למחרת בבוקר, התכונן יוסף להתנפלות. הוא לבש שריון וחגר חרב תחת מעילו והורה לשניים משומרי ראשו לבוא איתו ולהסתיר חרבות קצרות תחת בגדיהם. כאשר הגיע לבית הכנסת, חיכה לו ראש העיר בשעריו והתיר רק לכמה מידידיו להיכנס איתו פנימה. בעוד הם מתכוננים לתפילה, החל ראש העיר להתעמת עם יוסף על ענייני כספי הציבור וראשי המשלחת הצטרפו אליו. העם החל להתקומם כנגד טענות חברי המשלחת ויוסף החליט לנצל זאת והודיע כי אם עשה שימוש שלא כדין בכספי ציבור, ישיב את הסכום מכספו הפרטי. דברים אלה שכנעו את הנוכחים כי חברי המשלחת שונאים את יוסף "שנאת חינם" והחלה מהומה. ראש העיר ניסה לפזר את האנשים לביתם אך הם סירבו לעזוב ואז הגיע שליח והודיע לראש העיר שיוחנן הגיע עם צבאו. לשמע הידיעה, ניצלו ראשי המשלחת את ההזדמנות והדגישו בפני תושבי טבריה כי לא מדובר בכספים: "לא בגללם בן מוות הוא יוסף, אפס בגלל שאיפתו לשלטון עריץ ועל תפסו את השלטון בהוליכו שולל בדבריו את המוני הגליל". בדברים אלה הרימו יד על יוסף כדי להורגו, אך אז שלפו חבריו של יוסף את חרבותיהם ואיימו על התוקפים שיכו בהם אם לא יעזבו אותו. האנשים סביב הרימו אבנים וחפצים כדי לרגום את יונתן ויוסף חולץ מהמקום. כדי לא להיתקל ביוחנן וחייליו, הלך דרך רחוב צר, ברח לכנרת, עלה על סירה והגיע למגדל. כעבור מספר ימים שבו שליחיו של יוסף מירושלים והביאו איתם מכתבים בהם אישרו נכבדי ירושלים את שלטונו בגליל ופקדו על המשלחת מירושלים לחזור. יוסף מיהר לשלוח את המכתב לראשי המשלחת, אולם אלה החליטו בעצת יוחנן ששניים מראשי המשלחת, יונתן וחנניה, יחזרו לירושלים ויאשימו שם את יוסף במעשים לא ישרים ובאיום עליהם.
יוסף כובש את טבריה.
אנשי טבריה החלו לבצר את החומות והורו לתושבים להצטייד בנשק. בדרכם מטבריה אל הכפר דברת, נעצרו יונתן וחבריו בחצות הלילה על ידי משמרותיו של יוסף. הם פורקו מנשקם והוחזקו כבולים באזיקים. כעבור יומיים שלח יוסף שליחים לאנשי טבריה בהצעה שיפרקו את נשקם, אך נענה בקללות. כדי להימנע ממלחמת אחים, לטענתו, החליט להשתמש בתחבולה כדי להוציא את חברי המשלחת מטבריה. הוא הורה לאלפים מחייליו להסתתר בכפרים מסביב ולהמתין במארב. יוסף עצמו חנה מול העיר ואנשי טבריה יצאו אליו בהמוניהם בקללות. מתוך צחוק, הם העמידו מיטת מת, התייצבו מסביב לה והספידו אותו. יוסף דרש ששני ראשי המשלחת שנותרו בטבריה, יועזר ושמעון, יצאו מהעיר והציע להם לחלוק איתם את השלטון בגליל. רק שמעון, הצעיר, התפתה לצאת. יוסף תפס אותו ופקד על חייליו להסתער על העיר. אנשי טבריה עמדו לנצח, עד שחייליו של יוסף שנשלחו דרך הים, העלו באש את הבית הראשון שתפסו, מה שגרם לאנשי טבריה לחשוב שעירם נכבשה והם נכנעו.
