המושבה כפר תבור נוסדה ב-25 באוקטובר 1901, י"ב בחשוון תרס"ב, על ידי קבוצה של בני הדור השני מהעלייה הראשונה. הקבוצה מנתה 21 משפחות שמוצאן מהמושבות זיכרון יעקב, מטולה, ראש פינה ושפיה. בראשית ההתיישבות, נקראה המושבה "מֶסְחָה" כשמו של תל מסחה והיישוב הקדום ששכן לידם, שבו התגוררו בעבר אריסים ערבים שהובאו מסוריה על ידי אפנדים לעבד עבורם את הקרקע. את שמה העברי אימצו המייסדים, על פי עצתו של מנחם אוסישקין. בעת ביקורו במושבה, בשנת 1903, במסגרת סיורו השני בארץ ישראל, התפלא אוסישקין על כך שלמושבה אין עדיין שם עברי. הוא הציע לתושבים לעשות שימוש בשם ההר הר תבור, שלמרגלותיו היא שוכנת. בקהילה התפתח ויכוח פנימי בסוגיית ציון המילה "כפר", שאוסישקין הציע לכלול בשם המקום. היו מי שהביעו חשש כי בכך תוטל מגבלה על התפתחותה העתידית של המושבה, אולם אוסישקין שכנעם לאחר שסיפר לתושבים כי ביקר בעיר הגדולה דיסלדורף שבגרמניה, אשר שמה מכיל אף הוא את המילה "כפר" בגרמנית "Dorf".
בשנותיה הקשות הראשונות נתמכה כפר תבור על ידי חברת יק"א. היישוב סבל ממחסור במים, כי המבנה הטופוגרפי והגאולוגי גרמו למי הגשם לזרום במהירות הלאה. כדי להתגבר על כך, שתלו התושבים נטיעות המתאימות לתנאים המקומיים בעיקר כרמי שקדים, זיתים וגפנים.
יוסף ויתקין, מנהל בית הספר היסודי במושבה משנת 1903, פרסם בשנת 1905, "קול קורא: אל צעירי ישראל אשר לבם לעמם ולציון", שנשא עליו את הסיסמה "בשם עמנו וארצנו", נועד ליהודים בגולה, קרא להם לעלות לארץ ישראל ולבנות את הארץ למרות הקשיים הרבים: רעב, מחלות ומחסור. קול קורא זה היה בין הגורמים לעלייה השנייה.
בין הקשיים הרבים שעמם נאלצו המתיישבים להתמודד, הייתה גם בעיית הגניבות החקלאיות מצד השבט הבדואי ששכן בסמוך, ערב א-צביח. הצורך בשמירה ובהתגוננות מפני הגניבות היווה מנוף לקיומו של דיון ציבורי בנושא. שיאו היה בקיומה של ועידה של ראשי ארגון המגן החשאי בר-גיורא בפסח 1909, בכפר תבור. בוועידה השתתפו בין השאר אלכסנדר זייד, ישראל שוחט, יצחק בן-צבי, ישראל גלעדי, יחזקאל ניסנוב, יחזקאל חנקין, מנדל פורטוגלי וצבי בקר. המשתתפים החליטו שהגיעה השעה לפעול בגלוי. לפיכך, בכפר תבור, הוחלט על פירוק הארגון החשאי ובו-בזמן על הקמתו של ארגון "השומר" כארגון השמירה היהודית הארצית. הוחלט ש"השומר" יהיה ארגון שיעסוק בהגנה וביטחון ויהיה בסיס לכוח צבאי עברי. "השומר" ביקש ליטול לידיו את השמירה בכל המושבות היהודיות, במקום ערבים מקומיים אותם נהגו עד אז להעסיק בתפקידי השמירה.
שנות הארבעים עד השישים.
