לדברי הפרשן הצבאי רון בן ישי, מטרות המלחמה, כפי שהוצגו לו זמן רב לפני תחילת המלחמה על ידי אריאל שרון ורפאל איתן, היו נרחבות מעבר לטווח 40 ק"מ שצוין בהחלטת הממשלה על יציאה למבצע, וכללו את סילוק אש"ף מלבנון כולה, בתקווה שצעד זה יחסל את תקוותם של הפלסטינים לשוב לשטחי יהודה ושומרון, ויבסס את אחיזת ישראל בשטחים אלה. מטרה נוספת הייתה השבת השלטון בלבנון לפלנגות הנוצריות בראשות באשיר ג'ומייל, שבעקבותיו תחתום לבנון על הסכם שלום עם ישראל. בן ישי טען שמטרות אלה הוסתרו ממנחם בגין ומהממשלה.
התפטרותו והסתגרותו.
במהלך השנים הובאו עדויות רבות על תקופות של חוסר תפקוד במהלך כהונתו של בגין כראש ממשלה. ב-26 בנובמבר 1981 מעד בגין בחדר האמבטיה שבמעון ראש הממשלה, שבר את אגן הירכיים ואושפז בבית החולים הדסה עין-כרם. ב-14 בדצמבר יצא מבית החולים. בעקבות זאת הוא נאלץ להלך עם מקל או לנוע בכיסא גלגלים.
על פי עדותו של מזכירו הצבאי, עזריאל נבו, מאז ספטמבר 1982 ניתק בגין את עצמו מכלל המערכת ושמר על קשר רק עם דן מרידור, יחיאל קדישאי ועם נבו. בישיבת הממשלה שנערכה ב-28 באוגוסט 1983 הודיע בגין על כוונתו לפרוש:
השרים ניסו להניאו מכך, אולם בגין היה נחוש בהחלטתו. אל מול ביתו הגיעו אנשי ימין רבים שניסו לשנות את דעתו, ולצדם אנשי "שלום עכשיו" שבירכו אותו על ההחלטה. בגין הסתגר בבית ראש הממשלה ורק כעבור כמה שבועות, ב-15 בספטמבר, הגיש בשמו מזכיר הממשלה דן מרידור את מכתב ההתפטרות לנשיא. החל מראש השנה של שנת תשמ"ד (1983) הסתגר בגין בביתו.
מספר השערות הועלו להסבר בעניין חוסר תפקודו והמניעים להתפטרותו. היו שייחסו את השבר למותה של עליזה רעייתו, אשר שימשה לו משענת בכל שנות מאבקיו ואליה היה קשור עמוקות, ב-13 בנובמבר 1982. במיוחד הוא כאב את העובדה שלא היה לידה ברגעיה האחרונים בשל ביקור מדיני בוושינגטון. כשנודעה לו הבשורה על מותה אמר: "למה עזבתי אותה?", ולאחר מכן הפסיק את הביקור ושב לישראל. לפי הסבר אחר, הקשתה והכבידה עליו הסתבכותה של ישראל בלבנון, מספר הקורבנות הגבוה שגבתה מלחמת לבנון הראשונה, מסקנות ועדת כהן והביקורת הציבורית. הסבר זה נשלל על ידי מזכירו האישי קדישאי. עפר גרוזברד טען בספרו "מנחם בגין, דיוקנו של מנהיג", שבגין סבל מדיכאון קליני מאז ילדותו ודיכאון זה התפרץ והחמיר במהלך כהונתו כראש ממשלה ולא בגלל מאורע חיצוני כלשהו.
בבחירות הכלליות שהתקיימו ביולי 1984, הביע בגין תמיכה ביצחק שמיר ובליכוד, אולם סירב להופיע בתשדיר בחירות. אחרי הבחירות דיבר בגין ברדיו ופסל את חבר הכנסת מאיר כהנא כשותף לקואלציה. בינואר 1985, בעקבות ניצחון אריאל שרון בתביעת דיבה שהגיש בארצות הברית נגד השבועון "טיים" בנושא טבח סברה ושתילה, שיגר בגין מכתב ברכה לשרון ואף התראיין ל"קול ישראל" ואמר שזה "ניצחון מוסרי מוחלט".
שנותיו האחרונות.
