פירוק צ'כוסלובקיה היה מהמטרות הראשונות של אדולף היטלר. לאחר הסכם מינכן שנחתם ב-29 בספטמבר 1938, ובו נכפה על ממשלת צ'כוסלובקיה בהסכמת המעצמות למסור בתוך 12 יום את חבל הסודטים בו היה רוב לתושבים שמוצאם האתני גרמני לידי הרייך השלישי, נכנס הצבא הגרמני אל החבל. מעצמות המערב, בריטניה וצרפת סברו כי במסירת חבל הסודטים לידי היטלר יהיה משום מיצוי דרישותיו הטריטוריאליות, ומניעת מלחמה כוללת. צ'כוסלובקיה, שלפני אובדן חבל הסודטים הייתה מדינה עצמאית ודמוקרטית, בעלת כוח צבאי, ומפעלי נשק, שיכולה הייתה לנסות ולהתמודד ולהגן על עצמה אל מול הוורמאכט שבשלב זה ספק אם היה מוכן למלחמה, איבדה ביחד עם חבל הסודטים את שלמותה הפנימית ואת יכולתה להגן על עצמה.
כבר ב-6 באוקטובר 1938 הכריזה מפלגת העם הסלובקית על אוטונומיה מבלי לחכות לאישורה של הממשלה הצ'כוסלובקית. על פי ההסכמות של בוררות וינה הראשונה מ-2 בנובמבר 1938, כבשה הונגריה חלקים מסלובקיה, ואילו פולין כבשה את אזור טשין.
ב-14 במרץ 1939 הכריזה סלובקיה על עצמאותה. בעקבות הכרזה זו פלש היטלר אל שארית המדינה הצ'כוסלובקית. והקים בצ'כיה את הפרוטקטורט של בוהמיה ומוראביה, פרוטקטורט כפוי, שהיה למעשה שם קוד לכיבוש גרמני אכזרי, שכלל משלוחם של מתנגדים למחנות ריכוז, רצח המוני, עבודות כפייה, והשמדת היהודים. משטר אימים זה נמשך עד כניסת הצבא האדום לפראג במאי 1945.
לאחר מלחמת העולם השנייה.
לאחר מלחמת העולם השנייה, הוקמה המדינה מחדש (להוציא את רוס התת-קרפטית, שסופחה לברית המועצות). ב-4 באפריל 1945 הוקמה ממשלה של החזית הלאומית הצ'כוסלובקית בקושיצה, ובמאי 1945 עברה הממשלה לפראג. החזית הלאומית נשלטה על ידי שלוש מפלגות: המפלגה הקומוניסטית, המפלגה הסוציאל-דמוקרטית והמפלגה הסוציאליסטית לאומית. המיעוט הגרמני הוגלה לגרמניה.
בבחירות שהתקיימו במאי 1946 זכתה המפלגה הקומוניסטית ב-38% מהקולות. אדווארד בנש המשיך לכהן כנשיא הרפובליקה ומנהיג המפלגה הקומוניסטית, קלמנט גוטוולד, התמנה לראש הממשלה. הקומוניסטים החזיקו במספר משרדי מפתח בממשלה, בהם משרד הפנים ומשרד האינפורמציה ופעלו להשתלט על מוקדי הכוח במדינה. הממשלה הגבילה הוצאת עיתונים למפלגות ציבוריות כדי למנוע עשיית רווחים מעיתונות שהיא "שירות ציבורי". בשנת 1947, בלחץ הקומוניסטים, חוקק חוק שחייב עיתונאים להשתייך לאיגוד העיתונאים ואסר על עיסוק בעיתונות בידי מי שאינו חבר באיגוד. חוקי האיגוד נקבעו בידי שר האינפורמציה הקומוניסטי.
ב-13 בפברואר 1948 פיטר שר הפנים ואצלב נוסק (שהיה חבר המפלגה הקומוניסטית) 8 קצינים בכירים ממשטרת צ'כוסלובקיה. הפיטורים גרמו לפרוץ משבר קואליציוני בממשלה. שרים מהמפלגה הלאומית הסוציאליסטית האשימו את שר הפנים בכך שהקצינים פוטרו על רקע פוליטי, מכיוון שלא היו תומכי המפלגה הקומוניסטית. הם דרשו מגוטוולד את פיטוריו של שר הפנים. כאשר תביעתם נדחתה, הגישו את התפטרותם לנשיא. תקוותם הייתה, שכל השרים שאינם חברי המפלגה הקומוניסטית יפעלו כמותם ויתפטרו, הממשלה תתפרק והנשיא יצטרך להכריז על פיזור הפרלמנט ועריכת בחירות חדשות.
