במשך ארבע השנים הבאות רותק למס לספסלי האופוזיציה. ב-1957, הכריז דה ואלירה, שהיה אז בן 72, שבכוונתו לפרוש, אך הוא היה נחוש בדעתו להיות ראש ממשלה פעם נוספת עד 1959, שנה שבה הייתה אמורה להסתיים תקופת כהונתו של נשיא אירלנד. למס שב לממשלה כסגן ראש הממשלה וכשר התעשייה והמסחר. ב-1958 יצאה לדרך התוכנית הראשונה לפיתוח כלכלי. דה ואלירה אכן נבחר לנשיא ב-1959 וסיים את תפקידיו כמנהיג פיאנה פול וכראש הממשלה.
ראש הממשלה.
ב-23 ביוני 1959 נבחר שון למס לתפקיד ראש הממשלה על פי הצבעה של הפרלמנט. רבים תהו אם פיאנה פול תשרוד ללא דה ואלירה כמנהיגה. בכל אופן, למס השיג במהרה שליטה על המפלגה. למרות שהוא היה אחד ממייסדיה, הוא היה רק בן 59, צעיר ב-17 שנים מדה ואלירה שהיה בעת ההיא עיוור כמעט לחלוטין.
הנהגה פוליטית חדשה.
חילופי הגברי בפיאנה פול לוו גם בתהליך דומה בפינה גייל, שבה החליף ג'יימס דילון את ריצ'רד מולקיי (Mulcahy), שפרש גם הוא ב-1959 ובמפלגת הלייבור ירש ברנדן קוריש את מקומו של ויליאם נורטון ב-1960. דור של מנהיגים ששלט בשמי הפוליטיקה האירית במשך שלושה עשורים פינה את מקומו על במת ההיסטוריה.
למס יזם מספר שינויים בקבינט. לזכותו ניתן לזקוף את חילופי הדורות בקרב הפוליטיקאים המקצועיים. צעירים כמו, בריאן לינהן, צ'ארלס הוהי, פטריק הילרי ומייקל היליארד, מונו על ידי למס לתפקידים המיניסטריאליים הראשונים שלהם ושרים שהצטרפו לממשלה בתקופתו של דה ואלירה, כמו ג'ק לינץ', ניל בלאני, וקווין בולנד, קודמו על ידי למס לתפקידים בכירים יותר. במקביל, כמה חברים מהדור הוותיק, פרש מפוליטיקה במהלך תקופתו של למס. ב-1965 היה פרנק אייקן השר היחידי בממשלה שנות מתקופתו של דה ואלירה והיחידי מדור המייסדים של המפלגה שנותר בממשלה גם לאחר שלמס סיים את תפקידו כראש ממשלה ופרש מהפרלמנט.
מדיניות כלכלית.
למס נהג לסכם את משנתו הכלכלית על ידי ציטוט שנהג לומר לעיתים קרובות: "גאות מרימה את כל הסירות". כוונתו הייתה ששיגשוג הכלכלה האירית יועיל הן לעשירים והן לעניים.
התוכנית הראשונה להתרחבות כלכלית.
למרות שהספר הלבן (מסמך מדיניות) שכותרתו הייתה "התפתחות כלכלית" פורסם לראשונה ב-1958 בתקופת ממשלתו האחרונה של דה ואלירה, המלצותיו העיקריות הניחו את הבסיס להתרחבות הכלכלית שאומצה על ידי למס כמדיניות ממשלתית עם תחילת כהונתו כראש ממשלה ב-1959.
התוכנית, שהייתה פרי יוזמתו של הכלכלן ט.ק. וויטקר, כללה צעד להתרחקות מהמדיניות הפרוטקציוניסטית שהייתה נהוגה מאז שנות השלושים. הקלות מס ומענקים ניתנו לחברות זרות שחפצו להקים עסקים באירלנד. התוכנית התירה גם הוצאתם של 220 מיליון ליש"ט מכספי המדינה לצורך השקעה בפיתוח הלאומי.
בעקבות הצגתה של תוכנית זו, הגיעה מדיניות הפרוטקציוניזם לקיצה וחוק השליטה על היצרנים (Control of Manufacturers Act) שהיה קיים מאז 1932, שחוקק ביוזמתו של למס עצמו, בוטל גם הוא. יישום התוכנית בקנה אחד עם תנאי מסחר נוחים, תרם לאהדה הציבורית כלפיה. יחד עם זאת, הנהגתו של מס המחזור על ידי הממשלה בשיעור של 2.5% ב-1963, הזיק למעמדה הפוליטי, ובבחירות הביניים של אותה שנה ירד הרוב שלה בפרלמנט ליתרון של מושב אחד בלבד. אך עם תחילת של שנת 1964, סבב נוסף של בחירות ביניים עמד בסימן עליה בפופולריות של הממשלה. במשך חמש השנים הבאות, ירד שיעור האבטלה בשליש, ההגירה הצטמצמה משמעותית ובפעם הראשונה מאז רעב תפוחי האדמה הגדול, נרשם גידול באוכלוסייה. המגזר החקלאי היה היחידי שנכשל במסגרת התוכנית.
