בתחילת 1998 זכתה בלייג' בפרסי המוזיקה האמריקאית בפרס עבור "אלבום ההיפ הופ/ אר-אנד-בי האהוב". בקיץ פתחה בלייג' מסע הופעות בשם "Share My World Tour" שהניב אלבום זהב בשם "The Tour". מהאלבום יצא סינגל אחד, "Misty Blue".
1999–2000: "Mary".
ב-17 באוגוסט 1999 יצא אלבומה הרביעי של בלייג'. האלבום "Mary" סימן התרחקות של בלייג' מסגנון ההיפ הופ המוכר שלה, והציג שילובים שונים של מוזיקת נשמה של שנות ה-70 ושנות ה-80. ב-14 בדצמבר אותה שנה יצא האלבום שוב יחד עם דיסק בונוס בו הקליפים לסינגלים "All That I Can Say", "Deep Inside" ושתי רצועות בונוס: "Sincerity" (עם נאס ו-DMX) ו-"Confrontation" (בשיתוף פעולה עם צמד ההיפ הופ פאנקמאסטר פלקס וביג קאפ, במקור מאלבומם מ-1999 "The Tunnel"). האלבום התקבל באהדה רבה על ידי המבקרים והיה לאלבומה שזכה להכי הרבה תארים ומועמדויות. האלבום קיבל פלטינה כפולה על מכירות של כמעט 2 מיליון עותקים.
האלבום לא שיחזר את ההצלחה המסחרית של האלבום הקודם של בלייג', אף על פי שהסינגלים שיצאו מהאלבום: "All That I Can Say", "Deep inside", your Child" ו-"Give Me You" זכו לכמות השמעות נכבדת ברדיו. בינתיים ניסתה MCA להרחיב את קהל היעד של בלייג' גם לרחבות הריקודים עם שחרור אלבום גרסאות דאנס של "Mary". הרמיקס ל"Your Child" נכנס למקום 10 במצעד בילבורד של שירי הדאנס בשנת 2000.
בשנת 2000 הופץ ביפן בלבד אוסף בשם "Ballads". האלבום כלל גרסת כיסוי לשירו של סטיבי וונדר "Overjoyed" והקלטות קודמות לשירה של ארית'ה פרנקלין "You Make Me Feel (Like A Natural Woman)" ושירה של דורות'י מור "Misty Blue".
2000–2001: "No More Drama".
ב-28 באוגוסט 2001 הוציאה MCA את האלבום החמישי של בלייג' - "No More Drama". הסינגל הראשון מתוך האלבום, "Family Affair" (הופק על ידי ד"ר דרה), הפך לסינגל הראשון של בלייג' שהגיע למקום הראשון של 100 הסינגלים המובילים של הבילבורד, שם הוא נשאר במשך שישה שבועות רצופים. אחריו יצאו להיטים נוספים, "Dance For Me" (עם קומון) שהופץ רק באירופה, והסינגל הנושא את שם האלבום בהפקתם של ג'ימי ג'אם וטרי לואיס המסמפל את נעימת הפתיחה של אופרת הסבון "צעירים חסרי מנוח". אף על פי שהאלבום הגיע למכירות של כמעט 2 מיליון עותקים בארצות הברית, MCA לא התרצו מקצב המכירות והוציאו את האלבום בהוצאה מחודשת ב-29 בינואר 2002. בהוצאה המחודשת הוצאו שלושה שירים מרשימת השירים המקורית באלבום, והוספו שני שירים חדשים - אחד מהם היה הלהיט "Rainy Dayz" (עם ג'ה רול) ועוד שני רמיקסים, אחד לשיר הנושא (על ידי שון קומבס) וגרסת רדיו ל-"Dance For Me". האלבום בהוצאתו המחודשת גם כלל עטיפה שונה. ההוצאה המחודשת מכרה בארצות הברית למעלה ממיליון עותקים, ועוד 5 מיליון עותקים ברחבי העולם. בלייג' זכתה בפרס גראמי בקטגוריית "הביצוע הקולי הטוב ביותר לזמרת אר-אנד-בי" על השיר "He Think I Don't Know". באפריל 2002 הופיעה בלייג' יחד עם הזמרת שאקירה בביצוע לשיר "Love Is A Battlefield" של פאט בנאטאר במופע הדיוות של VH1 בלאס ווגאס. היא גם ביצעה את "No More Drama" ואת "Rainy Dayz" יחד עם ויטני יוסטון.
