הוריו ואחיו של בגין, אשר נשארו בבריסק, נרצחו על ידי הגרמנים לאחר שהללו כבשו (מחדש) את העיר ב-23 ביוני 1941. הגרמנים הוציאו את אמו מבית החולים ורצחו אותה. לדברי בגין, את אביו חטפו הגרמנים יחד עם 500 יהודים, אותם הוליכו אל עיקול הנהר בוג. אביו ככל הנראה הבין את הצפוי להם, הלך בראש הקבוצה ושר "אני מאמין בביאת המשיח" ואת "התקווה". הגרמנים קשרו את היהודים והשליכו אותם לנהר.
במרץ 1943 נולד לבגין בנו הבכור, זאב בנימין.
כמפקד אצ"ל.
אריה בן-אליעזר יזם מהלך לשחרור מספר חיילים יהודים, ובהם בגין, מהצבא הפולני. לאחר מספר שבועות של משא ומתן יצאו ארבעה חיילים, ובגין בתוכם, לחופשה ללא תשלום שאינה מוקצבת בזמן, ממנה לא חזר מעולם. בסוף 1943, בגיל 30, עזב כטוראי את הצבא וב-1 בדצמבר הפך למפקד האצ"ל.
בגין החל בארגון מחדש של המחתרת. לסגנו מינה את מרידור, והמפקדה צומצמה לשלושה: בן אליעזר, אליהו לנקין ושלמה לב עמי (לוי). כינויו המחתרתי הראשון של בגין היה "בן דוד". ב-1 בפברואר 1944, פורסם הכרוז הראשון שבו ניכרת רוחו של מנחם בגין. בכרוז, תחת הכותרת "אל העם העברי בציון", הואשם השלטון הבריטי כי, למרות סיועו של היישוב העברי, בגד זה באומה העברית ובציונות הממלכתית, ולכן אין לאומה מנוס פרט למלחמה ישירה נגדו. נאמר בו .
הבריטים לא הצליחו לתפוס את בגין. באפריל 1944 עבר מירושלים לתל אביב והסתתר במלון "סבוי" כחודשיים, לשם הועברו, מאוחר יותר, אשתו ובנו. כשראה מחלון חדרו פשיטה של הבריטים, החליט לעבור למקום מסתור אחר. הוא הועבר לשכונת מחנה יהודה שבפתח תקווה, שם התגורר תקופת מה בבית מבודד בקצה המושב. הוא בלט במראהו השונה על רקע בני המקום, יהודים תימנים, ולכן הועבר לדירת מסתור אחרת בפתח תקווה, בשכונת חסידוף, בשם הבדוי "ישראל הלפרין", שם שהה עם אשתו ובנו במשך 9 חודשים. לאנשי המקום נאמר שהוא עורך דין המתכונן בביתו לבחינות בעניין החוק הארצישראלי. בספטמבר עבר לצפון תל אביב, לרחוב הבשן פינת יהושע בן נון, שם התחפש לחרדי והציג את עצמו כישראל ססובר. ב-1946 נולדה בתו, חסיה. בתחילת 1947 עבר לדירת קרקע ברחוב רוזנבאום 1 פינת יוסף אליהו בשם ד"ר יונה קניגסהופר. בדירה בת השניים וחצי חדרים היו שלוש יציאות לחצר, כדי לאפשר מילוט במקרה הצורך. משפחת בגין התגוררה בדירה זו בדמי מפתח עד להתמנותו של מנחם בגין לראש ממשלה ב-1977.
בגין קבע סייגים נוקשים למלחמה בשלטון הבריטי. המלחמה לפי שיטתו כוונה אל הצבא, אל חייליו ואל מתקני השלטון. מבחינתו צריך היה להימנע מכל פגיעה באוכלוסייה אזרחית. עם זאת היו גם קורבנות רבים מקרב הבריטים, הערבים והיהודים. כתגובה לכך, לאחר פגישות הידברות שנערכו באוקטובר 1944 בין בגין לראשי "ההגנה" גולומב וסנה, פתח היישוב ובראשו ארגון "ההגנה" ב"סזון" – מעשי רדיפה נגד אנשי אצ"ל, שלא קיבל את מרות הנהגת היישוב. בגין נתן הוראה חד-משמעית לאנשי הארגון: "לא תהיה מלחמת אחים". הוא אסר להגיב באלימות על המאסרים והכליאות שנגרמו כתוצאה ממעשי יריבי אצ"ל ביישוב היהודי, והורה להבליג על כך.
