המלכים הקתוליים העידו בצו כי קודם לפקודת הגירוש ניסו לפתור את הבעיה בריכוז היהודים בשכונות מיוחדות משלהם בתוך הערים (גטאות), בייסוד האינקוויזיציה, בגירוש היהודים מאנדלוסיה ורק לאחר שנכשלו בפעולות אלו החליטו על גירוש כללי של כל מי שלא חפצו להיטבל. מלבד הצו שיצא לאור במלכות קסטיליה היה גם צו מיוחד למלכות אראגון, שהיה שונה במקצת מהצו במלכות קסטיליה, למשל בהדגשת יתר של אחריות האינקוויזיציה לגירוש ובהאשמת היהודים בהשתלטות על נכסי הנוצרים באמצעות הלוואה בריבית קצוצה.
יציאת היהודים מספרד.
גולי ספרד חיפשו להם מקום מגורים חלופי. רבים ביקשו להיקלט בשכנה הקרובה לספרד, פורטוגל, שדמתה לספרד הן מבחינת התרבות והן בתנאים הגאו-פוליטיים, ובנוסף - היו גם קשרי משפחה בין משפחות יהודיות משתי הארצות.
קיימות עדויות של סופרים בני התקופה, על ניסיונות לשכנע את העוזבים להמיר את דתם ולהישאר, ועדויות על גורלם המר של מי שלא הסכימו לכך. הללו, משעלו על האוניות - נבזזו, נאנסו, נרצחו ונמכרו לעבדים. הנותרים פנו אל יעד לא נודע, כשהארצות השכנות סירבו לקבל את היהודים לתחומן. תלאותיהם של הגולים מפורטות - הן בהקדמות לכתבי הרבנים ששרדו את הגירוש והן אצל נוצרים בני התקופה.
לאחר שהוחלו גזרות הגירוש גם על יהודי פורטוגל ב-1497, ניסו יהודים את מזלם במציאת מקלט בצרפת, השכנה הצפונית, אליה עברו לגור ומשם יכלו להמשיך עסקיהם בספרד ובפורטוגל. המעבר ליעד הבא - ארצות השפלה - היה כרוך בניתוק כל קשר עם חצי האי האיברי. ברם, היציאה ההמונית הייתה בדרך הים. סולטאן האימפריה העות'מאנית באיזיט השני קלט את הפוטנציאל הטמון במגורשי ספרד ופתח את שערי ממלכתו בפני המגורשים; הוא תמה על התנהגותו הטיפשית של המלך פרננדו ששמט מידיו אוצר יקר כל כך. מרביתם של גולי ספרד פנו לחופי האימפריה העות'מאנית, שהשתרעה אז מן הבלקן ודרום אירופה, דרך המזרח הקרוב ועד לצפון אפריקה.
רבים מהאנוסים בספרד המשיכו לשמור על מנהגי היהודים בסתר, תוך שלמדו ולימדו תורה (ובמקרים מסוימים קבלה). במהלך המאה ה-16 והמאה ה-17 המשיכה ההגירה, ומשפחות רבות של נוצרים עם עבר יהודי עזבו את ספרד, כמו משפחתם של שלמה מולכו ושל דונה גרציה נשיא.
נוסע ספרדי אלמוני שביקר בארץ ישראל באמצע המאה ה-16, פגש בצפת יהודים ספרדים ובהם אנוסים שברחו מהאינקויזיציה: "בכל המקומות האלה מצאו להם היהודים מפלט מפני הפחד...בכל מקום הם נפוצים, ובכל המקומות האלה הם גורמים לכך שהלשון הספרדית תישמע שוב".
מעורבותה של פורטוגל.
המגורשים מספרד פנו תחילה למדינה השכנה בחצי האי האיברי - פורטוגל, אך "המלכים הקתוליים", יוזמי הגירוש, התנגדו לכך שפורטוגל תהווה מקלט לבורחים מהאינקוויזיציה הספרדית. כשהם השיאו את בתם איזבלה מאסטוריאס, למנואל הראשון, מלך פורטוגל, הם התנו עימו כי מדינתו לא תעניק מקלט לאנוסים הבורחים. ב-1497 יזם מלך פורטוגל מהלך של התנצרות קולקטיבית בכפייה של כלל יהודי פורטוגל, כולל יהודי ספרד המגורשים. האינקוויזיציה הספרדית דרשה את הסגרת האנוסים שברחו מספרד לפורטוגל, בהתאם לבולה של אינוקנטיוס השמיני מ-1487, אך פורטוגל סרבה להסגיר יהודים לספרד. כשהאינקוויזיציה חפצה בהסגרתו של אנוס שברח, היה עליה לנקוט ביוזמה פרטית. רק לאחר הקמת מוסד מקביל בפורטוגל בסוף שנות השלושים של המאה ה-16, החלו גם אנוסי פורטוגל לסבול מנחת זרועה של האינקוויזיציה בארצם.
