לא ניתן לקבוע כי כל או אפילו רוב, פעולתם של אינדיבידואלים, מנהיגים או אפילו אנשי דת מונעים מהדת כגורם בלעדי. מקובל להניח כי הפעולות מונעות מגורמים שונים כשלחלקם השפעה גדולה יותר ולאחרים השפעה פחותה יותר, כשלרוב לגורם הפוליטי יש את התפקיד המכריע. עם זאת, אין להכחיש כי לאנטישמיות הנוצרית היה חלק מרכזי בפיתוח עלילות נגד יהודים. עלילות שגם אם הוכחו והוכרזו כעלילות, גם אם בפי האפיפיור והוותיקן, עודם תופסים חלק מהותי באנטישמיות החדשה, אנטישמיות המוסלמית ובאנטישמיות במדינות ערב.
התקופה ההלניסטית והרומית.
מרים טיילור טוענת כי ישנן שתי השערות בנוגע למקור האנטי-יהודי שבנצרות. הראשונה היא ההשערה המסורתית הגורסות כי מקור האנטי-יהדות של אבות הכנסייה המוקדמים "עברה בירושה מהמסורת הנוצרית של פרשנות המקרא". ההשערה השנייה גורסת כי האנטי-יהדות הנוצרית המוקדמת עברה בירושה מהעולם הפגאני. כפי שטען גולדמן כי שורשיה של האנטישמיות הנוצרית נטועים במקורות מצריים שהתפשטו על ידי "האפוס היווני של הדעות הקדומות המצריות העתיקות".
דת הייתה חלק עיקרי מהממשל האזרחי ברומא העתיקה. כך שכשחלק מהקיסרים הכריזו עצמם על אלים, ודרשו להיות נערצים בהתאם, הדבר היווה בעיה ליהודים לאור איסור עבודה זרה. אדוארד פלאנרי טוען כי סירובם של היהודים לקבל את הסטנדרטים הדתיים והחברתיים היווניים סימנו אותם לרעה. הקטאיוס איש אבדרה כתב כי משה ב"זיכרון גלות עמו, הנהיג עבורם דרך מיזנתרופית ועוינת לחיים". מנתון טען כי היהודים היו מצורעים מצריים שלמדו על ידי משה "איך לא להעריץ את האלים." אותו מוטיב הופיע בכתביהם של טקיטוס, אפיון, אפולוניוס מולון, פוסידוניוס, ליסימכוס וכאירמון מאלכסנדריה. אגאתרכידס כתב על "השיטות המגוחכות" של היהודים ועל "האבסורד שבחוקיהם", ועל איך הצליח תלמי הראשון לכבוש את ירושלים בשנת 301 לפנה"ס, כי תושביה שמרו את השבת ולא יצאו להגן על העיר. פלאנרי מאפיין את האנטישמיות בימי הקדם כבעלת מהות תרבותית, בעלת מאפיינים של שנאת זרים לאומיים, דבר ששיחק תפקיד בהגדרות הפוליטיות.
הקטאיוס איש אבדרה, צוטט על ידי יוסף בן מתתיהו בנגד אפיון, כותב על ימיו של אלכסנדר, כי היהודים: "לא עלה הדבר להעביר אותם על אמונתם, אף כי שמעו אזניהם דברי חרפה וגדופים מפי שכניהם והנכרים הבאים אל ארצם, ולא פעם ולא שתים המירו מלכי פרס ואחשדרפניהם כבודם בקלון. כי מבלי לעמוד על נפשם הם נושאים כל ייסורים ומיתות נוראות – יותר מכל באי עולם - ואינם מכחשים בחוקי אבותיהם." החל מהמאה השלישית לפנה"ס, ממלכת יהודה הייתה נתונה לשליטת יורשיו של אלכסנדר מוקדון, כשגם המרד בראשות המכבים במאה השנייה לפנה"ס לא הוביל לתום ההשפעה ההלניסטית באזור. יורשיו של אלכסנדר יצרו באזור מושבות של דוברי יוונית שהמכבים מעולם לא הצליחו לפרק. לכן לא היה ניתן להתעלם מתרבות זרה זו, שלעיתים קרובות הייתה גם עוינת. לרוב מפגשים בין רבנים לחכמים הלניסטים הסתיימו כשהאחרונים עזבו מופתעים מתשובותיהם ההרסניות שהציעו הרבנים לטענות הפילוסופים.
