עם התפשטות המגפה ברחבי האימפריה, השפעתה על האוכלוסייה האזרחית הייתה חמורה. ישנן עדויות אפיגרפיות וארכיטקטוניות ברומא אשר מצביעות על כך. רוב הפרויקטים בתחומים של הבנייה האזרחית נעצרו בין השנים 166–180. במכתבו לאתונה בשנת 174, מבטל מרקוס אורליוס את דרישותיו למנות נציגים חדשים לאראופגוס באתונה מכיוון ששרדו מעט אתונאים מהמעמד העליון שעמדו בדרישות שהציג למינוי כזה לפני התפרצות של המגפה. דיו קסיוס כינה את המגפה כ"גדולה ביותר מכל הידועות לו", וההיסטוריון הרודיאנוס ציין את הסבל הגדול ברחבי האימפריה.
במחקר הארכאולוגי מציינים אזורי קבורה קבוצתיים אשר עשויים להיות קשורים להתפרצות המגפה האנטונינית, וביניהם שני אתרי קבורה קבוצתית בקטקומבות של מרקלינוס ופטרוס ברומא. אופן הקבורה, התיארוך של החומרים וחלקיקי הבדים, גיל הנקברים (בעיקר נשים צעירות), ללא סימני חבלה או פצעים חמורים, עם חלקיקי זהב בקברים (אשר מצביעים על מעמדם הגבוה של הנקברים): הנתונים הללו מצביעים על מוות פתאומי של הנקברים, ככל הנראה מהמגפה.
ב"היסטוריה אוגוסטה" מצוין כי התפרצות המגפה נגרמה על ידי חייל רומי, אשר בטעות הרס סרקופג עשוי זהב במקדש אפולו בבולוניה ושיחרר את אדי המחלה.
אפידמיולוגיה.
המגפה האנטונינית מוכרת בעיקר בזכות כתביו של גלנוס. הוא שהה ברומא בזמן ההתפרצות הראשונה בשנת 166 לספירה, ועזב במהירות לעיר מגוריו, פרגמון, אך הוחזר על ידי הקיסר בשנת 168 לספירה ותיעד את ההתפרצות בקרב החיילים מלגיונות הנמצאים באקוויליה. אף על פי שתיאור המחלה על ידי גלנוס מעורפל, החוקרים סבורים כי מדובר באבעבועות שחורות.
גלנוס עקב אחר המחלה החדשה שהחלה להתפשט במהירות וגרמה להידבקות של מאות אנשים ולמותם של אחוז משמעותי מהנדבקים. הוא הבחין שהמחלה מתפשטת בתקופה קצרה במהירות רבה וכינה אותה "לוימוס" (ביוונית "מגפה"). המגפה האנטונינית היא המגפה הכי מפורטת בכתביו של גלנוס. הוא הקדיש לחקר המגפה טקסטים שלמים עם הסברים על ריפוי אולקוסים ושלפוחיות, ניסיונות לאיתור מהיר של המחלה וכרונולוגיה מסוימת של מהלך המחלה. בין הסימפטומים של המחלה גלנוס מציין את הפריחה, המכסה את הגוף של החולה. הפריחה בתיאוריו של גלנוס יבשה ומאופיינת בצבעה השחור, גלנוס מסביר את הופעת הצבע השחור בפריחה עקב שטפי הדם, שהתייבשו בשלפוחיות, שנוצרו בעקבות הפריחה. שלפוחיות הדם שהתייבשו הופכות לקשקשים על עורם של החולים. בנוסף לפריחה, גלנוס מציין שלשולים וחום כתסמינים נלווים למחלה (לעיתים הוא מכנה את המגפה כ"מגפת החום" או "מכת חום"). השלשולים היו מלווים בדם אצל רוב החולים. מספר חולים סבלו גם מהקאות, כאבי בטן וקוצר נשימה. התסמינים מתחילים להופיע לאחר 9–12 ימים מתקופת הדגירה, גלנוס מציין את הופעת ה"פריחה השחורה", מכיוון שהפריחה אופיינה בשטפי דם תת-עוריים באזורים של השלפוחיות. פריחה מסוג זה אופיינית גם למחלת טיפוס הבהרות, אך השלפוחיות אינן מוגלתיות. במקרה של המגפה האנטונינית, גלנוס מציין את הופעתן של ההפרשות המוגלתיות באזורים בהם הופיעה הפריחה. גלנוס מתאר את הפריחה מאוד מחוספסת, עם שכבות של עור מת, אשר נופל במקומות, בהם לא הופיעו אולקוסים; התיאור, אשר דומה להופעת הפריחה במגפת האבעבועות, אך שונה מהפריחה של טיפוס הבהרות, אשר לא מתקלפת ולא מחוספסת, יותר דקה. ברישומיו, גלנוס מציין כי במקרים קטלניים של המחלה, הפריחה לא בהכרח תופיעה על גופו של החולה, למרות זאת תיאוריו של הפריחה במגפה האנטונינית דומים להופעת הפריחה אצל החולים באבעבועות שחורות.
