בפרק "Homefront", חוסר האמון שנוצר על ידי המשתנים נמשך, עם קפטן סיסקו החושד ב. הקפטן ממליץ שמצב חירום יוכרז על פני כדור הארץ. בפרק "Paradise Lost"", מספר קציני צי הכוכבים מרחיקים לכת ומנסים לבצע הפיכה צבאית כנגד נשיא הפדרציה, לאחר שמתגלה כי משתנים הסתננו לכדור הארץ וביצעו פיגועי טרור. כתוצאה מכך, מתפתח עימות מזוין בין שתי ספינות חלל של צי הכוכבים, הנלחמות זו זו, לראשונה מזה 100 שנה (על פי ציר הזמן של יקום "מסע בין כוכבים). קפטן סיסקו מצליח לכפות על אדמירל לייטון לחדול מניסיונותיו להטיל ממשל צבאי, באומרו: "אתה נלחם את המלחמה הלא נכונה!". השורה האהובה של בהר מפרק זה, היא: "גן העדן מעולם לא נראה כל כך חמוש היטב". שורה זו מדגישה את אחד מבין מקרים רבים בהם "" מצביעה על סוגיות מעשיות העוסקות בשמירה על תרבות השלום של הפדרציה, ובבחירות המוסריות והבלתי-מוסריות שנעשו על מנת להשיג אידיאל זה.
עונה 5: התעצמות לקראת המלחמה.
בעונה החמישית, תוכניות הפלישה של הדומיניון אל רביע אלפא מגבירות קצב, כפי שניתן לראות בפרקים כגון ""Apocalypse Rising", "In Purgatory's Shadow", "By Inferno's Light" ו-"Blaze of Glory". רוברט יואיט וולף ואיירה סטיבן בהר שיתפו פעולה שוב, ביצירת חמשת פרקי העונה העיקריים הנוגעים לדומיניון.
בפרק פתיחת העונה החמישית "Apocalypse Rising"", אודו מגלה כי בני-עמו מסוגלים לרמות את בני-מינם, באותה מידה שהם מרמים את ה-"מוצקים", כאשר הם גורמים לו להאמין כי הקנצלר הקלינגוני גאורון הוא משתנה, בעוד המשתנה האמיתי הוא הגנרל מרטוק. עלילה זו תוכננה להעביר את הפוקוס של פרקי " מקווי העלילה של וורף והקלינגונים- חזרה אל המאבק עם הדומיניון.
בפרק "In Purgatory's Shadow"" מתגלה כי ד"ר באשיר נחטף, נכלא למשך מספר שבועות ובינתיים הוחלף על ידי משתנה המתחזה לו. הכפיל מחבל בניסיונות הפדרציה לסגור את חור התולעת, ומנסה להרוס את השמש הבאג'ורית על מנת לפלס את הדרך עבור כוחות הפלישה של הדומיניון אל רביע אלפא. בפרק העוקב, ""By Inferno's Light", הקרדאסים - תחת הנהגתו של דוקאט - הופכים לחברים בדומיניון. הפדרציה והאימפריה הקלינגונית מיישבים את ההדורים ביניהם ומתאחדים כנגד האיום המשותף. הגנרל מרטוק, אשר חולץ מכלא הדומיניון יחד עם באשיר, ממונה להיות המפקד של הכוחות הצבאיים הקלינגוני המוצבים מעתה על תחנת החלל חלל עמוק 9.
פרק סיום העונה החמישית, "Call to Arms"", מבשר את תחילתה של מלחמה בהיקף מלא בין הדומיניון לפדרציה, שתימשך לאורך שתי העונות האחרונות של הסדרה. כאשר הדומיניון מתחיל לשלוח ספינות דרך חור התולעת, בעלי הברית של רביע אלפא מחליטים לבנות שדה מוקשים בפיתחה, על מנת לחתוך את קו האספקה. באג'ור שוקלת האם לעמוד לצד חבריה מהפדרציה, או להישאר נייטרלית לקראת המלחמה המתקרת ובאה, על מנת להגן על עצמם. קפטן סיסקו משכנע אותם כי הנייטרליות היא הבחירה הטובה ביותר עבורם.
עונה 6: מלחמה כוללת.
