הכנסייה שבנה קונסטנטינוס במערת המכפלה נהרסה בידי הסאסאנים (פרסים זורואסטרים) שכבשו את ארץ ישראל ב-614 לספירה, אך שוקמה עם כיבושה של הארץ מחדש בידי הביזנטים ב-627 לספירה. קינה עתיקה מתקופת הביזנטים מזכירה את "כפר חברונה" שהיו בה "חכמים סופרים בתורה ובתורת כהנים מהירים". בעיר נמצאו גם שרידי בית כנסת מתקופת האמוראים. משמע, שהיישוב היהודי בעיר עמד על תלו במאות השנים שלאחר החורבן.
ימי הביניים.
תקופת השלטון המוסלמי.
סביב 638 תפסה הח'ליפות האסלאמית את חברון בלא כל התנגדות, והפכה את הכנסייה הביזנטית שעל מערת המכפלה למסגד. בתקופה זו הפכה העיר חברון למרכז מסחר חשוב, במיוחד בקרב הבדווים בנגב ואוכלוסיית ים המלח. מקורות מוסלמים ונוצרים מציגים את עמר בן אלחטאב כמי שהרשה ליהודים לבנות בתי כנסת ולערוך טקסי קבורה במקום, בעוד שהקראים תארו שהייתה נוכחות קבועה של יהודי שהיה "שומר המערה". בסביבות שנת 985 תיאר הגאוגרף הערבי המקומי אלמוקדסי את המסגד והמטבח המרכזי שהמוסלמים הקימו למען עולי הרגל, עניים ועשירים. מנהג קבלת הפנים עם תבשיל עדשים בשמן זית לעולי הרגל כונה במסורת הערבית "ארוחתו של אברהם" (סימאת אל-ח'ליל).
מסורות מוסלמיות מספרות כי אחד מבני לווייתו של מוחמד, תמים א-דארי (تميم الداري), התיישב בחברון, וקיבל ממוחמד את זכויות הקניין על אדמותיה. אחת המשפחות הפלסטיניות החשובות של חברון כיום נקראת משפחת א-תמימי (التميميّ), ובניה מחשיבים עצמם כצאצאי תמים א-דארי.
תקופת השלטון הצלבני.
השלטון הערבי על החקלאים באזור היה חשוף למסיונרים נוצרים עד 1099, כשגוטפריד מבויון תפס את חברון, שינה את שמה ל"קסטליון של הקדוש אברהם" והעניק אותה לאחד מאציליו, ז'ראר מאוון מרוזנות אינו, שהיה שבוי באפולוניה צפונית ליפו, ונפצע בידי כוחותיו של גוטפריד במהלך המצור על הנמל, ומאוחר יותר הוחזר מהמוסלמים כמחווה של רצון טוב. נוכח חיל המשמר הפרנקי, בראשות טנקרד נסיך הגליל השמירה הפכה הכרח, שכן היה זה "אי נוצרי באוקיינוס מוסלמי".
מסעות הצלב המירו את המוסלמים, הפכו את בית הכנסת לכנסייה וניצרו את היהודים שגרו במקום. בשנת 1106 יצא מסע מצרי לתפיסת דרום ארץ ישראל וכמעט שיכל לצלבנים של בלדווין הראשון מלך ירושלים שהוביל את מערכת הנגד בעצמו. האציל וההיסטוריון הדמשקאי אבן אלקלניסי מתאר שרידים של האבות, מה שעורר סקרנות בקרב שלוש הקהילות של א"י.
בתקופת הצלבנים, ככל הנראה לא היו יהודים בחברון.
עד סוף התקופה של מסעות הצלב ב-1166 ביקר הרמב"ם בחברון וכתב "ביום הראשון של השבוע, ביום התשיעי לחודש מרחשוון, עזבתי את ירושלים לחברון, כדי לנשק לקברי האבות במערת המכפלה. וביום זה ממש, עמדתי במערה והתפללתי ושיבחתי את ה' על הכל". הוא ייסד חג שנתי לעצמו ולבניו ב-ט' בחשוון כזיכרון ליום התפילה במערה.
איובים וממלוכים.
ב-1260 אלמלכ אלזהיר רוח' אלדין ביברס אלבונדקדרי הקים את השלטון הממלוכי. מינרטים נבנו על המסגד האברהמי, הוא מערת המכפלה. בתקופה זו קהילה יהודית קטנה המשיכה לחיות בחברון, אך יחס השלטון המוסלמי היה פחות סובלני כלפי יהודים ונוצרים מאשר בתקופה המוסלמית המוקדמת. יהודים שרצו לבקר במבנה לרוב אולצו לשלם מס כניסה, וב-1266 יצא צו האוסר על יהודים ונוצרים להיכנס למבנה שמעל המערה, ומתיר להם רק לטפס כמה מדרגות בקיר המזרחי. סר ג'ון מנדוויל כתב שהיהודים והנוצרים נתפסו כ"כלבים".