גלנוס מוסיף לסימפטומים הניכרים גם שלשולים, בעיקר צואה עם דם. צבעה השחור של הצואה מצביע על הדימום במערכת העיכול. דימום כיבי, צואה שחורה ושלשולים הם סימפטומים ניכרים של אבעבועות שחורות.
שיעורי תמותה.
הנתונים לגבי שיעורי התמותה בתקופת המגפה משתנים על פי המקורות: במקורות הראשוניים שיעורי התמותה לא בהכרח מדויקים, מוזכרים אלפים שמתו מהמגפה כל יום. הדעה הרווחת לגבי מקרי התמותה במחקרים מודרניים עמדה על 1%–2% תמותה, לעומת זאת, המחקרים שהתפרסמו לאחר מכן הצביעו על אחוזי תמותה גבוהים אך עדיין ריאליסטיים יותר: בין 7% ל-10% בקרב אזרחי האימפריה, ובין 13%–15% בלגיונות החיילים.
גלנוס בעצמו איבד את כל העבדים שלו בעקבות המגפה ואת חברו הטוב טאוטרס. ברישומיו הוא מציין מאות ואלפים של המתים ברחבי האימפריה, כולל החיילים שנספו במגפה באקוויליה, שראה במו-עיניו.
השפעות.
ישנן מספר מועט של ראיות והוכחות שהשינויים הדמוגרפיים והפוליטיים של ה"משבר המאה ה-3" נגרמו כתוצאה מהתפרצות המגפה האנטונינית, אך קשה להוכיח כי השינויים באימפריה בשנים 165–180 היו תוצאות ישירות של המגפה. ההיסטוריון הציע כי גיוס מוגבר והמוני בין השנים 169 ל-173 נגרם מאבדות כבדות בכמויות החיילים שנספו כתוצאה מהמגפה. באזור הצפוני של מצרים התגלו פפירוסים שציינו כפרים שקודם לכן היו מאוכלסים וייתכן שעם פרוץ המגפה אוכלוסיית הכפרים ירדה משמעותית. ישנם מסמכים אדמיניסטרטיביים, המצביעים על הירידה המספרית בתושבי הכפרים באותן שנים של המגפה. מדובר בהתחמקות מתשלומי המיסים עם הפחתה בתושבי הכפרים כתוצאה מהמגפה, לכן הבריחה של כמה מתושבי הכפרים הובילה להימלטות המונית מכיוון שכובד התשלום הוכפל בשל ההידרדרות במספר התושבים.
חוסר בכוח אדם בלגיונות של מרקוס אורליוס הוביל לגיוס מוגבר של תושבי האימפריה והפרובינקיות הסמוכות. בשנת 167, למרות הניסיונות של מרקוס אורליוס להשתלט על הפלישה, החלו העמים הגרמאניים חוצים את נהר הריין.
לוקיוס ורוס נפטר ממחלה זיהומית בשנת 169, בזמן התפרצות המגפה. כעבור 11 שנים מת מרקוס אורליוס, החוקרים סבורים כי שניהם מתו מאותה מחלה.
מספר המתים מהמגפה הפחית את מספר משלמי המיסים, מתגייסים לצבא, אנשי חקלאות ועסקים, אנשי ציבור ואדמיניסטרציה. ההוצאות הצבאיות גדלו בשל האיום מצד השבטים הגרמאניים, במקביל, ההכנסות לממשלה ירדו עם פרוץ המגפה. הירידה הכמותית במשלמי המיסים גרמה לירידה בייצור בחוות החלקאיות, הירידה בייצור גרמה לעלייה במחירים. לפי העדויות האדמיניסטרטיביות של השכר והמחירים של החיטה במצרים, במאות ה-2 וה-3 לספירה, המגפה האנטונינית השפיעה באופן משמעותי על עובדים שכירים ועובדי משק וחקלאות. ישנה השפעה רווחת על החקלאות וכלכלה בשל הירידה הדמוגרפית ועלייה במחירי החיטה.
