קרנה של הנצרות החלה לעלות בשנת 313, עת פרסם הקיסר קונסטנטינוס את צו מילאנו, אשר קבע כי רדיפת הנוצרים בכל רחבי האימפריה הרומית היא אסורה. כמה שנים לאחר מכן, ב-325, כונסה ביוזמת קונסטנטינוס ועידת ניקיאה, אשר קבעה את עיקרי האמונה הנוצרית. אך עם התרחבות מספר המאמינים בנצרות נוצרית באו גם מחלוקות: מספר רבי מעלה בכנסייה הטיפו לגרסאות שונות מהמקובל של התאולוגיה הנוצרית. גישות אלה, אשר נדחו על ידי הקהילה הנוצרית בוועידות אקומניות אחרי ניקיאה, הוגדרו כמינויות דתית.
אחרי ועידת ניקיאה.
בשנת 431 כונסה ועידת אפסוס, אשר קבעה כי אין להפריד יתר על המידה בין מהויותיו האלוהית והאנושית של ישו, ולכן אמו מריה הבתולה היא יולדת האל. מתוך קביעה זו צמחה גישה שגרסה כי לא זו בלבד ששתי המהויות של ישו התאחדו בגופו, אלא גם במהותן; גישה זו נודעה בשם "מונופיזיטיות", אף שחסידיה מעדיפים את השם "מיאפיזיטיות" (משום שמונופיזיטיות היא גישה קיצונית יותר). גישה זו גונתה בשנת 451 בוועידת כלקדון, וקביעה זו גרמה לפילוג חמור בקהילה הנוצרית: הקהילה האוריינטלית פרשה מהכנסייה, והמחוזות הכנסייתיים של אלכסנדריה ואנטיוכיה חלוקים מאז ועד היום בשאלה זו, ולכל סיעה מערכת כנסייתית משלה.קרע נוסף שהתרחש בכנסייה הוא מאבק האיקונוקלאזם, שראשיתו בכך שלאו השלישי, קיסר האימפריה הביזנטית, כפה על פטריארך קונסטנטינופוליס לקבוע כי כיבוד איקונין הוא אסור, שכן הוא עבירה על הדיבר השני: "לא תעשה לך כל פסל וכל תמונה" וגו'. אף על פי שרבים מתושבי הקיסרות קיבלו על עצמם הכרעה זו, רבים אחרים סירבו לעשות כן והמשיכו במנהגי כיבוד האיקונין. בנוסף לכך, הקהילה הנוצרית המערבית סירבה לקבל קביעה זו והכריזה על קרע עם הקיסרות, אשר נפתר רק עם ניצחונם של מכבדי האיקונין אשר קובע באמצעות ועידת ניקיאה השנייה.
התנצרות העמים הסלאביים.
במהלך המאות ה-9 וה-10, הנצרות האורתודוקסית שלחה מיסיונרים אל העמים הסלאביים אשר התיישבו ברחבי אירופה המזרחית.
בעקבות בקשתו של מלך המוראבים רוסטיסלאב קירילוס ומתודיוס המציאו את האלפבית הקירילי ותרגמו את התנ"ך למה שהפך לסלאבית כנסייתית עתיקה. לאחר שנתקלו בעוינות מצד מיסיונרים קתולים מהקיסרות הפרנקית, עברו קירילוס ומתודיוס ותלמידיהם לעמים אחרים: כך, מתודיוס הטביל לנצרות את הסרבים, ותלמידיו תרגמו את כתבי הקודש לבולגרית לבקשת המלך הבולגרי אשר חפץ בצמצום ההשפעה היוונית בממלכתו.
מאוחר יותר, בשנת 988 מיסיונרים מביזנטיון שבאו לקייב ביוזמת הנסיך ולדימיר הטבילו לנצרות את הסלאבים המזרחיים, אבות הרוסים, האוקראינים והבלארוסים של היום.
הפילוג הגדול.
החל מתקופה מסוימת החל צל של פילוג בין המזרח למערב לרחף מעל לנצרות. הסיבות לכך היו הן תאולוגיות - הכנסייה האורתודוקסית טענה כי הקתולים סילפו את הקרדו על ידי הוספת פסוקית "ומן הבן" (filioque), והן פוליטיות - הקתולים טענו כי לבישוף של רומא, הלא הוא האפיפיור, עליונות על שאר הפטריארכים, ולכך ההייררכים האורתודוקסים לא הסכימו. על חילוקי דעות אלה נוספו הבדלי מנהג, לשון ותרבות ועלבונות מן העבר - למשל, בוועידת קוויניסקסט הקהילה המזרחית ניסתה לכפות את מנהגיה על הקהילה המערבית. המתח בין המזרח למערב הגיעו לשיאו בשנת 870, כאשר הקהילה המזרחית והמערבית כמעט ונפרדו שנית מהסיבות הנזכרות לעיל במהלך ועידת קונסנטינופוליס הרביעית, שהעילה המיידית לכינוסה הייתה ויכוח על כס פטריארך קונסטנטינופול.