ניתן למצוא ביטוי בספרות היוונית-רומית, לדעות הקדומות שרווחו בקרב תושבי המרחב ההלניסטי והרומי כלפי היהודים. כבר בשנים הראשונות של המאה הראשונה לספירה, התחילו עלילות הדם נגד היהודים, כאשר הסופר המצרי-יווני אפיון מאלכסנדריה כתב על הידוע לו על היהודים דרך החכמים המצרים. בין היתר האשים את היהודים בכך שאין להם תרבות וחוקים אמיתיים, שהם בדלנים ופרימיטיביים וכי הם נוהגים להרוג מדי שנה יווני למטרת פולחן. כתביו לא נשתמרו, אך טענותיו נשתמרו דרך הספר נגד אפיון של יוסף בן מתתיהו, שהשיב להן. האשמותיו וטיעוניו המשיכו שנים רבות אחריו, כאשר גם האימפריה הרומית הנוצרית אימצה אותן למטרותיה.
ישנן דוגמאות מרובות לכך שאנטיוכוס הרביעי, חילל את בית המקדש היהודי בירושלים ואסר על קיום פרקטיקות דתיות יהודיות באזור. כמו ברית מילה, שמירת השבת ולימוד מספרי דת יהודים. מספר היסטוריונים טוענים כי טיבריוס סילק את היהודים מרומא וניסה לדכא את כל הדתות הזרות באזור. בשנת 95 טיטוס פלביוס קלמנס הוצא להורג על כך "שחי חיים יהודיים" ו"נסחף לחיי היהדות". לאחר המלחמות היהודיות-רומיות (66-135), אדריאנוס שינה את שם מחוז יהודה לסוריה פלשתינה ואת שמה של ירושלים לאיליה קפיטולינה, בניסיון למחוק את הקשר ההיסטורי של העם היהודי לאזור. בנוסף, לאחר שנת 70, היהודים והגרים היהודיים החדשים הורשו לקיים את דתם רק בתנאי שישלמו את המס היהודי. בשנת 135 נאסרה הכניסה על יהודים לירושלים, פרט ליום תשעה באב.
האימפריה הרומית אימצה לבסוף את הנצרות כדת המדינה עם צו סלוניקי בשנת 380.
מיהו העם הנבחר.
מבחינה דתית, עצם "הבחירה האלוהית" היה לנושא מהות וליבה ביחסי היהדות-נצרות וכסיבה לאנטישמיות, עוד מימי ההלניסטים. המאבק העיקרי היה על מיהו "ישראל האמיתי"; הנצרות טוענת שהיא יורשת את ההבטחה והבחירה האלוהיות, והיהודים שלא התנצרו איבדו את מעמדם כחלק מן העם הנבחר. בסופו של דבר הביא הדבר את הנוצרים להאשמה דמונולוגית של היהודים כעושי דברו של השטן, מרעילי בארות – התגלמות הרשע בעולם. הנוצרים נתקלו בבעיה במאבק ביהדות בשל כך שהתנ"ך התקבל כאמת וכבסיס הנצרות ולכן לא הייתה ניתן, מבחינה אמונית, לביקורת והפרכה באופן מושכל או שיפוטי, בשונה מהביבליה עבור היהודים. לאור זאת הביקורות הנוצריות כלפי היהדות לרוב גלשו לפסים אישיים או לביקורת על התורה שבעל-פה שלא נכללה בקנוניזציה של הביבליה הנוצרית. בכל מקרה, יש הרבה ספקולציות לגבי הציון הזה.
מרים טיילור טוענת כי האנטי-יהדות הנוצרית תאולוגית "נובעת ממאמצי הכנסייה לפתור את הסתירות הגלומות באימוץ ובדחייה הבו-זמניים של האלמנטים השונים מהמסורת היהודית.".