בשנותיו האחרונות הובל בכיסא גלגלים ולא יצא מביתו ברחוב צמח מספר 1 בירושלים, אלא לאזכרה השנתית לרעייתו עליזה ובכמה מקרים שבהם אושפז בבית חולים. הוא לא התבטא בפומבי, לא התראיין ולא פרסם מאמרים. הוא גם לא כתב בסופו של דבר את הספר שהתכוון קודם לכן לכתוב, "בדור השואה והתקומה". מכתבים רבים שנשלחו אליו נענו בקיצור ובנימוס. באוגוסט 1990 עבר לתל אביב, לאחר שאושפז בבית החולים איכילוב. בשנה וחצי האחרונות עבר להתגורר בדירה ברחוב גליקסברג מספר 4 בתל אביב. רק מספר מצומצם ביותר של אנשים היו מבקריו הקבועים, בהם משפחתו הקרובה, עורך הדין דן מרידור, מזכיר ממשלתו השנייה, השר לשעבר יעקב מרידור וצבי הורוביץ. יחיאל קדישאי, אשר היה חבר קרוב לבגין ואיש סודו, היה מגיע אליו כמעט מדי יום בהביאו אליו את עיתוני היום.
בסוף 1991 השתתף בגין בחתונת נכדתו, דורית.
ב-9 במרץ 1992, ד' באדר ב' תשנ"ב, נפטר מנחם בגין בבית החולים איכילוב בתל אביב, בגיל 78. עשרות אלפים ליווהו בדרכו האחרונה. בקשתו, שהועברה אל קדישאי, הייתה: "בבוא היום, אני מבקש לקבור אותי בהר הזיתים, ליד מאיר פיינשטיין ומשה ברזני...". כך קבור בגין בבית הקברות בהר הזיתים, ליד רעייתו עליזה, סמוך לקברם של עולי הגרדום, ולא בחלקת גדולי האומה שבהר הרצל. לפי בקשתו, הלווייתו לא הייתה ממלכתית. על קברו שרו את המנון האצ"ל, שיר ביתר.
בגין השאיר אחריו שתי בנות, חסיה ולאה, ובן, זאב בנימין, גאולוג בהשכלתו, חבר הכנסת מטעם מפלגות שונות, ושר מטעם הליכוד בממשלות ישראל. אחיינו מצד אחותו, רחל, הוא העיתונאי עמנואל הלפרין.
עמדות ואידאולוגיות במרוצת השנים.
מנחם בגין התחנך על ברכיה של תורת ישראל, יחד עם אהבה עזה לארץ ישראל. הניגוד המוחלט בין הגולה הממארת והטראגית לבין תחולת החיים והפדות בארץ ישראל, עיצבו את השקפת עולמו. החתירה להגשמת חזון הבית הלאומי, שאימץ ממורו ורבו, זאב ולדימיר ז'בוטינסקי, הייתה כאש בעצמותיו. הכאב החד על אובדן המיליונים בשואה הפך למדרבן, שהאיץ בו לפעול ולהיאבק ללא הרף למען שחרור הארץ מעול זרים והקמת המדינה היהודית בארץ-ישראל. אמונתו של מנחם בגין בזכותו הנצחית של עם ישראל על ארץ ישראל בשלמותה ההיסטורית, הייתה משולבת בנימוקי ביטחון להבטחת עתיד ישראל ובניה. לבגין הייתה תפיסת עולם שמרנית, לא רק מבחינה דתית, אלא גם מבחינה מדינית וצבאית, והוא לא היסס לעמוד על דעותיו גם בימיו הקשים ביותר.
כמנהיג ליכוד בשנת 1973.
מרכז מצעה של תנועת הליכוד היה העיקרון ש"אדמת ישראל", בין הים ונהר הירדן, לעולם לא תחולק שוב, ושהממשלה שמונהגת על ידי הליכוד, תעשה כל שביכולתה להרחיב את החקיקה הישראלית ליהודה והשומרון. במצע הבחירות של הליכוד לקראת הכנסת העשירית נאמר כי כל תוכנית שיש בה מסירת חלקי ארץ-ישראל המערבית לשלטון זר, כפי שהציע המערך, מערערת את זכותנו על הארץ, מביאה באופן בלתי נמנע להקמת מדינה פלסטינית, פוגעת בביטחונה של האוכלוסייה האזרחית, מסכנת את קיומה של מדינת ישראל ומסכלת כל סיכוי לשלום.
