בסופה של מלחמת העולם השנייה הושבו המושבות של מזרח טימור ומקאו לידי האימפריה הפורטוגזית, וניחן שינוי משמעותי בתדמיתו הציבורית של סלזאר. לאחר שכמעט ולא התראה בציבור עקב ניסיון ההתנקשות ב-1937, סלזאר החל לארגן ארוחות ערב חגיגיות בציבור והתערבב מחדש עם הקהל הציבורי ברחובות הבירה. ב-18 בספטמבר 1945 התקיימו בחירות לרשות המחוקקת; האספה הלאומית. לקראת הבחירות היה סלזאר בטוח במעמדו בציבור שכן האופוזיציה הדמוקרטית הייתה עסוקה בעיקר במאבקים נגד השמאל הקיצוני ותדמיתו השתפרה הודות להנהגת פורטוגל בדרך האמצע במלחמת העולם השנייה. על כן החליט סלזאר קודם הבחירות להרחיב את זכות הבחירה לכל הגברים בני 21 ומעלה שידעו קרוא וכתוב או ששילמו מס רכוש בן לפחות 100 אשקודו ולכל הנשים בנות 21 ומעלה שסיימו לימודים תיכוניים או שעמדו בראש משק הבית שלהן ועמדו בדרישות האוריינות ותשלום המס של הגברים. סלזאר הרכיב קבינט ממשלתי חדש, הגדיל את מספר חברי האספה הלאומית מ-90 ל-100 ומ-100 ל-120 ואף הכריז באוגוסט 1945 שהבחירות בפורטוגל יהיו חופשיות ושוויוניות כמו הבחירות בבריטניה.
בפועל, בבחינת האופוזיציה אפשר סלזאר התמודדות של מפלגה מרכזית אחת לאספה הלאומית נוסף על האיחוד הלאומי; התנועה לאחדות דמוקרטית (Movimento de Unidade Democrática; MUD). המפלגה הונהגה בעיקר מהנותרים מהאליטה הרפובליקנית של הרפובליקה הראשונה ומגורמים סוציאליסטים מתונים שהיו מעורבים בתוכה. לקראת הבחירות פנתה הנהגת ה-MUD אל סלזאר בדרישה להשעות את תאריך הבחירות עבור רפורמה שתוביל לכך שהמפלגה תופיע בכל הקלפיות להצבעה ושלכל חבריה תינתן זכות רישום להיבחר לתפקידים ציבוריים. סלזאר סירב לדרישה, דעתו התחזקה לאחר שהמפלגה הקומוניסטית התאחדה גם כן לתוך ה-MUD. על כל מקרה, ב-26 באוקטובר פנו מטעם המפלגה אל בית משפט מחוזי ובעזרת מעל 50,000 חתימות הצליחה המפלגה להשעות את תאריך הבחירות. בתגובה החל תהליך דיכוי פוליטי מטעם ה-PIDE (סוכנות PVDE לאחר הרפורמה שלה) וב-9 בנובמבר, לאחר הגשת עתירה, בית המשפט העליון קבע כי אין בסמכותו להשעות בחירות. בתגובה, הנהגת המפלגה הכריזה על קיום חרם נגד הבחירות. עם החרם, לא הייתה למעשה מפלגת אופוזיציה מרכזית בבחירות, וחברי האיחוד הלאומי ניצחו בבחירות ב-120 מושבים.
למרות ניצחונה של המפלגה בבחירות, המשבר הפוליטי הוביל את סלזאר ללחץ כרוני ובמשך מספר חודשים סבל מדיכאון, כאבי ראש מתחיים ונדודי שינה. רק 53.8 אחוזים מכלל בעלי זכות ההצבעה השתתפו בבחירות, דבר שסימל את גודלו של החרם הפוליטי. בסיומן של הבחירות סלזאר, ביחד עם המעגל הפוליטי הקרוב שלו, החלו לחקור את המצב הציבורי כדי להבין את כישלון ציפיותיהם בנוגע לתמיכה הציבורית בממשל. בסיומה של חקירה מטעם המשמלה הגיע סלזאר למסקנה כי ההנגדות הציבורית נגרמה בעיקרה עקב ההתנהלות של האיחוד הלאומי, שכמעט ולא קידם מדיניות פוליטית כל שהיא במסגרת סמכויותיו. המפלגה הורכבה מתוך אליטה פוליטית אשר הייתה מפולגת בבחינה אידאולוגית בינה לבין עצמה. למעשה, המערכת הפוליטית הקיימת הובילה למצב שהממשלה כמעט ולחלוטין התעלמה מפעילות המפלגה השלטת, שכן האספה הלאומית הייתה בפועל גוף משני לעומת קבינט הממשלה בבחינת פעילותה והשפעתה.