התנ"ך היה נחוץ בנצרות על-מנת להצדיק את הברית-החדשה ולבסס אותה כשווה לה. בקביעת הביבליה הנוצרית, במאה ה-4 לספירה, מעמדה של הברית החדשה הועלה ונקבע כשווה להברית הישנה, ולא מעליה. בנוסף לכך שעל-פי המסורת ההשתנות הציבה את ישו במעמד שווה, אך שוב לא עולה, על משה ואליהו שעמם הוא נראה מדבר. דבר שלפי האמונה הנוצרית אישר את מעמדו כבן האלוהים, כפי שאושר בבת קול שנשמעה במהלך האירוע. לאחר שהנצרות התפשטה באימפריה הרומית ובאירופה נתקלו הנוצרים החדשים בבעיה תאולוגית קשה; הכיצד דת הנצרות, שהתקבלה בקרבם, תוך התבססות על התנ"ך ואמיתותו, נדחתה על ידי היהודים "עמו הנבחר של האל" המכירים היטב את התנ"ך, ויותר מכך הכיצד יכלו היהודים לדחות את המשיח שלהם. בעיה תאולוגית חמורה זו, בנוסף למעמד השווה בלבד שקיבלה הנצרות ביחס ליהדות, יצרה בעיה קיומית עבור הנצרות. במצב זה על-מנת להוכיח את נכונותה על-פני היהדות, אותה היא מתיימרת להחליף ולעדכן, הנצרות גיבשה את תאולוגיית החילופין. לפיה הוכחת נכונות הנצרות ניתנת מעצם סטטוס קיומם ומעמדם של היהדות והיהודים, ולאו דווקא הנוצרים ופועלם. מעמד וסטטוס שעליו להתקיים תחת אחת מהגרסאות הבאות;
לאורך ההיסטוריה מנהיגים וראשי דת נוצריים עשו כל שביכולתם על-מנת להוכיח או להביא לכך שהיהודים יראו בעיני הנוצרים בדרכם האלו, לעיתים דרך יצירת הבמה ולעיתים אף דרך עלילות שקר ועלילות דם.
לפי תאולוגיית החילופין, גלות היהודים וסבלם הנמשך, הם ההוכחה ההיסטורית המתמדת לבחירת הנוצרים ולעונש שהעניק האל ליהודים על אי-הכרתם בישו כמשיח. כשלמעשה תאוריה זו והשלכותיה היו לנבואה הנוצרית היחידה, שעם היווסדותה של מדינת ישראל הופרכה. לאור סירובם של היהודים להכיר בישו כאל וכמשיח, האל בעצם העביר את בחירתו מהיהודים לכנסייה שהיא כעת ישראל האמיתי - "ישראל שברוח". לפי רעיון זה הכנסייה הופכת למען כל ברכות התנ"ך והיהודים יועדו לשאת בכל הקללות המקראיות של הגלות, חוסר-הצלחה לאומית ושעבוד עד קץ הימים, או קבלתם את "האמונה הנכונה".
ראשית הנצרות.
הנצרות החלה את דרכה ככת משיחית ביהדות של המאה הראשונה לספירה, אולם התפתחה לדת עצמאית, בעיקר עקב השפעתו של פאולוס, אחד מהשליחים – תלמידיו של ישו. הנצרות והיהדות הפכו לדתות מתחרות, והדבר ניכר היטב בדמותו של פאולוס עצמו, שהיה יהודי פרושי שעסק על-פי עדותו ברדיפת הנוצרים, אך בסופו של דבר התנצר. ואז האימפריה הרומית הפכה את הדת לדת מדינה.
החל בשנת 1879 השתמש העיתונאי הגרמני וילהלם מאר במינוח כמטבע לשון שגורה ומכאן יוחסה לו בטעות טביעת המונח. תפיסתו של מאר מיקדה את תשומת הלב בזן חדש של שנאה אידאולוגית כלפי היהודים, שנאה שמניעיה אינם דתיים אלא גזעניים חילוניים. במהלך המאה ה-20 התקבל המונח בשפה העברית ובשפות אחרות במשמעות של עוינות או שנאה ליהודים הכולל את כל צורות האיבה כלפי יהודים במהלך ההיסטוריה.
ישנם הוגי דעות הטוענים כי המונח אנטישמיות הוא מטעה וכי יש לקרוא לשנאת היהודים "יודופוביה".