כישלון העונה הקודמת הניע את לאפורטה לבצע שינויים בסגל. ב-25 ביוני 2007 חתם בקבוצה החלוץ הצרפתי תיירי הנרי, שנרכש ב-24 מיליון דולר מארסנל. כמו כן הוחתמו המגן השמאלי אריק אבידל (15 מיליון דולר מליון), הקשר האחורי יאיא טורה (9 מיליון דולר ממונקו), והבלם גבריאל מיליטו (17 מיליון דולר מסרגוסה). לצד זאת, עלו שחקנים נוספים מהנוער, וביניהם הכישרון הצעיר בויאן קרקיץ' בן ה-17, שבעונה זו עתיד לשבור את שיאו של מסי ככובש הצעיר ביותר במדי ברצלונה, ובזאת עלה מספרם של שחקני הבית בסגל לתשעה. לצד זאת, מספר שחקנים ותיקים עזבו את הקבוצה, הבולט מביניהם היה חבייר סביולה, שבשש שנותיו זכה ליחס פושר מצד מאמני הקבוצה למרות יכולותיו ונאמנותו לקבוצה, וכעת לאחר שחוזהו הסתיים בחר לעבור לריאל מדריד, שם התמנה למאמן ברנד שוסטר, אחד משחקניה הטובים והמשמעותיים ביותר של ברצלונה בשנות ה-80 של המאה ה-20, ששיחק גם הוא בשני המועדונים.
למרות החיזוקים המשמעותיים בסגל, עונה זו המשיכה את קודמתה והייתה לעונה הגרועה ביותר בעידן רייקארד. ברצלונה הפסידה את שני משחקי הקלאסיקו של הליגה לריאל מדריד בפעם הראשונה מאז עונת 1983/84, וניצחה רק בחמש משחקי חוץ. ברצלונה שמרה לאורך רוב העונה על המקום השני, אך במחזורים האחרונים היא ספגה רצף של הפסדים וסיימה את הליגה במקום השלישי, 18 נקודות מתחת האלופה, ריאל מדריד. בליגת האלופות ובגביע הודחה ברצלונה בחצאי הגמר, על ידי מנצ'סטר יונייטד (שגם זכתה בגביע) וולנסיה (שגם היא הניפה את הגביע) בהתאמה.
בעונה זו המשיך מסי לבסס את עצמו כשחקן מפתח, ותרם 16 שערים ו-13 בישולים ב-40 משחקים. למרות חוסר ההצלחה, הגיע מסי למקום השני בפרס כדור הזהב לשנת 2008 לאחר הזוכה, כריסטיאנו רונאלדו. רונאלדיניו המשיך בדעיכתו, סבל מפציעות, וכבש תשעה שערים בלבד ב-26 הופעות. עונה זו עמדה גם בסימן פריצתו של הכוכב העולה בויאן קרקיץ', שכבש 12 שערים בעונתו הראשונה בבוגרים בגיל 17 בלבד.
ב-8 במאי 2008, למחרת ההפסד 1–4 לריאל מדריד בליגה, הודיע לאפורטה כי חוזהו של רייקארד לא יוארך והוא יעזוב את הקבוצה בסיום העונה. לתפקיד המאמן היו מועמדים שניים: מאמן צ'לסי המוערך ז'וזה מוריניו, ששימש עוזר מאמן ללואי ואן חאל בברצלונה בשנים 1997–2000, והיה באותה תקופה בעל מוניטין כשזכה להצלחות עם פורטו וצ'לסי (כולל זכייה מפתיעה בליגת האלופות ושני אליפויות אנגליה רצופות), הצלחות שהדביקו לו את הכינוי "המיוחד" ("The Special One"). המועמד השני היה קפטן הקבוצה לשעבר ז'וזפ גוארדיולה, שאימן את קבוצת המילואים של המועדון והעלה אותה מהליגה הרביעית לשלישית, אך היה חסר ניסיון ברמות הגבוהות. בהמלצתו של יוהאן קרויף, אביו הרוחני של גוארדיולה, הודיע לאפורטה כי מחליפו של רייקארד יהיה גוארדיולה.
תקופת גוארדיולה: עידן השיא של ברצלונה (2008–2012).
עונת 2008/09: טרבל.