עונה 6, המתארת את מהומות המלחמה, עוסקת בנושאים של דילמות מוסריות של עימות צבאי. אלמנטים עלילתיים חדשים מאפשרים ל-"" לבחון נושאים בצורה שלא נראתה קודם לכן בהפקות "מסע בין כוכבים", בכך שדמויות נאלצות להעריך מחדש את אמונותיהם. צוות ההפקה החליט להתחיל את העונה עם רצף עלילתי שנמשך על פני שישה פרקים - הפעם הראשונה בהיסטוריה של זיכיון "מסע בין כוכבים" שנעשה ניסיון שכזה.
בתחילה, ריק ברמן תיאר לעצמו כי מלחמת הפדרציה-דומיניון תימשך מספר מצומצם של פרקים, אשר בסיומם ייושבו כל קווי העלילה בנושא בצורה מהירה. במהלך תכנון רצף העלילה, איירה סטיבן בהר, רונלד ד. מור והכותבים הגו שרשרת ארוכה של 5–6 פרקים הקשורים זה לזה, החל מהפרק ""A Time to Stand", וכלה בפרק "Sacrifice of Angels"; תוך כדי עבודתם - התרבו הנושאים אשר חייבו התפתחות עלילתית רחבה יותר. קודם לכן, אף תסריטאי לא היה שותף לכתיבת רצף פרקים באורך שכזה, ומור, בהר, והתסריטאי המתחיל והמפיק הנס ביימלר, כולם הצהירו כי תהליך הכתיבה השתנה כתוצאה מכך, עם יותר שיתוף פעולה ואינטראקציה עם ההפקה, מאשר כל עונה קודמת של ". הפוטנציאל להמשכיות שברמן רצה בה מאז תחילת "", הניב פירות כתוצאה מקווי העלילה המרובים שהצטברו ליצירת מלחמת הפדרציה- דומיניון.
חזרתו של דוקאט כמפקד תחנת החלל "חלל עמוק 9" שכעת נמצאת תחת שליטת הדומיניון - איפשרה לכותבים לעמת בין תחנת החלל שבדמיונו של הקהל לבין גילגולה כמתקן כרייה קרדאסי לשעבר. לוחמת החופש לשעבר מייג'ור קירה מתחבטת מחדש בקוד האתי שלה כאשר היא עומדת על הגבול של שיתוף-פעולה עם האויב. אולם בפרק "Rocks and Shoals" התאבדות של נזירה באג'ורנית מזכירה לה את המציאות המורכבת של המצב. כמו כן, בפרק זה עולים מחדש נושאים כגון אתיקה צבאית, כאשר על קפטן סיסקו להתחשב במוסריות של יציאה למארב כנגד יחידת חיילים אשר מפקדיהם זנחו אותם, בעוד האירועים כופים עליו לפעול אחרת. בפרקים "A Time to Stand" ו-"Behind the Lines" דמותו של אודו נקרעת בין האמון שניתן לה מצד קירה וחבריו שנותרו על התחנה, לבין מעמדו כמייסד, אשר מתבקש מצד הדומיניון להצטרף אל ישיבות הנהלת התחנה. למשך כמה פרקים אודו זונח את חבריו לטובת התחברות עם המשתנה הנקבה.
היוצרות מתהפכות שוב, כאשר צי הכוכבים כובש מחדש את תחנת החלל חלל עמוק 9, בסיומם של ששת הפרקים הפותחים את העונה (האחרון שבהם: "Sacrifice of Angels"). בסופו של קרב עקוב מדם, הדיפאיינט ניצבת לבדה בניסיון להדוף אלפי ספינות חלל של הדומיניון, הנכנסות דרך חור התולעת, בדרכן אל רביע אלפא. התערבות מצד נביאי חור התולעת, הנחשבים לאלים על ידי הבאג'ורנים, גורמת לדמויות להרהר בשאלות של אמונה וגורל. התסריטאי האנס ביימלר קיווה לכלול הרמזים מיתולוגיים, באומרו: "זהו חומר גיבור-טראגי. גיבור [סיסקו] לוקח את הדברים לאחרים, אבל לא בהכרח מוצא בעצמו מנוחה, כתוצאה מכך". איירה סטיבן בהר משווה את סיסקו לדמות המקראית משה, שלא מצליח להגיע אל הארץ המובטחת, ואת דמותו של איתן אדוארד, מהמערבון "המחפשים" (שנת 1956), אשר אינו חוזר אל משפחתו, גם לאחר שמשימתו הושלמה. בהיבט זה לאופי של דמותה של סיסקו - היה זה מוצדק להשתמש בהתערבות אלוהית, על מנת לפתור את איום הדומיניון: הצי נעלם והפדרציה כובשת מחדש את תחנת החלל "חלל עמוק 9". התבוסה עולה לדוקאט בבריאותו הנפשית, בחיי ביתו טורה זיאל (שנרצחה בידי דוקאט), ובמעמדו כמנהיג הקרדאסים. דוקאט הוא הראשון, אך לא היחיד, שצריך להתמודד עם הכאב של אובדן כתוצאה מהעימות הצבאי. מאוחר יותר, בפרק סיום העונה השישית "Tears of the Prophets", וורף מאבד את אשתו ג'דזיה דקס, הנהרגת על ידי דוקאט.
