אחד המתנגדים המשפיעים ביותר למקארתיזם היה השדרן והפרשן המפורסם אדוארד מורו, ששידר ברשת CBS. ב-20 באוקטובר 1953 שידר מורו תחקיר על פיטוריו של מילו רדולוביץ', קצין מילואים בחיל האוויר של ארצות הברית, שהואשם ביצירת קשר עם קומוניסטים. התוכנית מתחה ביקורת חריפה על שיטות החקירה של חיל האוויר, שכללו הצגת עדויות במעטפה סגורה, שלא הוצגו לפני הנאשם ועורך דינו. ב-9 במרץ 1954 עסקה תוכנית אחרת במקארתיזם, והפעם תקפה ישירות את הסנאטור מקארתי. כותרת התוכנית הייתה "דיווח על הסנאטור ג'וזף ר. מקארתי", ובה נעשה שימוש בהקלטות נאומים שלו כדי להציגו כאדם לא-ישר, חסר זהירות ופוגעני כלפי עדים ואזרחים. בדברי הסיכום לתוכנית אמר מורו:
תשדיר זה מוזכר כנקודה משמעותית בהבאת סיומו של המקארתיזם.
באפריל 1954 הותקף מקארתי גם בשימועים מול הצבא (כאמור לעיל). השימועים שודרו בשידור חי בטלוויזיה, ברשת ABC, וכך היו הצופים יכולים לראות את שיטות החקירה הבוטות והאגרסיביות של מקארתי. באחד מחילופי הדברים המפורסמים במהלך השימועים הטיח מקארתי בפרקליט שייצג את הצבא, ג'וזף ולץ', כי אחד מעורכי הדין במשרדו בשם פרדריק פישר, היה חבר באגודת סטודנטים שמאלית בעת לימודיו בהארוורד. ולץ' דחה את ההאשמה וטען שמדובר בחוסר זהירות שנבע מגילו הצעיר של פישר, ותקף את מקארתי על כך שבחר לחשוף את העובדה הזו בשידור חי ללא הסכמה מוקדמת או אזהרה. כאשר המשיך מקארתי במתקפתו של פישר, אמר ולץ':
ולץ' סירב לענות לשאלות נוספות של מקארתי, ואמר עוד: לשמע הדברים פרצו השומעים ביציע הקהל במחיאות כפיים.
דעיכה.
המקארתיזם הגיע לשיאו, כאמור, בסוף שנות ה-40 ובתחילת שנות ה-50 של המאה ה-20. במחצית השנייה של העשור החל המקארתיזם לדעוך ולהיחלש. אחת הסיבות המרכזיות לכך הייתה דעת הקהל בארצות הברית שהשתנתה והביאה לירידת התמיכה הציבורית במקארתיזם; אירוע חשוב בשינוי זה היו שימועי מקארתי מול הצבא, שהוזכרו בפיסקה הקודמת. בנוסף, באמצע שנות ה-50 המפלגה הקומוניסטית כמעט וחדלה להתקיים: מספר חברי המפלגה צנח באמצע שנות ה-50 לכ-5,000 איש בלבד, כ-1,500 מהם סוכני FBI.) לאחר שנת 1956, בה התפרסם נאומו הסודי של ניקיטה חרושצ'וב בוועידה ה-20 של המפלגה הקומוניסטית (פברואר 1956), בו הוקיע את סטלין וחשף את ההתנהלות הנפשעת של הקומוניזם תחת הנהגתו בברית המועצות, ירדה מאוד התמיכה בקומוניזם, והלחץ הציבורי בארצות הברית התפוגג לאיטו.
