החצי הראשון של האלבום הוקלט זמן קצר לאחר סיומי ההקלטות לאלבום "Blood Sugar Sex Magik"; החצי השני הוקלט בין סוף שנת 1991 ותחילת שנת 1992, בזמן סיבוב ההופעות של האלבום של להקתו. "Running Away Into You" הוא השיר היחיד שהוא הקליט לאחר שעזב את הרד הוט צ'ילי פפרז. האלבום הוא יצירה אוונגרדית-אקספרימנטלית כבדה, אשר הכוונה הראשונית שלו הייתה התבטאות רוחנית ורגשית: "כתבתי (את האלבום) משום שהייתי במקום מאוד גדול בראש שלי - הוא היה מקום ענק ורוחני, אשר אמר לי מה לעשות. כל עוד אני מציית לכוחות הללו, זה היה הולך להיות בעל משמעות. יכולתי לנגן בגיטרה ויכולתי להגיד 'תנגן משהו שנשמע רע', אבל אם אני במקום הזה, זה הולך להיות נהדר. וזה לא קשור אליי, מלבד בדרכים שאינן יכולות להיות מובנות." פרושיאנטה מאוחר יותר הכריז שהאלבום היה אמור להתנסות כיחידה אחת מגובשת מאשר ישויות או שירים מופרדים. האלבום יצא בחסות חברת התקליטים של ריק רובין. האחים וורנר, חברת התקליטים של הפפרז, החזיקה בזכויות האלבום בגלל סעיף "האמן העוזב" בחוזו של פרושיאנטה בלהקה. בכל זאת, מפני שהוא היה מתבודד, חברת התקליטים העבירה את הזכויות לרובין, אשר הוציא את האלבום תחת הפצרות חבריו של פרושיאנטה.
מאמר ב"New Times LA", תיאר את פרושיאנטה כ"שלד המכוסה בעור" אשר בשפל מדרגת ההתמכרות שלו, כמעט מת מזיהום דם. ידיו נהיו מצולקות מאוד עקב הזרקה לא הולמת של הרואין וקוקאין, תוך השארת סימנים תמידיים. הוא העביר את שלוש השנים הבאות תקוע בתוך ביתו, אשר קירותיו ניזוקו ומכוסים בגראפיטי. בזמן זה, חבריו- ג'וני דפ וגיבי היינס, הגיעו לביתו וצילמו סרט דוקומנטרי קצר בשם "Stuff", המתאר את הזוהמה בה הוא היה חי. הבית בסופו של דבר נהרס על ידי שרפה אשר גבתה את אוסף הגיטרות שלו ומספר קלטות של הקלטות והשאירה אותו עם צלקות חמורות אחר שבקושי ברח.
פרושיאנטה הוציא את אלבום הסולו השני שלו, "Smile from the Streets You Hold", בשנת 1997. הקטע הראשון של האלבום, "Enter a Uh", מאופיין רבות במילים עם משמעות נסתרת וחריקות היסטריות. פרושיאנטה גם משתעל במשך הקטע, דבר המציג את בריאותו המדרדרת. האלבום יצא, על פי הודאתו, כדי להרוויח כסף לסמים. הוא הוציא את האלבום מהשוק בשנת 1999. אף על פי כן, פרושיאנטה הצהיר שהוא מאמין שהחומרים באלבום הם באיכות גבוהה והוא מקווה להוציאם שוב, ביום מן הימים.
1997-2002: גמילה וחזרה לרד הוט צ'ילי פפרז.
בשנת 1997, לאחר יותר מ-5 שנים של התמכרות להרואין, פרושיאנטה נגמל מההרואין באחת, אך הצליח להתמודד עם ההתמכרויות שלו לקראק ולאלכוהול בחודשים שבאו לאחר מכן. בינואר 1998, בעקבות הפצרותיו של חברו הוותיק בוב פורסט, פרושיאנטה נכנס למכון גמילה בפסדנה. עם הגעתו, הוא אובחן עם פוטנציאל לזיהום פה קטלני, אשר הדרך היחידה להקל עליו הייתה לעקור את כל שיניו ולהחליפן בשיניים תותבות. בנוסף הושתלו לו פיסות עור על ידיו המצולקות. לאחר כחודש, יצא פרושיאנטה ממכון הגמילה וחזר לחברה.