ציון דרך נוסף בפילוג קרה בשנת 1054 עת הכריזו מנהיגים נוצרים משני המחנות נידוי אלה על אלה.
ניסיונות לאחות את הקרע לא צלחו, ולאחר מסע הצלב הרביעי (1204) שבו הצלבנים הקתולים בזזו את קונסטנטינופול ופירקו את הקיסרות הביזנטית הדבר הפך לבלתי-אפשרי.
תקופת הרנסאנס והעת החדשה.
בשנת 1453 העות'מאנים כבשו את קונסטנטינופול, השריד האחרון של האימפריה הביזנטית, וכעבור זמן לא רב כבשו גם את סרביה האורתודוקסיות (יוון ובולגריה נכבשו עוד קודם לכן); השלטון העות'מאני היה סובלני כלפי הכנסייה האורתודוקסית. בעקבות נפילת קונסטנטינופול, מוסקבה (בראשות הנסיך איוואן השלישי) הכריזה על עצמה כעל יורשתה הרוחנית והתרבותית של העיר, וכונתה "רומא השלישית".
במאה ה-18 הרוסים הביאו את הנצרות לאלסקה, ובמאה ה-19 אורתודוקסים רבים היגרו מאירופה לארצות הברית; אל אלה הצטרפו גם אוניאטים (נוצרים מזרחיים אשר הצטרפו לקהילה הקתולית בעקבות ועידת טרנטו במאה ה-16) רבים שהיגרו לארצות הברית ולא הוכרו כקתולים על ידי הכמרים הקתוליים שם ולכן חזרו לאורתודוקסיה, וכך נוסד המחוז הכנסייתי של צפון אמריקה הכפוף לפטריארך מוסקבה.
המאה ה-20 וה-21.
בשנת 1917 התחוללה מהפכת אוקטובר, ברוסיה השתרר כאוס, ואורתודוקסים רבים, כמרים ועמי-הארץ כאחד, ברחו מפני הבולשביקים. בשנת 1920 פטריארך מוסקבה טיחון שיגר הוראה שאמרה כי מחוזות אשר נותקו מהפטריארכיה של מוסקבה צריכים להתנהל באופן עצמאי עד אשר ניתן יהיה לחדש את הקשר עם הפטריארכיה. הדבר הפך את המחוז הכנסייתי של צפון אמריקה לכנסייה אוטונומית דה פקטו, ובשנת 1970, לאחר חידוש הקשר עם מוסקבה, ניתן לה מעמד של כנסייה עצמאית (אוטוקפלית). עם זאת, חלק מהכנסיות האוטוקפליות האחרות אינן מכירות במעמדה זה, אך עדיין מחשיבות אותה לחלק מהקהילה האורתודוקסית.
ב-5 בינואר 2019 הכריז הפטריארך האקומני של קונסטנטינופול, ברתולומאוס, על הכנסייה האורתודוקסית האוקראינית ככנסייה בעלת מעמד אוטוקפאלי (עצמאי) ובך הפריד את פטריארכיית קייב ואוקראינה מהתלות בפטריארכיית מוסקבה, אליה הייתה כפופה משנת 1686.
תאולוגיה.
כמו כמעט כל הכנסיות האחרות, הקהילה האורתודוקסית מאמינה בשילוש הקדוש, דהיינו שהאל הוא אחד בשלוש פנים (היפוסטאזיס). האל האב הנצחי הוא מקור האלוהות, וממנו נובעים האל הבן שהתגשם בישו ורוח הקודש, שגם הם נצחיים כמו האב. השילוש הוא שלוש צורות אלוהיות נפרדות שאינן מתערבבות ואינן חופפות, אך כולן נובעות ומרכיבות את המהות האלוהית. הכריסטולוגיה שבה מחזיקה הקהילה האורתודוקסית היא הדיופיזיטיות שנקבעה בוועידת כלקדון: ישו, שהוא התגלמות בן האלוהים בגוף אדם, מורכב משתי מהויות מושלמות, אלוהית ואנושית. כנגזר מכך, כמו הקתולים, מאמינים האורתודוקסים בדיותליטיות, כלומר בקביעה שלישו היו שני רצונות נפרדים ומושלמים, אלוהי ואנושי, אשר תמיד נמצאו בהסכמה מלאה. בניגוד לקתולים, מאמינים האורתודוקסים כי רוח הקודש נובעת מהאל האב, בלי קשר לבן (ראו פסוקית ומהבן, "פיליוקווה"). המחלוקת אודות רוח הקודש היא הסוגיה התאולוגית העיקרית המפרידה בינם לנצרות המערבית.