גורם נוסף להיחלשות המקארתיזם היה שורה של פסיקות משפטיות. פסק דין חשוב בנושא היה בתביעתו של ג'ון הנרי פאוק (Faulk), שהיה מגיש של תוכנית קומדיה ברדיו. פאוק היה פעיל שמאל בארגון העובדים שבו היה חבר, ארגון אמני הרדיו והטלוויזיה. פאוק נחקר על ידי ארגון פרטי בשם AWARE, אחד מן הארגונים הפרטיים שבחן עובדים כדי למצוא סימנים ל"חוסר לויאליות" קומוניסטית. AWARE מצא שפאוק אינו מתאים, והוא פוטר על ידי מעסיקיו ב-CBS. בניגוד לרובם המוחלט של מי שפוטרו בדרך זו, פאוק החליט לא לוותר וב-1957 תבע את חברת AWARE. המשפט הוכרע לטובתו ב-1962, בפסיקה שקבעה למעשה שכל מי שיוצר ומנהל "רשימה שחורה" ומי שעשה בה שימוש חשוף לתביעה בגין הנזק התעסוקתי והכלכלי שגרם. בתוך זמן קצר נעלמו הגופים הפרטיים שעסקו בתחקור ובחינת נאמנות (אם כי רשימות שחורות לא פורמליות המשיכו להתקיים במידת מה). זמן קצר לפי הפסיקה לטובת פאוק, ב-1960, החליטו רבים בתעשיית הקולנוע בהוליווד להפסיק את השימוש ברשימות שחורות: דלטון טרמבו, שהיה אחד מהבולטים ב"עשיריית הוליווד", הוחרם למעשה במהלך שנות החמישים, ותרומותיו לסרטים הופיעו ברשימת הקרדיטים בשם בדוי. ב-1960 השתנה היחס אליו, ושמו האמיתי הופיע ברשימת הקרדיטים של סרטים שכתב, "אקסודוס" ו"ספרטקוס".
פסיקות של בית המשפט העליון של ארצות הברית היו מרכיב חשוב בהחלשת המקארתיזם. שניים מן השופטים שמינה הנשיא דווייט אייזנהאואר, ארל וורן (שהתמנה לנשיא בית המשפט העליון) וויליאם ברנן התבררו כליברלים יותר ממה שחשבו הנשיא ואנשי ממשלו. אייזנהאואר אמר מאוחר יותר שמינויו של וורן היה "הטעות הגדולה ביותר" שעשה. מקארתי עצמו התנגד למינוי ברנן, והיה היחיד שהצביע נגד בשימוע שערך הסנאט לקראת מינויו.
ב-1956 הגיעה לדיון בבית המשפט העליון תביעתו של הארי סלוצ'אואר (Harry Slochower) כנגד ועדת החינוך של העיר ניו יורק. סלוצ'אואר היה מרצה בקולג' בברוקלין, שפוטר לאחר שסירב לענות על שאלה שנגעה להיותו חבר בעבר במפלגה הקומוניסטית. סלוצ'אואר הסתמך על התיקון החמישי לחוקת ארצות הברית, המגן על אדם מפני הפללה עצמית, ובשל כך פוטר. בית המשפט העליון פסק שפיטורים כאלה אסורים, וכתב ש
פסיקה חשובה נוספת הייתה בפסק דין ייטס נגד ארצות הברית. בית המשפט העליון ביטל את הרשעתם של ארבעה עשר איש, שהורשעו בערכאות נמוכות יותר על פי "חוק סמית" (ראו לעיל). השופט הוגו בלאק כתב לגבי "חוק סמית" המקורי: כפי שהוזכר לעיל, "חוק רישום הזרים" (Alien Registration Act), או "חוק סמית'" שנחקק ב-1940, קבע כי אדם ש"יעודד, יתמוך, ייעץ או ילמד שהפלת ממשלת ארצות הברית או אחת מממשלות המדינות בכוח היא מעשה רצוי או ראוי", עובר עבירה פלילית; כך גם מי ש"יקים ארגון שילמד, ייעץ או יעודד ביצוע מעשה כזה, או יהיה חבר או קשור לארגון שכזה". בית המשפט העליון פסק כי יש לפרש את החוק בדרך מצמצמת מאד: ראשית, כי החוק מתייחס רק לארגונים שיוקמו מעת חקיקתו והלאה, ולפיכך אינו חל על המפלגה הקומוניסטית של ארצות הברית שהייתה קיימת לפני החוק. שנית, בית המשפט קבע כי יש להבדיל בין דיון אבסטרקטי על הפלת הממשל לבין דיון מעשי; בית המשפט פירש שהחוק מתייחס רק לדיון מעשי, ומכיוון שהמפלגה הקומוניסטית עסקה בנושא באופן תאורטי בלבד לא ניתן להחיל עליה את החוק.
