את המציאות הביטחונית הקשה בשנתיים הראשונות של האינתיפאדה תיאר השופט אהרן ברק בפסק דין שניתן בספטמבר 2002 בעניין העברת בני משפחות של מחבלים מתאבדים מיהודה ושומרון לרצועת עזה: "מאז סוף חודש ספטמבר 2000 מתנהלת באזורי יהודה והשומרון וחבל עזה לחימה קשה. אין זו פעילות משטרתית. זהו סכסוך מזוין. במסגרתו בוצעו כ-14,000 פיגועים נגד החיים, הגוף והרכוש של אזרחים ותושבים ישראלים חפים מפשע ובהם זקנים וילדים, גברים ונשים. למעלה מ-600 אזרחים ותושבים של מדינת ישראל נהרגו. למעלה מ-4,500 נפצעו, חלקם באורח קשה ביותר... השכול והכאב שוטפים אותנו. לחימתה של ישראל סבוכה היא. הצד הפלסטיני משתמש, בין השאר, בפצצות-אדם מונחות. מתאבדים אלה מגיעים לכל מקום בו מצויים ישראלים. הם זורעים הרג ודם בערים ובישובים. אכן, הכוחות הנלחמים בישראל הם טרוריסטים; הם אינם נמנים עם צבא סדיר; הם אינם לובשים מדים; הם מסתתרים בתוך האוכלוסייה הפלסטינית האזרחית באזור, לרבות במקומות קדושים; הם זוכים לתמיכת חלק מהאוכלוסייה האזרחית בכלל וכן לתמיכתם של בני משפחה וקרובים בפרט".
ההודנה.
במרץ 2003 מינה ערפאת את אבו מאזן לראש ממשלת הרשות הפלסטינית. מסוף אפריל עד יוני אירעו מספר פיגועים בולטים: ב-30 באפריל במייק'ס פלייס (3 הרוגים), ב-18 במאי בגבעה הצרפתית שבירושלים (7 הרוגים), ב-19 במאי בעפולה (3 הרוגים) וב-11 ביוני בקו 14 בירושלים (17 הרוגים). ב-26 ביוני נרצח עמוס מנטין, טכנאי בזק. מנגד בפעולה של צה"ל ב-1 במאי בשכונת סג'עיה בעזה נהרגו 13 פלסטינים וב־21 ביוני בפעולה של הימ"מ נהרג עבדאללה קוואסמה, בכיר חמאס בחברון. אבו מאזן פעל להשגת הודנה, שהוסכמה לבסוף ב־26 ביוני 2003 (לאחר ועידת עקבה). בתקופת ההודנה חלה ירידה גדולה בכמות הפיגועים, אך עדיין בוצעו מספר פיגועי התאבדות קטלניים. ישראל בתגובה המשיכה לפעול נגד מחבלים, שלטענתה היו בגדר "פצצות מתקתקות". למרות זאת, ההודנה הייתה תקופה של שקט יחסי ונרשם בה מספר נמוך של הרוגים. ההודנה התאפיינה במאמצים מדיניים סביב מפת הדרכים, כמו גם בניסיון חזרה לשיתוף פעולה ביטחוני בין ישראל והרשות הפלסטינית. ההודנה קרסה באופן מעשי ב־19 באוגוסט. שני הצדדים האשימו זה את זה בהפרת ההודנה - ישראל ציינה את הפיגוע בקו 2 בירושלים באותו יום (23 הרוגים, ביניהם 7 ילדים, ו-130 פצועים) ואילו הפלסטינים את חיסולם של מוחמד סידר ב־15 באוגוסט ושל אסמאעיל אבו שנב ב־20 בו.
בעקבות קריסת ההודנה חידשה ישראל את מדיניות הסיכולים הממוקדים והחלה בסדרת פעולות ממושכת (אוגוסט-נובמבר) בחברון (ממנה יצא הפיגוע) שבהן נעצרו או נהרגו רוב מפקדי החמאס והג'יהאד האיסלאמי בעיר, ביניהם: נסים זעתרי, אחמד באדר, עז-א-דין מיסק ובאסל קוואסמה.
בשלהי 2003 בוצעו פיגועי תופת נוספים נגד ישראל, חלקם בהכוונת החזבאללה וסוריה. ב־4 באוקטובר 2003 ביצע הג'יהאד האיסלאמי פיגוע התאבדות במסעדת מקסים בחיפה בו נרצחו 21 בני אדם. בעקבות הפיגועים תקף חיל האוויר ישראל מחנה אימונים של מחבלים בסוריה, בסמוך לעין-צאחב, במטרה לאותת לסוריה לרסן את מפקדות ארגוני הטרור בתחומה.
בלימת הטרור.