ביולי 2002 הוציאה MCA את "Dance For Me", אלבום גרסאות דאנס ללהיטיה הגדולים של בלייג' שכלל רמיקס של ג'וניור ואסקז ל-"Your Child" ומיקס של ת'אנדרפוס ל-"No More Drama". האלבום יצא בהפצה מוגבלת כתקליט ויניל עבור עמדות תקליטנים במועדונים.
2003–2004: "Love &amp; Life".
ב-26 באוגוסט 2003 יצא אלבומה השישי של בלייג', "Love &amp; Life", תחת חברת התקליטים גפן (שבה הוטמעה MCA). באלבום זה חזרה בלייג' לשיתוף פעולה מלא עם שון קומבס (שנודע כדידי בתקופה זו). עם שני אלבומים מוערכים תחת ידיהם ("What's The 411?" ו-"My Life") וההצלחה העצומה של אלבומה הקודם של בלייג', הציפיות מהאיחוד המחודש היו גבוהות במיוחד. אף על פי שנכנס הישר למקום הראשון במצעד האלבומים של בילבורד, בהפיכתו לאלבום הרביעי ברצף של בלייג' שנכנס ל-20 האלבומים הגדולים במצעד הבריטי, הסינגל הראשון שהופץ מהאלבום, "Love @ 1st Sight" עם מת'וד מן שהופק על ידי דידי, נכנס בקושי לעשרת השירים המובילים במצעד האר-אנד-בי/היפ הופ ולא נכנס בכלל ל-20 הסינגלים המובלים במצעד ה-200 של הבילבורד (אף על פי שהצליח להיכנס ל-20 המובילים במצעד הבריטי). הסינגלים הבאים, "Ooh!", "Not Today" יחד עם איב, "Whenever I Say Your Name" יחד עם סטינג בהוצאה העולמית המחודשת ו-"It's A Wrap", הגיעו לתוצאות עגומות אף יותר.
אף על פי שזכה למעמד אלבום פלטינה, הפך "Love &amp; Life" לאלבום הכי פחות מצליח של בלייג'. מעריצים ומבקרים כאחד ביקרו את האלבום כנעדר אחידות ורווי ניסיונות לא מוצלחים לשחזר את שיתוף הפעולה של השניים באלבומיה הקודמים של בלייג'. על פי הדיווחים, השניים אף הסתכסכו שוב בזמן העבודה על האלבום ומשהסתיימה העבודה עליו נפרדו דרכיהם בשנית.
2005–2006: "The Breakthrough" ו-"Reflections - A Retrospective".
ב-20 בדצמבר 2005 הוציאה גפן את אלבומה השביעי של בלייג', "The Breakthrough". בלייג' שיתפה פעולה עם ג'.א.ס.ט.י.ס. ליג, רודני ג'רקינס, ויל.איי.אם, בריאן מייקל קוקס, ניינת' וונדר, ג'ימי ג'אם וטרי לואיס, רפאל סאאדיק, קול אנד דרה, ודרה &amp; וידל. צילום העטיפה נעשה על ידי מרקוס קלינקו ואינדרני. האלבום נכנס הישר למקום הראשון במצעד אלבומי האר-אנד-בי ו-200 הגדולים של בילבורד. עם מכירות של 727,000 עותקים בשבוע הראשון ליציאתו, הפך לאלבום הנמכר ביותר בשבוע הראשון של זמרת אר-אנד-בי (שובר את שיאה של אלישיה קיז), החמישי באלבומים הנמכרים ביותר בשבוע הראשון לצאתם של זמרת, ובכורת האלבום הרביעית בגודלה לאלבום ב-2005. מאז צאתו מכר האלבום 3 מיליון עותקים בארצות הברית ועוד 7 מיליון עותקים ברחבי העולם, אחד מהאלבומים הנמכרים ביותר ב-2006.
הסינגל הראשון מתוך האלבום, "Be Without You", נכנס למקום השלישי במצעד הבילבורד ולמקום הראשון במצעד האר-אנד-בי (שיא לסינגל ה-15 ברציפות במקום הראשון). הסינגל נשאר במצעד למעלה מ-16 חודשים. הסינגל זכה להצלחה דומה גם בבריטניה שם הפך לסינגל עם השהות הגבוהה ביותר במצעד של בלייג'. זהו הסינגל השני של בלייג' בעל השהות הממושכת ביותר במצעדים.
