לרוזוולט היו כמה רומנים מחוץ לנישואים, אחד עם לוסי מרסר, מזכירתה של אלינור, שנשכרה ב־1914. בספטמבר 1918 מצאה אלינור מכתבים שתיעדו את הרומן במזוודתו של רוזוולט, שחזר ממלחמת העולם הראשונה. פרנקלין שקל להתגרש מאלינור, אולם לוסי סירבה להינשא לאיש נשוי עם חמישה ילדים. פרנקלין ואלינור נשארו נשואים, ופרנקלין הבטיח לא להתראות שוב עם לוסי. אלינור לא סלחה לו, והנישואים שלהם הפכו מאז לשותפות פוליטית.
פרנקלין המשיך להתכתב עם לוסי, והם המשיכו להתראות ב־1941. השירות החשאי של ארצות הברית כינה אותה "גברת ג'ונסון", ולוסי הייתה איתו כשמת ב־1945. הרומן לא נחשף עד שנות השישים.
בנו של רוזוולט, אליוט, טען שלאביו היה רומן בן עשרים שנה עם מזכירתו הפרטית, מרגרט לנד. בן אחר, ג'יימס, טען שכנראה היו יחסים רומנטיים בין אביו לבין מרתה, נסיכת שוודיה, שהתגוררה בבית הלבן במהלך חלק ממלחמת העולם השנייה. העוזרים קראו לה "החברה של הנשיא", ורכילות בנוגע לשניים הופיעה בעיתונות.
קשה לדעת מה הייתה ההשפעה של הרומנים על אלינור. אלינור טענה שהיא יכולה לסלוח, אבל לא לשכוח. לאחר הרומן עם לוסי, כל אינטימיות במערכת היחסים שלהם נעלמה. אלינור גרה בנפרד מרוזוולט ובעיקר קידמה את ענייניה החברתיים והפוליטיים. השבר היה כה גדול עד שב־1942, כשרוזוולט ביקש מאלינור לחזור הביתה בגלל בריאותו המידרדרת, היא סירבה. הוא לא תמיד ידע מתי ביקרה בבית הלבן, ולעיתים לא יכלה לדבר איתו בטלפון ללא עזרת המזכירה שלו. הוא עצמו לא ביקר בדירתה בניו יורק עד סוף 1944.
כשרוזוולט היה נשיא, נודע כלבו פאלא כבן הלוויה שלו. הוא נקרא "הכלב המצולם ביותר בעולם".
משפחה.
פרנקלין הוא קרוב משפחתו של נשיא אמריקאי אחר תאודור רוזוולט וגם הוא קרוב משפחה של ווינסטון צ׳רצ׳יל ראש הממשלה הבריטי ודאגלאס מקארתור הגנרל והמדינאי האמריקאי.
תחילת דרכו הפוליטית.
סנאטור בניו יורק ומתנגד לטמאני.
בבחירות המקומיות בניו יורק ב־1910, התמודד רוזוולט מטעם מחוז הייד פארק לסנאט של ניו יורק. המחוז היה רפובליקני, ובחר בדמוקרט אחד בלבד מאז הקמת המפלגה הרפובליקנית. המפלגה המקומית בחרה בו כמועמד לא רציני, בעיקר משום שתאודור רוזוולט היה עדיין אחד מהפוליטיקאים הבולטים במדינה, ודבר זה הביא לרוזוולט יחסי ציבור טובים. הוא מימן את מסע הבחירות שלו, ובהפתעה מוחלטת, לאחר מסע בחירות אגרסיבי, נבחר לסנאט במהלך ניצחון דמוקרטי כולל באותה שנה.
הוא נכנס לתפקידו בסנאט ב־1 בינואר 1911, ומיד הפך למנהיג הפלג שהתנגד לטמאני הול, המנגנון הפוליטי ששלט במפלגה הדמוקרטית במדינה. הבחירות לסנאט ב־1911, שהחלו במפקד דמוקרטי ב־16 בינואר, הפכו למאבק בין הפלגים. כיוון שהמועצה המחוקקת המקומית עדיין בחרה בסנאטורים, הטמאני תמך באופן מלא במועמדו, ויליאם שינן. ב־31 במרץ, נבחר מועמד פשרה בשם ג'יימס או'גורמן. רוזוולט קיבל חשיפה כפוליטיקאי מוצלח, וזכה להתנגדות הטמאני. רבים חששו שיפרוש מהמפלגה, כפי שעשה בן דודו תאודור במפלגה הרפובליקנית. רוזוולט עצמו עדיין לא נחשב לדובר רהוט.