ב-1602 יזמו אנוסי פורטוגל פנייה למלך ספרד ופורטוגל פליפה השלישי, ולראש השרים שלו, בבקשת מחילה וכפרת עוונות כללית בתמורה לתשלום נאות. ב-1605 הוציא האפיפיור "בריווי" (Breve) חנינה כללית שאי אפשר לערער עליה, לה היו שתי מגבלות: לא יפורסם ההסדר הכספי שלאפיפיור היה חלק בו והיא לא תחול על מקרים של אנוסים שנשפטו בעבר. המחילה הייתה חד-פעמית וחלה על שתי אוכלוסיות: לאלה שנשארו בחצי האי האיברי ניתנה מחילה וכפרה על עוונות התייהדותם ולרוצים לצאת נפתחו נמלי היציאה.
ב-1609 הוקמה ועדה עליונה מטעם "מועצת המצפון והמסדרים" כדי לדון ביציאת האנוסים מהמדינה. מסקנותיה היו שיש לבטל את החנינה הכללית, שכן האנוסים מפורטוגל, כמו אלה שהיגרו לצרפת, ניצלו לרעה את יציאתם. ב-1610 הוחלט לעצור את היציאה משתי המדינות. רק ב-1630, כעבור עשרים שנה, התאפשרה שוב היציאה - תחת פיקוח. כל אזור קיבל היתר לאפשר יציאה דרך נמל אחד בלבד, בפיקוח צמוד של האינקוויזיציה ותוך הקפדה שלא תהיה הברחת הון. המטרה הייתה לגרום לכך שרק אנוסים שמעמדם כ"נוצרים חדשים" הוכח כדין - יורשו לצאת מהמדינה.
דרכי היציאה מחצי האי האיברי.
היציאה דרך הנמלים לא הייתה קלה. היה פיקוח של השלטונות ושל האינקוויזיציה. נדרש גם להגיע להסכם עם בעל האונייה על תנאי ההפלגה ועל יעדה, שלא היה ודאי. ההפלגה הייתה קלה יותר כאשר האוניות לא היו מספרד או מפורטוגל, אם כי גם באוניות זרות נערך חיפוש.
דרכי הבריחה הקרקעית לצרפת היו בטוחות יותר, אם כי במעברים היו שומרים ממונים על ידי השלטונות ובפונדקים היו נזירים, בשליחות האינקוויזיציה, מחופשים בבגדי אנשים פשוטים. ההברחות היו של יחידים, משפחות וקבוצות קטנות - של עד שבעה אנשים, כמספר הנוסעים במרכבה. סכנה גדולה ליוצאים הייתה במקום ריכוזם במדריד. אחד המקומות הידועים היה "שער אלקלה". משם היו יוצאים בדרך המלך אל פמפלונה, בירת מחוז נווארה ומשם ממשיכים לצרפת ביבשה, דרך הרי הפירינאים או בדרך הים, דרך נמלי הדייגים באזור סן סבסטיאן. המבריחים היו פשוטי העם, בעלי פרדות או עגלות משא. מידע מפורט על שיטות ההברחה, תחפושות האנוסים ותעריפי ההברחה התקבל מרישומים במשפטים שנערכו לאלה שנתפסו.
ל"עולם החדש".
בעקבות גילוי אמריקה הגיעו האנוסים גם ל"עולם החדש". הסיבות לכך לא היו דתיות: המניע להגירה היה כלכלי. כך גם התייחס לתופעה מוסד האינקוויזיציה, שהוקם גם ביבשת החדשה ולכאורה לא הטיל מכשולים על הגירת היהודים אליה.
חוקר יהדות ספרד, חיים ביינארט מביא את סיפורו של רודריגו אלווארס די מדריד מהעיר מאלגה שהשיג בשנת 1512 היתר יציאה דרך הים והיבשה אל מדינות נוצריות אחרות. מי שקבל "צו" מסוג זה, לא רק שזכה להשתחרר מכבלי האינקוויזיציה אלא שבנוסף, שַעֳרֵי ספרד היו עתה פתוחים בפניו.