מבקרים יהודים ונוצרים רבים כתבו על הקהילה, בהם גם תלמידו של הרמב"ן (1270), הרב אשתורי הפרחי (1322), רבנו עובדיה מברטנורה (1489) ורבים אחרים. בדו"ח מ-1333 מספר חכם יצחק הילה מלריסה (יוון) שהגיע לחברון וצפה ביהודים עובדים בתעשיית כותנה ומסחר זכוכית. הוא ציין שהיה במקום "בית כנסת עתיק שהתפללו בו יום ולילה".
העת החדשה.
תקופת השלטון העות'מאני.
הממלוכים שלטו על חברון עד 1516, אז עברה העיר לשלטון האימפריה העות'מאנית. בתקופה זו התגבשה המסורת היהודית שכללה את חברון כאחת מארבע ערי הקודש (יחד עם ירושלים, צפת וטבריה).
תחת השלטון של האימפריה העות'מאנית (1517–1917) התיישבו במקום קבוצות של יהודים מרחבי ארץ ישראל, גולים מספרד וממקומות נוספים. חברון הפכה למרכז יהודי ללומדים. ב-1540 הרב מלכיאל אשכנזי קנה חצר פנימית וייסד את בית הכנסת על שם אברהם אבינו, שסביבו התגבש הרובע היהודי. התושבים היהודים שהתיישבו במקום, גולים ממגורשי ספרד, קנו את השטח עליו הוקם הרובע היהודי מהערבים. במהלך אותה תקופה, ננטש התל סופית והעיר הישנה (הקסבה) התפתחה סביב מערת המכפלה לכיוון מערב, לאורך תוואי של אמת מים.
בראשית המאה ה־19 נוסדה במקום קהילה יהודית אשכנזית שבה בלטה קהילת חב"ד בחברון. ב־1831 אבראהים פאשא (כשליחו של מוחמד עלי) השתלט על חברון. ב-1834 נערך פוגרום ביהודים. ב-1840 סולק פאשה מהעיר.
על פי המפקד שערך משה מונטיפיורי, בשנת 1839 ישבו בחברון 423 יהודים, אולם על פי הערכת הקונסול הבריטי, באותה שנה מנתה אוכלוסיית העיר היהודית כ-750 נפש.
ב-1840 השתלט על העיר עבד אל-רחמאן אל-עאמר, תקיף מקומי, בן למשפחה מכפר דורא, כשהרג את המושל המקומי מטעם השלטון המצרי. רחמאן עסק בגביית דמי חסות מהאיכרים, כופר מהיהודים ושוד של עוברי אורח, עד שב-1846 הוענש על ידי הפחה. בראשית 1852 נכלא על ידי הממשלה ובמקומו מונה טורקי למושל העיר. כעבור מספר ימים ברח מירושלים ומייד השתלט שוב על חברון. הוא הדיח את המושל החדש באיומים, גירש את המופתי של חברון מביתו והחל לקנוס את התושבים, ובמיוחד את היהודים. בין היתר, החזיק עבד אל-רחמאן מלאי עצום של חיטה בתקופת בצורת ורעב, כדי לשמור על מחירה הגבוה. עבד אל-רחמאן נלחם באחיו, סאלם, על השליטה בחברון, עד שב-1860 נלכדו שניהם, וסוראיה פחה שלח אותם, בנוסף למנהיגי שודדים אחרים בארץ, לעבודת-פרך במצודות רודוס וקפריסין.
לפי ד"ר פרנקל, ב-1856 היו בחברון כ-400 יהודים. על פי רחמים יוסף אופלטקה, ב-1876 היו בחברון כ-700 יהודים. על פי אברהם משה לונץ, ב-1895 היו 1,429 יהודים בחברון: 810 ספרדים ו-619 אשכנזים.
בשנות ה-90 של המאה ה-19 הגיעה הקהילה היהודית בעיר לשיא גודלה. בתחילת המאה ה-20 עמדה אוכלוסייתה הכללית של העיר על כ-10,000 תושבים.
המנדט הבריטי והשלטון הירדני.
בדצמבר 1917 כבשו הבריטים את חברון והיא נשארה בשליטת המנדט הבריטי עד 1948. בשנת 1921 תוארה העיר על ידי קונסול ארצות הברית בירושלים כמרכז מסחר עם שבטי הבדואים וכבעלת תעשייה זעירה, בין השאר בייצור זכוכית.