במהלך שנות הארבעים, החליטה יק"א לרשום על שם האיכרים את הקרקע המעובדת על ידם, תמורת תשלום. לכל משפחה גרעינית ניתן שטח חקלאי בגודל של כ-200 דונם ו"חכורה", חלקה בת שישה דונם שעליה נבנה בית האיכר וחצר המשק שכללה רפת ומתבן. חומה הקיפה את כל חצרות האיכרים. מעבר לחומה היה משק עזר, אשר נועד בעיקר לספק את הצרכים הבסיסיים של הבית בירקות ובפירות.
המושבה כפר תבור התרחבה בהדרגה, אך באופן איטי. עם קום המדינה מספר המשפחות בכפר הגיע לארבעים, והיישוב הוכר כמועצה מקומית ב־1949.
בשנות ה-50, הגיעו גם לכפר תבור עולים חדשים, כחלק מגלי העלייה לארץ באותה עת. חברי המושבה החליטו לקלוט 17 משפחות מבני המעברה אשר הוקמה בין כפר תבור לכדורי. רוב הנקלטים ביישוב היו בני משפחות שעלו מכורדיסטן ומיעוטם באו ממרוקו, סין ושוודיה. איכרי כפר תבור הקצו עבור העולים שטח אדמה מנחלותיהם וסייעו בעדם להקים "הרחבה חקלאית", כך שלכל 17 המשפחות ניתן מקור פרנסה בסיסי. שטח האדמה שעיבדו במשותף לא הספיק לכלכלתם המלאה וכך, רבים מן העולים יצאו לחפש פרנסה נוספת ביישובים סמוכים. במהלך השנים, המועצה המקומית, בראשותו של דוד גולדמן (כיהן בין 1954 לבין 1967, אחרי כהונתו של משה יעקב כהן), סייעה לבני משפחות העולים לקבל בצדו המערבי של כביש עפולה-טבריה שטח אדמה בבעלות מינהל מקרקעי ישראל. המנהל יעד לעולים בתים דו־משפחתיים. דוד גולדמן מינה את מרדכי סויסה לטפל בבתי העולים מול משרד השיכון, כך שלכל משפחה תהיה יחידת דיור נפרדת, ובסיוע משרד השיכון הוקמו במקום בתים נוחים יותר למרבית המשפחות הגדולות של העולים. לכל משפחה הוקצו 2.5 דונם, כך שלצד הבתים הוקמו משקי-עזר. לימים שטח זה הופשר לבניית בתים לצאצאי העולים שבגרו, ובחרו להישאר תושבי המושבה.
שנים ארוכות, למרות ההתקדמות הטכנולוגית בעולם החקלאות, נשארה כפר תבור מושבה קטנה ולא מפותחת במיוחד. הכפר חובר לרשת הארצית לאספקת מים שוטפת רק בשנת 1966, עת הוקמה בגליל התחתון תשתית מתאימה. עד אז החקלאים נאלצו להסתפק בעיקר בחקלאות בעל. הכפר זכה להתחבר לרשת החשמל התקינה רק בשנות השישים. תדירות התחבורה הציבורית הייתה מועטה ובלתי-נוחה בעליל. התעסוקה ביישוב ובסביבתו הייתה מצומצמת מאוד.
החל משנות ה-70 של המאה ה-20.
מצבה העגום של המושבה גרם, במהלך השנים, לנטישת של בני הדור הצעיר. בפועל, בראשית שנות השבעים של המאה ה-20, חיו במושבה כ-150 איש (אם כי על פי הנתונים הרשמיים היו רשומים כאזרחי המושבה מספר תושבים כפול מזה). התחושה בקרב הבנים והבנות הייתה כי "כפר תבור היא ישוב הולך ונעלם", כפי שהגדירה זאת אחת מבנות המקום בעבודה סמינריונית שהגישה במסגרת לימודיה האקדמיים בחוג לגאוגרפיה באוניברסיטה העברית בשנת 1970.
בשנים 1967 עד 1971, כיהן כראש מועצת כפר תבור מרדכי סויסה, שדאג לחיבור חשמל לשכונה החדשה של העולים החדשים.