למחרת אסף יוסף את ראשי העיר באצטדיון, דרש מהם את שמות האשמים במרד, ואלה נלקחו כבולים ליודפת. את ארבעת ראשי המשלחת שלח בחזרה לירושלים. אנשי טבריה ביקשו מיוסף שיוחזר להם שלל שנלקח על ידי חייליו. הוא ציווה על אנשיו שאם יש בידיהם ביזה, יביאו אותה אל המגרש, אולם אף אחד לא נענה. כאשר ראה את אחד מחייליו לבוש בבגד יקר מן הרגיל, העניש אותו במלקות והזהיר את האחרים שייענשו באופן חמור יותר אם לא יביאו את מה שבזזו. אז הובאו חפצים רבים וכל אחד מהתושבים קיבל בחזרה את הדברים שזיהה כשלו. לאחר שלקח לידיו את השלטון בטבריה, חקר מי הם האנשים תומכי יוחנן והבטיח להם שאם ינטשו את יוחנן - יסלח להם, אך גם הציב להם אולטימטום: אם לא יפרקו את נשקם - ישרוף את בתיהם ויחרים את רכושם. אלפי אנשים, לטענתו, נענו לקריאה ופרקו את נשקם.
ציפורי.
תושבי ציפורי שלחו שליחים אל נציב סוריה קסטיוס גאלוס, וביקשו שיבוא ויציב חיל משמר רומאי בעיר. יוסף שמע על כך ומיהר לכבוש אותה. לדבריו, תושבי הגליל שנאו את ציפורי וחייליו החליטו לפרוע בתושביה. הם שדדו ושרפו את הבתים הריקים, לאחר שיושביהם ברחו אל המצודה. יוסף טוען כי ניסה לעצור בעדם וטען כנגדם כי אין לעשות דבר כזה "לאחיהם בני עמם", אך הם התעלמו מדבריו. כדי להפסיק את הפרעות "ולהציל את העיר", ציווה להפיץ שמועה שהרומאים פלשו אליה מצדה השני ונהג בעצמו כאילו הוא מאמין לה. כששמעו זאת הפורעים, עזבו את השלל ונמלטו אחרי מפקדם.
יוסף נכשל בשכנוע תושבי ציפורי לחזור בהם מנטישתם את המרד והם שוב שלחו שליחים אל קסטיוס גאלוס, שהפעם נענה לבקשתם ושלח חיל פרשים ורגלים, שהוכנס בלילה אל תוך העיר. יוסף יצא עם חייליו והסתער על העיר, ולמרות ביצוריה שהוכנו במקור נגד הרומאים, הצליחו חייליו לכבוש חלק גדול ממנה, אך נאלצו לסגת בשל חוסר התמצאות בתוכה. הקרב עם הפרשים הרומיים עבר למישור שמחוץ לה ובסופו נחל צבא יוסף מפלה.
חיל פרשים ורגלים של אגריפס, תחת פיקודו של סולא, מפקד שומרי ראשו של המלך, חסם באזור יוליאס בקרבת נהר הירדן את הדרכים אל סלבקיה וגמלא שבגולן. יוסף יצא אליו ולאחר שהכין לו מארב, ניצח את צבאו של המלך, שחייליו ברחו מהמקום. סוסו של יוסף נפל באזור ביצתי והשליך אותו ארצה. הוא נפצע בכתפו ונלקח לכפר נחום. הוא נשאר שם במשך כל היום, קודח מחום, ובעצת רופאיו הובא למגדל.
אספסיאנוס מגיע אל הגליל.
כוחות הצבא ששלח אספסיאנוס לעזרת ציפורי בפיקודו של הטריבון פלקידוס פשטו על הגליל והביאו להימלטותם של הלוחמים היהודים אל ערי המבצר. לכן, החליט פלקידוס לנסות לכבוש את יודפת, אחד מ"משגבי הארץ" אותם ביצר יוסף מבעוד מועד, שהייתה לאחת הערים הבצורות ביותר בגליל. לאחר כישלונו של פלקידוס בכיבוש העיר, הגיע אספסיאנוס עם חילו אל הגליל. בהלת תושבי הגליל דבקה גם בלוחמים של יוסף, שחנה אז בעיר גריס, לא רחוק מציפורי. עוד לפני שראו את צבאו של אספסיאנוס בעיניהם, רוב חייליו של יוסף ברחו מהמקום. לטענתו, חשש מאוד לגורל המלחמה כולה ולכן החליט גם הוא לברוח עם החיילים שנשארו איתו, לטבריה.
הגעתו של יוסף לטבריה עוררה חרדה גדולה בקרב התושבים, שהבינו כי מפקד הגליל נואש מתקוותו לנצח במלחמה. הוא כתב מכתב לראשי הממשלה בירושלים, בו תיאר להם את המצב החמור, ודרש לקבל תשובה מהירה אם הם בוחרים להגיע להסכם עם הרומאים, או שאם הם מחליטים להמשיך את המלחמה ישלחו לו תגבורת צבאית רצינית.