בעזרת מסע בחירות מוצלח, ולאחר שהתגבר על קדחת הטיפואיד, נבחר רוזוולט לכהונה שנייה ב־1912, והפך לדובר הוועדה לחקלאות. הוא העביר חוקים רבים לטובת החקלאים והפועלים, כצעד מקדים לקראת מדיניות הניו דיל כעבור עשרים שנה. באותה תקופה הפך לפרוגרסיבי כמו בן דודו, תמך בפועלים ובתוכניות רווחה למען נשים וילדים. בנוסף, תמך ב־1912, בניגוד לדעת הטמאני, בוודרו וילסון הדרומי שנבחר לנשיאות. הוא הפך למזוהה עם תומכי וילסון.
תת מזכיר הצי.
התמיכה של רוזוולט בווילסון הובילה לכך שמונה ב־1913 לתפקיד תת־מזכיר הצי תחת המזכיר ג'וזפוס דניאלס. רוזוולט נמשך לצי כל חייו – הוא כבר אסף כ־10,000 ספרים על ימאות וטען שקרא את כולם – ותמך יותר מהמזכיר דניאלס בהרחבת הצי. בתפקידו זה פעל למען הרחבת הצי, והקים את עתודת המילואים של צי ארצות הברית. רוזוולט פיתח חיבה מיוחדת לצי, ופעל רבות בשמירה על תקציבו. בניגוד לשמרנים בצי, שלא ראו שום צורך בהשקעה באווירונאוטיקה, הקציב רוזוולט כסף להקמת מחלקת אווירונאוטיקה לאחר המלחמה, אף על פי שהתנגד לטענותיו של בילי מיטשל בנוגע ליכולתן של פצצות להטביע ספינות קרב. רוזוולט ניהל משא ומתן עם חברי קונגרס ומחלקות ממשלתיות כדי לאשר תקציבים. הוא התנגד לתוכניתו של פרדריק וינסלאו טיילור, שדרשה התקנת שעוני עצר במחלקות, בניגוד לדעת האיגודים. במהלך כהונתו של רוזוולט לא התרחשה שביתה. רוזוולט רכש ניסיון כמנהל עובדים, מנהל ממשלתי במהלך מלחמה, ניהול צי, ואחראי על לוגיסטיקה, תחומים שהיו חשובים להמשך הקריירה שלו.
רוזוולט היה עדיין אלמוני יחסית, אולם בקרב חבריו כבר נחשב לנשיא פוטנציאלי. הוא עצמו דיבר על עצמו כעל נשיא לעתיד כבר ב־1907. ב־1914 ניסה רוזוולט להיבחר לסנאט מטעם ניו יורק. ממשל וילסון לא תמך בו. הממשל נאלץ להתפשר עם הטמאני כדי להבטיח את היבחרו של וילסון מחדש ולהעביר חוקים, ואילו רוזוולט רצה להתעמת מולם. הוא הובס בידי מועמד הטמאני בבחירות המקדימות במפלגה, וזכה רק לרבע מהקולות. רוזוולט למד לקח חשוב: משרה פדרלית, ללא גיבוי מהבית הלבן, לא תביס את הארגון המקומי החזק.
במרץ 1917, לאחר שגרמניה החלה במלחמת צוללות בלתי מוגבלת, ביקש רוזוולט אישור מווילסון להכין את הצי למלחמה. וילסון סירב. רוזוולט היה לתומך נלהב בשימוש בצוללות, ובעת מלחמת העולם הראשונה פיתח מספר תוכניות שנועדו לעצור את איום הצוללות הגרמניות על חילות הים של מדינות ההסכמה. אחת התוכניות כללה בנייה של מחסום שתוכנן לכלול שורה של מוקשים ימיים שיונחו לאורך הים הצפוני, מנורווגיה עד סקוטלנד. התוכנית התקבלה, אך המלחמה הגיעה לסיומה לפני שניתן היה לממשה במלואה. ב־1918 ביקר בסקוטלנד, באנגליה, בוויילס ובצרפת כדי לבחון את המתקנים הימיים. רוזוולט רצה לספק נשק לצי הסוחר. לאחר שהבין שאסור למכור להם נשק, הוא ביקש את אישורו של וילסון להחכיר נשק לסוחרים. וילסון אישר זאת בצו נשיאותי, וכך נקבע תקדים בו השתמש רוזוולט ב־1940.
בשנות המלחמה התפייס רוזוולט עם הטמאני הול וב־1918 ניסתה הקבוצה לשכנע אותו לרוץ לתפקיד מושל ניו יורק. וילסון ביקש מרוזוולט לא להתפטר לאחר סיום המלחמה. בתום המלחמה, היה רוזוולט אחראי לפרק חלקים מהצי, אך התנגד לפירוקו המוחלט.