אך, השרים מהמפלגה הסוציאל-דמוקרטית לא תמכו במהלך ולא התפטרו. כתוצאה מכך זכה גוטוולד לרוב בממשלה (14 מתוך 26 שרים). הוא פנה אל הנשיא וביקש מהנשיא לאשר את התפטרות השרים ואישור למנות שרים חדשים. בינתיים ארגנה המפלגה הקומוניסטית שביתות במפעלים והפגנות ברחבי המדינה כאות תמיכה בפעולות של גוטוולד. בסופו של דבר נאלץ הנשיא אדווארד בנש להיכנע ללחץ הקומוניסטים ולאשר את דרישותיו של גוטוולד. השרים המתפטרים הוחלפו בקומוניסטים.
במאי 1948 אישרה האספה הלאומית של צ'כוסלובקיה חוקה חדשה אשר התבססה על קווי יסוד מטעם המפלגה הקומוניסטית. הנשיא בנש סירב לחתום על החוקה החדשה והתפטר מתפקידו. מרגע זה הפך קלמנט גוטוולד דה פקטו לשליט צ'כוסלובקיה. ב-14 ביוני 1948 נבחר גוטוולד רשמית לנשיא צ'כוסלובקיה.
האביב של פראג.
ההגמוניה הקומוניסטית הופרה לזמן קצר בחצי הראשון של שנת 1968 כאשר המנהיג, אלכסנדר דובצ'ק הנהיג רפורמות פוליטיות שכונו "האביב של פראג". רפורמות אלו הסתיימו כאשר ב-20 באוגוסט פלשו צבאות ברית ורשה לפראג, ועד מהרה הושלטו על המדינה אנשי הקו הנוקשה בראשות גוסטב הוסאק (על תקופה זו כתב שלום חנוך את השיר "פראג" שבוצע על ידי אריק איינשטיין: "איך נדם קול כיכר הומה בחג. שיר שחלמתי על פראג - שם השחר עוד יבקע"). בינואר 1969 הצית עצמו יאן פאלאך כנגד הפלישה ואדישות העם. מעשה הפגנתי זה היווה סמל להתנגדות לסובייטים במשך שנים רבות.
מהפכת הקטיפה.
לאחר תחילת התפוררות ברית המועצות הפכה צ'כוסלובקיה למדינה דמוקרטית ב-1989 בהפיכה לא אלימה שכונתה "מהפכת הקטיפה". המהפכה החלה ב-16 בנובמבר בהפגנת סטודנטים שקטה בברטיסלאבה, שהובילה למספר הפגנות נוספות עד אשר ב-28 בנובמבר הודיעה המפלגה הקומוניסטית כי היא תוותר על המונופול השלטוני שלה. ב-28 בדצמבר דובצ'ק נבחר ליושב ראש הפרלמנט ולמחרת הסופר מתנגד המשטר ואצלב האוול נבחר לנשיא המדינה. חצי שנה לאחר מכן, ביוני 1990 נערכו בחירות חופשיות ראשונות מאז 1948.
פיצול המדינה.
ב-1992 ניצחו בבחירות לפרלמנט מפלגות צ'כיות וסלובקיות שרצו בפירוק המדינה. במהלך הקיץ, לאחר "מלחמת המקף", הוחלט על הפיצול שבניגוד למה שקרה במדינות אחרות במזרח אירופה לא לווה באלימות ובשפיכות דמים, וכונה "גירושי הקטיפה". ב-1 בינואר 1993 המדינה חדלה מלהתקיים.
דמוגרפיה.
נכון לשנת 1991 חיו בצ'כוסלובקיה כ-15,600,000 תושבים, התפלגות הקבוצות האתניות:
יהדות צ'כוסלובקיה.
יהדות צ'כוסלובקיה הייתה אחת הקהילות היהודיות הגדולות והחשובות במרכז אירופה. בעידן הבין מלחמתי מרבית היהודים במדינה חיו בשטחי סלובקיה וזקרפטיה (כיום חלק מאוקראינה), אך גם בשטחי צ'כיה של ימינו, לרבות בבירה פראג, חיה קהילה יהודית בולטת ודומיננטית.
בשנת 1867 קיבלו יהודי המקום (באותה תקופה: יהודי האימפריה האוסטרו-הונגרית) שוויון זכויות מלא ונפסקו ההשפלות והחוקים המפלים שמהם סבלו. בסוף המאה ה-19 היו יהודים רבים מבין שורות הלוחמים על עצמאות המדינה, ועם הקמת צ'כוסלובקיה בשנת 1918 אוחדו כל ארגוני היהודים במדינה תחת "המועצה היהודית במדינה הצ'כוסלובקית".