באפריל 1947 הוציא השלטון הבריטי להורג אנשי אצ"ל (עולי הגרדום). בגין ראה זאת בחומרה, וביולי 1947, לאחר שנפסק גזר דין מוות לשלושה אנשי אצ"ל, חטף אצ"ל שני סמלים ("הסרג'נטים") בריטים (שהיו למעשה מודיעים של ההגנה) והודיע כי תליית אנשיו תגרור את תליית שני הבריטים. ב-31 ביולי 1947, לאחר שהעלו הבריטים לגרדום את יעקב וייס, אבשלום חביב ומאיר נקר, נתן חיים לנדאו, ראש מטה האצ"ל את ההוראה לתלות את שני הסמלים. לאחר מכן הבריטים הפסיקו את ההעלאות לגרדום בארץ ישראל עד לעזיבתם.
ב-26 ביוני 1947 נפגש בגין, יחד עם חברי מפקדת אצ"ל חיים לנדאו ושמואל כץ, במקום מפגש סודי - ביתו של המשורר יעקב כהן, עם חברי ועדת אונסקו"פ, השופט השוודי סנדסטרום, סגן מזכיר האו"ם ראלף באנץ' והדיפלומט הסיני ד"ר הו. ב-3 בספטמבר 1947, ימים ספורים לאחר פרסום דו"ח ועדת אונסקו"פ, הביע דעתו בשידור רדיו נגד תוכנית החלוקה ואמר:
בארבע השנים שבהן פיקד בגין על אצ"ל ביצע הארגון קרוב ל-300 פעולות. בולטות ביניהן היו פיצוץ מלון המלך דוד ביולי 1946, באגף בו שכן מרכז השלטון הבריטי, הפריצה לכלא עכו ושחרור אסירי אצ"ל ולח"י ממנו במאי 1947 ומבצע אצ"ל בכיבוש יפו. במאי 1948 תם המנדט הבריטי על ארץ ישראל. קיים ויכוח ער בין היסטוריונים עד כמה היו הפעולות הצבאיות של המחתרת גורם אשר זירז את יציאת הבריטים מארץ ישראל והעלה את המאבק לעצמאות יהודית על סדר היום של המדיניות העולמית.
ביום שלמחרת הכרזת המדינה, ב-15 במאי, נשא בגין את קריאתו האחרונה לחבריו במחתרת דרך תחנת השידור של אצ"ל, "קול ציון הלוחמת". בין היתר אמר בה:
ב-1 ביוני 1948 חתם בגין על הסכם עם נציג הממשלה הזמנית, ישראל גלילי, ובכך החל פירוקו של אצ"ל והשתלבותו בצה"ל. ההסכם קבע כי ייפסקו פעולות אצ"ל "כחטיבה צבאית במדינת ישראל ובתחום ממשלת ישראל". בירושלים הנצורה נשמר מעמדו העצמאי של הארגון.
פרשת אלטלנה.
אירוע כאוב היה פרשת "אלטלנה" ביוני 1948. ה"אלטלנה" הייתה ספינת נשק שרכש אצ"ל. נציגי הממשלה הציעו למנחם בגין לרכוש את הנשק שעל סיפונה, וההצעה נידונה בישיבה של מפקדי האצ"ל. בגין התנגד נחרצות בטענה כי אין אנשי האצ"ל סוחרי נשק. לאחר שאצ"ל סירב למסור לצה"ל את השליטה המלאה בספינה, החליט דוד בן-גוריון לפעול בתקיפות נגדם. בגין ניסה להביא לכך שאחוז מסוים מהנשק שעל סיפון האנייה יגיע ללוחמי אצ"ל בירושלים (אשר פורמלית לא נחשבה עדיין לחלק ממדינת ישראל).