כבר משנת 2003 החלה ירידה בכמות הפיגועים המוצלחים ובכמות הנפגעים מפעולות טרור, אך השינוי הגדול התרחש בשנת 2004, אז ירד מספר ההרוגים הישראלים בכ־45%. השינוי מיוחס לגדר ההפרדה שהוקמה סביב השומרון, למודיעין והכרת השטח של השב"כ, לשליטה המלאה של כוחות צה"ל במרחב ובערים הפלסטיניות ולסיכולים שביצעו הכוחות. מוקדי הטרור שנותרו ביו"ש היו הערים שכם, ג'נין וחברון - שכתוצאה מכך שהו תחת כתר ממושך והוקפו ברשת מחסומים. רוב מנהיגי הטרור ומהנדסי הנפץ בגדה - בייחוד אלה של החמאס, הג'יהאד האיסלאמי (גא"פ) וגדודי חללי אל-אקצא חוסלו או נעצרו בידי צה"ל בגל של פעולות מתמשכות ויומיומיות. את החלל מילאו כנופיות מקומיות וחוליות תנזים שלדברי מומחים צבאיים מומנו והודרכו על ידי חזבאללה. בג'נין, זכה זכרייה זביידי לתשומת לב תקשורתית, בעיקר הודות לנגישות שהייתה לו לעיתונות הישראלית, לדמותו הציורית וכן לעניין שגילתה בו פעילת השמאל הרדיקלי טלי פחימה. סגניו של זביידי, מחמוד אבו שרף, מחמוד אבו ח'ליפה וכאמל טאהר - שהיו מעורבים במספר רב של פיגועים - חוסלו בידי כוחות הביטחון של ישראל אך זביידי הצליח להתחמק מניסיונות חיסול ולבסוף הכריז על הפסקת מעורבותו במעשי טרור, הכרזה שהקנתה לו חנינה זמנית מול צה"ל. במאי - יולי 2004 נערך בשכם מבצע אישית לוחצת בפיקוד מפקד אוגדת איו"ש, תא"ל גדי איזנקוט, במהלכו נהרגו כ-20 מחבלים ובהם מספר מחבלים ששימשו בתפקידים בכירים בארגוני הטרור. בספטמבר 2004, במהלך העבודה העיתונאית מטעם CNN בעזה נחטף על ידי חמושים פלסטינים העיתונאי ריאד עלי אך כעבור יממה הוא שוחרר.
בנובמבר 2004 החל מצב בריאותו של ערפאת להתדרדר, והוא הובהל לאשפוז בפריז (בפעם הראשונה לאחר שנים שלא הורשה לצאת מהמוקטעה ברמאללה). כעבור שבוע מת ערפאת בבית החולים וראשי הפת"ח החליטו למנות את מחמוד עבאס (אבו מאזן) ליורשו. ב־9 בינואר 2005 נערכו בחירות לנשיאות רשות הפלסטינית ובהן זכה אבו מאזן.
הפיגועים הבולטים שבוצעו בשנים 2004 ו־2005 היו באוטובוסים בירושלים (פיגוע אחד בוצע בסמיכות לדיון בבית הדין הבינלאומי לצדק על גדר ההפרדה), פיגוע כפול בבאר שבע (16 נרצחו) וב־2005: פיגועי התאבדות של הג'יהאד האיסלאמי מטולכרם בתל אביב (ה־Stage, חמישה נרצחו) ונתניה (קניון השרון, 5 נרצחו) ופיגוע בשוק בחדרה (6 נרצחו). שנת 2004 התאפיינה בהרבה ניסיונות פיגוע אך גם בסיכולים מוצלחים רבים של כוחות הביטחון, אך רק בשנת 2005 חלה גם ירידה בניסיונות לבצע פיגועים. זאת עקב מותו של יאסר ערפאת, הסכם הפסקת האש שהשיג אבו מאזן עם ארגוני הטרור והתמקדות תשומת הלב העולמית ברצועת עזה עקב תוכנית ההתנתקות.
בסוף ספטמבר 2005 נחטף בגדה ששון נוריאל על ידי החמאס במטרה להתמקח על שחרור אסירים (נוריאל לבסוף נרצח). חטיפה זו גרמה למעצרים המוניים של אנשי ארגוני הטרור במטרה למצוא את החטוף באמצעות חקירתם בישראל. מעצרים אלו לא עברו בשקט ובמהלכם נהרגו פלסטינים, כמעט כולם פעילי טרור, מה שגרם להתדרדרות משמעותית במצב ולגלישת האירועים גם לרצועת עזה.