גוארדיולה התחיל לאמן את ברצלונה ביוני 2008, עם סיום חוזהו של רייקארד. מיד עם כניסתו לתפקיד, בגיל 37 בלבד, הפגין מנהיגות ושליטה וקיבל שורה של החלטות. כוכב הקבוצה, רונאלדיניו, נמכר למילאן ב-25 מיליון אירו וחוזהו של דקו לא חודש והוא עבר לצ'לסי. מלבדם הועזבו שחקנים נוספים, כג'אנלוקה זמברוטה וליליאן תוראם. לצד זאת ערך גוארדיולה מסע רכש מדוקדק שכלל את המגן הימני דני אלבס (סביליה, 36 מיליון אירו), הבלם ג'רארד פיקה שגדל ב'לה מאסיה' (מנצ'סטר יונייטד, 5 מיליון אירו), אלכסנדר חלב (ארסנל, 11.8 מיליון אירו), הקשר סיידו קייטה (סביליה, 14 מיליון אירו), מרטין קאסרס (ויאריאל, 16.5 מיליון אירו). בנוסף, העלה גוארדיולה מהנוער קשר אחורי צנום בשם סרחיו בוסקטס שהיה בן 20 באותה עת. שחקן נוער נוסף שקיבל הזדמנויות היה פדרו רודריגז בן ה-21. בסך הכל הוציאה ברצלונה 88 מיליון אירו על רכש באותה עונה. במקביל, ביורו 2008 שנערך ביוני, זכתה , כאשר הצמד צ'אבי ואינייסטה שלטו בקישור והיו חלק משמעותי בזכייה, לצד קרלס פויול. צ'אבי אף זכה בפרס השחקן המצטיין של הטורניר.
במהלך הקדם־עונה, הועלתה הצעת אי אמון כלפי לאפורטה לאחר שתי עונות השפל ובעקבות חוסר האמון בהחלטתו למנות את גוארדיולה חסר הניסיון. ההצעה זכתה ל-60.6 אחוזי תמיכה, פחות מ-66% הנדרשים להצעת אי אמון. בעקבות הבעת חוסר האמון מצד רוב חברי המועדון, התפטרו 8 דירקטורים מנשיאות המועדון.
גוארדיולה יישם מערך 4-3-3 קרויפיסטי קלאסי, תוך שימת דגש על משחק הלחץ הקבוצתי וסגנון משחק שכלל מסירות קצרות מרגל לרגל ומשחק בשטח צפוף. בנוסף יישם גוארדיולה כללי משמעת קפדניים, הנהיג פיקוח הדוק על הרגלי התזונה של השחקנים ואסר כניסה של אנשי תקשורת לחדר ההלבשה. העונה החלה ברגל שמאל, עם הפסד ותיקו בשני המשחקים הראשונים. אולם מיד לאחר מכן התחילה ברצלונה ברצף ניצחונות שהביאו אותה למקום הראשון בסיומו של המחזור התשיעי. ב-13 בדצמבר 2008, אירחה ברצלונה את ריאל מדריד למשחק הקלאסיקו הראשון של העונה, וניצחה 2–0 בדקות הסיום משעריהם של אטו ומסי. עם סיומה של המחצית הראשונה של העונה, עמדה ברצלונה על 50 נקודות מ-57 אפשריות, ובפער של 12 נקודות מריאל מדריד, הבאה אחריה בטבלה. ב-2 במאי 2009 אירחה ריאל מדריד את הקלאסיקו השני לעונה, בעת שהפער בין שתי הקבוצות הצטמצם ל-6 נקודות בלבד. גוארדיולה יישם במשחק זה לראשונה את שיטת ה-9 המדומה. מסי, שנהג לשחק בכנף ימין, הוסט למרכז, מאחורי שני החלוצים, אטו והנרי. מסי תפקד כחלוץ מזויף שחופשי לנוע בין עמדות הקישור וההתקפה, במערך שהתגלה כטקטיקה גאונית של גוארדיולה. ריאל מדריד עלתה ראשונה ליתרון אך ברצלונה חזרה במהירות וניצחה בתוצאה 6–2 אל מול 80,000 אלף צופים בסנטיאגו ברנבאו מצמדים של מסי והנרי ושערים של פיקה ופויול. היה זה הניצחון הגדול ביותר של ברצלונה בקלאסיקו מאז ה-5–0 ב-1974 בעידן יוהאן קרויף. ב-13 במאי ניצחה ברצלונה בגמר גביע המלך 4–1 את אתלטיק בילבאו, לאחר שניצחה בשלבים המוקדמים את אתלטיקו מדריד, אספניול ומיורקה, וזכתה בגביע בפעם ה-25 בתולדותיה. ב-16 במאי הפסידה ריאל מדריד 2–3 לויאריאל, וברצלונה הוכתרה לאלופת ספרד. ברצלונה סיימה את העונה עם יחס שערים מדהים (35:135) ובפער 9 נקודות מסגניתה, ריאל מדריד, לאחר שהוליכה את הטבלה מהמחזור התשיעי ברציפות.