בשנת 1929, בשיאן של מאורעות תרפ"ט, הערבים טבחו ביהודי חברון ובעקבות כך פונו יהודי העיר. היישוב היהודי התחדש בשנת 1930, אך במהלך המרד הערבי הגדול בשנת 1936 הורחקו היהודים שוב מהמקום, מלבד משפחה אחת, אשר עזבה יום אחד אחרי הכ"ט בנובמבר 1947..
ב־1948 השתלטה ממלכת ירדן על חברון עם שאר יהודה ושומרון ובהמשך סיפחה אותם לשטחה. בתקופת שלטונה נהרס חלק מהרובע היהודי ותחתיו הוקם שוק סיטונאי. בית הכנסת נחרב גם כן ועליו הוקם דיר. בדומה לכל שטחי הגדה המערבית, גם למקומות הקדושים ליהדות בחברון לא התאפשרה כניסה של יהודים. במבצע כפפות משי שנערך כפעולת תגמול של צה"ל בליל 21 בדצמבר 1953 בפרברי חברון, הרגה חוליה של יחידה 101 שלושה אזרחים ומפקד במשמר הלאומי הירדני.
שלטון ישראל אחרי מלחמת ששת הימים.
במלחמת ששת הימים (יוני 1967), נכבשה חברון על ידי חטיבת ירושלים יחד עם שאר יהודה ושומרון. בעקבות התקפת מחבלים בבית הדסה בשנת 1980, גירשה ישראל את ראש עיריית חברון והקאדי שלה לירדן, וממשלת ישראל החליטה על חידוש היישוב היהודי בעיר ועל הקמת מספר מבני מגורים במקום.
הסכסוך הישראלי-פלסטיני בעיר הוביל במשך השנים להרוגים רבים, יהודים ופלסטינים.
מאז טבח מערת המכפלה בפברואר 1994 פעל בעיר כוח המשקיפים של הנוכחות הבינלאומית הזמנית בחברון. בראשית 2019 הפסיקה ישראל את פעילותו.
בתחילת 1997, בהתאם להסכמי אוסלו ובעקבות הסכם חברון שנחתם בין בנימין נתניהו ליאסר ערפאת, נסוג צה"ל מכ-80 אחוז משטח העיר חברון. העיר חולקה לאזור שתחת אחריות הרשות הפלסטינית (H1) ולאזור תחת שלטון ישראלי (H2). באזור H2 חיים כ־33 אלף פלסטינים וכ־700 מתנחלים. בעקבות הנסיגה אסר צה"ל על כניסת ישראלים לכל השטח שעבר לידי הרשות הפלסטינית, כולל לאתרים היהודיים שנשארו בשטח זה, כגון ישיבת כנסת ישראל (חברון) הוותיקה. מאז ראש השנה 2001 השתנו יחסי הכוחות בעיר. לאחר מספר תקריות אלימות, פתח צה"ל במבצע צבאי שהיה חלק ממבצע חומת מגן ויצר הפרדה בין יהודים לפלסטינים בעיר. פלסטינים יכולים להיכנס ברגל אך לא ברכב לחלק שבו מותרת שהיית ישראלים, כ-3% משטח העיר. לשאר חלקי העיר אסורה כניסת ישראלים, אולם בפועל נאכף איסור זה לגבי יהודים בלבד.
בחודש פברואר 2010 אישרה ממשלת ישראל להוסיף את מערת המכפלה בחברון (ואת קבר רחל בבית לחם) לתוכנית רחבת היקף לשימור "אתרי מורשת" ברחבי המדינה. ביולי 2017 החליט ארגון אונסק"ו להכיר בעיר העתיקה של חברון כאתר מורשת עולמית. נימוקי ההחלטה מציינים את חשיבותה ההיסטורית והדתית של העיר שבה שוכנים קברי האבות והאמהות ומסגד אברהם, וכן את הייחוד האדריכלי בבנייה הממלוכית והעות'מאנית ואת שימור המרקם העירוני הממלוכי רבעים בעלי אפיון אתני או מקצועי וסגנון הבנייה הייחודי של בתים הבנויים מקבוצות חדרים המסודרים במבנה דמוי עץ.
ב-2017 הוענקו סמכויות מונציפליות למנהלת ליישוב היהודי בחברון. בשל הסמיכות בין מתנחלים ופלסטינים בעיר פועלים בה צה"ל ומשמר הגבול בכוחות גדולים יחסית.
אוכלוסייה.