בערבי ה-6 וה-7 בדצמבר קרא סלזאר לישיבות עם מועצת השרים שיפתחו בפניו את הביקורות שלהם כלפי המדיניות הממשלתית. חלק מהשרים חששו מתגובתו של סלזאר רב הסמכות ולכן העדיפו לשמור על שתיקה בעוד שרים אחרים דנו עם ראש הממשלה בנוגע להחלטות ספציפיות של האיחוד הלאומי ושל הממשלה אשר הוא עצמו הנהיג. היחיד שיצא ישירות נגד סלזאר בישיבות היה שר המושבות, מרסלו קייטנו, אשר שב זמן קצר קודם לכן מביקור במושבת אנגולה איפה שהיה נוכח להפרעות קשות במנהל. קייטנו יצא נגד מדיניות הממשלה בנוגע למושבות, נגד חלק מהשרים בממשלה אותם האשים בתפקוד בעייתי וחסר יכולת ונגד המנהל המפלגתי של האיחוד הלאומי. סלזאר באותה העת היה רגיש כלפי ביקורת ולא ידע כיצד להתנהל מולה, מה שהביא להחרפה בנדודי השינה שלו. בפברואר 1949 התקיימו בחירות לאספה הלאומית ולנשיאות הרפובליקה גם כן אשר דמו לבחירות של 1945 כאשר ה-MUD הנהיגו חרם נוסף על הבחירות.
שאלת הנשיאות והבחירות למשרה.
לסלזאר לא הייתה השפעה ישירה על הבחירות לנשיאות ובעת קיומן ב-1949, היה הנשיא קרמונה בן ה-79 בבריאות רופפת. אל מול קרמונה התמודד הגנרל ז'וזה דה מאטוס בן ה-81, רפובליקני אשר נתמך בידי ה-MUD. גורמים בתוך האיחוד הלאומי קראו לסלזאר להחליף את קרמונה בנשיאות ולפנות את משרת ראש הממשלה עבור מרסלו קייטנו. למרות העובדה שהמפלגה הצביעה למנות את סלזאר לנשיאות, זה האחרון סירב בטענה כי נדרש מצב שישנו נשיא סמכותני או ראש ממשלה סמכותני אך לא שניהם יחדיו, אחרת יגרמו הפרעות בסדר השלטוני. נוסף על כך טען סלזאר כי נדרש גורם צבאי בנשיאות, זאת כדי לרצות את הנהגת הצבא ולמנוע ניסיון הפיכה נגד "המדינה החדשה". ה-MUD ארגנו עצרות בחירות נרחבות שבפורטו בצפון המדינה הגיעו אליהן עד 100,000 איש. לנוכח המצב, סלזאר לראשונה קידם את המפלגה שלו להנהיג עצרות בחירות בעבור קידום המצע הפוליטי והמועמד מטעמם; קרמונה המכהן. האיחדו הלאומי הנהיג תעמולה פוליטית שטענה כי ז'וזה דה מאטוס, הטוען להיות רפובליקני בערכיו, למעשה נשען על גורמים במפלגה הקומוניסטית שארגנו את רוב עצרות הבחירות של ה-MUD.
במקביל, מפלגת ה-MUD עצמה התפצלה בצורה חריפה בין המחנה הרפובליקני והמחנה הקומוניסטי. ב-10 בפברואר, לקראת הבחירות, דה מאטוס נענה לדרישת הפלג הקומוניסטי בתוך ה-MUD והכריז על פרישתו מהמירוץ לנשיאות. קרמונה נבחר לקדנציה נוספת בנשיאות, אך בשנת 1951, בגיל 81, הנשיא נפטר בעת מילוי תפקידו. באופן זמני סלזאר כיהן בתור נשיא פורטוגל וראש ממשלה יחדיו עד לבחירות החדשות לנשיאות ביולי 1951. במהלך הבחירות הייתה ה-MUD מפוצלת בין הקומוניסטים והרפובליקנים, וסלזאר מינה מטעם האיחוד הלאומי את פרנסיסקו קראביירו לופז (Francisco Craveiro Lopes), גנרל בחיל האוויר הפורטוגזי. לופז, בתקופת כהונתו לא העניק לסלזאר את חופש הפעולה שהיה לו בתקופת קרמונה והתערב ללא הפסק בפוליטיקה הפנימית. בשנת 1958, עוד לפני סיום כהונתו, הצליח סלזאר להביא למהלך פוליטי שהדיח את לופז מהנשיאות וקידם את תאריך הבחירות אל ה-8 ביוני אותה השנה. הפעם סלזאר מינה כמועמד האיחוד הלאומי את אמריקו תומאש (Américo Tomás), אדמירל בצי הפורטוגזי. משמעות הדבר הייתה שסלזאר מינה מועמדים מטעמו לנשיאות מכל חילות הצבא.