במקביל, בליגת האלופות ניצחה ברצלונה את ויסלה קרקוב 4–1 בשלב המוקדמות (אותו נאלצה לעבור משום שסיימה שלישית בליגה בעונה הקודמת) וסיימה את שלב הבתים במקום הראשון עם יחס שערים 8:18. בשמינית הגמר ניצחה ברצלונה את ליון בתוצאה המצטברת 6–3, ברבע הגמר ניצחה את באיירן מינכן 5–1 בסיכום שני המשחקים, ובחצי הגמר התמודדה מול צ'לסי. לאחר שהמשחק הראשון הסתיים בתיקו מאופס, הובילה צ'לסי במשחק הגומלין אותו אירחה בסטמפורד ברידג' 1–0 כבר בדקה התשיעית, ובנוסף הורחק אריק אבידל בכרטיס אדום בדקה ה-66. בדקה ה-93 בתוך תוספת הזמן, כבש אינייסטה שער שוויון מבישול של מסי, שער שהעלה את ברצלונה לגמר בשל חוק שערי חוץ. בגמר ליגת האלופות התמודדה ברצלונה מול מנצ'סטר יונייטד, מחזיקת הגביע מהעונה הקודמת ואלופת אנגליה. הגמר נערך ב-27 במאי 2009 ברומא, וברצלונה, שעלתה בהרכב שרובו שחקני בית (7/11), ניצחה 2–0 משערים של אטו ומסי (את השערים בישלו אינייסטה וצ'אבי, איש המשחק, בהתאמה), ופויול הניף את גביע ליגת האלופות בפעם השנייה. זכייתה של ברצלונה בליגת האלופות השלימה טרבל (זכייה בליגה, בגביע ובגביע אירופה) ראשון מסוגו בכדורגל הספרדי.
גוארדיולה יישם בצורה מבריקה את שיטת הטוטאל פוטבול אותה הנחיל קרויף בתקופתו בברצלונה, ויצר סגנון משחק התקפי ומרהיב עין שזכה לכינוי הפופולרי 'טיקי טאקה' . ברצלונה כבשה 154 שערים וספגה 54 בלבד בכל המסגרות. השלישייה ההתקפית של ברצלונה, מסי-אטו-הנרי, כבשה לבדה 100 שערים. צ'אבי היה מלך הבישולים של הליגה, עם 20 בישולים. ויקטור ואלדס זכה בפרס זאמורה לאחר שספג 31 שערים בלבד ב-35 משחקי ליגה. מסי היה מלך השערים של הקבוצה בכל המסגרות, עם 38 שערים ו-17 בישולים ב-51 משחקים. מסי סיים את העונה כמלך השערים בליגת האלופות (9 שערים), ונבחר לשחקן הטוב ביותר בליגה הספרדית.
עונת 2009/10: שנת ששת התארים.
בקיץ 2009 רכשה ברצלונה את החלוץ השוודי זלאטן איברהימוביץ' מאינטר תמורת 46 מיליון אירו, בנוסף לסמואל אטו, שהועבר לאינטר. כמו כן נרכשו המגן השמאלי מקסוול והבלם דמיטרו צ'יגרינסקי. בעונה זו המשיך גוארדיולה לסמוך על שחקני בית, והעניק לבוסקטס מקום קבוע בהרכב על חשבונו של יאיא טורה, שם הוא יצר שלישיית קישור דומיננטית ביותר יחד עם צ'אבי ואינייסטה. גם פדרו הפך לשחקן מרכזי בהתקפה במקומו של הנרי. שחקנים צעירים נוספים, כמו טיאגו אלקנטרה וז'פרן, קיבלו הופעות ראשונות בקבוצה הבוגרת.