במהלך תקופה זו, מתחילת המאה ה-2 לספירה, הואצה התפלגותם מן העם היהודי של הנוצרים, שמנהיגיהם החלו לתפוש עצמם כדת חדשה ונפרדת. על פי עדויות שונות, תהליך זה נמשך עוד מאות שנים, וגם במאה ה-5 עדיין היו זרמי ביניים שלא ראו את שתי הדתות כנפרדות.
התפתחות יהדות בבל.
התיאור המקראי מציג כיצד צאצאי בני שבט יהודה, שהוגלו על ידי נבוכדנאצר בגלות יהויכין בשנת 597 לפנה"ס וכן לאחר חורבן-הבית בשנת 586 לפנה"ס, הגיעו לבבל ושם הכו שורשים. ישנן עדויות מעטות בלבד לגורל הקהילה היהודית במאות השנים הראשונות שלאחר מכן. בעקבות מחסור במידע בשנים אלו, שהטריד גם אנשי רוח בעת העתיקה, חלק מהמידע המקובל במסורת על ההיסטוריה של יהדות בבל נכתב בדיעבד וחלקו מאופיין באנכרוניזם. עם זאת, ממה שידוע במחקר על התנהלותה של האימפריה הפרתית, שהחלה את התפשטותה באזור מסופוטמיה מאמצע המאה ה-3 לפנה"ס, נראה שבתקופה זו נהנו היהודים המקומיים מהעדרה של מדיניות פולחן סדורה, שאיפשרה להם לשגשג כקהילה דתית-תרבותית אוטונומית, ששיתפה פעולה עם השלטון כחלק מבריתות הכוח האזוריות שרווחו באימפריה הפרתית. החל מסוף תקופת בית שני ישנה התגברות של העדויות הכתובות הנוגעות ליהודי בבל, ועד למאה ה-3 הולכת מתבהרת בהדרגה התמונה ההיסטורית אודות פרטים שונים בחיי הקהילה.
לאחר חורבן-הבית בידי טיטוס בשנת 70 ולאחר דיכויו של מרד בר כוכבא בשנת 135 באו פליטים נוספים מארץ-ישראל לבבל. בשיאה הייתה זו הקהילה היהודית הגדולה ביותר מחוץ לאימפריה הרומית, ועל פי התיעודים בני התקופה נראה שמרבית היהודים התיישבו בעיקר במספר מצומצם של ריכוזי אוכלוסייה. עדויות שונות מצביעות גם על מיזמי גיור נרחבים שסייעו להרחיב את גודל האוכלוסייה מעבר לגרעין המקורי שהגיע מישראל. לקראת סוף התקופה הפרתית, שנמשכה עד תחילת המאה ה-3 לספירה, התחזק בהדרגה מעמדה הרוחני של יהדות בבל אל מול מעמדה של הקהילה הישראלית.
עריכת המשנה והספרות התנאית.
התַּנָּאים היו חכמים, מאז ימי הזוגות ועד לחתימת המשנה, במאה ה-1 וה־2. הכינוי תנא מורה על חכם הנזכר במשנה או חי בתקופת המשנה. תקופת התנאים באה עם תקופת הזוגות, וקדמה לתקופת האמוראים.
נהוג לחלק את תקופת התנאים לחמישה דורות, ועל אלה מוסיפים עוד דור של "תנאים למחצה", שחיו מיד אחרי חתימת המשנה. מספר התנאים הידוע הוא 120 בקירוב. התנאים חיו ופעלו בארץ ישראל במרכזים שונים. לאחר חורבן ירושלים עבר המרכז בראשות רבן יוחנן בן זכאי ליבנה. תלמידיו הקימו מרכזי לימוד תורה בלוד ובבני ברק.
רבים מהתנאים התפרנסו מעבודת כפיים (למשל רבי יוחנן הסנדלר) בנוסף להיותם מורים ופוסקי הלכה. חלק מהתנאים שימשו גם כמנהיגי ציבור, ואף ייצגו את העם היהודי בפני השלטונות הרומיים בארץ ישראל.
תקופת האמוראים ועריכת התלמוד.
האמוראים היו חכמי התלמוד שפעלו בתקופה שמתום חתימת המשנה בידי רבי יהודה הנשיא ועד לחתימת התלמוד (המאות ה-3 עד ה-5 לספירה). האמוראים פעלו בשני מרכזים: בארץ ישראל ובבבל. לפניהם פעלו התנאים ואחריהם הסבוראים. הכינוי "אמורא" שימש במקור לתיאור תפקיד שהיה קיים בבית המדרש – ה"אמורא" שהיה מבאר את דברי החכם בפני הציבור, אך כבר בתקופת התלמוד הפך לכינוי כללי לחכמים.