המצור על יודפת.
אספסיאנוס היה להוט להחריב את יודפת, מכיוון שנודע לו שרוב המורדים נמלטו אליה ומתבצרים בה. כיבוש יודפת הבצורה היה יכול לגרום לרפיון ידיים אצל כל המורדים בגליל ואולי אף לדכא את המרד כולו. ביום כ"א באייר עזב יוסף את טבריה והגיע אל יודפת, כדי לפקד עליה בזמן המצור. בארבעת הימים הראשונים למצור, ירו הרומאים על העיר במטרה להשעין סולמות על החומה ולטפס בהם, ויוסף, שחשש שהעיר תיכבש, יצא עם "המון היהודים" בגיחות אל מחוץ לחומה להתקפות שהדפו את הרומאים ממנה שוב ושוב.
הרומאים החליטו לשפוך סוללת מצור מול החומה, וכשזו הגיעה כמעט עד לגובה השיניות שלה, החל יוסף במבצע להגבהתה וביצורה. ההגבהה עודדה את היהודים לחדש את הגיחות, שהביאו את אספסיאנוס להפסיק את הלחימה ולהמשיך במצור עד להתשתם או הרעבתם של מגני העיר. לנצורים היה מספיק מזון אך הם סבלו ממחסור במים, מכיוון שהמצור היה בקיץ ובתוך העיר לא היה מעיין. יוסף הנהיג חלוקת מים במשורה כבר מתחילת המצור, אבל הצמצום בחלוקת המים דיכא את רוחם של היהודים והרומאים ידעו זאת. משום כך פתח במלחמה פסיכולוגית. הוא ציווה על אנשיו לטבול את בגדיהם במים ולתלות אותם על מעקה החומה, כדי שהרומאים יראו מים נוזלים לאורכה ויתייאשו מתקוותם לכבוש את העיר בעזרת המחסור, ואכן יאוש זה גרם לאספסיאנוס לשוב ללחימה.
לאחר שהרומאים גילו שהיהודים שולחים מכתבים ומקבלים מזון דרך נקיק שהגישה אליו קשה מאוד, הם סגרו עליו, ויוסף הבין אז כי העיר לא תוכל להחזיק מעמד לאורך זמן ועליו להימלט ממנה. הוא תכנן לעזוב את העיר כדי לאסוף אנשים מכפרי הגליל ולהסיט את הרומאים מיודפת למלחמה חדשה, אך תושבי העיר הניאו אותו מהמעשה והוא החליט להישאר. מתוך ייאוש כללי, יצא עם לוחמיו, פרץ למחנה הרומאי ותקף את מקימי הסוללה. גיחות אלו נמשכו מדי יום במשך ימים רבים. כאשר התקרבה הסוללה לחומה, הביאו אליה את איל הברזל, שבמהלומותיו החוזרות באותה נקודה, עמד למוטט את החומה. יוסף ציווה אז למלא שקים במוץ ולשלשל אותם אל המקום בו נגח האיל, כדי להפחית מעוצמת הנגיחה. פעולה זו עכבה את הרומאים, אך אלה נקטו בתחבולה נגדית: הם קשרו מגלים לקצותיהם של מוטות ארוכים ובעזרתם חתכו את החבלים הנושאים את השקים.
"כמוצא אחרון", פנה יוסף לשימוש באש. לוחמיו פרצו החוצה ושרפו את המכונות של הרומאים. אולם אלה הקימו מחדש את איל הברזל והמשיכו בניגוח החומה עד שנפרצה לפנות בוקר. בזמן שאספסיאנוס התכונן להסתער על העיר בכ' בסיוון, הפקיד יוסף את החזקים שבלוחמיו על פרצות החומה ואילו את הזקנים והמותשים שלח לשמור על יתר חלקיה. בראש כל קבוצה שהופקדה על הפרצות, הציב 6 אנשים שעלו בגורל, והוא ביניהם. הוא הורה להם לאטום את אוזניהם כדי שלא ייבהלו מקול תרועת הלגיונות, לכרוע על הברכיים ולכסות עצמם במגניהם נגד החצים ואבני הקלע, לסגת מעט לאחור עד שיתרוקנו אשפות החצים ולהתכונן לרגע בו יטילו הרומאים את מתקני העלייה - אז צריכים הם להסתער על החיילים הרומאים בעודם על הגשרים שלהם.