גם אמו של ישו, מריה הבתולה, זוכה לכבוד רב בכנסייה האורתודוקסית, שכן דרכה ובאמצעותה נולדה התגלמותו הארצית של ישו. כיוון שהתגלמות זו היא הן אלוהית והן אנושית, נקראת מרים לעיתים בשם "תאוטוקוס" (יולדת האל). בנוסף לכך, בכנסייה האורתודוקסית מכבדים (אך לא עובדים) את הקדושים, שהם אישים נוצריים שבהגותם או במעשיהם מהווים דוגמה ומופת לשאר המאמינים.
הכנסייה האורתודוקסית רואה את עצמה כממשיכתה של המסורת הנוצרית כפי שנוסדה בידי ישו והשליחים ונמסרה מדור לדור במסורה הקדושה. היא גורסת כי אין להסתמך על כתבי הקודש הנוצריים לבדם, וכי הדרך היחידה להבינם כהלכה היא לאור מסורת הפרשנות הנוצרית. מקורות עיקריים למסורת הם החלטותיהן של וועידות אקומניות וכתביהם של אבות הנצרות.
האורתודוקסים דוחים את הדוגמות על צדקתו ועליונותו של האפיפיור על פני הכנסייה. במקום המגיסטריום הקתולי, הסכמה רחבה בכנסייה היא המעניקה תוקף החלטות וקביעות חדשות, ובשל כך הקנוניזציה של הכרעות והוגים שונים היא תהליך איטי וממושך. כמו כן הם דוחים את הדוגמה על כור המצרף.
פולחן.
הפולחן האורתודוקסי דומה במהותו לפולחן הנוצרי הקתולי, אך יש לו גם מאפיינים ייחודים משל עצמו:
סקרמנטים • טבילה • וידוי • סעודת האדון • צלב • איקונין • תפילה • קדושים • שרידי קדושים • הצטלבות (נצרות) • צום, עלייה לרגל
כמו כן, הכנסייה האורתודוקסית ידועה בהתנגדותה לשימוש בכלי-נגינה בתפילה, מסורת עתיקה מימי אבות הכנסייה כמו יוחנן כריסוסטומוס, שגינו את השימוש במוזיקה כבלתי-צנוע וחושני. הטענה שכלים כמו עוגב וכינור שימשו את הלויים במקדש נענתה בכך שכשם שפעולות סמליות מקדימות אחרות מן הברית הישנה לא עברו אל הברית החדשה (כמו הקרבת חיות), כך גם כלי שיר. באורתודוקסיה מותרת שירת א קפלה בלבד, ויש לה מסורת עשירה ומפותחת של זמרת מקהלה.
סקרמנטים.
הקהילה האורתודוקסית מכירה באותם שבעה סקרמנטים, או פעולות-מסתורין, כמו הקהילה הקתולית, ואלו הם: טבילה, אישוש, סעודת האדון, וידוי, משיחה בשמן, נישואים והסמכה לכמורה.
צום.
הצום בנצרות נתפש כאופן שבו האדם, אשר קיבל טבע גשמי לאחר החטא הקדמון והגירוש מגן עדן, מתגבר על נטיותיו הגשמיות ובכך מתקרב אל העולם הרוחני. בניגוד לעולם היוני-רומי בו שלטה התפיסה של אחדות בין צורכי הגוף והנפש, הדתות המונותיאסטיות, ובכללן הנצרות-אורתודוקסית הניחו כי התנזרות גופנית מעלה את האספקטים הרוחניים באדם.
על-פי רוב הצום הנוצרי האורתודוקסי איננו צום מלא והוא כולל הימנעות מאכילת בשר, דגים, מוצרי חלב ושאר מאכלים שמוצאם מן החי, שמן זית ויין, וכן הימנעות מקיום יחסי מין. תקופות שבהן נהוג לצום הן: