בנוסף לכך ניתן למצוא במערות בעלי חיים שהגיעו למערה ללא צורך קיומי, ואפילו בעלי חיים שמטבעם הם טרוגלופובים ("שונאי מערות"), כמו צפרדעים הנשטפות אל תוך מערה במהלך שיטפון.
מערכות אקולוגיות במערות תלויות רבות בשני מרכיבים עיקריים: אנרגיה ותזונה. פגיעה במקור תזונה (מים, בקטריות, מינרלים) ובאנרגיה ששוכני המערה יכולים לצרוך, יכולה לערער את יציבות המערכת. מאחר שמערכות אלה הן ייחודיות ומתבססות על סימביוזות שונות וקשרים עדינים, הרי שהן עדינות ושבירות, ופגיעות קטנות לכאורה יכולות להשפיע עליהן רבות, ואף להחריבן.
שימושים נוספים לספלאולוגיה.
ספלאולוגים עוסקים גם בעבודה מחקרית לצדם של ארכאולוגים והיסטוריונים, בחוקרם חורבות והריסות, מערכות של מחילות ונקבות, ומערכות מים קדומות.
פנולוגיה (מדע)
פנולוגיה (Phenology) הוא המדע העוסק בחקר התופעות המחזוריות בטבע. התחום כולל את מעגל החיים של היצורים כמו עונת הרבייה, נדידה, ועוד; וכן עולם הצומח, הנביטה, הלבלוב והפריחה ועוד; תוך התייחסות לגורמים בסביבתם החיצונית.
בבוטניקה, הפנולוגיה היא סך כל התכונות של הצמח שקשורות למחזור החיים שלו ביחס לעונות השנה, דוגמת מועדי הפריחה וההבשלה, השרת עלים וכו', וכן התכונות הפלסטיות (הגמישות, המשתנות) של הצמח.
פרוטוזואולוגיה
פרוטוזואולוגיה הוא התחום המדעי בביולוגיה העוסק בחקר תת-הממלכה פרוטוזואה, ששייכת לממלכת הפרוטיסטים- יצורים איקריוטיים שאינם בעלי חיים, צמחים או פטריות.
אורניתולוגיה
אוֹרְנִיתוֹלוֹגְיָה (מיוונית: אורניס (ὄρνις) - עוף, לוגיה (λογία) - "תורה") היא תחום בזואולוגיה העוסק בחקר העופות.
מדע האורניתולוגיה בעל היסטוריה ארוכה ועשירה ומחקרי העופות סייעו לפתח כמה מושגי מפתח אודות האבולוציה, התנהגות ואקולוגיה כגון הגדרת המינים, תהליך ההתמיינות, נטייה טבעית, למידה, גומחה אקולוגית, גילדה, ביוגאוגרפיה של איים, פילוגאוגרפיה ושימור. בזמן שאורניתולוגים מוקדמים היו עסוקים בעיקר בתיאור ותפוצת המינים, אורניתולוגים של היום עסוקים בחיפוש אחר תשובות לשאלות מאוד ספציפיות ולעיתים תכופות משתמשים בעופות כבמודלים לבחון בהם היפותזות או נבואות המבוססות על תאוריות. רוב התאוריות הביולוגיות המודרניות מתייחסות לקבוצות טקסונומיות ומספר המדענים המקצועיים המזהים עצמם כ"אורניתולוגים" יורד בהתאם. כיום משתמשים בטכניקות וכלים רבים באורניתולוגיה וחידושים בתחום הוא עניין שבשיגרה.
היבטים שונים של אורניתולוגיה נבדלים זה מזה בתחומם. אחת הסיבות היא החוויה הוויזואלית והאסתטית מהעופות. דוגמה בולטת ביותר היא היקף המחקרים שלוקחים על עצמם חובבים העובדים במסגרת פרמטרים של מתודולוגיה קפדנית. הפעילות של תצפיות על עופות בטבע ותיעודם נקראת צפרות.
היסטוריה.
ההיסטוריה של האורניתולוגיה משקפת במידה רבה מגמות בהיסטוריה של הביולוגיה. מגמות הכוללות מעברים מלא יותר מאשר תיאורים אל זיהוי דפוסים ואז מעבר לכיוון ההסבר לתהליך שהוביל לדפוסים אלו.
ידע ומחקרים מוקדמים.