בארץ ישראל היה המרכז התורני בתקופה זו בציפורי שבגליל התחתון, ואחר כך בטבריה. בבבל היה המרכז העיקרי בישיבת סורא, ולעיתים עבר לפומבדיתא ולנהרדעא. אמוראי בבל ואמוראי ישראל שמרו על קשר ונעזרו זה בזה לדיונים הלכתיים על ידי שליחים.
מספר האמוראים הידועים לנו עולה על שלושת אלפים, לפי מניין של חלק מהעוסקים בביוגרפיה תלמודית. בין האמוראים היו שהצטיינו בבקיאותם וכונו "סינַי", והיו שהצטיינו בחריפותם, כלומר ביכולתם להגיע, באמצעות הסקה לוגית, לפתרון של כל סוגיה שעלתה לדיון – אלה כונו "עוקר הרים" (להרחבה ראו סיני ועוקר הרים).
שאלת הביוגרפיה של חכמי התלמוד היא שאלה סבוכה. הביוגרפיות המקובלות (כולל הביוגרפיות אליהן מפנה ערך זה) מתבססות על החומר המצוי בתלמודים ובמדרשים, כפי שהוא לפנינו. חומר זה בחלקו הוא חומר אגדי. שאלת ההיסטוריוּת של החומר והדרך בה ניתן להפיק מידע היסטורי ממנו אינה מוסכמת על כל החוקרים.
תקופת האמוראים בארץ ישראל נחלקת לחמישה דורות ובבבל לשבעה (או לשמונה) דורות.
ימי הביניים.
תקופת ימי הביניים נמשכה מהמאה ה-5 ועד המאה ה-15.
בתקופה זו סבלו יהודי אירופה מאנטישמיות קשה ואלימות רבה, שעוצמתן התגברה בתקופות מסוימות ונחלשה באחרות.
יהודי בבל סבלו גם הם מרדיפות בתקופות מסוימות, ובמיוחד תחת שלטון האימפריה הסאסאנית.
יהדות בבל תחת השושלת הסאסאנית.
בבבל היו ערים שאוכלוסייתן הייתה כמעט יהודית לגמרי, כגון נהרדעא על נהר פרת, סורא, פומבדיתא ועוד. בערים אלו נוסדו ישיבות, כגון ישיבת סורא וישיבת פומבדיתא, שנוהלו על ידי האמוראים, הסבוראים והגאונים. בתחילת המאה ה-1 מנו יהודי בבל כ-1,000,000 תושבים, והערכה היא כי עלה מספרם בין המאה ה-3 ותחילת המאה ה-6 ל-2 מיליון. ערים וקהילות יהודיות רחבות התקיימו בבבל עד המאה ה-13 ברציפות. האוכלוסייה היהודית של בבל נדדה לעבר צפון אפריקה, אירופה וארץ ישראל, והעבירה את משקל הכובד שלה לארצות אלה. מהמאה ה-3 ועד למאה ה-7 שלטה באזור פרס השושלת הסאסאנית, שעלייתה שינתה מהותית את הסדר הפוליטי הפנימי באימפריה, כאשר האוטונומיות המקומיות של התקופה הפרתית התערערו על ידי מדיניות ריכוזית יותר של פולחן של דת הזורואסטריות, שהפכה לדת המרכזית של האימפריה במהלך שגרם לעליות ומורדות ביחס השלטון או ההמון כלפי דתות מיעוט, ובמיוחד סבלו היהודים בהקשר זה החל מאמצע המאה ה-5. הזורואסטריות תיארה את העולם כמאבק מתמיד בין כוחות "טוב" וכוחות "רע". מכיוון שבאותה תקופה ישבה בגבולות האימפריה הסאסאנית אוכלוסייה יהודית משכילה ודומיננטית, תפיסה הקיימת במחקר מציעה שבמאות השנים הללו חדרו בהדרגה אל המיינסטרים של הדת היהודית העדכנית מוטיבים שכמעט ואינם מצויים בתנ"ך עצמו, ומושפעים מרעיונות זרתוסטרים, דוגמת קיומו של השטן, מלאכים ושדים, גן עדן וגיהנום, מלחמת גוג ומגוג ועוד.
תקופת הסבוראים.
הסבוראים היו חכמי ישיבות בבל מסוף תקופת האמוראים (סוף המאה ה-5) ועד לתקופת הגאונים (אמצע המאה ה-6 או אמצע המאה ה-7). כינוי זה מבוסס על השם "סבורא", שמופיע בתלמוד הירושלמי, מסכת קידושין, שפירושו בעל סברא, מבין דבר.