רוזוולט חלה בשפעת שהתפשטה בארצות הברית ב־1918. ב־1919 הוא ספג ביקורת בעיתונות מאחר שלא טיפל ביחסים הומוסקסואליים בין חיילים בצי לבין אזרחים. בנוסף, רוזוולט ואשתו, שגרו בשכנות לצד התובע הכללי של ארצות הברית, אלכסנדר מיטשל פאלמר, כמעט נהרגו כשפצצות שהטמינו אנרכיסטים בביתו של פאלמר, בו היו מספר דקות קודם, התפוצצו. אחד מחלקי הפצצה נחת בשטח הבית שלהם.
מסע בחירות לתפקיד סגן הנשיא.
רוזוולט התפטר מתפקידו ב־1920. באותה שנה נבחר כמועמדה של המפלגה הדמוקרטית לתפקיד סגן נשיא ארצות הברית לצד המועמד לנשיאות, המושל ג'יימס קוקס מאוהיו. אף על פי שמועמדותו הפתיעה את רוב האנשים, הוא נחשב כאדם שיוכל לאזן את קוקס: מתון, תומך בווילסון, ותומך בחוק היובש. רוזוולט היה בן 38, צעיר בארבע שנים מגילו של תאודור כשנבחר לסגן נשיא. המועמדות ספגה כישלון צורב, וקוקס ורוזוולט הובסו על ידי וורן הרדינג וקלווין קולידג' הרפובליקניים בהפרש גדול. מאוכזב מכישלונו פרש רוזוולט מהחיים הפוליטיים למשך שנים אחדות, ופנה לעסוק במשפטים במגזר האזרחי.
נכות בעקבות מחלת שיתוק ילדים.
באוגוסט 1921, בעודו נופש באי קמפובלו שבניו ברנזוויק, קנדה, יצא רוזוולט לשיט עם חברים במפרץ פאנדי, ובמהלכו נפל למימיו הקפואים של המפרץ. באותו הלילה החל לחוש ברע, חום גופו עלה, והוא סבל מכאבים עזים ברגליו ובגבו. לאחר שהתעורר בבוקר שלמחרת גילה כי רגליו רדומות. מצבו המשיך להידרדר במהירות, ומספר ימים לאחר מכן הוא כבר היה משותק לחלוטין מהמותניים ומטה. רופאים שבדקו את רוזוולט קבעו כי הוא נפגע ממחלת שיתוק הילדים, מחלה נפוצה וחשוכת מרפא באותה העת, וכי השיתוק שנגרם לו הוא לצמיתות. רוזוולט סירב להשלים עם רוע הגזירה, ולמשך שארית ימיו האמין, כנגד כל הסיכויים, כי הוא יחזור לעשות שימוש ברגליו. בתקווה להביא להקלה במצבו, הוא החל לעבור טיפולי הידרותרפיה, וב־1926 רכש לשם כך את בית הנופש בוורם ספרינגס, מקום בו יסיים את חייו קרוב ל־20 שנים מאוחר יותר. בסיועם המסור של אלינור וחברים קרובים הצליח רוזוולט להשתקם מעט ואף למד ללכת מספר צעדים בסיועו של אדם נוסף, תוך שהוא נעזר בברזלים מיוחדים שהוצמדו לרגליו ובמקל הליכה. רוזוולט עמל קשה בניסיון לשכנע אנשים כי מצבו משתפר, מכיוון שהאמין כי דבר זה יסייע בידו להתמודד על משרה ציבורית בעתיד. עובדת היותו נכה רגליים המשתמש בכיסא גלגלים לא הוחצנה מעולם על ידי התקשורת. רוזוולט גם דאג שלא להצטלם כשהוא יושב על כיסא גלגלים. בפני הציבור הוא היה מופיע כשהוא עומד ונתמך על ידי אדם נוסף (לרוב היה זה בנו או אחד מעוזריו), ואת נאומיו היה נושא כשהוא נשען על דוכן שהוקם במיוחד למענו. מאמציו אלה נשאו פרי, ובמהלך שנותיו הרבות בפוליטיקה, רוב אזרחי ארצות הברית לא היו מודעים לחומרת מצבו.
לפני היבחרו לנשיא, רוזוולט היה אחד האישים הראשונים שסייעו לקהילה הסובלת מלקויות מחלת שיתוק הילדים. הוא היה הראשון שהקים מוסדות שיקום ואיסוף תרומות למחקר המחלה. רוזוולט השקיע מממונו האישי בהקמת מוסדות אלה ובניהולם, וקבע גם מי ינהל אותם אחרי פרישתו. מוסדות אלה תרמו רבות לשיפור איכות חייהם של הלוקים בהשפעות מחלת שיתוק הילדים, לחקר המחלה ולמציאת חיסון כנגדה.