בני אדם התבוננו בעופות מאז ימי קדם, ציורים מתקופת האבן הם האינדיקציה המוקדמת ביותר להתעניינות האדם בעופות. אפשר ועופות היו בעלי ערך כמקור למזון, ועצמות של כ-80 מינים נמצאו בחפירות של מושבות מוקדמות בתקופת האבן.
לתרבויות מסביב לעולם יש אוצר מילים רחב הקשור לעופות. לעיתים שמות מסורתיים לעופות מתבססים על ידע מפורט על התנהגותם. שמות רבים הם אונומטופאים ורבים עדיין בשימוש. ידע מסורתי עשוי לכלול גם שימוש בציפורים ברפואה עממית ופרקטיקה זו עוברת במסורת שבעל פה. צייד עופות בר כמו גם ביותן הצריך ידע ניכר אודות הרגלי מחיתם. גידול עופות מבויתים ובזיירות יושמו מאז ימי קדם באזורים רבים בעולם. הדגרה מלאכותית של עופות מבויתים נעשתה במצרים העתיקה לפחות 2,400 שנה לפני זמננו ובסין הקדומה בשנת 246 לפני הספירה. המצרים עשו גם שימוש בעופות בכתב חרטומים שלהם, ולמרות עיצובם הייחודי, רבים ממינים אלו ניתנים לזיהוי היום.
תיעוד מוקדם בכתב מספק מידע חשוב על תפוצת המינים בעבר. לדוגמה, קסנופון מתעד את מספר היענים באשור (Anabasis, i. 5); תת-המין הזה מאסיה הקטנה נכחד וכל מיני היענים הקיימים כיום מוגבלים ליבשת אפריקה. כתבים עתיקים נוספים כגון הודות (1500-800 לפנה"ס) מדגימים התבוננות קפדנית על תולדות חיי העופות וכוללים את האזכורים המוקדמים ביותר על הרגלי עופות טפילים, כגון מין קוקייה אסיאתית ("Eudynamys scolopacea") וגידולה על ידי עופות מארחים. כפי שנאמר, האמנות המוקדמת של סין, יפן, פרס והודו גם הפגינו ידע, בדוגמאות של איורים מדעיים מדויקים של עופות.
בשנת 350 לפני הספירה אריסטו ציין בעבודתו, "תולדות עולם החי" ("Historia Animalium"), את הרגלי הנדידה, החלפת נוצות, הטלת ביצים ואת תוחלת החיים של העופות. אולם הוא גם הכניס לראשונה והפיץ כמה מיתוסים, כגון הרעיון שהסנוניות נכנסות לתרדמת חורף בעונת החורף, אולם הוא ציין כי עגורים מסוימים נודדים מההערבה האירואסייתית של סקיתיה לביצות היובלים העליונים של נהר הנילוס. הרעיון של תרדמת החורף של הסנונית התבסס היטב בצורה כזו שאפילו, בתקופה המאוחרת של 1978, אליוט קאוז מנה כ-182 פרסומים בני זמנו שעסקו בתרדמת החורף של הסנונית, ומעט מאוד פרסומים הסותרים את התאוריה הזו. תפיסה מוטעית דומה קיימת בנוגע לריבוי ברווז הברנטה לבנת לחיים. הקנים שלהם לא נצפו והאמינו כי הם גדלים באמצעות טרנפורמציה (שינוי צורה) בדומה לסוג סרטנים ממשפחת הזיפרגליים הנצמדים לסלעים ולגופים צפים וניזונים מסינון חומרי מזון במים. סוג זה נקרא באנגלית "זיפרגל הברווז" על שם אמונת העבר הזו ("Goose barnacle"), אמונה זו הפכה לשכיחה במאה ה-11 וצוינה בעבודתו של הבישופ ג'רלד מוויילס (גירלדוס קמברסוס) "Topographia Hiberniae" מ-1187.
מוצאה של הבזיירות במסופוטמיה והתיעודים המוקדמים ביותר מגיעים תקופת שלטונו של סרגון השני (722–705 לפנה"ס). כניסתה של בזיירות לאירופה הייתה רק בשנת 400 לספירה, שהובאה מהמזרח על ידי ההונים. פרידריך השני למד על בזיירות ערבית במהלך המלחמות באזור והשיג את המדריך לבזיירות הערבי של מֻאְמִן. הוא הורה לתרגם את המדריך ללטינית והוביל גם ניסויים על עופות במתקני החזקת בעלי החיים האקזוטיים שלו. הוא כיסה את עינהם של נשרים והניח מזון בקרבת מקום, בכך הוא הסיק כי הם מוצאים את מזונם באמצעות חוש הראיה ולא הריח. הוא גם פיתח שיטות להחזקת ואילוף דורסים. המחקרים שנטל על עצמו ארכו קרוב ל-30 שנה ופורסמו בספרו "אומנות הצייד באמצעות עופות" ("De arte venandi cum avibus") מ-1240, הנחשב לאחד המחקרים המוקדמים ביותר על התנהגות העופות.
מלומדים אחדים מגרמניה וצרפת אספו עבודות ישנות וניהלו מחקרים חדשים על עופות. מלומדים אלו כוללים את גיום רונדלה שתיאר את תצפיותיו בסביבה הים תיכונית, ופייר בלון שתיאר את הדגה והעופות שראה בצרפת ובלבנט. ספרו של פייר בלון מ-1555 הוא ספר בגודל פוליו עם תיאורים של כ-200 מינים. השוואתו של שלדי בני אדם ועופות נחשבת לציון דרך באנטומיה השוואתית. האנטומאי ההולנדי פולכר קויטר (1534-1576), ערך מחקרים מפורטים על המבנה הפנימי של העופות ויצר את המיון שלהם בעבודתו, "De Diferentiis Avium", שפורסמה בסביבות 1572 והתבססה על מבנה והרגלי מחיה.
קונרד יסנר כתב את "Vogelbuch" ו-"Icones avium omnium around" בסביבות 1557. כמו יסנר, חוקר הטבע אוליסה אלדרובנדי, החל בכתיבת אנציקלופדיית תולדות הטבע בעלת 14 כרכים, כש- 3 מהם על עופות, והעניק לה את השם "ornithologiae hoc est de avibus historiae libri XII" שפורסמה מ־1599 ועד 1603. אלדרובנדי הביע עניין רב בצמחים ובעלי חיים ועבודתו כוללת 3,000 איורים של פירות, פרחים, צמחים ובעלי חיים, שפורסמו ב-363 כרכים. האורניתולוגיה שלו לבדה כיסתה 2,000 דפים וכללה היבטים רבים, כגון תרנגול הבית וטכניקות ביות עופות. ספרו של ויליאם טרנר, "תולדות העופות" - "Historia Avium", שפורסם בקלן ב-1544, היה עבודת אורניתולוגיה מוקדמת מאנגליה. הוא ציין את גסות האיה בערי אנגליה שם הן נהגו לחטוף מזון מידיהם של ילדים. הוא הכליל אמונות עממיות בדומה לאמונות הדייגים. דייגים האמינו שהשלכים רוקנו את בריכות הדגים שלהם והיו קוטלים אותם בשל כך, ומערבבים את בשר השלך בפתיון הדיג שלהם. עבודתו של טרנר משקפת את התקופה האלימה של זמנו, ועומדת בניגוד לעבודתו המאוחרת יותר של גילברט וייט, "תולדות הטבע של סלבורן", שנכתבה באזור שליו. במאה ה-17 פרנסיס וילובי (1635-1672) וג'ון ריי (1627-1705) העלו לראשונה את עיקרי שיטת המיון שהתבססה על פונקציות ומורפולוגיה מאשר על צורה או התנהגות. עבודתו של וילבי, "(1676) Ornithologiae libri tres", שהושלמה על ידי ג'ון ריי לעיתים נחשבת לציון הדרך לתחילתה של האורניתולוגיה המדעית. ריי עבד על "Ornithologia" שפורסמה לאחר מותו ב-1713 כ"Synopsis methodica avium et piscium". הרשימות המוקדמות ביותר של ציפורים בריטיות, "Pinax Rerum Naturalium Britannicarum ", נכתבו על ידי כריסטופר מרט ב-1667, אולם הם לא נחשבו לבעלי ערך על ידי רבים, כולל ג'ון ריי.
בשלהי 1700, ז'אק בריסון (1723-1806) והרוזן דה ביפון (1707-1788) החלו בעבודה חדשה על העופות. בריסון הפיק 6 כרכים ל- "Ornithologie" ב= 1760 ובופון הכליל 9 כרכים על עופות (כרכים 16–24) "(1770-1785) Histoire naturelle des oiseaux" בעבודתו המדעית "(science Histoire naturelle générale et particulière (1749-1804".