המחסור בכוח אדם הוביל להעלת שכר עבור עובדים שכירים ששרדו את המגפה, לכן העידר סוחרים ומממנים גרם למשבר חמור בסחר מקומי ובינלאומי.
ישנה הצעה מחקרית, לכך ששינויי האקלים תרמו להתפתחותן של מגפות חדשות וקטלניות, ביניהן המגפה האנטונינית. המגפה האנטונינית, יחד עם מגפת קיפריאנוס ומגפת הדבר של יוסטיניאנוס , פגעו בנקודות החזקות של האימפריה: הצבא, הסחר, הערים והאוכלוסייה. צפיפות האוכלוסייה תרמה להתפשטות המחלה באופן מהיר והרסני, והפגיעה בנקודות החוזק של האימפריה הובילה בסופו של דבר לנפילתה.
סביר להניח, שהתפרצות מגפה כה קטלנית אף השפיעה על הדת באימפריה. בכל אופן, בעת העתיקה היו מגפות, כגון המגפה האנטונינית, נחשבות ברובן כעונש מהאלים או כל סיבה אחרת שמגיעה היישר מהעולם הרוחני. האמונה והמדע היו מקושרים יחדיו, לכן במקביל להסבר המדעי אודות המגפה, התקבלו גם ספקולציות דתיות. בחפירות ארכאולוגיות באפסוס, שנעשו על ידי המוסד השוודי לארכאולוגיה, התגלה לוח עשוי משיש לבן, שככל הנראה היה חלק מתיבת שיש ובו נעשה שימוש חוזר בתור חלק מרצפת המדרכה. על הלוח ישנה הקדשה לאלה ארטמיס, אלת הצייד והבתולות. ההקדשה מתוארכת למאה ה-2 לספירה. ההקדשה ככל הנראה נכתבה על ידי האורקל של העיר בעקבות פניה של תושבי העיר בניסיון לעצור מגפה. האורקל מורה לתושבי העיר להביא את הפסל של ארטמיס למקדש העיר בכדי לעצור את המגפה שהשתלטה על העיר. לאחר ריפוי המחלה על ידי ארטמיס, מצווה האורקל על תושבי העיר להקריב קורבנות לאלה ולקיים טקסים וחגיגות לכבודה.
ישנן השערות, שהתפשטות והתעצמות הדת הנוצרית בסוף המאה ה-2 היו תוצאה ישירה של הופעת המגפה. בעוד שהבנייה האזרחית נעצרה, בניית אתרי הקדושה התעצמה בתקופת המגפה: מרקוס אוריליוס השקיע סכומים רבים מכלכלת הממשלה בשיקום המקדשים ובנייה של המקדשים החדשים בסמוך להתפשטות הנצרות ברחבי האימפריה. הנצרות הקדומה מתחילה את דרכה כ"דת המרפאה". מדובר לא רק בריפוי הרוחני אלא גם בריפוי הפיזי, כגון הנסים של ישו. ייתכן כי התפשטות הנצרות באותן השנים הושפעה ישירות מהתפשטות המגפה האנטונינית והרצון ההמוני להתרפא מהמחלה.
מספר היסטוריונים רואים במגפה האנטונינית, יחד עם שורה של מגפות אחרות, את תחילתה של הירידה בכוח ונפילתה של האימפריה הרומית במערב. ההיסטוריון ארתור בוק טען כי התפרצות המגפה האנטונינית גרמה לירידה דמוגרפית משמעותית, מה שהוביל לגיוס המוני ברחבי האימפריה של אנשי חקלאות למניהם, וכתוצאה מכך ירידה בייצור וחוסר בכוח אדם בתחום החקלאות ובתפקידים אדמיניסטרטיביים. בשל מחסור בכוח אדם בתפקידי הניהול, הערים נחלשו ובכך היכולות של רומא להדוף את העמים הברבריים. עם זאת, ישנן השערות כי המגפה האנטונינית לא הייתה משבר כה הרסני כמו המגפות שהתפרצו במצרים ובאימפריה הרומית כולה שנים לאחר מכן, והמגפות המאוחרות בימי הביניים.
ממלכת ברכיניוג
ממלכת בּרכֶינִיוֹג (בוולשית: Brycheiniog) הייתה ממלכה ולשית עצמאית בימי הביניים המוקדמים אשר שכנה בדרום-מזרח ויילס בין המאה ה-5 למאה ה-11.