עם פרוץ מלחמת העצמאות, הפכה התנועה להר הזיתים למסוכנת בשל מעבר הדרך בשכונות ערביות, ובאמצע ינואר 1948 נהרג בהר איש החברה קדישא. הקבורה המשיכה להתנהל בליווי חמוש של אנשי ההגנה לצד שוטרים וחיילים בריטיים, כאשר הלוויות נערכו במרוכז מידי כמה ימים, עם מספר מלווים מצומצם, תוך הלנת גופות נפטרים בבתי החולים. באמצע פברואר 1948 נערכו בהר ההלוויות האחרונות, ביניהם 6 מחללי הפיגוע ברחוב בן-יהודה.
על-מנת לפתור את מצוקת הקבורה, הוקצו בירושלים בתי קברות שהוגדרו כזמניים, כלומר עד שניתן יהיה לחדש את הקבורה בהר הזיתים או בבית קברות ראוי. לחברה קדישא העיקרית של ירושלים, "קהילת ירושלים", הוקצו מספר שטחים שהוגדרו זמניים ברחבי העיר המערבית. הגדול שבהם הוא בית הקברות סנהדריה ובתי קברות אחרים היו במחצבה הנטושה של שייח' באדר ובחצר מבנה שערי צדק הישן. בית קברות פרטי נכרה בקצה רחוב שמואל הנביא על ידי אנשי העדה החרדית. לשאר חברות הקדישא העדתיות שפעלו בירושלים לא היו שטחי קבורה והן שבתו מפעולה עד לחידוש הקבורה בהר המנוחות. במהלך המלחמה נכבש הר הזיתים בידי ירדן, ובמשך עשרים שנה נמנע מיהודים מלקבור את מתיהם על ההר ומלפקוד את קבריהם.
שלטון ירדן.
בעת השלטון הירדני סבל בית הקברות היהודי מנזקים שיטתיים למצבות ולקברים. כבר בסוף שנת 1949 דיווחו צופים ישראלים שהיו מוצבים על הר ציון כי תושבים ערבים החלו בעקירת מצבות. בשנת 1954 הגישה ממשלת ישראל תלונה רשמית לעצרת האו"ם על הרס נוסף של קברים וחריש בשטח. בסוף שנות החמישים השתמש הצבא הירדני באבני מצבות לשם הקמת מחנות צבאיים. עשרות מצבות הועברו בשלמותן למחנה המצבות, מחנה צבאי שהוקם באל עזרייה הסמוך, ושם שימשו לריצוף משטחי אהלים ובתי שימוש.
בית המלון אינטרקונטיננטל ("שבע הקשתות") נבנה על פסגת הר הזיתים, ודרך הגישה אליו נסללה על קברים, בעוד המצבות נגרסו לחצץ לשימוש כחומר גלם. כשהרחיבו הירדנים את הכביש ליריחו, הם הרסו שש שורות של קברים, והשליכו את העצמות עם האדמה לכיוון החלקה הספרדית התחתונה. גם לאחר מיון חלק מהעצמות נשארה במקום ערימה גדולה של אדמה.
בנוסף לכך, מצבות עתיקות שעמדו סביב קבר זכריה סולקו מאזור הקבר על מנת להרחיב את כביש הגישה לכפר סילוואן. בספרו 'מול החומה הסגורה', כותב
מירון בנבנישתי כי אבני מצבות הועברו גם לחצר מצודת דוד, שם נותצו ושבריהן שימשו אבני סימון למגרש המסדרים.
בית הקברות כיום.
עוד ב-1968 החלו ברגימת שיירות האבלים בדרכן לבית הקברות, דרך הכפר הערבי. בשנת 1992, עם קבורתו של ראש הממשלה מנחם בגין בהר הזיתים, הוחלט להקים חברת שמירה ייעודית לבית הקברות, ולהגביר את השמירה על המבקרים באתר. ב-2005 גברו מעשי ההתנכלות ליהודים, והוחלט להקים יחידת שמירה לליווי אישי או קבוצתי לבאים לבית הקברות. ב-2009 הותקפו מכוניות ונפצעו מבקרים רבים בדרך לבית הקברות. עמותת ירושלים לדורותיה פנתה לאישי ציבור ובעקבותיה נערך דיון בכנסת, וב-2011 הותקף ונפצע יו"ר ארגון אלמגור בדרך לקברי הוריו ניצולי השואה. בעקבות זאת הוחל בניסיון להגביר את מודעוּת הציבור למתקפה זו, ולגייס את טיפול השלטונות וארגונים וולונטריים נגדה. החל משנת 2010 שירות השמירה והליווי האישי ניתן חינם במימון משרד השיכון. גם כיום נותרו חלקות קבורה וקברים במצב של הזנחה ועזובה. חלקות הקברים סובלות מוונדליזם הכולל חילול מצבות והשחתת קברים. שורה של החלטות ממשלה על שיקום חלקים בהר, וכן כספים שהוקצבו לתחזוקה ושיפוץ, טרם הצליחו לשנות את המצב העגום.