המקור הקדום ביותר המזכיר את הסבוראים, מגדיר אותם כקבוצה-תקופה ומכנה אותם בשם זה הוא איגרת רב שרירא גאון.
בשונה מקודמיהם, האמוראים, שיצרו את התלמוד, עסקו הסבוראים לא ביצירה חדשה אלא בעיקר בהסברה, הטמעה והשלמה של התלמוד. לסבוראים חלק רב בעריכת התלמוד הבבלי – ליקוט גרסאות והשוואת נוסחאות, ויש מדבריהם שנכנסו לגוף התלמוד. בכך סיימו הסבוראים את תהליך כינוסו ועריכתו של התלמוד.
תקופת הגאונים.
הגאונים היו ראשי ישיבות סורא ופומבדיתא שבבבל ושל ישיבת ארץ ישראל, פעלו במחצית הראשונה של ימי הביניים, משלהי המאה ה-6 (או שלהי המאה ה-7) ועד אמצע המאה ה-11. הגאונים היו הסמכות ההלכתית העליונה, לא רק בבבל, אלא עבור עם היהודי כולו, כאשר בתקופה זו בארץ ישראל הלכה בהדרגה הדמוגרפיה והשתנתה לבעלת רוב מוסלמי. עם זאת, עד למאה ה-11 בארץ ישראל עדיין היה אחד ממרכזי הסמכות החשובים ליהודים, ישיבת גאון יעקב. במאות השנים הללו היו מאבקי סמכות וכוח בין מוקדי הכוח היהודיים המרכזיים בבבל לבין ישיבת גאון יעקב.
הגאונים עסקו בפירוש התלמוד כפי שקיבלו אותו מהסבוראים (וקודמיהם האמוראים), והתמקדו בהנחלתו לעם כך שישפיע על החיים החברתיים והדתיים.
יהודי ישראל, כמו בני מיעוטים אחרים באימפריה המוסלמית, היו חייבים מיסים מיוחדים שלא היו תקפים למוסלמים, והיו כפופים לאפליות שונות בחוק, כמו איסור על הקמת בתי כנסת חדשים. לרוב לא היה מקובל לכפות התאסלמות על התושבים הלא-מוסלמים, בין היתר כדי לא לפגוע ברווחיות מיסים אלו. מבין המיעוטים הדתיים, נהנו היהודים והנוצרים ממעמד מיוחד בתור "אנשי הספר", והם נהנו מחסות של השליטים ומזכות לחייהם, רכושם וזכויות נוספות לקביעת דרך חייהם. בנוסף, במקרים רבים לא אכפו השליטים בפועל חלק מההגבלות על היהודים מתוך שיקולים שונים, כלכליים או פוליטיים. מציאות זו אפשרה, למרות ההגבלות והאפליה, גם תקופות של שגשוג תרבותי וכלכלי בקרב היהודים. בסוף המאה ה-8 ובמאה ה-9, תחת שלטון בית עבאס, הוחמר היחס אל חלק מהמיעוטים ובהם גם ההיהודים. בתקופה זו הוחמרו ההגבלות לאיסור בניית מבני דת, נקבעו ליהודים חוקים משפילים כמו ענידת סמל בצורת עגל הזהב במרחצאות או הצבת פסלי שדים בפתח הבית. היחס הוחמר פעם נוספת גם במאה ה-11.
בשנת 1073 כבשו הסלג'וקים את ארץ ישראל למשך קרוב ל-30 שנה. לאחר הכיבוש נאלצה ישיבת גאון יעקב למלט עצמה מירושלים לצור, ובהמשך למצרים, ובכך תמה ההנהגה היהודית-ישראלית עד לתקופה הטרום-מודרנית.
באמצע המאה ה-11 התחולל במערב אסיה גל קור מתמשך, שיצר תקופה מתמשכת של בצורת ורעב, שגרמה בתורה לעימותים אלימים רבים. בתוך כשני עשורים, על רקע מצוקה אזורית כללית, נסגרו ישיבות גדולות רבות של יהדות בבל.
תקופת הראשונים.
הראשונים, פעלו במחצית השנייה של ימי הביניים, בין המאה ה-11 עד המאה ה-15. למשנתם ולהוראותיהם הייתה חשיבות רבה בעיצוב עולם ההלכה וביצירת ארון הספרים היהודי בזמנם. ובין הרבנים המרכזיים שפעלו בתקופת הראשונים בולטים הרי"ף, רש"י, הרמב"ם, הרא"ש, בנו רבי יעקב בן אשר, הרמב"ן ועשרות נוספים שיצרו בתחומי ההלכה, פרשנות המקרא והתלמוד, הפילוסופיה היהודית, המיסטיקה היהודית, השירה, הפיוט.
תקופת הראשונים באירופה.