על פי מפקד האוכלוסין של 1930, מבין 356,830 אזרחים צ'כוסלובקים שהזדהו כבני הדת היהודית, 57.20% הזדהו גם כבני לאום "יהודי" (בעיקר מחוץ לשטחי בוהמיה), 24.52% כבני לאום "צ'כוסלובקי", 12.28% כבני לאום "גרמני", 4.47% כבני לאום "הונגרי", ו-1.29% כ"אחרים". ניכר מכך שיהודי סלובקיה וזקרפטיה נטו להזדהות יותר עם התנועה הציונית או מנגד עם הזרמים החרדיים דוברי היידיש וראו את היהודים כזהות לאומית או כעדה נפרדת, בעוד שיהודי צ'כיה נטו להזדהות יותר עם הלאומים שחיו בקרבם- הצ'כים והגרמנים, ותפסו את היהדות בעיקר כזהות דתית. לצד זאת מאחר שפראג הייתה המרכז הכלכלי, התרבותי וההשכלתי של כלל המדינה, הייתה בה פעילות ציונית רחבה.
בשנות ה-30, עם עליית היטלר לשלטון בגרמניה, גברה האנטישמיות גם בצ'כוסלובקיה, בעיקר על ידי המיעוטים הגרמניים והסלובקיים במדינה. בתחילת עשור זה גם גדלה אוכלוסיית יהודי המדינה כתוצאה מהגירת יהודים מגרמניה אל צ'כיה. בעקבות הסכם מינכן בשנת 1938 וכיבוש פראג במרץ 1939 על ידי גרמניה הנאצית, הכריזה סלובקיה על עצמאות, אך למעשה הייתה גרורה של גרמניה הנאצית.
עם סיפוחה של צ'כיה לשטחי גרמניה הנאצית, נמלטו יהודים רבים מהמדינה. על אלו שבחרו להישאר או שלא הצליחו להימלט הוחלו חוקי נירנברג, כמו על יהודי גרמניה. יהודי צ'כיה שנותרו בה נשלחו למחנה הריכוז טרזיינשטט, רובם לא חזרו משם בחיים. מקהילה בת כ-395,000 יהודים בשנת 1939, נרצחו במהלך השואה כ-250,000 יהודים.
בסלובקיה, שהייתה מדינה נפרדת התומכת בגרמניה הנאצית, נחקקו באפריל 1939 חוקים אנטי-יהודיים על פי הדגם של חוקי נירנברג. אמנם בסלובקיה לא הוקמו גטאות, אך יהודים גויסו לעבודת כפייה.
ב-4 בנובמבר 1939 אספו שלטונות סלובקיה יהודים חסרי רישיון שהייה ויהודים בעלי נתינות זרה וגירשו אותם. את היהודים ההונגרים לזקרפטיה ואת היהודים הפולנים לגבול הפולני. השלטון ההונגרי לא היה מוכן לקלוט את המגורשים והשלטון הסלובקי לא אפשר להם לשוב לבתיהם וכתוצאה מכך אלפי אנשים נשארו בשטח ההפקר ללא ציוד, מזון או מחסה. את רובם הצליחה התנועה הציונית הסלובקית בסיוע נציגיה בקהילה היהודית להחזיר אחרי תקופה קצרה (מחצית דצמבר) לברטיסלבה, תמורת התחייבות אישית כי הקהילה היהודית תדאג להגירתם אל מחוץ למדינה ועד אז ירוכזו במקום אחד ופרנסתם תהיה על הקהילה. חלק ניכר מבעלי האזרחות הזרה עלו לארץ ישראל.
באוגוסט 1940 הגיע לברטיסלאבה דיטר ויסליצני כנציגו של אדולף אייכמן, על מנת לשמש יועץ לענייני היהודים. המפלגה שבשלטון, מפלגת העם הסלובקית של הלינקה (Hlinkova Slovensko Ludoa Strana, HSLS) ארגנה את המתנדבים הסלובקיים לאס אס על מנת לבצע את התקנות נגד היהודים.
בשנת 1947 חיו בצ'כוסלובקיה כ-44,000 יהודים, רובם באזורי צ'כיה. עם עליית השלטון הקומוניסטי במדינה, נותקו קשרי הקהילה עם שאר קהילות היהודים בעולם. בין השנים 1948–1950 היגרו מצ'כוסלובקיה כ-26,000 יהודים, מתוכם כ-19,000 למדינת ישראל.
מיהדות מפוארת בת 395,000 בשנות השלושים של המאה העשרים, נותרה כיום בצ'כיה קהילה קטנה בת כ-3,000 יהודים, רובם מתגוררים בפראג; ובסלובקיה בין 2,000 ל-3,000 יהודים.