המדיניות הפרוטקציוניסטית הוצעה לראשונה לדה ואלירה על ידי למס עצמו במסמך שכתב ב-1929–1930 ואומצה בעת השינוי בממשלה של 1932. מהלך זה הרחיק את אירלנד מכלכלה חופשית בשנות השלושים ובשנות השישים הוחזר הגלגל לאחור על ידי למס. היה זה משגה שהשפיע על הגירתם של אלפי אירים, שיצאו מחוץ למעגל המצביעים.
התוכנית סללה כאמור את הדרך לכלכלה חופשית. בשנת 1960 חתמה אירלנד על הסכם גאט"ט, הסכם כלל עולמי להורדת מחירים. ב-1961 הגישה אירלנד, ללא הצלחה, בקשה להתקבל כחברה שוק האירופי המשותף. כישלון זה היה האכזבה הגדולה ביותר של למס כראש ממשלה. בסופו של דבר הצטרפה אירלנד לשוק המשותף ב-1973, שנתיים לאחר מותו של למס.
התוכנית השנייה להתרחבות כלכלית.
התוכנית השנייה יצאה לדרך ב-1963, עם יעדים שאפתניים אף יותר. במיוחד התמקדה המדיניות על ההוצאה על החינוך, שהוכפלה ועל יעדי ייצור גדולים עבור תעשיית החלב. המגזר החקלאי, שנחל כישלון בתוכנית הראשונה, נכשל גם הפעם. התוכנית השנייה הופסקה ב-1967 לאחר שלמס סיים את תפקידו כראש ממשלה וכשהוכח שמטרותיה היו רחוקות מהשגה.
שינוי חברתי.
כתוצאה מתוכניות ההתרחבות הכלכלית, חל גידול בתהליכי העיור והתיעוש. גידול ברווחה הוביל את החברה האירית הרחק מההסתגרות ומהשמרנות. דבר זה התאפשר בין השאר עקב הקמתה של תחנת הטלוויזיה הממלכתית ב-31 בדצמבר 1961. לתוכניות טלוויזיה כמו The Late Late Show ותוכניות שיובאו מארצות הברית ומבריטניה, הייתה השפעה מעמיקה על השינוי בגישה. נושאים כמו אמצעי מניעה, הכנסייה הקתולית, וגירושין, נדונו באופן פתוח באופן שהדורות הקודמים לא העלו על דעתם. הדוגמטיות של האפיפיור יוחנן העשרים ושלושה וועידת הוותיקן השנייה, תרמו גם הם לשינוי הגישה בקרב האירים הקתולים.
ב-1963 התקיים הביקור הראשון של נשיא ארצות הברית באירלנד. ג'ון פיצג'רלד קנדי, שהיה נינו של מהגר אירי, הגיע לביקור ממלכתי. נראה היה שביקורו סימל עידן חדש בהיסטוריה של אירלנד. במהלך ביקורו, ביקר קנדי קרובי משפחה רחוקים במחוז וקספורד וכן בדבלין, בקורק ובלימריק. קנדי אמר מאוחר יותר שביקור בן ארבעת הימים באירלנד היה אחד מאלה שהסבו לו הנאה מרובה. קנדי הזמין לאחר מכן באופן אישי את למס לבקר בוושינגטון די. סי. באוקטובר באותה שנה. חודש לאחר מכן נרצח הנשיא הצעיר.
ב-1965 פורסם דוח חדש שנקרא "השקעה בחינוך". לאחר יותר מארבעים שנות עצמאות, הדוח הציג מערכת שלא בוצעו בה כל שינויים. למס מינה מספר אנשים צעירים ואינטליגנטים לתפקיד שר החינוך, כולל פטריק הילרי וג'ורג' קולי. בתקופת כהונתם של שניים אלו החל סוף סוף תהליך שינוי איטי. יחד עם זאת, השינוי המשמעותי ביותר הגיע ב-1966, כאשר לתפקיד שר החינוך מונה דונו או'מיילי. זמן קצר לאחר מינויו הוא הכריז שהחל מ-1969, כל תלמידי בתי הספר מחטיבות הביניים ומעלה, יהיו פטורים משכר לימוד ויזכו להסעות ללימודים.
צפון אירלנד.
כישלונו של ניסיון מתקפת גבול בשנות החמישים שבמסגרתו ניסה הצבא האירי הרפובליקני למגר את השלטון הבריטי בצפון אירלנד ועלייתו לשלטון של שון למס, בישרו מדיניות חדשה כלפי צפון אירלנד. למרות שלמס היה רפובליקני נאמן והתנגד לחלוקתו של האי האירי, עם תחילת כהונתו כראש ממשלה, הוא מיתן באופן משמעותי את דעותיו והכיר בכך שהחלוקה תבוטל בעתיד הנראה לעין ושלטובתה של הרפובליקה עדיף להסיר את הנושא מסדר היום. למס החליש את כוחם של הלאומנים ומתנגדי החלוקה שעשו מעט כדי לקדם את הנושא במשך ארבעת העשורים הקודמים. ועדיין, כל עוד בזיל ברוק כיהן כראש ממשלת צפון אירלנד, הייתה תקווה מועטה להתפייסות.
בכל אופן, ב-1963, ירש את ברוק בתפקיד טרנס או'ניל, שהיה צעיר עם ראייה פרגמטית יותר. שנים רבות לפני כן הוא הצהיר בריאיון עיתונאי כי אם יבחר לתפקיד, הוא מקווה שיוכל להיפגש עם למס. התפתחה ידידות בין גורמים מקורבים לשני האישים שהובילה לסדרת מגעים חשאיים ושכתוצאה מהם הזמין או'ניל את למס לביקור בבלפסט.
ב-14 בינואר 1965 נסע למס לביקור חשאי בבלפסט. העיתונות ואפילו חברי הקבינט, לא יודעו בדבר הביקור עד לרגע האחרון. הביקור גרם לרגשות מעורבים בצפון, אך יחד עם זאת, באירלנד עצמה הביקור נתפש כסימן לכך ש"המלחמה הקרה של אירלנד" הסתיימה, או שלכל הפחות התחוללה הפשרה. למס הזמין בפברואר אותה שנה את אוניל לדבלין. שני המנהיגים דנו בשיתוף פעולה בין שתי המדינות בתחומים הכלכליים כמו: שירותים מקומיים, מערכת הדרכים, ביוב, חקלאות, כולל הוצאתה של צפון אירלנד מהמכסה הבריטית לייבוא החמאה מאירלנד, מכס, וייצוג כלל אירי באירועי ספורט בינלאומיים.
הפגישה בישרה את תחילתו של עידן חדש (אם כי קצר ימים) של אופטימיות, שבאה לביטוי בעיקר באירלנד. יוניוניסטים קיצוניים בהנהגתו של איאן פייזלי המשיכו להתנגד לכל דיון עם הרפובליקה האירית ואפילו יוניוניסטים מתונים חשו שקיומם של האירועים לציון יובל למרידת חג הפסחא, שהתקיימו ב-1966, פוגעים בהם. תחילתה של המערכה למען זכויות האדם וסירובם של היוניוניסטים להכיר בו, הביאו את עידן האופטימיות לקיצו ולתחילתן של הצרות ב-1969, שלוש שנים לאחר שלמס סיים את תפקידו כראש ממשלה.
מדיניות חוץ.
תקופת כהונתו של למס כראש ממשלה עמדה בסימן התפתחויות משמעותיות במדיניות החוץ האירית. במשך כל תקופה זו כיהן פרנק אייקן כשר החוץ. באו"ם הוביל אייקן עמדה עצמאית ותמך בקבלתה של סין לארגון, למרות הפגנות נרחבות בארצות הברית. כמדינה שהתקבלה לאו"ם רק ב-1955, לקחה אירלנד תפקיד מרכזי בארגון וב-1962 היא הייתה חברה במועצת הביטחון, גינתה את התוקפנות הסינית בטיבט ותמכה בהגבלת נשק גרעיני. אחד הסוגיות העיקריות בתחום מדיניות החוץ שעלו בתקופת ממשלת למס היה הוויכוח על הנייטרליות האירית.
למס היה תמיד ספקן בנוגע להמשך הנייטרליות, במיוחד בהקשר להיותה של אירלנד חלק מהשוק האירופי המשותף. אייקן תמך הרבה יותר בעמדה עצמאית נייטרלית. ב-1960 יצאו חיילים מצבא אירלנד לקונגו במסגרת כוחות שמירת השלום של האומות המאוחדות. במהלך משימה זו נהרגו תשעה חיילים אירים.