אף על פי שגם בעונות קודמות של "" היו עלילות שכללו מקרי מוות, הפרק ""Far Beyond the Stars" מתאר כיצד קפטן סיסקו מתמודד עם אובדן של חבר קרוב ברמה פסיכולוגית עמוקה יותר. הוא חווה חזיונות של עצמו מתעמת מול אפליה גזעית נגד אפרו-אמריקאים בשנות ה-50 של המאה ה-20 ויוצר הקבלות שימושיות הקשורות לחייו על תחנת החלל חלל עמוק 9. תגובתו של סיסקו למחיר הדמים של מלחמת הפדרציה-דומיניון נבחנת מחדש בפרק "In the Pale Moonlight".
בנוסף, בעונה 6 מופיע לראשונה מדור 31, ארגון סודי המוקדש לשמירת העקרונות של הפדרציה - אך ללא תלות במחיר ובלגיטימיות של השיטות שלה. בפרק "Inquisition"", ד"ר באשיר מסרב להצעה להצטרף למדור 31 ומדווח על מעשהו לקפטן סיסקו, אולם עדיין שוקל את משמעותו: "אבל מה זה היה אומר עלינו? שאנחנו לא שונים מאויבנו? שאנחנו מוכנים להשליך את כל העקרונות שלנו כדי לשרוד?". תשובתו של סיסקו: "הלוואי שהייתה לי תשובה בשבילך".
הפרק "In the Pale Moonlight", שנחשב לפרק הטוב בסדרה, דן בדילמה מוסרית דומה, כאשר הדומיניון כובש במתקפת-פתע כוכב לכת החשוב לפדרציה - בטאזד. מבחינה עלילתית - השימוש בשעבוד כוכב המוכר לצופים נועד להעצים את תחושת הסכנה ואת הסיכונים עבור הדמויות. בפרק זה, קפטן סיסקו זומם מזימה שנועדה לשפר את המצב המלחמתי, אך בסופו של דבר תוצאתה: אילם גארק רוצח את סאנטור וורינאק. בהקשר של מלחמת הפדרציה-דומיניון, האמת מוסתרת לטובת הכלל. התסריטאי מייקל טיילור אמר ש"זה הראה איך יכולה באמת למתוח את נוסחת מסע בין כוכבים. זה דוחף את הגבולות באופן ריאליסטי, משום שההחלטות שסיסקו מקבל הם סוגים של החלטות שצריכים לקבל במלחמה. הן לטובת הכלל".
עונה 7: סוף המלחמה.
העונה השביעית ממשיכה לעסוק בדילמות נוספות הנובעות מהעימות הצבאי. בעקבות העבודה שנעשתה בעונה השישית, הכותבים שקלו להשתמש ברצף פרקים על מנת לסיים בצורה מספקת את קווי העלילה השונים הקשורים במלחמת הדומינון, והגיעו למסקנה כי לא ניתן יהיה לסיים את " בפרק אחד או שניים. רצף של עשרה פרקים התווה את סיומה של העונה השביעית, מלחמת הפדרציה-דומיניון וכל ", ועוד שינויים נעשו ככל שתהליך כתיבת התסריט התקדם.
בעונה זו, הדמויות ניצבות בפני נושאים של רצח עם: בפרק ""Treachery, Faith, and the Great River", אודו מגלה כי נגיף מהונדס אשר הפדרציה הפיצה בקרב המייסדים מאיים להרוג אותם, ובפרק "When It Rains..."" מתגלה כי מדור 31 הוא שהדביק אותו בכוונה, כדי שיפיץ את המחלה למייסדים. בעוד שד"ר באשיר תומך במתן התרופה למייסדים, אחרים הם לא השתכנעו.