האלבום כלל שלושה סינגלים נוספים, כולל שני להיטי אר-אנד-בי שהגיעו לחמשת הגדולים במצעדים: "Enough Cryin'" (עם האלטר-אגו של בלייג', ברוק-לין, שהופיעה ברמיקס לשירו של באסטה ריימס "Touch It" ב-2006) ו-"Take Me As I Am" (עם סימפול של השיר "A Garden Of Peace" של לוני ליסטון סמית').
הדואט של בלייג' עם U2 ללהיטם "One" מ-1992, העניק לבלייג' את הלהיט הגדול ביותר שלה בבריטניה, כשהגיע למקום השני במצעד הסינגלים הבריטי ובסופו של דבר הפך לאחד מארבעים הסינגלים הנמכרים ביותר ב-2006. השיר הוא הסינגל בעל השהות הממושכת ביותר במצעדים הבריטיים לבלייג'.
הצלחת האלבום העניקה לבלייג' 9 פרסי בילבורד, 2 פרסי מוזיקה אמריקאית ועוד 5 פרסים נוספים. היא הייתה מועמדת ל-9 פרסי גראמי ב-2007, יותר מכל אמן אחר באותה שנה. "Be Without You" היה מועמד ל"תקליט השנה" ו"שיר השנה". בלייג' זכתה ב-3 פרסים לזמרת אר-אנד-בי הטובה ביותר, שיר האר-אנד-בי הטוב ביותר (שניהם על "Be Without You") ו"אלבום אר-אנד-בי הטוב ביותר" (על "The Breakthrough"). בלייג' סיימה תקופה עם "שלושת פרסי המוזיקה הגדולים" עם זכייה בפרסי המוזיקה האמריקאית, פרסי הבילבורד וגראמי.
בדצמבר 2006 יצא האוסף "Reflection - A Retrospective" שכלל הרבה מלהיטיה של בלייג' וארבעה שירים חדשים כולל הסינגל העולמי "We Ride (I See The Future)". בבריטניה, לעומת זאת, יצא השיר "MJB Da MVP" (שהופיע בגרסה קצרה ב-"The Breakthrough") כסינגל הבכורה מהאלבום. האלבום נכנס למקום ה-9 בארצות הברית עם מכירות של למעלה מ-170,000 עותקים בשבוע הראשון ליציאתו ולמקום 40 בבריטניה. האלבום מכר למעלה מ-1.6 מיליון עותקים.
ב-2006 הקליטה בלייג' דואט עם הראפר לודקריס בשם "Runaway Love" שהיה הסינגל השלישי מאלבומה "Release Therapy". הסינגל הגיע לחמישיית הצמרת של מצעד הבילבורד ולמצעד האר-אנד-בי. בלייג', יחד עם ארית'ה פרנקלין ומקהלת הארלם בויז, השתתפה בפסקול הסרט "בובי" ב-2006 בשיר "Never Gonna Break My Faith". השיר היה מועמד לפרס גלובוס הזהב וזכה בפרס הגראמי לביצוע הגוספל הטוב ביותר בטקס פרסי גראמי ה-50.
2007–2008: "Growing Pains".
אלבומה השמיני של בלייג', "Growing Pains", יצא ב-18 בדצמבר 2007 ונכנס הישר למקום השני במצעד הבילבורד ולמקום הראשון במצעד אלבומי ההיפ הופ/אר-אנד-בי. האלבום מכר 629,000 עותקים בשבוע הראשון ליציאתו. בשבוע לאחר מכן טיפס האלבום למקום הראשון, וכך הפך לאלבום הרביעי של בלייג' שמגיע למעמד זה. הסינגל המוביל, "Just Fine", נכנס למקום ה-22 במצעד הבילבורד ולמקום ה-3 במצעד ההיפ הופ/אר-אנד-בי. השיר היה מועמד לגראמי על ביצוע אר-אנד-בי נשי ובלייג' זכתה בפרס על "ביצוע אר-אנד-בי הטוב ביותר לצמד או להקה" על הדואט עם צ'אקה קאהן "Disrespectful" (שהופיע באלבום "Funk This" של קאהן) שכתבה בלייג'. על שם האלבום סיפרה בלייג' בינואר 2008 לכותב האר-אנד-בי הבריטי פיט לואיס: "...שם האלבום מייצג את הצמיחה כמו את ההבנה שעל מנת שמשהו יתפתח, צריך שיהיה מתח כלשהו מאחוריו".