תשתית הג'יהאד האיסלאמי בטולכרם המשיכה לנסות להוציא פיגועי התאבדות נגד ישראל. רובם סוכלו, אך שניים מהם הצליחו, בחדרה ובקניון השרון בנתניה. בפיגועים אלה נרצחו 11 בני אדם. מחסום פתע של צה"ל מנע פיגוע תופת קטלני שכוון נגד מופעי הילדים בחופשת חנוכה, המחבל התפוצץ על המחסום ומהפיצוץ נהרגו קצין בצה"ל ו-3 פלסטינים.
מ-2006 ואילך.
בינואר 2006 ניצח חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני ובמרץ החל במגעים להרכבת הממשלה. ב-4 בינואר 2006 לקה אריאל שרון בשבץ מוחי ואהוד אולמרט תפס את מקומו בראשות הממשלה כממלא מקום ראש הממשלה.
חודש ינואר 2006 התאפיין בפיגועי ירי וסכינאות מצד הפת"ח, בהם נהרגו מספר ישראלים. חמאס הכריז על כוונתו לשחרר את רוצחי רחבעם זאבי ומזכ"ל החזית העממית לשחרור פלסטין אחמד סעדאת שהוחזקו בכלא יריחו במסגרת "הסכם רמאללה" שנחתם ב-2002. ב-14 במרץ 2006 עזבו הפקחים הזרים את הכלא מחשש לחייהם וכעבור זמו קצר החל מבצע הבאת ביכורים: כוחות צה"ל כתרו את המתחם וכלי צמ"ה ממוגנים החלו להרוס את המבנה עד שהמבוקשים הבכירים נכנעו והסגירו את עצמם. בעקבות המבצע איימו הפלסטינים, לרבות החמאס בגל פיגועי נקמה. מנגד, מצבה הכלכלי של הרשות הפלסטינית המשיך להתדרדר. ב-31 במרץ הצליח הפת"ח לבצע פיגוע התאבדות בקדומים בו נרצחו 4 אנשים.
בשנים 2005–2007 עבר מרכז הטרור ביהודה ושומרון לשכם ומחנות הפליטים שמסביבה, ובמסגרת הפעילות הטרוריסטית גויסו אף נערים ותלמידי תיכון לבצע פיגועים (המפורסם שבהם הוא חוסאם עבדו בילאל שנתפס במחסום חווארה ב-24 במרץ 2004). צה"ל המשיך בפעילות סיכולית אינטנסיבית יומיומית שכללה פשיטות, מעצרים, הריגת מחבלים ופיצוץ מעבדות נפץ. הפעילות נשאה פרי וכמעט כל הפיגועים שעמדו לצאת בשנים אלה סוכלו בידי כוחות הביטחון (צה"ל, שב"כ, ימ"מ ומג"ב).
עקב דעיכת הטרור ביהודה ושומרון, ביצוע תוכנית ההתנתקות וניצחון חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני, עבר מוקד האלימות לרצועת עזה שם המשיכו ארגוני הטרור בירי רקטות קסאם לעבר יישובים ישראלים בעוטף עזה.
הלחימה ברצועת עזה.
במהלך כל שנות האינתיפאדה יצאו רק מעט פיגועי התאבדות מרצועת עזה לישראל, בזכות הגדר המקיפה את הרצועה ומונעת מעבר אדם. פיגועים רבים נעשו נגד ההתנחלויות ברצועת עזה ונגד חיילי צה"ל. בנוסף, הקימו הפלסטינים ברצועה "ארגון גג" לארגוני ההתנגדות והטרור, שנקרא ועדות ההתנגדות העממית ומנהיגיו הבולטים היו ג'מאל אבו סמהדאנה ועבד יוסף קוקה.
הלחימה בשנים 2000-2003.
עיקר פעילות הטרור ברצועת עזה בשנים אלה כללה פיגועי ירי ומטענים אל עבר שיירות צבאיות ואזרחיות שנעו על הצירים ברצועה. זכור מכולם הוא הפיגוע באוטובוס הילדים ב-20 בנובמבר 2000, שבו נרצחו שניים מתושבי כפר דרום וילדים רבים נפצעו. בתגובה לפיגועים אלה נהג צה"ל לבתר זמנית את הרצועה ל-3 חלקים על ידי הקמת חסימות לאורך ציר טנצ'ר (המשתרע מצפון לדרום במרכז הרצועה) וחוף הים. בנוסף, דחפורים חישפו שטחים מסביב לצירי התנועה על מנת לתת מרחב התרעה לכוחות ולמנוע מהמחבלים מקומות מסתור שיאפשרו להם לבצע מארבי ירי או להטמין מטענים בסתר. פעולות החישוף הקטינו באופן ניכר את כמות הפיגועים על הצירים, למעט בציר קרני-נצרים (המחבר בין מעבר קרני לנצרים) וציר כיסופים (שהוביל לגוש קטיף) שנחלש על ידי חאן יוניס.