אל מול תומאש התחרה גנרל חיל האוויר אומברטו דה סילבה דלגאדו (Humberto da Silva Delgado). דלגאדו, שבמקור היה מבין תומכיו של סלזאר, פנה נגדו לאחר מלחמת העולם השנייה והחל להוות גורם מרכזי באופוזיציה השלטונית לו. במסגרת מצע הבחירות שלו לנשיאות, דלגאדו הנהיג את הפלג הפוליטי שקרא לדמוקרטיה ליברלית. דלגאדו, שקרא לקידום פניה של פורטוגל כלפי המערב ולחיקוי של ארצות הברית, כונה בידי הקומוניסטים פשיסט אך הצליח להשיג תמיכה נרחבת גם בלעדיהם. כאשר נשאל דלגאדו מה יהיה יחסו לסלזאר אם יבחר, הודיע כי: "מובן מאליו, אני אפטר אותו". פעם נוספת כשל האיחוד הלאומי לארגן עצרות ותעמולת בחירות שנועדו לקדם את המצע בעוד האופוזיציה התאגדה מאחורי דלגאדו הודות להצהרתו שידיח את סלזאר. סלזאר עצמו יצא בראש קמפיין הבחירות כאשר הביע את תמיכתו בתומאש ויצא נגד המדיניות הכלכלית שקידם דלגאדו, שקראה למכירת זיכיונות נרחבים בעבור משקיעים אמריקאים, שהייתה מביאה לנפילת העצמאות הכלכלית של פורטוגל. בסיומן של הבחירות ניצח אדמירל תומאש עם 765,081 קולות שהיוו 76.4% מכלל ההצבעות לעומת 236,057 הקולות של דלגאדו שהיוו 23.6% מכלל ההצבעות.
במהלך הבחירות, כמו בבחירות נוספות, המשטר של האיחוד הלאומי הנהיג מערכת הונאת בחירות, אך הפרש הקולות האדיר בין שני המועמדים מביא לכך שגם ללא הונאת הבחירות נראה היה שתומאש ינצח בבחירות. מאוחר יותר התגלה כי בין ה-2 ל-3 ביוני, שבוע קודם הבחירות, ה-PIDE מנע ניסיון הפיכה שהנהיג דלגאדו. דלגאדו יצא לגלות לאחר הבחירות והנהיג מערכת אופוזיציה אלימה למשטר סלזאר. היה זה שבע שנים מאורח יותר, ב-1965 כאשר סוכנים מטעם ה-PIDE התנקשו בחייו של דלגאדו בהיותו בספרד, פועל לקדם אידיאלים מהפכנים לתוך פורטוגל דרכה.
הרפורמה הכלכלית ו"הנס הכלכלי הקטן".
הקשיים הפוליטיים במערכות הבחירות הובילו את סלזאר לנקוט עמדה בנוגע לרפורמ אפשרית במצב הכלכלי של פורטוגל, שעודנה הייתה רבות מאחורי רוב העולם המערבי. אידאולוגים וסופרים שמרנים ברחבי פורטוגל טענו כי ניתן להביא לתיעוש נרחב של הכלכלה הפורטוגזית בדומה למצב בארצות הברית, בריטניה או גרמניה המערבית, אך בעבור זאת תידרש מחויבות מצד האוכלוסייה הכללית ותביא לכך שיהיה על הממשל להדריך ישירות את ההתפתחות הכלכלית של המדינה. תוכניות הפיתוח הכלכלי שהוצעו דרשו שימוש באלמנטים קורפורטיבים לצד עלייה בהשקעות חיצוניות. בין 1953 ו-1968 התקיימו ארבע תשתיות ענק בתמיכה ממשלתית שנעזרו בכספי משקיעים, אשר יחדיו הובילו להכפלה פי שישה של הייצור התעשייתי של פורטוגל. פורטוגל השיגה תמיכה כלכלית מצד תוכנית מרשל, אך תמיכה כלכלית זאת הייתה נמוכה מאוד ומינורית ביחס לתמיכה הכלכלית האמריקאית לארצות אחרות במערב אירופה במסגרת התוכנית.