנה היטלר לביצוע השלב האחרון של פירוק צ'כוסלובקיה. כצעד מקדים לכיבוש השרידים של צ'כוסלובקיה, גרמניה הנאצית הכשירה את השטח לכך. סוכנים גרמנים עוררו פרובוקציות שונות בערים הגדולות של מוראביה ובוהמיה. הממשלה הורתה שלא להגיב עליהן, כדי לא לתת עילה להיטלר לכבוש את צ'כוסלובקיה. בנוסף, שר התעמולה הגרמני יוזף גבלס הציף את התקשורת הגרמנית, בדיווחים פיקטיביים, שנועדו להציג את הצ'כים כרודפים את הגרמנים בצ'כיה.
באווירה עכורה זאת הוזמן נשיא צ'כוסלובקיה, האכה, על ידי היטלר, ל'התייעצויות' בברלין. האכה קיווה שלפחות יוכל לפעול אצל היטלר שלא יפגע יותר בצ'כיה. הוא לא העלה בדעתו את מה שעתיד לקרות בפגישתו עם היטלר. ב-15 במרץ בשעה 1 בלילה, נפגשו האכה וחוואלקובסקי, שר החוץ של צ'כוסלובקיה, עם היטלר. יחד עם היטלר נכחו בפגישה ריבנטרופ, הרמן גרינג ועוד כמה מראשי הצבא הגרמני. לאחר שהיטלר פתח במונולוג ארוך בו הוא התקיף בחריפות את המנהיגים הקודמים של צ'כוסלובקיה, מסריק ובנש, על שהתנכלו למיעוט הגרמני בצ'כוסלובקיה, הוא אמר להאכה שכבר יומיים קודם לכן הוא נתן הוראה למפקדי הצבא הגרמני, להתקיף את צ'כוסלובקיה ולספחה לרייך השלישי. האכה וחוואלקובסקי נותרו הלומים. היטלר לא חיכה לתגובתם והמשיך לומר שכבר עכשיו הצבא הגרמני פלש לצ'כוסלובקיה בנקודות מסוימות, ומחר בשעה 6 בבוקר הכוחות הגרמניים יפלשו לצ'כיה מכל הכיוונים. היטלר סיים שנשארו 2 אופציות: או שצ'כוסלובקיה תתנגד, ואז הצבא הצ'כי יובס ברוטלית, או שהממשלה הצ'כוסלובקית תיכנע לכיבוש הגרמני וכך צ'כיה תקבל זכויות אוטונומיות מסוימות במסגרת הרייך הגרמני. היטלר טרח לציין שהוא עושה זאת, "לטובת האינטרס של העם הצ'כי", מאחר שבמקרה של מלחמה, הצבא הצ'כי יובס תוך פחות מ-48 שעות, והצ'כים לא יהנו מפריבילגיות אוטונומיות כלשהן.
האכה ניסה להתחמק והסביר שבאמצע הלילה אין לו שום אפשרות להתייעץ עם שרי הקבינט בפראג, ולדאוג לכך שאכן הצבא הצ'כי לא יתנגד. אך היטלר סירב לחכות, והוא שלח את האכה וחוואלקובסקי לחדר צדדי בו יחליטו מה צעדיהם הבאים. בחדר כבר המתינו להם ריבנטרופ וגרינג, והם החלו ללחוץ במתודות שונות ואיומים על שני המנהיגים להסכים לדרישותיו של היטלר. הם גם הציגו מסמך שהכינו קודם לכן שתוכנו היה: "על רקע המתח שנוצר בצ'כוסלובקיה בשבועות האחרונים, הגיעו המנהיגים הצ'כיים, האכה וחוואלקובסקי, לברלין, ופנו לפיהרר בבקשה שייקח בידיו את השלטון על העם הצ'כי. הפיהרר הסכים לבקשה זאת, וסיפח את צ'כיה תחת שלטון גרמניה". הם תבעו מהאכה וחוואלקובסקי לחתום על המסמך. כשהאכה התנגד לחתום על המסמך הם איימו שמטוסי קרב גרמניים ימחקו מחצית מפראג כבר בתחילת הקרבות, וכי מאות מטוסים מוכנים לצאת להפצצות מסיביות על ערים צ'כיות. האכה לא סבל זאת יותר, והתעלף במקום. ההתעלפות הפתיעה אותם והם חששו מפרסום צפוי שהם רצחו את נשיא צ'כוסלובקיה; אך לאחר שהוזעק רופא למקום, האכה התעורר וחזר לעצמו. לאחר מכן, האכה נאלץ להתקשר עם הקבינט שלו, והזהירם שלא להתנגד ולהיכנע. בשעה 4 לפנות בוקר של ה-15 במרץ הוא וחוואלקובסקי חתמו על מסמכי הכניעה שהכינו הגרמנים והיטלר הוסיף את חתימתו. בכך צ'כוסלובקיה נמחקה רשמית ממפת אירופה.
שעתיים מאוחר יותר צבא גרמניה פלש לצ'כיה, ותוך שעות ספורות השתלט על כל צ'כיה, ללא שום התנגדות. עוד באותו יום היטלר הגיע לפראג ועלה לנאום בארמון הרג'ין, נאום שבו הצהיר על כך שצ'כיה סופחה לגרמניה. הוא הוסיף שהעם הצ'כי יהנה מאוטונומיה תרבותית ולשונית, אך כל הטריטוריות הצ'כיות שהן מוראביה, בוהמיה ושלזיה, יהיו תחת שלטון גרמניה. הפוליטיקאי הגרמני, קונסטנטין פון נויראט מונה לפרוטקטור של השטחים הצ'כיים הכבושים; מנהיג הגרמנים בחבל הסודטים, קונראד הנליין מונה לראש האדמיניסטרציה האזרחית, וקרל הרמן פרנק מונה לניהול מדיניות החוץ הפוליטית.
הונגריה כובשת את זקרפטיה.