האידאולוגיה של בגין, שהונחתה בעיקר על ידי עקרון שלמות ארץ ישראל, התבטאה במדיניותו הלא מתפשרת של מנחם בגין שהיה מדינאי מפוכח, והחליט להתמקד במאבק על שלמותה של ארץ ישראל המערבית, דהיינו, אי-ויתור על שטחי יהודה ושומרון ורצועת עזה וחתירה להחלת הריבונות הישראלית על שטחים אלה במסגרת של הסדר קבע עתידי. המציאות הפוליטית הפנימית בישראל והקונסטלציה הבינלאומית שישראל הייתה נתונה בה בשנים 1965–1983 הביאו את בגין להכרה, עוד בשבתו באופוזיציה וביתר שאת כשהיה בעמדות שלטוניות, שאין זה מן התבונה לקרוא תיגר על הלגיטימיות של השלטון ההאשמי בגדה המזרחית של הירדן, והוא נקט במדיניות ששמה לה למטרה להיאבק על האפשרי, על מה שניתן להשגה, על הנכסים הנמצאים בידי ישראל ואשר הוא האמין בכל לבבו כי אין לוותר עליהם.
שנת 1973, שבה התרחש הכישלון של מלחמת יום הכיפורים בזמן שלטון המערך, הביאה עמה גם התבטאות התוקפנית של הפלסטינים כלפי מדינת ישראל, ואי רצונם של מנהיגי ארצות ערב לשיתוף פעולה עם ישראל, הייתה זו שהעלתה על נס את עמדתו הברורה והבלתי מתפשרת של מנחם בגין – העמדה ה"נִצית" שהעניקה לו את התמיכה בקרב הציבור הישראלי שאהד את ההשקפה הנחרצת שלו באותה תקופה.
ביקור שר החוץ האמריקני הנרי קיסינג'ר בארץ-ישראל, למטרת גישור בין ישראל לבין מצרים בשנת 1975, היה רק גורם מחזק לאידאולוגיה של בגין, שטען בזמנו כי: . כך ביטא בגין את דעתו ביחס להצעת קיסינג'ר לויתור על חצי האי סיני לטובת מצרים. אך עם זאת, בוועידת הליכוד בחברון בשנת 1976 הכריז כי יש להבחין בין חצי האי סיני לאדמות המולדת, ולראשונה תמך באופן רשמי ומוצהר בפשרה באשר לסיני ולגולן. בגין לא ראה בהחלטה ויתור על עמדותיו, אלא פתרון מדיני שיביא לידי הסכם שלום וישמר את "נחלת אבותינו". מכיוון שתפיסת עולמו נבעה מהאמונה כי אלוהים הבטיח את ארץ-ישראל לעם ישראל, ראה בסיני ובגולן אך ורק פתרון מבחינה ביטחונית שיהיה אפשר ליישם בהסדרים מדיניים.
ב-20 ביוני, שנה לאחר מכן, ראה בגין בחתימת חוזה השלום עם מצרים אינטרס ראשון במעלה, שכן הדבר היווה מפנה היסטורי במעמדה של ישראל במזרח התיכון, והזדמנות להפסקת שפיכות הדמים. הוא היה מוכן לשלם מחיר כבד כדי לא להחמיץ הזדמנות היסטורית זו. פינוי היישובים הישראליים בפתחת רפיח היה מחיר כבד בעיניו, אבל הוא היה מוכן לשלם מחיר זה כדי להגיע לחוזה שלום חתום עם מצרים.
כראש ממשלה משנת 1977.
בגין החשיב עצמו כמנהיג היהודים ולא רק "ראש ממשלת ישראל". על-פי מקורבו יצחק שמיר: "אהבתו לעם היהודי הייתה לשם דבר ובכל אשר הלך, הקרין גאווה יהודית". ביום שנתמנה לראש ממשלת ישראל אמר: "ישראל לא תבקש משום אומה, קרובה או רחוקה, גדולה או קטנה, כי תכיר בנו להתקיים".
ב-21 ביוני 1977, לאחר מינויו של בגין לראש ממשלת ישראל, נאלץ ממשל קרטר לשערך את האסטרטגיה שלו במזרח התיכון. עד אז רווחה בקרבו ההנחה שהמשא-ומתן על השלום יוכל להתנהל על יסוד הנוסחה "שטחים תמורת שלום" המגולמת בהחלטה 242 של מועצת הביטחון של האו"ם. הבחירה במנחם בגין לראש ממשלה שכנעה את האמריקאים שעליהם להתאים את האסטרטגיה לנסיבות החדשות. הסיבה ודאי הייתה דבקותו של בגין בתביעתה של ישראל, לרבות יהודה ושומרון וחבל עזה, ומחויבותו הנחרצת להוספת התנחלויות ישראליות בשטחים הכבושים. אלו היו שני הנושאים שבהם נראה בגין שונה ביותר מקודמיו.