"המשרד לענייני ירושלים והעם היהודי" בראשותו של נתן שרנסקי ערך סקר של ההר והגיש תוכנית לשיקום בית העלמין. בסקר מצוין כי
עמותת אלע"ד עוסקת במיפוי בית הקברות, והעלתה לרשת מערכת מיפוי שמאפשרת לאתר את מיקומם המדויק של מעל 20,000 נפטרים.
הרש"פ דורשת את אזור בית הקברות בהר הזיתים ואינה מכירה בריבונות הישראלית עליו.
תיאור בית הקברות.
בבית הקברות בהר הזיתים קבורים בימינו עשרות אלפי יהודים (ההערכה המצומצמת ביותר נוקטת במספר 70,000), בהם ילידי הארץ ובני גלויות שונות. את אשר נקברו בדורות קדומים בהרבה קשה לשער. בין הקבורים ניתן למצוא רבנים, אדמו"רים, סופרים, חוקרים ועסקנים, אישים מפורסמים בתולדות הארץ ומקהילות שונות בעולם.
מצבות רבות בבית הקברות הן בנות מאות שנים, וקשה לפענח את שנחרט עליהן. חלק מהקברים הרוס ומוזנח, ולא ניתן לדעת מי נקבר בהם.
בין השנים 1901–1908 פורסמו בירושלים סדרת חוברות מאת רבי אשר לייב בריסק, שהעתיק את הכיתובים המופיעים על מצבות, ושמן "חלקת מחוקק - כל ציוני הקברים אשר בהר הזיתים". החוברות מכילות תיאור של 8,000 מצבות מהשנים 1740–1906. הן נדפסו שוב כספר אחד בשנת 1969. על החוברת נרשם:
"...וכבר ראוי להעתיק שרידי מצבות טרם יאכלם עש, ובלעם הזמן הבוגד השורר והשודד. ובכן קמתי אני עוד בשנת תר"ס (1900) יגעתי ומצאתי העתקתי כל המצבות אף היותר נושנות הנשחתות והנרקבות, גליתי אבודות הצלתי נטבעות וקבעתים בדפוס להשביע כל נפש רעבה".
חלקות בית העלמין.
כיום מורכב למעשה בית הקברות בהר הזיתים ממספר בתי עלמין סמוכים, המנוהלים בידי חברות קדישא שונות. עד שנת 1856 הייתה קיימת החברה קדישא הספרדית בלבד (כיום - "חברה קדישא אחידה לעדת הספרדים ובני עדות המזרח בירושלים"), ולפיכך ניתן למצוא בחלקה זו קברים עתיקים של יהודי ירושלים מבני כל העדות.
להלן מפורטות החלקות של חברות הקדישא הגדולות ביותר:
חלקות החברה קדישא הספרדית.
החלקות הקדומות.
החלקות הקדומות ביותר השתרעו מאזור כפר סילואן (תעודות עתיקות מזכירות אף את מעיין הגיחון כגבול בית העלמין) בדרום ועד לפני יד אבשלום, ובמערב - מערוץ נחל קדרון בשיפולי ההר (מספר קברים קטן עדיין ניכר על מורדות הר המוריה, מעברו השני של הנחל), ועד גובה דרך יריחו, או ראס אל עמוד במעלה ההר, ממזרח.
שמות מרבית החלקות אינו ידוע, ומרבית הקברים שהיו בהם כבר אינם קיימים, או שמצבותיהם אינן קריאות.
על גדת נחל קדרון היה גל אבנים שציין את מקום קבורתו של רבי קלונימוס בעל הנס. גל האבנים נוצר על ידי תושבי ירושלים ששמו אבנים על הגלעד; מי שיצא מירושלים נהג לקחת אבן ולהישבע כי יחזירה למקומה בשובו. הגל, שאגדות וסיפורים רבים נקשרו בו, נעלם במחצית השנייה של המאה העשרים.
אישים נודעים הקבורים בחלקה זו:
חלקה אחת שכן ידועה היא חלקת זכריה הנביא, בסמוך לקבר זכריה. הראשון שנקבר שם הוא הרב אברהם יצחקי, מחבר הספר "זרע אברהם", שנקבר בתפ"ט (1729). בין שמות הנקברים שם ניתן למצוא את אברהם שלמה זלמן צורף, עסקן אשכנזי ופעיל בקהילה היהודית בירושלים שנפטר בשנת תרי"א (1841) ור' משה בידרמן - ראשון האדמו"רים בארץ ישראל. החלקה כולה נהרסה כאשר משלחת ארכאולוגית בריטית-ירדנית חפרה את סביבות קבר זכריה.
חלקת החסידים.
חלקה זו, הנקראת על שם כינויים של תלמידי ישיבת המקובלים בית אל משתרעת במעלה בית הקברות העתיק ועד לדרך יריחו.
בחלקה קבורים רבנים נודעים ובהם רבי שלום שרעבי (הרש"ש) עלה לארץ מתימן והיה מקובל - עוסק בתורת הנסתר וראש ישיבת בית אל שברובע היהודי. נפטר בשנת תקל"ז (1777).
בסמוך קבור רבי יעקב שאול אלישר הידוע בשם יש"א ברכה, שנפטר בשנת תרס"ו (1906), על שמו נקראת השכונה גבעת שאול.
בחלקה קבור רבי יום טוב צהלון נפטר בשנת 1597 שחיבורו "לקח טוב" נכתב בשנת 1577 בצפת והוא הספר הראשון שנדפס בארץ ישראל.
חלקת בוראק (הנביאים).
בחלקה זו קבורים רבנים מפורסמים - הרב ידידיה רפאל אבולעפיה המכונה "היר"א" שהיה ראש ישיבת המקובלים בית אל, הרב רפאל מאיר פאניז'יל המכונה המרפ"א. הרב משה יצחקוף הכהן שהיה רבה הראשי של יהדות בוכרה בישראל, רבה של שכונת הבוכרים וראש ישיבת "מדרש שלמה". הרב יהודה אלקלעי ובסמוך אליו הרב דוד בן שמעון הידוע בכינוי "צוף דבש" שהיה הרב של קהיליית המערביים ומיסד שכונת מחנה ישראל.
בין האישים הידועים הקבורים בחלקה זו: אברהם גרשון מקיטוב, בן ציון אברהם קואינקה, שלום הדאיה, יעקב יהושע, ורפאל צמח חודיידטוב.
חברה קדישא הראשית והכללית (פרושים).
הגוש הישן.
אזור זה, במעלה המדרון המערבי של ההר, מעל חלקת בוראק וחלקת המערביים. הוא החלקה הראשונה אותה קנו כולל הפרושים, בשנת 1856. בין הקבורים בחלקה זו: הרב יוסף חיים זוננפלד, הרב שמואל סלנט שהיה רבה של ירושלים, שנפטר בשנת תרס"ט (1909); עקיבה יוסף שלזינגר, דוד ילין ואביו רבי יהושע ילין ממייסדי נחלת שבעה ומחבר הספר "זכרונות לבן ירושלים"; הרב יואל משה סלומון שנפטר בשנת תרע"ג (1913), מפורצי חומות ירושלים וממייסדי פתח תקווה; יעקב ישראל דה האן, הרב יהושע לייב דיסקין הידוע בכינוי "הגאון מבריסק" ומיסד בית היתומים דיסקין; הרב ישעיה ברדקי מראשי העדה האשכנזית בירושלים; רבי יהוסף שווארץ שנפטר בשנת תרכ"ה (1868), מחבר הספרים "דברי יוסף" ו"תבואות הארץ". רבי יעקב ספיר שנפטר בשנת תרמ"ה (1885) - תלמיד חכם, חוקר כתבי יד, שד"ר ונוסע שתיאר את מסעותיו בספר "אבן ספיר".
הגוש האמצעי.
משתרע על המדרון הדרום-מזרחי, בין הגוש הישן והגוש החדש, מחולק לחלקות 2–5 (חלקה 1 היא למעשה הגוש הישן). קברים ידועים: ירוחם פישל פרלא, שולמית רופין, יעקב גולדמן.
הגוש החדש.
ארבע חלקות שונות לא מחוברות, במדרונות הדרומיים והמזרחיים של ההר. בין הנקברים: אברהם משה לונץ, יצחק שלמה זילברמן, מקס בודנהיימר, שמואל וינגרטן, מרדכי גיפטר
גוש קברות הקדושים.