מששוקם והבריא, החל פרושיאנטה לחיות בצורה יותר רוחנית ואסתטית. הוא שינה את הדיאטה שלו ונהיה מודע יותר לבריאותו ואכל בעיקר אוכל לא מעובד. במהלך סדנאות ויפאסנה ויוגה, הוא גילה את האפקט שיש למשמעת עצמית על הגוף. כדי להגביר את המודעות הרוחנית שלו ולהפחית את הסחות הדעת מהמוזיקה שלו, פרושיאנטה החליט להתנזר מפעילות מינית, באומרו: "טוב לי גם בלי זה." כל השינויים האלה בחייו הביאו לשינוי מוחלט בגישה שלו כלפי סמים:
למרות ניסיונו כמכור לסמים, פרושיאנטה לא רואה את התמכרותו כ"תקופה שחורה" בחייו. הוא רואה אותה כתקופה של תחיה, שבמשכה הוא מצא את עצמו וניקה את הראש שלו. פרושיאנטה הפסיק לעסוק ביוגה, בגלל ההשפעות שיש לה על הגב שלו, אבל הוא עדיין עושה מדיטציות יומ-יומיות.
בתחילת שנת 1998, הפפרז פיטרו את הגיטריסט דייב נבארו והיו על סף התפרקות. פלי אמר לקידיס, "הדרך היחידה שאני יכול לדמיין שבה נוכל להמשיך בתור להקה היא אם היינו לוקחים את ג'ון בחזרה ללהקה." מאחר שפרושיאנטה היה חופשי מהתמכרויותיו, קידיס ופלי חשבו שזה יהיה הזמן הנכון להציע לו לחזור ללהקה. כשפלי ביקר את פרושיאנטה בביתו וביקש ממנו לחזור ללהקה, פרושיאנטה החל לגמגם ואמר ש"שום דבר בעולם לא יעשה אותי יותר מאושר." עם פרושיאנטה בחזרה על הגיטרה, הפפרז החלו להקליט את אלבומם הבא, Californication, אשר יצא ב-1999. חזרתו של פרושיאנטה שיחזרה מרכיב מפתח בסאונד של הפפרז, וכמו כן את המורל. פרושיאנטה הביא איתו ללהקה את המסירות העמוקה שלו למוזיקה, אשר השפיעה על סגנון ההקלטה במשך הקלטת האלבום. פרושיאנטה הצהיר שהקלטת האלבום Californication הייתה האהובה עליו.
במשך סיבוב ההופעות של "Californication", פרושיאנטה המשיך לכתוב שירים אישיים, אשר רבים מהם הופיעו באלבום הסולו שהוא הוציא בשנת 2001, "To Record Only Water for Ten Days." האלבום היה שונה בסגנונו מאלבומיו הקודמים. כתיבתו והפקתו של אלבום זה היו יותר יעילים וישיר מאשר באלבומים הקודמים. מלבד הקלטת גיטרה, פרושיאנטה התנסה במגוון סינתיסייזרים, חלק נרחב באלבום.
בשנת 2001, פרושיאנטה החל להקליט עם הפפרז את אלבומם הרביעי ביחד, "By the Way"; הוא מחשיב את התקופה הזאת לאחת מן התקופות השמחות ביותר בחייו. הוא התענג על הסיכוי שהאלבום נתן לו "להמשיך לכתוב שירים טובים יותר." בזמן עבודתו על "By the Way", הוא כתב את רוב מה שבעתיד הפך לאלבום "Shadows Collide with People". המטרה שלו לשפר את נגינתו באלבום הונעה בעיקר מהחשק לחקות גיטריסטים כמו אנדי פרטרידג', ג'וני מאר וג'ון מקגוצ'; או כמו שהוא תיאר את זה, "אנשים שמשתמשים באקורדים טובים". האלבום סימן את מעברו של פרושיאנטה לסוג של "מנטליות קבוצתית", ברואו את הלהקה בתור חלק אחיד מאשר 4 חלקים נפרדים. האלבום "By the Way" יצא בארצות הברית ב-9 ביולי 2002.
2002-2007: הקלטות 2004 ו"Stadium Arcadium".
פרושיאנטה כתב והקליט שפע של שירים לאחר סיבוב ההופעות של BY THE WAY. בחודש פברואר 2004 הוא התחיל פרויקט צדדי עם ג'ו לאלי מלהקת Fugazi וג'וש קלינגהופר, שנקרא Ataxia .הלהקה הייתה יחד במשך כשבועיים, במהלכם הוקלט כתשעים דקות של חומר. לאחר יומיים באולפן ההקלטות, הם ניגנו שני מופעים במפעל סריגה בהוליווד, ובילו עוד ימים באולפן לפני פירוק. מאוחר יותר באותה שנה, חמישה שירים של פרושיאנטה הופיעו בפסקול הסרט Brown Boney.