למערב אירופה.
בעוד שהיציאה לארצות המזרח התיכון וצפון אפריקה הייתה אל קהילות קיימות, הרי שבמערב אירופה מגורשי ספרד הקימו קהילות חדשות. יוצאי ספרד הקימו קהילות בצרפת, בארצות השפלה, באנגליה ובצפון מערב גרמניה.
לצרפת.
באוגוסט 1550 העניק אנרי השני, מלך צרפת, זכות ישיבה לפורטוגזים "בכל מקום מלכותו, כפי שייראה בעיניהם, לעסוק בה במסחר, לרכוש נכסים וליהנות מכל אותן זכויות כמו שנהנים מהם הצרפתים". בכך נפתחו שערי ההגירה לאנוסים. להגירה לצרפת היה אופי מיוחד. הסוחרים היהודים הקימו בצרפת מושבות של "סוחרים פורטוגזים": באזור הרי הפירינאים, בערים כמו: סן ז'ן דה לוס ובדרום צרפת, בבורדו, לה רושל והגיעו עד פריז. תחילה העבירו את עסקיהם ולאחר זמן את משפחותיהם. כך הוקמו הקהילות הספרדיות בצרפת, שבהמשך יצאו מהן היהודים שהקימו את קהילות יהדות פיימונטה בצפון איטליה.
בנובמבר 1602 התבקש מפקד הצבא בדרום מערב צרפת להכין דו"ח על מצב היהודים באזור ביון, לפי הזמנת מועצת המדינה הספרדית. הוא דיווח כי בחופי גיפוסקואה (Guipuzcoa) וויסקאיה (Vizcaya) יש מאה משפחות יהודיות ובהן שמונה מאות נפש. תושבי המקום הביעו את מורת רוחם מכך "שהללו נוטלים את פרנסתם ומתעתדים להקים בית כנסת" וביקשו להרחיק את היהודים לתוך המדינה. האנוסים עברו ביוזמתם לבורדו, מחשש לפגיעה בהם, ואחר כך לאזור אביניון. במקומות אלה היה קיים חופש דת. מפקד הצבא הוסיף כי חלק מהיהודים חזרו ל"סן ז'ן די לוס" ולפי הערכתו הם מביאים לצרפת ולפלנדריה הכנסות גבוהות והוא סיכם כי היהודים אינם מעזים לגלות את שמם האמיתי לפני הגעתם לאביניון או ל"ארצו של הדוכס הגדול של פיזה". לפי דרישת הכנסייה הממונה על היצוא מספרד היה צריך לקיים מעקב אחרי הקשרים המסחריים של האנוסים עם ספרד.
לצפון איטליה.
ב-4 בספטמבר 1572 הזמין אמנואלה פיליברטו, דוכס סבויה, את האנוסים לבוא לשטח הדוכסות בצפון איטליה. נציגי ספרד בטורינו ובמילאנו הביעו את חששם כי בואם של היהודים לחבל הארץ החדש יגרום להפיכת נמל ניס לחוף הים התיכון לנמל מרכזי למסחר עם הלבנט. הדוכס הבטיח ליהודים הגנה מפני האינקוויזיציה. שלטונות הכנסייה חסמו את הכניסה לפיימונטה דרך נמלי הים התיכון והיהודים הגיעו ליעדם דרך ונציה. הדבר ארך זמן קצר: בסוף 1573 ניתן צו גירוש ליהודי פיימונטה. עם זאת, יש עדויות כי ב-1575 היו עדיין יוצאי ספרד באזור.
למושבות פורטוגל.
ישנן עדויות כי כבר באמצע המאה ה-16 התקיימה קהילה יהודית דוברת ספרדית בעיר הורמוז, שבמצר הורמוז, שהיה אז תחת שלטון פורטוגל. ב-4 באפריל 1601 הורשו אנוסי פורטוגל להגר למושבות מעבר לים: הודו וברזיל. היה זה בעקבות הסכם רשמי עם ראשי האנוסים כי תמורת תשלום גבוה במיוחד יורשו למכור את רכושם, לצאת מהמדינה ואם ירצו - לשוב אליה. כמו כן תחול חנינה ומחילה על מה שקרה בינם לבין הרשויות. שלטונות פורטוגל נקטו בצעד זה אחרי משבר כלכלי שנבע מהגירה מוגברת מהמדינה, מחלות ומגפות וההוצאות שהיו כרוכות בכישלון משלוח הארמדה לאנגליה.
לארצות השפלה, גרמניה ובריטניה.