פסק הדין התפרסם ב-17 ביוני 1957. באותו יום התפרסם פסק דין נוסף, פסק דין ווטקינס נגד ארצות הברית, שגם לו הייתה השלכה חשובה על החקירות האנטי-קומוניסטיות. ג'ון תומאס ווטקינס היה פועל בארגון פועלי הרכב, שנקרא להעיד בפני ועדת בית הנבחרים לפעילות אנטי-אמריקנית על חברותו לכאורה במפלגה הקומוניסטית. כאשר התבקש ווטקינס לתת לוועדה שמות של אנשים שהיו חברים בעבר במפלגה הקומוניסטית הוא סירב לעשות כן, וטען ששאלות כאלה חורגות מסמכותה של הוועדה, ועל כך נענש בקנס ובשנת מאסר. בית המשפט העליון קבע שלוועדה אכן אין סמכות לשאול את העד שאלות שהן מחוץ לתחום חקירתה, ובכך הטיל מגבלות משמעותיות על יכולתה של הוועדה לחקור עדים וחשודים, יכולת שעד אז נתפסה כבלתי מוגבלת.
שתי הפסיקות הללו, יחד עם פסקי דין נוספים שהתפרסמו באותו יום נתפסו כמכה למקארתיזם. אנטי-קומוניסטים שונים כינו את יום פרסום פסקי הדין "יום שני האדום", ומנהל ה-FBI, ג'יי אדגר הובר, קרא להחלטות בית המשפט הנשיא אייזנהאואר התחמק משאלות בנושא במסיבת עיתונאים, אך כתב מכתב לנשיא בית המשפט, ובדיווחים שונים נאמר שכעס מאוד על ההחלטות. יום מתן ההחלטות נתפס כסימן לאסרטיביות של בית המשפט בהנהגת נשיאו החדש, והעיתונאי י' פ' סטון אמר שיום זה
השלכות.
המחלוקות הפוליטיות שיצר המקארתיזם בארצות הברית נוכחות בשיח הפוליטי והציבורי עד היום, והפולמוס סביב האנטי-קומוניזם עודו מתנהל. חלקים מהמנגנון הפוליטי-משפטי שנוצר בזמן המקארתיזם עדיין קיימים: חוקת קליפורניה דורשת גם כיום (2014) מכל עובדי ממשל המדינה שבועות נאמנות, דבר היוצר בעיה דווקא לקוויקרים ולעדי יהוה, שאמונתנם מונעת מהם להצהיר על נאמנות מלאה למדינה. חלקים מחוק מקארן, שהוזכר לעיל, עדיין בתוקף.
שימוש במושג.
המקארתיזם הפך למושג בשיח הפוליטי בארצות הברית ובמדינות מערביות אחרות, כמסמל רדיפה פוליטית מוגזמת ודרישת נאמנות למדינה הבאה על חשבון זכויות אזרח בסיסיות. השימוש במושג נעשה כדי לתאר הטלת ספק בדרך אגרסיבית בנאמנותו של אדם למדינתו; העלאת האשמות שאינן מבוססות, או הנשענות על בסיס קלוש; הטחת האשמות בחוסר נאמנות כדי לכפות על אדם לדבוק בתפיסות קונפורמיסטיות או כדי להטיל ספק ולהביך מועמד מתחרה; ערעור מעמדן של זכויות אזרחיות בסיסיות בשם הביטחון הלאומי; וכן שימוש בדמגוגיה. כל אלה נקראים לעיתים קרובות "מקארתיזם". המונח הפך לנרדף גם למונח "ציד מכשפות", ושני השמות הללו מתייחסים למצבים של היסטריה המונית ופאניקה.
משקיפים שונים השוו את רדיפת הקומוניסטים והליברלים במהלך תקופת מקארתי לפעולות שננקטו כנגד חשודים בטרור, ברובם מוסלמים, לאחר הפיגוע במגדלי התאומים ב-11 בספטמבר 2001, ועם תחילת המלחמה בטרור. היו שהשוו את חוק הפטריוט שהועבר בקונגרס ונכנס לתוקף בתחילת 2002 להחייאת תפיסת העולם המקארתיסטית, ובפשטות החלפת המילה "קומוניסט" במילה "טרוריסט". מאידך, היו שהשוו בין ההתנגדות הליברלית למקארתי לבין תפיסת העולם הליברלית בעשור השני של המאה ה-21. הנוקטים השוואה זו טוענים שהליברלים בשנות ה-50 של המאה ה-20 פגעו במאבק בקומוניזם, והליברלים בתחילת מאה ה-21 פוגעים במלחמה בטרור.
מחלוקת היסטורית.