כעשור לאחר חיבור המושבה למים, באמצע שנות השבעים, החלה בהדרגה חזרה של הבנים והבנות הצעירים למושבה. עם ראשית ההתעוררות הספונטנית של הזוגות הצעירים, חל מהפך גם בהנהגת המושבה. לראשות המועצה נבחר אחד מבני הדור הצעיר מיכה גולדמן.
על בסיס תוכניות פיתוח, שהחל לגבש קודמו בתפקיד מקס אופיר, החל גולדמן בפעולה נמרצת להשבחת התשתית הפיזית במושבה ולהגדלת האוכלוסייה, על ידי תכנון שכונות חדשות, בצמוד לגרעין הכפר שהתכנה מעכשיו "שכונת המייסדים". גולדמן רתם למפעל את מוסדות המדינה ובראשם את משרד השיכון, והסתייע רבות בבן הכפר שנעשה לאחד ממנהיגי המדינה, יגאל אלון. אוכלוסיית כפר תבור צמחה מאוד. בשלב הראשון, התשתית ב"שכונת העולים" הושוותה באיכותה לזו של שכונת המייסדים. בהתאם גם ניתן שם לשכונה: "שכונת הגפנים". בהדרגה, במהלך שלושים השנים הבאות, הוקמו במושבה מספר שכונות חדשות (חלקן הוקמו לאחר כהונתו): השקדים, הזיתים, הרימונים, התאנים, החרובים והשזיפים.
גולדמן וחבריו למועצה החליטו לעסוק גם בפיתוח הכלכלי של היישוב. הדבר נעשה בכמה דרכים במקביל: המועצה המקומית הקימה אזור תעשייה ועסקים מקומי, וחברה לרשויות המקומיות בסביבה לפיתוח אזור תעשייה אזורי משותף, "אלון תבור", השוכן בין כפר תבור לעפולה. מיכה גולדמן נענה ליוזמת משרד החינוך והקים בכפר בית ספר על-אזורי מחוזי לילדים מחוננים. מוסד חינוכי זה הוסיף יוקרה ציבורית למושבה והוסיף מקומות תעסוקה. המועצה המקומית עודדה גם יזמים פרטיים להקים ולפתח עסקים מסוגים שונים בכפר ובכללם מרכז מסחרי (עם סופרמרקט), סוכנות דואר וסניף של בנק הפועלים. בין השאר הושם דגש על עסקים בעלי אופי תיירותי ומשרדי שירות ותכנון עסקי שונים.
תשומת לב ניתנה גם לפיתוח התשתית הציבורית במושבה: הוקם מתנ"ס, על שמו של יגאל אלון, שכולל אולם כנסים ובית קולנוע, חדרי פעילות ועוד. הוקמו בריכת שחייה ציבורית, אולם ספורט גדול ותקני על שם השר אברהם עופר, מגרש כדורגל ולידו מגרשי טניס תקניים, בית נוער עבור תנועת "בני המושבים", ספרייה ציבורית, ובתים לקופת חולים כללית ולקופת חולים מאוחדת.
המועצה המקומית השקיעה רבות גם בפיתוח האסתטי של הכפר. ברבות השנים פיתוח הגינון והניקיון ברחובות הכפר פרסם מחדש את היישוב בכל רחבי הארץ. נוכח הפיתוח האינטנסיבי היישוב הפך בהדרגה לאבן שואבת לתושבים רבים אשר מצאו את פרנסתם בסביבה במגוון רב של מקצועות ועיסוקים. רובם המוחלט של הבוגרים בכפר תבור מוצאים את פרנסתם כשכירים או כבעלי מקצועות חופשיים. עם זאת, עדיין לא פסה החקלאות מן המושבה. חלק מבני משפחות המייסדים (בני הדור השלישי והרביעי) מוציאים עד היום את פרנסתם מן האדמה, אם כי הצלחתם בתחום זה תלויה יותר ויותר גם בהתפתחויות בשוק העולמי ולא רק בשוק המקומי.