2007-2011: עזיבת הרד הוט צ'ילי פפרז, "The Empyrean" ושיתופי פעולה נוספים.
ג'ון עזב את הלהקה והסביר זאת באתרו במכתב למעריציו בכך שהרגיש שכאומן הכיוון המוזיקלי שלו שונה מזה בו הולכת הלהקה וכי הוא חייב ללכת בדרכו שלו. החליף אותו חברו הגיטריסט ג'וש קלינגהופר, אשר שיתף עמו פעולה במספר אלבומים.
אלבום הסולו העשירי של פרושיאנטה, The Empyrean, יצא ב-20 בינואר 2009 על ידי Record Collection Music. האלבום היה בייצור בין דצמבר 2006 ומרץ 2008. The Empyrean כולל בתוכו מערך של נגנים, כגון פלי, חברו ללהקה לשעבר, חברו ג'וש קלינגהופר והגיטריסט לשעבר של הסמית'ס ג'וני מאר, כמו גם מוזיקאים אורחים אחרים. פרושיאנטה הצהיר: "אני מאוד מאושר מאיך שהאלבום יצא ואני הקשבתי לו הרבה מתוך אהבה לפסיכדליה הבולטת באלבום ולחוויה שהוא מספק" והסביר שהאלבום "צריך להיות מושמע בווליום חזק ככל האפשר ומתאים לשמיעה בעיקר בלילה".
ב-7 בדצמבר 2011, הרד הוט צ'ילי פפרז נכנסו להיכל התהילה של הרוק אנד רול. בראיון באותו יום, אנתוני קידיס דיבר על פרושיאנטה ונשאל אם הוא יהיה נוכח בטקס. קידיס הצהיר: "אני יכול רק לנחש אם הוא יבוא או לא יבוא. אני די בטוח שהוא לא יבוא, אבל זה אחד מהדברים האלה שבאים בצורה של 'אף פעם אי אפשר לדעת'. לא דיברתי איתו די הרבה זמן. אני לא יודע איפה הוא בימים אלה. ברור שהוא מוזמן לבוא, ואם הוא אכן יבוא נשמח מאוד. אם הוא לא יבוא, אז זה גם בסדר, וזה די מובן". פלי דיבר בטקס על פרושיאנטה, באומרו: "הוא השאיר אותנו עם כל כך הרבה דברים טובים. הוא מוזיקאי מדהים שנתן כל כך הרבה ללהקה שלנו. כל התחושות שיש לי בשל העובדה שהוא כבר לא בלהקה... הוא באמת לקח אותנו לרמה גבוהה יותר". פרושיאנטה בסופו של דבר סירב להיות נוכח בטקס.
2012: Letur-Lefr ,PBX Funicular Intaglio Zone.
בשנת 2012 הוציא פרושיאנטה שני אלבומים, ב-17 ביולי 2012 יצא ה-Letur-Lefr EP ביפן ומספר ימים לאחר מכן בארצות הברית ובכל העולם, האלבום הופץ דרך Record Collection Music. האלבום PBX Funicular Intaglio Zone יצא ב-25 בספטמבר 2012.
שני האלבומים שיצאו בשנת 2012 הם בעלי סגנון מוזיקלי שונה וחדש עבור פרושיאנטה. בראיון שנערך לאחר יציאת ה-Letur-Lefr EP סיפר כי הסגנון שאפיין אותו עד כה שיעמם אותו, ולכן עבר לסגנון האלקטרוני אותו הוא מגדיר כ-"סינת'פופ פרוגרסיבי". הוא גם סיפר כי המלודיות המופיעות באלבומים תמיד היו בראשו ורק עכשיו הוא מסוגל להוציא אותם החוצה בעזרת העזרים הטכנולוגיים בהם הוא משתמש. על ה-Letur-Lefr EP סיפר כי בתחילה היה אלבום אינסטרומנטלי בלבד ורק לאחר שהמוזיקה הושלמה החליט להוסיף שירה. האלבום PBX Funicular Intaglio Zone נכתב בשנת 2011, והוא על פי פרושיאנטה שונה מאוד מ Letur-Lefr, וסיפר שיצר אותו בתור אלבום שלם ולא כשירים בודדים שאוחדו אחר כך לאלבום כמו שעשה עם Letur-Lefr.
2013: Outsides.
בשנת 2013 הוציא ג'ון EP בשם Outsides שכלל 3 קטעים אינסטרומנטליים. האלבום כלל גם שיר בונוס בשם Sol שיצא בגרסה היפנית של האלבום.
2014: Enclosure, Medieval Chamber.