הוא הגיע לחוף סמוך לכפר ויתקין, שם עגנה הספינה, וקיבל אולטימטום ממפקד צה"ל במקום להיכנע ללא תנאי ולמסור את כל הנשק לממשלה בתוך 10 דקות, אך הוא סירב. לאחר מספר שעות התפתח קרב שבו נהרגו 4 אנשי אצ"ל ושני חיילי צה"ל. שני אנשי אצ"ל נוספים נהרגו באזור בית דגן בדרכם לכפר ויתקין. בגין עלה על סיפון האנייה שהפליגה לחופי תל אביב. בשעות הבוקר המאוחרות החל קרב בין אנשי אצ"ל, שחלקם ירד מהאניה וחלקם היו בחוף תל אביב, לבין חיילי צה"ל. בגין הורה לאנשיו על האונייה לא להשיב אש, מחשש למלחמת אזרחים, אך חלקם לא הקשיבו לו. בשעות אחר הצהריים הופגזה האניה והחלה לעלות בלהבות. מפקד הספינה, אליהו לנקין, סיפר: "כשפשטו הלהבות על הספינה, החלו להגיע סירות חילוץ מן החוף, רובן חסקות, שבחוריהן סיכנו נפשם תחת מטר הכדורים. הם צעקו: "איפה הזקן? הורידו את הזקן!", כוונתם הייתה לבגין שניצח אותה שעה על הצלת הפצועים והורדתם מהאניה. רק לאחר שהורד הפצוע האחרון, הוא הסכים להתפנות מהסיפון". לפי גרסה אחרת הוא נזרק לים על ידי אנשי האונייה. בקרב זה נהרגו עשרה אנשי אצ"ל וחייל צה"ל. סה"כ נהרגו בקרבות הפרשה ששה-עשר חברי אצ"ל ושלושה חיילי צה"ל.
בערב נאם על כך בגין נאום "אני מאשים" בתחנת הרדיו של אצ"ל, וכשהוא מתייפח בבכי הורה על כניעה ללא תנאי של אצ"ל. הנאום נמשך שעתיים ובגין גולל בו את הפרשה מנקודת מבטו וקרא לפקודיו: "אנו לא נפתח באש, לא תהיה מלחמת אחים בעוד האויב בשער". במשך שנים לאחר הנאום זכה בגין ללגלוג מצד יריביו הפוליטיים. לימים כתב על כך: "אני יודע שישנן דמעות אשר כל גבר רשאי להתגאות בהן. לעיתים היא באה, הדמעה, כדם מן הלב".
עם סיומו של המנדט הבריטי עלה בגין מן המחתרת. נאום פומבי ראשון נשא בגין בירושלים. נאומו הגלוי השני התקיים בתל אביב ב-14 באוגוסט, בבית הקולנוע הגדול "גן רינה" ברחוב בן-יהודה. אלפים רבים (לפי הערכת העיתונים: 15,000) הגיעו לצפות בגלוי במי שהיה מפקד מחתרת חשאית, ולפני כן רק קולו נשמע ברדיו. כאשר עלה לבמה התקבל במחיאות כף רמות. הוא פתח במילים: – אותן מילים שבהן היה פותח ז'בוטינסקי, שתמונתו הגדולה הייתה תלויה על הבמה, את נאומיו בתל אביב.
ב-1948 נולדה לבגין בתו, לאה.
מנהיג "חרות" וראש האופוזיציה.
עם פירוק אצ"ל בקיץ 1948, הקים בגין את "תנועת החרות – מיסודו של הארגון הצבאי הלאומי" ועמד בראשה. המפלגה אימצה קו ימני מובהק, ובין היתר תבעה את החזרה מההסכמה לתוכנית החלוקה. סיסמתה תאמה את קו אצ"ל, בדצמבר 1948 ביקר בארצות הברית, ובתגובה פרסמו אישים כאלברט איינשטיין, חנה ארנדט וסידני הוק עצומה נגדו ונגד תנועת החרות, שאותה כינו "פשיסטית".
בחירות לכנסת הראשונה.
שתי המתמודדות העיקריות בבחירות אלו היו מפלגות הפועלים מפא"י ששלטה במוסדות היישוב למן ייסודה בשנת 1930, ושבראשה עמד דוד בן-גוריון, מנהיגו הבלתי מעורער של היישוב ומולה מפלגת מפ"ם. השאלה העיקרית שהועמדה בפני הבוחר הייתה המשך הקרבות במלחמת העצמאות או לחתור להסדרים לסיומה, הכרוכים בוויתורים. תנועת החרות ומנחם בגין דרשו את המשך הלחימה, ביטול תוכנית החלוקה, ואי-קיום משא ומתן עם מדינות ערב כל עוד לא נסוגו חייליהן ממלוא השטח. עמדות אלו נתפסו כקיצוניות והמפלגה סומנה כמפלגת שוליים, אשר תיוותר לאחר הבחירות מחוץ למעגל ההשפעה. לפני הבחירות קרא מנחם בגין לנציגי ברית הציונים הרוויזיוניסטים, שהייתה חברה במועצת העם ולאחריה במועצת המדינה הזמנית, להצטרף לחרות, אך נתקל בסירוב.